RU2002118706A - Способ оценки чувствительности вич к лекарственному средству - Google Patents
Способ оценки чувствительности вич к лекарственному средствуInfo
- Publication number
- RU2002118706A RU2002118706A RU2002118706/15A RU2002118706A RU2002118706A RU 2002118706 A RU2002118706 A RU 2002118706A RU 2002118706/15 A RU2002118706/15 A RU 2002118706/15A RU 2002118706 A RU2002118706 A RU 2002118706A RU 2002118706 A RU2002118706 A RU 2002118706A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- hiv
- protease
- inhibiting
- biological sample
- sensitivity
- Prior art date
Links
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5091—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing the pathological state of an organism
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/502—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing non-proliferative effects
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/005—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from viruses
- G01N2333/08—RNA viruses
- G01N2333/15—Retroviridae, e.g. bovine leukaemia virus, feline leukaemia virus, feline leukaemia virus, human T-cell leukaemia-lymphoma virus
- G01N2333/155—Lentiviridae, e.g. visna-maedi virus, equine infectious virus, FIV, SIV
- G01N2333/16—HIV-1, HIV-2
- G01N2333/161—HIV-1, HIV-2 gag-pol, e.g. p55, p24/25, p17/18, p.7, p6, p66/68, p51/52, p31/34, p32, p40
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Physiology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
Claims (12)
1. Способ оценки чувствительности варианта ВИЧ из биологического образца по меньшей мере к одному лекарственному средству, способному ингибировать протеазу ВИЧ, включающий в себя стадии а) амплификации полученной из биологического образца путем обратной транскрипции нуклеиновой кислоты, кодирующей протеазу ВИЧ, с получением амплифицированной последовательности, кодирующей протеазу ВИЧ, b) клонирования амплифицированной последовательности, кодирующей протеазу ВИЧ, в уникальный сайт рестрикции модифицированного молекулярного клона ВИЧ, где указанный молекулярный клон ВИЧ модифицирован по меньшей мере путем делении последовательности, кодирующей протеазу, и путем ее замещения уникальным сайтом рестрикции, с получением рекомбинантного молекулярного клона ВИЧ, включающего в себя и экспрессирующего последовательность, кодирующую протеазу ВИЧ, c) введение рекомбинантного молекулярного клона ВИЧ, включающего в себя и экспрессирующего последовательность, кодирующую протеазу ВИЧ, в культивируемые клетки с получением клеток, трансфицированных рекомбинантным ВИЧ, d) измерения уровня р24-антигена ВИЧ в клеточном супернатанте клеток/ трансфицированных рекомбинантным ВИЧ, как в присутствии, так и в отсутствие лекарственного средства, способного ингибировать протеазу ВИЧ.
2. Способ оценки чувствительности варианта ВИЧ из биологического образца по меньшей мере к одному лекарственному средству, способному ингибировать протеазу ВИЧ, по п.1, далее включающий в себя следующие стадии: e) вычисление отношения R между значениями содержания р24-антигена, полученными как в присутствии, так и в отсутствие лекарственного средства, способного ингибировать протеазу ВИЧ, f) нормирование отношения R к отношению R, полученному на сравнительном клоне ВИЧ с чувствительной протеазой.
3. Способ оценки чувствительности варианта ВИЧ из биологического образца по меньшей мере к одному лекарственному средству, способному ингибировать протеазу ВИЧ, по п.1 или 2, где амплификацию проводят путем обратной транскрипции - полимеразной цепной реакции (RT-PCR) с использованием корректирующей термостабильной ДНК-полимеразы.
4. Способ оценки чувствительности варианта ВИЧ из биологического образца по меньшей мере к одному лекарственному средству, способному ингибировать протеазу ВИЧ, по любому из предшествующих пунктов, где уникальный сайт рестрикции представляет собой сайт рестрикции с тупыми концами.
5. Способ оценки чувствительности варианта ВИЧ из биологического образца по меньшей мере к одному лекарственному средству, способному ингибировать протеазу ВИЧ, по п.4, где сайт рестрикции с тупыми концами представляет собой сайт SmaI.
6. Способ оценки чувствительности варианта ВИЧ из биологического образца по меньшей мере к одному лекарственному средству, способному ингибировать протеазу ВИЧ, по любому из предшествующих пунктов, где модифицированный молекулярный клон ВИЧ также подвержен делении по последовательности, кодирующей env.
7. Способ оценки чувствительности варианта ВИЧ из биологического образца по меньшей мере к одному лекарственному средству, способному ингибировать протеазу ВИЧ, по любому из предшествующих пунктов, где модифицированный молекулярный клон ВИЧ также подвержен делении по последовательности, кодирующей RT.
8. Способ оценки чувствительности варианта ВИЧ из биологического образца по меньшей мере к одному лекарственному средству, способному ингибировать протеазу ВИЧ, по любому из предшествующих пунктов, где измерение р24-антигена ВИЧ проводят путем иммуноферментного анализа.
9. Способ оценки чувствительности изолята ВИЧ из биологического образца по меньшей мере к одному лекарственному средству, способному ингибировать протеазу ВИЧ, по любому из предшествующих пунктов, где лекарственное средство, способное ингибировать протеазу ВИЧ, входит в состав группы из индинавира, ритонавира, саквинавира, ампренавира, нелфинавира, типранавира.
10. Способ оценки чувствительности изолята ВИЧ из биологического образца по меньшей мере к одному лекарственному средству, способному ингибировать протеазу ВИЧ, по любому из предшествующих пунктов, где ВИЧ представляет собой ВИЧ-1 или ВИЧ-2.
11. Диагностический набор для работы в соответствии со способом по любому из предшествующих пунктов, по меньшей мере включающий в себя в достаточных количествах a) олигонуклеотиды, способные служить праймерами в реакции амплификации последовательности, кодирующей протеазу ВИЧ, b) модифицированный молекулярный клон ВИЧ согласно изобретению, предварительно расщепленный по уникальному сайту рестрикции, c) амплифицированный продукт чувствительной протеазы для сравнения и положительного контроля.
12. Диагностический набор по п.11, кроме того, включающий в себя в достаточных количествах рестрикционную эндонуклеазу SmaI, ДНК-лигазу Т4 и буфер для лигирования, содержащий АТФ.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| EP99830776.3 | 1999-12-15 | ||
| EP99830776A EP1109019A1 (en) | 1999-12-15 | 1999-12-15 | Method to evaluate the sensitivity of HIV variants to drugs able to inhibit the HIV protease |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2002118706A true RU2002118706A (ru) | 2004-02-27 |
Family
ID=8243712
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2002118706/15A RU2002118706A (ru) | 1999-12-15 | 2000-12-14 | Способ оценки чувствительности вич к лекарственному средству |
Country Status (9)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20030175690A1 (ru) |
| EP (2) | EP1109019A1 (ru) |
| AT (1) | ATE265043T1 (ru) |
| AU (1) | AU2395101A (ru) |
| BR (1) | BR0016409A (ru) |
| CA (1) | CA2393620A1 (ru) |
| DE (1) | DE60010127D1 (ru) |
| RU (1) | RU2002118706A (ru) |
| WO (1) | WO2001044508A2 (ru) |
Families Citing this family (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| GB0009374D0 (en) * | 2000-04-14 | 2000-05-31 | Glaxo Group Ltd | Phenotyping assay and reagents therefor |
| US20050123899A1 (en) * | 2002-06-28 | 2005-06-09 | Nobutaka Wakamiya | Anti-hiv agent |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5571666A (en) * | 1988-10-28 | 1996-11-05 | Oklahoma Medical Research Foundation | Thiazine dyes used to inactivate HIV in biological fluids |
| EP0877937B1 (en) * | 1996-01-26 | 2002-05-22 | Virco N.V. | Method of assessing the chemotherapy of hiv-positive patients based on the phenotypic drug sensitivity of the patient's hiv strains |
-
1999
- 1999-12-15 EP EP99830776A patent/EP1109019A1/en not_active Withdrawn
-
2000
- 2000-12-14 DE DE60010127T patent/DE60010127D1/de not_active Expired - Lifetime
- 2000-12-14 US US10/149,575 patent/US20030175690A1/en not_active Abandoned
- 2000-12-14 BR BR0016409-7A patent/BR0016409A/pt not_active Application Discontinuation
- 2000-12-14 AT AT00987612T patent/ATE265043T1/de not_active IP Right Cessation
- 2000-12-14 AU AU23951/01A patent/AU2395101A/en not_active Abandoned
- 2000-12-14 EP EP00987612A patent/EP1242818B1/en not_active Expired - Lifetime
- 2000-12-14 WO PCT/IT2000/000518 patent/WO2001044508A2/en active IP Right Grant
- 2000-12-14 CA CA002393620A patent/CA2393620A1/en not_active Abandoned
- 2000-12-14 RU RU2002118706/15A patent/RU2002118706A/ru unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| US20030175690A1 (en) | 2003-09-18 |
| ATE265043T1 (de) | 2004-05-15 |
| EP1242818B1 (en) | 2004-04-21 |
| EP1242818A2 (en) | 2002-09-25 |
| WO2001044508A3 (en) | 2002-01-03 |
| CA2393620A1 (en) | 2001-06-21 |
| DE60010127D1 (de) | 2004-05-27 |
| AU2395101A (en) | 2001-06-25 |
| WO2001044508A2 (en) | 2001-06-21 |
| EP1109019A1 (en) | 2001-06-20 |
| BR0016409A (pt) | 2002-08-20 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Tu et al. | Development of a recombinase polymerase amplification lateral flow dipstick (RPA-LFD) for the field diagnosis of caprine arthritis-encephalitis virus (CAEV) infection | |
| Liszewski et al. | Detecting HIV-1 integration by repetitive-sampling Alu-gag PCR | |
| Leutenegger et al. | Rapid feline immunodeficiency virus provirus quantitation by polymerase chain reaction using the TaqMan® fluorogenic real-time detection system | |
| Klein et al. | Influence of preassay and sequence variations on viral load determination by a multiplex real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction for feline immunodeficiency virus | |
| DE69840743D1 (de) | Nukleinsäure-primer und -sonden zur detektion von hiv-1 und hiv-2 | |
| US8673551B2 (en) | Methods, plasmid vectors and primers for assessing HIV viral fitness | |
| EP2773776B1 (en) | Broad detection of dengue virus serotypes | |
| KR20010022730A (ko) | Ｈｉｖ-1의 모든 아형의 증폭 및 검출시 프라이머 및 프로브로서 사용할 수 있는 핵산 서열 | |
| US6855521B2 (en) | Serotype and dengue group specific flurogenic probe based PCR (TaqMan) assays against the respective C and NS5 genomic and 3′ non-coding regions of dengue virus | |
| DE60041489D1 (de) | Nachweis von hiv-1 durch amplifizierung von nukleinsäuren | |
| CA2422956A1 (en) | Compositions and methods for detecting human immunodeficiency virus 2 (hiv-2) | |
| Li et al. | A simple and rapid method to assay SARS-CoV-2 RNA based on a primer exchange reaction | |
| US5478724A (en) | Lentivirus-specific nucleotide probes and methods of use | |
| KR20120094155A (ko) | 핵산 검출 방법 | |
| RU2002118706A (ru) | Способ оценки чувствительности вич к лекарственному средству | |
| WO2004050911A3 (en) | Method for lowering both sequence variations and increase of base lines effects in diagnostic hybridisation assay, assay for performing such a method and probe for use in the assay | |
| EP2730660B1 (en) | Tools and method for the detection and quantification of genetically diverse HIV-1, SIVcpz and SIVgor viruses | |
| Todd et al. | Quantitation of human immunodeficiency virus plasma RNA by branched DNA and reverse transcription coupled polymerase chain reaction assay methods: a critical evaluation of accuracy and reproducibility | |
| KR102076343B1 (ko) | 실시간 lamp법을 이용한 아데노바이러스 55형 검출용 조성물 및 이의 용도 | |
| Aini et al. | Comparison of Sybr Green I, ELISA and conventional agarose gel-based PCR in the detection of infectious bursal disease virus | |
| HEYNDRICKX et al. | Differential diagnosis of HIV type 1 group O and M infection by polymerase chain reaction and pst I restriction analysis of the pol gene fragment | |
| KR19980068858A (ko) | 인유두종 바이러스(human papillomavirus) 타잎 16, 18의 동시 검출을 위한 PCR 프라이머 및 그를 이용한 바이러스 감염여부의 진단방법 | |
| RU2350650C2 (ru) | РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pVar15-HIV-LTR, НЕСУЩАЯ КЛОНИРОВАННЫЙ ФРАГМЕНТ ГЕНОМА ВИЧ-1 ТИПА ИЗ КОНСЕРВАТИВНОГО УЧАСТКА 5'-LTR ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ, РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pBluKSM-HIV-LTR mod, НЕСУЩАЯ КЛОНИРОВАННЫЙ МОДИФИЦИРОВАННЫЙ ФРАГМЕНТ ЭТОГО ЖЕ УЧАСТКА ГЕНОМА ВИЧ-1 ТИПА, ТЕСТ-НАБОР ДЛЯ КОЛИЧЕСТВЕННОЙ ЭКСПРЕСС-ИДЕНТИФИКАЦИИ ГЕНОМА ВИЧ-1 ЛЮБОГО ТИПА В ПРОБЕ И СПОСОБ С ЕГО ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ | |
| KR102570655B1 (ko) | 토홀드 스위치 시스템을 이용한 생물학적 지표 검출용 키트 및 검출방법 | |
| Bhadra et al. | Multiplex logic processing isothermal diagnostic assays for an evolving virus |