RU2001132625A - Аналоги L-рибо-знк - Google Patents

Аналоги L-рибо-знк

Info

Publication number
RU2001132625A
RU2001132625A RU2001132625/04A RU2001132625A RU2001132625A RU 2001132625 A RU2001132625 A RU 2001132625A RU 2001132625/04 A RU2001132625/04 A RU 2001132625/04A RU 2001132625 A RU2001132625 A RU 2001132625A RU 2001132625 A RU2001132625 A RU 2001132625A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
optionally substituted
alkyl
ribo
groups
zna
Prior art date
Application number
RU2001132625/04A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2258708C2 (ru
Inventor
Еспер ВЕНГЕЛЬ
Original Assignee
Эксикон А/С
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Эксикон А/С filed Critical Эксикон А/С
Publication of RU2001132625A publication Critical patent/RU2001132625A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2258708C2 publication Critical patent/RU2258708C2/ru

Links

Claims (63)

1. Олигомер, включающий по меньшей мере один нуклеозидный аналог общей формулы I
Figure 00000001
где Х выбирают из -О-, -S-, -N(RN*)-, -С(R6R6*)-;
В выбирают из водорода, гидрокси, необязательно замещенного С1-4-алкокси, необязательно замещенного C1-4-алкила, необязательно замещенного С1-4-ацилокси, нуклеотидных оснований, интеркаляторов ДНК, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов;
Р обозначает положение радикала во внутринуклеозидной связи с последующим мономером или 5'-концевой группой, такая внутринуклеозидная связь или 5'-концевая группа необязательно включает заместитель R5 или подходящий заместитель R5*;
P* обозначает внутринуклеозидную связь с предшествующим мономером или 3'-концевой группой;
R2* и R4* обозначают бирадикалы, включающие 1-4 группы/атома, выбранные из -С(RaRb)-, -С(Ra)=C(Ra)-, -C(Ra)=N-, -О-, -Si(Ra)2-, -S-, -SO2-, -N(Ra)- и >C=Z, где Z выбирают из -О-, -S- и -N(Ra)-, и Ra и Rb, каждый, независимо, выбирают из водорода, необязательно замещенного C1-12-алкила, необязательно замещенного С1-12-алкенила, необязательно замещенного С2-12-алкинила, гидрокси, C2-12-алкокси, С2-12-алкенилокси, карбокси, C1-12-алкоксикарбонила, С1-12-алкилкарбонила, формила, арила, арилоксикарбонила, арилокси, арилкарбонила, гетероарила, гетероарилоксикарбонила, гетероарилокси, гетероарилкарбонила, амино, моно- и ди(С1-6-алкил)амино, карбамоила, моно- и ди(С1-6-алкил)аминокарбонила, амино-С1-6-алкиламинокарбонила, моно- и ди(С1-6-алкил)амино-С1-6-алкиламинокарбонила, С1-6-алкилкарбониламино, карбамидо, С1-6-алканоилокси, сульфоно, C1-6-алкилсульфонилокси, нитро, азидо, сульфанила, С1-6-алкилтио, галогена, интеркаляторов ДНК, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов, где арил и гетероарил могут быть необязательно замещены и где два геминовых заместителя Ra и Rb вместе могут обозначать необязательно замещенный метиленолефин (=СН2);
каждый из присутствующих заместителей R1*,R2, R3*, R5, R5*, R6 и R6* независимо выбирают из водорода, необязательно замещенного С2-12-алкила, необязательно замещенного С2-12-алкенила, необязательно замещенного С2-12-алкинила, гидрокси, С1-12-алкокси, С2-12-алкенилокси, карбокси, С1-12-алкоксикарбонила, С1-12-алкилкарбонила, формила, арила, арилоксикарбонила, арилокси, арилкарбонила, гетероарила, гетероарилоксикарбонила, гетероарилокси, гетероарилкарбонила, амино, моно- и ди(C1-6-алкил)амино, карбамоила, моно- и ди(С1-6-алкил)аминокарбонила, амино-С1-6-алкиламинокарбонила, моно- и ди(C1-6-алкил)амино-С1-6-алкиламинокарбонила, C1-6-алкилкарбониламино, карбамидо, C1-6-алканоилокси, сульфоно, C1-6-алкилсульфонилокси, нитро, азидо, сульфанила, C1-6-алкилтио, галогена, интеркаляторов ДНК, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов, где арил и гетероарил могут быть необязательно замещены и где два геминовых заместителя вместе могут обозначать оксо, тиоксо, имино или необязательно замещенный метилен или вместе они могут образовывать спиробирадикал, состоящий из алкиленовой цепи, включающей 1-5 атомов углерода, которая необязательно содержит внутри и/или на конце один/одну или более гетероатомов/групп, выбранных из -О-, -S- или -(NRN)-, где RN выбирают из водорода и С1-4-алкила и где два соседних (негеминовых) заместителя могут обозначать дополнительную связь, приводящую к образованию двойной связи; и RN*, в случае его наличия, выбирают из водорода и C1-4-алкила;
и его основные соли и кислые аддитивные соли.
2. Олигомер по п.1, включающий 1-10000 L-рибо-ЗНК общей формулы I и 0-10000 нуклеозидов, выбираемых из природных нуклеозидов и нуклеозидных аналогов, при условии, что сумма числа нуклеозидов и числа L-рибо-ЗНК составляет по меньшей мере 2, предпочтительно по меньшей мере 3, в таком интервале, как 2-15000.
3. Олигомер по п.2, отличающийся тем, что по меньшей мере один L-рибо-ЗНК включает нуклеотидное основание в качестве заместителя В.
4. Олигомер по п.2, отличающийся тем, что олигонуклеотид включает по меньшей мере 7, предпочтительно по меньшей мере 9, в частности, по меньшей мере 11, в особенности, по меньшей мере 13, последовательных мономеров L-рибо-ЗНК.
5. Олигомер по п.2, отличающийся тем, что все нуклеозидные мономеры в олигомере представляют собой L-рибо-ЗНК.
6. Олигомер по любому из пп.1-5, отличающийся тем, что L-рибо-ЗНК имеет/имеют формулу Iа
Figure 00000002
где Р, Р*, В, X, R1*, R2, R2*, R3*, R4*, R5 и R5* определены в п.1.
7. Олигомер по любому из пп.1-6, отличающийся тем, что Х выбирают из -(CR6R6*)-, -О-, -S- и -N(RN*)-, предпочтительно из -О-, -S- и -N(RN*)- и в частности -О-.
8. Олигомер по любому из пп.1-7, отличающийся тем, что бирадикал, образованный R2* и R4*, выбирают из -(CR*R*)r-Y-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-Y-(CR*R*)s-Y-, -Y-(CR*R*)r+s-Y-, -Y-(CR*R*)r-Y-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r+s- -Y-, -Y-Y-, где каждый Y независимо выбирают из -О-, -S-, -Si(R*)2-, -N(R*)-, >С=O, -С(=O)-N(R*)– и -N(R*)-С(=O)-, каждый R* независимо выбирают из водорода, галогена, азидо, циано, нитро, гидрокси, меркапто, амино, моно- или ди(C1-6-алкил)амино, необязательно замещенного С1-6-алкокси, необязательно замещенного C1-6-алкила, интеркаляторов ДНК, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов, и/или два соседних (негеминовых) R* могут вместе обозначать двойную связь и каждый r и s = 0-4, при условии, что сумма r+s = 1-4.
9. Олигомер по п.8, отличающийся тем, что бирадикал выбирают из -Y-, -(CR*R*)r+s-, -(CR*R*)r-Y-(CR*R*)s- и -Y-(CR*R*)r+s-Y-, где каждый r и s = 0-3, при условии, что сумма r+s = 1-4.
10. Олигомер по п.9, отличающийся тем, что бирадикал выбирают из -О-, -S-, -N(R*)-, -(CR*R*)r+s+1-, -(CR*R*)r-O-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-S-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-N(R*)-(CR*R*)s-, -O-(CR*R*)r+s-O-, -S-(CR*R*)r+s,-O-, -O-(CR*R*)r+s-S-, -N(R*)-(CR*R*)r+s-O-, -O-(CR*R*)r+s-N(R*)-, -S-(CR*R*)r+s-S-, -N(R*)-(CR*R*)r+s-N(R*)-, -N(R*)-(CR*R*)r+s,-S- и -S-(CR*R*)r+s-N(R*)-, где каждый r и s = 0-3, при условии, что сумма r+s = 1-4, и где Х выбирают из -О-, -S- и -N(RH)-, где RH обозначает водород или С1-4-алкил.
11. Олигомер по п.10, отличающийся тем, что Х обозначает О, R2 выбирают из водорода, гидрокси и необязательно замещенного C1-6-алкокси и R1*, R3*, R5 и R5* обозначают водород.
12. Олигомер по п.11, отличающийся тем, что бирадикал выбирают из -О-, -(СН2)0-1-О-(CH2)1-3-, -(СН2)0-1-S-(CH2)1-3- и -(CH2)0-1-N(RN)-(CH2)1-3-, такой как -O-CH2-, -S-CH2- и -N(RN)-(CH2)-.
13. Олигомер по п.11 или 12, отличающийся тем, что В выбирают из нуклеотидных оснований.
14. Олигомер по п.8, отличающийся тем, что указанный бирадикал представляет собой -(СН2)2-4-.
15. Олигомер по любому из пп.8-10, отличающийся тем, что один R* выбирают из водорода, гидрокси, необязательно замещенного C1-6-алкокси, необязательно замещенного C1-6-алкила, интеркаляторов ДНК, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов, а любые другие оставшиеся заместители R* представляют собой водород.
16. Олигомер по любому из пп.1-15, отличающийся тем, что любую внутринуклеозидную связь в L-рибо-ЗНК выбирают из связей, состоящих из 2-4, предпочтительно 3, групп/атомов, выбираемых из -СН2-, -О-, -S-, -NRH, >С=O, >С=NRH, >C=S, -Si(R")2-, -SO-, -S(O)2-, -P(O)2-, -P(O,S)-, -P(S)2-, -PO(R")-, -PO(OCH3)- и -PO(NHRH)-, где RH выбирают из водорода и С1-4-алкила и R" выбирают из С1-6-алкила и фенила.
17. Олигомер по п.16, отличающийся тем, что любую внутринуклеозидную связь в L-рибо-ЗНК выбирают из -СН2-СН2-СН2-, -СН2-СО-СН2-, -СН2-СНОН-СН2-, -O-СН2-O-, -О-СН2-СН2-, -O-СН2-СН2=, -СН2-СН2-O-, -NRH-СН2-СН2-, -СН2-СН2-NRH-, -СН2-NRHСН2-, -O-СН2-СН2-NRH-, -NRH-CO-O-, -NRH-CO-NRH-, -NRH-CS-NRH-, -NRH-C-(=NRH)-NRH-, -NRH-CO-CH2-NRH-, -O-CO-O-, -O-CO-CH2-O-, -O-CH2-CO-O-, -CH2-CO-NRH-, -O-CO-NRH-, -NRH-CO-CH2-, -O-CH2-CO-NRH-, -O-CH2-CH2-NRH-, -CH=N-O-, -CH2-NRH-O-, -CH2-O-N=, -CH2-O-NRH-, -CO-NRH-CH2-, -CH2-NRH-O-, -CH2-NRH-CO-, -O-NRH-CH2-, -O-NRH-, -O-CH2-S-, -S-CH2-O-, -CH2-CH2-S-, -O-CH2-CH2-S-, -S-CH2-CH=, -S-CH2-CH2-, -S-CH2-CH2-O-, -S-CH2-CH2-S-, -CH2-S-CH2-, -CH2-SO-CH2-, -CH2-SO2-CH2-, -O-SO-O-, -O-S(O)2-O-, -O-S (O)2-CH2-, -O-S(O)2-NRH-, -NRH-S(O)2-CH2-, -O-S(O)2-CH2-, -O-P(O)2-O-, -O-P(O,S)-O, -O-P(S)2-O, -S-P(O)2-O-, -S-P(O,S)-O-, -S-P(S)2-O-, O-P(O)2-S-, -O-P(O,S)-S-, -O-P(S)2-S-, -S-P(O)2-S-, -S-P(O,S)-S-, -S-P(S)2-S-, -O-PO(R")-О-, -O-РО(ОСН3)-O-, -O-РО(ВН3)-O, -O-PO (NHRN)-О-, -O-Р(О)2-NRH-, -NRH-P(O) 2-О-, -O-Р (O,NRH)-О- и O-Si (R") 2-O-.
18. Олигомер по любому из пп.1-17, отличающийся тем, что каждый из присутствующих заместителей R1*, R2, R3*, R5, R5*, R6 и R6* в L-рибо-ЗНК независимо выбирают из водорода, необязательно замещенного С1-6-алкила, необязательно замещенного С2-6-алкенила, гидрокси, С1-6-алкокси, С2-6-алкенилокси, карбокси, С1-6-алкоксикарбонила, c1-6-алкилкарбонила, формила, амино, моно- и ди(С1-6-алкил)амино, карбамоила, моно- и ди(С1-6-алкил)-аминокарбонила, С1-6-алкилкарбониламино, карбамидо, азидо, С1-6-алканоилокси, сульфоно, сульфанила, С1-6-алкилтио, интеркаляторов ДНК, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов, а также галогена, причем два геминовых заместителя вместе могут образовывать оксо, и где RN*, если он имеется, но не включен в бирадикал, выбирают из водорода и C1-4-алкила.
19. Олигомер по любому из пп.1-18, отличающийся тем, что Х выбирают из -О-, -S- и -NRN*-, и каждый из заместителей R1*, R2, R3*, R5, R5*, R6 и R6* в L-рибо-ЗНК, в случае их наличия, обозначает водород.
20. Олигомер по любому из пп.1-19, отличающийся тем, что Р обозначает 5'-концевую группу, выбираемую из водорода, гидрокси, необязательно замещенного C1-6-алкила, необязательно замещенного C1-6-алкокси, необязательно замещенного C1-6-алкилкарбонилокси, необязательно замещенного арилокси, монофосфата, дифосфата, трифосфата и -W-A', где W выбирают из -О-, -S- и -N(RH)-, где RH выбирают из водорода и C1-6-алкила, и где А' выбирают из интеркаляторов ДНК, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов.
21. Олигомер по любому из пп.1-20, отличающийся тем, что Р* обозначает 3'-концевую группу, выбираемую из водорода, гидрокси, необязательно замещенного С1-6-алкокси, необязательно замещенного С1-6-алкилкарбонилокси, необязательно замещенного арилокси и -W-A', где W выбирают из -О-, -S- и -N(RH)-, где RH выбирают из водорода и С1-6-алкила, и где А' выбирают из интеркаляторов ДНК, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов.
22. Олигомер по любому из пп.1-21, имеющий следующую формулу III
G-[Nu-L]n(0)-{[L-рибо-ЗНК-L]m(q)-[Nu-L]n(q)}q-G* (III)
где q = 1-50;
каждый из n(0),..., n(q) обозначает независимо 0-10000;
каждый из m(1),..., m(q) обозначает независимо 1-10000;
при условии, что сумма n(0),..., n(q) и m(1),..., m(q) составляет 2-15000;
G обозначает 5'-концевую группу;
каждый Nu независимо обозначает нуклеозид, выбираемый из природных нуклеозидов и нуклеозидных аналогов;
каждый L-рибо-ЗНК независимо обозначает нуклеозидный аналог;
каждый L независимо обозначает внутринуклеозидную связь между двумя группами, выбираемыми из Nu и L-рибо-ЗНК, или L вместе с G* обозначает 3'-концевую группу; и каждый L-рибо-3HK-L независимо обозначает нуклеозидный аналог общей формулы I.
23. Нуклеозидный аналог (L-рибо-ЗНК) общей формулы II
Figure 00000003
где заместитель В выбирают из нуклеотидных оснований, интеркаляторов ДНК, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов;
Х выбирают из -О-, -S-, N(RN*)- и -C(R6R6*)-;
каждый из Q и Q* независимо выбирают из водорода, азидо, галогена, циано, нитро, гидрокси, Prot-O-, Act-O-, меркапто, Prot-S-, Act-S-, C1-6-алкилтио, амино, Prot-N(RH)-, Act-N(RH)-, моно- или ди(C1-6-алкил)амино, необязательно замещенного C1-6-алкокси, необязательно замещенного C1-6-алкила, необязательно замещенного С2-6-алкенила, необязательно замещенного C2-6-алкенилокси, необязательно замещенного С2-6-алкинила, необязательно замещенного С2-6-алкинилокси, монофосфата, дифосфата, трифосфата, интеркаляторов ДНК, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп, лигандов, карбокси, сульфоно, гидроксиметила, Prot-O-CH2-, Act-O-СН2-, аминометила, Prot-N(RH)-СН2-, Act-N(RH)-СН2-, карбоксиметила, сульфонометила, где Prot обозначает защитную группу для -ОН, -SH и -NH(RH)- соответственно, Act обозначает активирующую группу для -ОН, -SH и -NH(RH) соответственно, и RH- выбирают из водорода и С1-6-алкила; и
R2* и R4* вместе обозначают бирадикал, выбираемый из -О-, -(CR*R*)r+s+1-, -(CR*R*)r-O-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-S-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r,-N(R*)-(CR*R*)s-, -O-(CR*R*)r+s-O-, -S-(CR*R*)r+s-O-, -O-(CR*R*)r+s-S-, -N(R*)-(CR*R*)r+s-O-, -O-(CR*R*)r+s-N(R*)-, -S-(CR*R*)r+s-S-, -N(R*)-(CR*R*)r+s-N(R*)-, -N(R*)-(CR*R*)r+s-S- и -S-(CR*R*)r+s-N(R*)-, где каждый R* выбирают независимо из водорода, галогена, азидо, циано, нитро, гидрокси, меркапто, амино, моно- или ди(С1-6-алкил)амино, необязательно замещенного C1-6-алкокси, необязательно замещенного C1-6-алкила, интеркаляторов ДНК, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп, и лигандов, и/или два соседних (негеминовых) R* могут вместе обозначать двойную связь и каждый r и s = 0-3, при условии, что сумма r+s = 1-4;
каждый из присутствующих заместителей R1*, R2, R3*, R5, R5*, R6 и R6* независимо выбирают из водорода, необязательно замещенного C1-12-алкила, необязательно замещенного C2-12-алкенила, необязательно замещенного С2-12-алкинила, гидрокси, С1-12-алкокси, С2-12-алкенилокси, карбокси, C1-12-алкоксикарбонила, С1-12-алкилкарбонила, формила, арила, арилоксикарбонила, арилокси, арилкарбонила, гетероарила, гетероарилоксикарбонила, гетероарилокси, гетероарилкарбонила, амино, моно- и ди(С1-6-алкил)амино, карбамоила, моно- и ди(С1-6-(,-алкил)аминокарбонила, амино-С1-6-алкиламинокарбонила, моно- и ди(С1-6-алкил)амино-С1-6-алкиламинокарбонила, C1-6-алкилкарбониламино, карбамидо, C1-6-алканоилокси, сульфоно, C1-6-алкилсульфонилокси, нитро, азидо, сульфанила, C1-6-алкилтио, галогена, интеркаляторов ДНК, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов, где арил и гетероарил могут быть необязательно замещены и где два геминовых заместителя вместе могут обозначать оксо, тиоксо, имино или необязательно замещенный метилен, или вместе они могут образовывать спиробирадикал, состоящий из алкиленовой цепи, включающей 1-5 атомов углерода, которая необязательно содержит внутри и/или на конце один/одну или более гетероатомов/групп, выбранных из -О-, -S- или -(NRN)-, где RN выбирают из водорода и C1-4-алкила и где два соседних (негеминовых) заместителя могут обозначать дополнительную связь, приводящую к образованию двойной связи; и RN*, если он имеется и не включен в бирадикал, выбирают из водорода и C1-4-алкила;
и его основные соли и кислые аддитивные соли;
и при условии, что любая химическая группа (включая любое нуклеотидное основание), которое характеризуется реакционноспособностыо в условиях, преобладающих в процессе олигонуклеотидного синтеза, является необязательно защищенной функциональной группой.
24. Нуклеозидный аналог по п.23, отличающийся тем, что группа В выбирается из нуклеотидных оснований и нуклеотидных оснований с защищенной функциональной группой.
25. Нуклеозидный аналог по п.23 или 24, отличающийся тем, что Х выбирают из -О-, -S- и -N(RN*)-.
26. Нуклеозидный аналог по любому из пп.23-25, отличающийся тем, что каждый из присутствующих заместителей R1*, R2, R3*, R5, R5*, R6 и R6* независимо выбирают из водорода, необязательно замещенного С1-6-алкила, необязательно замещенного С2-6-алкенила, гидрокси, С1-6-алкокси, С2-6-алкенилокси, карбокси, С1-6-алкоксикарбонила, С1-6-алкилкарбонила, формила, амино, моно- и ди(C1-6-алкил)амино, карбамоила, моно- и ди(C1-6-алкил)-аминокарбонила, C1-6-алкилкарбониламино, карбамидо, азидо, C1-6-алканоилокси, сульфоно, сульфанила, C1-6-алкилтио, интеркаляторов ДНК, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп, лигандов и галогена, причем два геминовых заместителя вместе могут образовывать оксо, и где R*, если он имеется и не входит в бирадикал, выбирают из водорода и C1-4-алкила, при условии, что любая группа из гидрокси, амино, моно(С1-6-алкил)амино, сульфанила и карбокси необязательно защищена.
27. Нуклеозидный аналог по любому из пп.23-26, отличающийся тем, что каждый из присутствующих заместителей R1*, R2, R3*, R5, R5*, R6 и R6* обозначает водород.
28. Нуклеозидный аналог по любому из пп.23-27, отличающийся тем, что Q независимо выбирают из водорода, азидо, галогена, циано, нитро, гидрокси, Prot-O-, меркапто, Prot-S-, С1-6-алкилтио, амино, Prot-N(RH)-, моно- или ди(C1-6-алкил)амино, необязательно замещенного С1-6-алкокси, необязательно замещенного С1-6-алкила, необязательно замещенного С2-6-алкенила, необязательно замещенного С2-6-алкенилокси, необязательно замещенного С2-6-алкинила, необязательно замещенного С2-6-алкинилокси, монофосфата, дифосфата, трифосфата, интеркаляторов ДНК, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп, лигандов, карбокси, сульфоно, гидроксиметила, Prot-O-CH2-, аминометила, Prot-N(РH)-СН2-, карбоксиметила, сульфонометила, где Prot обозначает защитную группу для -ОН, -SH и -NH(RH)-, соответственно, и RH выбирают из водорода и C1-6-алкила; и Q* независимо выбирают из водорода, азидо, галогена, циано, нитро, гидрокси, Act-O-, меркапто, Act-S-, C1-6-алкилтио, амино, Act-N(RH)-, моно- или ди (C1-6-алкил) амино, необязательно замещенного С1-6-алкокси, необязательно замещенного C1-6-алкила, необязательно замещенного С2-6-алкенила, необязательно замещенного С2-6-алкенилокси, необязательно замещенного С2-6-алкинила, необязательно замещенного С2-6-алкинилокси, интеркаляторов ДНК, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп, лигандов, карбокси, сульфоно, где Act обозначает активирующую группу для -ОН, -SH и -NH(RH), соответственно, и RH выбирают из водорода и С1-6-алкила.
29. Нуклеозидный аналог по любому из пп.23-28, отличающийся тем, что Х обозначает О, R2 выбирают из водорода, гидрокси, необязательно замещенного С1-6-алкокси, и R1*, R3*, R5 и R5* обозначают водород.
30. Нуклеозидный аналог по пп.23-29, отличающийся тем, что бирадикал выбирают из из -О-, -(СН2)0-1-О-(СН2)1-3-, -(CH2)0-1-S-(CH2)1-3- и -(CH2)0-1-N(RN)-(CH2)1-3-.
31. Нуклеозидный аналог по п.30, отличающийся тем, что бирадикал выбирают из -O-СН2-, -S-CH2-и N(RN)-СН2-.
32. Нуклеозидный аналог по любому из пп.23-31, отличающийся тем, что бирадикал представляет собой - (СН2)2-4-, предпочтительно -(СН2)2-.
33. Конъюгат L-рибо-ЗНК модифицированного олигонуклеотида (олигомера) по любому из пп.1-26 и соединения, выбираемого из белков, ампликонов, ферментов, полисахаридов, антител, гаптенов, пептидов и ПНК.
34. Применение L-рибо-ЗНК по любому из пп.23-32 для получения L-рибо-ЗНК модифицированного олигонуклеотида (олигомера) по любому из пп.1-33.
35. Применение по п.34, отличающееся тем, что включение L-рибо-ЗНК модулирует способность олигонуклеотида действовать в качестве субстрата для активных ферментов, специфичных для нуклеиновых кислот.
36. Применение L-рибо-ЗНК по любому из пп.23-32 для получения конъюгата L-рибо-ЗНК модифицированного олигонуклеотида и соединения, выбираемого из белков, ампликонов, ферментов, полисахаридов, антител, гаптенов, пептидов и ПНК.
37. Применение L-рибо-ЗНК по любому из пп.23-32 в качестве субстрата для активных ферментов, специфичных для нуклеиновых кислот.
38. Применение по п.37, отличающееся тем, что L-рибо-ЗНК применяют в качестве субстрата для ДНК- и РНК-полимераз.
39. Применение L-рибо-ЗНК по любому из пп.23-32 в качестве лекарственного средства.
40. Применение L-рибо-ЗНК по любому из пп.23-32 для диагностических целей.
41. Применение одного или более L-рибо-ЗНК по любому из пп.23-32 в конструкции твердой поверхности, к которой прикрепляются ЗНК-модифицированные олигонуклеотиды с разными последовательностями.
42. Применение L-рибо-ЗНК модифицированных олигомеров (рибозимов) по любому из пп.1-22 в специфичном по последовательности расщеплении целевых нуклеиновых кислот.
43. Применение L-рибо-ЗНК модифицированного олиго-нуклеотида (олигомера) по любому из пп.1-22 в терапии, например, в качестве средства, активирующего антисмысловую последовательность, антиген или ген.
44. Применение по п.43, отличающееся тем, что ЗНК-модифицированный олигонуклеотид мобилизует PHKseH.
45. Применение комплексов более, чем одного L-рибо-ЗНК модифицированного олигонуклеотида (олигомера), причем указанные олигонуклеотиды охарактеризованы по любому из пп.1-22, в терапии в качестве средства, активирующего антисмысловую последовательность, антиген или ген.
46. Применение α-L-рибо-ЗНК модифицированного олигонуклеотида (олигомера) по любому из пп.6-22 в терапии, при том, что α-L-рибо-ЗНК модифицированный олигонуклеотид специфически взаимодействует с РНК, выбираемой из группы, состоящей из тРНК, рРНК, мяРНК и мцРНК, ингибируя при этом любой из клеточных процессов, выбираемых из группы, состоящей из трансляции, сплайсинга РНК, процессинга РНК и других необходимых клеточных процессов.
47. Применение L-рибо-ЗНК модифицированного олигонуклеотида (олигомера) по любому из пп.6-22 в диагностике, например, для выделения, очистки, амплификации, обнаружения, идентификации, количественного определения или для захвата природных или синтетических нуклеиновых кислот.
48. Применение α-L-рибо-ЗНК модифицированного олигонуклеотида (олигомера) по любому из пп.6-22 в диагностике, например, для выделения, очистки, амплификации, обнаружения, идентификации, количественного определения или для захвата природных или синтетических нуклеиновых кислот, отличающееся тем, что α-L-рибо-ЗНК модифицированный олигонуклеотид, способный различать РНК и ДНК, селективно гибридизуется с целевой РНК.
49. Применение по п.47 или 48, отличающееся тем, что олигонуклеотид включает фотохимически активную группу, термохимически активную группу, хелатирующую группу, репортерную группу или лиганд, облегчающие непосредственное или опосредованное обнаружение олигонуклеотида или иммобилизацию олигонуклеотида на твердой подложке.
50. Применение по п.49, отличающееся тем, что фотохимически активная группа, термохимически активная группа, хелатирующая группа, репортерная группа или лиганд включает спейсер (К), причем указанный спейсер включает химически расщепляемую группу.
51. Применение по п.50, отличающееся тем, что фотохимически активная группа, термохимически активная группа, хелатирующая группа, репортерная группа или лиганд присоединяется через бирадикал (например, в виде R*) по меньшей мере одного ЗНК в олигонуклеотиде.
52. Применение по п.51 для захвата и обнаружения природных или синтетических двухцепочечных или одноцепочечных нуклеиновых кислот, таких как РНК или ДНК.
53. Применение по п.48 для очистки природных двухцепочечных или одноцепочечных нуклеиновых кислот, таких как РНК или ДНК.
54. Применение L-рибо-ЗНК модифицированного олигонуклеотида (олигомера) по любому из пп.1-22 в качестве аптамера в молекулярной диагностике.
55. Применение L-рибо-ЗНК модифицированного олигонуклеотида (олигомера) по любому из пп.1-22 в качестве аптамера в РНК-опосредованных каталитических процессах.
56. Применение L-рибо-ЗНК модифицированного олигонуклеотида (олигомера) по любому из пп.1-22 в качестве аптамера для специфичного связывания антибиотиков, лекарственных средств, аминокислот, пептидов, структурных белков, белковых рецепторов, ферментных белков, сахаридов, полисахаридов, биологических кофакторов, нуклеиновых кислот или трифосфатов.
57. Применение L-рибо-ЗНК модифицированного олигонуклеотида (олигомера) по любому из пп.1-22 в качестве аптамера при отделении энантиомеров от рацемических смесей посредством стереоспецифичного связывания.
58. Применение L-рибо-ЭНК модифицированного олигонуклеотида (олигомера) по любому из пп.1-22 для мечения клеток.
59. Применение L-рибо-ЗНК модифицированного олигонуклеотида (олигомера) по любому из пп. 1-22 для гибридизации некодирующих белок клеточных РНК, таких как тРНК, рРНК, мяРНК и мцРНК, in vivo или in vitro.
60. Применение L-рибо-ЗНК модифицированного олигонуклеотида (олигомера) по любому из пп.1-22 для конструирования олигонуклеотида, включающего флуорофор и гаситель, расположенные таким образом, чтобы состояние гибридизации олигонуклеотида можно было отличить от несвязанного состояния олигонуклеотида по усилению флуоресцентного сигнала от зонда.
61. Набор для выделения, очистки, амплификации, обнаружения, идентификации, количественного определения или захвата природных или синтетических нуклеиновых кислот, включающий реакционный корпус и один или большее число L-рибо-ЗНК модифицированных олигонуклеотидов (олигомер) по любому из пп.1-22.
62. Набор для выделения, очистки, амплификации, обнаружения, идентификации, количественного определения или захвата природных или синтетических нуклеиновых кислот, включающий реакционный корпус и один или большее число L-рибо-ЗНК по любому из пп.23-32.
63. Набор по п.61 или 62, отличающийся тем, что указанные L-рибо-ЗНК иммобилизованы на указанном реакционном корпусе.
RU2001132625/04A 1999-05-04 2000-05-04 Аналоги l-рибо-знк RU2258708C2 (ru)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DKPA199900603 1999-05-04
DKPA199900603 1999-05-04
DKPA199901225 1999-09-01
DKPA200000032 2000-01-11

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2001132625A true RU2001132625A (ru) 2003-08-10
RU2258708C2 RU2258708C2 (ru) 2005-08-20

Family

ID=35846265

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2001132625/04A RU2258708C2 (ru) 1999-05-04 2000-05-04 Аналоги l-рибо-знк

Country Status (1)

Country Link
RU (1) RU2258708C2 (ru)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2021101469A1 (en) * 2019-11-21 2021-05-27 Gaziantep Universitesi Rektorlugu A drug for anticancer and antiviral treatment and synthesis method thereof

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CA2368135A1 (en) Xylo-lna analogues
JP3012244B2 (ja) ヌクレオチドプローブ用非ヌクレオチド連結試薬
KR100782896B1 (ko) L-리보-lna 유사체
FI115214B (fi) Menetelmä oligonukleotidianalogien valmistamiseksi ja niiden käyttö
AU662298B2 (en) Modified internucleoside linkages
CA2627208C (en) Polynucleotide containing a phosphate mimetic
JP4398517B2 (ja) 新規な3′−変性されたオリゴヌクレオチド誘導体
US6028182A (en) Methylphosphonic acid esters, processes for their preparation, and their use
US10851407B2 (en) Left-handed gamma-peptide nucleic acids, methods of synthesis and uses therefor
EP0541693B1 (en) Large comb-type branched polynucleotides
DE04020014T1 (de) Bi-zyklische - Nukleosid,Nnukleotid und Oligonukleotid-Analoga
WO1996006105A1 (en) Novel n-4 modified pyrimidine deoxynucleotides and oligonucleotide probes synthesized therewith
WO2003039523A2 (en) OLIGONUCLEOTIDES MODIFIED WITH NOVEL α-L-RNA ANALOGUES
Sørensen et al. Functionalized LNA (locked nucleic acid): high-affinity hybridization of oligonucleotides containing N-acylated and N-alkylated 2′-amino-LNA monomers
EP3126517B1 (en) Modified cytosine polynucleotide oligomers and methods
CA2087817C (en) 3'-derivatized oligonucleotide analogs with non-nucleotidic groupings, their preparation and use
EP2660246A1 (en) Compound, nucleic acid, method for producing nucleic acid, and kit for producing nucleic acid
RU2001132625A (ru) Аналоги L-рибо-знк
JP2005536211A (ja) 遺伝子解析用オリゴヌクレオチドタグ化ヌクレオシド三リン酸(otntp)
RU2001128167A (ru) Аналоги ксило-знк
RU2000109306A (ru) Би- и трициклические аналоги нуклеозидов, нуклеотидов и олигонуклеотидов
JP6274570B2 (ja) 新規ヌクレオシド誘導体、それを含むポリヌクレオチドならびに該ポリヌクレオチドを用いたボトムアップ的三次元細胞培養方法および核酸アプタマーの選択方法
CN101679474A (zh) 寡核苷酸的合成
JP4064717B2 (ja) 核酸塩基配列の解析方法
Martinez 3 Oligonucleotide Synthesis and Purification