PL228091B1 - Zestaw biomarkerów transkryptomicznych do zastosowania w stratyfikacji indywidualnego ryzyka rozwoju pozawałowej niewydolnosci serca, sposób diagnozowania ryzyka wystapienia u pacjenta pozawałowej niewydolnosci serca i zastosowanie biomarkerów do diagnostyki in vitro - Google Patents
Zestaw biomarkerów transkryptomicznych do zastosowania w stratyfikacji indywidualnego ryzyka rozwoju pozawałowej niewydolnosci serca, sposób diagnozowania ryzyka wystapienia u pacjenta pozawałowej niewydolnosci serca i zastosowanie biomarkerów do diagnostyki in vitroInfo
- Publication number
- PL228091B1 PL228091B1 PL407163A PL40716314A PL228091B1 PL 228091 B1 PL228091 B1 PL 228091B1 PL 407163 A PL407163 A PL 407163A PL 40716314 A PL40716314 A PL 40716314A PL 228091 B1 PL228091 B1 PL 228091B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- heart failure
- biomarkers
- patients
- expression
- post
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 50
- 206010019280 Heart failures Diseases 0.000 title claims description 45
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 title claims description 31
- 238000011161 development Methods 0.000 title claims description 15
- 238000013517 stratification Methods 0.000 title claims description 6
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 59
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 54
- 206010061216 Infarction Diseases 0.000 claims description 30
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims description 25
- 101000975509 Homo sapiens Jun dimerization protein 2 Proteins 0.000 claims description 19
- 102100023976 Jun dimerization protein 2 Human genes 0.000 claims description 19
- 102100039832 Ribonuclease pancreatic Human genes 0.000 claims description 19
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 18
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 18
- 208000010125 myocardial infarction Diseases 0.000 claims description 17
- 102100028929 Formin-1 Human genes 0.000 claims description 16
- 101000667595 Homo sapiens Ribonuclease pancreatic Proteins 0.000 claims description 16
- 101001059390 Homo sapiens Formin-1 Proteins 0.000 claims description 14
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 12
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims description 7
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 7
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 7
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 claims description 6
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 claims description 6
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 claims description 5
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims description 5
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 4
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 claims description 4
- 210000003819 peripheral blood mononuclear cell Anatomy 0.000 claims description 4
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 claims description 2
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 claims description 2
- 230000000984 immunochemical effect Effects 0.000 claims description 2
- 210000005087 mononuclear cell Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 claims description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 22
- 102100039364 Metalloproteinase inhibitor 1 Human genes 0.000 description 20
- 101000669513 Homo sapiens Metalloproteinase inhibitor 1 Proteins 0.000 description 18
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 13
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 12
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 11
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 10
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 10
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 9
- 102100029098 Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase Human genes 0.000 description 8
- 229940125364 angiotensin receptor blocker Drugs 0.000 description 7
- 230000008859 change Effects 0.000 description 7
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 7
- 238000011160 research Methods 0.000 description 7
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 6
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 6
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 6
- 238000007634 remodeling Methods 0.000 description 6
- 230000002861 ventricular Effects 0.000 description 6
- 101000988834 Homo sapiens Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase Proteins 0.000 description 5
- 101150003028 Hprt1 gene Proteins 0.000 description 5
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 5
- 238000007887 coronary angioplasty Methods 0.000 description 5
- 208000029078 coronary artery disease Diseases 0.000 description 5
- 239000002934 diuretic Substances 0.000 description 5
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 5
- 230000001452 natriuretic effect Effects 0.000 description 5
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 5
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 5
- 239000005541 ACE inhibitor Substances 0.000 description 4
- 108010085238 Actins Proteins 0.000 description 4
- 102000007469 Actins Human genes 0.000 description 4
- 108010037362 Extracellular Matrix Proteins Proteins 0.000 description 4
- 102000010834 Extracellular Matrix Proteins Human genes 0.000 description 4
- 101000896557 Homo sapiens Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B Proteins 0.000 description 4
- 229940044094 angiotensin-converting-enzyme inhibitor Drugs 0.000 description 4
- 239000002876 beta blocker Substances 0.000 description 4
- 229940097320 beta blocking agent Drugs 0.000 description 4
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 4
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 4
- 210000002744 extracellular matrix Anatomy 0.000 description 4
- 230000007574 infarction Effects 0.000 description 4
- 210000005240 left ventricle Anatomy 0.000 description 4
- 238000000513 principal component analysis Methods 0.000 description 4
- 230000008569 process Effects 0.000 description 4
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 4
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 4
- ZKRFOXLVOKTUTA-KQYNXXCUSA-N 9-(5-phosphoribofuranosyl)-6-mercaptopurine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(O)(O)=O)O[C@H]1N1C(NC=NC2=S)=C2N=C1 ZKRFOXLVOKTUTA-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 3
- 208000004476 Acute Coronary Syndrome Diseases 0.000 description 3
- 229940121710 HMGCoA reductase inhibitor Drugs 0.000 description 3
- 101000930919 Homo sapiens Megakaryocyte and platelet inhibitory receptor G6b Proteins 0.000 description 3
- 108010091358 Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase Proteins 0.000 description 3
- 102000002274 Matrix Metalloproteinases Human genes 0.000 description 3
- 108010000684 Matrix Metalloproteinases Proteins 0.000 description 3
- 102100036251 Megakaryocyte and platelet inhibitory receptor G6b Human genes 0.000 description 3
- 108020002230 Pancreatic Ribonuclease Proteins 0.000 description 3
- 102000005891 Pancreatic ribonuclease Human genes 0.000 description 3
- 206010000891 acute myocardial infarction Diseases 0.000 description 3
- 238000000540 analysis of variance Methods 0.000 description 3
- 239000002333 angiotensin II receptor antagonist Substances 0.000 description 3
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 3
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 3
- 239000002471 hydroxymethylglutaryl coenzyme A reductase inhibitor Substances 0.000 description 3
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 3
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 3
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 3
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 3
- 239000000047 product Substances 0.000 description 3
- 230000000750 progressive effect Effects 0.000 description 3
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 3
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 3
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 3
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N Aspirin Chemical compound CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(O)=O BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000005552 B01AC04 - Clopidogrel Substances 0.000 description 2
- 102100031780 Endonuclease Human genes 0.000 description 2
- 108091022623 Formins Proteins 0.000 description 2
- 101000875652 Homo sapiens Protein FAM153B Proteins 0.000 description 2
- 101000633627 Homo sapiens Teashirt homolog 2 Proteins 0.000 description 2
- 108050003784 Jun dimerization protein 2 Proteins 0.000 description 2
- 102000015532 Nicotinamide phosphoribosyltransferase Human genes 0.000 description 2
- 108010064862 Nicotinamide phosphoribosyltransferase Proteins 0.000 description 2
- 102100035998 Protein FAM153B Human genes 0.000 description 2
- 102100027584 Protein c-Fos Human genes 0.000 description 2
- 101150098638 RNASE1 gene Proteins 0.000 description 2
- 101710192189 Ribonuclease 1 Proteins 0.000 description 2
- CGNLCCVKSWNSDG-UHFFFAOYSA-N SYBR Green I Chemical compound CN(C)CCCN(CCC)C1=CC(C=C2N(C3=CC=CC=C3S2)C)=C2C=CC=CC2=[N+]1C1=CC=CC=C1 CGNLCCVKSWNSDG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100029218 Teashirt homolog 2 Human genes 0.000 description 2
- 102100023132 Transcription factor Jun Human genes 0.000 description 2
- 208000033774 Ventricular Remodeling Diseases 0.000 description 2
- 229960001138 acetylsalicylic acid Drugs 0.000 description 2
- 238000003149 assay kit Methods 0.000 description 2
- 239000003150 biochemical marker Substances 0.000 description 2
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 2
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 2
- 230000000747 cardiac effect Effects 0.000 description 2
- 210000004413 cardiac myocyte Anatomy 0.000 description 2
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 2
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 2
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 2
- GKTWGGQPFAXNFI-HNNXBMFYSA-N clopidogrel Chemical compound C1([C@H](N2CC=3C=CSC=3CC2)C(=O)OC)=CC=CC=C1Cl GKTWGGQPFAXNFI-HNNXBMFYSA-N 0.000 description 2
- 229960003009 clopidogrel Drugs 0.000 description 2
- 239000013256 coordination polymer Substances 0.000 description 2
- DDRJAANPRJIHGJ-UHFFFAOYSA-N creatinine Chemical compound CN1CC(=O)NC1=N DDRJAANPRJIHGJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010012601 diabetes mellitus Diseases 0.000 description 2
- 238000001506 fluorescence spectroscopy Methods 0.000 description 2
- 230000006870 function Effects 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- VKYKSIONXSXAKP-UHFFFAOYSA-N hexamethylenetetramine Chemical class C1N(C2)CN3CN1CN2C3 VKYKSIONXSXAKP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 2
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 2
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 2
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 2
- 210000004165 myocardium Anatomy 0.000 description 2
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 2
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 2
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 2
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 2
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 2
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 2
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 2
- IQVNEKKDSLOHHK-FNCQTZNRSA-N (E,E)-hydramethylnon Chemical compound N1CC(C)(C)CNC1=NN=C(/C=C/C=1C=CC(=CC=1)C(F)(F)F)\C=C\C1=CC=C(C(F)(F)F)C=C1 IQVNEKKDSLOHHK-FNCQTZNRSA-N 0.000 description 1
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- 102100027399 A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 2 Human genes 0.000 description 1
- 108091005662 ADAMTS2 Proteins 0.000 description 1
- 102100020970 ATP-binding cassette sub-family D member 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100033407 Alpha-amylase 2B Human genes 0.000 description 1
- 102100036438 Amyloid beta precursor protein binding family B member 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100034566 Ankyrin repeat domain-containing protein 36B Human genes 0.000 description 1
- 101100449517 Arabidopsis thaliana GRH1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100021568 B-cell scaffold protein with ankyrin repeats Human genes 0.000 description 1
- 102100022005 B-lymphocyte antigen CD20 Human genes 0.000 description 1
- 102100022804 BTB/POZ domain-containing protein KCTD12 Human genes 0.000 description 1
- 102100022970 Basic leucine zipper transcriptional factor ATF-like Human genes 0.000 description 1
- 108050003758 Basic leucine zipper transcriptional factor ATF-like Proteins 0.000 description 1
- 102100023013 Basic leucine zipper transcriptional factor ATF-like 3 Human genes 0.000 description 1
- 108010074051 C-Reactive Protein Proteins 0.000 description 1
- 102100032752 C-reactive protein Human genes 0.000 description 1
- 101100356682 Caenorhabditis elegans rho-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 206010007556 Cardiac failure acute Diseases 0.000 description 1
- 206010007572 Cardiac hypertrophy Diseases 0.000 description 1
- 208000006029 Cardiomegaly Diseases 0.000 description 1
- 208000024172 Cardiovascular disease Diseases 0.000 description 1
- 102100031192 Chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase 1 Human genes 0.000 description 1
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 1
- 102100029653 Cordon-bleu protein-like 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100023033 Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2 Human genes 0.000 description 1
- 102100038688 Cysteine-rich secretory protein LCCL domain-containing 2 Human genes 0.000 description 1
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 1
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 1
- 101100129232 Danio rerio mafaa gene Proteins 0.000 description 1
- 102100024353 Dedicator of cytokinesis protein 9 Human genes 0.000 description 1
- 102000016911 Deoxyribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010053770 Deoxyribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 102100021202 Desmocollin-1 Human genes 0.000 description 1
- 206010013012 Dilatation ventricular Diseases 0.000 description 1
- 102100025012 Dipeptidyl peptidase 4 Human genes 0.000 description 1
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 108700039887 Essential Genes Proteins 0.000 description 1
- 101150108278 FMN1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100031517 Fc receptor-like protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100031511 Fc receptor-like protein 2 Human genes 0.000 description 1
- 101150051800 Fcrl1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150032412 Fcrla gene Proteins 0.000 description 1
- 108010049003 Fibrinogen Proteins 0.000 description 1
- 102000008946 Fibrinogen Human genes 0.000 description 1
- 102100029378 Follistatin-related protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102000020897 Formins Human genes 0.000 description 1
- 108090000123 Fos-related antigen 1 Proteins 0.000 description 1
- 102000003817 Fos-related antigen 1 Human genes 0.000 description 1
- 101150096607 Fosl2 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100023328 G-protein coupled estrogen receptor 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100023416 G-protein coupled receptor 15 Human genes 0.000 description 1
- 102100040861 G0/G1 switch protein 2 Human genes 0.000 description 1
- 108091092584 GDNA Proteins 0.000 description 1
- 102100037383 Gasdermin-B Human genes 0.000 description 1
- 108700039691 Genetic Promoter Regions Proteins 0.000 description 1
- 102100030479 Germinal center-associated signaling and motility protein Human genes 0.000 description 1
- 102100033295 Glial cell line-derived neurotrophic factor Human genes 0.000 description 1
- 108091010837 Glial cell line-derived neurotrophic factor Proteins 0.000 description 1
- 206010020100 Hip fracture Diseases 0.000 description 1
- 102100032511 Histamine H4 receptor Human genes 0.000 description 1
- 101000783774 Homo sapiens ATP-binding cassette sub-family D member 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000732641 Homo sapiens Alpha-amylase 2B Proteins 0.000 description 1
- 101000928680 Homo sapiens Amyloid beta precursor protein binding family B member 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000924345 Homo sapiens Ankyrin repeat domain-containing protein 36B Proteins 0.000 description 1
- 101000971155 Homo sapiens B-cell scaffold protein with ankyrin repeats Proteins 0.000 description 1
- 101000897405 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD20 Proteins 0.000 description 1
- 101000974804 Homo sapiens BTB/POZ domain-containing protein KCTD12 Proteins 0.000 description 1
- 101000903609 Homo sapiens Basic leucine zipper transcriptional factor ATF-like 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000776615 Homo sapiens Chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000939779 Homo sapiens Cordon-bleu protein-like 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000974934 Homo sapiens Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000957715 Homo sapiens Cysteine-rich secretory protein LCCL domain-containing 2 Proteins 0.000 description 1
- 101001052948 Homo sapiens Dedicator of cytokinesis protein 9 Proteins 0.000 description 1
- 101000968043 Homo sapiens Desmocollin-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000880960 Homo sapiens Desmocollin-3 Proteins 0.000 description 1
- 101000908391 Homo sapiens Dipeptidyl peptidase 4 Proteins 0.000 description 1
- 101000870234 Homo sapiens DnaJ homolog subfamily C member 12 Proteins 0.000 description 1
- 101000892451 Homo sapiens Fc receptor-like B Proteins 0.000 description 1
- 101000846911 Homo sapiens Fc receptor-like protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101001062535 Homo sapiens Follistatin-related protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000829902 Homo sapiens G-protein coupled estrogen receptor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000829794 Homo sapiens G-protein coupled receptor 15 Proteins 0.000 description 1
- 101000893656 Homo sapiens G0/G1 switch protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101001026281 Homo sapiens Gasdermin-B Proteins 0.000 description 1
- 101000862655 Homo sapiens Germinal center-associated signaling and motility protein Proteins 0.000 description 1
- 101000997829 Homo sapiens Glial cell line-derived neurotrophic factor Proteins 0.000 description 1
- 101001016858 Homo sapiens Histamine H4 receptor Proteins 0.000 description 1
- 101001053339 Homo sapiens Inositol polyphosphate 4-phosphatase type II Proteins 0.000 description 1
- 101000994365 Homo sapiens Integrin alpha-6 Proteins 0.000 description 1
- 101001001420 Homo sapiens Interferon gamma receptor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001076422 Homo sapiens Interleukin-1 receptor type 2 Proteins 0.000 description 1
- 101001055144 Homo sapiens Interleukin-2 receptor subunit alpha Proteins 0.000 description 1
- 101001004313 Homo sapiens LHFPL tetraspan subfamily member 2 protein Proteins 0.000 description 1
- 101000941865 Homo sapiens Leucine-rich repeat neuronal protein 3 Proteins 0.000 description 1
- 101001054921 Homo sapiens Lymphatic vessel endothelial hyaluronic acid receptor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001012613 Homo sapiens Major facilitator superfamily domain-containing protein 2B Proteins 0.000 description 1
- 101001052076 Homo sapiens Maltase-glucoamylase Proteins 0.000 description 1
- 101001014566 Homo sapiens Membrane-spanning 4-domains subfamily A member 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000787809 Homo sapiens Methionine-tRNA ligase, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101000635854 Homo sapiens Myoglobin Proteins 0.000 description 1
- 101000973259 Homo sapiens Neurogranin Proteins 0.000 description 1
- 101000633302 Homo sapiens Nicotinamide riboside kinase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001111208 Homo sapiens Nuclear envelope integral membrane protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000973177 Homo sapiens Nuclear factor interleukin-3-regulated protein Proteins 0.000 description 1
- 101000990744 Homo sapiens Olfactory receptor 52N4 Proteins 0.000 description 1
- 101001130823 Homo sapiens Oxysterol-binding protein-related protein 10 Proteins 0.000 description 1
- 101000579857 Homo sapiens PC-esterase domain-containing protein 1B Proteins 0.000 description 1
- 101000706121 Homo sapiens Parvalbumin alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000606728 Homo sapiens Pepsin A-3 Proteins 0.000 description 1
- 101000606745 Homo sapiens Pepsin A-4 Proteins 0.000 description 1
- 101000606748 Homo sapiens Pepsin A-5 Proteins 0.000 description 1
- 101000579484 Homo sapiens Period circadian protein homolog 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001126582 Homo sapiens Post-GPI attachment to proteins factor 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000931462 Homo sapiens Protein FosB Proteins 0.000 description 1
- 101000755620 Homo sapiens Protein RIC-3 Proteins 0.000 description 1
- 101000714164 Homo sapiens Protein TESPA1 Proteins 0.000 description 1
- 101000639063 Homo sapiens Protein UXT Proteins 0.000 description 1
- 101000995264 Homo sapiens Protein kinase C-binding protein NELL2 Proteins 0.000 description 1
- 101000649073 Homo sapiens Protein-tyrosine sulfotransferase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001120091 Homo sapiens Putative P2Y purinoceptor 10 Proteins 0.000 description 1
- 101000870945 Homo sapiens Ras guanyl-releasing protein 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000580043 Homo sapiens Ras-specific guanine nucleotide-releasing factor 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000932478 Homo sapiens Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 Proteins 0.000 description 1
- 101000884271 Homo sapiens Signal transducer CD24 Proteins 0.000 description 1
- 101000648042 Homo sapiens Signal-transducing adaptor protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000661807 Homo sapiens Suppressor of tumorigenicity 14 protein Proteins 0.000 description 1
- 101000794374 Homo sapiens T cell receptor alpha variable 8-3 Proteins 0.000 description 1
- 101000914514 Homo sapiens T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Proteins 0.000 description 1
- 101000626629 Homo sapiens Taste receptor type 2 member 4 Proteins 0.000 description 1
- 101000891321 Homo sapiens Transcobalamin-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000723923 Homo sapiens Transcription factor HIVEP2 Proteins 0.000 description 1
- 101001050288 Homo sapiens Transcription factor Jun Proteins 0.000 description 1
- 101000743485 Homo sapiens V-set and immunoglobulin domain-containing protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000818786 Homo sapiens Zinc finger protein 253 Proteins 0.000 description 1
- 101000818829 Homo sapiens Zinc finger protein 429 Proteins 0.000 description 1
- 101000744938 Homo sapiens Zinc finger protein 493 Proteins 0.000 description 1
- 101000785580 Homo sapiens Zinc finger protein 860 Proteins 0.000 description 1
- 101000599037 Homo sapiens Zinc finger protein Helios Proteins 0.000 description 1
- 208000031226 Hyperlipidaemia Diseases 0.000 description 1
- 206010020772 Hypertension Diseases 0.000 description 1
- 206010020880 Hypertrophy Diseases 0.000 description 1
- 206010021143 Hypoxia Diseases 0.000 description 1
- 101000668058 Infectious salmon anemia virus (isolate Atlantic salmon/Norway/810/9/99) RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit Proteins 0.000 description 1
- 102100024366 Inositol polyphosphate 4-phosphatase type II Human genes 0.000 description 1
- 102100032816 Integrin alpha-6 Human genes 0.000 description 1
- 102100035678 Interferon gamma receptor 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100026017 Interleukin-1 receptor type 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100026878 Interleukin-2 receptor subunit alpha Human genes 0.000 description 1
- 102000004889 Interleukin-6 Human genes 0.000 description 1
- 108090001005 Interleukin-6 Proteins 0.000 description 1
- 101150026829 JUNB gene Proteins 0.000 description 1
- 101150021395 JUND gene Proteins 0.000 description 1
- 102000039537 Jun family Human genes 0.000 description 1
- 108091067369 Jun family Proteins 0.000 description 1
- 101150051019 Klrg1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100025687 LHFPL tetraspan subfamily member 2 protein Human genes 0.000 description 1
- 102100032657 Leucine-rich repeat neuronal protein 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100026849 Lymphatic vessel endothelial hyaluronic acid receptor 1 Human genes 0.000 description 1
- 101150084866 MAFA gene Proteins 0.000 description 1
- 101150022636 MAFB gene Proteins 0.000 description 1
- 101150069805 MAFG gene Proteins 0.000 description 1
- 108010033714 Maf Transcription Factors Proteins 0.000 description 1
- 102000007307 Maf Transcription Factors Human genes 0.000 description 1
- 102100029810 Major facilitator superfamily domain-containing protein 2B Human genes 0.000 description 1
- 102100024295 Maltase-glucoamylase Human genes 0.000 description 1
- 102100032517 Membrane-spanning 4-domains subfamily A member 3 Human genes 0.000 description 1
- 108050006599 Metalloproteinase inhibitor 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100025860 Methionine-tRNA ligase, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 102100030856 Myoglobin Human genes 0.000 description 1
- 206010028851 Necrosis Diseases 0.000 description 1
- 102100022159 Neurogranin Human genes 0.000 description 1
- 102100029562 Nicotinamide riboside kinase 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100023946 Nuclear envelope integral membrane protein 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100022163 Nuclear factor interleukin-3-regulated protein Human genes 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 102100030600 Olfactory receptor 52N4 Human genes 0.000 description 1
- 102100031469 Oxysterol-binding protein-related protein 10 Human genes 0.000 description 1
- 102100027501 PC-esterase domain-containing protein 1B Human genes 0.000 description 1
- 102100039657 Pepsin A-3 Human genes 0.000 description 1
- 102100039655 Pepsin A-4 Human genes 0.000 description 1
- 102100039652 Pepsin A-5 Human genes 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 102100028293 Period circadian protein homolog 1 Human genes 0.000 description 1
- 108091000080 Phosphotransferase Proteins 0.000 description 1
- 102100020847 Protein FosB Human genes 0.000 description 1
- 102100022368 Protein RIC-3 Human genes 0.000 description 1
- 102100036493 Protein TESPA1 Human genes 0.000 description 1
- 102100034433 Protein kinase C-binding protein NELL2 Human genes 0.000 description 1
- 102100028081 Protein-tyrosine sulfotransferase 1 Human genes 0.000 description 1
- 108010071563 Proto-Oncogene Proteins c-fos Proteins 0.000 description 1
- 102000007987 Proto-Oncogene Proteins c-maf Human genes 0.000 description 1
- 108010089507 Proto-Oncogene Proteins c-maf Proteins 0.000 description 1
- 102100026173 Putative P2Y purinoceptor 10 Human genes 0.000 description 1
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150111584 RHOA gene Proteins 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102100033450 Ras guanyl-releasing protein 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100027555 Ras-specific guanine nucleotide-releasing factor 2 Human genes 0.000 description 1
- 101100380517 Rattus norvegicus Atf3 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100020718 Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 Human genes 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 102100038081 Signal transducer CD24 Human genes 0.000 description 1
- 102100025263 Signal-transducing adaptor protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100030181 T cell receptor alpha variable 8-3 Human genes 0.000 description 1
- 102100027213 T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Human genes 0.000 description 1
- 101150077804 TIMP1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100024854 Taste receptor type 2 member 4 Human genes 0.000 description 1
- 108010031374 Tissue Inhibitor of Metalloproteinase-1 Proteins 0.000 description 1
- 102000005353 Tissue Inhibitor of Metalloproteinase-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100040423 Transcobalamin-2 Human genes 0.000 description 1
- 108010018242 Transcription Factor AP-1 Proteins 0.000 description 1
- 102100028438 Transcription factor HIVEP2 Human genes 0.000 description 1
- 102100038293 V-set and immunoglobulin domain-containing protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100021361 Zinc finger protein 253 Human genes 0.000 description 1
- 102100021352 Zinc finger protein 429 Human genes 0.000 description 1
- 102100039971 Zinc finger protein 493 Human genes 0.000 description 1
- 102100026489 Zinc finger protein 860 Human genes 0.000 description 1
- 102100037796 Zinc finger protein Helios Human genes 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 1
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 1
- 238000003491 array Methods 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 239000007975 buffered saline Substances 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 230000024245 cell differentiation Effects 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 235000019504 cigarettes Nutrition 0.000 description 1
- 210000002808 connective tissue Anatomy 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 229940109239 creatinine Drugs 0.000 description 1
- 230000021953 cytokinesis Effects 0.000 description 1
- 210000004292 cytoskeleton Anatomy 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- 230000034994 death Effects 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- 230000001079 digestive effect Effects 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 1
- 229940090124 dipeptidyl peptidase 4 (dpp-4) inhibitors for blood glucose lowering Drugs 0.000 description 1
- 230000002526 effect on cardiovascular system Effects 0.000 description 1
- 239000012636 effector Substances 0.000 description 1
- 230000012202 endocytosis Effects 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 229940012952 fibrinogen Drugs 0.000 description 1
- FVTCRASFADXXNN-SCRDCRAPSA-N flavin mononucleotide Chemical compound OP(=O)(O)OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)CN1C=2C=C(C)C(C)=CC=2N=C2C1=NC(=O)NC2=O FVTCRASFADXXNN-SCRDCRAPSA-N 0.000 description 1
- 101150064107 fosB gene Proteins 0.000 description 1
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 description 1
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000010230 functional analysis Methods 0.000 description 1
- 238000003500 gene array Methods 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 208000019622 heart disease Diseases 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 1
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 1
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 1
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000007954 hypoxia Effects 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 1
- 229940100601 interleukin-6 Drugs 0.000 description 1
- 208000028867 ischemia Diseases 0.000 description 1
- 230000000302 ischemic effect Effects 0.000 description 1
- 230000036723 left ventricular dilatation Effects 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 238000013178 mathematical model Methods 0.000 description 1
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 239000003475 metalloproteinase inhibitor Substances 0.000 description 1
- 210000003632 microfilament Anatomy 0.000 description 1
- 238000001823 molecular biology technique Methods 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 230000003680 myocardial damage Effects 0.000 description 1
- 230000002107 myocardial effect Effects 0.000 description 1
- 208000037891 myocardial injury Diseases 0.000 description 1
- 208000031225 myocardial ischemia Diseases 0.000 description 1
- 230000017074 necrotic cell death Effects 0.000 description 1
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 1
- 210000000496 pancreas Anatomy 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 230000001991 pathophysiological effect Effects 0.000 description 1
- 238000003068 pathway analysis Methods 0.000 description 1
- 238000001558 permutation test Methods 0.000 description 1
- 102000020233 phosphotransferase Human genes 0.000 description 1
- 230000035790 physiological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 230000023603 positive regulation of transcription initiation, DNA-dependent Effects 0.000 description 1
- 238000011533 pre-incubation Methods 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 230000019525 primary metabolic process Effects 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 1
- KSIRMUMXJFWKAC-FHJHOUOTSA-N prostaglandin A3 Chemical compound CC\C=C/C[C@H](O)\C=C\[C@H]1C=CC(=O)[C@@H]1C\C=C/CCCC(O)=O KSIRMUMXJFWKAC-FHJHOUOTSA-N 0.000 description 1
- 235000019833 protease Nutrition 0.000 description 1
- 238000004451 qualitative analysis Methods 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 1
- 230000000306 recurrent effect Effects 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 101150076131 rib-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 1
- 239000011435 rock Substances 0.000 description 1
- 230000000391 smoking effect Effects 0.000 description 1
- 230000035882 stress Effects 0.000 description 1
- 239000013589 supplement Substances 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
- A61P9/10—Drugs for disorders of the cardiovascular system for treating ischaemic or atherosclerotic diseases, e.g. antianginal drugs, coronary vasodilators, drugs for myocardial infarction, retinopathy, cerebrovascula insufficiency, renal arteriosclerosis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Pathology (AREA)
- Heart & Thoracic Surgery (AREA)
- Cardiology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Vascular Medicine (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
Przedmiot wynalazku należy do dziedziny diagnostyki medycznej opartej na technikach biologii molekularnej. Bardziej szczegółowo przedmiotem wynalazku są biomarkery do stratyfikacji indywidualnego ryzyka rozwoju pozawałowej niewydolności serca, sposób diagnozowania ryzyka wystąpienia u pacjenta pozawałowej niewydolności serca i zastosowanie biomarkerów do diagnostyki in vitro.
W opisie podniesiono także sposób określania tych markerów w próbkach materiału biologicznego pobranego od pacjenta, zastosowanie tych biomarkerów w diagnostyce (na poziomie ekspresji genów), które są skorelowane z rozwojem pozawałowej niewydolności serca i które umożliwią rozwój nowoczesnej profilaktyki chorób serca opartej na genetycznych markerach a także sposób przewidywania ryzyka wystąpienia niewydolności serca u pacjentów pozawałowych i sposób optymalizacji leczenia pacjentów kariologicznych z wykorzystaniem środków według wynalazku.
Stan techniki
Biomarkery są to czynniki molekularne, genetyczne lub biochemiczne, które wykorzystywane są do precyzyjnej diagnostyki chorób oraz których badanie umożliwi ocenę/przewidywanie stanów patofizjologicznych. Jednym z obszarów, gdzie biomarkery odgrywają szczególnie ważną rolę, jest diagnostyka oraz indywidualizacja i optymalizacja leczenia pacjentów kardiologicznych.
Choroby układu krążenia (w tym dominująca choroba wieńcowa, CAD - coronary artery disease) stanowią najważniejszą przyczynę umieralności w krajach rozwiniętych ekonomicznie. Pomimo postępów w diagnostyce i leczeniu, choroba wieńcowa i niewydolność serca nadal stanowią poważny problem leczniczy, społeczny i ekonomiczny (Czech et al., 2013). Zdarzeniem w chorobie wieńcowej, szczególnie często prowadzącym do rozwoju niewydolności, jest zawał serca. Rozwój niewydolności serca po ostrym zawale mięśnia sercowego bezpośrednio związany jest z niekorzystną przebudową lewej komory. Klasyczne czynniki ryzyka niewydolności serca (m.in. wielkość zawału, cukrzyca) tylko częściowo tłumaczą, dlaczego u jednych pacjentów dochodzi do dekompensacji lewej komory, podczas gdy u innych, pomimo pozawałowego uszkodzenia, funkcjonuje ona w miarę prawidłowo. Częstość występowania niewydolności serca w Polsce wynosi ok. 1-3% i stale rośnie. Jedną z przyczyn choroby jest m.in. zawał mięśnia sercowego (50% przypadków), podczas którego następuje niedotlenienie i martwica kardiomiocytów, co skutkuje zmniejszeniem kurczliwości mięśnia sercowego. Uszkodzenie mięśnia sercowego może prowadzić do postępującej przebudowy lewej komory i w konsekwencji do niewydolności serca, co jednak nie występuje u wszystkich pacjentów po przebytym ostrym incydencie wieńcowym. Stąd ważne jest ustalenie łatwych w ocenie markerów charakteryzujących pacjentów z postępującą rozstrzenią lewej komory serca.
Stworzono dotychczas różne modele rokownicze służące przewidywaniu ryzyka zgonu, zawału serca niezakończonego zgonem lub nawrotu niedokrwienia u pacjentów z ostrymi zespołami wieńcowymi. Obok podstawowych narzędzi do stratyfikacji, jakimi są obecność czynników ryzyka choroby niedokrwiennej serca, cechy niewydolności serca, zmiany niedokrwienne w zapisie elektrokardiograficznym, podwyższony poziom markerów martwicy mięśnia sercowego (troponina, kinaza kreatyninowa), w ostatniej dekadzie pojawiły się doniesienia o nowych, takich jak: podwyższone stężenie fibrynogenu, białka C-reaktywnego, interleukiny-6, czynnika natriuretycznego typu B (BNP), także innych markerów toczącego się procesu zapalnego czy aktywności płytek krwi. Należy jednak podkreślić, że wzrost wartości biomarkerów biochemicznych powyżej wartości referencyjnych może także występować w różnych stanach chorobowych, niekoniecznie związanych z zawałem serca (Iqbal et al., 2012).
Kolejnym elementem związanym z rokowaniem w ostrych zespołach wieńcowych jest remodeling lewej komory. Uszkodzenie mięśnia sercowego związane z zawałem serca może prowadzić do postępującej przebudowy mięśnia lewej komory, powiększania objętości lewej komory, spadku frakcji wyrzutowej i w konsekwencji do niewydolności serca (Cohn et al., 2000). Współczesne leczenie ostrych zespołów wieńcowych - pierwotna angioplastyka wieńcowa, inhibitory konwertazy angiotensyny, leki beta-adrenolityczne - prowadzi do zahamowania pozawałowej przebudowy serca. Niemniej, nawet przy najlepszym leczeniu, w zawałach serca ściany przedniej u ponad 30% pacjentów dochodzi do niekorzystnej przebudowy lewej komory serca (Savoy et al., 2006). Transkrypcyjna aktywność leukocytów w zawale mięśnia sercowego umożliwia wykorzystanie łatwo dostępnej tkanki jaką jest krew obwodowa pacjenta do badania profilu ekspresji genów i poszukiwania biomarkerów, które mogą być stosowane do diagnozy, prognozy, czy monitorowania przebiegu choroby (Sinnaeve et al., 2009).
PL 228 091 B1
TIMP 1 należy do rodziny inhibitorów TIMP kontrolujących aktywność metaloproteinaz macierzy (MMP) - metalozależnych peptydaz związanych z degradacją macierzy pozakomórkowej (ECM, ang. extracellular matrix). Proces rearanżacji macierzy pozakomórkowej ma istotne znaczenie w rozwoju niewydolności serca, a zaburzenia równowagi metaloproteinaz MMP oraz inhibitorów TIMP mogą prowadzić do patologicznej przebudowy sercowej tkanki łącznej. Transkrypcja genu kodującego TIMP1 jest indukowana w odpowiedzi na działanie wielu cytokin i hormonów. Wykazano, że ekspresja TIMP1 na poziomie mRNA oraz białka jest podwyższona w tkankach miokardium pacjentów ze zdiagnozowaną niewydolnością serca (Barton et al., 2003; Polyakova et al., 2011), a podwyższone stężenia białka TIMP1 w osoczu krwi jest czynnikiem predykcyjnym niewydolności serca (Ahmed et al., 2006). W leukocytach krwi obwodowej pacjentów z ostrą niewydolnością serca, starszych niż 75 lat, oznaczono podwyższony poziom transkrypcji TIMP1, jednak podobne podwyższenie zaobserwowano również w grupie starszych pacjentów z chorobami zakaźnymi lub złamaniem stawu biodrowego (Vo et al., 2011).
RNASE1 koduje rybonukleazę 1, która należy do rodziny rybonukleaz A uczestniczących w procesie dojrzewania prekursorów kwasów nukleinowych oraz w rozkładzie RNA. RNASE1 jest endonukleazą, która katalizuje specyficzną hydrolizę wewnętrznych wiązań fosfodiestrowych w kwasach rybonukleinowych od 3'-końca zasad pirymidynowych. Enzym ten jest wydzielany w trzustce, gdzie spełnia istotną rolę w procesie trawienia, ale potwierdzono też jego występowanie w innych tkankach i płynach ustrojowych, co wskazuje na dodatkowe fizjologiczne funkcje rybonukleazy 1.
JDP2 jest składnikiem kompleksu białek tworzących czynnik transkrypcyjny AP-1 (ang. activating protein-1). Białka budujące AP-1 należą do rodzin: Jun (c-Jun, JunB, JunD), Fos (c-Fos, FosB, Fra-1, Fra2), Maf (c-Maf, MafB, MafA, MafG/F/K, Nrl) i ATF (ATF2, LRF1/ATF3, B-ATF, JDP1, JDP2). Rozpoznają one sekwencje TRE lub CRE (TGA(C/G)TCA) w regionach promotorowych wielu genów związanych z procesami apoptozy, proliferacji i różnicowania się komórek (Shaulian i Karin, 2002). JDP2 funkcjonuje jako represor transaktywacji, w której uczestniczą białka z rodziny Jun (Katz et al., 2001).
FMN1 jest białkiem należącym do klasy formin, które wiążą aktynę i są odpowiedzialne za polimeryzację aktyny oraz elongację mikrofilamentów. Aktywność formin jest ściśle związana z procesami wymagającymi prawidłowego funkcjonowania cytoszkieletu aktynowego, takimi jak cytokineza, endocytoza, utrzymanie kształtu, integralności i polarności komórki. W mięśniu sercowym szkielet aktynowy bierze również udział w transmisji sygnałów mechanicznych (zmian naprężenia w sercu) pomiędzy macierzą pozakomórkową i kardiomiocytami, co skutkuje zmianą aktywności szlaku przekazywania sygnałów RhoA/ROCK i pobudzeniem ekspresji genów związanych z hypertrofią (Surma et al., 2011). Coraz więcej doniesień świadczy o tym, że forminy odgrywają istotną rolę zarówno jako modulatory, jak i efektory szlaku sygnałowych GTP-az Rho (Young i Copeland, 2008).
Znane są różne zestawy biomarkerów stosowanych do określania ryzyka rozwinięcia niewydolności serca po zawale. Jednakże nadal poszukiwane są sposoby wiarygodnego oszacowania takiego ryzyka. Problem ten rozwiązuje przedmiotowy wynalazek dostarczając odpowiednie sposoby i zestawy biomarkerów, które nie są znane ze stanu techniki.
Istota wynalazku
Przedmiotem wynalazku jest zestaw biomarkerów transkryptomicznych do zastosowania w stratyfikacji indywidualnego ryzyka rozwoju pozawałowej niewydolności serca odpowiadające podwyższonemu względem poziomu ekspresji u osób zdrowych poziomowi ekspresji wszystkich spośród transkryptów genowych: FMN1, RNASE1 i JDP2.
Korzystnie poziom ekspresji biomarkerów transkryptomicznych oznacza poziom ekspresji mRNA tych genów, korzystnie wyizolowanego z jednojądrzastych komórek krwi obwodowej i/lub krwi pełnej.
Przedmiotem wynalazku jest również sposób diagnozowania ryzyka wystąpienia u pacjenta pozawałowej niewydolności serca, który charakteryzuje się tym, że wyznacza się in vitro profil ekspresji genów z grupy transkryptów obejmującej: FMN1, RNASE1 i JDP2 w leukocytach w próbce biologicznej pozyskanej od pacjenta po przebytym zawale serca, po czym na podstawie uzyskanego profilu określa się ryzyko wystąpienia niewydolności serca. Korzystnie biologiczna próbka jest próbką krwi, komórkami krwi, surowicą, osoczem lub korzystnie jednojądrzastymi komórkami krwi obwodowej. W korzystnym rozwiązaniu oznacza się poziom ekspresji mRNA biomarkerów. Korzystnie w sposobie według wynalazku poziom ekspresji biomarkerów skorelowany ze stanem chorobowym jest podwyższony względem poziomu ekspresji u osób zdrowych. Korzystnie ekspresję biomarkera oznacza się metodą immunochemiczną, w której ryzyko diagnozuje się na podstawie układu wiązania lub braku wiązania próbki z panelem.
PL 228 091 B1
Przedmiotem wynalazku jest również zastosowanie biomarkerów według wynalazku do diagnostyki in vitro w rozwoju pozawałowej niewydolności serca.
Wynalazek został przedstawiony na rysunku, na którym:
Fig. 1 przedstawia schemat założeń metodycznych badań opisanych w przykładach;
Fig. 2 przedstawia analizę PCA badanych próbek;
Fig. 3 przestawia mapę ciepła obrazującą poziomy transkryptów różnicujących badane grupy.
Szczegółowy opis
Biomarkery, wyselekcjonowane na podstawie wysokoprzepustowych eksperymentów transkryptomicznych, które odnoszą się do zmian w ekspresji mRNA, skorelowane są z wartością rokowniczą pacjentów pozawałowych.
Wynalazek dotyczy sposobu przewidywania ryzyka wystąpienia niewydolności serca u pacjentów pozawałowych, obejmujący oznaczenie w próbce od określonego pacjenta podwyższonego poziomu ekspresji co najmniej dwóch genów z następującej grupy transkryptów: FMN1, RNASE1, JDP2 i opcjonalnie można również oznaczyć ekspresję TIMP1. W skrócie, metoda polega na izolowaniu RNA z krwi pacjenta, następnie syntezy cDNA, badania poziomu ekspresji genów metodą RT-qPCR (ang. quantitative reverse transcription polymerase chain reaction) i analizie relatywnych zmian w ekspresji poszczególnych genów, porównując poziom mRNA danych genów u chorych relatywnie do poziomu mRNA tych samych genów u osób zdrowych i normalizując w stosunku do poziomu mRNA wybranych genów referencyjnych, z uwzględnieniem różnic w wydajności amplifikacji poszczególnych genów.
Wynalazek umożliwi diagnostykę i/lub określenie prognozy dla danego pacjenta, opartej na ekspresji mRNA wybranych transkryptów oznaczanych w RNA wyizolowanym z jednojądrzas tych komórek krwi obwodowej (ang. peripheral blood mononucleated cell, PBMC) oraz krwi pełnej. Podwyższenie bądź obniżenie poziomu ekspresji proponowanych genów jest skorelowane z stanem chorobowym w porównaniu do poziomu ekspresji genów w stanie niepatologicznym.
Prezentowany wynalazek umożliwi uzupełnienie stratyfikacji ryzyka i wczesną identyfikację pacjentów szczególnie zagrożonych pozawałową niewydolnością serca. Profile ekspresyjne wytypowanych genów są generowane przy wykorzystaniu metody RT-qPCR i mogą być wykorzystane w połączeniu z innymi metodami diagnostyczno-prognostycznymi.
Wynalazek został opisany na podstawie niniejszych przykładów, które zostały przedstawione jedynie w celu umożliwienia specjaliście przeprowadzenie wynalazku, jednakże zakres ochrony jest przedstawiony w zastrzeżeniach.
P r z y k ł a d y
Próby biologiczne
Metodyka wynalazku opiera się na badaniu ekspresji biomarkerów w próbce pochodzącej od pacjenta. Termin „próbka” jest użyty dla określenia materiału biologicznego otrzymanego od pacjenta. Preferowane próbki to krew pobrana od pacjenta, które następnie są przetwarzane zgodnie z metodyką patentu. Procesowanie próbek może polegać na inkubacji, wirowaniu, precypitacji, koncentracji, rozcieńczeniu. Rodzaj zastosowanych procedur może zależeć od sposobu pobierania krwi, jak i od długości czasu dostępnego do izolowania RNA. Rodzaj zastosowanych procedur nie ma wpływu na dalsze postępowanie metodyczne.
Określanie ekspresji genów
W prezentowanym wynalazku, ekspresja mRNA co najmniej dwóch z genów wybranego z grupy zawierającej następujące geny FMN1, RNASE1, TIMP1, JDP2, jest oznaczana:
Zestawienie danych dotyczących badanych transkryptów oraz genu referencyjnego HPRT1
Symbol genu TIMP1
Synonimy CLGI; EPA; EPO; HCI; TIMP
Pełna nazwa inhibitor metaloproteinaz 1 (ang. metallopeptidase inhibitor 1)
Numer identyfikacyjny RefSeq (NCBI Reference Sequence) NM_003254
Numer identyfikacyjny HGNC 11820
Numer identyfikacyjny NCBI GenelD 7076
Organizm Homo sapiens
Symbol genu RNASE1
Synonimy RIB1; RNS1
Pełna nazwa: rybonukleaza 1 (trzustki) (ang. ribonuclease, RNase A family, 1 (pancreatic)
PL 228 091 B1
Numer identyfikacyjny RefSeq (NCBI Reference Sequence) NM_198232
Numer identyfikacyjny HGNC 10044
Numer identyfikacyjny NCBI GenelD 6035
Organizm Homo sapiens
Symbol genu JDP2
Synonimy JUNDM2
Pełna nazwa białko 2 dimeryzacji Jun (ang. Jun dimerization protein 2)
Numer identyfikacyjny RefSeq (NCBI Reference Sequence) NM_001135049
Numer identyfikacyjny HGNC 17546
Numer identyfikacyjny NCBI GenelD 122953
Organizm Homo sapiens
Symbol genu FMN1
Synonimy FMN, LD
Pełna nazwa formina 1 (ang. formin 1)
Numer identyfikacyjny RefSeq (NCBI Reference Sequence) NM_001103184
Numer identyfikacyjny HGNC 3768
Numer identyfikacyjny NCBI GenelD 342184
Organizm Homo sapiens
Symbol genu HPRT1
Synonimy HGPRT, HPRT
Pełna nazwa fosforybozylotransferaza 1 hipoksantyny (ang. hypoxanthine phosphoribosyltransferase 1)
Numer identyfikacyjny RefSeq (NCBI Reference Sequence) NM_000194
Numer identyfikacyjny HGNC 5157
Numer identyfikacyjny NCBI GenelD 3251
Organizm Homo sapiens
Stosowanych jest wiele metod do oznaczania poziomu biomarkerów w analizowanych próbkach. Ekspresja może być badana na przykład za pomocą mikromacierzy bądź metody RT-qPCR.
Zwykle mikromacierz jest płytką szklaną lub plastikową, na której nadrukowane są sekwencje DNA (sondy), umożliwiające badanie ekspresji nawet kilkudziesięciu tysięcy genów. Metoda detekcji oparta na technologii macierzowej zwykle składa się z następujących etapów: (1) izolowanie RNA z badanych próbek i synteza cDNA za pomocą odwrotnej transkrypcji, (2) hybrydyzacja wyznakowanego RNA do sond zamieszczonych w macierzy, a następnie płukanie w celu usunięcia niezwiązanych sekwencji (3), skanowanie obrazu macierzy (4) analiza jakościowa i statystyczna otrzymanych wyników. Wiele rodzajów metod opartych na technikach macierzowych jest obecnie dostępnych.
Alternatywnie, poziomy ekspresji biomarkerów mRNA będących przedmiotem tego wynalazku mogą być mierzone za pomocą metody RT-qPCR. Według tej metody z krwi pacjenta izoluje się RNA, następnie przeprowadza syntezę cDNA, bada się poziom ekspresji genów metodą RT-qPCR i analizuje relatywne zmiany w ekspresji poszczególnych genów, porównując poziom mRNA danych genów u chorych relatywnie do poziomu mRNA tych samych genów u osób zdrowych i normalizując w stosunku do poziomu mRNA wybranych genów referencyjnych, z uwzględnieniem różnic w wydajności amplifikacji poszczególnych genów.
Pacjenci
Choroba wieńcowa, będąca jedną z najczęstszych form patologii sercowo-naczyniowych, jest główną przyczyną niewydolności mięśnia sercowego (ang. heart failure - HF). Zdarzeniem w chorobie wieńcowej szczególnie często prowadzącym do rozwoju HF, jest zawał serca. Rozwój niewydolności serca po ostrym zawale mięśnia sercowego bezpośrednio związany jest z niekorzystną przebudową lewej komory.
Grupę badaną stanowiło 17 pacjentów z pierwszym w życiu zawałem serca z uniesieniem odcinka ST, scharakteryzowanych klinicznie, z Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego (WUM). Oddzielną grupę pacjentów o podobnych parametrach klinicznych stanowiło 14 pacjentów z Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku (UMB). Na podstawie parametrów klinicznych obie grupy zostały podzielone na grupę pacjentów u których doszło do rozwinięcia pozawałowej niewydolności serca (NS) w obserwacji 6-miesięcznej i na grupę pacjentów u których nie doszło do rozwoju pozawałowej niewydolności serca (nie-NS) (w obserwacji 6-miesięcznej). Parametry kliniczne pacjentów zostały przedstawione w Tabeli 1.
PL 228 091 Β1
Tabela 1
Charakterystyka grupy badanej i walidacyjnej
| Parametr | Grupa badana | Grupa walidacyjna | ||
| NS(n = 9) | nie-NS (n = 8) | NS (π = Ό | nie-NS (n=7) | |
| Wiek (lata)* | 60.2 ±14.1 | 51.7 ±7.2 | 59.7±9.4 | 56.7±13.2 |
| Kobiety/Mężczyźni (n/n) | 3K/6M | 1K/7M | 0K/7M | 0K/7M |
| BMI * | 26.8±3,1 | 25.5±1,6 | 30±3.7 | 26.1 ±4.2 |
| Nadciśnienie tętnicze, n (%) | 3 (33.3 %) | 1 (12.5%) | 5(71.4 %) | 5 (71,4 %) |
| Cukrzyca, n (%) | 2 (22.2 %) | 1 (12.5%) | 2 (28.6 %) | 0 (0 %) |
| Hiperlipidemia, n (%) | 5 (55.5 %) | 4 (50 %) | 5(71.4 %) | 5 (71.4 %) |
| Przebyty wcześniej zawał serca, n (%) | 0 (0 %) | 0 (0 %) | 0 (0 %) | 0 (0 %) |
| Palący papierosy, _ | 3 (33.3 %) | 5 (62.5 %) | 3 (42.9 %) | 5(71.4%) |
| LVEF (%)* | 39.3±8.4* | 66.7±1.9 | 28.86±6.3“ | 57.7±4.7 |
| NT-proBNP (pg/mi)*...... | 918.3±848.5” | 62.0±14.1 *’ | 1960.9±3421.9“ | 119.4±118.9* |
| Leczenie | ||||
| ACEI/ARB | 9 (100 %) | 8 (100 %) | 7(100%) | 7(100%) |
| Beta-blokery | 9 (100 %) | 8 (100 %) | 7(100%) | 7 (100%) |
| Statyny | 9 (100 %) | 8 (WO %) | 7(100%) | 7(100%) |
BMI - Wskaźnik Masy Ciała
LVEF-frakcja wyrzutowa lewej komory
NT-proBNP - N-końcowy propeptyd natriuretyczny typu B
ACEI/ARB - inhibitory konwertazy angiotensyny/blokery receptora angiotensynowego •Wyniki wyrażono jako wartości średnie ± odchylenie standardowe lub jako liczbę pacjentów w % Wartości LVEF, NT-proBNP w 6 miesiącu od zawału mięśnia sercowego
PL 228 091 B1
Grupa pacjentów z WUM została przeanalizowa na z wykorzystaniem metod wysokoprzepustowych; na podstawie tych analiz został wyselekcjonowany panel 4 transkryptów, które zostały zwalidowane metodą RT-qPCR oraz dodatkowo zbadane na niezależnej grupie pacjentów z UMB. Ponadto, w obu grupach pacjentów zastosowano różne metody pobierania krwi i izolowania RNA. Metoda zastosowana w przypadku pacjentów z WUM wymaga bardzo szybkiej izolacji komórek PBMC (maksymalnie do 1 godziny), natomiast metoda użyta w przypadku pacjentów z UMB daje możliwość transportu krwi i izolowania RNA w dogodnym momencie. Stwierdziliśmy, że czas i metoda uzyskiwania materiału do dalszych badań nie wpływa na jakość RNA i na wydajność reakcji.
Opracowane biomarkery w prezentowanym wynalazku, umożliwią uzupełnienie stratyfikacji ryzyka i wczesną identyfikację pacjentów szczególnie zagrożonych pozawałową niewydolnością serca. Zbadane biomarkery mają wartość prognostyczną, ponieważ dzięki ich zbadaniu można przewidywać ryzyko rozwinięcia niewydolności serca.
Poniżej szczegółowo przedstawiono przykłady zastosowania rozwiązań według wynalazku.
P r z y k ł a d 1
Metody
Charakterystyka pacjentów
Badania zostały zaplanowane w celu określenia poziomu ekspresji genów badanych w cyrkulującej krwi pacjentów po przebytym zawale z uniesieniem odcinka ST, leczonych pierwotną angioplastyką wieńcową. Na przeprowadzenie badań została udzielona zgoda Komisji Bioetycznej Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego. Pacjenci wyrazili zgodę na uczestniczenie w badaniu naukowym, poprzez podpisanie świadectwa świadomej zgody. Krew obwodowa została pobrana od 17 pacjentów z WUM w przy przyjęciu, natomiast w 4-6, 30-35 dobie oraz po 6 miesiącach od zawału serca pacjenci byli monitorowani klinicznie. Charakterystyka pacjentów opierała się na ocenie klinicznych parametrów. Wszyscy pacjenci byli leczeni w pierwszej dobie pierwotną angioplastyką wieńcową, a także aspiryną, klopidogrelem, inhibi torami konwertazy angiotensyny/blokerami receptora angiotensynowego (ACEI/ARB), beta-blokerami i statynami. Podział na grupę pacjentów z rozwojem pozawałowej niewydolności serca (NS) i na grupę bez rozwoju pozawałowej niewydolności serca (nie-NS) został dokonany na podstawie wartości frakcji wyrzutowej lewej komory (LVEF) oraz markera biochemicznego NT-proBNP (N-końcowy propeptyd natriuretyczny typu B) po 6 miesiącach od przebytego zawału. Dla pacjentów zakwalifikowanych do grupy NS średnia wartość LVEF wynosiła 39,3%, średnia wartość NT-proBNP - 918 (pg/ml), natomiast u pacjentów nie-NS LVEF wynosił 66,7% i NT-proBNP - 62 (pg/ml).
Izolowanie RNA
Próbki krwi pełnej od pacjentów z WUM zostały pobrane do probówek BD Vacutainer®CPT™ (Becton, Dickinson and Company, NY, USA). Separację PBMC wykonano przy pomocy wirowania i płukania komórek buforowanym fizjologicznym roztworem soli (PBS). Następnie komórki PBMC zostały zawieszone w RNA later® solution (Ambion Inc, TX, USA) i przechowywane w - 80°C. RNA zostało wyizolowane aparatem MagNA Pure® Compact i przy wykorzystaniu zestawu odczynników MagNA Pure Compact Nucleic Acid Isolation Kit I (Roche Diagnostics GmbH, Mannheim, Germany). Jakość wyizolowanego RNA oceniano na bioanalizatorze (Agitent 2100 Bioanalizer i RNA 600 Nano Assay Kit, Agilent, Agilent Technogies, Pao Alto, CA, USA). Wszystkie próbki miały wysoki współczynnik integralności RNA (ang. RNA Integrity Number) - powyżej 8, co umożliwiło przeprowadzenie reakcji syntezy cRNA i cDNA do analiz mikromacierzowych.
Analizy mikromacierzowe
Eksperyment przeprowadzono na mikromacierzach Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0 ST (Affymetrix, Inc., Santa Clara, CA, USA). Reakcje syntezy cRNA, cDNA, fragmentacji i znakowania przeprowadzono z zastosowaniem zestawów Ambion WT Expression Kit (Ambion Inc., TX, USA) i Affymetrix GeneChip WT Terminal Labeling Kit (Affymetrix, Inc., Santa Clara, CA, USA). Do monitorowania przebiegu reakcji użyto kontroli: Affymetrix GeneChip Poly-A RNA Control Kit oraz Affymetrix GeneChip Hybridization Controls (Affymetrix, Inc., Santa Clara, CA, USA). Hybrydyzację prowadzono przez 17 h w 45°C (Affymetrix GeneChip Hybridization Oven 640), płukanie z zastosowaniem Affymetrix GeneChip Fluidics Station 450, skanowanie z zastosowaniem Affymetrix GCS 3000 GeneArray Scanner (aparatura i odczynniki: Affymetrix, Inc., Santa Clara, CA, USA). Analizę parametrów technicznych płytek przeprowadzono z zastosowaniem oprogramowania Affymetrix Expression Console 1.2.1.20.
PL 228 091 B1
Analiza statystyczna wyników mikromacierzowych
Program Partek Genomics® (Partek Inc., St. Louis, MO, USA) został wykorzystany do opracowania wyników transkryptomicznych. „Surowe” dane fluorescencji poszczególnych mikromacierzy zostały znormalizowane metodą RMA (ang. Robust Multi-array Analysis). Do obliczenia zmian ekspresji poszczególnych genów pomiędzy próbami (ang. Fold Change) i istotności różnic w ekspresji zastosowano analizę wariancji (ANOVA). Analizę funkcjonalną przeprowadzono programem Ingenuity (Ingenuity Systems, Inc, Redwood City, CA, USA).
Ilościowy RT-qPCR
Ilościowy RT-qPCR został przeprowadzony w 3 etapach:
1) Synteza cDNA na drodze odwrotnej transkrypcji
Wyizolowane RNA użyto do syntezy cDNA metodą odwrotnej transkrypcji stosując zestaw QuantiTect® Reverse Transcription Kit (QIAGEN, Niemcy). Do syntezy cDNA użyto 200 ng RNA (PBMC), 2 gl 7 x buforu gDNA Wipeout i dopełniono do 14 gl RNase-Free Water. Tak przygotowane próbki inkubowano w łaźni wodnej w temperaturze 42°C przez 30' (etap DNazowania). Następnie dodano 4 gl 5 x buforu Quantiscript RT, 1 pl mieszaniny starterów RT Primer Mix i 1 gl Quantiscript Reverse Transcriptase. Reakcję odwrotnej transkrypcji przeprowadzono w aparacie MasterCycler personal (Eppendorf, Hamburg, Niemcy) w temperaturze 42°C przez 30', po czym reakcję poddano denaturacji w temperaturze 95°C przez 3'.
2) Analiza ekspresji genów metodą RT-qPCR w czasie rzeczywistym
Reakcję RT-qPCR w czasie rzeczywistym wykorzystano do analizy ekspresji poszczególnych genów. Do przeprowadzenia reakcji RT-qPCR użyto odczynników LightCycler 480 SYBR Green I Master, zestawu tego używano wraz z 96-dołkowymi płytkami LightCycler® (Roche, Niemcy) oraz aparatem LightCycler® 480 System (Roche, Niemcy). Skład mieszaniny na jedną próbkę (10 gl) był następujący: 2 gl H2O, po 1 gl każdego startera rozcieńczonego 20 x (5 pmol/gl), 5 gl 2 x LightCycler® 480 SYBR Green I Master oraz 1 gl cDNA ze 100 gl. W każdym eksperymencie wykonano próbę negatywną, składająca się z Master Miksu, starterów, wody bez dodatku matrycy. Do pomiarów ilościowych stosowano następujący 4-etapowy protokół:
• 10-minutowa preinkubacja w 95°C • 45 cykli właściwej amplifikacji, przy czym każdy cykl składał się z 4 etapów:
1. denaturacja 95°C/10 s,
2. przyłączanie starterów (temperatura przyłączania dla FMN1 56°C/5 s, TIMP1 54°C/5 s, RNASE1 58°C/5 s, JDP2 58°C/5 s, HPRT1 55°C/5 s),
3. wydłużanie 72°C (czas wydłużania dla FMN1 9 s, TIMP1 6 s, RNASE1 9s, JDP2 7 s, HPRT1 5 s), • krzywa topnienia, 95°C/5 s, 65°C/1 min, a następnie powolne podgrzewanie próbek 0,1°C/s do 97°C z ciągłym pomiarem fluorescencji, • chłodzenie w 40°C/10 s.
Ilość kopii cząsteczek kwasu nukleinowego analizowanych genów była monitorowana w każdym cyklu reakcji amplifikacji. Liczba cykli reakcji PCR, po którym poziom fluorescencji przekroczył zdefiniowany próg (CP) (ang. Crossing Point) została użyta do obliczenia ilości badanych cząsteczek obecnych w mieszaninie na początku reakcji. Dla każdej próby wartość (CP) genu metabolizmu podstawowego HPRT1 - kontroli endogennej, została użyta do normalizacji poziomu ekspresji badanych genów. Dla każdego genu oszacowano wydajność amplifikacji analizowanych transkryptów w oparciu o krzywe amplifikacji.
Specyficzność produktów PCR sprawdzono zarówno poprzez krzywą topnienia, jak i wykonano rozdział elektroforetyczny produktów PCR w 3% żelu agarozowym. Każdy pomiar ekspresji genów dla poszczególnych pacjentów został przeprowadzony w 3-krotnym powtórzeniu.
PL 228 091 Β1
Tabela 2
Sekwencje starterów i warunki reakcji RT-qPCR
| Symbol genu | Długość produktu PCR bp | Temperatura przyłączania starterów | Czas wydłużania w 72°C | Wydajność amplifikacji poszczególnych transkryptów | Sekwencje starterów |
| FMN1 | 208 | 56°O | 9s | 2.00 | F: 5’ CCAAGAGGATGAGCTGGTTA 3’ R: 5' AGCTCGCGTGATGATCTCTA 3' |
| RNAS E1 | 172 | 58°C | 9s | 2.00 | F; 5’ GTCCGGCTCCTTCTGCTTGT 3' R: SOTGTCATATTCCGGCGCCTC 3’ |
| TIMP1 | 148 | 54°C | 6s | 1.82 | F: 5’ GCTTCTGGCATCCTGTTGTT 3’ R: 5’ AGGTGGTCTGGTTGACTTCT 3' |
| JDP2 | 188 | 58°C | 7s | 2.00 | F: 5’ TACGCTGACATCCGCAACCT 3’ R: 5’ AACTCCGTGCGCTCCTTCTT 3’ |
| HPRT | 102 | 55°C | 5s | 1.80 | F: 5’ TGACCTTGATTTATTTTGCATACC 3’ R: 5’CGAGCAAGACGTTCAGTCCT 3’ |
3) Matematyczny model użyty do oszacowania relatywnych poziomów mRNA poszczególnych genów
Do określenia zmian w ilości mRNA badanych genów zastosowano model Pfaffla, w którym poziom mRNA danych genów jest normalizowany w stosunku do poziomu mRNA wybranych genów referencyjnych z uwzględnieniem różnic w wydajności amplifikacji poszczególnych transkryptów. Autor modelu przedstawia obliczenie względnego poziomu ekspresji badanego genu według wzoru:
Rafio - poziom badanego transkryptu w próbie nieznanej wyrażony jako wielokrotność kalibratora
Etarget — wydajność amplifikacji transkryptu badanego
Eref - wydajność amplifikacji transkryptu referencyjnego
Acptarget (contro-sampie) _ różnica średnich wartości Cp transkryptu badanego
Acpref (contro sample) - różnica średnich wartości Cp transkryptu referencyjnego
Poziom mRNA danych genów normalizowano w stosunku do poziomu mRNA genu HPRT1. Do oszacowania relatywnych poziomów mRNA poszczególnych genów posłużono się narzędziem REST-version 2 (ang. Relative Expression Software Tool - version 2). Program ten, umożliwia porównanie poziomu mRNA dwóch grup (kontrolnej i badanej) i testowanie istotności statystycznej wykazanych różnic w poziomach mRNA z zastosowaniem testów randomizacji (ang. Pair Wise Fixed Reallocation Test).
Przykład 2
Metody
Charakterystyka pacjentów
Badania zostały przeprowadzone w celu zweryfikowania wykrytych biomarkerów pozawałowej niewydolności serca na niezależnej grupie pacjentów z Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku (UMB). 14 pacjentów po przebytym zawale z uniesieniem odcinka ST i leczonych pierwotną angioplastyką wieńcową, wyraziło zgodę na uczestniczenie w badaniu naukowym, poprzez podpisanie Świadectwa świadomej zgody. Na przeprowadzenie badań została udzielona zgoda Komisji Bioetyczna Uniwersytetu
PL 228 091 B1
Medycznego w Białymstoku. Charakterystyka pacjentów opierała się na ocenie klinicznych parametrów. Krew od pacjentów została pobrana w momencie przyjęcia, natomiast w 4-6, 30-35 dobie oraz po 6 miesiącach od zawału serca, pacjenci byli monitorowani klinicznie analogicznie do grupy pacjentów z WUM. Analogicznie wszyscy pacjenci byli leczeni w pierwszej dobie pierwotną angioplastyką wieńcową, a także aspiryną, klopidogrelem, inhibitorami konwertazy angiotensyny/blokerami receptora angiotensynowego (ACEI/ARB), beta-blokerami i statynami. Podział na grupę pacjentów z rozwojem pozawałowej niewydolności serca (NS) i na grupę bez rozwoju pozawałowej niewydolności serca (nieNS) został dokonany na podstawie wartości frakcji wyrzutowej lewej komory (LVEF) oraz markera biochemicznego NT-proBNP (N-końcowy propeptyd natriuretyczny typu B) po 6 miesiącach od przebytego zawału. Dla pacjentów zakwalifikowanych do grupy NS średnia wartość LVEF wynosiła 28,9%, średnia wartość NT-proBNP - 1960,9 pg/ml, natomiast u pacjentów nie-NS LVEF wynosił 57,7% oraz NT-proBNP - 119,4 pg/ml.
Izolowanie RNA
Próbki krwi pełnej od pacjentów z UMB zostały pobrane do probówek PAXgene™ (Qiagen, Germany), następnie inkubowano przez 2 godziny w temperaturze pokojowej. Kolejno probówki z krwią były transportowane (w temperaturze +4°C) do laboratorium. RNA było izolowane po 24 godzinach od momentu pobrania. Do izolowania RNA wykorzystano kit PAXgene™ Blood RNA System, zgodnie z procedurą podaną przez producenta. Jakość wyizolowanego RNA oceniano na bioanalizatorze (Agilent 2100 Bioanalizer i RNA 600 Nano Assay Kit, Agilent, Agilent Technogies, Pao Alto, CA, USA).
Ilościowy RT-PCR
Ilościowy RT-PCR został przeprowadzony według metodyki opracowanej dla RNA otrzymanego od pacjentów z WUM (Przykład 1).
Wyniki
Pacjenci
Świadectwo świadomej zgody i próbki krwi zostały uzyskane od 31 pacjentów pochodzących z dwóch niezależnych ośrodków klinicznych: Warszawski Uniwersytet Medyczny (n = 17) i Uniwersytet Medyczny w Białymstoku n = 14). Według wybranych parametrów klinicznych, (LVEF - frakcja wyrzutowa lewej komory i NT-proBNP - N-końcowy propeptyd natriuretyczny typu B) zbadanych po 6 miesiącach od wystąpienia zawału w pacjenci zostali podzieleni na dwie grupy: pacjentów u których rozwinęła się pozawałowa niewydolność serca (NS) i pacjentów nie-NS - u których zawał nie doprowadził do rozwoju niewydolności serca.
Wybranie genów związanych z rozwojem pozawałowej niewydolności serca
W celu zidentyfikowania genów u których zmiany w ekspresji mogą być parametrem rozwoju niewydolności po wystąpieniu ostrego zawału, została przeprowadzona analiza macierzowa na próbkach pobranych od pacjentów z WUM. „Surowe” dane fluorescencji poszczególnych macierzy zostały znormalizowane metodą RMA (ang. Robust Multi-array Analysis). Przeprowadzono nienadzorowaną analizę zbioru macierzy metodą Analizy Głównych Składowych (PCA). Analiza PCA wykazała zróżnicowanie badanych grup reprezentujących pacjentów NS i nie-NS.
Do analizy zmienionych genów w badanych próbkach zastosowano analizę wariancji ANOVA, przy następujących kryteriach odcięcia: p < 0,05 i fold change ±> 1,5. Otrzymano listę 225 genów (107 adnotowanych i 118 bez adnotacji).
PL 228 091 Β1
Poniższe zestawienie przedstawia listę genów różnicujących, posiadających adnotację:
| Gene Symbol | RefSeq | Wartość p (Pacjent) | Krotność zmiany (NS vs.nie-NS) |
| ABCD2 | NM 005164 | 0.0469917 | -1.70971 |
| ADAMTS2 | NM_014244 | 0.0448791 | 1 96014 |
| ADM | NM_001124 | 0.0307457 | 1.52064 |
| AK5 | NM_174858 | 0.0311163 | -1.93798 |
| AMY2B | NM_020978 | 0.01142 | -1.59821 |
| ANKRD36B | NM_025190 | 0.038301 | -1.54762 |
| APBB2 | NM_004307 | 0.0231786 | 1.59166 |
| AREG | NM_001657 | 0.0268264 | 1,8885 |
| AREG | NM_001657 | 0.0357281 | 2.03204 |
| BANK1 | NM_017935 | 0.0495889 | -1.58347 |
| C6orf25 | NM_138277 | 0.0409132 | 1.63637 |
| C6orf25 | NM_138277 | 0.0430783 | 1.65733 |
| C6orf25 | NM_138277 | 0.039982 | 1.66355 |
| C9orf95 | NRJ123352 | 0.0295803 | -1.63004 |
| CD24 | NM_013230 | 0.0404677 | -1.74763 |
| CD28 | NM 006139 | 0.034903 | -1.63474 |
| CDA | NM_001785 | 0.0133897 | 1.60735 |
| CLU | NM 001831 | 0.0380488 | 1.86459 |
| COBLL1 | NM_014900 | 0.024395 | -1.5327 |
| CR2 | NM 001006658 | 0.0168323 | -1.55197 |
| CRISPLD2 | NM_031476 | 0.0278502 | 1.52319 |
| CSGALNACT1 | NM_018371 | 0.0213203 | -1.50285 |
| DOCK9 | NM_015296 | 0.0316927 | -1.56242 |
| DPP4 | NMJ301935 | 0.0413474 | -1.58096 |
| DSC1 | NM_024421 | 0.0178057 | -1.70612 |
| ΕΡΗΧ2 | NM_G01979 | 0.0196545 | -1.59913 |
| FAM113B | BC008360 | 0.009905 | -1.52221 |
| FAM153B | NM 001079529 | 0.0198199 | -1.62746 |
PL 228 091 Β1
| Gene Symbol | RefSeq | Wartość p (Pacjent) | Krotność zmiany (NS vs.nie-NS) |
| FAM153B | NM_0Q1079529 | 0.0296789 | -1.5372 |
| FAM153C | NM_001079527 | 0.0323118 | -1.55234 |
| FCRL1 | NM_052938 | 0.0340379 | -1.65221 |
| FCRL2 | NM_030764 | 0.0132842 | -1.73915 |
| FLT3 | NM_004119 | 0.0329164 | 2.08236 |
| FMN1 | ENST0G000414268 | 0.00958055 | 2.79016 |
| FOS | NM 005252 | 0.0352322 | 1.6684 |
| FOSB | NM_006732 | 0.0159216 | 1.99281 |
| FSTL1 | NM_007Q85 | 0.0323571 | 1.58923 |
| G0S2 | NM_015714 | 0.0204903 | 1.55081 |
| GCET2 | NM_001008756 | 0.0179733 | -1.51726 |
| GPER | NM_001039966 | 0.0293458 | 1.51442 |
| GPR15 | NM_005290 | 0.0298187 | -3.08618 |
| GSDMB | NM001165958 | 0.00762663 | -1.72045 |
| HIVEP2 | NM_006734 | 0.00683168 | -1.54514 |
| ΗΜΟΧ1 | NM_002133 | 0.0130014 | 1.51249 |
| HRH4 | NM_021624 | 0.0415242 | -1.57451 |
| ICOS | N M 012092 | 0.0334686 | -1.61596 |
| IFNGR1 | NM_000416 | 0.0265609 | 1.541 |
| IKZF2 | NM_016260 | 0.0478205 | -1.56544 |
| IL1R2 | NM_004633 | 0.0394166 | 3.10348 |
| IL2RA | NM_000417 | 0.0302936 | -1.53516 |
| INPP4B | NM_003866 | 0.0494143 | -1.5426 |
| ITGA6 | NM_000210 | 0.0261737 | -1.62354 |
| JDP2 | NM_001135049 | 0.0107536 | 1.8113 |
| KCTD12 | NM_138444 | 0.012041 | 1.53324 |
| KIAA0748 | NM_001098815 | 0.0146606 | -1.51695 |
| LHFPL2 | NM 005779 | 0.0256441 | 1.56697 |
PL 228 091 Β1
| Gene Symbol | RefSeq | Wartość p (Pacjent) | Krotność zmiany (NS vs.nie-NS) |
| ŁOC100131581 | AK092544 | 0.0129399 | -1.69531 |
| LRRN3 | NM 001099660 | 0.0235208 | -2.5529 |
| LYVE1 | NM 006691 | 0,0378372 | 1.73741 |
| MAL | NM_002371 | 0,0273941 | -1.59613 |
| MARS2 | NM_138395 | 8.70681 e-007 | -1.54351 |
| MFSD2B | NM_001080473 | 0.0456674 | 1.5212 |
| MGAM | NM_00466B | 0.0273156 | 1.89092 |
| MS4A1 | NM_152866 | 0.0428405 | -1.78338 |
| MS4A3 | NM_006138 | 0.0469504 | -1.61668 |
| NAMPT | NM_005746 | 0.0360701 | 1.53312 |
| NAMPT | NM005746 | 0.0258243 | 1.583 |
| NELL2 | NM_006159 | 0.0192659 | -1.78015 |
| NFIL3 | NM_005384 | 0.0241924 | 1.69166 |
| NRGN | NMJ306176 | 0.0179662 | 1.6994 |
| OR52N4 | NM_001005175 | 0.0244699 | -1 64949 |
| OSBPL10 | NM_017784 | 0.013799 | -1.61061 |
| P2RY10 | NM_014499 | 0.0310185 | -1.53974 |
| PER1 | NM_002616 | 0.018923 | 1.63349 |
| PGA3 | NM_001079807 | 0.0116366 | 1.7659 |
| PGA4 | N MO01079808 | 0.0122908 | 1.84885 |
| PGA5 | NM_014224 | 0.0123735 | 1.82358 |
| PVALB | NM_002854 | 0.0371886 | 1.83557 |
| RASGRF2 | NM 006909 | 0.0341977 | -1.5221 |
| RASGRP3 | NM_170672 | 0.0309359 | -1.55868 |
| RIC3 | NM_024557 | 0.0260037 | -1.55672 |
| RNASE1 | NM_198232 | 0.0227935 | 1.95369 |
| SLED1 | NR 003542 | 0.028744 | 2.22292 |
| SNORA22 | NR 002961 | 0.0192458 | -1.78864 |
PL 228 091 Β1
| Gene Symbol | RefSeq | Wartość p (Pacjent) | Krotność zmiany (NS vs.nie-NS) |
| SNORA61 | NR_002987 | 0.0371973 | -1.5556 |
| SNORD116-24 | NR_003338 | 0.0230589 | -1.86354 |
| SNORD28 | NR_002562 | 0.0296354 | -1.68784 |
| SNORD42A | NR_000014 | 0.0172731 | -1.59266 |
| SNORD42B | NR 000013 | 0.0120945 | -1.5425 |
| SNORD47 | NR_002746 | 0.0277813 | -1.75842 |
| SPARC | NM_003118 | 0.0459948 | 1.77743 |
| SPIĆ | NM_152323 | 0.00905216 | 1.63721 |
| ST14 | NM_021978 | 0.0239803 | 1.53647 |
| STAP1 | NM_012108 | 0.0219813 | -1.77671 |
| TAS2R4 | NM_016944 | 0.00342938 | -1.57668 |
| TCN2 | NM_000355 | 0.0283251 | 1.87292 |
| TIMP1 | NM_003254 | 0.00838666 | 1.50224 |
| TMEM194B | NM001142645 | 0.0194176 | -1.594 |
| TPST1 | NM_003596 | 0.028574 | 2.0356 |
| TRAV8-3 | Χ58769 | 0,0357429 | -1.59254 |
| TSHZ2 | ENST00000371497 | 0.0128499 | -1.77547 |
| TSHZ2 | NM_173485 | 0.016395 | -1.59924 |
| VSIG1 | NM_001170553 | 0.0389136 | -1.53166 |
| ZNF253 | NM 021047 | 0.0240569 | -1.52272 |
| ZNF429 | NM001001415 | 0.000133358 | -1.97188 |
| ZNF493 | NM_001076678 | 0.0110629 | -1.50734 |
| ZNF860 | NM 001137674 | 0.0329027 | -1.67335 |
PL 228 091 Β1
Analiza ekspresji za pomocą hierarchicznej analizy skupisk (ang. Heat map) listy 209 transkryptów (NS vs nie_NS) wykazała odmienny profil transkrypcyjny, różnicujący badane grupy pacjentów.
Zwiększona ekspresja wybranych transkryptów (biomarkerów) skorelowana z wystąpieniem niewydolności
Ilościowy RT-qPCR został przeprowadzony w celu zwalidowania danych z mikromacierzy (WUM) oraz potwierdzenia wyników na niezależnej grupie pacjentów (UMB). Wykorzystując gen HPRT1 jako gen o stabilnej ekspresji (ang. housekeeping gene) wykazano, że geny FMN1, RNASE1, TIMP1, JDP2 mają podwyższoną ekspresję u pacjentów NS w porównaniu do pacjentów nie-NS.
Tabela 3
Wyniki walidacji wyników macierzowych na grupie WUM
| Symbol genu | Nazwa genu | Numer sekwencji referencyjnej (RefSeq) | Wynik mikromacierzy | RT-qPCR‘ |
| FMN1 | Formin 1 | NM 001103184 | 2.79 p = 0.01 | 2.15 p= 0.023 |
| RNASE | Ribonuclease, RNase A family, 1 (pancreatic) | NMJ 98232 | 1.95 p — 0.02 | 3.76 p = 0.006 |
| TIMP1 | TIMP metallopeptidase inhibitor 1 | NM_003254 | 1.50 p = 0.01 | 1.56 p = 0.003 |
| JDP2 | Jun dimerization protein 2 | NM_001135049 | 1.81 p = 0.01 | 1.85 p = 0.008 |
* wyniki normalizowano wobec genu HPRT1
Tabela 4
Wyniki walidacji na niezależnej grupie pacjentów (UMB)
| 1 Symbol genu | Nazwa genu | Numer sekwencji referencyjnej (RefSeq) | RT-qPCR* |
| FMN1 | Formin 1 | NM 001103184 | 1.91 p-0.042 |
| RNASE1 | Ribonuclease, RNase A family, 1 (pancreatic) | NMJ 98232 | 3.72 p=0.022 |
| TIMP1 | TIMP metallopeptidase inhibitor 1 | NM 003254 | 1.77 p=0.003 |
| JDP2 | Jun dimerization protein 2 | NM 001135049 | 1.517 p=0.037 |
•wyniki normalizowano wobec genu HPRT1
PL 228 091 B1
Modelowanie sieci genowych wykonano za pomocą oprogramowania Ingenuity Pathway Analysis (IPA). Bezpośrednie oddziaływania zaznaczone są liniami ciągłymi, natomiast oddziaływania pośrednie liniami przerywanymi. Na podstawie bazy literaturowej IPA sieć oddziaływań powiązano z występowaniem objawów przerostu serca.
Końcowe wnioski
1. Przeprowadzane badania potwierdzają istnienie korelacji między poziomami ekspresji transkryptów; FMN1, RNASE1, TIMP1, JDP2 z wartością ratowniczą pacjentów pozawałowych.
2. Otrzymane wyniki umożliwiają diagnostykę i/tub określenie, prognozy dla danego pacjenta, opartej na ekspresji mRNA wybranych transkryptów oznaczanych w RNA.
Referencje:
1. Czech M., Opolski G., Zdrojewski T., Dubiel J.S., Wizner B., Bolisęga D., Fedyk-Łukasik M. Grodzicki T. The costs of heart failure in Poland from the public payer's perspective. Polish programme assessing diagnostic procedures, treatment and costs in patients with heart failure in randomly selected outpatient clinics and hospitals at different levels of care: POLKARD. Kardiol Pol. 2013; 71(3): 224-32.
2. Anwaruddin S., Askari A.T., Topol E.J., Redefining risk in acute coronary syndromes using molecular medicine. J Am Coll Cardiol. 2007; 49(3): 279-89.
3. Horne B.D., Carlquist J.F., Muhlestein J.B., Nicholas Z.P., Anderson J.L.; Intermountain Heart Collaborative Study Group. Associations with myocardial infarction of six polymorphisms selected from a three-stage genome-wide association study. J. Am Heart 2007; 154(5): 969-75.
4. Madjid M., Awan I., Willerson J.T., Casscells S.W., Leukocyte count and coronary heart disease: implications for risk assessment. J Am Coll Cardiol 2004; 44(10): 1945-56.
5. Iqbal N., Wentworth B., Choudhary R., Landa Ade L., Kipper B., Fard A., Maisel A.S. Cardiac biomarkers: new tools for heart failure management. Cardiovasc Diagn Ther. 2012; 2(2): 147-64.
6. Cohn J.N., Ferrari R., Sharpe N. Cardiac remodeling: concepts and clinical implications. A consensus paper from an international forum on cardiac remodeling. J Am Coll Cardiol. 2000; 35: 569-582.
7. Savoye Ch., Equine O., Tricot O., et al. Left Ventricular Remodeling After Anterior Wall Acute Myocardial Infarction in Modern Clinical Practice (from the REmodelage VEntriculaire [REVE] Study Group). Am J Cardiol 2006; 98: 1144-1149.
8. Sinnaeve, P.R., Donahue M.P., Grass P., Seo D., Vonderscher J., Chibout S.D., Kraus W.E., Sketch M., Nelson C., Ginsburg G.S., Goldschmidt-Clermont P.J., Granger C.B., Gene expression patterns in peripheral blood correlate with the extent of coronary artery disease. PLoS One. 2009, 4(9), e7037.
9. Joehanes R., Johnson A.D., Barb J.J., Raghavachari N., Liu P., Woodhouse K.A., O'Donnell C.J., Munson P.J., Levy D. Gene expression analysis of whole blood,peripheral blood mononuclear cells, and lymphoblastoid cell lines from the Framingham Heart Study. Physiol Genomics. 2012; 44(1): 59-75.
10. Barton P.J., Birks E.J., Felkin L.E., Cullen M.E., Koban M.U., Yacoub M.H. Increased expression of extracellular matrix regulators TIMP1 and MMP1 in deteriorating heart failure. J Heart Lung Transplant. 2003; 22(7): 738-44.
11. Polyakova V., Loeffler I., Hein S., Miyagawa S., Piotrowska I., Dammer S., Risteli J., Schaper J., Kostin S. Fibrosis in endstage human heart failure: severe changes in collagen metabolism and MMP/TIMP profiles. Int J Cardiol. 2011; 151(1): 18-33.
12. Ahmed S.H., Clark L.L., Pennington W.R., Webb C.S., Bonnema D.D., Leonardi A.H., McClure C.D., Spinale F.G., Zile M.R. Matrix metalloproteinases/tissue inhibitors of metalloproteinases: relationship between changes in proteolytic determinants of matrix composition and structural, functional, and clinical manifestations of hypertensive heart disease. Circulation. 2008; 113(17): 2089-96.
13. Vo T.K., de Saint-Hubert M., Morrhaye G., Godard P., Geenen V., Martens H.J., Debacq- Chainiaux F., Swine C., Toussaint O. Transcriptomic biomarkers of the response of hospitalized geriatric patients admitted with heart failure. Comparison to hospitalized geriatric patients with infectious diseases or hip fracture. Mech Ageing Dev. 2011; 132(3): 131 -9.
PL 228 091 B1
14. Vang D., Chen Q., Rosenberg H.F., Rybak S.M., Newton D.L., Wang Z.Y., Fu Q., Tchernev V.T., Wang M., Schweitzer B., Kingsmore S.F., Patel D.D., Oppenheim J.J., Howard O.M. Human ribonuclease A superfamily members, eosinophil-derived neurotoxin and pancreatic ribonuclease, induce dendritic cell maturation and activation. J Immunol. 2004; 173(10) 6134-42.
15. Shaulian E., Karin M.: AP-1 as a regulator of cell life and death. Nat. Cell Biol., 2002; 4: E131 -E136.
16. Katz S., Heinrich R., Aronheim A. The AP-1 repressor, JDP2, is a bona fide substrate for the c-Jun N-terminal kinase. FEBS Lett. 2001; 506(3): 196-200.
17. Sugden P.H. Signalling pathways in cardiac myocyte hypertrophy. Ann Med. 2001; 33(9): 611 -22.
18. Hill C., Wurfel A., Heger J., Meyering B., Schluter K.D., Weber M., Ferdinandy P., Aronheim A., Schulz R., Euler G. Inhibition of AP-1 signaling by JDP2 overexpression protects cardiomyocytes against hypertrophy and apoptosis induction. Cardiovasc Res. 2013; 99(1 ): 121 -8.
19. Surma M., Wei L., Shi J. Rho kinase as a therapeutic target in cardiovascular disease. Future Cardiol. 2011; 7(5): 657-71.
20. Young K.G., Copeland J.W. Formins in cell signaling. Biochim Biophys Acta, 2010; 1803(2): 183-90.
Claims (8)
1. Zestaw biomarkerów transkryptomicznych do zastosowania w stratyfikacji indywidualnego ryzyka rozwoju pozawałowej niewydolności serca odpowiadające podwyższonemu względem poziomu ekspresji u osób zdrowych poziomowi ekspresji wszystkich spośród transkryptów genowych: FMN1, RNASE1 i JDP2.
2. Zestaw według zastrz. 2, znamienny tym, że poziom ekspresji biomarkerów transkryptomicznych oznacza poziom ekspresji mRNA tych genów, korzystnie wyizolowanego z jednojądrzastych komórek krwi obwodowej i/lub krwi pełnej.
3. Sposób diagnozowania ryzyka wystąpienia u pacjenta pozawałowej niewydolności serca, znamienny tym, że wyznacza się in vitro profil ekspresji genów z grupy transkryptów obejmującej: FMN1, RNASE1 i JDP2 w leukocytach w próbce biologicznej pozyskanej od pacjenta po przebytym zawale serca, po czym na podstawie uzyskanego profilu określa się ryzyko wystąpienia niewydolności serca.
4. Sposób według zastrz. 3, znamienny tym, że biologiczną próbka jest próbką krwi, komórkami krwi, surowicą, osoczem lub korzystnie jednojądrzastymi komórkami krwi obwodowej.
5. Sposób według zastrz. 3 albo 4, znamienny tym, że oznacza się poziom ekspresji mRNA biomarkerów.
6. Sposób według zastrz. 3-5, znamienny tym, że podwyższony względem poziomu ekspresji u osób zdrowych poziom ekspresji biomarkerów jest skorelowany ze stanem chorobowym.
7. Sposób według zastrz. 3-6, znamienny tym, że ekspresję biomarkera oznacza się metodą immunochemiczną, w której ryzyko diagnozuje się na podstawie układu wiązania lub braku wiązania próbki z panelem.
8. Zastosowanie biomarkerów określonych zastrz. 1 do diagnostyki in vitro rozwoju pozawałowej niewydolności serca.
Priority Applications (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL407163A PL228091B1 (pl) | 2014-02-12 | 2014-02-12 | Zestaw biomarkerów transkryptomicznych do zastosowania w stratyfikacji indywidualnego ryzyka rozwoju pozawałowej niewydolnosci serca, sposób diagnozowania ryzyka wystapienia u pacjenta pozawałowej niewydolnosci serca i zastosowanie biomarkerów do diagnostyki in vitro |
| EP15712187.2A EP3105350B1 (en) | 2014-02-12 | 2015-02-12 | Transcriptomic biomarkers, method for determination thereof and use of transcriptomic biomarkers for individual risk assessment of developing post-infarction heart failure |
| PCT/IB2015/000141 WO2015121737A2 (en) | 2014-02-12 | 2015-02-12 | Transcriptomic biomarkers, method for determination thereof and use of trnascriptomic biomarkers for individual risk assessment of developing post-infraction heart failure |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL407163A PL228091B1 (pl) | 2014-02-12 | 2014-02-12 | Zestaw biomarkerów transkryptomicznych do zastosowania w stratyfikacji indywidualnego ryzyka rozwoju pozawałowej niewydolnosci serca, sposób diagnozowania ryzyka wystapienia u pacjenta pozawałowej niewydolnosci serca i zastosowanie biomarkerów do diagnostyki in vitro |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL407163A1 PL407163A1 (pl) | 2015-08-17 |
| PL228091B1 true PL228091B1 (pl) | 2018-02-28 |
Family
ID=52737367
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL407163A PL228091B1 (pl) | 2014-02-12 | 2014-02-12 | Zestaw biomarkerów transkryptomicznych do zastosowania w stratyfikacji indywidualnego ryzyka rozwoju pozawałowej niewydolnosci serca, sposób diagnozowania ryzyka wystapienia u pacjenta pozawałowej niewydolnosci serca i zastosowanie biomarkerów do diagnostyki in vitro |
Country Status (3)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (1) | EP3105350B1 (pl) |
| PL (1) | PL228091B1 (pl) |
| WO (1) | WO2015121737A2 (pl) |
Families Citing this family (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| GB201902077D0 (en) * | 2019-02-14 | 2019-04-03 | Univ College Dublin Nat Univ Ireland Dublin | Biomarkers |
| CN110478484B (zh) * | 2019-08-08 | 2021-10-26 | 中山大学 | 抑制jdp2表达的物质在制备抗肿瘤药物中的应用 |
| DE102020205364B4 (de) | 2020-04-28 | 2022-01-20 | Universität Rostock | Verfahren zur Überwachung des Verlaufs einer Kardiomyozyten-Transplantation und Methode zur Bestimmung, ob ein Proband für einer Kardiomyozyten-Transplantation geeignet ist |
| CN111593121A (zh) * | 2020-07-07 | 2020-08-28 | 吉林大学 | G0s2基因在急性心肌梗死风险预测标记物中的用途 |
Family Cites Families (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2009544013A (ja) * | 2006-07-11 | 2009-12-10 | エムユーエスシー ファウンデーション フォー リサーチ ディベロップメント | プロテアーゼおよびプロテアーゼ阻害因子のプロファイリングによる心筋梗塞後の心不全の予測 |
| RU2545757C2 (ru) * | 2008-10-30 | 2015-04-10 | Сантр Де Решерш Пюблик Де Ля Сантэ | Биомаркеры |
| WO2013148316A1 (en) * | 2012-03-29 | 2013-10-03 | Biogen Idec Ma Inc. | Biomarkers for use in integrin therapy applications |
-
2014
- 2014-02-12 PL PL407163A patent/PL228091B1/pl unknown
-
2015
- 2015-02-12 EP EP15712187.2A patent/EP3105350B1/en active Active
- 2015-02-12 WO PCT/IB2015/000141 patent/WO2015121737A2/en not_active Ceased
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| WO2015121737A2 (en) | 2015-08-20 |
| EP3105350B1 (en) | 2019-04-10 |
| WO2015121737A4 (en) | 2016-02-04 |
| PL407163A1 (pl) | 2015-08-17 |
| WO2015121737A3 (en) | 2015-11-26 |
| EP3105350A2 (en) | 2016-12-21 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US12012635B2 (en) | Methods and compositions for assessing patients with preeclampsia-related conditions using MicroRNA | |
| Uyar et al. | Cumulus and granulosa cell markers of oocyte and embryo quality | |
| Silva et al. | Forensic miRNA: potential biomarker for body fluids? | |
| US20230036585A1 (en) | Novel methods for early identification of bone healing ability in injured patients | |
| Gunel et al. | Expression profiling of maternal plasma and placenta microRNAs in preeclamptic pregnancies by microarray technology | |
| Kakimoto et al. | MicroRNA deep sequencing reveals chamber-specific miR-208 family expression patterns in the human heart | |
| KR102505827B1 (ko) | 이식거부 및 면억억제 요법의 내성을 진단하기 위한 마이크로 리보핵산(miRNA)의 용도 | |
| WO2007139779A2 (en) | Identification of genes or polypeptides the expression of which correlates to fertility, ovarian function and/or fetal/newborn viability | |
| Ohki et al. | Gene expression profiling of human atrial myocardium with atrial fibrillation by DNA microarray analysis | |
| EP3105350B1 (en) | Transcriptomic biomarkers, method for determination thereof and use of transcriptomic biomarkers for individual risk assessment of developing post-infarction heart failure | |
| Ren et al. | RNA‑seq profiling of mRNA associated with hypertrophic cardiomyopathy | |
| US20130210670A1 (en) | Method for determining a biological pathway activity | |
| US20220002809A1 (en) | Dna methylation based estimator of telomere length | |
| CN110387411A (zh) | 用于检测狼疮性肾炎或评估狼疮性肾炎风险的方法及其应用 | |
| Campos et al. | Reduced circulating miR-196b levels is associated with preeclampsia | |
| US11851708B2 (en) | Diagnosis and treatment of psoriatic arthritis | |
| Cejas et al. | Comparative genome-wide DNA methylation analysis in myocardial tissue from donors with and without Down syndrome | |
| US20110287961A1 (en) | Expression analysis of coronary artery atherosclerosis | |
| Jiang et al. | Ablation of Stat3 by siRNA alters gene expression profiles in JEG-3 cells: a systems biology approach | |
| US20240125766A1 (en) | Method for determining suitability of a subject to anti tnf alpha therapy | |
| Lakkireddy et al. | Quantitative Expression Analysis of Circulating miRNAs Reveals Significant Association with Cardiovascular Pathogenesis in Women | |
| Viana | LncRNA and atrial fibrillation: new perspectives for molecular pathophysiology | |
| Kim et al. | Research Article Genome-Wide Analysis of DNA Methylation in Human Amnion |