NL2023987B1 - Immune cell quantification - Google Patents

Immune cell quantification Download PDF

Info

Publication number
NL2023987B1
NL2023987B1 NL2023987A NL2023987A NL2023987B1 NL 2023987 B1 NL2023987 B1 NL 2023987B1 NL 2023987 A NL2023987 A NL 2023987A NL 2023987 A NL2023987 A NL 2023987A NL 2023987 B1 NL2023987 B1 NL 2023987B1
Authority
NL
Netherlands
Prior art keywords
cells
sample
cell
dna
dna marker
Prior art date
Application number
NL2023987A
Other languages
English (en)
Inventor
J Nell Rogier
H Zoutman Willem
A Van Der Velden Pieter
Original Assignee
Academisch Ziekenhuis Leiden
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Academisch Ziekenhuis Leiden filed Critical Academisch Ziekenhuis Leiden
Priority to NL2023987A priority Critical patent/NL2023987B1/en
Priority to EP20792764.1A priority patent/EP4041917A1/en
Priority to CA3157148A priority patent/CA3157148A1/en
Priority to PCT/NL2020/050622 priority patent/WO2021071358A1/en
Priority to AU2020364913A priority patent/AU2020364913A1/en
Application granted granted Critical
Publication of NL2023987B1 publication Critical patent/NL2023987B1/en

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6881—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for tissue or cell typing, e.g. human leukocyte antigen [HLA] probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (47)

CONCLUSIES
1. Werkwijze voor het bepalen van de fractie van VDJ herschikte humane T-cellen in een monster, waarbij de werkwijze omvat: a) het in het monster kwantificeren van de hoeveelheid van: een diploïde referentie DNA marker; een TCR DNA marker die geselecteerd is uit een intergene regio tussen Dò2 en Dò3 op chromosoom 14q11.2, of een intergene regio tussen DB1 en JB1.1 op chromosoom 7q34; en een DNA regionale corrector van de TCR marker; en b) het bepalen van de fractie van VDJ herschikte T-cellen in het monster, op basis van de in stap (a) verkregen kwantificering.
2. Werkwijze volgens conclusie 1, waarin de VDJ herschikte humane T-cellen een T-cel receptor uitdrukken.
3. Werkwijze volgens een der voorgaande conclusies, waarin de fractie van VDJ herschikte T-cellen als volgt wordt bepaald: fractie T-cellen = ([DNA regionale corrector] — [TCR DNA marker]) / [diploïde referentie DNA marker].
4. Werkwijze volgens een der voorgaande conclusie, waarin de TCR DNA marker een intergene regio is tussen Dò2 en Dò3 op chromosoom 14q11.2, en de DNA regionale corrector is geselecteerd uit de groep die bestaat uit: CHD8, METTL3, SALL2 en TOX4.
5. Werkwijze volgens een der voorgaande conclusies, waarin de TCR DNA marker een intergene regio is tussen DB1 en JB1.1 op chromosoom 7q34, en de DNA regionale corrector is geselecteerd uit de groep die bestaat uit: TRBC2, BRAF, MOXD2P, PRSS58, MGAM, TAS2R38, en CLECSA.
6. Werkwijze volgens een der voorgaande conclusies, waarin de diploïde referentie DNA marker is geselecteerd uit de groep die bestaat uit: exon 14 of DNM3, TTC5, TERT, VOPP1.
7. Werkwijze volgens een der voorgaande conclusies, waarin het monster maligne cellen omvat.
8. Werkwijze volgens een der voorgaande conclusies, waarin het monster DNA omvat met kopie-aantalwijzigingen van chromosoom 14q of chromosoom 7q.
9. Werkwijze volgens een der voorgaande conclusies, waarin het monster een weefselmonster of een monster van lichaamsvocht is, optioneel waarin het monster van lichaamsvocht glasachtig-lichaamsvocht, cerebrospinale vloeistof, peritoneale vloeistof, amnionvocht, pleurale vloeistof, of gewrichtsvocht is.
10. Werkwijze volgens een der voorgaande conclusies, waarin de diploïde referentie DNA marker, de TCR DNA marker, en de DNA regionale corrector gekwantificeerd worden door gebruik te maken van een multiplex-assay.
11.Werkwize volgens een der voorgaande conclusies, waarin de diploïde referentie DNA marker, de TCR DNA marker, en de regionale corrector gekwantificeerd worden door gebruik te maken van digitale PCR.
12. Werkwijze volgens een der voorgaande conclusies, waarin het monster is afgenomen bij een subject.
13. Werkwijze volgens een der voorgaande conclusies, waarin de werkwijze bedoeld is voor het monitoren van de progressie van een ziekte, voor het bepalen van het effect van een geneesmiddel dat gebruikt wordt bij de behandeling van een ziekte, voor het bepalen van de prognose van een ziekte, of voor het diagnosticeren van een ziekte.
14. Werkwijze volgens conclusie 13, waarin de ziekte een infectieziekte, een auto- immuunziekte, of een kanker is.
15.Werkwize volgens conclusie 14, waarin de kanker uveamelanoom, huidmelanoom, of welke andere vaste tumor dan ook is.
16. Werkwijze volgens conclusie 14, waarin de auto-immuunziekte reumatoide artritis, multiple sclerose, type 1 diabetes, of chronische inflammatoire darmziekte is.
17. Werkwijze volgens conclusie 14, waarin de infectieziekte is: (i) een virale infectie, optioneel waarin de virale infectie hiv of hepatitis is; of (i) een bacteriële infectie, optioneel waarin de bacteriële infectie tuberculose of pertussis is.
18. Werkwijze voor het bepalen van de fractie van VDJ herschikte humane B-cellen in een monster, waarbij de werkwijze omvat: a) het in het monster kwantificeren van de hoeveelheid van: een diploïde referentie DNA marker; en een B-cel DNA marker die een intergene sequentie omvat tussen IGHD7-27 en IGHJ1 op chromosoom 14q32.33; en b) het bepalen van de fractie VDJ herschikte humane B-cellen in het monster, op basis van de kwantificering die verkregen werd in stap (a).
19. Werkwijze volgens conclusie 18, waarin de fractie VDJ herschikte humane B- cellen wordt bepaald als: fractie B-cellen = 1- ([B-cel DNA marker] / [diploïde referentie DNA marker]).
20. Werkwijze volgens conclusie 18, waarin stap (a) van de werkwijze bovendien het in het monster kwantificeren omvat van een DNA regionale corrector van de B-cel DNA marker en het bepalen van de fractie van de VDJ herschikte humane B-cellen als: fractie B-cellen = ([DNA regionale corrector] — [B-cel DNA marker]) / [diploïde referentie DNA marker].
21. Werkwijze volgens conclusie 20, waarin de regionale corrector is geselecteerd uit de groep die bestaat uit: IGHA2, TMEM121, MARKS, BAG5, KLC1, MTA1, CRIP2, PACS2, BRF1, JAG2 en PLD4.
22. Werkwijze volgens een der conclusies 18 tot en met 21, waarin stap (a) van de werkwijze bovendien het in het monster bepalen omvat van de fractie van de klasse-gewijzigde VDJ herschikte humane B-cellen door: i) het in het monster kwantificeren van een klasse-gewijzigde B-cel DNA marker die een sequentie omvat van /GHD op chromosoom 1432.33; en ii) het bepalen van de fractie van de klasse-gewijzigde VDJ herschikte humane B-cellen.
23. Werkwijze voor het in een monster bepalen van de fractie van klasse-gewijzigde humane B-cellen, waarbij de werkwijze omvat: a) het in het monster kwantificeren van de hoeveelheid van: een diploïde referentie DNA marker; en een klasse-gewijzigde B-cel DNA marker die een sequentie van IGHD omvat op chromosoom 14q32.33, en b)} het in het monster bepalen van de fractie van de klasse-gewijzigde humane B-cellen op basis van de kwantificering die verkregen werd in stap (a).
24. Werkwijze volgens conclusie 23, waarin de fractie van de klasse-gewijzigde humane B-cellen wordt bepaald als: klasse-gewijzigde fractie = 1- ([klasse-gewijzigde B-cel DNA marker] / [diploïde referentie DNA marker]).
25. Werkwijze volgens conclusie 23, waarin stap (a) van de werkwijze bovendien het in het monster kwantificeren omvat van een DNA regionale corrector van de klasse-gewijzigde B-cel DNA marker, en het bepalen van de fractie van de klasse-gewijzigde humane B-cellen als: klasse-gewijzigde fractie = ([DNA regionale corrector] — [klasse-gewijzigde B-cel DNA marker]) / [diploïde referentie DNA marker].
26. Werkwijze volgens conclusie 25, waarin de regionale corrector is geselecteerd uit de groep die bestaat uit: IGHA2, TMEM121, MARKS, BAGS, KLC1, MTA1, CRIP2, PACS2, BRF1, JAG2 en PLD4. 2/.
Werkwijze volgens een der conclusies 18 tot en met 26, waarin de VDJ herschikte humane B-cellen een B-cel receptor of een antilichaam uitdrukken.
28. Werkwijze volgens een der conclusies 18 tot en met 27, waarin de diploïde referentie DNA marker is geselecteerd uit de groep die bestaat uit: exon 14 of DNM3, TTC5, TERT, VOPP1.
29. Werkwijze volgens een der conclusies 18 tot en met 28, waarin het monster maligne cellen omvat.
30. Werkwijze volgens een der conclusies 18 tot en met 29, waarin het monster DNA omvat met kopie-aantalwijzigingen van chromosoom 14q.
31. Werkwijze volgens een der conclusies 18 tot en met 30, waarin het monster een weefselmonster of een monster van lichaamsvocht of een monster van lichaamsvocht is, optioneel waarin het monster glasachtig-lichaamsvocht, cerebrospinale vloeistof, peritoneale vloeistof, amnionvocht, pleurale vloeistof, of gewrichtsvocht is.
32. Werkwijze volgens een der conclusies 18 tot en met 31, waarin de diploïde referentie DNA marker, de B-cel DNA marker, en optioneel de DNA-regionale corrector worden gekwantificeerd door gebruik te maken van een multiplex- assay.
33. Werkwijze volgens een der conclusies 18 tot en met 32, waarin de diploïde referentie DNA marker, de B-cel DNA marker, en optioneel de DNA regionale corrector worden gekwantificeerd door gebruik te maken van digitale PCR.
34. Werkwijze volgens een der conclusies 18 tot en met 33, waarin het monster is afgenomen bij een subject.
35. Werkwijze volgens een der conclusies 18 tot en met 34, waarin de werkwijze bedoeld is voor het monitoren van de progressie van een ziekte, voor het bepalen van het effect van een geneesmiddel dat gebruikt wordt bij de behandeling van een ziekte, voor het bepalen van de prognose van een ziekte, of voor het diagnosticeren van een ziekte.
36. Werkwijze volgens conclusie 35, waarin de ziekte geselecteerd is uit een infectieziekte, een auto-immuunziekte, of een kanker.
37. Werkwijze volgens conclusie 36, waarin de kanker een B-cel lymfoom of welke andere vaste tumor dan ook is die ontstoken is, optioneel waarin de vaste tumor melanoom is.
38. Werkwijze volgens conclusie 36, waarin de auto-immuunziekte reumatoide artritis, multiple sclerose, type 1 diabetes, of inflammatoire darmziekte is.
39. Werkwijze volgens conclusie 36, waarin de infectieziekte is: (i) een virale infectie, optioneel waarin de virale infectie hepatitis is; of (i) een bacteriële infectie, optioneel waarin de bacteriële infectie tuberculose of pertussis is.
40. Kit voor het bepalen van de fractie van VDJ herschikte humane T-cellen in een monster, waarbij de kit omvat: a) ten minste één primer en/of probe voor het specifiek amplificeren van een diploïde referentie DNA marker; b) ten minste één primer en/of probe voor het specifiek amplificeren van een TCR DNA marker, geselecteerd uit een intergene regio tussen Dò2 en Dò3 op chromosoom 14q11.2, of een intergene regio tussen DB7 en JB1.1 op chromosoom 7q34; en c) ten minste één primer en/of probe voor het specifiek amplificeren van een DNA regionale corrector van de TCR marker.
41.Kit volgens conclusie 40, waarin: (iy de TCR DNA marker een intergene regio is tussen Dò2 en Dò3 op chromosoom 14q11.2, en de DNA-regio corrector is geselecteerd uit de groep die bestaat uit: CHD8, METTL3, SALL2 en TOX4; of (ii) de TCR DNA marker een intergene regio is tussen DB7 en JB1.1 op chromosoom /q34, en de DNA regionale corrector is geselecteerd uit de groep die bestaat uit: TRBC2, BRAF, MOXD2P, PRSS58, MGAM, TAS2R38, en CLECSA.
42 Kit volgens conclusie 40 of 41, waarin de diploïde referentie DNA marker is geselecteerd uit de groep die bestaat uit: exon 14 of DNM3, TTC5, TERT, VOPP1.
43. Kit voor het bepalen van de fractie van VDJ herschikte humane B-cellen in een monster, waarbij de kit omvat: a) ten minste één primer en/of probe voor het specifiek amplificeren van een diploïde referentie DNA marker; en b) ten minste één primer en/of probe voor het specifiek amplificeren van een B-cel DNA marker, een intergene sequentie omvattende tussen IGHD7-27 en IGHJ1 op chromosoom 14q32.33; en optioneel ten minste één primer en/of probe voor het specifiek amplificeren van een DNA regionale corrector van de B-cel DNA marker.
44. Kit volgens conclusie 43, bovendien omvattende: c) ten minste één primer en/of probe voor het specifiek amplificeren van een klasse-gewijzigde B-cel DNA-marker die een sequentie omvat van IGHD op chromosoom 14q32.33.
45.Kit voor het bepalen van de fractie van klasse-gewijzigde humane B-cellen in een monster, waarbij de kit omvat: a) ten minste één primer en/of probe voor het specifiek amplificeren van een diploïde referentie DNA marker; en b) ten minste één primer en/of probe voor het specifiek amplificeren van een klasse-gewijzigde B-cel DNA marker die een sequentie omvat van IGHD op chromosoom 14q32.33; en optioneel ten minste één primer en/of probe voor het specifiek amplificeren van een DNA regionale corrector van de klasse-gewijzigde B-cel DNA marker.
46. Kit volgens een der conclusies 43 tot en met 45, waarin de diploïde referentie DNA marker is geselecteerd uit de groep die bestaat uit: exon 14 of DNM3, TTC5, TERT, VOPP1.
47.Kit volgens een der conclusies 43 tot en met 46, waarin de regionale corrector is geselecteerd uit de groep die bestaat uit: IGHA2, TMEM121, MARK3, BAG5, KLC1, MTA1, CRIP2, PACS2, BRF1, JAG2 en PLD4.
NL2023987A 2019-10-09 2019-10-09 Immune cell quantification NL2023987B1 (en)

Priority Applications (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
NL2023987A NL2023987B1 (en) 2019-10-09 2019-10-09 Immune cell quantification
EP20792764.1A EP4041917A1 (en) 2019-10-09 2020-10-08 Immune cell quantification
CA3157148A CA3157148A1 (en) 2019-10-09 2020-10-08 Immune cell quantification
PCT/NL2020/050622 WO2021071358A1 (en) 2019-10-09 2020-10-08 Immune cell quantification
AU2020364913A AU2020364913A1 (en) 2019-10-09 2020-10-08 Immune cell quantification

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
NL2023987A NL2023987B1 (en) 2019-10-09 2019-10-09 Immune cell quantification

Publications (1)

Publication Number Publication Date
NL2023987B1 true NL2023987B1 (en) 2021-06-07

Family

ID=68425239

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
NL2023987A NL2023987B1 (en) 2019-10-09 2019-10-09 Immune cell quantification

Country Status (5)

Country Link
EP (1) EP4041917A1 (nl)
AU (1) AU2020364913A1 (nl)
CA (1) CA3157148A1 (nl)
NL (1) NL2023987B1 (nl)
WO (1) WO2021071358A1 (nl)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2023002046A1 (en) * 2021-07-22 2023-01-26 The Francis Crick Institute Determination of lymphocyte abundance in mixed samples
CN115976221B (zh) * 2023-03-21 2023-05-23 迈杰转化医学研究(苏州)有限公司 一种用于bcr或tcr重排定量检测的内掺参考物及其制备方法和应用

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20110003291A1 (en) * 2007-11-26 2011-01-06 Nicolas Pasqual Method for studying v(d)j combinatory diversity
WO2013059725A1 (en) * 2011-10-21 2013-04-25 Adaptive Biotechnologies Corporation Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20110003291A1 (en) * 2007-11-26 2011-01-06 Nicolas Pasqual Method for studying v(d)j combinatory diversity
WO2013059725A1 (en) * 2011-10-21 2013-04-25 Adaptive Biotechnologies Corporation Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells

Non-Patent Citations (58)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
"Singleton and Sainsbury, Dictionary of Microbiology and Molecular Biology", 1994, JOHN WILEY AND SONS
BAHLOUL, M.ASNAFI, V.MACINTYRE, E.: "Clinical impact of molecular diagnostics in low-grade lymphoma", BEST PRACTICE & RESEARCH CLINICAL HAEMATOLOGY, vol. 18, 2005, pages 97 - 111, XP004728518, DOI: 10.1016/j.beha.2004.08.005
BRADFIELD, S. M.RADICH, J. P.LOKEN, M. R.: "Graft-versus-leukemia effect in acute lymphoblastic leukemia: the importance of tumor burden and early detection", LEUKEMIA, vol. 18, 2004, pages 1156 - 1158
BRUGGEMANN, M.POTT, C.RITGEN, M.KNEBA, M.: "Significance of minimal residual disease in lymphoid malignancies", ACTA HAEMATOLOGICA, vol. 112, 2004, pages 111 - 119
BUSTIN, S. A.BENES, V.GARSON, J. A.HELLEMANS, J.HUGGETT, J.KUBISTA, M.MUELLER, R.NOLAN, T.PFAFFL, M. W.SHIPLEY, G. L. ET AL.: "The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments", CLIN CHEM, vol. 55, 2009, pages 611 - 622, XP055096284, DOI: 10.1373/clinchem.2008.112797
CARLSON, C. S.EMERSON, R. 0.SHERWOOD, A. M.DESMARAIS, C.CHUNG, M. W.PARSONS, J. M.STEEN, M. S.LAMADRID-HERRMANNSFELDT, M. A.WILLIA: "Using synthetic templates to design an unbiased multiplex PCR assay", NATURE COMMUNICATIONS, vol. 4, 2013, pages 2680, XP008165824, DOI: 10.1038/ncomms3680
CARTER, S. L.CIBULSKIS, K.HELMAN, E.MCKENNA, A.SHEN, H.ZACK, T.LAIRD, P. W.ONOFRIO, R. C.WINCKLER, W.WEIR, B. A. ET AL.: "Absolute quantification of somatic DNA alterations in human cancer", NAT BIOTECHNOL, vol. 30, 2012, pages 413 - 421, XP055563480, DOI: 10.1038/nbt.2203
CASTANEDA, C. A.MITTENDORF, E.CASAVILCA, S.WU, Y.CASTILLO, M.ARBOLEDA, P.NUNEZ, T.GUERRA, H.BARRIONUEVO, C.DOLORES-CERNA, K. ET AL: "Tumor infiltrating lymphocytes in triple negative breast cancer receiving neoadjuvant chemotherapy", WORLD J CLIN ONCOL, vol. 7, 2016, pages 387 - 394
CAVE, H.VAN DER WERFF TEN BOSCH, J.SUCIU, S.GUIDAL, C.WATERKEYN, C.OTTEN, J.BAKKUS, M.THIELEMANS, K.GRANDCHAMP, B.VILMER, E.: "Clinical significance of minimal residual disease in childhood acute lymphoblastic leukemia. European Organization for Research and Treatment of Cancer--Childhood Leukemia Cooperative Group", N ENGL J MED, vol. 339, 1998, pages 591 - 598
CIUDAD, J.SAN MIGUEL, J. F.LOPEZ-BERGES, M. C.GARCIA MARCOS, M. A.GONZALEZ, M.VAZQUEZ, L.DEL CANIZO, M. C.LOPEZ, A.VAN DONGEN, J. : "Detection of abnormalities in B-cell differentiation pattern is a useful tool to predict relapse in precursor-B-ALL", BR J HAEMATOL, vol. 104, 1999, pages 695 - 705
COSTA, S.SCHUTZ, S.CORNEC, D.UGUEN, A.QUINTIN-ROUE, I.LESOURD, A.BERTHELOT, J. M.HACHULLA, E.HATRON, P. Y.GOEB, V. ET AL.: "B-cell and T-cell quantification in minor salivary glands in primary Sjogren's syndrome: development and validation of a pixel-based digital procedure", ARTHRITIS RESEARCH & THERAPY, vol. 18, 2016, pages 21
COUSTAN-SMITH, E.SANCHO, J.BEHM, F. G.HANCOCK, M. L.RAZZOUK, B. I.RIBEIRO, R. C.RIVERA, G. K.RUBNITZ, J. E.SANDLUND, J. T.PUI, C. : "Prognostic importance of measuring early clearance of leukemic cells by flow cytometry in childhood acute lymphoblastic leukemia", BLOOD, vol. 100, 2002, pages 52 - 58
COUSTAN-SMITH, E.SANCHO, J.HANCOCK, M. L.BOYETT, J. M.BEHM, F. G.RAIMONDI, S. C.SANDLUND, J. T.RIVERA, G. K.RUBNITZ, J. E.RIBEIRO,: "Clinical importance of minimal residual disease in childhood acute lymphoblastic leukemia", BLOOD, vol. 96, 2000, pages 2691 - 2696
DANCEY ET AL., SEMIN. ONCOL., vol. 36, no. 3, 2009, pages S46
DAVIS, M. M.BJORKMAN, P. J.: "T-cell antigen receptor genes and T-cell recognition", NATURE, vol. 334, 1988, pages 395 - 402
DE LANGE, M. J.NELL, R. J.LALAI, R. N.VERSLUIS, M.JORDANOVA, E. S.LUYTEN, G. P. M.JAGER, M. J.VAN DER BURG, S. H.ZOUTMAN, W. H.VAN: "Digital PCR-Based T-cell Quantification-Assisted Deconvolution of the Microenvironment Reveals that Activated Macrophages Drive Tumor Inflammation in Uveal Melanoma", MOL CANCER RES, vol. 16, 2018, pages 1902 - 1911
DIK, W. A.PIKE-OVERZET, K.WEERKAMP, F.DE RIDDER, D.DE HAAS, E. F.BAERT, M. R.VAN DER SPEK, P.KOSTER, E. E.REINDERS, M. J.VAN DONGE: "New insights on human T cell development by quantitative T cell receptor gene rearrangement studies and gene expression profiling", THE JOURNAL OF EXPERIMENTAL MEDICINE, vol. 201, 2005, pages 1715 - 1723
DUBE, S.QIN, J.RAMAKRISHNAN, R.: "Mathematical analysis of copy number variation in a DNA sample using digital PCR on a nanofluidic device", PLOS ONE, vol. 3, 2008, pages e2876, XP055094251, DOI: 10.1371/journal.pone.0002876
EVANS, P. A.POTT, C.GROENEN, P. J.SALLES, G.DAVI, F.BERGER, F.GARCIA, J. F.VAN KRIEKEN, J. H.PALS, S.KLUIN, P. ET AL.: "Significantly improved PCR-based clonality testing in B-cell malignancies by use of multiple immunoglobulin gene targets. Report of the BIOMED-2 Concerted Action BHM4-CT98-3936", LEUKEMIA, vol. 21, 2007, pages 207 - 214
FRIDMAN, W. H.GALON, J.PAGES, F.TARTOUR, E.SAUTES-FRIDMAN, C.KROEMER, G.: "Prognostic and predictive impact of intra- and peritumoral immune infiltrates", CANCER RES, vol. 71, 2011, pages 5601 - 5605
GINALDI, L.DE MARTINIS, M.D'OSTILIO, A.MARINI, L.LORETO, F.MODESTI, M.QUAGLINO, D.: "Changes in the expression of surface receptors on lymphocyte subsets in the elderly: quantitative flow cytometric analysis", AM J HEMATOL, vol. 67, 2001, pages 63 - 72
GONZALEZ, D.VAN DER BURG, M.GARCIA-SANZ, R.FENTON, J. A.LANGERAK, A. W.GONZALEZ, M.VAN DONGEN, J. J.SAN MIGUEL, J. F.MORGAN, G. J.: "Immunoglobulin gene rearrangements and the pathogenesis of multiple myeloma", BLOOD, vol. 110, 2007, pages 3112 - 3121
HALEMARHAM: "The Harper Collins Dictionary of Biology", 1991, HARPER PERENNIAL
HETTINGER KLAUDIA ET AL: "Multiplex PCR for TCR delta rearrangements: A rapid and specific approach for the detection and identification of immature and mature rearrangements in ALL", BRITISH JOURNAL OF HAEMATOLOGY, WILEY-BLACKWELL PUBLISHING LTD, GB, vol. 102, no. 4, 31 August 1998 (1998-08-31), pages 1050 - 1054, XP009520345, ISSN: 0007-1048, [retrieved on 20011225], DOI: 10.1046/J.1365-2141.1998.00879.X *
HOSHINO, A.FUNATO, T.MUNAKATA, Y.ISHII, T.ABE, S.ISHIZAWA, K.ICHINOHASAMA, R.KAMEOKA, J.MEGURO, K.SASAKI, T.: "Detection of clone-specific immunoglobulin heavy chain genes in the bone marrow of B-cell-lineage lymphoma after treatment", THE TOHOKU JOURNAL OF EXPERIMENTAL MEDICINE, vol. 203, 2004, pages 155 - 164
HUGHESMAN, C. B.LU, X. J. D.LIU, K. Y. P.ZHU, Y.TOWLE, R. M.HAYNES, C.POH, C. F.: "Detection of clinically relevant copy number alterations in oral cancer progression using multiplexed droplet digital PCR", SCIENTIFIC REPORTS, vol. 7, 2017, pages 11855
LEFRANC, M. P.: "Nomenclature of the human immunoglobulin heavy (IGH) genes", EXPERIMENTAL AND CLINICAL IMMUNOGENETICS, vol. 18, 2001, pages 100 - 116, XP009096782, DOI: 10.1159/000049189
LINNEBACHER, M.MALETZKI, C.: "Tumor-infiltrating B cells: The ignored players in tumor immunology", ONCOIMMUNOLOGY, vol. 1, 2012, pages 1186 - 1188
LINNEMANN, C.MEZZADRA, R.SCHUMACHER, T. N.: "TCR repertoires of intratumoral T-cell subsets", IMMUNOLOGICAL REVIEWS, vol. 257, 2014, pages 72 - 82, XP055316446, DOI: 10.1111/imr.12140
LIU, Y. J.MALISAN, F.DE BOUTEILLER, O.GURET, C.LEBECQUE, S.BANCHEREAU, J.MILLS, F. C.MAX, E. E.MARTINEZ-VALDEZ, H.: "Within germinal centers, isotype switching of immunoglobulin genes occurs after the onset of somatic mutation", IMMUNITY, vol. 4, 1996, pages 241 - 250
LUCIO, P.PARREIRA, A.VAN DEN BEEMD, M. W.VAN LOCHEM, E. G.VAN WERING, E. R.BAARS, E.PORWIT-MACDONALD, A.BJORKLUND, E.GAIPA, G.BION: "Flow cytometric analysis of normal B cell differentiation: a frame of reference for the detection of minimal residual disease in precursor-B-ALL", LEUKEMIA, vol. 13, 1999, pages 419 - 427, XP002364964, DOI: 10.1038/sj/leu/2401279
OLLILA, J.VIHINEN, M.: "B cells", THE INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOCHEMISTRY & CELL BIOLOGY, vol. 37, 2005, pages 518 - 523, XP004691893, DOI: 10.1016/j.biocel.2004.09.007
PEKIN, D.SKHIRI, Y.BARET, J. C.LE CORRE, D.MAZUTIS, L.SALEM, C. B.MILLOT, F.EL HARRAK, A.HUTCHISON, J. B.LARSON, J. W. ET AL.: "Quantitative and sensitive detection of rare mutations using droplet-based microfluidics", LAB ON A CHIP, vol. 11, 2011, pages 2156 - 2166
PICHUGIN, A.LAROVAIA, O. V.GAVRILOV, A.SKLYAR, I.BARINOVA, N.BARINOV, A.IVASHKIN, E.CARON, G.AOUFOUCHI, S.RAZIN, S. V. ET AL.: "The IGH locus relocalizes to a ''recombination compartment'' in the perinucleolar region of differentiating B-lymphocytes", ONCOTARGET, vol. 8, 2017, pages 40079 - 40089
POHL, G.SHIH LE, M.: "Principle and applications of digital PCR", EXPERT REVIEW OF MOLECULAR DIAGNOSTICS, vol. 4, 2004, pages 41 - 47, XP009109051, DOI: 10.1586/14737159.4.1.41
PONGERS-WILLEMSE, M. J.SERIU, T.STOLZ, F.D'ANIELLO, E.GAMEIRO, P.PISA, P.GONZALEZ, M.BARTRAM, C. R.PANZER-GRUMAYER, E. R.BIONDI, A: "Primers and protocols for standardized detection of minimal residual disease in acute lymphoblastic leukemia using immunoglobulin and T cell receptor gene rearrangements and TAL1 deletions as PCR targets", LEUKEMIA, vol. 13, 1999, pages 110 - 118
RADICH, J.LADNE, P.GOOLEY, T.: "Polymerase chain reaction-based detection of minimal residual disease in acute lymphoblastic leukemia predicts relapse after allogeneic BMT", BIOLOGY OF BLOOD AND MARROW TRANSPLANTATION : JOURNAL OF THE AMERICAN SOCIETY FOR BLOOD AND MARROW TRANSPLANTATION, vol. 1, 1995, pages 24 - 31
ROBINS, H. S.ERICSON, N. G.GUENTHOER, J.O'BRIANT, K. C.TEWARI, M.DRESCHER, C. W.BIELAS, J. H.: "Digital genomic quantification of tumor-infiltrating lymphocytes", SCI TRANSL MED, vol. 5, 2013, pages 214ra169, XP055497395, DOI: 10.1126/scitranslmed.3007247
SCHATTON, T.SCOLYER, R. A.THOMPSON, J. F.MIHM, M. C., JR.: "Tumor-infiltrating lymphocytes and their significance in melanoma prognosis", METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY (CLIFTON, NJ, vol. 1102, 2014, pages 287 - 324
SCHWARTZ, M.ZHANG, Y.ROSENBLATT, J. D.: "B cell regulation of the anti-tumor response and role in carcinogenesis", J IMMUNOTHER CANCER, vol. 4, 2016, pages 40
SHEN, M.WANG, J.REN, X.: "New Insights into Tumor-Infiltrating B Lymphocytes in Breast Cancer: Clinical Impacts and Regulatory Mechanisms", FRONTIERS IN IMMUNOLOGY, vol. 9, 2018, pages 470
SZCZEPANSKI, T.ORFAO, A.VAN DER VELDEN, V. H.SAN MIGUEL, J. F.VAN DONGEN, J. J.: "Minimal residual disease in leukaemia patients", THE LANCET ONCOLOGY, vol. 2, 2001, pages 409 - 417
TEWHEY, R.WARNER, J. B.NAKANO, M.LIBBY, B.MEDKOVA, M.DAVID, P. H.KOTSOPOULOS, S. K.SAMUELS, M. L.HUTCHISON, J. B.LARSON, J. W. ET : "Microdroplet-based PCR enrichment for large-scale targeted sequencing", NAT BIOTECHNOL, vol. 27, 2009, pages 1025 - 1031, XP055103848, DOI: 10.1038/nbt.1583
THEURICH, S.SCHLAAK, M.STEGUWEIT, H.HEUKAMP, L. C.WENNHOLD, K.KURSCHAT, P.RABENHORST, A.HARTMANN, K.SCHLOSSER, H.SHIMABUKURO-VORNH: "Targeting Tumor-Infiltrating B Cells in Cutaneous T-Cell Lymphoma", JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY : OFFICIAL JOURNAL OF THE AMERICAN SOCIETY OF CLINICAL ONCOLOGY, vol. 34, 2016, pages e110 - 116
TOGASHI, Y.SODA, M.SAKATA, S.SUGAWARA, E.HATANO, S.ASAKA, R.NAKAJIMA, T.MANO, H.TAKEUCHI, K.: "KLC1-ALK: a novel fusion in lung cancer identified using a formalin-fixed paraffin-embedded tissue only", PLOS ONE, vol. 7, 2012, pages e31323, XP002752563, DOI: 10.1371/journal.pone.0031323
VAN DONGEN, J. J.LANGERAK, A. W.BRUGGEMANN, M.EVANS, P. A.HUMMEL, M.LAVENDER, F. L.DELABESSE, E.DAVI, F.SCHUURING, E.GARCIA-SANZ, : "Design and standardization of PCR primers and protocols for detection of clonal immunoglobulin and T-cell receptor gene recombinations in suspect lymphoproliferations: report of the BIOMED-2 Concerted Action BMH4-CT98-3936", LEUKEM IA, vol. 17, 2003, pages 2257 - 2317, XP002287366, DOI: 10.1038/sj.leu.2403202
VAN DONGEN, J. J.SERIU, T.PANZER-GRUMAYER, E. R.BIONDI, A.PONGERS-WILLEMSE, M. J.CORRAL, L.STOLZ, F.SCHRAPPE, M.MASERA, G.KAMPS, W: "Prognostic value of minimal residual disease in acute lymphoblastic leukaemia in childhood", LANCET, vol. 352, 1998, pages 1731 - 1738, XP004834528, DOI: 10.1016/S0140-6736(98)04058-6
VETTERMANN, C.SCHLISSEL, M. S.: "Allelic exclusion of immunoglobulin genes: models and mechanisms", IMMUNOLOGICAL REVIEWS, vol. 237, 2010, pages 22 - 42, XP055536935, DOI: 10.1111/j.1600-065X.2010.00935.x
VOGELSTEIN, B.KINZLER, K. W.: "Digital PCR", PROC NATL ACAD SCI U S A, vol. 96, 1999, pages 9236 - 9241, XP002185144, DOI: 10.1073/pnas.96.16.9236
WALKER, R. A.: "Quantification of immunohistochemistry--issues concerning methods, utility and semiquantitative assessment I", HISTOPATHOLOGY, vol. 49, 2006, pages 406 - 410
WELLS, D. A.BENESCH, M.LOKEN, M. R.VALLEJO, C.MYERSON, D.LEISENRING, W. M.DEEG, H. J.: "Myeloid and monocytic dyspoiesis as determined by flow cytometric scoring in myelodysplastic syndrome correlates with the IPSS and with outcome after hematopoietic stem cell transplantation", BLOOD, vol. 102, 2003, pages 394 - 403, XP002417967, DOI: 10.1182/blood-2002-09-2768
WELLS, D. A.SALE, G. E.SHULMAN, H. M.MYERSON, D.BRYANT, E. M.GOOLEY, T.LOKEN, M. R.: "Multidimensional flow cytometry of marrow can differentiate leukemic from normal lymphoblasts and myeloblasts after chemotherapy and bone marrow transplantation", AM J CLIN PATHOL, vol. 110, 1998, pages 84 - 94
WHALE, A. S.HUGGETT, J. F.TZONEV, S.: "Fundamentals of multiplexing with digital PCR", BIOMOLECULAR DETECTION AND QUANTIFICATION, vol. 10, 2016, pages 15 - 23, XP055504396, DOI: 10.1016/j.bdq.2016.05.002
WOOD, B.JEVREMOVIC, D.BENE, M. C.YAN, M.JACOBS, P.LITWIN, V.: "Validation of cell-based fluorescence assays: practice guidelines from the ICSH and ICCS - part V - assay performance criteria", CYTOMETRY B CLIN CYTOM, vol. 84, 2013, pages 315 - 323
ZHONG, Q.BHATTACHARYA, S.KOTSOPOULOS, S.OLSON, J.TALY, V.GRIFFITHS, A. D.LINK, D. R.LARSON, J. W.: "Multiplex digital PCR: breaking the one target per color barrier of quantitative PCR", LAB ON A CHIP, vol. 11, 2011, pages 2167 - 2174
ZOUTMAN WILLEM H ET AL: "Accurate Quantification of T Cells by Measuring Loss of Germline T-Cell Receptor Loci with Generic Single Duplex Droplet Digital PCR Assays", THE JOURNAL OF MOLECULAR DIAGNOSTICS, AMERICAN SOCIETY FOR INVESTIGATIVE PATHOLOGY, US, vol. 19, no. 2, 28 February 2017 (2017-02-28), pages 236 - 243, XP009520344, ISSN: 1525-1578, DOI: 10.1016/J.JMOLDX.2016.10.006 *
ZOUTMAN, W. H.NELL, R. J.VAN DER VELDEN, P. A.: "Usage of Droplet Digital PCR (ddPCR) Assays for T Cell Quantification in Cancer", METHODS MOL BIOL, vol. 1884, 2019, pages 1 - 14
ZOUTMAN, W. H.NELL, R. J.VERSLUIS, M.VAN STEENDEREN, D.LALAI, R. N.OUT-LUITING, J. J.DE LANGE, M. J.VERMEER, M. H.LANGERAK, A. W.V: "Accurate Quantification of T Cells by Measuring Loss of Germline T-Cell Receptor Loci with Generic Single Duplex Droplet Digital PCR Assays", J MOL DIAGN, vol. 19, 2017, pages 236 - 243

Also Published As

Publication number Publication date
WO2021071358A1 (en) 2021-04-15
EP4041917A1 (en) 2022-08-17
AU2020364913A1 (en) 2022-05-05
CA3157148A1 (en) 2021-04-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Cytlak et al. Differential IRF8 transcription factor requirement defines two pathways of dendritic cell development in humans
US11634773B2 (en) Analysis of HLA alleles in tumours and the uses thereof
Radke et al. The genomic and transcriptional landscape of primary central nervous system lymphoma
US20190390273A1 (en) Hybrid-capture sequencing for determining immune cell clonality
Ponti et al. TCRγ-chain gene rearrangement by PCR-based GeneScan: diagnostic accuracy improvement and clonal heterogeneity analysis in multiple cutaneous T-cell lymphoma samples
Sarasqueta et al. SNaPshot and StripAssay as valuable alternatives to direct sequencing for KRAS mutation detection in colon cancer routine diagnostics
CN105189783A (zh) 鉴定生物样品中定量细胞组成的方法
US11788136B2 (en) Hybrid-capture sequencing for determining immune cell clonality
NL2023987B1 (en) Immune cell quantification
Xu et al. Prognostic significance of serum immunoglobulin paraprotein in patients with chronic lymphocytic leukemia
JP2022524216A (ja) 持続的臨床効果のがんバイオマーカー
CN104109716B (zh) 一种人类hla-b27基因分型试剂盒
Mulder et al. Ibrutinib has time-dependent on-and off-target effects on plasma biomarkers and immune cells in chronic lymphocytic leukemia
Salmeron-Villalobos et al. A unifying hypothesis for PNMZL and PTFL: morphological variants with a common molecular profile
Pritchard et al. Monitoring of urothelial cancer disease status after treatment by digital droplet PCR liquid biopsy assays
Zhang et al. Association of chemotactic factor receptor 5 gene with breast cancer
US20100119449A1 (en) Sox11 expression in malignant lymphomas
Muñoz-González et al. Pathogenic and diagnostic relevance of KIT in primary mast cell activation disorders
US20240182974A1 (en) Immune cell quantification
Tan et al. Profiling the B/T cell receptor repertoire of lymphocyte derived cell lines
Noronha et al. Immunophenotyping with CD135 and CD117 predicts the FLT3, IL-7R and TLX3 gene mutations in childhood T-cell acute leukemia
Kern et al. Frequency and prognostic impact of the aberrant CD8 expression in 5,523 patients with chronic lymphocytic leukemia
Sun et al. Association of the characteristics of B‑and T‑cell repertoires with papillary thyroid carcinoma
Jaso et al. B acute lymphoblastic leukemia with t (14; 19)(q32; p13. 1) involving IGH/EPOR: a clinically aggressive subset of disease
Lee et al. Cancer panel analysis of circulating tumor cells in patients with breast cancer