JP2022524216A - 持続的臨床効果のがんバイオマーカー - Google Patents

持続的臨床効果のがんバイオマーカー Download PDF

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Abstract

本開示は、持続的臨床効果が得られるようにネオ抗原性ペプチドでがんを処置する方法、およびネオ抗原を含む治療薬で処置される患者についてＤＣＢを予測または評定することができるかどうかを判定するための組成物および方法に関する。本開示は、ネオ抗原ペプチドを含む治療剤での処置などの処置が腫瘍に罹患している患者に良好に奏効する可能性を判定するために使用することができる、腫瘍と関連付けられるシグネチャーもしくはバイオマーカーのセット、その組合せまたはサブセットを、とりわけ、提供する。

Description

相互参照
本出願は、２０１９年３月２９日に出願した米国仮出願第６２／８２６，８１３号、２０１９年１０月１４日に出願した米国仮出願第６２／９１４，７６７号、および２０２０年３月６日に出願した米国仮出願第６２／９８６，４１８号の利益を主張するものであり、前記仮出願のすべては、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
背景
腫瘍微小環境（ＴＭＥ）は、複雑であり、比較可能な非腫瘍組織とはその生理機能および構造の両方の点でかなり異なる。一方ではＴＭＥは、腫瘍成長を助長するが、抗腫瘍因子もその領域内に濃縮される。後者は、様々な細胞型、サイトカイン、ケモカイン、増殖因子、細胞間シグナル伝達剤、細胞外基質成分および可溶性因子を含む。腫瘍のこの複雑な環境における腫瘍促進因子および抗腫瘍因子のクリティカルな解析により、腫瘍の状態を正確に判定するための有用なＴＭＥシグネチャーを得ることができ、この解析を使用して、処置中臨床手順を操作することまたは将来の臨床戦略を方向付けることができる。より重要なこととして、ＴＭＥシグネチャーは、持続的臨床効果（ＤＣＢ）を目指して臨床手順を決定するのに役立ち得る。
原発腫瘍部位における免疫応答の正確な評価は、この疾患に対する免疫療法の開発およびモニタリングを理解する上で有用であり得る。
要旨
本開示は、ネオ抗原ペプチドを含む治療剤での処置などの処置が腫瘍に罹患している患者に良好に奏効する可能性を判定するために使用することができる、腫瘍と関連付けられるシグネチャーもしくはバイオマーカーのセット、その組合せまたはサブセットを、とりわけ、提供する。一態様では、本開示は、腫瘍に罹患しているかまたは罹患している可能性が高い対象の生体試料からの１つまたは複数の生体分子シグネチャーを提供し、１つまたは複数の生物学的シグネチャーは、治療剤での処置前の時点、処置中の時点からの、および／またはある特定の処置が投与された後の時点でのものであり、この（これらの）シグネチャーは、対象の、処置が奏効する可能性に関係する。一部の実施形態では、治療剤は、（ａ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｂ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む。患者の腫瘍およびＴＭＥの知識および理解は、臨床手順に直接影響を及ぼし得る。一部の実施形態では、患者に、１つまたは複数のネオ抗原ペプチドを含む第１の治療剤を投与することができ、変更された用量の第１の治療剤を投与してもよく、または第１の治療剤を変更された投薬時間間隔で投与してもよく、または１つもしくは複数のネオ抗原性ペプチドを有するまたは有さない第２の治療剤を投与してもよい。
一態様では、腫瘍に罹患している患者を処置する方法であって、患者から採取された生体試料が、患者が第１の治療剤に対して抗腫瘍応答を示す可能性が高いことを予測するシグネチャーまたはバイオマーカーについて、陽性であるのかまたは陰性であるのかを、判定するステップであって、第１の治療剤が、（ｉ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｉｉ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｉｉｉ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｉｖ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む、ステップ、およびシグネチャーもしくはバイオマーカーが存在した場合、第１の治療剤を含む治療レジメンで患者を処置するステップ、またはシグネチャーもしくはバイオマーカーが非存在であった場合、第１の治療剤を含まない治療レジメンで患者を処置するステップを含み、バイオマーカーが、少なくとも腫瘍微小環境（ＴＭＥ）シグネチャーを含む、方法が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、特定のバイオマーカーの非存在は、そのバイオマーカーについてのシグネチャーであり得、本明細書に記載の、患者を処置する方法は、例えば、バイオマーカーが非存在であった場合、第１の治療剤を含む治療レジメンで患者を処置するステップ、またはバイオマーカーが存在した場合、第１の治療剤を含まない治療レジメンで患者を処置するステップを含み得る。
一部の実施形態では、シグネチャーまたはバイオマーカーは、例えば、腫瘍から切除された生体試料において判定される腫瘍細胞シグネチャーまたはバイオマーカーを、とりわけ、含み得る。一部の実施形態では、シグネチャーまたはバイオマーカーは、例えば、末梢血試料においてまたは遠位もしくは末梢組織、細胞もしくは体液から採取された生体試料において判定される、末梢血中に存在するシグネチャーまたはバイオマーカーを含み得る。
一部の実施形態では、ＴＭＥ遺伝子シグネチャーは、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャー、ＭＨＣクラスＩＩシグネチャーまたは機能性Ｉｇ ＣＤＲ３シグネチャーを含む。
一部の実施形態では、Ｂ細胞シグネチャーは、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ３、ＣＤ２２、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ７２、ＣＤ７９ａ、ＩＧＫＣ、ＩＧＨＤ、ＭＺＢ１、ＭＳ４Ａ１、ＣＤ１３８、ＢＬＫ、ＣＤ１９、ＦＡＭ３０Ａ、ＦＣＲＬ２、ＭＳ４Ａ１、ＰＮＯＣ、ＳＰＩＢ、ＴＣＬ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１７またはこれらの組合せを含む遺伝子の発現を含む。
一部の実施形態では、ＴＬＳシグネチャーは、三次リンパ様構造の形成を示す。一部の実施形態では、三次リンパ様構造は、リンパ球様細胞の凝集体を表す。
一部の実施形態では、ＴＬＳシグネチャーは、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ＣＸＣＬ１３、ＬＡＭＰ３、ＬＴＢ、ＭＳ４Ａ１またはこれらの組合せを含む遺伝子の発現を含む。
一部の実施形態では、ＴＩＳシグネチャーは、炎症性遺伝子、サイトカイン、ケモカイン、増殖因子、細胞表面相互作用タンパク質、肉芽形成因子またはこれらの組合せを含む。
一部の実施形態では、ＴＩＳシグネチャーは、ＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、ＴＩＧＩＴまたはこれらの組合せを含む。
一部の実施形態では、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャーは、ＣＣＲ７、ＣＤ２７、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＣＲ７、ＦＬＴ３ＬＧ、ＧＲＡＰ２、ＩＬ１６、ＩＬ７Ｒ、ＬＴＢ、Ｓ１ＰＲ１、ＳＥＬＬ、ＴＣＦ７、ＣＤ６２Ｌまたはこれらの任意の組合せを含む遺伝子の発現を含む。
一部の実施形態では、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャーは、遺伝子ＣＤ９４（ＫＬＲＤ１）、ＣＤ９４リガンド、ＨＬＡ－Ｅ、ＫＬＲＣ１（ＮＫＧ２Ａ）、ＫＬＲＢ１（ＮＫＧ２Ｃ）またはこれらの任意の組合せの発現を含む。
一部の実施形態では、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャーは、ＨＬＡ－Ｅ：ＣＤ９４相互作用レベルをさらに含む。
一部の実施形態では、ＮＫ細胞シグネチャーは、遺伝子ＣＤ５６、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ８、ＩＦＮ、ＩＬ－２、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－１８、ＮＣＲ１、ＸＣＬ１、ＸＣＬ２、ＩＬ２１Ｒ、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２またはこれらの組合せの発現を含む。
一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩシグネチャーは、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ５またはこれらの組合せを含むＨＬＡである遺伝子の発現を含む。
一部の実施形態では、バイオマーカーは、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャーを含むＴＭＥ遺伝子シグネチャーのサブセットを含み、ＴＬＳシグネチャーは、遺伝子ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ＣＸＣＬ１３、ＬＡＭＰ３、ＬＴＢ、ＭＳ４Ａ１またはこれらの組合せを含む。
一部の実施形態では、機能性Ｉｇ ＣＤＲ３シグネチャーは、機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の存在量を含む。
一部の実施形態では、機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の存在量は、ＲＮＡ－ｓｅｑにより決定される。一部の実施形態では、機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の存在量は、対象からのＴＭＥ試料の細胞からの機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の存在量である。一部の実施形態では、機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の存在量は、２７またはそれを超える機能性Ｉｇ ＣＤＲ３である。
一部の実施形態では、方法は、バイオマーカー陽性患者に、第１の治療剤、変更された用量もしくは時間間隔の第１の治療剤、または第２の治療剤を投与するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、方法は、バイオマーカー陰性患者に、第１の治療剤または第２の治療剤を投与するステップをさらに含まない。
一部の実施形態では、方法は、バイオマーカー陽性患者に、増加させた用量の第１の治療剤を投与するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、方法は、バイオマーカー陽性または陰性患者に対する第１の治療剤の投与の時間間隔を修正するステップをさらに含む。
一態様では、腫瘍に罹患している患者を、患者が治療剤での処置に対して抗腫瘍応答を示す可能性が高いことを予測するベースラインバイオマーカーの存在または非存在について、検査する方法であって、治療剤が、（ａ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｂ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、方法が、患者の腫瘍から単離されたベースライン試料を入手するステップ、腫瘍微小環境（ＴＭＥ）遺伝子または前記遺伝子のサブセットのうちの各遺伝子のベースライン発現レベルを測定するステップ、測定されたベースライン発現レベルを正規化するステップ、正規化された発現レベルからＴＭＥ遺伝子シグネチャーのベースラインシグネチャースコアを計算するステップ、ベースラインシグネチャースコアを、ＴＭＥ遺伝子シグネチャーの参照スコアと比較するステップ、および患者を、治療剤からの持続的臨床効果（ＤＣＢ）に関するアウトカムについて、バイオマーカー陽性またはバイオマーカー陰性に分類するステップを含む、方法が、本明細書で提供される。
一部の実施形態では、ＴＭＥシグネチャーは、本明細書に記載されるシグネチャーまたはそのサブセットを含む。
一態様では、バイオマーカーの検査で陽性と出る患者におけるがんの処置に使用するための医薬組成物であって、組成物・治療剤が、（ａ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｂ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）と、少なくとも１つの薬学的に許容される賦形剤とを含み、バイオマーカーが、ＴＭＥ遺伝子シグネチャーからなる群から選択される遺伝子シグネチャーを含む処置中バイオマーカーであり、ＴＭＥ遺伝子シグネチャーが、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャーおよびＭＨＣクラスＩＩシグネチャーを含む、医薬組成物が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャー、およびＭＨＣクラスＩＩシグネチャーは、処置についての予測持続的臨床効果（ＤＣＢ）のシグネチャーを提供する。
一部の実施形態では、ＴＭＥシグネチャーは、本明細書に記載されるシグネチャーまたはそのサブセットを含む。
一態様では、必要な対象におけるがんを処置する方法であって、がん治療剤の治療有効量を投与するステップを含み、対象が、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示し、対象の、がん治療剤が奏効する可能性の増加が、がん治療剤での処置の前の１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーの存在と関連付けられ、１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つが、対象の末梢血における第１の単核細胞型の第２の単核細胞型に対する細胞計数値の比の閾値を含む、方法が、本明細書で提供される。
一部の実施形態では、がんは、黒色腫である。
一部の実施形態では、がんは、非小細胞肺がんである。
一部の実施形態では、がんは、膀胱がんである。
一部の実施形態では、がん治療剤は、ネオ抗原ペプチドワクチンを含む。
一部の実施形態では、がん治療剤は、抗ＰＤ１抗体を含む。
一部の実施形態では、がん治療剤は、ネオ抗原ワクチンと抗ＰＤ１抗体の組合せを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ１抗体は、ニボルマブである。
一部の実施形態では、閾値は、最大閾値である。
一部の実施形態では、閾値は、最小閾値である。
一部の実施形態では、１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つは、対象からの末梢血試料におけるナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比の最大閾値を含む。
一部の実施形態では、対象からの末梢血試料におけるナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比の最大閾値は、約２０：１００である。
一部の実施形態では、対象からの末梢血試料は、２０：１００もしくはそれ未満であるかまたは２０：１００未満であるナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比を有する。
一部の実施形態では、１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つは、対象からの末梢血試料におけるエフェクターメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比の最小閾値を含む。
一部の実施形態では、対象からの末梢血試料におけるエフェクターメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比の最小閾値は、約４０：１００である。
一部の実施形態では、対象からの末梢血試料は、４０：１００であるかもしくはそれより大きい、または４０：１００より大きい、エフェクターメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比を有する。
一部の実施形態では、１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つは、対象からの末梢血試料におけるクラススイッチしたメモリーＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する比の最小閾値を含む。
一部の実施形態では、対象からの末梢血試料におけるクラススイッチしたメモリーＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する比の最小閾値は、約１０：１００である。
一部の実施形態では、対象からの末梢血試料は、１０：１００であるかもしくはそれより大きい、または１０：１００より大きい、クラススイッチしたメモリーＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する比を有する。
一部の実施形態では、１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つは、対象からの末梢血試料におけるナイーブＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する比の最大閾値を含む。
一部の実施形態では、対象からの末梢血試料におけるナイーブＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する比の最大閾値は、約７０：１００である。
一部の実施形態では、対象からの末梢血試料は、７０：１００もしくはそれ未満であるかまたは７０：１００未満であるナイーブＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する比を有する。
一部の実施形態では、がんは、黒色腫である。
一部の実施形態では、１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つは、対象からの末梢血試料における形質細胞様樹状細胞の全Ｌｉｎ－／ＣＤ１１ｃ－細胞に対する比の最大閾値を含む。
一部の実施形態では、対象からの末梢血試料における形質細胞様樹状細胞の全Ｌｉｎ－／ＣＤ１１ｃ－細胞に対する比の最大閾値は、約３：１００である。
一部の実施形態では、対象からの末梢血試料は、３：１００もしくはそれ未満であるかまたは３：１００未満である形質細胞様樹状細胞の全Ｌｉｎ－／ＣＤ１１ｃ－細胞に対する比を有する。
一部の実施形態では、１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つは、対象からの末梢血試料におけるＣＴＬＡ４＋ＣＤ４ Ｔ細胞の全ＣＤ４＋Ｔ細胞に対する比の最大閾値を含む。
一部の実施形態では、対象からの末梢血試料におけるＣＴＬＡ４＋ＣＤ４ Ｔ細胞の全ＣＤ４＋Ｔ細胞に対する比の最大閾値は、約９：１００である。
一部の実施形態では、対象からの末梢血試料は、９：１００もしくはそれ未満であるかまたは９：１００未満であるＣＴＬＡ４＋ＣＤ４ Ｔ細胞の全ＣＤ４＋Ｔ細胞に対する比を有する。
一部の実施形態では、がんは、非小細胞肺がんである。
一部の実施形態では、１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つは、対象からの末梢血試料におけるメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比の最小閾値を含む。
一部の実施形態では、対象からの末梢血試料におけるメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比の最小閾値は、約４０：１００である。
一部の実施形態では、対象からの末梢血試料は、４０：１００であるかもしくはそれより大きい、または４０：１００より大きい、メモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比を有する。一部の実施形態では、対象からの末梢血試料は、５５：１００であるかもしくはそれより大きい、または５５：１００より大きい、メモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比を有する。
一部の実施形態では、がんは、膀胱がんである。
必要な対象におけるがんを処置する方法であって、がん治療剤の治療有効量を対象に投与するステップを含み、対象が、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示し、対象の、がん治療剤が奏効する可能性の増加が、少なくともがん治療剤を投与する前の時点での対象の末梢血試料から解析されるＴＣＲレパートリーのクローン組成特性と関連付けられる、方法も、本明細書で提供される。一部の実施形態では、ＴＣＲレパートリーのクローン組成特性は、処置についての予測持続的臨床効果（ＤＣＢ）のシグネチャーを提供する。
一部の実施形態では、見込みのある患者におけるＴＣＲレパートリーのクローン組成特性は、健康なドナーにおけるＴＣＲ多様性に対して相対的に低いＴＣＲ多様性により定義される。
一部の実施形態では、クローン組成特性は、ＴＣＲまたはそれらの断片をシークエンシングするステップを含む方法により解析される。
一部の実施形態では、ＴＣＲレパートリーのクローン組成特性は、ＴＣＲのクローン頻度分布により定義される。
一部の実施形態では、ＴＣＲレパートリーのクローン組成特性は、ＴＣＲクローンの頻度分布パターンを計算することによりさらに解析される。
一部の実施形態では、ＴＣＲクローンの頻度分布パターンは、ジニ係数、シャノンエントロピー、ＤＥ５０、平方和、およびローレンツ曲線のうちの１つまたは複数を使用して解析される。
一部の実施形態では、対象の、がん治療剤が奏効する可能性の増加は、ＴＣＲのクローン性の増加と関連付けられる。
一部の実施形態では、対象の、がん治療剤が奏効する可能性の増加は、中および／または大および／または超大型サイズのＴＣＲクローンの頻度の増加と関連付けられる。
一部の実施形態では、対象の、がん治療剤が奏効する可能性の増加は、記載される実施形態のいずれか１つによるＴＣＲレパートリーのクローン組成特性と関連付けられ、クローン組成特性は、がん治療剤の治療有効量を投与するステップの前の対象の末梢血試料から解析される。
一部の実施形態では、ＴＣＲレパートリーのクローン組成特性は、ＴＣＲのクローン安定性の測定量を含む。
一部の実施形態では、ＴＣＲのクローン安定性は、第１の時点と第２の時点の間のＴＣＲターンオーバーとして解析され、第１の時点は、がん治療剤を投与するステップより前であり、第２の時点が、処置の期間中の時点である。
一部の実施形態では、第２の時点は、ワクチンを投与するステップより前である。
一部の実施形態では、ＴＣＲのクローン安定性は、ジェンセン・シャノン・ダイバージェンスを使用して解析される。
一部の実施形態では、対象の、がん治療剤が奏効する可能性の増加は、より高いＴＣＲ安定性と関連付けられる。
一部の実施形態では、対象の、がん治療剤が奏効する可能性の増加は、第１の時点と第２の時点の間のＴ細胞クローンのターンオーバーの低減と関連付けられる。
一部の実施形態では、クローン組成特性は、ワクチンを投与するステップの前の対象の末梢血試料から解析され、ワクチンは、少なくとも１つのペプチド、またはペプチドをコードするポリヌクレオチドを含み、がん治療剤は、ネオ抗原ワクチンと抗ＰＤ１抗体の組合せを含み、ネオ抗原ワクチンは、単独で抗ＰＤ１抗体を投与する期間の後に投与されるかまたは併用投与される。
一態様では、必要な対象におけるがんを処置する方法であって、がん治療剤の治療有効量を対象に投与するステップを含み、対象が、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示し、対象の、がん治療剤が奏効する可能性の増加が、対象における１つまたは複数の遺伝子変異の存在と関連付けられ、対象が、アッセイで１つまたは複数の遺伝子変異の存在について検査され、１つまたは複数の遺伝子変異を有すると同定されており、１つまたは複数の遺伝子変異が、（ｉ）Ｒ１５８Ｃ ＡｐｏＥタンパク質をコードする配列を含むＡｐｏＥ２対立遺伝子の遺伝子変異または（ｉｉ）Ｃ１１２Ｒ ＡｐｏＥタンパク質をコードする配列を含むＡｐｏＥ４対立遺伝子の遺伝子変異を含む、ＡｐｏＥ対立遺伝子の遺伝子変異を含む、方法が、本明細書で提供される。
一部の実施形態では、がん治療剤は、ネオ抗原ペプチドワクチンを含む。一部の実施形態では、がん治療剤は、抗ＰＤ１抗体をさらに含む。一部の実施形態では、がん治療剤は、抗ＰＤ１抗体単剤療法を構成しない。
一部の実施形態では、がんは、黒色腫である。
一部の実施形態では、対象は、ＡｐｏＥ２対立遺伝子の遺伝子変異についてホモ接合性である。一部の実施形態では、対象は、ＡｐｏＥ２対立遺伝子の遺伝子変異についてヘテロ接合性である。一部の実施形態では、対象は、ＡｐｏＥ４対立遺伝子の遺伝子変異についてホモ接合性である。一部の実施形態では、対象は、ＡｐｏＥ４対立遺伝子の遺伝子変異についてヘテロ接合性である。一部の実施形態では、対象は、Ｒ１５８Ｃ ＡｐｏＥタンパク質でもＣ１１２Ｒ ＡｐｏＥタンパク質でもないＡｐｏＥタンパク質をコードする配列を含むＡｐｏＥ対立遺伝子を有する。一部の実施形態では、対象は、Ｒ１５８Ｃ ＡｐｏＥタンパク質でもＣ１１２Ｒ ＡｐｏＥタンパク質でもないＡｐｏＥタンパク質をコードする配列を含むＡｐｏＥ３対立遺伝子を有する。
一部の実施形態では、対象は、ｒｓ７４１２－Ｔおよびｒｓ４４９３５８－Ｔを有する。
一部の実施形態では、対象は、ｒｓ７４１２－Ｃおよびｒｓ４４９３５８－Ｃを有する。
一部の実施形態では、ＡｐｏＥ３対立遺伝子についてホモ接合性である参照対象は、がん治療剤が奏効する可能性の減少を示す。
一部の実施形態では、アッセイは、遺伝子アッセイである。
一部の実施形態では、がん治療剤は、がんエピトープを含む１つまたは複数のペプチドを含む。
一部の実施形態では、がん治療剤は、がんエピトープを含む１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、または（ｉｉ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｉｉｉ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのがんエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む。
一部の実施形態では、がん治療剤は、免疫調節剤をさらに含む。
一部の実施形態では、免疫治療剤は、抗ＰＤ１抗体である。
一部の実施形態では、がん治療剤は、単独でのニボルマブでも単独でのペムブロリズマブでもない。
一部の実施形態では、１つまたは複数の遺伝子変異は、ｃｈｒ１９：４４９０８６８４ Ｔ＞Ｃを含み、ここでの１つまたは複数の遺伝子変異の染色体位置は、ＵＣＳＣ ｈｇ３８を基準として定義されたものである。
一部の実施形態では、１つまたは複数の遺伝子変異は、ｃｈｒ１９：４４９０８８２２ Ｃ＞Ｔを含み、ここでの１つまたは複数の遺伝子変異の染色体位置は、ＵＣＳＣ ｈｇ３８を基準として定義されたものである。
一部の実施形態では、方法は、投与するステップの前にアッセイで１つまたは複数の遺伝子変異の存在について対象を検査するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、ＡｐｏＥ２対立遺伝子の遺伝子変異は、生殖細胞系変異である。
一部の実施形態では、ＡｐｏＥ４対立遺伝子の遺伝子変異は、生殖細胞系変異である。
一態様では、対象におけるがんを処置する方法であって、がんエピトープを含む１つまたは複数のペプチドを含むがん治療剤を対象に投与するステップを含み、対象が、生殖細胞系ＡｐｏＥ４対立遺伝子バリアントを有すると判定される、方法が、本明細書で提供される。
一部の実施形態では、治療剤は、アジュバント療法、サイトカイン療法、または免疫調節療法のうちの１つまたは複数をさらに構成する。
一部の実施形態では、免疫調節療法は、ＰＤ１阻害剤、例えば、抗ＰＤ１抗体である。一部の実施形態では、治療剤は、ＰＤ１阻害剤単剤療法を構成しない。
一部の実施形態では、方法は、ＡｐｏＥ活性を促進する薬剤またはＡｐｏＥ活性を有する薬剤を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、ＡｐｏＥ様活性を促進する薬剤またはＡｐｏＥ様活性を有する薬剤を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、ＡｐｏＥ４対立遺伝子についてホモ接合性である対象は、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示す。一部の実施形態では、方法は、ＡｐｏＥ４活性を促進する薬剤またはＡｐｏＥ４活性を有する薬剤を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、ＡｐｏＥ４様活性を促進する薬剤またはＡｐｏＥ４様活性を有する薬剤を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、ＮＭＤＡまたはＡＭＰＡ受容体機能が低下している参照対象は、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示す可能性がある。例えば、方法は、ＮＭＤＡまたはＡＭＰＡ受容体機能を低下させる薬剤を投与するステップをさらに含むことができる。一部の実施形態では、神経細胞における細胞内カルシウムレベルがより高い対象は、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示す可能性がある。一部の実施形態では、方法は、神経細胞における細胞内カルシウムレベルを増加させる薬剤を投与するステップをさらに含むことができる。一部の実施形態では、方法は、神経細胞におけるＮＭＤＡに対するカルシウム応答を変更する薬剤を投与するステップをさらに含むことができる。一部の実施形態では、グルタミン酸作動性神経伝達が障害された対象は、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示す可能性がある。一部の実施形態では、方法は、グルタミン酸作動性神経伝達を障害する薬剤を投与するステップをさらに含むことができる。一部の実施形態では、高度Ａβオリゴマー化を有する対象は、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示す可能性がある。一部の実施形態では、アルツハイマー病にかかりやすい素因がある対象は、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示す可能性がある。一部の実施形態では、血清ビタミンＤレベルが増加している対象は、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示す可能性がある。一部の実施形態では、方法は、血清ビタミンＤレベルを増加させる薬剤を投与するステップをさらに含むことができる。一部の実施形態では、コレステロール流出が少ない細胞を有する対象は、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示す可能性がある。一部の実施形態では、方法は、対象の細胞からのコレステロール流出を低下させる薬剤を投与するステップをさらに含むことができる。一部の実施形態では、高い総コレステロール（ＴＣ）レベル（例えば、ＡｐｏＥ３ホモ接合遺伝子型を有する対象よりも高い総コレステロール（ＴＣ）レベル）を有する対象は、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示す可能性がある。一部の実施形態では、方法は、ＴＣレベルを増加させる薬剤を投与するステップをさらに含むことができる。一部の実施形態では、高いＬＤＬレベル（例えば、ＡｐｏＥ３ホモ接合遺伝子型を有する対象よりも高いＬＤＬレベル）を有する対象は、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示す可能性がある。一部の実施形態では、方法は、ＬＤＬレベルを増加させる薬剤を投与するステップをさらに含むことができる。一部の実施形態では、低いＨＤＬレベル（例えば、ＡｐｏＥ３ホモ接合遺伝子型を有する対象よりも低いＨＤＬレベル）を有する対象は、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示す可能性がある。一部の実施形態では、方法は、ＨＤＬレベルを減少させる薬剤を投与するステップをさらに含むことができる。一部の実施形態では、参照対象は、ＡｐｏＥ３ホモ接合遺伝子型を有する対象と比較して低いＴＣ、および／または低いＬＤＬ、および／または高いＨＤＬレベルを有する可能性があり、がん治療剤が奏効する可能性の減少を示す可能性がある。一部の実施形態では、参照対象は、ＡｐｏＥ３ホモ接合遺伝子型を有する対象と比較して高いＴＣ、および／または高いＬＤＬ、および／または低いＨＤＬレベルを有する可能性があり、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示す可能性がある。一部の実施形態では、脳脊髄液（ＣＳＦ）、血漿または間質液中の低いＡＰＯＥレベル（例えば、ＡｐｏＥ３ホモ接合遺伝子型を有する対象よりも低い、脳脊髄液（ＣＳＦ）、血漿または間質液）中のＡＰＯＥレベル）を有する対象は、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示す可能性がある。一部の実施形態では、方法は、ＣＳＦ、血漿または間質液中のＡＰＯＥレベルを減少させる薬剤を投与するステップをさらに含むことができる。
一部の実施形態では、方法は、ＡｐｏＥ活性を阻害する薬剤を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、ＡｐｏＥ４活性を阻害する薬剤を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、ＡｐｏＥ２活性を阻害する薬剤を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、ＡｐｏＥ３活性を阻害する薬剤を投与するステップをさらに含む。
一態様では、腫瘍に罹患している患者を処置する方法であって、患者から採取された試料が、患者が第１の治療剤に対して抗腫瘍応答を示す可能性が高いことを予測するバイオマーカーについて、陽性であるのかまたは陰性であるのかを、判定するステップであって、第１の治療剤が、（ｉ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｉｉ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｉｉｉ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｉｖ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む、ステップ、および（ｂ）バイオマーカーが存在した場合、第１の治療剤を含む治療レジメンで患者を処置するステップ、またはバイオマーカーが非存在であった場合、第１の治療剤を含まない治療レジメンで患者を処置するステップを含み、バイオマーカーが、ＴＭＥシグネチャーを含む、方法が、本明細書で提供される。
一部の実施形態では、ＴＭＥ遺伝子シグネチャーは、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャー、またはＭＨＣクラスＩＩシグネチャーを含む。
一部の実施形態では、Ｂ細胞シグネチャーは、ＣＤ１９、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ７２、ＣＤ３、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＩＧＫＣ、ＩＧＨＤ、ＭＺＢ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＭＳ４Ａ１（ｃｄ２０）、ＣＤ１３８、ＴＮＦＲＳＲ１３Ｂ、ＧＵＳＰＢ１１、ＢＡＦＦＲ、ＡＩＤ、ＩＧＨＭ、ＩＧＨＥ、ＩＧＨＡ１、ＩＧＨＡ２、ＩＧＨＡ３、ＩＧＨＡ４、ＢＣＬ６、ＦＣＲＬＡまたはこれらの組合せを含む遺伝子からの遺伝子の発現を含む。
一部の実施形態では、ＴＬＳシグネチャーは、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ＣＸＣＬ１３、ＬＡＭＰ３、ＬＴＢ、ＩＬ７Ｒ、ＭＳ４Ａ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＣＬ８、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ９、ＣＤ３、ＬＴＡ、ＩＬ１７、ＩＬ２３、ＩＬ２１、ＩＬ７またはこれらの組合せを含む遺伝子からの遺伝子の発現を含む。
一部の実施形態では、ＴＩＳシグネチャーは、ＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、ＴＩＧＩＴまたはこれらの組合せを含む。
一部の実施形態では、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャーは、ＣＣＲ７、ＣＤ２７、ＣＤ４５ＲＯ、ＦＬＴ３ＬＧ、ＧＲＡＰ２、ＩＬ１６、ＩＬ７Ｒ、ＬＴＢ、Ｓ１ＰＲ１、ＳＥＬＬ、ＴＣＦ７、ＣＤ６２Ｌ、ＰＬＡＣ８、ＳＯＲＬ１、ＭＧＡＴ４Ａ、ＦＡＭ６５Ｂ、ＰＸＮ、Ａ２Ｍ、ＡＴＭ、Ｃ２０ｏｒｆ１１２、ＧＰＲ１８３、ＥＰＢ４１、ＡＤＤ３、ＧＲＡＰ２、ＫＬＲＧ１、ＧＩＭＡＰ５、ＴＣ２Ｎ、ＴＸＮＩＰ、ＧＩＭＡＰ２、ＴＮＦＡＩＰ８、ＬＭＮＡ、ＮＲ４Ａ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＫＤＭ６Ｂ、ＥＬＬ２、ＴＩＰＡＲＰ、ＳＣ５Ｄ、ＰＬＫ３、ＣＤ５５、ＮＲ４Ａ１、ＲＥＬ、ＰＢＸ４、ＲＧＣＣ、ＦＯＳＬ２、ＳＩＫ１、ＣＳＲＮＰ１、ＧＰＲ１３２、ＧＬＵＬ、ＫＩＡＡ１６８３、ＲＡＬＧＡＰＡ１、ＰＲＮＰ、ＰＲＭＴ１０、ＦＡＭ１７７Ａ１、ＣＨＭＰ１Ｂ、ＺＣ３Ｈ１２Ａ、ＴＳＣ２２Ｄ２、Ｐ２ＲＹ８、ＮＥＵ１、ＺＮＦ６８３、ＭＹＡＤＭ、ＡＴＰ２Ｂ１、ＣＲＥＭ、ＯＡＴ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＤＮＡＪＢ９、ＳＫＩＬ、ＤＥＮＮＤ４Ａ、ＳＥＲＴＡＤ１、ＹＰＥＬ５、ＢＣＬ６、ＥＧＲ１、ＰＤＥ４Ｂ、ＡＮＸＡ１、ＳＯＤ２、ＲＮＦ１２５、ＧＡＤＤ４５Ｂ、ＳＥＬＫ、ＲＯＲＡ、ＭＸＤ１、ＩＦＲＤ１、ＰＩＫ３Ｒ１、ＴＵＢＢ４Ｂ、ＨＥＣＡ、ＭＰＺＬ３、ＵＳＰ３６、ＩＮＳＩＧ１、ＮＲ４Ａ２、ＳＬＣ２Ａ３、ＰＥＲ１、Ｓ１００Ａ１０、ＡＩＭ１、ＣＤＣ４２ＥＰ３、ＮＤＥＬ１、ＩＤＩ１、ＥＩＦ４Ａ３、ＢＩＲＣ３、ＴＳＰＹＬ２、ＤＣＴＮ６、ＨＳＰＨ１、ＣＤＫ１７、ＤＤＸ２１、ＰＰＰ１Ｒ１５Ｂ、ＺＮＦ３３１、ＢＴＧ２、ＡＭＤ１、ＳＬＣ７Ａ５ ＰＯＬＲ３Ｅ、ＪＭＪＤ６、ＣＨＤ１、ＴＡＦ１３、ＶＰＳ３７Ｂ、ＧＴＦ２Ｂ、ＰＡＦ１、ＢＣＡＳ２、ＲＧＰＤ６、ＴＵＢＡ４Ａ、ＴＵＢＡ１Ａ、ＲＡＳＡ３、ＧＰＣＰＤ１、ＲＡＳＧＥＦ１Ｂ、ＤＮＡＪＡ１、ＦＡＭ４６Ｃ、ＰＴＰ４Ａ１、ＫＰＮＡ２、ＺＦＡＮＤ５、ＳＬＣ３８Ａ２、ＰＬＩＮ２、ＨＥＸＩＭ１、ＴＭＥＭ１２３、ＪＵＮＤ、ＭＴＲＮＲ２Ｌ１、ＧＡＢＡＲＡＰＬ１、ＳＴＡＴ４、ＡＬＧ１３、ＦＯＳＢ、ＧＰＲ６５、ＳＤＣＢＰ、ＨＢＰ１、ＭＡＰ３Ｋ８、ＲＡＮＢＰ２、ＦＡＭ１２９Ａ、ＦＯＳ、ＤＤＩＴ３、ＣＣＮＨ、ＲＧＰＤ５、ＴＵＢＡ１Ｃ、ＡＴＰ１Ｂ３、ＧＬＩＰＲ１、ＰＲＤＭ２、ＥＭＤ、ＨＳＰＤ１、ＭＯＲＦ４Ｌ２、ＩＬ２１Ｒ、ＮＦＫＢＩＡ、ＬＹＡＲ、ＤＮＡＪＢ６、ＴＭＢＩＭ１、ＰＦＫＦＢ３、ＭＥＤ２９、Ｂ４ＧＡＬＴ１、ＮＸＦ１、ＢＩＲＣ２、ＡＲＨＧＡＰ２６、ＳＹＡＰ１、ＤＮＴＴＩＰ２、ＥＴＦ１、ＢＴＧ１、ＰＢＸＩＰ１、ＭＫＮＫ２、ＤＥＤＤ２、ＡＫＩＲＩＮ１、またはこれらの任意の組合せをコードする／含む遺伝子（複数または単数）からの遺伝子の発現を含む。
一部の実施形態では、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャーは、遺伝子ＣＤ９４（ＫＬＲＤ１）、ＣＤ９４リガンド、ＨＬＡ－Ｅ、ＫＬＲＣ１（ＮＫＧ２Ａ）、ＫＬＲＢ１（ＮＫＧ２Ｃ）またはこれらの任意の組合せからの遺伝子の発現を含む。
一部の実施形態では、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャーは、ＨＬＡ－Ｅ：ＣＤ９４相互作用レベルをさらに含む。
一部の実施形態では、ＮＫ細胞シグネチャーは、遺伝子ＣＤ５６、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ８、ＩＦＮ、ＩＬ－２、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－１８、ＮＣＲ１、ＸＣＬ１、ＸＣＬ２、ＩＬ２１Ｒ、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＮＣＡＭ１またはこれらの組合せからの遺伝子の発現を含む。
一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩシグネチャーは、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＨＬＡ－ＤＮＢ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ２、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＨＬＡ－ＤＲＢ４、ＨＬＡ－ＤＲＢ５またはこれらの組合せを含むＨＬＡである遺伝子からの遺伝子の発現を含む。
一実施形態では、本明細書で企図される方法は、（ｉ）患者から採取された試料が、患者が第１の治療剤に対して抗腫瘍応答を示す可能性が高いことを予測するバイオマーカーについて、陽性であるのかまたは陰性であるのかを、判定するステップであって、第１の治療剤が、（ａ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｂ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む、ステップ、および（ｉｉ）バイオマーカーが存在した場合、第１の治療剤を含む治療レジメンで患者を処置するステップ、またはバイオマーカーが非存在であった場合、第１の治療剤を含まない治療レジメンで患者を処置するステップを含み、バイオマーカーが、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャーを含むＴＭＥ遺伝子シグネチャーのサブセットを含み；ＴＬＳシグネチャーが、遺伝子ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ＣＸＣＬ１３、ＬＡＭＰ３、ＬＴＢ、ＭＳ４Ａ１またはこれらの組合せからの遺伝子を含む。
一態様では、必要な対象におけるがんを処置する方法であって、がん治療剤の治療有効量を対象に投与するステップを含み、対象が、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示し、対象の、がん治療剤が奏効する可能性の増加が、対象における１つまたは複数の遺伝子変異の存在と関連付けられ、対象が、アッセイで１つまたは複数の遺伝子変異の存在について検査され、１つまたは複数の遺伝子変異を有すると同定されており、１つまたは複数の遺伝子変異が、（ｉ）Ｒ１５８Ｃ ＡｐｏＥタンパク質をコードする配列を含むＡｐｏＥ２対立遺伝子の遺伝子変異または（ｉｉ）Ｃ１１２Ｒ ＡｐｏＥタンパク質をコードする配列を含むＡｐｏＥ４対立遺伝子の遺伝子変異を含む、ＡｐｏＥ対立遺伝子の遺伝子変異を含む、方法が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、がんは、黒色腫である。
一部の実施形態では、対象は、ＡｐｏＥ２対立遺伝子の遺伝子変異についてホモ接合性である。一部の実施形態では、対象は、ＡｐｏＥ２対立遺伝子の遺伝子変異についてヘテロ接合性である。一部の実施形態では、対象は、ＡｐｏＥ４対立遺伝子の遺伝子変異についてホモ接合性である。一部の実施形態では、対象は、ＡｐｏＥ４対立遺伝子の遺伝子変異についてヘテロ接合性である。一部の実施形態では、対象は、Ｒ１５８Ｃ ＡｐｏＥタンパク質でもＣ１１２Ｒ ＡｐｏＥタンパク質でもないＡｐｏＥタンパク質をコードする配列を含むＡｐｏＥ対立遺伝子を有する。一部の実施形態では、対象は、Ｒ１５８Ｃ ＡｐｏＥタンパク質でもＣ１１２Ｒ ＡｐｏＥタンパク質でもないＡｐｏＥタンパク質をコードする配列を含むＡｐｏＥ３対立遺伝子を有する。一部の実施形態では、対象は、ｒｓ７４１２－Ｔおよびｒｓ４２９３５８－Ｔを有する。一部の実施形態では、対象は、ｒｓ７４１２－Ｃおよびｒｓ４２９３５８－Ｃを有する。一部の実施形態では、ＡｐｏＥ３対立遺伝子についてホモ接合性である参照対象は、がん治療剤が奏効する可能性の減少を示す。
一部の実施形態では、アッセイは、遺伝子アッセイである。
一部の実施形態では、がん治療剤は、（ｉ）タンパク質のがんエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｉｉ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｉｉｉ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｉｖ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのがんエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む。
一部の実施形態では、がん治療剤は、免疫調節剤を含む。
一部の実施形態では、がん治療剤は、抗ＰＤ１抗体を含む。
一部の実施形態では、がん治療剤は、ニボルマブまたはペムブロリズマブを含む。
一部の実施形態では、１つまたは複数の遺伝子変異は、ｃｈｒ１９：４４９０８６８４ Ｔ＞Ｃを含み、ここでの１つまたは複数の遺伝子変異の染色体位置は、ＵＣＳＣ ｈｇ３８を基準として定義されたものである。
一部の実施形態では、１つまたは複数の遺伝子変異は、ｃｈｒ１９：４４９０８８２２ Ｃ＞Ｔを含み、ここでの１つまたは複数の遺伝子変異の染色体位置は、ＵＣＳＣ ｈｇ３８を基準として定義されたものである。
一部の実施形態では、方法は、投与するステップの前にアッセイで１つまたは複数の遺伝子変異の存在について対象を検査するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、方法は、バイオマーカー陽性患者に、第１の治療剤、変更された用量もしくは時間間隔の第１の治療剤、または第２の治療剤を投与するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、方法は、バイオマーカー陽性患者に、第１の治療剤、変更された用量もしくは時間間隔の第１の治療剤、または第２の治療剤を投与するステップをさらに含まない。
一部の実施形態では、方法は、バイオマーカー陽性患者に、増加させた用量の第１の治療剤を投与するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、方法は、バイオマーカー陽性または陰性患者に対する第１の治療剤の投与の時間間隔を修正するステップをさらに含む。
一態様では、がんまたは腫瘍に罹患している患者を、患者が第１の治療剤の投与に対して抗腫瘍応答を示す可能性が高いことを予測する処置中バイオマーカーの存在または非存在について、検査する方法であって、第１の治療剤が、（ａ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｂ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、方法が、（ｉ）患者から採取された腫瘍からの代表ベースライン試料を入手するステップ、（ｉｉ）ベースライン試料においてＴＭＥシグネチャーのうちの各遺伝子のベースライン発現レベルを測定するステップ、（ｉｉｉ）測定されたベースライン発現レベルを正規化するステップ、（ｉｖ）正規化されたベースライン発現レベルからＴＭＥ遺伝子シグネチャーのベースラインＴＭＥ遺伝子シグネチャースコアを計算するステップ、（ｖ）処置後の時点で患者から採取された腫瘍からの代表試料を入手するステップ、（ｖｉ）処置後の時点で患者から採取された腫瘍からの代表試料においてＴＭＥ遺伝子シグネチャーのうちの各遺伝子の処置後発現レベルを測定するステップ、（ｖｉｉ）測定された処置後発現レベルの各々を正規化するステップ、（ｖｉｉｉ）正規化された発現レベルからＴＭＥ遺伝子シグネチャーのうちの各遺伝子についての処置後ＴＭＥ遺伝子シグネチャースコアを計算するステップ、（ｉｘ）測定された発現レベルからＴＭＥ遺伝子シグネチャーのうちの各遺伝子についての処置後ＴＭＥ遺伝子シグネチャースコアを計算するステップ、（ｘ）処置後ＴＭＥ遺伝子シグネチャースコアとベースラインＴＭＥ遺伝子シグネチャースコアを比較するステップ、および（ｘｉ）患者を、第１の治療剤からの持続的臨床効果（ＤＣＢ）に関するアウトカムについてバイオマーカー陽性またはバイオマーカー陰性に分類するステップを含み、ベースラインＴＭＥ遺伝子シグネチャースコアを入手するステップ、測定するステップ、正規化するステップおよび計算するステップを、処置後ＴＭＥ遺伝子シグネチャースコアを入手するステップ、測定するステップ、正規化するステップおよび計算するステップの前にまたはこれらのステップと同時に行なうことができ、バイオマーカー陽性患者が、第１の治療剤でＤＣＢを経験する可能性が高いと判定される、方法が、本明細書で提供される。
一部の実施形態では、ＴＭＥ遺伝子シグネチャーのうち、正規化されたベースライン発現と比較して高い遺伝子の正規化された発現は、治療剤に伴うＤＣＢについての陽性バイオマーカー分類と関連付けられ、この治療剤は、（ａ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｂ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む。
一部の実施形態では、ＤＣＢがある患者は、Ｂ細胞活性化シグネチャーのうち、正規化されたベースライン発現と比較して高い正規化された遺伝子発現を有する。
一部の実施形態では、ＤＣＢがある患者は、ＭＨＣクラスＩＩシグネチャーのうち、正規化されたベースライン発現と比較して高い正規化された遺伝子発現を有する。
一部の実施形態では、ＤＣＢがある患者は、ＮＫ細胞シグネチャーのうち、正規化されたベースライン発現と比較して高い正規化された遺伝子発現を有する。
一部の実施形態では、ＤＣＢがある患者は、正規化されたベースライン発現と比較してＣＤ９４のおよび／もしくはＨＬＡ－Ｅの高い正規化された遺伝子発現；ならびに／またはＣＤ９４とのより高いＨＬＡ－Ｅ相互作用を有する。
一部の実施形態では、方法は、正規化されたベースライン発現と比較して、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ３、ＣＤ２２、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ７２、ＣＤ７９ａ、ＩＧＫＣ、ＩＧＨＤ、ＭＺＢ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＭＳ４Ａ１、ＣＤ１３８、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ＣＸＣＬ１３、ＬＡＭＰ３、ＬＴＢ、ＭＳ４Ａ１、ＣＣＲ７、ＣＤ２７、ＣＤ４５ＲＯ、ＦＬＴ３ＬＧ、ＧＲＡＰ２、ＩＬ１６、ＩＬ７Ｒ、ＬＴＢ、Ｓ１ＰＲ１、ＳＥＬＬ、ＴＣＦ７、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ９４（ＫＬＲＤ１）、ＫＬＲＣ１（ＮＫＧ２Ａ）、ＫＬＲＢ１（ＮＫＧ２Ｃ）、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＣＤ５６、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ８、ＩＦＮ、ＩＬ－２、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－１８、ＮＣＲ１、ＸＣＬ１、ＸＣＬ２、ＩＬ２１Ｒ、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ５、ＨＬＡ－Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、ＴＩＧＩＴをコードする遺伝子のいずれか１つもしくは複数の、より高い正規化された遺伝子発現を、治療剤に伴うＤＣＢについての陽性バイオマーカー分類に関連付けるステップを含む。
一部の実施形態では、ＴＭＥ遺伝子シグネチャーのうち、正規化されたベースライン発現と比較して低い遺伝子の正規化された発現は、治療剤に伴うＤＣＢについての陽性バイオマーカー分類と関連付けられ、この治療剤は、（ａ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｂ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む。
一部の実施形態では、より低いＢ７－Ｈ３の正規化された発現は、治療剤に伴うＤＣＢについての陽性バイオマーカー分類と関連付けられる。
一部の実施形態では、正規化されたベースライン発現と比較して、遺伝子の正規化された発現の増加は、約１．１～約１００倍の範囲である。
一部の実施形態では、正規化されたベースライン発現と比較して、遺伝子の正規化された発現の減少は、約１．１分の１～１００分の１の範囲である。
一部の実施形態では、がんまたは腫瘍は、黒色腫である。
一部の実施形態では、腫瘍、腫瘍微小環境または末梢血からの遺伝子シグネチャーは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０または約５０遺伝子または遺伝子産物のセットを含む。一部の実施形態では、対象に対する処置の持続的臨床効果についての判定は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０または約５０遺伝子または遺伝子産物のセットを含む、腫瘍、腫瘍微小環境および／または末梢血からの、遺伝子シグネチャーの判定を必要とする。
一部の実施形態では、治療剤は、ＨＬＡ結合予測プラットフォーム、ｎｅｏｎｍｈｃ（ＲＥＣＯＮ）バージョン１、２または３により予測されるペプチドの群から選択される、タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチドを含み、ＨＬＡ結合予測プラットフォームは、機械学習アルゴリズムを用いる、コンピュータベースのプログラムであり、この機械学習アルゴリズムは、ペプチドアミノ酸配列情報、構造情報、会合および解離動態情報ならびに質量分析情報を含む、ペプチドおよびそれが会合するヒト白血球抗原に関する複数の情報を統合する。
タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチドが共有ネオ抗原である、前記実施形態のいずれか１つの方法。
一部の実施形態では、タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチドは、患者特異的ネオ抗原である。
一部の実施形態では、ネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０または約５０ペプチドを含む。一部の実施形態では、ネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチドは、複数の遺伝子によりコードされた１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０または約５０ペプチドを含む。
一部の実施形態では、腫瘍からの代表生体試料は、腫瘍生検試料を含む。
一部の実施形態では、腫瘍からの代表試料は、腫瘍内の細胞、組織または流体から抽出された全ＲＮＡを含む。
一部の実施形態では、ＤＣＢのＴＭＥ遺伝子シグネチャーからの代表試料中での検出は、リアルタイム定量的ＰＣＲによる。
一部の実施形態では、ＤＣＢのＴＭＥ遺伝子シグネチャーからの代表試料中での検出は、フローサイトメトリーによる。
一部の実施形態では、ＤＣＢのＴＭＥシグネチャーからの代表試料中での検出は、マイクロアレイ解析による。
一部の実施形態では、ＤＣＢのＴＭＥ遺伝子シグネチャーからの代表試料中での検出は、ナノストリングアッセイによる。
一部の実施形態では、ＤＣＢのＴＭＥ遺伝子シグネチャーからの代表試料中での検出は、ＲＮＡシークエンシングによる。
一部の実施形態では、ＤＣＢのＴＭＥ遺伝子シグネチャーからの代表試料中での検出は、シングルセルＲＮＡシークエンシングによる。
一部の実施形態では、ＤＣＢのＴＭＥ遺伝子シグネチャーからの代表試料中での検出は、ＥＬＩＳＡによる。
一部の実施形態では、ＤＣＢのＴＭＥ遺伝子シグネチャーからの代表試料中での検出は、ＥＬＩＳＰＯＴによる。
一部の実施形態では、ＤＣＢのＴＭＥ遺伝子シグネチャーからの代表試料中での検出は、質量分析による。
一部の実施形態では、ＤＣＢのＴＭＥ遺伝子シグネチャーからの代表試料中での検出は、共焦点顕微鏡法による。
一部の実施形態では、ＤＣＢのＴＭＥ遺伝子シグネチャーからの代表試料中での検出は、細胞傷害性アッセイである。
一部の実施形態では、患者への１つまたは複数の追加の抗腫瘍療法の併用投与。
一部の実施形態では、腫瘍からの代表試料を入手するステップは、患者のアフェレーシス試料から入手することを含む。
一部の実施形態では、腫瘍からの代表試料を入手するステップは、腫瘍生検試料を入手することを含む。
一部の実施形態では、腫瘍からの代表試料を入手するステップは、患者からの血液を入手することを含む。
一部の実施形態では、腫瘍からの代表試料を入手するステップは、患者からの組織液を入手することを含む。
一部の実施形態では、患者の代表生体試料は、第１の治療薬である治療薬の投与後０日目に、または投与の少なくとも１日、少なくとも２日、少なくとも３日、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも６日、少なくとも７日、少なくとも８日、少なくとも９日、少なくとも１０日、少なくとも１１日、少なくとも１２日、少なくとも１３日、少なくとも１４日、少なくとも１５日、少なくとも１６日、少なくとも１７日、少なくとも１８日、少なくとも１９日、少なくとも２０日、少なくとも２１日、少なくとも２２日、少なくとも２３日、少なくとも２４日、少なくとも２５日、少なくとも２６日、少なくとも２７日、少なくとも２８日、少なくとも２９日、少なくとも３０日、もしくは少なくとも１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、１年もしくは少なくとも２年後に、単離される。
一部の実施形態では、処置後ＴＭＥ遺伝子シグネチャースコアを、ベースラインＴＭＥ遺伝子シグネチャースコアと比較するステップは、遺伝子のセットのＴＭＥ遺伝子シグネチャースコアの加重平均を比較することを含む。
一部の実施形態では、遺伝子のセットは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０または約５０遺伝子を含む。
一態様では、腫瘍における腫瘍ネオ抗原特異的Ｔ細胞の誘導を判定するための方法であって、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４相互作用シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャーおよびＭＨＣクラスＩＩシグネチャーを含む、持続的臨床効果（ＤＣＢ）の１つまたは複数の腫瘍微小環境（ＴＭＥ）シグネチャーを検出するステップであって、シグネチャーのうちの少なくとも１つが、組成物を投与する前の対応する代表試料と比較して変更される、ステップを含む、方法が、本明細書で提供される。
一部の実施形態では、持続的臨床効果（ＤＣＢ）の１つまたは複数の腫瘍微小環境（ＴＭＥ）遺伝子シグネチャーは、ＣＤ１０７ａ、ＩＦＮ－γ、またはＴＮＦ－α、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＰＲＦ１についての、ベースライン測定値と比較して高い遺伝子発現をさらに含む。
一部の実施形態では、（ａ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｂ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む、治療剤は、ネオ抗原性ペプチドワクチンを含む。
一部の実施形態では、代表ベースライン試料は、処置前の時点で患者から採取された試料である。
一部の実施形態では、処置は、（ａ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｂ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む、治療剤の投与を含む。
一部の実施形態では、代表ベースライン試料は、アーカイブされた試料である。
一部の実施形態では、代表ベースライン試料は、患者からのアーカイブされた試料である。
一態様では、バイオマーカーの検査で陽性と出る患者におけるがんの処置に使用するための医薬組成物であって、組成物・治療剤が、（ａ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｂ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）と、少なくとも１つの薬学的に許容される賦形剤とを含み、バイオマーカーが、ＴＭＥ遺伝子シグネチャーからなる群から選択される遺伝子シグネチャーを含む処置中バイオマーカーであり、ＴＭＥ遺伝子シグネチャーが、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャーおよびＭＨＣクラスＩＩシグネチャーを含む、医薬組成物が、本明細書で提供される。
一部の実施形態では、治療剤は、ネオ抗原ペプチドワクチンである。
一部の実施形態では、ＴＭＥ遺伝子シグネチャーは、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ３、ＣＤ２２、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ７２、ＣＤ７９ａ、ＩＧＫＣ、ＩＧＨＤ、ＭＺＢ１、ＭＳ４Ａ１、ＣＤ１３８、ＢＬＫ、ＦＡＭ３０Ａ、ＦＣＲＬ２、ＭＳ４Ａ１、ＰＮＯＣ、ＳＰＩＢ、ＴＣＬ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１７もしくはこれらの組合せを含む遺伝子を含む、Ｂ細胞シグネチャー；ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ＣＸＣＬ１３、ＬＡＭＰ３、ＬＴＢ、ＭＳ４Ａ１もしくはこれらの組合せを含む遺伝子を含む、ＴＬＳシグネチャー；ＣＣＲ７、ＣＤ２７、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＣＲ７、ＦＬＴ３ＬＧ、ＧＲＡＰ２、ＩＬ１６、ＩＬ７Ｒ、ＬＴＢ、Ｓ１ＰＲ１、ＳＥＬＬ、ＴＣＦ７、ＣＤ６２Ｌもしくはこれらの組合せを含む遺伝子を含む、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー；ＣＤ９４（ＫＬＲＤ１）、ＣＤ９４リガンド、ＨＬＡ－Ｅ、ＫＬＲＣ１（ＮＫＧ２Ａ）、ＫＬＲＢ１（ＮＫＧ２Ｃ）もしくはこれらの組合せを含む遺伝子を含む、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、またはＨＬＡ－Ｅ：ＣＤ９４相互作用レベルを含むＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー；ＣＤ５６、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ８、ＩＦＮ、ＩＬ－２、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－１８、ＮＣＲ１、ＸＣＬ１、ＸＣＬ２、ＩＬ２１Ｒ、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２もしくはこれらの組合せを含む遺伝子を含む、ＮＫ細胞シグネチャー；ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ５もしくはこれらの組合せを含むＨＬＡである遺伝子を含む、ＭＨＣクラスＩＩシグネチャー；または上記のもののサブセットを含む。
別の態様では、医薬組成物を含む薬物製品であって、医薬組成物が、（ａ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｂ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）と、少なくとも１つの薬学的に許容される賦形剤とを含み、医薬組成物が、ベースラインバイオマーカーまたは処置中バイオマーカーについて陽性の検査結果を有する患者におけるがんの処置に指示され、ベースラインバイオマーカーまたは処置中バイオマーカーが、ＣＤ１９、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ７２、ＣＤ３、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＩＧＫＣ、ＩＧＨＤ、ＭＺＢ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＭＳ４Ａ１（ｃｄ２０）、ＣＤ１３８、ＴＮＦＲＳＲ１３Ｂ、ＧＵＳＰＢ１１、ＢＡＦＦＲ、ＡＩＤ、ＩＧＨＭ、ＩＧＨＥ、ＩＧＨＡ１、ＩＧＨＡ２、ＩＧＨＡ３、ＩＧＨＡ４、ＢＣＬ６、ＦＣＲＬＡおよびこれらの組合せから選択される遺伝子の発現を含む、Ｂ細胞シグネチャー；ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ＣＸＣＬ１３、ＬＡＭＰ３、ＬＴＢ、ＩＬ７Ｒ、ＭＳ４Ａ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＣＬ８、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ９、ＣＤ３、ＬＴＡ、ＩＬ１７、ＩＬ２３、ＩＬ２１、ＩＬ７およびこれらの組合せから選択される遺伝子の発現を含む、ＴＬＳシグネチャー；ＣＣＲ７、ＣＤ２７、ＣＤ４５ＲＯ、ＦＬＴ３ＬＧ、ＧＲＡＰ２、ＩＬ１６、ＩＬ７Ｒ、ＬＴＢ、Ｓ１ＰＲ１、ＳＥＬＬ、ＴＣＦ７、ＣＤ６２Ｌ、ＰＬＡＣ８、ＳＯＲＬ１、ＭＧＡＴ４Ａ、ＦＡＭ６５Ｂ、ＰＸＮ、Ａ２Ｍ、ＡＴＭ、Ｃ２０ｏｒｆ１１２、ＧＰＲ１８３、ＥＰＢ４１、ＡＤＤ３、ＧＲＡＰ２、ＫＬＲＧ１、ＧＩＭＡＰ５、ＴＣ２Ｎ、ＴＸＮＩＰ、ＧＩＭＡＰ２、ＴＮＦＡＩＰ８、ＬＭＮＡ、ＮＲ４Ａ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＫＤＭ６Ｂ、ＥＬＬ２、ＴＩＰＡＲＰ、ＳＣ５Ｄ、ＰＬＫ３、ＣＤ５５、ＮＲ４Ａ１、ＲＥＬ、ＰＢＸ４、ＲＧＣＣ、ＦＯＳＬ２、ＳＩＫ１、ＣＳＲＮＰ１、ＧＰＲ１３２、ＧＬＵＬ、ＫＩＡＡ１６８３、ＲＡＬＧＡＰＡ１、ＰＲＮＰ、ＰＲＭＴ１０、ＦＡＭ１７７Ａ１、ＣＨＭＰ１Ｂ、ＺＣ３Ｈ１２Ａ、ＴＳＣ２２Ｄ２、Ｐ２ＲＹ８、ＮＥＵ１、ＺＮＦ６８３、ＭＹＡＤＭ、ＡＴＰ２Ｂ１、ＣＲＥＭ、ＯＡＴ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＤＮＡＪＢ９、ＳＫＩＬ、ＤＥＮＮＤ４Ａ、ＳＥＲＴＡＤ１、ＹＰＥＬ５、ＢＣＬ６、ＥＧＲ１、ＰＤＥ４Ｂ、ＡＮＸＡ１、ＳＯＤ２、ＲＮＦ１２５、ＧＡＤＤ４５Ｂ、ＳＥＬＫ、ＲＯＲＡ、ＭＸＤ１、ＩＦＲＤ１、ＰＩＫ３Ｒ１、ＴＵＢＢ４Ｂ、ＨＥＣＡ、ＭＰＺＬ３、ＵＳＰ３６、ＩＮＳＩＧ１、ＮＲ４Ａ２、ＳＬＣ２Ａ３、ＰＥＲ１、Ｓ１００Ａ１０、ＡＩＭ１、ＣＤＣ４２ＥＰ３、ＮＤＥＬ１、ＩＤＩ１、ＥＩＦ４Ａ３、ＢＩＲＣ３、ＴＳＰＹＬ２、ＤＣＴＮ６、ＨＳＰＨ１、ＣＤＫ１７、ＤＤＸ２１、ＰＰＰ１Ｒ１５Ｂ、ＺＮＦ３３１、ＢＴＧ２、ＡＭＤ１、ＳＬＣ７Ａ５ ＰＯＬＲ３Ｅ、ＪＭＪＤ６、ＣＨＤ１、ＴＡＦ１３、ＶＰＳ３７Ｂ、ＧＴＦ２Ｂ、ＰＡＦ１、ＢＣＡＳ２、ＲＧＰＤ６、ＴＵＢＡ４Ａ、ＴＵＢＡ１Ａ、ＲＡＳＡ３、ＧＰＣＰＤ１、ＲＡＳＧＥＦ１Ｂ、ＤＮＡＪＡ１、ＦＡＭ４６Ｃ、ＰＴＰ４Ａ１、ＫＰＮＡ２、ＺＦＡＮＤ５、ＳＬＣ３８Ａ２、ＰＬＩＮ２、ＨＥＸＩＭ１、ＴＭＥＭ１２３、ＪＵＮＤ、ＭＴＲＮＲ２Ｌ１、ＧＡＢＡＲＡＰＬ１、ＳＴＡＴ４、ＡＬＧ１３、ＦＯＳＢ、ＧＰＲ６５、ＳＤＣＢＰ、ＨＢＰ１、ＭＡＰ３Ｋ８、ＲＡＮＢＰ２、ＦＡＭ１２９Ａ、ＦＯＳ、ＤＤＩＴ３、ＣＣＮＨ、ＲＧＰＤ５、ＴＵＢＡ１Ｃ、ＡＴＰ１Ｂ３、ＧＬＩＰＲ１、ＰＲＤＭ２、ＥＭＤ、ＨＳＰＤ１、ＭＯＲＦ４Ｌ２、ＩＬ２１Ｒ、ＮＦＫＢＩＡ、ＬＹＡＲ、ＤＮＡＪＢ６、ＴＭＢＩＭ１、ＰＦＫＦＢ３、ＭＥＤ２９、Ｂ４ＧＡＬＴ１、ＮＸＦ１、ＢＩＲＣ２、ＡＲＨＧＡＰ２６、ＳＹＡＰ１、ＤＮＴＴＩＰ２、ＥＴＦ１、ＢＴＧ１、ＰＢＸＩＰ１、ＭＫＮＫ２、ＤＥＤＤ２、ＡＫＩＲＩＮ１およびこれらの組合せから選択される遺伝子の発現を含む、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー；ＣＤ９４（ＫＬＲＤ１）、ＣＤ９４リガンド、ＨＬＡ－Ｅおよびこれらの組合せから選択される遺伝子の発現、もしくはＨＬＡ－Ｅ：ＣＤ９４相互作用レベルを含む、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー；ＣＤ５６、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ８、ＩＦＮ、ＩＬ－２、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－１８、ＮＣＲ１、ＸＣＬ１、ＸＣＬ２、ＩＬ２１Ｒ、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＮＣＡＭ１およびこれらの組合せから選択される遺伝子の発現を含む、ＮＫ細胞シグネチャー；ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ５およびこれらの組合せから選択される遺伝子の発現を含む、ＭＨＣクラスＩＩシグネチャー；または上記のいずれかについての組合せもしくはサブセットを含む、遺伝子シグネチャーを含む、薬物製品が、本明細書で提供される。
参照による組込み
本明細書で言及されるすべての公表文献、特許および特許出願は、個々の公表文献、特許または特許出願各々が参照により組み込まれると具体的かつ個別に示されている場合と同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。参照により組み込まれる公表文献および特許または特許出願が、本明細書に収載される本開示と相反する場合は、本明細書は、あらゆるそのような相反する物質に取って代わるおよび／または優先するように意図されている。
本発明の新規特徴は、添付の実施形態において具体的に示される。本発明の原理が利用される例示的実施形態を示す後続の詳細な説明、および添付の図面（本明細書における「図（ＦＩＧ．）」および「図（Ｆｉｇ．）」も）を参照することにより、本発明の特徴および利点のよりよい理解が得られるであろう。
図１は、ネオ抗原ペプチドワクチンおよびニボルマブを使用する処置レジメンおよび評定スケジュールの例示的な概略図である。使用されている略語：ＮＳＣＬＣ、非小細胞肺がん。
図２は、ＤＣＢがあるおよびない処置前の黒色腫患者からの試料における腫瘍内の既存の、しかし抑制された、適応免疫応答を測定する１８遺伝子ＴＩＳシグネチャーを示すグラフである［左側のパネル］。右側のパネルは、ＤＣＢがあるおよびない黒色腫患者からの処置前の腫瘍試料内の腫瘍突然変異量（ＴＭＢ）の例示的なグラフを描写する。
図３Ａは、処置を受ける前（左側のグラフ、処置前）、ニボルマブ処置後（中央のグラフ、ワクチン前）、およびニボルマブとネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後（右側のグラフ、ワクチン後）の、黒色腫患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）のＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャーの例示的なグラフを描写する。ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャーは、ＤＣＢがある黒色腫患者では増加する。
（図３Ｂ）図３Ｂは、処置を受ける前（左側のグラフ、処置前）、ニボルマブ処置後（中央のグラフ、ワクチン前）、およびニボルマブとネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後（右側のグラフ、ワクチン後）の、黒色腫患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）のメモリーおよび／またはエフェクター様ＴＣＦ７＋ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャーの例示的なグラフを描写する。ＴＣＦ７＋ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャーは、ＤＣＢがある黒色腫患者では増加する。メモリーおよび／またはエフェクター様ＴＣＦ７＋ＣＤ８ Ｔ細胞関連シグネチャーは、メモリー様および／またはエフェクター様表現型と一致する遺伝子を発現する、ならびに幹様転写因子ＴＣＦ７を発現する、ＣＤ８＋Ｔ細胞サブクラスターから導出された。この遺伝子シグネチャーのより高い発現は、ＤＣＢと関連付けられ、転移性黒色腫患者のアウトカムを予測する。
図４Ａは、黒色腫腫瘍生検材料の多重免疫組織化学検査の代表的な一連の顕微鏡写真を描写する。ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＴＣＦ７、腫瘍細胞（Ｓ１００）および核染色剤ＤＡＰＩのマーカーを同時に使用して、処置前、ワクチン前およびワクチン後の時点で、ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない患者のＣＤ８＋Ｔ細胞におけるＴＣＦ７の発現を検査した。各コホートからの代表患者が示されている。スケールバーは、５０μｍを表す。
図４Ｂは、ネオ抗原ペプチドワクチンによるワクチン接種の前（処置前）および後（ワクチン後）のＤＣＢ患者試料とＤＣＢなし患者試料とで異なるＴＣＦ７＋ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャーレベルを示すグラフを描写する。
（図４Ｃ）図４Ｃは、図４Ａで提示された同じ患者についての、処置前の腫瘍生検材料に関する腫瘍マーカーＳ１００、ＣＤ８＋Ｔ細胞マーカーＣＤ８、転写因子ＴＣＦ７および核染色剤ＤＡＰＩの多重免疫組織化学検査を表す、２枚の顕微鏡写真を描写する。
図５Ａは、処置を受ける前（左側のグラフ、処置前）、ニボルマブ処置後（中央のグラフ、ワクチン前）、およびニボルマブとネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後（右側のグラフ、ワクチン後）の、黒色腫患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）のＢ細胞シグネチャーの比較を示すグラフを描写する。データは、より高いＢ細胞シグネチャーが黒色腫患者におけるＤＣＢと関連付けられることを示す。ＤＣＢがある患者は、処置前に、および処置の過程にわたって、より高いＩＯ３６０ Ｂ細胞シグネチャーを有する。
（図５Ｂ）図５Ｂは、処置を受ける前（左側のグラフ、処置前）、ニボルマブ処置後（中央のグラフ、ワクチン前）、およびニボルマブとネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後（右側のグラフ、ワクチン後）の、黒色腫患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）のＢ細胞関連遺伝子の個々の遺伝子発現のヒートマップを描写する。ＤＣＢがある患者では、Ｂ細胞に関連する個々の遺伝子の発現も、処置の過程にわたって増加する。
図６は、処置を受ける前（左側のグラフ、処置前）、ニボルマブ処置後（中央のグラフ、ワクチン前）、およびニボルマブとネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後（右側のグラフ、ワクチン後）の、黒色腫患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）のＴＬＳシグネチャーの比較を示すグラフを描写する。データは、ＴＬＳシグネチャーが、ＤＣＢがある患者と関連付けられることを示す。ケモカイン、サイトカインおよび特異的細胞集団を含む、ＴＬＳと関連付けられる遺伝子を使用して、ＴＬＳシグネチャーを導出し、計算した。
図７は、ＴＬＳシグネチャーが、ＴＭＥ内のＢ細胞シグネチャーと高度に相関し、リンパ節生検材料とは無関係であることを示すグラフを描写する。
図８Ａは、黒色腫腫瘍生検材料の多重免疫組織化学検査の代表的な一連の顕微鏡写真を描写する。Ｂ細胞（ＣＤ２０）、Ｔ細胞（ＣＤ３）、腫瘍細胞（Ｓ１００）および核染色剤ＤＡＰＩのマーカーを同時に使用して、処置前、ワクチン前およびワクチン後の時点で、ＤＣＢがある黒色腫患者およびＤＣＢがない黒色腫患者におけるＴＬＳを検査した。クラスターまたは個々のＢ細胞が、白色矢印により示されており、Ｔ細胞が、黄色矢印により示されている。スケールバーは、５０μｍを表す。
図８Ｂは、処置を受ける前（左側のグラフ、処置前）、およびネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後（右側のグラフ、ワクチン後）の、黒色腫患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）のＢ細胞シグネチャーの比較を示すグラフを描写する。
（図８Ｃ）図８Ｃは、図８Ａで提示された同じ患者についての、ワクチン接種前の腫瘍生検材料に関する腫瘍マーカーＳ１００、Ｂ細胞マーカーＣＤ２０、Ｔ細胞マーカーＣＤ３および核染色剤ＤＡＰＩの多重免疫組織化学検査を表す、２枚の顕微鏡写真を描写する。
図９は、処置を受ける前（左側のグラフ、処置前）、ニボルマブ処置後（中央のグラフ、ワクチン前）、およびニボルマブとネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後（右側のグラフ、ワクチン後）の、黒色腫患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）の細胞傷害性ＣＤ５６ｄｉｍ ＮＫ細胞シグネチャーの比較を示すグラフを描写する。細胞傷害性ＣＤ５６ｄｉｍ ＮＫ細胞と関連付けられる遺伝子の発現は、ＤＣＢがある患者におけるほうが高い。細胞溶解性ＣＤ５６ｄｉｍ ＮＫ細胞と関連付けられる遺伝子の発現は、処置後（ワクチン後）にＤＣＢがある患者では増加し、ワクチン後の時点でＤＣＢがない患者より有意に高い。細胞溶解性ＣＤ５６ｄｉｍ ＮＫ細胞は、腫瘍細胞を認識することができ、ＡＤＣＣによって腫瘍細胞を死滅させることができ（Ｂ細胞による潜在的役割を示唆する）、ＮＣＲによる細胞溶解を指令することができる。
図１０Ａは、処置を受ける前（左側のグラフ、処置前）、ニボルマブ処置後（中央のグラフ、ワクチン前）、およびニボルマブとネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後（右側のグラフ、ワクチン後）の、黒色腫患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）のＭＨＣ－ＩＩ遺伝子シグネチャーの比較を示すグラフを描写する。ＭＨＣクラスＩＩ遺伝子発現は、ＤＣＢと関連付けられる。ＤＣＢがある患者は、より高いＭＨＣ クラスＩＩ発現を有し、処置前のこの発現は、アウトカムを予測する。
（図１０Ｂ）図１０Ｂは、ＤＣＢがある患者およびＤＣＢがない患者における処置前の腫瘍生検材料でのＭＨＣ－ＩＩ発現を示す顕微鏡写真を描写する。ＭＨＣクラスＩＩは、ＤＣＢがある患者における腫瘍細胞上に発現される。
図１１は、処置を受ける前（左側のグラフ、処置前）、ニボルマブ処置後（中央のグラフ、ワクチン前）、およびニボルマブとネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後（右側のグラフ、ワクチン後）の、黒色腫患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）の抑制性リガンドＢ７－Ｈ３シグネチャーの比較を示すグラフを描写する。Ｂ７－Ｈ３遺伝子発現は、ＤＣＢがない黒色腫患者におけるほうが高い。
図１２Ａは、ニボルマブ処置後およびネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後の黒色腫対象における標的病変の総数の変化パーセントを経時的に示す例示的なデータを描写する。
図１２Ｂは、患者の中の免疫応答を生じた患者ごとに投与されたワクチンペプチドのパーセントを示す、例示的なグラフである。
図１３Ａは、ワクチンでの処置前およびワクチンでの処置後の対象からの１×１０６ＰＢＭＣ当りのスポット形成細胞の数のグラフを描写する。
（図１３Ｂ）図１３Ｂは、ワクチンで処置された図１３Ａに示されている対象からの試料からのネオ抗原特異的ＣＤ４－Ｔ細胞およびネオ抗原特異的ＣＤ８－Ｔ細胞のパーセンテージについてのＦＡＣＳ解析の例示的な描写である。
図１４Ａは、ネオ抗原ペプチドワクチンでの処置前および後のテトラマー陽性についてのＦＡＣＳ解析の例示的な描写である。
（図１４Ｂ）図１４Ｂは、処置を受ける前、ニボルマブ処置後、およびニボルマブとネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後の、ネオ抗原特異的ＴＣＲの配列読み取りデータ（正規化済み）の数を描写する。
（図１４Ｃ）図１４Ｃは、処置前の患者からのＰＢＭＣでの刺激後の、および突然変異型ＲＩＣＴＯＲペプチド特異的ＴＣＲが形質導入された、カスパーゼ３陽性Ａ３７５－Ｂ５１－０１細胞のパーセントを描写する例示的なグラフである。
図１５は、処置を受ける前（左側のグラフ）、ニボルマブ処置後（中央のグラフ）、およびニボルマブとネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後（右側のグラフ）の黒色腫患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）から採取された生検材料における例示的な病態スコアを示す。
図１６Ａは、処置を受ける前、ニボルマブ処置後、およびニボルマブとネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後の黒色腫患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）からの末梢血試料における全ＣＤ８＋Ｔ細胞のパーセントとしてのナイーブＴ細胞（ＣＤ１９－、ＣＤ３＋、ＣＤ８＋、ＣＤ６２Ｌ＋およびＣＤ４５ＲＡ＋）のパーセンテージを示す結果を描写する（下部右側）。結果は、全ＣＤ８＋Ｔ細胞の２０％を超えるナイーブＴ細胞集団を有する黒色腫患者の処置によって、持続的臨床効果を得ることができる可能性がより低いことを示す。結果は、全ＣＤ８＋Ｔ細胞の２０％またはそれ未満のナイーブＴ細胞集団を有する黒色腫がん患者の処置によって、持続的臨床効果を得ることができる可能性がより高いことを示す。
処置を受ける前、ニボルマブ処置後、およびニボルマブとネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後の黒色腫患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）からの末梢血試料における全ＣＤ８＋Ｔ細胞のパーセントとしてのエフェクターメモリーＴ細胞（ＣＤ１９－、ＣＤ３＋、ＣＤ８＋、ＣＤ６２Ｌ－およびＣＤ４５ＲＡ－）のパーセンテージを示す結果（下部左側）も、描写されている。結果は、全ＣＤ８＋Ｔ細胞の４０％未満のエフェクターメモリーＴ細胞集団を有する黒色腫患者が、持続的臨床効果を受けることができる可能性がより低いことを示す。結果は、全ＣＤ８＋Ｔ細胞の４０％のまたはそれを超えるエフェクターメモリーＴ細胞集団を有する黒色腫がん患者の処置によって、持続的臨床効果を得ることができる可能性がより高いことを示す。
図１６Ｂは、処置を受ける前の黒色腫患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）からの末梢血試料におけるジニ係数を示す末梢ＴＣＲレパートリー解析の例示的なグラフを描写する。結果は、ＤＣＢがある患者におけるＴＣＲ頻度分布が不均等であるほど、クローンＴ細胞集団が多いことを示す。
図１６Ｃは、処置を受ける前（左側のグラフ）、ニボルマブ処置後（中央のグラフ）、およびニボルマブとネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後（右側のグラフ）の黒色腫患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）からの末梢血試料における全ＣＤ１９＋Ｂ細胞のパーセントとしてのナイーブＢ細胞（ＣＤ５６－、ＣＤ３－、ＣＤ１４－、ＣＤ１９＋、ＩｇＤ＋およびＣＤ２７－）のパーセンテージを示す結果を描写する。結果は、全ＣＤ１９＋Ｂ細胞の７０％を超えるナイーブＢ細胞集団を有する黒色腫患者の処置によって、持続的臨床効果を得ることができる可能性がより低いことを示す。結果は、全ＣＤ１９＋Ｂ細胞の７０％またはそれ未満のナイーブＢ細胞集団を有する黒色腫患者の処置によって、持続的臨床効果を得ることができる可能性がより高いことを示す。
図１６Ｄは、処置を受ける前（左側のグラフ）、ニボルマブ処置後（中央のグラフ）、およびニボルマブとネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後（右側のグラフ）の黒色腫患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）からの末梢血試料における全ＣＤ１９＋Ｂ細胞のパーセントとしてのクラススイッチしたメモリーＢ細胞（ＣＤ１９＋、ＩｇＤ－、ＣＤ２７＋）のパーセンテージを示す結果を描写する。結果は、持続的臨床効果がない患者と比較して、持続的臨床効果がある患者におけるほうが高い、クラススイッチしたメモリーＢ細胞レベルが見られたことを示す。結果は、全ＣＤ１９＋Ｂ細胞の１０％を超えるクラススイッチしたメモリーＢ細胞集団を有する黒色腫患者の処置によって、持続的臨床効果を得ることができる可能性がより高いことを示す。結果は、全ＣＤ１９＋Ｂ細胞の１０％またはそれ未満のクラススイッチしたメモリーＢ細胞集団を有する黒色腫患者の処置によって、持続的臨床効果を得ることができる可能性がより低いことを示す。
図１６Ｅは、処置を受ける前の黒色腫患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）からのＴＭＥ試料の細胞からのＲＮＡ－ｓｅｑにより観察された機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の存在量を示す結果を描写する。これらの例示的な結果は、ＴＭＥにおいて、持続的臨床効果がない患者と比較して、持続的臨床効果がある患者におけるほうが高い機能性Ｂ細胞レベルが見られたことを示す。これらの例示的な結果は、例えば、ＴＭＥ試料の細胞からの機能性Ｉｇ ＣＤＲ３が（例えば、ＲＮＡ－ｓｅｑにより観察して）２７未満である、黒色腫患者の処置によって、持続的臨床効果を得ることができる可能性がより低いことを示す。これらの例示的な結果は、例えば、ＴＭＥ試料の細胞からの機能性Ｉｇ ＣＤＲ３が（例えば、ＲＮＡ－ｓｅｑにより観察して）２７であるかまたはそれを超える、黒色腫患者の処置によって、持続的臨床効果を得ることができる可能性がより高いことを示す。
図１６Ｆは、処置を受ける前（左側のグラフ）、ニボルマブ処置後（中央のグラフ）、およびニボルマブとネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後（右側のグラフ）のＮＳＣＬＣ患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）からの末梢血試料における全Ｌｉｎ－／ＣＤ１１ｃ－細胞のパーセントとして形質細胞様ＤＣ集団（ＣＤ３－、ＣＤ１９－、ＣＤ５６－、ＣＤ１４－、ＣＤ１１ｃ－、ＣＤ１２３＋およびＣＤ３０３＋）のパーセンテージを示す結果を描写する。結果は、全Ｌｉｎ－／ＣＤ１１ｃ－細胞３％を超える形質細胞様ＤＣ集団を有するＮＳＣＬＣ患者の処置によって、持続的臨床効果を得ることができる可能性がより低いことを示す。結果は、全Ｌｉｎ－／ＣＤ１１ｃ－細胞の３％またはそれ未満の形質細胞様ＤＣ集団を有するＮＳＣＬＣ患者の処置によって、持続的臨床効果を得ることができる可能性がより高いことを示す。
図１６Ｇは、処置を受ける前（左側のグラフ）、ニボルマブ処置後（中央のグラフ）、およびニボルマブとネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後（右側のグラフ）のＮＳＣＬＣ患者（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）からの末梢血試料における全ＣＤ４＋Ｔ細胞のパーセントとしてＣＴＬＡ４＋ＣＤ４ Ｔ細胞（ＣＤ３＋、ＣＤ４＋、ＣＴＬＡ４＋）のパーセンテージを示す結果を描写する。結果は、ＤＣＢ（９カ月ＰＦＳ）があるＮＳＣＬＣ患者が、ＤＣＢがないＮＳＣＬＣ患者よりも低いＣＴＬＡ４＋ＣＤ４ Ｔ細胞レベルを有することを示す。結果は、全ＣＤ４＋Ｔ細胞の９％を超えるＣＴＬＡ４＋ＣＤ４ Ｔ細胞集団を有するＮＳＣＬＣ患者の処置によって、持続的臨床効果を得ることができる可能性がより低いことを示す。結果は、全ＣＤ４＋Ｔ細胞の９％またはそれ未満のＣＴＬＡ４＋ＣＤ４ Ｔ細胞集団を有するＮＳＣＬＣ患者の処置によって、持続的臨床効果を得ることができる可能性がより高いことを示す。
図１６Ｈは、全ＣＤ８＋Ｔ細胞のパーセントとしてのメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞（ＣＤ３＋、ＣＤ８＋、ＣＤ４５ＲＡ－、ＣＤ４５ＲＯ＋）のパーセンテージが、処置を受ける前、ニボルマブ処置後、およびニボルマブとネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後の（ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない）の結果として生じることを示す、例示的なデータを描写する。結果は、処置の開始後６カ月の無増悪生存により定義される持続的臨床効果を受ける患者が、特にワクチン後の時点で増悪した患者と比較したとき、より高いメモリーＴ細胞レベルを有したことを示す。このマーカーは、処置後のワクチン効果を評価するための機構マーカーとして使用することができるだろう。結果は、ワクチン後の時点で全ＣＤ８＋Ｔ細胞の４０％未満または５５％未満のメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞集団を有する膀胱がん患者が、持続的臨床効果を受ける可能性がより低いことを示す。結果は、ワクチン後の時点で、全ＣＤ８＋Ｔ細胞の４０％のもしくはそれを超える、または５５％のもしくはそれを超える、メモリーＣＤ８＋Ｔ細胞集団を有する膀胱がん患者が、持続的臨床効果を受ける可能性がより高いことを示す。
図１６Ｉｉは、ＦｌｏｗＪｏソフトウェアを使用するＣＤ４およびＣＤ８ Ｔ細胞亜集団についての例示的なゲーティング戦略を描写する。一重項および細胞で開始し、続いて、生存、ＣＤ１９－細胞をゲートし、次いで、ＣＤ３＋、ＣＤ４＋をＣＤ８＋に対してゲートし、最後に、ＣＤ６２Ｌ＋をＣＤ４５ＲＡに対して、またはＣＤ４５ＲＯをＣＤ４５ＲＡに対してゲートする、ゲーティングを、描かれている配列において行なった。
（図１６Ｉｉｉ）図１６Ｉｉｉは、ＦｌｏｗＪｏソフトウェアを使用するＢ細胞亜集団についての例示的な細胞ゲーティング戦略を描写する。細胞および一重項で開始し、続いて、生存、ＣＤ３／ＣＤ１４／ＣＤ５６－細胞をゲートし、次いで、ＣＤ１９＋をゲートし、最後にＣＤ２７をＩｇＤに対してゲートする、ゲーティングを、描かれている配列において行なった。
図１７は、ニボルマブ処置後およびネオ抗原ペプチドワクチンでの処置後の、示されているＡｐｏＥ遺伝子型を有する黒色腫対象における標的病変の総数の変化パーセントを経時的に示す、例示的なデータを描写する。
図１８は、ネオ抗原ペプチドワクチンおよびニボルマブ（ｎｉｖｏ）を使用する処置レジメンおよび評定スケジュールを示す模式図を描写する。０週目に開始してその後２週間ごとに存在する青色矢印によって「ニボルマブ」タイムラインに示されている通りに、単独でニボルマブを投与した。「ＮＥＯ－ＰＶ－０１」タイムラインに緑色矢印により示されている通りに、１２週目に５用量の初回抗原刺激用量（「クラスタープライム」）として開始してワクチンを投与し、その後、１９週目に「ブースター１」用量および２３週目に「ブースター２」用量を投与した。「白血球アフェレーシスタイムライン」に赤色矢印により示されている通りに、０週目の治療の投与の開始の前（「処置前（ｐｒｅＴ）」）、１０週目および２０週目に、白血球アフェレーシス試料を入手した。
図１９Ａ～１９Ｂは、処置による持続的臨床効果（ＤＣＢ）を経験したまたはＤＣＢを示さなかった（ＤＣＢなし）黒色腫患者からの試料における、ジニ係数（ジニ）、ＤＥ５０、平方和およびシャノンエントロピー（シャノン）、固有のヌクレオチドＣＤＲ３（ｕｎｑＮＴ）および固有のアミノ酸ＣＤＲ３（ｕｎｑＡＡ）配列の数によって測定された、ＴＣＲレパートリー多様性および頻度分布の解析からの代表データを描写する。加えて、ＣＤＲ３の長さおよび計数値が示されている。図１９Ａは、一緒にプールしたすべての時点についての値を示す。図１９Ｂは、示されているとき、ＰｒｅＴ＝処置前（ニボルマブ前０週目）、ＰｒｅＶ＝ワクチン投与前、ＰｏｓｔＶ＝ワクチン投与後における値を示す。これらの値を健康なドナー（ＨＤ）について計算し、それをｐｒｅＴ測定値として表示した。ＵｎｑＮＴ、固有のヌクレオチド；ＵｎｑＡＡ、固有のアミノ酸；ＮＳ、有意でない。 同上。
図２０Ａ～２０Ｃは、処置による持続的臨床効果（ＤＣＢ）を経験するまたはＤＣＢを示さない（ＤＣＢなし）黒色腫患者および健康なドナー（ＨＤ）からの試料におけるＴＣＲ頻度カテゴリーに基づくＴＣＲレパートリー多様性の解析からの代表データを描写する。各ＴＣＲクローンにその頻度に基づいてサイズ呼称／カテゴリー（希少、小、中、大および超大型）を割り当てた。図２０Ａは、プールしたすべての時点におけるＴＣＲレパートリー頻度サイズの平均値を示す代表データを描写する。健康なドナーの試料をｐｒｅＴとして扱った。図２０Ｂは、５つすべてのサイズカテゴリーについての個々の解析時点（ｔｐ）でのＤＣＢ患者およびＤＣＢなし患者における平均頻度値（平均累積頻度）を示す。図２０Ｃは、すべてのサイズ－カテゴリーについての個々の解析時点（ｔｐ）でのＤＣＢ患者およびＤＣＢなし患者およびＨＤにおける頻度値を（ｌｏｇ１０スケールで）示す。示されている時点：ＰｒｅＴ＝処置前（ニボルマブ前０週目）；ＰｒｅＶ＝ワクチン投与前；ＰｏｓｔＶ＝ワクチン投与後；Ａｄｖａｎｃｅｄ、５２週より後。 同上。 同上。
図２１Ａ～２１Ｂは、不平等性評定により示されたＴＣＲレパートリー多様性を示す代表データを描写する。図２１Ａは、ジニ係数およびローレンツ曲線による不平等性の例示的な検出を示す。図２１Ｂは、ＤＣＢ患者試料およびＤＣＢなし患者試料、ならびに健康なドナー（ＨＤ）から、示されている時点、ＰｒｅＴ＝処置前（ニボルマブ前０週目）；ＰｒｅＶ＝ワクチン投与前；ＰｏｓｔＶ＝ワクチン投与後、に得たデータを示す。ＤＣＢ患者試料は、ローレンツ曲線で示されるように、より低い多様性、したがってより低い平等性を有した。 同上。
図２２Ａ～図２２Ｃは、ジェンセン・シャノン・ダイバージェンス（ＪＳＤ）により示されるＴＣＲレパートリー安定性を示す代表データを描写する。図２２Ａは、ＪＳＤデータ範囲の背後にある原理を説明するグラフィック表示である。図２２Ａで示されるように、カラムＡに示されている例示的なＴ細胞レパートリー（Ｔ１）とカラムＢに示されている別のＴ細胞レパートリー（Ｔ２．１）との数学的な相違は、Ｔ細胞クローンのターンオーバーがないことを示し、したがってＪＳＤは、０である。カラムＡに示されている例示的なＴ細胞レパートリー（Ｔ１）とカラムＣに示されている別のＴ細胞レパートリー（Ｔ２．２）との数学的な相違は、すべてではないが一部のＴ細胞クローンターンオーバーを示し、したがって、ＪＳＤは、０より大きいが１未満である。図２２Ｂは、ニボルマブ前０週目の患者試料と比較して、ワクチン前（図２２Ｂ、左側のｐｒｅＶ）またはワクチン後（図２２Ｂ、右側のｐｏｓｔＶ）のどちらかの時点でのＤＣＢ末梢血試料およびＤＣＢなし末梢血試料における代表的ＪＳＤ値を示し、両方の場合、ＤＣＢ患者において（ＤＣＢなし患者に対して）ＪＳＤ値の有意な減少があることを例証し、それによって、ＤＣＢ Ｔ細胞レパートリーの、ＤＣＢなし患者のＴ細胞レパートリーにおけるターンオーバーよりも少ない、ターンオーバーを実証する。図２２Ｃは、利用可能な患者について長期間にわたって（すなわち、７６週目まで）示されている、ニボルマブ処置前０週目と比較してワクチン前またはワクチン後のどちらか時点での個々の患者からの試料の代表ＪＳＤ値を示す。Ｔ細胞レパートリーのより長期のターンオーバーを、近い将来に得られるさらなる患者データで評定することができる。 同上。 同上。
図２３Ａ～２３Ｈは、示されている時点、ＰｒｅＴ＝処置前（ニボルマブ前０週目）；ＰｒｅＶ＝ワクチン投与前；ＰｏｓｔＶ＝ワクチン投与後、におけるＴＣＲレパートリー安定性を、ＴＣＲクローン型の（図２３Ａの）ベン図を使用して示す、代表データを描写する。図２３Ａのベン図は、各時点が４つのセグメント（例えば、処置前患者試料ではＡ、Ｅ、Ｄ、Ｇ）に及ぶ、３つの重複する時点について可能な、結果として生じる７つのセグメント（すなわち、ＡからＧまで）を示す。図２３Ｂ－２３Ｄは、各時点に関してベン図の各セグメントに見られるＴ細胞クローンの累積頻度を示す。より具体的には、図２３Ｂは、ＤＣＢ患者およびＤＣＢなし患者におけるその時点、ＰｒｅＴ＝処置前（ニボルマブ前０週目）；ＰｒｅＶ＝ワクチン投与前；ＰｏｓｔＶ＝ワクチン投与後、のＧ累積頻度の変化を描写するベン図のＧ（すべての時点の重複）セグメントの中のクローンの各時点における累積ＴＣＲ頻度の代表データを示す。図２３Ｃは、ベン図のセグメントＡ、ＢおよびＣの中の単一の時点で単独で検出されたクローンの、それぞれの時点各々における累積ＴＣＲ頻度の代表データを示す。図２３Ｄは、ベン図のセグメントＤ、ＥおよびＦ）の中の２つの特定の時点で検出されたクローンの、それぞれの時点における累積ＴＣＲ頻度の代表データを示す。これは、３つすべての時点で検出されたＴ細胞クローンの累積頻度が、ＤＣＢ患者においてＤＣＢなし患者よりも高いことを例証する。図２３Ｅの左側に見えるベン図は、ＤＣＢなし患者に対してＧ頻度が増加しているＤＣＢ患者レパートリーの視覚表示であり、これに対して、図２３Ｅの右側に見えるベン図は、ＤＣＢ患者レパートリーに対してＧ頻度が低下しているＤＣＢなし患者レパートリーの視覚表示である。図２３Ｆは、ＤＣＢ患者およびＤＣＢなし患者についてのＧ重複領域における固有のアミノ酸（ＡＡ）の数を表すデータを示す。図２３Ｇは、３時点にわたって、持続性クローンのみを表すセグメントＧの累積頻度の関数としての各患者のジニ係数値を示す。色は、ＤＣＢ／ＤＣＢなしを示す。レパートリークローン性および安定性は、相関性がある。図２３Ｈ、セグメントＧ持続性クローンの累積頻度の関数としての様々なＣＤ８、ＣＤ４およびＢ細胞集団の陽性パーセント。色は、ＤＣＢ／ＤＣＢなしを示す。 同上。 同上。
図２４Ａ～２４Ｃは、患者のＤＣＢステータスにより分けられた、末梢ＴＣＲレパートリー特徴、免疫表現型判定および臨床検査室測定についての主成分分析を示す代表データを描写する。図２４Ａは、各時点における患者からの選択臨床検査室測定値（ＡＳＴ－ＳＧＯＴ、クレアチニンおよびヘモグロビン濃度）を示す。図２４Ｂは、ＴＣＲレパートリーからの合同末梢測定、免疫表現型判定および臨床測定についての主成分分析（ＰＣＡ）を示す。図２４Ｃは、１１名すべての健康なドナー（ＨＤ）と共有されるクローンの各患者における分率を、これらの患者のＰＣ１スコアに対して示す。 同上。
図２４Ｄは、ＴＣＲレパートリー解析、ＰＢＭＣの免疫表現型判定、または臨床検査室結果のいずれかからの、ベースラインで得た主成分分析（ＰＣＡ）測定値の集約された単一の行列を表す。この行列を中心に据え、規模を調整し、「ｓｔａｔｓ」ＲパッケージからのＲ関数「ｐｒｃｏｍｐ」を使用してＰＣＡを計算した。負荷量、すなわち異なる測定値のＰＣ１への寄与量を、回転行列から読み出した。
図２５は、ＰＣ１＞０である患者の、ＰＣ１＜０である患者に対する、無増悪生存（ＰＦＳ）のカプラン・マイヤー曲線を描写する。
図２６は、ＰｒｅＴ＝処置前（ニボルマブ前０週目）で採取された腫瘍試料から得たＤＣＢなし患者およびＤＣＢ患者についての固有のアミノ酸（左側）および全ＴＣＲ計数値（右側）を示す代表データを描写する。
図２７は、示されている時点、ＰｒｅＴ＝処置前（ニボルマブ前０週目）；ＰｒｅＶ＝ワクチン投与前；ＰｏｓｔＶ＝ワクチン投与後に、腫瘍試料からのＲＮＡシークエンシングクローン検出により、および末梢血ＴＣＲレパートリーについてのベン図の異なる非重複（例えば、Ａ、Ｂ、Ｃ）および重複（例えば、Ｄ、Ｇ、Ｆ）領域における末梢血試料からのｉＲｅｐｅｒｔｏｉｒｅにより判定された、固有のアミノ酸を共有するクローンの数を示す代表グラフを描写する。
図２８は、示されている時点、ＰｒｅＴ＝処置前（ニボルマブ前０週目）；ＰｒｅＶ＝ワクチン投与前；ＰｏｓｔＴ＝ワクチン投与後の、ＤＣＢ患者末梢試料（左側）およびＤＣＢなし患者末梢試料（右側）における、腫瘍試料と共有されたクローンの追跡ＴＣＲクローン頻度の代表データを描写する。
詳細な説明
すべての用語は、それらが当業者によって理解されるように理解されることを意図したものである。別段の定義がない限り、本明細書で使用されるすべての専門および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般に理解されているのと同じ意味を有する。
本明細書で使用される節の見出しは、単に構成のためのものであり、記載される主題を限定すると見なすべきでない。
本開示の様々な特徴が単一の実施形態に関連して説明されることがあるが、特徴を別々にまたは任意の好適な組合せで提供することもできる。逆に、本開示は、明確にするために本明細書に別々の実施形態に関連して説明されることがあるが、本開示を単一の実施形態で実行することもできる。
至る箇所での用語「処置前の」の使用は、ニボルマブおよび／またはワクチンの投与前０週目の時点で採取された患者試料を指す。
本開示は、ＴＭＥからの代表試料を評価すること、および腫瘍状態の生体分子シグネチャーを提供するバイオマーカーの統合セットを評価することにより、治療的処置前、中および／または後の時点で腫瘍微小環境を正確に評定することができるという重要な発見に基づく。本開示の目的では、そのような生体分子シグネチャーがＴＭＥシグネチャーに相当する。さらに、一態様では、本開示は、複雑であるため信頼できるシグナル対ノイズ比を解明することが難しいことで有名である非常に複雑な腫瘍微小環境の中から、ＴＭＥシグネチャーの特定のセットまたはＴＭＥシグネチャーの少なくとも１つもしくは複数のサブセットを同定し、その結果、ＴＭＥシグネチャーの特定のセット、またはＴＭＥシグネチャーの少なくとも１つもしくは複数のサブセットによって、その後ＴＭＥシグネチャーを適用できる１つまたは複数の方法に関連する腫瘍のステータスが、簡潔に示される。それ故、本開示は、治療の持続的臨床効果の処置前、処置中または処置後の評定に関する画期的な発明を具現化する。
ベースラインでのＴおよびＢ細胞亜集団の末梢血ＴＣＲレパートリー特徴および頻度についての共同解析に基づいて開発された高予測モデルも、本明細書で提供される。この予測は、個別化ネオ抗原ワクチンおよび抗ＰＤ－１処置を受けた、奏効良好であった患者と、奏効不良であった患者または健康なドナーとの間で差がある、基礎感受性免疫状態を示す。
本明細書で使用される場合、使用される遺伝子名は、当業者によく認識されている。一部の場合には、遺伝子名と遺伝子によりコードされるタンパク質の名称とが本出願の中で同義的に使用される。本明細書で使用される場合、遺伝子名は、様々な情報源から収集され、命名法の単一の情報源に属さない。遺伝子命名法に関する逸脱にかかわらず、当業者は、本明細書で言及される遺伝子（単数または複数）を容易に認識することができるであろう。
一部の実施形態では、ＴＭＥシグネチャーは、遺伝子発現シグネチャーを含む。
一部の実施形態では、ＴＭＥシグネチャーは、タンパク質発現シグネチャーを含む。
一部の実施形態では、ＴＭＥシグネチャーは、腫瘍内の代表的細胞、代表的細胞構成、および／または細胞型の比もしくは割合を含む。
一部の実施形態では、ＴＭＥシグネチャーは、細胞表面マーカーの発現を含む。細胞表面マーカーは、様々な細胞型上に発現される表面抗原分類タンパク質（ＣＤ）を含む。
一部の実施形態では、ＴＭＥシグネチャーは、サイトカイン、ケモカイン、可溶性タンパク質、糖タンパク質、炭水化物、または他の生体分子、例えば核酸などを含む。
一部の実施形態では、ＴＭＥは、細胞内または細胞外にある核酸を含み、ＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、ｄｓＲＮＡ、ｓｓＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、コンジュゲート化ＲＮＡ、または当業者には公知であるような核酸の任意の他の形態を含む。
本出願では、単数形の使用は、別段の具体的な記述がない限り複数形を含む。本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、文脈による別段の明白な指図がない限り、複数の指示対象を含むことに、留意しなければならない。本出願では、「または」の使用は、別段の記述がない限り、「および／または」を意味する。さらに、用語「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、ならびに他の形、例えば、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」および「含んだ（ｉｎｃｌｕｄｅｄ）」の使用は、限定的でない。
用語「１つもしくは複数」または「少なくとも１つ」、例えば、群のメンバーのうちの１つもしくは複数または少なくとも１つのメンバーは、それ自体が、さらなる例示によって明らかになり、この用語は、前記メンバーのうちのいずれか１つへの言及、または例えば、前記メンバーのいずれか≧３、≧４、≧５、≧６もしくは≧７などの、前記メンバーのいずれか２つまたはそれより多数、かつすべての前記メンバー以下への言及を、とりわけ包含する。
「一部の実施形態」、「ある実施形態」、「一実施形態」または「他の実施形態」への本明細書での言及は、実施形態に関連して記載される特徴、構造または特性が、本開示の少なくとも一部の実施形態に含まれるが、必ずしもすべての実施形態に含まれるとは限らないことを意味する。
本明細書および実施形態で使用される場合、「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」（ならびに含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）の任意の形、例えば、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」）、「有すること（ｈａｖｉｎｇ）」（ならびに有すること（ｈａｖｉｎｇ）の任意の形、例えば、「有する（ｈａｖｅ）」および「有する（ｈａｓ）」）、「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」（ならびに含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）の任意の形、例えば、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」および「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」）、または含有すること（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）（ならびに含有すること（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）の任意の形、例えば、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｓ）」および「含有する（ｃｏｎｔａｉｎ）」）という語は、包括的または非限定的であり、追加の、挙げられていない要素または方法ステップを除外しない。本明細書で論じられる任意の実施形態を本開示の任意の方法または組成物に関して実行することができ、逆に、本開示の任意の方法または組成物を本明細書で論じられる任意の実施形態に関して実行することができると考えられる。さらに、本開示の組成物を使用して、本開示の方法を達成することができる。
パラメーター、量、時間の間隔およびこれらに類するものなどの測定可能な値を指すときに本明細書で使用される場合の用語「約」または「おおよそ」は、指定された値の＋／－２０％もしくはそれ未満、＋／－１０％もしくはそれ未満、＋／－５％もしくはそれ未満、または＋／－１％もしくはそれ未満の変動を、そのような変動が本開示における実施に適切である限りにおいて、包含するように意図されている。修飾語「約」または「おおよそ」が指す値はそれ自体も具体的に開示されていると理解されたい。
句「クローン組成特性」は、Ｔ細胞レパートリーの優位性および／または多様性を数値化する、ＴＣＲクローンの頻度分布パターンを意味する。例として、これは、ジニ係数、シャノンエントロピー、多様性均一性５０（ＤＥ５０）、平方和、およびローレンツ曲線を含み得るが、これらに限定されない。用語「免疫応答」は、Ｔ細胞共刺激のモジュレーションによる影響を受ける、Ｔ細胞媒介および／またはＢ細胞媒介免疫応答を含む。例示的な免疫応答としては、Ｔ細胞応答、例えば、サイトカイン産生、および細胞傷害性が挙げられる。加えて、用語「免疫応答」は、Ｔ細胞活性化、例えば、サイトカイン応答細胞、例えばマクロファージ、の抗体産生（液性応答）および活性化による作用を間接的に受ける、免疫応答を含む。
「受容体」は、リガンドに結合することができる生体分子または分子群を意味すると理解されたい。受容体は、細胞、細胞形成または生物に関する情報を伝達するのに役立ち得る。受容体は、少なくとも１つの受容体ユニットを含み、２つまたはそれより多くの受容体ユニットを含有することもあり、各々の受容体ユニットは、タンパク質分子、例えば糖タンパク質分子、からなり得る。受容体は、リガンドの構造を補完する構造を有し、結合パートナーとしてのリガンドを複合体化することができる。シグナル伝達情報は、細胞の表面のリガンドとの結合後の受容体の立体構造変化により伝達され得る。本開示によると、受容体は、リガンド、例えば好適な長さのペプチドまたはペプチド断片、と受容体／リガンド複合体を形成することができる、ＭＨＣクラスＩおよびＩＩのタンパク質を指すことができる。
「リガンド」は、受容体と複合体を形成することができる分子である。本開示によると、リガンドは、例えば、好適な長さを有し、そのアミノ酸配列中に好適な結合モチーフを有するペプチドまたはペプチド断片を意味すると理解されたく、その結果、ペプチドまたはペプチド断片は、ＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩのタンパク質と複合体を形成することができる。
「抗原」は、免疫応答を刺激することができる分子であり、がん細胞または感染性因子または自己免疫疾患により産生され得る。ヘルパーＴリンパ球（Ｔヘルパー（ＴＨ）細胞）であろうと、または細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）であろうと、Ｔ細胞により認識される抗原は、無傷のタンパク質としてではなく、むしろ、細胞の表面のクラスＩまたはクラスＩＩ ＭＨＣタンパク質と会合している小ペプチドとして認識される。自然に起こる免疫応答の過程で、抗原提示細胞（ＡＰＣ）上のクラスＩＩ ＭＨＣ分子と会合した状態で認識される抗原は、細胞の外側から獲得され、内在化され、プロセシングされて、クラスＩＩ ＭＨＣ分子と会合している小ペプチドになる。ＡＰＣは、外来性抗原をプロセシングしてプロセシングされた抗原をクラスＩ ＭＨＣ分子上に提示することにより、ペプチド抗原を交差提示することもある。クラスＩ ＭＨＣ分子と会合した状態で認識されるタンパク質を生じさせる抗原は、一般に、細胞内で産生されるタンパク質であり、これらの抗原がプロセシングされ、クラスＩ ＭＨＣ分子と会合する。所与のクラスＩまたはクラスＩＩ ＭＨＣ分子と会合するペプチドは、共通結合モチーフを有することを特徴とすることが今では理解されており、多数の異なるクラスＩおよびＩＩ ＭＨＣ分子についての結合モチーフが、決定されている。所与の抗原のアミノ酸配列に対応する合成ペプチド、および所与のクラスＩまたはＩＩ ＭＨＣ分子のための結合モチーフを含有する合成ペプチドも、合成することができる。次いで、これらのペプチドを適切なＡＰＣに付加させることができ、それらのＡＰＣを使用して、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏいずれかでＴヘルパー細胞またはＣＴＬ応答を刺激することができる。結合モチーフ、ペプチドを合成するための方法、およびＴヘルパー細胞またはＣＴＬ応答を刺激するための方法は、すべて公知であり、当業者には容易に利用可能である。
用語「ペプチド」は、本明細書では「突然変異型ペプチド」および「ネオ抗原性ペプチド」と同義的に使用される。同様に、用語「ポリペプチド」は、本明細書では「突然変異型ポリペプチド」および「ネオ抗原性ポリペプチド」と同義的に使用される。「ネオ抗原」または「ネオエピトープ」とは、発現されたタンパク質の腫瘍特異的突然変異から生じる、腫瘍抗原または腫瘍エピトープのクラスを意味する。本開示は、腫瘍特異的突然変異を有するペプチド、公知の腫瘍特異的突然変異を有するペプチド、および本開示の方法により同定される突然変異型ポリペプチドまたはそれらの断片をさらに含む。これらのペプチドおよびポリペプチドは、本明細書では「ネオ抗原性ペプチド」または「ネオ抗原性ポリペプチド」と呼ばれる。ポリペプチドまたはペプチドは、様々な長さであり得、それらの中性（非荷電）形態または塩である形態のどちらかであり得、グリコシル化、側鎖酸化、リン酸化もしくは任意の翻訳後改変などの、改変がないこともあり、あるいはこれらの改変を、改変が本明細書に記載されるようなポリペプチドの生物活性を破壊しないことを条件として、含有していることもある。一部の実施形態では、本開示のネオ抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩについては、長さ２２残基またはそれ未満、例えば、約８～約２２残基、約８～約１５残基、または９もしくは１０残基；ＭＨＣ クラスＩＩについては、長さ４０残基またはそれ未満、例えば、長さ約８～約４０残基、長さ約８～約２４残基、約１２～約１９残基、または約１４～約１８残基を含み得る。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドまたはネオ抗原性ポリペプチドは、ネオエピトープを含む。
用語「エピトープ」は、本明細書で定義される通りの、抗体、抗体ペプチド、および／または抗体様分子（Ｔ細胞受容体を含むが、これに限定されない）に特異的に結合することができる、任意のタンパク質決定基を含む。エピトープ決定基は、通常は、アミノ酸または糖側鎖などの分子の化学的に活性な表面基からなり、一般に、特異的三次元構造特性はもちろん特異的電荷特性も有する。
「Ｔ細胞エピトープ」は、ペプチド提示ＭＨＣ分子またはＭＨＣ複合体の形態のクラスＩまたはＩＩのＭＨＣ分子により結合され得、その後、この形態で、細胞傷害性Ｔリンパ球またはＴヘルパー細胞によりそれぞれ認識され、結合され得る、ペプチド配列である。
用語「抗体」は、本明細書で使用される場合、ＩｇＧ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３およびＩｇＧ４を含む）、ＩｇＡ（ＩｇＡ１およびＩｇＡ２を含む）、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、およびＩｇＹを含み、一本鎖全抗体をはじめとする全抗体、およびそれらの抗原結合（Ｆａｂ）断片を含むように意図されている。抗原結合抗体断片は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’およびＦ（ａｂ’）２、Ｆｄ（ＶＨおよびＣＨ１からなる）、単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）、単鎖抗体、ジスルフィド連結可変断片（ｄｓＦｖ）、およびＶＬドメインまたはＶＨドメインのどちらかを含む断片を含むが、これらに限定されない。抗体は、任意の動物源からのものであり得る。単鎖抗体をはじめとする抗原結合抗体断片は、可変領域を単独で、または次のものの全体もしくは一部と組み合わせて含み得る：ヒンジ領域、ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３ドメイン。可変領域とヒンジ領域とＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３ドメインとの任意の組合せも、含まれる。抗体は、例えばＨＬＡ会合ポリペプチドまたはＨＬＡ－ペプチド複合体に特異的に結合する、モノクローナル、ポリクローナル、キメラ、ヒト化、ならびにヒトモノクローナルおよびポリクローナル抗体であり得る。様々な免疫親和性技法が、可溶性タンパク質、例えば、可溶性ＨＬＡ－ペプチド複合体または膜結合ＨＬＡ会合ポリペプチド、例えば膜からタンパク質分解により切断されたものの濃縮に好適であることは、当業者には分かるであろう。これらの技法には、（１）可溶性タンパク質に特異的に結合することができる１つまたは複数の抗体が、固定または可動性支持体（例えば、プラスチックウェルまたは樹脂、ラテックスもしくは常磁性ビーズ）に固定化される技術、および（２）生体試料からの可溶性タンパク質を含有する溶液が、抗体がコーティングされた支持体上に流され、それによって可溶性タンパク質の抗体への結合を可能にする技術が含まれる。抗体および結合された可溶性タンパク質を伴う支持体が溶液から分離され、必要に応じて、抗体および可溶性タンパク質は、例えば、抗体を浸す溶液のｐＨおよび／またはイオン強度および／またはイオン組成を変えることにより、解離される。あるいは、抗体と可溶性タンパク質を合わせ、高分子凝集体を形成させる、免疫沈降法を、使用することができる。サイズ排除技法により、または遠心分離により、高分子凝集体を溶液から分離することができる。
用語「免疫精製（ＩＰ）」（または免疫アフィニティー精製または免疫沈降）は、当技術分野において周知のプロセスであり、試料からの所望の抗原の単離に広く使用されている。一般に、このプロセスは、所望の抗原を含有する試料と、固相に共有結合されたその抗原に対する抗体を含むアフィニティーマトリックスとを、接触させるステップを伴う。試料中の抗原は、免疫化学結合によってアフィニティーマトリックスと結合する。次いで、アフィニティーマトリックスが洗浄されて一切の未結合種が除去される。抗原は、アフィニティーマトリックスと接触している溶液の化学組成を変更することによりアフィニティーマトリックスから除去される。
免疫精製は、アフィニティーマトリックスを含有するカラムで行なうことができ、この場合、溶液は溶離剤である。あるいは、免疫精製は、バッチプロセスであり得、この場合、アフィニティーマトリックスは、溶液中の懸濁物として維持される。このプロセスにおける重要なステップは、マトリックスからの抗原の除去である。これは、アフィニティーマトリックスと接触している溶液のイオン強度を、例えば、無機塩の添加により増加させることによって、一般に果たされる。ｐＨの変更は、抗原とアフィニティーマトリックスとの免疫化学結合の解離にも有効であり得る。
「薬剤」は、任意の小分子化学物質、抗体、核酸分子、もしくはポリペプチド、またはそれらの断片である。
「変更」または「変化」は、増加または減少である。変更は、１％、２％、３％、４％、５％、１０％、２０％、３０％ほども小さい変更であることもあり、または４０％、５０％、６０％の変更であることもあり、またはさらには７０％、７５％、８０％、９０％もしくは１００％ほども大きい変更であることもある。
「生物試料」は、生物に由来する任意の組織、細胞、流体または他の物質である。本明細書で使用される場合、用語「試料」は、生物試料、例えば、生物に由来する任意の組織、細胞、流体または他の物質を含む。「特異的に結合する」とは、ある分子（例えば、ポリペプチド）を認識し、それに結合するが、試料、例えば生体試料中の他の分子を実質的に認識せず、結合しない、化合物（例えば、ペプチド）を指す。
「捕捉剤」は、分子（例えば、核酸分子またはポリペプチド）を選択または単離するために分子（例えば、核酸分子またはポリペプチド）に特異的に結合する試薬を指す。
本明細書で使用される場合、用語「判定／決定すること」、「評定すること」、「アッセイすること」、「測定すること」、「検出すること」およびこれらの文法的等価表現は、定量的判定／決定と定性的判定／決定の両方を指し、しかるが故に、用語「判定／決定すること」は、本明細書では「アッセイすること」、「測定すること」およびこれらに類する用語と同義的に使用される。定量的判定／決定が意図される場合、分析物およびこれに類するものの「量を判定／決定すること」という句が使用される。定量的および／または定性的判定／決定が意図される場合、分析物の「レベルを判定／決定すること」または分析物を「検出すること」という句が使用される。
「断片」は、参照タンパク質または核酸と実質的に同一である、タンパク質または核酸の一部分である。一部の実施形態では、この部分は、本明細書に記載される参照タンパク質または核酸の生物活性の少なくとも５０％、７５％、または８０％、または９０％、９５％、またはさらには９９％を保持する。
用語「単離された」、「精製された」、「生物学的に純粋な」またはこれらの文法的等価表現は、その物質がその天然の状態で見出されたときにその物質に通常は付随する成分が様々な程度にない物質を指す。「単離する」は、元の供給源または環境からの分離の程度を示す。「精製する」は、単離よりも高である、分離の程度を示す。「精製された」または「生物学的に純粋な」タンパク質には、いずれの夾雑物もタンパク質の生物学的特性に大きな影響を与えず、他の有害な帰結の原因にもならないために十分なほど、他の物質がない。すなわち、本開示の核酸またはペプチドは、組換えＤＮＡ技法により産生されたときにそれに細胞物質も、ウイルス物質も、培養培地も実質的にない場合、または化学合成されたときにそれに化学的前駆体も他の化学物質もない場合、精製されている。純度および均一性は、通常は、分析化学技法、例えば、ポリアクリルアミドゲル電気泳動または高速液体クロマトグラフィーを使用して判定される。用語「精製された」は、核酸またはタンパク質が電気泳動ゲルにおいて本質的に１つのバンドを生じさせることを意味し得る。改変、例えばリン酸化またはグリコシル化され得るタンパク質の場合、異なる改変により、異なる単離されたタンパク質を得ることができ、そのようなタンパク質を別途精製することができる。
「単離された」ポリペプチド（例えば、ＨＬＡ－ペプチド複合体からのペプチド）またはポリペプチド複合体（例えば、ＨＬＡ－ペプチド複合体）は、自体に天然に付随する成分から分離された本開示のポリペプチドまたはポリペプチド複合体である。通常は、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、それが天然に会合している、タンパク質および天然に存在する有機分子が、それに少なくとも６０重量％ない場合、単離されている。調製物は、少なくとも７５重量％、少なくとも９０重量％、または少なくとも９９重量％が本開示のポリペプチドまたはポリペプチド複合体であり得る。本開示の単離されたポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、例えば、天然源からの抽出により；そのようなポリペプチドをコードするかまたはポリペプチド複合体の１つもしくは複数の成分をコードする組換え核酸を発現させることにより；あるいはポリペプチドまたはポリペプチド複合体の１つもしくは複数の成分を化学合成することにより、得ることができる。純度は、任意の適切な方法、例えば、カラムクロマトグラフィー、ポリアクリルアミドゲル電気泳動、またはＨＰＬＣ解析により、測定することができる。
用語「ベクター」は、異種核酸を輸送することまたは異種核酸の発現を媒介することができる、核酸分子を指す。プラスミドは、用語「ベクター」により包含される属の種である。ベクターは、宿主細胞における複製および／または維持に必要な複製基点および他の実体を含有する、核酸配列を通常は指す。自体が動作可能に連結されている遺伝子および／または核酸配列の発現を指示することができるベクターは、本明細書では「発現ベクター」と呼ばれる。一般に、有用な発現ベクターは、多くの場合、「プラスミド」の形態であり、「プラスミド」は、それらのベクター形態では染色体に結合せず、通常は、安定的もしくは一過性発現またはコードされたＤＮＡのための実体を含む、環状二本鎖ＤＮＡ分子を指す。本明細書で開示の方法で使用され得る他の発現ベクターとしては、プラスミド、エピソーム、細菌人工染色体、酵母人工染色体、バクテリオファージまたはウイルスベクターが挙げられるが、これらに限定されず、そのようなベクターを宿主のゲノムに組み込むことができ、またはそのようなベクターは、細胞内で自律複製することができる。ベクターは、ＤＮＡまたはＲＮＡベクターであることがある。同等の機能を果たす、当業者に公知の発現ベクターの他の形態、例えば、自律複製染色体外ベクター、または宿主ゲノムに組み込むことができるベクターも、使用することができる。例示的なベクターは、自己複製能力があるもの、および／または自体が連結されている核酸を発現させる能力があるものである。
腫瘍微小環境
腫瘍微小環境（ＴＭＥ）は、複雑である。ＴＭＥは、腫瘍が成長するにつれて変化する動的環境でもある。ＴＭＥは、腫瘍の成長を支援するものであり、また腫瘍抑制因子も、そのような環境で容易に見つけられる。腫瘍の様々な特性には、無制限の増殖、成長抑制の回避、浸潤および転移の促進、アポトーシスへの抵抗、血管新生の刺激、増殖シグナル伝達の維持、細胞エネルギー制限の排除、免疫破壊の回避、ゲノム不安定性および突然変異、ならびに腫瘍を増進させる炎症が含まれる。これらの機能の各々に関連する、各々を支援する、および／または各々に抵抗する、細胞および生体分子があり、腫瘍微小環境を非常に複雑にする。ＴＭＥは、血管新生、腫瘍増悪、およびＴリンパ球認識の免疫回避を支援することができ、がん治療の奏効を左右し得る。ＴＭＥは、腫瘍の運命についてのシグネチャーを有する。哺乳動物免疫系の主な機能の１つは、組織恒常性の監視、浸潤性または感染性病原体に対する防御、および損傷細胞の根絶である。適応免疫細胞は、胸腺依存性リンパ球（Ｔ細胞）、およびブルサ依存性リンパ球（Ｂ細胞）を含む。自然免疫細胞は、樹状細胞（ＤＣ）、キラーリンパ球、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ヒアリン性白血球／マクロファージ、顆粒細胞、およびマスト細胞からなる。腫瘍細胞は、１つまたは複数の突然変異遺伝子発現産物、例えば、タンパク質またはペプチドを発現し、これらは、身体の免疫系により異物として認識され、破壊される。リンパ球は、腫瘍に浸潤して、腫瘍細胞を攻撃し、破壊する。免疫系と腫瘍との相互作用は、排除、平衡および逃避という３つの相を含む。排除相の間に、自然および適応免疫系の免疫細胞は、腫瘍細胞を認識し、破壊する。免疫系が腫瘍を十分に排除することができなかった場合、平衡相が発生し、この相の間、腫瘍細胞は、休眠状態を維持し、免疫系は、腫瘍成長を制御するのに十分であるばかりでなく、腫瘍細胞の免疫原性を形作る。
一実施形態では、ＣＤ３＋腫瘍浸潤性リンパ球（ＴＩＬ）の存在は、卵巣上皮がんにおける生存率向上と相関することが見出された。腫瘍浸潤性リンパ球（ＴＩＬ）は、腫瘍細胞と最も密接に相互作用し、腫瘍宿主相互作用をより正確に示す可能性が高い。ＣＤ８＋Ｔ細胞と見なされる細胞傷害性Ｔ細胞は、腫瘍細胞を攻撃して死滅させるのに重要である。一部の場合には、ＣＤ４＋Ｔ細胞は、腫瘍細胞の破壊に関与する。加えて、ＮＫ細胞およびγδＴ細胞も、腫瘍細胞を死滅させることができる。
免疫抑制特性を有するＣＤ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞（サプレッサーまたは調節性Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ）の亜集団による腫瘍浸潤は、臨床アウトカム不良を予測することができる。腫瘍は、寛容性Ｔ細胞の誘導などのいくつかの免疫回避機構を有し、Ｔｒｅｇおよび骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）が腫瘍成長を可能にする。自己寛容の主要な機構は、自己反応性Ｔ細胞が胸腺において負の選択により排除される、中枢性除去である。大部分の自己反応性細胞はこの機構により除去されるが、それは不完全であり、さらなる寛容機構が必要とされる。免疫系は、末梢における自己反応性Ｔ細胞に対処するための末梢寛容機構を作り出した。末梢寛容は、異なる機構によって調製され、これらの機構を、Ｔ細胞の応答状態を本質的に調節するもの（アネルギー、アポトーシスおよび表現型非対称化）、および外因性制御を提供するもの（Ｔｒｅｇおよび免疫寛容誘発性樹状細胞［ＤＣ］）に分類することができる。アネルギーは、最初に、ｉｎ ｖｉｔｒｏで、共刺激の非存在下でのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）ライゲーションの結果として示された。Ｔ細胞活性化の共通パラダイムによって、エフェクター応答を誘導するためにＭＨＣ－ペプチド複合体（シグナル１）および共刺激シグナル（シグナル２）という２つのシグナルが必要であることが説明される。
一部の実施形態では、ＴＭＥは、細胞外基質シグネチャーを含む。
本明細書に記載される特定の例は、黒色腫に関するが、本明細書に記載される方法および組成物は、肝臓がん、卵巣がん、子宮頸がん、甲状腺がん、神経膠芽腫、神経膠腫、白血病、リンパ腫、黒色腫（例えば、転移性悪性黒色腫）、腎がん（例えば、明細胞癌）、前立腺がん（例えば、ホルモン抵抗性前立腺腺癌）、膵臓腺癌、乳がん、結腸がん、肺がん（例えば、非小細胞肺がん）、食道がん、頭頸部扁平上皮癌、および他の新生物悪性腫瘍を含むがこれらに限定されない、任意の他の形態のがんまたは腫瘍に適用できる。
加えて、本明細書で提供される疾患または状態は、本開示の処置方法を使用してその成長を阻害することができる難治性または再発性悪性腫瘍を含む。一部の実施形態では、本開示の処置方法により処置されるがんは、癌腫、扁平上皮癌、腺癌、肉腫、子宮内膜がん、乳がん、卵巣がん、子宮頸がん、卵管がん、原発性腹膜がん、結腸がん、大腸がん、肛門性器部扁平上皮癌、黒色腫、腎細胞癌、肺がん、非小細胞肺がん、肺扁平上皮癌、胃がん、膀胱がん、胆嚢がん、肝臓がん、甲状腺がん、咽頭がん、唾液腺がん、食道がん、頭頸部がん、神経膠芽腫、神経膠腫、頭頸部扁平上皮癌、前立腺がん、膵臓がん、中皮腫、肉腫、血液がん、白血病、リンパ腫、神経種およびこれらの組合せからなる群から選択される。一部の実施形態では、本開示の方法により処置されるがんは、例えば、癌腫、扁平上皮癌（例えば、頸管、眼瞼、結膜、膣、肺、口腔、皮膚、膀胱、舌、喉頭および食道）、および腺癌（例えば、前立腺、小腸、子宮内膜、頸管、大腸、肺、膵臓、食道、直腸、子宮、胃、乳腺および卵巣）を含む。一部の実施形態では、本開示の方法により処置されるがんは、肉腫（例えば、筋原性肉腫）、白血病、神経腫、黒色腫およびリンパ腫をさらに含む。一部の実施形態では、本開示の方法により処置されるがんは、乳がんである。一部の実施形態では、本開示の処置方法により処置されるがんは、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である。一部の実施形態では、本開示の処置方法により処置されるがんは、卵巣がんである。一部の実施形態では、本開示の処置方法により処置されるがんは、大腸がんである。
一部の実施形態では、腫瘍の各タイプが、疾患の同定および処置に役立つ特異的な免疫学的、病態生理学的および組織学的シグネチャーを有するのと同じように、腫瘍からの試料が解析される特異的な状態（ｓｔａｔｅ）または状態（ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）は、診断および臨床決定を補完する形で腫瘍の状態（ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）および運命の判定を支援する。
一部の実施形態では、腫瘍内に存在する細胞のタイプは、臨床アウトカムに結び付けることができるＴＭＥを提供することができる。
一部の実施形態では、腫瘍内に存在する細胞のタイプの相対密度は、臨床アウトカムに結び付けることができるＴＭＥを提供することができる。
一部の実施形態では、細胞のタイプは、遺伝子発現解析により測定される。
一部の実施形態では、細胞のタイプは、タンパク質発現解析により測定される。
一部の実施形態では、細胞のタイプは、細胞外環境内に排出もしくは分泌されるかまたは細胞表面に提示される１つまたは複数のタンパク質またはペプチドの発現解析により測定される。
一部の実施形態では、細胞のタイプは、第２の細胞における遺伝子発現と比較して第１の細胞において発現される遺伝子の相対発現により測定される。一部の実施形態では、細胞の１つのタイプの別のものに対する存在量が測定される。
一部の実施形態では、細胞のタイプは、リンパ球である。
一部の実施形態では、細胞のタイプは、Ｔリンパ球である。
一部の実施形態では、細胞のタイプは、ＣＤ８＋Ｔリンパ球である。
一部の実施形態では、細胞のタイプは、ＣＤ４＋Ｔリンパ球である。
一部の実施形態では、細胞のタイプは、メモリーリンパ球である。
一部の実施形態では、細胞のタイプは、Ｂリンパ球である。
一部の実施形態では、細胞のタイプは、ＮＫ細胞である。
一部の実施形態では、細胞のタイプは、非免疫細胞である。
一部の実施形態では、細胞のタイプは、間質細胞である。
一部の実施形態では、細胞のタイプは、前述のタイプの細胞の任意の組合せである。
一部の実施形態では、細胞のある特定の組合せに特異的なＴＭＥシグネチャーは、持続的臨床効果（ＤＣＢ）と関連付けられる。
一部の実施形態では、ＤＣＢは、患者が処置後に少なくともある特定の無増悪生存（ｐｆｓ）期間を経験した場合に達成されたと判定される。一部の実施形態では、ＤＣＢは、３６週間のｐｆｓで達成される。
一部の実施形態では、細胞型の活性化ステータスの指標は、ＤＣＢと関連付けられる。
一部の実施形態では、細胞相互作用の指標は、ＤＣＢと関連付けられる。
一部の実施形態では、腫瘍内のある特定の細胞型の存在の兆候を含む、あるいは腫瘍内のある特定の細胞型の別の細胞型に対する比もしくは割合の評定、および／またはある特定の細胞型の活性化状態を含む、ＴＭＥシグネチャーは、意図された治療が、良好な臨床アウトカムをもたらす可能性が高いかどうかの目安になり得る。単純化した例示的状況は、次の通りであり得る：Ｔｒｅｇおよび他の抑制性細胞が少ないかまたは非存在である腫瘍浸潤性の活性細胞傷害性細胞の高い割合を示すＴＭＥシグネチャーは、細胞傷害性Ｔ細胞を伴う免疫療法が腫瘍に対して臨床的成功を収める可能性が高いことを示すことができる。別の例示的状況では、活性ＭＨＣＩＩシグネチャーは、ＭＨＣＩＩ抗原提示に依存する免疫療法が、腫瘍に対して臨床的成功を収める可能性が高いことを示すことができる。しかし、上記の例示的状況で示されるような腫瘍微小環境のパラメーターの調査は、腫瘍のある特定の特徴または特性を示すことができるが、腫瘍についての一部の他の共存する特徴のさらなる評定を伴わない、腫瘍の１つまたは複数のそのような特性の別個のランダムまたは非系統的評定が、ＴＭＥそれ自体の評定を交絡させ得ることは、当業者には理解されるはずである。したがって、ＴＭＥのバイオマーカーに相当する、注意深く選択されたＴＭＥシグネチャーが、本明細書で提供される。そのようなバイオマーカーは、以下のものを含むがこれらに限定されない１つまたは複数の目的を対象としたものである：（ａ）患者がネオ抗原ペプチドワクチンの投与に対して抗腫瘍応答を示す可能性が高いことを予測する腫瘍微小環境（ＴＭＥ）シグネチャーの処置中バイオマーカーの存在または非存在について、がんまたは腫瘍に罹患している患者を検査する方法；（ｂ）腫瘍内の腫瘍ネオ抗原特異的Ｔ細胞の誘導を判定するための方法；（ｃ）ＴＭＥバイオマーカーが存在した場合、第１の治療剤を含む治療レジメンで、腫瘍に罹患している患者を処置する、またはＴＭＥバイオマーカーが非存在であった場合、第１の治療剤を含まない治療レジメンで患者を処置する方法；（ｄ）腫瘍に罹患している患者を、患者が、ネオ抗原を含む治療剤での処置に対して抗腫瘍応答を示す可能性が高いことを予測するベースラインバイオマーカーの存在または非存在について、検査するための方法；（ｅ）腫瘍試料における１つのシグネチャーまたはＴＭＥシグネチャーの非存在の存在について患者を検査するためのキット。
ＴＭＥシグネチャーおよびバイオマーカー
バイオマーカーは、本明細書で使用される場合、測定され得る腫瘍の生物学的状態（ｓｔａｔｅ）または状態（ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）の指標である。ＴＭＥシグネチャーが、特定の状態を定性的に示すこと（この場合、シグネチャーは、シグネチャーの存在もしくは非存在により測定される）、または定量的に示すこと（この場合、発現の量もしくは程度、好適な対照と比較した増加もしくは減少）のどちらかを条件として、ＴＭＥシグネチャーをバイオマーカーとして使用することができる。
一部の実施形態では、ＴＭＥシグネチャーは、ＴＭＥにおける１つまたは複数の生体分子の増加または減少の発現である。一部の実施形態では、ＴＭＥは、腫瘍、サイトカイン、ケモカイン、または細胞により分泌される拡散性成分の中に高頻度に見られる細胞型のシグネチャーである。異なる表面抗原分類に従って、Ｔ細胞は、ＣＤ４＋Ｔ（ヘルパーＴ細胞、Ｔｈ）細胞およびＣＤ８＋Ｔ（細胞傷害性Ｔ細胞、Ｔｃ）細胞に分類される。これらは、抗腫瘍効果を有するＩＦＮ－γ、ＴＮＦ－αおよびＩＬ１７を分泌する。Ｂ細胞は、異なる生理学的期間における異なる抗原、例えば、Ｂ細胞前駆体、未熟Ｂ細胞および形質細胞においてＣＤ１９およびＣＤ２０を主として発現する抗原、成熟Ｂ細胞においてＩｇＭ、ＩｇＤおよびＣＲ１を主として発現する抗原、ならびにメモリーＢ細胞においてＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ、ＩｇＧを主として発現する抗原を、主として特徴とする。感染および悪性標的細胞を効率的に認識し得るヒトＮＫ細胞は、ＫＩＲおよびＮＫＧ２遺伝子ファミリーのＨＬＡクラスＩ特異的受容体の発現である。ＤＣは、ＩＦＮ－γ分泌性ＣＤ４＋Ｔ細胞および細胞傷害性Ｔリンパ球応答を促進する共刺激分子および自然炎症性サイトカイン、例えば、ＩＬ－１２、ＩＬ－２３およびＩＬ－１を発現する。ＤＣは、Ｔ細胞を直接誘導することができる１，２５－ジヒドロキシビタミンＤ３（１，２５（ＯＨ）２Ｄ３）の肝要な標的である。ＣＤ２８および誘導性共刺激分子（ＩＣＯＳ）は、Ｔ細胞活性化および機能に必要とされる重要な共刺激受容体であり、両方の経路の欠損は、ｉｎ ｖｉｖｏおよびｉｎ ｖｉｔｒｏで完全なＴ細胞寛容につながる。その一方で、活性化Ｔ細胞により発現されるか（例えばＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１）、またはＡＰＣ、組織細胞もしくは腫瘍細胞により発現されるか（例えばＰＤ－１リガンド１、Ｂ７－Ｓ１もしくはＢ７－Ｈ３）のいずれかである多くの負の共刺激分子が、免疫寛容を調節することが発見された。腫瘍微小環境におけるこれらの分子の一部についての高度発現は、免疫監視の腫瘍による回避へのそれらの関与も示唆し、それらは、抗腫瘍免疫の増大の潜在的標的として役立ち得る。Ｃｂｌ－ｂ、ＩｔｃｈおよびＧＲＡＩＬを含むがこれらに限定されない、Ｅ３ユビキチンリガーゼは、Ｔ細胞アネルギーの成分である。これらの分子は、Ｔ細胞のサイトカイン産生能力および増殖能力の欠如につながるＴＣＲダウンレギュレーションのプロセスに明らかに関与する。加えて、転写（転写抑制因子）機構またはさらにはエピジェネティック（ヒストン修飾、ＤＮＡメチル化およびヌクレオソーム位置取り）機構は、サイトカイン遺伝子転写表現型を抑制することによって寛容の能動的プログラミングに関与する。様々な腫瘍細胞が、ＳＰＩ－６およびＳＰＩ－ＣＩも発現し、これらは、腫瘍細胞を細胞毒性から保護するために共働する。さらに、腫瘍細胞は、正の共刺激分子を通常は発現せず、対照的に、それらは、抑制性受容体、例えば、Ｂ７－Ｈ１（ＰＤ－１リガンド）、ＨＬＡ－Ｇ、ＨＬＡ－Ｅおよびガレクチン－１を発現する。Ｂ７－Ｈ１は、腫瘍特異的ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞上の抑制性受容体ＰＤ－１と直接会合し；ＨＬＡ－Ｇは、ＮＫ細胞上の抑制性受容体ＩＬＴ２と相互作用してそれらの機能を損なわせ；ＨＬＡ－Ｅは、抑制性受容体ＣＤ９４／ＮＫＧ２Ａと結合し、ＮＫ細胞活性化受容体ＣＤ９４／ＮＫＧ２Ｃとも結合し、これらの受容体の両方は、主としてＮＫ細胞により発現され、ＣＤ８＋Ｔ細胞によっても発現されるものであり、ＨＬＡ－Ｅはまた、ＣＤ８＋Ｔ細胞のＴＣＲであって、これらの細胞傷害活性を阻害するＴＣＲとも会合し；ならびにガレクチン－１は、Ｔ細胞のＴＣＲシグナル伝達を障害し、そしてまた、ＩＬ－１０媒介Ｔ細胞寛容を促進する免疫寛容誘発性ＤＣの生成を誘導する。
一部の実施形態では、治療は、ＣＤ８＋およびＣＤ３＋Ｔ細胞の凝集をもたらすことができ、親腫瘍における骨髄系由来サプレッサー細胞および樹状細胞を減少させることができるが、耐性腫瘍ではそうすることができない。ＣＤ４＋Ｔ細胞およびＢ細胞は、有意に変化することもあり、またはしないこともある。放射線療法後のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤は、腫瘍への奏効のために重要である。なぜなら、ヌードマウスおよびＣＤ８＋Ｔ細胞枯渇Ｃ５７ＢＬ／６マウスでは、親腫瘍と耐性腫瘍が同様の放射線感受性を有するからである。放射線の奏効が良好である患者は、放射線療法後により多くのＣＤ８＋Ｔ細胞凝集を有した。放射線療法は、親細胞におけるＴ細胞化学誘引物質の確固たる転写をもたらし、ＣＣＬ５の発現のほうがはるかに高かった。
一部の実施形態では、本開示は、ヒトおよび非ヒトＴＭＥシグネチャー、ならびにそれらの使用を企図している。記載されるヒト表面分子、受容体、抗原、タンパク質または遺伝子名もしくは遺伝子記号についての、表面分子、受容体、抗原、タンパク質または遺伝子名もしくは遺伝子記号の非ヒト（例えば、ウシ、ブタ、ヒツジ、イヌ、ネコ）対応物は、当業者には容易に入手可能である。本開示でヒト用に記載される方法に類似した方法を、当業者に公知の必要最小限の変更を加えることで非ヒト動物に応用できる。
一部の実施形態では、持続的臨床効果（ＤＣＢ）についてのＴＭＥシグネチャーが、本明細書で提供される。ＤＣＢは、患者が、処置後に相当な期間にわたって、患者の残りの人生ほども長きにわたって、無症状および／または無病である、治療的処置の臨床アウトカムである。
一部の実施形態では、ＴＭＥ遺伝子シグネチャーは、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャー、およびＭＨＣクラスＩＩシグネチャーを含む。
一部の実施形態では、Ｂ細胞シグネチャーは、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ７２、ＣＤ３、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＩＧＫＣ、ＩＧＨＤ、ＭＺＢ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＭＳ４Ａ１、ＣＤ１３８、ＴＮＦＲＳＲ１３Ｂ、ＧＵＳＰＢ１１、ＢＡＦＦＲ、ＡＩＤ、ＩＧＨＭ、ＩＧＨＥ、ＩＧＨＡ１、ＩＧＨＡ２、ＩＧＨＡ３、ＩＧＨＡ４、ＢＣＬ６、ＦＣＲＬＡまたはこれらの組合せを含む遺伝子の発現を含む。
一部の実施形態では、ＴＬＳシグネチャーは、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ＣＸＣＬ１３、ＬＡＭＰ３、ＬＴＢ、ＩＬ７Ｒ、ＭＳ４Ａ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＣＬ８、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ９、ＣＤ３、ＬＴＡ、ＩＬ１７、ＩＬ２３、ＩＬ２１、ＩＬ７またはこれらの組合せを含む遺伝子の発現を含む。
一部の実施形態では、ＴＩＳシグネチャーは、ＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、ＴＩＧＩＴまたはこれらの組合せを含む。
一部の実施形態では、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャーは、ＣＣＲ７、ＣＤ２７、ＣＤ４５ＲＯ、ＦＬＴ３ＬＧ、ＧＲＡＰ２、ＩＬ１６、ＩＬ７Ｒ、ＬＴＢ、Ｓ１ＰＲ１、ＳＥＬＬ、ＴＣＦ７、ＣＤ６２Ｌ、ＰＬＡＣ８、ＳＯＲＬ１、ＭＧＡＴ４Ａ、ＦＡＭ６５Ｂ、ＰＸＮ、Ａ２Ｍ、ＡＴＭ、Ｃ２０ｏｒｆ１１２、ＧＰＲ１８３、ＥＰＢ４１、ＡＤＤ３、ＧＲＡＰ２、ＫＬＲＧ１、ＧＩＭＡＰ５、ＴＣ２Ｎ、ＴＸＮＩＰ、ＧＩＭＡＰ２、ＴＮＦＡＩＰ８、ＬＭＮＡ、ＮＲ４Ａ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＫＤＭ６Ｂ、ＥＬＬ２、ＴＩＰＡＲＰ、ＳＣ５Ｄ、ＰＬＫ３、ＣＤ５５、ＮＲ４Ａ１、ＲＥＬ、ＰＢＸ４、ＲＧＣＣ、ＦＯＳＬ２、ＳＩＫ１、ＣＳＲＮＰ１、ＧＰＲ１３２、ＧＬＵＬ、ＫＩＡＡ１６８３、ＲＡＬＧＡＰＡ１、ＰＲＮＰ、ＰＲＭＴ１０、ＦＡＭ１７７Ａ１、ＣＨＭＰ１Ｂ、ＺＣ３Ｈ１２Ａ、ＴＳＣ２２Ｄ２、Ｐ２ＲＹ８、ＮＥＵ１、ＺＮＦ６８３、ＭＹＡＤＭ、ＡＴＰ２Ｂ１、ＣＲＥＭ、ＯＡＴ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＤＮＡＪＢ９、ＳＫＩＬ、ＤＥＮＮＤ４Ａ、ＳＥＲＴＡＤ１、ＹＰＥＬ５、ＢＣＬ６、ＥＧＲ１、ＰＤＥ４Ｂ、ＡＮＸＡ１、ＳＯＤ２、ＲＮＦ１２５、ＧＡＤＤ４５Ｂ、ＳＥＬＫ、ＲＯＲＡ、ＭＸＤ１、ＩＦＲＤ１、ＰＩＫ３Ｒ１、ＴＵＢＢ４Ｂ、ＨＥＣＡ、ＭＰＺＬ３、ＵＳＰ３６、ＩＮＳＩＧ１、ＮＲ４Ａ２、ＳＬＣ２Ａ３、ＰＥＲ１、Ｓ１００Ａ１０、ＡＩＭ１、ＣＤＣ４２ＥＰ３、ＮＤＥＬ１、ＩＤＩ１、ＥＩＦ４Ａ３、ＢＩＲＣ３、ＴＳＰＹＬ２、ＤＣＴＮ６、ＨＳＰＨ１、ＣＤＫ１７、ＤＤＸ２１、ＰＰＰ１Ｒ１５Ｂ、ＺＮＦ３３１、ＢＴＧ２、ＡＭＤ１、ＳＬＣ７Ａ５ ＰＯＬＲ３Ｅ、ＪＭＪＤ６、ＣＨＤ１、ＴＡＦ１３、ＶＰＳ３７Ｂ、ＧＴＦ２Ｂ、ＰＡＦ１、ＢＣＡＳ２、ＲＧＰＤ６、ＴＵＢＡ４Ａ、ＴＵＢＡ１Ａ、ＲＡＳＡ３、ＧＰＣＰＤ１、ＲＡＳＧＥＦ１Ｂ、ＤＮＡＪＡ１、ＦＡＭ４６Ｃ、ＰＴＰ４Ａ１、ＫＰＮＡ２、ＺＦＡＮＤ５、ＳＬＣ３８Ａ２、ＰＬＩＮ２、ＨＥＸＩＭ１、ＴＭＥＭ１２３、ＪＵＮＤ、ＭＴＲＮＲ２Ｌ１、ＧＡＢＡＲＡＰＬ１、ＳＴＡＴ４、ＡＬＧ１３、ＦＯＳＢ、ＧＰＲ６５、ＳＤＣＢＰ、ＨＢＰ１、ＭＡＰ３Ｋ８、ＲＡＮＢＰ２、ＦＡＭ１２９Ａ、ＦＯＳ、ＤＤＩＴ３、ＣＣＮＨ、ＲＧＰＤ５、ＴＵＢＡ１Ｃ、ＡＴＰ１Ｂ３、ＧＬＩＰＲ１、ＰＲＤＭ２、ＥＭＤ、ＨＳＰＤ１、ＭＯＲＦ４Ｌ２、ＩＬ２１Ｒ、ＮＦＫＢＩＡ、ＬＹＡＲ、ＤＮＡＪＢ６、ＴＭＢＩＭ１、ＰＦＫＦＢ３、ＭＥＤ２９、Ｂ４ＧＡＬＴ１、ＮＸＦ１、ＢＩＲＣ２、ＡＲＨＧＡＰ２６、ＳＹＡＰ１、ＤＮＴＴＩＰ２、ＥＴＦ１、ＢＴＧ１、ＰＢＸＩＰ１、ＭＫＮＫ２、ＤＥＤＤ２、ＡＫＩＲＩＮ１、またはこれらの任意の組合せを含むタンパク質をコードする１つまたは複数の遺伝子の発現を含む。
一部の実施形態では、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャーは、遺伝子ＣＤ９４（ＫＬＲＤ１）、ＣＤ９４リガンド、ＨＬＡ－Ｅ、ＫＬＲＣ１（ＮＫＧ２Ａ）、ＫＬＲＢ１（ＮＫＧ２Ｃ）またはこれらの任意の組合せの発現を含む。
一部の実施形態では、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャーは、ＨＬＡ－Ｅ：ＣＤ９４相互作用レベルをさらに含む。
一部の実施形態では、ＮＫ細胞シグネチャーは、遺伝子ＣＤ５６、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ８、ＩＦＮ、ＩＬ－２、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－１８、ＮＣＲ１、ＸＣＬ１、ＸＣＬ２、ＩＬ２１Ｒ、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＮＣＡＭ１またはこれらの組合せの発現を含む。
一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩシグネチャーは、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＨＬＡ－ＤＮＢ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ２、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＨＬＡ－ＤＲＢ４、ＨＬＡ－ＤＲＢ５またはこれらの組合せを含むＨＬＡである遺伝子の発現を含む。
一部の実施形態では、ＤＣＢのバイオマーカーは、ＴＭＥシグネチャーの１つの成分、例えば、ＴＬＳシグネチャーからの遺伝子発現シグネチャーを含む。
一部の実施形態では、ＤＣＢのバイオマーカーは、ＴＭＥシグネチャーの１つより多くの成分を含み、ＴＭＥシグネチャーは、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャー、またはＭＨＣクラスＩＩシグネチャーからなる群から選択される。
一部の実施形態では、ＤＣＢのバイオマーカーは、第１のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、および第１のＴＭＥシグネチャーと同一でない第２のＴＭＥシグネチャーの少なくとも１つの成分を含み、これらのＴＭＥシグネチャーは、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャー、およびＭＨＣクラスＩＩシグネチャーからなる群から選択される。
一部の実施形態では、ＤＣＢのバイオマーカーは、第１のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第２のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、および第３のＴＭＥシグネチャーの少なくとも１つの成分を含み、第１、第２および第３のＴＭＥシグネチャーは、同一でなく、これらのＴＭＥシグネチャーは、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャー、およびＭＨＣクラスＩＩシグネチャーからなる群から選択される。
一部の実施形態では、ＤＣＢのバイオマーカーは、第１のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第２のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第３のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、および第４のＴＭＥシグネチャーの少なくとも１つの成分を含み、第１、第２、第３および第４のＴＭＥシグネチャーは、同一でなく、これらのＴＭＥシグネチャーは、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャー、およびＭＨＣクラスＩＩシグネチャーからなる群から選択される。
一部の実施形態では、ＤＣＢのバイオマーカーは、第１のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第２のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第３のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、および第４のＴＭＥシグネチャーの少なくとも１つの成分を含み、第１、第２、第３および第４のＴＭＥシグネチャーは、同一でなく、これらのＴＭＥシグネチャーは、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャー、およびＭＨＣクラスＩＩシグネチャーからなる群から選択される。
一部の実施形態では、ＤＣＢのバイオマーカーは、第１のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第２のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第３のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第４のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、および第５のＴＭＥシグネチャーの少なくとも１つの成分を含み、第１、第２、第３、第４および第５のＴＭＥシグネチャーは、同一でなく、これらのＴＭＥシグネチャーは、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャー、およびＭＨＣクラスＩＩシグネチャーからなる群から選択される。
一部の実施形態では、ＤＣＢのバイオマーカーは、第１のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第２のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第３のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第４のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、および第５のＴＭＥシグネチャーの少なくとも１つの成分を含み、第１、第２、第３、第４および第５のＴＭＥシグネチャーは、同一でない。
一部の実施形態では、ＤＣＢのバイオマーカーは、第１のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第２のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第３のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第４のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第５のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、および第６のＴＭＥシグネチャーの少なくとも１つの成分を含み、第１、第２、第３、第４、第５および第６のＴＭＥシグネチャーは、同一でない。
一部の実施形態では、ＤＣＢのバイオマーカーは、第１のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第２のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第３のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第４のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第５のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、第６のＴＭＥシグネチャーの１つのまたは１つより多くの成分、および第７のＴＭＥシグネチャーの少なくとも１つの成分を含み、第１、第２、第３、第４、第５、第６および第７のＴＭＥシグネチャーは、同一でない。
一部の実施形態では、ＤＣＢのバイオマーカーは、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャー、またはＭＨＣクラスＩＩシグネチャーを含む、ＴＭＥシグネチャーのサブセットを含む。
一部の実施形態では、ＤＣＢのバイオマーカーは、ＴＬＳシグネチャーからの遺伝子発現シグネチャーと、別のＴＭＥシグネチャー、例えばＢ細胞シグネチャーの少なくとも１つの成分とを含む、ＴＭＥシグネチャーのサブセットを含む。
一部の実施形態では、ＤＣＢのバイオマーカーは、ＴＬＳシグネチャーからの遺伝子発現シグネチャーと、別のＴＭＥシグネチャー、例えば、Ｂ細胞シグネチャー、および／またはＮＫ細胞シグネチャー、および／またはＭＨＣクラスＩＩシグネチャー、および／またはエフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、および／またはＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、の１つまたは複数の成分とを含む、ＴＭＥシグネチャーのサブセットを含む。
一部の実施形態では、ＴＭＥ遺伝子シグネチャーのうち、正規化されたベースライン発現と比較して高い遺伝子の正規化された発現は、治療が、ネオ抗原ペプチド療法を含み、ネオ抗原ペプチド療法が、タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｂ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む場合、ＤＣＢについての陽性バイオマーカー分類と関連付けられる。一部の実施形態では、方法は、正規化されたベースライン発現と比較して、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ７２、ＣＤ３、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＩＧＫＣ、ＩＧＨＤ、ＭＺＢ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＭＳ４Ａ１、ＣＤ１３８、ＴＮＦＲＳＲ１３Ｂ、ＧＵＳＰＢ１１、ＢＡＦＦＲ、ＡＩＤ、ＩＧＨＭ、ＩＧＨＥ、ＩＧＨＡ１、ＩＧＨＡ２、ＩＧＨＡ３、ＩＧＨＡ４、ＢＣＬ６、ＦＣＲＬＡ ＣＣＲ７、ＣＤ２７、ＣＤ４５ＲＯ、ＦＬＴ３ＬＧ、ＧＲＡＰ２、ＩＬ１６、ＩＬ７Ｒ、ＬＴＢ、Ｓ１ＰＲ１、ＳＥＬＬ、ＴＣＦ７、ＣＤ６２Ｌ、ＰＬＡＣ８、ＳＯＲＬ１、ＭＧＡＴ４Ａ、ＦＡＭ６５Ｂ、ＰＸＮ、Ａ２Ｍ、ＡＴＭ、Ｃ２０ｏｒｆ１１２、ＧＰＲ１８３、ＥＰＢ４１、ＡＤＤ３、ＧＲＡＰ２、ＫＬＲＧ１、ＧＩＭＡＰ５、ＴＣ２Ｎ、ＴＸＮＩＰ、ＧＩＭＡＰ２、ＴＮＦＡＩＰ８、ＬＭＮＡ、ＮＲ４Ａ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＫＤＭ６Ｂ、ＥＬＬ２、ＴＩＰＡＲＰ、ＳＣ５Ｄ、ＰＬＫ３、ＣＤ５５、ＮＲ４Ａ１、ＲＥＬ、ＰＢＸ４、ＲＧＣＣ、ＦＯＳＬ２、ＳＩＫ１、ＣＳＲＮＰ１、ＧＰＲ１３２、ＧＬＵＬ、ＫＩＡＡ１６８３、ＲＡＬＧＡＰＡ１、ＰＲＮＰ、ＰＲＭＴ１０、ＦＡＭ１７７Ａ１、ＣＨＭＰ１Ｂ、ＺＣ３Ｈ１２Ａ、ＴＳＣ２２Ｄ２、Ｐ２ＲＹ８、ＮＥＵ１、ＺＮＦ６８３、ＭＹＡＤＭ、ＡＴＰ２Ｂ１、ＣＲＥＭ、ＯＡＴ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＤＮＡＪＢ９、ＳＫＩＬ、ＤＥＮＮＤ４Ａ、ＳＥＲＴＡＤ１、ＹＰＥＬ５、ＢＣＬ６、ＥＧＲ１、ＰＤＥ４Ｂ、ＡＮＸＡ１、ＳＯＤ２、ＲＮＦ１２５、ＧＡＤＤ４５Ｂ、ＳＥＬＫ、ＲＯＲＡ、ＭＸＤ１、ＩＦＲＤ１、ＰＩＫ３Ｒ１、ＴＵＢＢ４Ｂ、ＨＥＣＡ、ＭＰＺＬ３、ＵＳＰ３６、ＩＮＳＩＧ１、ＮＲ４Ａ２、ＳＬＣ２Ａ３、ＰＥＲ１、Ｓ１００Ａ１０、ＡＩＭ１、ＣＤＣ４２ＥＰ３、ＮＤＥＬ１、ＩＤＩ１、ＥＩＦ４Ａ３、ＢＩＲＣ３、ＴＳＰＹＬ２、ＤＣＴＮ６、ＨＳＰＨ１、ＣＤＫ１７、ＤＤＸ２１、ＰＰＰ１Ｒ１５Ｂ、ＺＮＦ３３１、ＢＴＧ２、ＡＭＤ１、ＳＬＣ７Ａ５ ＰＯＬＲ３Ｅ、ＪＭＪＤ６、ＣＨＤ１、ＴＡＦ１３、ＶＰＳ３７Ｂ、ＧＴＦ２Ｂ、ＰＡＦ１、ＢＣＡＳ２、ＲＧＰＤ６、ＴＵＢＡ４Ａ、ＴＵＢＡ１Ａ、ＲＡＳＡ３、ＧＰＣＰＤ１、ＲＡＳＧＥＦ１Ｂ、ＤＮＡＪＡ１、ＦＡＭ４６Ｃ、ＰＴＰ４Ａ１、ＫＰＮＡ２、ＺＦＡＮＤ５、ＳＬＣ３８Ａ２、ＰＬＩＮ２、ＨＥＸＩＭ１、ＴＭＥＭ１２３、ＪＵＮＤ、ＭＴＲＮＲ２Ｌ１、ＧＡＢＡＲＡＰＬ１、ＳＴＡＴ４、ＡＬＧ１３、ＦＯＳＢ、ＧＰＲ６５、ＳＤＣＢＰ、ＨＢＰ１、ＭＡＰ３Ｋ８、ＲＡＮＢＰ２、ＦＡＭ１２９Ａ、ＦＯＳ、ＤＤＩＴ３、ＣＣＮＨ、ＲＧＰＤ５、ＴＵＢＡ１Ｃ、ＡＴＰ１Ｂ３、ＧＬＩＰＲ１、ＰＲＤＭ２、ＥＭＤ、ＨＳＰＤ１、ＭＯＲＦ４Ｌ２、ＩＬ２１Ｒ、ＮＦＫＢＩＡ、ＬＹＡＲ、ＤＮＡＪＢ６、ＴＭＢＩＭ１、ＰＦＫＦＢ３、ＭＥＤ２９、Ｂ４ＧＡＬＴ１、ＮＸＦ１、ＢＩＲＣ２、ＡＲＨＧＡＰ２６、ＳＹＡＰ１、ＤＮＴＴＩＰ２、ＥＴＦ１、ＢＴＧ１、ＰＢＸＩＰ１、ＭＫＮＫ２、ＤＥＤＤ２、ＡＫＩＲＩＮ１、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＨＬＡ－ＤＮＢ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ２、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＨＬＡ－ＤＲＢ４、ＨＬＡ－ＤＲＢ５、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ＣＸＣＬ１３、ＬＡＭＰ３、ＬＴＢ、ＩＬ７Ｒ、ＭＳ４Ａ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＣＬ８、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ９、ＣＤ３、ＬＴＡ、ＩＬ１７、ＩＬ２３、ＩＬ２１、ＩＬ７、ＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ５６、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ８、ＩＦＮ、ＩＬ－２、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－１８、ＮＣＲ１、ＸＣＬ１、ＸＣＬ２、ＩＬ２１Ｒ、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＮＣＡＭ１、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＨＬＡ－ＤＮＢ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ２、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ２、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＨＬＡ－ＤＲＢ４、またはＨＬＡ－ＤＲＢ５をコードする遺伝子のいずれか１つもしくは複数の、より高い正規化された遺伝子発現を、治療剤に伴うＤＣＢについての陽性バイオマーカー分類に関連付けるステップを含む。
一部の実施形態では、ＴＭＥ遺伝子シグネチャーのうち、正規化されたベースライン発現と比較して低い遺伝子の正規化された発現は、治療が、ネオ抗原ペプチド療法を含み、ネオ抗原ペプチド療法が、タンパク質のネオエピトープ、（ｂ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む場合、ＤＣＢについての陽性バイオマーカー分類と関連付けられる。一部の実施形態では、ベースライン発現レベルと比較して低いＢ７－Ｈ３発現の正規化された発現は、ＤＣＢの陽性バイオマーカーと関連付けられる。
一部の実施形態では、ＴＭＥのバイオマーカーは、ベースライン値より高い１つまたは複数のシグネチャー、およびベースライン値より低い１つまたは複数のシグネチャーを含む。
一部の実施形態では、ＴＭＥシグネチャーのベースラインレベルは、問題の処置が投与される前の患者または対象におけるシグネチャーの同じ成分（例えば、遺伝子発現レベル、タンパク質レベル、ペプチドレベル、タンパク質相互作用レベル、またはタンパク質活性レベル）についての状態である。
一部の実施形態では、ＴＭＥシグネチャーのベースラインレベルは、比較可能な非腫瘍組織におけるシグネチャーの同じ成分（例えば、遺伝子発現レベル、タンパク質レベル、ペプチドレベル、タンパク質相互作用レベル、またはタンパク質活性レベル）の患者のシグネチャーの比較である。
一部の実施形態では、ＴＭＥシグネチャーのベースラインレベルは、対照対象、または普遍的対照、例えば、対照対象の採取物から作出された対照、またはアーカイブされたデータにおける、シグネチャーの同じ成分（例えば、遺伝子発現レベル、タンパク質レベル、ペプチドレベル、タンパク質相互作用レベル、またはタンパク質活性レベル）の患者のシグネチャーとの比較である。
一部の実施形態では、ＴＭＥシグネチャーは、最初に内部定数（例えば、ハウスキーピング遺伝子発現のセット）に対して正規化した後、考慮に入れたすべての遺伝子または遺伝子産物のｌｏｇ２発現レベルの加重平均として計算される。例示的な遺伝子発現解析では、Ｇ１、Ｇ２、・・・、Ｇｎを有するｎ個の遺伝子名、およびｍ個のハウスキーピング遺伝子Ｈｋ１、Ｈｋ２、・・・、Ｈｋｍの、各試料のＴＭＥシグネチャーバイオマーカーについて、例示的な加重平均遺伝子シグネチャー計算は、以下の通りである：
（ｗ１ｇ１’＋ｗ２ｇ２’＋・・・＋ｗｎｇｎ’）／（ｗ１＋ｗ２＋・・・＋ｗｎ）
（式中、
ｗ１、ｗ２、・・・・、ｗｎは、各遺伝子Ｇ１、Ｇ２、・・・、Ｇｎの重みであり；
ｇ１’、ｇ２’、・・・、ｇｎ’の各々は、遺伝子Ｇ１、Ｇ２、・・・、Ｇｎのｌｏｇ２正規化遺伝子発現解析であり、
ｇ１’は、
Ｌｏｇ２［ｇ１／（ｈｋ１＋ｈｋ２＋・・・＋ｈｋｍ２）／ｍ］＋１０－Ｌｏｇ２［（ｈｋ１＋ｈｋ２＋・・・＋ｈｋｍ）／ｍ］
として計算することができ、この式中、
ｇ１、ｇ２、・・・、ｇｎは、遺伝子Ｇ１、Ｇ２、・・・、Ｇｍの遺伝子発現であり、
ｈｋ１、ｈｋ２、・・・、ｈｋｍは、ハウスキーピング遺伝子Ｈｋ１、Ｈｋ２、・・・、Ｈｋｍの遺伝子発現であり、
１０－Ｌｏｇ２［（ｈｋ１＋ｈｋ２＋・・・＋ｈｋｍ）／ｍ］は、入力試料変動に対処するためにハウスキーピング遺伝子発現を全試料にわたって同じレベルにするための係数である）。
一部の実施形態では、ＴＭＥシグネチャーバイオマーカーは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０遺伝子の加重平均遺伝子シグネチャーである。
一部の実施形態では、ＴＭＥシグネチャーバイオマーカーは、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９ ４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０遺伝子の加重平均遺伝子シグネチャーである。
一部の実施形態では、ＴＭＥシグネチャーバイオマーカーは、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０遺伝子の加重平均遺伝子シグネチャーである。
一部の実施形態では、ＴＭＥシグネチャーバイオマーカーは、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００遺伝子の加重遺伝子シグネチャーである。
一部の実施形態では、ベースラインと比較して、１つまたは複数の遺伝子の正規化された発現は、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、１．６倍、１．７倍、１．８倍、１．９倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、１７倍、１８倍、１９倍または２０倍高い。
一部の実施形態では、ベースラインと比較して、１つまたは複数の遺伝子の正規化された発現は、少なくとも２１倍、２２倍、２３倍、２４倍、２５倍、２６倍、２７倍、２８倍、２９倍、３０倍、３１倍、３２倍、３３倍、３４倍、３５倍、３６倍、３７倍、３８倍、３９倍、４０倍、４１倍、４２倍、４３倍、４４倍、４５倍、４６倍、４７倍、４８倍、４９倍または５０倍高い。
一部の実施形態では、ベースラインと比較して、１つまたは複数の遺伝子の正規化された発現は、少なくとも５５倍、６０倍、６５倍、７０倍、７５倍、８０倍、８５倍、９０倍、９５倍、１００倍高いか、またはこれらの中の任意の倍率変化分高い。
一部の実施形態では、ベースラインと比較して、１つまたは複数の遺伝子の正規化された発現は、少なくとも２００倍、３００倍、４００倍、５００倍、６００倍、７００倍、８００倍、１０００倍または１０，０００倍高いか、またはこれらの中の任意の倍率変化分高い。
一部の実施形態では、ベースラインと比較して、１つまたは複数の遺伝子の正規化された発現は、１．１分の１、１．２分の１、１．３分の１、１．４分の１、１．５分の１、１．６分の１、１．７分の１、１．８分の１、１．９分の１、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、１１分の１、１２分の１、１３分の１、１４分の１、１５分の１、１６分の１、１７分の１、１８分の１、１９分の１または２０分の１以下である。
一部の実施形態では、ベースラインと比較して、１つまたは複数の遺伝子の正規化された発現は、２１分の１、２２分の１、２３分の１、２４分の１、２５分の１、２６分の１、２７分の１、２８分の１、２９分の１、３０分の１、３１分の１、３２分の１、３３分の１、３４分の１、３５分の１、３６分の１、３７分の１、３８分の１、３９分の１、４０分の１、４１分の１、４２分の１、４３分の１、４４分の１、４５分の１、４６分の１、４７分の１、４８分の１、４９分の１または５０分の１以下である。
一部の実施形態では、ベースラインと比較して、１つまたは複数の遺伝子の正規化された発現は、５５分の１、６０分の１、６５分の１、７０分の１、７５分の１、８０分の１、８５分の１、９０分の１、９５分の１、１００分の１以下であるか、またはこれらの中の任意の倍率変化の低さである。
一部の実施形態では、ベースラインと比較して、１つまたは複数の遺伝子の正規化された発現は、２００分の１、３００分の１、４００分の１、５００分の１、６００分の１、７００分の１、８００分の１、１０００分の１または１０，０００分の１以下であるか、またはこれらの中の任意の倍率変化の低さである。
一部の実施形態では、がんに罹患している対象におけるＴＭＥシグネチャーの存在は、その対象がＴＭＥシグネチャーを有さないがんに罹患している対象よりも処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示す。例えば、がんに罹患している対象からのＴＭＥ試料の細胞からの２６またはそれより多くの機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の存在（例えば、ＲＮＡ－ｓｅｑにより観察された場合）は、その対象が処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示すことができる。例えば、がんに罹患している対象からのＴＭＥ試料の細胞からの２７、２８、２９、２１０、２１１もしくは２１２、またはそれより多くの機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の存在（例えば、ＲＮＡ－ｓｅｑにより観察された場合）は、その対象が処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示すことができる。
末梢血シグネチャー
がんに罹患している対象における一部の末梢血バイオマーカーであって、以下のうちの１つの形で使用することができるバイオマーカーが、本明細書で企図される：（ｉ）マーカーの存在または非存在が、疾患の性質、増悪の状態、または疾患に対する薬物もしくは治療の奏効性のうちのいずれか１つまたは複数を示すことができる；（２）マーカーの存在または非存在が、対象に薬物または治療が奏効し得るかどうかを示すことができる；（３）マーカーの存在または非存在が、薬物または治療での処置のアウトカムが良好となるか否かを示すことができる；（４）マーカーの存在または非存在を使用して、薬物または治療の用量、頻度、レジメンを決定することができる。末梢血バイオマーカーを、治療の開始前の対象において検出することができる。末梢血バイオマーカーを、治療中の対象において検出することができる。末梢血バイオマーカーを、治療の帰結として対象において検出することができる。例示的な末梢血バイオマーカーが本明細書で提供される。
一部の実施形態では、がんに罹患している対象における末梢血シグネチャーの存在は、その対象が末梢血シグネチャーを有さないがんに罹患している対象よりも処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示す。
例えば、がんに罹患している対象からの末梢血試料における全ＣＤ８＋Ｔ細胞の２０％またはそれ未満のナイーブＴ細胞集団の存在は、その対象が処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示すことができる。例えば、がんに罹患している対象からの末梢血試料における全ＣＤ８＋Ｔ細胞の１９％、１８％、１７％、１６％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％もしくは２％またはそれ未満のナイーブＴ細胞集団の存在は、その対象が処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示すことができる。
例えば、がんに罹患している対象からの末梢血試料における全ＣＤ８＋Ｔ細胞の４０％のまたはそれを超えるエフェクターメモリーＴ細胞集団の存在は、その対象が処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示すことができる。例えば、がんに罹患している対象からの末梢血試料における全ＣＤ８＋Ｔ細胞の４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％もしくは９５％のまたはそれを超えるエフェクターメモリーＴ細胞集団の存在は、その対象が処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示すことができる。
例えば、がんに罹患している対象からの末梢血試料における全ＣＤ１９＋Ｂ細胞の７０％またはそれ未満のナイーブＢ細胞集団の存在は、その対象が処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示すことができる。例えば、がんに罹患している対象からの末梢血試料における全ＣＤ１９＋Ｂ細胞の６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％もしくは５％またはそれ未満のナイーブＢ細胞集団の存在は、その対象が処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示すことができる。
例えば、がんに罹患している対象からの末梢血試料における全ＣＤ１９＋Ｂ細胞の１０％を超えるクラススイッチしたメモリーＢ細胞集団の存在は、その対象が処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示すことができる。例えば、がんに罹患している対象からの末梢血試料における全ＣＤ１９＋Ｂ細胞の１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％または６５％を超えるクラススイッチしたメモリーＢ細胞集団の存在は、その対象が処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示すことができる。
例えば、がんに罹患している対象からの末梢血試料における全Ｌｉｎ－／ＣＤ１１ｃ－細胞の３％またはそれ未満の形質細胞様ＤＣ集団の存在は、その対象が処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示すことができる。例えば、がんに罹患している対象からの末梢血試料における全Ｌｉｎ－／ＣＤ１１ｃ－細胞の２．９％、２．８％、２．７％、２．６％、２．５％、２．４％、２．３％、２．２％、２．１％、２％、１．９％、１．８％、１．７％、１．６％、１．５％、１．４％、１．３％、１．２％、１．１％、１％、０．９％、０．８％、０．７％、０．６％、０．５％、０．４％、０．３％もしくは０．２％またはそれ未満の形質細胞様ＤＣ集団の存在は、その対象が処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示すことができる。
例えば、がんに罹患している対象からの末梢血試料における全ＣＤ４＋Ｔ細胞の９％またはそれ未満のＣＴＬＡ４＋ＣＤ４ Ｔ細胞集団の存在は、その対象が処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示すことができる。例えば、がんに罹患している対象からの末梢血試料における全ＣＤ４＋Ｔ細胞の８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％もしくは１％またはそれ未満のＣＴＬＡ４＋ＣＤ４ Ｔ細胞集団の存在は、その対象が処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示すことができる。
例えば、ワクチン後の時点でのがんに罹患している対象からの末梢血試料における全ＣＤ８＋Ｔ細胞の４０％のもしくはそれを超える、または５５％のもしくはそれを超えるメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞集団の存在は、その対象が処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示すことができる。例えば、ワクチン後の時点でのがんに罹患している対象からの末梢血試料における全ＣＤ８＋Ｔ細胞の４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％もしくは９５％のまたはそれを超えるメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞集団の存在は、その対象が処置による持続的臨床効果を受ける可能性が高いことを示すことができる。
末梢血単核細胞
数ある方法の中でも特に血球計算および免疫組織化学検査により解析することができる、末梢血単核細胞内のシグネチャーが、本明細書で企図される。末梢血単核細胞は、処置の前に対象から単離され、個々の細胞型の割合、１つまたは複数の特定の細胞表面分子、１つまたは複数の特定の細胞質または原子核分子の発現、およびそのような発現の程度についての解析に供される。同様の解析が、処置進行中の対象および／または治療レジメンを完了した対象において行なわれる。その後、解析されたパラメーターと治療の臨床アウトカムとの相関関係を探求することができる。要するに、完了したおよび進行中の臨床研究におけるそのようなパラメーターの解析により、ある特定のパラメーターまたは特性と持続的臨床効果の潜在的な関連性が同定され得る。パラメーターとＤＣＢの正の関連性は、対象に治療を投与する前の解析の時点でＰＢＭＣにおけるある特定のパラメーターの存在を使用して、ＤＣＢを達成することができるか否か、治療のアウトカムを予測することができるような、処置前のＤＣＢのシグネチャーの生成に役立ち得る。
多数のパラメーターが、ＤＣＢの潜在的な末梢血シグネチャーについて考えられる。これらは、ＣＤ４：ＣＤ８ Ｔ細胞比、メモリーＴ細胞ならびにナイーブＣＤ４およびＣＤ８ Ｔ細胞サブセットの割合、Ｔ調節性細胞の割合、Ｔ細胞ＰＤ１発現、Ｔ細胞ＣＴＬＡ－４発現、ガンマ－デルタＴ細胞の割合、骨髄系細胞の割合、単球の割合、ＣＤ１１ｃ＋ＤＣ、ＣＤ１４１＋ＣＬＥＣ９Ａ＋ＤＣの割合、形質細胞様ＤＣの割合、ＮＫ細胞の割合（活性化／抑制性受容体発現およびパーフォリン／グランザイムＢ発現を含む）、Ｂ細胞の割合を含むが、これらに限定されない。シグネチャーは、将来の患者登録のために組み入れもしくは除外基準として使用することができ、および／または処置の過程にわたっての患者の分子応答を特徴付けることができる。
アポリポタンパク質Ｅ
アポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）は、分泌タンパク質であり、血漿からのカイロミクロンおよび超低密度コレステロールのクリアランスを媒介する受容体結合リガンドとして作用することにより、コレステロールおよびトリグリセリドの代謝において大きな役割を果たす。第１９染色体（ＡＰＯＥ遺伝子座１９ｑ１３．３．１）上ＡｐｏＥ遺伝子は、ＡｐｏＥ２、ＡｐｏＥ３およびＡｐｏＥ４タンパク質アイソフォーム産物をそれぞれもたらす３つの主要なＡｐｏＥアイソフォームをコードする、３つの共通の対立遺伝子（Ｅ２、Ｅ３、Ｅ４）を有する。ハプロタイプが、２つの一塩基多型ｒｓ４２９３５８およびｒｓ７４１２の対立遺伝子の組合せから生じる。これらのアイソフォームは、部位残基１１２および１５８が異なる（下記表１を参照されたい）。
Figure 2022524216000002
その結果として、対象は、Ｅ２、Ｅ３およびＥ４についてホモ接合性であることもあり、またはヘテロ接合性であることもある。ｅ２対立遺伝子の保因者は、受容体結合能力の欠陥、より低い循環コレステロールレベルおよびより高いトリグリセリドレベルを有し、その一方で、ｅ４対立遺伝子の保因者は、より高い血漿コレステロールレベルを有するようである。ＡｐｏＥ遺伝子型および冠動脈心疾患（ＣＨＤ）の最近のメタ解析は、ｅ４対立遺伝子を有する人々のほうがｅ３／ｅ３遺伝子型を有する人々よりもＣＨＤのリスクが４２％高いことを示した。生殖細胞系列バリアントＡｐｏＥ４は、アルツハイマー病と関連付けられる。一部の実施形態では、ｅ４対立遺伝子を有する対象は、ＮＭＤＡまたはＡＭＰＡ受容体機能が低下している可能性がある。一部の実施形態では、ｅ４対立遺伝子を有する対象は、神経細胞における細胞内カルシウムレベルがより高い可能性がある。一部の実施形態では、ｅ４対立遺伝子を有する対象は、神経細胞におけるＮＭＤＡに対するカルシウム応答の変更を有する可能性がある。一部の実施形態では、ｅ４対立遺伝子を有する対象は、グルタミン酸作動性神経伝達が障害されている可能性がある。一部の実施形態では、ｅ４対立遺伝子を有する対象は、ＡｐｏＥ２またはＡｐｏＥ３を有する対象よりも高い血清ビタミンＤレベルを有する可能性がある。一部の実施形態では、ｅ４対立遺伝子を有する対象は、高度Ａβオリゴマー化を有する可能性があり、アルツハイマー病にかかりやすい素因がある。
ＡｐｏＥのバリアントは、脂質およびトリグリセリドレベルに関連付けられ、インスリン感受性に影響を及ぼす。一部の実施形態では、ｅ２対立遺伝子を有する対象は、ｅ３またはｅ４対立遺伝子を有する対象と比較して細胞からのコレステロール流出が多い。ｅ２対立遺伝子の保因者は、ｅ３／ｅ３ホモ接合対立遺伝子を有する対象と比較して、低い総コレステロール（ＴＣ）、低いＬＤＬおよび高いＨＤＬレベルを有する可能性がある。一部の実施形態では、ｅ２対立遺伝子の保因者は、より低い冠動脈心疾患（ＣＨＤ）のリスクを示す可能性がある。一部の実施形態では、ｅ４対立遺伝子の保因者は、ｅ３／ｅ３対立遺伝子を有する対象と比較して、高いＴＣ、高いＬＤＬ、低いＨＤＬを有する可能性があり、ＣＨＤのリスクが高い可能性がある。
ＡｐｏＥバリアントは、炎症のリスクと関連付けられる。一部の実施形態では、ｅ４対立遺伝子を有する対象は、脳脊髄液（ＣＳＦ）、血漿または間質液において、より少ないＡＰＯＥリポタンパク質およびより低いＡＰＯＥレベルを有する可能性がある。
本発明は、対象における疾患、例えばがん、の処置の方法であって、対象が、（ｉ）ＡｐｏＥ２対立遺伝子またはＡｐｏＥ４対立遺伝子を含む、ＡｐｏＥ対立遺伝子の１つまたは複数の遺伝子変異を有するか否かを判定するステップを含む方法をもたらす。
一部の実施形態では、対象は、Ｅ２対立遺伝子についてヘテロ接合性である。一部の実施形態では、対象は、Ｅ４対立遺伝子についてヘテロ接合性である。一部の実施形態では、対象は、Ｅ３対立遺伝子についてヘテロ接合性である。一部の実施形態では、対象は、Ｅ２対立遺伝子についてホモ接合性である。一部の実施形態では、対象は、Ｅ４対立遺伝子についてホモ接合性である。一部の実施形態では、対象は、Ｅ３対立遺伝子についてホモ接合性である。
一部の実施形態では、対象は、（ｉ）Ｒ１５８Ｃ ＡｐｏＥタンパク質をコードする配列を含むＡｐｏＥ２遺伝子変異または（ｉｉ）Ｃ１１２Ｒ ＡｐｏＥタンパク質をコードする配列を含むＡｐｏＥ４遺伝子変異を含む、ＡｐｏＥ遺伝子変異を含む。一部の実施形態では、対象は、Ｒ１５８Ｃ ＡｐｏＥタンパク質配列バリアントもＣ１１２Ｒ ＡｐｏＥタンパク質配列バリアントも含まないＡｐｏＥタンパク質をコードする配列を含むＡｐｏＥ３対立遺伝子を有する。一部の実施形態では、対象は、ｒｓ７４１２－Ｔおよびｒｓ４２９３５８－Ｔを有する。一部の実施形態では、対象は、ｒｓ７４１２－Ｃおよびｒｓ４２９３５８－Ｃを有する。一部の実施形態では、１つまたは複数の遺伝子変異は、ｃｈｒ１９：４４９０８６８４ Ｔ＞Ｃを含み、ここでの１つまたは複数の遺伝子変異の染色体位置は、ＵＣＳＣ ｈｇ３８を基準として定義されたものである。一部の実施形態では、１つまたは複数の遺伝子変異は、ｃｈｒ１９：４４９０８８２２ Ｃ＞Ｔを含み、ここでの１つまたは複数の遺伝子変異の染色体位置は、ＵＣＳＣ ｈｇ３８を基準として定義されたものである。
一部の実施形態では、対象は、ＡｐｏＥ３対立遺伝子についてホモ接合性である。一部の実施形態では、ＡｐｏＥ３対立遺伝子についてホモ接合性である参照対象は、がん治療剤が奏効する可能性の減少を示す。
一部の実施形態では、がん治療剤は、（ｉ）タンパク質のがんエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｉｉ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｉｉｉ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｉｖ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのがんエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む。
一部の実施形態では、がんは、黒色腫である。一部の実施形態では、がん治療剤は、免疫調節剤を含む。一部の実施形態では、がん治療剤は、抗ＰＤ１剤または抗ＰＤ１抗体を含む。
一部の実施形態では、がんは、黒色腫である。
一部の実施形態では、がんは、肺がんである。
一部の実施形態では、がんは、膀胱がんである。
一部の実施形態では、がんは、結腸がんである。
一部の実施形態では、がんは、肝臓がんである。
一部の実施形態では、参照ハプロタイプではないＡｐｏＥの遺伝子バリアントの同定は、対象に、ペプチド療法および／または抗ＰＤ１療法も、ペプチド療法と抗ＰＤ１療法の組合せも、良好に奏効しない可能性を示す。一部の実施形態では、奏効率低下の可能性は、参照ハロタイプを有する対象における予想アウトカムの１％～５％、０．１％～１０％、５％～２０％、２％～３０％、１０％～３０％、５％～５０％、１０％～５０％、または１０％～６０％、または２％～８０％、または１％～９０％であり得、この奏効は、治療が奏効したある一定の期間の腫瘍退縮により測定される。
組成物および処置方法
ネオ抗原
ネオ抗原は、ＤＮＡ突然変異から生じるものであり、腫瘍特異的Ｔ細胞応答のために、がん細胞の表面に提示される非常に重要な標的である。ネオ抗原を標的とするワクチンには、既存の抗腫瘍Ｔ細胞応答を新規に誘導して増幅させる可能性がある。ＮＥＯ－ＰＶ－０１は、各々の個体の腫瘍の突然変異プロファイルに特異的に特別仕様で設計され、製造される個人用ネオ抗原ワクチンである（図１）。ネオ抗原は、腫瘍特異的ネオエピトープを含む、単離されたネオ抗原性ペプチドであって、天然ポリペプチドではなく、ネオエピトープが、ＡｘＢｙＣｚにより表されるアミノ酸配列の少なくとも８個の連続するアミノ酸を含む、単離されたネオ抗原ペプチドであり、式中、各Ａは、第１の天然ポリペプチドに対応するアミノ酸であり；各Ｂは、第１の天然ポリペプチドまたは第２の天然ポリペプチドに対応するアミノ酸でない、アミノ酸であり；各Ｃは、第２の天然ポリペプチドをコードする配列のフレームシフトによりコードされるアミノ酸であり；ｘ＋ｙ＋ｚは、少なくとも８であり；ｙは、非存在であり、少なくとも８個の連続するアミノ酸は、少なくとも１つのＣｚを含むか、またはｙは、少なくとも１であり、少なくとも８個の連続するアミノ酸は、少なくとも１つのＢｙおよび／もしくは少なくとも１つのＣｚを含む。
一部の実施形態では、ネオ抗原は、本明細書に記載される単離されたネオ抗原性ペプチドをコードする、単離されたポリヌクレオチドとして送達される。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、ＤＮＡである。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、ＲＮＡである。一部の実施形態では、ＲＮＡは、自己増幅ＲＮＡである。一部の実施形態では、ＲＮＡは、安定性を増加させるように、細胞の標的化を増加させるように、翻訳効率、アジュバント性、サイトゾル接近可能性を増加させるように、および／または細胞傷害性を低下させるように、改変される。一部の実施形態では、改変は、担体タンパク質へのコンジュゲーション、リガンドへのコンジュゲーション、抗体へのコンジュゲーション、コドン最適化、ＧＣ含量の増加、改変ヌクレオシドの組込み、５’キャップもしくはキャップアナログの組込み、および／または露出ポリＡ配列の組込みである。一部の実施形態では、ネオ抗原は、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを含む細胞として送達される。一部の実施形態では、ネオ抗原は、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを含むベクターで送達される。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、ベクターは、自己増幅ＲＮＡレプリコン、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、ウイルスまたはビリオンである。一部の実施形態では、ベクターは、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、レンチウイルス、またはこれらの偽型に由来する。本明細書に記載される単離されたポリヌクレオチドを含むｉｎ ｖｉｖｏ送達系が、本明細書で提供される。
一部の実施形態では、送達系は、球状核酸、ウイルス、ウイルス様粒子、プラスミド、細菌プラスミド、またはナノ粒子を含む。
一部の実施形態では、細胞は、抗原提示細胞である。一部の実施形態では、細胞は、樹状細胞である。一部の実施形態では、細胞は、未熟樹状細胞である。
一部の実施形態では、追加のネオ抗原性ペプチドのうちの少なくとも１つは、個々の対象の腫瘍に特異的である。一部の実施形態では、対象特異的ネオ抗原性ペプチドは、対象の腫瘍試料のゲノム、エキソームおよび／またはトランスクリプトームと非腫瘍試料のゲノム、エキソームおよび／またはトランスクリプトームとの配列の相違を同定することにより、選択される。一部の実施形態では、試料は、新鮮な腫瘍組織もしくはホルマリン固定パラフィ包埋腫瘍組織、新たに単離された細胞、または循環腫瘍細胞である。一部の実施形態では、配列の相違は、次世代シークエンシングにより判定される。
一部の実施形態では、送達されるネオ抗原性ペプチドは、それが送達されるレシピエントに見られる特定のＨＬＡペプチドへの高親和性結合を特徴とする。一部の実施形態では、ペプチドは、本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドに結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）に加えて送達されるか、または少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含むＭＨＣ－ペプチド複合体は、本明細書に記載される。ＴＣＲを、細胞内で発現され得るベクターである、ベクターに含めることができる。
一部の実施形態では、タンパク質のネオエピトープは、ＨＬＡ結合予測プラットフォームにより予測されるペプチドの群から選択され、ＨＬＡ結合予測プラットフォームは、機械学習アルゴリズムを用いる、コンピュータベースのプログラムであり、この機械学習アルゴリズムは、ペプチドアミノ酸配列情報、構造情報、会合および解離動態情報ならびに質量分析情報を含む、ペプチドおよびそれが会合するヒト白血球抗原に関する複数の情報を統合する。
一部の実施形態では、ＭＨＣ－ペプチドのＭＨＣは、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩである。一部の実施形態では、ＴＣＲは、抗原に結合することができる抗体または抗体断片を含むドメインをさらに含む、二重特異性ＴＣＲである。一部の実施形態では、抗原は、Ｔ細胞特異的抗原である。一部の実施形態では、抗原は、ＣＤ３である。一部の実施形態では、抗体または抗体断片は、抗ＣＤ３ ｓｃＦｖである。一部の実施形態では、受容体は、（ｉ）Ｔ細胞活性化分子と、（ｉｉ）膜貫通領域と、（ｉｉｉ）本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドに結合することができる、または本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含むＭＨＣ－ペプチド複合体に結合することができる、抗原認識部分とを含む、キメラ抗原受容体である。一部の実施形態では、ＣＤ３－ゼータは、Ｔ細胞活性化分子である。一部の実施形態では、キメラ抗原受容体は、少なくとも１つの共刺激シグナル伝達ドメインをさらに含む。一部の実施形態では、シグナル伝達ドメインは、ＣＤ２８、４－１ＢＢ、ＩＣＯＳ、ＯＸ４０、ＩＴＡＭ、またはＦｃイプシロンＲＩ－ガンマである。一部の実施形態では、抗原認識部分は、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩに関連して単離されたネオ抗原ペプチドに結合することができる。一部の実施形態では、キメラ抗原受容体は、ＣＤ３－ゼータ、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ－４、ＩＣＯＳ、ＢＴＬＡ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＣＤ４０Ｌ、Ｔｉｍ－３、Ａ２ａＲ、またはＰＤ－１膜貫通領域を含む。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、腫瘍関連ポリペプチドの細胞外ドメイン内に位置する。一部の実施形態では、ＭＨＣ－ペプチドのＭＨＣは、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩである。
一部の実施形態では、免疫療法は、本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドにまたは本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含むＭＨＣ－ペプチド複合体に結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含むＴ細胞を含み、このＴ細胞は、Ｔ細胞を活性化するのに十分な時間、抗原提示細胞、および本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドのうちの１つまたは複数とともにインキュベートされた、対象からのＴ細胞の集団から単離されたＴ細胞である。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞または細胞傷害性Ｔ細胞である。
一部の実施形態では、対象からのＴ細胞の集団は、対象からのＣＤ８＋Ｔ細胞の集団である。一部の実施形態では、本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドのうちの１つまたは複数は、対象特異的ネオ抗原性ペプチドである。一部の実施形態では、対象特異的ネオ抗原性ペプチドは、対象の腫瘍に特異的なエピトープである、異なる腫瘍ネオエピトープを有する。一部の実施形態では、対象特異的ネオ抗原性ペプチドは、対象の非腫瘍試料中には存在しない腫瘍特異的非サイレント突然変異の発現産物である。一部の実施形態では、対象特異的ネオ抗原性ペプチドは、対象のＨＬＡタンパク質に結合する。一部の実施形態では、対象特異的ネオ抗原性ペプチドは、対象のＨＬＡタンパク質に５００ｎＭ未満のＩＣ５０で結合する。一部の実施形態では、活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞は、抗原提示細胞から分離される。
一部の実施形態では、抗原提示細胞は、樹状細胞またはＣＤ４０Ｌ増幅Ｂ細胞である。一部の実施形態では、抗原提示細胞は、非形質転換細胞である。一部の実施形態では、抗原提示細胞は、非感染細胞である。一部の実施形態では、抗原提示細胞は、自己細胞である。一部の実施形態では、抗原提示細胞は、内在性ＭＨＣ結合ペプチドをそれらの表面から剥奪するように処理されたものである。一部の実施形態では、内在性ＭＨＣ結合ペプチドを剥奪するための処理は、細胞を約２６℃で培養するステップを含む。一部の実施形態では、内在性ＭＨＣ結合ペプチドを剥奪するための処理は、細胞を弱酸溶液で処理するステップを含む。一部の実施形態では、抗原提示細胞に、本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドをパルスした。一部の実施形態では、パルシングは、本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドの各々の少なくとも約２μｇ／ｍｌの存在下で抗原提示細胞をインキュベートすることを含む。一部の実施形態では、単離されたＴ細胞の抗原提示細胞に対する比は、約３０：１～３００：１の間である。一部の実施形態では、Ｔ細胞の単離された集団のインキュベーションは、ＩＬ－２およびＩＬ－７の存在下で行なわれる。一部の実施形態では、ＭＨＣ－ペプチドのＭＨＣは、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩである。
処置方法
一実施形態では、必要な対象におけるがんを処置するまたは抗腫瘍応答を開始、増進もしくは延長する方法は、本明細書に記載されるペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞を対象に投与するステップを含む。一部の実施形態では、対象はヒトである。一部の実施形態では、対象は、がんに罹患している。一部の実施形態では、がんは、泌尿生殖器、婦人科、肺、消化管、頭頸部がん、悪性神経膠芽腫、悪性中皮腫（malignanmesothelioma）、非転移性または転移性乳がん、悪性黒色腫、メルケル細胞癌または骨もしくは軟部組織肉腫、血液学的腫瘍、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、骨髄異形成症候群および急性リンパ性白血病、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、転移性大腸がん、ホルモン感受性またはホルモン不応性前立腺がん、大腸がん、卵巣がん、肝細胞がん、腎細胞がん、膵臓がん、胃がん、食道がん、肝細胞がん、胆管細胞がん、頭頸部扁平細胞がん軟部組織肉腫、ならびに小細胞肺がんからなる群から選択される。一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞は、対応するＨＬＡ型であるＨＬＡ型を有する対象の処置に使用される。一部の実施形態では、対象は、腫瘍の外科的摘出を受けた。一部の実施形態では、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞は、静脈内、腹腔内、腫瘍内、皮内または皮下投与によって投与される。一部の実施形態では、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞は、リンパ節領域に流入する解剖学的部位に投与される。一部の実施形態では、投与は、複数のリンパ節領域への投与である。一部の実施形態では、投与は、皮下または皮内経路による投与である。一部の実施形態では、ペプチドが投与される。一部の実施形態では、投与は、腫瘍内投与である。一部の実施形態では、ポリヌクレオチド、必要に応じてＲＮＡが、投与される。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、静脈内投与される。一部の実施形態では、細胞は、Ｔ細胞または樹状細胞である。一部の実施形態では、ペプチドまたはポリヌクレオチドは、抗原提示細胞標的化部分を含む。一部の実施形態では、細胞は、自己細胞である。一部の実施形態では、方法は、少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤を対象に投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、生物学的治療薬または小分子である。一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、完全ヒト抗体およびこれらの融合タンパク質または組合せからなる群から選択される。一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１抗体またはＰＤ－Ｌ１抗体である。一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、イピリムマブ、トレメリムマブ、ニボルマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、ペムブロリズマブおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される。一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ－４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ－１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ－７ファミリーリガンドからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質、ならびにこれらの任意の組合せを阻害する。一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ－４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ－１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ－７ファミリーリガンドからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質のリガンド、またはこれらの任意の組合せと相互作用する。一部の実施形態では、２つまたはそれより多くのチェックポイント阻害剤が投与される。一部の実施形態では、２つまたはそれより多くのチェックポイント阻害剤のうちの少なくとも１つは、ＰＤ－１抗体またはＰＤ－Ｌ１抗体である。一部の実施形態では、２つまたはそれより多くのチェックポイント阻害剤のうちの少なくとも１つは、イピリムマブ、トレメリムマブ、ニボルマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブおよびペムブロリズマブからなる群から選択される。一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤および組成物は、同時に投与されるか、または任意の順序で逐次的に投与される。一部の実施形態では、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞は、チェックポイント阻害剤の前に投与される。一部の実施形態では、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞は、チェックポイント阻害剤の後に投与される。一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤の投与は、ネオ抗原性ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞療法を通して継続される。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞療法は、チェックポイント阻害剤療法が部分奏効するのみかまたは奏効しない対象に投与される。一部の実施形態では、組成物は、静脈内または皮下投与される。一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、静脈内または皮下投与される。一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、組成物の投与部位の約２ｃｍ以内に皮下投与される。一部の実施形態では、組成物は、チェックポイント阻害剤と同じ流入領域リンパ節に投与される。一部の実施形態では、方法は、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞での処置前、処置と同時または処置後のいずれかに、追加の治療剤を対象に投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、追加の薬剤は、化学療法剤、免疫調節薬、免疫代謝修飾薬、標的療法、放射線、抗血管新生剤、または免疫抑制を低下させる薬剤である。一部の実施形態では、化学療法剤は、アルキル化剤、トポイソメラーゼ阻害剤、代謝拮抗薬、または抗有糸分裂剤である。一部の実施形態では、追加の薬剤は、抗グルココルチコイド誘導性腫瘍壊死因子ファミリー受容体（ＧＩＴＲ）アゴニスト抗体もしくは抗体断片、イブルチニブ、ドセタキセル（docetaxeol）、シスプラチン、ＣＤ４０アゴニスト抗体もしくは抗体断片、ＩＤＯ阻害剤、またはシクロホスファミドである。一部の実施形態では、方法は、ＣＤ４＋Ｔ細胞免疫応答またはＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答を惹起する。一部の実施形態では、方法は、ＣＤ４＋Ｔ細胞免疫応答およびＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答を惹起する。
一態様では、腫瘍に罹患している患者を処置する方法であって、（Ｉ）患者から採取された試料が、患者が第１の治療剤に対して抗腫瘍応答を示す可能性が高いことを予測するバイオマーカーについて、陽性であるのかまたは陰性であるのかを判定するステップであって、第１の治療剤が、（ｉ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｉｉ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｉｉｉ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｉｖ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む、ステップ、および（ＩＩ）バイオマーカーが存在した場合、第１の治療剤を含む治療レジメンで患者を処置するステップ、またはバイオマーカーが非存在であった場合、第１の治療剤を含まない治療レジメンで患者を処置するステップを含み、バイオマーカーが、腫瘍微小環境（ＴＭＥ）シグネチャーを含む、方法が、本明細書で提供される。ＴＭＥ遺伝子シグネチャーは、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャー、またはＭＨＣクラスＩＩシグネチャーを含む。
一部の実施形態では、腫瘍に罹患している患者を処置する方法であって、（Ｉ）患者から採取された試料が、患者が第１の治療剤に対して抗腫瘍応答を示す可能性が高いことを予測するバイオマーカーについて、陽性であるのかまたは陰性であるのかを判定するステップであって、第１の治療剤が、（ａ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｂ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む、ステップ、および（ＩＩ）バイオマーカーが存在した場合、第１の治療剤を含む治療レジメンで患者を処置するステップ、またはバイオマーカーが非存在であった場合、第１の治療剤を含まない治療レジメンで患者を処置するステップを含み；バイオマーカーが、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャーを含むＴＭＥ遺伝子シグネチャーのサブセットを含み；ＴＬＳシグネチャーが、遺伝子ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ＣＸＣＬ１３、ＬＡＭＰ３、ＬＴＢ、ＭＳ４Ａ１またはこれらの組合せを含む、方法が、本明細書で提供される。
一部の実施形態では、腫瘍に罹患している患者を、患者が治療剤での処置に対して抗腫瘍応答を示す可能性が高いことを予測するベースラインバイオマーカーの存在または非存在について、検査する方法であって、治療剤が、（ａ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｂ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、方法が、（Ｉ）患者の腫瘍から単離されたベースライン試料を入手するステップ；（ＩＩ）腫瘍微小環境（ＴＭＥ）遺伝子または前記遺伝子のサブセットのうちの各遺伝子のベースライン発現レベルを測定するステップ；（ＩＩＩ）測定されたベースライン発現レベルを正規化するステップ；（ＩＶ）正規化された発現レベルからＴＭＥ遺伝子シグネチャーのベースラインシグネチャースコアを計算するステップ；（Ｖ）ベースラインシグネチャースコアをＴＭＥ遺伝子シグネチャーの参照スコアと比較するステップ；および（ＶＩ）患者を、治療剤からの持続的臨床効果（ＤＣＢ）に関するアウトカムについて、バイオマーカー陽性またはバイオマーカー陰性に分類するステップを含む、方法が、本明細書で提供される。
一部の実施形態では、患者の腫瘍からの代表試料は、第１の治療薬である治療薬の投与後０日目に、または投与の少なくとも１日、少なくとも２日、少なくとも３日、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも６日、少なくとも７日、少なくとも８日、少なくとも９日、少なくとも１０日、少なくとも１１日、少なくとも１２日、少なくとも１３日、少なくとも１４日、少なくとも１５日、少なくとも１６日、少なくとも１７日、少なくとも１８日、少なくとも１９日、少なくとも２０日、少なくとも２１日、少なくとも２２日、少なくとも２３日、少なくとも２４日、少なくとも２５日、少なくとも２６日、少なくとも２７日、少なくとも２８日、少なくとも２９日、少なくとも３０日、もしくは少なくとも１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、１年もしくは少なくとも２年後に、単離される。
一部の実施形態では、本明細書に記載される方法は、ネオ抗原特異的細胞傷害性Ｔ細胞を含む治療用細胞集団としての適格性についての、ｅｘ ｖｉｖｏで増幅されたネオ抗原特異的Ｔ細胞集団の定性的評定を決定するために使用することができる。したがって、腫瘍における腫瘍ネオ抗原特異的Ｔ細胞の誘導を判定するための方法であって、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４相互作用シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャーおよびＭＨＣクラスＩＩシグネチャーを含む、持続的臨床効果（ＤＣＢ）の１つまたは複数の腫瘍微小環境（ＴＭＥ）シグネチャーを検出するステップであって、シグネチャーのうちの少なくとも１つが、組成物を投与する前の対応する代表試料と比較して変更される、ステップを含む、方法が、本明細書で提供される。
一実施形態では、がんまたは腫瘍に罹患している患者を、患者が第１の治療剤の投与に対して抗腫瘍応答を示す可能性が高いことを予測する処置中バイオマーカーの存在または非存在について、検査する方法であって、第１の治療剤が、（ａ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｂ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、方法が、
患者から採取された腫瘍からの代表ベースライン試料を入手するステップ；
ベースライン試料において腫瘍微小環境（ＴＭＥ）シグネチャーのうちの各遺伝子のベースライン発現レベルを測定するステップ；
測定されたベースライン発現レベルを正規化するステップ；
正規化されたベースライン発現レベルからＴＭＥ遺伝子シグネチャーのベースラインＴＭＥ遺伝子シグネチャースコアを計算するステップ；
処置後の時点で患者から採取された腫瘍からの代表試料を入手するステップ；
処置後の時点で患者から採取された腫瘍からの代表試料においてＴＭＥ遺伝子シグネチャーのうちの各遺伝子の処置後発現レベルを測定するステップ；
測定された処置後発現レベルの各々を正規化するステップ；
正規化された発現レベルからＴＭＥ遺伝子シグネチャーのうちの各遺伝子についての処置後ＴＭＥ遺伝子シグネチャースコアを計算するステップ；
測定された発現レベルからＴＭＥ遺伝子シグネチャーのうちの各遺伝子についての処置後ＴＭＥ遺伝子シグネチャースコアを計算するステップ；
処置後ＴＭＥ遺伝子シグネチャースコアとベースラインＴＭＥ遺伝子シグネチャースコアを比較するステップ；および
患者を、第１の治療剤からの持続的臨床効果（ＤＣＢ）に関するアウトカムについてバイオマーカー陽性またはバイオマーカー陰性に分類するステップ
を含み、
ベースラインＴＭＥ遺伝子シグネチャースコアを入手するステップ、測定するステップ、正規化するステップおよび計算するステップを、処置後ＴＭＥ遺伝子シグネチャースコアを入手するステップ、測定するステップ、正規化するステップおよび計算するステップの前にまたはこれらのステップと同時に行なうことができ、
バイオマーカー陽性患者が、第１の治療剤でＤＣＢを経験する可能性が高いと判定される、方法が、本明細書で提供される。
一部の実施形態では、持続的臨床効果は、患者が、２カ月、または３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、または１２カ月間、無増悪であることを含む。
一部の実施形態では、持続的臨床効果は、患者が、１年、または２年、３年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、または１２年間、無増悪であることを含む。
一部の実施形態では、治療薬は、腫瘍ネオ抗原ワクチンである。
実施形態
１．一実施形態では、腫瘍に罹患している患者を処置する方法であって、
患者から採取された試料が、患者が第１の治療剤に対して抗腫瘍応答を示す可能性が高いことを予測するバイオマーカーについて、陽性であるのかまたは陰性であるのかを判定するステップであって、第１の治療剤が、（ｉ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、
ｉ．（ｉｉ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、
ｉｉ．（ｉｉｉ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または
ｉｉｉ．（ｉｖ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む、ステップ、および
バイオマーカーが存在した場合、第１の治療剤を含む治療レジメンで患者を処置するステップ、またはバイオマーカーが非存在であった場合、第１の治療剤を含まない治療レジメンで患者を処置するステップ
を含み、
バイオマーカーが、腫瘍微小環境（ＴＭＥ）シグネチャーを含む、方法が、本明細書で提供される。
２．ＴＭＥ遺伝子シグネチャーが、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャー、ＭＨＣクラスＩＩシグネチャーまたは機能性Ｉｇ ＣＤＲ３シグネチャーを含む、実施形態１の方法。
３．Ｂ細胞シグネチャーが、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ３、ＣＤ２２、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ７２、ＣＤ７９ａ、ＩＧＫＣ、ＩＧＨＤ、ＭＺＢ１、ＭＳ４Ａ１、ＣＤ１３８、ＢＬＫ、ＣＤ１９、ＦＡＭ３０Ａ、ＦＣＲＬ２、ＭＳ４Ａ１、ＰＮＯＣ、ＳＰＩＢ、ＴＣＬ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１７またはこれらの組合せを含む遺伝子の発現を含む、実施形態１または２の方法。
４．ＴＬＳシグネチャーが、三次リンパ様構造の形成を示す、実施形態１または２の方法。
５．三次リンパ様構造が、リンパ球様細胞の凝集体を表す、実施形態１または２の方法。
６．ＴＬＳシグネチャーが、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ＣＸＣＬ１３、ＬＡＭＰ３、ＬＴＢ、ＭＳ４Ａ１またはこれらの組合せを含む遺伝子の発現を含む、実施形態１または２の方法。
７．ＴＩＳシグネチャーが、炎症性遺伝子、サイトカイン、ケモカイン、増殖因子、細胞表面相互作用タンパク質、肉芽形成因子またはこれらの組合せを含む、実施形態１または２の方法。
８．ＴＩＳシグネチャーが、ＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、ＴＩＧＩＴまたはこれらの組合せを含む、実施形態１または２の方法。
９．エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャーが、ＣＣＲ７、ＣＤ２７、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＣＲ７、ＦＬＴ３ＬＧ、ＧＲＡＰ２、ＩＬ１６、ＩＬ７Ｒ、ＬＴＢ、Ｓ１ＰＲ１、ＳＥＬＬ、ＴＣＦ７、ＣＤ６２Ｌまたはこれらの任意の組合せを含む遺伝子の発現を含む、実施形態１または２の方法。
１０．ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャーが、遺伝子ＣＤ９４（ＫＬＲＤ１）、ＣＤ９４リガンド、ＨＬＡ－Ｅ、ＫＬＲＣ１（ＮＫＧ２Ａ）、ＫＬＲＢ１（ＮＫＧ２Ｃ）またはこれらの任意の組合せの発現を含む、実施形態１または２の方法。
１１．ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャーが、ＨＬＡ－Ｅ：ＣＤ９４相互作用レベルをさらに含む、実施形態１または２の方法。
１２．ＮＫ細胞シグネチャーが、遺伝子ＣＤ５６、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ８、ＩＦＮ、ＩＬ－２、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－１８、ＮＣＲ１、ＸＣＬ１、ＸＣＬ２、ＩＬ２１Ｒ、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２またはこれらの組合せの発現を含む、実施形態１または２の方法。
１３．ＭＨＣクラスＩＩシグネチャーが、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ５またはこれらの組合せを含むＨＬＡである遺伝子の発現を含む、実施形態１または２の方法。
１４．バイオマーカーが、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャーを含むＴＭＥ遺伝子シグネチャーのサブセットを含み、ＴＬＳシグネチャーが、遺伝子ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ＣＸＣＬ１３、ＬＡＭＰ３、ＬＴＢ、ＭＳ４Ａ１またはこれらの組合せを含む、実施形態１または２の方法。
１５．機能性Ｉｇ ＣＤＲ３シグネチャーが、機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の存在量を含む、実施形態１または２の方法。
１６．機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の存在量が、ＲＮＡ－ｓｅｑにより決定される、実施形態１５の方法。
１７．機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の存在量が、対象からのＴＭＥ試料の細胞からの機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の存在量である、実施形態１５または１６の方法。
１８．機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の存在量が、２７またはそれを超える機能性Ｉｇ ＣＤＲ３である、実施形態１５～１７のいずれか１つの方法。
１９．バイオマーカー陽性患者に、第１の治療剤、変更された用量または時間間隔の第１の治療剤、または第２の治療剤を投与するステップをさらに含む、実施形態１～１８のいずれか１つの方法。
２０．バイオマーカー陰性患者に、第１の治療剤または第２の治療剤を投与するステップをさらに含まない、実施形態１～１８のいずれか１つの方法。
２１．バイオマーカー陽性患者に、増加させた用量の第１の治療剤を投与するステップをさらに含む、実施形態１～１８のいずれか１つの方法。
２２．バイオマーカー陽性または陰性患者に対する第１の治療剤の投与の時間間隔を修正するステップをさらに含む、実施形態１～１８のいずれか１つの方法。
２３．一実施形態では、腫瘍に罹患している患者を、患者が治療剤での処置に対して抗腫瘍応答を示す可能性が高いことを予測するベースラインバイオマーカーの存在または非存在について検査する方法であって、治療剤が、
（ｉ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、
（ｉｉ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（ｉｉｉ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または
（ｉｖ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）
を含み、方法が、
（ａ）患者の腫瘍から単離されたベースライン試料を入手し、腫瘍微小環境（ＴＭＥ）遺伝子または前記遺伝子のサブセットのうちの各遺伝子のベースライン発現レベルを測定するステップ；
（ｂ）測定されたベースライン発現レベルを正規化し、正規化された発現レベルからＴＭＥ遺伝子シグネチャーのベースラインシグネチャースコアを計算するステップ；
（ｃ）ベースラインシグネチャースコアを、ＴＭＥ遺伝子シグネチャーの参照スコアと比較するステップ；および
（ｄ）患者を、治療剤からの持続的臨床効果（ＤＣＢ）に関するアウトカムについて、バイオマーカー陽性またはバイオマーカー陰性に分類するステップ
を含む、方法が、本明細書で提供される。
２４．ＴＭＥシグネチャーが、実施形態２～１８の１つもしくは複数のシグネチャー、またはそのサブセットを含む、実施形態２３の方法。
２５．一実施形態では、バイオマーカーの検査で陽性と出る患者におけるがんの処置に使用するための医薬組成物であって、組成物・治療剤が、（ａ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｂ）１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）と、少なくとも１つの薬学的に許容される賦形剤とを含み、バイオマーカーが、ＴＭＥ遺伝子シグネチャーからなる群から選択される遺伝子シグネチャーを含む処置中バイオマーカーであり、ＴＭＥ遺伝子シグネチャーが、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャーおよびＭＨＣクラスＩＩシグネチャーを含む、医薬組成物が、本明細書で提供される。
２６．ＴＭＥシグネチャーが、実施形態２～１８のいずれか１つもしくは複数のシグネチャー、またはそのサブセットを含む、実施形態２５の医薬組成物。
２７．一実施形態では、必要な対象におけるがんを処置する方法であって、がん治療剤の治療有効量を投与するステップを含み、対象が、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示し、対象の、がん治療剤が奏効する可能性の増加が、がん治療剤での処置の前の１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーの存在と関連付けられ、１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つが、対象の末梢血における第１の単核細胞型の第２の単核細胞型に対する細胞計数値の比の閾値を含む、方法が、本明細書で提供される。
２８．がんが、黒色腫である、実施形態２７の方法。
２９．がんが、非小細胞肺がんである、実施形態２７の方法。
３０．がんが、膀胱がんである、実施形態２７の方法。
３１．がん治療剤が、ネオ抗原ペプチドワクチンを含む、実施形態２７の方法。
３２．がん治療剤が、抗ＰＤ１抗体を含む、実施形態２７の方法。
３３．がん治療剤が、ネオ抗原ワクチンと抗ＰＤ１抗体の組合せを含み、ネオ抗原ワクチンが、抗ＰＤ１抗体を単独で投与する期間の後に投与されるかまたは併用投与される、実施形態２７の方法。
３４．抗ＰＤ１抗体が、ニボルマブである、実施形態３２または３３の方法。
３５．閾値が、最大閾値である、実施形態２７の方法。
３６．閾値が、最小閾値である、実施形態２７の方法。
３７．１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つが、対象からの末梢血試料におけるナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比の最大閾値を含む、実施形態２７の方法。
３８．対象からの末梢血試料におけるナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比の最大閾値が、約２０：１００である、実施形態３７の方法。
３９．対象からの末梢血試料が、２０：１００もしくはそれ未満であるかまたは２０：１００未満であるナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比を有する、実施形態３７または３８の方法。
４０．１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つが、対象からの末梢血試料におけるエフェクターメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比の最小閾値を含む、実施形態２７の方法。
４１．対象からの末梢血試料におけるエフェクターメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比の最小閾値が、約４０：１００である、実施形態４０の方法。
４２．対象からの末梢血試料が、４０：１００であるかもしくはそれより大きい、または４０：１００より大きい、エフェクターメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比を有する、実施形態４０または４１の方法。
４３．１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つが、対象からの末梢血試料におけるクラススイッチしたメモリーＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する比の最小閾値を含む、実施形態２７の方法。
４４．対象からの末梢血試料におけるクラススイッチしたメモリーＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する比の最小閾値が、約１０：１００である、実施形態４３の方法。
４５．対象からの末梢血試料が、１０：１００であるかもしくはそれより大きい、または１０：１００より大きい、クラススイッチしたメモリーＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する比を有する、実施形態４３または４４の方法。
４６．１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つが、対象からの末梢血試料におけるナイーブＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する比の最大閾値を含む、実施形態２７の方法。
４７．対象からの末梢血試料におけるナイーブＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する比の最大閾値が、約７０：１００である、実施形態４６の方法。
４８．対象からの末梢血試料が、７０：１００もしくはそれ未満であるかまたは７０：１００未満であるナイーブＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する比を有する、実施形態４６または４７の方法。
４９．がんが、黒色腫である、実施形態３７～４８のいずれか１つの方法。
５０．１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つが、対象からの末梢血試料における形質細胞様樹状細胞の全Ｌｉｎ－／ＣＤ１１ｃ－細胞に対する比の最大閾値を含む、実施形態２７の方法。
５１．対象からの末梢血試料における形質細胞様樹状細胞の全Ｌｉｎ－／ＣＤ１１ｃ－細胞に対する比の最大閾値が、約３：１００である、実施形態５０の方法。
５２．対象からの末梢血試料が、３：１００もしくはそれ未満であるかまたは３：１００未満である形質細胞様樹状細胞の全Ｌｉｎ－／ＣＤ１１ｃ－細胞に対する比を有する、実施形態５０または５１の方法。
５３．１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つが、対象からの末梢血試料におけるＣＴＬＡ４＋ＣＤ４ Ｔ細胞の全ＣＤ４＋Ｔ細胞に対する比の最大閾値を含む、実施形態２７の方法。
５４．対象からの末梢血試料におけるＣＴＬＡ４＋ＣＤ４ Ｔ細胞の全ＣＤ４＋Ｔ細胞に対する比の最大閾値が、約９：１００である、実施形態５０の方法。
５５．対象からの末梢血試料が、９：１００もしくはそれ未満であるかまたは９：１００未満であるＣＴＬＡ４＋ＣＤ４ Ｔ細胞の全ＣＤ４＋Ｔ細胞に対する比を有する、実施形態５０および５１の方法。
５６．がんが、非小細胞肺がんである、実施形態５０～５５のいずれか１つの方法。
５７．１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つが、対象からの末梢血試料におけるメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比の最小閾値を含む、実施形態２７の方法。
５８．対象からの末梢血試料におけるメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比の最小閾値が、約４０：１００または約５５：１００である、実施形態５７の方法。
５９．対象からの末梢血試料が、４０：１００であるかもしくはそれより大きい、または４０：１００より大きい、メモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比を有する、実施形態５７または５８の方法。
６０．対象からの末梢血試料が、５５：１００であるかもしくはそれより大きい、または５５：１００より大きい、メモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比を有する、実施形態５７または５８の方法。
６１．がんが、膀胱がんである、実施形態５７～６０のいずれか１つの方法。
６２．一実施形態では、必要な対象におけるがんを処置する方法であって、がん治療剤の治療有効量を対象に投与するステップを含み、対象が、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示し、対象の、がん治療剤が奏効する可能性の増加が、少なくともがん治療剤を投与する前の時点での対象の末梢血試料から解析されるＴＣＲレパートリーのクローン組成特性と関連付けられる、方法も、本明細書で提供される。
６３．見込みのある患者におけるＴＣＲレパートリーのクローン組成特性が、健康なドナーにおけるＴＣＲ多様性に対して相対的に低いＴＣＲ多様性により定義される、実施形態６２の方法。
６４．クローン組成特性が、ＴＣＲまたはそれらの断片をシークエンシングするステップを含む方法により解析される、実施形態６２または６３の方法。
６５．ＴＣＲレパートリーのクローン組成特性が、ＴＣＲのクローン頻度分布により定義される、実施形態６２の方法。
６６．ＴＣＲレパートリーのクローン組成特性が、ＴＣＲクローンの頻度分布パターンを計算することによりさらに解析される、実施形態６２～６５のいずれか１つの方法。
６７．ＴＣＲクローンの頻度分布パターンが、ジニ係数、シャノンエントロピー、ＤＥ５０、平方和、およびローレンツ曲線のうちの１つまたは複数を使用して解析される、実施形態６６の方法。
６８．対象の、がん治療剤が奏効する可能性の増加が、ＴＣＲのクローン性の増加と関連付けられる、実施形態６２の方法。
６９．対象の、がん治療剤が奏効する可能性の増加が、中および／または大および／または超大型サイズのＴＣＲクローンの頻度の増加と関連付けられる、実施形態６２の方法。
７０．対象の、がん治療剤が奏効する可能性の増加が、実施形態６３～６９のいずれか１つのＴＣＲレパートリーのクローン組成特性と関連付けられ、クローン組成特性が、がん治療剤の治療有効量を投与するステップの前の対象の末梢血試料から解析される、実施形態６２の方法。
７１．ＴＣＲレパートリーのクローン組成特性が、ＴＣＲのクローン安定性の測定量を含む、実施形態６２の方法。
７２．ＴＣＲのクローン安定性が、第１の時点と第２の時点の間のＴＣＲターンオーバーとして解析され、第１の時点が、がん治療剤を投与するステップより前であり、第２の時点が、処置の期間中の時点である、実施形態７０または７１の方法。
７３．第２の時点が、ワクチンを投与するステップより前である、実施形態７１の方法。
７４．ＴＣＲのクローン安定性が、ジェンセン・シャノン・ダイバージェンスを使用して解析される、実施形態７０の方法。
７５．対象の、がん治療剤が奏効する可能性の増加が、より高いＴＣＲ安定性と関連付けられる、実施形態７０の方法。
７６．対象の、がん治療剤が奏効する可能性の増加が、第１の時点と第２の時点の間のＴ細胞クローンのターンオーバーの低減と関連付けられる、実施形態７０の方法。
７７．一実施形態では、必要な対象におけるがんを処置する方法であって、がん治療剤の治療有効量を対象に投与するステップを含み、対象が、がん治療剤が奏効する可能性の増加を示し、対象の、がん治療剤が奏効する可能性の増加が、対象における１つまたは複数の遺伝子変異の存在と関連付けられ、対象が、アッセイで１つまたは複数の遺伝子変異の存在について検査され、１つまたは複数の遺伝子変異を有すると同定されており、１つまたは複数の遺伝子変異が、（ｉ）Ｒ１５８Ｃ ＡｐｏＥタンパク質をコードする配列を含むＡｐｏＥ２対立遺伝子の遺伝子変異または（ｉｉ）Ｃ１１２Ｒ ＡｐｏＥタンパク質をコードする配列を含むＡｐｏＥ４対立遺伝子の遺伝子変異を含む、ＡｐｏＥ対立遺伝子の遺伝子変異を含む、方法が、本明細書で提供される。
７８．がん治療剤が、ネオ抗原ペプチドワクチンを含む、実施形態７７の方法。
７９．がん治療剤が、抗ＰＤ１抗体をさらに含む、実施形態７７の方法。
８０．がん治療剤が、抗ＰＤ１抗体単剤療法を構成しない、実施形態７７の方法。
８１．がんが、黒色腫である、実施形態７７の方法。
８２．対象が、ＡｐｏＥ２対立遺伝子の遺伝子変異についてホモ接合性である、実施形態７７の方法。
８３．対象が、ＡｐｏＥ２対立遺伝子の遺伝子変異についてヘテロ接合性である、実施形態７７の方法。
８４．対象が、ＡｐｏＥ４対立遺伝子の遺伝子変異についてホモ接合性である、実施形態７７の方法。
８５．対象が、ＡｐｏＥ４対立遺伝子の遺伝子変異についてヘテロ接合性である、実施形態７７の方法。
８６．対象が、Ｒ１５８Ｃ ＡｐｏＥタンパク質でもＣ１１２Ｒ ＡｐｏＥタンパク質でもないＡｐｏＥタンパク質をコードする配列を含むＡｐｏＥ対立遺伝子を有する、実施形態７７の方法。
８７．対象が、ｒｓ７４１２－Ｔおよびｒｓ４４９３５８－Ｔを有する、実施形態７７の方法。
８８．対象が、ｒｓ７４１２－Ｃおよびｒｓ４４９３５８－Ｃを有する、実施形態７７の方法。
８９．ＡｐｏＥ３対立遺伝子についてホモ接合性である参照対象が、がん治療剤が奏効する可能性の減少を示す、実施形態７７の方法。
９０．アッセイが、遺伝子アッセイである、実施形態７７の方法。
９１．がん治療剤が、がんエピトープを含む１つまたは複数のペプチドを含む、実施形態７７の方法。
９２．がん治療剤が、（ｉ）実施形態９１の１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（ｉ）または、（ｉｉ）１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは１つもしくは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、
（ｉｉ）または、（ｉｉｉ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の１つまたは複数のペプチドのがんエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）
を含む、実施形態７７の方法。
９３．がん治療剤が、免疫調節剤をさらに含む、実施形態７７～９２のいずれか１つの方法。
９４．免疫治療剤が、抗ＰＤ１抗体である、実施形態９３の方法。
９５．がん治療剤が、単独でのニボルマブでも単独でのペムブロリズマブでもない、実施形態７７の方法。
９６．１つまたは複数の遺伝子変異が、ｃｈｒ１９：４４９０８６８４ Ｔ＞Ｃを含み、ここでの１つまたは複数の遺伝子変異の染色体位置は、ＵＣＳＣ ｈｇ３８を基準として定義されたものである、実施形態７７の方法。
９７．１つまたは複数の遺伝子変異が、ｃｈｒ１９：４４９０８８２２ Ｃ＞Ｔを含み、ここでの１つまたは複数の遺伝子変異の染色体位置は、ＵＣＳＣ ｈｇ３８を基準として定義されたものである、実施形態７７の方法。
９８．投与するステップの前にアッセイで１つまたは複数の遺伝子変異の存在について対象を検査するステップをさらに含む、実施形態７７の方法。
９９．ＡｐｏＥ２対立遺伝子の遺伝子変異が、生殖細胞系変異である、実施形態７７の方法。
１００．ＡｐｏＥ４対立遺伝子の遺伝子変異が、生殖細胞系変異である、実施形態７７の方法。
１０１．がんエピトープを含む１つまたは複数のペプチドを含むがん治療剤を対象に投与するステップを含み、対象が、生殖細胞系ＡｐｏＥ４対立遺伝子バリアントを有すると判定される、実施形態７７の方法。
１０２．治療剤が、アジュバント療法、サイトカイン療法、または免疫調節療法のうちの１つまたは複数をさらに構成する、実施形態１０１の方法。
１０３．免疫調節療法が、ＰＤ１阻害剤、例えば、抗ＰＤ１抗体である、実施形態１０１または１０２の方法。
１０４．治療剤が、ＰＤ１阻害剤単剤療法を構成しない、実施形態１０１～１０３のいずれか１つの方法。
１０５．ＡｐｏＥ活性を促進する薬剤またはＡｐｏＥ活性を有する薬剤を投与するステップをさらに含む、実施形態７７の方法。
１０６．ＡｐｏＥ活性を阻害する薬剤を投与するステップをさらに含む、実施形態７７の方法。
１０７．がんが、膵臓細胞がんである、前記実施形態のいずれか１つの方法。
１０８．治療剤が、ワクチンを含む、前記実施形態のいずれか１つの方法。
１０９．治療剤が、少なくとも１つ、２つ、３つまたは４つの抗原性ペプチドを含むペプチドワクチンを含む、前記実施形態のいずれか１つの方法。
１１０．治療剤が、少なくとも１つ、２つ、３つまたは４つのネオ抗原性ペプチドを含むペプチドワクチンを含む、前記実施形態のいずれか１つの方法。
１１１．治療剤が、ペプチドをコードする核酸を含み、ペプチドが、ネオ抗原ペプチドである、前記実施形態のいずれか１つの方法。
１１２．治療剤が、１つまたは複数のチェックポイント阻害剤抗体と、ネオ抗原ペプチドを含むかまたはネオ抗原性ペプチドをコードする核酸を含むワクチンとを含む併用療法を構成する、前記実施形態のいずれか１つの方法。
１１３．クローン組成特性が、ワクチンを投与するステップの前の対象の末梢血試料から解析され、ワクチンが、少なくとも１つのペプチドを含むかまたはペプチドをコードするポリヌクレオチドを含み、がん治療剤が、ネオ抗原ワクチンと抗ＰＤ１抗体の組合せを含み、ネオ抗原ワクチンが、単独で抗ＰＤ１抗体を投与する期間の後に投与されるかまたは併用投与される、実施形態７０の方法。
（実施例１）
ＴＭＥシグネチャー解析の方法
この実施例および後続の実施例では、ニボルマブ（抗ＰＤ－１療法、免疫チェックポイント阻害剤）と組み合わせてネオ抗原ワクチンＮＥＯ－ＰＶ－０１で処置した黒色腫患者から腫瘍試料を採取し、持続的臨床効果があった対象および持続的臨床効果がなかった対象からのＴＭＥを同定した。ＮＥＯ－ＰＶ－０１は、長さ１４～３５アミノ酸の２０以下の固有のネオ抗原ペプチドの混合物で構成されている。ペプチドを各々５ペプチド以下の４つの群に一緒にプールし、投与時にアジュバントと混合した。ＮＴ－００１は、切除不能または転移性黒色腫、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、および膀胱の移行上皮癌（ＴＣＣ）に罹患している患者における、ニボルマブと併用でのＮＥＯ－ＰＶ－０１の第１Ｂ相試験（ＮＣＴ０２８９７７６５）である。末梢血（ＰＢＭＣ）試料および腫瘍試料の両方を、次の時点で患者から採取した（図１）。３つすべての腫瘍型からの腫瘍生検材料を、ｉ）処置の前（前処置、すなわち、ニボルマブ前０週目）、ｉｉ）ニボルマブ単剤療法の１２週間後（ワクチン前）、およびｉｉｉ）ＮＥＯ－ＰＶ－０１＋ニボルマブワクチン接種の完了後（ワクチン後）に採取した。
３つの白血球アフェレーシス試料を、０週目（処置前、ｐｒｅＴ）、１０週目（ワクチン接種前、ｐｒｅＶ）、および２０週目（ワクチン接種後、ｐｏｓｔＶ）に採取した（図１Ａ）。先ず、ＲＮＡを末梢血ＣＤ３＋Ｔ細胞から抽出し、Ｔ細胞受容体β鎖（ＴＣＲβ）シークエンシングに供した。本発明者らは、本発明者らが少なくとも１つの時点からの試料を持っていた、この試験における黒色腫患者３４名のうちの２１名からの合計５７の試料を解析した。患者１４名には持続的臨床効果（ＤＣＢ、ＰＦＳ≧９カ月と定義した）があり、７名にはなかった（腫瘍ステージ分類および追加の特性は、表Ｓ１で見られる）。
腫瘍生検材料を、免疫組織化学検査および標的遺伝子発現により、複数の免疫および腫瘍マーカーについて解析した。ＦＦＰＥブロックから抽出したＲＮＡに関する標的遺伝子発現解析を、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ（商標）ｎＣｏｕｎｔｅｒプラットフォームを使用して行なった。８００遺伝子の特別に用意されたセットは、免疫細胞集団のマーカー、細胞溶解性マーカー、免疫活性化および抑制のマーカー、ならびに腫瘍微小環境のマーカーを含んだ。肝要な免疫特徴の遺伝子シグネチャーを、ハウスキーピング遺伝子での正規化後に計算し、後続の解析に使用した。単一の生検材料の複数のブロックからの最大腫瘍含有量が（ＩＨＣにより判定して）２０％未満であった場合、その生検材料を、低腫瘍含有量、または＜２０％腫瘍と書き留めた。
患者特性
腫瘍生検材料の解析に使用した黒色腫患者は、あらゆる患者がデータ報告時に少なくとも１用量のＮＥＯ－ＰＶ－０１を受けていたＮＴ００１安全性コホートの一部であった。３６週間無増悪生存（ＰＦＳ）マイルストーンを達成した患者は、持続的臨床効果（ＤＣＢ）群に分類する。３６週間ＰＦＳマイルストーンを達成しなかった患者は、ＤＣＢなし群に分類する。表２Ａは、アウトカムに基づく患者の群分けを示す。表２Ｂは、ＮＴ００１研究のための患者コホートの人口統計学的特徴を示す。表２Ｃは、ＴＣＲ解析のための患者の年齢、性別および試料サイズに関するデータを提供し、ＤＣＢステータスも提供する。
Figure 2022524216000003
Figure 2022524216000004
Figure 2022524216000005
末梢試料フローサイトメトリー染色プロトコール：
患者ＰＢＭＣをＦＢＳに入れて解凍し、その後、Ｌｏｎｚａ Ｘ－ＶＩＶＯ １５培地で洗浄してＤＭＳＯから細胞を除去した。次いで、３０分間、培地中１：１０００希釈のベンゾナーゼを用いて３７℃で細胞を処理した。細胞を培地で洗浄し、Ｇｕａｖａ ｅａｓｙＣｙｔｅフローサイトメーターを使用して計数した。１試料当り２６細胞をフロー染色のために播種し、ＦＡＣＳ緩衝液（ＰＢＳ＋０．５％ＢＳＡ）で１回洗浄した。次いで、細胞を、上掲の表面染色抗体カクテルとともに３０分間、氷上でインキュベートし、その後、ＦＡＣＳ緩衝液で洗浄した。次に、２つの方法のうちの１つを（パネルに依存して）使用して、細胞内染色のために氷上で２０分間、細胞を固定し、透過処理した。Ｂ細胞パネルを使用して染色したすべての細胞は、ＢＤ ｃｙｔｏｆｉｘ／ｃｙｔｏｐｅｒｍキットを製造業者の使用説明書に従って使用して固定し、透過処理した。Ｔ細胞パネルを用いて染色したすべての細胞は、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ ＦＯＸＰ３染色緩衝液セットＦｉｘａｔｉｏｎ／Ｐｅｒｍｅａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ濃縮物および希釈剤を製造業者の使用説明書に従って使用して固定し、透過処理した。対応する透過処理洗浄緩衝液を製造業者の使用説明書に従って用いて、細胞を洗浄した。次いで、細胞を、細胞内抗体とともに、対応する透過処理洗浄緩衝液中で３０分間、氷上でインキュベートし、適切な透過処理洗浄緩衝液で洗浄し、その後、ＦＡＣＳ緩衝液での最終洗浄を行なった。ＢＤ ＬＳＲ Ｆｏｒｔｅｓｓａフローサイトメーターでの解析まで、ＦＡＣＳ緩衝液中、４℃で細胞を保管した。
Ｔ細胞パネル：ＢＤ ＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓからのＣＤ３ ＢＶ４２１（Ｓｋ７）、ＣＤ１９ ＡＰＣＣｙ７（７９１）、ＣＤ４ ＢＵＶ４９６（ＳＫ３）、ＣＤ８ ＢＵＶ８０５（ＳＫ１）、ＣＤ４５ＲＯ ＢＶ６０５（ＵＣＨＬ１）、ＣＤ４５ＲＡ ＡＦ７００（ＨＩ１００）、ＣＤ６２Ｌ ＦＩＴＣ（ＤＲＥＧ－５６）、ＣＤ２７ ＢＶ７１１（Ｍ－Ｔ２７１）、ＩＣＯＳ ＢＵＶ３９６（ＤＸ２９）、ＣＤ１３７ ＢＶ６５０（４Ｂ４－１）、ＣＤ６９ ＢＶ７８６（ＦＮ５０）、ＰＤ－１ ＢＶ５１０（ＥＨ１２．１）、ＣＤ２６ ＰＥＣＦ５９４（Ｍ－Ａ２６１）、ＣＤ２５ ＰｅｒＣＰＣｙ５．５（Ｍ－Ａ２５１）、ＣＴＬＡ４ ＰＥＣｙ５（ＢＮＩ３）およびＴＣＦ７ ＰＥ（Ｓ３３－９６６）；ＢｉｏＬｅｇｅｎｄからのＧａｍｍａ－９ ＡＰＣ（Ｂ３）；ＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎからのＦＯＸＰ３ ＰＥＣｙ７（ＰＣＨ１０１）およびＬｉｖｅ／Ｄｅａｄ ＡＰＣＣｙ７。
Ｂ細胞パネル：ＢＤ ＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓからのＣＤ１９ ＢＵＶ４９６（ＳＪ２５Ｃ１）、ＣＤ２０ ＢＵＶ８０５（２Ｈ７）、ＩｇＫ軽鎖ＡＦ７００（Ｇ２０－１９３）、ＣＤ１３８ ＰＥ（ＭＩ１５）、ＣＤ２７ ＢＶ７８６（Ｌ１２８）、ＩｇＤ ＢＶ６０５（１Ａ６－２）、ＣＤ１ｃ ＢＶ４２１（Ｆ１０／２１Ａ３）、ＩｇＭ ＢＵＶ３９６（Ｇ２０－１２７）、およびＣＤ２４ ＢＶ６５０（ＭＬ５）；ＢｉｏｌｅｇｅｎｄからのＣＤ３ ＦＩＴＣ（ＨＩＴ３ａ）、ＣＤ５６ ＦＩＴＣ（５．１Ｈ１１）、ＣＤ１４ ＦＩＴＣ（Ｍ５Ｅ２）、ＣＤ３８ ＢＶ７１１（ＨＩＴ２）、ＣＤ２６９ ＰＥＣＦ５９４（１９Ｆ２）、ＩｇＬ軽鎖ＰｅｒＣＰＣｙ５．５（ＭＨＬ－３８）、ＣＤ２２ ＢＶ５１０（ＨＩＢ２２）、ＣＤ２６７ ＡＰＣ（１Ａ１）、ＨＬＡ－ＤＲ ＰｅＣｙ５（Ｌ２４３）、およびＣＤ７９ａ ＰＥＣｙ７（ＨＭ４７）；ならびにＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎからのＬｉｖｅ／Ｄｅａｄ ＡＰＣＣｙ７。
（実施例２）
ＴＭＥ－ＴＩＳスコアは黒色腫患者におけるＤＣＢと関連付けられる（図２、左側を参照されたい）
この実施例では、腫瘍内の既存の、しかし抑制された、適応免疫応答の尺度となる、１８遺伝子ＴＩＳシグネチャーを、処置の前（処置前）、ニボルマブ単剤療法の１２週間後（ワクチン前）、およびＮＥＯ－ＰＶ－０１＋ニボルマブワクチン接種の完了後（ワクチン後）の黒色腫患者においてＤＣＢとＤＣＢなしとを比較することにより、調査した。図２（左側）に示す結果は、ＴＩＳシグネチャーが、ＤＣＢがある黒色腫患者ｄにおいて濃縮されることを示す。腫瘍突然変異量（ＴＭＢ）が黒色腫患者ではＤＣＢと関連付けられないことも認められた（図２、右側のパネル）。
（実施例３）
ＴＭＥシグネチャーと関連付けられるメモリーおよびエフェクターＴ細胞様ＴＣＦ７＋ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＤＣＢがある黒色腫患者において増加した
この例示的な研究では、あらゆる患者がデータ報告時に少なくとも１用量のＮＥＯ－ＰＶ－０１を受けていた、処置の前（処置前）、ニボルマブ単剤療法の１２週間後（ワクチン前）、およびＮＥＯ－ＰＶ－０１＋ニボルマブワクチン接種の完了後（ワクチン後）の腫瘍生検試料において、特異的Ｔ細胞シグネチャーを解析した（図３Ａ～３Ｂ）。ＤＣＢがある患者は、処置前の時点でＣＤ８＋Ｔ細胞遺伝子の発現が増加していた（図３Ａ）。
図３Ｂは、メモリーおよび／またはエフェクター様ＴＣＦ７＋ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャーが、ＤＣＢがある黒色腫患者において増加することを示す。メモリーおよび／またはエフェクター様ＴＣＦ７＋ＣＤ８ Ｔ細胞関連シグネチャーを、メモリー様および／またはエフェクター様表現型と一致する遺伝子を発現する、ならびに幹様転写因子ＴＣＦ７を発現する、ＣＤ８＋Ｔ細胞サブクラスターから導出した。この遺伝子シグネチャーのより高い発現は、ＤＣＢと関連付けられ、転移性黒色腫患者のアウトカムを予測する。ＤＣＢがある黒色腫患者は、ＤＣＢがない患者と比較して、腫瘍微小環境におけるＴＣ７＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の数の増加を明示した。
免疫組織化学検査を行なうと、データは、図３Ｂにおける研究結果と一致した（図４Ａ）。処置の前（処置前）、ニボルマブ単剤療法の１２週間後（ワクチン前）、およびＮＥＯ－ＰＶ－０１＋ニボルマブワクチン接種の完了後（ワクチン後）に、ＤＣＢがあるおよびＤＣＢがない患者において、ＣＤ８＋Ｔ細胞のマーカーであるＴＣＦ７と腫瘍細胞（Ｓ１００）とを同時に使用して、ＣＤ８＋Ｔ細胞におけるＴＣＦ７の発現を検査した。各コホートからの代表患者を示す。ＣＤ８＋ＴＣＦ７＋Ｔ細胞を白色矢印により指摘する。これらのマーカーに関する差が、処置前の時点ではＤＣＢ患者とＤＣＢなし患者間で明らかに異なることが、さらに観察された（図４Ｂおよび４Ｃ）。これは、ＮＥＯ－ＰＶ－０１＋ニボルマブの開始前のシグネチャーについてのその予測価値を強調する。
（実施例４）
より高いＴＭＥ Ｂ細胞シグネチャーは、黒色腫患者におけるＤＣＢと関連付けられる
さらなるアッセイでは、Ｂ細胞シグネチャーを、処置の前（処置前）、ニボルマブ単剤療法の１２週間後（ワクチン前）、およびＮＥＯ－ＰＶ－０１＋ニボルマブワクチン接種の完了後（ワクチン後）に、ＤＣＢ黒色腫患者とＤＣＢなし黒色腫患者間で比較した。ＤＣＢがある患者のほうが、Ｂ細胞シグネチャーおよびＢ細胞遺伝子発現が多い（図５Ａ）。
３つの時点すべてにわたって個々の患者レベルで解析した、ＩＧＫＣを含む、Ｂ細胞に関連する遺伝子を、図５Ｂに示す。ヒートマップは、遺伝子発現をｌｏｇ２スケールで示す。Ｂ細胞遺伝子発現は、アウトカムを予測するようである。より高いＢ細胞遺伝子発現を有する患者は、長期のＰＦＳも有する。Ｂ細胞遺伝子の発現はまた、処置により推進されるようであり、長期のＰＦＳがある患者には、処置後にＢ細胞遺伝子発現の増加がある。Ｂ細胞の存在は、患者アウトカムの改善と関連付けられることが明らかになったため、Ｂ細胞の存在を腫瘍における三次リンパ様構造と（実施例５で）関連付ける。
（実施例５）
ＴＭＥシグネチャーのうちの三次リンパ様構造（ＴＬＳ）と関連付けられる遺伝子は、ＤＣＢがある患者において増強される
ＴＬＳシグネチャーを、前述のように処置の前（処置前）、ニボルマブ単剤療法の１２週間後（ワクチン前）、およびＮＥＯ－ＰＶ－０１＋ニボルマブワクチン接種の完了後（ワクチン後）の生検材料で調査した。ケモカイン、サイトカインおよび細胞型を含む、三次リンパ様構造と関連付けられる遺伝子を使用して、ＴＬＳシグネチャーを計算した。
図６に示すように、ＤＣＢがある患者には、三次リンパ様構造の存在と関連付けられる遺伝子の発現の増加があった。比較研究では、ＴＬＳシグネチャーは、Ｂ細胞シグネチャーとよく相関した（図７）。多重免疫組織化学的解析（図８Ａ、８Ｃ）により、Ｂ細胞マーカーＣＤ２０＋、Ｔ細胞マーカーＣＤ３＋細胞、および腫瘍細胞（Ｓ１００）の存在が明示され、これらのすべてを同時に使用して、ＤＣＢがある患者およびＤＣＢがない患者において三次リンパ様構造を検査した。各コホートからの代表患者を図８Ａに示す。個々のＢ細胞およびＢ細胞のクラスターの存在を白色矢印により示し、Ｔ細胞を黄色矢印により示す（図８Ａ）。加えて、図５Ａ、８Ｂおよび８Ｃは、処置前にＤＣＢを示した対象とＤＣＢを示さなかった対象間にこれらのマーカーのレベルの正の差があることを示し、このことがマーカーの予測価値をさらに実証する。
（実施例６）
ＴＭＥシグネチャーのうちの細胞傷害性ＣＤ５６ｄｉｍ ＮＫ細胞と関連付けられる遺伝子発現は、ＤＣＢがある患者におけるほうが高い
代表ＮＫ細胞シグネチャーを、処置の前（処置前）、ニボルマブ単剤療法の１２週間後（ワクチン前）、およびＮＥＯ－ＰＶ－０１＋ニボルマブワクチン接種の完了後（ワクチン後）の腫瘍生検材料で調査した。細胞溶解性ＣＤ５６ｄｉｍ ＮＫ細胞と関連付けられる遺伝子の発現は、ワクチン後の時点でＤＣＢがある患者において増加する（図９）。このデータは、ＴＭＥ内での免疫応答におけるＮＫ細胞の役割を示す。
（実施例７）
ＭＨＣクラスＩＩシグネチャーは、黒色腫患者におけるＤＣＢと関連付けられる
代表ＭＨＣクラスＩＩシグネチャーを、処置の前（処置前）、ニボルマブ単剤療法の１２週間後（ワクチン前）、およびＮＥＯ－ＰＶ－０１＋ニボルマブワクチン接種の完了後（ワクチン後）の腫瘍生検材料で調査した。図１０Ａに示すように、ＤＣＢがある患者は、ＭＨＣクラスＩＩの発現がより多く、これは、処置前の時点でのＭＨＣクラスＩＩ遺伝子発現が、処置後のアウトカムおよびＴＭＥにおける発現増加を予測することを示す。
プロフェッショナル抗原提示細胞上でのＭＨＣクラスＩＩの発現は、ＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化につながり得る可能性があり、腫瘍細胞上でのＭＨＣクラスＩＩ発現は、ＣＤ４＋Ｔ細胞によるこれらの腫瘍細胞の認識を可能にすると思われる。ＭＨＣＩＩ発現細胞の免疫組織化学的検査で、ＤＣＢの代表腫瘍試料とＤＣＢがない代表腫瘍試料との間に顕著な差が認められた（図１０Ｂ）。腫瘍細胞上でのＭＨＣクラスＩＩ発現は、治療の奏効ならびに腫瘍におけるＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞の浸潤と関連付けられた。
（実施例８）
ＴＭＥシグネチャーのうちのＢ７－Ｈ３遺伝子発現は、ＤＣＢがない黒色腫患者において増加する
代表Ｂ７－Ｈ３遺伝子シグネチャーを、処置の前（処置前）、ニボルマブ単剤療法の１２週間後（ワクチン前）、およびＮＥＯ－ＰＶ－０１＋ニボルマブワクチン接種の完了後（ワクチン後）の腫瘍生検材料で調査した。図１１に示すように、抑制性リガンドＢ７－Ｈ３の発現は、ＤＣＢがない患者におけるほうが高い。Ｂ７－Ｈ３の過剰発現は、免疫抑制の一因となることが公知であり、予後不良と関連付けられる。
（実施例９）
ＮＥＯ－ＰＶ－０１ワクチンに伴う持続的臨床効果
本明細書におけるこの実施例では、予想外に高いＤＣＢを実証するＮＴ－００１臨床試験の結果を提供する。黒色腫患者（ｎ＝２３）は、３６週間無増悪生存（ＰＦＳ）を明示した（図１２Ａ）。しかしながら、加えて、患者数名にはさらなる増悪があり、５２～５５週間の間のＰＦＳを示す。患者１名は、８５週間を超えて増悪することが実証される。（図１２Ａ）。
ＮＴ－００１研究でのペプチド特異的応答の評定で、患者は、１人当りワクチンペプチドのおおよそ４０～６２％について陽性を明示した（図１２Ｂ）。おおよそ５～１２ペプチドが、患者において免疫応答を生じさせた。エピトープの約５５％が、ＩＦＮ－γ ＥＬＩＳｐｏｔにより測定して、少なくともＴ細胞応答を生じさせ、エピトープの約４２％が、ＣＤ４応答を生じさせ、エピトープの約２８％が、ＣＤ８応答を生じさせることが判明した。すべての患者が測定可能なｅｘ ｖｉｖｏでの免疫応答について陽性であることも観察された。免疫応答の持続性は、観察した黒色腫患者７名のうちの４名で少なくとも５２週間まで観察された。
ＤＣＢの評定のためにニボルマブ＋Ｎｅｏ－ＰＶ－０１ワクチンを投与した例示的な患者１名において免疫応答を追跡した。１７のうちの８個の免疫ペプチド（ＩＭ）への５日曝露は、患者においてワクチン接種後２０週間の時点および５２週間の時点で高いＩＦＮ－γ応答を誘発することが観察された（図１３Ａ）。ネオ抗原特異的ＣＤ４およびネオ抗原特異的ＣＤ８細胞の細胞溶解性および機能性マーカーを評価した（図１３Ｂ）。ＣＤ３、ＣＤ４およびＰＤ１＋細胞でゲートすると、ネオ抗原特異的細胞は、高レベルのＩＦＮ－γおよびＣＤ１０７ａ両方を発現することが観察された。
Ｎｅｏ－ＰＶ－０１ワクチン処置患者の試料の検査で、ペプチドテトラマー特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が２０週目の患者の血液において観察された（図１４Ａ）。加えて、ネオ抗原（突然変異ＲＩＣＴＯＲエピトープに相当する）特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）が、ワクチン後２０週間の時点で腫瘍において検出された（図１４Ｂ）。処置前に得た患者からのＰＢＭＣで刺激し、ＲＩＣＴＯＲ突然変異体特異的ＴＣＲを用いて形質導入した、Ａ３７５－Ｂ５１－０１細胞は、カスパーゼ３活性化の高いパーセンテージを示した。これは、ネオ抗原特異的ＴＣＲの高い活性化および細胞溶解能を示す（図１４Ｃ）。
生検材料からの独立した病理学再調査によるＨ＆Ｅ分析を各時点で行なった。図１５に示すように、処置前試料ではＤＣＢの代表スコアとＤＣＢなしの代表スコアを区別することができなかった。ワクチン前試料は、ニボルマブでの１２週間の処置を受けた患者における腫瘍の組織学的評価に対応する。単独でのニボルマブ処置を受けたＤＣＢ患者においても腫瘍低減を認識できないことは、そのような患者の検査から明らかであった（中央のパネル、図１５）。しかし、ワクチン後の群では、組織学的検査によって、ワクチン処置患者においてＤＣＢなし患者でのおおよそ４０％またはそれを超える値と比較して高い腫瘍低減度（約２０％への低減）が実証された。最低限１～５つの生検材料を各時点で入手し、結果を平均＋／－ＳＥＭとして表した。
これらの研究は、ネオ抗原特異的ワクチンが、ＤＣＢがある患者において、長期であり、高い腫瘍低減度の最終読み出し情報を伴う、特異的ＤＣＢを誘導することを実証する。驚くべきことに、本明細書に記載の特異的ネオ抗原ワクチンでの処置は、この研究の時点での黒色腫の標準ケア療法であるニボルマブよりも優れているようである。
加えて、本明細書に記載するＤＣＢのマーカーが、実際の腫瘍低減およびこの疾患の病態生理学的寛解と高い相関度で強く相関することは、明らかであった。
（実施例１０）
末梢血単核細胞の解析からのＮＥＯ－ＰＶ－０１での処置の予測バイオマーカー
この実施例では、とりわけ、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の免疫表現型判定からのバイオマーカーの同定を例証する。加えて、同定されたバイオマーカーが、予測バイオマーカーであり得ることを示す。
黒色腫のＮＴ００１臨床試験に登録した患者、ＮＴ００１研究に登録した肺および膀胱患者から、ＰＢＭＣを単離した。単離された細胞を用いて、蛍光活性化細胞選別、およびＦｌｏｗＪｏソフトウェアでのその後の解析を使用して、免疫表現型判定を行なった。ＮＴ００１研究に登録した黒色腫、肺および膀胱患者のサブセットでバイオマーカーを訓練した。これらバイオマーカーを、（１）訓練に使用しない、試験からの患者のサブセット、および／または（２）後続の臨床試験における／からの患者で評価することができる。これらのバイオマーカーは、将来の患者登録のための組み入れもしくは除外基準として使用することができ、および／または処置の過程にわたっての患者の分子応答を特徴付けることができる。
末梢試料フローサイトメトリー染色プロトコール：
患者ＰＢＭＣをＦＢＳに入れて解凍し、その後、Ｌｏｎｚａ Ｘ－ｖｉｖｏ培地で洗浄してＤＭＳＯから細胞を除去した。次いで、３０分間、培地中１：１０００希釈のベンゾナーゼを用いて３７℃で細胞を処理した。細胞を培地で洗浄し、Ｇｕａｖａ ｅａｓｙＣｙｔｅフローサイトメーターを使用して計数した。１試料当り２×１０６細胞をフロー染色のために播種し、ＦＡＣＳ緩衝液（ＰＢＳ＋０．５％ＢＳＡ）で１回洗浄した。次いで、細胞を表面染色抗体カクテルとともに３０分間、氷上でインキュベートし、その後、ＦＡＣＳ緩衝液で洗浄した。次に、２つの方法のうちの１つを（パネルに依存して）使用して、細胞内染色のために氷上で２０分間、細胞を固定し、透過処理した。Ｂ細胞および骨髄性細胞パネルを使用して染色したすべての細胞を、ＢＤ Ｃｙｔｏｆｉｘ／Ｃｙｔｏｐｅｒｍキットを製造業者の使用説明書に従って使用して固定し、透過処理した。Ｔ細胞パネルを用いて染色したすべての細胞は、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ ＦＯＸＰ３染色緩衝液セットＦｉｘａｔｉｏｎ／Ｐｅｒｍｅａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ濃縮物および希釈剤を製造業者の使用説明書に従って使用して固定し、透過処理した。対応する透過処理洗浄緩衝液を製造業者の使用説明書に従って用いて、細胞を洗浄した。次いで、細胞を細胞内抗体とともに、対応する透過処理洗浄緩衝液中で３０分間、氷上でインキュベートし、適切な透過処理洗浄緩衝液で洗浄し、その後、ＦＡＣＳ緩衝液での最終洗浄を行なった。ＢＤ ＬＳＲ Ｆｏｒｔｅｓｓａフローサイトメーターでの泳動まで、ＦＡＣＳ緩衝液中、４℃で細胞を保管した。ＦｌｏｗＪｏバージョン１０．５．０を使用して、解析を行なった。図１６Ｉｉ～ｉｉは、示されている細胞のフローサイトメトリーの例示的なゲーティング戦略を示す。
ナイーブＢ細胞を、ＣＤ５６－、ＣＤ３－、ＣＤ１４－、ＣＤ１９＋、ＩｇＤ＋およびＣＤ２７－である生存単個細胞としてゲートした。形質細胞様ＤＣ（ｐＤＣ）を、ＣＤ３－、ＣＤ１９－、ＣＤ５６－、ＣＤ１４－、ＣＤ１１ｃ－、ＣＤ１２３＋およびＣＤ３０３＋である生存単個細胞としてゲートした。
結果：
処置前および治療２０週間後のナイーブＴ細胞の解析は、ＮＴ００１研究に登録した黒色腫患者におけるＤＣＢにより判断して、処置前にナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャーがより高い対象が不良なアウトカムと関連付けられることを示した（図１６Ａ）。
３つの時点からの黒色腫患者からのＰＢＭＣを、マーカーＣＤ６２ＬおよびＣＤ４５ＲＡの発現により定義されるナイーブＴ細胞マーカーについて、免疫表現型判定した（図１６Ａ、上部中央のパネル）。処置の開始後９カ月の無増悪生存により定義される持続的臨床効果を受ける患者は、増悪した患者と比較したとき、３つすべての時点にわたって、より高いエフェクターメモリーＴ細胞レベル（図１６Ａ、下部左側のパネル）およびより低いナイーブＴ細胞レベル（図１６Ｂ、右側のパネル）を有した。対象からの末梢血試料のＰＢＭＣ中のナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞数の全ＣＤ８＋Ｔ細胞数に対する比を、上で説明したようにフローサイトメトリーにより判定した。ニボルマブ単独でのまたはニボルマブとネオ抗原ワクチンでの処置時にＤＣＢを実証した対象は、処置前に約２０％（２０：１００）またはそれ未満のナイーブＣＤ８＋：ＣＤ８＋Ｔ細胞比を有した。加えて、処置が、単独でのニボルマブであったのか、またはニボルマブとネオ抗原ワクチンであったのかを問わず、処置の前のより低いナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞計数値は、ＤＣＢと関連付けられ、逆に、処置前のより高いナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞計数値は、ＤＣＢなしと関連付けられた。したがって、処置前の末梢血試料における全ＣＤ８＋Ｔ細胞の２０％未満のＣＤ８＋ナイーブＴ細胞パーセントは、図１６Ａの下部右側のパネル）に示すように、ＤＣＢと関連付けられる。
患者の免疫系の状態、およびそれが患者に対する処置の奏効にどのように関係するのかをよりよく理解するために、患者の末梢血Ｔ細胞受容体レパートリーの様々な特徴を数値化した。この解析では、「ジニ計数」と呼ばれる係数を、患者の処置前ＰＢＭＣに関して計算した。この係数は、０と１の間の数を使用する集団内分布のパラメーターであり、０は、完全クローン型（ｃｌｏｎａｌ ｔｙｐｅ）分布を表し、１は、１つのクローン型（ｃｌｏｎｏｔｙｐｅ）が全集団の大半を占める場合を表す。この解析では、０は、すべてのＴ細胞ＣＤＲ３アミノ酸クローン型が同じ頻度で見られる場合を表し、１は、１つのクローンがレパートリーの大半を占める場合を表す。持続的臨床効果があった患者には、持続的臨床効果がない患者と比較してジニ係数の増加があった。これは、レパートリーのより非対称な頻度分布が、処置の奏効と関連付けられることを示す（図１６Ｂ）。
ＰＢＭＣ中の低いナイーブＢ細胞レベルは、ＤＣＢと関連付けられた（図１６Ｃ）。逆に、処置前のより高いナイーブＢ細胞レベルは、単独でのニボルマブまたはネオ抗原ワクチンとニボルマブという２つの異なる治療レジメンを使用することによるＤＣＢの欠如と関連付けられた。対象からの末梢血試料のＰＢＭＣ中のナイーブＢ細胞数の全ＣＤ１９＋細胞（汎Ｂ細胞マーカー）数の比を、上で説明したようにフローサイトメトリーにより判定した。処置前に判定されたこの場合の７０％（７０：１００）未満の値は、３６週間の時点でのＤＣＢと関連付けられた。
３つの時点からの黒色腫患者からのＰＢＭＣを、ＣＤ１９陽性Ｂ細胞上のマーカーＩｇＤおよびＣＤ２７の発現により定義されるクラススイッチしたＢ細胞について、免疫表現型判定した（図１６Ｄ、上部のパネル）。処置の開始後９カ月の無増悪生存により定義される持続的臨床効果を受ける患者は、増悪した患者（ＤＣＢなし）と比較したとき、３つすべての時点にわたって、より高い、クラススイッチしたメモリーＢ細胞レベルを有した（図１６Ｄ、下部のパネル）。
治療レジメンからの持続的臨床効果を受ける黒色腫患者では、受けない者と比較して、処置前の時点で腫瘍微小環境においてより多くの機能性ＢＣＲ Ｉｇ ＣＤＲ３配列（観察された固有の配列の数とＣＤＲ３配列の総数の両方の点で）が、観察された（図１６Ｅ）。これらのＣＤＲ３配列を、ＭｉＸＣＲを使用して、処置前腫瘍生検材料からのショートリードＲＮＡ－ｓｅｑデータから構築し直した。
３つの示されている時点からのＮＳＣＬＣ患者からのＰＢＭＣを、Ｌｉｎ－／ＣＤ１１ｃ－細胞上の形質細胞様ＤＣマーカーの発現について、免疫表現型判定した（図１６Ｆ、上部のパネル）。図１６Ｆは、ＰＢＭＣ中の低い形質細胞様樹状細胞（ＤＣ）レベルがＤＣＢと関連付けられたことを示す。逆に、ＰＢＭＣ中のより高い形質細胞様ＤＣは、２つの異なる治療レジメンを使用することによるＤＣＢの欠如と関連付けられた。図１６Ｆの下部のパネルに示すように、３６週間の時点でのＤＣＢがある対象からの末梢血試料は、３：１００もしくはそれ未満であるか３：１００未満である、形質細胞様樹状細胞の全Ｌｉｎ－／ＣＤ１１ｃ－細胞に対する比を有する。ニボルマブ処置、またはニボルマブ療法との組合せでのネオ抗原ワクチン、両方に関して、ＤＣＢなし群の平均形質細胞様ＤＣは、処置前と比較して２０週間の時点で軽度の低減傾向を示したが、ＤＣＢ対象ではレベルが実質的に変化しない。この観察は、形質細胞様ＤＣレベルが、免疫チェックポイント阻害剤での処置およびネオ抗原ワクチンとの併用療法により影響され得るが、それにもかかわらず、処置前の高い形質細胞様ＤＣレベルが、処置奏効不良の指標であることを示す。
３つの示されている時点からのＮＳＣＬＣ患者からのＰＢＭＣを、ＣＤ４陽性Ｔ細胞上の免疫サプレッサーマーカーＣＴＬＡ４の発現について、免疫表現型判定した（図１６Ｇ、上部のパネル）。処置の開始後９カ月の無増悪生存により定義される持続的臨床効果を受ける患者は、増悪した患者（ＤＣＢなし）と比較したとき、処置前の時点でＣＤ４陽性Ｔ細胞上のより低いＣＴＬＡ４レベルを有した（図１６Ｇ、下部のパネル）。
３つの示されている時点から膀胱患者のＴＣＣからのＰＢＭＣを、マーカーＣＤ４５ＲＯおよびＣＤ４５ＲＡの発現により定義されるナイーブおよびメモリーＴ細胞マーカーについて、免疫表現型判定した（図１６Ｈ、上部のパネル）。処置の開始後６カ月の無増悪生存により定義される持続的臨床効果を受ける患者は、特にワクチン後の時点で増悪した患者と比較したとき、より高いメモリーＴ細胞レベルを有した（図１６Ｈ、下部のパネル）。このマーカーは、処置後のワクチン効果を評価するための機構マーカーとして使用することができるだろう。
上で論じた結果は、対象に関する処置アウトカムを、処置前にこれらの細胞型の定量的解析を行なうことにより予測することができることを示す。ＤＣＢ患者とＤＣＢなし患者の間の各細胞型のパーセンテージの明らかな差異のため、細胞パーセンテージに基づいてアウトカムを推測することも可能である。
他のパラメーターを、ＤＣＢの末梢血シグネチャーについて同様に評価中である。これらのパラメーターは、
（ａ）ＣＤ４：ＣＤ８ Ｔ細胞比、
（ｂ）エフェクターメモリーＴ細胞ならびにナイーブＣＤ４およびＣＤ８ Ｔ細胞サブセットの割合、
（ｃ）Ｔ調節性細胞の割合、
（ｄ）Ｔ細胞ＰＤ１発現、
（ｅ）Ｔ細胞ＣＴＬＡ－４発現、
（ｆ）ガンマ－デルタＴ細胞の割合、
（ｇ）ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ３３＋骨髄系細胞の割合、
（ｈ）単球の割合、
（ｉ）ＣＤ１１ｃ＋ＤＣの割合、
（ｊ）ＣＤ１４１＋ＣＬＥＣ９Ａ＋ＤＣ、
（ｋ）形質細胞様ＤＣの割合、
（ｌ）ＮＫ細胞（活性化／抑制性受容体発現およびパーフォリン／グランザイムＢ発現を含む）の割合、および
（ｍ）Ｂ細胞の割合
を含むが、これらに限定されない。
（実施例１１）
ニボルマブおよびネオ抗原性ペプチドで処置した黒色腫コホートにおけるＡｐｏＥバリアント
ＡｐｏＥバリアントは、ネオ抗原性ペプチドと組み合わせてニボルマブを用いる進行中の臨床試験の黒色腫コホートにおいて病変のサイズと関わる。図１７に示すように、対象を、彼らがＡｐｏＥ２ヘテロ接合性であるのか、ＡｐｏＥ４ヘテロ接合性であるのか、ＡｐｏＥ４ホモ接合性であるのか、ＡｐｏＥ３ホモ接合性であるのかに基づいて、カテゴリー分けする。ＡｐｏＥ３ホモ接合性対立遺伝子が、参照対立遺伝子である。各々の折れ線グラフは、標的病変の和の変化％を表し、病変の増加は、ベースラインより上の値として示され、病変の減少は、ベースラインより下に示されている。上述のことから、ＡｐｏＥ４は、保護バリアントであることが分かり、ＡｐｏＥ４バリアントについてホモまたはヘテロ接合性である対象には、彼らのベースライン腫瘍病変サイズ、または治療の過程にわたっての病変サイズの変化から判断して、経時的にニボルマブ＋ネオ抗原性ペプチドが確実に奏効する。同様の研究が、肺および膀胱がんコホートにおいて進行中である。
（実施例１２）
ペムブロリズマブ単独で処置した黒色腫コホートにおけるＡｐｏＥバリアント
この例示的な研究では、ペムブロリズマブ（抗ＰＤ１療法、チェックポイント阻害剤）黒色腫コホートを対象にした臨床試験からのデータを、ＡｐｏＥ保護バリアントの評価（Hugo et al., 2016, Cell165, 35-44）について解析し直した。この研究では、対象をチェックポイント阻害剤ペムブロリズマブで処置した。表３に提示するデータで示されるように、治療剤が抗ＰＤ１単剤療法である場合に処置アウトカムとの特異的な相関関係を示すＡｐｏＥ遺伝子バリアントはない。
Figure 2022524216000006
Figure 2022524216000007
（実施例１３）
ＴＣＲレパートリープロファイリングおよびＤＣＢ
総合的な末梢解析が、ＮＴ－００１臨床試験（ＮＣＴ０２８９７７６５）においてニボルマブと組み合わせた個別化ネオ抗原がんワクチン（ＮＥＯ－ＰＶ－０１）の黒色腫患者への奏効の予測力を伝えるかどうかを評価するために、患者のＴＣＲレパートリー特徴、および免疫細胞の亜集団の頻度を解析した。
ネオ抗原ワクチン試験ＮＴ－００１（ＮＣＴ０２８９７７６５）の黒色腫コホートに登録した患者に、個別化ネオ抗原ワクチンＮＥＯ－ＰＶ－０１と組み合わせたニボルマブを投与した（図１８）。３つの白血球アフェレーシス試料を、０週目（ｐｒｅＴ＝処置前（ニボルマブ前０週目））、１０週目（ｐｒｅＶ＝ワクチン投与前）および２０週目（ｐｏｓｔＶ＝ワクチン投与後）に採取した。
ペアエンド生シークエンシングｆａｓｔｑファイルを用いて、ＭｉＸＣＲ（バージョン３．０．１２）のライセンスを受けたコピーを実行することにより、ＴＣＲレパートリーを生成した。パラメーターは、種の明細（ヒト、ｈｓａ）、出発材料（ＲＮＡ）、アダプターなしの５’および３’プライマー（それぞれ、ｖおよびｃプライマー）、ならびにＴＣＲβ鎖（ｔｒｂ）の検索を含んだ。
非機能性配列（アウトオブフレーム配列、または停止コドンを含有するもの）の除去によるフィルター処理をＴＣＲβ ＣＤＲ３クローン型に対して行なった。全計数値のうちの各クローンについてのクローン計数値に基づいてクローン頻度を計算した。
末梢血試料の解析：単離されたＴ細胞ＲＮＡを、ＴＣＲベータ鎖遺伝子座を標的とするアームＰＣＲ、およびＴＣＲシークエンシングに供した。患者２１名からの６５の試料をＴＣＲレパートリーのクローン組成特性について解析した。頻度分布の非対称性について試験するために、ＴＣＲ同一性および頻度のデータセットを各時点でレパートリーワイドなクローン性パラメーターについて検定した。ＤＥ５０、ジニ係数、シャノンエントロピー、ローレンツ曲線、ならびに固有のヌクレオチドおよびアミノ酸相補性決定領域３（ＣＤＲ３）の数を計算して、ＴＣＲ同一性および頻度とＤＣＢステータスとの相関関係を検定した（図１９Ａおよび１９Ｂ）。
ＴＣＲレパートリー多様性／クローン性解析：クローンサイズ－呼称（図２０Ａ、図２０Ｂおよび図２０Ｃ）は、次の通りのクローン頻度、Ｆｉに基づいた：希少（Ｆｉ＜１×１０－６）、小（１×１０－６≦Ｆｉ＜１×１０－５）、中（１×１０－５≦Ｆｉ＜１×１０－４）、大（１×１０－４≦Ｆｉ＜１×１０－３）、および超大型（１×１０－３≦Ｆｉ）。ヌクレオチド（ｎｔ）／アミノ酸（ａａ）ＴＣＲβ ＣＤＲ３の固有の数を、試料ごとに計算した。全体的な多様性／クローン性係数を以下の通り計算した：
・ＤＥ５０－ａａ ＣＤＲ３クローン型を、それらの頻度に基づいて降順で並べ替えた。この並べ替えた頻度ベクターの累積頻度を計算した。０．５０に等しいまたはそれより大きい第１のランク値を、固有のａａ ＣＤＲ３クローン型の総数で割って、ＤＥ５０を得た。例えば、レパートリーの最も頻度の高い４０（しかし３９ではない）クローンが、１０００クローンからなるそのレパートリー中のクローンの全計数値の５０％をカバーする場合、ＤＥ５０値は０．０４となる。
・ジニ係数－０（すべてのクローンの頻度が等しい－レパートリー多様性）と１（１つのクローンが大半を占める頻度、レパートリークローン性）の間の範囲。「ＤｅｓｃＴｏｏｌｓ」Ｒパッケージからの「Ｇｉｎｉ」関数を使用して計算した。
・シャノンエントロピー－値が高いほど、表す頻度の不平等性が高い。「ＤｅｓｃＴｏｏｌｓ」Ｒパッケージからの「Ｅｎｔｒｏｐｙ」関数を使用して計算した。
・ローレンツ曲線－ＤＥ０～ＤＥ１００の間の連続曲線以外、ＤＥ５０と同様に推定する。「ＤｅｓｃＴｏｏｌｓ」Ｒパッケージからの「Ｌｃ」関数を使用して計算した。
・平方和－平方和測定値を、各々二乗したａａ ＣＤＲ３クローン型の頻度の合計として計算する。
これらのパラメーターは、３つすべての時点でＤＣＢ患者における末梢Ｔ細胞レパートリーのクローン性の増加を示した。ＴＣＲレパートリーパラメーターと患者の年齢、性別、ＴＭＢなどとの同様の比較は、相関関係がないことを示した（データを示さない）。考え合わせると、これらのデータは、ＮＴ－００１黒色腫患者の末梢ＴＣＲレパートリークローン性が、処置開始の前でさえＤＣＢ患者では増加し、処置成功の最小侵襲性バイオマーカーとしての役割を果たすことができることを示した。有意性を確立するために、ＤＣＢの各サイズ－呼称／カテゴリーにおけるクローンの分率を、各時点で個々にＤＣＢなし患者と比較した（図２０Ａ、２０Ｂおよび２０Ｃ）。興味深いことに、ｐｒｅＴ＝処置前（ニボルマブ前０週目）およびｐｒｅＶ＝ワクチン投与前）では各サイズ－呼称／カテゴリーは、ＤＣＢステータスの有意な予測子を表すようであるが、ｐｏｓｔＶ＝ワクチン投与後では超大型カテゴリーのみが有意差を示す。これらの結果は、ＤＣＢがある患者では、より小さいクローンを犠牲にしてより大きいクローンの割合が増加し、特に、超大型クローンが濃縮されることを示す。さらに、同様の差が、ＨＤとＤＣＢがある患者との間で検出されたが、ＤＣＢがない患者との間では検出されなかった。
ローレンツ曲線の解析（図２１Ａおよび２１Ｂ）は、ＤＣＢ患者試料ではＣＤＲ３配列のより高度な不平等性への明確な傾向を示し、ＤＣＢなし患者試料では示さない。
ジェンセン・シャノン・ダイバージェンス（ＪＳＤ、図２２Ａ）により測定して、ターンオーバー率を検定した。結果は、ターンオーバー率もＤＣＢステータスと相関したことを示す（図２２Ｂ）。各レパートリーにおける最も頻度の高いクローン（レパートリーの上位２０％をカバーする）を解析するために、ｐｒｅＶ（ワクチン投与前）およびｐｏｓｔＶ（ワクチン接種後）時点のＪＳＤを、両方ともｐｒｅＴ＝処置前（ニボルマブ前０週目）と比較して、測定した。両方の比較は、ＤＣＢ患者のほうが有意に低いＪＳＤ値を明示した。これは、Ｔ細胞クローンのより低いターンオーバー率を示す。一部の患者での長期間の観察の結果を示す（図２２Ｃ）。これらの差は、計算に使用したレパートリーの分率を問わず有意なままである。注目すべきことに、ＤＣＢ患者のレパートリーは、ｐｒｅＴ＝処置前（ニボルマブ前０週目）とｐｒｅＶ（ワクチン接種前）時点間ばかりでなく、ｐｒｅＴ＝処置前（ニボルマブ前０週目）とｐｏｓｔＶ（ワクチン接種後）時点間でも安定したままであり、これに対して、ＤＣＢなし患者のレパートリーは、変化し続ける。
レパートリー安定性をさらに特徴付けるために、３つすべての時点間の重複部分を、図２３Ａに描いたようにベン図を使用して検定した。１時点のみで検出されたクローンの累積頻度（Ａ、Ｂ、Ｃ）を図２３Ｃに示し、２つの時点で検出されたクローンの累積頻度（Ｄ、Ｅ、Ｆ）を図２３Ｄに示し、３つすべての試料に見られた持続性クローン（セグメントＧ）を図２３Ｂに示す。この解析は、持続性Ｔ細胞クローンの累積頻度（セグメントＧにおける）が、１時点でのみ検出されたクローン（セグメントＡ、Ｂ、Ｃ、図２３Ｃ）を犠牲にしてＤＣＢ患者では有意に増加する（図２３Ｂ）ことを示した。重要なこととして、ＤＣＢ患者とＤＣＢなし患者間でセグメントＧにおける固有のクローンの数に有意差は検出されなかった（図２３Ｆ）。
持続するクローンの累積頻度（セグメントＧ）がＤＣＢ患者では増加し、これは、より大きいクローンを有することに起因し、より多くのクローンを有することに起因しない。このことを、ＤＣＢおよびＤＣＢなしクローンにおける固有のアミノ酸の解析によってさらに確認した（図２３Ｆ）。
ＤＣＢ患者とＤＣＢなし患者とを比較して、同様の数の固有の持続性クローンと異なる累積頻度を有するこれらのクローンとの相違は、レパートリークローン性の差を示唆する。この仮説を直接検定するために、ジニ係数と持続性クローンの累積頻度との関連性を検定した。セグメントＧクローンの累積頻度と強い正の相関が見られた（図２３Ｇ）。これは、レパートリークローン性とレパートリー安定性が関係付けられることを示す。ＴＣＲクローン性（ジニ係数）と１時点でのみ検出されたクローンの累積頻度とを比較すると、傾向は逆転する。
末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）におけるセグメントＧクローンの累積頻度と免疫細胞亜集団の頻度とを比較した。フローサイトメトリーを使用して、Ｔ細胞およびＢ細胞集団に焦点を合わせて本発明者らのＰＢＭＣを表現型判定した。患者全体にわたって、セグメントＧクローンの累積頻度とエフェクター－メモリー／メモリーＣＤ８＋およびＣＤ４＋Ｔ細胞の頻度とに強い正の相関が見られ、ナイーブＴ細胞区画とは逆の傾向が見られた（図２３Ｈ）。これらのデータは、ＣＤ８、ＣＤ４およびＢ細胞のメモリーまたはエフェクター－メモリー表現型が、安定性の増加と相関する一方で、逆のことが、ナイーブ表現型に当てはまることを示す。ＴＣＲβ ＣＤＲ３シークエンシングからのＢ細胞表現型についての洞察を収集することができることは、本発明者らの患者の免疫系の状態の全体としての把握を促進する。肝臓、および腎機能アッセイ（ＡＬＴ－ＳＧＰＴ、ＡＳＴ－ＳＧＯＴ、クレアチニン）、ヘモグロビン濃度および赤血球（ＲＢＣ）計数値（図２４Ａ、上部）、ならびにさらなる化学パネル（グルコース、カリウムなど）を含む、ＤＣＢ患者およびＤＣＢなし患者からの臨床検査室結果間の差を含む、さらなる系統的測定を行なった。これらの測定値の一部は、ＴＣＲレパートリーのクローン性および安定性と強く相関した（図２４Ａ、下部）。これらの研究結果は、これらの黒色腫患者の免疫系の状態が多数の測定可能な手段で表されるという考えをさらに支持した。ＴＣＲβシークエンシングクローン性特徴、末梢ＣＤ４およびＣＤ８ Ｔ細胞ならびにＢ細胞の表現型判定、および臨床検査室結果を含む、試験の３つすべての時点で各患者から測定された４０を超える特徴を、蓄積した。次に、ベースライン（処置前）に行なった測定がＤＣＢを予測できるかどうか検査した。これらすべての特徴の次元を削減し、それらからシグナルを取り出すために、最も強い変動があるそれらの軸に沿ったデータを表すことを模索する教師なしの次元削減アルゴリズムである、主成分分析（ＰＣＡ）を使用した。ＴＣＲレパートリー解析、ＰＢＭＣの免疫表現型判定、または臨床検査室結果のいずれかからベースラインで得た選択測定値を、１つの行列に集約した。この行列を中心に据え、規模を調整し、「ｓｔａｔｓ」ＲパッケージからのＲ関数「ｐｒｃｏｍｐ」を使用してＰＣＡを計算した。負荷量、すなわち、異なる測定値のＰＣ１への寄与量を、回転行列から読み出した（図２４Ｄ）。患者のＰＣ１＜０またはＰＣ１＞０に属する者としてのカテゴリー分類に基づいて、カプラン・マイヤー解析を行なった。「ｓｕｒｖｉｖａｌ」Ｒパッケージからの「ｓｕｒｖｆｉｔ」関数を使用して計算を行ない、「ｓｕｒｖｍｉｎｅｒ」Ｒパッケージからの「ｇｇｓｕｒｖｐｌｏｔ」関数を使用してプロットした。ログ比検定を使用してＰ値を計算し、単変量コックス比例ハザード回帰モデルを使用してハザード比（hazard-ration）を計算した。この解析を、ベースラインで得た末梢測定値の異なるセットを各々が含む、複数の手法で行なった。
本発明者らの患者から測定されたすべてのベースライン特徴を用いてアルゴリズムを実行した。重要なこととして、このアルゴリズムには、ＤＣＢ患者／ＤＣＢなし患者の臨床ステータスについての標識が備えられていなかった。削減された次元の最も有意な２つの軸（ＰＣ１およびＰＣ２）に沿って患者をプロットしたとき、アルゴリズムが、ＰＣ１に沿ってＤＣＢ患者とＤＣＢなし患者を分離することは明らかであった（図２４Ｂ）、（表４Ａおよび４Ｂ）。１１名すべての健康なドナー（ＨＤ）と共有されるクローンの各患者における分率をＰＣ１スコアに対してプロットした（図２４Ｃ）。１１名すべてのＨＤと共有されるクローンをパブリッククローンと定義し、レパートリーのうちのこれらのクローンの割合をパブリック性と定義した。パブリック性の増加を示す患者は、有意により低いＰＣ１値を有する。
ＰＣ１＜０である患者（柄の付いた矢印）の、ＰＣ１＞０である患者（鈍矢印）に対する、ＰＦＳのカプラン・マイヤー曲線（図２５）。有意な改善が、ＰＣ１陽性患者のＰＦＳに見られた。
腫瘍試料の解析：
患者からの生検試料を、原料としてＲＮＡを使用して、ｉＲｅｐｅｒｔｏｉｒｅ標的ＴＣＲアッセイ、または処置前のＰｅｒｓｏｎａｌｉｓ ＲＮＡｓｅｑ、およびＭｉｘＣＲシークエンシング解析、どちらかを使用して解析した。図２６に示す結果は、腫瘍からの、固有のアミノ酸を含有するＣＤＲ３／ＴＣＲの、計数値を示す。この図は、ＤＣＢ患者試料においてより多くのクローンが検出されたことを示さない。
ＭｉｘＣＲ Ｐｅｒｓｏｎａｌｉｓ ＲＮＡ－ｓｅｑクローン検出とｉＲｅｐ末梢血レパートリーとで共有されたクローンの数を、ベン図領域により解析した。セグメントＧは、重複量が最も多いようである（図２７）。
図２８は、腫瘍周辺における腫瘍クローン頻度の追跡からのデータを示す。各々の線が患者１名からのデータを表す。
まとめると、ＤＣＢなし患者と比較してＤＣＢ患者における有意に高いＴＣＲレパートリークローン性および安定性レベルが検出され、これらの特徴とＴ細胞メモリー表現型との強い正の相関関係が検出された。加えて、それらがＢ細胞メモリー表現型についても見られたことは、驚くべきことであった。解析した特徴の主成分分析（ＰＣＡ）によって、処置前データからのＤＣＢステータスの判定を可能にする、強い予測力が得られた。全体として、これらの結果は、処置成功のために重要ないくつかの末梢特徴には、Ｔ細胞およびＢ細胞区画にわたってでさえ、相関性があり、したがって、ＤＣＢ患者とＤＣＢなし患者とを区別する基本的な本来の免疫健康状態を指し示す可能性があることを示す。
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Figure 2022524216000009

Claims (113)

  1. 腫瘍に罹患している患者を処置する方法であって、
    （ａ）前記患者から採取された試料が、前記患者が第１の治療剤に対して抗腫瘍応答を示す可能性が高いことを予測するバイオマーカーについて、陽性であるのかまたは陰性であるのかを、判定するステップであって、前記第１治療剤が、（ｉ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｉｉ）前記１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｉｉｉ）前記１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは前記１つもしくは複数のペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｉｖ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の前記１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む、ステップ、および
    （ｂ）前記バイオマーカーが存在した場合、前記第１の治療剤を含む治療レジメンで前記患者を処置するステップ、または前記バイオマーカーが非存在であった場合、前記第１の治療剤を含まない治療レジメンで前記患者を処置するステップであって、前記バイオマーカーが、腫瘍微小環境（ＴＭＥ）シグネチャーを含む、ステップ
    を含む、方法。
  2. 前記ＴＭＥ遺伝子シグネチャーが、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャー、ＭＨＣクラスＩＩシグネチャーまたは機能性Ｉｇ ＣＤＲ３シグネチャーを含む、請求項１に記載の方法。
  3. 前記Ｂ細胞シグネチャーが、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ３、ＣＤ２２、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ７２、ＣＤ７９ａ、ＩＧＫＣ、ＩＧＨＤ、ＭＺＢ１、ＭＳ４Ａ１、ＣＤ１３８、ＢＬＫ、ＣＤ１９、ＦＡＭ３０Ａ、ＦＣＲＬ２、ＭＳ４Ａ１、ＰＮＯＣ、ＳＰＩＢ、ＴＣＬ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１７またはこれらの組合せを含む遺伝子の発現を含む、請求項１または２に記載の方法。
  4. 前記ＴＬＳシグネチャーが、三次リンパ様構造の形成を示す、請求項１または２に記載の方法。
  5. 前記三次リンパ様構造が、リンパ球様細胞の凝集体を表す、請求項１または２に記載の方法。
  6. 前記ＴＬＳシグネチャーが、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ＣＸＣＬ１３、ＬＡＭＰ３、ＬＴＢ、ＭＳ４Ａ１またはこれらの組合せを含む遺伝子の発現を含む、請求項１または２に記載の方法。
  7. 前記ＴＩＳシグネチャーが、炎症性遺伝子、サイトカイン、ケモカイン、増殖因子、細胞表面相互作用タンパク質、肉芽形成因子またはこれらの組合せを含む、請求項１または２に記載の方法。
  8. 前記ＴＩＳシグネチャーが、ＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、ＴＩＧＩＴまたはこれらの組合せを含む、請求項１または２に記載の方法。
  9. 前記エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャーが、ＣＣＲ７、ＣＤ２７、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＣＲ７、ＦＬＴ３ＬＧ、ＧＲＡＰ２、ＩＬ１６、ＩＬ７Ｒ、ＬＴＢ、Ｓ１ＰＲ１、ＳＥＬＬ、ＴＣＦ７、ＣＤ６２Ｌまたはこれらの任意の組合せを含む遺伝子の発現を含む、請求項１または２に記載の方法。
  10. 前記ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャーが、遺伝子ＣＤ９４（ＫＬＲＤ１）、ＣＤ９４リガンド、ＨＬＡ－Ｅ、ＫＬＲＣ１（ＮＫＧ２Ａ）、ＫＬＲＢ１（ＮＫＧ２Ｃ）またはこれらの任意の組合せの発現を含む、請求項１または２に記載の方法。
  11. 前記ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャーが、ＨＬＡ－Ｅ：ＣＤ９４相互作用レベルをさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
  12. 前記ＮＫ細胞シグネチャーが、遺伝子ＣＤ５６、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ８、ＩＦＮ、ＩＬ－２、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－１８、ＮＣＲ１、ＸＣＬ１、ＸＣＬ２、ＩＬ２１Ｒ、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２またはこれらの組合せの発現を含む、請求項１または２に記載の方法。
  13. 前記ＭＨＣクラスＩＩシグネチャーが、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ５またはこれらの組合せを含むＨＬＡである遺伝子の発現を含む、請求項１または２に記載の方法。
  14. 前記バイオマーカーが、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャーを含むＴＭＥ遺伝子シグネチャーのサブセットを含み、前記ＴＬＳシグネチャーが、遺伝子ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ＣＸＣＬ１３、ＬＡＭＰ３、ＬＴＢ、ＭＳ４Ａ１またはこれらの組合せを含む、請求項１または２に記載の方法。
  15. 前記機能性Ｉｇ ＣＤＲ３シグネチャーが、機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の存在量を含む、請求項１または２に記載の方法。
  16. 機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の前記存在量が、ＲＮＡ－ｓｅｑにより決定される、請求項１５に記載の方法。
  17. 機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の前記存在量が、対象からのＴＭＥ試料の細胞からの機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の存在量である、請求項１５または１６に記載の方法。
  18. 機能性Ｉｇ ＣＤＲ３の前記存在量が、２７またはそれを超える機能性Ｉｇ ＣＤＲ３である、請求項１５から１７のいずれか一項に記載の方法。
  19. バイオマーカー陽性患者に、前記第１の治療剤、変更された用量もしくは時間間隔の前記第１の治療剤、または第２の治療剤を投与するステップをさらに含む、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法。
  20. バイオマーカー陰性患者に、前記第１の治療剤または第２の治療剤を投与するステップをさらに含まない、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法。
  21. バイオマーカー陽性患者に、増加させた用量の前記第１の治療剤を投与するステップをさらに含む、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法。
  22. バイオマーカー陽性または陰性患者に対する前記第１の治療剤の投与の時間間隔を修正するステップをさらに含む、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法。
  23. 腫瘍に罹患している患者を、前記患者が治療剤での処置に対して抗腫瘍応答を示す可能性が高いことを予測するベースラインバイオマーカーの存在または非存在について、検査する方法であって、
    前記治療剤が、（ｉ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｉｉ）前記１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｉｉｉ）前記１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは前記１つもしくは複数のペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｉｖ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の前記１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含み、前記方法が、
    （ａ）前記患者の前記腫瘍から単離されたベースライン試料を入手し、腫瘍微小環境（ＴＭＥ）遺伝子または前記遺伝子のサブセットのうちの各遺伝子のベースライン発現レベルを測定するステップ；
    （ｂ）前記測定されたベースライン発現レベルを正規化し、前記正規化された発現レベルからＴＭＥ遺伝子シグネチャーのベースラインシグネチャースコアを計算するステップ；
    （ｃ）前記ベースラインシグネチャースコアを、前記ＴＭＥ遺伝子シグネチャーの参照スコアと比較するステップ；および
    （ｄ）前記患者を、前記治療剤からの持続的臨床効果（ＤＣＢ）に関するアウトカムについて、バイオマーカー陽性またはバイオマーカー陰性に分類するステップ
    を含む、方法。
  24. 前記ＴＭＥシグネチャーが、請求項２から１８の一項もしくは複数項に記載のシグネチャー、またはそのサブセットを含む、請求項２３に記載の方法。
  25. バイオマーカーの検査で陽性と出る患者におけるがんの処置に使用するための医薬組成物であって、前記組成物・治療剤が、（ａ）タンパク質のネオエピトープを含む１つまたは複数のペプチド、（ｂ）前記１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、（ｃ）前記１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは前記１つもしくは複数のペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、または（ｄ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の前記１つまたは複数のペプチドのネオエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）と、少なくとも１つの薬学的に許容される賦形剤とを含み、前記バイオマーカーが、ＴＭＥ遺伝子シグネチャーからなる群から選択される遺伝子シグネチャーを含む処置中バイオマーカーであり、前記ＴＭＥ遺伝子シグネチャーが、Ｂ細胞シグネチャー、三次リンパ様構造（ＴＬＳ）シグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）、エフェクター／メモリー様ＣＤ８＋Ｔ細胞シグネチャー、ＨＬＡ－Ｅ／ＣＤ９４シグネチャー、ＮＫ細胞シグネチャーおよびＭＨＣクラスＩＩシグネチャーを含む、医薬組成物。
  26. 前記ＴＭＥシグネチャーが、請求項２から１８のいずれか一項もしくは複数項に記載のシグネチャー、またはそのサブセットを含む、請求項２５に記載の医薬組成物。
  27. 必要な対象におけるがんを処置する方法であって、がん治療剤の治療有効量を投与するステップを含み、前記対象が、前記がん治療剤が奏効する可能性の増加を示し、前記対象の、前記がん治療剤が奏効する可能性の増加が、前記がん治療剤での処置の前の１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーの存在と関連付けられ、前記１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つが、前記対象の末梢血における第１の単核細胞型の第２の単核細胞型に対する細胞計数値の比の閾値を含む、方法。
  28. 前記がんが、黒色腫である、請求項２７に記載の方法。
  29. 前記がんが、非小細胞肺がんである、請求項２７に記載の方法。
  30. 前記がんが、膀胱がんである、請求項２７に記載の方法。
  31. 前記がん治療剤が、ネオ抗原ペプチドワクチンを含む、請求項２７に記載の方法。
  32. 前記がん治療剤が、抗ＰＤ１抗体を含む、請求項２７に記載の方法。
  33. 前記がん治療剤が、ネオ抗原ワクチンと抗ＰＤ１抗体の組合せを含み、前記ネオ抗原ワクチンが、抗ＰＤ１抗体を単独で投与する期間の後に投与されるかまたは併用投与される、請求項２７に記載の方法。
  34. 前記抗ＰＤ１抗体が、ニボルマブである、請求項３２または３３に記載の方法。
  35. 前記閾値が、最大閾値である、請求項２７に記載の方法。
  36. 前記閾値が、最小閾値である、請求項２７に記載の方法。
  37. 前記１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つが、前記対象からの末梢血試料におけるナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比の最大閾値を含む、請求項２７に記載の方法。
  38. 前記対象からの前記末梢血試料におけるナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する前記比の前記最大閾値が、約２０：１００である、請求項３７に記載の方法。
  39. 前記対象からの前記末梢血試料が、２０：１００もしくはそれ未満であるかまたは２０：１００未満であるナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比を有する、請求項３７または３８に記載の方法。
  40. 前記１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つが、前記対象からの末梢血試料におけるエフェクターメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比の最小閾値を含む、請求項２７に記載の方法。
  41. 前記対象からの前記末梢血試料におけるエフェクターメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する前記比の前記最小閾値が、約４０：１００である、請求項４０に記載の方法。
  42. 前記対象からの前記末梢血試料が、４０：１００であるかもしくはそれより大きい、または４０：１００より大きい、エフェクターメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比を有する、請求項４０または４１に記載の方法。
  43. 前記１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つが、前記対象からの末梢血試料におけるクラススイッチしたメモリーＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する比の最小閾値を含む、請求項２７に記載の方法。
  44. 前記対象からの前記末梢血試料におけるクラススイッチしたメモリーＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する前記比の前記最小閾値が、約１０：１００である、請求項４３に記載の方法。
  45. 前記対象からの前記末梢血試料が、１０：１００であるかもしくはそれより大きい、または１０：１００より大きい、クラススイッチしたメモリーＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する比を有する、請求項４３または４４に記載の方法。
  46. 前記１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つが、前記対象からの末梢血試料におけるナイーブＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する比の最大閾値を含む、請求項２７に記載の方法。
  47. 前記対象からの前記末梢血試料におけるナイーブＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する前記比の前記最大閾値が、約７０：１００である、請求項４６に記載の方法。
  48. 前記対象からの前記末梢血試料が、７０：１００もしくはそれ未満であるかまたは７０：１００未満であるナイーブＢ細胞の全ＣＤ１９＋Ｂ細胞に対する比を有する、請求項４６または４７に記載の方法。
  49. 前記がんが、黒色腫である、請求項３７から４８のいずれか一項に記載の方法。
  50. 前記１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つが、前記対象からの末梢血試料における形質細胞様樹状細胞の全Ｌｉｎ－／ＣＤ１１ｃ－細胞に対する比の最大閾値を含む、請求項２７に記載の方法。
  51. 前記対象からの前記末梢血試料における形質細胞様樹状細胞の全Ｌｉｎ－／ＣＤ１１ｃ－細胞に対する前記比の前記最大閾値が、約３：１００である、請求項５０に記載の方法。
  52. 前記対象からの前記末梢血試料が、３：１００もしくはそれ未満であるかまたは３：１００未満である形質細胞様樹状細胞の全Ｌｉｎ－／ＣＤ１１ｃ－細胞に対する比を有する、請求項５０または５１に記載の方法。
  53. 前記１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つが、前記対象からの末梢血試料におけるＣＴＬＡ４＋ＣＤ４ Ｔ細胞の全ＣＤ４＋Ｔ細胞に対する比の最大閾値を含む、請求項２７に記載の方法。
  54. 前記対象からの前記末梢血試料におけるＣＴＬＡ４＋ＣＤ４ Ｔ細胞の全ＣＤ４＋Ｔ細胞に対する前記比の前記最大閾値が、約９：１００である、請求項５０に記載の方法。
  55. 前記対象からの前記末梢血試料が、９：１００もしくはそれ未満であるかまたは９：１００未満であるＣＴＬＡ４＋ＣＤ４ Ｔ細胞の全ＣＤ４＋Ｔ細胞に対する比を有する、請求項５０および５１に記載の方法。
  56. 前記がんが、非小細胞肺がんである、請求項５０から５５のいずれか一項に記載の方法。
  57. 前記１つまたは複数の末梢血単核細胞シグネチャーのうちの少なくとも１つが、前記対象からの末梢血試料におけるメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比の最小閾値を含む、請求項２７に記載の方法。
  58. 前記対象からの前記末梢血試料におけるメモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する前記比の前記最小閾値が、約４０：１００または約５５：１００である、請求項５７に記載の方法。
  59. 前記対象からの前記末梢血試料が、４０：１００であるかもしくはそれより大きい、または４０：１００より大きい、メモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比を有する、請求項５７または５８に記載の方法。
  60. 前記対象からの前記末梢血試料が、５５：１００であるかもしくはそれより大きい、または５５：１００より大きい、メモリーＣＤ８＋Ｔ細胞の全ＣＤ８＋Ｔ細胞に対する比を有する、請求項５７または５８に記載の方法。
  61. 前記がんが、膀胱がんである、請求項５７から６０のいずれか一項に記載の方法。
  62. 必要な対象におけるがんを処置する方法であって、がん治療剤の治療有効量を前記対象に投与するステップを含み、前記対象が、前記がん治療剤が奏効する可能性の増加を示し、前記対象の、前記がん治療剤が奏効する可能性の増加が、少なくとも前記がん治療剤を投与する前の時点での前記対象の末梢血試料から解析されるＴＣＲレパートリーのクローン組成特性と関連付けられる、方法。
  63. 見込みのある患者におけるＴＣＲレパートリーの前記クローン組成特性が、健康なドナーにおけるＴＣＲ多様性に対して相対的に低いＴＣＲ多様性により定義される、請求項６２に記載の方法。
  64. 前記クローン組成特性が、前記ＴＣＲまたはそれらの断片をシークエンシングするステップを含む方法により解析される、請求項６２または６３に記載の方法。
  65. ＴＣＲレパートリーの前記クローン組成特性が、前記ＴＣＲのクローン頻度分布により定義される、請求項６２に記載の方法。
  66. 前記ＴＣＲレパートリーの前記クローン組成特性が、ＴＣＲクローンの頻度分布パターンを計算することによりさらに解析される、請求項６２から６５のいずれか一項に記載の方法。
  67. ＴＣＲクローンの前記頻度分布パターンが、ジニ係数、シャノンエントロピー、ＤＥ５０、平方和、およびローレンツ曲線のうちの１つまたは複数を使用して解析される、請求項６６に記載の方法。
  68. 前記対象の、前記がん治療剤が奏効する可能性の増加が、前記ＴＣＲのクローン性の増加と関連付けられる、請求項６２に記載の方法。
  69. 前記対象の、前記がん治療剤が奏効する可能性の増加が、中および／または大および／または超大型サイズのＴＣＲクローンの頻度の増加と関連付けられる、請求項６２に記載の方法。
  70. 前記対象の、前記がん治療剤が奏効する可能性の増加が、請求項６３から６９のいずれか一項に記載のＴＣＲレパートリーのクローン組成特性と関連付けられ、前記クローン組成特性が、がん治療剤の治療有効量を投与するステップの前の前記対象の末梢血試料から解析される、請求項６２に記載の方法。
  71. ＴＣＲレパートリーのクローン組成特性が、前記ＴＣＲのクローン安定性の測定量を含む、請求項６２に記載の方法。
  72. 前記ＴＣＲの前記クローン安定性が、第１の時点と第２の時点の間のＴＣＲターンオーバーとして解析され、前記第１の時点が、前記がん治療剤を投与するステップより前であり、前記第２の時点が、前記処置の期間中の時点である、請求項７０または７１に記載の方法。
  73. 前記第２の時点が、ワクチンを投与するステップより前である、請求項７１に記載の方法。
  74. ＴＣＲのクローン安定性が、ジェンセン・シャノン・ダイバージェンスを使用して解析される、請求項７０に記載の方法。
  75. 前記対象の、前記がん治療剤が奏効する可能性の増加が、より高いＴＣＲ安定性と関連付けられる、請求項７０に記載の方法。
  76. 前記対象の、前記がん治療剤が奏効する可能性の増加が、第１の時点と第２の時点の間のＴ細胞クローンのターンオーバーの低減と関連付けられる、請求項７０に記載の方法。
  77. 必要な対象におけるがんを処置する方法であって、がん治療剤の治療有効量を前記対象に投与するステップを含み、前記対象が、前記がん治療剤が奏効する可能性の増加を示し、前記対象の、前記がん治療剤が奏効する可能性の増加が、前記対象における１つまたは複数の遺伝子変異の存在と関連付けられ、前記対象が、アッセイで前記１つまたは複数の遺伝子変異の存在について検査され、前記１つまたは複数の遺伝子変異を有すると同定されており、前記１つまたは複数の遺伝子変異が、（ｉ）Ｒ１５８Ｃ ＡｐｏＥタンパク質をコードする配列を含むＡｐｏＥ２対立遺伝子の遺伝子変異または（ｉｉ）Ｃ１１２Ｒ ＡｐｏＥタンパク質をコードする配列を含むＡｐｏＥ４対立遺伝子の遺伝子変異を含む、ＡｐｏＥ対立遺伝子の遺伝子変異を含む、方法。
  78. 前記がん治療剤が、ネオ抗原ペプチドワクチンを含む、請求項７７に記載の方法。
  79. 前記がん治療剤が、抗ＰＤ１抗体をさらに含む、請求項７７に記載の方法。
  80. 前記がん治療剤が、抗ＰＤ１抗体単剤療法を構成しない、請求項７７に記載の方法。
  81. 前記がんが、黒色腫である、請求項７７に記載の方法。
  82. 前記対象が、前記ＡｐｏＥ２対立遺伝子の遺伝子変異についてホモ接合性である、請求項７７に記載の方法。
  83. 前記対象が、前記ＡｐｏＥ２対立遺伝子の遺伝子変異についてヘテロ接合性である、請求項７７に記載の方法。
  84. 前記対象が、前記ＡｐｏＥ４対立遺伝子の遺伝子変異についてホモ接合性である、請求項７７に記載の方法。
  85. 前記対象が、前記ＡｐｏＥ４対立遺伝子の遺伝子変異についてヘテロ接合性である、請求項７７に記載の方法。
  86. 前記対象が、Ｒ１５８Ｃ ＡｐｏＥタンパク質でもＣ１１２Ｒ ＡｐｏＥタンパク質でもないＡｐｏＥタンパク質をコードする配列を含むＡｐｏＥ対立遺伝子を有する、請求項７７に記載の方法。
  87. 前記対象が、ｒｓ７４１２－Ｔおよびｒｓ４４９３５８－Ｔを有する、請求項７７に記載の方法。
  88. 前記対象が、ｒｓ７４１２－Ｃおよびｒｓ４４９３５８－Ｃを有する、請求項７７に記載の方法。
  89. ＡｐｏＥ３対立遺伝子についてホモ接合性である参照対象が、前記がん治療剤が奏効する可能性の減少を示す、請求項７７に記載の方法。
  90. 前記アッセイが、遺伝子アッセイである、請求項７７に記載の方法。
  91. 前記がん治療剤が、がんエピトープを含む１つまたは複数のペプチドを含む、請求項７７に記載の方法。
  92. 前記がん治療剤が、
    （ｉ）請求項９１に記載の１つまたは複数のペプチドをコードするポリヌクレオチド、
    ａ．または、（ｉｉ）前記１つもしくは複数のペプチドを含むかまたは前記１つもしくは複数のペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドを含む１つまたは複数のＡＰＣ、
    ｂ．または（ｉｉｉ）ＨＬＡタンパク質との複合体中の前記１つまたは複数のペプチドのがんエピトープに特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）
    を含む、請求項７７に記載の方法。
  93. 前記がん治療剤が、免疫調節剤をさらに含む、請求項７７から９２のいずれか一項に記載の方法。
  94. 前記免疫治療剤が、抗ＰＤ１抗体である、請求項９３に記載の方法。
  95. 前記がん治療剤が、単独でのニボルマブでも単独でのペムブロリズマブでもない、請求項７７に記載の方法。
  96. 前記１つまたは複数の遺伝子変異が、ｃｈｒ１９：４４９０８６８４ Ｔ＞Ｃを含み、ここでの前記１つまたは複数の遺伝子変異の染色体位置が、ＵＣＳＣ ｈｇ３８を基準として定義されたものである、請求項７７に記載の方法。
  97. 前記１つまたは複数の遺伝子変異が、ｃｈｒ１９：４４９０８８２２ Ｃ＞Ｔを含み、ここでの前記１つまたは複数の遺伝子変異の染色体位置が、ＵＣＳＣ ｈｇ３８を基準として定義されたものである、請求項７７に記載の方法。
  98. 前記投与するステップの前に前記アッセイで前記１つまたは複数の遺伝子変異の存在について前記対象を検査するステップをさらに含む、請求項７７に記載の方法。
  99. 前記ＡｐｏＥ２対立遺伝子の遺伝子変異が、生殖細胞系変異である、請求項７７に記載の方法。
  100. 前記ＡｐｏＥ４対立遺伝子の遺伝子変異が、生殖細胞系変異である、請求項７７に記載の方法。
  101. がんエピトープを含む１つまたは複数ペプチドを含むがん治療剤を前記対象に投与するステップを含み、前記対象が、生殖細胞系ＡｐｏＥ４対立遺伝子バリアントを有すると判定される、請求項７７に記載の方法。
  102. 前記治療剤が、アジュバント療法、サイトカイン療法、または免疫調節療法のうちの１つまたは複数をさらに構成する、請求項１０１に記載の方法。
  103. 前記免疫調節療法が、ＰＤ１阻害剤、例えば、抗ＰＤ１抗体である、請求項１０１または１０２に記載の方法。
  104. 前記治療剤が、ＰＤ１阻害剤単剤療法を構成しない、請求項１０１から１０３のいずれか一項に記載の方法。
  105. ＡｐｏＥ活性を促進する薬剤またはＡｐｏＥ活性を有する薬剤を投与するステップをさらに含む、請求項７７に記載の方法。
  106. ＡｐｏＥ活性を阻害する薬剤を投与するステップをさらに含む、請求項７７に記載の方法。
  107. 前記がんが、膵臓細胞がんである、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  108. 前記治療剤が、ワクチンを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  109. 前記治療剤が、少なくとも１つ、２つ、３つまたは４つの抗原性ペプチドを含むペプチドワクチンを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  110. 前記治療剤が、少なくとも１つ、２つ、３つまたは４つのネオ抗原性ペプチドを含むペプチドワクチンを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  111. 前記治療剤が、ペプチドをコードする核酸を含み、前記ペプチドが、ネオ抗原ペプチドである、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  112. 前記治療剤が、１つまたは複数のチェックポイント阻害剤抗体と、ネオ抗原ペプチドを含むかまたはネオ抗原性ペプチドをコードする核酸を含むワクチンとを含む併用療法を構成する、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  113. 前記クローン組成特性が、ワクチンを投与するステップの前の前記対象の末梢血試料から解析され、前記ワクチンが、少なくとも１つのペプチドを含むかまたはペプチドをコードするポリヌクレオチドを含み、前記がん治療剤が、ネオ抗原ワクチンと抗ＰＤ１抗体の組合せを含み、前記ネオ抗原ワクチンが、単独で抗ＰＤ１抗体を投与する期間の後に投与されるかまたは併用投与される、請求項７０に記載の方法。
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