KR20220022050A - 지속적인 임상 이익을 위한 암 바이오마커 - Google Patents

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KR20220022050A
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락쉬미 스리니바산
잉 소니아 팅
메간 엘리자베스 부쉬웨이
크리스텐 발로그
줄리안 슈어러
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바이오엔테크 유에스 인크.
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Abstract

본 개시내용은 지속적인 임상 이익이 얻어지도록 네오항원성 펩티드로 암을 치료하는 방법, 및 DCB가 네오항원을 포함하는 치료제로 치료될 환자에 대해 예측 또는 평가될 수 있는지의 여부를 결정하기 위한 조성물 및 방법에 관한 것이다.

Description

지속적인 임상 이익을 위한 암 바이오마커
상호 참조
본 출원은 2019년 3월 29일에 출원된 미국 가출원 번호 62/826,813; 2019년 10월 14일에 출원된 미국 가출원 번호 62/914,767; 및 2020년 3월 6일에 출원된 미국 가출원 번호 62/986,418의 이익을 주장하며, 이들 모두는 전체가 참조로 본원에 포함된다.
배경
종양 미세환경(TME)은 복잡하고 생리학 및 구조 모두에서 비교 가능한 비-종양 조직과 상당히 상이하다. 한편으로, TME는 종양 성장에 도움이 되지만, 항-종양제도 이 영역에 집중되어 있다. 후자는 다양한 세포 유형, 시토카인, 케모카인, 성장 인자, 세포간 신호전달제, 세포외 기질 성분 및 가용성 인자를 포함한다. 이 복잡한 종양 환경에서 프로-종양 및 항종양제의 임계 분석은 종양의 상태를 정확하게 결정하기 위한 유용한 TME 시그니처(signature)를 제공할 수 있으며, 치료 중(on-treatment) 임상 절차를 조작하거나 미래의 임상 전략을 지시하는 데 사용될 수 있다. 더 중요하게는, TME 시그니처는 지속적인 임상 이익(DCB)을 향한 임상 절차를 결정하는 데 도움이 될 수 있다.
원발성 종양 부위에서 면역 반응의 정확한 평가는 이 질환에 대한 면역 요법의 개발 및 모니터링을 이해하는 데 유용할 수 있다.
본 개시내용은 특히 종양과 연관된 시그니처 또는 바이오마커 세트를 제공하며, 이들의 조합 또는 서브세트는 종양을 갖는 환자가 네오항원성 펩티드를 포함하는 치료제로의 치료와 같은 치료에 유리하게 반응할 가능성을 결정하는 데 사용될 수 있다. 일 측면에서, 본 개시내용은 종양을 갖거나 가질 수 있는 대상체의 생물학적 샘플로부터의 하나 이상의 생체분자 시그니처를 제공하고, 하나 이상의 생물학적 시그니처는 치료제로의 치료 전 시점, 치료 동안 시점 및/또는 특정 치료가 투여된 후 시간에서의 것이고, 시그니처(들)는 치료에 대한 대상체의 반응 가능성에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 치료제는 (a) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함한다. 환자의 종양 및 TME를 알고 이해하는 것은 임상 절차에 직접적인 영향을 미칠 수 있다. 일부 실시양태에서, 환자에게 하나 이상의 네오항원성 펩티드를 포함하는 제1 치료제가 투여될 수 있고, 변경된 용량의 제1 치료제가 투여될 수 있거나, 변경된 투여 시간 간격으로 제1 치료제가 투여될 수 있거나, 하나 이상의 네오항원성 펩티드와 함께 또는 없이 제2 치료제가 투여될 수 있다.
일 측면에서, 종양을 갖는 환자를 치료하는 방법으로서, 환자로부터 수집된 샘플이, 환자가 (i) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (ii) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (iii) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (iv) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 제1 치료제에 대해 항종양 반응을 가질 가능성이 있는지를 예측하는 시그니처 또는 바이오마커에 대해 양성 또는 음성인지를 결정하는 단계, 및 시그니처 또는 바이오마커가 존재하는 경우 제1 치료제를 포함하는 치료 요법으로 환자를 치료하거나; 시그니처 또는 바이오마커가 부재하는 경우 제1 치료제를 포함하지 않는 치료 요법으로 환자를 치료하는 단계를 포함하고, 바이오마커는 적어도 종양 미세환경(TME) 시그니처를 포함하는 것인 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 특정 바이오마커의 부재는 해당 바이오마커에 대한 시그니처일 수 있고, 본원에 기재된 바와 같은 환자를 치료하는 방법은, 예컨대 바이오마커가 부재하는 경우 제1 치료제를 포함하는 치료 요법으로 환자를 치료하거나; 바이오마커가 존재하는 경우 제1 치료제를 포함하지 않는 치료 요법으로 환자를 치료하는 단계를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 시그니처 또는 바이오마커는 특히, 예컨대 종양으로부터 절제된 생물학적 샘플에서 결정된 종양 세포 시그니처 또는 바이오마커를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 시그니처 또는 바이오마커는, 예컨대 말초 혈액 샘플, 또는 원위 또는 말초 조직, 세포 또는 체액으로부터 수집된 생물학적 샘플에서 결정된, 말초 혈액에 존재하는 시그니처 또는 바이오마커를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, TME 유전자 시그니처는 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, MHC 클래스 II 시그니처 또는 기능적 Ig CDR3 시그니처를 포함한다.
일부 실시양태에서, B 세포 시그니처는 CD20, CD21, CD3, CD22, CD24, CD27, CD38, CD40, CD72, CD79a, IGKC, IGHD, MZB1, MS4A1, CD138, BLK, CD19, FAM30A, FCRL2, MS4A1, PNOC, SPIB, TCL1A, TNFRSF17 또는 이들의 조합을 포함하는 유전자의 발현을 포함한다.
일부 실시양태에서, TLS 시그니처는 3차 림프 구조의 형성을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 3차 림프 구조는 림프 세포의 집합체를 나타낸다.
일부 실시양태에서, TLS 시그니처는 CCL18, CCL19, CCL21, CXCL13, LAMP3, LTB, MS4A1, 또는 이들의 조합을 포함하는 유전자의 발현을 포함한다.
일부 실시양태에서, TIS 시그니처는 염증 유전자, 시토카인, 케모카인, 성장 인자, 세포 표면 상호작용 단백질, 과립화 인자, 또는 이들의 조합을 포함한다.
일부 실시양태에서, TIS 시그니처는 CCL5, CD27, CD274, CD276, CD8A, CMKLR1, CXCL9, CXCR6, HLA-DQA1, HLA-DRB1, HLA-E, IDO1, LAG3, NKG7, PDCD1LG2, PSMB10, STAT1, TIGIT 또는 이들의 조합을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처는 CCCR7, CD27, CD45RO, CCR7, FLT3LG, GRAP2, IL16, IL7R, LTB, S1PR1, SELL, TCF7, CD62L, 또는 이들의 임의의 조합을 포함하는 유전자의 발현을 포함한다.
일부 실시양태에서, HLA-E/CD94 시그니처는 유전자 CD94(KLRD1), CD94 리간드, HLA-E, KLRC1(NKG2A), KLRB1(NKG2C) 또는 이들의 임의의 조합의 발현을 포함한다.
일부 실시양태에서, HLA-E/CD94 시그니처는 HLA-E:CD94 상호작용 수준을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, NK 세포 시그니처는 유전자 CD56, CCL2, CCL3, CCL4, CCL5, CXCL8, IFN, IL-2, IL-12, IL-15, IL-18, NCR1, XCL1, XCL2, IL21R, KIR2DL3, KIR3DL1, KIR3DL2 또는 이들의 조합의 발현을 포함한다.
일부 실시양태에서, MHC 클래스 II 시그니처는 HLA-DMA, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQB1, HLA-DRA, HLA-DRB1, HLA-DRB5 또는 이들의 조합을 포함하는 HLA인 유전자의 발현을 포함한다.
일부 실시양태에서, 바이오마커는 3차 림프 구조(TLS) 시그니처를 포함하는 TME 유전자 시그니처의 서브세트를 포함하고; TLS 시그니처는 유전자 CCL18, CCL19, CCL21, CXCL13, LAMP3, LTB, MS4A1, 또는 이들의 조합을 포함한다.
일부 실시양태에서, 기능적 Ig CDR3 시그니처는 기능적 Ig CDR3의 풍부도를 포함한다.
일부 실시양태에서, 기능적 Ig CDR3의 풍부도는 RNA-seq에 의해 결정된다. 일부 실시양태에서, 기능적 Ig CDR3의 풍부도는 대상체로부터의 TME 샘플의 세포로부터의 기능적 Ig CDR3의 풍부도이다. 일부 실시양태에서, 기능적 Ig CDR3의 풍부도는 2^7개 이상의 기능적 Ig CDR3이다.
일부 실시양태에서, 방법은 바이오마커 양성 환자에게 제1 치료제, 변경된 용량 또는 시간 간격의 제1 치료제, 또는 제2 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다
일부 실시양태에서, 방법은 바이오마커 음성 환자에게 제1 치료제 또는 제2 치료제를 투여하지 않는 단계를 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 바이오마커 양성 환자에게 증가된 용량의 제1 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 바이오마커 양성 또는 음성 환자에 대한 제1 치료제의 투여 시간 간격을 변경하는 단계를 추가로 포함한다.
일 측면에서, 종양을 갖는 환자가 (a) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 치료제로의 치료에 대해 항종양 반응을 가질 가능성을 예측하는 기준선 바이오마커의 존재 또는 부재에 대해 상기 환자를 시험하는 방법으로서, 방법은 환자의 종양으로부터 단리된 기준선 샘플을 수득하고; 종양 미세환경(TME) 유전자 또는 상기 유전자의 서브세트에서 각각의 유전자의 기준선 발현 수준을 측정하는 단계; 측정된 기준선 발현 수준을 정규화하고; 정규화된 발현 수준으로부터 TME 유전자 시그니처에 대한 기준선 시그니처 점수를 계산하는 단계; 기준선 시그니처 점수를 TME 유전자 시그니처에 대한 참조 점수와 비교하는 단계; 및 환자를 치료제로부터의 지속적인 임상 이익(DCB)과 관련된 결과에 대해 바이오마커 양성 또는 바이오마커 음성으로 분류하는 단계를 포함하는 것인 방법이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, TME 시그니처는 본원에 기재된 시그니처 또는 이의 서브세트를 포함한다.
일 측면에서, 바이오마커에 대해 양성 판정된 환자에서 암을 치료하는 데 사용하기 위한 약학 조성물로서, 조성물은 (a) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 치료제; 및 적어도 하나의 약학적으로 허용되는 부형제를 포함하고; 바이오마커는 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, 및 MHC 클래스 II 시그니처를 포함하는 TME 유전자 시그니처로 이루어진 군으로부터 선택되는 유전자 시그니처를 포함하는 치료 중 바이오마커인 약학 조성물이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, 및 MHC 클래스 II 시그니처는 치료를 위한 예측되는 지속적 임상 이익(DCB)에 대한 시그니처를 제공한다.
일부 실시양태에서, TME 시그니처는 본원에 기재된 시그니처 또는 이의 서브세트를 포함한다.
일 측면에서, 치료학적 유효량의 암 치료제를 투여하는 단계를 포함하는, 암 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법으로서, 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 갖고, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성은 암 치료제로의 치료 전에 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처의 존재와 연관되고; 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나는 대상체의 말초 혈액에서 제1 단핵 세포 유형 대 제2 단핵 세포 유형의 세포 카운트의 비율에 대한 역치를 포함하는 것인 방법이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 암은 흑색종이다.
일부 실시양태에서, 암은 비-소세포 폐암이다.
일부 실시양태에서, 암은 방광암이다.
일부 실시양태에서, 암 치료제는 네오항원 펩티드 백신을 포함한다.
일부 실시양태에서, 암 치료제는 항-PD1 항체를 포함한다.
일부 실시양태에서, 암 치료제는 네오항원 백신 및 항-PD1 항체의 조합을 포함한다.
일부 실시양태에서, 항-PD1 항체는 니볼루맙이다.
일부 실시양태에서, 역치는 최대 역치이다.
일부 실시양태에서, 역치는 최소 역치이다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 나이브 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최대 역치를 포함한다.
일부 실시양태에서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 나이브 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최대 역치는 약 20:100이다.
일부 실시양태에서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플은 20:100 이하 또는 20:100 미만인 나이브 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율을 갖는다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 이펙터 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최소 역치를 포함한다.
일부 실시양태에서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 이펙터 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최소 역치는 약 40:100이다.
일부 실시양태에서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플은 40:100 이상 또는 40:100 초과인 이펙터 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율을 갖는다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 클래스 전환된 메모리 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율에 대한 최소 역치를 포함한다.
일부 실시양태에서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 클래스 전환된 메모리 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율에 대한 최소 역치는 약 10:100이다.
일부 실시양태에서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플은 10:100 이상 또는 10:100 초과인 클래스 전환된 메모리 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율을 갖는다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 나이브 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율에 대한 최대 역치를 포함한다.
일부 실시양태에서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 나이브 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율에 대한 최대 역치는 약 70:100이다.
일부 실시양태에서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플은 70:100 이하 또는 70:100 미만인 나이브 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율을 갖는다.
일부 실시양태에서, 암은 흑색종이다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 형질세포양 수지상 세포 대 총 Lin-/CD11c- 세포의 비율에 대한 최대 역치를 포함한다.
일부 실시양태에서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 형질세포양 수지상 세포 대 총 Lin-/CD11c- 세포의 비율에 대한 최대 역치는 약 3:100이다.
일부 실시양태에서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플은 3:100 이하 또는 3:100 미만인 형질세포양 수지상 세포 대 총 Lin-/CD11c- 세포의 비율을 갖는다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 CTLA4+ CD4 T 세포 대 총 CD4+ T 세포의 비율에 대한 최대 역치를 포함한다.
일부 실시양태에서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 CTLA4+ CD4 T 세포 대 총 CD4+ T 세포의 비율에 대한 최대 역치는 약 9:100이다.
일부 실시양태에서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플은 9:100 이하 또는 9:100 미만인 CTLA4+ CD4 T 세포 대 총 CD4+ T 세포의 비율을 갖는다.
일부 실시양태에서, 암은 비-소세포 폐암이다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최소 역치를 포함한다.
일부 실시양태에서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최소 역치는 약 40:100이다.
일부 실시양태에서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플은 40:100 이상 또는 40:100 초과인 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율을 갖는다. 일부 실시양태에서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플은 55:100 이상 또는 55:100 초과인 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율을 갖는다.
일부 실시양태에서, 암은 방광암이다.
또한, 암 치료를 필요로 하는 대상체에게 치료학적 유효량의 암 치료제를 투여하는 단계를 포함하는, 상기 대상체에서 암을 치료하는 방법으로서, 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 갖고, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성은 적어도 암 치료제를 투여하기 전의 시점에서 대상체의 말초 혈액 샘플로부터 분석된 TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징과 연관되는 것인 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징은 치료에 대한 예측되는 지속적 임상 이익(DCB)에 대한 시그니처를 제공한다.
일부 실시양태에서, 예상 환자의 TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징은 건강한 공여자의 TCR 다양성에 비해 상대적으로 낮은 TCR 다양성에 의해 정의된다.
일부 실시양태에서, 클론 조성 특징은 TCR 또는 이의 단편을 시퀀싱하는 것을 포함하는 방법에 의해 분석된다.
일부 실시양태에서, TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징은 TCR의 클론 빈도 분포에 의해 정의된다.
일부 실시양태에서, TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징은 TCR 클론의 빈도 분포 패턴을 계산함으로써 추가로 분석된다.
일부 실시양태에서, TCR 클론의 빈도 분포 패턴은 지니(Gini) 계수, 샤논(Shannon) 엔트로피, DE50, 제곱의 합, 및 로렌츠(Lorenz) 곡선 중 하나 이상을 사용하여 분석된다.
일부 실시양태에서, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성은 TCR의 증가된 클론성(clonality)과 연관된다.
일부 실시양태에서, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성은 중형 및/또는 대형 및/또는 과확장된 크기의 TCR 클론의 증가된 빈도와 연관된다.
일부 실시양태에서, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성은 기재된 실시양태 중 어느 하나에 따른 TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징과 연관되고, 클론 조성 특징은 치료학적 유효량의 암 치료제의 투여 전에 대상체의 말초 혈액 샘플로부터 분석된다.
일부 실시양태에서, TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징은 TCR의 클론 안정성의 측정을 포함한다.
일부 실시양태에서, TCR의 클론 안정성은 제1 시점과 제2 시점 사이의 TCR 턴오버로서 분석되고, 제1 시점은 암 치료제를 투여하기 전이고 제2 시점은 치료 기간 동안의 시점이다.
일부 실시양태에서, 제2 시점은 백신을 투여하기 전이다.
일부 실시양태에서, TCR의 클론 안정성은 젠센-샤논(Jensen-Shannon) 발산을 사용하여 분석된다.
일부 실시양태에서, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성은 더 높은 TCR 안정성과 연관된다.
일부 실시양태에서, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성은 제1 시점과 제2 시점 사이의 T 세포 클론의 감소된 턴오버와 연관된다.
일부 실시양태에서, 클론 조성 특징은 백신을 투여하기 전에 대상체의 말초 혈액 샘플로부터 분석되고, 백신은 적어도 하나의 펩티드 또는 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 암 치료제는 네오항원 백신과 항-PD1 항체의 조합을 포함하고, 네오항원 백신은 항-PD1 항체 단독 투여 기간 후에 투여되거나 공동투여된다.
일 측면에서, 암 치료를 필요로 하는 대상체에게 치료학적 유효량의 암 치료제를 투여하는 단계를 포함하는, 상기 대상체에서 암을 치료하는 방법으로서, 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 갖고, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성은 대상체에서 하나 이상의 유전적 변이의 존재와 연관되고, 대상체는 검정으로 하나 이상의 유전적 변이의 존재에 대해 시험되었고 하나 이상의 유전적 변이를 갖는 것으로 확인되었고, 하나 이상의 유전적 변이는 (i) R158C ApoE 단백질을 코딩하는 서열을 포함하는 ApoE2 대립유전자 유전적 변이 또는 (ii) C112R ApoE 단백질을 코딩하는 서열을 포함하는 ApoE4 대립유전자 유전적 변이를 포함하는 ApoE 대립유전자 유전적 변이를 포함하는 것인 방법이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 암 치료제는 네오항원 펩티드 백신을 포함한다. 일부 실시양태에서, 암 치료제는 항-PD1 항체를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 암 치료제는 항-PD1 항체 단일요법을 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 암은 흑색종이다.
일부 실시양태에서, 대상체는 ApoE2 대립유전자 유전적 변이에 대해 동형접합성이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 ApoE2 대립유전자 유전적 변이에 대해 이형접합성이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 ApoE4 대립유전자 유전적 변이에 대해 동형접합성이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 ApoE4 대립유전자 유전적 변이에 대해 이형접합성이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 R158C ApoE 단백질 또는 C112R ApoE 단백질이 아닌 ApoE 단백질을 코딩하는 서열을 포함하는 ApoE 대립유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 R158C ApoE 단백질 또는 C112R ApoE 단백질이 아닌 ApoE 단백질을 코딩하는 서열을 포함하는 ApoE3 대립유전자를 포함한다.
일부 실시양태에서, 대상체는 rs7412-T 및 rs449358-T를 갖는다.
일부 실시양태에서, 대상체는 rs7412-C 및 rs449358-C를 갖는다.
일부 실시양태에서, ApoE3 대립유전자에 대해 동형접합성인 참조 대상체는 암 치료제에 대해 감소된 반응 가능성을 갖는다.
일부 실시양태에서, 검정은 유전자 검정이다.
일부 실시양태에서, 암 치료제는 암 에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 암 치료제는 암 에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 또는 (ii) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (iii) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 암 에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함한다.
일부 실시양태에서, 암 치료제는 면역조절제를 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 면역치료제는 항-PD1 항체이다.
일부 실시양태에서, 암 치료제는 니볼루맙 단독 또는 펨브롤리주맙 단독이 아니다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 유전적 변이는 chr19:44908684 T>C를 포함하고; 하나 이상의 유전적 변이의 염색체 위치는 UCSC hg38에 대해 정의된다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 유전적 변이는 chr19:44908822 C>T를 포함하고; 하나 이상의 유전적 변이의 염색체 위치는 UCSC hg38에 대해 정의된다.
일부 실시양태에서, 방법은 투여 전에 검정으로 하나 이상의 유전적 변이의 존재에 대해 대상체를 시험하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, ApoE2 대립유전자 유전적 변이는 배선 변이이다.
일부 실시양태에서, ApoE4 대립유전자 유전적 변이는 배선 변이이다.
일 측면에서, 대상체에게 암 에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드를 포함하는 암 치료제를 투여하는 단계를 포함하고; 대상체는 배선 ApoE4 대립유전자 변이체를 갖는 것으로 결정되는, 대상체에서 암을 치료하는 방법이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 치료제는 애주번트 요법, 시토카인 요법, 또는 면역조절제 요법 중 하나 이상을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 면역조절제 요법은 항-PD1 항체와 같은 PD1 억제제이다. 일부 실시양태에서, 치료제는 PD1 억제제 단일요법을 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 방법은 ApoE 활성을 촉진하거나 ApoE 활성을 포함하는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 ApoE-유사 활성을 촉진하거나 ApoE-유사 활성을 포함하는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, ApoE4 대립유전자에 대해 동형접합성인 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 갖는다. 일부 실시양태에서, 방법은 ApoE4 활성을 촉진하거나 ApoE4 활성을 포함하는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 ApoE4-유사 활성을 촉진하거나 ApoE4-유사 활성을 포함하는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 감소된 NMDA 또는 AMPA 수용체 기능을 갖는 참조 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 가질 수 있다. 예컨대, 방법은 NMDA 또는 AMPA 수용체 기능을 감소시키는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 뉴런 세포에서 더 높은 세포내 칼슘 수준을 갖는 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 방법은 뉴런 세포에서 세포내 칼슘 수준을 증가시키는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 방법은 뉴런 세포에서 NMDA에 대한 칼슘 반응을 변경하는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 글루타메이트성 신경전달이 손상된 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 방법은 글루타메이트성 신경전달을 손상시키는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 향상된 Aβ 올리고머화를 갖는 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 알츠하이머 질환에 대한 소인을 갖는 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 증가된 혈청 비타민 D 수준을 갖는 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 방법은 혈청 비타민 D 수준을 증가시키는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 콜레스테롤 유출이 낮은 세포를 갖는 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 방법은 대상체의 세포로부터 콜레스테롤 유출을 낮추는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 높은 총 콜레스테롤(TC) 수준(예컨대, ApoE3 동형접합성 유전자형을 갖는 대상체보다 높은 총 콜레스테롤(TC) 수준)을 갖는 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 방법은 TC 수준을 증가시키는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 높은 LDL 수준(예컨대, ApoE3 동형접합성 유전자형을 갖는 대상체보다 높은 LDL 수준)을 갖는 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 방법은 LDL 수준을 증가시키는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 낮은 HDL 수준(예컨대, ApoE3 동형접합성 유전자형을 갖는 대상체보다 낮은 HDL 수준)을 갖는 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 방법은 HDL 수준을 감소시키는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 참조 대상체는 ApoE3 동형접합성 유전자형을 갖는 대상체와 비교하여 더 낮은 TC, 및/또는 더 낮은 LDL 및/또는 더 높은 HDL 수준을 가질 수 있고, 암 치료제에 대해 감소된 반응 가능성을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 참조 대상체는 ApoE3 동형접합성 유전자형을 갖는 대상체에 비해 더 높은 TC, 및/또는 더 높은 LDL 및/또는 더 낮은 HDL 수준을 가질 수 있고, 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, ApoE3 동형접합성 유전자형을 갖는 대상체보다 뇌척수액(CSF) 혈장 또는 간질액에서 낮은 APOE 수준(예컨대, 뇌척수액(CSF) 혈장 또는 간질액에서 더 낮은 APOE 수준)을 갖는 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 방법은 CSF, 혈장 또는 간질액에서 APOE 수준을 감소시키는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 방법은 ApoE 활성을 억제하는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 ApoE4 활성을 억제하는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 ApoE2 활성을 억제하는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 ApoE3 활성을 억제하는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일 측면에서, 종양을 갖는 환자를 치료하는 방법으로서, (a) 환자로부터 수집된 샘플이, 환자가 (i) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (ii) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (iii) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (iv) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 제1 치료제에 대해 항종양 반응을 가질 가능성이 있는지를 예측하는 바이오마커에 대해 양성 또는 음성인지를 결정하는 단계, 및 (b) 바이오마커가 존재하는 경우 제1 치료제를 포함하는 치료 요법으로 환자를 치료하거나; 바이오마커가 부재하는 경우 제1 치료제를 포함하지 않는 치료 요법으로 환자를 치료하는 단계를 포함하고, 바이오마커는 TME 시그니처를 포함하는 것인 방법이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, TME 시그니처는 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, 또는 MHC 클래스 II 시그니처를 포함하는 TME 유전자 시그니처를 포함한다.
일부 실시양태에서, B 세포 시그니처는 CD19, CD21, CD22, CD24, CD27, CD38, CD40, CD72, CD3, CD79a, CD79b, IGKC, IGHD, MZB1, TNFRSF17, MS4A1 (cd20), CD138, TNFRSR13B, GUSPB11, BAFFR, AID, IGHM, IGHE, IGHA1, IGHA2, IGHA3, IGHA4, BCL6, FCRLA 또는 이들의 조합을 포함하는 유전자로부터의 유전자의 발현을 포함한다.
일부 실시양태에서, TLS 시그니처는 CCCL18, CCL19, CCL21, CXCL13, LAMP3, LTB, IL7R, MS4A1, CCL2, CCL3, CCL4, CCL5, CCL8, CXCL10, CXCL11, CXCL9, CD3, LTA, IL17, IL23, IL21, IL7, 또는 이들의 조합을 포함하는 유전자로부터의 유전자의 발현을 포함한다.
일부 실시양태에서, TIS 시그니처는 CCL5, CD27, CD274, CD276, CD8A, CMKLR1, CXCL9, CXCR6, HLA-DQA1, HLA-DRB1, HLA-E, IDO1, LAG3, NKG7, PDCD1LG2, PSMB10, STAT1, TIGIT 또는 이들의 조합을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처는 CCR7, CD27, CD45RO, FLT3LG, GRAP2, IL16, IL7R, LTB, S1PR1, SELL, TCF7, CD62L, PLAC8, SORL1, MGAT4A, FAM65B, PXN, A2M, ATM, C20orf112, GPR183, EPB41, ADD3, GRAP2, KLRG1, GIMAP5, TC2N, TXNIP, GIMAP2, TNFAIP8, LMNA, NR4A3, CDKN1A, KDM6B, ELL2, TIPARP, SC5D, PLK3, CD55, NR4A1, REL, PBX4, RGCC, FOSL2, SIK1, CSRNP1, GPR132, GLUL, KIAA1683, RALGAPA1, PRNP, PRMT10, FAM177A1, CHMP1B, ZC3H12A, TSC22D2, P2RY8, NEU1, ZNF683, MYADM, ATP2B1, CREM, OAT, NFE2L2, DNAJB9, SKIL, DENND4A, SERTAD1, YPEL5, BCL6, EGR1, PDE4B, ANXA1, SOD2, RNF125, GADD45B, SELK, RORA, MXD1, IFRD1, PIK3R1, TUBB4B, HECA, MPZL3, USP36, INSIG1, NR4A2, SLC2A3, PER1, S100A10, AIM1, CDC42EP3, NDEL1, IDI1, EIF4A3, BIRC3, TSPYL2, DCTN6, HSPH1, CDK17, DDX21, PPP1R15B, ZNF331, BTG2, AMD1, SLC7A5 POLR3E, JMJD6, CHD1, TAF13, VPS37B, GTF2B, PAF1, BCAS2, RGPD6, TUBA4A, TUBA1A, RASA3, GPCPD1, RASGEF1B, DNAJA1, FAM46C, PTP4A1, KPNA2, ZFAND5, SLC38A2, PLIN2, HEXIM1, TMEM123, JUND, MTRNR2L1, GABARAPL1, STAT4, ALG13, FOSB, GPR65, SDCBP, HBP1, MAP3K8, RANBP2, FAM129A, FOS, DDIT3, CCNH, RGPD5, TUBA1C, ATP1B3, GLIPR1, PRDM2, EMD, HSPD1, MORF4L2, IL21R, NFKBIA, LYAR, DNAJB6, TMBIM1, PFKFB3, MED29, B4GALT1, NXF1, BIRC2, ARHGAP26, SYAP1, DNTTIP2, ETF1, BTG1, PBXIP1, MKNK2, DEDD2, AKIRIN1, 또는 이들의 임의의 조합을 포함하는 유전자 또는 코딩하는 유전자로부터의 유전자의 발현을 포함한다.
일부 실시양태에서, HLA-E/CD94 시그니처는 유전자 CD94(KLRD1), CD94 리간드, HLA-E, KLRC1(NKG2A), KLRB1(NKG2C) 또는 이들의 임의의 조합으로부터의 유전자의 발현을 포함한다.
일부 실시양태에서, HLA-E/CD94 시그니처는 HLA-E:CD94 상호작용 수준을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, NK 세포 시그니처는 유전자 CD56, CCL2, CCL3, CCL4, CCL5, CXCL8, IFN, IL-2, IL-12, IL-15, IL-18, NCR1, XCL1, XCL2, IL21R, KIR2DL3, KIR3DL1, KIR3DL2, NCAM1, 또는 이들의 조합으로부터의 유전자의 발현을 포함한다.
일부 실시양태에서, MHC 클래스 II 시그니처는 HLA-DMA, HLA-DNB, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQA1, HLA-DQA2, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRA, HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4, HLA-DRB5 또는 이들의 조합을 포함하는 HLA인 유전자로부터의 유전자의 발현을 포함한다.
일 실시양태에서, 본원에서 고려되는 방법은 (i) 환자로부터 수집된 샘플이, 환자가 (a) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 제1 치료제에 대해 항종양 반응을 가질 가능성이 있는지를 예측하는 바이오마커에 대해 양성 또는 음성인지를 결정하는 단계, 및 (ii) 바이오마커가 존재하는 경우 제1 치료제를 포함하는 치료 요법으로 환자를 치료하거나, 바이오마커가 부재하는 경우 제1 치료제를 포함하지 않는 치료 요법으로 환자를 치료하는 단계를 포함하고; 바이오마커는 TLS 시그니처는 3차 림프 구조(TLS) 시그니처를 포함하는 TME 유전자 시그니처의 서브세트를 포함하고; TLS 시그니처는 유전자 CCL18, CCL19, CCL21, CXCL13, LAMP3, LTB, MS4A1, 또는 이들의 조합으로부터의 유전자를 포함한다.
일 측면에서, 암 치료를 필요로 하는 대상체에게 치료학적 유효량의 암 치료제를 투여하는 단계를 포함하는, 상기 환자에서 암을 치료하는 방법으로서, 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 갖고, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성은 대상체에서 하나 이상의 유전적 변이의 존재와 연관되고, 대상체는 검정으로 하나 이상의 유전적 변이의 존재에 대해 시험되었고 하나 이상의 유전적 변이를 갖는 것으로 확인되었고, 하나 이상의 유전적 변이는 (i) R158C ApoE 단백질을 코딩하는 서열을 포함하는 ApoE2 대립유전자 유전적 변이 또는 (ii) C112R ApoE 단백질을 코딩하는 서열을 포함하는 ApoE4 대립유전자 유전적 변이를 포함하는 ApoE 대립유전자 유전적 변이를 포함하는 것인 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 암은 흑색종이다.
일부 실시양태에서, 대상체는 ApoE2 대립유전자 유전적 변이에 대해 동형접합성이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 ApoE2 대립유전자 유전적 변이에 대해 이형접합성이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 ApoE4 대립유전자 유전적 변이에 대해 동형접합성이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 ApoE4 대립유전자 유전적 변이에 대해 이형접합성이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 R158C ApoE 단백질 또는 C112R ApoE 단백질이 아닌 ApoE 단백질을 코딩하는 서열을 포함하는 ApoE 대립유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 R158C ApoE 단백질 또는 C112R ApoE 단백질이 아닌 ApoE 단백질을 코딩하는 서열을 포함하는 ApoE3 대립유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 rs7412-T 및 rs429358-T를 갖는다. 일부 실시양태에서, 대상체는 rs7412-C 및 rs429358-C를 갖는다. 일부 실시양태에서, ApoE3 대립유전자에 대해 동형접합성인 참조 대상체는 암 치료제에 대해 감소된 반응 가능성을 갖는다.
일부 실시양태에서, 검정은 유전자 검정이다.
일부 실시양태에서, 암 치료제는 (i) 단백질의 암 에피토프를 포함하는 하나이상의 펩티드, (ii) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (iii) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (iv) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 암 에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함한다.
일부 실시양태에서, 암 치료제는 면역억제제를 포함한다.
일부 실시양태에서, 암 치료제는 항-PD1 항체를 포함한다.
일부 실시양태에서, 암 치료제는 니볼루맙 또는 펨브롤리주맙을 포함한다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 유전적 변이는 chr19:44908684 T>C를 포함하고; 하나 이상의 유전적 변이의 염색체 위치는 UCSC hg38에 대해 정의된다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 유전적 변이는 chr19:44908822 C>T를 포함하고, 하나 이상의 유전적 변이의 염색체 위치는 UCSC hg38에 대해 정의된다.
일부 실시양태에서, 방법은 투여 전에 검정으로 하나 이상의 유전적 변이의 존재에 대해 대상체를 시험하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 바이오마커 양성 환자에게 제1 치료제, 변경된 용량 또는 시간 간격의 제1 치료제, 또는 제2 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 바이오마커 양성 환자에게 제1 치료제, 변경된 용량 또는 시간 간격의 제1 치료제, 또는 제2 치료제를 투여하지 않는 단계를 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 바이오마커 양성 환자에게 증가된 용량의 제1 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 바이오마커 양성 또는 음성 환자에 대한 제1 치료제의 투여 시간 간격을 변경하는 단계를 추가로 포함한다.
일 측면에서, 암 또는 종양을 갖는 환자가 (a) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 제1 치료제의 투여에 대해 항종양 반응을 가질 가능성을 예측하는 치료 중 바이오마커의 존재 또는 부재에 대해 상기 환자를 시험하는 방법으로서, 방법은 (i) 환자로부터 수집된 종양으로부터 대표적인 기준선 샘플을 수득하는 단계; (ii) 기준선 샘플에서 TME 시그니처의 각각의 유전자의 기준선 발현 수준을 측정하는 단계; (iii) 측정된 기준선 발현 수준을 정규화하는 단계; (iv) 정규화된 기준선 발현 수준으로부터 TME 유전자 시그니처에 대한 기준선 TME 유전자 시그니처 점수를 계산하는 단계; (v) 처리 후 시간에 환자로부터 수집된 종양으로부터 대표적인 샘플을 수득하는 단계; (vi) 처리 후 기간에 환자로부터 수집된 종양으로부터의 대표적인 샘플에서 TME 유전자 시그니처의 각각의 유전자의 처리 후 발현 수준을 측정하는 단계; (vii) 각각의 측정된 처리 후 발현 수준을 정규화하는 단계; (viii) 정규화된 발현 수준으로부터 TME 유전자 시그니처의 각각의 유전자에 대한 처리 후 TME 유전자 시그니처 점수를 계산하는 단계; (ix) 측정된 발현 수준으로부터 TME 유전자 시그니처의 각각의 유전자에 대한 처리 후 TME 유전자 시그니처 점수를 계산하는 단계; (x) 처리 후 TME 유전자 시그니처 점수를 기준선 TME 유전자 시그니처 점수와 비교하는 단계, 및 (xi) 환자를 제1 치료제로부터의 지속적인 임상 이익(DCB)과 관련된 결과에 대해 바이오마커 양성 또는 바이오마커 음성으로 분류하는 단계를 포함하고; 기준선 TME 유전자 시그니처 점수의 획득, 측정, 정규화 및 계산은 처리 후 TME 유전자 시그니처 점수의 획득, 측정, 정규화 및 계산 이전에 또는 이와 동시에 수행될 수 있고; 바이오마커 양성 환자는 제1 치료제로 DCB를 경험할 가능성이 있는 것으로 결정하는 것인 방법이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, TME 유전자 시그니처에서 정규화된 기준선 발현과 비교하여 유전자의 더 높은 정규화된 발현은 (a) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 치료제로의 DCB에 대한 양성 바이오마커 분류와 연관된다.
일부 실시양태에서, DCB가 있는 환자는 정규화된 기준선 발현과 비교하여 B 세포 활성화 시그니처에서 더 높은 정규화된 유전자 발현을 갖는다.
일부 실시양태에서, DCB가 있는 환자는 정규화된 기준선 발현과 비교하여 MHC 클래스 II 시그니처에서 더 높은 정규화된 유전자 발현을 갖는다.
일부 실시양태에서, DCB가 있는 환자는 정규화된 기준선 발현과 비교하여 NK 세포 시그니처에서 더 높은 정규화된 유전자 발현을 갖는다.
일부 실시양태에서, DCB가 있는 환자는 정규화된 기준선 발현과 비교하여 CD94 및/또는 HLA-E의 더 높은 정규화된 유전자 발현을 갖고/갖거나; CD94와의 더 높은 HLA-E 상호작용을 갖는다.
일부 실시양태에서, 정규화된 기준선 발현과 비교하여 CD19, CD20, CD21, CD3, CD22, CD24, CD27, CD38, CD40, CD72, CD79a, IGKC, IGHD, MZB1, TNFRSF17, MS4A1, CD138, CCL18, CCL19, CCL21, CXCL13, LAMP3, LTB, MS4A1, CCR7, CD27, CD45RO, FLT3LG, GRAP2, IL16, IL7R, LTB, S1PR1, SELL, TCF7, CD62L, CD94(KLRD1), KLRC1(NKG2A), KLRB1(NKG2C), HLA-E, HLA-DMA, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQB1, HLA-DRA, CD56, CCL2, CCL3, CCL4, CCL5, CXCL8, IFN, IL-2, IL-12, IL-15, IL-18, NCR1, XCL1, XCL2, IL21R, KIR2DL3, KIR3DL1, KIR3DL2, CCL5, CD27, CD274, CD276, CD8A, CMKLR1, CXCL9, CXCR6, HLA-DQA1, HLA-DRB1, HLA-DRB5, HLA-E, IDO1, LAG3, NKG7, PDCD1LG2, PSMB10, STAT1, TIGIT를 코딩하는 유전자 중 임의의 하나 이상의 더 높은 정규화된 유전자 발현은 치료제로의 DCB에 대한 양성 바이오마커 분류와 연관된다.
일부 실시양태에서, TME 유전자 시그니처에서 정규화된 기준선 발현과 비교하여 유전자의 더 낮은 정규화된 발현은 (a) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 치료제로의 DCB에 대한 양성 바이오마커 분류와 연관된다.
일부 실시양태에서, B7-H3의 더 낮은 정규화된 발현은 치료제로의 DCB에 대한 양성 바이오마커 분류와 연관된다.
일부 실시양태에서, 정규화된 기준선 발현과 비교하여 유전자의 정규화된 발현의 증가는 약 1.1 내지 약 100배 범위이다.
일부 실시양태에서, 정규화된 기준선 발현과 비교하여 유전자의 정규화된 발현의 감소는 약 1.1 내지 100배 범위이다.
일부 실시양태에서, 암 또는 종양은 흑색종이다.
일부 실시양태에서, 종양, 종양 미세환경 또는 말초 혈액으로부터의 유전자 시그니처는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 또는 약 50개 유전자 또는 유전자 생성물의 세트를 포함한다. 일부 실시양태에서, 대상체에 대한 치료의 지속적인 임상 이익의 결정은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 또는 약 50개 유전자 또는 유전자 생성물의 세트를 포함하는 종양, 종양 미세환경, 및/또는 말초 혈액으로부터의 유전자 시그니처의 결정을 필요로 한다.
일부 실시양태에서, 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드를 포함하는 치료제는 HLA 결합 예측 플랫폼, neomhc(RECON) 버전 1, 2 또는 3에 의해 예측되는 펩티드의 군으로부터 선택되고, HLA 결합 예측 플랫폼은 기계 학습 알고리즘을 갖는 컴퓨터 기반 프로그램이고, 기계 학습에서 알고리즘은 펩티드 아미노산 서열 정보, 구조 정보, 회합 및/또는 해리 동역학 정보 및 질량 분광측정 정보를 포함하는 펩티드 및 회합하는 인간 백혈구 항원과 관련된 다수의 정보를 통합한다.
이전 실시양태 중 어느 한 실시양태의 방법에서, 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드는 공유된 네오항원이다.
일부 실시양태에서, 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드는 환자 특이적 네오항원이다.
일부 실시양태에서, 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 또는 약 50개 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드는 다수의 유전자에 의해 코딩되는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 또는 약 50개 펩티드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 종양으로부터의 대표적인 생물학적 샘플은 종양 생검 샘플을 포함한다.
일부 실시양태에서, 종양으로부터의 대표적인 샘플은 종양의 세포, 조직 또는 체액으로부터 추출된 총 RNA를 포함한다.
일부 실시양태에서, DCB의 TME 유전자 시그니처로부터의 대표적인 샘플 내에서 검출하는 것은 실시간 정량적 PCR에 의한 것이다.
일부 실시양태에서, DCB의 TME 유전자 시그니처로부터의 대표적인 샘플 내에서 검출하는 것은 유동 세포측정에 의한 것이다.
일부 실시양태에서, DCB의 TME 시그니처로부터 대표 샘플 내에서 검출하는 것은 마이크로어레이 분석에 의한 것이다.
일부 실시양태에서, DCB의 TME 유전자 시그니처로부터의 대표적인 샘플 내에서 검출하는 것은 나노스트링 검정에 의한 것이다.
일부 실시양태에서, DCB의 TME 유전자 시그니처로부터의 대표적인 샘플 내에서 검출하는 것은 RNA 시퀀싱에 의한 것이다.
일부 실시양태에서, DCB의 TME 유전자 시그니처로부터의 대표적인 샘플 내에서 검출하는 것은 단일 세포 RNA 시퀀싱에 의한 것이다.
일부 실시양태에서, DCB의 TME 유전자 시그니처로부터의 대표적인 샘플 내에서 검출하는 것은 ELISA에 의한 것이다.
일부 실시양태에서, DCB의 TME 유전자 시그니처로부터의 대표적인 샘플 내에서 검출하는 것은 ELISPOT에 의한 것이다.
일부 실시양태에서, DCB의 TME 유전자 시그니처로부터의 대표적인 샘플 내에서 검출하는 것은 질량 분광측정에 의한 것이다.
일부 실시양태에서, DCB의 TME 유전자 시그니처로부터의 대표적인 샘플 내에서 검출하는 것은 공초점 현미경에 의한 것이다.
일부 실시양태에서, DCB의 TME 유전자 시그니처로부터의 대표적인 샘플 내에서 검출하는 것은 세포성 세포독성 검정이다.
일부 실시양태에서, 환자에게 하나 이상의 추가의 항종양 요법을 공동투여한다.
일부 실시양태에서, 종양으로부터 대표적인 샘플을 수득하는 것은 환자의 성분채집 샘플로부터 수득하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 종양으로부터 대표적인 샘플을 수득하는 것은 종양 생검 샘플을 수득하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 종양으로부터 대표적인 샘플을 수득하는 것은 환자로부터 혈액을 수득하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 종양으로부터 대표적인 샘플을 수득하는 것은 환자로부터 조직액을 수득하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 환자의 대표적인 생물학적 샘플은 치료제 투여 후 0일, 또는 적어도 1일, 적어도 2일, 적어도 3일, 적어도 4일, 적어도 5일, 적어도 6일, 적어도 7일, 적어도 8일, 적어도 9일, 적어도 10일, 적어도 11일, 적어도 12일, 적어도 13일, 적어도 14일, 적어도 15일, 적어도 16일, 적어도 17일, 적어도 18일, 적어도 19일, 적어도 20일, 적어도 21일, 적어도 22일, 적어도 23일, 적어도 24일, 적어도 25일, 적어도 26일, 적어도 27일, 적어도 28일, 적어도 29일, 적어도 30일, 또는 적어도 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 1년 또는 적어도 2년에 단리되고, 치료제는 제1 치료제이다.
일부 실시양태에서, 처리 후 TME 유전자 시그니처 점수를 기준선 TME 유전자 시그니처 점수와 비교하는 것은 유전자 세트의 TME 유전자 시그니처 점수의 가중 평균을 비교하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 유전자 세트는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 또는 약 50개 유전자를 포함한다.
일 측면에서, 종양에서 종양 네오항원 특이적 T 세포의 유도를 결정하는 방법으로서, 방법은 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 상호작용 시그니처, NK 세포 시그니처, 및 MHC 클래스 II 시그니처를 포함하는 지속적인 임상 이익(DCB)의 하나 이상의 종양 미세환경(TME) 시그니처를 검출하는 단계를 포함하고, 시그니처의 적어도 하나는 조성물을 투여하기 전에 상응하는 대표적인 샘플과 비교하여 변경되는 것인 방법이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 지속적인 임상 이익(DCB)의 하나 이상의 종양 미세환경(TME) 유전자 시그니처는 기준선 측정과 비교하여 CD107a, IFN-γ, 또는 TNF-α, GZMA, GZMB, PRF1의 더 높은 유전자 발현을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, (a) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 치료제는 네오항원 펩티드 백신을 포함한다.
일부 실시양태에서, 대표적인 기준선 샘플은 치료 전 시간에 환자로부터 수집된 샘플이다.
일부 실시양태에서, 치료는 (a) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 치료제의 투여를 포함한다.
일부 실시양태에서, 대표적인 기준선 샘플은 보관된 샘플이다.
일부 실시양태에서, 대표적인 기준선 샘플은 환자로부터의 보관된 샘플이다.
일 측면에서, 바이오마커에 대해 양성 판정된 환자에서 암을 치료하는 데 사용하기 위한 약학 조성물로서, 조성물은 (a) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 치료제; 및 적어도 하나의 약학적으로 허용되는 부형제를 포함하고; 바이오마커는 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, 및 MHC 클래스 II 시그니처를 포함하는 TME 유전자 시그니처로 이루어진 군으로부터 선택되는 유전자 시그니처를 포함하는 치료 중 바이오마커인 약학 조성물이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 치료제는 네오항원 펩티드 백신이다.
일부 실시양태에서, TME 유전자 시그니처는 CD19, CD20, CD21, CD3, CD22, CD24, CD27, CD38, CD40, CD72, CD79a, IGKC, IGHD, MZB1, MS4A1, CD138, BLK, FAM30A, FCRL2, MS4A1, PNOC, SPIB, TCL1A, TNFRSF17 또는 이들의 조합을 포함하는 유전자를 포함하는 B 세포 시그니처; CCL18, CCL19, CCL21, CXCL13, LAMP3, LTB, MS4A1, 또는 이들의 조합을 포함하는 유전자를 포함하는 TLS 시그니처; CCR7, CD27, CD45RO, CCR7, FLT3LG, GRAP2, IL16, IL7R, LTB, S1PR1, SELL, TCF7, CD62L, 또는 이들의 조합을 포함하는 유전자를 포함하는 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처; CD94(KLRD1), CD94 리간드, HLA-E, KLRC1(NKG2A), KLRB1(NKG2C) 또는 이들의 조합을 포함하는 유전자를 포함하는 HLA-E/CD94 시그니처 또는 HLA-E:CD94 상호작용 수준을 포함하는 HLA-E/CD94 시그니처; CD56, CCL2, CCL3, CCL4, CCL5, CXCL8, IFN, IL-2, IL-12, IL-15, IL-18, NCR1, XCL1, XCL2, IL21R, KIR2DL3, KIR3DL1, KIR3DL2 또는 이들의 조합을 포함하는 유전자를 포함하는 NK 세포 시그니처; HLA-DMA, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQB1, HLA-DRA, HLA-DRB1, HLA-DRB5 또는 이들의 조합을 포함하는 HLA인 유전자를 포함하는 MHC 클래스 II 시그니처; 또는 상기의 서브세트를 포함한다.
또 다른 측면에서, 약학 조성물을 포함하는 약물 제품으로서, 약학 조성물은 (a) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR); 및 적어도 하나의 약학적으로 허용되는 부형제를 포함하고; 약학 조성물은 기준선 바이오마커 또는 치료 중 바이오마커에 대해 양성 시험 결과를 갖는 환자에서 암을 치료하기 위해 표시되고, 기준선 바이오마커 또는 치료 중 바이오마커는 하기를 포함하는 유전자 시그니처를 포함하는 것인 약물 제품이 본원에 제공된다: CD19, CD21, CD22, CD24, CD27, CD38, CD40, CD72, CD3, CD79a, CD79b, IGKC, IGHD, MZB1, TNFRSF17, MS4A1 (cd20), CD138, TNFRSR13B, GUSPB11, BAFFR, AID, IGHM, IGHE, IGHA1, IGHA2, IGHA3, IGHA4, BCL6, FCRLA 및 이들의 조합으로부터 선택되는 유전자의 발현을 포함하는 B 세포 시그니처; CCL18, CCL19, CCL21, CXCL13, LAMP3, LTB, IL7R, MS4A1, CCL2, CCL3, CCL4, CCL5, CCL8, CXCL10, CXCL11, CXCL9, CD3, LTA, IL17, IL23, IL21, IL7, 및 이들의 조합으로부터 선택되는 유전자의 발현을 포함하는 TLS 시그니처; CCR7, CD27, CD45RO, FLT3LG, GRAP2, IL16, IL7R, LTB, S1PR1, SELL, TCF7, CD62L, PLAC8, SORL1, MGAT4A, FAM65B, PXN, A2M, ATM, C20또는f112, GPR183, EPB41, ADD3, GRAP2, KLRG1, GIMAP5, TC2N, TXNIP, GIMAP2, TNFAIP8, LMNA, NR4A3, CDKN1A, KDM6B, ELL2, TIPARP, SC5D, PLK3, CD55, NR4A1, REL, PBX4, RGCC, FOSL2, SIK1, CSRNP1, GPR132, GLUL, KIAA1683, RALGAPA1, PRNP, PRMT10, FAM177A1, CHMP1B, ZC3H12A, TSC22D2, P2RY8, NEU1, ZNF683, MYADM, ATP2B1, CREM, OAT, NFE2L2, DNAJB9, SKIL, DENND4A, SERTAD1, YPEL5, BCL6, EGR1, PDE4B, ANXA1, SOD2, RNF125, GADD45B, SELK, RORA, MXD1, IFRD1, PIK3R1, TUBB4B, HECA, MPZL3, USP36, INSIG1, NR4A2, SLC2A3, PER1, S100A10, AIM1, CDC42EP3, NDEL1, IDI1, EIF4A3, BIRC3, TSPYL2, DCTN6, HSPH1, CDK17, DDX21, PPP1R15B, ZNF331, BTG2, AMD1, SLC7A5 POLR3E, JMJD6, CHD1, TAF13, VPS37B, GTF2B, PAF1, BCAS2, RGPD6, TUBA4A, TUBA1A, RASA3, GPCPD1, RASGEF1B, DNAJA1, FAM46C, PTP4A1, KPNA2, ZFAND5, SLC38A2, PLIN2, HEXIM1, TMEM123, JUND, MTRNR2L1, GABARAPL1, STAT4, ALG13, FOSB, GPR65, SDCBP, HBP1, MAP3K8, RANBP2, FAM129A, FOS, DDIT3, CCNH, RGPD5, TUBA1C, ATP1B3, GLIPR1, PRDM2, EMD, HSPD1, MORF4L2, IL21R, NFKBIA, LYAR, DNAJB6, TMBIM1, PFKFB3, MED29, B4GALT1, NXF1, BIRC2, ARHGAP26, SYAP1, DNTTIP2, ETF1, BTG1, PBXIP1, MKNK2, DEDD2, AKIRIN1, 및 이들의 조합으로부터 선택되는 유전자의 발현을 포함하는 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처; CD94(KLRD1), CD94 리간드, HLA-E, 및 이들의 조합으로부터 선택되는 유전자의 발현을 포함하는 HLA-E/CD94 시그니처, 또는 HLA-E:CD94 상호작용 수준; CD56, CCL2, CCL3, CCL4, CCL5, CXCL8, IFN, IL-2, IL-12, IL-15, IL-18, NCR1, XCL1, XCL2, IL21R, KIR2DL3, KIR3DL1, KIR3DL2, NCAM1, 및 이들의 조합으로부터 선택되는 유전자의 발현을 포함하는 NK 세포 시그니처; HLA-DMA, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQB1, HLA-DRA, HLA-DRB1, HLA-DRB5 및 이들의 조합으로부터 선택되는 유전자의 발현을 포함하는 MHC 클래스 II 시그니처; 또는 상기 중 임의의 것의 조합 또는 서브세트.
참조에 의한 삽입
본 명세서에 언급된 모든 공개문, 특허 및 특허 출원은 각각의 개별 공개문, 특허 또는 특허 출원이 참조로 포함되는 것으로 구체적이고 개별적으로 표시되는 것과 같이 동일한 정도로 참조로 본원에 포함된다. 참조로 포함된 공개문 및 특허 또는 특허 출원이 명세서에 함유된 개시내용과 모순되는 한, 본 명세서는 임의의 이러한 모순되는 자료를 대체하고/하거나 이를 우선하도록 의도된다.
본 발명의 새로운 특징은 첨부된 실시양태에서 구체적으로 설명된다. 본 발명의 특징 및 이점에 대한 더 나은 이해는 본 발명의 원리가 활용되는 예시적인 실시양태를 설명하는 하기의 상세한 설명 및 첨부 도면 (또한 "도")을 참조하여 얻을 수 있다.
도 1은 네오항원 펩티드 백신 및 니볼루맙을 사용한 치료 요법 및 평가 일정의 예시적인 개략도이다. 사용된 약어: NSCLC, 비-소세포 폐암.
도 2는 DCB가 있는 처리 전 흑색종 환자 및 DCB가 없는 처리 전 흑색종 환자로부터의 샘플에서 종양 내에서 이미 존재하지만 억제된 적응 면역 반응을 측정하는 18-유전자 TIS 시그니처를 나타내는 그래프이다[왼쪽 패널]. 오른쪽 패널은 DCB가 있는 흑색종 환자 및 DCB가 없는 흑색종 환자로부터의 처리 전 종양 샘플 내에서 종양 돌연변이 부담(TMB)의 예시적인 그래프를 나타낸다.
도 3a는 처리를 받기 전(왼쪽 그래프, 처리 전), 니볼루맙 처리 후(중간 그래프, 백신 전), 니볼루맙 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후(오른쪽 그래프, 백신 후) (DCB가 있는 및 DCB가 없는) 흑색종 환자의 CD8+ T 세포 시그니처의 예시적인 그래프를 나타낸다. CD8+ T 세포 시그니처는 DCB가 있는 흑색종 환자에서 증가된다.
도 3b는 처리를 받기 전(왼쪽 그래프, 처리 전), 니볼루맙 처리 후(중간 그래프, 백신 전), 및 니볼루맙 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후(오른쪽 그래프, 백신 후) 흑색종 환자(DCB가 있는 환자 및 DCB가 없는 환자)의 메모리 및/또는 이펙터-유사 TCF7+ CD8+ T 세포 시그니처의 예시적인 그래프를 나타낸다. TCF7+ CD8+ T 세포 시그니처는 DCB가 있는 흑색종 환자에서 증가된다. 메모리 및/또는 이펙터-유사 TCF7+ CD8 T 세포 관련된 시그니처는 메모리- 및/또는 이펙터-유사 표현형과 일치하는 유전자를 발현하고 줄기-유사 전사 인자 TCF7을 발현하는 CD8+ T 세포 서브-클러스터로부터 유래되었다. 이 유전자 시그니처의 더 높은 발현은 DCB와 연관되고, 전이성 흑색종 환자의 결과를 예측한다.
도 4a는 흑색종 종양 생검의 다중 면역조직화학의 대표적인 일련의 현미경사진을 나타낸다. CD8+ T 세포, TCF7, 종양 세포(S100) 및 핵 염색 DAPI에 대한 마커는 처리 전, 백신 전 및 백신 후 시점에서 DCB가 있는 환자 및 DCB가 없는 환자의 CD8+ T 세포에서 TCF7의 발현을 조사하는 데 동시에 사용되었다. 각각의 코호트로부터의 대표적인 환자가 표시된다. 축척 바는 50 μm를 나타낸다.
도 4b는 네오항원 펩티드 백신을 사용한 백신접종 전(처리 전) 및 백신접종 후(백신 후) DCB 환자 샘플과 DCB가 없는 환자 샘플 사이의 TCF7+ CD8+ T 세포 시그니처의 차등 수준을 보여주는 그래프를 나타낸다.
도 4c는 도 4a에 제시된 동일한 환자의 2개의 현미경사진을 나타내며, 처리 전 종양 생검 상의 종양 마커 S100, CD8+ T 세포 마커 CD8, 전사 인자 TCF7 및 핵 염색 DAPI에 대한 다중 조직면역화학을 나타낸다.
도 5a는 처리를 받기 전(왼쪽 그래프, 처리 전), 니볼루맙 처리 후 (중간 그래프, 백신 전), 및 니볼루맙 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후(오른쪽 그래프, 백신 후) 흑색종 환자(DCB가 있는 흑색종 환자 및 DCB가 없는 흑색종 환자)의 B 세포 시그니처의 비교를 보여주는 그래프를 나타낸다. 데이터는 더 높은 B 세포 시그니처가 흑색종 환자에서 DCB와 연관됨을 나타낸다. DCB가 있는 환자는 처리 전 및 처리 과정 동안 더 높은 IO360 B 세포 시그니처를 갖는다.
도 5b는 처리를 받기 전(왼쪽 그래프, 처리 전), 니볼루맙 처리 후 (중간 그래프, 백신 전), 및 니볼루맙 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후(오른쪽 그래프, 백신 후) 흑색종 환자(DCB가 있는 흑색종 환자 및 DCB가 없는 흑색종 환자)의 B 세포 연관된 유전자의 개별 유전자 발현의 히트 맵을 나타낸다. B 세포와 연관된 개별 유전자의 발현은 또한 처리 과정 동안 DCB가 있는 환자에서 증가된다.
도 6은 처리를 받기 전(왼쪽 그래프, 처리 전), 니볼루맙 처리 후 (중간 그래프, 백신 전), 및 니볼루맙 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후(오른쪽 그래프, 백신 후) 흑색종 환자(DCB가 있는 흑색종 환자 및 DCB가 없는 흑색종 환자)의 TLS 시그니처의 비교를 보여주는 그래프를 나타낸다. 데이터는 TLS 시그니처가 DCB가 있는 환자와 연관됨을 나타낸다. TLS 시그니처는 케모카인, 시토카인 및 특정 세포 집단을 포함하여 TLS와 연관된 유전자를 사용하여 유도되고 계산되었다.
도 7은 TLS 시그니처가 TME 내에서 B 세포 시그니처와 고도로 상관관계가 있고 림프절 생검과 무관함을 보여주는 그래프를 나타낸다.
도 8a는 흑색종 종양 생검의 다중 면역조직화학의 대표적인 일련의 현미경사진을 나타낸다. B 세포(CD20), T 세포(CD3), 종양 세포(S100) 및 핵 염색 DAPI에 대한 마커는 처리 전, 백신 전 및 백신 후 시점에서 DCB가 있는 흑색종 환자 및 DCB가 없는 흑색종 환자에서 TLS를 조사하는 데 동시에 사용되었다. 클러스터 또는 개별 B 세포는 흰색 화살표로 표시되고, T 세포는 황색 화살표로 표시된다. 축척 바는 50 μm를 나타낸다.
도 8b는 처리를 받기 전(왼쪽 그래프, 처리 전) 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리 후(오른쪽 그래프, 백신 후) 흑색종 환자(DCB가 있는 흑색종 환자 및 DCB가 없는 흑색종 환자)의 B 세포 시그니처의 비교를 보여주는 그래프를 나타낸다.
도 8c는 도 8a에 제시된 동일한 환자의 2개의 현미경사진을 나타내며, 백신접종 전 종양 생검 상의 종양 마커 S100, B 세포 마커 CD20, T 세포 마커 CD3 및 핵 염색 DAPI에 대한 다중 면역조직화학을 나타낸다.
도 9는 처리를 받기 전(왼쪽 그래프, 처리 전), 니볼루맙 처리 후(중간 그래프, 백신 전), 니볼루맙 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후(오른쪽 그래프, 백신 후) 흑색종 환자(DCB가 있는 흑색종 환자 및 DCB가 없는 흑색종 환자)의 세포독성 CD56dim NK 세포 시그니처의 비교를 보여주는 그래프를 나타낸다. 세포독성 CD56dim NK 세포와 연관된 유전자 발현은 DCB가 있는 환자에서 더 높다. 세포용해성 CD56dim NK 세포와 연관된 유전자의 발현은 처리 후(백신 후) DCB가 있는 환자에서 증가되고, 백신 후 시점에서 DCB가 없는 환자보다 상당히 더 높다. 세포용해성 CD56dim NK 세포는 ADCC를 통해 종양 세포를 인식하고 사멸시킬 수 있으며, 이는 B 세포의 잠재적인 역할 및 NCR을 통한 직접적인 세포 용해를 시사한다.
도 10a는 처리를 받기 전(왼쪽 그래프, 처리 전), 니볼루맙 처리 후(중간 그래프, 백신 전), 니볼루맙 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후(오른쪽 그래프, 백신 후) 흑색종 환자(DCB가 있는 흑색종 환자 및 DCB가 없는 흑색종 환자)의 MHC-II 유전자 시그니처의 비교를 보여주는 그래프를 나타낸다. MHC 클래스 II 유전자 발현은 DCB와 연관된다. DCB가 있는 환자는 MHC 클래스 II의 발현이 더 높고, 처리 전 이 발현은 결과를 예측한다.
도 10b는 DCB가 있는 환자 및 DCB가 없는 환자에서 처리 전에 종양 생검에서 MHC-II 발현을 보여주는 현미경사진을 나타낸다. MHC 클래스 II는 DCB가 있는 환자에서 종양 세포 상에 발현된다.
도 11은 처리를 받기 전(왼쪽 그래프, 처리 전), 니볼루맙 처리 후(중간 그래프, 백신 전), 니볼루맙 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후(오른쪽 그래프, 백신 후) 흑색종 환자(DCB가 있는 흑색종 환자 및 DCB가 없는 흑색종 환자)의 억제 리간드 B7-H3 시그니처의 비교를 보여주는 그래프를 나타낸다. B7-H3 유전자 발현은 DCB가 없는 환자에서 더 높다.
도 12a는 니볼루맙 처리 후 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후 시간 경과에 따른 흑색종 대상체에서의 총 표적 병변 수의 변화 백분율을 보여주는 예시적인 데이터를 나타낸다.
도 12b는 환자에서 면역 반응을 생성한 환자당 투여된 백신 펩티드의 백분율을 나타내는 예시적인 그래프이다.
도 13a는 백신으로 처리하기 전 및 백신으로 처리한 후 대상체로부터의 1x106개 PBMC당 반점 형성 세포의 수의 그래프를 나타낸다.
도 13b는 백신으로 처리된 도 13a에 나타낸 대상체로부터의 샘플로부터 네오항원 특이적 CD4-T 세포 및 네오항원 특이적 CD8-T 세포의 백분율의 FACS 분석의 예시적인 묘사이다.
도 14a는 네오항원 펩티드 백신으로 처리하기 전 및 후에 사량체 양성의 FACS 분석의 예시적인 묘사이다.
도 14b는 처리를 받기 전, 니볼루맙 처리 후, 및 니볼루맙 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후 네오항원 특이적 TCR의 서열 판독의 수(정규화됨)를 나타낸다.
도 14c는 처리 전 환자로부터의 PBMC로 자극하고 돌연변이 RICTOR 펩티드 특이적 TCR로 형질도입한 후 카스파제 3 양성 A375-B51-01 세포의 백분율을 나타내는 예시적인 그래프이다.
도 15는 처리를 받기 전(왼쪽 그래프), 니볼루맙 처리 후(중간 그래프), 및 니볼루맙 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후(오른쪽 그래프) 흑색종 환자(DCB가 있는 흑색종 환자 및 DCB가 없는 흑색종 환자)로부터 취한 생검에서 예시적인 병리학 점수를 나타낸다.
도 16a는 처리를 받기 전, 니볼루맙 처리 후, 및 니볼루맙 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후 흑색종 환자(DCB가 있는 흑색종 환자 및 DCB가 없는 흑색종 환자)로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD8+ T 세포의 백분율로서 나이브 T 세포(CD19-, CD3+, CD8+, CD62L+ 및 CD45RA+)의 백분율을 보여주는 결과를 나타낸다(하단 오른쪽). 결과는 총 CD8+ T 세포의 20% 초과의 나이브 T 세포 집단으로 흑색종 환자의 처리는 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 더 적을 수 있음을 나타낸다. 결과는 총 CD8+ T 세포의 20% 이하의 나이브 T 세포 집단으로 흑색종 암 환자의 처리는 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 더 높을 수 있음을 나타낸다.
처리를 받기 전, 니볼루맙 처리 후, 및 니볼루맙 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후 흑색종 환자(DCB가 있는 흑색종 환자 및 DCB가 없는 흑색종 환자)로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD8+ T 세포의 백분율로서 이펙터 메모리 T 세포(CD19-, CD3+, CD8+, CD62L- 및 CD45RA-)의 백분율을 나타내는 결과도 나타낸다(하단 왼쪽). 결과는 총 CD8+ T 세포의 40% 미만의 이펙터 메모리 T 세포 집단으로 흑색종 환자의 처리는 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 더 적을 수 있음을 나타낸다. 결과는 총 CD8+ T 세포의 40% 초과의 이펙터 메모리 T 세포 집단으로 흑색종 암 환자의 처리는 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 더 높을 수 있음을 나타낸다.
도 16b는 처리를 받기 전 흑색종 환자(DCB가 있는 흑색종 환자 및 DCB가 없는 흑색종 환자)로부터의 말초 혈액 샘플에서 지니 계수를 보여주는 말초 TCR 레퍼토리 분석의 예시적인 그래프를 나타낸다. 결과는 DCB가 있는 환자에서 더 고르지 않은 TCR 빈도 분포가 더 많은 클론 T 세포 집단을 나타낼 수 있음을 나타낸다.
도 16c는 처리를 받기 전(왼쪽 그래프), 니볼루맙 처리 후(중간 그래프), 및 니볼루맙 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후(오른쪽 그래프) 흑색종 환자(DCB가 있는 흑색종 환자 및 DCB가 없는 흑색종 환자)로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD19+ B 세포의 백분율로서 나이브 B 세포(CD56-, CD3-, CD14-, CD19+, IgD+ 및 CD27-)의 백분율을 보여주는 결과를 나타낸다. 결과는 총 CD19+ B 세포의 70% 초과의 나이브 B 세포 집단으로 흑색종 환자의 처리는 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 더 적을 수 있음을 나타낸다. 결과는 총 CD19+ B 세포의 70% 이하의 나이브 B 세포 집단으로 흑색종 환자의 처리는 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 더 높을 수 있음을 나타낸다.
도 16d는 처리를 받기 전(왼쪽 그래프), 니볼루맙 처리 후(중간 그래프), 및 니볼루맙 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후(오른쪽 그래프) 흑색종 환자(DCB가 있는 흑색종 환자 및 DCB가 없는 흑색종 환자)로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD19+ B 세포의 백분율로서 클래스 전환된 메모리 B 세포(CD19+, IgD-, CD27+)의 백분율을 보여주는 결과를 나타낸다. 결과는 더 높은 수준의 클래스 전환된 메모리 B 세포는 지속적인 임상 이익이 없는 환자와 비교하여 지속적인 임상 이익을 갖는 환자에서 관찰되었음을 나타낸다. 결과는 총 CD19+ B 세포의 10% 초과의 클래스 전환된 메모리 B 세포 집단으로 흑색종 환자의 처리는 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 더 높을 수 있음을 나타낸다. 결과는 총 CD19+ B 세포의 10% 이하의 클래스 전환된 메모리 B 세포 집단으로 흑색종 환자의 처리는 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 더 적을 수 있음을 나타낸다.
도 16e는 처리를 받기 전에 흑색종 환자(DCB가 있는 흑색종 환자 및 DCB 없는 흑색종 환자)로부터의 TME 샘플의 세포로부터 RNA-seq에 의해 관찰된 기능적 Ig CDR3의 풍부도를 보여주는 결과를 나타낸다. 이들 예시적인 결과는 TME에서 더 높은 수준의 기능적 B 세포는 지속적인 임상 이익이 없는 환자와 비교하여 지속적인 임상 이익이 있는 환자에서 관찰되었음을 나타낸다. 이들 예시적인 결과는, 예컨대 TME 샘플의 세포로부터의 2^7개 미만의 기능적 Ig CDR3(예컨대, RNA-seq에 의해 관찰됨)로 흑색종 환자의 처리는 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 더 적을 수 있음을 나타낸다. 이들 예시적인 결과는, 예컨대 TME 샘플의 세포로부터의 2^7개 이상의 기능적 Ig CDR3(예컨대, RNA-seq에 의해 관찰됨)로 흑색종 환자의 처리는 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 더 높을 수 있음을 나타낸다.
도 16f는 처리를 받기 전(왼쪽 그래프), 니볼루맙 처리 후(중간 그래프), 및 니볼루맙 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후(오른쪽 그래프) NSCLC 환자(DCB가 있는 NSCLC 환자 및 DCB가 없는 NSCLC 환자)로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 Lin-/CD11c- 세포의 백분율로서 형질세포양 DC 집단(CD3-, CD19-, CD56-, CD14-, CD11c-, CD123+ 및 CD303+)의 백분율을 보여주는 결과를 나타낸다. 결과는 총 Lin-/CD11c- 세포의 3% 초과의 형질세포양 DC 집단으로 NSCLC 환자의 처리는 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 더 적을 수 있음을 나타낸다. 결과는 총 Lin-/CD11c- 세포의 3% 이하의 형질세포양 DC 집단으로 NSCLC 환자의 처리는 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 더 높을 수 있음을 나타낸다.
도 16g는 처리를 받기 전(왼쪽 그래프), 니볼루맙 처리 후(중간 그래프), 및 니볼루맙 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후(오른쪽 그래프) NSCLC 환자(DCB가 있는 NSCLC 환자 및 DCB가 없는 NSCLC 환자)로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD4+ T 세포의 백분율로서 CTLA4+ CD4 T 세포(CD3+, CD4+, CTLA4+)의 백분율을 보여주는 결과를 나타낸다. 결과는 DCB(9개월 PFS)가 있는 NSCLC 환자는 DCB가 없는 NSCLC 환자보다 더 낮은 수준의 CTLA4+ CD4 T를 가짐을 나타낸다. 결과는 총 CD4+ T 세포의 9% 초과의 CTLA4+ CD4 T 세포 집단으로 NSCLC 환자의 처리는 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 더 적을 수 있음을 나타낸다. 결과는 총 CD4+ T 세포의 9% 이하의 CTLA4+ CD4 T 세포 집단으로 NSCLC 환자의 처리는 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 더 높을 수 있음을 나타낸다.
도 16h는 처리를 받기 전, 니볼루맙 처리 후, 및 니볼루맙 및 네오항원 펩티드 백신으로 처리한 후 방광암 환자(DCB가 있는 환자 및 DCB가 없는 환자)로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD8+ T 세포의 백분율로서 메모리 CD8+ T 세포(CD3+, CD8+, CD45RA-, CD45RO+)의 백분율을 보여주는 예시적인 데이터를 나타낸다. 결과는 처리 시작 후 6개월 무진행 생존으로 정의되는 지속적인 임상 이익을 받은 환자는 백신 후 시점에 구체적으로 진행된 환자와 비교하여 더 높은 수준의 메모리 T 세포를 가졌음을 나타낸다. 이 마커는 처리 후 백신 효과를 평가하기 위한 기계적 마커로 사용될 수 있다. 결과는 백신 후 시점에서 총 CD8+ T 세포의 40% 미만 또는 55% 미만의 메모리 CD8+ T 세포 집단으로 방광암 환자의 처리는 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 더 적을 수 있음을 나타낸다. 결과는 총 CD8+ T 세포의 40% 이상 또는 55% 이상의 메모리 CD8+ T 세포 집단으로 방광암 환자의 처리는 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 더 높을 수 있음을 나타낸다.
도 16i는 FlowJo 소프트웨어를 사용한 CD4 및 CD8 T 세포 하위집단에 대한 예시적인 세포 게이팅 전략을 나타낸다. 게이팅은 싱글렛 및 세포로 시작하여 생, CD19- 세포, 이어서 CD3+, CD4+ vs. CD8+, 및 최종적으로 CD62L+ vs CD45RA+ 또는 CD45RO vs CD45RA에 대한 게이팅이 이어지는 도시된 순서로 수행되었다.
도 16ii는 FlowJo 소프트웨어를 사용한 B 세포 하위집단에 대한 예시적인 세포 게이팅 전략을 나타낸다. 게이팅은 세포 및 싱글렛으로 시작하여 생, CD3/CD14/CD56- 세포, 이어서 CD19+, 및 최종적으로 CD27 vs IgD에 대한 게이팅이 이어지는 도시된 순서로 수행되었다.
도 17은 니볼루맙 처리 후 및 네오항원 펩티드 백신으로의 처리 후 시간 경과에 따른 표시된 ApoE 유전자형을 갖는 흑색종 대상체에서 표적 병변의 총 수의 변화 백분율을 나타내는 예시적인 데이터를 나타낸다.
도 18은 네오항원 펩티드 백신 및 니볼루맙(nivo)을 사용한 치료 요법 및 평가 일정을 보여주는 개략도를 나타낸다. 니볼루맙 단독은 "니볼루맙" 타임라인에서 청색 화살표로 표시된 바와 같이 제0주에 시작하여 그 후 2주마다 투여되었다. 백신은 "nEO-PV-01" 타임라인에서 녹색 화살표로 표시된 바와 같이 제12주에 5개의 프라이밍 용량("클러스터 프라임")으로 시작하여 제19주에 "부스터 1" 용량 및 제23주에 "부스터 2" 용량으로 투여되었다. 백혈구성분채집 샘플을 "백혈구성분채집 타임라인"에서 적색 화살표로 표시된 바와 같이 제0주("처리 전(preT)"), 제10주 및 제20주에 요법의 투여를 시작하기 전에 수득하였다.
도 19a-19b는 처리 시 지속적인 임상 이익을 경험한(DCB) 흑색종 환자 또는 DCB를 나타내지 않은(DCB 없음) 흑색종 환자의 샘플에서 TCR 레퍼토리 다양성 및 빈도 분포의 분석으로부터의 대표적인 데이터를 나타내고; 지니 계수(Gini), DE50, 제곱의 합 및 샤논 엔트로피(샤논), 특유한 뉴클레오티드 CDR3(unqNT) 및 특유한 아미노산 CDR3(unqAA) 서열의 수로 측정되었다. 또한, CDR3 길이 및 카운트가 표시된다. 도 19a는 함께 풀링된 모든 시점에 대한 값을 나타낸다. 도 19b는 표시된 시간: PreT = 처리 전(제0주 니볼루맙 전); PreV = 백신 투여 전; PostV = 백신 투여 후에서의 값을 나타낸다.. 이들 값은 건강한 공여자(HD)에 대해 계산되었으며, preT 측정으로 라벨링된다. UnqNT, 특유한 뉴클레오티드; UnqAA, 특유한 아미노산; NS, 유의하지 않음.
도 20a-20c는 처리 시 지속적인 임상 이익을 경험한(DCB) 흑색종 환자, 또는 경험하지 않은(DCB 없음) 흑색종 환자, 및 건강한 공여자(HD)로부터의 샘플에서 TCR 빈도 범주에 기초한 TCR 레퍼토리 다양성의 분석으로부터의 대표적인 데이터를 나타낸다. 각각의 TCR 클론은 빈도에 따라 크기 지정/범주를 할당하였다(희귀, 소형, 중형, 대형 및 과확장됨). 도 20a는 풀링된 모든 시점에서 TCR 레퍼토리 빈도 크기의 평균 값을 보여주는 대표적인 데이터를 나타낸다. 건강한 공여자 샘플은 preT로 처리되었다. 도 20b는 5가지 모든 크기 범주에 대한 개별 분석 시점(tp)에서 DCB 환자 및 DCB가 없는 환자의 평균 빈도 값(평균 누적 빈도)을 나타낸다. 도 20c는 모든 크기 범주에 대한 개별 분석 시점(tp)에서 DCB 환자 및 DCB가 없는 환자 및 HD의 빈도 값(log10 스케일)을 나타낸다. 표시된 시점: PreT = 처리 전(제0주 니볼루맙 전); PreV = 백신 투여 전; PostV = 백신 투여 후; 진행됨, 52주 이후.
도 21a-21b는 불균등 평가에 의해 나타난 바와 같이 TCR 레퍼토리 다양성을 보여주는 대표적인 데이터를 나타낸다. 도 21a는 지니 계수 및 로렌츠 곡선에 의한 불균등의 예시적인 묘사를 나타낸다. 도 21b는 표시된 시점: PreT = 처리 전(제0주 니볼루맙 전); PreV = 백신 투여 전; PostV = 백신 투여 후에서 DCB 환자 샘플 및 DCB가 없는 환자 샘플, 및 건강한 공여자(HD)로부터 수득된 데이터를 나타낸다. DCB 환자 샘플은 로렌츠 곡선에 나타난 바와 같이 더 낮은 다양성 및 따라서 더 낮은 균등을 가졌다.
도 22a-22c는 젠센-샤논 발산(JSD)에 의해 나타난 바와 같이 TCR 레퍼토리 안정성을 보여주는 대표적인 데이터를 나타낸다. 도 22a는 JSD 데이터 범위 뒤에 있는 원리를 설명하는 그래픽 표현이다. 도 22a에 나타낸 바와 같이, 컬럼 A(T1)에 나타낸 예시적인 T 세포 레퍼토리와 컬럼 B(T2.1)에 나타낸 또 다른 T 세포 레퍼토리 사이의 수학적 차이는 T 세포 클론의 턴오버가 없음을 나타내며, 따라서 JSD는 0이다. 컬럼 A(T1)에 나타낸 예시적인 T 세포 레퍼토리와 컬럼 C(T2.2)에 나타낸 또 다른 T 세포 레퍼토리 사이의 수학적 차이는 일부 T 세포 클론 턴오버를 나타내지만 전부는 아니므로 JSD는 0보다 크지만 1보다 작다. 도 22b는 제0주 니볼루맙 전 환자 샘플과 비교하여 백신 전(도 22b의 preV, 왼쪽) 또는 백신 후(도 22b의 postV, 오른쪽) 시점에서 DCB 말초 혈액 샘플 및 DCB가 없는 말초 혈액 샘플의 대표적인 JSD 값을 나타내며, 두 경우 모두에서, (DCB가 없는 환자에 대비하여) DCB 환자에서 JSD 값의 상당한 감소가 있음을 보여줌으로써, DCB가 없는 환자의 T 세포 레퍼토리의 턴오버보다 DCB T 세포 레퍼토리의 턴오버가 더 낮음을 입증한다. 도 22c는 이용 가능한 환자에 대해 연장된 기간(즉, 최대 76주)에 걸쳐 나타난, 제0주 니볼루맙 처리 전과 비교된, 백신 전 또는 백신 후 시점에서 개별 환자로부터의 샘플의 대표적인 JSD 값을 나타낸다. T 세포 레퍼토리의 장기 턴오버는 추가적인 뒤따르는 환자 데이터로 평가될 수 있다.
도 23a-23h는 표시된 시점: PreT = 처리 전(제0주 니볼루맙 전); PreV = 백신 투여 전; PostV = 백신 투여 후에서 TCR 클론형의 벤 다이어그램(도 23a)을 사용하여 TCR 레퍼토리 안정성을 보여주는 대표적인 데이터를 나타낸다. 도 23a의 벤 다이어그램은 3개의 중첩 시점에 대해 가능한 7개의 생성된 세그먼트(즉, A 내지 G)를 나타내고; 각각의 시점은 4개의 세그먼트에 걸쳐 있다(예컨대, 처리 전 환자 샘플에서 A, E, D, G). 도 23b-23d는 각각의 시점에 대해 벤 다이어그램의 각각의 세그먼트에서 발견되는 T 세포 클론의 누적 빈도를 나타낸다. 보다 구체적으로, 도 23b는 각각의 시점에서 벤 다이어그램의 G(모든 시점의 중첩) 세그먼트 내의 클론의 누적 TCR 빈도의 대표적인 데이터를 나타내고, DCB 환자 및 DCB가 없는 환자에서 시점: reT = 처리 전(제0주 니볼루맙 전); PreV = 백신 투여 전; PostV = 백신 투여 후에서 G 누적 빈도의 변화를 나타낸다. 도 23c는 각각의 시점에서 벤 다이어그램의 세그먼트 A, B 및 C 내의 단일 시점에서만 검출된 클론의 누적 TCR 빈도의 대표적인 데이터를 나타낸다. 도 23d는 각각의 시점에서 벤다이어그램의 세그먼트 D, E 및 F 내의 두 특정 시점에서 검출된 클론의 누적 TCR 빈도의 대표적인 데이터를 나타낸다. 이는 3개의 모든 시점에서 검출된 T 세포 클론의 누적 빈도가 DCB가 없는 환자보다 DCB 환자에서 더 높다는 것을 예시한다. 도 23e의 왼쪽에 나타난 벤다이어그램은 DCB가 없는 환자에 비해 증가된 G 빈도를 갖는 DCB 환자 레퍼토리의 시각적 표현이고; 반면 도 23e의 오른쪽에 나타난 벤 다이어그램은 DCB 환자 레퍼토리에 비해 감소된 G 빈도를 갖는 DCB가 없는 환자 레퍼토리의 시각적 표현이다. 도 23f는 DCB 환자 및 DCB가 없는 환자에 대한 G 중첩 영역의 특유한 아미노산(AA)의 수를 보여주는 데이터를 나타낸다. 도 23g는 3개의 시점에 걸쳐 지속적 클론만을 나타내는 세그먼트 G의 누적 빈도의 함수로서 각각의 환자의 지니 계수 값을 나타낸다. 색상은 DCB/DCB 없음을 나타낸다. 레퍼토리 클론성 및 안정성은 상관관계가 있다. 도 23h, 세그먼트 G 지속적 클론의 누적 빈도의 함수로서 다양한 CD8, CD4 및 B 세포 집단의 양성 백분율. 색상은 DCB/DCB 없음을 나타낸다.
도 24a-24c는 환자의 DCB 상태에 의해 분리된 말초 TCR 레퍼토리 피처, 면역 표현형 검사 및 임상 실험실 측정의 주요 성분 분석을 보여주는 대표적인 데이터를 나타낸다. 도 24a는 각각의 시점에서 환자로부터 선택된 임상 실험실 측정(AST-SGOT, 크레아티닌 및 헤모글로빈 농도)을 나타낸다. 도 24b는 TCR 레퍼토리로부터의 조인트 말초 측정, 면역 표현형 검사 및 임상 측정의 주요 성분 분석(PCA)을 나타낸다. 도 24c는 11명의 모든 건강한 공여자(HD)와 공유되는 각각의 환자에서의 클론 분율 대 이들 환자의 PC1 점수를 나타낸다.
도 24d는 TCR 레퍼토리 분석, PBMC의 면역표현형 검사, 또는 임상 실험실 결과로부터 기준선에서 취한 주요 성분 분석(PCA) 측정의 집계된 단일 매트릭스를 나타낸다. 매트릭스는 중앙에 배치되고 스케일링되었으며, "상태" R 패키지로부터 R 함수 "prcomp"를 사용하여 PCA를 계산하였다. 로딩, 또는 PC1에 대한 상이한 측정의 기여는 회전 매트릭스로부터 검색되었다.
도 25는 PC1<0을 갖는 환자에 대비하여 PC1>0을 갖는 환자의 무진행 생존(PFS)에 대한 카플란-마이어(Kaplan-Meyer) 곡선을 나타낸다.
도 26은 PreT = 처리 전(제0주 니볼루맙 전)에서 수집된 종양 샘플로부터 수득된 DCB가 없는 환자 및 DCB 환자의 특유한 아미노산(왼쪽) 및 총 TCR 카운트(오른쪽)를 보여주는 대표적인 데이터를 나타낸다.
도 27은 표시된 시점: PreT = 처리 전(제0주 니볼루맙 전); PreV = 백신 투여 전; PostV = 백신 투여 후에서 말초 혈액 TCR 레퍼토리에 대한 벤 다이어그램의 상이한 비-중첩(예컨대, A, B, C) 및 중첩(예컨대, D, G, F) 영역에서 종양 샘플로부터의 RNA 시퀀싱 클론 검출 및 말초 혈액 샘플로부터의 아이레퍼토리(iRepertoire)에 의해 결정된 공유된 특유한 아미노산을 갖는 클론의 수를 나타내는 대표적인 그래프를 나타낸다.
도 28은 표시된 시점: PreT = 처리 전(제0주 니볼루맙 전); PreV: 백신 투여 전; PostV = 백신 투여 후에서 DCB 환자(왼쪽) 및 DCB가 없는 환자(오른쪽) 말초 샘플에서 종양 샘플과 공유된 클론의 추적된 TCR 클론 빈도에 대한 대표적인 데이터를 나타낸다.
모든 용어는 당업자에 의해 이해되는 바와 같이 이해되도록 의도된다. 달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 기술 및 과학 용어는 본 개시내용이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에 의해 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다.
본원에 사용된 섹션 제목은 조직화 목적만을 위한 것이며 설명된 주제를 제한하는 것으로 해석되어서는 안 된다.
본 개시내용의 다양한 특징이 단일 실시양태와 관련하여 설명될 수 있지만, 특징은 또한 개별적으로 또는 임의의 적절한 조합으로 제공될 수 있다. 역으로, 본 개시내용은 명료함을 위해 별도의 실시양태들과 관련하여 본원에서 설명될 수 있지만, 본 개시내용은 또한 단일 실시양태에서 실시될 수 있다.
본원 전체에 걸쳐 용어 "처리 전"의 사용은 니볼루맙 및/또는 백신의 투여 전인 제0주에 수집된 환자 샘플을 지칭한다.
본 개시내용은 종양 미세환경이 TME로부터의 대표적인 샘플을 평가하고 종양 상태의 생체분자 시그니처를 제공하는 바이오마커의 통합된 세트를 평가함으로써 치료적 처리 전, 처리 중 및/또는 처리 후 시점에서 정확하게 평가될 수 있다는 중요한 발견에 기초한다. 본 개시내용의 목적을 위해, 이러한 생체분자 시그니처는 TME 시그니처를 구성한다. 또한, 일 측면에서, 본 개시내용은 복잡성 때문에 신뢰할 수 있는 신호 대 잡음비를 확인하기 어렵기로 악명 높은 매우 복잡한 종양 미세환경 내에서 TME 시그니처의 특정 세트 또는 TME 시그니처의 적어도 하나 이상의 서브세트를 확인하므로, TME 시그니처의 특정 세트 또는 TME 시그니처의 적어도 하나 이상의 서브세트는 이후에 TME 시그니처가 적용 가능한 하나 이상의 방법과 관련하여 종양의 상태를 간결하게 나타낸다. 따라서, 본 개시내용은 요법에 대한 지속적인 임상 이익의 처리 전, 처리 중 또는 처리 후 평가와 관련하여 획기적인 발명을 구현한다.
또한, 말초혈액 TCR 레퍼토리 피처 및 기준선에서 T 및 B 세포 하위집단의 빈도의 조인트 분석에 기초하여 개발된 고도의 예측 모델이 본원에 제공된다. 이 예측은 유리한 반응을 갖는 개인 맞춤형 네오항원 백신 및 항PD-1 처리된 환자와 반응이 좋지 않은 환자 또는 건강한 공여자 사이에서 상이한 근본적인 감수성 면역 상태를 나타낸다.
본원에 사용된 바와 같이, 사용된 유전자 명칭은 당업자에게 널리 인식된다. 일부 경우에서, 유전자 명칭 및 유전자에 의해 코딩된 단백질 명칭은 본원에서 상호교환적으로 사용된다. 본원에 사용된 바와 같이, 유전자 명칭은 단일 공급원의 명명법에 속하지 않는 다양한 공급원으로부터 수집된다. 유전자 명명법에 관한 편차와 상관없이, 당업자는 본원에 언급된 유전자 또는 유전자들을 쉽게 인식할 수 있을 것이다.
일부 실시양태에서, TME 시그니처는 유전자 발현 시그니처를 포함한다.
일부 실시양태에서, TME 시그니처는 단백질 발현 시그니처를 포함한다.
일부 실시양태에서, TME 시그니처는 대표적인 세포, 대표적인 세포 조성, 및/또는 종양에서 세포 유형의 비율(ratio 또는 proportion)을 포함한다.
일부 실시양태에서, TME 시그니처는 세포 표면 마커의 발현을 포함한다. 세포 표면 마커는 다양한 세포 유형에서 발현되는 분화 단백질의 클러스터(CD)를 포함한다.
일부 실시양태에서, TME 시그니처는 시토카인, 케모카인, 가용성 단백질, 당단백질, 탄수화물, 또는 핵산을 포함하는 기타 생체분자를 포함한다.
일부 실시양태에서, TME는 세포내 또는 세포외 핵산을 포함하고, DNA, mRNA, hnRNA, dsRNA, ssRNA, miRNA, 접합된 RNA 또는 당업자에게 공지된 임의의 다른 형태의 핵산을 포함한다.
본원에서 단수의 사용은 특별히 달리 언급되지 않는 한 복수를 포함한다. 본 명세서에 사용된 바와 같이, 단수 형태는 문맥이 명백하게 달리 지시하지 않는 한 복수의 지시 대상을 포함한다는 점에 주목해야 한다. 본원에서 "또는"의 사용은 달리 언급되지 않는 한 "및/또는"을 의미한다. 또한, 용어 "포함하는" 뿐만 아니라 "포함하다" 및 "포함된"과 같은 다른 형태의 사용은 제한적이지 않다.
용어 "하나 이상" 또는 "적어도 하나", 예컨대 구성원 그룹의 하나 이상 또는 적어도 하나의 구성원(들)은 그 자체로 명확하고, 추가 예시에 의해, 용어는 특히 상기 구성원 중 임의의 하나, 또는 상기 구성원 중 임의의 2개 이상, 예컨대 상기 구성원 중 임의의 ≥3, ≥4, ≥5, ≥6 또는 ≥7 등, 및 최대 상기 모든 구성원에 대한 언급을 포괄한다.
본 명세서에서 "일부 실시양태", "실시양태", "일 실시양태" 또는 "다른 실시양태"에 대한 언급은 실시양태와 관련하여 설명된 피처, 구조 또는 특징이 적어도 일부 실시양태에 포함된다는 것을 의미하며, 그러나 본 개시내용의 모든 실시양태에 반드시 포함된다는 것은 아니다.
본 명세서 및 실시양태(들)에서 사용된 단어 "포함하는" (및 "포함하다"와 같은 포함하는의 임의의 형태), "갖는" (및 "갖다"와 같은 갖는의 임의의 형태), "함유하는" (및 "함유하다"와 같은 함유하는의 임의의 형태)은 포괄적이거나 개방형이며, 추가의 인용되지 않은 요소 또는 방법 단계를 배제하지 않는다. 본 명세서에서 논의된 임의의 실시양태는 본 개시내용의 임의의 방법 또는 조성물과 관련하여 실시될 수 있으며, 그 반대도 마찬가지인 것으로 고려된다. 또한, 본 개시내용의 조성물은 본 개시내용의 방법을 달성하기 위해 사용될 수 있다.
파라미터, 양, 시간 지속 등과 같은 측정 가능한 값을 언급할 때 본원에 사용된 용어 "약" 또는 "대략"은, 하기의 변동이 본 개시내용에서의 수행에 적합한 한, 지정된 값의 및 지정된 값으로부터 +/-20% 이하, +/-10% 이하, +/-5% 이하, 또는 +/-1% 이하의 변동을 포괄하는 것을 의미한다. 수식어 "약" 또는 "대략"이 나타내는 값 자체가 또한 구체적으로 개시되는 것으로 이해되어야 한다.
어구 "클론 조성 특징"은 T 세포 레퍼토리의 우세 및/또는 다양성을 정량화하는 TCR 클론의 빈도 분포 패턴을 의미한다. 예컨대, 이는 지니 계수, 샤논 엔트로피, 다양성 균등성 50(DE50), 제곱의 합 및 로렌츠 곡선을 포함할 수 있지만 이에 제한되지 않는다. 용어 "면역 반응"은 T 세포 공동자극의 조정에 의해 영향을 받는 T 세포 매개된 및/또는 B 세포 매개된 면역 반응을 포함한다. 예시적인 면역 반응은 T 세포 반응, 예컨대 시토카인 생산, 및 세포 세포독성을 포함한다. 또한, 용어 "면역 반응"은 T 세포 활성화에 의해 간접적으로 영향을 받는 면역 반응, 예컨대 항체 생산(체액 반응) 및 시토카인 반응성 세포, 예컨대 대식구의 활성화을 포함한다.
"수용체"는 리간드에 결합할 수 있는 생물학적 분자 또는 분자 그룹을 의미하는 것으로 이해되어야 한다. 수용체는 세포, 세포 형성 또는 유기체에서 정보를 전달하는 역할을 할 수 있다. 수용체는 적어도 하나의 수용체 단위를 포함하고, 2개 이상의 수용체 단위를 함유할 수 있으며, 각각의 수용체 단위는 단백질 분자, 예컨대 당단백질 분자로 이루어질 수 있다. 수용체는 리간드의 구조를 보완하는 구조를 가지며, 리간드를 결합 파트너로 복합시킬 수 있다. 신호전달 정보는 세포 표면 상의 리간드와 결합한 후 수용체의 입체구조적 변화에 의해 전달될 수 있다. 본 개시내용에 따라, 수용체는 리간드, 예컨대 적절한 길이의 펩티드 또는 펩티드 단편과 수용체/리간드 복합체를 형성할 수 있는 MHC 클래스 I 및 II의 단백질을 지칭할 수 있다.
"리간드"는 수용체와 복합체를 형성할 수 있는 분자이다. 본 개시내용에 따라, 리간드는, 예컨대 펩티드 또는 펩티드 단편이 MHC 클래스 I 또는 MHC 클래스 II의 단백질과 복합체를 형성할 수 있도록 아미노산 서열에서 적절한 길이 및 적절한 결합 모티브를 갖는 펩티드 또는 펩티드 단편을 의미하는 것으로 이해되어야 한다,
"항원"은 면역 반응을 자극할 수 있는 분자이고, 암세포 또는 감염제 또는 자가면역 질환에 의해 생성될 수 있다. 헬퍼 T 림프구(T 헬퍼(TH) 세포) 또는 세포독성 T 림프구(CTL)의 T 세포에 의해 인식되는 항원은 온전한 단백질로 인식되지 않고 오히려 세포 표면 상의 클래스 I 또는 클래스 II MHC 단백질과 회합하는 작은 펩티드로 인식된다. 자연적으로 발생하는 면역 반응이 진행되는 동안, 항원 제시 세포(APC) 상의 클래스 II MHC 분자와 회합하여 인식되는 항원은 세포 외부로부터 획득되어 내재화되고 클래스 II MHC 분자와 회합하는 작은 펩티드로 처리된다. APC는 또한 외인성 항원을 처리하고 처리된 항원을 클래스 I MHC 분자에 제시함으로써 펩티드 항원을 교차 제시할 수 있다. 클래스 I MHC 분자와 회합하여 인식되는 단백질을 생성하는 항원은 일반적으로 세포 내에서 생성되는 단백질이고, 이들 항원은 처리되고 클래스 I MHC 분자와 회합된다. 현재 주어진 클래스 I 또는 클래스 II MHC 분자와 회합하는 펩티드가 공통 결합 모티프를 갖는 것으로 특징지어지고, 다수의 상이한 클래스 I 및 II MHC 분자에 대한 결합 모티프가 결정되었다는 것이 이해된다. 주어진 항원의 아미노산 서열에 상응하고 주어진 클래스 I 또는 II MHC 분자에 대한 결합 모티프를 함유하는 합성 펩티드도 합성될 수 있다. 이어서, 이들 펩티드를 적절한 APC에 추가할 수 있고, APC를 사용하여 시험관내 또는 생체내에서 T 헬퍼 세포 또는 CTL 반응을 자극할 수 있다. 결합 모티프, 펩티드를 합성하는 방법, 및 T 헬퍼 세포 또는 CTL 반응을 자극하는 방법은 모두 공지되어 있고 당업자에게 용이하게 이용 가능하다.
용어 "펩티드"는 본 명세서에서 "돌연변이 펩티드" 및 "네오항원성 펩티드"와 상호교환적으로 사용된다. 유사하게, 용어 "폴리펩티드"는 본 명세서에서 "돌연변이 폴리펩티드" 및 "네오항원 폴리펩티드"와 상호교환적으로 사용된다. "네오항원" 또는 "네오에피토프"는 발현된 단백질에서 종양 특이적 돌연변이로부터 발생하는 종양 항원 또는 종양 에피토프의 부류를 의미한다. 본 개시내용은 종양 특이적 돌연변이를 포함하는 펩티드, 공지된 종양 특이적 돌연변이를 포함하는 펩티드, 및 본 개시내용의 방법에 의해 확인된 돌연변이 폴리펩티드 또는 이의 단편을 추가로 포함한다. 이들 펩티드 및 폴리펩티드는 본원에서 "네오항원성 펩티드" 또는 "네오항원성 폴리펩티드"로 지칭된다. 폴리펩티드 또는 펩티드는 중성(비하전) 형태 또는 염 형태이고, 글리코실화, 측쇄 산화, 포스포릴화 또는 임의의 번역 후 변형과 같은 변형이 없거나 변형이 본원에 기재된 바와 같은 폴리펩티드의 생물학적 활성을 파괴하지 않는다는 조건을 전제로 이들 변형을 함유하는, 다양한 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 네오항원성 펩티드는 MHC 클래스 I의 경우, 22개 이하의 잔기 길이, 예컨대, 약 8 내지 약 22개 잔기, 약 8 내지 약 15개 잔기, 또는 9 또는 10개 잔기; MHC 클래스 II의 경우, 40개 이하의 잔기 길이, 예컨대 약 8 내지 약 40개 잔기 길이, 약 8 내지 약 24개의 잔기 길이, 약 12 내지 약 19개 잔기, 또는 약 14 내지 약 18개 잔기를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 네오항원성 펩티드 또는 네오항원 폴리펩티드는 네오에피토프를 포함한다.
용어 "에피토프"는 본원에서 정의되는 바와 같은 항체, 항체 펩티드, 및/또는 항체-유사 분자(T 세포 수용체를 포함하나 이에 제한되지 않음)에 특이적으로 결합할 수 있는 임의의 단백질 결정인자를 포함한다. 에피토프 결정인자는 전형적으로 아미노산 또는 당 측쇄와 같은 분자의 화학적 활성 표면 그룹으로 이루어지고, 일반적으로 특정 3차원 구조적 특징 뿐만 아니라 특정 전하 특징을 갖는다.
"T 세포 에피토프"는 펩티드 제시 MHC 분자 또는 MHC 복합체의 형태로 클래스 I 또는 II의 MHC 분자에 의해 결합될 수 있는 펩티드 서열이고, 이 형태에서 각각 세포독성 T-림프구 또는 T-헬퍼 세포에 의해 인식되고 결합된다.
본원에 사용된 용어 "항체"는 IgG(IgG1, IgG2, IgG3 및 IgG4 포함), IgA(IgA1 및 IgA2 포함), IgD, IgE, IgM 및 IgY를 포함하고, 단일쇄 전체 항체를 포함하는 전체 항체 및 이의 항원 결합(Fab) 단편을 포함하는 것을 의미한다. 항원 결합 항체 단편은 Fab, Fab' 및 F(ab')2, Fd(VH 및 CH1로 이루어짐), 단일쇄 가변 단편(scFv), 단일쇄 항체, 디술파이드 연결된 가변 단편(dsFv) 및 VL 또는 VH 도메인을 포함하는 단편을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 항체는 임의의 동물 기원으로부터의 것일 수 있다. 단일쇄 항체를 포함하는 항원 결합 항체 단편은 가변 영역(들)을 단독으로 포함하거나 힌지 영역, CH1, CH2 및 CH3 도메인의 전체 또는 일부와 조합하여 포함할 수 있다. 또한, 가변 영역(들) 및 힌지 영역, CH1, CH2 및 CH3 도메인의 임의의 조합이 포함된다. 항체는, 예컨대 HLA 연관된 폴리펩티드 또는 HLA-펩티드 복합체에 특이적으로 결합하는 모노클로날, 폴리클로날, 키메라, 인간화, 및 인간 모노클로날 및 폴리클로날 항체일 수 있다. 당업자는 다양한 면역친화성 기술이 가용성 단백질, 예컨대 가용성 HLA-펩티드 복합체 또는, 예컨대 막으로부터 단백질분해적으로 절단된 막 결합된 HLA 연관된 폴리펩티드를 농축시키는 데 적합하다는 것을 인식할 것이다. 이들은 (1) 가용성 단백질에 특이적으로 결합할 수 있는 하나 이상의 항체가 고정된 또는 이동성 기체(예컨대, 플라스틱 웰 또는 수지, 라텍스 또는 상자성 비드)에 고정되고, (2) 생물학적 샘플로부터의 가용성 단백질을 함유하는 용액이 항체 코팅된 기체를 통과하여 가용성 단백질이 항체에 결합하도록 하는 기술을 포함한다. 항체 및 결합된 가용성 단백질을 갖는 기체는 용액으로부터 분리되고, 임의적으로 항체 및 가용성 단백질은, 예컨대 항체를 담그는 용액의 pH 및/또는 이온 강도 및/또는 이온 조성을 변화시킴으로써 해리된다. 대안적으로, 항체 및 가용성 단백질이 조합되고 거대분자 응집체를 형성하도록 하는 면역침전 기술이 이용될 수 있다. 거대분자 응집체는 크기 배제 기술 또는 원심분리에 의해 용액으로부터 분리될 수 있다.
용어 "면역정제(IP)" (또는 면역친화성 정제 또는 면역침전)는 당업계에 널리 공지된 공정이며, 샘플로부터 원하는 항원의 단리를 위해 널리 사용된다. 일반적으로, 공정은 원하는 항원을 함유하는 샘플을 고체상에 공유적으로 부착된 항원에 대한 항체를 포함하는 친화성 매트릭스와 접촉시키는 것을 포함한다. 샘플 중의 항원은 면역화학 결합을 통해 친화성 매트릭스에 결합된다. 이어서, 친화성 매트릭스를 세척하여 임의의 결합되지 않은 종을 제거한다. 항원은 친화성 매트릭스와 접촉하는 용액의 화학적 조성을 변경하여 친화성 매트릭스로부터 제거된다.
면역정제는 친화성 매트릭스를 함유하는 컬럼에서 수행될 수 있으며, 이 경우 용액은 용출제이다. 대안적으로, 면역정제는 회분식 공정일 수 있으며, 이 경우 친화성 매트릭스는 용액에서 현탁물로 유지된다. 이 공정에서 중요한 단계는 매트릭스로부터 항원을 제거하는 것이다. 이것은 일반적으로, 예컨대 무기 염을 첨가하여 친화성 매트릭스와 접촉하는 용액의 이온 강도를 증가시킴으로써 달성된다. pH의 변경은 또한 항원과 친화성 매트릭스 사이의 면역화학적 결합을 해리하는 데 효과적일 수 있다.
"작용제"는 임의의 소분자 화학적 화합물, 항체, 핵산 분자, 또는 폴리펩티드, 또는 이의 단편이다.
"변경" 또는 "변화"는 증가 또는 감소이다. 변경은 적게는 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30% 또는 40%, 50%, 60%, 또는 많게는 70%, 75%, 80%, 90%, 또는 100%까지 가능하다.
"생물학적 샘플"은 유기체로부터 유래된 임의의 조직, 세포, 체액, 또는 기타 물질이다. 본원에 사용된 용어 "샘플"은 유기체로부터 유래된 임의의 조직, 세포, 체액 또는 기타 물질과 같은 생물학적 샘플을 포함한다. "특이적으로 결합하는"은 분자(예컨대, 폴리펩티드)를 인식하고 결합하지만 샘플, 예컨대 생물학적 샘플 중의 다른 분자를 실질적으로 인식하고 결합하지 않는 화합물(예컨대, 펩티드)을 지칭한다.
"포획 시약"은 분자(예컨대, 핵산 분자 또는 폴리펩티드)를 선택하거나 단리하기 위해 분자(예컨대, 핵산 분자 또는 폴리펩티드)에 특이적으로 결합하는 시약을 지칭한다.
본원에 사용된 용어 "결정하는", "평가하는", "검정하는", "측정하는", "검출하는" 및 이들의 문법적 등가물은 정량적 및 정성적 결정 둘 다를 지칭하며, 따라서 용어 "결정하는"은 본원에서 "검정하는", "측정하는" 등과 상호교환적으로 사용된다. 정량적 결정이 의도되는 경우, 분석물의 "양을 결정하는"이라는 어구가 사용된다. 정성적 및/또는 정량적 결정이 의도되는 경우, 분석물의 "수준을 결정하는" 또는 분석물을 "검출하는"이라는 어구가 사용된다.
"단편"은 참조 단백질 또는 핵산과 실질적으로 동일한 단백질 또는 핵산의 일부이다. 일부 실시양태에서, 일부는 본원에 기재된 참조 단백질 또는 핵산의 생물학적 활성의 적어도 50%, 75%, 또는 80%, 또는 90%, 95%, 또는 심지어 99%를 보유한다.
용어 "단리된", "정제된", "생물학적으로 순수한" 및 이들의 문법적 등가물은 본래의 상태에서 발견되는 바와 같이 일반적으로 수반되는 성분으로부터 다양한 정도로 자유로운 물질을 지칭한다. "단리하다"는 원래 공급원 또는 주변과의 분리 정도를 나타낸다. "정제하다"는 단리보다 높은 분리 정도를 나타낸다. "정제된" 또는 "생물학적으로 순수한" 단백질은 임의의 불순물이 단백질의 생물학적 특성에 실질적으로 영향을 미치거나 다른 불리한 결과를 일으키지 않도록 다른 물질이 충분히 없다. 즉, 본 개시내용의 핵산 또는 펩티드는 재조합 DNA 기술에 의해 생산될 때 세포 물질, 바이러스 물질 또는 배양 배지가 실질적으로 없는 경우 또는 화학적으로 합성될 때 화학적 전구체 또는 기타 화학물질이 없는 경우 정제된다. 순도 및 균질성은 전형적으로 분석 화학 기술, 예컨대 폴리아크릴아미드 겔 전기영동 또는 고성능 액체 크로마토그래피를 이용하여 결정된다. 용어 "정제된"은 핵산 또는 단백질이 전기영동 겔에서 본질적으로 하나의 밴드를 생성하는 것을 나타낼 수 있다. 변형, 예컨대 포스포릴화 또는 글리코실화될 수 있는 단백질의 경우, 상이한 변형은 개별적으로 정제될 수 있는 상이한 단리된 단백질을 생성할 수 있다.
"단리된" 폴리펩티드(예컨대, HLA-펩티드 복합체로부터의 펩티드) 또는 폴리펩티드 복합체(예컨대, HLA-펩티드 복합체)는 자연적으로 수반되는 성분으로부터 분리된 본 개시내용의 폴리펩티드 또는 폴리펩티드 복합체이다. 전형적으로, 폴리펩티드 또는 폴리펩티드 복합체는 자연적으로 회합된 단백질 및 자연적으로 발생하는 유기 분자가 적어도 60중량%가 없을 때 단리된다. 제제는 적어도 75중량%, 적어도 90중량%, 또는 적어도 99중량%의 본 개시내용의 폴리펩티드 또는 폴리펩티드 복합체일 수 있다. 본 개시내용의 단리된 폴리펩티드 또는 폴리펩티드 복합체는, 예컨대 천연 공급원으로부터의 추출에 의해, 이러한 폴리펩티드 또는 폴리펩티드 복합체의 하나 이상의 성분을 코딩하는 재조합 핵산의 발현에 의해, 또는 폴리펩티드 또는 폴리펩티드 복합체의 하나 이상의 성분의 화학적 합성에 의해 수득될 수 있다. 순도는 임의의 적합한 방법, 예컨대 컬럼 크로마토그래피, 폴리아크릴아미드 겔 전기영동 또는 HPLC 분석에 의해 측정될 수 있다.
용어 "벡터"는 이종 핵산의 발현을 전달하거나 매개할 수 있는 핵산 분자를 지칭한다. 플라스미드는 용어 "벡터"에 의해 포괄되는 속의 종이다. 벡터는 전형적으로 숙주 세포에서 복제 및/또는 유지에 필요한 복제 기점 및 기타 실체를 함유하는 핵산 서열을 지칭한다. 작동가능하게 연결된 유전자 및/또는 핵산 서열의 발현을 지시할 수 있는 벡터는 본원에서 "발현 벡터"로 지칭된다. 일반적으로, 유용한 발현 벡터는 종종, 벡터 형태에서 염색체에 결합되지 않고 전형적으로 안정한 또는 일시적 발현을 위한 실체 또는 코딩된 DNA를 포함하는, "플라스미드"의 형태이다. 본원에 개시된 바와 같은 방법에 이용될 수 있는 다른 발현 벡터는 플라스미드, 에피솜, 박테리아 인공 염색체, 효모 인공 염색체, 박테리오파지 또는 바이러스 벡터를 포함하지만 이에 제한되지 않으며, 이러한 벡터는 숙주의 게놈으로 통합되거나 세포에서 자율적으로 복제할 수 있다. 벡터는 DNA 또는 RNA 벡터일 수 있다. 동등한 기능을 수행하는 당업자에게 공지된 다른 형태의 발현 벡터, 예컨대 자가 복제 염색체외 벡터 또는 숙주 게놈으로 통합될 수 있는 벡터가 또한 사용될 수 있다. 예시적인 벡터는 이들이 연결된 핵산의 자율 복제 및/또는 발현이 가능한 것들이다.
종양 미세환경
종양 미세환경(TME)은 복잡하다. 또한, 종양이 성장함에 따라 변화하는 역동적인 환경이다. 이는 종양의 성장을 지원하는 것이며, 또한 이러한 환경에서 종양 억제 인자도 쉽게 발견된다. 종양의 다양한 특징은 무제한 증식, 성장 억제자로부터의 회피, 침습 및 전이 촉진, 아폽토시스 저항, 혈관신생 자극, 증식 신호전달 유지, 세포 에너지 제한 제거, 면역 파괴 회피, 게놈 불안정 및 돌연변이, 및 종양 강화된 염증을 포함한다. 종양 미세환경을 매우 복잡하게 만드는 이들 기능 각각과 연관되고 이를 지원 및/또는 저항하는 세포 및 생체분자가 있다. TME는 혈관신생, 종양 진행, 및 T 림프구 인식으로부터의 면역 회피를 지원할 뿐만 아니라 암 요법에 대한 반응을 지시할 수 있다. TME는 종양 운명의 시그니처를 나타낸다. 포유동물 면역계의 주요 기능 중 하나는 조직 항상성을 모니터링하고, 침입 또는 감염성 병원체로부터 보호하고, 손상된 세포를 근절하는 것이다. 적응 면역 세포는 흉선 의존적 림프구(T 세포) 및 윤활낭 의존적 림프구(B 세포)를 포함한다. 선천적 면역 세포는 수지상 세포(DC), 킬러 림프구, 천연 킬러(NK) 세포, 유리 백혈구/대식구, 과립구 및 비만 세포로 이루어진다. 종양 세포는 신체의 면역계에 의해 이물질로 인식되고 파괴되는 하나 이상의 돌연변이된 유전자 발현 생성물, 예컨대, 단백질 또는 펩티드를 발현한다. 림프구는 종양에 침투하여 종양 세포를 공격하고 파괴한다. 면역계와 종양 사이의 상호작용은 제거, 평형 및 탈출의 3단계를 포함한다. 제거 단계 동안, 선천 및 후천 면역계의 면역 세포는 종양 세포를 인식하고 파괴한다. 면역계가 종양을 완전히 제거할 수 없는 경우, 평형 단계가 발생하고, 이 기간 동안 종양 세포는 휴면 상태로 유지되고 면역계는 종양 성장을 제어하기에 충분할 뿐만 아니라 종양 세포의 면역원성을 형성한다.
일 실시양태에서, CD3+ 종양 침투 림프구(TIL)의 존재는 상피성 난소암에서 개선된 생존과 상관관계가 있는 것으로 밝혀졌다. 종양 침투 림프구(TIL)는 종양 세포와 가장 밀접하게 상호작용하며 종양 숙주 상호작용을 보다 정확하게 반영할 가능성이 있다. CD8+ T 세포로 특징지어지는 세포독성 T 세포는 종양 세포를 공격하고 사멸시키는 데 중요하다. 일부 경우에서, CD4+ T 세포는 종양 세포를 파괴하는 데 참여한다. 또한, NK 세포 및 γδT 세포가 있으며, 이 세포들도 종양 세포를 사멸시킬 수 있다.
면역억제 특성을 갖는 CD3+ CD4+ T 세포의 하위집단(억제 또는 조절 T 세포, Treg)에 의한 종양 침윤은 불량한 임상 결과를 예측할 수 있다. 종양은 관용 T 세포, Treg의 유도와 같은 여러 면역 회피 메커니즘을 갖고, 골수 유래된 억제 세포(MDSC)는 종양 성장을 허용한다. 자가 관용의 주요 메커니즘은 음성 선택에 의해 흉선에서 자가 반응성 T 세포가 제거되는 중심 삭제이다. 대부분의 자가 반응성 세포는 이 메커니즘에 의해 삭제되지만 이는 불완전하고 추가 관용 메커니즘이 필요하다. 면역계는 말초에서 자가 반응성 T 세포를 처리하기 위해 말초 관용 메커니즘을 발달시켰다. 말초 관용은 본질적으로 T 세포의 반응 상태를 조절하는 메커니즘(아네르기, 아폽토시스 및 표현형 편중) 및 외인성 제어를 제공하는 메커니즘(Treg 및 관용성 수지상 세포[DC])으로 나눌 수 있는 상이한 메커니즘을 통해 조절된다. 아네르기는 공동자극 없이 T 세포 수용체(TCR) 리게이션의 결과로 시험관내에서 처음으로 나타났다. T 세포 활성화의 일반적인 패러다임은 이펙터 반응을 유도하기 위해 MHC-펩티드 복합체(신호 1) 및 공동자극 신호(신호 2)의 2가지 신호의 요구 사항을 설명한다.
일부 실시양태에서, TME는 세포외 기질 시스니처를 포함한다.
본원에 기재된 특정 예가 흑색종에 관한 것이지만, 본원에 기재된 방법 및 조성물은 간암, 난소암, 자궁경부암, 갑상선암, 교모세포종, 신경교종, 백혈병, 림프종, 흑색종(예컨대, 전이성 악성 흑색종), 신장암(예컨대, 투명 세포 암종), 전립선암(예컨대, 호르몬 불응성 전립선 선암종), 췌장 선암종, 유방암, 결장암, 폐암(예컨대, 비-소세포 폐암), 식도암, 두경부의 편평 세포 암종, 및 다른 신생물 악성 종양을 포함하지만 이에 제한되지 않는 임의의 다른 형태의 암 또는 종양에 적용 가능하다.
추가로, 본원에 제공된 질환 또는 병태는 성장이 본 개시내용의 치료 방법을 이용하여 억제될 수 있는 불응성 또는 재발성 악성종양을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 치료 방법에 의해 치료될 암은 암종, 편평 암종, 선암종, 육종, 자궁내막암, 유방암, 난소암, 자궁경부암, 나팔관암, 원발성 복막암, 결장암, 결장직장암, 항문생식기부의 편평세포암종, 흑색종, 신세포암종, 폐암, 비-소세포 폐암, 폐의 편평세포암종, 위암, 방광암, 담낭암, 간암, 갑상선암, 후두암, 침샘암, 식도암, 두경부암, 교모세포종, 교종, 두경부의 편평세포암종, 전립선암, 췌장암, 중피종, 육종, 혈액암, 백혈병, 림프종, 신경종 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 방법에 의해 치료될 암은, 예컨대 암종, 편평 암종(예컨대, 자궁 경관, 눈꺼풀, 결막, 질, 폐, 구강, 피부, 방광, 혀, 후두 및 식도), 및 선암종(예컨대, 전립선, 소장, 자궁내막, 자궁 관, 대장, 폐, 췌장, 식도, 직장, 자궁, 위, 유선 및 난소)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 방법에 의해 치료될 암은 육종(예컨대, 근원성 육종), 백혈병, 신경종, 흑색종 및 림프종을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 방법에 의해 치료될 암은 유방암이다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 치료 방법에 의해 치료될 암은 삼중 음성 유방암(TNBC)이다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 치료 방법에 의해 치료될 암은 난소암이다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 치료 방법에 의해 치료될 암은 결장직장암이다.
일부 실시양태에서, 각각의 유형의 종양이 질환의 확인 및 치료에 도움이 되는 특정 면역학적, 병리생리학적 및 조직학적 시그니처를 갖는 것처럼, 종양으로부터 샘플을 분석하는 특정 상태 또는 병태는 진단 및 임상 결정을 보완하는 방식으로 종양의 병태 및 운명을 결정하는 데 도움이 된다.
일부 실시양태에서, 종양에 존재하는 세포 유형은 임상 결과와 관련될 수 있는 TME를 제공할 수 있다.
일부 실시양태에서, 종양에 존재하는 세포 유형의 상대적 밀도는 임상 결과와 관련될 수 있는 TME를 제공할 수 있다.
일부 실시양태에서, 세포의 유형은 유전자 발현 분석에 의해 측정된다.
일부 실시양태에서, 세포의 유형은 단백질 발현 분석에 의해 측정된다.
일부 실시양태에서, 세포 유형은 세포외 환경에서 배설 또는 분비되거나 세포 표면에 제시된 하나 이상의 단백질 또는 펩티드의 발현 분석에 의해 측정된다.
일부 실시양태에서, 세포 유형은 제2 세포에서의 유전자 발현과 비교하여 제1 세포에서 발현된 유전자의 상대적 발현에 의해 측정된다. 일부 실시양태에서, 다른 유형의 세포에 비해 한 유형의 세포의 풍부도가 측정된다.
일부 실시양태에서, 세포의 유형은 림프구이다.
일부 실시양태에서, 세포의 유형은 T 림프구이다.
일부 실시양태에서, 세포의 유형은 CD8+ T 림프구이다.
일부 실시양태에서, 세포의 유형은 CD4+ T 림프구이다.
일부 실시양태에서, 세포의 유형은 메모리 림프구이다.
일부 실시양태에서, 세포의 유형은 B 림프구이다.
일부 실시양태에서, 세포의 유형은 NK 세포이다.
일부 실시양태에서, 세포의 유형은 비-면역 세포이다.
일부 실시양태에서, 세포의 유형은 기질 세포이다.
일부 실시양태에서, 세포의 유형은 이전 유형의 세포의 임의의 조합이다.
일부 실시양태에서, 세포의 특정 조합에 특이적인 TME 시그니처는 지속적인 임상 이익(DCB)과 연관된다.
일부 실시양태에서, DCB는 환자가 처리 후 적어도 특정 기간의 무진행 생존(pfs)을 경험하는 경우 충족된 것으로 결정된다. 일부 실시양태에서, DCB는 36주의 pfs로 충족된다.
일부 실시양태에서, 세포 유형의 활성화 상태의 표시자는 DCB와 연관된다.
일부 실시양태에서, 세포 상호작용의 표시자는 DCB와 연관된다.
일부 실시양태에서, 종양 내부의 특정 세포 유형의 존재의 표시를 포함하거나 종양에서 다른 세포 유형에 대한 특정 세포 유형의 비율의 평가를 포함하는 TME 시그니처, 및/또는 특정 세포 유형의 활성화 상태는 의도된 요법이 유리한 임상 결과를 초래할 가능성이 있는지의 여부에 대한 표시를 제공할 수 있다. 단순화된 예시적인 상황은 하기와 같을 수 있다: Treg 및 다른 억제 세포가 낮거나 없는 종양 침윤 활성 세포독성 세포의 높은 비율을 나타내는 TME 시그니처는 세포독성 T 세포를 포함하는 면역요법이 종양에 대해 임상적으로 성공할 가능성이 있음을 나타낼 수 있다. 또 다른 예시적인 상황에서, 활성 MHCII 시그니처는 MHCII 항원 제시에 의존하는 면역요법이 종양에 대해 임상적 성공을 가질 가능성이 있음을 나타낼 수 있다. 그러나, 상기의 예시적인 상황에 나타난 바와 같이 종양 미세환경의 파라미터의 조사가 종양의 특정 피처 또는 특징을 나타낼 수 있지만, 당업자는 종양의 일부 다른 공존하는 피처에 대한 추가 평가 없이 단독으로 종양의 하나 이상의 이러한 특징에 대한 무작위 또는 비-체계적 평가가 이러한 TME 평가에 혼돈을 줄 수 있다는 것을 인정해야 한다. 따라서, TME에 대한 바이오마커를 구성하는 신중하게 선택된 TME 시그니처가 본원에 제공된다. 이러한 바이오마커는 하기를 포함하지만 이에 제한되지 않는 하나 이상의 목적을 위한 것이다: (a) 환자가 네오항원 펩티드 백신 투여에 대해 항종양 반응을 가질 가능성이 있다고 예측하는 종양 미세환경(TME) 시그니처에 대한 치료 중 바이오마커의 존재 또는 부재에 대해 암 또는 종양을 갖는 환자를 시험하는 방법; (b) 종양에서 종양 네오항원 특이적 T 세포의 유도를 결정하는 방법; (c) TME 바이오마커가 존재하는 경우 제1 치료제를 포함하는 치료 요법으로 종양을 갖는 환자를 치료하거나; TME 바이오마커가 부재하는 경우 제1 치료제를 포함하지 않는 치료 요법으로 환자를 치료하는 방법; (d) 환자가 네오항원을 포함하는 치료제를 사용한 치료에 대해 항종양 반응을 가질 가능성이 있다고 예측하는 기준선 바이오마커의 존재 또는 부재에 대해 종양을 갖는 환자를 시험하는 방법; (e) 종양 샘플에서 하나 이상의 TME 시그니처의 존재 또는 부재에 대해 환자를 시험하기 위한 키트.
TME 시그니처 및 바이오마커
본원에 사용된 바이오마커는 측정될 수 있는 종양의 생물학적 상태 또는 병의 지시자이다. TME 시그니처가 특정 병태를 나타내는 경우, TME 시그니처는 바이오마커로 사용될 수 있으며, 정성적으로, 시그니처는 시그니처의 존재 또는 부재에 의해 측정되거나, 정량적으로, 발현의 양 또는 정도는 적절한 대조군과 비교하여 증가 또는 감소된다.
일부 실시양태에서, TME 시그니처는 TME에서 하나 이상의 생체분자의 증가 또는 감소의 발현이다. 일부 실시양태에서, TME는 종양 내부에서 우세한 세포 유형(들), 세포에 의해 분비되는 시토카인, 케모카인 또는 확산성 성분의 시그니처이다. 분화의 상이한 클러스터에 따라, T 세포는 CD4+ T(헬퍼 T 세포, Th) 및 CD8+ T(세포독성 T 세포, Tc) 세포로 분류된다. 이들은 항종양 효과를 갖는 IFN-γ, TNF-α 및 IL17을 분비한다. B 세포는 주로 pre-B 세포, 미성숙 B 세포 및 형질 세포에서 CD19 및 CD20을 주로 발현하고, 성숙한 B 세포에서 IgM, IgD 및 CR1을 주로 발현하고, 메모리 B 세포에서 IgM, IgD, IgA, IgG를 주로 발현하는 것과 같은 상이한 생리학적 기간에 상이한 항원으로 표시된다. 감염 및 악성 표적 세포를 효율적으로 인식할 수 있는 인간 NK 세포는 KIR 및 NKG2 유전자 패밀리의 HLA 클래스 Ⅰ 특이적 수용체의 발현이다. DC는 공동자극 분자 및 IL-12, IL-23 및 IL-1과 같은 선천적 염증성 시토카인을 발현하여 IFN-γ 분비 CD4+ T 세포 및 세포독성 T 림프구 반응을 촉진한다. DC는 T 세포를 직접적으로 유도할 수 있는 1,25-디히드록시비타민 D3　(1,25(OH)2D3)의 주요 표적을 나타낸다. CD28 및 유도성 공동자극자(ICOS)는 T 세포 활성화 및 기능에 필요한 중요한 공동자극 수용체이며, 두 경로 모두의 결핍은 생체내 및 시험관내에서 완전한 T 세포 관용으로 이어진다. 반면에, CTLA-4, PD-1 또는 APC와 같은 활성화된 T 세포, PD-1 리간드 1, B7-S1 또는 B7-H3과 같은 조직 세포 또는 종양 세포에 의해 발현되는 많은 음성 공동자극 분자는 면역 관용을 조절하는 것으로 밝혀졌다. 종양 미세환경에서 이들 분자 중 일부의 증가된 발현은 또한 면역 감시의 종양 회피에 참여함을 시사하고, 항종양 면역 증강을 위한 잠재적인 표적으로 작용할 수 있다. Cbl-b, Itch 및 GRAIL을 포함하지만 이에 제한되지 않는 E3 유비퀴틴 리가제는 T 세포 아네르기의 성분이다. 이들 분자는 TCR 하향조절 과정에 분명히 관여하여 T 세포가 시토카인을 생성하고 증식할 수 없도록 한다. 또한, 전사(전사 억제인자) 또는 심지어 후성유전학적(히스톤 변형, DNA 메틸화 및 뉴클레오솜 위치) 메커니즘이 시토카인 유전자 전사 표현형을 억제하여 관용을 능동적으로 프로그래밍하는 데 관여한다. 다양한 종양 세포는 또한 세포독성으로부터 종양 세포를 보호하기 위해 협력하는 SPI-6 및 SPI-CI를 발현한다. 또한, 종양 세포는 일반적으로 양성 공동자극 분자를 발현하지 않으며; 대조적으로, 이들은 B7-H1 (PD-1 리간드), HLA-G, HLA-E 및 갈렉틴-1과 같은 억제 수용체를 발현한다. B7-H1은 종양 특이적 CD4+ 및 CD8+ T 세포 상의 억제 수용체 PD-1을 직접적으로 관여시키고; HLA-G는 NK 세포 상의 억제 수용체 ILT2와 상호작용하여 기능을 손상시키고; HLA-E는 억제 수용체 CD94/NKG2A 및 또한 NK 세포 활성화 수용체 CD94/NKG2C(둘 다 주로 NK 세포 및 CD8+ T 세포에 의해 발현됨)에 결합하며; HLA-E는 또한 세포독성 활성을 억제하는 CD8+ T 세포의 TCR을 관여시키고; 갈렉틴-1은 T 세포의 TCR 신호전달을 손상시키고, 또한 IL-10 매개된 T 세포 관용을 촉진하는 관용성 DC의 생성을 유도한다.
일부 실시양태에서, 요법은 모 종양에서 CD8+ 및 CD3+ T 세포의 응집, 및 골수 유래된 억제 세포 및 수지상 세포의 감소를 초래할 수 있지만 내성 종양에서는 그렇지 않다. CD4+ T 세포 및 B 세포는 크게 변할 수도 있고 그렇지 않을 수도 있다. 방사선요법 후 CD8+ T 세포 침윤은 종양 반응에 중요하며, 이는 누드 마우스 및 CD8+ T 세포 고갈된 C57BL/6 마우스에서 모 및 내성 종양이 유사한 방사선 민감성을 갖기 때문이다. 우수한 방사선 반응을 갖는 환자는 방사선요법 후 더 많은 CD8+ T 세포 응집을 가졌다. 방사선요법은 모세포에서 T 세포 화학유인물질의 강력한 전사를 초래하였으며, CCL5의 발현이 훨씬 더 높았다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 인간 및 비-인간 TME 시그니처, 및 이의 용도를 고려한다. 기재된 인간 표면 분자, 수용체, 항원, 단백질 또는 유전자 명칭 또는 유전자 기호의 비-인간(예컨대, 소, 돼지, 양, 개, 고양이) 표면 분자, 수용체, 항원, 단백질 또는 유전자 명칭 또는 유전자 기호 대응물은 당업자가 쉽게 이용할 수 있다. 본 개시내용에서 인간에 대해 기재된 방법의 유사한 방법은 당업자에게 알려진 최소한의 필수 변형으로 비-인간 동물에 적용할 수 있다.
일부 실시양태에서, 지속적인 임상 이익(DCB)에 대한 TME 시그니처가 본원에 제공된다. DCB는 환자가 처리 후 상당한 기간 동안 환자의 남은 생애 동안 증상이 없고/없거나 질환이 없는 치료적 처리의 임상 결과이다.
일부 실시양태에서, TME 유전자 시그니처는 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA- E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, 및 MHC 클래스 II 시그니처를 포함한다.
일부 실시양태에서, B 세포 시그니처는 CD19, CD20, CD21, CD22, CD24, CD27, CD38, CD40, CD72, CD3, CD79a, CD79b, IGKC, IGHD, MZB1, TNFRSF17, MS4A1, CD138, TNFRSR13B, GUSPB11, BAFFR, AID, IGHM, IGHE, IGHA1, IGHA2, IGHA3, IGHA4, BCL6, FCRLA 또는 이들의 조합을 포함하는 유전자의 발현을 포함한다.
일부 실시양태에서, TLS 시그니처는 CCL18, CCL19, CCL21, CXCL13, LAMP3, LTB, IL7R, MS4A1, CCL2, CCL3, CCL4, CCL5, CCL8, CXCL10, CXCL11, CXCL9, CDCCL18, CCL19, CCL21, CXCL13, LAMP3, LTB, IL7R, MS4A1, CCL2, CCL3, CCL4, CCL5, CCL8, CXCL10, CXCL11, CXCL9, CD3, LTA, IL17, IL23, IL21, IL7, 또는 이들의 조합을 포함하는 유전자의 발현을 포함한다.
일부 실시양태에서, TIS 시그니처는 CCL5, CD27, CD274, CD276, CD8A, CMKLR1, CXCL9, CXCR6, HLA-DQA1, HLA-DRB1, HLA-E, IDO1, LAG3, NKG7, PDCD1LG2, PSMB10, STAT1, TIGIT 또는 이들의 조합을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처는 하기를 포함하는 단백질을 코딩하는 하나 이상의 유전자의 발현을 포함한다: CCR7, CD27, CD45RO, FLT3LG, GRAP2, IL16, IL7R, LTB, S1PR1, SELL, TCF7, CD62L, PLAC8, SORL1, MGAT4A, FAM65B, PXN, A2M, ATM, C20orf112, GPR183, EPB41, ADD3, GRAP2, KLRG1, GIMAP5, TC2N, TXNIP, GIMAP2, TNFAIP8, LMNA, NR4A3, CDKN1A, KDM6B, ELL2, TIPARP, SC5D, PLK3, CD55, NR4A1, REL, PBX4, RGCC, FOSL2, SIK1, CSRNP1, GPR132, GLUL, KIAA1683, RALGAPA1, PRNP, PRMT10, FAM177A1, CHMP1B, ZC3H12A, TSC22D2, P2RY8, NEU1, ZNF683, MYADM, ATP2B1, CREM, OAT, NFE2L2, DNAJB9, SKIL, DENND4A, SERTAD1, YPEL5, BCL6, EGR1, PDE4B, ANXA1, SOD2, RNF125, GADD45B, SELK, RORA, MXD1, IFRD1, PIK3R1, TUBB4B, HECA, MPZL3, USP36, INSIG1, NR4A2, SLC2A3, PER1, S100A10, AIM1, CDC42EP3, NDEL1, IDI1, EIF4A3, BIRC3, TSPYL2, DCTN6, HSPH1, CDK17, DDX21, PPP1R15B, ZNF331, BTG2, AMD1, SLC7A5 POLR3E, JMJD6, CHD1, TAF13, VPS37B, GTF2B, PAF1, BCAS2, RGPD6, TUBA4A, TUBA1A, RASA3, GPCPD1, RASGEF1B, DNAJA1, FAM46C, PTP4A1, KPNA2, ZFAND5, SLC38A2, PLIN2, HEXIM1, TMEM123, JUND, MTRNR2L1, GABARAPL1, STAT4, ALG13, FOSB, GPR65, SDCBP, HBP1, MAP3K8, RANBP2, FAM129A, FOS, DDIT3, CCNH, RGPD5, TUBA1C, ATP1B3, GLIPR1, PRDM2, EMD, HSPD1, MORF4L2, IL21R, NFKBIA, LYAR, DNAJB6, TMBIM1, PFKFB3, MED29, B4GALT1, NXF1, BIRC2, ARHGAP26, SYAP1, DNTTIP2, ETF1, BTG1, PBXIP1, MKNK2, DEDD2, AKIRIN1, 또는 이들의 임의의 조합.
일부 실시양태에서, HLA-E/CD94 시그니처는 유전자 CD94(KLRD1), CD94 리간드, HLA-E, KLRC1(NKG2A), KLRB1(NKG2C) 또는 이들의 임의의 조합의 발현을 포함한다.
일부 실시양태에서, HLA-E/CD94 시그니처는 HLA-E:CD94 상호작용 수준을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, NK 세포 시그니처는 유전자 CD56, CCL2, CCL3, CCL4, CCL5, CXCL8, IFN, IL-2, IL-12, IL-15, IL-18, NCR1, XCL1, XCL2, IL21R, KIR2DL3, KIR3DL1, KIR3DL2, NCAM1, 또는 이들의 조합의 발현을 포함한다.
일부 실시양태에서, MHC 클래스 II 시그니처는 HLA-DMA, HLA-DNB, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQA1, HLA-DQA2, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRA, HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4, HLA-DRB5 또는 이들의 조합을 포함하는 HLA인 유전자의 발현을 포함한다.
일부 실시양태에서, DCB에 대한 바이오마커는 TME 시그니처의 하나의 성분, 예컨대 TLS 시그니처로부터의 유전자 발현 시그니처를 포함한다.
일부 실시양태에서, DCB에 대한 바이오마커는 TME 시그니처의 하나 초과의 성분을 포함하고, TME 시그니처는 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, 또는 MHC 클래스 II 시그니처로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, DCB에 대한 바이오마커는 제1 TME 시그니처의 하나 이상의 성분 및 제1 TME 시그니처와 동일하지 않은 제2 TME 시그니처의 적어도 하나의 성분을 포함하고, TME 시그니처는 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, 및 MHC 클래스 II 시그니처로 이루어진 군으로부터선택된다.
일부 실시양태에서, DCB에 대한 바이오마커는 제1 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제2 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 및 제3 TME 시그니처의 적어도 하나의 성분을 포함하고; 제1, 제2 및 제3 TME 시그니처는 동일하지 않고, TME 시그니처는 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, 및 MHC 클래스 II 시그니처로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, DCB에 대한 바이오마커는 제1 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제2 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제3 TME 시그니처의 하나 이상의 성분 및 제4 TME 시그니처의 적어도 하나의 성분을 포함하고; 제1, 제2, 제3 및 제4 TME 시그니처는 동일하지 않고, TME 시그니처는 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, 및 MHC 클래스 II 시그니처로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, DCB에 대한 바이오마커는 제1 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제2 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제3 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 및 제4 TME 시그니처의 적어도 하나의 성분을 포함하고; 제1, 제2, 제3 및 제4 TME 시그니처는 동일하지 않고, TME 시그니처는 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 시그니처, HLA-E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, 및 MHC 클래스 II 시그니처로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, DCB에 대한 바이오마커는 제1 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제2 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제3 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제4 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 및 제5 TME 시그니처의 적어도 하나의 성분을 포함하고; 제1, 제2, 제3, 제4 및 제5 TME 시그니처는 동일하지 않고, TME 시그니처는 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, 및 MHC 클래스 II 시그니처로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, DCB에 대한 바이오마커는 제1 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제2 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제3 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제4 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 및 제5 TME 시그니처의 적어도 하나의 성분을 포함하고; 제1, 제2, 제3, 제4 및 제5 TME 시그니처는 동일하지 않다.
일부 실시양태에서, DCB에 대한 바이오마커는 제1 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제2 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제3 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제4 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제5 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 및 제6 TME 시그니처의 적어도 하나의 성분을 포함하고; 제1, 제2, 제3, 제4, 제5 및 제6 TME 시그니처는 동일하지 않다.
일부 실시양태에서, DCB에 대한 바이오마커는 제1 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제2 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제3 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제4 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제5 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 제6 TME 시그니처의 하나 이상의 성분; 및 제7 TME 시그니처의 적어도 하나의 성분을 포함하고; 제1, 제2, 제3, 제4, 제5, 제6 및 제7 TME 시그니처는 동일하지 않다.
일부 실시양태에서, DCB에 대한 바이오마커는 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, 또는 MHC 클래스 II 시그니처를 포함하는 TME 시그니처의 서브세트를 포함한다.
일부 실시양태에서, DCB에 대한 바이오마커는 TLS 시그니처로부터의 유전자 발현 시그니처를 포함하는 TME 시그니처의 서브세트; 및 또 다른 TME 시그니처, 예컨대, B 세포 시그니처의 적어도 하나의 성분을 포함한다.
일부 실시양태에서, DCB에 대한 바이오마커는 TLS 시그니처로부터의 유전자 발현 시그니처를 포함하는 TME 시그니처의 서브세트; 및 또 다른 TME 시그니처, 예컨대, B 세포 시그니처, 및/또는 NK 세포 시그니처, 및/또는 MHC 클래스 II 시그니처 및/또는 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처 및/또는 HLA-E/CD94 시그니처의 하나 이상의 성분을 포함한다.
일부 실시양태에서, TME 유전자 시그니처에서 정규화된 기준선 발현과 비교하여 유전자의 더 높은 정규화된 발현은 DCB에 대한 양성 바이오마커 분류와 연관되고, 요법은 (a) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)을 포함하는 네오항원 펩티드 요법을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 치료제를 사용한 DCB에 대한 양성 바이오마커 분류와 연관된 정규화된 기준선 발현과 비교하여 하기를 코딩하는 임의의 하나 이상의 유전자의 더 높은 정규화된 유전자 발현을 포함한다: CD19, CD20, CD21, CD22, CD24, CD27, CD38, CD40, CD72, CD3, CD79a, CD79b, IGKC, IGHD, MZB1, TNFRSF17, MS4A1, CD138, TNFRSR13B, GUSPB11, BAFFR, AID, IGHM, IGHE, IGHA1, IGHA2, IGHA3, IGHA4, BCL6, FCRLA CCR7, CD27, CD45RO, FLT3LG, GRAP2, IL16, IL7R, LTB, S1PR1, SELL, TCF7, CD62L, PLAC8, SORL1, MGAT4A, FAM65B, PXN, A2M, ATM, C20orf112, GPR183, EPB41, ADD3, GRAP2, KLRG1, GIMAP5, TC2N, TXNIP, GIMAP2, TNFAIP8, LMNA, NR4A3, CDKN1A, KDM6B, ELL2, TIPARP, SC5D, PLK3, CD55, NR4A1, REL, PBX4, RGCC, FOSL2, SIK1, CSRNP1, GPR132, GLUL, KIAA1683, RALGAPA1, PRNP, PRMT10, FAM177A1, CHMP1B, ZC3H12A, TSC22D2, P2RY8, NEU1, ZNF683, MYADM, ATP2B1, CREM, OAT, NFE2L2, DNAJB9, SKIL, DENND4A, SERTAD1, YPEL5, BCL6, EGR1, PDE4B, ANXA1, SOD2, RNF125, GADD45B, SELK, RORA, MXD1, IFRD1, PIK3R1, TUBB4B, HECA, MPZL3, USP36, INSIG1, NR4A2, SLC2A3, PER1, S100A10, AIM1, CDC42EP3, NDEL1, IDI1, EIF4A3, BIRC3, TSPYL2, DCTN6, HSPH1, CDK17, DDX21, PPP1R15B, ZNF331, BTG2, AMD1, SLC7A5 POLR3E, JMJD6, CHD1, TAF13, VPS37B, GTF2B, PAF1, BCAS2, RGPD6, TUBA4A, TUBA1A, RASA3, GPCPD1, RASGEF1B, DNAJA1, FAM46C, PTP4A1, KPNA2, ZFAND5, SLC38A2, PLIN2, HEXIM1, TMEM123, JUND, MTRNR2L1, GABARAPL1, STAT4, ALG13, FOSB, GPR65, SDCBP, HBP1, MAP3K8, RANBP2, FAM129A, FOS, DDIT3, CCNH, RGPD5, TUBA1C, ATP1B3, GLIPR1, PRDM2, EMD, HSPD1, MORF4L2, IL21R, NFKBIA, LYAR, DNAJB6, TMBIM1, PFKFB3, MED29, B4GALT1, NXF1, BIRC2, ARHGAP26, SYAP1, DNTTIP2, ETF1, BTG1, PBXIP1, MKNK2, DEDD2, AKIRIN1, HLA-DMA, HLA-DNB, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQA1, HLA-DQA2, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRA, HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4, HLA-DRB5, CCL18, CCL19, CCL21, CXCL13, LAMP3, LTB, IL7R, MS4A1, CCL2, CCL3, CCL4, CCL5, CCL8, CXCL10, CXCL11, CXCL9, CD3, LTA, IL17, IL23, IL21, IL7, CCL5, CD27, CD274, CD276, CD8A, CMKLR1, CXCL9, CXCR6, HLA-DQA1, HLA-DRB1, HLA-E, IDO1, LAG3, NKG7, PDCD1LG2, PSMB10, STAT1, TIGIT, CD56, CCL2, CCL3, CCL4, CCL5, CXCL8, IFN, IL-2, IL-12, IL-15, IL-18, NCR1, XCL1, XCL2, IL21R, KIR2DL3, KIR3DL1, KIR3DL2, NCAM1, HLA-DMA, HLA-DNB, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQA1, HLA-DQA2, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DRA, HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4, 또는 HLA-DRB5.
일부 실시양태에서, TME 유전자 시그니처의 정규화된 기준선 발현과 비교하여 유전자의 더 낮은 정규화된 발현은 DCB에 대한 양성 바이오마커 분류와 연관되고, 요법은 (a) 단백질의 네오에피토프, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 네오항원 펩티드 요법을 포함한다. 일부 실시양태에서, 기준선 발현 수준과 비교하여 B7-H3 발현의 더 낮은 정규화된 발현은 DCB에 대한 양성 바이오마커와 연관된다.
일부 실시양태에서, TME에 대한 바이오마커는 기준선 값보다 높은 하나 이상의 시그니처, 및 기준선 값보다 낮은 하나 이상의 시그니처를 포함한다.
일부 실시양태에서, TME 시그니처의 기준선 수준은 문제의 처리가 투여되기 전의 환자 또는 대상체에서 시그니처의 동일한 성분의 상태(예컨대, 유전자 발현 수준, 단백질 수준, 펩티드 수준, 단백질 상호작용 수준, 또는 단백질 활성 수준)이다
일부 실시양태에서, TME 시그니처의 기준선 수준은 비교 가능한 비-종양 조직에서 시그니처의 동일한 성분의 환자의 시그니처(예컨대, 유전자 발현 수준, 단백질 수준, 펩티드 수준, 단백질 상호작용 수준, 또는 단백질 활성 수준)의 비교이다.
일부 실시양태에서, TME 시그니처의 기준선 수준은 대조군 대상체, 또는 보편적 대조군, 예컨대 대조군 대상체의 수집으로 부터 생성된 대조군, 또는 보관된 데이터에서 시그니처의 동일한 성분의 환자의 시그니처(예컨대, 유전자 발현 수준, 단백질 수준, 펩티드 수준, 단백질 상호작용 수준, 또는 단백질 활성 수준)와의 비교이다.
일부 실시양태에서, TME 시그니처는 먼저 내부 상수(예컨대, 하우스키핑 유전자 발현 세트)로 정규화된 후 고려된 모든 유전자 또는 유전자 생성물의 log2 발현 수준의 가중 평균으로 계산된다. 예시적인 유전자 발현 분석에서, G1, G2, ..., Gn 및 m 하우스키핑 유전자 Hk1, Hk2, ..., Hkm를 갖는 n개의 유전자 명칭의 각각의 샘플에 대한 TME 시그니처 바이오마커에 대해, 예시적인 가중 평균 유전자 시그니처 계산은 하기와 같다:
(w1g1'+w2g2'+...+wngn')/(w1+w2+...+wn)
상기 식에서, w1, w2, ...., wn은 각각의 유전자 G1, G2, ..., Gn의 중량이고; g1', g2', ..., gn' 각각은 유전자 G1, G2, ..., Gn의 log2 정규화된 유전자 발현 분석이고, g1'은 하기와 같이 계산될 수 있다:
Log2[g1/(hk1+hk2+...+hkm2)/m]+ 10-Log2[(hk1+hk2+...+hkm)/m]
상기 식에서, g1, g2, ..., gn은 유전자 G1, G2, ..., Gm의 유전자 발현이고; hk1, hk2, ..., hkm은 하우스키핑 유전자 Hk1, Hk2, ..., Hkm의 유전자 발현이고, 10-Log2[(hk1+hk2+...+hkm)/m]는 입력 샘플 변이를 처리하기 위해 모든 샘플에서 하우스키핑 유전자 발현을 동일한 수준으로 가져오는 인수이다.
일부 실시양태에서, TME 시그니처 바이오마커는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30개 유전자의 가중 평균 유전자 시그니처이다.
일부 실시양태에서, TME 시그니처 바이오마커는 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50개 유전자의 가중 평균 유전자 시그니처이다.
일부 실시양태에서, TME 시그니처 바이오마커는 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70개 유전자의 가중 평균 유전자 시그니처이다.
일부 실시양태에서, TME 시그니처 바이오마커는 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100개 유전자의 가중된 유전자 시그니처이다.
일부 실시양태에서, 기준선과 비교하여 하나 이상의 유전자의 정규화된 발현은 적어도 1.1배, 1.2배, 1.3배, 1.4배, 1.5배, 1.6배, 1.7배, 1.8배, 1.9배, 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배, 10배, 11배, 12배, 13배, 14배, 15배, 16배, 17배, 18배, 19배, 또는 20배 더 높다.
일부 실시양태에서, 기준선과 비교하여 하나 이상의 유전자의 정규화된 발현은 적어도 21배, 22배, 23배, 24배, 25배, 26배, 27배, 28배, 29배, 30배, 31배, 32배, 33배, 34배, 35배, 36배, 37배, 38배, 39배, 40배, 41배, 42배, 43배, 44배, 45배, 46배, 47배, 48배, 49배, 또는 50배 더 높다.
일부 실시양태에서, 기준선과 비교하여 하나 이상의 유전자의 정규화된 발현은 적어도 55배, 60배, 65배, 70배, 75배, 80배, 85배, 90배, 95배, 100배 더 높거나 그 내에서 임의의 배수 변화만큼 더 높다.
일부 실시양태에서, 기준선과 비교하여 하나 이상의 유전자의 정규화된 발현은 적어도 200배, 300배, 400배, 500배, 600배, 700배, 800배 1000배 또는 10,000배 더 높거나 그 내에서 임의의 배수 변화만큼 더 높다.
일부 실시양태에서, 기준선과 비교하여 하나 이상의 유전자의 정규화된 발현은 적어도 1.1배, 1.2배, 1.3배, 1.4배, 1.5배, 1.6배, 1.7배, 1.8배, 1.9배, 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배, 10배, 11배, 12배, 13배, 14배, 15배, 16배, 17배, 18배, 19배, 또는 20배 더 낮다.
일부 실시양태에서, 기준선과 비교하여 하나 이상의 유전자의 정규화된 발현은 적어도 21배, 22배, 23배, 24배, 25배, 26배, 27배, 28배, 29배, 30배, 31배, 32배, 33배, 34배, 35배, 36배, 37배, 38배, 39배, 40배, 41배, 42배, 43배, 44배, 45배, 46배, 47배, 48배, 49배, 또는 50배 더 낮다.
일부 실시양태에서, 기준선과 비교하여 하나 이상의 유전자의 정규화된 발현은 적어도 55배, 60배, 65배, 70배, 75배, 80배, 85배, 90배, 95배, 100배 더 낮거나 그 내에서 임의의 배수 변화만큼 더 낮다.
일부 실시양태에서, 기준선과 비교하여 하나 이상의 유전자의 정규화된 발현은 적어도 200배, 300배, 400배, 500배, 600배, 700배, 800배 1000배 또는 10,000배 더 낮거나 그 내에서 임의의 배수 변화만큼 더 낮다.
일부 실시양태에서, 암을 갖는 대상체에서 TME 시그니처의 존재는 대상체가 TME 시그니처를 갖지 않는 암을 갖는 대상체보다 치료로부터 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 더 높다는 것을 나타낸다. 예컨대, 암을 갖는 대상체로부터의 TME 샘플의 세포로부터 2^6개 이상의 기능적 Ig CDR3(예컨대, RNA-seq로 관찰됨)의 존재는 대상체가 치료로부터 지속적인 임상적 이익을 받을 가능성이 있음을 나타낼 수 있다. 예컨대, 암을 갖는 대상체로부터의 TME 샘플의 세포로부터 2^7, 2^8, 2^9, 2^1`0, 2^11 또는 2^12개 이상의 기능적 Ig CDR3(예컨대, RNA-seq로 관찰됨)의 존재는 대상체가 치료로부터 지속적인 임상적 이익을 받을 가능성이 있음을 나타낼 수 있다.
말초 혈액 시그니처
하기 방식 중 하나에 사용될 수 있는, 암을 갖는 대상체의 일부 말초 혈액 바이오마커가 본원에서 고려된다: (i) 마커의 존재 또는 부재는 약물 또는 요법에 대한 질환의 특성, 진행 상태 또는 반응성 중 하나 이상을 나타낼 수 있음; (2) 마커의 존재 또는 부재는 대상체가 약물 또는 요법에 반응할 수 있는지의 여부를 나타낼 수 있음; (3) 마커의 존재 또는 부재는 약물 또는 요법으로의 치료 결과가 유리한지의 여부를 나타낼 수 있음; (4) 마커의 존재 또는 부재는 약물 또는 요법의 용량, 빈도, 레저먼(regimen)을 결정하는 데 사용될 수 있음. 말초 혈액 바이오마커는 요법이 시작되기 전에 대상체에서 검출될 수 있다. 말초 혈액 바이오마커는 요법 동안 대상체에서 검출될 수 있다. 말초 혈액 바이오마커는 요법의 결과로서 대상체에서 검출될 수 있다. 예시적인 말초 바이오마커가 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 암을 갖는 대상체에서 말초혈액 시그니처의 존재는 대상체가 말초혈액 시그니처를 갖지 않는 암을 갖는 대상체보다 치료로부터 지속적인 임상적 이익을 받을 가능성이 더 높다는 것을 나타낸다.
예컨대, 암을 갖는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD8+ T 세포의 20% 이하의 나이브 T 세포 집단의 존재는 대상체가 치료로부터 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 있음을 나타낼 수 있다. 예컨대, 암을 갖는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD8+ T 세포의 19%, 18%, 17%, 16%, 15%, 14%, 13%, 12%, 11%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 또는 2% 이하의 나이브 T 세포 집단의 존재는 대상체가 치료로부터 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 있음을 나타낼 수 있다.
예컨대, 암을 갖는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD8+ T 세포의 40% 이상의 이펙터 메모리 T 세 집단의 존재는 대상체가 치료로부터 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 있음을 나타낼 수 있다. 예컨대, 암을 갖는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD8+ T 세포의 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95% 이상의 이펙터 메모리 T 세포 집단의 존재는 대상체가 치료로부터 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 있음을 나타낼 수 있다.
예컨대, 암을 갖는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD19+ B 세포의 70% 이하의 나이브 B 세포 집단의 존재는 대상체가 치료로부터 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 있음을 나타낼 수 있다. 예컨대, 암을 갖는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD19+ B 세포의 65%, 60%, 55%, 50%, 45%, 40%, 35%, 30%, 25%, 20%, 15%, 10% 또는 5% 이하의 나이브 B 세포 집단의 존재는 대상체가 치료로부터 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 있음을 나타낼 수 있다.
예컨대, 암을 갖는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD19+ B 세포의 10% 초과의 클래스 전환된 메모리 B 세포 집단의 존재는 대상체가 치료로부터 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 있음을 나타낼 수 있다. 예컨대, 암을 갖는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD19+ B 세포의 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 또는 65% 초과의 클래스 전환된 메모리 B 세포 집단의 존재는 대상체가 치료로부터 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 있음을 나타낼 수 있다.
예컨대, 암을 갖는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 Lin-/CD11c- 세포의 3% 이하의 형질세포양 DC 집단의 존재는 대상체가 치료로부터 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 있음을 나타낼 수 있다. 예컨대, 암을 갖는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 Lin-/CD11c- 세포의 2.9%, 2.8%, 2.7%, 2.6%, 2.5%, 2.4%, 2.3%, 2.2%, 2.1%, 2%, 1.9%, 1.8%, 1.7%, 1.6%, 1.5%, 1.4%, 1.3%, 1.2%, 1.1%, 1%, 0.9%, 0.8%, 0.7%, 0.6%, 0.5%, 0.4%, 0.3%, 또는 0.2% 이하의 형질세포양 DC 집단의 존재는 대상체가 치료로부터 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 있음을 나타낼 수 있다.
예컨대, 암을 갖는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD4+ T 세포의 9% 이하의 CTLA4+ CD4 T 세포 집단의 존재는 대상체가 치료로부터 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 있음을 나타낼 수 있다. 예컨대, 암을 갖는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD4+ T 세포의 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 이하의 CTLA4+ CD4 T 세포 집단의 존재는 대상체가 치료로부터 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 있음을 나타낼 수 있다.
예컨대, 암을 갖는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD8+ T 세포의 40% 이상 또는 55% 이상의 메모리 CD8+ T 세포 집단의 존재는 대상체가 치료로부터 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 있음을 나타낼 수 있다. 예컨대, 암을 갖는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 총 CD8+ T 세포의 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95% 이상의 메모리 CD8+ T 세포 집단의 존재는 대상체가 치료로부터 지속적인 임상 이익을 받을 가능성이 있음을 나타낼 수 있다.
말초 혈액 단핵 세포
다른 방법들 중에서 세포계측 및 면역조직화학에 의해 분석될 수 있는 말초혈액 단핵 세포 내의 시그니처가 본원에서 고려된다. 말초 혈액 단핵 세포는 치료 전에 대상체로부터 단리되고, 개별 세포 유형의 비율, 하나 이상의 특정 세포 표면 분자의 발현, 하나 이상의 특정 세포질 또는 핵 분자, 및 이러한 발현 정도에 대해 분석된다. 진행 중인 치료를 받는 대상체 및/또는 치료 요법을 완료한 대상체에서 유사한 분석이 수행된다. 이어서, 분석된 파라미터와 치료의 임상 결과 사이의 상관관계를 찾을 수 있다. 요약하면, 완료된 임상 연구 및 진행 중인 임상 연구에서 이러한 파라미터의 분석은 지속적인 임상 이익을 갖는 특정 파라미터 또는 특징의 잠재적 연관성을 확인할 수 있다. 파라미터와 DCB의 긍정적인 연관성은 치료 전에 DCB에 대한 시그니처를 생성하는 데 도움이 될 수 있으므로, 대상체가 요법을 받기 전 분석 시 PBMC 내 특정 파라미터의 존재는 DCB 충족 여부에 관계없이 요법의 결과를 예측하는 데 사용될 수 있다.
DCB의 잠재적인 말초 혈액 시그니처에 대해 많은 파라미터가 고려된다. 이들은 하기를 포함하지만 이에 제한되지 않는다: CD4:CD8 T 세포비, 메모리 T 세포 및 나이브 CD4 및 CD8 T 세포 서브세트의 비율, T 조절 세포의 비율, T 세포 PD1 발현, T 세포 CTLA-4 발현, 감마-델타 T 세포의 비율, 골수 세포의 비율, 단핵구의 비율, CD11c+ DC의 비율, CD141+ CLEC9A+ DC의 비율, 형질세포양 DC의 비율, NK 세포의 비율(활성화/억제 수용체 발현 및 퍼포린/그랜자임 B 발현 포함), B 세포의 비율. 시그니처는 미래의 환자 등록을 위한 포함 또는 배제 기준으로 사용될 수 있고/있거나 치료 과정에 걸쳐 환자의 분자 반응을 특성화할 수 있다.
아포지단백질 E
아포지단백질 E(ApoE)는 분비 단백질이며, 혈장으로부터 킬로미크론 및 초저밀도 콜레스테롤의 제거를 매개하는 수용체 결합 리간드로 작용함으로써 콜레스테롤 및 트리글리세리드의 대사에 중요한 역할을 한다. 19번 염색체의 ApoE 유전자(APOE 유전자좌 19q13.3.1)는 3개의 주요 ApoE 이소형을 코딩하는 3개의 공통 대립유전자(E2, E3, E4)를 가져 각각 ApoΕ2, ApoΕ3 및 ApoΕ4 단백질 이소형 생성물을 생성한다. 일배체형은 2개의 단일 뉴클레오티드 다형성 rs429358 및 rs7412의 대립유전자 조합의 결과이다. 이소형은 부위 잔기 112 및 158이 상이하다(하기 표 1 참조).
[표 1]
Figure pct00001
결과적으로, 대상체는 E2, E3 및 E4에 대해 동형접합 또는 이형접합일 수 있다. e2 대립유전자의 캐리어는 결함이 있는 수용체 결합 능력 및 더 낮은 순환 콜레스테롤 수준 및 더 높은 트리글리세리드 수준을 갖는 반면, e4 대립유전자의 캐리어는 더 높은 혈장 수준의 콜레스테롤을 갖는 것으로 보인다. ApoE 유전자형 및 관상동맥 심장 질환(CHD)에 대한 최근 메타 분석에 따르면, e4 대립유전자를 가진 사람들은 e3/e3 유전자형을 가진 사람들보다 CHD에 걸릴 위험이 42% 더 높다. 배선 변이체 ApoE4는 알츠하이머 질환과 연관된다. 일부 실시양태에서, e4 대립유전자를 갖는 대상체는 감소된 NMDA 또는 AMPA 수용체 기능을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, e4 대립유전자를 갖는 대상체는 뉴런 세포에서 더 높은 세포내 칼슘 수준을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, e4 대립유전자를 갖는 대상체는 뉴런 세포에서 NMDA에 대한 변경된 칼슘 반응을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, e4 대립유전자를 갖는 대상체는 손상된 글루타메이트성 신경전달을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, e4 대립유전자를 갖는 대상체는 ApoE2 또는 ApoE3을 갖는 대상체보다 더 높은 혈청 비타민 D 수준을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, e4 대립유전자를 갖는 대상체는 강화된 Aβ 올리고머화를 가질 수 있고, 알츠하이머 질환에 걸리기 쉽다.
ApoE의 변이체는 지질 및 트리글리세리드 수준과 연관이 있으며, 인슐린 민감성에 영향을 미친다. 일부 실시양태에서, e2 대립유전자를 갖는 대상체는 e3 또는 e4 대립유전자를 갖는 대상체에 비해 세포로부터 더 높은 콜레스테롤 유출을 갖는다. e2 대립유전자의 캐리어는 e3/e3 동형접합 대립유전자를 갖는 대상체와 비교하여 더 낮은 총 콜레스테롤(TC), 더 낮은 LDL 및 더 높은 수준의 HDL을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, e2 대립유전자의 캐리어는 관상동맥 심장 질환(CHD)의 위험이 더 낮을 수 있다. 일부 실시양태에서, e4 대립유전자의 캐리어는 더 높은 TC, 더 높은 LDL, 더 낮은 HDL을 가지며, e3/e3 대립유전자를 갖는 대상체와 비교하여 CHD의 위험이 더 높을 수 있다.
ApoE 변이체는 염증의 위험과 연관된다. 일부 실시양태에서, e4 대립유전자를 갖는 대상체는 뇌척수액(CSF), 혈장 또는 간질액에서 더 작은 APOE 지단백질 및 더 낮은 APOE 수준을 가질 수 있다.
본 발명은 대상체의 질환, 예컨대 암의 치료 방법으로 이어지며, 방법은 대상체가 (i) ApoE2 대립유전자, 또는 ApoE4 대립유전자를 포함하는 ApoE 대립유전자의 하나 이상의 유전적 변이를 갖는지의 여부를 결정하는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 대상체는 E2 대립유전자에 대해 이형접합성이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 E4 대립유전자에 대해 이형접합성이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 E3 대립유전자에 대해 이형접합성이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 E2 대립유전자에 대해 동형접합성이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 E4 대립유전자에 대해 동형접합성이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 E3 대립유전자에 대해 동형접합성이다.
일부 실시양태에서, 대상체는 (i) R158C ApoE 단백질을 코딩하는 서열을 포함하는 ApoE2 유전적 변이 또는 (ii) C112R ApoE 단백질을 코딩하는 서열을 포함하는 ApoE4 유전적 변이를 포함하는 ApoE 유전적 변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 R158C 또는 C112R ApoE 단백질 서열 변이체를 포함하지 않는 ApoE 단백질을 코딩하는 서열을 포함하는 ApoE3 대립유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 rs7412-T 및 rs429358-T를 갖는다. 일부 실시양태에서, 대상체는 rs7412-C 및 rs429358-C를 갖는다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 유전적 변이는 chr19:44908684 T>C를 포함하고; 하나 이상의 유전적 변이의 염색체 위치는 UCSC hg38에 대해 정의된다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 유전적 변이는 chr19:44908822 C>T를 포함하고; 하나 이상의 유전적 변이의 염색체 위치는 UCSC hg38에 대해 정의된다.
일부 실시양태에서, 참조는 ApoE3 대립유전자에 대해 동형접합성인 대상체이다. 일부 실시양태에서, ApoE3 대립유전자에 대해 동형접합성인 참조 대상체는 암 치료제에 대해 감소된 반응 가능성을 갖는다.
일부 실시양태에서, 암 치료제는 (i) 단백질의 암 에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (ii) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (iii) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (iv) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 암 에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함한다.
일부 실시양태에서, 암은 흑색종이다. 일부 실시양태에서, 암 치료제는 면역조절제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 암 치료제는 항-PD1 작용제 또는 항-PD1 항체를 포함한다.
일부 실시양태에서, 암은 흑색종이다.
일부 실시양태에서, 암은 폐암이다.
일부 실시양태에서, 암은 방광암이다.
일부 실시양태에서, 암은 결장암이다.
일부 실시양태에서, 암은 간암이다.
일부 실시양태에서, 참조 일배체형이 아닌 ApoE 유전자 변이체의 확인은 대상체가 펩티드 요법 및/또는 항-PD1 요법, 또는 펩티드와 항-PD1 요법의 조합에 유리하게로 반응하지 않을 가능성을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 감소된 반응의 가능성은 참조 일배체형을 갖는 대상체에서의 예상 결과의 1%-5%, 0.1%-10%, 5%-20% 2%-30% 10%-30%, 5%-50%, 10%-50% 또는 10%-60%, 또는 2%-80%, 또는 1%-90%일 수 있으며, 반응은 요법에 대한 반응으로 특정 기간에 종양 퇴행에 의해 측정된다.
조성물 및 치료 방법
네오항원
네오항원은 DNA 돌연변이로부터 발생하고, 종양 특이적 T 세포 반응에 대해 암 세포의 표면에 제시되는 중요한 표적이다. 네오항원을 표적으로 하는 백신은 기존의 항종양 T 세포 반응을 새로 유도하고 증폭시킬 가능성이 있다. NEO-PV-01은 각각의 개체의 종양의 돌연변이 프로파일을 위해 특별히 맞춤 설계되고 제작된 개인 네오항원 백신이다(도 1). 네오항원은 종양 특이적 네오에피토프를 포함하는 단리된 네오항원성 펩티드이고, 단리된 네오항원성 펩티드는 천연 폴리펩티드가 아니며, 네오에피토프는 AxByCz(여기서, 각각의 A는 제1 천연 폴리펩티드에 상응하는 아미노산이고; 각각의 B는 제1 천연 폴리펩티드 또는 제2 천연 폴리펩티드에 상응하는 아미노산이 아닌 아미노산이고, 각각의 C는 제2 천연 폴리펩티드를 코딩하는 서열의 프레임시프트에 의해 코딩되는 아미노산이고; x + y + z는 적어도 8이고, y는 존재하지 않고 적어도 8개의 인접 아미노산은 적어도 하나의 Cz를 포함하거나, y는 적어도 1이고 적어도 8개의 인접 아미노산은 적어도 하나의 By 및/또는 적어도 하나의 Cz를 포함함)로 표시되는 아미노산 서열의 적어도 8개의 연속 아미노산을 포함한다.
일부 실시양태에서, 네오항원은 본원에 기재된 단리된 네오항원성 펩티드를 코딩하는 단리된 폴리뉴클레오티드로서 전달된다. 일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드는 DNA이다. 일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드는 RNA이다. 일부 실시양태에서, RNA는 자가 증폭 RNA이다. 일부 실시양태에서, RNA는 안정성을 증가, 세포 표적화를 증가, 번역 효율을 증가, 애주번트성, 세포질 접근성을 증가 및/또는 세포독성을 감소시키도록 변형된다. 일부 실시양태에서, 변형은 캐리어 단백질에 대한 접합, 리간드에 대한 접합, 항체에 대한 접합, 코돈 최적화, 증가된 GC 함량, 변형된 뉴클레오시드의 편입, 5'-캡 또는 캡 유사체의 편입, 및/또는 마스킹되지 않은 폴리-A 서열의 편입이다. 일부 실시양태에서, 네오항원은 본원에 기재된 폴리뉴클레오티드를 포함하는 세포로서 전달된다. 일부 실시양태에서, 네오항원은 본원에 기재된 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터로서 전달된다. 일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드는 프로모터에 작동가능하게 연결된다. 일부 실시양태에서, 벡터는 자가 증폭 RNA 레플리콘, 플라스미드, 파지, 트랜스포존, 코스미드, 바이러스 또는 비리온이다. 일부 실시양태에서, 벡터는 아데노 연관된 바이러스, 헤르페스바이러스, 렌티바이러스, 또는 이들의 슈도타입으로부터 유래된다. 본원에 기재된 단리된 폴리뉴클레오티드를 포함하는 생체내 전달 시스템이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 전달 시스템은 구형 핵산, 바이러스, 바이러스-유사 입자, 플라스미드, 박테리아 플라스미드, 또는 나노입자를 포함한다.
일부 실시양태에서, 세포는 항원 제시 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 수지상 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 미성숙 수지상 세포이다.
일부 실시양태에서, 추가의 네오항원성 펩티드 중 적어도 하나는 개별 대상체의 종양에 특이적이다. 일부 실시양태에서, 대상체 특이적 네오항원성 펩티드는 대상체의 종양 샘플의 게놈, 엑솜, 및/또는 전사체와 비-종양 샘플의 게놈, 엑솜, 및/또는 전사체 사이의 서열 차이를 확인함으로써 선택된다. 일부 실시양태에서, 샘플은 새로운 또는 포르말린-고정 파라핀 포매된 종양 조직, 새로 단리된 세포, 또는 순환하는 종양 세포이다. 일부 실시양태에서, 서열 차이는 차세대 시퀀싱에 의해 결정된다.
일부 실시양태에서, 전달되는 네오항원성 펩티드는 특정 HLA 펩티드에 대한 고친화성 결합을 특징으로 하고, HLA 펩티드는 전달되는 수용자에서 발견된다. 일부 실시양태에서, 펩티드는 본원에 기재된 적어도 하나의 네오항원성 펩티드 또는 본원에 기재된 적어도 하나의 네오항원성 펩티드를 포함하는 MHC-펩티드 복합체에 결합할 수 있는 T 세포 수용체(TCR)에 더하여 전달된다. TCR은 세포에서 발현될 수 있는 벡터인 벡터에 포함될 수 있다.
일부 실시양태에서, 단백질의 네오에피토프는 HLA 결합 예측 플랫폼에 의해 예측된 펩티드의 군으로부터 선택되고, HLA 결합 예측 플랫폼은 기계 학습 알고리즘을 갖는 컴퓨터 기반 프로그램이고, 기계 학습에서 알고리즘은 펩티드 아미노산 서열 정보, 구조 정보, 회합 및/또는 해리 동역학 정보 및 질량 분광측정 정보를 포함하는 펩티드 및 이것이 회합하는 인간 백혈구 항원과 관련된 다수의 정보를 통합한다.
일부 실시양태에서, MHC-펩티드의 MHC는 MHC 클래스 I 또는 클래스 II이다. 일부 실시양태에서, TCR은 항원에 결합할 수 있는 항체 또는 항체 단편을 포함하는 도메인을 추가로 포함하는 이중특이적 TCR이다. 일부 실시양태에서, 항원은 T 세포 특이적 항원이다. 일부 실시양태에서, 항원은 CD3이다. 일부 실시양태에서, 항체 또는 항체 단편은 항-CD3 scFv이다. 일부 실시양태에서, 수용체는 하기를 포함하는 키메라 항원 수용체이다: (i) T 세포 활성화 분자; (ii) 막횡단 영역; 및 (iii) 본원에 기재된 적어도 하나의 네오항원성 펩티드 또는 본원에 기재된 적어도 하나의 네오항원성 펩티드를 포함하는 MHC-펩티드 복합체에 결합할 수 있는 항원 인식 모이어티. 일부 실시양태에서, CD3-제타는 T 세포 활성화 분자이다. 일부 실시양태에서, 키메라 항원 수용체는 적어도 하나의 공동자극 신호전달 도메인을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 신호전달 도메인은 CD28, 4-1BB, ICOS, OX40, ITAM, 또는 Fc 입실론 RI-감마이다. 일부 실시양태에서, 항원 인식 모이어티는 MHC 클래스 I 또는 클래스 II의 맥락에서 단리된 네오항원성 펩티드에 결합할 수 있다. 일부 실시양태에서, 키메라 항원 수용체는 CD3-제타, CD28, CTLA-4, ICOS, BTLA, KIR, LAG3, CD137, OX40, CD27, CD40L, Tim-3, A2aR, 또는 PD-1 막횡단 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 네오항원성 펩티드는 종양 연관된 폴리펩티드의 세포외 도메인에 위치한다. 일부 실시양태에서, MHC-펩티드의 MHC는 MHC 클래스 I 또는 클래스 II이다.
일부 실시양태에서, 면역요법은 본원에 기재된 적어도 하나의 네오항원성 펩티드 또는 본원에 기재된 적어도 하나의 네오항원성 펩티드를 포함하는 MHC-펩티드 복합체에 결합할 수 있는 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 T 세포를 포함하고, T 세포는 T 세포를 활성화하기에 충분한 시간 동안 항원 제시 세포 및 본원에 기재된 적어도 하나의 네오항원성 펩티드 중 하나 이상과 함께 인큐베이션된 대상체로부터의 T 세포 집단으로부터 단리된 T 세포이다. 일부 실시양태에서, T 세포는 CD8+ T 세포, 헬퍼 T 세포 또는 세포독성 T 세포이다.
일부 실시양태에서, 대상체로부터의 T 세포의 집단은 대상체로부터의 CD8+ T 세포의 집단이다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 적어도 하나의 네오항원성 펩티드 중 하나 이상은 대상체 특이적 네오항원성 펩티드이다. 일부 실시양태에서, 대상체 특이적 네오항원성 펩티드는 대상체의 종양에 특이적인 에피토프인 상이한 종양 네오에피토프를 갖는다. 일부 실시양태에서, 대상체 특이적 네오항원성 펩티드는 대상체의 비-종양 샘플에 존재하지 않는 종양 특이적 비-침묵 돌연변이의 발현 생성물이다. 일부 실시양태에서, 대상체 특이적 네오항원성 펩티드는 대상체의 HLA 단백질에 결합한다. 일부 실시양태에서, 대상체 특이적 네오항원성 펩티드는 500 nM 미만의 IC50으로 대상체의 HLA 단백질에 결합한다. 일부 실시양태에서, 활성화된 CD8+ T 세포는 항원 제시 세포로부터 분리된다.
일부 실시양태에서, 항원 제시 세포는 수지상 세포 또는 CD40L 확장된 B 세포이다. 일부 실시양태에서, 항원 제시 세포는 비-형질전환된 세포이다. 일부 실시양태에서, 항원 제시 세포는 비-감염된 세포이다. 일부 실시양태에서, 항원 제시 세포는 자가이다. 일부 실시양태에서, 항원 제시 세포는 그의 표면으로부터 내인성 MHC 회합된 펩티드를 제거하도록 처리되었다. 일부 실시양태에서, 내인성 MHC 회합된 펩티드를 제거하기 위한 처리는 약 26℃에서 세포를 배양하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 내인성 MHC 회합된 펩티드를 제거하는 처리는 세포를 약산성 용액으로 처리하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항원 제시 세포는 본원에 기재된 적어도 하나의 네오항원성 펩티드로 펄싱되었다. 일부 실시양태에서, 펄싱은 적어도 약 2 μg/ml의 본원에 기재된 적어도 하나의 네오항원성 펩티드 각각의 존재 하에 항원 제시 세포를 인큐베이션하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단리된 T 세포 대 항원 제시 세포의 비율은 약 30:1 내지 300:1이다. 일부 실시양태에서, T 세포의 단리된 집단을 인큐베이션하는 것은 IL-2 및 IL-7의 존재 하에 수행된다. 일부 실시양태에서, MHC-펩티드의 MHC는 MHC 클래스 I 또는 클래스 II이다.
치료 방법
일 실시양태에서, 대상체에서 암을 치료하거나 항종양 반응을 개시, 향상 또는 연장하는 방법은 대상체에게 본원에 기재된 펩티드, 폴리뉴클레오티드, 벡터, 조성물, 항체 또는 세포를 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 인간이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 암을 갖는다. 일부 실시양태에서, 암은 비뇨생식기암, 부인과암, 폐암, 위장암, 두경부암, 악성 교모세포종, 악성중피종, 비-전이성 또는 전이성 유방암, 악성 흑색종, 메르켈 세포 암종 또는 골 및 연조직 육종, 혈액 신생물, 다발성 골수종, 급성 골수성 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 골수이형성 증후군 및 급성 림프모구성 백혈병, 비-소세포 폐암(NSCLC), 유방암, 전이성 결장직장암, 호르몬 감수성 또는 호르몬 불응성 전립선암, 결장직장암, 난소암, 간세포암, 신세포암, 췌장암, 위암, 식도암, 간세포암, 담관세포암, 두경부 편평세포암 연조직 육종 및 소세포 폐암으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 펩티드, 폴리뉴클레오티드, 벡터, 조성물, 항체, 또는 세포는 상응하는 HLA 유형인 HLA 유형을 갖는 대상체를 치료하는 데 사용하기 위한 것이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 종양의 외과적 제거를 겪었다. 일부 실시양태에서, 펩티드, 폴리뉴클레오티드, 벡터, 조성물 또는 세포는 정맥내, 복강내, 종양내, 피내 또는 피하 투여를 통해 투여된다. 일부 실시양태에서, 펩티드, 폴리뉴클레오티드, 벡터, 조성물, 또는 세포는 림프절 분지로 배출되는 해부학적 부위에 투여된다. 일부 실시양태에서, 다중 림프절 분지로 투여된다. 일부 실시양태에서, 투여는 피하 또는 피내 경로에 의한 것이다. 일부 실시양태에서, 펩티드가 투여된다. 일부 실시양태에서, 투여는 종양내이다. 일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드, 임의적으로 RNA가 투여된다. 일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드는 정맥내 투여된다. 일부 실시양태에서, 세포는 T 세포 또는 수지상 세포이다. 일부 실시양태에서, 펩티드 또는 폴리뉴클레오티드는 항원 제시 세포 표적화 모이어티를 포함한다. 일부 실시양태에서, 세포는 자가 세포이다. 일부 실시양태에서, 방법은 적어도 하나의 면역 체크포인트 억제제를 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 생물학적 치료제 또는 소분자이다. 일부 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 모노클로날 항체, 인간화 항체, 완전 인간 항체 및 융합 단백질 또는 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 PD-1 항체 또는 PD-L1 항체이다. 일부 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 이필리무맙, 트레멜리무맙, 니볼루맙, 아벨루맙, 두르발루맙, 아테졸리주맙, 펨브롤리주맙, 및 이들의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 CTLA-4, PDL1, PDL2, PD1, B7-H3, B7-H4, BTLA, HVEM, TIM3, GAL9, LAG3, VISTA, KIR, 2B4, CD160, CGEN-15049, CHK 1, CHK2, A2aR, 및 B-7 패밀리 리간드, 및 이들의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 체크포인트 단백질을 억제한다. 일부 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 CTLA-4, PDL1, PDL2, PD1, B7-H3, B7-H4, BTLA, HVEM, TIM3, GAL9, LAG3, VISTA, KIR, 2B4, CD160, CGEN-15049, CHK 1, CHK2, A2aR, 및 B-7 패밀리 리간드 또는 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 체크포인트 단백질의 리간드와 상호작용한다. 일부 실시양태에서, 2개 이상의 체크포인트 억제제가 투여된다. 일부 실시양태에서, 2개 이상의 체크포인트 억제제 중 적어도 하나는 PD-1 항체 또는 PD-L1 항체이다. 일부 실시양태에서, 2개 이상의 체크포인트 억제제 중 적어도 하나는 이필리무맙, 트레멜리무맙, 니볼루맙, 아벨루맙, 두르발루맙, 아테졸리주맙 및 펨브롤리주맙으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 체크포인트 억제제 및 조성물은 동시에 또는 임의의 순서로 순차적으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 펩티드, 폴리뉴클레오티드, 벡터, 조성물, 또는 세포는 체크포인트 억제제 전에 투여된다. 일부 실시양태에서, 펩티드, 폴리뉴클레오티드, 벡터, 조성물, 또는 세포는 체크포인트 억제제 후에 투여된다. 일부 실시양태에서, 체크포인트 억제제의 투여는 네오항원성 펩티드, 폴리뉴클레오티드, 벡터, 조성물 또는 세포 요법 전반에 걸쳐 계속된다. 일부 실시양태에서, 네오항원성 펩티드, 폴리뉴클레오티드, 벡터, 조성물, 또는 세포 요법은 체크포인트 억제제 요법에 부분적으로만 반응하거나 반응하지 않는 대상체에게 투여된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 정맥내 또는 피하 투여된다. 일부 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 정맥내 또는 피하 투여된다. 일부 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 조성물 투여 부위의 약 2 cm 이내에 피하 투여된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 체크포인트 억제제와 동일한 배수 림프절 내로 투여된다. 일부 실시양태에서, 방법은 펩티드, 폴리뉴클레오티드, 벡터, 조성물 또는 세포로 치료하기 전, 이와 동시에, 또는 이로 처리 후에 추가 치료제를 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 추가 작용제는 화학요법제, 면역조절 약물, 면역 대사 변형 약물, 표적 요법, 방사선 항-혈관신생제, 또는 면역 억제를 감소시키는 작용제이다. 일부 실시양태에서, 화학요법제는 알킬화제, 토포이소머라제 억제제, 항-대사물질, 또는 항-유사분열제이다. 일부 실시양태에서, 추가 작용제는 항-글루코코르티코이드 유도된 종양 괴사 인자 패밀리 수용체(GITR) 효능제 항체 또는 항체 단편, 이브루티닙, 도세탁셀, 시스플라틴, CD40 효능제 항체 또는 항체 단편, IDO 억제제, 또는 시클로포스파미드이다. 일부 실시양태에서, 방법은 CD4+ T 세포 면역 반응 또는 CD8+ T 세포 면역 반응을 유도한다. 일부 실시양태에서, 방법은 CD4+ T 세포 면역 반응 및 CD8+ T 세포 면역 반응을 유도한다.
일 측면에서, 종양을 갖는 환자를 치료하는 방법으로서, (I) 환자로부터 수집된 샘플이, 환자가 (i) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (ii) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (iii) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (iv) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 제1 치료제에 대해 항종양 반응을 가질 가능성이 있는지를 예측하는 바이오마커에 대해 양성 또는 음성인지를 결정하는 단계, 및 (II) 바이오마커가 존재하는 경우 제1 치료제를 포함하는 치료 요법으로 환자를 치료하거나; 바이오마커가 부재하는 경우 제1 치료제를 포함하지 않는 치료 요법으로 환자를 치료하는 단계를 포함하고, 바이오마커는 적어도 종양 미세환경(TME) 시그니처를 포함하는 것인 방법이 본원에 제공된다. TME 유전자 시그니처는 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, 및 MHC 클래스 II 시그니처를 포함한다.
일부 실시양태에서, 종양을 갖는 환자를 치료하는 방법으로서, 환자로부터 수집된 샘플이, 환자가 (a) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 제1 치료제에 대해 항종양 반응을 가질 가능성이 있는지를 예측하는 바이오마커에 대해 양성 또는 음성인지를 결정하는 단계, 및 바이오마커가 존재하는 경우 제1 치료제를 포함하는 치료 요법으로 환자를 치료하거나; 바이오마커가 부재하는 경우 제1 치료제를 포함하지 않는 치료 요법으로 환자를 치료하는 단계를 포함하고; 바이오마커는 3차 림프 구조(TLS) 시그니처를 포함하는 TME 유전자 시그니처의 서브세트를 포함하고; TLS 시그니처는 유전자 CCL18, CCL19, CCL21, CXCL13, LAMP3, LTB, MS4A1, 또는 이들의 조합을 포함하는 것인 방법이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 종양을 갖는 환자가 (a) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 치료제로의 치료에 대해 항종양 반응을 가질 가능성을 예측하는 기준선 바이오마커의 존재 또는 부재에 대해 상기 환자를 시험하는 방법으로서, 방법은 (I) 환자의 종양으로부터 단리된 기준선 샘플을 수득하는 단계; (II) 종양 미세환경(TME) 유전자 또는 상기 유전자의 서브세트에서 각각의 유전자의 기준선 발현 수준을 측정하는 단계; (III) 측정된 기준선 발현 수준을 정규화하는 단계; (IV) 정규화된 발현 수준으로부터 TME 유전자 시그니처에 대한 기준선 시그니처 점수를 계산하는 단계; (V) 기준선 시그니처 점수를 TME 유전자 시그니처에 대한 참조 점수와 비교하는 단계; 및 (VI) 환자를 치료제로부터의 지속적인 임상 이익(DCB)과 관련된 결과에 대해 바이오마커 양성 또는 바이오마커 음성으로 분류하는 단계를 포함하는 것인 방법에 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 환자의 종양으로부터의 대표적인 샘플은 제1 치료제를 투여한 후 제0일, 적어도 2일, 적어도 3일, 적어도 4일, 적어도 5일, 적어도 6일, 적어도 7일, 적어도 8일, 적어도 9일, 적어도 10일, 적어도 11일, 적어도 12일, 적어도 13일, 적어도 14일, 적어도 15일, 적어도 16일, 적어도 17일, 적어도 18일, 적어도 19일, 적어도 20일, 적어도 21일, 적어도 22일, 적어도 23일, 적어도 24일, 적어도 25일, 적어도 26일, 적어도 27일, 적어도 28일, 적어도 29일, 적어도 30일, 또는 적어도 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 1년 또는 적어도 2년에 단리되며, 치료제는 제1 치료제이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 방법은 네오항원 특이적 세포독성 T 세포를 포함하는 치료 세포 집단으로의 적합성에 대해 생체외에서 확장된 네오항원 특이적 T 세포 집단의 정성적 평가를 결정하는 데 사용될 수 있다. 따라서, 종양에서 종양 네오항원 특이적 T 세포의 유도를 결정하는 방법으로서, 방법은 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 상호작용 시그니처, NK 세포 시그니처, 및 MHC 클래스 II 시그니처를 포함하는 지속적인 임상 이익(DCB)의 하나 이상의 종양 미세환경(TME) 시그니처를 검출하는 단계를 포함하고, 시그니처 중 적어도 하나는 조성물을 투여하기 전에 상응하는 대표적인 샘플과 비교하여 변경되는 것인 방법이 본원에 제공된다.
일 실시양태에서, 암 또는 종양을 갖는 환자가 (a) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 제1 치료제의 투여에 대해 항종양 반응을 가질 가능성을 예측하는 치료 중 바이오마커의 존재 또는 부재에 대해 상기 환자를 시험하는 방법으로서, 방법은
환자로부터 수집된 종양으로부터 대표적인 기준선 샘플을 수득하는 단계;
기준선 샘플에서 종양 미세환경(TME) 시그니처의 각각의 유전자의 기준선 발현 수준을 측정하는 단계;
측정된 기준선 발현 수준을 정규화하는 단계;
정규화된 기준선 발현 수준으로부터 TME 유전자 시그니처에 대한 기준선 TME 유전자 시그니처 점수를 계산하는 단계;
처리 후 시간에 환자로부터 수집된 종양으로부터 대표적인 샘플을 수득하는 단계;
처리 후 기간에 환자로부터 수집된 종양으로부터의 대표적인 샘플에서 TME 유전자 시그니처의 각각의 유전자의 처리 후 발현 수준을 측정하는 단계;
각각의 측정된 처리 후 발현 수준을 정규화하는 단계;
정규화된 발현 수준으로부터 TME 유전자 시그니처의 각각의 유전자에 대한 처리 후 TME 유전자 시그니처 점수를 계산하는 단계;
측정된 발현 수준으로부터 TME 유전자 시그니처의 각각의 유전자에 대한 처리 후 TME 유전자 시그니처 점수를 계산하는 단계;
처리 후 TME 유전자 시그니처 점수를 기준선 TME 유전자 시그니처 점수와 비교하는 단계, 및
환자를 제1 치료제로부터의 지속적인 임상 이익(DCB)과 관련된 결과에 대해 바이오마커 양성 또는 바이오마커 음성으로 분류하는 단계를 포함하고;
기준선 TME 유전자 시그니처 점수의 획득, 측정, 정규화 및 계산은 처리 후 TME 유전자 시그니처 점수의 획득, 측정, 정규화 및 계산 이전에 또는 이와 동시에 수행될 수 있고;
바이오마커 양성 환자는 제1 치료제로 DCB를 경험할 가능성이 있는 것으로 결정하는 것인 방법이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 지속적인 임상 이익은 환자가 2개월, 또는 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월, 11개월, 또는 12개월 동안 무진행인 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 지속적인 임상 이익은 환자가 1년, 또는 2년, 3년, 5년, 6년, 7년, 8년, 9년, 10년, 11년, 또는 12년 동안 무진행인 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 치료제는 종양 네오항원 백신이다.
실시양태
1. 일 실시양태에서, 종양을 갖는 환자를 치료하는 방법으로서,
환자로부터 수집된 샘플이, 환자가 (i) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (ii) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (iii) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (iv) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 제1 치료제에 대해 항종양 반응을 가질 가능성이 있는지를 예측하는 바이오마커에 대해 양성 또는 음성인지를 결정하는 단계, 및
바이오마커가 존재하는 경우 제1 치료제를 포함하는 치료 요법으로 환자를 치료하거나; 바이오마커가 부재하는 경우 제1 치료제를 포함하지 않는 치료 요법으로 환자를 치료하는 단계
를 포함하고, 바이오마커는 종양 미세환경(TME) 시그니처를 포함하는 것인 방법이 본원에 제공된다.
2. 실시양태 1에 있어서, TME 유전자 시그니처가 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, MHC 클래스 II 시그니처 또는 기능적 Ig CDR3 시그니처를 포함하는 것인 방법.
3. 실시양태 1 또는 2에 있어서, B 세포 시그니처가 CD20, CD21, CD3, CD22, CD24, CD27, CD38, CD40, CD72, CD79a, IGKC, IGHD, MZB1, MS4A1, CD138, BLK, CD19, FAM30A, FCRL2, MS4A1, PNOC, SPIB, TCL1A, TNFRSF17 또는 이들의 조합을 포함하는 유전자의 발현을 포함하는 것인 방법.
4. 실시양태 1 또는 2에 있어서, TLS 시그니처가 3차 림프 구조의 형성을 나타내는 것인 방법.
5. 실시양태 1 또는 2에 있어서, 3차 림프 구조가 림프 세포의 집합체를 나타내는 것인 방법.
6. 실시양태 1 또는 2에 있어서, TLS 시그니처가 CCL18, CCL19, CCL21, CXCL13, LAMP3, LTB, MS4A1, 또는 이들의 조합을 포함하는 유전자의 발현을 포함하는 것인 방법.
7. 실시양태 1 또는 2에 있어서, TIS 시그니처가 염증 유전자, 시토카인, 케모카인, 성장 인자, 세포 표면 상호작용 단백질, 과립화 인자, 또는 이들의 조합을 포함하는 것인 방법.
8. 실시양태 1 또는 2에 있어서, TIS 시그니처가 CCL5, CD27, CD274, CD276, CD8A, CMKLR1, CXCL9, CXCR6, HLA-DQA1, HLA-DRB1, HLA-E, IDO1, LAG3, NKG7, PDCD1LG2, PSMB10, STAT1, TIGIT 또는 이들의 조합을 포함하는 것인 방법.
9. 실시양태 1 또는 2에 있어서, 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처가 CCR7, CD27, CD45RO, CCR7, FLT3LG, GRAP2, IL16, IL7R, LTB, S1PR1, SELL, TCF7, CD62L, 또는 이들의 임의의 조합을 포함하는 유전자의 발현을 포함하는 것인 방법.
10. 실시양태 1 또는 2에 있어서, HLA-E/CD94 시그니처가 유전자 CD94(KLRD1), CD94 리간드, HLA-E, KLRC1(NKG2A), KLRB1(NKG2C) 또는 이들의 임의의 조합의 발현을 포함하는 것인 방법.
11. 실시양태 1 또는 2에 있어서, HLA-E/CD94 시그니처가 HLA-E:CD94 상호작용 수준을 추가로 포함하는 것인 방법.
12. 실시양태 1 또는 2에 있어서, NK 세포 시그니처가 유전자 CD56, CCL2, CCL3, CCL4, CCL5, CXCL8, IFN, IL-2, IL-12, IL-15, IL-18, NCR1, XCL1, XCL2, IL21R, KIR2DL3, KIR3DL1, KIR3DL2 또는 이들의 조합의 발현을 포함하는 것인 방법.
13. 실시양태 1 또는 2에 있어서, MHC 클래스 II 시그니처가 HLA-DMA, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQB1, HLA-DRA, HLA-DRB1, HLA-DRB5 또는 이들의 조합을 포함하는 HLA인 유전자의 발현을 포함하는 것인 방법.
14. 실시양태 1 또는 2에 있어서, 바이오마커가 3차 림프 구조(TLS) 시그니처를 포함하는 TME 유전자 시그니처의 서브세트를 포함하고; TLS 시그니처는 유전자 CCL18, CCL19, CCL21, CXCL13, LAMP3, LTB, MS4A1, 또는 이들의 조합을 포함하는 것인 방법.
15. 실시양태 1 또는 2에 있어서, 기능적 Ig CDR3 시그니처가 기능적 Ig CDR3의 풍부도를 포함하는 것인 방법.
16. 실시양태 15에 있어서, 기능적 Ig CDR3의 풍부도가 RNA-seq에 의해 결정되는 것인 방법.
17. 실시양태 15 또는 16에 있어서, 기능적 Ig CDR3의 풍부도가 대상체로부터의 TME 샘플의 세포로부터의 기능적 Ig CDR3의 풍부도인 방법.
18. 실시양태 15 내지 17 중 어느 한 실시양태에 있어서, 기능적 Ig CDR3의 풍부도가 2^7개 이상의 기능적 Ig CDR3인 방법.
19. 실시양태 1 내지 18 중 어느 한 실시양태에 있어서, 방법이 바이오마커 양성 환자에게 제1 치료제, 변경된 용량 또는 시간 간격의 제1 치료제, 또는 제2 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
20. 실시양태 1 내지 18 중 어느 한 실시양태에 있어서, 방법이 바이오마커 음성 환자에게 제1 치료제 또는 제2 치료제를 투여하지 않는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
21. 실시양태 1 내지 18 중 어느 한 실시양태에 있어서, 방법이 바이오마커 양성 환자에게 증가된 용량의 제1 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
22. 실시양태 1 내지 18 중 어느 한 실시양태에 있어서, 방법이 바이오마커 양성 또는 음성 환자에 대한 제1 치료제의 투여 시간 간격을 변경하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
23. 일 실시양태에서, 종양을 갖는 환자가 (i) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (ii) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (iii) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (iv) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 치료제로의 치료에 대해 항종양 반응을 가질 가능성을 예측하는 기준선 바이오마커의 존재 또는 부재에 대해 상기 환자를 시험하는 방법으로서, 방법은
(a) 환자의 종양으로부터 단리된 기준선 샘플을 수득하고; 종양 미세환경(TME) 유전자 또는 상기 유전자의 서브세트에서 각각의 유전자의 기준선 발현 수준을 측정하는 단계;
(b) 측정된 기준선 발현 수준을 정규화하고; 정규화된 발현 수준으로부터 TME 유전자 시그니처에 대한 기준선 시그니처 점수를 계산하는 단계;
(c) 기준선 시그니처 점수를 TME 유전자 시그니처에 대한 참조 점수와 비교하는 단계; 및,
(d) 환자를 치료제로부터의 지속적인 임상 이익(DCB)과 관련된 결과에 대해 바이오마커 양성 또는 바이오마커 음성으로 분류하는 단계
를 포함하는 것인 방법이 본원에 제공된다.
24. 실시양태 23에 있어서, TME 시그니처가 실시양태 2 내지 18 중 하나 이상의 실시양태의 시그니처, 또는 이의 서브세트를 포함하는 것인 방법.
25. 일 실시양태에서, 바이오마커에 대해 양성 판정된 환자에서 암을 치료하는 데 사용하기 위한 약학 조성물로서, 조성물은 (a) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 치료제; 및 하나 이상의 약학적으로 허용되는 부형제를 포함하고; 바이오마커는 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, 및 MHC 클래스 II 시그니처를 포함하는 TME 유전자 시그니처로 이루어진 군으로부터 선택되는 유전자 시그니처를 포함하는 치료 중 바이오마커인 약학 조성물이 본원에 제공된다.
26. 실시양태 25에 있어서, TME 시그니처가 실시양태 2 내지 18 중 어느 하나 이상의 실시양태의 시그니처, 또는 이의 서브세트를 포함하는 것인 약학 조성물.
27. 일 실시양태에서, 치료학적 유효량의 암 치료제를 투여하는 단계를 포함하는, 암 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법으로서, 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 갖고, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성은 암 치료제로의 치료 전에 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처의 존재와 연관되고; 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나는 대상체의 말초 혈액에서 제1 단핵 세포 유형 대 제2 단핵 세포 유형의 세포 카운트의 비율에 대한 역치를 포함하는 것인 방법이 본원에 제공된다.
28. 실시양태 27에 있어서, 암이 흑색종인 방법.
29. 실시양태 27에 있어서, 암이 비-소세포 폐암인 방법.
30. 실시양태 27에 있어서, 암이 방광암인 방법.
31. 실시양태 27에 있어서, 암 치료제가 네오항원 펩티드 백신을 포함하는 것인 방법.
32. 실시양태 27에 있어서, 암 치료제가 항-PD1 항체를 포함하는 것인 방법.
33. 실시양태 27에 있어서, 암 치료제가 네오항원 백신 및 항-PD1 항체의 조합을 포함하고, 네오항원 백신은 항-PD1 항체 단독 투여 기간 후에 투여되거나 공동투여되는 것인 방법.
34. 실시양태 32 또는 33에 있어서, 항-PD1 항체가 니볼루맙인 방법.
35. 실시양태 27에 있어서, 역치가 최대 역치인 방법.
36. 실시양태 27에 있어서, 역치가 최소 역치인 방법.
37. 실시양태 27에 있어서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나가 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 나이브 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최대 역치를 포함하는 것인 방법.
38. 실시양태 37에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 나이브 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최대 역치가 약 20:100인 방법.
39. 실시양태 37 또는 38에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플이 20:100 이하 또는 20:100 미만인 나이브 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율을 갖는 것인 방법.
40. 실시양태 27에 있어서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나가 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 이펙터 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최소 역치를 포함하는 것인 방법.
41. 실시양태 40에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 이펙터 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최소 역치가 약 40:100인 방법.
42. 실시양태 40 또는 41에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플이 40:100 이상 또는 40:100 초과인 이펙터 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율을 갖는 것인 방법.
43. 실시양태 27에 있어서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나가 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 클래스 전환된 메모리 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율에 대한 최소 역치를 포함하는 것인 방법.
44. 실시양태 43에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 클래스 전환된 메모리 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율에 대한 최소 역치가 약 10:100인 방법.
45. 실시양태 43 또는 44에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플이 10:100 이상 또는 10:100 초과인 클래스 전환된 메모리 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율을 갖는 것인 방법.
46. 실시양태 27에 있어서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나가 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 나이브 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율에 대한 최대 역치를 포함하는 것인 방법.
47. 실시양태 46에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 나이브 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율에 대한 최대 역치가 약 70:100인 방법.
48. 실시양태 46 또는 47에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플이 70:100 이하 또는 70:100 미만인 나이브 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율을 갖는 것인 방법.
49. 실시양태 37 내지 48 중 어느 한 실시양태에 있어서, 암이 흑색종인 방법.
50. 실시양태 27에 있어서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나가 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 형질세포양 수지상 세포 대 총 Lin-/CD11c- 세포의 비율에 대한 최대 역치를 포함하는 것인 방법.
51. 실시양태 50에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 형질세포양 수지상 세포 대 총 Lin-/CD11c- 세포의 비율에 대한 최대 역치가 약 3:100인 방법.
52. 실시양태 50 또는 51에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플이 3:100 이하 또는 3:100 미만인 형질세포양 수지상 세포 대 총 Lin-/CD11c- 세포의 비율을 갖는 것인 방법.
53. 실시양태 27에 있어서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나가 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 CTLA4+ CD4 T 세포 대 총 CD4+ T 세포의 비율에 대한 최대 역치를 포함하는 것인 방법.
54. 실시양태 50에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 CTLA4+ CD4 T 세포 대 총 CD4+ T 세포의 비율에 대한 최대 역치가 약 9:100인 방법.
55. 실시양태 50 또는 51에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플이 9:100 이하 또는 9:100 미만인 CTLA4+ CD4 T 세포 대 총 CD4+ T 세포의 비율을 갖는 것인 방법.
56. 실시양태 50 내지 55 중 어느 한 실시양태에 있어서, 암이 비-소세포 폐암인 방법.
57. 실시양태 27에 있어서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나가 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최소 역치를 포함하는 것인 방법.
58. 실시양태 57에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최소 역치가 약 40:100 또는 약 55:100인 방법.
59. 실시양태 57 또는 58에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플이 40:100 이상 또는 40:100 초과인 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율을 갖는 것인 방법.
60. 실시양태 57 또는 58에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플이 55:100 이상 또는 55:100 초과인 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율을 갖는 것인 방법.
61. 실시양태 57 내지 60 중 어느 한 실시양태에 있어서, 암이 방광암인 방법.
62. 일 실시양태에서, 암 치료를 필요로 하는 대상체에게 치료학적 유효량의 암 치료제를 투여하는 단계를 포함하는, 상기 대상체에서 암을 치료하는 방법으로서, 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 갖고, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성은 적어도 암 치료제를 투여하기 전의 시점에서 대상체의 말초 혈액 샘플로부터 분석된 TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징과 연관되는 것인 방법이 본원에 제공된다.
63. 실시양태 62에 있어서, 예상 환자의 TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징이 건강한 공여자의 TCR 다양성에 비해 상대적으로 낮은 TCR 다양성에 의해 정의되는 것인 방법.
64. 실시양태 62 또는 63에 있어서, 클론 조성 특징이 TCR 또는 이의 단편을 시퀀싱하는 단계를 포함하는 방법에 의해 분석되는 것인 방법.
65. 실시양태 62에 있어서, TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징이 TCR의 클론 빈도 분포에 의해 정의되는 것인 방법.
66. 실시양태 62 내지 65 중 어느 한 실시양태에 있어서, TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징이 TCR 클론의 빈도 분포 패턴을 계산함으로써 추가로 분석되는 것인 방법.
67. 실시양태 66에 있어서, TCR 클론의 빈도 분포 패턴이 지니 계수, 샤논 엔트로피, DE50, 제곱의 합, 및 로렌츠 곡선 중 하나 이상을 사용하여 분석되는 것인 방법.
68. 실시양태 62에 있어서, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성이 TCR의 증가된 클론성과 연관되는 것인 방법.
69. 실시양태 62에 있어서, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성이 중형 및/또는 대형 및/또는 과확장된 크기의 TCR 클론의 증가된 빈도와 연관되는 것인 방법.
70. 실시양태 62에 있어서, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성이 실시양태 63 내지 69 중 어느 한 실시양태에 따른 TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징과 연관되고, 클론 조성 특징은 치료학적 유효량의 암 치료제의 투여 전에 대상체의 말초 혈액 샘플로부터 분석되는 것인 방법.
71. 실시양태 62에 있어서, TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징이 TCR의 클론 안정성의 측정을 포함하는 것인 방법.
72. 실시양태 70 또는 71에 있어서, TCR의 클론 안정성이 제1 시점과 제2 시점 사이의 TCR 턴오버로서 분석되고, 제1 시점은 암 치료제를 투여하기 전이고 제2 시점은 치료 기간 동안의 시점인 것인 방법.
73. 실시양태 71에 있어서, 제2 시점이 백신을 투여하기 전인 방법.
74. 실시양태 70에 있어서, TCR의 클론 안정성이 젠센-샤논 발산을 사용하여 분석되는 것인 방법.
75. 실시양태 70에 있어서, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성이 더 높은 TCR 안정성과 연관되는 것인 방법.
76. 실시양태 70에 있어서, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성이 제1 시점과 제2 시점 사이의 T 세포 클론의 감소된 턴오버와 연관되는 것인 방법.
77. 일 실시양태에서, 암 치료를 필요로 하는 대상체에게 치료학적 유효량의 암 치료제를 투여하는 단계를 포함하는, 상기 대상체에서 암을 치료하는 방법으로서, 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 갖고, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성은 대상체에서 하나 이상의 유전적 변이의 존재와 연관되고, 대상체는 검정으로 하나 이상의 유전적 변이의 존재에 대해 시험되었고 하나 이상의 유전적 변이를 갖는 것으로 확인되었고, 하나 이상의 유전적 변이는 (i) R158C ApoE 단백질을 코딩하는 서열을 포함하는 ApoE2 대립유전자 유전적 변이 또는 (ii) C112R ApoE 단백질을 코딩하는 서열을 포함하는 ApoE4 대립유전자 유전적 변이를 포함하는 ApoE 대립유전자 유전적 변이를 포함하는 것인 방법이 본원에 제공된다.
78. 실시양태 77에 있어서, 암 치료제가 네오항원 펩티드 백신을 포함하는 것인 방법.
79. 실시양태 77에 있어서, 암 치료제가 항-PD1 항체를 추가로 포함하는 것인 방법.
80. 실시양태 77에 있어서, 암 치료제가 항-PD1 항체 단일요법을 포함하지 않는 것인 방법.
81. 실시양태 77에 있어서, 암이 흑색종인 방법.
82. 실시양태 77에 있어서, 대상체가 ApoE2 대립유전자 유전적 변이에 대해 동형접합성인 방법.
83. 실시양태 77에 있어서, 대상체가 ApoE2 대립유전자 유전적 변이에 대해 이형접합성인 방법.
84. 실시양태 77에 있어서, 대상체가 ApoE4 대립유전자 유전자 변이에 대해 동형접합성인 방법.
85. 실시양태 77에 있어서, 대상체가 ApoE4 대립유전자 유전적 변이에 대해 이형접합성인 방법.
86. 실시양태 77에 있어서, 대상체가 R158C ApoE 단백질 또는 C112R ApoE 단백질이 아닌 ApoE 단백질을 코딩하는 서열을 포함하는 ApoE 대립유전자를 포함하는 것인 방법.
87. 실시양태 77에 있어서, 대상체가 rs7412-T 및 rs449358-T를 갖는 것인 방법.
88. 실시양태 77에 있어서, 대상체가 rs7412-C 및 rs449358-C를 갖는 것인 방법.
89. 실시양태 77에 있어서, ApoE3 대립유전자에 대해 동형접합성인 참조 대상체가 암 치료제에 대해 감소된 반응 가능성을 갖는 것인 방법.
90. 실시양태 77에 있어서, 검정이 유전자 검정인 방법.
91. 실시양태 77에 있어서, 암 치료제가 암 에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드를 포함하는 것인 방법.
92. 실시양태 77에 있어서, 암 치료제가 (i) 실시양태 91의 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드,
(i) 또는 (ii) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC,
(ii) 또는 (iii) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 암 에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)
를 포함하는 것인 방법.
93. 실시양태 77 내지 92 중 어느 한 실시양태에 있어서, 암 치료제가 면역조절제를 추가로 포함하는 것인 방법.
94. 실시양태 93에 있어서, 면역치료제가 항-PD1 항체인 방법.
95. 실시양태 77에 있어서, 암 치료제가 니볼루맙 단독 또는 펨브롤리주맙 단독이 아닌 방법.
96. 실시양태 77에 있어서, 하나 이상의 유전적 변이가 chr19:44908684 T>C를 포함하고; 하나 이상의 유전적 변이의 염색체 위치가 UCSC hg38에 대해 정의되는 것인 방법.
97. 실시양태 77에 있어서, 하나 이상의 유전적 변이가 chr19:44908822 C>T를 포함하고; 하나 이상의 유전적 변이의 염색체 위치가 UCSC hg38에 대해 정의되는 것인 방법.
98. 실시양태 77에 있어서, 방법이 투여 전에 검정으로 하나 이상의 유전적 변이의 존재에 대해 대상체를 시험하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
99. 실시양태 77에 있어서, ApoE2 대립유전자 유전적 변이가 배선 변이인 방법.
100. 실시양태 77에 있어서, ApoE4 대립유전자 유전적 변이가 배선 변이인 방법.
101. 실시양태 77에 있어서, 방법이 대상체에게 암 에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드를 포함하는 암 치료제를 투여하는 단계를 포함하고; 대상체는 배선 ApoE4 대립유전자 변이체를 갖는 것으로 결정되는 것인 방법.
102. 실시양태 101에 있어서, 치료제가 애주번트 요법, 시토카인 요법, 또는 면역조절제 요법 중 하나 이상을 추가로 포함하는 것인 방법.
103. 실시양태 101 또는 102에 있어서, 면역조절제 요법이 항-PD1 항체와 같은 PD1 억제제인 방법.
104. 실시양태 101 내지 103 중 어느 한 실시양태에 있어서, 치료제가 PD1 억제제 단일요법을 포함하지 않는 것인 방법.
105. 실시양태 77에 있어서, 방법이 ApoE 활성을 촉진하거나 ApoE 활성을 포함하는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
106. 실시양태 77에 있어서, 방법이 ApoE 활성을 억제하는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
107. 실시양태 1 내지 24 및 실시양태 27 내지 106 중 어느 한 실시양태에 있어서, 암이 췌장 세포암인 방법.
108. 실시양태 1 내지 24 및 실시양태 27 내지 107 중 어느 한 실시양태에 있어서, 치료제가 백신을 포함하는 것인 방법.
109. 실시양태 1 내지 24 및 실시양태 27 내지 108 중 어느 한 실시양태에 있어서, 치료제가 적어도 1, 2, 3 또는 4개의 항원성 펩티드를 포함하는 펩티드 백신을 포함하는 것인 방법.
110. 실시양태 1 내지 24 및 실시양태 27 내지 109 중 어느 한 실시양태에 있어서, 치료제가 적어도 1, 2, 3 또는 4개의 네오항원성 펩티드를 포함하는 펩티드 백신을 포함하는 것인 방법.
111. 실시양태 1 내지 24 및 실시양태 27 내지 110 중 어느 한 실시양태에 있어서, 치료제가 펩티드를 코딩하는 핵산을 포함하고, 펩티드는 네오항원 펩티드인 방법.
112. 실시양태 1 내지 24 및 실시양태 27 내지 111 중 어느 한 실시양태에 있어서, 치료제가 하나 이상의 체크포인트 억제제 항체, 및 네오항원 펩티드, 또는 네오항원성 펩티드를 코딩하는 핵산을 포함하는 백신을 포함하는 조합 요법을 포함하는 것인 방법.
113. 실시양태 70에 있어서, 클론 조성 특징이 백신을 투여하기 전에 대상체의 말초 혈액 샘플로부터 분석되고, 백신은 적어도 하나의 펩티드 또는 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 암 치료제는 네오항원 백신 및 항-PD1 항체의 조합을 포함하고, 네오항원 백신은 항-PD1 항체 단독 투여 기간 후에 투여되거나 공동투여되는 것인 방법.
실시예
실시예 1. TME 시그니처 분석 방법
이 실시예 및 하기 실시예에서, 종양 샘플을 니볼루맙(항 PD-1 요법, 면역 체크포인트 억제제)과 조합된 네오항원 백신 NEO-PV-01로 처리된 흑색종 환자로부터 수집하였고, TME는 지속적인 임상 이익을 가졌던 대상체 및 지속적인 임상 이익을 갖지 않았던 대상체로부터 확인되었다. NEO-PV-01은 14-35개 아미노산 길이의 최대 20개의 특유한 네오항원 펩티드의 혼합물로 구성된다. 펩티드는 각각 최대 5개의 펩티드로 구성된 4개의 그룹으로 함께 풀링되고, 투여 시 애주번트와 혼합된다. NT-001은 절제불가 또는 전이성 흑색종, 비-소세포 폐암(NSCLC), 방광의 이행세포암(TCC)을 갖는 환자에서 니볼맙과 조합된 NEO-PV-01의 1B상 시험이다(NCT02897765). 말초 혈액(PBMC) 및 종양 샘플 둘 모두는 하기 시점에서 환자로부터 수집된다(도 1). 3가지 종양 유형 모두로부터의 종양 생검은 i) 처리하기 전(예컨대, 처리 전, 즉 제0주 니볼루맙 전), ii) 니볼루맙 단일요법 12주 후(백신 전); 및 iii) NEO-PV-01 + 니볼루맙 백신접종 완료 후(백신 후) 수집되었다.
3개의 백혈구성분채집 샘플을 제0주(처리 전, preT), 제10주(백신접종 전, V) 및 제20주(백신접종 후, V)에 채취하였다(도 1a). 먼저, RNA를 말초혈액 CD3+ T 세포로부터 추출하여 T 세포 수용체 β-쇄(TCRβ) 시퀀싱을 수행하였다. 본 발명자들은 적어도 하나의 시점으로부터 샘플을 갖는 시험에서 34명의 흑색종 환자 중 21명으로부터 총 57개의 샘플을 분석하였다. 14명의 환자는 지속적인 임상 이익을 가졌고(DCB, PFS≥9개월로 정의됨) 7명은 그렇지 않았다(종양 병기 및 추가 특징은 표 S1에 나와 있음).
종양 생검을 면역조직화학 및 표적 유전자 발현에 의해 다중 면역 및 종양 마커에 대해 분석하였다. FFPE 블록으로부터 추출된 RNA에 대한 표적 유전자 발현 분석은 NanoString™nCounter 플랫폼을 사용하여 수행되었다. 800개 유전자의 맞춤형 세트는 면역 세포 집단에 대한 마커, 세포용해 마커, 면역 활성화 및 억제, 종양 미세환경을 포함하였다. 주요 면역 피처의 유전자 시그니처는 하우스키핑 유전자로 정규화한 후 계산되었으며 후속 분석에 사용되었다. 단일 생검의 다수의 블록으로부터 최대 종양 함량이 20% 미만인 경우(IHC에 의해 결정됨), 생검은 낮은 종양 함량 또는 <20% 종양으로 표시된다.
환자 특징
종양 생검 분석에 사용된 흑색종 환자는 NT001 안전성 코호트의 일부였으며, 모든 환자는 데이터 보고 시점에 적어도 1회 용량의 NEO-PV-01을 받았다. 36주 무진행 생존(PFS) 이정표를 충족한 환자는 지속적인 임상 이익(DCB) 그룹으로 분류된다. 36주 PFS 이정표를 충족하지 못한 환자는 DCB가 없는 그룹으로 분류된다. 표 2a는 결과에 따른 환자의 그룹화를 나타낸다. 표 2b는 NT001 연구에 대한 환자 코호트의 인구 통계학적 피처를 나타낸다. 표 2c는 TCR 분석을 위한 환자의 나이, 성별 및 샘플 크기 및 DCB 상태에 대한 데이터를 제공한다.
[표 2a]
Figure pct00002
[표 2b]
Figure pct00003
[표 2c]
Figure pct00004
말초 샘플 유동 세포측정 염색 프로토콜:
환자 PBMC를 FBS로 해동시킨 후, Lonza X-VIVO 15 배지로 세척하여 DMSO로부터 세포를 제거하였다. 이어서, 세포를 37℃에서 배지 중 1:1000 희석으로 30분 동안 벤조나제로 처리하였다. 세포를 배지로 세척하고 구아바 이지사이트(Guava easyCyte) 유동 세포측정기를 사용하여 계수하였다. 샘플당 2*10^6개의 세포를 유동 염색을 위해 플레이팅하고, FACS 버퍼(PBS + 0.5% BSA)로 1회 세척하였다. 이어서, 세포를 얼음 상에서 30분 동안 상기에 나열된 표면 염색 항체 칵테일과 함께 인큐베이션한 다음, FACS 버퍼로 세척하였다. 이어서, (패널에 따라) 2가지 방법 중 하나를 이용하여 얼음 상에서 20분 동안 세포를 고정하고 세포내 염색을 위해 투과화하였다. B 세포 패널을 사용하여 염색된 모든 세포를 BD 시토픽스/시토펌(BD cytofix/cytoperm) 키트를 사용하여 제조사의 지침에 따라 고정하고 투과화하였다. T 세포 패널로 염색된 모든 세포를 인비트로겐(Invitrogen) FOXP3 염색 버퍼 세트 고정/투과화 농축물 및 희석제를 사용하여 제조사의 지침에 따라 고정하고 투과화되었다. 세포를 제조사의 지침에 따라 상응하는 투과화 세척 버퍼로 세척하였다. 이어서, 세포를 얼음 상에서 30분 동안 상응하는 투과화 세척 버퍼 중의 세포내 항체와 함께 인큐베이션하고, 적절한 투과화 세척 버퍼로 세척한 다음, FACS 버퍼로 최종 세척하였다. 세포를 BD LSR 포르테사(BD LSR Fortessa) 유동 세포측정기에서 분석할 때까지 4℃에서 FACS 버퍼에 저장하였다.
T 세포 패널 : BD 바이오사이언시스(BD Biosciences)로부터의 CD3 BV421 (Sk7), CD19 APCCy7 (791), CD4 BUV496 (SK3), CD8 BUV805 (SK1), CD45RO BV605 (UCHL1), CD45RA AF700 (HI100), CD62L FITC (DREG-56), CD27 BV711 (M-T271), ICOS BUV396 (DX29), CD137 BV650 (4B4-1), CD69 BV786 (FN50), PD-1 BV510 (EH12.1), CD26 PECF594 (M-A261), CD25 PerCPCy5.5 (M-A251), CTLA4 PECy5 (BNI3) 및 TCF7 PE (S33-966); 바이오레전드(BioLegend)로부터의 감마-9 APC (B3); 인비트로겐으로부터의 FOXP3 PECy7 (PCH101) 및 생/사 APCCy7.
B 세포 패널 : BD 바이오사이언시스로부터의 CD19 BUV496 (SJ25C1), CD20 BUV805 (2H7), IgK 경쇄 AF700 (G20-193), CD138 PE (MI15), CD27 BV786 (L128), IgD BV605 (1A6-2), CD1c BV421 (F10/21A3), IgM BUV396 (G20-127), 및 CD24 BV650 (ML5), 바이오레전드로부터의 CD3 FITC (HIT3a), CD56 FITC (5.1H11), CD14 FITC (M5E2), CD38 BV711 (HIT2), CD269 PECF594 (19F2), IgL 경쇄 PerCPCy5.5 (MHL-38), CD22 BV510 (HIB22), CD267 APC (1A1), HLA-DR PeCy5 (L243), 및 CD79a PECy7 (HM47); 및 인비트로겐으로부터의 생/사 APCCy7.
실시예 2. TME-TIS 점수는 흑색종 환자에서 DCB와 연관됨(도 2, 왼쪽 참조)
이 실시예에서, 종양 내에서 이미 존재하지만 억제된 적응 면역 반응을 측정하는 18-유전자 TIS 시그니처를 처리하기 전(처리 전), 니볼루맙 단일요법 12주 후(백신 전), 및 NEO-PV-01 + 니볼루맙 백신접종 완료 후(백신 후) 흑색종 환자에서 DCB와 비-DCB 사이를 비교하여 조사하였다. 도 2(왼쪽)에 나타난 결과는 TIS 시그니처가 DCB가 있는 흑색종 환자 d에서 풍부함을 나타낸다. 또한, 종양 돌연변이 부담(TMB)이 흑색종 환자에서 DCB와 연관되지 않는다는 것이 주목되었다(도 2, 오른쪽 패널).
실시예 3. TME 시그니처와 관련된 메모리 및 이펙터 T 세포-유사 TCF7+ CD8+ T 세포는 DCB가 있는 흑색종 환자에서 증가됨
이 예시적인 연구에서, 특이적 T 세포 시그니처를 처리하기 전(처리 전), 니볼루맙 단일요법 12주 후(백신 전), 및 NEO-PV-01 + 니볼루맙 백신접종 완료 후(백신 후) 종양 생검 샘플에서 분석하였으며, 모든 환자는 데이터 보고 시점에 적어도 1회 용량의 NEO-PV-01을 받았다(도 3a-3b). DCB가 있는 환자는 처리 전 시점에 CD8+ T 세포 유전자의 발현이 증가하였다(도 3a).
도 3b는 메모리 및/또는 이펙터-유사 TCF7+ CD8+ T 세포 시그니처가 DCB가 있는 흑색종 환자에서 증가된다는 것을 나타낸다. 메모리 및/또는 이펙터-유사 TCF7+ CD8 T 세포 관련 시그니처는 메모리- 및/또는 이펙터-유사 표현형과 일치하는 유전자를 발현하고 줄기-유사 전사 인자 TCF7을 발현하는 CD8+ T 세포 서브-클러스터로부터 유래되었고; 이 유전자 시그니처의 더 높은 발현은 DCB와 연관되고 전이성 흑색종 환자의 결과를 예측한다. DCB가 있는 흑색종 환자는 DCB가 없는 환자와 비교하여 종양 미세환경에서 TC7+ CD8+ T 세포의 수 증가를 나타내었다.
면역조직화학 수행 시, 데이터는 도 3b (도 4a)의 발견과 부합하였다. CD8+ T 세포, TCF7 및 종양 세포(S100)에 대한 마커는 처리하기 전(처리 전), 니볼루맙 단일요법 12주 후(백신 전), 및 NEO-PV-01 + 니볼루맙 백신접종 완료 후(백신 후) DCB가 있는 환자 및 DCB가 없는 환자에서 CD8+ T 세포에서 TCF7의 발현을 조사하기 위해 동시에 사용되었다. 각각의 코호트로부터의 대표적인 환자가 표시된다. CD8+ TCF7+ T 세포는 흰색 화살표로 표시된다. 추가로 관찰된 것은 이들 마커에 대한 차이가 처리 전 시점에서 DCB 환자와 DCB가 없는 환자 사이에서 명확하게 구별되었으며(도 4b 및 4C), 이는 NEO-PV-01 + 니볼루맙의 시작 전에 시그니처의 예측 가치를 강조한다.
실시예 4. 더 높은 TME B 세포 시그니처는 흑색종 환자에서 DCB와 연관됨
추가 검정에서, B 세포 시그니처는 처리하기 전(처리 전), 니볼루맙 단일요법 12주 후(백신 전), 및 NEO-PV-01 + 니볼루맙 백신접종 완료 후(백신 후) DCB 흑색종 환자와 비-DCB 흑색종 환자 사이에서 비교되었다. DCB가 있는 환자는 더 높은 B 세포 시그니처 및 B 세포 유전자 발현을 갖는다(도 5a).
개별 환자 수준에서 3개의 시점 모두에 걸쳐 분석된 IGKC를 포함하는 B 세포와 연관된 유전자가 도 5b에 나타나 있다. 히트맵은 log2 스케일로 유전자 발현을 나타낸다. B 세포 유전자 발현은 결과를 예측하는 것으로 보인다. B 세포 유전자 발현이 더 높은 환자는 또한 연장된 PFS를 갖는다. B 세포 유전자의 발현은 또한 처리에 의해 유도되는 것으로 보이며, 연장된 PFS를 갖는 환자는 처리 후 B 세포 유전자 발현이 증가한다. B 세포의 존재는 개선된 환자 결과와 연관되는 것으로 나타났고, 종양의 3차 림프 구조와 연관된다(실시예 5).
실시예 5. TME 시그니처에서 3차 림프 구조(TLS)와 연관된 유전자는 DCB가 있는 환자에서 향상됨
TLS 시그니처는 앞서 기재된 바와 같이 처리하기 전(처리 전), 니볼루맙 단일요법 12주 후(백신 전), 및 NEO-PV-01 + 니볼루맙 백신접종 완료 후(백신 후) 생검에서 조사되었다. 케모카인, 시토카인 및 세포 유형을 포함한 3차 림프 구조와 연관된 유전자를 사용하여 TLS 시그니처를 계산하였다.
도 6에 나타난 바와 같이, DCB가 있는 환자는 3차 림프 구조의 존재와 연관된 유전자 발현이 증가하였다. 비교 연구에서, TLS 시그니처는 B 세포 시그니처와 충분한 상관관계가 있었다(도 7). 다중 면역조직화학적 분석(도 8a, 8c)은 B 세포 마커 CD20+, T 세포 마커 CD3+ 세포, 및 종양 세포(S100)의 존재를 입증하며, 이들 모두는 DCB가 있는 환자 및 DCB가 없는 환자에서 3차 림프구 구조를 조사하기 위해 동시에 사용되었다. 각각의 코호트로부터의 대표적인 환자가 도 8a에 나타나 있다. B 세포의 개별 및 클러스터의 존재는 흰색 화살표로 표시되고, T 세포는 황색 화살표로 표시된다(도 8a). 추가적으로, 도 5a, 8b 및 8c는 DCB를 나타낸 대상체 대 DCB를 나타내지 않은 대상체 사이에서 처리 전에 이들 마커의 수준에 긍정적인 차이가 있음을 나타내며, 마커의 예측 가치를 추가로 입증한다.
실시예 6. TME 시그니처에서 세포독성 CD56dim NK 세포와 연관된 유전자 발현은 DCB가 있는 환자에서 더 높음
대표적인 NK 세포 시그니처는 처리하기 전(처리 전), 니볼루맙 단일요법 12주 후(백신 전), 및 NEO-PV-01 + 니볼루맙 백신접종 완료 후(백신 후) 종양 생검에서 조사되었다. 세포용해성 CD56dim NK 세포와 연관된 유전자의 발현은 백신 후 시점에서 DCB가 있는 환자에서 증가된다(도 9). 이 데이터는 TME 내에서의 면역 반응에서 NK 세포의 역할을 나타낸다.
실시예 7. MHC 클래스 II 시그니처는 흑색종 환자에서 DCB와 연관됨
대표적인 MHC-II 시그니처는 처리하기 전(처리 전), 니볼루맙 단일요법 12주 후(백신 전), 및 NEO-PV-01 + 니볼루맙 백신접종 완료 후(백신 후) 종양 생검에서 조사되었다. 도 10a에 나타난 바와 같이, DCB가 있는 환자는 MHC 클래스 II 발현이 더 높으며, 이는 처리 전 시점에서 MHC 클래스 II 유전자 발현이 처리 후 TME에서의 결과 및 발현 증가를 예측한다는 것을 나타낸다.
전문 항원 제시 세포에서 MHC 클래스 II의 발현은 잠재적으로 CD4+ T 세포의 활성화를 초래할 수 있고 종양 세포에서 MHC 클래스 II 발현은 CD4+ T 세포에 의한 이들 종양 세포의 인식을 허용할 것이다. MHCII 발현 세포의 면역조직화학 조사에서, 대표적인 DCB가 있는 종양 샘플과 DCB가 없는 종양 샘플 사이에 현저한 차이가 관찰되었다(도 10b). 종양 세포에서 MHC 클래스 II 발현은 종양에서 CD4+ 및 CD8+ T 세포의 치료 반응 및 침윤과 연관되었다.
실시예 8. TME 시그니처에서 B7-H3 유전자 발현은 DCB가 없는 흑색종 환자에서 증가됨
대표적인 B7-H3 유전자 시그니처는 처리하기 전(처리 전), 니볼루맙 단일요법 12주 후(백신 전), 및 NEO-PV-01 + 니볼루맙 백신접종 완료 후(백신 후) 종양 생검에서 조사되었다. 도 11에 나타낸 바와 같이, 억제 리간드 B7-H3의 발현은 DCB가 없는 환자에서 더 높다. B7-H3의 과발현은 면역 억제에 기여하는 것으로 알려져 있으며 불량한 예후와 연관된다.
실시예 9. NEO-PV-01 백신의 지속적인 임상 이익
이 실시예에서, 예상외로 높은 DCB를 입증하는 NT-001 임상 시험의 결과가 제공된다. 흑색종 환자(n=23)는 36주 무진행 생존(PFS)을 나타내었다(도 12a). 그러나, 추가로, 몇몇 환자는 더 진행하였고, 52-55주 사이의 PFS를 나타낸다. 1명의 환자는 85주 초과로 진행하는 것으로 입증된다(도 12a).
NT-001 연구에서 펩티드 특이적 반응의 평가에서, 환자는 1인당 대략 40-62%의 백신 펩티드에 대해 양성을 나타내었다(도 12b). 대략 5-12개의 펩티드가 환자에서 면역 반응을 생성하였다. IFN-γ ELISpot에 의해 측정된 바와 같이, 약 55%의 에피토프가 적어도 T 세포 반응을 생성하고, 약 42%의 에피토프가 CD4 반응을 생성하고, 약 28%의 에피토프가 CD8 반응을 생성하는 것으로 밝혀졌다. 또한, 모든 환자가 측정 가능한 생체외 면역 반응에 대해 양성인 것으로 관찰되었다. 면역 반응의 지속성은 관찰된 흑색종 환자 7명 중 4명에서 적어도 52주까지 관찰되었다.
DCB의 평가를 위해 니볼루맙 + Neo-PV-01 백신을 받은 1명의 예시적인 환자에서 면역 반응이 뒤따랐다. 17개의 면역화 펩티드(IM) 중 8개에 대한 5일 노출은 백신접종 후 20주 및 52주에 환자에서 높은 IFN-γ 반응을 유발하는 것으로 관찰되었다(도 13a). 네오항원 특이적 CD4 및 네오항원 특이적 CD8 세포에 대한 세포용해성 및 기능적 마커를 평가하였다(도 13b). CD3, CD4 및 PD1+ 세포에 게이팅한 결과, 네오항원 특이적 세포가 높은 수준의 IFN-γ 및 CD107a 모두를 발현하는 것이 관찰되었다.
Neo-PV-01 백신 처리된 환자의 샘플 조사에서, 펩티드 사량체 특이적 CD8+ T 세포가 제20주에 환자의 혈액에서 관찰되었다(도 14a). 추가로, 네오-항원(돌연변이된 RICTOR 에피토프에 상응) 특이적 T 세포 수용체(TCR)가 백신 후 20주에 종양에서 검출되었다(도 14b). 처리 전에 수득된 환자로부터의 PBMC로 자극되고 RICTOR 돌연변이 특이적 TCR로 형질도입된 A375-B51-01 세포는 네오항원 특이적 TCR의 높은 활성화 및 세포용해 가능성을 나타내는 높은 백분율의 카스파제 3 활성화를 나타내었다(도 14c).
생검으로부터 독립적인 병리학 검토에 의한 H&E 분석을 각각의 시점에서 분석하였다. 도 15에 나타낸 바와 같이, DCB 및 비-DCB에 대한 각각의 점수는 처리 전 샘플에서 구별할 수 없었다. 백신 전 샘플은 니볼루맙으로 12주 처리를 받은 환자의 종양의 조직학적 평가에 해당한다. 이러한 환자의 조사로부터 니볼루맙 단독 처리를 갖는 DCB 환자에서도 종양 감소가 미미하였다는 것이 분명하였다(중간 패널, 도 15). 그러나, 백신 후 그룹에서, 조직학은 DCB가 없는 환자에서 대략 40% 이상에 비해 백신 처리된 환자에서 높은 정도의 종양 감소(약 20%로 감소)를 나타내었다. 각각의 시점에서 최소 1-5개의 생검을 수득하였고, 그 결과는 평균 +/- SEM으로 표현하였다.
이들 연구는 네오항원 특이적 백신이 장기간에 걸쳐 특이적 DCB를 유도하고, DCB가 있는 환자에서 높은 수준의 종양 감소에 대한 궁극적인 판독을 갖는다는 것을 입증한다. 놀랍게도, 본원에 기재된 바와 같은 특정 네오항원 백신으로의 처리는 연구 당시 흑색종에 대한 표준 치료 요법인 니볼루맙보다 우수한 것으로 보인다.
추가로, 본원에 기재된 DCB에 대한 마커는 질환의 실제 종양 감소 및 병리생리학적 관해와 높은 정도의 상관관계가 있음이 명백하였다.
실시예 10. 말초 혈액 단핵 세포 분석으로부터 NEO-PV-01로의 처리를 위한 예측 바이오마커
이 실시예는 특히 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)의 면역 표현형 검사로부터 바이오마커의 확인을 예시한다. 또한, 확인된 바이오마커가 예측 바이오마커가 될 수 있음을 나타낸다.
NT001 연구에 등록된 흑색종, 폐 및 방광 환자에 대한 NT001 임상 시험에 등록된 환자로부터 PBMC를 분리하였다. 면역 표현형 검사는 형광 활성화된 세포 분류 및 FlowJo 소프트웨어에서의 후속 분석을 이용하여 단리된 세포에서 수행되었다. 바이오마커는 NT001 연구에 등록된 흑색종, 폐 및 방광 환자의 서브세트에 대해 훈련되었다. 이는 (1) 훈련에 사용되지 않은 시험으로부터의 환자의 서브세트 및/또는 (2) 후속 임상 시험으로부터의 환자로 검증될 수 있다. 바이오마커는 미래의 환자 등록을 위한 포함 또는 배제 기준으로 사용될 수 있고/있거나 처리 과정에 걸쳐 환자의 분자 반응을 특성화할 수 있다.
말초 샘플 유동 세포측정 염색 프로토콜:
환자 PBMC를 FBS로 해동시킨 다음, Lonza X-vivo 배지로 세척하여 DMSO로부터 세포를 제거하였다. 이어서, 세포를 37℃에서 배지 중 1:1000 희석으로 30분 동안 벤조나제로 처리하였다. 세포를 배지로 세척하고, 구아바 이지사이트 유동 세포측정기를 사용하여 계수하였다. 샘플당 2*106개 세포를 유동 염색을 위해 플레이팅하고, FACS 버퍼(PBS + 0.5% BSA)으로 1회 세척하였다. 이어서, (패널에 따라) 2가지 방법 중 하나를 이용하여 얼음 상에서 20분 동안 세포를 고정하고 세포내 염색을 위해 투과화하였다. B 세포 및 골수 세포 패널을 사용하여 염색된 모든 세포를 BD 시토픽스/시토펌 키트를 사용하여 제조사의 지침에 따라 고정하고 투과화하였다. T 세포 패널로 염색된 모든 세포를 인비트로겐 FOXP3 염색 버퍼 세트 고정/투과화 농축물 및 희석제를 사용하여 제조사의 지침에 따라 고정하고 투과화되었다. 세포를 제조사의 지침에 따라 상응하는 투과화 세척 버퍼로 세척하였다. 이어서, 세포를 얼음 상에서 30분 동안 상응하는 투과화 세척 버퍼 중의 세포내 항체와 함께 인큐베이션하고, 적절한 투과화 세척 버퍼로 세척한 다음, FACS 버퍼로 최종 세척하였다. 세포를 BD LSR 포르테사 유동 세포측정기에서 분석할 때까지 4℃에서 FACS 버퍼에 저장하였다. FlowJo 버전 10.5.0을 사용하여 분석을 수행하였다. 도 16i-ii는 표시된 세포의 유동 세포측정을 위한 예시적인 게이팅 전략을 나타낸다.
나이브 B 세포는 CD56-, CD3-, CD14-, CD19+, IgD+ 및 CD27-인 살아있는 단일 세포로 게이팅되었다. 형질세포양 DC(pDC)는 CD3-, CD19-, CD56-, CD14-, CD11c-, CD123+ 및 CD303+인 살아있는 단일 세포로 게이팅되었다.
결과:
처리 전 및 요법 후 20주에 나이브 T 세포의 분석은, 처리 전 더 높은 나이브 CD8+ T 세포 시그니처를 갖는 대상체가 NT001 연구에 등록된 흑색종 환자에서 DCB에 의해 측정된 불량한 결과와 연관됨을 나타내었다(도 16a).
3개의 시점으로부터 흑색종 환자로부터의 PBMC를 마커 CD62L 및 CD45RA의 발현에 의해 정의되는 바와 같이 나이브 T 세포 마커에 대해 면역표현형을 지정하였다(도 16a, 상단 중앙 패널). 처리 개시 후 무진행 생존 9개월로 정의되는 지속적인 임상 이익을 받은 환자는 진행된 환자와 비교하여 세 시점 모두에 걸쳐 더 높은 수준의 이펙터 메모리 T 세포(도 16a, 하단 왼쪽 패널) 및 더 낮은 수준의 나이브 T 세포(도 16b, 오른쪽 패널)를 가졌다. 대상체로부터의 말초 혈액 샘플의 PBMC에서 나이브 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 수의 비율은 상기 기재된 바와 같이 유동 세포측정에 의해 결정되었다. 니볼루맙 단독 또는 네오항원 백신과 함께 니볼루맙으로 처리 시 DCB를 나타낸 대상체는 처리 전에 약 20%(20:100) 또는 더 낮은 나이브 CD8+ : CD8+ T 세포 비율을 가졌다. 추가로, 처리가 니볼루맙 단독이었는지 또는 네오항원 백신을 갖는 니볼루맙이었는지에 상관없이, 처리 전 더 낮은 나이브 CD8+ T 세포 카운트는 DCB와 연관되었고, 역으로 처리 전 더 높은 나이브 CD8+ T 세포 카운트는 DCB 없음과 연관되었다. 따라서, 처리 전 말초 혈액 샘플에서 총 CD8+ T 세포의 20% 미만인 CD8+ 나이브 T 세포 백분율은 도 16a, 하단 오른쪽 패널에 나타난 바와 같이 DCB와 연관된다.
면역계의 상태 및 이것이 처리에 대한 반응과 어떻게 관련되는지를 더 잘 이해하기 위해 환자의 말초 T 세포 수용체 레퍼토리의 다양한 피처를 정량화하였다. 이 분석에서, 환자의 처리 전 PBMC에서 "지니 계수"로 불리는 계수를 계산하였다. 이는 0과 1 사이의 숫자를 사용하는 집단에서의 분포의 파라미터로, 0은 완전한 클론형 분포를 나타내고, 1은 하나의 클론형이 전체 집단을 지배하는 경우를 나타낸다. 이 분석에서, 0은 모든 T 세포 CDR3 아미노산 클론형이 동일한 빈도로 발견되는 경우를 나타내고, 1은 하나의 클론이 레퍼토리를 지배하는 경우를 나타낸다. 지속적인 임상 이익을 갖는 환자는 지속적인 임상 이익이 없는 환자와 비교하여 증가된 지니 계수를 가졌으며, 이는 레퍼토리의 더 편중된 빈도 분포가 처리에 대한 반응과 연관되어 있음을 나타낸다(도 16b).
PBMC에서 낮은 수준의 나이브 B 세포는 DCB와 연관되었다(도 16c). 역으로, 처리 전 더 높은 나이브 B 세포 수준은 2가지의 상이한 치료 요법, 즉 니볼루맙 단독 또는 네오항원 백신을 갖는 니볼루맙 사용 시 DCB 결여와 연관되었다. 대상체로부터의 말초 혈액 샘플의 PBMC에서 총 CD19+ 세포(pan B 세포 마커)에 대한 나이브 B 세포의 수의 비율은 상기에 기재된 바와 같이 유동 세포측정에 의해 결정되었다. 이 경우 처리 전에 결정된 70% 미만(70:100)의 값은 36주에 DCB와 연관되었다.
3개의 시점에서 흑색종 환자로부터의 PBMC를 CD19 양성 B 세포 상의 마커 IgD 및 CD27의 발현에 의해 정의되는 바와 같이 클래스 전환된 메모리 B 세포에 대해 면역표현형을 지정하였다(도 16d, 상단 패널). 처리 개시 후 무진행 생존 9개월로 정의되는 바와 같은 지속적인 임상 이익을 받은 환자는 진행된(DCB 없음) 환자와 비교하여 3개 시점 모두에 걸쳐 더 높은 수준의 클래스 전환된 메모리 B 세포를 가졌다(도 16d, 하단 패널).
(관찰된 특유한 서열의 수 및 CDR3 서열의 총 수 둘 모두의 측면에서) 보다 기능적인 BCR Ig CDR3 서열이, 치료 요법으로부터 지속적인 임상 이익을 받지 않는 흑색종 환자와 비교하여 치료 요법으로부터 지속적인 임상 이익을 받은 흑색종 환자에서 처리 전 시점에서 종양 미세환경에서 관찰되었다(도 16e). 이들 CDR3 서열은 처리 전 종양 생검으로부터의 짧은 판독 RNA-seq 데이터로부터 MiXCR을 사용하여 재구성되었다.
3개의 지시된 시점으로부터 NSCLC 환자로부터의 PBMC를 Lin-/CD11c- 세포 상의 형질세포양 DC 마커의 발현에 대해 면역표현형을 지정하였다(도 16f, 상단 패널). 도 16f는 PBMC에서 낮은 수준의 형질세포양 수지상 세포(DC)는 DCB와 연관되었음을 나타낸다. 역으로, PBMC에서 더 높은 형질세포양 DC는 2개의 상이한 치료 요법 사용 시 DCB의 결여와 연관되었다. 도 16f의 하단 패널에 나타난 바와 같이, 36주에 DCB가 있는 대상체로부터의 말초 혈액 샘플은 3:100 이하 또는 3:100 미만인 형질세포양 수지상 세포 대 총 Lin-/CD11c- 세포의 비율을 갖는다. 니볼루맙 처리 또는 네오항원 백신을 니볼루맙 요법과 조합하여 사용하는 경우, DCB가 없는 그룹의 평균 형질세포양 DC는 처리 전과 비교하여 20주에 약간 감소하는 경향을 나타낸 반면, DCB 대상체에서는 수준이 실질적으로 변하지 않았다. 이 관찰은 형질세포양 DC 수준이 면역 체크포인트 억제제로의 처리 및 네오항원 백신과의 조합 요법에 의해 영향을 받을 수 있음을 나타내지만, 그럼에도 불구하고 처리 전 높은 수준의 형질세포양 DC는 불량한 처리 반응의 지시자임을 나타낸다.
3개의 지시된 시점으로부터 NSCLC 환자로부터의 PBMC를 CD4 양성 T 세포 상의 면역 억제인자 마커 CTLA4의 발현에 대해 면역표현형을 지정하였다(도 16g, 상단 패널). 처리 개시 후 무진행 생존 9개월에 의해 정의되는 바와 같은 지속적인 임상 이익을 받은 환자는 진행된(DCB 없음) 환자와 비교하여 처리 전 시점에 CD4 양성 T 세포 상에 더 낮은 수준의 CTLA4를 가졌다(도 16g, 하단 패널).
3개의 지시된 시점으로부터 방광 환자의 TCC로부터의 PBMC를 마커 CD45RO 및 CD45RA의 발현에 의해 정의되는 바와 같이 나이브 및 메모리 T 세포 마커에 대해 면역표현형을 지정하였다(도 16h, 상단 패널). 처리 개시 후 무진행 생존 6개월에 의해 정의되는 바와 같은 지속적인 임상 이익을 받은 환자는 백신 후 시점에서 구체적으로 진행된 환자와 비교하여 더 높은 수준의 메모리 T 세포를 가졌다(도 16h, 하단 패널). 이 마커는 처리 후 백신 효과를 평가하기 위한 기계적 마커로 사용될 수 있었다.
상기에서 논의된 결과는 대상체에 대한 처리 결과가 처리 전에 이들 세포 유형의 정량적 분석을 수행함으로써 예측될 수 있음을 나타낸다. DCB 환자와 DCB가 없는 환자 사이에서 각각의 세포 유형의 백분율이 명확하게 구별되기 때문에, 세포 백분율을 기반으로 결과를 추론하는 것도 가능하다.
DCB의 말초 혈액 시그니처에 대해 다른 파라미터도 마찬가지로 평가되고 있다. 이들은 하기를 포함하지만 이에 제한되지 않는다:
(a) CD4:CD8 T 세포 비율,
(b) 이펙터 메모리 T 세포 및 나이브 CD4 및 CD8 T 세포 서브세트의 비율,
(c) T 조절 세포의 비율,
(d) T 세포 PD1 발현,
(e) T 세포 CTLA-4 발현,
(f) 감마-델타 T 세포의 비율,
(g) CD11b+ CD33+ 골수 세포의 비율,
(h) 단핵구의 비율,
(i) CD11c+ DC의 비율,
(j) CD141+ CLEC9A+ DC,
(k) 형질세포양 DC의 비율,
(l) NK 세포의 비율(활성화/억제 수용체 발현 및 퍼포린/그랜자임 B 발현 포함), 및
(m) B 세포의 비율.
실시예 11. 니볼루맙 및 네오항원성 펩티드로 처리된 흑색종 코호트에서 ApoE 변이체
ApoE 변이체는 네오항원성 펩티드와 조합하여 니볼루맙을 사용하는 진행 중인 임상 시험의 흑색종 코호트에서 병변의 크기와 연관된다. 도 17에 나타난 바와 같이, 대상체는 그들이 ApoE2 이형접합, ApoE4 이형접합, ApoE4 동형접합 또는 ApoE3 동형접합인지 여부에 기초하여 분류된다. ApoE3 동형접합 대립유전자는 기준 대립유전자이다. 각각의 선 플롯은 기준선 위의 값으로 표시된 병변의 증가와 기준선 아래에 표시된 병변의 감소와 함께 표적 병변 합계의 변화%를 나타낸다. 상기로부터, ApoE4는 보호 변이체인 것으로 밝혀졌고, ApoE4 변이체에 대해 동형접합 또는 이형접합성인 대상체는 기준선 종양 병변 크기 또는 요법 과정에 걸쳐 병변 크기의 변화로부터 측정되는 바와 같이 시간이 지남에 따라 니볼루맙 + 네오항원성 펩티드에 긍정적으로 반응한다. 유사한 연구가 폐암 및 방강암 코호트에서 진행 중이다.
실시예 12: 펨브롤리주맙 단독으로 처리된 흑색종 코호트에서 ApoE 변이체
이 예시적인 연구에서, ApoE 보호 변이체의 평가를 위해 펨브롤리주맙(항-PD1 요법, 체크포인트 억제제) 흑색종 코호트를 수반하는 임상 시험으로부터의 데이터를 재분석하였다(Hugo et al., 2016, Cell165, 35-44). 이 연구에서, 대상체는 체크포인트 억제제인 펨브롤리주맙으로 처리되었다. 표 3에 제시된 데이터에 나타난 바와 같이, 치료제가 항-PD1 단일요법인 경우 ApoE 유전자 변이체 중 어떠한 것도 처리 결과와 특정한 상관관계를 나타내지 않는다.
[표 3]
Figure pct00005
실시예 13: TCR 레퍼토리 프로파일링 및 DCB
포괄적인 말초 분석이 NT-001 임상 시험(NCT02897765)에서 니볼루맙과 조합된 개인 맞춤형 네오-항원 암 백신(NEO-PV-01)에 대한 흑색종 환자의 반응에 대한 예측력을 전달하는지의 여부를 평가하기 위해, 환자의 TCR 레퍼토리 피처 및 면역 세포 하위집단의 빈도를 분석하였다.
네오항원 백신 시험 NT-001(NCT02897765)의 흑색종 코호트에 등록된 환자는 개인 맞춤형 네오항원 백신 NEO-PV-01과 조합된 니볼루맙을 받았다(도 18). 3개의 백혈구성분채집 샘플을 제0주(preT = 처리 전(제0주 니볼루맙 전)), 제10주(preV = 백신 투여 전) 및 제20주(postV = 백신 투여 후)에 채취하였다.
TCR 레퍼토리는 페어드-엔드(paired-end) 미가공(raw) 시퀀싱 fastq 파일 상의 MiXCR(버전 3.0.12)의 라이선스 카피를 실행하여 생성되었다. 파라미터는 종 사양(인간, hsa), 출발 물질(RNA), 어댑터가 없는 5' 및 3' 프라이머(각각 v 및 c 프라이머), 및 TCRβ 쇄(trb) 검색을 포함하였다.
TCRβ CDR3 클론형은 비-기능적 서열(프레임외 서열 또는 정지 코돈을 함유하는 서열)의 제거에 의해 여과되었다. 클론 빈도는 총 카운트 중 각각의 클론에 대한 클론 카운트를 기반으로 계산되었다.
말초 혈액 샘플 분석 : 단리된 T 세포 RNA는 TCR 베타 쇄 유전자좌를 표적으로 하는 arm-PCR 및 TCR 시퀀싱에 적용되었다. 21명의 환자로부터 65개의 샘플을 TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징에 대해 분석하였다. 빈도 분포의 편중을 시험하기 위해, 각각의 시점에서 레퍼토리 전반에 걸친 클론성 파라미터에 대해 TCR 정체 및 빈도의 데이터세트를 시험하였다. TCR 정체 및 빈도와 DCB 상태의 연관성을 시험하기 위해 DE50, 지니 계수, 샤논 엔트로피, 로렌츠 곡선, 특유한 뉴클레오티드 및 아미노산 상보성 결정 영역 3(CDR3)의 수를 계산하였다(도 19a 및 19b).
TCR 레퍼토리 다양성/클론성 분석: 클론 크기 지정(도 20a, 도 20b 및 도 20c)은 하기와 같이 클론 빈도, Fi에 기반하였다: 희박(Fi < 1e-6), 소형(1e-6 ≤ Fi < 1e-5), 중형(1e-5 ≤ Fi < 1e-4), 대형(1e-4 ≤ Fi < 1e-3), 및 과확장됨(1e-3 ≤ Fi). 샘플당 뉴클레오티드(nt)/아미노산(aa) TCRβ CDR3의 특유한 수를 계산하였다. 글로벌 다양성/클론성 계수는 하기와 같이 계산되었다:
ㆍ DE50 - aa CDR3 클론형은 빈도에 기반하여 내림차순으로 정렬되었다. 이 정렬된 빈도 벡터의 누적 빈도가 계산되었다. 0.50 이상인 제1 값의 순위를 특유한 aa CDR3 클론형의 총수로 나누어 DE50 값을 얻었다. 예컨대, 레퍼토리의 가장 빈번한 클론 40개(39개는 아님)가 1000개 클론으로 이루어진 레퍼토리에 있는 클론의 총 카운트의 50%를 차지하는 경우 DE50 값은 0.04이다.
ㆍ 지니 계수 - 0(모든 클론이 동일하게 빈번함 - 레퍼토리 다양성) 내지 1(하나의 클론에 의해 지배되는 빈도, 레퍼토리 클론성)의 범위이다. "DescTools" R 패키지로부터의 "지니" 함수를 사용하여 계산된다.
ㆍ 샤논의 엔트로피 - 더 높은 값은 빈도의 더 높은 불균등을 나타낸다. "DescTools" R 패키지로부터의 "엔트로피" 함수를 사용하여 계산된다.
ㆍ 로렌츠 곡선 - DE50 추정치와 유사하지만 DE0과 DE100 사이의 연속 곡선이다. "DescTools" R 패키지로부터의 "Lc" 함수를 사용하여 계산된다.
ㆍ 제곱의 합 - 제곱의 합 측정은 각각 제곱된 aa CDR3 클론형의 빈도의 합으로 계산된다.
이들 파라미터는 3개의 모든 시점에서 DCB 환자에서 말초 T 세포 레퍼토리의 증가된 클론성을 나타내었다. TCR 레퍼토리 파라미터와 환자의 나이, 성별, TMB 등의 유사한 비교는 상관관계를 나타내지 않았다(데이터는 제시되지 않음). 종합하면, 이들 데이터는 NT-001 흑색종 환자의 말초 TCR 레퍼토리 클론성이 DCB 환자에서 처리 시작 전에도 증가하며, 처리 성공을 위한 최소한의 침습성 바이오마커 역할을 할 수 있음을 나타낸다. 유의성을 확립하기 위해, 각각의 시점에서 개별적으로 DCB가 없는 환자로 DCB의 각각의 크기 지정/범주에서 클론의 분율을 비교하였다(도 20a, 20b, 및 20c). 흥미롭게도, preT = 처리 전(제0주 니볼루맙 전) 및 preV = 백신 투여 전에서 각각의 크기 지정/범주는 DCB 상태의 중요한 예측자를 나타내는 반면, postV = 백신 투여 후에서는 과확장된 범주만 유의한 차이를 나타낸다. 이들 결과는 DCB가 있는 환자는 더 작은 클론의 대가로 더 큰 클론의 비율이 증가하고 특히 과확장된 클론이 풍부하다는 것을 나타낸다. 또한, HD와 DCB가 있는 환자 사이에 유사한 차이가 발견되었지만 DCB가 없는 환자에서는 그렇지 않았다.
로렌츠 곡선의 분석(도 21a 및 21b)은 DCB에서 CDR3 서열의 더 높은 불균등에 대한 뚜렷한 경향을 나타내고, DCB가 없는 환자 샘플에서는 그렇지 않다.
젠센 샤논 발산(JSD, 도 22a)에 의해 측정되는 바와 같이 턴오버 비율을 시험하였으며, 결과는 턴오버 비율이 DCB 상태와도 상관관계가 있음을 나타낸다(도 22b). 각각의 레퍼토리에서 가장 빈번한 클론(레퍼토리의 상위 20% 차지)을 분석하여, preV(백신 투여 전) 및 postV(백신접종 후) 시점의 JSD를 preT = 처리전(제0주 니볼루맙 전)과 비교하여 측정하였다. 두 비교 모두는 DCB 환자에서 T 세포 클론의 더 낮은 턴오버 비율을 나타내는 상당히 더 낮은 JSD 값을 나타내었다. 일부 환자의 장기간 관찰에 대한 결과가 나타나 있다(도 22c). 이 차이는 계산에 사용된 레퍼토리의 분율에 관계없이 여전히 유의하다. 참조로, DCB 환자의 레퍼토리는 preT = 처리 전(제0주 니볼루맙 전)과 preV(백신접종 전) 시점 사이 뿐만 아니라 preT = 처리 전(제0주 니볼루맙 전)과 postV(백신접종 후) 사이에서도 안정적으로 유지되는 반면, DCB가 없는 환자의 레퍼토리는 계속 변경된다.
레퍼토리 안정성을 추가로 특성화하기 위해, 도 23a에 나타낸 바와 같은 벤 다이어그램을 사용하여 3개의 모든 시점에 걸친 중첩을 시험하였다. 한 시점에서만 검출된 클론(A,B,C)의 누적 빈도를 도 23c에 나타내고, 2개의 시점에서 검출된 클론(D,E,F)의 누적 빈도는 도 23d에 나타내고, 3개의 모든 샘플에서 발견된 지속성 클론(세그먼트 G)의 누적 빈도는 도 23b에 나타낸다. 이 분석은 지속성 T 세포 클론(세그먼트 G)의 누적 빈도가 한 시점에서만 검출된 클론(세그먼트 A, B, C, 도 23c)의 대가로 DCB 환자에서 유의하게 증가한다는 것을 나타내었다(도 23b). 중요하게는, DCB 환자와 DCB가 없는 환자 사이의 세그먼트 G에서 특유한 클론의 수에 유의한 차이가 검출되지 않았다(도 23f).
지속성 클론(세그먼트 G)의 누적 빈도는 더 많은 클론을 갖는 것이 아니라 더 큰 클론을 갖기 때문에 DCB 환자에서 증가된다. 이는 DCB 클론 및 DCB가 없는 클론의 특유한 아미노산의 분석에 의해 추가로 확인되었다(도 23f).
DCB 환자와 DCB가 없는 환자를 비교하여 유사한 수의 특유한 지속성 클론과 상이한 누적 빈도를 갖는 이들 클론 사이의 불일치는 레퍼토리 클론성의 차이를 나타낸다. 이 가설을 직접적으로 시험하기 위해, 지니 계수와 지속성 클론의 누적 빈도 사이의 연관성을 시험하였다. 세그먼트 G 클론의 누적 빈도와 강한 양의 상관관계가 발견되었으며(도 23g), 이는 레퍼토리 클론성 및 레퍼토리 안정성이 연결되어 있음을 나타낸다. TCR 클론성(지니 계수)을 한 시점에서만 검출된 클론의 누적 빈도와 비교하면 추세가 역전된다.
세그먼트 G 클론의 누적 빈도를 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)에서 면역 세포 하위집단의 빈도와 비교하였다. 유동 세포측정을 이용하여 T 및 B 세포 집단에 초점을 맞춰 PBMC의 표현형을 지정하였다. 세그먼트 G 클론의 누적 빈도와 이펙터-메모리/메모리 CD8+ 및 CD4+ T 세포의 빈도 사이에 강한 양의 상관관계가 환자에 걸쳐 발견되었으며, 나이브 T 세포 구획에서는 반대 경향이 나타났다(도 23h). 데이터는 CD8, CD4 및 B 세포의 메모리 또는 이펙터-메모리 표현형이 증가된 안정성과 상관관계가 있는 반면, 나이브 표현형의 경우에는 그 반대임을 나타낸다. TCRβ CDR3 시퀀싱으로부터 B 세포 표현형에 대한 통찰력을 얻는 능력은 환자의 면역계의 상태를 전체적으로 보는 것을 촉진한다. 간 및 신장 기능 검정(ALT-SGPT, AST-SGOT, 크레아티닌), 헤모글로빈 농도 및 적혈구(RBC) 카운트(도 24a, 상단), 및 추가 화학 패널(글루코스, 칼륨 등)를 포함하여 DCB 환자 및 DCB가 없는 환자로부터의 임상 실험실 결과 간의 차이를 포함하는 추가적인 체계적 측정이 수행되었다. 이들 측정치 중 일부는 클론성 및 TCR 레퍼토리의 안정성과 강한 상관관계가 있었다(도 24a, 하단). 이들 발견은 흑색종 환자의 면역계의 상태가 다양한 측정 가능한 경로로 표현된다는 아이디어를 더욱 뒷받침하였다. TCRβ 시퀀싱 클론성 피처, 말초 CD4 및 CD8 T 세포 및 B 세포의 표현형 검사, 및 임상 실험실 결과를 포함하여 시험의 3개의 모든 시점에서 각각의 환자로부터 측정된 40개 초과의 피처가 축적되었다. 이어서, 기준선(처리 천)에서 취한 측정치가 DCB를 예측할 수 있는지의 여부를 조사하였다. 이들 모든 피처의 차원수를 줄이고 신호를 추출하기 위해, 가장 큰 분산으로 축을 따라 데이터를 나타내려는 자율 차원 축소 알고리즘인 주요 성분 분석(PCA)이 이용되었다. TCR 레퍼토리 분석, PBMC의 면역표현형 검사 또는 임상 실험실 결과로부터 기준선에서 선택 측정을 수행하여 하나의 매트릭스에 집계하였다. 매트릭스는 중앙에 배치되고 스케일링되었으며, PCA는 "상태" R 패키지로부터의 "prcomp" R 함수를 사용하여 계산되었다. 로딩, 또는 PC1에 대한 상이한 측정의 기여는 회전 매트릭스로부터 검색되었다(도 24d). 카플란-마이어 분석은 환자를 PC1<0 또는 PC1>0에 속하는 범주로 분류하여 수행되었다. "생존" R 패키지로부터의 "survfit" 함수를 사용하여 계산하고, "survminer" R 패키지로부터의 "ggsurvplot" 함수를 사용하여 플로팅하였다. p 값은 로그 비율 시험을 이용하여 계산되었고, 위험비는 일변량 Cox 비례 위험 회귀 모델을 사용하여 계산되었다. 이 분석은 각각 기준선에서 수행된 말초 측정의 상이한 세트를 포함하는 다수의 접근법으로 수행되었다.
알고리즘은 환자로부터 측정된 모든 기준선 피처로 실행되었다. 중요하게도, 알고리즘은 DCB 환자/DCB가 없는 환자의 임상 상태에 대한 라벨을 제공하지 않았다. 축소된 치수(PC1 및 PC2)의 가장 중요한 2개의 축을 따라 환자를 플롯팅할 때, 알고리즘이 PC1을 따라 DCB 환자 및 DCB가 없는 환자를 분리하는 것이 분명하였다(도 24b)(표 4a 및 4bB). 모든 11명의 건강한 공여자(HD)와 공유되는 각각의 환자에서의 클론 분율을 그들의 PC1 점수에 대해 플롯팅하였다(도 24c). 11명의 HD 모두와 공유되는 클론을 공개 클론으로 정의하고, 레퍼토리 중 이들 클론의 비율을 공개성으로 정의하였다. 공개성이 증가된 환자는 PC1 값이 상당히 더 낮다.
PC1<0(줄기가 있는 화살표)을 갖는 환자 대 PC1>0(무딘 화살표)을 갖는 환자의 PFS에 대한 카플란-마이어 곡선(도 25). 상당한 개선이 PC1 양성 환자에 대한 PFS에서 나타났다.
종양 샘플 분석:
종양 생검 샘플을 아이레퍼토리 표적화된 TCR 검정 또는 처리 전의 퍼스날리스(Personalis) RNAseq 및 MiXCR 시퀀싱 분석을 이용하여 RNA를 공급원 물질로 사용하여 환자로부터 분석하였다. 도 26에 나타낸 결과는 종양으로부터의 CDR3/TCR 카운트를 함유하는 특유한 아미노산을 나타낸다. 이는 DCB 환자 샘플에서 더 많은 클론이 검출되었다는 것을 나타내지 않는다.
MiXCR 퍼스날리스 RNA-seq 클론 검출과 iRep 말초 혈액 레퍼토리 사이에 공유되는 클론의 수를 벤다이어그램 영역으로 분석하였다. 세그먼트 G가 가장 많이 중첩되는 것으로 보인다(도 27).
도 28은 종양 주변부에서 종양 클론 빈도를 추적한 데이터를 나타낸다. 각각의 선은 1명의 환자로부터의 데이터를 나타낸다.
요약하면, DCB가 없는 환자와 비교하여 DCB 환자에서 상당히 더 높은 수준의 TCR 레퍼토리 클론성 및 안정성이 검출되었고, T 세포 메모리 표현형과 이들 피처의 강한 양의 상관관계가 있었다. 또한, 놀랍게도 B 세포 메모리 표현형에 대해서도 동일하게 발견되었다. 분석된 피처의 주요 성분 분석(PCA)은 처리 전 데이터로부터 DCB 상태를 결정할 수 있는 강력한 예측력을 제공하였다. 전반적으로, 이들 결과는 치료 성공에 중요한 몇몇 말초 피처가 T 세포 및 B 세포 구획에 걸쳐 상관관계가 있고, 이는 잠재적으로 DCB 환자와 DCB가 없는 환자를 구별하는 근본적이고 내재적인 면역 건강 상태를 가리킨다는 것을 나타낸다.
[표 4]
Figure pct00006
Figure pct00007

Claims (113)

  1. 종양을 갖는 환자를 치료하는 방법으로서,
    (a) 환자로부터 수집된 샘플이, 환자가 (i) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (ii) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (iii) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (iv) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 제1 치료제에 대해 항종양 반응을 가질 가능성이 있는지를 예측하는 바이오마커에 대해 양성 또는 음성인지를 결정하는 단계, 및
    (b) 바이오마커가 존재하는 경우 제1 치료제를 포함하는 치료 요법으로 환자를 치료하거나; 바이오마커가 부재하는 경우 제1 치료제를 포함하지 않는 치료 요법으로 환자를 치료하는 단계
    를 포함하고, 바이오마커는 종양 미세환경(TME) 시그니처를 포함하는 것인 방법.
  2. 제1항에 있어서, TME 유전자 시그니처가 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, MHC 클래스 II 시그니처 또는 기능적 Ig CDR3 시그니처를 포함하는 것인 방법.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, B 세포 시그니처가 CD20, CD21, CD3, CD22, CD24, CD27, CD38, CD40, CD72, CD79a, IGKC, IGHD, MZB1, MS4A1, CD138, BLK, CD19, FAM30A, FCRL2, MS4A1, PNOC, SPIB, TCL1A, TNFRSF17 또는 이들의 조합을 포함하는 유전자의 발현을 포함하는 것인 방법.
  4. 제1항 또는 제2항에 있어서, TLS 시그니처가 3차 림프 구조의 형성을 나타내는 것인 방법.
  5. 제1항 또는 제2항에 있어서, 3차 림프 구조가 림프 세포의 집합체를 나타내는 것인 방법.
  6. 제1항 또는 제2항에 있어서, TLS 시그니처가 CCL18, CCL19, CCL21, CXCL13, LAMP3, LTB, MS4A1, 또는 이들의 조합을 포함하는 유전자의 발현을 포함하는 것인 방법.
  7. 제1항 또는 제2항에 있어서, TIS 시그니처가 염증 유전자, 시토카인, 케모카인, 성장 인자, 세포 표면 상호작용 단백질, 과립화 인자, 또는 이들의 조합을 포함하는 것인 방법.
  8. 제1항 또는 제2항에 있어서, TIS 시그니처가 CCL5, CD27, CD274, CD276, CD8A, CMKLR1, CXCL9, CXCR6, HLA-DQA1, HLA-DRB1, HLA-E, IDO1, LAG3, NKG7, PDCD1LG2, PSMB10, STAT1, TIGIT 또는 이들의 조합을 포함하는 것인 방법.
  9. 제1항 또는 제2항에 있어서, 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처가 CCR7, CD27, CD45RO, CCR7, FLT3LG, GRAP2, IL16, IL7R, LTB, S1PR1, SELL, TCF7, CD62L, 또는 이들의 임의의 조합을 포함하는 유전자의 발현을 포함하는 것인 방법.
  10. 제1항 또는 제2항에 있어서, HLA-E/CD94 시그니처가 유전자 CD94(KLRD1), CD94 리간드, HLA-E, KLRC1(NKG2A), KLRB1(NKG2C) 또는 이들의 임의의 조합의 발현을 포함하는 것인 방법.
  11. 제1항 또는 제2항에 있어서, HLA-E/CD94 시그니처가 HLA-E:CD94 상호작용 수준을 추가로 포함하는 것인 방법.
  12. 제1항 또는 제2항에 있어서, NK 세포 시그니처가 유전자 CD56, CCL2, CCL3, CCL4, CCL5, CXCL8, IFN, IL-2, IL-12, IL-15, IL-18, NCR1, XCL1, XCL2, IL21R, KIR2DL3, KIR3DL1, KIR3DL2 또는 이들의 조합의 발현을 포함하는 것인 방법.
  13. 제1항 또는 제2항에 있어서, MHC 클래스 II 시그니처가 HLA-DMA, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQB1, HLA-DRA, HLA-DRB1, HLA-DRB5 또는 이들의 조합을 포함하는 HLA인 유전자의 발현을 포함하는 것인 방법.
  14. 제1항 또는 제2항에 있어서, 바이오마커가 3차 림프 구조(TLS) 시그니처를 포함하는 TME 유전자 시그니처의 서브세트를 포함하고; TLS 시그니처는 유전자 CCL18, CCL19, CCL21, CXCL13, LAMP3, LTB, MS4A1, 또는 이들의 조합을 포함하는 것인 방법.
  15. 제1항 또는 제2항에 있어서, 기능적 Ig CDR3 시그니처가 기능적 Ig CDR3의 풍부도를 포함하는 것인 방법.
  16. 제15항에 있어서, 기능적 Ig CDR3의 풍부도가 RNA-seq에 의해 결정되는 것인 방법.
  17. 제15항 또는 제16항에 있어서, 기능적 Ig CDR3의 풍부도가 대상체로부터의 TME 샘플의 세포로부터의 기능적 Ig CDR3의 풍부도인 방법.
  18. 제15항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 기능적 Ig CDR3의 풍부도가 2^7개 이상의 기능적 Ig CDR3인 방법.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 바이오마커 양성 환자에게 제1 치료제, 변경된 용량 또는 시간 간격의 제1 치료제, 또는 제2 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  20. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 바이오마커 음성 환자에게 제1 치료제 또는 제2 치료제를 투여하지 않는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  21. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 바이오마커 양성 환자에게 증가된 용량의 제1 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  22. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 바이오마커 양성 또는 음성 환자에 대한 제1 치료제의 투여 시간 간격을 변경하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  23. 종양을 갖는 환자가 (i) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (ii) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (iii) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (iv) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 치료제로의 치료에 대해 항종양 반응을 가질 가능성을 예측하는 기준선 바이오마커의 존재 또는 부재에 대해 상기 환자를 시험하는 방법으로서,
    (a) 환자의 종양으로부터 단리된 기준선 샘플을 수득하고; 종양 미세환경(TME) 유전자 또는 상기 유전자의 서브세트에서 각각의 유전자의 기준선 발현 수준을 측정하는 단계;
    (b) 측정된 기준선 발현 수준을 정규화하고; 정규화된 발현 수준으로부터 TME 유전자 시그니처에 대한 기준선 시그니처 점수를 계산하는 단계;
    (c) 기준선 시그니처 점수를 TME 유전자 시그니처에 대한 참조 점수와 비교하는 단계; 및,
    (d) 환자를 치료제로부터의 지속적인 임상 이익(DCB)과 관련된 결과에 대해 바이오마커 양성 또는 바이오마커 음성으로 분류하는 단계
    를 포함하는 방법.
  24. 제23항에 있어서, TME 시그니처가 제2항 내지 제18항 중 하나 이상의 항의 시그니처, 또는 이의 서브세트를 포함하는 것인 방법.
  25. 바이오마커에 대해 양성 판정된 환자에서 암을 치료하는 데 사용하기 위한 약학 조성물로서, 조성물은 (a) 단백질의 네오에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드, (b) 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, (c) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC, 또는 (d) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 네오에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)를 포함하는 치료제; 및 하나 이상의 약학적으로 허용되는 부형제를 포함하고; 바이오마커는 B 세포 시그니처, 3차 림프 구조(TLS) 시그니처, 종양 염증 시그니처(TIS), 이펙터/메모리-유사 CD8+ T 세포 시그니처, HLA-E/CD94 시그니처, NK 세포 시그니처, 및 MHC 클래스 II 시그니처를 포함하는 TME 유전자 시그니처로 이루어진 군으로부터 선택되는 유전자 시그니처를 포함하는 치료 중 바이오마커인 약학 조성물.
  26. 제25항에 있어서, TME 시그니처가 제2항 내지 제18항 중 어느 하나 이상의 항의 시그니처, 또는 이의 서브세트를 포함하는 것인 약학 조성물.
  27. 치료학적 유효량의 암 치료제를 투여하는 단계를 포함하는, 암 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법으로서, 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 갖고, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성은 암 치료제로의 치료 전에 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처의 존재와 연관되고; 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나는 대상체의 말초 혈액에서 제1 단핵 세포 유형 대 제2 단핵 세포 유형의 세포 카운트의 비율에 대한 역치를 포함하는 것인 방법.
  28. 제27항에 있어서, 암이 흑색종인 방법.
  29. 제27항에 있어서, 암이 비-소세포 폐암인 방법.
  30. 제27항에 있어서, 암이 방광암인 방법.
  31. 제27항에 있어서, 암 치료제가 네오항원 펩티드 백신을 포함하는 것인 방법.
  32. 제27항에 있어서, 암 치료제가 항-PD1 항체를 포함하는 것인 방법.
  33. 제27항에 있어서, 암 치료제가 네오항원 백신 및 항-PD1 항체의 조합을 포함하고, 네오항원 백신은 항-PD1 항체 단독 투여 기간 후에 투여되거나 공동투여되는 것인 방법.
  34. 제32항 또는 제33항에 있어서, 항-PD1 항체가 니볼루맙인 방법.
  35. 제27항에 있어서, 역치가 최대 역치인 방법.
  36. 제27항에 있어서, 역치가 최소 역치인 방법.
  37. 제27항에 있어서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나가 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 나이브 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최대 역치를 포함하는 것인 방법.
  38. 제37항에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 나이브 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최대 역치가 약 20:100인 방법.
  39. 제37항 또는 제38항에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플이 20:100 이하 또는 20:100 미만인, 나이브 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율을 갖는 것인 방법.
  40. 제27항에 있어서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나가 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 이펙터 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최소 역치를 포함하는 것인 방법.
  41. 제40항에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 이펙터 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최소 역치가 약 40:100인 방법.
  42. 제40항 또는 제41항에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플이 40:100 이상 또는 40:100 초과인, 이펙터 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율을 갖는 것인 방법.
  43. 제27항에 있어서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나가 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 클래스 전환된 메모리 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율에 대한 최소 역치를 포함하는 것인 방법.
  44. 제43항에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 클래스 전환된 메모리 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율에 대한 최소 역치가 약 10:100인 방법.
  45. 제43항 또는 제44항에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플이 10:100 이상 또는 10:100 초과인, 클래스 전환된 메모리 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율을 갖는 것인 방법.
  46. 제27항에 있어서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나가 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 나이브 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율에 대한 최대 역치를 포함하는 것인 방법.
  47. 제46항에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 나이브 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율에 대한 최대 역치가 약 70:100인 방법.
  48. 제46항 또는 제47항에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플이 70:100 이하 또는 70:100 미만인, 나이브 B 세포 대 총 CD19+ B 세포의 비율을 갖는 것인 방법.
  49. 제37항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 흑색종인 방법.
  50. 제27항에 있어서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나가 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 형질세포양 수지상 세포 대 총 Lin-/CD11c- 세포의 비율에 대한 최대 역치를 포함하는 것인 방법.
  51. 제50항에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 형질세포양 수지상 세포 대 총 Lin-/CD11c- 세포의 비율에 대한 최대 역치가 약 3:100인 방법.
  52. 제50항 또는 제51항에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플이 3:100 이하 또는 3:100 미만인, 형질세포양 수지상 세포 대 총 Lin-/CD11c- 세포의 비율을 갖는 것인 방법.
  53. 제27항에 있어서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나가 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 CTLA4+ CD4 T 세포 대 총 CD4+ T 세포의 비율에 대한 최대 역치를 포함하는 것인 방법.
  54. 제50항에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 CTLA4+ CD4 T 세포 대 총 CD4+ T 세포의 비율에 대한 최대 역치가 약 9:100인 방법.
  55. 제50항 또는 제51항에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플이 9:100 이하 또는 9:100 미만인, CTLA4+ CD4 T 세포 대 총 CD4+ T 세포의 비율을 갖는 것인 방법.
  56. 제50항 내지 제55항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 비-소세포 폐암인 방법.
  57. 제27항에 있어서, 하나 이상의 말초 혈액 단핵 세포 시그니처 중 적어도 하나가 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최소 역치를 포함하는 것인 방법.
  58. 제57항에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플에서 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율에 대한 최소 역치가 약 40:100 또는 약 55:100인 방법.
  59. 제57항 또는 제58항에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플이 40:100 이상 또는 40:100 초과인, 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율을 갖는 것인 방법.
  60. 제57항 또는 제58항에 있어서, 대상체로부터의 말초 혈액 샘플이 55:100 이상 또는 55:100 초과인, 메모리 CD8+ T 세포 대 총 CD8+ T 세포의 비율을 갖는 것인 방법.
  61. 제57항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 방광암인 방법.
  62. 암 치료를 필요로 하는 대상체에게 치료학적 유효량의 암 치료제를 투여하는 단계를 포함하는, 상기 대상체에서 암을 치료하는 방법으로서, 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 갖고, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성은 적어도 암 치료제를 투여하기 전의 시점에서 대상체의 말초 혈액 샘플로부터 분석된 TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징과 연관되는 것인 방법.
  63. 제62항에 있어서, 예상 환자의 TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징이 건강한 공여자의 TCR 다양성에 비해 상대적으로 낮은 TCR 다양성에 의해 정의되는 것인 방법.
  64. 제62항 또는 제63항에 있어서, 클론 조성 특징이 TCR 또는 이의 단편을 시퀀싱하는 단계를 포함하는 방법에 의해 분석되는 것인 방법.
  65. 제62항에 있어서, TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징이 TCR의 클론 빈도 분포에 의해 정의되는 것인 방법.
  66. 제62항 내지 제65항 중 어느 한 항에 있어서, TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징이 TCR 클론의 빈도 분포 패턴을 계산함으로써 추가로 분석되는 것인 방법.
  67. 제66항에 있어서, TCR 클론의 빈도 분포 패턴이 지니 계수, 샤논 엔트로피, DE50, 제곱의 합, 및 로렌츠 곡선 중 하나 이상을 사용하여 분석되는 것인 방법.
  68. 제62항에 있어서, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성이 TCR의 증가된 클론성과 연관되는 것인 방법.
  69. 제62항에 있어서, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성이 중형 및/또는 대형 및/또는 과확장된 크기의 TCR 클론의 증가된 빈도와 연관되는 것인 방법.
  70. 제62항에 있어서, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성이 제63항 내지 제69항 중 어느 한 항에 따른 TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징과 연관되고, 클론 조성 특징은 치료학적 유효량의 암 치료제의 투여 전에 대상체의 말초 혈액 샘플로부터 분석되는 것인 방법.
  71. 제62항에 있어서, TCR 레퍼토리의 클론 조성 특징이 TCR의 클론 안정성의 측정을 포함하는 것인 방법.
  72. 제70항 또는 제71항에 있어서, TCR의 클론 안정성이 제1 시점과 제2 시점 사이의 TCR 턴오버로서 분석되고, 제1 시점은 암 치료제를 투여하기 전이고 제2 시점은 치료 기간 동안의 시점인 방법.
  73. 제71항에 있어서, 제2 시점이 백신을 투여하기 전인 방법.
  74. 제70항에 있어서, TCR의 클론 안정성이 젠센-샤논 발산을 사용하여 분석되는 것인 방법.
  75. 제70항에 있어서, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성이 더 높은 TCR 안정성과 연관되는 것인 방법.
  76. 제70항에 있어서, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성이 제1 시점과 제2 시점 사이의 T 세포 클론의 감소된 턴오버와 연관되는 것인 방법.
  77. 암 치료를 필요로 하는 대상체에게 치료학적 유효량의 암 치료제를 투여하는 단계를 포함하는, 상기 대상체에서 암을 치료하는 방법으로서, 대상체는 암 치료제에 대해 증가된 반응 가능성을 갖고, 암 치료제에 대한 대상체의 증가된 반응 가능성은 대상체에서 하나 이상의 유전적 변이의 존재와 연관되고, 대상체는 검정으로 하나 이상의 유전적 변이의 존재에 대해 시험되었고 하나 이상의 유전적 변이를 갖는 것으로 확인되었고, 하나 이상의 유전적 변이는 (i) R158C ApoE 단백질을 코딩하는 서열을 포함하는 ApoE2 대립유전자 유전적 변이 또는 (ii) C112R ApoE 단백질을 코딩하는 서열을 포함하는 ApoE4 대립유전자 유전적 변이를 포함하는 ApoE 대립유전자 유전적 변이를 포함하는 것인 방법.
  78. 제77항에 있어서, 암 치료제가 네오항원 펩티드 백신을 포함하는 것인 방법.
  79. 제77항에 있어서, 암 치료제가 항-PD1 항체를 추가로 포함하는 것인 방법.
  80. 제77항에 있어서, 암 치료제가 항-PD1 항체 단일요법을 포함하지 않는 것인 방법.
  81. 제77항에 있어서, 암이 흑색종인 방법.
  82. 제77항에 있어서, 대상체가 ApoE2 대립유전자 유전적 변이에 대해 동형접합성인 방법.
  83. 제77항에 있어서, 대상체가 ApoE2 대립유전자 유전적 변이에 대해 이형접합성인 방법.
  84. 제77항에 있어서, 대상체가 ApoE4 대립유전자 유전자 변이에 대해 동형접합성인 방법.
  85. 제77항에 있어서, 대상체가 ApoE4 대립유전자 유전적 변이에 대해 이형접합성인 방법.
  86. 제77항에 있어서, 대상체가 R158C ApoE 단백질 또는 C112R ApoE 단백질이 아닌 ApoE 단백질을 코딩하는 서열을 포함하는 ApoE 대립유전자를 포함하는 것인 방법.
  87. 제77항에 있어서, 대상체가 rs7412-T 및 rs449358-T를 갖는 것인 방법.
  88. 제77항에 있어서, 대상체가 rs7412-C 및 rs449358-C를 갖는 것인 방법.
  89. 제77항에 있어서, ApoE3 대립유전자에 대해 동형접합성인 참조 대상체가 암 치료제에 대해 감소된 반응 가능성을 갖는 것인 방법.
  90. 제77항에 있어서, 검정이 유전자 검정인 방법.
  91. 제77항에 있어서, 암 치료제가 암 에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드를 포함하는 것인 방법.
  92. 제77항에 있어서, 암 치료제가 (i) 제91항의 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드,
    a. 또는 (ii) 하나 이상의 펩티드 또는 하나 이상의 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 APC,
    b. 또는 (iii) HLA 단백질과 복합체를 이루는 하나 이상의 펩티드의 암 에피토프에 특이적인 T 세포 수용체(TCR)
    를 포함하는 것인 방법.
  93. 제77항 내지 제92항 중 어느 한 항에 있어서, 암 치료제가 면역조절제를 추가로 포함하는 것인 방법.
  94. 제93항에 있어서, 면역치료제가 항-PD1 항체인 방법.
  95. 제77항에 있어서, 암 치료제가 니볼루맙 단독 또는 펨브롤리주맙 단독이 아닌 방법.
  96. 제77항에 있어서, 하나 이상의 유전적 변이가 chr19:44908684 T>C를 포함하고; 하나 이상의 유전적 변이의 염색체 위치가 UCSC hg38에 대해 정의되는 것인 방법.
  97. 제77항에 있어서, 하나 이상의 유전적 변이가 chr19:44908822 C>T를 포함하고; 하나 이상의 유전적 변이의 염색체 위치가 UCSC hg38에 대해 정의되는 것인 방법.
  98. 제77항에 있어서, 투여 전에 검정으로 하나 이상의 유전적 변이의 존재에 대해 대상체를 시험하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  99. 제77항에 있어서, ApoE2 대립유전자 유전적 변이가 배선 변이인 방법.
  100. 제77항에 있어서, ApoE4 대립유전자 유전적 변이가 배선 변이인 방법.
  101. 제77항에 있어서, 방법이 대상체에게 암 에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩티드를 포함하는 암 치료제를 투여하는 단계를 포함하고; 대상체는 배선 ApoE4 대립유전자 변이체를 갖는 것으로 결정되는 것인 방법.
  102. 제101항에 있어서, 치료제가 애주번트 요법, 시토카인 요법, 또는 면역조절제 요법 중 하나 이상을 추가로 포함하는 것인 방법.
  103. 제101항 또는 제102항에 있어서, 면역조절제 요법이 항-PD1 항체와 같은 PD1 억제제인 방법.
  104. 제101항 내지 제103항 중 어느 한 항에 있어서, 치료제가 PD1 억제제 단일요법을 포함하지 않는 것인 방법.
  105. 제77항에 있어서, ApoE 활성을 촉진하거나 ApoE 활성을 포함하는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  106. 제77항에 있어서, ApoE 활성을 억제하는 작용제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  107. 제1항 내지 제24항 및 제27항 내지 제106항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 췌장 세포암인 방법.
  108. 제1항 내지 제24항 및 제27항 내지 제107항 중 어느 한 항에 있어서, 치료제가 백신을 포함하는 것인 방법.
  109. 제1항 내지 제24항 및 제27항 내지 제108항 중 어느 한 항에 있어서, 치료제가 적어도 1, 2, 3 또는 4개의 항원성 펩티드를 포함하는 펩티드 백신을 포함하는 것인 방법.
  110. 제1항 내지 제24항 및 제27항 내지 제109항 중 어느 한 항에 있어서, 치료제가 적어도 1, 2, 3 또는 4개의 네오항원성 펩티드를 포함하는 펩티드 백신을 포함하는 것인 방법.
  111. 제1항 내지 제24항 및 제27항 내지 제110항 중 어느 한 항에 있어서, 치료제가 펩티드를 코딩하는 핵산을 포함하고, 펩티드는 네오항원 펩티드인 방법.
  112. 제1항 내지 제24항 및 제27항 내지 제111항 중 어느 한 항에 있어서, 치료제가 하나 이상의 체크포인트 억제제 항체, 및 네오항원 펩티드, 또는 네오항원성 펩티드를 코딩하는 핵산을 포함하는 백신을 포함하는 조합 요법을 포함하는 것인 방법.
  113. 제70항에 있어서, 클론 조성 특징이 백신을 투여하기 전에 대상체의 말초 혈액 샘플로부터 분석되고, 백신은 적어도 하나의 펩티드 또는 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 암 치료제는 네오항원 백신 및 항-PD1 항체의 조합을 포함하고, 네오항원 백신은 항-PD1 항체 단독 투여 기간 후에 투여되거나 공동투여되는 것인 방법.
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