NL1035437C1 - Parthenocarpe genetische elementen afkomstig van S. habrochaites. - Google Patents

Description

P81374NL00

Titel: Parthenocarpe genetische elementen afkomstig van S. habrochaites.

GEBIED VAN DE UITVINDING

De onderhavige aanvrage heeft betrekking op een zaadloze tomaat, op methoden voor het verkrijgen van de zaadloze tomaat, alsmede methoden voor de 5 verwerking van de zaadloze tomaat in de vorm van producten, met name voeding producten.

ACHTERGROND VAN DE UITVINDING

Verschillende groenten en vruchten die momenteel op de markt zijn hebben 10 het nadeel dat zij zaden bevatten. De aanwezigheid van deze zaden kunnen de vruchten minder aantrekkelijk maken voor veel consumenten. Ook bij de voorbereiding van een verscheidenheid aan producten op basis van deze vruchten, zoals met name voedingsmiddelen op basis van tomaten, moet het zaad worden verwijderd, bijvoorbeeld door het zeven, eventueel na voorafgaand pureren, koken of 15 maischen, waarbij verdere verwerkingsstappen betrokken zijn. Dit geldt zowel voor de bereiding van producten op industriële schaal, zoals puree, soep, sappen en sauzen op basis van deze vruchten, als voor de huishoudelijke bereiding van gerechten of voedingsproducten.

Zaadloosheid is dus een zeer gewenste eigenschap in eetbare vruchten met 20 harde zaden, zoals ananas, banaan, sinaasappel, grapefruit, zomer squash en meloen alsook in vruchten die over het algemeen beschouwd worden als groenten, zoals tomaat, paprika, komkommer en aubergine. Sommige planten, zoals ananas, produceren zaadloze vruchten als een enkele cultivar is gegroeid omdat ze zelf-onvruchtbaar (“ self-infertile” ) zijn. Sommige komkommers produceren zaadloze 25 vruchten als bestuivers worden uitgesloten. Het feit dat der gelijke planten vruchten geven is een gevolg van een eigenschap die parthenocarpie heet. Parthenocarpie (letterlijke betekenis maagdelijke vrucht) is de natuurlijke of kunstmatig geïnduceerde productie van vruchten zonder bevruchting van ovulen. De vrucht is dan ook zaadloos. Parthenocarpie komt af en toe voor als een mutatie in de natuur, maar 30 het wordt meestal beschouwd als een gebrek, omdat de plant zich niet meer kan 2 geslachtelijk kan voortplanten, maar zich nog kan voortplanten op ongeslachtelijke wijze. Tuinders hebben geselecteered en gekweekte parthenocarpe cultivars van veel planten, met inbegrip van vijgen, cactuspeer (Opuntia), broodvrucht en aubergine.

Echter, parthenocarpie van sommige vruchten van een plant kan van waarde 5 zijn. In sommige planten, zoals zaadloze watermeloenen, bestuiving of andere stimulatie is nodig voor parthenocarpie. Dit wordt stimulatieve parthenocarpie genoemd. Banaan vertoont stimulatieve parthenocarpie omdat het een triploïde is -hetgeen betekent dat het het resultaat is van een diploïde en tetraploïde ouder en daarom geen zaden kan produceren. Planten die geen bestuiving of andere stimulatie 10 voor de productie van parthenocarpe vruchten nodig hebben zijn vegetatief parthenocarp. Komkommer is een voorbeeld van vegetatieve parthenocarpie.

Wanneer besproeid op bloemen, kunnen een van de plantaardige hormonen, gibberelline, auxine en cytokinin vaak de ontwikkeling van parthenocarpe vruchten stimuleren. Dit wordt kunstmatige parthenocarpie genoemd. Planten hormonen 15 worden zelden gebruikt voor de commerciële productie van parthenocarpe vruchten omdat het kan leiden tot misvormde vruchten.

In de natuur heeft de genotypische combinatie van dubbel recessief parthenocarpie en dubbele recessief functionele steriliteit geen kans om te overleven (omdat geen zaad gevormd wordt), zodat de genen niet worden doorgegeven aan de 20 volgende generatie.

Sommige parthenocarpe cultivars zijn ontwikkeld als genetisch gemodificeerde organismen. Echter, de methoden kunnen ook selectieve teelt omvatten zoals later beschreven.

De bloem van tomaat bestaat uit een ovarium, waarboven zich een stamper 25 (stijl plus stigma) bevindt.

Rond de stamper bevinden zich verschillende stamen (filament plus anther), die stuifmeel produceren. In de ovaria bevinden zich meerdere pre-embryo's/embryo's die zich ontwikkeling (na bestuiving met het stuifmeel) in zaden.

De tomatenplant kan worden beschouwd als een 'obligate zelf-bestuiver', wat 30 betekent dat bijna uitsluitend alleen zijn eigen stuifmeel terechtkomt op de stamen van de bloemen van dezelfde plant en daardoor de pre-embryo's bevruchten. Zodra zij zijn bestoven worden pre-embryo's in het ovarium gevormd, het ovarium begint uit te groeien tot een tomaat (vrucht) met daarin bevattend, op hetzelfde tijdstip, het zich 3 ontwikkelende zaad. In principe zullen geen vruchten worden gevormd wanneer zich geen zaden ontwikkelen in de ovaria (bijvoorbeeld als gevolg van niet-bestoven pre-embryo's).

De literatuur op het gebied van zaadloze tomaat (bijv. WO98/24301) beschrijft 5 de aanwezigheid van een gen in tomaat, het PK gen genoemd, dat codeert voor de eigenschap parthenocarpie. Dit gen, wanneer aanwezig als een dubbel recessief (pk,pk; d.w.z. het homozygoot recessieve genotype) lijdt vermoedelijk tot de ontwikkeling van een vrucht (vruchtvlees) zonder gelijktijdige ontwikkeling van zaad.

In de natuur of in de kas, zal (het fenotype van) parthenocarpie slechts partieel 10 zijn: de factoren die verantwoordelijk zijn voor de gedeeltelijke aanwezigheid of voor het volledig ontbreken van zaden zijn aanwezig op allelen. In partiele parthenocarpie, worden zaden gevormd in slechts een deel van de vrucht, als gevolg waarvan de vrucht onregelmatig zal groeien, dat is ongewenst. Gedeeltelijke parthenocarpie leidt dan ook tot een onregelmatige vorm van de vruchten, de vruchten zijn misvormd.

15 Wanneer een vrucht wordt gevormd op basis van de volledige of totale parthenocarpie, is binnenin de vrucht geen zaad ontwikkeld, met als gevolg dat de genen die coderen voor parthenocarpie niet worden doorgegeven aan de volgende generatie, als gevolg waarvan de generatielijn wordt beëindigd. Om deze reden is het gen uiterst zeldzaam in de natuur. Ook (het fenotype van) totale parthenocarpie leidt 20 tot vruchten zonder zaden, waardoor de productie van zaaizaad onmogelijk is.

De eigenschap van parthenocarpie is gelegen op verscheidene allelen. Het fenotype van totale parthenocarpie kan alleen optreden wanneer de 'moeder' (dat wil zeggen de tomatenplant waarvan de bloem wordt bestoven met stuifmeel) alsook de 'vader' (dat wil zeggen de tomatenplant die het pollen verschaft) beide dubbel 25 recessief zijn voor het PK gen. De reden daarvoor is dat er in de vrucht 'in statu nascendi' verschillende zich ontwikkelende zaden aanwezig zijn, waarvan er ten minste een niet-homozygoot recessief kan worden indien een van de ouders een heterozygoot is.

Partiele parthenocarpie (in de ontwikkelende tomaat, as gevolg van ten minste 30 een zaad dat niet dubbel recessief is met betrekking tot het PK gen) maakt dat de vrucht zich misvormd ontwikkelt.

Naast het PK gen in tomaat is er een gen bekend dat codeert voor de eigenschap van functionele steriliteit (FS). Een dubbel recessieve plant met 4 betrekking to FS (fs.fs) resulteert in een tomatenplant met een pollenbuis die volledig gesloten is, zodat het volgroeide en rijpe pollen de pollenbuis niet kan verlaten, zelfs niet door trillen of andere mechanische invloeden (hommels, insecten of een vibrator).

De pollen van een tomatenplant met het dubbel recessieve (fs.fs) fenotype kan 5 alleen worden vrijgemaakt door handmatige fysieke opening van de pollenbuis (door snijden of met de schaar), waarna - in de praktijk - het pollen met de hand uit de geopende pollenbuis, d.w.z. dmv schrapen, verwijderd moet worden.

Voor de bevruchting van dezelfde of een andere tomatenplant, moet het stuifmeel dan ook worden toegediend op de stamper van de bloem, hetgeen in de 10 praktijk ook handmatig moet worden uitgevoerd.

Op een andere 'natuurlijke' wijze (dat wil zeggen zonder de bovengenoemde menselijke tussenkomst) komt het pollen van een functionele steriele bloem niet vrij en is dus niet beschikbaar voor de bevruchting van een pre-embryo. Een dubbele recessieve, functioneel steriele plant (fs, fs) bevrucht om die reden dan ook geen pre-15 embryo's, waardoor de generative lijn wordt verbroken zodat de recessieve genen voor functionele steriliteit niet worden doorgegeven aan de volgende generatie. In de natuur zal met een dubbel recessief fenotype voor functionele steriliteit (fs, fs), geen bevruchting van de pre-embryo's plaatsvinden, zodat er geen vruchten (tomaten) zullen worden gevormd.

20 WO 98/24301 beschrijft dat tomaten zonder zaden met voordeel kunnen worden geproduceerd met behulp van tomatenplanten die een combinatie vertegenwoordigen van een recessief fenotype van parthenocarpie (op basis van het dubbel recessieve gen pk; dwz pk, pk) en een recessief fenotype van functionele steriliteit (op basis van het dubbele recessieve gen fs; d.w.z. fs, fs). De absolute 25 zaadloze vruchten kunnen alleen worden geproduceerd door fysieke, menselijke tussenkomst, anders dan de normale selectie. De pollenbuizen (van de ouder) moeten worden geopend met de hand, waarna de pollen moet worden verwijderd uit de geopende pollenbuizen door schrapen, en dan, ook met de hand, aangebracht op de stamper van de tomatenplant die moet worden bevrucht. Met name de eerste twee 30 van de bovengenoemde drie stappen zijn lastig uit te voeren. De genetische basis of botanische bron van de fs en pk genen is niet geopenbaard in WO98/24301.

H.Georgiev et al. (in: Eucarpia Tomato-90, Proceedings of the XI Eucarpia Meeting on Tomato Genetics and Breeding, Malaga, Spain, March 1990: "Breeding of 5

Seedless Tomatoes") beschrijven een methode voor het verkrijgen van tomatenplanten die volledig zaadloze tomaten dragen, door het combineren in een cultivar van de homozygote genen voor parthenocarpie pat-2 en het homozygote gen voor autosteriliteit van bloemen ps-2. De pat-2, ps-2 cultivar aldus verkregen draagt 5 volledig zaadloze tomaten (zoals weergegeven in de tabellen 1 en 2 van de Georgiev referentie). Georgiev et al. beschrijven verder dat door het kruisen van twee van deze cultivars F1-hybriden kunnen worden gemaakt die volledig zaadloze en standaard vruchten dragen.

Echter, uitgehreid onderzoek door de aanvrager van WO 98/24301 naar de 10 lijn(en) beschreven door Georgiev liet zien dat wanneer de eigenschap van parthenocarpie en de eigenschap van autosteriliteit worden gecombineerd om ouderlijnen te verschaffen, en hybride zaad afkomstig van twee van deze ouderlijnen wordt verkegen - dat wil zeggen door middel van menselijke tussenkomst zoals hieronder beschreven - dat de aanwezigheid van alleen het dubbel recessieve pat-2-15 gen en alleen het dubbel recessieve ps-2 gen in de praktijk niet voldoende is om hybriden te verschaffen die stabiel en betrouwbaar zaadloze tomaten vormen onder alle teeltomstandigheden. Om die reden zal het kruisen van twee ouderlijnen die beide slechts de dubbel recessieve genen “pat-2, pat-2” en “ps-2, ps-2” bevatten niet zal leiden tot commercieel aanvaardbare zaadloze hybriden, omdat de planten niet 20 altijd, en niet onder alle omstandigheden, goed gevormde tomaten zullen produceren.

Er is dus behoefte aan verbeteringen op de leer van WO 98/24301, in het bijzonder is er behoefte aan een hybriden (en zaad daarvoor) die een betrouwbare productie van zaadloze tomaten mogelijk maken onder alle omstandigheden, met inbegrip van de verschillende licht- en temperatuurcondities zoals die kunnen 25 voorkomen in de tropen en gematigde klimaten. Dit is nodig teneinde hybriden en het zaad daarvoor te verschaffen die met succes kunnen worden gecommercialiseerd en geteeld in alle landen van de wereld.

WO 00/74468 beschrijft dergelijke verbeteringen over WO 98/24301, maar beschrijft ook geen botanische bron, zoals een depot onder het Verdrag van Boedapest 30 van zaad van een tomaenlijn omvattende een 'pk-complex' en een 'fs-complex'.

EP1428425 openbaart een dergelijk depot als een tomatenlijn waarvan het zaad werd gedeponeerd op 5 december 2001 bij de American Type Culture Collection (ATCC, Manassas, VA 20110-2209, USA). Het gedeponeerde zaad is ontving ATCC

6 accessienummer PTA-3907. ATCC No. PTA-3907 is een plant uit een 'eerste F3 generatie', die een goede expressie van de parthenocarpie (op basis van het pat-2 gen) en functionele steriliteit fenotypen (gebaseerd op het ps-2 gen), zoals verkregen met de werkwijze beschreven in EP1428425. Deze tomatenlijn is homozygoot voor een 5 pk/fs complex dat alle genetische informatie bevat voor een sterke uitdrukking van parthenocarpie door pat-2 en positionele steriliteit door ps-2. Dus, zo kan worden verondersteld, uitgaande van ATCC PTA-3907 moet het mogelijk zijn om sterke expressie van parthenocarpie en positionele steriliteit in elke gewenste tomatenvarieteit te introduceren door kruising van ATCC PTA-3907 met een 10 gewenste niet-zaadloze ouder en de daaropvolgende herhaalde “selfing” door handmatige zelfbestuiving.

Echter, ondanks de beschikbaarheid van het ATCC PTA-3907 depot waarmee de genetische bron wordt verstrekt, is de genetica van parthenocarpis op dit moment niet bekend. Toch zou kennis van de chromosomale locatie van de eigenschap en 15 werkwijzen voor het volgen van de aanwezigheid van de eigenschap in planten en kruisingen tussen planten zeer waardevol zijjn in de verhoging van de productie van parthenocarpe planten. Het is in feite zelfs zo dat EP1428425 beschreef dat uitgebreid onderzoek over een periode van meer dan 10 jaar geen bevredigend model kon verschaffen dat het aantal en/of het karakter van de genen, allelen of andere 20 genetische factoren zou kunnen ophelderen die nodig zijn om een pk, fs complex op te bouwen zoals aanwezig in het ATCC No PTA-3907 depot, of dat misschien zelfs de zeer lage gebeurtenis of soms zelfs het volledig ontbreken van zaadloze (of zelfs functioneel steriele) fenotypen in de Fl, F2, F3 en F4 verkregen uit de oorspronkelijke zaadloze en niet zaadloze ouders zou kunnen verklaren. EP1428425 vermeldt dat dit 25 laat zien dat de factoren die de echte zaadloze fenotype van de uitvinding veel gecompliceerder zijn dan voorgesteld in de bovenstaande stand der techniek (dus niet bepaald door een combinatie van (1 +1), (2 +1) of zelfs (3 +1) afzonderlijke genen), en verklaart ook waarom de stand der techniek niet in staat was om tomatenplanten of -lijnen te verschaffen die kunnen worden gebruikt voor de productie van zaadloze 30 hybriden op een stabiele en betrouwbare wijze en onder alle omgevingscondities.

Het doel van de onderhavige uitvinding is het oplossen van de bovengenoemde problemen. Het is een doelstelling van de onderhavige uitvinding om te voorzien in een werkwijze voor de productie van parthenocarpe planten. Het is een andere 7 doelstelling van de onderhavige uitvinding om meer inzicht in de genetische basis van parthenocarpie te verschaffen. In het bijzonder is het een doel van de onderhavige uitvinding om te voorzien in genomische merkers waarmee de aanwezigheid van een parthenocarpie-verschaffende genetische elementen in planten met succes kan 5 worden gemonitored tijdens veredelingsprocessen en selectie-processen, met name tijdens de productie van commerciële rassen van groente en fruit planten.

SAMENVATTING VAN DE UITVINDING

De huidige uitvinders hebben ontdekt dat bepaalde introgressielijnen 10 geproduceerd door een interspecifieke kruising tussen Solanum habrochaites LYC4/78 als de donor en Solanum lycopersicum cv. Moneymaker als de terugkerende (recurrent) ouder plant, niet tot zaadzetting in staat waren terwijl tegelijkertijd deze planten toegenomen gewicht en fruit vertoonden en er werd ontdekt dat deze planten een totaal parthenocarp fenotype vertoonden. De interspecifieke kruising was eerder 15 beschreven in W02006/046861 van de aanvrager. Het volledig parthenocarpe fenotype werd tot uiting gebracht door een plant die was geselecteerd als homozygote donor ouder (Solanum habrochaites LYC4/78) voor een introgressie op chromosoom 5 en deze lijn werd aangeduid als IL5-1. Deze lijn wordt hierin ook aangeduid als DRS5.1. Een representatief monster van zaaizaad van Solanum habrochaites 20 LYC4/78 is gedeponeerd bij de NCIMB op 13 november 2007 onder accessienummer NCIMB 415217 in de zin van artikel 6.1 (iv) van het Verdrag van Boedapest.

Met het oog op de handhaving van IL lijn DRS5.1, alsmede een ander IL lijn met een introgressie op chromosoom 5 (lijn IL5-2, zoals hierin beschreven, die ook niet tot zaadzetting komt, maar geen toename in vrucht gewicht vertoonde, maar vruchten 25 van aanvaardbaregrootte produceerde) moest het in zijn heterozygote staat worden gehouden. Er werd bij morfologisch onderzoek vastgesteld dat deze planten functioneel steriel zijn (lange stijlen, korte filamenten).

Ook vertoonde een lijn die een introgressie op chromosoom 12 had zaadloze vruchten van aanvaardbare omvang en kon als parthenocarp worden aangemerkt.

30 Deze lijn bevatte ook een heterozygote introgressie op chromosoom 4. Door een zorgvuldige analyse van de huidige uitvinders is nu ontdekt dat introgressies uit S. habrochaites zouden kunnen leiden tot een parthenocarp fenotype in commerciële tomatenrassen van S. lycopersicum.

8

In een eerste aspect verschaft de onderhavige uitvinding een methode voor het produceren van een parthenocarpe, en eventueel mannelijke steriele, tomatenplant omvattenden de introgressie in genoemde plant van een genetische regio van chromosoom 4, 5 en/of 12 van S. habrochaites LYC4/78, waarvan een representatief 5 monster van zaad werd gedeponeerd op 13 november 2007 bij het NCIMB onder nummer 41517, - waarbij de genetische regio van chromosoom 4 van S. habrochaites LYC4/78 een gebied is tussen Marker CD59 en TG272, en - waarin de genetische regio van chromosoom 5 van S. habrochaites LYC4/78 een 10 gebied is tussen COS Marker T1181 en RFLP Marker CD31 (A).

In een voorkeursuitvoeringsvorm van een methode van de uitvinding bevat de genetische regio van chromosoom 4 van S. habrochaites LYC4/78 ten minste een marker geselecteerd uit Marker CD59, RFLP Marker CT229, en COS Marker T1068.

In een andere voorkeursuitvoeringsvorm van een methode van de uitvinding 15 bevat de genetische regio van chromosoom 5 van S. habrochaites LYC4/78 ten minste een marker geselecteerd uit COS Marker Tl 181, RFLP Marker TG441-en/of RFLP Marker CD31 (A).

Parthenocarpe tomatenplanten, zoals hierin beschreven zijn optioneel (en bij voorkeur) mannelijke steriel.

20 In een voorkeursuitvoeringsvorm omvat de genetische regio van chromosoom 4 van S. habrochaites LYC4/78 niet markers TG272, TG264, TG62, T1405, en/of CT50.

In een andere voorkeursuitvoeringsvorm omvat de genetische regio van chromosoom 5 van S. habrochaites LYC4/78 niet RFLP Marker TG318 of meer downstream-merkers, zoals TG538, TG60, en/of CT138.

25 De vakman zal begrijpen dat iedere combinatie van genetische regio’s als hierin gedefinieerd kan worden teogepast voor introgressie in een tomatenplant om die plant parthenocarp te maken, zoals regio’s als hierin gedefinieerd uit chromosomen 4, 5 en 12 van S. habrochaites LYC4/78, regio’s als hierin gedefinieerd uit chromosomen 4 en 5, of 5 en 12, of 4 en 12.

30 De genetische regio van chromosoom 12 van S. habrochaites LYC4/78 in een voorkeursuitvoeringsvorm is in wezen als weergegeven in Figuur 3. Bij voorkeur omvat deze regio niet RFLP Marker TG296 (96,00 cm), zoals gelegen op de Tomaat-EXPEN 2000 Kaart van S. lycopersicum LA925 x S. pennellii LA716 type F2. Met 9 name is de genetische regio van voorkeur die zoals weergegeven in de donkere regio in figuur 1.

In een ander aspect heeft de onderhavige uitvinding betrekking op een werkwijze voor het selecteren van een parthenocarp (en eventueel de mannelijke 5 steriele) tomatenplant omvattende het kruisen van een zaad-dragende tomatenplant met een plant van S. habrochaites LYC4/78 en het selecteren van een zaad of een plant geproduceerd uit genoemd zaad op de aanwezigheid van een genetische introgressie van een regio van chromosoom 4, 5 en/of 12 van S. habrochaites LYC4/78, - waarin de genetische regio van chromosoom 4 van S. habrochaites LYC4/78 10 ten minste een marker omvat gekozen uit Marker CD59, RFLP Marker CT229, en COS Marker T1068, en -waarin de genetische regio van chromosoom 5 van S. habrochaites LYC4/78 ten minste een marker omvat gekozen uit COS Marker T1181, RFLP Marker TG441 en/of RFLP Marker CD31 (A).

15 De voorkeursuitvoeringsvormen hierboven beschreven voor het aspect van de productie van de partenocarpe plant zijn ook van toepassing op de onderhavige werkwijzen voor het selecteren van een plant.

In een voorkeursuitvoeringsvorm van een werkwijze voor de productie of het selecteren van een parthenocarpe plant, is genoemde parthenocarpe plant een 20 Solarium lycopersicum plant, meer bij voorkeur een gecultiveerde plant van Solarium lycopersicum. Genoemde plant is bij voorkeur niet Solarium lycopersicum cv. Moneymaker.

In een ander aspect heeft de huidige uitvinding betrekking op een tomatenplant of een deel daarvan, verkrijgbaar middels een werkwijze zoals 25 hierboven beschreven voor de productie van een plant of geselecteerd door een werkwijze zoals hierboven beschreven.

In een ander aspect heeft de huidige uitvinding betrekking op een werkwijze voor het produceren van een parthenocarpe ingeteelde tomatenplant, omvattende: a) het produceren van een parthenocarpe tomatenplant met behulp van een 30 werkwijze voor de productie van een parthenocarpe plant door introgressie van genetische regio's van S. habrochaites LYC 4/78 zoals hierboven beschreven ; b) het kruisen van genoemde parthenocarpe tomatenplant met zichzelf of een andere tomatenplant ter verschaffing van nageslacht tomatenzaad; 10 c) het opkweken van genoemn nageslacht tomatenzaad van de voorgaande stap ter verschaffing van verdere parthenocarpe tomatenplanten, d) het herhalen van de kruising en opkweek stappen van 0 tot 7 keer om een parthenocarpe ingeteelde tomatenplant te verschaffen.

5 In een voorkeursuitvoeringsvorm van deze werkwijze, omvat genoemde stap c) verdere stap van het identificeren van planten die een parthenocarp fenotype vertonen en commercieel wenselijk eigenschappen bezitten.

In een andere voorkeursuitvoeringsvorm van deze werkwijze, omvat genoemde werkwijze verder de stap van de selectie van homozygoot ingeteeldè tomatenplanten.

10 In een ander aspect heeft de huidige uitvinding betrekking op een ingeteelde parthenocarpe tomatenplant, of delen daarvan, verkrijgbaar volgens een werkwijze van de onderhavige uitvinding.

In een ander aspect heeft de huidige uitvinding betrekking op een hybride tomatenplant, of delen daarvan, die een parthenocarp fenotype vertoont, waarin 15 genoemde hybride tomatenplant verkrijgbaar is door het kruisen van een parthenocarp ingeteelde tomatenplant verkrijgbaar zijn via een werkwijze van de onderhavige uitvinding met een ingeteelde tomaten plant die commercieel wenselijke eigenschappen bezit.

In een ander aspect heeft de huidige uitvinding betrekking op een 20 weefselkweek van regenereerbare cellen van de tomatenplanten zoals hierboven gedefinieerd, genoemde regenereerbare cellen omvatten bij voorkeur cellen of protoplasten geïsoleerd uit een weefsel gekozen uit de groep bestaande uit bladeren, stuifmeel, embryo's, wortels, worteltoppen, helmknoppen, bloemen, vruchten, en van stengels en zaden.

25 In een ander aspect heeft de huidige uitvinding betrekking op het gebruik van een genetische merker geselecteerd uit de groep bestaande uit de genetische merkers van de tabellen 30, 31 of 32 voor de detectie van parthenocarpe genetische elementen die afkomstig zijn van S. habrochaites LYC4/78, en/of voor de detectie van parthenocarpe tomatenplanten.

30 Geschikte merkers omvatten fragmenten van de markers zoals hierin beschreven, bijvoorbeeld fragmenten die kenmerkende nucleotide polymorfismen tussen S. habrochaites Lyc4/78 en S. lycopersicum cv. Moneymaker zoals aangegeven 11 in tabel 32 in zich herbergen. De gemiddelde vakman is zich terdege bewust hoe dergelijke polymorfismen kunnen worden gedetecteerd.

In een ander aspect heeft de huidige uitvinding betrekking op een parthenocarpe plant omvattende een introgressie van S. habrochaites LYC 4/78 5 aangeduid als parthenocarpe genetische elementen die zijn verkregen zoals hierboven beschreven. In een voorkeursuitvoeringsvorm van genoemd aspect is genoemde plant een plant van de soort S. lycopersicum, bij grotere voorkeur is genoemde plant niet een plant van de cultivar S. lycopersicum cv. Moneymaker.

De selectie met behulp van markers kan geschikte worden aangepast aan de 10 selectie van de donor-specifieke (S. habrochaites LYC4/78) of de ontvanger- specifieke(bijvoorbeeld S. lycopersicon cv. Moneymaker) nucleotide polymorfismen zoals aangegeven in tabel 32, waarin polymorfismen zijn aangegeven met de base-variant aangeduid als de [£. habrochaites LYC4/78 positie / S. lycopersicon cv. Moneymaker].

15

KORTE BESCHRIJVING VAN DE FIGUREN

Fig. 1 toont de genetische kaart van chromosoom 12 van tomaat met vermelding van de merkerposities waarnaar hierin wordt verwezen.

Fig. 2 toont het kruisingsschema voor de ontwikkeling van een introgressie lijn 20 (IL) populatie van S. habrochaites LYC 4/78 (SH) in de genetische achtergrond van S. lycopersicum cv. Moneymaker (SL). Met behulp van MAS werden BC2, BC3, en BC4 genotypes geselecteerd die een van de twee vastgestelde parthenocarpie-verschaffende genetische elementen bevatten en een aantal BC2 waren bestoven te produceren BC2S1 zaden.

25 Fig. 3 geeft de kerngroep van 30 ILs weer, zoals beschreven in de voorbeelden.

Deze kerngroep vertegenwoordigt de maximale dekking van het SH genoom in zo weinig mogelijk ILs (lijn indicaties zijn gegeven aan de bovenkant). De kerngroep bestaat uit 15 ILs met een introgressie, 10 ILs met twee introgressies, 4 ILs met drie introgressies terwijl een IL nog vier homozygote introgressies bevatte. Alle 12 30 chromosomen zijn aangegeven met verwijzing naar de S. habrochaites LYC4, S. lycopersocon en referentie DRS5.

Fig. 4 toont de genetische kaart van Chromosomens 4 en 5 van tomaat waarop de marker posities waarin hierin wordt gerefereerd zijn aangeduid.

12 GEDETAILLEERDE BESCHRIJVING VAN DE UITVINDING Definities

Zoals hierin gebruikt verwijst de term 'parthenocarpie' naar de productie van 5 zaadloze vruchten die zich ontwikkelen in afwezigheid van bestuiving en/of bevruchting. Tenzij anders vermeld verwijst de term naar genetische parthenocarpie. Tenzij anders vermeld verwijst de term naar de totale (volledige) parthenocarpy, wat betekent dat de zaadloze vruchten volledig zaadloos zijn en niet-vervormd, maar met een normale en regelmatige vorm. Parthenocarpe planten kunnen zich niet langer 10 geslachtelijk voortplanten, maar kunnen propageren op ongeslachtelijke wijze. Met name wordt de term 'parthenocarp', of de verwante term 'parthenocarpie', hierin gebruikte bij het definiëren van een fenotype van een plant waarin de plant zaadloze vruchten produceert die anderszins van normale grootte zijn. Een zaadloze plant die aanzienlijk kleinere vruchten produceert wordt niet beschouwd als parthenocarpie de 15 term wordt gebruikt in dit document. Een zaadloze plant die aanzienlijk kleinere vruchten produceert wordt niet als parthenocarp beschouwd zoals de term hierin wordt gebruikt. Een plant met een slechte zaadzettig, is niet noodzakelijkerwijs parthenocarp. In feite verwijst de term naar volledig zaadloze planten. In de onderhavige beschrijving verwijst de term 'parthenocarpe plant' naar een plant 20 omvattende het genetisch element van S. habrochaites LYC4/78, zoals hierin gedefinieerd, en die zaadloze vruchten produceert die zijn in wezen even groot zijn als die van de oorspronkelijke ontvangende ouder en niet-vervormd zijn.

Zoals hierin gebruikt betekent de term 'allel(en)' iedere van een of meer alternatieve vormen van een gen, alle van welke allelen betrokken zijn bij ten minste 25 een eigenschap of kenmerk. In een diploïde cel of organisme, de twee allelen van een bepaald gen bezetten overeenkomstige loei op een paar homologe chromosomen. Aangezien de onderhavige uitvinding betrekking heeft op QTLs, dat wil zeggen dat de genomische regio's kan een of meer genen, maar ook regulerende sequenties, is het in sommige gevallen nauwkeuriger te verwijzen naar 'haplotype' (dwz een allel van een 30 chromosomaal segment) in plaats van 'allel', maar in die gevallen dient de term 'allel' te worden begrepen als omvattende de term 'haplotype'.

13

Een 'gen' is hierin gedefinieerd als een erfelijke eenheid bestaande uit een sequentie van DNA die een specifieke locatie op een chromosoom bezet en die de genetische instructies bevat voor een gegeven kenmerk of eigenschap in een organism.

Een 'locus' is hierin gedefinieerd als de positie die een bepaald gen bezet op een 5 chromosoom van een bepaalde soort.

Zoals hierin gebruikt betekent de term ’heterozygoot’ een genetische toestand die bestaat wanneer op overeenkomstige loei op homologe chromosomen verschillende allelen verblijven.

Zoals hierin gebruikt betekent de term 'homozygoot' een genetische toestand 10 die bestaat wanneer op overeenkomstige loei op homologe chromosomen dezelfde allelen verblijven.

Zoals hierin gebruikt betekent de term 'hybride' iedere nakomeling van een kruising tussen twee genetisch ongelijke individuen, inclusief maar niet beperkt tot het kruising tussen twee inteeltlijnen.

15 Zoals hierin gebruikt betekent de term 'ingeteeld” een in hoofdzaak homozygoot individu of een in hoofdzaak homozygote lijn.

In deze aanvrage wordt onder een "recombinatie gebeurtenis" een meiotische cross-over verstaan.

Zoals hierin gebruikt verwijzen de woorden 'introgressie', 'introgressed' en 20 'introgressing' naar zowel een natuurlijk alsook een kunstmatig proces waarbij genen van een soort, ras of cultivar worden verplaatst naar het genoom van een andere soort, ras of cultivar, door de kruising van die soorten. Dit proces kan eventueel worden aangevuld door terugkruisingen tegen de recurrent ouder.

'Genetische manipulatie', 'transformatie' en 'genetische modificatie' worden 25 hierin alle gebruikt als synoniemen voor de overdracht van geïsoleerde en geklooneerde genen in het DNA, meestal het chromosomaal DNA of genoom, van een ander organisme.

Zoals hierin gebruikt verwijst de term 'moleculaire marker' naar een indicator die gebruikt wordt in de methoden voor het visualiseren van verschillen in de 30 kenmerken van nucleïnezuursequenties. Voorbeelden van dergelijke indicatoren zijn restriction fragment length polymorphism (RFLP) markers, amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers, single nucleotide polymorphisms (SNPs), microsatellite markers (e.g. SSRs), sequence-characterized amplified region (SCAR) 14 markers, cleaved .amplified polymorphic sequence (CAPS) markers of isozyme markers of combinaties van de markers hierin beschreven die een specifieke genetische en chromosomale locatie definiëren.

Zoals hierin gebruikt geeft de term 'plant deel' een deel van de tomatenplant 5 aan, met inbegrip van enkele cellen en weefsels van cellen, zoals planten cellen die intact zijn in planten, cel-klompjes en weefselkweken van waaruit tomatenplanten kunnen worden geregenereerd. Voorbeelden van plant delen omvatten, maar zijn niet beperkt tot enkele cellen en weefsels van pollen, ovulen, bladeren, embryo's, wortels, worteltoppen, helmstokken, bloemen, vruchten, stengels, scheuten èn zaden, alsmede 10 pollen, ovulen, bladeren, embryo's, wortels, worteltoppen, helmstokken, bloemen, vruchten, stengels, scheuten, enten, onderstammen, zaden, protoplasten, calli, en dergelijke.

Zoals hier gebruikt betekent de term 'populatie' een genetisch heterogene verzameling van planten die een gemeenschappelijke genetische afstamming delen. 15 Zoals hierin gebruikt verwijst de term 'tomaat', naar iedere plant, lijn of populatie voorheen bekend onder de geslachtsnaam Lycopersicon inclusief maar niet beperkt tot Lycopersicon cerasiforme, Lycopersicon cheesmanii, Lycopersicon chilense, Lycopersicon chmielewskii, Lycopersicon esculentum (nu Solanum lycopersicum), Lycopersicon hirsutum, Lycopersicon parviflorum, Lycopersicon pennellii, 20 Lycopersicon peruvianum, Lycopersicon pimpinellifolium, of Solanum, lycopersicoides.

De nieuw voorgestelde wetenschappelijke naam voor Lycopersicon esculentum is Solanum lycopersicum. Ook de namen van de wilde soorten kunnen worden gewijzigd. L. pennellii is geworden Solanum pennellii, L. hirsutum kan worden S. habrockaites, L. peruvianum kan worden opgesplitst in S. 'N peruvianum' en S.

25 'Callejon de Huayles', S. peruvianum, en S. corneliomuelleri, L. parviflorum kan worden S.neorickii, L. chmielewskii kan worden S. chmielewskii, L. chilense kan worden S. chilense, L. cheesmaniae kan worden S. cheesmaniae of S. galapagense, en L. pimpinellifolium kan worden S. pimpinellifolium (Solanacea Genome Network (2005) Spooner and Knapp; 30 http://www.sgn.cornell.edu/help/about/solanum nomenclature.html).

Er wordt met name op gewezen dat S. habrochaites kan worden gedefinieerd als een tomatensoorten die harige vruchten draagt, terwijl S. lycopersicum een tomatensoort is die haarloze vruchten draagt.

15

Zoals hierin gebruikt betekent de term 'ras' of 'cultivar' een groep van vergelijkbare planten die door structurele of genetische kenmerken en/of prestaties kunnen worden onderscheiden van andere rassen binnen dezelfde soort.

Een “gecultiveerde plant” is hierin gedefinieerd als een plant die 5 landbouwkundig wenselijke eigenschappen vertoont. De term wordt gebruikt in tegenstelling tot de term 'wild', wat duidt op een ras dat van geen rechtstreeks commerciële belang is als gevolg van ongewenste eigenschappen. S. habrochaites kan worden aangemerkt als een tomatensoort die niet van onmiddellijk commercieel belang is als gevolg van ongewenste eigenschappen (harige vruchten).

10 Een genetische regio die parthenocarpie verschaft verkregen van S.

habrochaites zoals hierin gedefinieerd valt onder de conclusies van de onderhavige aanvrage in planten waarin de regio zich niet in zijn natuurlijke genetische achtergrond bevindt. De term 'natuurlijke genetische achtergrond' wordt hierin gebruikt om de oorspronkelijke genetische achtergrond van de genetische factor aan 15 te geven. Een der gelijke achtergrond kan bijvoorbeeld het genoom van een zaaddragende wilde accessie van tomaat. Zo werden de parthenocarpie-verschaffende genetische elementen van de onderhavige uitvinding bijvoorbeeld gevonden op specifieke locaties op de chromosomen 4, 5 en/of 12 van Solarium habrochaites LYC 4/78. Als voorbeeld, Solarium habrochaites LYC 4/78 is de natuurlijke genetische 20 achtergrond van de QTLs op de chromosomen 4, 5 en/of 12 van Solarium habrochaites LYC 4/78. Een werkwijze waarbij de overdracht van DNA betrokken is dat het parthenocarpie-verschaffende genetische element omvat, of een parthenocarpie-verschaffendedeel daarvan, van chromosomen 4 van Solarium habrochaites LYC 4/78 naar dezelfde positie op chromosoom 4 van een andere tomatensoort, met name S.

25 lycopersicum, zal erin resulteren dat genoemd parthenocarpie-verschaffend genetisch element, of genoemd parthenocarpie-verschaffend deel daarvan, niet in zijn natuurlijke genetische achtergrond is.

De term 'functioneel steriel' is hierin gebruikt in zijn door het vakgebied erkende betekenis. Functionele steriliteit wordt beschouwd als een vorm van een 30 meer algemene eigenschap die voorkomt in tomaten en die auto-steriliteit wordt genoemd, en die kan optreden in twee vormen, namelijk: - Mannelijk steriel: zelfbestuiving is niet mogelijk wegens het ontbreken van levensvatbaar pollen (ms) of gedegenereerde meeldraden (sl, stamenloos). Wanneer 16 mannelijke steriliteit zou worden ingevoerd in een commerciële zaad van hybride tomaat (zaad), dan zal teler een dubbele hoeveelheid zaad moeten zaaien en voo het planten de 50% heterozygote ms pk planten, herkenbaar aan een marker-gen voor ms, moeten verwijderen. Dit zal niet volledig de gestelde problemen wegnemen.

5 - Functioneel steriel; levensvatbare pollen is aanwezig maar kan de stamper niet bereiken als gevolg van een aantal morfologische afwijkingen in de bloemen. Functionele steriliteit (fs) kan zelf ook worden onderscheiden in vier verschillende soorten, te weten: ps-type: een verschijnsel van de uitgeoefende stijl als gevolg van de 10 sterk kronkelende en verkorting van de meeldraden; deze eigenschap voorziet in het algemeen in een gemakkelijke zelf bestuiving en lagere ontvankelijkheid van de stijl, waardoor het niet erg geschikt is voor de productie van hybride zaad, ps - 2-type: het type van de niet-openende-helmdraadzakken welke met 15 succes wordt gebruikt in hybride productie van zaaizaad, ex-type: uitgeoefende stijl over de meeldraden gemakkelijke zelfbestuiving en een lage ontvankelijkheid van het stigma maakt het minder geschikt voor hybride productie van zaaizaad, en korte-style-type: de stigmatisering ligt onder de helmknoppen, het 20 grootste nadeel is het hoge niveau van zelfbestuiving.

Hybriden zijn het product van een kruising tussen genetisch ongelijke ouders. De ontwikkeling van hybriden in een plantenveredelingsprogramma vereist, in het algemeen, de ontwikkeling van homozygote ingeteelde lijnen, het kruisen van deze lijnen, en de evaluatie van de kruisingen. De meeste plantenveredelingprogramma's 25 combineren de genetische achtergronden van twee of meer ingeteelde lijnen of verschillende andere breed-gebaseerde bronnen in zgn. ‘breeding pools’ of veredelingsverzamelingen, waarvanuit nieuwe ingeteelde lijnen worden ontwikkeld door selfing en de selectie van het gewenste fenotype. Hybriden kunnen ook worden gebruikt als een bron van plantenveredelingsmateriaal of als bronpopulaties van 30 waaruit nieuwe plantlijnen kunnen worden ontwikkeld of afgeleid. De expressie van een eigenschap in een hybride kan hoger zijn dan het gemiddelde van de hoeveelheid uitgedrukt door de beide ouders, welk fenomeen bekend staat als ‘hybrid vigor’.

17

Plantenveredelingstechnieken die in het vakgebied bekend zijn omvatten, maar zijn niet beperkt tot, recurrente selectie, stamboom of pedigree veredeling, RFLP ondersteunde selectie, genetische merker ondersteunde selectie en transformatie. Ingeteelde lijnen kunnen bijvoorbeeld worden verkregen uit hybriden 5 met behulp van genoemde methoden als pedigree vredeling en recurrente selectie veredeling. Nieuw ontwikkelde inteeld lijnen worden gekruist met andere ingeteelde lijnen en de hybriden van deze kruisingen worden geëvalueerd om te bepalen welke daarvan commerciële potentieel hebben.

Pedigree veredeling is een systeem van veredeling waarin individuele planten 10 worden geselecteerd in de segregerende generaties van een kruising op basis van hun wenselijkheid die individueel wordt beoordeeld en op basis van een stamboom.

Recurrente of voortdurende selectie is een veredelingsmethode gebaseerd op het onderling kruisen van geselecteerde individuen, gevolgd door voortdurende cycli van selectie en onderling kruisen ter verhoging van de frequentie van de gewenste 15 allelen in de populatie.

Recurrente selectie kan bijvoorbeeld worden uitgevoerd door terugkruisingsveredeling (‘backcross breeding’), wat een systeem van veredeling omvat waarbij recurrente terugkruisingingen worden uitgevoerd naar een van de ouders van een hybride, vergezeld van de selectie voor een specifiek kenmerk of 20 kenmerken. De terugkruising is de kruising van een hybride met een van zijn ouders. Terugkruising kan bijvoorbeeld worden gebruikt om een specifieke wenselijke eigenschap die aanwezig is in een donerende plantenlijn over te dragen naar een andere, superieure plantenlijn (bijvoorbeeld een ingeteelde lijn) die die eigenschap mist. De eerste stap van dit proces betreft de kruising van de superieure plantenlijn 25 (recurrente ouder) met een donor plantenlijn (niet-recurrente ouder), die het/de juiste gen(en) voor de eigenschap in kwestie bezit. De nakomelingen van deze kruising wordt dan terug gekruist naar de superieure recurrente ouder, gevolgd door een selectie in de daaruit voortkomende nakomelingen voor de gewenste over te dragen eigenschap van de niet-recurrente ouder. Na vijf of meer generaties van 30 terugkruisingsselectie voor de gewenste eigenschap en voor het germplasm geerfd van de recurrente ouder, zal het nageslacht homozygoot zijn voor loci die de over te dragen eigenschap controleren, maar zal voor in hoofdzaak alle andere genen gelijk zijn aan de superieure ouder. De laatste terugkruisingsgeneratie is dan zalfbestoven (‘selfed’) 18 ter verschaffing van een raszuiver (“pure breeding”) nageslacht voor het/de over te dragen gen(en). Een hybride die is ontwikkeld van inteelt lijnen met het/de overgedragen gen(en) is in wezen hetzelfde als een hybride ontwikkeld uit dezelfde inteelt lijnen zonder het/de overgedragen gen(en).

5 Een algemene beschrijving van veredelingsmethoden die vaak worden gebruikt voor de verwerving van verschillende eigenschappen in verschillende gewassen, ook op basis van tomaten, kunnen worden gevonden in naslagwerken, zoals bijvoorbeeld Allard, R. W. (1960) Principles of Plant Breeding; Simmonds, N. W.

(1979) Principles of Crop Improvement; Sneep, J. et al., (1979) Tomato Breeding (p.

10 135-171) in: Breeding of Vegetable Crops, Mark J. Basset, (1986, editor), The Tomato crop: a scientific basis for improvement, by Atherton, J. G. & J. Rudich, (1986, editors); Plant Breeding Perspectives; Fehr, (1987) Principles of Cultivar Development Theory and Technique).

Akkerbouwgewassen worden veredeld door middel van technieken die 15 gebruik maken van de methode voor bestuiving van de plant zelf. Een plant is zelfbestoven wanneer stuifmeel van een bloem is overgebracht naar dezelfde of een andere bloem van dezelfde plant. Een plant is kruisbestoven als het pollen afkomstig is van een bloem van een andere plant. Planten die zelfbestoven zijn en geselecteerd op kenmerk voor vele generaties geworden homozygoot op bijna alle genloci en 20 produceren een uniforme populatie van raszuivere nakomelingen. Een kruising tussen twee verschillende homozygote lijnen produceert een uniforme populatie van hybride planten die heterozygoot kunnen zijn op vele genloci. Een kruising van twee planten die ieder heterozygoot zijn op een aantal genloci zal een populatie van hybride planten produceren die genetisch verschillen en die niet uniform zal zijn.

25 Tomaat (Lycopersicon esculentum L. of tuintomaat) behoort tot de familie der

Solanaceae (nachtschade), geslacht Solanum, ondergeslacht Lycopersicon. Andere belangrijke Solanaceae omvatten aardappel (Solanum tuberosum) en aubergine 0Solanum melongena). Alle rassen in de soort L. esculentum zijn zelfbestuivend. De meeste andere soorten in het ondergeslacht Lycopersicon, zoals L. pimpinellifolium 30 (bestomaat), L. hirsutum (harige tomaat) en L. peruvianum (Peruaanse tomaat), zijn kruisbestuivers. Bij voorkeur zijn ingeteelde foklijnen van L. esculentum dus mannelijke steriel om genetische veranderingen als gevolg van ongewenste 19 zelfbestuiving te voorkomen. Het is van voordeel dat de kosten van zaadproductie verminderd zijn in deze mannelijke steriele planten.

De ontwikkeling van een hybride tomatenras in een veredelingsprogramma voor tomaat bestaat in het algemeen uit drie stappen: (1) de selectie van planten uit 5 verschillende germplasm pools voor de initiële kruisen; (2) de selling van de geselecteerde planten uit het kruisen van verschillende generaties voor de productie van een serie van inteeltlijnen, die, hoewel ze van elkaar verschillen, rasecht zijn en zeer uniform zijn, en (3) het kruisen van de geselecteerde inteeltlijnen met ongerelateerde inteeltlijnen of wilde tomatensoorten ter productie van de hybride 10 nakomelingen (Fl). In de loop van het inteeltproces in tomaat, neemt de vigor van de lijnen over het algemeen af. Vigor wordt hersteld wanneer een inteeltlijn wordt gekruist met een andere tomatenplant (bijvoorbeeld een andere inteeltlijn of een wilde variëteit) ter productie van de hybride nakomelingen (Fl). Een belangrijk gevolg van de homozygose en de homogeniteit van de inteeltlijnene is, dat de hybride 15 gecreeerd door kruising van een vast tweetal van inteeltlijnen altijd hetzelfde is.

Zodra de inteeltlijnen die een superieure hybride vormen zijn geïdentificeerd, kan een continue aanvoer van het hybride zaad worden geproduceerd met behulp van deze inteelt ouders en de hybride tomatenplanten kunnen dan worden gegenereerd uit dit hybride zaad.

20 Er zijn veel belangrijke factoren in ogenschouw dienenn te worden genomen in het vakgebied van de plantenveredeling, zoals de mogelijkheid om belangrijke morfologische en fysiologische kenmerken te herkennen, de mogelijkheid om evaluatietechnieken voor genotypische en fenotypische kenmerken die van belang zijn te ontwerpen, en de mogelijkheid voor het uitzoeken en exploiteren van de genen voor 25 de gewenste eigenschappen in nieuwe of verbeterde combinaties.

Het doel van de ontwikkeling van een commerciële hybride tomatenlijn als resultaat van een veredelingsprogramma voor tomatenplanten is de ontwikkeling van nieuwe inteeltlijnen voor de productie van hybriden die combineren tot een hoge opbrengst en agronomische superieure prestaties. Hoewel de belangrijkste eigenschap 30 die veredelaars zoeken gericht is op opbrengst, zijn er vele andere majeure agronomische eigenschappen van belang in hybride combinatie en hebben een impact op de yield of verschaffen op andere wijze superieure prestaties in hybride combinaties. Deze eigenschappen zijn onder andere hoog gewas-potentieel, resistentie 20 tegen ziekten met inbegrip van schadelijke insecten, weerstand tegen stress zoals droogte en hitte stress, en smaak, kleur, vorm en de houdbaarheid van de vruchten van de tomaat. Daarnaast moeten de lijnen zelf aanvaardbare prestaties laten zien van de ouderlijke kenmerken zoals zaadopbrengst en pollenproductie, die het 5 vermogen beïnvloeden om de ouderlijke lijnen in voldoende hoeveelheid en kwaliteit te verschaffen voor de hybridisatie. Van deze eigenschappen is gebleken dat zij genetisch zijn gecontroleerd en vele, zo niet alle, van de eigenschappen worden beïnvloed door meerdere genen.

Voor de productie van de hybride tomatenplant, kan iedere inteelt 10 Lycopersicon esculentum lijn worden ontwikkeld met conventionele veredelingsmethoden, omvattende continue zelfbevruchting en selectie van verschillende lijnen voor het combineren van de genen van deze lijnen in een homozygote lijn. Pedigree selectie op basis van de weerstand tegen uit de bodem afkomstige ziekteverwekkers en wortel- en stengelziekten, groot formaat, stevigheid 15 en de kleur van de vrucht, alsmede gunstige wortel- en stengelontwikkeling kunnen vervolgens worden toegepast voor een aantal opvolgende generaties ter verschaffing van de genoemde inteelt ouderlijn. De inteelt lijn wordt dan bij voorkeur zelfbestoven en geplant voor een voldoende aantal generaties met het oog op de uniformiteit en de fenotypische stabiliteit van zijn eigenschappen die kenmerkend zijn voor zijn 20 homozygote genotype. Als er geen variant eigenschappen worden waargenomen, zijn de kenmerken stabiel.

Binnen Solanum zijn ILs ontwikkeld voor Solarium pennellii LA716 (Eshed et al. 1994), S. habrochaites LA1777 (Monforte et al. 2000a) en Solanum lycopersicoides LA2951 (Canady et al. 2005). Van deze populaties is aangetoond dat zij van zeer groot 25 nut zijn bij de identificatie van kwantitatieve kenmerken (Eshed et al. 1995;

Rousseaux et al. 2005), het fijn in kaart brengen van de QTLs (Fridman et al. 2004; Monforte et al. 2001; Monforte et al. 2000b) en het kloneren van QTLs (Frary et al. 2000; Fridman et al. 2000; Ku et al. 2001).

Momenteel bestaat er een S. habrochaites LA1777 IL populatie in een 30 gedetermineerd (“determinate”) groeiende S. lycopersicum E6203 (Monforte et al. 2000a).

Hierin beschrijven we de ontwikkeling van een tweede IL populatie van S. habrochaites, nu gebaseerd op introgressies uit S. habrochaites LYC 4/78 in de 21 achtergrond van een ongedetermineerd (‘indeterminate’) groeiende gecultiveerde tomaat S. lycopersicum cv. Moneymaker, en het gebruik van de lijnen in de productie van zaadloze, parthenocarpic tomatenplanten.

De planten van de onderhavige uitvinding zijn bij voorkeur mannelijk steriel.

5 Mannelijke steriliteit kan aanwezig zijn in een bepaalde kruising, zoals de functionele mannelijke sterliteit gevonden in de lijn DRS 5.1. In een alternatief kan mannelijke steriliteit worden geïntroduceerd door de toepassing als donor plant van lijnen die het ps-2 gen bevatten dat functionele mannelijke steriliteit verschaft, en de introgressie van het gen in de gewenste plantenlijn.

10 Functionele mannelijke steriliteit is een belangrijk kenmerk voor de productie van hybride zaden. Onder de genen die coderen voor functionele mannelijke steriliteit bij tomaat bevindt zivh het gen voor positionele steriliteit ps-2. ps-2 is monogenische recessief, resulteert in niet-dehiscente helmknoppen en is het meest geschikt voor praktische toepassingen. Merkers voor marker-geassisteerde selectie (MAS) zijn 15 ontwikkeld (Gorguet et al., 2006. Theor. Appl. Genet, 113 (8) :1437-1448). Dit vond plaats in een F2 segregerende populatie verkregen uit de interspecifieke kruising tussen een functioneel mannelijke steriele lijn (ps-2/ps-2; Solanum lycopersicum) en een functioneel mannelijke vruchtbare lijn (S. pimpinellifolium). Het ps-2 locus bleek zich te bevinden in een interval van 1,65 cm afgebakend door markers T0958 en 20 T0635 op de korte arm van chromosoom 4. Deze regio bevat ook tal van COS-merkers, die nuttig kunnen zijn in MAS.

Een werkwijze volgens van de onderhavige uitvinding kan gebruik maken van een methode voor de productie van een zaadloze plant, bijvoorbeeld zoals in detail beschreven in EP 1428425, waarin plant met een fs/pk-complex kan worden 25 geproduceerd met een methode omvattende de volgende stappen, hieronder verder uiteengezet: a. kruisen van een ‘oorspronkelijk zaadloze ouder', zoals hierin gedefinieerd met een 'oorspronkelijk niet zaadloze ouder', zoals hierin gedefinieerd ter verschaffing van een 30 niet-zaadloze Fl-generatie, b. zelf-bestuiven van de de Fl-generatie aldus verkregen ter verschaffing van een verdere generatie, waarnaar hierin wordt verwezen met de F2-generatie.

22 cl. selecteren van planten uit de aldus verkregen F2 met een zaadloos fenotype en ervoor zorgen dat deze zaadloze planten zichzelf bestuiven, ter verschaffing van een eerste F3 generatie; alsmede c2. selecteren van planten uit de aldus verkregen F2 met een functioneel steriel 5 fenotype en ervoor zorgen dat deze planten zichzelf bestuiven, ter verschaffing van een tweede F3 generatie; d. Het selecteren van alle planten van de eerste of tweede generatie F3 met een zaadloze fenotype; e. ervoor zorgdragen dat de planten van de eerste of tweede generatie F3 met een 10 zaadloos fenotype zichzelf bestuiven ter verschaffing van een F4 generatie f. ervoor zorgdragen dat de planten van de aldus verkregen F4 generatie die een zaadloos fenotype hebben om zichzelf te bestuiven ter verschaffing van een F5 generatie, en optioneel er voor zorgen dat de planten van de F5 generatie aldus verkregen en die een zaadloos fenotype hebben zichzelf bestuiven ter verschaffing van 15 een F6 generatie.

Er is gemeld in EP 1428425 dat meestal, ten tijde van de F5 generatie, en met name ten tijde van de F6 generatie van stap e), het pk, fs-complex in de planten aldus verkregen zich voldoende zal hebben gestabiliseerd, dat wil zeggen zal zijn 'gefixeerd', zodat de tomatenplant gebruikt kan worden als een pk,fs ouder in de uitvinding, of 20 kan worden gebruikt als uitgangsplant of lijn ter verkrijging van andere (lijnen van) pk,fs ouders, d.w.z. door het inkruisen van aanvullende eigenschappen of door middel van terugkruisingen. Omdat de F3, F4, F5, F6 en daaropvolgende generaties een zaadloos fenotype hebben - of ingeval van de “tweede F3 generatie” ten minste een functioneel steriele fenotype — zal het verkrijgen van de F4, F5, F6 en volgende 25 generaties, alsmede als onderhouden van de pk,fs ouderlijnen voor de productie van de zaadloze hybriden, humane interventie noodzakelijke maken zoals hieronder beschreven. Dit vereiste voor menselijke interventie ter verschaffing van verdere generaties wordt hierin ook algemeen aangeduid met 'het veroorzaken van zelfbestuiving'. Er werd gemeld in EP1428425 dat de F2 meestal alleen maximaal 1 of 30 2 zaadloze planten in 100 F2 planten zal bevatten, maar ook geen zaadloze planten kan bevatten, afhankelijk van de oorspronkelijke zaadloze ouder en in het bijzonder de oorspronkelijke niet-zaadloze ouder die wordt gebruikt. Zelfs wanneer zaadloze F2 planten worden verkregen, werd vastgesteld dat het aantal daarvan (1-5%) is 23 significant minder is dan de 8,25% (1 op de 16 planten) dat op basis van mendeliaanse principes verwacht kon worden indien de aanwezigheid van dubbele recessief pat-2 en ps-2-genen op zichzelf voldoende zo zijn voor een zaadloos fenotype. Dit toont aan dat de kruising met de oorspronkelijke niet-zaadloze ouder ogenschijnlijk een aantal -5 waarschijnlijk dominante - genen, allelen of andere genetische factoren introduceert die een negatieve invloed op het ontstaan van het zaadloze fenotype in de F2 hebben. De F2 bleek meestal een aantal functioneel steriele planten te bevatten, dat wil zeggen meestal ongeveer 10-15 planten op de 100, ook weer afhankelijk van de oorspronkelijke zaadloze ouder en in het bijzonder de oorspronkelijke niet-zaadloze 10 ouder. Dit is minder dan de 25% die was te verwachten volgens de mendeliaanse principes als de aanwezigheid van dubbele recessief ps-2 op zichzelf voldoende zou zijn voor het verkrijgen van een functioneel steriel fenotype. Dit toont aan dat ook de aanwezigheid van het wenselijke functioneel steriele fenotype wordt bepaald door een complex aan genetische factoren.

15 De methode van EP1428425 betreft verder dat de zaadloze planten uit de F2 worden geselecteerd en dat ervoor wordt gezorgd dat zij zichzelf bestuiven, zodat een F3 wordt verschaft, waarnaar hierin wordt verwezen als de 'eerste F3 generatie '. Er is gemeld dat, ondanks het zaadloze fenotype van de F2 plant, soms niet alle F3 planten aldus verkregen het zaadloze fenotype van de F2-plant zullen vertonen, maar 20 0-100% kan uitmaken, en vaker slechts ongeveer 10-20% van de F3 planten zal uitmaken. Dit lijkt te bevestigen dat het zaadloze fenotype in deze F2 planten wordt veroorzaakt door een complex van genen (dwz de pk, fs complex van de uitvinding), en niet door homozygoot recessief pat-2 en ps-2-genen alleen, zoals in de oorspronkelijke zaadloze ouder. Het leek ook te bevestigen dat in de F2, het pk.fs complex niet 25 voldoende is gefixeerd - dat wil zeggen genetisch niet-homogeen genoeg - om volledig zaadloze nakomelingen te verschaffen.

Als gevolg hiervan zijn de zaadloze F2 planten als hierboven verkregen dan ook niet geschikt voor gebruik als een pk,fs ouder in de uitvinding beschreven in EP1428425. De planten van de eerste F3 generatie die het zaadloze fenotype 30 vertoonden werden geselecteerd, en er werd voor gezorgd dat zij zichzelf bestoven ter verschaffing van een F4. Nogmaals, er werd meestal gevonden dat niet alle F4 planten verkregen uit de zaadloze F3 planten, het zaadloze fenotype zullen vertonen: het aantal zaadloze F4 planten kan variëren van 0-100%, en is meestal ongeveer 10- 24 20% van alle F4 planten. Ook bleken niet alle F4 planten onder ajle omstandigheden zaadloos te zijn. Dit leek naar men aannam opnieuw aan te tonen dat het pk,fs complex nog niet voldoende was gefixeerd in deze F3 of F4 planten voor hen om te worden gebruikt als pk,fs ouders in de uitvinding beschreven in EP 1428425. De 5 zaadloze planten uit de F4 werden vervolgens weer zelfbestoven ter verschaffing van een F5, en de zaadloze planten uit de F5 werden zelfbestoven ter verschaffing van een F6. Nogmaals, in de F5 en soms ook in de F6, werden een aantal niet-zaadloze planten verkregen, omdat naar men aannam het pk,fs complex was nog niet voldoende was gefixeerd in, respectievelijk, de zaadloze F4 of F5. Meestal werd in de 10 F6 generatie het pk,fs-complex in de zaadloze F6 planten als voldoende stabiel beschouwd, zodat alle zaadloze F6 planten uitsluitend zaadloze F7 planten voortbrengen wanneer zij worden zelfbestoven. Dit gaf naar men aannam ook aan dat de F6 inteelt pinten aldus verkregen zouden kunnen worden gebruikt als pk, fs ouders in de uitvinding beschreven in EP1428425. Indien de F7 nog een aantal niet-zaadloze 15 planten voortbrengt, kan de F7 opnieuw worden zelfbestoven ter verschaffing van een F8, enzovoort, totdat een generatie is verkregen waarin het pk,fs complex voldoende is gefixeerd. Echter, dit is meestal niet nodig en geniet ook niet de voorkeur. Als ook in de F9 en in het bijzonder in de F10 generatie, het pk, fs complex nog steeds niet voldoende is gefixeerd, zal doorgaans worden aangenomen dat deze inteeltlijn niet 20 kan worden gebruikt als een pk, fs ouder lijn in de uitvinding beschreven in EP1428425.

Meestal ‘haalt* slechts een klein aantal van de zaadloze F2 planten de F6, afhankelijk van de oorspronkelijke zaadloze ouder, maar in het bijzonder de oorspronkelijke niet-zaadloze ouder die is gebruikt. Ook in het genereren van de F6 25 kan een zekere selectiedruk worden toegepast teneinde de stabiliteit en betrouwbaarheid van het zaadloze fenotype onder alle omstandigheden te testen. Zo kunnen bijvoorbeeld factoren zoals licht en temperatuur worden gebruikt om de stabiliteit van de zaadloze fenotype van de F3, F4, F5 of F6 te 'testen' en/of te fixeren. Naast de zaadloze F2 planten, worden ook de F2-planten die slechts het fenotype van 30 functionele steriliteit vertonen zelfbestoven, ter verschaffing van een F3 generatie, hierin ook aangeduid als de 'tweede generatie F3'. Deze tweede F3 generatie zal meestal in hoofdzaak alle functioneel steriele planten omvatten, en kan een aantal zaadloze planten omvatten, dwz ongeveer 1-3 op de 40 F3 planten (die gemakkelijk 25 kan worden herkend en geselecteerd, omdat zij de enige zijn in deze tweede F3 die vruchten zullen dragen). Indien dat het geval is dan worden deze zaadloze F3 planten zelfbestoven ter verschaffing van een F4, gevolgd door een F5 en F6, en optioneel ook een F7 en F8, enzovoort, in wezen zoals beschreven voor de eerste F3 generatie.

5 Nogmaals, niet alle zaadloze planten van de tweede generatie F3 halen de F6, ook weer afhankelijk van de oorspronkelijke zaadloze ouder en in het bijzonder de oorspronkelijke niet-zaadloze ouder die wordt gebruikt.

In de bovengenoemde methodologie is het voor een gegeven combinatie van een oorspronkelijk zaadloze ouder en oorspronkelijke niet-zaadloze ouder mogelijk dat er 10 geen zaadloze planten worden verkregen in de F2, en slechts weinig functioneel steriele planten. Deze functioneel steriele F2 planten worden vervolgens zelfbestoven. Echter, indien in de F3 aldus verkregen opnieuw geen zaadloze planten worden gevonden, zal doorgaans worden aangenomen dat deze specifieke combinatie van oorspronkelijk zaadloze ouder en oorspronkelijke niet-zaadloze ouder niet kan worden 15 gebruikt om een pk, fs ouder volgens de uitvinding te verschaffen. Een mogelijke verklaring hiervoor kan zijn dat de oorspronkelijke niet-zaadloze ouder die is gebruikt niet alle genetische factoren (genen, allelen of andere factoren) bevat die nodig zijn om het pk, fs complex te voltooien, bezien in het licht van de genen die reeds aanwezig zijn in de oorspronkelijke zaadloze ouder die is gebruikt.

20 De uitvinding heeft daarom in andere aspecten ook betrekking op teeltmateriaal voor tomaten, zoals zaad of plantgoed (eventueel in een container), alsmede zaadloze tomaten verkregen en/of verkrijgbaar zoals hierboven beschreven, en/of geschikt voor toepassing in de werkwijze(n) hierin beschreven.

De parthenocarpe tomaten volgens de uitvinding kunnen ook verder worden 25 verwerkt op een wijze die op zich bekend is in tomatenproducten, met name voedingsmiddelen, die al dan niet in een vorm kunnen zijn die gereed of geschikt is voor uiteindelijke toepassing. In dit opzicht hebben de tomaten volgens de uitvinding het voordeel dat ze rechtstreeks kunnen worden verwerkt, zonder een verdere stap voor het verwijderen van de zaden/pitten in het productieproces.

30 De uitvinding heeft derhalve in een ander aspect betrekking op producten, met name voedingsmiddelen, verkregen uit de zaadloze tomaten volgens de uitvinding, alsmede op een werkwijze voor het verkrijgen van genoemde levensmiddelen, waarbij de tomaten zijn verwerkt tot deze producten zonder een aparte stap voor het 26 verwijderen van de zaden. Een dergelijke werkwijze kan daarom - onder meer -omvatten het pureren of op een andere manier maischen van de tomaten, eventueel gevolgd door het opnemen of het toevoegen van aanvullende gewenste ingrediënten, en het verpakken van het tomatenproduct aldus verkregen, zonder zaden of de 5 residuen daarvan, in geschikte containers voor opslag, vervoer of verkoop, waarin genoemde methode geen stap omvat voor het verwijderen van eventuele pitten/zaden tussen het maischen van de tomaten en het verpakken van het product.

De genetische elementen zoals hierin geopenbaard verschaffen mannelijke steriliteit als gevolg waarvan de bevruchting van het aangelegde zaad achterwege 10 blijft.

De werkwijzen en planten van de onderhavige uitvinding zijn behalve parthenocarp bij voorkeur ook mannelijk steriel, bij grote voorkeur functioneel steriel, zoals positioneel steriel. Bovendien verschaffen de genetische elementen zoals hierin beschreven parthenocarpie, het verschijnsel waarbij vruchtzetting plaatsvindt zonder 15 bevruchting.

Naast het verschaffen van parthenocarpie en/of mannelijke steriliteit, voorzien de genetische elements zoals hierin beschreven in een verhoging van de opbrengst van vruchten. Een voordeel van de parhtenocarpe planten van de uitvinding is dat zij vruchten produceren met een hoger gehalte aan vruchtvlees (uitgedrukt als droog 20 gewicht) in vergelijking met niet-zaadloze tomaten geoogst op een overeenkomstig tijdstip, dat wil zeggen 1, 2, 5, 10, 25, of 35% of meer, gebaseerd op het totale gewicht van de tomaat (dwz gemiddeld ongeveer 5,5 tot 6,5 gram droge stof voor de zaadloze tomaten, vergeleken met ongeveer 4,5 tot 5,5 gram droge stof voor niet-zaadloze tomaten, op een totaal gewicht bij de oogst van ongeveer 110-120 gram). In termen 25 van droge stof opbrengst, betekent dit een stijging van ten minste ongeveer 20% (waarin bovendien de droge stof van de niet-zaadloze tomaten nog steeds pitten zal bevatten).

Door gebruik te maken van mannelijke steriliteit kan de vakman nu parthenocarpie ontdekken in planten.Gewoonlijk kan parthenocarpy onopgemerkt 30 (gemaskeerd) blijven wanneer zaadzetting toch plaatsvindt. Deze verborgen parthenocarpie kan worden gevonden door het kruisen van nakomelingen van een kruising tussen een parthenocarpe plant en een plant met verborgen parthenocarpie en het testen van de kruising voor vruchtzetting zonder zaad.

27

Bij voorkeur zijn de introgressies zoals hierin gedefinieerd aanwezig in homozygote vorm.

De onderhavige uitvinding voorziet nu ook in de mogelijkheidom een werkwijze te verschaffen voor het kloneren van genen die verantwoordelijk zijn voor het 5 parthenocarpe fenotype afkomstig van S. habrochaites LYC4/78.

VOORBEELDEN

Voorbeeld 1

Om te voorzien in een meer effectief veredelings-proces, waarbij de selectie van 10 kandidaat-ouderplanten met de juiste genetische constitutie een rol speelt, is het noodzakelijk om te beschikken over een of meer genetische merkers waarmee de aanwezigheid van deze genetische constitutie in ten minste een van de kandidaat-ouderplanten kan worden vastgesteld. Dit proces, dat het kruisen van de geselecteerde planten omvat en marker geassisteerde selectie (MAS) heet, draagt op 15 doelmatige wijze de gunstige ouderlijke allelen over van een donor naar een ontvanger populatie en zorgt ervoor dat de veredeling niet langer afhankelijk is van toeval en is economisch veel efficiënter in termen van kosten voor ontwikkeling.

Materialen & Methoden 20 Plantaardig materiaal en de ontwikkeling van de ILs

Zaden van Solanum habrochaites LYC 4/78 (hierna LYC 4/78; zaad partij van 1978) werden verkregen uit de genenbank verbonden aan het Instituut voor Plant Genetics and Crop Plant Research, Gatersleben, Duitsland.

Zaden van Solanum lycopersicum cv. Moneymaker (hierna Moneymaker) 25 werden verkregen uit de zaadbank van De Ruiter Seeds R&D BV, Bergschenhoek, Nederland.

Een interspecifieke kruising tussen Moneymaker en LYC 4/78 werd gemaakt voor de productie van Fl-zaden. De F1 zaden werden opgegroeid tot F1 planten. F2 zaden, verkregen door zelfbvruchting van een Fl-plant werden gezaaid voor het 30 verkrijgen van een F2 populatie van 174 individuen. Een BC2 (backcross 2) populatie van 59 individuen werd gegenereerd door twee rondes van terugkruisingen met Moneymaker als de recurrente en vrouwelijke ouder. Met behulp van MAS, werden BC2, BC3, en BC4 genotypes geselecteerd die een van de twee geïdentificeerde 28 parthenocarpie-verschaffende genetische elementen bevatten, en een aantal BC2 werden zelfbestoven om BC2S1 zaden te produceren (zie figuur 2). Zoals reeds gezegd werd een Fl plant zelfbestoven tee verkrijging van F2 zaden en teruggekruist naar SL ter verkrijging van BC1 zaden. De F2 zaden werden aanvankelijk gebruikt voor de 5 constructie van de genetische koppelingskaart. De BC1 zaden werden gebruikt voor de ontwikkeling van de ILs (figuur 3).

DNA-isolatie en merkeranalvse

Genomisch DNA werd geïsoleerd uit twee jonge (opgerolde) bladeren met 10 behulp van een op cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) gebaseerd protocol volgens Steward en Via (1993), aangepast voor 'high throughput DNA-isolatie met behulp van een ml micronic buizen (Micronic BV, Lelystad, Nederland) en vermalen met behulp van een Retsch 300 mm shaker op maximale snelheid (Retsch BV, Ochten, Nederland). De AFLP-analyse (Vos ea., 1995) van de F2, BC2, BC3, BC4 en BC2S1 15 populaties werd utgevoerd en de AFLP fragmenten werden geanalyseerd op een LI-COR 4200 DNA-sequencer, in wezen door het volgen van de methode zoals gepubliceerd door Myburg (Myburg et al. 2001). De selectieve Pst primer werd gemarkeerd met een IRD 700 of IRD 800 fluorescent-label. AFLP gel beelden werden gescoord met behulp van de AFLP-Quantar Pro software pakket (Keygene BV, 20 Wageningen, Nederland). De volgende tien primercombinaties en adapter sequenties werden gebruikt voor genotypering: P14M48, P14M49, P14M50, P14M60, P14M61, P15M48, P18M50, P18M51, P22M50 en P22M51, zoals beschreven door Bai et al. (2003).

25 Phenotypische analyse van de F2 populatie

Variaties in vruchtomvang (opbrengst, vruchtgewicht, vruchthoogte, vruchtdiameter) en zaadzetting (SS), werden bestudeerd in planten verkregen uit kruising van individuen van de F2 populatie verkregen uit de kruising tussen Moneymaker x LYC 4/78 (zie tabel 1). Planten die zaadloos zijn (SS -) en normale 30 vruchtomvang vertonen ten opzichte van de controle (Moneymaker [SL] onderste rij) werden als parthenocarp beschouwd.

29

Tabel 1. Totale opbrengst en vruchtkenmerken a

IL Yield I FW I FH I FD 1 SS

1-1 9.0 36.8 42.27 58.60 * + 1-2 NA 24.3 35.11 32.03 1-3/3-3 NA 19.3 ** 30.47 ** 32.95 ** 1- 4 10.8 67.2 41.92 48.97 + 2- 1 16.9 70.4 41.08 51.33 + 2-2 6.1 28.3 ** 34.85 * 36.48 ** 2- 3 12.0 41.0 ** 38.52 42.05 + 3- 1 9.0 76.0 42.41 53.65 + 3- 2 8.2 31.8 ** 33.30 ** 39.47 * 4- 1 10.6 49.8 36.89 46.60 + 4-2 NA 62.4 41.92 49.06 + 4- 3 2.9 29.2* 33.49 ** 37.48 ** 5- 1 23.9 76.3 44.29 51.91 5- 2 12.6 65.3 41.13 49.31 6- 1 13.1 49.2 41.20 43.36 + 6-2/7-2 10.2 45.9 38.30 42.23 + 6- 3 14.9 77.9 46.15 50.91 + 7- 1 6.0 41.8 37.07 41.80 + 8- 2 2.8 8.2 ** 21.85 ** 22.71 ** + 9- 1 9.1 60.8 41.31 47.24 + 9- 2 4.6 28.6 ** 32.42 35.76 * 10- 1 5.0 29.5 * 33.50 35.86 * 10-2 10.9 63.2 43.29 48.29 + 10-3 11.6 81.1 49.69 53.26 + 10- 4 17.4 83.7 48.34 54.59 + 11- 1/9-3 6.4 46.0 41.95 42.44 ± 11- 2 6.7 36.4 34.64 39.90 ± 12- 1 5.6 47.6 38.11 44.65 12-2 9.1 40.3 37.36 42.52 + 12-3 2.7 10.8 ** 21.39 ** 26.95 ** BRC-5 4.1 33.8 ** 36.28 39.73 * ~SL 1L5 5&3 42.27 47.42 + a significant afwijkingen ten opzichte van SL, zoals vastgesteld met behulp van een Dunnett-5 test, worden gepresenteerd naast elk gemiddelde. Waarschijnlijkheid van P<0,05 (*) of P<0.01 (**) is geïndiceerd.

Opbrengst (Kg) FW: Vrucht gewicht (gram) FH: Vrucht hoote (mm) 10 FD: Vrucht diameter (mm) SS: Zaadzetting 15 30

Moleculaire markers & Genetische koppelineskaart

Een genetische koppelingskaart werd berekend voor een F2 populatie (n=174) verkregen van de kruising van Moneymaker x LYC 4/78. Tien primercombinaties werden gebruikt voor het verkrijgen van 218 geamplificeerde fragment lengte 5 polymorfisme (AFLP) markers in de F2 populatie (n =174). Een totaal van 69 merkers (31,7%) kon gemakkehjk co-dominant worden gescoord, waardoor de berekening van een geïntegreerde F2 genetische koppelingskaart mogelijk werd. Marker-analyse uitgevoerd op BC2, BC3 en BC2S1 genotypes maakten de toevoeging mogelijk van een extra 145 AFLP markers. Een totaal van 102 van deze 145 extra 10 AFLP markers kon voordien niet worden gescoord als gevolg van de complexiteit van de F2-gels. De totale genetische koppelingskaart bestond uit 315 AFLP markers van 14 koppelingsgroepen en heeft een totale lengte van 958 cM. Omdat co-migrerende AFLP markers binnen een soort over het algemeen allel specifiek zijn, werd co-lineariteit met andere AFLP koppelingskaarten gebruikt om de koppelingsgroepen toe 15 te wijzen aan de chromosomen. Sommige Moneymaker-specifieke AFLP markers kwamen overeen met de genetische koppelingskaarten zoals gepubliceerd (Haanstra et al. 1999; Bai et al. 2003) en daarom konden enkele koppelingsgroepen worden toegewezen aan de chromosomen, met inbegrip van de koppelingsgroepen die de geïdentificeerde parthenocarpy-overdracht van genetische elementen in zich droegen. 20 Ter verbetering van de koppelingskaart in de intervallen tussen de parthenocarpie-verschaffende genetische elementen, zijn diagnostische-CAPS-merkers toegevoegd in deze regio's gebaseerd op de gepubliceerde S. lycopersicum x L. pennellii kaart (Tanksley et al. 1992; Haanstra et al. 1999).

25 Marker analyse

Genomische DNA werd geïsoleerd uit twee jonge (opgerolde) bladeren met behulp van een op CTAB gebaseerd protocol volgens Steward et al. (1993), aangepast voor 'high throughput DNA-isolatie met behulp van 1 ml micronic buizen (Micronic BV, Lelystad, Nederland) en vermalen met behulp van een Retsch 300 mm shaker op 30 maximale snelheid (Retsch BV, Ochten, Nederland).

AFLP™ analyse (Vos et al. 1995) van elke terugkruising en IL werd uitgevoerd en de AFLP fragmenten werden geanalyseerd op een LI-COR 4200 DNA-sequencer, in wezen volgens de methode gepubliceerd door Myburg (2001). De selectieve Pst primer 31 werd gemarkeerd met een IRD700 of IRD 800 fluorescent-label. AFLP gel beelden werden gescoord met behulp van de AFLP-Quantar™ Pro software pakket (http://www.keygene-products.com). Primer en adapter-sequenties zijn omschreven in Bai et al (2003).

5 Sets van CAPS primers werden verkregen van de 'Solanaceae Genomics website' (http://sgn.cornell.edu) of ontworpen voor sequenties van genomische of cDNA klonen beschikbaar uit dezelfde bron. Polymorfismen tussen S. habrochaites en S. lycopersicum werden bepaald met behulp van de CAPS digestie benadering beschreven door Brugmans et al (2003). Marker-sequenties, PCR-omstandigheden en 10 de restrictie endonucleases gebruikt voor het genotype zijn weergegeven in tabel 30. PCR-producten werden meestal van elkaar gescheiden met behulp van een 2,5% agarose gel. In tabel 31 zijn de verschillende digestie producten die een discrimineren tussen S. lycopersicum en S. habrochaites aangegeven voor elk van de markers van de tabel 30 die in de QTLs van interesse zijn terug te vinden.

15

Resultaten IL populatie

Een introgressie lijn (IL) populatie van S. habrochaites LYC 4/78 (SH) in de genetische achtergrond van S. lycopersicum cv. Moneymaker (SL) werd ontwikkeld.

20 Een F1 plant afkomstig van de kruising tussen SL en SH werd teruggekruist naar SL (figuur 2). Vervolgens werd een willekeurige reeks van 14 BC1 planten teruggekruist naar SL voor het verkrijgen van een BC2 nageslacht (n=59). Alle BC2 planten werden gegenotypeerde en een geselecteerde set werd teruggekruist naar SL. Deze set werd gekozen op een zodanige wijze dat de gecombineerde introgressies zo als veel mogelijk 25 van de SH genoom bedekten, terwijl de selectie van recombinanten op een zodanige wijze plaatsvond dat elk vreemd chromosoom wordt vertegenwoordigd door drie ILs. Dit proces van selectie en terugkruising werd herhaald tot BC5. 31 geselecteerde BC5 planten, in hoofdzaak bevattende een of twee introgressies, werden zelfbestoven. Tot 12 planten van elk van de 31 BC5S1 families werd zelfbestoven en gescreend met 30 AFLP markers ter verkrijging van een BC5S2 nakomelingschap (n=44) dat homozygoot was voor de introgressie. De markers van de 44 ILs werden nog eens gescreend en een kernset van 30 ILs werd gekozen. Deze kern vertegenwoordigt de maximale dekking van het SH genoom in zo weinig mogelijk ILs (figuur 3). De kern 32 bestaat uit 15 ILs die een introgressie bevatten, 10 ILs die twee introgressies, 4 ILs met drie introgressies terwijl een IL nog vier homozygote introgressies bevatte. Gemiddeld bevatte elke IL 60 cM (=5,2%) van het SH genoom en de lengte van de introgressies varieerde tussen 20 (1,7%) en 122 cM (10,6%). Onze IL populatie dekte 5 95% van de lengte van de oorspronkelijke F2 koppelingskaart. Echter, we beseffen dat deze F2 koppelingskaart niet volledig het genoom dekt. Dit wordt geïllustreerd door extra CAPS-analyse op de chromosomen 3 (de top van de korte arm), 4 (de top van de korte arm), 5 (lange arm) en 9 (de top van de korte arm) waar CAPS-merkers introgressies lieten zien zonder markers in de AFLP gebaseerd F2 koppelingskaart.

10 De omvang van deze introgressies werd geschat op basis van de hoge dichtheid RFLP kaart (Tanksley et al. 1992; http://www.sgn.cornell.edu). Aangezien er geen voorafgaande screening werd toegepast voor de top van Chromosome 3 is de IL voor deze regio heterozygoot. Planten die werden geselecteerd omdat zij homozygoot SH waren voor IL5-1 en 5-2 zetten geen zaad en daarom werden deze lijnen gehandhaafd 15 in hun heterozygote toestand. Er waren geen ILs aanwezig die de top van de korte arm van chromosoom 8 en de onderkant van de lange arm van chromosoom 2 bevatten. Introgressies op de top van de korte arm van chromosoom 7 en 9 zijn aanwezig in meerdere ILs. De selectie voor de top van chromosoom 9 was alleen mogelijk na de ontwikkeling van CAPS-merkers specifiek voor deze regio. In de 20 onderhavige beschrijving wordt IL5-1 aangeduid als DRS5.1.

Marker sequenties zoals hierin gebruikt.

De volgende tabellen verstrekken gedetailleerde informatie over de verschillende RFLP en COS-II-merkers, zoals aangegeven in de diverse 25 koppelingskaarten en zoals aangegeven voor associatie met de QTLs van deze uitvinding. De informatie van de tabellen 10-29 werd rechtstreeks gekopieerd van de SOL Genomische Network (SGN) database gehost op Cornell University, versie van 7 oktober 2005.

De sequentie van de verschillende merkers waarvan werd gevonden dat 30 zij geassocieerd waren met de parthenocarpie eigenschap via IL libraby-screening zoals hierin beschreven werd bepaald en verstrekken nadere informatie over de sequentie van S. habrochaites LYC4/78 in de regio van de 33 parthenocarpie-verschaffende elementen hierin geopenbaard.

TG609 RFLP Marker

Tabel 10 34 5 RFLP Informatie

Naam: TG609 Insertie grootte: 1900 Vector: pGEM4Z Knipplaats: PST1 10 Drug Resistentie: AMP

Voorwaardse sequentie

GAGACAGCTTGCATGCCTGCAGAGGTGATAAATTCACCAAGGTTTCATATTTAGGAAACAA GAAAAT TAAAAGAT CATTAACACAGAT GA

AAGGATATGACTAGGAGGCAATGACTGATCTTTGACTATCAAATACTTCTCAGGGAAACAA 15 TGTGAATGGGCTTTTACATGCAGAGATAT

T GAT TGT GAT CAT GT T GAAGAAC T TAGGAAACAT GAAAT TAAAT GAT CAT TAACACTGAT G CAAGGATATGCCAAGTAGGCAAGCAAATT

AAGGTTGAACATAAATGTCTGTGATCTTTGACTATCAAATATCTTCTCAGAAAAAAAAATG

TGAATGCTCATTTACATGCAGAGATGGCT

20 ATTGTGATCATGTGGCTCAGCCTTGAGTCTATATTGAGGTGCAGACAACATAGTCCCTAAC

CACATGTGTGATCAAGCAACTTTTTTGAT

GTCCACAGGGTTATAAGTAGGCAACATTTAAGCAAGAAAAAACACAGGATCACTATTGAGT

CAGCTGCTGTTGCCTGT

Achterwaardse sequentie

25 GGAGACAAGCTTGCATGCCTGCAGAGGTGATAAATTCACCAAGGTTTCATATTTAGGAAAC

AAGAAAAT TAAAAGAT CAT TAACACAGAT

GAAAGGATATGACTAGTAGGCAATGACTGATCTTTGACTATCAAATACTTCTCAGGGAAAC

AATGTGAATGGGCTTTTACATGCAGAGAT

ATTGATTGTGATCATGTTGAAGAACTTAGGAAACATGAAATTAAATGATCATTAACACTGA 30 TGCAAGGATATGCCAAGTAGGCAAGCAAA

TTAAGGTTGAACATAAATGTCTGTGATCTTTGACTATCAAATATCTTCTCAGAAAAAAAAA

TGTGAATGCTCATTTACATGCAGAGATGG

CTATTGTGATCATGTGGCTCAGCCTTGAGTCTATATTGAGGTGCAGACAACATAGTCCCTA

ACCACATGTGTGATCAAGCAACTTTTTTG

35 ATGTCCACAGGTTTATAAGTAGGCAACATTTAAGCAAGAAAAAACACAGGATCACTATTGA

GTCAGCTGCTGTTGCCTGTTACTGAG

TG62 RFLP Marker 5

Tabel 11 35 RFLP Informatie

Naam TG62 Insertie grootte: 1800 Vector: pUC

10 Knipplaats: PST1

Drug Resistentie: AMP

Voorwaardse sequentie

CAAAATGCTTCAGCTACTGGCTAAATGAAGTATGTTCTCAACATATTCACAAGCTTCTGTC

TTCGAAGCTCAAGAAGTGTCGGTATTATC

15 TGAATTAAATAGTAAAGCAAAGAGATGGTTTTATGTTTCTTAAGCAGCATTTCTTAGCTTA

ACGGCCCTCCAGATATATGGTGGACAAAA

TAGAATCCATTAGATATAACAAATGGGATTAGTATAATGATCTTTTACTTTGTTAGATGAT

CATACTAACAGATTGCAAGTTAATCATAT

CCAACATATTCTGTAGATATTTCACATTGGCTAGCATGAGGAAAGGTCATGTAGGAAATTG 20 AATAGAGTTCAATTTTGGGAAAAGTTGCA

TTGAAGAAGGTAACTTCAACAAACGTGTGAAAAAATCACATTTGAGTTGCCCGCTCACCAT

CGTGATTCCAGTACGAACTACTCAAAAAT

TTACTTTTGAGCCTTAAACATCATTTTAAGCCTTGAAAAGCTGCTTTTGAAAAGATCTAAG

CAAGAT

25 Achterwaardse sequentie

GGAGAATATTGTCACTCTATCAGATAGTTCAAAACTATCGGAGAATGAAATGGTCAATTCT TCTCACAAGATATT CAT GCCTAGT TGCAG

TGTCCGAATTAACATAACATGCTCAATTTTCATATCTTGCAGCAAAATTTATCATTGAAAC T C T CT GAGAT GGAAACAGAGAACAAAGAC

30 CATATTGGAAAGCTTCAATCAGACATGCAGAAAAAGGAAGATGAGATTCATGTTTTACGCA

AGGAAATTGACAATTACACGGAAACAGTG

GATT CACTGGAGAAGCAT GT TACAGAGAT TAACAATAAATTGGAGGAGAAAGATCAGCTTG TTCAGGAACTTCAGGACAAGGAGAAGCAG

TTGGAAGCTGACAGAGAAAAGGTTTTTACTACGGATACTTTTAGTTCTACAAATTCTATTA 35 TAACCAATACAATGTGTTCAAGTGACTAG

TGTTTTGCACCTTGTTGCAGATTCAGGCATCTTTGCTTGCTGCTGAAAGCAAGCTCACAGA

ATCCAAAAAGCAGTATGATCAGATGT

TG555 RFLP Marker 5

Tabel 12 36 RFLP Informatie

Naam: TG555 Insertie grootte: 1600 Vector: pGEM4Z 10 Knipplaats: PST1

Drug Resistentie: AMP

Voorwaardse sequentie

AATTCGGAGCTCACTGCTTCTAATCCTCAGTGAGACTTATTTTCTACATATTAAACAATAA GAAAT T TACGAAGGAATATTATAGACTGA

15 ATTCCTTGGTGACAAGTATCAAGACATCTTGACCAAGTTTAAAGTTTTGTAGTGGCAGTTC

TTTTAAGCTTTACTTGTGTGAGGTAGACA

TCAAGGAAGATAAGTAGCAGCTACTCTTCACGGAGCAGCCCATAGGACACTCAAATTCACT

ATTGCGAGGGTCAATCTACCAATTTATGG

AACGATACCAGTAAAGTCATTTTTATGTAAACATCAGACAGCTTTTGACTAAGCAGAGACA 20 TGAATAAGTTCTATTTGTTAGAAGTCGAA

GAGACAAATAAGT TAAT TT CAC CTAT GC TATAAAAGAGGACTCTTATAGT TATAAATACAG

TACATTTTATTAAGGGTTCTAATTGTTGA

CTATGATAGCAAGCATGCCGTACTAATT

Achterwaardse sequentie

25 ACATTTTGAGGAAGACAGGAGTTATGTATCGCCATCTGGTGTGCTCCAAGAACATGACAGA

TATAAAAGACCGCGGGGTGCACCAGAGAA

ATGTTGCATTGGAGCATATTGAACATCATAGGCTCAATGGAATTGTTTACTTTGCAGATGA

TGATAATATCTACTCACTTGAGTTGTTTG

AGAGCATTAGATCGATCAAGTAAGTTGAGATTCATCAGTCTTGTTTACATGACTTGTCTTT 30 GTTTTGTCCTGCTGTGAGCATGTTCAGGA

TGATGTTATGTGCTTTATGTAGATGTTCAAGTCGATAATAGTGAATAGTCTAGAGCTATTT CACATATAT TACAACT T CACTAACAAAT T

CTTTTCCTGGTGTCCTCGGTTCATCACTCTTCATAGTTATAAGAATAACAGTTGTAGATTA

GACCACTGGTCGTGTGATTTTTGGACTTA

35 ATTATTATCTCAATTCTTCCTCAAAATAGCAGTCCTTAGATTAGAAGCTGAGG

CT50 RFLP Marker 5

Tabel 13 37 RFLP Informatie

Naam: CT50 Insertie grootte: 1600 Vector: pBLUESC 10 Knipplaats: EcoRl

Drug Resistentie: AMP

Voorwaardse sequentie

CTTTTTTTTTTTTTTTATATATTGTGGTATAGATTATTATATAATAACAAGGTGAATTAAC

AT GAGAAAT GAATAAT T G T CAC AT T C T T G

15 TTCTGTCCATTTTCCAGTAGCGGCTAGTTGGAAAATTTGTTGTAACATGTAACACAGGCTG

tcGacattctactccagagagaaagttgg

TAAGTAGTGGGGGCAAAAGATAGAGACCCCAATAGCTATCAATTCACTTTGTTGACAATCA

AGATTTGAGAAAAAAGATCAAAACTTTAC

CAACTTAGATAGCTCCATAATCAACTGTAGGTACAATTCTTTAGTGAAATTGCGGCGTTCA 20 TCTTCTGGGGACGAAGAGTAAGTAGACAA

TCAATTGTCTTGTAGAACTTGGGCTTTACCATTTTCCCTAGGACATAAGCTCTTGATCGAA

GCTTGAAGTTTAATTTTAGTGGCACTGGT

AATG

Achterwaardse sequentie

25 TTTTTTTTTTTTTTTAGCCAAAATGCATACAAAAACTGATTCAGAAGATACGAGCTTGGCT

CCTTCGTCGCCGGACAATAGAGGGCCGAC

GGCGTATTACGTTCAGAGTCCGTCACGTGATTCTCACGATGGCGAGAAGACAACGACGTCG

TTTCACTCTACTCCTGTTATCAGTCCCAT

GGGTTCTCCTCCTCACTCTCACTCATCCGTCGGCCGTCACTCCCGTGATTCCTCTTCCTCC 30 AGATTCTCCGGCTCCCTCAAGCCTGGATC

TCAGAAGATTTTACCCGACGCCGCCGGAGGCGTCGGCGGCCGTCACCACCGCAAAGGGCAG

AAGCCCTGGAAGGAATGTGATGTTATTTG

AGGAAGAAGGACTACTTGAAGATGATAGATCCAGTAAATCTCTTCCACGTCGTTGCTATGT CCTTGCTTTTTGTTGTTGGTTTCTTCGTC 35 CTTTTCTCCTTCTTTGCTCTCATCCTTTGGGGTGCTAGTCGACCTC

Tabel 14 38 C2_Atlg74970 COS-II marker 5

Mapping experimenten

Kaart: Tomato-EXPEN 2000

Voorwaardse primer (5&apos;-3&apos;):

10 TCATCATCAACTATCGTGATGCTAAG

Achterwaardse primer (5&apos;-3&apos;): ACGCTTGCGAGCCTTCTTGAGAC Temperatuur: 55°C Mg*2 concentratie: 1.5 mM 15 PCR Product Lengte LA716: 1000 LA925: 1000 20 Gedigesteerde band grootte (onder toepassing van Alul) LA716: 550 LA925: 850

Kaart locaties

Betrouwbaar

Kaart Chromosoom Start heid

Tomato-EXPEN 2000 4 109.7 I

25 CT128 RFLP marker

Tabel 15 39 5 RFLP Informatie

Naam: CT128 Insertie grootte: 700 Vector: pBLUESC Knipplaats: EcoRl 10 Drug Resistentie: AMP

Voorwaardse sequentie

CTTTTTTTTTTTTTC^CACAAACAAAATTTCATTATATTGTCAGGTAGCACACTACATCT

TTACACTGTCATCAAACGACCAGAGACTT

GAGAACGTTTTAAGAGATTCATTTTCCGGGGACAAAGTTTGTGGCGAAAGCCCAGGCATTG 15 TTGTTTACGGGGTCTGCAAGGTGGTCAGC

AAGGTTCTCCAATGGACCCTTTCCGGTGACAATAGCTTGAACAAAGAATCCAAACATAGAG

AACATAGCAAGTCTACCGTTCTTGATCTC

CTTTACCTTGAGCTCAGCAAATGCCTCTGGGTCTTCAGCAAGGCCTAATGGGTCGAAGCTG

CCACCAGGGTAGAGTGGGTCGACAACCTC

20 ACCAAGAGGTCCACCAGCAATACGGTATCCCTCAACAGCTCCCATCAACACAACTTGGCAA

GCCCAGATGGCCAAGATGCTTTGTGCATG GACCAAGCTTGGGTTGCCCAAGTAGTCAA

Achterwaardse sequentie

CTGGTGATTACGGGTGGGATACCGCTGGACTTTCAGCAGACCCTGAAACTTTTGCCAAGAA 25 CCGTGAACTTGAGGTGATCCACTGCAGAT

GGGCTATGCTTGGTGCTCTTGGATGTGTCTTCCCTGAGCTCTTGGCCCGTAATGGTGTCAA

GTTCGGTGAGGCTGTGTGGTTCAAGGCCG

GATCCCAGATCTTCAGTGAAGGTGGACTTGACTACTTGGGCAACCCAAGCTTGGTCCATGC

ACAAAGCATCTTGGCCATCTGGGCTTGCC

30 AAGTTGTGTTGATGGGAGCTGTTGAGGGATACCGTATTGCTGGTGGGACCTCTTGGTGAGG

TTGTCGACCCACTCTACCCTGGTGGCAGC

TTCGACCCATTAGGCCTTGCTGAAGACCCAGAGGCATTTGCTGAGCTCAAGGTAAAGGAGA

TCAAGAACGGTAGACTTGCTATGTTCTCT

ATGTTTGGATTCTTTGTTCAAGCTATTGTCACCGGAAAGGGTCCA

TG599 RFLP marker

Tabel 16 40 5 RFLP Informatie

Naam: TG599 Insertie grootte: 700 Vector: pGEM4Z Knipplaats: PST1 10 Drug Resistentie: AMP

Voorwaardse sequentie

TGCTTTGAGACAGATGTCTCTCATTAAGTGACTGAAGCTTTCTTCTAGTTGGCTAGCATAT

TCATTTTCAGCATATAATCTGTATCATGA

ACAAAATTGCGACAGTATTGAATTTTTATTGTTGAATAGTCTTTTTATTATCCCCGAAGTT 15 GAGGGTGGAACTTACATTTTCTGTTGATC

CTTGCTTGCTGTTTTTGTAAACAAAAAAGCGTCACCCATTATTTTTCTTTTATTCTTTCTA

GGTTGGGACTAAGATTTTTTGAAATGAGA

AAGGTATTCGCTACCTTGAGGGCTGTGGTTGAAGTGATGGAGTATCTGAGCAAAGATGCAG

CTCCTGATGGTGTGGGAAGGCTTATAAAG

20 GAGGAGGGAGTATTTCCTTTCATTTCTTTGTATTTCCGTGTGTGTATAGTCCGGAACTGGT

TCCCTACTTATGAATTCTTTCATGGTTTG

GTCAATTGAGAAGGATCAAGAAATCTGATGCTACTTTATCATGGGAACTT

Achterwaardse sequentie

GCTTGCATGCCTGCAGAGTGGTCATACAATAAAAGGTAAAAATCAACATTCTTACCTCTGG 25 AAAGAAACCAATAGCATTGGTCAATGATG

CTGCCTCTAGAGGAACAATATTGTATGGTGCAAGTTCCCCTGATAAAGTAGCATCAGATTT

CTTGATCCTTCTCAACTGACCAAACCATG

AAAGAATTCATAAGTAGGGAACCAGTTCCGGACTATACACACACGGAAATACAAAGAAATG

AAAGGAAATACTACCTCCTCCTTTATAAG

30 CCTTCCCACACCATCAGGAGCTGCATCTTTGCTCAGATACTCCATCACTTCAACCACAGCC

CTCAAGGTAGCGAATACCTTTCTCATTTC

AAAAAATCTTAGTCCCAACCTAGAAAGAATAAAAGAAAAATAATGGGTGACGCTTTTTTGT T T AC AAAAAC AGC AAGCAAGGAT CAACAG

AAAATCTAAGTTCCACCCTCAACTTCGGGGATAATAAAAAGACTATTCAACAATAAAAATT 35 CAATACTGTCGCAA

TG 10 RFLP marker

Tabel 17 41 5 RFLP Informatie

Naam: TG10 Insertie grootte: 900 Vector: pUC

Knipplaats: EcoRl/HindlII 10 Drug Resistentie: AMP

Voorwaardse sequentie

AACTCTGCTCTGCCAATAGTAGTCAGGCAGATCAAGATGCTCAAAATTTTCTATTTGAATT

GGAAGCATCAAGATGGTTCTTAGCATTTA

TTTTAGAAAGACTAACCATATTATCAAATAACCAGACTGAGACGCACACAAAAGTTTCCCT 15 CTATTATTTTTATAATGATGTGAAGATGC

TACATAATGAGTACACTTTGCCTTACTTTACTGCAGATGGACCTACCAGGCCCAAACGGAC ATGTAGCTAT GACAGAAGAGCAAC CGCTA

TGAATGTCTCAAACTGTTGGCCTAGGCGATCAGCACAGATGATGAATCTGGAAGTACATTC CAAGAAGGAAAGCT GGAGCGTGGGAACTA

20 ACCAGATGCAGGGGATGAATCCACACCTTTCAGTTGATCATCTGAAGGGAAAACTAAGAAT

TTTCATGAGAAAATGACTGGCTATTTTCA ACTTTG

Achterwaardse sequentie

TTCAATGCATTTAAGCTCAAAAAAACAAAGCTGTAGGAAGGAGCATATTAGTAGCCTAACT 25 CTGCTCTGCCAATAATAGTTAAGCAGATC

AAGATGCTCAAAATTTTCTAATTGAATTGTTAGCATCAAGATGCTTCTTAGCATTTATTTT

AGAAAGATTAACCATATTATCAAATAACC

AGACAGAGACGCACACAAAAGTTTCAATCTATTATTTTTATAATGATGTGAAAATGCTACA

TAATGAGTACACTTTCCCTTACTTTACTG

30 CAGATGGACCTACCAGGCCCAAACGGTCATGTAGTTATGACAGAAGAACAACAGTATGAAT

TTCTCAAACTGTTGGCCAAGGTGATCAGC

AAAGATTATGAATTTGGAAGTACATTCCAAGAGGAAAGCTGGAGCATCGTAACTAACCAGA

TGCAGGGGATGAATCCACACCTTTCAGTT

GATCATCTGAAGGCAAAACTAAGAATTTTCATGAGAAAATACTGGTTATTTTCAACTTTGT 35 TGGCCAGACGAGGAGTCCAATGGGATAGA

AGGACTAACTCAATGACGTATG

TM2a TM marker

Tabel 18 42

5 TM Informatie Naam: TM2A

Voormalige COS ID: T0899 Sequentie

CNAGCTCGANNNACCCTCACTAAAGGGAACAAAAGCTGGAGCTCCACCGC 10 GGTGGCGGCCGCTCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGCTGCAGGCTCCTCC

ATTGAAAAGGGAATCAAGTTTGCCAAAGAAAACTAAAAAAACAAAATTAT GGTCTAGTTTTCTATAGTGACAGTTTTGGATCTTTTTGGGTCAATTGTTT TTGTATCCTTTGCAAGTTTCTTGCAGCCGGAGGCTTAGATTTAGCTCTTT TGATATTATACCCAACATTTCTACAAAATAATGTATGGCAAACTGGGGGC 15 CTATCCCATTTGCCTTAGTGTGGAGGTGTTATTCTCACATGAATCGTTTT

CCAATTATGGTTAGTAGCAGACAATTGATGCAAAATGAAGAAATGTTCAT GACCAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Kaartlocaties

Kaart Chromosoom Start Betrouwba arheid

Tomato-EXPEN 2000 (TM2A) 9 50.5 I

TG551 RFLP marker

Tabel 19 43 5 RFLP Informatie

Naam: TG551 Insertie grootte: 950 Vector: pGEM4Z Knipplaats: PST1 10 Drug Resistentie: AMP

Voorwaardse sequentie

AATGAAGTTCAGTTGATAAGCTAAATGGTGGAAATACTAATTTTAATTGACAGTAACTTTG

CATTTCAAGGTCCATACCAAAACATTTGC

TAACACCAGTTGCTTTGTCAACGAAAACCTTGGCACTCAAAACCCTACCAAAAGGCTGAAA 15 TGCATTTGCAAGCTCTTGATCACCAAATT

CTTGAGGAATATGGTAAATAAATAGATTAGCACCAGGTGGACCTGTAAACAGCAAAATCGT

TTTTGATAAGTACAGGTTTATTTCTACAT

GTTCAACTACCACTGCCAAGTACACTAGTTCAAGTGACATCTCCACCACTTAATTGCATAA

AGCTTTACCAACGACAAATATAACAAACT

20 TGTGCAAGTAATTTGAGTTCCTGTCTATACAGTCCAGAATCTCCATATGCTGCTCATCTCA

CAATGTTGGTTAAGGAAATTTGTCAAGTA AAGTTCAA

Achterwaardse sequentie

CATCTTCAAGTGTCAGCTCAAGTACAGGGGGTCAGGTTGAAGGTTGTTGAACATTTATTTT 25 GTGACCTTTTTAGCTCTAGAATTTCTGTA

GCTAATCAAGTACAGTCCCATAACCTAGGGGCTGTTAGGGTTTTCTGCTGAATGAGGCTGC

TTGTCTTTATTTTGGTTAATTATTTTCTG

GAAATTGTTCCTCGTCATAGAGAATAGAAGTAGAAGAAGAAGAAGATAGTATAATCTATTA

TATTTGTTTTTTACTTAATTTATAAAGAT

30 TCCATAAATGCATGTGATCTTTGATCAATGATATCTTATACAAGTGTATCACTAGAATCTA

TTATATTTGGATTTACTTATTTTATATAG GATTTCATAAACGCATGTGATC

T1405 COS Marker

Tabel 20 44 5 COS Informatie Naam: T1405 MIPS Categorie: 1.05.01 EST Informatie 10 T1405 was developed from the EST trace TPTAR86TH.

Arabidopsis orthologie

At overeenkomst: T1405 best matches against the Arabidopsis BAC AC009243.3. At positie: 1.1490000 15 At identiteiten: 0.677

Genbank protein overeenkomste Beste GenBank protein ‘hit’: AAF17692.1 Ewaarde (Evalue): 1.5e-67 20 Identiteiten: 0.677

Beschrijving "vergelijkbaar met beta-l,4-xylosidase dbj | BAA24107[Arabidopsis thaliana]" 25 Kaartlocaties

Kaart Chromosoom Start

Tomato-EXPEN 2000 4 77.00 CT173 RFLP marker

Tabel 21 45 5 RFLP Informatie

Naam; CT173 Insertie grootte: 400 Vector: pBLUESC Knipplaats: EcoRl 10 Drug Resistentie: AMP

Voorwaardse sequentie

TTTTTTTTTTTAAAAATTCAAACTCCAATTATTTGCAGTATAAAACTACAGATACA

AATCCCAGTACATGGTTTGAGGCACGATAATAAG

GT G C T GAT GAAAT C CAAGACAT G AGT T CACAATACAT TACT GAC CAATATAT T TAC 15 AAAGATTAGGGTAATGGCAGTAAAATCGCTGATT

ACAGACAACATTCTTGGGATATATTTCATCTTAAAGATTAGGATTAGTAGTATGTG

TGGCAGTCACAGTAGAGACCATGGCATCAACTCC

GCAGATATTGTGACCCCTGCAGATCTTGTAATATCCGTGTTCTCCCCAAGTCTTTC

CCCAA

20 Achterwaardse sequentie

TTGGGGAAAGACTTGGGGAGAACACGGATATTACAAGATCTGCAGGGGTCACAATA

TCTGCGGAGTTGATGCCATGGTCTCTACTGTGAC

TGCCACACATACTACTAATCCTAATCTTTAAGATGAAATATATCCCAAGAATGTTG TCTGTAATCAGCGATTTTACTGCCATTACCCTAA 25 TCTTTGTAAATATATTGGTCAGTAATGTATTGTGAACTCATGTCTTGGATTTCATC

AGCACCTTATTATCGTGCCTCAAACCATGTACTG

GGATTTGTATCTGTAGTTTTATACTGCAAATAATTGGAGTTTGAATTTTTAAAAAA

AAAAA

Tomato-EXPEN 2000 (S. lyeopersicum LA925 x S. pennellii LA716 type 30 F2.2000) TG254 RFLP marker

Tabel 22 46 5 RFLP Informatie

Naam: TG254 Insertie grootte: 2200 Vector: pGEM4Z Knipplaats: PST1 10 Drug Resistentie: AMP

Voorwaardse sequentie

CTAGTTGGATTGAAACAATTGGGAATATAGTGTAGGAAGACTTCGGGGCAATTATC

TGCTTTCTTCTATATCAAACTGGGTCTATTGAAG

AATTACAAACTGGACCTTAAATCTTTTGCCAGTTTTTGTAAAATTGATAAACTTTT 15 GATATTTTATTATGGAAATTCAAAATATATCTTA

ATAGTAGCTTGTTAATTTATTTCAAGAGACCCTTTTCATTGTTCATAGTTCATTAT

CATCCCCTTATCAGTAGTGCACCAAGGGTGTGAC

CTAGTGGTCAATTAAGTATGAATCATGAGTCTTAGACAGAAACACTAGGTGATTTT

CTTCCATGTGTCCTAGCCTCTTAGGCTTGGTGGA

20 tagaggaggtatcctgtctttcccctttccagaaattcatagcattattttctgtt

CTTTATTGATAAATTATTCATTAGAACAGTTATT

AGAAATGTGGAACTGGTTGAGGTAGGCG

Achterwaardse sequentie

CAGAACAGAGAACATGTAAAGTTGTTCAACTAATGAGCATATTTAGAAAAACTTAG 25 TGGCTATCAATAGTTGGCAATATGAAAACTAAGA

TAGTGTGGTCACCTGTTGATCAATTTCTTCTTCAATAGGCATCTTGTCAGCTTCCT

CTTGTAACAAGGCTTTCATTTGTGACTTGAGAAT

ATATCCAGGAGGAAGTGCATGCCTGTAATGGCATTCTTTACCATTTGGACAGGCCC AGAACCAACCGTACTGCTTTTTCTCCACAGCATC 30 CAAAAAGAATTTACATACCTGCATATAAACCAAATCATAAGCTTGATTTATGAAAC

GAGCACTGCATTCATGTTTGGCAATATTTGACTG

GAGGAGGAGTTTTAAAGGGGGAAATTAAGACTATAGACACATACACTAAATATGCA

TAAAACGCCAAAAGTACCCTGGTTTCCTATCCAG

TTAAGGCAACAGTAGCAGAAAATGAGTGTTGTAATGAGTCAAT

35 Tomato-EXHIR 1997 (S. lycopersicum TA209 x S. habrochaites LA1777 type BC1, 1997) TG223 RFLP marker

Tabel 23 47 5 RFLP Informatie

Naam: TG223 Insertie grootte: 790 Vector: pGEM4Z Knipplaats: PST1 10 Drug Resistentie: AMP

Voorwaardse sequentie

TATTCAAGAAAATATTGTGTAGTGTTCTCCAATATTCAACTATTTAAGTTCAATGG

ATCTAGACACACAATATTATTAATTCTCGTCGCC

GATGGGATGGTTGAGTGATTGAAGCATAGGAATAACATCCTGGAGATTCTAGGTTT 15 GGACTCCAGTTTGAACATAAGTGTGAGCCCATCT

GCTTTATCTTACAAGTTCAATTCAAACTTGTGTGAGTGGGCCATAGTAGATCCATG

CAAAATAGTGGTTATGACGCTATGGTGAGTTCAT

GAGAAGAATTATTGTTCCTTAGGAACAGTGACAGGAAATTCAATGGTCAAATAACA T CAAGAAGACT T T TTGGAT TAGTTACT GAGT GAT 20 GTTCAGAAGAGGGACTAAATATCTAACATGCCCCCTCAAGCTCCAGATGGTAAAGC

AACTT GAGT T T GAGTTAC TAGAAT T TAGTAACAT AAAAAGGTTTTCCAT

Achterwaardse sequentie

TTTCCACACACACAAAAAAAACATCTTGAACACACTGTAATCCCCCTCTTCATCAA 25 ATTCTCCTGTGTCAACACAACTTCCTTAGCCAGT

AACCACACAACTTCCCTCTTCTGAACATTACAAAGTCGCTGATCCAGAAAGTCTTG

TTCTTGATGCTATTTGACCATTGAATTTCCTGTC

ACTATCCAACATGAATAGTGTTTGTAGGGAATAAATTGAAATCAGATTACAAGGAT CCAAATATCCATCCCCAACAATGTACTGTTTATG 30 CCCGAAGGTGAGGATAAAAAGATGGAAAACCTTTTTATGTTACTAAATTCTAGTAA

CTCAAACTCAAGTTGCTTTACCATCTGGAGCTTG AGGGGGCATGTTAGATATTTAGTCCCTCTTCTG

Tomato-EXHIR 1997 (S. lycopersicum TA209 x S. habrochaites LA1777 type BC1, 1997) TG47 RFLP marker 48

Tabel 24 5 RFLP Informatie

Naam: TG47 Insertie grootte: 1900 Vector: pUC

Knipplaats: EcoRl/BamHl 10 Drug Resistentie: AMP

Voorwaardse sequentie

TGCAGTTGAATTCGTCTTCTTAACACTATTCTCTTATGCTGTGCATCAAGACAACC

ACCCTCATTGGGCGGTCATTGCTTCTTCAGGCAT

GACCCTACAGTTAGTACATTTGGTTTTACCAAATCTTCTTCTAAGGATAAATCTAT 15 TTGACTATGGTTCACTCTCTAAATCATAAGCTGA

AACAACATCAACATACCCCGTGTAAATCATAAGCTAAAACAAACTCTAGAATAGCC

TTACCTCATCATTCCTAGGACCATAATTATATCT

ATACTTAGTCAAAATCATCATAAAATTTACCTACAAGACCATTTAGATCTCACCTG ATTAAGATTTGTTGGTTACTCGTAATCCCTTGAA 20 CTAAGGTGTAACATCTTAACCCCTCCTTTTGAGTATTTATACCATCATATTTTGAA

ACTTCTCGTAGGTTCATATGTTTCTTTTGGTACT

TGTTAGTATAGCTTGGAGTGGGACCCAAGGGGCTCCAGTGAGTTCTAGACAAGAAA

AACGAGATTTGAACATTGCAGATTTTATGTTTTC

TGGT

25 Achterwaardse sequentie

CTTTGTTTGCTTGCAAGACAGAGATTTATACACGCTAATGCTATCTTTTTGTGTCA

TTAACAGCTAGTTTGATTTGCTTGGTTAATACAG

TTATGGTAGATAGAGAAGATAGTTTCAAAATAGAAAGAATGATGTAGACAGCATTA ATGAATCTTTCTCCTTACAATTGTACCTTTGACA 30 AGGAATCCACCTTTTATAGGTAGTTTGGTGAGTTTGATGGAAGATTGTGGTTGAAT

CTGGTTGAGTCATAGACACTACTTGTACATTCTT

TTATGACACTGACTTGATGTTGTAAGAGTGAAATGTATAGACTTATCAACAAATAA

CAGAGTAGAAATAAAAGTAGGTTGAAGATAGCTT

CTTGTTTGGTTCTAACTTGCTCCTTTGTTGACTGATATGATAACATTGTGTCAATA 35 TAAGATGATTCAAAATGTTGCCTGAATTTTTATG

AAATTGATATTCATCGTCCAGTTTAGAGAGTTCT

Tomato-EXPEN 2000 (S. lycopersicum LA925 x S. pennellii LA716 type F2.2000)

Tabel 25 49 TG393 RFLP Marker RFLP Informatie 5 Naam: TG393

Insertie grootte: 1200 Vector: pGEM4Z Knipplaats: PST1 Drug Resistentie: AMP

10 Voorwaardse sequentie

ACTGACTAAGCTGCTGGATTTGATTAGCCGAAGGAATTTACTTTTGGTTACATCTT

GCTCCATCACCTTTGTCTTTATCTAGGTCAATCT

TGTACCATAGATGCAAATAACACTATGAACAGATTAACAATGTCTTGAGGAGGATT AGGCTGTCAACAGCCTGCATAATAACAGGAACAA 15 CATTGGCGTTTGTTTGCATCAGTTACTGTGACTCTGATTAAAGGAGAAAATGTGGC

ATCCTCTGCTTATACTGTCAGTGTGTATACTTGT

CAGGTTAAGTTGGTTGCTATAATCTTTAATAATTCTTGATTTTGTGGTTGTTTCTG

AAGTAAATTGATATGTGGGCCTTTGAGCTGGAGG

AGATGGTACTTTAGCTATTCACTAACAATCGTTTACCTTAAAAATGTTATTCTGTA 20 AGTAT CTAAC CAAAT T CTGAT CAC

Achterwaardse sequentie

TGCAGACACCAAAGAAACAATTGGTTATATAAAAAACAATCCACAATCATTCTCTA

TAGAAGTCACGCAAAGACACTACATAACCTCCAA

GTGCAATGAAGAGGATGCAGAATAAGAAGCTCAGAACTTCCAAAAGAAAAGGTGAC 25 TGAAAATAAGTTTGCTGAAAAGGTACAAGGCAAG

TTCTAATTCTCAACTAGCTTTAGGTATACACTAAAGAAAAGGAAAATAAATTCCAA

ACAGAAGTTTCCATCCTACCTAGTACATAAAAGA

AAAAGGTAAAAAGGAACATATGGAAGTGTTCCCCTGTTACCTAAACTTTTGGTGAT AAACAGTAATCATGATTACCCCCACCTCACACAC 30 CACCACTACAGCACAAAAATTAGAAATGTTGTATGGACCATGATCAACCAGCCAAG

AATCCCAGAAGGAGAATAAAGGAGTTCTCTTAAT CACAAGAGGAGAATATCATCTACT

35

Tomato-EXPEN 2000 (S. lycopersicum LA925 x S. pennellii LA716 type F2.2000) CT19 RFLP marker

Tabel 26 50 5 RFLP Informatie

Naam: CT19 Insertie grootte: 300 Vector: pCRlOOO Knipplaats: HindlII/EcoRl 10 Drug Resistentie: KN

Voorwaardse sequentie Achterwaardse sequentie

GCCCCAAAACTCCTGCTGGATTTTACTGGATCTCCACTTGCTGCGGACATTGCTTG 15 CCTCCGACAATCATCTTCCCAACTTCTTCCTTTT

TGTCTTGAAATTAATCCCTTGTACCCATTGCTGCTTCTAAATGACCTCCTGCATCC

CGGCGGATCCACTAGGTCTAAAGCTGCCGCCCCC

GC

Tomato-EXPEN 2000 (S. lycopersicum LA925 x S. pennellii LA716 type 20 F2.2000) TG68 RFLP marker 51

Tabel 27 5 RFLP Informatie

Naam TG68 Insertie grootte: 1900 Vector: pUC Knipplaats: EcoRl 10 Drug Resistentie: AMP

Voorwaardse sequentie

GGATTTTGATGAACTTGTATCTGTGCTTCTAGCTCCACCTAGGATGAGTTTGGATT

TGTACGATTAACAAATGTTTGAGCTGAAAGAATT

AAATTTGATTACACCTGCCTTTACATATTTTTGTTGCGTAAGGATTTTCTATGAAG 15 AATATATATGTATGTATGTGTAAAGGATGCACTA

AGCATCTCGCATTTTGATAAAGAAATGAACTTTGGGCTTAACTCAACTCCAAAAGT

TAGCTCATGAAGTGAGGATATCGCGTAAGACCGT

ATAAGGAGACCTAGAACCCATCCCACAACAATGTGTGACTCCAACACATTCACGCA AGTTCTGGGGAAGGGTTGCACTCGTAAGGGTTGT 20 GATGTAGGCAGCCATAATTGTGTGTACCCATTCGTTAGAAAACTACACTGTGCAAG

TGGAGTTAAATTGTATCTTTTTTGGTTTTGTGTG

AGTTGTTCAATCCCCTTGACATGAAAAAAAGAAGCAAAATTCAAGTATAATGGTAA

AAGGGGATTCAAAAT

Achterwaardse sequentie

25 TTGGGTCAGCCATAGTACTTCGTGATATATCTCTGACAGAAGATATCTGCTCAAGA

C CAT GAACAATACGGAGACATAAGAAGGAAAGAA

GTTCAGTGCAGCACAAAATTTTAATAAGTTAACTTAAAGGGGGATAAGAGGCAAAA

CCAATATAAAAGTTTGGACAGACAAATTTTAATT

AGTATCAAAGAGTGAATGATGCTAAAAGAAGAGATGCTTAAATATCTGATACTATA 30 AAGTAAGCCATGACTAATTGGTAATTATGAATGG

CATATGATACGACTATCAGTTTTGACTGTTGTCTACAATAATGATTTCAGAAACAT AT GATATATTTCAAATAGAATTGAATAACAACAC

TTGTTCAAATACCTAGCTCTCGGAGGCAGATCCAGAATTTTAGAAAGTGGGTGCAG TAAATCACAAGAGTACACCTCTGCTAGAATGGGT 35 GTGTACTGTAACAAAACCTGTTTTGATATGCATAT

Tomato-EXPEN 2000 (S. lycopersicum LA925 x S. pennellii LA716 type F2.2000) TG565 RFLP marker 52

Tabel 28 5 RFLP Informatie

Naam: TG565 Insertie grootte: 1700 Vector: pGEM4Z Knipplaats: PST1 10 Drug Resistentie: AMP

Voorwaardse sequentie

ACTAGCATCTCTTGGAGGATGCTGAGGTGTCAAGTGGTGTTGACCACTCGTTACCA

CTGATTCACAGCTGGTGTCTTTCGAAGCAAGCTT

CGTCTGCAAAACAAGAATCACACTTTAATCCTCTGTTACCTAAAAACAATAGTTGT 15 TTGATGTAATGAAAGAAGAATTTTCACTTCAATG

ATGGAAAGAAAATCTTACAGTTTGAGTTTGCTTGCGAAAGTAGCCATTTTCATACA

CCAGTTGAGAAACTTGCTTCTGCAATCTATCATT

CTCTTCCATTAATAGCTTGTTCATTGCTGACAGCTTCCTATTCACACCCTGAAGCC TTGATGACTCTTTCCTCTGTTTTTCCCTACATCT 20 ATACAACTCAAAGAAACAATCAATTATACTTCAAATTAATTGGGGTCGCTAAAAAT

GAATCCTTTAGACTAACAACATCCCACAAGTCCT TACCCCTACCTCGCAGAGGTAGAGA

Achterwaardse sequentie

TCAGCAAAATGTCACACAGAGAGTACAGTAGTAGAGCACAGTAGAGTAGGGAGAAG 25 TTGCCTCAAAAGAGGAAAAGAAAAGGTAACGAAC

CACACATTTGACAGCTCAAAACCACTTTACCAATCCAAACAAAAAATCATCACATT

ATCCCTCCCTTCTCTCCTTTCTCTATTACTCTCA

TTTTCCCCAAGTTTCAGGTACCTTTTTCCTAACATAATCCGCCCATAGTGTTCATC ATTCAAGATCTGTCCTTTTGAGGAGACTTCATTC 30 CTTACTATGGTCTTCTTTTTTTGATGATTTCTTATGTGAGATGTTGAAAACTGGAA

AGAAGTGATAAAGATAGGAGGTTTGGTTTCTGGG

GTTTGTTTATTTTGCTTTACAAGGGTTAAAGATTGGATCTTTTTTAGTTTTGGTAG

ATACCCATGTCTAATCTTGTTTCAGAATTCAAAA

GGTTGGTACTTTACTGTTTTGCAAGTGGATGACAGAGGAG

35 Tomato-EXPEN 2000 (S. lycopersicum LA925 x S. pennellii LA716 type F2.2000) TG296 RFLP marker 53

Tabel 29 5 RFLP Informatie

Naam: TG296 Insertie grootte: 1100 Vector: pGEM4Z Knipplaats: PST1 10 Drug Resistentie: AMP

Voorwaardse sequentie

TTAGGTTTTTGTGTGGTTCAACGTTTTTGGTTTTGATTTTTATGTGTTTTCTTAGT

TCCTTGCTTCACCATTTTGATGGTATTTTGAGTT

TTTGATGTTCTGTCGGCATAAAGTAGTGATTTTTCAGACAGTTTGGTATTATGGAG 15 TATGTTTCTTTGCTCTTCTCTAATTTGGATTGGT

TCTGATTTGTATATGCTTGTTTTAGTTTCGATGGTTTTTGAGTTTTTGATGATTCA

TTGGCACAAAGTAGTGATTTTTCAGACTGTTGGG

TTTTGTGGGGTTCCCGTGCTTGCTCTTCACTAATTTGGATTGGTTCTGATTTGTAT ATGTTTTAGTTTTGATGGTTTTTGAGTTTTTGAT 20 GATTCATCGGCACAAAGTAGTGATCTTTCAGACAGTTGGGTTTTGTGGGGTTCACG

TGCTTATTCTTCACTATTCTCGGTTGGTTTGATT TGTAGGTCCGTTTTAGCAT

Achterwaardse sequentie

AGAATATAACAAAAAAGCAGATAAATCAGTTAATTATGCCTCAATCTCAACAAGTG 25 AATAACAAATCCTATCAGAAGATATAGTAGACGA

TAAACAGTGAAGGTAGAAGCCTAACTCTATGACATTATCTTGAGACCCAAAACACT

TCATCAAAGACTCAAAAGAAATAATTTGTTCACC

AAGTAC TAT TAAC TAATTATCAAAACTAGAATTCTCAAAATAAAAAATAACAAATC TTATCAGTCACATGGACATTCATTAAACATCATG 30 AAGAAGACAACAAGGGAAGGTCAAAACTGGACTCCATGGCACATAAGATAATAACA

AAAGGTAGTTTAAGGCCTAAAACACTTCAAAAAT

AAAATTTATTCACCAGATATCAATAATATTATCTGTTCTTCCTTCATTCATGAGGG

GCATGCACAAGAGACAATATACATCATTTCTCCT

TTTACTTTTTCTTTCCTGAGGAAGTAAAAGGAGCAGAAAGCAGATAGAAAGA

35 Tomato-EXPEN 2000 (S. lycopersicum LA925 x S. pennellii LA716 type F2.2000) 54

Tabel 30: Primer sequenties, lengtes van PCR-producten en enzymen die een polymorfisme openbaren voor CAPS / SCAR markers.

Marker naam Chromosoom Primer sequeotie(S’O') waargenomen PCR Annealing Marker Enzym _ product lengte fbpl Tm (°C) Type CT229 4 ATGGGCTGGGATCGTAGTAAA 336 55 CAPS Mwo\

AAGCTTGCGATTCCCATAACA

Tl 068 4 CAAAGCAATGGGCAATGGT 304 55 CAPS Hindi

ACACAGCAGTTTCAGTAGGAC

TG272 4 GATTTTGCCCCCTCTACCA 352 55 CAPS MnH

ACATCTTTTCCTTCCCTCTGC

TG264 4 GGAACAGGTCAGGACAGCAT 520 55 CAPS Hat Π

TGGCTAACTGACGAAGACGA

TG62 4 CATGCCTAGTTGCAGTGTCC 410 63 CAPS Dde I

TTCAGCAGCAAGCAAAGATG

T1405 4 CACCAACAACTAGCCCTTGA 535 55 CAPS BsaSl

AAGCAATTCCTCCAGCTTCA

CT50 4 GACGGCGTATTACGTTCAGA 390 55 CAPS Ddel

CTAGCACCCCAAAGGATGAG

TG44I 5 TGTCAGCATAGGCTTTTCCA 550 55 CAPS Λα!

CGGTCGGGAAAAATGACA

CD31 5 ATCTCGGGATCATGGTTGAC 501 55 CAPS Hinjl

ATGGCCAGAGAAATTCCAAA

TG318 5 CAAGCCATAGAAATTGCCGTA 450 55 SCAR

TGCTCTCTCTGTGATGGAAGC

TG358 5 CAACTTTTCCAGGTTCATTTTCTC 700 55 CAPS Dde 1

ACACCTACATGCTACTAAGGGGTC

TG60 5 TT GGCTG AAGTGAAG AAAAGT A 400 55 CAPS HpyCMYV

AAGGGCATTGTAATATCTGTCC

CT138 5 ACCAGCCCCGGAAGATTTTA 364 55 CAPS Aral

GCGGTCAACTTCAGCAACTAT

TG296 12 TGTTCTGTCGGCATAAAGT 373 55 CAPS ///)>CH4IV

TGCTAAAACGGACCTACAA

55

Tabel 31. Grootte van allelen gevonden bij polymorfismen van Tabel 30, bij het knippen met de aangegeven enzym(en).

Marker naam Chrom. Locatie Waargenomen Allelen met Hi.y.Hminerenrie capaciteit Sequentie

Tomato PCR product (geschatte eroote eedigesteerd fbpl) bepaald EXPEN 2000 lengte or 1992 homozygous SL* homozygous SH* 59__z__0 cM (2000)_______ 4 12 cM (2000) _ 30a±iOQ m__ 4 33 CM (2000)__m__ ™ * (50 cMl (19921__JÖÖ_ ^ Ja_ * 75 cM (2000)__Jgg_ __ ^ A 82 cM (2000)__90+350 90+ 130+,210 Ja_

Tl405 4 77 cM (2000) 180 + 370 100 + 180 +310 Ja CBS 101 cM (2000) ~190±21fl ~m±AlQ ' Ja T1181 5 0 cM (2000) ^ 19 cM (2000) 45Q lg0+270 ~ ASM 5 39 cM (1992)__ 160+300 400+160 Ja_ IGMi 5 72 cM (2000)__^^_j._ 5 43 cM (1992)__ 180+250 120+300__ __®__104 cM (200°)___7+300+360__7+300+550__Ja_ CT138 5 119 cM (2000)__^__ggo__ CT211 12 38 cM (2000)

Te68 21 cM (2000) TG296 Ü 96 (2000) 340 290 Yes * SL = Solanum lvconersicum. SH = Solanum habrochaites. In heterozvgote planten worden digestie producten van zowel SL als SH gevonden. Zowel in Table 30 als in 5 Table 31 is de waargenomen PCR product lengte geschat van agarose gel banden. a Zie Table 32 56

Tabel 32. Nucleïnezuur sequenties van geselecteerde merkers die kenmerkend zijn voor het verstrekken van mutaties S. habrochaites Lyc 4/78 over het genoom S. lycopersicum cv. Moneymaker.

5 >CD31 [LYC4/MM]

TTCATTTTGTTATTTCCTTT[C/T]GCCTTCCTCCACTCAGACTGGAGTTCTTCGTTATCAGCAAACTGTTCGACAGTTAAATGCATGTAT GTTCAGTATAAGTAAAAGGGCAACCCAAGCTTCC [ G/A] CTATGCACGG [ G/A] GTC [ T/C ] GGAGTAGGGCCGGACTAT

>CT50 [LYC4/MM]

10 TGGAAGAGATTTACTGGATCTATCATCTTCAAGTAGTCCTTCTTCCTCAATAACATCACATTCCTTCCAGGGCTTCTGCCCTTTGCGGTGG TGACGGCCGCC [T/GACGCCTCCG] GCGGCGTCGGGTAAAATCTTC tC/T) GAGATCCAGGCTTGAGGGAGCCGGAGAATCTGGAGGAAGA GGAATCACG[C/G]GAGTGACGGCCGAC[C/6]G

>CT138 [LYC4/MM]

15 CAGAAGTTTAAC [A/T ] TCACAAGCCACTGAA [ G/C ] ACG [A/G] TGAAAGATGCTATAGAAATAGTCACAACTGATGAAATCATTACTGA

GATAGCACCAACCAGGTAGAATATTTTAACCAATGTGCAGAGCGTTCCAACTAA[T/C]ACAGCATTAAAGATGATAATATCTCATGACTA TTGCTGCTTTTGCAATGAAAACGGGGTTTGTTTCAAAAAATATGGTGTTTGATTTTTTTT[T/C]AAAAAAAGTTCAACACTTGATGA

>CT229 [LYC4/MM]

20 GGCTGTGATATCGGAGTCAGAGCTCTGGCTTCACATCCAATGAAAGCAAATAAGAAAGGTATTGGGGAGAAGCACGTTCCCATAACCATTG CCGGGACTAGAATCTGCGATGGTGAGTGGCTTTATGCAGATAC[T/C]GATGGCATTCTGATTTCTAAAATGGAGCTATGTGTTTGAG

>T1405 [LYC4/MM]

TTTCCAA[G/A]GCGAAAACCAACTCCCTTGCTGTCAT[T/C]GGTCATAATGCCAACAATGCTTATATTCTTCGTGGGAACTATGACGGT 25 CCTCC [T/C] TGCAAATACATCGAAAT [A/T] CTCAAGGC [G/A] TTGGTTGGTTATGCAAAGTCAGTTCAGTACCAACAGGGTTGCAATG

CGGCTAACTGCACGTCTGCTAACATTGATCAAGCTGTCAACATTGCAAGAAATGCAGATTATGTTGTTTTA [ G/A] TCATGGGGTTGGATC AAACTCAAGAGAGGGAACAATTTGATCGCGATGACTTAGTGCTCCCGGGGCAGCAAGAAAATCTTATCAATAGTGTTGCTAAAGCTGCA

>TG60 [LYC4/MM]

30 TATAATGGAACAGTATCAAGGTAAAATATTGTATAACaacTACAAGA [ C/T J TCACTAGGAATGGTATACAAGTGAAACGTAAA [ T/A] TA

ACAACTACAAGACTC [A/G] CTACA [T/C] AGCTGATGCGATAATTGGTAATTATGAAGGGCGAAATA [G/C] T [A/G] AAATTTCTTTCC AAGAAATCATGTCTTTTGTCCTCATGGCTGAAGCTCAATTGTGT [A/C] CAAGAAACAAATGTAC

oc >TG62 [LYC4/MM]

35 TTGGTTATAATAGAATTTGTAGAACTAAAAGTATCCGTAGTAAAAACCTTTTCTCT[C/G]TCAGCTTCCAACTG[T/C]TTCTCCTTGTC CTGAAGTTCCTGAACAAGCTGATCTTTCTCCTCCAATTTATTGTT[T/A)ATCTCTGTAACATGCTTCTCCAGTGAATCCACTGTTTCCGT GTAATTGTCAATTTCCTTGCGTAAAACATGAATCTCATCTTCCTTTTTCTGCATGTCTGATTGAAGCTTTCCAATATGGTCTTTGTTCTCT [A/G]TTTCCATCTCAGAGAGTTTCAATGATA

40 >TG272 [LYC4/MM]

GGCTATTCTTGGATGGCTTCTCAAGGAAAAAGAATGTCT [ T/A] TGTCAATGT [ TG/CT] CAATTCTCGTATTCTTTATAAATCAAAGT [ T /G] TCAA [G/T] TCGGTGGCTGGGTCACGAATAAATAGAGTAGAAGTATGCT [C/A] AACATCCCTGTGTTACAGTAGTCCCACTCT

>TG296 [LYC4/MM] 45 taatttggattggttctgatttgtatatgcttgttttagtttcgatggtttttgagtttttgatgattcattggcacaaagtagtgatttt

TCAGAC [A/T] GTTGGGTTTT [A/G] TGGGGTTCCCGTGCTTGCTCTTCACTAATTTGGATTGGTTCTGATTTGTATATGTTT [ GTTT/— —]TAGTTTTGATGGTTTTTGAGTTTT

_Λ >TG318 [LYC4/MM] 50 GATACTCAAAA[G/A)GAAGCTTGGTCCAGATGACCTTCGCACACAGGTACCTTCTGTCTCATGCACATGTATACAG[-

/G]CACGAACAAATGC[G/A]CTCTCTTCCCAGA[C/G]TGGTGCTG[C/T)ATAAA [A/G]AATTAC

>TG441 [LYC4/MM]

AGCTGAGGTT TGGATTACTG GGCTGAAAGC AATAATTACG AGGGGACGCT CTCGCAGAGG AAAATATGAT GCAAGAAGTG 55 AAAC[T/C]ATGTT TTCGGATAGT CCACTTGGTC [T/A]ACGAGTCAC CACATCAACT TC[TA/AT]CTATTG TATGTTGGCA

TTTTGTTGT[A/G] CCTTCAGTTG TGTGTGTTCA TTCTTCCTCT CCT[A/C]TGACCT CTTCCCCCTC CAACTGAT{C/A]C AAAATGTTG

57

Referenties

Ausubel FM, Brent R, Kingston RË, Moore DD, Seidman JG, Smith JA, Struhl K. (1995). "Current Protocols in Molecular Biology", 4th edition, John Wiley and Sons Inc., New York, N.Y.

5 Bai YL, Huang CC, van der Hulst R, Meijer Dekens F, Bonnema G, Lindhout P (2003) QTLs for tomato powdery mildew resistance (Oidium lycopersici) in Lycopersicon parviflorum G1.1601 co-localize with two qualitative powdery mildew resistance genes. Mol. plant microbe interactions 16:169-176.

Benito EP, ten Have A, van 't Klooster JW, van Kan JAL (1998) Fungal and 10 plant gene expression during synchronized infection of tomato leaves by Botrytis cinerea. Eur. J. Plant Pathol. 104:207-220.

Bernacchi D, Tanksley SD (1997) An interspecific backcross of Lycopersicon lycopersicum x L. hirsutum: Linkage analysis and a QTL study of sexual compatibility factors and floral traits. Genetics 147:861-877.

15 Brugmans B, van der Hulst RGM, Visser RGF, Lindhout P, van Eek HJ (2003) A new and versatile method for the successful conversion of AFLP (TM) markers into simple single locus markers. Nucleic acids research 31: Nil_9-Nil_17 Canady MA, Meglic V, Chetelat RT (2005) A library of Solanum lycopersicoides introgression lines in cultivated tomato. Genome 48: 685-697 20 Christou P, Murphy JE, and Swain WF (1987) Stable transformation of soybean by electroporation and root formation from transformed callus. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84:3962-3966.

Churchill GA, Doerge RW (1994) Empirical threshold values for Quantitative trait mapping. Genetics 138: 963-971.

25 Deshayes A, Herrera-Estrella L, Caboche M (1985) Liposome-mediated transformation of tobacco mesophyll protoplasts by an Escherichia coli plasmid.

EMBO J. 4:2731-2737.

D'Halluin K, Bonne E, Bossut M, De Beuckeleer M, Leemans J (1992) Plant.

Cell 4:1495-1505.

30 Dik AJ, Koning G, Kohl J (1999) Evaluation of microbial antagonists for biological control of Botrytis cinerea stem infection in cucumber and tomato. Eur. J. Plant Pathol. 105:115-122.

58

Doganlar S, Frary A, Ku HM and Tanksley SD (2002) Mapping Quantitative Trait Loci in Inbred Backcross Lines of Lycopersicon pimpinellifolium (LA1589). Genome 45:1189-1202.

Draper J, Davey MR, Freeman JP, Cocking EC and Cox BJ (1982) Ti plasmid 5 homologous sequences present in tissues from Agrobacterium plasmid-transformed Petunia protoplasts. Plant and Cell Physiol. 23:451-458.

Dunnett CW (1955) A multiple comparison procedure for comparing several treatments with a control. Journal of the American Statistical Association 50: 1096-1121.

10 Eckstein F (ed) (1991) Oligonucleotides and Analogues, A Practical Approach. Oxford Univ. Press, NY 1991.

Eduardo I, Arus P, Monforte AJ (2005) Development of a genomic library of near isogenic lines (NILs) in melon (Cucumis melo L.) from the exotic accession PI161375. Theor Appl Genet 112: 139-148

15 Egashira H, Kuwashima A, Ishiguro H, Fukushima K, Kaya T, Imanishi S

(2000) Screening of wild accessions resistant to gray mold (Botrytis cinerea Pers.) in Lycopersicon. Acta physiologiae plantarum 22:324-326.

Eshed Y, Zamir D (1994) A genomic library of Lycopersicon pennellii in S. lycopersicum: a tool for fine mapping of genes. Euphytica. Dordrecht: Kluwer 20 Academic Publishers. 1994 79: 175-179

Eshed Y, Zamir D (1995) An introgression line population of Lycopersicon pennellii in the cultivated tomato enables the identification and fine mapping of yield-associated QTL. Genetics. Bethesda, Md.: Genetics Society of America. Nov 1995 141: 1147-1162 25 Foolad MR, Zhang LP, Khan AA, Nino Liu D, Liln GY (2002) Identification of QTLs for early blight (Alternaria solani) resistance in tomato using backcross populations of a Lycopersicon lycopersicum x L. hirsutum cross. Theor. Appl. Genetics 104:945-958.

Frary A, Doganlar S, Frampton A, Fulton T, Uhlig J, Yates H, Tanksley S

30 (2003) Fine mapping of quantitative trait loci for improved fruit characteristics from

Lycopersicon chmielewskii chromosome 1. Genome 46: 235-243 59

Frary A, Nesbitt TC, Grandillo S, Knaap Evd, Cong B, Liu J, Meller J, Eiber R, Alpert KB, Tanksley SD (2000) fw2.2: a quantitative trait locus key to the evolution of tomato fruit size. Science Washington. 2000; 289: 85-88.

Fridman E, Carrari F, Liu YS, Fernie AR, Zamir D (2004) Zooming in on a 5 quantitative trait for tomato yield using interspecific introgressions. Science 305: 1786-1789.

Fridman E, Pleban T, Zamir D (2000) A recombination hotspot delimits a wild-species quantitative trait locus for tomato sugar content to 484 bp within an invertase gene. Proc Natl Acad Sci USA. Washington, D.C.: National Academy of Sciences. Apr 10 25, 2000 97: 4718-4723.

Fulton T, van der Hoeven R, Eannetta N, Tanksley S (2002). Identification, Analysis and Utilization of a Conserved Ortholog Set (COS) Markers for Comparative Genomics in Higher Plants. The Plant Cell 14(7): 1457—1467.

Godoy G, Steadman JR, Dickman MB, Dam R (1990) Use of mutants to 15 demonstrate the role of oxalic acid in pathogenicity of Sclerotinia sclerotiorum on Phaseolus vulgaris. Physiological Molecular Plant Pathology 37, 179-191.

Grandillo S, Tanksley SD (1996) QTL analysis of horticultural traits differentiating the cultivated tomato from the closely related species Lycopersicon pimpinellifolium. TheorAppl Genet 92: 935-951.

20 Gruber MY, Crosby WL (1993) Vectors for Plant Transformation. In: Glick BR and Thompson JE (Eds.) Methods in Plant Molecular Biology & Biotechnology, CRC Press, pp. 89-119.

Haanstra JPW, Wye C, Verbakel H, Meijer Dekens F, van den Berg P, Odinot P, van Heusden AW, Tanksley S, Lindhout P, Peleman J (1999) An integrated 25 high density RFLP-AFLP map of tomato based on two Lycopersicon lycopersicum x L. pennellii F2 populations. Theor. Appl. Genetics 99: 254-271.

Hain R, Stabel P, Czernilofsky AP, Steinbliss HH, Herrera-Estrella L, Schell J (1985) Uptake, integration, expression and genetic transmission of a selectable chimaeric gene to plant protoplasts. Mol. Gen. Genet. 199:161-168.

30 Horsch RB, Fry JE, Hoffinan NL, Eichholts D, Rogers SG, Fraley RT (1985) A simple method for transferring genes into plants. Science 227:1229-1231.

Jansen RC (1993) Interval Mapping of Multiple Quantitative Trait Loci. Genetics 135:205-211.

60

Jansen RC (1994) Controlling the Type I and Type II Errors in Mapping Quantitative Trait Loci. Genetics 138:871-881.

Jeuken MJW, Lindhout P (2004) The development of lettuce backcross inbred lines (BILs) for exploitation of the Lactuca saligna (wild lettuce) germplasm. Theor Appl 5 Genet 109: 394-401

Kado Cl (1991) Molecular mechanisms of crown gall tumorigenesis. Crit. Rev. Plant Sci. 10:1-32.

Klein TM, Gradziel T, Fromm ME, Sanford JC (1988). Factors influencing gene delivery into zea mays cells by high velocity microprojectiles. Biotechnology 6:559-563. 10 Klein TM, Arentzen R, Lewis PA, and Fitzpatrick- McElligott S (1992) Transformation of microbes, plants and animals by particle bombardment.

Bio/Technology 10:286-291.

Kosambi DD (1944) The estimation of map distances from recombination values.

Ann. Eugen. 12:172-175.

15 Ku HM, Liu J, Doganlar S, Tanksley SD (2001) Exploitation of Arabidopsis- tomato synteny to construct a high-resolution map of the ovate-containing region in tomato chromosome 2. Genome. Ottawa, Ontario, Canada: National Research Council of Canada. June 2001 44: 470-475

Laursen CM, Krzyzek RA, Flick CE, Anderson PC, Spencer TM (1994) 20 Production of fertile transgenic maize by electroporation of suspension culture cells. Plant Mol Biol. 24(1):51-61.

Lin SY, Sasaki T, Yano M (1998) Mapping quantitative trait loci controlling seed dormancy and heading date in rice, Oryza sativa L., using backcross inbred lines. Theor Appl Genet 96: 997-1003.

25 Miki BL, Fobert PF, Charest PJ, Iyer VN (1993) Procedures for Introducing Foreign DNA into Plants. In: Glick BR and Thompson JE (Eds.) Methods in Plant Molecular Biology & Biotechnology, CRC Press, pp. 67-88.

Moloney MM, Walker JM, Sharma KK (1989) High efficiency transformation of Brassica napus using Agrobacterium vectors. Plant Cell Reports 8:238-242.

30 Monforte AJ, Friedman E, Zamir D, Tanksley SD (2001) Comparison of a set of allelic QTL-NILs for chromosome 4 of tomato: deductions about natural variation and implications for germplasm utilization. Theor appl genet. Berlin; Springer Verlag. Mar 2001 102: 572-590 61

Monforte AJ, Tanksley SD (2000a) Development of a set of near isogenic and backcross recombinant inbred lines containing most of the Lycopersicon hirsutum genome in a L. esculentum genetic background: A tool for gene mapping and gene discovery. Genome 43: 803-813 5 Monforte AJ, Tanksley SD (2000b) Fine mapping of a quantitative trait locus (QTL) from Lycopersicon hirsutum chromosome 1 affecting fruit characteristics and agronomic traits: breaking linkage among QTLs affecting different traits and dissection of heterosis for yield. Theor appl genet. Berlin; Springer Verlag. Feb 2000 100: 471-479 10 Myburg AA, Remington DL, O' Malley DM, Sederoff RR, Whetten RW (2001) High-throughput AFLP analysis using infrared dye-labeled primers and an automated DNA sequencer. Biotechniques 30: 348-357.

Nesbitt TC, Tanksley SD (2001) fw2.2 directly affects the size of developing tomato fruit, with secondary effects on fruit number and photosynthate distribution. Plant 15 Physiol. 127: 575-583.

Nicot PC, Moretti A, Romiti C, Bardin M, Caranta C, Ferrière H (2002) Differences in susceptibility of pruning wounds and leaves to infection by Botrytis cinerea among wild tomato accessions. TGC Report 52: 24-26.

Paterson AH (ed.) (1996) Genome Mapping in Plants, Academic Press Inc San Diego, 20 CA, USA.

Pestsova EG, Borner A, Roder MS (2001) Development of a set of Triticum aestivum-Aegilops tauschii introgression lines. Hereditas 135: 139-143.

Phillips RL, Somers DA, Hibberd KA. 1988. Cell/tissue culture and in vitro manipulation. In: G.F. Sprague & J.W. Dudley, eds. Corn and corn improvement, 3rd 25 ed., p. 345-387. Madison, WI, USA, American Society of Agronomy.

Pierik RLM (1999) In vitro Culture of Higher Plants, 4th edition, 360 pages, ISBN: 0-7923-5267-X.

Prins TW, Tudzynski P, von Tiedemann A, Tudzynski B, ten Have A, Hansen ME, Tenberge K, van Kan JAL (2000) Infection strategies of Botrytis cinerea and 30 related necrotrophic pathogens. In "Fungal Pathology" (J. Kronstad, editor). Kluwer Academic Publishers, pp.33-64.

62

Ramsay LD, Jennings DE, Bohuon EJR, Arthur AE, Lydiate DJ, Kearsey MJ, Marshall DF (1996) The construction of a substitution library of recombinant backcross lines in Brassica oleracea for the precision mapping of quantitative trait loci. Genome 39: 558-567

5 Roupe van der Voort JNAM, van Zandvoort P, van Eek HJ, Folkertsma RT, Hutten RCB, Draaistra J, Gommers FJ, Jacobsen E, Helder J, Bakker J

(1997) Use of allele specificity of comigrating AFLP markers to align genetic maps from different potato genotypes. Mol. Gen Genetics 255: 438-447.

Rousseaux MC, Jones CM, Adams D, Chetelat R, Bennett A, Powell A (2005) 10 QTL analysis of fruit antioxidants in tomato using Lycopersicon pennellii introgression fines. Theor Appl Genet 111: 1396-1408

Sambrook J, and Russell DW (2001). Molecular Cloning: A Laboratory Manual. New York, NY, USA., Cold Spring Harbor Laboratory Press.

Sanford JC, Klein TM, Wolf ED, Allen N (1987). Delivery of substances into cells 15 and tissues using a particle bombardment process. J. Particulate Sci. Technol. 5:27- 37.

Sanford JC (1988) The biolistic process. Trends in Biotechnology 6:299-302.

Sanford JC (1990) Biolistic plant transformation. Physiologica Plantarum 79: 206-209.

20 Sanford JC, Smith FD, and Russell JA (1993) Optimizing the biolistic process for different biological applications. Methods in Enzymology 217:483-509.

Sobir OT, Murata M, and Motoyoshi F (2000) Molecular characterization of the SCAR markers tightly linked to the TM-2 locus of the genus Lycopersicon. Theor.

Appl. Genet. 101: 64-69.

25 Steward CN, Via LE (1993) A rapid CTAB DNA isolation technique useful for RAPD fingerprinting and other PCR applications. Biotechniques 14: 748-750.

Tanksley SD (1993) Mapping polygenes. Annu Rev Genet 27: 205-233 Tanksley SD, Ganal MW, Prince JP, de Vicente MC, Bonierbale MW, Broun P, Fulton TM, Giovannoni JJ, Grandillo S, Martin GB (1992) High density 30 molecular linkage maps of the tomato and potato genomes. Genetics 132: 1141-1160.

Tanksley SD, Grandillo S, Fulton TM, Zamir D, Eshed Y, Petiard V, Lopez J and Beck-Bunn T (1996) Advanced backcross QTL analysis in a cross between an 63 elite processing line of tomato and its wild relative L. pimpinellifolium. Theor Appl Genet 92: 213-224.

Tanksley SD, Young ND, Paterson AH, Bonierbale MW (1998) RFLP mapping in plant breeding: New tools for an old science. Bio/technology 7: 257-263.

5 Tijssen P (1993) Hybridization With Nucleic Acid Probes. Part I. Theory and Nucleic Acid Preparation. In: Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology. Elsevier.

Urbasch I (1986) Resistenz verschiedener Kultur- und Wildtomatenpflanzen {Lycopersicon spp.) gegenüber Botrytis cinerea Pers. J Phytopathol 116: 344-351 10 Utkhede R, Bogdanoff C, McNevin J (2001) Effects of biological and chemical treatments on Botrytis stem canker and fruit yield of tomato under greenhouse conditions. Can. J. Plant Pathol 23: 253-259

Utkhede RS, Mathur S (2002) Biological control of stem canker of greenhouse tomatoes caused by Botrytis cinerea. Can. J. Microbiol. 48: 550-554 15 Van Berloo R (1999) GGT: Software for the display of graphical genotypes. J. Heredity 90: 328-329

Van Berloo R, Aalbers H, Werkman A, Niks RE (2001) Resistance QTL confirmed through development of QTL-NILs for barley leaf rust resistance. Mol. Breeding 8: 187-195 20 Van Heusden AW, Koornneef M, Voorrips RE, Bruggemann W, Pet G,

Vrielink van Ginkel R, Chen X, Lindhout P (1999) Three QTLs from Lycopersicon peruvianum confer a high level of resistance to Clavibacter michiganensis ssp michiganensis. Theor. Appl. Genetics 99: 1068-1074.

von Korff M, Wang H, Leon J, Pillen K (2004) Development of candidate 25 introgression lines using an exotic barley accession (Hordeum vulgare ssp spontaneum) as donor. Theor Appl Genet 109: 1736-1745

Voorrips RE (2002) MapChart: software for the graphical presentation of linkage maps and QTLs. J. Heredity 93: 77-78.

Vos P, Hogers R, Bleeker M, Reijans M, van de Lee T, Hornes M, Frijters A, 30 Pot J, Peleman J, Kuiper M (1995) AFLP: a new technique for DNA fingerprinting. Nucl. Acids Res. 23: 4407-4414.

64

Wehrhahn C, Allard RW (1965) The detection and measurement of the effects of individual genes involved in inheritance of a quantitative character in wheat. Genetics 51: 109-119.

Zamir D (2001) Improving plant breeding with exotic genetic libraries. Nature 5 reviews genetics 2: 983-989.

Zhang L, Cheng L, Xu N, Zhao M, Li C, Yuan J, and Jia S (1991) Efficient transformation of tobacco by ultrasonication. Biotechnology 9:996-997.

65 SEQUENCE LISTING <110> De Ruiter Seeds R&D B.V.

<120> Parthenocarpe genetische elementen afgeleid van S. habrochaites 5 <130> P81374EP00 <140> EP 07108504.7 <141> 2007-05-18 10 <160> 63 <170> Patentln versie 3.3 15 <210> 1 <211> 528 <212> DNA <213> Artificieel 20 <220> <223> TG609Fd <400> 1 gagacagctt gcatgcctgc agaggtgata aattcaccaa ggtttcatat ttaggaaaca 60 25 agaaaattaa aagatcatta acacagatga aaggatatga ctaggaggca atgactgatc 120 tttgactatc aaatacttct cagggaaaca atgtgaatgg gcttttacat gcagagatat 180 30 tgattgtgat catgttgaag aacttaggaa acatgaaatt aaatgatcat taacactgat 240 gcaaggatat gccaagtagg caagcaaatt aaggttgaac ataaatgtct gtgatctttg 300 actatcaaat atcttctcag aaaaaaaaat gtgaatgctc atttacatgc agagatggct 360 35 attgtgatca tgtggctcag ccttgagtct atattgaggt gcagacaaca tagtccctaa 420 ccacatgtgt gatcaagcaa cttttttgat gtccacaggg ttataagtag gcaacattta 480 40 agcaagaaaa aacacaggat cactattgag tcagctgctg ttgcctgt 528 <210> 2 <211> 537

45 <212> DNA

<213> Artificieel <220>

<223> TG609RV

50 <400> 2 ggagacaagc ttgcatgcct gcagaggtga taaattcacc aaggtttcat atttaggaaa 60 caagaaaatt aaaagatcat taacacagat gaaaggatat gactagtagg caatgactga 120 tctttgacta tcaaatactt ctcagggaaa caatgtgaat gggcttttac atgcagagat 180 55 66 attgattgtg atcatgttga agaacttagg aaacatgaaa ttaaatgatc attaacactg 240 atgcaaggat atgccaagta ggcaagcaaa ttaaggttga acataaatgt ctgtgatctt 300 5 tgactatcaa atatcttctc agaaaaaaaa atgtgaatgc tcatttacat gcagagatgg 360 ctattgtgat catgtggctc agccttgagt ctatattgag gtgcagacaa catagtccct 420 aaccacatgt gtgatcaagc aacttttttg atgtccacag gtttataagt aggcaacatt 480 10 taagcaagaa aaaacacagg atcactattg agtcagctgc tgttgcctgt tactgag 537 <210> 3 15 <2U> 517 <212> DNA <213> Artificieel <220> 20 <223> TG62Fd <400> 3 caaaatgctt cagctactgg ctaaatgaag tatgttctca acatattcac aagcttctgt 60 25 cttcgaagct caagaagtgt cggtattatc tgaattaaat agtaaagcaa agagatggtt 120 ttatgtttct taagcagcat ttcttagctt aacggccctc cagatatatg gtggacaaaa 180 tagaatccat tagatataac aaatgggatt agtataatga tcttttactt tgttagatga 240 30 tcatactaac agattgcaag ttaatcatat ccaacatatt ctgtagatat ttcacattgg 300 ctagcatgag gaaaggtcat gtaggaaatt gaatagagtt caattttggg aaaagttgca 360 35 ttgaagaagg taacttcaac aaacgtgtga aaaaatcaca tttgagttgc ccgctcacca 420 tcgtgattcc agtacgaact actcaaaaat ttacttttga gccttaaaca tcattttaag 480 ccttgaaaag ctgcttttga aaagatctaa gcaagat 517 40 <210> 4 <211> 537

<212> DNA

45 <213> Artificieel <220> <223> TG62Rv 50 <400> 4 ggagaatatt gtcactctat cagatagttc aaaactatcg gagaatgaaa tggtcaattc 60 ttctcacaag atattcatgc ctagttgcag tgtccgaatt aacataacat gctcaatttt 120 55 catatcttgc agcaaaattt atcattgaaa ctctctgaga tggaaacaga gaacaaagac 180 catattggaa agcttcaatc agacatgcag aaaaaggaag atgagattca tgttttacgc 240 67 aaggaaattg acaattacac ggaaacagtg gatteactgg agaagcatgt tacagagatt 300 aacaataaat tggaggagaa agatcagctt gttcaggaac ttcaggacaa ggagaagcag 360 5 ttggaagctg acagagaaaa ggtttttact acggatactt ttagttctac aaattctatt 420 ataaccaata caatgtgttc aagtgactag tgttttgcac cttgttgcag attcaggcat 480 10 ctttgcttgc tgctgaaagc aagctcacag aatccaaaaa gcagtatgat cagatgt 537 <210> 5 <211> 478

15 <212> DNA

<213> Artificieel <220> <223> TG555Fd 20 <400> 5 aattcggagc tcactgcttc taatcctcag tgagacttat tttctacata ttaaacaata 60 agaaatttac gaaggaatat tatagactga attccttggt gacaagtatc aagacatctt 120 25 gaccaagttt aaagttttgt agtggcagtt cttttaagct ttacttgtgt gaggtagaca 180 tcaaggaaga taagtagcag ctactcttca cggagcagcc cataggacac tcaaattcac 240 30 tattgcgagg gtcaatctac caatttatgg aacgatacca gtaaagtcat ttttatgtaa 300 acatcagaca gcttttgact aagcagagac atgaataagt tctatttgtt agaagtcgaa 360 gagacaaata agttaatttc acctatgcta taaaagagga ctcttatagt tataaataca 420 35 gtacatttta ttaagggttc taattgttga ctatgatagc aagcatgccg tactaatt 478 <210> 6 40 <211> 503 <212> DNA <213> Artificieel <220>

45 <223> TG555RV

<400> 6 acattttgag gaagacagga gttatgtatc gccatctggt gtgctccaag aacatgacag 60 50 atataaaaga ccgcggggtg caccagagaa atgttgcatt ggagcatatt gaacatcata 120 ggctcaatgg aattgtttac tttgcagatg atgataatat ctactcactt gagttgtttg 180 agagcattag atcgatcaag taagttgaga ttcatcagtc ttgtttacat gacttgtctt 240 tgttttgtcc tgctgtgagc atgttcagga tgatgttatg tgctttatgt agatgttcaa 300 55 68 gtcgataata gtgaatagtc tagagctatt tcacatatat tacaacttca ctaacaaatt 360 cttttcctgg tgtcctcggt tcatcactct tcatagttat aagaataaca gttgtagatt 420 5 agaccactgg tcgtgtgatt tttggactta attattatct caattcttcc tcaaaatagc 480 agtccttaga ttagaagctg agg 503 10 <210> 7 <211> 454 <212> DNA <213> Artificieel 15 <220> <223> CT50Fd <400> 7 cttttttttt ttttttatat attgtggtat agattattat ataataacaa ggtgaattaa 60 20 catgagaaat gaataattgt cacattcttg ttctgtccat tttccagtag cggctagttg 120 gaaaatttgt tgtaacatgt aacacaggct gtccacattc tactccagag agaaagttgg 180 25 taagtagtgg gggcaaaaga tagagacccc aatagctatc aattcacttt gttgacaatc 240 aagatttgag aaaaaagatc aaaactttac caacttagat agctccataa tcaactgtag 300 gtacaattct ttagtgaaat tgcggcgttc atcttctggg gacgaagagt aagtagacaa 360 30 tcaattgtct tgtagaactt gggctttacc attttcccta ggacataagc tcttgatcga 420 agcttgaagt ttaattttag tggcactggt aatg 454 35 <210> 8 <211> 496 <212> DNA <213> Artificieel 40 <220> <22.3> CT50Rv <4 00> 8 45 tttttttttt tttttagcca aaatgcatac aaaaactgat tcagaagata cgagcttggc 60 tccttcgtcg ccggacaata gagggccgac ggcgtattac gttcagagtc cgtcacgtga 120 ttctcacgat ggcgagaaga caacgacgtc gtttcactct actcctgtta tcagtcccat 180 50 gggttctcct cctcactctc actcatccgt cggccgtcac tcccgtgatt cctcttcctc 240 cagattctcc ggctccctca agcctggatc tcagaagatt ttacccgacg ccgccggagg 300 55 cgtcggcggc cgtcaccacc gcaaagggca gaagccctgg aaggaatgtg atgttatttg 360 aggaagaagg actacttgaa gatgatagat ccagtaaatc tcttccacgt cgttgctatg 420 5 69 tccttgcttt ttgttgttgg tttcttcgtc cttttctcct tctttgctct catcctttgg 480 ggtgctagtc gacctc 496 <210> 9

<211> 26 <212> DNA

10 <213> Artificieel <220> <223> C2Fd (primer) 15 <4 00> 9 tcatcatcaa ctatcgtgat gctaag 26 <210> 10 20 <211> 23 <212> DNA <213> Artificieel <220> 25 <223> C2Rv (primer) <4 00> 10 acgcttgcga gccttcttga gac 23 30 <210> 11 <211> 479 <212> DNA <213> Artificieel 35 <220> <223> CT128Fd <400> 11 40 cttttttttt ttttcaacac aaacaaaatt tcattatatt gtcaggtagc acactacatc 60 tttacactgt catcaaacga ccagagactt gagaacgttt taagagattc attttccggg 120 gacaaagttt gtggcgaaag cccaggcatt gttgtttacg gggtctgcaa ggtggtcagc 180 45 aaggttctcc aatggaccct ttccggtgac aatagcttga acaaagaatc caaacataga 240 gaacatagca agtctaccgt tcttgatctc ctttaccttg agctcagcaa atgcctctgg 300 50 gtcttcagca aggcctaatg ggtcgaagct gccaccaggg tagagtgggt cgacaacctc 360 accaagaggt ccaccagcaa tacggtatcc ctcaacagct cccatcaaca caacttggca 420 agcccagatg gccaagatgc tttgtgcatg gaccaagctt gggttgccca agtagtcaa 479 <210> 12 55 70 <211> 495 <212> DNA <213> Artificieel 5 <220> <223> CT128Rv <400> 12 ctggtgatta cgggtgggat accgctggac tttcagcaga ccctgaaact tttgccaaga 60 accgtgaact tgaggtgatc cactgcagat gggctatgct tggtgctctt ggatgtgtct 120 tccctgagct cttggcccgt aatggtgtca agttcggtga ggctgtgtgg ttcaaggccg 180 15 gatcccagat cttcagtgaa ggtggacttg actacttggg caacccaagc ttggtccatg 240 cacaaagcat cttggccatc tgggcttgcc aagttgtgtt gatgggagct gttgagggat 300 accgtattgc tggtgggacc tcttggtgag gttgtcgacc cactctaccc tggtggcagc 360 20 ttcgacccat taggccttgc tgaagaccca gaggcatttg ctgagctcaa ggtaaaggag 420 atcaagaacg gtagacttgc tatgttctct atgtttggat tctttgttca agctattgtc 480 25 accggaaagg gtcca 495 <210> 13 <211> 500

30 <212> DNA

<213> Artificieel <220> <223> TG599Fd 35 <4 00> 13 tgctttgaga cagatgtctc tcattaagtg actgaagctt tcttctagtt ggctagcata 60 ttcattttca gcatataatc tgtatcatga acaaaattgc gacagtattg aatttttatt 120 40 gttgaatagt ctttttatta tccccgaagt tgagggtgga acttacattt tctgttgatc 180 cttgcttgct gtttttgtaa acaaaaaagc gtcacccatt atttttcttt tattctttct 240 45 aggttgggac taagattttt tgaaatgaga aaggtattcg ctaccttgag ggctgtggtt 300 gaagtgatgg agtatctgag caaagatgca gctcctgatg gtgtgggaag gcttataaag 360 gaggagggag tatttccttt catttctttg tatttccgtg tgtgtatagt ccggaactgg 420 50 ttccctactt atgaattctt tcatggtttg gtcaattgag aaggatcaag aaatctgatg 480 ctactttatc atgggaactt 500 <210> 14 <211> 525 55 71 <212> DNA <213> Artificieel <220> 5 <223> TG599Rv <400> 14 gcttgcatgc ctgcagagtg gtcatacaat aaaaggtaaa aatcaacatt cttacctctg 60 10 gaaagaaacc aatagcattg gtcaatgatg ctgcctctag aggaacaata ttgtatggtg 120 caagttcccc tgataaagta gcatcagatt tcttgatcct tctcaactga ccaaaccatg 180 aaagaattca taagtaggga accagttccg gactatacac acacggaaat acaaagaaat 240 15 gaaaggaaat actacctcct cctttataag ccttcccaca ccatcaggag ctgcatcttt 300 gctcagatac tccatcactt caaccacagc cctcaaggta gcgaatacct ttctcatttc 360 20 aaaaaatctt agtcccaacc tagaaagaat aaaagaaaaa taatgggtga cgcttttttg 420 tttacaaaaa cagcaagcaa ggatcaacag aaaatctaag ttccaccctc aacttcgggg 480 ataataaaaa gactattcaa caataaaaat tcaatactgt cgcaa 525 25 <210> 15 <211> 456

<212> DNA

30 <213> Artificieel <220> <223> TGlOFd 35 <400> 15 aactctgctc tgccaatagt agtcaggcag atcaagatgc tcaaaatttt ctatttgaat 60 tggaagcatc aagatggttc ttagcattta ttttagaaag actaaccata ttatcaaata 120 40 accagactga gacgcacaca aaagtttccc tctattattt ttataatgat gtgaagatgc 180 tacataatga gtacactttg ccttacttta ctgcagatgg acctaccagg cccaaacgga 240 catgtagcta tgacagaaga gcaaccgcta tgaatgtctc aaactgttgg cctaggcgat 300 45 cagcacagat gatgaatctg gaagtacatt ccaagaagga aagctggagc gtgggaacta 360 accagatgca ggggatgaat ccacaccttt cagttgatca tctgaaggga aaactaagaa 420 50 ttttcatgag aaaatgactg gctattttca actttg 456 <210> 16 <211> 562

55 <212> DNA

<213> Artificieel 72 <220> <223> TGlORv <4QO> 16 5 ttcaatgcat ttaagctcaa aaaaacaaag ctgtaggaag gagcatatta gtagcctaac 60 tctgctctgc caataatagt taagcagatc aagatgctca aaattttcta attgaattgt 120 tagcatcaag atgcttctta gcatttattt tagaaagatt aaccatatta tcaaataacc 180 10 agacagagac gcacacaaaa gtttcaatct attattttta taatgatgtg aaaatgctac 240 ataatgagta cactttccct tactttactg cagatggacc taccaggccc aaacggtcat 300 15 gtagttatga cagaagaaca acagtatgaa tttctcaaac tgttggccaa ggtgatcagc 360 aaagattatg aatttggaag tacattccaa gaggaaagct ggagcatcgt aactaaccag 420 atgcagggga tgaatccaca cctttcagtt gatcatctga aggcaaaact aagaattttc 480 20 atgagaaaat actggttatt ttcaactttg ttggccagac gaggagtcca atgggataga 540 aggactaact caatgacgta tg 562 25 <210> 17 <211> 422 <212> DNA <213> Artificieel 30 <220>

<223> TM2A

35 <220> <221> misc_feature <222> (2)..(2) <223> n is a, c, g, or t 40 <220> <221> misc_feature <222> (10).. (12) <223> n is a, c, g, or t 45 <400> 17 cnagctcgan nnaccctcac taaagggaac aaaagctgga gctccaccgc ggtggcggcc 60 gctctagaac tagtggatcc cccgggctgc aggctcctcc attgaaaagg gaatcaagtt 120 50 tgccaaagaa aactaaaaaa acaaaattat ggtctagttt tctatagtga cagttttgga 180 tctttttggg tcaattgttt ttgtatcctt tgcaagtttc ttgcagccgg aggcttagat 240 ttagctcttt tgatattata cccaacattt ctacaaaata atgtatggca aactgggggc 300 ctatcccatt tgccttagtg tggaggtgtt attctcacat gaatcgtttt ccaattatgg 360 55 73 ttagtagcag acaattgatg caaaatgaag aaatgttcat gaccaaaaaa aaaaaaaaaa 420 aa 422 5 <210> 18 <211> 458 <212> DNA <213> Artificieel 10 <220> <223> TG551Fd <4 00> 18 15 aatgaagttc agttgataag ctaaatggtg gaaatactaa ttttaattga cagtaacttt 60 gcatttcaag gtccatacca aaacatttgc taacaccagt tgctttgtca acgaaaacct 120 tggcactcaa aaccctacca aaaggctgaa atgcatttgc aagctcttga tcaccaaatt 180 20 cttgaggaat atggtaaata aatagattag caccaggtgg acctgtaaac agcaaaatcg 240 tttttgataa gtacaggttt atttctacat gttcaactac cactgccaag tacactagtt 300 25 caagtgacat ctccaccact taattgcata aagctttacc aacgacaaat ataacaaact 360 tgtgcaagta atttgagttc ctgtctatac agtccagaat ctccatatgc tgctcatctc 420 acaatgttgg ttaaggaaat ttgtcaagta aagttcaa 458 30 <210> 19 <211> 382

<212> DNA

35 <213> Artificieel <220> <223> TG551RV 40 <400> 19 catcttcaag tgtcagctca agtacagggg gtcaggttga aggttgttga acatttattt 60 tgtgaccttt ttagctctag aatttctgta gctaatcaag tacagtccca taacctaggg 120 45 gctgttaggg ttttctgctg aatgaggctg cttgtcttta ttttggttaa ttattttctg 180 gaaattgttc ctcgtcatag agaatagaag tagaagaaga agaagatagt ataatctatt 240 atatttgttt tttacttaat ttataaagat tccataaatg catgtgatct ttgatcaatg 300 50 atatcttata caagtgtatc actagaatct attatatttg gatttactta ttttatatag 360 gatttcataa acgcatgtga tc 382 <210> 20 <211> 331 55 74 <212> DNA <213> Artificieel <220> 5 <223> CT173Fd <400> 20 tttttttttt taaaaattca aactccaatt atttgcagta taaaactaca gatacaaatc 60 10 ccagtacatg gtttgaggca cgataataag gtgctgatga aatccaagac atgagttcac 120 aatacattac tgaccaatat atttacaaag attagggtaa tggcagtaaa atcgctgatt 180 acagacaaca ttcttgggat atatttcatc ttaaagatta ggattagtag tatgtgtggc 240 15 agtcacagta gagaccatgg catcaactcc gcagatattg tgacccctgc agatcttgta 300 atatccgtgt tctccccaag tctttcccca a 331 20 <210> 21 <211> 331 <212> DNA <213> Artificieel 25 <220> <223> CT173RV <400> 21 30 ttggggaaag acttggggag aacacggata ttacaagatc tgcaggggtc acaatatctg 60 cggagttgat gccatggtct ctactgtgac tgccacacat actactaatc ctaatcttta 120 agatgaaata tatcccaaga atgttgtctg taatcagcga ttttactgcc attaccctaa 180 35 tctttgtaaa tatattggtc agtaatgtat tgtgaactca tgtcttggat ttcatcagca 240 ccttattatc gtgcctcaaa ccatgtactg ggatttgtat ctgtagtttt atactgcaaa 300 40 taattggagt ttgaattttt aaaaaaaaaa a 331 <210> 22 <211> 478

45 <212> DNA

<213> Artificieel <220> <223> TG254Fd 50 <400> 22 ctagttggat tgaaacaatt gggaatatag tgtaggaaga cttcggggca attatctgct 60 ttcttctata tcaaactggg tctattgaag aattacaaac tggaccttaa atcttttgcc 120 agtttttgta aaattgataa acttttgata ttttattatg gaaattcaaa atatatctta 180 55 75 atagtagctt gttaatttat ttcaagagac ccttttcatt gttcatagtt cattatcatc 240 cccttatcag tagtgcacca agggtgtgac ctagtggtca attaagtatg aatcatgagt 300 5 cttagacaga aacactaggt gattttcttc catgtgtcct agcctcttag gcttggtgga 360 tagaggaggt atcctgtctt tcccctttcc agaaattcat agcattattt tctgttcttt 420 attgataaat tattcattag aacagttatt agaaatgtgg aactggttga ggtaggcg 478 10 <210> 23 <211> 493

<212> DNA

15 <213> Artificieel <220> <223> TG254Rv 20 <400> 23 cagaacagag aacatgtaaa gttgttcaac taatgagcat atttagaaaa acttagtggc 60 tatcaatagt tggcaatatg aaaactaaga tagtgtggtc acctgttgat caatttcttc 120 25 ttcaataggc atcttgtcag cttcctcttg taacaaggct ttcatttgtg acttgagaat 180 atatccagga ggaagtgcat gcctgtaatg gcattcttta ccatttggac aggcccagaa 240 ccaaccgtac tgctttttct ccacagcatc caaaaagaat ttacatacct gcatataaac 300 30 caaatcataa gcttgattta tgaaacgagc actgcattca tgtttggcaa tatttgactg 360 gaggaggagt tttaaagggg gaaattaaga ctatagacac atacactaaa tatgcataaa 420 35 acgccaaaag taccctggtt tcctatccag ttaaggcaac agtagcagaa aatgagtgtt 480 gtaatgagtc aat 493 40 <210> 24 <211> 465 <212> DNA <213> Artificieel 45 <220> <223> TG223Fd <4 00> 24 tattcaagaa aatattgtgt agtgttctcc aatattcaac tatttaagtt caatggatct 60 50 agacacacaa tattattaat tctcgtcgcc gatgggatgg ttgagtgatt gaagcatagg 120 aataacatcc tggagattct aggtttggac tccagtttga acataagtgt gagcccatct 180 55 gctttatctt acaagttcaa ttcaaacttg tgtgagtggg ccatagtaga tccatgcaaa 240 atagtggtta tgacgctatg gtgagttcat gagaagaatt attgttcctt aggaacagtg 300 76 acaggaaatt caatggtcaa ataacatcaa gaagactttt tggattagtt actgagtgat 360 gttcagaaga gggactaaat atctaacatg ccccctcaag ctccagatgg taaagcaact 420 5 tgagtttgag ttactagaat ttagtaacat aaaaaggttt tccat 465 <210> 25 10 <211> 393 <212> DNA <213> Artificieel <220> 15 <223> TG223Rv <400> 25 tttccacaca cacaaaaaaa acatcttgaa cacactgtaa tccccctctt catcaaattc 60 20 tcctgtgtca acacaacttc cttagccagt aaccacacaa cttccctctt ctgaacatta 120 caaagtcgct gatccagaaa gtcttgttct tgatgctatt tgaccattga atttcctgtc 180 actatccaac atgaatagtg tttgtaggga ataaattgaa atcagattac aaggatccaa 240 25 atatccatcc ccaacaatgt actgtttatg cccgaaggtg aggataaaaa gatggaaaac 300 ctttttatgt tactaaattc tagtaactca aactcaagtt gctttaccat ctggagcttg 360 30 agggggcatg ttagatattt agtccctctt ctg 393 <210> 26 <211> 544

35 <212> DNA

<213> Artificieel <220> <223> TG47Fd 40 <400> 26 tgcagttgaa ttcgtcttct taacactatt ctcttatgct gtgcatcaag acaaccaccc 60 tcattgggcg gtcattgctt cttcaggcat gaccctacag ttagtacatt tggttttacc 120 45 aaatcttctt ctaaggataa atctatttga ctatggttca ctctctaaat cataagctga 180 aacaacatca acataccccg tgtaaatcat aagctaaaac aaactctaga atagccttac 240 50 ctcatcattc ctaggaccat aattatatct atacttagtc aaaatcatca taaaatttac 300 ctacaagacc atttagatct cacctgatta agatttgttg gttactcgta atcccttgaa 360 ctaaggtgta acatcttaac ccctcctttt gagtatttat accatcatat tttgaaactt 420 ctcgtaggtt catatgtttc ttttggtact tgttagtata gcttggagtg ggacccaagg 480 55 77 ggctccagtg agttctagac aagaaaaacg agatttgaac attgcagatt ttatgttttc 540 tggt 544 5 <210> 27 <211> 484 <212> DNA <213> Artificieel 10 <220> <223> TG47Rv <400> 27 15 ctttgtttgc ttgcaagaca gagatttata cacgctaatg ctatcttttt gtgtcattaa 60 cagctagttt gatttgcttg gttaatacag ttatggtaga tagagaagat agtttcaaaa 120 tagaaagaat gatgtagaca gcattaatga atctttctcc ttacaattgt acctttgaca 180 20 aggaatccac cttttatagg tagtttggtg agtttgatgg aagattgtgg ttgaatctgg 240 ttgagtcata gacactactt gtacattctt ttatgacact gacttgatgt tgtaagagtg 300 25 aaatgtatag acttatcaac aaataacaga gtagaaataa aagtaggttg aagatagctt 360 cttgtttggt tctaacttgc tcctttgttg actgatatga taacattgtg tcaatataag 420 atgattcaaa atgttgcctg aatttttatg aaattgatat tcatcgtcca gtttagagag 480 30 ttct 484 <210> 28 35 <211> 440 <212> DNA <213> Artificieel <220> 40 <223> TG393Fd <400> 28 actgactaag ctgctggatt tgattagccg aaggaattta cttttggtta catcttgctc 60 45 catcaccttt gtctttatct aggtcaatct tgtaccatag atgcaaataa cactatgaac 120 agattaacaa tgtcttgagg aggattaggc tgtcaacagc ctgcataata acaggaacaa 180 cattggcgtt tgtttgcatc agttactgtg actctgatta aaggagaaaa tgtggcatcc 240 50 tctgcttata ctgtcagtgt gtatacttgt caggttaagt tggttgctat aatctttaat 300 aattcttgat tttgtggttg tttctgaagt aaattgatat gtgggccttt gagctggagg 360 55 agatggtact ttagctattc actaacaatc gtttacctta aaaatgttat tctgtaagta 420 tctaaccaaa ttctgatcac 440 78 <210> 29 <211> 474

5 <212> DNA

<213> Artificieel <220> <223> TG393Rv 10 <400> 29 tgcagacacc aaagaaacaa ttggttatat aaaaaacaat ccacaatcat tctctataga 60 agtcacgcaa agacactaca taacctccaa gtgcaatgaa gaggatgcag aataagaagc 120 15 tcagaacttc caaaagaaaa ggtgactgaa aataagtttg ctgaaaaggt acaaggcaag 180 ttctaattct caactagctt taggtataca ctaaagaaaa ggaaaataaa ttccaaacag 240 20 aagtttccat cctacctagt acataaaaga aaaaggtaaa aaggaacata tggaagtgtt 300 cccctgttac ctaaactttt ggtgataaac agtaatcatg attaccccca cctcacacac 360 caccactaca gcacaaaaat tagaaatgtt gtatggacca tgatcaacca gccaagaatc 420 25 ccagaaggag aataaaggag ttctcttaat cacaagagga gaatatcatc tact 474 <210> 30 30 <211> 182 <212> DNA <213> Artificieel <220> 35 <223> CT19Rv <400> 30 gccccaaaac tcctgctgga ttttactgga tctccacttg ctgcggacat tgcttgcctc 60 40 cgacaatcat cttcccaact tcttcctttt tgtcttgaaa ttaatccctt gtacccattg 120 ctgcttctaa atgacctcct gcatcccggc ggatccacta ggtctaaagc tgccgccccc 180 gc 182 45 <210> 31 <211> 521

<212> DNA

50 <213> Artificieel <220> <223> TG68Fd 55 <400> 31 ggattttgat gaacttgtat ctgtgcttct agctccacct aggatgagtt tggatttgta 60 79 cgattaacaa atgtttgagc tgaaagaatt aaatttgatt acacctgcct ttacatattt 120 ttgttgcgta aggattttct atgaagaata tatatgtatg tatgtgtaaa ggatgcacta 180 5 agcatctcgc attttgataa agaaatgaac tttgggctta actcaactcc aaaagttagc 240 tcatgaagtg aggatatcgc gtaagaccgt ataaggagac ctagaaccca tcccacaaca 300 atgtgtgact ccaacacatt cacgcaagtt ctggggaagg gttgcactcg taagggttgt 360 10 gatgtaggca gccataattg tgtgtaccca ttcgttagaa aactacactg tgcaagtgga 420 gttaaattgt atcttttttg gttttgtgtg agttgttcaa tccccttgac atgaaaaaaa 480 15 gaagcaaaat tcaagtataa tggtaaaagg ggattcaaaa t 521 <210> 32 <211> 485

20 <212> DNA

<213> Artificieel <220> <223> TG68Rv 25 <4 00> 32 ttgggtcagc catagtactt cgtgatatat ctctgacaga agatatctgc tcaagaccat 60 gaacaatacg gagacataag aaggaaagaa gttcagtgca gcacaaaatt ttaataagtt 120 30 aacttaaagg gggataagag gcaaaaccaa tataaaagtt tggacagaca aattttaatt 180 agtatcaaag agtgaatgat gctaaaagaa gagatgctta aatatctgat actataaagt 240 35 aagccatgac taattggtaa ttatgaatgg catatgatac gactatcagt tttgactgtt 300 gtctacaata atgatttcag aaacatatga tatatttcaa atagaattga ataacaacac 360 ttgttcaaat acctagctct cggaggcaga tccagaattt tagaaagtgg gtgcagtaaa 420 40 tcacaagagt acacctctgc tagaatgggt gtgtactgta acaaaacctg ttttgatatg 480 catat 485 45 <210> 33 <211> 475 <212> DNA <213> Artificieel 50 <220> <223> TG565Fd <4 00> 33 55 actagcatct cttggaggat gctgaggtgt caagtggtgt tgaccactcg ttaccactga 60 ttcacagctg gtgtctttcg aagcaagctt cgtctgcaaa acaagaatca cactttaatc 120 80 ctctgttacc taaaaacaat agttgtttga tgtaatgaaa gaagaatttt cacttcaatg 180 atggaaagaa aatcttacag tttgagtttg cttgcgaaag tagccatttt catacaccag 240 5 ttgagaaact tgcttctgca atctatcatt ctcttccatt aatagcttgt tcattgctga 300 cagcttccta ttcacaccct gaagccttga tgactctttc ctctgttttt ccctacatct 360 10 atacaactca aagaaacaat caattatact tcaaattaat tggggtcgct aaaaatgaat 420 cctttagact aacaacatcc cacaagtcct tacccctacc tcgcagaggt agaga 475 15 <210> 34 <211> 490 <212> DNA <213> Artificieel 20 <220> <223> TG565Rv <400> 34 tcagcaaaat gtcacacaga gagtacagta gtagagcaca gtagagtagg gagaagttgc 60 25 ctcaaaagag gaaaagaaaa ggtaacgaac cacacatttg acagctcaaa accactttac 120 caatccaaac aaaaaatcat cacattatcc ctcccttctc tcctttctct attactctca 180 30 ttttccccaa gtttcaggta cctttttcct aacataatcc gcccatagtg ttcatcattc 240 aagatctgtc cttttgagga gacttcattc cttactatgg tcttcttttt ttgatgattt 300 cttatgtgag atgttgaaaa ctggaaagaa gtgataaaga taggaggttt ggtttctggg 360 35 gtttgtttat tttgctttac aagggttaaa gattggatct tttttagttt tggtagatac 420 ccatgtctaa tcttgtttca gaattcaaaa ggttggtact ttactgtttt gcaagtggat 480 40 gacagaggag 490 <210> 35 <211> 469

45 <212> DNA

<213> Artificieel <220> <223> TG296Fd 50 <400> 35 ttaggttttt gtgtggttca acgtttttgg ttttgatttt tatgtgtttt cttagttcct 60 tgcttcacca ttttgatggt attttgagtt tttgatgttc tgtcggcata aagtagtgat 120 ttttcagaca gtttggtatt atggagtatg tttctttgct cttctctaat ttggattggt 180 55 81 tctgatttgt atatgcttgt tttagtttcg atggtttttg agtttttgat gattcattgg 240 cacaaagtag tgatttttca gactgttggg ttttgtgggg ttcccgtgct tgctcttcac 300 5 taatttggat tggttctgat ttgtatatgt tttagttttg atggtttttg agtttttgat 360 gattcatcgg cacaaagtag tgatctttca gacagttggg ttttgtgggg ttcacgtgct 420 tattcttcac tattctcggt tggtttgatt tgtaggtccg ttttagcat 469 10 <210> 36 <211> 502

<212> DNA

15 <213> Artificieel <220> <223> TG296RV 20 <4 00> 36 agaatataac aaaaaagcag ataaatcagt taattatgcc tcaatctcaa caagtgaata 60 acaaatccta tcagaagata tagtagacga taaacagtga aggtagaagc ctaactctat 120 25 gacattatct tgagacccaa aacacttcat caaagactca aaagaaataa tttgttcacc 180 aagtactatt aactaattat caaaactaga attctcaaaa taaaaaataa caaatcttat 240 cagtcacatg gacattcatt aaacatcatg aagaagacaa caagggaagg tcaaaactgg 300 30 actccatggc acataagata ataacaaaag gtagtttaag gcctaaaaca cttcaaaaat 360 aaaatttatt caccagatat caataatatt atctgttctt ccttcattca tgaggggcat 420 35 gcacaagaga caatatacat catttctcct tttacttttt ctttcctgag gaagtaaaag 480 gagcagaaag cagatagaaa ga 502 40 <210> 37 <211> 21 <212> DNA <213> Artificieel 45 <220> <223> CT229Fd (primer) <4 00> 37 atgggctggg atcgtagtaa a 21 50 <210> 38

<211> 21 <212> DNA

55 <213> Artificieel <220> 82 <223> CT229RV (primer) <400> 38 aagcttgcga ttcccataac a 21 5 <210> 39 <211> 19

<212> DNA

10 <213> Artificieel <220> <223> T1068Fd (primer) 15 <400> 39 caaagcaatg ggcaatggt 19 <210> 40 20 <211> 21 <212> DNA <213> Artificieel <220> 25 <223> T1068RV (primer) <400> 40 acacagcagt ttcagtagga c 21 30 <210> 41 <211> 19 <212> DNA <213> Artificieel 35 <220> <223> TG272Fd (primer) <400> 41 40 gattttgccc cctctacca 19 <210> 42

<211> 21 45 <212> DNA

<213> Artificieel <220> <223> TG272RV (primer) 50 <4 00> 42 acatcttttc cttccctctg c 21 55 <210> 43

<211> 20 <212> DNA

5 83 <213> Artificieel <220> <223> TG264Fd (primer) <4 00> 43 ggaacaggtc aggacagcat 20 10 <210> 44 <211> 20 <212> DNA <213> Artificieel 15 <220> <223> TG264Rv (primer) <4 00> 44 tggctaactg acgaagacga 20 20 <210> 45

<211> 20 <212> DNA

25 <213> Artificieel <220> <223> TG62Fd (primer) 30 <4 00> 45 catgcctagt tgcagtgtcc 20 <210> 46 35 <211> 20 <212> DNA <213> Artificieel <220> 40 <223> TG62Rv (primer) <4 00> 46 ttcagcagca agcaaagatg 20 45 <210> 47 <211> 20 <212> DNA <213> Artificieel 50 <220> <223> T1405Fd (primer) <400> 47 55 caccaacaac tagcccttga 20 84 <210> 48 <211> 20 <212> DNA <213> Artificieel 5 <220> <223> T1405Rv (primer) <400> 48 10 aagcaattcc tccagcttca 20 <210> 49

<211> 20 15 <212> DNA

<213> Artificieel <220> <223> CT50Fd (primer) 20 <4 00> 49 gacggcgtat tacgttcaga 20 25 <210> 50 <211> 20 <212> DNA <213> Artificieel 30 <220> <223> CT50Rv (primer) <4 00> 50 ctagcacccc aaaggatgag 20 35 <210> 51

<211> 20 <212> DNA

40 <213> Artificieel <220> <223> TG441Fd (primer) 45 <400> 51 tgtcagcata ggcttttcca 20 <210> 52 50 <211> 18 <212> DNA <213> Artificieel <220> 55 <223> TG441Rv (primer) <4 00> 52 85 cggtcgggaa aaatgaca 18 <210> 53 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificieel <220> 10 <223> CD31Fd (primer) <4 00> 53 atctcgggat catggttgac 20 15 <210> 54 <211> 21 <212> DNA <213> Artificieel 20 <220> <223> TG318Fd (primer) <400> 54 25 caagccatag aaattgccgt a 21 <210> 55

<211> 21 30 <212> DNA

<213> Artificieel <220> <223> TG318RV (primer) 35 <400> 55 tgctctctct gtgatggaag c 21 40 <210> 56 <211> 24 <212> DNA <213> Artificieel 45 <220> <223> TG358Fd (primer) <400> 56 caacttttcc aggttcattt tctc 24 50 <210> 57 <211> 24

<212> DNA

55 <213> Artificieel <220> 86 <223> TG358RV (primer) <400> 57 acacctacat gctactaagg ggtc 24 5 <210> 58

<211> 22 <212> DNA

10 <213> Artificieel <220> <223> TG60Fd (primer) 15 <400> 58 ttggctgaag tgaagaaaag ta 22 <210> 59 20 <211> 22 <212> DNA <213> Artificieel <220> 25 <223> TG60Rv (primer) <400> 59 aagggcattg taatatctgt cc 22 30 <210> 60 <211> 20 <212> DNA <213> Artificieel 35 <220> <223> CT138Fd (primer) <400> 60 40 accagccccg gaagatttta 20

<210> 61 <211> 21 45 <212> DNA

<213> Artificieel <220> <223> CT138Rv (primer) 50 <400> 61 gcggtcaact tcagcaacta t 21 55 <210> 62 <211> 19

<212> DNA

5 87 <213> Artificieel <220> <223> TG296Fd (primer) <4 00> 62 tgttctgtcg gcataaagt 19 10 <210> 63 <211> 19 <212> DNA <213> Artificieel 15 <220> <223> TG296Rv (primer) <400> 63 tgctaaaacg gacctacaa 19 20 <210> 64 <211> 155

<212> DNA

25 <213> S. habrochaites LYC4/78 <220> <223> CD31 (marker) 30 <400> 64 TTCATTTTGT TATTTCCTTT CGCCTTCCTC CACTCAGACT GGAGTTCTTC GTTATCAGCA 60 AACTGTTCGA CAGTTAAATG CATGTATGTT CAGTATAAGT AAAAGGGCAA CCCAAGCTTC 120 35 CGCTATGCAC GGGGTCTGGA GTAGGGCCGG ACTAT 155 <210> 65 <211> 191

<212> DNA

40 <213> S. habrochaites LYC4/78 <220> <223> CT50 (marker) 45 <400> 65 TGGAAGAGAT TTACTGGATC TATCATCTTC AAGTAGTCCT TCTTCCTCAA TAACATCACA 60 TTCCTTCCAG GGCTTCTGCC CTTTGCGGTG GTGACGGCCG CCTGCGGCGT CGGGTAAAAT 120 50 CTTCCGAGAT CCAGGCTTGA GGGAGCCGGA GAATCTGGAG GAAGAGGAAT CACGCGAGTG 180 ACGGCCGACC G 191 <210> 66 55 <211> 250

<212> DNA

<213> S. habrochaites LYC4/78 88 <220> <223> CT138 (marker) 5 <400> 66 CAGAAGTTTA ACATCACAAG CCACTGAAGA CGATGAAAGA TGCTATAGAA ATAGTCACAA 60 CTGATGAAAT CATTACTGAG ATAGCACCAA CCAGGTAGAA TATTTTAACC AATGTGCAGA 120 10 GCGTTCCAAC TAATACAGCA TTAAAGATGA TAATATCTCA TGACTATTGC TGCTTTTGCA 180 ATGAAAACGG GGTTTGTTTC AAAAAATATG GTGTTTGATT TTTTTTTAAA AAAAGTTCAA 240 CACTTGATGA 250 15 <210> 67 <211> 175

<212> DNA

<213> S. habrochaites LYC4/78 20 <220> <223> CT229 (marker) <400> 67 25 GGCTGTGATA TCGGAGTCAG AGCTCTGGCT TCACATCCAA TGAAAGCAAA TAAGAAAGGT 60 ATTGGGGAGA AGCACGTTCC CATAACCATT GCCGGGACTA GAATCTGCGA TGGTGAGTGG 120 CTTTATGCAG ATACTGATGG CATTCTGATT TCTAAAATGG AGCTATGTGT TTGAG 175 30 <210> 68 <211> 338

<212> DNA

<213> S. habrochaites LYC4/78 35 <220> <223> T1405 (marker) <400> 68 40 TTTCCAAGGC GAAAACCAAC TCCCTTGCTG TCATTGGTCA TAATGCCAAC AATGCTTATA 60 TTCTTCGTGG GAACTATGAC GGTCCTCCTT GCAAATACAT CGAAATACTC AAGGCGTTGG 120 TTGGTTATGC AAAGTCAGTT CAGTACCAAC AGGGTTGCAA TGCGGCTAAC TGCACGTCTG 180 45 CTAACATTGA TCAAGCTGTC AACATTGCAA GAAATGCAGA TTATGTTGTT TTAGTCATGG 240 GGTTGGATCA AACTCAAGAG AGGGAACAAT TTGATCGCGA TGACTTAGTG CTCCCGGGGC 300 50 AGCAAGAAAA TCTTATCAAT AGTGTTGCTA AAGCTGCA 338 <210> 69 <211> 219

<212> DNA

55 <213> S. habrochaites LYC4/78 <220> 89 <223> TG60 (marker) <400> 69 TATAATGGAA CAGTATCAAG GTAAAATATT GTATAACaac TACAAGACTC ACTAGGAATG 60 5 GTATACAAGT GAAACGTAAA TTAACAACTA CAAGACTCAC TACATAGCTG ATGCGATAAT 120 TGGTAATTAT GAAGGGCGAA ATAGTAAAAT TTCTTTCCAA GAAATCATGT CTTTTGTCCT 180 10 CATGGCTGAA GCTCAATTGT GTACAAGAAA CAAATGTAC 219 <210> 70 <211> 289

<212> DNA

15 <213> S. habrochaites LYC4/78 <220> <223> TG62 (marker) 20 <4 00> 70 TTGGTTATAA TAGAATTTGT AGAACTAAAA GTATCCGTAG TAAAAACCTT TTCTCTCTCA 60 GCTTCCAACT GTTTCTCCTT GTCCTGAAGT TCCTGAACAA GCTGATCTTT CTCCTCCAAT 120 25 TTATTGTTTA TCTCTGTAAC ATGCTTCTCC AGTGAATCCA CTGTTTCCGT GTAATTGTCA 180 ATTTCCTTGC GTAAAACATG AATCTCATCT TCCTTTTTCT GCATGTCTGA TTGAAGCTTT 240 CCAATATGGT CTTTGTTCTC TATTTCCATC TCAGAGAGTT TCAATGATA 289 30 <210> 71 <211> 157

<212> DNA

<213> S. habrochaites LYC4/78 35 <220> <223> TG272 (marker) <400> 71 40 GGCTATTCTT GGATGGCTTC TCAAGGAAAA AGAATGTCTT TGTCAATGTT GCAATTCTCG 60 TATTCTTTAT AAATCAAAGT TTCAAGTCGG TGGCTGGGTC ACGAATAAAT AGAGTAGAAG 120 TATGCTCAAC ATCCCTGTGT TACAGTAGTC CCACTCT 157 45 <210> 72 <211> 194

<212> DNA

<213> S. habrochaites LYC4/78 50 <220> <223> TG296 (marker) <400> 72 55 TAATTTGGAT TGGTTCTGAT TTGTATATGC TTGTTTTAGT TTCGATGGTT TTTGAGTTTT 60 TGATGATTCA TTGGCACAAA GTAGTGATTT TTCAGACAGT TGGGTTTTAT GGGGTTCCCG 120 90 TGCTTGCTCT TCACTAATTT GGATTGGTTC TGATTTGTAT ATGTTTGTTT TAGTTTTGAT 180 GGTTTTTGAG TTTT 194 5 <210> 73

<211> 122 <212> DNA

<213> S. habrochaites LYC4/78 10 <220> <223> TG318 (marker) <400> 73 15 GATACTCAAA AGGAAGCTTG GTCCAGATGA CCTTCGCACA CAGGTACCTT CTGTCTCATG 60 CACATGTATA CAGCACGAAC AAATGCGCTC TCTTCCCAGA CTGGTGCTGC ATAAAAAATT 120 AC 122 20 <210> 74 <211> 229

<212> DNA

<213> S. habrochaites LYC4/78 25 <220> <223> TG441 (marker) <4 00> 74 30 AGCTGAGGTT TGGATTACTG GGCTGAAAGC AATAATTACG AGGGGACGCT CTCGCAGAGG 60 AAAATATGAT GCAAGAAGTG AAACTATGTT TTCGGATAGT CCACTTGGTC TACGAGTCAC 120 CACATCAACT TCTACTATTG TATGTTGGCA TTTTGTTGTA CCTTCAGTTG TGTGTGTTCA 180 35 TTCTTCCTCT CCTATGACCT CTTCCCCCTC CAACTGATCC AAAATGTTG 229 <210> 75

<211> 21 40 <212> DNA

<213> S. lycopersicum cv. Moneymaker <220> <223> CD31 (marker) 45 <400> 75 TTCATTTTGT TATTTCCTTT TGCCTTCCTC CACTCAGACT GGAGTTCTTC GTTATCAGCA 60 AACTGTTCGA CAGTTAAATG CATGTATGTT CAGTATAAGT AAAAGGGCAA CCCAAGCTTC 60 CACTATGCAC GGAGTCCGGA GTAGGGCCGG ACTAT 60 50 <210> 76

<211> 200 <212> DNA

<213> S. lycopersicum cv. Moneymaker 55 <220> <223> CT50 (marker) 91 <400> 76 TGGAAGAGAT TTACTGGATC TATCATCTTC AAGTAGTCCT TCTTCCTCAA TAACATCACA 60 5 TTCCTTCCAG GGCTTCTGCC CTTTGCGGTG GTGACGGCCG CCGACGCCTC CGGCGGCGTC 120 GGGTAAAATC TTCTGAGATC CAGGCTTGAG GGAGCCGGAG AATCTGGAGG AAGAGGAATC 180 ACGGGAGTGA CGGCCGACGG 200 10 <210> 77 <211> 250

<212> DNA

<213> S. lycopersicum cv. Moneymaker 15 <220> <223> CT138 (marker) <4 00> 77 20 CAGAAGTTTA ACTTCACAAG CCACTGAACA CGGTGAAAGA TGCTATAGAA ATAGTCACAA 60 CTGATGAAAT CATTACTGAG ATAGCACCAA CCAGGTAGAA TATTTTAACC AATGTGCAGA 120 GCGTTCCAAC TAACACAGCA TTAAAGATGA TAATATCTCA TGACTATTGC TGCTTTTGCA 180 25 ATGAAAACGG GGTTTGTTTC AAAAAATATG GTGTTTGATT TTTTTTCAAA AAAAGTTCAA 240 CACTTGATGA 250 30 <210> 78 <211> 175

<212> DNA

<213> S. lycopersicum cv. Moneymaker 35 <220> <223> CT229 (marker) <400> 78 GGCTGTGATA TCGGAGTCAG AGCTCTGGCT TCACATCCAA TGAAAGCAAA TAAGAAAGGT 60 40 ATTGGGGAGA AGCACGTTCC CATAACCATT GCCGGGACTA GAATCTGCGA TGGTGAGTGG 120 CTTTATGCAG ATACCGATGG CATTCTGATT TCTAAAATGG AGCTATGTGT TTGAG 175 45 <210> 79 <211> 338

<212> DNA

<213> S. lycopersicum cv. Moneymaker 50 <220> <223> T1405 (marker) <400> 79 TTTCCAAAGC GAAAACCAAC TCCCTTGCTG TCATCGGTCA TAATGCCAAC AATGCTTATA 60 55 92 TTCTTCGTGG GAACTATGAC GGTCCTCCCT GCAAATACAT CGAAATTCTC AAGGCATTGG 120 TTGGTTATGC AAAGTCAGTT CAGTACCAAC AGGGTTGCAA TGCGGCTAAC TGCACGTCTG 180 5 CTAACATTGA TCAAGCTGTC AACATTGCAA GAAATGCAGA TTATGTTGTT TTAATCATGG 240 GGTTGGATCA AACTCAAGAG AGGGAACAAT TTGATCGCGA TGACTTAGTG CTCCCGGGGC 300 AGCAAGAAAA TCTTATCAAT AGTGTTGCTA AAGCTGCA 338 10 <210> 80 <211> 219

<212> DNA

<213> S. lycopersicum cv. Moneymaker 15 <220> <223> TG60 (marker) <400> 80 20 TATAATGGAA CAGTATCAAG GTAAAATATT GTATAACaac TACAAGATTC ACTAGGAATG 60 GTATACAAGT GAAACGTAAA ATAACAACTA CAAGACTCGC TACACAGCTG ATGCGATAAT 120 TGGTAATTAT GAAGGGCGAA ATACTCAAAT TTCTTTCCAA GAAATCATGT CTTTTGTCCT 180 25 CATGGCTGAA GCTCAATTGT GTCCAAGAAA CAAATGTAC 219 <210> 81 <211> 289

30 <212> DNA

<213> S. lycopersicum cv. Moneymaker <220> <223> TG62 (marker) 35 <400> 81 TTGGTTATAA TAGAATTTGT AGAACTAAAA GTATCCGTAG TAAAAACCTT TTCTCTGTCA 60 GCTTCCAACT gcttctcctt GTCCTGAAGT tcctgaacaa GCTGATCTTT CTCCTCCAAT 120 40 TTATTGTTAA TCTCTGTAAC ATGCTTCTCC AGTGAATCCA CTGTTTCCGT GTAATTGTCA 180 ATTTCCTTGC GTAAAACATG AATCTCATCT TCCTTTTTCT GCATGTCTGA TTGAAGCTTT 240 45 CCAATATGGT CTTTGTTCTC TGTTTCCATC TCAGAGAGTT TCAATGATA 289 <210> 82 <211> 157

<212> DNA

50 <213> S. lycopersicum cv. Moneymaker <220> <223> TG272 (marker) 55 <400> 82 GGCTATTCTT GGATGGCTTC TCAAGGAAAA AGAATGTCTA TGTCAATGTC TCAATTCTCG 60 93 TATTCTTTAT AAATCAAAGT GTCAATTCGG TGGCTGGGTC ACGAATAAAT AGAGTAGAAG 120 TATGCTAAAC ATCCCTGTGT TACAGTAGTC CCACTCT 157 5 <210> 83 <211> 190

<212> DNA

<213> S. lycopersicum cv. Moneymaker 10 <220> <223> TG296 (marker) <400> 83 TAATTTGGAT TGGTTCTGAT TTGTATATGC TTGTTTTAGT TTCGATGGTT TTTGAGTTTT 60 15 TGATGATTCA TTGGCACAAA GTAGTGATTT TTCAGACTGT TGGGTTTTGT GGGGTTCCCG 120 TGCTTGCTCT TCACTAATTT GGATTGGTTC TGATTTGTAT ATGTTTTAGT TTTGATGGTT 180 20 TTTGAGTTTT 190 <210> 84 <211> 123

<212> DNA

25 <213> S. lycopersicum cv. Moneymaker <220> <223> TG318 (marker) 30 <4 00> 84 GATACTCAAA AAGAAGCTTG GTCCAGATGA CCTTCGCACA CAGGTACCTT CTGTCTCATG 60 CACATGTATA CAGGCACGAA CAAATGCACT CTCTTCCCAG AGTGGTGCTG TATAAAGAAT 120 35 TAC 123 <210> 85 <211> 229

<212> DNA

40 <213> S. lycopersicum cv. Moneymaker <220> <223> TG441 (marker) 45 <400> 85 AGCTGAGGTT TGGATTACTG GGCTGAAAGC AATAATTACG AGGGGACGCT CTCGCAGAGG 60 AAAATATGAT GCAAGAAGTG AAACCATGTT TTCGGATAGT CCACTTGGTC AACGAGTCAC 120 50 CACATCAACT TCATCTATTG TATGTTGGCA TTTTGTTGTG CCTTCAGTTG TGTGTGTTCA 180 TTCTTCCTCT CCTCTGACCT CTTCCCCCTC CAACTGATAC AAAATGTTG 229

Claims (16)

1. Een werkwijze voor het produceren van een parthenocarpe, en optioneel mannelijk steriele, tomatenplant omvattende de introgressie in genoemde plant van 5 een genetische regio van Chromosoom 4, 5 en/of 12 van S. habrochaites LYC4/78, waarvan een representatief zaadmonster is gedeponeerd op 13 November 2007 bij het NCIMB onder Accessienummer 41517, - waarin de genetische regio van Chromosoom 4 van S. habrochaites LYC4/78 een regio is tussen Marker CD59 en TG272, en 10. waarin de genetische regio van Chromosoom 5 van S. habrochaites LYC4/78 een regio is tussen COS Marker Tl 181 en RFLP Marker CD31(A).

2. Werkwijze volgens conclusie 1, waarin de genetische regio van Chromosoom 4 van S. habrochaites LYC4/78 niet de markers TG272, TG264, TG62, T1405, en/of

3. Werkwijze volgens conclusie 1 of 2, waarin de genetische regio van Chromosoom 5 van S. habrochaites LYC4/78 niet de RFLP Marker TG318 of meer stroomafwaards gelegen markers zoals TG538, TG60, en/of CT138 omvat. 20

4. Werkwijze volgens een van de conclusies 1-3, waarin de genetische regio van Chromosoom 12 van S. habrochaites LYC4/78 niet Marker TG296 omvat.

5. Werkwijze voor het selecteren van een parthenocarpe (en optioneel mannelijk 25 steriele) tomatenplant omvattende het kruisen van een zaad-dragende tomatenplant met een plant van S. habrochaites LYC4/78 en het selecteren van een zaad of een plant gegroeid van genoemd zaad voor de aanwezigheid van een introgressie van een genetische regio van Chromosoom 4, 5 en/of 12 van S. habrochaites LYC4/78, - waarin de genetische regio van Chromosoom 4 van S. habrochaites LYC4/78 30 een regio tussen Marker CD59 en TG272 is, en - waarin de genetische regio van Chromosoom 5 van S. habrochaites LYC4/78 een regio tussen COS Marker Tl 181 en RFLP Marker CD31(A) is.

6. Werkwijze volgens een van de conclusies 1-5, waarin genoemde parthenocarpe (en optioneel mannelijk steriele) tomatenplant een Solarium lycopersicum plant is, bij voorkeur een gecultiveerde S. lycopersicum plant.

7. Een tomatenplant, of een deel daarvan, verkrijgbaar met een werkwijze volgens een van de conclusies 1-4, of geselecteerd met een werkwijze volgens conclusie 5, waarin genoemde tomatenplant niet een plant is die is verkregen door kruising van een plant van S. habrochaites LYC4/78 met een plant van S. lycopersicum cv. Moneymaker. 10

8. Een werkwijze voor de productie van een parthenocarpe (en optioneel mannelijk steriele) ingeteelde tomatenplant, omvattende a) het produceren van een parthenocarpe tomatenplant met een werkwijze volgens een van de conclusies 1-6; 15 b) het kruisen van genoemde parthenocarpe tomatenplant met zichzelf of een andere tomatenplant ter verschaffing van nageslacht tomatenzaad; c) het groeien van genoemd nageslacht tomatenzaad ter verschaffing van verdere parthenocarpe tomatenplanten; d) het herhalen van de kruisings- en groei-stappen voor 0 tot 7 keer om een 20 parthenocarpe ingeteelde tomatenplant te genereren.

9. Werkwijze volgens conclusie 8, waarin step c) voorts de stap omvat van het identificeren van planten die een parthenocarp fenotype vertonen en commercieel wenselijke kenmerken bezitten. 25

10. Werkwijze volgens conclusie 8 of 9, waarin genoemde werkwijze verder de stap omvat van het selecteren van homozygote ingeteelde tomatenplanten.

11. Een parthenocarpe (en optioneel mannelijk steriele) ingeteelde tomatenplant, 30 of delen daarvan, verkrijgbaar met de werkwijze volgens een van de conclusies 8-10, waarin genoemde tomatenplant niet een plant is die is verkregen door kruising van een plant van S. habrochaites LYC4/78 met een plant van S. lycopersicum cv. Moneymaker.

12. Een hybride tomatenplant, of delen daarvan, die een parthenocarp (en optioneel mannelijk steriel) fenotype vertoont, waarin genoemde hybride tomatenplant verkrijgbaar is door kruisen van een parthenocarpe ingeteelde 5 tomatenplant volgens conclusie 11 met een ingeteelde tomatenplant die commercieel wenselijke eigenschappen vertoont.

13. Een parthenocarpe (en optioneel mannelijk steriele) tomatenplant omvattende een introgressie van een genetische regio van Chromosoom 4, 5 en/of 12 van S. 10 habrochaites LYC4/78, waarvan een representatief zaadmonster is gedeponeerd op 13 November 2007 bij het NCIMB onder Accessienummer 41517, - waarin de genetische regio van Chromosoom 4 van S. habrochaites LYC4/78 ten minste een marker omvat gekozen van Marker CD59, RFLP Marker CT229, en COS Marker T1068, en 15. waarin de genetische regio van Chromosoom 5 van S. habrochaites LYC4/78 ten minste een marker omvat gekozen van COS Marker Tl 181, RFLP Mairker TG441 en/of RFLP Marker CD31(A).

14. Plant volgens conclusie 13, waarin genoemde tomatenplant een plant van S. 20 lycopersicum is, en waarin genoemde plant niet S. lycopersicum cv. Moneymaker is.

15. Een weefselkweek van regenereerbare cellen van de tomatenplanten volgens een van conclusies 7 of 11-14, bij voorkeur omvatten genoemde regenereerbare cellen cellen of protoplasten geïsoleerd van een weefsel gekozen uit de groep bestaande uit 25 bladeren, pollen, embryos, wortels, worteltoppen, helmknoppen, bloemen, vruchten, en stengels en zaden.

15 CT50 omvat.

16. Toepassing van een genetische marker gekozen uit de groep bestaande uit de genetische markers van Tabellen 30, 31 of 32 voor de detectie van parthenocarpe 30 genetische elementen verkregen van S. habrochaites LYC4/78, en/of voor de detectie van parthenocarpe (en optioneel mannelijke steriele) tomatenplanten.