MXPA06014771A - Perfiles de antigeno asociados a tumor en diagnosticos de cancer e inmunoterapia. - Google Patents

Abstract

En la presente se describen metodos para adaptar una condicion de cancer con un agente y/o regimen inmunoterapeutico apropiado. Tambien se describen metodos para confirmar diagnosticos de un tipo de cancer particular. Las modalidades de la invencion descritas en la presente se dirigen al uso de combinaciones efectivas de TuAAs para optimizar la adaptacion entre una condicion de cancer del paciente y las inmunoterapias disponibles.

Description

PERFILES DE ANTIGENO ASOCIADOS A TUMOR EN DIAGNÓSTICOS DE CÁNCER E INMUNOTERAPIA Referencia Cruzada a Solicitudes Relacionadas Esta solicitud reivindica la prioridad bajo 35 U.S.C. § 119(e) para la Solicitud Provisional de E.U. No. 60/580,969, presentada el 17 de Junio de 2004, titulada "COMBINACIONES DE ANTÍGENOS ASOCIADOS A TUMOR EN DIAGNÓSTICOS PARA VARIOS TIPOS DE CÁNCERES" ( "COMBINATIONS OF TUMOR-ASSOCIATED ANTIGENS IN DIAGNOSTICS FOR VARIOUS TYPES OF CANCERS"); la descripción de la cual se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Antecedentes de la Invención Campo de la Invención Se describen en la presente métodos para adaptar una condición de cáncer con un agente y/o régimen inmunoterapéutico apropiado. También se describen métodos para confirmar el diagnóstico de un tipo de cáncer particular . Descripción de la Técnica Relacionada La Sociedad Americana de Cáncer ha estimado que más de un millón de personas adquieren cáncer cada año, y que aproximadamente uno de cada dos hombres americanos y una de cada tres mujeres americanas tendrán algún tipo de cáncer en algún punto durante su vida.

El cáncer generalmente se desarrolla cuando las células en una parte del cuerpo comienzan a crecer fuera de control. Aunque existen muchas clases de cánceres, usualmente inician debido al crecimiento fuera de control de células anormales. Las células corporales normales crecen, se dividen, y mueren en una manera ordenada. Las células de cáncer son diferentes ya que continúan creciendo y dividiéndose. En lugar de morir, sobreviven a las células normales y continúan formando nuevas células anormales Las opciones de tratamiento usuales para cáncer incluyen cirugía, terapia de radiación, y quimioterapia. Se encuentra en desarrollo una cuarta rama de tratamiento, que se refiere como inmunoterapia. Las inmunoterapias intentan ayudar al sistema inmune a reconocer células de cáncer, y/o fortalecen una respuesta contra células de cáncer para destruir el cáncer. Las inmunoterapias incluyen inmunoterapias activas y pasivas. Las inmunoterapias activas intentan estimular el sistema inmune propio del cuerpo para combatir la enfermedad. Las inmunoterapias pasivas generalmente no dependen del cuerpo para atacar la enfermedad; en su lugar, utilizan componentes del sistema inmune (tales como anticuerpos) creados fuera del cuerpo. A pesar de los diversos tipos de tratamientos, existe una necesidad continúa de opciones de tratamiento adicionales que se adapten de manera más cercana a una condición o tipo de cáncer del paciente. Además, existe una necesidad de herramientas de diagnóstico más exactas para el cáncer. Sumario de la Invención Las modalidades de la invención descritas en la presente se dirigen al uso de un panel preseleccionado de antigenos asociados al tumor (TuAAs) para adaptar una condición o tipo de cáncer del paciente con un agente o régimen inmunoterapéutico apropiado. En modalidades preferidas, los TuAAs son antigenos expresados por la célula de cáncer misma. En modalidades alternativas, los TuAAs son antigenos asociados con componentes no cancerosos del tumor, tal como neovasculatura asociada a tumor u otro estroma. También se describen métodos para determinar, diagnosticar, o confirmar un diagnóstico de un tipo de cáncer utilizando un panel preseleccionado de antigenos. También se describen métodos para predecir la progresión de la enfermedad en un paciente con cáncer. Algunas modalidades de la invención se dirigen a métodos para adaptar una condición o tipo de cáncer del paciente con un agente inmunoterapéutico incluyendo las etapas de ensayar el tejido de tumor del paciente para la expresión de un panel preseleccionado de antigenos y en base a los resultados del ensayo, seleccionar un agente inmunoterapéutico que tenga como objetivo uno, o dos, o tres o más de los antigenos expresados por el tejido de tumor del paciente. El método puede incluir además la etapa de desarrollar un perfil de antígeno para el tumor y seleccionar el agente inmunoterapéutico en base al perfil. En algunas modalidades, el agente seleccionado es un inmunoterapéutico activo. En algunas modalidades, el agente comprende un inmunógeno que incluye o codifica al menos una porción de al menos uno de los antígenos expresados. En otras modalidades el agente seleccionado es un inmunoterapéutico pasivo. En algunas modalidades, el agente comprende un anticuerpo monoclonal . Aún otras modalidades se refieren a métodos para preparar una composición inmunoterapéutica de cáncer en donde un inmunoterapéutico se selecciona sobre la base del perfil de expresión de tejido de tumor para al menos dos antígenos asociados al tumor (TuAAs) en un panel preseleccionado de manera que el agente inmunoterapéutico comprende o codifica al menos un segmento de al menos uno de TuAAs expresados y en donde el agente inmunoterapéutico se combina opcionalmente con excipientes farmacéuticamente aceptables . Las modalidades de la invención también se dirigen a un método para adaptar una condición de cáncer del paciente con un régimen inmunoterapéutico incluyendo las etapas de ensayar el tejido de tumor del paciente para dos o más antígenos asociados al tumor expresados (TuAAs) en un panel preseleccionado de antígenos para desarrollar un perfil de antígeno para el tumor y seleccionar un régimen inmunoterapéutico en base al perfil de antígeno. En algunas modalidades, el régimen comprende administrar al menos un agente inmunoterapéutico que tiene como objetivo dos, tres, cuatro, o más de los antígenos expresados. Los agentes pueden estar en formas tales como, por ejemplo, ácido nucleico, o polipéptido, o celular, o humoral, o activa o pasiva, etc. Para modalidades en las cuales el régimen comprende administrar dos o más agentes inmunoterapéuticos, los agentes pueden ser similares en forma o diferentes en forma. De esta manera, en algunas modalidades, el régimen puede incluir tanto un agente inmunoterapéutico activo como un agente inmunoterapéutico pasivo. En algunas modalidades, se describen los métodos para adaptar una condición de cáncer en un paciente con un agente inmunoterapéutico. Los métodos pueden incluir las etapas de: determinar el tipo MHC clase I del paciente; ensayar el tejido de tumor del paciente para dos o más antígenos asociados al tumor expresados (TuAAs) en un panel preseleccionado; ensayar el tejido de tumor del paciente para la expresión de MHC clase I o ß2-microglobulina; seleccionar un agente inmunoterapéutico para la administración al paciente en base a los ensayos, en donde el agente inmunoterapéutico comprende o codifica un epítope restringido por el tipo MHC clase I del paciente para cada uno de dos o más antígenos expresados por el tumor. En algunas modalidades, la expresión de antígeno se detecta en células neoplásicas, o células estromales asociadas a tumor, o ambas. En algunas modalidades, los dos o más antígenos expresados por el tumor incluyen un antígeno expresado por una célula neoplásica y un antígeno expresado por una célula estromal asociada a tumor. Otras modalidades se dirigen a determinar, establecer, o confirmar el diagnóstico de un tipo de cáncer incluyendo las etapas de ensayar un tejido de tumor del paciente para detectar uno o más polipéptidos expresados en un panel preseleccionado, en donde el panel comprende dos, o tres, o cuatro o más los TuAAs y al menos un marcador específico de linaje; y confirmar el diagnóstico de cáncer en base al ensayo. En una modalidad, el panel comprende al menos dos, o tres, o cuatro o más los TuAAs seleccionados del grupo que consiste de NY-ESO-I, CEA, PSA, PSMA, tirosinasa, melan-A/MART-1, una proteína SSX, y una proteína MAGE . En algunas modalidades, el marcador específico de linaje es un TuAA; en otras modalidades el marcador específico de linaje no es un TuAA. Para melanoma, el marcador específico de linaje puede ser, por ejemplo, tirosinasa, melan-A/MART-1, o gplOO. Para cáncer de mama, el marcador específico de linaje puede ser, por ejemplo, mamaglobina o proteína inducible por prolactina (Brst2). Para cáncer de colón, el marcador específico de linaje puede ser CEA. Para cáncer de pulmón, el antígeno específico de linaje puede ser, por ejemplo, factor de transcripción tiroidal 1 (TTFl). Para cáncer de próstata, el marcador específico de linaje puede ser, por ejemplo, PSA o PSMA. Todavía otras modalidades se refieren a métodos para determinar o confirmar la ocurrencia de cáncer comprendiendo la etapa de determinar el perfil de expresión de tejido de tumor para al menos un polipéptido en donde el polipéptido es parte de un panel preseleccionado comprendiendo al menos dos TuAAs y al menos un marcador de linaje . El panel preseleccionado de TuAAs puede incluir, por ejemplo, pero no limitarse a, antígenos de cáncer testicular, antígenos específicos de tejido, antígenos oncofetales, antígenos de diferenciación, factores de crecimiento, receptores del factor de crecimiento, factores de adhesión, proteínas de transducción de señal, factores de transcripción, productos de oncogén, productos genéticos supresores de tumor, agentes microbianos, y lo similar. En algunas modalidades, el panel preseleccionado comprende dos, o tres, o más antígenos seleccionados del grupo que consiste de una proteína SSX, SSX-2, SSX-4, una proteína MAGE, MAGE-I, MAGE-3, PRAME, NY-ESO-I, LAGE, PSMA, PSCA, SCP-I, melan-A/MART-1 y tirosinasa. En algunas modalidades, el cáncer es carcinoma. El carcinoma puede ser, por ejemplo, de mama, colorectal, próstata, pancreático, pulmón, ovario, célula renal, o melanocito. El tejido de tumor ensayado puede incluir tejido de tumor primario o tejido de tumor metástico. La expresión de antígeno puede detectarse en células neoplásicas, o células estromales asociadas a tumor, o ambas. En algunas modalidades, el panel preseleccionado incluye un antígeno expresado por una célula neoplásica y un antígeno expresado por una célula estromal asociada a tumor. Las células estromales pueden ser neovasculatura . El antígeno asociado a neovasculatura puede ser PSMA y el antígeno de célula neoplásica puede ser NY-ESO-I, SSX-2, LAGE, o PRAME. La expresión de antígeno puede detectarse, directa o indirectamente. Por ejemplo, el ensayo puede detectar la ausencia, presencia y/o abundancia de ARNm, polipéptido, proteína madura, péptido o complejo MHC-péptido. En algunas modalidades, el ensayo detecta la condición de los TuAAs, tal como estado de procesamiento, empalme diferencial, mutación de la línea germinal, variación de secuencia consenso en población humana, ubicación celular, ubicación subcelular, co-expresión con otros marcadores, y lo similar. Ejemplos de ensayos útiles incluyen RT-PCR, determinación de transcripción, determinación de proteína, determinación de epítope, o cualquier combinación de los mismos. En algunas modalidades, el ensayo comprende reacción en cadena de polimerasa de transcripción inversa (RT-PCR) , PCR en tiempo real, PCR cuantitativa, hibridización northern, autoradiografía, detección quimioluminescente, autofluorografía, citometría de flujo, perfilado de expresión de chip genético, inmunohistoquímica, hibridización western, radioinmunoensayo, o hibridización in situ, individualmente o en cualquier combinación de los mismos. En algunas modalidades, al menos dos etapas de ensayo se llevan a cabo en diferentes puntos de tiempo durante el curso de la enfermedad y la información comparativa se obtiene de las etapas de ensayo. La información obtenida puede utilizarse para implementar, modificar o retirar una terapia. En una modalidad, el tumor es melanoma y el panel preseleccionado de antígenos comprende al menos dos, o tres, o cuatro o más los TuAAs seleccionados del grupo que consiste de tirosinasa, melan-A/MART-1, NY-ESO-I, PRAME, una proteína SSX, y una proteína MAGE. La proteína SSX puede ser SSX-2 o SSX-4. La Proteína MAGE puede ser MAGE-I o MAGE-3. En otra modalidad, el tumor es cáncer de mama y el panel preseleccionado de antígenos comprende al menos dos, o tres, o cuatro o más los TuAAs seleccionados del grupo que consiste de NY-ESO-I, C35, Her2/Neu, una proteína SSX, y una proteína MAGE. La proteína SSX puede ser SSX-2 o SSX- . La proteína MAGE puede ser MAGE-I o MAGE- 3. En todavía otra modalidad, el tumor es cáncer colorectal y el panel preseleccionado de antígenos comprende al menos dos, o tres, o cuatro o más los TuAAs seleccionados del grupo que consiste de CEA, una proteína SSX, PRAME, NY-ESO-I, LAGE, PSCA, SCP-I, PSMA, y una proteína MAGE. La proteína SSX puede ser SSX-2 o SSX-4. La proteína MAGE puede ser MAGE-I o MAGE-3. En aún una modalidad adicional, el tumor es cáncer ovárico y el panel preseleccionado de antígenos comprende al menos dos, o tres o cuatro o más los TuAAs seleccionados del grupo que consiste de una proteína SSX, PRAME, NY-ESO-I, PSMA, Her2/neu, C35, PSCA, SCP-I, CEA, LAGE, y una proteína MAGE. La proteína SSX puede ser SSX-2 o SSX- . La proteína MAGE puede ser MAGE-I o MAGE-3. El cáncer ovárico puede ser, por ejemplo, carcinoma seroso, carcinoma no seroso, carcinoma mucinoso (célula), carcinoma de células claras, y lo similar. En todavía otra modalidad, el tumor es cáncer de pulmón y el panel preseleccionado de antígenos comprende al menos dos, o tres, o cuatro o más los TuAAs seleccionados del grupo que consiste de PSMA, NY-ESO-I, SSX-2, y una proteína MAGE. El cáncer puede ser, por ejemplo, cáncer de pulmón de célula no pequeña. La proteína MAGE puede ser MAGE-I o MAGE-3.

En una modalidad adicional, el tumor es cáncer de próstata y el panel preseleccionado de antígenos comprende al menos dos, o tres, o cuatro o más los TuAAs seleccionados del grupo que consiste de NY-ESO-I, PSA, PSCA, PSMA, una proteína SSX, y una proteína MAGE. La proteína SSX puede ser SSX-2 o SSX-4. La proteína MAGE puede ser MAGE-I o MAGE-3. En otra modalidad, el tumor es cáncer pancreático y el panel de antígenos comprende al menos dos, o tres, o cuatro o más los TuAAs seleccionados del grupo que consiste de PSMA, PRAME, NY-ESO, LAGE, PSCA, y una proteína MAGE y una proteína SSX. La proteína SSX puede ser SSX-2 o SSX-4. La proteína MAGE puede ser MAGE-I o MAGE-3. En todavía otra modalidad, el tumor es cáncer renal o carcinoma de célula renal y el panel de antígenos comprende al menos dos, o tres, o cuatro o más los TuAAs seleccionados del grupo que consiste de PSMA, PRAME, NY-ESO, LAGE, PSCA, SCP-I, una proteína MAGE, y una proteína SSX. La proteína SSX puede ser SSX-2 o SSX-4. La proteína MAGE puede ser MAGE-I o MAGE-3. Otra modalidad se refiere a un método para vender inmunoterapéuticos de cáncer comprendiendo establecer una relación con un laboratorio de diagnóstico de cáncer, en donde el laboratorio incluye expresión de TuAA en su panel de pruebas estándar, y en donde TuAAs se ensayaron para corresponder a los inmunogenes de los inmunoterapéuticos a marcarse, y enviar un reporte con cada resultado de la prueba del paciente identificando inmunoterapéuticos comprendiendo inmunogenes que corresponden a los TuAAs expresados por el tumor del paciente. En algunas modalidades, la relación comprende servicios de contrato. En algunas modalidades, la relación es una sociedad. Breve Descripción de los Dibujos Figura 1 es una línea de tiempo representando el programa de inmunización con dos plásmidos (pCBP expresando SSX-2 41-49 y pSEM expresando Melan A) . Figura 2 es una gráfica de barras que muestra actividad CTL obtenida utilizando el procedimiento en la Figura 1. Figura 3 es una línea de tiempo representando el programa de inmunización de un procedimiento de inmunización de introducción y amplificación utilizando plásmidos y péptidos representando dos epítopes. Figura 4 es una tabla que muestra despeje in vivo de células impulsadas por epítope en ratones inmunizados de acuerdo al procedimiento de la Figura 3. Figuras 5A y 5B son líneas de tiempo representando procedimientos de inmunización para inducir respuestas multivalentes fuertes. Figura 5A representa que el uso de péptidos para impulsión, restaura las respuestas inmunes multivalentes aún si los plásmidos y péptidos se utilizan como mezclas. Figura 5B muestra que la segregación componentes de péptido y plásmido permite la inducción de respuestas inmunes multivalentes. Descripción Detallada de la Modalidad Preferida La frecuencia de expresión de muchos antígenos asociados al tumor (TuAAs) en varios tipos de cánceres se conoce. Sin embargo, la frecuencia de aparición de algunos antígenos, y especialmente ciertas combinaciones de TuAAs en varios tipos de cánceres no se ha reportado. La medición exacta de la presencia de TuAAs en tejidos de tumor ayuda a determinar que los TuAAs serán útiles para el tratamiento de un tipo particular de cáncer. Muchos intentos por desarrollar inmunoterapias para cáncer tienen como objetivo un antígeno único. Esto puede ser problemático por dos razones distintas. Primero, la expresión de cualquier TuAA particular en cáncer puede ser mosaico con la expresión de antígeno variando de alta en algunas células dentro de una masa de tumor a completamente ausente en otras. Además, el TuAA puede expresarse en algunas lesiones pero no otras. Al dirigir una respuesta inmune contra más de un antígeno único, si se selecciona de manera apropiada, el número de células de tumor que puede reconocerse se maximiza. Segundo, algunos tumores pierden expresión de una TuAA después de inmunización, dando origen a una población resistente. Si la respuesta inmune se dirige contra más de un TuAA se vuelve mucho más difícil para un tumor resistente originarse debido a que debe entonces perder simultáneamente expresión de cada uno de los antígenos para escapar. De esta manera, para tratar cáncer con inmunoterapia, puede ser ventajoso utilizar una combinación de TuAAs tanto debido a cobertura más completa de la población de células de tumor, como debido a que habrá menos oportunidad de escape de tumor a través de la pérdida de expresión de los TuAAs. En modalidades preferidas, esta técnica de ataque multivalente se emplea cuando un tumor es positivo para dos, tres, cuatro o más los TuAAs de la combinación utilizada. El ataque multivalente puede ofrecer otra ventaja en incrementar la sensibilidad del tumor al ataque. Si más de un antígeno único en una célula de tumor es el objetivo, la concentración efectiva de agente antitumor se incrementa. Además, el ataque en estroma asociado con el tumor, tal como vasculatura, puede incrementar la accesibilidad de las células de tumor al (los) agente (s) que tiene como objetivo. De esta manera, aún un antígeno que también se expresa en algún tejido normal puede recibir mayor consideración como un antígeno objetivo, si los otros antígenos a ser objetivos en un ataque multivalente también no se expresan por ese tejido. Definiciones Al menos que se aclare de otra manera a partir del contexto del uso de un término en la presente, los siguientes términos enlistados deben tener generalmente los significados indicados para propósitos de esta descripción. CÉLULA QUE PRESENTA ANTÍGENO PROFESIONAL (pAPC) -una célula que posee moléculas coestimuladoras de célula T y es capaz de inducir una respuesta de célula T. pAPCs bien caracterizados incluyen células dendríticas, células B, y macrófagos . CÉLULA PERIFÉRICA - una célula que no es una pAPC . PROTEASOMA CUIDADOR - un proteasoma normalmente activo en células periféricas, y generalmente no presente o no fuertemente activo en pAPCs. INMUNOPROTEASOMA - un proteasoma normalmente activo en pAPCs; el inmunoproteasoma también está activo en algunas células periféricas en tejidos infectados o después de la exposición a interferón. EPÍTOPE - una molécula o sustancia capaz de estimular una respuesta inmune. En modalidades preferidas, epítopes de acuerdo a esta definición incluyen pero no necesariamente se limitan a un polipéptido y un ácido nucleico codificando un polipéptido, en donde el polipéptido es capaz de estimular una respuesta inmune. En otras modalidades preferidas, los epítopes de acuerdo a esta definición incluyen pero no se limitan necesariamente a péptidos presentados en la superficie de células, los péptidos uniéndose no covalentemente a la grieta de unión de MHC clase I, de manera que pueden interactuar con receptores de célula T (TCR) . Epítopes presentados por MHC clase I pueden estar en forma madura o inmadura. "Madura" se refiere a un epítope MHC en distinción a cualquier precursor ("inmadura") que puede incluir o consistir esencialmente de un epítope cuidador, pero también incluye otras secuencias en un producto de traducción primario que se remueven por procesamiento, incluyendo sin limitación, solos o en cualquier combinación, digestión proteasomal, recorte de terminal N, o la acción de actividades enzimáticas exógenas. De esta manera, un epítope maduro puede proporcionarse incrustado en un polipéptido de alguna manera más largo, el potencial inmunológico del cual se debe, al menos en parte, al epítope incrustado; del mismo modo, el epítope maduro puede proporcionarse en su última forma que puede unirse en la grieta de unión MHC a reconocerse por TCR. EPÍTOPE MHC - un polipéptido teniendo una afinidad de unión predicha o conocida para una molécula de complejo de histocompatibilidad principal (MHC) clase I o clase II de mamífero. EPÍTOPE CUIDADOR - En una modalidad preferida, un epítope cuidador se define como un fragmento de polipéptido que es un epítope MHC, y que se despliega en una célula en la cual los proteasomas cuidadores están predominantemente activos. En otra modalidad preferida, un epítope cuidador se define como un polipéptido conteniendo un epítope cuidador de acuerdo a la definición anterior, que se flanquea por uno a varios aminoácidos adicionales. En otra modalidad preferida, un epítope cuidador se define como un ácido nucleico que codifica un epítope cuidador de acuerdo a las definiciones anteriores. Los epítopes cuidadores ejemplificativos se proporcionan en las Solicitudes de EE.UU. Nos. 10/117,937, presentada el 4 de Abril de 2002 (No. de Pub. 20030220239 Al), y 10/657,022, y en la Solicitud PCT No. PCT/US2003/027706 (No. Pub. O04022709A2 ) , presentada el 5/9/2003; y Solicitud Provisional de EE.UU. Nos. 60/282,211, presentada el 6 de Abril de 2001 ; 60/337,017, presentada el 7 de Noviembre de 2001; 60/363210 presentada el 7/3/02; y 60/409,123, presentada el 5 de Septiembre de 2002. Cada una de las solicitudes enlistadas se titula "SECUENCIAS DE EPÍTOPES" ("EPITOPE SEQUENCES") . Cada una de las solicitudes mencionadas en este párrafo se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. EPÍTOPE INMUNE - En una modalidad preferida, un epítope inmune se define como un fragmento de polipéptido que es un epítope MHC, y que se despliega en una célula en la cual los inmunoproteasomas están predominantemente activos. En otra modalidad preferida, un epítope inmune se define como un polipéptido conteniendo un epítope inmune de acuerdo a la definición anterior, que se flanquea por uno a varios aminoácidos adicionales. En otra modalidad preferida, un epítope inmune se define como un polipéptido incluyendo una secuencia de grupos de epítopes, teniendo al menos dos secuencias de polipéptidos teniendo una afinidad predicha o conocida para un MHC clase I. En todavía otra modalidad preferida, un epítope inmune se define como un ácido nucleico que codifica un epítope inmune de acuerdo a cualquiera de las definiciones anteriores. CÉLULA OBJETIVO - En una modalidad preferida, una célula objetivo es una célula asociada con una condición patogénica que puede accionarse por los componentes del sistema inmune, por ejemplo, una célula infectada con un virus u otro parásito intracelular, o una célula neoplásica. En otra modalidad, una célula objetivo es una célula a ser objetivo por las vacunas y métodos de la invención. Ejemplos de células objetivo de acuerdo a esta definición incluyen pero no necesariamente se limitan a: una célula neoplásica y una célula que aloja un parásito, tal como, por ejemplo, un virus, una bacteria o un protozoario. Las células objetivo también pueden incluir células que son objetivo por CTL como una parte de un ensayo para determinar o confirmar liberación de epítope apropiada y procesar por una célula que expresa inmunoproteasoma, para determinar inmunogenicidad o especificidad de célula T para un epítope deseado. Tales células pueden transformarse para expresar la secuencia de liberación, o las células simplemente pueden impulsarse con péptido/epítope . ANTÍGENO ASOCIADO A OBJETIVO (TAA) - una proteína o polipéptido presente en una célula objetivo. ANTÍGENO ASOCIADO A TUMOR (TuAA) - un TAA en donde la célula objetivo es una célula neoplásica. En modalidades alternativas, un TuAA es un antígeno asociado con células no cancerosas del tumor tal como neovasculatura de tumor u otras células estromales dentro del microambiente de tumor. EPÍTOPE HLA - un polipéptido teniendo una afinidad de unión predicha o conocida para una molécula de complejo HLA clase I o clase II. ANTICUERPO - una inmunoglobulina natural (Ig), poli o monoclonal, o cualquier molécula compuesta en su totalidad o en parte de un dominio de unión Ig, ya sea derivado bioquímicamente, o por uso de ADN recombinante, o por cualquier otro medio. Ejemplos incluyen inter alia , F(ab), Fv de cadena única, y fusiones de región variable Ig-proteína de revestimiento de fago. SIMILITUD SUBSTANCIAL - este término se utiliza para referirse a secuencias que difieren de una secuencia de referencia en una manera incosecuencial como se juzga por examinación de la secuencia. Las secuencias de ácidos nucleicos codificando la misma secuencia de aminoácidos son substancialmente similares a pesar de las diferencias en posiciones de degeneración o diferencias menores en longitud o composición de cualquier región de no codificación. Las secuencias de aminoácidos difieren solamente por substitución conservativa o variaciones de menor longitud son substancialmente similares. Adicionalmente, las secuencias de aminoácidos comprendiendo epítopes cuidadores que difieren en el número de residuos de flanqueo de terminal N, o epítopes inmunes y grupos de epítopes que difieren en el número de residuos de flanqueo en cualquier término, son substancialmente similares. Los ácidos nucleicos que codifican substancialmente secuencias de aminoácidos similares son ellos mismos también substancialmente similares . SIMILITUD FUNCIONAL - este término se utiliza para referirse a secuencias que difieren de una secuencia de referencia en una manera inconsecuencial como se juzga por examinación de una propiedad bioquímica o biológica, aunque las secuencias pueden no ser substancialmente similares. Por ejemplo, dos ácidos nucleicos pueden ser útiles como sondas de hibridización para la misma secuencia pero codifican secuencias de aminoácidos diferentes. Dos péptidos que inducen respuestas CTL reactivas cruzadas son funcionalmente similares aún si difieren por substituciones de aminoácido no conservadoras (y de esta manera pueden no encontrarse dentro de la definición de similitud substancial) . Pares de anticuerpos, o TCRs, que reconocen el mismo epítope pueden ser substancialmente similares entre sí a pesar de cualquier diferencia estructural que exista. La prueba para similitud funcional de inmunogenicidad puede conducirse al inmunizar con el antígeno "alterado" y probar la habilidad de una respuesta producida, incluyendo pero no limitándose a una respuesta de anticuerpo, una respuesta CTL, producción de citoquina, y lo similar, para reconocer el antígeno objetivo. De acuerdo con lo anterior, dos secuencias pueden diseñarse para diferir en ciertos aspectos mientras mantienen la misma función. Tales variantes de secuencias diseñadas de secuencias descritas o reivindicadas se encuentran entre las modalidades de la presente invención. CASSETTE DE EXPRESIÓN - una secuencia de polinucleótidos codificando un polipéptido, operativamente enlazado a un promotor y otros elementos de control de traducción y transcripción, incluyendo pero no limitándose a mejoradores, codones de terminación, sitios de entrada de ribosoma internos, y sitios de poliadenilación. El cassette también puede incluir secuencias que facilitan moverlo de una molécula huésped a otra. EPÍTOPE INCRUSTADO - en algunas modalidades, un epítope incrustado es un epítope que se contiene completamente dentro de un polipéptido más largo, en otras modalidades, el término también puede incluir un epítope en el cual solamente el término N o el término C se incrusta, de manera que el epítope no está completamente en una posición interior con respecto al polipéptido más largo. EPÍTOPE MADURO - un péptido sin secuencia adicional más allá de la presente cuando el epítope se une en la grieta de unión de péptido MHC. GRUPO DE EPÍTOPES - un polipéptido, o una secuencia de ácidos nucleicos que lo codifica, que es un segmento de una secuencia de proteínas, incluyendo una secuencia de proteínas nativa, comprendiendo dos o más epítopes predichos o conocidos con afinidad de unión para un elemento de restricción MHC compartido. En modalidades preferidas, la densidad de epítopes dentro del grupo es mayor que la densidad de todos los epítopes predichos o conocidos con afinidad de unión para el elemento de restricción MHC compartido dentro de la secuencia de proteínas completa. Los grupos de epítopes se describen y definen más completamente en la Solicitud de Patente de EE.UU. No. 09/561,571 titulada "GRUPOS DE EPÍTOPES" ("EPITOPE CLUSTERS"), que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. SECUENCIA DE LIBERACIÓN - una secuencia formada o diseñada comprendiendo o codificando un epítope cuidador incrustado en una secuencia más larga que proporciona un contexto que permite al epítope cuidador liberarse al procesar actividades incluyendo, por ejemplo, actividad de inmunoproteasoma, corte de terminal N, y/u otros procesos o actividades, solos o en cualquier combinación. CTLp - precursores de CTL son células T que pueden inducirse para exhibir actividad citolítica. Actividad lítica in vitro secundaria, por la cual CTLp generalmente se observan, puede originarse de cualquier combinación de CTL pura, efectora y de memoria. CÉLULA T DE MEMORIA - Una célula T, sin considerar su ubicación en el cuerpo, que se ha activado previamente por antígeno, pero está en un estado fisiológico quiescente requiriendo re-exposición a antígeno para ganar función efectora. Fenotípicamente generalmente son CD62L"CD44hl CD107AIGN-?'LTßANF-cT y está en GO en el ciclo celular. CÉLULA T EFECTORA - Una célula T que, al encontrar antígeno, muestra fácilmente función efectora. Las células T efectoras son generalmente capaces de salir del sistema linfático y entrar a la periferia inmunológica. Fenotípicamente generalmente son CD62L"CD44hi CD107a+IGN-?+LTß+TNF-o¡+ y activamente en ciclo. FUNCIÓN EFECTORA - Generalmente, la activación de célula T, incluyendo adquisición de actividad citolítica y/o secreción de citoquina. INDUCIR una respuesta de célula T - Incluye en muchas modalidades el proceso para generar una respuesta de célula T de células puras, o en algunos contextos, quiescentes; activando células T. AMPLIFICAR una respuesta de célula T - Incluye en muchas modalidades el proceso o incremento del número de células, el número de células activadas, el nivel de actividad, la tasa de proliferación, o parámetro similar de células T incluidas en una respuesta específica. INTRODUCCIÓN - Incluye en muchas modalidades una inducción que confiere estabilidad particular en el perfil inmune del linaje inducido de células T. RECEPTOR SIMILAR A DOBLEZ (TLR) - Receptores similares a doblez (TLRs) son una familia de receptores de reconocimiento de patrón que se activan por componentes específicos de microbios y ciertas moléculas huésped. Como parte del sistema inmune innato, contribuyen a la primer línea de defensa contra muchos patógenos, pero también juegan un papel en inmunidad adaptativa. LIGANDO RECEPTOR SIMILAR A DOBLEZ (TLR) - Cualquier molécula capaz de unir y activar un receptor similar a doblez. Ejemplos incluyen, sin limitación: poli IC A sintético, ARN de doble filamento conocido por inducir interferón. El polímero se hace de un filamento cada uno de ácido poliinosínico y ácido policitidílico, ARN de doble filamento, oligodeoxiribonucleótido de CpG sin mutilar u otras secuencias inmunoestimuladoras (ISSs), lipopolisacárido (LPS), ß-glucanos, e imidazoquinolinas, así como también derivados y análogos de los mismos. ADYUVANTES DE INMUNOPOTENCIACIÓN - Adyuvantes que activan pAPC o células T incluyendo, por ejemplo: ligandos TLR, ligandos del Receptor de Reconocimiento de Patrón (PRR) endocíticos, quillaja saponins, tucaresol, citoquinas, y lo similar. Algunos adyuvantes preferidos se describen en Marciani, D.J. Drug Discovery Today 8:934-943, 2003, que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. SECUENCIA INMUNOESTIMULADORA (ISS) - Generalmente, un oligodeoxiribonucleótido conteniendo una secuencia CpG sin mutilar. CpG también puede incrustarse en ADN bacterialmente producido, particularmente plásmidos. Modalidades adicionales incluyen varios análogos: entre las modalidades preferidas están las moléculas con uno o más enlaces de fosforotioato o bases no fisiológicas. VACUNA - En modalidades preferidas una vacuna puede ser una composición inmunogénica proporcionando o ayudando en la prevención de enfermedad. En otras modalidades, una vacuna es una composición que puede proporcionar o ayudar en una cura de una enfermedad. En otros, una composición de vacuna puede proporcionar o ayudar en mejorar una enfermedad. Modalidades adicionales de una composición inmunogénica de vacuna pueden utilizarse como agentes terapéuticos y/o profilácticos . INMUNIZACIÓN - un proceso para inducir protección parcial o completa contra una enfermedad. Alternativamente, un proceso para inducir o amplificar una respuesta de sistema inmune a un antígeno. En la segunda definición, puede connotar una respuesta inmune protectora, particularmente inmunidad activa o proinflamatoria, también puede incluir una respuesta reguladora. De esta manera en algunas modalidades la inmunización se distingue de tolerancia (un proceso por el cual el sistema inmune evita producir inmunidad activa o proinflamatoria) mientras en otras modalidades este término incluye tolerancia. CODIFICAR - un término abierto de manera que un ácido nucleico codificando una secuencia de aminoácidos particular puede consistir de codones especificando ese (poli) péptido, pero también puede comprender secuencias adicionales ya sea trasladables, o para el control de transcripción, traducción, o réplica, o para facilitar la manipulación de alguna construcción de ácido nucleico huésped. COBERTURA - la fracción o proporción de células de tumor expresando un TuAA particular o al menos un TuAA de un conjunto de TuAAs seleccionados. REDUNDANCIA - el grado al cual una población de células de tumor, o algún subconjunto de ellas, expresan más de uno de un conjunto seleccionado de los TuAAs. CO-OBJETIVO - en modalidades preferidas, coobjetivo incluye inducir y/o amplificar una respuesta inmune contra una célula objetivo, mientras también induce una respuesta inmune contra al menos otro agente en la proximidad y/o medio de un tumor. En algunas modalidades, los agentes dentro de la proximidad y/o medio del tumor incluyen, pero no se limitan a, células de cáncer, células estromales, incluyendo aquellas asociadas con neovasculatura, células endoteliales, fibroblastos, células inflamatorias, células epiteliales, factores de autocrina, y factores de paracrina. En algunas modalidades, las células neoplásicas y células estromales son específicamente el objetivo. En otras modalidades, una respuesta inmune se induce y/o amplifica contra neovasculatura y otras células no linfoides, no transformadas dentro del microambiente de tumor. En todavía otras modalidades, una respuesta inmune se induce contra células de cáncer y factores de autocrina y/o paracrina producidos por células en el microambiente de tumor. Inmunoterapia de Cáncer y Diagnóstico Inmunoterapia de cáncer se ha influenciado fuertemente por trabajo en cáncer prostático y melanoma, ya que han estado entre los objetivos más tempranos y más ampliamente propuestos en el campo. Muchos de los antígenos utilizados en los diversos intentos por desarrollar vacunas terapéuticas para estos cánceres han sido marcadores de diferenciación, es decir antígenos específicos a aquel tipo celular. Como un resultado, el paradigma existente es desarrollar inmunoterapéuticos para un tipo de cáncer particular. Los pacientes se tratan entonces con el agente simplemente debido a que se han diagnosticado con un tipo de cáncer particular. En algunos casos, un tumor del paciente se evalúa primero para expresión de un antígeno objetivo particular. Sin embargo, muchos de TuAAs ahora conocidos, aún algunos inicialmente clasificados como marcadores de diferenciación, se expresan en muchos tipos de cáncer. Como tal puede ser útil para clasificar tumores por los TuAAs que expresan en lugar de, o además de, su tejido de origen. De esta manera, en algunas modalidades, un inmunoterapéutico único, preferentemente multivalente, puede utilizarse para tratar una amplia variedad de tipos de tumor. Esto no quiere decir que cualquier antígeno particular o combinación de antígenos será uniformemente útil en todos, o aún en muchos tipos de tumores. Por el contrario, la frecuencia de expresión puede variar considerablemente de tipo a tipo. Además, entre los TuAAs ampliamente expresados es común que se expresen en solamente una fracción de cualquier tipo de tumor particular. En realidad, esto es parte del ímpetu por aplicar inmunoterapéuticos en base a estos antígenos a varios tipos de tumor. Sin embargo, ambos antígenos individuales, y combinaciones de ellos, tendrán frecuencias definibles asociadas con tipos de tumor particulares. De esta manera, los inmunoterapéuticos diseñados de acuerdo a las frecuencias más favorables observadas pueden ser más efectivos cuando se aplican a aquellos tipos de tumor particulares. A pesar de la prevalencia de ciertos los TuAAs, o combinaciones de ellos, en particular tipos de tumor, no siempre es suficiente simplemente tratar a los pacientes teniendo un tipo particular de tumor con un inmunoterapéutico que tiene como objetivo un antígeno prevalente o antígenos expresados por ese tipo de tumor. Preferentemente, el tejido de tumor del paciente debe seleccionarse para la expresión de TuAAs para los cuales existe un inmunoterapéutico correspondiente disponible, ya sea vendido o en las pruebas clínicas. A medida que el número y variedad de inmunoterapias de cáncer crece, será cada vez más ventajoso seleccionar cualquier tejido de tumor particular del paciente para expresión de una variedad de TuAAs que pueden expresarse por ese tipo de tumor para proporcionar al médico la elección más inteligente para adaptar una condición de cáncer con inmunoterapias disponibles. Aunque mucha de esta descripción se enfoca en agentes que inducen de manera activa inmunidad mediada por células T de MHC restringido clase I, los procedimientos de adaptación descritos son igualmente aplicables con inmunoterapias de todas las clases, activa o pasiva, celular o humoral, o cualquier combinación de las mismas. Los métodos reivindicados en la presente se adaptan a este ambiente de desarrollo donde existe un número substancial de inmunoterapias teniendo como objetivo varios antígenos. Los métodos incrustados en la presente optimizan la adaptación entre un tipo de cáncer particular del paciente o condición a inmunoterapéuticos disponibles. Esto es en contraste a práctica existente que se diseña para calificar a un paciente como elegible (o no elegible) para tratamiento con otro agente particular. Preferentemente, un panel de TuAAs que se expresan con frecuencia relativamente alta en un tipo de tumor particular se ensambla y los ensayos se establece. De acuerdo con lo anterior, una modalidad de la invención descrita en la presente incluye ensamble del panel y establecimiento de ensayos apropiados. Puede ser ventajoso incluir un TuAA que se expresa ampliamente en una variedad de tipos de tumor en el panel. Los métodos descritos en la presente pueden comenzar con un ensayo de un tejido de tumor del tipo presuntivo correspondiente para expresión de un panel preseleccionado de antígenos. En algunas modalidades, un panel de TuAAs ensamblados para un tipo de tumor puede utilizarse para seleccionar otros tipos de tumor que pueden expresar al menos algunos de los mismos antígenos. En algunas modalidades, un perfil de expresión se desarrolla utilizando los resultados del ensayo. Selección de un inmunoterapéutico apropiado puede basarse en que tan bien la composición del inmunoterapéutico, tales como inmunogenes (o agentes efectores en el caso de inmunoterapia pasiva) , corresponde a los antígenos detectados del panel. El panel puede incluir más antígenos que probablemente serán el objetivo de cualquier inmunoterapéutico de composición bien definida, o detectarse en cualquier muestra de tejido. De esta manera, no es necesario que un agente inmunoterapéutico comprenda inmunogenes correspondientes a cada antígeno en el panel. Tampoco se requiere que los antígenos del panel sean todos el objetivo de algún conjunto de agentes inmunoterapéuticos que podrían combinarse razonablemente en un régimen de inmunoterapia. También, aunque ventajoso, no se requiere que existe una adaptación perfecta entre la composición del (los) inmunoterapéutico (s) y el perfil de expresión del tumor. Heterogeneidad de la expresión de antígeno por un tumor del paciente es común. De esta manera, existe una posibilidad significativa de un antígeno, no detectable en una muestra de tejido, sin embargo expresándose en otro sitio. Esto es especialmente verdadero para los antígenos más comúnmente expresados por el tipo de tumor particular. De esta manera, un inmunoterapéutico multivalente en el cual uno, algunos, o todos los inmunogenes constituyentes corresponden a los TuAAs expresados por una porción ensayada de un tumor del paciente, puede utilizarse para tratar a ese paciente de acuerdo con el juicio del médico. De manera similar, el paciente puede tratarse con una combinación de agentes multi- y monovalentes para optimizar la adaptación entre el perfil de expresión y los antígenos objetivo. Los inmunoterapéuticos pasivos en particular con frecuencia son monovalentes, pero el médico experto sin embargo entenderá como pueden combinarse con inmunoterapéuticos activos o pasivos adicionales en un régimen inmunoterapéutico útil. Las inmunoterapias pasivas actualmente conocidas en la materia incluyen: trastuzumab (HERCEPTIN®) que tiene como objetivo HER2/Neu de TuAA; bevacizumab (AVASTIN®) que tiene como objetivo VEGF (factor de crecimiento endotelial vascular) para inhibir la vascularización de tumores; cetuximab (ERBITUX™) que tiene como objetivo el receptor del factor de crecimiento epidérmico de antígeno (EGFR, HERÍ, c-erbB-1); y panitumumab que también tiene como objetivo el receptor de factor de crecimiento epidérmico de antígeno. Adicionalmente, existen varios inmunoterapéuticos activos mono- y multivalentes en desarrollo. Incluyen APC8015 (PROVENGE®) que tiene como objetivo fosfatasa de ácido prostático; APC8024 que tiene como objetivo HER2/Neu; MKC1106 que tiene como objetivo PRAME, PSMA, SSX-2, y NY-ESO-I; pSEM (SYNCHROVAX™ SEM) que tiene como objetivo Melan-A; MKC1207 que tiene como objetivo Melan-A y tirosinasa; pTA2M (SYNCHROTOPE® TA2M) que tiene como objetivo tirosinasa; DCV AX®-próstata que tiene como objetivo PSMA; ALVAC (2) -gplOOM que tiene como objetivo gplOO; ALVAC MAGE 1,3 que tiene como objetivo MAGE-I y MAGE-3; ALVAC CEA que tiene como objetivo CEA; la vacuna NY-ESO-1/ISCOMATRIXTM que tiene como objetivo NY-ESO-I; PANVAC™-VF que tiene como objetivo CEA; y MUC-I; y PROSTVAC®-VF que tiene como objetivo PSA. Los diagnósticos del tipo de cáncer pueden cuestionarse, conduciendo a incertidumbre. Los ensayos de selección similares pueden utilizarse para establecer o confirmar el diagnóstico de tipo de tumor al incluir un marcador de linaje específico en el panel. El marcador puede por si mismo ser un TuAA, como en tirosinasa para melanoma y PSA para próstata, por ejemplo. Alternativamente, el marcador puede ser cualquier antígeno que es razonablemente específico al tipo de célula en cuestión y la expresión de que se mantiene en células neoplásicas, por ejemplo, mamaglobina para tejido de mama. Tecnología de Ensayo Muchas tecnologías para llevar a cabo las etapas de ensayo de la invención se conocen en la materia. Generalmente, cualquier método confiable para detectar proteínas específicas o ARNms puede adaptarse. Se da preferencia a técnicas en base a características tales como la habilidad de ensayar grandes números de muestras y/o proporcionar resultados rápidamente o que el ensayo es económico de practicar, o algún óptimo de esos parámetros. El tejido de tumor a ensayar puede obtenerse como tejido voluminoso a través de cirugía o en la forma celular de sangre, médula ósea, aspirados celulares, lavado peritoneal, aspirados plurales, o lavados bronquiales, y lo similar. La etapa de ensayo puede incluir una determinación de al menos una de presencia, ausencia, abundancia o condición de un TuAA en el panel. En algunas modalidades, la determinación incluye análisis de al menos uno de: ARNm, péptido, polipéptido, proteína madura, y complejo de MHC-péptido. En algunas modalidades, la determinación incluye análisis de al menos uno de: estado de procesamiento de un polipéptido, empalme diferencial de un ácido nucleico, mutación de un ácido nucleico en comparación con una secuencia de línea germinal, variación de una secuencia de polipéptidos o ácidos nucleicos de una secuencia consenso en una población, ubicación celular, ubicación subcelular, y coexpresión con un marcador. Comúnmente, detección de proteínas específicas incluye el uso de anticuerpos. Inmunohistoquímica (IHC) es ampliamente aplicable, pero hibridización western, radioinmunoensayo (RÍA) , y citometría de flujo también pueden utilizarse; colectivamente determinaciones de proteína. Tetrámeros TRC y anticuerpos reconociendo complejos de péptido-MHC específicos también pueden utilizarse. El tejido de tumor puede utilizarse como objetivo o estimulador en una amplia variedad de ensayos inmunológicos (Ellispont, reactividad de hibridoma de célula T, microcitotoxicidad, y lo similar) . Tales ensayos son específicos para un epítope objetivo, no solo el antígeno de origen, y de esta manera pueden referirse como determinaciones de epítope. Detección de ARNm específico puede realizarse utilizando cualquiera de varias modalidades de RT-PCR (reacción en cadena de polimerasa de transcripción inversa) y técnicas de amplificación de ácido nucleico similares (por ejemplo, 3SR) , hibridización northern, solicitud de conjuntos de genes con ARNm o ADNc, e hibridización in si tu; colectivamente determinaciones de transcripción. Los reactivos que detectan presentación de epítopes de célula T de antígenos objetivo también pueden utilizarse. Estos incluyen, por ejemplo, estirpes de célula T e hibridomas, y más preferentemente, anticuerpos específicos para el complejo de péptido-MHC y tetrámeros TCR (ver por ejemplo, Li et al . Na ture Biotech . 23:349-354, 2005 que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) . Técnicas PCR son sensibles y generalmente fáciles de implementar, sin embargo, no pueden detectar el mosaiquismo de expresión de antígeno dentro de una muestra. IHC (y otras técnicas in situ) , aunque potencialmente de labor más intensiva, permiten la variación espacial de expresión dentro de una muestra a observarse. De esta manera, las distinciones entre co-expresión de antígenos dentro de las mismas células contra co-expresión dentro de diferentes células dentro de la misma muestra pueden hacerse. Ambas situaciones pueden ser deseables, la primera proporcionando mayor redundancia del objetivo y probabilidad reducida de escape de pérdida de antígeno de mutantes que se originan, la última revelando como una mayor proporción del tejido de tumor total puede ser directamente el objetivo. Tal información también es relevante al uso de antígenos con patrones de expresión más complejos. Por ejemplo, PSMA, que puede expresarse por células de próstata y neovasculatura de tumor, puede utilizarse como un marcador de linaje prostático si su expresión puede asociarse específicamente con las células neoplásicas, ya sea a través del uso de una metodología de detección in si tu o microdisección antes de la expresión de ensayo. En modalidades preferidas de la invención el agente inmunoterapéutico induce una respuesta de célula T, especialmente incluyendo una respuesta de célula T de MHC restringido clase I. De esta manera, puede ser ventajoso confirmar expresión de MHC por el tejido de tumor. Los reactivos para detección de MHC, incluyendo para PCR y métodos a base de anticuerpo, se conocen ampliamente en la materia. Los reactivos específicos de tipo, lugar y clase están en uso común. La expresión de clase I también puede valorarse por detección o ß2-microglobulina . Reactivos específicos de lugar y clase ofrecen la ventaja de un procedimiento uniforme ampliamente aplicable. Los reactivos específicos de tipo permiten la confirmación simultánea de expresión y tipo de MHC. Las técnicas a base de anticuerpo pueden ofrecer la ventaja de detectar directamente la expresión de proteína en la superficie de célula, que es de relevancia clínica, en contraste a RT-PCR y lo similar, del cual la expresión de superficie puede solamente inferirse. Los ensayos a base de tetrámero TCR permiten la confirmación simultánea de tanto MHC como de expresión de antígeno objetivo (en realidad, aún epítope objetivo) y son inherentemente de tipo específico. Diseño de Panel Varias modalidades de los métodos descritos se contemplan. La primera concierne principalmente a identificar antígenos que están disponibles para ser el objetivo en un tejido de tumor del paciente particular. De esta manera, en algunas modalidades, el panel de antígenos ensayados en la práctica del método descrito en la presente se ensambla de TuAAs más comúnmente expresados para los cuales los inmunoterapéuticos objetivo están disponibles (vendidos o en desarrollo) . Los antígenos pueden incluirse en un panel en una base prospectiva, por ejemplo, debido a expresión común o altamente específica en uno u otro subconjunto de tumores, o en anticipación del desarrollo de un producto terapéutico correspondiente. De esta manera, las mismas observaciones de búsqueda que indican un antígeno serían un buen objetivo para inmunoterapia (por ejemplo, especificidad, prevalencia, y nivel de expresión; presentación para productos a base de célula T o expresión de superficie para productos a base de anticuerpo; y que por inclusión en una redundancia inmunoterapéutica multivalente o amplitud de objetivo puede incrementarse) también pueden justificar la inclusión de ese antígeno en los paneles de diagnóstico de la invención. Un antígeno cuya expresión es específica a un tipo de tumor particular, tal como tirosinasa en melanoma, es adecuado para paneles utilizados en la selección de ese tipo de tumor. Un antígeno que se expresa en una variedad de tipos de tumor, aún si no altamente prevalente en cualquiera particular, puede ser adecuado para inclusión en paneles utilizados para seleccionar que variedad de tipos de tumor o en paneles utilizados como una selección general, por ejemplo, no se relacionan con un tipo de tumor individual.

En algunas modalidades, el panel de antígenos específicamente excluye marcadores de perfiles de expresión complejos asociados con cáncer, y lo similar, que no son objetivos apropiados de inmunoterapia. El origen histológico de un tumor es generalmente de interés clínico, por ejemplo, para diseñar una estrategia de tratamiento o confirmar que una recurrencia aparente se relaciona con el cáncer original presunto. Para este fin los marcadores de linaje pueden incluirse en los paneles de antígenos. Venta de Inmunoterapéuticos de Cáncer Modalidades de la invención descritas en la presente se relacionan con los métodos para identificar pacientes que pueden beneficiarse de inmunoterapias de cáncer particulares que también pueden ser útiles en la identificación de candidatos para participación en pruebas clínicas de tales productos y para vender las vacunas. Mucho trabajo de diagnóstico para cáncer se lleva a cabo en laboratorios centralizados. Ya sea para reclutamiento o venta, se hace un acuerdo con uno o más de estos laboratorios. El acuerdo puede conllevar un contrato de honorarios para servicio o una sociedad o empresa conjunta. El laboratorio incluye ensayos de perfil de expresión de TuAA, como se describe en la presente, en su panel estándar de pruebas llevadas a cabo en muestras de tumor presentadas y los resultados se reportan junto con aquellos de las otras pruebas. Cuando una muestra de tumor se identifica como positiva para uno o más antígenos correspondientes a inmunogenes constituyentes de una vacuna se incluye un aviso en la misma comunicación, como el reporte de prueba alertando al doctor (o paciente si los resultados de la prueba se reportan directamente al paciente) de la disponibilidad de una prueba clínica para la cual el paciente puede ser elegible o un producto del cual el paciente pueda beneficiarse. Antígenos Asociados de Tumor Ejemplos de TuAAs útiles en modalidades descritas en la presente incluyen tirosinasa (SEQ. ID NO. 1), melan-A, (SEQ. ID NO. 2), SSX-2, (SEQ. ID NO.3), PSMA (antígeno de membrana específico de próstata) (SEQ. ID NO. 4), MAGE-I (SEQ. ID NO. 5), MAGE-3 (SEQ. ID NO. 6), NY-ESO-I (SEQ. ID NO. 7), PRAME (SEQ ID NO.8), Her2/Neu (SEQ ID NO. 9), PSA (SEQ ID NO. 10), C35 (SEQ ID NO. 11), SSX-4 (SEQ ID NO. 12), gplOO (SEQ ID NO. 13), factor de transcripción tiroidal 1 (TTF1) (SEQ ID NO. 14), mamaglobina (SEQ ID NO. 15), proteína inducible de prolactina (Brst2) (SEQ ID NO. 16), mesotelina, isoforma 1 (SEQ ID NO. 17), mesotelina, isoforma 2 (SEQ ID NO. 18), PSCA (SEQ ID NO. 19) y SCP-I (SEQ ID NO. 20). Las secuencias de codificación naturales para estas 20 proteínas o cualquier segmento dentro de ellas, pueden determinarse de su ADNc o secuencias de codificación completas (cds), SEQ. ID NOS. 21-40, respectivamente. Las secuencias descritas en la Tabla 1 se proporcionan en el Listado de Secuencias presentado con la misma. Tabla 1. SEQ ID NOS ** Todos los números de acceso utilizados aquí y en todo el documento pueden accesarse a través de las bases de datos NCBl, por ejemplo, a través de búsqueda Entrez y sistema de recuperación en la red mundial. Tirosinasa es una enzima biosintética de melanina que se considera uno de los marcadores más específicos de diferenciación melanocítica . Tirosinasa se expresa en pocos tipos celulares, principalmente en melanocitos, y altos niveles con frecuencia se encuentran en melanomas. La utilidad de tirosinasa como un TuAA se enseña en la Patente de EE.UU. 5,747,271 titulada "MÉTODO PARA IDENTIFICAR INDIVIDUOS QUE PADECEN DE UNA ANORMALIDAD CELULAR ALGUNAS DE CUYAS CÉLULAS ANORMALES PRESENTAN COMPLEJOS DE PÉPTIDOS DERIVADOS DE HLA-A2/TIROSINASA, Y MÉTODOS PARA TRATAR A DICHOS INDIVIDUOS" ("METHOD FOR IDENTIFYING INDIVIDUALS SUFFERING FROM A CELLULAR ABNORMALITY SOME OF WHOSE ABNORMAL CELLS PRESENT COMPLEXES OF HLA-A2 /TYROSINASA DERIVED PEPTIDES, AND METHODS FOR TREATING SAID INDIVIDUALS") que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. GP100, también conocido como PMell7, es otra proteína biosintética de melanina expresada a altos niveles en melanomas. GP100 como un TuAA se describe en la Patente de EE.UU. 5,844,075 titulada "ANTÍGENOS DE MELANOMA Y SU USO EN DIAGNÓSTICO Y MÉTODOS TERAPÉUTICOS" ("MELANOMA ANTIGENS AND THEIR USE IN DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC METHODS") que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad.

Melan-A, también conocido como MART-I (Antígeno de Melanoma Reconocido por células T) , es otra proteína biosintética de melanina expresada a altos niveles en melanomas. La utilidad de Melan-A/MART-1 como un TuAA se enseña en la Patentes de EE.UU. Nos. 5,874,560 y 5,994,523 ambas tituladas "ANTÍGENOS DE MELANOMA Y SU USO EN DIAGNÓSTICO Y MÉTODOS TERAPÉUTICOS" ("MELANOMA ANTIGENS AND THEIR USE IN DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC METHODS") así como también Patente de EE.UU. No. 5,620,886, titulada "SECUENCIA DE ÁCIDOS NUCLEICOS AISLADA CODIFICANDO UN PRECURSOR DE ANTÍGENO DE RECHAZO DE TUMOR PROCESADO PARA AL MENOS UN ANTÍGENO DE RECHAZO DE TUMOR PRESENTADO POR HLA-A2 ! , cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. SSX-2, también conocido como Hom-Mel-40, es un miembro de una familia de antígenos de cáncer testicular (CT) altamente conservados (Gure, A. O. et al . Int . J. Cáncer 72:965-971, 1997, que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) . Su identificación como un TuAA se enseña en la Patente de EE.UU. 6,025,191 titulada "MOLÉCULAS DE ÁCIDO NUCLEICO AISLADAS QUE CODIFICAN UN ANTÍGENO ESPECÍFICO DE MELANOMA Y USOS DE LAS MISMAS" ("ISOLATED NUCLEIC ACID MOLECULES WHICH ENCODE A MELANOMA SPECIFIC ANTIGEN AND USES THEREOF" ) que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Los antígenos de cáncer testicular se encuentran en una variedad de tumores, pero generalmente están ausentes de tejidos adultos normales excepto testículos. La expresión de diferentes miembros de la familia SSX se ha encontrado en varias estirpes de célula de tumor. Debido al alto grado de identidad de secuencia entre miembros de familia SSX, epítopes similares de más de un miembro de la familia se generarán y serán capaces de unirse a una molécula MHC, de manera que algunas vacunas dirigidas contra un miembro de esta familia pueden reaccionar de manera cruzada y ser efectivas contra otros miembros de esta familia. MAGE-I (antígeno 1 asociado a melanoma) , MAGE-2 (antígeno 2 asociado a melanoma) , y MAGE-3 (antígeno 3 asociado a melanoma) son miembros de otra familia de antígenos de cáncer testicular descubiertos originalmente en melanoma pero se encuentran en una variedad de tumores. La identificación de proteínas MAGE como los TuAAs se enseña en la Patente de EE.UU. 5,342,774, titulada "SECUENCIA DE NUCLEÓTIDOS QUE CODIFICA EL PRECURSOR DE ANTÍGENO DE RECHAZO DE TUMOR, MAGE-1" ("NUCLEOTIDE SEQUENCE ENCODING EL TUMOR REJECTION ANTIGEN PRECURSOR, MAGE-I") que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad, y en numerosas patentes subsiguientes. Actualmente existen 17 entradas para MAGE (humano) en la base de datos de Proteína SWISS. Existe similitud extensiva entre estas proteínas, de manera que en muchos casos, un epítope de uno puede inducir una respuesta reactiva cruzada a otros miembros de la familia. Unos pocos miembros de la familia MAGE no se han observado en tumores, la mayoría notablemente MAGE-H1 y MAGE-DI, que se expresan en testículos y cerebro, y células estromales de médula ósea, respectivamente. La posibilidad de reactividad cruzada en tejido normal se mejora por el hecho de que están entre las menos similares a las otras proteínas MAGE. GAGE-1 es un miembro de la familia GAGE de antígenos de cáncer testicular (Van den Eynde, B., et al . , J. Exp . Med. 182: 689-698, 1995; Patentes de EE.UU. Nos. 5,610,013; 5648226; 5,858,689; 6,013,481; Y 6,069,001, cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) . La base de datos PubGene actualmente enlista 12 miembros accesibles distintos, algunos de los cuales se conocen de manera sinónima como PAGE o XAGE . GAGE-I a GAGE-8 tienen un grado muy alto de identidad de secuencia, de manera que la mayoría de los epítopes pueden compartirse entre múltiples miembros de la familia. BAGE es un antígeno de cáncer testicular comúnmente expresado en melanoma, particularmente melanoma metastásico, así como también en carcinomas de las células de pulmón, mama, vejiga y escamosas del cuello y cabeza. Su utilidad como un TuAA se enseña en las Patentes de EE.UU. Nos. ,683,88, titulada "ANTÍGENOS DE RECHAZO DE TUMOR QUE CORRESPONDEN A SECUENCIAS DE AMINOÁCIDOS EN PRECURSOR DE ANTÍGENO DE RECHAZO DE TUMOR BAGE, Y USOS DE LOS MISMOS" ("TUMOR REJECTION ANTIGENS WHICH CORRESPOND TO AMINO ACID SEQUENCES IN TUMOR REJECTION ANTIGEN PRECURSOR BAGE, AND USES THEREOF") y 5,571,711, titulada "MOLÉCULAS DE ÁCIDO NUCLEICO AISLADAS CODIFICANDO PRECURSORES DE ANTÍGENO DE RECHAZO DE TUMOR BAGE" ("ISOLATED NUCLEIC ACID MOLECULES CODING FOR BAGE TUMOR REJECTION ANTIGEN PRECURSORS") cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. NY-ESO-I, también conocido como CTAG-I (Antígeno 1 de Cáncer testicular) y CAG-3 (Antígeno 3 de Cáncer) , es un antígeno de cáncer testicular encontrado en una amplia variedad de tumores. NY-ESO-I como un TuAA se describe en la Patente de EE.UU. 5,804,381, titulada "MOLÉCULA DE ÁCIDO NUCLEICO AISLADA CODIFICANDO UN ANTÍGENO ASOCIADO A CÁNCER ESOFAGEAL, EL ANTÍGENO EN SI, Y USOS DE LA MISMA" ("ISOLATED NUCLEIC ACID MOLECULE ENCODING AN ESOPHAGEAL CÁNCER ASSOCIATED ANTIGEN, THE ANTIGEN ITSELF, AND USES THEREOF") que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Un lugar parálogo codificando antígenos con identidad de secuencia extensiva, LAGE-la/s y LAGE-lb/L, se ha descrito en ensambles públicamente disponibles del genoma humano, y se ha concluido que se origina por empalme alterno.

Adicionalmente, CT-2 (o CTAG-2, Antígeno 2 de Cáncer testicular) parece ser ya sea un alelo, un mutante, o una discrepancia de secuenciación de LAGE-lb/L. Debido a la extensiva identidad de secuencia, muchos epítopes de NY-ESO-I también pueden inducir inmunidad a tumores que expresan estos otros antígenos. NY-ESO-I y LAGE son virtualmente idénticos al aminoácido 70. Del aminoácido 71 a 134 la corrida más larga de identidad entre las dos proteínas es 6 residuos, pero potencialmente las secuencias reactivas cruzadas están presentes. Del aminoácido 135 a 180, NY-ESO y LAGE-la/s son idénticos excepto para un residuo único, pero LAGE-lb/L no se relaciona debido al empalme alterno. Los antígenos CAMEL y LAGE-2 parecen derivarse del ARNm de LAGE-1, pero de estructuras de lectura alternas, dando así origen a secuencias de proteínas no relacionadas. Más recientemente, el Acceso al Banco Genético AF277315.5, clon de cromosoma X de Homo sapiens RP5-865E18, RP5-1087L19, secuencia completa, reporta tres lugares independientes en esta región que se marcan como LAGE1 (correspondiente a CTAG-2 en los ensambles de genoma) , LAGE2-A y LAGE2-B (ambos correspondientes a CTAG-I en los ensambles de genoma) . PRAME, también conocido como MAPE, DAGE, y OIP4, se observa generalmente como un antígeno de melanoma. Subsecuentemente, se ha reconocido como antígeno de cáncer testicular (CT) , pero diferente a muchos antígenos CT, tales como MAGE, GAGE y BAGE, PRAME se expresa en leucemias mieloides agudas. PRAME es un miembro de la familia MAPE, que consiste grandemente de proteínas hipotéticas con las que comparte similitud de secuencia limitada. La utilidad de PRAME como un TuAA se enseña en la Patente de EE.UU. 5,830,753, titulada "MOLÉCULAS DE ÁCIDO NUCLEICO AISLADA CODIFICANDO PRECURSOR DE ANTÍGENO DE RECHAZO DE TUMOR DAGE Y USOS DE LAS MISMAS" ("ISOLATED NUCLEIC ACID MOLECULES CODING FOR TUMOR REJECTION ANTIGEN PRECURSOR DAGE AND USES THEREOF") que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. PSMA (antígeno de membranas específico de próstata), un TuAA descrito en la Patente de EE.UU. 5,538,866 titulada "ANTÍGENO DE MEMBRANAS ESPECÍFICO PARA PRÓSTATA" ("PROSTATE-SPECIFIC MEMBRANES ANTIGEN") que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad, se expresa por epitelio de próstata normal y, a un nivel más alto, en cáncer prostático. Adicionalmente, la expresión también se ha observado en carcinoma ovárico. También se ha encontrado en la neovasculatura de tumores no prostéticos. PSMA también puede formar la base para vacunas dirigidas tanto a próstata como cáncer ovárico y a la neovasculatura de otros tumores. Este ultimo concepto se describe de manera más completa en una Solicitud de Patente de EE.UU. provisional No. 60/274,063, titulada "VACUNAS ANTI-NEOVASCULARES PARA CÁNCER" ("ANTI-NEOVASCULAR VACCINES FOR CÁNCER") presentada el 7 de Marzo de 2001, y Solicitud de EE.UU. No. 10/094,699 (No. Pub. 20030046714 Al), presentada el 7 de Marzo de 2002, titulada "PREPARACIONES ANTI-NEOVASCULARES PARA CÁNCER" ("ANTI-NEOVASCULAR PREPARATIONS FOR CÁNCER") cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Brevemente, a medida que los tumores crecen reclutan crecimiento hacia adentro de nuevos vasos sanguíneos. Se entiende que es necesario mantener el crecimiento ya que los centros de tumores no vascularizados son generalmente necróticos y se ha reportado que los inhibidores de angiogénesis causan regresión de tumor. Tales nuevos vasos sanguíneos, o neovasculatura, expresan antígenos no encontrados en vasos establecidos, y de esta manera pueden tenerse como objetivo específicamente. Al inducir CTL contra antígenos neovasculares los vasos pueden interrumpirse, interrumpiendo el flujo de nutrientes a, y el retiro de desperdicios de, tumores, conduciendo a regresión. Empalme alterno del ARNm de PSMA conduce a una proteína con un inicio aparente en Metss, eliminando así la región de sujeción de membrana putativa de PSMA como se describe en la Patente de EE.UU. 5,935,818, titulada "MOLÉCULA DE ÁCIDO NUCLEICO AISLADA CODIFICANDO ANTÍGENO DE MEMBRANAS ESPECÍFICAS DE PRÓSTATA EMPALMADAS ALTERNATIVAMENTE Y USOS DE LA MISMA" ("ISOLATED NUCLEIC ACID MOLECULE ENCODING ALTERNATIVELY SPLICED PROSTATE-SPECIFIC MEMBRANES ANTIGEN AND USES THEREOF") que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Una proteína denominada a proteína similar a PSMA, número de acceso al Banco Genético AF261715, es casi idéntica a aminoácidos 309-750 de PSMA, pero tiene un perfil de expresión diferente. De esta manera, los epítopes más preferidos son aquellos con un término N ubicado del aminoácido 58 al 308. PSA (antígeno específico de próstata) es una peptidasa de la familia calicreina y un antígeno de diferenciación de la próstata. La expresión en tejido de mama también se ha reportado. Nombres alternos incluyen seminoproteína gamma, calicreina 3, seminogelasa, seminina, y antígeno P-30. PSA tiene un alto grado de identidad de secuencia con los varios productos de empalme alternos, calicreina-1 y -2 prostática/glandular, así como también calicreina 4, que también se expresa en tejido de mama y próstata. Otras calicreinas generalmente comparten menos identidad de secuencia y tienen diferentes perfiles de expresión. Sin embargo, reactividad cruzada que puede provocarse por cualquier epítope particular, junto con la probabilidad de que ese epítope se liberaría al procesar en tejidos no objetivo (más generalmente por el proteasoma cuidador), debe considerarse para diseñar una vacuna.

PSCA (antígeno de célula germinal de próstata) y también conocido como SCAH-2, es un antígeno de diferenciación preferentemente expresado en células epiteliales de próstata, y sobreexpresado en cánceres de próstata. Expresión de nivel inferior se observa en algunos tejidos normales incluyendo células neuroendocrinas del tracto digestivo y ductos de recolección del riñon. PSCA se describe en la Patente de EE.UU. 5,856,136, titulada "ANTÍGENOS DE CÉLULA GERMINAL DE HUMANO" ("HUMAN STEM CELL ANTIGENS") que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Proteína 1 de complejo sinaptonemal (SCP-I), también conocida como HOM-TES-14, es una proteína asociada a meiosis y también a un antígeno de cáncer testicular (Tureci, O., et al . Proc. Nati. Acad. Sci. USA 95:5211-5216, 1998, que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) . Como un antígeno de cáncer su expresión no se regula por ciclo celular y se encuentra frecuentemente en gliomas, mama, célula renal, y carcinomas ováricos. Tiene alguna similitud con miosinas, pero con pocas identidades suficientes que los epítopes reactivos cruzados no son un prospecto inmediato. El dominio ED-B de fibronectina también es un objetivo potencial. Fibronectina se somete a empalme alternativo regulado de manera desarrollada, con el dominio ED-B codificándose por un exón único que se utiliza principalmente en tejidos oncofetales (Matsuura, H. and S. Hakomori Proc. Nati. Acad. Sci. USA 82:6517-6521, 1985 Carnemolla, B. et al. J Cell Biol. 108:1139-1148, 1989 Loridon-Rosa, B. et al. Cáncer Res.50 : 1608-1612, 1990 Nicolo, G. et al. Cell Differ. Dev. 32:401-408, 1990; Borsi, L. et al. Exp. Cell Res. 199:98-105, 1992; Oyama, F. et al. Cáncer Res. 53:2005-2011, 1993; Mandel, U. et al. APMIS 102:695-702, 1994; Farnoud, M.R. et al. Int. J. Cáncer 61:27-34, 1995; Pujuguet, P. et al. Am. J. Pathol. 148:579-592, 1996; Gabler, U. et al. Heart 75:358-362, 1996; Chevalier, X. Br. J. Rheumatol. 35:407-415, 1996; Midulla, M. Cáncer Res. 60:164-169, 2000, cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) . El dominio ED-B también se expresa en fibronectina de la neovasculatura (Kaczmarek, J. et al. Int. J. Cáncer 59:11-16, 1994; Castellani, P. et al. Int. J. Cáncer 59:612-618, 1994; Neri, D. et al. Nat. Biotech. 15:1271-1275, 1997; Karelina, T.V. and A.Z. Eisen Cáncer Detect. Prev. 22:438-444, 1998; Tarli, L. et al. Blood 94:192-198, 1999; Castellani, P. et al. Acta Neurochir. (Wien) 142:277-282, 2000, cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) . Como un dominio oncofetal, el dominio ED-B se encuentra comúnmente en la fibronectina expresada por células neoplásicas además de expresarse por la neovasculatura. De esta manera, las vacunas inductoras de CTL que tienen como objetivo el dominio ED-B pueden exhibir dos mecanismos de acción: lisis directa de células de tumor, e interrupción del suministro de sangre del tumor a través de la destrucción de la neovasculatura asociada a tumor. Ya que la actividad de CTL puede decaer rápidamente después de la extracción de la vacuna, la interferencia con angiogénesis normal puede ser mínima. El diseño y prueba de vacunas que tienen como objetivo neovasculatura se describe en la Solicitud de Patente Provisional de EE.UU. No. 60/274,063, titulada "VACUNAS DE ANTI-NEOVASCULATURA PARA CÁNCER" ( "ANTI-NEOVASCULATURE VACCINES FOR CÁNCER)" presentada el 7 de Marzo de 2001, y en la Solicitud de Patente de EE.UU. No. 10/094,699, (No. Pub. 20030046714 Al), titulada "PREPARACIONES ANTI-NEOVASCULATURA PARA CÁNCER" ("ANTI-NEOVASCULATURE PREPARATIONS FOR CÁNCER") presentada el 7 de Marzo de 2002, cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Una estirpe de célula de tumor se describe en la Solicitud de EE.UU. Provisional No. 60/363,131, presentada el 7 de Marzo de 2002, titulada "ESTIRPE DE CÉLULA DE TUMOR DE MURINO TRANSGÉNICO " ("HLA- TRANSGENIC MURINE TUMOR CELL LINE") que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Antígeno carcinoembriónico (CEA) es una proteína oncofetal paradigmática primero descrita en 1965 (Gold and Freedman, J. Exp. Med. 121: 439-462, 1965, que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) . Referencias más completas pueden encontrarse en Online Mendelian Inheritance in Man; registro * 114890. Se ha renombrado oficialmente molécula 5 de adhesión a célula relacionada con antígeno carcinoembriónico (CEACAM5) . Su expresión se asocial más fuertemente con adenocarcinomas del revestimiento epitelial del tracto digestivo y en colon fetal. CEA es un miembro de la familia de supergen de inmunoglobulina y el miembro de definición de la subfamilia CEA. Survivina, también conocida como Proteína 5 que Contiene Repetición IAP Baculoviral (BIRC5) es otra proteína con un patrón oncofetal de expresión. Es un miembro del inhibidor de familia de gen de proteína de apoptosis (IAP). Se sobreexpresa ampliamente en cánceres (Ambrosini, G. et al . , Na t . Med. 3:917-921, 1997; Velculiscu V.E. et al . , Na t . Genet . 23:387-388, 1999, que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) y su función como un inhibidor de apoptosis se cree que contribuye al fenotipo maligno . HER2/NEY es un oncogén relacionado con el receptor del factor de crecimiento epidérmico (van de Vijver, et al . , New Eng. J. Med. 319:1239-1245, 1988, que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) , y aparentemente idéntico al oncogén C-ERBB2 (Di Fiore, et al . , Science 237: 178-182, 1987, que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) . La sobreexpresión de ERBB2 se ha implicado en la transformación neoplásica de cáncer de próstata. Como con HER2, se amplifica y sobreexpresa en 25-30% de cánceres de mama entre otros tumores donde el nivel de expresión se correlaciona con la agresión del tumor (Slamon, et al . , New Eng. J. Med. 344:783-792, 2001, que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) . Una descripción más detallada está disponible en Online Mendelian Inheritance in Man; registro * 164870. MESOTELINA es un antígeno originalmente encontrado en mesoteliomas y también conocido por estar supraregulado en muchos cánceres ováricos y pancreáticos. Su uso como un objetivo de vacuna, así como también epítopes útiles, se describe en Thomas, A.M. et al . , J. Exp . Med. 200:297-306, 2004, que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad Ejemplos adicionales de antígenos asociados al tumor incluyen MelanA (MART-I), gplOO (Pmel 17), tirosinasa, TRP-I, TRP-2, MAGE-I, MAGE-3, BAGE, GAGE-I, GAGE-2, pl5(58), CEA, RAGE, NY-ESO (LAGE), SCP-I, Hom/Mel-40, PRAME, p53, H-Ras, HER-2/neu, BCR-ABL, E2A-PRL, H4-RET, IGH-IGK, MYL-RAR, antígenos de virus Epstein Barr, EBNA, antígenos de papilomavirus humano (HPV) E6 y E7, TSP-180, MAGE-4, MAGE-5, MAGE-6, pl85erbB2, pl80erbB-3, c-met, nm-23Hl, PSA, TAG-72-4, CA 19-9, CA 72-4, CAM 17.1, NuMa, K-ras, ß-Catenin, CDK4, Mum-1, pl6, TAGE, PSMA, PSCA, CT7, telomerasa, 43-9F, 5T4, 791Tgp72, alfa-fetoproteína, ß-HCG, BCA225, BTAA, CA 125, CA 15-3 (CA 27.29/BCAA), CA 195, CA 242, CA-50, CAM43, CD68\KP1, CO-029, FGF-5, G250, Ga733 (EpCAM) , HTgp-175, M344, MA-50, MG7-Ag, M0V18, NB/70K, NY-CO-I, RCAS1, SDCCAG16, TA-90 (proteína asociada a ciclofilina C/proteína de unión Mac-2), TAAL6, TAG72, TLP, TPS, y lo similar. Antígenos asociados a tumor adicionales se describen en Chen, YT, "Identificación de antígenos de tumor de humano por clonación de expresión serológica: una revisión en línea en SEREX" ("Identification of human tumor antigens by serological expression cloning: an online review on SEREX") Cáncer Immun . 2004 [actualizado el 10 de Marzo de 2004; citada el 1 de Abril de 2004] en www cancerimmunotherapy.org/SEREX/; y Renkvist, N. e't al., "Un listado de antígenos de tumor reconocidos por células T" ("A listing of tumor antigens recognized by T cells") Cáncer Immunology Immunotherapy, 50:3-15 (2001), cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Tabla 2 adaptada de Scanlan et al . , "Los genes de cáncer/testículos: Revisión, estandarización y comentario", ("The cancer/testis genes: Review, standardization, and commentary") Cáncer Immuni ty 4:1 (23 de Enero de 2004), que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad, proporciona un listado de Antígenos CT . Tabla 3 proporciona la frecuencia de expresión de ARNm en varios tipos de tumor para los antígenos CT en la Tabla 2. Scanlan et al . , "Los genes de cáncer/testículos: Revisión, estandarización y comentario" ("The cancer/testis genes: Review, standardization, and commentary") Cáncer Immuni ty 4:1 (23 de Enero de 2004), que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Tabla 2 Listado de genes CT abreviaciones: Blad, vejiga; Brn, cerebro; Brst, mama; Col, colón; Gas, gástrico; H/N, cabeza/cuello; Leuk, leucemia; Lymph, linfoma, NSCLC, carcinoma de pulmón de célula no pequeña; Mel, melanoma; Ov, ovario; Pancr, pancreático; Pros, próstata; Sarc, sarcoma; Ref, referencia. bReferencia 59 Antígenos adicionales asociados con neovasculatura de tumor incluyen VEGFR2 (receptor 2 del factor de crecimiento endotelial vascular) descritos en la Patente de EE.UU. No. 6,342,221, que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad; y Tie-2, una quinasa de tirosina del receptor específico de endotelio que se describe en WO9943801, que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Además de la interrupción del flujo sanguíneo a tumores que puede lograrse utilizando agentes anti-neovasculatura tales como aquellos citados arriba, las moléculas co-objetivo expresadas en células de cáncer así como también moléculas expresadas en células estromales no transformadas subyacentes (incluyendo neovasculatura así como también tejido intersticial, por ejemplo) también pueden mejorar la efectividad de inmunoterapéuticos multivalentes en limitar el crecimiento de tumor y promover la regresión de cáncer por otros mecanismos. Estroma comprende neovasculatura así como también fibroblastos, y en general, todas las células no linfoide, no transformadas dentro de un microambiente de tumor. Por ejemplo, el ataque mediado inmune de las células endoteliales (a través de linfocitos T citotóxicos (CTLs) o células citotóxicas dependientes de anticuerpo (ADCC) puede resultar en permeabilización de neovasculatura e inicio de eventos inflamatorios que resultan en reclutamiento y transubicación de efectores inmunes, tales como CTLs, teniendo como objetivo las células neoplásicas dentro de lesiones metastáticas y tumor primario. En comparación con las estrategias que tienen como objetivo solamente células de cáncer, los métodos para tener como objetivo tejido estromal asociado mejoran la eficiencia de las anteriores. De manera similar, en comparación con las estrategias que tienen como objetivo solamente neovasculatura, los métodos para tener como co-objetivo células de cáncer mejoran el efecto terapéutico total al atacar lesiones, incluyendo aquellas de vascularización y tamaño limitado, especialmente aquellas ubicadas de manera adversa dentro de órganos vitales. Con respecto a neovasculatura, el tener como objetivo VEGFRs (tales como II), CD55 y PSMA así como también otras moléculas expresadas por neovasculatura, puede realizarse al generar CTL o anticuerpos con capacidad para iniciar ADCC o lesión de célula activada por complemento. Alternativamente, la lesión endotelial inicial puede originarse a través de inmunoterapia pasiva utilizando anticuerpos anti-angiogénicos disponibles. Además o alternativamente, el tener como coobjetivo los antígenos asociados a objetivo, junto con factores que promueven crecimiento, metástasis o supervivencia producidos por células de cáncer o células no transformadas que se encuentran en el compartimiento extracelular (en difusión o asociadas con la matriz extracelular) , también pueden resultar en un efecto terapéutico más substancial. Al tener como co-objetivo los antígenos expresados dentro o en células de cáncer así como también factores que ejercen efectos de paracrina o autocrina (crecimiento, supervivencia y/o invasión) , el proceso patogénico puede disminuirse o interrumpirse a grado significativo. El tener como co-objetivo los factores de paracrina o autocrina (tales como, pero no limitándose a, moléculas que activan NF-kB - CXCL15, CXCL8, CCL2 ; o factores de crecimiento tales como, pero no limitándose a, hormona coriónica-gonadotrópica y gastrina) puede llevarse a cabo por co-inducción de anticuerpos neutralizantes o de manera secundaria, por CTLs reconociendo células que producen tales factores. En resumen, el tener como co-objetivo elementos múltiples de importancia biológica para crecimiento de tumor y metástasis puede limitar la progresión del proceso maligno al impactar los procesos de selección clonal, evasión inmune y escape. De esta manera, el tener como co-objetivo antígenos asociados a estroma proporciona un modo adicional de ataque ya que tales actividades se inhiben y/o interrumpen. Un experto en la materia apreciará que cualquier otro antígeno o proteína asociada con células vasculares u otras estromales asociadas a tumor puede ser un objetivo para las composiciones inmunogénicas, incluyendo aquellas que se conocen actualmente y aquellas aún por identificarse. Composiciones Las composiciones inmunogénicas, incluyendo, por ejemplo, vacunas, pueden prepararse utilizando antígeno completo o un péptido epitópico. Los inmunogenes de péptido pueden prepararse fácilmente utilizando medios de síntesis de péptido estándar conocidos en la materia, por ejemplo. Los inmunogenes pueden prepararse comercialmente por una de numerosas compañías que hacen síntesis química. Un ejemplo de tal compañía es American Peptides, Inc., donde el distribuidor es CLINALFA AG (Laufelfingen, Suiza) . Los antígenos o inmunogenes pueden prepararse de acuerdo con estándares GMP y la pureza puede valorarse por HPLC analítico. El producto puede caracterizarse por análisis de aminoácido y probarse para esterilidad y la ausencia de pirógenos . Las composiciones inmunogénicas también pueden incluir adyuvantes u otros modificadores de respuesta biológica (BRMs). Métodos particularmente ventajosos para utilizar adyuvantes y BRMs se describen en solicitud de patente provisional de EE.UU. 60/640727, titulada, "MÉTODOS PARA ACTIVAR, MANTENER Y MANIPULAR RESPUESTAS INMUNES POR ADMINISTRACIÓN OBJETIVO DE MODIFICADORES DE RESPUESTA BIOLÓGICA EN ÓRGANOS LINFOIDES" ("METHODS TO TRIGGER, MAINTAIN AND MANIPÚLATE IMMUNE RESPONSES BY TARGETED ADMINISTRATION OF BIOLOGICAL RESPONSE MODIFIERS INTO LYMPHOID ORGANS") presentada el 29/12/2004 y que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Un antígeno puede suministrarse a un sistema del animal ya sea directa o indirectamente. Por ejemplo, un polipéptido puede administrarse directamente como el polipéptido, o puede suministrarse indirectamente, por ejemplo, utilizando una construcción de ADN o vector, o un virus recombinante que codifica el antígeno deseado. Cualquier vector conduciendo la expresión en una célula presentando antígeno profesional puede ser adecuado para este propósito. En suministro indirecto, el antígeno se expresa en la célula, entonces se presenta por MHC Clase I en la superficie de la célula para estimular una respuesta CTL. La expresión de una forma secretada del antígeno puede ser útil para inducir una respuesta de anticuerpo que reconoce antígenos que son proteínas de membrana. En una modalidad preferida, un antígeno codificado puede suministrarse en la forma de un vector de expresión de plásmido desnudo. Las construcciones particularmente útiles se describen en la Solicitud de Patente de EE.UU. No. 09/561,572, presentada el 28 de Abril de 2000, titulada "EPÍTOPES QUE CODIFICAN VECTORES DE EXPRESIÓN DE ANTÍGENOS ASOCIADOS A OBJETIVO" ("EXPRESSION VECTORS ENCODING EPITOPES OF TARGET-ASSOCIATED ANTIGENS)"; Solicitud de Patente de EE.UU. No. 10/292,413, presentada el 17 de Noviembre de 2002 (No. Pub. 20030228634 Al), titulada "EPÍTOPES QUE CODIFICAN VECTORES DE EXPRESIÓN DE ANTÍGENOS ASOCIADOS A OBJETIVO Y MÉTODOS PARA SU DISEÑO" ("EXPRESSION VECTORS ENCODING EPITOPES OF TARGET-ASSOCIATED ANTIGENS AND METHODS FOR THEIR DESIGN;" Solicitud de Patente de EE.UU. No. 10/225,568, presentada el 20 de Agosto de 2002 (Pub No. 200-0138808); Solicitud PCT No. PCT/US2003/026231, presentada el 19 de Agosto de 2003 (No. Pub. WO 2004/018666); Patente de EE.UU. No. 6,709,844, titulada "EVITAR COMPUESTOS INTERMEDIOS DE RÉPLICA INDESEABLE EN PROPAGACIÓN DE PLÁSMIDO ("AVOIDANCE OF UNDESIRABLE REPLICATION INTERMEDIATES IN PLASMIND PROPAGATION") y en la Solicitud de Patente de EE.UU. No. 10/026,066, presentada el 7 de Diciembre de 2001 (No. Pub. 20030215425 Al), titulada "SINCRONIZACIÓN DE EPÍTOPE EN CÉLULAS QUE PRESENTAN ANTÍGENO" ("EPITOPE SYNCHRONIZATION IN ANTIGEN PRESENTING CELLS)" cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Metodología adicional, composiciones, péptidos, y análogos de péptidos se describen en Solicitudes Provisionales de EE.UU. Nos. 60/581,001, presentada el 17 de Junio de 2004, y / (No. de Registro Legal 038A) , presentada en la misma fecha que la presente solicitud, ambas tituladas "ANÁLOGOS DE PÉPTIDO SSX-2" ("SSX-2 PEPTIDE ANALOGS"); Solicitud Provisional de EE.UU. Nos. 60/580,962, presentada el 17 de Junio de 2004, and / (No. de Registro Legal 039A) , presentada en la misma fecha que la presente solicitud, ambas tituladas "ANÁLOGOS DE PÉPTIDOS NY-ESO" ("NY-ESO PEPTIDE ANALOGS"); Solicitud de Patente de EE.UU. No. 09/999,186, presentada el 7 de Noviembre de 2001, titulada "MÉTODOS PARA COMERCIALIZAR UN ANTÍGENO" ("METHODS OF COMMERCIALIZING AN ANTIGEN"); Solicitud Provisional de EE.UU. No. 60/640,402, presentada el 29 de Diciembre de 2004, titulada "MÉTODOS PARA PRODUCIR, MEJORAR Y MANTENER RESPUESTAS INMUNES CONTRA EPÍTOPES DE MHC RESTRINGIDO CLASE I, PARA PROPÓSITOS TERAPÉUTICOS O PROFILÁCTICOS" ("METHODS TO ELICIT, ENHANCE AND SUSTAIN IMMUNE RESPONSES AGAINST MHC CLASS I-RESTRICTED EPITOPES, FOR PROPHYLACTIC OR THERAPEUTIC PURPOSES"; y Solicitud Provisional de EE.UU. No. 60/640,821, presentada el 29 de Diciembre de 2004, titulada "MÉTODOS PARA DESVIAR CÉLULAS CD4+ EN LA INDUCCIÓN DE UNA RESPUESTA INMUNE" ("METHODS TO BYPASS CD4+ CELLS IN THE INDUCTION OF AN IMMUNE RESPONSE") cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. La viabilidad de y procedimientos generales relacionados con el uso de AND desnudo para inmunización se describen en la Patente de EE.UU. No. 5,589,466, titulada "INDUCCIÓN DE UNA RESPUESTA INMUNE PROTECTORA EN UN MAMÍFERO AL INYECTAR UNA SECUENCIA DE ADN" ("INDUCTION OF A PROTECTIVE IMMUNE RESPONSE IN A MAMMAL BY INJECTING A DNA SEQUENCE") y en la Patente de EE.UU. No. 5,679,647, titulada "MÉTODOS Y DISPOSITIVOS PARA INMUNIZAR UN HUÉSPED CONTRA ANTÍGENOS ASOCIADOS A TUMOR A TRAVÉS DE LAS ADMINISTRACIONES DE POLINUCLEÓTIDOS DESNUDOS QUE CODIFICAN PÉPTIDOS ANTIGÉNICOS ASOCIADOS A TUMOR" ("METHODS AND DEVICES FOR IMMUNIZING A HOST AGAINST TUMOR-ASSOCIATED ANTIGENS THROUGH ADMINISTRATIONS OF NAKED POLYNUCLEOTIDES WHICH ENCODE TUMOR-AS SOCIATED ANTIGENIC PEPTIDES"), cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Lo anterior enseña solamente inyección intramuscular o intradérmica mientras lo último enseña solamente administración a la piel o mucosa. En una modalidad preferida, el antígeno puede administrarse directamente al sistema linfático. Administración intranodal para la generación de CTL se enseña en las Solicitudes de Patente de EE.UU. Nos. 09/380,534, presentada el 1 de Septiembre de 1999 y 09/776,232, presentada el 2 de Febrero de 2001 (No. Pub.20020007173 Al), y en la Solicitud PCT No. PCTUS98/14289, presentada el 10 de Julio de 1998 (No. Pub. WO9902183A2) cada una titulada "UN MÉTODO PARA INDUCIR UNA RESPUESTA CTL" ("A METHOD OF INDUCING A CTL RESPONSE"), cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Nodo intra linf de inyección de bolo único (i.ln.) requirió solamente 0.1% de la dosis requerida para obtener un nivel similar de respuesta CTL por inyección intramuscular (i.m.). Por lo tanto, una respuesta protectora puede establecerse contra infección viral sistémica con un i.ln suministrado por bolo único, pero no con una dosis cercana al límite práctico suministrado i.m. Las inyecciones de bolo repetidas i.m. fallaron en establecer una respuesta protectora contra una infección de virus periférica o tumor transplantando, mientras que las dosis inferiores administradas i.ln, fueron completamente efectivas. Los procedimientos de inmunización intranodal particularmente útiles se enseñan en la Solicitud de Patente Provisional de EE.UU. No. 60/479,393, presentada el 17 de Junio de 2003, y Solicitud de Patente de EE.UU. No. 10/871,708, presentada el 17 de Junio de 2004, ambas tituladas "MÉTODOS PARA CONTROLAR MAGNITUD Y CALIDAD DE LA RESPUESTA INMUNE DE MHC RESTRINGIDO CLASE I" ("METHODS TO CONTROL MAGNITUDE AND QUALITY THE MHC CLASS I-RESTRICTED IMMUNE RESPONSE"), y en la Solicitud de Patente de EE.UU. No. 10/871,707, presentada el 17 de Junio de 2004, (No. Pub. 20050079152 Al), y Solicitud de Patente Provisional de EE.UU. No. 60/640,402, presentada el 29 de Diciembre de 2004, ambas tituladas "MÉTODOS PARA PRODUCIR, MEJORAR Y MANTENER RESPUESTAS INMUNES CONTRA EPÍTOPES DE MHC RESTRINGIDO CLASE I, PARA PROPÓSITO TERAPÉUTICO O PROFILÁCTICO" ("METHODS TO ELICIT, ENHANCE AND SUSTAIN IMMUNE RESPONSES AGAINST MHC CLASS I-RESTRICTED EPITOPES, FOR PROPHYLACTIC OR THERAPEUTIC PURPOSE") , cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Una clase de epítopes que puede ser ventajosa en composiciones inmunogénicas anti-cáncer son epítopes cuidadores. Estos se producen a través de la acción del proteasoma cuidador (o estándar) . Los epítopes cuidadores pueden liberarse del producto de traducción de vectores de expresión a través de procesamiento proteolítico por el inmunoproteasoma de células presentando antígeno profesional (pAPC) . En una modalidad de la invención, las secuencias que flanquean el (los) epítope (s) cuidador (es) pueden alterarse para promover desdoblamiento por el inmunoproteasoma en la(s) ubicación (es) deseada (s). Los epítopes cuidadores, sus usos, e identificación se describen en la Solicitud de Patente de EE.UU. Nos. 09/560,465 presentada el 28 de Abril de 2000, y Solicitud de Patente de EE.UU. No. 10/026,066 (No. Pub. 20030215425 Al), presentada el 7 de Diciembre de 2001, titulada "SINCRONIZACIÓN DE EPÍTOPE EN CÉLULAS PRESENTANDO ANTÍGENO" ("EPITOPE SYNCHRONIZATION IN ANTIGEN PRESENTING CELLS"), y Patente de EE.UU. No. 6,861,234, titulada "MÉTODO DE DESCUBRIMIENTO DE EPÍTOPE" ("METHOD OF EPITOPE DISCOVERY"), cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Ejemplos de epítopes cuidadores se describen en la Solicitudes de Patente Provisional de EE.UU. Nos. 60/282,211, presentada el 6 de Abril de 2001; 60/337,017, presentada el 7 de Noviembre de 2001; 60/363210 presentada el 7 de Marzo de 2002; y 60/409,123, presentada el 5 de Septiembre de 2002; Solicitud de Patente de EE.UU. No. 10/117,937 (Publication No. 20030220239A1) , presentada el 4 de Abril de 2002; y Solicitud de Patente de EE.UU. No. 10/657,022, presentada el 5 de Septiembre de 2003 (No. Pub. 20040180354 Al, y Solicitud PCT No. PCT/US2003/027706, presentada el 5 de Septiembre de 2003 (No. Pub. WO04022709A2) ambas tituladas "SECUENCIAS DE EPÍTOPE" ("EPITOPE SEQUENCES"), cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. En otras modalidades de la invención, el (los) epítope (s) cuidador (es) pueden flanquearse por secuencias arbitrarias o por residuos incorporando secuencias conocidos por favorecerse en sitios de desdoblamiento de inmunoproteaosoma . Como se utiliza en la presente, el término "secuencias arbitrarias" se refiere a secuencias elegidas sin referencia al contexto de secuencia nativa del epítope, su habilidad para promover el procesamiento o función inmunológica. En modalidades adicionales de la invención múltiples epítopes pueden agruparse de la parte superior a la parte inferior. Estos conjuntos pueden hacerse completamente de epítopes cuidadores. Del mismo modo, los conjuntos pueden incluir epítopes cuidadores e inmunes alternos. Alternativamente, los conjuntos pueden incluir epítopes cuidadores flanqueados por epítopes inmunes, ya sea completos o distalmente truncados. Además, los conjuntos pueden ser de cualquier otra instalación similar. No existe limitación en la colocación de epítope cuidador en las posiciones terminales del conjunto. Los vectores pueden contener adicionalmente secuencias de codificación de proteína auténticas o segmentos de las mismas conteniendo grupos de epítopes como una fuente de epítopes inmunes. El término "auténticas" se refiere a secuencias de proteínas naturales . Los grupos de epítopes y sus usos se describen en las Solicitudes de Patente de EE.UU. Nos. 09/561,571, titulada "GRUPOS DE EPÍTOPES" ("EPITOPE CLUSTERS"), presentada el 28 de Abril de 2000; 09/560,465, presentada el 28 de Abril de 2000, 10/005,905, presentada el 7 de Noviembre de 2001, y 10/026,066, presentada el 7 de Diciembre de 2001, cada una titulada "SINCRONIZACIÓN DE EPÍTOPE EN CÉLULAS PRESENTANDO ANTÍGENO" ("EPITOPE SYNCHRONIZATION IN ANTIGEN PRESENTING CELLS"), y 10/094,699, presentada el 7 de Marzo de 2002, titulada "PREPARACIONES ANTI-NEOVASCULATURA PARA CÁNCER" ("ANTI-NEOVASCULATURE PREPARATIONS FOR CÁNCER"), cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad.

En otra modalidad de la invención un antígeno codificado puede suministrarse en la forma de un vector viral. Un conjunto amplio de virus con genomas modificados adaptados para expresar estructuras de lectura interpuestas pero con frecuencia no, o al menos un número reducido de, proteínas virales, se conocen en la materia, incluyendo sin limitación, retrovirus incluyendo lentivirus, adenovirus, parvovirus incluyendo virus adeno-asociado, herpesvirus y virus de varicela incluyendo virus vaccinia. Tales vectores virales facilitan el suministro del componente de ácido nucleico en la célula permitiendo expresión. Un subconjunto de estos vectores, tales como retrovirus y parvovirus, promueven la integración de su componente de ácido nucleico en el genoma huésped, mientras otros no. Las bacterias también pueden servir como vectores, es decir pueden utilizarse para suministrar una molécula de ácido nucleico capaz de causar la expresión de un antígeno. Por ejemplo, una cepa de Listeria monocytogenes ha contemplado que efectúa su propia lisis al entrar en el citosol de macrófagos (su objetivo normal), liberando así plásmido del cual el antígeno se expresa subsecuentemente (Dietrich, G. et al . , Biotechnology 16:181-185, 1998, que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) . Shigela flexneri y Escherichia coli se han utilizado de manera similar (Sizemore, D.R. et al . , Science 270:299-302, 1995, y Courvalin, P. et al . , Life Sci . 318:1207-1212, 1995, respectivamente, cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) . El uso de vectores microbianos para suministro de ácido nucleico puede complicarse por las reacciones inmunes que los vectores mismos provocan. Cuando la administración repetida o prolongada se requiere, el anticuerpo producido por el tratamiento anterior puede prevenir cantidades útiles del vector de aún alcanzar su huésped propuesto. Sin embargo, por nodo intra linf de administración directa, por ejemplo, la combinación de proximidad a células huésped y la dosis efectiva más reducida hace posible administrar una dosis capaz de evadir o no soportar una concentración de anticuerpo existente. La palabra vector se ha utilizado, aquí y en otra parte, con referencia a varias modalidades y se ha modificado de manera diversa (por ejemplo, vector de expresión, vector viral, vector de suministro, etc.). El principio subyacente es que un ácido nucleico capaz de causar la expresión de un antígeno, en lugar del antígeno por si mismos, llega por último en una APC. Al menos que se modifique, de manera explícita o por contexto local, el término vector como se utiliza en la presente se propone comprende todas de tales posibilidades.

Las técnicas tratadas arriba son distintas del planteamiento de modificar el genoma microbiano, incluyendo ADN extra-cromosomal, de manera que el antígeno se produce como un componente del microbio, que entonces se autoadministra como el inmunogen. Ejemplos de microbios utilizados en el planteamiento de modificación genómica incluyen virus, bacterias, hongos, y protozoarios. En modalidades de la invención descritas en la presente, las composiciones, incluyendo las vacunas, pueden incluir el antígeno ya sintetizado o un ácido nucleico capaz de causar que una APC exprese el antígeno in vivo . En modalidades alternativas, combinaciones de estas dos técnicas se utilizan. Por ejemplo, una modalidad contempla el uso de un vector de virus como se trata arriba que también incorpora un epítope objetivo en una proteína de envoltura o cápsido. Los antígenos pueden utilizarse solos o pueden suministrarse en combinación con otros antígenos o con otros compuestos tales como citoquinas. Citoquinas que se conocen por mejorar estimulación inmune de respuestas CTL, incluyen, por ejemplo, GM-CSF, IL-12, IL-2, TNF, IFN, IL-18, IL-3, IL-4, IL-8, IL-9, IL-13, IL-10, IL-14, IL-15, G-SCF, IFN alfa, IFN beta, IFN gamma, TGF alfa, TGF beta, y lo similar. Citoquinas se conocen en la materia y están fácilmente disponibles en la literatura o comercialmente. Se ha mostrado que muchos tumores de humano y animal producen citoquinas, tales como IL-4, IL-10, TGF-B, que son moduladores potentes de la respuesta inmune y que protegen tumores de destrucción mediada inmune. La producción de IL-4, IL-10 o TGF-B por tumores puede lograr este efecto protector al suprimir la inducción de inmunidad celular, incluyendo la elaboración de respuestas CTL. Alternativamente, citoquinas que soportan respuestas CTL pueden agregarse exógenamente para ayudar en el equilibrio entre inducción de célula anti-tumor mediada y respuestas humorales destructivas de no tumor. Varias de tales citoquinas exógenas muestran utilidad en modelos de vacunación de ratón experimentales que se conocen por mejorar respuestas CTL, incluyendo GM-CSF, IFN e IL-2. Un ejemplo de una citoquina exógena efectiva que puede utilizarse es GM-CSF. GM-CSF se reporta por mejorar la expresión de las así llamadas moléculas "co-estimuladoras", tales como B7-1 y B7-2 en células que presentan antígeno (APC) . Estas moléculas coestimuladoras son jugadores importantes en la variedad de interacciones que ocurren durante estimulación de CTL por APC. Además, GM-CSF se conoce por inducir la activación de APCs y facilitar el crecimiento y diferenciación de APCs, haciendo así a estos APCs células que estimulan CTL importantes disponibles tanto en mayores números como potencia . Composiciones inmunogénicas pueden contener adicionalmente antígenos no objetivo para mejorar la respuesta al antígeno objetivo. De esta manera, la coinducción de una respuesta ayudante, tal como Th y/o inmunidad de célula B contra antígenos no autónomos o externos no expresados dentro del proceso tumoral o en el cuerpo, puede resultar en una mejora substancial en la magnitud y calidad de la respuesta inmune a los antígenos de objetivo "autónomo" o "auto-modificados" expresados dentro del tumor o estroma subyacente. Por ejemplo, co-inicio de una respuesta inmune Th contra un antígeno no objetivo tal como toxoide de tétanos puede resultar en la generación de células ayudantes con efecto resistente relativo a la generación de CTL o respuestas de célula B contra el tumor objetivo o autoantígenos . Cualquier secuencia definida expresando o comprendiendo motivos de péptido que se unen a al menos una proteína MHC clase II expresada por el recipiente, donde tales secuencias no son homologas o contienen segmentos no homólogos relativos a autoantígenos pueden utilizarse. Preferentemente, tales secuencias son de origen microbiano y se muestra que son inmunogénicas en poblaciones más amplias y definidas por HLA. Además de toxoide de tétanos (completo o porciones, incluyendo, pero no limitándose a, porciones que son 90%, 80%, 75%, 70%, 60%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 15%, 10%, o 5% de un toxoide completo), ejemplos adicionales incluyen, pero no se limitan a, secuencias derivadas de HBVnúcleo, hemaglutina de influenza. Antígeno de circumsporozoita de plasmodio, y proteína de envoltura HTLV-1, y fragmentos de estas secuencias que son 90%, 80%, 75%, 70%, 60%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 15%, 10%, o 5% de las secuencias de longitud completa respectivas. En algunas modalidades, la porción de toxoide de tétanos es 5% a 90% de un toxoide complete, en otras modalidades, la porción es 15% a 80% de un toxoide complete, en todavía otras modalidades, la porción de toxoide es 25% a 70% de un toxoide completo, en todavía otras modalidades, la porción de toxoide es 35% a 60% de un toxoide completo, en todavía otras modalidades, la porción de toxoide es 45% a 55% de un toxoide completo. De manera similar, coadministración de un epítope de célula B fuertemente inmunogénico (un no autoantígeno) con o sin epítope Th (un no autoantígeno) con epítopes objetivo (auto, tumoral) en una manera cognada (es decir, dentro de la misma molécula) , puede resultar en respuesta inmune mejorada, o aún interrumpir la tolerancia (célula T) contra el objetivo terapéutico, a través de complejos inmunes de anticuerpo-antígeno y ayuda de la célula T resistente. Suministro del Antígeno Aunque no se espera que se limite por ninguna teoría particular, se piensa que las células T no tienen una memoria funcional de larga duración. La memoria de célula B mediada por anticuerpo, por el otro lado, parece tener una memoria efectora de larga duración. De esta manera, el suministro de un antígeno que induce una respuesta CTL se hace más preferentemente con el tiempo para mantener el sistema inmune del paciente apropiadamente estimulado para atacar las células objetivo. En un planteamiento la presencia de antígeno se mantiene virtualmente de manera continúa dentro del sistema linfático para mantener la función de CTL efectora como se describe en la Solicitud de Patente de EE.UU. No. 09/776,232 (No. Pub. 20020007173 Al), titulada "UN MÉTODO PARA INDUCIR UNA RESPUESTA CTL" ("A METHOD OF INDUCING A CTL RESPONSE"), que se incorpora expresamente en la presente para referencia. En otro planteamiento la memoria de célula T se induce repetidamente, y re-amplifica y reactiva como se describe en la Solicitud de Patente Provisional de EE.UU. No. 60/479,393, titulada "MÉTODOS PARA CONTROLAR LA MAGNITUD Y CALIDAD DE LA RESPUESTA INMUNE DE MHC RESTRINGIDO CLASE I" ("METHODS TO CONTROL MAGNITUDE AND QUALITY THE MHC CLASS I-RESTRICTED IMMUNE RESPONSE"), presentada el 17 de Junio de 2003, y en la Solicitud de Patente de EE.UU. No. 10/871,707, titulada "MÉTODOS PARA PRODUCIR, MEJORAR Y MANTENER RESPUESTAS INMUNES CONTRA EPÍTOPES DE MHC RESTRINGIDO CLASE I, PARA PROPÓSITO TERAPÉUTICO O PROFILÁCTICO" ("METHODS TO ELICIT, ENHANCE AND SUSTAIN IMMUNE RESPONSES AGAINST MHC CLASS I- RESTRICTED EPITOPES, FOR PROPHYLACTIC OR THERAPEUTIC PURPOSE") (No. Pub. 2005-0079152 Al), presentada el 17 de Junio de 2004, cada una de las cuales se incorpora en la presente, para referencia en su totalidad. Aunque se ha sugerido que los antígenos y adyuvantes pueden prepararse como microesferas biodegradables o liposomas, ninguna de estas preparaciones, de esta manera, han proporcionado una respuesta CTL que es útil para atacar las células de cáncer o patógenos en una base de larga duración. Preferentemente, el suministro del antígeno se mantiene durante el periodo de tiempo deseado a un nivel suficiente para mantener el nivel de antígeno para obtener la respuesta deseada. En una modalidad, un recipiente teniendo composición de antígeno fluida puede utilizarse para suministrar el antígeno de manera que alcanza el sistema linfático del animal. Aunque mucho de la siguiente discusión se enfoca en el uso de infusión para suministrar el antígeno también es posible utilizar inyecciones de bolo directamente en el sistema linfático, el número y frecuencia de las cuales dependerá de la persistencia de antígeno conferida por la forma particular y formulación de antígeno utilizada. Por último el antígeno encuentra su manera hacia el sistema linfático para estimular más eficientemente CTL. El suministro de antígeno puede incluir infusión en varios compartimientos del cuerpo, incluyendo pero no limitándose a subcutánea, intravenosa, intraperitoneal e infralinfática, la última siendo preferida. Aunque cada uno de estos puntos de infusión resulta en toma de antígeno en el sistema linfático, las cantidades relativas de antígeno necesitan inducir una respuesta CTL benéfica que varía de acuerdo al sitio de infusión. En general, la infusión directa de antígeno en el sistema linf parece ser el medio más eficiente para inducir una respuesta CTL, sin embargo, cualquier vía de suministro puede utilizarse. Los sistemas de bomba son capaces de suministrar cantidades de material de antígeno en un rango que es adecuado para inducir una respuesta CTL a través del suministro a todos los compartimientos del cuerpo. Estimulación de CTL después de suministro de antígeno a través de las diversas rutas variará dependiendo de las propiedades de diferentes antígenos, incluyendo factores que influencian la conducta del antígeno en el cuerpo y su tasa de equilibrio al (o longevidad en) linf, tal como estabilidad de antígeno en el fluido corporal, solubilidad de antígeno en fluido corporal, afinidad de unión para HLA y potencia como un estimulador de CTL. En una modalidad preferida, la introducción del antígeno se hace tan directamente como sea posible al sistema linfático para evitar la destrucción del antígeno por metabolismo en el cuerpo. Cuando la introducción de una composición de antígeno fluida ocurre de manera subcutánea, grandes cantidades de antígeno se necesitan para asegurar que suficiente antígeno alcance el sistema linfático. Tal inyección subcutánea se contempla por la invención descrita en la presente, dependiendo de los factores tales como costo, estabilidad del antígeno, que tan rápido el antígeno llega al sistema linf, que bien se equilibra con linf, y otros factores que el doctor que atiende o especialista reconocerán. Suministro subcutáneo generalmente puede requerir 100 a 1000 veces más antígeno que dirigen suministro al sistema linf. Es preferible, por lo tanto, que la composición de antígeno se introduce por un dispositivo para administración local al sistema linfático, por ejemplo, el bazo, un nodo linf, o un vaso linf. El dispositivo para administración local puede colocarse fuera del paciente o implantarse en el paciente. En cualquier caso, el dispositivo puede tener un recipiente para mantener la composición que contiene antígeno fluida, una bomba para transferir la composición, y un canal de transmisión conduciendo del recipiente a dirigirse a la región preferida de administración en el cuerpo del paciente. En cualquier caso es preferentemente portátil. Para el dispositivo colocado fuera del cuerpo del paciente (el dispositivo externo) , existen numerosos dispositivos utilizados para suministrar insulina a pacientes diabéticos que son útiles para suministrar antígeno de acuerdo a las modalidades descritas en la presente.

Generalmente aquellos dispositivos pueden comprenderse de un recipiente para mantener la composición de antígeno (en lugar de insulina) , una bomba programable para bombear la composición fuera del recipiente, un canal de transmisión o línea para transmitir la composición, y un medio para introducir la composición en el cuerpo del animal para alcanzar por último el sistema linfático. Preferentemente, el recipiente para la composición de antígeno debe ser lo suficientemente grande para suministro de la cantidad deseada de antígeno con el tiempo y fácilmente rellenable o reemplazable sin requerir que el usuario vuelva a insertar los medios para introducir la composición de antígeno al sistema linf. Para preparar las composiciones de antígeno de modalidades de la invención descritas en la presente, una composición (preferentemente acuosas) puede prepararse para ser compatible con el sistema linf y fisiológicamente aceptable para el animal que se trata. Consideraciones relevantes incluyen, por ejemplo, las propiedades fisicoquímicas del antígeno, tales como el punto isoeléctrico, peso molecular, glicosilación u otra modificación post-traducción, y composición de aminoácido total. Estas propiedades junto con cualquier conducta conocida del fármaco en diferentes soluciones (por ejemplo, diferentes reguladores, cofactores, etc) así como también si conducta in vivo pueden ayudar a guiar la elección de los componentes de la formulación. Un parámetro que impacta todas las trayectorias de degradación principales es el pH de solución. De esta manera, las formulaciones iniciales también valoran la dependencia de pH de las reacciones de degradación y el mecanismo para degradación, que con frecuencia pueden determinarse de la dependencia de pH para determinar la estabilidad de la proteína en cada solución. Los métodos de selección rápidos usualmente incluyen el uso de estabilidad acelerada a temperaturas elevadas (por ejemplo, 40°C) utilizando técnicas conocidas en la materia. En general, las composiciones de antígeno útiles en modalidades descritas en la presente pueden ser adecuadas para inyección parenteral, en cantidades muy pequeñas. Como tal composición debe estar libre de contaminación y tener un pH compatible con el sistema linfático. Sin embargo, debido a que cantidades muy pequeñas de la composición antigénica se suministrarán, no necesita ser del mismo pH como la sangre o linf, y no necesita ser de base acuosa. El rango de pH preferible que es compatible es de aproximadamente 6.7-7.3 y puede prepararse utilizando agua para inyección para cumplir las especificaciones USP (ver Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Nineteenth Edition; Capítulos 86-88, que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) . Para antígenos que son menos solubles, un cosolvente adecuado o agente tensoactivo puede utilizarse, tal como sulfóxido de dimetilo (DMSO) o agentes tensoactivos marca PLURONIC. Generalmente, una solución salina estándar que se regula con un ácido débil fisiológicamente aceptable y su conjugado base, por ejemplo, un sistema regulador de citrato o fosfato, será la base de la composición de antígeno. En algunos casos, una cantidad pequeña de un antioxidante puede ser útil para estabilizar la composición y prevenir la oxidación. Los factores a considerar para preparar las composiciones de antígeno pueden encontrarse en el libro de la Sociedad Química Americana 1994 titulado "Formulation and Delivery of Proteins and Peptides" (Acs Symposium Series, No. 567) por Jeffery L. Cleland y Robert Langer (Editor) , que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Para antígenos codificados de ácido nucleico pueden aplicarse consideraciones similares, aunque la variedad de propiedades físico-químicas encontradas con polipéptidos está ausente, de manera que las formulaciones aceptables tendrán aplicación casi universal. Como se observa en los Ejemplos 6-10, ADN de plásmido en salina regulada de fosfato estándar (PBS) es una formulación efectiva y aceptable. En algunas modalidades de la invención, ADN se administra de manera continúa o intermitente en intervalos cortos, de un recipiente usado, o implementado en, el cuerpo del paciente.

Es preferible que el ADN se mantenga en una forma estable, soluble a o cerca de temperatura corporal durante un periodo de tiempo medido mínimamente en días. En tales aplicaciones donde el ácido nucleico formulado se suministrará de un recipiente durante un periodo de varios días o más largo, la estabilidad del ácido nucleico a temperatura corporal o ambiente por ese periodo de tiempo, así como también su esterilidad continúa, toma importancia incrementada. La adición de agentes bacterioestáticos (por ejemplo, alcohol etílico o bencílico) y agentes de quelación (por ejemplo, EDTA) generalmente se realiza bien. Tales formulaciones también son apropiadas para inyecciones de bolo. Generalmente la cantidad del antígeno en la composición de antígeno variará de paciente a paciente y de antígeno a antígeno, dependiendo de tales factores como la actividad del antígeno para inducir una respuesta y la velocidad de flujo del linf a través del sistema de paciente. En general, la composición de antígeno puede suministrarse a una velocidad de desde aproximadamente 1 a aproximadamente 500 microlitros/hora o aproximadamente 24 a aproximadamente 12000 microlitros/día . La concentración del antígeno es tal que aproximadamente 0.1 microgramos a aproximadamente 10,000 microgramos del antígeno se suministrará durante 24 horas. La velocidad de flujo se basa en el conocimiento que cada minuto aproximadamente 100 a aproximadamente 1000 microlitros de fluido linf fluye a través de un nodo linf inguinal adulto. El objetivo es maximizar concentración local de formulación de vacuna en el sistema linf. Una cierta cantidad de investigación empírica en pacientes será necesaria para determinar el nivel más eficaz de infusión para una preparación de vacuna dada en humanos. Para introducir la composición de antígeno en el sistema linfático del paciente la composición se dirige preferentemente a un vaso linf, nodo linf, el bazo, u otra porción apropiada del sistema linfático. Preferentemente, la composición se dirige a un nodo linf tal como un nodo auxiliar o inguinal al insertar un catéter o aguja al nodo y mantener el catéter o aguja por todo el suministro. Los catéteres o agujas adecuadas se hacen disponibles de metal o plástico (por ejemplo, poliuretano, cloruro de polivinilo [PVC], TEFLON, polietileno, y lo similar). Para insertar el catéter o aguja en el nodo inguinal por ejemplo, el nodo inguinal se perfora bajo control ultrasonográfico utilizando una cánula Vialon™ Insyte-W™ y catéter de 24G3/4 (Becton Dickinson, USA) que se fija utilizando revestimiento transparente Tegaderm™ (Tegaderm™ 1624, 3M, St. Paul, MN 55144, USA). Este procedimiento generalmente se hace por un radiólogo experimentado. La ubicación de la punta del catéter dentro del nodo linf inguinal se confirma por inyección de un volumen mínimo de salina, que inmediatamente y visiblemente incrementa el tamaño del nodo linf. El último procedimiento permite la confirmación de que la punta está dentro del nodo. Este procedimiento puede realizarse para asegurar que la punta no sale del nodo linf y puede repetirse en varios días después de la implantación del catéter. En el caso de que la punta salga de la ubicación dentro del nodo linf, un nuevo catéter puede implementarse. Procedimiento de tratamiento y formulación Existen varios planteamientos para utilizar la combinación de TuAAs con vacunas de ADN. Un primer planteamiento es incluir todos los antígenos o epítopes de todos los antígenos en una combinación dada en un vector de expresión de ADN único. Este planteamiento tiene las ventajas de simplicidad para fabricación y administración a pacientes. Sin embargo, en algunos casos, la competición de epítope puede limitar la utilidad de este planteamiento. Es decir, es posible que solamente el epítope más inmunogénico producirá una respuesta inmune cuando una vacuna con varios epítopes representado todos TuAAs en la combinación, se da a pacientes. También es más difícil diseñar y construcción una vacuna de ADN en la cual todos los epítopes se expresan a altas eficiencias. Sin embargo, debido a que el procedimiento para tratar pacientes es simple y uniforme dentro de cada tipo de cáncer, el costo es probablemente inferior que para los otros planteamientos descritos abajo.

Un planteamiento alterno es incluir solamente un antígeno o epítope de uno antígeno en un vector de expresión de ADN. Este planteamiento tiene las ventajas de simplicidad en diseñar y construir el vector de ADN, flexibilidad, y administración adaptada a pacientes. Si un gran número de vacunas de TuAA individuales está disponible, después una puede adaptar el tratamiento para cada paciente individual en base al perfil de expresión de TuAA de su tumor. Por ejemplo, si la combinación estándar para tratar un tipo dado de cáncer es los TuAAs A, B, y C (donde A, B, y C designan diferentes antígenos asociados a tumor) , pero un tumor del paciente expresa los TuAAs A, C, y Z (pero no B) , entonces el paciente puede tratarse con vacunas separadas para cada uno de A, C, y Z. Esta flexibilidad y adaptación mejora la tasa de inmunoterapia exitosa debido a que la redundancia del antígeno puede lograrse para cada paciente. Sin embargo, el procedimiento para tratar el paciente puede ser más complejo. Por ejemplo, suministro utilizando este planteamiento puede incluir un esquema de administración secuencial (un antígeno a la vez), o inyección en múltiples sitios anatómicamente separados del paciente a aproximadamente el mismo tiempo. Todavía otro planteamiento es combinar epítopes de múltiples los TuAAs que tienen inmunogenicidad similar en un vector de expresión de ADN (más de un vector puede utilizarse para algunas combinaciones) .

Un perfil de la expresión de antígeno de un tumor particular puede utilizarse para determinar que antígeno o combinación de antígeno utilizar. Metodología ejemplificativa y combinaciones antigénicas específicas de beneficio particular para dirigir una respuesta inmune contra cánceres particulares se describen en la Solicitud Provisional de EE.UU. No. 60/479,554, presentada el 17 de Junio de 2003, Solicitud de Patente de EE.UU. No. 10/871,708 (Publicación No. 20050079152 Al), presentada el 17 de Junio de 2004, y Solicitud de Patente PCT No. PCT/US2004/019571, presentada el 17 de Junio de 2004, Solicitud de Patente Provisional de EE.UU. No. 60/640,598, presentada el 29 de Diciembre de 2004, todas tituladas "COMBINACIONES DE ANTÍGENOS ASOCIADOS A TUMOR EN VACUNAS PARA VARIOS TIPOS DE CÁNCER" ("COMBINATIONS OF TUMOR-ASSOCIATED ANTIGENS IN VACCINES FOR VARIOUS TYPES OF CÁNCER"), cada una de las cuales también se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. Pacientes que pueden beneficiarse de tales métodos de inmunización pueden reclutarse utilizando métodos para definir su perfil de expresión de proteína MHC y nivel general de capacidad de respuesta inmune. Además, su nivel de inmunidad puede monitorearse utilizando técnicas estándar junto con acceso a sangre periférica. Finalmente, procedimientos de tratamiento pueden ajustarse en base a la capacidad de respuesta a fases de amplificación o inducción y variación en expresión de antígeno. Por ejemplo, en lugar de amplificar después de algún número fijo de dosis de introducción, dosis de introducción repetidas pueden administrarse hasta que se obtiene una respuesta detectable, y después dosis de péptido de amplificación pueden administrarse. De manera similar, las dosis de mantenimiento o amplificación programadas de péptido pueden discontinuarse si su efectividad decae, números de célula T reguladores específicos de antígenos aumentan, o alguna otra evidencia de tolerancia se observa, e introducción adicional puede administrarse antes de resumir la amplificación con el péptido. La integración de técnicas de diagnóstico para valorar y monitorear la capacidad de respuesta inmune con métodos de inmunización se trata de manera más completa en Solicitudes de Patente de EE.UU. Provisional No. 60/580,964, presentada el 17 de Junio de 2004, y Solicitud de Patente de EE.UU. No. / (No. de Registro Legal MANNK.040A), presentada la misma fecha que la presente solicitud, ambas tituladas "EFICACIA MEJORADA DE INMUNOTERAPIA ACTIVA AL INTEGRAR DIAGNÓSTICO CON MÉTODOS TERAPÉUTICOS" ("IMPROVED EFFICACY OF ACTIVE IMMUNOTHERAPY BY INTEGRATING DIAGNOSTIC WITH THERAPEUTIC METHODS"), que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad. La combinación de inmunoterapias activas, como se describe en la presente, con otras modalidades de tratamiento puede incrementar la susceptibilidad de procesos tumorales a la respuesta inmune producida y resultar así en beneficio terapéutico incrementado. La desvoluminización del tumor antes de o durante inmunoterapia activa incrementa el potencia de cualquier nivel particular de respuesta inmune para disminuir o parar la progresión de enfermedad o provocar la regresión de tumor o eliminación. Adicionalmente, daño de tejido, necrosis, o apoptosis iniciada con terapia de anticuerpo, radioterapia, bioterapia, quimioterapia, inmunoterapia pasiva o cirugía, puede facilitar el planteamiento inmunoterapéutico activo a través de inflamación general resultando en reclutamiento o de células efectoras inmunes incluyendo efectores específicos de antígeno. En general, cualquier método para inducir una inflamación transitoria o general más permanente dentro de uno o múltiples tumores/lesiones metastáticas puede facilitar la inmunoterapia activa. Alternativamente o además de permitir reclutamiento de efectores, información general también puede incrementar la susceptibilidad de células objetivo a ataque mediado inmune (por ejemplo, a medida que los interferones aumentan la expresión de moléculas objetivo en células de cáncer y estroma subyacente) . Todavía otras estrategias para incrementar la susceptibilidad de células de tumor a ataque mediado inmune, al proporcionar factores que interfieren con la "respuesta a tensión" o incrementar las moléculas objetivo en células de cáncer o células estromales, pueden sinergizarse con inmunoterapia activa. Muchas variaciones y elementos alternativos de la invención se han descrito. Todavía variaciones adicionales y elementos alternos serán aparentes para un experto en la materia. Entre estas variaciones, sin limitación, se encuentran el número específico de antígenos en un panel de selección o teniéndose como objetivo por un producto terapéutico, el tipo de antígeno, el tipo de cáncer, y el(los) antígeno(s) particular (es) especificado (s) . Varias modalidades de la invención pueden incluir específicamente o excluir cualquiera de estas variaciones o elementos. Cada una de las referencias citadas en la presente se incorporan en la presente mediante la referencia en su totalidad. Los siguientes ejemplos son para propósitos ilustrativos solamente y no se proponen para limitar el alcance de las modalidades en ninguna manera. Ejemplos Ejemplo 1 Análisis de TuAA y selección de combinaciones La presencia de TuAAs se mide por PCR en Tiempo Real (RT-PCR) . Brevemente, ARN total se aisla de especímenes de tumor por métodos estándar y ADNc se hace con procedimientos de transcripción inversa estándar. ADN complementario (ADNc) se amplifica con cebadores específicos de gen, especialmente designados que se templan solamente a ADNc pero no ADN genómico. Patrones de expresión de TuAA de 12 especímenes de tumor ovárico y 7 de colorectal se analizan por RT-PCR. Los resultados se resumen en la Tabla 4 abajo. Tabla 4 Ejemplo 2 Cáncer Ovárico En el caso de cáncer ovárico, todas las muestras analizadas fueron positivas para PRAME. De esta manera, la inclusión de PRAME en la combinación mejora la cobertura de los casos con cáncer ovárico. Para lograr la redundancia de antígeno y mejorar la cobertura en una población grande, combinaciones de otros antígenos además de PRAME se consideran. SSX-2 así como también PSMA estuvieron presentes en 6 de los 12 casos individualmente, pero la combinación de SSX-2 y PSMA proporcionó cobertura en 9 de 12 casos. Aunque NY-ESO-I y SSX-2 solamente estuvieron presentes en 5 y 6 de los 12 casos, respectivamente, ya sea NYESO-I o SSX-2 se detecta en 7 de los 12 casos. De esta manera, para paneles de ensamble, la combinación de PRAME, SSX-2, y PSMA o PRAME, NY-ESO-I, y SSX-2 proporcionó cobertura preferible y redundancia en comparación con la combinación de PRAME y PSMA o la combinación de PRAME y SSX-2. La combinación de PRAME, SSX-2, y PSMA proporcionó excelente cobertura de casos y buena redundancia de antígeno debido a que la mayoría de muestras de tumor ovárico analizadas tuvieron al menos dos de los cuatro TuAA en la presente combinación. La combinación de PRAME, SSX-2, PSMA, y NY-ESO-I proporcionó redundancia de antígeno más preferida, y de esta manera, posibilidad inferior de escape de tumor. Ejemplo 3 Cáncer colorectal En el caso de cáncer colorectal, PRAME y PSMA se detectan cada uno en 5 de las 7 muestras analizadas. En 6 de los 7 casos, ya sea PRAME o PSMA se detecta. Aunque SSX-2 se detecta solamente en 2 de 7 casos, ambas combinaciones SSX-2-PRAME y SSX2-PSMA incrementaron la cobertura a 6 de 7. de manera similar, aunque NYESO-I se detecta en solamente 1 de 7 casos, la combinación de NY-ESO-I-PRAME así como también la combinación de NYESO-I-PSMA incrementó cobertura a 6 de 7. La adición de SSX-2 o NYESO-I a la combinación de PRAME y PSMA mejoró la cobertura a 7 de 7. De esta manera, para paneles de ensamble, la combinación de PRAME, PSMA, y NYESO-I, o la combinación de PRAME, PSMA, y SSX-2 proporcionó buena cobertura de casos y redundancia de antígenos para una mayoría de pacientes. La combinación de PRAME, PSMA, NY-ESO-I, y SSX-2 proporcionó redundancia adicional. Ejemplo 4 Cáncer pancreático PCR en Tiempo Real (RT-PCR) se utiliza para determinar la presencia de PRAME, SSX2, NY-ESO-I, y PSMA. Brevemente, ARN total se aisla de 5 especímenes de tumor pancreático por métodos estándar y ADNc se hace con procedimientos de transcripción inversa estándar. ADN complementario (ADNc) se amplifica con cebadores, específicos de ge, especialmente diseñados, que se templan solamente a ADNc pero no ADN genómico. En los especímenes de cáncer pancreático, la presencia de PRAME, NYESO-I, SSX-2, y PSMA se detecta en 100%, 40%, 20%, y 100% de los especímenes, respectivamente (ver Tabla 5). También, PSMA y sobreexpresión de HER2-/neu se reportan para estar presentes en 100% y 21% de tumores pancreáticos, respectivamente (Chang SS et al, Cáncer Res 1999, 59:3192; Safran H et al , Am J Cien Oncol. 2001, 24:496, cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) . Aunque la sobreexpresión de HER2/neu puede volver el tejido de cáncer un objetivo preferido, proporcionando así alguna especificidad para inmunoterapia, expresión de bajo nivel de HER2/neu en tejidos normales mantiene un interés. De esta manera, para paneles de ensamble de antígenos, la combinación de NYESO-I, SSX-2, más PRAME o PSMA proporciona excelente cobertura y alguna redundancia para cáncer pancreático. Inclusión de tanto PRAME como PSMA significativamente mejora la redundancia. Tabla 5 Ejemplo 5 Carcinoma de célula renal Para carcinoma de célula renal, SSX-2, PSMA y PRAME se detectan con frecuencias de 5, 100 y 40%, respectivamente (Sahin, U et al , Clin Cáncer Res. 2000, 6:3916; Chang SS et al , Urology 2001, 57:801; Neumann E et al , Cáncer Res. 1998, 58:4090, cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) . De esta manera, la combinación de PSMA y PRAME proporciona excelente cobertura y redundancia para carcinoma de célula renal. La adición de SSX-2 a la combinación de PSMA y PRAME mejora la redundancia. Ejemplo 6 Cáncer de pulmón de célula no pequeña Para cáncer de pulmón de célula no pequeña, la presencia reportada de NYESO-I, SSX- 2, MAGE-3, BAGE, sobreexpresión de Her2/neu, y PSMA fue 21, 15, 60, 6, 16, y 100%, respectivamente (Scanlan MJ et al, Cáncer lett 2000, 150:155; Chang SS et al , Cáncer Res 1999, 59:3192; Selvaggi G et al, Cáncer 2002, 94:2669, cada una de las cuales se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) . De esta manera, la combinación de NYESO-I, SSX-2, MAGE-3, y PSMA proporciona cobertura y redundancia de antígeno para la inmunoterapia de cáncer de pulmón de célula no pequeña. Ejemplo 7 Melanoma Para melanoma, Melan A, Tirosinasa, NYESO-I, y SSX-2 se reportan como estando presentes en 92, 92, 41, y 35% de especímenes de tumor, respectivamente (Fetsch PA, et al , Cáncer 1999, 87:37; Fetsch PA, et al , Cáncer 2000, 90:252; Schultz-Thater E et al, Br J Cáncer 2000, 83:204; Sahin, U et al , Clin Cáncer Res. 2000, 6:3916). Por lo tanto, la combinación de Melan A, Tirosinasa, NYESO-I, y SSX-2 proporciona excelente cobertura y redundancia de antígeno para la inmunoterapia de melanoma. Redundancia significativa se logra utilizando tirosinasa y melan-A juntas, o al combinar NY-ESO-I y SSX-2 con cualquiera de tirosinasa o melan-A.

Ejemplo 8 Estudios adicionales incluyendo los tipos de tumor anteriores establecieron soporte más fuerte para los patrones de expresión observados y paneles preferidos de TuAA. Un total de 34 muestras de tejido ovárico, 44 de colón, 18 renal, y 13 pancreático obtenidas de varios vendedores se analizan para expresión de antígeno asociado a tumor utilizando qRTPCR. Los resultados de estos ensayos mostraron que PRAME y PSMA se expresan frecuentemente (variando de 68% a 100%) en todos los cuatro tipos de tumores estudiados. NY- ESO-I y SSX2 se expresan en 20% a 40% de tumores ováricos y pancreáticos, aunque la expresión de NY-ESO-I y SSX-2 en tumores colorectales y renales fue substancialmente inferior (6% a 12%) . Tabla 6 Perfiles de expresión total para antígenos asociados al tumor de análisis RTPCR de tumores primarios y metástasis a 33 muestras (27 tumores primarios y 6 metástasis) b 18 muestras (18 tumores primarios) c 15 muestras (14 tumores primarios y 1 metástasis; PSMA en 10 muestras) d 25 muestras (13 tumores primarios y 12 metástasis) Ejemplo 9 Programa de inmunización con epítopes expresando plásmidos de dos antígenos Dos grupos de ratones HHD (n=4) se inmunizan a través de inyección de nodo linf intra con ya sea pSEM expresando Melan-A 26-3sA27L (ELA) y pCBP expresando SSX-24?_49 como una mezcla; o con pSEM en el nodo linf inguinal izquierdo y pCBP en el nodo linf inguinal derecho, dos veces, el día 0 y 4 como se muestra en la Figura 1. La cantidad del plásmido fue 25µg/plásmido/dosis . Dos semanas después, los animales se sacrificaron, y la citotoxicidad se mide contra células T2 impulsadas o no con péptido. Ejemplo 10 Co-administración de diferentes vectores llevando distintos antígenos Los animales inmunizados como se describe en el Ejemplo 9, se sacrifican y los esplenocitos de cada grupo se juntan y estimulan con los dos péptidos (ELA o SSX-24?_49) en paralelo. La citotoxicidad se mide por incubación con células objetivo T2 cargadas con péptido, marcadas con Cr51. Los datos en la Figura 2 muestran promedio de citotoxicidad específica (n=4/grupo) contra varias células objetivo. Los resultados muestran que el uso de mezcla de plásmidos interfiere con la respuesta producida por el plásmido pCBP; sin embargo, segregando los dos plásmidos relativos al sitio de administración rescata la actividad de pCBP. De esta manera, la co-administración de diferentes vectores llevando distintos antígenos puede resultar en establecimiento de una jerarquía con respecto a inmunogenicidad. La segregación de vector puede rescatar la inmunogenicidad del componente menos dominante, resultando en una respuesta multivalente. Ejemplo 11 Rescate de respuesta multivalente por adición de etapas de impulsión de péptido Cuatro grupos de ratones HHD (n=6) se inmunizan a través de inyección de nodo linf intra con ya sea pSEM y pCBP como una mezcla; o con pSEM en el nodo linf inguinal izquierdo y pCBP en el nodo linf inguinal derecho, dos veces, el día 0 y 4 como se muestra en la Figura 3. como un control, los ratones se inmunizan con ya sea plásmido pSEM o pCBP. La cantidad del plásmido fue 25µg/plásmido/dosis . Dos semanas después, los animales se impulsan con melan A y/o péptidos SSX-2, reflejar la dosis de inmunización de plásmido y combinación. Dos semanas después, los animales se desafían con esplinocitos coloreados con CFSE y cargados o no con Melan A o péptido SSX-2, para evaluación de citotoxicidad in vivo . Ejemplo 12 Amplificación de péptido rescata la inmunogenicidad del epítope menos dominante Los ratones se inmunizan como se describe en el Ejemplo 11 y desafían con esplinocitos HHD relacionados revestidos con ELA o péptido SSX-2, empleando un ensayo de citotoxicidad in vivo CFSE de pico triple que permite la valoración de la lisis específica de dos objetivos de antígeno de manera simultánea. Números iguales de células de control-CFSEbaj°, SSX-24?-49-CFSEraed, y ELA-CFSEalto se infusionan intravenosamente en ratones inmunizados y 18 horas después los ratones se sacrifican y la eliminación de la célula objetivo se mide en el bazo (Figura 4) fluorescencia CFSE utilizando una citometría de flujo. Figura 4 muestra el por ciento específico de lisis de los objetivos de antígeno SSX-2 y Melan-A, así como también el promedio y SEM para cada grupo. Los resultados muestran que la inmunización de animales con una mezcla de las dos vacunas comprendiendo plásmidos seguida por péptidos generaron inmunidad tanto a antígenos y resultó en la respuesta inmune más alta, representando un por ciento promedio de lisis específica de SSX-2 en el bazo de 30+/-11 , y un por ciento promedio de lisis específica de Melan A de 97+/-1. Ejemplo 13 Práctica clínica para inmunización de introducción y amplificación Los datos en las figuras 2 y 4 sugieren dos escenarios para lograr una respuesta multivalente fuerte en la clínica, mostrada en la Figura 5. En el primer escenario (A) , uso de péptidos para impulso restaura las respuestas inmunes multivalentes aún si los plásmidos y péptidos se utilizan como mezclas. En el segundo escenario (B) , segregación de componentes de plásmido y péptido respectivamente, permite la inducción de respuestas inmunes. Ejemplo 14 MKC 1207: un terapéutico de introducción y amplificación para melanoma MKC1207 comprende el plásmido pSEM (descrito en la Solicitud de Patente de EE.UU. No. 10/292,413, presentada el 7 de Noviembre de 2002, que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad, en la cual se refiere como pMA2M) y péptidos correspondientes a Melan-A 26-35 y tirosinasa 369-377. El plásmido codifica el análogo A27L del epítope de Melan-A y la secuencia de epítopes de tirosinasa nativa. Los plásmidos codifican ambos de estos epítopes en tal manera que pueden expresarse y presentarse por pAPC . En modalidades alternativas del terapéutico, los péptidos pueden comprender la secuencia nativa o ser análogos tales como aquellos descritos en la Solicitud de Patente de EE.UU. No. / (No. de Registro Legal MANNK.05IA) titulada "ANÁLOGOS DE EPÍTOPES" ("EPITOPE ANALOGUES"), presentada en la misma fecha con esta descripción e incorporada en la presente mediante la referencia en su totalidad. Brevemente, el plásmido se administra intranodalmente a los nodos linf inguinales como un inmunógeno de introducción. Subsecuentemente, los péptidos se administran intranodalmente, uno en el nodo izquierdo, el otro en el derecho como inmunogenes de amplificación. El procedimiento de introducción y amplificación se describe en mayor detalle en las Solicitudes de Patente de EE.UU. Nos. 10/871,707, presentada el 17 de Junio de 2004 y 60/640,402, presentada el 17 de Junio de 2003, cada una de las cuales se incorpora previamente para referencia. Pacientes con melanoma pueden seleccionarse de acuerdo a los métodos descritos en la presente y MKC1207 se administra a pacientes cuyo perfil de antígeno de tumor incluye Melan-A y/o tirosinasa. En una modalidad preferida, el tejido de tumor del paciente también expresa HLA-A2, particularmente HLA-A*0201. Ejemplo 15 MKC1106: un terapéutico de introducción y amplificación tetravalente para carcinoma MKC1106 comprende el plásmidos pCBP (descrito en la Solicitud de Patente de EE.UU. No. 10/292,413, presentada el 7 de Noviembre de 2002, que se incorpora en la presente mediante la referencia en su totalidad) y pRP12 (descrita en la Solicitud Provisional de EE.UU. No. / (No. de Registro Legal MANNK.053PR) , titulada "MÉTODOS Y COMPOSICIONES PARA PRODUCIR RESPUESTAS INMUNES MULTIVALENTES CONTRA EPÍTOPES DOMINANTES Y SUBDOMINANTES, EXPRESADOS EN CÉLULAS DE CÁNCER Y ESTROMA DE TUMOR" ("METHODS AND COMPOSITIONS TO ELICIT MULTIVALENT IMMUNE RESPONSES AGAINST DOMINANT AND SUBDOMINANT EPITOPES, EXPRESSED ON CÁNCER CELLS AND TUMOR STROMA") presentada en la misma fecha con esta descripción, e incorporada en la presente mediante la referencia en su totalidad; y péptidos correspondientes a NY-ESO-I 157-165, SSX-2 41-49, PRAME 425-433 y PSMA 288-297. Los plásmidos codifican ambos de estos epítopes en tal manera que pueden expresarse y presentarse por pAPC. En modalidades alternativas del terapéutico, los péptidos pueden comprender la secuencia nativa o ser análogos tales como aquellos descritos en las Solicitudes de Patente de EE.UU. Nos. / (No. de Registro Legal MANNK.038A) , titulada "ANÁLOGOS DE PÉPTIDO SSX-2" ("SSX-2 PEPTIDE ANALOGS"), y / (No. de Registro Legal MANNK.039A), titulada "ANÁLOGOS DE PÉPTIDO NY- ESO-I" ("NY-ESO-I PEPTIDE ANALOGS"), y / (No. de Registro Legal MANNK.051A), titulada "ANÁLOGOS DE EPÍTOPES" ("EPITOPE ANALOGS"), y Solicitud de Patente Provisional de EE.UU. No. / (No. de Registro Legal MANNK.052PR) , titulada "ANÁLOGOS DE EPÍTOPES" ("EPITOPE ANALOGS"), cada una de las cuales se incorpora de manera expresa por referencia en su totalidad. Brevemente, los plásmidos se administran intranodalmente a los nodos linf inguinales, uno del lado izquierdo y el otro en el derecho, como un inmunógeno de introducción. Subsecuentemente, los péptidos se administran secuencialmente intranodalmente, dos en días separados al nodo izquierdo, los otros dos en días separados al nodo derecho como inmunogenes de amplificación. Se prefiere, pero no se requiere absolutamente que los péptidos se administren al mismo nodo linf que recibió el plásmido que codifica los epítopes correspondientes. El procedimiento de introducción y amplificación se describe en mayor detalle en las Solicitudes de Patente de EE.UU. Nos. 10/871,707, presentada el 17 de Junio de 2004 y 60/640,402, presentada el 17 de Junio de 2003, cada una de las cuales se incorpora de manera expresa para referencia en su totalidad. Los pacientes con carcinoma especialmente aquellos con carcinoma de célula renal, pancreático, colorectal, u ovárico, pueden seleccionarse de acuerdo a los métodos descritos en la presente y MKC1106 administrarse a pacientes cuyo perfil de tumor incluye PRAME, PSMA, NY-ESO- 1, y/o SSX-2. El epítope NY-ESO-I que es objetivo de MKC1106 también se encuentra en LAGE la/s, de manera que la presencia de este antígeno en un perfil también se consideraría una adaptación. Ya que la expresión de antígeno de tumor tiende a ser heterogénea, cualquier muestra de tejido particular probablemente no da una indicación completa de todos los antígenos expresados. De esta manera, no es necesario que un perfil de paciente contenga todos los cuatro antígenos para que ese paciente sea candidato del tratamiento con MKC1106. Sin embargo, preferentemente el perfil contiene 2, 3, o 4 de los antígenos.

Claims (39)

1. REIVINDICACIONES 1. Un método para adaptar una condición de cáncer en un paciente con un agente inmunoterapéutico, que comprende las etapas de: ensayar tejido de tumor del paciente para dos o más antígenos asociados al tumor expresados (TuAAs) en un panel preseleccionado, para desarrollar un perfil de antígeno para el tumor; y seleccionar un agente inmunoterapéutico para el paciente en base al perfil, en donde el agente inmunoterapéutico tiene como objetivo uno o más de los antígenos expresados en el perfil.
2. 2. El método de la reivindicación 1, en donde al menos uno de TuAAs se selecciona del grupo que consiste de un antígeno de cáncer testicular, un antígeno específico de tejido, un antígeno oncofetal, un antígeno de diferenciación, un factor de crecimiento, un receptor del factor de crecimiento, un factor de adhesión, una proteína de transducción de señal, un factor de transcripción, un producto oncogénico, un producto genético supresor de tumor, y un antígeno microbiano.
3. 3. El método de la reivindicación 1, en donde el panel preseleccionado comprende dos o más antígenos seleccionados del grupo que consiste de una proteína SSX, SSX-2, SSX-4, una proteína MAGE, MAGE-I, MAGE-3, PRAME, NY-ESO-I, LAGE, PSMA, PSCA, SCP-I, melan-A/MART-1 y tirosinasa; y en donde la condición de cáncer es carcinoma.
4. 4. El método de la reivindicación 3, en donde el carcinoma se selecciona del grupo que consiste de mama, colorectal, próstata, pancreático, pulmón, ovario, célula renal, y melanocito.
5. 5. El método de la reivindicación 1, en donde el agente inmunoterapéutico es un inmunoterapéutico activo.
6. 6. El método de la reivindicación 1, en donde el agente inmunoterapéutico comprende o codifica al menos un segmento de al menos uno de TuAAs expresados.
7. 7. El método de la reivindicación 1, en donde el agente inmunoterapéutico es un inmunoterapéutico pasivo.
8. 8. El método de la reivindicación 7, en donde el agente inmunoterapéutico es un anticuerpo monoclonal.
9. 9. El método de la reivindicación 1, que comprende al menos dos etapas de ensayo llevadas a cabo en diferente puntos del tiempo durante el curso de la enfermedad, en donde la información comparativa se obtiene de las etapas de ensayo.
10. 10. El método de la reivindicación 9, en donde la información obtenida se utiliza para implementar, modificar o retirar una terapia.
11. 11. El método de la reivindicación 1, en donde el tumor es melanoma y el panel de TuAAs comprende al menos dos TuAAs seleccionados del grupo que consiste de tirosinasa, melan-A/MART-1, NY-ESO-I, PRAME, una proteína SSX, y una proteína MAGE.
12. 12. El método de la reivindicación 11, en donde la proteína SSX es SSX-2 o SSX-4.
13. 13. El método de la reivindicación 11, en donde la proteína MAGE es MAGE-I o MAGE-3.
14. 14. El método de la reivindicación 1, en donde el tumor es cáncer de mama y el panel de TuAAs comprende al menos dos TuAAs seleccionados del grupo que consiste de NY-ESO-I, Her2/neu, una proteína SSX, y una proteína MAGE.
15. 15. El método de la reivindicación 1, en donde el tumor es cáncer colorectal y el panel de TuAAs comprende al menos dos TuAAs seleccionados del grupo que consiste de CEA, una proteína SSX, PRAME, NY-ESO, LAGE, PSCA, SCP-I, PSMA y una proteína MAGE.
16. 16. El método de la reivindicación 1, en donde el tumor es cáncer de pulmón y el panel de TuAAs comprende al menos dos TuAAs seleccionados del grupo que consiste de PSMA, NY-ESO-I, SSX-2, y una proteína MAGE.
17. 17. El método de la reivindicación 1, en donde el tumor es cáncer de próstata y el panel de TuAAs comprende al menos dos TuAAs seleccionados del grupo que consiste de NY-ESO-I, PSA, PSCA, PSMA, una proteína SSX, y una proteína MAGE.
18. 18. El método de la reivindicación 1, en donde el tumor es cáncer ovárico y el panel de TuAAs comprende al menos dos TuAAs seleccionados del grupo que consiste de PRAME, PSMA, PSCA, una proteína MAGE, SCP-I, una proteína SSX, CEA, Her-2/Neu, NY-ESO-I, y LAGE.
19. 19. El método de la reivindicación 18, en donde el cáncer ovárico se selecciona del grupo que consiste de carcinoma seroso, carcinoma no seroso, carcinoma mucinoso (célula), y carcinoma de células claras.
20. 20. El método de la reivindicación 1, en donde el tumor es cáncer renal y el panel de TuAAs comprende al menos dos TuAAs seleccionados del grupo que consiste de una proteína SSX, PRAME, NY-ESO, LAGE, PSCA, SCP-I, PSMA y una proteína MAGE.
21. 21. El método de la reivindicación 1, en donde el tumor es cáncer pancreático y el panel de TuAAs comprende al menos dos TuAAs seleccionados del grupo que consiste de una proteína SSX, PRAME, NY-ESO, LAGE, PSCA, PSMA y una proteína MAGE.
22. 22. El método de la reivindicación 1, en donde la expresión de antígeno se detecta por una técnica que comprende al menos uno de RT-PCR, determinación de transcripción, determinación de proteína, determinación de epítope o cualquier combinación de las mismas.
23. 23. El método de la reivindicación 1, en donde la expresión de antígeno se detecta en células neoplásicas, o células estromales asociadas a tumor, o ambas.
24. 24. El método de la reivindicación 23, en donde las células estromales asociadas a tumor son neovasculatura.
25. 25. El método de la reivindicación 24, en donde el antígeno asociado a neovasculatura es PSMA y el antígeno de célula neoplásica se selecciona del grupo que consiste de NY-ESO-I, SSX2, LAGE, y PRAME.
26. 26. El método de la reivindicación 1, en donde el tejido de tumor comprende tejido de tumor primario.
27. 27. El método de la reivindicación 1, en donde el tejido de tumor comprende tejido de tumor metastásico.
28. 28. Un método para adaptar una condición de cáncer en un paciente con un régimen inmunoterapéutico, que comprende las etapas de: ensayar el tejido de tumor del paciente para dos o más antígenos asociados al tumor expresados (TuAAs) en un panel preseleccionado, para desarrollar un perfil de antígeno para el tumor; y seleccionar un régimen inmunoterapéutico en base al perfil, comprendiendo el régimen la administración de uno o más agentes inmunoterapéuticos que tienen como objetivo dos o más antígenos en el perfil.
29. 29. El método de la reivindicación 28, en donde el régimen comprende administrar tanto un agente inmunoterapéutico activo como un agente inmunoterapéutico pasivo .
30. 30. Un método para adaptar una condición de cáncer en un paciente con un agente inmunoterapéutico, que comprende las etapas de: determinar el tipo de MHC clase I del paciente; ensayar el tejido de tumor del paciente para dos o más antígenos asociados al tumor expresados (TuAAs) en un panel preseleccionado; ensayar el tejido de tumor del paciente para la expresión de MHC clase I o ß2-microglobulina; seleccionar un agente inmunoterapéutico para la administración al paciente en base a los ensayos, en donde el agente inmunoterapéutico comprende o codifica un epítope restringido por el tipo MHC clase I del paciente, para cada uno de los dos o más antígenos expresados por el tumor.
31. 31. El método de la reivindicación 30, en donde la expresión de antígeno se detecta en células neoplásicas, o células estromales asociadas a tumor, o ambas.
32. 32. El método de la reivindicación 31, en donde los dos o más antígenos expresados por el tumor incluyen un antígeno expresado por una célula neoplásica y un antígeno expresado por una célula estromal asociada a tumor.
33. 33. Un método para confirmar un diagnóstico de cáncer que comprende las etapas de: ensayar un tejido de tumor del paciente para detectar uno o más polipéptidos expresados en un panel preseleccionado, en donde el panel comprende dos o más TuAAs y al menos uno marcador de linaje, para desarrollar un perfil de expresión para el tumor; y confirmar un diagnóstico de cáncer en base al perfil de expresión.
34. 34. El método de la reivindicación 33, en donde el panel comprende al menos tres TuAAs seleccionados del grupo que consiste de NY-ESO-I, CEA, PSA, PSMA, tirosinasa, melan-A/MART-1, una proteína SSX, y una proteína MAGE.
35. 35. El método de la reivindicación 33, en donde el diagnóstico es melanoma y el marcador de linaje se selecciona del grupo que consiste de melan-A/MART-1, tirosinasa, y gplOO.
36. 36. El método de la reivindicación 33, en donde el diagnóstico es cáncer de mama y el marcador de linaje se selecciona del grupo que consiste de proteína inducible por mamaglobina y prolactina (Brst2).
37. 37. El método de la reivindicación 33, en donde el diagnóstico es cáncer de colón y el marcador de linaje es CEA.
38. 38. El método de la reivindicación 33, en donde el diagnóstico es cáncer de pulmón y el marcador de linaje es factor de transcripción tiroidal 1 (TTFl).
39. 39. El método de la reivindicación 33, en donde el diagnóstico es cáncer de próstata y el marcador de linaje se selecciona del grupo que consiste de PSA y PSMA.