SISTEMA PARA RASTREAR PRODUCTOS ANIMALES ANTECEDENTES DE LA INVENCION La presente invención se relaciona a un método de únicamente identificar animales para la recolección de datos, manejo de registros y propósitos de recuperación de una manera precisa y efectiva en costo. La identificación y registro de animales ha sido un área de interés incrementada a través de los años recientes. Generalmente hablando, la identificación y registro de animales implica la recolección de datos para cada animal por todo su ciclo de vida completo de tal manera que las características individuales y la historia del animal pueden ser rastreados. Estos datos pueden incluir, pero no son necesariamente limitados a, fecha y lugar de nacimiento, ascendencia, sexo, movimiento geográfico, historia de salud y tratamiento, y otros registros de producción. El ganado y las industrias de procesamiento de alimentos, en particular, se han implicado considerablemente en esta área en un esfuerzo para incrementar la productividad y el carácter provechoso en el manejo del ganado, así como para desarrollar una estrategia para identificar, rastrear y manejar los riesgos en el área de la seguridad de los alimentos y los brotes de enfermedad infecciosa en el ganado. Las consideraciones de salud y seguridad demandan que los orígenes de los productos alimenticios deben ser transparentes. Además, los consumidores ahora demandan y algunos países ahora requieren que los orígenes de los productos de carne deben ser rastreables de modo que las verificaciones de aseguración de calidad y los procedimientos de inspección puedan ser efectivamente y confiablemente llevados a cabo. Un sistema de registro o rastreo basado en documentos sería suficiente para rastrear productos de carne regresivamente al sistema o granja de origen. No obstante, los documentos pueden ser perdidos, las etiquetas se deterioran en el almacenamiento en un congelador y se hacen errores del registro. El sistema reivindicado tiene la ventaja de que si -.un resultado es dudoso o controversial , las muestras en cuestión pueden ser reanalizadas mediante una tercera parte independiente. Existe un reto significante, sin embargo, en que no hay un sistema actualmente uniforme para identificar y rastrear animales con suficiente especificidad. Más bien, una multitud de convenciones de identificación y registro de animales han evolucionado a través del tiempo los cuales varían ampliamente dependiendo de tales factores como la ubicación geográfica de la operación del ganado y/o el fabricante del sistema de rastreo de animales particular. Un ejemplo es la falta de uniformidad basada en la ubicación geográfica que es evidente en los Estados Unidos en donde cada estado determina su propio esquema de identificación de animales para granjas de ganado localizadas dentro del estado. Otro ejemplo es, ahora, en que varios métodos y combinaciones de métodos se usan en un intento para asegurar la identidad y la fuente de los productos de carne a través de la base de lote o consignación mediante lo cual se aplican números de lote/consignación a los lotes/consignaciones desde la fuente, a- través del proceso de sacrificio hasta el consumidor. Sin embargo, estos ejemplos demuestran como los métodos actuales son consumidores de tiempo, pesados y requieren recursos considerables de los granjeros, procesadores y del gobierno u otras agencias. Asi, esta falta de uniformidad es problemática en que llega a ser cada vez más difícil rastrear regresivamente la información concerniente con un animal específico. La utilidad de los datos recolectados de esta manera es comprometida para de esta manera afectar tales objetivos de la industria, como la productividad incrementada y el rastreo del animal a través de su ciclo de vida completo. También se incrementa el tiempo requerido para rastrear regresivamente la exposición al humano y los puntos potenciales de la seguridad del alimento mientras que se limitan la difusión de enfermedades infecciosas que en ciertos casos, puede conducir a la exposición adicional de que pueden prevenirse riesgos de la salud para los humanos y la difusión de enfermedades confinables para animales que a su vez podrían conducir al desecho de grandes números de animales. El manejo del riesgo está claramente asociado con la recolección de datos y los sistemas de manejo de información de que una operación de animal bien funcionada ya debe haber tenido en el lugar adecuado. La capacidad para identificar y rastrear productos alimenticios a través de la cadena alimenticia en el nivel de menudeo hacia atrás a la granja o al sistema de producción de origen está llegando a ser un proceso requerido para dirigirse a los problemas de seguridad humano. La importancia de un sistema para rastrear productos "alimenticios es ilustrada por muchos ejemplos recientes que incluyen problemas con residuos en frutas y vegetales, dioxina en aves de corral y la contaminación de E. coli 0157 y la encefalopatía espongiforme bovina (BSE) en productos de carne de res. Esto también es un requerimiento cada vez más incrementado de los minoristas con el fin de garantizar la cualidad de lo sano del producto alimenticio a sus clientes. Se puede observar que actualmente y en el futuro hay un requerimiento incrementado para verificar la calidad de los productos. La presente invención cumple con esta necesidad y deseo de largos años en la técnica. Conforme se expande la investigación genética y genómica en su influencia a la producción alimenticia, hay un requerimiento para mantener la integridad de la cadena de modo que los beneficios de seleccionar genotipos específicos sean tomados a través de la cadena al punto donde el beneficio puede ser explotado. Hoy en día, es posible seleccionar alelos específicos de genes en el ganado vacuno y en los cerdos que dan por resultado una carne con calidad de carne o comida mejorada como es estimado por el procesador y el consumidor. Así, es probable que estos alelos/genes serán especificados y que los miembros de la cadena requerirán confirmación de que pueden ser verificadas las reclamaciones resultantes. Actualmente hay una necesidad para identificar positivamente las genéticas que se dicen que son parte de un programa o paquete formulado para suministrar características del canal de carne específicos y atributos de la calidad de la carne. Actualmente es posible poner en el lugar adecuado tal sistema de rastreo usando pasaportes de papel o electrónicos que rastréarán un animal individual desde . el nacimiento hasta el sacrificio y ligarán a las etiquetas u otras formas de identificación del animal, tal como la formación de imagen retinal. Sin embargo, estos sistemas se pueden someter a fraude, aunque la tecnología está siendo desarrollada para enlazar los dos componentes (pasaporte y animal) conjuntamente. No obstante, estos procesos y la tecnología disponible hoy en día solamente pueden seguir al canal a la mesa de descuartizamiento; el punto donde el animal es dividido en cortes principales, articulaciones, etc. Una vez que estos cortes principales se distribuyen a las diferentes mesas de deshuesamiento, la identidad del producto y el pasaporte se pierde por lo menos desde una perspectiva del canal individual. Los lotes o porciones aun pueden ser contenidos aunque una separación clara es difícil de mantener entre estos lotes y se somete a error y esto se adiciona significativamente al costo de producción. Además, la diseminación del producto a otras plantas para el procesamiento adicional también incrementa el problema. Existe una necesidad para desarrollar datos genéticos en un sistema acumulativo, comprensivo y dinámico del manejo de base de datos para de esta manera incrementar la capacidad predecible de la salud y la longevidad de los animales. El sistema reivindicado tiene la ventaja distinta de usar información de DNA para rastrear productos de carne hasta el sistema o granja de origen. En la presente invención un método para utilizar marcadores de DNA se presenta como un medio para identificar animales individuales al obtener genotipos de todos los orígenes presuntos como referencias para ser introducidos en una base de datos y luego comparar los genotipos de las muestras de descendencia con esta base de datos para identificar los orígenes presuntos de cada descendencia. De manera similar, el análisis del origen usando marcadores de DNA se puede usar en un sistema para identificar la fuente de los canales y los cortes individuales de carne (descendencia) a una granja específica (orígenes) . La presente invención es menos costosa que los sistemas de rastreo de DNA existentes basados en la identidad, ya que la presente invención no tiene que mantener las muestras de. todos los animales sacrificados, ni la huella digital del DNA de todos los animales sacrificados. En el futuro, si la clonación es alguna vez usada en la industria granjera, el sistema reivindicado también sería efectivo siempre y cuando los clones dados fueran únicos a un sistema/granja particular. Por las razones anteriores, existe una necesidad por un sistema que rastrea animales a través de un método de marcador de DNA eficiente y efectivo en costo. El método de la presente invención comprende la primera etapa de proporcionar un. sistema, de identificación universal único para animales, tales como cerdos, que- hace posible la identificación y el manejo para rastrear . productos alimenticios a través de la cadena alimenticia. Por consiguiente, un objetivo primario de la invención es un método de análisis genético usando la huella digital de DNA para proporcionar el rastreo completo para la cadena de producción del animal, mediante > lo cual se requiere la recolección de muestras de origen y la recolección de muestras de los grupos de descendencia proporciona una base de datos necesaria para el uso futuro. Otro objetivo de la invención es el perfil de salud g
de un animal que determina las características de ese animal a través del perfil de DNA de origen. Un objetivo adicional de la invención es el perfil de salud de un animal que comprende datos genéticos de animales que permiten datos de estimación de salud de animales para de esta manera permitir un análisis que predice las probabilidades de salud, enfermedad y trastorno. Todavía^ otro objetivo de la invención es un método para utilizar los datos genéticos de animales para proporcionar una base de datos universal que permite un sistema de rastreo para la cadena de producción completa. El método y los medios para realizar cada uno de los objetivos anteriores llegarán a ser evidentes a partir de la descripción detallada de la invención que sigue. Los objetivos y ventajas adicionales de la invención serán expuestos en parte en la descripción detallada y en parte serán obvios a partir de los ejemplos, o pueden ser aprendidos por la práctica de la invención. Los objetivos y ventajas de la invención serán obtenidos por medio de las instrumentalidades y combinaciones, particularmente indicadas en las reivindicaciones de la invención. BREVE DESCRIPCION DE LA INVENCION La presente invención divulga un método y un sistema para identificar animales que permite con la tecnología de marcador de DNA rastrear productos de carne usando un sistema de origen que es utilizado con el fin de proporcionar el rastreo completo efectivo en costo para la cadena de producción del animal hasta el sistema o granja de origen. Este sistema requiere que sean utilizados marcadores de DNA como un medio para identificar el origen de los animales individuales, identificar la fuente de los canales' y los cortes individuales de carne, y el sistema preciso o granja de origen para los animales seleccionados. La recolección de muestras de origen, la recolección de grupos de descendencia, muestras de abuelos, muestreo estadísticamente basado en varios puntos de control a través de la cadena y los sistemas de verificación de DNA para demostrar el origen, tanto genético como mediante la ubicación do las muestras por toda la cadena es requerido para implementar y verificar efectivamente la presente invención. La información de genotipo será introducida y luego cargada por medios bien conocidos para aquellos expertos en la técnica tales como cargas de archivos o la conexión de base de datos. La información de genotipo y el muestreo luego serán extraída de la base de datos y corrida a través del software de análisis de datos descrito en los Ejemplos. Para el análisis de origen esto se puede hacer usando programas comerciales disponibles conocidos para aquellos expertos en la técnica. El sistema además puede ser mejorado a través de la integración con la tecnología de manejo de información tal como el uso del reporte e identificación de resultados basados en la red. Al crear este sistema utilizando estos componentes discretos y distintos, la presente invención proporciona la preservación de identidad efectiva en costo para productos animales. Este sistema tiene ventajas especificas sobre los sistemas existentes en términos de la facilidad de uso por toda la cadena de producción y el costo de implementación . Además, el sistema puede ser acomodado para el ajuste de los réquerimientos en cada punto en la cadena para de esta manera incrementar la robustez del sistema con respecto al fraude". Estos factores incrementan la utilidad y son importantes en asegurar la adopción e implementación requerida por los participantes en la cadena. Aspectos, características y ventajas adicionales de ' la presente invención serán evidentes a partir de la siguiente descripción ' de las modalidades actualmente preferidas de la invención proporcionadas para el propósito de descripción. BREVE DESCRIPCION DE LOS DIBUJOS La Figura 1 demuestra la distribución del tamaño de alelo clasificado para los marcadores SW2623 y SO301. El eje X = número de observaciones y el eje Y = tamaño del alelo como es llamado por el software Genotyper®. DESCRIPCION DETALLADA DE LAS MODALIDADES PREFERIDAS La presente invención utiliza la precisión de la tecnología de DNA para enseñar un sistema de rastreo para el animal individual o grupos de animales tal como una unidad de producción regresivamente al sistema o granja de origen. Este sistema permite que el profesional de sanidad, productor, procesador y minorista obtenga información acerca de los animales específicos y su descendencia con el fin de estimar la presencia y prevalencia de la enfermedad o trastorno, identificar cualidades heredables deseables y promover un sistema uniforme detallado. Los organismos vivos ofrecen una huella digital individual única en su DNA. Por lo tanto el DNA proporciona la posibilidad para mantener el rastreo desde el nacimiento hasta el consumo. Sin embargo, desde un punto de vista práctico, el uso actual de la tecnología de DNA para este propósito es una tarea tremenda que requiere manejo intenso y costo relativamente alto ya que está basado en la prueba de identidad. Aunque los sistemas basados en identidad están siendo desarrollados para ganado vacuno, y corderos tal como IdentiGen en Irlanda y Easi-trace en Nueva Zelanda, estos no son apropiadamente aplicables a los cerdos. La recolección de muestras, formación de genotipos, análisis de datos, costo contra el valor del canal y los números verdaderos de animales que necesitarían ser simbolizados han impedido la aplicación de esta tecnología en las especies tales como perros, ganado vacuno, gatos, caballos y ovejas.
El método de la presente invención proporciona la habilidad para identificar únicamente animales en un aspecto uniforme y consistente usando la tecnología de DNA. que permite el acceso rápido y fácil a los datos recolectados y de esta manera la habilidad para rastrear productos de carne regresivamente al sistema o granja de origen. El programa de rastreo reivindicado puede ser ajustado con el uso de entre 10 y 100 marcadores microsatélites, pero de preferencia entre 20 y 50 marcadores microsatélites para identificar al animal desde afuera del sistema controlado o la granja de origen. La presente invención de esta manera minimiza la cantidad de tiempo requerido para rastrear regresivamente enfermedades, reduciendo de esta manera el riesgo de tener animales libres de enfermedad que pueden ser infectados, y reduciendo los riesgos de salud asociados con los humanos. El método de la presente invención también es ventajoso en que proporciona la habilidad para identificar animales sin considerar al fabricante del sistema de rastreo de animal particular empleado por el ganado de interés. El presente sistema utilizará una base de datos y sistema de almacenamiento de muestras que puede ser empaquetado con untamente en un formato fácil de utilizar usando el software fácilmente disponible para el análisis. Además, la invención reivindicada es menos costosa que los sistemas de DNA previamente utilizados basados en la identidad, ya que la presente invención no requiere que las muestras de todos los cerdos sacrificados sean conservadas, ni que todos los animales deben ser digitalizados en el DNA. Esto es debido al hecho de que el sistema reivindicado está basado en el origen y por lo tanto se puede hacer usando solamente muestras de carne después del sacrificio. Otra ventaja única de la presente invención es el hecho de que como el número efectivo de padres genéticamente diferentes en el sistema o la granja seria significativamente reducido, permitiendo de esta manera menos marcadores y asi el sistema de rastreo reivindicado significativamente reducirla los costos. Esto permite que el (los) productor (es ) de ganado y procesadores de alimentos más fácilmente recolecten y rastreen los datos en un animal individual durante su ciclo de vida proporcionando productividad incrementada y protección de la salud general y el bienestar de los traba adores, consumidores y animales. La presente invención es un método para identificar el animal desde el cual se deriva al producto alimenticio, que comprende muestrear el te ido del animal, extraer material genético de la muestra, llevar a cabo un análisis genético sobre el material genético extraído y codificar los resultados del análisis genético particular, introducir la información de la muestra y el análisis genético codificado sobre una base de datos y permitir que la información de la muestra sea investigable con el fin de discernir el análisis genético molecular de un animal. La presente invención describe un procedimiento mejorado para el análisis de marcador de DNA usando muestras de origen, muestras de referencia de descendencia y otras formas de análisis de secuencia de ácido nucleico que permite el análisis rápido y simultáneo de un número grande de marcadores de DNA. El sistema reivindicado es único en que está basado sobre la paternidad. Este da por resultado un sistema muy efectivo en costo en cuanto a que menos padres están en uso en la industria que las madres. Con tal que un grupo de padres sean usados exclusivamente dentro de un sistema o granja, entonces la carne de los cerdos sacrificados, por ejemplo, derivada de ese sistema o granja puede ser efectivamente rastreada regresivamente al sistema o a la granja. No obstante, la invención reivindicada es igualmente aplicable para un sistema o granja en que participan cerdos padres (a través de AI) con otros sistemas o granjas. En este caso, el sistema estaría basado en la maternidad. La cantidad de prueba (huella digital) del conjunto de referencia necesitaría ser incrementado en esta situación ya que este ahora comprendería todas las madres en el sistema o granja (opuesto a los padres) y así los costos totales se incrementarían un poco, pero la invención reivindicada permitiría una capacidad mejorada para rastrear carne o productos de carne claramente hasta su sistema o granja de origen. El alto contenido de información esperado de este sistema facilitará muchas clases de análisis genético y permitirá un sistema de rastreo mejorado o más uniforme que proporcionará diferentes opciones de rastreo tal como el rastreo parcial si es garantizado. Esta invención también proporciona un método mejorado para obtener ácidos nucleicos extraídos de diferentes muestras biológicas. La identidad de individuos se estima a través de "dactilografía de DNA" y los genes asociados con el individuo específico luego son identificados y mapeados a sitios específicos sobre los cromosomas. En este proceso de impresión digital de DNA, las variaciones en la secuencia de DNA de diferentes individuos de una especie (polimorfismos de secuencia de DNA) son revelados por diferencias en el patrón cuantitativo de enlace de los fragmentos de DNA preparados a partir de diferentes individuos o un arreglo de unos cuantos cientos o unos cuantos miles de sondas de oligonucleótídos . El sistema de la presente invención se ajusta de acuerdo con los requerimientos de la cadena de producción, pero una unidad básica es una unidad de producción tal como una granja individual. Los animales hembras (madres) se seleccionan para abastecer el sistema y una muestra de DNA se toma y se almacena como parte del pasaporte del individuo que proporciona una muestra de referencia así como de los registros de identificación (tal como el número de etiqueta de ID, etc.) . Será comprendido por aquellos expertos en la técnica que una variedad de métodos se pueden utilizar para enlazar el pasaporte de animal incluyendo respondedores electrónicos, sistemas de exploración retinal o sistemas de exploración de iris. A su vez, los animales machos (padres) se seleccionan para hacer apareados con estas madres. Estos animales machos típicamente serán seleccionados para ser utilizados únicamente dentro del sistema o en sistemas relacionados. Como con las madres, las muestras de los padres son tomadas por referencia. Los perfiles de DNA son generados para estos animales de origen usando cualquier sistema basado en marcador de DNA que proporciona el poder discriminatorio necesario. En un ejemplo, puede ser necesario que los padres sean segregados para el uso solamente dentro de un sistema de producción individual y depende de la práctica de que las madres sean únicamente localizadas en granjas específicas o en una granja particular durante un tiempo específico. Los marcadores son polimórficos dando de esta manera a cada individuo diferente una singularidad de que es ident ificable y rastreable. Tales marcadores pueden ser seleccionados de microsatélites, polimorfismos de nucleótido individual específico (SNPs), marcadores de AFLP o supresiones o inserciones de todo, o parte de, la secuencia de ' DNA genómica. El tipo de marcador no es particularmente importante, pero estos marcadores serán seleccionados para suministrar el sistema más eficiente. Por ejemplo, al usar marcadores microsatélites altamente polimórficos es posible fácilmente verificar el origen de un animal si las muestras de los padres también están disponibles. En algunas situaciones los marcadores de SNP específicos pueden proporcionar discriminación de primer etapa muy eficiente. Un productor de cerdos, por ejemplo, puede desear utilizar padres cerdos Duroc ya que son preferidos en algunos mercados por los atributos de la calidad de carne, el cerdo Duroc tiene un polimorfismo específico en el gen MC1R que es diagnóstico para esta raza, de modo que un cerdo de este sistema debe contener por lo menos un alelo. Duroc. Cualquier muestra que sea negativa para este alelo Duroc puede ser excluida del sistema. Este procedimiento' puede ser aplicado para alelos de otros genes que son especificados tal como en los Estados Unidos algunos procesadores especifican la ausencia del gen Halotano. En un sistema de .tal clase cualquier cerdo que lleva el gen Halotano puede ser excluido. Esta es una característica importante del sistema de la presente invención puesto que el genotipo específico del individuo será Usado para demostrar el acatamiento con los requerimientos del sistema y es probable que en los productos futuros (carne) que resultan del animal serán valuados basado en el genotipo específico. Será evidente para aquellos expertos en la técnica que son necesarias técnicas con el fin de identificar los marcadores y no se propone que la invención sea limitada por tales modalidades o mecanismos ilustrativos, y que se pueden hacer modificaciones sin apartarse del alcance o espíritu de la invención, como es definido por las reivindicaciones adjuntas. El sistema de rastreo de la presente invención también tiene otros beneficios significantes. Por ejemplo, los padres de cualquiera de los cerdos nacidos en el sistema o la granja con defectos genéticos pueden inmediatamente ser rastreados. La selección de estos cerdos padres (y madres si es garantizado) presenta la ventaja de reducir la incidencia de defectos congénitos en el sistema o granja. Lo siguiente es solo un ejemplo del uso reivindicado de las herramientas de huella digital de DNA para identificar un cerdo padre AI que lleva un defecto cardiaco genético previamente desconocido. Cerditos pequeños con una condición conocida como cerdos "colectivos" se observaron en las granjas usando semen de una manada AI particular, pero debido a que la manada usó el semen de varios cerdos padres para hacer sus dosis AI comerciales, nadie podría identificar si uno o varios de los cerdos padres fueron responsables, si esta fue una enfermedad infecciosa, o si fue ocasionada por alguna cosa en el medio ambiente. La invención reivindicada usando el sistema basado en el origen y las herramientas de rastreo permitió que sea mostrado que un cerdo padre individual ha procreado los cerditos afectados.
Otro ejemplo de los beneficios del sistema reivindicado es la habilidad de la fertilidad de los padres para ser inspeccionada en un sistema o granja. Por ejemplo, esto se obtiene al muestrear y al obtener la huella digital de los cerdos después del sacrificio y luego al comparar la proporción real de descendencia procreada por un cerdo padre dado con respecto a la proporción estimada de descendencia que seria esperado que tenga procreada basada en su contribución conocida a las dosis AI usadas en el sistema o granja. Esto permite que sean identificados y seleccionados cerdos padres subfértiles o infértiles previamente rio diagnosticados.' Esto también proporciona la ventaja distinta de aumentar la fertilidad total del sistema o granja. Actualmente los cerdos padres en una manada se inspeccionan para la calidad de su semen en términos de la concentración de esperma, motilidad y morfología. Si su semen es mezclado con aquel de otros cerdos padres en la producción de dosis AI, entonces su fertilidad no puede ser verificada. Muchas condiciones son conocidas, donde la concentración de esperma, motilidad y morfología de los mamíferos machos pueden observarse normales, pero el macho tiene pobre fertilidad (por ejemplo, translocaciones recíprocas, mutaciones en genes involucrados en el reconocimiento de esperma/huevo, etc) . El sistema de rastreo reivindicado también tiene la habilidad única para planear el sistema basado en abuelos y bisabuelos opuesto a la utilización de paternidad o maternidad. Esto permite una ventaja distinta de requerir un número muy reducido de huellas digitales del animal de referencia en la base de datos que también conduciría a costos reducidos. Este procedimiento requiere un procedimiento diferente debido a que un individuo no tiene que compartir un alelo con su abuelo en cada sitio. Por lo tanto la exclusión de un abuelo candidato no es posible de la misma manera como un origen candidato puede ser excluido donde no hay alelo de igualación en un sitio. La invención reivindicada permite que sea tomado un procedimiento cíe exclusión si el par de abuelos paternales o abuelos maternales es muestreado. Un individuo debe tener por lo menos un alelo en común con el conjunto de cuatro alelos en los dos abuelos sobre él lado del padre, y un alelo con. el conjunto de cuatro alelos en los dos abuelos sobre el lado de la madre. Las probabilidades de exclusión se calculan de manera similar a la situación de origen/descendencia. Por ejemplo, para un marcador de dos alelos se tendría lo siguiente: Alelos de Alelos de Abuelos Descendencia Abuela 1111 1112 1122 1222 2222 11 0. 015625 12 22 0.015625 Solamente la combinación de 1111 abuelos con 22 descendientes abuelos o 2222 abuelos con 11 descendientes abuelos excluiría esta combinación de los dos abuelos. La probabilidad de exclusión para individuos no relacionados (usando un marcador con dos alelos igualmente frecuentes) es: 2x(frec l)d x (frec 2 ) 2 = 2 x .5 x .5 x .5 x .5 x .5 x .5 = 2 x 0.0625 x 0.0625 x .25 = 0.01325 Cada uno de los dos abuelos en el par con 1111 alelos podría aun ser un abuelo verdadero junto con otro abuelo candidato, por lo tanto es necesario que se prueben todas las combinaciones posibles de abuelo paterno más abuelo materno."
Han existido otras opciones para asignar abuelos o bisabuelos a un individuo, uno a la vez. En una publicación reciente, Milligan (2003) desarrolló un estimador de probabilidad para la relación entre cualquiera de dos individuos basado en los fenotipos marcadores solamente y revisó otros métodos. Milligan, Brook G., Maximum-Likelihood Estimation of Relatedness, Genetics; 163 páginas 1153-1167 (2003) . Se mostró que el método de probabilidad fue efectivo con relaciones tan distantes como primos hermanos, que tienen el mismo grado de relación como un bisabuelo y su descendencia de bisabuelo y aun con individuos no relacionados. En el sistema de rastreo reivindicado será conocido a que generación pertenece un individuo. Esto es extremadamente útil para pares de individuos con relaciones de 0.25, por ejemplo, mediano parentesco. La presente invención permite mantener el rastreo de a qué generación un individuo muestreado pertenece, por lo tanto no hay necesidad de distinguir entre un mediano parentesco y un abuelo. Será necesario distinguir entre una relación de 0.25 (abuelos verdaderos) y 0.125 (parentesco completo al abuelo verdadero) , no obstante, el número incrementado de marcadores necesarios para realizar esto, un poco más grande que 30 marcadores, será simple de obtener. Además, un número reducido de genotipo de referencia será necesario, dando por resultado un sistema total menos costoso. Para el análisis de abuelos el análisis se puede hacer mediante un programa de computadora que es similar al mencionado para el análisis de origen. La habilidad para planear tal sistema todavía es otra modalidad única de la invención reivindicada. En el sistema de la invención reivindicada, las muestras también se recolectan de la progenie, sin embargo, en este caso no es necesario dactilografiarlas. Más bien estas muestras se almacenan como muestras de referencia si se encuentran problemas o un nivel más grande de verificación es requerido. En algunas situaciones, no siempre será necesario codificar éstas individualmente sino más bien ellas pueden ser agrupados por grupo de nacimiento tal como la carnada en cerdos, estructuración, vía o semana o mes de nacimiento, etc. Esta es una ventaja importante y única de la presente invención sobre los productos previos donde todos los individuos se requieren que sean dactilografiados. Por ejemplo, si una pieza de carne individual o paquete de menudeo necesita ser rastreado regresivamente al sistema; tal como un resultado de la contaminación del producto del cuerpo extraño u otro problema de tal clase, esto se puede hacer eficientemente, como una parte de un sistema de dos etapas. La información sobre el lote o sistema del paquete o documentos de venta se combina con una muestra biológica para proporcionar el DNA para el análisis y se envía al laboratorio de referencia. Es aquí donde el perfil de DNA se determina y se iguala a las muestras de origen con el fin de determinar si hay una correspondencia al sistema. Esto describe la forma reivindicada de una prueba de origen. Se debe observar que esto puede ser además refinado basado en la fecha de nacimiento y/o producción del animal. Si hay una igualación al sistema, esto dará por resultado la identificación de lotes potenciales tales como carnadas para cerdos. Una vez que se hace esto, entonces una igualación más precisa se puede hacer sobre una base individual en una manera mucho más eficiente y efectiva en costo que individualmente dactilografiar cada canal. En la presente invención la muestra es buscada contra los individuos para la identidad específica. La probabilidad de que una igualación sea obtenida con un individuo no idéntico será infinidecimal al usar este procedimiento. El sistema puede ser además mejorado a través de la integración con la tecnología de manejo de información tal como el uso del reporte de identificación de resultados basado en la red. La información de la muestra puede ser introducida por medio de la carga de archivo o la interfase con la red u otros medios conocidos en la técnica. La información de la muestra incluirá pero no está limitada ar la fecha de la muestra, la ubicación del animal (por ejemplo, el número de granja, corral), estado del animal (por ejemplo, origen, cerdos sacrificados) información de envío de la muestra e información de almacenamiento de la muestra. La información de genotipo será introducida y luego cargada por medios bien conocidos para aquellos expertos en la técnica tal como cargas de archivos o conexión de base de datos . La información de genotipo y muestreo luego será extraída de la base de datos y corrida a través del software de análisis de datos descrito en los ejemplos. Para el análisis de orígenes esto se puede hacer usando programas comerciales disponibles conocidos para aquellos expertos en la técnica. Para el análisis de abuelos, el análisis se puede hacer mediante un programa de computadora que es similar al referido. Se puede observar que al usar este sistema se puede obtener un procedimiento efectivo en costo para el rastreo de la cadena alimenticia completa que no es posible al simplemente utilizar la identidad individual. El sistema de la invención requiere un alto nivel de organización asi como la habilidad para combinar genotipo de animal específicos (orígenes seleccionados) y diferentes sistemas marcadores de DNA del manejo de datos y la tecnología de transferencia para hacer posible que se suministre un sistema efectivo para la especie recolectada en altos volúmenes y con el valor del canal relativamente bajo tal como el cerdo en comparación al animal bovino. Este sistema es único y la invención descrita en la presente representa un mayor avance para el rastreo de productos animales en la cadena de producción, en particular para productos de carne de alta calidad. Además, se puede observar que las ventajas potenciales también pueden aplicar para productos animales de menor volumen, de valor más alto tal como carne de res. La presente invención enseña un número de beneficios que se obtienen mediante aquellos que implementan la invención reivindicada. Estos incluyen una capacidad más grande para cumplir con los requerimientos reguladores actuales y futuros, la mejora de la imagen de la industria, credibilidad a través de la transparencia de la industria para asegurar la seguridad del alimento y también para verificar reclamaciones del producto tal como la calidad del producto alimenticio debido al genotipo específico, informe de seguridad de la fuente de' alimento, la verificación de reclamaciones de un sistema de granja por ejemplo, bienestar orgánico favorable y similares y el valor de producto mejorado debido a la presencia de genes específicos (como es demostrado con marcadores genéticos) que indican un grado más alto de calidad y valor o demuestran conformidad con la especificación. En conclusión, la presente invención describe un sistema para rastrear un animal individual desde el nacimiento hasta el consumo. Además, la realización de tal objetivo es enseñada mediante la presente invención a través de un método preciso y efectivo en costo que permite de est'a manera el uso de datos de investigación genética y genómica mejorados y la mejora de los puntos de seguridad del invento humano. DEFINICIONES Para propósitos de esta solicitud los siguientes términos tendrán las definiciones mencionadas en la presente. Las unidades, prefijos y símbolos pueden ser denotados en su forma SI aceptada. A menos que se indique de otra manera, los ácidos nucleicos están escritos de izquierda a derecha en la orientación 5' a 3' ; las secuencias de aminoácidos están escritas de izquierda a derecha en la orientación de amino a carboxi, respectivamente. Los intervalos numéricos son inclusivos de los números que definen el intervalo e incluyen cada número entero dentro del intervalo definido. Los aminoácidos pueden ser referidos en la presente ya sea por los símbolos de tres letras, comúnmente conocidos o por los símbolos de una letra recomendados por la Comisión de nomenclatura Bioquímica IUPAC-IUM. Los nucleótidos, del mismo modo, pueden ser referidos por sus códigos de una sola letra comúnmente aceptados. A menos que se proporcione de otra manera, el software, los términos eléctricos y electrónicos como se utiliza en la presente son como se definen en The New IEEE Standard Dictionary of Electrical and Electronics Terms (5a edición, 1993) . Los términos definidos enseguida son más completamente definidos por referencia a la especificación con un total. Como se utiliza en la presente, un "animal" es cualquier especie cuya carne es vendida comercialmente ya sea para el consumo humano o para el consumo animal. Especies animales incluidas, pero no limitadas a, son animales bovinos, peces, cabras, ovinos, porcinos, aves de corral, mariscos y camarones. Como se utiliza en la presente, una "unidad básica" es una unidad de producción tal como una granja individual mediante la cual las madre y/o padres están ubicados en granjas especificadas o en una granja particular por un tiempo especificado. Como se utiliza en la presente, "marcador" incluye la referencia a un sitio sobre un cromosoma que sirve para identificar una posición única sobre el cromosoma. Un "marcador polimórfico" incluyen la referencia a un marcador que aparece en múltiples formas (alelos) de tal manera que diferentes formas de marcador, cuando están presentes en un par homólogo, permiten la' transmisión de cada uno de los cromosomas de ese par a ser seguidos. Un genotipo puede ser definido mediante el uso de uno o una pluralidad de marcadores . Como se utiliza en la presente, "ácido nucleico" incluye la referencia a un polímero desoxirribonucleótido o ribonucleótido en la forma ya sea de una sola o doble hebra", y a menos que se limite de otra manera, comprenden análogos conocidos que tienen una naturaleza esencial de los nucleótidos naturales en que ellos hibridan ácidos nucleicos de una sola hebra de una manera similar a los nucleótidos que surgen de manera natural (por ejemplo, ácidos nucleicos del péptido) . EJEMPLOS Introducción Se diseñó un proyecto piloto para un esquema de rastreo alrededor de dos unidades de cerdas (SU1 y SU2) que utilizan semen de una manada de cerdos padres comunes (BS1). La manada de cerdos padres BS1 aloja aproximadamente 25 padres de la línea 337 de PIC. SU1 y SU2 son 600 unidades de cerdas (que tienen 25 carnadas/semanas) que utilizan hembras de origen PIC C22. Ambas granjas mantienen buenos registros de producción en la granja. También se tomaron muestras de tejido de cerdos sacrificados PIC337 x C22 no relacionados que se originan de un sistema de producción no relacionado (Sistema II). Estas muestras se utilizaron como un control negativo contra cerdos que se originan del sistema descrito en lo anterior. Se proponen marcadores de DNA como un medio para identificar el origen de los animales individuales. Además, el análisis de origen mediante los marcadores de DNA se evaluó como un sistema de identificar la fuente de canales y cortes de carne individuales a una granja especifica. Materiales Muestras Se realizó un muestreo de la granja para obtener muestras de DNA de los 21 Cerdos Padres presentes en BS1 en el momento del muestreo y de 13 carnadas (4 cerditos pequeños cada uno) con sus cerdas para cada una de las dos unidades de cerdas, SU1 y SU2. Del Sistema II, se obtuvieron 50 muestras de DNA sobre cerdos no relacionados con el sistema de prueba. En el rastro o matadero, se tomaron muestras de los canales identificados como suministrados por SU1 y SU2. Se tomaron muestras de piel y de lomo de 50 canales de cada una de las granjas y 15 muestras de pernil de cada granja. En ambas granjas se muestrearon cerdas adicionales que se esperaron que sean orígenes de los canales muestreados . Muestras totales : Fuente, de cerdos Cerdas descendencia piel lomo pernil A imal padres a b BSI 21 (+2) - - - - - SU1 14 119 56 50 50 15
SU2 - 14 50 56 50 50 15
Sistema II - - 50 - - - Tabla 1. Clasificación de un número de muestras mediante la fuente (granja) y tipo de animal o tipo de tipo de corte muestreado . Marcadores Un conjunto de 9 marcadores publicado por PE AgGen para el análisis de origen en cerdos se utilizó como la base para un conjunto de 12 marcadores. Doce marcadores es el límite actual para una sola corrida sobre el formador de genotipo ABI (4 colores x intervalos de tamaño de 3 marcadores). Dos de los marcadores en el conjunto PE AgGen no se utilizaron. S 2160 es el 5o marcador en su intervalo de tamaño, y SW840 está enlazado a otro marcador en el conjunto. Cinco marcadores se adicionaron al conjunto AgGen de marcadores MS usados en el proyecto de Biodiversidad Europeo (htt : //databases . roslin . ac . uk/pigbiodiv) . Tres criterios se utilizaron para estos marcadores adicionales. Primero, ellos tuvieron que ser desligados de cualquiera de los marcadores ya ' expuestos en el conjunto de 12. El segundo criterio fue que el polimorfismo fue un promedio informativo sobre 9 lineas PIC. Tercero, su intervalo de tamaño tiene que ajustarse en una de las posiciones restantes (máximo de 4 en el mismo intervalo) . El conjunto final de marcadores es como sigue: Color Marcador Intervalo de Tamaño ssc ~cM
Tet SW1430 159-181 1 Fam SW2623 123-149 2 lOcM
Fam S0226 169-231 2 75cM "
Fam SW72 100-118 3p Tet S0097 208-248 4 120cM
Fam S0301 254-266 4 27cM
Ned SW122 110-122 6 Vic TNFB 156-216 7 Ned SW857 144-160 14 Tet S 936 80-117 15 Ned SW2411 179-229 16 Vic S 24 89-121 17 Tabla 2. Marcadores microsatélites usados para el análisis de origen Como se muestra en la Tabla 2, no hay exactamente 3 marcadores por color. Esto sucedió debido a que uno de los marcadores ya estuvo disponible con el tinte Azul (Fam) y no se sobrepuso con los otros 3 en este color. Los cromosomas 2 y 4 cada uno tiene 2 marcadores sobre éstos pero estos son de por lo menos 65 c aparte y por lo tanto esencialmente no ligados . Sof ware El análisis de Genotipo se puede realizar usando el software Genotyper® como es proporcionado con la máquina ABI para considerar los tamaños de alelos para cada uno de los marcadores. Este software es construido para ser completamente automático pero una verificación manual de esos resultados es necesaria en este tiempo. La salida de Genotiper® estará a los tamaños del alelo en unidades de pares de bases, hasta dos décimas. Análisis de Origen; La lista de software de enlace en Rockefeller University se investigó para el software de análisis de origen. Las siguientes aplicaciones se encontraron y pueden ser utilizadas en la presente invención: SALP, Borel, Cervus, Newpat/identity, Kinship) . De preferencia se debe utilizar Cervus ya que este trabaja sobre la PC y el soporte está disponible si es necesario. Cervus puede manejar fácilmente genotipos perdidos, errores de genotipo y por lo tanto trabajará bien sobre datos reales. Además del análisis de datos Cervus tiene algunas herramientas de simulación que permiten la predicción de potencia de un cierto conjunto de marcadores para parámetros de población especifica. Acumulaciones o depósitos de alelos: Una aplicación SAS se ha escrito para recodificar los registros de alelos de la salida de Genotuper® a números de alelo entero basado en los intervalos observados" de cada uno de los alelos. Los resultados afuera de los intervalos definidos o de otra manera consideraciones de genotipo no utilizables se hacen salir en una lista para investigación adicional. La aplicación SAS escribe todos los genotipos utilizables a un archivo de entrada Cervus y/o un archivo de salida fácil de interpretar para los usuarios. Almacenamiento de Genotipo : Esto se hace actualmente en archivos master Excel. Actualmente una base de datos Access para el almacenamiento de resultados de genotipo puede ser utilizada. En el futuro, el prototipo Access puede ser programado en una base de datos Oracle. Para el almacenamiento de genotipo la base de datos será simplista. Características adicionales similares a la información de almacenamiento de la muestra se puede adicionar a esta cuando sea necesario. Resultados Formación de Genotipo La formación de genotipo se hace para los 12 marcadores en la Tabla 2 sobre todas las 612 muestras en la Tabla 1. Uno de los marcadores, S0097, dio dificultades técnicas con amplificación de PCR y/o la formación de genotipo que hizo imposible considerar los tamaños de alelo con el software Genotyper® ni por la intervención humana. Los resultados de genotipo para 303 muestras se usaron para definir los intervalos de acumulación de alelo. Los 606 alelos de estos genotipos se clasificaron por tamaño (a partir de la salida de Genotyper®) y se graficaron como se muestra en la Figura 1 para SW2623 y SO301. Los intervalos de acumulación observados de SW2623 son fácilmente interpretables con las etapas de dos pares de bases entre los diferentes intervalos. Los puntos de inicio "y terminación de cada intervalo se extendieron por .10 pares bases y luego se usaron como puntos de corte en la aplicación de SAS de acumulación de alelo. S0301 se incluye en la presente para ilustrar un problema con este marcador. Entre los tamaños de alelo 249 y 255 existen observaciones en intervalos de un par base. Esto se observó para unos cuantos marcadores también, caso en el cual podría ser determinado que dos observaciones dentro de un par base fuera realmente el mismo alelo y podría ser acumulado en el mismo intervalo. Por ejemplo, para .TNFB una consideración de Genotyper® de 161 o 162 puede ser siempre registrada de un alelo 162 debido a que el 161 es solo un "error" y un frecuente del sistema. Para S0301, los solicitantes no son tan afortunados ya que varias maneras para terminar con una consideración de Genotype.r© 249 (un alelo 249 real, un alelo 250 no etiquetado o un heterocigoto 247/251) que no puede ser distinguido entre estos sin ambigüedad. El S0301 por lo tanto se ha retirado del análisis de origen. Los resultados del intervalo de acumulación de alelo se lista en la Tabla 3. Des padres en BS1 se han muestreado dos veces y por lo tanto 2 de las muestras (BVS19 y BVS21) se retiraron del análisis después de que se encontraron patrones de genotipos idénticos para los padres 1 y 21 y para los padres 2 y 19. Esto dejó 610 muestras que son utilizadas en el análisis del origen . La proporción de genotipos perdidos al inicio del análisis del origen fue de 2.4%. La mayor parte de estos fueron debido a alelo's que se encuentran fuera de .los intervalos predefinidos. Estos resultados se pueden verificar individualmente y utilizar para retinar los intervalos de acumulación de alelos pero esto no se ha hecho todavía. 2.4% es un porcentaje muy bajo y las conclusiones son improbables de que sean afectadas. Análisis del origen La proposición del Experimento indicó 3 pruebas que son realizadas, resultados de las cuales están en la Tabla 4. SUl SU2 SISTEMA II Prueba Prueba Prueba 3 Prueba Prueba Prueba 3 Prueba Prueba Prueba 1 2 Carne 1 2 Carne 1 2 3 Cerdos Canales (pernil) Cerdos Canales (pernil) Cerdos Canales Carne (piel) (piel) padres 47/56 25/50 9/15 23/56 23/56 7/15 13/50 BS1 madres 54/56 38/50 11/15 8/56 31/50 12/15 5/50 SU1 padres 40/56 12/50 7/15 0/56 3/50 0/15 0/50 BS1 + madres SU1 madres 11/156 17/50 9/15 56/56 28/50 13/15 7/50 SU2 padres 0/56 1/50 0/15 23/56 6/50 1/15 0/50 BS1 madres SU2 Tabla 4. Proporción de las muestras de las pruebas 1, 2 y 3 (columnas) que podrían ser orígenes asignados del grupo de orígenes indicados en cada hilera. Los resultados en cursivas y en negritas indican que un acoplamiento fue esperado/deseable, los resultados subrayados indican que no fueron acoplamientos esperados de un mal deseables. Para la prueba 1, la descendencia nacida en cada una de las 3 granjas (56, 56 y 50 respectivamente) fueron acopladas con los orígenes candidato listados en la columna 1 en la Tabla 4. Estos son los 21 padres listados en la Tabla 1 así como las madres listadas en la Tabla 1 bajo cerdas-a. Tomando SUl y SU2 conjuntamente, 75 de cada 112 descendientes o 67% pueden ser igualados o correspondidos con un padre presente en BS1 en el tiempo de muestreo (resultados en la línea 1) . En otras palabras 33% de los descendientes fueron procreados por un cerdo padre diferente. Esto se compara con un porcentaje de cerdos padres seleccionados entre los acoplamientos y muestreo de 20%. 54 de los 56 descendientes en el SUl son igualados con una de las 14 cerdas SUl que se esperan que tengan producidos éstas y solamente uno de los 54- fue asignado a una diferente cerda diferente al registro (resultados en la línea 2) . Todos los descendientes en SU2 pueden, ser igualados con una de las 14 cerdas SU2,. todos excepto 2 descendientes son asignados a la cerda registrada como la madre. Esta es una alta proporción de éxito de la asignación de descendencia a la granja de cerdas correctas (resultados en la línea 4). Una desventaja de este resultado es la asignación de 11 cerdas SUl y 8 cerdas SU2 respectivamente de la descendencia del sistema incorrecto. También 5 y 7 descendientes del sistema 2 tienen cerdas asignadas de SUl y SU2 respectivamente. La prueba más severa es asignar tanto un padre y una madre a una descendencia. Esto se hizo para asignar padres primero y subsecuentemente asignar más madres mientras que se usa el padre asignado como un origen conocido (método como es sugerido en la documentación Cervus) . Esta manera de la asignación exitosa de dos orígenes es siempre menor o igual a la proporción de descendencia con un padre asignado. Para la descendencia SUl, dos orígenes podrían ser asignados a 40 de cada 56 descendientes (resultados en la hilera 3) y para SU2 23 de cada 56 tuvieron dos orígenes asignados. En el sistema 2 ninguno de los descendientes tuvieron tanto un padre BSl y una madre SUl o SU2 asignada, como fue esperado y deseable. Las pruebas 2 y 3 requirieron, canales, lomos y pemiles, muestreados en el matadero y registrados como la fuente de SUl y SU2 a ser igualada con los orígenes de aquellas dos granjas. En este caso los orígenes candidatos son los 21 padres BSl más todas las cerdas (a y b) listadas en la Tabla 1. Debido a que el retardo más largo entre los acoplamientos se produjeron estos cerdos sacrificados y el muestreo en BSl, un porcentaje más pequeño de los canales se espera que corresponda a los padres BSl que de la descendencia en nacida SUl y SU2. El número limitado de madre mostradas en SUl y SU2 se espera que incluyan solamente una proporción de las madres que produjeron los cerdos sacrificados muestreados. También, menos madres SU2 se muestrearon comparado con SUl que se refleja en la proporción más pequeña de cerdos sacrificados igualados de SU2 (28/50 vs. 38/50). Los resultados en la Tabla 4 soportan estas expectaciones. Una proporción muy grande de cerdos sacrificados son acoplados a las cerdas de la granja incorrecta (lineas 2 y 4) cuando solamente las madres son asignadas. Cuando ambos orígenes son asignados, muy pocos canales y nada de pemiles son asignados a la fuente de granja incorrecta. No se hizo el análisis separado para las muestras de lomo. 10% de las muestra de lomo para cada granja se formaron en genotipo y se compararon con sus muestras de piel correspondientes. No se encontraron discrepancias. Conclusiones Comenzando con el resultado más prometedor, 110 de cada 112- cerditos podrían ser igualados o correspondidos con por lo menos una cerda en la granja correcta. Esto muestra la presión de los marcadores en este proyecto ya "que los solicitantes están más concientes acerca de tener muestreados todos los orígenes candidatos. Se conoce que por lo menos 5 padres se seleccionaron entre los acoplamientos y el muestreo de la descendencia, lo que significa que no todos los padres son incluidos en esta prueba. Acoplando los canales a las cerdas en las dos granjas dentro del sistema, los solicitantes que se conocen que solamente parte de las cerdas fueron muestreadas, 133 y 64 de cada 600 respectivamente. También, la presencia de orígenes candidatos adicionales incrementan la oportunidad de una igualación aleatoria entre un canal y una cerda de la granja incorrecta (positivos falsos ) . Los resultados obtenidos permiten predecir el poder el sistema de rastreo como es aplicado aquí en este sistema de experimento, y para hacer predicciones de su desempeño en otros sistemas (más grande) . Efecto del sistema actual El parámetro principal en un sistema de rastreo y la probabilidad de exclusión (Pe). Esta es la probabilidad de que un conjunto de marcadores referirán que un origen candidato aleatoriamente seleccionado no es el origen real de una descendencia. Esto se explica más fácilmente para una situación con un solo marcador con 2 alelos (Tabla 5). Existen 2 combinaciones de descendientes de origen, marcados en cursivas, que excluirán un candidato de su origen descendencia. La frecuencia con lo cual esto ocurre para un par aleatorio de animales es 2/16 o 0.125. La probabilidad de exclusión de este marcador por lo tanto es de 12.5%. Este marcador de 2 alelos es obviamente no muy informativo que es para lo cual se utilizan marcadores microsatélites . Las probabilidades de exclusión cuando se usan 1, 2, etc. hasta 10 marcadores, se dan en la Tabla 6. origen cantidato descendencia 11 12 22 1/4 11 1/16 1/8 1/16 1/2 12 1/8 1/4 1/8 1/4 22 1/16 1/8 1/16 Tabla 5. Ejemplo de origen con genotipos en negritas y las frecuencias como fracciones. Número de Pe del Pe del # de madres # de madres
Marcadores primer origen segundo origen predichas observadas asignadas por asignadas por cerdito cerdito
1 0. 431 0.608 16.4 11.2
2 0. 607 0.798 11.6 9.7
3 0. 753 0.909 7.7 6.7
4 0. 879 0.971 4.3 4.4
0. 931 0.989 2.9 3.4
6 0. 95 0.994 2.4 2.7
7 0. 964 0.996 2.0 2.4
8 0. 978 0.998 1.6 1.8
9 0. 982 0.998998 1.5 1.7
0. 988 0.999532 1.3 1.4 Tabla 6. Probabilidades de exclusión y número promedio de orígenes candidatos asignados u observados. El valor Pe para el primer origen se utiliza para predecir el número promedio de madres asignadas, de cada 28 candidatos, a cada cerdito. Los valores predichos se muestran muy bien cuando se comparan con los valores observados en la última columna. El valor Pe para el segundo origen será usado para hacer predicciones para sistemas más grandes después. Este Pe de segundo origen es la probabilidad de excluir un animal aleatorio de que sea el segundo origen cuando el genotipo del primer origen es conocido. Debido a que los valores predichos siguen tan estrechamente los resultados observados. Los solicitantes pueden hacer predicciones para un sistema de Rastreo más grande. Un sistema más grande significa que hay más orígenes de candidato. Entre más alto es el número de orígenes candidatos, más pequeña es la probabilidad que puede excluir a todos (sino es que uno) de estos con- un número dado de marcadores. Si el Pe de un sistema marcador de 95% entonces significa que cada candidato falso tiene un 95% de oportunidad de ser excluido. También significa que 1 en 20 candidatos será asignado (no excluido) como un origen posible, de modo que en un sistema con 10,000 cerdas uno terminará con 500 orígenes candidatos. Para calibrar el valor a un conjunto de marcadores en un sistema específico los solicitantes definen Pex donde x es el número de orígenes candidatos . Pex de primer origen 3 de Pe 50 100 600 10,000 20,000 30,000 40,000 50,000 marcadores 5 0.931 0.03 0 C 0 0 0 0 0
0.988 0.55 0.30 0 0 0 0 0 0
0.999195 0.96 0.92 0.62 0 0 0 0 0
0.999865 0.99 0.99 0.92 0.26 0.07 0.02 0 0
0.999998 0.99 0.99 0.99 0.98 0.96 0.94 0.92 0.90
40 0.9999999 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99
50 0.99999999 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99
Pex del segundo origen # de 50 100 600 10,000 20,000 30,000 40,000 50,000 marcadores 5 0.989 0.58 0.33 10 0.999532 0.98 0.95 0.76 0.01 0 0 15 0.999995 0.99 0.99 0.99 0.95 0.90 0.86 0.82 0.78 20 0.999999 0.99 0.99 0.99 0.99 0.98 0.97 0.96 0.95 30 0.999999 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99
Tabla 7. Valores Pex para sistemas Verispeq que emplean entre 5 y 50 marcadores. Los valores Pe para 40 y 50 marcadores (primer origen) o para 20 y 30 marcadores (segundo origen) son estimados, otros son calculados a partir de datos reales.
Un sistema marcador con un valor Pe50o de 95% puede excluir todos los candidatos en un conjunto de 500, 95% del tiempo. Frecuentemente se deseará excluir solamente 499 de cada 500 pero los resultados serán muy similares y la matemática considera una acumulación más fácil si se hacen los cálculos para excluir todos los candidatos. Para una Pe de 95%, la o 60% pero la Pe10,ooo es un número muy cercado a cero (aproximadamente 1.7*10~233 ). El Pex (tabla 7) calculado aquí está basado en los valores de Pe reales observados en este experimento. El valor Pei4 para 10 marcadores es 84% lo que significa que los Solicitantes esperan 16% de los cerditos que les sean asignados a una madre de la granja incorrecta". Este es cercano al 12% observado de los cerditos del sistema II que tienen una cerda asignada de SU1 o SU2 y también cercano al 17% de cerditos en SU1 y SU2 que tiene una cerda asignada de la granja alternativa (resultados en la Tabla 3) . Un valor para 1-Pe2i de 22% es nuevamente cercano al 26% observado de cerdos en el sistema II que han asignado un padre de BS1. Se propone que todas las modificaciones y variaciones obvias de tal clase sean incluidas dentro del alcance de la presente invención, como se define en las reivindicaciones adjuntas. Las reivindicaciones se proponen para cubrir los componentes reivindicados y las etapas en cualquier secuencia que es efectiva para cumplir con los objetivos ahí propuestos, a menos que el contexto específicamente indique lo contrario. Se va a entender adicionalmente que todas las menciones a artículos, etc. en la presente son incorporados expresamente en su totalidad por referencia . Tabla 3. Intervalos de acumulación de alelos en los análisis de Rastreo. número observado intervalo longitud punto distancia intervalo distancia de del medio del observada definido definida alelo intervalo intervalo al ( =observado + al siguiente o - 10) siguiente alelo alelo
S0226 185 185 03 185 78 0.75 185.41 1.29 18 .93 185. 88 11.09
187 187 07 187 79 0.72 187.43 5.41 186.97 187. 89 5.21
194 193 2 193 88 0.68 193.54 5.35 193.1 193. 98 5.15
200 199 199 92 0.69 199.58 5.43 199.13 200. 02 •5.23
206 205 35 205 92 0.57 205.64 1.77 205.25 206. 02 1.57
208 207 69 207 88 0.19 207.79 7.58 207.59 207. 98 7.38
216 215 46 216 07 0.61 215.77 215.36 216. 17 SW2623 125 124 97 125 23 0.26 125.10 11.55 124.87 125. 33 11.35 137 136 78 137 14 0.36 136.96 1.62 136.68 137. 24 1.42 139 138 76 139 08 0.32 138.92 1.91 138.66 139. 18 1.71 141 140 99 140 99 0 140.99 2.04 140.89 141. 09 1.84 143 143 03 143 37 0.34 143.20 1.76 142.93 143. 47 1.56 145 145 13 145 49 0.36 145.31 145.03 145. 59 SW72 103 102 .91 103 37 0.46 103.14 7.41 102.81 103. 47 7.21 111 110.78 111.68 0.9 111.23 1.33 110.68 111.78 1.13 113 113.01 113.78 0.77 113.40 1.26 112.91 113.88 1.06 115 115.04 115.83 0.79 115.44 3.85 114.94 115.93 3.65 120 119.68 120 0.32 119.84 119.58 120.1 SW24 100 99.75 100 0.25 99.875 1.85 99.65 100.1 1.65 102 101.85 102.03 0.18 101.94 4.24 101.75 102.13 4.04 106 106.27 106.36 0.09 106.32 1.16 106.17 106.46 0.96 108 107.52 108.43 0.91 107.98 5.51 107.42 108.53 5.31 114 113.94 114.75 0.81 114.35 155 113.84 114.85 1.35 115 116.3 ?6.64 0.34 116.47 3.63 116.2 116.74 3.43 120 120.27 120.65 0.38 120.46 3.79 120.17 120.75 3.59 125 124.44 124.64 0.2 124.54 1.84 124.34 124.74 1.64
127 126.48 126.79 0.31 126.64 126.38 126.89 TNFB 162 161.29 162.95 1.66 162.12 1.32 161.19 163.05 1.12
165 164.27 165.45 1.18 164.86 1.82 164.17 165.55 1.62
168 167.27 168.47 1.2 167.87 5.58 167.17 168.57 5.38
174 174.05 174.24 0.19 174.15 2.93 173.95 174.34 2.73
177 177.17 177.17 0 177.17 2.05 177.07 177.27 1.85
180 179.22 179.86 0.64 179.54 5.05 179.12 179.96 4.85
186 184.91 186.36 1.45 185.64 1.68 184.81 186.46 1.48
189 188.04 189.09 1.05 188.57 10.61 197.94 189.19 10.41
200 199.7 200.69 0.99 200.20 199.6 200.79 número observado intervalo longitud punto distancia intervalo distancia de del medio del observada definido definida alelo intervalo intervalo al (=observado + al siguiente o - 10) siguiente alelo alelo
SW122 117 116. 78 117.04 0.26 116.91 2.08 116.68 117. 14 1.88 119 119. 12 119.12 0 119.12 1.47 119.02 119. 22 1.27 121 120. 59 121.48· 0.89 121.035 1.51 120.49 121. 58 1.31
123 120. 59 123.48 0.49 123.235 1.48 122.89 123. 58 1.28 125 122 99 125.57 -0.61 125.2656 1.42 124.86 125. 67 1.22
127 124 96 127.71 0.72 127.35 1.67 126.89 127. 81 1.47 130 129 38 129.87 0.49 129.625 1.7 129.28 129. 97 1.5 132 131 57 131.83 0.26 131.7 131.47 131. 93 SW2411 193 192 94 192.94 0 192.94 7.32 192.84 193. 04 7.12 201 200 26 200.95 0: 69 200.605 3.-08- 200.16 201. 05 2.88 204 204 03 204.6 0.57 204.315 3.24 203.93 204 .7 3.04 208 207 54 208.58 0.74 208.21 ¦ 1.14 207.74 208. 58 • 0.94
210 209 71 210.4 0.68 210.06 1.42 209.62 210 .5 1.22 212 211 82 212.1 0.28 211.96 15.19 211.72 212 .2 14.99
227 227 29 227.29 0 227.29 227.19 227. 39 SW857 146 145 13 146.13 1 145.63 5.72 145.03 146. 23 5.52 152 151 85 152.2 0.35 152.025 1.16 151.75 152 .3 0.96
154 153 .26 154.3 0.94 153.83 1.38 153.26 154 .4 1.18 156 155 .68 156.35 0.67 156.015 1.41 155.58 156. 45 1.21
158 157 .76 158.37 0.61 158.065 1.16 157.66 158. 47 0.96 160 159.53 160 38 0 85 159.955 1 68 159.43 160 48l 1 48
.162 162.06 162 69 0 63 162. 375 161. 96 162 79
SW1430 167 167.07 167 71 0 64 167 .39 1 35 166 97 167 81 1 15
169 169.06 169 61 0 55 169. 335 2 21 168. 96 169 71 2 01
172 171.82 172 47 o' 65 172. 145 0 63 171. 72 172 47 0 63
173 173.1 173 45 0 35 173. 275 3 59 173 .1 173 55 3 39
177 177.04 177 04 0 177 .04 176. 94 177 14
SW936 100 100 100 55 0 55 100 275 1 45 99 9 100 65 1 25
102 102 102 69 0 69 102. 345 1 33 101 .9 102 79 1 13
104 104.02 105 65 0 63 104 335 5 64 103 92 104 75 5 44
111 110.29 . 110 94 0 65 110 615 5 52 110 19 111 04 5 32~
117 116.46 117 11 0 65 116 785 1 43 116 36 117 21 1 23
119 118.54 119 18 0 64 118 .86 118 44 119 28