MXPA02001146A - Citosinas de mamifero, reactivos relacionados. - Google Patents
Citosinas de mamifero, reactivos relacionados.Info
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Abstract
Se proporcionan genes purificados que codifican una citosina de un mamifero, reactivos relacionados con los mismos incluyendo proteinas purificadas, anticuerpos especificos, y acidos nucleicos que codifican esta molecula. Tambien se proporcionan metodos para utilizar dichos reactivos y equipos de diagnostico.
Description
CITOSINAS DE MAMÍFERO: REACTIVOS RELACIONADOS
Esta presentación reclama prioridad a las solicitudes de patente de E.U.A. co-pendientes, comúnmente cedidas USSN 09/364,674, presentada el 30 de julio de 1999; y USSN 09/369,634, presentada el 6 de agosto de 1999, cada una de las cuales se incorpora aquí por referencia en su totalidad.
CAMPO DE LA INVENCIÓN
La presente invención se refiere composiciones relacionadas con proteínas, las cuales funcionan para controlar la biología y fisiología de células de mamíferos, por ejemplo, células del sistema inmune de un mamífero. En particular, proporciona genes purificados, proteínas, los anticuerpos y reactivos relacionados útiles, por ejemplo, para regular la activación, desarrollo, y función de varios tipos de células, ¡ncluyendo células hematopoyéticas.
ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN
La tecnología de AND recombinante se refiere en general a la técnica de integrar información genética de una fuente de donador en vectores para procesamiento subsecuente, tal como a través de introducción a un huésped, por lo que la información genética transferida es copiada y/o
expresada en el nuevo ambiente. Comúnmente la información genética existe en la forma de ADN complementario (ADNc) derivado de ARN mensajero (ARNm) que codifica para un producto de proteína deseada. El portador frecuentemente es un plásmido que tiene la capacidad de incorporar un ADNc para replicación posterior en un huésped y, en algunos casos, en realidad para controlar la expresión del ADNc y de esta manera dirigir la síntesis del producto codificado en el huésped. Durante algún tiempo, se ha sabido que la respuesta inmune de mamíferos se basa en una serie de interacciones celulares complejas, denominadas la " redes inmunes". La investigación reciente ha proporcionado puntos en los trabajos internos de esta red. Aunque permanece evidente que mucha de la respuesta, en realidad, tiene que ver con las interacciones de tipo red de linfocitos, macrófagos, granulocitos y otras células, los inmunológistas ahora generalmente apoyar la opinión de que las proteínas solubles, conocidas como linfocinas, citosinas o monocinas, juegan un papel importante en el control de estas interacciones celulares. De esta manera, existe un considerable interés en el aislamiento, caracterización y mecanismos de acción de factores moduladores de célula, un entendimiento del cual conducirá avances importantes en el diagnóstico y terapia de numerosas anormalidades médicas, por ejemplo, trastornos del sistema inmune. Algunos de estos factores son factores de crecimiento hematopoyético y/o factores de diferenciación, por ejemplo, factor de célula del tallo (SCF) o IL-11. Ver, por ejemplo, Mire-Sluis y Thorpe (ed. 1988) Cytokines Academic Press, San
Diego; Thomson (ed. 1998) The Cytokine Handbook (3a. ed.). Academic Press, San Diego; Metcalf y Nicola (1991 ) Human Cvtokines Blackwell. Las linfocinas aparentemente median a las actividades celulares en una variedad formas. Han mostrado apoyar la proliferación, el crecimiento de diferenciación de células del tallo hematopoyéticas pluripotenciales en vastos números de progenitores comprendiendo diversos linajes celulares que forman un sistema inmune complejo. Las interacciones apropiadas equilibradas entre los componentes celulares son necesarias para una respuesta inmune saludable. Los diferentes linajes celulares por lo general responden en una forma diferente cuando se administran linfocinas junto con otros agentes. Los linajes de la célula especialmente importantes para la respuesta inmune incluyen dos clases de linfocitos: células B, las cuales producen y secretan inmunoglobulinas (proteínas con la capacidad de reconocer y unirse la materia extraña para efectuar su remoción), y células T de varios grupos que secretan linfocinas e inducen o suprimen las células B y varias otras células (incluyendo otras células T) que forman la red inmune. Estos linfocitos interactúan con muchos otros tipos de célula. Otro linaje de célula importante es la células cebada (la cual no ha sido positivamente identificada en todas las especies de mamíferos), las cual es una células de tejido conectivo que contiene granulos localizada cerca de los capilares a través del cuerpo. Estas células encuentran especialmente en altas concentraciones en los pulmones, la piel, y tractos gastrointestinal y genitourinario. La células cebadas juegan un papel importante en trastornos relacionados con alergias, particularmente anfilaxis como sigue: cuando los antígenos seleccionados entrelazan un una clase de inmunoglobulinas unidas a receptores sobre la superficie de las células cebada, las células cebada se desgranula u libera mediadores, por ejemplo, histamina, serotonina, heparina y prostaglandinas, las cuales ocasionan reacciones alérgicas, por ejemplo, anafilaxis. La búsqueda para entender mejor y tratar varios trastornos inmune existente y de una incapacidad general para mantener células del sistema inmune in vitro. Los especialistas inmunes al descubierto que el cultivo de esta células puede ser logrado a través del uso de sobrenadantes de células T u otros sobrenadantes de célula, los cuales contienen varios factores de crecimiento, incluyendo muchas de las linfocinas. A partir del anterior, es evidente que el descubrimiento desarrollo de nuevas linfocinas (por ejemplo, relacionadas con IL-11 , puede contribuir a nuevas terapias para una amplia variedad de condiciones degenerativas o anormales, las cuales directa o indirectamente involucran al sistema inmune y/o células hematopoyéticas. En particular, el descubrimiento y el desarrollo de linfocinas, las cuales mejorando potencian actividades benéficas de linfocinas conocidas, podría ser altamente ventajoso. La presente invención proporciona nuevas composiciones de interleucina y compuestos relacionados, y métodos para su uso.
táÍ.Íail,¿aÍ^a.iAÍ„ BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN
La presente invención está dirigida a mamíferos, por ejemplo, roedores, caninos, felinos, primates, interleucina enumerada DNAX 8 0, o IL-D80 y sus actividades biológicas. Incluye ácidos nucleicos común que codifica para los mismos polipéptidos y métodos para su producción y uso. Los ácidos nucleicos del invención se caracterizan, en parte, por su homología a la secuencias de ADN complementario (ADNc) u aquí descritas, y/o a través de ensayos funcionales para actividades de tipo de factor de crecimiento o de citosina, por ejemplo, I L-11 (Ver Thomson (1998) The Cvtokine Handbook 3a. ed., Academic Press, San Diego), aplicados a los polipéptidos, los cuales típicamente están codificados por estos ácidos nucleicos. Se proporcionan métodos para modular o intervenir en el control de un factor de crecimiento dependiente de fisiológica una respuesta inmune. La presente invención se basa en, en parte, el descubrimiento de nuevas secuencias de citosina que exhiben una similitud de secuencia y estructural significativa a IL-11. En particular, proporciona secuencias de primate, por ejemplo ser humano, y de roedor (por ejemplo de ratón). Los equivalentes funcionales que exhiben una homología secuencia importante estarán disponibles para otros mamíferos, por ejemplo, vacas, caballos y ratas, ratones y especies que no son mamíferos. Varias modalidades de proteínas, la invención proporciona: un polipéptido de IL-D 8 0 substancialmente puro o recombinante que exhiben
^. t„ ^iaa^.,..., ^jfct i,A.¡ una identidad sobre una longitud que por lo menos aproximadamente 12 aminoácidos a la SEC ID NO: 2, 4, 8, ó 10; una IL-D80 de secuencia natural de la SEC ID NO: 2, 4, 8, ó 10; y una proteína de fusión que comprende la secuencia de IL-D80 de SEC ID NO: 2, 4, 7, ó 10. En ciertas modalidades, el segmento de identidad y por lo menos aproximadamente 14, 17, ó 19 aminoácidos. En otras modalidades, la IL-D80 comprende una secuencia madura que comprende la secuencia del cuadro 1 ; o exhibe un patrón de modificación posterior a la traducción distinto de la IL-D80 natural; o alélica polipéptido: desde un animal de sangre caliente seleccionado en mamífero, incluyendo primate; comprender por lo menos un segmento de polipéptido en SEC ID NO: 2, 4, 8 ó 10; exhibe una pluralidad de fragmentos residuos aminoácidos; es una variante natural alélica de IL-D80; tiene una longitud de por lo menos aproximadamente 30 aminoácidos; existe por lo menos epítopos o traslapantes, los cuales son específicos para una IL-D80 de primate; exhibe una identidad de secuencia sobre una longitud de por lo menos aproximadamente 20 aminoácidos para la IL-D80 de primate; es glicosilada; tienen peso molecular de por lo menos 10 kD con glicosilación natural; eso polipéptido sintético; está unido a un substrato sólido; está conjugado a otra porción química; es una substitución de cinco veces o menor a partir de la secuencia natural; o es una variante de eliminación o inserción de una secuencia natural. Las modalidades preferidas incluyen una composición que comprende: un polipéptidos de IL-D80 estéril; o el polipéptidos de IL-D80 y un vehículo, en donde el vehículo es, un compuesto acuoso e incluyendo agua,
*m r.- .m,.A,~..-?¡.*,.»m*A.*A*~ . .« **.. ±.*m+A&? salina y/o regulador de pH; y/o su fortuna para administración oral, rectal, nasal, tópica o parenteral. En modalidades de proteína de fusión, la proteína puede tener: una secuencia de polipéptido maduro del cuadro 1 ; una etiqueta de detección o purificación, incluyendo un INDICADOR, His6, una secuencia Ig; un id/como una secuencia de otra citosina, quimiocina, incluyendo una IL- 11. Las modalidades de equipo incluyen aquellas con un polipéptido IL-D80, y: un compartimiento que comprende un polipéptido; y/o instrucciones del uso deshecho de reactivos en el equipo. En las modalidades de unión de compuesto el compuesto puede tener un sitio de unión de antígeno a partir del cuerpo, del cual específicamente se une a un polipéptido IL-D80 natural, en donde: la IL-D80 es una proteína de primate; el compuesto de unión es un fragmento Fv, Fab, o Fab2; el compuesto de unión está conjugado a otra porción química; o el anticuerpo; se desarrolla contra una secuencia de péptido de una porción de polipéptido madura del cuadro 1 ; desarrolla contra una IL-D80 madura; se desarrolla a una IL-D80 de primate purificada; es inmunoseleccionada; es un anticuerpo policlonal; se une a una IL-D80 desnaturalizada; exhibe un valor de Kd de por lo menos 30 uM; se une un substrato sólido incluyen una perla o membrana de plástico, está en una composición estéril; o estar aceptablemente marcada, incluyendo una marca fue etiqueta radioactiva o fluorescente. Los equipos que contienen compuestos de unión incluyen aquellas con: un compartimiento que incluye un compuesto de unión; y/u
instrucciones para el uso deshecho de reactivos en el equipo. Por lo general, el equipo es capaz de hacer un análisis cualitativo o cuantitativo. Las composiciones preferidas comprenderán: un compuesto de unión estéril; o el compuesto de unión y un vehículo, en donde el vehículo es: un compuesto acuoso, incluyendo agua, salina, y/o regulador de pH; y/o se formulan para administración oral, rectal, nasal, tópica o parenteral. Las modalidades de ácido nucleico incluyen una ácido nucleico aislado o recombinante que codifica un polipéptido de un polipéptido de IL--D80 o una proteína de fusión, en donde: la IL-D80 desde un primate; y/o el ácido nucleico: codifica una secuencia péptido antigénico del cuadro 1 ; codifica una profética pluralidad de secuencias de péptido antigénico del cuadro 1; recibe una identidad para un ADNc natural que codifica el segmento; es un vector de expresión; además comprende un origen de replicación; es de una fuente natural; comprende una etiqueta detectable; comprende una secuencia de nucleótidos sintética; es menor que 6 kb, preferiblemente menor que 3 kb; es un primate, ¡ncluyendo ser humano; comprende una secuencia de codificación de longitud completa natural; es una sonda de hibridación para un gen que codifica la IL-D80; pues un iniciador de PCR, producto de PCR o iniciador de mutagénesis. La invención también proporciona, una célula, tejido, u órgano que comprende dicho ácido nucleico recombinante, y preferiblemente la célula será: una célula procariótica; una célula eucariótica; la célula bacteriana; una célula de levadura; la célula de
$.-$-. -&* *, insecto; una célula de mamífero; una célula de ratón; la célula de primate; una célula humana. Las modalidades del equipo incluyen aquellas con aquellos nucleicos y: un compartimiento comprendiendo el ácido nucleico; un compartimiento que incluye además la proteína IL-D80 pues polipéptido; y/o instrucciones para el uso y deshecho de los reactivos en el equipo. Típicamente, el equipaje es capaz de hacer un análisis cualitativo o cuantitativo. En ciertas modalidades, el ácido nucleico: hibridiza bajo condiciones del lavado de 30°C y menos de 2M o de 45°C y/o 500 mM de sal, o 55°C y/o 150 mM de sal, para la SEC ID NO: 1 , 3, 7, ó 9; o exhibe una identidad sobre un estiramiento por lo menos aproximadamente 30, 55 ó 75 con nucleótidos, para una IL-D80 de primate. La invención abarca método para modular la fisiología un desarrollo de una célula o célula de cultivos de tejido, que comprende poner en contacto la célula con un agonista o antagonista de una IL-D80 de primate. El método puede ser cuanto: el contacto es en combinación con un agonista o antagonista de IL-11 ; o el contacto está con un antagonista incluyendo una composición de unión que comprende o sitio de unión de anticuerpo específicamente une una IL-D80.
DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LAS MODALIDADES PREFERIDAS
Todas las referencias certificadas incorporan equipo referencia al mismo grado como si cada una de las publicaciones o solicitudes de patentes individuales fuera específica como individualmente especificada como incorporada por referencia. I. Aspecto general La presente invención proporciona secuencias terminó ácido y secuencias de ADN que codifica varias proteína de mamífero, las cuales son citosina, por ejemplo, las cuales son moléculas secretadas que puede mediar una señal entre células inmunes u otra células. Ver, por ejemplo, Paul (1997)
Fundamental Immunoloqy (3a. edición) Raven Press, N.Y. Las citosinas de longitud completa, y fragmentos o antagonistas, serán útiles en la modulación fisiológica de células que expresan un receptor. Probablemente, la IL-D80 tenga tanto efectos estimulantes como inhibidores sobre la células hematopoyéticas, incluyendo, por ejemplo, células linfoides tales como células
T, células B, células asesinas naturales (N K), macrófagos, células dendríticas, progenitores hematopoyéticos, etc.. Las proteína también serán útiles como antígenos, por ejemplo, inmunogenes, para desarrollar anticuerpos en varios epítopos por sobre la proteína, tanto epítopos lineales como conformacionales. Un ADNc que codifica IL-D80 fue identificado varias secuencias de primate, ejemplo, de ser humano, de BACs del cromosoma 16. Ver, por
Ím*á*?.tBte^*mAl?^m?**mt*..*-..A--. mm .rm.mJtk ***,** .a. *... r**Amm*-* ,jfatoU»Ajri! Ai****.... , Ai M. aaa».¿fcjfc, .. a-figl j ejemplo, CIT987SK-A-575C2 y CIT987SK-A-761 H5. La molécula fue designada como hulL-D80. Se identificó y se describió una EST humana, la EST AI085007 humana. También se identificó y se describió una EST AA266872 de ratón. El gen de primate, por ejemplo, de ser humano, codifica una pequeña proteína de tipo citosina soluble, de aproximadamente 216 aminoácidos (para SEC ID NO: 2) o aproximadamente 243 aminoácidos (para SEC ID NO: 8). Del cuadro 1 y secuencias SEC. ID. NOs: 1 , 2, 7 y 8. La IL-D80 exhibe motivos estructurales características de un miembro de las citosinas de cadena larga. Comparar, por ejemplo, las secuencias de IL-D80 e IL-11, disponibles de GenBank. También ver secuencias de roedor y cuadros dos o tres.
CUADRO 1
Ácido nucleico (SEC ID NO: 1 ) que codifica IL-D80 de un primate, por ejemplo, de un ser humano.
S jLafetJr i JÜíJ ált í a.¿. --^-^-^. -- - -.^ cactggcccacgctgaagataggggacttgagttccagtcttccttctgctaccgaccggctttgtgacctt gaacaagacttcccctccctgattccatcctcatgtcacatctgaagcctccaacttctgtcactgagctca ggattcccaggcaagcccacggagtgccccacagggtcagagccgtaaCAGGACTTGGAAAATAAC
CCGAAA
ATTGGGCTCAGCCTGTTGCTGCTTCCCTTGCTCCTGGTTCAAGCTGGTGTCTG
GGGATTCCCAAGGCCCCCA
GGGAGGCCCCAGCTGAGCCTGCAGGAGCTGCGGAGGGAGTTCACAGTCAGC
CTGCATCTCGCCAGGAAGCTG
CTCTCCGAGGTTCGGGGCCAGGCCCACCGCTTTGCGGAATCTCACCTGCCAG
GAGTGAACCTGTACCTCCTG
CCCCTGGGAGAGCAGCTCCCTGATGTTTCCCTGACCTTCCAGGCCTGGCGCC
GCCTCTCTGACCCGGAGCGT
CTCTGCTTCATCTCCACCACGCTTCAGCCCTTCCATGCCCCGCTGGGAGGGCT
GGGGACCCAGGGCCGCTGG
ACCAACATGGAGAGGATGCAGCTGTGGGCCATGAGGCTGGACCTCCGCGATC
TGCAGCGGCACCTCCGCTTC
CAGGTGCTGGCTGCAGGATTCAACCTCCCGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAG
GAGGAGGAGGAGGAGGAGAGG
AAGGGGCTGCTCCCAGGGGCACTGGGCAGCGCCTTACAGGGCCCGGCCCAG
GTGTCCTGGCCCCAGCTCCTC
TCCACCTACCGCCTGCTGCACTCCTTGGAGCTCGTCTTATCTCGGGCCGTGCG
GGAGTTGCTGCTGCTGTCC
AAGGCTGGGCACTCAGTCTGGCCCTTGGGGTTCCCAACATTGAGCCCCCAGC
CCTGAtcggtggcttcttag ccccctgcccc caccctttagaactttaggactggagtcttggcatcagggcagccttcgcatcatcagcc ttggacaagggagggctcttccagccccctgccccaggccctacccagtaactgaaagcccctctggtcctc gccagctatttatttcttggatatttatttattgtttagggagatgatggtttatttattgtcttggggccc gatggtcctcctcgggccaagcccccatgctgggtgcccaataaagcactctcatccaaaa Los límites de exon probablemente corresponden a aproximadamente
219/220; los 393/394; 492/493; y 551/552. Los elementos de codificación
que corresponden a aquellos límites son de particular interés. La secuencia
terminó ácido traducida 193 a 918 es SEC ID NO: 2. QDLENNPKIGLSLLLLPLLLVQAGVWGFPRPPGRPQLSLQELRREFTVSLHLARKLL
SEVRGQAHRFAESHL
PGVNLYLLPLGEQLPDVSLTFQAWRRLSDPERLCFISTTLQPFHAPLGGLGT
QGRWTNMERMQLWAMRLDLR
QDLENNPKIGLSLLLLPLLLVQAGVWGFPRPPGRPQLSLQELRREFTVSLHL
ARKLLSEVRGQAHRFAESHL
PGVNLYLLPLGEQLPDVSLTFQAWRRLSDPERLCFISTTLQPFHAPLGGLGT
QGRWTNMERMQLWAMRLDLR
DLQRHLRFQVLAAGFNLPEEEEEEEEEEEEERKGLLPGALGSALQGPAQV
SWPQLLSTYRLLHSLELVLSRA VRELLLLSKAGHSVWPLGFPTLSPQP
:& á*J&^ - Sitio de escisión de señal pronosticado entre... VWG y FPR...; los límites
de la hélice A entre aproximadamente... GRP y QLS... de entre
aproximadamente... RKL y LSE...; los límites de la hélice B entre
aproximadamente... KLP y DVS... entre aproximadamente... TLQ y
PFH...; los límites de la hélice C entre aproximadamente... GLG y
TQG... entre aproximadamente... VLA y AGF...; y los límites de la hélice D
entre aproximadamente... STY y RLL...entre aproximadamente...HSV y
WPL... Los solicitantes intentan siempre en la secuencia coincida con
residuos altamente repetidos por ejemplo, las repeticiones L y E (13-20,
220-223, y 163-175), y los segmentos de codificación correspondientes.
Ácido nucleico (SEC ID NO: 7) que codifica la variante de IL-
D80 a partir de un primate, por ejemplo, un ser humano (observar que la
secuencia de no codificación es igual a aquella en SEC ID NO: 1 pero se
ha dejado aquí para aclaración). ATGGGCCAGACGGCAGGCGACCTTGGCTGGCGGCTCAGCCTGTTGCTGCT
TCCCTTGCTCCTGGTTCAAGCT
GGTGTCTGGGGATTCCCAAGGCCCCCAGGGAGGCCCCAGCTGAGCCTGCA
GGAGCTGCGGAGGGAGTTCACA
GTCAGCCTGCATCTCGCCAGGAAGCTGCTCTCCGAGGTTCGGGGCCAGGC
CCACCGCTTTGCGGAATCTCAC
CTGCCAGGAGTGAACCTGTACCTCCTGCCCCTGGGAGAGCAGCTCCCTGAT
GTTTCCCTGACCTTCCAGGCC
TGGCGCCGCCTCTCTGACCCGGAGCGTCTCTGCTTCATCTCCACCACGCTT
CAGCCCTTCCATGCCCCGCTG
GGAGGGCTGGGGACCCAGGGCCGCTGGACCAACATGGAGAGGATGCAGC
TGTGGGCCATGAGGCTGGACCTC
CGCGATCTGCAGCGGCACCTCCGCTTCCAGGTGCTGGCTGCAGGATTCAAC
CTCCCGGAGGAGGAGGAGGAG
fílAiá ? üaA^a síí QDLENNPKIGLSLLLLPLLLVQAGVWGFPRPPGRPQLSLQELRREFTVSLHLAR
KLLSEVRGQAHRFAESHL
PGVNLYLLPLGEQLPDVSLTFQAWRRLSDPERLCFISTTLQPFHAPLGGLGTQG
RWTNMERMQLWAMRLDLR
DLQRHLRFQVLAAGFNLPEEEEEEEEEEEEERKGLLPGALGSALQGPAQVSWP
QLLSTYRLLHSLELVLSRA VRELLLLSKAGHSVWPLGFPTLSPQP
GCCGTGCGGGAGTTGCTGCTGCTGTCCAAGGCTGGGCACTCAGTCTGGCC
CTTGGGGTTCCCAACATTGAGC CCCCAGCCCTGA La secuencia de aminoácidos traducida es SEC ID NO: 8: MGQTAGDLGWRLSLLLLPLLLVQAGVWGFPRPPGRPQLSLQELRREFTVSLHL
ARKLLSEVRGQAHRFAESH
LPGVNLYLLPLGEQLPDVSLTFQAWRRLSDPERLCFISTTLQPFHAPLGGLGTQ
GRWTNMERMQLWAMRLDL
RDLQRHLRFQVLAAGFNLPEEEEEEEEEEEEERKGLLPGALGSALQGPAQVSW
PQLLSTYRLLHSLELVLSR AVRELLLLSKAGHSVWPLGFPTLSPQP
Sitio de escisión de señal pronosticado entre... VWG y FPR...; los límites
de la hélice A entre aproximadamente... GRP y QLS... de entre
aproximadamente... RKL y LSE...; los límites de la hélice B entre
aproximadamente... KLP y DVS... entre aproximadamente... TLQ y
PFH...; los límites de la hélice C entre aproximadamente... GLG y
TQG...entre aproximadamente... VLA y AGF...; y los límites de la hélice D
entre aproximadamente... STY y RLL... entre aproximadamente... HSV y
WPL... Los solicitantes intentan siempre en la secuencia coincida con
residuos altamente repetidos por ejemplo, las repeticiones L y E (13-20,
220-223, y 163-175), y los segmentos de codificación correspondientes.
Comparación de SEC ID NO: 2 y 8 2 1 QDLENNPKIGLS LLLPLLLVQAGVWGFPRPPGRPQLSLQELRREFTVS 49 8 1 MGQTAGDLGWRLSLLLLPLLLVQAGVWGFPRPPGRPQLSLQELRREFTVS 50 *********************************************** 2 50 LHLARKLLSEVRGQAHRFAESHLPGVNLYLLPLGEQLPDVSLTFQAWRRL 99 8 51 LHLARKLLSEVRGQAHRFAESHLPGVNLYLLPLGEQLPDVSLTFQAWRRL 100 ************************************************************************************** 2 100 SDPERLCFISTTLQPFHAPLGGLGTQGRWTNMERMQLWAMRLDLRDLQRH 149 8 101 SDPERLCFISTTLQPFHAPLGGLGTQGRWTNMERMQLWAMRLDLRDLQRH 150 **************************************************************************************** 2 150 LRFQVLAAGFNLPEEEEEEEEEEEEERKGLLPGALGSALQGPAQVSWPQL 199 8 151 LRFQVLAAGFNLPEEEEEEEEEEEEERKGLLPGALGSALQGPAQVSWPQL 200 ***************************************************************************************
2 200 LSTYRLLHSLELVLSRAVRELLLLSKAGHSVWPLGFPTLSPQP 242 8 201 LSTYRLLHSLELVLSRAVRELLLLSKAGHSVWPLGFPTLSPQP 243 ************************************************************************
Aminoácido (SEC ID NO: 3) que codifica IL-D80 a partir de un roedor, por
ejemplo ratón. nccaagntggtacgcctgcaggtaccggtccggaattcccgggtcgacccacgcgtccggggccaggtgaca ggagaccttggctggcgaggactggacaggcaacctggccaggagcaggactaaacagacaaatgaaga gtg tagagggaagaggctgagaaccgaggacagtcagaggaacggcacaggggagctGGGCTCAGCC TGTTGCTG
CTACCCTTGCTTCTGGTACAAGCTGGTTCCTGGGGGTTCCCAACAGACCCC
CTGAGCCTTCAAGAGCTGCGC
AGGGAATTCACAGTCAGCCTGTACCTTGCCAGGAAGCTGCTCTCTGAGGTT
CAGGGCTATGTCCACAGCTTT
GCTGAATCTCGATTGCCAGGAGTGAACCTGGACCTCCTGCCCCTGGGATAC
CATCTTCCTAATGTTTCCCTG
ACTTTCCAGGCATGGCATCACCTCTCTGACTCTGAGAGACTCTGCTTCCTCG
CTACCACACTTCGGCCCTTC
CTTGCCATGCTGGGAGGGCTGGGGACCCAGGGGACCTGGACCAACATCAA
GAGGATGCAGCAATGGAGACTC TCTCTGGTTCTTGATGTGGCCCTGTGTGTCTTTCGCTCACAGGTGCTGGCTG
CAGGATTCAAATGTTCAAAG
GAGGAGGAGGACAAGGAGGAAGAGGAAGAGGAGGAAGAAGAAGAAAAGAA
GCTGCCCCTAGGGCGTCTGGGT
GGCCCCAATCAGGTGTCATCCCAAGTGTCCTGGCCCCAGCTGCTCTATACC
TACCAGCTCCTTCACTCCATG
GAGCTTGTCCTGTCTCGGGCTGTTCGGGACCTGCTGCTGCTGTCCCTGCCC
AGGCGCCCAGGCTCAGCCTTG
GAGTTCCTAACACCTAGCTTCAAGCCCTGAtggagtgaccttccagctccctccctcgcccgtt aagactct aaggctggagtctggccaatcacaggacaggctctagctcgtttgccttagaccaggcagggtttcactagc tcccagccctgacccaataatttaaaagccctccagtccttaccagatatttatttcttggatatttattta tttttaagaaatggttta Los límites de exon son de aproximadamente 198/199; 360/361 ; 459/460; y
618/618. Lo segmentos de codificación que corresponden a aquellos límites
son de interés particular; la secuencia de aminoácido traducida de 199 a
891 es SEC ID NO: 4.
GLSLLLLPLLLVQAGSWGFPTDPLSLQELRREFTVSLYLARKLLSEVQGYVHSFAE
SRLPGVNLI)LLPLGYH LPNVSLTFQAWHHLSDSERLCFLATTLRPFLAMLGGLGTQGTWTNIKRMQQWRL
SLVLDVALCVFRSQVLAA
GFKCSKEEEDKEEEEEEEEEEKKLPLGRLGGPNQVSSQVSWPQLLYTYQLLHSM
ELVLSRAVRDLLLLSLPR RPGSALEFLTPSFKP
Sitio de escisión de señal pronosticado entre... VWG y FPR...; los límites
de la hélice A entre aproximadamente... GRP y QLS... de entre
aproximadamente... RKL y LSE...; los límites de la hélice B de entre
aproximadamente... KLP y DVS... entre aproximadamente... TLQ y PFH...;
los límites de la hélice C entre aproximadamente... GLG y TQG... entre
aproximadamente... VLA y AGF...; y los límites de la hélice D entre
aproximadamente... STY y RLL... entre aproximadamente... HSV y
WPL... Los solicitantes intentan siempre en que la secuencia coincida con
residuos altamente repetidos por ejemplo, las repeticiones L y E (residuos
4-7, 209-212 y 156-165), y los segmentos de codificación
correspondientes.
IL-D80 de roedor de vanante, por ejemplo ratón (SEC ID NO: 9).
ATGGGCCAGACGGCAGGCGACCTTGGCTGGCGGCTCAGCCTGTTGCTGCTACC CTTGCTTCTGGTACAAGCT
GGTTCCTGGGGGTTCCCAACAGACCCCCTGAGCCTTCAAGAGCTGCGCAGGGA ATTCACAGTCAGCCTGTAC
CTTGCCAGGAAGCTGCTCTCTGAGGTTCAGGGCTATGTCCACAGCTTTGCTGAA TCTCGATTGCCAGGAGTG
AACCTGGACCTCCTGCCCCTGGGATACCATCTTCCCAATGTTTCCCTGACTTTCC AGGCATGGCATCACCTC
TCTGACTCTGAGAGACTCTGCTTCCTCGCTACCACACTTCGGCCCTTCCCTGCC ATGCTGGGAGGGCTGGGG
ACCCAGGGGACCTGGACCAGCTCAGAGAGGGAGCAGCTGTGGGCCATGAGGC TGGATCTCCGGGACCTGCAC
AGGCACCTCCGCTTTCAGGTGCTGGCTGCAGGATTCAAATGTTCAAAGGAGGAG GAGGACAAGGAGGAAGAG
GAAGAGGAGGAAGAAGAAGAAAAGAAGCTGCCCCTAGGGGCTCTGGGTGGCCC CAATCAGGTGTCATCCCAA GTGTCCTGGCCCCAGCTGCTCTATACCTACCAGCTCCTTCACTCCCTGGAGCTT
GTCCTGTCTCGGGCTGTT
CGGGACCTGCTGCTGCTGTCCCTGCCCAGGCGCCCAGGCTCAGCCTGGGATTC CTAAcacctag cttca age cctatggagtgaccttccagctccctccctcgcccgttaagactctaaggctggagtctggccaatcacagg acaggctctagctcgtttgccttagaccaggcagggcttcactagctcccagccctgacccaataatttaaa agccctccagtccttaccagatatttatttcttggatatttatttatttttaagaaatggtttatttattgt ttcactcttgagttaggccaccatgctgggtgcctaataaagccatccagcccgg Traducción de 1-702; IL-D80 de roedor, por ejemplo ratón (SEC ID NO: 10)
MGQTAGDLGWRLSLLLLPLLLVQAGSWGFPTDPLSLQELRREFTVSLYLARKLLSEV
QGYVHSFAESRLPGV
NLDLLPLGYHLPNVSLTFQAWHHLSDSERLCFLATTLRPFPAMLGGLGTQGTWTSS
EREQLWAMRLDLRDLH
RHLRFQVLAAGFKCSKEEEDKEEEEEEEEEEKKLPLGALGGPNQVSSQVSWPQLLY
TYQLLHSLELVLSRAV RDLLLLSLPRRPGSAWDS
Comparación de SEC ID NO: 4 y 10;
10 1 MGQTAGDLGWRLSLLLLPLLLVQAGSWGFPTDPLSLQELRREFTVSLYLA
50 4 1 GLSLLLLPLLLVQAGSWGFPTDPLSLQELRREFTVSLYLA 40 ***************************************************************** 10 51
RKLLSEVQGYVHSFAESRLPGVNLDLLPLGYHLPNVSLTFQAWHHLSDSE 100
4 41
RKLLSEVQGYVHSFAESRLPGVNLDLLPLGYHLPNVSLTFQAWHHLSDSE 90
**************************************************************************************
10 101 RLCFLATTLRPFPAMLGGLGTQGTWTSSEREQLWAMRLDLRDLHRHLRFQ 150
4 91
RLCFLATTLRPFLAMLGGLGTQGTWTNIKRMQQWRLSLVLDVALCVFRSQ 140
******************************************** * * * * * 10 151
VLAAGFKCSKEEEDKEEEEEEEEEEKKLPLGALGGPNQVSSQVSWPQLLY 200
4 141
VLAAGFKCSKEEEDKEEEEEEEEEEKKLPLGRLGGPNQVSSQVSWPQLLY 190
**************************************************** *******************************
10 201 TYQLLHSLELVLSRAVRDLLLLSLPRRPGSAWDS 234
4 191 TYQLLHSMELVLSRAVRDLLLLSLPRRPGSALEFLTPSFKP 231 *********** ***************************************
CUADRO 2
Comparación de varias modalidades de IL-1 1 con la IL-D80. La
IL-1 1 humana es la SEC ID NO: 5; la IL-1 1 de ratón es la SEC ID NO: 6.
L-11 — MNCVC LVLVVLSLWPDTAVAPGPPPGP-P-RVSPDPRAELDSTVL mIL-11 — MNCVCRLVLVVLSLWPDRVVAPGPPAGS-P-RVSSDPRADLDSAVL hIL-D80 DLENNPKIGLSLLLLPLLLVQAGVWGFPRPPGRPQLSLQELRREFTVSLH mIL-D80 GLSLLLLPLLLVQAGSWGFPTDP — LSLQELRREFTVSLY
hIL-11 LTRSLLADTRQLAAQLRDK-FPADGDHNLDS— LPTLAMSAGALGALQL mlL- 11 LTRSLLADTRQLAAQMRDK-FP ADGDHSLDS— LPTLAMS AGTLGSLQL hIL-D80 LARKLLSEVRGQAHRFAESHLPGVNLYLLPLGEQLPDVSLTFQAWRRLSD mIL-D80 LARKLLSEVQGYVHSFAESRLPGVNLDLLPLGYHLPNVSLTFQA HHLSD hIL-11 PGVLTRLRADLLSYLRHVQWLRRAG-GSSLKTLEPELGTLQARLDRLLRR mIL-11 PGVLTRLRVDLMSYLRHVQWLRRAG-GPSLKTLEPELGALQARLERLLRR
HL-D80 PERLCFISTTLQPFFÍAPLGGLGTQGRWTNMERMQLWAMRLDLRDLQRHLR mIL-D80 SERLCFLATTLRPFLAMLGGLGTQGTWTNIKRMQQWRLSLVLDVALCVFR
hIL-1 1 LQLLMSRLALPQPPPD P- — PAPPLAPP SSAWGGI mlL- 11 LQLLMSRLALPQAAPD Q P VIPLGPP AS AWGSI L-D80 FQVLAAGFNLPEEEE-EEEEEEEEERKGLLPGALGSALQGPAQVSWPQL IL-D80 SQVLAAGFKCSKEEEDKEEEEEEEEEEKKLPLGRLGGPNQVSSQVSWPQL
La comparación de las secuencias también proporcionará un árbol de evolución. Este puede ser generado, por ejemplo, utilizando el programa de TreeView en combinación con el programa de software de análisis ClutalX. Ver, Thompson y otros, Nuc. Acids Res. 25:4876-4882; y TreeView, Page, IBLS, Universidad de Glasgow, correo electrónico rpage@bio.gla.ac.uk; http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk.rod.treeview.html
CUADRO 3
Comparación adicional de varias modalidades de IL-11 con IL- D80 de primate (SEC ID NO: 8 en lugar de SEC ID NO: 2 como en el cuadro 2) y IL-D80 de roedor (SEC ID NO: 10 en lugar de SEC ID NO: 4 como en el cuadro 2). La IL-11 de primate, por ejemplo, ser humano es (SEC ID NO: 5; la IL-11 de roedor, por ejemplo, ratón es SEC ID NO: 6. La alineación con IL-11 utilizando el programa de alineación de secuencia múltiple CLUSTAL X (1.4b). hulL-11 MNCVCRLVLWLSLWPDTAVAPGPPPGP--P-RVSPDPRAELDST molL-11 MNCVCRLVLWLSLWPDRWAPGPPAGS-P-RVSSDPRADLDSA hulL-D80 GQTAGDLGWRLSLLLLPLLLVQAGVWGFPRPPGRPQLSLQELRREFTVS molL-D80 MGQTAGDLGWGLSLLLLPLLLVQAGSWGFPTDP-— LSLQELRREFTVS . * * . . * . * * * . . . * . . . hulL-11 VLLTRSLLADTRQLAAQLRDK-FPADGDHNLDS— LPTLAMSAGALGAL molL-11 VLLTRSLLADTRQLAAQMRDK-FPADGDHSLDS— LPTLAMSAGTLGSL hulL-D80 LHLAREQ.LSEVRGQAHRFAESHLPGVNLYLLPLGEQLPDVSLTFQAWRRL molL-D80 LYLARKLLSEVQGYVHSFAESRLPGVNLDLLPLGYHLPNVSLTFQAWHHL
hulL-11 QLPGVLTRLRADLLSYLRHVQWLRRAG-GSSLKTLEPELGTLQARLDRLL molL-11 QLPGVLTRLRVDLMSYLRHVQWLRRAG-GPSLKTLEPELGALQARLERLL hulL-D80 SDPERLCFISTTLQPFHAPLGGLGTQGRWTNMERMQLWAMRLDLRDLQRH molL-D80 SDSERLCFLATTLRPFLAMLGGLGTQGTWTNIKRMQQWRLSLVLDVALCV
hulL-11 RRLQLLMSRLALPQPPPD- PPAPPLAPP SSAWG molL-11 RRLQLLMSRLALPQAAPD QPVIPLGPP ASAWG hulL-D80 LRFQVLAAGFNLPEEEE--EEEEEEEEERKGLLPGALGSALQGPAQVSWP molL-D80 FRSQVLAAGFKCSKEEEDKEEEEEEEEEEKKLPLGRLGGPNQVSSQVSWP
hulL-11 GIRAAHAILGGLHLTLDWAVRGLLLLKTRL molL-11 SIRAAHAILGGLHLTLDWAVRGLLLLKTRL hulL-D80 QLLSTYRLLHSLELVLSRAVRELLLLSKAGHSVWPLGFPTLSPQP molL-D80 QLLYTYQLLHSMELVLSRAVRDLLLLSLPRRPGSALEFLTPSFKP * * * * * **** Como antes, la comparación de las secuencias también proporcionará un árbol de evolución. Este puede ser generado, por ejemplo, utilizando el programa TreeView en combinación con el programa de software de análisis
* '" Clustal X . Ver, Thomposon, y otros, Nuc. Acids Res. 25: 4876-4882; y TreeView, Page, IBLS, Universidad de Glasgow, correo electrónico rpage@bio.gla.ac.uk; http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk.rod.treeview.html
La homología estructural de IL-D80 para proteínas de citosinas relacionadas sugiere una función relacionadas esta molécula. La IL-D80 es una citosinas de cadena larga exhibe una similitud de secuencia con IL-1 1. Muchos aspectos de la biología de IL-11 son bien reconocidos. Ver, por ejemplo, Sonis y otros (1999) Leukimia 13:831-834; Jacques y otros, (1998) Res. Immunol. 149: 737-740; Trepicchi, y otros, (1998) Ann N.Y. Acad. Sci. 856: 12-21 ; Jacobson (1998) in Thomson The Cvtokine Handbook. Academic Press; Maslak y otros, (1998) Semin. Hematol. 35: 253-60; Leng y otros (1997) Int. J. Biochem. Cell. Biol. 29:1059 -1062; Du y otros (1997) Blood 89: 3897-3908; Goldman (1995) Stem Cells 13: 462-471 ; y Du y otros (1995) Curr. Opin. Hematol. 2: 182-188. La biología de la II-D80 espera que sea similar, por ejemplo, algunas de las actividades biológicas se pueden traslapar. Los agonistas, o los antagonistas, de IL-D80 también pueden actuar como antagonistas funcionales obras del receptor, por ejemplo, los cuales bloquean la unión de IL-11 a sus receptores respectivos, cometían las acciones opuestas. Esta manera, la IL-D80 o sus antagonistas, serán útiles en el tratamiento de condiciones médicas anormales, incluyendo trastornos inmunes, por ejemplo, deficiencias inmunes a célula T, inflamación crónica o rechazo de tejido, o en condiciones cardiovasculares un neurofisiológicas. Por lo general se utilizarán composiciones que combinen la IL-D80 y la IL-11 como reactivo relacionadas. Los antígenos naturales son capaces de mediar varias respuestas bioquímicas que conducen a respuestas biológicas o fisiológicas en células objetivo. La modalidad preferida caracterizada en la presente es de ser humano, pero otras contrapartes de primate u otras especies existen por naturaleza. Las secuencias adicionales para proteínas en otras especies de mamíferos, por ejemplo, primates, caninos, felinos y roedores, también deben estar disponibles, particularmente las especies animales domésticas. Ser más adelante. Las descripciones que siguen están dirigidas, para propósitos ilustrativos, a una IL-D80 humana, pero asimismo son aplicables a modalidades relacionadas de otras especies.
II. IL-D80 purificada En varias modalidades demuestra una secuencia de aminoácido de IL-D80 de primate, por ejemplo, de ser humano, por ejemplo SEC ID NO: 2, 4, 8, o 10. Otros ácidos técnicos de existencia natural que codifican la proteína, pueden ser aislados a través de procedimientos estándares utilizando la secuencia provista, por ejemplo, técnicas de PCR o a través de hibridación. Estas secuencias de aminoácido, proporcionan amino a carboxi, son importantes para proporcionar información de secuencia para la citosina permitiendo distinguir el antígeno de proteína de otras proteínas e ilustrando
U-ui iá *> ¿.* .*t**A. ~.-^**^¿,.-. . , t^afeat numerosas variantes. Sin embargo, las secuencias de péptido permiten la preparación de péptidos para generar anticuerpos para reconocer tales segmentos, y las secuencias de nucleótido permiten la preparación de sondas de nucleótido, ambas son estrategias para la detección o aislamiento, por ejemplo, clonación de genes que codifican tales secuencias. Como se utilizan la presente, el término "IL-D80 su y humana" debe abarcar, cuando se utilizan en el contexto de una proteína, una proteína que tenga una secuencia de aminoácido que corresponda un polipéptido soluble mostrado en SEC ID NO: 2 o 8, o sus fragmentos importantes. Las modalidades preferidas comprenden una pluralidad de distintos segmentos por ejemplo, no traslapantes, de la longitud específica. Típicamente, la pluralidad será por lo menos 2, muy usualmente por lo menos 3, y preferiblemente 5, 7 o aún más. Aunque se proporcionan la longitud mínima, pueden ser apropiadas longitudes más largas y de varios tamaños, por ejemplo, una de una longitudes 7 y dos de una longitud de 12. Los componentes unión, por ejemplo, los anticuerpos, típicamente se unen a una IL-D80 con una alta afinidad, por ejemplo, por lo menos aproximadamente 100 nM, usualmente mejor que aproximadamente 30 nM, preferiblemente mejor que aproximadamente 10 nM, y muy preferiblemente mejor que aproximadamente 3 nM. Las proteínas de contraparte se, encontrarán en especies de mamíferos distintas al ser humano, por ejemplo, otros primates, ungulados o roedores. Las especies que no son de mamíferos también genes y proteína estructural o funcionalmente relacionados, por ejemplo, ser aves o anfibios. El término "polipéptido" como se utilizan la presente, incluye un fragmento o segmento importante, y abarca un estiramiento de residuos de aminoácido de por lo menos aproximadamente ocho aminoácidos, en general alrededor de doce aminoácidos, típicamente por lo menos alrededor de 16 aminoácidos de preferencia por lo menos aproximadamente veinte aminoácidos y con modalidades particularmente preferidas, por lo menos aproximadamente 30 o más aminoácidos, por ejemplo, 35, 40, 45, 50, 60, 75, 100, etcétera. Dichos fragmentos pueden tener extremos que comiencen y/o finalicen virtualmente en todas las posiciones, por ejemplo, 150, 149, 148, etcétera, en todas las combinaciones prácticas. Los péptidos particularmente interés tienen extremos que corresponden a límites de dominio estructural, por ejemplo, hélices, A, B, C y/o D. Ver cuadros 1 , 2 y 3. El término " composición de unión" se refiera moléculas que se unen con un carácter específico a IL-D80, por ejemplo, en una interacción de anticuerpos-antígenos. El carácter específico puede ser más o menos inclusive, por ejemplo, específico a una modalidad particular, o grupos de modalidades relacionadas, por ejemplo, primates, roedores, etcétera. También incluye compuestos, por ejemplo, proteína específicamente se asocian con IL- D80, ¡ncluyendo una interacción de proteína-proteína fisiológicamente importante, natural, ya sea, covalente o no covalente. La molécula puede ser un polímero, u reactivo químico. Un análogo funcional puede ser una proteína con modificaciones estructurales o puede ser una molécula que tenga una
forma molecular que interactúe con los determinantes de unión apropiados. Los compuestos puede servir como agonistas o antagonistas de una interacción de unión a receptor, ver, por ejemplo, Goodman, y otros (eds.) Goodman & Gilma's: The Pharmacoloqical Bases of Therapeutics (edición corriente) Pergamon Press. Substancialmente puro por ejemplo, en un contexto de proteína, típicamente significa que la proteína está libre de otras proteínas de contaminación, ácidos nucleicos, u otros ingredientes biológicos derivados del organismo de fuente regional. La pureza puede ser analizada a través de métodos estándares, típicamente en peso, y ordinariamente será de por lo menos aproximadamente 40% pura, en general por lo menos aproximadamente 50% pura, por lo general por lo menos aproximadamente 60% pura, típicamente por lo menos aproximadamente 80% pura, de preferencia por lo menos aproximadamente 90% pura y modalidades muy preferidas, por lo menos 95% pura. Por lo general se pueden agregar vehículos o excipientes. La solubilidad de un polipéptido un fragmento depende del ambiente o polipéptido. Muchos parámetros afectan la solubilidad del polipéptido, incluyendo temperatura, ambiente de electrolito, tamaño y características moleculares del polipéptido y naturaleza del solvente. Típicamente, la temperatura a la cual el polipéptido se utiliza varía de aproximadamente 4°C a aproximadamente 65°C. Usualmente, la temperatura en uso es mayor que aproximadamente 18°C. Para propósitos de diagnóstico, la temperatura usualmente será que aproximadamente temperatura ambiente o más caliente, pero menos que la temperatura de desnaturalización de los componentes en el ensayo. Para propósitos terapéuticos, la temperatura usualmente será la temperatura del cuerpo, típicamente alrededor de 37°C para seres humanos ratones, aunque bajo ciertas situaciones, la temperatura puede ser elevada o disminuida in situ o in vitro. El tamaño y estructura del polipéptido generalmente debe estar en un estado substancialmente estable, y usualmente no en un estado desnaturalizado. El polipéptido puede ser asociado con otros polipéptido sin una estructura cuaternaria, por ejemplo, para conferir solubilidad o asociado con lípidos o detergentes. El solvente y los electrolitos usualmente será un regulador de pH biológicamente compatible, un tipo utilizado para la conservación de actividades biológicas, y usualmente se aproximará aún solvente acuoso fisiológico. Usualmente, el solvente tendrá un pH neutro, típicamente dentro de aproximadamente 5 y 10, y de preferencia alrededor de 7.5. En algunas ocasiones, se agregarán uno o más detergentes, típicamente, uno de no desnaturalización, moderado, por ejemplo CHS (hemisuccinato de colesterilo) o CHAPS (sulfonato de 3-[3-colamidopropil)dimetilamonio]-1 -propano), o una concentración lo suficientemente baja para evitar la interrupción importante en las propiedades estructurales o fisiológicas de la proteína. En otros casos, se puede utilizar detergente áspero para efectuar la desnaturalización importante.
lll. Variantes físicas Esta invención abarca proteínas o péptidos que tienen una identidad de secuencia de aminoácido substancial con la secuencia de aminoácido del antígenos IL-D80. Las variantes incluyen variantes especies, polifórmicas o alérgicas. La homología de secuencia de aminoácido, o identidad de secuencia, se determina optimizando coincidencias de residuos, si es necesario, introduciendo huecos según sea requerid. Ver también Needleham y otros (1979) J. Mol. Biol. 48: 43-453; Sankiff y otros (1983) Capítulo Uno en Time Warps, String Edits, and Macremolecules: The Theory and Practice of Sequence Comparison, Addison-Wesley. Reading, MA; y paquetes de software de IntelliGenetics, Mountain View, CA; y la Universidad de Wisconsin Genetics Computer Group, Madison Wl. La identidad de secuencia cambia cuando se consideran las substituciones conservadoras como coincidencias. Las substituciones conservadoras típicamente substituciones dentro de los siguientes grupos: glicina, alanina, valina, isoleucina, leucina, ácido aspártico, asparagina, glutamina; serina, trionina; lisina, arginina; y fenilalanina, tirosina. La conservación puede aplicarse características biológicas, características funcionales o características estructurales. Las secuencias de aminoácido homologas típicamente están destinadas a incluir variaciones polimórficas o alélicas e ínter especies naturales de una secuencia de proteína. Las proteínas o péptidos homólogos típicos tendrán una identidad de 25-100% (si se introduce un hueco), una identidad de 50-100% (si se incluyen substituciones conservadoras), con la secuencia de aminoácido de IL-D80. Las mediciones de identidad serán por lo menos aproximadamente 65%, en general por lo menos alrededor de 40%, por lo regular por lo menos aproximadamente 50%, típicamente por lo menos alrededor de 60%, usualmente por lo menos alrededor 70%, de preferencia por lo menos alrededor de 80%, y muy preferiblemente por lo menos alrededor de 90%. El ADN de IL-D80 aislados puede ser fácilmente modificado a través de substituciones de nucleótido, eliminaciones del nucleótido, inserciones del nucleótido e inversiones y estiramientos cortos del nucleótido. Estas modificaciones dan como resultado las secuencias de ADN que codifican estos antígenos, sus derivados o proteínas que tienen una actividad fisiológica, inmunogénica, antigénica u otra actividad funcional similar. Esta secuencias codificadas pueden ser usados para producir antígenos mutante o para mejorar expresión. Expresión mejorada puede mejorar la amplificación de gen, transcripción aumentada, traducción aumentada y otros mecanismos. "Mutante IL-D80" abarca un polipéptido en esta manera que dentro de la definición de identidad de secuencia del IL-D80, como se estableció anteriormente, pero teniendo una secuencia de aminoácido edificio de aquella de IL-D80 como normalmente se encuentra por naturaleza, si es a través de eliminación, substitución o inserción. Esto generalmente incluye proteínas que tienen una entidad significativa con una proteína que tienen una secuencia de SEC ID NO: 2, 4, 8 o 10, y compartir varias actividades biológicas, por ejemplo, antigénicas o inmunogénicas, con aquella secuencias, y modalidades
??A!á¿.?*?-*l*JtAA-«*. mr-m*JUmmm*.^mm*,A...AL.iÍ?^_?. aJ.,»^^.. . ^ ^ A^.*Í.. ^-? ^,. .?^AA,A* . &.».,. ? Á Jai preferidas contienen a mayor parte de la secuencias descritas de longitud completa naturales. Las ecuaciones longitud completa típicamente serán preferidas, aunque sé también serán útiles personas truncadas, asimismo, son típicamente muy deseados genes o proteínas encontrados en fuentes naturales. Los conceptos similares se aplican a diferentes proteínas de IL-D80, particularmente en aquellas en varios animales de sangre caliente, por ejemplo, mamíferos y aves. Estas descripciones generalmente abarcan muchas proteínas de IL-D80, no se limitan a modalidades de primate particulares específicamente descritas. La mutagénesis de IL-D80 también puede ser conducida haciendo inserciones o eliminaciones de aminoácidos. Se puede generar substituciones, eliminaciones, cualesquiera combinaciones para llegar a una construcción final. Las construcciones incluyen fusiones amino- o carboxi-terminales. Se puede conducir la mutagénesis aleatoria como un codón objetivo y los mutantes expresados después pueden ser clasificados para la actividad deseada. Los métodos para hacer mutaciones de substitución en sitios predeterminados en el ADN que tenga una secuencia conocida son bien conocidos en el campo, por ejemplo, a través de mutagénesis del iniciador M13 o técnicas de ración de polimerasa (PCR). Ver, por ejemplo, Sambrook y otros (1989); Ausubel, y otros (1987 y Suplementos); y Kunkel y otros (1987) Methods ¡n Ezymol. 154:367-382. Las modalidades preferidas incluyen substituciones preferiblemente conservadoras, por ejemplo de una vez, de dos veces, tres veces, cinco veces, siete veces, etc., a niveles de nucleótido o
.- ..A,^.^. jaaáflitiJ aminoácido. Preferiblemente, las substituciones están lejos de las cisteinas conservadas, y por lo general estarán en las regiones lejos de los dominios estructurales helicoidales. Tales variantes pueden ser útiles para producir anticuerpos específicos y, por lo general compartirán muchas o todas las propiedades biológicas. La presente invención también proporciona proteínas recombinante, por ejemplo, proteínas de heterólogas utilizando segmentos de estas proteínas. Una proteína de fusión heteróloga es una proteína de fusión o segmentos que están fusionados en forma natural pero no normalmente en la mimas forma. Un concepto similar se aplica a secuencias de ácido nucleico heterólogas. Además, se pueden hacer construcciones combinando dominios funcionales similares de otras proteínas. Por ejemplo, la unión objetivo u otros segmentos puede ser "cambiad" entre nuevos polipéptidos o fragmentos de fusión. Cunningham y otros, (1989) Science 243: 1330- 1336; y O'Dowd y otros (1988) J. Biol. Chem. 263: 151985-15992. El método de fosforamidita descrito por Beaucage y Carruthers (1981 ) Tetra. Letts. 22: 1859-1862, producirá fragmentos de ADN sintéticos adecuados. Por lo general se tendrá un fragmento de estructura de cadena doble viaje a sintetizando estructura de cadena complementaria y fijando el estructura de cadena entre sí bajo condiciones apropiadas o agregando la estructura de cadena complementaria utilizando polimerasa de ADN con la secuencia de iniciador apropiada , por ejemplo, técnicas de PCR.
?Jk?.é, i El análisis estructural puede ser aplicado a éste gen, en comparación con la familia de citosinas IL-11. La alineación de las secuencias de IL-D80humanas con otras membranas de la familia de IL-11debe permitir la definición de características estructurales. En particular, se pueden determinar residuos de lámina y hélice utilizando, por ejemplo, el programa RASMOL, ver, Bazan y otros (1996) Nature creciente 379:591 ; Lodi y otros (1994) Science ; 263: 1762-1766; y Gronenberg y otros, (1991 ) Protein Enqineerinq 4:263-269. Los residuos preferidos para substituciones incluyen los residuos expuestos en superficie, los cuales se pronostica que interactúan con el receptor. Otros residuos que deben conservar la función serán substituciones conservadoras, particularmente en la posición lejos de los residuos expuestos en la superficie.
IV. Variantes Funcionales El bloque de la respuesta fisiológica a IL-D80s puede resultar de la inhibición competitiva de la unión de ligando a su receptor. Los ensayos in vitro de la presente invención por lo general utilizarán proteína aislada, fragmentos solubles que comprenden segmentos de unión de estas proteínas, o fragmentos unidos a substratos de fase sólida. Estos ensayos también permitirán la determinación de diagnostico de los efectos tanto de la unión de mutaciones de segmento y modificaciones como de mutaciones y modificaciones de citosina, por ejemplo, análogos de IL-D80. Esta invención también contempla el uso de ensayos de clasificación de fármaco competitivos, por ejemplo, cuando anticuerpos de neutralización para la citosina, o fragmentos de unión de receptor compiten con un compuesto de prueba. Los "derivados" de antígenos de IL-D80 incluyen mutantes de la secuencia de aminoácido de formas de existencia natural, variantes de glicosilación y conjugados covalentes o agregados con otras porciones químicas. Los derivados covalentes pueden ser preparados a través de enlace de funcionalidades a grupos que se encuentran en las cadenas laterales del aminoácido IL-D80 o en los términos N o C, por ejemplo, a través de medios estándares. Ver, por ejemplo, Lundblad y Noyes (1988) Chemical Reaqents for Protein Modification, vols. 1-2, CRC Press, Inc., Boca Ratón, FL; Hugli (ed. 1989) Techniques in Protein Chemistrv. Academia Press, San Diego, CA; y Wong (1991 ) Chemistrv of Protein Coniuqation and Cross Linkinkq, CRC Press, Boca Ratón, FL. En particular, se incluyen alteraciones de glicosilación, por ejemplo, hechas modificando los patrones de glicosilación en un polipéptido durante su síntesis y procesamiento, o en pasos de procesamiento adicionales. Ver, por ejemplo, Elbein (1987) Ann. Rev. Biochem. 56:497-534. también se abarcan versiones de los péptidos con la misma secuencia de aminoácido primaria, los cuales tienen otras modificaciones menores, incluyendo regido aminoácido fosforilados, por ejemplo, fosfotirosina, fosforserina, o fosfotreonina. También se proporcionan polipéptidos de fusión entre IL-D80s y 3
otras proteínas homologas o heterólogas. Muchos receptores de citosina u otras proteínas de superficie son multimédicos, por ejemplo, entidades homodiméricas, y una construcción de repetición puede tener varias ventajas, incluyendo susceptibilidad disminuida a la escisión proteolítica. Ejemplos típicos son fusiones de un polipéptido de reporte, por ejemplo, luciferasa, con un segmento condominio de una proteína, por ejemplo, un segmento de unión de receptor, de manera que la presencia o localización de ligando fusionado puede ser fácilmente determinada. Ver, por ejemplo, Dull y otros, patente de E.U.A. No. 4,859,609. Otros patrones de fusión de gen incluyen galactosidasa bacteriana, trpE, proteína A, -lactamasa, -amilasa, deshidrogenasa de alcohol, factor coincidente alfa de levadura, y etiquetas de detección o purificación tales como una secuencia de FLAG de la secuencia His6, ver, por ejemplo, Godowski y otros (1988) Science 241 :812-816. Los péptidos de fusión típicamente se harán a través de métodos de ácido nucleico recombinante o a través de métodos de polipéptido sintéticos. Las técnica para manipulación y expresión de ácido nucleico se describen generalmente en, por ejemplo, Sambrook y otros, (1989) Molecular Cloninq: A Laboratorv Manual (2a. edición), vols. 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory ; y Ausubel y otros, (eds. 1993) Current Protocols in Molecular Bioloqy, Greene y Wiley, NY: Las técnicas para las síntesis de polipéptidos se describen en, por ejemplo, Merrifield (1963) J. Amer. Chem. Soc. 85:2149-2156; Merrifield (1986) Science 232:341-347; Atherton y otros, (1989) Solid Phase Peptide Svnthesis: A Practical Approach, IRL Press, Oxford; y Grant
lmtAAAÍ.-Á.á?*¿* a*m-*-*--í. - - .~- (1992) , IRL Press, Oxford; y Grant (1992) Svnthetic Peptides: A User Guide, W.H. Freeman, NY. Los métodos de doblez pueden ser aplicables a proteínas sintéticas. Esta invención también contempla el uso de derivados de proteínas de IL-D80 distintas a las variaciones en la secuencia o glicosilacion de aminoácido. Tales derivados pueden involucrar asociación covalente o de agregación con porciones químicas o portadores de proteína. Los derivados covalentes o agregados serán útiles como inmunógenos, como reactivos en ¡nmunoensayos, o en métodos de purificación tales como la purificación de afinidad de patrones de unión, por ejemplo, otros antígenos. Una IL-D80 puede ser inmovilizada uniéndose en forma covalente a un soporte sólido, tal como bromuro de cianógeno activado con SEPHAROSE, a través de métodos que son bien conocidos en la técnica, o adsorbidos sobre superficies de poliolefina, con o sin entrelazamiento de glutaraldehído, para utilizarse en el ensayo o purificación de anticuerpos anti-IL-D80 o una composición de unión alternativa. Las proteínas de IL-D80, también pueden ser marcadas con un grupo detectable, por ejemplo, para utilizarse en ensayos de diagnóstico. La purificación de IL-D80 puede ser efectuada a través de un anticuerpo inmovilizado o patrón de unión complementario, por ejemplo, una porción de unión de un receptor. Una IL-D80 solubilizada o fragmento de esta invención se pueden utilizar como un inmunógeno para la producción de antisueros o anticuerpos específicos para la unión. El antígeno purificado puede ser usado
para clasificar anticuerpos monoclonales o fragmentos de unión de antígeno, abarcando fragmentos de unión a antígeno de anticuerpos naturales, por ejemplo, Fab, Fab', F(ab)2, etc. También se pueden utilizar antígenos de IL-D80 purificados como un reactivo para detectar anticuerpos generados en respuesta a la presencia de niveles elevados de la citosina, los cuales pueden ser el diagnóstico de una condición fisiológica, o enfermedad anormal o específica. Esta invención contempla anticuerpos que surgen contra secuencias de aminoácido codificadas por la secuencia de nucleótido mostrada en SEC ID NO: 1 , 3, 7, o 9, o fragmentos de proteínas que las contienen. En particular, esta invención, contempla anticuerpos que tienen afinidad de unión a, o surgen contra dominios específicos, por ejemplo, las hélices A, B, C, o D. La presente invención contempla el aislamiento de variantes de especies estrechamente relacionadas adicionales. El análisis de tinción Southern y Northern establecerá que existen entidades genéticas similares en otros mamíferos. Probablemente es que IL-D80s esté ampliamente dispersadas en variantes de especies, por ejemplo, roedores, lagomorfos, carnívoros, artiodactilas, perisodáctilas, y primates. La invención también proporciona medios para aislar un grupo de antígenos relacionados que presentan tanto puntos distintos como similitudes en estructura , expresión y función. La producción de muchos de los efectos fisiológicos de las moléculas enormemente se acelerará a través del aislamiento y caracterización de distintas especies adicionales o variantes polimórficas de las mismas. En particular, la presente invención proporciona sondas útiles para identificar entidades genéticas homologas adicionales en diferentes especies. Los genes aislados permitirán la transformación de células que carecen de la expresión de una IL-D80, por ejemplo, ya sea tipos o células de especies que carecen de proteínas correspondientes y exhiben una actividad de fondo negativa. Esto debe permitir el análisis de la función de IL-D80 en comparación con células de control no transformadas. La disección de elementos estructurales críticos que efectúan las varias funciones fisiológicas y mediadas a través de estos antígenos es posible utilizando técnicas estándares de biología molecular moderna, particularmente para comparar miembros de la clase relacionadas. Ver, por ejemplo, la técnica de mutagénesis de exploración homologa descrita por Cunningham, y otros (1989) Science 243:1339-1336; y aspectos utilizados por O'Dowd, y otros (1988) J. Biol. Chem. 263:15985-15992; y Lechleiter y otros, (1990) EMBO J. 9:4381-4390. Las funciones intracelulares probablemente podrían involucrar la señalización de receptor. Sin embargo, la internalización de proteína puede ocurrir bajo ciertas circunstancias, y puede ocurrir la interacción entre componentes ¡ntracelulares y citosinas. Los segmentos específicos de interacción de IL-D80 con componentes de interacción pueden ser identificados a través de mutagénesis o medios bioquímicos directos, por ejemplo, entrelazamiento o métodos de afinidad. El análisis estructural a
a |BA: través de métodos cristalográficos u otros métodos físicos también serán aplicables. La investigación adicional del mecanismo de la transducción de señal incluirá el estudio de componentes asociados que pueden ser aislados a través de métodos de afinidad o a través de medios genéticos, por ejemplo, análisis de complementación de los mutantes. Se siguió otro estudio de la expresión del control IL-D80. Los elementos de control asociados con los antígenos deben exhibir una expresión fisiológica, de desarrollo, especifica en el tejido u otros patrones de expresión diferenciales. Las regiones genéticas corriente arriba o corriente abajo, por ejemplo elementos de control, son de interés. Los estudios estructurales de los antígenos de IL-D80 conducirán al diseño de nuevos antígenos, particularmente análogos que exhiben propiedades agonistas o antagonistas en la molécula. Esto puede ser combinado con métodos de clasificación previamente descritos para aislar antígenos que exhiben espectros deseados de actividades.
V. Anticuerpos Se pueden desarrollar anticuerpos en varios epítopos de las proteínas de IL-D80, incluyendo especies, fragmentos polimórficos o variantes alélicas y fragmentos de los mismos, tanto en formas de existencia natural como en sus formas recombinantes. Además, se pueden desarrollar anticuerpos contra IL-D80s en cualquiera de sus formas activas o en sus formas inactivas, incluyendo versiones nativas o desnaturalizadas. También se contemplan anticuerpos anti-idiotípicos. Los anticuerpos, incluyendo los fragmentos de unión y versiones de cadena individual, contra fragmentos predeterminados de los antígenos pueden ser desarrollados a través de inmunización de animales con conjugados de los fragmentos con proteínas inmunogénicas. Los anticuerpos monoclonales se preparan a partir de células que secreta el anticuerpo deseado. Estos anticuerpos pueden ser clasificados para unirse a IL-D80s normales o defectuosas, o clasificar para actividad agonística o antagonística, por ejemplo, mediada a través de un receptor. Los anticuerpos pueden ser agonísticos o antagonísticos, por ejemplo, bloqueando esterícamente la unión a un receptor. Los anticuerpos monoclonales usualmente se unirán con por lo menos un KD de aproximadamente 1mM, más usualmente por lo menos aproximadamente 300 M, típicamente por lo menos aproximadamente 1G0 M, muy típicamente por lo menos aproximadamente 30 M, de preferencia por lo menos alrededor de 10 M, y muy preferiblemente por lo menos aproximadamente 3 M o mejor. Una proteína de IL-D80 que específicamente se une a o que es específicamente inmunoreactiva con un anticuerpo generado contra un inmunógeno definido, tal como un inmunógeno que consiste de la secuencia de aminoácido de SEC ID NO: 2, 4, 8, o 10, típicamente es determinada en un inmunoensayo. El inmunoensayo típicamente utiliza un anticuerpo policlonal, el cual fue desarrollado, por ejemplo, para un polipéptido de SEC ID NO: 2, 4, 8, o 10. Este anticuerpo se seleccionó teniendo una baja reactividad cruzada
contra otra IL-11 , por ejemplo, IL-11 humana o de roedor, preferiblemente de la misma especie, y cualquier reactividad cruzada es removida a través de inmunoabsorción antes de utilizarse en el inmunoensayo. Con el fin de producir anticuerpos para utilizarse en un inmunoensayo, la proteína de SEC ID NO: 2, 4, 8, o 10, o una combinación de las mismas es aislada como se describe aquí. Por ejemplo, se puede producir una proteína recombinante en una línea de célula de mamífero. Un huésped apropiado, por ejemplo, una cepa de raza de ratones tales como Balb/c, fue inmunizado con la proteína seleccionada, típicamente utilizando un auxiliar estándar, tal como un auxiliar de Freund, y un protocolo de inmunización de ratón estándar (ver, Harlow y Lañe, supra). Alternativamente, un derivado de péptido sintético de la secuencia descrita aquí, y conjugado a una proteína portadora, puede ser usado como un ¡nmunógeno. Los sueros policlonales se recogen y se titulan contra la proteína de ¡nmunógeno en un inmunoensayo, por ejemplo, un inmunoensayo de fase sólida con el inmunógeno inmovilizado sobre un soporte sólido. Los antisueros policlonales con una titulación de 104 se seleccionan y son probados para su reactividad cruzada contra otros miembros de la familia IL-11 , por ejemplo, IL-11 de roedor, utilizando un ensayo de unión competitivo tal como aquel descrito por Harlow y Lañe, supra, en las páginas 570-573. Preferiblemente, por lo menos un miembro de la familia IL-11 distinto se utiliza en esta determinación junto con, por ejemplo, la IL-11 de primate. Los miembros de la familia de IL-11 puede ser producidos como proteínas recombinantes y aislarse utilizando biología molecular
Í?-St.* ,?*-l a^hJ.a estándar y técnicas de química de proteína como se describe aquí. Se pueden utilizar inmunoensayos en el formato de unión competitiva para las determinaciones de reactividad usadas. Por ejemplo, la proteína de SEC ID NO: 2 u 8 puede ser inmovilizada a un soporte sólido. Las proteínas agregadas al ensayo compiten con unión de los antisueros para el antígeno inmovilizado. La habilidad de las proteínas anteriores para competir con unión de los antisueros para la proteína inmovilizada se comparó con la proteína de SEC ID NO: 2 o 8. Se calculó el porcentaje de actividad cruzada para las proteínas anteriores, utilizando cálculos estándares. Aquellos antisueros con menos de 10% desde reactividad cruzada con cada una de las proteínas listadas anteriormente son seleccionados y combinados. Los anticuerpos reacción cruzada después son removidos de los antisueros combinados a través de inmunoabsorción con las proteínas listadas anteriormente. Después, los anticuerpos inmunoabsorbidos combinados son utilizados en un inmunoensayo de unión competitivo como se describió anteriormente para comparar una segunda proteína con la proteína de inmunógeno (por ejemplo, la proteína de equipo ácido IL-11 de SEC ID NO:2, 4, 8, o 10). Con el fin de hacer esta comparación, las proteínas son cada una analizados a una amplia escala de concentraciones y se determinó la cantidad de cada proteína requerida para inhibir un 50% de la unión del antisuero a la proteína inmovilizada. Si la cantidad de la segunda proteína requerida es menor que el doble de la cantidad de la proteína de la proteína o proteínas
k.í.
seleccionadas que se requieren, entonces la segunda proteína se dice que específicamente se une a un anticuerpo generado para el ¡nmunógeno. Los anticuerpos esta inversión también puede ser un puede ser útiles aplicaciones de diagnóstico. Como anticuerpos de captura o no neutralizantes, estos pueden ser clasificados por su habilidad para unirse los antígenos e inhibir la unión a un receptor. A medida que los anticuerpos neutralizan, estos pueden ser útiles en ensayos de unión competitiva. También será útil detectar o cuantificar la proteína IL-D80 o sus receptores. Ver, por ejemplo Chan (ed. 1987) Immunoloqv: A Practical Guide, Academic Press, Orlando , FL; Price y Newman (eds. 1991 ) Principies and Practice of mmunoassav, Stockton Press, N.Y; y Ngo (ed. 1988) Nonisotopic Immunoassav, Plenum Press, N.Y. Las absorciones, eliminaciones cruzadas su otros medios proporcionarán declaraciones de selectividad definida, por ejemplo, caracteres específicos especies únicas son compartidas. Esta puede ser la base para pruebas identificarán varios grupos antígenos. Además, los anticuerpos, incluyendo fragmentos de unión a antígeno, de esta invención pueden ser potentes antagonistas que se une al antígeno e inhiben la unión funcional, por ejemplo, a un receptor que puede producir una respuesta biológica. También pueden ser útiles como anticuerpos no neutralizantes y puede ser acoplado a toxinas o radionúclidos, de manera que cuando el anticuerpo se une al antígeno, se aniquila una célula que expresa, por ejemplo, en su propia superficie. Además, estos anticuerpos pueden ser conjugados a fármacos u otros agentes terapéuticos, ya sea directa o indirectamente a través de un enlazador, y pueden efectuar la activación de fármaco. Los fragmentos de antígeno se pueden unir a otros materiales, en particular polipéptidos, como los polipéptido fusionados o covalentemente unidos que serán utilizados como inmunógenos. Un antígeno sus fragmentos pueden ser fusionados o covalentemente enlazados a una variedad de inmunógenos, tales como hemocianina de lapa de ojo de cerradura, albúmina de suero de bovino, toxoide de tétano, etc. Ver, por ejemplo, Microbioloqy, Hoeber Medical División, Harper y Row, 1969; Landsteiner (1962) Specificity of Seroloqical Reactions, Dover Publications, New York; Williams y otros, (1967) Methods in Immunoloqy and Immunochemistrv, vol. 1 , Academic Press, New York; y Harlow y Lañe (1988) Antibodies: A Laboratory Manual, CSH Press, N.Y., para descripciones de métodos para preparar antisueros policlonales. En algunos casos, es deseable preparar anticuerpos monoclonales a partir de varios huéspedes de mamífero, tales como ratones, roedores, primates, seres humanos, etc.. La descripción de técnicas para preparar tales anticuerpos monoclonales pueden conocerse en, por ejemplo, con Suites y otros (eds.) Basic and Clinical Immunoloqy (4a. ed.), Lange Medical Publications, Los Altos, CA, y referencias citadas aquí; Harlow y Lañe (1988) Antibodies: A Laboratorv Manual, CSH Press; Goding (1986) Monoclonal Antibodies; y particularmente por Kokler y Milstein (1975) en Nature 256:495-497, la cual discute un método para generar anticuerpos
monoclonales. Otros técnicas adecuadas involucran la exposición in vitro de linfocitos a los polipéptido antigénicos o alternativamente la selección de colecciones de anticuerpos en fagos o vectores similares. Ver, Huse y otros (1989) "Generation of a Large Combinatorial Library of the Immunoglobulin Receptoire in Phage Lambda," Science 246:1275-1281 ; y Ward y otros, (1989) Nature 341 : 544-546. Los polipéptido y anticuerpos de la presente invención pueden ser usados con o sin modificación, ¡ncluyendo anticuerpos quiméricos o humanizados. Frecuentemente, los polipéptidos de anticuerpos serán marcados uniendo, ya sea covalente con o covalentemente, una sustancia que proporciona una señal detectable. Una amplia variedad de técnicas de marcas conjugación se conoce y se reportan extensamente tanto en la literatura científica, como en la literatura de patentes. Las marcas adecuadas incluyen radionúclidos, enzimas, substratos, co-factores, inhibidores, porciones fluorescentes, porciones quimioluminiscentes, partículas magnéticas y similares. Las patentes enseñan el uso de tales marcas incluyen las patentes de E.U.A. Nos. 817, 837; 3, 850, 752; 3, 939, 350; 3, 996, 345; 4, 277, 437; 4, 275, 149; y 4, 366,241. También, se pueden producir inmunoglobulinas recombinante, ver Cabilly, patente de E.U.A. No. 4,816,567; Moore, patente de E.U.A. No. 4,642,334; y Queen y otros, (1989) Proc Nat'l. Acad. Sci. EUA, 86:10029-10033. Los anticuerpos esta invención también puede ser usados para cromatografía de afinidad en el aislamiento de la proteína. Se pueden
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preparar columnas en donde los anticuerpos están enlazados a un soporte sólido. Ver, por ejemplo, Wilchek y otros (1984) Meth. Enzvmol. 104: 3-55. La conversa puede ser utilizada para purificar anticuerpos. Los anticuerpos se desarrollan contra cada uno de IL-D80 y serán también útiles para incrementar los anticuerpos anti-idiotípicos. Esto será útil para detectar o diagnosticar varias condiciones inmunológicas relacionadas con expresión de los antígenos respectivos.
VI. Ácidos Nucleicos Las secuencias repetido descritas y los reactivos relacionados son útiles para detectar, aislar o identificar un clon de ADN que codifica IL-D80, por ejemplo, de una fuente natural. Típicamente, será útil aislar un gen de un mamífero, y se aplicarán procedimientos similares para aislar genes de otras especies, por ejemplo, animales de sangre caliente tales como aves. La hibridación cruzada permitirá el aislamiento de IL-D80 a partir de la misma, por ejemplo, valientes polimórficas, u otras especies. Un número de diferentes aspectos estará disponible para aislar exitosamente un clon de ácido nucleico adecuado. La proteína purificada o los péptidos definidos son útiles para generar anticuerpos a través de métodos estándares, como se describió anteriormente. Se pueden presentar péptidos sintéticos o proteína purificadas a un sistema inmune para generar anticuerpos monoclonales o policlonales. Ver, por ejemplo, Coligan (1991 ) Current Protocols in Immunology Wiley/Greene; y Halorw y Lañe (1989) Antibodies: A Laboratorv Manual, Cold Spring Harbor Press. Por ejemplo, la composición de unión específica puede ser utilizada para clasificar una colección de expresión hecha a partir de una línea de célula que expresa una IL-D80. La clasificación de expresión intercelular puede ser realizada a través de varios procedimientos de tinción o de inmunofluorescencia. Las composiciones de unión pueden ser utilizadas para purificar por afinidad o clasificar células que expresan una proteína de fusión de superficie. Los segmentos de péptidos también pueden ser usados para pronosticar oligonucleótidos apropiados para clasificar una colección. El código genético puede ser utilizado para seleccionar oligonucleótidos apropiados útiles como sondas para la clasificación. Ver, por ejemplo, Coligan (1991 ) Current Protocols ¡n Immunoloqy Wiley/Greene; y Harlow y Lañe (1989) Antibodies: A Laboratorv Manual, Cold Spring Harbor Press. En combinación con técnicas de reacción de cadena de polimerasa (PCR), los oligonucleótidos sintéticos eran útiles para seleccionar clones correctos de una colección. También se utilizarán secuencias complementarias como sondas, iniciadores o estructuras de cadena antisentido. Varios fragmentos deben ser particularmente útiles, por ejemplo, acoplados con un vector anclado con técnicas PCR complementarias de poli-A o con ADN complementario de otros péptidos. Esta invención contempla el uso de ADN aislado por fragmentos
• ik*****. a£|^a¿j& j para codificar un polipéptido IL-D80 correspondiente, antigénico biológicamente activo; careciendo particularmente de la porción que codifica la porción traducida 5' de la secuencia descrita. Además, esta invención cubre ADN aislado recombinante que codifica una proteína biológicamente activa o polipéptido y que es capaz de hibridizar bajo condiciones apropiadas con las secuencias de ADN descritas en la presente. Dicha proteína o polipéptido biológicamente activo puede ser un antígenos intacto, o fragmentos, y tienen una secuencia de aminoácidos descrita en por ejemplo, SEC ID NO: 2, 4, 8, o 10, particularmente un polipéptido secretado maduro. Además, esta invención cubre el uso de ADN aislado o recombinante, uso fragmentos, los cuales codifican proteínas exhiben una alta identidad o una IL-D80 secretada. El ADN aislado puede tener las secuencias reguladoras respectivas en los flancos 5' y 3', por ejemplo, promotores, mejoradores, señales de adición poli-A y otros. Alternativamente, expresión puede ser efectuada enlazando operativamente un segmento de codificación a un promotor heterólogo, por ejemplo, insertando un promotor corriente arriba de un gen endógeno. Un ácido nucleico "aislado" es un ácido nucleico, por ejemplo, un ARN, ADN, un polímero mixto, el cual está sustancialmente separado de los otros componentes que acompañan por naturaleza a una secuencia, por ejemplo, ribosomas, polimerasas y/o secuencias genómicas de flanqueo de las especies de origen. El término abarca una secuencia de ácido nucleico que ha sido removida de su ambiente de existencia natural, aislados de ADN recombinante o clonado y análogos químicamente sintetizados o análogos
i.Á.? Áá. lA.¿:¡A .t ,m . .^.,.lr.~A... ...........A tS?í.* biológicamente sintetizados por sistemas heterólogos. Una molécula sustancialmente pura incluye formas aisladas de la molécula. En general, el ácido nucleico será un vector o fragmento menor que aproximadamente 50 kb, usualmente menor que aproximadamente 30 kb, típicamente menor que aproximadamente 10 kb, y de preferencia menor que aproximadamente 6 kb. Un ácido nucleico aislado generalmente será una composición homogénea de moléculas, pero, en algunas modalidades, contendrá una heterogeneidad menor. Esta heterogeneidad típicamente se encuentra en los extremos del polímero o porciones no críticas a la función con actividad biológica deseada. Un ácido nucleico "recombinante" se define ya sea por sus métodos de producción o su estructura. De preferencia este método de producción, por ejemplo, un producto hecho a través un procedimiento, el procedimiento se utiliza para técnicas de ácido nucleico recombinante, por ejemplo, involucrando la intervención de seres humanos en la secuencia de nucleótido, típicamente selección o producción. Alternativamente, puede ser un ácido nucleico hecho generando una secuencia que comprende la función de los fragmentos que no están naturalmente contiguos entre sí, pero excluyen productos de mutantes maduros, por ejemplo, existencia natural. De esta manera, por ejemplo, los productos hechos transformando la células con cualquier vector no existencia natural, se abarcan, ya que son ácidos nucleicos que comprenden una secuencia derivada utilizando cualesquiera de los procesos de oligonucleótidos sintéticos. Por lo general esto se realiza para reemplazar un codón con un codón redundante y codifica el mismo aminoácidos como un aminoácidos conservador, mientras se introduce o remueve típicamente un sitio de reconocimiento de secuencia. Alternativamente, se realiza la unión entre sí de los segmentos de ácido nucleico y funciones deseadas para generar una entidad genética individual, que comprende la combinación deseada de funciones de ser encontradas en las formas naturales comúnmente disponibles. Los sitios de restricción de enzima de restricción en general son el objetivo de tales manipulaciones artificiales, pero otras etiquetas específicas en el sitio, por ejemplo, promotores, sitios de replicación de ADN, secuencias de regulación, secuencias de control, u otras características útiles puede ser incorporadas por diseño. Un concepto similar está destinado a un polipéptido recombinante, por ejemplo, polipéptido de fusión. Específicamente, se incluyen ácidos nucleicos sintéticos a través de la redundancia del código genético, codifican polipéptido similares a estos fragmentos de antígenos y fusiones de secuencias de diferentes varias especies o varias polimórficas. Un "fragmento" significativo en un contexto de ácido nucleico es un sargento contiguo de por lo menos aproximadamente 17 nucleótidos, el general alrededor de por lo menos 22 nucleótidos, ordinariamente por lo menos alrededor de 29 nucleótidos, muy preferiblemente menor que aproximadamente 15 nucleótidos, típicamente por lo menos aproximadamente 41 nucleótidos, usualmente por lo menos alrededor de 47 nucleótidos, preferiblemente por lo menos alrededor de aproximadamente 55 nucleótidos, y en modalidades particularmente preferidas será de por lo menos aproximadamente 60, o más nucleótidos, por ejemplo, 67, 73, 81 , 89, 95, etc. Un ADN que codifica para una proteína IL-D80 será particularmente útil para identificar genes, ARNm y especies de ADNc el codifican para proteínas relacionadas o similares, así como ADNs y codificadas proteínas homologas de diferentes especies. Eso será homólogo en otras especies, incluyendo primates, roedores, caninos, felinos, aves y peces. Varias proteínas IL-D80 deben ser homologas y están abarcadas aquí. Sin embargo, aunque las proteínas que tienen una relación de evolución distante al antígeno pueden ser fácilmente aisladas bajo condiciones apropiadas utilizando estas secuencias así son suficientemente homologas. Las proteínas de IL-D80 deprimentes son de interés particular. Los clones recombinantes derivados de la secuencias genómicas, por ejemplo, conteniendo intrones, serán útiles para estudios transgénicos, ¡ncluyendo, por ejemplo, células organismos transgénicos, y para terapia de gen. Ver, por ejemplo, Goodnow (1992) "Transgenic Animáis" en Roitt (ed.) Encyclopedia of Immunologv, Academia Press, San Diego, pp. 1502-1504; Travis (1992) Science 256:1392-1394; Kuhn y otros (1991 ) Science 254:707-710, Cepecchi (1989) Science 244:1288; Rosenberg (1992) J. Clinical Oncoloqy 10:180-199: y Cournoyer y Caskey (1993) Ann. Rev. Immunol. 11 :297-329. Alternativamente, expresión puede ser efectuada entrelazando operablemente un segmento de codificación a un promotor heterólogo, insertando un promotor corriente arriba en vez de un gen endógeno. Ver, por ejemplo, Treco y otros, WO 96/29411 o USSN 08/406,030. La homología substancial, por ejemplo, la identidad, en el contexto de comparación de secuencia de ácido nucleico representa cualquiera de los segmentos, o sus estructuras de cadena complementarias, cuando se comparan, son idénticas cuando se alinean óptimamente con inserciones o eliminaciones de nucleótido apropiadas, en por lo menos un 50% de los nucleótidos, en general por lo menos alrededor de 58%, ordinariamente por lo menos alrededor de 65%, por lo general por lo menos aproximadamente 71 %, típicamente por lo menos aproximadamente 77%, usualmente alrededor de 85%, de preferencia por lo menos aproximadamente 95% a 99% o más, y en modalidades preferidas, tan altos como aproximadamente 99% o más de los nucleótidos. Alternativamente, existe una homología substancial cuando los segmentos hibridizan bajo condiciones de hibridación selectivas, hacia una estructura de cadena, o su complemento, típicamente utilizando una secuencia de IL-D80, por ejemplo, SEC ID NO: 1 , 3, 7, o 9. Típicamente, la hibridación selectiva ocurrirá cuando exista por lo menos un 55% de identidad sobre un estiramiento de por lo menos aproximadamente 30 nucleótidos, preferiblemente por lo menos alrededor de 75% sobre un estiramiento de aproximadamente 25 nucleótidos, y muy preferiblemente alrededor de 90% sobre aproximadamente 20 nucleótidos. Ver, Kanehisa (1984) Nuc. Acids Res. 12:203-213. La longitud de la comparación de identidad, según descrita, puede ser sobre estiramientos más
IjátaJ,.!» »aJ.&.*«- -.,l largos, y en ciertas modalidades será sobre un estiramiento de por lo menos aproximadamente 17 nucleótidos, usualmente por lo menos alrededor de 28 nucleótidos, típicamente por lo menos alrededor de 40 nucleótidos y de preferencia por lo menos aproximadamente 75 a 100 o más nucleótidos. Las condiciones severas, con referencia a la homología con respecto a la hibridación, serán condiciones combinadas severas de sal, temperatura, solventes orgánicos y otros parámetros, típicamente aquellos controlados en reacciones de hibridación. Las condiciones severas de temperatura usualmente incluirán temperaturas en un exceso de aproximadamente 30°C, usualmente en un exceso de aproximadamente 37°C, típicamente en un exceso de aproximadamente 55°C, 60°C o 65°C, y preferiblemente en un exceso de aproximadamente 70°C. Las condiciones de sal severas ordinariamente serán menores de aproximadamente 1000 mM, usualmente menor que aproximadamente 400 mM, típicamente menor que aproximadamente 150 mM, de preferencia menor que aproximadamente 150 mM, incluyendo aproximadamente 100, 50 o aún 20 mM. Sin embargo, la combinación de parámetros es mucho más importante que la medición de cualquier parámetro individual. Ver, por ejemplo, Wetmur y Davidson (1968) ±, Mol. Biol. 31 :349-370. La hibridación bajo condiciones severas debe proporcionar un antecedente de por lo menos del doble sobre el antecedente, preferiblemente por lo menos 3-5 o más. Para comparación de secuencia, típicamente una secuencia actúa como una secuencia de referencia, en donde se comparan las
secuencias de prueba. Cuando se utiliza un algoritmo en comparación de secuencia, la prueba y secuencias de referencias son introducidas en una computadora, se designan las coordenadas subsecuentes, si es necesario, y se diseñan parámetros de programa de algoritmo de secuencia. El algoritmo de comparación de secuencia entonces calcula el porcentaje de identidad de secuencia para la secuencia(s) de prueba, con relación a la secuencia de referencia, basándose en los parámetros designados. La alineación óptica de secuencias para comparación puede ser conducida por, por ejemplo, a través del algoritmo de homología local de Smith y Waterman (1981 ) Adv. Appl. Math. 2:482, a través del algoritmo de alineación de homología de Needleman y Wunsch (1970) J. Mol. Biol. 48:443, a través de la búsqueda de un método de similitud de Pearson y Lipman (1988) Proc. Nat'l. Acad. Sci. EUA 85:2444, a través de ¡mplementaciones computarizadas de éstos algoritmo (GAP, BESTFIT, FASTA y TFASTA en Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, Wl), o a través de inspección visual (ver generalmente a Ausubel y otros, supra). Un ejemplo de un algoritmo útil es PILEUP. PILEUP crea una alineación secuencia múltiple a partir de un grupo de secuencias relacionadas utilizando alineación progresivas en pares, para mostrar una relación y un porcentaje de identidad de secuencia. También se gráfica un árbol orden dendrograma mostrando las relaciones agrupadas utilizadas para crear la alineación. El algoritmo PILEUP utiliza una simplificación del método de
alineación progresiva de FENA y Doolittle (1987) J. Mol. Evol. 35:351-360. El método utilizado es similar al método descrito por Higgins y Sharp (1989) CABIOS 5:151-153. El programa puede alinear hasta 300 secuencias cada una con la longitud máxima de 5000 nucleótidos o aminoácidos. El procedimiento de alineación múltiple comienza con alineación pareja de las dos secuencias más similares, produciendo un racimo o grupo de dos secuencias alineadas. Éste racimo o grupo después alineado a la siguiente secuencia más relacionada o agrupación de secuencias alineadas. Dos racimos de secuencia son alineados a través de una extensión simple del alineación en pares de dos secuencias individuales. La alineación final se logra a través de una serie de alineaciones progresivas en pares. El programa se opera designando secuencias específicas y sus coordenadas de aminoácido o nucleótido para regiones de comparación de secuencia y designando los parámetros de programa. Por ejemplo, la secuencia de referencia puede ser comparada con otras secuencia de prueba para determinar el porcentaje de relación de identidad de secuencia utilizando los siguientes parámetros: peso de hueco por omisión (3.00), peso de longitud de hueco por omisión (0.10), y huecos extremos cargados. Otro ejemplo de algoritmo que útil para determinar el porcentaje de identidad de secuencia y una similitud de secuencia es el algoritmo BLAST, el cual se describe por Altschul y otros (1990) J. Mol. Biol. 215:403-410. El software para realizar análisis de BLAST está públicamente disponible a través de National Center for Biotechnology Information
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Este al algoritmo involucra primero identificar pares de secuencia de alta clasificación (HSPs) identificando palabras cortas de longitud W en la secuencia de petición, ya sea coincidiendo o mediante la satisfacción de alguna clasificación de T de umbral valorada en forma positiva, cuando se alinea con una palabra de la misma longitud en una secuencia de base de datos. T se denomina como el umbral de clasificación de palabra más cercana (Atschul y otros, supra). Esta palabra circundante inicial actúa como semillas para inhibir búsquedas para encontrar HSPs más grandes conteniéndolas. Los golpes de palabra después son extendidos en ambas direcciones a lo largo de cada secuencia para que la clasificación de alineación acumulativa pueda ser incrementada. La extensión de los golpes de palabra en cada dirección es ocultada cuando: la clasificación de alineación acumulativa calle por la cantidad de X desde su valor logrado máximo; la clasificación acumulativa va de 0 o más abajo, debido a la ha acumulación de una o más alineaciones de residuo de clasificación; o sería el extremo de cualquier secuencias. Los parámetros del algoritmo BLAST, W, T y X, determinan la sensibilidad y velocidad de alineación. El programa BLAST utiliza como omisiones una longitud palabra (W), La matriz de clasificación BLOSUM62 (ver, Henikoff y Henikoff (1989) Proc. Nat'l. Acad. Sci. EUA 89:10915) alineaciones (B) de 50, esperas (E) de 10, M=5, N=4 y comparación de ambas estructuras de cadena. Además de calcular el porcentaje de identidad de secuencia el algoritmo BLAST también realiza un análisis estadístico de la similitud entre dos secuencias (ver, por ejemplo, Karlin y Altschul (1993) Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 90:5873-5787). Una medida de similitud provista por el algoritmo BLAST es la probabilidad de suma más pequeña (P(N)), que proporciona una indicación de la probabilidad a través de la cual puede ocurrir una coincidencia entre dos secuencias de nucleótido os de aminoácido. Por ejemplo, se considera que un ácido nucleico es similar a una secuencia de referencia si la probabilidad de suma más pequeña en una comparación del ácido nucleico de prueba con el ácido nucleico de referencia es menor que aproximadamente 0.1 , preferiblemente menor que aproximadamente 0.01 y muy preferiblemente menor que aproximadamente 0.001. Una indicación adicional de que dos secuencias de ácido nucleico de polipéptido son substancialmente idénticas, es que polipéptido codificado por el primer ácido nucleico es inmunológicamente reactivo en forma cruzada con el polipéptido codificado por el segundo ácido nucleico, como se describe más adelante. De esta manera, un polipéptido típica y substancialmente incidentes como segundo polipéptido por ejemplo, cuando los dos péptidos difieren solamente por substituciones conservadoras. Otra indicación de que dos secuencias de ácido nucleico son substancialmente idénticas, es que las dos moléculas hibridizan entre si bajo condiciones severas, y más adelante. La IL-D80 de otras especies de mamíferos puede ser clonada y aislada a través de hibridación de especie cruzada de especies estrechamente relacionadas. La homología puede ser relativamente baja entre
especies distantemente relacionadas y de esta manera es aconsejable la hibridación de especies estrechas y relativamente relacionadas. Alternativamente, la preparación de una preparación de un anticuerpo que exhibe un carácter específico de especies menor, puede ser útil para expresar aspectos de clonación.
Vil. Fabricación de IL-D80; Miméticos Se puede obtener el ADN que codifica la IL-D80 o sus fragmentos o través de síntesis química, clasificando condiciones de ADNc, o clasificando condiciones genómicas preparadas a partir de una amplia variedad de líneas de célula o muestras de tejido. Ver, por ejemplo, Okayama y Berg (1982) Mol. Cel. Biol. 2:161-170; Gubler y Hoffman (1983) Gene 25:263-269; y Glover (ed. 1984) DNA Cloninq; A Practical Approach. IRL Press, Oxford. Alternativamente, las secuencias provistas aquí proporcionen iniciadores de PCR útiles o permiten la preparación sintética u otro tipo de preparación de genes adecuados que codifica una IL-D80; incluyendo modalidades existencia natural. Este ADN puede ser expresado en una amplia variedad de célula huésped para la síntesis de una IL-D80 de longitud completa o fragmentos que pueden, a su vez, por ejemplo ser utilizados para generar anticuerpos policlonales o monoclonales; para estudios unión; para la construcción y expresión de moléculas modificadas; y para estudios de estructuras/función. Existe la necesidad de una proteína de chaperón cada
tii. .if.A t..iM?..**m. J*** una secreción eficiente, o pueden ser necesarios pasos adicionales para recuperar proteína del compartimiento intracelulares. Los vectores, como se utiliza la presente, comprenden plásmidos, virus, bacteriófagos, fragmentos de ADN intercambiable, y otros vehículos que permiten la integración de fragmentos de ADN al genoma del huésped. Ver, por ejemplo, Pouwels y otros (1985 y suplementos) Cloninq Vectors: A Laboratorv Manual, Elsevier, N.Y.; y Rodríguez y otros, (eds. 1988) Vector: A Survev of Molecular Cloninq Vectors and Their Uses, Buttersworth, Boston, MA. Para los propósitos de inversión, las secuencias de ADN son operablemente enlazadas cuando están funcionalmente relacionadas entre si. Por ejemplo, el ADN para una el pre-secuencia o líder secreción está operativamente enlazado un polipéptido si estudios expresado como una pre-proteína o participa en dirección del polipéptido hacia la membrana célula o en la secreción del polipéptido. Un promotor está operativamente enlazado a una secuencia de codificación si controla la transcripción del polipéptido; un sitio de unión está operativamente enlazado a una secuencia de codificación si está colocado para permitir la traducción. Usualmente, operablemente enlazado significa contiguo y el marco de lectura, sin embargo, ciertos elementos genéticos tales como genes represores no están enlazados en forma contigua pero siguen estando unidos a las secuencias de operador que su vez controlan el expresión. Ver, por ejemplo, Rodríguez y otros, Capítulo 10, pp. 205-236; Balbas y Bolívar (1990) Methods in Enzymoloqy 185:14-37; y
?? .Í.At íí: -??mtL.
Ausebel, y otros (1993) Current Protocols in Molecular Bioloqy, Greene y Wiley, NY. Los ejemplos representativos de vectores de expresión adecuados incluyen pCDNAl ; pCD, ver Okayama y otros (1985) Mol. Cell BioL 5:1136-1142; pMCIneo Poly-A, ver Thomas, y otros (1987) CeH 51 :503- 512; y un vector de baculovirus tales como pAC 373 o pAC 610. Ver, por ejemplo, Miller (1988) Ann. Rev. Microbiol., 42:177-199. Por lo general se deseará expresar un polipéptido IL-D80 en un sistema que proporcione un patrón de glicosilación específico definido. Es, por ejemplo, Luckow y Summers (1988) Bio/Technolqy 6:47-55; y Kaufman (1990) Meth. Enzvmol. 185:487-511. La IL-D80, o un fragmento de la misma, puede ser diseñado por ingeniería para hacer fosfatidil ¡nositol (Pl) enlazado una membrana de célula, pero puede ser removido de las membranas a través del tratamiento con una enzima de escisión de fosfatidil inositol, por ejemplo, fosfatidil inositol fosfolipasa-C. Esto libera el antígeno en forma biológica activa y permite la purificación mediante procedimientos estándares de la química de proteína. Ver, por ejemplo, Low (1989) Biochim. Biophvs, Acta 988:427-454; Tse, y otros, (1985) Science 230:1003-1008; y Brunner y otros (1991 ) J. Cell. Biol. 114:1275-1283. Ahora que la IL-D80 ha sido caracterizada, se pueden preparar fragmentos o derivados de la misma través de procedimientos convencionales para sintetizar péptidos. Estos incluyen procedimientos tales como aquellos
descritos por Stewart y Young (1984) Solid Phase Peptide Svnthesis, Pierce Chemical Co., Rockford, IL; Bodanzky y Bodanzky (1984) The Practice of Peptide Svnthesis, Springer-Verlag, New York; y Villafranca (ed. 1991 ) Techniques in Protein Chemistrv II, Academic Press, San Diego, CA. Vlll. Usos La presente invención proporciona reactivos encontrarán uso aplicaciones diagnósticas como se describe aquí en cualquier parte, por ejemplo, en condiciones medianas por IL-D80, o más adelante en la descripción de equipos de diagnóstico. El gen puede ser útil en ciencias forenses, por ejemplo, para distinguir de un roedor de un ser humano, como marcador para distinguir entre diferentes células que exhiben diferentes patrones de expresión o modificación diferencial. Esta invención también proporciona reactivos con un potencial comercial y/o terapéutico importante. La IL-D80 (existencia natural o recombinante), sus fragmentos, y anticuerpos para la misma, junto con compuestos identificados para tener una afinidad de unión a IL-D80, deben ser útiles como reactivos para enseñar técnicas de biología molecular, inmunología o fisiología. Se pueden preparar equipos apropiados con los reactivos, por ejemplo, en ejercicios de laboratorio de prácticas en la producción o el uso de proteínas, anticuerpos, métodos de clonación, histología, etc. Reactivos también serán útiles en el tratamiento de condiciones asociadas con fisiología o desarrollo normal, incluyendo condiciones inflamatorias. Estos pueden ser útiles en pruebas in vitro para la presencia o ausencia de componentes de interacción, los cuales pueden correlacionarse con éxito de estrategias de tratamiento particular. En particular, la modulación de fisiología de varios, por ejemplo, células hematopoyéticas o linfoides, se lograra a través de métodos apropiados para el tratamiento utilizando las composiciones provistas aquí. Ver, por ejemplo, Thomson (ed. 1998) The Cytokine Handbook (3a. ed.) Academia Press, San Diego; Metcalf y íncola (1995) The Hematopoietic Colony Stimulating Factor Cambridge University Press; y Aggarwal y Gutterman (1991 ) Human Cytokines Blackwell Pub. Por ejemplo, una enfermedad o trastorno asociado con una expresión anormal o señalización anormal a través de una IL-D80, debe ser probablemente un objetivo para un agonista o antagonista. La nueva citosina juega un papel importante la regulación o desarrollo de células hematopoyéticas, por ejemplo, células linfoides, las cuales afectan la respuestas inmunológicas, por ejemplo, inflamación y/o trastornos autoinmunes. Alternativamente se puede efectuar la fisiología vascular o desarrollo, o efectos neuronales. En particular, la citosinas debe mediar, en varios contextos, la síntesis de citosinas por la células, proliferación, etcétera. Los antagonistas de IL-D80, tales como variante de muteina, de una forma de existencia natural de IL-D80 o anticuerpos del bloqueo, pueden proporcionar una forma selectiva y poderosa para bloquear respuestas inmunes, por ejemplo, en situaciones como respuestas inflamatorias o auto inmunes. Ver también, Samter y otros
tÚ,&á**t-Í**£.-*i*-*-.r i. láte.?a?.. .,*.. „ «^ *á**,* a . a^Jijata^-a (eds.) Immunoloqical Diseases vol. 1 y 2, Little, Brown and Co. Las varias condiciones anormales son conocidas en diferentes tipos de célula, las cuales producirán IL-D80, por ejemplo, según evaluado a través del expresión de ARNm mediante análisis de tinción Northern, Ver, Berkow (Northern, Ver, Berkow (ed,) The Merck Manual of Diagnosis and Therapy, Merck & Co., Rahway, N.J.; Thorn y otros, Harrison's Principies of Interna! Medicine, McGraw-Hill, N.Y.M; y Watherall y otros, (eds.) Oxford Textbook of Medicine, Oxford University Press, Oxford. Muchas otras condiciones o enfermedades médicas involucran la activación través de macrófagos o monocitos, y muchos estos se harán sensibles al tratamiento por un agonista o antagonista provisto aquí. Ver, por ejemplo, Sites y Terr (eds.; 1991 ) Basic and Clinical Immunoloqy, Appleton y Lange, Norwalk, Connecticut; y Samter, y otros (eds.) Immunoloqical Diseases Little, Brown and Co. estos problemas debe ser susceptibles para la prevención o tratamiento utilizando composiciones provistas aquí. La IL-D80 antagonistas, anticuerpos, etcétera, pueden ser purificados y después administrados a un paciente, veterinario o ser humano. Estos reactivos pueden ser combinados para uso terapéutico con ingredientes activos o inertes adicionales, por ejemplo, en vehículos o diluyentes farmacéuticamente aceptables, convencionales, por ejemplo, auxiliares inmunogénicos, junto con estabilizadores, excipientes o conservadores fisiológicamente inocuos. Estas combinaciones pueden ser filtradas en forma estéril y colocados en formas de dosis como liofilización en frascos de
lH^i. ?-ijámt Aí . j-áA, dosificación o almacenarse en preparaciones acuosas estabilizadas. Esta invención también contempla el uso de anticuerpos o sus fragmentos de unión, incluyendo formas que no son de unión del complemento. La clasificación del fármaco utilizando IL-D80 o sus fragmentos, puede realizarse para identificar compuestos que tengan afinidad de unión a otros efectos biológicos importantes sobre las funciones de IL-D80, incluyendo el aislamiento de componentes asociados. Después, se pueden utilizar ensayos biológicos subsecuentes para determinar si compuestos tiene una afinidad estimulante intrínseca y, por lo tanto, es un bloqueo o antagonista ya que bloquea la actividad de las citosinas. Asimismo, un compuestos tiene una actividad estimulante intrínseca puede activar la trayectoria de señal y de esta manera es un agonista estimula la actividad de IL-D80. Esta invención además contempla el uso terapéutico de anticuerpos del bloqueo para IL-D80 como antagonistas y de anticuerpos estimulantes comunistas. Este aspecto debe ser particularmente útil con otras variantes los de especies de IL-D80. Las cantidades de reactivos para efectuar la terapia dependerán de muchos factores, incluyendo los medios de administración, el sitio objetivo, el estado fisiológico del paciente, y otros medicamentos administrados. De esta manera, las dosis de tratamiento deben ser tituladas para optimizar la seguridad y eficacia. Típicamente, las dosis utilizadas in vitro pueden proporcionar una guía útil en las cantidades útiles para administración in situ de estos reactivos. La prueba de animales de dosis efectivas para el tratamiento de trastornos particulares proporcionará una indicación predictiva adicional de la dosis para ser humano. Se describen varias consideraciones, por ejemplo, por Gilman y otros, (eds.) Goodman y Gilman's: The Pharmacolo ical Bases of Therapeutics, última edición, Pergamon Press; y Reminqton's Pharmaceutical Sciences, última edición, Mack Publishing Co., Easton, Penn. Los métodos para la administración se discuten ahí y más adelante, por ejemplo, para administración oral, intravenosa, intraperitoneal o intramuscular, difusión transdérmica y otros. Los vehículos farmacéuticamente aceptables incluyen agua, salina, reguladores de pH y otros compuestos descritos, por ejemplo en, Merck Index, Merck & Co., Rahway, New Jersey. Las escalas de dosis originariamente se puede esperar que estén en cantidades más bajas que concentraciones de 1 mM, típicamente en concentraciones menores que aproximadamente 10 M, usualmente menos de aproximadamentelOO mM, preferiblemente menos de 10 pM (picomolares^ y muy preferiblemente menos de aproximadamente 1 fM (fentomolar), con un vehículo apropiado. Por lo general se utilizarán formulaciones de lenta liberación, o una aparato de lenta liberación para la administración continua o a largo plazo. Ver, por ejemplo Langer (1990) Science 249:1527-1533. La IL-D80, fragmentos de la misma y anticuerpos para la misma o sus fragmentos, antagonistas y agonistas, pueden ser administrados directamente al huésped que será tratado o, dependiendo del tamaño de los compuestos, puede ser deseable conjugarlos a proteínas portadoras tales como ovalbúmina o albúmina de suero antes de su administración. Las formulaciones terapéuticas pueden ser administradas en muchas
formulaciones de dosis convencionales. Aunque es posible que el ingrediente activo se administre solo, se prefiere presentarlo como una formulación farmacéutica. Las formulaciones típicamente comprenden por lo menos un ingrediente activo, como se definió anteriormente, junto con uno o más vehículos aceptables de los mismos. Cada vehículo debe ser tanto farmacéutica como fisiológicamente aceptable en el sentido de ser compatible con otros ingredientes y no peligroso para el paciente. Las formulaciones incluyen aquellas adecuadas para administración oral, rectal, nasal, tópica o parenteral (incluyendo inyecciones subcutánea, intramuscular, intravenosa e intradérmica). Las formulaciones convenientemente pueden ser preparadas en una forma de dosis unitaria y se pueden preparar a través de cualesquiera métodos bien conocidos en la técnica de la farmacia. Ver, por ejemplo, Gilman y otros (eds. 1990) Goodman and Gilman's: The Pharmacoloqical Bases of Therapeutics, 8ava. Edición , Pergamon Press; y Reminqton's Pharmaceutical Sciences, 17ava. Edición (1990), Mack Publishing Co., Easton, Penn.; Avis, y otros, (eds. 1993) Pharmaceutical Dosaqe Forms: Parenteral Medications, Dekker, New York; Lieberman y otros, (eds. 1990) Pharmaceutical Dosaqe Forms: Tablets, Dekker, New York; y Lieberman, y otros, (eds. 1990) Pharmaceutical Dosaqe Forms: Disperse Systems, Dekker, New York . La terapia de esta invención puede ser combinada con, o utilizarse junto con otros agentes, por ejemplo, otras citosinas, incluyendo IL-11 , o sus antagonistas. Las formas tanto de existencia natural como recombinantes de " "las IL-D80s de esta invención son particularmente útiles en equipos y métodos de ensayo que son capaces de clasificar compuestos para actividad de unión a las proteínas. Se han desarrollado varios métodos de ensayos automáticos en los últimos años con el fin de permitir la clasificación de cientos de miles de compuestos en un corto período. Ver, por ejemplo, Fodor y otros (1991 ) Science 251 :767-773, la cual describe medios para probar la afinidad de unión de una pluralidad de polímeros de definidos sintetizados sobre un substrato sólido. El desarrollo de ensayos adecuados puede ser enormemente facilitado por la disponibilidad de grandes cantidades de IL-D80 purificada, soluble, según provisto por esta invención. Se pueden utilizar otros métodos para determinar los residuos críticos en interacciones de receptor de IL-D80-IL-D80. El análisis mutacional puede ser realizado, por ejemplo, ver Somoza, y otros (1993) J. Explot. Med. 178:549-558, para determinar residuos específicos críticos en la interacción y/o señalización. PHD (Rost y Sander (1994) Proteins 19:55-72) y DSC (King y Sternberg (1996) Protein Sci. 5:2298-2310) pueden proporcionar predicciones de estructura secundarias de -hélice (H), -estructura de cadena (E) o serpentín (L). Las hélices A y D son muy importantes en la interacción de receptor, con la hélice de D siendo la región más importante. Los límites para las varia hélices se indicaron anteriormente. Dichos residuos expuestos afectarán la unión de receptor, aunque los residuos embebidos pueden afectar la estructura en general. Por ejemplo, los antagonistas pueden ser encontrados
MÍ?A*iL*t.*.ti,?S¡¡fn, -: . ****& normalmente una vez que el antígeno ha sido estructuralmente definido, por ejemplo, a través de datos de estructura terciara. La prueba de análogos de interacción potenciales ahora es posible después del desarrollo de métodos de ensayo altamente automáticos utilizando una IL-D80 purificada. En particular, se descubrirán nuevos agonistas y antagonistas utilizando técnicas de clasificación descritas aquí. De importancia particular son los compuestos que tiene una afinidad de unión combinada para un espectro de moléculas de IL-D80, por ejemplo, compuestos que pueden servir como antagonistas para variantes de especies de IL-D80. Un método para la clasificación de fármacos utiliza células huésped eucarióticas o procarióticas, las cuales son establemente transformadas con moléculas de ADN recombinante expresando una IL-D80. Se pueden aislar células que expresan una IL-D80 en aislamiento de otras moléculas. Dichas células, ya sea en forma viable o fija, pueden ser usadas para ensayos de unión de patrón de uniones estándares. Ver, también, Parce y otros (1990) Proc. Nat'l Acad. Sci. EUA 87:4007-4011 , las cuales describen métodos sensibles para detectar respuestas celulares. Otra técnica para la clasificación de fármaco involucra un aspecto que proporciona una clasificación de alta producción para compuestos que tiene afinidad de unión adecuada a una IL-D80 y se describe con detalle por Geysen, solicitud de patente europea 84/03564, publicada el 13 de septiembre de 1984. En primer lugar, grandes números de diferentes compuestos de prueba de péptido pequeños son sintetizados sobre un
..*Íám.tÍA&* * substrato sólido, por ejemplo, horquillas de plástico o alguna otra superficie apropiada, ver Fodor, y otros (1991 ). Después, todas las horquillas se hacen reaccionar con IL-D80 solubilizado, no purificado, o solubilizado purificado y lavado. El siguiente paso involucra detectar IL-D80 unida. El diseño de fármaco racional también se pueden basar en estudios estructurales de las formas moleculares de IL-D80 y otros efectores o análogos. Los efectores pueden ser otras proteínas que median otras funciones en la respuesta de unión, u otras proteínas que normalmente interactúan con IL-D80, por ejemplo, un receptor. Un medio para determinar que sitios interactúan con otras proteínas específicas, es una determinación de estructura física, por ejemplo, cristalografía de rayos X, o técnicas NRM bidimensionales. Estas proporcionarán la guía de cómo los residuos de aminoácido forman regiones de contacto moleculares, según modeladas, por ejemplo, contra otros modelos de citosina-receptor. Para una descripción detallada de la determinación estructural de proteína, ver, por ejemplo, Blundell y Jonson (1976) Protein Crvstalloqraphv, Academia Press, New York.
IX. Equipos Esta invenció también contempla el uso de proteínas IL-D80 sus fragmentos, péptidos y sus productos de fusión en una variedad de equipos de diagnóstico y métodos para detectar la presencia de otra IL-D80 o patrón de unión. Típicamente, el equipo tendrá un compartimiento conteniendo ya sea un péptido IL-D80 o un segmento definido de gen o un reactivo que reconoce uno o el otro, por ejemplo, los fragmentos o anticuerpos IL-D80. Un equipo para determinar la afinidad de unión de por lo menos un compuesto IL-D80 típicamente puede comprender un compuesto de prueba; un compuesto marcado, por ejemplo, un patrón de unión o anticuerpo teniendo afinidad de unión conocida para IL-D80; fuente de IL-D80 (de existencia natural o recombinante), y medios para separar la unión del compuesto marcado libre, tal como una fase sólida para inmovilizar la molécula. Una vez que los compuestos son clasificados, aquellos que tienen afinidad de unión adecuada al antígeno pueden ser evaluados en ensayos biológicos adecuados, como es bien conocido en la técnica, para determinar si actúan como agonistas o antagonistas para la trayectoria de señalización de IL-D80. La disponibilidad de los péptidos IL-D80 recombinantes también proporciona estándares bien definidos para calibrar tales ensayos. Un equipo preferido para determinar la concentración de, por ejemplo, una IL-D80 en una muestra, típicamente podría comprenden un compuesto marcado, por ejemplo, un patrón o anticuerpo de unión, teniendo una afinidad de unión conocida para el antígeno, una fuente de citosina (de existencia natural o recombinante) y medios para separar la unión del compuesto marcado libre, por ejemplo, una fase sólida para inmovilizar la IL-D80. Normalmente se proporcionarán compartimentos conteniendo reactivos e instrucciones. Los anticuerpos, incluyendo fragmentos de unión a antígeno, específicos para IL-D80 o fragmentos son útiles en aplicaciones de diagnóstico para detectar la presencia de niveles elevados de IL-D80 y/o sus fragmentos. Dichos ensayos de diagnóstico pueden emplear lisatos, células vivas, células fijas, inmunofluorescencia,, cultivos de células, fluidos del cuerpo y además pueden involucrar la detección de antígenos relacionados con el antígeno en el suero, o similares. Los ensayos de diagnóstico pueden ser homogéneos (sin un paso de separación entre el reactivo libre y el complejo de patrón de unión de antígeno) o heterólogos (con un paso de separación). Existen varios ensayos comerciales, tales como radioinmunoensayo (RÍA), ensayo con inmunoabsorbente ligado a enzima (ELISA), inmunoensayo de enzima (ElA), técnica de inmunoensayo de enzima multiplicada (EMIT), inmunoensayo de fluorescente de substrato marcado (SLFIA) y similares. Ver, por ejemplo, Van Vunakis, y otros (1980) Method Enzvmol, 70:;1-525; Harlow y Lañe (1980) Antibodies: A Laboratorv Manual, CSH Press, NY; y Coligan y otros (eds. 1993) Current Protocols in Immunoloqy , Greene y Wiley, N.Y. Los anticuerpos anti-idiotípicos pueden tener un uso similar para diagnosticar la presencia de anticuerpos contra una IL-D80 como puede ser el diagnóstico de varios estados normales. Por ejemplos, la sobreproducción de IL-D80 puede dar como resultado la producción de varias reacciones inmunológicas que pueden ser el diagnóstico de estados fisiológicos anormales, particularmente en condiciones de células prol iterativas tales como cáncer, o activación o diferenciación anormal. Además, el patrón de distribución disponible proporciona información de que la citosina es
^Ma^it ,, expresada en isletas pancreáticas, sugiriendo las posibilidades de la citosina puede estar involucrada en la función de órgano, por ejemplo, en diabetes, una condición médica importante. Frecuentemente, los reactivos para ensayos de diagnóstico son suministrados en equipos, en optimizar la sensibilidad del ensayo. Para la presente invención, dependiendo de la naturaleza del ensayo, el protocolo, y la marca, ya sea el anticuerpo marcado o no marcado, o patrón de unión, o IL-D80 es proporcionado. Esto usualmente va junto con otros aditivos, tales como reguladores de pH, estabilizadores, materiales necesarios para la producción de señal tales como substratos para enzimas y similares. Preferiblemente, el equipo también contendrá instrucciones para uso apropiado y desecho de los contenidos después de uso. Típicamente, el equipo tiene compartimientos para cada reactivo útil. Deseablemente, los reactivos son provistos como un polvo seco liofilizado, en donde los reactivos pueden ser reconstituidos en un medio acuoso proporcionando concentraciones apropiadas de reactivos para realizar el ensayo. Muchos de los constituyentes antes mencionados de la clasificación de fármacos y los ensayos de diagnostico pueden ser utilizados sin modificación o pueden ser modificados en una variedad de formas. Por ejemplo, la marcación puede lograrse uniendo covalente o no covalentemente una porción que directa o indirectamente proporciona un señal detectable. En cualquiera de estos ensayos, el patrón de unión, el compuesto de prueba, IL-D80, o anticuerpos para el mismo pueden ser marcados ya sea directa o indirectamente. Las posibilidades para una marcación directa incluyen grupos de marcación: radiomarcadas tales como 125l, enzimas (patente de E.U.A. No. 3,645,090) tales como peroxidasa y fosfatasa alcalina, y marcas fluorescentes (patente de E.U.A. No. 3,940,475) capaces de verificar el cambio en la intensidad de fluorescencia, desplazamiento de longitud de onda o polarización de fluorescencia. Las posibilidades para una marcación indirecta incluyen biotinilación de un constituyente seguido por la unión a avidina acoplada con uno de los grupos de marca anteriores. También existen numerosos métodos para separar la unión del IL-D80 o alternativamente la unión del compuesto de prueba libre. La IL-D80 puede ser inmovilizada sobre varias matrices seguido por lavado. Las matrices adecuadas incluyen plástico tal como una placa de ELISA, filtros y perlas. Ver, por ejemplo, Coligan, y otros (eds. 1993) Current Protocols in Immunology, Vol. 1 , Capítulo 2, Greene y Wiley, N.Y. Otras técnicas de separación adecuadas incluyen, sin limitación, el método de partícula magnetizable de anticuerpo de fluoresceína descrito por Rattle, y otros (1984) Clin. Chem. 30:1457-1461 , y la separación doble de partícula magnética de anticuerpo como se describe en la patente de E.U.A. No. 4,659,478. Se han reportado en forma extensa métodos para enlazar proteínas o sus fragmentos a las varias marcas, en la literatura y no requieren de discusión detallada aquí. Muchas de las técnicas involucran el uso de grupos carboxilo activo ya sea a través del uso de carbodiimida o esteres activos para formar enlaces de péptido, la formación de tioéteres mediante la
reacción de un grupo mercapto con un halógeno activado tal como cloroacetilo, o una olefina activada tal como maleimida, para enlazamiento, o similares. Las proteínas de fusión también encontrarán uso en estas aplicaciones. Otro aspecto de diagnostico de esta invención involucra el uso de secuencias de oligonucleótido o polinucléotido tomadas de la secuencia de una IL-D80. Estas secuencias pueden ser usadas como sondas para detectar niveles del mensaje de IL-D80 en muestras de pacientes con sospecha de tener una condición anormal, por ejemplo, inflamatoria o autoinmune. Ya que la citosina puede ser un marcador mediador para la activación, esta puede ser útil para determinar los números de células activas para determinar, por ejemplo, cuando se puede solicitar una terapia adicional, por ejemplo, en una forma preventiva antes de que se presenten los efectos y tengan un progreso a un punto importante. La preparación de secuencias de nucleótido tanto de ARN como de ADN, la marcación de la secuencias y el tamaño preferido de las secuencias ha recibido una amplia descripción y discusión en la literatura. Ver, por ejemplo, Langer-Safer, y otros (1982), Proc. Nat'l. Acad. Sci. 79:4381-4385; Caskey (1987) Science 236:962-967; y Wilchek y otros (1988) Anal. Biochem 171 :1-32. También se contemplan equipos de diagnóstico que también prueban la expresión cualitativa o cuantitativa de otras moléculas. La diagnosis o prognosis puede depender de la combinación de múltiples indicaciones utilizadas como marcadores. De esta manera, los equipos pueden probar las combinaciones de marcadores. Ver, por ejemplo, Viallet, y otros (1989) Proqress in Growth Factor Res. 1 :89-91. Se pueden utilizar otros equipos para evaluar otros subgrupos de célula.
X. Aislamiento de un receptor de IL-D80 Habiendo aislado un ligando de una interacción de ligando-receptor especifica, existe un método para aislar el receptor. Ver, por ejemplo, Gearing y otros, (1989) EMBO J. 8:3667-3676. Por ejemplo, se pueden determinar medios para marcar la citosina IL-D80 sin interferir con la unión a su receptor. Por ejemplo, se puede fusionar una marca de afinidad ya sea al término amino o carboxilo del ligando. Dicha marca puede ser una etiqueta de epítopo FLAG, o por ejemplo, un dominio Ig o Fc. Se puede clasificar una colección de expresión para la unión específica de la citosina, por ejemplo, a través de clasificación de células u otra clasificación para detectar subpoblaciones que expresan dicho componente de unión. Ver, por ejemplo, Ho, y otros (1993) Proc. Nat'l. Acad. Sci. EUA 90:11267-11271 : v Liu. y otros (1994) J. Immunol. 152:1821-29. Alternativamente, se puede utilizar un método de paneo. Ver, por ejemplo, Seed y Aruffo (1987) Proc. Nat'l. Acad. Sci. EUA. 84:3365-3669. Se pueden aplicar técnicas de entrelazamiento de proteína con marca, para aislar patrones de unión de la citosina IL-D80.Esto podría permitir la identificación de proteínas que específicamente interactúan con la citosina, por ejemplo, en una forma de tipo ligando-receptor. Es una predicción que la
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IL-D80 se unirá a la subunidad alfa IL-11 R, o una subunidad de receptor estrechamente homologa. La subunidad beta del receptor probablemente va a ser gp130, posiblemente con la implicación del receptor LIF como un componente de receptor adicional. Se realizaron experimentos anteriores, según se pronosticó, para determinar si los componentes de receptor IL-11 conocidos están involucrados en respuestas para IL-D80. También es absolutamente posible que estos complejos de receptor funcionales puedan compartir muchos o todos los componentes con un complejo de receptor IL-D80, ya sea una subunidad de receptor especifica o una subunidad de receptor accesoria.
EJEMPLOS
I. Métodos Generales Muchos de los métodos estándares que se presentan a continuación se describen o tiene referencia en, por ejemplo, Maniatis, y otros (1982) Molecular Cloninq, A Laboratorv Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Coid Spring Harbor Press, N.Y.; Sambrook y otros (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2a. ed.) Vols. 1-3, CSH Press, NY; Ausebel, y otros Bioloqy Greene Publishing Associates, Brookiyn, NY; o Ausebel y otros (1987 y suplementos), Current Protocols in Molecular Biology Wiley/Greene, NY; Innis, y otros (eds. 1990) PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications Academic Press, NY. Los métodos para la
purificación de proteína incluyen métodos tales como precipitación de sulfato de amonio, cromatografía de columna, electroforesis, centrifugación, cristalización, y otros. Ver, por ejemplo, Ausebel y otros (1987 y suplementos periódicos); Deutscher (1990) "Guide to Protein Purification," Methods and Enzvmoloqy vol. 182, y otros volúmenes en esta serie; Coligan, y otros (1995 y suplementos) Current Protocols in Protein Science John Wiley and Sons, New York, NY; P. Matsudaira (ed. 1993) A Practical Guide to Protein and Peptide Purification for Microsequencinq Academia Press, San Diego, CA; y literatura del fabricante para utilizarse en la purificación de productos, por ejemplo, Pharmacia, Piscataway, NJ, o Bio-Rad, Richmond, CA. La combinación con técnicas recombinantes permite la fusión a segmentos apropiados (etiquetas de epítopo) por ejemplo, a una secuencia de FLAG o un equivalente que puede ser fusionado, por ejemplo, a través de una secuencia removible de proteasa. Ver, por ejemplo, Hochuli (1989) Chemishce Industrie 12:69-70; Hochuli (1990) "Purification of Recombinant Proteins with Metal Chelate Absorbent" en Setlow (ed.) Genetic Engineering, Principie and Methods 12:87-98, Plenum Press, NY; y Crowe y otros (1992) QIAexpress: The Hiqh Level Expression & Protein Purification System QUIAGEN, Inc., Chatsworth, CA. Las técnicas inmunológicas estándares se describen por, por ejemplo, Hertzenberg, y otros (1996) Weir's Handbook of Experimental Immunology vols. 1-4, Blackwell Science; Coligan (1991 ) Current Protocols in Immunoloqy, Wiley/Greene, NY; y Methods in Enzymoloqy vols. 70, 73, 74, 84,. 92, 93, 108, 116, 121 , 132, 150, 162, y 163. Ensayos de citosina se describen por, por ejemplo, Thomson (ed. 1998) The Cvtokine Handbook (3a. ed.) Academic Press, San Diego; Mire-Sluis y Torpe (1998) (3a. ed.) Academic Press, San Diego; Mire-Sluis y Torpe (1998) Cvtokines Academic Press, San Diego; Metcalf y Nicola (1995) The Hematopoietic Colonv Stimulatinq Factors Cambridge University Press, y Aggarwal y Gutterman (1991 ) Human Cvtokines Blackwell Pub. Los ensayos para actividades biológicas vasculares son bien conocidos en la técnica. Cubrirán actividades angiogénicas y angioestáticas en tumores, u otros tejidos, por ejemplo, proliferación de músculo liso arterial (ver, por ejemplo, Koyoma y otros (1996) Cejl 87:1069-1078), adhesión de monocito al epitelio vascular (ver, McEvoy, y otros (1997) J. Exp. Med. 185:2069-2077), etc. También ver Ross (1993) Nature 362:801-809; Rekhter y Gordon (1995) Am. J. Pathol. 147:668-677; Thyberg y otros (1990) Atherosclerosis 10:966-990; y Gumbiner (1996) CeH 84:345-357. Los ensayos para actividades de célula biológica neural se describen en, por ejemplo, Wouterlood (ed. 1995) Neuroscience Protocols módulos 10, Elsevier; Methods in Neurosciences, Academic Press; y Neuromethods, Humana Press, Totowa, NJ. La metodología de sistemas de desarrollo se describe por , por ejemplo, Meisami (ed.) Handbook of Human Growth and Developmental Bioloqy, CRC Press; y Chrispeels (ed.) Molecular Techniques and Approaches in Developmental Bioloqy, Intescience. Los análisis de FACs se describen por Melamed, y otros (1990) Flov Cytometrv and Sortinq Wiley-Liss, Inc., New York , NY; Shapiro (1988) Practical Flow Cvtometrv , Liss, New York, NY; y Robinson y otros, (1993) Handbook of Flow Cvtometry Methods. Wiley-Liss, New York, NY.
II. Clonación de IL-D80 humana Las secuencias de genes de primate, por ejemplo, ser humano, se proporcionan en el Cuadro 1. Estas secuencias son derivadas de una base de datos de secuencia. Estas secuencias permiten la preparación de iniciadores, o sondas, de PCR para determinar la distribución celular del gen. Estas secuencias permiten el aislamiento de ADN genómico que codifica el mensaje. Al utilizar la sonda o iniciadores de PCR, se sondean varios tejidos o tipos de célula para determinar la distribución celular. Los productos de PCR son clonados utilizando, por ejemplo, un equipo de clonación TA (Invitrogen). Los plásmidos de ADNc resultantes son secuenciados de ambos términos en un secuenciador automático (Applied Biosystems).
lll. Expresión celular de IL-D80 Se prepararon una sonda o iniciadores apropiados específicos ADNc que codifica IL-D80 de primate. Típicamente, la sonda está marcada, por ejemplo, a través de iniciación aleatoria. Análisis Southern: Fue digerido ADN (5 g) a partir de una colección de ADNc primaria amplificada, con enzimas de restricción
apropiadas para liberar los insertos, operando en gel de agarosa al 1 % y se transfirieron a una membrana de nylon (Schleicher y Schuell, Keene, NH). Las muestras para el asilamiento de ARNm humano pueden incluir: células mononucleares de sangre periférica (monocitos, células T, células NK, granulocitos, células B), de descanso (T100); células mononucleares de sangre periférica, activadas con anti-CD3 durante, 2, 6, 12 horas de combinación (T101 ); célula T, clon THO Mot 72, en reposo (T102); célula T clon THO Mot 72, activado con anti-CD28 y anti-CD3 durante 3, 6, 12 horas de combinación (T103); célula T, clon THO Mot 72, anérgica tratada con péptido especifico durante 2, 7, 12 horas en combinación (T104); célula T, clon TH1 , HY06, en reposo (T107); célula T, clon TH1 HY06, activado con anti-CD28 y anti-CD3 durante, 3, 6, 12 horas en combinación (T108); célula T, clon TH1 HY06, anérgico tratado con péptido especifico durante 2, 6, 12 horas en combinación (T109); célula T, clon TH2, HY935 en reposo (T110); célula T, TH2, clon HY9035, activado con anti-CD28 y anti-CD3 durante 2, 7, 12 horas en combinación (T111 ); líneas de tumor de célula T Jurkat y Hut 78, en reposo (T117); clones de célula T, combinados AD130.2, Tc783.12, Tc783.13, Tc783.58, Tc782.69, en reposo (T118); clones de célula T ? aleatorios de célula T en reposo (T119); clon de célula T de CD28; esplenocitos en reposo (B100); esplenocitos, activados con ant?-CD40 e lL-4 (B101 ); líneas EBV combinadas con WT49, RSB, JY, CVIR, 721.221 , RM3, HSY, en reposo (B102); línea de célula BJY, activada con PMA y ionomicina durante 1 , 6 horas en combinación (B103); clones NK20 combinados, en reposo (K100);
i, A. j. j, I clones NK20 combinados, activados con PMA y inonomicina durante 6 horas (k101); clon NKL derivado de sangre periférica de un paciente con leucemia LGL, IL-2 tratada (K106); línea de precursor hematopoyética TF1 , activada con PMA y ionomicina durante 1 , 6 horas combinada (C100); línea premonocítica U937, en reposo (M100); línea premonocítica U937, activada con PMA y ionomicina durante 1 , 6 horas en combinación (M101 ); monocitos elutriados, activados con LPS, IFN?, anti-IL-10 para 1 , 2, 6, 12, 24 horas en combinación (M102); monocitos elutriados, activados con LPS, IFN?, IL-10 durante 1 , 2, 6, 12, 24 horas en combinación (M103); monocitos elutriados, activados con LPS, IFN?, anti-IL-10 durante 4, 16 horas en combinación (M106); monocitos elutriados, activados con LPS, IFN?, IL-10 durante 4, 6, 12, 24 horas en combinación (M107); monocitos elutriados, activados con LPS, durante 1 , hora (M108); monocitos elutriados, activados con LPS 6 horas (M109); DC 70% CD1a+, de CD34+ GM-CSF, TNF 12 días, en reposo (D101 ); DC 70% CD1a+, de CD34+ GM-CSF, TNF 12 días, activados con PMA y ionomicina durante una hora (D102); DC 70% CD1a+, de CD34+ GMCSF, TNF 12 días, activados con PMA y ionomicina durante una 6 horas (D103); DC 95% CD1 a+, de CD34+ GM-CSF, TNF 12 días de FACS clasificados, activados con PMA y ionomicina durante una 1 , 6 horas en combinación (D104); DC 95% CD14+, ex CD34+ GM-CSF, TNF 12 días de FACS clasificados, activados con PMA y ionomicina durante una 1 , 6 horas en combinación (D105); DC CD1a+, de CD86+ de GM-CSF, TNF 12 días de FACS clasificados, activados con PMA y ¡onomicina durante una 1 , 6 horas en combinación (D106); DC de monocitos GM-CSF, IL-4, 5 días, en reposo (D107); DC de monocitos GM-CSF, IL-4, 5 días, en reposo (D108); DC de monocitos GM-CSF, IL-4, 5 días, activado con LPS durante 4, 16 horas en combinación (D109); DC de monocitos GM-CSF, IL-4, 5 días, TNF activado, monocito durante 4, 16 horas en combinación (D110); células epiteliales, no estimuladas; células epiteliales, activadas con IL-1 ; en línea de sarcoma de fibroblasto de pulmón MRC5, activada con PMA y ionomicina durante 1 , 6 horas en combinación (C101 ); línea de célula de carcinoma epitelial de riñon CHA, activado con PMA y ionomicina durante 1 , 6 horas en combinación (C102). Se identificó una contraparte de roedor, por ejemplo, un ratón, y sus distribuciones se evaluaron en forma similar. Las muestras del aislamiento de ARNm de ratón pueden incluir: línea de célula L fibroblástica de ratón en reposo (C200); Braf:ER (fusión de Braf al receptor de estrógeno) células transfectadas, control (C201 ); células T naturales de Mel14+ de bazo, en reposo (T209); células T naturales Mel14+ de bazo, estimuladas con IFN?, IL- 12, y anti IL-4 para polarizar a células TH1 , expuestas a IFN? durante 6, 12, 24 horas en combinación (T210); células T naturales de Mel14 de bazo estimuladas con IL-4 y anti-IFN? para polarizar a células th2, expuestas a IL-4 y IFN? durante 6, 13, 24 horas, en combinación (T211 ); células T, polarizadas con TH1 (Mel14 brillante, células CD4+ de bazo polarizadas durante 7 días con IFN-? y anti IL-4;T200); células T, TH2 polarizadas (Mel14 brillante, células CD4+ de bazo, polarizadas durante 7 días con IL-4 y anti-IFN-?;T201 );
células T, altamente polarizadas 3 veces con TH1 a partir de Babl/transgénico (ver, Openshaw, et al. (1995) J. Exp. Med. 182:1357-1367; activado con anti-CD3 durante 2, 6, 24 horas en combinación T202); células T, altamente polarizadas 3 veces con TH2 de Balb/c transgénico durante 2, 6, 24 horas en combinación (T203); células T, altamente polarizadas 3 veces con TH1 de C57 bl/6 transgénico (activado con anti-CD3 durante 2, 6, 24 horas en combinación; T212); células T, altamente polarizadas 3 veces con TH2 de C57 bl/6 transgénico (activado con anti-CD3 durante 2, 6, 24 horas en combinación; T213); células, altamente polarizadas con TH1 (células T de CD4+ naturales de Blab/c transgénico polarizadas 3 veces con IFN?, IL-12 y anti-IL4; estimuladas con IGIF, IL-12, y anti IL-4 durante 6, 12, 24 horas, en combinación), células pre-T CD44- CD25+, clasificadas de timo (T204); clon de célula T, TH1 , D1.1 , en reposo durante 3 semanas después de la última estimulación con antígeno (T205); célula T TH1 clon D1.1 , 10 g/ml de ConA estimulado durante 15 horas (T206); clon de célula T de TH2, CD35 en reposo durante 3 semanas después de última estimulación con antígeno (T207); clon de célula T TH2, CD35, 10 g/ml de ConA estimulada durante 15 horas (T208); línea de célula B estimulada CH12 (B201 ); línea de célula de leucemia de célula B madura no estimulada A20 (B200); células B grandes no estimuladas de bazo (B202); células B de bazo total, activadas con LPS (B203); células dendríticas ricas en metrizamida de bazo, en reposo (D200); células dendríticas de médula ósea, en reposo (D201 ); células dendrítica derivadas de médula ósea no estimuladas carentes de anti B220, anti CD3 y anti-Clase II, cultivadas en GM-CSF y IL-4 (D202); células dendríticas derivadas de médula ósea, carentes de anti B220, anti CD3, y anti-Clase II, cultivadas en GM-CSF y IL-4, estimuladas con anti-CD40 durante 1 , 5 días, en combinación (D203); línea de célula de monocito RAW 264.7 activada con LPS durante 4 horas (M200); macrófagos de médula ósea derivados con GM y CSF (M201 ); macrófagos de médula ósea derivados con GM-CSF, estimulados con LPS, IFN?, y IL-10 durante 24 horas (M205); macrófagos de médula ósea derivados con GM-CSF, estimulados con LPS, IFN?, y anti IL-10 durante 24 horas (M206); macrófagos peritoneales (M207); línea de célula de macrófago J774, en reposo (M202); línea de célula de macrófago J774 + LPS + anti-IL-10 a 0.5, 1 , 3, 6, 12 horas en combinación (M203); línea de célula de macrófago J774 + LPS + IL-10 a 0.5, 1 , 3, 5, 12, horas en combinación (M204); líneas de célula cebada no estimulada MC-9 y MCP-12 (M208); línea de célula endotelial inmortalizada derivada de células endoteliales microvasculares de cerebro, no estimulada (E200); línea de célula endotelial inmortalizada derivada de células endoteliales microvasculares de cerebro, estimulada durante la noche con TNF (E201 ); línea de célula endotelial inmortalizada derivada de células endoteliales microvasculares de cerebro, estimulada durante la noche con TNF (E202); línea de célula endotelial inmortalizada derivada de células endoteliales microvasculares de cerebro, estimulada durante la noche con TNF y lL-10 (E203); aorta total de ratón wt C57/6; aorta total de ratón ApoE KO de 5 meses (X207); aorta total de ratón ApoE KO de 12 meses (X207); timo wt (0214); timo total rag-1 (O208); riñon
?*á?&¡ám&j ¿í*á *Á±á ítií^?j.1gsá tu-i.. -. &?MLAA *. . .. . . ???.?á.ímt..Lr\ total, rag-1 (O209); riñon total, ratón NZ B/W; y corazón total, rag-1- (O202). Se detectó una alta señal en la línea de célula de monocito RAW 264.7 activada con LPS durante 4 horas (M200); células T, altamente polarizadas 3 veces con TH1 de C57 bl/6 transgénico (activado con anti-CD3 durante 2, 6, 24 horas en combinación; T212); y células T, altamente polarizadas con TH1 (células T CD4+ naturales de Balb/C, transgénico, polarizadas 3 veces con IFN?, IL-12 y ant-IL-4; estimuladas con IGIF, IL-12, y anti-IL-4 durante 6, 12, 24 horas, en combinación).
IV. Mapeo de cromosoma de IL-D80 Se utilizó un ADNc aislado que codifica la IL-D80. El mapeo de cromosoma es una técnica estándar. Ver, por ejemplo, BIOS Laboratorios (New Haven, CT) y métodos para utilizar un panel híbrido de célula somática de ratón con PCR.
V. Purificación de la proteína IL-D80 Se clasificaron últimas múltiples líneas de células transfectadas de una expresa la citosina a un nivel alto comparado con otras células. Varias líneas de célula se clasificaron y seleccionaron por sus propiedades favorables en el manejo. Se puede aislar IL-D80 natural de fuentes naturales, a través de expresión de una células transformada utilizando un vector expresión apropiado. La purificación de la proteína expresada se logró a través de procedimientos estándares, o se puede combinar con medios
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diseñados por ingeniería para la purificación efectiva alta eficiencia a partir de lisatos de célula o sobrenadantes. Se pueden utilizar segmentos FLAG o His6 para cada uno de estos aspectos de purificación. Alternativamente, se puede utilizar la cromatografía de afinidad con anticuerpos específicos, como se ve más adelante. Se produjo proteína en E. coli, célula de insecto o sistemas de expresión de mamífero, según se desee. Se preparó una construcción de IL-D80 en una extensión de etiqueta de epítopo, por ejemplo, FLAG. La construcción se expresó en forma pasajera en 293 células y se purificó a través de un sobrenadante utilizando técnicas de columna de inmunoafinidad de etiqueta. Se presentó una proteína altamente purificada.
VI. Aislamiento de genes de L-D80 homólogos El ADNc de IL-D80, u otra secuencia de contraparte de especie, se pueden utilizar como una sonda de hibridación para clasificar una colección a partir de una fuente deseada, por ejemplo, una colección de ADNc de célula de primate. Se pueden clasificar muchas diferentes especies tanto para aspectos severo necesario para la fácil hibridación, como para la presencia utilizando unas sondas. Se utilizarán condiciones de hibridación apropiadas para seleccionaron los clones que exhiben carácter específico de hibridación usada. La clasificación a través de hibridación utilizando sondas de degeneración con base en la secuencia del péptido también permitirán el aislamiento de clones apropiados. Alternativamente, el uso de iniciadores apropiados para la clasificación de PCR rusos producirá un enriquecimiento de clones apropiados. Métodos similares son aplicables a aislar ya sea especies, variantes polimórficas o alélicas. Las variantes de especies se aislan utilizando técnicas de hibridación de especie cruzada basándose en el aislamiento de un aislado o fragmentos longitud completa de una especie como una sonda. Alternativamente, los anticuerpos que surgen contra IL-D80 serán utilizados para clasificar células que expresen proteína reactivas cruzadas a partir de una colección apropiada, por ejemplo, de ADNc. La proteína purificada o péptidos definidos son útiles para generar anticuerpos a través de métodos estándares, como se describió anteriormente. Los péptidos sintéticos o proteínas purificadas se presentan a un sistema inmune para generar anticuerpos monoclonales o policlonales. Ver, por ejemplo, Coligan
(1991 ) Current Protocols in Immunoloqy Wilev/Greene; y Harlow y lañe (1989)
Antibodies: A Laboratory Manual Cold Spring Harbor Press. Los anticuerpos resultantes son utilizados para la clasificación, purificación o diagnóstico, como se describió.
Vil. Preparación de anticuerpos específicos para IL-D80 Se presentan péptidos sintéticos o proteínas a un sistema inmune para generar anticuerpos monoclonales o policlonales. Ver, por
a.f jJ.a^J ^.a ejemplo, Coligan (1991 ) Current Protocol in Immunoloqy Wiley/Greene; y Harlow y Lañe (1989) Antibodies; A Laboratorv Manual Cold Spring Harbor Press. Se puede preparar suero policlonal o hibridomas. En situaciones apropiadas, el reactivo de unión es marcado como se describió anteriormente, por ejemplo, con fluorescencia o de otra manera inmovilizado a un sustrato para métodos de paneo. Las técnicas de inmunoselección, de absorciones y técnicas relacionadas están disponibles para preparar reactivos selectivos, por ejemplo, exhibiendo en el espectro deseado de selectividad para unión.
Vlll. Evaluación de respiro de funciones biológicas. Se probaron las actividades biológicas IL-D80, basándose, en parte, en la secuencia y homología estructural entre IL-D80 y IL-11.
Inicialmente, se examinaron ensayos que muestran actividades biológicas de IL-11. Ver, por ejemplo, Jacobsen (1998) en Thomson The Cytokine
Handbook Academic Press.
A. Efectos sobre la proliferación/diferenciación de células progenitoras Se evaluó el efecto sobre la proliferación o diferenciación de varios siglos de célula con varias concentraciones de citosinas. Se realizó un análisis de respuesta de dosis, en ciertos casos en combinación con otras citosinas, por ejemplo, aquellos que sinergizan con la citosinas relacionada IL- 11. Estas incluyen, por ejemplo, IL-1 , IL-4, IL-6, IL-12, LIF, G-CSF, M-CSF, GM-CSF, IL-3, TPO, ligando de equipo, o ligando Flt. En particular, IL-11 exhiben actividades sinergísticas sobre células del tallo. La IL-D80 será aprobada en células de sangre de cordón para ver si tiene efecto sobre la proliferación y diferenciación de células progenitoras tempranas derivadas de las mismas. De preferencia, la células son células precursoras tempranas por ejemplo, células del tallo, que se originan de, por ejemplo, sangre del cordón, médula ósea, timo, bazo, o células progenitoras CD34+. La citosinas será probada para efectos sobre precursores mieloides y/o eritoides incluyendo precursores de célula B.
B. Efectos de L-D80 sobre la proliferación de meqacariocitos. Se aislaron PBMC de cubiertas amarillas de donadores saludables normales a través de centrifugación de un aparato ficoll-hypaque como se describió (Boyum, y otros). La PBMC se cultivaron en 200 I del medio Yssel (Gemini Bioproducts, Calabasas, CA) conteniendo uno por ciento de suero AB humano en placas de 96 cavidades (Falcon Becton-Dickinson, NJ) en ausencia o presencia de IL-D80, sólo son combinación con otras citosinas. La célula se cultivaron sólo en el medio un combinación con 100 U/ml de IL-2 (R&D Systems) durante 120 horas. Se agregó 3H-timidina (0.1 mCi) durante las últimas 6 horas de cultivo y la incorporación de 3H-timidina se determinó a través de conteo de cintilación líquida. Las proteínas naturales, recombinantes y de fusión puede ser aprobadas para actividad agonista y antagonista en otros sistemas ensayos biológicos, por ejemplo en células T, células B, NK, macrófagos, células dendríticas, progenitores hemotopoyéticos, etc. La IL-D80 se evaluó para actividad agonista o antagonista en células transfectadas que expresen el receptor IL-11 y controles. La IL-D80 se evaluó para efectos, sola o en combinación con otras citosinas, en activación de más macrófago/célula dendrítica y ensayos de presentación de antígeno, producción de citosina de célula T y proliferación en respuesta al antígeno estimulo halogénico. Ver, por ejemplo, de Waal y otros, (1991) J. Exp. Med. 174:1209-1220; de Waal Malefyt y otros, (1991) J. Exp. Med 174:915-924; Fiorentino, y otros (1991 ) J. Immunol. 147: 3815-3822; Fiorentino y otros (1991) J. Immunol. 146: 3444-3451 ; y Groux y otros (1996) J. Exp. Med. 184:19-29. La IL-D80 también se evaluó para efectos sobre la estimulación de células NK. Los ensayos se pueden basar en, por ejemplo, Hsu, y otros, (1992) Intemat. Immunol. 4:563-569; y Schwartz, y otros (1994) J, Immunother. 16:95-104. Se aplicaron otros ensayos para evaluar los efectos sobre células T citotóxicas y células LAK. Ver, por ejemplo, Namien Y Mire-Sluis (1998). Se analizó el crecimiento de célula B y los efectos de diferenciación, por ejemplo, a través de la metodología descrita en, por ejemplo, Defrance,, y otros (1992) J. Exp. Med, 175:671-682; Rousset, y otros (1992) Proc. Nat'l. Acad. Sci. EUA 889:1890-1893; incluyendo ensayos de factor de conmutación lgG2 y lgA2. Observar que, a diferencia de los sobrenadantes COS7, los sobrenadantes NIH3T3 y COP aparentemente no interfieren con ensayos de célula B humana.
C. Efectos sobre la expresión de moléculas de superficie de célula sobre monocitos humanos. Se purificaron monocitos a través de selección negativa a partir de células mononucleares de sangre periférica de donadores saludables normales. En resumen, se incubaron 3 x 108 células mononucleares en banda de ficoll sobre hielo con un cóctel de anticuerpos monoclonales (Becton- Dickinson; Mountain View, CA) consistiendo de, por ejemplo, 200 I de CD2
(Leu-5A), 200 I de CD3 (Leu-4), 100 I de CD8 (Leu 2a), 100 I de
CD19 (Leu12), 100 I de CD20 (Leu-16)„ 100 I de CD56 (Leu-19), 100
I de CD67 (IOM 67; Immunotech, Westbrook, ME) y anticuerpo anti-glicoforina (10F7MN, ATCC, Rockville, MD). Las células unidas al anticuerpo se lavaron y después de incubaron con perlas magnéticas acopladas a IgG de antiratón de cabra (Dynal, Oslo, Noruega) a una relación de perla a célula de
20:1. Las células unidas al anticuerpo se separaron de los monocitos a través de la aplicación de un campo magnético. Subsecuentemente, se cultivaron los monocitos humanos en el medio de Yssel (Gemini Bioproducts, Calabasas,
CA) contiendo 1% de suero AB humano en ausencia o presencia de IL-D80, solo o en combinación con otras citosinas. Se pueden realizar análisis para la expresión de moléculas de superficie de célula a través de inmunofluorescencia directa. Por ejemplo, se incubaron 2 x 105 monocitos purificados en salina regulada en su pH en fosfato (PBS) conteniendo uno por ciento de su hermano sobre hielo durante 20 minutos. Las células se formaron en pellas a 200 x g. Las células se volvieron a suspender en 20 ml de FE o mAb marcada con FITC. Después de una incubación adicional de 20 minutos sobre hielo, las células se lavaron en PBS conteniendo uno por ciento de suero humano seguido por los dos lavados en PBS solos. Las células se fijaron en PBS conteniendo 1 % de paraformaldehído y se analizaron en un citómetro de flujo FACScan (Becton Dickinson; Mountain View, CA). Los mAbs ilustrativos utilizados son, por ejemplo: CD11 b (anti-macl), CD11c (anti-gp 150/95), CD14 (Leu-M3), CD54 (Leu 54), CD80 (anti-BB1/B7), HLA-DR (L243) de Becton-Dickinson y CD86 (FUN 1 ; Pharmingen), CD64 (32.2; Medarex), CD40 (mAb89; Schering-Plouge Francia).
D. Efectos de IL-D80 sobre la producción de citosina a través de monocitos humanos. Se aislaron monocitos humanos como se describió y se cultivaron en el medio de Yssel (Gemini Bioproducts, Calabasas, CA) conteniendo 1 % de suero AB humano en ausencia o presencia de IL-D80 (dilución de 1/100 de material expresado de baculovirus). Además, los monocitos fueron estimulados con LPS (E. Coli 0127:B8 Difco) en ausencia o presencia de IL-D80 y la concentración de citosinas (IL-1 , IL-6, TNF , GM- CSF, y IL-10) en el sobrenadante del cultivo de células se determinó a través de ELISA. Para tinción intracitoplásmica para citosinas, se cultivaron monocitos (1 millón/ml) en el medio Yssel, en ausencia o presencia de IL-D80 y LPS (E.coli, 0127:B8 Difco) y 10 mg/ml de Brefelfin A (Epicentro technologies Madison Wl) durante 12 horas. Las células se lavaron en PBS y se incubaron en 2% de una solución de formaldehído/PBS durante 20 minutos a temperatura ambiente. Subsecuentemente las células se lavaron, se volvieron a suspender en regulador de pH de permeabilización de (0.5% saponina (Sigma) en PBS/BSA (0.5%) / Azida (1 mM) y se incubaron durante 20 minutos a temperatura ambiente. Las células (2 x 105) se centrifugaron y se volvieron a suspender en 20 ml de mAbs de anti-citosina directamente conjugados diluidos a 1 :10 en regulador de pH de permeabilización durante 20 minutos a temperatura ambiente. Los siguientes anticuerpos pueden ser utilizados: 11-1 -PE (364-3B3-14); IL-5-PE (MQ2-13A5); TNF -PE (MAb11 ); GM-CSF-PE (BVD2-21C11 ); y II-12-PE (C11.5.14; pharmingen san Diego, CA). Subsecuentemente, las células se lavaron dos veces en el regulador de pH de permeabilización y una vez en PBS/BSA/Azida y se analizaron en un citómetro de flujo FASCcan (Becton Dickinson; Mountain View, CA). Se probaron ensayos adicionales en las áreas de remodelación de huesos, condriocitos, neuronas, adipositos, epitelio gastrointestinal o epitelio bronquial.
~ J-»*» IX. Generación y análisis de animales genéticamente alterados. Se puede generar ratones transgénicos a través de métodos estándares. Tales animales son útiles para determinar los efectos de eliminación del gen, en tejidos específicos o completamente a través del organismo. Esto puede proporcionar un punto interesante en el desarrollo del animal o tejidos particulares en varias etapas. Además, se puede evaluar el efecto sobre varias respuestas a la tensión biológica. Ver, por ejemplo, Hogan, y otros (1995) Manipulatin the Mouse Embryo: A Laboratorv Manual, (2a. ed). Cold Spring Harbor Laboratory Press. Todas las referencias aquí citadas se incorporan equipo referencia al mismo grado como si cada una las publicaciones su solicitud de patente se indica especifica o individualmente incorporado referencia en su totalidad para todos los propósitos. Se pueden hacer muchas modificaciones y variaciones de inversión sin apartarse de su espíritu y alcance, cómo será evidente para aquellos expertos en técnicas. Las modalidades específicas aquí descritas se ofrecen a manera de ejemplo solamente, y la invención está limitado a sólo por los términos de las reivindicaciones anexas, junto con el alcance total de equivalentes a las cuales se dirigen tales reivindicaciones.
LISTA DE SECUENCIAS
<110> Schering Corporation <120> Citosinas de Mamífero; Reactivos Relacionados <130> DX01040K1 PCT <140> PCT/US 00/20475 <141> 2000-07-26 <150> US 09/364,674 <151> 1999-07-30 <150> US 09/369,643 <151> 1999-08-06 <160> 10 <170> Patentln Ver. 2.0 <210> 1 <211> 1213 <212> .ADN <213> primate; Homo sapiens supuesto <400> 1 cactggccca cgctgaagat aggggacttg agttccagtc ttccttctgc taccgaccgg 60 ctttgtgacc ttgaacaaga cttcccctcc ctgattccat cctcatgtca catctgaagc 120 ctccaacttc tgtcactgag ctcaggattc ccaggcaagc ccacggagtg ccccacaggg 180 tcagagccgt aacaggactt ggaaaataac ccgaaaattg ggctcagcct gttgctgctt 240 cccttgctcc tggttcaagc tggtgtctgg ggattcccaa ggcccccagg gaggccccag 300 ctgagcctgc aggagctgcg gagggagttc acagtcagcc tgcatctcgc caggaagctg 360 ctctccgagg ttcggggcca ggcccaccgc tttgcggaat ctcacctgcc aggagtgaac 420 ctgtacctcc tgcccctggg agagcagctc cctgatgttt ccctgacctt ccaggcctgg 480 cgccgcctct ctgacccgga gcgtctctgc ttcatctcca ccacgcttca gcccttccat 540 gccccgctgg gagggctggg gacccagggc cgctggacca acatggagag gatgcagctg 600 tgggccatga ggctggacct ccgcgatctg cagcggcacc tccgcttcca ggtgctggct 660 gcaggattca acctcccgga ggaggaggag gaggaagagg aggaggagga ggaggagagg 720 aaggggctgc tcccaggggc actgggcagc gccttacagg gcccggccca ggtgtcctgg 780 ccccagctcc tctccaccta ccgcctgctg cactccttgg agctcgtctt atctcgggcc 840 gtgcgggagt tgctgctgct gtccaaggct gggcactcag tctggccctt ggggttccca 900 acattgagcc cccagccctg atcggtggct tcttagcccc ctgcccccca ccctttagaa 960 ctttaggact ggagtcttgg catcagggca gccttcgcat catcagcctt ggacaaggga 1020 gggctcttcc agccccctgc cccaggccct acccagtaac tgaaagcccc tctggtcctc 1080 gccagctatt tatttcttgg atatttattt attgtttagg gagatgatgg tttatttatt 1140 gtcttggggc ccgatggtcc tcctcgggcc aagcccccat gctgggtgcc caataaagca 1200 ctctcatcca aaa 1213
<210> 2 <211> 242 <212> PRT <213> primate; Homo sapiens supuesto <400> 2 Gln Asp Leu Glu Asn Asn Pro Lys lie Gly Leu Ser Leu Leu Leu Leu 1 5 10 15
Pro Leu Leu Leu Val Gln Ala Gly Val Trp Gly Phe Pro Arg Pro Pro 20 25 30 Gly Arg Pro Gln Leu Ser Leu Gln Glu Leu Arg Arg Glu Phe Thr Val 35 40 45 Ser Leu His Leu Ala Arg Lys Leu Leu Ser Glu Val Arg Gly Gln Ala 50 55 60 His Arg Phe Ala Glu Ser His Leu Pro Gly Val Asn Leu Tyr Leu Leu 65 70 75 80
Pro Leu Gly Glu Gln Leu Pro Asp Val Ser Leu Thr Phe Gln Ala Trp 85 90 95
Arg Arg Leu Ser Asp Pro Glu Arg Leu Cys Phe lie Ser Thr Thr Leu 100 105 110 Gln Pro Phe His Ala Pro Leu Gly Gly Leu Gly Thr Gln Gly Arg Trp 115 120 125 Thr Asn Met Glu Arg Met Gln Leu Trp Ala Met Arg Leu Asp Leu Arg 130 135 140 Asp Leu Gln Arg His Leu Arg Phe Gln Val Leu Ala Ala Gly Phe Asn 145 150 155 160
Leu Pro Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Arg 165 170 175
Lys Gly Leu Leu Pro Gly Ala Leu Gly Ser Ala Leu Gln Gly Pro Ala 180 185 190 Gln Val Ser Trp Pro Gln Leu Leu Ser Thr Tyr Arg Leu Leu His Ser 195 200 205 Leu Glu Leu Val Leu Ser Arg Ala Val Arg Glu Leu Leu Leu Leu Ser 210 215 220 Lys Ala Gly His Ser Val Trp Pro Leu Gly Phe Pro Thr Leu Ser Pro 225 230 235 240
Gln Pro
ÍéilL?mA**á*l?a.-m. *i. i- ií.* -: . ,.,- ^-^-JJ aJJJJ-J <210> 3 <211> 1098 <212> ADN <213> roedor; Mus musculus supuesto <220> <221> aspecto_misc <222> (1) ... (1098) <223> n puede ser a, c, g, o t <400> 3 nccaagntgg tacgcctgca ggtaccggtc cggaattccc gggtcgaccc acgcgtccgg
60 ggccaggtga caggagacct tggctggcga ggactggaca ggcaacctgg ccaggagcag
120 gactaaacag acaaatgaag agtgtagagg gaagaggctg agaaccgagg acagtcagag
180 gaacggcaca ggggagctgg gctcagcctg ttgctgctac ccttgcttct ggtacaagct
240 ggttcctggg ggttcccaac agaccccctg agccttcaag agctgcgcag ggaattcaca
300 gtcagcctgt accttgccag gaagctgctc tctgaggttc agggctatgt ccacagcttt
360 gctgaatctc gattgccagg agtgaacctg gacctcctgc ccctgggata ccatcttcct
420 aatgtttccc tgactttcca ggcatggcat cacctctctg actctgagag actctgcttc
480 ctcgctacca cacttcggcc cttccttgcc atgctgggag ggctggggac ccaggggacc
540 tggaccaaca tcaagaggat gcagcaatgg agactctctc tggttcttga tgtggccctg
600 tgtgtctttc gctcacaggt gctggctgca ggattcaaat gttcaaagga ggaggaggac
660 aaggaggaag aggaagagga ggaagaagaa gaaaagaagc tgcccctagg gcgtctgggt
720 ggccccaatc aggtgtcatc ccaagtgtcc tggccccagc tgctctatac ctaccagctc
780 cttcactcca tggagcttgt cctgtctcgg gctgttcggg acctgctgct gctgtccctg
840 cccaggcgcc caggctcagc cttggagttc ctaacaccta gcttcaagcc ctgatggagt
900 gaccttccag ctccctccct cgcccgttaa gactctaagg ctggagtctg gccaatcaca
960 ggacaggctc tagctcgttt gccttagacc aggcagggtt tcactagctc ccagccctga
1020 cccaataatt taaaagccct ccagtcctta ccagatattt atttcttgga tatttattta
1080 tttttaagaa atggttta 1098 <210> 4 <211> 231 <212> PRT <213> roedor; Mus musculus supuesto
LAJÉUU 140 <400> 4 Gly Leu Ser Leu Leu Leu Leu Pro Leu Leu Leu Val Gln Ala Gly Ser 1 5 10 15 Trp Gly Phe Pro Thr Asp Pro Leu Ser Leu Gln Glu Leu Arg Arg Glu 20 25 30 Phe Thr Val Ser Leu Tyr Leu Ala Arg Lys Leu Leu Ser Glu Val Gln 35 40 45 Gly Tyr Val His Ser Phe Ala Glu Ser Arg Leu Pro Gly Val Asn Leu 50 55 60 Asp Leu Leu Pro Leu Gly Tyr His Leu Pro Asn Val Ser Leu Thr Phe 65 70 75 80 Gln Ala Trp His His Leu Ser Asp Ser Glu Arg Leu Cys Phe Leu Ala 85 90 95 Thr Thr Leu Arg Pro Phe Leu Ala Met Leu Gly Gly Leu Gly Thr Gln 100 105 110 Gly Thr Trp Thr Asn lie Lys Arg Met Gln Gln Trp Arg Leu Ser Leu 115 120 125 Val Leu Asp Val Ala Leu Cys Val Phe Arg Ser Gln Val Leu Ala Ala 130 135 Gly Phe Lys Cys Ser Lys Glu Glu Glu Asp Lys Glu Glu Glu Glu Glu 145 150 155 160 Glu Glu Glu Glu Glu Lys Lys Leu Pro Leu Gly Arg Leu Gly Gly Pro 165 170 175 Asn Gln Val Ser Ser Gln Val Ser Trp Pro Gln Leu Leu Tyr Thr Tyr 180 185 190 Gln Leu Leu His Ser Met Glu Leu Val Leu Ser Arg Ala Val Arg Asp 195 200 205 Leu Leu Leu Leu Ser Leu Pro Arg Arg Pro Gly Ser Ala Leu Glu Phe 210 215 220 Leu Thr Pro Ser Phe Lys Pro 225 230 <210> 5 <211> 199 <212> PRT <213> primate; Homo sapiens supuesto <400> 5 Met Asn Cys Val Cys Arg Leu Val Leu Val Val Leu Ser Leu Trp Pro 1 5 10 15
Asp Thr Ala Val Ala Pro Gly Pro Pro Pro Gly Pro Pro Arg Val Ser 20 25 30 Pro Asp Pro Arg Ala Glu Leu Asp Ser Thr Val Leu Leu Thr Arg Ser 35 40 45 Leu Leu Ala Asp Thr Arg Gln Leu Ala Ala Gln Leu Arg Asp Lys Phe 50 55 60 Pro Ala Asp Gly Asp His Asn Leu Asp Ser Leu Pro Thr Leu Ala Met 65 70 75 80 Ser Ala Gly Ala Leu Gly Ala Leu Gln Leu Pro Gly Val Leu Thr Arg 85 90 95 Leu Arg Ala Asp Leu Leu Ser Tyr Leu Arg His Val Gln Trp Leu Arg 100 105 110 Arg Ala Gly Gly Ser Ser Leu Lys Thr Leu Glu Pro Glu Leu Gly Thr 115 120 125 Leu Gln Ala Arg Leu Asp Arg Leu Leu Arg Arg Leu Gln Leu Leu Met 130 135 140 Ser Arg Leu Ala Leu Pro Gln Pro Pro Pro Asp Pro Pro Ala Pro Pro 145 150 155 160 Leu Ala Pro Pro Ser Ser Ala Trp Gly Gly lie Arg Ala Ala His Ala 165 170 175 lie Leu Gly Gly Leu His Leu Thr Leu Asp Trp Ala Val Arg Gly Leu 180 185 190 Leu Leu Leu Lys Thr Arg Leu 195 <210> 6 <211> 199 <212> PRT < 13> roedor; Mus musculus supuesto <400> 6 Met Asn Cys Val Cys Arg Leu Val Leu Val Val Leu Ser Leu Trp Pro 1 5 10 15 Asp Arg Val Val Ala Pro Gly Pro Pro Ala Gly Ser Pro Arg Val Ser 20 25 30 Ser Asp Pro Arg Ala Asp Leu Asp Ser Ala Val Leu Leu Thr Arg Ser 35 40 45 Leu Leu Ala Asp Thr Arg Gln Leu Ala Ala Gln Met Arg Asp Lys Phe 50 55 60
Pro Ala Asp Gly Asp His Ser Leu Asp Ser Leu Pro Thr Leu Ala Met 65 70 75 80
Ser Ala Gly Thr Leu Gly Ser Leu Gln Leu Pro Gly Val Leu Thr Arg 85 90 95
Leu Arg Val Asp Leu Met Ser Tyr Leu Arg His Val Gln Trp Leu Arg 100 105 110 Arg Ala Gly Gly Pro Ser Leu Lys Thr Leu Glu Pro Glu Leu Gly Ala 115 120 125 Leu Gln Ala Arg Leu Glu Arg Leu Leu Arg Arg Leu Gln Leu Leu Met 130 135 140 Ser Arg Leu Ala Leu Pro Gln Ala Ala Pro Asp Gln Pro Val lie Pro 145 150 155 160
Leu Gly Pro Pro Ala Ser Ala Trp Gly Ser lie Arg Ala Ala His Ala 165 170 175 He Leu Gly Gly Leu His Leu Thr Leu Asp Trp Ala Val Arg Gly Leu 180 185 190 Leu Leu Leu Lys Thr Arg Leu 195 <210> 7 <211> 732 <212> .ADN <213> primate; Homo sapiens supuesto <400> 7 atgggccaga cggcaggcga ccttggctgg cggctcagcc tgttgctgct tcccttgctc
60 ctggttcaag ctggtgtctg gggattccca aggcccccag ggaggcccca gctgagcctg
120 caggagctgc ggagggagtt cacagtcagc ctgcatctcg ccaggaagct gctctccgag
180 gttcggggcc aggcccaccg ctttgcggaa tctcacctgc caggagtgaa cctgtacctc
240 ctgcccctgg gagagcagct ccctgatgtt tccctgacct tccaggcctg gcgccgcctc
300 tctgacccgg agcgtctctg cttcatctcc accacgcttc agcccttcca tgccccgctg
360 gga999ctg ggacccaggg ccgctggacc aacatggaga ggatgcagct gtgggccatg
420 aggctggacc tccgcgatct gcagcggcac ctccgcttcc aggtgctggc tgcaggattc
480 aacctcccgg aggaggagga ggaggaagag gaggaggagg aggaggagag gaaggggctg
540 ctcccagggg cactgggcag cgccttacag ggcccggccc aggtgtcctg gccccagctc
600 ctctccacct accgcctgct gcactccttg gagctcgtct tatctcgggc cgtgcgggag
660 ttgctgctgc tgtccaaggc tgggcactca gtctggccct tggggttccc aacattgagc 720 ccccagccct ga 732 <210> 8 <211> 243 <212> PRT <213> primate; Homo sapiens supuesto <400> 8 Met Gly Gln Thr Ala Gly Asp Leu Gly Trp Arg Leu Ser Leu Leu Leu 1 5 10 15 Leu Pro Leu Leu Leu Val Gln Ala Gly Val Trp Gly Phe Pro Arg Pro 20 25 30 Pro Gly Arg Pro Gln Leu Ser Leu Gln Glu Leu Arg Arg Glu Phe Thr 35 40 45 Val Ser Leu His Leu Ala Arg Lys Leu Leu Ser Glu Val Arg Gly Gln 50 55 60 Ala His Arg Phe Ala Glu Ser His Leu Pro Gly Val Asn Leu Tyr Leu 65 70 75 80 Leu Pro Leu Gly Glu Gln Leu Pro Asp Val Ser Leu Thr Phe Gln Ala 85 90 95 Trp Arg Arg Leu Ser Asp Pro Glu Arg Leu Cys Phe lie Ser Thr Thr 100 105 110 Leu Gln Pro Phe His Ala Pro Leu Gly Gly Leu Gly Thr Gln Gly Arg 115 120 125 Trp Thr Asn Met Glu Arg Met Gln Leu Trp Ala Met Arg Leu Asp Leu 130 135 140 Arg Asp Leu Gln Arg His Leu Arg Phe Gln Val Leu Ala Ala Gly Phe 145 150 155 160 Asn Leu Pro Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu 165 170 175 Arg Lys Gly Leu Leu Pro Gly Ala Leu Gly Ser Ala Leu Gln Gly Pro 180 185 190 Ala Gln Val Ser Trp Pro Gln Leu Leu Ser Thr Tyr Arg Leu Leu His 195 200 205 Ser Leu Glu Leu Val Leu Ser Arg Ala Val Arg Glu Leu Leu Leu Leu 210 215 220 Ser Lys Ala Gly His Ser Val Trp Pro Leu Gly Phe Pro Thr Leu Ser 225 230 235 240
Pro Gln Pro <210> 9 <211> 991 <212> DNA <213> roedor; Mus musculus supuesto <400> 9 atgggccaga cggcaggcga ccttggctgg cggctcagcc tgttgctgct acccttgctt 60 ctggtacaag ctggttcctg ggggttccca acagaccccc tgagccttca agagctgcgc 120 agggaattca cagtcagcct gtaccttgcc aggaagctgc tctctgaggt tcagggctat 180 gtccacagct ttgctgaatc tcgattgcca ggagtgaacc tggacctcct gcccctggga 240 taccatcttc ccaatgtttc cctgactttc caggcatggc atcacctctc tgactctgag 300 agactctgct tcctcgctac cacacttcgg cccttccctg ccatgctggg agggctgggg 360 acccagggga cctggaccag ctcagagagg gagcagctgt gggccatgag gctggatctc 20 cgggacctgc acaggcacct ccgctttcag gtgctggctg caggattcaa atgttcaaag 480 gaggaggagg acaaggagga agaggaagag gaggaagaag aagaaaagaa gctgccccta 540 ggggctctgg gtggccccaa tcaggtgtca tcccaagtgt cctggcccca gctgctctat 600 acctaccagc tccttcactc cctggagctt gtcctgtctc gggctgttcg ggacctgctg 660 ctgctgtccc tgcccaggcg cccaggctca gcctgggatt cctaacacct agcttcaagc 720 cctatggagt gaccttccag ctccctccct cgcccgttaa gactctaagg ctggagtctg 780 gccaatcaca ggacaggctc tagctcgttt gccttagacc aggcagggct tcactagctc 840 ccagccctga cccaataatt taaaagccct ccagtcctta ccagatattt atttcttgga 900 tatttattta tttttaagaa atggtttatt tattgtttca ctcttgagtt aggccaccat 960 gctgggtgcc taataaagcc atccagcccg g 991 <210> 10 <211> 234 <212> PRT <213> roedor; Mus musculus supuesto <400> 10 Met Gly Gln Thr Ala Gly Asp Leu Gly Trp Arg Leu Ser Leu Leu Leu 1 5 10 15 Leu Pro Leu Leu Leu Val Gln Ala Gly Ser Trp Gly Phe Pro Thr Asp 20 25 30
Ala Glu Ser Arg Leu Pro Gly Val Asn Leu Asp Leu Leu Pro Leu Gly 65 70 75 80 Tyr His Leu Pro Asn Val Ser Leu Thr Phe Gln Ala Trp His His Leu 85 90 95 Ser Asp Ser Glu Arg Leu Cys Phe Leu Ala Thr Thr Leu Arg Pro Phe 100 105 110 Pro Ala Met Leu Gly Gly Leu Gly Thr Gln Gly Thr Trp Thr Ser Ser 115 120 125 Glu Arg Glu Gln Leu Trp Ala Met Arg Leu Asp Leu Arg Asp Leu His 130 135 140 Arg His Leu Arg Phe Gln Val Leu Ala Ala Gly Phe Lys Cys Ser Lys 145 150 155 160 Glu Glu Glu Asp Lys Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Lys 165 170 175 L s Leu Pro Leu Gly Ala Leu Gly Gly Pro Asn Gln Val Ser Ser Gln 180 185 190 Val Ser Trp Pro Gln Leu Leu Tyr Thr Tyr Gln Leu Leu His Ser Leu 195 200 205 Glu Leu Val Leu Ser Arg Ala Val Arg Asp Leu Leu Leu Leu Ser Leu 210 215 220 Pro Arg Arg Pro Gly Ser Ala Trp Asp Ser 225 230
Claims (20)
1. Un polinucléotido aislado o recombinante que codifica un polipéptido antigénico que comprende por lo menos 17 aminoácidos contiguos del polipéptido maduro de SEC ID NO: 2, 4, 8, 10.
2. El polinucléotido de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizado además porque codifica un polipéptido maduro de SEC ID NO: 2, 4, 8, 10.
3. El polinucléotido de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizado además porque hibridiza a 55°C, menos de 500 mM de sal, y 50% de formamida para las porciones de codificación de SEC ID NO: 1 , 3, 7, ó 9.
4. El polinucléotido de conformidad con la reivindicación 3, caracterizado además porque comprende por lo menos 35 nucleótidos contiguos de la porción de codificación de SEC ID NO: 1 , 3, 7, ó 9.
5. Un vector de expresión que comprende el polinucléotido de la reivindicación 1.
6. Una célula huésped que contiene el vector de expresión de la reivindicación 5, incluyendo una célula eucariótica.
7. Un método para hacer un polipéptido antigénico, caracterizado porque comprende expresar un polinucléotido recombinante de la reivindicación 1.
8. Un método para formar un dúplex con un polinucléotido de la reivindicación 1 , que comprende poner en contacto dicho polinucléotido con una sonda que hibridiza, bajo condiciones severas, a por lo menos 25 nucleótidos contiguos de la porción de codificación de SEC ID NO: 1 , 3, 7, ó 9, formando así dicho dúplex.
9. Un equipo para la detección de un polinucléotido de la reivindicación 1 , caracterizado porque comprende un polinucléotido que hibridiza, bajo condiciones de hibridación severas, a por lo menos 17 nucleótidos contiguos de un polinucléotido de la reivindicación 1.
10. El equipo de conformidad con la reivindicación 9, caracterizado además porque dicha sonda es detectablemente marcada.
11. Un compuesto de unión que comprende un sitio de unión de anticuerpo que específicamente se une a por lo menos 17 aminoácidos contiguos de SEC ID NO: 2, 4, 8, ó 10.
12. El compuesto de unión de conformidad con la reivindicación 11 , caracterizado además porque: a) dicho sitio de unión de anticuerpo es: 1 ) específicamente inmunoreactivo con un polipéptido de SEC ID NO: 2, 4, 8, ó 10; 2) desarrollado contra una proteína IL-D80 humana purificada o recombinantemente producida; o 3) un anticuerpo monoclonal, Fab o F(ab)2; o b) dicho compuesto de unión es: 1 ) una molécula de anticuerpo; 2) un antisuero policlonal; 3) detectablemente marcado; 4) estéril; o 5) una composición regulada en su pH.
13. Un método para utilizar el compuesto de unión de la reivindicación 11 , caracterizado porque comprende poner en contacto dicho compuesto de unión con una muestra biológica que comprende un antígeno, en donde el contacto da como resultado la formación de un complejo de compuesto de unión:antígeno.
14. El método de conformidad con la reivindicación 13, caracterizado además porque la muestra biológica es de un ser humano, y en donde el compuesto de unión es un anticuerpo.
15. Un equipo de detección que comprende el compuesto de unión de la reivindicación 12, y: a) un material de instrucción para el uso del compuesto de unión para dicha detección; o b) un compartimiento que proporciona segregación del compuesto de unión.
16. Un polipéptido antigénico substancialmente puro o aislado, el cual se une a la composición de unión de la reivindicación 11 , y que comprende además por lo menos 17 aminoácidos contiguos de SEC ID NO: 2, 4, 8, 0 10.
17. El polipéptido de conformidad con la reivindicación 16, caracterizado además porque: a) comprende por lo menos un fragmento de por lo menos 25 residuos de aminoácido contiguos de una proteína de IL-D80 de primate; b) es un polipéptido soluble; c) está detectablemente marcado; d) es una composición estéril: e) es una composición regulada en su pH; f) se une a un receptor de superficie de célula; g) es recombinantemente producido; o h) tiene una secuencia de polipéptido de existencia natural.
18. El polipéptido de conformidad con la reivindicación 17, caracterizado además porque comprende por lo menos 17 aminoácidos contiguos de SEC ID NO: 2, 4, 8, ó 10.
19. Un método para modular la fisiología o el desarrollo de una célula o células de cultivo de tejido, que comprende poner en contacto la célula con un agonista o antagonista de una IL-D80 de primate.
20. El método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado además porque: a) dicho contacto está en combinación con un agonista o antagonista de IL-11 ; o b) dicho contacto es con un antagonista, incluyendo la composición de unión que comprende un sitio de unión de anticuerpo que específicamente une una IL-D80.
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