MXPA01006576A - Antigenos de chlamydia y fragmentos de acido desoxirribonucleico correspondientes y usos de los mismos - Google Patents

Abstract

La presente invención provee moléculas de polinucleótidos purificadas y aisladas que codifican polipéptidos de Chlamydia utilizarse en métodos para prevenir, tratar y diagnosticar infecciones por Chlamydia;en una forma de la invención, las moléculas de polinucleótidos se seleccionan del ADN que codifica los polipéptidos CPN100686 RY 54 (SEQ ID Nos;1 y 14), CPN100696 RY-55 (SEQ ID Nos, 2 y 15), CPN100709 RY-57 (SEQ ID Nos;3 y 16), CPN100710 RY-58 (SEQ ID Nos;4 y 17), CPN100711 RY-59 (SEQ ID Nos;5 y 18), CPN100877 RY-61 (SEQ ID Nos;6 y 19), CPN100325 RY-62 (SEQ ID Nos;7 y 20), CPN100368 RY-63 (SEQ ID Nos;8 y 21), CPN100624 RY-64 (SEQ ID Nos;9 y 22), CPN100633 RY-65 (SEQ ID Nos;10 y 23), CPN100985 RY-66 (SEQ ID Nos;11 y 24), CPN1 00987 RY-67 (SEQ ID Nos;12 y 25) y CPN100988 RY-68 (SEQ ID Nos;13 y 26).

Description

ANTÍGENOS DE CHLAMYDIA Y FRAGMENTOS DE ACIDO DESOXIRRIBONUCLEICO CORRESPONDIENTES Y USOS DE LOS MISMOS REFERENCIA A SOLICITUDES RELACIONADAS Esta solicitud reclama el beneficio de 13 solicitudes provisionales en E.U.A. números 60/113280, 60/113281 , 60/113282, 60/113283, 60/113284, 60/113285, 60/113385, las cuales fueron presentadas el 23 de diciembre de 1998, y solicitudes provisionales en E.U.A. números 60/114050, 60/114056, 60/114057, 60/114058, 60/114059, 60/114060, 60/114061 , las cuales fueron presentadas el 28 de diciembre de 1998.

CAMPO DE LA INVENCIÓN La presente invención se refiere a antígenos de Chlamydia y moléculas de ADN correspondientes, los cuales se pueden usar para prevenir y tratar infección por Chlamydia en mamíferos como los humanos.

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN Los Chlamydiae son procariotes. Exhiben similitudes morfológicas y estructurales con las bacterias Gram-negativas, incluyendo una membrana externa trilaminar que contiene lipopolisacáridos y varias proteínas de membrana que son estructuralmente y funcionalmente análogas a las proteínas encontradas en E coli. Son parásitos intracelulares obligados con un ciclo de vida bifásico único que consiste en una etapa extracelular metabólicamente inactiva pero infecciosa y una etapa intracelular de replicación pero no infecciosa. La etapa de replicación del ciclo de vida toma lugar dentro de una inclusión unida a la membrana que lleva las bacterias fuera del citoplasma de la célula hospedera infectada. C. pneumoniae es un patógeno humano común, descrito originalmente como la cepa TWAR de Chlamydia psittaci, pero posteriormente fue reconocida como una nueva especie. C. pneumoniae es antigénicamente, genéticamente y morfológicamente distinta a otras especies de Chlamydia (C. trachomatis, C. pecorum y C. psittaci). Muestra 10% o menos de homología de secuencia de ADN, ya sea con C. trachomatis o C. psittaci. C. pneumoniae es una causa común de neumonía adquirida colectiva, solamente menos frecuente que Streptococcus pneumoniae y Micoplasma pneumoniae (Grayston y otros (1995) Journal of Infectious Diseases 168:1231 ; Campos y otros (1995), Investigation of Ophthalmology and Visual Science 36:1477). También puede causar síntomas y enfermedades del sistema respiratorio superior, incluyendo bronquitis y sinusitis (Grayston y otros (1995) Journal of Infectious Diseases 168:1231 ; Grayston y otros (1990) Journal of Infectious Diseases 161 :618; Marie (1993) Journal of Infectious Diseases 18:501 ; Wang y otros (1986) "Chlamydial Infections", Cambridge University Press, Cambridge, p. 329. La gran mayoría de la población adulta (más del 60%) tiene anticuefos para C. pneumoniae (Wang y otros (1986) "Chlamydial Infections" Cambridge University Press, Cambridge, p. 329), que indican una infección pasada que no fue reconocida o que fue asintomática. La infección por C. pneumoniae usualmente se presenta como una enfermedad respiratoria aguda (esto es, tos, dolor de garganta, afonía y fiebre; sonidos anormales de pecho durante auscultación). En la mayoría de los pacientes, la tos persiste de 2 a 6 semanas, y la recuperación es lenta. Aproximadamente en el 10% de estos casos, la infección del tracto respiratorio superior es seguida por bronquitis o neumonía. Además, durante una epidemia de C. pneumoniae, se ha notado una coinfección posterior con pneumococos en cerca de la mitad de estos pacientes con neumonía, particularmente en los débiles y los ancianos. Como se explicó anteriormente, cada vez hay más evidencia de que la infección por C. pneumoniae también está ligada a enfermedades diferentes a las infecciones respiratorias. Se presume que el depósito del organismo son las personas. A diferencia de las infecciones por C. psittaci, no existe ningún ave o animal conocido como depósito. La transmisión no se ha definido claramente. Puede derivar del contacto directo con secreciones, de partículas contaminadas o de la propagación en el aire. Existe un largo período de incubación, que puede durar muchos meses. Basándose en los análisis de las epidemias, C. pneumoniae parece propagarse lentamente en una población (con un intervalo promedio de 30 días entre caso y caso) porque las personas infectadas son transmisores ineficientes del organismo. La susceptibilidad a C. pneumoniae es universal. Después de la infección primaria durante la infancia, ocurren reinfecciones durante la edad adulta. C. pneumoniae parece ser una enfermedad endémica en todo el mundo, notable por intervalos superpuestos de incidencia incrementada (epidemia) que persisten durante 2 a 3 años. La infección por C. trachomatis no confiere inmunidad cruzada para C. pneumoniae. Las infecciones se tratan fácilmente con antibióticos orales, tetraciclina o eritromicina (2 g/d durante por lo menos 10 a 14 días). La azitromicina, un fármaco recientemente desarrollado, es altamente efectivo como una terapia de una sola dosis contra las infecciones por Chlamydia. En la mayoría de los casos, la infección por C. pneumoniae es frecuentemente ligera y sin complicaciones y hasta el 90% de las infecciones son subagudas o no reconocidas. Entre los niños de países industrializados, se ha pensado que las infecciones son raras hasta la edad de 5 años, aunque un estudio reciente (E. Norman y otros "Chlamydia pneumoniae in children with acute respiratory tract infections", Acta Paediatrica, 1998, Vol 87 Iss 1, pp 23-27) han reportado que muchos niños de este grupo de edad muestran evidencia PCR de infección a pesar de ser seronegativos, y estiman una frecuencia de 17-19% en edades de 2 a 4. En países en vías de desarrollo, la seroprevalencia de anticuerpos de C. pneumoniae entre niños jóvenes es elevada, y se sospecha que C. pneumoniae puede ser una causa importante de enfermedad aguda del tracto respiratorio inferior y de mortalidad para infantes y niños en las regiones tropicales del mundo. Según estudios de seroprevalencia y estudios de epidemias locales, la infección inicial por C. pneumoniae generalmente sucede entre las edades de 5 y 20. En E.U.A., por ejemplo, se estima que hay 30,000 casos de neumonía infantil cada año causados por C. pneumoniae. Las infecciones pueden agruparse entre grupos de niños o adultos jóvenes (esto es, niños en edad escolar o conscriptos militares). C. pneumoniae causa de 10 al 25% de las infecciones del tracto respiratorio inferior adquiridas por la comunidad (según reportes de Suecia, Italia, Finlandia, y los E.U.A.). Durante una epidemia, la infección por C. pneumonía puede ser la responsable de 50 al 60% de los casos de neumonía.

Durante estos períodos, también se han reportado más episodios de infecciones mixtas con S. pneumoniae. En la edad adulta, la reinfección es común; la presentación clínica tiende a ser más ligera. Con base en estudios de población con seroprevalencia, parece incrementarse la exposición con la edad, lo que es particularmente evidente entre los hombres. Algunos investigadores han especulado que es común un estado de infección por C. pneumoniae persistente y asintomático. En adultos de mediana edad o mayores, la infección por C. pneumoniae puede convertirse en bronquitis crónica y sinusitis. Un estudio en los E.U.A. reveló que la incidencia de neumonía causada por C. pneumoniae en personas menores de 60 años, es de 1 caso por cada 1000 personas al año; pero en los ancianos, la incidencia de la enfermedad se elevó tres veces. La infección por C. pneumoniae rara vez lleva a la hospitalización, excepto en pacientes con una enfermedad subyacente. La asociación de arterieesclerosis e infección por C. pneumoniae, es de considerable importancia. Hay varios estudios epidemiológicos que muestran una correlación de infecciones previas con C. pneumoniae y ataques al corazón, enfermedades de la arteria coronaria y ía arteria carótida (Saikku y otros (1988) Lancet; ii:983; Thom y otros (1992) JAMA 268:68; Linnanmaki y otros (1993), Circulation 87:1030; Saikku y otros (1992) Annals Internal Medicine 116:273; Melnick y otros (1993) American Journal of Medicine 95:499). Además, los organismos se han detectado en ateromas y secciones con grasa de las arterias coronarias, carótida, arterias periféricas y aorta (Shor y otros (1992) South African. Medical Journal 82:158; Kuo y otros (1993) Journal oflnfectious Diseases 167:841; Kuo y otros (1993) Arteríosclerosís and Thrombosis 13:1500; Campbell y otros (1995) Journal of Infectious Deseases 172:585; Chiu y otros, Circulation, 1997 (en prensa). Se ha recuperado C. pneumoniae viable de la arteria coronaria y carótida (Ramírez y otros (1996) Annals of Interna! Medicine 125:979; Jackson y otros, resumen, K121, p272, 36° ICAAC, 15-18 sep. 1996, New Orieans). Además, se ha demostrado que C. pneumoniae puede inducir cambios de arterieesclerosis en un modelo de conejo (Fong y otros (1997) Journal of Clinical Microbiology 35:48). En conjunto, estos resultados indican que es altamente posible que C. pneumoniae pueda causar arterioesclerosis en humanos, aunque aún queda por demostrarse la importancia epidemiológica de la arterioesclerosis por Chlamydia. Varios estudios recientes también han indicado una asociación entre la infección por C. pneumoniae y el asma. Se ha relacionado a la infección con ronquera, bronquitis asmática, asma de aparición en adulto y exacerbaciones agudas del asma en adultos, y estudios en pequeña escala han mostrado que el tratamiento prolongado con antibiótico fueron efectivos para reducir grandemente la severidad de la enfermedad en algunos individuos (Hahn DL, y otros, "Evidence for Chlamydia pneumoniae infection in steroid-dependent asthma" Ann Alergy Asthma Immunol., enero 1998; 80 (1):45-49.; Hahn DL y otros, "Association of Chlamydia pneumoniae IgA antibodies with recently symptomatic asthma" Epidemiol Infecí., Dic. 1996; 117(3) :513-517; Bjornsson E, y otros, "Serology of chlamydia in relation to asthma and bronchial hyperrresponsiveness". Scand J Infecí Dis. 1996; 28 (1 ):63-69; Hahn DL. "Tratment of Chlamydia pneumoniae infection in adult asthma: a before-after trial" J Fam Praci. Oct. 1995; 41 (4) : 345-351 ; Allegra L, y otros, "Acute exacerbations of asthma in adults: role of Chlamydia pneumoniae infection" Eur Respir J Dic. 1994; 7 (12) : 2165-2168; Hahn DL y otros, "Association of Chlamydia pneumoniae (strain TWAR) infection with wheezing, asthmatic bronchitis and adult-onset asthma" JAMA Jul. 10, 1991 ; 266(2): 225-230).

En vista de estos resultados, una vacuna protectora contra la infección por C. pneumoniae sería de considerable importancia. Aún no hay una vacuna efectiva para ninguna infección humana por Chlamydia. Se cree que se puede desarrollar una vacuna efectiva usando Chlamydiae físicamente o químicamente inactivada. Sin embargo, tal vacuna no tiene un margen alto de seguridad. En general, las vacunas más seguras se hacen manipulando genéticamente al organismo con atenuación o con medios recombinantes. Por lo tanto, la falta de información genética sobre Chlamydia, específicamente C. pneumoniae, ha sido un gran obstáculo para la creación de una vacuna segura y efectiva contra la infección humana por Chlamydia. Estudios con C. trachomatis y C. psittaci indican que una vacuna segura y efectiva contra Chlamydia es una meta alcanzable. Por ejemplo, ratones que se han recuperado de infección pulmonar con C. trachomatis quedan protegidos contra la infertilidad inducida por una exposición vaginal posterior (Pal y otros (1996) infection and Immuniíy 64:5341 ). De la misma forma, ovejas inmunizadas con C. psifíaci inactivado fueron protegidas contra abortos y partos muertos inducidos posteriormente por Chlamydia (Jones y otros (1995) Vaccine 13:715). La protección contra las infecciones por Chlamydia ha sido asociada con las respuestas inmunes Th1 , particularmente la inducción células CD4+T productoras de INFg (Igietsemes y otros (1993) Immunology 5:317). La transferencia adoptiva de líneas o clonas de células CD4+ a ratones sin pelo o SCID, confirió protección contra exposición o enfermedades crónicas franqueadas (Igietseme y otros (1993J Regional Immunology 5:317; Magee y otros (1993) Regional Immunology 5:305), y la supresión in vivo de células CD4+ T exacerbó la enfermedad después de la exposición (Landers y otros (1991 ) Infection & Immunity 59:3774; Magee y otros (1995) Infection & immuniíy 63:516). Sin embargo, la presencia de títulos suficientemente altos de anticuerpo neutralizante en las superficies de la mucosa también puede ejercer un efecto protector (Cotter y otros (1995) Infection & Immunity 63:4704). La variación antigénica dentro de las especies C. pneumoniae no está bien documentada debido a la insuficiencia de información genética, aunque se espera que exista variación basándose en C. trachomatis. Los serovariantes de C. trachomatis son definidos basándose en la variación antigénica en la proteína de membrana externa principal MOMP, pero las secuencias de gen publicadas de MOMP de C. pneumoniae, no muestran variación entre varios aislados diversos del organismo (Campbell y otros (1990) Infection and immuniíy 58:93; McCafferty y otros (1995) Infecíion and Immunity 63:2387-9; Gaydos y otros (1992) Infection and Immunity 60(12):5319-5323. Las regiones de la proteína que se sabe que están conservadas en otras MOMP de Chlamydia, se conservan en C. pneumoniae (Campbell y otros (1990) Infecíion and Immunity 58:93; McCafferty y otros (1995) Infection and Immunity 63:2387-9). Un estudio ha descrito una cepa de C. pneumoniae con una MOMP de peso molecular mayor al usual, pero el gen para ésta no ha sido secuenciado aún (Grayston y otros (1995) Journal of Infectious Diseases 168:1231). También se encontró que secuencias parciales de proteína de membrana exterior 2 de nueve aislados diversos eran constantes (Ramírez y otros (1996) Annals of Interna! Medicine 125:979). Los genes de HSP60 y HSP70 muestran poca variación respecto de otras especies de Chlamydia, tal y como se esperaría. El gen que codifica un antígeno de 76kDa, ha sido clonado a partir de una sola cepa de C. pneumoniae. No muestra similitudes significativas con otros genes de Chlamydia conocidos (Marie (1993) Clinical Infectious Diseases. 18:501 ). Muchos antígenos reconocidos por suero inmune a C. pneumoniae, se conservan a través de todos los Chlamydiae, pero las proteínas de 98kDa, 76kDa y 54kDa parecen ser específicas de C. pneumoniae (Campos y otros (1995) Investigation of Ophtalmology and Visual Science 36:1477; Marie (1993) Clinical Infectious Diseases. 18:501; Wiedmann-AI-Ahmad M, y otros, "Reactions of Polyclonal and Neutralizing Anti-p54 Monoclonal Antibodies with an Isolated, Species-specific 54-Kilodalton Protein of Chlamydia Pneumoniae". Clin Diagn Lab tmmunol. Noviembre de 1997; 4(6):700-704). Un inmunoblot de aislados con suero de pacientes, sí muestra una variación de patrones del blotting entre aislados, indicando que pueden existir serotipos de C. pneumoniae (Grayston y otros (1995) Journal of Infectious Diseases 168:1231; Ramírez y otros (1996) Annals of Internal Medicine 125:979). Sin embargo, los resultados son potenciaimente confusos por el estado de infección de los pacientes, ya que los perfiles de inmunoblot del suero de un paciente cambian con el tiempo después de la infección. Una evaluación del número y la relativa frecuencia de cualquiera de los serotipos y los antígenos definidores, no es posible aún. Por lo tanto, existe la necesidad de identificar y aislar secuencias de polinucleótido de C. pneumoniae para su uso en la prevención y tratamiento de infección por Chlamydia.

BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN La presente invención provee moléculas de polinucleótido purificadas y aisladas que codifican polipéptidos de Chlamydia que se pueden usar en métodos para prevenir, tratar y diagnosticar infección por Chlamydia.

En una forma de la ¡nvención, las moléculas de polinucleótido se seleccionan de ADN que codifica los polipéptidos CPN100686 RY 54 (SEQ ID No: 1 ), CPN100696 RY-55 (SEQ ID No: 2), CPN100709 RY-57 (SEQ ID No:3), CPN100710 RY-58 (SEQ ID No: 4), CPN 100711 RY-59 (SEQ ID No: 5), CPN100877 RY-61 (SEQ ID No: 6), CPN100325 RY-62 (SEQ ID No: 7), CPN100368 RY-63 (SEQ ID No: 8), CPN100624 RY-64 (SEQ ID No: 9), CPN100633 RY-65 (SEQ ID No: 10), CPN100985 RY-66 (SEQ ID No: 11 ), CPN100987 RY-67 (SEQ ID No: 12), y CPN100988 RY-68 (SEQ ID No: 13). Otra forma de la ¡nvención provee polipéptidos correspondientes a las moléculas de ADN aisladas. Se muestran las secuencias de aminoácidos de los polipéptidos codificados correspondientes para CPN100686 RY 54 como SEQ ID No: 14, CPN100696 RY-55 como SEQ ID No: 15, CPN 100709 RY-57 como SEQ ID No: 16, CPN 100710 RY-58 como SEQ ID No: 17, CPN100711 RY-59 como SEQ ID No: 18, CPN100877 RY-61 como SEQ ID No: 19, CPN100325 RY-62 como SEQ ID No: 20, CPN100368 RY-63 como SEQ ID No: 21 , CPN 100624 RY-64 como SEQ ID No: 22, CPN100633 RY-65 como SEQ ID No: 23, CPN100985 RY-66 como SEQ ID No: 24, CPN100987 RY-67 como SEQ ID No: 24 y CPN100988 RY-68 como SEQ ID No: 26. Los expertos en la materia entenderán fácilmente que la invención, habiendo provisto las secuencias de polinucleótido que codifican los polipéptidos de Chlamydia, también provee polinucleótidos que codifican fragmentos derivados de tales péptidos. Además, se entiende que la invención provee mutantes y derivados de tales polipéptidos y fragmentos derivados de los mismos, que se originan de la adición, eliminación o sustitución de aminoácidos no esenciales como aquí se describe. Los expertos en la técnica también entenderán fácilmente que la invención, habiendo provisto las secuencias de polinucleótido que codifican los polipéptidos de Chlamydia, provee además anticuerpos monoespecíficos que se unen específicamente a tales polipéptidos. La presente invención tiene amplia aplicación e incluye cassettes de expresión, vectores y células transformadas o transfectadas con los polinucleótidos de la invención. Por lo tanto, la presente ¡nvención provee además (i) un método para producir un polipéptido de la invención en un sistema hospedero recombinante y cassettes de expresión relacionados, vectores, y células transformadas o transfectadas; (ii) una vacuna o un vector de vacuna vivo, tal como un vector de virus de viruela, de Salmonella typhimurium, o de Vibrio cholerae, que contiene un polinucleótido de la invención; tales vacunas y vectores de vacuna siendo útiles, por ejemplo, para prevenir y tratar infección por Chlamydia, en combinación con un diluyente o vehículo, y composiciones farmacéuticas relacionadas, y métodos terapéuticos y/o profilácticos asociados; (iii) un uso terapéutico y/o profiláctico de una molécula de ARN o ADN de la invención, ya sea en una forma simple o formulada con un vehículo de suministro, un polipéptido o combinación de polipéptidos, o un anticuerpo monoespecífico de la invención, y composiciones farmacéuticas relacionadas; (iv) un método para diagnosticar la presencia de Chlamydia en una muestra biológica, que puede incluir el uso de una molécula de ADN o ARN, un anticuerpo monoespecífico, o un polipéptido de la invención; y (v) un método para purificar un polipéptido de la ¡nvención por medio de cromotografía de afinidad basada en anticuerpos.

BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS La presente invención se entenderá mejor con la siguiente descripción con referencia a los dibujos, en ios que: Las figuras de la 1 a la 13 muestran el análisis de enzima de restricción de las secuencias de ácido nucleico de la invención.

Las figuras de la 14 a la 26 muestran una identificación de epítopes de células T y B de las secuencias de aminoácidos SEQ ID Nos: de la 14 a la 26.

DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCIÓN En el genoma de C. pneumoniae, se han identificado marcos de lectura abiertos (ORFs) que codifican polipéptidos de Chlamydia. Estos polipéptidos incluyen polipéptidos permanentemente encontrados en la estructura de la membrana bacteriana, polipéptidos presentes en el área externa de la membrana bacteriana, polipéptidos permanentemente encontrados en la estructura de membrana de inclusión, polipéptidos presentes en el área externa de la membrana de inclusión, y polipéptidos liberados en el citoplasma de la célula infectada. Estos polipéptidos se pueden usar para prevenir y tratar la infección por Chlamydia. El polipéptido CPN100686 RY 54, cuya secuencia de aminoácidos se muestra en SEQ ID No: 14 es una proteína de membrana externa putativa de 98 kDa; el polipéptido CPN100696 RY-55 (SEQ ID No: 15) es consistente con una proteína rica en azufre; el polipéptido CPN 100709 RY-57 (SEQ ID No: 16) es un transportador ABC; el polipéptido CPN100710 RY-58 (SEQ ID No: 17) es una proteína de adición; el polipéptido CPN 100877 RY-61 (SEQ ID No: 19) es una proteína putativa de membrana externa de 98 kDa, y de igual manera los polipéptidos CPN100325 RY-62 (SEQ ID No: 20), CPN100368 RY-63 (SEQ ID No: 21), CPN100624 RY-64 (SEQ ID No: 22), y CPN100633 RY-65 (SEQ ID No: 23); el polipéptido CPN100985 RY-66 (SEQ ID No: 24) es yscT; y CPN100988 RY-68 (SEQ ID No: 26) es una proteína flagelar. De acuerdo con un primer aspecto de la invención, se proveen polinucleótidos aislados que codifican al precursor y las formas maduras de los polipéptidos de Chlamydia, cuyas secuencias de aminoácidos se seleccionan del grupo que consiste de: SEQ ID Nos: 14 a 26. El término "polinucleótido aislado" se define como un polinucleótido removido del ambiente en el que ocurre naturalmente. Por ejemplo, una molécula de ADN natural, presente en el genoma de una bacteria viviente o como parte de un banco de genes, no es aislada; pero la misma molécula separada de la parte restante del genoma bacteriano, como resultado de un evento de clonación (ampliación) por ejemplo, sí es aislada. Generalmente, una molécula de ADN aislada está libre de regiones de ADN (por ejemplo, regiones codificadoras) con las cuales es inmediatamente contigua en los extremos 5' ó 3' en el genoma natural. Tales polinucleótidos aislados pueden ser parte de un vector o una composición y aún así definirse como aislados, ya que tal vector o composición no es parte del ambiente natural de tal polinucleótido. Los polinucleótidos de la invención son ARN o ADN (ADNc, ADN genómico, o ADN sintético), o modificaciones, variantes, homólogos o fragmentos de los mismos. El ADN puede ser de doble cadena o una sola cadena, y, si es de una sola cadena, puede ser la cadena codificadora o la cadena no codificadora (de antisentido). Cualquiera de las secuencias que codifican los polipéptidos de la invención, como se muestra en SEQ ID Nos: de 1 a 13, es (a) una secuencia codificadora, (b) una secuencia de ribonucleótido derivada de la trascripción de (a), o (c) una secuencia codificadora que usa la redundancia o degeneración del código genético para codificar los mismos polipéptidos. "Polipéptido" o "proteína" se refiere a cualquier cadena de aminoácidos sin importar su longitud o modificación posterior a la traducción (por ejemplo, glicosilación o fosforilación). Ambos términos se usan de forma intercambiable en esta solicitud. Consistentemente con el primer aspecto de la invención, se proveen secuencias de aminoácidos que son homologas a cualquiera de las SEQ ID Nos: 14 a 26. Como se usa aquí, una "secuencia homologa de aminoácidos", es cualquier polipéptido que es codificado, total o parcialmente, por una secuencia de ácido nucleico que híbrida a 25-35°C debajo de la temperatura crítica de fusión (Tm), con cualquier porción de las secuencias de ácido nucleico de SEQ ID Nos: 1 a 13. Una secuencia homologa de aminoácidos es una que difiere de una secuencia de aminoácidos mostrada en cualquiera de las SEQ ID Nos: 13 a 26, en una o más sustituciones conservativas de aminoácido. Una secuencia así también abarca variantes serotípicas (definidas abajo) así como secuencias que contienen supresiones o inserciones que retienen características inherentes del polipéptido, tales como la inmunogenicidad. De preferencia, tal secuencia es por lo menos 75%, de preferencia 80%, y preferiblemente 90% idéntica a cualquiera de las SEQ ID Nos: 14 a 26. Las secuencias homologas de aminoácidos incluyen secuencias que son idénticas o sustancialmente idénticas a SEQ ID Nos: 14 a 26. "Secuencia de aminoácidos sustancialmente idéntica" se refiere a una secuencia que es por lo menos 90%, preferiblemente 95%, de preferencia 97% y preferiblemente 99% idéntica a una secuencia de aminoácidos de referencia, y que preferiblemente difiere de la secuencia de referencia por una mayoría de sustituciones conservativas de aminoácidos. Las sustituciones conservativas de aminoácidos son sustituciones entre aminoácidos de la misma clase. Estas clases incluyen, por ejemplo, aminoácidos que tienen cadenas laterales polares sin carga, tales como asparagina, glutamina, serina, treonina, y tirosina; aminoácidos que tienen cadenas laterales básicas, tales como lisina, arginina e histidina; aminoácidos que tienen cadenas laterales acidas, tales como ácido aspártico y ácido glutámico; y aminoácidos que tienen cadenas laterales no polares, tales como glicina, alanina, valina, leucina, isolucina, prolina, fenilalanina, metionina, triptofano y cisteína. La homología se mide usando software de análisis de secuencias, tal como el paquete de software "Sequence Analysis Software Package" de Computer Genetics Group, Centro de Biotecnología de la Universidad de Wisconsin, University Avenue 1710, Madison, Wl 53705. Las secuencias de aminoácidos se alinean para maximizar la identidad. Para tener una correcta alineación, se pueden introducir espacios artificialmente en la secuencia. Una vez establecida la alineación óptima, se establece el grado de homología registrando todas las posiciones en las que los aminoácidos de ambas secuencias son idénticos, con respecto al número de posiciones. Las secuencias homologas de polinucleótido se definen de forma similar. Preferiblemente, una secuencia homologa es por lo menos 45%, de preferencia 60% y preferiblemente 85% idéntica a cualquiera de las secuencias codificadoras SEQ ID Nos: 1 a 13. Consistentemente con el primer aspecto de la invención, los polipéptidos que tienen una secuencia homologa a cualquiera de las SEQ ID Nos: 14 a 26 incluyen las variantes alélicas que ocurren naturalmente, así como también mutantes o cualquier otra variante que no ocurre naturalmente, que retienen las características inherentes del polipéptido de las SEQ ID Nos: 14 a 26. Como se conoce en la técnica, una variante alélica es una forma alterna de un polipéptido que se caracteriza por tener una sustitución, supresión o adición de uno o más aminoácidos, que no altera la función biológica del poiipéptido. "Función biológica" se refiere a la función del polipéptido en las células en las que ocurre naturalmente, aunque la función no sea necesaria para el crecimiento o supervivencia de las células. Por ejemplo, la función biológica de una porina es la de permitir la entrada en las células de compuestos presentes en el medio extracelular. La función biológica es distinta de la propiedad antigénica. Un polipéptido puede tener más de una función biológica. Las variantes alélicas son de naturaleza muy común. Por ejemplo, una especie bacteriana tal como C. pneumoniae, usualmente está representada por una variedad de cepas que difieren entre sí por variaciones alélicas menores. Ciertamente, un polipéptido que cumple con la misma función biológica en diferentes cepas, puede tener una secuencia de aminoácidos (y una secuencia de polinucleótido) que no sea idéntica en cada una de las cepas. A pesar de esta variación, se ha demostrado una respuesta inmune generalmente dirigida contra muchas variantes alélicas. En estudios del antígeno MOMP de Chlamydia, ocurre unión de anticuerpos entre cepas cruzadas, más neutralización de infectividad, a pesar de la variación de las secuencias de aminoácidos de MOMP de cepa a cepa, lo que indica que, cuando se usa como inmunógeno, es tolerante de variaciones de aminoácidos. Los polinucleótidos que codifican polipéptidos homólogos o variantes alélicas, se recuperan por ampliación mediante reacción en cadena de polimerasa (PCR) del ADN bacteriano genómico extraído por métodos convencionales. Esto incluye el uso de oligonucleótidos iniciadores sintéticos que coincidan hacia la parte inicial y hacia la parte final de los extremos 5' y 3' del dominio codificador. Los iniciadores apropiados se diseñan de acuerdo a ia información de secuencia de nucleótidos que se provee en SEQ ID Nos:1 a 13. El procedimiento es el siguiente: se selecciona un iniciador que consiste de 10 a 40, preferiblemente de 15 a 25 nucleótidos. Es conveniente seleccionar iniciadores que contengan nucleótidos C y G en una proporción suficiente para asegurar una hibridación eficiente; esto es, una cantidad de nucleótidos C y G de por lo menos 40%, preferiblemente 50% del contenido total de nucleótidos. Una reacción estándar de PCR contiene típicamente de 0.5 a 5 unidades de Taq ADN polimerasa por 100 µl, de 20 a 200 µM de desoxinucleótido cada una, preferiblemente en concentraciones equivalentes, de 0.5 a 2.5 MM de magnesio sobre la concentración de desoxinucleótido total, de 105 a 106 moléculas objetivo, y cerca de 20 pmol de cada iniciador. Cerca de 25 a 50 ciclos de PCR se realizan, con temperatura de templado de 15°C a 5°C por debajo de la Tm real de los iniciadores. Una temperatura de templado más astringente mejora la discriminación contra los iniciadores templados de manera inadecuada y reduce la incorporación de los nucleótidos incorrectos en el extremo 3' de los iniciadores. Es típica una temperatura de desnaturalización de 95°C a 97°C, aunque puede ser adecuado usar temperaturas superiores para la desmaduración de objetivos ricos en G+C. El número de ciclos realizados depende de la concentración de partida de las moléculas objetivo, aunque típicamente no se recomienda más de 40 ciclos, ya que los productos sin antecendentes específicos tienden a acumularse. Un método altemativo para recuperar polinucleótidos que codifican polipéptidos homólogos o variantes alélicas, es a través de una prueba de hibridación de una colección de ADN O ARN. Los procedimientos de hibridación son bien conocidos en la técnica y se describen en Ausubel y otros, (Ausubel y otros, Current Protocols un Molecular Biology, John Wiley & Sons Ine, 1994), Silhavy y otros, (Sílhavy y otros, Experiments with Gene Fusions, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1984), y David y otros, (David y otros, A Manual for Genetic Engineering: Advanced Bacterial Genetics, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1980)). Parámetros importantes para optimizar las condiciones de hibridación, están reflejadas en una fórmula usada para obtener la temperatura crítica de fusión, arriba de la cual, dos cadenas complementarias de ADN se separan entre sí (Casey & Davidson, Nucí. Acid Res. (1977) 4:1539). Para polinucleótidos de cerca de 600 nucleótidos o mayores, esta fórmula es la siguiente: Tm = 81.5 + 0.5 x (% G+C) + 1.6 log (concentración de iones positivos) - 0.6 x (% formamida). Bajo condiciones de severidad apropiada, la temperatura de hibridación (Th) es de aproximadamente 20 a 40°C, 20 a 25°C, o, preferiblemente 30 a 40ßC debajo de la Tm calculada. Los expertos en ia materia entenderán que se pueden determinar fácilmente la temperatura óptima y las condiciones de sal. Para los polinucleótidos de la invención, las condiciones de severidad, tanto para las incubaciones de prehibridación como de hibridación, se alcanzan (i) en 4 - 16 horas a 42°C, en SSC 6x con formamida 50%, o (ii) en 4 - 16 horas a 65°C en una solución acuosa SSC 6x (NaCI 1M, citrato de sodio 0.1M (pH 7.0)). Los homólogos útiles y sus fragmentos que no ocurren naturalmente, se diseñan usando métodos conocidos para identificar regiones de un antígeno que probablemente toleren cambios y/o supresiones en la secuencia de aminoácidos. Como ejemplo, se comparan polipéptidos homólogos de diferentes especies y se identifican las secuencias que se conservan. Mientras más divergentes sean las secuencias, es más probable que toleren cambios de secuencia. La homología entre las secuencias puede ser analizada usando el algoritmo de búsqueda de homología BLAST de Altschul y otros, Nucleic Acid Res. 25:3389-3402 (1997). Alternativamente, las secuencias se modifican de tal forma que se hacen más reactivas a las células T y/o B. (Véanse las figuras de la 1 1 a la 15 para la identificación de los epítopes T y B.). también otra alternativa es mutar un residuo de aminoácido particular o secuencia en el polipéptido in vitro, después probar la capacidad que los polipéptidos mutantes tienen de prevenir y tratar la infección por Chlamydia de acuerdo al método que se describe a continuación. Una persona con conocimientos en la técnica entenderá fácilmente que, al seguir el procedimiento de prueba de esta ¡nvención, se puede determinar sin mayor experimentación si un homólogo en particular de cualquiera de SEQ ID Nos: 14 a 26 puede ser útil en la prevención y tratamiento de infección por Chlamydia. El procedimiento de prueba comprende estos pasos: (i) inmunizar un animal, preferiblemente ratón, con el homólogo o fragmento de prueba; (ii) inocular al animal inmunizado con Chlamydia; y (¡ii) seleccionar aquellos homólogos o fragmentos que confieren protección contra Chlamydia. "Conferir protección" se refiere a que hay una reducción en la severidad de cualquiera de los efectos de la infección por Chlamydia, en comparación con un animal de control que no fue inmunizado con el homólogo o fragmento de prueba. Se ha demostrado previamente (Yang, Z. P., Chi, E.Y., Kuo, C. C. y Grayston, J. T., 1993. A mouse model of C. Pneumoniae strain TWAR pneumonitis. 61(5): 2037-2040) que los ratones son susceptibles a la infección intranasal con diferentes aislados de C. pneumoniae. La cepa AR-39 (Chi, E. Y., Kuo, C. C. Y Grayston, J. T., 1987. Unique ulfrasiructure in the elementary body of Chlamidia sp. Strain TWAR. J. Bacteriol. 169 (8):3757-63)) se usó en ratones Balb/c como un modelo de infección por exposición para examinar la capacidad de los productos de gen de Chlamydia suministrados como ADN simple, para obtener una respuesta protectora contra de una infección subletal de pulmones por C. pneumoniae. La inmunidad protectora se define como una depuración acelerada de infección pulmonar. Grupos de ratones Balb/c de 7 a 9 semanas de edad (de 6 a 10 por grupo) fueron inmunizados intramuscularmente (i.m.) e intranasalmente (i.n.) con ADN plasmídico que contenía la secuencia codificadora de un polipéptido de C. pneumoniae. A grupos de animales de control se les dio solución salina o el vector plasmídico carente de un gen insertado de Chlamydia.

Para la inmunización i.m., se inyectó alternadamente en los cuadríceps izquierdos y derechos, 100µg de ADN en 50µl de PBS en tres ocasiones, en las semanas 0, 3 y 6. Para la inmunización i.n., los ratones anestesiados aspiraron 50µl de PBS que contenía 50 µg de ADN en tres ocasiones en las semanas 0, 3 y 6. En la semana 8, los ratones inmunizados fueron inoculados i.n. con 5 x 105 IFU de C. pneumoniae, cepa AR39 en 100µl de amortiguador SPG para probar su capacidad de limitar el crecimiento de una exposición subletal a C. pneumoniae. Los pulmones de los ratones se sacaron el día 9 después de la exposición y se homogeneizaron inmediatamente en amortiguador SPG (sacarosa 7.5%, glutamato 5mM, fosfato 12.5mM, pH7.5). El homogeneizado se guardó congelado a -70°C hasta el momento de prueba. Se probaron diluciones del homogeneizado para detectar la presencia de Chlamydia infecciosa por inoculación en monocapas de células susceptibles. El inoculo se centrifugó en las células por una hora a 3000rpm; después, las células se incubaron por tres días a 35°C en presencia de 1 µg/ml de cicioheximida. Después de la incubación, las monocapas se fijaron con formalina y metanol, y luego se marcaron con inmunoperoxidasa para detectar la presencia de inclusiones de Chlamydia, usando suero convaleciente de conejos infectados con C. pneumoniae y DAB incrementado con metal, como un substrato de peroxidasa. Consistentemente con el primer aspecto de la invención, se proveen derivados de polipéptido que son secuencias parciales de SEQ ID Nos: 14 a 26, secuencias parciales de secuencias de polipéptido homologas a SEQ ID Nos: 14 a 26, polipéptidos derivados de polipéptidos de longitud completa por supresión interna, y proteínas de fusión. Es una práctica aceptada en el campo de la inmunología, el hecho de usar fragmentos y variantes de inmunógenos de proteína como vacunas, ya que todo lo que se requiere para inducir una respuesta inmune a una proteína, es una región inmunogénica pequeña de la proteína (por ejemplo, de 8 a 10 aminoácidos). Se ha visto que varios péptidos sintéticos cortos correspondientes a antígenos expuestos en superficie, de patógenos diferentes de Chlamydia, son efectivos como antígenos de vacuna contra sus respectivos patógenos, por ejemplo, un péptido de 11 residuos de virus de tumor mamario murino (Casey & Davidson, Nucí. Acid Res. (1977) 4:1539), un péptido de 16 residuos de virus Semliki Forest (Snijders y otros, 1991 , J. Gen. Virol. 72:557-565), y dos péptidos traslapantes de 15 residuos cada uno, de parvovirus canino (Langeveld y otros, Vaccine 12(15): 1473-1480, 1994). Por lo tanto, para el experto en la materia será fácilmente evidente, habiendo leído la presente descripción, que las secuencias parciales de SEQ ID Nos: 14 a 26, o sus secuencias de aminoácidos homologas, son inherentes a las secuencias de longitud completa y son enseñadas por la presente invención. Se prefiere que tales fragmentos de polipéptido sean de por io menos 12 aminoácidos de longitud. De manera ventajosa, de por lo menos 20 aminoácidos; de preferencia por lo menos de 50 aminoácidos; de preferencia de 75 aminoácidos, y muy preferiblemente de por lo menos 100 aminoácidos de longitud. Se recuperan polinucleótidos de 30 a 600 nucleótidos que codifican secuencias parciales de secuencias homologas a SEQ ID Nos: 14 a 26, por medio de ampliación por PCR usando los parámetros descritos arriba y usando iniciadores que coinciden con las secuencias hacia el inicio y hacia el final de los extremos 5' y 3' del fragmento que será ampliado. El polinucleótido usado como molde para tal ampliación puede ser el polinucleótido de longitud completa homólogo a una de las SEQ ID Nos: 1 a 13, o un polinucleótido contenido en una mezcla de polinucleótidos tal como una colección de ADN o ARN. Como un método alternativo para recuperar las secuencias parciales, se lleva a cabo una hibridación de prueba bajo las condiciones descritas arriba usando la fórmula para calcular Tm. Cuando se espera recuperar los fragmentos de 30 a 600 nucleótidos, la Tm calculada se corrige por sustracción (600/tamaño de polinucleótido en pares de bases) y las condiciones de severidad se definen por una temperatura de hibridación que es 5 a 10°C debajo de Tm. Cuando se espera obtener oligonucleótidos más cortos a 20-30 bases, la fórmula para calcular la Tm es la siguiente: Tm = 4 x (G+C) + 2 (A+T). Por ejemplo, un fragmento de 18 nucleótidos de 50% de G+C tendría una Tm aproximada de 54°C. Péptidos cortos que son fragmentos de SEQ ID Nos: 14 a 26 o sus secuencias homologas, se obtienen directamente por síntesis química (E. Gross y H. J. Meinhofer, "4 The Peptides: Analysis, Synthesis, Biology; Modern Techniques of Peptide Synthesis", John Wiley & Sons (1981), y M. Bodanzki, "Principies of Peptide Synthesis", Springer-Veríag (1984)). Los derivados de polipéptidos útiles, por ejemplo, fragmentos de polipéptido, se diseñan usando análisis asistido por computadora de secuencias de aminoácidos. Esto identifica regiones antigénicas probablemente expuestas en la superficie (Hughes y otros, 1992, Infecí. Immun. 60(9): 3497). Un análisis de las 6 secuencias de aminoácidos contenidas en las SEQ ID Nos: 14 a 26, basado en el producto de propensiones de flexibilidad e hidrofobicidad usando el programa SEQEE (Wishart DS y otros, "SEQSEE: A Comprehensive Program Suite for Protein Sequence Analysis." Compu Appl Biosci. Abril 1994; 10(2): 121 -32), revela un número de epítopes potenciales de células B y T que se pueden usar como base para seleccionar fragmentos y variantes inmunogénicos útiles. Los resultados se muestran en las figuras de la 11 a la 15. Este análisis usa una combinación razonable de características de superficie externa que probablemente pueden ser reconocidas por anticuerpos. Probables epítopes de células T para la subclase HLA-A0201 MHC, fueron revelados por un algoritmo escrito en Laboratorios Connaught, que emula un enfoque desarrollado en el NIH (Parker KC y otros "Peptide binding to MHC class I molecules: implications for antigenic peptide prediction" Immunol Res 1995; 14(1): 34-57). Los epítopes que inducen una respuesta protectora inmune dependiente de células T, están presentes en toda la longitud del polipéptido.

Sin embargo, algunos epítopes pueden estar enmascarados por estructuras secundarias y terciarias del polipéptido. Para revelar tales epítopes enmascarados, se crean grandes supresiones internas que remueven mucho de la estructura de la proteína original y expone los epítopes enmascarados. Algunas veces, tales supresiones internas afectan ia ventaja adicional de remover regiones inmunodominantes de alta variabilidad entre cepas. Usando los métodos estándar (Ausubel y otros Current Protocols in Molecular Biology John Wiley & Sons Inc., 1994) se construyen polinucleótidos que codifican fragmentos de polipéptido y polipéptidos que tienen grandes supresiones internas. Tales métodos incluyen PCR estándar, PCR inversa, tratamiento con enzimas de restricción de moléculas de ADN clonadas, o el método de Kunkel y otros (Kunkel y otros, Proc. Nati. Acad. Sci. USA (1985) 82:448). Los componentes para estos métodos y las instrucciones para su uso están disponibles en varias fuentes comerciales tales como Stratagene. Una vez que se han construido los mutantes de supresión, se prueba su capacidad de prevenir y tratar infección por Chlamydia como se describió arriba. Tal y como se usa aquí, un polipéptido de fusión es aquel que contiene un polipéptido o un derivado de polipéptido de la invención fusionado en el extremo terminal N ó C con cualquier otro polípéptido (que en adelante se íe denominará cola de péptido). Una forma simple de obtener tal poüpéptido de fusión es mediante traducción de una fusión en marco de las secuencias de polinucleótido; esto es, un gen híbrido. El gen híbrido que codifica al polipéptido de fusión, se inserta en un vector de expresión que se usa para transformar o transfectar una célula hospedera. Alternativamente, la secuencia de poiinucleótido que codifica al polipéptido o al derivado de polipéptido, se inserta en un vector de expresión en el que el polinucleótido que codifica a la cola de polipéptido ya está presente. Tales vectores e instrucciones para su uso están disponibles comercialmente, por ejemplo, el sistema pMal-c2 ó pMal-p2 de New England Biolabs, en el que la cola de péptido es una proteína de unión a maltosa; el sistema glutation-S-transferasa de Pharmacia, o el sistema His-Tag disponible en Novagen. Estos y otros sistemas de expresión proveen medios convenientes para una mayor purificación de los polipéptidos y derivados de la invención. Un ejemplo ventajoso de un poiipéptido de fusión es aquel en donde el polipéptido, u homólogo, o fragmento de la invención, se fusiona a un polipéptido que tiene actividad adyuvante, tal como la subunidad B, ya sea de la toxina del cólera o la toxina termolábil de E. coli. Otra fusión ventajosa es aquella en donde el polipéptido, homólogo o fragmento, se fusiona a un epítope fuerte de células T o a un epítope de células B. Un epítope así puede ser uno conocido en la técnica (por ejemplo, el antígeno de núcleo del virus de la Hepatitis B, D.R. Millich y otros, "Antibody production to the nucleocapsid and envelope of the Hepatitis B virus primed by a single synthetic T cell site", Nature 1987, 329:547-549), o uno que haya sido identificado en otro polipéptido de la invención (Figuras de la 11 a la 15). Consistentemente con este aspecto de la invención, está un polipéptido de fusión que comprende epítopes de células T ó B de una de las SEQ ID Nos: 14 a 26 o su homólogo o fragmento, en donde los epítopes derivan de múltiples variantes de dicho polipéptido u homólogo o fragmento, cada variante diferenciándose de otra en la localización y secuencia de su epítope dentro del polipéptido. Una fusión así es efectiva en la prevención y tratamiento de la infección por Chlamydia, ya que optimiza la respuesta de células T y B hacia todo el polipéptido, homólogo o fragmento. Para efectuar la fusión, el polipéptido de la invención se fusiona con el extremo terminal N, o preferiblemente C, del polipéptido que tiene actividad adyuvante o epítope de células T ó B. Alternativamente, se inserta internamente un fragmento de polipéptido de la invención dentro de la secuencia de aminoácidos del polipéptido que tiene actividad de adyuvante. El epítope de células T ó B también se puede insertar internamente dentro de la secuencia de aminoácidos del polipéptido de la invención. Consistentemente con el primer aspecto, los polinucleótidos de la invención también codifican polipéptidos precursores híbridos que contienen péptidos de señal heterólogos, que se convierten en polipéptidos maduros de la invención. "Péptido de señal heterólogo" se refiere a un péptido señal que no se encuentra en los precursores naturales de los polipéptidos de la invención. Una molécula de polinucleótido de conformidad con la invención, que incluye ARN, ADN, o sus modificaciones o combinaciones, tiene varias aplicaciones. Por ejemplo, una molécula de ADN se usa, (i) en un proceso para producir el polipéptido codificado en un sistema hospedero recombinante, (ii) en la construcción de vectores de vacuna tales como los virus de viruela, que se usan además en métodos y composiciones para prevenir y/o tratar la infección por Chlamydia, (iii) como un agente de vacuna (también como una molécula de ARN), en una forma simple o formulada con un vehículo de suministro y , (iv) en la construcción de cepas de Chlamydia atenuadas que puedan sobreexpresar a un polinucleótido de la invención o expresarlo en una forma mutante, no tóxica. Por lo tanto, un segundo aspecto de la invención comprende (i) un cassette de expresión que contiene una molécula de ADN de la invención colocada bajo el control de elementos requeridos para la expresión, en particular, bajo el control de un promotor apropiado.; (ii) un vector de expresión que contiene un cassette de expresión de la invención; (iii) una célula procariótica o eucariótica transformada o transfectada con un cassette de expresión y/o vector de la invención, así como (iv) un proceso para producir un polipéptido o un derivado de polipéptido codificado por un polinucleótido de la invención, que implica cultivar una célula procariótica o eucariótica transformada o transfectada con un cassette de expresión y/o vector de la invención, bajo condiciones que permiten la expresión de la molécula de ADN de la invención, y recuperar del cultivo celular el polipéptido o derivado de polipéptido codificado. Un sistema de expresión recombinante se selecciona de hospederos procarióticos y eucarióticos. Los hospederos eucarióticos incluyen células de levadura (por ejemplo, Saccharomyces cerevisiae ó Pichia pastoris), células de mamífero (por ejemplo, células COS1 , NIH3T3, ó JEG3), células de artrópodos (por ejemplo, células Spodoptera frugiperda (SF9)), y células de plantas. Un sistema de expresión preferido es un hospedero procariótico como E. coli. Las células bacterianas y eucarióticas están disponibles de varias fuentes diferentes, que incluyen fuentes comerciales, para los expertos en la materia, por ejemplo, "The American Type Culture Collection" (ATCC; Rockville, Maryland). Las fuentes comerciales de células que se usan para la expresión de proteína recombinante, también proveen instrucciones para el uso de las células. La elección del sistema de expresión depende de las características deseadas para el polipéptido expresado. Por ejemplo, puede ser útil producir un polipéptido de la invención en una forma lipídica particular o en cualquier otra forma. El experto en la materia entenderá fácilmente que no se esperaría que todos los vectores y secuencias de control de expresión y hospederos expresen igualmente bien los polinucleótidos de esta invención. Sin embargo, con la guía descrita abajo, se puede hacer una selección de vectores, secuencias de control de expresión y hospederos sin mayor experimentación y sin salirse del alcance de esta invención. Al seleccionar un vector, debe escogerse un hospedero que sea compatible con el vector que se espera que exista y en el que posiblemente se duplique. Las consideraciones se hacen con respecto al número de copias del vector, la capacidad de controlar el número de copias, la expresión de otras proteínas tales como de resistencia a antibióticos. Al seleccionar una secuencia de control de expresión, se consideran varias variables. Entre las variables importantes están la relativa a la fuerza de la secuencia (por ejemplo, la capacidad para conducir la expresión bajo varias condiciones), la capacidad para controlar la función de la secuencia, la compatibilidad entre el polinucleótido que será expresado y la secuencia de control (por ejemplo, se considera que las estructuras secundarias evitan a las estructuras de horquilla que impiden una transcripción eficiente). Al seleccionar el hospedero, se seleccionan hospederos unicelulares que sean compatibles con el vector seleccionado, tolerantes de cualquier posible efecto tóxico del producto expresado; capaces de secretar eficientemente el producto expresado si esto se desea; que puedan expresar el producto en la conformación deseada; que puedan ser fácilmente escalados, y que faciliten la purificación del producto final. La elección del cassette de expresión depende del sistema hospedero seleccionado así como de las características deseadas para el polipéptido expresado. Generalmente, un cassette de expresión incluye un promotor que es funcional en el sistema hospedero seleccionado y que puede ser constitutivo o inducible; un sitio de unión de ribosoma; un codón de inicio (ATG) si es necesario; una región que codifique un péptido señal, por ejemplo, un péptido de señal de lipidación; una molécula de ADN de la invención; un codón de detención; y opcionalmente una región terminal 3' (un terminador de traducción y/o transcripción). La región que codifica al péptido señal es adyacente al polinucleótido de la invención y se coloca en el marco de lectura apropiado. La región que codifica al péptido señal es homologa o heteróloga a la molécula de ADN que codifica al polipéptido maduro y es compatible con el aparato de secreción del hospedero usado para la expresión. El marco de lectura abierto constituido por la molécula de ADN de la invención, individualmente o junto con el péptido señal, se coloca bajo el control del promotor para que la transcripción y la traducción ocurran en el sistema hospedero. Los promotores y las regiones que codifican el péptido señal son ampliamente conocidos y están disponibles para los especialistas en la materia e incluyen, por ejemplo, al promotor de Salmonella typhimurium (y derivados) que es inducible por arabinosa (promotor araB) y es funcional en bacterias Gram-negativas como E. coli (como se describe en la Patente de E.U.A. No: 5,028,530 y en Cagnon y otros, (Cagnon y otros, Protein Engineering (1991) 4(7):843); el promotor del gen del bacteriófago T7 que codifica ARN polimerasa, que es funcional en varias cepas de E. coli que expresan polimerasa T7 (descrita en la Patente de E.U.A No: 4,952,496); péptido de señal de lipidación OspA; y péptido de señal de lipidación RIpB (Takase y otros, J. Bact. (1987) 169:5692). El cassette de expresión generalmente es parte de un vector de expresión, que se selecciona por su capacidad para duplicarse en el sistema de expresión escogido. Los vectores de expresión (por ejemplo, plásmidos o vectores virales) pueden escogerse, por ejemplo, de aquellos descritos en Pouwels y otros, "Cloning Vectors: A Laboratory Manual" 1985, Supp. 1987). Los vectores de expresión convenientes se pueden comprar en varias fuentes comerciales. Los métodos para transformar / transfectar células hospederas con vectores de expresión, son bien conocidos en la técnica y dependen del sistema hospedero seleccionado, como se describe en Ausubel y otros, (Ausubel y otros Current Protocols in Molecular Biology John Wiley & Sons Inc., 1994). En la expresión, un polipéptido recombinante de la invención (o un derivado de polipéptido) se produce y permanece en el compartimiento intracelular, se secreta / excreta en el medio extracelular o en el espacio peripiásmico, o se incrusta en la membrana celular. El polipéptido se recupera en una forma sustancialmente purificada del extracto celular o del sobrenadante después de centrifugación del cultivo de células recombinantes. Generalmente, el polipéptido recombinante se purifica mediante purificación de afinidad basada en anticuerpos o a través de otros métodos bien conocidos que pueden ser adaptados fácilmente por una persona experta en la materia, tal como la fusión del polinucleótido que codifica al polipéptido o su derivado, a un dominio pequeño de unión de afinidad. Los anticuerpos útiles para purificar ios polipéptidos de la invención por inmunoafinidad, se obtienen según se describe más abajo. Un polinucleótido de la invención también puede ser útil como vacuna. Hay dos rutas principales, ya sea usando un hospedero viral o bacteriano como vehículo de suministro de genes (vector de vacuna vivo) o administrando el gen en una forma libre, por ejemplo, insertado en un plásmido. La eficacia terapéutica o profiláctica de un polinucleótido de la invención se evalúa como se describe enseguida. Por lo tanto, un tercer aspecto de la invención provee (i) un vector de vacuna como el virus de viruela, que contiene una molécula de ADN de la invención, colocada bajo el control de los elementos requeridos para la expresión; (ii) una composición de materia que comprende un vector de vacuna de la invención, junto con un diluyente o vehículo; específicamente (iii) una composición farmacéutica que contiene una cantidad, terapéuticamente o profilácticamente efectiva, de un vector de vacuna de la invención; (iv) un método para inducir una respuesta inmune contra Chlamydia en un mamífero (por ejemplo, un humano; alternativamente, el método puede usarse en aplicaciones veterinarias para prevenir o tratar la infección por Chlamydia de animales, por ejemplo, gatos o aves), que implica administrarle al mamífero una cantidad, inmunogénicamente efectiva, de un vector de vacuna de la invención para producir una respuesta inmune, protectora o terapéutica, a Chlamydia; y particularmente, (v) un método para prevenir y/o tratar una infección por Chlamydia (por ejemplo, C. trachomatis, C. psittaci, C. pneumoniae, C. pecorum), lo que implica administrarle a un individuo infectado, una cantidad, profiláctica o terapéutica, de un vector de vacuna de la invención. Adicionalmente, el tercer aspecto de la invención incluye el uso de un vector de vacuna de la invención en la preparación de un medicamento para prevenir y/o tratar la infección por Chlamydia. Como aquí se usa, un vector de vacuna expresa uno o varios polipéptidos o derivados de la invención. El vector de vacuna puede expresar una citocina adicional, como interleucina-2 (IL-2) o interleucina-12 (I L-12), que mejora la respuesta inmune (efecto auxiliar). Se comprende que cada uno de los componentes que serán expresados se coloca bajo el control de los elementos requeridos para la expresión en una célula de mamífero. De manera consistente con el tercer aspecto de la presente invención está una composición que comprende varios vectores de vacuna, cada uno de ellos siendo capaz de expresar un polopéptido o derivado de la invención. Una composición también puede comprender un vector de vacuna que puede expresar un antígeno de Chlamydia adicional, o una subunidad, fragmento, homólogo, mutante, o derivado de este, opcionalmente junto con una citocina, como I L-2 ó IL-12. Los métodos de vacunación para tratar o prevenir la infección en un mamífero, incluyen el uso de un vector de vacuna de la ¡nvención, para ser administrado por cualquier vía convencional, particularmente a una superficie de mucosa (por ejemplo, ocular, intranasal, oral, gástrica, pulmonar, intestinal, rectal, vaginal, o del tracto urinario) o por la vía parenteral (por ejemplo, subcutánea, intradérmica, intramuscular, intravenosa, o intraperitoneal). Las vías preferidas dependen de la elección del vector de vacuna. El tratamiento puede ser efectuado con una sola dosis o repitiéndola en intervalos. La dosis apropiada depende de varios parámetros conocidos por los técnicos expertos, tales como el mismo vector de vacuna, la vía de administración o la condición del mamífero que se vacunará (peso, edad y otras características). Los vectores de vacuna vivos disponibles en la técnica, incluyen vectores virales como los adenovirus y virus de viruela, así como también vectores bacterianos, por ejemplo, Shigella, Salmonella, Vibrio cholerae, Lactobacillus, Bacille bilié de Calmette-Guérin (BCG), y Streptococcus. Un ejemplo de un vector de adenovirus, así como también un método para construir un vector de adenovirus capaz de expresar una molécula de ADN de la invención, se describen en la Patente de E.U.A. No: 4,920,209. Los vectores del virus de la viruela incluyen virus de vaccinia y virus de viruela de canario, descritos en la Patente de E.U.A No: 4,722,848 y la Patente de E.U.A No: 5,364,773, respectivamente. Véase también, por ejemplo, Tartaglia y otros, Virology (1992) 188:217 para una descripción de un vector de virus de vaccinia; y Taylor y otros, Vaccine (1995) 13:539 para una referecia de una viruela de canario. Los vectores de virus de viruela capaces de expresar un polinucleótido de ia invención, se obtienen por recombinación homologa, tal como se describe en Kieny y otros, Nature (1984) 312:163, para que el polinucieótido de la invención se inserte en el genoma viral bajo condiciones apropiadas para la expresión en células de mamífero. Generalmente, la dosis del vector viral de vacuna, para uso terapéutico o profiláctico, puede ser de aproximadamente 1x104 a aproximadamente 1x1011, de preferencia aproximadamente de 1x107 a aproximadamente 1x1010, de preferencia de aproximadamente 1x107 a aproximadamente 1x109 unidades formadoras de placa por kilogramo. De preferencia, los vectores virales se administran parenteralmente; por ejemplo, en 3 dosis, separadas en 4 semanas. Se prefiere evitar la adición de un adyuvante químico a una composición que contenga un vector viral de la invención y con ello, reducir la respuesta inmune al vector viral mismo. Se conocen cepas mutantes no toxicogénicas de Vibrio cholerare que son útiles como vacuna oral viva. Mekalanos y otros, Nature (1983) 306:551 y la Patente de E.U.A. No: 4,882,278 describen cepas que tienen una cantidad sustancial de la secuencia codificadora de cada uno de los dos alelos ctxA suprimidos, para que no se produzca ninguna toxina de Cholerae funcional. WO 92/11354 describe una cepa en la que el locus irgA es inactivado por mutación; esta mutación se puede combinar en una sola cepa con mutaciones de ctxA. WO 94/01533 describe un mutante de supresión carente secuencias funcionales de ADN de ctxA y attRSL Estas cepas mutantes son construidas por ingeniería genética para que expresen antígenos heterólogos, tal como se describe en WO 94/19482. Una dosis efectiva de la vacuna de una cepa de Vibrio cholerae, capaz de expresar un polipéptido o un derivado de polipéptido codificado por una molécula de ADN de la invención, contiene aproximadamente 1x105 a aproximadamente 1x109, de preferencia de aproximadamente 1x10d a aproximadamente 1x108, bacterias viables en un voiumen apropiado para la vía de administración seleccionada. Las vías de administración preferidas incluyen todas las vías de mucosas; preferiblemente, estos vectores se administran intranasalmente u oralmente. Se describen cepas atenuadas de Salmonella typhimurium, construidas por ingeniería genética para la expresión recombinante de antígenos heterólogos o no, y su uso como vacunas orales, en Nakayama y otros (Bio/Technology (1998) 6:693) y WO 92/11361. Las vías de administración preferidas incluyen todas las vías de mucosas: preferiblemente, estos vectores se administran intranasalmente u oralmente. Otras cepas bacterianas usadas como vectores de vacuna en el contexto de la presente invención, se describen para Shigella flexneri en High y otros, EMBO (1992) 11 : 1991 y Sizemore y otros, Science (1995) 270:299; para Strepfococcus gordonii Medaglini y otros, Proc. Nati. Acad. Sci. USA (1995) 92:6868 y para Bacille Calmeííe Guerin en Flynn J.L., Cell. Mol. Biol. (1994) 40 (suppl. I): 31 , WO 88/06626, WO 90/00594, WO 91/13157, WO 92/01796, y WO 92/21376. En vectores bacterianos, el polinucleótido de la invención se inserta en el genoma bacteriano o permanece en un estado libre como parte de un plásmido. La composición que comprende un vector bacteriano de vacuna de la presente invención puede además, contener un adyuvante. Los expertos en la técnica conocen varios adyuvantes. Los adyuvantes que se prefieren son los que se proveen más abajo.

Por lo tanto, un cuarto aspecto de la invención provee (i) una composición de material que ¡ncluye un polinucleótido de la invención, junto con un diluyente o vehículo; (i¡) una composición farmacéutica que incluye una cantidad, terapéuticamente o profilácticamente efectiva, de un polinucleótido de la ¡nvención; (i¡¡) un método para inducir una respuesta inmune contra Chlamydia en un mamífero por administración de una cantidad, inmunogénicamente efectiva, de un polinucleótido de la invención para provocar una respuesta protectora inmune a Chlamydia; y particularmente, (iv) un método para prevenir y/o tratar una infección por Chlamydia (por ejemplo, C. trachomatis, C. psittaci, C. pneumoniae, ó C. pecorum) mediante la administración de una cantidad, profiláctica o terapéutica, de un polinucleótido de la invención a un individuo infectado. Adicionalmente, el cuarto aspecto de la invención incluye el uso de un polinucleótido de la ¡nvención en la preparación de un medicamento para prevenir y/o tratar la infección por Chlamydia. Un uso preferido ¡ncluye el uso de una molécula de ADN colocada bajo condiciones para la expresión en una célula de mamífero, especialmente en un plásmido que no se puede duplicar en células de mamíferos, y para integrarse sustancialmente en un genoma de mamífero. Ei uso de los polinucleótidos de la invención ¡ncluye su administración a un mamífero como vacuna, para propósitos terapéuticos o profilácticos. Tales polinucleótidos se usan en la forma de ADN como parte de un plásmido que es incapaz de duplicarse en una célula de mamífero y es incapaz de integrarse en un genoma de mamífero. Generalmente, tal molécula de ADN se coloca bajo el control de un promotor apropiado para la expresión en una célula de mamífero. El promotor funciona ya sea de forma ubicua o específica de tejido. Los ejemplos de promotores no específicos de tejido ¡ncluyen el promotor temprano de citomegalovirus (CMV) (descrito en la Patente de E.U.A. No: 4,168,062) y el promotor del Virus de Sarcoma de Rous (desctiro en Norton & Coffin, Molec. Cell Biol. (1985) 5:281). Un ejemplo de un promotor específico de tejido es el promotor de desmina que maneja la expresión en células musculares (Li y otros, Gene (1989) 78:243, Li & Paulin, J. Biol. Chem. (1991 ) 266:6562 y Li & Paulin, J. Biol. Chem. (1993) 268:10403). El uso de los promotores es bien conocido por los expertos en la técnica. Se describen vectores útiles en muchas publicaciones, específicamente WO 94/21797 y Hartikka y otros, Human Gene Therapy (1996) 7:1205. Los polinucleótidos de la invención que se usan como vacunas, codifican ya sea un precursor o una forma madura del polipéptido correspondiente. En la forma de precursor, el péptido señal es homólogo o heterólogo. Si es heterólogo, se prefiere una secuencia guía eucariótica, tal como la secuencia guía del factor de plasminógeno de tipo de tejido (tPA). Como se usa aquí, una composición de la invención contiene uno o varios polinucleótidos, opcionalmente, por lo menos con un polinucleótido adicional que codifica otro antígeno de Chlamydia como la subunidad de ureasa A, B, o ambas, o un fragmento, derivado, mutante, o su análogo. La composición también puede contener un polinucleótido adicional que codifica una citocina, como interleucina 2 (IL-2) ó interleucina12 (IL-12) para que se incremente la respuesta inmune. Estos polinucleótidos adicionales se colocan bajo control apropiado para la expresión. Convenientemente, moléculas de ADN de la invención y/o moléculas de ADN adicionales que se incluirán en la misma composición, están presentes en el mismo plásmido. Las técnicas estándar de biología molecular para preparar y purificar polinucleótidos, se usan en la preparación de los polinucleótidos terapéuticos de la invención. Para usarse como vacuna, un polinucleótido de la ¡nvención se formula de acuerdo a varios métodos descritos abajo. Un método utiliza el polinucleótido en una forma simple, libre de cualquier vehículo de suministro. Un polinucleótido así simplemente se diluye en una solución fisiológicamente aceptable, como la salina estéril o la salina estéril amortiguada, con o sin un vehículo. Cuando está presente, el vehículo es preferiblemente isotónico, hipotónico, o débilmente hipertónico, y tiene una fuerza iónica relativamente baja, tal y como la provista por una solución de sacarosa, por ejemplo, una solución que contiene 20% de sacarosa. Un método alternativo utiliza el polinucleótido en asociación con agentes que ayudan en la incorporación celular. Ejemplos de tales agentes son (i) agentes químicos que modifican la permeabilidad celular, como la bupivacaina (véase, por ejemplo, WO 94/16737), (ii) liposomas para encapsulación del polinucleótido, o (iii) lípidos catiónicos o micropartículas de sílice, oro, o tungsteno que se asocian con los polinucleótidos.

Los liposomas aniónicos y neutros se conocen bien en la técnica (véase, por ejemplo, "Liposomes: A Practical Approach", RPC New Ed, IRL Press (1990), para una descripción detallada de los métodos para hacer liposomas) y son útiles para suministrar una gran variedad de productos, incluyendo polinucleótidos. Los lípidos catiónicos también se conocen en la técnica y se usan comúnmente para suministro de genes. Tales lípidos incluyen Lipofectin™ también conocido como DOTMA (cloruro de N-[1-(2,3-dioleiloxi)propil]-N,N,N-trimetilamonio), DOTAP (1 ,2-bis(oleilox¡)-3-(trimetilamonio)propano), DDAB (bromuro de dimetildioctadecilamonio), DOGS (dioctadecilamidologlicil-espermina) y derivados de colesterol tales como DC-Chol (3 beta-(N-(N',N'-dimetilaminometano)-carbamoil)-colesterol). Se puede encontrar una descripción de estos lípidos catiónicos en EP 187,702, WO 90/11092, la Patente de E.U.A No: 5,283,185, WO 91/15501 , WO 95/26356, y la Patente de E.U.A. No: 5,527,928. Los lípidos catiónicos para suministro de genes, de preferencia de usan en asociación con un lípido neutro como DOPE (dioleil fosfatidiletanolamina), tal como se describe por ejemplo en WO 90/11092. Una formulación que contiene liposomas catiónicos puede, opcionalmente, contener otros compuestos que faciliten la transfección. Varios de ellos se describen en WO 93/18759, WO 93/19768, WO 94/25608, y WO 95/02397. Incluyen derivados de espermina útiles para facilitar el transporte de ADN a través de la membrana nuclear (véase, por ejemplo, WO 93/18759) y compuestos de permeabilización de membrana tales como GALA, Gramicidina S, y sales biliares catiónicas (véase, por ejemplo, WO 93/19768). Se usan micropartículas de oro o tungsteno para suministro de genes, tal como se describe en WO 91/00359, WO 93/17706, y Tang y otros, (Nature (1992) 356:152). El polinucleótido cubierto con micropartículas se inyecta por vía intradérmica o intraepidérmica, usando un dispositivo de inyección sin aguja ("pistola de genes"), como se describe en la Patente de E.U.A. No: 4,945,050, la Patente de E.U.A. No: 5,015,580, y WO 94/24263. La cantidad de ADN que se usará en un receptor de vacuna depende, por ejemplo, de la fuerza del promotor usado en la construcción del ADN, la inmunogenicidad del producto de gen expresado, la condición del mamífero destinado para la administración (por ejemplo, el peso, edad, y la salud general del mamífero), el modo de administración, y el tipo de formulación. En general, una dosis, terapéuticamente o profilácticamente efectiva de aproximadamente 1µg a aproximadamente 1 mg, de preferencia de aproximadamente 10 µg a aproximadamente 800 µg y, aún mejor, de aproximadamente 25 µg a aproximadamente 250 µg, se puede administrar a humanos adultos. La administración se puede lograr en una sola dosis o repetirse a intervalos. La vía de administración es cualquier vía convencional usada en el campo de las vacunas. Como guía general, un polinucleótido de la invención se administra por medio de una superficie de mucosa, por ejemplo, una superficie de ocular, ¡ntranasal, pulmonar, oral, intestinal, rectal, vaginal y del tracto urinario; o por vía parenteral, por ejemplo, por una vía intravenosa, subcutánea, intraparitoneal, intradérmica o intramuscular. La elección de la vía de administración depende de la formulación que se seleccione. Un polinucleótido formulado en asociación con bupivacaína se administra, convenientemente, en el músculo. Cuando se usa un liposoma neutro o aniónico o un lípido catiónico, como el DOTMA ó DC-Chol, la formulación se puede inyectar, convenientemente, por vía intravenosa, ¡ntranasal (aerosolización), intramuscular, intradérmica y subcutánea. Un polinucleótido en forma simple se puede administrar de forma conveniente por vía intramuscular, intradérmica o subcutánea. Aunque no es absolutamente requerido, tal composición puede también contener un adyuvante. Si es así, se prefiere un adyuvante sistémico que no requiera una administración concomitante para que exhiba un efecto adyuvante, tal como por ejemplo QS21 , que se describe en la Patente de E.U.A. No: 5,057,546. La información de secuencia que se provee en la presente solicitud, hace posible el diseño de sondas de nucleótido específicas e iniciadores que se usan para propósitos de diagnóstico. Por lo tanto, un quinto aspecto de la invención provee una sonda de nucleótido o iniciador que tiene una secuencia encontrada en, o derivada por, la degeneración del código genético de una secuencia mostrada en cualquiera de las SEQ ID Nos: 1 a 13.

El término "sonda", como se usa en la presente solicitud, se refiere a moléculas de ADN (de preferencia de una sola cadena) o de ARN (o sus modificaciones o combinaciones) que hibridan bajo las condiciones severas, como se definieron anteriormente, con moléculas de ácido nucleico que tienen SEQ ID Nos: 1 a 13 ó con secuencias homologas a las SEQ ID Nos: 1 a 13, ó con sus secuencias complementarias o de antisentido. Generalmente, las sondas son significantemente más cortas que las secuencias de longitud completa. Tales sondas contienen de aproximadamente 5 a aproximadamente 100, de preferencia de aproximadamente 10 a cerca de 80 nucleótidos. En particular, las sondas tienen secuencias que son, por lo menos 75%, de preferencia por lo menos 85%, aún mejor 95% homologas a una porción de cualquiera de las SEQ ID Nos: 1 a 13 ó que son complementarias a tales secuencias. Las sondas pueden contener bases modificadas tales como inosina, metil-5-desoxocitidina, desoxiuridina, dimetilamino-5-desoxiuridina, o diamino-2,6-purina. Los residuos de azúcar o fosfato también pueden modificarse o sustituirse. Por ejemplo, un residuo de desoxirribosa puede reemplazarse con una poliamida (Nielsen y otros, Science (1994) 254:1497) y los residuos de fosfato pueden reemplazarse con grupos de éster tales como difosfato, alquilo, arilfosfonato y esteres de fosforotioato. Además, el grupo 2'-hidroxilo en ribonucleótidos puede modificarse incluyendo taies grupos como los alquilo.

Las sondas de la invención se usan en pruebas de diagnóstico, como sondas de captura o detección. Tales sondas de captura se inmovilizan convencionalmente en un soporte sólido, directamente o indirectamente, por medios covalentes o por adsorción pasiva. Una sonda de detección se marca con un marcador de detección seleccionado de: isótopos radioactivos, enzimas como peroxidasa, fosfatasa alcalina, y enzimas capaces de hidrolizar un substrato cromogénico, fluorogénico, o luminiscente; compuestos que son cromogénicos, fluorogénicos, o luminisecentes, análogos de base de nucleótido y biotina. Las sondas de la invención se usan en cualquier técnica de hibridación convencional, como el dot blot (Maniatis y otros, "Molecular Cloning: A Laboratory Manual" (1982) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York), Southern blot (Southern, J. Mol. Biol. (1975) 98:503), Northern blot (idéntica a la Southern blot con la excepción de se usa ARN como objetivo), o la técnica de sandwich (Dunn y otros, Cell (1977) 12:23). La segunda técnica implica el uso de una sonda de captura específica y/o una sonda de detección específica con secuencias de nucleótido que difieren entre sí, por lo menos parcialmente. Un iniciador es una sonda de, usualmente, cerca de 10 hasta 40 nucleótidos aproximadamente, que se usa para iniciar la polimerización enzimática de ADN en un proceso de ampliación (por ejemplo, PCR), en un proceso de alargamiento, o en un método de transcripción inversa. Los iniciadores que se usan en métodos de diagnóstico que implican PCR se marcan mediante los métodos conocidos en la técnica. Tal como se describe en este documento, la invención también incluye (i) un reactivo que comprende una sonda de la invención para detectar y/o identificar la presencia de Chlamydia en un material biológico; (ii) un método para detectar y/o identificar la presencia de Chlamydia en un material biológico, en el que (a) se recupera una muestra o se deriva del material biológico, (b) se extrae y se desnaturaliza ADN ó ARN del material, y (c) se expone a una sonda de la invención, por ejemplo una sonda de captura, de detección, o ambas, bajo condiciones de hibridación severas, para detectar la hibridación; y (¡ii) un método para detectar y/o identificar la presencia de Chlamydia en un material biológico, en el que (a) se recupera una muestra o se deriva del material biológico, (b) se extrae ADN del mismo, (c) el ADN extraído se prepara por lo menos con uno, y de preferencia dos, iniciadores de la invención y es ampliado por una reacción en cadena de polimerasa, y (d) se produce el fragmento de ADN ampliado. Es evidente que la descripción de secuencias de polinucleótido de SEQ ID Nos: 1 a 13, sus secuencias homologas y parciales de cualquiera de ellas, hace posible sus secuencias de aminoácidos correspondientes. Por lo tanto, un sexto aspecto de la invención presenta un polipéptido o derivado de polipéptido sustancialmente purificado que tiene una secuencia de aminoácidos codificada por un polinucleótido de la invención.

Un "polipéptido sustancialmente purificado" tal como se usa en este documento, se define como un polipéptido que se separa del medio en el que ocurre naturalmente y/o que está libre de la mayoría de los polipéptidos que están presentes en el medio en el que fue sintetizado. Por ejemplo, un polipéptido sustancialmente purificado está libre de polipéptidos citoplásmicos. Los expertos en la técnica entenderán fácilmente que los polipéptidos de la invención pueden ser purificados de una fuente natural, esto es, una cepa de Chlamydia, o pueden ser producidos por medios recombinantes. Consistentemente con el sexto aspecto de la invención, están los polipéptidos, homólogos o fragmentos que son modificados o tratados para incrementar su inmunogenicidad en el animal objetivo, en quien se espera que el polipéptido, homólogo o fragmentos confiera protección contra Chlamydia. Tales modificaciones o tratamientos incluyen: sustituciones de aminoácido con un derivado de aminoácido como la 3-metilhistidina, 4-hidroxipolina, 5-hidroxilisina, etc., modificaciones o supresiones que se llevan a cabo después de la preparación del polipéptido, homólogo o fragmento, tales como la modificación de grupos de laterales sin amino, carboxilo o hidroxilo de los aminoácidos. La identificación de polipéptidos homólogos o derivados de polipéptidos codificados por los polinucleótidos de la invención que tienen antigenicidad específica, se logra probando la reactividad cruzada con un antisuero desarrollado contra el polipéptido de referencia que tiene una secuencia de aminoácidos de cualquiera de ias SEQ ID Nos: 14 a 26. El procedimiento es el siguiente: se desarrolla un antisuero monoespecífico hiperinmune contra un polipéptido de referencia purificado, un polipéptido de fusión (por ejemplo, un producto de expresión de MBP, GST, o sistemas His-tag), o un péptido sintético que se predice como antigénico. Cuando un anlisuero se desarrolla contra un polipéptido de fusión, se emplean dos sistemas de fusión diferentes. La antigenicidad específica se puede determinar de acuerdo con varios métodos, incluyendo Western blot (Towbin y otros, Proc. Nati. Acad. Sci. USA (1979) 76:4350), dot blot, y ELISA, descritas a continuación. En una prueba Western blot, el producto que será probado, ya sea como una preparación purificada o un extracto total de E. coli, se somete a una electroforesis SDS-Page, tal como lo describe Laemmli (Nature (1970) 227:680). Después de transferirse a una membrana de nitrocelulosa, el material se incuba con el antisuero hiperinmune monoespecífico diluido en la escala de diluciones de cerca de 1 :5 hasta cerca de 1 :5000, de preferencia de aproximadamente 1 :100 a cerca de 1 :500. La antigenicidad específica se muestra una vez que una banda correspondiente al producto exhiba reactividad en cualquiera de las diluciones de la escala antes mencionada. En una prueba ELISA, el producto que será probado se usa preferiblemente como el antígeno de recubrimiento. Se prefiere una preparación purificada, aunque también se puede utilizar un extracto de células completas. Brevemente, se distribuyen aproximadamente 100 µl de una preparación de cerca de 10 µg de proteína/ml, en pozos de una placa de policarbonato ELISA de 96 pozos. La placa se incuba por dos horas a 37° C y durante la noche a 4° C. Se lava la placa con solución salina amortiguadora de fosfato (PBS) conteniendo 0.05% de Tween 20 (amortiguador PBS/ Tween). Los pozos se saturan con 250 µl de PBS conteniendo 1 % de seroalbúmina de bovino (BSA) para impedir la unión de anticuerpos no específica. Después de una hora de incubación a 37° C, se lava la placa con amortiguador PBS/Tween. El antisuero se diluye en forma seriada en amortiguador PBS/Tween que contiene 0.5 % de BSA. Se agregan 100 µl de diluciones por pozo. Se incuba la placa por 90 minutos a 37° C, se lava y se evalúa de acuerdo a los procedimientos estándar. Por ejemplo, se agrega un conjugado de peroxidasa anti-conejo de cabra a los pozos cuando los anticuerpos específicos se desarrollaron en conejos. La incubación se lleva a cabo por 90 minutos a 37° C y se lava la placa. Se desarrolla la reacción con el substrato apropiado y se mide la reacción por colorimetría (absorbancia medida espectrofotométricamente). Bajo las condiciones experimentales anteriores, una reacción positiva se hace evidente por valores de D.O. mayores que un suero de control no inmune. En una prueba dot blot, se prefiere un producto purificado, aunque también se puede usar un extracto de células completas. Brevemente, una solución del producto aproximadamente a 100 µg / ml se diluye dos veces en serie en Tris-HC1 50 mM (pH 7.5). Se aplican 100 µl de cada dilución a una membrana de nitrocelulosa de 0.45 m puesta en un aparato de dot blot de 96 pozos (Biorad). Se remueve el amortiguador aplicándole vacío al sistema. Los pozos se lavan con la adición de Tris- HCl 50 mM (pH 7.5) y la membrana se seca con aire. La membrana se satura en amortiguador de bloqueo (Tr¡s-HC1 50 mM (pH 7.5) NaCI 0.15 M, 10 g / 1 de leche descremada) y se incuba con una dilución de antisuero de aproximadamente 1 :50 a cerca de 1 :5000, de preferencia aproximadamente 1 :500. La reacción se revela de acuerdo a los procedimientos estándar. Por ejemplo, se agrega un conjugado de peroxidasa anti-conejo de cabra a los pozos cuando se usan anticuerpos de conejo. La incubación se lleva a cabo por 90 minutos a 37° C y se lava el blot. La reacción se desarrolla con el substrato apropiado y se detiene. La reacción se mide visualmente por la aparición de una mancha de color, por ejemplo, mediante colorimetría. Bajo las condiciones experimentales anteriores, una reacción positiva se pone de manifiesto una vez que una mancha de color es asociada con una dilución de por lo menos cerca de 1 :5, de preferencia por lo menos cerca de 1 :500. La eficacia terapéutica o profiláctica de un polipéptido o derivado de la ¡nvención se puede evaluar tal y como se describe enseguida. Un séptimo aspecto de la invención provee (i) una composición de material que contiene un polipéptido de la invención junto con un diluyente o vehículo; específicamente (ii) una composición farmacéutica que contiene una cantidad terapéuticamente o profilácticamente efectiva de un polipéptido de la ¡nvención; (Ni) un método para inducir una respuesta inmune contra Chlamydia en un mamífero, administrándole al mamífero una cantidad inmunogénicamente efectiva de la ¡nvención para provocar una respuesta protectora inmune a Chlamydia; y particularmente, (iv) un método para prevenir y/o tratar una infección por Chlamydia (por ejemplo, C. trachomatis, C. psittaci, C. pneumoniae ó C. pecorum), administrándole una cantidad, profiláctica o terapéutica, de un polipéptido de la invención, a un individuo infectado. Adicionalmente, el séptimo aspecto de la invención incluye el uso de un polipéptido de la invención para la preparación de un medicamento para prevenir y/o tratar infección por Chlamydia. Tal y como se usa aquí, las composiciones inmunogénicas de la invención se administran por las vías convencionales conocidas en el campo de las vacunas, en particular a una superficie de mucosa (por ejemplo, ocular, intranasal, pulmonar, oral, gástrica, intestinal, rectal, vaginal, o tracto urinario) o por vía parenteral (por ejemplo, subcutánea, intradérmica, intramuscular, intravenosa o intraperitoneal). La selección de la vía de administración depende de varios parámetros, tales como el adyuvante asociado con el polipéptido. Si se usa un adyuvante de mucosa, se prefiere la vía intranasal u oral. Si se usa una formulación de lípido o un compuesto de aluminio, se prefiere la vía parenteral, siendo preferida la vía subcutánea o intramuscular. La selección también depende de la naturaleza del agente de vacuna. Por ejemplo, un polipéptido de la invención fusionado a CTB ó LTB, se administra mejor en una superficie mucosa. Tal como se usa aquí, la composición de la invención contiene uno o varios polipéptidos o derivados de la invención. Opcionalmente, la composición contiene por lo menos un antígeno de Chlamydia adidonal, o una subunidad, fragmento, homólogo, mutante o su derivado. Para usarse en una composición de la invención, un polipéptido, o su derivado, se formula en, o con, liposomas, preferiblemente liposomas neutros o aniónicos, microesferas, ISCOMS, o partículas tipo virus (VLPs) para facilitar el suministro y/o incrementar la respuesta inmune. Estos compuestos están disponibles con facilidad para los expertos en la técnica; por ejemplo, véase "Liposomes: A Practical Approach" RPC New Ed, IRL press (1990). Otros adyuvantes diferentes a los liposomas y materiales similares, son también conocidos y usados en la técnica. Los adyuvantes pueden proteger al antígeno de dispersión rápida al secuestrarlo en un depósito local, o podrían contener sustancias que estimulan al hospedero para que secrete factores que son quimiotácticos para macrófagos y otros componentes del sistema inmune. Una selección apropiada puede ser realizada convencionalmente por los expertos en la técnica, por ejemplo, de entre los que se describen más abajo (véase el décimo primer aspecto de la presente invención). El tratamiento se logra en una sola dosis, o en dosis repetidas a intervalos conforme sea necesario, tal como lo puede determinar un experto en la técnica. Por ejemplo, a una dosis iniciadora le siguen tres dosis de refuerzo a intervalos semanales o mensuales. Una dosis apropiada depende de varios parámetros incluyendo el receptor (por ejemplo, adulto o infante), el antígeno de vacuna particular, la vía y frecuencia de administración, la presencia / ausencia o tipo de adyuvante, y el efecto deseado (por ejemplo, protección y/o tratamiento), tal como lo puede determinar un experto en la materia. En general, un antígeno de vacuna de la invención se administra por una vía a través de las mucosas en una cantidad de aproximadamente 10 µg hasta cerca de 500 mg, de preferencia de aproximadamente 1 mg hasta cerca de 200mg. Para la vía parenteral de administración, por lo general la dosis no excede aproximadamente 1 mg, preferiblemente cerca de 100 µg. Cuando se usan como agentes de vacuna, los polinucleótidos y polipéptidos de la ¡nvención se pueden usar en forma de secuencias como parte de un proceso de inmunización de pasos múltiples. Por ejemplo, inicialmente se ceba un mamífero con un vector de vacuna de ia ¡nvención, tal como un virus de viruela, por ejemplo, por vía parenteral, y después se le refuerza dos veces con el polipéptido codificado por el vector de vacuna, por ejemplo, por la vía de la mucosa. En otro ejemplo, los liposomas asociados con un polipéptido o derivado de la invención, también se usan para cebar, llevando a cabo reforzamiento a través de las mucosas usando un polipéptido o derivado soluble de la invención en combinación con un adyuvante de mucosa (por ejemplo, LT). Un derivado de polipéptido de la invención también se usa de acuerdo al séptimo aspecto de la invención como un reactivo de diagnóstico para detectar la presencia de anticuerpos ant\-Chlamydia , por ejemplo, en una muestra de sangre. Tales polipéptidos tienen aproximadamente 5 hasta cerca de 80, de preferencia de aproximadamente 10 a cerca de 50 aminoácidos de longitud. Pueden ser marcados o no marcados, dependiendo del método de diagnóstico. Los métodos de diagnóstico que incluyen tal reactivo, se describen más abajo. En la expresión de una molécula de ADN de la invención, un polipéptido o derivado de polipéptido se produce y se purifica usando técnicas de laboratorio conocidas. Tal como se describió anteriormente, el polipéptido o derivado de polipéptido se puede producir como una proteína de fusión que contiene una cola fusionada que facilita la purificación. El producto de fusión se usa para inmunizar un mamífero pequeño, por ejemplo, un ratón o un conejo, para desarrollar anticuerpos contra el polipéptido o derivado de polipéptido (anticuerpos monoespecíficos). Por lo tanto, un odavo aspecto de la invención provee un anticuerpo monoespecífico que se une a un polipéptido o derivado de polipéptido de la invención. "Anticuerpo monoespecífico" se refiere a un anticuerpo que puede reaccionar con un polipéptido de Chlamydia único que ocurre naturalmente. Un anticuerpo de la invención puede ser policlonal o monoclonal. Los anticuerpos monoespecíficos pueden ser recombinantes, por ejemplo, quiméricos (por ejemplo, constituidos por una región variable de origen murino asociado con una región constante de humano), humanizados (un esqueleto constante de inmunoglobulina humana junto con una región hipervariable de animal, por ejemplo, de origen murino), y/o de una sola cadena. Tanto los anticuerpos' policlonales como los monoespecíficos, también pueden estar en la forma de fragmentos de inmunoglobulina, por ejemplo, fragmentos F(ab)'2 o Fab. Los anticuerpos de la ¡nvención son de cualquier isotipo, por ejemplo, IgG ó IgA, y los anticuerpos policlonales son de un solo isotipo o una mezcla de isotipos. Los anticuerpos contra los polipéptidos, homólogos o fragmentos de la presente invención, se generan por inmunización de un mamífero con una composición que comprende dicho polipéptido, homólogo o fragmento. Los anticuerpos pueden ser policlonales o monoclonales. Los métodos para producir anticuerpos policlonales o monoclonales se conocen bien en la técnica. Para una revisión, véase "Antibodies, A Laboratory Manual", Cold Spring Harbor Laboratory, Eds. E. Harlow y D. Lañe (1988), y D. E. Yelton y otros, 1981. Ann. Rev. Biochem. 50:657-680. Para anticuerpos monoclonales, véase Kohl y Milstein (1975) Nature 256:495-497. Los anticuefos de la ¡nvención, que se desarrollan para un polipéptido o derivado de polipéptido de la invención, se producen e identifican usando pruebas inmunológicos estándar, por ejemplo, análisis Western blot, prueba dot blot, o ELISA (véase, por ejemplo, Coligan y otros, "Current Protocols in Immunology" (1994) John Wiley & Sons, Ine, New York, NY). Los anticuerpos se usan en métodos de diagnóstico para detectar la presencia de un antígeno de Chlamydia en una muestra, como una muestra biológica. Los anticuerpos también se usan en cromatografía de afinidad para purificar un polipéptido o derivado de polipéptido de la ¡nvención. Tal como se describe más adelante, tales anticuefos se pueden usar en métodos profiláctiicos y terapéuticos de inmunización pasiva. Por lo tanto, un noveno aspecto de la invención provee (i) un reactivo para detectar la presencia de Chlamydia en una muestra biológica que contiene un anticuerpo, polipéptido, o derivado de polipéptido de la invención; y (ii) un método diagnóstico para detectar la presencia de Chlamydia en una muestra biológica, poniendo en contacto la muestra biológica con un anticuerpo, un polipéptido, o un derivado de polipéptido de la invención, para que se forme un complejo inmune, y detectando tal complejo para indicar la presencia de Chlamydia en la muestra o el organismo del que se deriva la muestra. Los expertos en la técnica entenderán fácilmente que el complejo inmune se forma entre un componente de la muestra y el anticuerpo, poiipéptido, o derivado de polipéptido, cualquiera que se use, y que cualquier material no unido se remueve antes de detectar el complejo. Se entiende que un reactivo de polipéptido es útil para detectar la presencia de anticuerpos ani\-Chlamydia en una muestra, por ejemplo, una muestra de sangre, mientras que un anticuerpo de la invención se usa para probar una muestra, tal como un extracto gástrico o biopsia, y detectar la presencia de polipéptidos de Chlamydia. Para aplicaciones diagnósticas, el reactivo (por ejemplo, el anticuerpo, polipéptido, o derivado de polipéptido de la invención) está, ya sea en un estado libre o inmovilizado en un soporte sólido, como un tubo, un glóbulo o cualquier otro soporte convencional usado en este campo. La inmovilización se logra usando medios directos o indirectos. Los medios directos incluyen adsorción pasiva (unión no covalente) o unión covalente entre el soporte y el reactivo. "Medios indirectos" se refiere a que un compuesto anti-reactivo que interacciona con un reactivo, se une primero al soporte sólido. Por ejemplo, si se usa un reactivo de polipéptido, un anticuerpo que se le une puede servir como un anti-reactivo, siempre que se una a un epítope que no esté implicado en el reconocimiento de anticuerpos en muestras biológicas. Los medios indirectos también pueden emplear un sistema ligando-receptor, por ejemplo, en donde una molécula, como una vitamina, se injerta en el reactivo de polipéptido y el receptor correspondiente se inmoviliza en la fase de sólida. Esto lo ilustra el sistema biotina-estreptavidina. Alternativamente, se agrega químicamente o por ingeniería genética una cola de péptido en el reactivo, y el producto injertado o fusionado se inmoviliza por adsorción pasiva o enlace covalente de la cola de péptido. Tales agentes de diagnóstico pueden estar incluidos en un equipo que también tenga instrucciones de uso. El readivo se marca con un medio de detección que permite la detección del reactivo cuando este se une a su objetivo. Los medios de detección pueden ser un agente fluorescente tal como isocianato de fluoresceína o isotiocianato de fluoresceína, o una enzima, como peroxidasa de rábano o luciferasa o fosfatasa alcalina, o un elemento radiactivo como 125l ó 51Cr.

Por lo tanto, un décimo aspecto de la invención provee un proceso para purificar, de una muestra biológica, un polipéptido o un derivado de polipéptido de la invención, que incluye el llevar a cabo una cromatografía de afinidad basada en anticuerpos con la muestra biológica, en donde el anticuerpo es un anticuerpo monoespecífico de la invención. Para usarse en un procedimiento de purificación de la invención, el anticuerpo es policlonal o monoespecífico, y de preferencia es del tipo IgG. Se preparan IgGs purificados de un antisuero usando métodos estándar (ver, por ejemplo, Coligan y otros, Currení Proíocols in Immunology (1994) John Wiley & Sons Inc., New York, NY). Los soportes de cromatografía convencionales, así como métodos estándar para injertar anticuerpos, se describen por ejemplo en "Antibodies: A Laboratory Manual", D. Lañe, E. Harlow, Eds. (1988) y se describen más abajo. Brevemente, una muestra biológica, como un extracto de C. pneumoniae, preferiblemente en una solución de amortiguador, se aplica a un material de cromatografía, preferiblemente equilibrado con el amortiguador usado para diluir la muestra biológica para que el polipéptido o derivado de polipéptido de la invención (esto es, el antígeno), se pueda adsorber en el material. El material de cromatografía, como un gel o una resina acoplada a un anticuerpo de la invención, está en forma de cargas o en una columna. Los componentes no unidos se lavan y el antígeno se eluye entonces con un amortiguador apropiado de elución, como un amortiguador de glicina o un amortiguador que contenga un agente caotrópico, por ejemplo, guanidina HCl, o alta concentración de sal (por ejemplo, MgCI2 3M). Las fracciones eluidas se recuperan y la presencia del antígeno se detecta, por ejemplo, midiendo la absorbancia a 280nm. Un decimoprimer aspecto de la invención provee (i) una composición de material que comprende un anticuerpo monoespecífico de la invención, junto con un diluyente o vehículo; (ii) una composición farmacéutica que comprende una cantidad terapéuticamente o profilácticamente efectiva de un anticuerpo monoespecífíco de la invención, y (¡ii) un método para tratar o prevenir una infección por Chlamydia (por ejemplo, C. trachomatis, C. psittaci, C. pneumoniae o C. pecorum), administrándole una cantidad terapéutica o profiláctica de un anticuerpo monoespecífico de la invención a un individuo infectado. Adicionalmente, el decimoprimer aspecto de la ¡nvención ¡ncluye el uso de un anticuerpo monoespecífico de la invención en la preparación de un medicamento para tratar o prevenir la infección por Chlamydia. El anticuerpo monoespecífico puede ser policlonal o monoclonal, de preferencia del isotipo lgA (predominantemente). En la inmunización pasiva, el anticuerpo se administra a una superficie mucosa del mamífero, por ejemplo, la mucosa gástrica, por ejemplo, oralmente o intragástricamente, convenientemente, en presencia de un amortiguador de bicarbonato. Alternativamente, se lleva a cabo una administración sistémica, sin requerir un amortiguador de bicarbonato. Un anticuerpo monoespecífico de la invención se administra como un solo componente activo o como una mezcla con por lo menos un anticuerpo monoespecífico específico para un polipéptido de Chlamydia diferente. La cantidad de anticuerpo y el régimen particular que se use, son determinados fácilmente por un experto en la materia. Por ejemplo, la administración diaria de aproximadamente 100 a 1,000 mg de anticuerpo por una semana, o tres dosis por día de aproximadamente 100 a 1 ,000 mg de anticuerpo por dos o tres días, son regímenes efedivos para la mayoría de los propósitos. La eficacia terapéutica o profiláctica se evalúa usando métodos estándar de la técnica, por ejemplo, midiendo la inducción de una respuesta inmune en la mucosa o la inducción de inmunidad protedora y/o terapéutica, usando, por ejemplo, el modelo de ratón de C. pneumoniae. Los expertos en la técnica fácilmente reconocerán que la cepa de C. pneumoniae del modelo se puede reemplazar con otra cepa de Chlamydia. Por ejemplo, la eficacia de partículas de ADN y polipéptidos de C. pneumoniae, se evalúa, preferiblemente, en un modelo de ratón usando una cepa de C. pneumoniae. La protección se determina comparando el grado de infecdón por Chlamydia con la de un grupo de control. La protección se hace evidente cuando la infección es reducida en comparación con el grupo de control. Tal evaluación se hace para polinucleótidos, vedores de vacuna, polipéptidos y sus derivados, y anticuefos de la invención. Los adyuvantes útiles en cualquiera de las composiciones de vacuna descritos anteriormente, son como sigue. Los adyuvantes para administración parenteral incluyen compuestos de aluminio, tales como hidróxido de aluminio, fosfato de aluminio, e hidroxifosfato de aluminio. El antígeno se precipita o adsorbe sobre el compuesto de aluminio de acuerdo a protocolos estándar. Se usan otros adyuvantes, tales como RIBI (InmunoChem, Hamilton, MT), en administración parenteral. Los adyuvantes para administración en mucosa incluyen toxinas bacterianas, por ejemplo, la toxina del cólera (CT), la toxina termolábil de E. coli (LT), la toxina A de Clostridium diffícile y la toxina de pertussis (PT), o sus combinaciones, subunidades, toxoides, o mutantes, tales como una preparación purificada de ia subunidad B de toxina de cólera nativa (CTB). También son convenientes fragmentos, homólogos, derivados, y fusiones para cualquiera de estas toxinas, siempre que retengan la actividad de adyuvante. De preferencia, se usa un mutante que tiene toxicidad reducida. Los mutantes convenientes se describen, por ejemplo, en WO 95/17211 (mutante Arg-7Lys de CT), WO 96/06627 (mutante Arg-192-G1y de LT), y WO 95/34323 (mutante Arg-9-Lys y Glu-129-G1y de PT). Mutantes de LT adicionales que se usan en los métodos y composiciones de la invención incluyen, por ejemplo, los mutantes Ser-63-Lys, Ala-69-G1y, G1u-110-Asp, y G1u-112-Asp. Otros adyuvantes, tales como un lípido A de monofosforilo bacteriano (MPLA), por ejemplo de E. coli, Salmonella minnesota, Salmonella typhimurium, ó Shigella flexneri; saponinas, o microesferas de glicólido poliláctido (PLGA), también son para usarse en ia administración en mucosa. Los adyuvantes útiles tanto para administración en mucosa como parenteral, incluyen polifosfazeno (WO 95/2415), DC-chol (3b-(N- (N',N'-dimetilaminometano)-carbomoil)colesterol; Patente de E.U.A No. 5,283,185 y WO 96/14831), y QS-21 (WO 88/09336). Cualquier composición farmacéutica de la ¡nvención que contiene un polinucleótido, un polipéptido, un derivado de polipéptido, o un anticuerpo de la invención, se fabrica de la manera convencional. En particular, se formula con un diluyente o vehículo farmacéuticamente aceptable, por ejemplo, agua o una solución salina, como la solución salina de amortiguador de fosfato. En general, se selecciona un diluyente o vehículo en base al modo y la vía de administración, la y práctica farmacéutica estándar. Los vehículos o diluyentes farmacéuticos convenientes, y las necesidades farmacéuticas para su uso en formulaciones farmacéuticas, se describen en "Remington's Pharmaceutical Sciences", un texto estándar de referencia en este campo y en la USP/NF. La invención también incluye métodos en los que la infección por Chlamydia se trata por administración oral de un polipéptido de Chlamydia de la invención y un adyuvante de mucosa, en combinación con un antibiótico, un antiácido, sucralfato, o una combinación de los mismos. Ejemplos de tales compuestos que se pueden administrar con el antígeno de vacuna y el adyuvante son los antibióticos, incluyendo, por ejemplo, macrólidos, tetraciclinas, y sus derivados (ejemplos específicos de antibióticos que se pueden usar, incluyen azitromicina o doxiciclina, o inmunomoduladores tales como citocinas o esteroides). Además, se usan compuestos que contienen más de uno de los componentes enlistados anteriormente, juntos. La invención también incluye composiciones para llevar a cabo estos métodos, esto es, composiciones que contienen un antígeno (o antígenos) de Chlamydia de la invención, un adyuvante, y uno o más compuestos de los anteriormente enlistados, en un vehículo o diluyente farmacéuticamente aceptable. Las cantidades de los compuestos antes enlistados usadas en los métodos y composiciones de la invención son determinados fácilmente por un experto en la técnica. También el experto sabe y diseña fácilmente los programas de tratamiento / inmunización. Por ejemplo, los componentes no de vacuna se pueden administrar en los días 1-14, y el antígeno de vacuna + adyuvante se puede administrar en los días 7, 14, 21 y 28.

LISTADO DE SECUENCIAS <110> Aventis Pasteur Limited <1 0> Antígenos y fragmentos correspondientes de ADN de Chlamydia y usos de los mismos <130> 77813-5 <140> PCT/CA99/01230 <141> 1993-12-23 <150> 60/113,280 <151> 1998-12-23 <150> 60/113,281 <151> 1998-12-23 <150> 60/113.282 <151> 1998-12-23 <150> 60/113,283 <151> 1998-12-23 <150> 60/113,284 <151> 1998-12-23 <150> 60/113,285 <151> 1998-12-23 <150> 60/113,385 <151> 1998-12-23 <150> 60/114,050 <151> 1998-12-28 <150> 60/114,056 <151> 1998-12-28 <150> 60/114,057 <151> 1998-12-28 <150> 60/114,058 <151> 1998-12-28 <150> 60/114,059 <151> 1998-12-28 <151> 1998-12-28 <160> 26 <170> Patentln Ver . 2 . 0 <210> 1 <211> 1864 <212> ADN <213> Chlamy ia. pneumoniae <220> <221> CDS <222> (101) .. 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(688) <400> 2 ttattttaaa agcccatctt tttaggtatg taattaaaat ttttaattaa tgttttecta 60 gtgtaacctg cttctttagg aactacacta ggagaacggt atg tea tea aat cta 115 Met Ser Ser Asn Leu 1 5 cat ecc gta gga gga acá gga acá gga gca gct gct cct gag_tct gtg 163 His Pro Val Gly Gly Thr Gly Thr Gly Ala Ala Ala Pro Glu Ser Val 10 15 20 cta aac ata gta gag gaa ata gca gca tcg ggg agt gtc acc gct ggt 211 Leu Asn He Val Glu Glu He Ala Ala Ser Gly Ser Val Thr Ala Gly 25 30 35 cta ca gca att aeg tec agt cea gga atg gtg aat cta etc ata gga 259 Leu Gln Ala He Thr Ser Ser Pro Gly Met Val Asn Leu Leu He Gly 40 45 50 tgg gca aag acá aaa ttt att caá cct ata cgt gaa tea aag etc ttt 307 Trp Ala Lys Thr Lys Phe He Gln Pro He Arg Glu Ser Lys Leu Phe 55 60 65 caá tcc aga gct tgc caá att acc ctg etc gtt tta gga att ctt ttg 355 Gln Ser Arg Ala Cys Gln He Thr Leu Leu Val Leu Gly He Leu Leu 70 75 80 85 gtt gtt gct gga tta gca tgt atg ttt ate ttc cat age cag tta ggg 403 Val Val Ala Gly Leu Ala Cys Met Phe He Phe His Ser Gln Leu Gly 90 95 100 gca aat gca ttt tgg ttg att att cct gct gcc ata gga ttg att aag 451 Ala Asn Ala Phe Trp Leu He He Pro Ala Ala He Gly Leu He Lys 105 110 115 tta cta gtt acá tea tta tgt ttt gat gaa gct tgt acá tet gaa aaa 499 Leu Leu Val Thr Ser Leu Cys Phe Asp Glu Ala Cys Thr Ser Glu Lys 120 125 130 etc atg gtt ttc caá aaa tgg gca ggt gtt tta gaa gat cag etc gat 547 Leu Met Val Phe Gln Lys Trp Ala Gly Val Leu Glu Asp Gln Leu Asp 135 140 145 gat ggg ate ctt aat aac tea aat aag att ttt ggc cat gtg aaa ac Asp Gly He Leu Asn Asn Ser Asn Lys He Phe Gly His Val Lys Thr 150 155 160 165 gaa gga aat acc tet agg gct aet acc cea gta ctt aat gat ggc cgc 643 Glu Gly Asn Thr Ser Arg Ala Thr Thr Pro Val Leu Asn Asp Gly Arg 170 175 180 gga act cct gta ctt tea cct tta gta agt aaa ata gct cgc gtt 688 Gly Thr Pro Val Leu Ser Pro Leu Val Ser Lys He Ala Arg Val 185 190 195 tagacgttca tctcacaagc atectagaac ttgggatgct actttccacg tacgagatca 748 gatgtaaaga gcaaeagtaa ttattttcta cactgttgta ataaaatcat gt 800 <210> 3 <211> 950 <212> ADN <213> Chlamydia pneumoniae <220> <221> CDS <222> (101) .. (835) <400> 3 tgctggcaga tcgtttccac atgeatactg tgaatctcga tccctatgcg gaaaatgtac 60 ttgtaaactt aaaaaccata gegacgactt tttctagttt atg acá ata cga att 115 Met Thr He Arg He 1 5 ctt gct gaa ggc cta gct ttc cgt tac gga age aag gga ceg aat ate 163 Leu Ala Glu Gly Leu Ala Phe Arg Tyr Gly Ser Lys Gly Pro Asn He 10 15 20 att cat gat gtt tet ttc tet gtc tat gat ggc gac ttt ata gga ate 211 He His Asp Val Ser Phe Ser Val Tyr Asp Gly Asp Phe He Gly He 25 30 35 ata gga cea aac gga ggg ggg aaa age aec tta aeg atg tta att ttg 259 He Gly Pro Asn Gly Gly Gly Lys Ser Thr Leu Thr Met Leu He Leu 40 45 50 ggc ttg ctt act cct acá ttc gga tcc ttg aag act ttc cct tcg cat 307 Gly Leu Leu Thr Pro Thr Phe Gly Ser Leu Lys Thr Phe Pro Ser His 55 60 65 tcc gcg ggg aaa caá acc cat tcc atg ate ggt tgg gtt ecc caá cat 355 Ser Ala Gly Lys Gln Thr His Ser Met He Gly Trp Val Pro Gln His 70 75 80 85 ttc tet tat gat cct tgt ttt cct ate tea gta aaa gat gtt gtc etc 403 Phe Ser Tyr Asp Pro Cys Phe Pro He Ser Val Lys Asp Val Val Leu 90 95 100 tea gga aga ttg tet caá etc tcc tgg cat gga aaa tat aaa aag aaa 451 Ser Gly Arg Leu Ser Gln Leu Ser Trp His Gly Lys Tyr Lys Lys Lys 105 110 115 gat ttt gaa gct gta gat cae gct ttg gat ctt gtt gga ctt tet gac 499 Asp Phe Glu Ala Val Asp His Ala Leu Asp Leu Val Gly Leu Ser Asp 120 125 130 acc acc acc act gct ttc gcc cat etc tea gga gga caá ate cag cgt 547 Thr Thr Thr Thr Ala Phe Ala His Leu Ser Gly Gly Gln He Gln Arg 135 140 145 gta ctt ctg gca aga gcc tta gcc tcc tac cct gaa att tta att ctt 595 Val Leu Leu Ala Arg Ala Leu Ala Ser Tyr Pro Glu He Leu He Leu 150 155 160 165 gat gag ceg aeg acá aac att gat cct gac aat caá caá aga att tta 643 Asp Glu Pro Thr Thr Asn He Asp Pro Asp Asn Gln Gln Arg He Leu 170 175 180 agt ate cta aaa aag etc aac cgt aeg tgc acc att ctt atg gta aet 691 Ser He Leu Lys Lys Leu Asn Arg Thr Cys Thr He Leu Met Val Thr 185 190 195 cae gat ctt cae cat aeg aeg aat tac ttt aat aaa gtt ttt tat atg 739 His Asp Leu His His Thr Thr Asn Tyr Phe Asn Lys Val Phe Tyr Met 200 205 210 aac aaa act ttg cae ttc att ggc aga cae ttc gac ctt aac aga cea Asn Lys Thr Leu His Phe He Gly Arg His Phe Asp Leu Asn Arg Pro 215 220 225 att ttg ttg tea tcc tat aaa aat cag gaa ttt tea tgc tet cct cae 835 He Leu Leu Ser Ser Tyr Lys Asn Gln Glu Phe Ser Cys Ser Pro His 230 235 240 245 taatccgtga ttcatttccc ettettattt tacttcccac attcctagcg gcattaggag 895 cctccgtagc tggcggcgtt atgggaacct atatcgttgt aaaacgtatt gtttc 950 <210> 4 <211> 1050 <212> ADN <213> Chlamydia pneumoniae <220> <221> CDS <222> (101) .. (934) <400> 4 gagaattttt tectaagate accgcttctt aggatattcg ttetttatta aaattatgee 60 ccaatagaat aatagatcat cttatcaaac tgcttttgtc atg cat aaa gta ata 115 Met His Lys Val He 1 5 gtt ttc att ttc ctt acc cta tat tcg tta aaa agt tat ggg aat gat 163 Val Phe He Phe Leu Thr Leu Tyr Ser Leu Lys Ser Tyr Gly Asn Asp 10 15 2u gta ata gat aag ecc cat gtt ctt gtc agt ate gcc ecc tat aaa ttc 211 Val He Asp Lys Pro His Val Leu Val Ser He Ala Pro Tyr Lys Phe 25 30 35 cta gtt gaa caá att gct gaa gag acc tgt ttt gtc tat gcg ata gtt 259 Leu Val Glu Gln He Ala Glu Glu Thr Cys Phe Val Tyr Ala He Val 40 45 50 aeg aat cae tat gat ecc cat acc tat gaa ctt cct cct cag ca ate 307 Thr Asn His Tyr Asp Pro His Thr Tyr Glu Leu Pro Pro Gln Gln He 55 60 65 aag gag tta cga ca gga gac ctt tgg ttc cgt ata gga gag gca ttt 355 Lys Glu Leu Arg Gln Gly Asp Leu Trp Phe Arg He Gly Glu Ala Phe 70 75 80 85 gga aaa aac ttg tta gag aaa cct tac atg caá caá gtc gat ctt tcc 403 Gly Lys Asn Leu Leu Glu Lys Pro Tyr Met Gln Gln Val Asp Leu Ser 90 95 100 caá aat gtc tcg ctg att caá gga aag cct tgc tgt aat caá cat acc 451 Gln Asn Val Ser Leu He Gln Gly Lys Pro Cys Cys Asn Gln His Thr 105 110 115 aeg aac tac gac acc cae act tgg tta age cct aaa aac ctt aaa gtc 499 Thr Asn Tyr Asp Thr His Thr Trp Leu Ser Pro Lys Asn Leu Lys Val 120 125 130 caá gtg gag act ate gtt acc act tta agt aaa aaa tat cct ca cae Gln Val Glu Thr He Val Thr Thr Leu Ser Lys Lys Tyr Pro Gln His 135 " 140 145 gcg act cta tat ca age aat gga gag aaa ctt ctg tta gct ttg gac 595 Ala Thr Leu Tyr Gln Ser Asn Gly Glu Lys Leu Leu Leu Ala Leu Asp 150 155 160 165 caá etc aat gag gaa att ctt aeg att acc tcc aaa gcg aaa ca cgc 643 Gln Leu Asn Glu Glu He Leu Thr He Thr Ser Lys Ala Lys Gln Arg 170 175 180 cat att tta gtt tcc cat gga gcc ttt ggg tat ttt tgc cgt gat tac 691 His He Leu Val Ser His Gly Ala Phe Gly Tyr Phe Cys Arg Asp Tyr 185 190 .195 aat ttc tet cag cae act ata gag aaa age agt cat gtt gag cct tet 739 Asn Phe Ser Gln His Thr He Glu Lys Ser Ser His Val Glu Pro Ser 200 205 210 cct aaa gat gtg gct cgc gta ttt cgt gac att gaa cag tac aaa att 787 Pro Lys Asp Val Ala Arg Val Phe Arg Asp He Glu Gln Tyr Lys He 215 220 225 tet tet gtg att ctt etc gaa tac tet gga aga cga agt agt gct atg 835 Ser Ser Val He Leu Leu Glu Tyr Ser Gly Arg Arg Ser Ser Ala Met 230 235 240 245 ctg gca gat cgt ttc cae atg cat act gtg aat etc gat ecc tat gcg 883 Leu Ala Asp Arg Phe His Met His Thr Val Asn Leu Asp Pro Tyr Ala 250 255 260 gaa aat gta ctt gta aac tta aaa acc ata gcg aeg aet ttt tet agt 931 Glu Asn Val Leu Val Asn Leu Lys Thr He Ala Thr Thr Phe Ser Ser 265 270 275 tta tgacaatacg aattcttgct gaaggcctag ctttccgtta cggaagcaag 984 Leu ggaccgaata teatteatga tgtttetttc tctgtctatg atggcgactt tataggaatc 1044 atagga 1050 <210> 5 <211> 1550 <212> ADN <213> Chlamydia pneumoniae <220> <221> CDS <222> (10) .. (1416) <400> 5 acaatcact atg ggc cea gga tcg gtt ctt tcc aac cat age aaa gaa gca 51 Met Gly Pro Gly Ser Val Leu Ser Asn His Ser Lys Glu Ala 1 5 10 gga gga ate gct ata aac aat gtc ate att gat ttt agt gaa ate gtt 99 Gly Gly He Ala He Asn Asn Val He He Asp Phe Ser Glu He Val 15 20 25 30 cct act aaa gat aat gca acá gta gct cea ecc act ctt aaa tta gta 147 Pro Thr Lys Asp Asn Ala Thr Val Ala Pro Pro Thr Leu Lys Leu Val 35 40 45 tcg aga act aat gca gat agt aaa gat aag att gat att acá gga act 195 Ser Arg Thr Asn Ala Asp Ser Lys Asp Lys He Asp He Thr Gly Thr 50 55 60 gtg act ctt cta gat cct aat gge aac tta tat caá aat tet tat ctt 243 Val Thr Leu Leu Asp Pro Asn Gly Asn Leu Tyr Gln Asn Ser Tyr Leu ggt gaa gac cgc gat ate act ctt ttc aat ata gac aat tet gca agt 291 Gly Glu Asp Arg Asp He Thr Leu Phe Asn He Asp Asn Ser Ala Ser 80 85 90 999 9ca 9tt acá gcc aeg aat gtc acc ctt ca ggg aat tta gga gct 339 Gly Ala Val Thr Ala Thr Asn Val Thr Leu Gln Gly Asn Leu Gly Ala 95 100 105 110 aaa aaa gga tat tta gga acc tgg aat ttg gat cea aat tcc tcg ggt 387 Lys Lys Gly Tyr Leu Gly Thr Trp Asn Leu Asp Pro Asn Ser Ser Gly 115 120 125 tea aaa att att cta aaa tgg acc ttt gac aaa tac ctg cgc tgg ecc 435 Ser Lys He He Leu Lys Trp Thr Phe Asp Lys Tyr Leu Arg Trp Pro 130 135 140 tac ate cct aga gac aac cae ttc tac ate aac tet att tgg gga gca 483 Tyr He Pro Arg Asp Asn His Phe Tyr He Asn Ser He Trp Gly Ala 145 150 155 caá aac tet tta gtg act gtg aac caá ggg ate tta ggg aac atg ttg 531 Gln Asn Ser Leu Val Thr Val Asn Gln Gly He Leu Gly Asn Met Leu 160 165 170 aac aat gca agg ttt gaa gat cct gct ttc aac aac ttc tgg gct tcg 579 Asn Asn Ala Arg Phe Glu Asp Pro Ala Phe Asn Asn Phe Trp Ala Ser 175 180 185 190 gct ata gga tet ttc ctt agg aaa gaa gta tet cga aat tet gac tea 627 Ala He Gly Ser Phe Leu Arg Lys Glu Val Ser Arg Asn Ser Asp Ser 195 200 205 ttc acc tat cat ggc aga ggc tat acc gct gct gtg gat gcc aaa cct 675 Phe Thr Tyr His Gly Arg Gly Tyr Thr Ala Ala Val Asp Ala Lys Pro 210 215 220 cgc caá gaa ttt att tta gga gct gcc ttc agt cag gtt ttt ggt cae Arg Gln Glu Phe He Leu Gly Ala Ala Phe Ser Gln Val Phe Gly His 225 230 235 gcc gag tet gaa tat cae ctt gac aac tat aag cat aaa ggc tea ggt 771 Ala Glu Ser Glu Tyr His Leu Asp Asn Tyr Lys His Lys Gly Ser Gly 240 245 250 cae tet ac caá gca tet ctt tat gct ggc aat ate ttc tat ttt cct 819 His Ser Thr Gln Ala Ser Leu Tyr Ala Gly Asn He Phe Tyr Phe Pro 255 260 265 270 gcg ata cgg tet cgg cct att cta ttc caá ggt gtg gcg acc tat ggt 867 Ala He Arg Ser Arg Pro He Leu Phe Gln Gly Val Ala Thr Tyr Gly 275 280 285 tat atg caá cat gac acc acá acc tac tat cct tet att gaa gaa aaa 915 Tyr Met Gln His Asp Thr Thr Thr Tyr Tyr Pro Ser He Glu Glu Lys 290 295 300 aat atg gca aac tgg gat age att gct tgg tta ttt gat ctg cgt ttc 963 Asn Met Ala Asn Trp Asp Ser He Ala Trp Leu Phe Asp Leu Arg Phe 305 310 315 agt gtg gat ctt aaa gaa cct caá cct cae tet acá gca agg ctt acc 1011 Ser Val Asp Leu Lys Glu Pro Gln Pro His Ser Thr Ala Arg Leu Thr 320 325 330 ttc tat acá gaa gct gag tat acc aga att cgc cag gag aaa ttc acá 1059 Phe Tyr Thr Glu Ala Glu Tyr Thr Arg He Arg Gln Glu Lys Phe Thr 335 340 345 350 gag cta gac tat gat cct aga tet ttc tet gca tgc tet tat gga aac 1107 Glu Leu Asp Tyr Asp Pro Arg Ser Phe Ser Ala Cys Ser Tyr Gly Asn 355 360 365 tta gca att cct act gga ttc tet gta gac gga gca tta gct tgg cgt 1155 Leu Ala He Pro Thr Gly Phe Ser Val Asp Gly Ala Leu Ala Trp Arg 370 375 380 gag att att cta tat aat aaa gta tea gct gcg tac etc cct gtg att 1203 Glu He He Leu Tyr Asn Lys Val Ser Ala Ala Tyr Leu Pro Val He 385 390 395 etc agg aat aat cea aaa gcg acc tat gaa gtt etc tet acá aaa gaa 1251 Leu Arg A-sn Asn Pro Lys Ala Thr Tyr Glu Val Leu Ser Thr Lys Glu 400 405 410 aag ggc aac gta gtc aac gtt etc cct acá aga aac gca gct cgt gca 1299 Lys Gly Asn Val Val Asn Val Leu Pro Thr Arg Asn Ala Ala Arg Ala 415 420 425 430 gag gtg age tet caá att tat ctt gga agt tac tgg acá etc tac ggc 1347 Glu Val Ser Ser Gln He Tyr Leu Gly Ser Tyr Trp Thr Leu Tyr Gly 435 440 445 aeg tat act att gat gct tea atg aat act tta gtg ca atg gcc aac 1395 Thr Tyr Thr He Asp Ala Ser Met Asn Thr Leu Val Gln Met Ala Asn 450 455 460 gga ggg ate cgg ttt gta ttc tagggtatac aattaaagat tttatgaaat 1446 Gly Gly He Arg Phe Val Phe 465 tgaggatacg gagagagtgg gattcgaacc cacggtacgc gttaacgcac acacgctttc 1506 caagcgtgct ccttaagcca ctcggacatc tetecatatt tata 1550 <210> 6 <211> 2950 <212> ADN <213> Chlamydia pneumoniae <220> <221> CD? <222> (101) .. (2866) <400> 6 aattcttttt aagtgacaag aaattcttgt gctcggcttg ctttcttatt cttattgacg 60 tattgcttga teagatatte attttgattt aggtactaaa atg cga ttt tcg etc 115 Met Arg Phe Ser Leu 1 5 tgc gga ttt cct cta gtt ttt tet ttt acá ttg etc tea gtc ttc gac 163 Cys Gly Phe Pro Leu Val Phe Ser Phe Thr Leu Leu Ser Val Phe Asp 10 15 20 act tet ttg agt gct act aeg att tet tta acc cea gaa gat agt ttt Thr Ser Leu Ser Ala Thr Thr He Ser Leu Thr Pro Glu Asp Ser Phe 25 30 35 cat gga gat agt cag aat gca gaa cgt tet tat aat gtt ca gct ggg 259 His Gly Asp Ser Gln Asn Ala Glu Arg Ser Tyr Asn Val Gln Ala Gly 40 45 50 gat gtc tat age ctt act ggt gat gtc tea ata tet aac gtc gat aac 307 Asp Val Tyr Ser Leu Thr Gly Asp Val Ser He Ser Asn Val Asp Asn 55 60 65 tet gca tta aat aaa gcc tgc ttc aat gtg acc tea gga agt gtg aeg 355 Ser Ala Leu Asn Lys Ala Cys Phe Asn Val Thr Ser Gly Ser Val Thr 70 75 80 85 ttc gca gga aat cat cat ggg tta tat ttt aat aat att tcc tea gga 403 Phe Ala Gly Asn His His Gly Leu Tyr Phe Asn Asn He Ser Ser Gly 90 95 100 act ac aag gaa ggg gct gta ctt tgt tgc caá gat cct ca gca aeg 451 Thr Thr Lys Glu Gly Ala Val Leu Cys Cys Gln Asp Pro Gln Ala Thr 105 110 115 gca cgt ttt tet ggg ttc tcc aeg etc tet ttt att cag age ecc gga 499 Ala Arg Phe Ser Gly Phe Ser Thr Leu Ser Phe He Gln Ser Pro Gly 120 125 130 gat att aaa gaa cag gga tgt etc tat tea aaa aat gca ctt atg etc 547 Asp He Lys Glu Gln Gly Cys Leu Tyr Ser Lys Asn Ala Leu Met Leu 135 140 145 tta aac aat tat gta gtg cgt ttt gaa caá aac caá agt aag act aaa 595 Leu Asn Asn Tyr Val Val Arg Phe Glu Gln Asn Gln Ser Lys Thr Lys 150 155 160 165 ggc gga gct att agt ggg gcg aat gtt act ata gta ggc aac tac gat 643 Gly Gly Ala He Ser Gly Ala Asn Val Thr He Val Gly Asn Tyr Asp 170 175 180 tcc gtc tet ttc tat cag aat gca gcc act ttt gga ggt gct ate cat 691 Ser Val Ser Phe Tyr Gln Asn Ala Ala Thr Phe Gly Gly Ala He His 185 190 195 tet tea ggt eco cta cag att gca gta aat cag gca gag ata aga ttt 739 Ser Ser Gly Pro Leu Gln He Ala Val Asn Gln Ala Glu He Arg Phe 200 205 210 gca caá aat act gcc aag aat ggt tet gga ggg gct ttg tac tcc gat 787 Ala Gln Asn Thr Ala Lys Asn Gly Ser Gly Gly Ala Leu Tyr Ser Asp 215 220 225 ggt gat att gat att gat cag aat gct tat gtt cta ttt cga gaa aat 835 Gly Asp He Asp He Asp Gln Asn Ala Tyr Val Leu Phe Arg Glu Asn 230 235 240 245 gag gca ttg act act gct ata ggt aag gga ggg gct gtc tgt tgt ctt 883 Glu Ala Leu Thr Thr Ala He Gly Lys Gly Gly Ala Val Cys Cys Leu 250 255 260 ecc act tea gga agt agt act cea gtt cct att gtg act ttc tet gac 931 Pro Thr Ser Gly Ser Ser Thr Pro Val Pro He Val Thr Phe Ser Asp 265 270 275 aat aaa cag tta gtc ttt gaa aga aac cat tec ata atg ggt ggc gga 979 Asn Lys Gln Leu Val Phe Glu Arg Asn His Ser He Met Gly Gly Gly 280 285 290 gcc att tat gct agg aaa ctt age ate tet tea gga ggt cct act cta 1027 Ala He Tyr Ala Arg Lys Leu Ser He Ser Ser Gly Gly Pro Thr Leu 295 300 305 ttt ate aat aat ata tea tat gca aat tcg caá aat tta ggt gga gct 1075 Phe He Asn Asn He Ser Tyr Ala Asn Ser Gln Asn Leu Gly Gly Ala 310 315 320 325 att gcc att gat act gga ggg gag ate agt tta tea gca gag aaa gga 1123 He Ala He Asp Thr Gly Gly Glu He Ser Leu Ser Ala Glu Lys Gly 330 335 340 acá att acá ttc caá gga aac cgg aeg age tta ceg ttt ttg aat ggc 1171 Thr He Thr Phe Gln Gly Asn Arg Thr Ser Leu Pro Phe Leu Asn Gly 345 350 355 ate cat ctt tta caá aat gct aaa ttc ctg aaa tta cag gcg aga aat 1219 He His Leu Leu Gln Asn Ala Lys Phe Leu Lys Leu Gln Ala Arg Asn 360 365 370 gga tac tet ata gaa ttt tat gat cct att act tet gaa gca gat ggg 1267 Gly Tyr Ser He Glu Phe Tyr Asp Pro He Thr Ser Glu Ala Asp Gly 375 380 385 tet acc caá ttg aat ate aac gga gat ect aaa aat aaa gag tac acá 1315 Ser Thr Gln Leu Asn He Asn Gly Asp Pro Lys Asn Lys Glu Tyr Thr 390 395 400 405 ggg acc ata etc ttt tet gga gaa aag agt cta gca aac gat cct agg 1363 Gly Thr He Leu Phe Ser Gly Glu Lys Ser Leu Ala Asn Asp Pro Arg 410 415 420 gat ttt aaa tet acá ate cct cag aac gtc aac ctg tet gca gga tac 1411 Asp Phe Lys Ser Thr He Pro Gln Asn Val Asn Leu Ser Ala Gly Tyr 425 430 435 tta gtt att aaa gag ggg gcc gaa gtc acá gtt tea aaa ttc aeg cag 1459 Leu Val He Lys Glu Gly Ala Glu Val Thr Val Ser Lys Phe Thr Gln 440 445 450 tet cea gga tcg cat tta gtt tta gat tta gga acc aaa ctg ata gcc 1507 Ser Pro Gly Ser His Leu Val Leu Asp Leu Gly Thr Lys Leu He Ala 455 460 465 tet aag gaa gac att gcc ate acá ggc etc gcg ata gat ata gat age 1555 Ser Lys Glu Asp He Ala He Thr Gly Leu Ala He Asp He Asp Ser 470 475 480 485 tta age tea tcc tea acá gca gct gtt att aaa gca aac acc gca aat 1603 Leu Ser Ser Ser Ser Thr Ala Ala Val He Lys Ala Asn Thr Ala Asn 490 495 500 aaa cag ata tcc gtg aeg gac tet ata gaa ctt ate tcg cct act ggc 1651 Lys Gln He Ser Val Thr Asp Ser He Glu Leu He Ser Pro Thr Gly 505 510 515 aat gcc tat gaa gat etc aga atg aga aat tea cag aeg ttc cct ctg 1699 Asn Ala Tyr Glu Asp Leu Arg Met Arg Asn Ser Gln Thr Phe Pro Leu 520 525 530 etc tet tta gag cct gga gcc ggg ggt agt gtg act gta act gct gga 1747 Leu Ser Leu Glu Pro Gly Ala Gly Gly Ser Val Thr Val Thr Ala Gly 535 540 545 gat ttc cta ceg gta agt ecc cat tat ggt ttt ca ggc aat tgg aaa 1795 Asp Phe Leu Pro Val Ser Pro His Tyr Gly Phe Gln Gly Asn Trp Lys 550 555 560 565 tta gct tgg acá gga act gga aac aaa gtt gga gaa ttc ttc tgg gat 1843 Leu Ala Trp Thr Gly Thr Gly Asn Lys Val Gly Glu Phe Phe Trp Asp 570 575 580 aaa ata aat tat aag cct aga cct gaa aaa gaa gga aat tta gtt cct 1891 Lys He Asn Tyr Lys Pro Arg Pro Glu Lys Glu Gly Asn Leu Val Pro 585 590 595 aat ate ttg tgg ggg aat gct gta gat gtc aga tcc tta atg cag gtt 1939 Asn He Leu Trp Gly Asn Ala Val Asp Val Arg Ser Leu Met Gln Val 600 605 610 caá gag acc cat gca tcg age tta cag acá gat cga ggg ctg tgg ate 1987 Gln Glu Thr His Ala Ser Ser Leu Gln Thr Asp Arg Oly Leu Trp He 615 620 625 gat gga att ggg aat ttc ttc cat gta tet gcc tcc gaa gac aat ata 2035 Asp Gly He Gly Asn Phe Phe His Val Ser Ala Ser Glu Asp Asn He 630 635 640 645 agg tac cgt cat aac age ggt gga tat gtt cta tet gta aat aat gag 2083 Arg Tyr Arg His Asn Ser Gly Gly Tyr Val Leu Ser Val Asn Asn Glu 650 655 660 ate ac cct aag cae tat act tcg atg gca ttt tcc caá etc ttt agt 2131 He Thr Pro Lys His Tyr Thr Ser Met Ala Phe Ser Gln Leu Phe Ser 665 670 675 aga gac aag gac tat gcg gtt tcc aac aac gaa tac aga atg tat tta 2179 Arg Asp Lys Asp Tyr Ala Val Ser Asn Asn Glu Tyr Arg Met Tyr Leu 680 685 690 gga tcg tat etc tat caá tat ac acc tcc cta ggg aat att ttc cgt 2227 Gly Ser Tyr Leu Tyr Gln Tyr Thr Thr Ser Leu Gly Asn He Phe Arg 695 700 705 tat gct tcg cgt aac cct aat gta aac gtc ggg att etc tea aga agg 2275 Tyr Ala Ser Arg Asn Pro Asn Val Asn Val Gly He Leu Ser Arg Arg 710 715 720 725 ttt ctt caá aat cct ctt atg att ttt cat ttt ttg tgt gct tat ggt 2323 Phe Leu Gln Asn Pro Leu Met He Phe His Phe Leu Cys Ala Tyr Gly 730 735 740 cat gcc acc aat gat atg aaa acá gac tac gca aat ttc cct atg gtg 2371 His Ala Thr Asn Asp Met Lys Thr Asp Tyr Ala Asn Phe Pro Met Val 745 750 755 aaa aac age tgg aga aac aat tgt tgg gct ata gag tgc gga ggg age 2419 Lys Asn Ser Trp Arg Asn Asn Cys Trp Ala He Glu Cys Gly Gly Ser 760 765 770 atg cct cta ttg gta ttt gag aac gga aga ctt ttc caá ggt gcc ate 2467 Met Pro Leu Leu Val Phe Glu Asn Gly Arg Leu Phe Gln Gly Ala He 775 780 785 cea ttt atg aaa cta caá tta gtt tat gct tat cat gga gat ttc aaa 2515 Pro Phe Met Lys Leu Gln Leu Val Tyr Ala Tyr His Gly Asp Phe Lys 790 795 800 805 gag aeg act gca gat ggc cgt aga ttt agt aat ggg agt tta ac tcg 2563 Glu Thr Thr Ala Asp Gly Arg Arg Phe Ser Asn Gly Ser Leu Thr Ser 810 815 820 att tet gta cct cta ggc ata cgc ttt gag aag ctg gca ctt tet cag 2611 He Ser Val Pro Leu Gly He Arg Phe Glu Lys Leu Ala Leu Ser Gln 825 830 835 gat gta etc tat gac ttt agt ttc tcc tat att cct gat att ttc cgt 2659 Asp Val Leu Tyr Asp Phe Ser Phe Ser Tyr He Pro Asp He Phe Arg 840 845 850 aag gat ecc tea tgt gaa gct gct ctg gtg att age gga gac tcc tgg 2707 Lys Asp Pro Ser Cys Glu Ala Ala Leu Val He Ser Gly Asp Ser Trp 855 860 ' 865 ctt gtt ceg gca gca cae gta tea aga cat gct ttt gta ggg agt 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(1225) <220> <221> inseguro <222> (1254) ... (1323) <223> n es a o g o c o t/u, desconocido, o diferente <400> 7 gtgggggcat tgctggggga aaageacatt tegategeat tgataatctt ateagtecaa 60 agcaaccaag caaagaaagg tggtggggtt tatcttgaag atg ecc tea tcc tgg 115 Met Pro Ser Ser Trp 1 5 aaa agg tta tta cag gtt ctg tet cae aaa ata gca gct acá gaa agt 163 Lys Arg Leu Leu Gln Val Leu Ser His Lys He Ala Ala Thr Glu Ser 10 15 20 g t ggg ggt ate tac gct aag gat att eaa cta caá gct cta cct gga 211 Gly Gly Gly He Tyr Ala Lys Asp He Gln Leu Gln Ala Leu Pro Gly 25 30 35 age ttc acá att acc gat aat aaa gtc gaa act agt ctt act act age 259 Ser Phe Thr He Thr Asp Asn Lys Val Glu Thr Ser Leu Thr Thr Ser 40 45 50 act aat tta tat ggt ggg ggc ate tat tcc agt gga gct gtc aeg cta 307 Thr Asn Leu Tyr Gly Gly Gly He Tyr Ser Ser Gly Ala Val Thr Leu 55 60 65 acc aat ata tet gga acc ttt ggc att ac gga aac tet gtt ate aat 355 Thr Asn He Ser Gly Thr Phe Gly He Thr Gly Asn Ser Val He Asn 70 75 80 85 acá gcg acá tcc cag gat gca gat ata caá ggt ggg ggc att tat gca 403 Thr Ala Thr Ser Gln Asp Ala Asp He Gln Gly Gly Gly He Tyr Ala 90 95 100 acc aeg tet etc tea ata aat caá tgt aat acá ecc att cta ttt age 451 Thr Thr Ser Leu Ser He Asn Gln Cys Asn Thr Pro He Leu Phe Ser 105 110 115 aac aac tet gct gcc act aaa aaa acá tea acá acá aag caá att gct 499 Asn Asn Ser Ala Ala Thr Lys Lys Thr Ser Thr Thr Lys Gln He Ala 120 125 130 ggt ggg gct ate ttc tcc gct gca gta act ate gag aat aac tet cag 547 Gly Gly Ala He Phe Ser Ala Ala Val Thr He Glu Asn Asn Ser Gln 135 140 145 ecc att att ttc tta aat aat tcc gca aag tcg gaa gca act acá gca 595 Pro He He Phe Leu Asn Asn Ser Ala Lys Ser Glu Ala Thr Thr Ala 150 155 160 165 gca act gca gga aat aaa gat age tgt gga gga gcc att gca gct aac 643 Ala Thr Ala Gly Asn Lys Asp Ser Cys Gly Gly Ala He Ala Ala Asn 170 175 180 tet gtt act tta acá aat aac cct gaa ata acc ttt aaa gga aat tat 691 Ser Val Thr Leu Thr Asn Asn Pro Glu He Thr Phe Lys Gly Asn Tyr 185 190 195 gca gaa act gga gga gcg att ggc tgt att gat ctt act aat ggc tea 739 Ala Glu Thr Gly Gly Ala He Gly Cys He Asp Leu Thr Asn Gly Ser 200 205 210 cct ecc cgt aaa gtc tet att gca gac aac ggt tet gtc ctt ttt caá 787 Pro Pro Arg Lys Val Ser He Ala Asp Asn Gly Ser Val Leu Phe Gln 215 220 225 gac aac tet gcg tta aat cgc gga ggc gct ate tat gga gag act ate 835 Asp Asn Ser Ala Leu Asn Arg Gly Gly Ala He Tyr Gly Glu Thr He 230 235 240 245 gat ate tcc agg acá ggt gcg act ttc ate ggt aac tet tea aaa cat 883 Aep He Ser Arg Thr Gly Ala Thr Phe He Gly Asn Ser Ser Lys His 250 255 260 gat gga agt gca att tgc tgt tea acá gcc cta act ctt gcg cea aac 931 Asp Gly Ser Ala He Cys Cys Ser Thr Ala Leu Thr Leu Ala Pro Asn 265 270 275 tcc caá ctt ate ttt gaa aac aat aag gtt aeg gaa acc acá gcc act 979 Ser Gln Leu He Phe Glu Asn Asn Lys Val Thr Glu Thr Thr Ala Thr 280 285 290 ac aaa gct tcc ata aat aat tta gga gct gca att tat gga aat aat 1027 Thr Lys Ala Ser He Asn Asn Leu Gly Ala Ala He Tyr Gly Asn Asn 295 300 305 gag act agt gac gtc act ate tet tta tea gct gag aat gga agt att 1075 Glu Thr Ser Asp Val Thr He Ser Leu Ser Ala Glu Asn Gly Ser He 310 315 320 325 ttc ttt aaa aac aat cta tgc acá gca acá aac aaa tac tgc agt att 1123 Phe Phe Lys Asn Asn Leu Cys Thr Ala Thr Asn Lys Tyr Cys Ser He 330 335 340 gct gga aac gta aaa ttt ac gca ata gaa gct tea gca ggg aaa gct 1171 Ala Gly Asn Val Lys Phe Thr Ala He Glu Ala Ser Ala Gly Lys Ala 345 350 355 ata tet ttc tat gat gca gtt aac gtt cea cea aag aaa caá ttg etc 1219 He Ser Phe Tyr Aep Ala Val Asn Val Pro Pro Lys Lys Gln Leu Leu 360 365 370 aag age taaattaaat gaaaaagcga caagtacang gacgtttcta ntttctgggg 1275 Lys Ser 375 gacttcacgg aaataaatcc ctattccaca gaaagtcact tcgccctngg gat 1328 <210> 8 <211> 2816 <212> ADN <213> Chlamydia pneumoniae <220> <221> CDS <222> (101) .. (2713) <400> 8 ttacttgatt tatttaactg tattetetat tggtgcacca tgctcetaaa gccacatgct 60 atgggagtat ttttgataaa aagcttttcc ccaaagacac atg aaa tat tet tta 115 Met Lys Tyr Ser Leu 1 5 cct tgg cta ctt acc tet tcg gct tta gtt ttc tcc cta cat cea cta 163 Pro Trp Leu Leu Thr Ser Ser Ala Leu Val Phe Ser Leu His Pro Leu 10 15 20 atg gct gct aac aeg gat etc tea tea tcc gat aac tat gaa aat ggt 211 Met Ala Ala Asn Thr Asp Leu Ser Ser Ser Asp Asn Tyr Glu Asn Gly 25 30 35 agt agt ggt age gca gca ttc act gcc aag gaa act tcg gat gct tea 259 Ser Ser Gly Ser Ala Ala Phe Thr Ala Lys Glu Thr Ser Asp Ala Ser 40 45 5o gga act acc tac act etc act age gat gtt tet att aeg aat gta tet 307 Gly Thr Thr Tyr Thr Leu Thr Ser Asp Val Ser He Thr Asn Val Ser 55 60 65 gca att act cct gca gat aaa age tgt ttt acá aac acá gga gga gca 355 Ala He Thr Pro Ala Asp Lys Ser Cys Phe Thr Asn Thr Gly Gly Ala 70 75 80 85 ttg agt ttt gtt gga gct gat cae tea ttg gtt ctg ca acc ata gcg 403 Leu Ser Phe Val Gly Ala Asp His Ser Leu Val Leu Gln Thr He Ala 90 95 100 ctt aeg cat gat ggt gct gca att aac aat acc aac acá gct ctt tet 451 Leu Thr His Asp Gly Ala Ala He Asn Asn Thr Asn Thr Ala Leu Ser 105 110 115 ttc tea gga ttc tcg tea etc tta ate gac tea gct oca gca ac gga 499 Phe Ser Gly Phe Ser Ser Leu Leu He Asp Ser Ala Pro Ala Thr Gly 120 125 130 act tcg ggc ggc aag ggt gct att tgt gtg acá aat acá gag gga ggt 547 Thr Ser Gly Gly Lys Gly Ala He Cys Val Thr Asn Thr Glu Gly Gly 135 140 145 act gcg act ttt act gac aat gcc agt gtc acc etc caá aaa aat act 595 Thr Ala Thr Phe Thr Asp Asn Ala Ser Val Thr Leu Gln Lys Asn Thr 150 155 160 165 tea gaa aaa gat gga gct gca gtt tet gcc tac age ate gat ctt gct 643 Ser Glu Lys Asp Gly Ala Ala Val Ser Ala Tyr Ser He Asp Leu Ala 170 175 180 aag act aeg acá gca gct etc tta gat caá aat act age acá aaa aat 691 Lys Thr Thr Thr Ala Ala Leu Leu Asp Gln Asn Thr Ser Thr Lys Asn 185 190 195 ggc ggg gcc etc tgt agt acá gca aac act acá gtc caá gga aac tea 739 Gly Gly Ala Leu Cys Ser Thr Ala Asn Thr Thr Val Gln Gly Asn Ser 200 205 210 gga aeg gtg acc ttc tcc tea aat act gct acá gat aaa ggt ggg ggg 787 Gly Thr Val Thr Phe Ser Ser Asn Thr Ala Thr Asp Lys Gly Gly Gly 215 220 225 ate tac tea aaa gaa aag gat age aeg cta gat gcc aat acá gga gtc 835 He Tyr Ser Lys Glu Lys Asp Ser Thr Leu Asp Ala Asn Thr Gly Val 230 235 240 245 gtt acc ttc aaa tet aat act gca aag aeg ggg ggt gct tgg age tet 883 Val Thr Phe Lys Ser Asn Thr Ala Lys Thr Gly Gly Ala Trp Ser Ser 250 255 260 gat gac aat ctt gct ctt acc ggc aac act caá gta ctt ttt cag gaa 931 Asp Asp Asn Leu Ala Leu Thr Gly Asn Thr Gln Val Leu Phe Gln Glu 265 270 275 aat aaa acá acc ggc tea gca gca cag gca aat aac ceg gaa ggt tgt 979 Asn Lys Thr Thr Gly Ser Ala Ala Gln Ala Asn Asn Pro Glu Gly Cys 280 285 290 ggt ggg gca ate tgt tgt tat ctt gct acá gca acá gac aaa act gga 1027 Gly Gly Ala He Cys Cys Tyr Leu Ala Thr Ala Thr Asp Lys Thr Gly 295 300 305 tta gcc att tet cag aat caá gaa atg age ttc act agt aat acá acá 1075 Leu Ala He Ser Gln Asn Gln Glu Met Ser Phe Thr Ser Asn Thr Thr 310 315 320 325 act gcg aat ggt gga gcg ate tac gct act aaa tgt act ctg gat gga 1123 Thr Ala Asn Gly Gly Ala He Tyr Ala Thr Lys Cys Thr Leu Asp Gly 330 335 340 aac ac act ctt acc ttc gat cag aat act gcg acá gca gga tgt ggc 1171 Asn Thr Thr Leu Thr Phe Asp Gln Asn Thr Ala Thr Ala Gly Cys Gly 345 350 355 gga gct ate tat aea gaa act gaa gat ttt tet ctt aag gga agt aeg 1219 Gly Ala He Tyr Thr Glu Thr Glu Asp Phe Ser Leu Lys Gly Ser Thr 360 365 370 gga acc gtg acc ttc age acá aat acá gca aag acá ggc ggc gcc tta 1267 Gly Thr Val Thr Phe Ser Thr Asn Thr Ala Lys Thr Gly Gly Ala Leu 375 380 385 tat tet aaa gga aac age tcg ctg act gga aat acc aac ctg etc ttt 1315 Tyr Ser Lys Gly Asn Ser Ser Leu Thr Gly Asn Thr Asn Leu Leu Phe 390 395 400 405 tea ggg aac aaa gct aeg ggc ceg agt aat tet tea gca aat caá gag 1363 Ser Gly Asn Lys Ala Thr Gly Pro Ser Asn Ser Ser Ala Asn Gln Glu 410 415 420 ggt tgc ggt ggg gca ate cta gcc ttt att gat tea gga tcc gta age 1411 Gly Cys Gly Gly Ala He Leu Ala Phe He Asp Ser Gly Ser Val Ser 425 430 435 gat aaa acá gga cta tcg att gca aac aac caá gaa gtc age etc act 1459 Asp Lys Thr Gly Leu Ser He Ala Asn Asn Gln Glu Val Ser Leu Thr 440 445 450 agt aat gct gca acá gta agt ggt ggt geg ate tat gct acc aaa tgt 1507 Ser Asn ala Ala Thr Val Ser Gly Gly Ala He Tyr Ala Thr Lys Cys 455 460 465 act cta act gga aac ggc tcc ctg acc ttt gac ggc aat act gct gga 1555 Thr Leu Thr Gly Asn Gly Ser Leu Thr Phe Asp Gly Asn Thr Ala Gly 470 475 480 485 act tea gga ggg gcg ate tat acá gaa act gaa gat ttt act ctt acá 1603 Thr Ser Gly Gly Ala He Tyr Thr Glu Thr Glu Asp Phe Thr Leu Thr 490 495 500 gga agt ac gga acc gtg acc ttc age acá aat acá gca aag acá ggc 1651 Gly Ser Thr Gly Thr Val Thr Phe Ser Thr Asn Thr Ala Lys Thr Gly 505 510 515 ggc gcc tta tat tet aaa ggc aac aac tet ctg tet ggt aat acc aac 1699 Gly Ala Leu Tyr Ser Lys Gly Asn Asn Ser Leu Ser Gly Asn Thr Asn 520 525 530 ctg etc ttt tea ggg aae aaa gct aeg ggc ceg agt aat tet tea gca 1747 Leu Leu Phe Ser Gly Asn Lys Ala Thr Gly Pro Ser Asn Ser Ser Ala 535 540 545 aat ca gag ggt tgc ggt ggg gca ate cta teg ttt ctt gag tea gca 1795 Asn Gln Glu Gly Cys Gly Gly Ala He Leu Ser Phe Leu Glu Ser Ala 550 555 560 565 tet gta agt act aaa aaa gga etc tgg att gaa gat aac gaa aac gtg 1843 Ser Val Ser Thr Lys Lys Gly Leu Trp He Glu Asp Asn Glu Asn Val 570 575 580 agt etc tet ggt aat act gca acá gta agt ggc ggt gcg ate tat gcg 1891 Ser Leu Ser Gly Asn Thr Ala Thr Val Ser Gly Gly Ala He Tyr Ala 585 590 595 acc aag tgt gct ctg cat gga aac aeg act ctt acc ttt gat ggc aat 1939 Thr Lys Cys Ala Leu His Gly Asn Thr Thr Leu Thr Phe Asp Gly Asn 600 605 610 act gcc gaa act gca gga gga gcg ate tat acá gaa acc gaa gat ttt 1987 Thr Ala Glu Thr Ala Gly Gly Ala He Tyr Thr Glu Thr Glu Asp Phe 615 620 625 act ctt aeg gga agt aeg gga acc gtg acc ttc age acá aat acá gca 2035 Thr Leu Thr Gly Ser Thr Gly Thr Val Thr Phe Ser Thr Asn Thr Ala 630 635 640 645 aag acá gca ggg gct cta cat act aaa gga aat act tcc ttt acc aaa 2083 Lys Thr Ala Gly Ala Leu His Thr Lys Gly Asn Thr Ser Phe Thr Lys 650 655 660 aat aag gct ctt gta ttt tet gga aat tea gca acá gca acá gca acá 2131 Asn Lys Ala Leu Val Phe Ser Gly Asn Ser Ala Thr Ala Thr Ala Thr 665 670 675 acá act acá gat caá gaa ggt tgt ggt gga gcg ate etc tgt aat ate 2179 Thr Thr Thr Asp Gln Glu Gly Cys Gly Gly Ala He Leu Cys Asn He 680 685 690 tea gag tet gac ata gct acá aaa age tta act ctt act gaa aat gag 2227 Ser Glu Ser Asp He Ala Thr Lys Ser Leu Thr Leu Thr Glu Asn Glu 695 700 705 agt tta agt ttc att aac aat aeg gca aaa aga agt ggt ggt ggt att 2275 Ser Leu Ser Phe He Asn Asn Thr Ala Lys Arg Ser Gly Gly Gly He 710 715 720 725 tat gct cct aag tgt gta ate tea ggc agt gaa tcc ata aac ttt gat 2323 Tyr Ala Pro Lys Cys Val He Ser Gly Ser Glu Ser He Asn Phe Asp 730 735 740 ggc aat act gct gaa act tcg gga gga gcg att tat tcg aaa aac ctt 2371 Gly Asn Thr Ala Glu Thr Ser Gly Gly Ala He Tyr Ser Lys Asn Leu 745 750 755 tcg att acá gct aac ggt cct gtc tcc ttt acc 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tttgtaaggc tcaagagtaa aaaattctaa 2763 Pro He 870 aggtattctc tcaataggtt ctgaagtgct gccgtagaat tcataaatat etc 2816 <210> 9 <211> 3092 <212> ADN <213> Chlamydia pneumoniae <220> <221> CDS <222> (101) .. (2989) <400> 9 tcaaatatat gagtttacta actctgtaat attcaacatg ttaataagea tatttaaata 60 taaatttata aaettetaga caacaaattg atgatttttt atg acá aac tet att 113 Met Thr Asn Ser He 1 5 ttc ata tea aag ttt gga tgt tta tgc gac cea ttt gtc tea gca ttt 163 Phe He Ser Lys Phe Gly Cys Leu Cys Asp Pro Phe Val Ser Ala Phe 10 15 20 tat ecc act gcg cta tgt tgt tcc tta tea gga aat gaa gtc cct aac 211 Tyr Pro Thr Ala Leu Cys Cys Ser Leu Ser Gly Asn Glu Val Pro Asn 25 30 35 etc gcc tet tgt cag atg tet aga aaa gac ate tet gct ttc cae aeg 259 Leu Ala Ser Cys Gln Met Ser Arg Lys Asp He Ser Ala Phe His Thr 40 45 50 tet cea age ttc cgt ctg aat gta act cea gag ecc ttg gtt tcc tcc 307 Ser Pro Ser Phe Arg Leu Asn Val Thr Pro Glu Pro Leu Val Ser Ser 55 60 65 ttt cgt ecc tet aat ctt ctt aat gga ttc ggt cae gat ata acc cag 355 Phe Arg Pro Ser Asn Leu Leu Asn Gly Phe Gly His Asp He Thr Gln 70 75 80 85 gac ate acá att acá gga aac tet ate aat tet gtt ata gat tat aac 403 Asp He Thr He Thr Gly Asn Ser He Asn Ser Val He Asp Tyr Asn 90 95 100 tac cae tac gag gat gga ggc att ctt gca tgt aaa aat ttg ttc att 451 Tyr His Tyr Glu Asp Gly Gly He Leu Ala Cys Lys Asn Leu Phe He 105 110 115 tet gaa aat aaa gga aac tta agt ttt gaa agg aat age tcc cae agt 499 Ser Glu Asn Lys Gly Asn Leu Ser Phe Glu Arg Asn Ser Ser His Ser 120 125 130 tet gga ggg gct etc tac agt gtt cgg gaa tgc tgg att tet aag aat Ser Gly Gly Ala Leu Tyr Ser Val Arg Glu Cys Trp He Ser Lys Asn 135 140 145 cag aac tac tcg ttt att tea aat gcg gct tcc tta gct act act acá 595 Gln Asn Tyr Ser Phe He Ser Asn Ala Ala Ser Leu Ala Thr Thr Thr 150 155 160 165 act tea gga ttt ggt ggg gct ata cat gca cta gat age tat att acá 643 Thr Ser Gly Phe Gly Gly Ala He His Ala Leu Asp Ser Tyr He Thr 170 175 180 aat aac tta gga gaa gga ca ttc tta gat aat gtc tet aaa aat aga 691 Asn Asn Leu Gly Glu Gly Gln Phe Leu Asp Asn Val Ser Lys Asn Arg 185 190 195 gga gga gct ate tat gtt ggg gtg agt tta tea ate acá gac aac tta 739 Gly Gly Ala He Tyr Val Gly Val Ser Leu Ser He Thr Aep Asn Leu 200 205 210 ggt cct ate gtt ate aag aaa aat caá acá tta gaa gat tcc age ttt Gly Pro He Val He Lys Lys Asn Gln Thr Leu Glu Asp Ser Ser Phe 215 220 225 gga gga ggc ate ttc tgc aga gcc gta aat ata gaa agg aat tat caá 835 Gly Gly Gly He Phe Cys Arg Ala Val Asn He Glu Arg Asn Tyr Gln 230 235 240 245 aac ate caá ate aat gat aat gct tea gga caá ggg gtg gta tat ttt Asn He Gln He Asn Asp Aen Ala Ser Gly Gln Gly Val Val Tyr Phe 250 255 260 ctg ecc cta gga gtc att ate tet tea aat aaa gaa att ata gag ate 931 Leu Pro Leu Gly Val He He Ser Ser Asn Lys Glu He He Glu He 265 270 275 age aat cae tcc gca tcc tea att aac acá gca tea gga aaa cta tat 979 Ser Asn His Ser Ala Ser Ser He Asn Thr Ala Ser Gly Lys Leu Tyr 280 285 290 ecc ggt ggt ggc ggt ate atg tgt acc tcc ctt agt cat gag a_ac aat 1027 Pro Gly Gly Gly Gly He Met Cys Thr Ser Leu Ser His Glu Asn Asn 295 300 305 ecc aaa ggt ctt ate ttt aac aat aaa aeg gca gca ctt age ggc gga 1075 Pro Lys Gly Leu He Phe Asn Asn Lys Thr Ala Ala Leu Ser Gly Gly 310 315 320 325 gta tac acá cga gat ctt tea tet tcc aaa ata aeg gtc cgc acá gca Val Tyr Thr Arg Asp Leu Ser Ser Ser Lys He Thr Val Arg Thr Ala 330 335 340 ttt att aat aac tet gcg act tea gga ggg gct etc ate aat ctt tet 1171 Phe He Asn Asn Ser Ala Thr Ser Gly Gly Ala Leu He Asn Leu Ser 345 350 355 ggt ata gga agt act cct caá aat ttc ttc etc tet gca gac tac ggc 1219 Gly He Gly Ser Thr Pro Gln Asn Phe Phe Leu Ser Ala Asp Tyr Gly 360 365 - 370 gat att cta ttt aac aat aat acá ate acá tet tet tet cct caá ecc 1267 Asp He Leu Phe Asn Asn Asn Thr He Thr Ser Ser Ser Pro Gln Pro 375 380 385 gga tat aga aat gca etc tat gct gct ceg ggg att aac tta aaa cta 1315 Gly Tyr Arg Asn Ala Leu Tyr Ala Ala Pro Gly Xle Asn Leu Lys Leu 390 395 400 405 gga gca aga cag ggt tat aaa att etc ttt tat gat cct ata gat cae 1363 Gly Ala Arg Gln Gly Tyr Lys He Leu Phe Tyr Asp Pro He Asp His 410 415 420 gat cag aeg acá acá gat cct ata gta ttt aat tat gaa ecc cat cae 1411 Asp Gln Thr Thr Thr Asp Pro He Val Phe Asn Tyr Glu Pro His His 425 430 435 ctt ggc acc gtg ttg ttt tcc gga ate aat gta gat tet aac gca acá 1459 Leu Gly Thr Val Leu Phe Ser Gly He Asn Val Asp Ser Asn Ala Thr 440 445 450 aat cea ttg aac ttc cta tea aaa ttt tet aac tet tea cga ctt gaa 1507 Asn Pro Leu Asn Phe Leu Ser Lys Phe Ser Asn Ser Ser Arg Leu Glu 455 460 465 a g 99t gtg etc gct att gaa gat cgg gct gct att tet tgc aaa acc 1555 Arg Gly Val Leu Ala He Glu Asp Arg Ala Ala He Ser Cys Lys Thr 470 475 480 485 cta tcg ca act ggg ggc att cta cgt tta gga aac gca gca tta ate 1603 Leu Ser Gln Thr Gly Gly He Leu Arg Leu Gly Asn Ala Ala Leu He 490 495 500 agg aeg aaa ggc ceg gga age tcc ata aat ttt aat gca ate gcg ate 1651 Arg Thr Lys Gly Pro Gly Ser Ser He Asn Phe Asn Ala He Ala He 505 510 515 aat ctt cct tet att tta caá tea gaa gcc tea gct cea aag ttc tgg 1699 Asn Leu Pro Ser He Leu Gln Ser Glu Ala Ser Ala Pro Lys Phe Trp 520 525 530 att tat cct acá tta acá gga tcc acc tat tet gaa gac act tet tet 1747 He Tyr Pro Thr Leu Thr Gly Ser Thr Tyr Ser Glu Asp Thr Ser Ser 535 540 545 act ate act etc tea gga ecc ttg act ttt cta aac gat gaa aat gaa 1795 Thr He Thr Leu Ser Gly Pro Leu Thr Phe Leu Asn Asp Glu Asn Glu 550 555 560 565 aac ecc tat gat age tta gat etc tet gaa cct cga aag gat ate ecc 1843 Asn Pro Tyr Asp Ser Leu Asp Leu Ser Glu Pro Arg Lys Asp He Pro 570 575 580 cct cct cta cct cct cga tgt gac tgc aaa aaa ate gat act tcg aat 1891 Pro Pro Leu Pro Pro Arg Cys Asp Cys Lys Lys He Asp Thr Ser Asn ?85 590 595 etc att gta gaa gcc atg aac tta gat gag cae tat gga tat cag gga 1939 Leu He Val Glu Ala Met Asn Leu Asp Glu His Tyr Gly Tyr Gln Gly 600 605 610 ate tgg tet ecc tat tgg atg gaa act aeg act acá acá age tet acá 1987 He Trp Ser Pro Tyr Trp Met Glu Thr Thr Thr Thr Thr Ser Ser Thr 615 620 625 gta ceg gaa cag acc aat acá aac cae agg cag etc tac gta gac tgg 2035 Val Pro Glu Gln Thr Asn Thr Asn His Arg Gln Leu Tyr Val Asp Trp 630 635 640 645 act cct gta gga tac cgc cct aac ceg gaa cgt cae gga gaa ttt att 2083 Thr Pro Val Gly Tyr Arg Pro Asn Pro Glu Arg His Gly Glu Phe He 650 655 660 gct aat acc tta tgg cag tet gcc tat aac gct ctg tta gga ate cgc 2131 Ala Asn Thr Leu Trp Gln Ser Ala Tyr Asn Ala Leu Leu Gly He Arg 665 670 675 ate tta cct cea ca aac etc aaa gag cat gac ctt gaa gcc tet ctg 2179 He Leu Pro Pro Gln Asn Leu Lys Glu His Asp Leu Glu Ala Ser Leu 680 685 690 caá gga etc ggg ctt cta att aac caá cat aat cgc gag gga cgc aaa 2227 Gln Gly Leu Gly Leu Leu He Asn Gln His Asn Arg Glu Gly Arg Lys 695 700 705 ggc ttc cga aac cat act aeg ggc tat gca gca acá acc tea gca aaa 2275 Gly Phe Arg Asn His Thr Thr Gly Tyr Ala Ala Thr Thr Ser Ala Lys 710 715 720 725 act gca gca cga cat agt ttc tet tta gga ttc gca caá atg ttc tcc 2323 Thr Ala Ala Arg His Ser Phe Ser Leu Gly Phe Ala Gln Met Phe Ser 730 735 740 aaa act aga gaa cgt caá tet cea agt aeg act tcc tcc cae aac tac 2371 Lys Thr Arg Glu Arg Gln Ser Pro Ser Thr Thr Ser Ser His Asn Tyr 745 750 755 ttt gca gga etc cgc ttc gac agt etc etc ttc agg gac ttc ate tet 2419 Phe Ala Gly Leu Arg Phe Asp Ser Leu Leu Phe Arg Asp Phe He Ser 760 765 770 acá ggg cta tcc cta ggt tat age tac gga gat cae cat atg ctt tgc 2467 Thr Gly Leu Ser Leu Gly Tyr Ser Tyr Gly Asp His His Met Leu Cys 775 780 785 cae tat acá gaa ate tta aaa ggg tcg tcc aaa gcc ttc ttt aat aac 2515 His Tyr Thr Glu He Leu Lys Gly Ser Ser Lys Ala Phe Phe Asn Asn 790 795 800 805 cae act ttg gta gcc tet cta gac tgc acá ttc tta cea gct aga ate 2563 His Thr Leu Val Ala Ser Leu Asp Cys Thr Phe Leu Pro Ala Arg He 810 815 820 acc cgc act etc gaa cte cag ecc ttt ate agt gcc att gct ctg cgc 2611 Thr Arg Thr Leu Glu Leu Gln Pro Phe He Ser Ala He Ala Leu Arg 825 830 835 tgt tcc cag gcc tcg ttc caá gaa act gga gac cat ata aga aaa ttc 2659 Cys Ser Gln Ala Ser Phe Gln Glu Thr Gly Asp His He Arg Lys Phe 840 845 850 cat cea aaa cat ecc ctt acá gat ctt tcc tet eco ata ggc ttc cgt 2707 His Pro Lys His Pro Leu Thr Asp Leu Ser Ser Pro He Gly Phe Arg 855 860 865 tet gaa tgg aaa act tea cat cat ate ecc atg cta tgg act aeg gaa 2755 Ser Glu Trp Lys Thr Ser His His He Pro Met Leu Trp Thr Thr Glu 870 875 880 885 ata tcc tac gta cct acc cta tac aga aaa aat cea gaa atg ttc aeg 2803 He Ser Tyr Val Pro Thr Leu Tyr Arg Lys Asn Pro Glu Met Phe Thr 890 895 900 acá cta etc ate age aat gga acá tgg ac acá caá gca act ecc gtc 2851 Thr Leu Leu He Ser Asn Gly Thr Trp Thr Thr Gln Ala Thr Pro Val 905 910 915 tcc tat aat tcc gta gct gca aaa ata aaa aat act tcc caá ctt tte 2899 Ser Tyr Asn Ser Val Ala Ala Lys He Lys Aen Thr Ser Gln Leu Phe 920 925 930 tea aga gta acc tta tcc tta gat tat tea gct caá gtc tcc tcg tea 2947 Ser Arg Val Thr Leu Ser Leu Asp Tyr Ser Ala Gln Val Ser Ser Ser 935 940 945 act gta ggt caá tac ctt aaa gct gag agt cat tgc ac ttt 2989 T r Val Gly Gln Tyr Leu Lys Ala Glu Ser His Cys Thr Phe 950 955 960 taaccacaaa gaaaacatca aggaataaac agtgcaaaat aacagatccc ttagtaaatc 3049 ttccttcttt gttggagcct taattttagg taaaactaca ata 3092 <210> 10 <211> 1745 <212> ADN <213> Chlamydia pneumoniae <220> <221> CDS <222> (101) . (1642) <400> 10 aaacagttaa ataattaata gacaataatc tattettatt gacttctttt tttcttgttt 60 attaaagttg cttcaacctt attgatttaa cgaggaaacc atg acc ata ctt cga 115 Met Thr He Leu Arg 1 5 aat ttt ctt acc tgc tcg gct tta ttc etc gct etc cct gca gca gca 163 Asn Phe Leu Thr Cye Ser Ala Leu Phe Leu Ala Leu Pro Ala Ala Ala 10 15 20 caá gtt gta tat ctt cat gaa agt gat ggt tat aac ggt gct ate aat 211 Gln Val Val Tyr Leu His Glu Ser Asp Gly Tyr Asn Gly Ala He Asn 25 30 35 aat aaa age tta gaa cct aaa att acc tgt tat cea gaa gga act tet 259 Asn Lys Ser Leu Glu Pro Lys He Thr Cys Tyr Pro Glu Gly Thr Ser 40 45 50 tac ate ttt cta gat gac gtg agg att tcc aac gtt aag cat gat caá 307 Tyr He Phe Leu Asp Asp Val Arg He Ser Asn Val Lys His Asp Gln 55 60 65 gaa gat gct ggg gtt ttt ata aat cga tet ggg aat ctt ttt ttc atg 355 Glu Asp Ala Gly Val Phe He Asn Arg Ser Gly Asn Leu Phe Phe Met 70 75 80 85 ggc aac cgt tgc aac ttc act ttt cae aac ctt atg acc gag ggt ttt 403 Gly Asn Arg Cys Asn Phe Thr Phe His Asn Leu Met Thr Glu Gly Phe 90 95 100 ggc gct gcc att tcg aac cgc gtt gga gac acc act etc act etc tet 451 Gly Ala Ala He Ser Asn Arg Val Gly Asp Thr Thr Leu Thr Leu Ser 105 110 115 aat ttt tet tac tta gcg ttc acc tea gca cct cta cta cct caá gga 499 Asn Phe Ser Tyr Leu Ala Phe Thr Ser Ala Pro Leu Leu Pro Gln Gly 120 125 130 caá gga gcg att tat agt ctt ggt tcc gtg atg ate gaa aat agt gag 547 Gln Gly Ala He Tyr Ser Leu Gly Ser Val Met He Glu Asn Ser Glu 135 140 145 gaa gtg act ttc tgt ggg aac tac tet tcg tgg agt gga gct gcg att 595 Glu Val T.r Phe Cys Gly Asn Tyr Ser Ser Trp Ser Gly Ala Ala He 150 155 160 165 tat act eco tac ctt tta ggt tet aag gcg agt cgt cct tea gta aat 643 Tyr Thr Pro Tyr Leu Leu Gly Ser Lys Ala Ser Arg Pro Ser Val Asn 170 175 180 etc age ggg aac cgc tac ctg gtg ttt aga gac aat gtg age caá gtt 691 Leu Ser Gly Asn Arg Tyr Leu Val Phe Arg Asp Asn Val Ser Gln Val 185 190 195 tat ggc ggc gcc ata tet acc cae aat etc acá etc aeg aet cga gga 739 Tyr Gly Gly Ala He Ser Thr His Asn Leu Thr Leu Thr Thr Arg Gly 200 205 210 cct tcg tgt ttt gaa aat aat cat gct tat cat gac gtg aat agt aat 787 Pro Ser Cys Phe Glu Asn Asn His Ala Tyr His Asp Val Asn Ser Asn 215 220 225 gg gga gcc att gcc att gct cct gga gga tcg ate tet ata tcc gtg 835 Gly Gly Ala He Ala He Ala Pro Gly Gly Ser He Ser He Ser Val 230 235 240 245 aaa age gga gat etc ate ttc aaa gga aat acá gca tea ca gac gga 883 Lys Ser Gly Asp Leu He Phe Lys Gly Asn Thr Ala Ser Gln Asp Gly 250 255 260 aat acá ata cae aac tcc ate cat ctg caá tet gga gca cag ttt aag 931 Asn Thr He His Asn Ser He His Leu Gln Ser Gly Ala Gln Phe Lys 265 270 275 aac cta cgt gct gtt tea gaa tcc gga gtt tat ttc tat gat cct ata 979 Asn Leu Arg Ala Val Ser Glu Ser Gly Val Tyr Phe Tyr Asp Pro He 280 285 290 age cat age gag tcg cat aaa att acá gat ctt gta ate aat gct cct 1027 Ser His Ser Glu Ser His Lys He Thr Asp Leu Val He Asn Ala Pro 295 300 305 gaa gga aag gaa act tat gaa gga ac att age ttc tea gga cta tge 1075 Glu Gly Lys Glu Thr Tyr Glu Gly Thr He Ser Phe Ser Gly Leu Cys 310 315 320 325 ctg gat gat cat gaa gtt tgt gcg gaa aat ctt act tcc ac ate cta 1123 Leu Asp Asp His Glu Val Cys Ala Glu Asn Leu Thr Ser Thr He Leu 330 335 340 caá gat gtc acá tta gca gga gga act etc tet cta tcg gat ggg gtt Gln Aep Val Thr Leu Ala Gly Gly Thr Leu Ser Leu Ser Asp Gly Val 345 350 355 acc ttg caá ctg cat tet ttt aag cag gaa gca age tet aeg ctt act 1219 Thr Leu Gln Leu His Ser Phe Lys Gln Glu Ala Ser Ser Thr Leu Thr 360 365 370 atg tet cea gga acc act ctg etc tgc tea gga gat get cgg gtt cag 1267 Met Ser Pro Gly Thr Thr Leu Leu Cys Ser Gly Asp Ala Arg Val Gln 375 380 385 aat ctg cae ate ctg att gaa gat acc gac aac ttt gtt cct gta agg 1315 Asn Leu His He Leu He Glu Asp Thr Asp Asn Phe Val Pro Val Arg 390 395 400 405 att cgc gcc gag gac aag gat gct ctt gtc tea tta gaa aaa ctt aaa 1363 He Arg Ala Glu Asp Lys Asp Ala Leu Val Ser Leu Glu Lys Leu Lys 410 415 420 gtt gcc ttt gag gct tat tgg tcc gtc tat gac ttt cct caá ttt aag Val Ala Phe Glu Ala Tyr Trp Ser Val Tyr Asp Phe Pro Gln Phe Lys 425 430 435 gaa gcc ttt aeg att cct ctt ctt gaa ctt cta 999 cct tet ttt gac 1459 Glu Ala Phe Thr He Pro Leu Leu Glu Leu Leu Gly Pro Ser Phe Asp 440 445 450 agt ctt etc cta ggg gag acc act ttg gag aga acc caá gtc acá acá 1507 Ser Leu Leu Leu Gly Glu Thr Thr Leu Glu Arg Thr Gln Val Thr Thr 455 460 465 gag aat gac gcc gtt cga ggt ttc tgg tcc cta age tgg gaa gag tac 1555 Glu Asn Aep Ala Val Arg Gly Phe Trp Ser Leu Ser Trp Glu Glu Tyr 470 475 480 485 ecc cct tet ctg gat aaa gac aga agg ate acá cea act aag aaa act 1603 Pro Pro Ser Leu Aep Lys Asp Arg Arg He Thr Pro Thr Lys Lys Thr 490 495 500 gtt ttc etc act tgg aat cct gag ate act tet aeg cea taatctctaa 1652 Val Phe Leu Thr Trp Asn Pro Glu He Thr Ser Thr Pro 505 510 gtetacacta taattaaggg aatccccttt aagaagattt tgggacctat ctgtattcag 1712 agataggtcc ctctatgcac acatgttcac gag 1745 <210> 11 <211> 1100 <212> ADN <213> Chlamydia pneumoniae <220> <221> CDS <222> (101) .. (967) <400> 11 tttggaacct taatgatctc tggagggtgg cttagcaata tgattttacg ctttgcaggt 60 cagattttcc aaaacttcta taaatggaaa taaagagctt atg gga ate tet cta 115 Met Gly He Ser Leu l 5 cea gag ctt ttt tcc aac cta ggt tet gct tac tta gat tat ate ttt 163 Pro Glu Leu Phe Ser Asn Leu Gly Ser Ala Tyr Leu Asp Tyr He Phe 10 15 20 caá cat cct ceg gcc tat gtt tgg tea gtt ttt ctt ctt tta tta gcc 211 Gln His Pro Pro Ala Tyr Val Trp Ser Val Phe Leu Leu Leu Leu Ala 25 30 35 cgt ctg ctt cet att ttt gct gta gct ecc ttc tta gga gca aag etc 259 Arg Leu Leu Pro He Phe Ala Val Ala Pro Phe Leu Gly Ala Lys Leu 40 45 50 ttt ecc tcc cct att aaa ate ggg att agt etc tet tgg ctt gca ate 307 Phe Pro Ser Pro He Lys He Gly He Ser Leu Ser Trp Leu Ala He 55 60 65 ate ttt cea aaa gtc ttg gcg gat aeg cag ate ac aat tac atg gat 355 He Phe Pro Lys Val Leu Ala Asp Thr Gln He Thr Asn Tyr Met Asp 70 75 80 85 aac aat etc ttt tat gtt tta ctt gtg aag gag atg ate ata ggc att 403 Asn Asn Leu Phe Tyr Val Leu Leu Val Lys Glu Met He He Gly He 90 95 10D gtg ata ggc ttt gtt tta gca ttt ecc ttt tat gct gca caá tcg gca 451 Val He Gly Phe Val Leu Ala Phe Pro Phe Tyr Ala Ala Gln Ser Ala 105 110 115 gga tet ttc ate act aac caá ca ggg att cag ggt tta gag ggc gcg 499 Gly Ser Phe He Thr Asn Gln Gln Gly He Gln Gly Leu Glu Gly Ala 120 125 130 acá tcc ctg att tcc att gag cag acc tet ceg cat ggc att tta tac 547 Thr Ser Leu He Ser He Glu Gln Thr Ser Pro His Gly He Leu Tyr 135 140 145 cat tac ttc gtg act att att ttt tgg tta gtg ggt ggt cae cgt att 595 His Tyr Phe Val Thr He He Phe Trp Leu Val Gly Gly His Arg He 150 155 160 165 gta ate tet ttg tta ttg caá act ctt gaa gtc att ceg ate cat agt 643 Val He Ser Leu Leu Leu Gln Thr Leu Glu Val He Pro He His Ser 170 175 180 ttc ttt cct gcc gag atg atg age tta agt gcc ceg att tgg att act 691 Phe Phe Pro Ala Glu Met Met Ser Leu Ser Ala Pro He Trp He Thr 185 190 195 atg ate aag atg tgc cag etc tgt etc gtg atg acc ata cag ctg agt 739 Met He Lys Met Cys Gln Leu Cys Leu Val Met Thr He Gln Leu Ser 200 205 210 gct cct gca gct ttg gcg atg tta atg tcc gac cta ttc tta ggg att 787 Ala Pro Ala Ala Leu Ala Met Leu Met Ser Asp Leu Phe Leu Gly He 215 220 225 att aac cgt atg gca cct caá gtt cag gtc ate tac etc etc tet gcc 835 He Asn Arg Met Ala Pro Gln Val Gln Val He Tyr Leu Leu Ser Ala 230 235 240 245 ctt aag gct ttc atg ggt ctt etc ttt etc acc ctg gcg tgg tgg ttc 883 Leu Lys Ala Phe Met Gly Leu Leu Phe Leu Thr Leu Ala Trp Trp Phe 250 255 260 ata att aag cag ata gat tat ttc act ctt gct tgg ttc aaa gaa gtc 931 He He Lys Gln He Asp Tyr Phe Thr Leu Ala Trp Phe Lys Glu Val 265 270 275 ecc att atg etc cta ggt tcc aac cct caá gta etc taatccccta 977 Pro He Met Leu Leu Gly Ser Asn Pro Gln Val Leu 280 285 ggetettate gtgactctta tetggagatg cgctcactta cgaatcttag cgcactgttt 1037 atggattatc ttagggaatc tetegeatat tcttttgtaa tetaagaate tataaattca 1097 aga 1100 <210> 12 <211> 950 <212> ADN <213> Chlamydia pneumoniae <220> <221> CDS <222> (101) .. (895) <400> 12 ccagtgataa agactctagt gataaagatg ctccagaagg aagcaatgaa attgagggtg 60 cttagtgact gccaacactt ttggaactct agacatcttg atg aag cae tcc aag 115 Met Lys His Ser Lys 1 5 gaa gat gac etc tcc agg ttt ctt cct aaa aat ctt ctt gtt gaa tet 163 Glu Asp Asp Leu Ser Arg Phe Leu Pro Lys Asn Leu Leu Val Glu Ser 10 15 20 cct cat ecc gaa gaa ate cct tta aaa tet tta tet ttt aeg atg agt 211 Pro His Pro Glu Glu He Pro Leu Lys Ser Leu Ser Phe Thr Met Ser 25 30 35 tgg cta cct acá att cat cct tea tgg att acc att gcc atg aaa gag 259 Trp Leu Pro Thr He His Pro Ser Trp He Thr He Ala Met Lys Glu 40 45 50 ttc cct cct gaa ate caá ggt caá tta tta gcg tgg ttg cea gag cct 307 Phe Pro Pro Glu He Gln Gly Gln Leu Leu Ala Trp Leu Pro Glu Pro 55 60 65 tta gtt caá gaa att cta ecc tta ctg cct ggc ate tet ata gcc cea 355 Leu Val Gln Glu He Leu Pro Leu Leu Pro Gly He Ser He Ala Pro 70 75 80 85 cat cgc tgt gca cct ttc gga gcc ttc tat ctt cta gat atg cta agt 403 His Arg Cys Ala Pro Phe Gly Ala Phe Tyr Leu Leu Asp Met Leu Ser 90 95 100 aaa aag ate cgt cct tgt gga att ac gaa gaa ate ttt ctt cct gca 451 Lys Lys He Arg Pro Cys Gly He Thr Glu Glu He Phe Leu Pro Ala 105 110 115 tcc tea gca aat gct ata ctt tac tat acá ggt cct gta aag ate gct 499 Ser Ser Ala Asn Ala He Leu Tyr Tyr Thr Gly Pro Val Lys He Ala 120 125 130 tta ate aac tgc cta ggt ctt tat tet att gct aaa gag ttg aag cae Leu He Asn Cys Leu Gly Leu Tyr Ser He Ala Lys Glu Leu Lys His 135 140 145 att ctg gat aag gtt gtg att gaa cga gtg aag aat gct etc tcc cct 595 He Leu Asp Lys Val Val He Glu Arg Val Lys Asn Ala Leu Ser Pro 150 155 160 165 acá gag aaa etc ttt ctt acc tac tgc caá tet cat ceg atg aaa cat 643 Thr Glu Lys Leu Phe Leu Thr Tyr Cys Gln Ser His Pro Met Lys His 170 175 180 tta gaa act aeg aat ttt ett tet tet tgg act act gat gca gaa tta 691 Leu Glu Thr Thr Asn Phe Leu Ser Ser Trp Thr Thr Asp Ala Glu Leu 185 190 195 cga cag ttc gtt cat aag caá ggg ttá gag ttt tta ggt aaa gca tta 739 Arg Gln Phe Val His Lys Gln Gly Leu Glu Phe Leu Gly Lys Ala Leu 200 205 210 acá aaa gaa aac gct tet ttt cta tgg tat ttt cta cgt agg tta gat 787 Thr Lys Glu Asn Ala Ser Phe Leu Trp Tyr Phe Leu Arg Arg Leu Asp 215 220 225 gtc ggt cga gca tat ate gtc gag cag act tta aaa acá tgg tat gac 835 Val Gly Arg Ala Tyr He Val Glu Gln Thr Leu Lys Thr Trp Tyr Asp 230 235 240 245 cat ecc tat gtg gat tat ttt aag tcc cgc cta gaa caá tgc atg aaa 883 His Pro Tyr Val Asp Tyr Phe Lys Ser Arg Leu Glu Gln Cys Met Lys 250 255 260 gtc tta gtg aaa taaaagcttt ataagtaaag atttagcttt atacaaagta 935 Val Leu Val Lys 265 tagaaaaata acacg 950 <210> 13 <211> 500 <212> ADN <213> Chlamydia pneumoniae <220> <221> CDS <222> (101) .. (385) <400> 13 cgatttcgtt acctttaaag ttacttttga tcgtcatggt agacggatgg acattactgc 60 tccaagggct tatgatcage tttaaataag gacacgtgcc atg tta gca ttt ttc 115 Met Leu Ala Phe Phe 1 5 gca act agt ttc aaa tet gtt ctt ttt gag tac tcc tac caá tea tta 163 Ala Thr Ser Phe Lys Ser Val Leu Phe Glu Tyr Ser Tyr Gln Ser Leu 10 15 20 tta ctt att ttg att gtt tcg gca cct ecc ate ate tta gct tcc ata 211 Leu Leu He Leu He Val Ser Ala Pro Pro He He Leu Ala Ser He 25 30 35 gtc ggg att atg gtt geg ate ttc eaa gcc gca acá caá ate caá gaa 259 Val Gly He Met Val Ala He Phe Gln Ala Ala Thr Gln He Gln Glu 40 45 50 cag ace ttc gct ttt gca gtc aaa cta gtc gtg att ttt gga acc tta 307 Gln Thr Phe Ala Phe Ala Val Lys Leu Val Val He Phe Gly Thr Leu 55 60 65 atg ate tet gga ggg tgg ctt age aat atg att tta cgc ttt gca ggt 355 Met He Ser Gly Gly Trp Leu Ser Asn Met He Leu Arg Phe Ala Gly 70 75 80 85 cag att ttc caá aac ttc tat aaa tgg aaa taaagagctt atgggaatct 405 Gln He Phe Gln Asn Phe Tyr Lys Trp Lys 90 95 ctctaccaga gcttttttcc aacctaggtt ctgcttactt agattatatc tttcaacatc 465 ctccggccta tgtttggtca gtttttcttc tttta 500 <210 14 <211> 552 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 14 Met Val Ser Ser Pro He Leu Asn Val Pro Leu Lys Asn His Ala Ser 1 5 10 15 Val Ser Gly Lys Phe Thr His Arg Glu Val Ser Lys Leu Ala Ser Asp 20 25 30 Leu Lys Ser Gly Ala Met Ser Phe Val Pro Glu Val Leu Ser Glu Glu 35 40 45 Thr He Ser Ser Asp Leu Gly Lye Lys Gln Cys Thr Gln Gly He He 50 55 60 Ser Ala Cys Cys Gly Leu Ala Met Leu He Val Leu Met Ser Val Tyr 65 70 75 80 Tyr Arg Phe Gly Gly Val He Ala Ser Gly Ala Val Leu Leu Asn Leu 85 90 95 Leu Leu He Trp Ala Ala Leu Gln Tyr Leu Asp Ala Pro Leu Thr Leu 100 105 110 Ser Gly Leu Ala Gly He Val Leu Ala Met Gly Met Ala Val Asp Ala 115 120 125 Asn Val Leu Val Phe Glu Arg He Arg Glu Glu Phe Leu Leu Ser Gln 130 135 140 Ser Leu Lys Lys Ser Val Glu Lys Gly Tyr Thr Lys Ala Phe Gly Ala 145 150 155 160 He Phe Asp Ser Asn Leu Thr Thr Val Leu Ala Ser Ala Leu Leu Phe 165 170 175 Phe Leu Asp Thr 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<213> Chlamydia pneumoniae <400> 22 Met Thr Asn Ser He Phe He Ser Lys Phe Gly Cys Leu Cys Asp Pro 1 5 10 15 Phe Val Ser Ala Phe Tyr Pro Thr Ala Leu Cys Cys Ser Leu Ser Gly 20 25 30 Asn Glu Val Pro Asn Leu Ala Ser Cys Gln Met Ser Arg Lys Asp He 35 40 45 Ser Ala Phe His Thr Ser Pro Ser Phe Arg Leu Asn Val Thr Pro Glu 50 55 60 Pro Leu Val Ser Ser Phe Arg Pro Ser Asn Leu Leu Asn Gly Phe Gly 65 70 75 80 His Aep He Thr Gln Asp He Thr He Thr Gly Asn Ser He Asn Ser 85 90 95 Val He Asp Tyr Asn Tyr His Tyr Glu Asp Gly Gly He Leu Ala Cys 100 105 110 Lys Aen Leu Phe He Ser Glu Aen Lys Gly Asn Leu Ser Phe Glu Arg 115 120 125 Asn Ser Ser His Ser Ser Gly Gly Ala Leu Tyr Ser Val Arg Glu Cys 130 135 140 Trp He Ser Lys Asn Gln Asn Tyr Ser Phe He Ser Asn Ala Ala Ser 145 150 155 160 Leu Ala Thr Thr Thr Thr Ser Gly Phe Gly Gly Ala He His Ala Leu 165 170 175 Asp Ser Tyr He Thr Asn Asn Leu Gly Glu Gly Gln Phe Leu Asp Asn 180 185 190 Val Ser Lys Asn Arg Gly Gly Ala He Tyr Val Gly Val Ser Leu Ser 195 200 205 He Thr Asp Asn Leu Gly Pro He Val He Lys Lys Asn Gln Thr Leu 210 215 220 Glu Asp Ser Ser Phe Gly Gly Gly He Phe Cys Arg Ala Val Asn He 225 230 235 240 Glu Arg Asn Tyr Gln Asn He Gln He Asn Asp Asn Ala Ser Gly Gln 245 250 255 Gly Val Val Tyr phe Leu Pro Leu Gly Val He He Ser Ser Asn Lys 260 265 270 Glu He He Glu He Ser Asn His Ser Ala Ser Ser He Aen Thr Ala 275 280 285 Ser Gly Lys Leu Tyr Pro Gly Gly Gly Gly He Met Cys Thr Ser Leu 290 295 300 Ser His Glu Aen Asn Pro Lys Gly Leu He Phe Asn Asn Lys Thr Ala 305 310 315 320 Ala Leu Ser Gly Gly Val Tyr Thr Arg Asp Leu Ser Ser Ser Lys He 325 330 335 Thr Val Arg Thr Ala Phe He Asn Asn Ser Ala Thr Ser Gly Gly Ala 340 345 350 Leu He Asn Leu Ser Gly He Gly Ser Thr Pro Gln Asn Phe Phe Leu 355 360 365 Ser Ala Asp Tyr Gly Asp He Leu Phe Aen Asn Aen Thr He Thr Ser 370 375 380 Ser Ser Pro Gln Pro Gly Tyr Arg Aen Ala Leu Tyr Ala Ala Pro Gly 385 390 395 400 He Asn Leu Lys Leu Gly Ala Arg Gln Gly Tyr Lys He Leu Phe Tyr 405 410 415 Aep Pro He Asp His Asp Gln Thr Thr Thr Asp Pro He Val Phe Asn 420 425 430 Tyr Glu Pro His His Leu Gly Thr Val Leu Phe Ser Gly He Asn Val 435 440 445 Asp Ser Asn Ala Thr Asn Pro Leu Asn Phe Leu Ser Lys Phe Ser Asn 450 455 460 Ser Ser Arg Leu Glu Arg Gly Val Leu Ala He Glu Asp Arg Ala Ala 465 470 475 480 He Ser Cys Lys Thr Leu Ser Gln Thr Gly Gly He Leu Arg Leu Gly 485 490 495 Asn Ala Ala Leu He Arg Thr Lys Gly Pro Gly Ser Ser He Asn Phe 500 505 510 Asn Ala He Ala He Asn Leu Pro Ser He Leu Gln Ser Glu Ala Ser 515 520 525 Ala Pro Lys Phe Trp He Tyr Pro Thr Leu Thr Gly Ser Thr Tyr Ser 530 535 540 Glu Asp Thr Ser Ser Thr He Thr Leu Ser Gly Pro Leu Thr Phe Leu 545 550 555 560 Asn Asp Glu Asn Glu Asn Pro Tyr Asp Ser Leu Asp Leu Ser Glu Pro 565 570 575 Arg Lys Asp He Pro Pro Pro Leu Pro Pro Arg Cys Asp Cys Lys Lys 580 585 590 He Asp Thr Ser Asn Leu He Val Glu Ala Met Aen Leu Aep Glu His 595 600 605 Tyr Gly Tyr Gln Gly He Trp Ser Pro Tyr Trp Met Glu Thr Thr Thr 610 615 - 620 Thr Thr Ser Ser Thr Val Pro Glu Gln Thr Asn Thr Asn His Arg Gln 625 630 ' 635 640 Leu Tyr Val Asp Trp Thr Pro Val Gly Tyr Arg Pro Asn Pro Glu Arg 645 650 655 His Gly Glu Phe He Ala Asn Thr Leu Trp Gln Ser Ala Tyr Asn Ala 660 665 670 Leu Leu Gly He Arg He Leu Pro Pro Gln Asn Leu Lys Glu His Asp 675 680 685 Leu Glu Ala Ser Leu Gln Gly Leu Gly Leu Leu He Asn Gln His Asn 690 695 700 Arg Glu Gly Arg Lys Gly Phe Arg Asn His Thr Thr Gly Tyr Ala Ala 705 710 715 720 Thr Thr Ser Ala Lys Thx Ala Ala Arg His Ser Phe Ser Leu Gly Phe 725 730 735 Ala Gln Met Phe Ser Lys Thr Arg Glu Arg Gln Ser Pro Ser Thr Thr 740 745 750 Ser Ser His Asn Tyr Phe Ala Gly Leu Arg Phe Asp Ser Leu Leu Phe 755 760 765 Arg Asp Phe He Ser Thr Gly Leu Ser Leu Gly Tyr Ser Tyr Gly Asp 770 775 780 His His Met Leu Cys His Tyr Thr Glu He Leu Lys Gly Ser Ser Lys 785 790 795 800 Ala Phe Phe Asn Asn His Thr Leu Val Ala Ser Leu Asp Cys Thr Phe 805 810 _ 815 Leu Pro Ala Arg He Thr Arg Thr Leu Glu Leu Gln Pro Phe He Ser 820 825 830 Ala He Ala Leu Arg Cys Ser Gln Ala Ser Phe Gln Glu Thr Gly Asp 835 840 845 Hie He Arg Lys Phe His Pro Lys His Pro Leu Thr Asp Leu Ser Ser 850 855 860 Pro He Gly Phe Arg Ser Glu Trp Lys Thr Ser His His He Pro Met 865 870 875 880 Leu Trp Thr Thr Glu He Ser Tyr Val Pro Thr Leu Tyr Arg Lys Asn 885 890 895 Pro Glu Met Phe Thr Thr Leu Leu He Ser Asn Gly Thr Trp Thr Thr 900 905 910 Gln Ala Thr Pro Val Ser Tyr Asn Ser Val Ala Ala Lys He Lys Asn 915 920 925 Thr Ser Gln Leu Phe Ser Arg Val Thr Leu Ser Leu Asp Tyr Ser Ala 930 935 940 Gln Val Ser Ser Ser Thr Val Gly Gln Tyr Leu Lys Ala Glu Ser His 945 950 955 960 Cys Thr Phe <210> 23 <211> 514 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 23 Met Thr He Leu Arg Asn Phe Leu Thr Cys Ser Ala Leu Phe Leu Ala 1 5 10 15 Leu Pro Ala Ala Ala Gln Val Val Tyr Leu His Glu Ser Asp Gly Tyr 20 25 30 Asn Gly Ala He Asn Asn Lys Ser Leu Glu Pro Lys He Thr Cys Tyr 35 40 45 Pro Glu Gly Thr Ser Tyr He Phe Leu Asp Asp Val Arg He Ser Asn 50 55 60 Val Lys His Aep Gln Glu Asp Ala Gly Val Phe He Aen Arg Ser Gly 65 70 75 80 Asn Leu Phe Phe Met Gly Asn Arg Cys Asn Phe Thr Phe His Asn Leu 85 90 95 Met Thr Glu Gly Phe Gly Ala Ala He Ser Aen Arg Val Gly Asp Thr 100 105 110 Thr Leu Thr Leu Ser Asn Phe Ser Tyr Leu Ala Phe Thr Ser Ala Pro US 120 125 Leu Leu Pro Gln Gly Gln Gly Ala He Tyr Ser Leu Gly Ser Val Met 130 135 140 He Glu Asn Ser Glu Glu Val Thr Phe Cys Gly Asn Tyr Ser Ser Trp 145 150 155 160 Ser Gly Ala Ala He Tyr Thr Pro Tyr Leu Leu Gly Ser Lys Ala Ser 165 170 175 Arg Pro Ser Val Asn Leu Ser Gly Asn Arg Tyr Leu Val Phe Arg Asp 180 185 190 Asn Val Ser Gln Val Tyr Gly Gly Ala He Ser Thr His Aen Leu Thr 195 200 205 Leu Thr Thr Arg Gly Pro Ser Cye Phe Glu Asn Asn His Ala Tyr His 210 215 220 Asp Val Asn Ser Asn Gly Gly Ala He Ala He Ala Pro Gly Gly Ser 225 230 235 240 He Ser He Ser Val Lys Ser Gly Asp Leu He Phe Lys Gly Asn Thr 245 250 255 Ala Ser Gln Asp Gly Asn Thr He His Asn Ser He His Leu Gln Ser 260 265 270 Gly Ala Gln Phe Lys Asn Leu Arg Ala Val Ser Glu Ser Gly Val Tyr 275 280 285 Phe Tyr Asp Pro He Ser His Ser Glu Ser His Lys He Thr Asp Leu 290 295 300 Val He Asn Ala Pro Glu Gly Lys Glu Thr Tyr Glu Gly Thr He Ser 305 310 315 320 Phe Ser Gly Leu Cys Leu Asp Asp His Glu Val Cys Ala Glu Asn Leu 325 330 335 Thr Ser Thr He Leu Gln Asp Val Thr Leu Ala Gly Gly Thr Leu Ser 340 345 350 Leu Ser Asp Gly Val Thr Leu Gln Leu His Ser Phe Lys Gln Glu Ala 355 360 365 Ser Ser Thr Leu Thr Met Ser Pro Gly Thr Thr Leu Leu Cys Ser Gly 370 375 380 Asp Ala Arg Val Gln Asn Leu His He Leu He Glu Asp Thr Asp Asn 385 390 395 400 Phe Val Pro Val Arg He Arg Ala Glu Asp Lys Asp Ala Leu Val Ser 405 410 415 Leu Glu Lys Leu Lys Val Ala Phe Glu Ala Tyr Trp Ser Val Tyr Asp 420 425 430 Phe Pro Gln Phe Lys Glu Ala Phe Thr He Pro Leu Leu Glu Leu Leu 435 440 445 Gly Pro Ser Phe Asp Ser Leu Leu Leu Gly Glu Thr Thr Leu Glu Arg 450 455 460 Thr Gln Val Thr Thr Glu Asn Asp Ala Val Arg Gly Phe Trp Ser Leu 465 470 475 480 Ser Trp Glu Glu Tyr Pro Pro Ser Leu Asp Lys Asp Arg Arg He Thr 485 490 495 Pro Thr Lys Lys Thr Val Phe Leu Thr Trp Asn Pro Glu He Thr Ser 500 505 510 Thr Pro <210> 24 <211> 289 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 24 Met Gly He Ser Leu Pro Glu Leu Phe Ser Asn Leu Gly Ser Ala Tyr 1 5 10 15 Leu Asp Tyr He Phe Gln His Pro Pro Ala Tyr Val Trp Ser Val Phe 20 25 30 Leu Leu Leu Leu Ala Arg Leu Leu Pro He Phe Ala Val Ala Pro Phe 35 40 45 Leu Gly Ala Lys Leu Phe Pro Ser Pro He Lys He Gly He Ser Leu 50 55 60 Ser Trp Leu Ala He He Phe Pro Lys Val Leu Ala Asp Thr Gln He 65 70 75 80 Thr Asn Tyr Met Asp Asn Asn Leu Phe Tyr Val Leu Leu Val Lys Glu 85 90 95 Met He He Gly He Val He Gly Phe Val Leu Ala Phe Pro Phe Tyr 100 105 110 Ala Ala Gln Ser Ala Gly Ser Phe He Thr Asn Gln Gln Gly He Gln 115 120 125 Gly Leu Glu Gly Ala Thr Ser Leu He Ser He Glu Gln Thr Ser Pro 130 135 140 His Gly He Leu Tyr His Tyr Phe Val Thr He He Phe Trp Leu Val 145 150 155 160 Gly Gly His Arg He Val He Ser Leu Leu Leu Gln Thr Leu Glu Val 165 170 175 He Pro He His Ser Phe Phe Pro Ala Glu Met Met Ser Leu Ser Ala 180 185 190 Pro He Trp He Thr Met He Lys Met Cys Gln Leu Cys Leu Val Met 195 200 205 Thr He Gln Leu Ser Ala Pro Ala Ala Leu Ala Met Leu Met Ser Asp 210 215 220 Leu Phe Leu Gly He He Asn Arg Met Ala Pro Gln Val Gln Val He 225 230 235 240 Tyr Leu Leu Ser Ala Leu Lys Ala Phe Met Gly Leu Leu Phe Leu Thr 245 250 255 Leu Ala Trp Trp Phe He He Lys Gln He Asp Tyr Phe Thr Leu Ala 260 265 270 Trp Phe Lys Glu Val Pro He Met Leu Leu Gly Ser Asn Pro Gln Val 275 280 285 <210> 25 <211> 265 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 25 Met Lys His Ser Lys Glu Asp Asp Leu Ser Arg Phe Leu Pro Lys Asn 1 5 10 15 Leu Leu Val Glu Ser Pro His Pro Glu Glu He Pro Leu Lye Ser Leu 20 25 .30 Ser Phe Thr Met Ser Trp Leu Pro Thr He His Pro Ser Trp He Thr 35 40 45 He Ala Met Lys Glu Phe Pro Pro Glu He Gln Gly Gln Leu Leu Ala 50 55 60 Trp Leu Pro Glu Pro Leu Val Gln Glu He Leu Pro Leu Leu Pro Gly 65 70 75 80 He Ser He Ala Pro His Arg Cys Ala Pro Phe Gly Ala Phe Tyr Leu 85 90 95 Leu Asp Met Leu Ser Lys Lys He Arg Pro Cys Gly He Thr Glu Glu 100 105 110 He Phe Leu Pro Ala Ser Ser Ala Asn Ala He Leu Tyr Tyr Thr Gly 115 120 125 Pro Val Lys He Ala Leu He Asn Cys Leu Gly Leu Tyr Ser He Ala 130 135 -140 Lys Glu Leu Lys His He Leu Asp Lys Val Val He Glu Arg Val Lys 145 150 155 160 Asn Ala Leu Ser Pro Thr Glu Lys Leu Phe Leu Thr Tyr Cys Gln Ser 165 170 175 His Pro Met Lys His Leu Glu Thr Thr Asn Phe Leu Ser Ser Trp Thr 180 185 190 Thr Asp Ala Glu Leu Arg Gln Phe Val His Lys Gln Gly Leu Glu Phe 195 200 205 Leu Gly Lys Ala Leu Thr Lys Glu Asn Ala Ser Phe Leu Trp Tyr Phe 210 215 220 Leu Arg Arg Leu Asp Val Gly Arg Ala Tyr He Val Glu Gln Thr Leu 225 230 235 240 Lys Thr Trp Tyr Asp His Pro Tyr Val Asp Tyr Phe Lys Ser Arg Leu 245 250 255 Glu Gln Cys Met Lys Val Leu Val Lys 260 265 <210> 26 <211> 95 <212> PRT <213> CÍL_--mydia pneumoniae <400> 26 Met Leu Ala Phe Phe Ala Thr Ser Phe Lys Ser Val Leu Phe Glu Tyr 1 5 10 .15 Ser Tyr Gln Ser Leu Leu Leu He Leu He Val Ser Ala Pro Pro He 20 25 30 He Leu Ala Ser He Val Gly He Met Val Ala He Phe Gln Ala Ala 35 40 45 Thr Gln He Gln Glu Gln Thr Phe Ala Phe Ala Val Lys Leu Val Val 50 55 60 He Phe Gly Thr Leu Met He Ser Gly Gly Trp Leu Ser Asn Met He 65 70 75 80 Leu Arg Phe Ala Gly Gln He Phe Gln Asn Phe Tyr Lys Trp Lys 85 90 95

Claims (79)

NOVEDAD DE LA INVENCIÓN REIVINDICACIONES

1.- Una molécula de ácido nucleico que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido seleccionado de cualquiera de: (a) SEQ ID NOs: 15 a 26; (b) un fragmento inmunogénico que comprende por lo menos 12 aminoácidos consecutivos de un polipéptido de (a); y (c) un polipéptido de (a) o (b) que se ha modificado sin pérdida de inmunogenicidad, en donde dicho polipéptido modificado es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido correspondiente de (a) o (b).

2.- Una molécula de ácido nucleico que comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada de cualquiera de: (a) SEQ ID NOs: 2 a 13; (b) una secuencia que codifica un polipéptido codificado por cualquiera de las SEQ ID NOs: 1 a 13; (c) una secuencia que comprende por lo menos 38 nucleótidos consecutivos de cualquiera de las secuencias de ácido nucleico de (a) y (b); y (d) una secuencia que codifica un polipéptido que es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos a cualquiera de los polipéptidos codificados por las SEQ ID NOs: 2 a 13.

3.- Una molécula de ácido nucleico que comprende una secuencia de ácido nucleico que es de antisentido a la molécula de ácido nucleico que se reclama en la reivindicación 1 ó 2.

4.- Una molécula de ácido nucleico que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica una proteína de fusión, comprendiendo dicha proteína de fusión un poiipéptido codificado por una molécula de ácido nucleico como la que se reclama en la reivindicación 1 , y un segundo polipéptido.

5.- La molécula de ácido nucleico de conformidad con la reivindicación 4, caracterizada además porque el segundo polipéptido es un péptido de señal heterólogo.

6.- La molécula de ácido nucleico de conformidad con la reivindicación 4, caracterizada además porque el segundo polipéptido tiene actividad de adyuvante.

7.- La molécula de ácido nucleico de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6, caracterizada además porque está ligada operativamente a una o más secuencias de control de expresión.

8.- Una vacuna que comprende un vector de vacuna y por lo menos un primer ácido nucleico seleccionado de cualquiera de: (i) SEQ ID NOs: 1 a 13; (¡i) una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido codificado por cualquiera de las SEQ ID NOs: 1 a 13; (iii) una secuencia de ácido nucleico que comprende por lo menos 38 nucleótidos consecutivos de cualquiera de las secuencias de ácido nucleico de (i) y (ii); (iv) una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido que es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido codificado por cualquiera de las SEQ ID NOs: 1 a 13; (v) una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido cuya secuencia se describe en cualquiera de las SEQ ID NOs: 14 a 26; (vi) una secuencia de ácido nucleico que codifica un fragmento inmunogénico que comprende por lo menos 12 aminoácidos consecutivos de cualquiera de las SEQ ID NOs: 14 a 26; y (vii) una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido como el que se define en (v), o un fragmento inmunogénico como el que se define en (vi), que se ha modificado sin pérdida de inmunogenicidad, en donde dicho polipéptido o fragmento modificado es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido correspondiente de (v) o al fragmento correspondiente de (vi); en donde cada primer ácido nucleico es capaz de expresarse, y en donde la vacuna comprende opcionalmente un segundo ácido nucleico que codifica, y es capaz de expresar, un polipéptido adicional que incrementa la respuesta inmune al polipéptido expresado por el primer ácido nucleico.

9.- Una vacuna que comprende un vector de vacuna y por lo menos un primer ácido nucleico que codifica una proteína de fusión, en donde la proteína de fusión comprende: (a) un primer polipéptido seleccionado de cualquiera de: (i) un polipéptido codificado por cualquiera de las SEQ ID NOs: 1 a 13; (ii) un polipéptido codificado por una secuencia de ácido nucleico que comprende por lo menos 38 nucleótidos consecutivos de cualquiera de las SEQ ID NOs: 1 a 13; (¡ii) un polipéptido que es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido codificado por cualquiera de las SEQ ID NOs: 1 a 13; (iv) un polipéptido cuya secuencia se describe en cualquiera de las SEQ ID NOs: 14 a 26; (v) un fragmento inmunogénico que comprende por lo menos 12 aminoácidos consecutivos de cualquiera de las SEQ ID NOs: 14 a 26; y (vi) un polipéptido como el que se define en (iv) o un fragmento inmunogénico como el que se define en (v), que se ha modificado sin pérdida de inmunogenicidad, en donde dicho polipéptido o fragmento modificado es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido correspondiente de (iv) o el fragmento correspondiente de (v); y (b) un segundo polipéptido; en donde cada primer ácido nucleico es capaz de expresarse, y en donde la vacuna comprende opcionalmente un segundo ácido nucleico que codifica, y es capaz de expresar, un polipéptido adicional que incrementa la respuesta inmune al primer polipéptido.

10.- La vacuna de conformidad con la reivindicación 9, caracterizada además porque el segundo poiipéptido es un péptido de señal heterólogo.

11.- La vacuna de conformidad con la reivindicación 9, caracterizada además porque el segundo polipéptido tiene actividad de adyuvante.

12.- La vacuna de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 8 a 11 , caracterizada además porque cada primer ácido nucleico está ligado operativamente a una o más secuencias de control de expresión.

13.- Una vacuna que comprende por lo menos un primer ácido nucleico como el que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 1 , 2 y 4 a 7, y un vector de vacuna, en donde cada primer ácido nucleico se expresa como un polipéptido, comprendiendo la vacuna opcionalmente un segundo ácido nucleico que codifica un polipéptido adicional que incrementa la respuesta inmune al polipéptido expresado por dicho primer ácido nucleico.

14.- La vacuna de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 8 a 13, caracterizada además porque el segundo ácido nucleico codifica un polipéptido adicional de Chlamydia.

15.- Una composición farmacéutica caracterizada porque comprende un ácido nucleico como el que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, y un vehículo farmacéuticamente aceptable,

16.- Una composición farmacéutica caracterizada porque comprende una vacuna como la que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 8 a 14, y un vehículo farmacéuticamente aceptable.

17.- Un hospedero unicelular transformado con la molécula de ácido nucleico como se reclama en la reivindicación 7.

18.- Una sonda de ácido nucleico de 5 a 100 nucleótidos que híbrida bajo condiciones severas con cualquiera de: moléculas de ácido nucleico de las SEQ ID NOs: 2 a 13, o una secuencia homologa o complementaria o de antisentido de dichas moléculas de ácido nucleico.

19.- Un iniciador de 10 a 40 nucleótidos que híbrida bajo condiciones severas con cualquiera de: moléculas de ácido nucleico de las SEQ ID NOs: 2 a 13, o una secuencia homologa o complementaria o de antisentido de dichas moléculas de ácido nucleico.

20.- Un polipéptido codificado por una secuencia de ácido nucleico como la que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 1 , 2 y 4 a 7.

21.- Un polipéptido que comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada de cualquiera de: (a) SEQ ID NOs: 15 a 26; (b) un fragmento inmunogénico que comprende por lo menos 12 aminoácidos contiguos de un polipéptido de (a); y (c) un polipéptido de (a) o (b), que se ha modificado sin pérdida de inmunogenicidad, en donde dicho polipéptido modificado es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido correspondiente de (a) o (b).

22.- Una proteína de fusión caracterizada porque comprende un polipéptido como el que se reclama en la reivindicación 20 ó 21 , y un segundo polipéptido.

23.- La proteína de fusión de conformidad con la reivindicación 22, caracterizada además porque el segundo polipéptido es un péptido de señal heterólogo.

24.- La proteína de fusión como se reclama en la reivindicación 22, caracterizada además porque el segundo polipéptido tiene actividad de adyuvante.

25.- Un método para producir un polipéptido como el que se reclama en la reivindicación 20 ó 21 , o para producir una proteína de fusión como la que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 22 a 24, que comprende el paso de cultivar un hospedero unicelular como el que se reclama en la reivindicación 17.

26.- Un anticuerpo contra el polipéptido que se reclama en la reivindicación 20 ó 21 , o contra una proteína de fusión como la que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 22 a 24.

27.- Una vacuna que comprende por lo menos un primer polipéptido seleccionado de cualquiera de: (i) un polipéptido codificado por cualquiera de las SEQ ID NOs: 1 a 13; (ii) un polipéptido codificado por una secuencia de ácido nucleico que comprende por lo menos 38 nucleótidos consecutivos de cualquiera de las SEQ ID NOs: 1 a 13; (iii) un polipéptido que es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido codificado por cualquiera de las SEQ ID NOs: 1 a 13; (iv) un polipéptido cuya secuencia se describe en cualquiera de las SEQ ID NOs: 14 a 26; (v) un fragmento inmunogénico que comprende por lo menos 12 aminoácidos consecutivos de cualquiera de las SEQ ID NOs: 14 a 26; y (vi) un polipéptido como se define en (iv), o un fragmento inmunogénico como se define en (v), que se ha modificado sin pérdida de inmunogenicidad, en donde dicho polipéptido o fragmento modificado es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido correspondiente de (¡v) o el fragmento correspondiente de (v); en donde la vacuna comprende opcionalmente un polipéptido adicional que incrementa la respuesta inmune al primer polipéptido.

28.- Una vacuna que comprende por lo menos una proteína de fusión, en donde la proteína de fusión comprende: (a) un primer polipéptido seleccionado de cualquiera de: (i) un polipéptido codificado por cualquiera de las SEQ ID NOs: 1 a 13; (ii) un polipéptido codificado por una secuencia de ácido nucleico que comprende por lo menos 38 nucleótidos consecutivos de cualquiera de las SEQ ID NOs: 1 a 13; (iii) un polipéptido que es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido codificado por cualquiera de las SEQ ID NOs: 1 a 13; (iv) un polipéptido cuya secuencia se describe en cualquiera de las SEQ ID NOs: 14 a 26; (v) un fragmento inmunogénico que comprende por lo menos 12 aminoácidos consecutivos de cualquiera de las SEQ ID NOs: 14 a 26; y (vi) un polipéptido como el que se define en (iv) o un fragmento inmunogénico como el que se define en (v), que se ha modificado sin pérdida de inmunogenicidad, en donde dicho polipéptido o fragmento modificado es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido correspondiente de (iv) o el fragmento correspondiente de (v); y (b) un segundo polipéptido; en donde la vacuna comprende opcionalmente un polipéptido adicional que incrementa ia respuesta inmune al primer polipéptido.

29.- La vacuna de conformidad con la reivindicación 28, caracterizada además porque el segundo polipéptido es un péptido de señal heterólogo.

30.- La vacuna de conformidad con la reivindicación 28, caracterizada además porque el segundo polipéptido tiene actividad de adyuvante.

31.- Una vacuna que comprende por lo menos un primer polipéptido como el que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 20 a 24, que comprende opcionalmente un polipéptido adicional que incrementa la respuesta inmune al primer polipéptido.

32.- La vacuna de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 27 a 31 , caracterizada además porque el polipéptido adicional comprende un polipéptido de Chlamydia.

33.- Una composición farmacéutica que comprende un polipéptido como el que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 20 a 24, y un vehículo farmacéuticamente aceptable.

34.- Una composición farmacéutica que comprende una vacuna como la que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 27 a 32, y un vehículo farmacéuticamente aceptable.

35.- Una composición farmacéutica que comprende un anticuerpo como el que se reclama en la reivindicación 26, y un vehículo farmacéuticamente aceptable.

36.- El uso de (a) el ácido nucleico que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, (b) el polipéptido que se reclama en la reivindicación 20 ó 21 , o una proteína de fusión como la que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 22 a 24; o (c) el anticuerpo que se reclama en la reivindicación 26; para preparar un medicamento para prevenir o tratar infección por Chlamydia en un mamífero.

37.- Un método para detectar infección por Chlamydia que comprende el paso de analizar un fluido corporal de un mamífero que será probado, con un componente seleccionado entre: (a) el ácido nucleico como se reclama en cualquiera de las reivindicaciones de la 1 a la 7; (b) el polipéptido como se reclama en la reivindicaión 20 ó 21 , o una proteína de fusión de cualquiera de las reivindicaciones de la 22 a la 24; y (c) el anticuerpo como se reclama en la reivindicación 26.

38.- Un equipo de diagnóstico que comprende instrucciones de uso, y un componente seleccionado entre cualquiera de: (a) el ácido nucleico como se reclama en las reivindicaciones de la 1 a la 7; (b) el polipéptido como se reclama en la reivindicación 20 ó 21 , o una proteína de fusión como se reclama en cualquiera de las reivindicaciones de la 22 a la 24; y (c) el anticuerpo cómo se reclama en la reivindicación 26.

39.- El uso de un vector y el primer ácido nucleico como se definió en cualquiera de las reivindicaciones de la 1 a la 7, para preparar una vacuna para evitar una infección ocasionada por Chlamydia en un mamífero.

40.- Una molécula de ácido nucleico caracterizada porque comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido seleccionado de cualquiera de: (a) SEQ ID NO: 14; (b) un fragmento inmunogénico que comprende por lo menos 50 aminoácidos consecutivos de un polipéptido de (a); y (c) un polipéptido de (a) o (b) que se ha modificado sin pérdida de inmunogenicidad, en donde dicho polipéptido modificado es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido correspondiente de (a) o (b).

41.- Una molécula de ácido nucleico caracterizada porque comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada de cualquiera de: (a) SEQ ID NO: 1 ; (b) una secuencia que codifica un polipéptido codificado por SEQ ID NO: 1 ; (c) una secuencia que comprende por lo menos 38 nucleótidos consecutivos de SEQ ID NO: 1 ; (d) una secuencia que codifica un polipéptido que es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido codificado por SEQ ID NO: 1 ; y (e) una secuencia que comprende por lo menos 100 nucleótidos consecutivos de una secuencia de ácido nucleico de (b).

42.- Una molécula de ácido nucleico caracterizada porque comprende una secuencia de ácido nucleico que es de antisentido a la molécula de ácido nucleico que se reclama en la reivindicación 40.

43.- Una molécula de ácido nucleico caracterizada porque comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica una proteína de fusión, comprendiendo dicha proteína de fusión un polipéptido codificado por una molécula de ácido nucleico como la que se reclama en la reivindicación 40, y un segundo polipéptido.

44.- La molécula de ácido nucleico de conformidad con la reivindicación 43, caracterizada además porque el segundo polipéptido es un péptido de señal heterólogo.

45.- La molécula de ácido nucleico de conformidad con la reivindicación 43, caracterizada además porque el segundo polipéptido tiene actividad de adyuvante.

46.- La molécula de ácido nucleico de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 40 a 45, caracterizada además porque está ligada operativamente a una o más secuencias de control de expresión.

47.- Una vacuna que comprende un vector de vacuna y por lo menos un primer ácido nucleico seleccionado de cualquiera de: (i) SEQ ID NO: 1 ; (¡i) una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido codificado por SEQ ID NO: 1 ; (iii) una secuencia de ácido nucleico que comprende por lo menos 38 nucleótidos consecutivos de cualquiera de las secuencias de ácido nucleico de (i) y (ii); (iv) una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido que es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido codificado por SEQ ID NO: 1 ; (v) una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido cuya secuencia se describe en SEQ ID NO: 14; (vi) una secuencia de ácido nucleico que codifica un fragmento inmunogénico que comprende por lo menos 12 aminoácidos consecutivos de SEQ ID NO: 14; y (vii) una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido como el que se define en (v), o un fragmento ínmunogénico como el que se define en (vi), que se ha modificado sin pérdida de inmunogenicidad, en donde dicho polipéptido o fragmento modificado es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido correspondiente de (v) o al fragmento correspondiente de (vi); en donde cada primer ácido nucleico es capaz de expresarse, y en donde la vacuna comprende opcionalmente un segundo ácido nucleico que codifica, y es capaz de expresar, un polipéptido adicional que incrementa la respuesta inmune al polipéptido expresado por el primer ácido nucleico.

48.- Una vacuna que comprende un vector de vacuna y por lo menos un primer ácido nucleico que codifica una proteína de fusión, en donde la proteína de fusión comprende: (a) un primer polipéptido seleccionado de cualquiera de: (i) un polipéptido codificado por SEQ ID NO: 1 ; (ii) un polipéptido codificado por una secuencia de ácido nucleico que comprende por lo menos 38 nucleótidos consecutivos de SEQ ID NO: 1 ; (¡ii) un polipéptido que es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido codificado por SEQ ID NO: 1 ; (iv) un polipéptido cuya secuencia se describe en SEQ ID NO: 14; (v) un fragmento inmunogénico que comprende por lo menos 12 aminoácidos consecutivos de SEQ ID NO: 14; y (vi) un polipéptido como el que se define en (iv) o un fragmento inmunogénico como el que se define en (v), que se ha modificado sin pérdida de inmunogenicidad, en donde dicho polipéptido o fragmento modificado es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido correspondiente de (iv) o el fragmento correspondiente de (v); y (b) un segundo polipéptido; en donde cada primer ácido nucleico es capaz de expresarse, y en donde la vacuna comprende opcionalmente un segundo ácido nucleico que codifica, y es capaz de expresar, un polipéptido adicional que incrementa la respuesta inmune al primer polipéptido.

49.- La vacuna de conformidad con la reivindicación 48, caracterizada además porque el segundo polipéptido es un péptido de señal heterólogo.

50.- La vacuna de conformidad con la reivindicación 48, caracterizada además porque el segundo polipéptido tiene actividad de adyuvante.

51.- La vacuna de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 47 a 50, caracterizada además porque cada primer ácido nucleico está ligado operativamente a una o más secuencias de control de expresión.

52.- Una vacuna que comprende por lo menos un primer ácido nucleico como el que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 40, 41 y 43 a 46, y un vector de vacuna, en donde cada primer ácido nucleico se expresa como un polipéptido, comprendiendo la vacuna opcionalmente un segundo ácido nucleico que codifica un polipéptido adicional que incrementa la respuesta inmune al polipéptido expresado por dicho primer ácido nucleico.

53.- La vacuna de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 47 a 52, caracterizada además porque el segundo ácido nucleico codifica un polipéptido adicional de Chlamydia.

54.- Una composición farmacéutica caracterizada porque comprende un ácido nucleico como el que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 40 a 46, y un vehículo farmacéuticamente aceptable.

55.- Una composición farmacéutica caracterizada porque comprende una vacuna como la que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 47 a 53, y un vehículo farmacéuticamente aceptable.

56.- Un hospedero unicelular transformado con la molécula de ácido nucleico que se reclama en la reivindicación 46.

57.- Una sonda de ácido nucleico aislado de 5 a 100 nucleótidos que son por lo menos 75% similares a la molécula de ácido nucleico de SEQ ID NO: 1 , o una secuencia complementaria o de antisentido de dicha molécula de ácido nucleico,

58.- Un iniciador aislado de 10 a 40 nucleótidos que es por lo menos 75% similar a las moléculas de ácido nucleico de SEQ ID NO: 1 , o a una secuencia complementaria o de antisentido de dicha molécula de ácido nucleico.

59.- Un polipéptido codificado por una secuencia de ácido nucleico como la que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 40, 41 y 43 a 46.

60.- Un polipéptido que comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada de cualquiera de: (a) SEQ ID NO: 14; (b) un fragmento inmunogénico que comprende por lo menos 12 aminoácidos consecutivos de un polipéptido de (a); y (c) un polipéptido de (a) o (b), que se ha modificado sin pérdida de inmunogenicidad, en donde dicho polipéptido modificado es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptído correspondiente de (a) o (b).

61.- Una proteína de fusión que comprende un polipéptido como el que se reclama en la reivindicación 59 ó 60, y un segundo polipéptido.

62.- La proteína de fusión de conformidad con la reivindicación 61 , caracterizada además porque el segundo polipéptido es un péptido de señal heterólogo.

63.- La proteína de fusión de conformidad con la reivindicación 61 , caracterizada además porque el segundo polipéptido tiene actividad de adyuvante.

64.- Un método para producir un polipéptido como el que se reclama en la reivindicación 59 ó 60, o para producir una proteína de fusión como la que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 61 a 63, que comprende el paso de cultivar un hospedero unicelular como el que se reclama en la reivindicación 56.

65.- Un anticuerpo contra el polipéptido como se reclama en la reivindicación 59 ó 60, o contra una proteína de fusión como la que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 61 a 63.

66.- Una vacuna que comprende por lo menos un primer polipéptido seleccionado de cualquiera de: (i) un polipéptido codificado por cualquiera de la SEQ ID NO: 1 ; (ii) un polipéptido codificado por una secuencia de ácido nucleico que comprende por lo menos 38 nucleótidos consecutivos de SEQ ID NO: 1 ; (¡ii) un polipéptido que es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido codificado por SEQ ID NO: 1; (iv) un polipéptido cuya secuencia se describe en SEQ ID NO: 14; (v) un fragmento inmunogénico que comprende por lo menos 12 aminoácidos consecutivos de SEQ ID NO: 14; y (vi) un polipéptido como se define en (¡v), o un fragmento inmunogénico como se define en (v), que se ha modificado sin pérdida de inmunogenicidad, en donde dicho polipéptido o fragmento modificado es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido correspondiente de (¡v) o el fragmento correspondiente de (v); en donde la vacuna comprende opcionalmente un polipéptido adicional que incrementa la respuesta inmune al primer polipéptido.

67.- Una vacuna que comprende por lo menos una proteína de fusión, en donde la proteína de fusión comprende: (a) un primer polipéptido seleccionado de cualquiera de: (i) un polipéptido codificado por SEQ ID NO: 1 ; (¡i) un polipéptido codificado por una secuencia de ácido nucleico que comprende por lo menos 38 nucleótidos consecutivos de SEQ ID NO: 1 ; (iii) un polipéptido que es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido codificado por SEQ ID NO: 1 ; (iv) un polipéptido cuya secuencia se describe en SEQ ID NO: 14; (v) un fragmento inmunogénico que comprende por lo menos 12 aminoácidos consecutivos de SEQ ID NO: 14; y (vi) un polipéptido como el que se define en (iv) o un fragmento inmunogénico como el que se define en (v), que se ha modificado sin pérdida de inmunogenicidad, en donde dicho polipéptido o fragmento modificado es por lo menos 75% idéntico en secuencia de aminoácidos al polipéptido correspondiente de (iv) o el fragmento correspondiente de (v); y (b) un segundo polipéptido; en donde la vacuna comprende opcionalmente un polipéptido adicional que incrementa la respuesta inmune al primer polipéptido.

68.- La vacuna de conformidad con la reivindicación 67, caracterizada además porque el segundo polipéptido es un péptido de señal heterólogo.

69.- La vacuna de conformidad con la reivindicación 67, caracterizada además porque el segundo polipéptido tiene actividad de adyuvante.

70.- Una vacuna que comprende por lo menos un primer polipéptido como el que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 59 a 63, que comprende opcionalmente un polipéptido adicional que incrementa la respuesta inmune al primer polipéptido.

71.- La vacuna de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 66 a 70, caracterizada además porque el polipéptido adicional comprende un polipéptido de Chlamydia.

72.- Una composición farmacéutica que comprende un polipéptido como el que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 59 a 63, y un vehículo farmacéuticamente aceptable.

73.- Una composición farmacéutica caracterizada porque comprende una vacuna como la que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 66 a 71 , y un vehículo farmacéuticamente aceptable.

74.- Una composición farmacéutica caracterizada porque comprende un anticuerpo como el que se reclama en la reivindicación 65, y un vehículo farmacéuticamente aceptable.

75.- Ei uso de (a) el ácido nucleico como se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 40 a 46; (b) el polipéptido como se reclama en la reivindicación 59 ó 60, o una proteína de fusión como la que se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 61 a 63; o (c) el anticuerpo como se reclama en la reivindicación 65, para preparar un medicamento para prevenir o tratar infección por Chlamydia en un mamífero.

76.- Un método para detectar infección por Chlamydia que comprende el paso de analizar un fluido corporal de un mamífero que será probado, con un componente seleccionado entre: (a) el ácido nucleico como se reclama en cualquiera de las reivindicaciones de la 40 a la 46; (b) el polipéptido como se reclama en ia reivindicación 59 ó 60, o una proteína de fusión como se reclama en cualquiera de las reivindicaciones de 61 a 63; y (c) el anticuerpo como se reclama en la reivindicación 65.

77.- Un equipo de diagnóstico que comprende instrucciones de uso, y un componente seleccionado entre cualquiera de: (a) el ácido nucleico como se reclama en cualquiera de las reivindicaciones de 40 a 46; (b) el polipéptido como se reclama en la reivindicación 59 ó 60, o una proteína de fusión como se reclama en cualquiera de las reivindicaciones 61 a 63; y (c) ei anticuerpo como se reclama en la reivindicación 65.

78.- El uso de un vector y el ácido nucleico como se definió en cualquiera de las reivindicaciones de 40 a 46, para preparar una vacuna para evitar una infección ocasionada por Chlamydia en un mamífero.

79.- El uso de un polipéptido como se define en cualquiera de las reivindicaciones 20, 21 , 59 y 60, o la proteína de fusión como se define en cualquiera de las reivindicaciones 22 a 24 y 61 a 63, para preparar un medicamento para evitar la infección ocasionada por Chlamydia en un mamífero.