MX2010008575A - Control transcripcional en alicyclobacillus acidocaldarius y genes, proteinas y metodos asociados. - Google Patents

Control transcripcional en alicyclobacillus acidocaldarius y genes, proteinas y metodos asociados.

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MX2010008575A
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Brady D Lee
David N Thompson
William A Apel
Vicki S Thompson
David W Reed
Jeffrey A Lacey
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Battelle Energy Alliance Llc
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Abstract

La presente invención se refiere a secuencias de ácido nucleico y polipéptidos aislados y/o purificados que codifican polipéptidos a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius. Se proporcionan además, métodos para modular la transcripción o control transcripcional usando secuencias de ácido nucleico y polipéptidos aislados y/o purificados a partir de AlicyclobacilIus acidocaldarius.

Description

CONTROL TRANSCRIPCIONAL EN ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS Y GENES, PROTEINAS Y METODOS ASOCIADOS REFERENCIA CRUZADA Esta solicitud reivindica el beneficio de la fecha de presentación de la Solicitud de Patente Provisional Estadounidense Serie Número 61/030,820, presentada el 22 de Febrero de 2008, para "CONTROL TRANSCRIPCIONAL EN ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS Y GENES, PROTEINAS Y METODOS ASOCIADOS.
El Gobierno Estadounidense tiene ciertos derechos en esta invención, conforme al Contrato No. DE-AC07-99ID13727 y Contrato No. DE-AC07-05ID14517, entre el Departamento de Energía Estadounidense y Battelle Energy Alliance, LLC.
CAMPO DE LA INVENCION La presente invención se refiere en general, a biotecnología. Más específicamente, la presente invención se refiere a polipéptidos aislados y/o purificados y secuencias de ácido nucleico que codifican polipéptidos a partir de Alicyclobacillus acidocaldaríus y métodos para su uso.
ANTECEDENTES DE LA INVENCION El ADN bacteriano codifica para información que regula la transcripción de genes en ARNm, el cual codifica para proteínas o enzimas usadas para control de crecimiento y procesamiento de energía, carbono y otros compuestos por la célula. La mayoría de estos reguladores/represores transcripcionales, funcionan para activar y desactivar genes para minimizar el gasto de energía celular en respuesta a su ambiente en crecimiento (es decir, presencia del sustrato de crecimiento, metales, temperatura, etc.).
BREVE DESCRIPCION DE LA INVENCION Modalidades de la invención se refieren a secuencias de nucleótido aislado y/o purificado del genoma de Alicyclobacillus acidocaldarius, o un homólogo o fragmento del mismo. En una modalidad de la invención, la secuencia de nucleótido se selecciona a partir de al menos una de las SEQ ID NO.. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1124, 1141 , 1 158, 1175, 1 192, 1294, 1311 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651 , 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821 , 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991 , 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 21 10, 2127, 2144, 2161 , 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331 , 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671 , 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841 , 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 2911 , y 2928, o un homólogo o fragmento del mismo. En otra modalidad de la invención, el homólogo se selecciona a partir del grupo que consiste de una secuencia de nucleótido que tiene al menos, 80% de identidad de secuencia con al menos una de las SEQ ID NO.. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1 158, 1175, 1 192, 1294, 1311 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651 , 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821 , 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991 , 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 21 10, 2127, 2144, 2161 , 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331 , 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671 , 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841 , 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 2911 , y 2928.
Modalidades de la invención pueden además, referirse a una secuencia de ácido nucleico aislado y/o purificado, que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las SEQ ID NO.. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 51 1 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1 106, 1 123, 1 140, 1 157, 1 174, 1191 , 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701 , 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871 , 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041 , 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 221 1 , 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381 , 2398, 2415, 2517, 2534, 2551 , 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721 , 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927.
Modalidades de la invención, también se refieren a polipéptidos aislados y/o purificados por una secuencia de nucleotido que comprende una secuencia de nucleotido del genoma de Alicyclobaállus acidocaldaríus, o un homólogo o fragmento del mismo. En una modalidad, la secuencia de nucleotido comprende una secuencia de nucleotido seleccionada a partir del grupo que consiste de una secuencia de nucleotido que tiene al menos, 80% de identidad de secuencia con al menos una de las SEQ ID NO..2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121, 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291, 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461, 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631, 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801, 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971, 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1107, 1124, 1141, 1158, 1175, 1192, 1294, 1311, 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481, 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651, 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821, 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991, 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 2110, 2127, 2144, 2161, 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331, 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671, 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841, 2860, 2877, 2894, 2911, y 2928.
En otra modalidad de la invención, la secuencia de nucleótido comprende una secuencia de nucleótido seleccionada a partir de al menos una de las SEQ ID NO..2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121, 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291, 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461, 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631, 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801, 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971, 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1107, 1124, 1141, 1158, 1175, 1192, 1294, 1311, 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481, 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651, 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821, 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991, 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 2110, 2127, 2144, 2161, 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331, 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671, 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841, 2860, 2877, 2894, 2911, y 2928 o un homólogo o fragmento del mismo. En todavía otra modalidad, el polipéptido comprende una secuencia de aminoácido de las SEQ ID NO..1, 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171, 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341, 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681, 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851, 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021, 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361, 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531, 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701, 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871, 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041, 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 2211, 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381, 2398, 2415, 2517, 2534, 2551, 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721, 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927. En aún otra modalidad, el polipéptido comprende una secuencia de aminoácido seleccionada a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las SEQ ID NO.. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1 106, 1 123, 1 140, 1 157, 1 174, 1191 , 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701 , 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871 , 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041 , 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 221 1 , 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381 , 2398, 2415, 2517, 2534, 2551 , 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721 , 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927.
En modalidades de la invención, los polipéptidos pueden ser acidofílicos y/o termofílicos. En modalidades adicionales, los polipéptidos pueden ser glicosilados, pegilados, y/o de otro modo post-traduccionalmente modificados.
Modalidades de los métodos incluyen, colocar un polipéptido recombinante, purificado y/o aislado, seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con las SEQ ID NO.. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 51 1 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1 191 , 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701 , 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871 , 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041 , 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 2211 , 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381 , 2398, 2415, 2517, 2534, 2551 , 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721 , 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927 en, o recolocando un componente, de un sistema de transcripción in vitro tal como, por medio de ejemplo no limitante, una reacción en cadena de la polimerasa o un sistema de transcripción/traducción de lisado de reticulocito.
Modalidades adicionales de los métodos incluyen, colocar una célula que produce o codifica una secuencia de nucleótido recombinante, purificado y/o aislado, que comprende una secuencia de nucleótido seleccionada a partir del grupo que consiste de una secuencia de nucleótidos que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las secuencias de las SEO. ID NO.: 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1107, 1 124, 1 141 , 1158, 1175, 1192, 1294, 1311, 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481, 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651, 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821, 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991, 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 2110, 2127, 2144, 2161, 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331, 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671, 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, ¡ 2790, 2807, 2824, 2841, 2860, 2877, 2894, 2911, y 2928 y/o un polipéptido recombinante, purificado y/o aislado, seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO.1, 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171, 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341, 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681, 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851, 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021, 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361, 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531, 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701, 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871, 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041, 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 2211, 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381, 2398, 2415, 2517, 2534, 2551, 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721, 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927, en un ambiente que comprende temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95 grados Celsius y/o a pH en, por debajo de, y/o arriba de 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , y/o 0.
Estos y otros aspectos de la invención llegarán a ser aparentes para aquellos expertos en la técnica en vista de las enseñanzas contenidas en la presente.
BREVE DESCRIPCION DE LOS DIBUJOS La figura 1 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1446 (RAAC01465) y ref|ZP_01666866.1 |, ref|YP_001039288.1 |, ref|YP_001210812.1 |, ref|YP_001 1 11548.11, y ref|ZP_0 576004.1 | (SEQ ID NO: 1448-1452) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1446 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 2 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 443 (RAAC00371 ) y ref|YP_145986.1 |, ref|YP_001 124263.1 |, ref|NP_241028.1 |, ref|YP_001210899.1 |, y ref|YP_001 1 1 1617.11 (SEQ ID NO: 445-449) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 443 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por Las figuras 3A-3C representan un alineamiento de secuencia (ClustalW) (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 477 (RAAC00408) y ref|ZP_02326346.1 |, ref|NP_240992.1 |, ref|YP_001124230.11, ref|YP_145951.1 |, y ref|YP_173646.1 | (SEQ ID NO: 479-483) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 477 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por Las figuras 4A-4C representan un alineamiento de secuencia (ClustalW) (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 460 (RAAC00407) y ref|ZP_02326345.1 |, ref|YP_001124231.1 |, ref|NP_240993.11, ref|YP_145952.1 |, y ref|NP_976431.1 | (SEQ ID NO: 462-466) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 460 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 5 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 596 (RAAC00480) y ref|NP_244660.1 |, ref|ZP_01 68478.1 |, ref|YP_001127419.11, ref|ZP_01860921.1|, y ref|NP_693930.1 | (SEQ ID NO: 598-602) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 596 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 6 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 307 (RAAC00147) y ref|YP_850042.1 |, ref|NP_465351.1 |, ref|YP_014447.1 |, ref|NP_268055.1 |, y ref|NP_471274.1 | (SEQ ID NO: 309-313) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 307 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 7 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1752 (RAAC01826) y ref|YP_074736.1 |, ref|YP_074981.1 |, ref|YP_001394390.1 |, ref|NP_244228.11, y ref|YP_001275817. | (SEQ ID NO: 1754-1758) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1752 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 8 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 868 (RAAC00896) y ref|YP_001 126509.1 |, ref|YP_148335.1 |, ref|ZP_02328521.11 , ref|ZP_01 173341.11, y ref|YP_001376241.1 | (SEQ ID NO: 870-874) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 868 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 9 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 256 (RAAC00120) y ref|NP_243422.1 |, ref|YP_146980.1 |, ref|YP_001 1251 15.1 |, ref |ZP_01862300.11 , y ref|ZP_01 172495.11 (SEQ ID NO: 258-262) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 256 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 10 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1956 (RAAC02146) y ref|YP_001126333.1 |, gb|AAB81 194.1 |, ref|YP_148161.1 |, pdb|1 L0O|C, y ref|YP_001487306.1 | (SEQ ID NO: 1958-1962) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1956 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 1 1 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 273 (RAAC00121 ) y ref|ZP_02330758.1 |, reflYP_0O1212395.i l, ref | YP_001 1251 6.11. ref|NP_243420.1 |, y ref |ZP_01667054.1 | (SEQ ID NO: 275-279) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 273 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 12 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2262 (RAAC02546) y ref | YP_001512033.11 , ref|NP_976421 .1 |, ref|NP_842661.1 |, ref|NP_829995.1 |, y ref|YP_001373458. | (SEQ ID NO: 2264-2268) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2262 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 13 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 511 (RAAC00418) y ref|YP_077384.1 1, ref|YP_001419777.1 |, emb|CAA41793.1 |, ref|ZP_01 173595.1 |, y ref|NP_240981.1 | (SEQ ID NO: 513-517) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 5 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 14 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2602 (RAAC02968) y ref|YP_001409756.1 |, ref|YP_001485343.11, ref|YP_181606.1 [, ref|NP_97642 .1 |, y ref|NP_842661.1 | (SEQ ID NO: 2604-2608) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2602 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 15 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 2927 (RAAC03263) y RTHT02135, RTHT02135, RBLH00099, RBSB05130, y RCTH01302 (SEQ ID NO: 2929-2933) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2927 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 16 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 817 (RAAC00856) y ref|YP_001 126560.11, ref|NP_242 51. 1, ref|YP_ 751 3.11, ref|YP_ 48388.1 |, y ref|ZP_0 861605. 1 (SEQ ID NO: 819-823) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 817 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 17 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1735 (RAAC01814) y ref|YP_148388.1 |, ref|YP_001 126560.11, gb|ABY76244.1 |, ref|YP_896655.1 |, y ref|NP_980714.1 | (SEQ ID NO: 1737-1741 ) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1735 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 18 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2381 (RAAC02673) y ref|YP_001486 25.1 |, ref|ZP_01696681.1 |, ref|NP_388808.1 |, ref|NP_830819.1 |, y ref|YP_001643827.1 | (SEQ ID NO: 2383-2387) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2381 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 19 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1905 (RAAC021 12) y ref|YP_148250.1 |, ref|ZP_01725195.11, ref|NP_390312.1 |, ref|ZP_00538565.11, y ref|YP_001 126420.1 | (SEQ ID NO: 1907-191 1 ) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1905 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 20 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2568 (RAAC02902) y ref|YP_1471 13.1 |, ref|NP_243282.1 |, ref|YP_001 125233.1 |, ref|YP_175727.1 |, y ref|ZP_02330483.1 | (SEQ ID NO: 2570-2574) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2568 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 21 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 494 (RAAC00415) y ref|ZP_01 173598.11, ref|YP_173640.1 |, ref|YP_089786.1 |, ref|YP_848410.1 |, y ref|NP_691027.1 | (SEQ ID NO: 496-500) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 494 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
Las figuras 22A y 22B representan un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 562 (RAAC00475) y ref|YP_149235.1 |, ref|YP_00 127411.1 |, ref|YP_001377035.11, gb|AAU09403.11, y ref|YP_039325.1 | (SEQ ID NO: 564-568) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 562 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por Las figuras 23A y 23B representan un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2619 (RAAC02984) y ref |ZP_01 173129.11 , ref|ZP_01696484.11, ref|YP_001488275.1 |, ref |ZP_02171541.11. y ref|YP_173520.11 (SEQ ID NO: 2621 -2625) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2619 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
Las figuras 24A y 24B representan un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2636 (RAAC02994) y ref|NP_244812.1 |, ref |ZP_02171541.1 |, ref|ZP_01 173129.11, ref|YP_090070.1 |, y ref|YP_077660.11 (SEQ ID NO: 2638-2642) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2636 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 25 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 86 (RAAC00039) y ref|YP_ 77603.1 |, ref|NP_244925.1 |, ref|YP_001423363.1 |, ref|ZP_02327875.11, y ref|ZP_02172038.11 (SEQ ID NO: 88-92) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 86 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 26 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1871 (RAAC02034) y ref| YP_001422137.11. ref|YP_080133.1 |, ref|NP_243941.1 |, ref|YP_176156.1|, y ref|YP_001376422.1 | (SEQ ID NO: 1873-1877) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1871 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 27 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 188 (RAAC00092) y ref|ZP_01697682.1|, ref|YP_146960.11, ref|NP_242122.1 |, ref|YP_001125095.11, y ref|ZP_01860230.1 | (SEQ ID NO: 190-194) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 188 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 28 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2143 (RAAC02454) y ref|YP_001125095.11, ref|YP_896293.1 |, ref|YP_146960. |, ref|NP_389392.1 |, y ref|ZP_02261942.1 | (SEQ ID NO: 2145-2149) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2143 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 29 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 341 (RAAC00212) y ref|YP_752777.1 |, ref|YP_00 666100.11, ref|NP_621806.1 |, ref|ZP_01666183.11, y ref|YP_077079.1 | (SEQ ID NO: 343-347) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 341 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 30 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2772 (RAAC03236) y ref | YP_001666100.11 , ref|YP_001317994.1 |, ref|NP_621806.1 |, ref|YP_001181188.11, y ref|NP_346951.1 | (SEQ ID NO: 2774-2778) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2772 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 31 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2296 (RAAC02603) y ref|NP_346951.1 |, ref | YP_001181188.11 , ref|YP_001666100.1 |, ref|NP_621806.1 |, y ref|YP_001317994.1 ) (SEQ ID NO: 2298-2302) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2296 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 32 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 324 (RAAC00161) y gb|AAC62407.11, ref I YP_001374031.11 , ref|NP_830661.1 |, ref|YP_037204.11, y ref|NP_979446.1 | (SEQ ID NO: 326-330) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 324 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 33 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 919 (RAAC00923) y ref|YP_001422239.1 |, ref|YP_001420593.1 |, ref|ZP_01697004.1 |, ref|ZP_01 70670.1 |, y ref | YP_001486165.11 (SEQ ID NO: 921-925) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 919 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 34 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 749 (RAAC00643) y ref|ZP_02330525.1 |, ref|NP_623103.1 |, ref|ZP_02330045.1 |, ref|YP_001665292.11, y ref|YP_001665293.1 | (SEQ ID NO: 751-755) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 749 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 35 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1361 (RAAC01427) y ref|NP_240926.11, ref|ZP_02330558.1 |, ref|YP_001419725.1 |, ref|NP_829946.11, y ref|NP_842611.1 | (SEQ ID NO: 1363-1367) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1361 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 36 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 426 (RAAC00365) y ref|YP_173696.1 |, ref|ZP_02329530.1 |, ref|ZP_01696660.1 |, ref|NP_241105.11, y ref|YP_001124272.11 (SEQ ID NO: 428-432) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 426 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
Las figuras 37A y 37B representan un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1531 (RAAC01563) y ref|ZP_01665476.1|, ref|ZP_02259717.1 |, ref|YP_036745.1 |, ref|YP_028716.1|, y ref|YP_083969.1 | (SEQ ID NO: 1533-1537) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1531 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 38 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2806 (RAAC02315) y ref|YP_145847.1 |, gb|ABG00342.1 |, ref|YP_536482.1|, ref|YP_891181.11, y ref|YP_799230.1 | (SEQ ID NO: 2808-2812) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2806 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 39 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 103 (RAAC00040) y ref|YP_001423364.1 |, ref|NP_391977.11, ref|YP_001488932.1|, ref|YP_093870.1 |, y ref|YP_081433.11 (SEQ ID NO: 105-109) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 103 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 40 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 205 (RAAC00113) y ref|ZP_01697918.1 |, ref|YP_001125108.11, emb|CAJ75583.1 |, ref|YP_146973.1 |, y ref|ZP_01172488.1 | (SEQ ID NO: 207-211) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 205 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
Las figuras 41 A y 41 B representan un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 222 (RAAC00117) y ref|ZP_02330014.1 |, emb|CAJ75587.1 |, ref|YP_146977.1|, ref|YP_001125112.11, y ref|NP_243425.1 | (SEQ ID NO: 224-228) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 222 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 42 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 239 (RAAC001 18) y ref|YP_078922.1 |, ref|YP_001375784.11, ref|ZP_02171874.11, ref|YP_001646530.1 |, y gb|AAN04557.1 | (SEQ ID NO: 241-245) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 239 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 43 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1344 (RAAC01377) y ref|YP_147952.1 |, ref|YP_520670.1 |, ref |YP_001395809.11, ref|YP_001309701.1 |, y ref|YP_001643660.1 | (SEQ ID NO: 1346-1350) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1344 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por Las figuras 44A y 44B representan un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2840 (RAAC02381 ) y ref|NP_622177.1 |, ref|YP_848858.1 |, ref|YP_001374688.1 |, ref|NP_470039.1 |, y ref|ZP_01929325.11 (SEQ ID NO: 2842-2846) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2840 en .el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 45 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1038 (RAAC00991 ) y ref|ZP_02327412.1 |, ref|YP_001487207.1 |, ref|ZP_01 172765.11, ref|NP_831314.11, y ref|NP_844008.1 | (SEQ ID NO: 1040-1044) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1038 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 46 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 766 (RAAC00650) y ref|YP_001127183.11, ref|ZP_02038504.1 |, ref|YP_001647987.1|, ref|YP_001377114.11, y ref|NP_835081.1 | (SEQ ID NO: 768-772) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 766 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 47 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2041 (RAAC02421) y ref|ZP_01721811.11, ref|NP_24 897.11, ref|YP_001486101.1 |, ref|ZP_01170532.11, y ref|ZP_02327994.1 | (SEQ ID NO: 2043-2047) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2041 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
Las figuras 48A y 48B representan un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1922 (RAAC02142) y ref|ZP_01860158.11. ref|YP_148164.11, ref|NP_242401.1 |, ref|YP_001126336.1 |, y ref|YP_001421751.1 | (SEQ ID NO: 1924-1928) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1922 en el cuadro 1.
Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por Las figuras 49A y 49B representan un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2687 (RAAC03015) y ref|NP_628606.1 |, ref|ZP_02061285.1 |, ref|NP_824958.1 |, emb|CAA04971.1 |, y gb|AAC32488.1 | (SEQ ID NO: 2689-2693) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2687 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
Las figuras 50A y 50B representan un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2517 (RAAC02227) y ref|YP_430213.1 |, ref|YP_001212426.1 |, ref|YP_00 663198.1 |, ref|YP_360920.1 |, y ref|YP_001665129.11 (SEQ ID NO: 2519-2523) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2517 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 51 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 834 (RAAC00872) y ref|NP_622598.1 |, ref|YP_001320854.1 |, ref|YP_001665389.1 |, ref|YP_001037463.11, y ref|YP_001512768.1 | (SEQ ID NO: 836-840) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 834 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 52 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 120 (RAAC00045) y ref|ZP_02172045.1 |, ref|ZP_01 189194.11, ref|NP_244931 .1 |, ref|YP_001213468.11, y ref|YP_358877.1 | (SEQ ID NO: 122-126) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 120 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
Las figuras 53A y 53B representan un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2092 (RAAC02428) y dbj|BAB83769.1 |, ref|YP_146913.11, sp|P1 1961 |ODP2_BACST, ref|ZP_01696305.1 |, y ref | YP_001 125047.11 (SEQ ID NO: 2094-2098) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2092 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
Las figuras 54A y 54B representan un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1650 (RAAC01659) y ref|ZP_02326222.11, ref|NP_241081.1 |, ref|YP_074242.1 |, ref|YP_001 153408.11, y ref|NP_560158.1 [ (SEQ ID NO: 1652-1656) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1650 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 55 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1701 (RAAC01745) y ref|YP_001127228.11, ref|YP_149070.1 |, ref|ZP_00539 27.11, ref|ZP_02326224.11, y ref|NP_241079.1 | (SEQ ID NO: 1703-1707) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1701 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 56 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1718 (RAAC01746) y ref|YP_149069.1 |, ref|YP_001 127227.1 |, ref|ZP_00539126.1 |, ref|YP_001 125046.11, y ref|NP_833691.1 | (SEQ ID NO: 1720-1724) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1718 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 57 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2058 (RAAC02426) y ref|NP_243521.1 |, pdb|1W85|A, sp|P21873|ODPA_BACST, ref|YP_001421036.1 |, y ref|YP_14691 .1 | (SEQ ID NO: 2060-2064) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2058 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 58 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2075 (RAAC02427) y ref|ZP_01696304.1 |, sp|P21874|ODPB_BACST, ref|YP_001 125046.11, pdb|1W85|B, y ref|YP_146912.1 | (SEQ ID NO: 2077-2081 ) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2075 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 59 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1616 (RAAC01657) y ref|ZP_02326224.1|, dbj|BAB40585.1 |, ref|NP_241079.1 |, ref| YP_001126012.11 , y ref|ZP_01171269.11 (SEQ ID NO: 1618-1622) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1616 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 60 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1633 (RAAC01658) y ref|ZP_02326223.1 |, ref|NP_241080.11, dbj|BAB40586.1 |, ref|YP_001126011.11, y ref|NP_693798.1 | (SEQ ID NO: 1635-1639) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1633 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
Las figuras 61 A y 61 B representan un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO. 630 (RAAC00484) y ref|YP_001125466.1|, ref|ZP_01697095.11, ref|YP_147353.1 |, ref |ZP_01886631.11, y ref|YP_077737.1 | (SEQ ID NO: 632-636) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 630 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 62 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 613 (RAAC00483) y ref|NP_886151.1 |, ref|YP_147354.1 |, ref|YP_001 125467.11, ref|YP_001420062.1 |, y ref|NP_242684.1 | (SEQ ID NO: 615-619) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 613 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 63 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 290 (RAAC00134) y ref|ZP_01860800.1 |, ref|YP_147000.1 |, ref|ZP_01695960.1 |, ref|YP_001 125127.11, y ref|YP_806677.1 | (SEQ ID NO: 292-296) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 290 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 64 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 358 (RAAC00215) y ref| YP_145879.1 |, ref|ZP_01697513.1 |, ref|YP_001 124157.11, ref|ZP_01 174007.1 |, y ref|YP_001642924.1 | (SEQ ID NO: 360-364) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 358 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 65 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2177 (RAAC02164) y ref|YP_359129.11, ref|ZP_02127016.1 |, ref|YP_001540277.1 |, pdb|1 M2N|A, y pdb|1 M2K|A (SEQ ID NO: 2179-2183) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2177 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
Las figuras 66A-66C representan un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1395 (RAAC01438) y ref|YP_ 73587.1 |, ref|NP_240935.1 |, ref|YP_001373418.1 |, ref|YP_892975.11, y ref|NP_976379.1 | (SEQ ID NO: 1397-1401) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1395 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 67 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2755 (RAAC03184) y ref|YP_001105447.11, ref|YP_1 17520.11, ref|YP_046943.1 |, ref|YP_707186.1 |, y ref|YP_001337847.1 | (SEQ ID NO: 2757-2761 ) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2755 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 68 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 2859 (RAAC02740) y ref|NP_391246.1 |, ref|YP_001488252.1 |, ref|NP_244416.1 |, ref|YP_001 1 12264.11, y ref|YP_430670.1 | (SEQ ID NO: 2861 -2865) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2856 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 69 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 2893 (RAAC02937) y ref|YP_075413.1 |, ref|YP_001662816.1 |, ref|YP_001664674.11, ref|YP_827514.1 |, y ref|YP_827514.1 | (SEQ ID NO: 2895-2899) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2893 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 70 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 783 (RAAC00675) y ref|YP_001373772.11, ref|YP_034761.1 |, ref|YP_893335.1 |, ref|ZP_00237972.1 |, y ref|ZP_02329595.1 | (SEQ ID NO: 785-789) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 783 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 71 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2789 (RAAC02292) y gb|AAB91591.1 |, ref|YP_001422657.1 |, ref|NP_391247.1 |, ref|YP_093160.1 |, y ref|NP_391246.11 (SEQ ID NO: 2791-2795) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2789 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 72 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1599 (RAAC01655) y ref|ZP_00235680.1 |, ref|NP_241278.1 |, ref|NP_845841 .1 |, ref|ZP_02260616.1 |, y ref|ZP_02256143.1 | (SEQ ID NO: 1601-1605) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1599 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 73 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 545 (RAAC00436) y ref|ZP_02171828.11, ref|YP_077369.1 |, ref|YP_001485328.1 |, ref|ZP_02329455.11, y ref|YP_001419762.1 | (SEQ ID NO: 547-551 ) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 545 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 74 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1429 (RAAC01464) y ref|YP_001485324.1 |, ref|YP_001124204.1 |, ref|YP_145925.1 |, ref|YP_077366.1 |, y ref|NP_829977.1 | (SEQ ID NO: 1431-1435) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1429 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 75 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 698 (RAAC00579) y ref|ZP_01440002.1|, ref|NP_896891 .1 |, ref|YP_001623237.1 |, ref|ZP_01419169.1 |, y ref|ZP_01084741.1 | (SEQ ID NO: 700-704) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 698 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 76 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2721 (RAAC03 56) y ref|YP_954024.1 |, ref|YP_001360254.1 ], ref|YP_001 156989.1 |, ref|ZP_00050136.2|, y ref|YP_591607.1 | (SEQ ID NO: 2723-2727) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2721 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 77 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 715 (RAAC00603) y ref|YP_001309477.1 |, reflYP_0O1 180339. i l, ref|NP_242735.1 |, ref|YP_173905.1 |, y ref|ZP_00603386.1 | (SEQ ID NO: 717-721 ) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 715 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 78 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2738 (RAAC03180) y ref|YP_001664041.1 |, ref I YP_001210714.11, ref|NP_242309.1 |, ref|ZP_02038515.1 |, y ref|YP_085042.1 | (SEQ ID NO: 2740-2744) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2738 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 79 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2024 (RAAC02417) y ref|NP_469419.1 |, ref|ZP_02309926.1 |, ref|ZP_01926077.1 |, ref|ZP_01941236.1 |, y ref|YP_001 1 11866.1 | (SEQ ID NO: 2026-2030) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2024 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 80 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1786 (RAAC01912) y ref|YP_001103030.1 |, ref|YP_001363698.11, ref|NP_625321.1 |, ref|NP_822608.1 |, y ref|ZP_00996757.1 | (SEQ ID NO: 1788-1792) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1786 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 81 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2330 (RAAC02663) y ref|YP_527240.11, ref|NP_435364.1 |, ref|YP_001313948.1 |, ref|YP_001 169444.11, y ref |ZP_01509063.11 (SEQ ID NO: 2332-2336) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2330 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 82 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1 191 (RAAC01 158) y ref|YP_077724.1 |, ref|YP_643029.1 |, ref|YP_174340.11, ref|YP_001308645. 1, y ref|YP_516602.1 | (SEQ ID NO: 1 193-1 197) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1 191 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 83 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 137 (RAAC00068) y ref|ZP_02328287.11, ref|YP_001420528.11, ref|YP_430032.1 |, ref|ZP_02082978.1 |, y ref|ZP_01962813.11 (SEQ ID NO: 139-143) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 137 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 84 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1055 (RAAC01035) y ref|YP_642998.1 |, ref|NP_822795.1 |, emb|CAJ88752.1 |, ref|YP_001 191149.1 |, y ref|YP_752794.1 | (SEQ ID NO: 1057-1061 ) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1055 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 85 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1854 (RAAC02031 ) y ref|YP_148128.1 |, ref|YP_001 26297.11, ref|YP_900875.1 |, ref |ZP_01662088.11 , y ref|ZP_01697892.1 | (SEQ ID NO: 1856-1860) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1854 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 86 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2653 (RAAC03005) y ref|YP_001 127075.11, ref|YP_148880.1 |, ref|YP_832996.1 |, ref|YP_949591.1 |, y ref|YP_950253.1 | (SEQ ID NO: 2655-2659) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2653 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 87 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2160 (RAAC02459) y ref|YP_073926.1 |, emb|CAB08003.1 |, ref|YP_431 134.11, ref |YP_00142271 1.11, y ref|YP_080763.1 | (SEQ ID NO: 2162-2166) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2160 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 88 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1293 (RAAC01353) y RAAC01353_nuc, ref|YP_147389.1 |, ref|NP_243003.1 |, ref|YP_001125502.11, y ref|YP_001665938.1 | (SEQ ID NO: 1294-1298) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2160 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 89 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2109 (RAAC02432) y ref|ZP_02329176.1 |, ref|YP_076367.1 |, ref|NP_694155.1 |, ref|YP_001126042.11, y ref|YP_643152.1 | (SEQ ID NO: 2111-2115) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2109 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 90 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 681 (RAAC00570) y emb|CAB65654.1 |, reflYP_001662226.i l, ref|YP_00 664166.1 |, ref|NP_624096.1 |, y ref|ZP_02171282.1 j (SEQ ID NO: 683-687) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 681 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 91 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 375 (RAAC00269) y ref|ZP_01188890.11, ref|ZP_01188246.1 |, ref|ZP_01188241.1|, ref|NP_242794.1 l, y ref|NP_244559.1 | (SEQ ID NO: 377-381) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 375 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 92 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1837 (RAAC02012) y ref|YP_430255.1 |, ref|YP_518526.11, ref|ZP_01369294.1 |, ref|YP_361384.11, y ref|YP_001213325.1 | (SEQ ID NO: 1839-1843) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1837 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 93 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1667 (RAAC01701) y ref|NP_691275.1 |, ref|NP_354021.1 |, ref|YP_174284.1 |, ref|ZP_01074644.11, y ref|NP_772010.11 (SEQ ID NO: 1669-1673) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1667 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 94 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 936 (RAAC00927) y ref|ZP_02330514.1 |, ref|NP_347485.1 |, ref|YP_001253394.1 |, ref|YP_001308605.11, y ref|YP_001376921.1 | (SEQ ID NO: 938-942) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 936 en el cuadro 1.
Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 95 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 953 (RAAC00935) y ref|YP_001 22559.1 |, ref|NP_391166.1 |, gb|AAB87745.1 |, pdb|1 S3J|A, y ref|YP_001643469.1 | (SEQ ID NO: 955-959) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 953 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 96 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1888 (RAAC02041 ) y ref|NP_693030.1 |, ref|YP_001320949.11, ref|YP_001512727.11, ref|YP_001 126687.11, y ref|YP_148522.1 | (SEQ ID NO: 1890-1894) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1888 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 97 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2670 (RAAC02241 ) y ref|NP_6291 13.1 |, ref|NP_824479.1 |, ref|YP_001508494.1 |, ref|ZP_0 169478.1 |, y ref|NP_631123.11 (SEQ ID NO: 2672-2676) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2670 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 98 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2347 (RAAC02671 ) y ref|NP_388620.1 |, ref | YP_001420380.11 , ref|YP_090401.1 |, ref|YP_077997.1 |, y ref|YP_714968.1 | (SEQ ID NO: 2349-2353) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2347 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 99 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 664 (RAAC00549) y ref|YP_427081.1 |, ref|YP_001 141973.1 |, ref|YP_927240.1 |, ref|YP_001 141729. 1, y ref|YP_856665.1 | (SEQ ID NO: 666-670) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 664 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 100 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1 123 (RAAC01080) y dbj|BAA00729.1 |, ref|NP_389627.1 |, ref|ZP_02328256.1 |, ref|NP_833433.1 |, y ref|YP_001375615.1 | (SEQ ID NO: 1 125-1129) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1 123 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 101 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1140 (RAAC01 126) y ref|YP_146517.1 |, ref|ZP_00739458.1 |, ref|YP_001 124699.11, ref|YP_893832.1 |, y ref|NP_830863.1 | (SEQ ID NO: 1 142-1 146) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 664 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
. La figura 102 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1 174 (RAAC01138) y ref|NP_832103.1 |, ref|YP_894956.1 |, ref|ZP_02215257.1 |, ref|NP_978750.1 |, y ref|NP_844783.1 | (SEQ ID NO: 1 176-1 180) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1174 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 103 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 409 (RAAC00354) y ref|YP_001309939.1 |, ref|YP_001643723.1 |, ref|YP_079403.1 |, ref|YP_001647188.1 |, y ref|NP_980994.1 | (SEQ ID NO: 41 1-415) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 409 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 104 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2415 (RAAC02712) y ref|YP_036650.1 |, ref|NP_978853.1 |, ref|ZP_01 173627.1 |, ref|NP_844911 .1|, y ref|ZP_02256518.1 | (SEQ ID NO: 2417-2421 ) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2415 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 105 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1072 (RAAC01059) y ref |ZP_02327699.11 , ref|YP_001126706.11, ref|YP_148542.1 |, ref|NP_243968.11, y ref|YP_360433.1| (SEQ ID NO: 1074-1078) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1072 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 106 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1565 (RAAC01638) y ref|YP_076316.1 |, ref|YP_603589.1 |, ref|NP_296097.1 |, ref|YP_004584.1 |, y ref|YP_144239. | (SEQ ID NO: 1567-1571) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1565 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 107 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1973 (RAAC02161) y ref|YP_148132.1 |, ref|YP_001126301.11, ref|ZP_02330236.1 |, ref|NP_242446.11, y ref|YP_175331.1 | (SEQ ID NO: 1975-1979) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1973 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 108 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 392 (RAAC00349) y ref|YP_430046.11, ref|YP_358986.1 |, ref|YP_001213400.1 |, ref|ZP_02330078.1 |, y ref|YP_001 1 14520.11 (SEQ ID NO: 394-398) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 392 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 109 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1327 (RAAC01375) y ref|YP_079987.1 |, ref|YP_001634921.1 |, ref|YP_290510.1 |, ref|YP_001423330.1 |, y ref|YP_001422015.1 | (SEQ ID NO: 1329-1333) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1327 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 1 10 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 18 (RAAC00013) y ref|YP_ 46744.1 |, ref|YP_001647744.1 |, ref|NP_981573.11, ref|ZP_02255842.1 |, y ref|YP_897365.1 | (SEQ ID NO: 20-24) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 18 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 1 11 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1480 (RAAC01493) y ref|YP_075596.1 |, ref|YP_430668.1 |, ref|YP_590553.1 |, ref|YP_478499.1|, y ref|YP_001668480.1 | (SEQ ID NO: 1482-1486) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1480 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 112 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1582 (RAAC01653) y ref|ZP_00743391.1 |, ref|YP_001375561.1 |, ref|YP_896056.1|, ref|NP_845992.11, y ref|ZP_02254866.1 | (SEQ ID NO: 1584-1588) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1582 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 113 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 528 (RAAC00430) y ref|YP_001210836.1 |, ref|YP_001111557.1 |, ref|YP_001485333.1 |, ref|NP_240971.1 |, y ref|NP_387969.1 | (SEQ ID NO: 530-534) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 528 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 4 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2823 (RAAC02359) y ref|NP_832076.1 |, ref|YP_001645033.1 |, ref|NP_844759.11, ref|YP_001375058.1 |, y ref|YP_535778.1 | (SEQ ID NO: 2825-2829) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2823 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 1 15 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2279 (RAAC02589) y ref|ZP_00591928.1 |, ref|YP_001003150.11, ref|NP_046614.1 |, ref|YP_375842.1 |, y ref|YP_001 131 1 12.1 | (SEQ ID NO: 2281-2285) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2279 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 1 16 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1412 (RAAC01442) y ref|ZP_02170919.1 |, ref|YP_535778.1 |, ref|ZP_018621 18.11, ref|NP_692713.1 |, y ref|YP_359077.1 | (SEQ ID NO: 1414-1418) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1412 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 1 17 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 69 (RAAC00027) y ref|YP_001213441. 1, ref|NP_244917.1 |, ref|YP_00 377 89.1 |, ref|YP_149334.1 |, y ref|YP_077 45. 1 (SEQ ID NO: 71-75) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 69 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados po ":".
La figura 118 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2245 (RAAC02508) y ref|NP_624000.1 |, ref|YP_001662406.11, ref|YP_001664279.1|, ref|YP_001038261.11, y ref|YP_001394883.1 | (SEQ ID NO: 2247-2251) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2245 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 119 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 885 (RAAC00905) y ref|ZP_00739566.1 |, ref|NP_830389.1 |, ref|YP_001643379.1 |, ref|ZP_00237866.1 |, y ref|YP_034830.1 | (SEQ ID NO: 887-891) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 885 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 120 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1769 (RAAC01903) y ref|YP_001244333.1 |, emb|CAI44346.1 |, ref |ZP_02128221.11. ref|NP_228001.1 |, y ref|ZP_02171167.1| (SEQ ID NO: 1771-1775) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1769 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 121 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 987 (RAAC00981) y ref|YP_290547.1 |, ref|YP_074752.1 |, ref|YP_480150.11, ref|YP_001509772.1 |, y ref|NP_627230.1 | (SEQ ID NO: 989-993) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1769 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
Las figuras 122A y 122B representan un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1004 (RAAC00986) y ref|YP_001489923.1 |, ref|ZP_01964315.1 |, ref|NP_937072.1 |, ref|NP_762428.1 |, y ref|ZP_01847462.1 | (SEQ ID NO: 1006-1010) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1004 Table 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
Las figuras 123A y 123B representan un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 2704 (RAAC03031 ) y ref|ZP_01 170738.1 |, ref|ZP_00539543.1 |, ref |ZP_02168828.1 |, ref|ZP_0 856429. 1, y ref|YP_00 14416.11 (SEQ ID NO: 2706-2710) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2704 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 124 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1803 (RAAC01956) y pdb|1B4A|A, sp|O31408|ARGR_BACST, ref|ZP_00538558.1 |, ref|NP_243643.1 |, y ref|YP_001 1264 4.1 | (SEQ ID NO: 1805-1809) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1803 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 125 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1497 (RAAC01498) y ref|YP_001 127098.11, ref|YP_148912.1 |, ref|ZP_01696601.1 |, ref|YP_176517.1 |, y ref|ZP_01 171675.11 (SEQ ID NO: 1499-1503) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1497 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 126 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1548 (RAAC01624) y ref|YP_090740.1 |, ref|YP_078338.1 |, ref|NP_243093.1 |, ref|YP_001 126180.11, y ref|YP_001422307.1 | (SEQ ID NO: 1550-1554) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1548 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 127 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 171 (RAAC00077) y ref|ZP_01696173.1 |, ref|ZP_02327860.1 |, ref|ZP_00539488.1 |, ref|NP_6941 12.11, y ref|YP_034511.1 | (SEQ ID NO: 173-177) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 171 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 128 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 851 (RAAC00876) y ref|ZP_02170056.1 |, ref|YP_079889.1 |, ref|NP_980690.1 |, ref|ZP_02257686.1 |, y ref|YP_038371.1 | (SEQ ID NO: 853-857) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 851 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 129 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 647 (RAAC00525) y ref|YP_001488458.1 |, ref|ZP_01665756.1 |, ref|NP_347033.1 |, ref|YP_080909.1 |, y ref|YP_84 3 8.1 | (SEQ ID NO: 649-653) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 647 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 130 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1089 (RAAC01072) y ref|YP_849514.1 |, ref|ZP_02320157.1 |, ref|YP_013918.1 |, ref|ZP_02330749.11, y ref|NP_470676.1 | (SEQ ID NO: 1091-1095) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1089 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 131 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1310 (RAAC01366) y ref|YP_849898.1 |, ref|NP_471 127.1 |, ref|NP_465208.1 |, ref|YP_001 124617.11, y ref|YP_146331. | (SEQ ID NO: 1312-1316) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1310 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 132 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1378 (RAAC01431) y ref|ZP_01666690.1 |, ref|YP_077070.1 |, ref|ZP_01173986.1 |, ref|YP_814057.1 |, y ref|NP_964223.11 (SEQ ID NO: 1380-1384) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1378 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 133 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1514 (RAAC01505) y ref|YP_149084.1 |, ref|YP_001127265.1 |, ref|YP_074599.1 |, ref|YP_001661816.1 [, y ref|NP_621898.1 | (SEQ ID NO: 1516-1520) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1514 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 134 representa un alineamiento de secuencia (ClustalW) entre la SEQ ID NO: 1514 (RAAC01505) y ref|YP_149084.1 |, ref|YP_001 27265.1 |, ref|YP_074599.1|, ref|YP_001661816.1|, y ref|NP_621898.1 | (SEQ ID NO: 1516-1520) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1514 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 135 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1820 (RAAC01972) y ref|ZP_01171531.11, ref|YP_001391734. |, ref | YP_001308325.11 , ref|YP_518781.11, y ref|YP_001254935.1 | (SEQ ID NO: 1822-1826) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1820 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 136 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 154 (RAAC00076) y ref|YP_001488917.1|, ref|YP_079193.1 |, ref|NP_241876.1 |, ref|YP_174035.1 |, y ref|ZP_01169176.11 (SEQ ID NO: 156- 60) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 154 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 137 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1939 (RAAC02144) y ref|ZP_02327651.1 |, sp|O32720|SP2AA_PAEPO, ref|NP_833792.1 |, ref|NP_846529.1 |, y ref|YP_001646701.1 | (SEQ ID NO: 1941-1945) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1939 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
Las figuras 138A y 138B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 2126 (RAAC02439) y ref|YP_001125957.11, ref|YP_147806.11, ref|ZP_01695872.1 |, ref|NP_693661.1 |, y ref|ZP_01666100.11 (SEQ ID NO: 2128-2132) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2126 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 139 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 970 (RAAC00944) y ref|YP_001488778.1 |, ref|YP_174256.1 |, ref|YP_081277.1 |, ref|YP_71 1801.1 |, y ref|YP_804091.11 (SEQ ID NO: 972-976) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 970 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
Las figuras 140A-140B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 2313 (RAAC02632) y ref|ZP_01695369.1 |, ref|NP_764957.1 |, ref|NP_646484.1 |, ref|YP_001332652.11, y ref|NP_372249.1 | (SEQ ID NO: 2315-2319) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2313 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 141 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 221 1 (RAAC02474) y ref|ZP_02329050.1 |, ref|YP_148935.1 |, gb|AAX09759.1 |, ref|YP_001 127122.11, y ref|YP_001376898.1 | (SEQ ID NO: 2213-2217) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2211 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 142 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 732 (RAAC00625) y ref|NP_244107.1 |, ref|ZP_01 188060.11, ref|YP_176259.1 |, ref|YP_148663.1 |, y ref|YP_001126805.1| (SEQ ID NO: 734-738) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 732 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 143 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 800 (RAAC00733) y ref|ZP_01697803.1 |, ref|YP_001488326. |, ref|ZP_01860336.1 |, ref|NP_834817.1 |, y ref|NP_693386.1 | (SEQ ID NO: 802-806) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 800 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 144 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 2194 (RAAC02466) y ref|ZP_01860336.11, ref|ZP_02327791.1 |, ref|NP_244433.1 |, ref|ZP_01 171669.11, y ref|YP_001488326.1 | (SEQ ID NO: 2196-2200) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2194 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 145 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 2398 (RAAC02678) y ref|YP_001124914.11, ref|YP_146760.1 |, ref|YP'_001319371.11, ref|ZP_01723416.1 |, y ref|ZP_00742387.1 | (SEQ ID NO: 2400-2404) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2398 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 146 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 2228 (RAAC02507) y ref |YP_517080.11, ref|ZP_02185068.1 |, ref|YP_00 394884.1 |, ref|ZP_01574787.11, y ref |YP_001559227.1 | (SEQ ID NO: 2230-2234) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2228 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por Las figuras 147A y 147B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 902 (RAAC00906) y ref|ZP_01667455.11, ref |ZP_01515931.11, ref|YP_001430381.1 |, ref|YP_001637 00.11, y ref|YP_146183.1 | (SEQ ID NO: 904-908) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 902 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 148 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 2364 (RAAC0221 1 ) y ref|YP_005108.1 |, ref|YP_144769.1 |, ref | YP_001 124914.11 , ref|YP_001 157480.1 |, y ref|ZP_01773683.1 | (SEQ ID NO: 2366-2370) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2364 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por Las figuras 149A y 149B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1463 (RAAC01489) y ref|ZP_01696335.1 |, ref|ZP_01667455.1 |, ref|ZP_00739567.1 |, ref|YP_00 037228.1 |, y ref|NP_830390.1 | (SEQ ID NO: 1465-1469) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1463 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por Las figuras 150A y 150B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 2007 (RAAC02391 ) y ref|ZP_01697157.1 |, ref|YP_001212380.1 |, ref|ZP_00539202.1 |, ref|NP_693085.1 |, y ref|ZP_02329946.1 | (SEQ ID NO: 2009-2013) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2007 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por Las figuras 15 A y 151 B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 2551 (RAAC02885) y ref|YP_147095.1 |, ref|ZP_01 171502.1 |, ref | YP_001125215.11 , ref|YP_001486785.1 |, y ref|ZP_01861001.11 (SEQ ID NO: 2553-2557) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2551 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 152 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 2534 (RAAC02876) y ref|YP_001 125206.11, ref|ZP_01696550.1 |, ref | YP_001410204.11 , ref |ZP_01860990.11, y ref|NP_243310.1 | (SEQ ID NO: 2536-2540) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2534 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 153 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1021 (RAAC00987) y ref| YP_001559801.1 |, ref|ZP_01696550.1 |, ref|YP_753552.1 |, ref|NP_243310.1 |, y ref|ZP_01725653.1 | (SEQ ID NO: 1023-1027) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1021 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por Las figuras 154A y 154B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1990 (RAAC02162) y ref|YP_148 31.1 |, ref|YP_001 26300.11, ref|YP_079616.1 |, ref|NP_390192.1 |, y ref|YP_001487274.1 | (SEQ ID NO: 1992-1996) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1990 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 155 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1 (RAAC00012) y ref|YP_907563.1 |, ref|YP_955166.1 |, ref|ZP_00997175.1 |, ref|YP_001 133548.1 |, y ref|YP_829143.1 | (SEQ ID NO: 3-7) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
Las figuras 156A y 156B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 2876 (RAAC02761 ) y emb|CAG29823.1 |, ref|NP_923516.1 |, ref|ZP_02329377.1 |, gb|EAY57526.1 |, y ref|YP_149098.1 | (SEQ ID NO: 2878-2882) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2876 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por La figura 157 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 579 (RAAC00477) y ref|YP_001377039.1 |, ref|NP_244654.1 |, ref|YP_001647908.1 |, ref|YP_897521.1 |, y ref|ZP_00744427.1 | (SEQ ID NO: 581 -585) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 579 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por Las figuras 158A y 158B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 35 (RAAC00019) y ref|ZP_02169265.1 |, ref|YP_848463.1 |, ref|NP_694373.1 |, ref|ZP_01695448.1 |, y ref|ZP_00539458.1 | (SEQ ID NO: 37-41 ) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 35 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
La figura 159 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 52 (RAAC00020) y ref|ZP_01 169692.1 |, ref|ZP_01695449.1 |, ref|YP_001127497.11, ref|YP_ 49327. |, y ref |YP_534941.11 (SEQ ID NO: 54-58) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 52 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
Las figuras 160A y 160B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1684 (RAAC01715) y gb|EDQ48509.1 |, gb|EDQ48476.1 |, ref|ZP_01575425.1 |, ref|ZP_02025790.1 |, y ref|YP_001662047.11 (SEQ ID NO: 1686-1690) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1684 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por Las figuras 161 A-161 C representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1 157 (RAAC01 137) y ref|NP_978751.1 |, reflZP_00741477.i l, ref|YP_894957.1 |, ref|NP_844784.1|, y ref|ZP_02259481.1 | (SEQ ID NO: 1 159-1 163) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 1157 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por Las figuras 162A-162C representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 2910 (RAAC03013) y ref|ZP_02168855.1 |, ref|NP_470526.1 |, ref|ZP_02320069.1 |, ref |ZP_01927122.11 , y ref|YP_013834.11 (SEQ ID NO: 2912-2916) respectivamente, las cuales tienen todas la función asignada a la SEQ ID NO: 2910 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y en general, aminoácidos conservados están indicados por ":".
DESCRIPCION DETALLADA DE LA INVENCION El ADN bacteriano codifica para información que regula la transcripción de genes en el mRNA, el cual codifica para proteínas o enzimas usadas para; control de crecimiento, y procesamiento de energía, carbono y otros compuestos por la célula. La mayoría de estos reguladores/represores transcripcionales, funcionan para activar y desactivar genes para minimizar el gasto de energía celular en respuesta a su ambiente de crecimiento (es decir, presencia de sustrato de crecimiento, metales, temperatura, etc.). Esto puede llegar a ser un problema relacionado con procesos de desarrollo, debido a que la regulación y control de enzimas para una reacción específica puede conducir a crecimiento subóptimo o producción subóptima de un metabolito deseado (enzima o compuesto). El genoma de la cepa de Alicyclobacülus acidocaldarius ATCC 27009, contiene numerosas secuencias codificantes para reguladores y represores transcripcionales de proteínas relacionadas con el crecimiento, y procesamiento de carbono por la célula. Estos reguladores y represores pueden afectar directamente, la expresión de enzimas glicosil hidrolasa y/o esterasa para procesamiento de biomasa fuera de la célula, asi como también, controlar la producción de metabolitos secundarios valiosos.
La modificación a través de ingeniería metabólica (ingeniería genética) de estas respuestas reguladoras para transcripción, es un procedimiento para optimización de procesos celulares, por medio del ejemplo no limitante, Alicyclobacillus acidocaldarius. El control de estos genes permitirá la sobre-expresión de trayectorias deseadas (por ejemplo, producción de glicosil hidrolasas, ácidos orgánicos o alcoholes), o del mismo modo, eliminación o provocar expresión reducida de genes que conducen a trayectorias o productos indeseados (por ejemplo, proteínas que controlan la transcripción de genes de glicosil hidrolasa). El control de estos genes, o usándolos como sitios para controlar/optimizar el procesamiento de carbono en organismos, tales como, por medio de ejemplo no limitante, el termoacidófilo Alicyclobacillus acidocaldarius, no se ha intentado previamente usando genes y proteínas a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius; con ello, haciendo uso de reguladores transcripcionales a partir de esta nueva fuente.
Modalidades de la invención incluyen genes y proteínas asociadas relacionadas con la regulación de crecimiento y metabolismo del termoacidófilo Alicyclobacillus acidocaldarius. Secuencias codificantes para genes relacionados a estos procesos de determinaron a partir de la información de secuencia generada del secuencíamiento del genoma de Alicyclobacillus acidocaldarius. Estos genes y proteínas pueden representar objetivos para ingeniería metabólica de Alicyclobacillus acidocaldarius u otros organismos. Ejemplos no limitantes de secuencias de nucleótido encontradas dentro del genoma de Alicyclobacillus acidocaldarius, y aminoácidos codificados por este medio, asociados con la regulación de crecimiento y metabolismo de carbono, son listados en el cuadro 1. Reguladores y represores pueden ser, sin limitación, de las siguientes clases: reguladores los cuales controlan el crecimiento, que incluyen división y crecimiento celular bajo condiciones aeróbicas y anaeróbicas; reguladores que responden a condiciones ambientales tales como temperatura, concentración de metal y concentración de metabolito; reguladores de trayectorias de metabolito secundario tales como aminoácidos, ácidos orgánicos, alcoholes, antibióticos, resistencia a antibióticos, enzimas relacionadas con procesamiento de ADN y otros; represores relacionados con operones de procesamiento de carbono, los cuales responden a la presencia o ausencia de compuestos orgánicos en el ambiente de crecimiento; reguladores de transcripción de señal que controlan fases de crecimiento y procesamiento de carbono; reguladores que controlan la respuesta de Alicyclobacillus acidocaldarius a su ambiente de crecimiento, permitiendo el movimiento hacia las fuentes de carbono o formación de biopelícula en una fuente de carbono, y otros.
Modalidades de la invención se refieren en parte, a secuencias de gen y/o secuencias de protelna que comprenden, genes y/o proteínas de Alicyclobacillus acidocaldarius. Genes y proteínas incluidos son aquellos los cuales juegan un papel en la transcripción y control transcripcional. Las actividades enzimáticas intracelulares pueden ser termofílicas y/o acidofilicas en naturaleza, y ejemplos generales de genes similares se describen en la literatura. Clases de genes, secuencias, enzimas y factores incluyen, pero no se limitan a, aquellos listados en el cuadro 1.
CUADRO 1 Genes de Alicvclobacillus acidocaldarius relacionados con la transcripción y regulación transcripcional Secuencia de Secuencia de Referencia Gen proteína Función RAAC00012 SEQ ID NO:2 SEQ ID NO:1 proteina de transporte de C4-dicarboxilato Reguladores transcripcionales, familia RAAC00013 SEQ ID O:19 SEQ ID NO:18 LysR Cinasa sensora de dos componentes RAAC00019 SEQ ID NO:36 SEQ ID NO:35 yycG Regulador de respuesta de dos RAAC00020 SEQ ID NO:53 SEQ ID NO:52 componentes yycF RAAC00027 SEQ ID NO:70 SEQ ID NO:69 proteína de enlace a ADN de hebra única RAAC00039 SEQ ID NO:87 SEQ ID NO:86 proteína J de esporulación de Etapa 0 RAAC00040 SEQ ID NO:104 SEQ ID NO:103 proteina parA de división de cromosoma RAAC00045 SEQ ID NO:121 SEQ ID NO:120 proteina Jag RAAC00068 SEQ ID NO:138 SEQ ID NO:137 Regulador transcripcional, familia GntR RAAC00076 SEQ ID NO:155 SEQ ID NO:154 proteína represora de enlace Trp represor transcripcional de operón de RAAC00077 SEQ ID NO:172 SEQ ID NO:171 gluconato activador transcripcional especifico de RAAC00092 SEQ ID NO:189 SEQ ID NO:188 pre-espora rsfA RAAC00113 SEQ ID NO:206 SEQ ID NO:205 proteina de inicio de división celular DivIB RAAC00117 SEQ ID NO:223 SEQ ID NO:222 proteína de división celular ftsA RAAC00118 SEQ ID NO:240 SEQ ID NO:239 proteína de división celular ftsZ RAAC00120 SEQ ID N0.257 SEQ ID NO:256 Factor sigma-E de polímerasa de ARN RAAC00121 SEQ ID NO:274 SEQ ID NO:273 Factor sigma-G de polímerasa de ARN proteína reguladora de operón de RAAC00134 SEQ ID NO:291 SEQ ID NO:290 pirimidina pyrR cadena omega de polímerasa de ARN RAAC00147 SEQ ID NO:308 SEQ ID NO:307 dirigida al ADN proteina de espora soluble al ácido y RAAC00161 SEQ ID NO:325 SEQ ID NO:324 pequeña proteína reguladora de estado de RAAC00212 SEQ ID NO:342 SEQ ID NO:341 transcripción abrB RAAC00215 SEQ ID NO:359 SEQ ID NO:358 Inhibidor fosforelay RAAC00269 SEQ ID NO:376 SEQ ID NO:375 Regulador transcripcional, familia Lacl RAAC00349 SEQ ID NO:393 SEQ ID NO:392 Regulador transcripcional, familia AsnC RAAC00354 SEQ ID NO:410 SEQ ID NO:409 Regulador transcripcional, familia TetR RAAC00365 SEQ ID NO:427 SEQ ID NO:426 N-acetilmuramoil-L-alanina amidasa cadena alfa de polimerasa de ARN RAAC00371 SEQ ID NO:444 SEQ ID NO:443 dirigida a ADN cadena beta' de polimerasa de ARN RAAC00407 SEQ ID N0:461 SEQ ID NO:460 dirigida a ADN cadena beta de polimerasa de ARN RAAC00408 SEQ ID NO:478 SEQ ID NO:477 dirigida a ADN proteína antiterminación de RAAC00415 SEQ ID NO:495 SEQ ID NO:494 transcripción nusG Factor sigma-H de polimerasa de RAAC00418 SEQ ID NO:512 SEQ ID N0:511 ARN RAAC00430 SEQ ID NO:529 SEQ ID NO:528 proteina de enlace a ADN RAAC00436 SEQ ID NO:546 SEQ ID NO:545 Regulador transcripcional ctsR Factor de terminación de transcripción RAAC00475 SEQ ID NO:563 SEQ ID NO:562 rho Fosfotransferasa de iniciación de RAAC00477 SEQ ID NO:580 SEQ ID NO:579 esporulación F cadena delta de polimerasa de ARN RAAC00480 SEQ ID NO:597 SEQ ID NO:596 dirigida a ADN Regulador de inhibidor de RAAC00483 SEQ ID NO:614 SEQ ID NO:613 autofosforilación de cinasa Inhibidor de autofosforilación de RAAC00484 SEQ ID NO:631 SEQ ID NO:630 cinasa kipl RAAC00525 SEQ ID NO:648 SEQ ID NO:647 represor de operón Kdg Regulador transcripcional, familia RAAC00549 SEQ ID NO:665 SEQ ID NO:664 MerR RAAC00570 SEQ ID NO:682 SEQ ID NO:681 Regulador transcripcional, familia Lacl Regulador transcripcional, familia RAAC00579 SEQ ID NO:699 SEQ ID NO:698 ArsR Regulador transcripcional, familia RAAC00603 SEQ ID NO:716 SEQ ID NO:715 ArsR RAAC00625 SEQ ID NO:733 SEQ ID NO:732 proteína A de control de catabolito proteína de espora soluble al ácido y RAAC00643 SEQ ID NO:750 SEQ ID NO:749 pequeña RAAC00650 SEQ ID NO:767 SEQ ID NO:766 Glicosiltransferasa RAAC00675 SEQ ID N0.784 SEQ ID N0.783 Regulador transcripcional RAAC00733 SEQ ID NO:801 SEQ ID NO:800 proteína crh de represión de catabolito RAAC00856 SEQ ID NO:818 SEQ ID NO:817 factor sigma-K de polimerasa de ARN RAAC00872 SEQ ID NO:835 SEQ ID NO:834 Proteasa de espora represor hrcA de transcripción RAAC00876 SEQ ID NO:852 SEQ ID NO:851 inducible por calor Factor sigma rpoD de polimerasa de RAAC00896 SEQ ID NO:869 SEQ ID NO:868 ARN Regulador de respuesta de dos RAAC00905 SEQ ID NO:886 SEQ ID NO:885 componentes Sistema histidina cinasa de dos RAAC00906 SEQ ID NO:903 SEQ ID NO:902 componentes proteína de espora soluble al ácido y RAAC00923 SEQ ID NO:920 SEQ ID NO:919 pequeña Regulador transcripcional, familia RAAC00927 SEQ ID NO:937 SEQ ID NO:936 MarR Regulador transcripcional, familia RAAC00935 SEQ ID NO:954 SEQ ID NO:953 MarR RAAC00944 SEQ ID NO:971 SEQ ID NO:970 activador transcripcional tenA Regulador de respuesta de dos RAAC00981 SEQ ID NO:988 SEQ ID NO:987 componentes Regulador de respuesta de dos RAAC00986 SEQ ID NO:1005 SEQ ID NO: 1004 componentes RAAC00987 SEQ ID NO-.1022 SEQ ID NO: 1021 proteina cheY de quimiotaxis RAAC00991 SEQ ID NO:1039 SEQ ID NO:1038 Glicosiltransferasa Regulador transcripcional, familia RAAC01035 SEQ ID NO: 1056 SEQ ID NO:1055 GntR Regulador transcripcional, familia RAAC01059 SEQ ID NO:1073 SEQ ID NO:1072 TetR RAAC01072 SEQ ID NO:1090 SEQ ID O:1089 represor LexA RAAC01078 SEQ ID NO:1107 SEQ ID NO:1 106 represor de operón de ribosa Regulador transcripcional, familia RAAC01080 SEQ ID NO:1124 SEQ ID O:1 123 MerR Regulador transcripcional, familia RAAC01126 SEQ ID NO:1141 SEQ ID NO:1 140 TetR RAAC01137 SEQ ID NO:1158 SEQ ID NO:1 157 Transportador, familia MMPL Regulador transcripcional, familia RAAC01138 SEQ ID NO:1175 SEQ ID NO: 1174 TetR Regulador transcripcional, familia RAAC01158 SEQ ID NO:1192 SEQ ID NO:1191 GntR RAAC01353 SEQ ID NO:1294 SEQ ID NO:1293 Regulador transcripcional, familia IcIR RAAC01366 SEQ ID O:1311 SEQ ID NO:1310 regulador de operón de peróxido Reguladores transcripcionales, familia RAAC01375 SEQ ID NO:1328 SEQ ID NO:1327 LysR RAAC01377 SEQ ID NO:1345 SEQ ID NO:1344 Glicosiltransferasa RAAC01427 SEQ ID NO:1362 SEQ ID NO:1361 proteína SspF RAAC01431 SEQ ID NO:1379 SEQ ID NO: 1378 represor de operón Pur Factor de acoplamiento de reparación RAAC01438 SEQ ID NO:1396 SEQ ID NO:1395 de transcripción RAAC01442 SEQ ID NO:1413 SEQ ID NO:1412 proteína de enlace a ADN HU RAAC01464 SEQ ID NO:1430 SEQ ID NO:1429 Regulador transcripcional, familia Xre Factor de elongación de transcripción RAAC01465 SEQ ID NO:1447 SEQ ID NO: 1446 greA Sistema histidina cinasa de dos RAAC01489 SEQ ID NO: 1464 SEQ ID NO: 1463 componentes Reguladores transcripcionales, familia RAAC01493 SEQ ID NO:1481 SEQ ID NO:1480 LysR Regulador de genes glicolíticos RAAC01498 SEQ ID NO:1498 SEQ ID NO:1497 centrales RAAC01505 SEQ ID NO:1515 SEQ ID NO:1514 represor de operón de ribosa RAAC01563 SEQ ID NO:1532 SEQ ID NO:1531 Cinasa de esporulación D RAAC01624 SEQ ID NO:1549 SEQ ID NO: 1548 represor de operón Ebg Regulador transcripcional, familia RAAC01638 SEQ ID NO:1566 SEQ ID NO: 1565 TetR Reguladores transcripcionales, familia RAAC01653 SEQ ID NO:1583 SEQ ID NO:1582 LysR RAAC01655 SEQ ID NO:1600 SEQ ID NO: 1599 Regulador transcripcional Deshidrogenase de piruvato RAAC01657 SEQ ID NO:1617 SEQ ID NO:1616 (transferencia de acetilo) Deshidrogenasa de piruvato RAAC01658 SEQ ID NO:1634 SEQ ID NO: 1633 (transferencia de acetilo) Acetiltransferasa de residuo RAAC01659 SEQ ID NO:1651 SEQ ID NO: 1650 dihidropolilisina Regulador transcripcional, familia RAAC01701 SEQ ID NO:1668 SEQ ID NO:1667 arR Regulador de respuesta de dos RAAC01715 SEQ ID NO: 1685 SEQ ID NO:1684 componentes yesN Deshidrogenasa de piruvato RAAC01745 SEQ ID NO: 1702 SEQ ID NO:1701 (transferencia de acetilo) Deshidrogenasa de piruvato RAAC01746 SEQ ID NO:1719 SEQ ID NO:1718 (transferencia de acetilo) RAAC01814 SEQ ID NO:1736 SEQ ID O:1735 Factor sigma-K de polimerasa de ARN Factor sigma de tipo ECF de RAAC01826 SEQ ID NO: 1753 SEQ ID NO:1752 polimerasa de ARN Regulador de respuesta de dos RAAC01903 SEQ ID NO: 1770 SEQ ID NO:1769 componentes Regulador transcripcional, familia RMC01912 SEQ ID NO:1787 SEQ ID NO: 1786 DeoR RAAC01956 SEQ ID NO:1804 SEQ ID NO:1803 represor de arginina, argR represor preyotrópico de transcripción RAAC01972 SEQ ID NO:1821 SEQ ID NO: 1820 codY RAAC02012 SEQ ID NO:1838 SEQ ID NO: 1837 Regulador transcripcional, familia LytR Regulador transcripcional, familia RAAC02031 SEQ ID NO:1855 SEQ ID NO:1854 GntR RAAC02034 SEQ ID NO:1872 SEQ ID NO:1871 proteina de germinación gerE Regulador transcripcional, familia RAAC02041 SEQ ID NO:1889 SEQ ID NO:1888 MarR N utilización de sustancia de proteína RAAC02112 SEQ ID NO:1906 SEQ ID NO:1905 B D-Ala-D-Ala carboxipeptidasa tipo RAAC02142 SEQ ID NO:1923 SEQ ID NO:1922 Serina RAAC02144 SEQ ID NO: 1940 SEQ ID NO:1939 Antagonista del factor anti-sigma F RAAC02146 SEQ ID NO:1957 SEQ ID NO:1956 Factor sigma-F de polimerasa de ARN proteina reguladora transcripcional RAAC02161 SEQ ID NO: 1974 SEQ ID NO:1973 resD RAAC02162 SEQ ID NO:1991 SEQ ID NO:1990 proteína sensora resE proteína sensora regulon de fosfato RAAC02391 SEQ ID NO:2008 SEQ ID NO:2007 phoR Regulador transcripcional, familia RAAC02417 SEQ ID NO:2025 SEQ ID NO:2024 Cro/CI RAAC02421 SEQ ID NO:2042 SEQ ID NO:2041 Glicosiltransferasa Deshidrogenasa de piruvato RAAC02426 SEQ ID NO:2059 SEQ ID NO:2058 (transferencia de acetilo) Deshidrogenasa de piruvato RAAC02427 SEQ ID NO:2076 SEQ ID NO:2075 (transferencia de acetilo) Acetiltransferasa de residuo RAAC02428 SEQ ID NO:2093 SEQ ID NO:2092 dihidropolilisina RAAC02432 SEQ ID NO:2110 SEQ ID NO:2109 Regulador transcripcional, familia IcIR activador transcripcional dependiente RAAC02439 SEQ ID NO:2127 SEQ ID NO:2126 de sigma-54 activador transcripcional especifico de RAAC02454 SEQ ID NO:2144 SEQ ID NO:2143 pre-espora rsfA Regulador transcripcional, familia RAAC02459 SEQ ID NO:2161 SEQ ID NO:2160 GntR RAAC02164 SEQ ID NO:2178 SEQ ID NO:2177 Familia de proteína SIR2 RAAC02466 SEQ ID NO:2195 SEQ ID NO:2194 proteina crh de represión de catabolito RAAC02474 SEQ ID NO:2212 SEQ ID NO:2211 Cinasa/Fosfatasa Hpr(ser) Sistema histidina cinasa de dos RAAC02507 SEQ ID NO:2229 SEQ ID NO:2228 componentes Regulador de respuesta de dos RAAC02508 SEQ ID NO:2246 SEQ ID NO:2245 componentes Factor sigma-H de polimerasa de RAAC02546 SEQ ID NO:2263 SEQ ID NO:2262 ARN RAAC02589 SEQ ID NO:2280 SEQ ID NO:2279 proteina de enlace a ADN HU proteína reguladora de estado de RAAC02603 SEQ ID NO:2297 SEQ ID NO:2296 transcripción abrB RAAC02632 SEQ ID NO:2314 SEQ ID NO:2313 Cinasa/Fosfatasa Hpr(ser) Reguiador transcripcional, familia RAAC02663 SEQ ID NO:2331 SEQ ID NO:2330 GntR Regulador transcripcional, familia RAAC02671 SEQ ID NO:2348 SEQ ID NO:2347 MerR Sistema htstidina cinasa de dos RAAC02211 SEQ ID NO:2365 SEQ ID NO:2364 componentes proteina reguladora antiterminadora RAAC02673 SEQ ID NO:2382 SEQ ID NO:2381 del operón de absorción de glicerol Sistema histidina cinasa de dos RAAC02678 SEQ ID NO:2399 SEQ ID NO:2398 componentes Regulador transcripcional, familia RAAC02712 SEQ ID NO:2416 SEQ ID NO:2415 TetR D-Ala-D-Ala carboxipeptidasa tipo RAAC02227 SEQ ID NO:2518 SEQ ID NO:2517 Serina RAAC02876 SEQ ID NO:2535 SEQ ID NO:2534 proteína cheY de quimiotaxis RAAC02885 SEQ ID NO:2552 SEQ ID NO:2551 proteina cheA de quimiotaxis N utilización de sustancia de proteina RAAC02902 SEQ ID NO:2569 SEQ ID NO:2568 A Factor sigma-H de polimerasa de RAAC02968 SEQ ID NO-.2603 SEQ ID NO.2602 ARN Proteina rocR reguladora de RAAC02984 SEQ ID NO:2620 SEQ ID NO:2619 utilización de arginina Proteína rocR reguladora de RAAC02994 SEQ ID NO:2637 SEQ ID NO:2636 utilización de arginina Regulador transcripcional, familia RAAC03005 SEQ ID NO:2654 SEQ ID NO:2653 GntR Regulador transcripcional, familia RAAC02241 SEQ ID NO:2671 SEQ ID NO:2670 MarR D-Ala-D-Ala carboxipeptidasa tipo RAAC03015 SEQ ID NO:2688 SEQ ID NO:2687 Serina Regulador de respuesta de dos RAAC03031 SEQ ID NO:2705 SEQ ID NO:2704 componentes Regulador transcripcional, familia RAAC03156 SEQ ID NO:2722 SEQ ID NO:2721 ArsR Regulador transcripcional, familia RAAC03180 SEQ ID NO:2739 SEQ ID NO:2738 Cro/CI RAAC03184 SEQ ID NO:2756 SEQ ID NO:2755 Regulador transcripcional proteina reguladora de estado de RAAC03236 SEQ ID NO:2773 SEQ ID NO:2772 transcripción abrB RAAC02292 SEQ ID NO:2790 SEQ ID NO:2789 Regulador transcripcional proteina parA de división de RAAC02315 SEQ ID NO:2807 SEQ ID NO:2806 cromosoma RAAC02359 SEQ ID NO:2824 SEQ ID NO:2823 proteina de enlace a ADN HU RAAC02381 SEQ ID NO:2841 SEQ ID NO:2840 Glicosiltransferasa SEQ ID NO:2857 Elemento de respuesta de catabolito SEQ ID NO:2858 Elemento de respuesta de catabolito RAAC02740 SEQ ID NO:2860 SEQ ID NO:2859 Regulador transcripcional RAAC02761 SEQ ID NO:2877 SEQ ID NO:2876 proteína sensora kdpD RAAC02937 SEQ ID NO:2894 SEQ ID NO:2893 Regulador transcripcional RAAC03013 SEQ ID NO:2911 SEQ ID NO:2910 Transportador, familia MMPL RAAC03263 SEQ ID NO:2928 SEQ ID NO:2927 Factor sigma-H de polimerasa de ARN La presente invención se refiere a secuencias de nucleótidos que comprenden secuencias de nucleótido aislado y/o purificado del genoma de Alicyclobacillus acidocaldarius seleccionadas a partir de las secuencias de las SEQ ID NO. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1 158, 1 175, 1192, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651 , 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821 , 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991 , 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 2110, 2127, 2144, 2161 , 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331 , 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671 , 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841 , 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 291 1 , y 2928 o uno de sus fragmentos.
La presente invención del mismo modo, se refiere a secuencias de nucleótido aislado y/o purificado, caracterizadas en que comprenden al menos una de: a) una secuencia de nucleótido de al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO. 22, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1158, 1 175, 1 192, 1294, 1311 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651 , 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821 , 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991 , 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 21 10, 2127, 2144, 2161 , 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331 , 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671 , 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841 , 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 291 1 , y 2928 o uno de sus fragmentos; b) una secuencia de nucleótido homologa a una secuencia de nucleótido tal como se define en a); c) una secuencia de nucleótido complementaria a una secuencia de nucleótido tal como se define en a) o b), y una secuencia de nucleótido de su ARN correspondiente; d) una secuencia de nucleótido capaz de hibridizar bajo condiciones rigurosas con una secuencia tal como se define en a), b) o c); e) una secuencia de nucleótido que comprende una secuencia tal como se define en a), b), c) o d); y f) una secuencia de nucleótido modificada por una secuencia de nucleótido tal como se define en a), b), c), d) o e).
Nucleótido, polinucleótido o secuencia de ácido nucleico, serán entendidos de conformidad con la presente invención por significar tanto un ADN de hebra única o de doble hebra en las formas monoméricas y diméricas (así llamadas en serie) y los productos de transcripción de dichos ADNs.
Aspectos de la invención se refieren a secuencias de nucleótidos las cuales han sido posible aislar, purificar o parcialmente purificar, a partir de métodos de separación tales como por ejemplo, cromatografía de intercambio iónico por exclusión, basado en el tamaño molecular, o por afinidad, o alternativamente, técnicas de fraccionamiento basadas en solubilidad en diferentes solventes, o partiendo a partir de métodos de ingeniería genética tales como amplificación, clonación y subclonación, es posible para las secuencias de la invención, ser portadas por vectores.
El fragmento de secuencia de nucleótido aislado y/o purificado de conformidad con la invención, se entenderá por diseñar cualquier fragmento de nucleótido del genoma de AlicyclobaciHus acidocaldarius, y puede incluir, por medio de ejemplos no limitantes, longitud de al menos 8, 12, 20 25, 50, 75, 100, 200, 300, 400, 500, 000, o más, nucleótidos consecutivos de la secuencia a partir de la cual se origina.
El fragmento específico de una secuencia de nucleótido aislado y/o purificado de conformidad con la invención, se entenderá por designar cualquier fragmento de nucleótido del genoma de AlicyclobaciHus acidocaldarius, que tiene, después del alineamiento y comparación con los fragmentos correspondientes de las secuencias genómicas de AlicyclobaciHus acidocaldarius, al menos un nucleótido o base de diferente naturaleza.
Secuencia de nucleótido purificado y/o aislado homologa en el sentido de la presente invención, se entiende por significar una secuencia de nucleótido aislado y/o purificado que tiene al menos un porcentaje de identidad con las bases de una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, de al menos aproximadamente 80%, 81 %, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91 %, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.6%, o 99.7%, este porcentaje siendo puramente estadístico y siendo posible distribuir las diferencias entre las dos secuencias de nucleótidos en aleatorio y sobre el total de su longitud.
Secuencia de nucleótido homologa específica en el sentido de la presente invención, se entiende por significar una secuencia de nucleótido homologa que tiene al menos una secuencia de nucleótido de un fragmento específico, tal como se define anteriormente. Dichas secuencias homologas "específicas" pueden comprender, por ejemplo, las secuencias correspondientes a la secuencia genómica o a las secuencias de sus fragmentos representativos de variantes del genoma de Alicyclobacillus acidocaldarius. Estas secuencias homologas específicas pueden de este modo, corresponder a variaciones ligadas a mutaciones dentro de cepas de Alicyclobacillus acidocaldarius, y especialmente corresponder a truncaciones, sustituciones, deleciones y/o adiciones de al menos un nucleótido. Dichas secuencias homologas pueden del mismo modo corresponder a variaciones ligadas a la degeneración del código genético.
El término "grado o porcentaje de homología de secuencia", se refiere al "grado o porcentaje de identidad de secuencia entre dos secuencias después del alineamiento óptimo" como se define en la presente solicitud.
Dos secuencias nucleotídicas o de aminoácido se dice, son "idénticas", si la secuencia de residuos nucleotídicos o aminoácidos en las dos secuencias es la misma, cuando se alinea para correspondencia máxima como se describe posteriormente. Las comparaciones de secuencia entre dos (o más) péptidos o polinucleótidos son típicamente realizadas comparando secuencias de dos secuencias óptimamente alineadas sobre un segmento o "ventana de comparación" para identificar y comparar regiones locales de la similitud de secuencia. El alineamiento óptimo de las secuencias por comparación, puede ser conducido por el algoritmo de homología local de Smith y Waterman, Ad. App. Math 2: 482 (1981 ), por el algoritmo de alineamiento de homología de Neddleman y Wunsch, J. Mol. Biol. 48: 443 (1970), por la búsqueda por el método de similitud de Pearson y Lipman, Proc. Nati. Acad. Sci. (U.S.A.) 85: 2444 (1988), por implementación computarizada de estos algoritmos (GAP, BESTFIT, FASTA, y TFASTA en el Paquete de Software Wisconsin Genetics, Genetics Computer Group (GCG), 575 Science Dr., Madison, Wis.), o por inspección visual.
"Porcentaje de identidad de secuencia" (o grado de identidad), se determina comparando dos secuencias óptimamente alineadas sobre una ventana de comparación, en donde la porción de la secuencia de polinucleótido o péptido en la ventana de comparación puede comprender adiciones o deleciones (es decir, aperturas) comparadas con la secuencia de referencia (la cual no comprende adiciones o deleciones) para alineamiento óptimo de las dos secuencias. El porcentaje se calcula determinando el número de posiciones en las cuales ocurren las bases de ácido nucleico o residuo de aminoácido idénticas en ambas secuencias, para proporcionar el número de posiciones apareadas, dividiendo el número de posiciones apareadas por el número total de posiciones en la ventaja de comparación y multiplicando el resultado por 100 para proporcionar el porcentaje de identidad de secuencia.
La definición de identidad de secuencia dada anteriormente, es la definición que podría ser usada por uno de habilidad en la técnica. La definición por sí misma no necesita la ayuda de algún algoritmo, dichos algoritmos siendo útiles solamente para lograr los alineamientos óptimos de las secuencias, en lugar del cálculo de identidad de secuencia.
A partir de la definición dada anteriormente, de ello se deduce que existe un valor bien definido y único para la identidad de secuencia entre las dos secuencias comparadas, en las cuales el valor corresponde al valor obtenido para el mejor u óptimo alineamiento.
En el software BLAST N o BLAST P "secuencia BLAST 2", el cual está disponible en el sitio de red worldwideweb.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/bl2.html, y es habitualmente usado por los inventores y en general por las personas expertas para comparar y determinar la identidad entre las dos secuencias, el costo de apertura el cual depende de la longitud de secuencia a ser comparada es directamente seleccionado por el software (es decir, 1 1.2 para la matriz de substitución BLOSUM-62 para la longitud >85).
La secuencia de nucleótido complementaria de una secuencia de la invención, se entiende por significar cualquier ADN cuyos nucleótidos son complementarios a aquellos de las secuencias de la invención, y cuya orientación es invertida (secuencia antisentido).
La hibridación bajo condiciones de rigurosidad con una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, se entiende por significar una hibridación bajo condiciones de temperatura e intensidad iónica elegidas en tal forma que permiten el mantenimiento de la hibridización entre dos fragmentos de ADN complementario.
Por medio de ilustración, condiciones de mayor rigurosidad de la etapa de hibridización con el objetivo de definir fragmentos de nucleótidos descritos anteriormente, son ventajosamente las siguientes.
La hibridización se lleva a cabo a una temperatura preferencial de 65°C en la presencia de amortiguador SSC, 1 x SSC que corresponde a 0.15 M de NaCI y 0.05 M Na de citrato. Las etapas de lavado, por ejemplo, pueden ser las siguientes: 2 x SSC, a temperatura ambiente seguida por dos lavados con 2 x SSC, 0.5% de SDS a 65° C; 2 x 0.5 x SSC, 0.5% de SDS; a 65°C por 10 minutos cada una.
Las condiciones de rigurosidad intermedia, usando por ejemplo, una temperatura de 42°C en la presencia de un amortiguador 2 x SSC, o de menos rigurosidad, por ejemplo una temperatura de 37 C en la presencia de un amortiguador 2 x SSC, respectivamente, requiere una complementariedad globalmente menos significante para la hibridización entre las dos secuencias.
Las condiciones de hibridización rigurosas descritas anteriormente para un polinucleótido con un tamaño de aproximadamente 350 bases, serán adaptadas por la persona experta en la técnica para oligonucleótidos de mayor o menor tamaño, de conformidad con las enseñanzas de Sambrook et al., 1989.
Entre las secuencias de nucleótido aislados y/o purificados de conformidad con la invención, están aquellas las cuales pueden ser usadas como un cebador o sonda en métodos que permiten a las secuencias homologas de conformidad con la invención, ser obtenidas, estos métodos, tales como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), clonación de ácido nucleico, y secuenciamiento, son bien conocidos por la persona experta en la técnica.
Entre las secuencias de nucleótido aislados y/o purificados de conformidad con la invención, estas son nuevamente preferidas las cuales pueden ser usadas como una sonda o cebador en métodos que permiten la presencia de las SEQ ID NO. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1107, 1124, 1141 , 1158, 1 175, 1 192, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651 , 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821 , 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991 , 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 21 10, 2127, 2144, 2161 , 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331 , 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671 , 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841 , 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 291 1 , y 2928, uno de sus fragmentos, o una de sus vanantes tal como se define abajo a ser diagnosticadas.
Los fragmentos de secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, se pueden obtener, por ejemplo, por amplificación específica, tal como PCR, o después de digestión con enzimas de restricción apropiadas de secuencias de nucleótido de conformidad con la invención, estos métodos en particular son descritos en la obra de Sambrook et al., 1989. Tales fragmentos representativos pueden del mismo modo, obtenerse por síntesis química de conformidad con métodos bien conocidos por personas de habilidad en la técnica.
La secuencia de nucleótido modificada se entenderá por significar cualquier secuencia de nucleótido obtenida por mutagénesis, de conformidad con técnicas bien conocidas por la persona experta en la técnica, y que contiene modificaciones con respecto a las secuencias normales de conformidad con la invención, por ejemplo, mutaciones en las secuencias promotoras y/o reguladoras de la expresión del polipéptido, especialmente conduciendo a una modificación de la velocidad de expresión del polipéptido o a la modulación del ciclo replicativo.
La secuencia de nucleótido modificada del mismo modo, será entendida por significar cualquier secuencia de nucleótido que codifica para un polipéptido modificado, tal como se define posteriormente.
La presente invención se refiere a secuencias de nucleótido aislados y/o purificados de Alicyclobacillus acidocaldarius, caracterizadas en que se seleccionan a partir de las secuencias SEQ ID NO. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1107, 1124, 1 141 , 1 158, 1175, 1 192, 1294, 1311 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651 , 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821 , 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991 , 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 21 10, 2127, 2144, 2161 , 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331 , 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671 , 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841 , 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 2911 , y 2928 o uno de sus fragmentos.
Modalidades de la invención del mismo modo, se refieren a secuencias de nucleótido aislados y/o purificados caracterizadas en que comprenden una secuencia de nucleótido seleccionadas a partir de: a) una secuencia de nucleótido de las SEQ ID NO. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1 158, 1 175, 1 192, 1294, 1311 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651 , 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821 , 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991 , 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 21 10, 2127, 2144, 2161 , 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331 , 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671 , 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841 , 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 291 1 , y 2928 o uno de sus fragmentos; b) una secuencia de nucleótido de un fragmento específico de una secuencia tal como se define en a); c) una secuencia de nucleótido homologa que tiene al menos 80% de identidad con una secuencia tal como se define en a) o b)¡ d) una secuencia de nucleótido complementaria o secuencia de ARN que corresponde a una secuencia tal como se define en a), b) o c); y e) una secuencia de nucleótido modificada por una secuencia tal como se define en a), b), c) o d).
Entre las secuencias de nucleótido aislados y/o purificados de conformidad con la invención, están las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO. 13-17, 30-34, 47-51 , 64-68, 81-85, 98-102, 1 15-1 19, 132-136, 149-153, 166-170, 183-187, 200-204, 217-221 , 234-238, 251-255, 268-272, 285-289, 302-306, 319-323, 336-340, 353-357, 370-374, 387-391 , 404-408, 421 -425, 438-442, 455-459, 472-476, 489-493, 506-510, 523-527, 540-544, 557-561 , 574-578, 591-595, 608-612, 625-629, 642-646, 659-663, 676-680, 693-697, 710-714, 727-731 , 744-748, 761-765, 778-782, 795-799, 812-816, 829-833, 846-850, 863-867, 880-884, 897-901 , 914-918, 931-935, 948-952, 965-969, 982-986, 999-1003, 1016-1020, 1033-1037, 1050-1054, 1067-1071 , 1084-1088, 1 101 -1 105, 11 18-1 122, 1 135-1 139, 1 152-1 156, 1 169-1 173, 1 186-1 190, 1203-1207, 1305-1309, 1322-1326, 1339-1343, 1356-1360, 1373-1377, 1390-1394, 1407-141 1 , 1424-1428, 1441-1445, 1458-1462, 1475-1479, 1492-1496, 1509-1513, 1526-1530, 1543-1547, 1560-1564, 1577-1581 , 1594-1598, 1611-1615, 1628-1632, 1645-1649, 1662-1666, 1679-1683, 1696-1700, 1713-1717, 1730-1734, 1747-1751 , 1764-1768, 1781-1785, 1798-1802, 1815-1819, 1832-1836, 1849-1853, 1866-1870, 1883-1887, 1900-1904, 1917-1921 , 1934-1938, 1951-1955, 1968-1972, 1985-1989, 2002-2006, 2019-2023, 2036-2040, 2053-2057, 2070-2074, 2087-2091 , 2104-2108, 2121-2125, 2138-2142, 2155-2159, 2172-2176, 2189-2193, 2206-2210, 2223-2227, 2240-2244, 2257-2261 , 2274-2278, 2291-2295, 2308-2312, 2325-2329, 2342-2346, 2359-2363, 2376-2380, 2393-2397, 2410-2414, 2427-2431 , 2529-2533, 2546-2550, 2563-2567, 2580-2584, 2614-2618, 2631-2635, 2648-2652, 2665-2669, 2682-2686, 2699-2703, 2716-2720, 2733-2737, 2750-2754, 2767-2771 , 2784-2788, 2801-2805, 2818-2822, 2835-2839, 2852-2856, 2878-2882, 2888-2892, 2905-2909, 2922-2926, y 2939-2943, o fragmentos de las mismas y cualquiera de las secuencias de nucleótidos aislados y/o purificados los cuales tienen una homología de al menos, 80%, 81 %, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91 %, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.6%, o 99.7% de identidad con al menos una de la secuencias de las SEQ ID NO. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1 158, 1 175, 1 192, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651 , 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821 , 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991 , 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 2110, 2127, 2144, 2161 , 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331 , 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671 , 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841 , 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 291 1 , y 2928, o fragmentos de las mismas. Dichas secuencias homologas pueden comprender, por ejemplo, las secuencias correspondientes a la secuencia genómicas Alicyclobacillus acidocaldaríus. En la misma manera, estas secuencias homologas específicas pueden corresponder a variaciones ligadas a mutaciones dentro de las cepas de Alicyclobacillus acidocaldarius y especialmente corresponden a truncaciones, sustituciones, deleciones y/o adiciones de al menos un nucleótido. Como será aparente para uno de habilidad ordinaria en la técnica, tales homólogos son fácilmente creados e identificados usando técnicas estándares y programas de computadora públicamente disponibles, tales como BLAST. Como tal, cada homólogo referenciado anteriormente, debe ser considerado como expuesto y descrito completamente en la presente.
Modalidades de la invención comprenden los polipéptidos aislados y/o purificados codificados por una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, o fragmentos de la misma, cuya secuencia es representada por un fragmento. Secuencias de aminoácido que corresponden a los polipéptidos aislados y/o purificados, las cuales pueden ser codificadas de conformidad con una de las tres posibles estructuras lectoras de al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1158, 1175, 1 192, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651 , 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821 , 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991 , 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 21 10, 2127, 2144, 2161 , 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331 , 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671 , 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841 , 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 291 1 , y 2928.
Modalidades de la invención del mismo modo, se refieren a los polipéptidos aislados y/o purificados, caracterizados en que comprenden un polipéptido seleccionado a partir de al menos una de las secuencias de aminoácido de las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 51 1 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1 106, 1 123, 1 140, 1157, 1 174, 1 191 , 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701 , 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871 , 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041 , 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 221 1 , 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381 , 2398, 2415, 2517, 2534, 2551 , 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721 , 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927 o uno de sus fragmentos.
Entre los polipéptidos aislados y/o purificados, de conformidad con modalidades de la invención, están los polipéptidos aislados y/o purificados que comprenden una cualquiera o más de las secuencias de aminoácido de las SEQ ID NO. 8-12, 25-29, 42-46, 59-63, 76-80, 93-97, 1 10-114, 127-131 , 144-148, 161-165, 178-182, 195-199, 212-216, 229-233, 246-250, 263-267, 280-284, 297-301 , 314-318, 331-335, 348-352, 365-369, 382-386, 399-403, 416-420, 433-437, 450-454, 467-471 , 484-488, 501-505, 518-522, 535-539, 552-556, 569-573, 586-590, 603-607, 620-624, 637-641 , 654-658, 671-675, 688-692, 705-709, 722-726, 739-743, 756-760, 773-777, 790-794, 807-81 1 , 824-828, 841-845, 858-862, 875-879, 892-896, 909-913, 926-930, 943-947, 960-964, 977-981 , 994-998, 1011-1015, 1028-1032, 1045-1049, 1062-1066, 1079-1083, 1096-1 100, 1 1 13-1 1 17, 1130-1 134, 1 147-1 151 , 1 164-1 168, 1 181 -1 185, 1 198-1202, 1300-1304, 1317-1321 , 1334-1338, 1351-1355, 1 368-1372, 1385-1389, 1402-1406, 1419-1423, 1436-1440, 1453-1457, 1470-1474, 1487-1491 , 1504-1508, 1521-1525, 1538-1542, 1555-1559, 1572-1576, 1589-1593, 1606-1610, 1623-1627, 1640-1644, 1657-1661 , 1674-1678, 1691 -1695, 1708-1712, 1725-1729, 1742-1746, 1759-1763, 1776-1780, 1793-1797, 1 810-1814, 1827-1831 , 1844-1848, 1861-1865, 1878-1882, 1895-1899, 1912-1916, 1929-1933, 1946-1950, 1963-1967, 1980-1984, 1997-2001 , 2014-2018, 2031-2035, 2048-2052, 2065-2069, 2082-2086, 2099-2103, 21 16-2120, 2133-2137, 2150-2154, 2167-2171 , 2184-2188, 2201-2205, 2218-2222, 2235-2239, 2252-2256, 2269-2273, 2286-2290, 2303-2307, 2320-2324, 2337-2341 , 2354-2358, 2371 -2375, 2388-2392, 2405-2409, 2422-2426, 2524-2528, 2541-2545, 2558-2562, 2575-2579, 2609-2613, 2626-2630, 2643-2647, 2660-2664, 2677-2681 , 2694-2698, 271 1-2715, 2728-2732, 2745-2749, 2762-2766, 2779-2783, 2796-2800, 2813-2817, 2830-2834, 2847-2851 , 2866-2870, 2883-2887, 2900-2914, 2917-2921 , y 2934-2938, o fragmentos de las mismas o cualesquiera otros polipéptidos aislados y/o purificados los cuales tienen una homología de al menos, 80%, 81 %, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91 %, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.6%, o 99.7% de identidad con al menos, una de las secuencias de las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1 123, 1140, 1 157, 1 174, 1191 , 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, 1 565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701 , 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871 , 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041 , 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 2211 , 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381 , 2398, 2415, 2517, 2534, 2551 , 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721 , 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927, o fragmentos de la misma. Como será aparente por uno de habilidad ordinaria en la técnica, tales homólogos son fácilmente creados e identificados usando técnicas estándares y programas de computadora públicamente disponibles, tales como BLAST. Como tal, cada homólogo referenciado anteriormente debe ser considerado como se expone y describe completamente en la presente.
Modalidades de la invención también se refieren a los polipéptidos, caracterizados en que comprenden un polipéptido seleccionado a partir de: a) un fragmento específico de al menos 5 aminoácidos de un polipéptido de una secuencia de aminoácido de conformidad con la invención,; b) un polipéptido homólogo a un polipéptido tal como se define en a); c) un fragmento biológicamente activo específico de un polipéptido tal como se define en a) o b); y d) un polipéptido modificado por un polipéptido tal como se define en a), b) o c).
En la presente descripción, los términos polipéptido, péptido y proteína, son intercambiables.
En modalidades de la invención, los polipéptidos aislados y/o purificados de conformidad con la invención, pueden ser glicosilados, pegilados, o de otro modo post-traduccionalmente modificados. En modalidades adicionales, la glicosilación, pegilación y/o otras modificaciones post-traduccionales, pueden ocurrir in vivo o in vitro y/o pueden ser realizadas usando técnicas químicas. En modalidades adicionales, cualquiera de glicosilación, pegilación y/o otras modificaciones post-traduccionales pueden ser N-ligadas u O-ligadas.
En modalidades de la invención, uno cualquiera de los polipéptidos aislados y/o purificados de conformidad con la invención, puede ser enzimáticamente o funcionalmente activo a temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95 grados Celsius y/o puede ser enzimáticamente o funcionalmente activo a un pH en, por debajo de y/o arriba de 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , y/o 0. En modalidades adicionales de la invención, la glicosilación, pegilación, u otra modificación post-traduccional pueden ser requeridas para los polipéptidos aislados y/o purificados de conformidad con la invención, para ser enzimáticamente o funcionalmente activos a pH en o por debajo de 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , y/o 0, o a temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95 grados Celsius.
Aspectos de la invención se refieren a polipéptidos que son aislados u obtenidos por purificación a partir de fuentes naturales, o de otro modo obtenido por recombinación genética, o alternativamente por síntesis química y que pueden de este modo, contener aminoácidos no naturales, como se describirá posteriormente.
Un "fragmento de polipéptido" de conformidad con las modalidades de la invención, se entiende por designar un polipéptido que contiene al menos 5 aminoácidos consecutivos, preferiblemente, 10 aminoácidos consecutivos o 15 aminoácidos consecutivos.
En la presente invención, un fragmento de polipéptido específico se entiende por designar el fragmento de polipéptido especifico codificado por una secuencia de nucleótido de fragmento específico de conformidad con la invención.
"Polipéptido homólogo" se entenderá por designar los polipéptidos que tienen, con respecto al polipéptido natural, ciertas modificaciones tales como, en particular, una deleción, adición o sustitución de al menos un amino ácido, una truncación, una prolongación, una fusión quimérica y/o una mutación. Entre los polipéptidos homólogos, son preferidos aquellos cuya secuencia de aminoácido tiene al menos 80% o 90% de homología con las secuencias de aminoácidos de polipéptidos de conformidad con la invención.
"Polipéptidos homólogos específicos" se entenderá por designar los polipéptidos homólogos tales como se definen anteriormente y que tienen un fragmento específico de polipéptido de conformidad con la invención.
En el caso de una sustitución, uno o más aminoácidos consecutivos o no consecutivos son reemplazados por aminoácidos "equivalentes". La expresión aminoácido "equivalente", se dirige en la presente, a designar cualquier aminoácido capaz de ser sustituido por uno de los aminoácidos de la estructura base sin, sin embargo, modificar esencialmente las actividades biológicas de los péptidos correspondientes y como tal, serán definidos por lo siguiente. Como será aparente por uno de habilidad ordinaria en la técnica, tales sustituciones son fácilmente creadas e identificadas usando técnicas de biología molecular estándares y programas de ordenador públicamente disponibles tales como BLAST. Como tal, cada sustitución referenciada anteriormente debe ser considerada como expuesta y descrita completamente en la presente. Ejemplos de tales sustituciones en la secuencia de aminoácido de las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 1 37, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681, 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851, 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021, 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361, 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531, 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701, 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871, 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041, 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 2211, 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381, 2398, 2415, 2517, 2534, 2551, 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721, 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927, pueden incluir los polipéptidos aislados y/o purificados de la secuencia de aminoácido de las SEQ ID NO.8-12, 25-29, 42-46, 59-63, 76-80, 93-97, 110-114, 127-131, 144-148, 161-165, 178-182, 195-199, 212-216, 229-233, 246-250, 263-267, 280-284, 297-301, 314-318, 331-335, 348-352, 365-369, 382-386, 399-403, 416-420, 433-437, 450-454, 467-471, 484-488, 501-505, 518-522, 535-539, 552-556, 569-573, 586-590, 603-607, 620-624, 637-641, 654-658, 671-675, 688-692, 705-709, 722-726, 739-743, 756-760, 773-777, 790-794, 807-811, 824-828, 841-845, 858-862, 875-879, 892-896, 909-913, 926-930, 943-947, 960-964, 977-981, 994-998, 1011-1015, 1028-1032, 1045-1049, 1062-1066, 1079-1083, 1096-1100, 1113-1117, 1130-1134, 1147-1151, 1164- 1168, 1181-1185, 1198-1202, 1300-1304, 1317-1321, 1334-1338, 1351-1355, 1368-1372, 1385-1389, 1402-1406, 1419-1423, 1436-1440, 1453-1457, 1470- 1474, 1487-1491 , 1504-1508, 1521 -1525, 1538-1542, 1555-1559, 1572-1576, 1589-1593, 1606-1610, 1623-1627, 1640-1644, 1657-1661 , 1674-1678, 1691-1695, 1708-1712, 1725-1729, 1742-1746, 1759-1763, 1776-1780, 1793-1797, 1810-1814, 1827-1831 , 1844-1848, 1861-1865, 1878-1882, 1895-1899, 1912-1916, 1929-1933, 1946-1950, 1963-1967, 1980-1984, 1997-2001 , 2014-2018, 2031 -2035, 2048-2052, 2065-2069, 2082-2086, 2099-2103, 21 16-2120, 2133-2137, 2150-2154, 2167-2171 , 2184-2188, 2201-2205, 2218-2222, 2235-2239, 2252-2256, 2269-2273, 2286-2290, 2303-2307, 2320-2324, 2337-2341 , 2354-2358, 2371-2375, 2388-2392, 2405-2409, 2422-2426, 2524-2528, 2541-2545, 2558-2562, 2575-2579, 2609-2613, 2626-2630, 2643-2647, 2660-2664, 2677-2681 , 2694-2698, 271 1 -2715, 2728-2732, 2745-2749, 2762-2766, 2779-2783, 2796-2800, 2813-2817, 2830-2834, 2847-2851 , 2866-2870, 2883-2887, 2900-2914, 2917-2921 , y 2934-2938.
Estos aminoácidos equivalentes pueden ser determinados ya sea dependiendo de su homología estructural con los aminoácidos los cuales sustituyen, o en los resultados de pruebas comparativas de actividad biológica entre los diferentes polipéptidos, los cuales son capaces de ser realizados.
Por medio de ejemplo no limitante, las posibilidades de sustituciones capaces de llevarse a cabo sin resultar en una modificación extensiva de la actividad biológica de los polipéptidos modificados correspondientes, se mencionarán el reemplazo, por ejemplo, de leucina por valina o isoleucina de ácido aspártico por ácido glutámico, de glutamina por asparagina, de arginina por lisina, etc., las sustituciones inversas naturalmente son previsibles bajo las mismas condiciones.
En una modalidad adicional, las sustituciones están limitadas a sustituciones en aminoácidos no conservados entre otras proteínas las cuales tienen actividad similar identificada. Por ejemplo, uno de habilidad ordinaria en la técnica puede alinear proteínas de la misma función en organismos similares, y determinar cuáles aminoácidos son en general conservados entre proteínas de tal función. Un ejemplo de un programa que puede ser usado para generar tales alineamientos es wordlwideweb.charite.de/bioinf/strap/, en conjunto con la base de datos proporcionada por el NCBI. Ejemplos de tales polipéptidos pueden incluir, pero no se limitan a, aquellos encontrados en la secuencia de aminoácido de las SEQ ID NO. 8-12, 25-29, 42-46, 59-63, 76-80, 93-97, 1 10-1 14, 127-131 , 144-148, 161 -165, 178-182, 195-199, 212-216, 229-233, 246-250, 263-267, 280-284, 297-301 , 314-318, 331 -335, 348-352, 365-369, 382-386, 399-403, 416-420, 433-437, 450-454, 467-471 , 484-488, 501 -505, 518-522, 535-539, 552-556, 569-573, 586-590, 603-607, 620-624, 637-641 , 654-658, 671-675, 688-692, 705-709, 722-726, 739-743, 756-760, 773-777, 790-794, 807-811 , 824-828, 841 -845, 858-862, 875-879, 892-896, 909-913, 926-930, 943-947, 960-964, 977-981 , 994-998, 101 1-1015, 1028-1032, 1045-1049, 1062-1066, 1079-1083, 1096-1 100, 1 113-1 1 17, 1 130-1 134, 1 147-1 151 , 1 164-1 168, 1181-1185, 1198-1202, 1300-1304, 1317-1321 , 1334-1338, 1351 -1355, 1368-1372, 1385-1389, 1402-1406, 1419-1423, 1436-1440, 1453-1457, 1470-1474, 1487-1491 , 1504-1508, 1521 -1525, 1538-1542, 1555-1 559, 1572-1576, 1589-1593, 1606-1610, 1623-1627, 1640-1644, 1657-1661 , 1674-1678, 1691-1695, 1708-1712, 1725-1729, 1742-1746, 1759-1763, 1776-1780, 1793-1797, 1810-1814, 1827-1831 , 1844-1848, 1861 -1865, 1878-1882, 1895-1899, 1912-1916, 1929-1933, 1946-1950, 1963-1967, 1980-1984, 1997-2001 , 2014-2018, 2031-2035, 2048-2052, 2065-2069, 2082-2086, 2099-2103, 21 16-2120, 2133-2137, 2150-2154, 2167-2171 , 2184-2188, 2201-2205, 2218-2222, 2235-2239, 2252-2256, 2269-2273, 2286-2290, 2303-2307, 2320-2324, 2337-2341 , 2354-2358, 2371-2375, 2388-2392, 2405-2409, 2422-2426, 2524-2528, 2541-2545, 2558-2562, 2575-2579, 2609-2613, 2626-2630, 2643-2647, 2660-2664, 2677-2681 , 2694-2698, 2711 -2715, 2728-2732, 2745-2749, 2762-2766, 2779-2783, 2796-2800, 2813-2817, 2830-2834, 2847-2851 , 2866-2870, 2883-2887, 2900-2914, 2917-2921 , y 2934-2938.
De este modo, de conformidad con una modalidad de la invención, pueden hacerse sustituciones o mutaciones en posiciones que son en general conservadas entre proteínas de tal función. En una modalidad adicional, las secuencias de ácido nucleico pueden ser mutadas o sustituidas de manera que codifican el aminoácido está sin cambio (sustituciones y/o mutaciones degeneradas), y/o mutadas o sustituidas, de manera que cualquiera de las mutaciones o sustituciones de aminoácido resultantes son hechas en posiciones que son en general, conservadas entre proteínas de tal función. Ejemplos de secuencias de ácido nucleico pueden incluir, pero no se limitan a, aquellas encontradas en las secuencias de nucleótido de las SEQ ID NO. 13-17, 30-34, 47-51 , 64-68, 81-85, 98-102, 1 15-1 19, 132-136, 149-153, 166-170, 183-187, 200-204, 217-221 , 234-238, 251-255, 268-272, 285-289, 302-306, 319-323, 336-340, 353-357, 370-374, 387-391 , 404-408, 421 -425, 438-442, 455-459, 472-476, 489-493, 506-510, 523-527, 540-544, 557-561 , 574-578, 591-595, 608-612, 625-629, 642-646, 659-663, 676-680, 693-697, 710-714, 727-731 , 744-748, 761-765, 778-782, 795-799, 812-816, 829-833, 846-850, 863-867, 880-884, 897-901 , 914-918, 931-935, 948-952, 965-969, 982-986, 999-1003, 1016-1020, 1033-1037, 1050-1054, 1067-1071 , 1084-1088, 1 101-1 105, 11 18-1 122, 1 135-1 139, 1 152-1156, 1 169-1 173, 1 186-1190, 1203-1207, 1305-1309, 1322-1326, 1339-1343, 1356-1360, 1373-1377, 1390-1394, 1407-1411 , 1424-1428, 1441-1445, 1458-1462, 1475-1479, 1492-1496, 1509-1513, 1526-1530, 1543-1547, 1560-1564, 1577-1581 , 1594-1598, 161 1-1615, 1628-1632, 1645-1649, 1662-1666, 1679-1683, 1696-1700, 1713-1717, 1730-1734, 1747-1751 , 1764-1768, 1781 -1785, 1798-1802, 1815-1819, 1832-1836, 1849-1853, 1866-1870, 1883-1887, 1900-1904, 1917-1921 , 1934-1938, 1951-1955, 1968-1972, 1985-1989, 2002-2006, 2019-2023, 2036-2040, 2053-2057, 2070-2074, 2087-2091 , 2104-2108, 2121-2125, 2138-2142, 2155-2159, 2172-2176, 2189-2193, 2206-2210, 2223-2227, 2240-2244, 2257-2261 , 2274-2278, 2291-2295, 2308-2312, 2325-2329, 2342-2346, 2359-2363, 2376-2380, 2393-2397, 2410-2414, 2427-2431 , 2529-2533, 2546-2550, 2563-2567, 2580-2584, 2614-2618, 2631 -2635, 2648-2652, 2665-2669, 2682-2686, 2699-2703, 2716-2720, 2733-2737, 2750-2754, 2767-2771 , 2784-2788, 2801 -2805, 2818-2822, 2835-2839, 2852-2856, 2878-2882, 2888-2892, 2905-2909, 2922-2926, y 2939-2943 o fragmentos de las mismas.
Los polipéptidos homólogos específicos del mismo modo, corresponden a polipéptidos codificados por las secuencias de nucleótido homologas específicas tal como se define anteriormente y de este modo, comprenden en la presente definición, los polipéptidos los cuales son mutados o corresponden a vanantes las cuales pueden existir en AUcyclobacillus acidocaldarius, y las cuales especialmente corresponden a truncaciones, sustituciones, deleciones, y/o adiciones de al menos un residuo de aminoácido.
"Fragmento biológicamente activo específico de un polipéptido" de conformidad con una modalidad de la invención se entenderá, en particular, por designar un fragmento de polipéptido específico, tal como se define anteriormente, que tiene al menos una de las características de polipéptidos de conformidad con la invención. En ciertas modalidades, el péptido es capaz de actuar como al menos, uno de los tipos de proteínas resumidos en el cuadro 1.
Los fragmentos de polipéptido de conformidad con modalidades de la invención, pueden corresponder a fragmentos aislados o purificados naturalmente presentes en un AUcyclobacillus acidocaldarius o corresponden a fragmentos los cuales se pueden obtener por desdoblamiento de dicho polipéptido por una enzima proteolítíca, tal como tripsina, o quimiotripsina, o colagenasa, o por un reactivo químico, tal como bromuro de cianógeno (CNBr). Tales fragmentos de polipéptidos pueden solo del mismo modo, ser fácilmente preparados por síntesis química y/o a partir de hospederos transformados por un vector de expresión de conformidad con la invención, que contiene un ácido nucleico que permite la expresión de dichos fragmentos, colocados bajo el control de elementos de expresión y/o regulación apropiados.
"Polipéptido modificado" de un polipéptido de conformidad con una modalidad de la invención, se entiende por designar un polipéptido obtenido por recombinación genética o por síntesis química como se describirá posteriormente, que tiene al menos una modificación con respecto a la secuencia normal. Estas modificaciones pueden o no pueden ser capaces de portar aminoácidos en el origen de una especificidad y/o actividad, o en el origen de la conformación estructural, localización y de la capacidad de inserción de membrana del polipéptido de conformidad con la invención. De este modo, será posible crear polipéptidos de actividad equivalente, incrementada o reducida, y de especificidad equivalente, más estrecha o más amplia. Entre los polipéptidos modificados, es necesario mencionar los polipéptidos en los cuales hasta 5 o más aminoácidos pueden ser modificados, truncados en el extremo N o C-terminal, o aún suprimidos o agregados.
Los métodos que permiten demostrar dichas modulaciones en células eucarióticas o procarióticas, son bien conocidos por la persona de habilidad ordinaria en la técnica. Del mismo modo, se entiende bien que será posible usar las secuencias de nucleótidos que codifican para los polipéptidos modificados a dichas modulaciones, por ejemplo, a través de vectores de conformidad con la invención, y descritos abajo.
Los polipéptidos modificados precedentes, se pueden obtener usando química combinatoria!, en la cual es posible variar sistemáticamente partes del polipéptido antes de probarlos en modelos, cultivos celulares o microorganismos por ejemplo, para seleccionar compuestos los cuales son más activos o tienen las propiedades buscadas.
La síntesis química del mismo modo, tiene la ventaja de ser capaz de usar aminoácidos no naturales o enlaces no peptídicos.
De este modo, para mejorar la duración de vida de los polipéptidos de conformidad con la invención, puede ser de interés usar aminoácidos no naturales, por ejemplo en forma D, o del mismo modo análogos de aminoácido, especialmente por ejemplo formas que contienen azufre.
Finalmente, será posible integrar la estructura de los polipéptidos de conformidad con la invención, sus formas homologas modificadas o específicas, en estructuras químicas del tipo de polipéptido u otros. De este modo, puede ser de interés proporcionar en los extremos N- y C-terminales, compuestos no reconocidos por las proteasas.
Las secuencias de nucleótidos que codifica para un polipéptido de conformidad con la invención, son del mismo modo, parte de la invención.
La invención del mismo modo, se refiere a secuencias de nucleótido utilizables como una sonda o cebador, caracterizadas en que las secuencias son seleccionadas a partir de las secuencias de nucleótidos de conformidad con la invención.
Es bien entendido que la presente invención, en varias modalidades, del mismo modo, se refiere a polipéptidos específicos de Alicyclobacillus acidocaldarius, codificados por secuencias de nucleótidos capaces de ser obtenidas por purificación a partir de polipéptidos naturales, por recombinación genética o por síntesis química por procedimientos bien conocidos por la persona experta en la técnica y como tal, descritos en particular abajo. De la misma manera, los anticuerpos mono o policlonales, etiquetados o no etiquetados, dirigidos contra dichos polipéptidos específicos codificados por las secuencias de nucleótidos, están también abarcados por la invención.
Modalidades de la invención adicionalmente, se refieren al uso de una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, como un cebador o sonda para la detección y/o la amplificación de secuencias de ácido nucleico.
Las secuencias de nucleótidos de conformidad con modalidades de la invención, pueden de este modo, ser usadas para amplificar secuencias de nucleótido, especialmente por la técnica de PCR (reacción en cadena de la polimerasa) (Erlich, 1989; Innis et al., 1990; Rolfs et al., 1991 ; y White et al., 1997).
Estos cebadores de oligodesoxirribonucleótido u oligorribonucleótido, ventajosamente tienen una longitud de al menos 8 nucleótidos, preferiblemente, de al menos 12 nucleótidos, y aún más preferencialmente, de al menos 20 nucleótidos.
Otras técnicas de amplificación del ácido nucleico objetivo pueden ser ventajosamente empleadas como alternativas a PCR.
Las secuencias de nucleótidos de la invención, en particular los cebadores de conformidad con la invención, pueden del mismo modo ser empleados en otros procedimientos de amplificación de un ácido nucleico objetivo, tal como: la técnica TAS (Sistema de Amplificación a base de Transcripción), descrito por Kwoh et al. en 1989; la técnica 3SR (Replicación de Secuencia Auto-Sostenida), descrita por Guatelli et al. en 1990; la técnica NASBA (Amplificación a base de Secuencia de Ácido Nucleico), descrita por Kievitis et al. en 1991 ; la técnica SDA (Amplificación por Desplazamiento de Hebra) (Walker et al., 1992); la técnica TMA (Amplificación Mediada por Transcripción).
Los polinucleótidos de la invención, también pueden ser empleados en técnicas de amplificación o de modificación del ácido nucleico que sirve como una sonda, tal como: la técnica LCR (Reacción en cadena de Ligasa), descrita por Landegren et al. en 1988 y mejorada por Barany et al. en 1991 , la cual emplea una ligasa termoestable; la técnica RCR (Reacción en cadena de Reparación), descrita por Segev en 1992; la técnica CPR (Reacción en Sonda Cíclica), descrita por Duck et al. en 1990; la técnica de amplificación con Q-beta replicasa, descrita por Miele et al. en 1983 y especialmente mejorada por Chu et al. en 1986, Lizardi et al. en 1988, después por Burg et al. así como también por Stone et al. en 1996.
En el caso en donde el polinucleótido objetivo a ser detectado es posiblemente un ARN, por ejemplo un ARNm, será posible usar, previo al empleo de una reacción de amplificación con la ayuda de al menos un cebador de conformidad con la invención, o al empleo de un procedimiento de detección con la ayuda de al menos una sonda de la invención, una enzima de tipo transcriptasa inversa para obtener un cADN a partir del ARN contenido en la muestra biológica. El cADN obtenido de este modo, servirá como un objetivo para el(los) cebador(es) o la(s) sonda(s) empleada(s) en el procedimiento de amplificación o detección de conformidad con la invención.
La sonda de detección será elegida en tal manera que hibridizará con la secuencia objetivo o el amplicón generado a partir de la secuencia objetivo. Por medio de la secuencia, tal sonda ventajosamente tendrá una secuencia de al menos 12 nucleótidos, en particular de al menos 20 nucleótidos, y preferiblemente, de al menos 100 nucleótidos.
Modalidades de la invención también comprenden las secuencias de nucleótidos utilizable como una sonda o cebador de conformidad con la invención, caracterizadas en que son etiquetadas con un compuesto radioactivo o con un compuesto no radioactivo.
Las secuencias de nucleótido no etiquetadas, pueden ser usadas directamente como sondas o cebadores, aunque las secuencias son en general, etiquetadas con un isótopo radioactivo (32P, 35S, 3H, 1251) o con una molécula no radioactiva (biotina, acetilaminofluoreno, digoxigenina, 5-bromodesoxiuridina, fluoresceina), para obtener sondas las cuales son utilizables para numerosas aplicaciones.
Ejemplos de etiquetado no radioactivo de secuencias de nucleótidos se describen, por ejemplo, en la Patente Francesa No. 78, 10975 o por Urdea et al. o por Sánchez-Pescador et al. en 1988.
En el último caso, también será posible usar uno de los métodos de etiquetado descritos en las patentes FR-2 422 956 y FR-2 518 755.
La técnica de hibridización se puede llevar a cabo en varias maneras (Matthews et al., 1988). El método más general consiste en inmovilizar el extracto de ácido nucleico de las células en un soporte (tal como nitrocelulosa, nilón, poliestireno) y en incubar, bajo condiciones bien definidas, el ácido nucleico objetivo inmovilizado con la sonda. Después de la hibridización, el exceso de sonda es eliminado y las moléculas híbridas formadas son detectadas por el método apropiado (medición de la radioactividad, de la fluorescencia de la actividad enzimática ligada a la sonda).
La invención, en varias modalidades, del mismo modo, comprende las secuencias de nucleótidos de conformidad con la invención, caracterizadas en que son inmovilizadas en un soporte, covalentemente o no covalentemente.
De conformidad con otro modo ventajoso para emplear secuencias de nucleótido de conformidad con la invención, el último puede ser usado inmovilizado en un soporte y puede de este modo, servir para capturar, por hibridación específica, el ácido nucleico objetivo obtenido a partir de la muestra biológica a ser probada. Si es necesario, el soporte sólido se separa de la muestra y el complejo de hibridizacion formado entre la sonda de captura y el ácido nucleico objetivo es entonces detectado con la ayuda de una segunda sonda, una así llamada sonda de detección, etiquetada con un elemento fácilmente detectable.
Otro aspecto de la presente invención es un vector para la clonación y/o expresión de una secuencia, caracterizado en que contiene una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención.
Los vectores de conformidad con la invención, caracterizados en que contienen los elementos que permiten la integración, expresión y/o la secreción de dichas secuencias de nucleótido en una célula hospedera determinada, son del mismo modo, parte de la invención.
El vector puede entonces contener un promotor, señales de inicio y terminación de traducción, así como también regiones apropiadas de regulación de transcripción. Pude ser capaz de ser mantenido establemente en la célula hospedera y puede opcionalmente, tener señales particulares que especifican la secreción de la proteína traducida. Estos diferentes elementos pueden ser elegidos como una función de la célula hospedera usada. Con este fin, las secuencias de nucleótidos de conformidad con la invención, puede ser insertada en vectores de replicación autónoma dentro del hospedero elegido, o vectores integrados del hospedero elegido.
Tales vectores serán preparados de conformidad con los métodos actualmente usados por la persona experta en la técnica, y será posible introducir los clones que resultan a partir de estos en un hospedero apropiado por métodos estándares, tales como, por ejemplo, lipofección, electroporación y choque térmico.
Los vectores de conformidad con la invención, son, por ejemplo, vectores de origen viral o plásmido. Un ejemplo de un vector para la expresión de polipéptidos de la invención es baculovirus.
Estos vectores son útiles para transformar células hospederas para clonar o expresar las secuencias de nucleótidos de la invención.
La invención del mismo modo, comprende las células hospederas transformadas por un vector de conformidad con la invención.
Estas células se pueden obtener por la introducción en las células hospederas, de una secuencia de nucleotido insertada en un vector tal como se define anteriormente, después cultivar las células bajo condiciones que permiten la replicación y/o expresión de la secuencia de nucleotido transfectada.
La célula hospedera puede ser seleccionada a partir de sistemas proca óticos o eucarióticos, tales como, por ejemplo, células bacterianas (Olins y Lee, 1993), pero del mismo modo, células de levadura (Buckholz, 1993), así comó también células vegetales tales como, Arabidopsis sp. y células animales, en particular los cultivos de células de mamífero (Edwards y Aruffo, 1993), por ejemplo, células de ovario de hámster Chino (CHO), pero del mismo modo, las células de insectos en las cuales es posible usar procedimientos empleando baculovirus, por ejemplo, células de insecto sf9 (Luckow, 1993).
I Modalidades de la invención del mismo modo, se refieren a organismos que comprenden una de las células transformadas de conformidad con la invención.
La obtención de organismos transgénicos de conformidad con la invención, que expresan uno o más de los genes de Alicyclobacillus acidocaldarius o parte de los genes se pueden llevar a cabo en, por ejemplo, ratas, ratones, o conejos, de conformidad con métodos bien conocidos por personas expertas en la técnica, tal como por transfecciones virales o no virales. Será posible obtener los organismos transgénicos que expresan uno o más de dichos genes por transfección de copias múltiples de dichos genes bajo el control de un promotor fuerte de naturaleza ubicua, o selectivo para un tipo de tejido. Del mismo modo, será posible obtener los organismos transgénicos por recombinación homologa en cepas de células embriónicas, transferencia de estas cepas de células a embriones, selección de las quimeras afectadas al nivel de las líneas reproductivas, y crecimiento de dichas quimeras.
Las células transformadas, así como también los organismos transgénicos de conformidad con la invención, son utilizable en procedimientos para la preparación de polipéptidos recombinantes.
Es posible hoy día, producir polipéptidos recombinantes en cantidad relativamente grande por ingeniería genética, usando las células transformadas por vectores de expresión de conformidad con la invención, o usando organismos transgénicos de conformidad con la invención.
Los procedimientos para la preparación de un polipéptido de la invención en forma recombinante, caracterizados en que emplean un vector y/o una célula transformada por un vector de conformidad con la invención, y/o un organismo transgénico que comprende una de las células transformadas de conformidad con la invención, están los mismos comprendidos en la presente invención.
Como se usa en la presente, transformación" y "transformado", se refiere a la introducción de ácidos nucleicos en una célula, sea procariótica o eucariótica. Además, "transformación" y "transformado" como se usa en la presente, no necesita referirse a desregulación de crecimiento o control de crecimiento.
Entre los procedimientos para la preparación de un polipéptido de la invención en forma recombinante, los procedimientos de preparación que emplean un vector, y/o una célula transformada por el vector y/o un organismo transgénico, comprenden una de las células transformadas, que contienen una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, que codifica para un polipéptido de Alicyclobacillus acidocaldarius.
Una variante de conformidad con la invención, puede consistir en producir un polipéptido recombinante fusionado a una proteína "portadora" (proteína quimérica). La ventaja de este sistema es que permite la estabilización de y/o una reducción en la proteólisis del producto recombinante, un incremento en la solubilidad en el curso de la renaturalización in vitro y/o una simplificación de la purificación cuando el patrón de fusión tiene una afinidad para un ligando específico.
Más particularmente, la invención se refiere a un procedimiento para la preparación de un polipéptido de la invención que comprende las siguientes etapas: a) cultivo de células transformadas bajo condiciones que permiten la expresión de un polipéptido recombinante de secuencia de nucleótido de conformidad con la invención; b) si se necesita, recuperar el polipéptido recombinante.
Cuando el procedimiento para la preparación de un polipéptido de la invención emplea un organismo transgénico de conformidad con la invención, el polipéptido recombinante es entonces extraído a partir de dicho organismo.
La invención también se refiere a un polipéptido el cual es capaz de obtenerse por un procedimiento de la invención tal como se describe previamente.
La invención también comprende un procedimiento para la preparación de un polipéptido sintético, caracterizado en que usa una secuencia de aminoácidos de polipéptidos de conformidad con la invención.
La invención del mismo modo, se refiere a un polipéptido sintético obtenido por un procedimiento de conformidad con la invención.
Los polipéptidos de conformidad con la invención, pueden del mismo modo ser preparados por técnicas las cuales son convencionales en el campo de la síntesis de péptidos. Esta síntesis se puede llevar a cabo en solución homogénea o en fase sólida.
Por ejemplo, se puede recurrir a la técnica de síntesis en solución homogénea descrita por Houben-Weyl en 1974.
Este método de síntesis consiste en condensar sucesivamente, dos por dos, los aminoácidos sucesivos en el orden requerido, o en condensar aminoácidos y fragmentos formados previamente y que ya contienen varios aminoácidos en el orden apropiado, o alternativamente, varios fragmentos previamente preparados en esta forma, entendiéndose que será necesario proteger de antemano, todas las funciones reactivas llevadas a cabo por estos aminoácidos o fragmentos, con la excepción de funciones amino de uno y carboxilos de los otros o vice-versa, lo cual debe normalmente estar involucrado en la formación de enlaces peptídicos, especialmente después de la activación de la función carboxilo, de conformidad con los métodos bien conocidos en la síntesis de péptidos.
También se puede recurrir a la técnica descrita por Merrifield. Para elaborar una cadena peptídica de conformidad con el procedimiento de Merrifield, se recurre a una resina polimérica muy porosa, en la cual es inmovilizado el primer aminoácido C-terminal de la cadena. Este aminoácido es inmovilizado en una resina a través de su grupo carboxilo y su función amina es protegida. Los aminoácidos los cuales van a formar la cadena peptídica son de este modo inmovilizados, uno después del otro, en el grupo amino, el cual es desprotegido de antemano cada vez de la porción de la cadena peptídica ya formada, y el cual está unido a la resina. Cuando el total de la cadena peptídica deseada se ha formado, los grupos protectores de los diferentes aminoácidos que forman la cadena peptídica son eliminados y el péptido se separa de la resina con la ayuda de un ácido.
La invención adicionalmente se refiere a polipéptidos híbridos que tienen al menos un polipéptido de conformidad con la invención, y una secuencia de un polipéptido capaz de inducir una respuesta inmune en el hombre o animales.
Ventajosamente, la determinante antigénica es tal que es capaz de inducir una respuesta humoral y/o celular.
Será posible para tal determinante, comprender un polipéptido de conformidad con la invención, en forma glicosilada, pegilada y/o de otro modo post-traduccionalmente modificada usada con el fin de obtener composiciones inmunogénicas capaces de inducir la síntesis de anticuerpos dirigidos contra epítopes múltiples.
Estas moléculas híbridas pueden ser formadas, en parte, de una molécula portadora de polipéptido o de fragmentos de la misma de conformidad con la invención, asociados con una parte posiblemente inmunogénica, en particular un epítope de la toxina difteria, la toxina tetánica, un antígeno de superficie del virus de la hepatitis B (patente FR 79 2181 1 ), el antígeno VP1 del virus de poliomielitis o cualquier otro antígeno o toxina viral o bacteriana.
Los procedimientos para la síntesis de moléculas híbridas abarcan construir secuencias de nucleótidos híbridas que codifican para las secuencias de polipéptidos buscadas. Será posible, por ejemplo, referirse ventajosamente a la técnica para obtener genes que codifican para proteínas de fusión descritas por Minton en 1984.
Tales secuencias de nucleótido híbridas que codifican para un polipéptido híbrido, así como también los polipéptidos híbridos de conformidad con la invención, caracterizados en que son polipéptidos recombinantes obtenidos por la expresión de dichas secuencias de nucleótidos híbridas, son del mismo modo, parte de la invención.
La invención del mismo modo, comprende los vectores caracterizados en que contienen una de dichas secuencias de nucleótidos híbridas. Las células hospederas transformadas por dichos vectores, los organismos transgénicos que comprenden una de las células transformadas, así como también los procedimientos para la preparación de polipéptidos recombinantes usando dichos vectores, las células transformadas y/o los organismos transgénicos son, por supuesto del mismo modo, parte de la invención.
Los polipéptidos de conformidad con la invención, los anticuerpos de conformidad con la invención, descritos abajo y las secuencias de nucleótidos de conformidad con la invención, pueden ventajosamente ser empleados en procedimientos para la detección y/o identificación de Alicyclobacillus acidocaldarius, en una muestra capaz de contenerlos. Estos procedimientos, de conformidad con la especificidad de los polipéptidos, los anticuerpos y las secuencias de nucleótidos de conformidad con la invención, los cuales serán usados, serán en particular, capaces de detectar y/o identificar un Alicyclobacillus acidocaldaríus.
Los polipéptidos de conformidad con la invención, pueden ser empleados ventajosamente en un procedimiento para la detección y/o identificación de Alicyclobacillus acidocaldaríus en una muestra capaz de contenerlos, caracterizado en que comprende las siguientes etapas: a) contactar esta muestra con un polipéptido o uno de sus fragmentos de conformidad con la invención, (bajo condiciones que permiten una reacción inmunológica entre el polipéptido y los anticuerpos posiblemente presentes en la muestra biológica); d) demostración de los complejos de antigeno-anticuerpo posiblemente formados.
Cualquier procedimiento convencional puede ser empleado para llevar a cabo una detección de los complejos de antígeno-anticuerpo posiblemente formados.
Por medio del ejemplo, un método preferido pone en juego procesos inmunoenzimáticos de conformidad con la técnica ELISA, por inmunofluorescencia, o procesos radioinmunológicos (RIA) o sus equivalentes.
De este modo, la invención del mismo modo se refiere a los polipéptidos de conformidad con la invención, etiquetados con la ayuda de una etiqueta adecuada tal como el tipo enzimático, fluorescente o radioactivo.
Tales métodos comprenden, por ejemplo, las siguientes etapas: deposición de cantidades determinadas de una composición de polipéptido de conformidad con la invención, en las cavidades de una placa microtituladora, introducción en dichas cavidades de diluciones incrementadas de suero, o de una muestra biológica distinta de aquella definida previamente, que tiene que ser analizada, incubación de la placa microtituladora, introducción en las cavidades de la placa microtituladora de anticuerpos etiquetados dirigidos contra inmunoglobulinas de cerdo, el etiquetado de estos anticuerpos tiene que llevarse a cabo con la ayuda de una enzima seleccionada a partir de aquellas las cuales son capaces de hidrolizar un sustrato modificando la absorción de la radiación del último, al menos a una longitud de onda predeterminada, por ejemplo a una detección de 550 nm, por comparación con una prueba de control, de la cantidad de sustrato hidrolizado.
Los polipéptidos de conformidad con la invención, permiten preparar anticuerpos monoclonales o policlonales, los cuales son caracterizados en que específicamente reconocen los polipéptidos de conformidad con la invención. Será posible ventajosamente, preparar los anticuerpos monoclonales a partir de hibridomas de conformidad con la técnica descrita por Kohler y Milstein en 1975. Será posible preparar los anticuerpos policlonales, por ejemplo, por inmunización de un animal, en particular un ratón, con un polipéptido o un ADN, de conformidad con la invención, asociado con un adyuvante de la respuesta inmune, y después purificación de los anticuerpos específicos contenidos en el suero de los animales inmunizados sobre una columna de afinidad en la cual el polipéptido que ha servido como un antígeno, ha sido previamente inmovilizado. Los anticuerpos policlonales de conformidad con la invención, pueden también ser preparados por purificación, sobre una columna de afinidad en la cual un polipéptido de conformidad con la invención, ha sido previamente inmovilizado, de los anticuerpos contenidos en el suero de un animal inmunológicamente estimulado por Alicyclobacillus acidocaldarius, o un polipéptido o fragmento de conformidad con la invención.
La invención del mismo modo, se refiere a anticuerpos mono- o policlonales o sus fragmentos, o anticuerpos quiméricos, caracterizados en que son capaces de reconocer específicamente un polipéptido de conformidad con la invención.
Del mismo modo, será posible para los anticuerpos de la invención, ser etiquetados en la misma manera como se describe previamente para las sondas nucleicas de la invención, tal como un etiquetado de tipo enzimático, fluorescente o radioactivo.
La invención adicionalmente se dirige a un procedimiento para la detección y/o identificación de Alicyclobacillus acidocaldarius en una muestra, caracterizada en que comprende las siguientes etapas: a) contactar la muestra con un anticuerpo mono- o policlonal de conformidad con la invención, (bajo condiciones que permiten una reacción inmunológica entre dichos anticuerpos y los polipéptidos de Alicyclobacillus acidocaldarius posiblemente presentes en la muestra biológica); b) demostración del complejo antígeno-anticuerpo posiblemente formado.
La presente invención del mismo modo, se refiere a un procedimiento para la detección y/o la identificación de Alicyclobacillus acidocaldarius en una muestra, caracterizado en que emplea una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención.
Más particularmente, la invención se refiere a un procedimiento para la detección y/o la identificación de Alicyclobacillus acidocaldarius en una muestra, caracterizado en que contiene las siguientes etapas: a) si es necesario, aislamiento del ADN a partir de la muestra a ser analizada; b) amplificación específica del ADN de la muestra con la ayuda de al menos un cebador, o un par de cebadores, de conformidad con la invención; c) demostración de los productos de amplificación.
Estos pueden ser detectados, por ejemplo, por la técnica de hibridización molecular utilizando una sonda nucleica de conformidad con la invención. Esta sonda ventajosamente será etiquetada con un isótopo radioactivo o no radioactivo (sonda fría).
Para los propósitos de la presente invención, "ADN de la muestra biológica" o "ADN contenido en la muestra biológica", se entenderá por significar ya sea el ADN presente en la muestra biológica considerada, o posiblemente el cADN obtenido después de la acción de una enzima de tipo transcriptasa inversa en el ARN presente en dicha muestra biológica.
Una modalidad adicional de la invención comprende un método, caracterizado en que comprende las siguientes etapas: a) contactar una sonda de nucleótido de conformidad con la invención, con una muestra biológica, el ADN contenido en la muestra biológica si se necesita, tiene que ser previamente elaborado accesible a hibridización bajo condiciones que permiten la hibridización de la sonda con el ADN de la muestra; b) demostración del híbrido formado entre la sonda de nucleotido y el ADN de la muestra biológica.
La presente invención también se refiere a un procedimiento de conformidad con la invención, caracterizado en que comprende las siguientes etapas: a) contactar una sonda de nucleotido inmovilizada en un soporte de conformidad con la invención, con una muestra biológica, el ADN de la muestra si se necesita, tiene que ser previamente accesible a hibridización, bajo condiciones que permiten la hibridización de la sonda con el ADN de la muestra; b) contactar el híbrido formado entre la sonda de nucleotido inmovilizada sobre un soporte y el ADN contenido en la muestra biológica, si es necesario después de la eliminación del ADN de la muestra biológica la cual no ha sido hibridizada con la sonda, con una sonda de nucleotido etiquetada de conformidad con la invención; c) demonstración del nuevo híbrido formado en la etapa b).
De conformidad con una modalidad ventajosa del procedimiento para detección y/o identificación definido previamente, este se caracteriza en que, previo a la etapa a), el ADN de la muestra biológica es primero amplificado con la ayuda de al menos un cebador de conformidad con la invención.
Modalidades de los métodos incluyen, colocar un polipéptido recombinante, purificado y/o aislado, seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 51 1 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1 106, 1 123, 1 140, 1 157, 1 174, 1 191 , 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701 , 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871 , 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041 , 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 221 1 , 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381 , 2398, 2415, 2517, 2534, 2551 , 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721 , 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927 en, o recolocando un componente, de un sistema de transcripción in vitro tal como, por medio de ejemplo no limitante, una reacción en cadena de la polimerasa o un sistema de transcripción/traducción de lisado de reticulocito.
Modalidades adicionales de los métodos incluyen, colocar una célula que produce o codifica una secuencia de nucleótido recombinante, purificado y/o aislado, que comprende una secuencia de nucleótido seleccionada a partir del grupo que consiste de una secuencia de nucleótidos que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos, una de las secuencias de las SEQ ID NO: 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 1 89, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461, 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631, 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801, 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971, 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1107, 1124, 1141, 1158, 1175, 1192, 1294, 1311, 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481, 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651, 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821, 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991, 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 2110, 2127, 2144, 2161, 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331, 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671, 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841, 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 2911, y 2928 y/o un polipéptido recombinante, purificado y/o aislado, seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos, una de las secuencias de las SEQ ID NO.1, 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171, 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341, 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681, 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851, 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021, 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361, 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531, 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701, 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871, 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041, 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 221 1 , 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381 , 2398, 2415, 2517, 2534, 2551 , 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721 , 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927 en un ambiente que comprende temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95 grados Celsius y/o a pH en, por debajo de, y/o arriba de 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , y/o O.
La presente invención proporciona células que han sido genéticamente manipuladas para tener una capacidad alterada para producir proteínas expresadas. En particular, la presente invención se refiere a microorganismos Gram-positivos, tales como especies de Bacillus que tienen expresión mejorada de una proteína de interés, en donde uno o más genes cromosomales han sido inactivados, y/o en donde uno o más genes cromosomales han sido suprimidos del cromosoma de Bacillus. En algunas modalidades adicionales, una o más regiones cromosomales autóctonas han sido suprimidas a partir de un cromosoma hospedero de Bacillus de tipo nativo correspondiente. En modalidades adicionales, el Bacillus es un Alicyclobacillus sp. o Alicyclobacillus acidocaldarius.
En modalidades adicionales, métodos para modular la transcripción o control transcripcional a temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95 grados Celsius y/o a un pH en, por debajo de, y/o arriba de 8, 7, 6, 5. 4, 3. 2, 1 , y/o 0, vía una secuencia de nucleótido recombinante, purificado y/o aislado, que comprende una secuencia de nucleótido seleccionada a partir del grupo que consiste de una secuencia de nucleótidos que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos, una de las secuencias de las SEQ ID NO: 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1 158, 1 175, 1 192, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651 , 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821 , 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991 , 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 2110, 2127, 2144, 2161 , 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331 , 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671 , 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841 , 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 2911 , y 2928, y/o un polipéptido recombinante, purificado y/o aislado, seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos, una de las secuencias de las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 51 1 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1 106, 1 123, 1 140, 1 157, 1 174, 1 191 , 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701 , 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871 , 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041 , 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 2211 , 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381 , 2398, 2415, 2517, 2534, 2551 , 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721 , 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927.
Modalidades adicionales de la invención pueden comprender, un kit para modular la transcripción o control transcripcional, el kit comprende una secuencia de nucleótido recombinante, purificado y/o aislado, que comprende una secuencia de nucleótido seleccionada a partir del grupo que consiste de una secuencia de nucleótidos que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos, una de las secuencias de las SEQ ID NO: 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1107, 1 124, 1 141 , 1 158, 1 175, 1 192, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651 , 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821 , 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991 , 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 2110, 2127, 2144, 2161 , 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331 , 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671 , 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841 , 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 291 1 , y 2928 y/o un polipéptido recombinante, purificado y/o aislado, seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos, una de las secuencias de las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 51 1 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1 106, 1 123, 1 140, 1157, 1174, 1 191 , 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701 , 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871 , 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041 , 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 221 1 , 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381 , 2398, 2415, 2517, 2534, 2551 , 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721 , 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927.
En modalidades de la invención, cualquiera de los polipéptidos aislados y/o purificados de conformidad con la invención, pueden ser enzimáticamente o funcionalmente activos a temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95 grados Celsius y/o pueden ser enzimáticamente o funcionalmente activos a un pH en, por debajo de, y/o arriba de 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , y/o 0. En modalidades adicionales de la invención, glicosilación, pegilación, y/o otra modificación post-traduccional, pueden ser requeridas para los polipéptidos aislados y/o purificados de conformidad con la invención, para ser enzimáticamente o funcionalmente activos a pH en o por debajo de 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , y/o 0, o a temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95 grados Celsius.
La invención se describe en detalle adicional en los siguientes ejemplos ilustrativos. Aunque los ejemplos pueden representar solamente modalidades seleccionadas de la invención, se debe entender que los siguientes ejemplos son ilustrativos y no limitantes.
EJEMPLOS EJEMPLO 1 Transcripción y Control Transcripcional Usando Secuencias de Secuencias de Amino Ácido a partir de Alicvclobacillus acidocaldanus Proporcionada en las SEQ ID NO: 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121, 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291, 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461, 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631, 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801, 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971, 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1107, 1124, 1141, 1158, 1175, 1192, 1294, 1311, 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481, 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651, 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821, 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991, 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 2110, 2127, 2144, 2161, 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331, 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671, 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841, 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 2911, y 2928, son una secuencia de nucleótidos aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldanus y codificada para los polipéptidos de las SEQ ID NO: 1, 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171, 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341, 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681, 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851, 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021, 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361, 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531, 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701, 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871, 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041, 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 2211, 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381, 2398, 2415, 2517, 2534, 2551, 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721, 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927. Las secuencias de nucleótido de las SEQ ID NO: 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121, 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291, 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461, 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631, 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801, 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971, 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1107, 1124, 1141, 1158, 1175, 1192, 1294, 1311, 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481, 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651, 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821, 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991, 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 2110, 2127, 2144, 2161, 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331, 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671, 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841, 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 2911, y 2928, son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO: 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121, 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291, 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461, 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631, 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801, 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971, 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1107, 1124, 1141, 1158, 1175, 1192, 1294, 1311, 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481, 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651, 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821, 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991, 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 2110, 2127, 2144, 2161, 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331, 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671, 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841, 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 2911, y 2928, producen los polipéptidos de las SEQ ID NO: 1, 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171, 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341, 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681, 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851, 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021, 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361, 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531, 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701, 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871, 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041, 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 2211, 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381, 2398, 2415, 2517, 2534, 2551, 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721, 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927. Los polipéptidos de las SEQ ID NO: 1, 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171, 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341, 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681, 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851, 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021, 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361, 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531, 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701, 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871, 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041, 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 2211, 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381, 2398, 2415, 2517, 2534, 2551, 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721, 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927, son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 1, 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171, 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341, 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681, 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851, 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021, 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361, 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531, 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701, 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871, 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041, 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 2211, 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381, 2398, 2415, 2517, 2534, 2551, 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721, 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927, son entonces cada uno demostrados por tener una o más de las actividades proporcionadas en el cuadro 1.
Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO 1, 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171, 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341, 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681, 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851, 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021, 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361, 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531, 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701, 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871, 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041, 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 2211 , 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381 , 2398, 2415, 2517, 2534, 2551 , 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721 , 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927, son colocados en un sistema de transcripción extracelular y son demostrados por tener actividad en la transcripción o modulación de la transcripción.
EJEMPLO 2 Control Transcripcional Usando Elementos de Respuesta de Catabolitos a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius Proporcionada en las SEQ ID NO: 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 291 1 , y 2928, están una secuencia de nucleótidos aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius. Las secuencias de nucleótido de las SEQ ID NO: 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 2911 , y 2928, son colocadas en vectores de expresión y funcionalmente ligadas a un gen reportero usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como células bacterianas o células eucarioticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO: 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 291 1 , y 2928, intentan producir la proteína codificada por el gen reportero en un ambiente diseñado para ensayar la función de un elemento de respuesta de catabolito. Las células son entonces ensayadas para la presencia o ausencia y/o nivel del producto de gen reportero. Las SEQ ID NO: 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 291 1 , y 2928, son entonces cada una demostradas por tener actividad como un elemento de respuesta de catabolito.
Mientras esta invención ha sido descrita en ciertas modalidades, la presente invención puede ser además modificada dentro del alcance y campo de esta descripción. Esta solicitud está por lo tanto, propuesta para cubrir cualquiera de las variaciones, usos, o adaptaciones de la invención usando sus principios generales. Además, esta solicitud está propuesta para cubrir tales apartados a partir de la presente descripción, como viene dentro del conocimiento o práctica habitual en la técnica a la cual esta invención pertenece y la cual cae dentro de los límites de las reivindicaciones adjuntas y sus equivalentes legales.
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Claims (19)

NOVEDAD DE LA INVENCION REIVINDICACIONES
1.- Una secuencia de ácido nucleico aislado o purificado, que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido que tiene al menos 90% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO. 1.
2 - Una secuencia de ácido nucleico aislado o purificado, que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptidos que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1 106, 1 123, 1140, 1157, 1 174, 1 191 , 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1 395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, 1565, 1582, 1 599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701 , 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871 , 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041 , 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 221 1 , 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381 , 2398, 2415, 2517, 2534, 2551 , 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721 , 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927.
3.- La secuencia de ácido nucleico aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 1 o la reivindicación 2, caracterizada además porque el polipéptido tiene actividad en o por debajo de aproximadamente pH 8.
4 - La secuencia de ácido nucleico aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 1 o la reivindicación 2, caracterizada además porque el polipéptido tiene actividad a una temperatura en o arriba de aproximadamente 50 grados Celsius.
5.- La secuencia de ácido nucleico aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 1 o la reivindicación 2, caracterizada además porque la secuencia de ácido nucleico está presente en un vector.
6. - Un polipéptido asilado o purificado, que comprende un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO. 1.
7. - Un polipéptido asilado o purificado, que comprende un polipéptido seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 51 1 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , ?1038, 1055, 1072, 1089, 1 106, 1 123, 1 140, 1 157, 1 174, 1 191 , 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701 , 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871 , 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041 , 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 2211 , 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381 , 2398, 2415, 2517, 2534, 2551 , 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721 , 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927.
8. - El polipéptido aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 6 o la reivindicación 7, caracterizado además porque el polipéptido tiene actividad en o por debajo de aproximadamente pH 8.
9. - El polipéptido aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 6 o la reivindicación 7, caracterizado además porque el polipéptido tiene actividad a una temperatura en o arriba de aproximadamente 50 grados Celsius.
10. - El polipéptido aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 6 o la reivindicación 7, caracterizado además porque el polipéptido es glicosilado, pegilado, o de otro modo post-traduccionalmente modificado.
11.- El polipéptido aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 6, caracterizado además porque el polipéptido tiene actividad de proteína de transporte de C4-dicarboxilato.
12.- El polipéptido aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 7, caracterizado además porque el polipéptido tiene una actividad seleccionada a partir del grupo que consiste del factor de elongación de transcripción greA, cadena alfa de polimerasa de ARN dirigida a ADN, cadena beta de polimerasa de ARN dirigida a ADN, cadena beta' de polimerasa de ARN dirigida a ADN, cadena delta de polimerasa de ARN dirigida a ADN, cadena omega de polimerasa de ARN dirigida al ADN, factor sigma de tipo ECF de polimerasa de ARN, factor sigma rpoD de polimerasa de ARN, factor sigma-E de polimerasa de ARN, factor sigma-F de polimerasa de ARN, factor sigma-G de polimerasa de ARN, factor sigma-H de polimerasa de ARN, factor sigma-K de polimerasa de ARN, proteína reguladora BofA de procesamiento del factor sigma-K, proteína reguladora antiterminadora del operón de absorción de glicerol, N utilización de sustancia de proteína B, N utilización de sustancia de proteína A, proteína antiterminación de transcripción nusG, factor de terminación de transcripción rho, proteína rocR reguladora de utilización de arginina, proteína J de esporulación de Etapa 0, proteína de germinación gerE, activador transcripcional específico de pre-espora rsfA, proteína reguladora de estado de transcripción abrB, proteína reguladora BofA de procesamiento del factor sigma-K, proteína de espora soluble al ácido y pequeña, proteína SspF, factor sigma rpoD de polimerasa de ARN, N-acetilmuramoil-L-alanina amidasa, cinasa de esporulación D, proteína parA de división de cromosoma, proteína de inicio de división celular DivIB, proteína de división celular ftsA, proteína de división celular ftsZ, glicosiltransferasa, D-Ala-D-Ala carboxipeptidasa tipo serina, proteasa de espora, proteína Jag, acetiltransferasa de residuo dihidropolilisina, deshidrogenasa de piruvato (transferencia de acetilo), inhibidor de autofosforilación de cinasa kipl, regulador de inhibidor de autofosforilación de cinasa, proteína reguladora de operón de pirimidina pyrR, inhibidor fosforelay, familia de proteína SIR2, proteína reguladora de estado de transcripción abrB, factor de acoplamiento de reparación de transcripción, regulador transcripcional, regulador transcripcional ctsR, regulador transcripcional familia Xre, regulador transcripcional familia ArsR, regulador transcripcional familia Cro/CI, regulador transcripcional familia DeoR, regulador transcripcional familia GntR, regulador transcripcional familia IcIR, regulador transcripcional familia Lacl, regulador transcripcional familia LytR, regulador transcripcional familia MarR, regulador transcripcional familia TetR, proteína reguladora transcripcional resD, regulador transcripcional familia AsnC, proteína de enlace a ADN, proteína de enlace a ADN HU, proteína de enlace a ADN de hebra única, regulador de respuesta de dos componentes, represor de arginina argR, regulador de genes glicolíticos centrales, represor de operón Ebg, represor transcripcional de operón de gluconato, represor hrcA de transcripción inducible por calor, represor de operón Kdg, represor LexA, regulador de operón de peróxido, represor de operón Pur, represor de operón de ribosa, represor preyotropico de transcripción codY, proteína represora de enlace Trp, antagonista del factor anti-sigma F, activador transcripcional dependiente de sigma-54, activador transcripcional tenA, Hpr(ser) Cinasa, fosfatasa, proteína A de control de catabolito, proteína crh de represión de catabolito, sistema histidina cinasa de dos componentes, proteína sensora regulon de fosfato phoR, proteína cheA de quimiotaxis, proteína cheY de quimiotaxis, proteína sensora resE, proteína de transporte de C4-dicarboxilato, proteína sensora kdpD, fosfotransferasa de iniciación de esporulación F, cinasa sensora de dos componentes yycG, regulador de respuesta de dos componentes yycF, regulador de respuesta de dos componentes yesN, transportador, y actividad de la familia MMPL.
13. - Un método para modular la transcripción o control transcripcional a temperaturas en o arriba de aproximadamente 25 grados Celsius o a un pH en o por debajo de aproximadamente 8, en donde el método comprende, proporcionar a un sistema transcripcional una secuencia de nucleótido recombinante, purificado y/o aislado, que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO: 2 o un polipéptido recombinante, purificado y/o aislado, que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO: 1.
14. - Un método para modular la transcripción o control transcripcional a temperaturas en o arriba de aproximadamente 25 Celsius o a un pH en o por debajo de aproximadamente 8, en donde el método comprende proporcionar a un sistema transcripcional una secuencia de nucleótido recombinante, purificado y/o aislado, que comprende una secuencia de nucleótido seleccionada a partir del grupo que consiste de una secuencia de nucleótidos que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos, una de las secuencias de las SEQ ID NO: 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121, 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291, 308,325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461, 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597,614, 631, 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801, 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971, 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1107, 1124, 1141, 1158, 1175, 1192, 1294, 1311, 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481, 1498, 1515, 1532, 1549, 1566, 1583, 1600, 1617, 1634, 1651, 1668, 1685, 1702, 1719, 1736, 1753, 1770, 1787, 1804, 1821, 1838, 1855, 1872, 1889, 1906, 1923, 1940, 1957, 1974, 1991, 2008, 2025, 2042, 2059, 2076, 2093, 2110, 2127, 2144, 2161, 2178, 2195, 2212, 2229, 2246, 2263, 2280, 2297, 2314, 2331, 2348, 2365, 2382, 2399, 2416, 2518, 2535, 2552, 2569, 2603, 2620, 2637, 2654, 2671, 2688, 2705, 2722, 2739, 2756, 2773, 2790, 2807, 2824, 2841, 2857, 2858, 2860, 2877, 2894, 2911, y 2928 o un polipéptido recombinante, purificado y/o aislado, seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos, una de las secuencias de las SEQ ID NO: 1, 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171, 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341, 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681, 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851, 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021, 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361, 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531, 1548, 1565, 1582, 1599, 1616, 1633, 1650, 1667, 1684, 1701, 1718, 1735, 1752, 1769, 1786, 1803, 1820, 1837, 1854, 1871 , 1888, 1905, 1922, 1939, 1956, 1973, 1990, 2007, 2024, 2041, 2058, 2075, 2092, 2109, 2126, 2143, 2160, 2177, 2194, 2211 , 2228, 2245, 2262, 2279, 2296, 2313, 2330, 2347, 2364, 2381 , 2398, 2415, 2517, 2534, 2551 , 2568, 2602, 2619, 2636, 2653, 2670, 2687, 2704, 2721 , 2738, 2755, 2772, 2789, 2806, 2823, 2840, 2859, 2876, 2893, 2910, y 2927.
15 - El método de conformidad con la reivindicación 13 o la reinvindicación 14, caracterizado además porque proporcionar a un sistema transcripcional una secuencia de nucleótido recombinante, purificado y/o aislado, ocurre en o por debajo de aproximadamente pH 6.
16.- El método de conformidad con la reivindicación 13 o la reinvindicación 14, caracterizado además porque proporcionar a un sistema transcripcional una secuencia de nucleótido recombinante, purificado y/o aislado, ocurre a una temperatura en o arriba de aproximadamente 50 grados Celsius.
17.- El método de conformidad con la reivindicación 13 o la reinvindicación 14, caracterizado además porque el polipéptido recombinante, purificado y/o aislado es glicosilado, pegilado, o de otro modo post-traduccionalmente modificado.
18 - El método de conformidad con la reivindicación 13, caracterizado además porque el polipéptido tiene actividad de proteína de transporte de C4-dicarboxilato.
19.- El método de conformidad con la reivindicación 14, caracterizado además porque el polipéptido tiene una actividad seleccionada a partir del grupo que consiste de factor de elongación de transcripción greA, cadena alfa de polimerasa de ARN dirigida a ADN, cadena beta de polimerasa de ARN dirigida a ADN, cadena beta' de polimerasa de ARN dirigida a ADN, cadena delta de polimerasa de ARN dirigida a ADN, cadena omega de polimerasa de ARN dirigida al ADN, factor sigma de tipo ECF de polimerasa de ARN, factor sigma rpoD de polimerasa de ARN, factor sigma-E de polimerasa de ARN, factor sigma-F de polimerasa de ARN, factor sigma-G de polimerasa de ARN, factor sigma-H de polimerasa de ARN, factor sigma-K de polimerasa de ARN, proteína reguladora BofA de procesamiento del factor sigma-K, proteína reguladora antiterminadora del operón de absorción de glicerol, N utilización de sustancia de proteína B, N utilización de sustancia de proteína A, proteína antiterminación de transcripción nusG, factor de terminación de transcripción rho, proteína rocR reguladora de utilización de arginina, proteína J de esporulación de Etapa 0, proteína de germinación gerE, activador transcripcional específico de pre-espora rsfA, proteína reguladora de estado de transcripción abrB, proteína reguladora BofA de procesamiento del factor sigma-K, proteína de espora soluble al ácido y pequeña, proteína SspF, factor sigma rpoD de polimerasa de ARN, N-acetílmuramoil-L-alanina amidasa, cinasa de esporulación D, proteína parA de división de cromosoma, proteína de inicio de división celular DivIB, proteína de división celular ftsA, proteína de división celular ftsZ, glicosíltransferasa, D-Ala-D-Ala carboxipeptidasa tipo serina, proteasa de espora, proteína Jag, acetiltransferasa de residuo dihidropolilisina, deshidrogenasa de piruvato (transferencia de acetilo), inhibidor de autofosforilación de cinasa kipl, regulador de inhibidor de autofosforilación de cinasa, proteína reguladora de operón de pirimidina pyrR, inhibidor fosforelay, familia de proteína SIR2, proteína reguladora de estado de transcripción abrB, factor de acoplamiento de reparación de transcripción, regulador transcripcional, regulador transcripcional ctsR, regulador transcripcional familia Xre, regulador transcripcional familia ArsR, regulador transcripcional familia Cro/CI, regulador transcripcional familia DeoR, regulador transcripcional familia GntR, regulador transcripcional familia IcIR, regulador transcripcional familia LacI, regulador transcripcional familia LytR, regulador transcripcional familia MarR, regulador transcripcional familia TetR, proteína reguladora transcripcional resD, regulador transcripcional familia AsnC, proteína de enlace a ADN, proteína de enlace a ADN HU, proteína de enlace a ADN de hebra única, regulador de respuesta de dos componentes, represor de arginina argR, regulador de genes glicolíticos centrales, represor de operón Ebg, represor transcnpcional de operón de gluconato, represor hrcA de transcripción ¡nducible por calor, represor de operón Kdg, represor LexA, regulador de operón de peróxido, represor de operón Pur, represor de operón de ribosa, represor preyotrópico de transcripción codY, proteina represora de enlace Trp, Antagonista del factor anti-sigma F, activador transcripcional dependiente de sigma-54, activador transcripcional tenA, Hpr(ser) cinasa, fosfatasa, proteína A de control de catabolito, proteína crh de represión de catabolito, sistema histidina cinasa de dos componentes, proteína sensora regulon de fosfato phoR, proteína cheA de quimiotaxis, proteína cheY de quimiotaxis, proteína sensora resE, proteína de transporte de C4-dicarboxilato, proteína sensora kdpD, fosfotransferasa de iniciación de esporulación F, cinasa sensora de dos componentes yycG, regulador de respuesta de dos componentes yycF, regulador de respuesta de dos componentes yesN, transportador, y actividad de familia MMPL.
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