MX2008009025A - Polimorfismos en los genes del receptor de hormona de crecimiento, grelina, leptina, neuropeptido y , y proteina 2 de desacoplamiento y sus asociaciones con medidas de desempeño y valia del canal en el ganado vacuno para carne. - Google Patents

Polimorfismos en los genes del receptor de hormona de crecimiento, grelina, leptina, neuropeptido y , y proteina 2 de desacoplamiento y sus asociaciones con medidas de desempeño y valia del canal en el ganado vacuno para carne.

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Abstract

La regulación fisiológica de la ingesta, crecimiento y particionamiento de energía en animales está bajo el control de múltiples genes, que pueden ser importantes candidatos para descifrar la variación genética en atributos económicamente relevantes en la producción de carne de res. La presente invención se relaciona a la identificación de polimorfismos de nucleótido individual (SNPs) dentro de los genes bovinos que codifican el receptor de hormona de crecimiento (GHR), grelina, leptina, neuropéptido y (NPY) y la Proteína 2 de Desacoplamiento (UCP2) y su asociación con atributos económicamente relevantes en la producción de carne de res. La invención además abarca métodos y sistemas, que incluyen procesos basados en la red, para manejar los datos de SNP y otros datos relacionados con animales específicos y manadas de animales, cuidado veterinario, datos de diagnóstico y de control de calidad y manejo de ganado que, basados en la determinación del genotipo, tienen atributos de calidad de la carne predecibles, condiciones de crianza, bienestar del animal, información de seguridad del alimento, verificación de procesos existentes y datos de ubicaciones en campo.

Description

POLIMORFISMOS EN LOS GENES DEL RECEPTOR DE HORMONA DE CRECIMIENTO, GRELINA, LEPTINA, NEUROPÉPTIDO Y, Y PROTEÍNA 2 DE DESACOPLAMIENTO Y SUS ASOCIACIONES CON MEDIDAS DE DESEMPEÑO Y VALÍA DEL CANAL EN EL GANADO VACUNO PARA CARNE CAMPO DE LA INVENCIÓN La presente invención se relaciona a la identificación de polimorfismos de nucleótido individual (SNPs) dentro de los genes bovinos que codifican el receptor de hormona de crecimiento (GHR) , grelina, leptina, neuropéptido Y (NPY) , y Proteína 2 de Desacoplamiento (UCP2) y su asociación con atributos económicamente relevantes en la producción de carne de res. La invención además se relaciona a métodos y sistemas, que incluyen procesos basados en la red, para manejar los datos SNP y otros datos que se relacionan a animales específicos y manadas de animales, cuidado veterinario, datos de diagnóstico y de control de calidad y manejo de ganado que, basados en la determinación de genotipo, tienen atributos de calidad de la carne predecibles, condiciones de crianza, bienestar del animal, información de seguridad del alimento, verificación de procesos existentes y datos de ubicaciones en campo. ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN Mejoras significantes en el desempeño animal, eficiencia y calidad de canal y de carne se han hecho a lo largo de los años a través de la aplicación de técnicas de reproducción y de selección animal estándares. Sin embargo, tales técnicas de reproducción animal clásicas requieren varios años de evaluación genética de registros de desempeño sobre animales individuales y sus congéneres y por lo tanto son muy costosas. Otros esfuerzos se han hecho para mejorar la productividad y calidad a través de la aplicación de tales prácticas de manejo como el uso de aditivos alimenticios, implantes hormonales de animales y quimioterapéutica. Sin embargo, existe resistencia política y reguladora significante a la introducción y uso de tales metodologías. Tales metodologías también son no heredables y necesitan ser aplicadas diferentemente en cada sistema de producción. Existe una necesidad por métodos que permitan la selección y reproducción relativamente fácil y más eficiente de animales de granja con una ventaja para un atributo heredable de niveles de leptina circulantes, ingesta de alimento, proporción de crecimiento, peso corporal, valía del canal y composición del canal. La significancia económica del uso de marcadores genéticos que se asocian con atributos económicamente importantes específicos (especialmente atributos con baja heredabilidad ) en el ganado a través de la selección asistida con marcador por lo tanto no puede ser sobreenfatizada . La regulación fisiológica de ingesta, crecimiento y par ticionamiento de energía en animales está bajo el control de múltiples genes, que pueden ser importantes candidatos para descifrar la variación genética en atributos económicamente relevantes (ERT) en la producción de carne de res. Los polimorfismos en estos genes candidatos que muestran asociación con ERT específicos son nucleótidos de atributo cuantitativo útiles para la selección asistida con marcador. En el presente estudio, asociaciones entre genes de polimorfismos de nucleótido individual (SNPs) en el receptor de hormona de crecimiento bovino (GHR) , neuropéptido Y bovino (NPY), leptina, grelina y de proteína 2 de desacoplamiento (UCP2) con medidas de ingesta, crecimiento y valía de canal en el ganado vacuno para carne. La GHR se enlaza por GH en un grupo homodimérico que de por resultado la iniciación de mecanismos de transducción de señal y la activación subsecuente de muchos sistemas hormonales involucrados en la promoción de crecimiento así como metabolismo de lípido, nitrógeno, mineral y carbohidratos. Las interacciones entre el GH y su receptor también afectan la síntesis de proteína, degradación de proteínas y regulación del desdoblamiento de proteína total. Otras áreas de actividad son efectos sobre la retención de nitrógeno, síntesis de grasa, oxidación de ácido graso, y estimulación de la movilización de ácido graso de los tejidos adiposos corporales. El tratamiento de animales de granja con la hormona de crecimiento se ha mostrado que conduce a la ingesta de alimento disminuido, ganancia diaria promedio incrementada, eficiencia de alimento incrementada, acreción de grasa disminuida y acreción de proteína incrementada . La grelina es un péptido que libera la hormona de crecimien o, que consiste de 28 aminoácidos, que sirve como un ligando endógeno para el secretágogo de hormona de crecimiento (acoplado a la proteína G) . Estos receptores a su vez estimulan la liberación de GH de la glándula pituitaria. Además, la grelina también se ha mostrado que desempeña funciones importantes en la estimulación del apetito y actividad de alimentación a través de interacciones con péptidos tales como NPY. La leptina, el producto de hormona del gen ob (obeso) se ha mostrado que se sintetiza predominantemente y se expresa en los tejidos adiposos. Funciona como una señal fisiológica poten e en la regulación del peso corporal, gasto de energía, ingesta de alimento, adiposidad, fertilidad y funciones inmunes. La leptina se ha propuesto como uno de los factores de control mayores que contribuyen a la variación fenotípica y genética en el desempeño y eficiencia del ganado vacuno . Los polimorfismos en las regiones de codificación del gen de leptina en el ganado vacuno se han asociado con la producción y composición de la leche (ver, por ejemplo, Liefers y colaboradores, J Dairy Sel. 2002 Jun;85(6): 1633-8), ngesta de alimento (ver, por ejemplo, Liefers y colaboradores, Dairy Sel. 2002 Jun;85(6): 1633-8; Lagonigro y colaboradores, Anim Genet. 2003 Oc ; 3 ( 5) : 371- ) , y grasa corporal (ver, por ejemplo, Buchanan y colaboradores, Genet Sel Evol. 2002 Ja n- ITeb ; 34 ( 1 ) : 105-16 ; Lagonigro y colaboradores, Anim Genet. 2003 Oct ; 34 ( 5 ) : 371-4 ) . Se han identificado polimorfismos en el promotor de leptina, especialmente los SNPs UAS S1, UASMS2, UAS1MS3, E2JW, y E2FB (ver, por ejemplo, Nkrumah y colaboradores, J' Anim Sci. 2005 Jan; 83 (1) : 20-8 ; Schenkel y colaboradores, J Anim Sci. 2005 Sep;83 (9) -.2009-20) y el SNP A59V (ver, por ejemplo, Liefers y colaboradores, Mamra Genome. 2003 Sep; 14 (9) : 657-63) , sin embargo, solo el SNP UASM2 (ver, por ejemplo, Nkrumah y colaboradores, J Anim Sci. 2005 Jan ; 83 ( 1 ) : 20-8 ) se ha asociado con la concentración de leptina en suero y atributos económicamente relevantes de crecimiento, ingesta de alimento, eficiencia y valia del canal en el ganado vacuno. El neuropéptido Y es un péptido de 36 aminoácidos que desempeña una función poderosa como un estimulador de apetito central que desempeña funciones importantes en la regulación y control de ingesta de alimento y balance de energía. Estimula la ingesta de alimento e induce un estado anabólico general al reducir el gasto de energía. Adicionalmente, el NPY influencia la regulación de crecimiento en animales al causar una inhibición dependiente de dosis de liberación de GH, y una disminución de la concent ación de GH en plasma e IGF-I a través de la estimulación de soma tos ta Lina . Las proteínas de desacoplarniento son proteínas que pueden desacoplar la producción de ATI? de la respiración mitocondrial , al causar una fuga de protones, que conduce a la disipación de energía como calor. Aunque ciertas proteínas de desacoplamiento se han mostrado que influencian variaciones en la eficiencia metabólica y la termogénesis , la función de UCP2 en el balance de energía es actualmente no claro. No obstante, el UCP2 ha demostrado que regula la secreción de insulina, y se regula hacia arriba mediante una dieta alta en grasa, que sugiere que el UCP2 es importante para determinar la velocidad metabólica basal y posiblemente la resistencia a la obesidad. Mucho más importantemente, el enlace genético significante se ha establecido entre los marcadores de microsa télite que abarcan la ubicación del UCP2 con la velocidad metabólica de reposo, masa corporal, obesidad corporal y masa de grasa en humanos. Permanece ven a oso p oporcion r SNPs adicionales que puedan predecir más con precisión el fenotipo de la calidad de la carne de un animal y también un método de negocio que proporcione eficiencias de producción incrementadas en el ganado vacuno, así como proporcionar accesos a varios registros de los animales y permitir las comparaciones con objetivos esperados o deseados .con respecto a la calidad y cantidad de animales producidos. La cita o identificación de cualquier documento en está solicitud no es una admisión de que tal documento esté disponible como la técnica previa para la presente invención. BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN La presente invención se relaciona a la identificación de polimorfismos de nucleótido individual (SNPs) dentro de los genes bovinos que codifican el receptor de hormona de crecimiento (GHR) , grelina, ' leptina, neuropéptido Y (NPY) , y Proteína 2 de Desacoplamiento (UCP2) y su asociación con atributos económicamente relevantes en la producción de carne de res. La invención abarca un método para subagrupar animales de acuerdo al genotipo en donde los animales de cada subgrupo tienen un polimorfismo similar en un gen GHR, grelina, leptina, PY o UCP2 que puede comprender determinar el genotipo de cada animal a ser subagrupado al determinar la presencia de un polimorfismo de nucleótido individual en el gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2, y segregar animales individuales en subgrupos en donde cada animal en un subgrupo tiene un polimorfismo similar en el gen GHR, grelina, leptina, NPY o (JCP2. La invención también abarca un método para subagrupar animales de acuerdo al genotipo en donde los animales de cada subgrupo tienen un genotipo similar en el gen GHR, grelina, leptina, N P Y o UCP2 que puede comprender determinar el genotipo de cada animal a ser subagrupado para determinar la presencia de un (os) polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés en el gen GHR, grelina, leptina, N PY o UCP2, y segregar animales individuales en s'ubgrupos dependiendo de si los animales tienen, o no tienen el (los) polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés en el gen GHR, grelina, leptina, N PY o UCP2. El (los) polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés se puede (n) seleccionar del grupo que consiste de una sustitución A a G en la posición de nucleótido 300 en el intrón del gen GHR, una substitución A a G en la posición 212 en el intrón 3 del gen de grelina, una mutación C .a T en la posición 528 en el gen de leptina, una mutación C a T en la posición 321 en el gen de leptina, y una substitución A a G en la posición de nucleótido 666 en el intrón 2 del gen NPY, una substitución A a G en la posición 812 del exón 4 en el gen UCP2. y una substitución C a G en la posición 213 en el intrón 2 del gen UCP2. La invención además se relaciona a un método para subagrupar animales de acuerdo al genotipo en donde los animales de cada .subgrupo tienen un genotipo similar en el gen GHR, grelina, leptina, NPY o UC 2 que puede comprender determinar el genotipo de cada animal a ser subagrupado al determinar la presencia de los SNPs anteriores, y segregar animales individuales en subgrupos dependiendo de si los animales tienen, o no tienen, ninguno de los SNPs anteriores en el gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2. La invención también se relaciona' al método para identificar un animal que tiene un fenotipo deseable que se relaciona a cierta ingesta de alimento, proporción de crecimiento, peso corporal, valia del canal y composición, y producción de leche, como es comparado a la población general de animales de esa especie, que pueden comprender determinar la presencia de un polimorfismo de nucleótido individual en el gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2 del animal, en donde la presencia del SNP es indicativa de un fenotipo deseable que se relaciona a cierta ingesta de alimento, proporción de crecimiento, peso corporal, valia y composición del canal, y producción de leche. En una modalidad ventajosa, el animal puede ser un bovino. En otra modalidad ventajosa, el gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2 puede ser un gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2 bovino. La invención también abarca métodos asistidos por computadora y sistemas para mejorar la eficiencia de producción para ganado que tiene carne blanda comerciable utilizando múltiples datos, y en particular el genotipo de los animales como se relaciona a los SNPs de GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2. Métodos de la invención abarcan obtener una muestra genética de cada animal en una manada de ganado, determinar el genotipo de cada animal con respecto a los atributos de calidad específicos como se define por un panel de por lo menos dos polimorfismos de polinucleótido individual (SNPs), agrupar animales con genotipos similares, y opcionalmente, subagrupar adicionalmente animales basados sobre genotipos similares. Métodos de la invención también pueden abarcar la obtención y mantenimiento de datos que se relacionan a los animales o a las manadas, sus condiciones de crianza, cuidado y condición de salud y veterinaria, historia o descendencia genética, y proporcionar estos datos a otros a través de sistemas que están basados en la red, contenidos en una base de datos, o unidos al animal mismo tal como mediante un microchip implantado. Un aspecto ventajoso de la presente invención, por lo tanto, se dirige a un sistema de computadora y métodos asistidos por computadora para rastrear los atributos de calidad para el ganado que poseen las disposiciones genéticas especificas. La presente invención abarca venta osamente métodos asistidos por computadora y sistemas para adquirir datos genéticos, particularmente datos genéticos corno se define por la ausencia o presencia de un SNP dentro del gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2 relacionado a los atributos de calidad de la carne de la progenie del animal y asociar esos datos con otros datos acerca del animal o su manada, y mantener esos datos en maneras que son accesibles. Otro aspecto de la invención abarca un método asistido por computadora para predecir que animales de ganado poseen una diferencia biológica en la calidad de la carne, y que puede incluir las etapas de utilizar un sistema de computadora, por ejemplo, una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, las etapas de: (a) introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que incluyen un genotipo de un animal como se relaciona a cualquiera de los SNPs de GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2 descritos en la presente, (b) correlacionar la calidad de la carne predicha por el genotipo de GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2 utilizando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos y (c) hacer salir al dispositivo de salida la calidad de la carne correlacionada al genotipo de GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2, para de esta manera predecir que animales de ganado poseen una calidad de la carne particular. Todavía otro aspecto de la invención se relaciona a un método para hacer negocio para manejar ganado que comprende proporcionar a un usuario el sistema de computadora para manejar el ganado que comprende características físicas y genotipos que corresponden a uno o más animales o un medio leíble por computadora para manejar el ganado que comprende las características físicas y genotipos que corresponden a uno o más animales o características físicas y genotipos que corresponden a uno o más animales, en donde una característica física tal como- ingesta, crecimiento o valía del canal en el ganado vacuno para carne y el genotipo es un genotipo de GHR, grelma, leptina, NPY o UCP2. Se nota que en esta descripción y particularmente en las reivindicaciones y/o párrafos, los términos tales como "comprende", "comprendido", "que comprende" y los similares pueden tener el significado atribuido a ellos en la ley de patente norteamericana; por ejemplo, pueden significar "incluye", "incluido", "que incluye", y los similares; y esos términos tales como "que consiste esencialmente de" y "consiste esencialmente de" tienen el significado adscrito á ellos en la ley de patentes norteamericana, por ejemplo, permiten elementos no explícitamente citados, pero excluyen elementos que se encuentran en la técnica previa o que afectan una característica básica o novedosa de la invención. Estas y otras modalidades se divulgan o son obvias de, y abarcadas por, la siguiente Descripción Detallada. BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS La siguiente descripción detallada, dada a manera de '.ejemplo, pero no propuesta para limitar la invención solamente a las modalidades especificas descritas, puede ser mejor entendida en conjunción con los dibujos acompañantes, en los cuales: la Fig. 1 representa la secuencia de nucleótidos de un gen GHR (Acceso No. AY643807, especie, bos taurus), SEQ ID NO : 1 ; la Fig. 2 representa la secuencia de nucleótidos de un promotor de leptina bovino (Acceso de GenBank no. ??070368, especie, bos taurus), SEQ ID NO: 2 ; la Fig. 3 representa la secuencia de nucleótidos de un promotor de leptina bovino (Acceso de GenBank no. BTA512639; EMBL Acceso no. AJ512639), SEQ ID NO: 3; la Fig. 4 representa la secuencia de nucleótidos del intrón 3 del gen grelina bovino (no publicado) SEQ ID NO: 4 con un SNP indicado en corchetes; la Fig. 5 representa la secuencia de nu'cleótidos de un promotor de leptina bovino (intrón 2 del gen NPY (Acceso No. AY491054, especie bos taurus), SEQ ID NO: 5 ; la Fig. 6 representa la secuencia de nucleótidos del exón 4 del gen UCP2 bovino (Acceso No. XIM_614452, especie bos taurus), SEQ ID NO: 6; la Fig. 7 representa la secuencia de nucleótidos del intrón 2 del gen UCP2 (no publicado) SEQ ID NO: 4 con un SNP indicado en corchetes; y la Fig. 8 ilustra las asociaciones de los genotipos SN1? con el peso final de reses para carne (medias de mínimos cuadrados ± SE) . Diferencias significantes entre los genotipos del SNP denotados como: *P < 0.05, ** P < 0.01. *** P < 0.001, y no * P < 0.10; la F'ig . 9 ilustra un diagrama de flujo de la entrada de datos y la salida de los resultados del análisis y correlación de los datos que pertenecen a la reproducción, historias veterinarias y requerimientos de desempeño de un grupo de animales tal como una manada de vacas y el flujo interactivo de datos del dispositivo asistido por computadora a un cuerpo de estudiantes que aprenden el uso del método de la invención; la F'ig . 10 ilustra las relaciones potenciales entre los elementos de datos al ser ingresados en el sistema. Las flechas unidireccionales indican, por ejemplo, que un alojamiento o cobertizo es típicamente propiedad de solo una granja, mientras que una granja puede tener varios alojamientos o cobertizos. Similarmente, una prescripción puede incluir que tengan varios productos veterinarios; la F'ig. ll/-\ ilustra el flujo de eventos en el uso del sistema basado por computadora portátil para entrada de datos sobre la reproducción y crianza de una manada de vacas; la Fig. 1113 ilustra el flujo de eventos a través de las sub-ru tinas relacionadas a la entrada de datos que se relacionan al manejo de la granja; la Fig . 11C ilustra el flujo de eventos a través de las sub-rutinas relacionadas a la entrada de datos que se relacionan a datos específicos a una compañía; la Fig. 12 ilustra un diagrama de flujo de la entrada de datos y la salida de los resultados del análisis y la correlación de los datos que pertenecen a la reproducción, historias veterinarias, y requerimiento de desempeño de un grupo de animales. DESCRIPCIÓN DETALLADA La práctica de la presente invención empleará, a menos que de otra manera se indique, técnicas convencionales de biología molecular, microbiología, tecnología de DNA recombina nte , e inmunología, que están dentro de la habilidad de la técnica. Tales técnicas se explican totalmente en la literatura. Ver por ejemplo, Sambrook y colaboradores (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3a ed . , Cold Spring Harbor Press; DNA Cloning, Vols. 1 y II (D. N. Glo ed . 1985); Oligonucleoti.de Synthesis (M. J . Gaít ed . 1984); Nucleic 7\cid Hybridization (B. D. Hames & S. J . Higgins eds . 1984); Animal Cell Culture (R. . Freshney ed . 1986); Immobilized Cells and Enzymes (IRL press, 1986); Perbal, B., A Practica! Guide to Molecular Cloning (1984); the series, Methods In Enzymology (S. Colowick and N. Kaplan eds., Z-\cademic Press, Inc.); and Handbook of Experimental Irnmunology, Vols. I-IV, (D. M. Weir and C. C. Blackwell eds., 1986, Blackwell Scientific Publications ) . Antes de describir la presente invención en detalle, va a ser entendido que esta invención no se limita a DNA particular, secuencias de polipéptido o parámetros de proceso como tal pueden por supuesto variar. También va a ser entendido que la terminología utilizada en la presente es para el propósito de describir modalidades particulares de la invención solamente, y no se proponen para ser limitativas. A menos que se defina de otra manera, todos los términos técnicos y científicos utilizados en la presente tienen el mismo significado como es entendido comúnmente por uno de habilidad ordinaria en la técnica a la cual la invención pertenece. Aunque un número de métodos y materiales similares o equivalentes a aquellos descritos en la presente se pueden utilizar en la práctica de la presente invención, los materiales y métodos preferidos se describen en la presente. Al describir la presente invención, los siguientes términos serán empleados y se proponen para ser definidos como es indicado enseguida. El término "vaca" o "ganado vacuno" se utiliza generalmente para referirse a un animal de origen bovino de cualquier edad. Términos intercambiables incluyen "bovino", "becerro", "res", "toro", "vaquilla" y los similares. También incluye un animal individual en todas las etapas de desarrollo, que incluyen etapas embriónicas. y fetales. Los animales como es referido en la presente también pueden incluir individuos o grupos de individuos que se reproducen diferente de la producción de alimento tal como, pero no se limita a, animales transgénicos para la producción de biofarmacéuticos que incluyen anticuerpos y otras proteínas o productos de proteína. Por el término "complementariedad" o "complementario" se propone, para los propósitos de la especificación o reivindicaciones, un número suficiente en el oligonucleótido de pares de bases complementarias en su secuencia para interactuar específicamente (hibridar) con una secuencia de ácido nucleico objetivo de polimorfismo de gen a ser amplificado o detectado. Como es conocido por aquellos expertos en la técnica, un grado muy alto de complementariedad es necesario para la especificidad y sensibilidad que involucra la hibridación, aunque no necesita ser del 100%. Así, por ejemplo, un oligonucleótido que es idéntico en la secuencia de nucleótidos a un oligonucleótido divulgado en la presente, excepto para un cambio o sustitución base, puede funcionar equivalentemente a los oligonucleótidos divulgados. Un gen de "DNA complementario" o "cDNA" incluye genes recombinantes sintetizados mediante la transcripción inversa del NA mensajero ("mRNA") . Una "reacción mediada por polimerasa cíclica" se refiere a una reacción bioquímica en la cual una molécula de plantilla o una población de moléculas de plantilla se copian periódicamente y repetidamente para crear una molécula de plantilla complementaria o moléculas de plantilla complementarias, para de esta manera implementar el número de moléculas de plantilla a través del tiempo. Por el término "porción detectable" se propone, para los propósitos de la especificación o reivindicaciones, una molécula marcadora (isotópica o no isotópica) que se incorpora indirecta o directamente en un oligonucleótido, en donde la molécula marcadora facilita la detección del oligonucleótido en el cual ésta se incorpora, por ejemplo cuando el oliqonucleótido se híbrida a las secuencias de polimorfismos de gen amplificado. Así, "porción detectable" se utiliza sinónimamente con "molécula marcadora". Síntesis de oligonucleótidos se pueden lograr mediante cualquiera de varios métodos conocidos por aquellos de habilidad en la técnica. Moléculas marcadoras, conocidas por aquellos expertos en la técnica como que son útiles para la detección, incluyen moléculas quimioluminiscentes , fluorescentes o luminiscentes. Varias moléculas fluorescentes son conocidas en la técnica las cuales son adecuadas para el uso para marcar un ácido nucleótido para el método de la presente invención. El protocolo para tal incorporación puede variar dependiendo de la molécula fluorescente utilizada. Tales protocolos son conocidos en la técnica para la molécula fluorescen te respectiva . "Amplificación de DNA como se utiliza en la presente se refiere a cualquier proceso que incremente el número de copias de una secuencia de DNA especifica al amplificar enzimáticamente la secuencia de ácido nucleico. Es conocida una variedad de procesos Uno de.'l mucho más comúnmente ut:¡..1 i zado es el proceso de : reacción en cadena de la polimerasa (PCR) de Mullís como se describe en las patentes norteamerica na s Nos. 4,683,195 y 4,683,202. Métodos, dispositivos y reactivos como se describen en las patentes norteamericanas Nos. 6, 951, 726; 6, 927, 024 ; 6, 924, 127; 6, 893, 863; 6, 887, 664; 6,881,559; 6, 855, 522; 6, 855, 521; 6, 849, 430 ; 6, 849, 404; 6,846, 631; 6,844, 158; 6, 844, 155; 6, 818, 437; 6,818, 402; 6, 794 , 177; 6, 794, 133; 6, 790, 952; 6,783, 940; 6, 773, 901; 6, 770,440; 6, 767, 724 ; 6, 750, 022; 6,744,789; 6,733, 999; 6, 733, 972; 6,703,236; 6, 699, 713; 6, 696, 277; 6, 664 , 080; 6, 664 , 064 ; 6, 66 , 044 RE38,352; 6, 650, 719; 6, 645, 758; 6, 645, 720; 6, 642, 000; 6, 638, 716; 6, 632, 653; 6, 617, 107; 6, 613, 560; 6, 610, 487; 6, 596, 492; 6, 586, 250; 6, 586, 233; 6, 569, 678; 6,569, 627 ; 6, 566, 103; 6, 566, 067; 6, 566, 052; 6, 558, 929; 6, 558, 909; 6, 551, 783; 6, 544, 782; 6, 537, 752; 6, 524, 830; 6, 518, 020; 6, 514, 750; 6, 514, 706; 6,503,750; 6, 503, 705; 6, 493, 640; 6,492,114 ; 6,485, 907 ; 6,485, 903; 6, 82,588; 6,475 729 ; : 6,468,743; 6, 65, 638; 6, 465, 637; 6, 465, 171; 6,448,01 ; 6, 432, 646; 6, 428, 987; 6, 26,215; 6,423, 99; 6, 410,223; ¦ 6, 403, 341; 6, 399, 320; 6, 395, 518; 6, 391, 559; 6, 383,755; 6, 379, 932; 6, 372, 484 ; 6, 368, 834 ; 6, 365, 375; 6,358, 680; . 6, 355, 422; 6, 348,336; 6, 346, 384 ; 6,319, 673; 6, 316, 195; 6,316, 192; 6, 312, 930; 6, 309, 840; 6, 309,837 ; 6, 303, 343; 6, 300, 073; 6,300,072; 6,287,781; 6,284,455; 6, 277, 605; 6,270, 977; 6,270, 966; 6, 268, 153; 6, 268, 143; D445, 907; 6, 261, 431; 6, 258, 570; 6, 258, 567 ; 6, 258, 537; 6, 258, 529; 6,251, 607; 6, 248, 567; 6, 235, 468; 6, 232, 079; 6, 225, 093; 6, 221, 595; D4 1.091; 6, 218, 153; 6,207,425; 6, 183, 999; 6, 183, 963; 6, 180, 372; 6, 180, 349; 6, 17 , 670; 6, 153, 412; ( 6, 146, 834; 6, 143, 496; 6, 140, 613; 6, 140, 110 ; 6, 103, 468; 6, 087, 097; 6, 072, 369; 6, 068, 974 ; 6, 063, 563; 6, 048, 688 ; ; 6, 046, 039; 6, 037, 129; 6, 033,854 ; 6, 031, 960; 6, 017, 699; 6, 015, 664; 6, 015, 534 ; 6, 004, 747; 6, 001, 612; 6, 001, 572; 5, 985, 619; , 976, 842; 5, 972, 602; 5, 968, 730; 5, 958, 686; 5, 955,274; , 952, 200; 5, 936, 968; 5, 909, 468; 5, 905, 732 ; 5,888,740; , 883, 924; 5, 876, 978; 5,876, 977; 5, 874, 221; : 5, 869, 318; , 863, 772; 5, 863, 731; 5, 861, 251; 5, 861, 245; 5, 858, 725; ,858,718; 5, 856, 086; 5,853, 991; 5, 849, 497; 5, 837, 468; , 830, 663; 5, 827, 695; 5,827, 661; 5, 827, 657; 5, 824, 516; , 824, 479; 5, 817, 797; 5,81 , 489; 5, 814, 453 ; 5,811,296; ,804 , 383; 5,800, 997; 5,780,271 5, 780, 222; 5,776, 686; , 774, 497; 5, 766, 889; 5,759, 822; 5 , 750,3 7 ; 5,747,251; ,741, 656; 5,716,784; 5, 712, 125; 5, 712, 090; 5, 710, 381; ,705, 627; 5, 702, 884 ; 5, 693, 67 ; 5,691,146; 5, 681, 741; , 674, 717; 5, 665, 572; 5, 665, 539; 5, 656, 93; 5,656,461; , 654, 144; 5, 652, 102; 5, 650, 268; 5,643,765; 5, 639, 871; , 639, 611; 5, 639, 606; 5, 631, 128; 5, 629, 178; 5, 627, 054; , 618, 703; 5, 618, 702 ; 5, 614 , 388; 5, 610, 017 ; 5, 602, 756; ,599, 674 ; 5,589,333; 5, 585, 238; 5,576, 197 ; 5, 565, 340; , 565, 339; 5, 556, 774 ; 5, 556, 773; 5, 538, 871; 5, 527, 898; , 527, 510; 5, 51 , 568; 5, 512, 463; 5, 512, 462; 5, 501, 947; , 494, 795; 5, 491, 225; 5,487, 93; 5, 487, 985; 5,484, 699; ,476,774; 5,475, 610; 5,4 7,839; 5, 37, 975; 5, 436, 144; ,426,026; 5, 420, 009; 5, 411, 876; 5, 393, 657; 5, 389, 512; , 364, 790; 5, 364, 758; 5, 340,728; 5,283,171 5,279,952; ,254 , 69; 5, 241, 363; 5, 232, 829; 5,231,015; 5, 229, 297; , 224, 778 ; 5, 219, 727; 5,213,961 5, 198, 337 5,187,060; , 142, 033; 5,091, 310; 5, 082, 780; 5,066,584; 5,023,171 y , 008, 182 también se pueden emplear en la práctica de la presente invención. La PCR involucra el uso de una polimerasa de DNA, termoestable, secuencias conocidas como cebadores, y signos de calentamiento, que separan la replicación de ácido desoxirribonucleico ( DNA) , hebras y amplifican exponencialmente un gen de interés. Cualquier tipo de PCR, tal como PCR cuantitativa, RT-PCR, PCR de inicio caliente, LAPCR, PCR multiplex, PCR de conta c 1;o , etc . , se pueden utilizar . Venta osamente , la PCR de tiempo rea] L se uti 1 iza .
En general, el proceso de amplificación de PCR involucra una reacción en cadena enzima tica cíclica para preparar cantidades exponenciales de una secuencia de ácido nucleico específica. Requiere una pequeña cantidad de una secuencia para iniciar la reacción en cadena y cebadores de oligonucleótido que se hibridarán a la secuencia. En la PCR los cebadores se recocen a ácido nucleico desnaturalizado seguido por la extensión con un agente inductor (enzima) y nucleótidos. Esto da por resultado productos de extensión recientemente sintetizados. Puesto que estas secuencias recientemente sintetizadas llegan a ser plantillas para los cebadores, cíclicos repetidos de desnaturalización, recocido de cebador, y extensión dan por resultado la acumulación exponencial de la secuencia específica que se amplifica. El producto de extensión de la reacción en cadena será un dúplex de ácido nucleico discreto con unas terminales que corresponden a los extremos de los cebadores específicos empleados . Por los términos "amplifica en zimáticamente" o "amplifica" se propone que, para los propósitos de la especificación o reivindicaciones, amplificación de DNA, es decir, un proceso por el cual las secuencias de ácido nucleico se amplifican en número. Existen varios medios para amplificar en zimáticamente secuencias de ácido nucleico. Actualmente el método muy comúnmente utilizado es la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Otros métodos de amplificación incluyen LCR (reacción en cadena de ligasa) que utiliza DNA ligasa, y una sonda que consiste de dos mitades de un segmento de DNA que es complementario a la secuencia del DNA a ser amplificada, enzima QB replicase y una plantilla de secuencia de ácido ribonucleico (RNA) unida a una sonda complementaria al DNA a ser copiado que se utiliza para hacer una plantilla de DNA para la producción exponencial de RNA complementario; amplificación de desplazamiento de hebra (SDA); amplificación de QB replicasa (QBRA) ; replicación autosostenida (3SR); y NASBA (amplificación basada en secuencia de ácido nucleico) , que se pueden realizar sobre RNA o DNA como la secuencia de ácido nucleico a ser amplificada. Un "fragmento" de una molécula tal como ^una proteína o ácido nucleico se propone para referirse a cualquier poción de la secuencia genética de aminoácido o • nucleótido . Como se utiliza en la presente, el término "genoma" se refiere a todo el material genético en los cromosomas de un organismo particular. Su tamaño es generalmente dado como su número total de pares base. Dentro del genoma, el término "gen" se refiere a una secuencia ordenada de nucleótidos localizados en una posición particular sobre un cromosoma particular que codifica un producto funcional específico (por ejemplo, una proteína o molécula de RNA) . En general, unas características genéticas del animal, como se define por la secuencia de nucleótidos de su genoma, son conocidas como su "genotipo" mientras que los atributos físicos de.l animal se describen como su "fenotipo". Por " heterocigoto" o "polimorfismo heterocigoto" se propone que los dos alelos de una célula diploide u organismo en un sitio dado sean diferentes, esto es, que tengan un nucleótido diferente intercambiado para el mismo nucleótido en el mismo lugar en sus secuencias. Por "homocigoto" o "polimorfismo homocigoto" se propone que los dos alelos de una célula diploide u organismo en un sitio dado sean idénticos, esto es, que tengan el mismo nucleótido para el intercambio de nucleótidos en el mismo .lugar en sus secuencias. Por "hibridación" o "hibridizando" como se utiliza en la presente, se propone la formación de pares base A-T y C-G entre la secuencia de nucleótidos de un fragmento de un segmento de un polinucleótido y una secuencia de nucleótidos complementaria de un oligonucleótido . Por complementario se propone que el sitio de cada A, C, G o T (o U en un ribonucleótido ) en la secuencia de fragmento, el oligonucleótido secuenciado tenga una T, G, C o A, respectivamente. El f ragmento/oligonucleótido hibridado es 1lamado u n "dúp1ex " .
Un "complejo de hibridación", tal como en un ensayo de intercalación, significa un complejo de moléculas de ácido nucleico que incluyen por lo menos el ácido nucleico objetivo y una sonda detectora, también pueden incluir una sonda de ancla j e . Como se utiliza en la presente, el término "sitio" o "sitios" se refiere al sitio de un gen sobre un cromosoma. Pares de genes, conocidos como "alelos" controlan el atributo hereditario producido por un sitio de gen. Cada combinación pa ticular de alelos del animal se refiere como su "genotipo". Donde ambos alelos son idénticos el individuo se dice que es homocigoso por el atributo controlado por ese par de gen; donde los alelos son diferentes, el individuo se dice que es heterociqoso para el atributo. Una "temperatura de fusión" se propone la temperatura en la cual los duplexos hibridados se deshibridan y regresan a su estado de una hebra. Del mismo modo, la hibridación no ocurrirá en el primer lugar entre dos oligonucleótidos , o, en la presente, un oligonucleótido y un fragmento, a temperaturas arriba de la temperatura de fusión del dúplex resultante. Es presentemente ventajoso que la diferencia en las temperaturas de punto de fusión de los duplexos de oligonucleótido-fragmento de esta invención sean de aproximadamente un 1°C a aproximadamente 10 °C a fin de ser fácilmente detectadles .
Como se utiliza en la presente, el término "molécula de ácido nucleico" se propone para incluir moléculas de DNA (por ejemplo, cDNA o DNA genómico) moléculas de DNA (por ejemplo, mRNA) , análogos de DNA o RNA generados utilizando análogos de nucleótidos , y derivados, fragmento y homólogos de los mismos. La molécula de ácido nucleico puede ser de una hebra o de dos hebras, pero ventajosamente es DNA de dos hebras. "DNA" se refiere a la forma polimérica de los desoxirribonucleótidos (adenina, guanina, timina, o citosina) en su forma de ya sea una hebra, o una hélice de dos hebras. Este término se refiere solo a la estructura primaria y secundaria de la molécula, y no la limita a ningunas formas terciarias particulares. Asi, este término incluye DNA de dos hebras encontradas, Inter alia, en las moléculas de DNA lineales (por ejemplo, fragmentos de restricción), virus, plásmido y cromosomas. Al discutir la estructura de las moléculas de DNA de dos hebras particulares, las secuencias se pueden describir en la presente de cuerdo a la convención normal para dar solo la secuencia en la dirección 5' a 3' a lo largo de la hebra no transcrita del DNA (es decir la hebra que tiene un homólogo de secuencia al mRNA) . Una molécula de ácido nucleico "aislada" es una que se separa de otras moléculas de ácido nucleico que están presente en a fuente natural de ácido nucleico. Un "nucleósido" se refiere a una base enlazada a un azúcar. La base puede ser adenina (A), guanina (G) (o su sustituto, inosina (I)), citosina (C) , o timina (T) (o su sustituto, uracilo (U)) . El azúcar puede ser ribosa (el azúcar de un nucleótido natural en el RNA) o 2-desoxiribosa (el azúcar de un nucleótido natural en el DNA) . Un "nucleótido" se refiere a un nucleósido enlazado a un solo grupo fosfato. Como se utiliza en la presente, el término "oligonucleótido" se refiere a una serie de residuos 'de nucleótidos enlazados, el oligonucleótido que tiene un número suficiente de bases de nucleótidos a ser utilizadas en una reacción de PCR. Una secuencia de oligonucleótidos corta se puede basar sobre, o designar de, una secuencia genómica o de cDNA y se utiliza para amplificar, confirmar, o revelar la presencia de un DNA o RNA idéntico, similar o complementario en una célula o tejido particular. Los oligonucleótidos se pueden sintetizar químicamente y se pueden utilizar como cebadores o sondas. Oligonucleótidos significa cualquier nucleótido de más de tres bases en longitud utilizado para facilitar la detección o identificación de un ácido nucleico objetivo, que incluyen sondas y cebadores. Una "polimerasa" es una enzima que cataliza la adición secuencial de unidades monoméricas a, una cadena polimérica, o enlaza dos o más unidades monoméricas para iniciar una cadena polimérica. La "polimerasa" trabajará al adicionar unidades monoméricas cuya identidad se determina por y que es complementaria a una molécula de plantilla de una. secuencia especifica. Por ejemplo, DNA polimerasa tales como DNA pol 1 y Taq polimerasa adicionan desoxi.rribonucleótidos al extremo 3' de una cadena de polinucleót idos en una manera dependiente de plantilla, para de esta manera sintetizar un ácido nucleico que es complementario a la molécula de plantilla. Las polimerasas se pueden utilizar ya sea para extender un cebador una vez o repetidamente o para amplificar un polinucleótido mediante el cebado repetitivo de dos hebras complementarias que utilizán dos ¦ cebadores . Una "polimerasa termoestable" se refiere a una enzima de DNA o RNA polimerasa que puede soportar temperaturas extremadamente altas, tales como aquellas que se aproxima a los 100 °C. Frecuentemente, las polimerasas termoestables se derivan de organismos que viven en temperaturas extremas, tal como términos acuáticos. Ejemplos de polimerasas termoestables incluyen Taq, Tth, Pfu, Vent, deep vent, UITma, y variaciones y derivados de las mismos. Un "polinucleótido" se refiere a una cadena lineal de nucleótidos conectados con un enlace de fosfodiéster entre el grupo hidroxilo 3' de un nucleósido y el grupo hidroxilo 5' de un segundo nucleósido que a su vez se enlaza a través de su grupo hidroxilo 3' al grupo hidroxilo 5' de un tercer nucleósido .y asi sucesivamente para formar un polímero comprendido en nucleósidos enlazados por una cadena principal de fosfodiéster . Un "polinucleótido modificado" se refiere a un polinucleótido en el cual uno o más nucleótidos naturales se han reemplazado parcial o sustancialmente de manera completa con nucleótidos modificados. Un "cebador" es un oligonucleótido , la secuencia de por lo menos la porción de la cual es complementaria a un segmento de un DNA de plantilla que se amplifica o se replica. Típicamente los cebadores se utilizan en realizar la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Un cebador hibridado con (o "recoce" a) el DNA de plantilla se utiliza por los usos de la enzima de polimerasa como el punto de partida para el proceso de replicación/amplificación . Los cebadores en la presente se seleccionan para hacer "sustancialmente" complementarios a hebras diferentes de unas secuencias de DNA objetivo particular. Esto significa que los cebadores deben ser suficientemente complementarios para hibridarse con sus hebras respectivas. Por lo tanto, la secuencia de cebador no necesita reflejar la secuencia exacta de la plantilla. Por ejemplo, un fragmento de nucleótido no complementario se puede unir al extremo 5' del cebador, con el resto de la secuencia de c bador que es complementaria a la hebra. Alte nati amente, bases no complementarias o secuencias más largas se pueden interdispersa r en el cebador, con la condición de que la secuencia de cebador tenga complementarxedad subsecuente con la secuencia de la hebra para hibridarse con la misma y para de esta manera formar la plantilla para la síntesis del producto de extensión. "Sondas" se refiere a secuencias de ácido nucleico de oligonucleótidos de longitud variable, utilizadas en la detección de secuencias de ácido nucleico idénticas, similares, o complementarias mediante la hibridación. Una secuencia de oligonucleótidos utilizada como una sonda de detección se puede marcar con una porción detectable. Los siguientes son ejemplos no limitativos de polinucleótidos : un gen o fragmento de gen, exones, intrones, mRNA, tRNA, rRNA, ribozirnas, cDNA, polinucleótidos recombinantes, polinucleótidos ramificados, plásmidos, vectores, DNA aislado den cualquier secuencia, RNA aislado de cualquier secuencia, sondas de ácido nucleico y cebadores. Un polinucleótido puede comprender nucleótidos modificados, tal como nucleótidos metilados y análogos de nucleótidos, uracilo, otros azúcares y grupos de enlace tales como ribosa o tiolato, y ramificaciones de nucleótido. La secuencia de nucleótidos se puede modificar adicionalmente después de la polimerización, tal como mediante conjugación, con un componente marcador. Otros tipos de modificación incluidas en esta definición son tapas, sustitución uno o más de los nucleótidos que ocurren naturalmente con un análogo, e introducción de medios para unir el polinucleótido a las proteínas, iones de metal, componentes marcadores, otros polinucleótidos o soporte sólido. Un polinucleót ido o polipéptido "aislado" es uno que es sustancialmente puro de los materiales con los cuales se asocia en su medio ambiente nativo. Por sustancialmente libre, se propone por lo menos 50%, por lo menos 55%, por lo menos 60%, por lo menos 65%, a venta osamente por lo menos 70%, por lo menos 75%, más venta osamente por lo menos 80%, por lo menos 85%, aun más venta osamente por lo menos 90%, por lo menos 91%, por lo menos 92%, por lo menos 93%, por lo menos 94%, por lo menos 95%, por lo menos 96%, por lo menos 97%, mucho más ventajosamente por lo menos 98%, por lo menos 99%, por lo menos 99.5%, por lo menos 99.9% libre de estos materiales . Una molécula de ácido nucleico "aislada" es una molécula de ácido nucleico separada y discreta del organismo entero con el cual la molécula se encuentra en la naturaleza; o una molécula de ácido nucleico libre de, en conjunto o parte, secuencias normalmente asociados con ella en naturaleza; o una secuencia, como existe en la naturaleza, pero que tiene secuencias heterólogas (como se definen enseguida) en asociación con las mismas. El término "polinucleót ido que codifica una ¦proteína" como se utiliza en la presente se refiere a un fragmento de DNA o molécula de DNA aislado que codifica una proteína, o complementaria a la misma; pero, el RNA no se excluye, ya que se entiende en la técnica que la timidina (T) en una secuencia de DNA se considera igual a uracilo (U) en una secuencia de RNA. Así, la secuencia de RNA para el uso en la invención, por ejemplo, para el uso en vectores de RNA se pueden derivar de las secuencias de DNA, mediante la timidina (T) en la secuencia de DNA que se considera igual al uracilo (U) en las secuencias de RNA. Una "secuencia de codificación" de DNA o una "secuencia de nucleótidos que codifica" una proteína particular, es una secuencia de DNA que se transcribe y se traduce en un polipéptido in vitro o in vivo cuando se coloca bajo el control de elementos reguladores apropiados. Los límites de la secuencia de codificación se determinan por un codón de arranque en la terminal 5' (amino) y un codón de detención en la terminal 3' (carboxi) . Una secuencia de codificación puede incluir, pero no se limita a, secuencias procarióticas , cDNA de mRNA eucariótico, secuencias de DNA genómico de DNA eucariótico (por ejemplo, mamíferos) y aun secuencias de DNA sintético. Una secuencia de terminación de transcripción será usuaimente localizado 3' a la secuencia de codificación . "Homología" se refiere a la identidad por ciento entre dos polinucleótidos o dos porciones de polipéptidos . Dos de DNA, o dos secuencias de polipéptidos son "sustancialmente homologas entre si cuando las secuencias exhiben por lo menos aproximadamente 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, preferiblemente por lo menos aproximadamente 90%, 91%, 92%, 93%, 94% y mucho más preferiblemente por lo menos aproximadamente 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.9% de identidad de secuencia sobre una longitud definida de las moléculas. Como se utiliza en la presente, sustancialmente homólogo también se refiere a las secuencias que muestran identidad completa (100% de identidad de secuencia) al D1S1A especificado o secuencia de polipéptidos . La homología se puede determinar mediante la hibridación de polinucleótidos bajo condiciones que forman duplexos estables entre las regiones homologas seguido por la digestión con nucleasa (s) específica ( s ) de una hebra, y determinación de tamaño de los fragmentos requeridos. Las secuencias de DNA que son sustancialmente homologas se pueden identificar de un experimento de hibridación Southern bajo, por ejemplo, condiciones severas como se define por ese sistema particular. La definición de las condiciones de hibridación apropiadas está dentro de la habilidad de la técnica. , por ejemplo, Sambrook y colaboradores supra; DNA Cloning, supra; Ácido nucleico Hybridi zation , supra. Dos fragmentos de ácido nucleico se consideran que son "selectivamente hibridables" a un polinucleótido y son capaces de hibridarse específicamente a un ácido nucleico o un variante del mismo o cebar específicamente una reacción en cadena de la polímera sa: (i) bajo hibridación típica y condiciones de lavado, como se describe, por ejemplo, Sambrook y colaboradores supra e Hibridación de TAcido nucleico, supra, (ii) utilizar condiciones de lavado severas reducidas que permiten a lo sumo aproximadamente 25-30% de desajustes de pares base, por ejemplo: 2x SSC, 0.1% SDS, dos veces a temperatura ambiente, 30 minutos cada uno; luego 2x SSC, SDS al 0.1%, 37 °C una vez, 30 minutos; luego 2 x SSC dos veces a temperatura ambiente, 10 minutos cada uno, o (iii) seleccionar cebadores para el uso en las reacciones de cadena de la polimerasa típicas (PCR) bajo condiciones estándares (descritas por ejemplo, en Saiki, y colaboradores (198S) Science 239:487-491) . El término "capaz de hibridarse bajo condiciones severas" como se utiliza en la presente se refiere a un recocimiento de un primer ácido nucleico a un segundo ácido nucleico bajo condiciones severas como es definido enseguida. Las condiciones de hibridación severas permite típicamente la hibridación de las moléculas de ácido nucleico que tiene por lo menos 70% de identidad de secuencia de ácido nucleico con la molécula de ácido nucleico que se utiliza como una sonda en la reacción de hibridación. Por ejemplo, el primer ácid'o nucleico puede ser una muestra de prueba o sonda, y el segundo ácido nucleico puede ser la hebra de sentido o antisentido de un ácido nucleico o un fragmento del mismo. La hibridación del primer y segundo ácidos nucleicos se puede conducir bajo condiciones severas, por ejemplo, alta temperatura y/o contenido de sal bajo que tienden a desfavorecer la hibridación de las secuencias de nucleótidos y similares. Alternativamente, la hibridación del primer y segundo ácido nucleico se puede conducir bajo condiciones severas reducidas, por ejemplo baja temperatura y/o contenido de sal alto que tiende a favorecer la hibridación de las secuencias de nucleótido y similares. Condiciones de hibridación severas bajas se pueden seguir por las condiciones severas altas o condiciones severas medias intermedias para incrementar la selectividad del enlace el primero y segundo ácidos nucleicos. Las condiciones de hibridación pueden incluir adicionalmente reactivos tales como, pero no se limitan a, sulfóxido de dimetilo (DMSO) o formamida para desfavorecer todavía más la hibridación de las secuencias de nucleótidos y similares. Un protocolo de hibridación adecuado puede, por ejemplo, involucra la hibridación en 6 x SSC (en donde 1 x SSC comprende citrato de sodio 0.015 M y cloruro de sodio 0.15 M) , a 65° Celsius en una solución acuosa, seguido por el lavado con 1 x SSC a 65 °C. Las fórmulas para calcular la hibridación apropiada y las condiciones de lavado para lograr la hibridación que permiten 30% o menos se desajusta entre dos moléculas de ácido nucleico son divulgadas, por ejemplo, en IMeinkoth y colaboradores (1984) Anal. Biochem. 138: 267-284; el contenido de la cal se incorpora en la presente por referencia en su totalidad. Los protocolos para las técnicas de hibridación son bien conocidos por aquellos de habilidad en la técnica y los manuales de biología molecular estándares se pueden consultar para seleccionar un protocolo de hibridación adecuado sin la experimentación indebida. , por ejemplo, Sambrook y colaboradores (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3a ed . Cold Spring Harbor Press, los contenidos de los cuales se incorporan en la presente por referencia en su totalidad. Típicamente, las condiciones severas serán aquellas en la cuales la concentración de sal sea menor que aproximadamente ion de sodio 1.5 M, típicamente de manera aproximada concentración de Na de 0.01 a 1.0 M (u otras sales) de aproximadamente pH 7.0 a aproximadamente pl-l- 8.3 y la temperatura es por lo menos aproximadamente 30° Celsius para sondas cortas (por ejemplo, 10 a 50 nucleótidos) y por lo menos aproximadamente 60 °C para sondas largas (por ejemplo, mayor que 50 nucleótidos) . Las condiciones severas también se pueden lograr con la adición de agentes desestabilizantes tal como forraamida . Condiciones severas bajas ejemplares incluyen hibridación con una solución reguladora de 30 a 35% de formamida, NaCl 1 M, SDS al 1% (dodecil sulfato de sodio) a 37° Celsius, y un lavado en 1-2 x SSC a 50 a 55° Celsius. Condiciones severas moderadas ejemplares incluyen hibridación en formamida de 40 a 45%, NaCl 1 M, SDS la 1% a 37° Celsius, y un lavado en 0.5-1 x SSC a 55 a 60° Celsius. Condiciones severas alas ejemplares incluyen hibridación en formamida 50%, NaCl 1 M, SDS al 1% a 37° Celsius, y un lavado en 0.1 x SSC a 60 a 65° Celsius. Métodos y materiales de la invención se pueden utilizar más generalmente para evaluar una muestra de DNA de un animal, genéticamente tipo de un animal individual, y diferencias genéticas detectadas en animales. En particular, una muestra de DNA genómico de un animal se puede valuar por referencia a uno o más controles para determinar si un SNP, grupo de SNPs, en un gen está presente. Cualquier método para determinar el genotipo se puede utilizar para determinar el genotipo en la presente invención. Tales métodos incluyen, pero no se limitan a, secuenciación de amplimero, secuenciación de DNA, espectroscopia de fluorescencia, análisis de hibridación basado en transferencia de energía de resonancia de fluorescencia (o " F'RET" ) , clasificación de alto rendimiento, espectroscopia de masas, análisis de microsa télite , hibridación de ácido nucleico, reacción en cadena de la poliraerasa (PCR) , análisis RIJ'LP y cromatografía de tamaño (por ejemplo, cromatografía capilar o de gel) , todo de los cuales son bien conocidos por uno de habilidad en la técnica. En particular, métodos para determinar polimorfismos de nucleótidos, particularmente polimorfismo de nucleótido individual, se describen en las patentes norteamericanas Nos. 6,514,700; 6,503,710; 6,468,742; 6,448,407; 6,410,231; 6,383,756; 6,358,679; 6,322,980; 6,316,230; y '6,287,766 y revisadas por Chen y Sullivan, Pharmacogenomics J 2003; 3 (2 ) : 77-96, las descripciones de las cuales se incorporan por referencia en sus totalidades. Datos genotipicos útiles en los métodos de la invención y métodos para la identificación y selección de atributos animales se pasan sobre la presencia de SNPs. Un "fragmento de restricción" se refiere a un fragmento de un polinucleótido generado por una endonucleasa de restricción (una enzima que segmenta los enlaces de fosfodiéster dentro de una cadena de polinucleótidos ) que segmenta el DNA en respuesta a una sitio de reconocimiento sobre el DNA. El sitio de reconocimiento (sito de restricción) consistes de una secuencia especifica de nucleótidos típicamente de manera aproximada 4-8 nucleótidos de largo. Un "polimorfismo de nucleótido individual" o "SNP" se refiere a una variación en la secuencia de nucleótidos de un polinucleótido que difiere de otro polinucleótido mediante una diferencia de nucleótido individual. Por ejemplo, sin limitación, el intercambio de un A por un C, G o T en la secuencia entera del polinucleótido constituye' un SNP. Es posible tener más de un SNI? en un polinucleótido particular. Por ejemplo, en una posición en un polinucleótido, un C se puede intercambiar por un T, en otra composición un G se puede intercambiar por un A y asi sucesivamente. Cuando se refiere a SNPs, el polinucleótido es mucho más frecuente DNA. Como se utiliza en la presente, una "plantilla" se refiere a una hebra de polinucleótido objetivo, por ejemplo, sin limitación, una hebra de DNA que ocurre naturalmente no modificada, que una polimerasa utiliza como un' medio para reconocer cual nucleótido debe incorporarse enseguida en una hebra de crecimiento para polimerizar el complemento de la hebra que ocurre naturalmente. Tal hebra de DNA puede ser de una hebra o puede ser parte de una plantilla de DNA de dos hebras. En aplicaciones de la presente invención que requieren ciclos repetidos de polimerización, por- ejemplo, la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), la hebra de plantilla por si misma puede llegar a ser modificada por la incorporación de nucleótidos modificados, toda ia aún sirve como una plantilla para una polimerasa para^ sintetizar polinucleótidos adicionales . Una "reacción termociclica" es una reacción de multietapa en donde por lo menos dos etapas se logran al cambiar la temperatura de la reacción.
Una "variación" es una diferencia en la secuencia de nucleótidos entre polinucleótidos relacionados. La diferencia puede ser la supresión de uno o más nucleótidos de la secuencia de un polinucleótido comparado a la secuencia de un polinucleótido relacionado, la adición de uno o más nucleótidos ' a la sustitución un nucleótido por otro. Los términos "mutación", "polimorfismo" y "variación" se utilizan intercambiablemente en la presente. Como se utiliza en la presente, el término "variación" en el singular va a ser considerado para incluir múltiples variaciones; es decir, dos o más adiciones de nucleótidos, supresiones y/o sustituciones en el mismo polinucleótido. Una "mutación puntual" se refiere a una sola sustitución un nucleótido por otro. Como se utiliza en la presente, los términos "atributos", "atributos de calidad" o "características físicas" o "fenotipos" se refieren a propiedades ventajosas del animal que resultan de la genética. .Los atributos de calidad incluyen, pero no se limitan a, la habilidad genética del animal para metabolizar eficientemente energía, producir carne o leche, aumentar la grasa intramuscular. Características físicas incluyen, pero no se . limitan a, carnes marmoleadas, blandas o magras. Los términos se pueden utilizar intercambiablemente. Un "sistema de computadora" se refiere al medio de hardware, medio de software y medio de almacenamiento de datos utilizados para compilar los datos de la presente invención. El medio de hardware mínimo de sistemas basados en computadora de la invención puede comprender una unidad de procesamiento central (CPU), medios de entrada, medios de salida, y medios de almacenamiento de datos. Deseablemente, se proporciona un monitor para visualizar los datos de estructura. El medio de almacenamiento de datos puede ser RAM u otro medio para accesar los medios leíbles por computadora de la invención. Ejemplos de tales sistemas son estaciones de trabajo de microcomputadoras disponibles de Silicon Graphics Incorporated and Sun Microsystems que corren los sistemas de operación Unix basadas en Linux, Windows NT, XP o IBM OS/2. "Medios leíbles por computadora" se refiere a cualquiera de los medios que se pueden leer y accesar directamente mediante una computadora, e incluyen, pero no se limitan a: medio de almacenamiento magnético tales como discos flexibles, medio de almacenamiento duro y cinta magnética dura, medios de almacenamiento ópticos tales como discos ópticos o CD-ROM; medios de almacenamiento eléctricos tales como RAM y ROM; e híbridos de estas categorías, tales como medios magnéticos/ópticos. Al proporcionar tales medios leíbles por computadora, los datos compilados en un animal particular se pueden accesar rutinariamente por un usuario, por ejemplo, un operador de un corral. El término "módulo de análisis de datos" se define en la presente para incluir cualquier persona o máquina, individualmente o que trabaje conjuntamente, que analice la muestra y determine la información genética contenida en la misma. El término puede incluir una persona o máquina dentro de una instalación de laboratorio. Como se utiliza en la presente, el término "módulo de recolección de datos" se refiere a cualquier persona, objeto o sistema que obtiene una muestra de tejido de un animal o embrión. Por ejemplo y sin limitación, el término puede definir individualmente o colectivamente, a la persona o máquina en contacto físico con el animal conforme la muestra se toma, los contenedores que mantienen las muestras de tejido, el empaquetamiento utilizado para transportar las muestras y los similares. Ventajosamente, el recolector de datos es una persona. Más ventajosamente, el recolector de datos es un granjero de ganado, un reproductor o un veterina rio . El término "interfaz de red" se define en la presente para incluir cualquier persona o sistema de computadora capaz de accesar datos, depositar datos, combinar datos, analizar datos, buscar datos o almacenar datos. El término se define ampliamente para ser una persona que analiza los datos, los sistemas de hardware y software electrónicos utilizados en el análisis, las bases de datos que almacenan los análisis de datos, en cualquier medio de almacenamiento capaz de almacenar los datos. Ejemplos no limitativos de interfaces de red incluyen gente, equipo de laboratorio automatizado, computadoras y redes de computadoras, dispositivos de almacenamiento de datos, tales como, pero no se limitan a, discos, discos duros o microcircuitos de memoria. El término "historia de reproducción" cono se utiliza en la presente, se refiere a un registro de la vida de un animal o grupos de animales que incluyen, pero no se limitan a, la ' ubicación, progenie, periodo de 'alojamiento, asi- como una historia genética de los animales que incluyen descendencia y descendente de los mismos, genotipo, fenotipo historia transgénica si es relevante y los similares. E',1 término "condiciones de crianza" como se utiliza en la presente se refiere a parámetros que se relacionan al mantenimiento de animales que incluyen, pero no se limitan a, temperatura de cobertizo o alojamiento, mortalidad semanal de una manada, consumo de agua, consumo de alimento, proporción en calidad de ventilación, condición de deséchos y los similares. E',1 término "historia veterinaria" como se utiliza en la presente se refiere a datos de vacunación 'de un animal o grupo de animales, que incluyen, pero no se limitan a, tipo(s) de vacuna (s), número (s) de serie de lote de vacuna, dosis administrada, antigeno objetivo, ' método de administración de la vacuna al (os) animal (es) recipiente, número de animales vacunados, edad de los animales y el vacunador. Datos que se relacionan a una respuesta serológica o inmunológica inducida por la vacuna también se pueden incluir. "Historia veterinaria" como se utiliza en la presente también se propone para incluir las historias de medicación del (os) animal (es) objetivo que incluye, pero no se limita a fármaco y/o antibióticos administrados a los animales que incluyen tipo de medicación administrada, cantidad y velocidades de dosis, por quine y cuando se administra, mediante que ruta, por ejemplo, oral, subcutáneamente y los similares, la respuesta a la mediación que incluyen efectos deseados e indeseables de la misma. El término "datos de diagnóstico" como se utiliza en la presente se refiere a datos que se relacionan a la salud del (os) animal(es) diferentes a los datos que detallan la historia de vacunación o mediación del (os) animal (es). Por ejemplo, los datos de diagnósticos pueden ser un registro de las infecciones experimentadas por el (los) animal (es) y la respuesta del mismo a medicaciones proporcionados para tratar tales medicaciones. Datos serológicos que incluyen composición de anticuerpos o proteínas del suero u otros biofluidos también pueden ser datos de diagnóstico útiles para ingresar a los métodos de la invención. Datos quirúrgicos que se relacionan al (os) animal (es) se pueden incluir, tal como el tipo de manipulación quirúrgica, resultado de la cirugía y complicaciones que surgen del procedimiento quirúrgico. "Datos de diagnóstico" también pueden incluir mediciones de tales parámetros como peso, morbidez, y otras características notadas por un servicio del veterinario tal como la condición de la piel, patas etc. El término "datos de bienestar" como se utiliza en la presente, se refiere a la acumulación colectiva de datos que pertenecen a un animal o grupo de animales que incluyen, pero no se limitan a, una historia de reproducción, una historia veterinaria, un perfil de bienestar, datos de diagnóstico, datos de control de calidad o cualquier combinación de los mismos. El término "perfil de bienestar" como se utiliza en la presente se refiere a parámetros tales como peso, densidad de la carne, niveles de apiñamiento en la reproducción o encierros de crianza, comportamiento fisiológico del animal, proporción de crecimiento y calidad y los similares. El término "control de calidad" como se utiliza en la presente se refiere a las características deseadas del (os) animal (es) . Para animales de granja no aves tales como ganado vacuno y ovejas por ejemplo, tales parámetros incluyen cantidad y densidad muscular, contenido de grasa, blandura de la carne, producción y calidad de leche, habilidad de reproducción y los similares.
El término "parámetros de desempeño" como se utiliza en la presente se refiere a tales factores como producción de carne, rendimiento de producción, forma láctea, calidad de la carne y producción, vida productiva y los similares que pueden ser los objetivos deseados de la reproducción y crianza del (os) animal (es) . Parámetros de desempeño se pueden generar ya sea de los animales por si mismos, o aquellos parámetros deseados por un consumidor o el mercado. El término "datos nutricíona les" como se utiliza en la presente se refiere a la composición, cantidad y frecuencia de suministro de alimento, que incluye agua, proporcionado al (os) animal (es). El término "seguridad del alimento" como se utiliza en la presente se refiere a la calidad y cantidad de la carne de un animal de ganado, que incluyen, pero no se limita a, tiempo de preparación, lugar y manera, almacenamiento del producto alimenticio, ruta de transportación, registros de inspección, textura, color, sabor, olor, contenido bacteriano, contenido parasítico y los similares. Será evidente para aquellos de habilidad en la técnica que los datos que se relacionan a la salud y mantenimiento de los animales se pueden agrupar variadamente dependiendo de la fuente o intención del recolector de datos y cualquiera de un agrupamiento en la presente no se propone por lo tanto para ser limitativo. A menos que de otra manera se defina, todos los términos técnicos y científicos utilizados en la presente tienen el mismo significado como es entendido comúnmente por uno de habilidad ordinaria en la técnica de la biología molecular. Aunque métodos y materiales similares o equivalentes a aquellos descritos en la presente se pueden utilizar en la práctica o prueba de la presente invención, métodos adecuados y materiales se describen en la presente invención, métodos adecuados y materiales se describen en la presente . En una modalidad en donde el gen de interés es el receptor de hormona de crecimiento bovino (GHR) , la secuencia de nucleótidos de GHR bovino se puede seleccionar de, pero no se limita a, la secuencia que corresponde al Número de Acceso de GenBank AY643807 o un fragmento del mismo o una región del genoma bovino que comprende estas secuencia. La presente invención, por lo tanto, proporciona ácidos nucleicos aislados que se pueden hibridar específicamente a la secuencia de nucleótidos que corresponde al No. de Acceso de GenBank AY643807, .o el complemento del mismo, y que comprende el sitio polimorfico que corresponde a la posición de nucleótidos 300 en el intrón A del gen GHR bovino, en particular una mutación de adenina (A) a guanina (G) específica en esta posición.
El SNP ventajoso en la presente invención se asocia con ciertos atributos heredables económicamente valiosos que se relacionan a la calidad de la carne en los bovinos. Por lo tanto, es un objetivo de la presente invención determinar el genotipo de un animal dado de interés como es definido por el SNP de sitio GHR de acuerdo a la presente invención. También se contempla que el genotipo del (os) animal (es) se puede definir mediante SNPs adicionales dentro del gen GHR o dentro de otros genes identificados con atributos deseables, u otras características, en particular por un panel o paneles de SNPs. Existen muchos métodos conocidos en la técnica para determinar la secuencia de DNA en una muestra, y para identificar si una muestra de DNA dada contiene un SNP particular. Cualquier tal técnica conocida en el arte se puede utilizar en el desempeño de los métodos de la presente invención. Los métodos de la presente invención permiten a los animales con ciertos tributos heredables económicamente valiosos que se relacionan al crecimiento, ingesta de alimento, eficiencia y valia del canal, al ser identificados basados sobre la presencia de SNPs en sus genomas y particularmente con un SNP localizado en el intrón 4 del gen GHR. Los métodos además permiten, mediante métodos asistidos por computadora de la invención, correlacionar los atributos asociados a SNP con otros datos pertinentes al bienestar y capacidad productora de los animales o grupo de animales. En una modalidad en donde el gen de intereses grelina, la secuencia de nucleótidos de grelina bovino se pueden seleccionar de, pero no se limitan a, la secuencia que corresponde a la secuencia de nucleótidos de grelina bovino descrita en los ejemplos o en un fragmento del mismo o una región del genoma bovino que comprende esta secuencia . La presente invención, por lo tanto, proporciona ácidos nucleicos aislados que se pueden hibridar específicamente a la secuencia de nucleótidos que corresponde a la secuencia de nucleótidos de grelina bovino descrito en los ejemplos, o el complemento de la misma, y que comprende el sitio polimórfico que corresponde a la posición de nucleótidos en el intrón 3 del gen de grelina bovino, en particular una mutación de adenina (A) a guanina (G) especifica en esa posición (ver enseguida para datos de secuencia ) . El SNP ventajoso en la presente invención se asocia con ciertos atributos heredables económicamente valiosos que se relacionan a la calidad de la carne en los bovinos. Por lo tanto, es un objetivo de la presente invención determinar el genotipo de un animal dado de interés como es definido por el SNP del sitio de grelina de acuerdo a la presente invención. También se contempla que el genotipo del (os) animal (es) se puede definir mediante SNPs adicionales dentro del gen de grelina o dentro de otros genes identificados con los atributos deseables u otras características, y en particular por un panel o paneles de SNPS. Existen muchos métodos en la técnica para determinar la secuencia de DNA en la muestra, y para identificar si una muestra de DNA dada contiene un SNP particular. Cualquier tal técnica conocida en el arte se puede utilizar en la realización de los métodos de la presente invención. Los métodos de la presente invención permiten animales con ciertos atributos heredables económicamente valiosos que se relacionan al crecimiento, ingesta de alimento, eficiencia y valía del canal, al ser identificados basados sobre la presencia de SNPs en sus genomas y particularmente con un SNP localizado dentro del intrón 3 del gen de grelina. Los métodos además permiten, mediante métodos asistidos por computadora de la invención, correlacionar los atributos asociados a SNP con otros datos pertinentes al bienestar y capacidad productora de los animales o grupo de animales . En una modalidad en donde el gen de interés de leptina, la secuencia de nucleótidos de leptina se puede seleccionar de, pero no se limita a, la secuencia que corresponde al número de Acceso de GenBank. No. AB070368 (ver, por ejemplo, Taniguchi y colaboradores, IUBMB Life. 2002 Feb; 53 ( 2 ) : 131-5 ) o un fragmento del mismo o una región del genoma bovino que comprende esta secuencia, o la secuencia que corresponde al número de Acceso de GenBank. No. BTA512639 (ver, por ejemplo, Liefers y colaboradores, Mamm. Genome 14 (9), 657-663 (2003)) o un fragmento del mismo o una región del genoma bovino que comprende esta secuencia. La presente invención, por lo tanto, proporciona ácidos nucleicos aislados que se pueden hibridar específicamente a la secuencia de nucleótidos que corresponde al número de Acceso de GenBank No. AB070368, o el complemento del mismo, y que comprende el sitio polimórfico que corresponde a la posición de nucleótidos 528 del gen de leptina bovino, en una mutación de citosina (C) a timina (T) espe.cifica en esa posición. La presente invención también proporciona ácidos nucleicos aislados que se pueden hibridar específicamente a la secuencia de nucleótidos que corresponde al número de Acceso de GenBank No. BTA512639, o el complemento del mismo, y que comprende el sitio polimórfico que corresponde a lo posición de nucleótidos 321 del gen de leptina del bovino, en particular una mutación de citosina (C) a timina (T) especifica en esa posición. El SNP ventajoso en la presente invención se asocia con ciertos atributos heredables económicamente valiosos que se relacionan a la calidad de la carne en los bovinos. Por lo tanto, es un objetivo de la presente invención determinar el genotipo de un animal dado de interés como el definido del SNP del sitio de leptina de acuerdo a la presente invención. También se contempla que el genotipo del (os) animal (es) se puede definir mediante SNPs adicionales dentro del gen de leptina o dentro d otros genes identificados con atributos deseables u otras características, y en particular por un panel o paneles de SNPs. Existen muchos métodos conocidos en la técnica para determinar la secuencia de DNA en una muestra, y para identificar si una muestra de DNA dada contiene un SNP particular. Cualquier tal técnica conocida en el arte se puede utilizar en la realización de los métodos de la presente invención. Los métodos de la presente invención permiten animales con ciertos atributos heredables económicamente valiosos que se relacionan al crecimiento, ingesta de alimento, eficiencia y valía del canal, al ser identificados basados sobre la presencia de SNPs en sus genomas y particularmente con un SNP localizado dentro del gen le leptina. Los métodos además permiten, mediante métodos asistidos por computadora de la invención, correlacionar los atributos asociados a SNP con otros datos pertinentes al bienestar y capacidad productora de los animales o grupo de animales . ?',? una modalidad en donde el gen de interés neuropéptido Y (NPY), la secuencia de nucleó idos de NPY bovino se puede seleccionar de, pero no se limita a, la secuencia que corresponde al número de Acceso de GenBank No. AY491054 (ver, por ejemplo, Thue & Buchanan, Anim Genet. 2004 Jun; 35(3) : 245-6) o un fragmento del mismo o una región del genoma bovino que comprende esta secuencia . La presente invención, por lo tanto, proporciona ácidos nucleicos aislados que se ' pueden hibridar específicamente a la secuencia de nucleótidos que corresponde al número de Acceso de GenBank No. AY 91054, o al complemento del mismo y en el que comprende el sitio polimórfico que corresponde a la posición de nucleótidos 666 en el intrón 2 del gen NPY bovino, en . particular una mutación de adenina (A) a guanina (G) especifica en esta posición. El SNP ventajoso en la presente invención se asocia con ciertos atributos heredables económicamente valiosos que se relacionan a la calidad de la carne en los bovinos. Por lo tanto, es un objetivo de la presente invención determinar el genotipo de un animal dado de interés como es defino por el SNP de sitio de NPY de acuerdo a la presente invención. También se contempla que el genotipo del (os) animal (es) se puede definir mediante SNPs adicionales dentro del gen NPY o dentro de otros genes identificados con atributos deseables u otras características, en particular por un panel o paneles de SNPs. Existen muchos métodos conocidos en la técnica para determinar la secuencia de DNA en una muestra, y para identificar si una muestra de DNA dada contiene un SNP particular. Cualquier tal técnica conocida en el arte se puede utilizar en la realización de los métodos de la presente invención. Los métodos de la presente invención permiten animales con ciertos atributos heredables económicamente valiosos que se relacionan al crecimiento, ingesta de alimento, eficiencia y valia del canal, al ser identificados basados sobre la presencia de SNPs en sus genomas y particularmen e con un SNP localizado dentro del intrón 2 del NPY. Los métodos además permiten, mediante métodos asistidos por computadora de la invención, correlacionar los atributos asociados a SNP con otros datos pertinentes al .bienestar y capacidad productora de los animales o grupo de animales. En una modalidad en donde el gen de interés el gen proteína 2 de desacoplamiento bovino (UCP2), la secuencia de nucleótidos de UCP2 bovino se puede seleccionar de, pero no se limita a, la secuencia que corresponde a un número de Acceso de GenBank No. XM_614452 o un fragmento del mismo o una región del genoma bovino que comprende esta secuencia. La presente invención, por lo tanto, proporciona ácidos nucleicos aislados que se pueden hibridar específicamente a la secuencia de nucleótidos que corresponde al número de Acceso de GenBank No. XM__614 52, o 'el complemento del mismo, y en que comprende -el sitio polimórfico que corresponde a la posición de nucleótidos 812 del exón 4 en el gen UCP2 bovino, en particular una mutación de adenina (A) a guanina (G) especifica en esta posición (UCP2 SNP2) . La presente invención también proporciona ácidos nucleicos aislados que se pueden hibridar específicamente a la secuencia de nucleótidos (ver, secuencia d nucleótidos proporcionada enseguida para (UCP2 SNP1) que comprende una substitución de citosina (C) a guanina (G) en la posición 213 en el intrón 2 de la secuencia del gen UCP2 bovino proporcionada (favor de ver la secuencia de nucleótidos enseguida) . El SNP ventajoso en la presente invención se asocia con ciertos atributos heredables económicamente valiosos que se relacionan a la calidad de la carne en los bovinos. Por lo tanto, es un objetivo de la presente invención determinar el genotipo de un animal dado de interés como es definido del SNP del sitio UCP2 de acuerdo a la presente invención. También se contempla que el genotipo del (os) animal (es) se pueda definir mediante SNPs adicionales dentro del gen UCP2 o dentro de otros genes identificados con atributos deseables u otras características, y en particular por un pane], o paneles de SNPs.
Existen muchos métodos conocidos en la técnica para determinar la secuencia de DNA en una muestra, y para identificar si una muestra de DNA dada contiene un SNP particular. Cualquier tal técnica conocida en el arte se puede utilizar en la realización de los métodos de la presente invención. Los métodos de la presente invención permiten animales con ciertos atributos heredables económicamente valiosos que se relacionan al crecimiento, ingesta de alimento, eficiencia y valia del canal, a ser identificados basados sobre la presencia de SNPs en sus genomas particularmente por un SNP localizado dentro el exón 4 o intrón 2 del gen UCP2. Los métodos además permiten, mediante métodos asistidos por computadora de la invención, correlacionar los atributos asociados a SNP con , otros datos pertinentes al bienestar y capacidad productora de los animales o grupo de animales. Para determinar el genotipo de un animal dado de acuerdo a los métodos de la presente invención, es necesario obtener una muestra de DNA genómico de ese animal. Típicamente, esa muestra de DNA genómico será obtenida de una muestra de tejido o células tomadas de ese 'animal. Una muestra de tejido o celular se puede tomar de un animal en cualquier momento en el tiempo de vida de un animal pero antes de que la identidad del canal se pierda. La muestra de tejido puede comprender pelo, que incluye raices, piel, hueso, torundas bucales, sangre, saliva, leche, semen, embriones, músculo o cualquiera de los órganos internos. En los métodos de la presente invención, la fuente de la muestra de tejido, y asi también la fuente de la muestra de ácido nucleico de prueba, no es critica. Por ejemplo, el ácido nucleico de prueba se puede obtener de células dentro de un fluido corporal del animal, o de células que constituyen un tejido corporal del animal. El fluido corporal particular a partir del cual las células se obtienen también no es critico a la presente invención. Por ejemplo, el fluido corporal se puede seleccionar del grupo que consiste de sangre, ascitis, fluido pleural y fluido espinal. Además el tejido corporal particular a partir del cual la célula se obtiene también no es critico a la presente invención. Por ejemplo, el tejido corporal se puede seleccionar del grupo que consiste de piel, tejido endometrial, uterino y cervical. Ambos tejidos normales y de tumor se pueden utilizar. Típicamente, la muestra de tejido se marca con un número de identificación u otros indicios que relacionan las muestras al animal individual a partir del cual la muestra se tomó. La identidad de la muestra permanece ventajosamente constante por todos los métodos y sistemas de la invención para de esta manera garantizar la integridad y continuidad de la muestra durante la extracción y análisis.
Alternativamente, los indicios se pueden cambiar en una forma regular que, asegure que los datos, y en cualquiera de otros datos asociados, se pueden relacionar de regreso al animal a partir del cual los datos se obtuvieron. La cantidad/tamaño de la muestra requerida es conocida por aquellos de habilidad en la técnica por ejemplo, se puede determinar por las etapas subsecuentes utilizadas en el método y sistema de la invención y los métodos específicos del análisis utilizado. Idealmente, el tama ño/volumen de la muestra de tejido recuperada debe ser tan consistente como sea posible dentro del tipo de muestra y la especie del animal. Por ejemplo, para ganado vacuno, ejemplos no limitativos de tamaño/métodos de muestra, incluyen carne no grasosa: 0.0002 gm-10.0 gm; cuero: 0.0004 gm-10.0 gm; raíces de pelo: por lo menos y ventajosamente mayor, que cinco; torundas bucales: 15 a 20 segundos de frotación con presión moderada en el área entre el labio superior y la -encía utilizando, por ejemplo, un cepillo de citología; hueso: 0.0002 gm-10.0 gm; sangre: 30 µ? a 50 mi. Generalmente, la muestra de te ido se coloca en un contenedor que se marca utilizando un sistema de numeración que lleva un código que corresponde al animal, por ejemplo, a la etiqueta de la oreja del animal. Por consiguiente, el genotipo de un animal particular es fácilmente rastreable en todo los tiempos. El dispositivo y/o contenedor de muestreo se puede suministrar al granjero, un rastro o comerciante. El dispositivo de rnuestreo toma venta osamente una muestra consistente y reproducible de animales individuales mientras que evita simultáneamente cualquier contaminación cruzada del tejido. Por consiguiente, el tamaño y volumen de los tejidos de muestra derivados de animales individuales serian consistentes . El DNA se puede aislar del tejido/células mediante técnicas conocidas por aquellos expertos en el arte (ver, por ejemplo, patentes norteamericanas Nos. 6,548,256 y 5,989,431; Hirota y colaboradores (1989) J'inrui Idengaku Zasshi. 34: 217-2.3 y John y colaboradores (1991) Ácido nucleicos Res. 19:408, las descripciones de las cuales se incorporan por referencia en sus totalidades) . Por ejemplo, DNA de peso molecular alto se puede purificar de células o tejidos que utilizan la extracción de la proteinaza y la precipitación de etanol. El DNA sin embargo, se puede extraer de un espécimen animal utilizando cualquiera de otros métodos utilizados conocidos en la técnica. En una modalidad, la presencia o ausencia de SNP de cualquiera de los genes de la presente invención se puede determinar al secuenciar la región de la muestra de DNA genómico que abarca el sitio polimórfico . Muchos métodos para secuenciar el DNA genómicos son conocidos en la técnica, y cualquier tal método se puede utilizar, ver por ejemplo Sambrook y colaboradores (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd ed., Cold Spring Harbor Press. Por ejemplo, como se describe enseguida, un fragmento de DNA que abarca la ubicación del SNP de interés se puede amplificar utilizando la reacción en cadena de la polimerasa. La región amplificada de DNA luego se puede secuenciar utilizando cualquier método conocido en la técnica, por ejemplo utilizando un secuenciador de ácido nucleico automático. La detección de un SNP dado luego se puede realizar utilizando la hibridación de sondas o utilizando métodos de amplificación basados en PCR. Tales métodos se describen en más detalle enseguida. Los métodos de la presente invención pueden utilizar oligonucleót idos útiles como cebadores para amplificar las secuencias de ácido nucleico especificas del gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2, ventajosamente de la región que abarca un S P GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2. Tales fragmentos deben ser de longitud suficiente para permitir el recocido o hibridación especifica a lá muestra de ácido nucleico. Las secuencias serán típicamente de manera aproximada de 8 a aproximadamente A A nucleótidos en longitud. Secuencias más largas, por ejemplo, de aproximadamente 14 a aproximadamente 50, pueden ser ventajosas para ciertas modalidades. El diseño de cebadores es bien conocido por uno de habilidad ordinaria en la técnica.
Moléculas de ácido nucleico inventivas incluyen moléculas de ácido nucleico que tienen por lo menos 70% de identidad u homología o similaridad con un gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2 o sondas o cebadores derivados del mismo tal como por lo menos 75% de identidad u homología o similaridad, preferiblemente por lo menos 80% de identidad u homología o similaridad, más preferiblemente por lo menos 85% de identidad u homología o similaridad tal como por lo menos 90% de identidad u homología y similaridad, más preferiblemente por lo menos 95% de identidad u homología y similaridad tal que como por lo menos 97% de identidad u homología y similaridad. La similaridad y homología o identidad de secuencia de nucleótidos se puede determinar utilizando el programa "Align" de Myers y Miller, ("Optimal Alignments in Linear Space", CABIOS 4, 11-17, 1988) y disponible en el NCBI . Alternativamente o adicionalmente los términos "similaridad" o "identidad" u "homología", por ejemplo, con respecto a una secuencia de nucleótidos, se propone para indicar una medida cuantitativa de homología entre dos secuencias. La similaridad de secuencia por ciento se puede calcular como (Nref - Ndif) *100/Nref, en donde Ndif, es el número total de residuos no idénticos en las dos secuencias cuando se alinean y en donde Nref es el número de residuos en una de las secuencias. Por consiguiente, la secuencia de DNA AGTCAGTC tendrá una similaridad de secuencia de 75% con la secuencia AATCAATC . ( Nref, =8 ; Ndif=2 ) . Alternativamente o adicionalmente, "similaridad" con respecto a las secuencias se refiere al número de posiciones con nucleótidos idénticos divididos por el número de nucleótidos en lo más corto de las dos secuencias en donde la alineación de las dos secuencias se puede determinar de acuerdo con el algoritmo de ilbur y Lipman (Wilbur y Lipman, 1983 PNAS U SA 80:726) , por ejemplo, utilizando un tamaño de ventana de 20 nucleótidos, una longitud de palabra de nucleótidos, y una penalidad de espacio de 4, y análisis asistido por computadora e interpretación de los datos de secuencia que incluyen la alineación se pueden realizar convenientemente utilizando programas comercialmente disponibles (por ejemplo, Intelixgenetics Surte, Intelligenetics Inc. CA) '. Cuando las secuencias de RNA se dicen que son similares, o tienen un grado de identidad de secuencia con secuencias de DNA , la timidina (T) en la secuencia del DNA se considera igual al uracilo (U) en la secuencia de RNA. Una sonda o cebador puede ser cualquier estiramiento de por lo menos 8, preferiblemente por lo menos 10, más preferiblemente por lo menos 12, 13, 14 o 15, tal como por lo menos 20, por ejemplo, por lo menos 23 o 25, por ejemplo por lo menos 27 o 30 nucleótidos en un gen GHR , grelina, leptina, NPY o UCP2 que son únicos a un gen GHR , grelina, leptina, NPY o UCP2. Como para PCR o cebadores de hibridación o sondas y longitudes óptimas del mismo, la referencia también se hace a ajimura y colaboradores, GATA 7(4): 71-79 (1990) . Las secuencias de RNA dentro del alcance de la invención se derivan de las secuencias de DNA, mediante la timidina (T) en la secuencia de DNA que considera igual al uracilo (U) en las secuencias de RNA. Los oligonucleótidos se pueden producir mediante un proceso de producción convencional para oligonucleótidos convencionales. Se pueden producir, por ejemplo, mediante un proceso de síntesis química o mediante un proceso microbiano que hace uso de un vector de plásmido, un vector fago o los similares. Además, es adecuado utilizar un sinte izador de ácido nucleico. Para . marcar un oligonucleótido con el tinte fluorescente, se puede utilizar uno de los métodos de marcación convencionalmente conocidos (Tyagi & ramer (1996) Nature Biotechnology 14: 303-308; Schofield y colaboradores (1997) Appl. and Environ. Microbiol. 63: 1143-1147; Proudnikov & Mirzabeko (1996) Nucí. Acids Res. 24: 4532-4535) . Alternativamente, el oligonucleótido se puede marcar con una radio marca por ejemplo, 31-1, 125I, 35S, 14C, 32P, etc. Métodos de marcación bien conocidos se describen, por ejemplo, en Sambrook y colaboradores (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd ed . , Cold Spring Harbor Prez. La marca se acopla directamente o indirectamente a un componente del oligonucleótido de acuerdo a los métodos bien conocidos en la técnica. La croma ografía de fase inversa con la similar para proporcionar una sonda de ácido nucleico para el uso en la presente invención puede purificar el oligonucleótido sintetizado marcado con un marcador. Una forma de sonda ventajosa es una marcada con un tinte fluorescente en el extremo 3'- o 5'- y que contienen G o C como la base del extremo marcado. Si el extremo .5'- se marca y el extremo 3~- no se marca, y el grupo OH sobre el átomo' C en la posición 3'- de la ribosa de extremo 3'- o desoxirribosa se pueden modificar' con un grupo fosfato o el similar aunque ninguna limitación se impone en esté aspecto. Durante la hibridación del objetivo de ácido nucleico con las ondas, condiciones severas se pueden utilizar, ventajosamente junto con otras condiciones de afectación severas, para ayudar en la hibridación. La detección mediante la interrupción diferencial es particularmente ventajosa para reducir o ilimitar la hibridación de deslizamiento entre las ondas y el objetivo, y para promover más hibridación efectiva. En todavía otro aspecto, las condiciones se pueden variar durante la determinación de estabilidad de complejo de hibridación a fin de determinar más con precisión o rápidamente si un SNP esta presente en la secuencia objetivo.
Un método para determinar el genotipo en el sitio de gen polimórfico abarca obtener una muestra de ácido nucleico que híbrida la muestra de ácido nucleico con una sonda e interrumpir la hibridación para determinar el nivel de energía de interrupción requerida en donde la sonda tiene una energía de interrupción diferente para un alelo como es comparado a otro alelo. En un ejemplo, puede haber una energía de interrupción inferior, por ejemplo, temperatura 'de fusión, para un alelo que aloja un residuo de citosina en un sitio polimórfico, y una energía requerida más alta para un alelo con un residuo diferente en ese sitio polimórfico . Esto se puede lograr donde la sonda tiene 100% de homología con un alelo (una sonda perfectamente igualada) pero tiene, un solo desajuste con el alelo alternativo. Puesto que la sonda perfectamente igualada se une más apretadamente al DNA objetivo que la sonda desigualada, requiere más energía para causar que la sonda hibridada se desasocie. En una etapa adiciona], del método anterior, una segunda sonda ("ancla") se puede utilizar. Generalmente, la sonda de ancla no se especifica a ya sea el alelo, pero se híbrida sin considerar que el nucleótido esta presente en el sitio polimórfico. La sonda de ancla no afecta la energía de interrupción requerida para desasociar el complejo de hibridación sino, en cambio, contiene una marca complementaria para utilizar con la primera sonda "detectora" . La estabilidad de hibridación se puede influenciar mediante numerosos factores, que incluyen termorregulación, regulación química, así como control severo electrónico, ya sea solo o en combinación con otros factores listados. A través del uso de las condiciones severas, en cualquiera o ambos de la etapa de hibridación objetivo o la etapa se a de oligonucleotido detector, la completación rápida del proceso se puede lograr. Esto es deseable para lograr la hibridación apropiadamente indexada del DNA objetivo para lograr el número máximo de moléculas en un sitio de prueba con un complejo de hibridación preciso. A manera de ejemplo, con el uso de severidad, la etapa de hibridación inicial se puede completar en 10 minutos o menos más ventajosamente cinco minutos o menos, y mucho más ven ajosamen e dos minutos o menos. En general, el proceso analítico se puede completar en menos de media hora . En un modo, el complejo de hibridación se marca y la etapa para determinar la cantidad de hibridación incluye detectar las cantidades de complejo de hibridación marcado en los sitios de prueba. El dispositivo y método de detección pueden incluir, pero no se limitan a, formación de imágenes óptica, formación de imágenes electrónica, formación de imágenes con una cámara CCD, formación de imágenes ópticas integradas, y espectrometría de masas. Además, la cantidad de sonda marcada o no marcada enlazada al objetivo se puede cuantificar . La cuantificación puede incluir análisis estadístico. La porción marcada del complejo puede ser el objetivo, el estabilizador, la sonda o el complejo de hibridación in Loto. La marcación puede ser mediante marcación fluorescente seleccionada del grupo de, pero no se limita a, Cy3, Cy5, Bodipy Texas Red, Bodipy Far Red, Lucifer Yellow, Bodipy 630/650-X, Bodipy R6G-X y 5-CR 6G . La marcación colo imét ica , marcación bioluminiscente y/o marcación quimioluminiscente pueden lograr adicionalmente la marcación. La marcación además puede incluir transferencia de energía entre moléculas en el complejo e hibridación mediante el análisis de perturbación, enfriamiento rápido, transporte de electrones entre las moléculas donadoras y aceptoras, la última de la cual se puede facilitar mediante complejos de hibridación de igualación de dos hebras. Opciona Imen e , si el complejo de hibridación está sin marcar, la detección se puede lograr mediante la medición de diferencial de conductancia entre el DNA de dos hebras y no de dos hebras. Además, la detección directa se puede lograr mediante la interferometría óptica basada en silicio poroso o mediante la espectrometría de masas. En utilizar la espectrometría de masas nada de fluorescente u otra marca es necesario. Más bien la detección se tiene mediante niveles ex remadamente altos de resolución de masas lograda por la medición directa, por ejemplo, mediante el tiempo de vuelo (TOF) o mediante la ionización o roció de electrones (ESI) . Donde la espectrometría de masas se contempla, las sondas que tienen una secuencia de ácido nucleico de 50 bases o menos son ventajosas. La marca se puede amplificar, y puede incluir, por ejemplo, DNA ramificado o dendítrico. Si el DNA objetivo se purifica, puede ser no amplificado o amplificado. Además, si el objetivo purificado se amplifica y la amplificación es un método exponencial, puede ser, por ejemplo, DNA i amplificado con PCR o DNA amplificado con amplif cación de desplazamiento de hebras (SDA) . Métodos lineales de amplificación de DNA tal como círculo de enrollamiento o corrida transcripcional también se pueden utilizar. Donde se desea amplificar un fragmento de DNA que comprenda un SNP de acuerdo a la presente invención, los cebadores delanteros y traseros pueden tener estiramientos contiguos de aproximadamente 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 o cualquier otra longitud hasta y que incluye aproximadamente 50 nucleótidos en longitud. Las secuencias en las cuales los cebadores delantero y trasero se recocen se localizan ventajosamente sobre cualquier lado de la posición de nucleótidos particular que se sustituye en el S N P a ser amplificado.
Una marca detectable se puede incorporar en un ácido nucleico durante por lo menos una reacción de amplificación. Medios espestroscópicos , fotoquímicos , bioquímicos, inmunoquímicos , eléctricos, ópticos o químicos pueden detectar tales marcas. Marcas útiles en, la presente invención incluyen tintes fluorescentes (por ejemplo, isotiocianato de fluoresceína , rojo Texas, rodarnina, y los similares), radiotnarcas (por ejemplo, 3H, 125I, 35S, 14C, 32P, etc.), enzimas (por ejemplo peroxidasa de rábano picante, fosfatasa alcalina etc.) marcas colorimétricas tales como cuentas de oro coloidal o vidrio o plástico coloreadas (por ejemplo poliestireno, polipropileno, látex, etc.) . La marca se acopla directa o indirectamente a un componente del ensayo de acuerdo a los métodos bien conocidos en la técnica. Como se indica en lo anterior, una amplia variedad de marcas se utilizan, con la selección de la marca que depende sobre la sensibilidad requerida, facilidad de conjugación de compuesto, requerimiento de estabilidad, instrumentación disponible y provisiones de desecho. Marcas no radioactivas frecuentemente se unen mediante medios indirectos. Las polimerasas también pueden incorporar nucleótidos fluorescentes durante la síntesis de los ácidos nucleicos. Los reactivos que permiten la secuenciación de los productos de reacción se pueden utilizar en la presente. Por ejemplo, nucleótidos de determinación de cadena frecuentemente serán incorporados en un producto de reacción durante uno o más ciclos de una reacción. Equipos comerciales que contienen los reactivos mucho más típicamente utilizados para estos métodos de secuenciación de DNA son disponibles y ampliamente utilizados. Métodos de digestión hexonucleasa por PCR para la secuenciación de DNA también se pueden utilizar. Muchos métodos para secuenciar el DNA genómico son conocidos en la técnica, y cualquier tal método se puede utilizar, por ejemplo Sambrook y colaboradores (200].) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3a ed . , Cold Spring Harbor Press. Por ejemplo, como se describe enseguida, un fragmento de DNA que abarca la ubicación del SNP de interés se puede amplificar utilizando la reacción en cadena de la polimerasa o alguna otra reacción de amplificación mediada por polimerasa cíclica. La región amplificada de DNA luego se puede secuenciar utilizando cualquier método conocido en la técnica. Ventajosamente, la secuenciación de ácido nucleico es mediante métodos automatizados (revisado por Meldrum, (2000) Genome Res. 10: 1288-303, la descripción de la cual se incorpora por referencia en su totalidad) , por ejemplo utilizando un sistema de análisis genético Beckman CEQ 8000 Genetic Analysis System (Beckman Coulter Instruments, Inc.). Métodos para secuenciar ácidos nucleicos incluyen, pero no se limitan a, secuenciación de DNA fluorescente automatizada (ver, por ejemplo, Watts & MacBeath, (2001) Methods Mol Biol . 167: 153-70 y MacBeath y colaboradores (2001) Methods Mol Biol. 167:119-52), electroforesis capilar (ver, por ejemplo, Bosserhoff y colaboradores (2000) Comb Chem High Throughput Screen . 3: 455-66), microcircuitos de secuenciación de DNA (ver, por ejemplo, Jain, (2000) Pha macogenomics . 1:289-307), espectrometrías de masas (ver, por ejemplo, Yates, (2000) Trends Genet. 16: 5-8), pirosecuenciación (ver, por ejemplo, Ronaghi, (2001) Genome Res. 11: 3-11), y electroforesis de gel de capa ultradelgada (ver, por ejemplo, Guttman & Ronai, (2000) Electrophoresis . 21: 3952-64), las descripciones de las cuales se incorporan por referencia en sus totalidades. La secuenciación también se puede hacer mediante una compañía comercial. Ejemplos de tales compañías incluyen, pero no se limitan a, the University of Georgia Molecular Genetics Instrumentation Facility (Athens, Georgia) or Seq Wright DNA Technologies Services (Houston, Texas) . Una sonda específica de SNP también se puede utilizar en la detección de SNP en secuencias de ácido nucleico específicas amplificadas del gen objetivo, tal como los productos de PCR amplificados generados utilizando los generadores descritos en lo anterior. En ciertas modalidades, estas sondas específicas de SNP consisten de fragmentos de oligonucleótidos . Ventajosamente, los fragmentos son de longitud suficiente para proporcionar hibridación específica a la muestra de ácido nucleico. El uso de una sonda de hibridación de 10 y 50 nucleótidos en longitud permite la formación de una molécula dúplex gue es tanto estable como selectiva. Moléculas que tienen secuencias complementarias sobre estiramientos mayores que 12 bases en longitud son generalmente ventajosas, a fin de incrementar la estabilidad y selectividad del híbrido, y para de esta manera mejorar la calidad y grado de moléculas híbridas particulares obtenidas. Se preferirá generalmente diseñar moléculas de ácido nucleico que tienen estiramiento de 16 a 24 nucleótidos, o aun más largos donde se desee. Una región de nucleótidos de objetivo se puede incluir, como en el extremo 5' del cebador que puede proporcionar un sitio al cual un cebador de secuenciación de oligonucleót idos puede hibridarse para facilitar la secuenciación de múltiples muestras de PCR. La secuencia de sonda debe abarcar la posición de nucleótidos particulares que se pueden sustituir en el SNP a ser detectado. Ventajosamente, dos o más "sondas específicas de alelo" diferentes se pueden utilizar para el análisis de un SNP, una primera sonda específica de alelo para la detección de un alelo, y una segunda sonda específica de alelo para la detección del alelo alternativo. Será entendido que esta invención no se limita a los cebadores y sondas particulares divulgados en ¦ la presente y se proponen abarcar por lo menos secuencias de ácido nucleico que son, hibridables a la secuencia de nucleótidos divulgada en la presente, el complemento o un fragmento de la misma, o son análogos de secuencia funcionales de estas secuencias. También se contempla que un atributo particular de un animal se puede determinar al utilizar un panel de SNPs asociado con este atributo. Varios atributos económicamente relevantes se pueden caracterizar por la presencia o ausencia de uno o más SNPs y mediante una pluralidad de SNPs en genes diferentes. Uno o más paneles de SNPs se pueden utilizar en los métodos de la invención para definir el perfil genotipico del animal sujeto. Homólogos (es decir, ácido nucleicos derivados de otras especies) y otras secuencias relacionadas (por ejemplo, parálogos) se pueden obtener bajo condiciones de condiciones de hibridación estándares o severas con todo o una porción de la secuencia particular como una sonda que utiliza métodos bien conocidos en la técnica para la hibridación y clonación de ácido nucleico. Los marcadores genéticos, sondas de los mismos, métodos, y equipos de la invención también son útiles en un programa de reproducción para seleccionar la reproducción de aquellos animales que tienen fenotipos deseables para varios atributos económicamente importantes, tal como calidad y producción de la carne mejorada, en particular blandura de la carne. La selección y reproducción continua de animales, tales como ganado, que son por lo menos heterocigos y ventajosamente homocigos para alelos deseables de los sitios polimórficos del gen GHR, grelina, leptina, NPY y UCP2 asociados con atributos económicamente relevantes de crecimiento, ingesta de alimento, eficiencia y valia del canal, conducirían a una progenie, linea, o población que tiene números más altos descendencia con atributos económicamente relevantes de crecimiento, ingesta de alimento, eficiencia y valia de canal. Asi, los de GHR, grelina, leptina, NPY y UCP2 de la presente invención se pueden utilizar como una herramienta de selección. Un aspecto de la presente invención proporciona agrupar animales y métodos para manejar la producción de ganado que comprende agrupar animales de ganado tal como ganado vacuno de acuerdo al genotipo como es definido por paneles de SNPs, cada panel que comprende por lo menos un SNP, uno o más del os cuales son SNPs de GHR, grelina, leptina, NPY y UCP2 de la presente invención, otros SNPs que se pueden incluir en paneles de SNPs incluyen, pero no se limitan a, SNPs de calpastatina , UASMS1, UASMS2, UASMS3 y/o EXON2-FB de los sitios ob que definen el mismo carácter fenotipico. Los métodos de selección y agrupamiento genéticos de la presente invención se pueden utilizar en conjunción con otros métodos de agrupamiento fenotí icos con encionales tales como agrupamiento de animales mediante características visibles tales como peso, tamaño de estructura, atributos de progenie y los similares. Los métodos de la presente invención proporcionan producir ganado vacuno gue tengan atributos heredables mejorados, y se pueden utilizar para utilizar el desempeño de manadas de ganado en áreas tales como reproducción, consumo de alimento, calidad del canal/carne y producción de leche. La presente invención proporciona métodos para clasificar ganado para determinar aquellos más probablemente a desarrollar una condición corporal deseada al identificar la presencia o ausencia de uno o más de los cuales son polimorfismos de GHR, grelina, leptina, NPY y UCP2 en genes que se correlacionan con esa calidad de la carne. Como se describe en lo anterior, y en los Ejemplos, existen varios atributos genotipicos con los cuales los SNPs de la presente invención se pueden asociar. Cada uno de los atributos fenotipicos y genéticos se puede probar utilizando los métodos descritos en los ejemplos, o utilizando cualquier de los métodos adecuados conocidos en la técnica. Utilizando los métodos de la invención, un granjero, o u operador de corral, o el similar, pueden agrupar ganado vacuno de acuerdo a cada propensidad genética del animal para un atributo deseado tal como proporción de crecimiento, ingesta de alimento o comportamiento de alimentación, como se determina por el genotipo SNP. El ganado vacuno se prueba para determinar la homocigocidad o heterocigocidad con respecto a los alelos de SNP de unos o más genes a fin de que se puedan agrupar tal que cada corral contenga ganado vacuno con similares genotipos. Cada corral de animales' luego se alimenta y de otra manera se mantiene de una manera y durante un tiempo determinado por el operador del corral y luego se sacrifican . Asi, un alimentador se presenta con oportunidades para eficiencias considerables. En la actualidad, por ejemplo, el alimentador puede alimentar su ganado vacuno de la misma manera, incurriendo los mismos costos para cada animal, y típicamente, con prácticas de manejo excelentes, tal vez el 40% se clasificará AAA y recibirá el premio de primera calidad para el grado de aceptabilidad dependiendo de varios otros factores, tal como edad del animal puesto que el ganado vacuno entre 17-24 meses de edad tienen marmoleo incrementado comparado a sus contrapartes y más jóvenes. Aproximadamente 55% de ganado vacuno se sacrifica1 en una edad abajo de 16 meses, y 45% sería sacrificado en una edad arriba de 17 meses. De estos, un número significante tendrá exceso de grasa y así recibirá un grado de producción reducido. El resto del ganado vacuno, 60%, se clasificará menor que AAA, y así recibirá un precio reducido, aunque los costos de corral incurridos por el operador serán los mismos. El agrupamiento y alimentación del ganado vacuno por genotipo, así como mediante otros factores tal como el perfil de bienestar total, que incluye datos de crianza y veterinarios, permiten al alimentador tratar cada grupo diferentemente con una vista para incrementar el perfil al maximizar, por ejemplo, el número de ganado vacuno que proporciona carne blanda comercializable . Los datos genotípicos individuales derivados de un panel o paneles de SNPs de cada animal o una manada o rebaño de animales se pueden registrar y asociar con varios otros datos del animal, por ejemplo información de salud, descendencia, condiciones de crianza, historia de vacunación, registro de manada o rebaño, datos de seguridad del alimento subsecuentes y los similares. Tal información se puede adelantar a una agencia de gobierno para proporcionar rastreabilidad de un animal o producto de carne, o puede servir como la base para la formación de reproducción, alimentación y comercialización. Una vez que los datos han o no han sido asociados con otros datos, los datos se almacenan en una base de datos accesible, tal como, pero no se limita a, una base de datos de computadora o una microchip implantada en el animal. Los métodos de la invención pueden proporcionar un análisis de los datos de entrada que se pueden comparar con los parámetros deseados por el operador. Estos parámetros incluyen, pero no se limitan a, tal como objetivos de reproducción, objetivos de puesta de huevos, niveles de vacunación de un rebaño o ganado o manada. Si el desempeño o propiedades de los animales se desvia de los objetivos deseados, los métodos basados en computadora pueden accionar una alerta para permitir al operador ajustar las dosis de vacunación, medicaciones, alimento etc. por consiguiente. Los resultados del análisis proporcionan datos que se asocian con el animal individual o a la manada en conjunto o en parte de los cuales la muestra se tomó. El dato luego se mantiene en una base de datos accesible, y puede o no puede ser asociada con otros datos de aquellos individuos particulares o de otros animales. Los datos obtenidos de animales individuales se pueden almacenar en una base de datos que se pueden integrar o asociar con y/o igualar cruzados a otras bases de datos. La base de datos junto con los datos asociados permiten la información a cerca del animal individuo a ser conocido a través de cada etapa de la vida del animal, es decir, desde la concepción al consumo del producto animal. Los datos acumulados la combinación de los datos genéticos con otros tipos de datos del animal proporcionan acceso a la información a cerca de la descendencia, identificación de la manada o rebaño, información de salud, que incluyen vacunaciones, exposiciones a enfermedades, ubicación del corral, cambios de dieta y de propiedad. La información tales como fechas y resultados de diagnósticos o pruebas de rutina se almacenan fácilmente y son obtenibles. Tal información seria especialmente valioso a compañías, particularmente aquellas quienes buscan líneas de reproducción superiores. Cada animal se puede proporcionar con un identificador único. El animal se puede marcar, como en programas de rastreo tradicionales o tienen implante de microchips de computadora que proporcionan datos de almacenamiento y leíbles o proporcionan con cualquier otro método de identificación que se asocie al animal con su identificador único. La base de datos que contiene los resultados de genotipo basado en CNP en cada animal o los datos para cada animal se pueden asociar o enlazar a otras bases de datos que contienen datos, por ejemplo, que pueden ser útiles en la selección de atributos para el agrupamiento o subagrupamiento de un animal. Por ejemplo, y no para limitación, los datos que pertenecen a animales que tienen protocolos de vacunación o medicación particulares, pueden ser opcionalmente enlazados adicionalmente con datos que pertenecen a animales que tienen alimento de ciertas fuentes de alimento. La habilidad para retinar un grupo de animales se limita solo mediante los atributos buscados y las bases de datos que contienen información relacionada a aquellos atributos. Las bases de datos que se pueden asociar útilmente con los métodos de la invención incluyen, pero no se limitan, datos científicos específicos o generales. Los datos específicos se incluyen, pero no se limitan a, líneas de reproducción sementales, hembras, y los similares, otros genotipos de animales, que incluyen si o no otros animales específicos que poseen genes específicos, que incluyen elementos genéticos transgénicos , ubicación de animales que comparten características genéticas similares o idénticas, o los similares. Datos generales que incluyen, pero no se limitan a, datos científicos tales como genes que codifican para características de calidad especificas, datos de asociación de progenie, datos alimenticios, sentencias de reproducción y los similares. Un método de la presente invención incluye proporcionar al dueño o consumidor del animal con equipo de recolección de muestras, tales como torundas y frasquitos de vidrio útiles para recolectar muestras de los cuales los datos genéticos se pueden obtener. Los frasquitos. de vidrio se empacan en un contenedor que se codifica con indicios de identificación. Ventajosamente, el empaquetamiento se codifica con una marca de código de barras. Los frasquitos de vidrio se codifican con los mismos indicios de identificación, ventajosamente con una marca de código de barras de igualación. Opcionalmente , el empaquetamiento contiene medios para enviar los frasquitos de vidrio a un laboratorio para análisis. El empaquetamiento opcional también se codifica con indicios de identificación, ventajosamente con una etiqueta de códigos de barras. El método incluye opcionalmente un sistema en donde una cuenta de base de datos se establece al ordenar el equipo de muestreo. El identificador de cuenta de base de datos corresponde a los indicios de identificación de los frasquitos de vidrio y el empaquetamiento. En el envío del equipo de muestreo en el cumplimiento de la orden, los indicios de identificación se registran en una base de datos. Ventajosamente, el identificador es una etiqueta de códigos de barras que explora, cuando los frasquitos de vidrio se envían. Cuando los frasquitos de vidrio se regresan a la instalación de prueba, el identificador se registra nuevamente y se iguala a la información previamente registrada en la base de datos en el envío del frasquito de vidrio al consumidor. Una vez que la determinación de genotipo se completa, la información se registra en la base de datos y se codifica en el identificador único. Los resultados de prueba también se proporcionan al consumidor o dueño del animal. Los datos almacenados en la base de datos de genotipos se pueden integrar con o comparar a otros datos o bases de datos para el propósito de identificar animales basados en las propensidades genéticas. Otros datos o base de datos incluyen, pero no se limitan a, aquellos que contienen información relacionada a la prueba de DNA basada en SNP, vacunación, programa de pre-acondicionamiento SUREBRED, resultados de ciclo de celo y gestación, niveles de hormona seguridad del alimento/contaminación, conteos de células somáticas, ocurrencia de mastitis, resultados de prueba de diagnósticos, niveles de proteína de leche, grasa de leche, estado de la vacuna, registros de salud, niveles de minerales, niveles de pequeñísimas cantidades de mineral, desempeño de la manada y los similares. La presente invención, por lo tanto, abarca métodos asistidos por computadora para rastrear las historias de reproducción y veterinarias de animales de ganado que incluyen utilizar un sistema basado en computadora que comprende una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, y comprende las etapas de generar un perfil de un animal de ganado al ingresar a la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos de genotipo del animal, en donde el genotipo se puede definir mediante de un panel de por lo menos dos polimorfismos de nucleótido individual que predice por lo menos un atributo físico del animal, ingresar en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos de bienestar del animal, que se correlacionan a los datos de bienestar ingresados con el perfil genotipico del animal utilizando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos, y sacar un perfil del animal o grupo de animales al dispositivo de salida. Las bases de datos y los análisis de los mismos serán accesibles a aquellos a quienes el acceso ha sido proporcionado. El acceso se puede proporcionar a través de derechos de acceso o mediante suscripción a las porciones especificas de los datos. Por ejemplo, la base de datos se puede accesar por dueños del animal, el sitio de prueba, la entidad que proporciona la muestra al sitio de prueba, personal del corral y veterinarios. Los datos se pueden proporcionar en cualquier forma tal como al accesar a un sitio o de la red, fax, correo electrónico, correspondencia enviada, teléfono automatizado, u otros métodos para comunicación. Estos datos también se pueden codificar sobre un dispositivo de almacenamiento portátil, tal como un micro plaqueta, que se puede implantar en el animal. Ventajosamente, la información se puede leer y se adiciona nueva información sin remover la microchip del- animal. La presente invención comprende sistemas para realizar los métodos divulgados en la presente. Tales sistemas comprenden dispositivos, tales como computadoras, conexiones a Internet, servidores, y dispositivos de almacenamiento para datos. La presente invención también proporciona un método para transmitir datos que comprenden la transmisión de información de tales métodos en la presente divulgados o etapas de los mismos, por ejemplo, por la vía de telecomunicación, teléfono, video conferencia, comunicación en masa, por ejemplo, presentación tal como una presentación por computadora (por ejemplo, POWERPOINT™), Internet, correo electrónico, comunicación documental tal como programas de computadora (por ejemplo WORD) y los similares. Sistemas de la presente invención pueden comprender un módulo de recolección de datos, que incluye un recolector de datos para recolectar datos de un animal p embrión y transmitir los datos a un módulo de análisis de datos, una interfaz de red para recibir datos del módulo de análisis de datos, y opcionalmente además adaptados para combinar múltiples datos de uno o más animales individuos, y para transmitir los datos por la vía de una red a otros sitios, o a un dispositivo de almacenamiento. Más particularmente, los sistemas de la presente invención comprenden un módulo de recolección de datos, un módulo de análisis de datos, una interfaz de red para recibir datos del módulo de análisis de datos, y opcionalmente además adaptados para combinar múltiples datos de uno o más animales individuos, y para transmitir los datos por la vía de una red á otros sitios, y/o un dispositivo de almacenamiento. Por ejemplo, los datos recolectados mediante el módulo de recolección de datos, conduce a una determinación de la ausencia o presencia de un SNP de un gen en el animal o embrión, y por ejemplo, tales datos se transmiten a un sitio de material de alimentación cuando el régimen de alimentación del animal se planea. En una modalidad en donde los datos se implantan sobre una micro plaqueta sobre un animal particular, del granjero puede optimizar la eficiencia para manejar la manada debido a que el granjero es capaz de identificar las predisposiciones genéticas de un animal individual asi como tratamientos pasados, presentes y futuros (por ejemplo, vacunaciones y visitas veterinarias) . La invención, por lo tanto también proporciona accesar a otras bases de datos, por ejemplo, datos de manada o rebaño que se relacionan a las pruebas genéticas y datos realizados por otros, mediante enlaces de datos a otros sitios. Por lo tanto, los datos de otras bases de datos se pueden transmitir a la base de datos central en la presente invención por la vía de un interfaz de red para recibir datos del módulo de análisis de datos de las otras bases de datos. La invención se relaciona a un sistema de computadora y a un medio leíble por computadora par compilar datos sobre un animal, el sistema que contiene datos ingresados sobre ese animal, tal como pero no se limita a, historias de vacunación y medicación, prueba de DNA, prueba de tiroglobulina , leptina, MI (Meta Morphix Inc.), diagnosis de encefalopatía espongiforme bovino (BSE), vacunación de brucelosis, vacunación de FMD (enfermedad de la pata y boca), vacunación de BVD (diarrea viral bovina), programa de pre-acondicionamientos SUREBRED, resultados de ciclo de celo y gestación, tuberculosis, niveles de hormonas, seguridad/contaminación del alimento, conteos de células somáticas, ocurrencia de mastitis, resultados de diagnóstico, niveles de proteína de leche, grasa de leche, estado de vacuna, registros de salud, niveles de minerales, niveles de pequeñísimas cantidades de mineral, desempeño de la manada y los similares. Los datos del animal también pueden incluir tratamientos previos así como tratamientos ajustados sugeridos que dependen de la pre-disposición genética de ese animal hacia una enfermedad particular. La invención también proporciona un método asistido por computadora para mejorar la producción animal que comprende la utilización de un sistema de computadora, por ejemplo, una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida,, las etapas de ingresar en la computadora programada a través de los datos de dispositivo de entrada que comprende unos datos de reproducción, veterinarios, medicación, de diagnóstico y los similares de un animal, que se correlacionan a una característica pre-dicha por el genotipo que utiliza el procesador y el sistema de almacenamiento de datos, sacar a dispositivo de salida la característica física correlacionada al genotipo y alimentación del animal a una dieta basada en la característica física, para de esta manera mejorar la producción del ganado. La invención además proporciona un método asistido por computadora para optimizar la eficiencia de lotes de alimentación para el ganado que comprende la utilización de un sistema de computadora, por ejemplo, una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, y las etapas de ingresar en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden unos datos de reproducción, veterinarios, historia de un animal que se correlacionan a las historias de producción, veterin rias, etc. utilizando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos, sacar al dispositivo de salida a la característica física correlacionada al genotipo y alimentación del animal una dieta basada en la característica física, para que de esta manera utilizar la eficiencia de lotes de alimentación para el ganado. La invención además comprende métodos para hacer negocios al proporcionar acceso a tales medios leíbles por computadora y/o sistemas de computadora y/o datos recolectados de animales a los usuarios; por ejemplo, los medios y/o datos de secuencia pueden ser accesibles a un usuario, por ejemplo sobre una base de suscripción por la vía de Internet o una comunicación global/red de computadora; o, el sistema de computadora puede ser disponible a un usuario, sobre una base de suscripción. En una modalidad, la invención proporciona un sistema de computadora para manejar ganado que comprende características físicas y base de datos que corresponden a uno o más animales. En otra modalidad, la invención proporciona medios leíbles por computadora para manejar ganado que comprende características físicas, e historias veterinarias que corresponden a uno o más animales. La invención además proporciona métodos para hacer negocios para manejar ganado que comprenden proporcionar el sistema de computadora y medios descritos por lo anterior por características físicas e historias veterinarias que corresponden a uno o más animales. La invención además abarca métodos para transmitir información obtenida en cualquier método o etapa del mismo descrito en la presente o cualquier información descrita en la presente, por ejemplo, por la vía de telecomunicaciones, teléfono, comunicaciones en masa, medios en masa, presentaciones, internet, correo electrónico, etc.
La invención además abarca equipos útiles para clasificar ácido nucleico aislado de uno o más individuos bovinos para la variación alélicas de cualquiera de los genes GHR, grelina, leptina, NPY y UCP2, y en particular para cualquiera de los SNPs descritos en la presente, en donde de los equipos pueden comprender por lo menos un oligonucleótido que híbrida selectivamente a un ácido nucleico que comprende cualquiera de la una o más de las secuencias de GHR, grelina, leptina, NPY y UCP2 que se describen en la presente y las instrucciones pa ra uti1iza r e.1 o1;i gonuc1eó l; ido pa r detectar la variación en el nucleótido que corresponde al SNP del ácido nucleico aislado. Una modalidad de otro aspecto de la invención proporciona un oligonucleót ido que se híbrida específicamente a la molécula de ácido nucleico aislada de esté aspecto de la invención, y en donde el oligonucleótido se híbrida a una porción de la molécula de ácido nucleico aislada que comprende cualquiera de los sitios polimórflcos en la secuencias de GHR, grelina, leptina, NPY y UCP2 descritas en la presente. Otra modalidad de la invención es un oligonucleótido que se híbrida específicamente bajo condiciones de severidad alta a cualquiera de- los sitios polimórficos que los genes GHR, grelina, leptina, NPY y UCP2, en donde el oligonucleótido es entre aproximadamente 18 nucleótidos y aproximadamente 50 nucleótidos. En otra modalidad de la invención, el oligonucleótido comprende un nucleótido central especifico que se híbrida específicamente con un sitio polimórfico del gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2 de la porción de la molécula de ácido nucleico. Otro aspecto de la invención es un método para identificar un polimorfismo de GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2 de una muestra de ácido nucleico que comprende aislar una molécula de ácido nucleico que codifica GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2 o un fragmento de la misma y determinar el nucleótido en el sitio polimórfico. Otro aspecto de la invención es un método para clasificar ganado vacuno para determinar aquellos bovinos que exhiben más probablemente una diferencia biológica en la calidad de la carne que comprende las etapas de obtener una muestra de material genético de un bovino; y ¦ analizar la presencia de un genotipo de un bovino que se asocia con la calidad de la carne, el genotipo caracterizado por un polimorfismo en cualquiera de los genes GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2. En otras modalidades de este aspecto de la invención, la etapa de analizar se selecciona del grupo que consiste de: análisis de polimorfismo de longitud de fragmento de restricción (RFLP), minisecuenciación , MALD-TOF, SINE, análisis heterodúplex, polimorfismo conformacional de una hebra (SSCP), electro!oresis de gel gradiente de desnaturalización (DGGE) y electro!oresis de gel gradiente de temperatura (TGGE) . En varias modalidades de la invención, el método puede comprender adicionalmente la etapa de amplificar una región del gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2 o una porción del mismo que contiene polimorfismo. En otras modalidades de la invención, la amplificación puede incluir la etapa de seleccionar un cebador de secuencia delantero y trasero capaz de amplificar una región del gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2. Otro aspecto de la invención es un método asistido por computadora para predecir que animales de ganado poseen una diferencia biológica en la calidad de la carne que comprenden: utilizar un sistema de computadora, por ejemplo, una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, las etapas de : (a) ingresar en la computadora programada a través de dispositivo de entrada datos que comprenden un genotipo de GHR, grelina, leptina, NPY' o UCP2 de un animal, (b) correlacionar un crecimiento, ingesta de alimento, eficiencia o calidad de valia de canal predicha por el genotipo GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2 utilizando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos y (c) sacar al dispositivo de salida la calidad de la carne correlacionada al genotipo de GHR, grelina, leptina, NPY o' UCP2, para de esta manera predecir que animales del ganado poseen un crecimiento particular, ingesta de alimentos, eficiencia o calidad de la valia del canal-. Todavía otro aspecto de la invención es un método para hacer negocios para manejar el ganado que comprende proporcionar a un usuario el sistema de computadora para manejar ganado que comprende características, físicas y genotipos que corresponden a uno o más animales o unos medios leíbles por computadora para manejar el ganado que comprende características físicas y genotipos que corresponden a uno o más animales o características físicas o genotipos que corresponden a uno o más animales. La invención ahora será descrita adicionalmente por medio de los siguientes ejemplos no limitativos. EJEMPLOS Ejemplo 1: SNPs del Receptor de Hormona de Crecimiento Este ejemplo ilustra asociaciones entre un polimorfismo de nucleótido individual (SNP) en el receptor de hormona de crecimiento (gen GHR) con medidas económicamente relevantes de ingesta de alimento, crecimiento, y. calidad del canal en el ganado vacuno para carne. El SNP es una mutación A a G específica en la posición de nucleótidos 300 en el intrón 4 del gen GHR bovino.
El gen GHR se enlaza por el gen GH por una constelación homodimérica que da por resultado la iniciación de mecanismos de traducción de señal y la activación subsecuente de muchos sistemas hormonales en la regulación de lipido de promoción de crecimiento, nitrógeno, mineral y metabolismo de carbohidratos e incluye efectos sobre la síntesis de proteínas, degradación de proteína, y regulación de las síntesis de grasa de . retención de proteínas y nitrógeno, incrementar la oxidación de ácido graso, estimular la movilización de ácido graso de los tejidos adiposos corporales. Tratamiento de animales, especialmente ganado rumiante, con hormona de crecimiento que da por resultado ingesta de alimento disminuida, ganancia diaria promedio incrementada, eficiencia .de alimentación incrementada, acreción de gras disminuida y acreción de proteína incrementada . Los animales experimentales utilizados en este estudio fueron reses para carne híbridas Continental x British engendradas por Angus, Charoláis o toros Híbridos de la University of Alberta. Los gastos de ingesta de alimento, de crecimiento y canal se recolectaron a través durante dos años bajo condiciones de corra] en la estación de investigación de ganado vacuno para carne Kinsella de la University of Alberta. El DNA Genómico de muestras de sangre que utilizan un método de extracción con fenol/cloroformo con alto contenido de sal estándar. La determinación del genotipo de SNP se llevó a cabo utilizando en ensayo I Ilumina GoldenGate sobre el sistema BeadStation (Illumina Inc., San Diego, CA) , que permite la determinación del genotipo simultanea de 1,536 SNPs utilizando 250 ng de DNA por muestra . El SNP analizado es una substitución de nucleótidos A a G en la posición de nucleótidos 300 en el intrón 4 del gen GHR (número de acceso ??643807), que tiene la secuencia de nucleótidos mostrada en la IJ'ig . 1 (SEQ ID NO: 1) . Asociaciones de los genotipos para cada polimorfismo con mediciones de desempeño y valia del canal se analizaron utilizando el modelo mezclado lineal general en SAS . El. modelo de análisis estadísticos incluyeron efectos fijos de genotipo SNP, año de prueba (dos niveles), grupo de prueba contemporáneo incluida dentro del año (cuatro niveles), progenie del semental (tres niveles), covariante lineal de edad del animal sobre la prueba, y efectos aleatorios del semental y hembra de animal. Efectos genéticos aditivos y no aditivos se estimaron para atributos que fueron o tendieron a ser significantes (P < 0.10) entre diferentes genotipos de SNP. Tabla 1. Genotipo y frecuencias de alelos del SNP GHR en la población experimental del ganado vacuno para carne. Progenie Número AA AG GG frecuencia del de de alelo G Semental Animales Angus 127 86 38 3 0.17 Charoláis 92 43 43 6 0.30 Híbrido 85 51 28 6 0.24 Total 304 181 109 15 0.23 Tabla 2. Efecto de los genotipos del receptor de hormona de crecimiento sobre el desempeño y la valía del canal de las reses para carne. genotipo SNP GHR Valor P° Atributo AA AG GG Número de animales 180 109 15 Ganancia diaria proemedio, kg/d 1.47 ±0.03 1.41 ±0.03 1,65 ±0.07 0.004 Peso final, kg 459.42 ± 6.25 450.50 ± 6.66 489.30 ± 11.96 0.006 Ingesta de materia seca, kg/d 9.36±0.I6 9.25 ±0.17 10.30 ±0.33 0.01 Peso medio metabólico, kg' 92.60 ± 0.97 91.32 ± 1.03 96.60 ± 1.84 0.01 Peso en el sacrificio, kg 523.82 ±7.10 518.75 ±7.57 557.63 ± 13.60 0.02 Área LM, cm2 81.41 ±0.98 80.95 ± 1.08 87.18±2.31 0.03 Ultrasonido del área LM, cm2 77.23 ± 0.60 , 76.63 ± 0.70 81.42± 1.81 0.06 Relación de conversión de alimentación, kg DMkg de ganacia 6.63 -Jb 0.08 6.88 ±0.10 6.43 ±0.26 0.08 Ultrasonido del registro del marmoleo 5.00 ± 0.07 4.97 ± 0.08 5.29 ±0.17 0.20 aValores P de la prueba IT total . Tabla 3. Efectos genéticos aditivos y no aditivos del SNP GHR sobre el desempeño y valía del cana. 1 Desviación de Dominio Efecto del Aditivo Valor P Atributo Valor P Ganancia diaria promedio, kg/d -0.18 ±0.07 0.02 0.15 ±0.04 0.001 Peso final, kg -29.88 ± 11.26 0.01 23.86 ±6.64 0.002 Ingesta de materia seca, kg/d -0.94 ± 0.32 0.01 0.58 ±0.19 0.006 Peso medio metabólico, kg'7S -4.00 ± 1.72 0.03 3.28 ± 1.02 0.004 Desviación de Efecto del Aditivo Dominio Atributo Valor P Valor P Pesoe en el sacrificio, kg -33.81 ± 12.81 0.02 21.97 ±7.57 0.008 Area LM, cm -5.77 ±2.33 0.03 3.35 ± 1.37 0.03 2 Ultrasonido del área LM, cm -4.19± 1.89 0.04 2.69 ± 1.12 0.03 Relación de conversión de alimentación, kg de DlWkg de ganancia 0.20 ± 0.27 0.47 -0.35 ±0.16 0.04 Ultrasonido del registro del marmoleo -0.29 ±0.17 0.11 0.17±0.10 0.10 Duración de la alimentación, min/d -5.61 ±3.44 0.12 3.48 ±2.02 0.10 Peso del canal, kg -14.15 ±9.06 0.15 8.44 ±5.31 0.14 Ejemplo 2: SNPs de Leptina Este ejemplo ilustra las .asociaciones entre dos polimorfismos de nucleótido individual (SNPs) en el gen de leptina bovino exón 3 y promotor con mediciones de ingesta de alimento, crecimiento y calidad del canal en el ganado vacuno para carne. Estos dos SNPs, UASMS2 (mutación C-T en la posición 528 en AB070368) ay A59V (mutación C-T en la posición 321 en ???512639) en el gen de leptina bovino, y sus haplotipos, muestran asociaciones fuertes con concentración de leptina en suero y atributos económicamente relevantes de crecimiento, ingesta de alimento, eficiencia y valia del canal en el ganado vacuno. La leptina es un producto de hormonas similar a la citosina 16-kDa derivada de adiposito del gen obeso (Zhang y colaboradores, 1994 ; J:i. y colaboradores, 1998) que circula en el suero en las formas libre enlace. La función de la leptina como una señal lipostática que regula el metabolismo de energía corporal entero a través de las interacciones de con el receptor de leptina en el hipotáiamo lo hace uno de los marcadores fisiológicos mejores para la regulación de BW, ingesta de alimento, gasto de energía, obesidad corporal, producción de leche y composición, y calidad del canal total. Los animales experimentales utilizados en este estudio fueron reses híbridas para carne Continental x British engendradas por Angus, Charoláis o toros Híbrido de la University of Alberta. Datos de ingesta de alimento, crecimiento y canal se recolectaron durante tres años bajo condiciones de corral en la estación de investigación de ganado vacuno para carne Kinsella de la University of Alberta. El DNA genómico se extrajo de muestras de sangre utilizando un método de extracción de fenol/cloroformo con alto contenido de sal estándar. La determinación del genotipo de SNP se llevó a cabo utilizando el ensayo Illumina GoldenGate en el sistema BeadStation (Illumina Inc., San Diego, CA) , que permite la determinación del genotipo simultanea de 1,536 SNPs utilizando 250 ng de DNA genómico por muestra . Dos SNP y sus genotipos se analizaron en este reporte. La primera mutación, UASMS2, es una substitución de C-T localizada en la posición de nucleótidos 528 en el promotor de leptina bovino (número de acceso de GenBank AB070368). La secuencia de nucleótidos se representa en la FIG. 2 (SEQ ID NO: 2) .
La segunda mutación, es una substitución C-T en la posición 321 (número de Acceso de GenBank BTA512639; número de Acceso EMBL AJ512639) que da por resultado una alanina (A; GCG) a valina (V; GTG) en el aminoácido 59 en la región de ß-hélice de la molécula de leptina que se conserva entre las especies. La secuencia de nucleótidos se representa en la FIG . 3 (SEQ ID NO: 3) . La asociación de los polimorfismos de sus haplotipos con mediciones de desempeño y valia de canal se analizaron utilizando un modelo mezclado general en SAS . El modelo de análisis estadísticos incluyeron efectos fijos del genotipo SNP, año de prueba (tres niveles), grupo de prueba contemporáneo incluido dentro del año (seis niveles), progenie del semental (tres niveles) , covariante lineal de edad del animal sobre la prueba y efectos aleatorios del semental y la hembra del animal. Los resultados de estos análisis se muestran en las siguientes tablas.
Tabla 4. Asociación del SNP UASMS2 en el promotor de leptina (medio LS ± SE) con mediciones de concentración de leptina en suero, desempeño, eficiencia de alimento, ultrasonido y valía del canal en el ganado vacuno de reproducción cruzada compuesto (n = 464) . genotipo SNP UASMS2 Atributo CC CT TT Valor p' Número de animales 306 146 12 Nivel de leptina en suero, ng/mL 13.04 ± 0.38c 13.94 ± 0.54c 19.20 ± 1.53» <0.001 RFI fenotípico, kg/d -0.07 ± 0.07c 0.16 ± 0.09 0.13 ± 0.26'' 0.09 RFI genético, kg/d -0.21 ± 0.07c 0.01 ± 0.09» 0.04 ± 0.26b 0.10 Conversión de alimentación, kg OM/kg de ganada 7.21 ± 0.11 7.37 ± 0.14 7.22 ± 0.33 0.47 Ingesta de materia seca, kg/d 10.33 ± 0.13* 10.71 ± 0.17bc 11.09 ± 0.42 0.036 Ganancia diaria promedio, kg/d 1.47 ± 0.03 1.45 ± 0.03 1.53 ± 0.08 0.52 BW metabólico, kg 0.75 90.65 ± 0.68 90.96 ± 0.83 92.58 ± 1.84 0.56 Ganancia de grasa posterior, mm/d (x 10-2) 340 + o 1Qc 3.33 ± 0.10c 4.60 ± 0.40 0.017 Ganancia de marmoleo, unidades/d(x 10-2) 0.70 ± 0.02c 0.70 ± 0.04c 1.00 ± 0.l0b 0.05 Ultrasonido de la grasa posterior, mm 8.93 ± 0.20d 9.09 ± 0.28c 11.38 ± 0.83b 0.017 Ultrasonido del registro de marmoleo 5.07 ± 0.06c 5.22 ± 0.08b 5.58 ± 0.20b 0.023 Ultrasonido del área LM, cm2 83.61 ± 0.56 83.83 ± 0.80 80.73 ± 2.29 0.42 Número de Animales 255 11 8 8 Grasa de grado de canal, min 10.32 ± 0.30c 10.58 ± 0.44c 13.37 ± 1.36b 0.09 Geasa posterior del canal promedio, mm 11.82 ± 0.29c 12.13 ± 0.43' 14.82 ± 1.361' 0.09 Área LM 84.18 ± 0.72 83.71 ± 0.98 82.86 ± 2.75 0.83 Registro del marmoleo del canal 2.47 ± 0.04 2.54 ± 0.06 2.65 ± 0.17 0.35 Producción de carne magra 58.17 ± 0.17 57.98 ± 0.44 55.88 ± 1.26 0.17 aValor P de la prueba F total b,c,d Medias en filas seguidos por superindices diferentes son diferentes ( P < 0.05) Tabla 5. Asociación de SNP A59V en el exón 3 de leptina (medio LS ± SE) con mediciones de concentración de leptina en suero, desempeño, eficiencia de alimentación, comportamiento de alimentación, y valia del cana]., en el ganado vacuno de reproducción cruzada compuesto. genotipos SNP A59V Atributo CC CT TT Valor P1 Número de animales 31 174 259 Nivel de leptina en suero, ng/mL 10.80 ± 0.98d 13.40 ± 0.40< 14.43 ± 0.37b 0.0029 RFI fenotípico, kg/d 0.03 ± 0.16 -0.02 ± 0.07 -0.06 ± 0.06 0.79 RFI genético, kg/d -0.04 ± 0.06 -0.16 ± 0.06 -0.22 ± 0.06 0.59 Ingesta de materia seca, kg/d 10.33 ± 0.25 10.53 ± 0.14 10.55 ± 0.14 0.70 Ganancia diaria promedio, kg/d 1.36 ± 0.05c 1.48 ± 0.031' 1.50 ± 0.03b 0.039 BW metabólico, kg0.75 91.28 ± 1.31 91.35 ± 0.84 91.11 ± 0.83 0.93 Conversión de alimentación, kg DM/kg de ganaci; a 7.96 ± 0.23b 7.26 ± 0.12c 7.20 ± 0.12' 0.005 Eficiencia parcial de crecimiento 0.27 ± 0.009d 0.29 ± 0.004' 0.30 ± 0.003b 0.06 Velocidad de crecimiento relativo (x lO 2) 14.8 ± 0.59c 16.23 ± 0.25 16.44 ± 0.24b 0.013 Relación Kleiber, (x lO'2) 1.48 ± ?.?d' 1.62 ± 0.03b 1.72 ± 0.02" 0.013 Ultrasonido de la grasa posterior, mm 7.93 ± 0.55d 8.74 ± 0.23c 9.46 ± 0.21b 0.014 Ultrasonido del área L , cm2 82.20 ± 1.42' 84.55 ± 0.61 b 83.24 ± 0.57^ 0.011 Número de Animales 26 143 212 Grasa de grado de canal, mm 9.52 ± 0.79 10.15 ± 0.36 10.94 ± 0.33 0.10 Grasa posterior del canal promedio, mm 10.63 ± 0.78d 11.64 ± 0.34= 12.55 ± 0.30 0.039 Área LM del canal, cm2 84.40 ± 1.64b= 85.56 ± 0.81b 83.83 ± 0.75c 0.015 Registro del marmoleo del canal 2.45 ± 0.10 2.44 ± 0.05 2.51 ± 0.05 0.47 Producción de carne magra 59.13 ± 0.74b 58.56 ± 0.34hc 57.47 ± 0.31c 0.024 Grado de producción de canal 1.67 ± 0.14 1.59 ± 0.06 1.76 ± 0.06 0.10 aValor P de la prueba F total b,c,d Medias en filas seguidos por superíndices diferentes son diferentes (P < 0.05) . Tabla 6. 7-\sociación de combinaciones de genotipo UASMS2 y A59V con concentración de leptina en suero, desempeño, eficiencia de alimentación, ultrasonido, y valia del canal, en el ganado vacuno de reproducción cruzada compuesto. haplotipo UASMS2 y A59V Atributo cccc CCCT CCTT CTCT crrr '??? SEM Efectob% Valor Pb Animales 31 127 148 47 99 12 - _ SLPT 10.37= 12.91"= 14.10" 14.01d 14.1 1" 19.39= 0.80 8.97 <0.001 RFIp 0.02 -0.04 -0.16 0.06 0.07 0. 1 0.13 0.13 0.44 RFIg -0.06 -0.1 -0.31 -0.09 -0.07 -0.06 0.13 0.03 0.69 DMI 10.32 10.47 10.48 10.70 10.63 10.91 0.22 0.16 0.29 ADG 1.36" 1.47= 1.51= 1.46= 1.47= 1.51 = 0.04 0.87 0.042 MWT 91.21 91.02 91,04 92.38 91.22 ' 92.12 1.20 0.01 0.70 FCR 7.89' 7.24d 7.08d 7.49"= 7.42d= 7.22" 0.22 0.50 0.019 RGR (x 10·2) 14.85d 16.18"' 16.54= 15.66=" 15.85=" 16.46= 0.40 1.24 0.0028 RAT (10-2) 1.48" 1.65= 1.64= 1.57o1 1.58"' 1.65= 0.09 1.19 0.0053 UBF 7.82= 8.55"= 9.42" 9. 6" 9.07" 11.38= 0.43 6.68 0.005 U AR 5.15" 5.02= 5.11 = 5.26d= 5.20= 5.55= 0.1 1 6.26 <0.001 ULMA 82.32" 84.07=" 82.19" 85.71 = 82.96" 81.64" 1.13 0.91 0.01 Animales 26 109 120 34 S4 8 _ CGF, mm 9.66' 9.89''= 10.89" 10.84d 10.55" 13.51= 0.69 5.53 <0.001 CBF, mm 10.75' 11.40''= 12.40d 12.27" 12.18" 15.12= 0.70 5.84 <0.001 CMAR 2.42= 2.41= 2.48d= 2.56=d 2.51=" 2.72= 0.09 4.16 <o.ooi CREA 84.33"' 85.16"1 82.60" 86.09= 82.86" 83.70" 1.42 4.85 <0.001 CYG 1.67 1.57 1.74 1.72 1.65 2.04 0.12 4.20 <0.001 LMY 59.07= 58.70=" 57.53" 58.08=d 57.80" 55.59= 0.65 8.92 <0.001 aSLPT = concen ración de leptina en suero (ng/mL); RFIp = RFI fenotipico (kg/d); RFIg = RFI genético (kg/d); DMI = ingesta de materia seca (kg/d); W = BW metabólico (kg0'75); ADG = ganancia diaria promedio (kg/d); FCR = relación de conversión de alimentación (kgDM/kg ganancia); RGR = proporción de crecimiento relativa; KRAT = relación' leiber; UBF = ultrasonido de la grasa posterior (mm) ; UMAR = ultrasonido del registro del marmoleo; ULMA = ultrasonido del área LM (cm2) ; CGF = grasa de grado de canal (mm) ; CBF = grasa posterior de canal (mm) ; C AR = marmoleo del canal; CLMA = área LM del canal (cm2) ; CYG = grado de producción de canal; LMY = producción de carne magra (%) . aValores P y efectos del haplotipo son de la regresión del haplotipo utilizando variables falsas. Los efectos del haplotipo son expresados como % de la variación fenotipica total en el atributo, mostrado. b,c'd Medios en filas seguidos por superindices diferentes son diferentes (P < 0.05)' Ejemplo 3: SNPs de Grelina. ; Este ejemplo ilustra asociaciones entre un polimorfismo de nucleótido individual (SNI?) en el gen de grelina con mediciones de ingesta de alimento, crecimiento, y calidad del canal en el ganado vacuno para carne. El SNP es una substitución de nucleótidos a A al G especifica en el intrón 3 del gen de Grelina bovino.
La grelina es un péptido de liberación de. hormona de crecimiento, que consiste de 28 aminoácidos, que sirve como un ligando endógeno para los receptores de la hormona de crecimiento-secretagogue (GHS-R) , que son receptores acoplados a la proteína G. Estos receptores a su vez estimulan la liberación de GH de la glándula pituitaria. Además de la función de la grelina en la liberación de GH, la grelina también desempeña una función en estimulación del apetito y la actividad de alimentación a través de interacciones con péptidos tales como NPY. Los animales experimentales utilizados en este estudio fueron reses para carne híbridas Continental x British por Angus, Charoláis o toros híbridos de la University of Alberta. Se recolectaron datos de ingesta de alimentos, crecimiento y- canal durante dos años bajo condiciones de corral en la estación de investigación de ganado vacuno para carne Kinsella de University ' of Alberta. El DNA genómico se extrajo de muestras de sangre utilizando un método de extracción/cloroformo con alto contenido de sal estándar. La determinación de genotipo de SNP se llevó a cabo utilizando el ensayo Illumina GoldenGate sobre el sistema BeadStation (Illumina Inc., San Diego, CA) , que, permite la determinación del genotipo simultanea de 1,536 SNPs utilizando 250 ng de DNA genómico por muestra. El SNP analizado es una substitución de nucleótido A a G en el intrón 3 del gen de grel na bovino (no publicado) y tiene la secuencia representada en la FIG. 4. Asociaciones de los genotipos para cada polimorfismo con mediciones de desempeño y valia, de canal de analizaron utilizando modelo mezclado lineal general en SAS . El modelo de análisis estadístico incluyeron efectos fijos de genotipo de SNP, año de prueba (dos niveles), grupo de prueba contemporáneo incluido dentro del año (cuatro niveles), progenie del semental (tres niveles), covariante lineal de edad del animal sobre la prueba, y efectos aleatorios del semental y la hembra de animal. Efectos genéticos aditivos se estimaron para atributos que estuvieron o tendieron a ser estadísticamente diferentes (P < 0.10) entre genotipos SNP diferentes. Tabla 7 . Frecuencias de genotipo y alelo del SNP de Grelina en la población experimental de ganado vacuno para carne.
Tabla 8 . Efecto de los genotipos de la grelina sobre el desempeño y la valía del canal de reses para carne. genotipo SNP de grelina Atributo AA AG Valor Pa Número de animales 248 52 Peso del canal, kg 31 1.10 ± 4.38 298.94 ± 5.90 0.04 Peso en el scarifico, kg 527.08 ± 7.14 51 1.78 ± 9.32 0.05 Producción de Carne Magra, % 57.86 ± 0.45 59.10 ± 0.65 0.06 Grado de producción 1.60 ± 0.07 1.35 ± 6.12 0.06 Ganancia diaria promedio, kg/d 1.47 ± 0.03 1.39 ± 0.04 0.08 Peso final, kg 460.37 ± 6.15 448.16 ± 8.1 1 0.08 Peso medio metabólico, kg .75 92.76 ± 0.96 91.03 ± 1.25 0.1 Ingesta de materia seca, kg/d 9.42 ± 0.15 9.16 ± 0.21 0.18 aValores P de la prueba F total. Cuatro animales con genotipo GG se excluyeron de los análisis de grelina. Ejemplo : SNPs de Neuropépt ido Y Este ejemplo ilustra las asociaciones entre un polimorfismo de nucleótido individua]. (SNP) en el gen de neuropéptido Y (NI?Y) con mediciones de crecimiento y calidad del canal en el ganado vacuno para carne. El SNP es una mutación ? a la G especifica en la posición de nucleótidos 666 en el intrón 2 del gen NPY bovino. El neuropéptido Y (NPY) es un péptido de 36 aminoácidos que desempeña una función podero'sa como un estimulador de apetito central en la regulación y control de la ingesta de alimento y balance de energía. El neuropéptido Y también estimula la ingesta de alimento e induce a un estado anabólico general al reducir el gasto de energía. Adicionalmente , el NPY influencia la regulación de crecimiento en animales al causar una inhibición dependiente de dosis de liberación de GH, y una disminución de hormona de crecimiento en plasma y concentración IGF-1 a través de la estimulación de somatostatina . Los animales experimentales en este estudio fueron reses para carne híbridas Continental x British engendradas por Angus, Charoláis o toros híbridos de la üniversity of Alberta. Se recolectaron datos de ingesta de alimento, crecimiento y canal durante dos años bajo condiciones de corral en la estación de investigación de ganado vacuno para carne Kinsella de Üniversity of /Alberta. El DNA genómico de muestras de sangre utilizando un nuevo método de extracción de fenol/cloroformo con alto contenido de sal estándar, La determinación del genotipo del SN1? se llevó a cabo utilizando el ensayo Illumina GoldenGate sobre el sistema BeadStation (Illumina Inc., San Diego, CA) , que permite para determinación de genotipo simultanea de 1,536 SNPs utilizando 250 ng de DNA genómico por muestra. El SN i? analizado es una substitución de A a G en la posición de nucleótidos 666 en el intrón 2 del gen NPY (número de acceso AY491054). La secuencia de nucleótidos se representa en la FIG. 5 (SEQ ID NO: 5. (especie, bos taurus): Asociaciones de los genotipos para cada polimorfismo con mediciones de desempeño y valía del canal se analizaron utilizando el modelo mezclado .line l general en SAS.' El modelo de análisis estadísticos incluyo efectos fijos de genotipos SNP, año de prueba (dos niveles), grupo de prueba contemporáneo incluido dentro del año (cuatro niveles) , progenie del semental (tres niveles)', covariante lineal de edad del animal en la prueba, y efectos aleatorios del semental y la hembra del animal. Efectos genéticos aditivos y no aditivos se estimaron para atributos que fueron o tendieron a ser significantes (P < 0.10) entre genotipos.de SNP diferentes. Tabla 9. Genotipo y frecuencias de alelo del SNP NPY en la población experimental del ganado vacuno para carne.
Tabla 10. Efecto de los genotipos de NPY sobre el desempeño y la valía del canal de reses para carne. genotipo SNP de NPY Atributo AA AG GG Valor P a Número de animales 55 146 103 i Ultrasonido del área L , cm2 79.20 ± 0.96 78.55 ± 0.61 75.1 1 ± 0.70 0.002 Peso en el sacr ificio, kg 540.42 ± 8.35 530.66 ± 6.67 513.25 ± 7.26 0.008 Peso medio metabólico, kg.75 94.31 ± 1.14 93.40 ± 0.90 9l :29 ± 0.99 0.03 Peso tinal, kg 469.57 ± 7.45 464.28 ± 5.89 450.65 ± 6.42 0.04 Área LM, cm2 82.74 ± 1.37 82.52 ± 1.08 79.63 ± 1'.19 0.06 Peso del canal, kg 314.63 ± 5.45 3 1 1.67 ± 4.33 301.19 ± 4.78 0.06 aValor P de la prueba F total Tabla 11. Efectos genéticos aditivos y no aditivos de SNP NPY sobre el desempeño y valía del canal.
Desviación de Dominio Atributo erecto del Aditivo Valor P Valor P Ultrasonido del área LM, cm2 4.09 ± 1.19 0.002 -1.39 ± 0.80 0.10 Peso en el sacrificio, kg 27.17 ± 8.35 0.004 -3.83 ± 5.48 0.49 Peso medio metabólico, kg.75 3.02 ± 1.17 0.02 -0.60 ± 0.76 0.44 . Peso final, kg 18.92 ± 7.57 0.02 -4.17 ± 4.96 0.41 Área LM, cm2 3.1 1 ± 1.45 0.05 - 1.34 ± 0.95 0.19 Peso del canal, kg 13.44 ± 5.70 0.04 -3.76 ± 3,75 0.34 Ejemplo 5: SNPs de Proteína 2 de Desacopl .amiento . Este ejemplo ilustra las asociaciones entre un polimorfismo de nucleótido ind:i .vidua 1 (SNP) en el gen de proteína 2 de desacoplamiento ( UCP2 ) con méd:i Lciones de ingesta de alimento, crecimiento, y calidad del' canal en el ganado vacuno para carne. El polimorfismos de SNP2 de UCP2 analizado es una substitución A a G especifica eri la posición de nucleótidos 812 en el exón 4 del gen del UCP2 (número de acceso XM_614452) y la secuencia de nucleótidos se representa en la FIG . 6 (SEQ ID NO: 6) . El polimorfismo de SNP1 de UCP2 considerado es una substitución C a G identificada en la posición 2:13. en intrón 2 del gel UCP2 de acuerdo a la siguiente secuencia de nucleótidos, publicada de la FIG. 7 (SEQ ID NO: 7) .' El UCP2 se ha mostrado que regula la secreción de insulina, y se regula hacia arriba mediante dieta alta en grasa, sugiriendo el UCP2 a ser importante para determinar la velocidad metabólica basal y posiblemente la resistencia a la obesidad'. El enlace genérico significante se ha establecido entre los marcadores de microsatélite que abarca 'la ubicación de un UCP2 con la velocidad metabólica buen reposo, masa corporal, obesidad corporal y masa de grasa en humanos. Los animales experimentales en este estudio fueron reses para carne híbridas Continentales x British engendradas por Angus, Charoláis o toros híbridos de la üni ersity of Alberta. Se recolectaron datos de gesta de alimento, crecimiento y canal durante dos años bajo condiciones de corral en la estación de investigación de ganado vacuno para carne Kinsella de la üniversity o.í: Alberta. El DNA genómico se extrajo de muestras de sangre utilizando un método de extracción de fenol/cloroformo con alto contenido de sal estándar. La determinación del genotipo del SNP se llevó a cabo utilizando el ensayo Illumina GoldenGate sobre el sistema BeadStation (Illumina Inc., San Diego, CA) , que permite la determinación de genotipos simultaneo de 1,536 SNPs utilizando 250 ng de DNA genómico por muestra. Tabla 12. Frecuencias del genotipo y alelos del SNP2 UCP2 en la población experimental del ganado vacuno para carne.
Tabla 13. Frecuencias del genotipo y alelos del SNP1 UCP2 en población experimental del ganado vacuno para carne Tabla 14. Efecto de los genotipos SNP1 UCP2 sobre 'el desempeño y la valía del canal de reses para carne. genotipo SNP1 UCP2 Atributo ce CG GG Valor P° Número de animales 141 131 32 Peso final, kg 455.07*6.91 463.60 ±6.91 440.94 ± 9.44 0.02 Peso medio metabólico, kg.75 91.97 i 1.07 93.21 ± 1.07 89.79 ± 1.45 0.02 Peso en el sacrificio, kg 523.39 ± 7.76 527.41 ±7.76 506.82 ± 10.67 0.09 Ingesta de materia seca, kg/d 9.37 ± 0.17 9.44 ±0.17 8.94 ± 0.25 O.U Producción de Carne Magra, % 58.44 ±0.46 57.61 ±0.48 58.91 ±0.79 0.13 Grasa posterior promedio 10.90 ±0.36 11.88 ±0.39 10.94±0.81 0.18 Ganancia diaria promedio, kg/d 1.44 ±0.03 1.48 ± 0.03 1.40 ± 0.05 0.19 Peso del cana!, kg 307.47 ±4.86 311.92 i 5.01 300.12 ±7.33 0.20 aValor P de la prueba 1 total Tabla 15. Efectos genéticos aditivos y no aditivos de SNP1 UCP2 sobre el desempeño y la valía del canal. Desviación de Dominio Atributo Efecto del Aditivo Valor P Valor P Peso final, kg 14.13 ±8.04 0.09 -15.60 ± 5.17 0.01 Peso medio metabólico, kg.75 2.18 ± 1.22 0.09 -2.32 ± 0.79 0.01 Peso en el sacrificio, kg 16.57 ±9.15 0.08 -12.31 ± 5.89 0.05 Ingesta de materia seca, kg/d 0.43 ± 0.23 0.08 -0.29 ±0.15 0.07 Producción de Carne Magra, % -0.47 ± 0.78 0.56 1.07 ± 0.49 0.05 Grasa posterior promedio -0.05 ± 0.87 0.96 -0.97 ± 0.56 0.11 Ganancia diaria promedio, kg/d 0.05 ± 0.05 0.35 -0.06 ± 0.03 0.07 Peso del canal, kg 7.34 ±6.62 0.29 -8.13 ±4.17 0.08 16. Efecto de los genotipos S!?N2 ÜCP2 sobre eño y la valía del canal de reses para carne. genotipo SNP2 UCP2 Atributo AA AG GG Valor P Número de animales 141 132 31 Peso final, kg 455.22 ± 6.80 463.76 ± 6.80 441.66 ± 9.44 0.02 Peso medio metabolico, kg.75 92.01 ± 1.05 93.24 ± 1.05 89.92 ± 1.45 0.03 Ingesta de materia seca, kg/d 9.37 ± 0.17 9.46 ± 0.17 8.91 ± 0.25 0.07 Peso en el sacrificio, kg 523.52 ± 7.67 527.54 ± 7.67 507.56 ± 10.70 0.1 1 Producción de Carne Magra, % 58.43 ± 0.47 57.59 ± 0.49 58.82 ± 0.79 0.14 Ganancia diaria promedio, kg/d 1.44 ± 0.03 1.48 ± 0.03 1.39 ± 0.05 0.18 Peso del canal, kg 307.49 ± 4.82 31 1.89 ± 4.97 301.27 ± 7.29 0.25 aValor P de la prueba F total Tabla 17. Efectos genéticos aditivos y no aditivos de SNP2 UCP2 sobre el desempeño y la valía del canal. Desviación de Efecto del Aditivo Dominio Atributo Valor P Valor P Peso final, kg 13.56 ± 8.10 o.u -15.31 ± 5.20 0.01 Peso medio metabolico, kg.75 2.08 ± 1.23 0.10 -2.28 ± 0.79 0.01 Ingesta de materia seca, kg/d 0.47 ± 0.23 0.06 -0.32 ± 0.15 0.05 Peso en el sacrificio, kg 15.96 ± 9.22 0.10 - 12.00 ± 5.94 0.06 Atributo Efecto del Aditivo Valor P Desviación de Dominio Valor P Producción de Carne Magra, % -0.39 ± 0.77 0.63 1.03 ± 0.48 0.06 Ganancia diaria promedio, kg/d 0.05 ± 0.05 0.32 -0.06 ± 0.03 0.07 Peso del canal, kg 6.22 ± 6.60 0.37 -7.51 ± 4.17 0.10 Ejemplo 6 Este ejemplo ilustra que existen asociaciones entre los SNPs y las mediciones de desempeño y valía de canal en el ganado vacuno para carne. Además, el efecto genético aditivo y la desviación dominante de los genotipos se determinaron. El efecto aditivo es la diferencia en el valor del atributo entre los dos genotipos de homocigoto (f??-f???) . El valor genotipico dominante es la desviación del heterocigoto del medio de los dos homocigotos (f?6-f?? + GG)/2) .
I I I Los animales experimentales utilizados en este estudio se derivaron de una linea de hembra híbrida cruzada con sementales Angus, Charoláis e híbridos. Los datos fenotipitos se recolectaron utilizando un sistema GrowSafe. La determinación del genotipo de SNP se hizo utilizando un Illumina Beadstation. Los genotipos de SNP examinados en este estudio fueron el receptor de hormona de crecimiento (GH ) , neuropéptido Y (NPY) , Grelina, y la proteína-2 de desacoplamiento (UCP2) . Los análisis de asociación se condujeron en PROC MIXED de SAS con los siguientes variables: (1) efectos fijos: genotipo de SNP, progenie del semental (tres niveles) , lote incluido en el año (cuatro niveles) ; (2) efectos aleatorios: identificación del semental y la hembra; (3) covariante lineal: edad al inicio de la prueba (no utilizado para la asociación NPY) . Tabla 18. Asociaciones de genotipos SNP con desempeño y la valía del canal de reses para carne. Atributo Gen ?? AG GC Valor P Ganancia diaria promedio, kg/d GHR 1.47 1.41 1 .65 .004 Grelina 1.47 1.39 .08 Ingesta de materia seca, kg/d GHR 9.4 9.3 10.3 .01 UCP2 9.4 9.5 8.9 .07 Área LM del canal, cm2 GHR 81 81 87 .03 NPY 83 83 80 .06 Ultrasonido del áreas LM, cm2 GHR 77 77 81 .06 NPY 79 79 75 .002 Producción de Carne Magra, % Grelina 57.9 59.1 .06 Peso medio metabólico, kg.75 UCP2 91 .9 93.2 89.8 .02 NPY 94.3 93.4 91 .3 .03 GHR 91 .3 91 .3 96.6 .01 Grelina 91.0 91.0 .1 Tabla 19. Efecto del aditivo y desviación de dominio de los genotipos SNP (efecto ± SE) Atributo Gen Efecto del Aditivo Desviación de Dominio Ganancia diaria promedio, kg/d 0.18 + 0.07* 0.15 ±0.04*** Área L del canal, cm2 GHR 5.8 ±2.3* 3.4 ± 1.4* Ultrasonido del áreas LM, cm2 GHR 4.2 ±1.9* 2.7 ±1.1* NPY 4.1 ± 1.2** -l.4±0.8 Ingesta de materia seca, kg/d GHR 0.9 ±0.3** 0.6 ±0.2** UCP2 0.5 ±0.2 -0.3 ±0.2* Atributo Gen Efecto del Aditivo Desviación de Dominio Peso final, kg GHR 30 ± 11** 24 ±7** NPY 19 ±7.5* -4 ±5 UCP2 1 ±8 -15 ±5* Peso medio metabolico, kg.75 UCP2 2.2 ± 1.22 -2.3 ±0.79* NPY 3.0 ± 1.17* -0.6 ±0.76 GHR 4.0 ±1.72* 3.3 ± 1.02** *P<0.5, **P<0.01, ***I?<0 .001 denota el significado del efecto Tabla 20. Frecuencia del alelo para cada gen. Frecuencia de Alelos Gen ? ¦ G GHR 0.77 0.23 NPY 0.42 0.58 UC 2 0.68 0.32 Grelina 0.9 0.1 La Fig. 8 y las tablas 18-20 demuestran que el SNP en el gen GHR se asocia con el peso corporal, ganancia diaria promedio, ingesta de alimento, y área LM, y tiene una desviación dominante significante del alelo A sobre el alelo G. Además, los datos muestran que el gen NPY se asocia con el peso corporal y el área LM y existe un efecto aditivo positivo significante del genotipo AA sobre estos atributos.
Por otra parte, el SNP en el gen se asocia con el peso •corporal y muestra sobre dominancia sobre los heterocigotos . También se demuestra que el SNP en el gen de grelina muestra asociaciones con 'el peso corporal y la ganancia diaria promedio. Ejemplo 9 Tabla 21. Resumen de los SNPs y el Efecto IJ'enotipico en Ganado Vacuno para Carne Clave: ADJRTR = Proporción Ajustada de Retorno al Ranchero BFAT = Grasa Posterior BFATRATE = Proporción de Deposición de la Grasa Posterior CALCWT = Peso Calculado CALCYG = Grado de Producción Calculado CARCFAT = Grasa del Canal CHOICEQC = % de Selección como es Medido por 'el Grado de Calidad CUTT = Cortabilidad I 14 COST = Costo de la ganancia ' DOF = Días en la Alimentación DP = Porcentaje Acicalamiento FRAME = Registro del Cuerpo HCW = Peso del Canal Caliente ¡ HCWVALUE = Valor del Peso del Canal Caliente REA = Área de la Costilla ! INWT = En Peso (peso del animal en la llegada en el corral) MBS = Registro del Marmoleo QUALITY = Grado de Calidad PREDYG = Grado de Producción Prédicho QUALITY = Calidad REA = Área de' la Costilla REAHCW = Área de la costilla por 100 libras de peso del canal caliente WT3 = Peso Vivo en el tercer periodo de pesaje YG = Grado de Rendimiento Tabla 22. Frecuencias MARCADORES A252T CONTEOS FREC. DE GENOTIPO FREC. DE ALELO A252T AA 1367 0.90 0.95 A252T AT 131 0.09 A252T TT 15 0.01 0.05 C963T ce 516 0.33 0.57 C963T CT 757 0.48 C963T TT 306 0.19 0.43 A1457G AA 475 0.30 0.55 A1457G AG 760 0.49 A1457G GG 326 0.21 0.45 FABP4 CC 871 0.55 0.74 FABP4 CG 579 0.37 FABP4 GG 121 0.08 0.26 I 15 Tabla 23. Atributos, marcadores, sustituciones y efectos alélicos ís% Atributo Marcador Sustitución de Alelo Efecto Aditivo Fijo Atributo Marcador Estimado Err. Est. DF Valor P Sonda F Estimado Err. Est. Valor P Estimad REA GHRTNT4 -0,19 0.06 1469 0.0029' 0.0090 -0.16 0.08 0.0477 0.08 CUERPO GHRÍNT4 -0.10 0.04 1469 0.0087 0.0273 -0.08 0.04 0.0696 0.03 ADJRTR GHRJNT4 9.41 3.71 1469 0.01 13 0.0108 13.69 4.55 0.0026 9.57 ADDCARCVAL GHRTNT4 3.98 1.66 1469 0.0167 0.0556 3.71 2.04 O.0693 -0.61 REAHCW GHRINT4 -0.01 0.01 1469 0.0850 0.2261 -0.01 0.01 0.1774 0.00 HCW GHRINT4 -4.66 2.74 1469 0.0892 0.1860 -3.32 3.36 0.3242 3.00 CALCWT GHRI T4 -5.87 4.09 1469 0.1515 0.3502 -5.28 5.02 0.2935 1.33 DM1 GHRJ T4 -21.70 17.02 1469 0.2026 0.4162 -17.34 20.89 0.4067 9.74 WT3 GHRINT4 -5.13 4.10 1469 0.21 10 0.4561 -4.91 5.03 0.3301 0.51 INWT GHRT T4 -3.46 2.80 1469 0.2166 0.3706 -4.81 3.44 0.1618 -3.01 ADJNR GHRT T4 4.09 3.47 1469 0.2390 0.2937 1.54 4.26 0.7170 -5.69 DP GHRÍNT4 -0.08 0.08 1469 0.3220 0.2559 0.00 0.10 0.9663 0.17 DOF GHRI T4 -0.09 0.1 1 1469 0.4135 0.6287 -0.13 0.13 0.3363 -0.09 COSTO GHRI T4 -1.54 1.98 1469 0.4361 0.4699 -2.88 2.43 0.2359 -2.99 ADG GHRINT4 -0.01 0.02 1469 0.5195 0.4641 0.00 0.02 0.9297 0.03 YG GHRINT4 0.01 0.03 1403 0.5933 0.7651 0.00 0.03 0.8936 -0.02 CALIDAD GHRINT4 -0.01 0.02 1459 0.6084 0.5434 -0.03 0.03 0.3243 -0.04 VALOR HCW GHBINT4 0.10 0.21 1469 0.6313 0.1559 0.39 0.26 0.1407 0.63 MBS GHRINT4 0.20 0.42 ' 1067 0.6398 0.3451 -0.23 0.52 0.6556 -0.93 CHOICEQG GHRJNT4 0.01 0.02 1459 0.6677 0.8537 0.01 0.02 0.5752 0.01 BFATRATE GHRJNT4 0.00 0.00 1451 0.9190 0.8523 0.00 0.00 0.6850 0.00 CHOICEMBS GHRINT4 0.00 0.02 1067 0.9829 0.641 1 -0.02 0.03 0.5632 -0.04 CALCYG A 1457G -0.065 0.024 1 505 0.0065 ¦ 0.0247 -0.065 0.024 0.0074 0.004 REA A 1457G 0.152 0.056 1513 0.0070 0.0192 0.145 0.057 0.0103 -0.063 CORTE A1457G 0.148 0.056 1505 0.0078 0.0287 0.147 0.056 0.0088 -0.01 1 CARCFAT A 1457G -0.221 0.084 1505 0.0085 0.01 10 -0.238 0.085 0.0051 -0.173 PREDYG A1457G -0.033 0.013 1505 0.0085 0.01 10 -0.036 0.013 0.0051 -0.026 BFAT A1457G -0.013 0.005 1494 0.0106 0.01 14 -0.014 0.005 0.0061 -0.01 1 COSTO A1457G 3.380 1.688. 1513 0.0455 0.0488 3.710 1.703 0.0296 3.427 BFATRATE A1457G 0.000 0.000 1494 0.0470 0.1296 0.000 0.000 0.0435 0.000 HCW A1457G 4.583 2.354 1513 0.0517 0.1 159 4.818 2.377 0.0428 2.431 WT3 A1457G 6.765 3.520 1513 0.0548 0.1552 6.859 3.554 0.0538 0.979 CUERPO A1457G 0.060 0.03 1 1513 0.0555 0.0975 0.065 0.032 0.0422 0.044 CALCWT A1457G 6.590 3.519 1513 0.0613 0.1703 6.685 3.553 0.0601 0.982 Atributo Marcador Sustitución de Alelo Efecto Aditivo Dominio Fijo Atributo Marcador Estimado Err. Est. DF Valor P Sonda F Estimado Err. Est. Valor P Estimado Err. Est. Valor P INWT A1457G 4.478 ' 2.400 1513 0.0623 0.0880 4.865 2.422 0.0448 4.017 3.410 0.239 MBS A1457G -0.591 0.354 1 105 0.0950 0.1431 -0.628 0.355 0.0776 -0.528 0.503 0.294 DOF A1457G 0.134 0.092 1513 0.1439 0.1398 0.1 17 0.092 0.2054 -0.175 0.130 0.180 REAHCW A1457G 0.010 0.007 1513 0.1625 0.1286 0.009 0.008 0.2359 -0.016 0.01 1 0.142 YG A1457G -0.026 0.022 1443 0.2425 0.4179 -0.024 0.022 0.2817 0.019 0.032 0.538 ADDCARCVAL A1457G -1.652 1.419 1513 0.2444 0.4943 -1.607 1.433 0.2622 0.472 2.017 0.815 DMI A1457G 13.1 12 14.603 1513 0.3694 0.5977 12.165 14.743 0.4094 -9.824 20.759 0.636 CHOICEQG A 1457G 0.008 0.017 1503 0.6312 0.8545 0.009 0.017 0.6066 0.007 0.025 0.772 ADG A1457G 0.007 0.016 1513 0.6474 0.7788 0.006 0.016 0.7040 -0.012 0.023 0.590 DP A1457G 0.031 0.070 1513 0.6571 0.3843 0.044 0.071 0.5368 0.130 0.099 0.190 ADJNR A1457G -¡.210 2.973 1513 0.6841 0.6970 -0.906 3.002 0.7627 3.153 4.226 0.456 CHOICE BS A1457G -0.008 0.020 1 105 0.6929 0.5784 -0.010 0.020 0.6251 -0.028 0.029 0.333 VALOR HCW A1457G 0.045 0.182 1513 0.8062 0.7612 0.062 0.184 0.7356 0.181 0.259 0.486 ADJRTR A1457G -0.573 3.182 1513 0.8572 0.8903 -0.768 3.213 0.81 12 -2.024 4.524 0.655 CALIDAD A1457G 0.002 0.020 1503 0.9181 0.8049 0.000 0.020 0.9895 -0.018 0.028 0.515 MBS A252T -0.956 0.81 1 1072 0.239 0.439 -0.306 1.510 0.839 0.894 1.753 0.610 CALCYG A252T 0.060 0.051 1457 0.244 0.128 0.176 0.087 0.043 0.174 0.105 0.097 CORTE A252T -0.135 0.119 1457 0.258 0.141 -0.398 0.201 0.048 -0.394 0.243 0.104 DP A252T 0.166 0.150 1465 0.268 0.458 0.047 0.253 0.852 -0.178 0.306 0.561 BFAT A252T 0.0 I I 0.01 1 1447 0.305 0.299 0.028 0.018 0.122 0.026 0.022 0.243 PREDYG A252T 0.027 0.027 1457 0.316 0.301 0.070 0.045 0.122 0.065 0.055 0.237 CARCFAT A252T 0.180 0.180 1457 0.3 16 0.301 0.468 0.303 0.122 0.432 0.365 0.237 REAHCW A252T -0.016 0.016 1465 0.329 0.232 -0.046 0.027 0.088 -0.046 0.033 0.161 ADJNR A252T -6.040 6.315 1465 0.339 0.536 -1 1.020 10.673 0.302 -7.453 12.877 0.563 CALIDAD A252T -0.034 ' 0.042 1456 0.413 0.362 -0.101 0.071 0.154 -0.100 0.086 0.243 YG A252T 0.035 0.049 1398 0.468 0.700 0.006 0.084 0.947 -0.043 0.101 0.666 BFATRATE A252T 0.000 0.000 1447 0.470 0.287 0.001 0.000 0.1 19 0.001 0.000 0.160 CHOICEMBS A252T 0.032 0.046 1072 0.486 0.771" 0.045 0.085 0.596 0.018 0.099 0.854 HCW A252T 3.437 5.010 1465 0.493 0.767 5.121 8.468 0.545 2.521 10.216 0.805 COSTO A252T 2.299 3.597 1465 0.523 0.753 0.348 6.080 0.954 -2.921 7.335 0.691 INWT A252T 2.786 5.108 1465 0.586 0.712 -1.508 8.633 0.861 -6.427 10.415 0.537 REA A252T -0.056 0.120 1465 0.642 0.419 -0.258 0.203 0.204 -0.302 0.245 0.217 WT3 A252T 3.170 7.490 1465 0.672 0.865 6.583 12.660 0.603 5.108 15.274 0.738 CUERPO A252T 0.027 0.067 1465 0.692 0.574 0.1 16 0.1 13 0.307 0.134 0.137 0.329 o > Atributo Marcador Sustitución de Alelo Efecto Aditivo Dominio Fijo Atributo Marcador Estimado Err. Est. DF Valor P Sonda F Estimado Err. Est. Valor P Estimado Err. Est. Valor P CHOICEQG A252T 0.014 0.037 1456 0.704 0.487 0.071 0.062 0.254 0.085 0.075 0255 CALCWT A252T 2.163 7.481 1465 0.773 0.879 6.423 12.645 0.612 6.377 15.255 0.676 ADJRTR A252T 1.636 6.763 1465 0.809 0.579 1 1.009 1 1.428 0.335 14.029 13.787 0.309 ADDCARCVAL A252T 0.707 3.024 1465 0.815 0.704 -2.610 5.1 10 0.610 -4.964 6.165 0.421 ADG A252T -0.008 0.034 1465 0.824 0.347 0.059 0.057 0.304 0.099 0.069 0.150 DOF A252T -0.038 0.195 1465 0.845 0.981 -0.036 0.330 0.913 0.003 0.398 0.993 VALOR HCW A252T 0.051 0.386 1465 0.895 0.720 0.471 0.652 0.470 0.629 0.786 0.424 DMI A252T -2.743 30.992 1465 0.929 0.221 70.526 52.332 0.178 109.661 63.137 0.083 HCW C963T 7.031 2.339 1531 0.003 0.009 7.281 2.382 0.002 1.870 3.350 0.577 CALCWT C963T 10.105 3.495 1531 0.004 0.015 10.128 3.560 0.004 0.168 5.005 0.973 WT3 C963T 10.098 3.496 153 1 0.004 0.016 10.073 3.561 0.005 -0.182 5.008 0.971 COSTO C963T 4.848 1.681 1531 0.004 0.008 5.223 1.712 0.002 2.802 2.407 0.244 1NWT C963T 6.654 2.390 1531 0.005 0.015 7.047 2.434 0.004 2.932 3.422 0.392 REA C963T 0.148 0.056 1531 0.008 0.026 0.142 0.057 0.013 -0.046 0.080 0.565 PREDYG C963T -0.033 0.012 1523 0.009 0.022 -0.035 0.013 0.006 -0.016 0.018 0.363 CARCFAT C963T -0.218 0.083 1523 0.009 0.022 -0.232 0.085 0.006 -0.108 0.1 19 0.364 CUERPO C963T 0.080 0.03 1 1531 0.010 0.035 0.082 0.032 0.010 0.014 0.045 0.747 BFAT C963T -0.013 0.005 1512 0.01 1 0.024 -0.014 0.005 0.007 -0.007 0.007 0.315 BFATRATE C963T 0.000 0.000 1512 0.019 0.063 0.000 0.000 0.022 0.000 ' 0.000 0.956 ' CALCYG C963T -0.054 0.024 1523 0.024 0.078 -0.053 0.024 0.030 0.006 0.034 0.857 CORTE C963T 0.121 0.055 1523 0.028 0.088 0.1 19 0.056 0.034 -0.015 0.079 0.846 MBS C963T -0.615 0.350 1 1 18 0.079 0.123 -0.672 0.355 0.058 -0.53 1 0.502 0.290 DOF C963T 0.149 0.091 1531 0.100 0.164 0.133 0.093 0.152 -0.124 0.130 0.340 DMI C963T 22.381 14.500 153 1 0.123 0.302 22.022 14.769 0.136 -2.676 20.768 0.897 YG C963T . -0.026 0.022 1461 0.242 0.408 -0.023 0.023 0.307 0.021 0.032 0.514 ADG C963T 0.017 0.016 153 1 0.274 0.477 0.016 0.016 0.330 -0.012 0.023 0.594 ADDCARCVAL C963T -1.065 1.407 153 1 0.449 0.733 -1.124 1.433 0.433 -0.443 2.016 0.826 DP C963T 0.051 0.069 1531 0.460 0.362 0.068 0.071 0.339 0.121 0.099 0.223 VALOR HCW C963T 0.127 0.181 1531 0.482 0.466 0.162 0.184 0.378 0.263 0.258 0.310 REAHCW C963T 0.004 0.007 1531 0.574 0.449 0.003 0.008 0.735 -0.012 0.01 1 0.257 CHOICEQG C963T 0.009 0.017 1521 0.597 0.813 0.010 0.017 0.556 0.009 0.025 0.714 CHOICEMBS C963T -0.006 0.020 1 1 18 0.751 0.719 -0.009 0.020 0.669 -0.022 0.029 0.455 CALIDAD C963T -0.004 0.020 ' 1521 0.831 0.620 -0.008 0.020 0.696 -0.027 0.028 0.340 ADJRTR C963T 0.558 3.152 1531 0.860 0.870 0.257 3.210 0.936 -2.241 4.514 0.620 o Atributo Marcador Sustitución de Alelo Efecto Aditivo Dominio Fijo Atributo Marcador Estimado Err. Est. DF Valor P Sonda F Estimado Err. Est. Valor P Estimado Err. Est. Valor P ADJNR C963T -0.141 2.949 1531 0.962 0.756 0.282 3.004 0.925 3.152 4.223 0.456 CALCYG A1457G -0.065 0.024 1505 0.0065 0.0247 -0.065 0.024 0.0074 0.004 0.034 0.914 REA A1457G 0.152 0.056 1513 0.0070 0.0192 0.145 0.057 0.0103 -0.063 0.080 0.429 CORTE A1457G 0.148 0.056 1505 0.0078 0.0287 0.147 0.056 0.0088 -0.01 1 0.079 0.887 CARCFAT A1457G -0.221 0.084 1505 0.0085 0.01 10 -0.238 0.085 0.0051 -0.173 0.1 19 0.147 PREDYG A1457G -0.033 0.013 1505 0.0085 0.01 10 -0.036 0.013 0.0051 -0.026 0.018 0.147 BFAT A1457G -0.013 0.005 1494 0.0106 0.01 14 -0.014 0.005 O.O061 •0.01 1 0.007 0.120 COSTO A1457G 3.380 1.688 1513 0.0455 0.0488 3.710 1.703 0.0296 3.427 2.398 0.153 BFATRATE A1457G 0.000 0.000 i 494 0.0470 0.1296 0.000 0.000 0.0435 0.000 0.000 0.706 HCW A1457G 4.583 2.354 1513 0.0517 0.1 159 4.818 2.377 0.0428 2.431 3.346 0.468 WT3 AI457G 6.765 3.520 1513 0.0548 0.1552 6.859 3.554 0.0538 0.979 5.004 0.845 CUERPO A1457G 0.060 0.031 1513 0.0555 0.0975 0.065 0.032 0.0422 0.044 0.045 0.320 CALCWT A1457G 6.590 3.519 1513 0.0613 0.1703 6.685 3.553 0.0601 0.982 5.002 0.844 I WT A1457G 4.478 2.400 1513 0.0623 0.0880 4.865 2.422 0.0448 4.017 3.410 0.239 MBS A1457G -0.591 0.354 1 105 0.0950 0.1431 -0.628 0.355 0.0776 -0.528 0.503 0.294 DOF A1457G 0.134 0.092 1513 0.1439 0.1398 0.1 17 0.092 0.2054 -0.175 0.130 0.180 RJEAHC A1457G 0.010 0.007 1513 0.1625 0.1286 0.009 0.008 0.2359 -O.016 0.01 1 0.142 YG AI457G -0.026 0.022 1443 0.2425 0.4179 -0.024 0.022 0.2817 0.019 0.032 0.538 ADDCARCVAL A1457G -1.652 1.419 15 13 0.2444 0.4943 -1.607 1.433 0.2622 0.472 2.017 0.815 DMI A1457G 13.1 12 14.603 1513 0.3694 0.5977 12.165 14.743 0.4094 -9.824 20.759 0.636 CHOICEQG A1457G 0.008 0.017 1503 0.6312 0.8545 0.009 0.017 0.6066 0.007 0.025 0.772 ADG A 1457G 0.007 0.016 1513 0.6474 0.7788 0.006 0.016 0.7040 -0.012 0.023 0.590 DP A1457G 0.031 0.070 1513 0.6571 0.3843 0.044 0.071 0.5368 0.130 0.099 0.190 ADJNR A1457G -1.2 10 2.973 1513 0.6841 0.6970 -0.906 3.002 0.7627 3.153 4.226 0.456 0.029 0.333 CHOICEMBS A 1457G -0.008 · 0.020 1 105 0.6929 0.5784 -0.010 0.020 0.6251 -0.028 VALOR HCW A1457G 0.045 0.182 1513 0.8062 0.7612 0.062 0.184 0.7356 0.181 0.259 0.486 ADJRTR A 1457G -0.573 3.182 1513 0.8572 0.8903 -0.768 3.213 0.81 12 -2.024 4.524 0.655 CALIDAD A I457G 0.002 0.020 1503 0.9181 0.8049 0.000 0.020 0.9895 -0.018 0.028 0.5 15 MBS A252T -0.956 0.81 1 1072 0.239 0.439 -0.306 1.510 0.839 0.894 1.753 _j 0.610 CALCYG A252T 0.060 0.051 1457 0.244 0.128 0.176 0.087 0.043 0.174 0.105 0.097 CORTE A252T -0.135 0.1 19 1457 0.258 0.141 -0.398 0.201 0.048 -0.394 0.243 0.104 DP A252T 0.166 0.150 1465 0.268 0.458 0.047 0.253 0.852 -0.178 0.306 0.561 BFAT A252T 0.01 1 0.01 1 1447 0.305 0.299 0.028 0.018 0.122 0.026 0.022 0243 PREDYG A252T 0.027 0.027 1457 0.3 16 0.301 0.070 0.045 0.122 0.065 0.055 0.237 Atributo Marcador Sustitución de Alelo Efecto Aditivo D ominio Fijo Atributo Marcador Estimado Err. Est. DF Valor P Sonda F Estimado Err. Est. Valor P Estimado Err. Est. Valor P CARCFAT A252T 0.180 ' 0.180 1457 0. 16 0.301 0.468 0.303 0.122 0.432 0.365 0.237 REAHCW A252T -0.016 0.016 1465 0.329 0.232 -0.046 0.027 0.088 -0.046 0.033 0.161 ADJNR A252T -6.040 6. 15 1465 0.339 0.536 -1 1.020 10.673 0.302 -7.453 12.877 0.563 CALIDAD A252T -0.034 0.042 1456 0.413 0.362 -0.101 0.071 0.154 -0.100 0.086 0.243 YG A252T 0.035 0.049 1398 0.468 0.700 0.006 0.084 0.947 -0.043 0.101 0.666 BFATRATE A252T 0.000 0.000 1447 0.470 0.287 0.001 0.000 0.119 0.001 0.000 0.160 CHOICEMBS A252T 0.032 0.046 1072 0.486 0.771 0.045 0.085 0.596 0.018 0.099 0.854 HCW A252T 3.437 5.010 1465 0.493 0.767 5.12 1 8.468 0.545 2.521 10.216 0.805 COSTO A252T 2.299 3.597 1465 0.523 0.753 0.348 6.080 0.954 -2.921 7.335 0.691 I WT A252T 2.786 5.108 1465 0.586 0.712 -1.508 8.633 0.861 -6.427 10.415 0.537 REA A252T -0.056 0.120 1465 0.642 0.419 -0.258 0.203 0.204 -0.302 0.245 0.217 WT3 A252T 3.170 7.490 1465 0.672 0.865 6.583 12.660 0.603 5.108 15.274 0.738 CUERPO A252T 0.027 0.067 1465 0.692 0.574 0.1 16 0.1 13 0.307 0.134 0.137 0.329 CHOICEQG A252T 0.014 0.037 1456 0.704 0.487 0.071 0.062 0.254 0.085 0.075 0.255 CALCWT A252T 2.163 7.481 1465 0.773 0.879 6.423 12.645 0.612 6.377 15.255 0.676 ADJRTR A252T 1.636 6.763 1465 0.809 0.579 11.009 1 1.428 0.335 14.029 13.787 0.309 ADDCARCVAL A252T 0.707 3.024 1465 0.815 0.704 -2.610 5.1 10 0.610 -4.964 6.165 0.421 ADG A252T -0.008 0.034 1465 0.824 0.347 0.059 0.057 0.304 0.099 0.069 0.150 DOF A252T -0.038 0.195 1465 0.845 0.981 -0.036 0.330 0.913 0.003 0.398 0.993 VALOR HCW A252T 0.051 0.386 1465 0.895 0.720 0.471 0.652 0.470 0.629 0.786 0.424 DMI A252T -2.743 30.992 1465 0.929 0.221 70.526 52.332 0.178 j 109.661 63.137 0.083 HCW C963T 7.031 2.339 153 1 0.003 0.009 7.281 2.382 0.002 1.870 3.350 0.577 CALCWT C963T 10.105 3.495 1531 0.004 0.015 10.128 3.560 0.004 0.168 5.005 0.973 WT3 C963T 10.098 · 3.496 1531 0.004 0.016 10.073 3.561 0.005 -0.182 5.008 0.971 COSTO C963T 4.848 1.681 1531 .0.004 0.008 5.223 1.712 0.002 2.802 2.407 0.244 INWT C963T 6.654 2.390 1531 0.005 0.015 7.047 2.434 0.004 2.932 3.422 0.392 REA C963T 0.148 0.056 1531 0.008 0.026 0.142 0.057 0.013 -0.046 0.080 0.565 PREDYG C963T -0.033 0.012 1523 0.009 0.022 -0.035 0.013 0.006 -0.016 0.018 0.363 CARCFAT C963T -0.218 0.083 1523 0.009 0.022 _| -0.232 0.085 0.006 -0.108 0.1 19 0.364 CUERPO C963T 0.080 0.03 1 1531 0.010 0.035 0.082 0.032 0.010 0.014 0.045 0.747 BFAT C963T -0.013 0.005 1512 0.01 1 0.024 -0.014 0.005 0.007 -0.007 0.007 0.315 BFATRATE C963T 0.000 0.000 1512 0.019 0.063 0.000 0.000 0.022 0.000 0.000 0.956 CALCYG C963T -0.054 0.024 1523 0.024 0.078 -0.053 0.024 0.030 0.006 0.034 0.857 CORTE C963T 0.121 0.055 1523 0.028 0.088 0.1 19 0.056 0.034 -0.015 0.079 0.846 o Atributo Marcador Sustitución de Alelo Efecto Aditivo Dominio Fijo Atributo Marcador Estimado Err. Est. DF Valor P Sonda F Estimado Err. Est. Valor P Estimado Err. Est. Valor P MBS C963T -0.615 0.350 1 1 18 0.079 0.123 -0.672 0.355 0.058 •0.53 1 0.502 0.290 DOF C963T 0.149 0.091 1531 0.100 0.164 0.133 0.093 0.152 -0.124 0.130 0.340 DMI C963T 22.381 14.500 1531 0.123 0.302 22.022 14.769 0.136 -2.676 20.768 0.897 YG C963T -0.026 0.022 1461 0.242 0.408 -0.023 0.023 0.307 0.021 0.032 0. 14 ADG C963T 0.017 0.016 1531 0.274 0.477 0.016 0.016 0.330 -0.012 0.023 0.594 ADDCARCVAL C963T -1.065 1.407 1531 0.449 0.733 -1.124 1.433 0.433 -0.443 2.016 0.826 DP C963T 0.051 0.069 1531 0.460 0.362 0.068 0.071 0.339 0.121 0.099 0.223 VALOR HCW C963T 0.127 0.181 1531 0.482 0.466 0.162 0.184 0.378 0.263 0.258 0.3 10 REAHCW C963T 0.004 0.007 153 1 0.574 0.449 0.003 0.008 0.735 -0.012 0.01 1 0.257 CHOICEQG C963T 0.009 0.017 1521 0.597 0.813 0.010 0.017 0.556 0.009 0.025 0.714 CHOICEMBS C963T -0.006 0.020 . 1 1 18 0.751 0.719 -0.009 0.020 0.669 -0.022 0.029 0.455 CALIDAD C963T -0.004 0.020 1521 0.831 0.620 -0.008 0.020 0.696 -0.027 0.028 0.340 ADJRTR C963T 0.558 3.152 153 1 0.860 0.870 0.257 3.210 0.936 -2.241 4.514 0.620 ADJ C963T -0.141 2.949 1531 0.962 0.756 0.282 3.004 0.925 3.152 4.223 0.456 YG GHR -0.125 0.035 1452 0.0004 0.0002 0.251 0.069 O.OOO -0.165 0.078 0.034 REA GHR 0.301 0.090 1520 0.0008 0.0038 ¦0.314 0.180 0.081 0.017 0.201 0.934 CORTE GHR 0.294 0.089 1512 0.0009 0.0033 -0.403 0.177 0.023 0.140 0.198 0.480 CALCYG GHR -0.125 0.038 1512 0.001 1 0.0038 0.175 0.076 0.022 -0.065 0.086 0.448 PREDYG GHR -0.059 0.020 1512 0.0034 0.0021 0.127 0.040 0.002 1 -0.088 0.045 0.051 CARCFAT GHR -0.393 0.134 1512 0.0034 0.0021 0.845 0.268 0.002 1 -0.584 0.300 0.0 1 BFAT GHR -0.023 0.008 1501 0.0046 0.0027 0.050 0.016 0.002 -0.035 0.018 0.050 I WT GHR 10.802 3.840 1520 0.0050 0.0132 -16.643 7.675 0.030 7.554 8.592 0.379 COSTO GHR 7.285 2.703 1520 0.0071 0.0193 -1 1.050 5.401 0.041 4.869 6.047 0.421 CUERPO GHR 0.135 0.050 1520 0.0074 0.0188 -0.212 0.101 0.035 0.100 0.1 13 0.376 DOF GHR -0.3 18 0.146 . 1520 0.0300 0.0933 0.270 0.293 0.357 0.062 0.328 0.849 DP GHR 0.224 0.1 1 1 1520 0.0430 0.1204 -0.153 0.221 0.490 -0.092 0.248 0.710 REAHCW GHR 0.024 0.012 1520 0.0468 0.1 157 -0.01 1 0.024 0.636 -0.016 0.027 0.547 HCW GHR 7.094 3.765 1520 0.0597 0.1058 -13.443 7.524 0.074 8.209 8.424 0.330 ADJRTR GHR 7.104 5.067 1520 0.161 1 0.1841 3.349 10.124 0.741 -13.517 1 1.335 0.233 MBS GHR -0.747 0.552 1 124 0.1761 0.3892 0.530 1.058 0.617 0.288 1.196 0.810 CALCWT GHR 6.703 5.627 1520 0.2337 0.2363 -18.500 1 1.242 0.100 15.254 12.586 0.226 ADDCARCVAL GHR 2.619 2.264 1520 0.2475 0.1649 3.279 4.522 0.468 -7.627 5.063 0.132 WT3 GHR 6.383 5.627 1520 0.2568 0.2220 -19.167 1 1.241 0.088 16.530 12.585 0.189 CHOICEQG GHR -0.028 0.028 151 1 0.3056 0.491 1 -0.001 0.055 0.988 0.038 1 0.062 0.542 Atributo Marcador Sustitución de Alelo Efecto Aditivo Dominio Fijo Atributo Marcador Estimado Err. Est. DF Valor P Sonda F Estimado Err. Est. Valor P Estimado Err. Est. Valor P CHOICEMBS GHR -0.030 0.032 1 124 0.3406 0.5980 0.012 ' 0.061 0.841 0.024 0.069 ' 0.728 CALIDAD GHR 0.026 0.032 151 1 0.41 15 0.6822 -0.010 0.063 0.880 -0.021 0.071 0.763 BFATRATE GHR 0.000 0.000 1501 0.4377 0.3144 0.001 0.000 0.128 -0.001 0.000 0.191 ADJNR GHR 3.606 4.739 1520 0.4468 0.7457 -4.356 9.473 0.646 0.969 10.606 0.927 ADG GHR -0.018 0.025 1520 0.4804 0.5871 -0.015 0.051 0.765 0.043 0.057 0.451 VALOR HCW GHR 0.149 0.290 1520 0.6073 0.0836 -1.235 0.578 0.033 1.405 0.648 0.030 D I GHR 0.858 23.265 1520 0.9706 0.6380 -38.992 46.491 0.402 49.312 52.049 0.344 COSTO UASMS1 -4.662 1.690 1529 0.006 0.016 -4.924 1.722 0.004 1.929 2.407 0.423 CUERPO UASMS 1 -0.086 0.031 1529 0.006 0.023 -0.086 0.032 0.007 0.000 0.045 0.998 PREDYG UASMS1 0.034 0.013 1521 0.006 0.014 0.037 0.013 0.004 -0.018 0.018 0.300 CARCFAT ÜASMS1 0.228 0.083 1521 0.006 0.014 0.245 0.085 0.004 -0.123 0.1 19 0.300 HCW UASMS1 -6.328 2.350 1529 0.007 0.026 -6.465 2.394 0.007 1.004 3.347 0.764 I WT UASMS1 -6.454 2.402 1529 0.007 0.024 -6.710 2.447 0.006 1.882 3.421 0.582 BFAT UASMSl 0.013 0.005 1510 0.008 0.015 0.015 0.005 0.005 -0.008 0.007 0.258 CALCWT UASMS1 -9.034 3.514 1529 0.010 0.036 -8.842 3.580 0.014 -1.409 5.005 0.778 REA UASMS 1 -0.141 0.056 1529 0.012 0.034 -0.133 0.057 0.020 -0.057 0.080 0.479 WT3 UASMS1 -8.750 3.515 1529 0.013 0.043 -8.504 3.582 0.018 -1.803 5.007 0.719 CALCYG UASMS 1 0.056 0.024 1521 0.019 0.064 0.055 0.024 0.023 0.004 0.034 0.896 CORTE UASMS 1 -0.127 0.055 1 521 0.023 0.074 -0.125 0.056 0.027 -0.010 0.079 0.900 BFATRATE UASMS 1 0.000 0.000 1 510 0.076 0.207 0.000 0.000 0.082 0.000 0.000 0.987 MBS UASMS 1 0.587 0.353 1 124 0.096 0.121 0.654 0.357 0.067 -0.605 0.500 0.227 DOF UASMS 1 -0.138 0.091 1529 0.130 0.194 -0.121 0.093 0.194 -0.129 0.130 0.321 DMI UASMS 1 -19.530 14.570 1529 0.180 0.389 -18.673 14.846 0.209 -6.299 20.754 0.762 ADDCARCVAL UASMS 1 1.780 1.414 1529 0.208 0.435 1.858 1.441 0.198 -0.571 2.014 0.777 YG UASMSl 0.022 0.022 1461 0.326 0.382 0.018 0.023 0.437 0.031 0.032 0.327 DP UASMS 1 -0.052 0.070 1529 0.454 0.329 -0.070 0.071 0.327 0.129 0.100 0.197 ADG UASMSl -0.012 0.016 1529 0.470 0.637 -0.010 0.016 0.554 -0.014 0.023 0.538 REAHGW UASMS l -0.005 - 0.007 1529 ' 0.516 0.471 -0.003 0.008 0.661 -0.01 1 ~ 0.011 0.297 CHOICEQG UASMS l -0.010 0.017 1519 0.566 0.813 -0.01 1 0.018 0.536 0.007 0.025 0.770 VALOR HCW UASMS l -0.100 0.182 1529 0.582 0.677 -0.125 0.185 0.501 0.179 0.259 0.489 CHOICEMBS UASMSl 0.01 1 .0.020 1 124 0.603 0.673 0.013 0.021 0.532 -0.021 0.029 0.470 ADJNR UASMSl 0.801 2.974 1529 0.788 0.854 0.516 3.030 0.865 2.091 4.236 0.622 ADJRTR UASMSl 0.658 3.167 1529 0.835 0.732 1.126 3.226 0.727 -3.440 4.510 0.446 CALIDAD UASMSl 0.002 0.020 1519 0.935 0.792 0.004 0.020 0.834 -0.019 0.028 0.497 Atributo Marcador Sustitución de Alelo Efecto Aditivo Dominio Fijo Atributo Marcador Estimado Err. Est. DF Valor P Sonda F Estimado Err. Est. Valor P Estimado Err. Est. Valor P INWT UASMS2 7.349 2.638 1533 0.005 0.009 9.422 3.078 0.002 5.212 3.988 0.191 COSTO UAS S2 4.607 1.856 1533 0.013 0.019 6.099 2.166 0.005 3.751 2.806 0.182 HCW UASMS2 6.135 2.581 1533 0.018 0.010 9.067 3.009 0.003 7.372 3.900 0.059 ADJRTR UASMS2 7.042 3.476 1533 0.043 0.088 5.204 4.056 0.200 -4.620 5.256 0.380 CUERPO UAS S2 0.067 0.034 1533 0.053 0.031 0.104 0.040 0.010 0.094 0.052 0.073 CALCWT UASMS2 7.125 3.858 1533 0.065 0.031 1 1.506 4.498 0.01 1 1 1.014 5.829 0.059 WT3 UAS S2 7.058 3.859 1533 0.068 0.032 1 1.420 4.500 0.01 1 10.966 5.831 0.060 DP UASMS2 0.137 0.077 1533 0.074 ¦ 0.196 0.150 0.090 0.095 0.03 1 0.1 16 0.788 CHOICEQG UASMS2 -0.022 0.019 1523 0.253 0.488 -0.018 0.022 0.425 0.010 0.029 0.724 MBS UASMS2 0.432 0.395 1 124 0.274 0.516 0.344 0.457 . 0.462 -0.209 0.593 0.724 BFATRATE UAS S2 0.000 0.000 1514 0.277 0.334 0.000 0.000 0.681 0.000 0.000 0.315 DOF UAS S2 0.103 0.100 1533 0.302 0.437 0.057 0.1 17 0.626 -0.1 17 0.152 0.442 DMI UASMS2 15.746 15.975 1533 0.324 0.308 27.057 18.640 0.147 28.438 24.155 0.239 REA UAS S2 0.060 0.062 1533 0.332 0.556 0.042 0.072 0.560 -0.045 0.093 0.630 REAHCW UASMS2 -0.006 0.008 1533 0.455 0.080 -0.017 0.010 0.083 -0.026 0.012 0.034 PREDYG UASMS2 0.010 0.014 1525 0.461 0.691 0.007 . 0.016 0.686 -0.009 0.021 0.658 CARCFAT UASMS2 0.068 0.092 1525 0.461 0.691 0.043 0.107 0.686 -0.062 0.139 0.659 CALIDAD UASMS2 0.014 0.022 1523 0.504 0.666 0.007 0.025 0.794 -0.020 0.033 0.546 BFAT UASMS2 0.004 ' 0.006 1514 0.509 0.749 0.?02 0.006 0.71 1 -0.003 0.008 0.707 CORTE UASMS2 -0.035 0.061 1525 0.564 0.578 -0.067 0.071 0.345 -0.081 0.092 0.382 ADDCARCVAL UASMS2 0.828 1.552 1533 0.594 0.830 0.550 1.812 0.762 -0.700 2.348 0.766 CALCYG UASMS2 0.013 0.026 1525 0.621 0.604 0.027 0.0 1 0.382 0.035 0.040 0.382 VALOR HCW UASMS2 -0.084 0.200 1533 0.673 0.889 -0.1 13 0.233 0.628 -0.072 0.302 0.813 ADJNR UASMS2 -1.280 3.260 1533 0.695 0.862 -2.024 3.806 0.595 - 1.869 4.932 0.705 YG UAS S2 -0.007 0.024 1464 0.759 0.858 -0.001 0.029 0.983 0.017 0.037 0.645 ADG UASMS2 -0.005 0.017 1533 0.780 0.308 0.01 1 0.020 0.590 0.040 0.026 0.131 CHOICEMBS UASMS2 0.000 0.023 1 124 0.989 0.948 -0.005 0.027 0.852 ¦ -0.01 1 0.034 0.744 PREDYG EX0 2FB -0.043 0.013 1515 0.0007 0.0019 -0.046 0.013 0.0004 -0.018 0.018 0.309 CARCFAT EX0N2FB -0.288 0.085 1515 0.0007 0.0019 -0.306 0.086 0.0004 -0.122 0.120 0.310 BFAT EX0N2FB -0.017 0.005 1504 0.0009 0.0022 -0.018 0.005 0.0005 -0.008 0.007 0.270 CALCYG EX0N2FB -0.077 0.024 1515 0.0015 0.0063 -0.078 0.025 0.0016 -0.007 0.034 0.843 CORTE EX0N2FB 0.176 0.056 1515 0.0018 0.0074 0.178 0.057 0.0019 0.014 0.079 0.860 REA EXON2FB 0.172 0.057 1522 0.0025 0.0095 0.167 0.058 0.0041 -0.036 0.080 0.652 COSTO EX0N2FB 4.294 1.707 1522 0.0120 0.0393 4.431 1.741 0.01 10 0.957 2.413 0.692 o Atributo Marcador Sustitución de Alelo Efecto Aditivo Dominio Fijo Atributo Marcador Estimado Err. Est. DF Valor P ¡Sonda F Estimado Err. Est. Valor P Estimado Err. Est. Valor P CHOICEMBS TFAM2 0.021 0.021 1121 0.303 0.543 0.024 0.021 0.271 0.012 0.Ó30 0.687 ADJ R TFAM2 2.443 3.004 1534 0. 16 0.719 2.455 3.126 0.433 0.056 4.329 0.990 CHOICEQG TFAM2 0.012 0.018 1524 0.496 0.294 0.019 0.018 0.295 0.035 0.025 0.159 ADG TFAM2 0.009 0.016 1534 0.557 0.739 0.O12 0.017 0.481 0.012 0.023 0.61 1 CALCYG TFAJ 2 -0.009 0.024 1526 0.696 0.897 -0.008 0.025 0.760 0.009 0.035 0.798 BFATRATE TFAM2 0.000 0.000 1515 0.712 0.533 0.000 0.000 0.947 0.000 0.000 0.289 CORTE TFAM2 0.018 0.056 1526 0.746 0.927 0.015 0.059 ¦ 0.801 -0.018 0.081 0.829 EAHCW TFA 2 -0.002 0.008 1534 0.755 0.930 -0.003 0.008 0.719 -0.002 0.01 1 0.828 PREDYG TFA 2 -0.001 0.013 1526 0.937 0.949 0.000 0.013 0.992 0.006 0.018 0.754 CARCFAT TFAM2 -0.007 0.085 1526 0.938 0.949 0.001 0.088 0.991 0.038 0.123 0.755 BFAT TFA 2 0.000 0.005 1515 0.972 0.938 0.000 0.005 0.949 0.003 0.007 0.721 ADJRTR TFAM2 -0.091 3.212 1534 0.977 0.756 -0.781 3.343 0.815 -3.462 4.628 0.455 DP TFAM2 0.001 0.071 1534 0.989 0.663 -0.017 0.074 0.813 -0.093 0.102 0.365 INWT TFAM3 -5.983 2.512 1421 0.017 0.053 -6.186 2.552 0.015 -1.612 3.540 0.649 COSTO TFAM3 -3.671 1.774 1421 0.039 0.103 -3.837 1.802 0.033 -1.318 2.500 0.598 WT3 TFA 3 -5.467 3.683 1421 0.138 0.300 -5.768 3.742 0.123 -2.384 5.190 0.646 CUERPO TFAM3 0.006 0.033 1421 0.864 0.704 0.001 0.034 0.980 -0.038 0.047 0.412 CALIDAD TFA 3 0.035 0.021 1412 0.086 0.028 0.028 0.021 0.179 -0.059 0.029 0.041 HCW TFAM3 -3.136 2.463 1421 0.203 0.405 -3.326 2.502 0.184 -1.504 3.471 0.665 REA TFAM3 -0.042 0.058 1421 0.471 0.176 -0.024 0.059 0.683 0.142 0.082 0.086 REAHCW TFAM3 0.001 0.008 1421 0.867 0.129 0.004 0.008 0.604 0.022 0.011 0.044 YG TFAM3 -0.018 0.023 1359 0.436 0.341 -0.023 0.024 0.330 -0.040 0.033 0.214 VALOR HCW TFA 3 -0.350 0.189 1421 0.065 0.01 1 -0.270 0.192 0.159 0.629 0.266 0.018 CALCWT TFAM3 -6.247 3.675 1421 0.089 0.208 -6.577 3.734 0.078 -2.612 5.179 0.614 D I TFAM3 -12.902 15.185 1421 0.396 0.686 -13.390 15.429 0.386 -3.869 21-401 0.857 DOF TFAM3 -0.061 0.096 1421 0.527 0.366 -0.082 0.098 0.398 -0.172 0.135 0.205 BFATRATE TFAM3 0.000 0.000 1402 0.833 0.722 0.000 0.000 0.730 0.000 0.000 0.436 ADG TFA 3 0.006 0.017 1421 0.721 0.909 0.005 0.017 0.759 -0.006 0.023 0.802 DP TFAM3 0.059 0.074 1421 0.424 0.696 0.063 0.075 0.402 0.030 0.104 0.770 BFAT TFAM3 -0.003 0.005 1402 0.603 0.804 -0.002 0.005 0.660 0.003 0.007 0.684 MBS TFAM3 -0.993 0.371 1056 0.008 0.028 -0.995 0.377 0.008 -0.010 0.519 0.984 ADDCARCVAL TFAM3 -1.408 1.466 1421 0.337 0.587 -1.507 1.490 0.312 -0.779 2.066 0.706 ADJNR TFAM3 -0.981 3.093 1421 0.751 0.912 -1.140 3.143 0.717 -1.260 4.360 0.773 ADJRTR TFAM3 3.856 3.305 1421 0.244 0.505 3.902 3.359 0.246 0.367 4.659 0.937 o Atributo Marcador Sustitución de Alelo Efecto Aditivo Dominio Fijo Atributo Marcador Estimado Err. Est. DF Valor P Sonda F Estimado Err. Est. Valor P Estimado Err. Est. Valor P PREDYG TFAM3 -0.006 0.013 1413 0.642 0.835 -0.005 0.013 0.697 0.007 0.019 0.705 CALCYG TFAM3 -0.005 0.025 1413 0.850 0.473 -0.010 0.026 0.687 -0.043 0.035 0.227 CORTE TFAM3 0.012 0.058 1413 0.83 1 0.435 0.026 0.059 0.662 0.105 0.082 0.203 CARCFAT TFAM3 -0.041 0.088 1413 0.641 0.835 -0.035 0.089 0.696 0.047 0.124 0.704 CHOICEMBS TFA.M3 -0.037 0.021 1056 0.077 0.155 -0.034 0.021 0.109 0.023 0.030 0.433 CHOICEQG TFA 3 -0.027 0.018 1412 0.131 0.130 -0.023 0.018 0.209 0.034 0.025 0.179 CALIDAD FABP4 0.079 0.022 1513 0.0004 0.002 0.074 0.027 0.006 -0.01 1 0.035 0.744 CHOICEQG FABP4 -0.066 0.019 1513 0.0007 0.003 -0.060 0.024 0.012 0.015 0.031 0.635 CHOICEMBS FABP4 -0.061 0.023 1 1 15 0.0068 0.025 -0.065 0.027 0.016 -0.008 0.035 0.808 REAHCW FABP4 0.013 0.008 1523 0.1259 0.061 0.023 0.010 0.023 0.024 0.013 0.072 CALCYG FABP4 -0.034 0.027 1515 0.2069 0.201 -0.058 0.033 0.079 -0.054 0.042 0.204 CORTE FABP4 0.076 0.063 1515 0.2271 0.191 0.134 0.076 0.078 0.134 0.098 0.173 VALOR HCW FABP4 -0.238 0.205 1523 0.2469 0.279 -0.083 0.248 0.737 0.354 0.322 0.271 CUERPO FABP4 ' -0.040 0.036 1523 0.2565 0.161 -0.078 0.043 0.071 -0.086 0.056 0.124 DMI FABP4 -17.982 16.399 1523 0.2730 0.197 -34.021 19.849 0.087 -36.835 25.701 0.152 COSTO FABP4 -1.848 1.917 1523 0.335 0.070 -4.588 2.319 0.048 -6.293 3.002 0.036 MBS FABP4 -0.352 0.396 1 1 15 · 0.374 0.505 -0.157 0.472 0.739 0.463 0.610 0.448 REA FABP4 0.056 0.064 1523 0.377 0.647 0.069 0.077 0.369 0.030 0.100 0.764 WT3 FABP4 -3.454 3.978 1523 0.385 0.107 -8.684 4.813 0.071 -12.01 1 6.232 0.054 ADDCARCVAL FABP4 1.288 1.600 1523 0.421 0.686 1.643 1.937 0.397 0.814 2.509 0.746 CALCWT FABP4 -3.193 3.978 1523 0.422 0.103 -8.559 4.813 0.076 -12.323 6.231 0.048 I WT FABP4 -2.179 2.726 1523 0.424 0.122 J -5.696 3.298 0.084 -8.077 4-270 0.059 HCW FABP4 -2.040 2.664 1523 0.444 0.051 -6.244 3.221 0.053 -9.656 4.171 0.021 YG FABP4 -0.018 0.025 1454 0.461 0.429 -0.037 0.030 0.226 -0.042 0.039 0.283 ADJRTR FABP4 -2.223 3.576 1523 0.534 0.490 0.266 4.330 0.951 5.718 5.607 0.308 ADG FABP4 -0.01 1 0.018 1523 0.544 0.503 -0.023 0.022 0.286 -0.028 0.028 0.316 PREDYG FABP4 -0.007 0.014 1515 0.612 0.827 -0.01 1 0.017 0.537 -0.008 0.022 0.725 CARCFAT FABP4 -0.048 0.095 1515 0.613 0.827 -0.071 0.1 15 0.537 -0.053 0.149 0.724 BFAT FABP4 -0.003 0.006 1504 0.638 0.849 -0.004 0.007 0.567 -0.003 0.009 0.745 BFATRATE FABP4 0.000 0.000 1504 0.904 0.930 0.000 0.000 0.918 0.000 0.000 0.717 ADJ R FABP4 0.124 3.355 1523 0.970 0.987 0.481 4.064 0.906 0.820 5.262 0.876 DOF FABP4 -0.002 0.103 1523 0.981 0.515 -0.084 0.125 0.503 -0.186 0.162 0.249 DP FABP4 0.001 0.079 1523 0.991 0.484 -0.064 0.096 0.503 -0.149 0.124 0.228 PREDYG T945M 0.093 0.026 1524 0.0003 0.001 0.103 0.063 0.104 0.01 1 0.068 0.868 t o o t t t O Ejemplo 8 La FIG. 9 muestra un diagrama de flujo de la entrada de datos y la salida de los resultados del análisis y la correlación de los que pertenecen a la reproducción, historias veterinarias y requerimien os de desempeño de un grupo de animales tales como de bovinos. El diagrama de flujo ilustrado en la FIG. 9 además indica que el flujo interactivo de datos del dispositivo asistido por computadora a un cuerpo de estudiantes que aprenden el uso del método de la invención y la correlación de tales datos interactivos para presentar una salida como un diagrama circular que indica el progreso de la clase. El diagrama de flujo además indica modificaciones del método de la invención de acuerdo con la información recibida de los estudiantes para avanzar el proceso de enseñanza u optimizar el método para satisfacer las necesidades de los estudiantes. La FIG. 10 ilustra relaciones potenciales entre los elementos de datos a ser ingresados en el sistema. Las flechas no direccionales indican, por ejemplo, que un alojamiento o cobertizo es típicamente de propiedad por solo una granja, mientras que una granja puede tener ;varias casas o cobertizos. Similarmente , una prescripción puede incluir tener varios productos veterinarios. La FIG. 11A ilustra el flujo de eventos en el uso del sistema basado en computadora portátil para la entrada de datos sobre la reproducción y crianza de una manada de vacas. FIG. 11B ilustra el flujo de eventos a través de las subrutinas relacionadas a la entrada de datos con relación al manejo de la granja. La FIG. 11C ilustra el flujo de eventos a través de las sub-rutinas relacionadas a la entrada de datos concernientes a los datos específicos a una compañía. La FIG. 12 ilustra un diagrama de flujo de la entrada de datos y la salida de los resultados del análisis y la correlación de los datos que pertenecen a la reproducción, historias veterinarias, y requerimientos de desempeño de un grupo de animales. La invención se describe adiciona Irnente por los siguientes párrafos numerados: 1. Un método para subagrupar animales de acuerdo al genotipo en donde los animales de cada subgrupo tienen un polimorfismo similar en un gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2 que comprende: (a) determinar el genotipo de cada animal a ser subagrupado al determinar la presencia de un polimorfismo de nucleótido individual en el gen GHR, grelina, leptina, NPY, UCP2 , y (b) segregar animales individuales en subgrupos en donde cada animal en un subgrupo tiene un polimorfismo similar en el gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2. 2. Un método para subagrupar animales de acuerdo al genotipo en donde los animales de cada subgrupo tienen un genotipo similar en el gen GHR, grelina, leptina, NPY, o UCP2 que comprende: (a) determinar el genotipo de cada animal a ser subagrupado al determinar la presencia de un polimorfismo ( s ) del nucleótido individual de interés en el gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2, (b) segregar animales individuales en subgrupos dependiendo si los animales tienen, o no tienen el (los) polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés en el gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2. 3. El método de los párrafos 1 o 2, en donde el (los) polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés se selecciona del grupo que consiste de una sustitución A a G en la posición de nucleótido 300 en el intrón 4 del gen GHR, una sustitución A a G en la posición 212 en el intrón 3 del gen grelina, una mutación de C a T en la posición 528 en el gen leptina, una mutación de C a T en la posición 321 en el gen leptina, una sustitución A a G en la posición de nucleótido 666 en el intrón 2 en el gen NPY, una sustitución A a G en la posición 812 del exón 4 en el gen UCP2 y una sustitución C a G en la posición 213 en el intrón 2 del gen UCP2. 4. Un método para subagrupar animales de acuerdo al genotipo en donde los animales de cada subgrupo tienen un genotipo similar en el gen GHR, grelina, leptina', NPY o UCP2 que comprende: (a) determinar el genotipo de cada animal a ser subagrupado al determinar la presencia de una sustitución ? a G en la posición de nucleótido 300 en el intrón del gen GHR, una sustitución ? a G en la posición 212 en el intrón 3 del gen grelina, una mutación C a T en la posición 528 en el gen leptina, una mutación C a T en la posición 321 en el gen leptina, una sustitución A a G en la posición de nucleótido 666 en el intrón 2 del gen NPY, una sustitución A a G en la posición 812 del exón 4 en el gen UCP2 o una sustitución C a G en la posición 213 en el intrón 2 del UCP2, y (b) segregar animales individuales en subgrupos dependiendo si los animales tienen, o no tienen, una sustitución A a G en la posición de nucleótido 300 en el intrón 4 del gen GHR, una - sustitución A a G en la posición 212. en el intrón 3 del gen grelina, una mutación C a T en la posición 528 en el gen leptina, una mutación C a T en la posición 321 en el gen leptina, una sustitución A a G en la posición de nucleótido 666 en el intrón 2 del gen NPY, una sustitución A a G en la posición 812 del exón 4 en el gen UCP2 o una sustitución C a G en la posición 213 en el intrón 2 del polimorfismo de nucleótido individual del gen UCP2 en el gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2.
. Un método para identificar un animal que tiene un fenotipo deseable que se relaciona a cierta ingesta de alimento, proporción de crecimiento, peso corporal, valia del canal y composición, y producción de leche, como es comparado a la población general de animales de esa especie, que comprende determinar la presencia de un polimorfismo de nucleótido individual en el gen G H R , grelina, leptina, NPY o UCP2 del animal, en donde el polimorfismo se selecciona del grupo que consiste de una sustitución A a G en la posición de nucleótido 300 en el intrón 4 del gen G H R , una sustitución ? a G en la posición 212 en el intrón 3 del grelina, una mutación C a T en la posición 528 en el gen leptina, una mutación C a ? en la posición 321 en el gen leptina, una sustitución A a G eri la posición de nucleótidos 666 en el intrón 2 del gen NPY, una sustitución A a G en la posición 812 del exón A en el UCP2 o una sustitución C a G en la posición 213 en el intrón 2 del gen ÜCP2, en donde la presencia de ya sea una sustitución A a G en la posición de nucleótido 300 en el intrón 4 del gen GHR, una sustitución A a G en el intrón 3 del gen grelina, una mutación C a T en la posición 528 en el gen leptina, una mutación C a T en la posición 321 en l gen leptina, una sustitución A a G en la posición de nucleótido 666 en el intrón 2 del gen NPY, una sustitución A a G en la posición 812 del exón 4 en el gen UCP2 o una sustitución C a G en la posición 213 en el intrón M2 2 del polimorfismo de nucleótido individual del gen UCP2 es indicativo de un fenotipo deseable que se relaciona a cierta ingesta de alimento, proporción de crecimiento, peso corporal, valia del canal y composición y producción de leche. 6. El método de cualquiera de los párrafos 1 al 5 en donde el animal es un bovino. 7. El método de cualquiera de los párrafos 1 al 7 en donde el gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2 es un gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2 bovino. 8. Un método asistido por computadora interactivo para rastrear la crianza de bovinos de ganado que comprende, utilizar un sistema de computadora que comprende una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada, un dispositivo de salida, y un dispositivo interactivo, las etapas de: (a) introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden una historia de reproducción de un bovino o manada de bovinos, (b) introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden una historia veterinaria de un bovino o manada de bovinos, (c) correlacionar los datos veterinarios con la historia de reproducción del bovino o manada de bovinos utilizando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos, y (d) hacer salir al dispositivo de salida la historia de reproducción y la historia veterinaria del bovino o manada de bo inos . 9. El método de acuerdo al párrafo 8, en donde el sistema de computadora es un sistema interactivo mediante el cual las modificaciones a la salida del método asistido por computadora se pueden correlacionar de acuerdo a la entrada del dispositivo interactivo. 10. El método de acuerdo al párrafo 8, que además comprende las etapas de ingresar en la computadora programada datos de diagnóstico relacionados a la salud de la vaca o manadas de vacas; y correlacionar los datos de diagnóstico a las historias de reproducción y veterinarias de la vaca o manada de vacas. 11. El método de acuerdo al párrafo 8, en donde los datos veterinarios comprenden un registro de vacunación para una vaca o manada de vacas. 12. El método de acuerdo al párrafo 10 en donde los datos de salud se seleccionan del grupo que consiste de datos de condición de crianza, historia de la manada y datos de seguridad del alimento. 13. El método de acuerdo al párrafo 8, además comprende por lo menos una etapa adicional seleccionada del grupo que consiste de introducir en la computadora programada datos relacionados al control de calidad del bovino o manada de bovinos en correlacionar los datos de control ¡de calidad a las historias de reproducción y veterinarias de la vaca o manadas de vacas, introducir en la computadora programada parámetros de desempeño de la vaca o manadas de vaca; y correlacionar los parámetros de desempeño requerido del bovino o manada de bovinos a un requerimiento de desempeño especifico de un consumidor, correlacionar los datos de vacuna a los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, correlacionar la manada a los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, correlacionar los datos de seguridad del alimento a los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, correlacionar los datos de condición de crianza a los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, introducir en la computadora programada datos relacionados a los datos nutricionales del bovino o manada de bovinos; y correlacionar los datos nut icionales a los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, y alterar cambios indeseables en los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos. 14. El método de acuerdo al párrafo 8, que además comprende las etapas de introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden un genotipo de un bovino; correlacionar una característica física predicha para el genotipo que utiliza el procesador y el sistema de almacenamiento de datos; y hacer salir al dispositivo de salida la característica física correlacionada al genotipo para un bovino o población de bovinos, y alimentar el (los) animal (es) con una dieta basada en la característica física, para de esta manera mejorar la producción bovina . 15. El método asistido por computadora de acuerdo al párrafo 8 para optimizar la e iciencia de lotes de alimentos para el ganado que comprende sacar al dispositivo de salida la historia de reproducción y veterinaria del bovino o manada de bovinos y alimentar el (los) animal (es) con una dieta basada en sus historias de reproducción y veterinarias, para de esta manera optimizar la eficiencia de lotes de alimentación para el bovino o manada de bovinos. 16. Un método para transmitir datos que comprende la transmisión de información de tales métodos de acuerdo al párrafo 8 seleccionado del grupo que consiste de telecomunicación, teléfono, videoconferencia , comunicación masiva, una presentación, una presentación por computadora, una presentación de POWERPOINT™, internet, correó electrónico y comunicación documental. 17. Un sistema de computadora interactivo de acuerdo al párrafo 8 para rastrear historias de reproducción y de bienestar de aves de corral que comprenden datos de reproducción y veterinarios que corresponden a un bovino o manada de bovinos, y en donde el sistema de computadora se M6 configura para permitir al operador del mismo al intercambiar datos con el dispositivo o una base de datos remota. 18. El sistema de computadora interactivo de acuerdo al párrafo 17, en donde los dispositivos de entrada y salida son un asistente digital personal o una computadora de bolsillo . 19. Un método para hacer negocio para rastrear historias de reproducción y de bienestar del ganado que comprende datos de reproducción y veterinarios que corresponden a uno o más animales de ganado que comprenden proporcionar a un usuario el sistema de computadora del párrafo 17. 20. Un método para hacer negocio para rastrear historias de reproducción y de .bienestar del ganado que comprende datos de reproducción y veterinarios que corresponden a uno o más animales de ganado que comprenden proporcionar a un usuario el sistema de computadora del párrafo 18. 21. El método para hacer negocio de acuerdo al párrafo 19, que además comprende proporcionar al dueño del animal o cliente con el equipo de recolección de muestra, tal como torundas y frasquitos de vidrio útiles para recolectar muestras a partir de los cuales los datos genéticos se pueden obtener, y en donde los frasquitos de vidrio se empacan opcionalmente en un contenedor que se codifica con indicios de identificación. 22. El método para hacer negocios de acuerdo al párrafo 8, en donde el sistema de computadora además comprende una pluralidad de dispositivos interactivos y en donde el método además comprende las etapas de recibir datos de los dispositivos interactivos, compilar los datos, sacar los datos para indicar la respuesta de un estudiante o clases de estudiantes a una pregunta que se relaciona a la operación del método asistido por computadora, y modificar opcional ente la operación del método asistido por computadora de acuerdo con la indicación de la respuesta. 23. El método de cualquiera de los párrafos 8 al 22 en donde los datos comprenden la presencia o ausencia de uno o más de un (os) polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés en el gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2. 24. El método del párrafo 23 en dónde el (los) polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés se selecciona del grupo que consiste de una sustitución A a G en la posición de nucleótido 300 en el intrón 4 del gen GHR, una sustitución A a G en la posición 212 en el intrón 3 del grelina, una mutación C a T en la posición 528 en el gen leptina, una mutación C a T en la posición 321 en el gen leptina, una sustitución A a G en la posición de nucleótido 666 en el intrón 2 del gen NPY, una sustitución A a G en la posición 812 del exón 4 en el gen UCP2 y una sustitución C a G en la posición 213 en el intrón 2 del gen UCP2.
Habiéndose descrito de esta manera ' en detalle modalidades preferida de la presente invención, va a ser entendido que la invención definida por los párrafos anteriores no va a ser limitada a los detalles particulares expuestos en la descripción anterior ya que muchas variaciones evidentes de las mismas son posibles sin apartarse del espíritu o alcance de la presente invención.

Claims (20)

  1. REIVINDICACIONES 1. Un método para subagrupar animales de acuerdo al genotipo en donde los animales de cada subgrupo tienen un genotipo similar en un gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2, caracterizado porque comprende: (a) determinar el genotipo de cada animal a ser subagrupado al determinar la presencia de un (os) polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés en el gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2, (b) segregar animales individuales en subgrupos dependiendo si los animales tienen, o no tienen, el (los) polimorfismo (s) de nucleótido individual de interés en el gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2.
  2. 2. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el (los) polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés se selecciona del grupo que consiste de una sustitución A a G en la posición de nucleótido 300 en el intrón 4 del gen GHR, una sustitución A a G en la posición 212 en el intrón 3 del gen grelina, una mutación C a T en la posición 528 en el gen leptina, una mutación C a T en la posición 321 en el gen leptina, una sustitución A a G en la posición de nucleótido 666 en el intrón 2 del gen NPY, una sustitución A a G en la posición 812 del exón 4 en el gen UCP2 y una sustitución C a G en la posición 213 en el intrón 2 del gen UCP2.
  3. 3. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque comprende: ¡' (a) determinar el genotipo de cada animal a ser subagrupado al determinar la presencia de una sustitución A a G en la posición de nucleótido 300 en el intrón 4 del gen GHR, una sustitución A a G en la posición 212 en el intrón 3 del gen grelina, una mutación C a T en la posición 528 en el gen leptina, una mutación C a T en la posición 3.21 en el gen leptina, una sustitución A a G en la posición de nucleótido 666 en el intrón 2 del gen NPY, una sustitución1 A a G en la posición 812 del exón 4 en el gen UCP2 o una sustitución C a G en la posición 213 en el intrón 2 del gen ÜCP2, y (b) segregar animales individuales en subgrupos dependiendo si los animales tienen, o no tienen, una sustitución A a G en la posición de nucleótido 300 en el intrón 4 del gen GHR, una sustitución A a G en, la posición 212 en el intrón 3 del gen g elina, una mutación C a T en la posición 528 en el gen leptina, una mutación C a T en la posición 321 en el gen leptina, una sustitución A a G en la posición de nucleótido 666 en el intrón 2 del gen NPY, una sustitución A a G en la posición 812 del exón 4 en el gen UCP2 o una sustitución C a G en la posición 213 en el intrón 2 del polimorfismo de nucleótido individua], del gen UCP2 en el gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2.
  4. 4. Un método para iden ifica un animal que tiene un fenotipo deseable relacionado con cierta : ingesta de alimento, proporción de crecimiento, peso corporal, valia del canal y composición, y producción de leche, como < es comparado con la población general de animales de esa especie, caracterizado porque comprende determinar la presencia de un polimorfismo de nucleótido individual en el gen GI-I , grelina, leptina, NPY o UCP2 del animal, en donde el polimorfismo se selecciona del grupo que consiste de una sustitución A a G en la posición de nucleótido 300 en el intrón 4 del 'gen GHR, una sustitución ? a G en la posición 212 en el intrón 3 del gen de grelina, una mutación C a T en la posición 528 en el gen leptina, una mutación C a ? en la posición 32:1 en el gen leptina, una sustitución A a G en la posición de nucleótido 666 en el intrón 2 del gen NPY, una sustitución ; A a G en la posición 812 del exón 4 en el gen UCP2 o una sustitución C a G en la posición 213 en el intrón 2 del gen UCP2,' en donde la presencia de ya sea una sustitución ? a G en la', posición de nucleótido 300 en el intrón 4 del gen GHR, una sustitución ? a G en el intrón 3 del gen grelina, una mutación C a T en la posición 528 en el gen leptina, una mutación C a T en la posición 321 en el gen leptina, una sustitución ? a G en la posición de nucleótido 666 en el intrón 2 del gen NPY, una sustitución A a G en la posición 812 del exón 4 en el UCP2 o una sustitución C a G en la posición 213 en el intrón 2 del polimorfismo de nucleótido individual del gen UCP2 es' indicativo de un fenotipo deseable que se relaciona a cierta ingesta de alimento, proporción de crecimiento, peso corporal, valia del canal y composición, y producción de leche .
  5. 5. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el animal es un bovino.
  6. 6. El método de conformidad con la rei indicación 1, caracterizado porque el gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2 es un gen GHR, grelina, leptina, NPY o UCP2 bovino.
  7. 7. Un método asistido por computadora interactivo para rastrear la crianza de bovinos de ganado, caracterizado porque comprende, utilizar un sistema de computadora que comprende una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada, un dispositivo de salida y un dispositivo interactivo, las etapas de: (a) introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden una historia de reproducción de un bovino o manada de bovinos, (b) introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden una historia veterinaria de un bovino o manada de bovinos, (c) correlacionar los datos veterinarios con la historia de reproducción del bovino o manada de bovinos utilizando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos, y (d) hacer salir al dispositivo de salida la historia de reproducción y la historia veterinaria del bovino o manada de bovinos.
  8. 8. El método de conformidad con la reivindicación 7, caracterizado porque el sistema de computadora es un sistema interactivo mediante el cual las modificaciones a la salida del método asistido por computadora se pueden correlacionar de acuerdo a la entrada del dispositivo interacti vo .
  9. 9. El método de conformidad con la reivindicación 7, caracterizado porque además comprende las etapas de introducir en la computadora programada datos de diagnóstico relacionados con la salud de la vaca o manada de vacas; y correlacionar los datos de diagnóstico con las historias de reproducción y veterinarias de la vaca o manada de vacas.
  10. 10. El método de conformidad con la reivindicación 7, caracteri ado porque los datos veterinarios comprenden un registro de vacunación para una vaca o manada de vacas.
  11. 11. El método de conformidad con la reivindicación 9, caracterizado porque los datos de salud se seleccionan del grupo que consiste de datos de condición de crianza, historia de la manada y datos de seguridad del alimento.
  12. 12. El método de conformidad con la reivindicación 7, caracterizado porque además comprende por lo menos una etapa adicional seleccionada de1 g upo que con siste de in t roduci en 1a computadora programada datos relacionados al ; control de calidad del bovino o manada de bovinos y correlacionar los datos de control de calidad con las historias de .reproducción y veterinarias de la vaca o manadas de vacas, introducir en la computadora programada parámetros de desempeño de la vaca o manada de vacas; y correlacionar los parámetros de desempeño requeridos del bovino o manada de bovinos con un reque imiento de desempeño especifico de un cliente, correlacionar los datos de vacuna con los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, correlacionar la manada con los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, correlacionar los da Los de seguridad del alimento con los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, correlacionar los datos de condición de crianza con los parámetros de desempeño del bovino o manada; de bovinos, introducir en la computadora programada datos relacionados con los datos relacionados a los datos nutriciona les del bovino o manada de bovinos; y correlacionar los datos nutriciona les con los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, y alertar a cambios indeseables en los parámetros de desempeño de], bovino o manada de bovinos; o además comprende las etapas de introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden un genotipo de un bovino; correlacionar una característica física predicha por el genotipo utilizando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos; y hacer salir al dispositivo de salida la característica física correlacionada con el genotipo para un bovino o una población de bovinos y alimentar el (los) animal (es) .con una- dieta basada en la característica física, para de , esta manera mejorar la producción de aves.
  13. 13. El método asistido por computadora de conformidad con la reivindicación 7, caracterizado porque es para optimizar la eficiencia de lotes de alimentos para el ganado que comprende hacer salir al dispositivo de salida la historia de reproducción y veterinaria del bovino' o manada de bovino y alimentar el (los) animal (es) con una dieta basada en sus historias de reproducción y veterinarias, para de esta manera optimizar la eficiencia de lotes de alimentos para el bovino o manada de bovinos.
  14. 14. Un método para transmitir datos, caracterizado porque comprende la transmisión de información de tales métodos de acuerdo a la reivindicación 7, seleccionado del grupo que consiste de telecomunicación, teléfono, videoconferencia , comunicación masiva, una presentación, una presentación por computadora, una presentación de POWERPOINT™, internet, correo electrónico y comunicación documenta 1.
  15. 15. Un sistema de computadora interactivo de conformidad con la reivindicación 7, caracterizado porque es para rastrear historias de reproducción y de bienestar de aves de corral que comprenden datos de reproducción y veterinarios que corresponden a un bovino o manada de bovinos , en donde el sistema de computadora se configura para permitir al operador del mismo a intercambiar datos con el dispositivo o una base de datos remota; o en donde el sistema de computadora se configura para permitir al operador del mismo a intercambiar datos con el dispositivo o una base remota y los dispositivos de entrada y salida son un asistente digital personal o una computadora de bolsillo.
  16. 16. Un método para hacer negocio, caracterizado porque es para rastrear historias de reproducción y de bienestar de ganado que comprenden datos de reproducción y veterinarios que corresponden a uno o más animales de ganado que comprende proporcionar a un usuario el sistema de computadora de la reivindicación 15.
  17. 17. El método para hacer negocio de conformidad con la reivindicación 16, caracterizado porque además comprende proporcionar al dueño del animal o cliente con equipo de recolección de muestras, tales como torundas y frasquitos de vidrio útiles para recolectar muestras a partir de las cuales los datos genéticos se pueden obtener, y en donde los frasquitos de vidrio se empacan opciona Imente en un contenedor que se codifica con indicios de identificación.
  18. 18. El método para hacer negocio de conformidad con la rei indicación 7, caracterizado porque el sistema de computadora además comprende una pluralidad de dispositivos interactivos en donde el método además comprende las etapas de recibir datos de los dispositivos interactivos, compilar los datos, hacer salir los datos para indicar la respuesta de un estudiante o clase de estudiantes a ' una pregunta que se relaciona con la operación del método asistido por computadora, y modificar opciona Imente la operación del método asistido por computadora de acuerdo con la indicación de la respuesta.
  19. 19. El método de conformidad con la rei indicación 7, caracterizado porque los datos comprenden la presencia o ausencia de uno o más de polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés en el gen GHR, grelina, leptina, tS!PY o UCP2.
  20. 20. El método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porque el (los) polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés se selecciona del grupo que consiste de una sustitución A a G en la posición de nucleótido 300 en el intrón 4 del gen GHR, una sustitución A a G en la posición 212 en el intrón 3 del gen grelina, una mutación C a T en la posición 528 en el gen leptina, una mutación C a T en la posición 321 en el gen leptina, una sustitución A a G en la posición de nucleótido 666 en el intrón 2 del gen NPY, una sustitución A a G en la posición 812 del exón 4 en el gen UCP 2 y una sustitución C a G en la posición 213 en el intrón 2 del gen UCP2.
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