KR20240114745A - T-세포 조절 다량체 폴리펩티드 및 이의 사용 방법 - Google Patents

T-세포 조절 다량체 폴리펩티드 및 이의 사용 방법 Download PDF

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KR20240114745A
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아니쉬 수리
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큐 바이오파마, 인크.
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Abstract

본 개시는 다음을 포함하는 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드를 제공한다: (i) 변이체 IL-2 폴리펩티드와 같은 임의 면역조절 폴리펩티드, (ii) 클래스 I HLA 주요 조직적합성 복합체(MHC) 폴리펩티드(클래스 I HLA 중쇄 폴리펩티드 및 β2 마이크로글로불린 폴리펩티드), (iii) T 세포 수용체에게 에피토프를 제시하고, 클래스 I MHC 폴리펩티드와 함께 펩티드-MHC 복합체(pMHC)를 형성하는 펩티드, (iv) 종양 표적화 폴리펩티드, 및 (v) 임의 Ig Fc 폴리펩티드 또는 다른 스캐폴드. 이러한 TMMP는 T 세포의 활성을 조절하는데 유용하고, 개체에서 면역 반응을 조절하는 데 유용하고, 환자의 항바이러스 T 세포 레퍼토리를 “재유도”하여 암세포를 공격해 살해하는 데 유용하다.

Description

T-세포 조절 다량체 폴리펩티드 및 이의 사용 방법
상호 참조
본 출원은 2021년 11월 24일자로 출원된 미국 특허 가출원 제63/283,028호, 및 2022년 2월 11일자로 출원된 미국 특허 가출원 제63/309,288호, 및 2022년 5월 4일자로 출원된 미국 특허 가출원 제63/338,131호의 이익을 주장하며, 이들 출원은 그 전체가 참조로서 본원에 통합된다.
전자적으로 제출된 자료의 참조에 의한 통합
서열 목록은 2022년 11월 17일에 생성되고 1,190,000 바이트의 크기를 갖는 Sequence Listing XML, “CUEB-145WO_SEQUENCE_LIST”로서 본원에 제공된다. Sequence Listing XML의 내용은 그 전체가 참조로서 본원에 통합된다.
적응 면역 반응은 주조직 적합 복합체(major histocompatibility complex: MHC; 또한 인간에서 인간 백혈구 항원(human leukocyte antigen: HLA) 복합체로서 지칭됨)에 의해 항원 제시 세포(antigen presenting cell: APC) 표면 상에 비공유적으로 제시되는 작은 펩티드 항원과, T 세포 표면 상에 존재하는 T 세포 수용체(T cell receptor: TCR)의 맞물림을 수반한다. 이 맞물림은 면역계의 표적화 메커니즘을 나타내고, T 세포 조절(활성화 또는 저해)을 위한 필수 분자 상호작용 및 효과기 기능이다. 에피토프-특이적 세포 표적화 후에, 표적화된 T 세포는 APC 상에서 발견되는 공자극 단백질과 T 세포의 상대 공자극 단백질의 맞물림을 통해 활성화된다. 에피토프/TCR 결합 및 T 세포 공자극 단백질과 APC 공자극 단백질의 맞물림의 두 신호 모두는 T 세포 특이성 및 활성화 또는 억제를 유도하는 데 필요하다. TCR은 주어진 에피토프에 대해 특이적이지만; 공자극 단백질은 에피토프에 특이적이지 않은 대신에 모든 T 세포 상에서 또는 거대 T 세포 하위집합 상에서 일반적으로 발현된다.
본 개시는 다음을 포함하는 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드(TMMP)를 제공한다: 면역조절 폴리펩티드, 클래스 I HLA 폴리펩티드(클래스 I HLA 중쇄 폴리펩티드 및 β2 마이크로글로불린 폴리펩티드), T 세포 수용체에 에피토프를 제시하는 펩티드, 및 종양 표적화 폴리펩티드. 본 개시의 TMMP는 T 세포의 활성을 조절하는데 유용하고, 개체에서 면역 반응을 조절하고, 환자의 항바이러스 T 세포 레퍼토리를 “재유도”하여 암세포를 공격해 살해하는 데 유용하다.
도 1a~1b는 야생형 인간 β2M 폴리펩티드의 아미노산 서열(서열번호 1)(도 1a) 및 R12C 치환을 갖는 β2M 폴리펩티드의 아미노산 서열(서열번호 2)(도 1b)를 제공한다.
도 2a~2m은 면역글로불린 Fc 폴리펩티드의 아미노산 서열(각각 서열번호 3~15)을 제공한다.
도 3a~3e는 야생형 HLA-A*0201의 아미노산 서열(서열번호 16)(도 3a) 및 이의 변이체의 아미노산 서열(각각 서열번호 17~20)(도 3b~3e)을 제공한다.
도 4a~4e는 야생형 HLA-A*1101의 아미노산 서열(서열번호 21)(도 4a) 및 이의 변이체의 아미노산 서열(각각 서열번호 22~25)(도 4b~4e)을 제공한다.
도 5a~5e는 야생형 HLA-A*2402의 아미노산 서열(서열번호 26)(도 5a) 및 이의 변이체의 아미노산 서열(각각 서열번호 27~30)(도 5b~5e)을 제공한다.
도 6a~6e는 야생형 HLA-A*3303의 아미노산 서열(서열번호 31)(도 6a) 및 이의 변이체의 아미노산 서열(각각 서열번호 32~35)(도 6b~6e)을 제공한다.
도 7a~7b는 HLA-A 중쇄 아미노산 서열(도 7a; 각각 서열번호 36~44) 및 컨센서스 서열(도 7b; 서열번호 45)의 정렬을 제공한다.
도 8a~8b는 HLA-B 중쇄 아미노산 서열(도 8a; 각각 서열번호 46~52) 및 컨센서스 서열(도 8b; 서열번호 53)의 정렬을 제공한다.
도 9a~9b는 HLA-C 중쇄 아미노산 서열(도 9a; 각각 서열번호 54~61) 및 컨센서스 서열(도 9b; 서열번호 62)의 정렬을 제공한다.
도 10은 HLA-E, -F, 및 -G 중쇄 각각에 대한 컨센서스 아미노산 서열(각각 서열번호 63~65)을 제공한다. 가변 아미노산(aa) 위치는 순차적으로 넘버링된 "X" 잔기로서 표시되고; 아미노산 84, 139, 및 236의 위치는 이중 밑줄로 표시되어 있다.
도 11은 HLA-A(서열번호 45), -B(서열번호 53), -C(서열번호 62), -E(서열번호 63), -F(서열번호 64), 및 -G(서열번호 65)에 대한 컨센서스 아미노산 서열의 정렬을 제공한다.
도 12a~12d는 야생형 IL-2 폴리펩티드(서열번호 66)(도 12a), IL-2Rα(서열번호 67)(도 12b), IL-2Rβ(서열번호 68)(도 12c), 및 IL-2Rγ(서열번호 69)(도 12d)의 아미노산 서열을 제공한다.
도 13a~13k는 SARS-CoV-2-암호화된 폴리펩티드(서열번호 70~94)의 아미노산 서열을 제공한다.
도 14는 SARS-CoV-2-암호화된 폴리펩티드의 CD8 T 세포 에피토프 및 일차 HLA 클래스 I 중쇄 대립유전자 제한을 제공한다.
도 15는 SARS-CoV-2-암호화된 폴리펩티드의 CD8 T 세포 에피토프 및 HLA 클래스 I 중쇄 대립유전자 제한을 제공한다.
도 16a~16d는 HLA-E 중쇄에 대한 아미노산 서열(각각 서열번호 837~840)을 제공한다.
도 17a~17d는 HLA-G 중쇄에 대한 아미노산 서열(각각 서열번호 841~844)을 제공한다.
도 18a~18d는 TMMP의 개략도를 제공한다.
도 19는 SARS-CoV-2 펩티드의 아미노산 서열 및 HLA 클래스 I 중쇄 대립유전자 제한을 제공한다.
도 20a~20j는 예시적인 TMMP “중쇄” 작제물의 아미노산 서열(도 20a (서열번호 867), 20c (서열번호 868), 20e (서열번호 869), 20g (서열번호 870), 및 20i (서열번호 871)) 및 설명(도 20b, 20d, 20f, 20h, 및 20j)을 제공한다.
도 21a~21e는 예시적인 TMMP “경쇄” 작제물의 아미노산 서열 및 설명을 제공한다.
도 22a~22h는 예시적인 항-메소텔린 scFv의 아미노산 서열을 제공한다.
도 23a~23d는 예시적인 항-TROP-2 scFv의 아미노산 서열을 제공한다.
도 24a~24b는 예시적인 “mAb 융합” 작제물의 아미노산 서열을 제공한다.
도 25a~25b는 예시적인 “mAb 융합” 작제물의 아미노산 서열을 제공한다.
도 26a~26b는 예시적인 “mAb 융합” 작제물의 아미노산 서열을 제공한다.
도 27a~27b는 예시적인 항-CD28 scFv의 아미노산 서열을 제공한다.
도 28a~28c는 다양한 가능한 MOD 위치 및 다양한 가능한 TTP 위치를 보여주는 TMMP의 개략도를 제공한다.
도 29는 SARS-CoV-2 HLA-A*0201 펩티드 YLQPRTFLL(서열번호 218)에 대한 PBMC 반응성을 도시한다.
도 30은 SARS-CoV-2 (SCV2)-반응성 CD8+ T 세포의 증식을 도시한다.
도 31a~31d는 다양한 작제물이 PBMC 집단에 존재하는 SARS-CoV2-특이적 T 세포의 활성화에 미치는 효과(도 31a 및 도 31b) 및 표적 B 세포의 PBMC 매개 살해에 미치는 효과(도 31c 및 도 31d)를 도시한다.
도 32a~32g는 예시적인 TMMP의 폴리펩티드 사슬의 아미노산 서열을 제공하며, 여기서 도 32a는 “4518”로 지정된 폴리펩티드의 아미노산 서열(서열번호 867)을 제공하고, 도 32b는 “4700”으로 지정된 폴리펩티드의 아미노산 서열(서열번호 883)을 제공하고, 도 32c~32g는 4518 및 4700 폴리펩티드의 성분의 아미노산 서열을 제공한다.
도 33은 “4656”으로 지정된 폴리펩티드의 아미노산 서열(서열번호 910)을 제공한다.
도 34은 “3534”로 지정된 폴리펩티드의 아미노산 서열(서열번호 911)을 제공한다.
도 35는 “1717”로 지정된 폴리펩티드의 아미노산 서열(서열번호 912)을 제공한다.
도 36a~36b는 다양한 작제물이 SARS-CoV2-특이적 CD8+ T 세포의 증식에 미치는 효과(도 36a) 또는 PBMC 집단에 존재하는 CMV-특이적 CD8+ T 세포의 증식에 미치는 효과를 도시한다.
도 37a~37b는 다양한 작제물이 CD19+ 종양 세포의 살해에 미치는 효과를 도시한다.
도 38a~38l은 TMMP에 포함하기에 적합한 다양한 폴리펩티드의 아미노산 서열(도 38a~38h)(각각 서열번호 1209~1216) 및 폴리펩티드의 특정 성분의 아미노산 서열(도 38i~38kl)(각각 서열번호 872, 18, 877, 및 878)을 제공한다.
도 39a~39b는 TMMP에 포함하기에 적합한 폴리펩티드의 예시적인 아미노산 서열(각각 서열번호 1217 및 1218)을 제공한다.
도 40a~40b는 TMMP에 포함하기에 적합한 폴리펩티드의 예시적인 아미노산 서열(각각 서열번호 1219 및 1218)을 제공한다.
도 41a~41c는 TMMP에 포함하기에 적합한 폴리펩티드의 예시적인 아미노산 서열(각각 서열번호 870, 1220, 및 883)을 제공한다.
도 42a~42c는 TMMP에 포함하기에 적합한 폴리펩티드의 예시적인 아미노산 서열(각각 서열번호 1221~1223)을 제공한다.
도 43a 및 43b는 작제물 1715의 아미노산 서열(도 43a)(서열번호 1224) 및 1717의 아미노산 서열(도 43b)(서열번호 912)을 제공한다.
도 44는 링커 길이가 TMMP 매개 표적 종양 세포 살해에 미치는 효과를 도시한다.
도 45는 변이체 IL-2 폴리펩티드의 카피 수가 TMMP 매개 표적 종양 세포 살해에 미치는 효과를 도시한다.
도 46은 TMMP 매개 항바이러스 T 세포 증식을 도시한다.
정의
본원에서 상호 교환적으로 사용되는 용어 "폴리뉴클레오티드" 및 "핵산"은 임의의 길이의 뉴클레오티드, 즉 리보뉴클레오티드 또는 데옥시리보뉴클레오티드의 중합체 형태를 지칭한다. 따라서, 이 용어는 단일-, 이중-, 또는 다중-가닥 DNA 또는 RNA, 게놈 DNA, cDNA, DNA-RNA 혼성체, 또는 퓨린 및 피리미딘 염기 또는 다른 천연, 화학적 또는 생화학적으로 변형된, 비천연 또는 유도체화된 뉴클레오티드 염기를 포함하는 중합체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
용어 "펩티드", "폴리펩티드" 및 "단백질"은 본원에서 상호교환적으로 사용되고, 임의의 길이의 아미노산의 중합체 형태를 지칭하며, 여기에는 암호화 및 비암호화된 아미노산, 화학적으로 또는 생화학적으로 변형된 또는 유도체화된 아미노산, 및 변형된 펩티드 백본을 갖는 폴리펩티드가 포함될 수 있다. 또한, 본원에서 사용되는 바와 같이, "폴리펩티드"는 단백질이 원하는 활성을 유지하는 한, 고유 서열에 대한 결실, 첨가, 및 치환과 같은 변형(당업자가 알 수 있듯이 일반적으로 속성이 보존적임)을 포함하는 단백질을 지칭한다. 이들 변형은 부위 지향 돌연변이 유발을 통한 의도적 변형이거나, 단백질을 생산하는 숙주의 돌연변이를 통한 것과 같은 우발적 변형이거나, 중합효소 연쇄 반응(PCR) 증폭 또는 다른 재조합 DNA 방법으로 인한 오류일 수 있다. 본원에서 알려진 폴리펩티드의 특정 잔기 또는 잔기 번호를 지칭하는 것은 야생형 폴리펩티드의 해당 위치에 있는 아미노산을 지칭하는 것으로 이해된다. 당업자는 특정 잔기 또는 잔기 번호를 지칭하는 것은, 야생형 폴리펩티드의 서열이 하나 이상의 아미노산의 첨가 또는 결실에 의해 변경되는 정도까지, 변경된 폴리펩티드의 동일한 특정 아미노산을 지칭하도록 상응하게 변경될 것임을 이해할 것이며, 상기 동일한 특정 아미노산은 변경된 위치 번호에 존재한다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 예를 들어, MHC 클래스 I 폴리펩티드가 N-말단에서 하나의 아미노산의 첨가에 의해 변경되는 경우, 위치 84 또는 위치 84에 있는 특정 잔기를 지칭하는 것은 변경된 폴리펩티드 상의 위치 85에 있는 아미노산을 나타낸다는 것을 이해할 것이다. 마찬가지로, 본원에서 특정 위치에 있는 특정 아미노산의 치환, 예를 들어 Y84를 지칭하는 것은 야생형 폴리펩티드의 위치 84에 있는 아미노산에 대한 아미노산의 치환을 지칭하는 것으로 이해된다. 따라서, Y84C 치환은 야생형 서열에 존재하는 Cys 잔기의 Tyr 잔기로의 치환인 것으로 이해된다. 예를 들어, 야생형 폴리펩티드가 위치 84에 있는 아미노산을 이의 야생형 아미노산으로부터 대체 아미노산으로 바꾸도록 변경되는 경우, 위치 84에 있는 아미노산에 대한 치환은 대체 아미노산에 대한 치환을 지칭하는 것으로 이해될 것이다. 폴리펩티드가 하나 이상의 아미노산의 첨가 또는 결실에 의해 변경되는 경우에도, 치환을 지칭하는 것은 변경된 위치 번호에 있는 대체 아미노산에 대한 치환을 지칭하는 것으로 이해될 것이다. MHC 클래스 I 폴리펩티드와 같은 폴리펩티드의 “비자연 발생 Cys 잔기”를 지칭하는 것은 폴리펩티드가 상응하는 야생형 폴리펩티드의 Cys가 없는 위치에 Cys 잔기를 포함함을 의미한다. 이는 시스테인이 야생형 서열에서 발생하는 아미노산으로 치환되는 일상적인 단백질 조작을 통해 달성될 수 있다.
폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드는 다른 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드에 대해 특정 백분율의 "서열 동일성"을 갖는데, 이는 두 개의 서열을 정렬하고 비교했을 때, 해당 백분율의 염기 또는 아미노산이 동일하고, 동일한 상대 위치에 있다는 것을 의미한다. 서열 동일성은 다수의 상이한 방법으로 결정될 수 있다. 서열 동일성을 결정하기 위해, 서열은 ncbi.nlm.nili.gov/BLAST, ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/, ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/, mafft.cbrc.jp/alignment/software/를 포함하는 사이트에서 웹을 통해 이용할 수 있는 다양한 편리한 방법 및 컴퓨터 프로그램(예를 들어, BLAST, T-COFFEE, MUSCLE, MAFFT 등)을 사용하여 정렬할 수 있다. 예를 들어, Altschul 등의 문헌[(1990), J. Mol. Biol. 215:403-10] 참조. 달리 언급되지 않는 한, 본원에서 언급된 것과 같은 “서열 동일성”은 Altschul 등의 문헌[(1990), J. Mol. Biol. 215:403]에 기술된 것과 같은 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)에 의해 결정된다.
용어 "보존적 아미노산 치환"은 유사한 측쇄를 갖는 아미노산 잔기의 단백질에서의 상호 호환성을 지칭한다. 예를 들어, 지방족 측쇄를 갖는 아미노산 군은 글리신, 알라닌, 발린, 류신, 및 이소류신으로 이루어지고; 지방족-하이드록실 측쇄를 갖는 아미노산의 군은 세린 및 트레오닌으로 이루어지며; 아미드 함유 측쇄를 갖는 아미노산의 군은 아스파라긴 및 글루타민으로 이루어지고; 방향족 측쇄를 갖는 아미노산의 군은 페닐알라닌, 티로신, 및 트립토판으로 이루어지며; 염기성 측쇄를 갖는 아미노산의 군은 리신, 알기닌, 및 히스티딘으로 이루어지고; 산성 측쇄를 갖는 아미노산의 군은 글루타메이트 및 아스파르테이트로 이루어지며; 황 함유 측쇄를 갖는 아미노산의 군은 시스테인 및 메티오닌으로 이루어진다. 예시적인 보존적 아미노산 치환기는 발린-류신-이소류신, 페닐알라닌-티로신, 리신-알기닌, 알라닌-발린-글리신 및 아스파라긴-글루타민이다.
본원에서 사용되는 용어 "면역학적 시냅스" 또는 "면역 시냅스"는 일반적으로 적응 면역 반응의 두 상호작용 면역 세포 사이의 천연 계면(예를 들어, 항원-제시 세포(APC) 또는 표적 세포와 효과기 세포, 예를 들어, 림프구, 효과기 T 세포, 자연 살해 세포 등 사이의 계면을 포함)을 지칭한다. APC와 T 세포 사이의 면역학적 시냅스는 일반적으로, 예를 들어 Bromley 등의 문헌[Annu Rev Immunol. (2001) 19:375-96]에 기술된 것과 같이, T 세포 항원 수용체와 주조직 적합 복합체 분자의 상호작용에 의해 개시된다(상기 문헌의 개시내용은 그 전체가 참조로서 본원에 통합됨).
"T 세포"는 T-헬퍼 세포(CD4+ 세포), 세포독성 T-세포(CD8+ 세포), T-조절 세포(Treg), 및 NK-T 세포를 포함하여, CD3을 발현시키는 모든 유형의 면역 세포를 포함한다.
본원에서 사용되는 용어 "면역조절 폴리펩티드"(본원에서 “MOD”로도 지칭됨)는 T 세포 상에서 동족 공자극 폴리펩티드에 특이적으로 결합하여, 예를 들어 펩티드가 로딩된 메이저 조직적합성 복합체(MHC) 폴리펩티드와 TCR/CD3 복합체의 결합에 의해 제공되는 1차 신호에 추가하여, 증식, 활성화, 분화 등을 포함하지만 이들로 한정되지 않는 T 세포 반응을 매개하는 신호를 제공하는 폴리펩티드를 의미한다. 본원에서 논의된 것과 같이, MOD는 야생형 폴리펩티드 또는 야생형 폴리펩티드의 변이체, 예컨대 사이토카인(예: IL-2), CD7, B7-1(CD80), B7-2(CD86), PD-L1, PD-L2, 4-1BBL, OX40L, Fas 리간드(FasL), 유도성 공자극 리간드(ICOS-L), 세포내 부착 분자(ICAM), CD30L, CD40, CD70, CD83, HLA-G, MICA, MICB, HVEM, 림포톡신 베타 수용체, 3/TR6, ILT3, ILT4, HVEM, Toll 리간드 수용체에 결합하는 작용제 또는 항체, 및 B7-H3에 특이적으로 결합하는 리간드를 포함할 수 있지만 이들로 한정되지는 않는다. TMMP의 MOD는 표적 T 세포 상에 존재하는 동족 공자극 폴리펩티드(즉, “공-MOD”)에 결합할 수 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 “생체 내”는 신체 내부에서 발생하는 임의의 프로세스 또는 절차를 지칭한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 “시험관 내”는 신체 외부에서 발생하는 임의의 프로세스 또는 절차를 지칭한다.
본원에서 사용되는 "이종성"은 각각 천연 핵산 또는 단백질에서 발견되지 않는 뉴클레오티드 또는 폴리펩티드를 의미한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, "재조합(recombinant)"이란, 특정 핵산(DNA 또는 RNA)이 자연계에서 발견되는 내인성 핵산과 구별되는 구조적 암호화 또는 비암호화 서열을 갖는 작제물을 생성하는 클로닝, 제한, 중합효소 연쇄 반응(PCR), 및/또는 결찰 단계의 다양한 조합물의 산물이라는 것을 의미한다. 폴리펩티드를 암호화하는 DNA 서열은 cDNA 단편으로부터 또는 일련의 합성 올리고뉴클레오티드로부터 조립되어, 세포에서 또는 무 세포 전사 및 번역 시스템에서 함유된 재조합 전사 단위로부터 발현될 수 있는 합성 핵산을 제공할 수 있다.
용어 "재조합 발현 벡터" 또는 "DNA 작제물"은 벡터 및 적어도 하나의 삽입물을 포함하는 DNA 분자를 지칭하기 위해 본원에서 상호교환적으로 사용된다. 재조합 발현 벡터는 보통 삽입물(들)을 발현 및/또는 증식시킬 목적을 위해, 또는 다른 재조합 뉴클레오티드 서열의 구성을 위해 생성된다. 삽입물(들)은 프로모터 서열에 작동 가능하게 연결될 수도 있거나 연결되지 않을 수도 있고, DNA 조절 서열에 작동 가능하게 연결될 수도 있고 연결되지 않을 수도 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "친화도"는 2가지 제제(예를 들어, 항체 및 항원)의 가역적 결합에 대한 평형 상수를 지칭하며 해리 상수(KD)로서 표현된다. 본원에서 사용되는 용어 "결합활성(avidity)"은 2개 이상의 제제로 이루어진 복합체의 희석 후 해리에 대한 저항성을 지칭한다. 용어 "면역반응성" 및 "우선적 결합"은 항체 및/또는 항원-결합 단편과 관련하여 본원에서 상호 교환적으로 사용된다.
본원에서 사용되는 용어 "결합"은 (예를 들어 T 세포 상에서 폴리펩티드(예를 들어 T-세포 수용체)에 대한 TMMP의 결합과 관련하여) 두 분자 사이의 비공유적 상호작용을 지칭한다. 비공유적 결합은, 예를 들어, 염 브리지와 물 브리지와 같은 상호작용을 비롯한, 정전기적, 소수성, 이온성 및/또는 수소-결합 상호작용에 기인하는 두 분자 사이의 직접적 회합을 지칭한다. “친화도”는 비공유 결합의 강도를 지칭하며, 결합 친화도가 증가할수록 KD는 더 낮다. “특이적 결합”은 일반적으로 리간드가 이의 지정된 결합 부위 또는 수용체인 모이어티에 결합하는 것을 지칭한다. “비특이적 결합”은 일반적으로 리간드가 이의 지정된 결합 부위 또는 수용체 이외의 모이어티에 결합하는 것을 지칭한다. 본원에서 사용되는 "공유 결합(covalent binding 또는 covalent bond)"은 두 개의 상이한 분자 간에 하나 이상의 공유 화학 결합이 형성되는 것을 지칭한다.
용어 "치료(treatment, treating, 등)"는 원하는 약리학적 및/또는 생리적 효과를 얻는 것을 일반적으로 의미하도록 본원에서 사용된다. 상기 효과는 질환 또는 이의 증상을 완전히 또는 부분적으로 방지한다는 측면에서 예방적일 수 있고/있거나 질환 및/또는 질환에 기인하는 유해 효과에 대한 부분적 또는 완전히 치유한다는 측면에서 치료적일 수 있다. 본원에서 사용되는 바와 같이 "치료"란, 포유류에서 질환 또는 증상에 대한 임의의 치료를 포괄하고, 다음을 포함한다: (a) 질환 또는 증상에 걸리기 쉽거나 그렇지 않을 수 있지만 아직은 걸린 것으로 진단되지 않은 대상체에서 질환 또는 증상의 발생을 방지하는 것; (b) 질환 또는 질환과 연관된 하나 이상의 증상을 억제하는 것, 예를 들어 이의 발생을 저지하는 것; 및/또는 (c) 질환을 완화시키는 것, 즉, 질환을 퇴행시키는 것. 치료제는 질환 또는 손상의 발생 전에, 발생 동안에, 및/또는 발생 후에 투여될 수 있다. 치료가 환자의 원치않는 임상 증상을 안정화시키거나 또는 감소시키는, 진행 중인 질환의 치료가 특별한 관심 분야이다. 이러한 치료는 바람직하게는, 질환에 걸린 조직에서 기능이 완전히 상실되기 전에 수행된다. 대상 요법은 바람직하게는, 질환의 증상 단계 동안, 일부 경우에는 질환의 증상 단계 후에 투여될 것이다.
용어 "개체", "대상체", "숙주", 및 "환자"는 본원에 상호 교환적으로 사용되며, 진단, 치료, 또는 요법이 바람직한 임의의 포유류 대상체를 지칭한다. 포유류는, 예를 들어 인간, 비인간 영장류, 설치류(예를 들어 래트, 마우스), 토끼목(예를 들어 토끼), 유제류(예를 들어 소, 양, 돼지, 말, 염소 등) 등을 포함한다. 달리 명시되지 않는 한, 용어 “개체”, “대상체”, “숙주”, 및 “환자”는 인간을 지칭한다.
용어 "항체" 및 "면역글로불린"은 항원에 대한 특이적 결합을 유지하는 임의의 이소형 항체 또는 면역글로불린, 항체의 단편을 포함하며, 여기에는 Fab, Fv, 단쇄 Fv(scFv) 및 Fd 단편; 키메라 항체; 인간화 항체, 단쇄 항체(scAb), 단일 도메인 항체(dAb), 단일 도메인 중쇄 항체; 단일 도메인 경쇄 항체, 나노바디, 이중특이적 항체, 다중특이적 항체, 및 항체 및 비항체 단백질의 항원-결합(본원에서 항원 결합으로도 지칭됨) 부분을 포함하는 융합 단백질이 포함되지만 이들로 한정되지는 않는다. 항체는, 예를 들어 방사성 동위원소, 검출 가능한 산물을 생성하는 효소, 형광 단백질 등으로 검출 가능하게 표지될 수 있다. 항체는 다른 모이어티, 예컨대 특정 결합쌍의 구성원, 예를 들어 비오틴(비오틴-아비딘 결합쌍의 구성원) 등에 추가로 접합될 수 있다. 상기 용어에는 Fab', Fv, F(ab')2, 및 또는 항원에 대한 특이적 결합을 유지하는 다른 항체 단편, 및 단클론 항체도 포함된다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 단클론 항체는 동일한 세포의 군에 의해 생산되는 항체이며, 상기 동일한 세포 모두는 반복적 세포 복제에 의해 단일 세포로부터 생산된 것이다. 즉, 세포의 클론은 단일 항체 종만을 생산한다. 단클론 항체는 하이브리도마 생산 기술을 사용해 생산될 수 있지만, 당업자에게 공지된 다른 생산 방법이 사용될 수도 있다(예를 들어 항체 파지 디스플레이 라이브러리로부터 유래된 항체). 항체는 1가 또는 2가일 수 있다. 항체는 4개의 폴리펩티드 사슬, 즉 이황화 결합에 의해 연결된 2개의 중쇄 및 2개의 경쇄로 이루어진 "Y-형" 분자인 Ig 단량체일 수 있다.
본원에서 사용된 용어 "나노바디"(Nb)는 천연 유래 중쇄 항체로부터 유래된 가장 작은 항체 단편 또는 단일 가변 도메인(VHH)을 지칭하며, 이는 당업자에게 알려져 있다. 이들은 낙타과(camelids)에서 나타나는 중쇄 단독 항체로부터 유래된다(Hamers-Casterman 등의 문헌[(1993) Nature 363:446]; Desmyter 등의 문헌[(1996) Nature Structural Biol. 3:803]; 및 Desmyter 등의 문헌[(2015) Curr. Opin. Struct. Biol. 32:1]). “낙타과” 계열에서는 경쇄 폴리펩티드가 없는 면역글로불린이 발견된다. “낙타과”는 구세계 낙타과(카멜루스 박트리아누스(Camelus bactrianus) 및 카멜루스 드로메다리우스(Camelus dromedarius)) 및 신세계 낙타과(예를 들어 라마 파코스(Llama paccos), 라마 글라마(Llama glama), 라마 구아니코에(Llama guanicoe) 및 라마 비쿠그나(Llama vicugna))를 포함한다. 단일 가변 도메인 중쇄 항체는 본원에서 나노바디 또는 VHH 항체로서 지칭된다.
"항체 단편"은 온전한 항체의 일부, 예를 들어 온전한 항체의 항원 결합 영역 또는 가변 영역을 포함한다. 항체 단편의 예는 Fab, Fab', F(ab')2. 및 Fv 단편; 디아바디; 선형 항체(Zapata 등의 문헌[Protein Eng. 8(10): 1057-1062(1995)]); 도메인 항체(dAb; Holt 등의 문헌[(2003) Trends Biotechnol. 21:484]); 단쇄 항체 분자; 및 항체 단편으로부터 형성된 다중특이적 항체를 포함한다. 항체의 파파인 분해는 쉽게 결정화되는 능력을 반영하는 명칭인 "Fab" 단편으로 불리는 2개의 동일한 항원-결합 단편을 생산하는데, 각각은 단일 항원-결합 부위 및 잔여 "Fc" 단편을 갖는다. 펩신 처리는 2개의 항원 조합 부위를 갖고 여전히 항원을 가교할 수 있는 F(ab')2 단편을 생산한다.
"Fv"는 완전한 항원 인식 및 결합 부위를 함유하는 최소 항체 단편이다. 이 영역은 하나의 중쇄 가변 도메인과 하나의 경쇄 가변 도메인이 긴밀하게 비공유 결합된 이량체로 이루어진다. 이러한 구성에서는, 각각의 가변 도메인의 3개의 CDR이 상호작용하여 VH-VL 이량체 표면 상에서 항원-결합 부위를 정의한다. 종합적으로, 6개의 CDR이 항체에 대한 항원-결합 특이성을 부여한다. 그러나, 단일 가변 도메인(또는 항원에 특이적인 3개의 CDR만을 포함하는 Fv의 절반) 조차도, 전체 결합 부위보다는 친화도가 낮지만, 항원을 인식하고 이에 결합하는 능력을 가진다.
"Fab" 단편은 또한 경쇄의 불변 도메인 및 중쇄의 제1 불변 도메인(CH1)을 함유한다. Fab 단편은 하나 이상의 시스테인을 포함하는 중쇄 CH1 도메인의 카르복실 말단에 항체 힌지 영역으로부터의 몇 개의 잔기가 첨가된만큼 Fab' 단편과 상이하다. Fab'-SH는 불변 도메인의 시스테인 잔기(들)가 유리 티올기를 보유하는 Fab'에 대한 본원에서의 명칭이다. F(ab')2 항체 단편은 원래 Fab' 단편의 쌍으로서 생산된 것인데, 이들 사이에는 힌지 시스테인이 존재한다. 항체 단편의 다른 화학적 결합도 알려져 있다.
임의의 척추동물 종으로부터의 항체(면역글로불린)의 "경쇄"는 이들의 불변 도메인의 아미노산 서열에 기반하여 카파 및 람다로 불리는 2개의 분명하게 구별되는 유형 중 하나에 할당될 수 있다. 이들의 중쇄의 불변 도메인의 아미노산 서열에 따라, 면역글로불린은 상이한 부류에 할당될 수 있다. 다음과 같은 5가지 주요 부류의 면역글로불린이 있고: IgA, IgD, IgE, IgG, 및 IgM, 이들 부류 중 몇몇은 하위부류(이소형), 예를 들어 IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA, 및 IgA2로 추가로 나누어질 수 있다. 하위부류는 IgG2a 및 IgG2b와 같은 유형으로 추가로 나누어질 수 있다.
"단쇄 Fv" 또는 "sFv" 또는 "scFv" 항체 단편은 항체의 VH 및 VL 도메인을 포함하되, 이들 도메인은 단일 폴리펩티드 사슬에 존재한다. 일부 구현예에서, Fv 폴리펩티드는 VH와 VL 도메인 사이에서 폴리펩티드 링커를 추가로 포함하는데, 이 링커는 sFv가 항원 결합을 위한 바람직한 구조를 형성할 수 있게 한다. sFv의 검토를 위해서는 Rosenburg와 Moore(eds)의 문헌[Pluckthun in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Springer-Verlag, New York, pp. 269-315 (1994)]을 참조한다.
용어 "디아바디"는 2개의 항원 결합 부위를 갖는 작은 항체 단편을 지칭하는데, 이들 단편은 동일한 폴리펩티드 사슬에서 경쇄 가변 도메인(VL)에 연결된 중쇄 가변 도메인(VH)(VH-VL)을 포함한다. 동일한 사슬에서 2개의 도메인이 쌍을 형성하기에 너무 짧은 링커를 사용함으로써, 도메인은 강제적으로 또 다른 사슬의 상보적 도메인과 쌍을 형성하여 2개의 항원 결합 부위를 생성한다. 디아바디는, 예를 들어 유럽 특허 제404,097호; WO 93/11161; 및 Hollinger 등의 문헌[(1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448]에 더 충분히 기술되어 있다.
본원에서 사용되는 용어 "CDR" 또는 "상보성 결정 영역"은 중쇄와 경쇄 폴리펩티드 둘 다의 가변 영역 내에서 발견된 비인접 항원 조합 부위를 의미하도록 의도된다. CDR은 Kabat 등의 문헌[(1977) J. Biol. Chem. 252:6609]; Kabat 등의 문헌[“Sequences of proteins of immunological interest” (1991), U.S. Dept. of Health and Human Services(본원에서 Kabat 1991로도 지칭됨)]; Chothia 등의 문헌[(1987) J. Mol. Biol. 196:901 (본원에서 Chothia 1987로도 지칭됨)]; 및 MacCallum 등의 문헌[(1996) J. Mol. Biol. 262:732]에 기술되어 있으며, 상기 용어의 정의는 아미노산 잔기를 서로 비교할 때 중첩된 아미노산 잔기 또는 아미노산 잔기의 하위집합을 포함한다. 그럼에도 불구하고, 항체 또는 이식된 항체 또는 이의 변이체의 CDR을 지칭하기 위한 정의 중 어느 하나를 적용하는 것은 본원에서 정의되고 사용되는 용어의 범주에 포함되는 것으로 의도된다. 위에서 인용된 참고문헌의 각각에 의해 정의되는 바와 같이, CDR을 포함하는 아미노산 서열은 비교로서 이하의 표 1에 제시되어 있다.
본원에서 사용되는 용어 "CDR-L1", "CDR-L2", 및 "CDR-L3"은 경쇄 가변 영역 내 제1, 제2, 및 제3 CDR을 각각 지칭한다. 용어 “CDR-L1”, “CDR-L2”, 및 “CDR-L3”은 “VL CDR1”, “VL CDR2”, 및 “VL CDR3”과 각각 상호교환적으로 사용될 수 있다. 본원에서 사용되는 용어 "CDR-H1", "CDR-H2" 및 "CDR-H3"은 중쇄 가변 영역 내 제1, 제2, 및 제3 CDR을 각각 지칭한다. 용어 “CDR-H1”, “CDR-H2”, 및 “CDR-H3”은 “VH CDR1”, “VH CDR2”, 및 “VH CDR3”과 각각 상호교환적으로 사용될 수 있다. 본원에서 사용되는 용어 "CDR-1", "CDR-2", 및 "CDR-3"은 사슬 중 어느 하나의 가변 영역의 제1, 제2, 및 제3 CDR을 각각 지칭한다.
본원에서 사용되는 용어 "프레임워크"가 항체 가변 영역을 지칭할 때 사용되는 경우, 상기 용어는 항체의 가변 영역 내에서 CDR 영역 밖의 모든 아미노사 잔기를 의미하도록 의도된다. 가변 영역 프레임워크는 일반적으로 약 100~120개 아미노산 길이의 불연속 아미노산 서열이지만, CDR 외부의 아미노산들만을 지칭하도록 의도된다. 본원에서 사용되는 용어 "프레임워크 영역"은 CDR에 의해 분리된 프레임워크의 각각의 도메인을 의미하도록 의도된다.
달리 명시되지 않는 한, 용어 “실질적으로”는 “전부” 및 “전부는 아니지만 대부분” 둘 다를 포함하도록 의도된다. 예를 들어, “실질적으로 ADCC를 유도하지 않는” Ig Fc는 ADCC를 전혀 유도하지 않거나 대부분 ADCC를 유도하지 않는 Ig Fc를 의미한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 양과 관련하여 사용되는 용어 “약”은 양이 언급된 양의 10%만큼 변할 수 있음을 나타낸다. 예를 들어, “약 100”은 90 내지 110의 양을 의미한다. 약(about)이 범위의 맥락에서 사용되는 경우, 범위의 더 낮은 양을 참조하여 사용되는 “약”은 더 낮은 양이 범위의 더 낮은 양보다 10% 더 낮은 양을 포함하는 것을 의미하며, 범위의 더 높은 양을 참조하여 사용되는 “약”은 더 높은 양이 범위의 더 높은 양보다 10% 더 높은 양을 포함하는 것을 의미한다. 예를 들어, 약 100 내지 약 1000은 범위가 90 내지 1100으로 연장되는 것을 의미한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 “MHC 중쇄 폴리펩티드”는 TMMP에 존재하는 MHC 중쇄 폴리펩티드의 도메인을 집합적으로 의미한다. 예를 들어, MHC 중쇄 폴리펩티드는 α1, α2, 및 α3 도메인을 포함할 수 있다.
본 개시를 추가로 기술하기 전에, 본 개시는 기술된 특정 구현예로 한정되지 않는다는 것을 이해해야 하며, 이는 이러한 구현예가 당연히 다양할 수 있기 때문이다. 또한 본원에서 사용되는 용어는 단지 특정 구현예를 기술하기 위한 것이고 한정하도록 의도되지 않는다는 것을 이해해야 하며, 이는 범주가 첨부된 청구범위에 의해서만 한정될 것이기 때문이다.
수치 범위가 제공되는 경우, 문맥에서 명확하게 달리 표시되지 않는 한, 해당 범위의 상한과 하한 사이에 개재된 각각의 값 및 해당 언급된 범위 내에 언급되거나 개재된 임의의 다른 값은 하한 단위의 1/10까지 본 개시 내에 포함된다. 이들 더 작은 범위의 상한 및 하한은 독립적으로 더 작은 범위에 포함될 수 있고, 본 개시 내에도 포함되며, 이는 언급된 범위에서 임의의 구체적으로 제외된 상한/하한에 따라 달라질 수 있다. 언급된 범위가 상한과 하한 중 하나 또는 둘 다를 포함하는 경우, 상한과 하한 중 어느 하나 또는 둘 다를 제외한 범위도 본 개시에 포함된다.
달리 정의되지 않는 한, 본원에서 사용되는 모든 기술적 및 과학적 용어는 본 개시가 속하는 기술분야의 당업자에 의해 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 가진다. 본원에 기술된 것과 유사하거나 동등한 임의의 방법 및 물질도 본 개시를 실행하거나 시험하는 데 사용될 수 있지만, 바람직한 방법 및 물질은 이제부터 기술된다. 본원에서 언급된 모든 간행물은 인용된 간행물과 관련하여 방법 및/또는 물질을 개시하고 기술하기 위해 참조에 의해 본원에 통합된다.
본원에서 및 첨부된 청구범위에서 사용되는 것과 같이, 단수 형태(“a”, “an”, 및 “the”)는 명확하게 달리 표시되지 않는 한 복수의 지시대상을 포함한다. 따라서, 예를 들어, "T 세포 조절 폴리펩티드"에 대한 언급은 복수의 이러한 폴리펩티드를 포함하고, "면역조절 폴리펩티드"에 대한 언급은 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드 및 당업자에게 공지된 이의 균등물 등에 대한 언급을 포함한다. 청구범위는 임의의 임의 요소를 배제하도록 작성될 수 있다는 것을 추가로 주목한다. 이와 같이, 이러한 언급은 청구 요소의 인용 또는 “부정적” 제한의 사용과 관련하여 "전적으로(solely)", “오직(only)” 등과 같은 배타적 용어의 사용을 위한 선행 근거로서의 역할을 하도록 의도된다.
명확성을 위해, 별도의 구현예들의 맥락에서 기술된 본 개시의 소정의 특징은 단일 구현예와 조합하여 제공될 수 있는 것으로 이해된다. 대조적으로, 간결성을 위해, 단일 구현예의 맥락에서 기술된 본 개시의 다양한 특징은 별도로 제공되거나 임의의 적절한 하위 조합으로 제공될 수도 있다. 본 개시에 속하는 구현예들의 모든 조합은 본 개시에 의해 구체적으로 포괄되며, 마치 각각의 및 모든 조합이 개별적으로 및 명시적으로 개시되는 것처럼 본원에 개시된다. 추가로, 다양한 구현예 및 이의 요소의 모든 하위 조합도 본 개시에 의해 구체적으로 포괄되며, 마치 각각의 및 모든 이러한 하위 조합이 본원에서 개별적으로 및 명시적으로 개시되는 것처럼 본원에 개시된다.
본원에서 논의된 간행물은 이들의 개시를 위해서만 제공된다. 본원의 어떠한 것도 본 개시가 이러한 간행물보다 우선할 자격이 없다는 것을 인정하는 것으로 해석되어서는 안 된다. 추가로, 제공된 공개일은 실제 공개일과 상이할 수 있으므로, 독립적으로 확인할 필요가 있을 수 있다.
발명을 실시하기 위한 구체적인 내용
본 개시는 다음을 포함하는 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드를 제공한다: (i) 변이체 IL-2 폴리펩티드와 같은 임의 면역조절 폴리펩티드, (ii) 클래스 I HLA 주요 조직적합성 복합체(MHC) 폴리펩티드(클래스 I HLA 중쇄 폴리펩티드 및 β2 마이크로글로불린 폴리펩티드), (iii) T 세포 수용체에게 에피토프를 제시하고, 클래스 I MHC 폴리펩티드와 함께 펩티드-MHC 복합체(pMHC)를 형성하는 펩티드, (iv) 종양 표적화 폴리펩티드, 및 (v) 임의 Ig Fc 폴리펩티드 또는 다른 스캐폴드.
TMMP는 T 세포의 활성을 조절하는데, 그리고 개체에서 면역 반응을 조절하는 데 유용하다. 중요하게는, 본원에 개시된 TMMP는 환자의 항병원성 (예를 들어, 항바이러스) T 세포의 레퍼토리를 “재유도”하여 암세포를 공격해 살해하는 데 유용하다. TMMP는 (i) 암세포 상의 항원에 특이적이고 이에 결합하는 TMMP의 종양 표적화 폴리펩티드(TTP)를 통해 환자의 암세포에 결합하고, (ii) 병원균 감염 세포, 예를 들어 질병을 야기할 수 있는 바이러스, 박테리아, 또는 다른 미생물에 감염된 세포의 표면 상에 pMHC를 모방하는 pMHC를 제시함으로써 이러한 결과를 달성한다. 이러한 방식으로, TMMP는 암세포가 병원균 감염 세포처럼 보이도록 이를 효과적으로 “페인팅(paint)”한다. 그런 다음, “페인팅된” 암세포는 TMMP에 의해 제시된 pMHC를 인식하고 이에 결합하는 T 세포 수용체(TCR)를 갖는 환자의 항병원성 T 세포의 기존 레퍼토리에 의해 공격되어 살해되기 쉽다.
예를 들어, TMMP는 암세포 상의 항원에 결합하는 TTP, 및 SARS-CoV-2 바이러스와 같은 바이러스로 감염된 세포의 pMHC를 모방하는 pMHC를 가질 수 있다. 따라서, SARS-CoV-2 바이러스 감염 세포에 대한 환자의 T 세포의 기존 레퍼토리가 환자의 암세포에 대해 재유도되며, 여기서 T 세포는 TMMP의 pMHC에 대한 T 세포의 TCR의 결합을 통해 활성화될 수 있다. T 세포의 활성화는 T 세포의 세포독성 성분의 방출 및 암세포의 살해로 이어질 수 있다. 이러한 경우, SARS-CoV-2 바이러스에 특이적인 환자의 T 세포의 레퍼토리는 이전 SARS-CoV-2 감염, TMMP의 pMHC에 특이적인 TCR을 갖는 T 세포를 유도하는 백신의 접종, 및/또는 TMMP의 pMHC에 특이적으로 결합하는 TCR을 갖는 환자의 T 세포를 프라이밍하고/하거나 증가시키도록 설계된 T 세포 조절 단백질을 이용한 이전 치료 중 하나 이상의 결과일 수 있다.
본원에 개시된 TMMP는 혈액암 또는 고형 종양을 가진 임의의 환자에게 유용하며, 여기에는 환자 본인의 암 특이적 T 세포가 암세포를 인식하여 살해하지 못하게 하는 HLA 상실을 통해 암이 면역 체계를 회피한 환자가 포함된다.
T 세포 조절 다량체 폴리펩티드
본 개시는 a) 제1 폴리펩티드; 및 b) 제2 폴리펩티드를 포함하는 T-세포 조절 다량체 폴리펩티드(TMMP)를 제공하며, 상기 TMMP는 펩티드 에피토프(아래에 정의됨); 제1 주요 조직적합성 복합체(MHC) 폴리펩티드; 제2 MHC 폴리펩티드; 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드; 면역글로불린(Ig) Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드; 및 종양 표적화 폴리펩티드(TTP)를 포함한다.
일부 경우에, TMMP는 a) 제1 폴리펩티드; 및 b) 제2 폴리펩티드를 포함하는 이종이량체(2개의 상이한 별도의 폴리펩티드 사슬을 포함함)를 포함하되, TMMP는 펩티드 에피토프; 제1 MHC 폴리펩티드; 제2 MHC 폴리펩티드; 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드; Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드; 및 TTP를 포함한다. TMMP는 단일 이종이량체를 포함할 수 있다. TMMP는 이종이량체의 2개의 카피를 포함할 수 있고; 즉, TMMP는 이종이량체의 동종이량체일 수 있다. 이종이량체의 2개의 카피는, 예를 들어 이황화 결합(예를 들어 이종이량체에 존재하는 Ig Fc 폴리펩티드들 간의 이황화 결합)에 의해 서로 연결될 수 있다.
일부 경우에, TMMP는 하나 이상의 이종이량체를 포함하고, 각각의 이종이량체는 a) 제1 MHC 폴리펩티드를 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 제2 MHC 폴리펩티드를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하되, 제1 폴리펩티드 또는 제2 폴리펩티드는 (아래에 정의된) 펩티드 에피토프를 포함하고, 제1 폴리펩티드 및/또는 제2 폴리펩티드는 동일하거나 상이할 수 있는 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드; 및 Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드를 포함한다. 제1 또는 제2 폴리펩티드는 또한 TTP를 포함한다. 일부 경우에, TTP는 Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드의 C-말단에 있다. 일부 경우에, TTP는 Ig Fc 폴리펩티드를 포함하는 폴리펩티드의 N-말단에 있다. 일부 경우에, TTP는 펩티드 에피토프를 포함하는 폴리펩티드의 C-말단에 있다.
TMMP에 존재하는 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2 펩티드(예: SARS-CoV-2 암호화된 펩티드)를 제시한다. 본원에서 사용되는 용어 "펩티드 에피토프"는 MHC 폴리펩티드와 복합체화될 때 T 세포 수용체(TCR)에 에피토프를 제시하는 펩티드를 의미한다. MHC 폴리펩티드와 복합체화될 때, 펩티드 에피토프는 하나 이상의 TCR에 하나 이상의 에피토프를 제시할 수 있다.
일부 경우에, TMMP는 i) SARS-CoV-2 펩티드; 및 iii) 암-연관 항원을 표적화하는 TTP를 포함한다. 이러한 TMMP는 TTP에 의해 표적화된 암-연관 항원을 발현하는 암 세포에 결합한다. TMMP는 TMMP에 존재하는 바이러스 에피토프에 특이적인 T 세포 활성을 조절한다. 예를 들어, 일부 경우에, TMMP는 TMMP에 존재하는 바이러스 에피토프에 특이적인 T 세포의 증식 및/또는 세포독성 활성을 증가시킨다. TMMP에 존재하는 바이러스 에피토프에 특이적인 T 세포를 접촉시키는 단계는 TMMP에 존재하는 TTP에 의해 표적화된 암-연관 항원을 발현하는 암에 대한 T 세포의 세포독성 활성을 증가시킬 수 있다.
SARS-CoV-2 에피토프를 갖는 pMHC를 포함하는 TMMP는 특히 유용한데, 이는 전 세계적으로 높은 비율의 SARS-CoV-2 감염증과 상업적 백신의 가용성이, SARS-CoV-2 에피토프를 갖는 pMHC를 인식할 수 있는 T 세포의 레퍼토리를 대부분의 환자가 이미 가지고 있거나, 백신 접종을 통해 갖도록 유도될 수 있음을 의미하기 때문이다. 그러나, 전술한 바와 같이, TMMP의 pMHC는 환자가 가진 T 세포의 기존 레퍼토리에 대항하는 다른 바이러스 또는 병원성 미생물 유래의 펩티드 에피토프를 대안적으로 제시할 수 있다. 예를 들어, pMHC는 파상풍, 독감과 같은 병원균에 대한 면역을 제공하는 상업적으로 이용가능한 백신 또는 다른 이용가능한 백신의 투여에 기인하여 T 세포에 의해 인식될 에피토프를 제시할 수 있다. 콜레라, 뎅기열, 디프테리아, 간염, b형 헤모필루스 인플루엔자균(Hib), 인간 유두종바이러스(HPV), 인플루엔자, 일본 뇌염, 말라리아, 홍역, 수막구균수막염, 볼거리, 백일해, 폐렴 구균 질환, 소아마비, 광견병, 로타바이러스, 풍진, 파상풍, 진드기 매개 뇌염, 결핵, 장티푸스, 수두, 및 황열과 같은 병원균에 대항하는 다수의 백신을 상업적으로 이용할 수 있고, 독소원성 대장균, B군 스트렙토코커스(GBS), 단순 포진 바이러스, HIV-1, 말라리아, 임균(Neisseria gonorrhoeae), 비-장티푸스성 살모넬라병, 노로바이러스, 파라티푸스성 발열, 호흡기 세포융합 바이러스(RSV), 주혈흡충증 질환, 이질균, A군 연쇄상구균(GAS), 결핵, 및 다른 인플루엔자 백신과 같은 다수의 다른 백신이 개발 중에 있다. 대안적으로 (또는 추가적으로), TMMP를 투여하기 전에, TTP를 포함하는 TMMP에서 원하는 pMHC를 인식하는 CD8+ T 세포를 프라이밍하고 활성화하고/하거나 증식을 유도하기 위해 (이에 의해 CD8+ T 세포의 수를 증가시키기 위해), T 세포 조절 폴리펩티드의 1회 이상의 투여량이 환자에게 투여될 수 있다. 예를 들어, 2021년 9월 30일에 공개된 WO2021/195108(Cue Biopharma, Inc.), 2021년 9월 30일에 공개된 WO 2021/195411(Cue Biopharma, Inc.), 및 2022년 1월 20일에 공개된 WO 2022/015880(Cue Biopharma, Inc.)에 기술된 T 세포 조절 폴리펩티드를 참조한다.
일부 경우에, TMMP는 하나 이상의 이종이량체를 포함하고, 각각의 이종량체는 a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) 펩티드 에피토프(SARS-CoV-2 펩티드); 및 ii) 제1 MHC 폴리펩티드; b) 제2 MHC 폴리펩티드를 포함하는 제2 폴리펩티드; c) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드(제1 및/또는 제2 폴리펩티드는 적어도 하나의 (즉, 하나 이상의) 면역조절 폴리펩티드를 포함함); d) Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드(제1 및/또는 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드를 포함함); 및 e) 암 세포를 표적화하는 폴리펩티드(종양 표적화 폴리펩티드; "TTP")를 포함한다. 일부 경우에, 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드 중 적어도 하나는 야생형 면역조절 폴리펩티드의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 경우에, 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드 중 적어도 하나는 동족 공동면역조절 폴리펩티드에 결합하지만, 상응하는 야생형 면역조절 폴리펩티드의 동족 공동면역조절 폴리펩티드에 대한 친화도에 비해 감소된 친화도를 나타내는 변이체 면역조절 폴리펩티드이다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 펩티드 에피토프는 전염병-연관 에피토프(예를 들어, 바이러스-암호화된 펩티드)를 제시한다.
TMMP는 종양 표적화 폴리펩티드, 즉, 암 세포 표면 상에 나타난 암-연관 에피토프를 표적화하는 폴리펩티드를 포함한다.
일부 경우에, TMMP는:
A) a) 제1 MHC 폴리펩티드를 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 제2 MHC 폴리펩티드를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하는 이종이량체로서, 제1 폴리펩티드 또는 제2 폴리펩티드는 SARS-CoV-2 펩티드를 포함하고, 제1 폴리펩티드 및/또는 제2 폴리펩티드는 동일하거나 상이할 수 있는 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드를 포함하고, 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드 중 적어도 하나는 야생형 면역조절 폴리펩티드이거나 야생형 면역조절 폴리펩티드의 변이체일 수 있고; 제1 폴리펩티드 및/또는 상기 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드를 포함하고; 제1 및/또는 제2 폴리펩티드는 TTP를 포함하는, 이종이량체이거나;
B) a) 제1 MHC 폴리펩티드를 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 제2 MHC 폴리펩티드를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하는 이종이량체로서, 제1 폴리펩티드 또는 제2 폴리펩티드는 SARS-CoV-2 펩티드를 포함하고; 제1 폴리펩티드 및/또는 제2 폴리펩티드는 동일하거나 상이할 수 있는 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드를 포함하고,
하나 이상의 면역조절 폴리펩티드 중 적어도 하나는 야생형 면역조절 폴리펩티드의 변이체이고,
하나 이상의 면역조절 폴리펩티드 중 적어도 하나는 상응하는 동족 공동면역조절 폴리펩티드에 대한 야생형 면역조절 폴리펩티드의 친화도에 비해 동족 공동면역조절 폴리펩티드에 대해 감소된 친화도를 나타내는 변이체 면역조절 폴리펩티드이고;
제1 폴리펩티드 및/또는 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드를 포함하고; 제1 및/또는 제2 폴리펩티드는 TTP를 포함하는, 이종이량체이거나;
C) i) N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) SARS-CoV-2 펩티드; ii) 제1 MHC 폴리펩티드; 및 b) N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드: i) 제2 MHC 폴리펩티드; 및 ii) 임의로 면역글로불린(Ig) Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드를 포함하는 이종이량체이며, 여기서 TMMP는 동일하거나 상이할 수 있는 하나 이상의 면역조절 도메인을 포함하고, 하나 이상의 면역조절 도메인 중 적어도 하나는: A) 제1 폴리펩티드의 C-말단; B) 제2 폴리펩티드의 N-말단; C) 제2 폴리펩티드의 C-말단; 또는 D) 제1 폴리펩티드의 C-말단 및 제2 폴리펩티드의 N-말단에 있고, 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드 중 적어도 하나는 야생형 면역조절 폴리펩티드이거나 야생형 면역조절 폴리펩티드의 변이체일 수 있고;
임의로 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드 중 적어도 하나는 상응하는 야생형 면역조절 폴리펩티드의 동족 공동면역조절 폴리펩티드에 대한 친화도에 비해 동족 공동면역조절 폴리펩티드에 대해 감소된 친화도를 나타내는 변이체 면역조절 폴리펩티드이다.
일부 경우에, TMMP에 존재하는 면역조절 폴리펩티드는 야생형 (자연 발생) 아미노산 서열을 포함한다.
일부 경우에, TMMP에 존재하는 면역조절 폴리펩티드는 상응하는 야생형 면역조절 폴리펩티드의 동족 공동면역조절 폴리펩티드에 대한 친화도보다 더 낮은 친화도로 동족 공동면역조절 폴리펩티드에 결합한다.
면역조절 폴리펩티드의 동족 공동면역조절 폴리펩티드에 대한 감소된 친화도, 및 TCR에 대한 에피토프의 친화도의 조합은 TMMP의 향상된 선택성을 제공한다. 예를 들어, TMMP는, i) TMMP에 존재하는 에피토프 이외의 에피토프에 특이적인 TCR; 및 ii) TMMP에 존재하는 면역조절 폴리펩티드에 결합하는 공동면역조절 폴리펩티드를 나타내는 제2 T 세포에 대한 결합에 비해, i) TMMP에 존재하는 에피토프에 특이적인 TCR; 및 ii) TMMP에 존재하는 면역조절 폴리펩티드에 결합하는 공동면역조절 폴리펩타이드를 둘 다를 나타내는 제1 T 세포에 선택적으로 결합한다.
일부 경우에, TMMP가 이를 필요로 하는 개체에게 투여될 때, TMMP는 에피토프 특이적 T 세포 반응과 에피토프 비-특이적 T 세포 반응 둘 다를 유도한다. 즉, 일부 경우에, TMMP가 이를 필요로 하는 개체에게 투여될 때, TMMP는: i) TMMP에 존재하는 펩티드 에피토프에 특이적인 TCR; ii) TMMP에 존재하는 면역조절 폴리펩티드에 결합하는 공동면역조절 폴리펩티드 둘 다를 나타내는 제1 T 세포의 활성을 조절함으로써 에피토프-특이적 T 세포 반응을 유도하고; i) TMMP에 존재하는 에피토프 이외의 에피토프에 특이적인 TCR; 및 ii) TMMP에 존재하는 면역조절 폴리펩티드에 결합하는 공동면역조절 폴리펩티드를 나타내는 제2 T 세포의 활성을 조절함으로써 에피토프 비-특이적 T 세포 반응을 유도한다. 에피토프 특이적 T 세포 반응 대 에피토프 비-특이적 T 세포 반응의 비는 적어도 2:1, 적어도 5:1, 적어도 10:1, 적어도 15:1, 적어도 20:1, 적어도 25:1, 적어도 50:1 또는 적어도 100:1이다. 에피토프 특이적 T 세포 반응 대 에피토프 비-특이적 T 세포 반응의 비는 약 2:1 내지 약 5:1, 약 5:1 내지 약 10:1, 약 10:1 내지 약 15:1, 약 15:1 내지 약 20:1, 약 20:1 내지 약 25:1, 약 25:1 내지 약 50:1, 또는 약 50:1 내지 약 100:1, 또는 100:1 초과이다. T 세포의 "활성을 조절하는 것"은 다음 중 하나 이상을 포함할 수 있다: i) 세포독성(예를 들어, CD8+) T 세포를 활성화하는 것; ii) 세포독성(예를 들어, CD8+) T 세포의 세포독성 활성을 유도하는 것; iii) 세포독성(예를 들어, CD8+) T 세포에 의한 세포독소(예를 들어, 퍼포린; 그랜자임; 그래눌리신)의 생성 및 방출을 유도하는 것; iv) 자가반응성 T 세포의 활성을 억제하는 것; 등. 본원에서 사용되는 바와 같이, 선택적으로 조절하는 것은 에피토프 비-특이적 T 세포 반응보다 큰 에피토프 특이적 T 세포 반응을 유도하는 것을 지칭한다.
면역조절 폴리펩티드의 동족 공동면역조절 폴리펩티드에 대한 감소된 친화도, 및 TCR에 대한 에피토프의 친화도의 조합은 TMMP의 향상된 선택성을 제공한다. 따라서, 예를 들어, TMMP는, i) TMMP에 존재하는 에피토프 이외의 에피토프에 특이적인 TCR; 및 ii) TMMP에 존재하는 면역조절 폴리펩티드에 결합하는 공동면역조절 폴리펩티드를 나타내는 제2 T 세포에 TMMP가 결합할 때의 결합활성에 비해 더 높은 결합활성으로, i) TMMP에 존재하는 에피토프에 특이적인 TCR; 및 ii) TMMP에 존재하는 면역조절 폴리펩티드에 결합하는 공동면역조절 폴리펩티드 둘 다를 나타내는 제1 T 세포에 결합한다.
면역조절 폴리펩티드와 이의 동족 공동-면역조절 폴리펩티드 간의 결합 친화도는 공개된 PCT 출원 WO 2020/243315(Cue Biopharma, Inc.)에 기술된 바와 같이 바이오층 간섭계(BLI)에 의해 결정될 수 있다.
이량체화된 TMMP
TMMP는 이량체화될 수 있으며; 즉, 본 개시는 TMMP의 이량체를 포함하는 다량체 폴리펩티드를 제공한다. 따라서, 본 개시는 다음을 포함하는 TMMP를 제공한다: A) a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) 펩티드 에피토프; 및 ii) 제1 주요 조직적합성 복합체(MHC) 폴리펩티드; 및 b) i) 제2 MHC 폴리펩티드를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하는 제1 이종이량체로서, 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드를 포함하는 제1 이종이량체; 및 B) a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) 펩티드 에피토프; 및 ii) 제1 MHC 폴리펩티드; 및 b) i) 제2 MHC 폴리펩티드를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하는 제2 이종이량체로서, 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드를 포함하는 제2 이종이량체(여기서 제1 이종이량체와 제2 이종이량체는 서로 공유 연결됨). 일부 경우에, 2개의 TMMP는 아미노산 서열에서 서로에 대해 동일하다. 일부 경우에, 제1 이종이량체 및 제2 이종이량체는 제1 이종이량체의 제2 폴리펩티드의 C-말단 영역 및 제2 이종이량체의 제2 폴리펩티드의 C-말단 영역을 통해 서로 공유 연결된다. 일부 경우에, 제1 이종이량체 및 제2 이종이량체는 제1 이종이량체의 제2 폴리펩티드의 C-말단 아미노산 및 제2 이종이량체의 제2 폴리펩티드의 C-말단의 영역을 통해 서로 공유 연결되고; 예를 들어, 일부 경우에, 제1 이종이량체의 제2 폴리펩티드의 C-말단의 아미노산 및 제2 이종이량체의 제2 폴리펩티드의 C-말단의 영역은 서로 직접적으로 연결되거나 링커를 통해 연결된다. 링커는 펩티드 링커일 수 있다. 펩티드 링커는 길이가 1개의 아미노산 내지 200개의 아미노산(예를 들어, 1개의 아미노산(aa) 내지 5 aa, 5 aa 내지 10 aa, 10 aa 내지 25 aa, 25 aa 내지 50 aa, 50 aa 내지 100 aa, 100 aa 내지 150 aa, 또는 150 aa 내지 200 aa)일 수 있다. 일부 경우에, 제1 이종이량체의 펩티드 에피토프 및 제2 이종이량체의 펩티드 에피토프는 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 경우에, 제1 이종이량체 및 제2 이종이량체의 제1 MHC 폴리펩티드는 MHC 클래스 I β2-마이크로글로불린이고, 제1 이종이량체 및 제2 이종이량체의 제2 MHC 폴리펩티드는 MHC 클래스 I 중쇄이다. 일부 경우에, 제1 이종이량체의 면역조절 폴리펩티드 및 제2 이종이량체의 면역조절 폴리펩티드는 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 경우에, 제1 이종이량체의 면역조절 폴리펩티드 및 제2 이종이량체의 면역조절 폴리펩티드는 상응하는 부모 야생형 면역조절 폴리펩티드에 비해 1 내지 10개의 아미노산 치환을 포함하는 변이체 면역조절 폴리펩티드이고, 1 내지 10개의 아미노산 치환은 변이체 면역조절 폴리펩티드의 동족 공동면역조절 폴리펩티드에 대한 결합 친화도를 감소시킨다. 일부 경우에, 제1 이종이량체의 면역조절 폴리펩티드와 제2 이종이량체의 면역조절 폴리펩티드는 IL-2, 4-1BBL, PD-L1, CD80, CD86, ICOS-L, OX-40L, FasL, JAG1 (CD339), TGFβ, CD70, 및 ICAM으로 이루어진 군으로부터 각각 독립적으로 선택된다. 적합한 MHC 폴리펩티드, 면역조절 폴리펩티드, 및 펩티드 에피토프의 예는 아래에 기술된다. 제1 및/또는 제2 폴리펩티드는: i) Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드; 및 ii) 종양-표적화 폴리펩티드를 포함한다.
다중 이황화 결합된 TMMP
일부 경우에, TMMP의 제1 폴리펩티드 및 제2 폴리펩티드는 적어도 2개의 이황화 결합(즉, 2개의 사슬간 이황화 결합)에 의해 서로 연결된다. 이러한 다중 이황화-연결된 TMMP의 예는 도 18a~도 18c에 개략적으로 도시되어 있다. 추가로, TMMP가 IgFc 폴리펩티드를 포함하는 경우, 이황화 결합이 2개의 이종이량체 TMMP 내의 IgFc 폴리펩티드를 연결하도록 이종이량체 TMMP가 이량체화될 수 있다. 이러한 배열은 도 18d에서 개략적으로 도시되어 있으며, 여기서 이황화 결합은 파선으로 표시된다. 달리 언급되지 않는 한, 본 섹션의 다중 이황화-연결된 TMMP에 기술된 적어도 2개의 이황화 결합은 이량체화된 TMMP 내의 IgFc 폴리펩티드를 연결하는 이황화 결합을 지칭하지는 않는다.
전술한 바와 같이, 일부 경우에, TMMP의 제1 폴리펩티드 및 제2 폴리펩티드는 적어도 2개의 이황화 결합(즉, 2개의 사슬간 이황화 결합)에 의해 서로 연결된다. 예를 들어, 일부 경우에, TMMP의 제1 폴리펩티드 및 제2 폴리펩티드는 2개의 사슬간 이황화 결합에 의해 서로 연결된다. 또 다른 예로서, 일부 경우에, TMMP의 제1 폴리펩티드 및 제2 폴리펩티드는 3개의 사슬간 이황화 결합에 의해 서로 연결된다. 또 다른 예로서, 일부 경우에, TMMP의 제1 폴리펩티드 및 제2 폴리펩티드는 4개의 사슬간 이황화 결합에 의해 서로 연결된다.
일부 경우에, TMMP의 제1 폴리펩티드 내의 펩티드 에피토프가 Cys을 포함하는 링커에 의해 β2M 폴리펩티드에 연결되는 경우, 적어도 2개의 이황화 결합 중 적어도 하나는 링커의 Cys를 제2 폴리펩티드 내의 MHC 클래스 I 중쇄의 Cys에 연결한다. 일부 경우에, TMMP의 제1 폴리펩티드 내의 펩티드 에피토프가 링커에 의해 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드에 연결되는 경우, 적어도 2개의 이황화 결합 중 적어도 하나는 링커의 Cys를 제2 폴리펩티드에 존재하는 β2M 폴리펩티드의 Cys에 연결한다.
일부 경우에, T 세포 조절 다량체 폴리펩티드는 적어도 하나의 이종이량체를 포함하고, 적어도 하나의 이종이량체는: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) 펩티드 에피토프; 및 ii) 제1 MHC 폴리펩티드; b) 제2 MHC 폴리펩티드를 포함하는 제2 폴리펩티드; c) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드(제1 및/또는 제2 폴리펩티드는 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드를 포함함); d) Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드(제1 및/또는 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드를 포함함); 및 e) TTP(제1 및/또는 제2 폴리펩티드가 TTP를 포함함)를 포함하며, 여기서 이종이량체는 제1 폴리펩티드와 제2 폴리펩티드 사이에 적어도 2개의 이황화 결합(예를 들어, 2개의 이황화 결합)을 포함한다(예를 들어, 이종이량체는 다음을 포함함: i) 제1 폴리펩티드와 제2 폴리펩티드와 연결하는 제1 이황화 결합; 및 ii) 제1 폴리펩티드와 제2 폴리펩티드와 연결하는 제2 이황화 결합). 다른 방식으로 표현하면, 제1 폴리펩티드는 제2 폴리펩티드 내의 제1 Cys 잔기와 이황화 결합(제1 이황화 결합)을 형성하는 제1 Cys 잔기를 포함하고; 제1 폴리펩티드는 제2 폴리펩티드 내의 제2 Cys 잔기와 이황화 결합(제2 이황화 결합)을 형성하는 제2 Cys 잔기를 포함한다.
일부 경우에, TMMP는: a) N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) 펩티드 에피토프; ii) 펩티드 링커; 및 iii) β2M 폴리펩티드; 및 b) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 여기서 제1 및 제2 폴리펩티드 중 하나 또는 둘 다는 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드를 포함하며, 여기서 TMMP는: a) 다음 사이의 제1 이황화 연결: i) 펩티드 에피토프와 β2M 폴리펩티드 사이의 링커에 존재하는 Cys; 및 ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 내로 도입된 제1 Cys; 및 b) 제1 폴리펩티드와 제2 폴리펩티드 사이의 적어도 제2 이황화 연결을 포함하고, 여기서 적어도 제2 이황화 연결은 다음 사이의 이황화 연결이다: i) 링커에 존재하는 Cys에 대해 C-말단인 제1 폴리펩티드의 Cys; 및 ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 내로 도입된 제1 Cys에 대해 C-말단인 제2 폴리펩티드의 Cys. 전술한 바와 같이, TMMP는 또한: i) Ig Fc 폴리펩타이드 또는 비-Ig 스캐폴드; 및 ii) TTP를 포함한다.
다중 이황화-연결된 TMMP(예를 들어, 이중 이황화-연결된 TMMP)는 예를 들어 다음을 포함할 수 있다: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) 펩티드 에피토프; 및 ii) 제1 MHC 폴리펩티드(여기서 제1 폴리펩티드는 펩티드와 제1 MHC 폴리펩티드 사이에서 펩티드 링커를 포함하고, 펩티드 링커는 Cys 잔기를 포함하며, 제1 MHC 폴리펩티드는 Cys 잔기를 도입하는 아미노산 치환을 포함하는 β2M 폴리펩티드임); b) 제2 MHC 폴리펩티드를 포함하는 제2 폴리펩티드(여기서 제2 MHC 폴리펩티드는 (도 7a에 도시된) HLA-A*0201의 아미노산 넘버링에 기초한 Y84C 치환 및 A236C 치환을 포함하거나 또 다른 클래스 I 중쇄 대립유전자의 상응하는 위치에서 치환을 포함하는 클래스 I 중쇄이며, TMMP는 펩티드 링커의 Cys 잔기와 클래스 I 중쇄의 아미노산 위치 84 또는 또 다른 클래스 I 중쇄 대립유전자의 상응하는 위치에 있는 Cys 잔기 사이에서 이황화 결합을 포함하고, TMMP는 β2M 폴리펩티드 내의 도입된 Cys 잔기와 클래스 I 중쇄의 아미노산 위치 236 또는 또 다른 클래스 I 중쇄 대립유전자의 상응하는 위치에 있는 Cys 사이에서 이황화결합을 포함함); 및 c) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드(여기서, 제1 및/또는 제2 폴리펩티드는 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드를 포함함). 전술한 바와 같이, TMMP는 또한: i) Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드; 및 ii) TTP를 포함한다.
Sars-CoV-2 펩티드
전술한 바와 같이, TMMP는 베타코로나바이러스(Betacoronavirus, 예를 들어 SARS-CoV-2) 펩티드를 포함하는데, 베타코로나바이러스 펩티드는 일반적으로 적어도 약 4개 아미노산의 길이이고, MHC/펩티드 복합체(예: HLA/펩티드 복합체) 상태일 때 SARS-CoV-2 에피토프를 T 세포에 제시한다.
TMMP에 존재하는 SARS-CoV-2 펩티드는 적어도 4개 아미노산의 길이, 예를 들어 4개 아미노산 내지 약 25개 아미노산의 길이(예를 들어 4 내지 20개 아미노산, 6 내지 18개 아미노산, 8개 내지 15개 아미노산, 8 내지 12개 아미노산, 9 내지 11개 아미노산, 9 내지 10개 아미노산, 5 내지 10개 아미노산, 10 내지 15개 아미노산, 10 내지 20개 아미노산, 및 15 내지 25개 아미노산의 범위 이내의 길이를 포함하여, 4개 아미노산 (aa), 5 aa, 6aa, 7 aa, 8 aa, 9 aa, 10 aa, 11aa, 12aa, 13aa, 14aa, 15aa, 16aa, 17aa, 18aa, 19aa, 20 aa, 21aa, 22 aa, 23 aa, 24aa, 또는 25 aa의 길이), 예를 들어 9, 10, 11, 12, 13, 또는 14개 아미노산의 길이를 가질 수 있다.
TMMP에 존재하는 SARS-CoV-2 에피토프는 T 세포에 의해 특이적으로 결합된 펩티드이다. 즉, 에피토프는 에피토프 특이적 T 세포에 의해 특이적으로 결합된다. 에피토프 특이적 T 세포는 기준 아미노산 서열을 갖는 에피토프에 결합하지만, 기준 아미노산 서열과 상이한 에피토프에는 실질적으로 결합하지 않는다. 예를 들어, 에피토프 특이적 T 세포는 기준 아미노산 서열을 갖는 에피토프에 결합하며, 기준 아미노산 서열과 상이한 에피토프에 결합한다 하더라도 10-6 M 미만, 10-5 M 미만, 또는 10-4 M 미만의 친화도로 결합한다. 에피토프 특이적 T 세포는 이 T 세포가 특이적인 에피토프에 적어도 10-7 M, 적어도 10-8 M, 적어도 10-9 M, 또는 적어도 10-10 M의 친화도로 결합할 수 있다.
TMMP에 존재하는 펩티드 에피토프는 베타코로나바이러스-암호화된 폴리펩티드의 펩티드이다. 일부 경우에, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2 펩티드(즉, SARS-CoV-2-암호화된 폴리펩티드의 펩티드)이다. 일부 경우에, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2-암호화된 표면 당단백질 유래의 SARS-CoV-2 펩티드이다. 일부 경우에, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2-암호화된 막 당단백질 유래의 SARS-CoV-2 펩티드이다. 일부 경우에, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2-암호화된 뉴클레오캡시드 인단백질 유래의 SARS-CoV-2 펩티드이다.
일부 경우에, TMMP에 존재하는 펩티드는 도 13a~13j에 도시된 SARS-CoV-2 폴리펩티드 중 어느 하나와 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 적어도 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드의 4개 아미노산(aa) 내지 25개 aa의 길이(예를 들어, 4개 aa, 5개 aa, 6개 aa, 7개 aa, 8개 aa, 9개 aa, 10개 aa, 11개 aa, 12개 aa, 13개 aa, 14개 aa, 15개 aa, 16개 aa, 17개 aa, 18개 aa, 19개 aa, 20개 aa, 21개 aa, 22개 aa, 23개 aa, 24개 aa, 또는 25개 aa의 길이)로 이루어진 펩티드이다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 펩티드는 도 13a~13j에 도시된 폴리펩티드 중 어느 하나의 4개 아미노산(aa) 내지 25개 aa의 길이(예를 들어, 4개 aa, 5개 aa, 6개 aa, 7개 aa, 8개 aa, 9개 aa, 10개 aa, 11개 aa, 12개 aa, 13개 aa, 14개 aa, 15개 aa, 16개 aa, 17개 aa, 18개 aa, 19개 aa, 20개 aa, 21개 aa, 22개 aa, 23개 aa, 24개 aa, 또는 25개 aa의 길이)로 이루어진 펩티드이다.
일부 경우에, TMMP에 존재하는 펩티드는 도 14에 도시된 펩티드 중 어느 하나이다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 펩티드는 도 15에 도시된 펩티드 중 어느 하나이다.
일부 경우에, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2-암호화된 표면 당단백질 유래의 SARS-CoV-2 펩티드이다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 펩티드는 도 13j에 도시된 SARS-CoV-2 표면 당단백질과 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 적어도 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드의 4개 아미노산(aa) 내지 25개 aa의 길이(예를 들어, 4개 aa, 5개 aa, 6개 aa, 7개 aa, 8개 aa, 9개 aa, 10개 aa, 11개 aa, 12개 aa, 13개 aa, 14개 aa, 15개 aa, 16개 aa, 17개 aa, 18개 aa, 19개 aa, 20개 aa, 21개 aa, 22개 aa, 23개 aa, 24개 aa, 또는 25개 aa의 길이)로 이루어진 펩티드이다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 펩티드는 도 13j에 도시된 SARS-CoV-2 표면 당단백질의 펩티드의 4개 아미노산(aa) 내지 25개 aa의 길이(예를 들어, 4개 aa, 5개 aa, 6개 aa, 7개 aa, 8개 aa, 9개 aa, 10개 aa, 11개 aa, 12개 aa, 13개 aa, 14개 aa, 15개 aa, 16개 aa, 17개 aa, 18개 aa, 19개 aa, 20개 aa, 21개 aa, 22개 aa, 23개 aa, 24개 aa, 또는 25개 aa의 길이)로 이루어진 펩티드이다.
일부 경우에, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2-암호화된 표면 당단백질 유래의 SARS-CoV-2 펩티드이며, 여기서 SARS-CoV-2는 오미크론 변이체(B1.1.529 변이체로도 알려짐)이다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 펩티드는 도 13k에 도시된 SARS-CoV-2 표면 당단백질과 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 적어도 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드의 4개 아미노산(aa) 내지 25개 aa의 길이(예를 들어, 4개 aa, 5개 aa, 6개 aa, 7개 aa, 8개 aa, 9개 aa, 10개 aa, 11개 aa, 12개 aa, 13개 aa, 14개 aa, 15개 aa, 16개 aa, 17개 aa, 18개 aa, 19개 aa, 20개 aa, 21개 aa, 22개 aa, 23개 aa, 24개 aa, 또는 25개 aa의 길이)로 이루어진 펩티드이다. 도 13k에 도시된 바와 같이, 오미크론 변이체의 스파이크 당단백질은 다음의 변화를 포함한다: A67V, del69-70, T95I, del142-144, Y145D, del211, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F (여기서 굵은 글씨체로 표시된 치환은 수용체 결합 도메인(RBD)에 있고, “ins”는 삽입을 지칭하고, “del”은 결실을 지칭함). 일부 경우에, TMMP에 존재하는 펩티드는 도 13k에 도시된 SARS-CoV-2 표면 당단백질의 펩티드의 4개 아미노산(aa) 내지 25개 aa의 길이(예를 들어, 4개 aa, 5개 aa, 6개 aa, 7개 aa, 8개 aa, 9개 aa, 10개 aa, 11개 aa, 12개 aa, 13개 aa, 14개 aa, 15개 aa, 16개 aa, 17개 aa, 18개 aa, 19개 aa, 20개 aa, 21개 aa, 22개 aa, 23개 aa, 24개 aa, 또는 25개 aa의 길이)로 이루어진 펩티드이다.
일부 경우에, TMMP에 존재하는 펩티드는 SARS-CoV-2-암호화된 표면 당단백질 유래의 SARS-CoV-2 펩티드이며, 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다: NLTTRTQL (서열번호 533), LPPAYTNSF (서열번호 590), KVFRSSVLH (서열번호 288), LPFFSNVTW (서열번호 591), PFFSNVTWF (서열번호 388), RFDNPVLPF (서열번호 389), LPFNDGVYF (서열번호 475), GVYFASTEK (서열번호 289), TEKSNIIRGW (서열번호 711), TLDSKTQSL (서열번호 534), GVYYHKNNK (서열번호 290), YYHKNNKSW (서열번호 412), VYSSANNCTF (서열번호 390), FEYVSQPFL (서열번호 661), EYVSQPFLM (서열번호 391), FVFKNIDGY (서열번호 592), TPINLVRDL (서열번호 476), LPQGFSAL (서열번호 477), LPIGINITRF (서열번호 593), INITRFQTL (서열번호 535), LLALHRSYL (서열번호 536), WTAGAAAYY (서열번호 145), YYVGYLQPRTF (서열번호 392), YLQPRTFLL (서열번호 218), YLQPRTFL (서열번호 537), SETKCTLKSF (서열번호 712), TLKSFTVEK (서열번호 291), QPTESIVRF (서열번호 594), RFPNITNLCPF (서열번호 413), GEVFNATRF (서열번호 662), NATRFASVY (서열번호 595), LYNSASFSTF (서열번호 393), NSASFSTFK (서열번호 329), RQIAPGQTGK (서열번호 292), KIADYNYKL (서열번호 219), NYNYLYRLF (서열번호 394), RLFRKSNLK (서열번호 293), KPFERDISTEI (서열번호 478), YFPLQSYGF (서열번호 395), QPYRVVVL (서열번호 479), PYRVVVLSF (서열번호 396), GPKKSTNLV (서열번호 480), TSNQVAVLY (서열번호 146), VYSTGSNVF (서열번호 397), AEHVNNSY (서열번호 721), IPIGAGICASY (서열번호 596), SPRRARSVA (서열번호 481), VASQSIIAY (서열번호 597), SIIAYTMSL (서열번호 220), LGAENSVAY (서열번호 598), AYSNNSIAIPTNF (서열번호 414), IPTNFTISV (서열번호 482), TEILPVSMTK (서열번호 330), QEVFAQVKQIY (서열번호 713), KQIYKTPPIK (서열번호 294), IYKTPPIKDF (서열번호 398), LLFNKVTLA (서열번호 221), TLADAGFIK (서열번호 295), LADAGFIKQY (서열번호 147), ADAGFIKQY (서열번호 714), VLPPLLTDEMIAQY (서열번호 148), IPFAMQMAY (서열번호 599), SSTASALGK (서열번호 331), VLNDILSRL (서열번호 222), RLDKVEAEV (서열번호 223), VEAEVQIDRL (서열번호 663), AEVQIDRLI (서열번호 664), LITGRLQSL (서열번호 538), RLQSLQTYV (서열번호 224), AEIRASANL (서열번호 665), ASANLAATK (서열번호 296), HLMSFPQSA (서열번호 225), FPQSAPHGVVF (서열번호 600), APHGVVFL (서열번호 483), VTYVPAQEK (서열번호 297), TYVPAQEKNF (서열번호 399), REGVFVSNGTHW (서열번호 715), GTHWFVTQR (서열번호 332), TVYDPLQPELDSFK (서열번호 333), KEIDRLNEV (서열번호 666), QELGKYEQYIKW (서열번호 716), YEQYIKWPW (서열번호 717), QYIKWPWYI (서열번호 400), FIAGLIAIV (서열번호 226), 및 SEPVLKGVKL (서열번호 484).
일부 경우에, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2-암호화된 막 당단백질 유래의 SARS-CoV-2 펩티드이다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 펩티드는 도 13d에 도시된 SARS-CoV-2 막 당단백질과 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 적어도 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드의 펩티드이며, 4개 아미노산(aa) 내지 25개 aa의 길이(예를 들어, 4개 aa, 5개 aa, 6개 aa, 7개 aa, 8개 aa, 9개 aa, 10개 aa, 11개 aa, 12개 aa, 13개 aa, 14개 aa, 15개 aa, 16개 aa, 17개 aa, 18개 aa, 19개 aa, 20개 aa, 21개 aa, 22개 aa, 23개 aa, 24개 aa, 또는 25개 aa의 길이)를 갖는다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 펩티드는 도 13d에 도시된 SARS-CoV-2 막 당단백질의 펩티드이며, 4개 아미노산(aa) 내지 25개 aa의 길이(예를 들어, 4개 aa, 5개 aa, 6개 aa, 7개 aa, 8개 aa, 9개 aa, 10개 aa, 11개 aa, 12개 aa, 13개 aa, 14개 aa, 15개 aa, 16개 aa, 17개 aa, 18개 aa, 19개 aa, 20개 aa, 21개 aa, 22개 aa, 23개 aa, 24개 aa, 또는 25개 aa의 길이)를 갖는다.
일부 경우에, TMMP에 존재하는 펩티드는 SARS-CoV-2-암호화된 막 당단백질 유래의 SARS-CoV-2 펩티드이며, 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다: GTITVEELK (서열번호 302), EELKKLLEQW (서열번호 671), KLLEQWNLV (서열번호 155), FAYANRNRF (서열번호 544), YANRNRFLY (서열번호 545), SYFIASFRLF (서열번호 338), RLFARTRSM (서열번호 491), VPLHGTIL (서열번호 427), SELVIGAVIL (서열번호 602), HLRIAGHHL (서열번호 492), RIAGHHLGR (서열번호 233), KEITVATSRTL (서열번호 603), ATSRTLSYYK (서열번호 303), ASQRVAGDSGFAAY (서열번호 101), 및 VAGDSGFAAY (서열번호 102).
일부 경우에, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2-암호화된 뉴클레오캡시드 인단백질 유래의 SARS-CoV-2 펩티드이다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 펩티드는 도 13f에 도시된 SARS-CoV-2 뉴클레오캡시드 인단백질과 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 적어도 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드의 펩티드이며, 4개 아미노산(aa) 내지 25개 aa의 길이(예를 들어, 4개 aa, 5개 aa, 6개 aa, 7개 aa, 8개 aa, 9개 aa, 10개 aa, 11개 aa, 12개 aa, 13개 aa, 14개 aa, 15개 aa, 16개 aa, 17개 aa, 18개 aa, 19개 aa, 20개 aa, 21개 aa, 22개 aa, 23개 aa, 24개 aa, 또는 25개 aa의 길이)를 갖는다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 펩티드는 도 13f에 도시된 SARS-CoV-2 뉴클레오캡시드 인단백질의 펩티드이며, 4개 아미노산(aa) 내지 25개 aa의 길이(예를 들어, 4개 aa, 5개 aa, 6개 aa, 7개 aa, 8개 aa, 9개 aa, 10개 aa, 11개 aa, 12개 aa, 13개 aa, 14개 aa, 15개 aa, 16개 aa, 17개 aa, 18개 aa, 19개 aa, 20개 aa, 21개 aa, 22개 aa, 23개 aa, 24개 aa, 또는 25개 aa의 길이)를 갖는다.
일부 경우에, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2-암호화된 뉴클레오캡시드 인단백질 유래의 SARS-CoV-2 펩티드이고, 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된다: LPNNTASWF (서열번호 567), KFPRGQGVPI (서열번호 454), NTNSSPDDQIGYY (서열번호 119), SPRWYFYYL (서열번호 455), LLLDRLNQL (서열번호 192), KAYNVTQAF (서열번호 568), QELIRQGTDYKHW (서열번호 690), ASAFFGMSR (서열번호 315), SRIGMEVTPSGTW (서열번호 691), GMEVTPSGTWL (서열번호 692), TPSGTWLTY (서열번호 569), AYKTFPPTEPK (서열번호 316), 및 LPAADLDDF (서열번호 570).
일부 경우에, 펩티드 에피토프는 도 19에 도시된 SARS-CoV-2 펩티드이다. 일부 경우에, 펩티드는 도 19에 도시된 HLA-A*01:01-제한된 펩티드이다. 일부 경우에, 펩티드는 도 19에 도시된 HLA-A*02:01-제한된 펩티드이다. 일부 경우에, 펩티드는 도 19에 도시된 HLA-A*11:01-제한된 펩티드이다. 일부 경우에, 펩티드는 도 19에 도시된 HLA-A*24:01-제한된 펩티드이다. 일부 경우에, 펩티드는 도 19에 도시된 HLA-B*07:02-제한된 펩티드이다. 도 19의 펩티드는 도 19에 도시된 것과 같은 HLA 대립유전자 또는 상이한 HLA 대립유전자와 쌍을 이룰 수 있다.
일부 경우에, 펩티드 에피토프는 RLQSLQTYV(서열번호 224)이다. 일부 경우에, 펩티드 에피토프는 YLQPRTFLL(서열번호 218)이다.
일부 경우에, 펩티드 에피토프는 β2M 폴리펩티드 및 HLA-E 폴리펩티드와의 복합체로 제시될 수 있는 것이다. 하나의 비제한적인 예로서, 일부 경우에, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2 Nsp13(헬리카아제) 폴리펩티드의 펩티드이다(예를 들어, 도 13c 참조). 일부 경우에, 펩티드 에피토프는 VMPLSAPTL(서열번호 914)이다. 일부 경우에, TMMP는 HLA-E 중쇄 폴리펩티드를 포함하고 펩티드 에피토프 VMPLSAPTL(서열번호 914)을 포함한다.
MHC 폴리펩티드
전술한 바와 같이, TMMP는 MHC 폴리펩티드를 포함한다. 본 개시의 목적을 위해, 용어 "주요 조직적합성 복합체(MHC) 폴리펩티드"는, 인간 MHC(인간 백혈구 항원(HLA)으로도 지칭됨) 폴리펩티드, 설치류(예를 들어, 마우스, 랫트 등) MHC 폴리펩티드, 및 다른 포유류 종(예를 들어, 토끼목, 비인간 영장류, 개과, 고양이과, 유제류(예를 들어 말, 소, 양, 염소 등) 등의 MHC 폴리펩티드를 포함하여, 다양한 종의 MHC 폴리펩티드를 포함하도록 의미를 갖는다. 용어 "MHC 폴리펩티드"는 클래스 I MHC 폴리펩티드(예를 들어 β-2 마이크로글로불린 및 MHC 클래스 I 중쇄)를 포함하도록 의미를 갖는다.
일부 경우에, 제1 MHC 폴리펩티드는 MHC 클래스 I 베타-2 마이크로글로불린(β2M) 폴리펩티드이고, 제2 MHC 폴리펩티드는 MHC 클래스 I 중쇄(H 사슬)("MHC-H"))이다. 다른 경우에, 제1 MHC 폴리펩티드는 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드이고; 제2 MHC 폴리펩티드는 β2M 폴리펩티드이다. 일부 경우에, β2M과 MHC-H 사슬 둘 다는 인간 기원이고; 즉, MHC-H 사슬은 HLA 중쇄이거나 이의 변이체이다. 명확하게 달리 언급되지 않는 한, TMMP는 MHC 클래스 I 중쇄의 막 고정 도메인(막관통 영역), 또는 생성된 TMMP를 TMMP가 발현되는 세포(예를 들어 포유류 세포와 같은 진핵 세포)에 고정시키기에 충분한 MHC 클래스 I 중쇄의 일부를 포함하지 않는다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 MHC 클래스 I 중쇄는 신호 펩티드, 막관통 도메인, 또는 고유 MHC 클래스 I 중쇄와 결합된 세포내 도메인(세포질 꼬리)을 포함하지 않는다. 따라서, 예를 들어 일부 경우에, TMMP에 존재하는 MHC 클래스 I 중쇄는 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드의 α1, α2, 및 α3 도메인만을 포함한다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 MHC 클래스 I 중쇄는 약 270개 아미노산(aa) 내지 약 290개 aa의 길이를 갖는다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 MHC 클래스 I 중쇄는 270 aa, 271 aa, 272 aa, 273 aa, 274 aa, 275 aa, 276 aa, 277 aa, 278 aa, 279 aa, 280 aa, 281 aa, 282 aa, 283 aa, 284 aa, 285 aa, 286 aa, 287 aa, 288 aa, 289 aa, 290 aa의 길이를 갖는다.
MHC 클래스 I 중쇄
일부 경우에, TMMP에 존재하는 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 도 3~11에 도시된 인간 HLA 중쇄 폴리펩티드 중 어느 하나의 아미노산 서열의 전부 또는 일부(예를 들어, 50, 75, 100, 150, 200, 또는 250개의 연속 아미노산)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 경우에, MHC 클래스 I 중쇄는 270 aa, 271 aa, 272 aa, 273 aa, 274 aa, 275 aa, 276 aa, 277 aa, 278 aa, 279 aa, 280 aa, 281 aa, 282 aa, 283 aa, 284 aa, 285 aa, 286 aa, 287 aa, 288 aa, 289 aa 또는 290 aa의 길이를 갖는다. 일부 경우에, MHC 클래스 I 중쇄는 270 aa 내지 280 aa의 길이를 갖는다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 도 3~11에 도시된 아미노산 서열 중 어느 하나의 (중쇄 컨센서스 서열에서 가변적인 것으로 표시된 위치들에 추가하여) 1~30, 1~5, 5~10, 10~15, 15~20, 20~25, 또는 25~30개의 아미노산 삽입, 결실, 및/또는 치환을 포함한다. 전술한 바와 같이, MHC 클래스 I 중쇄는 일반적으로 막관통 또는 세포질 도메인을 포함하지 않는다.
일부 경우에, TMMP의 MHC 폴리펩티드는 인간 MHC 폴리펩티드이며, 여기서 인간 MHC 폴리펩티드는 "인간 백혈구 항원"("HLA") 폴리펩티드로도 지칭된다. 일부 경우에, TMMP의 MHC 폴리펩티드는 클래스 I HLA 폴리펩티드, 예를 들어 β2-마이크로글로불린 폴리펩티드, 또는 클래스 I HLA 중쇄 폴리펩티드이다. 클래스 I HLA 중쇄 폴리펩티드는 HLA-A 중쇄 폴리펩티드, HLA-B 중쇄 폴리펩티드, HLA-C 중쇄 폴리펩티드, HLA-E 중쇄 폴리펩티드, HLA-F 중쇄 폴리펩티드, 및 HLA-G 중쇄 폴리펩티드를 포함한다.
일부 경우에, TMMP는 HLA-A 중쇄 폴리펩티드를 포함한다. TMMP 내로 혼입될 수 있는 HLA-A 중쇄 펩티드 서열 또는 이의 일부는 다음 대립유전자를 포함하지만 이에 한정되지는 않는다: A*0101, A*0201, A*0301, A*1101, A*2301, A*2402, A*2407, A*3303, 및 A*3401. 이들 대립유전자 중 어느 하나는 위치 도 3~6에 도시된 위치 84, 139, 및 236 중 하나 이상에서 다음으로부터 선택된 돌연변이를 포함할 수 있다: 위치 84에서 티로신에서 알라닌으로의 돌연변이(Y84A); 위치 84에서 티로신에서 시스테인으로의 돌연변이(Y84C); 위치 139에서의 알라닌에서 시스테인으로의 돌연변이(A139C); 및 위치 236에서 알라닌에서 시스테인으로의 치환(A236C). 또한, 이들 HLA-A 대립유전자의 서열의 전부 또는 일부(예를 들어 50, 75, 100, 150, 200, 또는 250개의 연속 아미노산)와 적어도 75%(예를 들어, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%) 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 HLA-A 서열이 사용될 수도 있다(예를 들어 1~25, 1~5, 5~10, 10~15, 15~20, 20~25, 또는 25~30개의 아미노산 삽입, 결실, 및/또는 치환을 포함할 수 있음). 일부 예가 아래에 제공된다.
HLA-A02
일부 경우에, TMMP의 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 도 3a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 HLA-A 중쇄 폴리펩티드는 도 3a에 도시된 아미노산 서열을 포함한다. 이러한 HLA-A 중쇄 폴리펩티드는 "HLA-A*0201" 또는 단순히 "HLA-A02"로도 지칭된다. WO 2018/119114 및 WO 2020/132138에 기술된 바와 같이, TMMP는, 예를 들어 (i) β2M과 MHC 클래스 I 중쇄 사이의 이황화 결합, 및/또는 (ii) 펩티드 에피토프를 β2M 폴리펩티드에 결합시키는 링커와 MHC 중쇄 사이의 이황화 결합, 및/또는 (iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 내의 사슬내 이황화 결합을 형성할 수 있는 Cys 잔기를 제공하는 돌연변이를 포함하여, 야생형 HLA-A02 대비 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다.
이러한 이황화 결합의 형성을 용이하게 하기 위해, 하나 이상의 비-자연 발생 Cys 잔기가 중쇄 폴리펩티드에 제공될 수 있다. 예를 들어, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 다음과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다:
A) 도 3c에 도시된 HLA-A02 (Y84C; A236C) 아미노산 서열로서, 아미노산 84는 Cys이고, 아미노산 236은 Cys인, 아미노산 서열 (일부 경우에, Cys-236은 R12C 치환을 포함하는 변이체 β2M 폴리펩티드의 Cys-12와 사슬간 이황화결합을 형성함); 또는
B) 도 3d에 도시된 HLA-A02 (Y84A; A236C) 아미노산 서열로서, 아미노산 84는 Ala이고, 아미노산 236은 Cys인, 아미노산 서열 (일부 경우에, Cys-236은 R12C 치환을 포함하는 변이체 β2M 폴리펩티드의 Cys-12와 사슬간 이황화결합을 형성함); 또는
C) 도 3e에 도시된 HLA-A02 (Y84C; A139C) 아미노산 서열로서, 아미노산 84는 Cys이고, 아미노산 139는 Cys인, 아미노산 서열.
전술한 바와 같이, 일부 경우에, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 도 3b에 도시된 HLA-A02 (Y84A; A236 야생형) 아미노산 서열로서, 아미노산 84는 Tyr이고, 아미노산 236은 Ala인 아미노산 서열과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.
HLA-A11 (HLA-A*1101)
일부 경우에, TMMP의 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 도 4a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 HLA-A 중쇄 폴리펩티드는 도 4a에 도시된 아미노산 서열을 포함한다. 이러한 HLA-A 중쇄 폴리펩티드는 "HLA-A*1101" 또는 단순히 "HLA-A11"로도 지칭된다. 변이체, 예를 들어 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 다음과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다:
A) 도 4b에 도시된 HLA-A11 (Y84A; A236 야생형) 아미노산 서열로서, 아미노산 84는 Tyr이고, 아미노산 236은 Ala인 아미노산 서열;
B) 도 4c에 도시된 HLA-A11 (Y84C; A236C) 아미노산 서열로서, 아미노산 84는 Cys이고, 아미노산 236은 Cys인, 아미노산 서열;
C) 도 4d에 도시된 HLA-A11 (Y84A; A236C) 아미노산 서열로서, 아미노산 84는 Ala이고, 아미노산 236은 Cys인, 아미노산 서열 (일부 경우에, Cys-236은 R12C 치환을 포함하는 변이체 β2M 폴리펩티드의 Cys-12와 사슬간 이황화결합을 형성함); 및
D) 도 4e에 도시된 HLA-A11 (Y84C; A139C) 아미노산 서열로서, 아미노산 84는 Cys이고, 아미노산 139는 Cys인, 아미노산 서열 (일부 경우에, Cys-84는 Cys-139와 사슬내 이황화결합을 형성함).
HLA-A24 (HLA-A*2402)
일부 경우에, TMMP의 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 도 5a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 HLA-A 중쇄 폴리펩티드는 도 5a에 도시된 아미노산 서열을 포함한다. 이러한 HLA-A 중쇄 폴리펩티드는 "HLA-A*2402" 또는 단순히 "HLA-A24"로도 지칭된다. 변이체, 예를 들어 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 다음과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다:
A) 도 5b에 도시된 HLA-A24 (Y84A; A236 야생형) 아미노산 서열로서, 아미노산 84는 Tyr이고, 아미노산 236은 Ala인, 아미노산 서열;
B) 도 5c에 도시된 HLA-A24 (Y84C; A236C) 아미노산 서열로서, 아미노산 84는 Cys이고, 아미노산 236은 Cys인, 아미노산 서열;
C) 도 5d에 도시된 HLA-A24 (Y84A; A236C) 아미노산 서열로서, 아미노산 84는 Ala이고, 아미노산 236은 Cys인, 아미노산 서열 (일부 경우에, Cys-236은 R12C 치환을 포함하는 변이체 β2M 폴리펩티드의 Cys-12와 사슬간 이황화결합을 형성함); 및
D) 도 5e에 도시된 HLA-A24 (Y84C; A139C) 아미노산 서열로서, 아미노산 84는 Cys이고, 아미노산 139는 Cys인, 아미노산 서열 (일부 경우에, Cys-84는 Cys-139와 사슬내 이황화결합을 형성함).
HLA-A33 (HLA-A*3303)
일부 경우에, TMMP의 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 도 6a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 HLA-A 중쇄 폴리펩티드는 도 6a에 도시된 아미노산 서열을 포함한다. 이러한 HLA-A 중쇄 폴리펩티드는 "HLA-A*3303" 또는 단순히 "HLA-A33"으로도 지칭된다. 변이체, 예를 들어 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 다음과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다:
A) 도 6b에 도시된 HLA-A24 (Y84A; A236 야생형) 아미노산 서열로서, 아미노산 84는 Tyr이고, 아미노산 236은 Ala인, 아미노산 서열;
B) 도 6c에 도시된 HLA-A24 (Y84C; A236C) 아미노산 서열로서, 아미노산 84는 Cys이고, 아미노산 236은 Cys인, 아미노산 서열;
C) 도 6d에 도시된 HLA-A24 (Y84A; A236C) 아미노산 서열로서, 아미노산 84는 Ala이고, 아미노산 236은 Cys인, 아미노산 서열 (일부 경우에, Cys-236은 R12C 치환을 포함하는 변이체 β2M 폴리펩티드의 Cys-12와 사슬간 이황화결합을 형성함); 및
D) 도 6e에 도시된 HLA-A24 (Y84C; A139C) 아미노산 서열로서, 아미노산 84는 Cys이고, 아미노산 139는 Cys인, 아미노산 서열 (일부 경우에, Cys-84는 Cys-139와 사슬내 이황화결합을 형성함).
도 7~9는 (리더 서열 또는 막관통 도메인 또는 세포내 도메인이 없는) 성숙한 HLA 클래스 I 중쇄 아미노산 서열의 정렬을 제공한다. 도 7a에서 정렬된 아미노산 서열은 다음의 대립유전자로 이루어진 HLA-A 클래스 I 중쇄이다: A*0101, A*0201, A*0301, A*1101, A*2301, A*2402, A*2407, A*3303, 및 A*3401. 도 8a에서 정렬된 아미노산 서열은 다음의 대립유전자로 이루어진 HLA-B 클래스 I 중쇄이다: B*0702, B*0801, B*1502, B*3802, B*4001, B*4601, 및 B*5301. 도 9a에서 정렬된 아미노산 서열은 다음의 대립유전자로 이루어진 HLA-C 클래스 I 중쇄이다: C*0102, C*0303, C*0304, C*0401, C*0602, C*0701, C*0801, 및 C*1502. 정렬에는, HLA H 사슬-β2M 복합체를 안정화하는 이황화 결합을 형성하기 위해 (예를 들어, 치환에 의해) 시스테인 잔기를 도입할 수 있는 위치(성숙한 단백질의 84 및 139)가 표시되어 있다. 또한 정렬에는, (예를 들어, aa 12에서) β2M과 사슬간 이황화 결합을 형성할 수 있는 시스테인 잔기에 의해 치환될 수 있는 (성숙한 폴리펩티드의) 위치 236이 도시되어 있다. 잔기 84, 139, 및 236의 측면에 위치한 박스는 (i) 임의의 자연 발생 아미노산 또는 (ii) 프롤린 또는 글리신을 제외한 임의의 자연 발생 아미노산으로부터 독립적으로 선택된 1 내지 5개의 아미노산으로 치환될 수 있는 5개 잔기로 이루어진 6개 세트로서, aac1("아미노산 클러스터 1의 경우)", aac2("아미노산 클러스터 2의 경우"), aac3("아미노산 클러스터 3의 경우"), aac4("아미노산 클러스터 4의 경우"), aac5("아미노산 클러스터 5의 경우"), 및 aac6("아미노산 클러스터 6의 경우")으로 표시된 세트에 포함된 5개 아미노산의 군을 양측에 보여준다.
도 7a, 도 8a, 및 도 9a는 각각 성숙한 HLA-A, -B, 및 -C 클래스 I 중쇄의 아미노산 서열의 정렬을 제공한다. 서열은 (리더 서열 또는 막관통 도메인 또는 세포내 도메인이 없는) 성숙한 단백질의 세포외 부분에 대해 제공된다. (i) 임의의 자연 발생 아미노산 또는 (ii) 프롤린 또는 글리신을 제외한 임의의 자연 발생 아미노산으로부터 독립적으로 선택된 1 내지 5개의 아미노산으로 치환될 수 있는 aa 잔기 84, 139, 및 236의 위치 및 이들의 측면에 위치한 잔기(aac1 내지 aac6)도 도시되어 있다. 도 7b, 도 8b, 및 도 9b는 도 7a, 도 8a, 및 도 9a에 각각 제공된 HLA-A, -B, 및 -C 서열에 대한 컨센서스 아미노산 서열을 제공한다. 컨센서스 서열은 순차적으로 넘버링된 "X" 잔기 및 이중 밑줄 표시된 아미노산 84, 139, 및 236의 위치로서 가변 아미노산 위치를 보여준다.
도 7a와 관련하여, 일부 경우에: i) aac1(아미노산 클러스터 1)은 아미노산 서열 GTLRG(서열번호 915)이거나, 1개 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, L이 I, V, A, 또는 F로 치환된) 서열일 수 있고; ii) aac2(아미노산 클러스터 2)는 아미노산 서열 YNQSE(서열번호 916)이거나, 1개 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, N이 Q로 치환되고, Q가 N으로 치환되고/되거나, E가 D로 치환된) 서열일 수 있고; iii) aac3(아미노산 클러스터 3)은 아미노산 서열 TAADM(서열번호 917)이거나, 1개 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, T가 S로 치환되고, A가 G로 치환되고, D가 E로 치환되고/되거나, M이 L, V 또는 I로 치환된) 서열일 수 있고; iv) aac4(아미노산 클러스터 4)는 아미노산 서열 AQTTK(서열번호 918)이거나, 1 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, A가 G로 치환되고, Q가 N으로 치환되었거나, T가 S로 치환되고/되거나 K가 R 또는 Q로 치환된) 서열일 수 있고; v) aac5(아미노산 클러스터 5)는 아미노산 서열 VETRP(서열번호 919)이거나, 1 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, V가 I 또는 L로 치환되고, E가 D로 치환되고, T가 S로 치환되고/되거나, R이 K로 치환된) 서열일 수 있고/있거나; vi) aac6(아미노산 클러스터 6)은 아미노산 서열 GDGTF(서열번호 920)이거나, 1 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, D가 E로 치환되고, T가 S로 치환되거나, F가 L, W, 또는 Y로 치환된) 서열일 수 있다.
도 8a와 관련하여, 일부 경우에: i) aac1(아미노산 클러스터 1)은 아미노산 서열 RNLRG(서열번호 921)이거나, 1 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, N이 T 또는 I로 치환되고/되거나; L이 A로 치환되고/되거나; 제2 R이 L로 치환되고/되거나; G가 R로 치환된) 서열일 수 있고; ii) aac2(아미노산 클러스터 2)는 아미노산 서열 YNQSE(서열번호 916)이거나, 1 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, N이 Q로 치환되고/되거나, Q가 N으로 치환되고/되거나 E가 D로 치환된) 서열일 수 있고; iii) aac3(아미노산 클러스터 3)은 아미노산 서열 TAADT(서열번호 922)이거나, 1 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, 제1 T가 S로 치환되고/되거나; A가 G로 치환되고/되거나; D가 E로 치환되고/되거나; 제2 T가 S로 치환된) 서열일 수 있고; iv) aac4(아미노산 클러스터 4)는 아미노산 서열 AQITQ(서열번호 923)이거나, 1 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, A가 G로 치환되고/되거나; 제1 Q가 N으로 치환되고/되거나; I가 L 또는 V로 치환되고/되거나; T가 S로 치환되고/되거나; 제2 Q가 N으로 치환된) 서열일 수 있고; v) aac5(아미노산 클러스터 5)는 아미노산 서열 VETRP(서열번호 919)이거나, 1 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, V가 I 또는 L로 치환되고, E가 D로 치환되고, T가 S로 치환되고/되거나, R이 K로 치환된) 서열일 수 있고/있거나; vi) aac6(아미노산 클러스터 6)은 아미노산 서열 GDRTF(서열번호 924)이거나, 1 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, D가 E로 치환되고/되거나; T가 S로 치환되고/되거나; R이 K 또는 H로 치환되고/되거나; F가 L, W, 또는 Y로 치환된) 서열일 수 있다.
도 9a와 관련하여, 일부 경우에: i) aac1(아미노산 클러스터 1)은 아미노산 서열 RNLRG(서열번호 921)이거나, 1 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, N이 K로 치환되고/되거나; L이 A 또는 I로 치환되고/되거나; 제2 R이 H로 치환되고/되거나; G가 T 또는 S로 치환된) 서열일 수 있고; ii) aac2(아미노산 클러스터 2)는 아미노산 서열 YNQSE(서열번호 916)이거나, 1 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, N이 Q로 치환되고/되거나, Q가 N으로 치환되고/되거나 E가 D로 치환된) 서열일 수 있고; iii) aac3(아미노산 클러스터 3)은 아미노산 서열 TAADT(서열번호 922)이거나, 1 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, 제1 T가 S로 치환되고/되거나; A가 G로 치환되고/되거나; D가 E로 치환되고/되거나; 제2 T가 S로 치환된) 서열일 수 있고; iv) aac4(아미노산 클러스터 4)는 아미노산 서열 AQITQ(서열번호 923)이거나, 1 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, A가 G로 치환되고/되거나; 제1 Q가 N으로 치환되고/되거나; I가 L로 치환되고/되거나; 제2 Q가 N 또는 K로 치환된) 서열일 수 있고; v) aac5(아미노산 클러스터 5)는 아미노산 서열 VETRP(서열번호 919)이거나, 1 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, V가 I 또는 L로 치환되고, E가 D로 치환되고, T가 S로 치환되고/되거나, R이 K 또는 H로 치환된) 서열일 수 있고/있거나; vi) aac6(아미노산 클러스터 6)은 아미노산 서열 GDGTF(서열번호 920)이거나, 1 또는 2개의 아미노산이 결실되었거나 다른 자연 발생 아미노산으로 치환된(예를 들어, D가 E로 치환되고/되거나; T가 S로 치환되고/되거나; F가 L, W, 또는 Y로 치환된) 서열일 수 있다.
비-고전적 HLA-E, -F, 및 -G MHC 클래스 I 중쇄
일부 경우에, TMMP는 비-고전적 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드를 포함한다. TMMP에 혼입될 수 있는 비-고전적 HLA 중쇄 폴리펩티드, 또는 이의 일부 중에는 HLA-E, -F, 및 -G 대립유전자가 포함되지만, 이들로 한정되지는 않는다. HLA-E, -F, 및 -G 중쇄 폴리펩티드에 대한 (및 HLA-A, B, 및 C 대립유전자에 대한) 아미노산 서열은 www.hla.alleles.org/ nomenclature/index.html, 유럽 분자생물학 연구소(European Molecular Biology Laboratory: EMBL)의 일부인 유럽 생물정보학 연구소(www.ebi.ac.uk), 및 미국 국립 생물정보센터(National Center for Biotechnology Information)(www.ncbi.nlm.nih.gov)에서 확인할 수 있다.
적합한 HLA-E 대립유전자의 비제한적 예는 HLA-E*0101 (HLA-E*01:01:01:01), HLA-E*01:03(HLA-E*01:03:01:01), HLA-E*01:04, HLA-E*01:05, HLA-E*01:06, HLA-E*01:07, HLA-E*01:09 및 HLA-E*01:10을 포함하지만, 이들로 한정되지 않는다. 이들 중, 이소형 HLA-E*0101 및 HLA-E*01.03은 특히 주목할 만한데, 이는 이들이 매우 흔한 대립유전자이고, 단 1개의 아미노산(위치 107에서의 Arg 또는 Gly)만큼 상이하기 때문이다. 예를 들어, 적합한 HLA-E 중쇄 폴리펩티드의 아미노산 서열이 도 16a~16d에 제공되어 있으며, 여기서 도 16a는 HLA-E*01:01(야생형)의 아미노산 서열을 제공하고; 도 16b는 Y84C 및 A2346C 치환을 갖는 HLA-E*01:01의 아미노산 서열을 제공하고; 도 16c는 HLA-E*01:03(야생형)의 아미노산 서열을 제공하고; 도 16d는 Y84C 및 A2346C 치환을 갖는 HLA-E*01:03의 아미노산 서열을 제공한다. 따라서, 일부 경우에, TMMP의 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 도 16a, 16b, 16c, 또는 16d에 도시된 아미노산 서열과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.
적합한 HLA-F 대립유전자의 비제한적 예는 HLA-F*0101 (HLA-F*01:01:01:01), HLA-F*01:02, HLA-F*01:03(HLA-F*01:03:01:01), HLA-F*01:04, HLA-F*01:05 및 HLA-F*01:06을 포함하지만, 이들로 한정되지 않는다. 적합한 HLA-G 대립유전자의 비제한적 예는 HLA-G*0101 (HLA-G*01:01:01:01), HLA-G*01:02, HLA-G*01:03(HLA-G*01:03:01:01), HLA-G*01:04 (HLA-G*01:04:01:01), HLA-G*01:06, HLA-G*01:07, HLA-G*01:08, HLA-G*01:09: HLA-G*01:10, HLA-G*01:10, HLA-G*01:11, HLA-G*01:12, HLA-G*01:14, HLA-G*01:15, HLA-G*01:16, HLA-G*01:17, HLA-G*01:18: HLA-G*01:19, HLA-G*01:20, 및 HLA-G*01:22를 포함하지만 이들로 한정되지 않는다. 이들 중, 이소형 HLA-G*0101(HLA-G*01:01:01:01) 및 HLA-G*01:04(HLA-G*01:04:01:01)는 특히 주목할 만한데, 이는 이들이 매우 흔한 대립유전자이기 때문이다. 예를 들어, 적합한 HLA-G 중쇄 폴리펩티드의 아미노산 서열이 도 17a~17d에 제공되어 있으며, 여기서 도 17a는 HLA-G*01:01(야생형)의 아미노산 서열을 제공하고; 도 17b는 Y84C 및 A2346C 치환을 갖는 HLA-G*01:01의 아미노산 서열을 제공하고; 도 17c는 HLA-G*01:04(야생형)의 아미노산 서열을 제공하고; 도 17d는 Y84C 및 A2346C 치환을 갖는 HLA-G*01:04의 아미노산 서열을 제공한다. 따라서, 일부 경우에, TMMP의 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 도 17a, 17b, 17c, 또는 17d에 도시된 아미노산 서열과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.
리더, 막관통, 및 세포질 서열의 전부 또는 실질적으로 전부가 없는 이들 HLA E, -F, 및 -G 대립유전자에 대한 컨센서스 서열은 도 10에 제공되어 있으며, 도 11에서 위에 언급한 HLA-A, -B, 및 -C 대립유전자의 컨센서스 서열과 함께 정렬되어 있다.
도 10은 HLA-E, -F, 및 -G 각각에 대한 컨센서스 서열을, 순차적으로 넘버링된 "X" 잔기로서 표시된 가변 aa 위치 및 이중 밑줄표시된 aa 84, 139, 및 236의 위치와 함께 제공한다.
도 11은 도 7~11에 제공된 HLA-A, -B, -C, -E, -F, 및 -G에 대한 컨센서스 아미노산 서열의 정렬을 제공한다. 각각의 서열에서 가변 잔기는 순차적 넘버링이 제거된 "X"로서 열거된다. aa 84, 139, 및 236의 위치는 (i) 임의의 자연 발생 아미노산 또는 (ii) 프롤린 또는 글리신을 제외한 임의의 자연 발생 아미노산으로부터 독립적으로 선택된 1 내지 5개의 아미노산으로 치환될 수 있는 측면에 위치한 5개 아미노산의 클러스터와 함께 표시되어 있다.
위에서 언급된 HLA-E, -F, 및/또는 -G 대립유전자 중 어느 하나는 컨센서스 서열에 대해 도 11에 도시된 것과 같이, 위치 84, 139, 및/또는 236 중 하나 이상에서 치환을 포함할 수 있다. 일부 경우에, 치환은 다음으로부터 선택될 수 있다: 위치 84의 티로신에서 알라닌으로의 치환(Y84A) 또는 시스테인으로의 치환(Y84C), 또는, HLA-F의 경우, R84A 또는 R84C 치환; 위치 139의 알라닌에서 시스테인으로의 치환(A139C), 또는 HLA-F의 경우, V139C; 및 위치 236의 알라닌에서 시스테인으로의 치환(A236C). 추가로, 도 11에 제시된 각각의 컨센서스 서열의 전부 또는 일부(예를 들어 50, 75, 100, 150, 200, 또는 250개의 연속 아미노산)와 적어도 75%(예를 들어, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%) 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 HLA-E, -F, 및/또는 -G 서열이 사용될 수도 있다(예를 들어, 서열은 본원에 열거된 가변 잔기에서의 변화에 추가하여 1~25, 1~5, 5~10, 10~15, 15~20, 20~25, 또는 25~30개의 아미노산 삽입, 결실, 및/또는 치환을 포함할 수 있음).
베타-2 마이크로글로불린
TMMP의 β2-마이크로글로불린(β2M) 폴리펩티드는 인간 β2M 폴리펩티드, 비-인간 영장류 β2M 폴리펩티드, 쥣과 β2M 폴리펩티드 등일 수 있다. 일부 경우에, β2M 폴리펩티드는 도 1a에 도시된 아미노산 서열(야생형 인간 β2M)과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 β2M 폴리펩티드는 도 1a에 도시된 아미노산 서열(야생형 인간 β2M)을 포함한다.
일부 경우에, TMMP에 존재하는 MHC 폴리펩티드는 기준 MHC 폴리펩티드에 비해 하나의 아미노산 치환을 포함하며(기준 MHC 폴리펩티드는 야생형 MHC 폴리펩티드일 수 있음), 여기서 하나의 아미노산 치환은 아미노산을 시스테인(Cys) 잔기로 치환하는 것이다. 이러한 시스테인 잔기는 TMMP의 MHC 중쇄에 존재하는 자연 발생 또는 비-자연 발생 시스테인 잔기와 이황화 결합을 형성할 수 있다. 본원에서 사용되는 바와 같이, MHC 클래스 I 폴리펩티드 내의 “비-자연 발생 Cys 잔기”를 지칭하는 것은 폴리펩티드가 상응하는 야생형 폴리펩티드의 Cys가 없는 위치에 Cys 잔기를 포함함을 의미한다. 이는 시스테인이 야생형 서열에서 발생하는 아미노산으로 치환되는 일상적인 단백질 조작을 통해 달성될 수 있다.
일부 경우에, TMMP에 존재하는 β2M 폴리펩티드는 도 1b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고, 여기서 아미노산 12는 Cys이고; 즉, β2M은 R12C 치환의 결과로서 위치 12에서 비-자연 발생 Cys를 포함한다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 β2M 폴리펩티드는 도 1b에 도시된 아미노산 서열을 포함한다.
면역조절 폴리펩티드
일부 경우에, TMMP에 존재하는 면역조절 폴리펩티드(“MOD”)는 야생형(“wt”) MOD이다. 전술한 바와 같이, 다른 경우에, TMMP에 존재하는 MOD는, 상응하는 야생형 MOD의 공동-MOD에 대한 친화도에 비해 공동-MOD에 대한 친화도가 감소된 야생형 MOD의 변이체이다. 공동-MOD에 대해 감소된 친화도를 나타내는 적절한 MOD는 야생형 MOD에 비해 1개 아미노산(aa) 내지 20개 aa의 차이를 가질 수 있다.
전술한 바와 같이, MOD는 예를 들어 공동-MOD의 하나 이상의 사슬 또는 도메인에 대한 감소된 결합을 포함하여, 이의 공동-MOD에 대한 감소된 결합을 나타낼 수 있는 야생형 면역조절 폴리펩티드의 변이체를 포함할 수 있다. 예를 들어, TMMP에 존재하는 변이체 MOD는 상응하는 야생형 MOD의 공동-MOD에 대한 친화도보다 적어도 10%, 적어도 15%, 적어도 20%, 적어도 25%, 적어도 30%, 적어도 35%, 적어도 40%, 적어도 45%, 적어도 50%, 적어도 55%, 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 더 적거나, 95% 보다 훨씬 더 적은 친화도로 공동-MOD에 결합할 수 있다.
예시적인 MOD와 이들의 공동-MOD 쌍은 아래 표 2에 제시된 것들을 포함하지만, 이에 한정되지는 않는다:
면역조절 폴리펩티드 (MOD) 공동-MOD
4-1BBL 4-1BB
PD-L1 PD-1
IL-2 IL-2 수용체
CD80 CD28
CD86 CD28
OX40L (CD252) OX40 (CD134)
Fas 리간드 Fas
ICOS-L ICOS
ICAM LFA-1
CD30L CD30
CD40 CD40L
CD83 CD83L
HVEM (CD270) CD160
JAG1 (CD339) Notch
JAG1 CD46
CD80 CTLA4
CD86 CTLA4
CD70 CD27
TGFβ TGFβ 수용체
하나 이상의 MOD는 다양한 위치 중 어느 하나에서 TMMP에 존재할 수 있다. 예를 들어, 일부 경우에, MOD(또는 다수의 MOD)는: 1) MHC 클래스 I 중쇄에 대한 C-말단 및 Ig Fc 폴리펩티드에 대한 N-말단; 즉, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드와 Ig Fc 폴리펩티드 사이; 2) Ig Fc 폴리펩티드에 대한 C-말단; 또는 3) 펩티드 에피토프에 대한 N-말단에 있을 수 있다.
면역조절 폴리펩티드 및 변이체(예컨대 PD-L1, CD80, CD86, 4-1BBL, 및 IL-2와 같은 친화도가 감소된 변이체를 포함함)는 공개된 문헌, 예를 들어 공개된 PCT 출원 WO2020132138A1 및 WO2019/051091에 기술되어 있으며, 구체적으로 WO2020132138A1의 단락 [00260]~[00455] 및 WO2019/051091의 단락 [00157]~[00352]를 포함하여, 상기 문헌 중 PD-L1, CD80, CD86, 4-1BBL, IL-2의 MOD 및 특정 변이체 MOD에 관한 개시는 참조에 의해 명시적으로 본원에 통합된다.
특정 관심 대상은 사이토카인 IL-2의 변이체인 MOD이다. 야생형 IL-2는 T 세포 표면 상에서 IL-2 수용체(IL-2R)에 결합한다. 야생형 IL-2는 IL-2R에 대해 강한 친화도를 가지며, 대부분의 CD8+ T 세포 또는 또는 실질적으로 모든 CD8+ T 세포에 결합하여 이를 활성화시키게 된다. 이러한 이유로, 약물 알데스류킨(Aldesleukin)(상표명 Proleukin®)과 같은 야생형 IL-2의 합성 형태는 암 치료를 위해 인간에게 투여될 때 심각한 부작용을 갖는 것으로 알려져 있는데, 이는 IL-2가 표적 T 세포와 비표적 T 세포 둘 다를 무분별하게 활성화시키기 때문에다.
IL-2 수용체는 일부 경우에 알파 사슬(IL-2Rα; CD25로도 지칭됨), 베타 사슬(IL-2Rβ; CD122로도 지칭됨), 및 감마 사슬(IL-2Rγ; CD132로도 지칭됨)을 포함하는 이종삼량체 폴리펩티드이다. 인간 IL-2, 인간 IL-2Rα, IL-2Rβ, 및 IL-2Rγ의 아미노산 서열은 알려져 있다. 예를 들어, 전술한 공개된 PCT 출원 WO2020132138A1 및 WO2019/051091을 참조한다. 예를 들어, 야생형 IL-2 폴리펩티드는 도 12a에 도시된 아미노산 서열을 가질 수 있다. 인간 IL-2Rα, 인간 IL-2Rβ, 및 인간 IL-2Rγ의 아미노산 서열은 도 12b, 도 12c, 및 도 12d에 각각 도시되어 있다. 일부 경우에, 인간 IL-2Rα, 인간 IL-2Rβ, 및 인간 IL-2Rγ 폴리펩티드는 성숙한 형태이다(신호 펩티드가 결여됨).
일부 경우에, 본 개시의 IL-2 변이체 MOD는 IL-2Rα에 대해 감소된 결합을 나타냄으로써, IL-2 변이체에 의한 Treg의 활성화를 최소화시키거나 실질적으로 감소시킨다. 대안적으로 또는 추가적으로, 일부 경우에, 본 개시의 IL-2 변이체 MOD는, IL-2 변이체 MOD가 IL-2R에 대해 전반적으로 감소된 친화도를 나타내도록 IL-2Rβ에 대한 감소된 결합을 나타낸다. 일부 경우에, 본 개시의 IL-2 변이체 MOD는 두 특성 모두를 나타낸다. 즉, 본 개시의 IL-2 변이체 MOD는 IL-2Rα에 대한 감소된 결합 또는 실질적으로 무결합을 나타내고, 또한 IL-2 변이체 폴리펩티드가 IL-2R에 대한 전반적인 감소된 친화도를 나타내도록 IL-2Rβ에 대한 감소된 결합을 나타낸다. 예를 들어, H16 및 F42에서 치환을 갖는 IL-2 변이체는 IL-2Rα 및 IL-2Rβ에 대해 감소된 결합을 나타냈다. H16A 및 F42A 치환을 갖는 IL-2 폴리펩티드의 인간 IL-2Rα 및 IL-2Rβ에 대한 결합 친화도가 야생형 IL2 결합에 비해 각각 110배 및 3배 감소하였고, 이는 주로 이들 상호작용 각각의 경우 해리 속도(off-rate)가 더 빠르기 때문이었음을 개시하는 Quayle 등의 문헌[Clin Cancer Res; 26(8) April 15, 2020]을 참조한다. IL-2Rα 및 IL-2Rβ에 대한 감소된 결합을 나타내는 변이체를 포함하여, 이러한 변이체를 포함하는 TMMP는 TMMP 상의 펩티드 에피토프에 특이적인 표적 TCR을 함유하는 T 세포 상에서 IL-2 수용체에 우선적으로 결합하여 이를 활성화하는 능력을 나타냈으며, 따라서 이러한 변이체를 포함하는 TMMP는 비표적 T 세포, 즉 TMMP 상에서 펩티드 에피토프에 특이적으로 결합하는 TCR을 함유하지 않는 T 세포에 IL-2를 전달할 가능성이 더 적다. 즉, IL-2 변이체 MOD가 T 세포 상에서 이의 공자극 폴리펩티드에 결합하는 것은 IL-2의 결합보다는 MHC-에피토프 모이어티의 결합에 의해 실질적으로 유도된다. 일부 경우에, 본 개시의 IL-2 변이체 MOD는 IL-2Rγ에 대해 감소된 결합을 나타낸다. IL-2Rγ에 대한 이러한 감소된 결합은 IL-2Rα 및/또는 IL-2IL-Rβ에 대한 감소된 결합에 추가적인 것일 수 있다.
따라서, 적절한 IL-2 변이체 MOD는 도 12a에 도시된 야생형 IL-2 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산; 및 도 12a에 도시된 야생형 IL-2 아미노산 서열과 하나 이상의 아미노산이 상이하고 IL-2Rα, IL-2Rβ, 및/또는 IL-2Rγ에 대한 감소된 결합을 제공할 수 있는 아미노산 서열을 포함하는, 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, 본 개시의 이러한 변이체 IL-2 폴리펩티드는 도 12a에 도시된 야생형 IL-2 아미노산 서열을 포함하는 IL-2 폴리펩티드의 결합 친화도에 비해 IL-2R에 대해 감소된 결합 친화도를 나타낸다. 예를 들어, 일부 경우에, 변이체 IL-2 폴리펩티드는 동일한 조건 하에 검정했을 때, IL-2R(예를 들어 도 12b~12d에 도시된 아미노산 서열을 포함하거나 도 12b~12d에 도시된 아미노산 서열의 성숙한 형태를 포함하는 폴리펩티드를 포함하는 IL-2R)에 대해 도 12a에 도시된 야생형 IL-2 아미노산 서열을 포함하는 IL-2 폴리펩티드의 결합 친화도보다 적어도 10%, 적어도 15%, 적어도 20%, 적어도 25%, 적어도 30%, 적어도 35%, 적어도 40%, 적어도 45%, 적어도 50%, 적어도 55%, 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 더 적은, 또는 95%보다 훨씬 더 적은 결합 친화도로 IL-2R에 결합한다.
IL-2Rα에 대한 IL-2의 결합을 감소시킬 수 있는 돌연변이는 아미노산 R38, F42, K43, Y45, E62, P65, E68, V69, 및 L72 중 하나 이상에서의 치환을 포함한다. 예를 들어, IL-2 변이체는 전술한 아미노산 중 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 이상에서 치환을 포함할 수 있다. 예시적인 치환은 표 3으로부터의 다음을 포함한다:
R38 Arg 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Asp, 또는 Glu
F42 Phe 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala 또는 Lys뿐만 아니라 Met, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, 또는 Val
K43 Lys 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Glu
Y45 Tyr 이외의 임의의 아미노산
E62 Glu 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Gln
P65 Pro 이외의 임의의 아미노산
E68 Glu 이외의 임의의 아미노산
V69 Val 이외의 임의의 아미노산
L72 Leu 이외의 임의의 아미노산
전술한 바와 같이, F42를 Phe 이외의 아미노산, 예를 들어 Ala로 치환하는 것은 IL-2α에 대한 IL-2변이체의 결합을 실질적으로 감소시키는 것으로 나타났다. F42A 치환이 IL-2Rα에 대한 결합을 110배 감소시켰음을 보고한 Quayle 등의 문헌[Clin Cancer Res 2020;26:1953-64]을 참조한다. 따라서, IL-2Rα에 대한 결합은 이러한 돌연변이에 의해 실질적으로 제거된다.
IL-2Rβ에 대한 IL-2의 결합을 감소시킬 수 있는 돌연변이는 아미노산 E15, H16, L19, D20, D84, S87, N88, V91, I92 중 하나 이상에서의 치환을 포함한다. 예를 들어, IL-2 변이체는 전술한 아미노산 중 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 이상에서 치환을 포함할 수 있다. 예시적인 치환은 표 4로부터의 다음을 포함한다:
E15 Glu 이외의 임의의 아미노산
H16 His 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Glu, Thr, 또는 Asp뿐만 아니라 Gly, Val, Leu, Ile, Arg, Asn, Cys, Glu, Gln, Ile, Lys, Met, Phe, Pro, Ser, Tyr, Trp, 또는 Val
L19 Leu 이외의 임의의 아미노산
D20 Asp 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Asn
D84 Asp 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 His, Lys, Arg, 또는 Lys
S87 Ser 이외의 임의의 아미노산
N88 Asn 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ser, Ala, Gly, Arg, Thr, 또는 Asp
V91 Val 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Glu, Ala, 또는 Thr
I92 Ile 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala
전술한 바와 같이, H16을 His 이외의 아미노산, 예를 들어 Ala로 치환하는 것은 IL-2Rβ에 대한 IL-2 변이체의 결합을 감소시키는 것으로 나타났다. H16A 치환이 IL-2Rβ에 대한 결합을 3배 감소시켰음을 보고한 Quayle 등의 문헌[Clin Cancer Res 2020;26:1953-64]을 참조한다.
IL-2Rα 및 IL-2IL-Rβ에 대한 IL-2 변이체 폴리펩티드의 결합을 감소시키는 돌연변이의 일부 예시적인 조합은 표 5로부터의 다음을 포함한다:
IL-2Rα에 대한 결합을 감소시키기 위한 돌연변이(들) IL-2Rβ에 대한 결합을 감소시키기 위한 돌연변이(들)
예시적인 조합
R38과 Arg 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Asp, Glu E15와 Glu 이외의 임의의 아미노산 E15A와 R38A, R38D, 또는 R38E
R38과 Arg 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Asp, Glu H16과 His 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Glu, Thr, 또는 Asp H16A와 R38A, R38D, 또는 R38E
H16T와 R38A, R38D, 또는 R38E
H16E와 R38A, R38D, 또는 R38E
H16D와 R38A, R38D, 또는 R38E
R38과 Arg 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Asp, Glu D84와 Asp 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 His, Lys, 또는 Arg D84H와 R38A, R38D, 또는 R38E
D84K와 R38A, R38D, 또는 R38E
D84R과 R38A, R38D, 또는 R38E
R38과 Arg 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Asp, Glu N88과 Asn 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ser, Ala, Gly, Arg, Thr, 또는 Asp R38A와 N88S, N88A, N88G, N88R, N88T, 또는 N88D
R38D와 N88S, N88A, N88G, N88R, N88T, 또는 N88D
R38E와 N88S, N88A, N88G, N88R, N88T, 또는 N88D
R38과 Arg 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Asp, Glu V91과 Val 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Glu, Ala, 또는 Thr R38A와 V91E, V91A, 또는 V91T
R38D와 V91E, V91A, 또는 V91T
R38E와 V91E, V91A, 또는 V91T
R38과 Arg 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Asp, Glu I92와 Ile 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala R38A, I92A
R38D, I92A
R38E, I92A
F42와 Phe 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala 또는 Lys뿐만 아니라 Met, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, 및 Val E15와 Glu 이외의 임의의 아미노산 E15A, F42A
E15A, F42K
F42와 Phe 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala 또는 Lys뿐만 아니라 Met, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, 및 Val H16과 His 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Glu, Thr, 또는 Asp H16A, F42A; H16T, F42A;
H16E, F42A; H16D, F42A

H16A, F42K; H16T, F42K;
H16E, F42K; H16D, F42K
F42와 Phe 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala 또는 Lys뿐만 아니라 Met, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, 및 Val D84와 Asp 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 His, Lys, 또는 Arg F42A와 D84H, D84K, 또는 D84R
F42K와 D84H, D84K, 또는 D84R
F42와 Phe 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala 또는 Lys뿐만 아니라 Met, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, 및 Val N88과 Asn 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ser, Ala, Gly, Arg, Thr, 또는 Asp F42A와 N88S, N88A, N88G, N88R, N88T, 또는 N88D
F42K와 N88S, N88A, N88G, N88R, N88T, 또는 N88D
F42와 Phe 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala 또는 Lys뿐만 아니라 Met, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, 및 Val V91과 Val 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Glu, Ala, 또는 Thr F42A와 V91E, V91A, 또는 V91T
F42K와 V91E, V91A, 또는 V91T
F42와 Phe 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala 또는 Lys뿐만 아니라 Met, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, 및 Val I92와 Ile 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala F42A와 I92A
F42K와 I92A
K43과 Lys 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Glu E15와 Glu 이외의 임의의 아미노산 E15A, K43E
K43과 Lys 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Glu H16과 His 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Glu, Thr, 또는 Asp H16A, K43E; H16T, K43E;
H16E, K43E; H16D, K43E
K43과 Lys 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Glu D84와 Asp 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 His, Lys, 또는 Arg F43E와 D84H, D84K, 또는 D84R
K43과 Lys 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Glu N88과 Asn 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ser, Ala, Gly, Arg, Thr, 또는 Asp K43E와 N88S, N88A, N88G, N88R, N88T, 또는 N88D
K43과 Lys 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Glu V91과 Val 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Glu, Ala, 또는 Thr F43E와 V91E, V91A, 또는 V91T
K43과 Lys 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Glu I92와 Ile 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala K43E, I92A
E62와 Glu 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Gln E15와 Glu 이외의 임의의 아미노산 E15A, E62Q
E62와 Glu 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Gln H16과 His 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Glu, Thr, 또는 Asp H16A, E62Q; H16T, E62Q;
H16E, E62Q; H16D, E62Q
E62와 Glu 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Gln D84와 Asp 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 His, Lys, 또는 Arg E62Q와 D84H, D84K, 또는 D84R
E62와 Glu 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Gln N88과 Asn 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ser, Ala, Gly, Arg, Thr, 또는 Asp E62Q와 N88S, N88A, N88G, N88R, N88T, 또는 N88D
E62와 Glu 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Gln V91과 Val 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Glu, Ala, 또는 Thr E62Q와 V91E, V91A, 또는 V91T
E62와 Glu 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Gln I92와 Ile 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala E62Q, I92A
F42와 Phe 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala 또는 Lys뿐만 아니라 Met, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, 및 Val E15와 Glu 이외의 임의의 아미노산
D84와 Asp 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 His, Lys, 및 Arg 		E15A, F24A와 D84H, D84K, 또는 D84R
E15A, F42K와 D84H, D84K, 또는 D84R
F42와 Phe 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala 또는 Lys뿐만 아니라 Met, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, 및 Val E15와 Glu 이외의 임의의 아미노산
N88과 Asn 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ser, Ala, Gly, Arg, Thr, 및 Asp		 E15A, F42A와 N88S, N88A, N88G, N88R, N88T, 또는 N88D
E15A, F42K와 N88S, N88A, N88G, N88R, N88T, 또는 N88D
F42와 Phe 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala 또는 Lys뿐만 아니라 Met, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, 및 Val E15와 Glu 이외의 임의의 아미노산
V91과 Val 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Glu, Ala, 또는 Thr		 E15A, F42A와 V91E, V91A, 또는 V91T
E15A, F42K와 V91E, V91A, 또는 V91T
F42와 Phe 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala 또는 Lys뿐만 아니라 Met, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, 및 Val E15와 Glu 이외의 임의의 아미노산
I92와 Ile 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala		 E15A, F42A와 I92A
E15A, F42K와 I92A
F42와 Phe 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala 또는 Lys뿐만 아니라 Met, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, 및 Val H16과 His 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Glu, Thr, 또는 Asp
D84와 Asp 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 His, Lys, 및 Arg 		H16A, F42A와 D84H, D84K, 또는 D84R
H16A, F42K와 D84H, D84K, 또는 D84R
H16T, F42A와 D84H, D84K, 또는 D84R
H16T, F42K와 D84H, D84K, 또는 D84R
H16E, F42A와 D84H, D84K, 또는 D84R
H16E, F42K와 D84H, D84K, 또는 D84R
H16D, F42A와 D84H, D84K, 또는 D84R
H16D, F42K와 D84H, D84K, 또는 D84R
F42와 Phe 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala 또는 Lys뿐만 아니라 Met, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, 및 Val H16과 His 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Glu, Thr, 또는 Asp
N88과 Asn 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ser, Ala, Gly, Arg, Thr, 및 Asp		 H16A, F42A와 N88S, N88A, N88G, N88R, N88T, 또는 N88D
H16A, F42K와 N88S, N88A, N88G, N88R, N88T, 또는 N88D
H16T, F42A와 N88S, N88A, N88G, N88R, N88T, 또는 N88D
H16T, F42K와 N88S, N88A, N88G, N88R, N88T, 또는 N88D
H16E, F42A와 N88S, N88A, N88G, N88R, N88T, 또는 N88D
H16E, F42K와 N88S, N88A, N88G, N88R, N88T, 또는 N88D
H16D, F42A와 N88S, N88A, N88G, N88R, N88T, 또는 N88D
H16D, F42K와 N88S, N88A, N88G, N88R, N88T, 또는 N88D
F42와 Phe 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala 또는 Lys뿐만 아니라 Met, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, 및 Val H16과 His 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Glu, Thr, 또는 Asp

V91과 Val 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Glu, Ala, 또는 Thr		 H16A, F42A와 V91E, V91A, 또는 V91T
H16A, F42K와 V91E, V91A, 또는 V91T
H16T, F42A와 V91E, V91A, 또는 V91T
H16T, F42K와 V91E, V91A, 또는 V91T
H16E, F42A와 V91E, V91A, 또는 V91T
H16E, F42K와 V91E, V91A, 또는 V91T
H16D, F42A와 V91E, V91A, 또는 V91T
H16D, F42K와 V91E, V91A, 또는 V91T
F42와 Phe 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala 또는 Lys뿐만 아니라 Met, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, 및 Val H16과 His 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Glu, Thr, 또는 Asp

I92와 Ile 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala		 H16A, F42A와 I92A
H16A, F42K와 I92A
H16T, F42A와 I92A
H16T, F42K와 I92A
H16E, F42A와 I92A
H16E, F42K와 I92A
H16D, F42A와 I92A
H16D, F42K와 I92A
예시적인 IL-2 변이체 폴리펩티드 아미노산 서열은 다음의 IL-2 변이체 아미노산 서열 (I) ~ (XVIII) 중 어느 하나와 적어도 약 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다:
(I) APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLT X 1 MLTFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1225) (서열 중 X1은 Arg 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Asp, 또는 Glu임);
(II) APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLT X 1 KFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1226) (서열 중 X1은 Phe 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala 또는 Lys이고, 일부 경우에, X1은 대신에 Gly, Val, Leu, Ile, Arg, Asn, Cys, Glu, Gln, Ile, Lys, Met, Phe, Pro, Ser, Tyr, Trp, 또는 Val일 수 있음);
(III) APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTF X 1 FYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1227) (서열 중 X1은 Lys 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Glu임);
(IV) APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTFKF X 1 MPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1228) (서열 중 X1은 Tyr 이외의 임의의 아미노산임);
(V) APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTFKFYMPKKA TELKHLQCLE E X 1 LKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1229) (서열 중 X1은 Glu 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Gln임);
(VI) APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELK X 1 LEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1230) (서열 중 X1은 Pro 이외의 임의의 아미노산임);
(VII) APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELK X 1 LEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1231) (서열 중 X1은 Glu 이외의 임의의 아미노산임);
(VIII) APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELPKLEE X 1 L NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1232) (서열 중 X1은 Val 이외의 임의의 아미노산임);
(IX) APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELPKLEEVL N X 1 AQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1233) (서열 중 X1은 Leu 이외의 임의의 아미노산임);
(X) APTSSSTKKT QLQL X 1 HLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1234) (서열 중 X1은 Glu 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala임);
(XI) APTSSSTKKT QLQLE X 1 LLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1235) (서열 중 X1은 His 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala, Glu, Thr, 또는 Asp이고, 일부 경우에 X1은 Gly, Val, Leu, Ile, Arg, Asn, Cys, Glu, Gln, Ile, Lys, Met, Phe, Pro, Ser, Tyr, Trp, 또는 Val임);
(XII) APTSSSTKKT QLQLEHLL X 1 D LQMILNGINN YKNPKLTRMLTFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1236) (서열 중 X1은 Leu 이외의 임의의 아미노산임);
(XIII) APTSSSTKKT QLQLEHLLL X 1 LQMILNGINN YKNPKLTRMLTFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1237) (서열 중 X1은 Asp 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Asn임);
(XIV) APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPR X 1 LISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1238) (서열 중 X1은 Asp 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 His, Lys, 또는 Arg임);
(XV) APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLI X 1 NIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1239) (서열 중 X1은 Ser 이외의 임의의 아미노산임);
(XVI) APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLIS X 1 IN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1240) (서열 중 X1은 Asn 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ser, Ala, Gly, Arg, Thr, 또는 Asp임);
(XVII) APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN X 1 IVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1241) (서열 중 X1은 Val 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Glu, Ala, 또는 Thr임); 및
(XVIII) APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN V X 1 VLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (서열번호 1242) (서열 중 X1은 Ile 이외의 임의의 아미노산, 예를 들어 Ala임).
전술한 IL-2 변이체 아미노산 서열 (I) ~ (XVIII) 중 어느 하나에서, 아미노산 서열은 (IL-2Rα 및/또는 IL-2Rβ에 대한 야생형 IL-2의 결합 친화도와 비교했을 때) IL-2α 및/또는 IL-2Rβ에 대한 IL- IL-2 변이체의 결합을 감소시키는 하나 이상의 추가 돌연변이를 포함할 수 있다.
결합 친화도의 결정은 알려진 방법에 의해 수행될 수 있다.
일부 경우에, 적합한 변이체 IL-2 폴리펩티드는 다음 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다: APTSSSTKKT QLQLE X 1 LLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTX2KFYMPKKA TELKHLQCLEEELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNRWITFCQSIIS TLT (서열번호 1243). 즉, 변이체 IL-2 폴리펩티드는 H16 및 F42 치환을 제외하고는 야생형 IL-2의 아미노산 서열을 갖는다(X1 및 X2는 굵은 글씨체로 표시됨). 전술한 바와 같이, 위치 16에서의 히스티딘은 예를 들어 Ala, Glu, Thr, 또는 Asp로 치환될 수 있지만, 다음 치환기 중 어느 하나가 사용될 수도 있다: Gly, Val, Leu, Ile, Arg, Asn, Cys, Glu, Gln, Ile, Lys, Met, Phe, Pro, Ser, Tyr, 또는 Trp. 위치 42에서의 페닐알라닌은 예를 들어 Ala 또는 Lys로 치환될 수 있지만, 다음 치환기 중 어느 하나가 사용될 수도 있다: Met, Pro, Ser, Thr, Trp, Tyr, 또는 Val.
일부 경우에, TMMP에 존재하는 변이체 IL-2 폴리펩티드는 다음 아미노산 서열을 포함한다: APTSSSTKKT QLQLEALLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTAKFYMPKKA TELKHLQCLEEELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNRWITFCQSIIS TLT (서열번호 878).
일부 경우에, TMMP에 존재하는 변이체 IL-2 폴리펩티드는 다음 아미노산 서열을 포함한다: APTSSSTKKT QLQLETLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTAKFYMPKKA TELKHLQCLEEELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNRWITFCQSIIS TLT (서열번호 925). 일부 경우에, TMMP는 이러한 변이체 IL-2 폴리펩티드의 2개의 카피를 포함한다.
일부 경우에, TMMP에 존재하는 변이체 IL-2 폴리펩티드는 다음 아미노산 서열을 포함한다: APTSSSTKKT QLQLEELLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTAKFYMPKKA TELKHLQCLEEELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNRWITFCQSIIS TLT (서열번호 1244). 일부 경우에, TMMP는 이러한 변이체 IL-2 폴리펩티드의 2개의 카피를 포함한다.
일부 경우에, TMMP에 존재하는 변이체 IL-2 폴리펩티드는 다음 아미노산 서열을 포함한다: APTSSSTKKT QLQLEDLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRMLTAKFYMPKKA TELKHLQCLEEELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNRWITFCQSIIS TLT (서열번호 1245). 일부 경우에, TMMP는 이러한 변이체 IL-2 폴리펩티드의 2개의 카피를 포함한다.
MOD의 추가 예시로서, 일부 경우에, TMMP에 존재하는 MOD는 4-1BBL 폴리펩티드이다. 일부 경우에, TMMP의 4-1BBL 폴리펩티드는 다음 4-1BBL 아미노산 서열과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다: DPAGLLDLRQGMFAQLVAQNV LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGVYYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQGRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPA (서열번호 926).
일부 경우에, TMMP에 존재하는 MOD는 CD80 폴리펩티드이다. 일부 경우에, TMMP의 CD80 폴리펩티드는 다음 CD80 아미노산 서열과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다: VIHVTKEVKEVATLSC GHNVSVEELAQTRIYWQKEK KMVLTMMSGD MNIWPEYKNR TIFDITNNLS IVILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGEELNAINTTVS QDPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFPDN (서열번호 927).
일부 경우에, TMMP에 존재하는 MOD는 CD86 폴리펩티드이다. 일부 경우에, TMMP의 CD86 폴리펩티드는 다음 CD86 아미노산 서열과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다: APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYMNRTSFDSDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVLANFSQPEIVPISNITENVYINLTCSSIHGYPEPKKMSVLLRTKNSTIEYDGIMQKSQDNVTELYDVSISLSVSFPDVTSNMTIFCILETDKTRLLSSPFSIELEDPQPPPDHIP (서열번호 928).
항-CD28 폴리펩티드
일부 경우에, TMMP에 존재하는 면역조절 폴리펩티드는 항-CD28 항체(예를 들어 항-CD28 scFv; 항-CD28 나노바디; 항-CD28 디아바디 등)이다. CD28 활성의 초작용제, 작용제, 또는 길항제로서 작용하는 항-CD28 항체의 능력이 기술되었다. 예를 들어, Poirier 등의 문헌[(2012) Amer. J. of Transplantation, “CD28-Specific Immunomodulating Antibodies: What Can Be Learned From Experimental Models?” 12:1682-1690] 참조. 특히 관심 있는 것은 작용제 또는 초작용제로서 작용하는 항-CD28 항체이다.
따라서, 일부 경우에, TMMP는 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드 중 적어도 하나로서 항-CD28 항체를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드로서: a) 항-CD28 항체; 및 b) 하나 이상의 IL-2 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드로서: a) 항-CD28 항체; 및 b) 하나 이상의 IL-2 폴리펩티드를 포함하며, 여기서 하나 이상의 IL-2 폴리펩티드는 전술한 바와 같은 변이체 IL-2 폴리펩티드(예를 들어 H16A 및 F42A 치환을 포함하는 IL-2 폴리펩티드; H16T 및 F42A 치환을 포함하는 IL-2 폴리펩티드; H16T 및 F42T 치환을 포함하는 IL-2 폴리펩티드; 및 H16A 및 F42T 치환을 포함하는 IL-2 폴리펩티드; 등)이다. 일부 경우에, TMMP는 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드로서: a) 항-CD28 항체; 및 b) H16A 및 F42A 치환을 포함하는 IL-2 폴리펩티드의 2개의 카피를 포함한다. 항-CD28 VL 및 VH 폴리펩티드의 예는 아래에 제공되어 있다. 일부 경우에, TMMP는 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드로서: a) 항-CD28 항체; 및 b) H16T 및 F42A 치환을 포함하는 IL-2 폴리펩티드의 2개의 카피를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드로서: a) 항-CD28 항체; 및 b) 4-1BBL 폴리펩티드의 1, 2, 또는 3개의 카피를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드로서: a) 항-CD28 항체; 및 b) 야생형 아미노산 서열을 포함하는 4-1BBL 폴리펩티드의 3개의 카피를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드로서: a) 항-CD28 항체; 및 b) 변이체 4-1BBL 폴리펩티드의 3개의 카피를 포함한다. 2개의 상이한 면역조절 폴리펩티드는 TMMP의 이종이량체의 제1 또는 제2 폴리펩티드 내의 다수의 상이한 위치 중 어느 하나에 있을 수 있다. 예를 들어, 일부 경우에, 항-CD28 항체는 제1 폴리펩티드의 C-말단에 있고; 제2 면역조절 폴리펩티드(예: IL-2 폴리펩티드(예: 변이체 IL-2 폴리펩티드); 4-1BBL 폴리펩티드 등)는 제2 폴리펩티드의 N-말단에 있다. 또 다른 예로서, 일부 경우에, 항-CD28 항체는 제2 폴리펩티드의 N-말단에 있고; 제2 면역조절 폴리펩티드(예: IL-2 폴리펩티드(예: 변이체 IL-2 폴리펩티드); 4-1BBL 폴리펩티드 등)는 제2 폴리펩티드의 C-말단에 있다.
일부 경우에, 면역조절 폴리펩티드로서 TMMP에 포함시키기에 적합한 항-CD28 항체는 다음을 포함한다: a) 다음 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역(VL)에 존재하는 VL CDR1, VL CDR2, 및 VL CDR3: QWYQQKPGQPPKLLIFAASNVESGVPARFSGSGSGTNFSLNIHPVDEDDVAMYFCQQSRKVPYTFGGGTKLEIKR (서열번호 929); 및 b) 다음 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역(VH)에 존재하는 VH CDR1, CDR2, 및 CDR3: QVKLQQSGPGLVTPSQSLSITCTVSGFSLSDYGVHWVRQSPGQGLEWLGVIWAGGGTNYNSALMSRKSISKDNSKSQVFLKMNSLQADDTAVYYCARDKGYSYYYSMDYWGQGTTVTVSS (서열번호 930). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Kabat에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어 상기 표 1; 및 Kabat의 1991 문헌 참조). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Chothia에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어, 상기 표 1; 및 Chothia의 1987 문헌 참조). 일부 경우에, VH CDR은 다음과 같다: DYGVH (서열번호 931) (VH CDR1); VIWAGGGTNYNSALMS (서열번호 932) (VH CDR2); 및 DKGYSYYYSMDY (서열번호 933) (VH CDR3).
일부 경우에, 면역조절 폴리펩티드로서 TMMP에 포함시키기에 적합한 항-CD28 항체는 다음을 포함한다: a) 다음 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: QWYQQKPGQPPKLLIFAASNVESGVPARFSGSGSGTNFSLNIHPVDEDDVAMYFCQQSRKVPYTFGGGTKLEIKR (서열번호 929); 및 b) 다음 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVKLQQSGPGLVTPSQSLSITCTVSGFSLSDYGVHWVRQSPGQGLEWLGVIWAGGGTNYNSALMSRKSISKDNSKSQVFLKMNSLQADDTAVYYCARDKGYSYYYSMDYWGQGTTVTVSS (서열번호 930).
일부 경우에, 면역조절 폴리펩티드로서 TMMP에 포함시키기에 적합한 항-CD28 항체는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 scFv이다: a) 다음 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: QWYQQKPGQPPKLLIFAASNVESGVPARFSGSGSGTNFSLNIHPVDEDDVAMYFCQQSRKVPYTFGGGTKLEIKR (서열번호 929); b) 펩티드 링커; 및 c) 다음 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVKLQQSGPGLVTPSQSLSITCTVSGFSLSDYGVHWVRQSPGQGLEWLGVIWAGGGTNYNSALMSRKSISKDNSKSQVFLKMNSLQADDTAVYYCARDKGYSYYYSMDYWGQGTTVTVSS (서열번호 930). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하며, 여기서 n은 1 내지 10의 정수이다(예를 들어, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGSGGGGSGGGGS(서열번호 875)를 포함하고 15개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, 면역조절 폴리펩티드로서 TMMP에 포함시키기에 적합한 항-CD28 항체는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 scFv이다: a) 다음 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVKLQQSGPGLVTPSQSLSITCTVSGFSLSDYGVHWVRQSPGQGLEWLGVIWAGGGTNYNSALMSRKSISKDNSKSQVFLKMNSLQADDTAVYYCARDKGYSYYYSMDYWGQGTTVTVSS (서열번호 930); b) 펩티드 링커; 및 c) 다음 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: QWYQQKPGQPPKLLIFAASNVESGVPARFSGSGSGTNFSLNIHPVDEDDVAMYFCQQSRKVPYTFGGGTKLEIKR (서열번호 929). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하며, 여기서 n은 1 내지 10의 정수이다(예를 들어, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGSGGGGSGGGGS(서열번호 875)를 포함하고 15개 아미노산의 길이를 갖는다.
면역조절 폴리펩티드 및 TTP 위치
면역조절 폴리펩티드(즉, 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드)는 다양한 위치 중 어느 하나에서 TMMP에 존재할 수 있다. 예를 들어, 면역조절 폴리펩티드는: 1) MHC 클래스 I 중쇄에 대한 N-말단(위치 1); 2) MHC 클래스 I 중쇄에 대한 C-말단 및 Ig Fc 폴리펩티드에 대한 N-말단; 즉, MHC 클래스 I 중쇄와 Ig Fc 폴리펩티드 사이(위치 2); 3) Ig Fc 폴리펩티드에 대한 C-말단(위치 3); 4) 펩티드 에피토프에 대한 N-말단(위치 4); 또는 5) β2M 폴리펩티드에 대한 C-말단(위치 5)에 있을 수 있다. 유사하게, TTP는 다양한 위치 중 어느 하나에서 TMMP에 존재할 수 있다. 다양한 MOD 위치 및 다양한 TTP 위치의 비제한적인 예가 도 28a~28c에 도시되어 있다.
도 28a~28c에 도시된 구현예 중, MOD(들)가 위치 1 또는 위치 3에 있는 경우, TTP가 위치 1 또는 위치 3에 있는 경우, 예를 들어 (MOD 위치 1; TTP 위치 3) 및 (MOD 위치 3; TTP 위치 1)인 경우의 구성이 보다 일반적으로 사용될 수 있다. 또한 전술한 바와 같이, 전술한 구현예 중 어느 하나에서, 상기 TMMP 조합 각각에서 제1 폴리펩티드의 개별 성분 중 하나 이상(예: 펩티드 에피토프; β2M 폴리펩티드; TTP 등)은 하나 이상의 링커(예: 본원의 다른 곳에서 기술된 것과 같은 펩티드 링커)에 의해 함께 연결된다. 전술한 구현예 중 어느 하나에서, 상기 TMMP 조합 각각에서 제2 폴리펩티드의 개별 성분 중 하나 이상(예: MHC 클래스 I 중쇄; 면역조절 폴리펩티드; IgG Fc 폴리펩티드; 등)은 하나 이상의 링커(예: 본원의 다른 곳에서 기술된 것과 같은 펩티드 링커)에 의해 함께 연결된다.
스캐폴드 폴리펩티드
TMMP는 Fc 폴리펩티드를 포함할 수 있거나 다른 적절한 스캐폴드 폴리펩티드를 포함할 수 있다.
적합한 스캐폴드 폴리펩티드는 항체-기반 스캐폴드 폴리펩티드 및 비-항체-기반 스캐폴드를 포함한다. 비-항체-기반 스캐폴드는, 예를 들어 알부민, XTEN(연장된 재조합체) 폴리펩티드, 트랜스페린, Fc 수용체 폴리펩티드, 엘라스틴-유사 폴리펩티드(예를 들어, Hassouneh 등의 문헌[(2012) Methods Enzymol. 502:215] 참조; 예를 들어, (Val-Pro-Gly-X-Gly; 서열번호 935)의 펜타펩티드 반복 단위를 포함하는 폴리펩티드, 여기서, X는 프롤린이 이외의 임의의 아미노산임), 알부민-결합 폴리펩티드, 실크-유사 폴리펩티드(예를 들어, Valluzzi 등의 문헌[(2002) Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 357:165] 참조), 실크-엘라스틴-유사 폴리펩티드(SELP; 예를 들어, Megeed 등의 문헌[(2002) Adv Drug Deliv Rev. 54:1075] 참조) 등을 포함한다. 적합한 XTEN 폴리펩티드는, 예를 들어, WO 2009/023270, WO 2010/091122, WO 2007/103515, 미국 특허 제2010/0189682호 및 미국 특허 제2009/0092582호에 개시된 것을 포함하고; 또한 Schellenberger 등의 문헌[(2009) Nat Biotechnol . 27:1186)]을 참조한다. 적합한 알부민 폴리펩티드는, 예를 들어, 인간 혈청 알부민을 포함한다.
적합한 스캐폴드 폴리펩티드는 일부 경우에 반감기 연장 폴리펩티드일 수 있다. 따라서, 일부 경우에, 적합한 스캐폴드 폴리펩티드는 스캐폴드 폴리펩티드가 없는 대조군 TMMP에 비해 TMMP의 생체내 반감기(예를 들어, 혈청 반감기)를 증가시킨다. 예를 들어, 일부 경우에, 스캐폴드 폴리펩티드는 스캐폴드 폴리펩티드가 없는 대조군 TMMP에 비해 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 50%, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 5배, 적어도 약 10배, 적어도 약 25배, 적어도 약 50배, 적어도 약 100배, 또는 100배 초과만큼 TMMP의 생체내 반감기(예를 들어, 혈청 반감기)를 증가시킨다. 예로서, 일부 경우에, Fc 폴리펩티드는 Fc 폴리펩티드가 없는 대조군 TMMP에 비해 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 50%, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 5배, 적어도 약 10배, 적어도 약 25배, 적어도 약 50배, 적어도 약 100배, 또는 100배 초과만큼 TMMP의 생체내 반감기(예를 들어, 혈청 반감기)를 증가시킨다.
Fc 폴리펩티드
일부 경우에, TMMP는 Ig Fc 폴리펩티드를 포함한다. Ig Fc 폴리펩티드는 본원에서 “Fc 폴리펩티드”로도 지칭된다. TMMP의 Ig Fc 폴리펩티드는 인간 IgG1 Fc, 인간 IgG2 Fc, 인간 IgG3 Fc, 인간 IgG4 Fc 등이거나, 야생형 Ig Fc 폴리펩티드의 변이체일 수 있다. 변이체는 자연 발생 변이체, 비자연 발생 변이체, 및 이들의 조합을 포함한다. 예를 들어, Ig Fc는 인간 IgG1 Fc와 같은 Fc 폴리펩티드의 변이체일 수 있으며, 이 변이체는 보체 의존적 세포독성(CDC) 또는 항체 의존적 세포 세포독성(ADCC)을 발휘하는 능력이 실질적으로 감소된다. (예를 들어, 도 2b 및 도 2d의 변이체 인간 IgG1 Fc 폴리펩티드 참조).
일부 경우에, TMMP에 존재하는 Fc 폴리펩티드는 도 2a~2m 중 어느 하나에 도시된 Fc 아미노산 서열과 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
일부 경우에, TMMP에 존재하는 Fc 폴리펩티드는 IgG1 Fc 폴리펩티드이거나, IgG1 Fc 폴리펩티드의 변이체이다. 예를 들어, 일부 경우에, TMMP에 존재하는 Fc 폴리펩티드는 도 2a에 도시된 인간 IgG1 Fc 폴리펩티드와 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 또 다른 예로서, 일부 경우에, TMMP에 존재하는 Fc 폴리펩티드는 도 2b에 도시된 인간 Fc 폴리펩티드와 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고, 여기서 Ig Fc 폴리펩티드는 위치 14에서 Ala 및 위치 15에서 Ala를 포함한다. 상기 구현예 중 어느 하나에서, Ig Fc 폴리펩티드는 N77 치환을 가질 수 있고, 즉 Ig Fc 폴리펩티드는 위치 77에서 Asn 이외의 아미노산을 가질 수 있으며, 여기서 일부 경우에, Ig Fc 폴리펩티드는 위치 77에서 Ala를 갖는다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 Fc 폴리펩티드는 도 2a에 도시된 아미노산 서열을 포함한다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 Fc 폴리펩티드는 도 2b에 도시된 아미노산 서열을 포함한다.
일부 경우에, TMMP에 존재하는 Fc 폴리펩티드는 IgG1 Fc 폴리펩티드이거나 IgG1 Fc 폴리펩티드의 변이체이며, 여기서 변이체는 자연 발생 변이체, 비자연 발생 변이체, 및 이들의 조합을 포함한다. 예를 들어, 일부 경우에, TMMP에 존재하는 Fc 폴리펩티드는 도 2c에 도시된 인간 IgG1 Fc 폴리펩티드와 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고, 여기서 Ig Fc 폴리펩티드는 위치 136에서 Glu 및 위치 138에서 Met를 포함한다. 또 다른 예로서, 일부 경우에, TMMP에 존재하는 Fc 폴리펩티드는 도 2d에 도시된 인간 IgG1 Fc 폴리펩티드와 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고, 여기서 Ig Fc 폴리펩티드는 위치 14 및 15에서 Ala를 갖고, 여기서 Fc 폴리펩티드는 위치 136에서 Glu 및 위치 138에서 Met를 포함한다. 상기 구현예 중 어느 하나에서, Ig Fc 폴리펩티드는 N77 치환을 가질 수 있고, 즉 Ig Fc 폴리펩티드는 위치 77에서 Asn 이외의 아미노산을 가질 수 있으며, 여기서 일부 경우에, Ig Fc 폴리펩티드는 위치 77에서 Ala를 갖는다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 Fc 폴리펩티드는 도 2c에 도시된 아미노산 서열을 포함한다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 Fc 폴리펩티드는 도 2d에 도시된 아미노산 서열을 포함한다.
일부 경우에, TMMP에 존재하는 Fc 폴리펩티드는 도 2e에 도시된 아미노산 서열을 포함한다(L234F 치환, L235E 치환, 및 P331S 치환을 포함하는 인간 IgG1 Fc; 여기서 L234는 도 2a에 도시된 아미노산 서열의 아미노산 14에 상응하고; L235는 도 2e에 도시된 아미노산 서열의 아미노산 15에 상응하고; P331은 도 2e에 도시된 아미노산 서열의 아미노산 111에 상응함). 일부 경우에, TMMP에 존재하는 Fc 폴리펩티드는 도 2f에 도시된, N279A 치환(도 2f에 도시된 아미노산 서열의 N77A)을 포함하는 아미노산 서열을 포함한다. N297에서의 치환은 탄수화물 변형을 제거시키고, 야생형 단백질에 비해 항체 서열의 보체 성분 1q(“C1q”) 결합을 감소시키며, 따라서 보체 의존적 세포독성(CDC)을 감소시킨다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 Fc 폴리펩티드는 K322에서 치환을 포함한다. K322 치환(예를 들어 K322A)은 FcγR 결합 친화도의 실질적인 감소 및 항체 의존적 세포 매개 세포독성(ADCC)의 감소를 나타내며, C1q 결합 및 CDC 기능은 실질적으로 또는 완전히 제거된다.
일부 경우에, Fc 폴리펩티드는 도 2g에 도시된 인간 IgG2 Fc 폴리펩티드와 적어도 70%, 적어도75%, 적어도80%, 적어도85%, 적어도90%, 적어도95%, 적어도98%, 적어도99%, 또는 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고; 예를 들어 Fc 폴리펩티드는 도 2g에 도시된 인간 IgG2 Fc 폴리펩티드의 아미노산 99~325와 적어도70%, 적어도75%, 적어도80%, 적어도85%, 적어도90%, 적어도95%, 적어도98%, 적어도99%, 또는 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다(예를 들어, 여기서 Ig Fc 폴리펩티드는 약 227개 아미노산의 길이를 가짐). 일부 경우에, Fc 폴리펩티드는 도 2h에 도시된 인간 IgG3 Fc 폴리펩티드와 적어도 70%, 적어도75%, 적어도80%, 적어도85%, 적어도90%, 적어도95%, 적어도98%, 적어도99%, 또는 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고; 예를 들어 Fc 폴리펩티드는 도 2h에 도시된 인간 IgG3 Fc 폴리펩티드의 아미노산 19~246과 적어도70%, 적어도75%, 적어도80%, 적어도85%, 적어도90%, 적어도95%, 적어도98%, 적어도99%, 또는 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다(예를 들어, 여기서 Ig Fc 폴리펩티드는 약 228개 아미노산의 길이를 가짐). 일부 경우에, Fc 폴리펩티드는 도 2j에 도시된 인간 IgM Fc 폴리펩티드와 적어도 70%, 적어도75%, 적어도80%, 적어도85%, 적어도90%, 적어도95%, 적어도98%, 적어도99%, 또는 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고; 예를 들어 Fc 폴리펩티드는 도 2j에 도시된 인간 IgM Fc 폴리펩티드의 아미노산 1~276과 적어도70%, 적어도75%, 적어도80%, 적어도85%, 적어도90%, 적어도95%, 적어도98%, 적어도99%, 또는 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 경우에, Fc 폴리펩티드는 도 2k에 도시된 인간 IgA Fc 폴리펩티드와 적어도 70%, 적어도75%, 적어도80%, 적어도85%, 적어도90%, 적어도95%, 적어도98%, 적어도99%, 또는 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고; 예를 들어 Fc 폴리펩티드는 도 2k에 도시된 인간 IgA Fc 폴리펩티드의 아미노산 1~234와 적어도70%, 적어도75%, 적어도80%, 적어도85%, 적어도90%, 적어도95%, 적어도98%, 적어도99%, 또는 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
일부 경우에, Fc 폴리펩티드는 도 2m에 도시된 인간 IgG4 Fc 폴리펩티드와 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 경우에, Fc 폴리펩티드는 도 2m에 도시된 인간 IgG4 Fc 폴리펩티드의 아미노산 100~327과 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다(예를 들어, 여기서 Ig Fc 폴리펩티드는 약 228개 아미노산의 길이를 가짐).
일부 경우에, IgG4 Fc 폴리펩티드는 다음의 아미노산 서열을 포함한다:: PPCPSCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (서열번호 936).
링커
전술한 것과 같이, TMMP는 하나 이상의 펩티드 링커, 즉 연속으로 연결된 2개 이상의 아미노산을 포함하는 링커를 포함할 수 있으며, 여기서 하나 이상의 링커는 TMMP의 하나 이상의 성분 사이에 있다. 예를 들어, TMMP는 하나 이상의 펩티드 링커를 포함할 수 있고, 즉 연속으로 연결된 2개 이상의 아미노산을 포함하는 링커를 포함할 수 있고, 여기서 하나 이상의 링커는 다음 중 하나 이상의 사이에 있다: i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드와 Ig Fc 폴리펩티드; ii) MOD와 MHC 클래스 I 폴리펩티드; iii) 제1 MOD와 제2 MOD; iv) 펩티드와 MHC 클래스 I 폴리펩티드; v) 펩티드와 β2M 폴리펩티드; vi) TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; vii) TTP와 Ig Fc 폴리펩티드; 및 viii) TTP와 MOD.
본원에서 사용되는 바와 같이, “TMMP의 성분 중 임의의 2개 사이에 있는 임의 펩티드 링커”라는 문구는 TMMP 내의 임의의 2개의 인접한 폴리펩티드 사이에 있는 펩티드 링커를 지칭한다. 예를 들어, 본원에서 사용되는 바와 같이, “TMMP의 성분 중 임의의 2개 사이에 있는 임의 펩티드 링커”라는 문구는 다음 중 하나 이상의 사이에 있는 펩티드 링커를 지칭한다: ) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드와 Ig Fc 폴리펩티드; ii) MOD와 MHC 클래스 I 폴리펩티드; iii) 제1 MOD와 제2 MOD; iv) 펩티드와 MHC 클래스 I 폴리펩티드; v) 펩티드와 β2M 폴리펩티드; vi) TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; vii) TTP와 Ig Fc 폴리펩티드; 및 viii) TTP와 MOD. 후술하는 바와 같이, 링커는 a) 짧은 가요성 펩티드 링커를 포함하는 가요성 펩티드 링커; 또는 b) 강성 펩티드 링커일 수 있다.
적합한 링커("스페이서"로도지칭됨)는 쉽게 선택될 수 있고, 다수의 적합한 길이 중 어느 하나, 예컨대 1개의 아미노산 내지 25개의 아미노산, 3개의 아미노산 내지 20개의 아미노산, 2개의 아미노산 내지 15개의 아미노산, 3개의 아미노산 내지 12개의 아미노산(4개의 아미노산 내지 10개의 아미노산, 5개의 아미노산 내지 9개의 아미노산, 6개의 아미노산 내지 8개의 아미노산, 또는 7개의 아미노산 내지 8개의 아미노산을 포함)일 수 있다. 적합한 링커는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 또는 25개 아미노산의 길이일 수 있다. 일부 경우에, 링커는 25개 아미노산 내지 50개 아미노산의 길이, 예를 들어, 25 내지 30, 30 내지 35, 35 내지 40, 40 내지 45, 또는 45 내지 50개 아미노산의 길이이다.
가요성 펩티드 링커
예시적인 가요성 펩티드 링커는 글리신 중합체 (G)n (서열번호 946), 글리신-세린 중합체 (예를 들어, (GS)n (서열번호 937), (GSGGS)n (서열번호 938), (GGGGS)n (서열번호 934), 및 (GGGS)n (서열번호 939)을 포함하며, 여기서 n은 적어도 하나의 정수이고 1 내지 10의 정수일 수 있음), 글리신-알라닌 중합체, 알라닌-세린 중합체, 및 당업계에 공지된 다른 가요성 펩티드 링커를 포함한다. 글리신 및 글리신-세린 중합체가 사용될 수 있으며; Gly과 Ser은 둘 다는 상대적으로 비구조화되어, 성분 사이의 중성 테더(tether)로서 작용할 수 있다. 글리신 중합체가 사용될 수 있으며; 글리신은 심지어 알라닌보다 상당히 더 많은 파이-프사이(phi-psi) 공간에 접근하고, 더 긴 측쇄를 갖는 잔기보다 훨씬 덜 제한되어 있다(Scheragadml 문헌[Rev. Computational Chem. 11173-142 (1992)] 참조). 예시적인 링커는 다음을 포함하되 이들로 한정되지 않는 아미노산 서열을 포함할 수 있다: GGSG (서열번호 940), GGSGG (서열번호 941), GSGSG (서열번호 942), GSGGG (서열번호 943), GGGSG (서열번호 944), GSSSG (서열번호 945), 등.
예시적인 가요성 펩티드 링커는, 예를 들어 “G4S” 링커로도 지칭되는 (GGGGS)n (서열번호 934)을 포함하며, 여기서 n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다. 일부 경우에, 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하며, 여기서 n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다. 일부 경우에, 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 947)을 포함하며, 여기서 n은 2이다. 일부 경우에, 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 875)을 포함하며, 여기서 n은 3이다. 일부 경우에, 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 876)을 포함하며, 여기서 n은 4이다. 일부 경우에, 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 948)을 포함하며, 여기서 n은 7이다. 일부 경우에, 링커는 아미노산 서열 AAAGG(서열번호 874)를 포함한다. 또한, 아미노산 서열 AAAGG(서열번호 874)를 갖는 링커가 적합하다. 본 개시의 TMMP에서, β2M 폴리펩티드는 (GGGGS)n (서열번호 934) 링커에 의해 MHC 중쇄 폴리펩티드에 연결될 수 있으며, 여기서 n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이고, 예를 들어 n=3, n=4, 또는 n=7이다.
본 개시에서 사용되는 바와 같이, “짧은 가요성 펩티드 링커”는 15개 미만의 아미노산, 즉 2~14개의 아미노산을 포함하는 가요성 펩티드 링커를 의미한다. 예를 들어, 짧은 가요성 펩티드 링커는 2~4개의 아미노산, 2~5개의 아미노산, 3~6개의 아미노산, 4~8개의 아미노산, 5~10개의 아미노산, 또는 10~14개의 아미노산을 포함할 수 있다. 이러한 범위 내에는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 또는 14개의 아미노산을 포함하는 가요성 펩티드 링커가 포함된다.
강성 펩티드 링커
일부 경우에, 펩티드 링커는 강성 펩티드 링커이다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 “강성 펩티드 링커”는 도메인 사이의 실질적으로 고정된 거리/공간 분리를 유지함으로써 단백질 도메인을 효과적으로 분리함으로써, 이러한 도메인 사이의 바람직하지 않은 상호작용을 감소시키거나 실질적으로 제거하는 연속으로 연결된 2개 이상의 아미노산을 포함하는 링커를 지칭한다. 예를 들어, 강성 링커는 MOD(들) 또는 TTP가 위에서 논의된 위치 1 및/또는 위치 3에 있을 때 이들 사이에 삽입될 수 있다. 강성 펩티드 링커는 당업계에 공지되어 있고, 일반적으로 용액일 때 비교적 잘 정의된 형태를 취한다. 강성 펩티드 링커는 용액일 때 특정 이차 및/또는 삼차 구조를 갖는 것들을 포함하며; 일반적으로 링커에 이차 또는 삼차 구조를 부여하기에 충분한 길이를 갖는다. 강성 펩티드 링커는 프롤린이 풍부한 펩티드 링커, 및 α-나선 구조와 같은 비가요성 나선형 구조를 갖는 펩티드 링커를 포함한다. 강성 펩티드 링커는, 예를 들어, Chen 등의 문헌[(2013) Adv. Drug Deliv. Rev. 65:1357]; 및 Klein 등의 문헌[(2014) Protein Engineering, Design & Selection 27:325]에 기술되어 있다.
강성 펩티드 링커의 예는, 예를 들어, (EAAAK)n (서열번호 949), A(EAAAK)nA (서열번호 950), A(EAAAK)nALEA (EAAAK)nA (서열번호 951), (Lys-Pro)n (서열번호 952), (Glu-Pro)n (서열번호 953), (Thr-Pro-Arg)n (서열번호 954), 및 (Ala-Pro)n (서열번호 955)을 포함하며, 여기서 n은 1 내지 20의 정수이다(예를 들어 n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20임). EAAAK(서열번호 956)를 포함하는 적절한 강성 펩티드 링커의 비제한적인 예는 EAAAK(서열번호 956), (EAAAK)2(서열번호 958), (EAAAK)3(서열번호 959), A(EAAAK)4ALEA(EAAAK)4A(서열번호 960), 및 AEAAAKEAAAKA(서열번호 961)를 포함한다. (AP)n을 포함하는 적절한 강성 펩티드 링커의 비제한적인 예는 APAP(서열번호 962; 본원에서 “(AP)2”로도 지칭됨); APAPAPAP(서열번호 963; 본원에서 “(AP)4”로도 지칭됨); APAPAPAPAPAP(서열번호 964; 본원에서 “(AP)6”으로도 지칭됨); APAPAPAPAPAPAPAP(서열번호 965; 본원에서 “(AP)8”로도 지칭됨); 및 APAPAPAPAPAPAPAPAPAP(서열번호 955; 본원에서 “(AP)10”으로도 지칭됨)를 포함한다. (KP)n을 포함하는 적절한 강성 펩티드 링커의 비제한적인 예는 KPKP(서열번호 967; 본원에서 “(KP)2”로도 지칭됨); KPKPKP(서열번호 968; 본원에서 “(KP)4”로도 지칭됨); KPKPKPKPKPKP(서열번호 969; 본원에서 “(KP)6”으로도 지칭됨); KPKPKPKPKPKPKPKP(서열번호 970; 본원에서 “(KP)8”로도 지칭됨); 및 KPKPKPKPKPKPKPKPKPKP(서열번호 952; 본원에서 “(KP)10”으로도 지칭됨)를 포함한다. (EP)n을 포함하는 적절한 강성 펩티드 링커의 비제한적인 예는 EPEP(서열번호 972; 본원에서 “(EP)2”로도 지칭됨); EPEPEP(서열번호 973; 본원에서 “(EP)4”로도 지칭됨); EPEPEPEPEPEP(서열번호 974; 본원에서 “(EP)6”으로도 지칭됨); EPEPEPEPEPEPEPEP(서열번호 975; 본원에서 “(EP)8”로도 지칭됨); 및 EPEPEPEPEPEPEPEPEPEP(서열번호 953; 본원에서 “(EP)10”으로도 지칭됨)를 포함한다.
시스테인-함유 링커
전술한 바와 같이, 일부 경우에, TMMP의 제1 폴리펩티드 사슬 내의 링커 펩티드는 제2 폴리펩티드 사슬에 존재하는 시스테인 잔기와 사슬간 이황화 결합을 형성할 수 있는 시스테인 잔기를 포함할 수 있다. 예를 들어, 전술한 바와 같이, 일부 경우에, TMMP, 또는 동종이량체와 같은 이량체화된 TMMP는 TMMP의 다른 사슬에 존재하는 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 내의 시스테인 잔기와 사슬간 이황화 결합을 형성하는 시스테인 잔기를 포함하는 β2M 폴리펩티드와 펩티드 에피토프 사이에서 링커를 포함한다. 예를 들어, 일부 경우에, TMMP, 또는 동종이량체와 같은 이량체화된 TMMP는 펩티드 에피토프와 β2M 폴리펩티드 사이에서 시스테인-함유 링커를 포함하고, 링커 내의 시스테인 잔기는 TMMP에 존재하는 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 내의 아미노산 236에 있는 시스테인 잔기와 사슬간 이황화 결합을 형성한다(예를 들어 A236C 치환에 의해 형성됨).
일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드와 β2M 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 아미노산 서열 GCGGS(서열번호 977)를 포함한다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드와 β2M 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 아미노산 서열 GCGGS(GGGGS)n(서열번호 978)을 포함하며, 여기서 n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10; 예를 들어, 1, 2, 또는 3이다. 일부 경우에, 펩티드와 β2M 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 아미노산 서열 GCGGS(GGGGS)n(서열번호 882)을 포함하며, 여기서 n은 2이다.
일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드와 β2M 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 아미노산 서열 CGGGS(서열번호 979)를 포함한다. 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 CGGGS(GGGGS)n(서열번호 980)을 포함하며, 여기서 n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10; 예를 들어 1, 2, 또는 3이다.
일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드와 β2M 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGCGS(서열번호 981)를 포함한다. 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGCGS(GGGGS)n(서열번호 982)을 포함하며, 여기서 n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10; 예를 들어 1, 2, 또는 3이다.
일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드와 β2M 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGCS(서열번호 983)를 포함한다. 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGCS(GGGGS)n(서열번호 984)을 포함하며, 여기서 n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10; 예를 들어 1, 2, 또는 3이다.
일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드와 β2M 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGC(서열번호 985)를 포함한다. 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGC(GGGGS)n(서열번호 986)을 포함하며, 여기서 n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10; 예를 들어 1, 2, 또는 3이다.
TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 링커
후술하는 바와 같이, TTP가 MHC 중쇄 폴리펩티드에 N-말단에 위치하고 이들 사이의 링커가 약 12개 이하의 아미노산 길이일 때 TMMP의 세포독성 효과가 더 크고, 예를 들어, 10개 이하의 아미노산 길이(예를 들어, (GGGGS)2 (서열번호947) 링커), 8개 이하의 아미노산 길이, 7개 이하의 아미노산 길이, 6개 이하의 아미노산 길이, 또는 5개 이하의 아미노산 길이, (예: GGGGS (서열번호873) 링커 참조). 일부 경우에, 이들 사이의 링커는 약 12개 아미노산 이하의 길이이다. 일부 경우에, 이들 사이의 링커는 10개 아미노산 이하의 길이이다(예를 들어 (GGGGS)2 (서열번호 947) 링커). 일부 경우에, 이들 사이의 링커는 8개 아미노산 이하의 길이이다. 일부 경우에, 이들 사이의 링커는 7개 아미노산 이하의 길이이다. 일부 경우에, 이들 사이의 링커는 6개 아미노산 이하의 길이이다. 일부 경우에, 이들 사이의 링커는 5개 아미노산 이하의 길이이다(예를 들어 GGGGS (서열번호 873) 링커).
이량체화된 TMMP
전술한 바와 같이, 일부 경우에, TMMP는 이량체를 형성할 수 있다. 즉, 본 개시는 2개의 TMMP로 이루어진 이량체를 포함하는 폴리펩티드를 제공한다. 따라서, 본 개시는 서로 공유 연결된 2개의 TMMP를 포함하는 이량체화된 TMMP인 단백질을 제공한다. 이량체의 공유 연결은 제1 TMMP 내의 Ig Fc 폴리펩티드와 제2 TMMP 내의 Ig Fc 폴리펩티드 사이의 하나 이상의 이황화 결합일 수 있다. 일례를 들자면, Ig Fc는 인간 IgG1 Fc 폴리펩티드의 변이체일 수 있으며, 이 변이체는 보체 의존적 세포독성(CDC) 또는 항체 의존적 세포 세포독성(ADCC)을 발휘하는 능력이 실질적으로 감소된다(예를 들어 도 2b 또는 도 2d의 인간 IgG1 Fc 폴리펩티드). TMMP가 Ig Fc 폴리펩티드를 포함하는 경우, 일반적으로 TMMP는 또 다른 TMMP의 IgG1 Fc 폴리펩티드와 자발적으로 이황화 결합을 형성함으로써 이량체로 자가 조립될 것이다. 따라서, 예를 들어, 제1 TMMP 및 제2 TMMP 내의 Ig Fc 폴리펩티드들은 하나 이상의 이황화 결합에 의해 서로 연결될 수 있다. 많은 경우에, 2개의 TMMP는 아미노산 서열에 있어서 서로 동일할 것이고, 하나 이상의 이황화 결합을 자발적으로 형성하여 동종이량체인 이량체화된 TMMP를 형성하는 Ig Fc 폴리펩티드를 포함할 것이다.
따라서, 본 개시는 a) 제1 TMMP; 및 b) 임의로 제1 TMMP와 동일할 수 있는 제2 TMMP를 포함하는 단백질을 제공하며, 여기서 제1 및 제2 TMMP는 서로 공유 연결된다. 공유 연결은 제1 TMMP 내의 Ig Fc 폴리펩티드와 제2 TMMP 내의 Ig Fc 폴리펩티드 사이의 이황화 결합일 수 있다.
원하는 경우, 각 TMMP의 Ig Fc 폴리펩티드는 종간 이량체화 서열(interspecific dimerization sequences), 예를 들어 2개의 상이한 TMMP가 선택적으로 이량체화될 수 있게 하는 “노브-인-홀” 서열을 포함할 수 있다. 종간 결합 서열은 이들의 동족 폴리펩티드 서열(즉, 종간 서열 및 이의 상대 종간 서열)과의 이종이량체, 특히 Ig Fc 서열 변이체에 기초한 이종이량체의 형성에 도움을 준다. 이러한 종간 폴리펩티드 서열은 하나 이상의 이황화 결합의 형성을 용이하게 하는 노브-인-홀, 및 노브-인-홀 서열을 포함한다. 예를 들어, 하나의 종간 결합 쌍은 IgG1의 CH3 도메인 계면에서 T366Y 및 Y407T 돌연변이체 쌍을 포함하거나, 다른 면역글로불린의 상응하는 잔기를 포함한다. Ridgway 등의 문헌[Protein Engineering 9:7, 617-621 (1996)] 참조. 제2 종간 결합 쌍은 T366W 치환에 의한 노브의 형성, 및 상보적 Ig Fc 서열 상에서 삼중 치환 T366S, L368A, 및 Y407V에 의한 홀의 형성을 포함한다. Xu 등의 문헌[mAbs 7:1, 231-242 (2015)] 참조. 또 다른 종간 결합 쌍은 Y349C, T366S, L368A, 및 Y407V 치환을 갖는 제1 Fc 폴리펩티드 및 S354C 및 T366W 치환을 갖는 제2 Ig Fc 폴리펩티드를 갖는다(이황화 결합은 Y349C와 S354C 사이에 형성될 수 있음). 예를 들어, Brinkmann 및 Konthermann의 문헌[mAbs 9:2, 182-212 (2015)] 참조. 노브-인-홀 변형과 상관없이, Ig Fc 폴리펩티드 서열은 Ig Fc 폴리펩티드들 사이의 이황화 결합(예를 들어, 힌지 영역 이황화 결합) 형성에 의해 안정화될 수 있다. 따라서, 일부 경우에, 이량체화된 TMMP는 아미노산 서열이 동일하지 않은 2개의 TMMP 사슬을 포함하는 이종이량체일 수 있다.
TMMP에 추가의 기능을 제공할 수 있는 비-TMMP 분자에 TMMP를 연결시키기 위해, 종간 이량체화 서열이 사용될 수도 있다. 예를 들어, TMMP는 암-연관 항원에 결합하여 암-연관 항원을 포함하는 조직에 TMMP를 국소화시킬 수 있는 폴리펩티드(예를 들어, 항체 또는 이의 결합 단편, 예컨대 scFv)를 포함하는 분자에 연결될 수 있다.
종양-표적화 폴리펩티드(TTP)
상기 논의한 바와 같이, TMMP는 종양-표적화 폴리펩티드(TTP), 즉, 암-연관 에피토프에 특이적인 폴리펩티드를 제1 및/또는 제2 폴리펩티드에 포함할 수 있다. “암-연관” 에피토프는 암-연관 항원에 존재하는 에피토프이다. 일부 경우에, TTP는 항체이다. 일부 경우에, TTP는 단쇄 T 세포 수용체(scTCR)이다.
표적
일부 경우에, TMMP에 존재하는 TTP는 암-연관 항원을 표적화한다. 일부 경우에, TTP의 표적은 암 세포 표면 상의 펩티드/HLA(pHLA) 복합체이며, 여기서 펩티드는 암-연관 펩티드(예를 들어, 암-연관 항원의 펩티드 단편)일 수 있다.
암-연관 항원
TMPP에 존재하는 종양-표적화 폴리펩티드에 의해 표적화될 수 있는 암-연관 항원은, 예를 들어, NY-ESO(뉴욕 식도 편평세포 암종 1), MART-1(T 세포 1에 의해 인식되는 Melan-A로도 알려진 흑색종 항원), HPV(인유두종 바이러스) E6, BCMA(B-세포 성숙 항원), CD123, CD133, CD171, CD19, CD20, CD22, CD30, CD33, CD38, CD138, CEA(암배 항원), EGFR(표피 성장인자 수용체), EGFRvIII(표피성장인자 수용체 변이체 III), EpCAM(상피 세포 접착 분자), EphA2(에프린 A형 수용체 2), 다이시알로강글리오사이드 GD2, GPC3(글리피칸-3), HER2, IL13R알파2(인터류킨 13 수용체 서브유닛 알파-2), LeY(이푸코실화된 2형 혈액군-관련 항원), MAGE-A3(흑색종-관련 항원 3), 흑색종 당단백질, 메소텔린, MUC1(뮤신 1), MUC16(뮤신-16), 미엘린, NKG2D(자연 살해 그룹 2D) 리간드, PSMA(전립선 특이적 막 항원), 및 ROR1(I형 수용체 티로신 키나제-유사 희귀 수용체)를 포함한다.
TMPP에 존재하는 TTP에 의해 표적화될 수 있는 암-연관 항원은 다음을 포함하지만 이들로 한정되지는 않는다: 17-1A-항원, 알파-태아단백(AFP), 알파-악티닌-4, A3, A33 항체에 특이적인 항원, ART-4, B7, Ba 733, BAGE, bcl-2, bcl-6, BCMA, BrE3-항원, CA125, CAMEL, CAP-1, 탄산 무수화 효소 IX (CAIX), CASP-8/m, CCL19, CCL21, CD1, CD1a, CD2, CD3, CD4, CD5, CD8, CD11A, CD14, CD15, CD16, CD18, CD19, CD20, CD21, CD22, CD23, CD25, CD29, CD30, CD32b, CD33, CD37, CD38, CD40, CD40L, CD44, CD45, CD46, CD52, CD54, CD55, CD59, CD64, CD66a-e, CD67, CD70, CD70L, CD74, CD79a, CD79b, CD80, CD83, CD95, CD123, CD126, CD132, CD133, CD138, CD147, CD154, CD171, CDC27, CDK-4/m, CDKN2A, CEA, CEACAM5, CEACAM6, 클라우딘(예를 들어, 클라우딘-1, 클라우딘-10, 클라우딘-18(예를 들어, 클라우딘-18, 아이소폼 2)), 보체 인자(예컨대, C3, C3a, C3b, C5a 및 C5), 결장-특이적 항원-p(CSAp), c-Met, CTLA-4, CXCR4, CXCR7, CXCL12, DAM, Dickkopf-관련 단백질(DKK), ED-B 피브로넥틴, 표피성장인자 수용체(EGFR), EGFRvIII, EGP-1(TROP-2), EGP-2, ELF2-M, Ep-CAM, EphA2, EphA3, 섬유아세포 활성화 단백질(FAP), 섬유아세포 성장 인자(FGF), Flt-1, Flt-3, 엽산 결합 단백질, 엽산 수용체, G250 항원, 강글리오사이드(예컨대, GC2, GD3 및 GM2), GAGE, GD2, gp100, GPC3, GRO-13, HLA-DR, HM1.24, 인간 융모성 성선자극호르몬(HCG) 및 이의 서브유닛, HER2, HER3, HMGB-1, 저산소증 유도성 인자(HIF-1), HIF-1a, HSP70-2M, HST-2, Ia, IFN-감마, IFN-알파, IFN-베타, IFN-X, IL-4R, IL-6R, IL-13R, IL13R알파2, IL-15R, IL-17R, IL-18R, IL-2, IL-6, IL-8, IL-12, IL-15, IL-17, IL-18, IL-23, IL-25, ILGF, ILGF-1R, 인슐린-유사 성장 인자-1(IGF-1), IGF-1R, 인테그린 αVβ3, 인테그린 α5β1, KC4-항원, 살해-세포 면역글로불린-유사 수용체(KIR), Kras, KS-1-항원, KS1-4, LDR/FUT, Legamma, 대식세포 이동 저해 인자(MIF), MAGE, MAGE-3, MART-1, MART-2, mCRP, MCP-1, 흑색종 당단백질, 메소텔린, MIP-1A, MIP-1B, MIF, 뮤신(예컨대, MUC1, MUC2, MUC3, MUC4, MUC5ac, MUC13, MUC16, MUM-1/2 및 MUM-3), NCA66, NCA95, NCA90, Nectin-4, NY-ESO-1, PAM4 항원, 췌장 암 뮤신, PD-1, PD-L1, PD-1 수용체, 태반 성장 인자, p53, PLAGL2, 전립선 산성 포스파타제, PSA, PRAME, PSMA, P1GF, RSS, RANTES, SAGE, 5100, 서비빈, 서비빈-2B, T101, TAC, TAG-72, 테나신, 톰슨-프리덴라이히 항원, Tn 항원, TNF-알파, 종양 괴사 항원, TRAG-3, TRAIL 수용체, 혈관 내피 성장 인자(VEGF), VEGF 수용체(VEGFR), 및 WT-1.
일부 경우에, 암-연관 항원은 혈액암과 연관된 항원이다. 이러한 항원의 예는 다음을 포함하지만 이들로 한정되지는 않는다: BCMA, C5, CD19, CD20, CD22, CD25, CD30, CD33, CD38, CD40, CD45, CD52, CD56, CD66, CD74, CD79a, CD79b, CD80, CD138, CTLA-4, CXCR4, DKK, EphA3, GM2, HLA-DR 베타, 인테그린 αVβ3, IGF-R1, IL6, KIR, PD-1, PD-L1, TRAILR1, TRAILR2, 트랜스페린 수용체, 및 VEGF. 일부 경우에, 암-연관 항원은 악성 B 세포, 예컨대, CD19, CD20, CD22, CD25, CD38, CD40, CD45, CD74, CD80, CTLA-4, IGF-R1, IL6, PD-1, TRAILR2, 또는 VEGF에 의해 발현되는 항원이다.
일부 경우에, 암-연관 항원은 고형 종양과 연관된 항원이다. 이러한 항원의 예는 CAIX, 카데린, CEA, c-MET, CTLA-4, EGFR 패밀리 구성원, EpCAM, EphA3, FAP, 엽산-결합 단백질, FR-알파, 강글리오사이드(예컨대, GC2, GD3 및 GM2), HER2, HER3, IGF-1R, 인테그린 αVβ3, 인테그린 α5β1, Legamma, Liv1, 메소텔린, 뮤신, NaPi2b, PD-1, PD-L1, PD-1 수용체, pgA33, PSMA, RANKL, ROR1, TAG-72, 테나신, TRAILR1, TRAILR2, VEGF, VEGFR, 및 상기 열거한 다른 것을 포함하지만, 이들로 한정되지는 않는다.
펩티드/HLA 복합체
일부 경우에, TTP의 표적은 암 세포 표면 상의 펩티드/HLA(pHLA) 복합체이며, 여기서 펩티드는 암-연관 펩티드(예를 들어, 암-연관 항원의 펩티드 단편)일 수 있다. 암-연관 펩티드는 당업계에 공지되어 있다. 일부 경우에, 암-연관 펩티드는 HLA-A*0201 중쇄 및 β2M 폴리펩티드를 포함하는 HLA 복합체에 결합된다.
일부 경우에, 암 세포 표면 상의 pHLA에 존재하는 에피토프는 HLA 중쇄를 포함하는 HLA 복합체, 예컨대, HLA-A*0101, A*0201, A*0301, A*1101, A*2301, A*2402, A*2407, A*3303, 및/또는 A*3401에 결합된다. 일부 경우에, 암 세포 표면 상의 pHLA에 존재하는 에피토프는 HLA 중쇄를 포함하는 HLA 복합체, 예컨대, HLA- B*0702, B*0801, B*1502, B*3802, B*4001, B*4601 및/또는 B*5301에 결합된다. 일부 경우에, 암 세포 표면 상의 pHLA에 존재하는 에피토프는 HLA 중쇄를 포함하는 HLA 복합체, 예컨대, C*0102, C*0303, C*0304, C*0401, C*0602, C*0701, C*702, C*0801 및/또는 C*1502에 결합된다.
일부 경우에, 에피토프는 다음의 암-연관 항원 중 어느 하나의 암-연관 에피토프이다: MUC1 폴리펩티드, LMP2 폴리펩티드, 표피성장인자 수용체(EGFR) vIII 폴리펩티드, HER-2/neu 폴리펩티드, 흑색종 항원 패밀리 A, 3(MAGE A3) 폴리펩티드, p53 폴리펩티드, 돌연변이체 p53 폴리펩티드, NY-ESO-1 폴리펩티드, 엽산 가수분해효소(전립선-특이적 막 항원; PSMA) 폴리펩티드, 암배 항원(CEA) 폴리펩티드, 클라우딘(claudin) 폴리펩티드(예를 들어, 클라우딘-1, 클라우딘-10, 클라우딘-18(예를 들어, 클라우딘-18, 아이소폼 2)), Nectin-4 폴리펩티드, T-세포에 의해 인식되는 흑색종 항원(melanA/MART1) 폴리펩티드, Ras 폴리펩티드, gp100 폴리펩티드, 프로테이나제3(PR1) 폴리펩티드, bcr-abl 폴리펩티드, 타이로시나제 폴리펩티드, 서비빈 폴리펩티드, 전립선 특이적 항원(PSA) 폴리펩티드, hTERT 폴리펩티드, 육종 전좌 중단점 폴리펩티드, 활막육종 X(SSX) 중단점 폴리펩티드, EphA2 폴리펩티드, 산성 포스파타제, 전립선 (PAP) 폴리펩티드, 세포자멸사의 흑색종 저해제(ML-IAP) 폴리펩티드, 상피 세포 접착 분자(EpCAM) 폴리펩티드, ERG(TMPRSS2 ETS 융합) 폴리펩티드, NA17 폴리펩티드, 짝지어진-박스-3(PAX3) 폴리펩티드, 역형성 대세포 림프종(ALK) 폴리펩티드, 안드로겐 수용체 폴리펩티드, 사이클린 B1 폴리펩티드, N-myc 원발암유전자(MYCN) 폴리펩티드, Ras 상동체 유전자 패밀리 구성원 C(RhoC) 폴리펩티드, 타이로시나제-관련 단백질-2(TRP-2) 폴리펩티드, 메소텔린 폴리펩티드, 전립선 줄기 세포 항원(PSCA) 폴리펩티드, 흑색종 연관 항원-1(MAGE A1) 폴리펩티드, 사이토크롬 P450 1B1(CYP1B1) 폴리펩티드, 태반-특이적 단백질 1(PLAC1) 폴리펩티드, BORIS 폴리펩티드(CCCTC-결합 인자 또는 CTCF로도 알려짐), ETV6-AML 폴리펩티드, 유방암 항원 NY-BR-1 폴리펩티드(안키린 반복 도메인-함유 단백질 30A로도 지칭됨), G-단백질 신호전달(RGS5) 폴리펩티드의 조절제, T-세포(SART3) 폴리펩티드에 의해 인식되는 편평세포 암종 항원, 탄산무수화효소 IX 폴리펩티드, 짝지어진 박스-5(PAX5) 폴리펩티드, OY-TES1(고환 항원; 아크로신 결합 단백질로도 알려짐) 폴리펩티드, 정자 단백질 17 폴리펩티드, 림프구 세포-특이적 단백질-티로신 키나제(LCK) 폴리펩티드, 고분자량 흑색종 연관 항원(HMW-MAA), A-키나제 고정 단백질-4(AKAP-4), 활막육종 X 중단점 2(SSX2) 폴리펩티드, X 항원 패밀리 구성원 1(XAGE1) 폴리펩티드, B7 상동체 3(B7H3; CD276으로도 알려짐) 폴리펩티드, 레구메인 폴리펩티드(LGMN1; 아스파라긴일 엔도펩티다제로도 알려짐), Ig를 갖는 티로신 키나제 및 EGF 상동성 도메인-2(Tie-2; 안지오포이에틴-1 수용체로도 알려짐) 폴리펩티드, P 항원 패밀리 구성원 4(PAGE4) 폴리펩티드, 혈관내피성장인자 수용체 2(VEGF2) 폴리펩티드, MAD-CT-1 폴리펩티드, 섬유아세포 활성화 단백질(FAP) 폴리펩티드, 혈소판 유래 성장인자 수용체 베타(PDGFβ) 폴리펩티드, MAD-CT-2 폴리펩티드, Fos-관련 항원-1(FOSL) 폴리펩티드; 인유두종 바이러스(HPV) 항원; 알파-태아 단백질(AFP) 항원; 및 윌름 종양-1(WT1) 항원.
예를 들어, 일부 경우에, TMMP에 존재하는 TTP는 다음에 결합한다: a) HLA 중쇄(예를 들어, HLA-A*0201 중쇄 또는 HLA-A*2402 중쇄) 및 β2M 폴리펩티드를 포함하는 HLA 복합체에 결합된 WT-1 펩티드; b) 클래스 I HLA 중쇄 및 β2M 폴리펩티드를 포함하는 HLA 복합체에 결합된 HPV 펩티드; c) 클래스 I HLA 중쇄 및 β2M 폴리펩티드를 포함하는 HLA 복합체에 결합된 메소텔린 펩티드; d) 클래스 I HLA 중쇄 및 β2M 폴리펩티드를 포함하는 HLA 복합체에 결합된 Her2 펩티드; 또는 e) 클래스 I HLA 중쇄 및 β2M 폴리펩티드를 포함하는 HLA 복합체에 결합된 BCMA 펩티드.
일부 경우에, 암-연관 펩티드는 다음의 메소텔린 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 메소텔린 폴리펩티드의 펩티드이다:
LAGE TGQEAAPLDG VLANPPNISS LSPRQLLGFP CAEVSGLSTERVRELAVALA QKNVKLSTEQ LRCLAHRLSE PPEDLDALPL DLLLFLNPDA FSGPQACTRFFSRITKANVD LLPRGAPERQ RLLPAALACW GVRGSLLSEA DVRALGGLAC DLPGRFVAESAEVLLPRLVS CPGPLDQDQQ EAARAALQGG GPPYGPPSTW SVSTMDALRG LLPVLGQPIIRSIPQGIVAA WRQRSSRDPS WRQPERTILR PRFRREVEKT ACPSGKKARE IDESLIFYKKWELEACVDAA LLATQMDRVN AIPFTYEQLD VLKHKLDELY PQGYPESVIQHLGYLFLKMS PEDIRKWNVT SLETLKALLE VNKGHEMSPQ VATLIDRFVKGRGQLDKDTL DTLTAFYPGY LCSLSPEELS SVPPSSIWAV RPQDLDTCDP RQLDVLYPKARLAFQNMNGS EYFVKIQSFL GGAPTEDLKA LSQQNVSMDL ATFMKLRTDAVLPLTVAEVQ KLLGPHVEGL KAEERHRPVR DWILRQRQDD LDTLGLGLQGGIPNGYLVLD LSMQEALSGT PCLLGPGPVL TVLALLLAST LA (서열번호 987). 예를 들어, pHLA 복합체에 존재하는 메소텔린 펩티드는: i) KLLGPHVEGL (서열번호 988); ii) HLA-A*2402/β2M에 결합할 수 있는 AFYPGYLCSL (서열번호 989); iii) VLPLTVAEV (서열번호 990); iv) ELAVALAQK (서열번호 991); v) ALQGGGPPY (서열번호 992); vi) FYPGYLCSL (서열번호 993); vii) LYPKARLAF (서열번호 994); viii) LLFLLFSLGWVGPSR (서열번호 995); ix) VNKGHEMSPQAPRRP (서열번호 996); x) FMKLRTDAVLPLTVA (서열번호 997); 또는 xi) DAALLATQMD (서열번호 998)일 수 있다.
일부 경우에, 암-연관 펩티드는 다음의 Her2(수용체 티로신-단백질 키나제 erbB2) 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100%의 아미노산 서열을 갖는 Her2 폴리펩티드이다:
MELAALCRWG LLLALLPPGA ASTQVCTGTD MKLRLPASPE THLDMLRHLY QGCQVVQGNL ELTYLPTNAS LSFLQDIQEV QGYVLIAHNQ VRQVPLQRLR IVRGTQLFEDNYALAVLDNG DPLNNTTPVT GASPGGLREL QLRSLTEILK GGVLIQRNPQ LCYQDTILWKDIFHKNNQLA LTLIDTNRSR ACHPCSPMCK GSRCWGESSE DCQSLTRTVC AGGCARCKGPLPTDCCHEQC AAGCTGPKHS DCLACLHFNH SGICELHCPA LVTYNTDTFE SMPNPEGRYTFGASCVTACP YNYLSTDVGS CTLVCPLHNQ EVTAEDGTQR CEKCSKPCARVCYGLGMEHL REVRAVTSAN IQEFAGCKKI FGSLAFLPES FDGDPASNTA PLQPEQLQVFETLEEITGYL YISAWPDSLP DLSVFQNLQV IRGRILHNGA YSLTLQGLGI SWLGLRSLRELGSGLALIHH NTHLCFVHTV PWDQLFRNPH QALLHTANRP EDECVGEGLACHQLCARGHC WGPGPTQCVN CSQFLRGQEC VEECRVLQGL PREYVNARHCLPCHPECQPQ NGSVTCFGPE ADQCVACAHY KDPPFCVARC PSGVKPDLSY MPIWKFPDEEGACQPCPINC THSCVDLDDK GCPAEQRASP LTSIISAVVG ILLVVVLGVV FGILIKRRQQKIRKYTMRRL LQETELVEPL TPSGAMPNQA QMRILKETEL RKVKVLGSGA FGTVYKGIWIPDGENVKIPV AIKVLRENTS PKANKEILDE AYVMAGVGSP YVSRLLGICL TSTVQLVTQLMPYGCLLDHV RENRGRLGSQ DLLNWCMQIA KGMSYLEDVR LVHRDLAARNVLVKSPNHVK ITDFGLARLL DIDETEYHAD GGKVPIKWMA LESILRRRFTHQSDVWSYGV TVWELMTFGA KPYDGIPARE IPDLLEKGER LPQPPICTIDVYMIMVKCWM IDSECRPRFR ELVSEFSRMA RDPQRFVVIQ NEDLGPASPL DSTFYRSLLEDDDMGDLVDA EEYLVPQQGF FCPDPAPGAG GMVHHRHRSS STRNM (서열번호 999).
일부 경우에, 암-연관 펩티드는 다음의 BCMA 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 BCMA 폴리펩티드의 펩티드이다:
MLQMAGQCSQ NEYFDSLLHA CIPCQLRCSS NTPPLTCQRY CNASVTNSVKGTNAILWTCL GLSLIISLAV FVLMFLLRKI SSEPLKDEFK NTGSGLLGMA NIDLEKSRTGDEIILPRGLE YTVEECTCED CIKSKPKVDS DHCFPLPAME EGATILVTTK TNDYCKSLPAALSATEIEKS ISAR (서열번호 1000).
일부 경우에, 암-연관 펩티드는 다음의 WT-1 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 WT-1 폴리펩티드의 펩티드이다:
MDFLLLQDPA STCVPEPASQ HTLRSGPGCL QQPEQQGVRD PGGIWAKLGAAEASAERLQG RRSRGASGSE PQQMGSDVRD LNALLPAVPS LGGGGGCALPVSGAAQWAPV LDFAPPGASA YGSLGGPAPP PAPPPPPPPP PHSFIKQEPS WGGAEPHEEQCLSAFTVHFS GQFTGTAGAC RYGPFGPPPP SQASSGQARM FPNAPYLPSC LESQPAIRNQGYSTVTFDGT PSYGHTPSHH AAQFPNHSFK HEDPMGQQGS LGEQQYSVPPPVYGCHTPTD SCTGSQALLL RTPYSSDNLY QMTSQLECMT WNQMNLGATLKGHSTGYESD NHTTPILCGA QYRIHTHGVF RGIQDVRRVP GVAPTLVRSA SETSEKRPFMCAYPGCNKRY FKLSHLQMHS RKHTGEKPYQ CDFKDCERRF SRSDQLKRHQRRHTGVKPFQ CKTCQRKFSR SDHLKTHTRT HTGEKPFSCR WPSCQKKFARSDELVRHHNM HQRNMTKLQL AL (서열번호 1001).
WT-1 펩티드의 비제한적인 예는 RMFPNAPYL (서열번호 1002), CMTWNQMN (서열번호 1003), CYTWNQMNL (서열번호 1004), CMTWNQMNLGATLKG (서열번호 1005), WNQMNLGATLKGVAA (서열번호 1006), CMTWNYMNLGATLKG (서열번호 1007), WNYMNLGATLKGVAA (서열번호 1008), MTWNQMNLGATLKGV (서열번호 1009), TWNQMNLGATLKGVA (서열번호 1010), CMTWNLMNLGATLKG (서열번호 1011), MTWNLMNLGATLKGV (서열번호 1012), TWNLMNLGATLKGVA (서열번호 1013), WNLMNLGATLKGVAA (서열번호 1014), MNLGATLK (서열번호 1015), MTWNYMNLGATLKGV (서열번호 1016), TWNYMNLGATLKGVA (서열번호 1017), CMTWNQMNLGATLKGVA (서열번호 1018), CMTWNLMNLGATLKGVA (서열번호 1019), CMTWNYMNLGATLKGVA (서열번호 1020), GYLRNPTAC (서열번호 1021), GALRNPTAL (서열번호 1022), YALRNPTAC (서열번호 1023), GLLRNPTAC (서열번호 1024), RYRPHPGAL (서열번호 1025), YQRPHPGAL (서열번호 1026), RLRPHPGAL (서열번호 1027), RIRPHPGAL (서열번호 1028), QFPNHSFKHEDPMGQ (서열번호 1029), HSFKHEDPY (서열번호 1030), QFPNHSFKHEDPM (서열번호 1031), QFPNHSFKHEDPY (서열번호 1032), KRPFMCAYPGCNK (서열번호 1033), KRPFMCAYPGCYK (서열번호 1034), FMCAYPGCY (서열번호 1035), FMCAYPGCK (서열번호 1036), KRPFMCAYPGCNKRY (서열번호 1037), SEKRPFMCAYPGCNK (서열번호 1038), KRPFMCAYPGCYKRY (서열번호 1039), NLMNLGATL (서열번호 1040), 및 NYMNLGATL CMTWNQMNLGATLKG (서열번호 1005), WNQMNLGATLKGVAA (서열번호 1006), CMTWNYMNLGATLKG (서열번호 1007), WNYMNLGATLKGVAA (서열번호 1008), MTWNQMNLGATLKGV (서열번호 1009), TWNQMNLGATLKGVA (서열번호 1010), CMTWNLMNLGATLKG (서열번호 1011), MTWNLMNLGATLKGV (서열번호 1012), TWNLMNLGATLKGVA (서열번호 1013), WNLMNLGATLKGVAA (서열번호 1014), MNLGATLK (서열번호 1015), MTWNYMNLGATLKGV (서열번호 1016), TWNYMNLGATLKGVA (서열번호 1017), CMTWNQMNLGATLKGVA (서열번호 1018), CMTWNLMNLGATLKGVA (서열번호 1019), CMTWNYMNLGATLKGVA (서열번호 1020), GYLRNPTAC (서열번호 1021), GALRNPTAL (서열번호 1022), YALRNPTAC (서열번호 1023), GLLRNPTAC (서열번호 1024), RYRPHPGAL (서열번호 1025), YQRPHPGAL (서열번호 1026), RLRPHPGAL (서열번호 1027), RIRPHPGAL (서열번호 1028), QFPNHSFKHEDPMGQ (서열번호 1029), HSFKHEDPY (서열번호 1030), QFPNHSFKHEDPM (서열번호 1031), QFPNHSFKHEDPY (서열번호 1032), KRPFMCAYPGCNK (서열번호 1033), KRPFMCAYPGCYK (서열번호 1034), FMCAYPGCY (서열번호 1035), FMCAYPGCK (서열번호 1036), KRPFMCAYPGCNKRY (서열번호 1037), SEKRPFMCAYPGCNK (서열번호 1038), KRPFMCAYPGCYKRY (서열번호 1039), NLMNLGATL (서열번호 1040), 및 NYMNLGATL (서열번호 1041)을 포함한다.
일부 경우에, 암-연관 펩티드는 HPV 폴리펩티드와 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 인유두종 바이러스(HPV) 폴리펩티드의 펩티드이다. HPV 펩티드는 HPV E6 폴리펩티드 또는 HPV E7 폴리펩티드의 펩티드일 수 있다. 에피토프는, 예를 들어 HPV16, HPV18, HPV31, HPV33, HPV35, HPV39, HPV45, HPV51, HPV52, HPV56, HPV58, HPV59, HPV68, HPV73, 또는 HPV82를 포함하는, 다양한 유전자형 중 어느 하나의 HPV의 에피토프일 수 있다. HPV 펩티드의 비제한적 예는 다음을 포함한다: E6 18-26 (KLPQLCTEL; 서열번호 1042); E6 26-34 (LQTTIHDII; 서열번호 1043); E6 49-57 (VYDFAFRDL; 서열번호 1044); E6 52-60 (FAFRDLCIV; 서열번호 1045); E6 75-83 (KFYSKISEY; 서열번호 1046); E6 80-88 (ISEYRHYCY; 서열번호 1047); E7 7-15 (TLHEYMLDL; 서열번호 1048); E7 11-19 (YMLDLQPET; 서열번호 1049); E7 44-52 (QAEPDRAHY; 서열번호 1050); E7 49-57 (RAHYNIVTF (서열번호 1051); E7 61-69 (CDSTLRLCV; 서열번호 1052); and E7 67-76 (LCVQSTHVDI; 서열번호 1053); E7 82-90 (LLMGTLGIV; 서열번호 1054); E7 86-93 (TLGIVCPI; 서열번호 1055); 및 E7 92-93 (LLMGTLGIVCPI; 서열번호 1056).
일부 경우에, 암-연관 펩티드는 다음의 클라우딘-18(이소형 2)(CLDN 18.2) 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 클라우딘 폴리펩티드의 펩티드이다:
MAVTACQGLG FVVSLIGIAG IIAATCMDQW STQDLYNNPVTAVFNYQGLW RSCVRESSGF TECRGYFTLL GLPAMLQAVR ALMIVGIVLG AIGLLVSIFALKCIRIGSME DSAKANMTLT SGIMFIVSGL CAIAGVSVFA NMLVTNFWMSTANMYTGMGG MVQTVQTRYT FGAALFVGWV AGGLTLIGGV MMCIACRGLAPEETNYKAVS YHASGHSVAY KPGGFKASTG FGSNTKNKKI YDGGARTEDEVQSYPSKHDY V (서열번호 1057). 일부 경우에, 암-연관 펩티드는 아미노산 서열 TEDEVQSYPSKHDYV(서열번호 1058)(약 15개 아미노산의 길이를 가짐) 또는 EVQSYPSKHDYV(서열번호 1059)(약 12개 아미노산의 길이를 가짐)를 갖는 클라우딘 폴리펩티드의 펩티드이다
일부 경우에, 암-연관 펩티드는 영양아 세포 표면 항원-2(Trop-2) 폴리펩티드의 펩티드이다. Trop-2(상피 당단백질-1, 위장관 종양-연관 항원 GA733-1, 막 성분 염색체 1 표면 마커-1, 및 종양-연관 칼슘 신호 변환기-2로도 알려짐)는 다수의 암 유형에서 상향 조절되는 막관통 당단백질이며, TACSTD2 유전자의 단백질 산물이다. 일부 경우에, 암-연관 펩티드는 다음의 TROP-2 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 TROP-2 폴리펩티드의 펩티드이다: QDNCTCPTNKMTVCSPDGPG GRCQCRALGS GMAVDCSTLT SKCLLLKARM SAPKNARTLVRPSEHALVDN DGLYDPDCDP EGRFKARQCN QTSVCWCVNS VGVRRTDKGDLSLRCDELVR THHILIDLRH RPTAGAFNHS DLDAELRRLF RERYRLHPKF VAAVHYEQPTIQIELRQNTS QKAAGDVDIG DAAYYFERDI KGESLFQGRG GLDLRVRGEP LQVERTLIYYLDEIPPKFSM KRLTAGLIAV IVVVVVALVA GMAVLVITNR RKSGKYKKVE IKELGELRKEPSL (서열번호 1060).
항체
전술한 바와 같이, 일부 경우에, TMMP에 존재하는 TTP는 항체이다. 일부 경우에, TTP는 암-연관 항원에 특이적인 항체이다. 일부 경우에, TTP는 암 세포 표면 상의 펩티드/HLA 복합체에 특이적인 항체이며, 여기서 펩티드는 암-연관 펩티드(예를 들어, 암-연관 항원의 펩티드)일 수 있다.
TMMP에 포함시킬 수 있는 암-연관 항원-표적화된 항체의 비제한적 예는 다음을 포함하지만 이에 한정되지는 않는다: 아비투주맙(항-CD51), LL1(항-CD74), LL2 또는 RFB4(항-CD22), 벨투주맙 (hA20, 항-CD20), 비누투주(항-CD20), 비누투주맙(GA101, 항-CD20), 다라투무맙(항-CD38), 람브롤리주맙(항-PD-1 수용체), 니볼루맙(항-PD-1 수용체), 이필리무맙(항-CTLA-4), RS7(항-TROP-2), PAM4 또는 KC4(항-뮤신 둘 다), MN-14(항-CEA), MN-15 또는 MN-3(항-CEACAM6), Mu-9(항-결장-특이적 항원-p), Immu 31(항-알파-태아단백), R1(항-IGF-1R), A19(항-CD19), TAG-72(예를 들어, CC49), Tn, J591 또는 HuJ591(항-PSMA), AB-PG1-XG1-026(항-PSMA 이량체), D2/B(항-PSMA), G250(항-탄산 무수화 효소 IX), L243(항-HLA-DR) 알렘투주맙(항-CD52), 오포르투주맙(항-EpCAM), 베바시주맙(항-VEGF), 세툭시맙(항-EGFR), 겜투주맙(항-CD33), 이브리투모맙티욱세탄(항-CD20); 파니투무맙(항-EGFR); 토시투모맙(항-CD20); PAM4(클리바투주맙으로도 알려짐; 항-뮤신), 트라스투주맙(항-HER2), 퍼투주맙(항-HER2), 폴라투주맙(항-CD79b), 및 아네투맙(항-메소텔린).
일부 경우에, 종양-표적화 폴리펩티드는 단쇄 항체이다. 일부 경우에, 종양-표적화 폴리펩티드는 scFv이다. 일부 경우에, 종양-표적화 폴리펩티드는 나노바디(단일 도메인 항체(sdAb)로도 지칭됨)이다. 일부 경우에, 종양-표적화 폴리펩티드는 중쇄 나노바디이다. 일부 경우에, 종양-표적화 폴리펩티드는 경쇄 나노바디이다.
다양한 종양 항원-결합 항체의 VH 및 VL 아미노산 서열은 이러한 항체의 경쇄 및 중쇄 CDR과 같이 당업계에 공지되어 있다. 예를 들어, Ling 등의 문헌[(2018) Frontiers Immunol. 9:469]; WO 2005/012493; 미국 특허 제2019/0119375호; 미국 특허 제2013/0066055호 참조. 다음은 종양 항원-결합 항체의 다음은 비제한적 예이다.
항-Her2
일부 경우에, 항-Her2 항체는: a) 다음의 아미노산 서열에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄:
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVNTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQHYTTPPTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (서열번호 1061); 및 b) 다음의 아미노산 서열에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함한다:
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNIKDTYIHWVRQAPGKGLEWVARIYPTNGYTRYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCSRWGGDGFYAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (서열번호 1062).
일부 경우에, 항-Her2 항체는 위에 제공한 경쇄 아미노산 서열에 존재하는 경쇄 가변 영역(VL); 및 위에 제공한 중쇄 아미노산 서열에 존재하는 중쇄 가변 영역(VH)을 포함한다. 예를 들어, 항-Her2 항체는 다음을 포함할 수 있다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVNTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQHYTTPPTFGQGTKVEIK (서열번호 1063); 및 b) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNIKDTYIHWVRQAPGKGLEWVARIYPTNGYTRYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCSRWGGDGFYAMDYWGQGTLVTVSS (서열번호 1064). 일부 경우에, 항-Her2 항체는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNIKDTYIHWVRQAPGKGLEWVARIYPTNGYTRYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCSRWGGDGFYAMDYWGQGTLVTVSS (서열번호 1065); b) 링커; 및 c) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVNTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQHYTTPPTFGQGTKVEIK (서열번호 1066). 적합한 링커는 본원의 다른 곳에 기술되어 있고, 예를 들어 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하며, 여기서, n은 1 내지 10의 정수(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10)이다.
일부 경우에, 항-Her2 항체는 위에 제공된 경쇄 아미노산 서열에 존재하는 VL CDR1, VL CDR2, 및 VL CDR3; 및 위에 제공된 중쇄 아미노산 서열에 존재하는 VH CDR1, CDR2, 및 CDR3을 포함한다. 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Kabat에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어 상기 표 1; 및 Kabat의 1991 문헌 참조). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Chothia에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어, 상기 표 1; 및 Chothia의 1987 문헌 참조).
예를 들어, 항-Her2 항체는 아미노산 서열 RASQDVNTAVA(서열번호 1067)를 갖는 VL CDR1; 아미노산 서열 SASFLY(서열번호 1068)를 갖는 VL CDR2; 아미노산 서열 QQHYTTPP(서열번호 1069)를 갖는 VL CDR3; 아미노산 서열 GFNIKDTY(서열번호 1070)를 갖는 VH CDR1; 아미노산 서열 IYPTNGYT(서열번호 1071)를 갖는 VH CDR2; 및 아미노산 서열 SRWGGDGFYAMDY(서열번호 1072)를 갖는 VH CDR3을 포함할 수 있다.
일부 경우에, 항-Her2 항체는 scFv 항체이다. 예를 들어, 항-Her2 scFv는 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다: evqlvesggglvqpggslrlscaasgfnikdtyihwvrqapgkglewvariyptngytryadsvkgrftisadtskntaylqmnslraedtavyycsrwggdgfyamdywgqgtlvtvssggggsggggsggggsdiqmtqspsslsasvgdrvtitcrasqdvntavawyqqkpgkapklliysasflysgvpsrfsgsrsgtdftltisslqpedfatyycqqhyttpptfgqgtkveik (서열번호 1073).
또 다른 예로서, 일부 경우에, 항-Her2 항체는 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역(VL):
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCKASQDVSIGVAWYQQKPGKAPKLLIYSASYRYTGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYYIYPYTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (서열번호 1074); 및 b) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역(VH):
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFTDYTMDWVRQAPGKGLEWVADVNPNSGGSIYNQRFKGRFTLSVDRSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARNLGPSFYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (서열번호 1075).
일부 경우에, 항-Her2 항체는 위에 제공된 경쇄 아미노산 서열에 존재하는 VL; 및 위에 제공된 중쇄 아미노산 서열에 존재하는 VH를 포함한다. 예를 들어, 항-Her2 항체는 다음을 포함할 수 있다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCKASQDVSIGVAWYQQKPGKAPKLLIYSASYRYTGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYYIYPYTFGQGTKVEIK (서열번호 1076); 및 b) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFTDYTMDWVRQAPGKGLEWVADVNPNSGGSIYNQRFKGRFTLSVDRSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARNLGPSFYFDYWGQGTLVTVSS (서열번호 1077).
일부 경우에, 항-Her2 항체는 위에 제공된 경쇄 아미노산 서열에 존재하는 VL CDR1, VL CDR2, 및 VL CDR3; 및 위에 제공된 중쇄 아미노산 서열에 존재하는 VH CDR1, CDR2, 및 CDR3을 포함한다. 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Kabat에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어 상기 표 1; 및 Kabat의 1991 문헌 참조). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Chothia에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어, 상기 표 1; 및 Chothia의 1987 문헌 참조).
예를 들어, 항-HER2 항체는 아미노산 서열 KASQDVSIGVA(서열번호 1078)를 갖는 VL CDR1; 아미노산 서열 SASYRY(서열번호 1079)를 갖는 VL CDR2; 아미노산 서열 QQYYIYPY(서열번호 1080)를 갖는 VL CDR3; 아미노산 서열 GFTFTDYTMD(서열번호 1081)를 갖는 VH CDR1; 아미노산 서열 ADVNPNSGGSIYNQRFKG(서열번호 1082)를 갖는 VH CDR2; 및 아미노산 서열 ARNLGPSFYFDY(서열번호 1083)를 갖는 VH CDR3을 포함할 수 있다.
일부 경우에, 항-Her2 항체는 scFv이다. 예를 들어, 일부 경우에, 항-Her2 scFv는 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다:
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNIKDTYIHWVRQAPGKGLEWVARIYPTNGYTRYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCSRWGGDGFYAMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVNTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQHYTTPPTFGQGTKVEIK (서열번호 1073).
항-CD19
항-CD19 항체는 당업계에 공지되어 있고; 임의의 항-CD19 항체의 VH 및 VL, 또는 VH 및 VL CDR이 TMMP에서 사용될 수 있다. 예를 들어, WO 2005/012493 참조.
일부 경우에, 항-CD19 항체는 아미노산 서열 KASQSVDYDGDSYLN(서열번호 1084)을 포함하는 VL CDR1; 아미노산 서열 DASNLVS(서열번호 1085)를 포함하는 VL CDR2; 및 아미노산 서열 QQSTEDPWT(서열번호 1086)를 포함하는 VL CDR3을 포함한다. 일부 경우에, 항-CD19 항체는 아미노산 서열 SYWMN(서열번호 1087)을 포함하는 VH CDR1; 아미노산 서열 QIWPGDGDTNYNGKFKG(서열번호 1088)을 포함하는 VH CDR2; 및 아미노산 서열 RETTTVGRYYYAMDY(서열번호 1089)를 포함하는 VH CDR3을 포함한다. 일부 경우에, 항-CD19 항체는 아미노산 서열 KASQSVDYDGDSYLN(서열번호 1084)를 포함하는 VL CDR1; 아미노산 서열 DASNLVS(서열번호 1085)를 포함하는 VL CDR2; 아미노산 서열 QQSTEDPWT(서열번호 1086)를 포함하는 VL CDR3; 아미노산 서열 SYWMN(서열번호 1087)를 포함하는 VH CDR1; 아미노산 서열 QIWPGDGDTNYNGKFKG(서열번호 1088)를 포함하는 VH CDR2; 및 아미노산 서열 RETTTVGRYYYAMDY(서열번호 1089)를 포함하는 VH CDR3을 포함한다.
일부 경우에, 항-CD19 항체는 scFv이다. 예를 들어, 일부 경우에, 항-CD19 scFv는 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다: DIQLTQSPASLAVSLGQRATISCKASQSVDYDGDSYLNWYQQIPGQPPKLLIYDASNLVSGIPPRFSGSGSGTDFTLNIHPVEKVDAATYHCQQSTEDPWTFGGGTKLEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLQQSGAELVRPGSSVKISCKASGYAFSSYWMNWVKQRPGQGLEWIGQIWPGDGDTNYNGKFKGKATLTADESSSTAYMQLSSLASEDSAVYFCARRETTTVGRYYYAMDYWGQGTTVTVS (서열번호 1090).
항-메소텔린
항-메소텔린 항체는 당업계에 공지되어 있고; 임의의 항-메소텔린 항체의 VH 및 VL, 또는 VH 및 VL CDR이 TMMP에 사용될 수 있다. 예를 들어, 미국 특허 제2019/0000944호; WO 2009/045957; WO 2014/031476; USPN 8,460,660; 미국 특허 제2013/0066055호; 및 WO 2009/068204 참조. 일부 경우에, TTP는 도 22a~22h에 제시된 아미노산 서열 중 어느 하나에 존재하는 VH 및 VL CDR을 포함하는 항-메소텔린 scFv 또는 항-메소텔린 나노바디이다. 일부 경우에, TTP는 도 22a~22h 중 어느 하나에 제시된 것과 같은 아미노산 서열을 포함하는 항-메소텔린 scFv이다.
일부 경우에, 항-메소텔린 항체는 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄:
DIALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDIGGYNSVSWYQQHPGKAPKLMIYGVNNRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYDIESATPVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKGDSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTESS (서열번호 1091); 및
b) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄:
QVELVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYSFTSYWIGWVRQAPGKGLEWMGIIDPGDSRTRYSPSFQGQVTISADKSISTAYLQWSSLKASDTAMYYCARGQLYGGTYMDGWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (서열번호 1092).
일부 경우에, 항-메소텔린 항체는 위에 제공된 경쇄 아미노산 서열에 존재하는 VL; 및 위에 제공된 중쇄 아미노산 서열에 존재하는 VH를 포함한다. 예를 들어, 항-메소텔린 항체는 다음을 포함할 수 있다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL: DIALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDIGGYNSVSWYQQHPGKAPKLMIYGVNNRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYDIESATPVFGGGTK (서열번호 1093); 및 b) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH: QVELVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYSFTSYWIGWVRQAPGKGLEWMGIIDPGDSRTRYSPSFQGQVTISADKSISTAYLQWSSLKASDTAMYYCARGQLYGGTYMDGWGQGTLVTVSS (서열번호 1094).
일부 경우에, 항-메소텔린 항체는 위에 제공된 경쇄 아미노산 서열에 존재하는 VL CDR1, VL CDR2, 및 VL CDR3; 및 위에 제공된 중쇄 아미노산 서열에 존재하는 VH CDR1, CDR2 및 CDR3을 포함한다. 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Kabat에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어 상기 표 1; 및 Kabat의 1991 문헌 참조). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Chothia에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어, 상기 표 1; 및 Chothia의 1987 문헌 참조).
예를 들어, 항-메소텔린 항체는 아미노산 서열 tgtssdiggynsvs (서열번호 1095)를 갖는 VL CDR1; 아미노산 서열 Lmiygvnnrps (서열번호 1096)를 갖는 VL CDR2; 아미노산 서열 ssydiesatp (서열번호 1097)를 갖는 VL CDR3; 아미노산 서열 gysftsywig (서열번호 1098)를 갖는 VH CDR1; 아미노산 서열 wmgiidpgdsrtrysp (서열번호 1099)를 갖는 VH CDR2; 및 아미노산 서열 gqlyggtymdg (서열번호 1100)를 갖는 VH CDR3을 포함할 수 있다.
항-메소텔린 항체는 scFv일 수 있다. 하나의 비제한적 예로서, 항-메소텔린 scFv는 다음의 아미노산 서열을 포함할 수 있다: QVQLQQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTGYYMHWVRQAPGQGLEWMGRINPNSGGTNYAQKFQGRVTMTRDTSISTAYMELSRLRSEDTAVYYCARGRYYGMDVWGQGTMVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSEIVLTQSPATLSLSPGERATISC RASQSVSSNFA WYQQRPGQAPRLLIY DASNRAT GIPPRFSGSGSGTDFTLTISSLEPED FAAYYC HQRSNWLYT FGQGTKVDIK (서열번호 1101) (서열 중 VH CDR1, CDR2, 및 CDR3은 밑줄 표시되어 있고; VL CDR1, CDR2, 및 CDR3은 굵은 글씨체와 밑줄 표시되어 있음).
하나의 비제한적 예로서, 항-메소텔린 scFv는 다음의 아미노산 서열을 포함할 수 있다: QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTGYYMHWVRQAPGQGLEWMGWINPNSGGTNYAQKFQGRVTMTRDTSISTAYMELSRLRSDDTAVYYCARDLRRTVVTPRAYYGMDVWGQGTTVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSDIQLTQSPSTLSASVGDRVTITC QASQDISNSLN WYQQKAGKAPKLLIY DASTLET GVPSRFSGSGSGTDFSF TISSLQPEDIATYYC QQHDNLPL TFGQGTKVEIK (서열번호 1102) (서열 중 VH CDR1, CDR2, 및 CDR3은 밑줄 표시되어 있고; VL CDR1, CDR2, 및 CDR3은 굵은 글씨체와 밑줄 표시되어 있음).
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-메소텔린 항체는 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역(VL)에 존재하는 VL CDR1, VL CDR2, 및 VL CDR3: EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPIFTFGPGTKVDIK (서열번호 1103); 및 b) 다음의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역(VH)에 존재하는 VH CDR1, CDR2, 및 CDR3: QMQLVESGGGVVQPGRSLRLSCTASGFTFSNNGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWFDGMNKFYVDSVKGRFTISRDNSKNTLYLEMNSLRAEDTAIYYCAREGDGSGIYYYYGMDVWGQGTTVTVSS (서열번호 1104). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Kabat에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어 상기 표 1; 및 Kabat의 1991 문헌 참조). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Chothia에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어, 상기 표 1; 및 Chothia의 1987 문헌 참조). 예를 들어, BMS6A5 참조.
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-메소텔린 항체는 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPIFTFGPGTKVDIK (서열번호 1103); 및 b) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QMQLVESGGGVVQPGRSLRLSCTASGFTFSNNGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWFDGMNKFYVDSVKGRFTISRDNSKNTLYLEMNSLRAEDTAIYYCAREGDGSGIYYYYGMDVWGQGTTVTVSS (서열번호 1104).
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-메소텔린 항체는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 scFv이다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QMQLVESGGGVVQPGRSLRLSCTASGFTFSNNGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWFDGMNKFYVDSVKGRFTISRDNSKNTLYLEMNSLRAEDTAIYYCAREGDGSGIYYYYGMDVWGQGTTVTVSS (서열번호 1104); b) 펩티드 링커; 및 c) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPIFTFGPGTKVDIK (서열번호 1103). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하며, 여기서 n은 1 내지 10의 정수이다(예를 들어, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGSGGGGSGGGGS(서열번호 875)를 포함하고 15개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-메소텔린 항체는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 scFv이다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPIFTFGPGTKVDIK (서열번호 1103); b) 펩티드 링커; 및 c) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QMQLVESGGGVVQPGRSLRLSCTASGFTFSNNGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWFDGMNKFYVDSVKGRFTISRDNSKNTLYLEMNSLRAEDTAIYYCAREGDGSGIYYYYGMDVWGQGTTVTVSS (서열번호 1104). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하며, 여기서 n은 1 내지 10의 정수이다(예를 들어, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGSGGGGSGGGGS(서열번호 875)를 포함하고 15개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-메소텔린 항체는 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역(VL)에 존재하는 VL CDR1, VL CDR2, 및 VL CDR3: DIELTQSPAIMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMHWYQQKSGTSPKRWIYDTSKLASGVPGRFSGSGSGNSYSLTISSVEAEDDATYYCQQWSKHPLTFGSGTKVEIK (서열번호 1105); 및 b) 다음의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역(VH)에 존재하는 VH CDR1, CDR2, 및 CDR3: QVQLQQSGPELEKPGASVKISCKASGYSFTGYTMNWVKQSHGKSLEWIGLITPYNGASSYNQKFRGKATLTVDKSSSTAYMDLLSLTSEDSAVYFCARGGYDGRGFDYWGSGTPVTVSS (서열번호 1106). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Kabat에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어 상기 표 1; 및 Kabat의 1991 문헌 참조). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Chothia에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어, 상기 표 1; 및 Chothia의 1987 문헌 참조). 예를 들어, 아마툭시맙 참조.
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-메소텔린 항체는 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: DIELTQSPAIMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMHWYQQKSGTSPKRWIYDTSKLASGVPGRFSGSGSGNSYSLTISSVEAEDDATYYCQQWSKHPLTFGSGTKVEIK (서열번호 1105); 및 b) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVQLQQSGPELEKPGASVKISCKASGYSFTGYTMNWVKQSHGKSLEWIGLITPYNGASSYNQKFRGKATLTVDKSSSTAYMDLLSLTSEDSAVYFCARGGYDGRGFDYWGSGTPVTVSS (서열번호 1106).
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-메소텔린 항체는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 scFv이다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: DIELTQSPAIMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMHWYQQKSGTSPKRWIYDTSKLASGVPGRFSGSGSGNSYSLTISSVEAEDDATYYCQQWSKHPLTFGSGTKVEIK (서열번호 1105); b) 펩티드 링커; 및 c) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVQLQQSGPELEKPGASVKISCKASGYSFTGYTMNWVKQSHGKSLEWIGLITPYNGASSYNQKFRGKATLTVDKSSSTAYMDLLSLTSEDSAVYFCARGGYDGRGFDYWGSGTPVTVSS (서열번호 1106). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하며, 여기서 n은 1 내지 10의 정수이다(예를 들어, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGSGGGGSGGGGS(서열번호 875)를 포함하고 15개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-메소텔린 항체는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 scFv이다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVQLQQSGPELEKPGASVKISCKASGYSFTGYTMNWVKQSHGKSLEWIGLITPYNGASSYNQKFRGKATLTVDKSSSTAYMDLLSLTSEDSAVYFCARGGYDGRGFDYWGSGTPVTVSS (서열번호 1106); b) 펩티드 링커; 및 c) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: DIELTQSPAIMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMHWYQQKSGTSPKRWIYDTSKLASGVPGRFSGSGSGNSYSLTISSVEAEDDATYYCQQWSKHPLTFGSGTKVEIK (서열번호 1105). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하며, 여기서 n은 1 내지 10의 정수이다(예를 들어, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGSGGGGSGGGGS(서열번호 875)를 포함하고 15개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-메소텔린 항체는 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역(VL)에 존재하는 VL CDR1, VL CDR2, 및 VL CDR3: DIALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDIGGYNSVSWYQQHPGKAPKLMIYGVNNRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYDIESATPVFGGGTKLTVLG (서열번호 1107); 및 b) 다음의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역(VH)에 존재하는 VH CDR1, CDR2, 및 CDR3: QVELVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYSFTSYWIGWVRQAPGKGLEWMGIIDPGDSRTRYSPSFQGQVTISADKSISTAYLQWSSLKASDTAMYYCARGQLYGGTYMDGWGQGTLVTVSS (서열번호 1094). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Kabat에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어 상기 표 1; 및 Kabat의 1991 문헌 참조). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Chothia에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어, 상기 표 1; 및 Chothia의 1987 문헌 참조).
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-메소텔린 항체는 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: DIALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDIGGYNSVSWYQQHPGKAPKLMIYGVNNRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYDIESATPVFGGGTKLTVLG (서열번호 1107); 및 b) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVELVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYSFTSYWIGWVRQAPGKGLEWMGIIDPGDSRTRYSPSFQGQVTISADKSISTAYLQWSSLKASDTAMYYCARGQLYGGTYMDGWGQGTLVTVSS (서열번호 1094).
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-메소텔린 항체는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 scFv이다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: DIALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDIGGYNSVSWYQQHPGKAPKLMIYGVNNRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYDIESATPVFGGGTKLTVLG (서열번호 1107); b) 펩티드 링커; 및 c) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVELVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYSFTSYWIGWVRQAPGKGLEWMGIIDPGDSRTRYSPSFQGQVTISADKSISTAYLQWSSLKASDTAMYYCARGQLYGGTYMDGWGQGTLVTVSS (서열번호 1094). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하며, 여기서 n은 1 내지 10의 정수이다(예를 들어, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGSGGGGSGGGGS(서열번호 875)를 포함하고 15개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-메소텔린 항체는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 scFv이다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVELVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYSFTSYWIGWVRQAPGKGLEWMGIIDPGDSRTRYSPSFQGQVTISADKSISTAYLQWSSLKASDTAMYYCARGQLYGGTYMDGWGQGTLVTVSS (서열번호 1094); b) 펩티드 링커; 및 c) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: DIALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDIGGYNSVSWYQQHPGKAPKLMIYGVNNRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYDIESATPVFGGGTKLTVLG (서열번호 1107). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하며, 여기서 n은 1 내지 10의 정수이다(예를 들어, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGSGGGGSGGGGS(서열번호 875)를 포함하고 15개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-메소텔린 항체는 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역(VL)에 존재하는 VL CDR1, VL CDR2, 및 VL CDR3: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASSSVSYMHWYQQKSGKAPKLLIYDTSKLASGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQWSKHPLTFGQGTKLEIK (서열번호 1108); 및 b) 다음의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역(VH)에 존재하는 VH CDR1, CDR2, 및 CDR3: QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYSFTGYTMNWVRQAPGQGLEWMGLITPYNGASSYNQKFRGKATMTVDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARGGYDGRGFDYWGQGTLVTVSS (서열번호 1109). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Kabat에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어 상기 표 1; 및 Kabat의 1991 문헌 참조). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Chothia에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어, 상기 표 1; 및 Chothia의 1987 문헌 참조). 예를 들어, RG7787 참조.
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-메소텔린 항체는 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASSSVSYMHWYQQKSGKAPKLLIYDTSKLASGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQWSKHPLTFGQGTKLEIK (서열번호 1108); 및 b) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYSFTGYTMNWVRQAPGQGLEWMGLITPYNGASSYNQKFRGKATMTVDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARGGYDGRGFDYWGQGTLVTVSS (서열번호 1109).
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-메소텔린 항체는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 scFv이다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASSSVSYMHWYQQKSGKAPKLLIYDTSKLASGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQWSKHPLTFGQGTKLEIK (서열번호 1108); b) 펩티드 링커; 및 c) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYSFTGYTMNWVRQAPGQGLEWMGLITPYNGASSYNQKFRGKATMTVDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARGGYDGRGFDYWGQGTLVTVSS (서열번호 1109). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하며, 여기서 n은 1 내지 10의 정수이다(예를 들어, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGSGGGGSGGGGS(서열번호 875)를 포함하고 15개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-메소텔린 항체는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 scFv이다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYSFTGYTMNWVRQAPGQGLEWMGLITPYNGASSYNQKFRGKATMTVDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARGGYDGRGFDYWGQGTLVTVSS (서열번호 1109); b) 펩티드 링커; 및 c) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASSSVSYMHWYQQKSGKAPKLLIYDTSKLASGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQWSKHPLTFGQGTKLEIK (서열번호 1108). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하며, 여기서 n은 1 내지 10의 정수이다(예를 들어, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGSGGGGSGGGGS(서열번호 875)를 포함하고 15개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, 항-메소텔린 scFv는 다음의 아미노산 서열을 포함한다: QMQLVESGGGVVQPGRSLRLSCTASGFTFSNNGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWFDGMNKFYVDSVKGRFTISRDNSKNTLYLEMNSLRAEDTAIYYCAREGDGSGIYYYYGMDVWGQGTTVTVSS GGGGSGGGGSGGGGS EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPIFTFGPGTKVDIK (서열번호 888) (서열 중 VH 서열은 이탤릭체이고, (GGGGS)3 (서열번호 875) 링커는 굵은 글씨체와 밑줄 표시되고, VL 서열은 밑줄 표시됨).
일부 경우에, 항-메소텔린 scFv는 다음의 아미노산 서열을 포함한다: EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPIFTFGPGTKVDIK GGGGSGGGGSGGGGS QMQLVESGGGVVQPGRSLRLSCTASGFTFSNNGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWFDGMNKFYVDSVKGRFTISRDNSKNTLYLEMNSLRAEDTAIYYCAREGDGSGIYYYYGMDVWGQGTTVTVSS (서열번호 889) (서열 중 VL 서열은 밑줄 표시되고, (GGGGS)3 (서열번호 875) 링커는 굵은 글씨체와 밑줄 표시되고, VH 서열은 이탤릭체임).
일부 경우에, 항-메소텔린 scFv는 다음의 아미노산 서열을 포함한다: QVQLQQSGPELEKPGASVKISCKASGYSFTGYTMNWVKQSHGKSLEWIGLITPYNGASSYNQKFRGKATLTVDKSSSTAYMDLLSLTSEDSAVYFCARGGYDGRGFDYWGSGTPVTVSS GGGGSGGGGSGGGGS DIELTQSPAIMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMHWYQQKSGTSPKRWIYDTSKLASGVPGRFSGSGSGNSYSLTISSVEAEDDATYYCQQWSKHPLTFGSGTKVEIK (서열번호 890) (서열 중 VH 서열은 이탤릭체이고, (GGGGS)3 (서열번호 875) 링커는 굵은 글씨체와 밑줄 표시되고, VL 서열은 밑줄 표시됨).
일부 경우에, 항-메소텔린 scFv는 다음의 아미노산 서열을 포함한다: DIELTQSPAIMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMHWYQQKSGTSPKRWIYDTSKLASGVPGRFSGSGSGNSYSLTISSVEAEDDATYYCQQWSKHPLTFGSGTKVEIK GGGGSGGGGSGGGGS QVQLQQSGPELEKPGASVKISCKASGYSFTGYTMNWVKQSHGKSLEWIGLITPYNGASSYNQKFRGKATLTVDKSSSTAYMDLLSLTSEDSAVYFCARGGYDGRGFDYWGSGTPVTVSS (서열번호 891) (서열 중 VL 서열은 밑줄 표시되고, (GGGGS)3 (서열번호 875) 링커는 굵은 글씨체와 밑줄 표시되고, VL 서열은 이탤릭체임).
일부 경우에, 항-메소텔린 scFv는 다음의 아미노산 서열을 포함한다: QVELVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYSFTSYWIGWVRQAPGKGLEWMGIIDPGDSRTRYSPSFQGQVTISADKSISTAYLQWSSLKASDTAMYYCARGQLYGGTYMDGWGQGTLVTVSS GGGGSGGGGSGGGGS DIALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDIGGYNSVSWYQQHPGKAPKLMIYGVNNRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYDIESATPVFGGGTKLTVLG (서열번호 892) (서열 중 VH 서열은 이탤릭체이고, (GGGGS)3 (서열번호 875) 링커는 굵은 글씨체와 밑줄 표시되고, VL 서열은 밑줄 표시됨).
일부 경우에, 항-메소텔린 scFv는 다음의 아미노산 서열을 포함한다: DIALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDIGGYNSVSWYQQHPGKAPKLMIYGVNNRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYDIESATPVFGGGTKLTVL GGGGGSGGGGSGGGGS QVELVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYSFTSYWIGWVRQAPGKGLEWMGIIDPGDSRTRYSPSFQGQVTISADKSISTAYLQWSSLKASDTAMYYCARGQLYGGTYMDGWGQGTLVTVSS (서열번호 893) (서열 중 VL 서열은 밑줄 표시되고, (GGGGS)3 (서열번호 875) 링커는 굵은 글씨체와 밑줄 표시되고, VL 서열은 이탤릭체임).
일부 경우에, 항-메소텔린 scFv는 다음의 아미노산 서열을 포함한다: QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYSFTGYTMNWVRQAPGQGLEWMGLITPYNGASSYNQKFRGKATMTVDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARGGYDGRGFDYWGQGTLVTVSS GGGGSGGGGSGGGGS DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASSSVSYMHWYQQKSGKAPKLLIYDTSKLASGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQWSKHPLTFGQGTKLEIK (서열번호 894) (서열 중 VH 서열은 이탤릭체이고, (GGGGS)3 (서열번호 875) 링커는 굵은 글씨체와 밑줄 표시되고, VL 서열은 밑줄 표시됨).
일부 경우에, 항-메소텔린 scFv는 다음의 아미노산 서열을 포함한다: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASSSVSYMHWYQQKSGKAPKLLIYDTSKLASGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQWSKHPLTFGQGTKLEIK GGGGSGGGGSGGGGS QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYSFTGYTMNWVRQAPGQGLEWMGLITPYNGASSYNQKFRGKATMTVDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARGGYDGRGFDYWGQGTLVTVSS (서열번호 895) (서열 중 VL 서열은 밑줄 표시되고, (GGGGS)3 (서열번호 875) 링커는 굵은 글씨체와 밑줄 표시되고, VL 서열은 이탤릭체임).
항-PSMA
전립선-특이적 막 항원(PSMA)(엽산 가수분해효소 1(FOLH1); 막 글루타메이트 카르복시펩티다아제, 및 N-아세틸화-알파-연결된 산성 디펩티다아제 1로도 알려짐)은 전립선의 암세포에서 상향 조절되고, 전립선암의 진단 및 예후 지표로서 사용된다.
항-PSMA 항체는 당업계에 공지되어 있고; 임의의 항-PSMA 항체의 VH 및 VL, 또는 VH 및 VL CDR이 TMMP에 사용될 수 있다. 예를 들어, 미국 특허 제10,179,819호 및 미국 특허 공개 제2021/0277141호 참조.
항-CD22
CD22(B-림프구 세포 부착 분자, 시알산 결합 Ig-유사 렉틴 2, 또는 SIGLEC2로도 알려짐)는 주로 B 세포 계열로 제한되고 대부분의 B-계열 악성 종양에서 발현되는 시알산 결합 부착 분자이다.
항-CD22 항체는 당업계에 공지되어 있고; 임의의 항-CD22 항체의 VH 및 VL, 또는 VH 및 VL CDR이 TMMP에 사용될 수 있다. 예를 들어, Xiao 등의 문헌[(2009) Mabs 1:297 (완전한 인간 항-CD22 m971 scFv에 대해 기술됨)]; 및 미국 특허 공개 제2020/0147134호 참조. 항-CD22 항체의 예는 에프라투주맙 및 뉴투주맙을 포함한다. 예를 들어, Lenoard 등의 문헌[(2007) Oncogene 26:3704] 및 미국 특허 제5,789,554호(에프라투주맙이 기술됨); 및 DiJoseph 등의 문헌[(2007) Leukemia 21:2240 (이노투주맙이 기술됨)] 참조.
예를 들어, 항-CD22 항체는 다음을 포함할 수 있다: i) 다음의 아미노산 서열을 갖는 중쇄 가변 영역(VH) CDR1: GDSVSSNSAA (서열번호 1110); ii) 다음의 아미노산 서열을 갖는 VH CDR2: TYYRSKWYN (서열번호 1111); iii) 다음의 아미노산 서열을 갖는 VH CDR3: AREVTGDLEDAFDI (서열번호 1112); iv) 다음의 아미노산 서열을 갖는 경쇄 가변 영역(VL) CDR1: QTIWSY (서열번호 1113); v) 다음의 아미노산 서열을 갖는 VL CDR2: AAS (Ala-Ala-Ser); 및 vi) 다음의 아미노산 서열을 갖는 VL CDR3: QQSYSIPQT (서열번호 1114).
항-TROP-2
영양막 세포 표면 항원 2(Trop-2)(상피 당단백질-1, 위장관 종양-연관 항원 GA733-1, 막 성분 염색체 1 표면 마커-1, 및 종양-연관 칼슘 신호 변환기-2로도 알려짐)는 다수의 암 유형에서 상향 조절되는 막관통 당단백질이며, TACSTD2 유전자의 단백질 산물이다.
일부 경우에, TTP는 도 23a~23d에 제시된 아미노산 서열 중 어느 하나에 존재하는 VH 및 VL CDR을 포함하는 항-TROP-2 scFv 또는 항-TROP-2 나노바디이다. 일부 경우에, TTP는 도 23a~23d 중 어느 하나에 제시된 것과 같은 아미노산 서열을 포함하는 항-TROP-2 scFv이다.
항-TROP-2 항체는 당업계에 공지되어 있고; 임의의 항-TROP-2 항체의 VH 및 VL, 또는 VH 및 VL CDR이 TMMP에 사용될 수 있다. 예를 들어, 미국 특허 제7,238,785호 참조). 일부 경우에, 항-TROP-2 항체는 다음을 포함한다: i) 경쇄 CDR 서열 CDR1 (KASQDVSIAVA; 서열번호 1115); CDR2 (SASYRYT; 서열번호 1116); 및 CDR3 (QQHYITPLT; 서열번호 1117); 및 ii) 중쇄 CDR 서열 CDR1 (NYGMN; 서열번호 1118); CDR2 (WINTYTGEPTYTDDFKG; 서열번호 1119); 및 CDR3 (GGFGSSYWYFDV; 서열번호 1120).
일부 경우에, 항-TROP-2 항체는 다음을 포함한다: i) 중쇄 CDR 서열 CDR1 (TAGMQ; 서열번호 1121); CDR2 (WINTHSGVPKYAEDFKG (서열번호 1122); 및 CDR3 (SGFGSSYWYFDV; 서열번호 1123); 및 ii) 경쇄 CDR 서열 CDR1 (KASQDVSTAVA; 서열번호 1124); CDR2 (SASYRYT; 서열번호 1116); 및 CDR3 (QQHYITPLT; 서열번호 1117).
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-TROP2 항체는 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역(VL)에 존재하는 VL CDR1, VL CDR2, 및 VL CDR3: DIQLTQSPSSLSASVGDRVSITCKASQDVSIAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASYRYTGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFAVYYCQQHYITPLTFGAGTKVEIK (서열번호 1125); 및 b) 다음의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역(VH)에 존재하는 VH CDR1, CDR2, 및 CDR3: QVQLQQSGSELKKPGASVKVSCKASGYTFTNYGMNWVKQAPGQGLKWMGWINTYTGEPTYTDDFKGRFAFSLDTSVSTAYLQISSLKADDTAVYFCARGGFGSSYWYFDVWGQGSLVTVSS (서열번호 1126). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Kabat에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어 상기 표 1; 및 Kabat의 1991 문헌 참조). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Chothia에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어, 상기 표 1; 및 Chothia의 1987 문헌 참조).
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-TROP-2 항체는 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: DIQLTQSPSSLSASVGDRVSITCKASQDVSIAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASYRYTGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFAVYYCQQHYITPLTFGAGTKVEIK (서열번호 1125); 및 b) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVQLQQSGSELKKPGASVKVSCKASGYTFTNYGMNWVKQAPGQGLKWMGWINTYTGEPTYTDDFKGRFAFSLDTSVSTAYLQISSLKADDTAVYFCARGGFGSSYWYFDVWGQGSLVTVSS (서열번호 1126).
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-TROP-2 항체는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 scFv이다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: DIQLTQSPSSLSASVGDRVSITCKASQDVSIAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASYRYTGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFAVYYCQQHYITPLTFGAGTKVEIK (서열번호 1125); b) 펩티드 링커; 및 c) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVQLQQSGSELKKPGASVKVSCKASGYTFTNYGMNWVKQAPGQGLKWMGWINTYTGEPTYTDDFKGRFAFSLDTSVSTAYLQISSLKADDTAVYFCARGGFGSSYWYFDVWGQGSLVTVSS (서열번호 1126). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하며, 여기서 n은 1 내지 10의 정수이다(예를 들어, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGSGGGGSGGGGS(서열번호 875)를 포함하고 15개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-TROP-2 항체는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 scFv이다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVQLQQSGSELKKPGASVKVSCKASGYTFTNYGMNWVKQAPGQGLKWMGWINTYTGEPTYTDDFKGRFAFSLDTSVSTAYLQISSLKADDTAVYFCARGGFGSSYWYFDVWGQGSLVTVSS (서열번호 1126); b) 펩티드 링커; 및 c) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: DIQLTQSPSSLSASVGDRVSITCKASQDVSIAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASYRYTGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFAVYYCQQHYITPLTFGAGTKVEIK (서열번호 1125). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하며, 여기서 n은 1 내지 10의 정수이다(예를 들어, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGSGGGGSGGGGS(서열번호 875)를 포함하고 15개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-TROP2 항체는 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역(VL)에 존재하는 VL CDR1, VL CDR2, 및 VL CDR3: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCKASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASYRYTGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFAVYYCQQHYITPLTFGQGTKLEIK (서열번호 1127); 및 b) 다음의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역(VH)에 존재하는 VH CDR1, CDR2, 및 CDR3: QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTTAGMQWVRQAPGQGLEWMGWINTHSGVPKYAEDFKGRVTISADTSTSTAYLQLSSLKSEDTAVYYCARSGFGSSYWYFDVWGQGTLVTVSS (서열번호 1128). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Kabat에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어 상기 표 1; 및 Kabat의 1991 문헌 참조). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Chothia에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어, 상기 표 1; 및 Chothia의 1987 문헌 참조).
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-TROP-2 항체는 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCKASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASYRYTGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFAVYYCQQHYITPLTFGQGTKLEIK (서열번호 1127); 및 b) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTTAGMQWVRQAPGQGLEWMGWINTHSGVPKYAEDFKGRVTISADTSTSTAYLQLSSLKSEDTAVYYCARSGFGSSYWYFDVWGQGTLVTVSS (서열번호 1128).
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-TROP-2 항체는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 scFv이다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCKASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASYRYTGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFAVYYCQQHYITPLTFGQGTKLEIK (서열번호 1127); b) 펩티드 링커; 및 c) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTTAGMQWVRQAPGQGLEWMGWINTHSGVPKYAEDFKGRVTISADTSTSTAYLQLSSLKSEDTAVYYCARSGFGSSYWYFDVWGQGTLVTVSS (서열번호 1128). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하며, 여기서 n은 1 내지 10의 정수이다(예를 들어, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGSGGGGSGGGGS(서열번호 875)를 포함하고 15개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, TMMP에 포함시키기에 적합한 항-TROP-2 항체는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 scFv이다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역: QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTTAGMQWVRQAPGQGLEWMGWINTHSGVPKYAEDFKGRVTISADTSTSTAYLQLSSLKSEDTAVYYCARSGFGSSYWYFDVWGQGTLVTVSS (서열번호 1128); b) 펩티드 링커; 및 c) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCKASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASYRYTGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFAVYYCQQHYITPLTFGQGTKLEIK (서열번호 1127). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하며, 여기서 n은 1 내지 10의 정수이다(예를 들어, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다). 일부 경우에, 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGSGGGGSGGGGS(서열번호 875)를 포함하고 15개 아미노산의 길이를 갖는다.
항-BCMA
항-BCMA(B-세포 성숙 항원) 항체는 당업계에 공지되어 있고; 임의의 항-BCMA 항체의 VH 및 VL, 또는 VH 및 VL CDR이 TMMP에 사용될 수 있다. 예를 들어, WO 2014/089335; US 2019/0153061; 및 WO 2017/093942 참조.
일부 경우에, 항-BCMA 항체는 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄:
QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNTVNWYQQLPGTAPKLLIFNYHQRPSGVPDRFSGSKSGSSASLAISGLQSEDEADYYCAAWDDSLNGWVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPDSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS (서열번호 1129); 및
b) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄:
EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFGDYALSWFRQAPGKGLEWVGVSRSKAYGGTTDYAASVKGRFTISRDDSKSTAYLQMNSLKTEDTAVYYCASSGYSSGWTPFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (서열번호 1130).
일부 경우에, 항-BCMA 항체는 위에 제공된 경쇄 아미노산 서열에 존재하는 VL; 및 위에 제공된 중쇄 아미노산 서열에 존재하는 VH를 포함한다. 예를 들어, 항-BCMA 항체는 다음을 포함할 수 있다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL:
QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNTVNWYQQLPGTAPKLLIFNYHQRPSGVPDRFSGSKSGSSASLAISGLQSEDEADYYCAAWDDSLNGWVFGGGTKLTVLG (서열번호 1131); 및 b) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH:
EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFGDYALSWFRQAPGKGLEWVGVSRSKAYGGTTDYAASVKGRFTISRDDSKSTAYLQMNSLKTEDTAVYYCASSGYSSGWTPFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSV (서열번호 1132).
일부 경우에, 항-BCMA 항체는 위에 제공된 경쇄 아미노산 서열에 존재하는 VL CDR1, VL CDR2 및 VL CDR3; 및 위에 제공된 중쇄 아미노산 서열에 존재하는 VH CDR1, CDR2 및 CDR3을 포함한다. 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Kabat에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어 상기 표 1; 및 Kabat의 1991 문헌 참조). 일부 경우에, VH 및 VL CDR은 Chothia에 의해 정의된 것과 같다(예를 들어, 상기 표 1; 및 Chothia의 1987 문헌 참조).
예를 들어, 항-BCMA 항체는 다음을 포함할 수 있다: 아미노산 서열 ssnigsnt (서열번호 1133), 를 갖는 VL CDR1, 아미노산 서열 NYH를 갖는 VL CDR2, 아미노산 서열 aawddslngwv (서열번호 1134)를 갖는 VL CDR3, 아미노산 서열 gftfgdya (서열번호 1135)를 갖는 VH CDR1, 아미노산 서열 srskayggtt (서열번호 1136)를 갖는 VH CDR2, 및 아미노산 서열 assgyssgwtpfdy (서열번호 1137)를 갖는 VH CDR3.
항-BCMA 항체는 scFv일 수 있다. 하나의 비제한적 예로서, 항-BCMA scFv는 다음의 아미노산 서열을 포함할 수 있다: QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSNYWMHWVRQAPGQGLEWMGATYRGHSDTYYNQKFKGRVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARGAIYNGYDVLDNWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASQDISNYLNWYQQKPGKAPKLLIYYTSNLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYRKLPWTFGQGTKLEIKR (서열번호 1138).
또 다른 예로서, 항-BCMA scFv는 다음의 아미노산 서열을 포함할 수 있다: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASQDISNYLNWYQQKPGKAPKLLIYYTSNLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYRKLPWTFGQGTKLEIKRGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSQVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSNYWMHWVRQAPGQGLEWMGATYRGHSDTYYNQKFKGRVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARGAIYNGYDVLDNWGQGTLVTVSS (서열번호 1139).
일부 경우에, 항-BCMA 항체는 다음을 포함할 수 있다: 아미노산 서열 SASQDISNYLN (서열번호 1140)을 갖는 VL CDR1; 아미노산 서열 YTSNLHS (서열번호 1141)를 갖는 VL CDR2; 아미노산 서열 QQYRKLPWT (서열번호 1142)를 갖는 VL CDR3; 아미노산 서열 NYWMH (서열번호 1143)를 갖는 VH CDR1; 아미노산 서열 ATYRGHSDTYYNQKFKG (서열번호 1144)를 갖는 VH CDR2; 및 아미노산 서열 GAIYNGYDVLDN (서열번호 1145)을 갖는 VH CDR3.
일부 경우에, 항-BCMA 항체는 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASQDISNYLNWYQQKPGKAPKLLIYYTSNLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYRKLPWTFGQGTKLEIKR (서열번호 1146).
일부 경우에, 항-BCMA 항체는 다음을 포함한다: a) 다음의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄: QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSNYWMHWVRQAPGQGLEWMGATYRGHSDTYYNQKFKGRVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARGAIYDGYDVLDNWGQGTLVTVSS (서열번호 1147).
일부 경우에, 항-BCMA 항체(예를 들어, 문헌에서 벨란타맙으로서 지칭되는 항체)는 다음을 포함한다: 다음의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASQDISNYLNWYQQKPGKAPKLLIYYTSNLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYRKLPWTFGQGTKLEIKR (서열번호 1146); 및 다음의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄: QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSNYWMHWVRQAPGQGLEWMGATYRGHSDTYYNQKFKGRVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARGAIYDGYDVLDNWGQGTLVTVSS (서열번호 1147).
일부 경우에, 항-BCMA 항체는 항체에 연결된 암 화학치료제를 가진다. 예를 들어, 일부 경우에, 항-BCMA 항체는 GSK2857916(벨란타맙-마포도틴)이며, 모노메틸 아우리스타틴 F(MMAF)는 말레이미도카프로일 링커를 통해 항-BCMA 항체 벨란타맙에 연결된다.
항-MUC1
일부 경우에, TMMP에 존재하는 TTP는 MUC1에 특이적인 항체이다. 예를 들어, TTP는 암 세포 상에 존재하는 MUC1 폴리펩티드에 특이적일 수 있다. 일부 경우에, TTP는 MUC1의 절단된 형태에 특이적이다; 예를 들어, Fessler 등의 문헌[(2009) Breast Cancer Res. Treat. 118:113] 참조. 일부 경우에, TTP는 글리코실화된 MUC1 펩티드에 특이적인 항체이다; 예를 들어, Naito 등의 문헌[(2017) ACS Omega 2:7493]; 및 US 10,017,580 참조.
하나의 비제한적 예로서, TTP는 MUC1에 특이적인 단쇄 Fv일 수 있다. 예를 들어, Singh 등의 문헌[(2007) Mol. Cancer Ther. 6:562]; Thie 등의 문헌[(2011) PloSOne 6:e15921]; Imai 등의 문헌[(2004) Leukemia 18:676]; Posey 등의 문헌[(2016) Immunity 44:1444]; EP3130607; EP3164418; WO 2002/044217; 및 US 2018/0112007 참조. 일부 경우에, TTP는 MUC1 펩티드 VTSAPDTRPAPGSTAPPAHG(서열번호 1148)에 특이적인 scFv이다. 일부 경우에, TTP는 MUC1 펩티드 SNIKFRPGSVVVQLTLAFREGTINVHDVETQFNQYKTEAASRY(서열번호 1149)에 특이적인 scFv이다. 일부 경우에, TTP는 MUC1 펩티드 svvvqltlafregtinvhdvetqfnqykteaasry(서열번호 1150)에 특이적인 scFv이다. 일부 경우에, TTP는 MUC1 펩티드 LAFREGTINVHDVETQFNQY(서열번호 1151)에 특이적인 scFv이다. 일부 경우에, TTP는 MUC1 펩티드 SNIKFRPGSVVVQLTLAAFREGTIN(서열번호 1152)에 특이적인 scFv이다.
예로서, 항-MUC1 항체는 다음을 포함할 수 있다: 아미노산 서열 RYGMS(서열번호 1153)를 갖는 VH CDR1; 아미노산 서열 TISGGGTYIYYPDSVKG(서열번호 1154)를 갖는 VH CDR2; 아미노산 서열 DNYGRNYDYGMDY(서열번호 1155)를 갖는 VH CDR3; 아미노산 서열 SATSSVSYIH(서열번호 1156)를 갖는 VL CDR1; 아미노산 서열 STSNLAS(서열번호 1157)를 갖는 VL CDR2; 및 아미노산 서열 QQRSSSPFT(서열번호 1158)를 갖는 VL CDR3. 예를 들어, 미국 특허 제2018/0112007호 참조.
또 다른 예로서, 항-MUC1 항체는 다음을 포함할 수 있다: 아미노산 서열 GYAMS(서열번호 1159)를 갖는 VH CDR1; 아미노산 서열 TISSGGTYIYYPDSVKG(서열번호 1160)를 갖는 VH CDR2; 아미노산 서열 LGGDNYYEYFDV(서열번호 1161)를 갖는 VH CDR3; 아미노산 서열 RASKSVSTSGYSYMH(서열번호 1162)를 갖는 VL CDR1; 아미노산 서열 LASNLES(서열번호 1163)를 갖는 VL CDR2; 및 아미노산 서열 QHSRELPFT(서열번호 1164)를 갖는 VL CDR3. 예를 들어, 미국 특허 제2018/0112007호 참조.
또 다른 예로서, 항-MUC1 항체는 다음을 포함할 수 있다: 아미노산 서열 DYAMN(서열번호 1165)을 갖는 VH CDR1; 아미노산 서열 VISTFSGNINFNQKFKG(서열번호 1166)를 갖는 VH CDR2; 아미노산 서열 SDYYGPYFDY(서열번호 1167)를 갖는 VH CDR3; 아미노산 서열 RSSQTIVHSNGNTYLE(서열번호 1168)를 갖는 VL CDR1; 아미노산 서열 KVSNRFS(서열번호 1169)를 갖는 VL CDR2; 및 아미노산 서열 FQGSHVPFT(서열번호 1170)를 갖는 VL CDR3. 예를 들어, 미국 특허 제2018/0112007호 참조.
또 다른 예로서, 항-MUC1 항체는 아미노산 서열 GYAMS(서열번호 1159)를 갖는 VH CDR1; 아미노산 서열 TISSGGTYIYYPDSVKG(서열번호 1160)를 갖는 VH CDR2; 아미노산 서열 LGGDNYYEY(서열번호 1171)를 갖는 VH CDR3; 아미노산 서열 TASKSVSTSGYSYMH(서열번호 1172)를 갖는 VL CDR1; 아미노산 서열 LVSNLES(서열번호 1173)를 갖는 VL CDR2; 및 아미노산 서열 QHIRELTRSE(서열번호 1174)를 갖는 VL CDR3. 예를 들어, 미국 특허 제2018/0112007호 참조.
항-MUC16
일부 경우에, TMMP에 존재하는 TTP는 MUC16(CA125로도 알려짐)에 특이적인 항체이다. 예를 들어, Yin 등의 문헌[(2002) Int. J. Cancer 98:737] 참조. 예를 들어, TTP는 암 세포 상에 존재하는 MUC16 폴리펩티드에 특이적일 수 있다. 예를 들어, 미국 특허 제2018/0118848호; 및 미국 특허 제2018/0112008호 참조. 일부 경우에, MUC16-특이적 TTP는 scFv이다. 일부 경우에, MUC16-특이적 TTP는 나노바디이다.
예로서, 항-MUC16 항체는 다음을 포함할 수 있다: 아미노산 서열 GFTFSNYY(서열번호 1175)를 갖는 VH CDR1; 아미노산 서열 ISGRGSTI(서열번호 1176)를 갖는 VH CDR2; 아미노산 서열 VKDRGGYSPY(서열번호 1177)를 갖는 VH CDR3; 아미노산 서열 QSISTY(서열번호 1178)를 갖는 VL CDR1; 아미노산 서열 TAS를 갖는 VL CDR2; 및 아미노산 서열 QQSYSTPPIT(서열번호 1179)를 갖는 VL CDR3. 예를 들어, 미국 특허 제2018/0118848호 참조.
항-클라우딘-18.2
일부 경우에, TMMP에 존재하는 TTP는 클라우딘-18 이소형 2("클라우딘-18.2")에 특이적인 항체이다. 예를 들어, WO 2013/167259 참조. 일부 경우에, 클라우딘-18.2-특이적 TTP는 scFv이다. 일부 경우에, 클라우딘-18.2-특이적 TTP는 나노바디이다. 일부 경우에, TMMP에 존재하는 TTP는 TEDEVQSYPSKHDYV(서열번호 1058) 또는 EVQSYPSKHDYV(서열번호 1059)에 특이적인 항체이다.
예로서, 항-클라우딘-18.2 항체는 다음을 포함할 수 있다: 아미노산 서열 GYTFTDYS(서열번호 1180)를 갖는 VH CDR1; 아미노산 서열 INTETGVP(서열번호 1181)를 갖는 VH CDR2; 아미노산 서열 ARRTGFDY(서열번호 1182)를 갖는 VH CDR3; 아미노산 서열 KNLLHSDGITY(서열번호 1183)를 갖는 VL CDR1; 아미노산 서열 RVS를 갖는 VL CDR2; 및 아미노산 서열 VQVLELPFT(서열번호 1184)를 갖는 VL CDR3.
또 다른 예로서, 항-클라우딘-18.2 항체는 다음을 포함할 수 있다: 아미노산 서열 GFTFSSYA(서열번호 1185)를 갖는 VH CDR1; 아미노산 서열 ISDGGSYS(서열번호 1186)를 갖는 VH CDR2; 아미노산 서열 ARDSYYDNSYVRDY(서열번호 1187)를 갖는 VH CDR3; 아미노산 서열 QDINTF(서열번호 1188)를 갖는 VL CDR1; 아미노산 서열 RTN을 갖는 VL CDR2; 및 아미노산 서열 LQYDEFPLT(서열번호 1189)를 갖는 VL CDR3.
mAb 융합
구현예에서, TMMP는 이종이량체를 포함할 수 있고, 여기서: a) 이종이량체의 제1 폴리펩티드는 다음을 포함하고: i) 펩티드 에피토프(예를 들어, 바이러스 에피토프); β2M 폴리펩티드; 및 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드를 포함하는 단쇄 폴리펩티드, 및 ii) 항체 중쇄 폴리펩티드; b) 이종이량체의 제2 폴리펩티드는 항체 경쇄 폴리펩티드를 포함하고, 제1 폴리펩티드 또는 제2 폴리펩티드는 예를 들어 항체 경쇄 폴리펩티드의 N-말단 상에, 항체 경쇄 폴리펩티드의 C-말단 상에, 또는 항체 중쇄 폴리펩티드의 C-말단 상에 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드를 포함한다. 따라서, TMMP는 다음을 포함하는 이종이량체를 포함할 수 있다: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) 펩티드 에피토프(예를 들어, 바이러스 에피토프); ii) β2M 폴리펩티드; iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; 및 iv) 항체 중쇄 폴리펩티드(예를 들어, N-말단에서 C-말단 방향으로 i) VH 폴리펩티드; ii) Ig CH1 폴리펩티드; 및 iii) IgG Fc 폴리펩티드를 포함하는 항체 중쇄); 및 b) 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드: i) 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드; 및 ii) 항체 경쇄 폴리펩티드(예를 들어, N-말단에서 C-말단 방향으로 i) VL 폴리펩티드; 및 Ig 카파 경쇄 불변 영역 폴리펩티드를 포함하는 항체 경쇄). TMMP는 다음을 포함하는 이종이량체를 포함할 수 있다: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) 펩티드 에피토프(예를 들어, 바이러스 에피토프); ii) β2M 폴리펩티드; iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; iv) 항체 중쇄 폴리펩티드(예를 들어, N-말단에서 C-말단 방향으로 i) VH 폴리펩티드; ii) Ig CH1 폴리펩티드; 및 iii) IgG Fc 폴리펩티드를 포함하는 항체 중쇄); 및 v) 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드; 및 b) 항체 경쇄 폴리펩티드(예를 들어, N-말단에서 C-말단 방향으로 i) VL 폴리펩티드; 및 Ig 카파 경쇄 불변 영역 폴리펩티드를 포함하는 항체 경쇄)를 포함하는 제2 폴리펩티드. TMMP는 다음을 포함하는 이종이량체를 포함할 수 있다: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) 펩티드 에피토프(예를 들어, 바이러스 에피토프); ii) β2M 폴리펩티드; iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; 및 iv) 항체 중쇄 폴리펩티드(예를 들어, N-말단에서 C-말단 방향으로 i) VH 폴리펩티드; ii) Ig CH1 폴리펩티드; 및 iii) IgG Fc 폴리펩티드를 포함하는 항체 중쇄); 및 b) 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드: i) 항체 경쇄 폴리펩티드(예를 들어, N-말단에서 C-말단 방향으로 i) VL 폴리펩티드; 및 Ig 카파 경쇄 불변 영역 폴리펩티드를 포함하는 항체 경쇄); 및 ii) 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드. 이러한 이종이량체는 이량체화될 수 있다(예를 들어, 각 이종이량체의 항체 중쇄 폴리펩티드들 사이에 형성되는 이황화 결합의 형성에 의해 2개의 이종이량체로 이루어진 동종이량체를 형성할 수 있음). 이러한 TMMP는 본원에서 “단클론 항체 융합” 또는 “mAb 융합”으로서 지칭된다. VH 폴리펩티드 및 VL 폴리펩티드는 이종이량체의 별도의 폴리펩티드 상에 있고; VH 폴리펩티드 및 VL 폴리펩티드는 함께 암 에피토프에 결합하여 TTP를 구성한다.
다음은 mAb 융합의 비제한적인 예이다.
일 예로서, TMMP는 다음을 포함할 수 있다: a) 도 24a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 24b에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일 예로서, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 YLQPRTFLL(서열번호 218)을 가질 수 있다.
또 다른 예로서, TMMP는 다음을 포함할 수 있다: a) 도 25a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 25b에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일 예로서, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 YLQPRTFLL(서열번호 218)을 가질 수 있다.
또 다른 예로서, TMMP는 다음을 포함할 수 있다: a) 도 26a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 26b에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일 예로서, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 YLQPRTFLL(서열번호 218)을 가질 수 있다.
단쇄 T 세포 수용체
전술한 것과 같이, 일부 경우에, TMMP에 존재하는 TTP는 scTCR이다. TTP는 암 세포 표면 상의 펩티드/HLA 복합체에 특이적인 scTCR일 수 있으며, 여기서 펩티드는 암-연관 펩티드(예를 들어 암-연관 항원의 펩티드)일 수 있다. HLA 복합체에 결합된 암-연관 펩티드에 특이적인 scTCR의 아미노산 서열은 당업계에 알려져 있다. 예를 들어, 미국 특허 제2019/0135914호; 미국 특허 제2019/0062398호; 및 미국 특허 제2018/0371049호 참조.
scTCR은 적합한 펩티드 링커 서열을 통해 공유적으로 연결된 알파 사슬 가변 영역(Vα) 및 베타 사슬 가변 영역(Vβ)을 포함한다. 예를 들어, Vα는 Vα의 C-말단 및 Vβ의 N-말단에 융합된 적합한 펩티드 링커(L) 서열을 통해 Vβ에 공유적으로 연결될 수 있다. scTCR은 구조 Vα-L-Vβ를 가질 수 있다. scTCR은 구조 Vβ-L-Vα를 가질 수 있다. scTCR은 불변 도메인(불변 영역으로도 지칭됨)을 포함할 수도 있다. 일부 경우에, scTCR은 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: i) TCR α 사슬 가변 도메인 폴리펩티드; ii) 펩티드 링커; iii) TCR β 사슬 가변 도메인 폴리펩티드; 및 iv) TCR β 사슬 불변 영역 세포외 도메인 폴리펩티드. 일부 경우에, scTCR은 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: i) TCR β 사슬 가변 도메인 폴리펩티드; ii) 펩티드 링커; iii) TCR α 사슬 가변 도메인 폴리펩티드; 및 iv) TCR α 사슬 불변 영역 세포외 도메인 폴리펩티드.
펩티드가 암-연관 펩티드인 펩티드/HLA 복합체에 특이적인 scTCR의 아미노산 서열은 당업계에 알려져 있다. 예를 들어, 미국 특허 공개 제2019/0135914호; 미국 특허 공개 제2019/0062398호; 미국 특허 공개 제2018/0371049호; 미국 특허 공개 제2019/0144563호; 및 미국 특허 공개 제2019/0119350호 참조.
예를 들어, scTCR은 NY-ESO 에피토프, 예컨대 HLA-A*0201 중쇄 및 β2M 폴리펩티드를 포함하는 HLA 복합체에 결합된 SLLMWITQC(서열번호 1190) 펩티드에 특이적일 수 있다. 일 예로서, 이러한 scTCR은 다음을 포함할 수 있다: i) 아미노산 서열: MQEVTQIPAALSVPEGENLVLNCSFTDSAIYNLQWFRQDPGKGLTSLLLIQSSQREQTSGRLNASLDKSSGRSTLYIAASQPGDSATYLCAVRPTSGGSYIPTFGRGTSLIVHPY (서열번호 1191)와 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하되, 아미노산 20이 V 또는 A일 수 있고; 아미노산 51이 Q, P, S, T, 또는 M일 수 있고; 아미노산 52가 S, P, F, 또는 G일 수 있고, 아미노산 53이 S, W, H, 또는 T일 수 있고; 아미노산 94가 P, H, 또는 A일 수 있고; 아미노산 95가 T, L, M, A, Q, Y, E, I, F, V, N, G, S, D, 또는 R일 수 있고; 아미노산 96이 S, L, T, Y, I, Q, V, E, A, W, R, G, H, D, 또는 K일 수 있고; 아미노산 97이 G, D, N, V, S, T, 또는 A일 수 있고; 아미노산 98이 G, P, H, S, T, W, 또는 A일 수 있고; 아미노산 99가 S, T, Y, D, H, V, N, E, G, Q, K, A, I, 또는 R일 수 있고; 아미노산 100이 Y, F, M, 또는 D일 수 있고; 아미노산 101이 I, P, T, 또는 M일 수 있고; 아미노산 103이 T 또는 A일 수 있는, TCR α 사슬 가변 영역; 및 ii) 아미노산 서열: MGVTQTPKFQVLKTGQSMTLQCAQDMNHEYMSWYRQDPGMGLRLIHYSVGAGITDQGEVPNGYNVSRSTTEDFPLRLLSAAPSQTSVYFCASSYVGNTGELFFGEGSRLTVL (서열번호 1192)과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하되, 아미노산 18이 M 또는 V일 수 있고; 아미노산 50이 G, V, 또는 I일 수 있고; 아미노산 52가 G 또는 Q일 수 있고; 아미노산 53이 I, T, 또는 M일 수 있고; 아미노산 55가 D 또는 R일 수 있고; 아미노산 56이 Q 또는 R일 수 있고; 아미노산 70이 T 또는 I일 수 있고; 아미노산 94가 Y, N, 또는 F일 수 있고; 아미노산 95가 V 또는 L일 수 있고; 아미노산 97이 N, G, 또는 D일 수 있는, TCR β 사슬 가변 영역. 예를 들어, 일부 경우에, scTCR은 다음을 포함할 수 있다: i) 아미노산 서열: MQEVTQIPAALSVPEGENLVLNCSFTDSAIYNLQWFRQDPGKGLTSLLLIMSHQREQTSGRLNASLDKSSGRSTLYIAASQPGDSATYLCAVRPTSGGSYIPTFGRGTSLIVHPY (서열번호 1193)를 포함하는 TCR α 사슬 가변 영역; 및 아미노산 서열: MGVTQTPKFQVLKTGQSMTLQCAQDMNHEYMSWYRQDPGMGLRLIHYSVSAGITDQGEVPNGYNVSRSTTEDFPLRLLSAAPSQTSVYFCASSYVGNTGELFFGEGSRLTVL (서열번호 1194)을 포함하는 TCR β 사슬 가변 영역.
또 다른 예로서, scTCR은 HL 중쇄 및 β2M 폴리펩티드를 포함하는 HLA 복합체에 결합된 HPV 에피토프(예를 들어 아미노산 서열 YIIFVYIPL(HPV 16 E563-71; 서열번호 1195), KLPQLCTEL(HPV 16 E611-19; 서열번호 1042), TIHEIILECV(HPV 16 E6; 서열번호 1196), YMLDLQPET(HPV 16 E711-19; 서열번호 1049), TLGIVCPI(HPV 16 E786-93)(서열번호 1055), KCIDFYSRI(HPV 18 E67-75; 서열번호 1197), 또는 FQQLFLNTL (HPV 18 E786-94; 서열번호 1198))에 특이적일 수 있다. 예를 들어, 이러한 scTCR은 다음을 포함할 수 있다: i) 아미노산 서열: METLLGLLILQLQLQWVSSKQEVTQIPAALSVPEGENLVLNCSFTDSAIYNLQWFRQDPGKGLTSLLLIQSSQREQTSGRLNASLDKSSGRSTLYIAASQPGDSATYLCAVRETSGSRLTFGEGTQLTVNPD(서열번호 1199)와 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 TCR α 사슬 가변 영역; 및 ii) 아미노산 서열: MGIRLLCRVAFCFLAVGLVDVKVTQSSRYLVKRTGEKVFLECVQDMDHENMFWYRQDPGLGLRLIYFSYDVKMKEKGDIPEGYSVSREKKERFSLILESASTNQTSMYLCASSFWGRSTDTQYFGPGTRLTVL(서열번호 1200)과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 TCR β 사슬 가변 영역.
조영제
일부 경우에, TMMP의 TTP는 조영제 또는 방사성 표지를 포함하며, 여기서 조영제는 TMMP가 결합하는 종양의 영상화를 용이하게 한다.
적합한 제제는 컴퓨터 단층촬영(CT), 양전자 방출 단층촬영(PET), 및 단일 광자 방출 컴퓨터 단층촬영(SPECT) 방사성 트레이서를 포함한다. 적합한 PET/SPECT 조영제는, 예를 들어 양전자 방출체, 예를 들어 11C, 13N, 18F, 82Ru, 및 15O를 포함한다. 요오드화된 CT 조영제가 사용될 수 있다. 적합한 조영제는 가돌리늄(Gd), 디스프로슘, 및 철을 포함한다. Gd 킬레이트, 예컨대, Gd 디에틸렌 트리아민 펜타아세트산(GdDTPA), Gd 테트라아자시클로도데칸테트라아세트산(GdDOTA), 폴리리신-Gd 킬레이트, 및 이들의 유도체가 사용될 수 있다. 적합한 방사성 동위원소는 123I(요오드), 18F(플루오린), 99Tc(테크네튬), 111In (인듐), 및 67Ga(갈륨)을 포함한다.
HLA/펩티드 결합 검정
주어진 펩티드(예를 들어 에피토프를 포함하는 펩티드)가 (HLA 중쇄 및 β2M 폴리펩티드를 포함하는) 클래스 I HLA에 결합하는지 여부, 및 HLA 복합체에 결합했을 때, 에피토프를 TCR에 효과적으로 제시할 수 있는지 여부는 다수의 잘 알려진 방법 중 어느 하나를 사용해 결정할 수 있다. 검정은 결합 검정 및 T 세포 활성화 검정을 포함한다. 예를 들어, 공개된 PCT 출원 WO 2020/243315(Cue Biopharma, Inc.)를 참조한다.
예시적인 TMMP
TMMP는 다음을 포함하는 적어도 하나의 이종이량체를 포함한다: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) SARS-CoV-2 펩티드; 및 ii) 제1 MHC 폴리펩티드; b) 제2 MHC 폴리펩티드를 포함하는 제2 폴리펩티드; c) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드(여기서 제1 폴리펩티드 및/또는 제2 폴리펩티드는 면역조절 폴리펩티드를 포함함); d) Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드(여기서 제1 폴리펩티드 및/또는 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드를 포함함); 및 e) 종양-표적화 폴리펩티드(TTP)(여기서 제1 폴리펩티드 및/또는 제2 폴리펩티드는 TTP를 포함함). 이들 성분은 다양한 구성 중 어느 하나로 배열될 수 있다. 이러한 구성에 대한 비제한적인 예에 대해서는, 예를 들어 도 18a~18c 및 도 28a~28c를 참조한다.
따라서, 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함하는 적어도 하나의 이종이량체를 포함한다: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) SARS-CoV-2 펩티드; ii) 제1 MHC 클래스 I 폴리펩티드; 및 iii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드; b) 제2 MHC 클래스 I 폴리펩티드를 포함하는 제2 폴리펩티드; c) Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드(여기서 제1 폴리펩티드 및/또는 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드를 포함함); 및 d) TTP(여기서 제1 폴리펩티드 및/또는 제2 폴리펩티드는 TTP를 포함함). 다른 경우에, TMMP는 다음을 포함하는 적어도 하나의 이종이량체를 포함한다: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) SARS-CoV-2 펩티드; 및 ii) 제1 MHC 클래스 I 폴리펩티드; b) 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드: i) 제2 MHC 클래스 I 폴리펩티드; 및 ii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드; c) Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드(여기서 제1 폴리펩티드 및/또는 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드를 포함함); 및 d) TTP(여기서 제1 폴리펩티드 및/또는 제2 폴리펩티드는 TTP를 포함함). 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함하는 적어도 하나의 이종이량체를 포함한다: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) SARS-CoV-2 펩티드; ii) 제1 MHC 클래스 I 폴리펩티드; 및 iii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드; b) 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드: i) 제2 MHC 클래스 I 폴리펩티드; 및 ii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드; c) Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드(여기서 제1 폴리펩티드 및/또는 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드를 포함함); 및 d) TTP(여기서 제1 폴리펩티드 및/또는 제2 폴리펩티드는 TTP를 포함함). 일부 경우에, 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드는 야생형 면역조절 폴리펩티드이다. 다른 경우에 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드는 공동-면역조절 폴리펩티드에 대한 상응하는 야생형 면역조절 폴리펩티드의 친화도에 비해, 공동-면역조절 폴리펩티드에 대해 감소된 친화도를 나타내는 변이체 면역조절 폴리펩티드이다. 일부 경우에, TMMP는 2개의 면역조절 폴리펩티드를 포함하며, 여기서 2개의 면역조절 폴리펩티드는 동일한 아미노산 서열을 갖는다. 일부 경우에, TTP는 암-연관 항원, 예를 들어, 암 세포 표면 상에 존재하는 암-연관 항원에 특이적인 항체이다. 일부 경우에, TTP는 scFv 또는 나노바디이다. 일부 경우에, TTP는 암 세포 표면 상에 존재하는 암-연관 펩티드/HLA 복합체(즉, HLA 중쇄 및 β2M 폴리펩티드)에 특이적인 항체이다. 일부 경우에, TTP는 암-연관 항원, 예를 들어, 암 세포 표면 상에 존재하는 암-연관 항원에 특이적인 단쇄 T-세포 수용체(scTCR)이다.
예를 들어, 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) SARS-CoV-2 펩티드; ii) 임의 링커; 및 iii) β2M 폴리펩티드; 및 b) N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드: i) TTP; ii) 임의 링커; iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; iv) 임의 링커; v) Ig Fc 폴리펩티드; vi) 임의 링커; 및 vii) MOD. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) SARS-CoV-2 펩티드; ii) 링커; 및 iii) β2M 폴리펩티드; 및 b) N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드: i) TTP; ii) 링커; iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; iv) 링커; v) Ig Fc 폴리펩티드; vi) 링커; 및 vii) MOD. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) SARS-CoV-2 펩티드; ii) 링커; 및 iii) β2M 폴리펩티드; 및 b) N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드: i) TTP; ii) 링커; iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; iv) 링커; v) Ig Fc 폴리펩티드; vi) 링커; vii) 제1 MOD; viii) 링커; 및 ix) 제2 MOD. 일부 경우에, HLA 중쇄는 도 3a~3e, 도 4a~4e, 도 5a~5e, 및 도 6a~6e 중 어느 하나에 도시된 HLA-A*0201, HLA-A*1101, HLA-A*2402, 또는 HLA-A*3303 아미노산 서열과 적어도 95% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 경우에, HLA 중쇄는 도 16a~16d 중 어느 하나에 도시된 HLA-E 아미노산 서열과 적어도 95% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 경우에, HLA 중쇄는 도 17a~17d 중 어느 하나에 도시된 HLA-G 아미노산 서열과 적어도 95% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 경우에, HLA 중쇄 폴리펩티드는 HLA-A*0201 폴리펩티드이다. 일부 경우에, HLA 중쇄 폴리펩티드는 HLA-A*2402 폴리펩티드이다. 일부 경우에, HLA 중쇄 폴리펩티드는 HLA-A*1101 폴리펩티드이다. 일부 경우에, HLA 중쇄 폴리펩티드는 HLA-A*3303 폴리펩티드이다. 일부 경우에, HLA 중쇄 폴리펩티드는 HLA-E 폴리펩티드이다. 일부 경우에, HLA 중쇄 폴리펩티드는 HLA-G 폴리펩티드이다. 일부 경우에, Ig Fc 폴리펩티드는 인간 IgG1 Fc 폴리펩티드이다. 일부 경우에, Ig Fc 폴리펩티드는 L234A 및 L235A 치환을 포함하는 IgG1 Fc 폴리펩티드이다. 일부 경우에, 제1 폴리펩티드 및 제2 폴리펩티드는 서로 이황화 연결된다. 일부 경우에, 제1 폴리펩티드 및 제2 폴리펩티드는 2개의 이황화결합에 의해 서로 연결된다. 일부 경우에, 면역조절 폴리펩티드는 야생형 아미노산 서열을 포함하고; 다른 경우에, 면역조절 폴리펩티드는, 예를 들어 전술한 것과 같은 변이체이다. 일부 경우에, 면역조절 폴리펩티드는 4-1BBL 폴리펩티드, 예를 들어 변이체 4-1BBL 폴리펩티드이다. 일부 경우에, 면역조절 폴리펩티드는 변이체 IL-2 폴리펩티드이다. 일부 경우에, 면역조절 폴리펩티드는 H16A 및 F42A 치환을 포함하는 변이체 IL-2 폴리펩티드이다. 일부 경우에, 면역조절 폴리펩티드는 H16T 및 F42A 치환을 포함하는 변이체 IL-2 폴리펩티드이다. 일부 경우에, 제2 폴리펩티드는 TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 사이에 링커를 포함하며, 여기서 링커는 약 25개 아미노산 미만, 약 20개 아미노산 미만, 약 15개 아미노산 미만, 약 10개 아미노산 미만, 약 8개 아미노산 미만, 또는 약 6개 아미노산 미만의 길이를 갖는다. 일부 경우에, 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드와 MOD 사이에 강성 펩티드 링커를 포함한다. 일부 경우에, TTP는 암-연관 항원, 예를 들어, 암 세포 표면 상에 존재하는 암-연관 항원에 특이적인 항체이다. 일부 경우에, TTP는 scFv 또는 나노바디이다. 일부 경우에, TTP는 암 세포 표면 상에 존재하는 암-연관 펩티드/HLA 복합체(즉, HLA 중쇄 및 β2M 폴리펩티드)에 특이적인 항체이다. 일부 경우에, TTP는 암-연관 항원, 예를 들어, 암 세포 표면 상에 존재하는 암-연관 항원에 특이적인 scTCR이다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 YLQPRTFLL(서열번호 218)을 포함하고, 9개 아미노산의 길이를 갖는다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 도 19에 도시된 아미노산 서열을 갖는다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 GTHWFVTQR(서열번호 332)를 포함하고, 9개 아미노산의 길이를 갖는다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 QYIKWPWYI(서열번호 400)를 포함하고, 9개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, TMMP는 도 20b에 도시된 HLA-A*0201 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 가진 아미노산 서열을 갖는 HLA-A*0201 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 도 20b에 도시된 IgG1 Fc 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 가진 아미노산 서열을 갖는 IgG1 Fc 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 도 20b에 도시된 IL-2 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 가진 아미노산 서열을 갖는 IL-2 폴리펩티드를 포함한다.
일부 경우에, TMMP는 도 20d에 도시된 HLA-A*1101 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 가진 아미노산 서열을 갖는 HLA-A*1101 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 도 20d에 도시된 IgG1 Fc 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 가진 아미노산 서열을 갖는 IgG1 Fc 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 도 20d에 도시된 IL-2 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 가진 아미노산 서열을 갖는 IL-2 폴리펩티드를 포함한다.
일부 경우에, TMMP는 도 20f에 도시된 HLA-A*2402 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 가진 아미노산 서열을 갖는 HLA-A*2402 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 도 20f에 도시된 IgG1 Fc 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 가진 아미노산 서열을 갖는 IgG1 Fc 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 도 20f에 도시된 IL-2 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 가진 아미노산 서열을 갖는 IL-2 폴리펩티드를 포함한다.
일부 경우에, TMMP는 도 20h에 도시된 HLA-E*0101 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 가진 아미노산 서열을 갖는 HLA-E*0101 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 도 20h에 도시된 IgG1 Fc 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 가진 아미노산 서열을 갖는 IgG1 Fc 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 도 20h에 도시된 IL-2 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 가진 아미노산 서열을 갖는 IL-2 폴리펩티드를 포함한다.
일부 경우에, TMMP는 도 20j에 도시된 HLA-E*0103 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 가진 아미노산 서열을 갖는 HLA-E*0103 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 도 20j에 도시된 IgG1 Fc 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 가진 아미노산 서열을 갖는 IgG1 Fc 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 도 20j에 도시된 IL-2 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 가진 아미노산 서열을 갖는 IL-2 폴리펩티드를 포함한다.
하나의 비제한적인 예로서, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 20a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 하나의 비제한적인 예로서, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 20a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, (Xn)은 도 19에 도시된 아미노산 서열 중 하나를 갖는 SARS-CoV-2 펩티드이다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 GTHWFVTQR(서열번호 332)를 포함하고, 9개 아미노산의 길이를 갖는다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 QYIKWPWYI(서열번호 400)를 포함하고, 9개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 제1 폴리펩티드로서, 항-CD19 scFv 대신에 항-Her2 scFv를 포함한다는 것을 제외하고는, 도 20a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, (Xn)은 도 19에 도시된 아미노산 서열 중 하나를 갖는 SARS-CoV-2 펩티드이다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 GTHWFVTQR(서열번호 332)를 포함하고, 9개 아미노산의 길이를 갖는다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 QYIKWPWYI(서열번호 400)를 포함하고, 9개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 제1 폴리펩티드로서, 항-CD19 scFv 대신에 항-CD22 scFv를 포함한다는 것을 제외하고는, 도 20a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, (Xn)은 도 19에 도시된 아미노산 서열 중 하나를 갖는 SARS-CoV-2 펩티드이다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 GTHWFVTQR(서열번호 332)를 포함하고, 9개 아미노산의 길이를 갖는다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 QYIKWPWYI(서열번호 400)를 포함하고, 9개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 제1 폴리펩티드로서, 항-CD19 scFv 대신에 항-TROP-2 scFv를 포함한다는 것을 제외하고는, 도 20a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, (Xn)은 도 19에 도시된 아미노산 서열 중 하나를 갖는 SARS-CoV-2 펩티드이다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 GTHWFVTQR(서열번호 332)를 포함하고, 9개 아미노산의 길이를 갖는다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 QYIKWPWYI(서열번호 400)를 포함하고, 9개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 제1 폴리펩티드로서, 항-CD19 scFv 대신에 항-메소텔린 scFv를 포함한다는 것을 제외하고는, 도 20a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, (Xn)은 도 19에 도시된 아미노산 서열 중 하나를 갖는 SARS-CoV-2 펩티드이다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 GTHWFVTQR(서열번호 332)를 포함하고, 9개 아미노산의 길이를 갖는다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 QYIKWPWYI(서열번호 400)를 포함하고, 9개 아미노산의 길이를 갖는다.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 제1 폴리펩티드로서, 항-CD19 scFv 대신에 항-BCMA scFv를 포함한다는 것을 제외하고는, 도 20a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, (Xn)은 도 19에 도시된 아미노산 서열 중 하나를 갖는 SARS-CoV-2 펩티드이다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 GTHWFVTQR(서열번호 332)를 포함하고, 9개 아미노산의 길이를 갖는다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 QYIKWPWYI(서열번호 400)를 포함하고, 9개 아미노산의 길이를 갖는다.
하나의 비제한적인 예로서, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 20a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 20a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21b에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
하나의 비제한적인 예로서, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 20a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21c에 도시된 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 20a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21c에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
하나의 비제한적인 예로서, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 20a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21d에 도시된 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 20a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21d에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
하나의 비제한적인 예로서, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 20e에 도시된 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 20e에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21b에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
하나의 비제한적인 예로서, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 20d에 도시된 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21c에 도시된 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 20c에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21c에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
하나의 비제한적인 예로서, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 20e에 도시된 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21d에 도시된 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 20e에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21d에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
전술한 것과 같이, 일부 경우에, TMMP는 HLA-E 중쇄 폴리펩티드를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 아미노산 서열 YLQPRTLFL(서열번호 887)을 갖는 SARS-CoV-2 펩티드를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 아미노산 서열 YLQPRTLIL(서열번호 1201)을 갖는 SARS-CoV-2 펩티드를 포함한다. 일부 경우에, TMMP는 아미노산 서열 YLQPRTLVL(서열번호 1202)을 갖는 SARS-CoV-2 펩티드를 포함한다. 하나의 비제한적인 예로서, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 20g에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21e에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 또 다른 비제한적인 예로서, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 20i에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21e에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 항-CD19 scFv 이외의 TTP를 갖는다. 예를 들어, 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 제1 폴리펩티드로서, 항-CD19 scFv 대신에 항-메소텔린 scFv, 항-CD22, 또는 임의의 다른 항암-연관 scFv 또는 나노바디를 포함한다는 것을 제외하고는, 도 20g에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21e에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 또 다른 예로서, 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 제1 폴리펩티드로서, 항-CD19 scFv 대신에 항-메소텔린 scFv를 포함한다는 것을 제외하고는, 도 20i에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 21e에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
하나의 비제한적인 예로서, TMMP는 다음을 포함한다: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) 아미노산 서열 YLQPRTFLL(서열번호 218)을 갖는 SARS-CoV2 펩티드; ii) 아미노산 서열 GCGGS(GGGS)2(서열번호 1203)를 포함하는 링커; 및 iii) 다음 β2M 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 β2M 폴리펩티드: IQRTPKIQVYSCHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM (서열번호 2) (서열 중 아미노산 12는 Cys임); 및 b) 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드: i) 다음 항-CD19 scFv 아미노산과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 항-CD19 scFv: DIQLTQSPASLAVSLGQRATISCKASQSVDYDGDSYLNWYQQIPGQPPKLLIYDASNLVSGIPPRFSGSGSGTDFTLNIHPVEKVDAATYHCQQSTEDPWTFGGGTKLEIKGGGGSGGGGSGGGGSQVQLQQSGAELVRPGSSVKISCKASGYAFSSYWMNWVKQRPGQGLEWIGQIWPGDGDTNYNGKFKGKATLTADESSSTAYMQLSSLASEDSAVYFCARRETTTVGRYYYAMDYWGQGTTVTVSS (서열번호 872); ii) 링커, 예를 들어 서열 GGGGS(서열번호873)를 갖는 링커; iii) 다음 HLA-A*0201 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 HLA-A*0201 폴리펩티드로서: GSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDGETRKVKAHSQTHRVDLGTLRGCYNQSEAGSHTVQRMYGCDVGSDWRFLRGYHQYAYDGKDYIALKEDLRSWTAADMAAQTTKHKWEAAHVAEQLRAYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPCGDGTFQKWAAVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWE (서열번호 18), 서열 중 아미노산 84는 Cys이고, 아미노산 236은 Cys인, HLA-A*0201 폴리펩티드; iv) 링커, 예를 들어 서열 AAAGG(서열번호 874)를 갖는 링커; v) 다음 IgG Fc 아미노산과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는 IgG Fc 폴리펩티드로서: DKTHTCPPCPAPEAAGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (서열 877), 서열 중 아미노산 14는 Ala이고, 아미노산 15는 Ala인, IgG Fc 폴리펩티드; vi) 링커, 예를 들어 서열 아미노산 (GGGGS)3(서열번호 875)을 갖는 링커; vii) 제1 MOD로서, 다음 변이체 IL-2 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖고: APTSSSTKKTQLQLEALLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLTAKFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFCQSIISTLT (서열번호 878), 예를 들어, 서열 중 아미노산 16은 Ala이고, 아미노산 42는 Ala인, 제1 MOD; viii) 링커, 예를 들어 아미노산 서열 (GGGGS)4(서열번호 876)를 갖는 링커; 및 ix) 제2 MOD로서, 다음 변이체 IL-2 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖고: APTSSSTKKTQLQLEALLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLTAKFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFCQSIISTLT (서열번호 878), 예를 들어, 서열 중 아미노산 16은 Ala이고, 아미노산 42는 Ala인, 제2 MOD. 일 예로서, 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 32a에 도시된 “4518” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 32a에 도시된 “4518” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 38a에 도시된 “4728” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 38a에 도시된 “4728” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 38b에 도시된 “4730” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 38b에 도시된 “4730” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 38c에 도시된 “4701” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 38c에 도시된 “4701” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 38d에 도시된 “4729” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 38d에 도시된 “4729” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 38e에 도시된 “4731” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 38e에 도시된 “4731” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 38f에 도시된 “4776” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 38f에 도시된 “4776” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 38g에 도시된 “4777” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 38g에 도시된 “4777” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 38h 도시된 “4778” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 38h에 도시된 “4778” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 42a에 도시된 “4519” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 42a에 도시된 “4519” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 42b에 도시된 “4520” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 42b에 도시된 “4520” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 42c에 도시된 “4337” 작제물의 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 32b에 도시된 “4700” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 42c에 도시된 “4337” 작제물의 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) 4개 아미노산 내지 25개 아미노산(예를 들어 6개 내지 12개 아미노산; 8개 내지 12개 아미노산 등)의 길이를 갖는 펩티드 에피토프; ii) 아미노산 서열 GCGGS(GGGGS)2(서열번호 882)를 갖는 링커; 및 iii) 도 32g에 도시된 β2M 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 β2M 폴리펩티드; 및 b) 다음의 구조의 제2 폴리펩티드로서: [X]-GGGGS-[Y]-AAAGG-[Z]-(GGGGS)3-APTSSSTKKTQLQLEX1LLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLTX2KFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFCQSIISTLT-(GGGGS)4-APTSSSTKKTQLQLEX1LLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLTX2KFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFCQSIISTLT (SEQ ID NO:1217), 서열 중 [X]는 암-연관 항원에 특이적인 scFv 또는 암-연관 항원에 특이적인 나노바디이고; [Y]는 HLA 중쇄 폴리펩티드이고; [Z]는 Ig Fc 폴리펩티드이고; X1은 His 이외의 아미노산이고; X2는 Phe 이외의 아미노산인, 제2 폴리펩티드. 이러한 TMMP는 도 40a 및 도 40b에 도시되어 있다. 일부 경우에, Ig Fc 폴리펩티드는 인간 IgG1 Fc와 같은 Fc 폴리펩티드의 변이체이며, 상기 변이체는 CDC 또는 ADCC를 발휘하는 능력이 실질적으로 감소된다.
일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) 4개 아미노산 내지 25개 아미노산(예를 들어 6 내지 12개 아미노산, 8 내지 12개 아미노산 등)의 길이를 갖는 펩티드 에피토프; ii) 아미노산 서열 GCGGS(GGGGS)2 (서열번호 882)를 갖는 링커; 및 iii) 도 32g에 도시된 β2M 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 β2M 폴리펩티드; 및 b) 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드: i) 암-연관 항원에 특이적인 scFv 폴리펩티드 또는 나노바디; ii) 서열 GGGGS (서열번호 873)를 갖는 링커; iii) HLA 중쇄 폴리펩티드; iv) 서열 AAAGG (서열번호 874)를 갖는 링커; v) 도 38k에 도시된 Ig Fc 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 Ig Fc 폴리펩티드; vi) 서열 (GGGGS)3 (서열번호 875)을 갖는 링커; vii) 도 38l에 도시된 변이체 IL-2 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하되, 아미노산 16은 His가 아니고(예를 들어 아미노산 16은 Ala이고) 아미노산 42는 Phe가 아닌(예를 들어 아미노산 42는 Ala인), 변이체 IL-2 폴리펩티드; viii) 서열 (GGGGS)4 (서열번호 876)를 갖는 링커; 및 ix) 도 38l에 도시된 변이체 IL-2 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하되, 아미노산 16은 His가 아니고(예를 들어 아미노산 16은 Ala이고) 아미노산 42는 Phe가 아닌(예를 들어 아미노산 42는 Ala인), 변이체 IL-2 폴리펩티드. 이러한 TMMP는 도 40a 및 도 40b에 도시되어 있다. 일부 경우에, Ig Fc 폴리펩티드는 인간 IgG1 Fc와 같은 Fc 폴리펩티드의 변이체이며, 상기 변이체는 CDC 또는 ADCC를 발휘하는 능력이 실질적으로 감소되고; 예를 들어, 일부 경우에, 변이체 Ig Fc 폴리펩티드는 도 38k에 제시된 아미노산 넘버링을 기준으로 위치 14에서 (Leu 대신에) Ala를 포함하고, 위치 15에서 (Lue 대신에) Ala를 포함한다. 일부 경우에, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2 펩티드이다. 일부 경우에, HLA 중쇄 폴리펩티드는 HLA-A*0201 폴리펩티드; 예를 들어, 도 3a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 HLA 폴리펩티드이다. 일부 경우에, HLA 중쇄 폴리펩티드는 (예를 들어, 도 3c에 도시된 것과 같은) Y84C 및 A236C 치환을 포함하는 HLA-A*0201 폴리펩티드이다. 일부 경우에, HLA 중쇄 폴리펩티드는 HLA-A*1101 폴리펩티드; 예를 들어, 도 4a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 HLA 폴리펩티드이다. 일부 경우에, HLA 중쇄 폴리펩티드는 (예를 들어, 도 4c에 도시된 것과 같은) Y84C 및 A236C 치환을 포함하는 HLA-A*1101 폴리펩티드이다. 일부 경우에, HLA 중쇄 폴리펩티드는 HLA-A*2402 폴리펩티드; 예를 들어, 도 5a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 HLA 폴리펩티드이다. 일부 경우에, HLA 중쇄 폴리펩티드는 (예를 들어, 도 5c에 도시된 것과 같은) Y84C 및 A236C 치환을 포함하는 HLA-A*2402 폴리펩티드이다. 일부 경우에, HLA 중쇄 폴리펩티드는 HLA-A*3303 폴리펩티드; 예를 들어, 도 6a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 HLA 폴리펩티드이다. 일부 경우에, HLA 중쇄 폴리펩티드는 (예를 들어, 도 6c에 도시된 것과 같은) Y84C 및 A236C 치환을 포함하는 HLA-A*3303 폴리펩티드이다. 일부 경우에, HLA 중쇄 폴리펩티드는 HLA-E 폴리펩티드이다. 일부 경우에, HLA-E 폴리펩티드는 도 16a~16d 중 어느 하나에 도시된 HLA-E 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 경우에, HLA-E 폴리펩티드는 (예를 들어 도 16b 및 도 16d에 도시된 것과 같은) Y84C 및 A236C 치환을 포함한다. 일부 경우에, HLA 중쇄 폴리펩티드는 HLA-E 폴리펩티드이고, 펩티드 에피토프는 아미노산 서열 VMPLSAPTL(서열번호 914)을 갖는 SARS-CoV2 펩티드이다. 일부 경우에, HLA 중쇄 폴리펩티드는 HLA-E 폴리펩티드이고, 펩티드 에피토프는 아미노산 서열 YLQPRTFLL(서열번호 218)을 갖는 SARS-CoV2 펩티드이다. 일부 경우에, scFv 폴리펩티드 또는 나노바디는 CD19에 특이적으로 결합한다. 일부 경우에, scFv 폴리펩티드 또는 나노바디는 메소텔린에 특이적으로 결합한다. 일부 경우에, scFv 폴리펩티드는 TROP-2에 특이적으로 결합한다. 일부 경우에, scFv 폴리펩티드 또는 나노바디는 CD28에 특이적으로 결합한다. 일부 경우에, scFv 폴리펩티드 또는 나노바디는 Her2에 특이적으로 결합한다. 일부 경우에, scFv 폴리펩티드 또는 나노바디는 PSMA에 특이적으로 결합한다. 일부 경우에, scFv 폴리펩티드 또는 나노바디는 CD22에 특이적으로 결합한다. 일부 경우에, scFv 폴리펩티드 또는 나노바디는 BCMA에 특이적으로 결합한다. 일부 경우에, scFv 폴리펩티드 또는 나노바디는 MUC1에 특이적으로 결합한다. 일부 경우에, scFv 폴리펩티드 또는 나노바디는 MUC16에 특이적으로 결합한다. 일부 경우에, scFv 폴리펩티드 또는 나노바디는 클라우딘-18.2에 특이적으로 결합한다. 일부 경우에, TMMP는 scFv를 포함한다. 하나의 비제한적인 예로서, 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 41b에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 41a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드. 또 다른 비제한적인 예로서, 일부 경우에, TMMP는 다음을 포함한다: a) 도 41c에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; 및 b) 도 41a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드.
SARS-CoV-2를 포함하는 구현예가 본원에 도시되어 있지만, 전술한 바와 같이, 다른 병원균으로부터의 펩티드 에피토프가 하나 이상의 MOD를 또한 포함하는 TMMP에 사용될 수 있다. 예를 들어, 다른 적합한 에피토프는 전염성 병원균에 존재하는 에피토프, 예를 들어 바이러스-암호화된 폴리펩티드 또는 박테리아에 의해 제시된 에피토프를 포함하지만 이들로 한정되지는 않는다. 바이러스 전염성 병원균의 예는, 예를 들어 아데노바이러스, 아데노-연관 바이러스, 알파바이러스(토가바이러스), 동부 말 뇌염바이러스, 동부 말 뇌척수염 바이러스, 베네수엘라 말 뇌척수염 백신 균주 TC-83, 서부 말 뇌척수염 바이러스, 아레나바이러스, 림프구성 맥락수막염 바이러스(비-향신경성 균주), 타카리베(Tacaribe) 바이러스 복합체, 분야바이러스, 부냠웨라열 바이러스, 리프트 밸리열 바이러스 백신 균주 MP-12, 치쿤구니야 바이러스, 칼시바이러스, 코로나바이러스, 카우폭스 바이러스, 팔라비바이러스(토가바이러스)-그룹 B 아르보바이러스, 뎅기 바이러스 혈청형 1, 2, 3 및 4, 황열 바이러스 백신 균주 17D, A, B, C, D 및 E형 간염 바이러스, 거대세포바이러스, 엡스타인 바르 바이러스, 동부 말 뇌염 바이러스, 1형 및 2형 단순 포진, 대상포진, 6 및 7형 인간 헤르페스 바이러스, C형 간염 바이러스(HVC), B형 간염 바이러스(HBV), A, B 및 C형 인플루엔자 바이러스, 파포바바이러스, 뉴캐슬병바이러스, 홍역 바이러스, 볼거리 바이러스, 1, 2, 3 및 4형 파라인플루엔자 바이러스, 폴리오마바이러스(JC 바이러스, BK 바이러스), 호흡기세포융합 바이러스, 인간 파보바이러스(B 19), A 및 B형 콕사키 바이러스, 에코바이러스, 폴리오바이러스, 리노바이러스, 알라스트림(소두창 바이러스), 두창(대두창 바이러스), 화이트폭스 레오바이러스, 콜티바이러스, 인간 로타바이러스 및 오르비바이러스(콜로라도 진드기 열 바이러스), 광견병 바이러스, 수포성 구내염 바이러스, 루비바이러스(풍진), 셈리키 삼림 바이러스, 세인트 루이스 뇌염 바이러스, 베네수엘라 말 뇌염 바이러스, 베네수엘라 말 뇌척수염 바이러스, 아레나바이러스(남아메리카 출혈열 바이러스라고도 함), 플렉살(Flexal), 림프구성 맥락수막염 바이러스(LCM)(향신경성 균주), 한탄 바이러스를 포함하는 한타바이러스, 리프트 밸리열 바이러스, 일본 뇌염 바이러스, 황열 바이러스, 원숭이두창 바이러스, 1형 및 2형 인간 면역결핍 바이러스(HIV), 1형 및 2형 인간 T 세포 림프친화성 바이러스(HTLV), 시미안 면역결핍 바이러스(SIV), 수포성 구내염 바이러스, 과나리토(Guanarito) 바이러스, 라싸열 바이러스, 후닌 바이러스, 마추포 바이러스, 사비아, 크리미안-콩고 출혈열 바이러스, 에볼라 바이러스, 마부르크 바이러스, 중부 유럽 진드기 매개 뇌염을 포함하는 진드기-매개 뇌염 바이러스 복합체(플라비), 극동 진드기-매개 뇌염, 한잘로바, 하이프르(Hypr), 쿰린지(Kumlinge), 카야사나 삼림병, 옴스크 출혈열, 및 러시아 봄 여름 뇌염 바이러스,헤르페스 시미안(헤르페스 B 또는 원숭이 B 바이러스), 쎄르코피테신 헤르페스바이러스 1(헤르페스 B 바이러스), 말 홍역바이러스(헨드라 및 헨드라-유사 바이러스), 니파 바이러스, 대두창 바이러스(두창 바이러스), 소두창 바이러스(앨러스트림), 아프리카 돼지열병 바이러스, 아프리카 말병 바이러스, 아카바네 바이러스, 조류 인플루엔자 바이러스(고병원성), 청설병 바이러스, 낙타천연두바이러스, 돼지 열병 바이러스, 코우드리아 루미난티움(Cowdria ruminantium)(심수병), 구제역 바이러스, 산양 두창바이러스, 일본 뇌염 바이러스, 괴피병 바이러스, 악성 카타르열 바이러스, 메낭글 바이러스, 뉴캐슬병 바이러스(VVND), 수포성 구내염 바이러스(외국), 및 지카 바이러스를 포함한다. 이러한 바이러스에 의해 암호화된 항원은 당업계에 알려져 있으며; 본 개시의 TMMP에 사용하기에 적합한 펩티드 에피토프는 임의의 알려진 바이러스 항원으로부터의 펩티드를 포함할 수 있다. 일부 경우에, 바이러스 에피토프는 대다수의 인간 집단을 감염시키는 SARS-CoV-2 이외의 바이러스에 의해 암호화된 바이러스 항원에 존재하는 에피토프이며, 이러한 바이러스는, 예를 들어 거대세포바이러스(CMV), 엡스타인-바르 바이러스(EBV), 인유두종 바이러스, 아데노바이러스 등을 포함한다. 예를 들어, 공개된 PCT 출원 WO2020/243315(Cue Biopharma, Inc.)의 단락 [00321]~[00338]을 참조한다. 따라서, 본 개시는 SARS-CoV-2 에피토프 이외의 에피토프를 포함하는 TMMP를 명시적으로 고려한다.
면역조절 폴리펩티드가 없는 TMMP
본 개시는 a) 제1 폴리펩티드; 및 b) 제2 폴리펩티드를 포함하는 TMMP로서, 펩티드 에피토프; 제1 MHC 폴리펩티드; 제2 MHC 폴리펩티드; 면역글로불린 (Ig) Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드; 및 TTP를 포함하고, 면역조절 폴리펩티드를 포함하지 않는 (예를 들어 표 2에 제시된 것과 같은 MOD를 포함하지 않는; 예를 들어 IL-2 폴리펩티드, 4-1BBL 폴리펩티드 등을 포함하지 않는) TMMP를 제공한다. 이러한 TMMP는 본원에서 “MOD-무함유 TMMP”로서 지칭될 수도 있다. MOD-무함유 TMMP의 성분(예를 들어 펩티드 에피토프, 제1 MHC 폴리펩티드, 제2 MHC 폴리펩티드, Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드, 및 TTP)은 다양한 구성으로 배열될 수 있다. (MOD 이외의) 성분은 전술한 바와 같다.
일부 경우에, 본 개시는 적어도 하나의 이종이량체를 포함하되, 면역조질 폴리펩티드를 포함하지 않는 단백질을 제공하며, 상기 이종이량체는 다음을 포함한다: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) SARS-CoV-2 펩티드로서, 약 4개 아미노산 내지 약 25개 아미노산의 길이, 예를 들어 8 내지 12개 아미노산의 길이를 갖는 SARS-CoV-2 펩티드; 및 β2M 폴리펩티드; b) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드인 제2 폴리펩티드; c) Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드 (제1 또는 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드를 포함함); 및 d) TTP (제1 및/또는 제2 폴리펩티드는 TTP를 포함함). 제1 및/또는 제2 폴리펩티드의 개별 성분 중 하나 이상은 하나 이상의 링커에 의해 함께 연결될 수 있다. 적절한 SARS-CoV-2 펩티드, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드, 및 Ig Fc 폴리펩티드는 전술한 바와 같다. 이러한 단백질은 “MOD-무함유 TMMP”로도 지칭될 수 있다.
일부 경우에, MOD-무함유 TMMP는 이량체화된다. 따라서, 본 개시는 서로 공유 연결된 2개의 MOD-무함유 TMMP를 포함하는 이량체화된 MOD-무함유 TMMP인 단백질을 제공한다. 이량체의 공유 연결은 제1 MOD-무함유 TMMP 내의 Ig Fc 폴리펩티드와 제2 MOD-무함유 TMMP 내의 Ig Fc 폴리펩티드 사이의 하나 이상의 이황화 결합일 수 있다.
일부 경우에, MOD-무함유 TMMP는 다음을 포함한다: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: (i) 펩티드 에피토프로서, SARS-CoV-2 펩티드인 펩티드 에피토프; 및 (ii) 제1 MHC 폴리펩티드로서, β2M 폴리펩티드인 제1 MHC 폴리펩티드; 및 b) 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드: (i) TTP; (ii) 제2 MHC 폴리펩티드로서, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드인 제2 MHC 폴리펩티드; 및 (iii) Ig Fc 폴리펩티드. 펩티드 링커는 다음 중 하나 이상의 사이에 삽입될 수 있다: (i) 펩티드 에피토프와 β2M 폴리펩티드; (ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드와 TTP; (iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드와 Ig Fc 폴리펩티드. 일부 경우에, 제1 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: (i) SARS-CoV-2 펩티드; 및 (ii) β2M 폴리펩티드. 일부 경우에, 제1 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: (i) SARS-CoV-2 펩티드; (ii) 펩티드 링커로서, 임의로 Cys 잔기를 포함할 수 있는 펩티드 링커; 및 (iii) β2M 폴리펩티드. 일부 경우에, 제2 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: (i) TTP; (ii) 임의 링커; (iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; (iv) 임의 링커; 및 (v) Ig Fc 폴리펩티드. 일부 경우에, 제2 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: (i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; (ii) 임의 링커; (iii) Ig Fc 폴리펩티드; (iv) 임의 링커; 및 (v) TTP. 일부 경우에, 제2 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: (i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; (ii) 임의 링커; (iii) TTP; (iv) 임의 링커; 및 (v) Ig Fc 폴리펩티드. 일부 경우에, β2M 폴리펩티드는 Cys 잔기, 예를 들어 도 1b에 도시된 β2M 아미노산 서열의 나미노산 넘버링에 따른 위치 12에 있는 Cys 잔기를 포함한다. 일부 경우에, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 위치 84에서의 Cys 잔기 및/또는 위치 236에서의 Cys 잔기를 포함한다.
다음은 MOD-무함유 TMMP의 비제한적인 예이다.
일부 경우에, MOD-무함유 TMMP는 다음을 포함한다: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: (i) SARS-CoV-2 펩티드; 및 (ii) 다음의 β2M 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 β2M 폴리펩티드: IQRTPKIQVYS C HPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM (서열번호 2) (여기서 아미노산 12는 Cys임); 및 b) 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드: (i) 도 32c에 도시된 항-CD19 scFv 폴리펩티드 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 항-CD19 scFv 폴리펩티드; (ii) 도 32d에 도시된 HLA-A*0201 (Y84C; A236C) 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 (여기서 아미노산 84는 Cys이고 아미노산 236은 Cys임); 및 (iii) 도 32e에 도시된 Ig Fc (L14A; L15A) 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 Ig Fc 폴리펩티드 (여기서 아미노산 14는 Ala이고 아미노산 15는 Ala임). 일부 경우에, 제1 폴리펩티드는 SARS-CoV-2 펩티드와 β2M 폴리펩티드 사이에서 Cys-함유 펩티드 링커를 포함한다. 예로서, 일부 경우에, 제1 폴리펩티드는 SARS-CoV-2 펩티드와 β2M 폴리펩티드 사이에서 다음의 아미노산 서열의 펩티드 링커를 포함한다: GCGGSGGGGSGGGGS (서열번호 882). 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 YLQPRTFLL(서열번호 218)을 갖는다. 일부 경우에, 제1 폴리펩티드는 도 32b에 도시되고 “4700”으로서 지정된 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 경우에, 제1 폴리펩티드는 도 33에 도시되고 “4656”으로서 지정된 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
일부 경우에, MOD-무함유 TMMP는 다음을 포함한다: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: (i) SARS-CoV-2 펩티드; 및 (ii) 다음의 β2M 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 β2M 폴리펩티드: IQRTPKIQVYS C HPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM (서열번호 2) (여기서 아미노산 12는 Cys임); 및 b) 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드: (i) 도 32c에 도시된 항-CD19 scFv 폴리펩티드 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 항-CD19 scFv 폴리펩티드; (ii) 도 16b 또는 도 16d에 도시된 HLA-E (Y84C; A236C) 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하되, 아미노산 84는 Cys이고 아미노산 236은 Cys인, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; 및 (iii) 도 32e에 도시된 Ig Fc (L14A; L15A) 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하되, 아미노산 14는 Ala이고 아미노산 15는 Ala인, Ig Fc 폴리펩티드. 일부 경우에, 제1 폴리펩티드는 SARS-CoV-2 펩티드와 β2M 폴리펩티드 사이에서 Cys-함유 펩티드 링커를 포함한다. 예로서, 일부 경우에, 제1 폴리펩티드는 SARS-CoV-2 펩티드와 β2M 폴리펩티드 사이에서 다음의 아미노산 서열의 펩티드 링커를 포함한다: GCGGSGGGGSGGGGS (서열번호 882). 일부 경우에, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 VMPLSAPTL(서열번호 914)을 갖는다.
SARS-CoV-2를 포함하여, MOD-무함유 구현예가 본원에 도시되어 있지만, 당업자는 다른 펩티드 에피토프가 MOD-무함유 TMMP에 사용될 수 있음을 쉽게 이해할 것이다. 예를 들어, 다른 적합한 에피토프는 전염성 병원균에 존재하는 에피토프, 예를 들어 바이러스-암호화된 폴리펩티드에 의해 제시된 에피토프를 포함하지만 이들로 한정되지는 않는다. 바이러스 전염성 병원균의 예는, 예를 들어 아데노바이러스, 아데노-연관 바이러스, 알파바이러스(토가바이러스), 동부 말 뇌염바이러스, 동부 말 뇌척수염 바이러스, 베네수엘라 말 뇌척수염 백신 균주 TC-83, 서부 말 뇌척수염 바이러스, 아레나바이러스, 림프구성 맥락수막염 바이러스(비-향신경성 균주), 타카리베(Tacaribe) 바이러스 복합체, 분야바이러스, 부냠웨라열 바이러스, 리프트 밸리열 바이러스 백신 균주 MP-12, 치쿤구니야 바이러스, 칼시바이러스, 코로나바이러스, 카우폭스 바이러스, 팔라비바이러스(토가바이러스)-그룹 B 아르보바이러스, 뎅기 바이러스 혈청형 1, 2, 3 및 4, 황열 바이러스 백신 균주 17D, A, B, C, D 및 E형 간염 바이러스, 거대세포바이러스, 엡스타인 바르 바이러스, 동부 말 뇌염 바이러스, 1형 및 2형 단순 포진, 대상포진, 6 및 7형 인간 헤르페스 바이러스, C형 간염 바이러스(HVC), B형 간염 바이러스(HBV), A, B 및 C형 인플루엔자 바이러스, 파포바바이러스, 뉴캐슬병바이러스, 홍역 바이러스, 볼거리 바이러스, 1, 2, 3 및 4형 파라인플루엔자 바이러스, 폴리오마바이러스(JC 바이러스, BK 바이러스), 호흡기세포융합 바이러스, 인간 파보바이러스(B 19), A 및 B형 콕사키 바이러스, 에코바이러스, 폴리오바이러스, 리노바이러스, 알라스트림(소두창 바이러스), 두창(대두창 바이러스), 화이트폭스 레오바이러스, 콜티바이러스, 인간 로타바이러스 및 오르비바이러스(콜로라도 진드기 열 바이러스), 광견병 바이러스, 수포성 구내염 바이러스, 루비바이러스(풍진), 셈리키 삼림 바이러스, 세인트 루이스 뇌염 바이러스, 베네수엘라 말 뇌염 바이러스, 베네수엘라 말 뇌척수염 바이러스, 아레나바이러스(남아메리카 출혈열 바이러스라고도 함), 플렉살(Flexal), 림프구성 맥락수막염 바이러스(LCM)(향신경성 균주), 한탄 바이러스를 포함하는 한타바이러스, 리프트 밸리열 바이러스, 일본 뇌염 바이러스, 황열 바이러스, 원숭이두창 바이러스, 1형 및 2형 인간 면역결핍 바이러스(HIV), 1형 및 2형 인간 T 세포 림프친화성 바이러스(HTLV), 시미안 면역결핍 바이러스(SIV), 수포성 구내염 바이러스, 과나리토(Guanarito) 바이러스, 라싸열 바이러스, 후닌 바이러스, 마추포 바이러스, 사비아, 크리미안-콩고 출혈열 바이러스, 에볼라 바이러스, 마부르크 바이러스, 중부 유럽 진드기 매개 뇌염을 포함하는 진드기-매개 뇌염 바이러스 복합체(플라비), 극동 진드기-매개 뇌염, 한잘로바, 하이프르(Hypr), 쿰린지(Kumlinge), 카야사나 삼림병, 옴스크 출혈열, 및 러시아 봄 여름 뇌염 바이러스,헤르페스 시미안(헤르페스 B 또는 원숭이 B 바이러스), 쎄르코피테신 헤르페스바이러스 1(헤르페스 B 바이러스), 말 홍역바이러스(헨드라 및 헨드라-유사 바이러스), 니파 바이러스, 대두창 바이러스(두창 바이러스), 소두창 바이러스(앨러스트림), 아프리카 돼지열병 바이러스, 아프리카 말병 바이러스, 아카바네 바이러스, 조류 인플루엔자 바이러스(고병원성), 청설병 바이러스, 낙타천연두바이러스, 돼지 열병 바이러스, 코우드리아 루미난티움(Cowdria ruminantium)(심수병), 구제역 바이러스, 산양 두창바이러스, 일본 뇌염 바이러스, 괴피병 바이러스, 악성 카타르열 바이러스, 메낭글 바이러스, 뉴캐슬병 바이러스(VVND), 수포성 구내염 바이러스(외국), 및 지카 바이러스를 포함한다. 이러한 바이러스에 의해 암호화된 항원은 당업계에 알려져 있으며; 본 개시의 TMMP에 사용하기에 적합한 펩티드 에피토프는 임의의 알려진 바이러스 항원으로부터의 펩티드를 포함할 수 있다. 일부 경우에, 바이러스 에피토프는 대다수의 인간 집단을 감염시키는 바이러스에 의해 암호화된 바이러스 항원에 존재하는 에피토프이며, 이러한 바이러스는, 예를 들어, 거대세포바이러스(CMV), 엡스타인-바르 바이러스(EBV), 인유두종 바이러스, 아데노바이러스 등을 포함한다. 예를 들어, 공개된 PCT 출원 WO2020/243315(Cue Biopharma, Inc.)의 단락 [00321]~[00338]을 참조한다. 따라서, 본 개시는 SARS-CoV-2 에피토프 이외의 에피토프를 포함하는 MOD-무함유 TMMP를 명시적으로 고려한다.
예를 들어, 일부 경우에, MOD-무함유 TMMP는 다음을 포함한다: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: (i) 바이러스 펩티드 에피토프, 예를 들어 CMV 펩티드인 펩티드 에피토프; 및 (ii) 제1 MHC 폴리펩티드로서, β2M 폴리펩티드인 제1 MHC 폴리펩티드; 및 b) 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드: (i) TTP; (ii) 제2 MHC 폴리펩티드로서, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드인 제2 MHC 폴리펩티드; 및 (iii) Ig Fc 폴리펩티드. 펩티드 링커는 다음 중 하나 이상의 사이에 삽입될 수 있다: (i) 펩티드 에피토프와 β2M 폴리펩티드; (ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드와 TTP; (iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드와 Ig Fc 폴리펩티드. 일부 경우에, 제1 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: (i) CMV 펩티드; 및 (ii) β2M 폴리펩티드. 일부 경우에, 제1 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: (i) 바이러스 펩티드 에피토프, 예를 들어 CMV 펩티드 에피토프; (ii) 펩티드 링커로서, Cys 잔기를 포함할 수 있는 펩티드 링커; 및 (iii) β2M 폴리펩티드. 일부 경우에, 제2 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: (i) TTP; (ii) 임의 링커; (iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; (iv) 임의 링커; 및 (v) Ig Fc 폴리펩티드. 일부 경우에, 제2 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: (i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; (ii) 임의 링커; (iii) Ig Fc 폴리펩티드; (iv) 임의 링커; 및 (v) TTP. 일부 경우에, 제2 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: (i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; (ii) 임의 링커; (iii) TTP; (iv) 임의 링커; 및 (v) Ig Fc 폴리펩티드. 일부 경우에, β2M 폴리펩티드는 Cys 잔기, 예를 들어 도 1b에 도시된 β2M 아미노산 서열의 나미노산 넘버링에 따른 위치 12에 있는 Cys 잔기를 포함한다. 일부 경우에, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 위치 84에서의 Cys 잔기 및/또는 위치 236에서의 Cys 잔기를 포함한다. 일부 경우에, 펩티드 에피토프는 아미노산 서열 NLVPMVATV(서열번호 913)를 갖는 CMV 펩티드이다.
일부 경우에, MOD-무함유 TMMP는 다음을 포함한다: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: (i) CMV 펩티드; 및 (ii) 다음 β2M 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 β2M 폴리펩티드: IQRTPKIQVYS C HPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM (서열번호 2) (여기서 아미노산 12는 Cys임); 및 b) 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드: (i) 도 32c에 도시된 항-CD19 scFv 폴리펩티드 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 항-CD19 scFv 폴리펩티드; (ii) 도 32d에 도시된 HLA-A*0201 (Y84C; A236C) 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 (여기서 아미노산 84는 Cys이고 아미노산 236은 Cys임); 및 (iii) 도 32e에 도시된 Ig Fc (L14A; L15A) 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 Ig Fc 폴리펩티드 (여기서 아미노산 14는 Ala이고 아미노산 15는 Ala임). 일부 경우에, CMV 펩티드는 아미노산 서열 NLVPMVATV(서열번호 913)를 갖는다. 일부 경우에, 제1 폴리펩티드는 CMV 펩티드와 β2M 폴리펩티드 사이에서 Cys-함유 펩티드 링커를 포함한다. 예로서, 일부 경우에, 제1 폴리펩티드는 CMV 펩티드와 β2M 폴리펩티드 사이에서 다음 아미노산 서열의 펩티드 링커를 포함한다: GCGGSGGGGSGGGGS (서열번호 882). 일부 경우에, 제1 폴리펩티드는 도 35에 도시되고 “1717”로서 지정된 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 경우에, 제1 폴리펩티드는 도 33에 도시되고 “4656”으로서 지정된 폴리펩티드의 아미노산 서열과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
핵산
본 개시는 TMMP를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산을 제공한다. 본 개시는 TMMP를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산을 제공한다.
본 개시는 TMMP를 암호화하는 뉴클레오티드 서열들을 포함하는 핵산들을 제공한다. 일부 경우에, TMMP의 개별 폴리펩티드 사슬은 별도의 핵산에서 암호화된다. 일부 경우에, TMMP의 모든 폴리펩티드 사슬은 단일 핵산에서 암호화된다. 일부 경우에, 제1 핵산은 TMMP의 제1 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고; 제2 핵산은 TMMP의 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 경우에, 단일 핵산은 TMMP의 제1 폴리펩티드 및 TMMP의 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
다량체 폴리펩티드의 개별 폴리펩티드 사슬을 암호화하는 별도 핵산
본 개시는 TMMP를 암호화하는 뉴클레오티드 서열들을 포함하는 핵산들을 제공한다. 전술한 바와 같이, 일부 경우에, TMMP의 개별 폴리펩티드 사슬은 별도의 핵산에서 암호화된다. 일부 경우에, TMMP의 개별 폴리펩티드 사슬을 암호화하는 뉴클레오티드 서열은 전사 조절 요소, 예를 들어 진핵 세포에서 기능적인 프로모터와같은 프로모터에 작동 가능하게 연결되며, 여기서 프로모터는 구성적 프로모터 또는 유도성 프로모터일 수 있다.
예를 들어, 본 개시는 제1 핵산 및 제2 핵산을 제공하며, 여기서 제1 핵산은 TMMP의 제1 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 제1 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고: a) 펩티드 에피토프; b) 제1 MHC 폴리펩티드; 및 c) 면역조절 폴리펩티드(예를 들어 전술한 것과 같은 친화도가 감소된 변이체); 제2 핵산은 TMMP의 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 제2 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: a) 제2 MHC 폴리펩티드; b) Ig Fc 폴리펩티드; 및 c) TTP. 적합한 펩티드 에피토프, MHC 폴리펩티드, 면역조절 폴리펩티드, IgFc 폴리펩티드 및 TTP는 위에 기술되어 있다. 일부 경우에, 제1 폴리펩티드 및 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열은 전사 조절 요소에 작동 가능하게 연결된다. 일부 경우에, 전사 조절 요소는 진핵 세포에서 기능적인 프로모터이다. 일부 경우에, 핵산은 별도의 발현 벡터에 존재한다.
본 개시는 제1 핵산 및 제2 핵산을 제공하며, 여기서 제1 핵산은 TMMP의 제1 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 제1 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고: a) 펩티드 에피토프; 및 b) 제1 MHC 폴리펩티드; 제2 핵산은 TMMP의 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 제2 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: a) 면역조절 폴리펩티드(예를 들어 전술한 것과 같은 친화도가 감소된 변이체); b) 제2 MHC 폴리펩티드; c) Ig Fc 폴리펩티드; 및 c) TTP. 적합한 펩티드 에피토프, MHC 폴리펩티드, 면역조절 폴리펩티드, 및 IgFc 폴리펩티드는 위에 기술되어 있다. 일부 경우에, 제1 폴리펩티드 및 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열은 전사 조절 요소에 작동 가능하게 연결된다. 일부 경우에, 전사 조절 요소는 진핵 세포에서 기능적인 프로모터이다. 일부 경우에, 핵산은 별도의 발현 벡터에 존재한다.
다량체 폴리펩티드에 존재하는 둘 이상의 폴리펩티드를 암호화하는 핵산
본 개시는 TMMP의 적어도 제1 폴리펩티드 및 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산을 제공한다. TMMP가 제1, 제2, 및 제3 폴리펩티드를 포함하는 일부 경우에, 핵산은 제1, 제2, 및 제3 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 경우에, TMMP의 제1 폴리펩티드 및 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열은 제1 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열과 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열 사이에 삽입된 단백질 분해 절단성 링커를 포함한다. 일부 경우에, TMMP의 제1 폴리펩티드 및 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열은 제1 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열과 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열 사이에 삽입된 내부 리보솜 진입 부위(IRES)를 포함한다. 일부 경우에, TMMP의 제1 폴리펩티드 및 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열은 제1 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열과 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열 사이에 삽입된 리보솜 스키핑 신호(또는 시스-작용성 가수분해 효소 요소, CHYSEL)를 포함한다. 단백질 분해 절단성 링커가 TMMP의 제1 폴리펩티드 및 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열 사이에 제공되는 핵산의 예가 후술되며; 이들 구현예 중 어느 하나에서, IRES 또는 리보솜 스키핑 신호는 단백질 분해 절단성 링커를 암호화하는 뉴클레오티드 서열 대신에 사용될 수 있다.
일부 경우에, 제1 핵산(예를 들어 재조합 발현 벡터, mRNA, 바이러스 RNA 등)은 TMMP의 제1 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고; 제2 핵산(예를 들어 재조합 발현 벡터, mRNA, 바이러스 RNA 등)은 TMMP의 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 경우에, 제1 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열 및 제2 폴리펩티드를 암호화하는 제2 뉴클레오티드 서열은 각각 전사 조절 요소, 예를 들어 진핵 세포에서 기능적인 프로모터와 같은 프로모터에 작동 가능하게 연결되며, 프로모터는 구성적 프로모터 또는 유도성 프로모터일 수 있다.
본 개시는 재조합 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산을 제공하며, 여기서 재조합 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: a) 펩티드 에피토프; b) 제1 MHC 폴리펩티드; c) 면역조절 폴리펩티드(예를 들어 전술한 것과 같은 친화도가 감소된 변이체); d) 단백질 분해 절단성 링커; e) 제2 MHC 폴리펩티드; f) Ig Fc 폴리펩티드; 및 g) TTP. 본 개시는 재조합 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산을 제공하며, 여기서 재조합 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: a) 제1 리더 펩티드; b) 에피토프; c) 제1 MHC 폴리펩티드; d) 면역조절 폴리펩티드(예를 들어 전술한 것과 같은 친화도가 감소된 변이체); e) 단백질 분해 절단성 링커; f) 제2 리더 펩티드; g) 제2 MHC 폴리펩티드; h) Ig Fc 폴리펩티드; 및 i) TTP. 본 개시는 재조합 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산을 제공하며, 여기서 재조합 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: a) 에피토프; b) 제1 MHC 폴리펩티드; c) 단백질 분해 절단성 링커; d) 면역조절 폴리펩티드(예를 들어 전술한 것과 같은 친화도가 감소된 변이체); e) 제2 MHC 폴리펩티드; f) Ig Fc 폴리펩티드; 및 g) TTP.
본 개시는 재조합 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산을 제공하며, 여기서 재조합 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함한다: a) 에피토프; b) 제1 MHC 폴리펩티드; c) 단백질 분해 절단성 링커; d) 면역조절 폴리펩티드(예를 들어 전술한 것과 같은 친화도가 감소된 변이체); e) TTP; f) 제2 MHC 폴리펩티드; 및 g) Ig Fc 폴리펩티드.
일부 경우에, 제1 리더 펩티드 및 제2 리더 펩티드는 β2-M 리더 펩티드이다. 일부 경우에, 뉴클레오티드 서열은 전사 조절 요소에 작동 가능하게 연결된다. 일부 경우에, 전사 조절 요소는 진핵 세포에서 기능적인 프로모터이다.
적합한 MHC 폴리펩티드는 위에 기술되어 있다. 일부 경우에, 제1 MHC 폴리펩티드는 β2-마이크로글로불린 폴리펩티드이며; 제2 MHC 폴리펩티드는 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드이다. 일부 경우에, β2-마이크로글로불린 폴리펩티드는 도 4에 도시된 β2M 아미노산 서열과 적어도 85% 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 경우에, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-E, HLA-F, HLA-G, HLA-K 또는 HLA-L 중쇄이다.
적합한 Fc 폴리펩티드는 위에 기술되어 있다. 일부 경우에, Ig Fc 폴리펩티드는 IgG1 Fc 폴리펩티드, IgG2 Fc 폴리펩티드, IgG3 Fc 폴리펩티드, IgG4 Fc 폴리펩티드, IgA Fc 폴리펩티드, 또는 IgM Fc 폴리펩티드이다. 일부 경우에, 상기 Ig Fc 폴리펩티드는 도 3a~3g에 도시된 아미노산 서열과 적어도 85%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
적합한 면역조절 폴리펩티드는 위에 기술되어 있다.
적합한 단백질 분해 절단성 링커는 위에 기술되어 있다. 일부 경우에, 단백질 분해 절단성 링커는 다음으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함한다: a) LEVLFQGP (서열번호 1204); b) ENLYTQS (서열번호 1205); c) DDDDK (서열번호 1206); d) LVPR (서열번호 1207); 및 e) GSGATNFSLLKQAGDVEENPGP (서열번호 1208).
일부 경우에, 에피토프와 제1 MHC 폴리펩티드 사이의 링커는 제1 Cys 잔기를 포함하고, 제2 MHC 폴리펩티드는 제2 Cys 잔기를 제공하는 아미노산 치환을 포함함으로써, 제1 및 제2 Cys 잔기는 링커와 제2 MHC 폴리펩티드 사이에 이황화결합을 가능하게 한다. 일부 경우에, 제1 MHC 폴리펩티드는 제1 Cys 잔기를 제공하는 아미노산 치환을 포함하고, 제2 MHC 폴리펩티드는 제2 Cys 잔기를 제공하는 아미노산 치환을 포함함으로써, 제1 및 제2 Cys 잔기는 제1 MHC 폴리펩티드와 제2 MHC 폴리펩티드 사이에 이황화결합을 가능하게 한다.
재조합 발현 벡터
본 개시는 핵산을 포함하는 재조합 발현 벡터를 제공한다.
많은 적합한 발현 벡터가 당업자에게 알려져 있고, 다수는 상업적으로 입수 가능하다. 예를 들어, 공개된 PCT 출원 WO 2020/243315(Cue Biopharma, Inc.)를 참조한다.
유전자 변형된 숙주 세포
본 개시는 유전자 변형된 숙주 세포를 제공하며, 여기서 숙주 세포는 핵산을 이용해 유전자 변형된다.
적합한 숙주 세포는 진핵 세포, 예컨대 숙주 세포, 곤충 세포, 및 포유류 세포를 포함한다. 일부 경우에, 숙주 세포는 포유류 세포주의 세포이다. 적합한 포유류 세포주는 인간 세포주, 비인간 영장류 세포주, 설치류(예를 들어 마우스, 랫트) 세포주 등을 포함한다. 적합한 포유류 세포주는 HeLa 세포(예를 들어 American Type Culture Collection(ATCC) 번호 CCL-2), CHO 세포(예를 들어, ATCC 번호 CRL9618, CCL61, CRL9096), 293 세포(예를 들어, ATCC 번호 CRL-1573), Vero 세포, NIH 3T3 세포(예를 들어 ATCC 번호 CRL-1658), Huh-7 세포, BHK 세포(예를 들어 ATCC 번호 CCL10), PC12 세포(ATCC 번호 CRL1721), COS 세포, COS-7 세포(ATCC 번호 CRL1651), RAT1 세포, 마우스 L 세포(ATCC 번호 CCLI.3), 인간 배아 신장(HEK) 세포(ATCC 번호 CRL1573), HLHepG2 세포 등을 포함하지만, 이들로 한정되지 않는다.
일부 경우에, 숙주 세포는 내인성 MHC β2-M을 합성하지 않도록 유전자 변형된 포유류 세포이다.
일부 경우에, 숙주 세포는 내인성 MHC 클래스 I 중쇄를 합성하지 않도록 유전자 변형된 포유류 세포이다. 일부 경우에, 숙주 세포는 내인성 MHC β2-M을 합성하지 않도록, 그리고 내인성 MHC 클래스 I 중쇄를 합성하지 않도록 유전자 변형된 포유류 세포이다.
TMMP를 생산하는 방법
본 개시는 TMMP를 생산하는 방법을 제공한다. 상기 방법은 일반적으로 배양 배지에서, TMMP를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 하나 이상의 핵산(예를 들어 하나 이상의 재조합 발현 벡터)을 이용해 유전적으로 변형된 숙주 세포를 배양하는 단계; 및 유전적으로 변형된 숙주 세포 및/또는 배양 배지로부터 TMMP를 단리하는 단계를 포함한다. TMMP를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 하나 이상의 핵산(예를 들어 하나 이상의 재조합 발현 벡터)을 이용해 유전적으로 변형된 숙주 세포는 “발현 숙주”로도 지칭된다. 전술한 바와 같이, 일부 경우에, TMMP의 개별 폴리펩티드 사슬은 별도의 핵산(예를 들어 별도의 재조합 발현 벡터)에서 암호화된다. 일부 경우에, TMMP의 모든 폴리펩티드 사슬은 단일 핵산(예를 들어 단일 재조합 발현 벡터)에서 암호화된다.
발현 숙주 세포로부터 (예를 들어 발현 숙주 세포의 용해물로부터) 및/또는 숙주 세포가 배양되는 배양 배지로부터 TMMP를 단리하는 단계는 표준 단백질 정제 방법을 사용하여 수행될 수 있다.
예를 들어, 용해물은 고성능 액체 크로마토그래피(HPLC), 배제 크로마토그래피, 겔 전기영동, 친화도 크로마토그래피, 또는 다른 정제 기술을 사용하여 정제된 용해물과 발현 숙주로 제조될 수 있다. 대안적으로, TMMP가 발현 숙주 세포로부터 배양 배지 내로 분비되는 경우, TMMP는 HPLC, 배제 크로마토그래피, 겔 전기영동, 친화도 크로마토그래피, 또는 다른 정제 기술을 사용하여 배양 배지로부터 정제될 수 있다. 일부 경우에, 사용되는 조성물은 생성물의 제조 방법 및 이의 정제와 관련된 오염물과 관련하여, 적어도 80 중량%, 적어도 약 85 중량%, 적어도 약 95 중량%, 또는 적어도 약 99.5 중량%의 원하는 생성물(TMMP)을 포함할 것이다. 백분율은 총 단백질을 기준으로 할 수 있다.
일부 경우에, 예를 들어 TMMP가 친화도 태그를 포함하는 경우, TMMP는 친화도 태그의 고정된 결합 파트너를 사용하여 정제될 수 있다.
조성물
본 개시는 본 개시의 TMMP를 포함하는 약학적 조성물을 포함하는 조성물을 제공한다. 본 개시는 TMMP를 포함하는 약학적 조성물을 포함하는 조성물을 제공한다.
매우 다양한 약학적으로 허용 가능한 성분이 당업계에 공지되어 있으므로, 본원에서 상세히 논의되지 않는다. 또한, 약학적으로 허용 가능한 성분 및 조성물은 다음을 포함하되 이에 한정되지 않는 다양한 간행물에 충분히 기술되어 있다: A. Gennaro의 문헌[(2000) “Remington: The Science and Practice of Pharmacy", 20th edition, Lippincott, Williams, & Wilkins]; H. C. Ansel 등[eds]의 문헌[Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems (1999) 7th ed., Lippincott, Williams, & Wilkins]; 및 A. H. Kibbe 등(eds.)의 문헌[Handbook of Pharmaceutical Excipients (2000), 3rd ed. Amer. Pharmaceutical Assoc]. 생물약학적 조성물의 제조를 기술한 많은 다른 간행물이 참조될 수 있다.
조성물은 후술하는 다양한 투여 경로에 따라 제형화될 수 있다. 일반적으로 말하면, 본 개시의 TMMP, 예를 들어 2개의 TMMP를 포함하는 동종이량체는 수성 액체일 것이고, 일반적으로 정맥내 주입을 통해 투여될 것이다. 일부 경우에, TMMP를 포함하는 약학적 조성물은 IV 투여 전에 식염수(예: 0.9% NaCl)와 혼합될 수 있다. 따라서, 본 개시는 다음을 포함하는 멸균 조성물을 제공한다: a) 본 개시의 TMMP; 및 b) 식염수(예를 들어, 0.9% NaCl). 대안적으로, 이는 정맥내 주입을 통해, 즉 추가 희석 없이 순수하게 투여될 수 있다. 대안적으로, 약학적 조성물은 주사에 의해 투여되도록 제형화될 수 있다.
통상적인 및 약학적으로 허용 가능한 투여 경로는 종양내, 종양 주위, 근육내, 림프내, 기관내, 두개내, 피하, 진피내, 국소 적용, 정맥내, 동맥내, 직장, 비강, 경구, 및 다른 장내 및 비경구 투여 경로를 포함한다. 전술한 바와 같이, TMMP를 포함하는 약학적 조성물은 일반적으로 정맥내 투여될 것이지만, 주사를 포함하는 다른 경로에 의해 투여될 수도 있다.
핵산 또는 재조합 발현 벡터를 포함하는 조성물
본 개시는 조성물, 예를 들어 핵산 또는 재조합 발현 벡터를 포함하는 약학적 조성물을 제공한다. 매우 다양한 약제학적으로 허용 가능한 부형제가 당업계에 공지되어 있으므로, 본원에서 상세하게 논의할 필요는 없다. 약학적으로 허용 가능한 부형제는 다음을 포함하는 다양한 간행물에 충분히 기술되어 있다: 예를 들어, A. Gennaro의 문헌[(2000) "Remington: The Science and Practice of Pharmacy", 20th edition, Lippincott, Williams, & Wilkins]; H. C. Ansel 등[eds]의 문헌[Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems (1999) 7th ed., Lippincott, Williams, & Wilkins]; 및 A. H. Kibbe 등(eds.)의 문헌[Handbook of Pharmaceutical Excipients (2000), 3rd ed. Amer. Pharmaceutical Assoc].
T 세포 활성을 조절하는 방법
본 개시는 에피토프-특이적 T 세포(예를 들어, SARS-CoV-2에 특이적인 TCR(예를 들어, MHC 폴리펩티드와 복합체화된 SARS-CoV-2 펩티드); 및/또는 암-연관 항원에 특이적인 T 세포를 포함하는 T 세포)의 활성을 선택적으로 조절하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 T 세포를 TMMP와 접촉시키는 단계를 포함하되, T 세포를 TMMP와 접촉시키는 상기 단계는 에피토프-특이적 T 세포의 활성을 선택적으로 조절한다. 일부 경우에, 접촉시키는 단계는 시험관 내에서 이루어진다. 일부 경우에, 접촉시키는 단계는 생체 내에서 이루어진다. 일부 경우에, 접촉시키는 단계는 생체 외에서 이루어진다.
TMMP가 활성화 폴리펩티드인 면역조절 폴리펩티드를 포함하는 경우, T 세포를 TMMP와 접촉시키는 단계는 에피토프-특이적 T 세포를 활성화시킨다.
일부 경우에, TMMP는: i) 활성화 폴리펩티드인 면역조절 폴리펩티드; ii) SARS-CoV-2 펩티드; 및 iii) 암 세포를 표적화하는 TTP를 포함하고; TMMP는 TMMP에 존재하는 SARS-CoV-2 펩티드에 특이적인 T 세포와 접촉된다. 이들 경우에, SARS-CoV-2 특이적 T 세포를 TMMP와 접촉시키는 단계는 SARS-CoV-2 특이적 T 세포를 활성화시키고/시키거나 SARS-CoV-2 특이적 T 세포의 증식을 증가시킨다. 일부 경우에, SARS-CoV-2 특이적 T 세포를 TMMP와 접촉시키는 단계는 TMMP에 존재하는 TTP에 의해 표적화된 암 세포에 대해 T 세포의 수 및/또는 세포독성 활성을 증가시킨다. 하나의 비제한적 예로서, TMMP가: i) 활성화 폴리펩티드(예를 들어, IL-2 폴리펩티드)인 면역조절 폴리펩티드; ii) 펩티드 에피토프로서의 SARS-CoV-2 펩티드; 및 iii) Her2에 결합하는 scFv인 TTP를 포함하는 경우, TMMP를 SARS-CoV-2 펩티드에 결합하는 세포독성 T 세포와 접촉시키는 단계는 T 세포를 활성화시키고, Her2-발현 암 세포에 대해 T 세포의 세포독성 활성을 증가시킨다.
본 개시는 개체에서 면역반응을 조절하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 TMMP의 유효량을 개체에게 투여하는 단계를 포함한다. TMMP를 투여하는 단계는 에피토프-특이적 T 세포 반응(예를 들어, SARS-CoV-2 특이적 반응) 및 에피토프 비-특이적 T 세포 반응을 유도하며, 여기서 에피토프 특이적 T 세포 반응 대 에피토프 비-특이적 T 세포 반응의 비는 적어도 2:1 이상, 예를 들어 적어도 5:1, 10:1, 적어도 25:1 이상이다. 일부 경우에, 조절하는 단계는 암 세포, 예를 들어 TMMP에 존재하는 TTP에 의해 표적화되는 항원을 발현시키는 암 세포에 대한 세포독성 T 세포 반응을 증가시킨다.
T 세포의 "활성을 조절하는 단계"는 예를 들어 다음 중 하나 이상을 포함할 수 있다: i) 세포독성(예를 들어, CD8+) T 세포를 활성화하는 단계; ii) 세포독성(예를 들어, CD8+) T 세포의 세포독성 활성을 유도하는 단계; 및/또는 iii) 세포독성(예를 들어, CD8+) T 세포에 의한 세포독소(예를 들어, 퍼포린; 그랜자임; 그래눌리신)의 생성 및 방출을 유도하는 단계.
본 개시는 공자극(즉, 면역조절) 폴리펩티드를 표적 T 세포에 선택적으로 전달하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 T 세포의 혼합 집단을 TMMP와 접촉시키는 단계를 포함하며, 여기서 T 세포의 혼합 집단은 표적 T 세포 및 비-표적 T 세포를 포함하고, 표적 T 세포는 TMMP 내에 존재하는 에피토프에 특이적이며(예를 들어, 표적 T 세포는 TMMP 내에 존재하는 에피토프에 특이적이며), 접촉시키는 단계는 TMMP 내에 존재하는 하나 이상의 공자극 폴리펩티드(면역조절 폴리펩티드)를 표적 T 세포에 전달한다. 일부 경우에, T 세포 집단은 시험관 내에 있다. 일부 경우에, T 세포 집단은 개체의 생체 내에 있다. 일부 경우에, 상기 방법은 TMMP를 개체에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 경우에, T 세포는 세포독성 T 세포이다. 일부 경우에, T 세포의 혼합 집단은 개체로부터 수득한 혼합된 T 세포의 시험관내 집단이고, 접촉시키는 단계는 표적 T 세포의 활성화 및/또는 증식을 초래하여, 활성화 및/또는 증식된 표적 T 세포 집단을 생성하고; 이들 경우 중 일부에서, 상기 방법은 활성화된 및/또는 증식된 표적 T 세포 집단을 개체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
본 개시는 개체로부터 수득한 혼합된 T 세포 집단에서 관심 에피토프(예를 들어, SARS-CoV-2 에피토프)에 결합하는 표적 T 세포의 존재를 검출하는 방법을 제공하며, 상기 방법은: a) 시험관 내에서 혼합된 T 세포 집단을 TMMP와 접촉시키는 단계로서, TMMP가 관심 에피토프(예를 들어, SARS-CoV-2 에피토프)를 포함하는, 단계; 및 b) 상기 접촉시키는 단계에 반응하여 T 세포의 활성화 그리고/또는 증식을 검출하는 단계로서, 활성화된 및/또는 증식된 T 세포는 표적 T 세포의 존재를 나타내는, 단계를 포함한다.
치료 방법
본 개시는 개체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 개체를 치료하는 데 효과적인 양의 TMMP(예: 동종이량체 TMMP), 또는 TMMP를 암호화하는 하나 이상의 핵산을 개체에게 투여하는 단계를 포함한다. 또한, 인간 또는 동물 신체를 치료하는 방법에서 사용하기 위한 TMMP가 제공된다. 일부 경우에, 치료 방법은 치료를 필요로 하는 개체에게 TMMP를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 하나 이상의 재조합 발현 벡터를 투여하는 단계를 포함한다. 일부 경우에, 치료 방법은 치료를 필요로 하는 개체에게 TMMP를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 하나 이상의 mRNA 분자를 투여하는 단계를 포함한다. 일부 경우에, 치료 방법은 치료를 필요로 하는 개체에게 TMMP를 투여하는 단계를 포함한다. 치료될 수 있는 병태는, 예를 들어 후술하는 것과 같은 암 및 자가면역 장애를 포함한다.
TMMP는 1) 에피토프 특이적 T 세포(예를 들어, TMMP에 존재하는 에피토프에 특이적인 T 세포)의 활성을 조절하고; 2) 표적 세포에 대해 TMMP를 표적화하는 것 둘 다를 할 수 있다. 예를 들어, TTP는 TMMP를 암세포에 결합시킬 수 있으며, 여기서 TMMP는 에피토프에 특이적인 T 세포와 결합하여 이를 활성화시키고, 예를 들어 T 세포의 세포독성 활성이 증가되고, 이는 궁극적으로 암세포의 살해로 이어진다. 예를 들어, 일부 경우에, TMMP는: 1) 암세포에 대해 TMMP를 표적화하고, 2) TMMP에 존재하는 바이러스 에피토프(예: SARS-CoV-2 펩티드)에 대한 세포독성 T 세포 반응을 유도한다.
전술한 바와 같이, 공동-MOD에 대한 야생형 MOD의 친화도에 따라, 공동-MOD에 대한 MOD의 감소된 친화도 및 TCR에 대한 에피토프의 친화도의 조합이 TMMP의 선택도를 향상시킬 수 있다. 따라서, 예를 들어, TMMP는, i) TMMP에 존재하는 에피토프 이외의 에피토프에 특이적인 TCR; 및 ii) TMMP에 존재하는 면역조절 폴리펩티드에 결합하는 공동면역조절 폴리펩티드를 나타내는 제2 T 세포에 TMMP가 결합할 때의 결합활성에 비해 더 높은 결합활성으로, i) TMMP에 존재하는 에피토프에 특이적인 TCR; 및 ii) TMMP에 존재하는 면역조절 폴리펩티드에 결합하는 공동면역조절 폴리펩티드 둘 다를 나타내는 제1 T 세포에 결합한다. 변이체 MOD는 다수의 상황에서, 예를 들어 야생형 MOD가 공동-MOD에 대해 상대적으로 높은 친화도를 갖는 경우(예를 들어 IL-2R에 대한 IL-2의 친화도) 및/또는 야생형 MOD가 결합에 많은 영향을 미칠 수 있는 경우(예를 들어 에피토프 특이적 T 세포를 활성화시키고 Treg의 생성을 상향조절하는 것 둘 다를 할 수 있는 IL-2), 또는 MOD가 다수의 공동-MOD에 결합할 수 있는 경우(예를 들어 CD28 및 CTLA4 둘 다에 결합할 수 있는 CD80)에 유리할 수 있다. 이러한 경우, 공동-MOD에 대한 친화도를 감소시키는 것은 TMMP의 표적 외 결합을 감소시키고, TMMP의 원하는 활성화를 증가시키고/시키거나, TMMP의 원하지 않는 활성화를 감소시키거나 실질적으로 제거함으로써 유리할 수 있다.
본 개시는 개체에서 에피토프 특이적 T 세포의 활성을 선택적으로 조절하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 TMMP, 또는 TMMP를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 하나 이상의 핵산(예를 들어, 발현 벡터; mRNA; 등)의 유효량을 개체에게 투여하는 단계로서, TMMP가 개체에서 에피토프-특이적 T 세포의 활성을 선택적으로 조절하는, 단계를 포함한다. 에피토프-특이적 T 세포의 활성을 선택적으로 조절하는 단계는 개체에서 질환 또는 장애를 치료할 수 있다. 따라서, 본 개시는 치료 방법을 제공하며, 상기 방법은 TMMP의 유효량을 이를 필요로 하는 개체에게 투여하는 단계를 포함한다.
방법으로 치료될 수 있는 암은 TTP로 표적화될 수 있는 임의의 암을 포함한다. 방법으로 치료될 수 있는 암은 암종, 육종, 흑색종, 백혈병, 림프종, 및 다발성 골수종을 포함한다. 방법으로 치료될 수 있는 암은 고형 종양, 및 혈액 형성 조직에서 시작하는 암, 즉 백혈병, 림프종, 및 다발성 골수종과 같은 혈액암을 포함한다. 방법으로 치료될 수 있는 암은 전이성 암을 포함한다.
방법으로 치료될 수 있는 암은 HLA 상실을 통해 면역계를 탈출/회피한 암을 포함한다. 따라서, 클래스 I 주요 조직적합성 복합체의 세포 표면 발현이 결여된 이러한 암은, 암 특이적 세포독성 T 세포에 의한 인식을 회피할 수 있다. 본원에 기술된 TMMP의 항암 효과는 암 특이적 세포독성 T 세포에 의한 암 세포의 인식에 의존하지 않고, 오히려 TMMP 상의 pMHC에 특이적인 TCR을 갖는 T 세포에 의한 인식에 의존하기 때문에, HLA 상실은 TMMP가 암 세포를 살해하는 데 방해가 되지 않는다.
개시된 방법에 의해 치료될 수 있는 암종은 다음을 포함하지만 이에 한정되지는 않는다: 식도 암종, 간세포 암종, 기저 세포 암종(피부암 형태), 편형 세포 암종(다양한 조직), 방광 암종, 예를 들어, 이행세포 암종(방광의 악성 신생물), 기관지원성 암종, 결장 암종, 결장직장 암종, 위암종, 폐암종, 예를 들어, 폐의 소세포 암종 및 비소세포 암종, 부신피질 암종, 갑상선암종, 췌장 암종, 유방 암종, 난소 암종, 전립선 암종, 선암종, 땀샘 암종, 피지선 암종, 유두모양암종, 유두상선암종, 낭선암종, 수질암종, 신세포암종, 관상피내암 또는 담도암종, 융모막 암종, 정상피종, 배아암종, 윌름 종양, 자궁경부 암종, 자궁 암종, 고환 암종, 골형성 암종, 상피암종, 및 비인두암종.
본원에 개시된 방법에 의해 치료될 수 있는 육종은 다음을 포함하지만 이에 한정되지는 않는다: 섬유육종, 점액육종, 지방육종, 연골육종, 척삭종, 골원성 육종, 골육종, 혈관육종, 내피 육종, 림프혈관육종, 림프혈관내피육종, 활막종, 중피종, 유잉 육종, 평활근육종, 횡문근육종, 및 기타 연조직 육종.
본원에 개시된 방법에 의해 치료될 수 있는 다른 고형 종양은 다음을 포함하지만 이에 한정되지는 않는다: 신경교종, 성상세포종, 수모세포종, 두개인두종, 뇌실상의종, 송과체종, 혈관아세포종, 속귀신경집종, 희소돌기신경교종, 수막종, 흑색종, 신경모세포종, 및 망막모세포종.
본원에 개시된 방법에 의해 치료될 수 있는 백혈병은 다음을 포함하지만 이에 한정되지는 않는다: a) 만성 골수 증식 증후군(다형 잠재성 조혈 줄기 세포의 신생물 장애); b) 급성 골수성 백혈병(다형 잠재성 조혈 줄기 세포 또는 제한된 계통 잠재력의 조혈 세포의 신생물 형질전환); c) 만성 림프구성 백혈병(CLL; 면역학적으로 미숙한 클론 증식 및 기능적으로 무능한 소형 림프구), 예를 들어, B-세포 CLL, T-세포 CLL 전림프모구 백혈병 및 털세포 백혈병; 및 d) 급성 림프아구성 백혈병(림프아구의 축적을 특징으로 함). 상기 방법을 사용함으로써 치료될 수 있는 림프종은 다음을 포함하지만 이에 한정되지는 않는다: B-세포 림프종(예를 들어, 버킷 림프종); 호지킨 림프종; 비-호지킨 림프종 등.
본원에 개시된 방법에 따라 치료될 수 있는 다른 암은 다음을 포함한다: 비정형 수막종, 섬세포 암종, 갑상선의 수질암종, 간엽종, 간세포 암종, 간모세포종, 신장의 투명세포암종, 및 신경섬유종 종격.
TMMP가 i) TMMP의 MHC/펩티드 복합체 상태일 때 바이러스 에피토프를 제시하는 펩티드 에피토프; 및 ii) 암-연관 항원을 표적화하는 TTP를 포함하는 경우, TMMP는 개체에서 암을 치료하기 위해 암 치료를 필요로 하는 개체에게 투여될 수 있고, 여기서: i) TMMP는 바이러스 에피토프(예: SARS-CoV-2 에피토프)에 특이적인 T 세포를 활성화하고; ii) 암은 TTP에 의해 결합된 암 에피토프를 발현한다. 본 개시는 개체에서 암을 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 TMMP의 유효량을 개체에게 투여하는 단계로서, TMMP는 i) TMMP의 MHC/펩티드 복합체 상태일 때 바이러스 에피토프(예: SARS-CoV-2 에피토프)를 제시하는 펩티드 에피토프; ii) 암-연관 항원을 표적화하는 TTP; 및 iii) 자극 면역조절 폴리펩티드(예를 들어, IL-2 폴리펩티드; 4-1BBL 폴리펩티드; 등)를 포함하는, 단계를 포함한다.
일부 경우에, TMMP의 "유효량"은 1회 이상의 투여량을 이를 필요로 하는 개체에게 투여했을 때, 개체에서 암 세포 수를 감소시키는 양이다. 예를 들어, 일부 경우에, TMMP의 "유효량"은, 1회 이상의 투여량을 이를 필요로 하는 개체에게 투여했을 때, TMMP를 투여하기 전 또는 TMMP의 투여가 없을 때 개체에서의 암 세포 수에 비해 개체에서의 암 세포 수를 적어도 10%, 적어도 15%, 적어도 20%, 적어도 25%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 또는 적어도 95%만큼 감소시키는 양이다. 일부 경우에, TMMP의 "유효량"은 1회 이상의 투여량을 이를 필요로 하는 개체에게 투여했을 때, 개체에서의 암 세포 수를 검출 가능하지 않은 수준으로 감소시키는 양이다.
일부 경우에, TMMP의 "유효량"은 1회 이상의 투여량을 이를 필요로 하는 개체에게 투여했을 때, 개체에서 종양 덩어리/종양 부피를 감소시키는 양이다. 일부 경우에, TMMP의 "유효량"은 1회 이상의 투여량을 이를 필요로 하는 개체에게 투여했을 때, 개체의 생존 기간을 증가시키는 양이다. 예를 들어, 일부 경우에, TMMP의 "유효량"은 1회 이상의 투여량을 이를 필요로 하는 개체에게 투여했을 때, TMMP의 투여가 없는 개체의 예상 생존 시간에 비해 개체의 생존 기간을 적어도 1개월, 적어도 2개월, 적어도 3개월, 3개월 내지 6개월, 6개월 내지 1년, 1년 내지 2년, 2년 내지 5년, 5년 내지 10년, 또는 10년 초과만큼 증가시키는 양이다.
일부 경우에, TMMP의 “유효량”은 1회 이상의 투여량을 단일 요법으로서 또는 병용 요법의 일부로서 이를 필요로 하는 개체에게 투여했을 때, 개체의 전체 종양 부담(즉 신체에서 암의 양)을 감소시키는 양이거나, 대안적으로, 표준 RECIST 기준에 의해 결정했을 때, 환자가 확인된 “안정한 질환”을 갖기에 충분한 기간 동안 환자의 총 종양 부담을 비교적 안정적으로 유지시키는 양이다. 예를 들어 Aykan 및 Ozatli의 문헌[(2020) World J. Clin. Oncol. 11:53] 참조.
일부 경우에, TMMP의 유효량은, 1회 이상의 투여량을 단일 요법으로서 또는 병용 요법의 일부로서 이를 필요로 하는 개체에게 투여했을 때, 표준 RECIST 기준에 의해 결정했을 때, 환자가 확인된 “부분 반응”을 갖기에 충분한 기간 동안, 종양 크기를 충분한 양만큼 감소시키는 양이다.
일부 경우에, TMMP의 유효량은, 1회 이상의 투여량을 단일 요법으로서 또는 병용 요법의 일부로서 이를 필요로 하는 개체(예를 들어 종양을 가진 개체)에게 투여했을 때, 표준 RECIST 기준에 의해 결정했을 때, 환자가 확인된 “완전 반응”을 갖기에 충분한 기간 동안, 종양 크기를 충분한 양만큼 감소시키는 양이다.
전술한 바와 같이, 일부 경우에, 상기 치료 방법을 수행함에 있어서, TMMP는 TMMP 그 자체로서 이를 필요로 하는 개체에게 투여된다. 다른 경우에, 상기 치료 방법을 수행함에 있어서, TMMP를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 한 가지 이상의 핵산이 이를 필요로 하는 개체에게 투여된다. 따라서, 다른 경우에, 하나 이상의 핵산, 예를 들어 하나 이상의 재조합 발현 벡터가 이를 필요로 하는 개체에게 투여된다.
일부 경우에, SARS-CoV-2 백신(예를 들어, Moderna, Pfizer, 또는 J&J 백신)은, 환자에서 TMMP 중의 SARS CoV-2 펩티드를 인식하는 CD8+ T 세포의 백분율을 증가시키기 위해 TMMP를 투여하기 수일(예를 들어, 3~14일 또는 7~10일) 전에 환자에게 투여된다. 대안적으로, TMMP를 투여하기 전에, TTP를 포함하는 TMMP에서 원하는 SARS CoV-2 펩티드를 인식하는 CD8+ T 세포를 프라이밍하고, 활성화하고/하거나, 이의 증식을 유도하기 위해 (이에 의해 CD8+ T 세포의 수를 증가시키기 위해), TTP를 포함하지 않는 TMMP의 1회 이상의 투여량이 환자에게 투여될 수 있다. 대안적으로 (또는 추가적으로), TMMP를 투여하기 전에, TTP를 포함하는 TMMP에서 원하는 SARS CoV-2 펩티드를 인식하는 CD8+ T 세포를 프라이밍하고, 활성화하고/하거나, 이의 증식을 유도하기 위해 (이에 의해 CD8+ T 세포의 수를 증가시키기 위해), T 세포 조절 폴리펩티드의 1회 이상의 투여량이 환자에게 투여될 수 있다. 예를 들어, 2021년 9월 30일에 공개된 WO2021/195108(Cue Biopharma, Inc.), 2021년 9월 30일에 공개된 WO 2021/195411(Cue Biopharma, Inc.), 및 2022년 1월 20일에 공개된 WO 2022/015880(Cue Biopharma, Inc.)에 기술된 T 세포 조절 폴리펩티드를 참조한다.
투여량
적합한 투여량은 다양한 임상 인자에 기반하여 담당 의사 또는 다른 자격있는 의료인에 의해 결정될 수 있다. 의학 분야에 잘 공지되어 있는 바와 같이, 임의의 한 명의 환자에 대한 투여량은 환자의 신장, 신체 표면적, 연령, 투여될 특정 폴리펩티드 또는 핵산, 환자의 성별, 시간, 및 투여 경로, 일반적 건강상태, 및 동시에 투여 중인 다른 약물을 포함하는 많은 인자에 따라 달라진다. 본 개시의 TMMP는 투여 당 1 ng/㎏(체중) 내지 20 mg/kg(체중) 또는 그 이상, 예를 들어 0.1 mg/kg(체중) 내지 10 mg/kg(체중), 예를 들어 1 mg/kg(체중) 내지 5 mg/kg 또는 5 mg/kg(체중) 내지 10 mg/kg(체중); 10~15 mg/kg, 또는 그 이상의 양으로 투여될 수 있지만, 특히 전술한 인자를 감안하여 이러한 예시적인 범위 미만 또는 초과의 투여량이 고려된다. 요법이 연속 주입인 경우, 투여량은 1 μg 내지 10 mg/kg(체중)/분의 범위일 수도 있다. 일반적으로 말하면, 본 개시의 TMMP는 약 1 mg/kg(체중) 내지 20 mg/kg(체중), 예를 들어 약 1 mg/kg(체중) 내지 약 5 mg/kg(체중), 약 5 mg/kg(체중) 내지 약 10 mg/kg(체중), 약 10 mg/kg(체중) 내지 약 15 mg/kgkg(체중), 또는 약 15 mg/kg(체중) 내지 약 20 mg/kg(체중)의 양으로 투여될 수 있다. 일반적인 범위는 1 mg/kg(체중) 내지 5 mg/kg 체중 또는 5 mg/kg(체중) 내지 약 10 mg/kg(체중), 예를 들어, 1, 2, 4, 5, 6, 7, 또는 8 mg/kg(체중)일 수 있다.
성공적인 치료 후, 병태의 재발을 방지하기 위해 환자는, TMMP가 상기 범위의 유지 투여량으로 투여되는 유지 요법으로 치료받는 것이 바람직할 수 있다.
당업자는 투여량 수준이 특정 TMMP, 증상의 중증도, 및 대상체의 부작용에 대한 감수성의 함수로서 달라질 수 있다는 것을 쉽게 이해할 것이다. 주어진 화합물의 바람직한 투여량은 다양한 수단에 의해 당업자가 쉽게 결정할 수 있다.
TMMP의 투여 빈도는 다양한 인자 중 어느 하나에 따라 달라질 수 있지만, 일반적으로 말하자면, 주 1회, 2주마다 1회, 3주마다 1회, 4주마다 1회, 매월 1회, 또는 매월 1회 미만의 빈도로, 예를 들어 5주마다 1회, 6주마다 1회, 2개월에 1회, 3개월에 1회 등으로 투여될 것이지만, 주 1회보다 더 빈번하게, 예를 들어 주 2회(biw), 주 3회(tiw), 주 4회, 주 5회, 주 6회, 하루 걸러 1회(qod), 또는 매일(qd) 투여될 수도 있다. 일부 경우에, TMMP는 3주마다 1회 투여된다. 투여는 일반적으로 질환이 진행되거나 허용할 수 없는 독성이 발생하면 중단해야 한다.
TMMP의 투여 지속 시간은 다양한 인자 중 어느 하나, 예를 들어 환자 반응 등에 따라 달라질 수 있다. 예를 들어, TMMP는 1개월 내지 약 2개월, 약 2개월 내지 약 4개월, 약 4개월 내지 약 6개월, 약 6개월 내지 약 8개월, 약 8개월 내지 약 1년, 약 1년 내지 약 2년, 또는 약 2년 내지 약 4년, 또는 그 이상의 기간에 걸쳐 투여될 수 있다. 일반적으로, TMMP는 적어도 환자가 임상적으로 결정된 이익을 지속적으로 누리는 동안 계속 투여될 것이며, 이는 적어도 수개월 내지 수년일 가능성이 있다.
병용 요법
일부 경우에, 개체에서 암을 치료하기 위한 본 개시의 방법은: a) TMMP를 투여하는 단계; 및 b) 적어도 하나의 추가 치료제 또는 치료적 치료제를 투여하는 단계를 포함한다. 적절한 추가 치료제는 소분자 암 화학요법제, 및 면역 관문 억제제를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 적절한 추가 치료적 치료는, 예를 들어 방사선, 수술(예를 들어 종양의 외과적 절제) 등을 포함한다.
본 개시의 치료 방법은 TMMP 및 적어도 하나의 추가 치료제를 공동 투여하는 단계를 포함할 수 있다. “공동 투여(co-administration)”는 TMMP 및 적어도 하나의 추가 치료제 둘 다가 투여된 것에 기인하는 치료 효과를 달성하기 위해 TMMP 및 적어도 하나의 추가 치료제 둘 다가 투여되는 것을 의미하며, 반드시 동시에 투여되어야 하는 것은 아니다. TMMP 및 적어도 하나의 추가 치료제의 투여는 실질적으로 동시에 이루어질 수 있는데, 예를 들어 TMMP는 적어도 하나의 추가 치료제가 투여되고 약 1분 내지 약 24시간 이내에 (예를 들어, 약 1분 이내, 약 5분 이내, 약 15분 이내, 약 30분 이내, 약 1시간 이내, 약 4시간 이내, 약 8시간 이내, 약 12시간 이내, 또는 약 24시간 이내에) 개체에게 투여될 수 있다. 일부 경우에, 본 개시의 TMMP는 적어도 하나의 추가 치료제로 치료를 받는 중이거나 치료를 받은 개체에게 투여된다. TMMP의 투여는 상이한 시간에 및/또는 상이한 빈도로 이루어질 수 있다.
예로서, 본 개시의 치료 방법은 TMMP 및 면역 관문 억제제, 예컨대 면역 관문에 특이적인 항체를 공동 투여하는 단계를 포함할 수 있다. “공동 투여”란, TMMP 및 면역 관문 억제제(예를 들어, 면역 관문 폴리펩티드에 특이적인 항체) 둘 다가 투여된 것에 기인하는 치료 효과를 달성하기 위해, TMMP 및 면역 관문 억제제(예를 들어, 면역 관문 폴리펩티드에 특이적인 항체) 둘 다를 개체에게 투여되는 것을 의미하며, 반드시 동시에 투여되어야 하는 것은 아니다. TMMP 및 면역 관문 억제제(예: 면역 관문 폴리펩티드에 특이적인 항체)의 투여는 실질적으로 동시 투여일 수 있고, 예를 들어, TMMP는 면역 관문 억제제(예: 면역 관문 폴리펩티드에 특이적인 항체)의 투여 후 약 1분 내지 약 24시간 이내에 (예를 들어 약 1분 이내, 약 5분 이내, 약 15분 이내, 약 30분 이내, 약 1시간 이내, 약 4시간 이내, 약 8시간 이내, 약 12시간 이내, 약 24시간 이내에), 1주일, 3주, 4주, 또는 1개월 이내에 개체에게 투여될 수 있다. 일부 경우에, 본 개시의 TMMP는 면역 관문 억제제(예: 면역 관문 폴리펩티드에 특이적인 항체)로 치료 중이거나 치료를 받은 개체에게 투여된다. TMMP 및 면역 관문 억제제(예: 면역 관문 폴리펩티드에 특이적인 항체)의 투여는 상이한 시점에 및/또는 상이한 빈도로 이루어질 수 있다. 관문 억제제에 대해 확립된 투여 간격이 있는 경우, 간격에 따라, TMMP를 관문 억제제와 같은 날에 투여하는 것이 가능할 수 있다. 예를 들어, 일부 경우에, 펨브롤리주맙에 대한 투여 일정이 3주마다 1회인 경우, TMMP를 포함하는 약학적 조성물은 같은 날에 투여될 수 있다. 이러한 병용 치료를 받는 환자는 임의의 CPS 점수(예를 들어 0 내지 20, 최대 30, 최대 50, 또는 50 초과)를 가질 수 있으며, 여기에는 항-PD1 관문 억제제 단독 투여로 이익을 얻을 가능성이 없음을 나타내는 20 이하의 (예를 들어 15 이하, 또는 10 이하의) CPS 점수를 가진 환자가 포함된다. 일부 경우에, TMMP의 병용 요법은 CPS 점수가 20 이하인 환자에게 투여된다.
예시적인 면역 관문 억제제는 CD27, CD28, CD40, CD122, CD96, CD73, CD47, OX40, GITR, CSF1R, JAK, PI3K 델타, PI3K 감마, TAM, 아르기나아제, CD137(4-1BB로도 알려짐), ICOS, A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CTLA-4, LAG3, TIM3, VISTA, CD96, TIGIT, CD122, PD-1, PD-L1, 및 PD-L2와 같은 면역 관문 폴리펩티드를 표적화하는 억제제를 포함한다. 일부 경우에, 면역 관문 폴리펩티드는 CD27, CD28, CD40, ICOS, OX40, GITR, CD122, 및 CD137로부터 선택된 자극 관문 분자이다. 일부 경우에, 면역 관문 폴리펩티드는 A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, TIM3, CD96, TIGIT, 및 VISTA로부터 선택된 억제 관문 분자이다.
일부 경우에, 면역 관문 억제제는 면역 관문 폴리펩티드에 특이적인 항체이다. 일부 경우에, 항-면역 관문 항체는 단클론 항체이다. 일부 경우에, 항-면역 관문 항체는 인간화되거나, 항체가 인간에서 면역 반응을 실질적으로 유도하지 않도록 탈면역화된다. 일부 경우에, 항-면역 관문 항체는 인간화 단클론 항체이다. 일부 경우에, 항-면역 관문 항체는 탈면역화 단클론 항체이다. 일부 경우에, 항-면역 관문 항체는 완전한 인간 단클론 항체이다. 일부 경우에, 항-면역 관문 항체는 면역 관문 폴리펩티드에 대한 리간드에 면역 관문 폴리펩티드가 결합하는 것을 억제한다. 일부 경우에, 항-면역 관문 항체는 면역 관문 폴리펩티드에 대한 수용체에 면역 관문 폴리펩티드가 결합하는 것을 억제한다.
적절한 항-면역 관문 항체는 다음을 포함하지만 이에 한정되지는 않는다: 니볼루맙(Bristol-Myers Squibb), 펨브롤리주맙(Merck), 피딜리주맙(Curetech), AMP-224(GlaxoSmithKline/Amplimmune), MPDL3280A(Roche), MDX-1105(Medarex, Inc./Bristol Myer Squibb), MEDI-4736(Medimmune/AstraZeneca), 아렐루맙(Merck Serono), 이필리무맙(YERVOY, (Bristol-Myers Squibb), 트레멜리무맙(Pfizer), 피딜리주맙(CureTech, Ltd.), IMP321(Immutep S.A.), MGA271(Macrogenics), BMS-986016(Bristol-Meyers Squibb), 리릴루맙(Bristol-Myers Squibb), 우렐루맙(Bristol-Meyers Squibb), PF-05082566(Pfizer), IPH2101(Innate Pharma/Bristol-Myers Squibb), MEDI-6469(MedImmune/AZ), CP-870,893(Genentech), 모가물리주맙(Kyowa Hakko Kirin), 발릴루맙(CelIDex Therapeutics), 아벨루맙(EMD Serono), 갈릭시맙(Biogen Idec), AMP-514(Amplimmune/AZ), AUNP 12(Aurigene and Pierre Fabre), 인독시모드(NewLink Genetics), NLG-919(NewLink Genetics), INCB024360(Incyte); KN035; 및 이들의 조합. 예를 들어, 일부 경우에, 면역 관문 억제제는 항-PD-1 항체이다. 적절한 항-PD-1 항체는, 예를 들어 니볼루맙, 펨브롤리주맙(MK-3475로도 알려짐), 세미플리맙(Libtayo®), 피딜리주맙, SHR-1210, PDR001, 및 AMP-224를 포함한다. 일부 경우에, 항-PD-1 단클론 항체는 니볼루맙, 펨브롤리주맙, 또는 PDR001이다. 일부 경우에, 항-PD-1 단클론 항체는 세미플리맙이다. 적절한 항-PD1 항체는 미국 특허 공개 제2017/0044259호에 기술되어 있다. 피딜리주맙의 경우, 예를 들어, Rosenblatt 등의 문헌[(2011) J. Immunother . 34:409-18]을 참조한다. 일부 경우에, 면역 관문 억제제는 항-CTLA-4 항체이다. 일부 경우에, 항-CTLA-4 항체는 이필리무맙 또는 트레멜리무맙이다. 트레멜루무맙의 경우, 예를 들어 Ribas 등의 문헌[(2013) J. Clin. Oncol. 31:616-22]을 참조한다. 일부 경우에, 면역 관문 억제제는 항-PD-L1 항체이다. 일부 경우에, 항-PD-L1 단클론 항체는 BMS-935559, MEDI4736, MPDL3280A(RG7446으로도 알려짐), KN035, 또는 MSB0010718C이다. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 단클론 항체는 MPDL3280A(아테졸리주맙) 또는 MEDI4736(더발루맙)이다. 더발루맙의 경우, 예를 들어 WO 2011/066389를 참조한다. 아테졸리주맙의 경우, 예를 들어 미국 특허 제8,217,149호를 참조한다. 일부 경우에, 면역 관문 억제제는 면역글로불린 및 ITIM 도메인을 갖는 T 세포 면역수용체(TIGIT)에 결합하는 항-TIGIT 항체이다. 일부 경우에, 항-TIGIT 항체는 BMS-986207(Bristol-Myers Squibb)이다. 일부 경우에, 항-TIGIT 항체는 티라골루맙이다. 일부 경우에, 항-TIGIT 항체는 EOS88448(EOS-448)이다. 예를 들어, USPN 11,008,390 및 USPN 10,189,902; 미국 특허 공개 제2017/0088613호; 및 WO 2019/137541을 참조한다.
이러한 관문 억제제 중에서, PD-1, PD-L1, 및 CTLA-4에 대한 항체가 가장 흔하며, 적어도 니볼루맙, 트레멜리무맙, 펨브롤리주맙, 이필리무맙, 세미플리맙, 아테졸리주맙, 아벨루맙, 티슬레이주맙, 및 더발루맙은 FDA 및/또는 미국 이외의 규제 기관의 승인을 받았다. 본 개시의 TMMP는 관문 억제제의 조합, 예를 들어 (i) PD-1 또는 PD-L1에 대한 항체, 및 (ii) CTLA-4에 대한 항체와 공동 투여될 수 있다.
치료에 적합한 대상체
방법으로 치료하기에 적합한 대상체는 암을 가진 개체를 포함하며, 여기에는 암을 가진 것으로 진단된 개체, 암에 대한 치료를 받았지만 치료에 대한 반응이 없는 개체, 및 암에 대해 치료를 받았고 초기에 반응하였지만 후속적으로 치료에 불응성이 되었고/되었거나 이전 치료 도중에 질환이 진행된 개체가 포함된다. 이러한 대상체는 HLA 상실을 나타내는 암을 가진 개체를 포함할 수 있다. 이러한 대상체는 CPS 점수가 20 이하인 개체를 포함할 수 있다.
일부 경우에, 대상체는 면역 관문 억제제로 치료 중인 개체이다. 일부 경우에, 대상체는 면역 관문 억제제로 치료를 받았지만, 이러한 치료를 받았음에도 불구하고 질환이 진행된 개체이다. 일부 경우에, 대상체는 암 화학요법제로 치료 중이거나 치료를 받은 개체이다. 일부 경우에, 대상체는 면역 관문 억제제로 치료를 받기 위해 준비 중이거나, 치료 중이거나, 치료를 받은 개체이다. 일부 경우에, 대상체는 암 화학요법제, 방사선 치료, 수술, 및/또는 또 다른 치료제를 사용한 치료를 받기 위해 준비 중이거나, 치료 중이거나, 치료를 받은 개체이다. 일부 경우에, TMMP를 포함하는 약학적 조성물은 보조제 또는 신보조제 환경에서 투여된다.
본 개시의 비제한적인 양태의 예
양태 세트 A
구현예를 포함하여, 전술한 본 주제의 양태는 단독으로 유익하거나 하나 이상의 다른 양태 또는 구현예와 조합했을 때 유익할 수 있다. 전술한 것에 국한되지 않고없이, 본 개시의 소정의 비제한적 양태가 이하에 제공된다. 본 개시를 읽은 후 당업자에게 자명하게 되듯이, 개별적으로 넘버링된 양태의 각각이 사용되거나 개별적으로 넘버링된 전술한 양태 또는 다음 양태 중 어느 하나와 조합될 수 있다. 이는 양태의 모든 이러한 조합을 뒷받침하도록 의도되며, 이하에 명시적으로 제공되는 양태의 조합으로 제한되지는 않는다:
양태 1. 적어도 하나의 이종이량체를 포함하는 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드로서, 상기 적어도 하나의 이종이량체는 다음을 포함하고: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) SARS-CoV-2 펩티드로서, 약 4개 아미노산 내지 약 25개 아미노산의 길이를 갖는 SARS-CoV-2 펩티드; 및 ii) 제1 주요 조직적합성 복합체(MHC) 폴리펩티드로서, β2 마이크로글로불린(β2M) 폴리펩티드인 제1 MHC 폴리펩티드; b) 제2 MHC 폴리펩티드를 포함하는 제2 폴리펩티드로서, 제2 MHC 폴리펩티드는 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드인, 제2 폴리펩티드; c) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드로서, 제1 및/또는 제2 폴리펩티드는 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드를 포함하는, 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드; d) 면역글로불린(Ig) Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드로서, 제1 또는 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드를 포함하는, Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드; 및 e) 종양-표적화 폴리펩티드(TTP)로서, 제1 및/또는 제2 폴리펩티드는 TTP를 포함하는, TTP, 임의로 상기 TMMP 조합 각각에서의 제1 및/또는 제2 폴리펩티드의 개별 성분 중 하나 이상은 하나 이상의 링커에 의해 함께 연결되는, T 세포 조절 다량체 폴리펩티드.
양태 2. 양태 1에 있어서,
a1) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드;
b1) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) TTP;
ii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; 및
iv) Ig Fc 폴리펩티드를 포함하거나;
a2) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드; 및
b2) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) TTP;
ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
iii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드; 및
iv) Ig Fc 폴리펩티드;
a3) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드; 및
b3) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) TTP;
ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
iii) Ig Fc 폴리펩티드; 및
iv) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
a4) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
ii) SARS-CoV-2 펩티드; 및
iii) β2M 폴리펩티드;
b4) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) TTP;
ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; 및
iii) Ig Fc 폴리펩티드;
a5) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드;
ii) β2M 폴리펩티드; 및
iii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
b5) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) TTP;
ii) MHC 클래스 I 중쇄; 및
iii) Ig Fc 폴리펩티드;
a6) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드;
b6) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
iii) Ig Fc 폴리펩티드; 및
iv) TTP;
a7) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드;
b7) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
ii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
iii) Ig Fc 폴리펩티드; 및
iv) TTP;
a8) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드;
b8) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
ii) Ig Fc 폴리펩티드;
iii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드; 및
iv) TTP;
a9) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
ii) SARS-CoV-2 펩티드; 및
iii) β2M 폴리펩티드; 및
b9) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
ii) Ig Fc 폴리펩티드; 및
iii) TTP;
a10) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드;
ii) β2M 폴리펩티드; 및
iii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드; 및
b10) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) MHC 클래스 I 중쇄;
ii) Ig Fc 폴리펩티드; 및
iii) TTP;
a11) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드;
ii) β2M 폴리펩티드; 및
iii) TTP;
b11) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; 및
iii) Ig Fc 폴리펩티드;
a12) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드;
ii) β2M 폴리펩티드; 및
iii) TTP;
b12) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
ii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드; 및
iii) Ig Fc 폴리펩티드;
a13) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드;
ii) β2M 폴리펩티드; 및
iii) TTP;
b13) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
ii) Ig Fc 폴리펩티드; 및
iii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
a14) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
ii) SARS-CoV-2 펩티드;
iii) β2M 폴리펩티드; 및
iv) TTP;
b14) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; 및
iii) Ig Fc 폴리펩티드;
a15) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드;
ii) β2M 폴리펩티드;
iii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드; 및
iv) TTP;
b15) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) MHC 클래스 I 중쇄; 및
ii) Ig Fc 폴리펩티드;
임의로, 상기 TMMP 조합 각각에서의 제1 및/또는 제2 폴리펩티드의 개별 성분 중 하나 이상은 하나 이상의 링커에 의해 함께 연결되는, TMMP.
양태 3. 양태 1에 있어서,
a1) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드;
b1) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) TTP;
ii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; 및
iv) Ig Fc 폴리펩티드;
a2) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드; 및
b2) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) TTP;
ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
iii) Ig Fc 폴리펩티드; 및
iv) 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드;
a3) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드;
b3) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) TTP;
ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
iii) 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드;
iv) Ig Fc 폴리펩티드,
임의로, 상기 TMMP 조합 각각에서의 제1 및/또는 제2 폴리펩티드의 개별 성분 중 하나 이상은 하나 이상의 링커에 의해 함께 연결되는, TMMP.
양태 4. 양태 1 내지 3 중 어느 하나에 있어서,
제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드;
ii) 링커; 및
iii) β2M 폴리펩티드; 및
제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) TTP;
ii) 링커;
iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
iv) 링커;
v) Ig Fc 폴리펩티드;
vi) 링커; 및
vii) 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드,
TMMP가 2개 이상의 면역조절 폴리펩티드를 포함하는 경우, 면역조절 폴리펩티드는 하나 이상의 링커에 의해 함께 연결되는, TMMP.
양태 5. 양태 1 내지 4 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드 중 적어도 하나는 상응하는 동족 공동면역조절 폴리펩티드에 대한 야생형 면역조절 폴리펩티드의 친화도에 비해 동족 공동면역조절 폴리펩티드에 대해 감소된 친화도를 나타내는 변이체 면역조절 폴리펩티드인, TMMP.
양태 6. 양태 5에 있어서, 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드 중 적어도 하나는 a) H16A 및 F42A 치환; 또는 b) H16T 및 F42A 치환을 포함하는 변이체 IL-2 폴리펩티드인, TMMP.
양태 7. 양태 1 내지 6 중 어느 하나에 있어서, 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드를 포함하고, Ig Fc 폴리펩티드는 IgG1 Fc 폴리펩티드인, TMMP.
양태 8. 양태 7에 있어서, IgG1 Fc는 항체 의존적 세포 매개 세포독성(ADCC) 및/또는 보체 의존적 세포독성(CDC)을 감소시키거나 실질적으로 제거하는 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는, TMMP.
양태 9. 양태 8에 있어서, IgG1 Fc 폴리펩티드는 L234A 및 L235A 치환을 포함하는, TMMP.
양태 10. 양태 9에 있어서, 하나 이상의 링커 중 적어도 하나는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하고, 여기서 n은 1 내지 10의 정수인, TMMP.
양태 11. 양태 1 내지 10 중 어느 하나에 있어서, TMMP는 적어도 2개의 면역조절 폴리펩티드를 포함하고, 면역조절 폴리펩티드 중 적어도 2개는 동일한, TMMP.
양태 12. 양태 11에 있어서, 2개 이상의 면역조절 폴리펩티드는 탠덤인, TMMP.
양태 13. 양태 12에 있어서, 2개 이상의 면역조절 폴리펩티드는 링커에 의해 분리되는, TMMP.
양태 14. 양태 1 내지 13 중 어느 하나에 있어서, TTP는 단쇄 Fv (scFv) 항체 또는 나노바디인, TMMP.
양태 15. 양태 1 내지 14 중 어느 하나에 있어서, TTP는 메소텔린, TROP-2, Her2, CD19, WT1, MUC1, BCMA, PSMA, B7-H3, CEACAM, CD20, CD22, CD30, CD38, CD138, 및 클라우딘 폴리펩티드로부터 선택된 항원에 결합하는, TMMP.
양태 16. 양태 1 내지 15 중 어느 하나에 있어서, TTP는 CD19 항원에 결합하는, TMMP.
양태 17. 양태 1 내지 16 중 어느 하나에 있어서, SARS-CoV-2 펩티드는 약 8개 아미노산 내지 약 12개 아미노산의 길이를 갖는, TMMP.
양태 18. 양태 1 내지 17 중 어느 하나에 있어서, SARS-CoV-2 펩티드는 SARS-CoV-2 표면 당단백질의 4 내지 25개의 연속 아미노산을 포함하는, TMMP.
양태 19. 양태 18에 있어서, SARS-CoV-2 펩티드는 도 13j에 도시된 표면 당단백질이고, 임의로 SARS-CoV-2 펩티드는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는, TMMP: STQDLFLPFF (서열번호 845), FCNDPFLGVYY (서열번호 846), SSANNCTFEY (서열번호 847), STECSNLLLQY (서열번호 848), YTNSFTRGVY (서열번호 849), CVADYSVLY (서열번호 850), LTDEMIAQY (서열번호 851), KIADYNYKL (서열번호 219), KLPDDFTGCV (서열번호 852), SFELLHAPATV (서열번호 853), LLFNKVTLA (서열번호 221), VLNDILSRL (서열번호 222), RLDKVEAEV (서열번호 223), RLQSLQTYV (서열번호 224), HLMSFPQSA (서열번호 225), RLNEVAKNL (서열번호 854), NLNESLIDL (서열번호 855), FIAGLIAIV (서열번호 226), VVFLHVTYV (서열번호 856), YLQPRTFLL (서열번호 218), SIIAYTMSL (서열번호 220), TLDSKTQSL (서열번호 534), KCYGVSPTK (서열번호 857), TVYDPLQPELDSFK (서열번호 333), GVYFASTEK (서열번호 289), GTHWFVTQR (서열번호 332), YYVGYLQPRTF (서열번호 392), NYNYLYRLF (서열번호 394), YFPLQSYGF (서열번호 395), VYDPLQPELDSF (서열번호 858), YEQYIKWPWYI (서열번호 859), KWPWYIWLGF (서열번호 860), GTITSGWTF (서열번호 861), QYIKWPWYI (서열번호 400), RFDNPVLPF (서열번호 389), EILDITPCSF (서열번호 862), FVFKNIDGY (서열번호 592), SVASQSIIAY (서열번호 863), WTAGAAAYY (서열번호 145), VASQSIIAY (서열번호 597), TPINLVRDL (서열번호 476), SPRRARSVA (서열번호 481), APHGVVFLHV (서열번호 864), LPQGFSAL (서열번호 477), QPYRVVVL (서열번호 479), MIAQYTSAL (서열번호 865), FPQSAPHGVVF (서열번호 600), SEPVLKGVKL (서열번호 484), TEKSNIIRGW (서열번호 711), TECSNLLLQY (서열번호 866), 및 REGVFVSNGTHW (서열번호 715).
양태 20. 양태 1 내지 19 중 어느 하나에 있어서, SARS-CoV-2 펩티드는 서열 YLQPRTFLL(서열번호 218)을 갖고 9개 아미노산의 길이를 갖는, TMMP.
양태 21. 양태 1 내지 19 중 어느 하나에 있어서, 제1 폴리펩티드와 제2 폴리펩티드는 하나 이상의 이황화 결합을 통해 서로 공유 연결되는, TMMP.
양태 22. 양태 21에 있어서, β2M 폴리펩티드 및 MHC 중쇄 폴리펩티드는 β2M 폴리펩티드의 Cys 잔기와 MHC 중쇄 폴리펩티드의 Cys 잔기를 결합시키는 이황화 결합에 의해 결합되는, TMMP.
양태 23. 양태 22에 있어서, β2M 폴리펩티드의 아미노산 잔기 12에서의 Cys은 MHC 중쇄 폴리펩티드의 아미노산 잔기 236에서의 Cys에 이황화 결합되는, TMMP.
양태 24. 양태 21에 있어서, 제1 폴리펩티드 사슬은 펩티드 에피토프와 β2M 폴리펩티드 사이에서 링커를 포함하고, 이황화 결합은 링커에 존재하는 Cys를 MHC 중쇄 폴리펩티드의 위치 84에 있는 Cys와 연결시키는, TMMP.
양태 25. 양태 1 내지 양태 24 중 어느 하나에 있어서, 제1 및 제2 폴리펩티드는 적어도 2개의 이황화 결합을 통해 서로 공유 연결되는, TMMP.
양태 26. 양태 25에 있어서,
a) 제1 이황화 결합은 i) 펩티드 에피토프와 β2M 폴리펩티드 사이의 링커에 존재하는 Cys; 및 ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드의 위치 84에서의 Cys 잔기 사이의 결합이고;
b) 제2 이황화 결합은 i) β2M 폴리펩티드의 위치 12에서의 Cys 잔기; 및 ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드의 위치 236에서의 Cys 잔기 사이의 결합인, TMMP.
양태 27. 양태 26에 있어서, 링커는 아미노산 서열 GCGGS(서열번호 977)를 포함하는, TMMP.
양태 28. 양태 27에 있어서, 링커는 아미노산 서열 GCGGS(GGGGS)n(서열번호 978)을 포함하고, 여기서, n은 1 내지 10의 정수인, TMMP.
양태 29. 양태 1 내지 28 중 어느 하나에 있어서, MHC 클래스 I 중쇄는 HLA-E 대립유전자 중쇄 폴리펩티드인, TMMP.
양태 30. 양태 1 내지 29 중 어느 하나에 있어서, 제2 폴리펩티드는 TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 사이에서 링커를 포함하되, 링커는 약 25개 아미노산 미만, 약 20개 아미노산 미만, 약 15개 아미노산 미만, 약 10개 아미노산 미만, 8개 아미노산 미만, 또는 6개 아미노산 미만의 길이를 갖는, TMMP.
양태 31. 양태 30에 있어서, 링커는 아미노산 서열 GGGGS(서열번호 873)를 갖는, TMMP.
양태 32. 양태 1 내지 31 중 어느 하나에 따른 2개의 이종이량체를 포함하는 동종이량체로서, 2개의 이종이량체는 제1 및 제2 이종이량체에 존재하는 Ig Fc 폴리펩티드 사이의 하나 이상의 이황화 결합에 의해 서로 공유 연결되는, 동종이량체.
양태 33. 양태 32의 동종이량체를 포함하는 약학적 조성물.
양태 34. 양태 1 내지 31 중 어느 하나에 따른 제1 및/또는 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산.
양태 35. 양태 34의 핵산을 포함하는 발현 벡터.
양태 36. 에피토프에 특이적인 T 세포의 활성을 선택적으로 조절하는 방법으로서, 상기 방법은 T 세포를 양태 1 내지 31 중 어느 하나에 따른 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드 또는 양태 32에 따른 동종이량체와 접촉시키는 단계를 포함하고, 상기 접촉시키는 단계는 에피토프-특이적 T 세포의 활성을 선택적으로 조절하는, 방법.
양태 37. 암환자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 양태 1 내지 31 중 어느 하나에 따른 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드를 포함하는 약학적 조성물의 유효량 또는 양태 33에 따른 약학적 조성물의 유효량을 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
양태 38. 양태 37에 있어서, 암은 암종, 육종, 흑색종, 백혈병, 또는 림프종인, 방법.
양태 39. 양태 37 또는 38에 있어서, 상기 투여하는 단계는 근육내, 정맥내, 종양주위, 또는 종양내 투여하는 단계인, 방법.
양태 40. 양태 37 내지 39 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드를 포함하는 약학적 조성물의 유효량을 환자에게 투여하기 전에 SARS-CoV-2 백신을 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
양태 41. 양태 37 내지 39 중 어느 하나에 있어서, 면역 관문 억제제를 환자에게 공동 투여하는 단계를 포함하되, 임의로 면역 관문 억제제는 PD-L1, PD-1, 또는 CTLA4에 특이적인 항체인, 방법.
양태 42. 적어도 하나의 이종이량체를 포함하는 단백질로서, 상기 적어도 하나의 이종이량체는: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) SARS-CoV-2 펩티드로서, 약 4개 아미노산 내지 약 25개 아미노산의 길이를 갖는 SARS-CoV-2 펩티드; 및 ii) 제1 주요 조직적합성 복합체(MHC) 폴리펩티드로서, β2 마이크로글로불린(β2M) 폴리펩티드인 제1 MHC 폴리펩티드; b) 제2 MHC 폴리펩티드를 포함하는 제2 폴리펩티드로서, 제2 MHC 폴리펩티드는 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드인, 제2 폴리펩티드; c) 면역글로불린(Ig) Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드로서, 제1 또는 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드를 포함하는, Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드; 및 e) 종양-표적화 폴리펩티드(TTP)로서, 제1 및/또는 제2 폴리펩티드는 TTP를 포함하는, TTP를 포함하고, 임의로 상기 조합 각각에서의 제1 및/또는 제2 폴리펩티드의 개별 성분 중 하나 이상은 하나 이상의 링커에 의해 함께 연결되는, 단백질.
양태 43. 양태 42에 따른 2개의 이종이량체를 포함하는 동종이량체로서, 2개의 이종이량체는 제1 및 제2 이종이량체에 존재하는 Ig Fc 폴리펩티드 사이의 하나 이상의 이황화 결합에 의해 서로 공유 연결되는, 동종이량체.
양태 44. 적어도 하나의 이종이량체를 포함하는 T-세포 조절 다량체 폴리펩티드(TMMP)로서,
상기 적어도 하나의 이종이량체는:
a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드:
i) 약 4개 아미노산 내지 약 25개 아미노산의 길이를 갖는 펩티드 에피토프; 및
ii) 제1 주요 조직적합성 복합체(MHC) 폴리펩티드로서, 제1 MHC 폴리펩티드는 β2 마이크로글로불린(β2M) 폴리펩티드인, 제1 MHC;
b) 제2 MHC 폴리펩티드를 포함하는 제2 폴리펩티드로서, 제2 MHC 폴리펩티드는 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드인, 제2 폴리펩티드;
c) 면역글로불린 (Ig) Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드로서, 제1 또는 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드를 포함하는, Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드;
d) 종양-표적화 폴리펩티드(TTP)로서, 제1 및/또는 제2 폴리펩티드는 TTP를 포함하는, TTP를 포함하되;
TMMP는 면역조절 폴리펩티드를 포함하지 않고,
임의로, 상기 TMMP 조합 각각에서의 제1 및/또는 제2 폴리펩티드의 개별 성분 중 하나 이상은 하나 이상의 링커에 의해 함께 연결되는, TMMP.
양태 45. 양태 44에 있어서,
a1) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) 펩티드 에피토프; 및
ii) β2M 폴리펩티드;
b1) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) TTP;
ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; 및
iv) Ig Fc 폴리펩티드;
a2) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) 펩티드 에피토프; 및
ii) β2M 폴리펩티드; 및
b2) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
ii) Ig Fc 폴리펩티드; 및
iii) TTP;
a3) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) 펩티드 에피토프; 및
ii) β2M 폴리펩티드; 및
b3) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
ii) TTP; 및
iii) Ig Fc 폴리펩티드;
ii) β2M 폴리펩티드; 및
임의로, 상기 TMMP 조합 각각에서의 제1 및/또는 제2 폴리펩티드의 개별 성분 중 하나 이상은 하나 이상의 링커에 의해 함께 연결되는, TMMP.
양태 46. 양태 44 또는 양태 45에 있어서,
제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) 펩티드 에피토프;
ii) 링커; 및
iii) β2M 폴리펩티드; 및
제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는, TMMP:
i) TTP;
ii) 링커;
iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
iv) 링커; 및
v) Ig Fc 폴리펩티드.
양태 47. 양태 44 내지 46 중 어느 하나에 있어서, 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드를 포함하고, Ig Fc 폴리펩티드는 IgG1 Fc 폴리펩티드인, TMMP.
양태 48. 양태 47에 있어서, IgG1 Fc는 항체 의존적 세포 매개 세포독성(ADCC) 및/또는 보체 의존적 세포독성(CDC)을 감소시키거나 실질적으로 제거하는 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는, TMMP.
양태 49. 양태 48에 있어서, IgG1 Fc 폴리펩티드는 L234A 및 L235A 치환을 포함하고, L234 및 L235는 도 2a에 도시된 아미노산 서열의 아미노산 14 및 15에 상응하는, TMMP.
양태 50. 양태 46에 있어서, 하나 이상의 링커 중 적어도 하나는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하고, 여기서 n은 1 내지 10의 정수인, TMMP.
양태 51. 양태 44 내지 50 중 어느 하나에 있어서, TTP는 단쇄 Fv (scFv) 항체 또는 나노바디인, TMMP.
양태 52. 양태 44 내지 51 중 어느 하나에 있어서, TTP는 메소텔린, TROP-2, Her2, CD19, WT1, MUC1, BCMA, PSMA, B7-H3, CEACAM, CD20, CD22, CD30, CD38, CD138, 및 클라우딘 폴리펩티드로부터 선택된 항원에 결합하는, TMMP.
양태 53. 양태 44 내지 52 중 어느 하나에 있어서, TTP는 CD19 항원에 결합하는, TMMP.
양태 54. 양태 44 내지 53 중 어느 하나에 있어서, 펩티드 에피토프는 8개 아미노산 내지 14개 아미노산, 임의로 9개 아미노산 내지 12개 아미노산의 길이를 갖는, TMMP.
양태 55. 양태 44 내지 54 중 어느 하나에 있어서, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2 표면 당단백질의 4 내지 25개의 연속 아미노산을 포함하는, TMMP.
양태 56. 양태 55에 있어서, SARS-CoV-2 펩티드는 도 13j에 도시된 표면 당단백질이고, 임의로 SARS-CoV-2 펩티드는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는, TMMP: STQDLFLPFF (서열번호 845), FCNDPFLGVYY (서열번호 846), SSANNCTFEY (서열번호 847), STECSNLLLQY (서열번호 848), YTNSFTRGVY (서열번호 849), CVADYSVLY (서열번호 850), LTDEMIAQY (서열번호 851), KIADYNYKL (서열번호 219), KLPDDFTGCV (서열번호 852), SFELLHAPATV (서열번호 853), LLFNKVTLA (서열번호 221), VLNDILSRL (서열번호 222), RLDKVEAEV (서열번호 223), RLQSLQTYV (서열번호 224), HLMSFPQSA (서열번호 225), RLNEVAKNL (서열번호 854), NLNESLIDL (서열번호 855), FIAGLIAIV (서열번호 226), VVFLHVTYV (서열번호 856), YLQPRTFLL (서열번호 218), SIIAYTMSL (서열번호 220), TLDSKTQSL (서열번호 534), KCYGVSPTK (서열번호 857), TVYDPLQPELDSFK (서열번호 333), GVYFASTEK (서열번호 289), GTHWFVTQR (서열번호 332), YYVGYLQPRTF (서열번호 392), NYNYLYRLF (서열번호 394), YFPLQSYGF (서열번호 395), VYDPLQPELDSF (서열번호 858), YEQYIKWPWYI (서열번호 859), KWPWYIWLGF (서열번호 860), GTITSGWTF (서열번호 861), QYIKWPWYI (서열번호 400), RFDNPVLPF (서열번호 389), EILDITPCSF (서열번호 862), FVFKNIDGY (서열번호 592), SVASQSIIAY (서열번호 863), WTAGAAAYY (서열번호 145), VASQSIIAY (서열번호 597), TPINLVRDL (서열번호 476), SPRRARSVA (서열번호 481), APHGVVFLHV (서열번호 864), LPQGFSAL (서열번호 477), QPYRVVVL (서열번호 479), MIAQYTSAL (서열번호 865), FPQSAPHGVVF (서열번호 600), SEPVLKGVKL (서열번호 484), TEKSNIIRGW (서열번호 711), TECSNLLLQY (서열번호 866), 및 REGVFVSNGTHW (서열번호 715).
양태 57. 양태 44 내지 54 중 어느 하나에 있어서, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2 펩티드 에피토프이고, SARS-CoV-2 펩티드는 YLQPRTFLL (서열번호 218), YLQPRTLFL (서열번호 887), YLQPRTLIL (서열번호 1201), and YLQPRTLVL (서열번호 1202)로부터 선택된 아미노산 서열을 가지며, SARS-CoV-2 펩티드는 9개 아미노산의 길이를 갖는, TMMP.
양태 58. 양태 44 내지 54 중 어느 하나에 있어서, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2 펩티드 에피토프이고, SARS-CoV-2 폴리펩티드는 비구조적 폴리펩티드이고, 임의로 비구조적 폴리펩티드는 NSP13인, TMMP.
양태 59. 양태 58에 있어서, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2 펩티드 에피토프이고, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 VMPLSAPTL(서열번호 914)을 갖고 9개 아미노산의 길이를 갖는, TMMP.
양태 60. 양태 44 내지 54 중 어느 하나에 있어서, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2 에피토프 이외의 바이러스 항원의 에피토프이고, 임의로 펩티드 에피토프는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된 바이러스의 바이러스 에피토프인, TMMP: 아데노바이러스, 아데노-연관 바이러스, 알파바이러스(토가바이러스), 동부 말 뇌염바이러스, 동부 말 뇌척수염 바이러스, 베네수엘라 말 뇌척수염 백신 균주 TC-83, 서부 말 뇌척수염 바이러스, 아레나바이러스, 림프구성 맥락수막염 바이러스(비-향신경성 균주), 타카리베(Tacaribe) 바이러스 복합체, 분야바이러스, 부냠웨라열 바이러스, 리프트 밸리열 바이러스 백신 균주 MP-12, 치쿤구니야 바이러스, 칼시바이러스, 코로나바이러스, 카우폭스 바이러스, 팔라비바이러스(토가바이러스)-그룹 B 아르보바이러스, 뎅기 바이러스 혈청형 1, 2, 3 및 4, 황열 바이러스 백신 균주 17D, A, B, C, D 및 E형 간염 바이러스, 거대세포바이러스, 엡스타인 바르 바이러스, 동부 말 뇌염 바이러스, 1형 및 2형 단순 포진, 대상포진, 6 및 7형 인간 헤르페스 바이러스, C형 간염 바이러스(HVC), B형 간염 바이러스(HBV), A, B 및 C형 인플루엔자 바이러스, 파포바바이러스, 뉴캐슬병바이러스, 홍역 바이러스, 볼거리 바이러스, 1, 2, 3 및 4형 파라인플루엔자 바이러스, 폴리오마바이러스(JC 바이러스, BK 바이러스), 호흡기세포융합 바이러스, 인간 파보바이러스(B 19), A 및 B형 콕사키 바이러스, 에코바이러스, 폴리오바이러스, 리노바이러스, 알라스트림(소두창 바이러스), 두창(대두창 바이러스), 화이트폭스 레오바이러스, 콜티바이러스, 인간 로타바이러스 및 오르비바이러스(콜로라도 진드기 열 바이러스), 광견병 바이러스, 수포성 구내염 바이러스, 루비바이러스(풍진), 셈리키 삼림 바이러스, 세인트 루이스 뇌염 바이러스, 베네수엘라 말 뇌염 바이러스, 베네수엘라 말 뇌척수염 바이러스, 아레나바이러스(남아메리카 출혈열 바이러스라고도 함), 플렉살(Flexal), 림프구성 맥락수막염 바이러스(LCM)(향신경성 균주), 한탄 바이러스를 포함하는 한타바이러스, 리프트 밸리열 바이러스, 일본 뇌염 바이러스, 황열 바이러스, 원숭이두창 바이러스, 1형 및 2형 인간 면역결핍 바이러스(HIV), 1형 및 2형 인간 T 세포 림프친화성 바이러스(HTLV), 시미안 면역결핍 바이러스(SIV), 수포성 구내염 바이러스, 과나리토(Guanarito) 바이러스, 라싸열 바이러스, 후닌 바이러스, 마추포 바이러스, 사비아, 크리미안-콩고 출혈열 바이러스, 에볼라 바이러스, 마부르크 바이러스, 중부 유럽 진드기 매개 뇌염을 포함하는 진드기-매개 뇌염 바이러스 복합체(플라비), 극동 진드기-매개 뇌염, 한잘로바, 하이프르(Hypr), 쿰린지(Kumlinge), 카야사나 삼림병, 옴스크 출혈열, 및 러시아 봄 여름 뇌염 바이러스,헤르페스 시미안(헤르페스 B 또는 원숭이 B 바이러스), 쎄르코피테신 헤르페스바이러스 1(헤르페스 B 바이러스), 말 홍역바이러스(헨드라 및 헨드라-유사 바이러스), 니파 바이러스, 대두창 바이러스(두창 바이러스), 소두창 바이러스(앨러스트림), 아프리카 돼지열병 바이러스, 아프리카 말병 바이러스, 아카바네 바이러스, 조류 인플루엔자 바이러스(고병원성), 청설병 바이러스, 낙타천연두바이러스, 돼지 열병 바이러스, 코우드리아 루미난티움(Cowdria ruminantium)(심수병), 구제역 바이러스, 산양 두창바이러스, 일본 뇌염 바이러스, 괴피병 바이러스, 악성 카타르열 바이러스, 메낭글 바이러스, 뉴캐슬병 바이러스(VVND), 수포성 구내염 바이러스(외국), 및 지카 바이러스.
양태 61. 양태 60에 있어서, 바이러스 항원은 거대세포바이러스(CMV) 폴리펩티드인, TMMP.
양태 62. 양태 61에 있어서, CMV 폴리펩티드는 CMV pp65 폴리펩티드인, T 세포 조절 다량체 폴리펩티드.
양태 63. 양태 62에 있어서, 펩티드는 아미노산 서열 NLVPMVATV(서열번호 913)를 갖고, 9개 아미노산의 길이를 갖는, T 세포 조절 다량체 폴리펩티드.
양태 64. 양태 54 내지 63 중 어느 하나에 있어서, 제1 폴리펩티드와 제2 폴리펩티드는 하나 이상의 이황화 결합을 통해 서로 공유 연결되는, TMMP.
양태 65. 양태 64에 있어서, β2M 폴리펩티드 및 MHC 중쇄 폴리펩티드는 β2M 폴리펩티드의 Cys 잔기와 MHC 중쇄 폴리펩티드의 Cys 잔기를 결합시키는 이황화 결합에 의해 결합되는, TMMP.
양태 66. 양태 65에 있어서, β2M 폴리펩티드의 아미노산 잔기 12에서의 Cys은 MHC 중쇄 폴리펩티드의 아미노산 잔기 236에서의 Cys에 이황화 결합되는, TMMP.
양태 67. 양태 64에 있어서, 제1 폴리펩티드 사슬은 펩티드 에피토프와 β2M 폴리펩티드 사이에서 링커를 포함하고, 이황화 결합은 링커에 존재하는 Cys를 MHC 중쇄 폴리펩티드의 위치 84에 있는 Cys와 연결시키는, TMMP.
양태 68. 양태 44 내지 양태 67 중 어느 하나에 있어서, 제1 및 제2 폴리펩티드는 적어도 2개의 이황화 결합을 통해 서로 공유 연결되는, TMMP.
양태 69. 양태 68에 있어서,
a) 제1 이황화 결합은 i) 펩티드 에피토프와 β2M 폴리펩티드 사이의 링커에 존재하는 Cys; 및 ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드의 위치 84에서의 Cys 잔기 사이의 결합이고;
b) 제2 이황화 결합은 i) β2M 폴리펩티드의 위치 12에서의 Cys 잔기; 및 ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드의 위치 236에서의 Cys 잔기 사이의 결합인, TMMP.
양태 70. 양태 69에 있어서, 링커는 아미노산 서열 GCGGS(서열번호 977)를 포함하는, TMMP.
양태 71. 양태 70에 있어서, 링커는 아미노산 서열 GCGGS(GGGGS)n(서열번호 978)을 포함하고, 여기서, n은 1 내지 10의 정수인, TMMP.
양태 72. 양태 44 내지 71 중 어느 하나에 있어서, MHC 클래스 I 중쇄는 HLA-E 대립유전자 중쇄 폴리펩티드인, TMMP.
양태 73. 양태 57에 있어서,
a) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드로서, 아미노산 서열 YLQPRTFLL(서열번호 218)을 포함하는, SARS-CoV-2 펩티드;
ii) 링커; 및
iii) β2M 폴리펩티드로서, 도 32g에 도시된 β2M 아미노산 서열과 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, β2M 폴리펩티드;
b) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는, TMMP:
i) TTP로서, 항-CD19 단쇄 Fv 항체인 TTP;
ii) 링커;
iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드로서, MHC 클래스 I 중쇄는 도 32d에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
iv) 링커; 및
v) Ig Fc 폴리펩티드로서, 도 32e에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 Ig Fc 폴리펩티드.
양태 74. 양태 73에 있어서,
i) β2M 폴리펩티드는 위치 12에서 Cys를 포함하고;
ii) TTP는 도 32c에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
iii) MHC 클래스 I 중쇄는 위치 84에서 Cys 및 위치 236에서 Cys를 포함하고;
iv) Ig Fc 폴리펩티드는 위치 14에서 Ala 및 위치 15에서 Ala를 포함하는, TMMP.
양태 75. 양태 74에 있어서,
a) 제1 폴리펩티드는 도 32b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
b) 제2 폴리펩티드는 도 33에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, TMMP.
양태 76. 양태 44 내지 75 중 어느 하나에 따른 2개의 이종이량체를 포함하는 동종이량체로서, 2개의 이종이량체는 제1 및 제2 이종이량체에 존재하는 Ig Fc 폴리펩티드 사이의 하나 이상의 이황화 결합에 의해 서로 공유 연결되는, 동종이량체.
양태 77. 양태 44 내지 75 중 어느 하나의 이종이량체 또는 양태 76의 동종이량체를 포함하는, 약학적 조성물.
양태 78. 양태 44 내지 76 중 어느 하나에 따른 제1 및/또는 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산.
양태 79. 양태 78의 핵산을 포함하는 발현 벡터.
양태 80. 에피토프에 특이적인 T 세포의 활성을 선택적으로 조절하는 방법으로서, 상기 방법은 T 세포를 양태 44 내지 75 중 어느 하나에 따른 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드 또는 양태 74에 따른 동종이량체와 접촉시키는 단계를 포함하고, 상기 접촉시키는 단계는 에피토프-특이적 T 세포의 활성을 선택적으로 조절하는, 방법.
양태 81. 암환자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 양태 44 내지 75 중 어느 하나에 따른 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드를 포함하는 약학적 조성물의 유효량 또는 양태 76에 따른 동종이량체의 유효량을 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
양태 82. 양태 81에 있어서, 암은 암종, 육종, 흑색종, 백혈병, 또는 림프종인, 방법.
양태 83. 양태 81 또는 82에 있어서, 상기 투여하는 단계는 근육내, 정맥내, 종양주위, 또는 종양내 투여하는 단계인, 방법.
양태 84. 양태 81 내지 83 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드를 포함하는 약학적 조성물의 유효량을 환자에게 투여하기 전에 SARS-CoV-2 백신을 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
양태 85. 양태 81 내지 84 중 어느 하나에 있어서, 면역 관문 억제제를 환자에게 공동 투여하는 단계를 포함하되, 임의로 면역 관문 억제제는 PD-L1, PD-1, 또는 CTLA4에 특이적인 항체인, 방법.
양태 86. 양태 85에 있어서, 관문 억제제는 PD-1에 특이적인 항체이고, 환자는 20 이하의 CPS 점수를 갖는, 방법.
양태 87. 양태 81에 있어서, 암은 혈액암인, 방법.
양태 88. 양태 81 내지 88 중 어느 하나에 있어서, 암은 HLA 상실을 나타내는, 방법.
양태 세트 B
구현예를 포함하여, 전술한 본 주제의 양태는 단독으로 유익하거나 하나 이상의 다른 양태 또는 구현예와 조합했을 때 유익할 수 있다. 전술한 것에 국한되지 않고없이, 본 개시의 소정의 비제한적 양태가 이하에 제공된다. 본 개시를 읽은 후 당업자에게 자명하게 되듯이, 개별적으로 넘버링된 양태의 각각이 사용되거나 개별적으로 넘버링된 전술한 양태 또는 다음 양태 중 어느 하나와 조합될 수 있다. 이는 양태의 모든 이러한 조합을 뒷받침하도록 의도되며, 이하에 명시적으로 제공되는 양태의 조합으로 제한되지는 않는다:
양태 1. 적어도 하나의 이종이량체를 포함하는 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드로서,
상기 적어도 하나의 이종이량체는 다음을 포함하고:
a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드:
i) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드로서, 약 4개 아미노산 내지 약 25개 아미노산의 길이를 갖는 펩티드; 및
ii) 제1 주요 조직적합성 복합체(MHC) 폴리펩티드로서, 제1 MHC 폴리펩티드는 β2 마이크로글로불린(β2M) 폴리펩티드인, 제1 MHC;
b) 제2 MHC 폴리펩티드를 포함하는 제2 폴리펩티드로서, 제2 MHC 폴리펩티드는 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드인, 제2 폴리펩티드;
c) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드로서, 제1 및/또는 제2 폴리펩티드는 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드를 포함하는, 면역조절 폴리펩티드;
d) 면역글로불린 (Ig) Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드로서, 제1 또는 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드를 포함하는, Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드;
e) 종양-표적화 폴리펩티드(TTP)로서, 제1 및/또는 제2 폴리펩티드는 TTP를 포함하는, TTP를 포함하고;
임의로, 상기 TMMP 조합 각각에서의 제1 및/또는 제2 폴리펩티드의 개별 성분 중 하나 이상은 하나 이상의 독립적으로 선택된 링커에 의해 함께 연결되는, TMMP.
양태 2. 양태 1에 있어서,
a1) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드;
b1) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) TTP;
ii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; 및
iv) Ig Fc 폴리펩티드;
a2) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드; 및
b2) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) TTP;
ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
iii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드; 및
iv) Ig Fc 폴리펩티드;
a3) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드; 및
b3) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) TTP;
ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
iii) Ig Fc 폴리펩티드; 및
iv) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
a4) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
ii) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드; 및
iii) β2M 폴리펩티드;
b4) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) TTP;
ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; 및
iii) Ig Fc 폴리펩티드;
a5) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드;
ii) β2M 폴리펩티드; 및
iii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
b5) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) TTP;
ii) MHC 클래스 I 중쇄; 및
iii) Ig Fc 폴리펩티드;
a6) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드; 및
b6) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
iii) Ig Fc 폴리펩티드; 및
iv) TTP;
a7) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드; 및
b7) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
ii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
iii) Ig Fc 폴리펩티드; 및
iv) TTP;
a8) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드; 및
b8) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
ii) Ig Fc 폴리펩티드;
iii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드; 및
iv) TTP;
a9) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
ii) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드; 및
iii) β2M 폴리펩티드; 및
b9) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
ii) Ig Fc 폴리펩티드; 및
iii) TTP;
a10) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드;
ii) β2M 폴리펩티드; 및
iii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
b10) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) MHC 클래스 I 중쇄;
ii) Ig Fc 폴리펩티드; 및
iii) TTP;
a11) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드;
ii) β2M 폴리펩티드; 및
iii) TTP;
b11) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; 및
iii) Ig Fc 폴리펩티드;
a12) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드;
ii) β2M 폴리펩티드; 및
iii) TTP;
b12) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
ii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드; 및
iii) Ig Fc 폴리펩티드;
a13) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드;
ii) β2M 폴리펩티드; 및
iii) TTP;
b13) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
ii) Ig Fc 폴리펩티드; 및
iii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
a14) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
ii) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드;
iii) β2M 폴리펩티드; 및
iv) TTP;
b14) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; 및
iii) Ig Fc 폴리펩티드;
a15) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드;
ii) β2M 폴리펩티드;
iii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드; 및
iv) TTP;
b15) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) MHC 클래스 I 중쇄; 및
ii) Ig Fc 폴리펩티드;
임의로, 상기 TMMP 조합 각각에서의 제1 및/또는 제2 폴리펩티드의 개별 성분 중 하나 이상은 하나 이상의 독립적으로 선택된 링커에 의해 함께 연결되는, TMMP.
양태 3. 양태 1에 있어서,
a1) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드; 및
b1) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) TTP;
ii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드;
iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; 및
iv) Ig Fc 폴리펩티드;
a2) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드; 및
b2) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) TTP;
ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
iii) Ig Fc 폴리펩티드; 및
iv) 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드;
a3) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드; 및
ii) β2M 폴리펩티드; 및
b3) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) TTP;
ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
iii) 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드; 및
iv) Ig Fc 폴리펩티드,
임의로, 상기 TMMP 조합 각각에서의 제1 및/또는 제2 폴리펩티드의 개별 성분 중 하나 이상은 하나 이상의 독립적으로 선택된 링커에 의해 함께 연결되는, TMMP.
양태 4. 양태 1 내지 3 중 어느 하나에 있어서,
제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균의 펩티드;
ii) 펩티드 링커; 및
iii) β2M 폴리펩티드;
제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) TTP;
ii) 펩티드 링커;
iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
iv) 펩티드 링커;
v) Ig Fc 폴리펩티드;
vi) 펩티드 링커; 및
vii) 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드,
여기서, TMMP가 2개 이상의 면역조절 폴리펩티드를 포함하는 경우, 면역조절 폴리펩티드는 하나 이상의 독립적으로 선택된 펩티드 링커에 의해 함께 연결되고, 임의로, TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 약 12개 아미노산 이하, 예를 들어 10개 아미노산 이하의 길이(예를 들어, (GGGGS)2 (서열번호947) 링커), 8개 아미노산 이하의 길이, 7개 아미노산 이하의 길이, 6개 아미노산 이하의 길이, 또는 5개 아미노산 이하의 길이(예를 들어 GGGGS (서열번호873) 링커)를 포함하는, TMMP.
양태 5. 양태 1 내지 4 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드 중 적어도 하나는 상응하는 동족 공동면역조절 폴리펩티드에 대한 야생형 면역조절 폴리펩티드의 친화도에 비해 동족 공동면역조절 폴리펩티드에 대해 감소된 친화도를 나타내는 변이체 면역조절 폴리펩티드인, TMMP.
양태 6. 양태 5에 있어서, 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드 중 적어도 하나는 변이체 IL-2 폴리펩티드이고, 변이체 IL-2 폴리펩티드는 IL-2Rα 및 IL-2Rβ에 결합하고, IL-2 변이체는 IL-2Rα에 대한 감소된 결합 및 IL-Rβ에 대한 감소된 결합을 나타내고, 임의로 변이체 IL-2는 다음을 포함하고: a) H16A 및 F42A 치환; 또는 b) H16T 및 F42A 치환, 임의로 하나 이상의 면역조절 폴리펩티드는 변이체 IL-2 폴리펩티드의 단일 카피인, TMMP.
양태 7. 양태 1 내지 6 중 어느 하나에 있어서, 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드를 포함하고, Ig Fc 폴리펩티드는 IgG1 Fc 폴리펩티드인, TMMP.
양태 8. 양태 7에 있어서, IgG1 Fc는 항체 의존적 세포 매개 세포독성(ADCC) 및/또는 보체 의존적 세포독성(CDC)을 감소시키거나 실질적으로 제거하는 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는, TMMP.
양태 9. 양태 8에 있어서, IgG1 Fc 폴리펩티드는 L234A 및 L235A 치환을 포함하고, L234 및 L235는 도 2a에 도시된 아미노산 서열의 아미노산 14 및 15에 상응하는, TMMP.
양태 10. 양태 9에 있어서, 하나 이상의 링커 중 적어도 하나는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하고, 여기서 n은 1 내지 10의 정수인, TMMP.
양태 11. 양태 1 내지 10 중 어느 하나에 있어서, TMMP는 적어도 2개의 면역조절 폴리펩티드를 포함하고, 면역조절 폴리펩티드 중 적어도 2개는 동일한, TMMP.
양태 12. 양태 11에 있어서, 2개 이상의 면역조절 폴리펩티드는 탠덤인, TMMP.
양태 13. 양태 12에 있어서, 2개 이상의 면역조절 폴리펩티드는 펩티드 링커에 의해 분리되는, TMMP.
양태 14. 양태 1 내지 13 중 어느 하나에 있어서, TTP는 단쇄 Fv (scFv) 항체 또는 나노바디인, TMMP.
양태 15. 양태 1 내지 14 중 어느 하나에 있어서, TTP는 메소텔린, TROP-2, Her2, CD19, WT1, MUC1, BCMA, PSMA, B7-H3, CEACAM, CD20, CD22, CD30, CD38, CD138, 및 클라우딘 폴리펩티드로부터 선택된 항원에 결합하는, TMMP.
양태 16. 양태 1 내지 15 중 어느 하나에 있어서, TTP는 CD19 항원에 결합하는, TMMP.
양태 17. 양태 1 내지 16 중 어느 하나에 있어서, SARS-CoV-2 펩티드 또는 또 다른 병원균은 8개 아미노산 내지 14개 아미노산, 임의로 9개 아미노산 내지 12개 아미노산의 길이를 갖는, TMMP.
양태 18. 양태 1 내지 16 중 어느 하나에 있어서, SARS-CoV-2 펩티드는 SARS-CoV-2 표면 당단백질의 4 내지 25개의 연속 아미노산을 포함하는, TMMP.
양태 19. 양태 18에 있어서, SARS-CoV-2 펩티드는 도 13j에 도시된 표면 당단백질이고, 임의로 SARS-CoV-2 펩티드는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는, TMMP: STQDLFLPFF (서열번호 845), FCNDPFLGVYY (서열번호 846), SSANNCTFEY (서열번호 847), STECSNLLLQY (서열번호 848), YTNSFTRGVY (서열번호 849), CVADYSVLY (서열번호 850), LTDEMIAQY (서열번호 851), KIADYNYKL (서열번호 219), KLPDDFTGCV (서열번호 852), SFELLHAPATV (서열번호 853), LLFNKVTLA (서열번호 221), VLNDILSRL (서열번호 222), RLDKVEAEV (서열번호 223), RLQSLQTYV (서열번호 224), HLMSFPQSA (서열번호 225), RLNEVAKNL (서열번호 854), NLNESLIDL (서열번호 855), FIAGLIAIV (서열번호 226), VVFLHVTYV (서열번호 856), YLQPRTFLL (서열번호 218), SIIAYTMSL (서열번호 220), TLDSKTQSL (서열번호 534), KCYGVSPTK (서열번호 857), TVYDPLQPELDSFK (서열번호 333), GVYFASTEK (서열번호 289), GTHWFVTQR (서열번호 332), YYVGYLQPRTF (서열번호 392), NYNYLYRLF (서열번호 394), YFPLQSYGF (서열번호 395), VYDPLQPELDSF (서열번호 858), YEQYIKWPWYI (서열번호 859), KWPWYIWLGF (서열번호 860), GTITSGWTF (서열번호 861), QYIKWPWYI (서열번호 400), RFDNPVLPF (서열번호 389), EILDITPCSF (서열번호 862), FVFKNIDGY (서열번호 592), SVASQSIIAY (서열번호 863), WTAGAAAYY (서열번호 145), VASQSIIAY (서열번호 597), TPINLVRDL (서열번호 476), SPRRARSVA (서열번호 481), APHGVVFLHV (서열번호 864), LPQGFSAL (서열번호 477), QPYRVVVL (서열번호 479), MIAQYTSAL (서열번호 865), FPQSAPHGVVF (서열번호 600), SEPVLKGVKL (서열번호 484), TEKSNIIRGW (서열번호 711), TECSNLLLQY (서열번호 866), 및 REGVFVSNGTHW (서열번호 715).
양태 20. 양태 1 내지 19 중 어느 하나에 있어서, SARS-CoV-2 펩티드는 YLQPRTFLL (서열번호 218), YLQPRTLFL (서열번호 887), YLQPRTLIL (서열번호 1201), and YLQPRTLVL (서열번호 1202)로부터 선택된 아미노산 서열을 가지며, SARS-CoV-2 펩티드는 9개 아미노산의 길이를 갖는, TMMP.
양태 21. 양태 1 내지 19 중 어느 하나에 있어서, 제1 폴리펩티드와 제2 폴리펩티드는 하나 이상의 이황화 결합을 통해 서로 공유 연결되는, TMMP.
양태 22. 양태 21에 있어서, β2M 폴리펩티드 및 MHC 중쇄 폴리펩티드는 β2M 폴리펩티드의 Cys 잔기와 MHC 중쇄 폴리펩티드의 Cys 잔기를 결합시키는 이황화 결합에 의해 결합되는, TMMP.
양태 23. 양태 22에 있어서, β2M 폴리펩티드의 아미노산 잔기 12에서의 Cys은 MHC 중쇄 폴리펩티드의 아미노산 잔기 236에서의 Cys에 이황화 결합되는, TMMP.
양태 24. 양태 21에 있어서, 제1 폴리펩티드 사슬은 펩티드 에피토프와 β2M 폴리펩티드 사이에서 펩티드 링커를 포함하고, 이황화 결합은 링커에 존재하는 Cys를 MHC 중쇄 폴리펩티드의 위치 84에 있는 Cys와 연결시키는, TMMP.
양태 25. 양태 4에 있어서,
a) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드로서, 아미노산 서열 YLQPRTFLL(서열번호 218)을 포함하는, SARS-CoV-2 펩티드;
ii) 펩티드 링커; 및
iii) β2M 폴리펩티드로서, 도 32g에 도시된 β2M 아미노산 서열과 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, β2M 폴리펩티드;
b) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는, TMMP:
i) TTP로서, 항-CD19 단쇄 Fv 항체인 TTP;
ii) 펩티드 링커;
iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드로서, MHC 클래스 I 중쇄는 도 32d에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
iv) 펩티드 링커;
v) Ig Fc 폴리펩티드로서, 도 32e에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 Ig Fc 폴리펩티드;
vi) 펩티드 링커;
vii) 제1 면역조절 폴리펩티드로서, 도 32f에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제1 면역조절 폴리펩티드;
viii) 펩티드 링커; 및
ix) 제2 면역조절 폴리펩티드로서, 도 32f에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 제2 면역조절 폴리펩티드.
양태 26. 양태 25에 있어서,
i) β2M 폴리펩티드는 위치 12에서 Cys를 포함하고;
ii) TTP는 도 32c에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
iii) MHC 클래스 I 중쇄는 위치 84에서 Cys 및 위치 236에서 Cys를 포함하고;
iv) Ig Fc 폴리펩티드는 위치 14에서 Ala 및 위치 15에서 Ala를 포함하고;
v) 제1 면역조절 폴리펩티드 및 제2 면역조절 폴리펩티드 둘 다는 위치 16에서 Ala 및 위치 42에서 Ala를 포함하는, TMMP.
양태 27. 양태 26에 있어서,
a) 제1 폴리펩티드는 도 32b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
b) 제2 폴리펩티드는 도 32a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, TMMP.
양태 28. 양태 27에 있어서,
a) 제1 폴리펩티드는 도 32b에 도시된 아미노산 서열을 포함하고;
b) 제2 폴리펩티드는 도 32a에 도시된 아미노산 서열을 포함하는, TMMP.
양태 29. 양태 1 내지 양태 24 중 어느 하나에 있어서, 제1 및 제2 폴리펩티드는 적어도 2개의 이황화 결합을 통해 서로 공유 연결되는, TMMP.
양태 30. 양태 25에 있어서,
a) 제1 이황화 결합은 i) 펩티드 에피토프와 β2M 폴리펩티드 사이의 링커에 존재하는 Cys; 및 ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드의 위치 84에서의 Cys 잔기 사이의 결합이고;
b) 제2 이황화 결합은 i) β2M 폴리펩티드의 위치 12에서의 Cys 잔기; 및 ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드의 위치 236에서의 Cys 잔기 사이의 결합인, TMMP.
양태 31. 양태 30에 있어서, 링커는 아미노산 서열 GCGGS(서열번호 977) 또는 아미노산 서열 GCGGS(GGGGS)n(서열번호 978)을 포함하고, 여기서, n은 1 내지 10의 정수인, TMMP.
양태 32. 양태 1 내지 31 중 어느 하나에 있어서, MHC 클래스 I 중쇄는 HLA-E 대립유전자 중쇄 폴리펩티드인, TMMP.
양태 33. 양태 1 내지 32 중 어느 하나에 있어서, 제2 폴리펩티드는 TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 사이에서 링커를 포함하되, 펩티드 링커는 약 25개 아미노산 미만, 약 20개 아미노산 미만, 약 15개 아미노산 미만, 약 10개 아미노산 미만, 약 8개 아미노산 미만, 또는 약 6개 아미노산 미만의 길이를 갖는, TMMP.
양태 34. 양태 4 내지 32 중 어느 하나에 있어서, 제2 폴리펩티드는 TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 사이에서 링커를 포함하고, 펩티드 링커는 약 12개 아미노산 이하, 예를 들어 10개 아미노산 이하의 길이(예를 들어, (GGGGS)2 (서열번호947) 링커), 8개 아미노산 이하의 길이, 7개 아미노산 이하의 길이, 6개 아미노산 이하의 길이, 또는 5개 아미노산 이하의 길이(예를 들어 GGGGS (서열번호873) 링커)를 포함하는, TMMP.
양태 35. 양태 34에 있어서, 펩티드 링커는 5개 아미노산 이하의 길이이고 임의로 아미노산 서열 GGGGS(서열번호 873)를 갖거나, 10개 아미노산 이하의 길이이고 임의로 아미노산 서열 (GGGGS)2(서열번호 947)를 갖는, TMMP.
양태 36. 양태 33 내지 35 중 어느 하나에 있어서, 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드와 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드 중 하나 사이에서 펩티드 링커를 포함하고, Ig Fc 폴리펩티드와 면역조절 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 (GGGGS)3(서열번호 875) 또는 (AP)4(서열번호 963)인, TMMP.
양태 37. 양태 1에 있어서,
a1) 제1 폴리펩티드는 도 32b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
b1) 제2 폴리펩티드는 도 38a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나;
a2) 제1 폴리펩티드는 도 32b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
b2) 제2 폴리펩티드는 도 38b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나;
a3) 제1 폴리펩티드는 도 32b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
b3) 제2 폴리펩티드는 도 38c에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나;
a4) 제1 폴리펩티드는 도 32b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
b4) 제2 폴리펩티드는 도 38d에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나;
a5) 제1 폴리펩티드는 도 32b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
b5) 제2 폴리펩티드는 도 38e에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나;
a6) 제1 폴리펩티드는 도 32b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
b6) 제2 폴리펩티드는 도 38f에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나;
a7) 제1 폴리펩티드는 도 32b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
b7) 제2 폴리펩티드는 도 38g에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나;
a8) 제1 폴리펩티드는 도 32b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
b8) 제2 폴리펩티드는 도 38h에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나;
a9) 제1 폴리펩티드는 도 32b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
b9) 제2 폴리펩티드는 도 42a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나;
a10) 제1 폴리펩티드는 도 32b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
b10) 제2 폴리펩티드는 도 42b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나;
a11) 제1 폴리펩티드는 도 32b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
b11) 제2 폴리펩티드는 도 42c에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, TMMP.
양태 38. 양태 1에 있어서,
a1) 제1 폴리펩티드는 도 41b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
b1) 제2 폴리펩티드는 도 41a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, TMMP.
양태 39. 양태 1에 있어서,
a1) 제1 폴리펩티드는 도 41c에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
b1) 제2 폴리펩티드는 도 41a에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, TMMP.
양태 40. 양태 1 내지 39 중 어느 하나에 따른 2개의 이종이량체를 포함하는 동종이량체로서, 2개의 이종이량체는 제1 및 제2 이종이량체에 존재하는 Ig Fc 폴리펩티드 사이의 하나 이상의 이황화 결합에 의해 서로 공유 연결되는, 동종이량체.
양태 41. 양태 1 내지 39 중 어느 하나의 이종이량체 또는 양태 40의 동종이량체를 포함하는, 약학적 조성물.
양태 42. 다음을 포함하는 조성물:
a) 양태 1 내지 39 중 어느 하나에 따른 제1 및 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산; 또는
b) 제1 및 제2 핵산으로서,
i) 양태 1 내지 39 중 어느 하나에 따른 제1 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 제1 핵산; 및
ii) 양태 1 내지 39 중 어느 하나에 따른 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 제2 핵산.
양태 43. 다음을 포함하는 조성물:
a) 양태 42(a)의 핵산을 포함하는 발현 벡터; 또는
b) 양태 42(b)의 핵산을 포함하는 하나 이상의 발현 벡터.
양태 44. 에피토프에 특이적인 T 세포의 활성을 선택적으로 조절하는 방법으로서, 상기 방법은 T 세포를 양태 1 내지 39 중 어느 하나에 따른 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드 또는 양태 40에 따른 동종이량체와 접촉시키는 단계를 포함하고, 상기 접촉시키는 단계는 에피토프-특이적 T 세포의 활성을 선택적으로 조절하는, 방법.
양태 45. 암환자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 양태 1 내지 39 중 어느 하나에 따른 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드를 포함하는 약학적 조성물의 유효량 또는 양태 40에 따른 동종이량체의 유효량을 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
양태 46. 양태 45에 있어서, 암은 암종, 육종, 흑색종, 백혈병, 또는 림프종인, 방법.
양태 47. 양태 45 또는 46에 있어서, 상기 투여하는 단계는 근육내, 정맥내, 종양주위, 또는 종양내 투여하는 단계인, 방법.
양태 48. 양태 45 내지 47 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드를 포함하는 약학적 조성물의 유효량을 환자에게 투여하기 전에 SARS-CoV-2 백신을 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
양태 49. 양태 45 내지 48 중 어느 하나에 있어서, 면역 관문 억제제를 환자에게 공동 투여하는 단계를 포함하되, 임의로 면역 관문 억제제는 PD-L1, PD-1, 또는 CTLA4에 특이적인 항체인, 방법.
양태 50. 적어도 하나의 이종이량체를 포함하는 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드로서,
상기 적어도 하나의 이종이량체는 다음을 포함하고:
a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드:
i) 약 4개 아미노산 내지 약 25개 아미노산의 길이를 갖는 펩티드 에피토프; 및
ii) 제1 주요 조직적합성 복합체(MHC) 폴리펩티드로서, 제1 MHC 폴리펩티드는 β2 마이크로글로불린(β2M) 폴리펩티드인, 제1 MHC;
b) 제2 MHC 폴리펩티드를 포함하는 제2 폴리펩티드로서, 제2 MHC 폴리펩티드는 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드인, 제2 폴리펩티드;
c) 면역글로불린 (Ig) Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드로서, 제1 또는 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드를 포함하는, Ig Fc 폴리펩티드 또는 비-Ig 스캐폴드;
d) 종양-표적화 폴리펩티드(TTP)로서, 제1 및/또는 제2 폴리펩티드는 TTP를 포함하되;
TMMP는 면역조절 폴리펩티드를 포함하지 않고,
임의로, 상기 TMMP 조합 각각에서의 제1 및/또는 제2 폴리펩티드의 개별 성분 중 하나 이상은 하나 이상의 독립적으로 선택된 링커에 의해 함께 연결되는, TMMP.
양태 51. 양태 50에 있어서,
a1) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) 펩티드 에피토프; 및
ii) β2M 폴리펩티드;
b1) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) TTP;
ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드; 및
iv) Ig Fc 폴리펩티드;
a2) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) 펩티드 에피토프; 및
ii) β2M 폴리펩티드;
b2) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하거나:
i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
ii) Ig Fc 폴리펩티드; 및
iii) TTP;
a3) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) 펩티드 에피토프; 및
ii) β2M 폴리펩티드;
b3) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
ii) TTP; 및
iii) Ig Fc 폴리펩티드;
ii) β2M 폴리펩티드;
임의로, 상기 TMMP 조합 각각에서의 제1 및/또는 제2 폴리펩티드의 개별 성분 중 하나 이상은 하나 이상의 독립적으로 선택된 링커에 의해 함께 연결되는, TMMP.
양태 52. 양태 50 또는 양태 51에 있어서,
제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) 펩티드 에피토프;
ii) 펩티드 링커; 및
iii) β2M 폴리펩티드;
제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) TTP;
ii) 펩티드 링커;
iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
iv) 펩티드 링커; 및
v) Ig Fc 폴리펩티드,
임의로 TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 약 12개 아미노산 이하, 예를 들어 10개 아미노산 이하의 길이(예를 들어, (GGGGS)2 (서열번호947) 링커), 8개 아미노산 이하의 길이, 7개 아미노산 이하의 길이, 6개 아미노산 이하의 길이, 또는 5개 아미노산 이하의 길이(예를 들어 GGGGS (서열번호873) 링커)를 포함하는, TMMP.
양태 53. 양태 50 내지 52 중 어느 하나에 있어서, 제2 폴리펩티드는 Ig Fc 폴리펩티드를 포함하고, Ig Fc 폴리펩티드는 IgG1 Fc 폴리펩티드인, TMMP.
양태 54. 양태 53에 있어서, IgG1 Fc는 항체 의존적 세포 매개 세포독성(ADCC) 및/또는 보체 의존적 세포독성(CDC)을 감소시키거나 실질적으로 제거하는 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는, TMMP.
양태 55. 양태 54에 있어서, IgG1 Fc 폴리펩티드는 L234A 및 L235A 치환을 포함하고, L234 및 L235는 도 2a에 도시된 아미노산 서열의 아미노산 14 및 15에 상응하는, TMMP.
양태 56. 양태 52에 있어서, 하나 이상의 링커 중 적어도 하나는 아미노산 서열 (GGGGS)n(서열번호 934)을 포함하고, 여기서 n은 1 내지 10의 정수인, TMMP.
양태 57. 양태 50 내지 56 중 어느 하나에 있어서, TTP는 단쇄 Fv (scFv) 항체 또는 나노바디인, TMMP.
양태 58. 양태 50 내지 57 중 어느 하나에 있어서, TTP는 메소텔린, TROP-2, Her2, CD19, WT1, MUC1, BCMA, PSMA, B7-H3, CEACAM, CD20, CD22, CD30, CD38, CD138, 및 클라우딘 폴리펩티드로부터 선택된 항원에 결합하는, TMMP.
양태 59. 양태 50 내지 58 중 어느 하나에 있어서, TTP는 CD19 항원에 결합하는, TMMP.
양태 60. 양태 50 내지 59 중 어느 하나에 있어서, 펩티드 에피토프는 8개 아미노산 내지 14개 아미노산, 임의로 9개 아미노산 내지 12개 아미노산의 길이를 갖는, TMMP.
양태 61. 양태 50 내지 60 중 어느 하나에 있어서, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2 표면 당단백질의 4 내지 25개의 연속 아미노산을 포함하는, TMMP.
양태 62. 양태 61에 있어서, SARS-CoV-2 펩티드는 도 13j에 도시된 표면 당단백질이고, 임의로 SARS-CoV-2 펩티드는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는, TMMP: STQDLFLPFF (서열번호 845), FCNDPFLGVYY (서열번호 846), SSANNCTFEY (서열번호 847), STECSNLLLQY (서열번호 848), YTNSFTRGVY (서열번호 849), CVADYSVLY (서열번호 850), LTDEMIAQY (서열번호 851), KIADYNYKL (서열번호 219), KLPDDFTGCV (서열번호 852), SFELLHAPATV (서열번호 853), LLFNKVTLA (서열번호 221), VLNDILSRL (서열번호 222), RLDKVEAEV (서열번호 223), RLQSLQTYV (서열번호 224), HLMSFPQSA (서열번호 225), RLNEVAKNL (서열번호 854), NLNESLIDL (서열번호 855), FIAGLIAIV (서열번호 226), VVFLHVTYV (서열번호 856), YLQPRTFLL (서열번호 218), SIIAYTMSL (서열번호 220), TLDSKTQSL (서열번호 534), KCYGVSPTK (서열번호 857), TVYDPLQPELDSFK (서열번호 333), GVYFASTEK (서열번호 289), GTHWFVTQR (서열번호 332), YYVGYLQPRTF (서열번호 392), NYNYLYRLF (서열번호 394), YFPLQSYGF (서열번호 395), VYDPLQPELDSF (서열번호 858), YEQYIKWPWYI (서열번호 859), KWPWYIWLGF (서열번호 860), GTITSGWTF (서열번호 861), QYIKWPWYI (서열번호 400), RFDNPVLPF (서열번호 389), EILDITPCSF (서열번호 862), FVFKNIDGY (서열번호 592), SVASQSIIAY (서열번호 863), WTAGAAAYY (서열번호 145), VASQSIIAY (서열번호 597), TPINLVRDL (서열번호 476), SPRRARSVA (서열번호 481), APHGVVFLHV (서열번호 864), LPQGFSAL (서열번호 477), QPYRVVVL (서열번호 479), MIAQYTSAL (서열번호 865), FPQSAPHGVVF (서열번호 600), SEPVLKGVKL (서열번호 484), TEKSNIIRGW (서열번호 711), TECSNLLLQY (서열번호 866), 및 REGVFVSNGTHW (서열번호 715).
양태 63. 양태 50 내지 60 중 어느 하나에 있어서, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2 펩티드 에피토프이고, SARS-CoV-2 펩티드는 YLQPRTFLL (서열번호 218), YLQPRTLFL (서열번호 887), YLQPRTLIL (서열번호 1201), and YLQPRTLVL (서열번호 1202)로부터 선택된 아미노산 서열을 가지며, SARS-CoV-2 펩티드는 9개 아미노산의 길이를 갖는, TMMP.
양태 64. 양태 50 내지 60 중 어느 하나에 있어서, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2 펩티드 에피토프이고, SARS-CoV-2 폴리펩티드는 비구조적 폴리펩티드이고, 임의로 비구조적 폴리펩티드는 NSP13인, TMMP.
양태 65. 양태 64에 있어서, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2 펩티드 에피토프이고, SARS-CoV-2 펩티드는 아미노산 서열 VMPLSAPTL(서열번호 914)을 갖고 9개 아미노산의 길이를 갖는, TMMP.
양태 66. 양태 1 내지 60 중 어느 하나에 있어서, 펩티드 에피토프는 SARS-CoV-2 에피토프 이외의 병원균의 에피토프이고, 임의로 펩티드 에피토프는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된 바이러스의 바이러스 에피토프인, TMMP: 아데노바이러스, 아데노-연관 바이러스, 알파바이러스(토가바이러스), 동부 말 뇌염바이러스, 동부 말 뇌척수염 바이러스, 베네수엘라 말 뇌척수염 백신 균주 TC-83, 서부 말 뇌척수염 바이러스, 아레나바이러스, 림프구성 맥락수막염 바이러스(비-향신경성 균주), 타카리베(Tacaribe) 바이러스 복합체, 분야바이러스, 부냠웨라열 바이러스, 리프트 밸리열 바이러스 백신 균주 MP-12, 치쿤구니야 바이러스, 칼시바이러스, 코로나바이러스, 카우폭스 바이러스, 팔라비바이러스(토가바이러스)-그룹 B 아르보바이러스, 뎅기 바이러스 혈청형 1, 2, 3 및 4, 황열 바이러스 백신 균주 17D, A, B, C, D 및 E형 간염 바이러스, 거대세포바이러스, 엡스타인 바르 바이러스, 동부 말 뇌염 바이러스, 1형 및 2형 단순 포진, 대상포진, 6 및 7형 인간 헤르페스 바이러스, C형 간염 바이러스(HVC), B형 간염 바이러스(HBV), A, B 및 C형 인플루엔자 바이러스, 파포바바이러스, 뉴캐슬병바이러스, 홍역 바이러스, 볼거리 바이러스, 1, 2, 3 및 4형 파라인플루엔자 바이러스, 폴리오마바이러스(JC 바이러스, BK 바이러스), 호흡기세포융합 바이러스, 인간 파보바이러스(B 19), A 및 B형 콕사키 바이러스, 에코바이러스, 폴리오바이러스, 리노바이러스, 알라스트림(소두창 바이러스), 두창(대두창 바이러스), 화이트폭스 레오바이러스, 콜티바이러스, 인간 로타바이러스 및 오르비바이러스(콜로라도 진드기 열 바이러스), 광견병 바이러스, 수포성 구내염 바이러스, 루비바이러스(풍진), 셈리키 삼림 바이러스, 세인트 루이스 뇌염 바이러스, 베네수엘라 말 뇌염 바이러스, 베네수엘라 말 뇌척수염 바이러스, 아레나바이러스(남아메리카 출혈열 바이러스라고도 함), 플렉살(Flexal), 림프구성 맥락수막염 바이러스(LCM)(향신경성 균주), 한탄 바이러스를 포함하는 한타바이러스, 리프트 밸리열 바이러스, 일본 뇌염 바이러스, 황열 바이러스, 원숭이두창 바이러스, 1형 및 2형 인간 면역결핍 바이러스(HIV), 1형 및 2형 인간 T 세포 림프친화성 바이러스(HTLV), 시미안 면역결핍 바이러스(SIV), 수포성 구내염 바이러스, 과나리토(Guanarito) 바이러스, 라싸열 바이러스, 후닌 바이러스, 마추포 바이러스, 사비아, 크리미안-콩고 출혈열 바이러스, 에볼라 바이러스, 마부르크 바이러스, 중부 유럽 진드기 매개 뇌염을 포함하는 진드기-매개 뇌염 바이러스 복합체(플라비), 극동 진드기-매개 뇌염, 한잘로바, 하이프르(Hypr), 쿰린지(Kumlinge), 카야사나 삼림병, 옴스크 출혈열, 및 러시아 봄 여름 뇌염 바이러스,헤르페스 시미안(헤르페스 B 또는 원숭이 B 바이러스), 쎄르코피테신 헤르페스바이러스 1(헤르페스 B 바이러스), 말 홍역바이러스(헨드라 및 헨드라-유사 바이러스), 니파 바이러스, 대두창 바이러스(두창 바이러스), 소두창 바이러스(앨러스트림), 아프리카 돼지열병 바이러스, 아프리카 말병 바이러스, 아카바네 바이러스, 조류 인플루엔자 바이러스(고병원성), 청설병 바이러스, 낙타천연두바이러스, 돼지 열병 바이러스, 코우드리아 루미난티움(Cowdria ruminantium)(심수병), 구제역 바이러스, 산양 두창바이러스, 일본 뇌염 바이러스, 괴피병 바이러스, 악성 카타르열 바이러스, 메낭글 바이러스, 뉴캐슬병 바이러스(VVND), 수포성 구내염 바이러스(외국), 및 지카 바이러스.
양태 67. 양태 66에 있어서, 바이러스 항원은 거대세포바이러스(CMV) 폴리펩티드인, TMMP.
양태 68. 양태 67에 있어서, CMV 폴리펩티드는 CMV pp65 폴리펩티드인, T 세포 조절 다량체 폴리펩티드.
양태 69. 양태 68에 있어서, 펩티드는 아미노산 서열 NLVPMVATV(서열번호 913)를 갖고, 9개 아미노산의 길이를 갖는, T 세포 조절 다량체 폴리펩티드.
양태 70. 양태 60 내지 69 중 어느 하나에 있어서, 제1 폴리펩티드와 제2 폴리펩티드는 하나 이상의 이황화 결합을 통해 서로 공유 연결되는, TMMP.
양태 71. 양태 70에 있어서, β2M 폴리펩티드 및 MHC 중쇄 폴리펩티드는 β2M 폴리펩티드의 Cys 잔기와 MHC 중쇄 폴리펩티드의 Cys 잔기를 결합시키는 이황화 결합에 의해 결합되는, TMMP.
양태 72. 양태 71에 있어서, β2M 폴리펩티드의 아미노산 잔기 12에서의 Cys은 MHC 중쇄 폴리펩티드의 아미노산 잔기 236에서의 Cys에 이황화 결합되는, TMMP.
양태 73. 양태 70에 있어서, 제1 폴리펩티드 사슬은 펩티드 에피토프와 β2M 폴리펩티드 사이에서 링커를 포함하고, 이황화 결합은 링커에 존재하는 Cys를 MHC 중쇄 폴리펩티드의 위치 84에 있는 Cys와 연결시키는, TMMP.
양태 74. 양태 50 내지 73 중 어느 하나에 있어서, 제1 및 제2 폴리펩티드는 적어도 2개의 이황화 결합을 통해 서로 공유 연결되는, TMMP.
양태 75. 양태 74에 있어서,
a) 제1 이황화 결합은 i) 펩티드 에피토프와 β2M 폴리펩티드 사이의 링커에 존재하는 Cys; 및 ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드의 위치 84에서의 Cys 잔기 사이의 결합이고;
b) 제2 이황화 결합은 i) β2M 폴리펩티드의 위치 12에서의 Cys 잔기; 및 ii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드의 위치 236에서의 Cys 잔기 사이의 결합인, TMMP.
양태 76. 양태 75에 있어서, 링커는 아미노산 서열 GCGGS(서열번호 977) 또는 아미노산 서열 GCGGS(GGGGS)n(서열번호 978)을 포함하고, 여기서, n은 1 내지 10의 정수인, TMMP.
양태 77. 양태 50 내지 76 중 어느 하나에 있어서, MHC 클래스 I 중쇄는 HLA-E 대립유전자 중쇄 폴리펩티드인, TMMP.
양태 78. 양태 52 내지 77 중 어느 하나에 있어서, 펩티드 링커는 5개 아미노산 이하의 길이이고 임의로 아미노산 서열 GGGGS(서열번호 873)를 갖거나, 10개 아미노산 이하의 길이이고 임의로 아미노산 서열 (GGGGS)2(서열번호 947)를 갖는, TMMP.
양태 79. 양태 52 내지 78 중 어느 하나에 있어서,
a) 제1 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) SARS-CoV-2 펩티드로서, 아미노산 서열 YLQPRTFLL(서열번호 218)을 포함하는, SARS-CoV-2 펩티드;
ii) 펩티드 링커; 및
iii) β2M 폴리펩티드로서, 도 32g에 도시된 β2M 아미노산 서열과 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, β2M 폴리펩티드;
b) 제2 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하고:
i) TTP로서, 항-CD19 단쇄 Fv 항체인 TTP;
ii) 펩티드 링커;
iii) MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드로서, MHC 클래스 I 중쇄는 도 32d에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드;
iv) 펩티드 링커; 및
v) Ig Fc 폴리펩티드로서, 도 32e에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 Ig Fc 폴리펩티드.
양태 80. 양태 79에 있어서,
i) β2M 폴리펩티드는 위치 12에서 Cys를 포함하고;
ii) TTP는 도 32c에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
iii) MHC 클래스 I 중쇄는 위치 84에서 Cys 및 위치 236에서 Cys를 포함하고;
iv) Ig Fc 폴리펩티드는 위치 14에서 Ala 및 위치 15에서 Ala를 포함하는, TMMP.
양태 81. 양태 80에 있어서,
a) 제1 폴리펩티드는 도 32b에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고;
b) 제2 폴리펩티드는 도 33에 도시된 아미노산 서열과 적어도 95%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, TMMP.
양태 82. 양태 50 내지 81 중 어느 하나에 따른 2개의 이종이량체를 포함하는 동종이량체로서, 2개의 이종이량체는 제1 및 제2 이종이량체에 존재하는 Ig Fc 폴리펩티드 사이의 하나 이상의 이황화 결합에 의해 서로 공유 연결되는, 동종이량체.
양태 83. 양태 50 내지 81 중 어느 하나의 이종이량체 또는 양태 82의 동종이량체를 포함하는, 약학적 조성물.
양태 84. 다음을 포함하는 조성물:
a) 양태 50 내지 82 중 어느 하나에 따른 제1 및 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산; 또는
b) 제1 및 제2 핵산으로서,
i) 양태 50 내지 82 중 어느 하나에 따른 제1 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 제1 핵산; 및
ii) 양태 1 내지 39 중 어느 하나에 따른 제2 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 제2 핵산.
양태 85. 다음을 포함하는 조성물:
a) 양태 84(a)의 핵산을 포함하는 발현 벡터; 또는
b) 양태 84(b)의 핵산을 포함하는 하나 이상의 발현 벡터.
양태 86. 에피토프에 특이적인 T 세포의 활성을 선택적으로 조절하는 방법으로서, 상기 방법은 T 세포를 양태 50 내지 81 중 어느 하나에 따른 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드 또는 양태 82에 따른 동종이량체와 접촉시키는 단계를 포함하고, 상기 접촉시키는 단계는 에피토프-특이적 T 세포의 활성을 선택적으로 조절하는, 방법.
양태 87. 암환자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 양태 50 내지 81 중 어느 하나에 따른 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드를 포함하는 약학적 조성물의 유효량 또는 양태 82에 따른 동종이량체의 유효량을 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
양태 88. 양태 87에 있어서, 암은 암종, 육종, 흑색종, 백혈병, 또는 림프종인, 방법.
양태 89. 양태 87 또는 88에 있어서, 상기 투여하는 단계는 근육내, 정맥내, 종양주위, 또는 종양내 투여하는 단계인, 방법.
양태 90. 양태 87 내지 89 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드를 포함하는 약학적 조성물의 유효량을 환자에게 투여하기 전에 SARS-CoV-2 백신을 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
양태 91. 양태 87 내지 90 중 어느 하나에 있어서, 면역 관문 억제제를 환자에게 공동 투여하는 단계를 포함하되, 임의로 면역 관문 억제제는 PD-L1, PD-1, 또는 CTLA4에 특이적인 항체인, 방법.
양태 92. 양태 91에 있어서, 관문 억제제는 PD-1에 특이적인 항체이고, 환자는 20 이하의 CPS 점수를 갖는, 방법.
양태 93. 양태 87에 있어서, 암은 혈액암인, 방법.
양태 94. 양태 87 내지 93 중 어느 하나에 있어서, 암은 HLA 상실을 나타내는, 방법.
양태 세트 C
구현예를 포함하여, 전술한 본 주제의 양태는 단독으로 유익하거나 하나 이상의 다른 양태 또는 구현예와 조합했을 때 유익할 수 있다. 전술한 것에 국한되지 않고없이, 본 개시의 소정의 비제한적 양태가 이하에 제공된다. 본 개시를 읽은 후 당업자에게 자명하게 되듯이, 개별적으로 넘버링된 양태의 각각이 사용되거나 개별적으로 넘버링된 전술한 양태 또는 다음 양태 중 어느 하나와 조합될 수 있다. 이는 양태의 모든 이러한 조합을 뒷받침하도록 의도되며, 이하에 명시적으로 제공되는 양태의 조합으로 제한되지는 않는다:
양태 1. 적어도 하나의 이종이량체를 포함하는 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드(TMMP)로서, 상기 적어도 하나의 이종이량체는 다음을 포함하는, TMMP: a) N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) 약 4개 아미노산 내지 약 25개 아미노산의 길이를 갖는 SARS-CoV-2 펩티드 또는 다른 병원균의 펩티드, ii) 임의 펩티드 링커, 및 iii) 제1 주요 조직적합성 복합체(MHC) 폴리펩티드로서, β2 마이크로글로불린(β2M) 폴리펩티드인 제1 MHC 폴리펩티드; 및 b) N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드: i) 종양 표적화 폴리펩티드(TTP), ii) 펩티드 링커, iii) 제2 MHC 폴리펩티드로서, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드인 제2 MHC 폴리펩티드, iv) 임의 링커, v) 면역글로불린(Ig) Fc 폴리펩티드, vi) 임의 링커, 및 vii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드 (여기서 TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 약 12개 아미노산 이하, 예를 들어 10개 아미노산 이하의 길이(예를 들어 (GGGGS)2 (서열번호947) 링커), 8개 아미노산 이하의 길이, 7개 아미노산 이하의 길이, 6개 아미노산 이하의 길이, 또는 5개 아미노산 이하의 길이(예를 들어 GGGGS (서열번호873) 링커)를 가짐).
양태 2. 양태 1에 있어서, TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 5개 아미노산의 길이이고 아미노산 서열 GGGGS를 갖거나, 10개 아미노산의 길이이고 아미노산 서열 (GGGGS)2 (서열번호 947)를 갖는, TMMP.
양태 3. 양태 1에 있어서, TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 5개 아미노산의 길이이고 아미노산 서열 GGGGS를 갖는, TMMP.
양태 4. 양태 1 내지 3 중 어느 하나에 있어서, 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드는 변이체 IL-2 폴리펩티드인, TMMP.
양태 5. 양태 4에 있어서, 적어도 하나의 변이체 IL-2 폴리펩티드는 IL-2R에 결합하고 IL-2Rα에 대한 감소된 결합을 나타내거나 실질적으로 결합을 나타내지 않고, IL-2 변이체 폴리펩티드가 IL-2R에 대한 전반적인 감소된 친화도를 나타내도록 IL-2Rβ에 대해서도 감소된 결합을 나타내고, 임의로 적어도 하나의 변이체는 H16 및 F42에서 다음으로부터 선택된 치환을 포함하는, TMMP: H16A, F42A; H16T, F42A; H16E, F42A; H16D,F42A; H16A, F42K; H16T, F42K; H16E, F42K; 및 H16D, F42K.
양태 6. 양태 5에 있어서, 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드는 변이체 IL-2 폴리펩티드의 단일 카피인, TMMP.
양태 7. 양태 6에 있어서, 변이체 IL-2 폴리펩티드는 H16 및 F42에서 치환을 포함하는, TMMP.
양태 8. 양태 7에 있어서, 변이체 IL-2 폴리펩티드는 H16A 및 F42A 치환을 포함하는, TMMP.
양태 9. 양태 8에 있어서, TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGS(서열번호 873)를 갖는, TMMP.
양태 10. 양태 9에 있어서, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 HLA-A02 폴리펩티드이고 SARS-CoV-2 펩티드는 YLQPRTFLL(서열번호 218)이거나; MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 HLA-E 폴리펩티드이고 SARS-CoV-2 펩티드는 VMPLSAPTL(서열번호 914) 또는 YLQPRTFLL(서열번호 218)인, TMMP.
양태 11. 양태 1 내지 10 중 어느 하나에 따른 2개의 이종이량체를 포함하는 동종이량체로서, 2개의 이종이량체는 제1 및 제2 이종이량체에 존재하는 Ig Fc 폴리펩티드 사이의 하나 이상의 이황화 결합에 의해 서로 공유 연결되는, 동종이량체.
양태 12. 암환자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 양태 1 내지 10 중 어느 하나에 따른 TMMP의 유효량을 포함하는 약학적 조성물의 유효량을 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
양태 13. 암환자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 양태 1 내지 10 중 어느 하나에 따른 2개의 이종이량체를 포함하는 동종이량체의 유효량을 포함하는 약학적 조성물의 유효량을 환자에게 투여하는 단계를 포함하되, 2개의 이종이량체는 제1 및 제2 이종이량체에 존재하는 Ig Fc 폴리펩티드들 사이의 하나 이상의 이황화 결합에 의해 서로 공유 연결되는, 방법.
양태 14. 적어도 하나의 이종이량체를 포함하는 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드(TMMP)로서, 적어도 하나의 이종이량체는 다음을 포함하는, TMMP: a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드: i) 약 4개 아미노산 내지 약 25개 아미노산의 길이를 갖는 SARS-CoV-2 펩티드 또는 다른 병원균의 펩티드, ii) 및 제1 주요 조직적합성 복합체(MHC) 폴리펩티드로서, β2 마이크로글로불린(β2M) 폴리펩티드인 제1 MHC 폴리펩티드; 및 b) N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드: i) 종양 표적화 폴리펩티드(TTP), ii) 펩티드 링커, iii) 제2 MHC 폴리펩티드로서, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드인 제2 MHC 폴리펩티드, iv) 임의 링커, 및 v) 면역글로불린(Ig) Fc 폴리펩티드 (여기서 TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 약 12개 아미노산 이하, 예를 들어 10개 아미노산 이하의 길이(예를 들어 (GGGGS)2 (서열번호947) 링커), 8개 아미노산 이하의 길이, 7개 아미노산 이하의 길이, 6개 아미노산 이하의 길이, 또는 5개 아미노산 이하의 길이(예를 들어 GGGGS (서열번호873) 링커)를 가짐).
양태 15. 양태 14에 있어서, TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGS(서열번호 873) 또는 (GGGGS)2(서열번호 947)를 갖는, TMMP.
양태 16. 양태 15에 있어서, TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGS(서열번호 873)를 갖는, TMMP.
양태 17. 양태 14 내지 16 중 어느 하나에 있어서, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 HLA-A02 폴리펩티드이고 SARS-CoV-2 펩티드는 YLQPRTFLL이거나; MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 HLA-E 폴리펩티드이고 SARS-CoV-2 펩티드는 VMPLSAPTL(서열번호 914) 또는 YLQPRTFLL(서열번호 218)인, TMMP.
양태 18. 양태 14 내지 17 중 어느 하나에 따른 2개의 이종이량체를 포함하는 동종이량체로서, 2개의 이종이량체는 제1 및 제2 이종이량체에 존재하는 Ig Fc 폴리펩티드 사이의 하나 이상의 이황화 결합에 의해 서로 공유 연결되는, 동종이량체.
양태 19. 암환자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 양태 14 내지 17 중 어느 하나에 따른 TMMP의 유효량을 포함하는 약학적 조성물의 유효량을 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
양태 20. 암환자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 양태 14 내지 17 중 어느 하나에 따른 2개의 이종이량체를 포함하는 동종이량체의 유효량을 포함하는 약학적 조성물의 유효량을 환자에게 투여하는 단계를 포함하되, 2개의 이종이량체는 제1 및 제2 이종이량체에 존재하는 Ig Fc 폴리펩티드들 사이의 하나 이상의 이황화 결합에 의해 서로 공유 연결되는, 방법.
양태 21. 양태 12, 13, 19, 또는 20 중 어느 하나에 있어서, PD-1에 특이적인 항체인 관문 억제제를 추가로 환자에게 투여하고, 환자는 20 이하의 CPS 점수를 갖는, 방법.
양태 22. 양태 12, 13, 19, 20, 또는 21 중 어느 하나에 있어서, 암은 혈액암인, 방법.
양태 23. 양태 12, 13, 19, 또는 20 내지 22 어느 하나에 있어서, 암은 HLA 상실을 나타내는, 방법.
실시예
다음의 실시예는 당업자에게 보다 완전한 개시를 제공하도록 제시되며, 본 발명자들이 그들의 발명으로 간주하는 것의 범주를 제한하도록 의도되지 않을 뿐 아니라 이하의 실험이 수행된 모든 실험이라는 것 또는 수행된 실험만이라는 것을 나타내도록 의도되지도 않는다. 사용한 수(예를 들어, 양, 온도 등)에 대한 정확성을 보장하기 위한 노력을 하였지만, 일부 실험 오차 및 편차를 고려하여야 한다. 달리 표시되지 않는 한, 백분율은 wt%부이며, 분자량은 평균분자량이고, 온도는 섭씨이며, 압력은 대기압 또는 대기압 근처이다. 표준 약어, 예를 들어 bp, 염기쌍(들); kb, 킬로염기(들); pl, 피코리터(들); s 또는 sec, 초(들); min, 분(들); h 또는 hr, 시간(들); aa, 아미노산(들); kb, 킬로염기(들); bp, 염기쌍(들); nt, 뉴클레오티드(들); i.m., 근육내(로); i.p., 복강내(로); s.c., 피하(로); 등이 사용될 수 있다.
실시예 1
SARS CoV-2 팬데믹 전 및 팬데믹 시작 후 수개월 내에 인간 공여자(도 29에서 “L” 및 도 30에서 “LP”로 지정된 류코팩(Leukopaks))로부터 수득한 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)를 PBMC 내에서 CD8+ T 세포의 SARS CoV-2 HLA-A*0201-제한된 에피토프 YLQPRTFLL(서열번호 218)에 대한 반응성에 대해 시험하였다. 데이터는 도 29에 나타나 있다. “2020년 3월”은 미국에서 봉쇄가 시작된 시점을 나타낸다. 대중이 이용할 수 있었던 Moderna, Pfizer/BioNTech, 및 Johnson & Johnson(“Janssen”) 백신은 2021년 5월 이후에 수집된 샘플로서 표시되어 있다. 도 29에 도시된 바와 같이, 건강한 개체에서 SARS CoV-2 면역우성 HLA*A0201 펩티드에 대한 반응성은 이러한 펩티드를 손상시키는 백신을 이용할 수 있기 전에는 최소한이었다. 다양한 SARS-CoV-2 백신을 이용할 수 있게 된 후, SARS CoV-2 펩티드에 대한 반응성은 펩티드에 반응하는 총 CD8+ T 세포의 백분율(%)로 표현했을 때 최대 60%까지 증가하였다.
SARS CoV-2 백신을 접종한 이전에 식별된 공여자로부터의 PBMC를 시험관 내에서, HLA-A*0201 MHC 클래스 I 폴리펩티드(β2M 및 중쇄), SARS CoV-2 펩티드 YLQPRTFLL(서열번호 218), 2개의 변이체 IL-2(H16A, F42A) 면역조절 폴리펩티드, 및 변이체 IgG1 Fc(L234A, L235A) 폴리펩티드를 각각 포함하는 2개의 T 세포 조절 폴리펩티드의 이량체를 포함하는 단백질(도 30에서 “TMP”로 지정됨)의 투여량 반응으로 노출시켰다. 처음 노출 후 9일차에, HLA*0201의 맥락에서 SARS CoV-2 펩티드 YLQPRTFLL(서열번호 218)을 인식하는 CD8+ T 세포의 백분율을 사량체 염색을 통해 유세포 계측법에 의해 시험하였다. 도 30에 도시된 결과는 SARS CoV-2 펩티드를 포함하는 T 세포 조절 단백질이 SARS CoV-2-반응성 CD8+ T 세포에 결합하여 이를 조절할 수 있음을 입증한다.
실시예 2: SARS-CoV2-특이적 T 세포의 CD19-양성 세포 살해
SARS-CoV2-반응성 및 거대세포바이러스(CMV)-반응성 공여자로부터의 PBMC를 다음 작제물과 함께 인큐베이션하였다:
i) SARS-CoV2 펩티드 및 항-CD19 scFv를 TTP로서 포함하고, 도 31a~31d에서 “SCV2 RDI”로서 지칭된 TMMP로서, 도 32b에서 “4700”으로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 32a에서 “4518”로 지정된 제2 폴리펩티드를 갖는 TMMP (이러한 TMMP는 “4518~4700”으로 지칭될 수도 있음);
ii) SCV2 RDI와 유사하지만 MOD가 없고, 도 31a~31d에서 “SCV2 mod-무함유”로 지정된 대조군 TMMP로서, 도 32b에서 “4700”으로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 33에서 “4656”으로 지정된 제2 폴리펩티드를 갖는 대조군 TMMP (이러한 TMMP는 “4656~4700”으로 지칭될 수도 있음);
iii) SARS-CoV2 펩티드를 포함하지만 TTP를 포함하지 않고, 도 31a~31b에 “SCV2 IST”로 지정된 다량체 폴리펩티드로서, 도 32b에서 “4700”으로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 34에서 “3534”로 지정된 제2 폴리펩티드를 갖는 다량체 폴리펩티드 (이러한 다량체 폴리펩티드는 “3534~4700”으로서 지칭될 수도 있음);
iv) CMV 펩티드 및 항-CD19 scFv를 TTP로서 포함하고, 도 31a~31d에서 “CMV RDI”로서 지칭된 TMMP로서, 도 35에서 “1717”로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 32a에서 “4518”로 지정된 제2 폴리펩티드를 갖는 TMMP (이러한 TMMP는 “4518~1717”로 지칭될 수도 있음);
v) CMV RDI와 유사하지만 MOD가 없고, 도 31a~31d에서 “CMV mod-무함유”로 지정된 대조군 TMMP로서, 도 35에서 “1717”로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 33에서 “4656”으로 지정된 제2 폴리펩티드를 갖는 대조군 TMMP (이러한 TMMP는 “4656~1717”로 지칭될 수도 있음);
vi) 항-CD3 및 항-CD19를 포함하는 이중특이적 T 세포 관여자(BiTE); 또는
vii) 항-CD3 및 β-Gal을 포함하는 (항-CD19는 없음) 대조군 BiTE.
PBMC는 베이스라인 시점에 자극되지 않은 PBMC에서 SCV2-반응성(0.05%) 및 CMV-반응성(0.5%) CD8 T 세포를 갖는 공여자 유래의 PBMC였다. 전술한 다양한 작제물을 총 부피가 1 mL가 되도록 500 μL의 부피로 PBMC(500 μL R10 배지 중 2 x 106개의 PBMC)에 첨가하였다. PBMC를 다양한 작제물과 함께 37℃에서 24 내지 36시간 동안 인큐베이션하였다. 인큐베이션 기간 후, PBMC를 다음에 대해 유세포 계측법으로 시험하였다: 1) CD127 및 CD69의 공동 발현을 평가했을 때, PBMC에 존재하는 SARS-CoV2(SCV2) 특이적 T 세포의 활성화; 및 2) CD19-양성 표적 B 세포를 살해하는 이들의 능력.
SCV2-특이적 T 세포의 활성화는 CD137 및 CD69의 세포 표면 발현을 분석하고, CD137+ 및 CD69+ T 세포와 SCV2와의 반응성, 구체적으로 SCV2 펩티드 YLQPRTFLL(서열번호 218)과의 반응성을 분석함으로써 시험하였다. 데이터는 도 31a 및 도 31b에 도시되어 있으며, 여기서 도 31a 및 도 31b는 2개의 상이한 실험의 결과를 도시한다. 도 31a 및 도 31b에 도시된 것과 같이, “SCV2 RDI”로 지정된 TMMP는 항원 특이적 T 세포를 투여량 의존적 방식으로 활성화시켰다.
표적 B 세포의 살해는 24시간 후 웰에 남아 있는 살아있는 B 세포의 총 수로서 측정하였다. 데이터는 도 31c 및 도 31d에 도시되어 있으며, 여기서 도 31c 및 도 31d는 2개의 상이한 실험의 결과를 도시한다. 도 31c 및 도 31d에 도시된 것과 같이, “SCV2 RDI”로 지정된 TMMP는 표적 CD19+ 세포(고유 B 세포)의 살해를 투여량 의존적 방식으로 유도하였다.
실시예 3: T 세포의 투여량 의존적, 항원 특이적 증식
SARS-CoV-2 및 CMV 둘 다에 반응성인 공여자(“L84”)로부터의 PBMC를 다양한 작제물과 함께 인큐베이션하였다. PBMC를 24-웰 플레이트에서 웰 당 1 mL의 총 부피 중 2.5 x 106 PBMC/웰로 배양하였다. 작제물을 500 nM, 50 nM, 5 nM, 0.5 nM, 0.05 nM, 및 0.005 nM의 최종 농도로 웰에 첨가하였다. 작제물은 다음과 같았다:
작제물 4518~4700. (이러한 작제물은 도 36에서 “SCV2 RDI”로서 지칭됨);
작제물 4656~4700. (이러한 작제물은 도 36에서 “SCV2 RDI Mod-무함유”로서 지칭됨);
작제물 3534~4700. (이러한 작제물은 도 36에서 “SCV2 IST”로서 지칭됨);
작제물 4518~1717. (이러한 작제물은 도 36에서 “CMV RDI”로서 지칭됨);
작제물 4656~1717. (이러한 작제물은 도 36에서 “CMV RDI Mod-무함유”로서 지칭됨).
이들 작제물 각각은 실시예 2에 기술되어 있으며; 작제물의 제1 및 제2 폴리펩티드의 아미노산 서열은 도 32~35에 제공되어 있다.
PBMC를 다양한 작제물과 함께 37℃에서 24 내지 36시간 동안 인큐베이션하였다. 인큐베이션 기간 후, PBMC를 SARS-CoV-2(SCV) 특이적 및 CMV 특이적 CD8+ T 세포 증식에 대해 유세포 계측법으로 시험하였다. 데이터는 도 36a~36b에 나타나 있다.
도 36a에 도시된 것과 같이, L84 PBMC를 4518~4700 작제물(“SCV2 RDI”; SARS-CoV2 펩티드 및 항-CD19 scFv를 TTP로서 포함하는 TMMP) 또는 3534~4700 작제물(“SCV2 IST”; SARS-CoV2 펩티드를 포함하고 SCV2 RDI와 유사하지만 TTP는 포함하지 않는 다량체 폴리펩티드)과 함께 인큐베이션한 결과 SCV2-특이적 CD8+ T 세포의 증식이 유도되었다. 펩티드로서 CMV를 함유하는 유사한 작제물이 SCV2-특이적 CD8+ T 세포의 증식을 유도하지 않았기 때문에, 효과는 항원 특이적이었다.
도 36b에 도시된 것과 같이, L84 PBMC를 4518~1717 작제물(“CMV-RDI”; CMV 펩티드 및 항-CD19 scFv를 TTP로서 포함하는 TMMP)과 함께 인큐베이션한 결과 CMV-특이적 CD8+ T 세포의 증식이 유도되었다. 다른 작제물은 CMV-특이적 CD8+ T 세포의 증식을 유도하지 않았는데, 이는 효과가 항원 특이적임을 나타낸다.
실시예 4: CD19+ 종양 세포의 TMMP 매개 살해
실시예 2 및 실시예 3에 기술된 바와 같은 작제물을 (i) PBMC(실시예 2 및 3과 동일한 L84 PBMC) 및 (ii) CD19+ 버킷 림프종 세포주인 Ramos 세포(American Type Culture Collection(ATCC) 번호 CRL-1596)와 함께 인큐베이션하였다. 표적 Ramos 세포의 PBMC 매개 살해에 다양한 작제물이 미치는 효과를 평가하였다. 결과는 도 37a 및 37b에 나타나 있다.
도 37a에 도시된 바와 같이, L84 PBMC를 4518~4700 작제물(“SCV2 RDI”; SARS-CoV2 펩티드 및 항-CD19 scFv를 TTP로서 포함하는 TMMP)과 함께 인큐베이션한 결과 Ramos 세포의 살해가 농도 의존적 방식으로 유도되었다. 실험을 반복하였고; 도 37b에 도시된 결과를 통해 도 37a에 제시된 데이터를 확인하였다.
실시예 5
i) 종양 세포의 살해를 유도하는 능력; 및 ii) 항바이러스 T 세포를 증식시키는 (증식을 유도하는) 능력에 scFv와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 링커가 미치는 효과 및 Ig Fc 폴리펩티드와 MOD 사이의 링커가 미치는 효과를 평가하였다. i) scFv와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 링커; 및 ii) Ig Fc 폴리펩티드와 MOD 사이의 링커의 상이한 조합을 갖는 다양한 작제물을 제조하였다. 이들 작제물이 종양 세포 살해를 유도하는 데 미치는 효과 및 항바이러스 T 세포의 증식을 유도하는 데 미치는 효과를 실시예 2~4에 기술된 바와 같은 검정을 사용하여 결정하였다.
모든 작제물은 다음을 포함하였다: i) SARS-CoV2 펩티드 YLQPRTFLL(서열번호 218); ii) TTP로서의 항-CD19 scFv (항-CD19 scFv의 아미노산 서열은 도 38i에 도시되어 있음); iii) HLA-A*0201(Y84C; A236C) 중쇄 폴리펩티드 (HLA-A*0201(Y84C; A236C) 중쇄 폴리펩티드의 아미노산 서열은 도 38j에 도시되어 있음); 및 iv) IgG Fc (LALA) 폴리펩티드 (IgG Fc (LALA) 폴리펩티드의 아미노산 서열은 도 38k에 도시되어 있음). scFv와 HLA 중쇄 폴리펩티드 사이의 링커는 다양하였고, (GGGGS)n(서열번호 873)이었으며, 여기서 n은 1, 2, 3, 또는 4였다. Ig Fc 폴리펩티드와 MOD 사이의 링커는 다양하였고; (GGGGS)3 (서열번호 875) 또는 (AP)4 (서열번호 963)였다. 작제물은 다음을 포함하였다: i) MOD 없음; 또는 ii) MOD로서 IL-2(H16A; F42A )의 1, 2, 또는 3개의 카피 (IL-2(H16A; F42A) 폴리펩티드의 아미노산 서열은 도 38l에 도시되어 있음).
scFv와 HLA 중쇄 폴리펩티드 사이의 링커 변화시키기
scFv와 HLA 중쇄 폴리펩티드 사이의 링커의 길이가 TMMP에 의해 유도된 표적 종양 세포 살해 유도에 미치는 효과를 결정하였다. 종양 세포 표적은 RAMOS 세포였고, 표적 종양 세포 살해는 전술한 바와 같이 평가하였다. scFv와 HLA 중쇄 폴리펩티드 사이의 링커는(GGGGS)n(서열번호 873)이었고, 여기서 n은 1, 2, 3, 또는 4였다. 시험된 작제물은 다음과 같았다:
작제물 4518~4700. 이러한 작제물은 도 32b에서 “4700”으로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 32a에서 “4518”로서 지정된 제2 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 작제물은 도 44에서 “scFv-(G4S)x1”로 지정된다.
작제물 4519~4700. 이러한 작제물은 도 32b에서 “4700”으로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 42a에서 “4519”로서 지정된 제2 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 작제물은 도 44에서 “scFv-(G4S)x2”로 지정된다.
작제물 4520~4700. 이러한 작제물은 도 32b에서 “4700”으로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 42b에서 “4520”으로 지정된 제2 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 작제물은 도 44에서 “scFv-(G4S)x3”으로 지정된다.
작제물 4337~4700. 이러한 작제물은 도 32b에서 “4700”으로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 42c에서 “4337”로 지정된 제2 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 작제물은 도 44에서 “scFv-(G4S)x4”로 지정된다.
이들 작제물의 특징은 아래 표 6에 요약되어 있다.
4519-4700 4520-4700 4337-4700 4518-4700
　
scFv와 HLA 중쇄 사이의 링커 		(G4S)2 (G4S)3 (G4S)4 G4S
　Fc와 MOD 사이의 링커 (G4S)3 (G4S)3 (G4S)3 (G4S)3
MOD 2 IL-2 2 IL-2 2 IL-2 2 IL-2
제2 펩티드 도 42a 도 42b 도 42c 도 32a
데이터는 도 44에 제시되어 있다.
데이터는, scFv 폴리펩티드와 HLA 중쇄 폴리펩티드 사이에 있는 링커가 더 짧을수록 TMMP가 표적 종양 세포 살해를 유도하는 데 더 효과적임을 보여준다.
Ig Fc 폴리펩티드와 변이체 IL-2 폴리펩티드 사이의 링커를 변화시키고 MOD의 수를 변화시키기
변이체 IL-2 원자가(즉, 중쇄 폴리펩티드 당 변이체 IL-2 폴리펩티드의 카피 수)가 미치는 효과 및 Ig Fc 폴리펩티드와 변이체 IL-2 폴리펩티드 사이의 링커가 미치는 효과를 결정하였다. 변이체 IL-2 폴리펩티드의 수는 0, 1, 2, 또는 3개였다. Ig Fc 폴리펩티드와 변이체 IL-2 폴리펩티드 사이의 링커는 (GGGGS)3 (서열번호 875) (“(G4S)3”) 또는 (AP)4 (서열번호 963) 중 하나였다. 시험된 작제물은 다음과 같았다:
작제물 4656~4700. 이러한 작제물은 “MOD-무함유” 작제물이고, 도 32b에서 “4700”으로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 33에서 “4656”으로 지정된 제2 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 작제물은 도 45에서 “RDI-STAT (IL-2 없음)”로 지정되어 있다.
작제물 4728~4700. 이러한 작제물은 도 32b에서 “4700”으로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 38a에서 “4728”로 지정된 제2 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 작제물은 도 45에서 “RDI-STAT 1xIL2 (G4S)”로 지정되어 있다.
작제물 4518~4700. 이러한 작제물은 도 32b에서 “4700”으로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 32a에서 “4518”로서 지정된 제2 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 작제물은 도 45에서 “RDI-STAT 2xIL2 (G4S)”로 지정되어 있다.
작제물 4729~4700. 이러한 작제물은 도 32b에서 “4700”으로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 38d에서 “4729”로 지정된 제2 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 작제물은 도 45에서 “RDI-STAT 3xIL2 (G4S)”로 지정되어 있다.
작제물 4730~4700. 이러한 작제물은 도 32b에서 “4700”으로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 38b에서 “4730”으로 지정된 제2 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 작제물은 도 45에서 “RDI-STAT 1xIL2 (AP4)”로 지정되어 있다.
작제물 4701~4700. 이러한 작제물은 도 32b에서 “4700”으로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 38c에서 “4701”로 지정된 제2 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 작제물은 도 45에서 “RDI-STAT 2xIL2 (AP4)”로 지정되어 있다.
작제물 4731~4700. 이러한 작제물은 도 32b에서 “4700”으로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 38e에서 “4731”로 지정된 제2 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 작제물은 도 45에서 “RDI-STAT 3xIL2 (AP4)”로 지정되어 있다.
작제물 1715~4700. 이러한 작제물은 도 32b에서 “4700”으로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 43a에서 “1715”로 지정된 제2 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 작제물은 도 46에서 “SCV2 IST”로 지정되어 있다. 이러한 작제물은 TTP를 포함하지 않는다.
작제물 1715~1717. 이러한 작제물은 도 43a에서 “1717”으로 지정된 제1 폴리펩티드 및 도 43a에서 “1715”로 지정된 제2 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 작제물은 도 46에서 “CMV IST”로 지정되어 있다. 이러한 작제물은 펩티드 에피토프로서 CMV 펩티드를 포함하고, TTP는 포함하지 않는다.
이들 작제물의 특징은 아래 표 7에 요약되어 있다.
4656-4700 4728-4700 4730-4700 4518-4700 4701-4700 4729-4700 4731-4700
　
scFv와 HLA 중쇄 사이의 링커 		G4S G4S G4S G4S G4S G4S G4S
　Fc와 MOD 사이의 링커 n/a (G4S)3 (AP)4 (G4S)3 (AP)4
 (G4S)3 (AP)4
MOD (없음) 1 IL-2 1 IL-2 2 IL-2 2 IL-2 3 IL-2 3 IL-2
제2 펩티드 도 33 도 38a 도 38b 도 32a 도 38c 도 38d 도 38e
데이터는 도 45 및 도 46에 제시되어 있다.
도 45에 제시된 데이터의 경우, 증식된 SARS-CoV-2(“SCV2”)-반응성 T 세포를 사용하여 표적 RAMOS 세포를 살해하였다. TMMP 매개 살해에 IL-2의 카피 수가 미치는 효과, 및 Ig Fc와 변이체 IL-2 폴리펩티드 사이의 링커로서 (GGGGS)3(서열번호 875) 또는 (AP4)(서열번호 963) 중 어느 하나가 미치는 효과를 평가하였다. 상부 패널에서, “펩티드/IL-2”는 SCV2 펩티드(YLQPRTFLL; 서열번호 218) 및 IL-2를 포함하는 조성물을 지칭하며; 이는 T 세포 증식 유도에 대한 양성 대조군이다. 하부 패널에서, “펩티드/IL-2”는 CMV 펩티드(NLVPMVATV; 서열번호 913) 및 IL-2를 포함하는 조성물을 지칭하며; 이는 T 세포 증식 유도에 대한 양성 대조군이다. 도 45에 도시된 바와 같이, 모든 TMMP는 표적 종양 세포 살해를 유도하였고, 변이체 IL-2의 카피가 적을수록 TMMP-유도 표적 종양 세포 살해에 더 효과적이었다.
도 46에 제시된 데이터의 경우, SCV2에 반응성인 공여자로부터의 PBMC를 항-CD19 scFv 및 SCV2 펩티드를 포함하는 TMMP에 노출시켰고(상부 패널), CMV에 반응성인 공여자로부터의 PBMC를 항-CD19 scFv 및 CMV 펩티드를 포함하는 TMMP에 노출시켰다(하부 패널). 도 46에 도시된 바와 같이, 두 항바이러스 TMMP 모두는 항바이러스 CD8+ T 세포를 투여량 의존적으로 증식시켰다.
본 개시는 본 개시의 특정 구현예를 참조하여 기술하였지만, 본 개시의 진정한 사상과 범주를 벗어나지 않고도 다양한 변화가 이루어질 수 있고, 균등물이 치환될 수 있음을 당업자는 이해할 것이다. 추가로, 특정 상황, 물질, 물질의 조성, 방법, 방법 단계(들)을 적합화시키기 위해 목적, 사상, 및 범주에 대한 많은 변형이 이루어질 수 있다. 모든 이러한 변형은 본원에 첨부된 청구범위의 범주에 포함되는 것으로 의도된다.
서열목록 전자파일 첨부

Claims (20)

  1. 적어도 하나의 이종이량체를 포함하는 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드(TMMP)로서, 상기 적어도 하나의 이종이량체는:
    a) N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드:
    i) SARS-CoV-2 펩티드로서, 약 4개 아미노산 내지 약 25개 아미노산의 길이를 갖는 SARS-CoV-2 펩티드,
    ii) 임의 펩티드 링커, 및
    iii) 제1 주요 조직적합성 복합체(MHC) 폴리펩티드로서, β2 마이크로글로불린(β2M) 폴리펩티드인, 제1 MHC; 및
    b) N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고:
    i) 종양-표적화 폴리펩티드(TTP),
    ii) 펩티드 링커,
    iii) 제2 MHC 폴리펩티드로서, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드인 제2 MHC 폴리펩티드,
    iv) 임의 펩티드 링커,
    v) 면역글로불린(Ig) Fc 폴리펩티드,
    vi) 임의 펩티드 링커, 및
    vii) 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드,
    여기서, TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 약 12개 이하의 아미노산을 포함하고, 임의로 펩티드 링커는 10개 아미노산 이하의 길이(예를 들어 (GGGGS)2 링커), 8개 아미노산 이하의 길이, 7개 아미노산 이하의 길이, 6개 아미노산 이하의 길이, 또는 5개 아미노산 이하의 길이(예를 들어 GGGGS 링커)인, TMMP.
  2. 제1항에 있어서, TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 5개 아미노산의 길이이고 아미노산 서열 GGGGS를 갖거나, 10개 아미노산의 길이이고 아미노산 서열 (GGGGS)2를 갖는, TMMP.
  3. 제1항에 있어서, TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 5개 아미노산의 길이이고 아미노산 서열 GGGGS를 갖는, TMMP.
  4. 제1항에 있어서, 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드는 변이체 IL-2 폴리펩티드인, TMMP.
  5. 제4항에 있어서, 적어도 하나의 변이체 IL-2 폴리펩티드는 IL-2R에 결합하고 IL-2Rα에 대한 감소된 결합을 나타내거나 실질적으로 결합을 나타내지 않고, IL-2 변이체 폴리펩티드가 IL-2R에 대한 전반적인 감소된 친화도를 나타내도록 IL-2Rβ에 대해서도 감소된 결합을 나타내고, 임의로 적어도 하나의 변이체는 H16 및 F42에서 다음으로부터 선택된 치환을 포함하는, TMMP: H16A, F42A; H16T, F42A; H16E, F42A; H16D,F42A; H16A, F42K; H16T, F42K; H16E, F42K; 및 H16D, F42K.
  6. 제5항에 있어서, 적어도 하나의 면역조절 폴리펩티드는 변이체 IL-2 폴리펩티드의 단일 카피인, TMMP.
  7. 제6항에 있어서, 변이체 IL-2 폴리펩티드는 H16 및 F42에서 치환을 포함하는, TMMP.
  8. 제7항에 있어서, 변이체 IL-2 폴리펩티드는 H16A 및 F42A 치환을 포함하는, TMMP.
  9. 제8항에 있어서, TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGS를 갖는, TMMP.
  10. 제9항에 있어서,
    MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 HLA-A02 폴리펩티드이고 SARS-CoV-2 펩티드는 YLQPRTFLL이거나,
    MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 HLA-E 폴리펩티드이고 SARS-CoV-2 펩티드는 VMPLSAPTL 또는 YLQPRTFLL인, TMMP.
  11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 따른 2개의 이종이량체를 포함하는 동종이량체로서, 2개의 이종이량체는 제1 및 제2 이종이량체에 존재하는 Ig Fc 폴리펩티드 사이의 하나 이상의 이황화 결합에 의해 서로 공유 연결되는, 동종이량체.
  12. 암환자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 따른 TMMP의 유효량을 포함하는 약학적 조성물의 유효량을 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  13. 암환자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 따른 2개의 이종이량체를 포함하는 동종이량체의 유효량을 포함하는 약학적 조성물의 유효량을 환자에게 투여하는 단계를 포함하되, 2개의 이종이량체는 제1 및 제2 이종이량체에 존재하는 Ig Fc 폴리펩티드들 사이의 하나 이상의 이황화 결합에 의해 서로 공유 연결되는, 방법.
  14. 적어도 하나의 이종이량체를 포함하는 T 세포 조절 다량체 폴리펩티드(TMMP)로서, 상기 적어도 하나의 이종이량체는:
    a) 다음을 포함하는 제1 폴리펩티드:
    i) SARS-CoV-2 펩티드로서, 약 4개 아미노산 내지 약 25개 아미노산의 길이를 갖는 SARS-CoV-2 펩티드,
    ii) 임의 펩티드 링커, 및
    iii) 제1 주요 조직적합성 복합체(MHC) 폴리펩티드로서, β2 마이크로글로불린(β2M) 폴리펩티드인, 제1 MHC; 및
    b) N-말단에서 C-말단 방향으로 다음을 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고:
    i) 종양-표적화 폴리펩티드(TTP),
    ii) 펩티드 링커,
    iii) 제2 MHC 폴리펩티드로서, MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드인 제2 MHC 폴리펩티드,
    iv) 임의 펩티드 링커, 및
    v) 면역글로불린(Ig) Fc 폴리펩티드,
    여기서, TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 약 12개 이하의 아미노산을 포함하고, 임의로 펩티드 링커는 10개 아미노산 이하의 길이(예를 들어 (GGGGS)2 링커), 8개 아미노산 이하의 길이, 7개 아미노산 이하의 길이, 6개 아미노산 이하의 길이, 또는 5개 아미노산 이하의 길이(예를 들어 GGGGS 링커)인, TMMP.
  15. 제14항에 있어서, TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGS 또는 (GGGGS)2를 갖는, TMMP.
  16. 제15항에 있어서, TTP와 MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드 사이의 펩티드 링커는 아미노산 서열 GGGGS를 갖는, TMMP.
  17. 제16항에 있어서,
    MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 HLA-A02 폴리펩티드이고 SARS-CoV-2 펩티드는 YLQPRTFLL이거나,
    MHC 클래스 I 중쇄 폴리펩티드는 HLA-E 폴리펩티드이고 SARS-CoV-2 펩티드는 VMPLSAPTL 또는 YLQPRTFLL인, TMMP.
  18. 제14항 내지 제17항 중 어느 한 항에 따른 2개의 이종이량체를 포함하는 동종이량체로서, 2개의 이종이량체는 제1 및 제2 이종이량체에 존재하는 Ig Fc 폴리펩티드 사이의 하나 이상의 이황화 결합에 의해 서로 공유 연결되는, 동종이량체.
  19. 암환자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 제14항 내지 제17항 중 어느 한 항에 따른 TMMP의 유효량을 포함하는 약학적 조성물의 유효량을 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  20. 암환자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 제14항 내지 제17항 중 어느 한 항에 따른 2개의 이종이량체를 포함하는 동종이량체의 유효량을 포함하는 약학적 조성물의 유효량을 환자에게 투여하는 단계를 포함하되, 2개의 이종이량체는 제1 및 제2 이종이량체에 존재하는 Ig Fc 폴리펩티드들 사이의 하나 이상의 이황화 결합에 의해 서로 공유 연결되는, 방법.
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