KR20240040724A - IFN-γ 신호 전달 경로 조절을 위한 올리고 뉴클레오티드 - Google Patents

IFN-γ 신호 전달 경로 조절을 위한 올리고 뉴클레오티드 Download PDF

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KR20240040724A
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Abstract

본 개시 내용은 신규한 IFN-γ 신호전달 경로 표적 유전자 표적화 서열에 관한 것이다. 또한 백반증 치료를 위한 신규한 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 표적화 올리고뉴클레오티드가 제공된다.

Description

IFN-γ 신호 전달 경로 조절을 위한 올리고 뉴클레오티드
본 출원은 2021년 6월 22일자로 출원된 미국 가특허출원 제63/213,506호, 및 2022년 4월 15일자로 출원된 미국 가특허출원 제63/331,563호의 이익을 주장하며, 해당 출원의 개시 내용은 그 전문이 본 명세서에 참조로 포함된다.
본 개시 내용은 IFN-γ 관련 백반증을 치료 및 예방하기 위한 신규한 IFN-γ 신호전달 경로 표적 유전자 표적화 서열, 신규한 분지형 올리고뉴클레오티드, 및 신규한 방법에 관한 것이다.
백반증은 멜라닌 세포를 공격하고 영향을 받은 피부 부위에 흰 반점을 초래하는 CD8+ 세포독성 T 세포에 의해 매개되는 자가면역 피부 질환이다. IFN-γ 신호전달은 백반증의 발병에 관여한다. 구체적으로, 자가면역은 JAK-STAT 경로를 통해 표피 각질형성세포에서 IFN-γ 신호전달을 활성화하고 화학유인물질 CXCL9 및 CXCL10의 발현을 유도하여 피부 탈색을 위한 CD8+ 세포독성 T 세포의 추가 침투를 촉진한다.
현재, 미국 식품의약국(FDA)에서 승인한 백반증 치료용 약물은 없다. 광선요법, 국소 스테로이드, 저분자 약물을 포함한 오프라벨 치료법은 종종 시간이 많이 걸리는 반복적인 투여를 필요로 하며 다량의 노출로 인해 장기적인 안전성 문제와 관련될 수 있다. 백반증에서 IFN-γ 신호 전달의 병원성 역할을 이해하는 데 있어 최근의 진전으로 인해 수용 가능한 효능과 환자의 삶의 질이 실질적으로 향상되는 소분자 JAK 억제제 치료법이 탄생했다. 그러나 이러한 JAK 억제제는 하위 유형 JAK1, JAK2, JAK3 및 Tyk2에 따라 다중 사이토카인 수용체 신호 전달을 차단하는 "pan-JAK 억제제"이다. 따라서 장기간의 효능과 향상된 선택성을 갖춘 IFN-γ 신호 전달에 대한 표적 치료법이 여전히 달성되어야 할 과제로 남아 있다.
따라서, 백반증 및 관련 질환의 치료를 위해 IFN-γ 신호전달에 관여하는 단백질의 발현을 감소시킬 필요가 있다.
일 양태에서, 본 개시 내용은 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1로 이루어진 군으로부터 선택된 IFN-γ 신호 경로 표적 유전자를 표적으로 하는 올리고뉴클레티드를 제공하며, 이는 서열 번호 1-96 중 어느 하나에 실질적으로 상보적인 서열을 포함한다.
일 양태에서, 본 개시 내용은 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1로 이루어진 군으로부터 선택된 IFN-γ 신호 경로 표적 유전자를 표적으로 하는 올리고뉴클레티드를 제공하며, 이는 서열 번호 1-6 중 어느 하나에 실질적으로 상보적인 서열을 포함한다.
일 양태에서, 본 개시 내용은 서열 번호 1-96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하는 RNA 분자를 제공한다.
특정 실시형태에서, RNA 분자는 길이가 8 개 뉴클레오티드 내지 80 개 뉴클레오티드(예를 들어, 8 개의 뉴클레오티드, 10 개의 뉴클레오티드, 11 개의 뉴클레오티드, 13 개의 뉴클레오티드, 14 개의 뉴클레오티드, 15 개의 뉴클레오티드, 17 개이다. 뉴클레오티드, 18 개의 뉴클레오티드, 19 개의 뉴클레오티드, 20 개의 뉴클레오티드, 21 개의 뉴클레오티드, 22 개의 뉴클레오티드, 23 개의 뉴클레오티드, 24 개의 뉴클레오티드, 26 개의 뉴클레오티드, 27 개의 뉴클레오티드, 28 개의 뉴클레오티드, 30 개의 뉴클레오티드, 31 뉴클레오티드, 33 개의 뉴클레오테이드, 33 개의 뉴클레오티드, 33 개. 34 개의 뉴클레오티드, 35 개의 뉴클레오티드, 36 개의 뉴클레오티드, 37 개의 뉴클레오티드, 38 개 뉴클레오티드, 39 개의 뉴클레오티드, 40 개의 뉴클레오티드, 42 개의 뉴클레오티드, 43 개의 뉴클레오티드, 44 개의 뉴클레오티드, 45 뉴클레오티드, 48 뉴클레오티드, 48 뉴클레오티드, 48 개의 뉴클레오티드. , 51 개의 뉴클레오티드, 52 개의 뉴클레오티드, 53 개의 뉴클레오티드, 54 개의 뉴클레오티드, 55 개의 뉴클레오티드, 55 개의 뉴클레오티드, 57 개의 뉴클레오티드, 58 개의 뉴클레오티드, 59 개의 뉴클레오티드, 60 뉴클레오티드, 61 뉴클레오티드, 63 뉴클레오티드, 66 뉴클레오티드, 66 뉴클레오티드, 67 뉴클레오티드, 68 개의 뉴클레오티드, 69 개의 뉴클레오티드, 70 개의 뉴클레오티드, 71 개의 뉴클레오티드, 72 개의 뉴클레오티드, 73 개의 뉴클레오티드, 74 개의 뉴클레오티드, 76 개의 뉴클레오티드, 77 뉴클레오티드, 78 뉴클레오티드, 79 뉴클레오티드, 또는 80 개의 뉴클레오티드)이다.
특정 실시형태에서, RNA 분자는 길이가 10 내지 50 개 뉴클레오티드(예를 들어, 10개 뉴클레오티드, 11개 뉴클레오티드, 12개 뉴클레오티드, 13개 뉴클레오티드, 14개 뉴클레오티드, 15개 뉴클레오티드, 16개 뉴클레오티드, 17개 뉴클레오티드, 18개 뉴클레오티드, 19개 뉴클레오티드 20개 뉴클레오티드, 21개 뉴클레오티드, 22개 뉴클레오티드, 23개 뉴클레오티드, 24개 뉴클레오티드, 25개 뉴클레오티드, 26개 뉴클레오티드, 27개 뉴클레오티드, 28개 뉴클레오티드, 29개 뉴클레오티드, 30개 뉴클레오티드, 31개 뉴클레오티드, 32개 뉴클레오티드, 33개 뉴클레오티드, 34개 뉴클레오티드, 35개 뉴클레오티드, 36개 뉴클레오티드, 37개 뉴클레오티드, 38개 뉴클레오티드, 39개 뉴클레오티드, 40개 뉴클레오티드, 41개 뉴클레오티드, 42개 뉴클레오티드, 43개 뉴클레오티드, 44개 뉴클레오티드, 45개 뉴클레오티드, 46개 뉴클레오티드, 47개 뉴클레오티드, 48개 뉴클레오티드, 49개 뉴클레오티드, 또는 50개 뉴클레오티드 길이)이다.
특정 실시형태에서, RNA 분자는 약 15 개 뉴클레티드 내지 약 25 개 뉴클레티드 길이를 포함한다. 특정 실시형태에서, RNA 분자는 길이가 15 내지 25 뉴클레오티드(예를 들어, 15 개 뉴클레오티드, 16 개 뉴클레오티드, 17 개 뉴클레오티드, 18 개 뉴클레오티드, 19 개 뉴클레오티드, 20 개 뉴클레오티드, 21 개 뉴클레오티드, 22 개 뉴클레오티드, 23 개 뉴클레오티드, 24 개 뉴클레오티드, 또는 25 개 뉴클레오티드 길이)이다.
특정 실시형태에서, RNA 분자는 서열 번호 143-244 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖는다.
특정 실시형태에서, RNA 분자는 표 10-15에 기재된 서열 중 어느 하나의 핵산 서열과 적어도 85% 동일한 핵산 서열(예를 들어, 표 10-15에 기재된 서열 중 어느 하나의 핵산 서열과 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 동일한 핵산 서열)을 갖는다. 특정 실시형태에서, RNA 분자는 표 10-15에 기재된 서열 중 어느 하나의 핵산 서열과 적어도 90% 동일한 핵산 서열(예를 들어, 표 10-15에 기재된 서열 중 어느 하나의 핵산 서열과 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 동일한 핵산 서열)을 갖는다. 특정 실시 형태에서, RNA 분자는 표 10-15에 기재된 서열 중 어느 하나의 핵산 서열과 적어도 95% 동일한 핵산 서열(예를 들어, 표 10-15에 기재된 서열 중 어느 하나의 핵산 서열과 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 동일한 핵산 서열)을 갖는다. 특정 실시 형태에서, RNA 분자는 표 10-15에 기재된 서열 중 어느 하나의 핵산 서열을 갖는다.
특정 실시형태에서, RNA 분자는 단일 가닥(ss) RNA( 또는 이중 가닥(ds) RNA를 포함한다.
특정 실시 형태에서, RNA 분자는 센스 가닥과 안티센스 가닥을 포함하는 dsRNA이다. 안티센스 가닥은 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 포함할 수 있다. 예를 들어, 특정 실시 형태에서 안티센스 서열은 서열 번호 1의 핵산 서열에 실질적으로 상보적이다. 특정 실시 형태에서 안티센스 서열은 서열 번호 2의 핵산 서열에 실질적으로 상보적이다. 특정 실시 형태에서 즉, 안티센스 서열은 서열 번호 3의 핵산 서열에 실질적으로 상보적이다. 특정 실시 형태에서 안티센스 서열은 서열 번호 4의 핵산 서열에 실질적으로 상보적이다. 특정 실시 형태에서 안티센스 서열은 서열 번호 4의 핵산 서열에 실질적으로 상보적이다. 서열 번호 5의 핵산 서열에 상보적이다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 서열은 서열 번호 6의 핵산 서열에 실질적으로 상보적이다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열의 적어도 10, 11, 12 또는 13개의 연속 뉴클레오티드에 상보성을 갖는 안티센스 가닥을 포함한다. 예를 들어, 특정 실시 형태에서, dsRNA는 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열의 10 내지 25 개의 연속 뉴클레오티드 세그먼트(예를 들어, 서열 번호 1의 핵산 서열의 10 내지 25개의 연속 뉴클레오티드의 세그먼트, 서열 번호 2의 핵산 서열의 10 내지 25개의 연속 뉴클레오티드의 세그먼트, 서열 번호 3의 핵산 서열의 10 내지 25개의 연속 뉴클레오티드의 세그먼트, 서열 번호 4의 핵산 서열의 10 내지 25개의 연속 뉴클레오티드의 세그먼트, 서열 번호 5의 핵산 서열의 10 내지 25개의 연속 뉴클레오티드의 세그먼트, 또는 서열 번호 6의 핵산 서열의 10 내지 25개의 연속 뉴클레오티드의 세그먼트)에 상보성을 갖는 안티센스 가닥을 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열의 15 내지 25개의 연속 뉴클레오티드 세그먼트에 상보성을 갖는 안티센스 가닥을 포함한다. 예를 들어, 안티센스 가닥은 서열 번호 1의 핵산 서열의 15개의 연속 뉴클레오티드, 16개의 연속 뉴클레오티드, 17개의 연속 뉴클레오티드, 18개의 연속 뉴클레오티드, 19개의 연속 뉴클레오티드, 20개의 연속 뉴클레오티드, 21개의 연속 뉴클레오티드, 22개의 연속 뉴클레오티드, 23개의 연속 뉴클레오티드, 24개의 연속 뉴클레오티드, 또는 25개의 연속 뉴클레오티드의 세그먼트에 상보성을 가질 수 있다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 2의 핵산 서열의 15개의 연속 뉴클레오티드, 16개의 연속 뉴클레오티드, 17개의 연속 뉴클레오티드, 18개의 연속 뉴클레오티드, 19개의 연속 뉴클레오티드, 20개의 연속 뉴클레오티드, 21개의 연속 뉴클레오티드, 22개의 연속 뉴클레오티드, 23개의 연속 뉴클레오티드, 24개의 연속 뉴클레오티드, 또는 25개의 연속 뉴클레오티드의 세그먼트에 상보성을 가진다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 3의 핵산 서열의 15개의 연속 뉴클레오티드, 16개의 연속 뉴클레오티드, 17개의 연속 뉴클레오티드, 18개의 연속 뉴클레오티드, 19개의 연속 뉴클레오티드, 20개의 연속 뉴클레오티드, 21개의 연속 뉴클레오티드, 22개의 연속 뉴클레오티드, 23개의 연속 뉴클레오티드, 24개의 연속 뉴클레오티드, 또는 25개의 연속 뉴클레오티드의 세그먼트에 상보성을 가진다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 4의 핵산 서열의 15개의 연속 뉴클레오티드, 16개의 연속 뉴클레오티드, 17개의 연속 뉴클레오티드, 18개의 연속 뉴클레오티드, 19개의 연속 뉴클레오티드, 20개의 연속 뉴클레오티드, 21개의 연속 뉴클레오티드, 22개의 연속 뉴클레오티드, 23개의 연속 뉴클레오티드, 24개의 연속 뉴클레오티드, 또는 25개의 연속 뉴클레오티드의 세그먼트에 상보성을 가진다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 5의 핵산 서열의 15개의 연속 뉴클레오티드, 16개의 연속 뉴클레오티드, 17개의 연속 뉴클레오티드, 18개의 연속 뉴클레오티드, 19개의 연속 뉴클레오티드, 20개의 연속 뉴클레오티드, 21개의 연속 뉴클레오티드, 22개의 연속 뉴클레오티드, 23개의 연속 뉴클레오티드, 24개의 연속 뉴클레오티드, 또는 25개의 연속 뉴클레오티드의 세그먼트에 상보성을 가진다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 6의 핵산 서열의 15개의 연속 뉴클레오티드, 16개의 연속 뉴클레오티드, 17개의 연속 뉴클레오티드, 18개의 연속 뉴클레오티드, 19개의 연속 뉴클레오티드, 20개의 연속 뉴클레오티드, 21개의 연속 뉴클레오티드, 22개의 연속 뉴클레오티드, 23개의 연속 뉴클레오티드, 24개의 연속 뉴클레오티드, 또는 25개의 연속 뉴클레오티드의 세그먼트에 상보성을 가진다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 서열 번호 1-6 중 하나의 핵산 서열과 3개 이하의 미스매치를 갖는 안티센스 서열을 포함한다. 예를 들어, 안티센스 가닥은 서열 번호 1의 핵산 서열과 비교하여 0 내지 3개의 미스매치(예를 들어, 0개의 미스매치, 1개의 미스매치, 2개의 미스매치, 또는 3개의 미스매치)를 가질 수 있다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 2의 핵산 서열과 비교하여 0 내지 3개의 미스매치(예를 들어, 0개의 미스매치, 1개의 미스매치, 2개의 미스매치, 또는 3개의 미스매치)를 가진다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 3의 핵산 서열과 비교하여 0 내지 3개의 미스매치(예를 들어, 0개의 미스매치, 1개의 미스매치, 2개의 미스매치, 또는 3개의 미스매치)를 가진다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 4의 핵산 서열과 비교하여 0 내지 3개의 미스매치(예를 들어, 0개의 미스매치, 1개의 미스매치, 2개의 미스매치, 또는 3개의 미스매치)를 가진다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 5의 핵산 서열과 비교하여 0 내지 3개의 미스매치(예를 들어, 0개의 미스매치, 1개의 미스매치, 2개의 미스매치, 또는 3개의 미스매치)를 가진다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 6의 핵산 서열과 비교하여 0 내지 3개의 미스매치(예를 들어, 0개의 미스매치, 1개의 미스매치, 2개의 미스매치, 또는 3개의 미스매치)를 가진다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 서열 번호 1-6 중 하나의 핵산 서열에 완전히 상보적인 안티센스 가닥을 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 서열 번호 1-6 중 하나의 핵산 서열에 완전히 상보적인 안티센스 가닥을 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열과 적어도 85% 동일한(예를 들어, 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열과 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 동일함) 안티센스 가닥을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열과 적어도 90% 동일한(예를 들어, 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열과 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 동일함) 안티센스 가닥을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열과 적어도 95% 동일한(예를 들어, 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열과 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 동일함) 안티센스 가닥을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열을 갖는 안티센스 가닥을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥 및/또는 센스 가닥은 약 15개 뉴클레오티드 내지 25개 뉴클레오티드 길이를 포함한다. 예를 들어, 특정 실시 형태에서 안티센스 가닥 및/또는 센스 가닥의 길이는 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 또는 25개 뉴클레오티드이다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 20 개의 뉴클레오티드 길이이다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 21 개의 뉴클레오티드 길이이다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 22 개의 뉴클레오티드 길이이다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 길이가 15 개의 뉴클레오티드이다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 길이가 16 개의 뉴클레오티드이다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 18 개의 뉴클레오티드 길이이다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 길이가 20 개의 뉴클레오티드이다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 길이가 20 개의 뉴클레오티드이고, 센스 가닥의 길이는 15 개의 뉴클레오티드 또는 길이가 16 개의 뉴클레오티드이다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 길이가 21 개의 뉴클레오티드이고, 센스 가닥의 길이는 15 개의 뉴클레오티드 또는 길이가 16 개의 뉴클레오티드이다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 길이가 20 개의 뉴클레오티드 또는 길이가 21 개의 뉴클레오티드이고, 센스 가닥의 길이는 15 개의 뉴클레오티드이다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 길이가 20 개의 뉴클레오티드 또는 길이가 21 개의 뉴클레오티드이고, 센스 가닥의 길이는 16 개의 뉴클레오티드이다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 길이가 20 개의 뉴클레오티드이고, 센스 가닥의 길이는 15 개의 뉴클레오티드이다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 길이가 21개 뉴클레오티드이고, 센스 가닥의 길이는 16개 뉴클레오티드이다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 15개 염기쌍 내지 20개 염기쌍(예를 들어, 15개 염기쌍, 16개 염기쌍, 17개 염기쌍, 18개 염기쌍, 19개 염기쌍, 또는 20개 염기쌍)의 이중 가닥 영역을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 15개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 16개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 18개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 20개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 평활 말단을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 적어도 하나의 단일 가닥 뉴클레오티드 오버행을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 약 2-뉴클레오티드 내지 5-뉴클레오티드 단일 가닥 뉴클레오티드 오버행을 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 자연적으로 발생하는 뉴클레오티드를 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드를 포함한다.
특정 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 변형 뉴클레오티드, 2'-데옥시-2'-플루오로 변형 뉴클레오티드, 2'-데옥시 변형 뉴클레오티드, 잠금 뉴클레오티드, 무염기 뉴클레오티드, 2'-아미노-변형 뉴클레오티드, 2'-알킬 변형 뉴클레오티드, 모르폴리노 뉴클레오티드, 포스포라미데이트, 뉴클레오티드를 포함하는 비천연 염기, 또는 이들의 혼합물을 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 하나 이상의 변형된 incleotide 연결을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드 간 결합은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 4 내지 16개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합(예를 들어, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 또는 16개의 포스포로티오에이트 결합)을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 8 내지 13개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합(예를 들어, 9, 10, 11, 12, 또는 13개의 포스포로티오에이트 결합)을 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 화학식 I의 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드간 결합을 포함하며,
[화학식 I]
식 중,
B는 염기쌍 결합 부분이고;
W는 O, OCH2, OCH, CH2및 CH로 이루어진 군으로부터 선택되고;
X는 할로, 히드록시 및 C1-6알콕시로 이루어진 군으로부터 선택되고;
Y는 O-, OH, OR, NH-, NH2, S- 및 SH로 이루어진 군으로부터 선택되고;
Z는 O 및 CH2로 이루어진 군으로부터 선택되고;
R은 보호기이며;
는 선택적 이중 결합이다.
특정 실시 형태에서 W가 CH인 경우 는 이중 결합이다.
특정 실시 예에서, w가 O, OCH2, OCH, CH2로 구성된 군으로부터 선택될 때.는 단일 결합이다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 적어도 80%의 화학적으로 변형된 뉴클레오티드(예를 들어, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 화학적으로 변형된 뉴클레오티드)를 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 완전히 화학적으로 변형된다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 적어도 70%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형(예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 2'-O-메틸 변형)을 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 약 80% 내지 약 90%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형(예를 들어, 약 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 또는 90%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형)을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 약 83% 내지 약 86%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 83%, 84%, 85%, 또는 86%의 2'-O-메틸 변형)을 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 약 70% 내지 약 80%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형(예를 들어, 약 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 또는 80%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형)을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 약 75% 내지 약 78%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 75%, 76%, 77%, 또는 78%의 2'-O-메틸 변형)을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 적어도 80%의 화학적으로 변형된 뉴클레오티드(예를 들어, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 화학적으로 변형된 뉴클레오티드)를 포함한다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 화학적으로 완전히 변형된다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 적어도 70%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형(예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 2'-O-메틸 변형)을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 약 70% 내지 90%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형(예를 들어, 약 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 또는 90%의 2'-O-메틸 변형)을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 약 85% 내지 약 90%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 또는 90%의 2'-O-메틸 변형)을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 약 75% 내지 85%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형(예를 들어, 약 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 또는 85%의 2'-O-메틸 변형)을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 약 76% 내지 약 80%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 76%, 77%, 78%, 79%, 또는 80%의 2'-O-메틸 변형)을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 적어도 80%의 화학적으로 변형된 뉴클레오티드(예를 들어, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 화학적으로 변형된 뉴클레오티드)를 포함한다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 화학적으로 완전히 변형된다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 적어도 65%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형(예를 들어, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 2'-O-메틸 변형)을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 100%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 약 70% 내지 약 85%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형(예를 들어, 약 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 또는 85%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형)을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 약 70% 내지 약 85%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형(예를 들어, 약 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 또는 85%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형)을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 약 65% 내지 약 75%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형(예를 들어, 약 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 또는 75%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형)을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 약 67% 내지 약 73%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형(예를 들어, 약 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 또는 73%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형)을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 안티센스 가닥과 센스 가닥 사이에 하나 이상의 뉴클레오티드 미스매치를 포함한다. 특정 실시 형태에서, 하나 이상의 뉴클레오티드 미스매치는 센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6 및 12 위치에 존재한다. 특정 실시 형태에서, 뉴클레오티드 미스매치는 센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6 및 12 위치에 존재한다.
특정 실시 형태에서 안티센스 가닥은 5' 포스페이트, 5'-알킬 포스포네이트, 5' 알킬렌 포스포네이트, 또는 5' 알케닐 포스포네이트를 포함한다.
특정 실시 형태에서 안티센스 가닥은 5' 비닐 포스포네이트를 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, 여기서 (1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖고; (2) 안티센스 가닥은 교호하는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드 및 2'-플루오로-리보뉴클레오티드를 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며; (4) 안티센스 가닥의 3' 말단의 1-2 내지 1-7 위치의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 교호하는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드 및 2'-플루오로-리보뉴클레오티드를 포함하며; (7) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, 여기서 (1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖고; (2) 안티센스 가닥은 적어도 70%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 75% 내지 약 80% 또는 약 85% 내지 약 90%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고; (4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 적어도 65%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 65% 내지 약 75% 또는 약 75% 내지 약 80%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하며; (7) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, 여기서 (1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖고; (2) 안티센스 가닥은 교호하는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드 및 2'-플루오로-리보뉴클레오티드를 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며; (4) 안티센스 가닥의 3' 말단의 1-2 내지 1-7 위치의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 교호하는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드 및 2'-플루오로-리보뉴클레오티드를 포함하며; (7) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, 여기서 (1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖고; (2) 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 4, 5, 6, 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고; (4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 100%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며; (7) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, 여기서 (1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖고; (2) 안티센스 가닥은 적어도 85%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 85% 내지 약 90%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고(예를 들어, 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-플루오로 뉴클레오티드일 수 있음); (4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 75% 내지 약 80%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하고; (7) 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 10, 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며(예를 들어, 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 10, 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-플루오로 뉴클레오티드임); (8) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, 여기서 (1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖고; (2) 안티센스 가닥은 적어도 75% 이상의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 75% 내지 약 80%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 4, 5, 6, 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고(예를 들어, 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6, 14, 및 16 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-플루오로 뉴클레오티드일 수 있음); (4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 100%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며; (7) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, 여기서 (1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖고; (2) 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 75% 내지 약 80%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6, 14, 및 16 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고(예를 들어, 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6, 14, 및 16 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-플루오로 뉴클레오티드일 수 있음); (4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 적어도 65%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 65% 내지 약 75%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하고; (7) 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 9, 10, 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며(예를 들어, 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 9, 10, 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-플루오로 뉴클레오티드임); (8) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고; (2) 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고; (4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 적어도 80%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고; (7) 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 10 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며; (8) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, 여기서 (1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖고; (2) 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 75% 내지 약 80%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6, 14, 16, 및 20 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고(예를 들어, 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6, 14, 16, 및 20 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-플루오로 뉴클레오티드일 수 있음); (4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-7 및 19-20 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 적어도 65%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 65% 내지 약 75%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하고; (7) 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 9, 10, 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며(예를 들어, 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 9, 10, 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-플루오로 뉴클레오티드임); (8) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1-2 및 14-15 위치의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서,?기능적 모이어티는 안티센스 가닥의?5'?말단 및/또는?3'?말단에 연결된다.??특정 실시 형태에서,?기능적 모이어티는 센스 가닥의?5'?말단 및/또는?3'?말단에 연결된다.??특정 실시 형태에서,?기능적 모이어티는 안티센스 가닥의?5'?말단 및/또는?3'?말단에 연결된다.
특정 실시 형태에서, 기능적 모이어티는 소수성 모이어티를 포함한다.
특정 실시 형태에서, 상기 소수성 모이어티는 지방산, 스테로이드, 세코스테로이드, 지질, 강글리오시드, 뉴클레오시드 유사체, 엔도카나비노이드, 비타민, 및 이들의 혼합물로 이루어진 군으로부터 선택된다.
특정 실시 형태에서, 스테로이드는 콜레스테롤 및 리토콜산(LCA)으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
특정 실시 형태에서, 지방산은 에이코사펜타엔산(EPA), 도코사헥사엔산(DHA) 및 도코사노산(DCA)으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
특정 실시 형태에서, 비타민은 콜린, 비타민 A, 비타민 E, 및 이들의 유도체 또는 대사 산물로 이루어진 군으로부터 선택된다.
특정 실시 형태에서, 비타민은 레티노산 및 알파-토코페릴 숙시네이트로 이루어진 군으로부터 선택된다.
특정 실시 형태에서, 기능성 모이어티는 미리스트산(Myr)이다. 특정 실시 형태에서, 기능성 모이어티는 트리미리스트산(Myr-t)이다.
특정 실시 형태에서, 기능성 모이어티는 링커에 의해 안티센스 가닥 및/또는 센스 가닥에 연결된다.
특정 실시 형태에서, 링커는 2가 또는 3가 링커를 포함한다.
특정 실시 형태에서, 2가 또는 3가 링커는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되고,
및
식 중, n은 1, 2, 3, 4 또는 5이다.
특정 실시 형태에서, 링커는 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스포디에스테르, 포스포로티오에이트, 포스포르아미데이트, 아미드, 카바메이트, 또는 이들의 조합을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 링커가 3가 링커인 경우, 링커는 포스포디에스테르 또는 포스포디에스테르 유도체를 추가로 연결한다.
특정 실시 형태에서, 포스포디에스테르 또는 포스포디에스테르 유도체는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되고,
[화학식 Zc1]
;
[화학식 Zc2]
;
[화학식 Zc3]
; 및
[화학식 Zc4]
식 중, X는 O, S 또는 BH3이다.
특정 실시 형태에서, 센스 가닥의 3' 말단으로부터 1 및 2 위치에 있는 뉴클레오티드, 및 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 1 및 2에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 연결을 통해 인접한 리보뉴클레오티드에 연결된다.
일 양태에서, 본 개시 내용은 위 기재된 dsRNA 및 약제학적으로 허용되는 담체를 포함하는, IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1로 이루어진 군으로부터 선택되는 IFN-γ 신호전달 경로 표적 유전자의 유기체 내 발현을 억제하기 위한 약제학적 조성물을 제공한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 상기 유전자의 발현을 적어도 50% 억제한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 상기 유전자의 발현을 적어도 80% 억제한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 케모카인 CSCL9의 발현을 적어도 20% 내지 적어도 80% 감소시킨다.
일 양태에서, 본 개시 내용은 세포에서 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1로 구성된 군으로부터 선택된 IFN-γ 신호전달 경로 표적 유전자의 발현을 억제하는 방법을 제공하며, 이 방법은 (a) 위 기재된 이중 가닥 리보핵산(dsRNA)을 세포 내로 도입하는 단계; 및 (b) 단계 (a)에서 생성된 세포를 유전자의 mRNA 전사체가 분해되기에 충분한 시간 동안 유지하여, 상기 세포에서 유전자의 발현을 억제하는 단계를 포함한다.
일 양태에서, 본 개시 내용은 IFN-γ 신호전달 경로 표적 유전자에 대해 충분한 상보성을 포함하는 치료적 유효량의 올리고뉴클레오티드를 대상체에게 투여하여 백반증을 치료하는 단계를 포함하는, 백반증의 치료가 필요한 대상체에서 백반증을 치료하는 방법을 제공한다.
특정 실시 형태에서, IFN-γ 신호전달 경로 표적 유전자는 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1로 이루어진 군으로부터 선택된다.
특정 실시 형태에서, 치료 방법은 상기 언급된 dsRNA의 치료적 유효량을 투여하는 것을 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 정맥 내(IV) 주사, 피하(SQ) 주사 또는 이들의 조합에 의해 투여된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 상기 유전자의 발현을 적어도 50% 억제한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 상기 유전자의 발현을 적어도 80% 억제한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 사이토카인 CXCL9의 발현을 적어도 20% 내지 적어도 80% 감소시킨다.
일 양태에서, 본 개시 내용은 서열 번호 1-6의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 RNA 분자를 부호화하는 뉴클레오티드 서열에 작동 가능하게 연결된 조절 서열을 포함하는 벡터를 제공한다.
특정 실시 형태에서, RNA 분자는 상기 유전자의 발현을 적어도 50% 억제한다. 특정 실시 형태에서, RNA 분자는 상기 유전자의 발현을 적어도 80% 억제한다.
특정 실시 형태에서, RNA 분자는 사이토카인 CXCL9의 발현을 적어도 20% 내지 적어도 80% 감소시킨다.
특정 실시 형태에서, RNA 분자는 ssRNA 또는 dsRNA를 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하며, 여기서 안티센스 가닥은 서열 번호 1-6의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함한다.
일 양태에서, 본 개시 내용은 위에 언급된 벡터를 포함하는 세포를 제공한다.
일 양태에서, 본 개시 내용은 상기 벡터 및 AAV 캡시드를 포함하는 재조합 아데노 관련 바이러스(rAAV)를 제공한다.
일 양태에서, 본 개시 내용은 2개 이상의 RNA 분자, 예컨대 각각 15 내지 40개 뉴클레오티드 길이(예를 들어, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 또는 40개 뉴클레오티드 길이)를 포함하는 2개 이상의 RNA 분자를 포함하는 분지형 RNA 화합물을 제공하며, 여기서 각각의 RNA 분자는 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1로 구성된 군으로부터 선택되는 IFN-γ 신호전달 경로 유전자 mRNA의 세그먼트에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖는 부분을 포함한다. 2개의 RNA 분자는 링커, 스페이서 및 분지점으로부터 독립적으로 선택되는 하나 이상의 모이어티에 의해 서로 연결될 수 있다.
특정 실시 형태에서, 분지형 RNA 분자는 ssRNA 및 dsRNA 중 하나 또는 둘 다를 포함한다.
특정 실시 형태에서, 분지형 RNA 분자는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
특정 실시 형태에서, 각각의 RNA 분자는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 dsRNA를 포함하며, 여기서 각각의 안티센스 가닥은 독립적으로 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 분지형 RNA 화합물은 (예를 들어, 링커, 스페이서 또는 분지점을 통해) 서로 공유 결합된 본 개시 내용의 임의의 상기 양태 또는 실시 형태의 RNA 분자의 2개 이상의 사본을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 분지형 RNA 화합물은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열의 일부를 포함한다. 예를 들어, 분지형 RNA 화합물은(예를 들어, 링커, 스페이서, 또는 분지점을 통해) 서로 공유 결합되어 있으며, 각각 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열의 적어도 10, 11, 12 또는 13개의 연속 뉴클레오티드에 상보성을 갖는 안티센스 가닥을 포함하는 2개 이상의 dsRNA 분자를 포함할 수 있다. 예를 들어, 특정 실시 형태에서, dsRNA는 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열의 10 내지 25개의 연속 뉴클레오티드 세그먼트(예를 들어, 서열 번호 1의 핵산 서열의 10개 내지 25개 연속 뉴클레오티드의 세그먼트, 서열 번호 2의 핵산 서열의 10개 내지 25개 연속 뉴클레오티드의 세그먼트, 서열 번호 3의 핵산 서열의 10개 내지 25개 연속 뉴클레오티드의 세그먼트, 서열 번호 4의 핵산 서열의 10개 내지 25개 연속 뉴클레오티드의 세그먼트, 서열 번호 5의 핵산 서열의 10개 내지 25개 연속 뉴클레오티드의 세그먼트, 또는 서열 번호 6의 핵산 서열의 10개 내지 25개 연속 뉴클레오티드의 세그먼트)에 상보성을 갖는 안티센스 가닥을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 분지형 RNA 화합물 내의 각각의 dsRNA는 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열의 15 내지 25개의 연속 뉴클레오티드의 세그먼트에 상보성을 갖는 안티센스 가닥을 포함한다. 예를 들어, 안티센스 가닥은 서열 번호 1의 핵산 서열의 15개 연속 뉴클레오티드, 16개 연속 뉴클레오티드, 17개 연속 뉴클레오티드, 18개 연속 뉴클레오티드, 19개 연속 뉴클레오티드, 20개 연속 뉴클레오티드, 21개 연속 뉴클레오티드, 22개 연속 뉴클레오티드, 23개 연속 뉴클레오티드, 24개 연속 뉴클레오티드, 또는 25개 연속 뉴클레오티드의 세그먼트에 대해 상보성을 가질 수 있다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 2의 핵산 서열의 15개 연속 뉴클레오티드, 16개 연속 뉴클레오티드, 17개 연속 뉴클레오티드, 18개 연속 뉴클레오티드, 19개 연속 뉴클레오티드, 20개 연속 뉴클레오티드, 21개 연속 뉴클레오티드, 22개 연속 뉴클레오티드, 23개 연속 뉴클레오티드, 24개 연속 뉴클레오티드, 또는 25개 연속 뉴클레오티드의 세그먼트에 대해 상보성을 갖는다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 3의 핵산 서열의 15개 연속 뉴클레오티드, 16개 연속 뉴클레오티드, 17개 연속 뉴클레오티드, 18개 연속 뉴클레오티드, 19개 연속 뉴클레오티드, 20개 연속 뉴클레오티드, 21개 연속 뉴클레오티드, 22개 연속 뉴클레오티드, 23개 연속 뉴클레오티드, 24개 연속 뉴클레오티드, 또는 25개 연속 뉴클레오티드의 세그먼트에 대해 상보성을 갖는다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 4의 핵산 서열의 15개 연속 뉴클레오티드, 16개 연속 뉴클레오티드, 17개 연속 뉴클레오티드, 18개 연속 뉴클레오티드, 19개 연속 뉴클레오티드, 20개 연속 뉴클레오티드, 21개 연속 뉴클레오티드, 22개 연속 뉴클레오티드, 23개 연속 뉴클레오티드, 24개 연속 뉴클레오티드, 또는 25개 연속 뉴클레오티드의 세그먼트에 대해 상보성을 갖는다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 5의 핵산 서열의 15개 연속 뉴클레오티드, 16개 연속 뉴클레오티드, 17개 연속 뉴클레오티드, 18개 연속 뉴클레오티드, 19개 연속 뉴클레오티드, 20개 연속 뉴클레오티드, 21개 연속 뉴클레오티드, 22개 연속 뉴클레오티드, 23개 연속 뉴클레오티드, 24개 연속 뉴클레오티드, 또는 25개 연속 뉴클레오티드의 세그먼트에 대해 상보성을 갖는다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 6의 핵산 서열의 15개 연속 뉴클레오티드, 16개 연속 뉴클레오티드, 17개 연속 뉴클레오티드, 18개 연속 뉴클레오티드, 19개 연속 뉴클레오티드, 20개 연속 뉴클레오티드, 21개 연속 뉴클레오티드, 22개 연속 뉴클레오티드, 23개 연속 뉴클레오티드, 24개 연속 뉴클레오티드, 또는 25개 연속 뉴클레오티드의 세그먼트에 대해 상보성을 갖는다.
특정 실시 형태에서, 분지형 RNA 화합물 내의 각각의 dsRNA는 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열과 3개 이하의 미스매치를 갖는 안티센스 가닥을 포함한다. 예를 들어, 안티센스 가닥은 서열 번호 1의 핵산 서열에 대해 0 내지 3개의 미스매치(예를 들어, 0개의 미스매치, 1개의 미스매치, 2개의 미스매치, 또는 3개의 미스매치)를 가질 수 있다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 2의 핵산 서열에 대해 0 내지 3개의 미스매치(예를 들어, 0개의 미스매치, 1개의 미스매치, 2개의 미스매치, 또는 3개의 미스매치)를 갖는다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 3의 핵산 서열에 대해 0 내지 3개의 미스매치(예를 들어, 0개의 미스매치, 1개의 미스매치, 2개의 미스매치, 또는 3개의 미스매치)를 갖는다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 4의 핵산 서열에 대해 0 내지 3개의 미스매치(예를 들어, 0개의 미스매치, 1개의 미스매치, 2개의 미스매치, 또는 3개의 미스매치)를 갖는다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 5의 핵산 서열에 대해 0 내지 3개의 미스매치(예를 들어, 0개의 미스매치, 1개의 미스매치, 2개의 미스매치, 또는 3개의 미스매치)를 갖는다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 서열 번호 6의 핵산 서열에 대해 0 내지 3개의 미스매치(예를 들어, 0개의 미스매치, 1개의 미스매치, 2개의 미스매치, 또는 3개의 미스매치)를 갖는다.
특정 실시 형태에서, 분지형 RNA 화합물 내의 각각의 dsRNA는 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 완전히 상보적인 안티센스 가닥을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 분지형 RNA 화합물은 서열 번호 143 내지 154 중 어느 하나의 핵산 서열 중 하나 이상에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖는 부분을 포함한다.
특정 실시 형태에서, RNA 분자는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
특정 실시 형태에서, 각각의 RNA 분자는 15 내지 25개 뉴클레오티드 길이를 포함한다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥 및/또는 센스 가닥은 길이가 약 15개 뉴클레오티드 내지 25개 뉴클레오티드를 포함한다. 예를 들어, 특정 실시 형태에서 안티센스 가닥 및/또는 센스 가닥의 길이는 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 또는 25개 뉴클레오티드이다. 특정 실시 형태에서 안티센스 가닥의 길이는 20개 뉴클레오티드이다. 특정 실시 형태에서 안티센스 가닥의 길이는 21개 뉴클레오티드이다. 특정 실시 형태에서 안티센스 가닥의 길이는 22개 뉴클레오티드이다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥의 길이는 15개 뉴클레오티드이다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥의 길이는 16개 뉴클레오티드이다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥의 길이는 18개 뉴클레오티드이다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥의 길이는 20개 뉴클레오티드이다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥의 길이는 20개의 뉴클레오티드이고, 센스 가닥의 길이는 15개 뉴클레오티드 또는 16개 뉴클레오티드이다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥의 길이는 21개의 뉴클레오티드이고, 센스 가닥의 길이는 15개 뉴클레오티드 또는 16개 뉴클레오티드이다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥의 길이는 20개의 뉴클레오티드 또는 21개 뉴클레오티드 길이이고, 센스 가닥의 길이는 15개 뉴클레오티드이다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥의 길이는 20개의 뉴클레오티드 또는 21개 뉴클레오티드 길이이고, 센스 가닥의 길이는 16개 뉴클레오티드이다.
특정 실시 형태에서 안티센스 가닥의 길이는 20개 뉴클레오티드이고, 센스 가닥의 길이는 15개 뉴클레오티드이다.
특정 실시 형태에서 안티센스 가닥의 길이는 21개 뉴클레오티드이고, 센스 가닥의 길이는 16개 뉴클레오티드이다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 15개 염기쌍 내지 20개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 15개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 16개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 18개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 20개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 평활 말단을 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 적어도 하나의 단일 가닥 뉴클레오티드 오버행을 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 2-뉴클레오티드 내지 5-뉴클레오티드 단일 가닥 뉴클레오티드 오버행을 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 자연 발생 뉴클레오티드를 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드를 포함한다.
특정 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 변형 뉴클레오티드, 2'-데옥시-2'-플루오로 변형 뉴클레오티드, 2'-데옥시 변형 뉴클레오티드, 잠금 뉴클레오티드, 무염기 뉴클레오티드, 2'-아미노-변형 뉴클레오티드, 2'-알킬 변형 뉴클레오티드, 모르폴리노 뉴클레오티드, 포스포라미데이트, 또는 뉴클레오티드를 포함하는 비천연 염기를 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드 간 결합을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드 간 결합은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 분지형 RNA 화합물은 4-16 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 분지형 RNA 화합물은 8-13 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 화학식 I의 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드 간 결합을 포함하고,
[화학식 I]
(I);
식 중,
B는 염기쌍 형성 모이어티이고;
W는 O, OCH2, OCH, CH2, 및 CH로 구성되는 군으로부터 선택되고;
X는 할로, 하이드록시, 및 C1-6 알콕시로 구성되는 군으로부터 선택되고;
Y는 O-, OH, OR, NH-, NH2, S-, 및 SH로 구성되는 군으로부터 선택되고;
Z는 O 및 CH2로 구성되는 군으로부터 선택되고;
R은 보호기이며;
는 선택적 이중 결합이다.
특정 실시 형태에서, W가 CH인 경우, 는 이중 결합이다.
특정 실시 형태에서, W가 O, OCH2, OCH, CH2로 구성되는 군으로부터 선택되는 경우, 는 단일 결합이다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 적어도 80%의 화학적으로 변형된 뉴클레오티드(예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 화학적으로 변형된 뉴클레오티드)를 포함한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 완전히 화학적으로 변형된다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 적어도 60%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형(예를 들어, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 2'-O-메틸 변형)을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 80% 이상의 화학적으로 변형된 뉴클레오티드를 포함한다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 완전히 화학적으로 변형된다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 적어도 70%의 2'-O- 메틸 뉴클레오티드 변형을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 약 70% 내지 90%의 2'-O- 메틸 뉴클레오티드 변형을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 약 85% 내지 약 90%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 85%, 86%, 87%, 88%, 89%또는 90%의 2'-O-메틸 변형을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 약 75% 내지 85%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형(예를 들어, 약 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 또는 85%의 2'-O-메틸 변형)을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 약 76% 내지 약 80%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 76%, 77%, 78%, 79%, 또는 80%의 2'-O-메틸 변형)을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 적어도 80% 화학적으로 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 완전히 화학적으로 변형된다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 적어도 65%의 2'-O- 메틸 뉴클레오티드 변형을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 100%의 2'-O- 메틸 뉴클레오티드 변형을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 안티센스 가닥과 센스 가닥 사이의 하나 이상의 뉴클레오티드 미스매티를 포함한다. 특정 실시 형태에서, 하나 이상의 뉴클레오티드 미스매치는 센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6 및 12 위치에 존재한다. 특정 실시 형태에서, 뉴클레오티드 미스매치는 센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6 및 12 위치에 존재한다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 5' 포스페이트, 5'-알킬 포스포네이트, 5' 알킬렌 포스포네이트, 5' 알케닐 포스포네이트, 또는 이들의 혼합을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 5' 비닐 포스포네이트를 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, 여기서 (1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖고; (2) 안티센스 가닥은 교호하는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드 및 2'-플루오로-리보뉴클레오티드를 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 2 및 14에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며; (4) 안티센스 가닥의 3' 말단의 1-2 내지 1-7 위치의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 교호하는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드 및 2'-플루오로-리보뉴클레오티드를 포함하며; (7) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, 여기서 (1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖고; (2) 안티센스 가닥은 적어도 70%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 75% 내지 약 80% 또는 약 85% 내지 약 90%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고; (4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 적어도 65%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 65% 내지 약 75% 또는 약 75% 내지 약 80%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하며; (7) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, 여기서 (1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖고; (2) 안티센스 가닥은 적어도 85%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고; (4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 100%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며; (7) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, 여기서 (1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖고; (2) 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 4, 5, 6, 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고; (4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 100%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며; (7) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, 여기서 (1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖고; (2) 안티센스 가닥은 적어도 85%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 85% 내지 약 90%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고(예를 들어, 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-플루오로 뉴클레오티드일 수 있음); (4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 75% 내지 약 80%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하고; (7) 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 10, 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며(예를 들어, 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 10, 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-플루오로 뉴클레오티드임); (8) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, 여기서 (1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖고; (2) 안티센스 가닥은 적어도 75% 이상의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 75% 내지 약 80%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 4, 5, 6, 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고(예를 들어, 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6, 14, 및 16 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-플루오로 뉴클레오티드일 수 있음); (4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 100%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며; (7) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, 여기서 (1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖고; (2) 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 75% 내지 약 80%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6, 14, 및 16 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고(예를 들어, 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6, 14, 및 16 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-플루오로 뉴클레오티드일 수 있음); (4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 적어도 65%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 65% 내지 약 75%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하고; (7) 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 9, 10, 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며; (8) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, 여기서 (1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖고; (2) 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고; (4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 적어도 80%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고; (7) 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 10 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며; (8) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하고, 각 가닥은 5' 말단과 3' 말단을 가지며, 여기서 (1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 핵산 서열을 갖고; (2) 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 75% 내지 약 80%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하고; (3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6, 14, 16, 및 20 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고(예를 들어, 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6, 14, 16, 및 20 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-플루오로 뉴클레오티드일 수 있음); (4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-7 및 19-20 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고; (5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보적이고; (6) 센스 가닥은 적어도 65%의 2'-O-메틸 변형(예를 들어, 약 65% 내지 약 75%의 2'-O-메틸 변형)을 포함하고; (7) 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 9, 10, 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며(예를 들어, 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 9, 10, 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-플루오로 뉴클레오티드임); (8) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1-2 및 14-15 위치의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결된다.
특정 실시 형태에서, 기능적 모이어티는 안티센스 가닥의 5' 말단 및/또는 3' 말단에 연결된다. 특정 실시 형태에서, 기능적 모이어티는 센스 가닥의 5' 말단 및/또는 3' 말단에 연결된다. 특정 실시 형태에서, 기능적 모이어티는 센스 가닥의 3' 말단에 연결된다.
특정 실시 형태에서, 기능적 모이어티는 소수성 모이어티를 포함한다.
특정 실시 형태에서, 상기 소수성 모이어티는 지방산, 스테로이드, 세코스테로이드, 지질, 강글리오시드, 뉴클레오시드 유사체, 엔도카나비노이드, 비타민, 및 이들의 혼합물로 이루어진 군으로부터 선택된다.
특정 실시 형태에서, 스테로이드는 콜레스테롤 및 리토콜산(LCA)으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
특정 실시 형태에서, 지방산은 에이코사펜타엔산(EPA), 도코사헥사엔산(DHA) 및 도코사노산(DCA)으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
특정 실시 형태에서, 비타민은 콜린, 비타민 A, 비타민 E, 이의 유도체, 및 이의 대사 산물로 이루어진 군으로부터 선택된다.
특정 실시 형태에서, 비타민은 레티노산 및 알파-토코페릴 숙시네이트로 이루어진 군으로부터 선택된다.
특정 실시 형태에서, 기능적 모이어티는 링커에 의해 안티센스 가닥 및/또는 센스 가닥에 연결된다.
특정 실시 형태에서, 링커는 2가 또는 3가 링커를 포함한다.
특정 실시 형태에서, 2가 또는 3가 링커는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되고,
; 및 ,
식 중, n은 1, 2, 3, 4 또는 5이다.
특정 실시 형태에서, 링커는 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스포디에스테르, 포스포로티오에이트, 포스포라미데이트, 아미드, 카바메이트, 또는 이의 조합을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 링커가 3가 링커인 경우, 링커는 포스포디에스테르 또는 포스포디에스테르 유도체를 추가로 연결한다.
특정 실시 형태에서, 포스포디에스테르 또는 포스포디에스테르 유도체는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되고,
[화학식 Zc1]
;
[화학식 Zc2]
;
[화학식 Zc3]
; 및
[화학식 Zc4]
;
식 중, X는 O, S 또는 BH3이다.
특정 실시 형태에서, 센스 가닥의 3' 말단으로부터 1 및 2 위치에 있는 뉴클레오티드, 및 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 및 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 결합을 통해 인접한 리보뉴클레오티드에 연결된다.
일 양태에서, 본 개시 내용은 화학식 (I)의 화합물을 제공하고,
[화학식 I]
(I)
식 중,
L은 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스페이트, 포스포네이트, 포스포라미데이트, 에스테르, 아미드, 트리아졸 또는 이의 조합을 포함하며, 선택적으로 화학식 (I)은 하나 이상의 분기점 B, 및 하나 이상의 스페이서 S를 추가로 포함하고,
B는 각각의 경우에 독립적으로 다가 유기종 또는 이의 유도체이고;
S는 각각의 경우에 독립적으로 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스페이트, 포스포네이트, 포스포라미데이트, 에스테르, 아미드, 트리아졸 또는 이의 조합을 포함하고;
n은 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8이며;
N은 본 개시 내용의 임의의 상기 측면 또는 실시 형태의 dsRNA 분자와 같은 이중 가닥 핵산이다. 특정 실시 형태에서, 각각의 N은 15 내지 40개 염기 길이이다.
특정 실시 형태에서, 각각의 N은 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고; 여기서
안티센스 가닥은 서열 번호 1-6 중 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하며;
여기서, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 각각 독립적으로 하나 이상의 화학적 변형을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 화합물은 화학식 (I-1) 내지 (I-9)로부터 선택되는 구조를 포함한다:
특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 다음으로 구성되는 군으로부터 선택되는 5' 말단 기 R을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 화합물은 화학식 II의 구조를 포함하고,
[화학식 II]
식 중,
X는 각각의 경우에 독립적으로 아데노신, 구아노신, 우리딘, 시티딘 및 이의 화학적으로 변형된 유도체로부터 선택되고;
Y는 각각의 경우에 독립적으로 아데노신, 구아노신, 우리딘, 시티딘 및 이의 화학적으로 변형된 유도체로부터 선택되고;
-는 포스포디에스테르 뉴클레오시드간 연결을 나타내고;
=는 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결을 나타내며;
---는 각각의 경우에 개별적으로 염기쌍 형성 상호작용 또는 미스매치를 나타낸다.
특정 실시 형태에서, 화합물은 화학식 IV의 구조를 포함하고,
[화학식 IV]
식 중,
X는 각각의 경우에 독립적으로 아데노신, 구아노신, 우리딘, 시티딘 및 이의 화학적으로 변형된 유도체로부터 선택되고;
Y는 각각의 경우에 독립적으로 아데노신, 구아노신, 우리딘, 시티딘 및 이의 화학적으로 변형된 유도체로부터 선택되고;
-는 포스포디에스테르 뉴클레오시드간 연결을 나타내고;
=는 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결을 나타내며;
---는 각각의 경우에 개별적으로 염기쌍 형성 상호작용 또는 미스매치를 나타낸다.
특정 실시 형태에서, L은 구조 L1이다.
[구조 L1]
.
특정 실시 형태에서, R은 R3이고 n은 2이다.
특정 실시 형태에서, L은 구조 L2이다.
[구조 L2]
.
특정 실시 형태에서, R은 R3이고 n은 2이다.
일 양태에서, 본 개시 내용은 화학식 VI의 구조를 갖는 치료용 핵산을 위한 전달 시스템을 제공하고,
[화학식 VI]
식 중,
L은 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스페이트, 포스포네이트, 포스포라미데이트, 에스테르, 아미드, 트리아졸, 또는 이들의 조합을 포함하고, 상기 화학식 VI은 선택적으로 하나 이상의 분지점(B) 및 하나 이상의 스페이서(S)를 더 포함하고,
B는 각 경우에 독립적으로 다가 유기종 또는 이의 유도체를 포함하고;
S는 각 경우에 대해 독립적으로 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스페이트, 포스포네이트, 포스포라미데이트, 에스테르, 아미드, 트리아졸, 또는 이들의 조합을 포함하고;
각각의 cNA는 독립적으로 하나 이상의 화학적 변형을 포함하는 담체 핵산이고;
각각의 cNA는 독립적으로 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열의 적어도 15개의 연속 뉴클레오티드를 포함하며;
n은 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8이다.
특정 실시 형태에서, 전달 시스템은 화학식 VI-1 내지 VI-9로부터 선택되는 구조를 포함한다.
특정 실시 형태에서, 각각의 cNA는 독립적으로 화학적으로 변형된 뉴클레오티드를 포함한다.
특정 실시 형태에서, 전달 시스템은 n개의 치료용 핵산(NA)을 추가로 포함하고, 각각의 NA는 적어도 하나의 cNA에 혼성화된다.
특정 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 16 개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함한다.
특정 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 16-20 연속 뉴클레오티드를 포함한다.
특정 실시 형태에서, 각각의 NA는 적어도 2 개의 뉴클레오티드의 짝을 이루지 않은 오버행을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 오버행의 뉴클레오티드는 포스포로티오레이트 결합을 통해 연결된다.
특정 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 DNA, siRNA, 안타고미르(antagomiR), miRNA, 갭머(gapmer), 믹스머(mixmer), 및 가이드 RNA로 이루어진 군으로부터 선택된다.
특정 실시 형태에서, 각각의 NA는 서열 번호 1 내지 6 중 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적이다.
일 양태에서, 본 개시 내용은 유기체에서 IFN-γ 신호전달 경로 표적유전자의 발현을 억제하기 위한 약제학적 조성물을 제공하며, 이는 위 기재된 화합물 또는 위 기재된 시스템, 및 약제학적으로 허용 가능한 담체를 포함한다.
특정 실시 형태에서, 화합물 또는 시스템은 SYNGR3 유전자의 발현을 적어도 50% 억제한다. 특정 실시 형태에서, 화합물 또는 시스템은 SYNGR3 유전자의 발현을 적어도 80% 억제한다.
특정 실시 형태에서, 화합물 또는 시스템은 사이토 카인 CXCL9의 발현을 적어도 20% 내지 80% 감소시킨다.
일 양태에서, 본 발명은 세포에서 IFN-γ 신호전달 경로 표적 유전자의 발현을 억제하는 방법을 제공하며, 이 방법은 (a) 위에서 언급한 화합물 또는 위에서 언급한 시스템을 세포 내로 도입하는 단계; (b) 단계 (a)에서 생성된 세포를 유전자의 mRNA 전사물을 분해하기에 충분한 시간 동안 유지하여 세포에서 유전자의 발현을 억제하는 단계를 포함한다.
일 양태에서, 본 개시 내용은 이를 필요로 하는 대상체의 백반증을 치료하는 방법을 제공하며, 이는 치료적 유효량의 위 기재된 화합물 또는 위 기재된 시스템을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 정맥 내 (IV) 주사, 피하 (SQ) 주사 또는 그 조합에 의해 투여된다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 상기 유전자의 발현을 적어도 50% 억제한다. 특정 실시 형태에서, dsRNA는 상기 유전자의 발현을 적어도 80% 억제한다.
특정 실시 형태에서, dsRNA는 사이토카인 CXCL9의 발현을 적어도 20% 내지 적어도 80% 감소시킨다.
본 개시 내용의 전술한 특징 및 기타 특징 및 장점은 첨부된 도면과 함께 제시되는 예시적인 실시 형태에 대한 다음과 같은 자세한 설명으로부터 더 완전히 이해될 것이다. 특허 또는 출원 파일에는 최소 하나의 유색 도면이 포함되어 있다. 유색 도면이 포함된 특허 또는 특허 출원의 사본은 소정의 수수료와 함께 요청 시 해당 기관에서 제공한다.
도 1A ? 도 1B는 인간 HeLa 세포(도 1A) 및 마우스 N2A 세포(도 1B)에서 인간 및 마우스 IFNGR1 mRNA를 표적으로 하는 siRNA 서열의 스크린을 나타낸다. IFNGR1 mRNA 발현 백분율은 처리되지 않은 대조군에 대해 측정되었다. siRNA 염기서열은 1.5μM의 농도에서 테스트하고 발현은 72시간 배양 후 QunatiGene 분석으로 측정하였다. NTC: 비표적화 대조군; 알려진 유전자 표적이 없는 스크램블된 siRNA 서열. UNT: 처리되지 않은 대조군.
도 2A ? 도 2B는 인간 HeLa 세포(도 2A) 및 마우스 N2A 세포(도 2B)에서 인간 및 마우스 JAK1 mRNA 표적 부위를 표적으로 하는 siRNA 서열의 스크린을 나타낸다. JAK1 mRNA 발현 백분율은 처리되지 않은 대조군에 대해 측정되었다. siRNA 염기서열은 1.5μM의 농도에서 테스트하고 발현은 72시간 배양 후 QunatiGene 분석으로 측정하였다. NTC: 비표적화 대조군; 알려진 유전자 표적이 없는 스크램블된 siRNA 서열. UNT: 처리되지 않은 대조군.
도 3A ? 도 3B는 인간 HeLa 세포(도 3A) 및 마우스 N2A 세포(도 3B)에서 인간 및 마우스 JAK2 mRNA 표적 부위를 표적으로 하는 siRNA 서열의 화면을 나타낸다. JAK2 mRNA 발현 백분율은 처리되지 않은 대조군에 대해 측정되었다. siRNA 염기서열은 1.5μM의 농도에서 테스트하고 발현은 72시간 배양 후 QunatiGene 분석으로 측정하였다. NTC: 비표적화 대조군; 알려진 유전자 표적이 없는 스크램블된 siRNA 서열. UNT: 처리되지 않은 대조군.
도 4A ? 도 4B는 인간 HeLa 세포(도 4A) 및 마우스 N2A 세포(도 4B)에서 인간 및 마우스 STAT1 mRNA 표적 부위를 표적으로 하는 siRNA 서열의 화면을 나타낸다. STAT1 mRNA 발현 백분율은 처리되지 않은 대조군에 대해 측정되었다. siRNA 염기서열은 1.5μM의 농도에서 테스트하고 발현은 72시간 배양 후 QunatiGene 분석으로 측정하였다. NTC: 비표적화 대조군; 알려진 유전자 표적이 없는 스크램블된 siRNA 서열. UNT: 처리되지 않은 대조군.
도 5A ? 도 5H는 HeLa(인간) 및 N2A(마우스) 세포에서 스크리닝된 IFNGR1_1726, Ifngr1_1641, JAK1_3033, JAK2_1936, Jak2_2076 및 STAT1_885의 용량 반응 억제 곡선을 나타낸다. NTC: 비표적화 대조군.
도 6A - 도 6B는 siRNA IFNGR1 1641 주사의 단일 용량 후 마우스에서 효능 지속 시간을 도시한다. 야생형 C57BL6 마우스를 최대 4 주 동안 siRNA로 처리하고 피부에서 IFNGR1 단백질 발현 수준을 형광 유세포 분석법으로 측정하였다(도 6A). 도 6B는 IFNGR1 녹아웃 마우스 및 비표적 대조군 처리된 마우스와 비교하여 IFNGR1 단백질 발현의 정규화된 수준을 나타낸다. 주사 후 최대 66%의 표적 단백질 녹다운 2 주가 달성되었고, 상당한 수준의 단백질 녹다운이 4주 동안 유지되었다 (도 6B).
도 7A - 도 7B는 Ifngr1_1641 siRNA가 IFN-α 신호전달의 억제를 통해 CXCL9 및 CXCL10 케모카인 발현을 감소시킨다는 것을 입증한다. 사용된 프로토콜은 도 7A에 나와 있다. 2 x 20mg/kg siRNA를 사용한 꼬리 S.C. 주입 후 4주차에 마우스당 직경 4mm 피부 생검 펀치 8개를 수집하였다(투여 간격: 2주, 그룹당 n=5 마우스). 꼬리 피부 펀치는 재조합 마우스 IFN-γ 단백질(25600-400pg/mL에서 2배 연속 희석 및 비처리 대조군)의 존재 하에서 배양하였다. 도 7B는 효소 결합 면역흡착 분석(ELISA)에 의해 측정된 CXCL9 및 CXCL10 수준을 나타낸다. 데이터는 평균 ± SD로 표시되며 Dunnett의 다중 비교 테스트를 통해 양방향 ANOVA로 분석된다; * P < 0.05.
도 8A ? 도 8B는 siRNA IFNGR1 1641이 어떻게 백반증 모델에서 전신 효능과 국소 효능을 모두 나타내는지를 보여준다. 도 8A는 사용된 프로토콜을 도시한다. 백반증은 PMEL TCR 형질전환 쥐의 비장에서 분리된 PMEL CD8+ T 세포의 입양 전달에 의해 유도되었으며, 수용 쥐에서 이러한 T 세포의 후속 활성화는 누덕누덕거리는 패턴으로 3~7주 내에 표피의 탈색을 초래했다. 백반증 환자와 비슷하다. 쥐에게 백반증 유발 2주 전 siRNA의 첫 번째 용량을 투여하고 백반증 유발 1주 후 두 번째 용량을 투여했다. 도 8B는 귀와 꼬리의 정량화된 백반증 점수를 표시한다. 백반증 점수는 치료군을 알지 못하는 관찰자에 의해 객관적으로 정량화되었으며, 귀와 꼬리의 탈색 부위 정도를 기준으로 점 척도를 사용했다. 각 부위는 해부학적 부위의 백분율로 검사되었다. 왼쪽 귀와 오른쪽 귀 모두 집합적으로 결정되었으므로 단일 부위로 간주된다. 개별 부위의 백반증 점수는 다음과 같이 0-5 사이로 부여되었다: 탈색의 증거가 없음(0%)은 0점, >0~10% =1점, >10~25% = 2점, >25~75점을 받았다. % = 3점, >75~<100% = 4점, 100% = 5점. 데이터는 평균 ± SD로 제시되었으며 ?idak의 다중 비교 테스트를 통해 양방향 ANOVA로 분석되었다. *P < 0.05, **P < 0.01, ****P < 0.0001.IFNGR1
도 9A - 도 9D는 처리 그룹 사이의 꼬리 변형 수준의 정량적 분석을 도시한다. ImageJ Fiji 소프트웨어 (NIH)를 사용한 꼬리 사진의 비교에 의해 피부 분쇄 수준을 객관적으로 정량화하였다(도 9a). 개별 꼬리의 픽셀 강도 분포 프로파일을 각 강도에서 총 픽셀 수에 대해 플롯팅하였다. 절대 흰색과 검은 색은 각각 0과 255에서 강도로 정의되었다(도 9b). 도 9c는 요약 데이터의 플롯이다. 통계적 데이터는 개별 분포 곡선의 평균 픽셀 강도의 평균 ± SD로 제시되었고 Mann-Whitney T 테스트에 의해 분석되었다; *p <0.05. 도 9D는 siRNA IFNGR1 1641 (짝을 이루지 않은 t 테스트; ** p <0.01, * p <0.05)에서 표피 및 진피에서 세포 독성 T 세포 (CD45+ 세포에 의해 측정된 바와 같이)의 피부 침윤 감소를 나타내는 플롯이다.
도 10은 72시간 동안 1.5μM에서 IFNGR1_1726 및 Ifngr1_1641를 표적으로 하는 siRNA로 배양된 인간 HeLa 및 마우스 N2a 세포에서의 IFNGR1 단백질 발현을 도시한다.
도 11은 HeLa 세포에서 IFNGR1 1631, 1989 및 2072의 용량 반응 억제 곡선, 및 N2a 세포에서 ifngr1IFNGR1 378, 947 및 1162를 도시한다. NTC : NTC: 비표적화 대조군.
도 12는 HELA 및 ifngr1 세포에서 CXCL9, CXCL10 및 CXCL11 mRNA 발현 수준을 도시한다. 세포를 IFN-γ 자극 전 72시간 동안 1.5μM에서 IFNGR1_1726 및 Ifngr1_1641을 표적으로 하는 siRNA로 처리하였다(n=4, 평균 ± SD, 일원배치 ANOVA, *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001, ****p<0.0001; ns, 유의하지 않음). IFN-γ 신호 전달 자극 후 6 시간에 샘플을 분석하였다.
도 13A - 도 13B는 다른 화학적 구성을 가진 IFNGR1 1641을 표적으로 하는 siRNA를 사용하여 마우스 피부에서의 IFNGR1 침묵을 도시한다. 도 13A는 소수성-접합된(도코사노산, DCA; 트리미리스트산, Myr-T) 및 2가(Dio) siRNA의 화학 구조의 개략도를 도시한다. DCA 및 Myr-T 접합체는 3 '센스 가닥에 공유 적으로 연결되어 있으며; Dio 스캐폴드의 두 센스 가닥은 테트라 에틸렌 글리콜에 의해 공유적으로 연결되어 있으며; 이 연구는 또한 접합되지 않은 siRNA Ifngr1_1641 및 DCA 접합 비표적 대조군(NTC) siRNA를 포함하였다. 도 13B는 주사 부위의 피부에서 Ifngr1 mRNA 침묵을 나타내며; 마우스(그룹당 n=5)에게 siRNA의 단일 용량(20mg/kg) 또는 2회 용량(2x, 24시간 간격; n=5)으로 피하(어깨 사이)로 주입하였으며; 주입 후 1주일에 국소 피부를 수집하고 QuantiGene 2.0 분석을 사용하여 mRNA 수준을 측정하였고; Ifngr1 발현은 하우스키핑 유전자 Ppib로 정규화하였으며; 데이터는 PBS 대조군의 백분율(평균 ± SD)로 표시되며 Kruskal-Wallis 검정을 사용하여 분석하였다(*p<0.05, **p<0.01; ns, 유의하지 않음).
신규한 IFN-γ 신호전달 경로 유전자 표적 서열이 제공된다. 또한 본 개시 내용의 하나 이상의 표적 서열과 같이 IFN-γ 신호전달 경로 유전자 mRNA를 표적화하는 신규한 올리고뉴클레오티드, RNA 분자, 예컨대 siRNA 및 이를 함유하는 분지형 RNA 화합물이 제공된다.
달리 명시하지 않는 한, 본 명세서에 기술된 세포 및 조직 배양, 분자 생물학, 면역학, 미생물학, 유전학 및 단백질, 핵산 화학 및 혼성화와 관련하여 사용된 명명법은 당업계에 잘 알려져 있고 일반적으로 사용되는 명명법이다. 달리 명시하지 않는 한, 본 명세서에 제공된 방법 및 기술은 당업계에 잘 알려진 통상적인 방법에 따라 수행되고, 달리 명시하지 않는 한 본 명세서 전반에 걸쳐 인용되고 논의되는 다양한 일반적이고 보다 구체적인 참고문헌에 기재된 바와 같이 수행된다. 효소 반응 및 정제 기술은 해당 분야에서 일반적으로 수행되거나 본 명세서에 기술된 바와 같이 제조업체의 사양에 따라 수행된다. 본 명세서에 기술된 분석 화학, 합성 유기 화학, 의약 및 약학 화학과 관련하여 사용된 명명법, 이들의 실험실 절차 및 기술은 해당 분야에 잘 알려져 있고 일반적으로 사용되는 것들이다. 화학 합성, 화학 분석, 약품 제조, 제형화, 전달 및 환자 치료에 표준 기술이 사용된다.
본 명세서에서 달리 정의되지 않는 한, 본 명세서에서 사용된 과학 및 기술 용어는 당업자가 일반적으로 이해하는 의미를 갖는다. 잠재적인 모호성이 있는 경우, 여기에 제공된 정의가 사전 또는 외부 정의보다 우선한다. 문맥상 달리 요구되지 않는 한, 단수 용어는 복수를 포함하고, 복수 용어는 단수를 포함한다. "또는"의 사용은 달리 명시되지 않는 한 "및/또는"을 의미한다. "포함하다" 및 "포함하다"와 같은 다른 형태뿐만 아니라 "포함하는"이라는 용어의 사용은 제한되지 않는다.
본 개시가 보다 쉽게 이해될 수 있도록, 먼저 특정 용어가 정의된다.
"뉴클레오사이드"라는 용어는 리보스 또는 데옥시리보스 당에 공유 결합된 퓨린 또는 피리미딘 염기를 갖는 분자를 의미한다. 예시적인 뉴클레오시드는 아데노신, 구아노신, 시티딘, 유리딘 및 티미딘을 포함한다. 추가의 예시적인 뉴클레오시드는 이노신, 1-메틸 이노신, 슈도유리딘, 5,6-디하이드로우리딘, 리보티미딘, 2N-메틸구아노신 및 N2,N2-디메틸구아노신("희귀" 뉴클레오시드라고도 함)을 포함한다. "뉴클레오티드"라는 용어는 당 모이어티에 에스테르 결합으로 연결된 하나 이상의 인산염 기를 갖는 뉴클레오시드를 의미한다. 예시적인 뉴클레오티드에는 뉴클레오시드 모노포스페이트, 디포스페이트 및 트리포스페이트가 포함된다. 용어 "폴리뉴클레오티드" 및 "핵산 분자"는 본 명세서에서 상호교환적으로 사용되며, 5'와 3' 탄소 원자 사이의 포스포디에스테르 또는 포스포로티오에이트 결합에 의해 함께 결합된 뉴클레오티드의 중합체를 의미한다.
용어 "RNA" 또는 "RNA 분자" 또는 "리보핵산 분자"는 리보뉴클레오티드의 중합체(예를 들어, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 30개 이상의 리보뉴클레오티드)를 의미한다. . 용어 "DNA" 또는 "DNA 분자" 또는 "데옥시리보핵산 분자"는 데옥시리보뉴클레오티드의 중합체를 의미한다. DNA 및 RNA는 자연적으로 합성될 수 있다(예를 들어, 각각 DNA 복제 또는 DNA의 전사에 의해). RNA는 전사 후일 수 있다. DNA와 RNA는 화학적으로 합성될 수도 있다. DNA와 RNA는 단일 가닥(즉, 각각 ssRNA 및 ssDNA) 또는 다중 가닥(예: 이중 가닥, 즉 각각 dsRNA 및 dsDNA)일 수 있다. "mRNA" 또는 "메신저 RNA"는 하나 이상의 폴리펩티드 사슬의 아미노산 서열을 지정하는 단일 가닥 RNA이다. 이 정보는 리보솜이 mRNA에 결합할 때 단백질 합성 중에 번역된다.
본 명세서에 사용된 용어 "소형 간섭 RNA"("siRNA")(당업계에서는 "짧은 간섭 RNA"로도 지칭됨)는 약 10-50개의 뉴클레오티드를 포함하는 RNA(또는 RNA 유사체)를 의미한다( 또는 뉴클레오티드 유사체), 이는 RNA 간섭을 지시하거나 중재할 수 있다. 특정 실시 형태에서, siRNA는 약 15-30개의 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 유사체, 또는 약 16-25개의 뉴클레오티드(또는 뉴클레오티드 유사체), 또는 약 18-23개의 뉴클레오티드(또는 뉴클레오티드 유사체), 또는 약 19-22개의 뉴클레오티드를 포함한다. (또는 뉴클레오티드 유사체)(예를 들어, 19, 20, 21 또는 22개의 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 유사체). "짧은" siRNA라는 용어는 약 21개의 뉴클레오티드(또는 뉴클레오티드 유사체), 예를 들어 19, 20, 21 또는 22개의 뉴클레오티드를 포함하는 siRNA를 의미한다. "긴" siRNA라는 용어는 약 24-25개의 뉴클레오티드, 예를 들어 23, 24, 25 또는 26개의 뉴클레오티드를 포함하는 siRNA를 의미한다. 짧은 siRNA는 어떤 경우에는 19개 미만의 뉴클레오티드, 예를 들어 16, 17 또는 18개의 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 단, 단 더 짧은 siRNA는 RNAi를 매개하는 능력을 유지해야 한다. 마찬가지로, 긴 siRNA는 짧은 siRNA에 대한 추가 처리, 예를 들어 효소 처리 없이 RNAi를 매개하는 능력을 유지하는 경우 긴 siRNA가 일부 경우에 26개 이상의 뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
용어 "뉴클레오티드 유사체" 또는 "변경된 뉴클레오티드" 또는 "변형된 뉴클레오티드"는 비천연 발생 리보뉴클레오티드 또는 데옥시리보뉴클레오티드를 포함하는 비표준 뉴클레오티드를 의미한다. 예시적인 뉴클레오티드 유사체는 뉴클레오티드의 특정 화학적 특성을 변경하면서도 의도된 기능을 수행하는 뉴클레오티드 유사체의 능력을 유지하도록 임의의 위치에서 변형된다. 유도체화될 수 있는 뉴클레오티드 위치의 예에는 5 위치, 예를 들어 5-(2-아미노)프로필 우리딘, 5-브로모 우리딘, 5-프로핀 우리딘, 5-프로페닐 우리딘 등; 6 위치, 예를 들어 6-(2-아미노)프로필 우리딘; 및 아데노신 및/또는 구아노신에 대한 8-위치, 예를 들어 8-브로모 구아노신, 8-클로로 구아노신, 8-플루오로구아노신 등이 포함된다.. 뉴클레오티드 유사체에는 또한 데아자 뉴클레오티드, 예를 들어 7-데아자-아데노신; O- 및 N-변형(예를 들어, 알킬화, 예를 들어 N6-메틸 아데노신, 또는 당업계에 달리 공지된 바와 같음) 뉴클레오티드; 및 Herdewijn, Antisense Nucleic Acid Drug Dev., 2000 Aug 10(4):297-310에 설명된 것과 같은 기타 헤테로사이클릭으로 변형된 뉴클레오티드 유사체가 포함된다.
뉴클레오티드 유사체는 또한 뉴클레오티드의 당 부분에 대한 변형을 포함할 수 있다. 예를 들어, 2' OH-기는 H, OR, R, F, Cl, Br, I, SH, SR, NH2, NHR, NR2 또는 COOR로부터 선택되는 군으로 치환될 수 있고, 여기서 R은 치환 또는 비치환된 C1-C6 알킬, 알케닐, 알키닐, 아릴 등이다. 다른 가능한 변형은 미국 특허 제5,858,988호 및 제6,291,438호에 기재된 것을 포함한다.
뉴클레오티드의 인산염 기는 또한 예를 들어 인산염 기의 산소 중 하나 이상을 황(예: 포스포로티오에이트)으로 치환하거나 뉴클레오티드가 의도한 대로 수행되도록 하는 다른 치환을 함으로써 변형될 수 있다. 예를 들어, Eckstein, Antisense Nucleic Acid Drug Dev. 2000년 4월 10(2):117-21, Rusckowski et al. 안티센스핵산의약품개발 2000년 10월 10(5):333-45, Stein, Antisense Nucleic Acid Drug Dev. 2001년 10월 11(5): 317-25, Vorobjev et al. 안티센스핵산의약품개발 2001 Apr. 11(2):77-85, 및 미국 특허. 번호 5,684,143에 기재된 바와 같다. 상기 언급된 특정 변형(예를 들어, 포스페이트기 변형)은 예를 들어 생체내 또는 시험관내에서 상기 유사체를 포함하는 폴리뉴클레오티드의 가수분해 속도를 감소시킨다.
"올리고뉴클레오티드"라는 용어는 뉴클레오티드 및/또는 뉴클레오티드 유사체의 짧은 중합체를 의미한다.
"RNA 유사체"라는 용어는 상응하는 변경되지 않거나 변형되지 않은 RNA와 비교하여 적어도 하나의 변경되거나 변형된 뉴클레오티드를 가지지만, 상응하는 비변경 또는 비변형 RNA 유사체와 동일하거나 유사한 성질 또는 기능을 유지하는 폴리뉴클레오티드(예: 화학적으로 합성된 폴리뉴클레오티드)를 지칭한다. 위에서 논의한 바와 같이, 올리고뉴클레오티드는 결합으로 연결될 수 있으며, 이는 포스포디에스테르 결합을 갖는 RNA 분자와 비교하여 RNA 유사체의 가수분해 속도를 낮추게된다. 예를 들어, 유사체의 뉴클레오티드는 메틸렌디올, 에틸렌 디올, 옥시메틸티오, 옥시에틸티오, 옥시카르보닐옥시, 포스포로디아미데이트, 포스포로아미데이트 및/또는 포스포로티오에이트 연결을 포함할 수 있다. 일부 RNA 유사체에는 당 및/또는 백본 변형 리보뉴클레오티드 및/또는 데옥시리보뉴클레오티드가 포함된다. 그러한 변경 또는 변형은 RNA의 말단(들)에 또는 내부적으로(RNA의 하나 이상의 뉴클레오티드에서) 비뉴클레오티드 물질의 첨가를 추가로 포함할 수 있다. RNA 유사체는 RNA 간섭을 중재하는 능력이 있을 정도로 천연 RNA와 충분히 유사하면된다.
본 명세서에 사용된 용어 "RNA 간섭"("RNAi")은 RNA의 선택적 세포내 분해를 의미한다. RNAi는 외부 RNA(예: 바이러스 RNA)를 제거하기 위해 자연적으로 세포에서 발생한다. 천연 RNAi는 유리 dsRNA에서 절단된 단편을 통해 진행되며, 이는 분해 메커니즘을 다른 유사한 RNA 서열로 유도한다. 대안적으로, RNAi는 예를 들어 표적 유전자의 발현을 침묵시키기 위해 사람의 손에 의해 시작될 수 있다.
"표적 특이적 RNA 간섭(RNAi)을 지시하기 위해 표적 mRNA 서열과 충분히 상보적인 서열"인 가닥을 갖는 RNAi 제제, 예를 들어 RNA 침묵화제는 가닥이 RNAi 기구 또는 과정에 의해 표적 mRNA의 파괴를 촉발하기 충분한 서열을 갖는다는 것을 의미한다.
본 명세서에 사용된 용어 "단리된 RNA"(예를 들어, "단리된 siRNA" 또는 "단리된 siRNA 전구체")는 재조합 기술에 의해 생산될 때 다른 세포 물질 또는 배양 배지가 실질적으로 없거나 화학적으로 합성될 때 화학 전구체 또는 기타 화학물질이 실질적으로 없는 RNA 분자를 지칭한다.
본 명세서에 사용된 용어 "RNA 침묵화"는 RNA 분자에 의해 매개되는 일 군의 서열 특이적 조절 메커니즘(예를 들어, RNA 간섭(RNAi), 전사 유전자 침묵화(TGS), 전사-후 유전자 침묵화(PTGS), 진압, 공동 억제, 및 번역 억제)을 지칭하며, 이는 상응하는 단백질-부호화 유전자 발현의 억제 또는 "침묵화"를 초래한다. RNA 침묵화는 식물, 동물 및 진균을 포함한 많은 유형의 유기체에서 관찰되었다.
용어 "차별적 RNA 침묵화"는 예를 들어, 두 폴리뉴클레오티드 서열이 모두 동일한 세포에 존재할 때 "제2" 또는 "비표적" 폴리뉴클레오티드 서열의 발현을 실질적으로 억제하지 않으면서 "제1" 또는 "표적" 폴리뉴클레오티드 서열의 발현을 실질적으로 억제하는 RNA 분자의 능력을 지칭한다. 특정 실시 형태에서, 표적 폴리뉴클레오티드 서열은 표적 유전자에 상응하는 반면, 비-표적 폴리뉴클레오티드 서열은 비-표적 유전자에 상응한다. 다른 실시 형태에서, 표적 폴리뉴클레오티드 서열은 표적 대립유전자에 상응하는 반면, 비-표적 폴리뉴클레오티드 서열은 비-표적 대립유전자에 상응한다. 특정 실시 형태에서, 표적 폴리뉴클레오티드 서열은 표적 유전자의 조절 영역(예를 들어, 프로모터 또는 인핸서 요소)을 부호화하는 DNA 서열이다. 다른 실시 형태에서, 표적 폴리뉴클레오티드 서열은 표적 유전자에 의해 부호화되는 표적 mRNA이다.
용어 "시험관 내"는 예를 들어 정제된 시약 또는 추출물, 예를 들어 세포 추출물이 관여되는, 당 분야에서 인식된 의미를 갖는다. 용어 "생체내"는 또한 예를 들어 살아있는 세포, 예를 들어 불멸화된 세포, 1차 세포, 세포주 및/또는 유기체 내 세포가 관여되는, 당분야에서 인식된 의미를 갖는다.
본 명세서에 사용된 용어 "트랜스 유전자"는 인공에 의해 세포에 삽입되고 세포로부터 발생하는 유기체의 게놈의 일부가 되는 임의의 핵산 분자를 지칭한다. 이러한 트랜스유전자는 트랜스제닉 유기체에 대해 부분적으로 또는 전체적으로 이종성(즉, 외래)인 유전자를 포함할 수 있거나, 유기체의 내인성 유전자와 상동성인 유전자를 나타낼 수 있다. 용어 "트랜스유전자"는 또한 트랜스제닉 동물에 대해 부분적으로 또는 완전히 이종성인, 즉, 외래인, 또는 트랜스제닉 동물의 내인성 유전자와 상동성이지만, 천연 유전자의 위치와 다른 위치에서 동물의 게놈에 삽입되도록 설계되는, 트랜스제닉 유기체, 예를 들어 동물에서 발현될 하나 이상의 조작된 RNA 전구체를 부호화하는 하나 이상의 선택된 핵산 서열, 예를 들어 DNA를 포함하는 핵산 분자를 의미한다. 트랜스유전자는 모두 선택된 서열에 작동 가능하게 연결된, 선택된 핵산 서열의 발현에 필요한 하나 이상의 프로모터 및 인트론과 같은 임의의 다른 DNA를 포함하고, 인핸서 서열을 포함할 수 있다.
질병 또는 장애에 "관여되는" 유전자는 그 정상 또는 비정상 발현 또는 기능이 질병 또는 장애 또는 상기 질병 또는 장애의 적어도 하나의 증상에 영향을 미치거나 유발하는 유전자를 포함한다.
본 명세서에 사용된 용어 "기능 획득 돌연변이"는 그 유전자에 의해 부호화된 단백질(즉, 돌연변이체 단백질)이 단백질(즉, 야생형 단백질)과 정상적으로 연관되지 않는 기능을 획득하고 질병 또는 장애를 유발하거나 기여하는, 유전자에서의 임의의 돌연변이를 지칭한다. 기능 획득 돌연변이는 부호화된 단백질의 기능에 변화를 일으키는, 유전자의 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드들의 결실, 부가 또는 치환일 수 있다. 한 실시 형태에서, 기능 획득 돌연변이는 돌연변이체 단백질의 기능을 변화시키거나 다른 단백질과의 상호작용을 유발한다. 또 다른 실시 형태에서, 기능 획득 돌연변이는 예를 들어 변경된 돌연변이체 단백질과 상기 정상 야생형 단백질의 상호작용에 의해, 정상 야생형 단백질의 감소 또는 제거를 유발한다.
본 명세서에 사용된 용어 "표적 유전자"는 발현이 실질적으로 억제되거나 "침묵화"되어야 하는 유전자이다. 이러한 침묵화는 RNA 침묵화에 의해, 예를 들어 표적 유전자의 mRNA 절단에 의해 또는 표적 유전자의 번역 억제에 의해 달성될 수 있다. 용어 "비표적 유전자"는 발현이 실질적으로 침묵화되지 않아야 하는 유전자이다. 한 실시 형태에서, 표적 및 비-표적 유전자의 폴리뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표적 및 비-표적 유전자에 의해 부호화된 mRNA)은 하나 이상의 뉴클레오티드에 의해 상이할 수 있다. 또 다른 실시 형태에서, 표적 및 비-표적 유전자는 하나 이상의 다형성(예를 들어, 단일 뉴클레오티드 다형성 또는 SNP)에 의해 상이할 수 있다. 또 다른 실시 형태에서, 표적 및 비-표적 유전자는 100% 미만의 서열 동일성을 공유할 수 있다. 또 다른 실시 형태에서, 비-표적 유전자는 표적 유전자의 상동체(예를 들어, 오르토로그 또는 파라로그)일 수 있다.
"표적 대립유전자"는 발현이 선택적으로 억제되거나 "침묵화"되어야 하는 대립유전자(예를 들어, SNP 대립유전자)이다. 이러한 침묵화는 RNA 침묵화에 의해, 예를 들어 siRNA에 의한 표적 유전자 또는 표적 대립유전자의 mRNA를 절단함으로써 달성될 수 있다. 용어 "비표적 대립유전자"는 발현이 실질적으로 침묵되지 않아야 하는 대립유전자이다. 특정 실시 형태에서, 표적 및 비-표적 대립유전자는 동일한 표적 유전자에 상응할 수 있다. 다른 실시 형태에서, 표적 대립유전자는 표적 유전자에 상응하거나 이와 연관되고, 비표적 대립유전자는 비표적 유전자에 상응하거나 이와 연관된다. 한 실시 형태에서, 표적 및 비-표적 대립유전자의 폴리뉴클레오티드 서열은 하나 이상의 뉴클레오티드에 의해 상이할 수 있다. 또 다른 실시 형태에서, 표적 및 비-표적 대립유전자는 하나 이상의 대립유전자 다형성(예를 들어, 하나 이상의 SNP)에 의해 상이할 수 있다. 또 다른 실시 형태에서, 표적 및 비-표적 대립유전자는 100% 미만의 서열 동일성을 공유할 수 있다.
본 명세서에 사용된 용어 "다형성"은 상이한 원천 또는 대상체로부터의(그러나 동일한 유기체로부터의) 동일한 유전자 서열이 비교될 때 확인되거나 검출되는 유전자 서열의 변이(예를 들어, 하나 이상의 결실, 삽입 또는 치환)를 지칭한다. 예를 들어, 다형성은 상이한 대상체로부터의 동일한 유전자 서열이 비교될 때 확인될 수 있다. 이러한 다형성의 확인은 당분야에서 일상적이며, 방법론은 예를 들어 유방암 점 돌연변이를 검출하는 데 사용되는 것과 유사하다. 예를 들어, 대상체의 림프구로부터 추출된 DNA로부터 이어서 상기 다형성 영역에 대해 특이적 프라이머를 사용하는 다형성 영역의 증폭에 의해 확인이 수행될 수 있다. 대안적으로 동일한 유전자의 두 대립유전자가 비교될 때 다형성이 확인될 수 있다. 특정 실시 형태에서, 다형성은 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP)이다.
유기체에서 동일한 유전자의 2개의 대립유전자 사이의 서열 변이는 본 명세서에서 "대립유전자 다형성"으로 지칭된다. 특정 실시 형태에서, 대립유전자 다형성은 SNP 대립유전자에 상응한다. 예를 들어, 대립유전자 다형성은 SNP의 두 대립유전자 사이의 단일 뉴클레오티드 변이를 포함할 수 있다. 다형성은 부호화 영역 내의 뉴클레오티드에 있을 수 있지만, 유전 코드의 축퇴성으로 인해 아미노산 서열의 변화는 부호화되지 않는다. 대안적으로, 다형성 서열은 특정 위치에서 상이한 아미노산을 부호화할 수 있지만, 아미노산의 변화는 단백질 기능에 영향을 미치지 않는다. 다형성 영역은 유전자의 비부호화 영역에서도 발견될 수 있다. 예시적인 실시 형태에서, 다형성은 유전자의 부호화 영역 또는 유전자의 비번역 영역(예를 들어, 5' UTR 또는 3' UTR)에서 발견된다.
본 명세서에 기재된 바와 같이, "IFNGR1"이라는 용어는 단백질 인터페론 γ 수용체 1에 대한 유전자 부호화를 지칭한다. IFNGR1 유전자는 염색체 6q23.3 상에 위치한다. IFNGR1 유전자좌는 23kb에 걸쳐 있으며 9 개의 엑손으로 구성된다 (NCBI 유전자 ID : 3459). 유전자는 2 개의 스플 라이스 변이체로 발현되며 대부분의 조직에서 발현된다. 인터페론 γ 수용체 1 단백질은 길이가 대략 489 아미노산이며, 대략 90 kD의 분자 질량을 갖는다 (UniprotkB P15260it 인터페론 γ 수용체 2와 연관되어 인터페론 γ에 대한 이종 이량 체 수용체를 형성한다.
본 명세서에 기재된 바와 같이, "JAK1"이라는 용어는 야누스 키나제 1에 대한 유전자 부호화를 지칭한다. JAK1 유전자는 염색체 1p31.3에 위치한다. JAK1 유전자좌는 235 kb에 걸쳐 있으며 29 개의 엑손으로 구성된다 (NCBI 유전자 ID : 3716). 유전자는 대부분의 조직에서 발현된다. 야누스 키나제 1 단백질은 길이가 대략 1154 아미노산이며 대략 133 kD의 분자 질량을 갖는다 (UniprotkB P23458). 그것은 IFN-γ 신호 전달 경로의 일부이며 STAT 단백질을 인산화하는 데 역할을 한다.
본 명세서에 기재된 경우에, "JAK2"라는 용어는 단백질 Janus 키나제 2에 대한 유전자 부호화를 지칭한다. JAK2 유전자는 염색체 9p24.1에 위치한다. JAK2 유전자좌는 146kb에 걸쳐 있으며 27 개의 엑손으로 구성된다 (NCBI 유전자 ID : 3717). 유전자는 대부분의 조직에서 발현된다. 야누스 키나제 2 단백질은 길이가 대략 1132 아미노산이며 대략 131 kD의 분자 질량을 갖는다 (UniprotKB O60674). 그것은 IFN-γ 신호 전달 경로의 일부이며 STAT 단백질을 인산화하는 데 역할을 한다.
본 명세서에 기재된 경우에, "STAT1"이라는 용어는 신호 변환기 및 전사 1의 활성화 제에 대한 유전자 부호화를 지칭한다. STAT1 유전자는 염색체 2q32.2에 위치한다. STAT1 유전자좌는 113kb에 걸쳐 있으며 26 개의 엑손으로 구성된다 (NCBI 유전자 ID : 6772). 유전자는 2 개의 스플 라이스 변이체로 발현되며 대부분의 조직에서 발현된다. 전사 1 단백질의 신호 변환기 및 활성화 제는 길이가 대략 750 개의 아미노산이며 대략 87 kD의 분자 질량을 갖는다 (UniprotKB P42224). 그것은 IFN-γ 신호 전달 경로의 일부이며, 인산화 될 때 전사 활성화 제로 작용한다.
"세포 또는 유기체에서 유전자의 기능을 검사하는 것"이라는 문구는 그로부터 발생하는 발현, 활성, 기능 또는 표현형을 조사하거나 연구하는 것을 의미한다.
본 명세서에 사용된 경우, "RNA 침묵 제제"라는 용어는 RNA를 지칭하며, 이는 표적 유전자의 발현을 억제하거나 "침묵"할 수 있다. 특정 실시 형태에서, RNA 침묵 제제는 전사 후 침묵 메커니즘을 통해 mRNA 분자의 완전한 처리 (예를 들어, 전체 번역 및/또는 발현)를 방지할 수 있다. RNA 침묵 제는 소형 (<50 b.p.), 비 부호화 RNA 분자, 예를 들어 쌍의 가닥을 포함하는 RNA 이중화뿐만 아니라 이러한 작은 비 부호화 RNA가 생성 될 수 있는 전구체 RNA를 포함한다. 모범적 인 RNA 침묵 제는 siRNA, miRNA, siRNA- 유사 이중 듀플렉스, 안티센스 올리고 뉴클레오티드, Gapmer 분자 및 이중 기능 올리고 뉴클레오티드 및 전구체를 포함한다. 일 실시 형태에서, RNA 침묵 제는 RNA 간섭을 유도할 수 있다. 다른 실시 형태에서, RNA 침묵 제제는 번역 억제를 매개할 수 있다.
본 명세서에 사용된 경우, "희귀 뉴클레오티드"라는 용어는 자연적으로 발생하는 데 옥시 리보 뉴클레오티드 또는 예를 들어 자연적으로 발생하는 리보네 뉴클레오티드, 자연적으로 발생하는 리보네 뉴클레오티드를 포함하여 자연적으로 발생하는 자연적으로 발생하는 뉴클레오티드를 지칭한다. 희귀 뉴클레오티드의 예로는 이노신, 1-메틸 이노신, 슈도우리딘, 5,6-디히드로우리딘, 리보티미딘, 2N-메틸구아노신 및 2,2N,N-디메틸구아노신이 포함되지만, 이에 제한되는 것은 아니다.
조작된 RNA 전구체 또는 조작된 핵산 분자에서와 같이 "엔지니어링"이라는 용어는 전구체 또는 분자가 전구체 또는 전구체의 핵산 서열의 전부 또는 일부에서 발견되지 않음을 나타낸다. 분자는 인간에 의해 만들어지거나 선택된다. 일단 생성되거나 선택되면, 시퀀스는 셀 내의 메커니즘에 의해 복제, 번역, 전사 또는 다른 방법으로 처리될 수 있다. 따라서, 조작된 핵산 분자를 포함하는 트랜스 진로부터 세포 내에서 생성된 RNA 전구체는 조작된 RNA 전구체이다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "microRNA"( "miRNA")라는 용어는 "작은 시간적 RNA"( "strnas")로도 알려진 작은(10-50 뉴클레오티드) RNA를 나타낸다. 부호화(예를 들어, 바이러스, 포유 동물 또는 식물 게놈에 의해) 및 RNA 침묵을 연출하거나 매개할 수 있다. "miRNA 장애"는 miRNA의 비정상적인 발현 또는 활동을 특징으로 하는 질병 또는 장애를 지칭한다.
본 명세서에 사용된 경우, "이중 기능성 올리고 뉴클레오티드"라는 용어는 공식 T-L-μ를 갖는 RNA 침묵 제제를 지칭하며, 여기서 T는 부분을 표적으로하는 mRNA이며, L은 연결 부분이고, μ는 miRNA 모집 부분이다. 본 명세서에 사용된 용어, "mRNA 표적 부분", "표적 모이어티", "mRNA 표적화 부분"또는 "표적화 부분"이라는 용어는 이중 기능성 올리고 뉴클레오티드의 도메인, 부분 또는 영역을 부분 또는 부분에 대한 충분한 상보성을 나타내는 도메인, 부분 또는 영역을 나타낸다. 침묵을 위해 선택되거나 표적화된 mRNA의 영역 (즉, 모이어 티는 표적 mRNA를 캡처하기에 충분한 서열을 갖는다).
본 명세서에 사용된 경우, "연결 모이어티" 또는 "연결 부분"이라는 용어는 mRNA를 공유적으로 결합하거나 연결하는 RNA- 침묵제의 도메인, 부분 또는 영역을 지칭한다.
본 명세서에 사용된 경우에, RNA 침묵제, 예를 들어, siRNA 또는 RNA 침묵제의 용어 "안티센스 가닥"은 침묵을 위해 표적이 되는 유전자의 mRNA의 약 10 내지 50개의 뉴클레오티드, 예를 들어, 약 15-30, 16-25, 18-23 또는 19-22개의 뉴클레오티드의 절편에 실질적으로 상보적인 가닥을 지칭한다. 안티센스 가닥 또는 제1 가닥은 표적 특이적 침묵을 지시하기 위해 원하는 표적 mRNA 서열에 충분히 상보적인 서열, 예를 들어, RNAi 기계 또는 공정(RNAi 간섭)에 의한 원하는 표적 mRNA의 파괴를 유발하기에 충분한 상보성 또는 원하는 표적 mRNA의 번역 억제를 유발하기에 충분한 상보성을 가진 서열을 갖는다.
RNA 침묵제의 "센스 가닥" 또는 "제2 가닥"이라는 용어, 예를 들어, siRNA 또는 RNA 침묵제는 안티센스 가닥 또는 제1 가닥에 상보적인 가닥을 지칭한다. 안티센스 및 센스 가닥은 또한 제1 또는 제1 가닥으로 지칭 될 수 있으며, 제1 또는 제2 가닥은 표적 서열에 상보성을 갖고, 제1 또는 제1 가닥에 상보성을 갖는 각각의 제2 또는 제1 가닥을 갖는다. miRNA 듀플렉스 중간체 또는 siRNA- 유사 이중화는 침묵을 대상으로 하는 유전자의 mRNA의 약 10-50 뉴클레오티드 섹션에 충분한 상보성을 갖는 miRNA 가닥을 포함하고 miRNA 스트랜드와의 이중성을 형성하기에 충분한 상보성을 갖는 miRNA* 가닥을 포함한다.
본 명세서에 사용된 경우, "가이드 가닥"이라는 용어는 RISC 복합체로 들어가서 표적 mRNA의 절단을 지시하는 siRNA 이중 또는 siRNA 서열의 안티센스 가닥과 같은 RNA 침묵 제제의 가닥을 지칭한다.
본 명세서에 사용된 바와 같이, RNA 침묵 제제의 이중 영역의 비대칭 (예를 들어, ShRNA의 줄기)에서와 같이 "비대칭"이라는 용어는 종말 사이의 결합 강도 또는 기본 쌍화 강도의 불평등을 나타낸다. RNA 침묵 제제 (예를 들어, 제 1 가닥 또는 줄기 부분의 말단 뉴클레오티드 사이의, 반대되는 제 2 가닥 또는 줄기 부분의 말기 뉴클레오티드)의 경우, 이중 이하의 한 가닥의 5 '끝이 일시적이지 않은 상태에서 더 빈번하게, 예를 들어, 상보 가닥의 5 '끝보다 단일 가닥, 상태. 이러한 구조적 차이는 이중의 한 가닥이 우선적으로 RISC 복합체에 통합된다는 것을 결정한다. 상보 적 가닥에 5 '말단이 덜 단단히 짝을 이루는 가닥은 우선적으로 RISC에 통합되어 RNAi를 중재할 것이다.
본 명세서에 사용된 경우, "결합 강도"또는 "기본 쌍 강도"라는 용어는 올리고 뉴클레오티드 듀플렉스 (예를 들어, siRNA 이중)의 반대 가닥에 대한 뉴클레오티드 쌍 (또는 뉴클레오티드 유사체) 사이의 상호 작용의 강도를 지칭한다. 상기 뉴클레오티드 (또는 뉴클레오티드 유사체) 사이에서 주로 H- 결합, 반 데르 발스 상호 작용 등.
본 명세서에 사용된 경우, 안티센스 가닥의 5' 말단에서와 같이, "5' 말단"은 5 ' 말단 뉴클레오티드, 예를 들어 안티센스 가닥의 5' 말단에서 1 내지 약 5개의 뉴클레오티드를 나타낸다. 본 명세서에 사용된 경우에, "3' 말단"은 센스 가닥의 3' 말단에서와 같이, 영역, 예를 들어, 상보적인 안티센스 가닥의 5' 말단의 뉴클레오티드에 상보적인 1 내지 약 5개의 뉴클레오티드의 영역을 지칭한다.
본 명세서에 사용된 용어 "불안정화 뉴클레오티드"라는 용어는 기본 쌍이 종래의 염기 쌍보다 낮은 결합 강도가되도록 제 2 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 아날로그와 함께 기본 쌍을 형성할 수 있는 제 1 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 아날로그를 지칭한다(즉.왓슨-크릭 염기쌍). 특정 실시 형태에서, 불안정한 뉴클레오티드는 제 2 뉴클레오티드와 미스매치 염기 쌍을 형성할 수 있다. 다른 실시 형태에서, 불안정화 뉴클레오티드는 제 2 뉴클레오티드와 흔들리는 염기 쌍을 형성할 수 있다. 아직 다른 실시 형태에서, 불안정한 뉴클레오티드는 제 2 뉴클레오티드와 모호한 염기 쌍을 형성할 수 있다.
본 명세서에 사용된 경우, "염기 쌍"이라는 용어는 올리고 뉴클레오티드 듀플렉스의 반대 가닥 (예를 들어, RNA 사일 닝 제 및 표적의 가닥에 의해 형성된 이중)에 대한 뉴클레오티드 쌍 (또는 뉴클레오티드 유사체) 사이의 상호 작용을 지칭한다. mRNA 서열), 주로 H- 결합, 반 데르 발상 상호 작용 등으로 인해 상기 뉴클레오티드 (또는 뉴클레오티드 유사체) 사이의 유사성에 기인한다. 본 명세서에 사용된 경우, "결합 강도" 또는 "기본 쌍 강도"라는 용어는 기본 쌍의 강도를 나타낸다.
본 명세서에 사용되는 용어 "미스매치 염기쌍"은 비상보적 또는 비왓슨-크릭 염기쌍, 예를 들어, 통상의 상보적 G:C, A:T 또는 A:U 염기쌍이 아닌 염기쌍으로 구성되는 염기쌍을 의미한다. 본 명세서에서 사용되는 용어 "모호한 염기쌍"(또한 비차별적 염기쌍으로 알려짐)은 유니버설 뉴클레오티드에 의해 형성된 염기쌍을 지칭한다.
본 명세서에 사용된 용어 "보편적 뉴클레오티드"("중성 뉴클레오티드"로도 알려짐)에는 염기("보편 염기" 또는 "중성 염기")를 갖는 뉴클레오티드(예: 특정 불안정화 뉴클레오티드)가 포함된다. 염기쌍을 형성할 때 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기를 크게 구별한다. 보편적인 뉴클레오티드는 스태킹 상호작용으로 인해 역평행 이중나선 핵산(예: 이중 가닥 DNA 또는 RNA)에 효율적으로 채워질 수 있는 주로 소수성 분자이다. 보편적인 뉴클레오티드의 염기 부분은 일반적으로 질소 함유 방향족 헤테로고리 모이어티를 포함한다.
본 명세서에 사용된 용어 "충분한 상보성" 또는 "충분한 정도의 상보성"은 RNA 침묵제가 결합하기에 충분한 서열(예를 들어 안티센스 가닥, mRNA 표적화 모이어티 또는 miRNA 모집 모이어티)을 갖는다는 것을 의미한다. 원하는 표적 RNA를 각각 지정하고 표적 mRNA의 RNA 침묵을 유발한다.
본 명세서에 사용된 경우, "번역 억제"라는 용어는 mRNA 번역의 선택적 억제를 지칭한다. 자연 번역 억제는 shRNA 전구체에서 절단된 miRNA를 통해 진행된다. RNAI와 번역 억제는 RISC에 의해 매개된다. RNAI와 번역 억제는 자연적으로 발생하거나 예를 들어 표적 유전자의 발현을 침묵시키기 위해 사람의 손에 의해 시작될 수 있다.
인스턴트 발명의 다양한 방법론에는 값, 레벨, 특징, 특성, 속성 등을 "적절한 제어"와 비교하는 단계가 포함되며, 여기에서 "적절한 제어"로 언급된다. "적합한 제어"또는 "적절한 제어"는 비교 목적에 유용한 예술의 일반 기술 중 하나에 익숙한 통제 또는 표준이다. 일 실시 형태에서, "적합한 제어"또는 "적절한 제어"는 본 명세서에 기재된 바와 같이 RNAI 방법론을 수행하기 전에 결정된 값, 레벨, 특징, 특성, 속성 등이다. 예를 들어, 전사율, mRNA 수준, 번역 속도, 단백질 수준, 생물학적 활성, 세포 특성 또는 특성, 유전자형, 표현형 등은 세포 또는 유기체에 본 발명의 RNA 침묵 제를 도입하기 전에 결정될 수 있다. 다른 실시 형태에서, "적합한 제어"또는 "적절한 대조군"은 세포 또는 유기체 (예를 들어, 대조군 또는 정상 세포 또는 유기체)에서 결정된 값, 레벨, 특징, 특성, 특성 등이다. 정상적인 특성. 또 다른 실시 형태에서, "적합한 제어"또는 "적절한 제어"는 사전 정의된 값, 레벨, 특징, 특성, 속성 등이다.
달리 정의되지 않는 한, 여기에 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어는이 발명이 속한 기술에서 일반적인 기술 중 하나에 의해 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다. 본 발명의 실습 또는 시험에 사용된 방법 및 유사한 방법 및 재료와 유사하거나 동등한 방법이 있지만, 적절한 방법 및 재료는 아래에 설명되어있다. 여기에 언급된 모든 간행물, 특허 출원, 특허 및 기타 참조는 전체 참조로 통합된다. 충돌의 경우, 정의를 포함한 현재 사양이 제어된다. 또한, 재료, 방법 및 예제는 예시적이며 제한되지 않기위한 것이 아니다.
본 발명의 다양한 측면은 다음 하위 섹션에서 더 자세히 설명된다.
I. 신규 표적 서열
특정 예시적인 실시 형태에서, 본 발명의 RNA 침묵 제는 표 6 및 8에서 인용된 바와 같이, 1-6의 1-6 중 하나의 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 핵산 서열을 표적화할 수 있다. 특정 예시적인 실시 형태에서, 본 발명의 RNA 침묵 제는 표 7에서 인용된 분리 ID NOS : 143-154로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 핵산 서열을 표적화할 수 있다. , 9, 10 및 11.
각 표적 서열에 대한 게놈 서열은 예를 들어 NCBI에서 관리되는 공개적으로 이용 가능한 데이터베이스에서 발견될 수 있다.
II. siRNA 설계
일부 실시 형태에서, siRNA는 다음과 같이 설계된다. 먼저, 표적 유전자의 일부 (예를 들어, IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 유전자), 예를 들어, 표 6 및 8에 명시된 하나 이상의 표적 서열이 선택된다. 이들 부위에서 mRNA의 절단은 상응하는 단백질의 번역을 제거해야한다. 안티센스 가닥은 표적 서열에 기초하여 설계되었으며 센스 스트랜드는 안티센스 가닥에 상보 적으로 설계되었다. 안티센스와 센스 가닥의 혼성화는 siRNA 이중을 형성한다. 안티센스 가닥은 약 19 내지 25 개의 뉴클레오티드, 예를 들어, 19, 20, 21, 22, 23, 24 또는 25 뉴클레오티드를 포함한다. 다른 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 20, 21, 22 또는 23 뉴클레오티드를 포함한다. 센스 가닥은 약 14 내지 25 뉴클레오티드, 예를 들어, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22,23, 24 또는 25 뉴클레오티드를 포함한다. 다른 실시 형태에서, 센스 가닥은 15 개의 뉴클레오티드이다. 다른 실시 형태에서, 센스 가닥은 18 개의 뉴클레오티드이다. 다른 실시 형태에서, 센스 가닥은 20 개의 뉴클레오티드이다. 그러나 숙련된 장인은 19 개의 뉴클레오티드 미만 또는 25 개 이하의 뉴클레오티드를 가질 수 있는 siRNA는 또한 RNAi를 매개하기 위해 기능할 수 있음을 인식할 것이다. 따라서, 그러한 길이의 siRNA는 또한 RNAi를 중재하는 능력을 유지한다면 인스턴트 발명의 범위 내에있다. 더 긴 RNAi 제제는 특정 포유 동물 세포에서 인터페론 또는 PKR 반응을 유발하는 것으로 입증되었으며, 이는 바람직하지 않을 수 있다. 특정 실시 형태에서, 본 발명의 RNAi 제제는 PKR 반응을 유도하지 않는다 (즉, 길이가 충분히 짧다). 그러나, 예를 들어, PKR 반응을 생성할 수없는 세포 유형 또는 PKR 반응이 대안 적 수단에 의해 하향 조절되거나 감쇠된 상황에서 더 긴 RNAi 제제는 유용할 수 있다.
센스 가닥 서열은 표적 서열이 본질적으로 가닥의 중간에 있도록 설계될 수 있다. 표적 서열을 중심에서 벗어난 위치로 이동시키는 것은 일부 경우에 siRNA에 의한 절단 효율을 감소시킬 수 있다. 이러한 조성물, 즉 덜 효율적인 조성물은 야생형 mRNA의 침묵화-제거가 검출되는 경우 사용하기 위해 바람직할 수 있다.
안티센스 가닥은 센스 가닥과 동일한 길이일 수 있으며 상보적 뉴클레오티드를 포함한다. 한 실시 형태에서, 가닥은 완전히 상보적이며, 즉 가닥은 정렬되거나 어닐링될 때 평활 말단이다. 또 다른 실시 형태에서, 가닥은 1-, 2-, 3-, 4-, 5-, 6-, 7- 또는 8-뉴클레오티드 오버행이 생성되도록, 즉 센스 가닥의 3' 말단이 안티센스 가닥의 5' 말단보다 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8개 뉴클레오티드 더 연장되고/되거나 안티센스 가닥의 3' 말단이 센스 가닥의 5' 말단보다 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8개 뉴클레오티드 더 연장되도록 정렬하거나 어닐링된다. 오버행은 표적 유전자 서열(또는 이의 상보체)에 상응하는 뉴클레오티드를 포함할(또는 이로 구성될) 수 있다. 대안적으로, 오버행은 데옥시리보뉴클레오티드, 예를 들어 dTs, 또는 뉴클레오티드 유사체, 또는 다른 적합한 비-뉴클레오티드 물질을 포함할(또는 이로 구성될) 수 있다.
안티센스 가닥의 RISC로의 진입을 용이하게 하기 위해(이에 따라 표적 절단 및 침묵화 효율을 증가시키거나 개선하기 위해), 센스 가닥의 5' 말단 및 안티센스 가닥의 3' 말단 간 염기쌍 강도가 변경될 수 있다, 예를 들어 "Methods and Compositions for Controlling Efficacy of RNA Silencing"(2003년 6월 2일 출원)을 표제로 하는 미국 특허 제7,459,547호, 제7,772,203호 및 제7,732,593호 및 "Methods and Compositions for Enhancing the Efficacy and Specificity of RNAi"(2003년 6월 2일 출원)를 표제로 하는 미국 특허 제8,309,704호, 제7,750,144호, 제8,304,530호, 제8,329,892호 및 제8,309,705호에 상세히 기재된 바와 같이 절감 또는 감소될 수 있으며, 그 내용은 전체가 참조로 포함된다. 본 개시 내용의 이러한 측면의 한 실시 형태에서, 염기쌍 강도는 제1 또는 안티센스 가닥의 3' 말단 및 제2 또는 센스 가닥의 5' 말단 간에서보다 제1 또는 안티센스 가닥의 5' 말단 및 제2 또는 센스 가닥의 3' 말단 간의 더 적은 G:C 염기쌍으로 인해 더 작다. 또 다른 실시 형태에서, 염기쌍 강도는 제1 또는 안티센스 가닥의 5' 말단 및 제2 또는 센스 가닥의 3' 말단 간 적어도 하나의 미스매치 염기쌍으로 인해 더 작다. 특정한 예시적 실시 형태에서, 미스매치된 염기쌍은 G:A, C:A, C:U, G:G, A:A, C:C 및 U:U로 구성되는 군으로부터 선택된다. 또 다른 실시 형태에서, 염기쌍 강도는 제1 또는 안티센스 가닥의 5' 말단 및 제2 또는 센스 가닥의 3' 말단 간 적어도 하나의 워블 염기쌍, 예를 들어 G:U로 인해 더 작다. 또 다른 실시 형태에서, 염기쌍 강도는 희귀 뉴클레오티드, 예를 들어 이노신(I)을 포함하는 적어도 하나의 염기쌍으로 인해 더 작다. 특정한 예시적 실시 형태에서, 염기쌍은 I:A, I:U 및 I:C로 구성되는 군으로부터 선택된다. 또 다른 실시 형태에서, 염기쌍 강도는 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 적어도 하나의 염기쌍으로 인해 더 작다. 특정한 예시적 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드는 2-아미노-G, 2-아미노-A, 2,6-디아미노-G, 및 2,6-디아미노-A로 구성되는 군으로부터 선택된다.
표 6 및 8에 명시된 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 표적 서열을 표적화하는 데 적합한 siRNA의 설계는 아래에 자세히 설명되어있다. siRNA는 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 유전자에서 발견되는 다른 표적 서열에 대한 상기 모범적 인 가르침에 따라 설계될 수 있다. 또한,이 기술은 다른 대상 서열, 예를 들어 비분자 발생 대상 서열을 표적으로하는 데 적용할 수 있다.
SiRNA가 mRNA를 파괴하는 효과를 검증하기 위해 (예를 들어, IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 mRNA), siRNA는 drosophila-에서 cDNA (예를 들어, IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 cDNA)와 함께 배양할 수 있다. 시험 관내 mRNA 발현 시스템 기반. 32P, 새로 합성된 mRNA (예를 들어, IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 mRNA)로 방사성 표지된 것은 아가 로스 겔에서자가 방사선 학적으로 검출된다. 절단된 mRNA의 존재는 mRNA 뉴 클레아 제 활성을 나타낸다. 적절한 대조군에는 siRNA의 생략이 포함된다. 대안 적으로, 대조군 siRNA는 선택된 siRNA와 동일한 뉴클레오티드 조성을 갖는 것으로, 그러나 적절한 표적 유전자에 대한 유의 한 서열 상보성없이 선택된다. 이러한 음성 대조군은 선택된 siRNA의 뉴클레오티드 서열을 무작위로 스크램블링함으로써 설계될 수 있으며; 부정적인 대조군이 적절한 게놈의 다른 유전자에 대한 상동성이 없도록 하기 위해 상동성 검색을 수행할 수 있다. 또한, 음성 대조군 siRNA는 하나 이상의 기본 미스매치를 시퀀스에 도입함으로써 설계될 수 있다. siRNA-mRNA 보완의 부위가 선택되어 최적의 mRNA 특이성 및 최대 mRNA 절단을 초래한다.
III. RNAi 제제
본 개시 내용은 예를 들어 상기 기재된 바와 같이 설계된 siRNA 분자와 같은 RNAi 분자를 포함한다. 본 개시 내용의 siRNA 분자는 화학적으로 합성될 수 있거나, DNA 주형으로부터 시험관내, 또는 예를 들어, shRNA로부터 생체내 전사될 수 있거나, 재조합 인간 다이서DICER 효소를 사용하여 시험관내 전사된 dsRNA 주형을 RNAi를 매개하는 20-, 21- 또는 23-bp 이중체 RNA 풀로 절단할 수 있다. siRNA 분자는 당분야에 알려진 임의의 방법을 사용하여 설계될 수 있다.
일 양태에서, RNAi 제제가 간섭 리보핵산, 예를 들어, 상기 기재된 바와 같은 siRNA 또는 shRNA인 대신에, RNAi 제제는 상기 기재된 바와 같은 간섭 리보핵산, 예를 들어 shRNA를 부호화할 수 있다. 다시 말하면, RNAi 제제는 간섭 리보핵산의 전사 주형일 수 있다. 따라서, 본 개시 내용의 RNAi 제제는 또한 작은 헤어핀 RNA(shRNA), 및 shRNA를 발현하도록 조작된 발현 작제물을 포함할 수 있다. shRNA의 전사는 중합효소 III(pol III) 프로모터에서 개시되고 4-5-티민 전사 종결 부위의 위치 2에서 종결되는 것으로 생각된다. 발현 시 shRNA는 3' UU 오버행을 갖는 줄기 루프 구조로 폴딩되는 것으로 생각된다; 이어서, 이들 shRNA의 말단이 가공되어 shRNA를 약 21-23개 뉴클레오티드의 siRNA 유사 분자로 전환한다(Brummelkamp et al., 2002; Lee et al., 2002, 상기 문헌; Miyagishi et al., 2002; Paddison et al., 2002, 상기 문헌; Paul et al., 2002, 상기 문헌; Sui et al., 2002 상기 문헌; Yu et al., 2002, 상기 문헌. shRNA 설계 및 사용에 대한 추가 정보는 인터넷 상에서 하기 주소에서 발견될 수 있다: katandin.cshl.org:9331/RNAi/docs/BseRI-BamHI_Strategy.pdf 및 katandin.cshl.org:9331/RNAi/docs/Web_version_of_PCR_strategy1.pdf).
본 개시 내용의 발현 작제물은 적절한 발현 시스템에서 사용하기 적합한 임의의 작제물을 포함하고, 당분야에 알려진 바와 같이 레트로바이러스 벡터, 선형 발현 카세트, 플라스미드 및 바이러스 또는 바이러스 유래 벡터를 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 이러한 발현 작제물은 하나 이상의 유도성 프로모터, U6 snRNA 프로모터 또는 H1 RNA 중합효소 III 프로모터와 같은 RNA Pol III 프로모터 시스템, 또는 당분야에 알려진 다른 프로모터를 포함할 수 있다. 작제물은 siRNA의 한 가닥 또는 두 가닥 모두를 포함할 수 있다. 두 가닥을 모두 발현하는 발현 작제물은 또한 두 가닥을 연결하는 루프 구조를 포함할 수 있거나, 각 가닥은 동일한 작제물에서 별도의 프로모터로부터 별도로 전사될 수 있다. 각 가닥은 또한 별도의 발현 작제물로부터 전사될 수 있다(Tuschl, T., 2002, 상기 문헌).
합성 siRNA는 양이온성 리포솜 형질감염 및 전기천공을 비롯한 당업계에 공지된 방법에 의해 세포 내로 전달될 수 있다. 표적 유전자(예: IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 유전자)의 장기간 억제를 얻고 특정 상황에서 전달을 촉진하기 위해 하나 이상의 siRNA가 재조합 DNA 구조의 세포 내에서 발현될 수 있다. 세포에서 장기간 표적 유전자 억제를 가능하게 하기 위해 재조합 DNA 구축물로부터 세포 내에서 siRNA 이중가닥을 발현시키는 방법은 포유동물 Pol III 프로모터 시스템(예를 들어, H1 또는 U6/snRNA 프로모터 시스템(Tuschl, T., 2002, 위) 기능적 이중 가닥 siRNA를 발현할 수 있는(Bagella 등, 1998; Lee 등, 2002, 위; Miyagishi 등, 2002, 위; Paul 등, 2002, 위; Yu 등 al. al., 2002, 위; Sui et al., 2002, 위) RNA Pol III에 의한 전사 종료는 DNA 주형 내 4개의 연속 T 잔기에서 발생하며, 이는 특정 서열에서 siRNA 전사물을 종료하는 메커니즘을 제공한다. siRNA는 5'-3' 및 3'-5' 방향으로 목적 유전자의 서열과 상보적이며, siRNA의 두 가닥은 동일한 구조물로 발현되거나 별도의 구조물로 발현될 수 있다. H1 또는 U6 snRNA 프로모터는 세포에서 발현되고 표적 유전자 발현을 억제할 수 있다(Bagella et al., 1998; Lee et al., 2002, 상기; Miyagishiet al., 2002, 상기 문헌; Paul et al., 2002, 상기; Yu et al., 2002, 상기; Sui et al., 2002, 상기 참조). T7 프로모터의 제어 하에 siRNA 서열을 함유하는 구조물은 또한 T7 RNA 폴리머라제를 발현하는 벡터와 함께 세포 내로 공동 형질감염될 때 기능성 siRNA를 만든다(Jacque et al., 2002, 상기 참조). 단일 구조물은 동일한 유전자 또는 다중 유전자를 표적으로 하는 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1을 부호화하는 유전자의 다중 영역과 같은 siRNA에 대한 다중 부호화 서열을 포함할 수 있으며, 예를 들어 별도의 PolIII 프로모터 부위에 의해 구동될 수 있다.
동물 세포는 동물 발생 동안 전사-후 또는 번역-후 수준에서 유전자 발현을 조절할 수 있는 마이크로 RNA(miRNA)로 명명된 대략 약 22개 뉴클레오티드의 다양한 비부호화 RNA를 발현한다. miRNA의 공통된 특징 중 하나는 이들이 모두 대략 70개 뉴클레오티드 전구체 RNA 줄기 루프에서 아마도 다이서, RNase III-유형 효소 또는 이의 상동체에 의해 모두 절제된다는 것이다. miRNA 전구체의 줄기 서열을 표적 mRNA와 상보적인 서열로 대체함으로써, 조작된 전구체를 발현하는 벡터 작제물이 포유류 세포에서 특정 mRNA 표적에 대해 RNAi를 개시하기 위한 siRNA를 생산하는 데 사용될 수 있다(Zeng et al., 2002, 상기 문헌). 중합효소 III 프로모터를 포함하는 DNA 벡터에 의해 발현될 때, 마이크로-RNA 설계된 헤어핀은 유전자 발현을 침묵화할 수 있다(McManus et al., 2002, 상기 문헌). 다형성을 표적화하는 마이크로RNA는 또한 siRNA 매개 유전자 침묵화의 부재 하에, 돌연변이체 단백질의 번역을 차단하는 데 유용할 수 있다. 이러한 적용은 예를 들어 설계된 siRNA가 야생형 단백질의 표적외 침묵화를 유발한 상황에서 유용할 수 있다.
바이러스 매개 전달 메커니즘은 또한 예를 들어 RNA Pol II 프로모터 전사 제어 하에 siRNA를 보유하는 재조합 아데노바이러스를 생성함으로써 siRNA의 발현을 통해 표적화된 유전자의 특이적 침묵화를 유도하는 데 사용될 수 있다(Xia et al., 2002, 상기 문헌). 이러한 재조합 아데노바이러스에 의한 HeLa 세포의 감염은 감소된 내인성 표적 유전자 발현을 허용한다. 재조합 아데노바이러스 벡터를 siRNA의 표적 유전자를 발현하는 트랜스제닉 마우스에 주사하면 표적 유전자 발현의 생체내 감소를 초래한다. 동물 모델에서 전체 배아 전기천공은 합성 siRNA를 착상 후 마우스 배아로 효율적으로 전달할 수 있다(Calegari et al., 2002). 성체 마우스에서 siRNA의 효율적인 전달은 꼬리 정맥을 통해 동물에 다량의 siRNA 포함 용액을 신속하게 주사(5초 이내)하는 "고압" 전달 기술에 의해 달성될 수 있다(Liu et al., 1999, 상기 문헌; McCaffrey et al., 2002, 상기 문헌; Lewis et al., 2002. 나노입자 및 리포솜은 또한 동물에 siRNA를 전달하는 데 사용될 수 있다. 특정한 예시적 실시 형태에서, 재조합 아데노-연관 바이러스(rAAV) 및 이의 연관된 벡터는 다음과 같을 수 있다. 하나 이상의 siRNA를 세포, 예를 들어 신경 세포(예를 들어, 뇌 세포)에 전달하는 데 사용될 수 있다(미국 특허 출원 2014/0296486, 2010/0186103, 2008/0269149, 2006/0078542 및 2005/0220766).
본 개시 내용의 핵산 조성물은 변형되지 않은 siRNA 및 가교된 siRNA 유도체 또는 비-뉴클레오티드 모이어티가 예를 들어 3' 또는 5' 말단에 연결된 유도체와 같은 변형된 siRNA를 모두 포함한다. 이러한 방식으로 siRNA 유도체를 변형하는 것은 상응하는 siRNA에 비해 생성된 siRNA 유도체의 세포 흡수를 개선하거나 세포 표적화 활성을 향상시킬 수 있으며, 상응하는 siRNA와 비교하여 세포 내 siRNA 유도체를 추적하거나 siRNA 유도체의 안정성을 개선하는 데 유용하다.
본 명세서에 기재된 바와 같이 세포 또는 전체 유기체에 도입된 조작된 RNA 전구체는 원하는 siRNA 분자의 생산을 야기할 것이다. 그런 다음 이러한 siRNA 분자는 RNAi 경로의 내인성 단백질 성분과 연합하여 절단 및 파괴를 위한 특정 mRNA 서열에 결합하고 이를 표적화할 것이다. 이러한 방식으로 mRNA는 조작된 RNA 전구체로부터 생성된 siRNA에 의해 표적화되고 세포 또는 유기체로부터 고갈되어, 세포 또는 유기체에서 해당 mRNA에 의해 부호화된 단백질 농도의 감소를 야기할 것이다. RNA 전구체는 전형적으로 dsRNA의 한 가닥을 개별적으로 부호화하거나 RNA 헤어핀 루프 구조의 전체 뉴클레오티드 서열을 부호화하는 핵산 분자이다.
본 개시 내용의 핵산 조성물은 접합되지 않을 수 있거나 나노입자와 같은 또 다른 모이어티에 접합되어 조성물의 특성, 예를 들어, 흡수, 유효성, 생체이용률 및/또는 반감기와 같은 약동학적 매개변수를 향상시킬 수 있다. 접합은 당분야에 알려진 방법, 예를 들어 문헌(Lambert et al., Drug Deliv. Rev.: 47(1), 99-112 (2001)(폴리알킬시아노아크릴레이트(PACA) 나노입자에 로딩된 핵산을 기재함); 문헌(Fattal et al., J. Control Release 53(1-3):137-43 (1998))(나노입자에 결합된 핵산을 기재함); 문헌(Schwab et al., Ann. Oncol. 5 Suppl. 4:55-8 (1994)(삽입제, 소수성 기, 다중양이온 또는 PACA 나노입자에 연결된 핵산을 기재함); 및 문헌(Godard et al., Eur. J. Biochem. 232(2):404-10 (1995))(나노입자에 연결된 핵산을 기재함)의 방법을 사용하여 달성될 수 있다.
본 개시 내용의 핵산 분자는 또한 당분야에 알려진 임의의 방법을 사용하여 표지될 수 있다. 예를 들어, 핵산 조성물은 형광단, 예를 들어 Cy3, 플루오레세인 또는 로다민으로 표지될 수 있다. 표지화는 키트, 예를 들어 SILENCER™ siRNA 표지화 키트(Ambion)를 사용하여 수행될 수 있다. 추가로, siRNA는 예를 들어 3H, 32P 또는 다른 적절한 동위원소를 사용하여 방사성표지될 수 있다.
더욱이, RNAi는 적어도 하나의 단일 가닥 RNA 중간체를 통해 진행되는 것으로 믿어지기 때문에, 당업자는 ss-siRNA(예를 들어, ds-siRNA의 안티센스 가닥)가 또한 본 명세서에 기재된 바와 같이 설계되거나(예를 들어, 화학적 합성을 위해) 생성되거나(예를 들어, 효소적으로 생성된) 발현되고(예를 들어, 벡터 또는 플라스미드로부터) 청구되는 방법론에 따라 활용될 수 있음을 이해할 것이다. 더욱이, 무척추동물에서, RNAi는 RNAi의 효과기로 작용하는 긴 dsRNA(예를 들어, 약 100-1000개 뉴클레오티드 길이, 예컨대, 약 200-500개, 예를 들어, 약 250, 300, 350, 400 또는 450개 뉴클레오티드 길이의 dsRNA)에 의해 효과적으로 촉발될 수 있다(Brondani et al., Proc Natl Acad Sci USA. 2001 Dec. 4; 98(25):14428-33. Epub 2001 Nov. 27).
IV. 항 -IFNGR1, 항 -JAK1, 항 -JAK2 및 항 -STAT1 RNA 침묵 제제
특정 실시 형태에서, 본 발명은 신규한 항-IFNGR1, 항-JAK1, 항-JAK2 및 항-STAT1 RNA 침묵제(예를 들어, siRNA, shRNA 및 안티센스 올리고뉴클레오티드), 상기 RNA 침묵제를 제조하는 방법을 제공한다. 및 IFNGR1, JAK1, JAK2, 또는 STAT1 단백질의 RNA 침묵을 위해 상기 개선된 RNA 침묵제(또는 이의 일부)를 사용하기 위한 방법(예를 들어, 연구 및/또는 치료 방법). RNA 침묵화제는 안티센스 가닥(또는 이의 일부)을 포함하며, 여기서 안티센스 가닥은 표적 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 mRNA에 대해 충분한 상보성을 가져 RNA 매개 침묵화 메커니즘(예: RNAi)을 매개한다.
특정 실시 형태에서, 하기 특성 중 하나 또는 임의의 조합을 갖는 siRNA 화합물이 제공된다: (1) 완전히 화학적으로 안정화됨(즉, 변형되지 않은 2'-OH 잔기 없음); (2) 비대칭; (3) 11-20개의 염기쌍 이중체; (4) 교대 패턴의 화학적으로 변형된 뉴클레오티드(예를 들어, 2'-플루오로 및 2'-메톡시 변형)가 또한 고려되지만, 50% 초과의 2'-메톡시 변형, 예컨대 70%-100%의 2'-메톡시 변형, 및 (5) 단일 가닥, 5-8개 염기의 완전히 포스포로티오에이트화된 꼬리. 특정 실시 형태에서, 포스포로티오에이트 변형의 수는 총 4 내지 16개로 다양하다. 특정 실시 형태에서, 포스포로티오에이트 변형의 수는 총 8 내지 13개로 다양하다.
특정 실시 형태에서, 본 명세서에 기재된 siRNA 화합물은 콜레스테롤, 도코사헥사엔산(DHA), 페닐트로판, 코르티솔, 비타민 A, 비타민 D, N-아세틸갈락토사민 (GalNac), 및 갱글리오시드를 포함하지만 이에 제한되지 않는 다양한 표적화제에 접합될 수 있다. 콜레스테롤 변형 버전은 광범위한 세포 유형(예를 들어, HeLa, 뉴런, 간세포, 영양막)에서 이전에 사용된 화학적 안정화 패턴(예를 들어, 피리미딘이 아닌 모든 퓨린이 변형됨)에 비해 시험관내 유효성에서 5-10배 개선을 나타내었다.
상기 및 본 명세서에 기재된 구조적 특성을 갖는 본 개시 내용의 특정 화합물은 "hsiRNA-ASP"(고급 안정화 패턴을 특징으로 하는 소수성으로 변형된 작은 간섭 RNA)로 지칭될 수 있다. 또한, 이 hsiRNA-ASP 패턴은 극적으로 개선된 뇌, 척수를 통한 분포, 간, 태반, 신장, 비장 및 몇몇 다른 조직으로의 전달을 나타내어, 이들을 치료 개입에 접근 가능하게 만들었다.
본 개시 내용의 화합물은 하기 측면 및 실시 형태로 기재될 수 있다.
제1 양태에서, 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하는 이중 가닥 RNA(dsRNA)가 본 명세서에 제공되고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고, 적어도 14개의 연속 뉴클레오티드를 포함하며,
(1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
(2) 안티센스 가닥은 교대하는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드 및 2'-플루오로-리보뉴클레오티드를 포함하고;
(3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 2 및 14의 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
(4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 위치 1-2 내지 1-7의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 서로 연결되고;
(5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부와 상보적이며;
(6) 센스 가닥은 교대하는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드 및 2'-플루오로-리보뉴클레오티드를 포함하며; 그리고;
(7) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 1-2의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 서로 연결된다.
제2 양태에서, 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하는 dsRNA가 본 명세서에 제공되고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고, 적어도 14개의 연속 뉴클레오티드를 포함하며,
(1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
(2) 안티센스 가닥은 적어도 70%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
(3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 14의 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
(4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 위치 1-2 내지 1-7의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 서로 연결되고;
(5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부와 상보적이며;
(6) 센스 가닥은 적어도 70%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며; 그리고;
(7) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 1-2의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 서로 연결된다.
제3 양태에서, 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하는 dsRNA가 본 명세서에 제공되고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고, 적어도 14개의 연속 뉴클레오티드를 포함하고,
(1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
(2) 안티센스 가닥은 적어도 85%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
(3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 2 및 14의 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
(4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 위치 1-2 내지 1-7의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 서로 연결되고;
(5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부와 상보적이며;
(6) 센스 가닥은 100%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며; 그리고;
(7) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 1-2의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 서로 연결된다.
제4 양태에서, 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하는 dsRNA가 본 명세서에 제공되고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고, 적어도 14개의 연속 뉴클레오티드를 포함하며,
(1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
(2) 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
(3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 4, 5, 6 및 14의 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
(4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 위치 1-2 내지 1-7의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 서로 연결되고;
(5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부와 상보적이며;
(6) 센스 가닥은 100%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며; 그리고;
(7) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 1-2의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 서로 연결된다.
제5 양태에서, 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하는 dsRNA가 본 명세서에 제공되고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고, 적어도 14개의 연속 뉴클레오티드를 포함하며,
(1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
(2) 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
(3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 2, 4, 5, 6 및 14의 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
(4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 위치 1-2 내지 1-7의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 서로 연결되고;
(5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부와 상보적이며;
(6) 센스 가닥은 100%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며; 그리고;
(7) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 1-2의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 서로 연결된다.
제6 양태에서, 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하는 dsRNA가 본 명세서에 제공되고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고, 적어도 14개의 연속 뉴클레오티드를 포함하며,
(1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고; (2) 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
(3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 2, 6, 14 및 16의 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
(4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 위치 1-2 내지 1-7의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 서로 연결되고;
(5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부와 상보적이며;
(6) 센스 가닥은 적어도 70%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며, 그리고;
(7) 센스 가닥의 3' 말단으로부터 위치 7, 9, 10 및 11의 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
(8) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 1-2의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 서로 연결된다.
제7 양태에서, 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하는 dsRNA가 본 명세서에 제공되고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고, 적어도 14개의 연속 뉴클레오티드를 포함하며,
(1) 안티센스 가닥은 서열 번호 1-6 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
(2) 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
(3) 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 2, 6 및 14의 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
(4) 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 위치 1-2 내지 1-7의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 서로 연결되고;
(5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부와 상보적이며;
(6) 센스 가닥은 적어도 80%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며; 그리고;
(7) 센스 가닥의 3' 말단으로부터 위치 7, 10 및 11의 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
(8) 센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 1-2의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 서로 연결된다.
제8 양태에서, 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하는 dsRNA가 본 명세서에 제공되며, 각 가닥은 5 인치 연속 뉴클레오티드를 포함하며, 5 인치 끝과 3 '끝을 포함한다.
(1) 안티센스 가닥은 서열 번호중 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함한다 : 1-6;
(2) 안티센스 가닥은 50% 이상의 2'-O- 메틸 변형을 포함하고;
(3) 안티센스 가닥의 5 '말단에서 위치 2, 4, 5, 6, 8, 10, 12, 14, 16 및 20의 뉴클레오티드는 2'- 메 톡시 리보 뉴클레오티드가 아니다;
(4) 안티센스 가닥의 3 인치 끝에서 1-2 내지 1-8의 뉴클레오티드는 포스 포로 티오이트 인 뉴클레오티드 결합을 통해 서로 연결된다;
(5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보 적이다.
(6) 센스 가닥은 최소 65% 2'-O- 메틸 변형을 포함하고;
(7) 센스 가닥의 3 '말단으로부터의 위치 3, 7, 9, 11 및 13의 뉴클레오티드는 2'메 톡시-리보 뉴클레오티드가 아니다; 그리고
(8) 센스 가닥의 5 '끝으로부터의 1-3 위치에서의 뉴클레오티드는 포스 포로 티오 에이트 인 핵종 결합을 통해 서로 연결된다.
제9 양태에서, 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하는 dsRNA가 본 명세서에 제공되며, 각 가닥은 5 '끝과 3'끝을 갖는 최소 14 개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다.
(1) 안티센스 가닥은 서열 번호중 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함한다 : 1-6;
(2) 안티센스 가닥은 적어도 75% 2'-O- 메틸 변형을 포함하고;
(3) 안티센스 가닥의 5 '말단으로부터의 위치 2, 6, 14, 16 및 20의 뉴클레오티드는 2'- 메 톡시 리보 뉴클레오티드가 아니다;
(4) 안티센스 가닥의 3 '끝에서 1-7 및 19-20 위치에서의 뉴클레오티드는 포스 포로 티오이트 인 뉴클레오티드 연결을 통해 서로 연결되어있다.
(5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보 적이다.
(6) 센스 가닥은 최소 65% 2'-O- 메틸 변형을 포함하고;
(7) 센스 가닥의 3 '말단으로부터의 위치 7, 9, 10 및 11의 뉴클레오티드는 2'- 메 톡시-리보 뉴클레오티드가 아니다; 그리고
(8) 센스 가닥의 5 '끝에서 1-2 및 14-15의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결된다.
제10 양태에서, 안티센스 가닥과 센스 가닥을 포함하는 dsRNA가 본 명세서에 제공되며, 각 가닥은 5 '끝과 3'끝을 갖는 최소 14 개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다.
(1) 안티센스 가닥은 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
(2) 안티센스 가닥은 50% 이상의 2'-O- 메틸 변형을 포함하고;
(3) 안티센스 가닥의 5 '말단으로부터의 1 개 이상의 위치 2, 4, 5, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 및 20의 뉴클레오티드는 2'- 메 톡시 리보 뉴클레오티드가 아니다;
(4) 안티센스 가닥의 3 인치 끝에서 1-2 내지 1-8의 뉴클레오티드는 포스 포로 티오이트 인 뉴클레오티드 결합을 통해 서로 연결된다;
(5) 안티센스 가닥의 일부는 센스 가닥의 일부에 상보 적이다.
(6) 센스 가닥은 최소 65% 2'-O- 메틸 변형을 포함하고;
(7) 센스 가닥의 3 인치 끝으로부터의 하나 이상의 위치 3, 7, 9, 11 및 13의 뉴클레오티드는 2 '메 톡시-리보 뉴클레오티드가 아니다; 그리고
(8) 센스 가닥의 5 '끝으로부터의 1-3 위치에서의 뉴클레오티드는 포스 포로 티오 에이트 인 핵종 결합을 통해 서로 연결된다
a) 항 -IFNGR1, 항 -JAK1, 항 -JAK2 및 항 -STAT1 siRNA 분자의 설계
본 출원의 siRNA 분자는 감각적 가닥과 상보적인 안티센스 가닥으로 만들어진 듀플렉스이며, 안티센스 가닥은 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 mRNA에 충분한 상보성을 갖는 RNAi를 매개한다. 특정 실시 형태에서, siRNA 분자는 약 10-50 개 이상의 뉴클레오티드로부터 길이를 갖는다. 즉, 각 가닥은 10-50 뉴클레오티드 (또는 뉴클레오티드 유사체)를 포함한다. 다른 실시 형태에서, siRNA 분자는 약 15-30, 예를 들어, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30이다. 가닥 중 하나가 표적 영역에 충분히 보완된 각 가닥의 뉴클레오티드. 특정 실시 형태에서, 가닥은 가닥 끝에 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10 염기가 있도록 정렬되어 정렬되지 않는다 (즉, 즉, 반대 가닥에서 보완된 염기가 발생하지 않는)), 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10 개의 잔류 물이 이중의 한쪽 또는 양쪽 끝에서 가닥이 어닐링 될 때 발생한다.
일반적으로, siRNA는 예를 들어 다음 프로토콜을 사용하여 당분야에 알려진 임의의 방법을 사용하여 설계될 수 있다.
1. siRNA는 표적 서열, 예를 들어, 예에 제시된 표적 서열에 특이 적이어야한다. 첫 번째 가닥은 표적 서열에 보완되어야하며, 다른 가닥은 첫 번째 가닥에 실질적으로 보완된다. (예시적인 의미 및 안티센스 가닥에 대한 예를 참조하십시오.) 예시적인 표적 서열은 강력한 유전자 침묵을 초래하는 표적 유전자의 임의의 영역에서 선택된다. 표적 유전자의 영역은 표적 유전자의 5 '번역되지 않은 영역 (5'-UTR), 표적 유전자의 3'번역되지 않은 영역 (3'-UTR), 표적의 엑손을 포함하지만 이에 국한되지 않는다. 유전자 또는 표적 유전자의 인트론. 이들 부위에서 mRNA의 절단은 상응하는 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 단백질의 번역을 제거해야한다. IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 유전자의 다른 영역으로부터의 표적 서열도 표적화에 적합하다. Sense Strand는 대상 순서를 기반으로 설계되었다.
2. siRNA의 센스 가닥은 선택된 표적 부위의 서열에 기반하여 설계된다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 약 15 내지 25개 뉴클레오티드, 예를 들어, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 또는 25개 뉴클레오티드를 포함한다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 뉴클레오티드를 포함한다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 15개 뉴클레오티드 길이이다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 18개 뉴클레오티드 길이이다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 20개 뉴클레오티드 길이이다. 그러나, 당업자는 15개 미만의 뉴클레오티드 또는 25개 초과의 뉴클레오티드 길이를 갖는 siRNA도 RNAi를 매개하는 기능을 할 수 있음을 이해할 것이다. 따라서, 이러한 길이의 siRNA는 RNAi를 매개하는 능력을 보유하는 한 본 개시 내용의 범위 내에 또한 속한다. 더 긴 RNA 침묵화제는 바람직하지 않을 수 있는 특정 포유류 세포에서 인터페론 또는 단백질 키나제 R(PKR) 반응을 유도하는 것으로 실증되었다. 특정 실시 형태에서, 본 개시 내용의 RNA 침묵화제는 PKR 반응을 유도하지 않는다(즉, 충분히 짧은 길이를 가짐). 그러나 더 긴 RNA 침묵화제는 예를 들어 PKR 반응을 생성할 수 없는 세포 유형이나 PKR 반응이 하향 조절되거나 대안적 수단에 의해 약화되는 상황에서 유용할 수 있다.
본 개시 내용의 siRNA 분자는 siRNA가 RNAi를 매개할 수 있도록 표적 서열과 충분한 상보성을 갖는다. 일반적으로, 표적 유전자의 RISC-매개 절단에 영향을 미치기 위해 표적 유전자의 표적 서열 부분과 충분히 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하는 siRNA가 고려된다. 따라서, 특정 실시 형태에서, siRNA의 안티센스 가닥은 표적의 일부와 충분히 상보적인 서열을 갖도록 설계된다. 예를 들어, 안티센스 가닥은 표적 부위와 100% 상보성을 가질 수 있다. 그러나 100% 상보성이 반드시 필요한 것은 아니다. 안티센스 가닥과 표적 RNA 서열 간 80% 초과 동일성, 예를 들어 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 심지어 100% 상보성이 고려된다. 본 출원은 RNAi의 효율성 및 특이성을 향상시키기 위해 특정 서열 변이를 관용할 수 있다는 이점을 갖는다. 한 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 야생형 및 돌연변이체 대립유전자 간 적어도 하나의 염기쌍이 상이한 표적 영역, 예를 들어, 기능 획득 돌연변이를 포함하는 표적 영역과 같은 표적 영역과 4, 3, 2, 1 또는 0개의 미스매치 뉴클레오티드(들)를 갖고, 다른 가닥은 제1 가닥과 동일하거나 실질적으로 동일하다. 더욱이, 1 또는 2개 뉴클레오티드의 작은 삽입 또는 결실을 갖는 siRNA 서열도 RNAi를 매개하는 데 효과적일 수 있다. 대안적으로, 뉴클레오티드 유사체 치환 또는 삽입을 갖는 siRNA 서열이 억제에 효과적일 수 있다.
서열 동일성은 당분야에 알려진 서열 비교 및 정렬 알고리즘에 의해 결정될 수 있다. 2개의 핵산 서열(또는 2개의 아미노산 서열)의 동일성 퍼센트를 결정하기 위해, 서열은 최적 비교 목적을 위해 정렬된다(예를 들어, 갭이 최적 정렬을 위해 제1 서열 또는 제2 서열에 도입될 수 있음). 이어서 상응하는 뉴클레오티드(또는 아미노산) 위치에서의 뉴클레오티드(또는 아미노산 잔기)가 비교된다. 제1 서열에서의 위치가 제2 서열에서의 상응하는 위치와 동일한 잔기에 의해 점유될 때, 분자는 그 위치에서 동일하다. 두 서열 간 동일성 퍼센트는 서열이 공유하는 동일한 위치의 수의 함수이며(즉, 상동성% = 동일한 위치의 수 / 총 위치의 수 x 100), 선택적으로 도입된 갭의 수 및/또는 도입된 간격의 길이에 패널티 점수를 부과한다.
두 서열 간 서열 비교 및 동일성 퍼센트의 결정은 수학적 알고리즘을 사용하여 수행될 수 있다. 한 실시 형태에서, 정렬은 동일성 정도가 낮은 부분(즉, 국소 정렬)에 대해서가 아니라 충분한 동일성을 갖는 정렬된 서열의 특정 부분에 걸쳐 생성된다. 서열 비교에 활용되는 국소 정렬 알고리즘의 비제한적인 예는 문헌(Karlin and Altschul (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:2264-68, Karlin and Altschul (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873-77에서 변형됨의 알고리즘이다. 이러한 알고리즘은 문헌(Altschul, et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-10의 BLAST 프로그램(버전 2.0)에 포함된다.
또 다른 실시 형태에서, 정렬은 적절한 갭을 도입함으로써 최적화되고 동일성 퍼센트는 정렬된 서열의 길이에 걸쳐 결정된다(즉, 갭 포함 정렬). 비교 목적을 위한 갭 포함 정렬을 얻기 위해 Gapped BLAST는 문헌(Altschul et al., (1997) Nucleic Acids Res. 25(17):3389-3402에 기재된 바와 같이 활용될 수 있다. 또 다른 실시 형태에서, 정렬은 적절한 갭을 도입함으로써 최적화되고 동일성 퍼센트는 정렬된 서열의 전체 길이에 걸쳐 결정된다(즉, 전체 정렬). 서열의 전체 비교에 활용되는 수학적 알고리즘의 비제한적 예는 문헌(Myers and Miller, CABIOS (1989))의 알고리즘이다. 이러한 알고리즘은 GCG 서열 정렬 소프트웨어 패키지의 일부인 ALIGN 프로그램(버전 2.0)에 포함된다. 아미노산 서열을 비교하기 위해 ALIGN 프로그램을 활용할 때, PAM120 가중치 잔기 표, 12의 갭 길이 페널티 및 4의 갭 페널티가 사용될 수 있다.
3. siRNA의 안티센스 또는 가이드 가닥은 일반적으로 센스 가닥과 길이가 동일하고 상보적인 뉴클레오티드를 포함한다. 한 실시 형태에서, 가이드 및 센스 가닥은 완전히 상보적이며, 즉 가닥은 정렬되거나 어닐링될 때 평활 말단이다. 또 다른 실시 형태에서, siRNA의 가닥은 1 내지 7개(예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개), 또는 1 내지 4개, 예를 들어, 2, 3 또는 4개 뉴클레오티드의 3' 오버행을 갖도록 하는 방식으로 쌍을 이룰 수 있다. 오버행은 표적 유전자 서열(또는 이의 상보체)에 상응하는 뉴클레오티드를 포함할(또는 이로 구성될) 수 있다. 대안적으로, 오버행은 데옥시리보뉴클레오티드, 예를 들어 dT, 또는 뉴클레오티드 유사체, 또는 다른 적합한 비-뉴클레오티드 물질을 포함할(또는 이로 구성될) 수 있다. 따라서, 또 다른 실시 형태에서, 핵산 분자는 TT와 같은 2개 뉴클레오티드의 3' 오버행을 가질 수 있다. 돌출된 뉴클레오티드는 RNA 또는 DNA일 수 있다. 상기 주지된 바와 같이, 돌연변이체:야생형 미스매치가 퓨린:퓨린 미스매치인 표적 영역을 선택하는 것이 바람직하다.
4. 당 분야에 알려진 임의의 방법을 사용하여 잠재적 표적을 적절한 게놈 데이터베이스(인간, 마우스, 래트 등)와 비교하고 다른 부호화 서열과 상당한 상동성을 갖는 임의의 표적 서열을 고려에서 제거한다. 이러한 서열 상동성 검색을 위한 이러한 방법 중 하나는 BLAST로 알려져 있으며, 이는 국립 생명공학 정보 센터(National Center for Biotechnology Information) 웹사이트에서 이용 가능하다.
5. 평가 기준을 충족하는 하나 이상의 서열을 선택한다.
siRNA의 설계 및 사용에 대한 추가 일반 정보는 막스 플랑크 생물 물리 화학 연구소(The Max-Plank-Institut fur Biophysikalische Chemie) 웹사이트에서 이용 가능한 "The siRNA User Guide"에서 발견될 수 있다.
대안적으로, siRNA는 표적 서열과 혼성화할 수 있는(예를 들어, 400 mM NaCl, 40 mM PIPES pH 6.4, 1 mM EDTA, 50℃ 또는 70℃에서 12-16시간 동안 혼성화; 이어서 세척) 뉴클레오티드 서열(또는 올리고뉴클레오티드 서열)로 기능적으로 정의될 수 있다. 추가 혼성화 조건은 1xSSC에서 70℃ 또는 1xSSC에서 50℃, 50% 포름아미드에서 혼성화 후 70℃에서 0.3xSSC에서 세척 또는 70℃에서 4xSSC 또는 50℃에서 4xSSC, 50% 포름아미드에서 혼성화 후 67℃에서 1xSSC에서 세척을 포함한다. 길이가 50개 염기쌍 미만으로 예상되는 하이브리드에 대한 혼성화 온도는 하이브리드의 용융 온도(Tm) 보다 5-10℃ 낮아야 하며, Tm은 하기 식에 따라 결정된다. 길이가 18개 염기쌍 미만인 하이브리드의 경우, Tm(℃)=2(A+T 염기의 수)+4(G+C 염기의 수). 18-49개 염기쌍 길이의 하이브리드의 경우, Tm(℃) =81.5+16.6(log10[Na+])+0.41(G+C %)-(600/N)으로, N은 하이브리드에서 염기의 수이고, [Na+]는 혼성화 완충액에서 나트륨 이온의 농도이다(1xSSC=0.165 M에 대해 [Na+]). 폴리뉴클레오티드 혼성화를 위한 엄격성 조건의 추가 예는 문헌(Sambrook, J., E. F. Fritsch, and T. Maniatis, 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., chapters 9 and 11, 및 Current Protocols in Molecular Biology, 1995, F. M. Ausubel et al., eds., John Wiley & Sons, Inc., sections 2.10 and 6.3-6.4)에 제공되며, 본 명세서에 참조로 포함된다.
음성 대조군 siRNA는 선택된 siRNA와 동일한 뉴클레오티드 조성을 가져야 하지만 적절한 게놈과 상당한 서열 상보성이 없어야 한다. 이러한 음성 대조군은 선택된 siRNA의 뉴클레오티드 서열을 무작위로 스크램블링함으로써 설계될 수 있다. 음성 대조군이 적절한 게놈에서 임의의 다른 유전자와 상동성이 없음을 확인하기 위해 상동성 검색이 수행될 수 있다. 또한, 하나 이상의 염기 미스매치를 서열에 도입하여 음성 대조군 siRNA가 설계될 수 있다.
6. siRNA가 표적 mRNA (예를 들어, 야생형 또는 돌연변이 체 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 mRNA)를 파괴하는 효과를 검증하기 위해, siRNA는 표적 cDNA와 함께 배양될 수 있다 (예를 들어, IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 cDNA). Drosophila 기반의 시험 관내 mRNA 발현 시스템에서. 32P, 새로 합성된 표적 mRNA (예를 들어, IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 mRNA)로 방사성 표지된 것은 아가 로스 겔에서 자동 방사선 학적으로 검출된다. 절단된 표적 mRNA의 존재는 mRNA 뉴 클레아 제 활성을 나타낸다. 적절한 대조군은 siRNA의 생략 및 비 표적 cDNA의 사용을 포함한다. 대안적으로, 대조군 siRNA는 선택된 siRNA와 동일한 뉴클레오티드 조성을 갖는 것으로, 그러나 적절한 표적 유전자에 대한 유의 한 서열 상보성없이 선택된다. 이러한 음성 대조군은 선택된 siRNA의 뉴클레오티드 서열을 무작위로 스크램블링함으로써 설계될 수 있다. 부정적인 대조군이 적절한 게놈의 다른 유전자에 대한 상 동성이 없도록하기 위해 상 동성 검색을 수행할 수 있다. 또한, 음성 대조군 siRNA는 하나 이상의 기본 미스매치를 시퀀스에 도입함으로써 설계될 수 있다.
항 -IFNGR1, 항 -JAK1, 항 -JAK2 또는 항 -STAT1 siRNA는 위의 모든 표적 서열을 표적화하도록 설계될 수 있다. 상기 siRNA는 대상 서열의 침묵을 매개하기 위해 표적 서열과 충분히 보완적인 안티센스 가닥을 포함한다. 특정 실시 형태에서, RNA 침묵 제는 siRNA이다.
특정 실시 형태에서, siRNA는 표 10 및 표 11에 명시된 서열을 포함하는 센스 가닥을 포함하고 각각 표 10 및 표 11에 명시된 서열을 포함하는 안티센스 가닥을 포함한다.
siRNA-mRNA 보완 부위가 선택되어, 최적 mRNA 특이성 및 최대 mRNA 절단을 초래한다.
b) siRNA 유사 분자
본 발명의 siRNA- 유사 분자는 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 mRNA의 표적 서열에 "충분히 보완적인"서열 (즉, 서열을 갖는 가닥을 갖는)을 갖는다. RNAI 또는 번역 억압. siRNA- 유사 분자는 siRNA 분자와 동일한 방식으로 설계되었지만, 센스 가닥과 표적 RNA 사이의 서열 동일성의 정도는 miRNA와 그의 표적 사이에 관찰된 근사이다. 일반적으로, miRNA 서열과 상응하는 표적 유전자 서열 사이의 서열 동일성의 정도가 감소함에 따라, RNAI보다는 번역 탄압에 의한 전사 후 유전자 침묵을 매개하는 경향이 증가한다. 따라서, 표적 유전자의 번역 억제에 의한 전사 후 유전자 침묵이 요구되는 대안적인 실시 형태에서, miRNA 서열은 표적 유전자 서열과 부분 상보성을 갖는다. 특정 실시 형태에서, miRNA 서열은 표적 mRNA 내에 분산된 하나 이상의 짧은 서열 (상보성 부위)을 갖는 부분 상보성을 갖는다 (Hutvagner and Zamore, Science, 2002; Zeng et al., Mol. Cell, 2002; Zeng et al.,, RNA, 2003; Doench et al., Genes & Dev., 2003). 번역 억제 메커니즘은 협력 적이기 때문에, 다중 상보성 부위 (예를 들어, 2, 3, 4, 5 또는 6)가 특정 실시 형태에서 표적화될 수 있다.
RNAi 또는 번역 억제를 매개하는 siRNA-유사 이중체의 능력은 상보성 부위에서 표적 유전자 서열과 침묵화제의 뉴클레오티드 서열 간 동일하지 않은 뉴클레오티드의 분포에 의해 예측될 수 있다. 한 실시 형태에서, 번역 억제에 의한 유전자 침묵화가 바람직한 경우, miRNA 가이드 가닥 및 표적 mRNA에 의해 형성되는 이중체가 중심 "팽창부"를 포함하도록 상보성 부위의 중심 부분에 적어도 하나의 동일하지 않은 뉴클레오티드가 존재한다(Doench JG et al., Genes & Dev., 2003). 또 다른 실시 형태에서, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 인접하거나 인접하지 않은 동일하지 않은 뉴클레오티드가 도입된다. 동일하지 않은 뉴클레오티드는 워블 염기쌍(예를 들어, G:U) 또는 미스매치된 염기쌍(G:A, C:A, C:U, G:G, A:A, C:C, U:U)을 형성하도록 선택될 수 있다. 추가 실시 형태에서, "팽창부"는 miRNA 분자의 5' 말단으로부터 뉴클레오티드 위치 12 및 13에 중심을 두고 있다.
c) 짧은 헤어핀 RNA(shRNA) 분자
특정 특징 실시 형태에서, 인스턴트 본 발명은 향상된 선택성으로 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 표적 서열의 RNA 침묵을 매개할 수 있는 shRNA를 제공한다. siRNA와 대조적으로, shRNA는 마이크로 RNA (miRNA)의 천연 전구체를 모방하고 유전자 침묵 경로의 상단에 들어간다. 이러한 이유로, shRNA는 전체 천연 유전자 침묵 경로를 통해 유전자 침묵을 더 효율적으로 매개하는 것으로 여겨진다.
miRNA는 대략 22개 뉴클레오티드의 비부호화 RNA로, 식물 및 동물 발생 동안 전사 후 또는 번역 수준에서 유전자 발현을 조절할 수 있다. miRNA의 공통된 특징 중 하나는 이들이 모두 pre-miRNA로 명명되는 대략 70개 뉴클레오티드 전구체 RNA 줄기 루프로부터, 아마도 다이서, RNase III 유형 효소 또는 이의 상동체에 의해 절단된다는 것이다. 자연 발생 miRNA 전구체(pre-miRNA)는 일반적으로 상보적인 두 부분을 포함하는 이중체 줄기 및 줄기의 두 부분을 연결하는 루프를 형성하는 단일 가닥을 갖는다. 전형적인 pre-miRNA에서, 줄기는 하나 이상의 팽창부, 예를 들어 줄기의 한 부분에서 단일 뉴클레오티드 "루프"를 생성하는 추가 뉴클레오티드, 및/또는 줄기의 두 부분의 서로 연결에 대한 혼성화에서 갭을 생성하는 하나 이상의 쌍을 형성하지 않은 뉴클레오티드를 포함한다. 본 출원의 짧은 헤어핀 RNA, 또는 조작된 RNA 전구체는 이러한 자연 발생 pre-miRNA에 기반하지만 원하는 RNA 침묵화제(예를 들어, 본 개시 내용의 siRNA)를 전달하도록 조작된 인공 작제물이다. pre-miRNA의 줄기 서열을 표적 mRNA와 상보적인 서열로 치환함으로써 shRNA가 형성된다. shRNA는 세포의 전체 유전자 침묵화 경로에 의해 가공되어 RNAi를 효율적으로 매개한다.
shRNA 분자의 필수 요소는 이중체 또는 이중 가닥 줄기 부분을 형성하기 위해 어닐링 또는 혼성화하기 충분한 상보성을 갖는 제1 부분 및 제2 부분을 포함한다. 두 부분이 완전히 또는 완벽하게 상보적일 필요는 없다. 제1 및 제2 "줄기" 부분은 shRNA의 다른 부분에 어닐링 또는 혼성화하기에 불충분한 서열 상보성을 갖는 서열을 갖는 부분에 의해 연결된다. 이 후자의 부분이 shRNA 분자에서 "루프" 부분으로 지칭된다. shRNA 분자는 가공되어 siRNA를 생성한다. shRNA는 또한 하나 이상의 팽창부, 즉 줄기 부분에 작은 뉴클레오티드 "루프", 예를 들어 1개, 2개 또는 3개 뉴클레오티드 루프를 생성하는 추가 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 줄기 부분은 동일한 길이일 수 있거나, 한 부분이 예를 들어 1-5개 뉴클레오티드의 오버행을 포함할 수 있다. 돌출된 뉴클레오티드는 예를 들어 우라실(U), 예를 들어 모두 U를 포함할 수 있다. 이러한 U는 특히 전사의 종결을 신호하는 shRNA-부호화 DNA에서 티미딘(T)에 의해 부호화된다.
본 발명의 shRNA(또는 조작된 전구체 RNA)에서, 이중 줄기의 한 부분은 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 표적 서열에 상보적인(또는 안티센스) 핵산 서열이다. 특정 실시 형태에서, shRNA의 줄기 부분의 한 가닥은 RNA 간섭(RNAi)을 통해 상기 표적 RNA의 분해 또는 절단을 매개하기 위해 표적 RNA(예를 들어, mRNA) 서열에 충분히 상보적(예를 들어, 안티센스)이다. 따라서 조작된 RNA 전구체에는 두 부분으로 구성된 이중 줄기와 두 줄기 부분을 연결하는 루프가 포함된다. 안티센스 부분은 줄기의 5' 또는 3' 말단에 있을 수 있다. shRNA의 줄기 구성 요소의 길이는 약 15~50개 뉴클레오티드이다. 특정 실시 형태에서, 2개의 줄기 부분의 길이는 약 18 또는 19 내지 약 21, 22, 23, 24, 25, 30, 35, 37, 38, 39 또는 40개 이상의 뉴클레오티드 길이이다. 특정 실시 형태에서, 스템의 길이는 21개 뉴클레오티드 이상이어야 한다. 포유동물 세포에 사용될 때, 줄기 성분의 길이는 인터페론 경로와 같은 비특이적 반응을 유발하는 것을 피하기 위해 약 30개 뉴클레오티드 미만이어야 한다. 비포유류 세포에서는 줄기가 30개 뉴클레오티드보다 길 수 있다. 실제로 줄기에는 표적 mRNA에 상보적인 더 큰 부분이 많이 포함될 수 있다(전체 mRNA까지 포함). 실제로, 줄기 부분은 표적 mRNA에 상보적인 훨씬 더 큰 부분을 포함할 수 있다(전체 mRNA까지 포함).
이중체 줄기의 두 부분은 이중체 줄기를 형성하기 위해 혼성화하기 충분히 상보적이어야 한다. 따라서, 두 부분은 완전하거나 완벽하게 상보적일 수 있지만 반드시 그럴 필요는 없다. 또한, 2개의 줄기 부분은 동일한 길이일 수 있거나, 한 부분이 1, 2, 3 또는 4개 뉴클레오티드의 오버행을 포함할 수 있다. 돌출된 뉴클레오티드는 예를 들어 우라실(U), 예를 들어 모든 U를 포함할 수 있다. shRNA 또는 조작된 RNA 전구체에서 루프는 루프 서열을 변형하여 쌍을 이루는 뉴클레오티드의 수를 증가 또는 감소시키거나 루프 서열의 전체 또는 일부를 테트라루프 또는 기타 루프 서열로 대체함으로써 천연 pre-miRNA 서열과 상이할 수 있다. 따라서, shRNA 또는 조작된 RNA 전구체에서 루프는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9개 이상, 예를 들어, 15 또는 20개 이상의 뉴클레오티드 길이일 수 있다.
shRNA 또는 조작된 RNA 전구체에서 루프는 루프 서열을 변형하여 쌍을 이루는 뉴클레오티드의 수를 증가 또는 감소시키거나 루프 서열의 전체 또는 일부를 테트라루프 또는 기타 루프 서열로 대체함으로써 천연 pre-miRNA 서열과 상이할 수 있다. 따라서, shRNA에서 루프 부분은 약 2 내지 약 20개 뉴클레오티드 길이, 즉 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9개 이상, 예를 들어 15 또는 20개 이상의 뉴클레오티드 길이일 수 있다. 특정 실시 형태에서, 루프는 "테트라루프" 서열로 구성되거나 이를 포함한다. 예시적인 테트라루프 서열은 N이 임의의 뉴클레오티드이고 R이 퓨린 뉴클레오티드인 서열 GNRA, GGGG, 및 UUUU를 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
특정 실시 형태에서, 본 발명의 shRNA는 위에서 설명한 원하는 siRNA 분자의 서열을 포함한다. 다른 실시 형태에서, shRNA의 안티센스 부분의 서열은 실질적으로 상기 기재된 바와 같이 또는 일반적으로 RNA 표적 내로부터 18, 19, 20, 21개 이상의 뉴클레오티드 서열(예를 들어, IFNGR1, JAK1, JAK2)을 선택함으로써 설계될 수 있다. 또는 STAT1 mRNA), 예를 들어 번역 개시 내용의 상류 또는 하류 100 내지 200 또는 300개 뉴클레오티드 영역으로부터. 일반적으로 이 서열은 5' UTR(비번역 영역), 부호화 서열 또는 3' UTR을 포함하는 표적 RNA(예: mRNA)의 모든 부분에서 선택될 수 있다. 이 서열은 선택적으로 두 개의 인접한 AA 뉴클레오티드를 포함하는 표적 유전자의 영역을 따를 수 있다. 뉴클레오티드 서열의 마지막 2개 뉴클레오티드는 UU로 선택될 수 있다. 이 21개 뉴클레오티드 서열은 shRNA에서 이중 줄기 부분을 생성하는 데 사용되었다. 이 서열은 예를 들어 효소적으로 야생형 pre-miRNA 서열의 염기를 대체하거나 완전한 합성 서열에 포함될 수 있다. 예를 들어, 줄기-루프 처리된 전체 RNA 전구체를 부호화하는 DNA 올리고뉴클레오티드를 합성하거나 전구체의 이중 줄기에 부착된 부분만 부호화하고 제한 효소를 사용하여 구조물을 생성할 수 있다. RNA 전구체 구조는 예를 들어 다음과 같이 조작된다. 야생형 pri-miRNA로부터.
조작된 RNA 전구체는 이중체 줄기에 생체내 생산되기 원하는 siRNA 또는 siRNA 유사 이중체의 21-22개 정도의 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 따라서, 조작된 RNA 전구체의 줄기 부분은 발현이 감소되거나 억제되어야 하는 유전자의 엑손 부분의 서열에 상응하는 적어도 18 또는 19개 뉴클레오티드 쌍을 포함한다. 줄기의 이 영역의 측면에 있는 2개의 3' 뉴클레오티드는 조작된 RNA 전구체로부터 siRNA의 생산을 최대화하고 생체내 및 시험관내 RNAi에 의한 번역 억제 또는 파괴를 위해 상응하는 mRNA의 표적화에서 생성된 siRNA의 유효성을 최대화하도록 선택된다.
특정 실시 형태에서, 본 개시 내용의 shRNA는 RISC로의 진입을 향상시키기 위해 miRNA 서열, 선택적으로 말단-변형 miRNA 서열을 포함한다. miRNA 서열은 임의의 자연 발생 miRNA의 서열과 유사하거나 동일할 수 있다(예를 들어, miRNA Registry; Griffiths-Jones S, Nuc. Acids Res., 2004 참고). 현재까지 1,000개 초과의 천연 miRNA가 확인되었으며 함께 게놈에서 예측되는 모든 유전자의 약 1%를 구성하는 것으로 생각된다. 많은 천연 miRNA가 pre-mRNA의 인트론에 함께 클러스터링되어 있으며 상동성 기반 검색(Pasquinelli et al., 2000; Lagos-Quintana et al., 2001; Lau et al., 2001; Lee and Ambros, 2001) 또는 pri-mRNA의 줄기 루프 구조를 형성하는 후보 miRNA 유전자의 능력을 예측하는 컴퓨터 알고리즘(예를 들어, MiRScan, MiRSeeker)(Grad et al., Mol. Cell., 2003; Lim et al., Genes Dev., 2003; Lim et al., Science, 2003; Lai E C et al., Genome Bio., 2003)을 사용하여 컴퓨터내 확인될 수 있다. 온라인 레지스트리가 공개된 모든 miRNA 서열의 검색 가능한 데이터베이스를 제공한다(Sanger Institute 웹사이트의 miRNA 레지스트리; Griffiths-Jones S, Nuc. Acids Res., 2004). 예시적인 천연 miRNA는 lin-4, let-7, miR-10, mirR-15, miR-16, miR-168, miR-175, miR-196 및 이의 상동체뿐만 아니라 국제 PCT 공개 제WO 03/029459호에 기재된 바와 같이 드로소필라 멜라노가스터(Drosophila melanogaster), 캐노랍디티스 엘레강스(Caenorhabditis elegans), 제브라피쉬, 아라비답시스 탈라니아(Arabidopsis thalania), 무스 무스쿨러스(Mus musculus) 및 라투스 노르베기쿠스(Rattus norvegicus)를 포함하는 인간 및 특정 모델 유기체로부터의 다른 천연 miRNA를 포함한다.
자연 발생 miRNA는 생체내 내인성 유전자에 의해 발현되고 다이서 또는 다른 RNAse에 의해 헤어핀 또는 줄기 루프 전구체(pre-miRNA 또는 pri-miRNA)로부터 가공된다(Lagos-Quintana et al., Science, 2001; Lau et al., Science, 2001; Lee and Ambros, Science, 2001; Lagos-Quintana et al., Curr. Biol., 2002; Mourelatos et al., Genes Dev., 2002; Reinhart et al., Science, 2002; Ambros et al., Curr. Biol., 2003; Brennecke et al., 2003; Lagos-Quintana et al., RNA, 2003; Lim et al., Genes Dev., 2003; Lim et al., Science, 2003). miRNA는 이중 가닥 이중체로 생체내 일시적으로 존재할 수 있지만 유전자 침묵화를 지시하기 위해 RISC 복합체가 한 가닥만 차지한다. 특정 miRNA, 예를 들어, 식물 miRNA는 이의 표적 mRNA와 완벽하거나 거의 완벽한 상보성을 갖고, 따라서 표적 mRNA가 절단을 지시한다. 다른 miRNA는 이의 표적 mRNA와 완벽하지 않은 상보성을 갖고, 따라서 표적 mRNA의 번역 억제를 지시한다. miRNA와 그 표적 mRNA 간 상보성 정도가 그 작용 메커니즘을 결정하는 것으로 여겨진다. 예를 들어, miRNA와 그 표적 mRNA 간 완벽하거나 거의 완벽한 상보성은 절단 메커니즘을 예측하는 반면(Yekta et al., Science, 2004), 완벽하지 않은 상보성은 번역 억제 메커니즘을 예측한다. 특정 실시 형태에서, miRNA 서열은 자연 발생 miRNA 서열의 것이고, 이의 비정상적인 발현 또는 활성은 miRNA 장애와 상관된다.
d) 이중 기능성 올리고뉴클레오티드 테더
다른 실시 형태에서, 본 개시 내용의 RNA 침묵화제는 miRNA의 세포간 동원에 유용한 이중 기능성 올리고뉴클레오티드 테더를 포함한다. 동물 세포는 전사 후 또는 번역 수준에서 유전자 발현을 조절할 수 있는 대략 22개 뉴클레오티드의 비부호화 RNA인 다양한 miRNA를 발현한다. RISC에 결합된 miRNA에 결합하고 이를 표적 mRNA로 동원함으로써, 이중 기능성 올리고뉴클레오티드 테더는 예를 들어 동맥경화 과정에 관련된 유전자의 발현을 억제할 수 있다. 올리고뉴클레오티드 테더의 사용은 특정 유전자의 발현을 억제하는 기존 기술에 비해 몇 가지 이점을 제공한다. 첫째, 본 명세서에 기재된 방법은 miRNA인 내인성 분자(종종 풍부하게 존재함)가 RNA 침묵화를 매개할 수 있도록 한다. 따라서, 본 명세서에 기재된 방법은 RNA 침묵화를 매개하기 위해 외래 분자(예를 들어, siRNA)를 도입할 필요성을 제거한다. 둘째, RNA-침묵화제 및 연결 모이어티(예를 들어, 2'-O-메틸 올리고뉴클레오티드와 같은 올리고뉴클레오티드)는 안정하고 뉴클레아제 활성에 대해 저항성을 갖도록 제조될 수 있다. 결과적으로, 본 개시 내용의 테더는 직접 전달을 위해 설계되어, 세포에서 원하는 제제를 제조하도록 설계된 전구체 분자 또는 플라스미드의 간접 전달(예를 들어, 바이러스)에 대한 필요성을 제거할 수 있다. 셋째, 테더 및 이의 각각의 모이어티는 특정 mRNA 부위 및 특정 miRNA에 적응하도록 설계될 수 있다. 설계는 세포 및 유전자 산물에 특이적일 수 있다. 넷째, 본 명세서에 개시된 방법은 mRNA를 온전한 상태로 두어, 당업자가 세포 자신의 기구를 사용하여 짧은 펄스로 단백질 합성을 차단할 수 있도록 한다. 결과적으로 이러한 RNA 침묵화 방법은 고도로 조절 가능하다.
본 개시 내용의 이중 기능성 올리고뉴클레오티드 테더("테더")는 관심 유전자의 조절을 유도하기 위해 표적 mRNA로 miRNA(예를 들어, 내인성 세포 miRNA)를 동원하도록 설계된다. 특정 실시 형태에서, 테더는 화학식 T-L-μ를 가지며, T는 mRNA 표적화 모이어티이고, L은 연결 모이어티이고, μ는 miRNA 동원 모이어티이다. 임의의 하나 이상의 모이어티는 이중 가닥일 수 있다. 특정 실시 형태에서, 각각의 모이어티는 단일 가닥이다.
테더 내의 모이어티는 화학식 T-L-μ(즉, 연결 모이어티의 5' 말단에 연결된 표적화 모이어티의 3' 말단 및 miRNA 동원 부분의 5' 말단에 연결된 연결 모이어티의 3' 말단)로 도시된 바와 같이 배열되거나 연결될 수 있다(5'에서 3' 방향으로). 대안적으로, 모이어티는 하기: μ-T-L(즉, 연결 모이어티의 5' 말단에 연결된 miRNA 동원 모이어티의 3' 말단 및 표적화 모이어티의 5' 말단에 연결된 연결 모집 모이어티의 3' 말단)과 같이 테더에서 배열되거나 연결될 수 있다.
전술된 바와 같이 mRNA 표적화 모이어티는 특정 표적 mRNA를 포획할 수 있다. 본 개시에 따르면, 표적 mRNA의 발현은 바람직하지 않으며, 따라서 mRNA의 번역 억제가 바람직하다. mRNA 표적화 모이어티는 표적 mRNA에 효과적으로 결합하기 충분한 크기여야 한다. 표적화 모이어티의 길이는 부분적으로 표적 mRNA의 길이 및 표적 mRNA와 표적화 모이어티 간 상보성 정도에 따라 크게 달라질 것이다. 다양한 실시 형태에서, 표적화 모이어티는 약 200, 100, 50, 30, 25, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 또는 5개 뉴클레오티드 길이 미만이다. 특정 실시 형태에서, 표적화 모이어티는 약 15개 내지 약 25개 뉴클레오티드 길이이다.
위에서 기재된 바와 같이 miRNA 동원 모이어티는 miRNA와 연합할 수 있다. 본 출원에 따르면, miRNA는 표적 mRNA를 억제할 수 있는 임의의 miRNA일 수 있다. 포유류는 250개 초과의 내인성 miRNA를 갖는 것으로 보고되어 있다(Lagos-Quintana et al. (2002) Current Biol. 12:735-739; Lagos-Quintana et al. (2001) Science 294:858-862; 및 Lim et al. (2003) Science 299:1540). 다양한 실시 형태에서, miRNA는 당분야에 인정된 임의의 miRNA일 수 있다.
연결 모이어티는 표적화 모이어티의 활성이 유지되도록 표적화 모이어티를 연결할 수 있는 임의의 제제이다. 연결 모이어티는 표적화제가 이의 각각의 표적과 충분히 상호작용할 수 있도록 충분한 수의 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 모이어티일 수 있다. 연결 모이어티는 세포 mRNA 또는 miRNA 서열과 서열 상동성이 거의 없거나 전혀 없다. 예시적인 연결 모이어티는 하나 이상의 2'-O-메틸뉴클레오티드, 예를 들어 2'-β-메틸아데노신, 2'-O-메틸티미딘, 2'-O-메틸구아노신 또는 2'-O-메틸우리딘을 포함한다.
e) 유전자 침묵화 올리고뉴클레오티드
특정한 예시적 실시 형태에서, 유전자 발현(즉, IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 유전자 발현)은 5'-말단을 통해 연결된 2개 이상의 단일 가닥 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 기반 화합물을 사용하여 조절될 수 있다. IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 유전자 발현을 효과적으로 억제하거나 감소시키기 위해 두 개 이상의 접근 가능한 3'말단이 존재하도록 허용한다. 이러한 연결된 올리고뉴클레오티드는 유전자 침묵 올리고뉴클레오티드(GSO)로도 알려져 있다. (예를 들어, Idera Pharmaceuticals, Inc.에 양도된 US 8,431,544를 참조하십시오. 이는 모든 목적을 위해 전체 내용이 참조로 여기에 포함되어 있다.)
GSO의 5' 말단에서의 연결은 다른 올리고뉴클레오티드 연결과 독립적이며 5', 3' 또는 2' 하이드록실기를 통해 직접적으로 또는 뉴클레오시드의 2' 또는 3' 하이드록실 위치를 활용하여 비-뉴클레오티드 링커 또는 뉴클레오시드를 통해 간접적으로 이루어질 수 있다. 연결은 또한 5' 말단 뉴클레오티드의 기능화된 당 또는 핵염기를 활용할 수 있다.
GSO는 포스포디에스테르, 포스포로티오에이트 또는 비-뉴클레오시드 링커를 통해 이의 5'-5' 말단에서 접합된 2개의 동일하거나 상이한 서열을 포함할 수 있다. 이러한 화합물은 유전자 산물의 안티센스 하향 조절을 위한 관심 mRNA 표적의 특정 부분과 상보적인 15 내지 27개 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 동일한 서열을 포함하는 GSO는 왓슨-크릭 수소 결합 상호작용을 통해 특정 mRNA에 결합하고 단백질 발현을 억제할 수 있다. 상이한 서열을 포함하는 GSO는 하나 이상의 mRNA 표적의 2개 이상의 상이한 영역에 결합하고 단백질 발현을 억제할 수 있다. 이러한 화합물은 표적 mRNA와 상보적인 헤테로뉴클레오티드 서열로 이루어지며 왓슨-크릭 수소 결합을 통해 안정한 이중체 구조를 형성한다. 특정 조건에서 2개의 자유 3'-말단(5'-5'-부착 안티센스)을 포함하는 GSO는 단일 자유 3'-말단을 포함하거나 자유 3'-말단이 없는 GSOs보다 유전자 발현의 더 강력한 억제제일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 비-뉴클레오티드 링커는 화학식 HO--(CH2)o--CH(OH)--(CH2)p--OH의 글리세롤 또는 글리세롤 상동체이고, o 및 p는 독립적으로 1 내지 약 6, 1 내지 약 4 또는 1 내지 약 3의 정수이다. 일부 다른 실시 형태에서, 비-뉴클레오티드 링커는 1,3-디아미노-2-하이드록시프로판의 유도체이다. 일부 이러한 유도체는 화학식 HO--(CH2)m--C(O)NH--CH2--CH(OH)--CH2--NHC(O)--(CH2)m--OH를 가지며, m은 0 내지 약 10, 0 내지 약 6, 2 내지 약 6 또는 2 내지 약 4의 정수이다.
일부 비-뉴클레오티드 링커는 2개 초과의 GSO 성분의 부착을 허용한다. 예를 들어, 비-뉴클레오티드 링커 글리세롤은 GSO 성분이 공유 부착될 수 있는 3개의 하이드록실기를 갖는다. 따라서, 본 개시 내용의 일부 올리고뉴클레오티드-기반 화합물은 뉴클레오티드 또는 비-뉴클레오티드 링커에 연결된 2개 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 본 개시에 따른 이러한 올리고뉴클레오티드는 "분지형"으로 지칭된다.
특정 실시 형태에서, GSO는 적어도 14개 뉴클레오티드 길이이다. 특정한 예시적 실시 형태에서, GSO는 15 내지 40개 뉴클레오티드 길이 또는 20 내지 30개 뉴클레오티드 길이이다. 따라서, GSO의 성분 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 또는 40개 뉴클레오티드 길이일 수 있다.
이들 올리고뉴클레오티드는 포스포라미데이트 또는 H-포스포네이트 화학과 같은 당분야에 인정된 방법에 의해 제조될 수 있으며, 이는 수동으로 또는 자동화 합성장치에 의해 수행될 수 있다. 이들 올리고뉴클레오티드는 또한 mRNA에 혼성화하는 능력을 손상시키지 않으면서 여러 방식으로 변형될 수 있다. 이러한 변형은 알킬포스포네이트, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 메틸포스포네이트, 포스페이트 에스테르, 알킬포스포노티오에이트, 포스포라미데이트, 카바메이트, 카보네이트, 포스페이트 하이드록실, 아세트아미데이트, 카복시메틸 에스테르, 또는 한 뉴클레오티드의 5' 말단과 또 다른 뉴클레오티드의 3' 말단 간 이들 및 다른 뉴클레오티드 간 연결의 조합인 올리고뉴클레오티드의 적어도 하나의 뉴클레오티드 간 연결을 포함할 수 있고, 5' 뉴클레오티드 포스포디에스테르 연결은 임의의 수의 화학기로 대체되었다.
V. 변형된 항-IFNGR1, 항-JAK1, 항-JAK2 또는 항-STAT1 RNA 침묵제
본 개시 내용의 특정 양태에서, 상기 기재된 바와 같이 본 출원의 RNA 침묵화제(또는 이의 임의의 부분)는 제제의 활성이 추가로 개선되도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 상기 섹션 II에 기재된 RNA 침묵화제는 하기에 기재된 임의의 변형으로 변형될 수 있다. 변형은 부분적으로 표적 구별을 추가로 향상시키고, 제제의 안정성을 향상시키고(예를 들어, 분해를 방지하고), 세포 흡수를 촉진하고, 표적 효율을 향상시키고, 결합에서(예를 들어, 표적에 대한) 유효성을 개선하고, 제제에 대한 환자 관용성을 개선하고/하거나 독성을 감소시키는 작용을 할 수 있다.
1) 표적 구별을 향상시키는 변형
특정 실시 형태에서, 본 출원의 RNA 침묵화제는 단일 뉴클레오티드 표적 구별을 향상시키기 위해 탈안정화 뉴클레오티드로 치환될 수 있다(둘 다 본 명세서에 참고로 포함되는, 2007년 1월 25일자로 출원된 미국 출원 제11/698,689호 및 2006년 1월 25일에 출원된 미국 가출원 제60/762,225호 참고). 이러한 변형은 표적 mRNA(예를 들어, 기능-획득 돌연변이체 mRNA)에 대한 RNA 침묵화제의 특이성에 눈에 띄게 영향을 미치지 않으면서 비표적 mRNA(예를 들어, 야생형 mRNA)에 대한 RNA 침묵화제의 특이성을 제거하기 충분할 수 있다.
특정 실시 형태에서, 본 출원의 RNA 침묵화제는 이의 안티센스 가닥에 적어도 하나의 보편적 뉴클레오티드의 도입에 의해 변형된다. 보편적 뉴클레오티드는 4개의 통상적인 뉴클레오티드 염기(예를 들어, A, G, C, U) 중 임의의 것과 비차별적으로 염기쌍을 형성할 수 있는 염기 부분을 포함한다. 보편적 뉴클레오티드는 RNA 이중체 또는 RNA 침묵화제의 가이드 가닥 및 표적 mRNA에 의해 형성되는 이중체의 안정성에 상대적으로 미미한 영향을 미치기 때문에 고려된다. 예시적인 보편적 뉴클레오티드는 데옥시이노신(예를 들어, 2'-데옥시이노신), 7-데아자-2'-데옥시이노신, 2'-아자-2'-데옥시이노신, PNA-이노신, 모르폴리노-이노신, LNA-이노신, 포스포라미데이트-이노신, 2'-O-메톡시에틸-이노신 및 2'-OMe-이노신으로 구성되는 군으로부터 선택되는 이노신 염기 부분 또는 이노신 유사체 염기 부분을 갖는 것들을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 보편적 뉴클레오티드는 이노신 잔기 또는 이의 자연 발생 유사체이다.
특정 실시 형태에서, 본 개시 내용의 RNA 침묵화제는 특이성-결정 뉴클레오티드(즉, 질병-관련 다형성을 인식하는 뉴클레오티드)로부터의 5개 뉴클레오티드에서 적어도 하나의 탈안정화 뉴클레오티드의 도입에 의해 변형된다. 예를 들어, 탈안정화 뉴클레오티드는 특이성 결정 뉴클레오티드로부터 5, 4, 3, 2 또는 1개 뉴클레오티드(들)에 있는 위치에 도입될 수 있다. 예시적인 실시 형태에서, 탈안정화 뉴클레오티드는 특이성 결정 뉴클레오티드로부터 3개 뉴클레오티드인 위치에(즉, 탈안정화 뉴클레오티드와 특이성 결정 뉴클레오티드 간 2개의 안정화 뉴클레오티드가 있도록) 도입된다. 2개의 가닥 또는 가닥 부분을 갖는 RNA 침묵화제(예를 들어, siRNA 및 shRNA)에서, 탈안정화 뉴클레오티드는 특이성 결정 뉴클레오티드를 포함하지 않는 가닥 또는 가닥 부분에 도입될 수 있다. 특정 실시 형태에서, 탈안정화 뉴클레오티드는 특이성 결정 뉴클레오티드를 포함하는 동일한 가닥 또는 가닥 부분에 도입된다.
2) 유효성 및 특이성을 향상시키는 변형
특정 실시 형태에서, 본 개시 내용의 RNA 침묵화제는 비대칭 설계 규칙에 따라 RNAi 매개에서 향상된 유효성 및 특이성을 촉진하도록 변경될 수 있다(미국 특허 제8,309,704호, 제7,750,144호, 제8,304,530호, 제8,329,892호 및 제8,309,705호 참고). 이러한 변경은 안티센스 가닥이 우선적으로 표적 mRNA의 절단 또는 번역 억제를 매개하고, 따라서 표적 절단 및 침묵화 효율을 증가시키거나 개선하도록, siRNA(예를 들어, 본 출원의 방법을 사용하여 설계된 siRNA 또는 shRNA로부터 생성된 siRNA)의 센스 가닥에 유리하게 안티센스 가닥의 RISC로의 진입을 촉진한다. 특정 실시 형태에서, RNA 침묵화제의 비대칭은 RNA 침묵화제의 안티센스 가닥 3' 말단(AS 3')과 센스 가닥 5' 말단(S'5) 간 결합 강도 또는 염기쌍 강도에 비해 상기 RNA 침묵화제의 안티센스 가닥 5' 말단(AS 5')과 센스 가닥 3' 말단(S 3') 간 염기쌍 강도를 경감시킴으로써 향상된다.
일 실시 형태에서, 본 출원의 RNA 침묵화제의 비대칭은 제1 또는 안티센스 가닥의 3' 말단과 센스 가닥 부분의 5' 말단 간에서보다 제1 또는 안티센스 가닥의 5' 말단과 센스 가닥 부분의 3' 말단 간 더 적은 G:C 염기쌍이 있도록 향상될 수 있다. 또 다른 실시 형태에서, 본 개시 내용의 RNA 침묵화제의 비대칭은 제1 또는 안티센스 가닥의 5' 말단과 센스 가닥 부분의 3' 말단 간 적어도 하나의 미스매치된 염기쌍이 있도록 향상될 수 있다. 특정 실시 형태에서, 미스매치된 염기쌍은 G:A, C:A, C:U, G:G, A:A, C:C 및 U:U로 구성되는 군으로부터 선택된다. 또 다른 실시 형태에서, 본 개시 내용의 RNA 침묵화제의 비대칭은 제1 또는 안티센스 가닥의 5' 말단과 센스 가닥 부분의 3' 말단 간에 적어도 하나의 워블 염기쌍, 예를 들어, G:U가 있도록 향상될 수 있다. 또 다른 실시 형태에서, 본 개시 내용의 RNA 침묵화제의 비대칭은 희귀 뉴클레오티드, 예를 들어, 이노신(I)을 포함하는 적어도 하나의 염기쌍이 있도록 향상될 수 있다. 특정 실시 형태에서, 염기쌍은 I:A, I:U 및 I:C로 구성되는 군으로부터 선택된다. 또 다른 실시 형태에서, 본 개시 내용의 RNA 침묵화제의 비대칭은 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 적어도 하나의 염기쌍이 있도록 향상될 수 있다. 특정 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드는 2-아미노-G, 2-아미노-A, 2,6-디아미노-G, 및 2,6-디아미노-A로 구성되는 군으로부터 선택된다.
3) 안정성이 향상된 RNA 침묵화제
본 출원의 RNA 침묵화제는 세포 배양을 위한 혈청 또는 성장 배지에서 안정성을 개선하도록 변형될 수 있다. 안정성을 향상시키기 위해, 3'-잔기는 분해에 대해 안정화될 수 있으며, 예를 들어 이들은 아데노신 또는 구아노신 뉴클레오티드와 같은 퓨린 뉴클레오티드로 구성되도록 선택될 수 있다. 대안적으로, 변형된 유사체에 의한 피리미딘 뉴클레오티드의 치환, 예를 들어 2'-데옥시티미딘에 의한 우리딘의 치환은 관용되며 RNA 간섭의 효율에 영향을 미치지 않는다.
일 양태에서, 본 출원은 제1 및 제2 가닥을 포함하는 RNA 침묵화제를 특징으로 하며, 제2 가닥 및/또는 제1 가닥은 생체내 안정성이 상응하는 비변형 RNA 침묵화제와 비교하여 향상되도록 내부 뉴클레오티드를 변형된 뉴클레오티드로 치환함으로써 변형된다. 본 명세서에 정의된 바와 같이, "내부" 뉴클레오티드는 핵산 분자, 폴리뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단 또는 3' 말단 이외의 임의의 위치에서 발생하는 것이다. 내부 뉴클레오티드는 단일 가닥 분자 내에 또는 이중체 가닥 또는 이중 가닥 분자 내에 있을 수 있다. 한 실시 형태에서, 센스 가닥 및/또는 안티센스 가닥은 적어도 하나의 내부 뉴클레오티드의 치환에 의해 변형된다. 또 다른 실시 형태에서, 센스 가닥 및/또는 안티센스 가닥은 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개 이상의 내부 뉴클레오티드의 치환에 의해 변형된다. 또 다른 실시 형태에서, 센스 가닥 및/또는 안티센스 가닥은 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 그 이상의 내부 뉴클레오티드의 치환에 의해 변형된다. 또 다른 실시 형태에서, 센스 가닥 및/또는 안티센스 가닥은 모든 내부 뉴클레오티드의 치환에 의해 변형된다.
일 양태에서, 본 출원은 적어도 80% 화학적으로 변형된 RNA 침묵화제를 특징으로 한다. 특정 실시 형태에서, RNA 침묵화제는 완전히 화학적으로 변형될 수 있으며, 즉 100%의 뉴클레오티드가 화학적으로 변형된다. 또 다른 양태에서, 본 출원은 적어도 80%의 화학적으로 변형된 2'-OH 리보스기를 포함하는 RNA 침묵화제를 특징으로 한다. 특정 실시 형태에서, RNA 침묵화제는 약 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%의 화학적으로 변형된 2'-OH 리보스기를 포함한다.
특정 실시 형태에서, RNA 침묵화제는 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드 유사체를 포함할 수 있다. 뉴클레오티드 유사체는 표적-특이적 침묵화 활성, 예를 들어, RNAi 매개 활성 또는 번역 억제 활성이 실질적으로 영향을 받지 않는 위치, 예를 들어, siRNA 분자의 5'-말단 및/또는 3'-말단의 영역에 위치할 수 있다. 더욱이, 말단은 변형된 뉴클레오티드 유사체를 포함시킴으로써 안정화될 수 있다.
예시적인 뉴클레오티드 유사체는 당- 및/또는 골격-변형 리보뉴클레오티드를 포함한다(즉, 포스페이트-당 골격에 대한 변형을 포함함). 예를 들어, 천연 RNA의 포스포디에스테르 연결은 질소 또는 황 헤테로원자 중 적어도 하나를 포함하도록 변형될 수 있다. 예시적인 골격-변형 리보뉴클레오티드에서, 인접한 리보뉴클레오티드에 연결되는 포스포에스테르기는 변형된 기, 예를 들어 포스포티오에이트기로 대체된다. 예시적인 당-변형 리보뉴클레오티드에서, 2' OH-기는 H, OR, R, 할로, SH, SR, NH2, NHR, NR2 또는 ON으로부터 선택된 기로 대체되고, R은 C1 -C6 알킬, 알케닐 또는 알키닐이고 할로는 F, Cl, Br 또는 I이다.
특정 실시 형태에서, 변형은 2'-플루오로, 2'-아미노 및/또는 2'-티오 변형이다. 변형은 2'-플루오로-시티딘, 2'-플루오로-우리딘, 2'-플루오로-아데노신, 2'-플루오로-구아노신, 2'-아미노-시티딘, 2'-아미노-우리딘, 2'-아미노-아데노신, 2'-아미노-구아노신, 2,6-디아미노퓨린, 4-티오-우리딘, 및/또는 5-아미노-알릴-우리딘을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 2'-플루오로 리보뉴클레오티드는 모든 우리딘 및 시티딘이다. 추가의 예시적인 변형은 5-브로모-우리딘, 5-요오도-우리딘, 5-메틸-시티딘, 리보-티미딘, 2-아미노퓨린, 2'-아미노-부티릴-피렌-우리딘, 5-플루오로-시티딘, 및 5-플루오로-우리딘을 포함한다. 2'-데옥시-뉴클레오티드 및 2'-Ome 뉴클레오티드가 또한 본 개시 내용의 변형된 RNA-침묵화제 모이어티에서 사용될 수 있다. 추가 변형된 잔기는 데옥시-무염기성, 이노신, N3-메틸-우리딘, N6,N6-디메틸-아데노신, 슈도우리딘, 퓨린 리보뉴클레오시드 및 리바비린을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 2' 모이어티는 연결 모이어티가 2'-O-메틸 올리고뉴클레오티드이도록 하는 메틸기이다.
특정 실시 형태에서, 본 출원의 RNA 침묵화제는 잠긴 핵산(LNA)을 포함한다. LNA는 뉴클레아제 활성에 저항성이고(매우 안정적임) mRNA에 대해 단일 뉴클레오티드 구별을 갖는 당-변형 뉴클레오티드를 포함한다(Elmen et al., Nucleic Acids Res., (2005), 33(1): 439-447; Braasch et al. (2003) Biochemistry 42:7967-7975, Petersen et al. (2003) Trends Biotechnol 21:74-81). 이들 분자는 2'-데옥시-2"-플루오로우리딘과 같은 변형이 가능한, 2'-O,4'-C-에틸렌-가교 핵산을 갖는다. 더욱이, LNA는 당 모이어티를 3'-엔도 입체형태로 제한함으로써 올리고뉴클레오티드의 특이성을 증가시켜 염기쌍 형성을 위한 뉴클레오티드를 미리 구성하고 올리고뉴클레오티드의 용융 온도를 염기당 10℃만큼 증가시킨다.
또 다른 예시적인 실시 형태에서, 본 출원의 RNA 침묵화제는 펩티드 핵산(PNA)을 포함한다. PNA는 뉴클레오티드의 당-포스페이트 부분이 폴리아미드 골격을 형성할 수 있는 중성 2-아미노 에틸글리신 잔기로 대체되는 변형된 뉴클레오티드를 포함하며, 이는 뉴클레아제 소화에 대해 큰 저항성을 갖고 분자에 향상된 결합 특이성을 부여한다(Nielsen, et al., Science, (2001), 254: 1497-1500).
핵염기-변형 리보뉴클레오티드, 즉 자연 발생 핵염기 대신에 적어도 하나의 비-자연 핵염기를 포함하는 리보뉴클레오티드가 또한 고려된다. 염기는 아데노신 데아미나제의 활성을 차단하도록 변형될 수 있다. 예시적인 변형된 핵염기는 다음을 포함하지만 이에 제한되지 않는다: 5-위치에서 변형된 우리딘 및/또는 시티딘, 예를 들어 5-(2-아미노)프로필 우리딘, 5-브로모 우리딘; 8 위치에서 변형된 아데노신 및/또는 구아노신, 예를 들어 8-브로모 구아노신; 데아자 뉴클레오티드, 예를 들어 7-데아자-아데노신; O- 및 N-알킬화 뉴클레오티드, 예를 들어 N6-메틸 아데노신이 적합하다. 상기 변형이 조합될 수 있음이 주지되어야 한다.
다른 실시 형태에서, 가교는 예를 들어 체내 반감기를 증가시키기 위해, RNA 침묵화제의 약동학을 변경하는 데 이용될 수 있다. 따라서, 본 출원은 2개의 상보적인 핵산 가닥을 갖는 RNA 침묵화제를 포함하고, 2개의 가닥은 가교된다. 본 출원은 또한 또 다른 모이어티(예를 들어, 펩티드와 같은 비핵산 모이어티), 유기 화합물(예를 들어, 염료) 등)에 접합되거나 접합되지 않는(그 3' 말단에서) RNA 침묵화제를 포함한다. 이러한 방식으로 siRNA 유도체를 변형하면 상응하는 siRNA와 비교하여 생성된 siRNA 유도체의 세포 흡수를 개선하거나 세포 표적화 활성을 향상시킬 수 있거나, 세포에서 siRNA 유도체를 추적하는 데 유용하거나, 상응하는 siRNA 유도체와 비교하여 siRNA 유도체의 안정성을 개선할 수 있다.
다른 예시적인 변형은 다음을 포함한다: (a) 2' 변형, 예를 들어, 센스 또는 안티센스 가닥, 특히 센스 가닥에서 U 상의 2' OMe 모이어티의 제공, 또는 3' 오버행, 예를 들어 3' 말단에서(3' 말단은 분자의 3' 원자 또는 최대 3' 부분, 예를 들어 문맥에 의해 표시된 바와 같은 최대 3' P 또는 2' 위치를 의미함) 2' OMe 모이어티의 제공; (b) 골격의 변형, 예를 들어 포스페이트 골격에서 0의 S로의 대체, 예를 들어 U 또는 A 또는 둘 다에서, 특히 안티센스 가닥에서 포스포로티오에이트 변형의 제공; 예를 들어, O의 S로의 대체; (c) U의 C5 아미노 링커로의 대체; (d) A의 G로의 대체(서열 변화는 특정 실시 형태에서 안티센스 가닥이 아닌 센스 가닥에 위치할 수 있음); 및 (d) 2', 6', 7' 또는 8' 위치에서의 변형. 예시적인 실시 형태는 이들 변형 중 하나 이상이 센스 상에 존재하지만 안티센스 가닥에는 존재하지 않는 실시 형태, 또는 안티센스 가닥이 이러한 변형을 더 적게 갖는 실시 형태이다. 또 다른 예시적인 변형은 3' 오버행, 예를 들어 3' 말단에서 메틸화된 P의 사용; 2' 변형의 조합, 예를 들어 2' O Me 모이어티의 제공 및 골격의 변형, 예를 들어 O의 S로의 대체, 예를 들어 포스포로티오에이트 변형의 제공, 또는 3' 오버행, 예를 들어 3' 말단에서 메틸화된 P; 3' 알킬로의 변형; 3' 오버행, 예를 들어 3' 말단에서 무염기성 피롤리돈으로의 변형; 3' 말단에서 분해를 억제하는 나프록센, 이부프로펜 또는 다른 모이어티로의 변형을 포함한다.
크게 변형된 RNA 침묵화제
특정 실시 형태에서, RNA 침묵화제는 적어도 80%의 화학적으로 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 특정 실시 형태에서, RNA 침묵화제는 완전히 화학적으로 변형되며, 즉 100%의 뉴클레오티드가 화학적으로 변형된다.
특정 실시 형태에서, RNA 침묵화제는 2'-O-메틸이 풍부하며, 즉, 50% 초과의 2'-O-메틸 함량을 포함한다. 특정 실시 형태에서, RNA 침묵화제는 적어도 약 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 함량을 포함한다. 특정 실시 형태에서, RNA 침묵화제는 적어도 약 70%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함한다. 특정 실시 형태에서, RNA 침묵화제는 약 70% 내지 약 90%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함한다. 특정 실시 형태에서, RNA 침묵화제는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하는 dsRNA이다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 적어도 약 70%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥은 약 70% 내지 약 90%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 적어도 약 70%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 약 70% 내지 약 90%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥은 100% 사이의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함한다.
2'-O-메틸이 풍부한 RNA 침묵화제 및 특정 화학적 변형 패턴은 U.S.S.N. 16/550,076(2019년 8월 23일 출원) 및 U.S.S.N. 16/999,759 (2019년 8월 23일 출원)에 추가로 기재되어 있으며, 각각 본 명세서에 참조로 포함된다.
뉴클레오티드 간 연결 변형
특정 실시 형태에서, 적어도 하나의 뉴클레오티드 간 연결, 서브유닛간 연결, 또는 뉴클레오티드 골격이 RNA 침묵화제에서 변형된다. 특정 실시 형태에서, RNA 침묵화제의 모든 뉴클레오티드 간 연결이 변형된다. 특정 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드 간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 포함한다. 특정 실시 형태에서, RNA 침묵화제는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 포함한다. 특정 실시 형태에서, RNA 침묵화제는 4-16개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 포함한다. 특정 실시 형태에서, RNA 침묵화제는 8-13개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 포함한다. 특정 실시 형태에서, RNA 침묵화제는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하는 dsRNA이고, 각각 5' 말단 및 3' 말단을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 1 및 2의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 인접한 리보뉴클레오티드에 연결된다. 특정 실시 형태에서, 센스 가닥의 3' 말단으로부터 위치 1 및 2의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 인접한 리보뉴클레오티드에 연결된다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 1 및 2의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 인접한 리보뉴클레오티드에 연결된다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 위치 1-2 내지 1-8의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 인접한 리보뉴클레오티드에 연결된다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 위치 1-2, 1-3, 1-4, 1-5, 1-6, 1-7, 또는 1-8의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 인접한 리보뉴클레오티드에 연결된다. 특정 실시 형태에서, 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 위치 1-2 내지 1-7의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 연결을 통해 인접한 리보뉴클레오티드에 연결된다.
일 양태에서, 본 개시 내용은 변형된 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 상기 올리고뉴클레오티드는 표적에 상보적인 5' 말단, 3' 말단을 갖고, 올리고뉴클레오티드는 센스 및 안티센스 가닥, 및 적어도 하나의 화학식 I의 변형된 서브유닛간 연결을 포함한다:
[화학식 I]
(I);
식 중,
B는 염기쌍 형성 모이어티이고;
W는 O, OCH2, OCH, CH2, 및 CH로 구성되는 군으로부터 선택되고;
X는 할로, 하이드록시, 및 C1-6 알콕시로 구성되는 군으로부터 선택되고;
Y는 O-, OH, OR, NH-, NH2, S-, 및 SH로 구성되는 군으로부터 선택되고;
Z는 O 및 CH2로 구성되는 군으로부터 선택되고;
R은 보호기이며; 그리고
는 선택적 이중 결합이다.
화학식 (I)의 실시 형태에서, W가 CH인 경우, 는 이중 결합이다.
화학식 (I)의 실시 형태에서, W가 O, OCH2, OCH, CH2로 구성되는 군으로부터 선택되는 경우, 는 단일 결합이다.
화학식 (I)의 실시 형태에서, Y가 O-인 경우 Z 또는 W는 O가 아니다.
화학식 (I)의 실시 형태에서, Z는 CH2이고 W는 CH2이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 (I)의 변형된 서브유닛간 연결은 화학식 II의 변형된 서브유닛간 연결이다:
[화학식 II]
.
화학식 (I)의 한 실시 형태에서, Z는 CH2이고 W는 O이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 (I)의 변형된 서브유닛간 연결은 화학식 III의 변형된 서브유닛간 연결이다:
[화학식 III]
.
화학식 (I)의 한 실시 형태에서, Z는 O이고 W는 CH2이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 (I)의 변형된 서브유닛간 연결은 화학식 IV의 변형된 서브유닛간 연결이다:
[화학식 IV]
.
화학식 (I)의 한 실시 형태에서, Z는 O이고 W는 CH이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 (I)의 변형된 서브유닛간 연결은 화학식 V의 변형된 서브유닛간 연결이다:
[화학식 V]
.
화학식 (I)의 한 실시 형태에서, Z는 O이고 W는 OCH2이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식(I)의 변형된 서브유닛간 연결은 화학식 VI의 변형된 서브유닛간 연결이다:
[화학식 VI]
.
화학식 (I)의 한 실시 형태에서, Z는 CH2이고 W는 CH이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 (I)의 변형된 서브유닛 간 연결은 화학식 VII의 변형된 서브유닛간 연결이다:
[화학식 VII]
.
화학식 (I)의 실시 형태에서, 염기쌍 형성 모이어티 B는 아데닌, 구아닌, 시토신 및 우라실로 구성되는 군으로부터 선택된다.
한 실시 형태에서, 변형된 올리고뉴클레오티드는 siRNA에 포함되고, 상기 변형된 siRNA는 표적에 상보적인 5' 말단, 3' 말단을 가지며, siRNA는 센스 및 안티센스 가닥, 및 화학식 (I), 화학식 (II), 화학식 (III), 화학식 (IV), 화학식 V, 화학식 (VI), 또는 화학식 (VII) 중 임의의 하나 이상의 적어도 하나의 변형된 서브유닛간 연결을 포함한다.
한 실시 형태에서, 변형된 올리고뉴클레오티드는 siRNA에 포함되고, 상기 변형된 siRNA는 표적에 상보적인 5' 말단, 3' 말단을 가지며, 센스 및 안티센스 가닥을 포함하고, siRNA는 화학식 VIII의 적어도 하나의 변형된 서브유닛간 연결을 포함한다:
[화학식 VIII]
식 중,
D는 O, OCH2, OCH, CH2, 및 CH로 구성되는 군으로부터 선택되고;
C는 O-, OH, OR1, NH-, NH2, S-, 및 SH로 구성되는 군으로부터 선택되고;
A는 O 및 CH2로 구성되는 군으로부터 선택되고;
R1은 보호기이며; 그리고
는 선택적 이중 결합이고;
서브유닛간은 두 개의 선택적으로 변형된 뉴클레오시드를 가교한다.
한 실시 형태에서, C가 O-일 때, A 또는 D는 O가 아니다.
한 실시 형태에서, D는 CH2이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 VIII의 변형된 서브유닛간 연결은 화학식 IX의 변형된 서브유닛간 연결이다:
[화학식 IX]
.
한 실시 형태에서, D는 O이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 VIII의 변형된 서브유닛간 연결은 화학식 (X)의 변형된 서브유닛간 연결이다:
[화학식 X]
.
한 실시 형태에서, D는 CH2이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 VIII의 변형된 서브유닛간 연결은 화학식 (XI)의 변형된 서브유닛간 연결이다:
[화학식 XI]
.
한 실시 형태에서, D는 CH이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 VIII의 변형된 서브유닛간 연결은 화학식 (XII)의 변형된 서브유닛간 연결이다:
[화학식 XII]
.
또 다른 실시 형태에서, 화학식 (VII)의 변형된 서브유닛간 연결은 화학식 (XIV)의 변형된 서브유닛간 연결이다:
[화학식 XIV]
.
한 실시 형태에서, D는 OCH2이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 (VII)의 변형된 서브유닛간 연결은 화학식 (XIII)의 변형된 서브유닛간 연결이다:
[화학식 XIII]
.
또 다른 실시 형태에서, 화학식 (VII)의 변형된 서브유닛간 연결은 화학식 (XXa)의 변형된 서브유닛간 연결이다:
[화학식 XXa]
.
변형된 siRNA 연결의 한 실시 형태에서, 각각의 선택적으로 변형된 뉴클레오시드는 독립적으로 각각의 경우에 아데노신, 구아노신, 시티딘 및 우리딘으로 구성되는 군으로부터 선택된다.
화학식 I의 특정한 예시적 실시 형태에서, W는 O이다. 또 다른 실시 형태에서, W는 CH2이다. 또 다른 실시 형태에서, W는 CH이다.
화학식 I의 특정한 예시적 실시 형태에서, X는 OH이다. 또 다른 실시 형태에서, X는 OCH3이다. 또 다른 실시 형태에서, X는 할로이다.
화학식 I의 특정 실시 형태에서, 변형된 siRNA는 2'-플루오로 치환기를 포함하지 않는다.
화학식 I의 실시 형태에서, Y는 O-이다. 또 다른 실시 형태에서, Y는 OH이다. 또 다른 실시 형태에서, Y는 OR이다. 또 다른 실시 형태에서, Y는 NH-이다. 한 실시 형태에서, Y는 NH2이다. 또 다른 실시 형태에서, Y는 S-이다. 또 다른 실시 형태에서, Y는 SH이다.
화학식 I의 실시 형태에서, Z는 O이다. 또 다른 실시 형태에서, Z는 CH2이다.
한 실시 형태에서, 변형된 서브유닛간 연결은 안티센스 가닥의 위치 1-2에 삽입된다. 또 다른 실시 형태에서, 변형된 서브유닛간 연결은 안티센스 가닥의 위치 6-7에 삽입된다. 또 다른 실시 형태에서, 변형된 서브유닛간 연결은 안티센스 가닥의 위치 10-11에 삽입된다. 또 다른 실시 형태에서, 변형된 서브유닛간 연결은 안티센스 가닥의 위치 19-20에 삽입된다. 한 실시 형태에서, 변형된 서브유닛간 연결은 안티센스 가닥의 위치 5-6 및 18-19에 삽입된다.
화학식 VIII의 변형된 siRNA 연결의 예시적인 실시 형태에서, C는 O-이다. 또 다른 실시 형태에서, C는 OH이다. 또 다른 실시 형태에서, C는 OR1이다. 또 다른 실시 형태에서, C는 NH-이다. 한 실시 형태에서, C는 NH2이다. 또 다른 실시 형태에서, C는 S-이다. 또 다른 실시 형태에서, C는 SH이다.
화학식 VIII의 변형된 siRNA 연결의 예시적인 실시 형태에서, A는 O이다. 또 다른 실시 형태에서, A는 CH2이다. 또 다른 실시 형태에서, C는 OR1이다. 또 다른 실시 형태에서, C는 NH-이다. 한 실시 형태에서, C는 NH2이다. 또 다른 실시 형태에서, C는 S-이다. 또 다른 실시 형태에서, C는 SH이다.
화학식 VIII의 변형된 siRNA 연결의 특정 실시 형태에서, 선택적으로 변형된 뉴클레오시드는 아데노신이다. 화학식 VIII의 변형된 siRNA 연결의 또 다른 실시 형태에서, 선택적으로 변형된 뉴클레오시드는 구아노신이다. 화학식 VIII의 변형된 siRNA 연결의 또 다른 실시 형태에서, 선택적으로 변형된 뉴클레오시드는 시티딘이다. 화학식 VIII의 변형된 siRNA 연결의 또 다른 실시 형태에서, 선택적으로 변형된 뉴클레오시드는 우리딘이다.
변형된 siRNA 연결의 한 실시 형태에서, 연결은 안티센스 가닥의 위치 1-2에 삽입된다. 또 다른 실시 형태에서, 연결은 안티센스 가닥의 위치 6-7에 삽입된다. 또 다른 실시 형태에서, 연결은 안티센스 가닥의 위치 10-11에 삽입된다. 또 다른 실시 형태에서, 연결은 안티센스 가닥의 위치 19-20에 삽입된다. 한 실시 형태에서, 연결은 안티센스 가닥의 위치 5-6 및 18-19에 삽입된다.
화학식 I의 특정 실시 형태에서, 염기쌍 형성 모이어티 B는 아데닌이다. 화학식 (I)의 특정 실시 형태에서, 염기쌍 형성 모이어티 B는 구아닌이다. 화학식 I의 특정 실시 형태에서, 염기쌍 형성 모이어티 B는 시토신이다. 화학식 (I)의 특정 실시 형태에서, 염기쌍 형성 모이어티 B는 우라실이다.
화학식 (I)의 한 실시 형태에서, W는 O이다. 화학식 I의 한 실시 형태에서, W는 CH2이다. 화학식 I의 한 실시 형태에서, W는 CH이다.
화학식 (I)의 한 실시 형태에서, X는 OH이다. 화학식 I의 한 실시 형태에서, X는 OCH3이다. 화학식 I의 한 실시 형태에서, X는 할로이다.
화학식 (I)의 한 예시적인 실시 형태에서, 변형된 올리고뉴클레오티드는 2'-플루오로 치환기를 포함하지 않는다.
화학식 (I)의 한 실시 형태에서, Y는 O-이다. 화학식 I의 한 실시 형태에서, Y는 OH이다. 화학식 I의 한 실시 형태에서, Y는 OR이다. 화학식 I의 한 실시 형태에서, Y는 NH-이다. 화학식 I의 한 실시 형태에서, Y는 NH2이다. 화학식 I의 한 실시 형태에서, Y는 S-이다. 화학식 I의 한 실시 형태에서, Y는 SH이다.
화학식 (I)의 한 실시 형태에서, Z는 O이다. 화학식 I의 한 실시 형태에서, Z는 CH2이다.
화학식 (I)의 한 실시 형태에서, 연결은 안티센스 가닥의 위치 1-2에 삽입된다. 화학식 (I)의 또 다른 실시 형태에서, 연결은 안티센스 가닥의 위치 6-7에 삽입된다. 화학식 (I)의 또 다른 실시 형태에서, 연결은 안티센스 가닥의 위치 10-11에 삽입된다. 화학식 (I)의 또 다른 실시 형태에서, 연결은 안티센스 가닥의 위치 19-20에 삽입된다. 화학식 (I)의 실시 형태에서, 연결은 안티센스 가닥의 위치 5-6 및 18-19에 삽입된다.
변형된 서브유닛간 연결은 U.S.S.N. 62/824,136(2019년 3월 26일 출원), U.S.S.N. 62/826,454(2019년 3월 29일 출원) 및 U.S.S.N. 62/864,792(2019년 6월 21일 출원)에 추가로 기재되며, 각각 본 명세서에 참조로 포함된다.
4) 접합된 기능성 모이어티
다른 실시 형태에서, RNA 침묵화제는 하나 이상의 기능성 모이어티로 변형될 수 있다. 기능성 모이어티는 RNA 침묵화제에 하나 이상의 추가 활성을 부여하는 분자이다. 특정 실시 형태에서, 기능성 모이어티는 표적 세포(예를 들어, 신경 세포)에 의한 세포 흡수를 향상시킨다. 따라서, 본 개시 내용은 또 다른 모이어티(예를 들어, 펩티드와 같은 비핵산 모이어티), 유기 화합물(예를 들어, 염료) 등에 접합되거나 접합되지 않은(예를 들어, 그 5' 및/또는 3' 말단에서) RNA 침묵화제를 포함한다. 접합은 당분야에 알려진 방법에 의해, 예를 들어 문헌(Lambert et al., Drug Deliv. Rev.: 47(1), 99-112 (2001))(폴리알킬시아노아크릴레이트(PACA) 나노입자에 로딩된 핵산을 기재함); 문헌(Fattal et al., J. Control Release 53(1-3):137-43 (1998))(나노입자에 결합된 핵산을 기재함); 문헌(Schwab et al., Ann. Oncol. 5 Suppl. 4:55-8 (1994))(삽입제, 소수성 기, 다중양이온 또는 PACA 나노입자에 연결된 핵산을 기재함); 및 문헌(Godard et al., Eur. J. Biochem. 232(2):404-10 (1995))(나노입자에 연결된 핵산을 기재함)의 방법을 사용하여 달성될 수 있다.
특정 실시 형태에서, 기능성 모이어티는 소수성 모이어티이다. 특정 실시 형태에서, 소수성 모이어티는 지방산, 스테로이드, 세코스테로이드, 지질, 갱글리오시드 및 뉴클레오시드 유사체, 엔도칸나비노이드, 및 비타민으로 구성되는 군으로부터 선택된다. 특정 실시 형태에서, 스테로이드는 콜레스테롤 및 리토콜산(LCA)으로 구성되는 군으로부터 선택된다. 특정 실시 형태에서, 지방산은 에이코사펜타엔산(EPA), 도코사헥사엔산(DHA) 및 베헨산(DCA)으로 구성되는 군으로부터 선택된다. 특정 실시 형태에서, 비타민은 콜린, 비타민 A, 비타민 E, 이의 유도체, 및 이의 대사물로 구성되는 군으로부터 선택된다. 특정 실시 형태에서, 비타민은 레티노산 및 알파-토코페릴 숙시네이트로 구성되는 군으로부터 선택된다.
특정 실시 형태에서, 본 개시 내용의 RNA 침묵화제는 친지성 모이어티에 접합된다. 한 실시 형태에서, 친지성 모이어티는 양이온성 기를 포함하는 리간드이다. 또 다른 실시 형태에서, 친지성 모이어티는 siRNA의 하나 또는 두 가닥 모두에 부착된다. 예시적인 실시 형태에서, 친지성 모이어티는 siRNA의 센스 가닥의 한쪽 말단에 부착된다. 또 다른 예시적인 실시 형태에서, 친지성 모이어티는 센스 가닥의 3' 말단에 부착된다. 특정 실시 형태에서, 친지성 모이어티는 콜레스테롤, 비타민 E, 비타민 K, 비타민 A, 엽산, 양이온성 염료(예를 들어, Cy3)로 구성되는 군으로부터 선택된다. 예시적인 실시 형태에서, 친지성 모이어티는 콜레스테롤이다. 다른 친지성 모이어티는 콜산, 아다만탄 아세트산, 1-피렌 부티르산, 디하이드로테스토스테론, 1,3-비스-O(헥사데실)글리세롤, 게라닐옥시헥실기, 헥사데실글리세롤, 보르네올, 멘톨, 1,3-프로판디올, 헵타데실기, 팔미트산, 미리스트산, O3-(올레오일)리토콜산, O3-(올레오일)콜렌산, 디메톡시트리틸 또는 페녹사진을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 기능성 모이어티는 안정성, 표적 핵산과의 혼성화 열역학, 특정 조직 또는 세포 유형에 대한 표적화, 또는 세포 투과도를, 예를 들어 세포내이입-의존적 또는 -독립적 메커니즘에 의해 개선하기 위해 RNA 침묵화제에 테더링된 하나 이상의 리간드를 포함할 수 있다. 리간드 및 연관된 변형은 또한 서열 특이성을 증가시키고 결과적으로 부위-외 표적화를 감소시킬 수 있다. 테더링된 리간드는 삽입제로 기능할 수 있는 하나 이상의 변형된 염기 또는 당을 포함할 수 있다. 이들은 RNA 침묵화제/표적 이중체의 팽창부에서와 같이, 내부 영역에 위치할 수 있다. 삽입제는 방향족, 예를 들어 폴리사이클릭 방향족 또는 헤테로사이클릭 방향족 화합물일 수 있다. 폴리사이클릭 삽입제는 스태킹 능력을 가질 수 있으며 2, 3 또는 4개의 융합된 고리가 있는 시스템을 포함할 수 있다. 본 명세서에 기재된 보편적 염기가 리간드에 포함될 수 있다. 한 실시 형태에서, 리간드는 표적 핵산의 절단에 의해 표적 유전자 억제에 기여하는 절단기를 포함할 수 있다. 절단기는 예를 들어 블레오마이신(예를 들어, 블레오마이신-A5, 블레오마이신-A2 또는 블레오마이신-B2), 피렌, 페난트롤린(예를 들어, O-페난트롤린), 폴리아민, 트리펩티드(예를 들어, lys-tyr-lys 트리펩티드), 또는 금속 이온 킬레이트기일 수 있다. 금속 이온 킬레이트기는 예를 들어 Lu(III) 또는 EU(III) 거대고리 착물, Zn(II) 2,9-디메틸페난트롤린 유도체, Cu(II) 터피리딘, 또는 아크리딘을 포함할 수 있으며, 이는 Lu(III)과 같은 자유 금속 이온에 의한 팽창부 부위에서의 표적 RNA의 선택적 절단을 촉진할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 펩티드 리간드는 예를 들어 팽창부 영역에서, 표적 RNA의 절단을 촉진하기 위해 RNA 침묵화제에 테더링될 수 있다. 예를 들어, 1,8-디메틸-1,3,6,8,10,13-헥사아자사이클로테트라데칸(사이클람)은 표적 RNA 절단을 촉진하기 위해 펩티드에(예를 들어, 아미노산 유도체에 의해) 접합될 수 있다. 테더링된 리간드는 아미노글리코시드 리간드일 수 있으며, 이는 RNA 침묵화제가 개선된 혼성화 특성 또는 개선된 서열 특이성을 갖도록 유발할 수 있다. 예시적인 아미노글리코시드는 글리코실화 폴리라이신, 갈락토실화 폴리라이신, 네오마이신 B, 토브라마이신, 카나마이신 A, 및 네오-N-아크리딘, 네오-S-아크리딘, 네오-C-아크리딘, 토브라-N-아크리딘, 및 카나A-N-아크리딘과 같은 아미노글리코사이드의 아크리딘 접합체를 포함한다. 아크리딘 유사체의 사용은 서열 특이성을 증가시킬 수 있다. 예를 들어, 네오마이신 B는 DNA에 비해 RNA에 대해 높은 친화도를, 그러나 낮은 서열 특이성을 갖는다. 아크리딘 유사체인 네오-5-아크리딘은 HIV Rev-반응 요소(RRE)에 대해 증가된 친화도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 아미노글리코시드 리간드의 구아니딘 유사체(구아니디노글리코시드)가 RNA 침묵화제에 테더링된다. 구아니디노글리코시드에서, 아미노산의 아민기는 구아니딘기로 교환된다. 구아니딘 유사체의 부착은 RNA 침묵화제의 세포 투과도를 향상시킬 수 있다. 테더링된 리간드는 폴리-아르기닌 펩티드, 펩토이드 또는 펩티드 모방체일 수 있고, 이는 올리고뉴클레오티드 제제의 세포 흡수를 향상시킬 수 있다.
예시적인 리간드는 개재 테더를 통해 리간드-접합 담체에 직접적으로 또는 간접적으로 커플링된다. 특정 실시 형태에서, 커플링은 공유 결합을 통해 이루어진다. 특정 실시 형태에서, 리간드는 개재 테더를 통해 담체에 부착된다. 특정 실시 형태에서, 리간드는 이것이 포함되는 RNA 침묵화제의 분포, 표적화 또는 수명을 변경한다. 특정 실시 형태에서, 리간드는 예를 들어, 이러한 리간드가 없는 종과 비교하여, 선택된 표적, 예를 들어 분자, 세포 또는 세포 유형, 구획, 예를 들어 세포 또는 기관 구획, 조직, 기관 또는 신체의 영역에 대해 향상된 친화도를 제공한다.
예시적인 리간드는 수송, 혼성화 및 특이성 특성을 개선할 수 있고, 생성된 천연 또는 변형된 RNA 침묵화제, 또는 본 명세서에 기재된 단량체 및/또는 천연 또는 변형된 리보뉴클레오티드의 임의의 조합을 포함하는 중합체 분자의 뉴클레아제 저항성을 또한 개선할 수 있다. 일반적으로 리간드는 예를 들어 흡수를 향상시키기 위한, 치료적 변형제; 예를 들어 분포를 모니터링하기 위한, 진단 화합물 또는 리포터기; 가교제; 뉴클레아제-저항성 부여 모이어티; 및 천연 또는 비일반적 핵염기를 포함할 수 있다. 일반적인 예는 친지질, 지질, 스테로이드(예를 들어, 우바올, 헤시게닌, 디오스게닌), 테르펜(예를 들어, 트리테르펜, 예를 들어, 사르사사포게닌, 프리델린(Friedelin), 에피프리델라놀 유도체화 리토콜산), 비타민(예를 들어, 엽산, 비타민 A, 비오틴, 피리독살), 탄수화물, 단백질, 단백질 결합제, 인테그린 표적화 분자, 다중양이온, 펩티드, 폴리아민 및 펩티드 모방체를 포함한다. 리간드는 자연 발생 물질(예를 들어, 인간 혈청 알부민(HSA), 저밀도 지단백질(LDL) 또는 글로불린); 탄수화물(예를 들어, 덱스트란, 풀루란, 키틴, 키토산, 이눌린, 사이클로덱스트린 또는 히알루론산); 아미노산 또는 지질을 포함할 수 있다. 리간드는 또한 합성 중합체, 예를 들어 합성 폴리아미노산과 같은 재조합 또는 합성 분자일 수 있다. 폴리아미노산의 예는 폴리아미노산이 폴리라이신(PLL), 폴리 L-아스파르트산, 폴리 L-글루탐산, 스티렌-말레산 무수물 공중합체, 폴리(L-락티드-코-글리콜리드) 공중합체, 디비닐 에테르-말레산 무수물 공중합체, N-(2-하이드록시프로필)메타크릴아미드 공중합체(HMPA), 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 폴리비닐 알코올(PVA), 폴리우레탄, 폴리(2-에틸아크릴산), N-이소프로필아크릴아미드 중합체, 또는 폴리포스파진인 것을 포함한다. 폴리아민의 예는 폴리에틸렌이민, 폴리라이신(PLL), 스페르민, 스페르미딘, 폴리아민, 슈도펩티드-폴리아민, 펩티드모방 폴리아민, 덴드리머 폴리아민, 아르기닌, 아미딘, 프로타민, 양이온성 지질, 양이온성 포르피린, 폴리아민의 4차 염, 또는 알파 나선형 펩티드를 포함한다.
리간드는 또한 표적화기, 예를 들어 세포 또는 조직 표적화제, 예를 들어 렉틴, 당단백질, 지질 또는 단백질, 예를 들어 신장 세포와 같은 특화된 세포 유형에 결합하는 항체를 포함할 수 있다. 표적화기는 티로트로핀, 멜라노트로핀, 렉틴, 당단백질, 계면활성제 단백질 A, 뮤신 탄수화물, 다가 락토스, 다가 갈락토스, N-아세틸-갈락토사민(GalNAc) 또는 이의 유도체, N-아세틸-글루코사민, 다가 만노스, 다가 푸코스, 글리코실화된 폴리아미노산, 다가 갈락토스, 트랜스페린, 비스포스포네이트, 폴리글루타메이트, 폴리아스파르테이트, 지질, 콜레스테롤, 스테로이드, 담즙산, 폴레이트, 비타민 B12, 비오틴, 또는 RGD 펩티드 또는 RGD 펩티드 모방체일 수 있다. 리간드의 다른 예는 염료, 삽입제(예를 들어, 아크리딘 및 치환된 아크리딘), 가교제(예를 들어, 소랄렌, 미토마이신 C), 포르피린(TPPC4, 텍사피린, 사피린(Sapphyrin)), 폴리사이클릭 방향족 탄화수소(예를 들어, 페나진, 디하이드로페나진, 페난트롤린, 피렌), lys-tyr-lys 트리펩티드, 아미노글리코시드, 구아니듐 아미노글리코디스, 인공 엔도뉴클레아제(예를 들어, EDTA), 친지성 분자, 예를 들어 콜레스테롤(및 이의 티오 유사체), 콜산, 콜란산, 리토콜산, 아다만탄 아세트산, 1-피렌 부티르산, 디하이드로테스토스테론, 글리세롤(예를 들어, 에스테르(예를 들어, 모노, 비스 또는 트리스 지방산 에스테르, 예를 들어, C10, C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C18, C19 또는 C20 지방산) 및 이의 에테르, 예를 들어 C10, C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C18, C19 또는 C20 알킬; 예를 들어 1,3-비스-O(헥사데실)글리세롤, 1,3-비스-O(옥타데실)글리세롤), 게라닐옥시헥실기, 헥사데실글리세롤, 보르네올, 멘톨, 1,3-프로판디올, 헵타데실기, 팔미트산, 스테아르산(예를 들어, 글리세릴 디스테아레이트), 올레산, 미리스트산, O3-(올레오일)리토콜산, O3-(올레오일)콜렌산, 디메톡시트리틸 또는 페녹사진) 및 펩티드 접합체(예를 들어, antennapedia 펩티드, Tat 펩티드), 알킬화제, 포스페이트, 아미노, 메르캅토, PEG(예를 들어, PEG-40K), MPEG, [MPEG]2, 폴리아미노, 알킬, 치환된 알킬, 방사성표지된 마커, 효소, 합텐(예를 들어, 비오틴), 수송/흡수 촉진제(예를 들어, 아스피린, 나프록센, 비타민 E, 엽산), 합성 리보뉴클레아제(예를 들어, 이미다졸, 비스이미다졸, 히스타민, 이미다졸 클러스터, 아크리딘-이미다졸 접합체, 테트라아자매크로사이클의 Eu3+ 착물), 디니트로페닐, HRP 또는 AP를 포함한다. 특정 실시 형태에서, 리간드는 GalNAc 또는 이의 유도체이다.
리간드는 단백질, 예를 들어 당단백질, 또는 펩티드, 예를 들어 공동-리간드에 대해 특이적 친화도를 갖는 분자, 또는 항체, 예를 들어, 암 세포, 내피 세포 또는 뼈 세포와 같은 특화된 세포 유형에 결합하는 항체일 수 있다. 리간드는 또한 호르몬 및 호르몬 수용체를 포함할 수 있다. 이들은 또한 지질, 렉틴, 탄수화물, 비타민, 보조인자, 다가 락토스, 다가 갈락토스, N-아세틸-갈락토사민, N-아세틸-글루코사민 다가 만노스 또는 다가 푸코스와 같은 비-펩티드 종을 포함할 수 있다. 리간드는 예를 들어 지질다당류, p38 MAP 키나제의 활성화제 또는 NF-kB의 활성화제일 수 있다.
리간드는 예를 들어 세포의 세포골격을 파괴함으로써, 예를 들어 세포의 미세소관, 미세필라멘트 및/또는 중간 필라멘트를 손상시킴으로써, 세포로 RNA 침묵화제의 흡수를 증가시킬 수 있는 물질, 예를 들어 약물일 수 있다. 약물은 예를 들어 탁손, 빈크리스틴, 빈블라스틴, 사이토칼라신, 노코다졸, 자플라키놀리드, 라트룬쿨린 A, 팔로이딘, 스윈홀리드 A, 인다노신 또는 미오세르빈일 수 있다. 리간드는 예를 들어 염증 반응을 활성화하여 세포로 RNA 침묵화제의 흡수를 증가시킬 수 있다. 이러한 효과를 가질 예시적인 리간드는 종양 괴사 인자 알파(TNF □), 인터루킨-1 베타, 또는 감마 인터페론을 포함한다. 일 양태에서, 리간드는 지질 또는 지질 기반 분자이다. 이러한 지질 또는 지질 기반 분자는 혈청 단백질, 예를 들어 인간 혈청 알부민(HSA)에 결합할 수 있다. HSA 결합 리간드는 표적 조직, 예를 들어 신체의 비-신장 표적 조직으로의 접합체의 분포를 허용한다. 예를 들어, 표적 조직은 간의 실질 세포를 포함하는 간일 수 있다. HSA에 결합할 수 있는 다른 분자도 리간드로 사용될 수 있다. 예를 들어, 네프록신 또는 아스피린이 사용될 수 있다. 지질 또는 지질 기반 리간드는 (a) 접합체의 분해에 대한 저항성을 증가시키고, (b) 표적 세포 또는 세포막으로의 표적화 또는 수송을 증가시키고, 및/또는 (c) 혈청 단백질, 예를 들어, HSA에 대한 결합을 조정하는 데 사용될 수 있다. 지질 기반 리간드는 조절, 예를 들어 표적 조직에 대한 접합체의 결합을 제어하는 데 사용될 수 있다. 예를 들어, HSA에 더 강하게 결합하는 지질 또는 지질 기반 리간드는 신장으로 표적화될 가능성이 더 적고 따라서 신체에서 제거될 가능성이 더 적을 것이다. HSA에 덜 강하게 결합하는 지질 또는 지질 기반 리간드는 접합체를 신장으로 표적화하는 데 사용될 수 있다. 특정 실시 형태에서, 지질 기반 리간드는 HSA에 결합한다. 지질 기반 리간드는 접합체가 비-신장 조직에 분포될 수 있도록 하기 충분한 친화도로 HSA에 결합할 수 있다. 그러나, 친화도가 너무 강하지 않아 HSA-리간드 결합이 역전될 수 없는 것으로 고려된다. 또 다른 실시 형태에서, 지질 기반 리간드는 HSA에 약하게 결합하거나 전혀 결합하지 않아, 접합체는 신장에 분포될 것이다. 신장 세포를 표적화하는 다른 모이어티가 또한 지질 기반 리간드 대신에 또는 추가로 사용될 수 있다.
또 다른 양태에서, 리간드는 표적 세포, 예를 들어 증식 세포에 의해 흡수되는 모이어티, 예를 들어 비타민이다. 이들은, 예를 들어 악성 또는 비-악성 유형, 예를 들어 암 세포의 원치 않는 세포 증식을 특징으로 하는 장애를 치료하는 데 유용할 수 있다. 예시적인 비타민은 비타민 A, E, 및 K를 포함한다. 다른 예시적인 비타민은 B 비타민, 예를 들어 엽산, B12, 리보플라빈, 비오틴, 피리독살 또는 암 세포에 의해 흡수되는 다른 비타민 또는 영양소를 포함한다. HSA 및 저밀도 지단백질(LDL)도 포함된다.
또 다른 양태에서, 리간드는 나선형 세포 투과제와 같은 세포 투과제이다. 특정 실시 형태에서, 제제는 양친매성이다. 예시적인 제제는 tat 또는 antennopedia와 같은 펩티드이다. 제제가 펩티드인 경우, 펩티드 모방체, 인버토머, 비펩티드 또는 위-펩티드 연결 및 D-아미노산의 사용을 포함하여 변형될 수 있다. 나선형 제제는 친지성 및 소수성 상을 가질 수 있는, 알파-나선형 제제일 수 있다.
리간드는 펩티드 또는 펩티드 모방체일 수 있다. 펩티드 모방체(본 명세서에서 올리고펩티드 모방체로도 지칭됨)는 천연 펩티드와 유사한 정의된 3차원 구조로 폴딩될 수 있는 분자이다. 올리고뉴클레오티드 제제에 대한 펩티드 및 펩티드 모방체의 부착은 세포 인식 및 흡수의 향상에서와 같이, RNA 침묵화제의 약동학적 분포에 영향을 미칠 수 있다. 펩티드 또는 펩티드 모방체 모이어티는 약 5-50개 아미노산 길이, 예를 들어, 약 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 또는 50개 아미노산 길이일 수 있다. 펩티드 또는 펩티드 모방체는 예를 들어 세포 투과 펩티드, 양이온성 펩티드, 양친매성 펩티드, 또는 소수성 펩티드(예를 들어, 주로 Tyr, Trp 또는 Phe로 구성됨)일 수 있다. 펩티드 모이어티는 덴드리머 펩티드, 구속된 펩티드 또는 가교된 펩티드일 수 있다. 펩티드 모이어티는 L-펩티드 또는 D-펩티드일 수 있다. 또 다른 대안에서, 펩티드 모이어티는 소수성 막 전위 서열(MTS)을 포함할 수 있다. 펩티드 또는 펩티드 모방체는 파지 디스플레이 라이브러리 또는 1개-비드-1개-화합물(OBOC) 조합 라이브러리로부터 확인된 펩티드와 같은 무작위 DNA 서열에 의해 부호화될 수 있다(Lam et al., Nature 354:82-84, 1991). 예시적인 실시 형태에서, 포함된 단량체 단위를 통해 RNA 침묵화제에 테더링된 펩티드 또는 펩티드 모방체는 아르기닌-글리신-아스파르트산(RGD)-펩티드 또는 RGD 모방체와 같은 세포 표적화 펩티드이다. 펩티드 모이어티는 약 5개 아미노산 내지 약 40개 아미노산의 길이 범위일 수 있다. 펩티드 모이어티는 안정성을 증가시키거나 입체형태 특성을 지시하기 위한 것과 같이, 구조적 변형을 가질 수 있다. 아래에 기재된 임의의 구조적 변형이 활용될 수 있다.
특정 실시 형태에서, 기능성 모이어티는 본 개시 내용의 RNA 침묵화제의 5' 말단 및/또는 3' 말단에 연결된다. 특정 실시 형태에서, 기능성 모이어티는 본 개시 내용의 RNA 침묵화제의 안티센스 가닥의 5' 말단 및/또는 3' 말단에 연결된다. 특정 실시 형태에서, 기능성 모이어티는 본 개시 내용의 RNA 침묵화제의 센스 가닥의 5' 말단 및/또는 3' 말단에 연결된다. 특정 실시 형태에서, 기능성 모이어티는 본 개시 내용의 RNA 침묵화제의 센스 가닥의 3' 말단에 연결된다.
특정 실시 형태에서, 기능성 모이어티는 링커에 의해 RNA 침묵화제에 연결된다. 특정 실시 형태에서, 기능성 모이어티는 링커에 의해 안티센스 가닥 및/또는 센스 가닥에 연결된다. 특정 실시 형태에서, 기능성 모이어티는 링커에 의해 센스 가닥의 3' 말단에 연결된다. 특정 실시 형태에서, 링커는 2가 또는 3가 링커를 포함한다. 특정 실시 형태에서, 링커는 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스포디에스테르, 포스포로티오에이트, 포스포라미데이트, 아미드, 카바메이트, 또는 이의 조합을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 2가 또는 3가 링커는 다음으로부터 선택되며:
; 또는
식 중, n은 1, 2, 3, 4 또는 5이다.
특정 실시 형태에서, 링커는 포스포디에스테르 또는 포스포디에스테르 유도체를 추가로 포함한다. 특정 실시 형태에서, 포스포디에스테르 또는 포스포디에스테르 유도체는 다음으로 구성되는 군으로부터 선택되며:
[화학식 Zc1]
;
[화학식 Zc2]
;
[화학식 Zc3]
; 및
[화학식 Zc4]
;
식 중, X는 O, S 또는 BH3이다.
본 개시 내용의 다양한 기능성 모이어티 및 이를 RNA 침묵화제에 접합하는 수단은 WO2017/030973A1 및 WO2018/031933A2에 추가로 상세히 기재되어 있으며, 본 명세서에 참조로 포함된다.
VI. 분지형 올리고뉴클레오티드
위에 개시된 바와 같은 2개 이상의 RNA 침묵제, 예를 들어 항-IFNGR1, 항-JAK1, 항-JAK2 또는 항-STAT1 siRNA와 같은 올리고뉴클레오티드 구성물은 독립적으로 선택된 하나 이상의 모이어티에 의해 서로 연결될 수 있다 링커, 스페이서 및 분지점으로부터 분지형 올리고뉴클레오티드 RNA 침묵제를 형성한다. 특정 실시 형태에서, 분지형 올리고뉴클레오티드 RNA 침묵화제는 2개의 siRNA를 전달하기 위한 이중분지형 siRNA("di-siRNA") 스캐폴딩을 형성하기 위해 2개의 siRNA로 구성된다. 대표적인 실시형태에서, 분지형 올리고뉴클레오티드의 핵산은 각각 안티센스 가닥(또는 주로 포함됨)을 포함하며, 안티센스 가닥은 표적 mRNA(예를 들어, IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 mRNA)에 대해 충분한 상보성을 갖고 있어 RNA를 매개하는 것을 포함한다. -매개 침묵 메커니즘(예: RNAi).?
예시적인 실시 형태에서, 분지형 올리고뉴클레오티드는 링커를 통해 부착된 2 내지 8개의 RNA 침묵화제를 가질 수 있다. 링커는 소수성일 수 있다. 한 실시 형태에서, 본 출원의 분지형 올리고뉴클레오티드는 2 내지 3개의 올리고뉴클레오티드를 갖는다. 한 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 실질적인 화학적 안정화를 갖는다(예를 들어, 적어도 40%의 구성 염기가 화학적으로 변형됨). 예시적인 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 완전한 화학적 안정화를 갖는다(즉, 모든 구성 염기가 화학적으로 변형됨). 일부 실시 형태에서, 분지형 올리고뉴클레오티드는 각각 독립적으로 2 내지 20개 뉴클레오티드를 갖는 하나 이상의 단일 가닥 포스포로티오에이트화 꼬리를 포함한다. 비제한적 실시 형태에서, 각각의 단일 가닥 꼬리는 2 내지 10개 뉴클레오티드를 갖는다.
특정 실시 형태에서, 분지형 올리고뉴클레오티드는 (1) 분지형 구조, (2) 완전한 대사 안정화, 및 (3) 포스포로티오에이트 링커를 포함하는 단일 가닥 꼬리의 존재의 3가지 특성을 특징으로 한다. 특정 실시 형태에서, 분지형 올리고뉴클레오티드는 2 또는 3개의 분지를 갖는다. 분지형 구조의 증가된 전체 크기가 증가된 흡수를 촉진하는 것으로 여겨진다. 또한 특정 활성 이론에 구애받지 않고 여러 인접 분지(예를 들어, 2 또는 3개)는 각 분지가 협력하여 작용하고 이에 따라 내재화, 수송 및 방출 속도를 극적으로 향상시킬 수 있도록 한다고 믿어진다.
분지형 올리고뉴클레오티드가 다양한 구조적으로 다양한 실시 형태에서 제공된다. 일부 실시 형태에서, 분지점에 부착된 핵산은 단일 가닥 또는 이중 가닥이고 miRNA 억제제, 갭머, 믹스머, SSO, PMO 또는 PNA로 구성된다. 이들 단일 가닥은 3' 또는 5' 말단에 부착될 수 있다. siRNA 및 단일 가닥 올리고뉴클레오티드의 조합도 이중 기능을 위해 사용될 수 있다. 또 다른 실시 형태에서, 갭머, 믹스머, miRNA 억제제, SSO, PMO 및 PNA와 상보적인 짧은 핵산은 이러한 활성 단일 가닥 핵산을 운반하고 분포 및 세포 내재화를 향상시키는 데 사용된다. 짧은 이중체 영역은 분지형 구조가 세포로 내재화될 때 빠른 해리를 위해 낮은 용융 온도를 갖는다(Tm 약 37℃).
디-siRNA 분지형 올리고뉴클레오티드는 전술된 기능성 모이어티와 같은 화학적으로 다양한 접합체를 포함할 수 있다. 접합된 생체활성 리간드는 세포 특이성을 향상시키고 막 결합, 내재화 및 혈청 단백질 결합을 촉진하는 데 사용될 수 있다. 접합에 사용될 생체활성 모이어티의 예는 DHA, GalNAc 및 콜레스테롤을 포함한다. 이러한 모이어티는 연결 링커 또는 스페이서를 통해 디-siRNA에 부착되거나 또 다른 자유 siRNA 말단에 부착된 추가 링커 또는 스페이서를 통해 부가될 수 있다.
분지형 구조의 존재는 동일한 화학적 조성의 비분지형 화합물과 비교하여 다양한 조직(예: 피부)에서 조직 보유 수준을 향상시킨다. 분지형 올리고뉴클레오티드는 조직 전반에 걸쳐 예상외로 균일하게 분포되어 있다.
분지형 올리고뉴클레오티드는 siRNA, ASO, miRNA, miRNA 억제제, 스플라이스 스위칭, PMO, PNA를 포함하는 다양한 치료 핵산을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 분지형 올리고뉴클레오티드는 접합된 소수성 모이어티를 추가로 포함하고 시험관내 및 생체내 전례 없는 침묵화 및 유효성을 나타낸다.
링커
분지형 올리고뉴클레오티드의 한 실시 형태에서, 각각의 링커는 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스페이트, 포스포네이트, 포스포라미데이트, 에스테르, 아미드, 트리아졸, 및 이의 조합으로부터 독립적으로 선택된다; 링커의 임의의 탄소 또는 산소 원자는 질소 원자로 선택적으로 대체되거나, 하이드록실 치환기를 보유하거나, 옥소 치환기를 보유한다. 한 실시 형태에서, 각각의 링커는 에틸렌 글리콜 사슬이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 알킬 사슬이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 펩티드이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 RNA이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 DNA이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 포스페이트이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 포스포네이트이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 포스포라미데이트이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 에스테르이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 아미드이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 트리아졸이다.
VII. 화학식 (I)의 화합물
또 다른 양태에서, 화학식 I의 분지형 올리고뉴클레오티드 화합물이 본 명세서에 제공되며:
[화학식 (I):]
(I):
식 중, L은 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스페이트, 포스포네이트, 포스포라미데이트, 에스테르, 아미드, 트리아졸 및 이의 조합으로부터 선택되며, 화학식 I은 선택적으로 하나 이상의 분기점 B, 및 하나 이상의 스페이서 S를 추가로 포함하고; B는 각각의 경우에 독립적으로 다가 유기 종 또는 이의 유도체이고; S는 각각의 경우에 독립적으로 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스페이트, 포스포네이트, 포스포라미데이트, 에스테르, 아미드, 트리아졸, 및 이의 조합으로부터 선택된다.
모이어티 N은 센스 가닥과 안티센스 가닥을 포함하는 RNA 이중나선이고; n은 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8이다. 실시 형태에서, N의 안티센스 가닥은 SEQ ID 중 어느 하나의 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 핵산 서열에 상당히 상보적인 서열을 포함한다. 표 6 및 8에 인용된 NOs: 1-6. 추가 실시 형태에서, N은 SEQ ID로 이루어진 군으로부터 선택된 IFNGR1, JAK1, JAK2, 또는 STAT1 핵산 서열 중 하나 이상을 표적화할 수 있는 가닥을 포함한다. NOs: 143-154(표 7, 9, 10 및 11에 인용됨). 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 각각 독립적으로 하나 이상의 화학적 변형을 포함할 수 있다.
한 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 표 1의 화학식 I-1 내지 I-9로부터 선택되는 구조를 갖는다.
(I-1) (I-2) (I-3)
(I-4) (I-5) (I-6)
(I-7) (I-8) (I-9)
한 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-1이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-2이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-3이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-4이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-5이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-6이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-7이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-8이다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-9이다.
화학식 I의 화합물의 한 실시 형태에서, 각각의 링커는 독립적으로 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스페이트, 포스포네이트, 포스포라미데이트, 에스테르, 아미드, 트리아졸, 및 이의 조합으로부터 선택되고; 링커의 임의의 탄소 또는 산소 원자는 선택적으로 질소 원자로 대체되거나, 하이드록실 치환기를 보유하거나, 옥소 치환기를 보유한다. 화학식 I의 화합물의 한 실시 형태에서, 각각의 링커는 에틸렌 글리콜 사슬이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 알킬 사슬이다. 화학식 I의 화합물의 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 펩티드이다. 화학식 I의 화합물의 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 RNA이다. 화학식 I의 화합물의 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 DNA이다. 화학식 I의 화합물의 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 포스페이트이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 포스포네이트이다. 화학식 I의 화합물의 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 포스포라미데이트이다. 화학식 I의 화합물의 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 에스테르이다. 화학식 I의 화합물의 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 아미드이다. 화학식 I의 화합물의 또 다른 실시 형태에서, 각각의 링커는 트리아졸이다.
화학식 I의 화합물의 한 실시 형태에서, B는 다가 유기 종이다. 화학식 I의 화합물의 또 다른 실시 형태에서, B는 다가 유기 종의 유도체이다. 화학식 I의 화합물의 한 실시 형태에서, B는 트리올 또는 테트롤 유도체이다. 또 다른 실시 형태에서, B는 트리- 또는 테트라-카복실산 유도체이다. 또 다른 실시 형태에서, B는 아민 유도체이다. 또 다른 실시 형태에서, B는 트리아민 또는 테트라아민 유도체이다. 또 다른 실시 형태에서, B는 아미노산 유도체이다. 화학식 I의 화합물의 또 다른 실시 형태에서, B는 다음 화학식으로부터 선택된다:
또는 .
다가 유기 종은 탄소 및 3개 이상의 원자가(즉, 상기 정의된 바와 같은 S, L 또는 N과 같은 모이어티와의 부착점)를 포함하는 모이어티이다. 다가 유기 종의 비제한적인 예는 트리올(예를 들어, 글리세롤, 플로로글루시놀 등), 테트롤(예를 들어, 리보스, 펜타에리트리톨, 1,2,3,5-테트라하이드록시벤젠 등), 트리-카복실산(예를 들어, 시트르산, 1,3,5-사이클로헥산트리카복실산, 트리메스산 등), 테트라-카복실산(예를 들어, 에틸렌디아민테트라아세트산, 피로멜리트산 등), 3차 아민(예를 들어, 트리프로파르길아민, 트리에탄올아민 등), 트리아민(예를 들어, 디에틸렌트리아민 등), 테트라민, 및 하이드록실, 티올, 아미노 및/또는 카복실 모이어티의 조합을 포함하는 종(예를 들어, 라이신, 세린, 시스테인 등과 같은 아미노산)을 포함한다.
화학식 I의 화합물의 한 실시 형태에서, 각각의 핵산은 하나 이상의 화학적으로 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 화학식 I의 화합물의 한 실시 형태에서, 각각의 핵산은 화학적으로 변형된 뉴클레오티드로 구성된다. 화학식 I의 화합물의 특정 실시 형태에서, >95%, >90%, >85%, >80%, >75%, >70%, >65%, >60%, >55% 또는 >50%의 각각의 핵산은 화학적으로 변형된 뉴클레오티드를 포함한다.
한 실시 형태에서, 각각의 안티센스 가닥은 독립적으로 표 2의 군으로부터 선택된 5' 말단기 R을 포함한다.
R1 R2
R3 R4
R5 R6
R7 R8
한 실시 형태에서, R은 R1이다. 또 다른 실시 형태에서, R은 R2이다. 또 다른 실시 형태에서, R은 R3이다. 또 다른 실시 형태에서, R은 R4이다. 또 다른 실시 형태에서, R은 R5이다. 또 다른 실시 형태에서, R은 R6이다. 또 다른 실시 형태에서, R은 R7이다. 또 다른 실시 형태에서, R은 R8이다.
화학식 II의 구조
한 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 II의 구조를 갖는다:
[화학식 II]
식 중, X는 각각의 경우에 독립적으로 아데노신, 구아노신, 우리딘, 시티딘 및 이의 화학적으로 변형된 유도체로부터 선택되고; Y는 각각의 경우에 독립적으로 아데노신, 구아노신, 우리딘, 시티딘 및 이의 화학적으로 변형된 유도체로부터 선택되고; -는 포스포디에스테르 뉴클레오시드간 연결을 나타내고; =는 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결을 나타내고; ---는 각각의 경우에 개별적으로 염기쌍 형성 상호작용 또는 미스매치를 나타낸다.
특정 실시 형태에서, 화학식 II의 구조는 미스매치를 포함하지 않는다. 한 실시 형태에서, 화학식 II의 구조는 1개의 미스매치를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 II의 화합물은 2개의 미스매치를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 II의 화합물은 3개의 미스매치를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 II의 화합물은 4개의 미스매치를 포함한다. 한 실시 형태에서, 각 핵산은 화학적으로 변형된 뉴클레오티드로 구성된다.
특정 실시 형태에서, 화학식 II의 구조의 >95%, >90%, >85%, >80%, >75%, >70%, >65%, >60%, >55% 또는 >50%의 X는 화학적으로 변형된 뉴클레오티드이다. 다른 실시 형태에서, 화학식 II의 구조의 >95%, >90%, >85%, >80%, >75%, >70%, >65%, >60%, >55% 또는 >50%의 X는 화학적으로 변형된 뉴클레오티드이다.
화학식 III의 구조
한 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 III의 구조를 갖는다:
[화학식 III]
식 중, X는 각각의 경우에 독립적으로 2'-데옥시-2'-플루오로 변형을 포함하는 뉴클레오티드이고; X는 각각의 경우에 독립적으로 2'-O-메틸 변형을 포함하는 뉴클레오티드이고; Y는 각각의 경우에 독립적으로 2'-데옥시-2'-플루오로 변형을 포함하는 뉴클레오티드이고; Y는 각각의 경우에 독립적으로 2'-O-메틸 변형을 포함하는 뉴클레오티드이다.
한 실시 형태에서, X는 2'-데옥시-2'-플루오로 변형 아데노신, 구아노신, 우리딘 또는 시티딘으로 구성되는 군으로부터 선택된다. 한 실시 형태에서, X는 2'-O-메틸 변형 아데노신, 구아노신, 우리딘 또는 시티딘으로 구성되는 군으로부터 선택된다. 한 실시 형태에서, Y는 2'-데옥시-2'-플루오로 변형 아데노신, 구아노신, 우리딘 또는 시티딘으로 구성되는 군으로부터 선택된다. 한 실시 형태에서, Y는 2'-O-메틸 변형 아데노신, 구아노신, 우리딘 또는 시티딘으로 구성되는 군으로부터 선택된다.
특정 실시 형태에서, 화학식 III의 구조는 미스매치를 포함하지 않는다. 한 실시 형태에서, 화학식 III의 구조는 1개의 미스매치를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 III의 화합물은 2개의 미스매치를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 III의 화합물은 3개의 미스매치를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 III의 화합물은 4개의 미스매치를 포함한다.
화학식 IV의 구조
한 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 IV의 구조를 갖는다:
[화학식 IV]
식 중, X는 각각의 경우에 독립적으로 아데노신, 구아노신, 우리딘, 시티딘 및 이의 화학적으로 변형된 유도체로부터 선택되고; Y는 각각의 경우에 독립적으로 아데노신, 구아노신, 우리딘, 시티딘 및 이의 화학적으로 변형된 유도체로부터 선택되고; -는 포스포디에스테르 뉴클레오시드간 연결을 나타내고; =는 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결을 나타내고; ---는 각각의 경우에 개별적으로 염기쌍 형성 상호작용 또는 미스매치를 나타낸다.
특정 실시 형태에서, 화학식 IV의 구조는 미스매치를 포함하지 않는다. 한 실시 형태에서, 화학식 IV의 구조는 1개의 미스매치를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 IV의 화합물은 2개의 미스매치를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 IV의 화합물은 3개의 미스매치를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 IV의 화합물은 4개의 미스매치를 포함한다. 한 실시 형태에서, 각 핵산은 화학적으로 변형된 뉴클레오티드로 구성된다.
특정 실시 형태에서, 화학식 IV의 구조의 >95%, >90%, >85%, >80%, >75%, >70%, >65%, >60%, >55% 또는 >50%의 X는 화학적으로 변형된 뉴클레오티드이다. 다른 실시 형태에서, 화학식 IV의 구조의 >95%, >90%, >85%, >80%, >75%, >70%, >65%, >60%, >55% 또는 >50%의 X는 화학적으로 변형된 뉴클레오티드이다.
화학식 V의 구조
한 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 V의 구조를 갖는다:
[화학식 V]
식 중, X는 각각의 경우에 독립적으로 2'-데옥시-2'-플루오로 변형을 포함하는 뉴클레오티드이고; X는 각각의 경우에 독립적으로 2'-O-메틸 변형을 포함하는 뉴클레오티드이고; Y는 각각의 경우에 독립적으로 2'-데옥시-2'-플루오로 변형을 포함하는 뉴클레오티드이고; Y는 각각의 경우에 독립적으로 2'-O-메틸 변형을 포함하는 뉴클레오티드이다.
특정 실시 형태에서, X는 2'-데옥시-2'-플루오로 변형 아데노신, 구아노신, 우리딘 또는 시티딘으로 구성되는 군으로부터 선택된다. 한 실시 형태에서, X는 2'-O-메틸 변형 아데노신, 구아노신, 우리딘 또는 시티딘으로 구성되는 군으로부터 선택된다. 한 실시 형태에서, Y는 2'-데옥시-2'-플루오로 변형 아데노신, 구아노신, 우리딘 또는 시티딘으로 구성되는 군으로부터 선택된다. 한 실시 형태에서, Y는 2'-O-메틸 변형 아데노신, 구아노신, 우리딘 또는 시티딘으로 구성되는 군으로부터 선택된다.
특정 실시 형태에서, 화학식 V의 구조는 미스매치를 포함하지 않는다. 한 실시 형태에서, 화학식 V의 구조는 1개의 미스매치를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 V의 화합물은 2개의 미스매치를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 V의 화합물은 3개의 미스매치를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 화학식 V의 화합물은 4개의 미스매치를 포함한다.
가변 링커
화학식 I의 화합물의 한 실시 형태에서, L은 L1의 구조를 가지며:
[화학식 L1]
L1의 한 실시 형태에서, R은 R3이고 n은 2이다.
화학식 II의 구조의 한 실시 형태에서, L은 L1의 구조를 갖는다. 화학식 III의 구조의 한 실시 형태에서, L은 L1의 구조를 갖는다. 화학식 IV의 구조의 한 실시 형태에서, L은 L1의 구조를 갖는다. 화학식 V의 구조의 한 실시 형태에서, L은 L1의 구조를 갖는다. 화학식 VI의 구조의 한 실시 형태에서, L은 L1의 구조를 갖는다. 화학식 VI의 구조의 한 실시 형태에서, L은 L1의 구조를 갖는다.
화학식 I의 화합물의 한 실시 형태에서, L은 L2의 구조를 갖는다:
[화학식 L2]
L2의 한 실시 형태에서, R은 R3이고 n은 2이다. 화학식 II의 구조의 한 실시 형태에서, L은 L2의 구조를 갖는다. 화학식 III의 구조의 한 실시 형태에서, L은 L2의 구조를 갖는다. 화학식 IV의 구조의 한 실시 형태에서, L은 L2의 구조를 갖는다. 화학식 V의 구조의 한 실시 형태에서, L은 L2의 구조를 갖는다. 화학식 VI의 구조의 한 실시 형태에서, L은 L2의 구조를 갖는다. 화학식 VI의 구조의 한 실시 형태에서, L은 L2의 구조를 갖는다.
전달 시스템
제3 양태에서, 화학식 VI의 구조를 갖는 치료용 핵산을 위한 전달 시스템이 본 명세서에 제공되며:
[화학식 VI]
식 중, L은 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스페이트, 포스포네이트, 포스포라미데이트, 에스테르, 아미드, 트리아졸 및 이의 조합으로부터 선택되며, 화학식 VI는 선택적으로 하나 이상의 분기점 B, 및 하나 이상의 스페이서 S를 추가로 포함하고; B는 각각의 경우에 독립적으로 다가 유기 종 또는 이의 유도체이고; S는 각각의 경우에 독립적으로 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스페이트, 포스포네이트, 포스포라미데이트, 에스테르, 아미드, 트리아졸, 및 이의 조합으로부터 선택되고; 각각의 cNA는 독립적으로 하나 이상의 화학적 변형을 포함하는 담체 핵산이고; n은 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8이다.
전달 시스템의 한 실시 형태에서, L은 에틸렌 글리콜 사슬이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, L은 알킬 사슬이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, L은 펩티드이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, L은 RNA이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, L은 DNA이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, L은 포스페이트이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, L은 포스포네이트이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, L은 포스포라미데이트이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, L은 에스테르이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, L은 아미드이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, L은 트리아졸이다.
전달 시스템의 한 실시 형태에서, S는 에틸렌 글리콜 사슬이다. 또 다른 실시 형태에서, S는 알킬 사슬이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, S는 펩티드이다. 또 다른 실시 형태에서, S는 RNA이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, S는 DNA이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, S는 포스페이트이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, S는 포스포네이트이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, S는 포스포라미데이트이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, S는 에스테르이다. 또 다른 실시 형태에서, S는 아미드이다. 또 다른 실시 형태에서, S는 트리아졸이다.
전달 시스템의 한 실시 형태에서, n은 2이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, n은 3이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, n은 4이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, n은 5이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, n은 6이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, n은 7이다. 전달 시스템의 또 다른 실시 형태에서, n은 8이다.
특정 실시 형태에서, 각각의 cNA는 >95%, >90%, >85%, >80%, >75%, >70%, >65%, >60%, >55% 또는 >50%의 화학적으로 변형된 뉴클레오티드를 포함한다.
한 실시 형태에서, 화학식 VI의 화합물은 표 3의 화학식 VI-1 내지 VI-9로부터 선택되는 구조를 갖는다:
(VI-1) (VI-2) (VI-3)
(VI-4) (VI-5) (VI-6)
(VI-7) (VI-8) (VI-9)
한 실시 형태에서, 화학식 VI의 화합물은 화학식 VI-1의 구조이다. 한 실시 형태에서, 화학식 VI의 화합물은 화학식 VI-2의 구조이다. 한 실시 형태에서, 화학식 VI의 화합물은 화학식 VI-3의 구조이다. 한 실시 형태에서, 화학식 VI의 화합물은 화학식 VI-4의 구조이다. 한 실시 형태에서, 화학식 VI의 화합물은 화학식 VI-5의 구조이다. 한 실시 형태에서, 화학식 VI의 화합물은 화학식 VI-6의 구조이다. 한 실시 형태에서, 화학식 VI의 화합물은 화학식 VI-7의 구조이다. 한 실시 형태에서, 화학식 VI의 화합물은 화학식 VI-8의 구조이다. 한 실시 형태에서, 화학식 VI의 화합물은 화학식 VI-9의 구조이다.
한 실시 형태에서, 화학식 VI의 화합물(예를 들어, 화학식 VI-1 내지 VI-9 포함, 각각의 cNA는 독립적으로 적어도 15개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다. 한 실시 형태에서, 각각의 cNA는 독립적으로 화학적으로 변형된 뉴클레오티드로 구성된다.
일 실시 형태에서, 전달 시스템은 n개의 치료 핵산(NA)을 추가로 포함하며, 여기서 각각의 NA는 서열 번호 1 중 어느 하나의 IFNGR1, JAK1, JAK2, 또는 STAT1 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함한다. 1-6, 표 6 및 8에 기술된 바와 같다. 추가 실시 형태에서, NA는 서열 번호 143으로 이루어진 군으로부터 선택되는 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 핵산 서열 중 하나 이상을 표적화할 수 있는 가닥을 포함한다. -154, 각각 표 7, 9, 10 및 11에 인용된 바와 같다.
또한, 각각의 NA는 적어도 하나의 cNA에 혼성화된다. 한 실시 형태에서, 전달 시스템은 2개의 NA로 이루어진다. 또 다른 실시 형태에서, 전달 시스템은 3개의 NA로 이루어진다. 다른 실시 형태에서, 전달 시스템은 4개의 NA로 이루어진다. 또 다른 실시 형태에서, 전달 시스템은 5개의 NA로 이루어진다. 또 다른 실시 형태에서, 전달 시스템은 6개의 NA로 이루어진다. 또 다른 실시 형태에서, 전달 시스템은 7개의 NA로 이루어진다. 또 다른 실시 형태에서, 전달 시스템은 8개의 NA로 이루어진다.
한 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 적어도 15개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다. 한 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 15-25개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다. 한 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 15개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다. 한 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 16개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 17개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 18개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 19개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 20개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다. 한 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 21개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다. 한 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 22개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다. 한 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 23개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다. 한 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 24개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다. 한 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 25개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다.
한 실시 형태에서, 각각의 NA는 적어도 2개의 뉴클레오티드의 쌍을 이루지 않은 오버행을 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 NA는 적어도 3개의 뉴클레오티드의 쌍을 이루지 않은 오버행을 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 NA는 적어도 4개의 뉴클레오티드의 쌍을 이루지 않은 오버행을 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 NA는 적어도 5개의 뉴클레오티드의 쌍을 이루지 않은 오버행을 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 NA는 적어도 6개의 뉴클레오티드의 쌍을 이루지 않은 오버행을 포함한다. 한 실시 형태에서, 오버행의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 연결을 통해 연결된다.
한 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 DNA, siRNA, antagomiR, miRNA, 갭머, 믹스머, 또는 가이드 RNA로 구성되는 군으로부터 선택된다. 한 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 DNA이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 siRNA이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 antagomiR이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 miRNA이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 갭머이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 믹스머이다. 또 다른 실시 형태에서, 각각의 NA는 독립적으로 가이드 RNA이다. 한 실시 형태에서, 각각의 NA는 동일하다. 실시 형태에서, 각각의 NA는 동일하지 않다.
한 실시 형태에서, n개의 치료용 핵산(NA)을 추가로 포함하는 전달 시스템은 본 명세서에 기재된 화학식 I, II, III, IV, V, VI 및 이의 실시 형태로부터 선택되는 구조를 갖는다. 한 실시 형태에서, 전달 시스템은 화학식 I, II, III, IV, V, VI으로부터 선택되는 구조를 갖고 본 명세서에 기재된 이의 실시 형태는 2개의 치료용 핵산(NA)을 추가로 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 전달 시스템은 화학식 I, II, III, IV, V, VI으로부터 선택되는 구조를 갖고 본 명세서에 기재된 이의 실시 형태는 3개의 치료용 핵산(NA)을 추가로 포함한다. 한 실시 형태에서, 전달 시스템은 화학식 I, II, III, IV, V, VI으로부터 선택되는 구조를 갖고 본 명세서에 기재된 이의 실시 형태는 4개의 치료용 핵산(NA)을 추가로 포함한다. 한 실시 형태에서, 전달 시스템은 화학식 I, II, III, IV, V, VI으로부터 선택되는 구조를 갖고 본 명세서에 기재된 이의 실시 형태는 5개의 치료용 핵산(NA)을 추가로 포함한다. 한 실시 형태에서, 전달 시스템은 화학식 I, II, III, IV, V, VI으로부터 선택되는 구조를 갖고 본 명세서에 기재된 이의 실시 형태는 6개의 치료용 핵산(NA)을 추가로 포함한다. 한 실시 형태에서, 전달 시스템은 화학식 I, II, III, IV, V, VI으로부터 선택되는 구조를 갖고 본 명세서에 기재된 이의 실시 형태는 7개의 치료용 핵산(NA)을 추가로 포함한다. 한 실시 형태에서, 전달 시스템은 화학식 I, II, III, IV, V, VI으로부터 선택되는 구조를 갖고 본 명세서에 기재된 이의 실시 형태는 8개의 치료용 핵산(NA)을 추가로 포함한다.
한 실시 형태에서, 전달 시스템은 화학식 I, II, III, IV, V, VI로부터 선택되는 구조를 갖고, 추가로 구조 L1 또는 L2의 링커를 포함하며, R은 R3이고 n은 2이다. 또 다른 실시 형태에서, 전달 시스템은 화학식 I, II, III, IV, V, VI로부터 선택되는 구조를 갖고, 추가로 구조 L1의 링커를 포함하고, R은 R3이고 n은 2이다. 또 다른 실시 형태에서, 전달 시스템은 화학식 I, II, III, IV, V, VI로부터 선택되는 구조를 갖고, 추가로 구조 L2의 링커를 포함하고, R은 R3이고 n은 2이다.
전달 시스템의 실시 형태에서, 전달 목표는 뇌, 간, 피부, 신장, 비장, 췌장, 결장, 지방, 폐, 근육 및 흉선으로 구성된 군으로부터 선택된다. 한 실시 형태에서, 전달의 목표는 피부이다.
특정 실시 형태에서, 본 개시 내용의 화합물은 하기 특성을 특징으로 한다: (1) 2개 이상의 분지형 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, 동일하지 않은 수의 3' 및 5' 말단이 존재함; (2) 실질적으로 화학적으로 안정화됨, 예를 들어 40% 초과, 최적으로 100%의 올리고뉴클레오티드가 화학적으로 변형됨(예를 들어, RNA 및 선택적으로 DNA 없음); 및 (3) 적어도 3개의 포스포로티오에이트화 결합을 포함하는 포스포로티오에이트화 단일 올리고뉴클레오티드. 특정 실시 형태에서, 포스포로티오에이트화 단일 올리고뉴클레오티드는 4-20개의 포스포로티오에이트화 결합을 포함한다.
본 개시에 기재된 방법은 본 명세서에 개시된 특정 방법 및 실험 조건에 제한되지 않음이 이해되어야 한다; 이러한 방법 및 조건이 변할 수 있기 때문이다. 또한, 본 명세서에서 사용된 용어는 단지 특정한 실시 형태를 설명하기 위한 것이며, 제한하려는 의도가 아님이 이해되어야 한다.
또한, 본 명세서에 기재된 실험은 달리 표시되지 않는 한, 당분야의 기술 수준 내에서 통상적인 분자 및 세포 생물학 및 면역학 기술을 사용한다. 이러한 기술은 당업자에게 잘 알려져 있으며 문헌에 충분히 기재되어 있다. 예를 들어, 문헌(Ausubel, et al., ed., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc., NY (1987-2008), including all supplements, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Fourth Edition) by MR Green and J. Sambrook and Harlow et al., Antibodies: A Laboratory Manual, Chapter 14, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor (2013, 2nd edition))을 참고한다.
합성 및 사용 방법을 포함하는 분지형 올리고뉴클레오티드는 WO2017/132669에 더 자세히 기재되어 있으며, 본 명세서에 참조로 포함된다.
핵산, 벡터 및 숙주 세포를 도입하는 방법
본 개시 내용의 RNA 침묵화제는 세포(예를 들어, 신경 세포)로(즉, 세포내로) 직접 도입될 수 있거나; 공동, 간질 공간, 유기체의 순환으로 세포외 도입되거나, 경구로 도입되거나, 핵산을 포함하는 용액에 세포 또는 유기체를 침지시킴으로써 도입될 수 있다. 혈관 또는 혈관외 순환, 혈액 또는 림프계, 및 뇌척수액이 핵산이 도입될 수 있는 부위이다.
본 개시 내용의 RNA 침묵화제는 핵산을 포함하는 용액의 주사, 핵산에 의해 덮인 입자에 의한 충격, 핵산 용액 중 세포 또는 유기체의 침지 또는 핵산의 존재 하 세포막의 전기천공을 포함하는 당분야에 알려진 핵산 전달 방법을 사용하여 도입될 수 있다. 핵산을 세포에 도입하기 위해 당분야에 알려진 다른 방법, 예컨대 지질-매개 담체 수송, 화학물질-매개 수송, 및 인산칼슘과 같은 양이온성 리포솜 형질감염 등이 사용될 수 있다. 핵산은 하기 활동: 세포에 의한 핵산 흡수 향상 또는 다르게는 표적 유전자의 억제 증가 중 하나 이상을 수행하는 다른 성분과 함께 도입될 수 있다.
핵산을 도입하는 물리적 방법은 RNA를 포함하는 용액의 주사, RNA로 덮인 입자에 의한 충격, RNA 용액 중 세포 또는 유기체의 침지, 또는 RNA의 존재 하의 세포막의 전기천공을 포함한다. 바이러스 입자에 패키징된 바이러스 작제물은 세포로의 발현 작제물의 효율적인 도입 및 발현 작제물에 의해 부호화된 RNA의 전사 둘 다를 달성할 것이다. 핵산을 세포에 도입하기 위해 당분야에 알려진 다른 방법, 예컨대 지질-매개 담체 수송, 인산칼슘과 같은 화학물질-매개 수송 등이 사용될 수 있다. 따라서, RNA는 하기 활성: 세포에 의한 RNA 흡수 향상, 단일 가닥의 어닐링 억제, 단일 가닥의 안정화, 또는 다르게는 표적 유전자의 억제 증가 중 하나 이상을 수행하는 성분과 함께 도입될 수 있다.
RNA는 세포로 직접 도입될 수 있거나(즉, 세포내로); 공동, 간질 공간, 유기체의 순환으로 세포외 도입되거나, 경구로 도입되거나, RNA를 포함하는 용액 중 세포 또는 유기체를 침지시킴으로써 도입될 수 있다. 혈관 또는 혈관외 순환, 혈액 또는 림프계, 및 뇌척수액이 RNA가 도입될 수 있는 부위이다.
표적 유전자를 갖는 세포는 생식선 또는 체세포, 전능 또는 만능, 분열 또는 비분열, 실질 또는 상피, 불멸화 또는 형질전환 등으로부터 유래할 수 있다. 세포는 줄기 세포 또는 분화된 세포일 수 있다. 분화되는 세포 유형은 지방세포, 섬유아세포, 근세포, 심근세포, 내피, 뉴런, 아교세포, 혈액 세포, 거핵구, 림프구, 대식구, 호중구, 호산구, 호염기구, 비만 세포, 백혈구, 과립구, 각질세포, 연골세포, 골모세포, 파골세포, 간세포, 및 내분비샘 또는 외분비샘의 세포를 포함한다.
특정 표적 유전자 및 전달된 이중 가닥 RNA 물질의 용량에 따라, 이 과정은 표적 유전자의 기능의 부분적인 또는 완전한 손실을 제공할 수 있다. 표적화된 세포의 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 또는 99% 이상에서의 유전자 발현의 감소 또는 손실이 예시적이다. 유전자 발현의 억제는 표적 유전자로부터의 단백질 및/또는 mRNA 산물 수준의 부재(또는 관찰 가능한 감소)를 지칭한다. 특이성은 세포의 다른 유전자에 대한 명백한 영향 없이 표적 유전자를 억제하는 능력을 지칭한다. 억제의 결과는 세포 또는 유기체의 외향 특성(실시 형태에서 아래에 제시됨)의 조사에 의해 또는 RNA 용액 혼성화, 뉴클레아제 보호, 노던 혼성화, 역전사, 마이크로어레이로의 유전자 발현 모니터링, 항체 결합, 효소 연관 면역흡착 검정(ELISA), 웨스턴 블롯팅, 방사성면역검정(RIA), 기타 면역검정 및 형광 활성화 세포 정렬(FACS)과 같은 생화학적 기술에 의해 확인될 수 있다.
세포주 또는 전체 유기체에서 RNA 매개 억제를 위해, 유전자 발현은 단백질 산물이 쉽게 검정되는 리포터 또는 약물 내성 유전자를 사용하여 편리하게 검정된다. 이러한 리포터 유전자는 아세토하이드록시산 신타제(AHAS), 알칼리성 포스파타제(AP), 베타 갈락토시다제(LacZ), 베타 글루코로니다제(GUS), 클로람페니콜 아세틸트랜스퍼라제(CAT), 녹색 형광 단백질(GFP), 홀스래디쉬 퍼옥시다제(HRP), 루시퍼라제(Luc), 노팔린 신타제(NOS), 옥토핀 신타제(OCS), 및 이의 유도체를 포함한다. 앰피실린, 블레오마이신, 클로람페니콜, 겐타니신, 하이그로마이신, 카나마이신, 린코마이신, 메토트렉세이트, 포스피노트리신, 퓨로마이신 및 테트라사이클린에 대한 내성을 부여하는 여러 선별 마커가 이용 가능하다. 검정에 따라, 유전자 발현량의 정량은 본 개시에 따른 미처리 세포와 비교하여 10%, 33%, 50%, 90%, 95% 또는 99% 초과인 억제 정도를 결정할 수 있도록 한다. 주사된 물질의 용량이 적을수록 및 RNAi 제제 투여 후 시간이 길수록 더 작은 분율(예를 들어, 표적화된 세포의 적어도 10%, 20%, 50%, 75%, 90% 또는 95%)의 세포에서 억제를 초래할 수 있다. 세포에서 유전자 발현의 양자화는 표적 mRNA의 축적 또는 표적 단백질의 번역 수준에서 유사한 양의 억제를 나타낼 수 있다. 예로서, 억제 효율은 세포에서 유전자 산물의 양을 평가함으로써 결정될 수 있다; mRNA는 억제 이중 가닥 RNA에 사용된 영역 외부에 뉴클레오티드 서열을 갖는 혼성화 프로브로 검출될 수 있거나, 번역된 폴리펩티드는 해당 영역의 폴리펩티드 서열에 대해 생성된 항체로 검출될 수 있다.
RNA는 세포당 적어도 하나의 카피의 전달을 허용하는 양으로 도입될 수 있다. 더 높은 용량(예를 들어, 세포당 적어도 5, 10, 100, 500 또는 1000개 카피)의 물질이 더 효과적인 억제를 생성할 수 있다; 더 낮은 용량은 또한 특정 용도에 유용할 수 있다.
예시적인 양태에서, 본 발명의 RNAi 작용제(예를 들어, IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 표적 서열을 표적으로 하는 siRNA)의 효능은 돌연변이체 mRNA(예를 들어, IFNGR1, JAK2 또는 STAT1 표적 서열을 특이적으로 분해하는 능력에 대해 테스트된다. 케라티노사이트와 같은 세포에서의 JAK1, JAK2 또는 STAT1 mRNA 및/또는 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 단백질의 생산. HeLa 세포 또는 COS 세포와 같이 쉽게 형질감염 가능한 다른 세포도 세포 기반 검증 분석에 적합한다. 세포는 인간 야생형 또는 돌연변이 cDNA(예: 인간 야생형 또는 돌연변이 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 cDNA)로 형질감염된다. 표준 siRNA, 변형된 siRNA 또는 U-루프 mRNA로부터 siRNA를 생성할 수 있는 벡터가 공동 형질감염된다. 표적 mRNA(예를 들어, IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 mRNA) 및/또는 표적 단백질(예를 들어, IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 단백질)의 선택적 감소를 측정했다. 표적 mRNA 또는 단백질의 감소는 RNAi 제제가 없거나 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 mRNA를 표적으로 하지 않는 RNAi 제제가 있는 경우의 표적 mRNA 또는 단백질 수준과 비교할 수 있다. 외인성으로 도입된 mRNA 또는 단백질(또는 내인성 mRNA 또는 단백질)은 비교 목적으로 분석될 수 있다. 표준 형질감염 기술에 어느 정도 내성이 있는 것으로 알려진 신경 세포를 활용하는 경우, 수동 흡수를 통해 RNAi 제제(예: siRNA)를 도입하는 것이 바람직할 수 있다.재조합 아데노 관련 바이러스 및 벡터
특정 예시적인 실시 형태에서, 재조합 아데노 관련 바이러스 (RAAV) 및 이들의 관련 벡터를 사용하여 하나 이상의 siRNA를 세포, 예를 들어 피부 세포로 전달하는데 사용될 수 있다. AAV는 다양한 세포 유형을 감염시킬 수 있지만, 감염 효율은 혈청 형에 기초하여 변하지만, 이는 캡시드 단백질의 서열에 의해 결정된다. 몇몇 원시 AAV 혈청 형이 확인되었으며, 혈청 형 1-9는 재조합 AAV에 가장 일반적으로 사용된다. AAV-2는 가장 잘 연구되고 출판된 혈청 형이다. AAV-DJ 시스템에는 혈청 형 AAV-DJ 및 AAV-DJ/8이 포함된다. 이들 혈청 형은 다수의 AAV 혈청 형의 DNA 셔플 링을 통해 생성되어 다양한 세포 및 조직에서 시험 관내 (AAV-DJ) 및 생체 내 (AAV-DJ/8)에서 개선된 하이브리드 캡시드를 갖는 AAV를 생성 하였다.
rAAV는 당업계에 공지된 임의의 적절한 방법에 따라 조성물로 대상체에게 전달될 수 있다. rAAV는 생리학적으로 적합한 담체(즉, 조성물 내)에 현탁될 수 있으며 대상체, 즉 숙주 동물, 예를 들어 인간, 마우스, 쥐, 고양이, 개, 양, 토끼, 말에 투여될 수 있다. , 소, 염소, 돼지, 기니피그, 햄스터, 닭, 칠면조, 인간이 아닌 영장류(예: 원숭이) 등. 특정 실시형태에서, 숙주 동물은 비인간 숙주 동물이다.
포유동물 대상체에 대한 하나 이상의 rAAV의 전달은 예를 들어 근육내 주사에 의해 또는 포유동물 대상체의 혈류로의 투여에 의해 수행될 수 있다. 혈류로의 투여는 정맥, 동맥 또는 기타 혈관 도관으로의 주사에 의해 이루어질 수 있다. 특정 징후에서, 하나 이상의 rAAV는 수술 분야에 잘 알려진 기술인 분리된 사지 관류를 통해 혈류로 투여되며, 이 방법을 통해 본질적으로 장인은 rAAV 비리온을 투여하기 전에 전신 순환계에서 사지를 분리할 수 있다. . 미국에 기술된 분리 사지 관류 기술의 변형이다. 가볍게 두드리기. 아니요. 6,177,403은 또한 근육 세포 또는 조직으로의 형질도입을 잠재적으로 향상시키기 위해 분리된 사지의 혈관계에 비리온을 투여하기 위해 숙련된 기술자에 의해 사용될 수 있다.
본 개시 내용의 조성물은 rAAV를 단독으로, 또는 하나 이상의 다른 바이러스(예를 들어, 하나 이상의 상이한 트랜스유전자를 부호화하는 제2 rAAV)와 조합하여 포함할 수 있다. 특정 실시 형태에서, 조성물은 각각 하나 이상의 상이한 트랜스유전자를 갖는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의 상이한 rAAV를 포함한다.
rAAV의 유효량은 감염 동물을 표적화하고 원하는 조직을 표적화하기 충분한 양이다. 일부 실시 형태에서, rAAV의 유효량은 안정한 체세포 트랜스제닉 동물 모델을 생산하기 충분한 양이다. 유효량은 주로 대상체의 종, 연령, 체중, 건강 및 표적화될 조직과 같은 요인에 의존할 것이므로 동물 및 조직에 따라 다를 수 있다. 예를 들어, 하나 이상의 rAAV의 유효량은 일반적으로 약 109 내지 1016 게놈 카피를 포함하는 용액의 약 1 ml 내지 약 100 ml 범위이다. 일부 경우에, 약 1011 내지 1012 rAAV 게놈 카피의 투여량이 적절하다. 특정 실시 형태에서, 1012 rAAV 게놈 카피는 심장, 간 및 췌장 조직을 표적화하는 데 효과적이다. 일부 경우에, 안정한 트랜스제닉 동물은 다중 용량의 rAAV에 의해 생산된다.
일부 실시 형태에서, rAAV 조성물은 특히 높은 rAAV 농도가 존재하는 경우(예를 들어, 약 1013 게놈 카피/mL 이상), 조성물에서 AAV 입자의 응집을 감소시키도록 제형화된다. rAAV의 응집을 감소시키는 방법은 당분야에 잘 알려져 있으며, 예를 들어 계면활성제의 첨가, pH 조정, 염 농도 조정 등을 포함한다(예를 들어, 그 내용이 본 명세서에 참조로 포함되는, Wright et al. (2005) Molecular Therapy 12:171-178 참고)
"재조합 AAV(rAAV) 벡터"는 최소의 트랜스유전자 및 그 조절 서열, 그리고 5' 및 3' AAV 역 말단 반복부(ITR)를 포함한다. 캡시드 단백질에 패키징되어 선택된 표적 세포에 전달되는 것은 이 재조합 AAV 벡터이다. 일부 실시 형태에서, 트랜스유전자는 관심 폴리펩티드, 단백질, 기능성 RNA 분자(예를 들어, siRNA) 또는 다른 유전자 산물을 부호화하는, 벡터 서열에 이종성인 핵산 서열이다. 핵산 부호화 서열은 표적 조직의 세포에서 트랜스유전자 전사, 번역 및/또는 발현을 허용하는 방식으로 조절 성분에 작동 가능하게 연결된다.
벡터의 AAV 서열은 전형적으로 시스-작용 5' 및 3' 역 말단 반복부(ITR) 서열을 포함한다(예를 들어, B. J. Carter, in "Handbook of Parvoviruses", ed., P. Tijsser, CRC Press, pp. 155 168 (1990) 참고). ITR 서열은 일반적으로 약 145개 염기쌍 길이이다. 특정 실시 형태에서, ITR을 부호화하는 실질적으로 전체 서열이 분자에 사용되지만, 이들 서열의 어느 정도의 약간의 변형은 허용 가능하다. 이들 ITR 서열을 변형시키는 능력은 당분야의 기술 수준 내에 있다(예를 들어, Sambrook et al, "Molecular Cloning. A Laboratory Manual", 2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory, New York (1989); 및 K. Fisher et al., J Virol., 70:520 532 (1996)과 같은 텍스트 참고). 본 개시에 이용된 이러한 분자의 예는 선택된 트랜스유전자 서열 및 연관 조절 요소에 5' 및 3' AAV ITR 서열이 측면에 있는 트랜스유전자를 포함하는 "시스-작용" 플라스미드이다. AAV ITR 서열은 본 명세서에 추가로 기재된 포유류 AAV 유형을 포함하는 임의의 알려진 AAV로부터 수득될 수 있다.
VIII. 치료 방법
일 양태에서, 본 발명은 IFN-γ 신호전달과 관련된 백반증이 발생할 위험이 있는(또는 감수성이 있는) 대상체를 치료하기 위한 예방 및 치료 방법을 모두 제공한다. 한 실시 형태에서, IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1이 IFN-γ 신호전달을 매개하는 질환 또는 장애는 백반증의 발병에 관여한다. 특정 실시 형태에서, IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1의 감소가 백반증 및 가능하게는 다른 질병에서 나타나는 임상적 징후를 감소시키는 질환 또는 장애.
본 명세서에 사용된 바와 같은 "치료" 또는 "치료하는"은 근치, 치유, 경감, 해소, 변경, 구제, 완화, 개선하거나 영향을 미치는 목적으로, 질병 또는 장애, 질병 또는 장애의 증상 또는 질병에 대한 소인을 갖는, 환자에 대한 치료제(예를 들어, RNA 제제 또는 이를 부호화하는 벡터 또는 트랜스유전자)의 적용 또는 투여, 또는 환자로부터 단리된 조직 또는 세포로의 치료제의 적용 또는 투여로 정의된다.
일 양태에서, 본 개시 내용은 대상체에 치료제(예를 들어, RNAi 제제 또는 이를 부호화하는 벡터 또는 트랜스유전자)를 투여함으로써, 상기 기재된 바와 같은 질병 또는 장애를 대상체에서 예방하는 방법을 제공한다. 질병에 대한 위험이 있는 대상체는 예를 들어 본 명세서에 기재된 바와 같은 진단 또는 예후 검정 중 임의의 것 또는 이의 조합에 의해 확인될 수 있다. 예방제의 투여는 질병 또는 장애가 예방되거나 대안적으로 그 진행이 지연되도록, 질병 또는 장애의 특징적인 증상의 발현 전에 일어날 수 있다.
본 발명의 또 다른 측면은 대상체를 치료학적으로 치료하는 방법, 즉 질환 또는 장애의 증상의 개시를 변경하는 방법에 관한 것이다. 예시적 실시 형태에서, 본 발명의 조절 방법은 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1을 발현하는 면역 세포를 내 표적 서열에 특이적인 치료제(예를 들어, RNAi 제제 또는 벡터 또는 이를 부호화하는 이식유전자)와 접촉시키는 것을 포함한다. 유전자에 대한 서열 특이적 간섭이 달성되도록 유전자(예를 들어, 표 6 및 8의 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 표적 서열). 이들 방법은 시험관내에서(예를 들어, 세포를 제제와 함께 배양함으로써) 또는 대안적으로 생체내에서(예를 들어, 제제를 대상체에게 투여함으로써) 수행될 수 있다.IX. 약학 조성물 및 투여 방법
본 개시 내용은 하기에 기재된 바와 같은 예방적 및/또는 치료적 치료를 위한 상기 기재된 제제의 용도에 관한 것이다. 따라서, 본 개시 내용의 조절제(예를 들어, RNAi 제제)는 투여에 적합한 약학 조성물에 포함될 수 있다. 이러한 조성물은 전형적으로 핵산 분자, 단백질, 항체, 또는 조절 화합물 및 약학적으로 허용 가능한 담체를 포함한다. 본 명세서에 사용된 언어 "약학적으로 허용 가능한 담체"는 약학 투여와 상용성인 임의의 모든 용매, 분산 매질, 코팅제, 항균제 및 항진균제, 등장제 및 흡수 지연제 등을 포함하는 것으로 의도된다. 약학적 활성 물질을 위한 이러한 매질 및 제제의 사용은 당분야에 잘 알려져 있다. 임의의 통상적인 매질 또는 제제가 활성 화합물과 비상용성인 경우를 제외하고, 조성물에서 이의 사용이 고려된다. 보충 활성 화합물이 또한 조성물에 포함될 수 있다.
본 발명의 약제학적 조성물은 의도된 투여 경로에 적합하도록 제제화된다. 투여 경로의 예에는 비경구, 예를 들어 정맥내, 피내, 피하, 복강내, 근육내, 경구(예를 들어 흡입), 경피(국소) 및 경점막 투여가 포함된다. 특정 실시 형태에서, 투여 경로는 경피(국소)이다.
본 개시 내용의 핵산 분자는 예를 들어 문헌(Xia et al., 2002, 상기 문헌)에 기재된 것들을 포함하지만 이에 제한되지 않는, 당분야에 알려진 방법을 사용하여, 발현 작제물, 예를 들어 바이러스 벡터, 레트로바이러스 벡터, 발현 카세트, 또는 플라스미드 바이러스 벡터에 삽입될 수 있다. 발현 작제물은 예를 들어 흡입, 경구, 정맥내 주사, 국소 투여(미국 특허 제5,328,470호 참고) 또는 정위 주사(예를 들어, Chen et al. (1994), Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 91, 3054-3057 참고)에 의해 대상체에 전달될 수 있다. 전달 벡터의 약학 제조물은 허용 가능한 희석제에 벡터를 포함할 수 있거나 전달 비히클이 포매된 서방성 매트릭스를 포함할 수 있다. 대안적으로, 완전한 전달 벡터, 예를 들어 레트로바이러스 벡터가 재조합 세포로부터 온전하게 생산될 수 있는 경우, 약학 제조물은 유전자 전달 시스템을 생산하는 하나 이상의 세포를 포함할 수 있다.
본 발명의 핵산 분자는 또한 작은 헤어핀 RNA(shRNA), 및 shRNA를 발현하도록 조작된 발현 구성물을 포함할 수 있다. shRNA의 전사는 폴리머라제 III(pol III) 프로모터에서 시작되며 4-5-티민 전사 종결 부위의 위치 2에서 종결되는 것으로 생각된다. 발현 시, shRNA는 3' UU-오버행이 있는 스템 루프 구조로 접히는 것으로 생각된다. 이어서, 이러한 shRNA의 말단이 처리되어 shRNA가 약 21개 뉴클레오티드의 siRNA 유사 분자로 변환된다. Brummelkampet al. (2002), 사이언스, 296, 550-553; 이 외, (2002). 위에; Miyagishi and Taira (2002), Nature Biotechnol., 20, 497-500; Paddisonet al. (2002), 상기; Paul(2002), 상기; Sui(2002) 상기; Yu et al. (2002), 상기 참조.
발현 구성물은 적절한 발현 시스템에 사용하기에 적합한 임의의 구성물일 수 있으며, 당업계에 공지된 바와 같이 레트로바이러스 벡터, 선형 발현 카세트, 플라스미드 및 바이러스 또는 바이러스 유래 벡터를 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. 이러한 발현 구성체는 하나 이상의 유도성 프로모터, U6 snRNA 프로모터 또는 H1 RNA 폴리머라제 III 프로모터와 같은 RNA Pol III 프로모터 시스템, 또는 당업계에 공지된 다른 프로모터를 포함할 수 있다. 구조물은 siRNA의 한 가닥 또는 두 가닥 모두를 포함할 수 있다. 두 가닥 모두를 발현하는 발현 구조는 두 가닥을 연결하는 루프를 포함할 수도 있고, 또는 각 가닥은 동일한 구조 내의 별도의 프로모터로부터 별도로 전사될 수 있다. 각각의 가닥은 또한 별개의 발현 구성물로부터 전사될 수 있다(Tuschl (2002), Supra).
예를 들어, 조성물은 하나 이상의 본 발명의 화합물 종 및 약학적으로 허용되는 담체를 포함할 수 있다. 본 발명의 약제학적 조성물은 국소 또는 전신 치료가 바람직한지 여부와 치료할 부위에 따라 다양한 방식으로 투여될 수 있다. 투여는 국소(안과, 비강, 경피 포함), 경구 또는 비경구로 이루어질 수 있다. 비경구 투여에는 정맥내 점적, 피하, 복강내 또는 근육내 주사, 척수강내 또는 뇌실내(예: 뇌실내) 투여가 포함된다.
전달 경로는 환자의 장애에 의존할 수 있다. 예를 들어, vitiligo로 진단된 대상은 피부에 직접 발명의 항 -IFNGR1, 항 -JAK1, 항 -JAK2 또는 항 -STAT1 화합물을 투여할 수 있다. 본 발명의 화합물 이외에, 환자는 제 2 요법, 예를 들어 완화 요법 및/또는 질병-특이 적 요법을 투여할 수 있다. 2 차 요법은 예를 들어 증상 (예 : 증상 완화의 경우) 또는 회복 (예 : 질병 과정 역전) 일 수 있다.
지질 나노 입자 (LNP) 제제
본 개시 내용의 RNA 침묵제는 지질 나노 입자 (LNP)에서 제형될 수 있다. LNP는 수성 내부를 코팅하는 지질의 소포를 나타내며, 이는 RNAi 침묵 제 또는 RNAI 침묵 제가 전사되는 플라스미드와 같은 핵산을 포함할 수 있다. LNP는 전형적으로 적어도 하나의 양이온 성 지질, 적어도 하나의 비 분리성 지질, 입자의 응집 (예를 들어, PEG- 리피드 컨쥬 게이트) 및 선택적으로 콜레스테롤 또는 이의 유도체를 방지하는 지질을 함유한다.
양이온성 지질은 예를 들어 N,N-디올레일-N,N-디메틸암모늄 클로라이드(DODAC), N,N-디스테아릴-N,N-디메틸암모늄 브로마이드(DDAB), N-(I-( 2,3-디올레오일옥시)프로필)-N,N,N-트리메틸암모늄 클로라이드(DOTAP), N-(I-(2,3-디올레일옥시)프로필)-N,N,N-트리메틸암모늄 클로라이드(DOTMA), N, N-디메틸-2,3-디올레일옥시)프로필아민(DODMA), 1,2-디리놀레일옥시-N,N-디메틸아미노프로판(DLinDMA), 1,2-디리놀레닐옥시-N,N-디메틸아미노프로판(DLenDMA), 1,2-디리놀레일카르바모일옥시 -3-디메틸아미노프로판(DLin-C-DAP), 1,2-디리놀레이옥시-3-(디메틸아미노)아세톡시프로판(DLin-DAC), 1,2-디리놀레옥시-3-모르폴리노프로판(DLin-MA), 1,2-디리놀레오일 -3-디메틸아미노프로판(DLinDAP), 1,2-디리놀레일티오-3-디메틸아미노프로판(DLin-S-DMA), 1-리놀레오일-2-리놀레일옥시-3-디메틸아미노프로판(DLin-2-DMAP), 1,2-디리놀레일옥시- 3-트리메틸아미노프로판 클로라이드 염(DLin-TMA.Cl), 1,2-디리놀레오일-3-트리메틸아미노프로판 클로라이드 염(DLin-TAP.Cl), 1,2-디리놀레일옥시-3-(N-메틸피페라지노)프로판(DLin-MPZ ), 또는 3-(N,N-디리놀레일아미노)-1,2-프로판디올(DLinAP), 3-(N,N-디올레일아미노)-1,2-프로판디오(DOAP), 1,2-디리놀레일옥소-3-( 2-N,N-디메틸아미노)에톡시프로판(DLin-EG-DMA), 1,2-디리놀레닐옥시-N,N-디메틸아미노프로판(DLinDMA), 2,2-디리놀레일-4-디메틸아미노메틸-[1,3]-디옥솔란( DLin-K-DMA) 또는 이의 유사체, (3aR,5s,6aS)-N,N-디메틸-2,2-디((9Z,12Z)-옥타데카-9,12-디에닐)테트라히드로-3aH-시클로펜타[ d][1,3]디옥솔-5-아민(ALN100), (6Z,9Z,28Z,31Z)-헵타트리아콘타-6,9,28,31-테트라엔-19-일 4-(디메틸아미노)부타노에이트(MC3) , l, l'-(2-(4-(2-((2-(비스(2-하이드록시도데실)아미노)에틸)(2-하이드록시도데실)아미노)에틸)피페라진-1-일)에틸아잔디일)디도데칸-2 -ol(Tech Gl), 또는 이들의 혼합물. 양이온성 지질은 입자에 존재하는 전체 지질의 약 20 몰% 내지 약 50 몰%로 구성될 수 있다.
비양이온성 지질은 디스테아로일포스파티딜콜린(DSPC), 디올레오일포스파티딜콜린(DOPC), 디팔미토일포스파티딜콜린(DPPC), 디올레오일포스파티딜글리세롤(DOPG), 디팔미토일포스파티딜글리세롤(DPPG), 디올레오일을 포함하지만 이에 제한되지 않는 음이온성 지질 또는 중성 지질일 수 있다. -포스파티딜에탄올아민(DOPE), 팔미토일올레오일포스파티딜콜린(POPC), 팔미토일올레오일포스파티딜에탄올아민(POPE), 디올레오일-포스파티딜에탄올아민 4-(-말레이미도메틸)-사이클로헥산-l-카르복실레이트(DOPE-mal), 디팔미토일 포스파티딜 에탄올아민(DPPE), 디미리스토일포스포에탄올아민(DMPE), 디스테아로일 -포스파티딜-에탄올아민(DSPE), 16-O-모노메틸 PE, 16-O-디메틸 PE, 18-1-트랜스 PE, 1-스테아로일-2-올레오일-포스파티디에탄올아민(SOPE), 콜레스테롤, 또는 이들의 혼합물.
입자의 응집을 억제하는 접합 지질은 예를 들어, PEG-디아실글리세롤(DAG), PEG-디알킬옥시프로필(DAA), PEG-인지질을 포함하지만 이에 국한되지 않는 폴리에틸렌글리콜(PEG)-지질일 수 있다. PEG-세라마이드(Cer) 또는 이들의 혼합물. PEG-DAA 접합체는 예를 들어, PEG-디라우릴옥시프로필(C12), PEG-디미리스틸옥시프로필(Ci4), PEG-디팔미틸옥시프로필(Ci6), 또는 PEG-디스테아릴옥시프로필(C]s)일 수 있다. 입자의 응집을 방지하는 접합 지질은 입자에 존재하는 전체 지질의 0 mol% 내지 약 20 mol% 또는 약 2 mol%일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 핵산-지질 입자는 입자에 존재하는 전체 지질의 예를 들어 약 10 mol% 내지 약 60 mol% 또는 약 48 mol%의 콜레스테롤을 추가로 포함한다.
본 발명의 LNP는 전형적으로 약 50 nm 내지 약 200 nm, 약 60 nm 내지 약 130 nm, 약 70 nm 내지 약 110 nm, 또는 약 60 nm 내지 약 80 nm의 평균 직경을 갖는다. 또한, LNP에 존재하는 핵산은 수용액에서 뉴클레아제에 의한 분해에 저항성을 갖는다.
일 실시 형태에서, 지질 대 약물 비(질량/질량 비; w/w 비)(예를 들어, 지질 대 dsRNA 비)는 약 1:1 내지 약 50:1, 약 1:1 범위일 것이다. 1:1 내지 약 25:1, 약 10:1 내지 약 14:1, 약 3:1 내지 약 15:1, 약 4:1 내지 약 10:1, 약 5:1 내지 약 9 : 1, 또는 약 6:1 내지 약 9:1이다.
LNP 제제는 예를 들어 U.S. 특허번호 7,901,708; 7,811,603; 7,030,097; 6,858,224; 6,106,858; 5,478,860; 및 5,908,777; 우리 안에. 특허 출원 공개 번호 20060240093 및 20070135372; 및 국제출원번호 WO 2009082817. 이들 특허 및 출원은 그 전체가 참조로서 본 명세서에 포함된다.
본 명세서에 기재된 방법의 다른 적합한 변형 및 적응이 본 명세서에 개시된 실시 형태의 범위를 벗어나지 않고 적절한 동등물을 사용하여 이루어질 수 있다는 것은 당업자에게 용이하게 명백할 것이다. 이제 특정 실시 형태를 상세하게 기재했지만, 이는 단지 예시의 목적으로 포함되고 제한하려는 의도가 아닌, 하기 실시 형태를 참조하여 더 명확하게 이해될 것이다.
실시 형태
실시 형태 1. IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 표적화 서열의 시험 관내 확인
IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 유전자를 mRNA 녹다운을 위한 표적으로 사용했다. 인간 및 마우스 IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1 mRNA의 여러 가지 다른 서열을 표적으로 하는 siRNA 패널을 개발하여 인간 HeLa 세포 및 마우스 N2A 세포에서 시험관 내에서 스크리닝하고 처리되지 않은 대조군 세포와 비교했다. 각 siRNA는 1.5μM의 농도에서 테스트되었으며, 72시간 시점에서 QuantiGene 유전자 발현 분석(ThermoFisher, Waltham, MA)을 사용하여 mRNA를 평가했다. 도 1A는 인간 HeLa 세포에서 22개의 IFNGR1 siRNA를 평가하기 위한 인간 IFNGR1 mRNA 기반 스크리닝 결과를 보여준다. 도 1B는 마우스 N2A 세포에서 22개의 IFNGR1 siRNA를 평가하는 마우스 IFNGR1 mRNA 기반 스크린의 결과를 보여준다. 도 2A는 인간 HeLa 세포에서 24개의 JAK1 siRNA를 평가하기 위한 인간 JAK1 mRNA 기반 스크리닝 결과를 보여준다. 도 2B는 마우스 N2A 세포에서 24개의 JAK1 siRNA를 평가하는 마우스 JAK1 mRNA 스크린의 결과를 보여준다. 도 3A는 인간 HeLa 세포에서 24개의 JAK2 siRNA를 평가하기 위한 인간 JAK2 mRNA 기반 스크리닝 결과를 보여준다. 도 3B는 마우스 N2A 세포에서 24개의 JAK2 siRNA를 평가하기 위한 마우스 JAK2 mRNA 기반 스크린의 결과를 보여준다. 도 4A는 인간 HeLa 세포에서 24개의 STAT1 siRNA를 평가하기 위한 인간 STAT1 mRNA 기반 스크리닝 결과를 보여준다. 도 4B는 마우스 N2A 세포에서 24개의 STAT1 siRNA를 평가하기 위한 마우스 STAT1 mRNA 기반 스크린의 결과를 보여준다.
처리되지 않은 대조군 %에 비해 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 mRNA의 강력하고 효과적인 침묵을 생성하는 6개 부위가 확인되었다. 6개의 확인된 siRNA, 올리고 ID IFNGR1 1726, JAK1 3033, JAK2 JAK2 1936, STAT1_885, IFNGR1 1641 및 JAK2 JAK2 2076에 대한 용량-반응 곡선이 도 5A-5H에 나와 있다. 2개의 siRNA(JAK1 3033 및 STAT1_885)가 인간 HeLa 세포와 마우스 N2A 세포 모두에서 테스트되었다. 결과는 하기 표 5에 요약되어 있다. IFNGR1 단백질 발현은 인간 HeLa 및 마우스 N2a 세포에서도 테스트되었다. IFNGR1 1726을 표적으로 하는 siRNA는 HeLa 세포에서 IFNGR1 발현을 감소시켰고, IFNGR1 1641을 표적으로 하는 siRNA는 N2a 세포에서 IFNGR1 발현을 감소시켰다. 세포를 완전히 변형된 콜레스테롤 결합 siRNA로 1.5 μM에서 72시간 동안 처리했다(n=4, 평균 ± SD). 단백질 발현은 ELISA로 결정하고 총 단백질 수준으로 정규화했다(Bradford 분석으로 정량화). 데이터는 평균 ± SD로 표시되며 unpaired t test로 분석된다(***p<0.001, ****p<0.0001)(도 10). IFNGR1 JAK1 JAK2 JAK2 IFNGR1 JAK2 JAK2 JAK1 IFNGR1 IFNGR1
IFNGR1에 대한 추가의 인간 및 마우스 표적을 선량 반응 곡선으로 시험 하였다 (HeLa 세포에서 1631, 1989 및 2072 및 N2A 세포에서 378, 947 및 1162). 72 시간 (n = 3, 평균 ± SD) 동안 진행성 2 배 연속 희석으로 1.5 μm에서 완전히 변형된 콜레스테롤-접합된 siRNA를 처리함으로써 세포를 처리함으로써 생성된 7 점 용량 반응 곡선. M은 siRNA의 몰 농도를 나타낸다 (n = 3, 평균 ± SD). 도 11에 나타낸 바오 같이, 언급된 표적에 대한 siRNA는 인간 또는 마우스 IFNGR1을 침묵 시키는 데 효과적이었다.
표 6 및 표 7은 상기 언급된 스크린 및 용량 반응 곡선에서 테스트된 인간 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 표적 서열의 45개 뉴클레오티드 유전자 영역 및 20개 뉴클레오티드 표적 서열을 각각 나열한다. 표 8 및 표 9는 상기 언급된 스크린 및 용량 반응 곡선에서 테스트된 마우스 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 표적 서열의 45개 뉴클레오티드 유전자 영역 및 20개 뉴클레오티드 표적 서열을 각각 나열한다. 인간 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 siRNA 이중가닥의 센스 및 안티센스 가닥이 도 1에 스크리닝되었다. 도 1에 도시된 바와 같다. 마우스 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 siRNA 이중가닥의 센스 및 안티센스 가닥은 도 1에 스크리닝되었다. 도 2는 표 11에 제시되어 있다. 표 12는 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 mRNA의 강력하고 효과적인 침묵을 초래하는 12개의 siRNA의 안티센스 및 센스 가닥을 나열한다. 안티센스 가닥은 RISC로의 로딩을 향상시키기 위해 5' 우라실을 포함하며 표적 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 mRNA 서열에 상보적일 수도 있고 그렇지 않을 수도 있다.
표 13-15는 Ifngr1, JAK1, JAK2 및 STAT1 mRNA의 수정된 감각 및 방지 소 가닥을 추가 실시 형태에서 인용된 서열의 수정된 센스 가닥을 나열한다.
실시 형태 2. siRNA Ifngr1_1641에 의한 생체 내 표적 단백질 녹다운
siRNA IFNGR1 1641의 단일 용량 후 효능 지속 시간을 테스트하기 위해, 야생형 C57BL6 마우스를 최대 4 주 동안 siRNA로 처리하고 피부의 IFNGR1 단백질 발현 수준을 형광 유동 세포 측정법에 의해 측정하였다. 도 6a는 형광 유세포 분석의 결과를 보여주고, 도 6B는 요약 데이터를 보여준다. 주사 후 표적 단백질 녹다운 2 주의 최대 66%가 달성되었고, 4 주 동안 상당한 수준의 단백질 녹다운이 유지되었다. 이들 데이터는 siRNA IFNGR1 1641의 단일 용량이 피부에서 적어도 4 주 동안 효과의 지속 시간을 제공한다는 것을 입증하였다. 데이터는 또한 2 주 투약 간격이 최대 목표 녹다운을 제공할 수 있으며 다음과 같이 후속 실험을 합리화할 수 있다고 제안했다.
실시 형태 3. IFN-γ 신호전달 억제를 테스트하기 위한 생체 외 피부 배양 모델
IFN-γ 신호전달을 억제하는 siRNA IFNGR1 1641의 효능을 테스트하기 위해, 케모카인 CXCL9 및 CXCL10의 발현을 생체외 피부 배양 모델에서 측정했다. CXCL9 및 CXCL10은 피부로의 CD8+ T 세포 동원 및 백반증 자가면역 증폭에 관여하는 IFN-α 신호 전달 화학유인물질이다. IFN-γ 수용체 IFNGR1의 녹다운은 신호 전달을 억제하여 하류 CXCL9 및 CXCL10 발현을 감소시킨다. 영상. 도 7A는 IFN-γ 신호전달에 대한 IFNGR1 1641 siRNA의 효과를 테스트하는 데 사용된 절차를 보여준다. 2 x 20 mg/kg siRNA를 꼬리 피하 주사한 후 4주차에 각 마우스에 대해 직경 4mm의 피부 생검 8개를 수집했다(투여 간격: 2주, 그룹당 n=5마리 마우스). 꼬리 피부 두더지는 재조합 마우스 IFN-γ 단백질(25600-400 pg/mL에서 2배 연속 희석 및 미처리 대조군)의 존재 하에 배양되었다. CXCL9 및 CXCL10 수준은 효소 결합 면역흡착 분석(ELISA)으로 측정되었다. 영상. 도 7B는 결과를 보여준다. 데이터는 평균 ± SD로 표시되며 Dunnett의 다중 비교 테스트를 통해 양방향 ANOVA로 분석된다; * P < 0.05. 이들 데이터는 단백질 수준에서 IFN-γ 신호전달 기능의 억제가 표적 유전자 침묵에 의해 달성된다는 것을 나타낸다. 사용된 siRNA는 DCA에 접합되었으며 아래와 같이 Scaffold 1 또는 Scaffold 2를 사용했다:
스캐폴드 1:
안티센스 가닥, 5'에서 3':
V(mU)#(fG)#(mU)(mU)(mA)(fG)(mU)(mA)(mU)(mU)(mA)(mG)(mC)#(fU)#(mA) #(fA)#(mU)#(mG)#(mU)#(fA)
센스 가닥, 5'에서 3':
(mU)#(mA)#(mG)(mC)(fU)(fA)(fA)(mU)(fA)(mC)(mU)(mA)(mA)#(mC)#(mA)( dT)(dT)-DCA
스캐폴드 2:
안티센스 가닥, 5'에서 3':
V(mU)#(fG)#(mU)(fU)(fA)(fG)(mU)(fA)(mU)(fU)(mA)(fG)(mC)(fU)#(mA)# (fA)#(mU)#(mG)#(mU)#(fA)#(mU)
센스 가닥, 5'에서 3':
(mU)#(mU)#(mA)(fG)(mC)(fU)(mA)(fA)(mU)(fA)(mC)(mU)(mA)(fA)#(mC)#( mA)(dT)(dT)-DCA
m=2'-O-메틸; f=2'-플루오로; #=포스포로티오에이트; V = 5'-비닐 인산염; dT=티미딘; DCA=도코산산
CXCL9, CXCL10 및 CXCL11 mRNA 발현 수준은 HeLa 및 N2a 세포에서 측정되었다. IFN-γ 자극 전 72시간 동안 1.5 μM에서 IFNGR1 1726 및 IFNGR1 1641을 표적으로 하는 siRNA로 세포를 처리했다(n=4, 평균 ± SD, 일원 분산 분석, *p<0.05, **p<0.01, *** p<0.001, ****p<0.0001, ns, 유의미하지 않음). IFN-γ 신호전달 자극 후 6시간에 샘플을 분석했다. 도 1에 도시된 바와 같이. 도 12에 나타난 바와 같이, siRNA는 IFN-γ 신호전달 자극이 있는 경우 CXCL9, 10 및 11 발현을 효과적으로 감소시켰다.IFNGR1 IFNGR1
실시 형태 4. 백반증 마우스 모델에서 siRNA IFNGR1 1641의 전신 및 국소 효능
백반증 치료에서 IFN-γ 신호전달을 표적으로 하는 siRNA의 효능을 더욱 강화하기 위해, 백반증 마우스 모델이 개발되었다. 도 8A는 PMEL TCR 트랜스제닉 마우스의 비장으로부터 분리된 PMEL CD8+ T 세포의 입양 전달에 의해 백반증이 어떻게 유도되었는지를 보여준다. 수용자 마우스에서 이들 T 세포의 후속 활성화는 백반증 환자와 유사한 패치 패턴으로 3-7주 내에 표피의 탈색을 초래한다. 쥐에게 백반증 유발 2주 전 siRNA의 첫 번째 용량을 투여하고 백반증 유발 1주 후 두 번째 용량을 투여했다. 유효성 평가를 위해 백반증 점수는 치료군을 알지 못하는 관찰자가 객관적으로 정량화하였고, 귀와 꼬리의 탈색 부위 정도를 기준으로 점 척도를 사용하였다. 각 부위는 해부학적 부위의 백분율로 검사되었다. 왼쪽 귀와 오른쪽 귀 모두 집합적으로 결정되었으므로 단일 사이트로 간주된다. 개별 부위의 백반증 점수는 다음과 같이 0-5 사이로 부여되었다: 탈색의 증거가 없음(0%)은 0점, >0 ~ 10% =1점, >10 ~ 25% = 2점, >25 ~ 75점은 % = 3점, >75~<100% = 4점, 100% = 5점. 그 결과를 도 8B에 나타내었다. 데이터는 평균 ± SD로 제시되었으며 ?idak의 다중 비교 테스트를 통해 양방향 ANOVA로 분석되었다; *P < 0.05, **P < 0.01, ****P < 0.0001.
도 9는 치료 그룹 사이의 꼬리 색소침착 수준의 정량적 분석을 입증한다. 도 9A는 ImageJ Fiji 소프트웨어(NIH)를 이용하여 꼬리 사진을 비교하여 객관적으로 정량화한 피부 색소침착 정도를 나타낸 것이다. FIB 9B에서는 개별 꼬리의 픽셀 강도 분포 프로파일을 각 강도의 총 픽셀 수에 대해 플롯했다. 절대 흰색과 검정색은 각각 0과 255의 강도로 정의되었다. 도 9C는 각 꼬리에 대한 평균 픽셀 강도를 플롯팅한다. STAT 데이터는 개별 분포 곡선의 평균 픽셀 강도의 평균 ± SD로 제시되었으며 Mann-Whitney t 테스트로 분석되었다. *P < 0.05. 도 9d는 siRNA Ifngr1 1641을 사용한 표피 및 진피 모두에서 세포독성 T 세포(CD45+ 세포에 의해 측정됨)의 피부 침윤 감소를 나타내는 플롯이다(짝이 없는 t 테스트; ** P < 0.01, * P < 0.05).
이들 데이터는 siRNA IFNGR1 1641이 백반증 발병 동안 색소침착을 유의하게 예방했다는 것을 시사하며, 이는 꼬리의 백반증 점수 감소 결과와 일치한다.
이들 데이터는 siRNA IFNGR1 1641이 백반증 치료에 대한 전신 및 국소 효능을 모두 가능하게 하며, 이 플랫폼 기술이 또한 관심 있는 다른 질병 유전자 표적에 적용될 수 있음을 입증했다.
실시 형태 5. 다양한 화학적 구성의 Ifngr1을 표적으로 하는 siRNA
상이한 화학적 구성을 갖는 siRNA IFNGR1 1641을 표적화하여 마우스 피부에서 IFNGR1 침묵을 테스트하였다. 도 13A는 소수성 결합(도코산산, DCA; 트리-미리스트산, Myr-t) 및 2가(Dio) siRNAs의 화학 구조의 개략도를 묘사한다. DCA 및 Myr-t 접합체는 센스 가닥의 3' 말단에 공유적으로 연결된다; Dio 스캐폴드의 두 센스 가닥은 테트라에틸렌 글리콜에 의해 공유적으로 연결된다; 이 연구에는 또한 비접합 siRNA IFNGR1 1641 및 DCA 접합 비표적 대조(NTC) siRNA도 포함되었다. 도 13B는 주사 부위 피부에서의 Ifngr1 mRNA 침묵을 도시하고; 마우스(그룹당 n=5)에게 단일 용량의 siRNA(20mg/kg) 또는 2회 용량(2x, 24시간 간격, n=5)을 피하(어깨 사이) 주사했다. 주사 후 1주에 국소 피부를 수집하고 QuantiGene 2.0 분석을 사용하여 mRNA 수준을 측정했다. Ifngr1 발현은 하우스키핑 유전자 Ppib로 정규화되었다. 데이터는 PBS 대조군의 백분율(평균 ± SD)로 표시되고 Kruskal-Wallis 테스트로 분석된다(*p<0.05, **p<0.01; ns, 유의하지 않음).
데이터는 IFNGR1 침묵이 테스트된 모든 구성에서 효과적이었음을 입증한다
IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 mRNA의 강력하고 효과적인 침묵을 생성한 6개의 siRNA에 대한 용량-반응 스크리닝 결과
siRNA ID IC50(nM) 인간 HeLa 세포 IC50(nM) 마우스 N2A 세포
IFNGR1 1726 228 N/A
JAK1 3033 206 212
JAK2 JAK2 1936 144 N/A
STAT1_885 464 521
IFNGR1 1641 N/A 152
JAK2 JAK2 2076 N/A 267
인간 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 유전자 45개 뉴클레오티드 표적 서열
올리고아이디올리고아이디 45mer 유전자 영역
IFNGR1 1726 GCGTAAAGAGGATGTGTGGCATTTTCACTTTTGGCTTGTAAAGTA (서열 번호서열 번호 1)
IFNGR1 821 TGTATTACCATTTTCAATAGCAGTATAAAAGGTTCTCTTTGGATT (서열 번호서열 번호 7)
IFNGR1 1027 ATATGTATCACTCATCACGTCATACCAGCCATTTTCCTTAGAAAA (서열 번호서열 번호 8)
IFNGR1 1745 CATTTTCACTTTTGGCTTGTAAAGTACAGACTTTTTTTTTTTTTT (서열 번호서열 번호 9)
IFNGR1 2072 AACGTGTATATTTTTTATGAAACATTACAGTTAGAGATTTTTAAA (서열 번호 10)
IFNGR1 1393 ATCTGACTCAGAATTTCCCCCAAATAATAAAGGTGAAATAAAAAC (서열 번호 11)
IFNGR1 1989 TTCAGAAGAAATTCTGCAAGCTTTTCAAAATTGGACTTAAAATCT (서열 번호 12)
IFNGR1 2021 GGACTTAAAATCTAATTCAAACTAATAGAATTAATGGAATATGTA (서열 번호 13)
IFNGR1 1631 ACAGTTTTCTGCTTTAATTTCATGAAAAGATTATGATCTCAGAAA (서열 번호 14)
IFNGR1 824 ATTACCATTTTCAATAGCAGTATAAAAGGTTCTCTTTGGATTCCA (서열 번호 15)
IFNGR1 516 ATATCAGAAAGGAGGAGAAGCAAATCATGATTGACATATTTCACC (서열 번호 16)
IFNGR1 375 ATATTTCTGATCATGTTGGTGATCCATCAAATTCTCTTTGGGTCA (서열 번호 17)
IFNGR1 419 AGAGTTAAAGCCAGGGTTGGACAAAAAGAATCTGCCTATGCAAAG (서열 번호 18)
IFNGR1 989 GTAAGAAGTGCTACTTTAGAGACAAAACCTGAATCAAAATATGTA (서열 번호 19)
IFNGR1 418 CAGAGTTAAAGCCAGGGTTGGACAAAAAGAATCTGCCTATGCAAA (서열 번호 20)
IFNGR1 988 GGTAAGAAGTGCTACTTTAGAGACAAAACCTGAATCAAAATATGT (서열 번호 21)
IFNGR1 987 TGGTAAGAAGTGCTACTTTAGAGACAAAACCTGAATCAAAATATG (서열 번호 22)
IFNGR1 416 GTCAGAGTTAAAGCCAGGGTTGGACAAAAAGAATCTGCCTATGCA (서열 번호 23)
IFNGR1 415 GGTCAGAGTTAAAGCCAGGGTTGGACAAAAAGAATCTGCCTATGC (서열 번호 24)
IFNGR1 417 TCAGAGTTAAAGCCAGGGTTGGACAAAAAGAATCTGCCTATGCAA (서열 번호 25)
IFNGR1 1245 GAGAGAGTTCTTCACCTTTAAGTAGTAACCAGTCTGAACCTGGCA (서열 번호 26)
IFNGR1 1244 AGAGAGAGTTCTTCACCTTTAAGTAGTAACCAGTCTGAACCTGGC (서열 번호 27)
JAK1 4019 TACCAAAAGGGGATTTTTGAAAACGAGGAGTTGACCAAAATAATA (서열 번호 28)
JAK1 4889 ATTCAGGATTGGTTCAGTGGCAGCAATGAAGTTGCCATTTAAATT (서열 번호 29)
JAK1 4904 AGTGGCAGCAATGAAGTTGCCATTTAAATTTGTTCATAGCCTACA (서열 번호 30)
JAK1 4470 CTATTACACATGCTTTTAAGAAACGTCAATGTATATCCTTTTATA (서열 번호 31)
JAK1 JAK1 2747 TTCCGAGCCATCATGAGAGACATTAATAAGCTTGAAGAGCAGAAT (서열 번호 32)
JAK1 1194 ATCTTGGAATCCAGTGGAGGCATAAACCAAATGTTGTTTCTGTTG (서열 번호 33)
JAK1 4348 ACATGGGGGGATAGCTGTGGAATAGATAATTTGCTGCATGTTAAT (서열 번호 34)
JAK1 3379 TGCTCCAGAATGTTTAATGCAATCTAAATTTTATATTGCCTCTGA (서열 번호 35)
JAK1 883 CTACAAGCGATATATTCCAGAAACATTGAATAAGTCCATCAGACA (서열 번호 36)
JAK1 4034 TTTGAAAACGAGGAGTTGACCAAAATAATATCTGAAGATGATTGC (서열 번호 37)
JAK1 3908 AACTTAGTGACACATAATGACAACCAAAATATTTGAAAGCACTTA (서열 번호 38)
JAK1 1048 GGCTACCTTGGAAACTTTGACAAAACATTACGGTGCTGAAATATT (서열 번호 39)
JAK1 1067 ACAAAACATTACGGTGCTGAAATATTTGAGACTTCCATGTTACTG (서열 번호 40)
JAK1 964 TTTCAAGGATTTCCTAAAGGAATTTAACAACAAGACCATTTGTGA (서열 번호 41)
JAK1 214 AGAACACTGGACAGCTGAATAAATGCAGTATCTAAATATAAAAGA (서열 번호 42)
JAK1 1240 AAAGGAAAAAAATAAACTGAAGCGGAAAAAACTGGAAAATAAACA (서열 번호 43)
JAK1 1345 TGAAATCACTCACATTGTAATAAAGGAGTCTGTGGTCAGCATTAA (서열 번호 44)
JAK1 3668 CTTATTGAAGGATTTGAAGCACTTTTAAAATAAGAAGCATGAATA (서열 번호 45)
JAK1 1226 GTTGTTTCTGTTGAAAAGGAAAAAAATAAACTGAAGCGGAAAAAA (서열 번호 46)
JAK1 3033 ATCATGAGAACATTGTGAAGTACAAAGGAATCTGCACAGAAGACG (서열 번호 2)
JAK1 1242 AGGAAAAAAATAAACTGAAGCGGAAAAAACTGGAAAATAAACACA (서열 번호 47)
JAK1 3232 CGTTCACCGGGACTTGGCAGCAAGAAATGTCCTTGTTGAGAGTGA (서열 번호 48)
JAK1 212 GGAGAACACTGGACAGCTGAATAAATGCAGTATCTAAATATAAAA (서열 번호 49)
JAK1 2063 GGAACTTCTGAAGAGAAGAAGATAAAAGTGATCCTCAAAGTCTTA (서열 번호 50)
JAK2 4686 CCCTAAATAATACATTTTGAAATGAAACAAGCTTACAAAGATATA (서열 번호 51)
JAK2 5173 CTTTAAGAAAAATGAGCATACATCTTAAATCTTTTCAATTAAGTA (서열 번호 52)
JAK2 4928 AACTAAATTTAAGCTTAAGCCATAAAATAGATTAGATTGTTTTTT (서열 번호 53)
JAK2 818 GCTGCTTCTAAAGCTTGTGGTATCACACCTGTGTATCATAATATG (서열 번호 54)
JAK2 1334 CAATGCAAAGCCACTGCCAGAAACTTGAAACTTAAGTATCTTATA (서열 번호 55)
JAK2 1537 GACAGAACAGGATTTACAGTTATATTGCGATTTTCCTAATATTAT (서열 번호 56)
JAK2 4764 TGTGGTGAATGTGTTTTTTAAATGGAACTATCTCCAAATTTTTCT (서열 번호 57)
JAK2 3893 CCAGATGAGATCTATATGATCATGACAGAATGCTGGAACAATAAT (서열 번호 58)
JAK2 4803 TTTTCTAAGACTACTATGAACAGTTTTCTTTTAAAATTTTGAGAT (서열 번호 59)
JAK2 2714 ATTAGTATTACAGTTTTGCCAAAGGACATTCTTCAGGAGAGAATA (서열 번호 60)
JAK2 5029 GTATATTTGAGGGGTTTCAGAATTTTGCATTGCAGTCATAGAAGA (서열 번호 61)
JAK2 4327 AATTATTATGTAAATTTTGCAATGTTAAAGATGCACAGAATATGT (서열 번호 62)
JAK2 3707 GTGGCCTCAGATGTTTGGAGCTTTGGAGTGGTTCTGTATGAACTT (서열 번호 63)
JAK2 1208 ATCTATAACTCTATCAGCTACAAGACATTCTTACCAAAATGTATT (서열 번호 64)
JAK2 3379 TAATCTAAAATTAATTATGGAATATTTACCATATGGAAGTTTACG (서열 번호 65)
JAK2 2357 CTGGATAAAGCACACAGAAACTATTCAGAGTCTTTCTTTGAAGCA (서열 번호 66)
JAK2 3374 CGGCGTAATCTAAAATTAATTATGGAATATTTACCATATGGAAGT (서열 번호 67)
JAK2 1935 AGCGAGAAAATGTCATTGAATATAAACACTGTTTGATTACAAAAA (서열 번호 68)
JAK2 3496 GGGTATGGAGTATCTTGGTACAAAAAGGTATATCCACAGGGATCT (서열 번호 69)
JAK2 3388 ATTAATTATGGAATATTTACCATATGGAAGTTTACGAGACTATCT (서열 번호 70)
JAK2 802 AGAAGAAATCTGTATTGCTGCTTCTAAAGCTTGTGGTATCACACC (서열 번호 71)
JAK2 3748 ACTTTTCACATACATTGAGAAGAGTAAAAGTCCACCAGCGGAATT (서열 번호 72)
JAK2 JAK2 4281 AGAAAAAAAATAGACTTTTTCAACTCAGCTTTTTGAGACCTGAAA (서열 번호 73)
JAK2 1936 GCGAGAAAATGTCATTGAATATAAACACTGTTTGATTACAAAAAA (서열 번호 3)
STAT1 3010 AACTGTTATAGGTTGTTGGATAAATCAGTGGTTATTTAGGGAACT (서열 번호 74)
STAT1 4168 CTAAAAAACAAAGAAGACAACATTAAAACAATATTGTTTCTAATT (서열 번호 75)
STAT1 3300 ATATTAGCTTTACTGTTTGTTATGGCTTAATGACACTAGCTAATA (서열 번호 76)
STAT1 4011 TTTTGTTTTAAAATTAAAGCTAAAGTATCTGTATTGCATTAAATA (서열 번호 77)
STAT1 3776 TTTTTCCAGACACTTTTTTGAGTGGATGATGTTTCGTGAAGTATA (서열 번호 78)
STAT1 3636 TTGAATAATACACCAGAGATAATATGAGAATCAGATCATTTCAAA (서열 번호 79)
STAT1 1432 GAAGTTGAGACTGTTGGTGAAATTGCAAGAGCTGAATTATAATTT (서열 번호 80)
STAT1 2013 TTCCGTGGACGAGGTTTTGTAAGGAAAATATAAATGATAAAAATT (서열 번호 81)
STAT1 1031 AGAAAGGAAGTAGTTCACAAAATAATAGAGTTGCTGAATGTCACT (서열 번호 82)
STAT1 4016 TTTTAAAATTAAAGCTAAAGTATCTGTATTGCATTAAATATAATA (서열 번호 83)
STAT1 3487 AAGTTGAAATTAACCATAGATGTAGATAAACTCAGAAATTTAATT (서열 번호 84)
STAT1 3341 AATATCAATAGAAGGATGTACATTTCCAAATTCACAAGTTGTGTT (서열 번호 85)
STAT1 1432 GAAGTTGAGACTGTTGGTGAAATTGCAAGAGCTGAATTATAATTT (서열 번호 86)
STAT1 464 CTTTATGATGACAGTTTTCCCATGGAAATCAGACAGTACCTGGCA (서열 번호 87)
STAT1 885 AGAGCCTGGAAGATTTACAAGATGAATATGACTTCAAATGCAAAA (서열 번호 4)
STAT1 1431 TGAAGTTGAGACTGTTGGTGAAATTGCAAGAGCTGAATTATAATT (서열 번호 88)
STAT1_2829 TTACTCTGAAGGGCATCATGCATCTTACTGAAGGTAAAATTGAAA (서열 번호 89)
STAT1 636 TGCTACAGCATAACATAAGGAAAAGCAAGCGTAATCTTCAGGATA (서열 번호 90)
STAT1 1314 GCACCTTCAGTCTTTTCCAGCAGCTCATTCAGAGCTCGTTTGTGG (서열 번호 91)
STAT1 2524 TTCTGTGTCTGAAGTTCACCCTTCTAGACTTCAGACCACAGACAA (서열 번호 92)
STAT1 816 AACAGAAAGAGCTTGACAGTAAAGTCAGAAATGTGAAGGACAAGG (서열 번호 93)
STAT1 1430 GTGAAGTTGAGACTGTTGGTGAAATTGCAAGAGCTGAATTATAAT (서열 번호 94)
STAT1 2830 TACTCTGAAGGGCATCATGCATCTTACTGAAGGTAAAATTGAAAG (서열 번호 95)
STAT1 2103 AACACCTGCTCCCTCTCTGGAATGATGGGTGCATCATGGGCTTCA (서열 번호 96)
인간 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 mRNA 20개 뉴클레오티드 표적 서열
올리고아이디올리고아이디 20mer 표적 서열
IFNGR1 1726 GUGGCAUUUUCACUUUUGGC (서열 번호 143)
IFNGR1 821 AAUAGCAGUAUAAAAGGUUC (서열 번호 155)
IFNGR1 1027 CACGUCAUACCAGCCAUUUU (서열 번호 156)
IFNGR1 1745 CUUGUAAAGUACAGACUUUU (서열 번호 157)
IFNGR1 2072 UAUGAAACAUUACAGUUAGA (서열 번호 158)
IFNGR1 1393 UCCCCCAAAUAAUAAAGGUG (서열 번호 159)
IFNGR1 1989 GCAAGCUUUUCAAAAUUGGA (서열 번호 160)
IFNGR1 2021 UUCAAACUAAUAGAAUUAAU (서열 번호 161)
IFNGR1 1631 AAUUUCAUGAAAAGAUUAUG (서열 번호 162)
IFNGR1 824 AGCAGUAUAAAAGGUUCUCU (서열 번호 163)
IFNGR1 516 AGAAGCAAAUCAUGAUUGAC (서열 번호 164)
IFNGR1 375 UUGGUGAUCCAUCAAAUUCU (서열 번호 165)
IFNGR1 419 GUUGGACAAAAAGAAUCUGC (서열 번호 166)
IFNGR1 989 UUAGAGACAAAACCUGAAUC (서열 번호 167)
IFNGR1 418 GGUUGGACAAAAAGAAUCUG (서열 번호 168)
IFNGR1 988 UUUAGAGACAAAACCUGAAU (서열 번호 169)
IFNGR1 987 CUUUAGAGACAAAACCUGAA (서열 번호 170)
IFNGR1 416 AGGGUUGGACAAAAAGAAUC (서열 번호 171)
IFNGR1 415 CAGGGUUGGACAAAAAGAAU (서열 번호 172)
IFNGR1 417 GGGUUGGACAAAAAGAAUCU (서열 번호 173)
IFNGR1 1245 CUUUAAGUAGUAACCAGUCU (서열 번호 174)
IFNGR1 1244 CCUUUAAGUAGUAACCAGUC (서열 번호 175)
JAK1 4019 UUUGAAAACGAGGAGUUGAC (서열 번호 176)
JAK1 4889 AGUGGCAGCAAUGAAGUUGC (서열 번호 177)
JAK1 4904 GUUGCCAUUUAAAUUUGUUC (서열 번호 178)
JAK1 4470 UUAAGAAACGUCAAUGUAUA (서열 번호 179)
JAK1 2747 AGAGACAUUAAUAAGCUUGA (서열 번호 180)
JAK1 1194 GGAGGCAUAAACCAAAUGUU (서열 번호 181)
JAK1 4348 UGUGGAAUAGAUAAUUUGCU (서열 번호 182)
JAK1 3379 AAUGCAAUCUAAAUUUUAUA (서열 번호 183)
JAK1 883 UCCAGAAACAUUGAAUAAGU (서열 번호 184)
JAK1 4034 UUGACCAAAAUAAUAUCUGA (서열 번호 185)
JAK1 3908 AAUGACAACCAAAAUAUUUG (서열 번호 186)
JAK1 1048 UUUGACAAAACAUUACGGUG (서열 번호 187)
JAK1 1067 GCUGAAAUAUUUGAGACUUC (서열 번호 188)
JAK1 964 AAAGGAAUUUAACAACAAGA (서열 번호 189)
JAK1 214 UGAAUAAAUGCAGUAUCUAA (서열 번호 190)
JAK1 1240 ACUGAAGCGGAAAAAACUGG (서열 번호 191)
JAK1 1345 UGUAAUAAAGGAGUCUGUGG (서열 번호 192)
JAK1 3668 GAAGCACUUUUAAAAUAAGA (서열 번호 193)
JAK1 1226 AAGGAAAAAAAUAAACUGAA (서열 번호 194)
JAK1 3033 UGAAGUACAAAGGAAUCUGC (서열 번호 144)
JAK1 1242 UGAAGCGGAAAAAACUGGAA (서열 번호 195)
JAK1 3232 GGCAGCAAGAAAUGUCCUUG (서열 번호 196)
JAK1 212 GCUGAAUAAAUGCAGUAUCU (서열 번호 197)
JAK1 2063 AAGAAGAUAAAAGUGAUCCU (서열 번호 198)
JAK2 4686 UUUGAAAUGAAACAAGCUUA (서열 번호 199)
JAK2 5173 GCAUACAUCUUAAAUCUUUU (서열 번호 200)
JAK2 4928 UAAGCCAUAAAAUAGAUUAG (서열 번호 201)
JAK2 818 UGUGGUAUCACACCUGUGUA (서열 번호 202)
JAK2 1334 GCCAGAAACUUGAAACUUAA (서열 번호 203)
JAK2 1537 ACAGUUAUAUUGCGAUUUUC (서열 번호 204)
JAK2 4764 UUUUAAAUGGAACUAUCUCC (서열 번호 205)
JAK2 3893 AUGAUCAUGACAGAAUGCUG (서열 번호 206)
JAK2 4803 AUGAACAGUUUUCUUUUAAA (서열 번호 207)
JAK2 2714 UUGCCAAAGGACAUUCUUCA (서열 번호 208)
JAK2 5029 UUCAGAAUUUUGCAUUGCAG (서열 번호 209)
JAK2 4327 UUUGCAAUGUUAAAGAUGCA (서열 번호 210)
JAK2 3707 UGGAGCUUUGGAGUGGUUCU (서열 번호 211)
JAK2 1208 AGCUACAAGACAUUCUUACC (서열 번호 212)
JAK2 3379 UAUGGAAUAUUUACCAUAUG (서열 번호 213)
JAK2 2357 AGAAACUAUUCAGAGUCUUU (서열 번호 214)
JAK2 3374 UUAAUUAUGGAAUAUUUACC (서열 번호 215)
JAK2 1935 UUGAAUAUAAACACUGUUUG (서열 번호 216)
JAK2 3496 UGGUACAAAAAGGUAUAUCC (서열 번호 217)
JAK2 3388 UUUACCAUAUGGAAGUUUAC (서열 번호 218)
JAK2 802 UGCUGCUUCUAAAGCUUGUG (서열 번호 219)
JAK2 3748 UGAGAAGAGUAAAAGUCCAC (서열 번호 220)
JAK2 JAK2 4281 UUUUUCAACUCAGCUUUUUG (서열 번호 221)
JAK2 1936 UGAAUAUAAACACUGUUUGA (서열 번호 145)
STAT1 3010 UUGGAUAAAUCAGUGGUUAU (서열 번호 222)
STAT1 4168 GACAACAUUAAAACAAUAUU (서열 번호 223)
STAT1 3300 UUUGUUAUGGCUUAAUGACA (서열 번호 224)
STAT1 4011 AAAGCUAAAGUAUCUGUAUU (서열 번호 225)
STAT1 3776 UUUUGAGUGGAUGAUGUUUC (서열 번호 226)
STAT1 3636 GAGAUAAUAUGAGAAUCAGA (서열 번호 227)
STAT1 1432 GGUGAAAUUGCAAGAGCUGA (서열 번호 228)
STAT1 2013 UUUGUAAGGAAAAUAUAAAU (서열 번호 229)
STAT1 1031 CACAAAAUAAUAGAGUUGCU (서열 번호 230)
STAT1 4016 UAAAGUAUCUGUAUUGCAUU (서열 번호 231)
STAT1 3487 AUAGAUGUAGAUAAACUCAG (서열 번호 232)
STAT1 3341 AUGUACAUUUCCAAAUUCAC (서열 번호 233)
STAT1 1432 GGUGAAAUUGCAAGAGCUGA (서열 번호 234)
STAT1 464 UUUCCCAUGGAAAUCAGACA (서열 번호 235)
STAT1 885 UACAAGAUGAAUAUGACUUC (서열 번호 146)
STAT1 1431 UGGUGAAAUUGCAAGAGCUG (서열 번호 236)
STAT1_2829 UCAUGCAUCUUACUGAAGGU (서열 번호 237)
STAT1 636 UAAGGAAAAGCAAGCGUAAU (서열 번호 238)
STAT1 1314 UCCAGCAGCUCAUUCAGAGC (서열 번호 239)
STAT1 2524 UCACCCUUCUAGACUUCAGA (서열 번호 240)
STAT1 816 ACAGUAAAGUCAGAAAUGUG (서열 번호 241)
STAT1 1430 UUGGUGAAAUUGCAAGAGCU (서열 번호 242)
STAT1 2830 CAUGCAUCUUACUGAAGGUA (서열 번호 243)
STAT1 2103 UCUGGAAUGAUGGGUGCAUC (서열 번호 244)
마우스 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 유전자 45개 뉴클레오티드 표적 서열
올리고아이디올리고아이디 45mer 유전자 영역
IFNGR1 1897 TTTTTTCACACACCTTTGTATATGTAAGTTCATGTATATAATATG (서열 번호 97)
IFNGR1 1895 TTTTTTTTCACACACCTTTGTATATGTAAGTTCATGTATATAATA (서열 번호 98)
IFNGR1 2034 ATAGAACACATTGGTGGGAGCTTGTACATACTTTTTTATGGAGCA (서열 번호 99)
IFNGR1 938 CTTTACAGTAGTTATCCTGGTATTTGCGTATTGGTATACTAAGAA (서열 번호 100)
IFNGR1 1911 TTTGTATATGTAAGTTCATGTATATAATATGTTTACATGTTTCAC (서열 번호 101)
IFNGR1 1641 TCATGAAAGAAGCTATACATTAGCTAATACTAACCACATAGAATA (서열 번호 5)
IFNGR1 306 GTATGCTGGGAATACCAGAACATGTCACAGACTCCTATTTTTACT (서열 번호 102)
IFNGR1 378 TGGACTGATTCCTGCACCAACATTTCTGATCATTGTTGTAATATC (서열 번호 103)
IFNGR1 1162 ACAGCCCCGAAGCAGCAGAACAGGAAGAACTTTCAAAAGAAACAA (서열 번호 104)
IFNGR1 804 TATTGTATTTCAGTAGACGGAATCTCATCTTTCTGGCAAGTTAGA (서열 번호 105)
IFNGR1 957 GTATTTGCGTATTGGTATACTAAGAAGAATTCATTCAAGAGAAAA (서열 번호 106)
IFNGR1 947 AGTTATCCTGGTATTTGCGTATTGGTATACTAAGAAGAATTCATT (서열 번호 107)
JAK1 4620 TTGACTTGGAGGTAGCTGGGTAATCAACAGCTTTCACTTTAGATT (서열 번호 108)
JAK1 3214 AAGCCTAAAGGAGTATCTGCCAAAGAATAAGAACAAAATCAACCT (서열 번호 109)
JAK1 4729 TTGTTTGATATTTTTTCACCTTTTGAGCCCTTTTCCCAAAGAATT (서열 번호 110)
JAK1 302 TGCTTTCAGGGACACTGGACAACCGAATAAATGCAGTATCTAAAT (서열 번호 111)
JAK1 3785 TTAAAATAAGAAGCATGAACAACATTTAAATTCCCATTTATCAAA (서열 번호 112)
JAK1 3460 AGTGTTCTGGTACGCTCCGGAATGTTTAATCCAGTGTAAATTTTA (서열 번호 113)
JAK1 4699 TCTGGCAAACTCATTAATGCTGTTTAATACTTGTTTGATATTTTT (서열 번호 114)
JAK1 3990 CTTTCTCTTTAAAGGTGTAACATCTTAAATTTGGTGATGAATAGT (서열 번호 115)
JAK1 1027 GAACCTTCTTACCAGGATGCGAATAAATAATGTTTTCAAGGATTT (서열 번호 116)
JAK1 4771 ATTCAATATCAGTTTAGTAGCAACAGTACAGTTGCCATTTAAATT (서열 번호 117)
JAK1 1291 CGGGATCCAGTGGCGGCAGAAACCAAATGTTGTTCCTGTTGAAAA (서열 번호 118)
JAK1 1144 GGCTACCTTGGAAACTTTGACAAAACATTATGGAGCTGAAATATT (서열 번호 119)
JAK2 2076 TATTTAATGAAAGTCTTGGCCAAGGTACTTTTACAAAAATTTTTA (서열 번호 6)
JAK2 4567 TTTTTCTATGACTATAATGAATATAATGAATCCTTTTATAATTTT
(서열 번호 120)
JAK2 4713 AAGCCATACATAATTTGTAAAATGTACAAGCTCTTTAAGATGCTT (서열 번호 121)
JAK2 1163 CAATGTAAAGCCACTGCCAGGAACCTAAAACTTAAGTATCTTATA (서열 번호 122)
JAK2 4434 TGTATAGGAAATCTTCCTGACCCTAAAGAATTTTGAAATGGGACA (서열 번호 123)
JAK2 1232 TTCTACACAGAACAGTTTGAAGTAAAAGAATCTGCAAGAGGTCCT (서열 번호 124)
JAK2 1886 ATGGAAACTGTGCGCTCAGACAGTATCATCTTCCAGTTTACCAAA (서열 번호 125)
JAK2 4690 CATTATACATTAAATTGAAGCATAAGCCATACATAATTTGTAAAA (서열 번호 126)
JAK2 4697 CATTAAATTGAAGCATAAGCCATACATAATTTGTAAAATGTACAA (서열 번호 127)
JAK2 647 GCTGCTTCTAAAGCTTGTGGTATTACGCCTGTGTATCATAATATG (서열 번호 128)
JAK2 4270 TTTTTCCATAGGTGATCTATAATAACTTCATGATACAAATTAAAA (서열 번호 129)
JAK2 1780 TGAATATAAACACTGTTTGATTACGAAGAATGAGAATGGAGAATA (서열 번호 130)
STAT1 3506 AATCCTTAGCCAAATATGAGTATCAGATAATTTTATTATTTTTTT (서열 번호 131)
STAT1 4157 TTCTGTTGAACTAGGTGAGACTTTAAGAAATGTTGAAATTATGTT (서열 번호 132)
STAT1 1975 TTCCATGGACAAGGTTTTGTAAGGAAAATATTAATGATAAAAATT (서열 번호 133)
STAT1 4173 GAGACTTTAAGAAATGTTGAAATTATGTTAATTTCCTATTATTAT (서열 번호 134)
STAT1 1958 TGGCCCTGATGGTCTTATTCCATGGACAAGGTTTTGTAAGGAAAA (서열 번호 135)
STAT1 4181 AAGAAATGTTGAAATTATGTTAATTTCCTATTATTATTTAATATA (서열 번호 136)
STAT1 4165 AACTAGGTGAGACTTTAAGAAATGTTGAAATTATGTTAATTTCCT (서열 번호 137)
STAT1 3498 ACTTCTTGAATCCTTAGCCAAATATGAGTATCAGATAATTTTATT (서열 번호 138)
STAT1 4175 GACTTTAAGAAATGTTGAAATTATGTTAATTTCCTATTATTATTT (서열 번호 139)
STAT1 4114 GCTTATATACTGTTGTCTGTTGAAACAGTTTGTTACAATTTCATT (서열 번호 140)
STAT1 4210 ATTATTATTTAATATAAAGATATTTAAAATGTCTAGTGTTATGAG (서열 번호 141)
STAT1 4174 AGACTTTAAGAAATGTTGAAATTATGTTAATTTCCTATTATTATT (서열 번호 142)
마우스 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 mRNA 20개 뉴클레오티드 표적 서열
올리고아이디올리고아이디 20mer 표적 서열
IFNGR1 1897 UUGUAUAUGUAAGUUCAUGU (서열 번호 245)
IFNGR1 1895 CUUUGUAUAUGUAAGUUCAU (서열 번호 246)
IFNGR1 2034 GGGAGCUUGUACAUACUUUU (서열 번호 247)
IFNGR1 938 CCUGGUAUUUGCGUAUUGGU (서열 번호 248)
IFNGR1 1911 UCAUGUAUAUAAUAUGUUUA (서열 번호 249)
IFNGR1 1641 UACAUUAGCUAAUACUAACC (서열 번호 147)
IFNGR1 306 CAGAACAUGUCACAGACUCC (서열 번호 250)
IFNGR1 378 ACCAACAUUUCUGAUCAUUG (서열 번호 251)
IFNGR1 1162 CAGAACAGGAAGAACUUUCA (서열 번호 252)
IFNGR1 804 GACGGAAUCUCAUCUUUCUG (서열 번호 253)
IFNGR1 957 UAUACUAAGAAGAAUUCAUU (서열 번호 254)
IFNGR1 947 UGCGUAUUGGUAUACUAAGA (서열 번호 255)
JAK1 4620 CUGGGUAAUCAACAGCUUUC (서열 번호 256)
JAK1 3214 UCUGCCAAAGAAUAAGAACA (서열 번호 257)
JAK1 4729 UCACCUUUUGAGCCCUUUUC (서열 번호 258)
JAK1 302 UGGACAACCGAAUAAAUGCA (서열 번호 259)
JAK1 3785 UGAACAACAUUUAAAUUCCC (서열 번호 260)
JAK1 3460 UCCGGAAUGUUUAAUCCAGU (서열 번호 261)
JAK1 4699 AAUGCUGUUUAAUACUUGUU (서열 번호 262)
JAK1 3990 UGUAACAUCUUAAAUUUGGU (서열 번호 263)
JAK1 1027 GAUGCGAAUAAAUAAUGUUU (서열 번호 264)
JAK1 4771 AGUAGCAACAGUACAGUUGC (서열 번호 265)
JAK1 1291 GCAGAAACCAAAUGUUGUUC (서열 번호 266)
JAK1 1144 UUUGACAAAACAUUAUGGAG (서열 번호 267)
JAK2 2076 UUGGCCAAGGUACUUUUACA (서열 번호 148)
JAK2 4567 AAUGAAUAUAAUGAAUCCUU (서열 번호 268)
JAK2 4713 UGUAAAAUGUACAAGCUCUU (서열 번호 269)
JAK2 1163 GCCAGGAACCUAAAACUUAA (서열 번호 270)
JAK2 4434 CCUGACCCUAAAGAAUUUUG (서열 번호 271)
JAK2 1232 UUUGAAGUAAAAGAAUCUGC (서열 번호 272)
JAK2 1886 UCAGACAGUAUCAUCUUCCA (서열 번호 273)
JAK2 4690 UGAAGCAUAAGCCAUACAUA (서열 번호 274)
JAK2 4697 UAAGCCAUACAUAAUUUGUA (서열 번호 275)
JAK2 647 UGUGGUAUUACGCCUGUGUA (서열 번호 276)
JAK2 4270 UCUAUAAUAACUUCAUGAUA (서열 번호 277)
JAK2 1780 UUUGAUUACGAAGAAUGAGA (서열 번호 278)
STAT1 3506 AUGAGUAUCAGAUAAUUUUA (서열 번호 279)
STAT1 4157 UGAGACUUUAAGAAAUGUUG (서열 번호 280)
STAT1 1975 UUUGUAAGGAAAAUAUUAAU (서열 번호 281)
STAT1 4173 GUUGAAAUUAUGUUAAUUUC (서열 번호 282)
STAT1 1958 UAUUCCAUGGACAAGGUUUU (서열 번호 283)
STAT1 4181 UAUGUUAAUUUCCUAUUAUU (서열 번호 284)
STAT1 4165 UAAGAAAUGUUGAAAUUAUG (서열 번호 285)
STAT1 3498 AGCCAAAUAUGAGUAUCAGA (서열 번호 286)
STAT1 4175 UGAAAUUAUGUUAAUUUCCU (서열 번호 287)
STAT1 4114 UCUGUUGAAACAGUUUGUUA (서열 번호 288)
STAT1 4210 AAAGAUAUUUAAAAUGUCUA (서열 번호 289)
STAT1 4174 UUGAAAUUAUGUUAAUUUCC (서열 번호 290)
도 1 ? 도 4에 표시된 화면에 사용된 인간 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 siRNA 서열.
올리고아이디올리고아이디 안티센스 서열감지 순서안티센스 서열(5’-3’) 감지 순서감지 순서(5’-3’)
IFNGR1 1726 UCCAAAAGUGAAAAUGCCAC (서열 번호 467) AUUUUCACUUUUGGA (서열 번호 149)
IFNGR1 821 UAACCUUUUAUACUGCUAUU (서열 번호 473) CAGUAUAAAAGGUUA (서열 번호 291)
IFNGR1 1027 UAAAUGGCUGGUAUGACGUG (서열 번호 474) CAUACCAGCCAUUUA (서열 번호 292)
IFNGR1 1745 UAAAGUCUGUACUUUACAAG (서열 번호 475) AAAGUACAGACUUUA (서열 번호 293)
IFNGR1 2072 UCUAACUGUAAUGUUUCAUA (서열 번호 476) AACAUUACAGUUAGA (서열 번호 294)
IFNGR1 1393 UACCUUUAUUAUUUGGGGGA (서열 번호 477) CAAAUAAUAAAGGUA (서열 번호 295)
IFNGR1 1989 UCCAAUUUUGAAAAGCUUGC (서열 번호 478) CUUUUCAAAAUUGGA (서열 번호 296)
IFNGR1 2021 UUUAAUUCUAUUAGUUUGAA (서열 번호 479) ACUAAUAGAAUUAAA (서열 번호 297)
IFNGR1 1631 UAUAAUCUUUUCAUGAAAUU (서열 번호 480) CAUGAAAAGAUUAUA (서열 번호 298)
IFNGR1 824 UGAGAACCUUUUAUACUGCU (서열 번호 481) UAUAAAAGGUUCUCA (서열 번호 299)
IFNGR1 516 UUCAAUCAUGAUUUGCUUCU (서열 번호 482) CAAAUCAUGAUUGAA (서열 번호 300)
IFNGR1 375 UGAAUUUGAUGGAUCACCAA (서열 번호 483) GAUCCAUCAAAUUCA (서열 번호 301)
IFNGR1 419 UCAGAUUCUUUUUGUCCAAC (서열 번호 484) ACAAAAAGAAUCUGA (서열 번호 302)
IFNGR1 989 UAUUCAGGUUUUGUCUCUAA (서열 번호 485) GACAAAACCUGAAUA (서열 번호 303)
IFNGR1 418 UAGAUUCUUUUUGUCCAACC (서열 번호 486) GACAAAAAGAAUCUA (서열 번호 304)
IFNGR1 988 UUUCAGGUUUUGUCUCUAAA (서열 번호 487) AGACAAAACCUGAAA (서열 번호 305)
IFNGR1 987 UUCAGGUUUUGUCUCUAAAG (서열 번호 488) GAGACAAAACCUGAA (서열 번호 306)
IFNGR1 416 UAUUCUUUUUGUCCAACCCU (서열 번호 489) UGGACAAAAAGAAUA (서열 번호 307)
IFNGR1 415 UUUCUUUUUGUCCAACCCUG (서열 번호 490) UUGGACAAAAAGAAA (서열 번호 308)
IFNGR1 417 UGAUUCUUUUUGUCCAACCC (서열 번호 491) GGACAAAAAGAAUCA (서열 번호 309)
IFNGR1 1245 UGACUGGUUACUACUUAAAG (서열 번호 492) AGUAGUAACCAGUCA (서열 번호 310)
IFNGR1 1244 UACUGGUUACUACUUAAAGG (서열 번호 493) AAGUAGUAACCAGUA (서열 번호 311)
JAK1 4019 UUCAACUCCUCGUUUUCAAA (서열 번호 494) AAACGAGGAGUUGAA (서열 번호 312)
JAK1 4889 UCAACUUCAUUGCUGCCACU (서열 번호 495) CAGCAAUGAAGUUGA (서열 번호 313)
JAK1 4904 UAACAAAUUUAAAUGGCAAC (서열 번호 496) CAUUUAAAUUUGUUA (서열 번호 314)
JAK1 4470 UAUACAUUGACGUUUCUUAA (서열 번호 497) AAACGUCAAUGUAUA (서열 번호 315)
JAK1 2747 UCAAGCUUAUUAAUGUCUCU (서열 번호 498) CAUUAAUAAGCUUGA (서열 번호 316)
JAK1 1194 UACAUUUGGUUUAUGCCUCC (서열 번호 499) CAUAAACCAAAUGUA (서열 번호 317)
JAK1 4348 UGCAAAUUAUCUAUUCCACA (서열 번호 500) AAUAGAUAAUUUGCA (서열 번호 318)
JAK1 3379 UAUAAAAUUUAGAUUGCAUU (서열 번호 501) AAUCUAAAUUUUAUA (서열 번호 319)
JAK1 883 UCUUAUUCAAUGUUUCUGGA (서열 번호 502) AAACAUUGAAUAAGA (서열 번호 320)
JAK1 4034 UCAGAUAUUAUUUUGGUCAA (서열 번호 503) CAAAAUAAUAUCUGA (서열 번호 321)
JAK1 3908 UAAAUAUUUUGGUUGUCAUU (서열 번호 504) CAACCAAAAUAUUUA (서열 번호 322)
JAK1 1048 UACCGUAAUGUUUUGUCAAA (서열 번호 505) CAAAACAUUACGGUA (서열 번호 323)
JAK1 1067 UAAGUCUCAAAUAUUUCAGC (서열 번호 506) AAUAUUUGAGACUUA (서열 번호 324)
JAK1 964 UCUUGUUGUUAAAUUCCUUU (서열 번호 507) AAUUUAACAACAAGA (서열 번호 325)
JAK1 214 UUAGAUACUGCAUUUAUUCA (서열 번호 508) AAAUGCAGUAUCUAA (서열 번호 326)
JAK1 1240 UCAGUUUUUUCCGCUUCAGU (서열 번호 509) AGCGGAAAAAACUGA (서열 번호 327)
JAK1 1345 UCACAGACUCCUUUAUUACA (서열 번호 510) UAAAGGAGUCUGUGA (서열 번호 328)
JAK1 3668 UCUUAUUUUAAAAGUGCUUC (서열 번호 511) ACUUUUAAAAUAAGA (서열 번호 329)
JAK1 1226 UUCAGUUUAUUUUUUUCCUU (서열 번호 512) AAAAAAUAAACUGAA (서열 번호 330)
JAK1 3033 UCAGAUUCCUUUGUACUUCA (서열 번호 468) UACAAAGGAAUCUGA (서열 번호 150)
JAK1 1242 UUCCAGUUUUUUCCGCUUCA (서열 번호 513) CGGAAAAAACUGGAA (서열 번호 331)
JAK1 3232 UAAGGACAUUUCUUGCUGCC (서열 번호 514) CAAGAAAUGUCCUUA (서열 번호 332)
JAK1 212 UGAUACUGCAUUUAUUCAGC (서열 번호 515) AUAAAUGCAGUAUCA (서열 번호 333)
JAK1 2063 UGGAUCACUUUUAUCUUCUU (서열 번호 516) GAUAAAAGUGAUCCA (서열 번호 334)
JAK2 4686 UAAGCUUGUUUCAUUUCAAA (서열 번호 517) AAUGAAACAAGCUUA (서열 번호 335)
JAK2 5173 UAAAGAUUUAAGAUGUAUGC (서열 번호 518) CAUCUUAAAUCUUUA (서열 번호 336)
JAK2 4928 UUAAUCUAUUUUAUGGCUUA (서열 번호 519) CAUAAAAUAGAUUAA (서열 번호 337)
JAK2 818 UACACAGGUGUGAUACCACA (서열 번호 520) UAUCACACCUGUGUA (서열 번호 338)
JAK2 1334 UUAAGUUUCAAGUUUCUGGC (서열 번호 521) AAACUUGAAACUUAA (서열 번호 339)
JAK2 1537 UAAAAUCGCAAUAUAACUGU (서열 번호 522) UAUAUUGCGAUUUUA (서열 번호 340)
JAK2 4764 UGAGAUAGUUCCAUUUAAAA (서열 번호 523) AAUGGAACUAUCUCA (서열 번호 341)
JAK2 3893 UAGCAUUCUGUCAUGAUCAU (서열 번호 524) CAUGACAGAAUGCUA (서열 번호 342)
JAK2 4803 UUUAAAAGAAAACUGUUCAU (서열 번호 525) CAGUUUUCUUUUAAA (서열 번호 343)
JAK2 2714 UGAAGAAUGUCCUUUGGCAA (서열 번호 526) AAAGGACAUUCUUCA (서열 번호 344)
JAK2 5029 UUGCAAUGCAAAAUUCUGAA (서열 번호 527) AAUUUUGCAUUGCAA (서열 번호 345)
JAK2 4327 UGCAUCUUUAACAUUGCAAA (서열 번호 528) AAUGUUAAAGAUGCA (서열 번호 346)
JAK2 3707 UGAACCACUCCAAAGCUCCA (서열 번호 529) CUUUGGAGUGGUUCA (서열 번호 347)
JAK2 1208 UGUAAGAAUGUCUUGUAGCU (서열 번호 530) CAAGACAUUCUUACA (서열 번호 348)
JAK2 3379 UAUAUGGUAAAUAUUCCAUA (서열 번호 531) AAUAUUUACCAUAUA (서열 번호 349)
JAK2 2357 UAAGACUCUGAAUAGUUUCU (서열 번호 532) CUAUUCAGAGUCUUA (서열 번호 350)
JAK2 3374 UGUAAAUAUUCCAUAAUUAA (서열 번호 533) UAUGGAAUAUUUACA (서열 번호 351)
JAK2 1935 UAAACAGUGUUUAUAUUCAA (서열 번호 534) UAUAAACACUGUUUA (서열 번호 352)
JAK2 3496 UGAUAUACCUUUUUGUACCA (서열 번호 535) CAAAAAGGUAUAUCA (서열 번호 353)
JAK2 3388 UUAAACUUCCAUAUGGUAAA (서열 번호 536) CAUAUGGAAGUUUAA (서열 번호 354)
JAK2 802 UACAAGCUUUAGAAGCAGCA (서열 번호 537) CUUCUAAAGCUUGUA (서열 번호 355)
JAK2 3748 UUGGACUUUUACUCUUCUCA (서열 번호 538) AGAGUAAAAGUCCAA (서열 번호 356)
JAK2 JAK2 4281 UAAAAAGCUGAGUUGAAAAA (서열 번호 539) CAACUCAGCUUUUUA (서열 번호 357)
JAK2 1936 UCAAACAGUGUUUAUAUUCA (서열 번호 469) AUAAACACUGUUUGA (서열 번호 151)
STAT1 3010 UUAACCACUGAUUUAUCCAA (서열 번호 540) UAAAUCAGUGGUUAA (서열 번호 358)
STAT1 4168 UAUAUUGUUUUAAUGUUGUC (서열 번호 541) CAUUAAAACAAUAUA (서열 번호 359)
STAT1 3300 UGUCAUUAAGCCAUAACAAA (서열 번호 542) UAUGGCUUAAUGACA (서열 번호 360)
STAT1 4011 UAUACAGAUACUUUAGCUUU (서열 번호 543) UAAAGUAUCUGUAUA (서열 번호 361)
STAT1 3776 UAAACAUCAUCCACUCAAAA (서열 번호 544) AGUGGAUGAUGUUUA (서열 번호 362)
STAT1 3636 UCUGAUUCUCAUAUUAUCUC (서열 번호 545) AAUAUGAGAAUCAGA (서열 번호 363)
STAT1 1432 UCAGCUCUUGCAAUUUCACC (서열 번호 546) AAUUGCAAGAGCUGA (서열 번호 364)
STAT1 2013 UUUUAUAUUUUCCUUACAAA (서열 번호 547) AAGGAAAAUAUAAAA (서열 번호 365)
STAT1 1031 UGCAACUCUAUUAUUUUGUG (서열 번호 548) AAUAAUAGAGUUGCA (서열 번호 366)
STAT1 4016 UAUGCAAUACAGAUACUUUA (서열 번호 549) UAUCUGUAUUGCAUA (서열 번호 367)
STAT1 3487 UUGAGUUUAUCUACAUCUAU (서열 번호 550) UGUAGAUAAACUCAA (서열 번호 368)
STAT1 3341 UUGAAUUUGGAAAUGUACAU (서열 번호 551) CAUUUCCAAAUUCAA (서열 번호 369)
STAT1 1432 UCAGCUCUUGCAAUUUCACC (서열 번호 552) AAUUGCAAGAGCUGA (서열 번호 370)
STAT1 464 UGUCUGAUUUCCAUGGGAAA (서열 번호 553) CAUGGAAAUCAGACA (서열 번호 371)
STAT1 885 UAAGUCAUAUUCAUCUUGUA (서열 번호 470) GAUGAAUAUGACUUA (서열 번호 152)
STAT1 1431 UAGCUCUUGCAAUUUCACCA (서열 번호 554) AAAUUGCAAGAGCUA (서열 번호 372)
STAT1_2829 UCCUUCAGUAAGAUGCAUGA (서열 번호 555) CAUCUUACUGAAGGA (서열 번호 373)
STAT1 636 UUUACGCUUGCUUUUCCUUA (서열 번호 556) AAAAGCAAGCGUAAA (서열 번호 374)
STAT1 1314 UCUCUGAAUGAGCUGCUGGA (서열 번호 557) CAGCUCAUUCAGAGA (서열 번호 375)
STAT1 2524 UCUGAAGUCUAGAAGGGUGA (서열 번호 558) CUUCUAGACUUCAGA (서열 번호 376)
STAT1 816 UACAUUUCUGACUUUACUGU (서열 번호 559) AAAGUCAGAAAUGUA (서열 번호 377)
STAT1 1430 UGCUCUUGCAAUUUCACCAA (서열 번호 560) GAAAUUGCAAGAGCA (서열 번호 378)
STAT1 2830 UACCUUCAGUAAGAUGCAUG (서열 번호 561) AUCUUACUGAAGGUA (서열 번호 379)
STAT1 2103 UAUGCACCCAUCAUUCCAGA (서열 번호 562) AAUGAUGGGUGCAUA (서열 번호 380)
도 1 ? 도 4에 표시된 화면에 사용된 마우스 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 siRNA 서열.
올리고아이디 감지 순서안티센스 서열
(5’-3’) 		감지 순서
(5’-3’)
IFNGR1 1897 UCAUGAACUUACAUAUACAA (서열 번호 563) UAUGUAAGUUCAUGA (서열 번호 381)
IFNGR1 1895 UUGAACUUACAUAUACAAAG (서열 번호 564) UAUAUGUAAGUUCAA (서열 번호 382)
IFNGR1 2034 UAAAGUAUGUACAAGCUCCC (서열 번호 565) CUUGUACAUACUUUA (서열 번호 383)
IFNGR1 938 UCCAAUACGCAAAUACCAGG (서열 번호 566) UAUUUGCGUAUUGGA (서열 번호 384)
IFNGR1 1911 UAAACAUAUUAUAUACAUGA (서열 번호 567) UAUAUAAUAUGUUUA (서열 번호 385)
IFNGR1 1641 UGUUAGUAUUAGCUAAUGUA (서열 번호 471) UAGCUAAUACUAACA (서열 번호 153)
IFNGR1 306 UGAGUCUGUGACAUGUUCUG (서열 번호 568) CAUGUCACAGACUCA (서열 번호 386)
IFNGR1 378 UAAUGAUCAGAAAUGUUGGU (서열 번호 569) CAUUUCUGAUCAUUA (서열 번호 387)
IFNGR1 1162 UGAAAGUUCUUCCUGUUCUG (서열 번호 570) CAGGAAGAACUUUCA (서열 번호 388)
IFNGR1 804 UAGAAAGAUGAGAUUCCGUC (서열 번호 571) AAUCUCAUCUUUCUA (서열 번호 389)
IFNGR1 957 UAUGAAUUCUUCUUAGUAUA (서열 번호 572) UAAGAAGAAUUCAUA (서열 번호 390)
IFNGR1 947 UCUUAGUAUACCAAUACGCA (서열 번호 573) AUUGGUAUACUAAGA (서열 번호 391)
JAK1 4620 UAAAGCUGUUGAUUACCCAG (서열 번호 574) UAAUCAACAGCUUUA (서열 번호 392)
JAK1 3214 UGUUCUUAUUCUUUGGCAGA (서열 번호 575) CAAAGAAUAAGAACA (서열 번호 393)
JAK1 4729 UAAAAGGGCUCAAAAGGUGA (서열 번호 576) UUUUGAGCCCUUUUA (서열 번호 394)
JAK1 302 UGCAUUUAUUCGGUUGUCCA (서열 번호 577) AACCGAAUAAAUGCA (서열 번호 395)
JAK1 3785 UGGAAUUUAAAUGUUGUUCA (서열 번호 578) AACAUUUAAAUUCCA (서열 번호 396)
JAK1 3460 UCUGGAUUAAACAUUCCGGA (서열 번호 579) AAUGUUUAAUCCAGA (서열 번호 397)
JAK1 4699 UACAAGUAUUAAACAGCAUU (서열 번호 580) UGUUUAAUACUUGUA (서열 번호 398)
JAK1 3990 UCCAAAUUUAAGAUGUUACA (서열 번호 581) CAUCUUAAAUUUGGA (서열 번호 399)
JAK1 1027 UAACAUUAUUUAUUCGCAUC (서열 번호 582) GAAUAAAUAAUGUUA (서열 번호 400)
JAK1 4771 UCAACUGUACUGUUGCUACU (서열 번호 583) CAACAGUACAGUUGA (서열 번호 401)
JAK1 1291 UAACAACAUUUGGUUUCUGC (서열 번호 584) AACCAAAUGUUGUUA (서열 번호 402)
JAK1 1144 UUCCAUAAUGUUUUGUCAAA (서열 번호 585) CAAAACAUUAUGGAA (서열 번호 403)
JAK2 2076 UGUAAAAGUACCUUGGCCAA (서열 번호 472) CAAGGUACUUUUACA (서열 번호 154)
JAK2 4567 UAGGAUUCAUUAUAUUCAUU (서열 번호 586) AUAUAAUGAAUCCUA (서열 번호 404)
JAK2 4713 UAGAGCUUGUACAUUUUACA (서열 번호 587) AAUGUACAAGCUCUA (서열 번호 405)
JAK2 1163 UUAAGUUUUAGGUUCCUGGC (서열 번호 588) GAACCUAAAACUUAA (서열 번호 406)
JAK2 4434 UAAAAUUCUUUAGGGUCAGG (서열 번호 589) CCCUAAAGAAUUUUA (서열 번호 407)
JAK2 1232 UCAGAUUCUUUUACUUCAAA (서열 번호 590) AGUAAAAGAAUCUGA (서열 번호 408)
JAK2 1886 UGGAAGAUGAUACUGUCUGA (서열 번호 591) CAGUAUCAUCUUCCA (서열 번호 409)
JAK2 4690 UAUGUAUGGCUUAUGCUUCA (서열 번호 592) CAUAAGCCAUACAUA (서열 번호 450)
JAK2 4697 UACAAAUUAUGUAUGGCUUA (서열 번호 593) CAUACAUAAUUUGUA (서열 번호 451)
JAK2 647 UACACAGGCGUAAUACCACA (서열 번호 594) UAUUACGCCUGUGUA (서열 번호 452)
JAK2 4270 UAUCAUGAAGUUAUUAUAGA (서열 번호 595) AAUAACUUCAUGAUA (서열 번호 453)
JAK2 1780 UCUCAUUCUUCGUAAUCAAA (서열 번호 596) UUACGAAGAAUGAGA (서열 번호 454)
STAT1 3506 UAAAAUUAUCUGAUACUCAU (서열 번호 597) UAUCAGAUAAUUUUA (서열 번호 455)
STAT1 4157 UAACAUUUCUUAAAGUCUCA (서열 번호 598) CUUUAAGAAAUGUUA (서열 번호 456)
STAT1 1975 UUUAAUAUUUUCCUUACAAA (서열 번호 599) AAGGAAAAUAUUAAA (서열 번호 457)
STAT1 4173 UAAAUUAACAUAAUUUCAAC (서열 번호 600) AAUUAUGUUAAUUUA (서열 번호 458)
STAT1 1958 UAAACCUUGUCCAUGGAAUA (서열 번호 601) CAUGGACAAGGUUUA (서열 번호 459)
STAT1 4181 UAUAAUAGGAAAUUAACAUA (서열 번호 602) UAAUUUCCUAUUAUA (서열 번호 460)
STAT1 4165 UAUAAUUUCAACAUUUCUUA (서열 번호 603) AAUGUUGAAAUUAUA (서열 번호 461)
STAT1 3498 UCUGAUACUCAUAUUUGGCU (서열 번호 604) AAUAUGAGUAUCAGA (서열 번호 462)
STAT1 4175 UGGAAAUUAACAUAAUUUCA (서열 번호 605) UUAUGUUAAUUUCCA (서열 번호 463)
STAT1 4114 UAACAAACUGUUUCAACAGA (서열 번호 606) UGAAACAGUUUGUUA (서열 번호 464)
STAT1 4210 UAGACAUUUUAAAUAUCUUU (서열 번호 607) UAUUUAAAAUGUCUA (서열 번호 465)
STAT1 4174 UGAAAUUAACAUAAUUUCAA (서열 번호 608) AUUAUGUUAAUUUCA (서열 번호 466)
도 3 및 도 4에 묘사된 용량-반응 분석에 사용되는 인간 및 마우스 리드 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 siRNA 서열.
올리고아이디 안티센스 서열 (5’-3’) 감지 순서(5’-3’)
IFNGR1 1726 UCCAAAAGUGAAAAUGCCAC (서열 번호 467) AUUUUCACUUUUGGA (서열 번호 149)
JAK1 3033 UCAGAUUCCUUUGUACUUCA (서열 번호 468) UACAAAGGAAUCUGA (서열 번호 150)
JAK2 1936 UCAAACAGUGUUUAUAUUCA (서열 번호 469) AUAAACACUGUUUGA (서열 번호 151)
STAT1 885 UAAGUCAUAUUCAUCUUGUA (서열 번호 470) GAUGAAUAUGACUUA (서열 번호 152)
IFNGR1 1641 UGUUAGUAUUAGCUAAUGUA (서열 번호 471) UAGCUAAUACUAACA (서열 번호 153)
JAK2 2076 UGUAAAAGUACCUUGGCCAA (서열 번호 472) CAAGGUACUUUUACA (서열 번호 154)
변형된 인간 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 mRNA 표적 서열, 센스 및 안티센스 가닥, 추가 실시 형태.
올리고아이디 수정된 시퀀스
IFNGR1 1726 (s) (mA)#(mU)#(mU)(mU)(fU)(fC)(fA)(mC)(fU)(mU)(mU)(mU)(mG)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 609)
IFNGR1 821 (s) (mC)#(mA)#(mG)(mU)(fA)(fU)(fA)(mA)(fA)(mA)(mG)(mG)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 621)
IFNGR1 1027 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mA)(fC)(fC)(fA)(mG)(fC)(mC)(mA)(mU)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 622)
IFNGR1 1745 (s) (mA)#(mA)#(mA)(mG)(fU)(fA)(fC)(mA)(fG)(mA)(mC)(mU)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 623)
IFNGR1 2072 (s) (mA)#(mA)#(mC)(mA)(fU)(fU)(fA)(mC)(fA)(mG)(mU)(mU)(mA)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 624)
IFNGR1 1393 (s) (mC)#(mA)#(mA)(mA)(fU)(fA)(fA)(mU)(fA)(mA)(mA)(mG)(mG)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 625)
IFNGR1 1989 (s) (mC)#(mU)#(mU)(mU)(fU)(fC)(fA)(mA)(fA)(mA)(mU)(mU)(mG)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 626)
IFNGR1 2021 (s) (mA)#(mC)#(mU)(mA)(fA)(fU)(fA)(mG)(fA)(mA)(mU)(mU)(mA)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 627)
IFNGR1 1631 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mG)(fA)(fA)(fA)(mA)(fG)(mA)(mU)(mU)(mA)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 628)
IFNGR1 824 (s) (mU)#(mA)#(mU)(mA)(fA)(fA)(fA)(mG)(fG)(mU)(mU)(mC)(mU)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 629)
IFNGR1 516 (s) (mC)#(mA)#(mA)(mA)(fU)(fC)(fA)(mU)(fG)(mA)(mU)(mU)(mG)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 630)
IFNGR1 375 (s) (mG)#(mA)#(mU)(mC)(fC)(fA)(fU)(mC)(fA)(mA)(mA)(mU)(mU)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 631)
IFNGR1 419 (s) (mA)#(mC)#(mA)(mA)(fA)(fA)(fA)(mG)(fA)(mA)(mU)(mC)(mU)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 632)
IFNGR1 989 (s) (mG)#(mA)#(mC)(mA)(fA)(fA)(fA)(mC)(fC)(mU)(mG)(mA)(mA)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 633)
IFNGR1 418 (s) (mG)#(mA)#(mC)(mA)(fA)(fA)(fA)(mA)(fG)(mA)(mA)(mU)(mC)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 634)
IFNGR1 988 (s) (mA)#(mG)#(mA)(mC)(fA)(fA)(fA)(mA)(fC)(mC)(mU)(mG)(mA)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 635)
IFNGR1 987 (s) (mG)#(mA)#(mG)(mA)(fC)(fA)(fA)(mA)(fA)(mC)(mC)(mU)(mG)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 636)
IFNGR1 416 (s) (mU)#(mG)#(mG)(mA)(fC)(fA)(fA)(mA)(fA)(mA)(mG)(mA)(mA)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 637)
IFNGR1 415 (s) (mU)#(mU)#(mG)(mG)(fA)(fC)(fA)(mA)(fA)(mA)(mA)(mG)(mA)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 638)
IFNGR1 417 (s) (mG)#(mG)#(mA)(mC)(fA)(fA)(fA)(mA)(fA)(mG)(mA)(mA)(mU)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 639)
IFNGR1 1245 (s) (mA)#(mG)#(mU)(mA)(fG)(fU)(fA)(mA)(fC)(mC)(mA)(mG)(mU)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 640)
IFNGR1 1244 (s) (mA)#(mA)#(mG)(mU)(fA)(fG)(fU)(mA)(fA)(mC)(mC)(mA)(mG)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 641)
JAK1 4019 (s) (mA)#(mA)#(mA)(mC)(fG)(fA)(fG)(mG)(fA)(mG)(mU)(mU)(mG)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 642)
JAK1 4889 (s) (mC)#(mA)#(mG)(mC)(fA)(fA)(fU)(mG)(fA)(mA)(mG)(mU)(mU)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 643)
JAK1 4904 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mU)(fU)(fA)(fA)(mA)(fU)(mU)(mU)(mG)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 644)
JAK1 4470 (s) (mA)#(mA)#(mA)(mC)(fG)(fU)(fC)(mA)(fA)(mU)(mG)(mU)(mA)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 645)
JAK1 2747 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mU)(fA)(fA)(fU)(mA)(fA)(mG)(mC)(mU)(mU)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 646)
JAK1 1194 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mA)(fA)(fA)(fC)(mC)(fA)(mA)(mA)(mU)(mG)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 647)
JAK1 4348 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mA)(fG)(fA)(fU)(mA)(fA)(mU)(mU)(mU)(mG)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 648)
JAK1 3379 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mC)(fU)(fA)(fA)(mA)(fU)(mU)(mU)(mU)(mA)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 649)
JAK1 883 (s) (mA)#(mA)#(mA)(mC)(fA)(fU)(fU)(mG)(fA)(mA)(mU)(mA)(mA)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 650)
JAK1 4034 (s) (mC)#(mA)#(mA)(mA)(fA)(fU)(fA)(mA)(fU)(mA)(mU)(mC)(mU)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 651)
JAK1 3908 (s) (mC)#(mA)#(mA)(mC)(fC)(fA)(fA)(mA)(fA)(mU)(mA)(mU)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 652)
JAK1 1048 (s) (mC)#(mA)#(mA)(mA)(fA)(fC)(fA)(mU)(fU)(mA)(mC)(mG)(mG)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 653)
JAK1 1067 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mA)(fU)(fU)(fU)(mG)(fA)(mG)(mA)(mC)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 654)
JAK1 964 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mU)(fU)(fA)(fA)(mC)(fA)(mA)(mC)(mA)(mA)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 655)
JAK1 214 (s) (mA)#(mA)#(mA)(mU)(fG)(fC)(fA)(mG)(fU)(mA)(mU)(mC)(mU)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 656)
JAK1 1240 (s) (mA)#(mG)#(mC)(mG)(fG)(fA)(fA)(mA)(fA)(mA)(mA)(mC)(mU)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 657)
JAK1 1345 (s) (mU)#(mA)#(mA)(mA)(fG)(fG)(fA)(mG)(fU)(mC)(mU)(mG)(mU)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 658)
JAK1 3668 (s) (mA)#(mC)#(mU)(mU)(fU)(fU)(fA)(mA)(fA)(mA)(mU)(mA)(mA)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 659)
JAK1 1226 (s) (mA)#(mA)#(mA)(mA)(fA)(fA)(fU)(mA)(fA)(mA)(mC)(mU)(mG)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 660)
JAK1 3033 (s) (mU)#(mA)#(mC)(mA)(fA)(fA)(fG)(mG)(fA)(mA)(mU)(mC)(mU)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 610)
JAK1 1242 (s) (mC)#(mG)#(mG)(mA)(fA)(fA)(fA)(mA)(fA)(mC)(mU)(mG)(mG)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 661)
JAK1 3232 (s) (mC)#(mA)#(mA)(mG)(fA)(fA)(fA)(mU)(fG)(mU)(mC)(mC)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 662)
JAK1 212 (s) (mA)#(mU)#(mA)(mA)(fA)(fU)(fG)(mC)(fA)(mG)(mU)(mA)(mU)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 663)
JAK1 2063 (s) (mG)#(mA)#(mU)(mA)(fA)(fA)(fA)(mG)(fU)(mG)(mA)(mU)(mC)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 664)
JAK2 4686 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mG)(fA)(fA)(fA)(mC)(fA)(mA)(mG)(mC)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 665)
JAK2 5173 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mC)(fU)(fU)(fA)(mA)(fA)(mU)(mC)(mU)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 666)
JAK2 4928 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mA)(fA)(fA)(fA)(mU)(fA)(mG)(mA)(mU)(mU)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 667)
JAK2 818 (s) (mU)#(mA)#(mU)(mC)(fA)(fC)(fA)(mC)(fC)(mU)(mG)(mU)(mG)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 668)
JAK2 1334 (s) (mA)#(mA)#(mA)(mC)(fU)(fU)(fG)(mA)(fA)(mA)(mC)(mU)(mU)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 669)
JAK2 1537 (s) (mU)#(mA)#(mU)(mA)(fU)(fU)(fG)(mC)(fG)(mA)(mU)(mU)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 670)
JAK2 4764 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mG)(fG)(fA)(fA)(mC)(fU)(mA)(mU)(mC)(mU)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 671)
JAK2 3893 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mG)(fA)(fC)(fA)(mG)(fA)(mA)(mU)(mG)(mC)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 672)
JAK2 4803 (s) (mC)#(mA)#(mG)(mU)(fU)(fU)(fU)(mC)(fU)(mU)(mU)(mU)(mA)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 673)
JAK2 2714 (s) (mA)#(mA)#(mA)(mG)(fG)(fA)(fC)(mA)(fU)(mU)(mC)(mU)(mU)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 674)
JAK2 5029 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mU)(fU)(fU)(fG)(mC)(fA)(mU)(mU)(mG)(mC)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 675)
JAK2 4327 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mG)(fU)(fU)(fA)(mA)(fA)(mG)(mA)(mU)(mG)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 676)
JAK2 3707 (s) (mC)#(mU)#(mU)(mU)(fG)(fG)(fA)(mG)(fU)(mG)(mG)(mU)(mU)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 677)
JAK2 1208 (s) (mC)#(mA)#(mA)(mG)(fA)(fC)(fA)(mU)(fU)(mC)(mU)(mU)(mA)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 678)
JAK2 3379 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mA)(fU)(fU)(fU)(mA)(fC)(mC)(mA)(mU)(mA)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 679)
JAK2 2357 (s) (mC)#(mU)#(mA)(mU)(fU)(fC)(fA)(mG)(fA)(mG)(mU)(mC)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 680)
JAK2 3374 (s) (mU)#(mA)#(mU)(mG)(fG)(fA)(fA)(mU)(fA)(mU)(mU)(mU)(mA)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 681)
JAK2 1935 (s) (mU)#(mA)#(mU)(mA)(fA)(fA)(fC)(mA)(fC)(mU)(mG)(mU)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 682)
JAK2 3496 (s) (mC)#(mA)#(mA)(mA)(fA)(fA)(fG)(mG)(fU)(mA)(mU)(mA)(mU)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 683)
JAK2 3388 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mA)(fU)(fG)(fG)(mA)(fA)(mG)(mU)(mU)(mU)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 684)
JAK2 802 (s) (mC)#(mU)#(mU)(mC)(fU)(fA)(fA)(mA)(fG)(mC)(mU)(mU)(mG)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 685)
JAK2 3748 (s) (mA)#(mG)#(mA)(mG)(fU)(fA)(fA)(mA)(fA)(mG)(mU)(mC)(mC)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 686)
JAK2 JAK2 4281 (s) (mC)#(mA)#(mA)(mC)(fU)(fC)(fA)(mG)(fC)(mU)(mU)(mU)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 687)
JAK2 1936 (s) (mA)#(mU)#(mA)(mA)(fA)(fC)(fA)(mC)(fU)(mG)(mU)(mU)(mU)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 611)
STAT1 3010 (s) (mU)#(mA)#(mA)(mA)(fU)(fC)(fA)(mG)(fU)(mG)(mG)(mU)(mU)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 688)
STAT1 4168 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mU)(fA)(fA)(fA)(mA)(fC)(mA)(mA)(mU)(mA)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 689)
STAT1 3300 (s) (mU)#(mA)#(mU)(mG)(fG)(fC)(fU)(mU)(fA)(mA)(mU)(mG)(mA)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 690)
STAT1 4011 (s) (mU)#(mA)#(mA)(mA)(fG)(fU)(fA)(mU)(fC)(mU)(mG)(mU)(mA)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 691)
STAT1 3776 (s) (mA)#(mG)#(mU)(mG)(fG)(fA)(fU)(mG)(fA)(mU)(mG)(mU)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 692)
STAT1 3636 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mA)(fU)(fG)(fA)(mG)(fA)(mA)(mU)(mC)(mA)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 693)
STAT1 1432 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mU)(fG)(fC)(fA)(mA)(fG)(mA)(mG)(mC)(mU)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 694)
STAT1 2013 (s) (mA)#(mA)#(mG)(mG)(fA)(fA)(fA)(mA)(fU)(mA)(mU)(mA)(mA)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 695)
STAT1 1031 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mA)(fA)(fU)(fA)(mG)(fA)(mG)(mU)(mU)(mG)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 696)
STAT1 4016 (s) (mU)#(mA)#(mU)(mC)(fU)(fG)(fU)(mA)(fU)(mU)(mG)(mC)(mA)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 697)
STAT1 3487 (s) (mU)#(mG)#(mU)(mA)(fG)(fA)(fU)(mA)(fA)(mA)(mC)(mU)(mC)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 698)
STAT1 3341 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mU)(fU)(fC)(fC)(mA)(fA)(mA)(mU)(mU)(mC)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 699)
STAT1 1432 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mU)(fG)(fC)(fA)(mA)(fG)(mA)(mG)(mC)(mU)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 700)
STAT1 464 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mG)(fG)(fA)(fA)(mA)(fU)(mC)(mA)(mG)(mA)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 701)
STAT1 885 (s) (mG)#(mA)#(mU)(mG)(fA)(fA)(fU)(mA)(fU)(mG)(mA)(mC)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 612)
STAT1 1431 (s) (mA)#(mA)#(mA)(mU)(fU)(fG)(fC)(mA)(fA)(mG)(mA)(mG)(mC)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 702)
STAT1_2829 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mC)(fU)(fU)(fA)(mC)(fU)(mG)(mA)(mA)(mG)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 703)
STAT1 636 (s) (mA)#(mA)#(mA)(mA)(fG)(fC)(fA)(mA)(fG)(mC)(mG)(mU)(mA)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 704)
STAT1 1314 (s) (mC)#(mA)#(mG)(mC)(fU)(fC)(fA)(mU)(fU)(mC)(mA)(mG)(mA)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 705)
STAT1 2524 (s) (mC)#(mU)#(mU)(mC)(fU)(fA)(fG)(mA)(fC)(mU)(mU)(mC)(mA)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 706)
STAT1 816 (s) (mA)#(mA)#(mA)(mG)(fU)(fC)(fA)(mG)(fA)(mA)(mA)(mU)(mG)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 707)
STAT1 1430 (s) (mG)#(mA)#(mA)(mA)(fU)(fU)(fG)(mC)(fA)(mA)(mG)(mA)(mG)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 708)
STAT1 2830 (s) (mA)#(mU)#(mC)(mU)(fU)(fA)(fC)(mU)(fG)(mA)(mA)(mG)(mG)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 709)
STAT1 2103 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mG)(fA)(fU)(fG)(mG)(fG)(mU)(mG)(mC)(mA)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 710)
IFNGR1 1726 (as) P(mU)#(fC)#(mC)(mA)(mA)(fA)(mA)(mG)(mU)(mG)(mA)(mA)(mA)#(fA)#(mU)#(fG)#(mC)#(mC)#(mA)#(fC) (서열 번호 615)
IFNGR1 821 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mC)(mC)(fU)(mU)(mU)(mU)(mA)(mU)(mA)(mC)#(fU)#(mG)#(fC)#(mU)#(mA)#(mU)#(fU) (서열 번호 711)
IFNGR1 1027 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mA)(mU)(fG)(mG)(mC)(mU)(mG)(mG)(mU)(mA)#(fU)#(mG)#(fA)#(mC)#(mG)#(mU)#(fG) (서열 번호 712)
IFNGR1 1745 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mA)(mG)(fU)(mC)(mU)(mG)(mU)(mA)(mC)(mU)#(fU)#(mU)#(fA)#(mC)#(mA)#(mA)#(fG) (서열 번호 713)
IFNGR1 2072 (as) P(mU)#(fC)#(mU)(mA)(mA)(fC)(mU)(mG)(mU)(mA)(mA)(mU)(mG)#(fU)#(mU)#(fU)#(mC)#(mA)#(mU)#(fA) (서열 번호 714)
IFNGR1 1393 (as) P(mU)#(fA)#(mC)(mC)(mU)(fU)(mU)(mA)(mU)(mU)(mA)(mU)(mU)#(fU)#(mG)#(fG)#(mG)#(mG)#(mG)#(fA) (서열 번호 715)
IFNGR1 1989 (as) P(mU)#(fC)#(mC)(mA)(mA)(fU)(mU)(mU)(mU)(mG)(mA)(mA)(mA)#(fA)#(mG)#(fC)#(mU)#(mU)#(mG)#(fC) (서열 번호 716)
IFNGR1 2021 (as) P(mU)#(fU)#(mU)(mA)(mA)(fU)(mU)(mC)(mU)(mA)(mU)(mU)(mA)#(fG)#(mU)#(fU)#(mU)#(mG)#(mA)#(fA) (서열 번호 717)
IFNGR1 1631 (as) P(mU)#(fA)#(mU)(mA)(mA)(fU)(mC)(mU)(mU)(mU)(mU)(mC)(mA)#(fU)#(mG)#(fA)#(mA)#(mA)#(mU)#(fU) (서열 번호 718)
IFNGR1 824 (as) P(mU)#(fG)#(mA)(mG)(mA)(fA)(mC)(mC)(mU)(mU)(mU)(mU)(mA)#(fU)#(mA)#(fC)#(mU)#(mG)#(mC)#(fU) (서열 번호 719)
IFNGR1 516 (as) P(mU)#(fU)#(mC)(mA)(mA)(fU)(mC)(mA)(mU)(mG)(mA)(mU)(mU)#(fU)#(mG)#(fC)#(mU)#(mU)#(mC)#(fU) (서열 번호 720)
IFNGR1 375 (as) P(mU)#(fG)#(mA)(mA)(mU)(fU)(mU)(mG)(mA)(mU)(mG)(mG)(mA)#(fU)#(mC)#(fA)#(mC)#(mC)#(mA)#(fA) (서열 번호 721)
IFNGR1 419 (as) P(mU)#(fC)#(mA)(mG)(mA)(fU)(mU)(mC)(mU)(mU)(mU)(mU)(mU)#(fG)#(mU)#(fC)#(mC)#(mA)#(mA)#(fC) (서열 번호 722)
IFNGR1 989 (as) P(mU)#(fA)#(mU)(mU)(mC)(fA)(mG)(mG)(mU)(mU)(mU)(mU)(mG)#(fU)#(mC)#(fU)#(mC)#(mU)#(mA)#(fA) (서열 번호 723)
IFNGR1 418 (as) P(mU)#(fA)#(mG)(mA)(mU)(fU)(mC)(mU)(mU)(mU)(mU)(mU)(mG)#(fU)#(mC)#(fC)#(mA)#(mA)#(mC)#(fC) (서열 번호 724)
IFNGR1 988 (as) P(mU)#(fU)#(mU)(mC)(mA)(fG)(mG)(mU)(mU)(mU)(mU)(mG)(mU)#(fC)#(mU)#(fC)#(mU)#(mA)#(mA)#(fA) (서열 번호 725)
IFNGR1 987 (as) P(mU)#(fU)#(mC)(mA)(mG)(fG)(mU)(mU)(mU)(mU)(mG)(mU)(mC)#(fU)#(mC)#(fU)#(mA)#(mA)#(mA)#(fG) (서열 번호 726)
IFNGR1 416 (as) P(mU)#(fA)#(mU)(mU)(mC)(fU)(mU)(mU)(mU)(mU)(mG)(mU)(mC)#(fC)#(mA)#(fA)#(mC)#(mC)#(mC)#(fU) (서열 번호 727)
IFNGR1 415 (as) P(mU)#(fU)#(mU)(mC)(mU)(fU)(mU)(mU)(mU)(mG)(mU)(mC)(mC)#(fA)#(mA)#(fC)#(mC)#(mC)#(mU)#(fG) (서열 번호 728)
IFNGR1 417 (as) P(mU)#(fG)#(mA)(mU)(mU)(fC)(mU)(mU)(mU)(mU)(mU)(mG)(mU)#(fC)#(mC)#(fA)#(mA)#(mC)#(mC)#(fC) (서열 번호 729)
IFNGR1 1245 (as) P(mU)#(fG)#(mA)(mC)(mU)(fG)(mG)(mU)(mU)(mA)(mC)(mU)(mA)#(fC)#(mU)#(fU)#(mA)#(mA)#(mA)#(fG) (서열 번호 730)
IFNGR1 1244 (as) P(mU)#(fA)#(mC)(mU)(mG)(fG)(mU)(mU)(mA)(mC)(mU)(mA)(mC)#(fU)#(mU)#(fA)#(mA)#(mA)#(mG)#(fG) (서열 번호 731)
JAK1 4019 (as) P(mU)#(fU)#(mC)(mA)(mA)(fC)(mU)(mC)(mC)(mU)(mC)(mG)(mU)#(fU)#(mU)#(fU)#(mC)#(mA)#(mA)#(fA) (서열 번호 732)
JAK1 4889 (as) P(mU)#(fC)#(mA)(mA)(mC)(fU)(mU)(mC)(mA)(mU)(mU)(mG)(mC)#(fU)#(mG)#(fC)#(mC)#(mA)#(mC)#(fU) (서열 번호 733)
JAK1 4904 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mC)(mA)(fA)(mA)(mU)(mU)(mU)(mA)(mA)(mA)#(fU)#(mG)#(fG)#(mC)#(mA)#(mA)#(fC) (서열 번호 734)
JAK1 4470 (as) P(mU)#(fA)#(mU)(mA)(mC)(fA)(mU)(mU)(mG)(mA)(mC)(mG)(mU)#(fU)#(mU)#(fC)#(mU)#(mU)#(mA)#(fA) (서열 번호 735)
JAK1 2747 (as) P(mU)#(fC)#(mA)(mA)(mG)(fC)(mU)(mU)(mA)(mU)(mU)(mA)(mA)#(fU)#(mG)#(fU)#(mC)#(mU)#(mC)#(fU) (서열 번호 736)
JAK1 1194 (as) P(mU)#(fA)#(mC)(mA)(mU)(fU)(mU)(mG)(mG)(mU)(mU)(mU)(mA)#(fU)#(mG)#(fC)#(mC)#(mU)#(mC)#(fC) (서열 번호 737)
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JAK1 3379 (as) P(mU)#(fA)#(mU)(mA)(mA)(fA)(mA)(mU)(mU)(mU)(mA)(mG)(mA)#(fU)#(mU)#(fG)#(mC)#(mA)#(mU)#(fU) (서열 번호 739)
JAK1 883 (as) P(mU)#(fC)#(mU)(mU)(mA)(fU)(mU)(mC)(mA)(mA)(mU)(mG)(mU)#(fU)#(mU)#(fC)#(mU)#(mG)#(mG)#(fA) (서열 번호 740)
JAK1 4034 (as) P(mU)#(fC)#(mA)(mG)(mA)(fU)(mA)(mU)(mU)(mA)(mU)(mU)(mU)#(fU)#(mG)#(fG)#(mU)#(mC)#(mA)#(fA) (서열 번호 741)
JAK1 3908 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mA)(mU)(fA)(mU)(mU)(mU)(mU)(mG)(mG)(mU)#(fU)#(mG)#(fU)#(mC)#(mA)#(mU)#(fU) (서열 번호 742)
JAK1 1048 (as) P(mU)#(fA)#(mC)(mC)(mG)(fU)(mA)(mA)(mU)(mG)(mU)(mU)(mU)#(fU)#(mG)#(fU)#(mC)#(mA)#(mA)#(fA) (서열 번호 743)
JAK1 1067 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mG)(mU)(fC)(mU)(mC)(mA)(mA)(mA)(mU)(mA)#(fU)#(mU)#(fU)#(mC)#(mA)#(mG)#(fC) (서열 번호 744)
JAK1 964 (as) P(mU)#(fC)#(mU)(mU)(mG)(fU)(mU)(mG)(mU)(mU)(mA)(mA)(mA)#(fU)#(mU)#(fC)#(mC)#(mU)#(mU)#(fU) (서열 번호 745)
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JAK1 212 (as) P(mU)#(fG)#(mA)(mU)(mA)(fC)(mU)(mG)(mC)(mA)(mU)(mU)(mU)#(fA)#(mU)#(fU)#(mC)#(mA)#(mG)#(fC) (서열 번호 753)
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JAK2 4686 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mG)(mC)(fU)(mU)(mG)(mU)(mU)(mU)(mC)(mA)#(fU)#(mU)#(fU)#(mC)#(mA)#(mA)#(fA) (서열 번호 755)
JAK2 5173 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mA)(mG)(fA)(mU)(mU)(mU)(mA)(mA)(mG)(mA)#(fU)#(mG)#(fU)#(mA)#(mU)#(mG)#(fC) (서열 번호 756)
JAK2 4928 (as) P(mU)#(fU)#(mA)(mA)(mU)(fC)(mU)(mA)(mU)(mU)(mU)(mU)(mA)#(fU)#(mG)#(fG)#(mC)#(mU)#(mU)#(fA) (서열 번호 757)
JAK2 818 (as) P(mU)#(fA)#(mC)(mA)(mC)(fA)(mG)(mG)(mU)(mG)(mU)(mG)(mA)#(fU)#(mA)#(fC)#(mC)#(mA)#(mC)#(fA) (서열 번호 758)
JAK2 1334 (as) P(mU)#(fU)#(mA)(mA)(mG)(fU)(mU)(mU)(mC)(mA)(mA)(mG)(mU)#(fU)#(mU)#(fC)#(mU)#(mG)#(mG)#(fC) (서열 번호 759)
JAK2 1537 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mA)(mA)(fU)(mC)(mG)(mC)(mA)(mA)(mU)(mA)#(fU)#(mA)#(fA)#(mC)#(mU)#(mG)#(fU) (서열 번호 760)
JAK2 4764 (as) P(mU)#(fG)#(mA)(mG)(mA)(fU)(mA)(mG)(mU)(mU)(mC)(mC)(mA)#(fU)#(mU)#(fU)#(mA)#(mA)#(mA)#(fA) (서열 번호 761)
JAK2 3893 (as) P(mU)#(fA)#(mG)(mC)(mA)(fU)(mU)(mC)(mU)(mG)(mU)(mC)(mA)#(fU)#(mG)#(fA)#(mU)#(mC)#(mA)#(fU) (서열 번호 762)
JAK2 4803 (as) P(mU)#(fU)#(mU)(mA)(mA)(fA)(mA)(mG)(mA)(mA)(mA)(mA)(mC)#(fU)#(mG)#(fU)#(mU)#(mC)#(mA)#(fU) (서열 번호 763)
JAK2 2714 (as) P(mU)#(fG)#(mA)(mA)(mG)(fA)(mA)(mU)(mG)(mU)(mC)(mC)(mU)#(fU)#(mU)#(fG)#(mG)#(mC)#(mA)#(fA) (서열 번호 764)
JAK2 5029 (as) P(mU)#(fU)#(mG)(mC)(mA)(fA)(mU)(mG)(mC)(mA)(mA)(mA)(mA)#(fU)#(mU)#(fC)#(mU)#(mG)#(mA)#(fA) (서열 번호 765)
JAK2 4327 (as) P(mU)#(fG)#(mC)(mA)(mU)(fC)(mU)(mU)(mU)(mA)(mA)(mC)(mA)#(fU)#(mU)#(fG)#(mC)#(mA)#(mA)#(fA) (서열 번호 766)
JAK2 3707 (as) P(mU)#(fG)#(mA)(mA)(mC)(fC)(mA)(mC)(mU)(mC)(mC)(mA)(mA)#(fA)#(mG)#(fC)#(mU)#(mC)#(mC)#(fA) (서열 번호 767)
JAK2 1208 (as) P(mU)#(fG)#(mU)(mA)(mA)(fG)(mA)(mA)(mU)(mG)(mU)(mC)(mU)#(fU)#(mG)#(fU)#(mA)#(mG)#(mC)#(fU) (서열 번호 768)
JAK2 3379 (as) P(mU)#(fA)#(mU)(mA)(mU)(fG)(mG)(mU)(mA)(mA)(mA)(mU)(mA)#(fU)#(mU)#(fC)#(mC)#(mA)#(mU)#(fA) (서열 번호 769)
JAK2 2357 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mG)(mA)(fC)(mU)(mC)(mU)(mG)(mA)(mA)(mU)#(fA)#(mG)#(fU)#(mU)#(mU)#(mC)#(fU) (서열 번호 770)
JAK2 3374 (as) P(mU)#(fG)#(mU)(mA)(mA)(fA)(mU)(mA)(mU)(mU)(mC)(mC)(mA)#(fU)#(mA)#(fA)#(mU)#(mU)#(mA)#(fA) (서열 번호 771)
JAK2 1935 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mA)(mC)(fA)(mG)(mU)(mG)(mU)(mU)(mU)(mA)#(fU)#(mA)#(fU)#(mU)#(mC)#(mA)#(fA) (서열 번호 772)
JAK2 3496 (as) P(mU)#(fG)#(mA)(mU)(mA)(fU)(mA)(mC)(mC)(mU)(mU)(mU)(mU)#(fU)#(mG)#(fU)#(mA)#(mC)#(mC)#(fA) (서열 번호 773)
JAK2 3388 (as) P(mU)#(fU)#(mA)(mA)(mA)(fC)(mU)(mU)(mC)(mC)(mA)(mU)(mA)#(fU)#(mG)#(fG)#(mU)#(mA)#(mA)#(fA) (서열 번호 774)
JAK2 802 (as) P(mU)#(fA)#(mC)(mA)(mA)(fG)(mC)(mU)(mU)(mU)(mA)(mG)(mA)#(fA)#(mG)#(fC)#(mA)#(mG)#(mC)#(fA) (서열 번호 775)
JAK2 3748 (as) P(mU)#(fU)#(mG)(mG)(mA)(fC)(mU)(mU)(mU)(mU)(mA)(mC)(mU)#(fC)#(mU)#(fU)#(mC)#(mU)#(mC)#(fA) (서열 번호 776)
JAK2 JAK2 4281 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mA)(mA)(fA)(mG)(mC)(mU)(mG)(mA)(mG)(mU)#(fU)#(mG)#(fA)#(mA)#(mA)#(mA)#(fA) (서열 번호 777)
JAK2 1936 (as) P(mU)#(fC)#(mA)(mA)(mA)(fC)(mA)(mG)(mU)(mG)(mU)(mU)(mU)#(fA)#(mU)#(fA)#(mU)#(mU)#(mC)#(fA) (서열 번호 617)
STAT1 3010 (as) P(mU)#(fU)#(mA)(mA)(mC)(fC)(mA)(mC)(mU)(mG)(mA)(mU)(mU)#(fU)#(mA)#(fU)#(mC)#(mC)#(mA)#(fA) (서열 번호 778)
STAT1 4168 (as) P(mU)#(fA)#(mU)(mA)(mU)(fU)(mG)(mU)(mU)(mU)(mU)(mA)(mA)#(fU)#(mG)#(fU)#(mU)#(mG)#(mU)#(fC) (서열 번호 779)
STAT1 3300 (as) P(mU)#(fG)#(mU)(mC)(mA)(fU)(mU)(mA)(mA)(mG)(mC)(mC)(mA)#(fU)#(mA)#(fA)#(mC)#(mA)#(mA)#(fA) (서열 번호 780)
STAT1 4011 (as) P(mU)#(fA)#(mU)(mA)(mC)(fA)(mG)(mA)(mU)(mA)(mC)(mU)(mU)#(fU)#(mA)#(fG)#(mC)#(mU)#(mU)#(fU) (서열 번호 781)
STAT1 3776 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mA)(mC)(fA)(mU)(mC)(mA)(mU)(mC)(mC)(mA)#(fC)#(mU)#(fC)#(mA)#(mA)#(mA)#(fA) (서열 번호 782)
STAT1 3636 (as) P(mU)#(fC)#(mU)(mG)(mA)(fU)(mU)(mC)(mU)(mC)(mA)(mU)(mA)#(fU)#(mU)#(fA)#(mU)#(mC)#(mU)#(fC) (서열 번호 783)
STAT1 1432 (as) P(mU)#(fC)#(mA)(mG)(mC)(fU)(mC)(mU)(mU)(mG)(mC)(mA)(mA)#(fU)#(mU)#(fU)#(mC)#(mA)#(mC)#(fC) (서열 번호 784)
STAT1 2013 (as) P(mU)#(fU)#(mU)(mU)(mA)(fU)(mA)(mU)(mU)(mU)(mU)(mC)(mC)#(fU)#(mU)#(fA)#(mC)#(mA)#(mA)#(fA) (서열 번호 785)
STAT1 1031 (as) P(mU)#(fG)#(mC)(mA)(mA)(fC)(mU)(mC)(mU)(mA)(mU)(mU)(mA)#(fU)#(mU)#(fU)#(mU)#(mG)#(mU)#(fG) (서열 번호 786)
STAT1 4016 (as) P(mU)#(fA)#(mU)(mG)(mC)(fA)(mA)(mU)(mA)(mC)(mA)(mG)(mA)#(fU)#(mA)#(fC)#(mU)#(mU)#(mU)#(fA) (서열 번호 787)
STAT1 3487 (as) P(mU)#(fU)#(mG)(mA)(mG)(fU)(mU)(mU)(mA)(mU)(mC)(mU)(mA)#(fC)#(mA)#(fU)#(mC)#(mU)#(mA)#(fU) (서열 번호 788)
STAT1 3341 (as) P(mU)#(fU)#(mG)(mA)(mA)(fU)(mU)(mU)(mG)(mG)(mA)(mA)(mA)#(fU)#(mG)#(fU)#(mA)#(mC)#(mA)#(fU) (서열 번호 789)
STAT1 1432 (as) P(mU)#(fC)#(mA)(mG)(mC)(fU)(mC)(mU)(mU)(mG)(mC)(mA)(mA)#(fU)#(mU)#(fU)#(mC)#(mA)#(mC)#(fC) (서열 번호 790)
STAT1 464 (as) P(mU)#(fG)#(mU)(mC)(mU)(fG)(mA)(mU)(mU)(mU)(mC)(mC)(mA)#(fU)#(mG)#(fG)#(mG)#(mA)#(mA)#(fA) (서열 번호 791)
STAT1 885 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mG)(mU)(fC)(mA)(mU)(mA)(mU)(mU)(mC)(mA)#(fU)#(mC)#(fU)#(mU)#(mG)#(mU)#(fA) 서열 번호 618)
STAT1 1431 (as) P(mU)#(fA)#(mG)(mC)(mU)(fC)(mU)(mU)(mG)(mC)(mA)(mA)(mU)#(fU)#(mU)#(fC)#(mA)#(mC)#(mC)#(fA) (서열 번호 792)
STAT1_2829 (as) P(mU)#(fC)#(mC)(mU)(mU)(fC)(mA)(mG)(mU)(mA)(mA)(mG)(mA)#(fU)#(mG)#(fC)#(mA)#(mU)#(mG)#(fA) (서열 번호 793)
STAT1 636 (as) P(mU)#(fU)#(mU)(mA)(mC)(fG)(mC)(mU)(mU)(mG)(mC)(mU)(mU)#(fU)#(mU)#(fC)#(mC)#(mU)#(mU)#(fA) (서열 번호 794)
STAT1 1314 (as) P(mU)#(fC)#(mU)(mC)(mU)(fG)(mA)(mA)(mU)(mG)(mA)(mG)(mC)#(fU)#(mG)#(fC)#(mU)#(mG)#(mG)#(fA) (서열 번호 795)
STAT1 2524 (as) P(mU)#(fC)#(mU)(mG)(mA)(fA)(mG)(mU)(mC)(mU)(mA)(mG)(mA)#(fA)#(mG)#(fG)#(mG)#(mU)#(mG)#(fA) (서열 번호 796)
STAT1 816 (as) P(mU)#(fA)#(mC)(mA)(mU)(fU)(mU)(mC)(mU)(mG)(mA)(mC)(mU)#(fU)#(mU)#(fA)#(mC)#(mU)#(mG)#(fU) (서열 번호 797)
STAT1 1430 (as) P(mU)#(fG)#(mC)(mU)(mC)(fU)(mU)(mG)(mC)(mA)(mA)(mU)(mU)#(fU)#(mC)#(fA)#(mC)#(mC)#(mA)#(fA) (서열 번호 798)
STAT1 2830 (as) P(mU)#(fA)#(mC)(mC)(mU)(fU)(mC)(mA)(mG)(mU)(mA)(mA)(mG)#(fA)#(mU)#(fG)#(mC)#(mA)#(mU)#(fG) (서열 번호 799)
STAT1 2103 (as) P(mU)#(fA)#(mU)(mG)(mC)(fA)(mC)(mC)(mC)(mA)(mU)(mC)(mA)#(fU)#(mU)#(fC)#(mC)#(mA)#(mG)#(fA) (서열 번호 800)
변형된 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 마우스 mRNA 표적 서열, 센스 및 안티센스 가닥, 추가 실시 형태.
올리고아이디 수정된 시퀀스
IFNGR1 1897 (s) (mU)#(mA)#(mU)(mG)(fU)(fA)(fA)(mG)(fU)(mU)(mC)(mA)(mU)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 801)
IFNGR1 1895 (s) (mU)#(mA)#(mU)(mA)(fU)(fG)(fU)(mA)(fA)(mG)(mU)(mU)(mC)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 802)
IFNGR1 2034 (s) (mC)#(mU)#(mU)(mG)(fU)(fA)(fC)(mA)(fU)(mA)(mC)(mU)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 803)
IFNGR1 938 (s) (mU)#(mA)#(mU)(mU)(fU)(fG)(fC)(mG)(fU)(mA)(mU)(mU)(mG)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 804)
IFNGR1 1911 (s) (mU)#(mA)#(mU)(mA)(fU)(fA)(fA)(mU)(fA)(mU)(mG)(mU)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 805)
IFNGR1 1641 (s) (mU)#(mA)#(mG)(mC)(fU)(fA)(fA)(mU)(fA)(mC)(mU)(mA)(mA)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 613)
IFNGR1 306 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mG)(fU)(fC)(fA)(mC)(fA)(mG)(mA)(mC)(mU)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 806)
IFNGR1 378 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mU)(fU)(fC)(fU)(mG)(fA)(mU)(mC)(mA)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 807)
IFNGR1 1162 (s) (mC)#(mA)#(mG)(mG)(fA)(fA)(fG)(mA)(fA)(mC)(mU)(mU)(mU)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 808)
IFNGR1 804 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mC)(fU)(fC)(fA)(mU)(fC)(mU)(mU)(mU)(mC)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 809)
IFNGR1 957 (s) (mU)#(mA)#(mA)(mG)(fA)(fA)(fG)(mA)(fA)(mU)(mU)(mC)(mA)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 810)
IFNGR1 947 (s) (mA)#(mU)#(mU)(mG)(fG)(fU)(fA)(mU)(fA)(mC)(mU)(mA)(mA)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 811)
JAK1 4620 (s) (mU)#(mA)#(mA)(mU)(fC)(fA)(fA)(mC)(fA)(mG)(mC)(mU)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 812)
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JAK1 302 (s) (mA)#(mA)#(mC)(mC)(fG)(fA)(fA)(mU)(fA)(mA)(mA)(mU)(mG)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 815)
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JAK1 3460 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mG)(fU)(fU)(fU)(mA)(fA)(mU)(mC)(mC)(mA)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 817)
JAK1 4699 (s) (mU)#(mG)#(mU)(mU)(fU)(fA)(fA)(mU)(fA)(mC)(mU)(mU)(mG)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 818)
JAK1 3990 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mC)(fU)(fU)(fA)(mA)(fA)(mU)(mU)(mU)(mG)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 819)
JAK1 1027 (s) (mG)#(mA)#(mA)(mU)(fA)(fA)(fA)(mU)(fA)(mA)(mU)(mG)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 820)
JAK1 4771 (s) (mC)#(mA)#(mA)(mC)(fA)(fG)(fU)(mA)(fC)(mA)(mG)(mU)(mU)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 821)
JAK1 1291 (s) (mA)#(mA)#(mC)(mC)(fA)(fA)(fA)(mU)(fG)(mU)(mU)(mG)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 822)
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JAK2 4567 (s) (mA)#(mU)#(mA)(mU)(fA)(fA)(fU)(mG)(fA)(mA)(mU)(mC)(mC)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 824)
JAK2 4713 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mG)(fU)(fA)(fC)(mA)(fA)(mG)(mC)(mU)(mC)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 825)
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JAK2 4434 (s) (mC)#(mC)#(mC)(mU)(fA)(fA)(fA)(mG)(fA)(mA)(mU)(mU)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 827)
JAK2 1232 (s) (mA)#(mG)#(mU)(mA)(fA)(fA)(fA)(mG)(fA)(mA)(mU)(mC)(mU)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 828)
JAK2 1886 (s) (mC)#(mA)#(mG)(mU)(fA)(fU)(fC)(mA)(fU)(mC)(mU)(mU)(mC)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 829)
JAK2 4690 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mA)(fA)(fG)(fC)(mC)(fA)(mU)(mA)(mC)(mA)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 830)
JAK2 4697 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mA)(fC)(fA)(fU)(mA)(fA)(mU)(mU)(mU)(mG)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 831)
JAK2 647 (s) (mU)#(mA)#(mU)(mU)(fA)(fC)(fG)(mC)(fC)(mU)(mG)(mU)(mG)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 832)
JAK2 4270 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mA)(fA)(fC)(fU)(mU)(fC)(mA)(mU)(mG)(mA)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 833)
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STAT1 3506 (s) (mU)#(mA)#(mU)(mC)(fA)(fG)(fA)(mU)(fA)(mA)(mU)(mU)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 835)
STAT1 4157 (s) (mC)#(mU)#(mU)(mU)(fA)(fA)(fG)(mA)(fA)(mA)(mU)(mG)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 836)
STAT1 1975 (s) (mA)#(mA)#(mG)(mG)(fA)(fA)(fA)(mA)(fU)(mA)(mU)(mU)(mA)#(mA)#(mA)-테그촐(서열 번호 837)
STAT1 4173 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mU)(fA)(fU)(fG)(mU)(fU)(mA)(mA)(mU)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 838)
STAT1 1958 (s) (mC)#(mA)#(mU)(mG)(fG)(fA)(fC)(mA)(fA)(mG)(mG)(mU)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 839)
STAT1 4181 (s) (mU)#(mA)#(mA)(mU)(fU)(fU)(fC)(mC)(fU)(mA)(mU)(mU)(mA)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 840)
STAT1 4165 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mG)(fU)(fU)(fG)(mA)(fA)(mA)(mU)(mU)(mA)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 841)
STAT1 3498 (s) (mA)#(mA)#(mU)(mA)(fU)(fG)(fA)(mG)(fU)(mA)(mU)(mC)(mA)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 842)
STAT1 4175 (s) (mU)#(mU)#(mA)(mU)(fG)(fU)(fU)(mA)(fA)(mU)(mU)(mU)(mC)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 843)
STAT1 4114 (s) (mU)#(mG)#(mA)(mA)(fA)(fC)(fA)(mG)(fU)(mU)(mU)(mG)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 844)
STAT1 4210 (s) (mU)#(mA)#(mU)(mU)(fU)(fA)(fA)(mA)(fA)(mU)(mG)(mU)(mC)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 845)
STAT1 4174 (s) (mA)#(mU)#(mU)(mA)(fU)(fG)(fU)(mU)(fA)(mA)(mU)(mU)(mU)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 846)
IFNGR1 1897 (as) P(mU)#(fC)#(mA)(mU)(mG)(fA)(mA)(mC)(mU)(mU)(mA)(mC)(mA)#(fU)#(mA)#(fU)#(mA)#(mC)#(mA)#(fA) (서열 번호 847)
IFNGR1 1895 (as) P(mU)#(fU)#(mG)(mA)(mA)(fC)(mU)(mU)(mA)(mC)(mA)(mU)(mA)#(fU)#(mA)#(fC)#(mA)#(mA)#(mA)#(fG) (서열 번호 848)
IFNGR1 2034 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mA)(mG)(fU)(mA)(mU)(mG)(mU)(mA)(mC)(mA)#(fA)#(mG)#(fC)#(mU)#(mC)#(mC)#(fC) (서열 번호 849)
IFNGR1 938 (as) P(mU)#(fC)#(mC)(mA)(mA)(fU)(mA)(mC)(mG)(mC)(mA)(mA)(mA)#(fU)#(mA)#(fC)#(mC)#(mA)#(mG)#(fG) (서열 번호 850)
IFNGR1 1911 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mA)(mC)(fA)(mU)(mA)(mU)(mU)(mA)(mU)(mA)#(fU)#(mA)#(fC)#(mA)#(mU)#(mG)#(fA) (서열 번호 851)
IFNGR1 1641 (as) P(mU)#(fG)#(mU)(mU)(mA)(fG)(mU)(mA)(mU)(mU)(mA)(mG)(mC)#(fU)#(mA)#(fA)#(mU)#(mG)#(mU)#(fA) (서열 번호 619)
IFNGR1 306 (as) P(mU)#(fG)#(mA)(mG)(mU)(fC)(mU)(mG)(mU)(mG)(mA)(mC)(mA)#(fU)#(mG)#(fU)#(mU)#(mC)#(mU)#(fG) (서열 번호 852)
IFNGR1 378 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mU)(mG)(fA)(mU)(mC)(mA)(mG)(mA)(mA)(mA)#(fU)#(mG)#(fU)#(mU)#(mG)#(mG)#(fU) (서열 번호 853)
IFNGR1 1162 (as) P(mU)#(fG)#(mA)(mA)(mA)(fG)(mU)(mU)(mC)(mU)(mU)(mC)(mC)#(fU)#(mG)#(fU)#(mU)#(mC)#(mU)#(fG) (서열 번호 854)
IFNGR1 804 (as) P(mU)#(fA)#(mG)(mA)(mA)(fA)(mG)(mA)(mU)(mG)(mA)(mG)(mA)#(fU)#(mU)#(fC)#(mC)#(mG)#(mU)#(fC) (서열 번호 855)
IFNGR1 957 (as) P(mU)#(fA)#(mU)(mG)(mA)(fA)(mU)(mU)(mC)(mU)(mU)(mC)(mU)#(fU)#(mA)#(fG)#(mU)#(mA)#(mU)#(fA) (서열 번호 856)
IFNGR1 947 (as) P(mU)#(fC)#(mU)(mU)(mA)(fG)(mU)(mA)(mU)(mA)(mC)(mC)(mA)#(fA)#(mU)#(fA)#(mC)#(mG)#(mC)#(fA) (서열 번호 857)
JAK1 4620 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mA)(mG)(fC)(mU)(mG)(mU)(mU)(mG)(mA)(mU)#(fU)#(mA)#(fC)#(mC)#(mC)#(mA)#(fG) (서열 번호 858)
JAK1 3214 (as) P(mU)#(fG)#(mU)(mU)(mC)(fU)(mU)(mA)(mU)(mU)(mC)(mU)(mU)#(fU)#(mG)#(fG)#(mC)#(mA)#(mG)#(fA) (서열 번호 859)
JAK1 4729 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mA)(mA)(fG)(mG)(mG)(mC)(mU)(mC)(mA)(mA)#(fA)#(mA)#(fG)#(mG)#(mU)#(mG)#(fA) (서열 번호 860)
JAK1 302 (as) P(mU)#(fG)#(mC)(mA)(mU)(fU)(mU)(mA)(mU)(mU)(mC)(mG)(mG)#(fU)#(mU)#(fG)#(mU)#(mC)#(mC)#(fA) (서열 번호 861)
JAK1 3785 (as) P(mU)#(fG)#(mG)(mA)(mA)(fU)(mU)(mU)(mA)(mA)(mA)(mU)(mG)#(fU)#(mU)#(fG)#(mU)#(mU)#(mC)#(fA) (서열 번호 862)
JAK1 3460 (as) P(mU)#(fC)#(mU)(mG)(mG)(fA)(mU)(mU)(mA)(mA)(mA)(mC)(mA)#(fU)#(mU)#(fC)#(mC)#(mG)#(mG)#(fA) (서열 번호 863)
JAK1 4699 (as) P(mU)#(fA)#(mC)(mA)(mA)(fG)(mU)(mA)(mU)(mU)(mA)(mA)(mA)#(fC)#(mA)#(fG)#(mC)#(mA)#(mU)#(fU) (서열 번호 864)
JAK1 3990 (as) P(mU)#(fC)#(mC)(mA)(mA)(fA)(mU)(mU)(mU)(mA)(mA)(mG)(mA)#(fU)#(mG)#(fU)#(mU)#(mA)#(mC)#(fA) (서열 번호 865)
JAK1 1027 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mC)(mA)(fU)(mU)(mA)(mU)(mU)(mU)(mA)(mU)#(fU)#(mC)#(fG)#(mC)#(mA)#(mU)#(fC) (서열 번호 866)
JAK1 4771 (as) P(mU)#(fC)#(mA)(mA)(mC)(fU)(mG)(mU)(mA)(mC)(mU)(mG)(mU)#(fU)#(mG)#(fC)#(mU)#(mA)#(mC)#(fU) (서열 번호 867)
JAK1 1291 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mC)(mA)(fA)(mC)(mA)(mU)(mU)(mU)(mG)(mG)#(fU)#(mU)#(fU)#(mC)#(mU)#(mG)#(fC) (서열 번호 868)
JAK1 1144 (as) P(mU)#(fU)#(mC)(mC)(mA)(fU)(mA)(mA)(mU)(mG)(mU)(mU)(mU)#(fU)#(mG)#(fU)#(mC)#(mA)#(mA)#(fA) (서열 번호 869)
JAK2 2076 (as) P(mU)#(fG)#(mU)(mA)(mA)(fA)(mA)(mG)(mU)(mA)(mC)(mC)(mU)#(fU)#(mG)#(fG)#(mC)#(mC)#(mA)#(fA) (서열 번호 620)
JAK2 4567 (as) P(mU)#(fA)#(mG)(mG)(mA)(fU)(mU)(mC)(mA)(mU)(mU)(mA)(mU)#(fA)#(mU)#(fU)#(mC)#(mA)#(mU)#(fU) (서열 번호 870)
JAK2 4713 (as) P(mU)#(fA)#(mG)(mA)(mG)(fC)(mU)(mU)(mG)(mU)(mA)(mC)(mA)#(fU)#(mU)#(fU)#(mU)#(mA)#(mC)#(fA) (서열 번호 871)
JAK2 1163 (as) P(mU)#(fU)#(mA)(mA)(mG)(fU)(mU)(mU)(mU)(mA)(mG)(mG)(mU)#(fU)#(mC)#(fC)#(mU)#(mG)#(mG)#(fC) (서열 번호 872)
JAK2 4434 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mA)(mA)(fU)(mU)(mC)(mU)(mU)(mU)(mA)(mG)#(fG)#(mG)#(fU)#(mC)#(mA)#(mG)#(fG) (서열 번호 873)
JAK2 1232 (as) P(mU)#(fC)#(mA)(mG)(mA)(fU)(mU)(mC)(mU)(mU)(mU)(mU)(mA)#(fC)#(mU)#(fU)#(mC)#(mA)#(mA)#(fA) (서열 번호 874)
JAK2 1886 (as) P(mU)#(fG)#(mG)(mA)(mA)(fG)(mA)(mU)(mG)(mA)(mU)(mA)(mC)#(fU)#(mG)#(fU)#(mC)#(mU)#(mG)#(fA) (서열 번호 875)
JAK2 4690 (as) P(mU)#(fA)#(mU)(mG)(mU)(fA)(mU)(mG)(mG)(mC)(mU)(mU)(mA)#(fU)#(mG)#(fC)#(mU)#(mU)#(mC)#(fA) (서열 번호 876)
JAK2 4697 (as) P(mU)#(fA)#(mC)(mA)(mA)(fA)(mU)(mU)(mA)(mU)(mG)(mU)(mA)#(fU)#(mG)#(fG)#(mC)#(mU)#(mU)#(fA) (서열 번호 877)
JAK2 647 (as) P(mU)#(fA)#(mC)(mA)(mC)(fA)(mG)(mG)(mC)(mG)(mU)(mA)(mA)#(fU)#(mA)#(fC)#(mC)#(mA)#(mC)#(fA) (서열 번호 878)
JAK2 4270 (as) P(mU)#(fA)#(mU)(mC)(mA)(fU)(mG)(mA)(mA)(mG)(mU)(mU)(mA)#(fU)#(mU)#(fA)#(mU)#(mA)#(mG)#(fA) (서열 번호 879)
JAK2 1780 (as) P(mU)#(fC)#(mU)(mC)(mA)(fU)(mU)(mC)(mU)(mU)(mC)(mG)(mU)#(fA)#(mA)#(fU)#(mC)#(mA)#(mA)#(fA) (서열 번호 880)
STAT1 3506 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mA)(mA)(fU)(mU)(mA)(mU)(mC)(mU)(mG)(mA)#(fU)#(mA)#(fC)#(mU)#(mC)#(mA)#(fU) (서열 번호 881)
STAT1 4157 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mC)(mA)(fU)(mU)(mU)(mC)(mU)(mU)(mA)(mA)#(fA)#(mG)#(fU)#(mC)#(mU)#(mC)#(fA) (서열 번호 882)
STAT1 1975 (as) P(mU)#(fU)#(mU)(mA)(mA)(fU)(mA)(mU)(mU)(mU)(mU)(mC)(mC)#(fU)#(mU)#(fA)#(mC)#(mA)#(mA)#(fA) (서열 번호 883)
STAT1 4173 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mA)(mU)(fU)(mA)(mA)(mC)(mA)(mU)(mA)(mA)#(fU)#(mU)#(fU)#(mC)#(mA)#(mA)#(fC) (서열 번호 884)
STAT1 1958 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mA)(mC)(fC)(mU)(mU)(mG)(mU)(mC)(mC)(mA)#(fU)#(mG)#(fG)#(mA)#(mA)#(mU)#(fA) (서열 번호 885)
STAT1 4181 (as) P(mU)#(fA)#(mU)(mA)(mA)(fU)(mA)(mG)(mG)(mA)(mA)(mA)(mU)#(fU)#(mA)#(fA)#(mC)#(mA)#(mU)#(fA) (서열 번호 886)
STAT1 4165 (as) P(mU)#(fA)#(mU)(mA)(mA)(fU)(mU)(mU)(mC)(mA)(mA)(mC)(mA)#(fU)#(mU)#(fU)#(mC)#(mU)#(mU)#(fA) (서열 번호 887)
STAT1 3498 (as) P(mU)#(fC)#(mU)(mG)(mA)(fU)(mA)(mC)(mU)(mC)(mA)(mU)(mA)#(fU)#(mU)#(fU)#(mG)#(mG)#(mC)#(fU) (서열 번호 888)
STAT1 4175 (as) P(mU)#(fG)#(mG)(mA)(mA)(fA)(mU)(mU)(mA)(mA)(mC)(mA)(mU)#(fA)#(mA)#(fU)#(mU)#(mU)#(mC)#(fA) (서열 번호 889)
STAT1 4114 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mC)(mA)(fA)(mA)(mC)(mU)(mG)(mU)(mU)(mU)#(fC)#(mA)#(fA)#(mC)#(mA)#(mG)#(fA) (서열 번호 890)
STAT1 4210 (as) P(mU)#(fA)#(mG)(mA)(mC)(fA)(mU)(mU)(mU)(mU)(mA)(mA)(mA)#(fU)#(mA)#(fU)#(mC)#(mU)#(mU)#(fU) (서열 번호 891)
STAT1 4174 (as) P(mU)#(fG)#(mA)(mA)(mA)(fU)(mU)(mA)(mA)(mC)(mA)(mU)(mA)#(fA)#(mU)#(fU)#(mU)#(mC)#(mA)#(fA) (서열 번호 892)
변형된 리드 IFNGR1, JAK1, JAK2 및 STAT1 인간 및 마우스 mRNA 표적 서열, 센스 및 안티센스 가닥, 추가 실시 형태.
올리고아이디 수정된 시퀀스
IFNGR1 1726 (s) (mA)#(mU)#(mU)(mU)(fU)(fC)(fA)(mC)(fU)(mU)(mU)(mU)(mG)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 609)
JAK1 3033 (s) (mU)#(mA)#(mC)(mA)(fA)(fA)(fG)(mG)(fA)(mA)(mU)(mC)(mU)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 610)
JAK2 1936 (s) (mA)#(mU)#(mA)(mA)(fA)(fC)(fA)(mC)(fU)(mG)(mU)(mU)(mU)#(mG)#(mA)-테그촐(서열 번호 611)
STAT1 885 (s) (mG)#(mA)#(mU)(mG)(fA)(fA)(fU)(mA)(fU)(mG)(mA)(mC)(mU)#(mU)#(mA)-테그촐(서열 번호 612)
IFNGR1 1641 (s) (mU)#(mA)#(mG)(mC)(fU)(fA)(fA)(mU)(fA)(mC)(mU)(mA)(mA)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 613)
JAK2 2076 (s) (mC)#(mA)#(mA)(mG)(fG)(fU)(fA)(mC)(fU)(mU)(mU)(mU)(mA)#(mC)#(mA)-테그촐(서열 번호 614)
IFNGR1 1726 (as) P(mU)#(fC)#(mC)(mA)(mA)(fA)(mA)(mG)(mU)(mG)(mA)(mA)(mA)#(fA)#(mU)#(fG)#(mC)#(mC)#(mA)#(fC) (서열 번호 615)
JAK1 3033 (as) P(mU)#(fC)#(mA)(mG)(mA)(fU)(mU)(mC)(mC)(mU)(mU)(mU)(mG)#(fU)#(mA)#(fC)#(mU)#(mU)#(mC)#(fA) (서열 번호 616)
JAK2 1936 (as) P(mU)#(fC)#(mA)(mA)(mA)(fC)(mA)(mG)(mU)(mG)(mU)(mU)(mU)#(fA)#(mU)#(fA)#(mU)#(mU)#(mC)#(fA) (서열 번호 617)
STAT1 885 (as) P(mU)#(fA)#(mA)(mG)(mU)(fC)(mA)(mU)(mA)(mU)(mU)(mC)(mA)#(fU)#(mC)#(fU)#(mU)#(mG)#(mU)#(fA) (서열 번호 618)
IFNGR1 1641 (as) P(mU)#(fG)#(mU)(mU)(mA)(fG)(mU)(mA)(mU)(mU)(mA)(mG)(mC)#(fU)#(mA)#(fA)#(mU)#(mG)#(mU)#(fA) (서열 번호 619)
JAK2 2076 (as) P(mU)#(fG)#(mU)(mA)(mA)(fA)(mA)(mG)(mU)(mA)(mC)(mC)(mU)#(fU)#(mG)#(fG)#(mC)#(mC)#(mA)#(fA) (서열 번호 620)
참조에 의한 통합
본 출원 전반에 걸쳐 인용될 수 있는 모든 인용 참고문헌(참고문헌, 특허, 특허 출원 및 웹사이트 포함)의 내용은 여기에 인용된 참고문헌과 마찬가지로 어떤 목적으로든 전체 내용이 참고문헌으로 명시적으로 포함된다. 본 개시 내용은 달리 명시되지 않는 한, 당업계에 잘 알려져 있는 면역학, 분자 생물학 및 세포 생물학의 통상적인 기술을 사용할 것이다.
본 개시 내용은 또한 분자 생물학 및 약물 전달 분야에 잘 알려진 기술 전체를 참고로 포함한다. 이러한 기술에는 다음 간행물에 설명된 기술이 포함되지만 이에 국한되지는 않는다.
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등가물
본 개시 내용은 그 정신이나 본질적인 특징을 벗어나지 않고 다른 구체적인 형태로 구체화될 수 있다. 그러므로 전술한 실시 형태들은 모든 면에서 본 개시를 제한하기보다는 예시적인 것으로 간주되어야 한다. 따라서 본 개시 내용의 범위는 전술한 설명보다는 첨부된 청구범위에 의해 표시되며, 따라서 청구범위의 의미 및 균등 범위 내에 있는 모든 변경은 본 명세서에 포함되는 것으로 의도된다.

Claims (192)

  1. IFNGR1, JAK1, JAK2, 또는 STAT1로 이루어진 군으로부터 선택되는 IFN-γ 신호 전달 경로 표적 유전자를 표적으로 하는 올리고뉴클레오티드로서, 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드.
  2. 제1항에 있어서, 서열 번호 143 내지 244 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 올리고뉴클레오티드는 길이가 약 15개 뉴클레오티드 내지 25개 뉴클레오티드를 포함하는 RNA 분자인 것을 특징으로 하는 올리고뉴클레오티드.
  4. 제3항에 있어서, 상기 RNA 분자는 단일 가닥(ss) RNA 또는 이중 가닥(ds) RNA를 포함하는 것을 특징으로 하는 RNA 분자.
  5. 제4항에 있어서, 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  6. 제4항에 있어서, 서열 번호 1-96 중 어느 하나의 핵산 서열의 적어도 10, 11, 12 또는 13개의 연속 뉴클레오티드에 대한 상보성을 포함하는 dsRNA.
  7. 제4항에 있어서, 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열과 3개 이하의 미스매치를 포함하는 dsRNA.
  8. 제4항에 있어서, 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 대해 완전한 상보성을 포함하는 dsRNA.
  9. 제5항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥 및/또는 센스 가닥은 약 15개 뉴클레오티드 내지 25개 뉴클레오티드 길이를 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  10. 제5항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 길이가 20개 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  11. 제5항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 길이가 21개 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  12. 제5항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 길이가 22개 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  13. 제5항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 길이가 15개 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  14. 제5항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 길이가 16개 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  15. 제5항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 길이가 18개 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  16. 제5항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 길이가 20개 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  17. 제4항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 15개 염기쌍 내지 20개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함하는 dsRNA.
  18. 제4항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 15개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함하는 dsRNA.
  19. 제4항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 16개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함하는 dsRNA.
  20. 제4항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 18개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함하는 dsRNA.
  21. 제4항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 20개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함하는 dsRNA.
  22. 제4항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 평활 말단을 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  23. 제4항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 적어도 하나의 단일 가닥 뉴클레오티드 오버행을 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  24. 제23항에 있어서, 상기 dsRNA는 약 2개 뉴클레오티드 내지 5개 뉴클레오티드 단일 가닥 뉴클레오티드 오버행을 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  25. 제4항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 자연 발생 뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  26. 제4항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  27. 제26항에 있어서, 상기 변형된 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 변형 뉴클레오티드, 2'-데옥시-2'-플루오로 변형 뉴클레오티드, 2'-데옥시 변형 뉴클레오티드, 잠금 뉴클레오티드, 무염기 뉴클레오티드, 2'-아미노-변형 뉴클레오티드, 2'-알킬 변형 뉴클레오티드, 모르폴리노 뉴클레오티드, 포스포라미데이트, 뉴클레오티드를 포함하는 비천연 염기, 또는 이들의 혼합을 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  28. 제4항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드 간 결합을 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  29. 제28항에 있어서, 상기 변형된 뉴클레오티드 간 결합은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  30. 제4항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 4 내지 16개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 포함하는 dsRNA.
  31. 제4항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 8 내지 13개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 포함하는 dsRNA.
  32. 제4항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 적어도 하나의 하기 화학식 I의 변형된 뉴클레오티드 간 결합을 포함하고,
    [화학식 I]

    식 중,
    B는 염기쌍 형성 모이어티이고;
    W는O, OCH2, OCH, CH2, 및 CH로 이루어진 군으로부터 선택되고;
    X는 할로, 하이드록시, 및 C1-6 알콕시로 이루어진 군으로부터 선택되고;
    Y는 O-, OH, OR, NH-, NH2, S-, 및 SH로 이루어진 군으로부터 선택되고;
    Z는 O 및 CH2로 이루어진 군으로부터 선택되고;
    R은 보호기이며;
    는 선택적 이중 결합인 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  33. 제4항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 적어도 80%의 화학적으로 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  34. 제4항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 화학적으로 완전히 변형된 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  35. 제4항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 적어도 70%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  36. 제5항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 적어도 50%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형 또는 적어도 70%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  37. 제36항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 약 70% 내지 90%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  38. 제5항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 적어도 65%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형 또는 적어도 70%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  39. 제38항에 있어서, 상기 센스 가닥은 100%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  40. 제5항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 상기 안티센스 가닥과 상기 센스 가닥 간에 하나 이상의 뉴클레오티드 미스매치를 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  41. 제40항에 있어서, 상기 하나 이상의 뉴클레오티드 미스매치는 센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 2, 6 및 12에 존재하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  42. 제40항에 있어서, 상기 뉴클레오티드 미스매치는 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 위치 2, 6 및 12에 존재하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  43. 제5항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 5' 포스페이트, 5'-알킬 포스포네이트, 5' 알킬렌 포스포네이트, 또는 5' 알케닐 포스포네이트를 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  44. 제43항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 5' 비닐 포스포네이트를 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  45. 제4항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 교호하는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드 및 2'-플루오로-리보뉴클레오티드를 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 교호하는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드 및 2'-플루오로-리보뉴클레오티드를 포함하며;
    (7) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  46. 제4항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 적어도 70%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 적어도 70%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며;
    (7) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  47. 제4항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 적어도 85%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 100%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며;
    (7) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  48. 제4항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 4, 5, 6 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 100%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며;
    (7) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  49. 제4항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 4, 5, 6 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 100%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며;
    (7) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  50. 제4항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6, 14 및 16 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 적어도 70%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (7) 상기 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 9, 10 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며;
    (8) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  51. 제4항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 적어도 80%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (7) 상기 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 10 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며;
    (8) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  52. 제4항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 적어도 50%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 4, 5, 6, 8, 10, 12, 14, 16 및 20 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-8 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 적어도 65%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (7) 상기 센스 가닥의 3' 말단으로부터 3, 7, 9, 11 및 13 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며;
    (8) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  53. 제4항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6, 14, 16 및 20 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-7 및 19-20 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 적어도 65%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (7) 상기 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 9, 10 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며;
    (8) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  54. 이중 가닥 RNA(dsRNA) 분자로서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 IFN-γ 신호전달 경로 표적 유전자 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 길이가 21개 뉴클레오티드이고;
    (3) 상기 안티센스 가닥은 적어도 50%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 4, 5, 6, 8, 10, 12, 14, 16 및 20 위치 중 어느 하나에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-8 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (6) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (7) 상기 센스 가닥은 길이가 16개 뉴클레오티드이고;
    (8) 상기 센스 가닥은 적어도 65%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (9) 상기 센스 가닥의 3' 말단으로부터 3, 7, 9, 11 및 13 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며;
    (10) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 dsRNA 분자.
  55. 제45항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 기능성 모이어티가 상기 안티센스 가닥의 5' 말단 및/또는 3' 말단에 결합되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  56. 제45항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 기능성 모이어티가 상기 센스 가닥의 5' 말단 및/또는 3' 말단에 결합되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  57. 제45항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 기능성 모이어티가 상기 센스 가닥의 3' 말단에 결합되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  58. 제55항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기능성 모이어티는 소수성 모이어티를 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  59. 제58항에 있어서, 상기 소수성 모이어티는 지방산, 스테로이드, 세코스테로이드, 지질, 강글리오시드, 뉴클레오시드 유사체, 엔도카나비노이드, 비타민, 및 이들의 혼합물로 이루어진 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  60. 제59항에 있어서, 상기 스테로이드는 콜레스테롤 및 리토콜산(LCA)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  61. 제59항에 있어서, 상기 지방산은 에이코사펜타엔산(EPA), 도코사헥사엔산(DHA) 및 도코사노산(DCA)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  62. 제59항에 있어서, 상기 비타민은 콜린, 비타민 A, 비타민 E, 및 이들의 유도체 또는 대사 산물로 이루어진 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  63. 제62항에 있어서, 상기 비타민은 레티노산 및 알파-토코페릴 숙시네이트로 이루어진 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  64. 제5항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기능성 모이어티는 링커에 의해 상기 안티센스 가닥 및/또는 상기 센스 가닥에 연결되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  65. 제64항에 있어서, 상기 링커는 2가 또는 3가 링커를 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  66. 제65항에 있어서, 상기 2가 또는 3가 링커는

    ; 및 으로 이루어진 군으로부터 선택되고,
    상기 식 중, n은 1, 2, 3, 4, 또는 5인 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  67. 제64항 또는 제65항에 있어서, 상기 링커는 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스포디에스테르, 포스포로티오에이트, 포스포라미데이트, 아미드, 카바메이트, 또는 이의 조합을 포함하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  68. 제65항 또는 제66항에 있어서, 상기 링커가 3가 링커인 경우, 상기 링커는 포스포디에스테르 또는 포스포디에스테르 유도체를 추가로 연결하는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  69. 제68항에 있어서, 상기 포스포디에스테르 또는 포스포디에스테르 유도체는
    [화학식 Zc1]
    ;
    [화학식 Zc2]
    ;
    [화학식 Zc3]
    ; 및
    [화학식 Zc4]
    로 이루어진 군으로부터 선택되고,
    상기 식 중, X는 O, S 또는 BH3인 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  70. 제5항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥의 3' 말단으로부터 1 및 2 위치에 있는 뉴클레오티드, 및 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 및 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 결합을 통해 인접한 리보뉴클레오티드에 연결되는 것을 특징으로 하는 dsRNA.
  71. IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1로 이루어진 군으로부터 선택되는 IFN-γ 신호전달 경로 유전자의 유기체 내 발현을 억제하기 위한 약제학적 조성물로서, 제4항 내지 제70항 중 어느 하나의 dsRNA 및 약제학적으로 허용 가능한 담체를 포함하는 약제학적 조성물.
  72. 제71항에 있어서, 상기 dsRNA는 상기 유전자의 발현을 적어도 50% 억제하는 것을 특징으로 하는 약제학적 조성물.
  73. 제71항에 있어서, 상기 dsRNA는 상기 유전자의 발현을 적어도 80% 억제하는 것을 특징으로 하는 약제학적 조성물.
  74. 제71항에 있어서, 상기 dsRNA는 케모카인 CXCL9의 발현을 적어도 20% 내지 적어도 80% 감소시키는 것을 특징으로 하는 약제학적 조성물.
  75. IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1로 이루어진 군으로부터 선택되는 IFN-γ 신호전달 경로 유전자의 세포 내 발현을 억제하는 방법으로서,
    (a) 청구항 4 내지 70 중 어느 한 항의 이중 가닥 리보핵산(dsRNA)을 상기 세포 내로 도입하는 단계; 및
    (b) 단계 (a)에서 생성된 세포를 유전자의 mRNA 전사체가 분해되기에 충분한 시간 동안 유지하여, 상기 세포에서 유전자의 발현을 억제하는 단계를 포함하는 방법.
  76. 이를 필요로 하는 대상체의 백반증을 치료하는 방법으로서, IFN-γ 신호전달 경로 표적 유전자에 대해 충분한 상보성을 포함하는 치료적 유효량의 올리고뉴클레오티드를 상기 대상체에게 투여함으로써 상기 대상체를 치료하는 단계를 포함하는 방법.
  77. 제76항에 있어서, 치료적 유효량의 제4항 내지 제70항 중 어느 한 항의 dsRNA를 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  78. 제77항에 있어서, 상기 dsRNA는 정맥 내(IV) 주사, 피하(SQ) 주사 또는 이의 조합에 의해 투여되는 것을 특징으로 하는 방법.
  79. 제75항 내지 제78항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 상기 유전자의 발현을 적어도 50% 억제하는 것을 특징으로 하는 방법.
  80. 제75항 내지 제78항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 상기 유전자의 발현을 적어도 80% 억제하는 것을 특징으로 하는 방법.
  81. 제75항 내지 제78항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 사이토카인 CXCL9의 발현을 적어도 20% 내지 적어도 80% 감소시키는 것을 특징으로 하는 방법.
  82. 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 RNA 분자를 부호화하는 뉴클레오티드 서열에 작동 가능하게 연결된 조절 서열을 포함하는 벡터.
  83. 제82항에 있어서, 상기 RNA 분자는 상기 유전자의 발현을 적어도 50% 억제하는 것을 특징으로 하는 벡터.
  84. 제82항에 있어서, 상기 RNA 분자는 상기 유전자의 발현을 적어도 80% 억제하는 것을 특징으로 하는 벡터.
  85. 제82항에 있어서, 상기 RNA 분자는 사이토카인 CXCL9의 발현을 적어도 20% 내지 적어도 80% 감소시키는 것을 특징으로하는 벡터.
  86. 제82항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 RNA 분자는 ssRNA 또는 dsRNA를 포함하는 것을 특징으로 하는 벡터.
  87. 제86항에 있어서, 상기 dsRNA는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 벡터.
  88. 제82항 내지 제87항 중 어느 한 항의 벡터를 포함하는 세포.
  89. 제82항 내지 제87항 중 어느 한 항의 벡터 및 AAV 캡시드를 포함하는 재조합 아데노 부속 바이러스(rAAV).
  90. 분지형 RNA 화합물로서,
    15 내지 35개의 뉴클레오티드 길이를 포함하는 2개 이상의 RNA 분자, 및
    IFNGR1, JAK1, JAK2 또는 STAT1로 이루어진 군으로부터 선택되는 IFN-γ 신호전달 경로 표적 유전자 mRNA에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고,
    상기 2개의 RNA 분자는 링커, 스페이서 및 분지점으로부터 독립적으로 선택되는 하나 이상의 모이어티에 의해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  91. 제90항에 있어서, 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하는 분지형 RNA 화합물.
  92. 제90항에 있어서, 서열 번호 143 내지 244 중 어느 하나의 핵산 서열 중 하나 이상에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하는 분지형 RNA 화합물.
  93. 제90항 내지 제92항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 RNA 분자는 ssRNA 및 dsRNA 중 하나 또는 둘 다를 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  94. 제90항 내지 제92항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 RNA 분자는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  95. 제90항 내지 제92항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 RNA 분자는 15 내지 25개의 뉴클레오티드 길이를 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  96. 제90항 내지 제92항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 RNA 분자는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 dsRNA를 포함하고, 각각의 안티센스 가닥은 독립적으로 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  97. 제96항에 있어서, 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열의 적어도 10, 11, 12 또는 13개의 연속 뉴클레오티드에 대한 상보성을 포함하는 분지형 RNA 화합물.
  98. 제96항에 있어서, 각각의 RNA 분자는 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열과 3개 이하의 미스매치를 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  99. 제96항에 있어서, 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 대해 완전한 상보성을 포함하는 분지형 RNA 화합물.
  100. 제96항 내지 제99항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥 및/또는 센스 가닥은 약 15개 뉴클레오티드 내지 25개 뉴클레오티드 길이를 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  101. 제96항 내지 제100항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 길이가 20개 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  102. 제96항 내지 제100항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 길이가 21개 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  103. 제96항 내지 제100항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 길이가 22개 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  104. 제96항 내지 제100항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 길이가 15개 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  105. 제96항 내지 제100항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 길이가 16개 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  106. 제96항 내지 제100항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 길이가 18개 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  107. 제96항 내지 제100항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 길이가 20개 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  108. 제93항 내지 제107항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 15개 염기쌍 내지 20개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  109. 제93항 내지 제107항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 15개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  110. 제93항 내지 제107항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 16개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  111. 제93항 내지 제107항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 18개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  112. 제93항 내지 제107항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 20개 염기쌍의 이중 가닥 영역을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  113. 제93항 내지 제112항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 평활 말단을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  114. 제93항 내지 제112항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 적어도 하나의 단일 가닥 뉴클레오티드 오버행을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  115. 제93항 내지 제114항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 2-뉴클레오티드 내지 5-뉴클레오티드 단일 가닥 뉴클레오티드 오버행을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  116. 제93항 내지 제115항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 자연 발생 뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  117. 제93항 내지 제116항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  118. 제117항에 있어서, 상기 변형된 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 변형 뉴클레오티드, 2'-데옥시-2'-플루오로 변형 뉴클레오티드, 2'-데옥시 변형 뉴클레오티드, 잠금 뉴클레오티드, 무염기 뉴클레오티드, 2'-아미노-변형 뉴클레오티드, 2'-알킬 변형 뉴클레오티드, 모르폴리노 뉴클레오티드, 포스포라미데이트, 또는 뉴클레오티드를 포함하는 비천연 염기를 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  119. 제93항 내지 제118항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드 간 결합을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  120. 제119항에 있어서, 상기 변형된 뉴클레오티드 간 결합은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  121. 제93항 내지 제120항 중 어느 한 항에 있어서, 4 내지 16개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 포함하는 분지형 RNA 화합물.
  122. 제93항 내지 제120항 중 어느 한 항에 있어서, 8 내지 13개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 포함하는 분지형 RNA 화합물.
  123. 제93항 내지 제118항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 적어도 하나의 하기 화학식 I의 변형된 뉴클레오티드 간 결합을 포함하고,
    [화학식 I]

    식 중,
    B는 염기쌍 형성 모이어티이고;
    W는O, OCH2, OCH, CH2, 및 CH로 이루어진 군으로부터 선택되고;
    X는 할로, 하이드록시, 및 C1-6 알콕시로 이루어진 군으로부터 선택되고;
    Y는 O-, OH, OR, NH-, NH2, S-, 및 SH로 이루어진 군으로부터 선택되고;
    Z는 O 및 CH2로 이루어진 군으로부터 선택되고;
    R은 보호기이며;
    는 선택적 이중 결합인 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  124. 제93항 내지 제123항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 적어도 80%의 화학적으로 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  125. 제93항 내지 제123항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 화학적으로 완전히 변형된 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  126. 제93항 내지 제123항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 적어도 70%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  127. 제96항 내지 제123항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 적어도 50%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  128. 제96항 내지 제123항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 적어도 70%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  129. 제128항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 약 70% 내지 90%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  130. 제96항 내지 제123항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 적어도 65%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  131. 제96항 내지 제123항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 적어도 70%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  132. 제131항에 있어서, 상기 센스 가닥은 100%의 2'-O-메틸 뉴클레오티드 변형을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  133. 제96항 내지 제132항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 상기 안티센스 가닥과 상기 센스 가닥 간에 하나 이상의 뉴클레오티드 미스매치를 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  134. 제133항에 있어서, 상기 하나 이상의 뉴클레오티드 미스매치는 센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6 및 12 위치에 존재하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  135. 제133항에 있어서, 상기 뉴클레오티드 미스매치는 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6 및 12 위치에 존재하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  136. 제5항 내지 제135항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 5' 포스페이트, 5'-알킬 포스포네이트, 5' 알킬렌 포스포네이트, 5' 알케닐 포스포네이트, 또는 이들의 혼합을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  137. 제136항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 5' 비닐 포스포네이트를 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  138. 제93항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 교호하는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드 및 2'-플루오로-리보뉴클레오티드를 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 교호하는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드 및 2'-플루오로-리보뉴클레오티드를 포함하고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 교호하는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드 및 2'-플루오로-리보뉴클레오티드를 포함하며;
    (7) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  139. 제93항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 적어도 70%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 적어도 70%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며;
    (7) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  140. 제93항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 적어도 85%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 100%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며;
    (7) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  141. 제93항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 4, 5, 6 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 100%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며;
    (7) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  142. 제93항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 4, 5, 6 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 100%의 2'-O-메틸 변형을 포함하며;
    (7) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  143. 제93항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6, 14 및 16 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 적어도 70%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (7) 상기 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 9, 10 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며;
    (8) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  144. 제93항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6 및 14 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-7 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 적어도 80%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (7) 상기 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 10 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며;
    (8) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  145. 제93항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 적어도 50%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 4, 5, 6, 8, 10, 12, 14, 16 및 20 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    ((4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-8 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 적어도 65%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (7) 상기 센스 가닥의 3' 말단으로부터 3, 7, 9, 11 및 13 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며;
    (8) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 3 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  146. 제93항에 있어서, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 적어도 75%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 6, 14, 16 및 20 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-7 및 19-20 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 적어도 65%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (7) 상기 센스 가닥의 3' 말단으로부터 7, 9, 10 및 11 위치에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며;
    (8) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1-2 및 14-15 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  147. 분지형 RNA 화합물로서,
    15 내지 35개의 뉴클레오티드 길이를 포함하는 2개 이상의 RNA 분자, 및
    IFN-γ 신호전달 경로 표적 유전자 mRNA에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고,
    상기 2개의 RNA 분자는 링커, 스페이서 및 분지점으로부터 독립적으로 선택되는 하나 이상의 모이어티에 의해 서로 연결되고,
    상기 RNA 분자는 dsRNA를 포함하며, 상기 dsRNA는 안티센스 가닥 및 센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 5' 말단 및 3' 말단을 갖고,
    (1) 상기 안티센스 가닥은 IFN-γ 신호전달 경로 표적 유전자 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    (2) 상기 안티센스 가닥은 적어도 50%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (3) 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 2, 4, 5, 6, 8, 10, 12, 14, 16 및 20 위치 중 어느 하나에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니고;
    (4) 상기 안티센스 가닥의 3' 말단으로부터 1-2 내지 1-8 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되고;
    (5) 상기 안티센스 가닥의 일부는 상기 센스 가닥의 일부에 상보적이고;
    (6) 상기 센스 가닥은 적어도 65%의 2'-O-메틸 변형을 포함하고;
    (7) 상기 센스 가닥의 3' 말단으로부터 3, 7, 9, 11 및 13 위치 중 임의의 하나 이상에 있는 뉴클레오티드는 2'-메톡시-리보뉴클레오티드가 아니며;
    (8) 상기 센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 내지 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드 간 결합을 통해 서로 연결되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  148. 제96항 내지 제147항 중 어느 한 항에 있어서, 기능성 모이어티가 상기 안티센스 가닥의 5' 말단 및/또는 3' 말단에 결합되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  149. 제96항 내지 제147항 중 어느 한 항에 있어서, 기능성 모이어티가 상기 센스 가닥의 5' 말단 및/또는 3' 말단에 결합되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  150. 제96항 내지 제147항 중 어느 한 항에 있어서, 기능성 모이어티가 상기 센스 가닥의 3' 말단에 결합되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  151. 제148항 내지 제150항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기능성 모이어티는 소수성 모이어티를 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  152. 제151항에 있어서, 상기 소수성 모이어티는 지방산, 스테로이드, 세코스테로이드, 지질, 강글리오시드 및 뉴클레오시드 유사체, 엔도카나비노이드, 비타민, 및 이들의 혼합물로 이루어진 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  153. 제152항에 있어서, 상기 스테로이드는 콜레스테롤 및 리토콜산(LCA)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  154. 제152항에 있어서, 상기 지방산은 에이코사펜타엔산(EPA), 도코사헥사엔산(DHA) 및 도코사노산(DCA)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  155. 제152항에 있어서, 상기 비타민은 콜린, 비타민 A, 비타민 E, 및 이들의 유도체 또는 대사 산물로 이루어진 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  156. 제152항에 있어서, 상기 비타민은 레티노산 및 알파-토코페릴 숙시네이트로 이루어진 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  157. 제148항 내지 제156항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기능성 모이어티는 링커에 의해 상기 안티센스 가닥 및/또는 상기 센스 가닥에 연결되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  158. 제157항에 있어서, 상기 링커는 2가 또는 3가 링커를 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  159. 제158항에 있어서, 상기 2가 또는 3가 링커는

    ; 및 으로 이루어진 군으로부터 선택되고,
    상기 식 중 n은 1, 2, 3, 4, 또는 5인 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  160. 제157항 또는 제158항에 있어서, 상기 링커는 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스포디에스테르, 포스포로티오에이트, 포스포라미데이트, 아미드, 카바메이트, 또는 이의 조합을 포함하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  161. 제158항에 있어서, 상기 링커가 3가 링커인 경우, 상기 링커는 포스포디에스테르 또는 포스포디에스테르 유도체를 추가로 연결하는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  162. 제161항에 있어서, 상기 포스포디에스테르 또는 포스포디에스테르 유도체는
    [화학식 Zc1]
    ;
    [화학식 Zc2]
    ;
    [화학식 Zc3]
    ; 및
    [화학식 Zc4]
    로 이루어진 군으로부터 선택되고,
    상기 식 중 X는 O, S 또는 BH3인 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  163. 제96항 내지 제162항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥의 3' 말단으로부터 1 및 2 위치에 있는 뉴클레오티드, 및 상기 안티센스 가닥의 5' 말단으로부터 1 및 2 위치에 있는 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 결합을 통해 인접한 리보뉴클레오티드에 연결되는 것을 특징으로 하는 분지형 RNA 화합물.
  164. 하기 화학식 I의 화합물로서,
    [화학식 I]

    식 중,
    L은 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스페이트, 포스포네이트, 포스포라미데이트, 에스테르, 아미드, 트리아졸, 또는 이들의 조합을 포함하고, 상기 화학식 I은 선택적으로 하나 이상의 분지점(B) 및 하나 이상의 스페이서(S)를 더 포함하고,
    B는 각 경우에 대해 독립적으로 다가 유기종 또는 이의 유도체이고;
    S는 각 경우에 대해 독립적으로 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스페이트, 포스포네이트, 포스포라미데이트, 에스테르, 아미드, 트리아졸, 또는 이들의 조합을 포함하며;
    N은 센스 가닥과 안티센스 가닥을 포함하는 15 내지 35개의 염기 길이를 포함하는 이중 가닥 핵산이고;
    상기 안티센스 가닥은 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 서열을 포함하고;
    상기 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 각각 독립적으로 하나 이상의 화학적 변형을 포함하며;
    n은 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8인 것을 특징으로 하는 화합물.
  165. 제164항에 있어서, 하기 화학식 (I-1) 내지 (I-9)로부터 선택되는 구조를 갖는 화합물.
  166. 제165항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은

    및 으로 이루어진 군으로부터 선택되는 5' 말단 기 R을 포함하는 것을 특징으로 하는 화합물.
  167. 제164항에 있어서, 하기 화학식 II의 구조를 갖는 화합물로서,
    [화학식 II]

    식 중,
    X는 각각의 경우에 대해 독립적으로 아데노신, 구아노신, 유리딘, 시티딘, 및 이들의 화학적으로 변형된 유도체로부터 선택되고;
    Y는 각각의 경우에 대해 독립적으로 아데노신, 구아노신, 유리딘, 시티딘, 및 이들의 화학적으로 변형된 유도체로부터 선택되고;
    -는 포스포디에스테르 뉴클레오시드 간 결합을 나타내고;
    =는 포스포로티오에이트 뉴클레오시드 간 결합을 나타내며;
    ---는 각 경우에 대해 개별적으로 염기쌍 상호작용 또는 미스매치를 나타내는 것을 특징으로 하는 화합물.
  168. 제164항에 있어서, 하기 화학식 IV의 구조를 갖는 화합물로서,
    [화학식 IV]

    식 중,
    X는 각각의 경우에 대해 독립적으로 아데노신, 구아노신, 유리딘, 시티딘, 및 이들의 화학적으로 변형된 유도체로부터 선택되고;
    Y는 각각의 경우에 대해 독립적으로 아데노신, 구아노신, 유리딘, 시티딘, 및 이들의 화학적으로 변형된 유도체로부터 선택되고;
    -는 포스포디에스테르 뉴클레오시드 간 결합을 나타내고;
    =는 포스포로티오에이트 뉴클레오시드 간 결합을 나타내며;
    ---는 각 경우에 대해 개별적으로 염기쌍 상호작용 또는 미스매치를 나타내는 것을 특징으로 하는 화합물.
  169. 제164항 내지 제168항 중 어느 한 항에 있어서, L은 하기 구조 L1을 갖는 것을 특징으로 하는 화합물.
    [구조 L1]
    .
  170. 제169항에 있어서, R은 R3이고 n은 2인 것을 특징으로 하는 화합물.
  171. 제164항 내지 제168항 중 어느 한 항에 있어서, L은 하기 구조 L2을 갖는 것을 특징으로 하는 화합물.
    [구조 L2]
    .
  172. 제171항에 있어서, R은 R3이고 n은 2인 것을 특징으로 하는 화합물.
  173. 하기 화학식 VI의 구조를 갖는 치료용 핵산 전달 시스템으로서,
    [화학식 VI]

    식 중,
    L은 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스페이트, 포스포네이트, 포스포라미데이트, 에스테르, 아미드, 트리아졸, 또는 이들의 조합을 포함하고, 상기 화학식 VI은 선택적으로 하나 이상의 분지점(B) 및 하나 이상의 스페이서(S)를 더 포함하고,
    B는 각 경우에 대해 독립적으로 다가 유기종 또는 이의 유도체를 포함하고;
    S는 각 경우에 대해 독립적으로 에틸렌 글리콜 사슬, 알킬 사슬, 펩티드, RNA, DNA, 포스페이트, 포스포네이트, 포스포라미데이트, 에스테르, 아미드, 트리아졸, 또는 이들의 조합을 포함하고;
    각각의 cNA는 독립적으로 하나 이상의 화학적 변형을 포함하는 담체 핵산이고;
    각각의 cNA는 독립적으로 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열의 적어도 15개의 연속 뉴클레오티드를 포함하며;
    n은 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8인 것을 특징으로 하는 화합물.
  174. 제173항에 있어서, 하기 화학식 VI-1 내지 VI-9로부터 선택되는 구조를 갖는 전달 시스템:
  175. 제173항에 있어서, 각각의 cNA는 독립적으로 화학적으로 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 전달 시스템.
  176. 제173항에 있어서, n개의 치료용 핵산(NA)을 더 포함하고, 각각의 NA는 적어도 하나의 cNA에 혼성화되는 것을 특징으로 하는 전달 시스템.
  177. 제176항에 있어서, 각각의 NA는 독립적으로 적어도 16개의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 전달 시스템.
  178. 제177항에 있어서, 각각의 cNA는 독립적으로 16 내지 20개의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 전달 시스템.
  179. 제176항에 있어서, 각각의 NA는 적어도 2개의 뉴클레오티드의 짝을 이루지 않은오버행을 포함하는 것을 특징으로 하는 전달 시스템.
  180. 제179항에 있어서, 상기 오버행의 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결되는 것을 특징으로 하는 전달 시스템.
  181. 제176항에 있어서, 각각의 NA는 독립적으로 DNA, siRNA, 안타고미르(antagomiR), miRNA, 갭머(gapmer), 믹스머(mixmer), 및 가이드 RNA로 이루어진 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 전달 시스템.
  182. 제176항에 있어서, 각각의 NA는 서열 번호 1 내지 96 중 어느 하나의 핵산 서열에 실질적으로 상보적인 것을 특징으로 하는 전달 시스템.
  183. IFN-γ 신호전달 경로 표적 유전자의 유기체 내 발현을 억제하기 위한 약제학적 조성물로서, 제90항 내지 제172항 중 어느 한 항의 화합물 또는 제173항 내지 182항 중 어느 한 항의 시스템, 및 약제학적으로 허용되는 담체를 포함하는 약제학적 조성물.
  184. 제183항에 있어서, 상기 화합물 또는 시스템은 상기 유전자의 발현을 적어도 50% 억제하는 것을 특징으로 하는 약제학적 조성물.
  185. 제183항에 있어서, 상기 화합물 또는 시스템은 상기 유전자의 발현을 적어도 80% 억제하는 것을 특징으로 하는 약제학적 조성물.
  186. 제183항에 있어서, 제183항에 있어서, 상기 화합물 또는 시스템은 사이토카인 CXCL9의 발현을 적어도 20% 내지 적어도 80% 감소시키는 것을 특징으로 하는 약제학적 조성물.
  187. IFN-γ 신호전달 경로 표적 유전자의 세포 내 발현을 억제하는 방법으로서,
    (a) 제90항 내지 제172항 중 어느 한 항의 화합물 또는 제173항 내지 제182항 중 어느 한 항의 시스템을 세포 내로 도입하는 단계; 및
    (b) 단계 (a)에서 생성된 세포를 유전자의 mRNA 전사체가 분해되기에 충분한 시간 동안 유지하여, 상기 세포에서 유전자의 발현을 억제하는 단계를 포함하는 방법.
  188. 이를 필요로 하는 대상체의 백반증을 치료하는 방법으로서, 치료적 유효량의 제90항 내지 제172항 중 어느 한 항의 화합물 또는 제173항 내지 제182항 중 어느 한 항의 시스템을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  189. 제188항에 있어서, 상기 dsRNA는 정맥 내(IV) 주사, 피하(SQ) 주사 또는 이의 조합에 의해 투여되는 것을 특징으로 하는 방법.
  190. 제187항 내지 제189항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 상기 유전자의 발현을 적어도 50% 억제하는 것을 특징으로 하는 방법.
  191. 제187항 내지 제189항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 상기 유전자의 발현을 적어도 80% 억제하는 것을 특징으로 하는 방법.
  192. 제187항 내지 제189항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 dsRNA는 사이토카인 CXCL9의 발현을 적어도 20% 내지 적어도 80% 감소시키는 것을 특징으로 하는 방법.
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