KR20240036049A - 공통 종양 특이적 t 세포 수용체 및 항원의 식별 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 공통으로 환자에 걸친 종양 특이적 T 세포 수용체(TCR) 및 이에 상응하는 항원을 식별하는 방법에 관한 것이다. 본 발명은 또한 이들 TCR 서열, TCR을 코딩하는 핵산 및 TCR 및/또는 코딩 핵산을 포함하는 T 세포에 관한 것이다.
Description
본 발명은 공통으로 환자에 걸친 종양 특이적 T 세포 수용체(TCR) 및 이에 대응하는 항원을 식별하는 방법에 관한 것이다. 본 발명은 또한 이들 TCR 서열, TCR을 코딩하는 핵산, 및 TCR 및/또는 코딩 핵산을 포함하는 T 세포에 관한 것이다.
면역 체계가 종양과 싸우고 거부할 수 있다고 밝혀진 이후로 치료 또는 예방 암 백신을 개발하기 위해 많은 노력이 이루어져 왔다. 백신 접종에 적합한 종양 항원은 세 가지 기본 요구 사항을 결합해야 하기 때문에 이러한 노력은 항원 발견에서 어려움에 직면했다. 효과적인 치료 반응을 이끌어내기 위해서는 면역원성(immunogenic)이 있어야 한다. 특히 예방적 환경에서 안전한 치료를 위해서는 종양 특이적이어야 한다. 그러나, 병원체 관련 항원(pathogen-associated antigen)과의 교차 반응성은 본 발명의 범위 내에 있다. 마지막으로, 많은 환자의 종양에서 발현되는 공유 항원을 식별할 필요가 있다.
지난 10년 동안 두 가지 높은 처리량 플랫폼이 개발되어 종양 항원 발견에 광범위하게 사용되었다. 그러나 둘 다 제한된 범위에서만 요구 사항을 충족한다. 전체 엑솜 서열 분석 접근법을 통해 종양 특이적 돌연변이 항원을 명확하게 식별할 수 있다. 그러나 특정 재발성 동인 돌연변이를 제외하고 식별된 돌연변이 반응성 항원의 대부분은 환자 특이적이다. 반면, 질량 분광학 기반 접근법은 서로 다른 환자의 종양에서 공유된 HLA-제시 펩타이드를 검출할 수 있다. 그러나 이러한 펩타이드의 면역원성과 종양 특이성을 입증하는 것은 여전히 어려운 과제로 남아 있다.
종양 반응성 키메라 항원 수용체(CAR-T 세포) 또는 T-세포 수용체(TCR)를 발현하도록 유전적으로 조작된 T 세포를 이용한 입양 세포 치료(ACT)는 암 환자를 위한 유망한 치료 전략이다. 특정 계통 특이적 세포 표면 항원에 대한 CAR-T 세포가 높은 효능과 관리 가능한 부작용으로 인해 승인된 혈액학적 악성 종양과 달리, 고형암의 경우 CAR-T 세포의 적용이 종양 제한 발현을 갖는 세포 표면 표적 항원의 부족으로 (현재) 불가능하다. (환자) HLA 분자(pMHC)에 의해 제시된 종양 관련 또는 종양 특이적 항원(TAA 또는 TSA)의 펩타이드를 인식하는 종양 특이적 형질전환 TCR(tsTCRtg-T 세포)을 발현하도록 유전적으로 조작된 T 세포는 매력적인 대안을 나타낸다. TAA(예를 들어, 암/생식계열-, 분화-, 과발현된 항원) 및 바이러스(v)TSA(바이러스 병인이 있는 종양)는 종양 간에 널리 공유될 수 있으며 결과적으로 HLA 일치 환자에서 공통 pMHC가 나타날 수 있지만, (비바이러스) TSA(신생항원)의 대부분은 개별 암에 고유하다. 생성된 다양한 pMHC는 개별 피험자의 개인 항원으로 간주되어야 한다. 그러나 소수의 경우 악성 종양의 공통 유발 유전자에 영향을 미치고 종양 간에 공유되는 점 돌연변이 또는 염색체 전좌(chromosomal translocation)로 인한 TSA는 면역원성인 것으로 나타났다(예를 들어, RAS-, TP53-, BRAF-, PIK3CA-돌연변이 및 ALK, ROS, NTRK, RET 등을 포함하는 전좌). 또한, 종양 특이적 비밀(“암흑 물질”) 또는 비정상적으로 접합되 전사체와 같이 훨씬 더 잘 정의된 항원 범주는 종양 간에 공유되고 T 세포에 의해 인식될 가능성이 있다.
이전에, 발명자는 TIL로부터 얻은 CDR3 서열을 인접 조직의 T 세포와 비교함으로써 종양 특이적 T 세포 수용체를 식별하는 방법을 개발했다(WO 2017/025564 A1). 따라서, 환자의 종양 대 비종양에서 T 세포 클론의 증가된 존재에 의해 종양 특이성을 묘사하는 것이 가능하다. 그러나 대부분의 종양 특이적 항원은 개별 환자에게만 국한된 돌연변이를 통해 발생한다. 개인 신생항원은 맞춤형 tsTCRtg-T 세포 치료법으로 표적화될 수 있는 반면, 공유 TAA 또는 TSA는 일치하는 HLA 대립유전자가 발현되는 환자의 상용 tsTCRtg-T 세포 치료법에 이상적인 표적이다. 맞춤형 치료법은 시간이 많이 걸리고 비용이 많이 들며 FDA와 EMA(ATMP, 첨단 의약품; 유전자 치료 의약품)에 의해 엄격하게 규제된다. 또한, 많은 환자의 질병은 맞춤형 치료법이 만들어지는 것보다 더 빠르게 진행된다. 따라서 TIL-레퍼토리에서 동일하거나 매우 유사한 항원 인식 도메인(CDR3α 및 -β)을 스캔하여 이러한 공통 종양 특이적 TCR의 담체(carrier)를 식별하는 방법을 개발하여 기성품(off-the-shelf) 치료 수용체를 제공하고 동시에 추가적인 치료 옵션을 위해 공유된 종양 특이적 항원을 식별할 수 있는 기회를 열어주는 것이 매우 유리할 것이다.
위에서 언급한 최신 기술을 기반으로, 본 발명의 목적은 공통 종양 특이적 TCR 서열 및 이에 상응하는 항원을 식별하는 수단 및 방법을 제공하는 것이다. 이러한 목적은 본 명세서의 종속항, 실시예, 도면 및 일반적인 설명에 기술된 추가적인 유리한 실시예와 함께 본 명세서의 독립항의 주제에 의해 달성된다.
특이성 및 기능 테스트에서 중요한 검증이 필요한 항원 후보로 시작하는 대신, 대체 방법은 공유된 종양 항원에서 발생하는 특정 효과를 검색하는 다양한 암 환자의 종양에서 T 세포 레퍼토리를 분석하는 것이다. T 세포가 종양에 침투하여 종양 항원과의 특정 수용체 매개 상호작용을 유발하면 이러한 만남 후에 종양 내 클론이 활성화, 증식 및 농축된다. 따라서, 종양과 인접한 비종양 조직 사이의 TCR 클론형 빈도의 비율에 의해 정량적으로 결정된 바와 같이, 이 독특한 TCR 클론형의 바람직한 국소화는 종양 특이성의 예측 인자이다. 이 기술은 WO 2017/025564 A1에 설명된다. 이러한 독특한 종양 특이적 TCR 클론형 또는 구조적으로 밀접하게 관련된 TCR 클론형(TCR 클러스터라고 함)이 다른 환자의 종양에서 검출되는 경우, 이는 해당 환자에게 공유된 종양 항원이 존재함을 나타낸다. 이는 공유 항원 에피토프를 나타내는 HLA 대립유전자의 특성을 드러내는 HLA 일치 환자에서 TCR 클러스터가 검출될 때 특히 유익하다. 마지막 단계로 예를 들어 단일 세포 기술을 사용함으로써 클러스터 TCR의 완전한 설명은 공유 항원에 대한 특이성을 갖는 α/β-TCR을 생성할 것이다.
공유 종양 항원에 대한 특이성을 갖는 이러한 HLA 제한 α/β-TCR은 중요한 적용의 출발점이다.
전례 없는 새로운 도구로서 공유 종양 항원에 대한 표적 검색을 안내하는 항원 발견의 특정 프로브로 사용될 수 있다.
벡터 형태의 “기성품” TCR로서 면역 치료 개입을 위해 암 환자의 자가 T 세포로의 형질도입에 사용될 수 있다. 적격성은 클러스터 TCR의 담체이거나 알려진 공유 종양 항원의 담체인 HLA 일치 환자이다.
새로운 유전 공학 기술(CRISPR/Cas9, TALEN 징크 핑거(zinc finger) 뉴클레아제) 덕분에 대부분의 환자보다 더 쉽게 이용 가능하고 더 많은 수의 건강한 기증자(donor)로부터 동종이계 세포 치료제를 생산하는 것이 점점 더 실현 가능해졌으며, 단일 제품이 여러 환자의 치료에 사용될 수 있다. 이는 (자가 및 동종) tsTCRtg-T 세포가 유전적으로 덜 면역원성이 되도록 조작될 수 있고(예를 들어, 동종이계 환경에서 내인성 HLA의 녹아웃을 통해), 탈진/기능 장애가 덜 발생하고(예를 들어, 체크포인트 수용체의 녹아웃 당), 이식편대숙주병(Graft-versus-host disease)(GvHD) 또는 내인성 TCR의 녹아웃으로 인한 예측할 수 없는 교차 반응을 유발하기가 덜 쉽기 때문에 가능하다.
α/β-TCR을 사용하여 기존의 자가 또는 동종 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 형질 도입하는 것 외에도 이는 수용체를 사용하여 γδ-T 세포, NKT 세포 및 NK 세포와 같은 추가 유형의 적응성 또는 선천성 면역 세포를 형질 도입하는 옵션이며; 위에서 언급한 유전 공학 기술은 tsTCR 및 pMHC와의 TCR 결합 시 세포 활성화에 필요한 CD3-신호 전달 도메인을 사용하여 NK 세포를 공동 형질도입할 수 있다.
따라서, 한 명 초과의 개인에게 공통적인 공유 종양 항원 및/또는 T 세포 수용체를 찾는 것이 매우 유리하다.
따라서, 공유 종양 특이적 항원 및/또는 공유 종양 특이적 T 세포 수용체를 식별할 필요가 있다. 이는 환자의 HLA가 일치하는 것으로 알려진 경우 암에 대한 기성품 치료를 가능하게 한다.
이러한 목표를 달성하기 위해서는 공유 종양 특이적 TCR과 동시에 공유 종양 특이적 항원을 식별하는 방법을 개발하는 것이 필요하다.
본 발명의 제1 양태는 공통 종양 특이적 T 세포 수용체(TCR)를 식별하는 방법에 관한 것이다.
본 발명의 제2 양태는 공통 종양 특이적 항원을 식별하는 방법에 관한 것이다.
본 발명의 제3 양태는 제1 양태에 따른 방법에 의해 식별된 분리된 TCR에 관한 것이다.
본 발명의 제4 양태는 제3 양태에 따른 TCR을 코딩하는 핵산 서열에 관한 것이다.
본 발명의 제5 양태는 제3 양태에 따른 TCR 및/또는 제4 양태에 따른 핵산 서열을 포함하는 분리된 자가 T 세포에 관한 것이다.
본 발명의 제6 양태는 암 치료에 사용하기 위한 제3 양태에 따른 TCR, 제4 양태에 따른 핵산 서열 또는 제5 양태에 따른 분리된 자가 T 세포에 관한 것이다.
용어 및 정의
본 명세서를 해석할 목적으로 다음 정의가 적용될 것이며, 적절한 경우 단수로 사용된 용어는 복수도 포함하며 그 반대의 경우도 마찬가지이다. 아래에 명시된 정의가 본 명세서에 참조로 포함되는 문서와 충돌하는 경우 명시된 정의가 우선한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 용어 “포함하는(comprising)”, “갖는”, “함유하는(containing)” 및 “포함하는(including)” 및 다른 유사한 형태 및 그 문법적 등가물은 의미 면에서 동일하고 이러한 단어 중 하나 뒤에 오는 항목이 해당 항목의 전체 목록을 의미하지 않거나 나열된 항목으로만 제한되지 않는다는 점에서 개방형으로 끝나는 것으로 의도된다. 예를 들어, 구성요소 A, B 및 C를 “포함하는” 물품은 구성요소 A, B 및 C로 구성될 수 있거나(만을 포함), 구성요소 A, B 및 C뿐만 아니라 하나 이상의 다른 구성요소도 포함할 수 있다. 따라서, “포함하는” 및 그 유사한 형태 및 그 문법적 등가물은 “본질적으로 구성되는” 또는 “구성되는”의 실시예의 개시를 포함하는 것으로 의도되고 이해된다.
값이 범위가 제공되는 경우, 해당 범위의 상한과 하한 사이의 각 중간 값은 문맥에서 달리 명확하게 나타내지 않는 한 하한 단위의 10분의 1까지 그리고 해당 범위의 다른 명시된 또는 중간 값은 명시된 범위에서 특별히 배제된 제한이 적용되는 공개 내에 포함된다. 명시된 범위에 한도 중 하나 또는 둘 모두가 포함되는 경우, 포함된 한도 중에 하나 또는 둘 모두를 제외하는 범위도 공개에 포함된다.
본 명세서에서 값 또는 파라미터에 대한 “약”이라는 언급은 해당 값 또는 파라미터 자체에 대한 변형을 포함(및 설명)한다. 예를 들어, “약 X”를 언급하는 설명에는 “X”의 설명을 포함한다.
첨부된 청구범위를 포함하여 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 단수형 “a”, “또는” 및 “the”는 문맥상 명백하게 달리 지시하지 않는 한 복수형을 포함한다.
다르게 정의되지 않는 한, 본 명세서에 사용된 모든 기술 및 과학 용어는 당업자가 일반적으로 이해하는 것과 동일한 의미를 갖는다(예를 들어, 세포 배양, 분자 유전학, 핵산 화학, 혼성화 기술 및 생화학). 표준 기술은 분자, 유전 및 생화학적 방법 및 화학적 방법에 사용된다(일반적으로 Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 4th ed. (2012) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. and Ausubel et al., Short Protocols in Molecular Biology (2002) 5th Ed, John Wiley & Sons, Inc.).
서열
본 명세서에 개시된 서열과 유사하거나 상동성(예를 들어, 적어도 약 70% 서열 동일성)인 서열도 본 발명의 일부이다. 일부 실시예에서, 아미노산 수준에서의 서열 동일성은 약 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상일 수 있다. 핵산 수준에서, 서열 동일성은 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상일 수 있다. 대안적으로, 핵산 세그먼트가 선택적 혼성화 조건(예를 들어, 매우 엄격한 혼성화 조건) 하에서 스트랜드(strand)의 상보체에 혼성화할 때 실질적인 동일성이 존재한다. 핵산은 전체 세포, 세포 용해물 또는 부분적으로 정제되거나 실질적으로 순수한 형태로 존재할 수 있다.
본 명세서의 맥락에서, 서열 동일성 및 서열 동일성의 백분율이라는 용어는 2 개의 정렬된 서열을 위치 별로 비교함으로써 결정된 서열 비교 결과를 나타내는 단일 정량적 파라미터를 의미한다. 비교를 위한 서열 정렬 방법은 당업계에 잘 열려져 있다. 비교를 위한 서열 정렬은 Smith and Waterman, Adv. Appl. Math. 2:482(1981)의 국소 상동성 알고리즘, Needleman and Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443(1970)의 전역 정렬 알고리즘, Pearson and Lipman, Proc. Nat. Acad. Sci. 85:2444(1988)의 유사성 방법 검색 또는 CLUSTAL, GAP, BESTFIT, BLAST, FASTA 및 TFASTA를 포함하지만 이에 제한되지는 않는 이러한 알고리즘의 컴퓨터화된 구현에 의해 수행될 수 있다. BLAST 분석을 수행하기 위한 소프트웨어는 예를 들어 국립 생명공학 정보 센터(http://blast.ncbi.nlm.gov/)를 통해 공개적으로 제공된다.
아미노산 서열 비교의 일 예는 기본 설정을 사용하는 BLASTP 알고리즘이다: Expect threshold: 10; Word size: 3; Max matches in a query range: 0; Matrix: BLOSUM62; Gap Costs: Existence 11, Extension 1; Compositional adjustments: Conditional compositional score matrix adjustment. 핵산 서열의 비교를 위한 하나의 그러한 예는 기본 설정을 사용하는 BLASTN 알고리즘이다: Expect threshold: 10; Word size: 28; Max matches in a query range: 0; Match/Mismatch Scores: 1.-2; Gap costs: Linear. 달리 명시되지 않는 한, 본 명세서에 제공된 서열 동일성 값은 각각 단백질 및 핵산 비교를 위한 위에 식별된 기본 파라미터를 사용하는 BLAST 프로그램 세트(Altschul et al., J. Mol. Biol. 215:403-410(1990))를 사용하여 획득된 값을 의미한다.
백분율 값을 지정하지 않고 동일한 서열을 언급하는 것은 100% 동일한 서열(즉, 동일한 서열)을 의미한다.
일반 생화학: 펩티드, 아미노산 서열
본 명세서에서 폴리펩티드라는 용어는 아미노산이 펩티드 결합에 의해 연결된 선형 사슬을 형성하는 50개 이상의 아미노산으로 구성된 분자에 관한 것이다. 폴리펩티드의 아미노산 서열은 (생리학적으로 발견된) 전체 단백질 또는 이의 단편의 아미노산 서열을 나타낼 수 있다. 용어 “폴리펩티드” 및 “단백질”은 본 명세서에서 상호교환적으로 사용되며, 단백질 및 이의 단편을 포함한다. 폴리펩티드는 본 명세서에서 아미노산 잔기 거열로 개시된다.
본 명세서에서 펩티드라는 용어는 아미노산이 펩티드 결합에 의해 연결되는 선형 사슬을 형성하는 최대 50 개의 아미노산, 특히 8 내지 30 개의 아미노산, 더 특히 8 내지 15 개의 아미노산으로 구성된 분자에 관한 것이다.
아미노산 잔기 서열은 아미노에서 카르복실 말단까지 제공된다. 서열 위치에 대한 대문자는 한 글자 코드의 L-아미노산을 의미한다(Stryer, Biochemistry, 3rd ed. p. 21). 아미노산 서열 위치에 대한 소문자는 해당 D- 또는 (2R)-아미노산을 나타낸다. 서열은 아미노에서 카르복시 말단 방향으로 좌측에서 우측으로 기록된다. 표준 명명법에 따라 아미노산 잔기 서열은 다음과 같이 3 문자 또는 단일 문자 코드로 표시된다: 알라닌(Ala, A), 아르기닌(Arg, R), 아스파라긴(Asn, N), 아스파르트산(Asp, D), 시스테인(Cys, C), 글루타민(Gln, Q), 글루탐산(Glu, E), 글리신(Gly, G), 히스티딘(His, H), 이소류신(Ile, I), 류신(Leu, L), 라이신(Lys, K), 메티오닌(Met, M), 페닐알라닌(Phe, F), 프롤린(Pro, P), 세린(Ser, S), 트레오닌(Thr, T), 트립토판(Trp, W), 티로신(Tyr, Y) 및 발린(Val, V).
일반 분자 생물학: 핵산 서열, 발현
유전자라는 용어는 전사 및 번역된 후 특정 폴리펩티드 또는 단백질을 코딩할 수 있는 적어도 하나의 오픈 리딩 프레임(ORF)을 포함하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 폴리뉴클레오티드 서열은 이들이 연관된 유전자의 더 큰 단편 또는 전장 코딩 서열을 식별하는데 사용될 수 있다. 더 큰 단편 서열을 분리하는 방법은 당업자에게 알려져 있다.
유전자 발현 또는 발현이라는 용어 또는 대안적으로 유전자 산물이라는 용어는 각각 전사 및 번역이라고도 하는 핵산(RNA)의 생성 또는 펩티드 또는 폴리펩티드의 생성 과정 및 이의 산물 중 하나 또는 둘 모두, 또는 폴리펩티드 산물을 생성하기 위해 유전 정보 처리를 조절하는 중간 과정 중 하나를 의미할 수 있다. 유전자 발현이라는 용어는 조절 RNA 또는 구조적(예를 들어, 리보솜) RNA)와 같은 RNA 유전자 산물의 전사 및 처리에도 적용될 수 있다. 발현된 폴리뉴클레오티드가 게놈 DNA로부터 유래된 경우, 발현은 진핵 세포에서 mRNA의 스플라이싱을 포함할 수 있다. 발현은 전사 및 번역 수준, 즉 mRNA 및/또는 단백질 산물 모두에서 분석될 수 있다.
본 명세서에서 뉴클레오티드라는 용어는 핵산 또는 핵산 유사체 빌딩 블록에 관한 것이며, 이의 올리고머는 염기 쌍 형성을 기초로 하여 RNA 또는 DNA 올리고머와 선택적인 하이브리드를 형성할 수 있다. 이러한 맥락에서 뉴클레오티드라는 용어는 고전적인 리보뉴클레오티드 빌딩 블록인 아데노신, 구아노신, 유리딘(및 리보실티민), 시티딘, 고전적인 데옥시리보뉴클레오티드인 데옥시아데노신, 데옥시구아노신, 티미딘, 데옥시유리딘 및 데옥시시티딘을 포함한다. 이는 포스포티오에이트, 2'O-메틸포스포티오에이트, 펩티드 핵산(PNA; 펩티드 결합으로 연결된 N-(2-아미노에틸)-글리신 단위, 핵염기가 글리신의 알파 탄소에 부착됨)과 같은 핵산 유사체 또는 잠긴 핵산(LNA; 2'O, 4'C 메틸렌 브리지 RNA 빌딩 블록)를 더 포함한다. 본 명세서에서 혼성화 서열에 대한 언급이 있을 때마다, 이러한 혼성화 서열은 임의의 상기 뉴클레오티드 또는 이들의 혼합물로 구성될 수 있다.
T 세포 생물학
본 명세서에서 “CDR3”이라는 용어는 초가변(hypervariable) 상보성 결정 영역 3을 의미한다. CDR3의 크기는 특히 Vβ 또는 Vα 또는 Vγ 또는 Vδ 세그먼트의 보존된 시스테인으로부터 Jβ 또는 Jα 또는 Jγ 또는 Jδ 세그먼트의 보존된 페닐알라닌 위치로의 아미노산(AA) 및 각각의 뉴클레오티드의 총 수를 특징으로 한다.
본 명세서에서 “T 세포 활성화/소진/분화 마커”라는 용어는 T 세포 활성화, 소진 또는 분화를 나타내는 T 세포의 분자, 특히 T 세포의 표면의 분자를 나타낸다.
(암) 면역치료
본 명세서의 맥락에서, 암 면역치료, 생물학적 또는 면역조절 치료라는 용어는 면역체계가 암과 싸우도록 돕는 암 치료 유형을 포함하는 것을 의미한다. 암 면역치료의 비제한적인 예는 면역 체크포인트 억제제 및 작용제, T 세포 전달 요법, 사이토카인 및 이들의 재조합 유도체, 보조제 및 소분자 또는 세포를 이용한 백신접종을 포함한다.
본 명세서에서 “종양 샘플”이라는 용어는 환자의 종양으로부터 얻은 샘플 또는 샘플의 풀(pool)을 의미한다. 종양은 전이(metastasis) 또는 전이 집합을 포함할 수 있다.
본 명세서에서 “비종양 샘플”이라는 용어는 환자의 종양에 근접한 조직으로부터 얻은 샘플 또는 샘플의 풀을 의미한다.
본 명세서에서 “종양 특이적”이라는 용어는 특정 종양에서 발생하고 특히 특정 종양에서 우선적인 분포를 나타내는 T 세포를 지칭한다.
본 명세서에서 “HLA”라는 용어는 주조직적합성 복합체(major histocompatibility complex, MHC)의 특정 서브 세트로서 인간 백혈구 항원을 지칭한다.
HLA 수퍼타입은 유사한 결합 특이성을 공유하는 MHC 대립유전자, 즉 동일하거나 유사한 소위 앵커 아미노산 잔기를 갖는 펩티드를 함께 그룹화하는 것을 기반으로 정의되었다(예를 들어, 9- 및 10mer 펩티드의 위치 2 및 9 또는 10). HLA 수퍼타입은 Sidney et al.에 추가로 설명된다(BMC Immunology 2008, 9:1).
본 명세서에서 단일 세포 시퀀싱이라는 용어는 단일 세포의 다중 코딩 요소를 식별할 수 있게 하는 방법을 의미한다. 이는 핵 또는 세포소기관 DNA, 그 전사체 또는 이 둘의 조합과 같은 게놈 요소의 시퀀싱을 포함한다. 일반적으로 단일 세포의 코딩 요소는 물리적, 공간적으로 또는 시퀀싱 후 요소의 올바른 세포 할당을 허용하는 세포별 바코드에 의해 연결된다. 특히, 면역 수용체의 발현 패턴 및/또는 가변 서열을 식별하기 위해 단일 세포 RNA 시퀀싱(scRNA-seq)이 사용된다. 보다 특히, scRNA-seq 방법을 사용하면 10Xgenomics 크롬 기술과 같은 액적 기반 분류를 통해 적어도 1000 개의 세포의 mRNA를 동시에 식별할 수 있다. 세포 발현 패턴 및/또는 TCR 서열을 특성화하는 다른 대안은 FFPE(포르말린 고정 파라핀 내장)와 같은 샘플의 공간 분포에 의한 이 정보를 연관시킬 수 있는 NanoString Technologies Inc.에 의한 GeoMxTM 또는 CosMxTM 또는 10X Genomics Inc.에 의한 Visium Spatial Gene Expression 또는 ZipSeq(WO 2019/226631 A1)과 같은 방법이다.
본 명세서에서 상관(correlation) 시퀀싱이라는 용어는 단일 세포의 다중 코딩 요소의 통계적 상관을 허용하는 방법을 지칭한다. 이는 T 세포 또는 T 세포의 풀을 포함하는 샘플을 모으고 시퀀싱에 의해 상기 풀 내의 전사체를 식별함으로써 달성될 수 있다. 2 개 이상의 전사체의 조합을 포함하는 풀은 통계적 발생에 의해 이 조합을 할당할 수 있는 공통 클론형을 포함할 가능성이 가장 높다. 가장 바람직한 것은 클론형의 TCR 사슬 조합의 시퀀싱 및 상관관계이다.
클러스터링
문헌(CDHIT(Limin Fu et al. Bioinformatics. 2012 Dec 1;28(23):3150-2), iSMART(Hongyi Zhang et al. Clin Cancer Res. 2020 Mar 15;26(6): 1359-1371), GLIPH(Jacob Glanville et al. Nature. 2017 Jul 6;547(7661):94-98.))에 설명된 바와 같이 T 세포 수용체(TCR) 서열의 클러스터링은 일반적으로 2 개의 TCR 사슬 중 하나에 대해서만 수행된다. 알파/베타 T 세포의 경우 거의 항상 베타 사슬이다. 공개된 TCR 클러스터링 접근법의 다른 전제 조건은 MHC 분자를 통해 TCR에 의해 인식되는 각각의 항원성 펩티드에 대한 지식이다. 알려진 바이러스 항원성 에피토프의 경우 이는 클러스터링 알고리즘(GLIPH, iSmart)의 최적화를 위한 훈련 세트로 사용되었지만, 암 특이적 항원성 펩티드의 경우 이는 알려진 종양 관련 항원이 부족하기 때문에 불가능하다.
TCRpolyClust 방법은 다른 접근 방식을 사용한다. 처음부터 클러스터링 알고리즘은 항원성 펩티드가 알려지지 않았음에도 불구하고 다양한 환자에서 종양 특이적이라는 실험적으로 측정된 점수를 갖는 TCR에서 작동한다. 또한, 알고리즘은 TCR의 두 체인을 명시적으로 사용하고 다차원 스코어링을 사용하여 HLA 유형의 중첩과 다양한 활성화/소진/분화 마커의 발현을 통해 환자 간 TCR 클러스터의 순위를 매긴다.
TCRpolyClust의 도식적 설명
개별 환자 당 종양 특이적 TCR(tsTCR)을 제공하는 기본 방법은 WO 2017/025564 A1에 제시된다: 종양 조직에서 취한 T 세포의 CDR3 영역의 정량적 차세대 시퀀싱(NGS) 및 동시에 건강한 이웃 조직에서 tsTCR은 비종양 조직에 비해 종양에서 명확하게 풍부한 빈도로 식별된다: 종양 특이성 비율은 종양 대 비종양 조직의 클론형 빈도 간의 비율이다. 개별 환자 당 tsTCR을 특성화하기 위해 여기에 소개된 방법은 다음과 같은 추가 단계를 포함한다.
1) 바람직하게는 10X Genomics 크롬 기술을 사용하여 바람직하게는 상관 시퀀싱에 의해, 더 바람직하게는 단일 세포 VDJ 시퀀싱에 의해 각각의 tsTCR의 베타- 및 알파-사슬의 동시 식별. 결과적으로, 각 tsTCR 클론형은 완전한 CDR3 영역 및 인접한 V- 및 J-세그먼트를 덮는 하나의 베타- 및 하나 또는 둘의 알파-사슬 서열로 구성된다. 이 정보를 바탕으로 TCR을 완전히 합성할 수 있다.
2) 바람직하게는 10X Genomics 크롬 기술을 사용하여 단일 세포 유전자 발현 분석에 의해 다수의 활성화/소진/분화 마커의 동시 식별. TIL의 심층 시퀀싱 접근법과 단일 세포 시퀀싱 프로젝트를 기반으로 암 진행 중 만성 항원 노출이 T 세포 소진을 유발하고 T 세포 이펙터 기능을 억제하는 토닉 TCR 신호를 생성한다는 것이 분명해졌다. 소진되고/기능 장애가 있는 T 세포가 특정 수용체로 “마킹된다”. 분석에 소진/활성화 마커를 포함하면 방관자 클론형과 종양 특이적 클론형이 구별된다. CD4+ 및 CD8+ 효과기 T 세포의 잘 알려진 활성화/소진 마커는 PD1, TIGIT, LAG3, TIM3, CTLA4, CD40, CD137(4-1BB), CD69 또는 각각의 항원에 의해 활성화 시 T 세포에서 유의하게 발현되는 것으로 밝혀진 다른 유전자이다. CD4+ T 세포와 관련하여 추가 마커는 종양 발달과 관련하여 논란의 여지가 있는 역할을 하는 면역억제성 Th2, Treg 또는 Th17 세포와 종양 반응성 Th1 및 Tfh 세포를 구별하는데 매우 유용하다. 항종양 Th1 및 Tfh 세포는 IFN-γ, TNF-α, GZMB, PRF와 같은 효과기 기능의 발현을 특징으로 하는 반면, Th2 세포는 IL-4, IL-5, Th17 세포 IL-17A 및 Tregs 면역억제성 사이토카인 TGF-β 및 IL-10 등을 발현한다. 또한, T 세포 아형 및/또는 분화 상태는 특정 전사 인자, 예를 들어 Tregs의 경우 FOXP3, TBX21(TBET) 및 효과기 T 세포의 경우 EOMES, 세포 독성을 나타내는 세포의 경우 RUNX3, TOX(증식 및 기능적 능력을 유지하는 T 세포의 소진된 하위 집단) 등의 발현에 기초하여 분화될 수 있다.
3) 최대 4자리 해상도까지 HLA 유전형 분석(genotyping)은 일반적으로 표준 방법으로 환자 혈액 샘플을 분석하여 수행된다. HLA 유형과 결합하여 이 모든 정보는 환자당 tsTCR 레퍼토리의 풋프린트(footprint)를 구축한다. 예시 표는 도 1에 제시되며, tsTCR 풋프린트를 구축하기 위한 단일 단계는 도 2의 흐름도에 도시된다. 다수의 환자의 tsTCR 풋프린트는 다음에 설명된 TCRpolyClust 방법의 기초이다. 그래픽 개요는 도 3에도 제시된다.
4) 상이한 종양 환자의 세트를 TCR CDR3 서열의 서열 유사성을 통해 비교된다. 알고리즘은 2라운드로 작동하며, 라운드 1에서는 각각의 베타- 및 알파-사슬이 최대 3, 특히 최대 2, 보다 특히 최대 1, 가장 특히 0의 Levenstein 거리(사슬 당 3 개의 불일치)를 갖는 모든 쌍의 TCR(1 시퀀스로 처리되는 알파 및 베타 사슬)을 그룹화하여 발견되는 다수의 시드 클러스터를 생성한다. 수천 개의 TCR의 효율적인 쌍별 시퀀스 비교를 위해 여러 알고리즘, 예를 들어 CDHIT, iSMART, BLASTP을 사용할 수 있다. 시드 클러스터링이 완료되면 베타-CDR3 아미노산 서열을 커버하는 합의 서열(consensus sequence)이 계산된다. 제2 라운드에서, 라운드 1의 모든 합의 서열이 라운드 1과 유사한 파라미터를 사용하여 클러스터링된다.
5) 환자 간 클러스터의 최소 클러스터 크기는 2이며, 즉 클러스터는 적어도 2 명의 개별 환자의 알파-베타 쌍 TCR을 포함해야 한다. 또한, 중앙 종양 특이성 비율(즉, 비종양 조직과 비교하여 종양 내 클론형 빈도 사이의 비율)은 2 초과(이상적으로는 3 초과, 가장 바람직하게는 5 초과)여야 하며 종양 조직에서 TCR-베타의 중앙 클론형 빈도는 적어도 0.005% 초과(특히 0.01% 초과, 보다 특히 0.05% 초과, 가장 특히 0.1% 초과)여야 한다.
6) TCR 항원 특이성은 환자의 HLA 유전자형에 따라 엄격하게 달라진다. 따라서 유효한 환자 간 클러스터의 필수 조건은 한 클러스터 내에서 HLA 유형이 상당히 중복된다는 것이다. 적어도 하나의 HLA 유형(A, B 또는 C)이 해당 클러스터에서 발견된 전체 환자의 50% 이상에서 발견되어야 한다(더 바람직하게는 60% 이상, 가장 바람직하게는 80% 이상). 연관 불균형(linkage disequilibrium)의 경우 이는 완전한 일배체형(haplotype)까지 HLA 쌍에도 적용될 수 있다.
7) 단일 세포 RNA 시퀀싱 기술(예를 들어, 10X Genomics)을 사용하여 전용 T-세포 TCR의 두 사실을 식별하고 동일한 단계에서 scRNAseq를 통해 유전자 발현 프로파일을 측정한다. 위에서 언급된 일련의 활성화/소진 마커(예를 들어, PD1, CTLA4, TIGIT, LAG3, TIM3 등), 전사 인자(예를 들어, FOXP3, RUNX3, EOMES, TBET, TOX 등) 및 효과기 기능(IFN-γ, TNF-α, IL-10, IL17 등)은 발현 빈도와 관련하여 측정될 수 있으므로 각 단일 T 세포는 일련의 마커 또는 마커의 조합의 존재와 관련하여 점수를 매길 수 있다. 해당 클러스터에서 발견된 모든 환자의 50% 이상에서 적어도 하나의 마커가 발견되어야 한다(더 바람직하게는 60% 이상).
본 명세서에서 공통 T 세포 수용체라는 용어는 한 명의 환자에게만 존재하는 것이 아니라 다수의 상이한환자에서도 발견되는 T 세포 수용체(TCR)에 관한 것이다. 공통 TCR은 환자 간에 TCR이 공유되므로 공유 TCR이라고도 한다. 이 공통 TCR은 환자 사이에서 동일하거나 매우 유사한 CDR3 영역을 공유하므로 공통 TCR은 동일한 항원을 인식할 가능성이 높다. 공통 TCR이 HLA 의존적이라면 다른 환자의 MHC 분자에 결합된 동일하거나 거의 동일한 펩티드가 있는 동일한 MHC 분자를 인식할 가능성이 높다. 따라서 환자 간에 공유되는 MHC 분자에 결합된 이 펩티드는 공통 항원이다.
테스트된 모든 환자가 적어도 하나의 HLA 유전자를 공유한다는 것(공통적으로 적어도 하나의 HLA 유전자를 가짐)은 본 방법의 별도 단계에서 결정될 수 있다.
본 명세서에서 공통 항원이라는 용어는 공통 TCR에 의해 인식되는 엔티티에 관한 것이다. 특정 실시예에서, 이 공통 항원은 MHC 분자와 MHC 분자에 결합된 펩티드를 포함하는 복합체이다.
본 명세서에서 본질적으로 동일한이라는 용어는 동일하거나 적어도 95%, 특히 적어도 97%, 보다 특히 적어도 98%, 보다 특히 적어도 99%, 가장 특히 99% 초과의 동일성을 갖는 핵산 서열에 관한 것이다.
본 명세서에서 교차 반응성 TCR이라는 용어는 MHC 분자에 제시된 하나 초과의 정의된 펩티드 서열을 인식하는 알파/베타 TCR에 관한 것이다. 바람직하게는, 인식된 항원성 펩티드는 적어도 하나의 아미노산, 더 바람직하게는 두 개의 아미노산이 다르며 실질적으로 다른 폴리펩티드 전구체로부터 유래된다.
본 명세서에서 빈도라는 용어는 복수의 서열 중 특정 서열의 상대적 존재비에 관한 것이다. 서열의 빈도를 결정하기 위해, 본질적으로 동일한 서열을 계산하고 이 숫자를 관찰된 모든 서열의 수로 나눈다.
본 명세서에서 동일한 조직 유형이라는 용어는 동일한 조직에서 유래된 조직 샘플에 관한 것이다. 예를 들어, 전이가 발생한 조직의 유형은 전이 세포가 유래한 조직이지 신체 내부에서 전이가 발견된 조직이 아니다.
본 명세서에서 동일한 HLA 유형의 유전자라는 용어는 MHC 분자를 코딩하는 HLA 유전자에 관한 것이다. 본 명세서에서 동일한 HLA 유형은 HLA 유전자가 MHC 분자의 동일한 변이체를 코딩한다는 것을 의미한다. 인류에는 매우 다양한 HLA 유전자가 있기 때문에, 본 발명의 방법의 일 실시예에서 테스트된 환자의 HLA 레퍼토리를 결정하고, 동일한 HLA 유형의 적어도 하나의 유전자를 공유하는 환자를 추가 분석을 위해 선택한다.
용어 항원 제시 세포에서 서열을 발현하는 것은 다음과 같이 이해된다. 항원 제시 세포(APC)는 펩티드 또는 단백질을 코딩하는 핵산 서열로 형질감염되거나 형질도입된다. 핵산 서열은 포유동물 세포의 형질감염 또는 형질도입을 위해 적합한 발현 벡터 내에 존재한다. 핵산 서열이 APC에 도입되면 APC는 암호화된 펩티드 또는 단백질을 발현한다. 특정 실시예에서, 펩티드는 APC의 세포 표면 상의 HLA 분자 상에 제시된다. 특정 실시예에서, 생산된 하나 또는 여러 개의 펩티드는 APC의 세포 표면 상의 HLA 분자 상에 제시된다. HLA-클래스 I 분자에 제시되는 재조합 항원의 발현은 상기 클래스 I 분자를 발현하는 APC를 상기 항원을 코딩하는 핵산으로 형잘감염시켜 달성할 수 있는 잘 확립된 절차이다. 특정 실시예에서, HLA-클래스 II 분자에 대한 재조합 항원의 효율적인 제시를 위해, 각각의 APC는 상기 클래스 II 분자를 발현하고 비표준 자가포식(non-canonical autophagy)을 거쳐야 한다. 특히 비표준 거대자가포식은 HLA 클래스 II 분자에 제시되도록 처리하기 위해 세포 내 발현된 항원의 경로를 변경하는 것으로 알려져 있다(Munz, Mol Aspects Med. 2021 Jun 16;100987).
본 명세서에서 T 세포의 활성화라는 용어는 특정 활성화 마커가 발현되는 T 세포의 상태에 관한 것이다. T 세포는 TCR과 펩티드를 제공하는 일치하는 MHC의 상호 작용에 의해 특이적으로 활성화된다. 활성화는 예를 들어 T 세포의 IFN-γ 분비를 통해 측정될 수 있다.
본 명세서에서 종양 세포주라는 용어는 암성 조직에서 유래하는 세포주에 관한 것이다. 많은 종양 세포주가 해당 분야에 알려져 있다(Gandhi et al., Nature. 2019 May; 569(7757): 503-508.).
주어진 모노머 그룹의 폴리머는 호모폴리머(다수의 동일한 모노머로 구성됨)이며; 주어진 선택된 모노머의 공중합체는 그룹 중 적어도 2 개의 모노머에 의해 구성된 헤테로폴리머이다.
본 명세서에 사용된 바와 같이, 약제학적 조성물이라는 용어는 본 발명의 화합물 또는 적어도 하나의 약제학적으로 허용 가능한 담체와 함께 그 약제학적으로 허용 가능한 염을 지칭한다. 특정 실시예에서, 본 발명에 따른 약제학적 조성물은 국소, 비경구 또는 주사 투여에 적합한 형태로 제공된다.
본 명세서에 사용되는 바와 같이, 약제학적으로 허용 가능한 담체라는 용어는 당업계에 알려진 임의의 용매, 분산 매질, 코팅제, 계면활성제, 항산화제, 보존제(예를 들어, 향균제, 항진균제), 등장화제, 흡수 지연제, 염, 보존제, 약물, 약물 안정제, 결합제, 부형제, 붕해제, 윤활제, 감미제, 향미제, 염료 등 및 이들의 조합을 포함한다(예를 들어, Remington: the Science and Practice of Pharmacy, ISBN 0857110624 참조).
본 명세서에 사용된 바와 같이, 임의의 질병 또는 장애(예를 들어, 암)의 치료는 일 실시예에서 질병 또는 장애를 개선하는 것(예를 들어, 질병 또는 이의 임상 증상 중 적어도 하나의 진행을 늦추거나 정지시키거나 감소시키는 것)을 의미한다. 다른 실시예에서 “치료”는 환자가 식별할 수 없는 것들을 포함하는 적어도 하나의 물리적 파라미터를 완화 또는 개선하는 것을 의미한다. 또 다른 실시예에서, “치료”는 질병 또는 장애를 물리적으로(예를 들어, 식별 가능한 증상의 안정화), 생리학적으로(예를 들어, 물리적 파라미터의 안정화) 또는 둘 다로 조절하는 것을 의미한다. 질병의 치료 및/또는 예방을 평가하는 방법은 아래에 구체적으로 설명되지 않는 한 일반적으로 당업계에 알려져 있다.
본 발명의 상세한 설명
본 발명의 제1 양태는 공통 종양 특이적 T 세포 수용체(TCR)를 식별하는 방법에 관한 것이다.
방법은 다음 단계를 포함한다:
a. 다음 단계를 통해 n(n>1) 명의 환자 중 각 개별 환자로부터 복수의 종양 특이적 TCR 서열을 얻는 단계:
i. 종양 서열 기반 단계에서, 복수의 종양 TCR 서열 각각의 빈도를 결정하는 단계;
ii. 비종양 서열 기반 단계에서, 복수의 비종양 TCR 서열 각각의 빈도를 결정하는 단계;
iii. 종양 특이적 선택 단계에서, 임의의 특정 TCR 서열에 대해 복수의 종양 TCR 핵산 서열 내 종양 TCR의 빈도가 복수의 비종양 TCR 핵산 서열 내 비종양 TCR의 빈도보다 높은 경우 종양 특이적 TCR 서열로 TCR 핵산서열을 선택하는 단계;
b. 다음 단계를 통해 공통 종양 특이적 TCR 서열을 선택하는 단계:
i. 복수의 n 명의 환자에 대해 종양 특이적 TCR 아미노산 서열로 종양 특이적 TCR 핵산 서열로 번역하는 단계;
ii. 상기 종양 특이적 TCR 아미노산 서열의 CDR3-영역을 결정하여 상기 n 명의 환자 각각에 대해 종양 특이적 CDR3 서열을 산출하는 단계;
iii. 상기 n 명의 환자의 상기 복수의 종양 특이적 TCR 아미노산 서열의 CDR3 영역을 정렬하는 단계;
iv. CDR3 영역이 3 이하의 아미노산(AA)/CDR3만큼, 특히 2 이하의 AA/CDR3만큼, 보다 특히 1 이하의 AA/CDR3만큼 다르거나, 가장 특히 다르지 않은 경우, 하나의 TCR 클론형 클러스터로 TCR 서열을 그룹화하는 단계;
v. 공통 TCR 선택 단계에서, TCR 클론형 클러스터가 적어도 2 명의 환자에 존재하는 경우 공통 종양 특이적 TCR 서열로 TCR 서열의 클러스터를 선택하는 단계.
특정 실시예에서, TCR 클론형 클러스터가 적어도 2 명의 환자에 200 개의 가장 흔한(most prevalent) 종양 특이적 TCR 서열, 보다 특히 100 개의 가장 흔한 종양 특이적 TCR 서열 중 하나인 경우, TCR 서열의 클리스터가 공통 종양 특이적 TCR 서열로 선택된다.
종양 서열 기반 단계는 다음 단계를 포함한다:
I. 상기 환자로부터 얻은 T 세포를 포함하는 분리된 종양 샘플을 제공하는 단계;
II. 상기 분리된 종양 샘플로부터 종양 T 세포를 분리하여 분리된 종양 T 세포를 산출하는 단계;
상기 분리된 종양 T 세포로부터 종양 핵산 제제를 분리하는 단계;
III. 상기 종양 핵산 제제로부터 복수의 종양 TCR 핵산 서열을 얻는 단계;
IV. 상기 복수의 종양 TCR 핵산 서열을 정렬하고 종양 TCR 클론형 그룹으로 본질적으로 동일한 종양 TCR 핵산 서열을 그룹화하고, 그리고 각 종양 TCR 클론형 그룹에서 종양 TCR 핵산 서열을 계수하여, 각 종양 TCR 클론형 그룹에서 종양 TCR 핵산 서열에 대한 수를 산출하는 단계;
V. 각 종양 TCR 클론형 그룹의 종양 TCR 핵산 서열의 수를 샘플로부터 얻은 모든 종양 TCR 핵산 서열의 수로 나눔으로써 각 종양 TCR에 대한 빈도를 결정하는 단계.
비종양 서열 기반 단계는 다음 단계를 포함한다:
I. 상기 환자로부터 얻은 T 세포를 포함하는 분리된 비종양 조직 샘플을 제공하는 단계;
II. 상기 분리된 비종양 조직 샘플로부터 비종양 T 세포를 분리하여 분리된 비종양 T 세포를 산출하는 단계;
상기 분리된 비종양 T 세포로부터 비종양 핵산 제제를 분리하는 단계;
III. 상기 비종양 핵산 제제로부터 복수의 비종양 TCR 핵산 서열을 얻는 단계;
IV. 상기 복수의 비종양 TCR 핵산 서열을 정렬하고, 비종양 TCR 핵산 서열을 본질적으로 동일한 하나의 비종양 TCR 클론형 그룹으로 그룹화하고, 각각의 종양 TCR 클론형 그룹의 비종양 TCR 핵산 서열을 계수하여, 각각의 비종양 TCR 클론형 그룹의 비종양 TCR 핵산 서열에 대한 수를 산출하는 단계;
V. 각각의 비종양 TCR 클론형 그룹의 비종양 TCR 핵산 서열의 수를 샘플로부터 얻은 모든 비종양 TCR 핵산 서열의 수로 나눔으로써 각각의 비종양 TCR에 대한 빈도를 결정하는 단계.
특정 실시예에서, 제1 양태의 방법은 위에서 언급된 바와 같은 단계의 순서대로 정확하게 실행된다.
제1 양태의 대안으로, 종양 특이적 선택 단계 전에 핵산 서열이 아미노산 서열로 번역되고, 종양 특이적 선택 단계에서, 아미노산이 비교되고 선택된다.
제1 양태의 방법의 다른 대안은 다음과 같이 설명될 수 있다:
a. 제1 환자의 종양 특이적 TCR 서열은 다음 단계를 통해 식별된다:
i. 제1 환자의 종양 샘플로부터의 TCR 유전자를 시퀀싱하는 단계;
ii. 제1 환자의 비종양 샘플로부터의 TCR 유전자를 시퀀싱하는 단계;
iii. 이들 TCR 유전자가 비종양 샘플에서보다 종양 샘플 내부에서 더 자주 발견되는 경우 종양 특이적으로 TCR 유전자를 선택하는 단계;
b. 제2 환자로부터의 종양 특이적 TCR 서열은 제2 환자로부터의 샘플을 사용하여 동일한 단계 i-iii을 통해 식별되며, 방법은 n 명의 환자에 대해 반복된다;
c. 종양 특이적 TCR 서열은 다음 단계를 통해 n 명의 환자 간에 비교된다:
i. 모든 환자의 아미노산 수준에서 식별된 종양 특이적 TCR 서열의 CDR3 영역을 정렬하는 단계;
ii. CDR3 영역이 3 이하의 아미노산(AA)/CDR3만큼, 특히 2 이하의 AA/CDR3만큼, 보다 특히 1 이하의 AA/CDR3만큼 다르거나, 가장 특히 다르지 않은 경우, 하나의 TCR 클론형 클러스터로 TCR 서열을 그룹화하는 단계;
d. TCR 서열은 클러스터가 적어도 2 명의 환자, 특히 3 이상, 4 이상, 5 이상, 10 이상, 20 이상 또는 30 이상의 환자에 존재하는 경우 공통 종양 특이적 TCR 서열로 선택된다.
특정 실시예에서, n 명의 환자의 종양 샘플은 동일한 조직 유형이다.
특정 실시예에서, 상기 비종양 조직 샘플은 종양 샘플과 동일한 조직 유형이다.
특정 실시예에서, T 세포는 단계 III에서 복수의 비종양 TCR 핵산 서열을 얻기 전에 보조 수용체 CD4 및/또는 CD8에 따라 분리 단계 II 후에 분류되어 HLA 클래스 I 및/또는 HLA 클래스 II 특이적 서열 중 하나를 얻는다.
특정 실시예에서, 복수의 환자가 동일한 HLA 유형의 적어도 하나의 유전자를 공통적으로 갖는 것으로 결정된다.
특정 실시예에서, 복수의 환자가 동일한 HLA 유형의 적어도 하나의 유전자를 공통적으로 갖는 것으로 결정되며, 관련 HLA 클래스는 CD4+ 또는 CD8+에 따른 T 세포의 이전 분류로 인해 할당될 수 있다.
특정 실시예에서, 복수의 환자가 공통적으로 동일한 HLA 유형의 유전자, 특히 공통적으로 동일한 HLA 유형의 정확히 하나의 유전자를 갖는 것으로 결정되며, 상기 공통 종양 특이적 TCR은 HLA 유형 특이적 TCR에 할당된다.
특정 실시예에서, 상기 공통 종양 특이적 TCR은 다음 단계를 통해 HLA 유형 특이적 TCR에 할당된다:
a. 공통 종양 특이적 TCR 서열이 존재하는 모든 환자를 선택하는 단계;
b. 상기 선택된 환자에게 어떤 HLA 유전자가 존재하는지 결정하는 단계;
c. 공통 HLA 유전자, 특히 정확하게 하나의 공통 HLA 유전자가 선택된 모든 환자에게 존재하는 경우 공통 종양 특이적 TCR을 HLA 유형 특이적 TCR에 할당하는 단계.
특정 실시예에서, 종양 TCR 클론형 그룹의 빈도가 비종양 TCR 클론형 그룹의 빈도보다 2배 더 높은, 특히 3배 더 높은, 보다 특히 5배 더 높은, 훨씬 더 특히 비종양 TCR 클론형 그룹의 빈도보다 10배 더 높은 경우 TCR 서열은 종양 특이적 선택 단계(a.iii.)에서 종양 특이적 TCR 서열로 선택된다.
특정 실시예에서, 환자의 수 n은 2 내지 100, 특히 n은 10 내지 50, 보다 특히 n은 20 내지 30이다.
특정 실시예에서, 공통 TCR 선택 단계(단계 b.v)는 T 세포 활성화/소진/분화 마커, 특히 PDCD1(PD1), TIGIT, LAG3, HAVCR2(TIM3), CTLA4, IFNG, TNF, GZMB, TNFRSF9(CD137, 4-1BB), CD45(CD45RA/RO), CD69, LAMP1(CD107a), TBX21(T-BET), TCF7(TCF-1), EOMES, TOX 및 RUNX3으로부터 선택된 마커의 측정을 추가로 포함하며, TCR 서열은 TCR을 운반하는 T 세포가 하나 이상의 T 세포 활성화/소진/분화 마커 또는 이들의 조합을 발현하는 경우 TCR 서열은 공통 종양 특이적 TCR 서열로 선택된다.
본 발명의 제2 양태는 공통 종양 특이적 항원의 식별을 위한 방법에 관한 것이다.
방법은 다음 단계를 포함한다:
a. n(n>1) 명의 환자로부터 제1 양태에 따른 공통 종양 특이적 TCR을 식별하는 단계;
b. 다음 단계를 통해 복수의 종양 특이적 폴리펩티드를 얻는 단계:
(1) 다음 단계를 통해 상기 환자로부터 각 환자로부터의 복수의 종양 특이적 mRNA 서열을 얻는 단계:
i. mRNA 종양 서열 기반 단계에서, 복수의 종양 mRNA 서열을 결정하는 단계;
ii. mRNA 비종양 서열 기반 단계에서, 복수의 비종양 mRNA 서열을 결정하는 단계;
iii. mRNA 종양 특이적 선택 단계에서, 종양 특이적 mRNA 서열을 선택하는 단계;
(2) 다음 단계를 통해 복수의 종양 특이적 폴리펩티드를 선택하는 단계:
i. 상기 복수의 종양 특이적 RNA 서열을 복수의 종양 특이적 아미노산 서열로 번역하는 단계;
ii. 복수의 n 명의 환자로부터 복수의 종양 특이적 아미노산 서열을 정렬하는 단계;
iii. 아미노산 서열이 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 92% 이상, 94% 이상, 96% 이상, 98% 이상 또는 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 경우 아미노산 서열을 하나의 폴리펩티드 클러스터로 그룹화하는 단계;
iv. 종양 특이적 아미노산 서열이 n 명의 환자 모두(공통 종양 특이적 TCR이 선택된 모든 환자)에 존재하는 경우 아미노산 서열의 복수의 폴리펩티드 클러스터를 종양 특이적 폴리펩티드로서 선택하는 단계;
c. 복수의 종양 특이적 폴리펩티드의 각 멤버에 대해, 공통 종양 특이적 TCR이 선택되는 환자와 HLA 유전자를 공유하는 항원 제시 세포에서 복수의 종양 특이적 폴리펩티드의 상기 멤버를 발현시키는 단계;
d. 항원 제시 세포가 상기 공통 종양 특이적 TCR을 발현하는 T 세포를 활성화할 수 있는지 여부를 각각의 항원 제시 세포에 대해 검출하는 단계;
e. 상기 종양 특이적 폴리펩티드를 발현하는 항원 제시 세포가 상기 공통 종양 특이적 TCR을 발현하는 상기 T 세포를 활성화할 수 있는 경우 종양 특이적 폴리펩티드를 공통 종양 특이적 항원으로 선택하는 단계.
mRNA 종양 서열 기반 단계는 다음 단계를 포함한다:
I. 상기 환자의 종양 샘플로부터 종양 RNA 제제를 분리하는 단계;
II. 상기 종양 RNA 제제로부터 복수의 종양 mRNA 서열을 얻는 단계.
mRNA 비종양 서열 기반 단계는 다음 단계를 포함한다:
I. 상기 환자의 상기 비종양 샘플로부터 비종양 RNA 제제를 분리하는 단계;
II. 상기 종양 RNA 제제로부터 복수의 비종양 mRNA 서열을 얻는 단계.
mRNA 종양 특이적 선택 단계는 다음 단계를 포함한다:
I. 복수의 종양 mRNA 서열 및 복수의 비종양 mRNA 서열을 정렬하는 단계;
II. 종양 샘플에는 존재하고 비종양 샘플에는 존재하지 않는(검출 불가능) mRNA 서열을 종양 특이적 RNA 서열로 선택하는 단계.
특정 실시예에서, 추가로, 상기 공통 종양 특이적 항원을 발현하는 항원 제시 세포 상의 HLA 분자 상에 제시되는 펩티드는 HLA 분자로부터 분리되고 질량 분석법을 통해 특성화된다(Freudenmann et al., Immunology. 2018 Jul;154(3):331-345.).
특정 실시예에서, 추가적으로
a. 제2 양태의 방법에 의해 발견된 항원은 펩티드로 단편화되며;
b. 각 펩티드는 항원 제시 세포의 HLA 분자에 로드되며;
c. 각 항원 제시 세포에 대해 항원 제시 세포가 제1 양태에 따른 방법에 의해 발견된 공통 종양 특이적 TCR을 발현하는 T 세포를 활성화할 수 있는지 여부가 결정된다.
특정 실시예에서, 상기 종양 샘플 및 상기 비종양 조직 샘플은 동일한 조직 샘플로부터 유래하며 상기 조직 샘플로부터 종양 RNA 제제를 분리하는 것은 단일 종양 세포 및 상기 조직 샘플로부터 얻은 비종양 세포와 별도로 수행된다.
단일 세포 시퀀싱은 종양 특이적 RNA를 식별하는 편리한 방법이다. 종양은 항상 암세포와 정상 세포의 혼합을 나타내기 때문에 정상 조직의 참조 RNA가 자동으로 포함된다. 그러나, 이웃 조직의 세포도 참고로 사용될 수 있다.
제2 양태의 대안은 공통 종양 특이적 항원의 식별을 위한 방법에 관한 것이며, 방법은 다음 단계를 포함한다:
a. n(n>1) 명의 환자로부터 제1 양태에 따른 공통 종양 특이적 TCR을 식별하는 단계;
b. 상기 공통 종양 특이적 TCR을 발현하는 T 세포를 종양 세포와 접촉시키는 단계로서, 종양 세포는 종양 세포주(공통 종양 특이적 TCR이 선택되는 환자 사이에 공유된 HLA 유전자를 발현함)로부터 유래되는, 접촉시키는 단계 및 종양 세포가 T 세포를 활성화하여 공통 종양 특이적 항원을 발현하는 종양 세포주 유래 세포를 산출할 수 있는지 여부를 검출하는 단계;
c. 선택적으로 상이한 종양 세포주를 사용하여 단계 b를 반복하는 단계;
d. 공통 종양 특이적 항원을 발현하는 종양 세포주 유래 세포로부터 cDNA 라이브러리를 준비하는 단계;
e. cDNA 라이브러리의 각 멤버에 대해, 공통 종양 특이적 TCR이 선택되는 환자 사이에 공유되는 HLA 유전자를 갖는 항원 제시 세포에서 상기 멤버를 발현시키는 단계;
f. 항원 제시 세포가 상기 공통 종양 특이적 TCR을 발현시키는 T 세포를 활성화시킬 수 있는지 여부를 각각의 항원 제시 세포에 대해 검출하는 단계;
g. 상기 cDNA를 발현하는 항원 제시 세포가 상기 공통 종양 특이적 TCR을 발현하는 상기 T 세포를 활성화시킬 수 있는 경우 공통 종양 특이적 항원으로 cDNA를 선택하는 단계.
대안적으로, 종양 세포주를 취하여 개별 섹션이나 유전자를 녹아웃 시키는 것도 가능하다. 그 다음, 더 이상 인식되지 않는 이들 클론을 식별해야 한다. 트랜스포존(transposon)(무작위) 또는 CRISPR-Cas(표적)를 사용한 접근 방식이 가능하다.
제2 양태의 방법의 다른 대안은 다음과 같이 설명될 수 있다:
a. 공통 종양 특이적 TCR 서열은 제1 양태를 통해 식별되며;
b. 공통 종양 특이적 아미노산 서열은 다음 단계를 통해 식별되며:
i. 제1 환자의 종양 샘플의 mRNA 레퍼토리를 시퀀싱하는 단계;
ii. 제1 환자의 비종양 샘플의 mRNA 래퍼토리를 시퀀싱하는 단계;
iii. mRNA 서열이 종양 샘플에 존재하고 비종양 샘플에는 존재하지 않는 경우 mRNA 서열을 제1 환자의 종양 특이적으로 선택하는 단계;
iv. n 명의 환자 모두에 대해 i-iii 단계를 반복하는 단계;
v. 모든 환자의 종양 특이적 mRNA 서열을 아미노산 서열로 번역하고 종양 특이적 아미노산 서열을 정렬하는 단계;
vi. 아미노산 서열이 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 92% 이상, 94% 이상, 96% 이상, 98% 이상 또는 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 경우 아미노산 서열을 하나의 클러스터로 그룹화하는 단계;
vii. 각각의 클러스터가 모든 테스트된 환자에 존재하는 경우 서열을 공통 종양 특이적 아미노산 서열로 선택하는 단계;
c. 공통 종양 특이정 아미노산 서열에 대한 공통 종양 특이적 TCR의 반응성은 다음 단계를 통해 평가되며:
i. 각각의 공통 종양 특이적 아미노산 서열을 하나의 항원 제시 세로에 도입하는 단계;
ii. 공통 종양 특이적 TCR을 발현하는 T 세포를 단계 i의 모든 항원 제시 세포와 개별적으로 접촉시키고, T 세포의 IFNγ 방출을 측정하는 단계;
d. 아미노산 서열은 이전 단계에서 T 세포의 검출 가능한 IFNγ 방출이 있었던 공통 종양 특이적 항원으로 선택된다.
본 발명의 제3 양태는 제1 양태에 따른 방법에 의해 식별된 분리된 TCR에 관한 것이다.
특정 실시예에서, TCR은 CDR3 알파 서열 및 CDR3 베타 서열을 포함하며, CDR3 알파 서열 및 CDR3 베타 서열은 아래 주어진 서열과 동일하거나 CDR3 서열 당 하나 또는 둘의 아미노산 치환을 가지며,
여기서
a. 그룹 a(Cluster 0)의 경우, CDR3 알파 서열은 서열 번호 6, 1, 59를 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며, CDR3 베타 서열은 서열 번호 38, 41, 20을 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되거나, 또는
b. 그룹 b(Cluster 1)의 경우, CDR3 알파 서열은 서열 번호 11, 12, 18, 26, 55, 58을 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며, CDR3 베타 서열은 서열 번호 47, 72, 73을 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되거나, 또는
c. 그룹 c(Cluster 31)의 경우, CDR3 알파 서열은 서열 번호 62, 63, 71을 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며, CDR3 베타 서열은 서열 번호 28의 서열로부터 선택되거나, 또는
d. 그룹 d(Cluster 2)의 경우, CDR3 알파 서열은 서열번호 8, 51을 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며, CDR3 베타 서열은 서열 번호 19, 45, 60을 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되거나, 또는
e. 그룹 e(Cluster 3)의 경우, CDR3 알파 서열은 서열 번호 2, 21, 24, 32를 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며, CDR3 베타 서열은 서열 번호 15, 27, 31을 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되거나, 또는
f. 그룹 f(Cluster 4)의 경우, CDR3 알파 서열은 서열 번호 29, 52를 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며, CDR3 베타 서열은 서열 번호 9의 서열로부터 선택되거나, 또는
g. 그룹 g(Cluster 5)의 경우, CDR3 알파 서열은 서열 번호 13, 65를 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며, CDR3 베타 서열은 서열 번호 61의 서열로부터 선택되거나, 또는
h. 그룹 h(Cluster 6)의 경우, CDR3 알파 서열은 서열 번호 5, 25, 46을 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며, CDR3 베타 서열은 서열 번호 7, 10, 17, 42, 44를 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며,
특히 CRD3 알파 서열 및 CDR3 베타 서열은 표 1-8의 동일한 행에서 식별되며,
특히 상기 대체는 아래 주어진 대체 규칙에 따라 선택되며,
대체 규칙은 다음과 같다:
- 글리신(G) 및 알라닌(A)은 상호교환 가능하며; 발린(V), 류신(L) 및 이소류신(I)이 상호교환 가능하며, A 및 V는 상호교환 가능하며;
- 트립토판(W) 및 페닐알라닌(F)은 상호교환 가능하며, 티로신(Y) 및 F는 상호교환 가능하며;
- 세린(S) 및 트레오닌(T)은 상호교환 가능하며;
- 아스파르트산(D) 및 글루타민산(E)은 상호교환 가능하며;
- 아스파라긴(N) 및 글루타민(Q)은 상호교환 가능하며; N 및 S는 상호교환 가능하며; N 및 D는 상호교환 가능하며; E 및 Q는 상호교환 가능하며;
- 메티오닌(M) 및 Q는 상호교환 가능하며;
- 시스테인(C), A 및 S는 상호교환 가능하며;
- 프롤린(P), G 및 A는 상호교환 가능하며;
- 아르기닌(R) 및 라이신(K)은 상호교환 가능하다.
CDR3 서열의 그룹은 클러스터라고도 불릴 수 있다.
특정 실시예에서, CDR3 서열은 그룹 a, b, f, g 및 h로부터 선택된다.
특정 실시예에서, TCR은 가변(V) 알파 서열, 결합 상수(JC) 알파 서열, V 베타 서열 및 JC 베타 서열 또는 상기 서열에 대해 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 92% 이상, 94% 이상, 96% 이상, 98% 이상 또는 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 서열을 추가로 포함하며, 완전한 TCR 서열은 그 생물학적 활성을 유지하며,
여기서
a. 그룹 a의 경우, V 알파 서열은 서열 번호 67이며, JC 알파 서열은 서열 번호 4이며, V 베타 서열은 서열 번호 23이며, JC 베타 서열은 서열 번호 33이거나, 또는
b. 그룹 b의 경우, V 알파 서열은 서열 번호 3이며, JC 알파 서열은 서열 번호 53이며, V 베타 서열은 서열 번호 64이며, JC 베타 서열은 서열 번호 56이거나, 또는
c. 그룹 c의 경우, V 알파 서열은 서열 번호 54이며, JC 알파 서열은 서열 번호 48이며, V 베타 서열은 서열 번호 43이며, JC 베타 서열은 서열 번호 37이거나, 또는
d. 그룹 d의 경우, V 알파 서열은 서열 번호 68며, JC 알파 서열은 서열 번호 70이며, V 베타 서열은 서열 번호 30이며, JC 베타 서열은 서열 번호 37이거나, 또는
e. 그룹 e의 경우, V 알파 서열은 서열 번호 57이며, JC 알파 서열은 서열 번호 4이며, V 베타 서열은 서열 번호 16이며, JC 베타 서열은 서열 번호 22이거나, 또는
f. 그룹 f의 경우, V 알파 서열은 서열 번호 49이며, JC 알파 서열은 서열 번호 66이며, V 베타 서열은 서열 번호 39이며, JC 베타 서열은 서열 번호 34이거나, 또는
g. 그룹 g의 경우, V 알파 서열은 서열 번호 35이며, JC 알파 서열은 서열 번호 40이며, V 베타 서열은 서열 번호 43이며, JC 베타 서열은 서열 번호 69이거나, 또는
h. 그룹 h의 경우, V 알파 서열은 서열 번호 14이며, JC 알파 서열은 서열 번호 50이며, V 베타 서열은 서열 번호 36이며, JC 베타 서열은 서열 번호 56이다.
TCR의 생물학적 활성은 종양 세포 또는 APC에 의한 TCR을 포함하는 T 세포의 활성화를 통해 결정된다. TCR이 TCR이 특이적인 HLA 펩티드 복합체를 제시하는 APC를 여전히 인식할 수 있는 경우, TCR은 서열이 다른 경우에도 생물학적활성을 유지한다.
본 발명의 제4 양태는 제3 양태에 따른 TCR을 코딩하는 핵산 서열에 관한 것이다.
본 발명의 제5 양태는 제3 양태에 따른 TCR 및/또는 제4 양태에 따른 핵산 서열을 포함하는 분리된 자가 T 세포에 관한 것이다.
특정 실시예에서, 분리된 자가 T 세포는 상기 TCR을 재조합적으로 발현하는 재조합 T 세포이다.
본 발명의 제6 양태는 암의 치료에 사용하기 위한 제3 양태에 따른 TCR, 제4 양태에 따른 핵산 서열 또는 제5 양태에 따른 분리된 자가 T 세포에 관한 것이다.
HLA 유형 특이적 TCR과 동일한 동일한 HLA 유형을 갖는 환자의 암의 치료에 사용하기 위한 제3 양태에 따른 TCR, 제4 양태에 따른 핵산 서열 또는 제5 양태에 따른 분리된 자가 T 세포는 제1 양태의 방법을 통해 결정된다.
환자에 사용하기 위한 제3 양태에 따른 TCR, 제4 양태에 따른 핵산 서열 또는 제5 양태에 따른 분리된 자가 T 세포는 다음의 HLA 유형을 갖는다:
a. 그룹 a의 경우 HLA-B*08:01 및/또는 HLA-C*07:01; 또는
b. 그룹 b의 경우 HLA-A*02:01-수퍼타입(HLA-A*02:01/68:02); 또는
c. 그룹 c의 경우 HLA-A*02:01-수퍼타입(HLA-A*02:01/02:35/02:05) 및/또는 HLA-C*07:01/07:04; 또는
d. 그룹 d의 경우 HLA-A*01:01 및/또는 HLA-A*02:01; 또는
e. 그룹 e의 경우 HLA-A*02:01 및/또는 HLA-A*01-수퍼타입(A*01:01/68:01); 또는
f. 그룹 f의 경우 HLA-C*07:01; 또는
g. 그룹 g의 경우 HLA-A*01:01 및/또는 HLA-A*02:01 및/또는 HLA-C*02:02; 또는
h. 그룹 h의 경우 HLA-B*15:01.
의학적 치료, 투여 형태 및 염
유사하게, 제3 양태에 따른 TCR, 제4 양태에 따른 핵산 서열 또는 제5 양태에 따른 분리된 자가 T 세포를 환자에게 투여하는 것을 포함하는 이를 필요로 하는 환자에서 암을 치료하는 방법은 본 발명의 범위 내에 있다.
유사하게, 제3 양태에 따른 TCR, 제4 양태에 따른 핵산 서열 또는 제5 양태에 따른 분리된 자가 T 세포를 포함하는 암 예방 또는 치료를 위한 투여 형태가 제공된다.
약제학적 조성물 및 투여
본 발명의 다른 양태는 제3 양태에 따른 TCR, 제4 양태에 따른 핵산 서열 또는 제5 양태에 따른 분리된 자가 T 세포를 포함하는 약제학적 조성물에 관한 것이다.
본 발명의 특정 실시예에서, 본 발명의 화합물은 일반적으로 약물의 쉽게 제어할 수 있는 투여량을 제공하고 환자에게 우아하고 쉽게 관리할 수 있는 제품을 제공하기 위해 약제학적 투여 형태로 제제화된다.
약제학적 조성물은 예를 들어 i.v. 주입에 의해 비경구 투여용으로 제제화될 수 있다.
본 발명에 따른 제조 방법 및 치료 방법
본 발명은 추가적인 양태로서 암의 치료 또는 예방을 위한 의약의 제조 방법에 사용하기 위한 위에서 상세히 명시된 바와 같은 제3 양태에 따른 TCR, 제4 양태에 따른 핵산 서열 또는 제5 양태에 따른 분리된 자가 T 세포의 용도를 추가로 포함한다.
유사하게, 본 발명은 암과 관련된 질병으로 진단된 환자의 치료 방법을 포함한다. 이 방법은 제3 양태에 따른 TCR, 제4 양태에 따른 핵산 서열 또는 제5 양태에 따른 분리된 자가 T 세포를 환자에게 투여하는 것을 수반한다.
본 발명은 다음의 실시예 및 도면에 의해 추가로 설명되며, 이로부터 추가적인 실시예 및 이점이 도출될 수 있다. 이들 실시예는 본 발명을 설명하기 위한 것이지 그 범위를 제한하려는 것은 아니다.
도 1: tsTCR 풋프린트 표의 스키마(Schema). 좌측에서 우측으로 종양 특이적 TCR 풋프린트 표는 TCR 클론형 당 다음의 요소를 포함한다: CDR3 β 아미노산 서열, CDR3 α 아미노산 서열, 백분율로 CDR3 β 서열의 빈도, β 사슬의 V-세그먼트 ID, β 사슬의 J-세그먼트 ID, α 사슬의 V-세그먼트 ID, α 사슬의 J-세그먼트 ID, 4자리 분해능의 HLA 유형(클래스 I 또는 II), 클론형 당 각각의 발현 속도를 갖는 여러 열의 마커 유전자의 세트.
도 2: TCR 클러스터링 스키마, 파트 I. 이는 종양 특이적 TCR 풋프린트 표로 최종적으로 압축된 종양 및 비종양의 TCR 레퍼토리 분석을 위한 단계이다.
도 3: TCR 클러스터링 스키마, 파트 II. 2, 3 또는 그 이상의 상이한 환자에 대해 하나의 표는 밀접하게 관련된 TCR이 있는 TCR 클러스터를 나타낸다. 1-13 열과 NN은 아래에 설명된다. 1: 임의의 환자 ID. 2-3: 두 CDR3 사슬의 아미노산 서열. 4: 종양 대 인접한 비종양 조직의 TCR 클론형 빈도 사이의 비율. 5: 종양에서 각각의 TCR의 빈도. 6-9: 두 사슬의 V/J 세그먼트. 10: 4자리 분해능의 HLA 유형(I/II). 11-13: 각각의 T 세포 활성화 마커 빈도. 이는 단일 세포 시퀀싱 유전자 발현 기술을 사용하여 측정되거나, 적용 가능한 경우 세포 분류 기술을 사용하여 측정되며 각각의 클론형 빈도는 TCR 시퀀싱 데이터에서 파생된다. NN: T 세포 활성화에 대한 임의의 마커는 동일한 방식으로 사용도리 수 있다.
도 4: 건강한 기증자의 CD8+ T 세포가 CRISPR/CAS9 매개 녹아웃에 의해 내인성 TCR에서 고갈되고 Cluster 0 클론형의 TCR로 형질도입 되었음을 보여준다. 형질도입된 TCR-T 세포는 IFN-γ-Elispot 분석에 의해 7 개의 NSCLC 세포주에 대해 테스트되었다(미도시). 클러스터 0 관련 MHC-대립유전자 HLA-B*08:01을 발현하는 3 개의 NSCLC 계통 중에서 NCI-H1703만이 TCR-T 세포에 의해 인식되었다. NCI-H1703 세포 외에도 TCR-T 세포는 HLA-B*08:01로 형질 도입된 K562 세포(HLA가 없는 야생형 K562 세포는 아님) 및 HLA-B*08:01-발현 림프구 세포주(LCL)(미도시)도 인식했다. NSCLC 세포에 대한 반응성은 펩티드-MHC-제한 반응성을 나타내는 pan-HLA-특이적 항체에 의해 차단될 수 있다(미도시).
도 5: 건강한 기증자의 CD8+ T 세포가 CRISPR/CAS9 매개 녹아웃에 의해 내인성 TCR에서 고갈되고 Cluster 2 클론형의 TCR로 형질도입 되었음을 보여준다. TCR-형질도입(TCR-)T 세포는 IFN-γ-Elispot 분석에 의해 5 개의 HLA-A*02:01-양성 NSCLC 세포주에 대해 테스트되었다. 모든 TCR-T 세포는 배경 반응성보다 높은 MZ-LC-16, NCI-H1703 및 NCI-H1792가 인식되었다(TCR-T 세포만, 점선). TCR-ID2.1-형질도입된 TCR-T 세포는 또한 MOR/CPR에 대해서도 미미한 반응을 보였다. TCR-T 세포의 교차 반응성에 대한 추가 테스트에서는 HLA-A*02:01로 형질도입된 K562 세포(야생형 K562 세포는 아님) 및 HLA-A*02:01-양성 T2-세포도 인식되는 것으로 나타났다(미도시). NSCLC 세포에 대한 반응성은 펩티드-MHC-제한 반응성을 나타내는 HLA-A02-특이적 항체에 의해 차단될 수 있다(미도시).
도 2: TCR 클러스터링 스키마, 파트 I. 이는 종양 특이적 TCR 풋프린트 표로 최종적으로 압축된 종양 및 비종양의 TCR 레퍼토리 분석을 위한 단계이다.
도 3: TCR 클러스터링 스키마, 파트 II. 2, 3 또는 그 이상의 상이한 환자에 대해 하나의 표는 밀접하게 관련된 TCR이 있는 TCR 클러스터를 나타낸다. 1-13 열과 NN은 아래에 설명된다. 1: 임의의 환자 ID. 2-3: 두 CDR3 사슬의 아미노산 서열. 4: 종양 대 인접한 비종양 조직의 TCR 클론형 빈도 사이의 비율. 5: 종양에서 각각의 TCR의 빈도. 6-9: 두 사슬의 V/J 세그먼트. 10: 4자리 분해능의 HLA 유형(I/II). 11-13: 각각의 T 세포 활성화 마커 빈도. 이는 단일 세포 시퀀싱 유전자 발현 기술을 사용하여 측정되거나, 적용 가능한 경우 세포 분류 기술을 사용하여 측정되며 각각의 클론형 빈도는 TCR 시퀀싱 데이터에서 파생된다. NN: T 세포 활성화에 대한 임의의 마커는 동일한 방식으로 사용도리 수 있다.
도 4: 건강한 기증자의 CD8+ T 세포가 CRISPR/CAS9 매개 녹아웃에 의해 내인성 TCR에서 고갈되고 Cluster 0 클론형의 TCR로 형질도입 되었음을 보여준다. 형질도입된 TCR-T 세포는 IFN-γ-Elispot 분석에 의해 7 개의 NSCLC 세포주에 대해 테스트되었다(미도시). 클러스터 0 관련 MHC-대립유전자 HLA-B*08:01을 발현하는 3 개의 NSCLC 계통 중에서 NCI-H1703만이 TCR-T 세포에 의해 인식되었다. NCI-H1703 세포 외에도 TCR-T 세포는 HLA-B*08:01로 형질 도입된 K562 세포(HLA가 없는 야생형 K562 세포는 아님) 및 HLA-B*08:01-발현 림프구 세포주(LCL)(미도시)도 인식했다. NSCLC 세포에 대한 반응성은 펩티드-MHC-제한 반응성을 나타내는 pan-HLA-특이적 항체에 의해 차단될 수 있다(미도시).
도 5: 건강한 기증자의 CD8+ T 세포가 CRISPR/CAS9 매개 녹아웃에 의해 내인성 TCR에서 고갈되고 Cluster 2 클론형의 TCR로 형질도입 되었음을 보여준다. TCR-형질도입(TCR-)T 세포는 IFN-γ-Elispot 분석에 의해 5 개의 HLA-A*02:01-양성 NSCLC 세포주에 대해 테스트되었다. 모든 TCR-T 세포는 배경 반응성보다 높은 MZ-LC-16, NCI-H1703 및 NCI-H1792가 인식되었다(TCR-T 세포만, 점선). TCR-ID2.1-형질도입된 TCR-T 세포는 또한 MOR/CPR에 대해서도 미미한 반응을 보였다. TCR-T 세포의 교차 반응성에 대한 추가 테스트에서는 HLA-A*02:01로 형질도입된 K562 세포(야생형 K562 세포는 아님) 및 HLA-A*02:01-양성 T2-세포도 인식되는 것으로 나타났다(미도시). NSCLC 세포에 대한 반응성은 펩티드-MHC-제한 반응성을 나타내는 HLA-A02-특이적 항체에 의해 차단될 수 있다(미도시).
실시예
A.1: 비소세포폐암(NSCLC) 및 정상 폐 조직 표본의 준비 및 TCRSafe 분석
각 종양 표본은 주변의 정상 조직과 괴사 부위가 없이 해부된다. 대략 종양 및 정상 폐 조직의 1g 큐브를 각 치수가 2-3mm인 작은 덩어리로 절단한다. 얇게 썬 종양(및 또한 비종양) 생검에는 Tumor Dissociation Kit(Miltenyi Biotech)를 사용하고 제조업체의 지침에 따라 상업적 기계적/효소적 조직 해리 시스템(GentleMACS, Miltenyi Biotec, Bergisch-Gladbach, Germany)이 적용된다. GentleMACS 분해 후, 세포 현탁액은 70-μm 세포 스트레이너를 통과한다. 종양 및 폐 세포의 분취량을 채취하여 나중에 사용하기 위해 10% DMSO(Sigma-Aldrich) 및 90% FCS(Life Technologies)에 냉동 보존한다. 나머지 세포 현탁액을 PBS/RPMI 1640에서 Percoll®(GE Healthcare Europe GmbH)의 40%/80% 단계 구배를 사용하여 밀도 구배 원심 분리한다. T-림프구를 간기(interphase)로부터 수확하고 완전 배지(RPMI 1640, Lonza)에서 세척한다. 이어서, 종양-침윤 T-림프구(TIL) 및 정상 폐 조직의 림프구를 0.5x106 세포/ml 농도의 2 ml 회수 배지(RM)를 갖는 24-웰 조직 배양 플레이트에 넣는다. RM은 10% 자가 인간 혈청이 보충된 25 mM HEPES pH 7.2 및 L-글루타민(Lonza), 100 IU/mL 페니실린, 100 mg/mL 스트렙토마이신 및 50 mM 베타-머캅토에탄올(ThermoFisher Scientific, Waltham, Massachussetts, USA)이 보충된 RPMI 1640이다. 플레이트를 5% CO2가 포함된 가습된 37℃ 인큐베이터를 넣고 밤새 배양한다. 다음날 TIL- 및 정상 폐 배양물과 FACS를 통해 분리된 다음 하위 집단에서 세포를 수확하고 모았다:
· CD4+ T 세포
· CD8+ T 세포
· PD1+ 세포(TIL 만으로부터)
· PD1- 음성 세포(TIL 만으로부터)
하위 집단에서 게놈 DNA를 추출하고 TCRsafe 분석을 실시한다(WO 2014/096394 A1에 개시됨). 결과적인 T 세포 클론형 빈도는 WO 2017/025564 A1에 자세히 설명된 대로 식별된 하위 집단 및 종양 특이적 클론형 사이에서 비교된다.
이러한 예에 대한 모든 후속 단계는 위에서 설명한 대로 종양 및 비종양 조직에서 분리된 CD8+ T 세포를 참조한다.
A.2: 10x Genomics 고처리량 단일 세포 시퀀싱을 사용하는 T 세포 수용체(TCR) α/β 페어링
TIL 단일 세포 현탁액에서 시작하여 5000 - 10000 T 세포에 Chromium Single Cell V(D)J Enrichment Kit(인간)와 함께 10x Genomics Chromium Next GEM Single Cell V(D)J Reagent Kit를 사용하여 높은 처리량의 단일 세포 RNASeq 분석을 실시한다. 10x Genomics® GemCodeTM Technology는 수천 개의 개별 세포를 Gel Bead-in-Emulsion(GEM) 방울로 분산시킨다. GEM-포획 단일 세포는 용해되고 GEM-용액에 비드, 올리고, 마스터 믹스 및 용해된 세포 성분에 부착된 바코드 프라이머를 혼합하고 RT-PCR을 통해 전장 올리고-dT-프라이밍된 cDNA-라이브러리가 생성된다. 비드에 부착된 바코드 서열을 포함하여 템플릿 스위치 메커니즘을 사용하여 제2 스트랜드 cDNA 합성이 완료된다. 단일 GEM 내의 모든 cDNA 분자는 동일한 바코드로 표시된다. GEM이 분해되고 추가 라이브러리 준비가 대량 반응으로 계속된다. cDNA 정리 후, Chromium Single Cell V(D)J Enrichment Kit는 TCR 서열을 효과적으로 증폭하고 Illumina 시퀀싱과 호환되는 시퀀싱 라이브러리를 생성한다. 전체 cDNA 증폭과 함께 Illumina 시퀀싱은 각 단일 T 세포에 대해 쌍을 이루는 α/β TCR 서열과 세포 당 해당 전체 전사체를 분석했음을 보여준다. 두 키트, 10x Genomics Chromium Next GEM Single Cell V(D)J Reagent Kit 및 Chromium Single Cell V(D)J Enrichment Kit(인간)는 제조업체의 권장 사항에 따라 사용된다.
위의 A.1에 설명된 TCR과 단일 세포 VDJ 쌍의 TCR 사이에 동일한 뉴클레오티드 서열을 사용하여 알파 및 베타 사슬, 빈도 및 종양 특이성과 관련하여 TCR의 전체 주석을 설정한다.
A.3: TCR의 클러스터링(TCRpolyClust)
TCRpolyClust 방법의 스키마에 설명된 대로 일단 A.1과 A.2의 조합이 확립되면 후속 TCR 클러스터 분석을 통해 공통 TCR과 일치하는 HLA 유형을 갖는 환자를 식별하여 공유 종양 항원에 대한 스크리닝을 가능하게 한다.
자가 환자 또는 건강한 기증자로부터 분리된 T 세포에서 클러스터 TCR의 합성, 복제 및 이소성 발현
쌍을 이루는 클러스터 TCR은 바이시스트론 키메라 구조(βTCR-VDJ-mC_P2A-요소_αTCR-VJ-mC; mC는 쥐 불변 도메인(murine constant domain)을 나타냄)로 각 환자 또는 건강한 기증자의 혈액으로부터의 자가 또는 동종 T 세포의 형질도입을 위해 레트로바이러스(또는 비교 가능한) 발현 벡터로 코든 최적화, 합성 및 클로닝된다. 수용자 T 세포는 CRISPR/Cas9로 전처리되어 내인성 TCR을 녹아웃시켜 혼합 TCR 다이머(자가 및 동종 환경에서 내인성 x 외인성 사슬) 또는 내인성 TCR에 의한 동종 반응(동종이계 환경에서)에 의해 매개되는 표적 외 면역 반응을 방지한다. 상기 키메라 (c)TCR-재조합 T 세포는 시험관 내에서 확장되고 아래 설명된 대로 자가 종양 세포(이용 가능한 경우) 인식, 동종 종양 세포주 및/또는 항원 스크리닝과 같은 기능적 실험에 적용된다.
공유 종양 항원 스크리닝을 위한 표적 접근법
종양 및 해당 정상 조직 게놈과 각 TCR 클러스터의 모든 환자의 샘플을 포함하는 전체 RNA의 비교 전체 액솜(WES) 및 전체 전사체(WTS) 시퀀싱을 적용하여 공유 신생항원(SNV, MNV, InDels, 융합 유전자 산물, 구조적 변경), 비정상적으로 발현된 표준 유전자(암/생식계열 및 과발현된 항원) 및 비정상적으로 발현되고 번역된 비표준 전사체(암흑 물질 전사체 또는 비밀 전사체)를 식별한다. 그 다음 모든 카테고리의 후보를 cTCR-형질도입된 재조합 T 세포에 의한 인식을 위해 테스트된다. 항원 포맷은 전체 길이의 항원-cDNA를 코딩하는 발현 플라스미드이거나 후보 항원의 면역원성 잠재력이 있는 펩티드 코딩 영역만 코딩하는 직렬 미니유전자(TMG)이다. 두 포맷 모두 293T- 또는 COS-7 세포에서 항원- 및 HLA-cDNA-코딩 플라스키드를 공동 형질감혐하고 IFN-γ ELISpot 분석에서 T 세포에 의한 인식 테스트를 통해 형질감염체를 실험함으로써 테스트된다. 대안적으로, 항원성 펩티드 후보는 공개 예측 알고리즘(IEDB, NetMHC)을 사용하여 관련 HLA 대립유전자에 대한 결합을 예측할 수 있으며, 펩티드는 합성되어 HLA-일치 항원 제시 세포에 펄스된다. 그 다음 후자는 재조합 T 세포에 의한 인식을 테스트하는 ELISpot 분석을 받게 된다.
종양 cDNA-발현-라이브러리 스크리닝 접근법
항원 후보의 표적화된 식별은 모든 항원 카테고리에 대해 동등하게 효과적이지 않을 수 있다. 예를 들어, 전체 액솜 및 전사체 시퀀싱을 사용하여 종양 세포의 비-동의적 체세포 돌연변이(non-synonymous somatic mutation)에 대한 스크리닝은 민감하고 재현성이 높으며 잠재적인 신생항원의 정량적 목록을 생성하는 반면, 암호화된 번역 가능한 전사물(암흑 물질 항원)의 식별은 신뢰성 있게 식별할 수 있는 특정 특성이 일반적으로 부족하기 때문에 효율성이 떨어진다. 이 딜레마는 cDNA-발현-라이브러리 스크리닝 접근법을 통해 종양 세포의 완전한 전사체를 조사함으로써 해결될 수 있다. 분류된 자가 종양 세포 또는 HLA 일치 종양 세포주(이전에는 cTCR-형질도입 T 세포에 의해 인식되는 것으로 나타남)에서 전체 RNA에서 생성된 cDNA-발현 라이브러리가 항원 제시 세포(293T- 또는 COS-7 세포)에서 적절한 HLA-대립유전자와 함께 발현된다. 그런 다음 형질주입체(transfectant)는 ELISpot 분석을 통해 cTCR-형질도입 T 세포에 의한 인식을 위해 테스트된다. 형질 감염 후 희귀한 전사체의 발현 기회를 얻으려면 스크리닝 절차에 고도로 분획화된 cDNA-라이브러리를 테스트하는 높은 처리량 접근 방법이 필요하다. 이를 위해 예를 들어 96-웰 플레이트 포맷으로 준비된 웰 당 100 개의 cDNA의 2000 개의 풀로 구성되는 cDNA-라이브러리가 생성된다. cTCR-형질도입 T 세포를 효과기 세포로 사용하는 형질감염 및 ELISpot 분석은 이 96-웰 포맷으로, 100 개의 인식된 풀로부터, 풀의 단계적 감소(예를 들어, 10 개의 cDNA/풀 및 웰, cDNA-클론/풀 및 웰)가 수행되며 테스트를 통해 항원을 코딩하는 cDNA 클론이 선택될 것이다.
RNA-분리 및 cDNA-라이브러리 준비를 위한 충분히 순수하고 큰 생존 가능한 자가 종양 세포 집단을 소수의 환자에 대해서만 얻을 수 있기 때문에 유형이 일치하는 종양 세포주를 인식하기 위한 사전 스크리닝이 수행될 수 있다. 세포주는 HLA 대립유전자의 공유 발현을 위해 선택되거나 관심 HLA로 형질도입될 수 있다. 인식된 세포주는 공통 항원의 존재에 대한 증거와 RNA-추출 및 cDNA-라이브러리 생성을 위한 소스로 사용된다.
서열
TCR 서열은 다음과 같이 구성된다(N에서 C 말단으로):
블록-V__CDR3__블록-J/C
표 1: 클러스터 ID 0
클러스터 ID 0:
클러스터 0은 HLA-B*08:01 및 HLA-C*07:01과 연관된다.
베타 사슬, TRB: TRBV7-6*01, TRBJ2-7*01, TRBC2*02
클러스터 0 블록 V
ATGGGCACCAGTCTCCTATGCTGGGTGGTCCTGGGTTTCCTAGGGACAGATCACACAGGTGCTGGAGTCTCCCAGTCTCCCAGGTACAAAGTCACAAAGAGGGGACAGGATGTAGCTCTCAGGTGTGATCCAATTTCGGGTCATGTATCCCTTTATTGGTACCGACAGGCCCTGGGGCAGGGCCCAGAGTTTCTGACTTACTTCAATTATGAAGCCCAACAAGACAAATCAGGGCTGCCCAATGATCGGTTCTCTGCAGAGAGGCCTGAGGGATCCATCTCCACTCTGACGATCCAGCGCACAGAGCAGCGGGACTCGGCCATGTATCGC (SEQ ID NO: 96)
Seq-ID0.1b
TGTGCCAGCAGCCCCGGACCCAACTACGAGCAGTACTTC (SEQ ID NO: 74)
Seq-ID0.2b
TGTGCCAGCAGTGCAGGGCCCAATTACGAGCAGTACTTC (SEQ ID NO: 139)
Seq-ID0.3b
TGTGCCAGCAGCTTAGGCCCGAATTACGAGCAGTACGTC (SEQ ID NO: 125)
클러스터 0 블록 J/C
GGGCCGGGCACCAGGCTCACGGTCACAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGCTAG (SEQ ID NO: 151)
클러스터 0 블록 V
MGTSLLCWVVLGFLGTDHTGAGVSQSPRYKVTKRGQDVALRCDPISGHVSLYWYRQALGQGPEFLTYFNYEAQQDKSGLPNDRFSAERPEGSISTLTIQRTEQRDSAMYR (SEQ ID NO: 23)
Seq-ID0.1b
CASSPGPNYEQYF (SEQ ID NO: 38)
Seq-ID0.2b
CASSAGPNYEQYF (SEQ ID NO: 41)
Seq-ID0.3b
CASSLGPNYEQYV (SEQ ID NO: 20)
클러스터 0 블록 J/C
GPGTRLTVTEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG (SEQ ID NO: 33)
알파-체인, TRA: TRAV13-1*01, TRAJ23*01, TRAC*01
클러스터 0 블록 V
ATGACATCCATTCGAGCTGTATTTATATTCCTGTGGCTGCAGCTGGACTTGGTGAATGGAGAGAATGTGGAGCAGCATCCTTCAACCCTGAGTGTCCAGGAGGGAGACAGCGCTGTTATCAAGTGTACTTATTCAGACAGTGCCTCAAACTACTTCCCTTGGTATAAGCAAGAACTTGGAAAAAGACCTCAGCTTATTATAGACATTCGTTCAAATGTGGGCGAAAAGAAAGACCAACGAATTGCTGTTACATTGAACAAGACAGCCAAACATTTCTCCCTGCACATCACAGAGACCCAACCTGAAGACTCGGCTGTCTACTTC (SEQ ID NO: 108)
Seq-ID0.1a
TGTGCAGGGGCGTATAACCAGGGAGGAAAGCTTATCTTC (SEQ ID NO: 85)
Seq-ID0.2a
TGTGCAGCAAGTTTTAACCAGGGAGGAAAGCTTATCTTC (SEQ ID NO: 106)
Seq-ID0.3a
TGTGCAGCAAGTAGTAACCAGGGAGGAAAGCTTATCTTC (SEQ ID NO: 123)
클러스터 0 블록 J/C
GGACAGGGAACGGAGTTATCTGTGAAACCCAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCTGA (SEQ ID NO: 87)
클러스터 0 블록 V
MTSIRAVFIFLWLQLDLVNGENVEQHPSTLSVQEGDSAVIKCTYSDSASNYFPWYKQELGKRPQLIIDIRSNVGEKKDQRIAVTLNKTAKHFSLHITETQPEDSAVYF (SEQ ID NO: 67)
Seq-ID0.1a
CAGAYNQGGKLIF (SEQ ID NO: 6)
Seq-ID0.2a
CAASFNQGGKLIF (SEQ ID NO: 1)
Seq-ID0.3a
CAASSNQGGKLIF (SEQ ID NO: 59)
클러스터 0 블록 J/C
GQGTELSVKPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS (SEQ ID NO: 4)
표 2: 클러스터 ID 1:
클러스터 ID 1:
클러스터 1은 HLA-A*02:01-수퍼타입(HLA-A*02:01/68:02)과 연관된다.
베타 사슬, TRB: TRBV28*01, TRBJ2-3*01, TRBC2*01
클러스터 1 블록 V
ATGGGAATCAGGCTCCTCTGTCGTGTGGCCTTTTGTTTCCTGGCTGTAGGCCTCGTAGATGTGAAAGTAACCCAGAGCTCGAGATATCTAGTCAAAAGGACGGGAGAGAAAGTTTTTCTGGAATGTGTCCAGGATATGGACCATGAAAATATGTTCTGGTATCGACAAGACCCAGGTCTGGGGCTACGGCTGATCTATTTCTCATATGATGTTAAAATGAAAGAAAAAGGAGATATTCCTGAGGGGTACAGTGTCTCTAGAGAGAAGAAGGAGCGCTTCTCCCTGATTCTGGAGTCCGCCAGCACCAACCAGACATCTATGTACCTC (SEQ ID NO: 97)
Seq-ID1.1b
TGTGCCAGCAGTTTCGTCAGCGGCACAGATACGCAGTATTTT (SEQ ID NO: 115)
Seq-ID1.2b
TGTGCCAGCAGTTTTGTGAGCGGCACAGATACGCAGTATTTT (SEQ ID NO: 88)
Seq-ID1.3b
TGTGCCAGCAGTTTTCTTAGCGGCACAGATACGCAGTATTTT (SEQ ID NO: 157)
Seq-ID1.4b
TGTGCCAGCAGTTTTCTTTCAGGCACAGATACGCAGTATTTT (SEQ ID NO: 101)
Seq-ID1.5b
TGTGCCAGCAGTTTCCTAGCGGGCACAGATACGCAGTATTTT (SEQ ID NO: 136)
Seq-ID1.6b
TGTGCCAGCAGTTTCGTTTCAGGCACAGATACGCAGTATTTT (SEQ ID NO: 133)
클러스터 1 블록 J/C
GGCCCAGGCACCCGGCTGACAGTGCTCGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCAAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGCTAG (SEQ ID NO: 86)
클러스터 1 블록 V
MGIRLLCRVAFCFLAVGLVDVKVTQSSRYLVKRTGEKVFLECVQDMDHENMFWYRQDPGLGLRLIYFSYDVKMKEKGDIPEGYSVSREKKERFSLILESASTNQTSMYL (SEQ ID NO: 64)
Seq-ID1.1b
CASSFVSGTDTQYF (SEQ ID NO: 47)
Seq-ID1.2b
CASSFVSGTDTQYF (SEQ ID NO: 47)
Seq-ID1.3b
CASSFLSGTDTQYF (SEQ ID NO: 73)
Seq-ID1.4b
CASSFLSGTDTQYF (SEQ ID NO: 73)
Seq-ID1.5b
CASSFLAGTDTQYF (SEQ ID NO: 72)
Seq-ID1.6b
CASSFVSGTDTQYF (SEQ ID NO: 47)
클러스터 1 J/C
GPGTRLTVLEDLKNVFPPKVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG (SEQ ID NO: 56)
알파-사슬, TRA: TRAV24*01, TRAJ18*01, TRAC*01
클러스터 1 블록 V
ATGGAGAAGAATCCTTTGGCAGCCCCATTACTAATCCTCTGGTTTCATCTTGACTGCGTGAGCAGCATACTGAACGTGGAACAAAGTCCTCAGTCACTGCATGTTCAGGAGGGAGACAGCACCAATTTCACCTGCAGCTTCCCTTCCAGCAATTTTTATGCCTTACACTGGTACAGATGGGAAACTGCAAAAAGCCCCGAGGCCTTGTTTGTAATGACTTTAAATGGGGATGAAAAGAAGAAAGGACGAATAAGTGCCACTCTTAATACCAAGGAGGGTTACAGCTATTTGTACATCAAAGGATCCCAGCCTGAAGACTCAGCCACATACCTC (SEQ ID NO: 131)
Seq-ID1.1a
TGTGCCTTTATGGCCAGAGGCTCAACCCTGGGGAGGCTATACTTT (SEQ ID NO: 134)
Seq-ID1.2a
TGTGCCTTTATGGAGAGAGGCTCAACCCTGGGGAGGCTATACTTT (SEQ ID NO: 124)
Seq-ID1.3a
TGTGCCTTTCTTACCAGAGGCTCAACCCTGGGGAGGCTATACTTT (SEQ ID NO: 119)
Seq-ID1.4a
TGTGCCTTTATGCCCAGAGGCTCAACCCTGGGGAGGCTATACTTT (SEQ ID NO: 147)
Seq-ID1.5a
TGTGCCCCCCTCCCGAGAGGCTCAACCCTGGGGAGGCTATACTTT (SEQ ID NO: 102)
Seq-ID1.6a
TGTGCCTTATTAAGCAGAGGCTCAACCCTGGGGAGGCTATACTTT (SEQ ID NO: 132)
클러스터 1 블록 J/C
GGAAGAGGAACTCAGTTGACTGTCTGGCCTGATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCTGA (SEQ ID NO: 138)
클러스터 1 블록 V
MEKNPLAAPLLILWFHLDCVSSILNVEQSPQSLHVQEGDSTNFTCSFPSSNFYALHWYRWETAKSPEALFVMTLNGDEKKKGRISATLNTKEGYSYLYIKGSQPEDSATYL (SEQ ID NO: 3)
Seq-ID1.1a
CAFMARGSTLGRLYF (SEQ ID NO: 58)
Seq-ID1.2a
CAFMERGSTLGRLYF (SEQ ID NO: 12)
Seq-ID1.3a
CAFLTRGSTLGRLYF (SEQ ID NO: 18)
Seq-ID1.4a
CAFMPRGSTLGRLYF (SEQ ID NO: 55)
Seq-ID1.5a
CAPLPRGSTLGRLYF (SEQ ID NO: 26)
Seq-ID1.6a
CALLSRGSTLGRLYF (SEQ ID NO: 11)
클러스터 1 블록 J/C
GRGTQLTVWPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS (SEQ ID NO: 53)
표 3: 클러스터 ID 31:
클러스터 ID 31:
클러스터 31은 HLA-A*02:01-수퍼타입(HLA-A*02:01/02:35/02:05) 또는 HLA-C*07:01/07:04와 연관된다.
베타 사슬, TRB: TRBV5-1*01, TRBJ1-1*01, TRBC1*01
클러스터 31 블록 V
ATGGGCTCCAGGCTGCTCTGTTGGGTGCTGCTTTGTCTCCTGGGAGCAGGCCCAGTAAAGGCTGGAGTCACTCAAACTCCAAGATATCTGATCAAAACGAGAGGACAGCAAGTGACACTGAGCTGCTCCCCTATCTCTGGGCATAGGAGTGTATCCTGGTACCAACAGACCCCAGGACAGGGCCTTCAGTTCCTCTTTGAATACTTCAGTGAGACACAGAGAAACAAAGGAAACTTCCCTGGTCGATTCTCAGGGCGCCAGTTCTCTAACTCTCGCTCTGAGATGAATGTGAGCACCTTGGAGCTGGGGGACTCGGCCCTTTATCTT (SEQ ID NO: 116)
Seq-ID31.1b
TGCGCCAGCAGTTTGGACGGGATGAACACTGAAGCTTTCTTT (SEQ ID NO: 98)
Seq-ID31.2b
TGCGCCAGCAGCTTGGACGGAATGAACACTGAAGCTTTCTTT (SEQ ID NO: 83)
Seq-ID31.3b
TGCGCCAGCAGCTTGGACGGCATGAACACTGAAGCTTTCTTT (SEQ ID NO: 129)
클러스터 31 블록 J/C
GGACAAGGCACCAGACTCACAGTTGTAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTCTGA (SEQ ID NO: 103)
클러스터 31 블록 V
MGSRLLCWVLLCLLGAGPVKAGVTQTPRYLIKTRGQQVTLSCSPISGHRSVSWYQQTPGQGLQFLFEYFSETQRNKGNFPGRFSGRQFSNSRSEMNVSTLELGDSALYL (SEQ ID NO: 43)
Seq-ID31.1b
CASSLDGMNTEAFF (SEQ ID NO: 28)
Seq-ID31.2b
CASSLDGMNTEAFF (SEQ ID NO: 28)
Seq-ID31.3b
CASSLDGMNTEAFF (SEQ ID NO: 28)
클러스터 31 블록 J/C
GQGTRLTVVEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF (SEQ ID NO: 37)
알파-사슬, TRA: TRAV29/DV5*01, TRAJ44*01, TRAC*01
클러스터 31 블록 V
ATGGCCATGCTCCTGGGGGCATCAGTGCTGATTCTGTGGCTTCAGCCAGACTGGGTAAACAGTCAACAGAAGAATGATGACCAGCAAGTTAAGCAAAATTCACCATCCCTGAGCGTCCAGGAAGGAAGAATTTCTATTCTGAACTGTGACTATACTAACAGCATGTTTGATTATTTCCTATGGTACAAAAAATACCCTGCTGAAGGTCCTACATTCCTGATATCTATAAGTTCCATTAAGGATAAAAATGAAGATGGAAGATTCACTGTCTTCTTAAACAAAAGTGCCAAGCACCTCTCTCTGCACATTGTGCCCTCCCAGCCTGGAGACTCTGCAGTGTACTTC (SEQ ID NO: 79)
Seq-ID31.1a
TGTGCAGCAAGACTTACCGGCACTGCCAGTAAACTCACCTTT (SEQ ID NO: 143)
Seq-ID31.2a
TGTGCAGCAAGGAATGCCGGCACTGCCAGTAAACTCACCTTT (SEQ ID NO: 148)
Seq-ID31.3a
TGTGCAGCAAGGAATACCGGCACTGCCAGTAAACTCACCTTT (SEQ ID NO: 152)
클러스터 31 블록 J/C
GGGACTGGAACAAGACTTCAGGTCACGCTCGATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCTGA (SEQ ID NO: 158)
클러스터 31 블록 V
MAMLLGASVLILWLQPDWVNSQQKNDDQQVKQNSPSLSVQEGRISILNCDYTNSMFDYFLWYKKYPAEGPTFLISISSIKDKNEDGRFTVFLNKSAKHLSLHIVPSQPGDSAVYF (SEQ ID NO: 54)
Seq-ID31.1a
CAARLTGTASKLTF (SEQ ID NO: 63)
Seq-ID31.2a
CAARNAGTASKLTF (SEQ ID NO: 71)
Seq-ID31.3a
CAARNTGTASKLTF (SEQ ID NO: 62)
클러스터 31 블록 J/C
GTGTRLQVTLDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS (SEQ ID NO: 48)
표 4: 클러스터 ID 2
클러스터 ID 2:
클러스터 2는 HLA-A*01:01 또는 HLA-A*02:01과 연관된다.
베타 사슬, TRB: TRBV10-2, TRBJ1-1, TRBC1*01
클러스터 2 블록 V
ATGGGCACCAGGCTCTTCTTCTATGTGGCCCTTTGTCTGCTGTGGGCAGGACACAGGGATGCTGGAATCACCCAGAGCCCAAGATACAAGATCACAGAGACAGGAAGGCAGGTGACCTTGATGTGTCACCAGACTTGGAGCCACAGCTATATGTTCTGGTATCGACAAGACCTGGGACATGGGCTGAGGCTGATCTATTACTCAGCAGCTGCTGATATTACAGATAAAGGAGAAGTCCCCGATGGCTATGTTGTCTCCAGATCCAAGACAGAGAATTTCCCCCTCACTCTGGAGTCAGCTACCCGCTCCCAGACATCTGTGTATTTC (SEQ ID NO: 78)
Seq-ID2.1b
TGCGCCAGCAGTGAGGACGGCATGAACACTGAAGCTTTCTTT (SEQ ID NO: 77)
Seq-ID2.2b
TGCGCCAGCAGTTCCGACGGGATGAACACTGAAGCTTTCTTT (SEQ ID NO: 107)
Seq-ID2.3b
TGCGCCAGCAGCCCGGACGGAATGAACACTGAAGCTTTCTTT (SEQ ID NO: 92)
클러스터 2 블록 J/C
GGACAAGGCACCAGACTCACAGTTGTAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTCTGA (SEQ ID NO: 103)
클러스터 2 블록 V
MGTRLFFYVALCLLWAGHRDAGITQSPRYKITETGRQVTLMCHQTWSHSYMFWYRQDLGHGLRLIYYSAAADITDKGEVPDGYVVSRSKTENFPLTLESATRSQTSVYF (SEQ ID NO: 30)
Seq-ID2.1b
CASSEDGMNTEAFF (SEQ ID NO: 19)
Seq-ID2.2b
CASSSDGMNTEAFF (SEQ ID NO: 60)
Seq-ID2.3b
CASSPDGMNTEAFF (SEQ ID NO: 45)
클러스터 2 블록 J/C
GQGTRLTVVEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF (SEQ ID NO: 37)
알파-사슬, TRA: TRAV21*01, TRAJ33*01, TRAC*01
클러스터 2 블록 V
ATGGAGACCCTCTTGGGCCTGCTTATCCTTTGGCTGCAGCTGCAATGGGTGAGCAGCAAACAGGAGGTGACACAGATTCCTGCAGCTCTGAGTGTCCCAGAAGGAGAAAACTTGGTTCTCAACTGCAGTTTCACTGATAGCGCTATTTACAACCTCCAGTGGTTTAGGCAGGACCCTGGGAAAGGTCTCACATCTCTGTTGCTTATTCAGTCAAGTCAGAGAGAGCAAACAAGTGGAAGACTTAATGCCTCGCTGGATAAATCATCAGGACGTAGTACTTTATACATTGCAGCTTCTCAGCCTGGTGACTCAGCCACCTACCTC (SEQ ID NO: 145)
Seq-ID2.1a
TGTGCTGTCCTAATGGATAGCAACTATCAGTTAATCTGG (SEQ ID NO: 120)
Seq-ID2.2a
TGTGCTGTCTTAATGGATAGCAACTATCAGTTAATCTGG (SEQ ID NO: 146)
Seq-ID2.3a
TGTGCTTTACTCATGGATAGCAACTATCAGTTAATCTGG (SEQ ID NO: 90)
클러스터 2 블록 J/C
GGCGCTGGGACCAAGCTAATTATAAAGCCAGATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCTGA (SEQ ID NO: 111)
클러스터 2 블록 V
METLLGLLILWLQLQWVSSKQEVTQIPAALSVPEGENLVLNCSFTDSAIYNLQWFRQDPGKGLTSLLLIQSSQREQTSGRLNASLDKSSGRSTLYIAASQPGDSATYL (SEQ ID NO: 68)
Seq-ID2.1a
CAVLMDSNYQLIW (SEQ ID NO: 51)
Seq-ID2.2a
CAVLMDSNYQLIW (SEQ ID NO: 51)
Seq-ID2.3a
CALLMDSNYQLIW (SEQ ID NO: 8)
클러스터 2 블록 J/C
GAGTKLIIKPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS (SEQ ID NO: 70)
표 5: 클러스터 ID 3:
클러스터 ID 3:
클러스터 3은 HLA-A*02:01 또는 HLA-A*01-수퍼타입(A*01:01/68:01)과 연관된다.
베타 사슬, TRB: TRBV29-1*01, TRBJ1-4*01, TRBC1*01
클러스터 3 블록 V
ATGCTGAGTCTTCTGCTCCTTCTCCTGGGACTAGGCTCTGTGTTCAGTGCTGTCATCTCTCAAAAGCCAAGCAGGGATATCTGTCAACGTGGAACCTCCCTGACGATCCAGTGTCAAGTCGATAGCCAAGTCACCATGATGTTCTGGTACCGTCAGCAACCTGGACAGAGCCTGACACTGATCGCAACTGCAAATCAGGGCTCTGAGGCCACATATGAGAGTGGATTTGTCATTGACAAGTTTCCCATCAGCCGCCCAAACCTAACATTCTCAACTCTGACTGTGAGCAACATGAGCCCTGAAGACAGCAGCATATATCTC (SEQ ID NO: 112)
Seq-ID3.1b
TGCAGCGTTGGGGCTCAGGGAACTAATGAAAAACTGTTTTTT (SEQ ID NO: 84)
Seq-ID3.2b
TGCAGCGTTGGGTCCGGGGGCACTAATGAAAAACTGTTTTTT (SEQ ID NO: 144)
Seq-ID3.3b
TGCAGCGTCGGAACAGGGGGGACTAATGAAAAACTGTTTTTT (SEQ ID NO: 89)
Seq-ID3.4b
TGCAGCGTTGGGACAGGGGGAACTAATGAAAAACTGTTTTTT (SEQ ID NO: 127)
Seq-ID3.5b
TGCAGCGTTGGGTCCGGGGGCACTAATGAAAAACTGTTTTTT (SEQ ID NO: 144)
Seq-ID3.6b
TGCAGCGTCGGAACAGGGGGGACTAATGAAAAACTGTTTTTT (SEQ ID NO: 89)
Seq-ID3.7b
TGCAGCGTTGGGACAGGGGGAACTAATGAAAAACTGTTTTTT (SEQ ID NO: 127)
클러스터 3 블록 J/C
GGCAGTGGAACCCAGCTCTCTGTCTTGGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTCTGA (SEQ ID NO: 81)
클러스터 3 블록 V
MLSLLLLLLGLGSVFSAVISQKPSRDICQRGTSLTIQCQVDSQVTMMFWYRQQPGQSLTLIATANQGSEATYESGFVIDKFPISRPNLTFSTLTVSNMSPEDSSIYL (SEQ ID NO: 16)
Seq-ID3.1b
CSVGAQGTNEKLFF (SEQ ID NO: 15)
Seq-ID3.2b
CSVGSGGTNEKLFF (SEQ ID NO: 27)
Seq-ID3.3b
CSVGTGGTNEKLFF (SEQ ID NO: 31)
Seq-ID3.4b
CSVGTGGTNEKLFF (SEQ ID NO: 31)
Seq-ID3.5b
CSVGSGGTNEKLFF (SEQ ID NO: 27)
Seq-ID3.6b
CSVGTGGTNEKLFF (SEQ ID NO: 31)
Seq-ID3.7b
CSVGTGGTNEKLFF (SEQ ID NO: 31)
클러스터 3 블록 J/C
GSGTQLSVLEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF (SEQ ID NO: 22)
알파-사슬, TRA: TRAV5*01, TRAJ23*01/TRAJ37*01/TRAJ31*01, TRAC*01
클러스터 3 블록 V
ATGAAGACATTTGCTGGATTTTCGTTCCTGTTTTTGTGGCTGCAGCTGGACTGTATGAGTAGAGGAGAGGATGTGGAGCAGAGTCTTTTCCTGAGTGTCCGAGAGGGAGACAGCTCCGTTATAAACTGCACTTACACAGACAGCTCCTCCACCTACTTATACTGGTATAAGCAAGAACCTGGAGCAGGTCTCCAGTTGCTGACGTATATTTTTTCAAATATGGACATGAAACAAGACCAAAGACTCACTGTTCTATTGAATAAAAAGGATAAACATCTGTCTCTGCGCATTGCAGACACCCAGACTGGGGACTCAGCTATCTACTTC (SEQ ID NO: 104)
Seq-ID3.1a
TGTGCAGAGAGTACCTCCAGGGGAAAGCTTATCTTC (SEQ ID NO: 100)
Seq-ID3.2a
TGTGCAGAGAGTACTCCGGGAGGAAAGCTTATCTTC (SEQ ID NO: 155)
Seq-ID3.3a
TGTGCAGAGAGCTCGCCGCAAGGCAAACTAATCTTT (SEQ ID NO: 142)
Seq-ID3.4a
TGTGCAGAGTCAACTCCCCGGGGCAGACTCATGTTT (SEQ ID NO: 110)
Seq-ID3.5a
TGTGCAGAGAGTACTCCGGGAGGAAAGCTTATCTTC (SEQ ID NO: 155)
Seq-ID3.6a
TGTGCAGAGAGCTCGCCGCAAGGCAAACTAATCTTT (SEQ ID NO: 142)
Seq-ID3.7a
TGTGCAGAGTCAACTCCCCGGGGCAGACTCATGTTT (SEQ ID NO: 110)
클러스터 3 블록 J/C
GGACAGGGAACGGAGTTATCTGTGAAACCCAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCTGA (SEQ ID NO: 87)
클러스터 3 블록 V
MKTFAGFSFLFLWLQLDCMSRGEDVEQSLFLSVREGDSSVINCTYTDSSSTYLYWYKQEPGAGLQLLTYIFSNMDMKQDQRLTVLLNKKDKHLSLRIADTQTGDSAIYF (SEQ ID NO: 57)
Seq-ID3.1a
CAESTSRGKLIF (SEQ ID NO: 24)
Seq-ID3.2a
CAESTPGGKLIF (SEQ ID NO: 2)
Seq-ID3.3a
CAESSPQGKLIF (SEQ ID NO: 21)
Seq-ID3.4a
CAESTPRGRLMF (SEQ ID NO: 32)
Seq-ID3.5a
CAESTPGGKLIF (SEQ ID NO: 2)
Seq-ID3.6a
CAESSPQGKLIF (SEQ ID NO: 21)
Seq-ID3.7a
CAESTPRGRLMF (SEQ ID NO: 32)
클러스터 3 블록 J/C
GQGTELSVKPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS (SEQ ID NO: 4)
표 6: 클러스터 ID 4
클러스터 ID 4:
클러스터 4는 HLA-C*07:01과 연관된다.
베타 사슬, TRB: TRBV6-5*01/TRBV6-1*01, TRBJ2-2*01, TRBC2*01
클러스터 4 블록 V
ATGAGCATCGGCCTCCTGTGCTGTGCAGCCTTGTCTCTCCTGTGGGCAGGTCCAGTGAATGCTGGTGTCACTCAGACCCCAAAATTCCAGGTCCTGAAGACAGGACAGAGCATGACACTGCAGTGTGCCCAGGATATGAACCATGAATACATGTCCTGGTATCGACAAGACCCAGGCATGGGGCTGAGGCTGATTCATTACTCAGTTGGTGCTGGTATCACTGACCAAGGAGAAGTCCCCAATGGCTACAATGTCTCCAGATCAACCACAGAGGATTTCCCGCTCAGGCTGCTGTCGGCTGCTCCCTCCCAGACATCTGTGTACTTC (SEQ ID NO: 154)
Seq-ID4.1b
TGTGCCAGCAGTTATGACAGCGGAACCGGGGAGCTGTTTTTT (SEQ ID NO: 121)
Seq-ID4.2b
TGTGCCAGCAGTTACGACAGTGGGACCGGGGAGCTGTTTTTT (SEQ ID NO: 140)
Seq-ID4.3b
TGTGCCAGCAGTTACGACTCAGGGACCGGGGAGCTGTTTTTT (SEQ ID NO: 141)
Seq-ID4.4b
TGTGCCAGCAGTTACGACTCAGGGACCGGGGAGCTGTTTTTT (SEQ ID NO: 141)
클러스터 4 블록 J/C
GGAGAAGGCTCTAGGCTGACCGTACTGGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCAAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGCTAG (SEQ ID NO: 128)
클러스터 4 블록 V
MSIGLLCCAALSLLWAGPVNAGVTQTPKFQVLKTGQSMTLQCAQDMNHEYMSWYRQDPGMGLRLIHYSVGAGITDQGEVPNGYNVSRSTTEDFPLRLLSAAPSQTSVYF (SEQ ID NO: 39)
Seq-ID4.1b
CASSYDSGTGELFF (SEQ ID NO: 9)
Seq-ID4.2b
CASSYDSGTGELFF (SEQ ID NO: 9)
Seq-ID4.3b
CASSYDSGTGELFF (SEQ ID NO: 9)
Seq-ID4.4b
CASSYDSGTGELFF (SEQ ID NO: 9)
클러스터 4 블록 J/C
GEGSRLTVLEDLKNVFPPKVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG (SEQ ID NO: 34)
알파-사슬, TRA: TRAV19*01, TRAJ49*01, TRAC*01
클러스터 4 블록 V
ATGCTGACTGCCAGCCTGTTGAGGGCAGTCATAGCCTCCATCTGTGTTGTATCCAGCATGGCTCAGAAGGTAACTCAAGCGCAGACTGAAATTTCTGTGGTGGAGAAGGAGGATGTGACCTTGGACTGTGTGTATGAAACCCGTGATACTACTTATTACTTATTCTGGTACAAGCAACCACCAAGTGGAGAATTGGTTTTCCTTATTCGTCGGAACTCTTTTGATGAGCAAAATGAAATAAGTGGTCGGTATTCTTGGAACTTCCAGAAATCCACCAGTTCCTTCAACTTCACCATCACAGCCTCACAAGTCGTGGACTCAGCAGTATACTTC (SEQ ID NO: 149)
Seq-ID4.1a
TGTGCTCTGAGTGAAACCGGTAACCAGTTCTATTTT (SEQ ID NO: 114)
Seq-ID4.2a
TGTGCTCTGAGTGAGACCGGTAACCAGTTCTATTTT (SEQ ID NO: 91)
Seq-ID4.3a
TGTGCTCTGAGTGACACCGGTAACCAGTTCTATTTT (SEQ ID NO: 99)
Seq-ID4.4a
TGTGCTCTGAGTGACACCGGTAACCAGTTCTATTTT (SEQ ID NO: 99)
클러스터 4 블록 J/C
GGGACAGGGACAAGTTTGACGGTCATTCCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCTGA (SEQ ID NO: 76)
클러스터 4 블록 V
MLTASLLRAVIASICVVSSMAQKVTQAQTEISVVEKEDVTLDCVYETRDTTYYLFWYKQPPSGELVFLIRRNSFDEQNEISGRYSWNFQKSTSSFNFTITASQVVDSAVYF (SEQ ID NO: 49)
Seq-ID4.1a
CALSETGNQFYF (SEQ ID NO: 52)
Seq-ID4.2a
CALSETGNQFYF (SEQ ID NO: 52)
Seq-ID4.3a
CALSDTGNQFYF (SEQ ID NO: 29)
Seq-ID4.4a
CALSDTGNQFYF (SEQ ID NO: 29)
클러스터 4 블록 J/C
GTGTSLTVIPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS (SEQ ID NO: 66)
표 7: 클러스터 ID 5
클러스터 ID 5:
클러스터 5는 HLA-A*01:01, HLA-A*02:01 또는 HLA-C*02:02와 연관된다.
베타 사슬, TRB: TRBV5-1*01, TRBJ2-7*01, TRBC2*01
클러스터 5 블록 V
ATGGGCTCCAGGCTGCTCTGTTGGGTGCTGCTTTGTCTCCTGGGAGCAGGCCCAGTAAAGGCTGGAGTCACTCAAACTCCAAGATATCTGATCAAAACGAGAGGACAGCAAGTGACACTGAGCTGCTCCCCTATCTCTGGGCATAGGAGTGTATCCTGGTACCAACAGACCCCAGGACAGGGCCTTCAGTTCCTCTTTGAATACTTCAGTGAGACACAGAGAAACAAAGGAAACTTCCCTGGTCGATTCTCAGGGCGCCAGTTCTCTAACTCTCGCTCTGAGATGAATGTGAGCACCTTGGAGCTGGGGGACTCGGCCCTTTATCTT (SEQ ID NO: 116)
Seq-ID5.1b
TGCGCCAGCAGCTTGGAAGGACAGGCGAGCTCCTACGAGCAGTACTTC (SEQ ID NO: 75)
Seq-ID5.2b
TGCGCCAGCAGCTTGGAGGGTCAGGCCAGCTCCTACGAGCAGTACTTC (SEQ ID NO: 156)
클러스터 5 블록 J/C
GGGCCGGGCACCAGGCTCACGGTCACAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCAAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGCTAG (SEQ ID NO: 80)
클러스터 5 블록 V
MGSRLLCWVLLCLLGAGPVKAGVTQTPRYLIKTRGQQVTLSCSPISGHRSVSWYQQTPGQGLQFLFEYFSETQRNKGNFPGRFSGRQFSNSRSEMNVSTLELGDSALYL (SEQ ID NO: 43)
Seq-ID5.1b
CASSLEGQASSYEQYF (SEQ ID NO: 61)
Seq-ID5.2b
CASSLEGQASSYEQYF (SEQ ID NO: 61)
클러스터 5 블록 J/C
GPGTRLTVTEDLKNVFPPKVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG (SEQ ID NO: 69)
알파-사슬, TRA: TRAV25*01, TRAJ28*01, TRAC*01
클러스터 5 블록 V
ATGCTACTCATCACATCAATGTTGGTCTTATGGATGCAATTGTCACAGGTGAATGGACAACAGGTAATGCAAATTCCTCAGTACCAGCATGTACAAGAAGGAGAAGACTTCACCACGTACTGCAATTCCTCAACTACTTTAAGCAATATACAGTGGTATAAGCAAAGGCCTGGTGGACATCCCGTTTTTTTGATACAGTTAGTGAAGAGTGGAGAAGTGAAGAAGCAGAAAAGACTGACATTTCAGTTTGGAGAAGCAAAAAAGAACAGCTCCCTGCACATCACAGCCACCCAGACTACAGATGTAGGAACCTACTTC (SEQ ID NO: 105)
Seq-ID5.1a
TGTGCAGGATCTGGGGCTGGGAGTTACCAACTCACTTTC (SEQ ID NO: 126)
Seq-ID5.2a
TGTGCTGGGGCTGGGGCTGGGAGTTACCAACTCACTTTC (SEQ ID NO: 135)
클러스터 5 블록 J/C
GGGAAGGGGACCAAACTCTCGGTCATACCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCTGA (SEQ ID NO: 153)
클러스터 5 블록 V
MLLITSMLVLWMQLSQVNGQQVMQIPQYQHVQEGEDFTTYCNSSTTLSNIQWYKQRPGGHPVFLIQLVKSGEVKKQKRLTFQFGEAKKNSSLHITATQTTDVGTYF (SEQ ID NO: 35)
Seq-ID5.1a
CAGSGAGSYQLTF (SEQ ID NO: 13)
Seq-ID5.2a
CAGAGAGSYQLTF (SEQ ID NO: 65)
클러스터 5 블록 J/C
GKGTKLSVIPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS (SEQ ID NO: 40)
표 8: 클러스터 ID 6
클러스터 ID 6:
클러스터 6은 HLA-B*15:01과 연관된다.
베타 사슬, TRB: TRBV19*01, TRBJ2-1*01, TRBC2*01
클러스터 6 블록 V
ATGAGCAACCAGGTGCTCTGCTGTGTGGTCCTTTGTTTCCTGGGAGCAAACACCGTGGATGGTGGAATCACTCAGTCCCCAAAGTACCTGTTCAGAAAGGAAGGACAGAATGTGACCCTGAGTTGTGAACAGAATTTGAACCACGATGCCATGTACTGGTACCGACAGGACCCAGGGCAAGGGCTGAGATTGATCTACTACTCACAGATAGTAAATGACTTTCAGAAAGGAGATATAGCTGAAGGGTACAGCGTCTCTCGGGAGAAGAAGGAATCCTTTCCTCTCACTGTGACATCGGCCCAAAAGAACCCGACAGCTTTCTATCTC (SEQ ID NO: 109)
Seq-ID6.1b
TGTGCCAGTAGTATTGGCAGCGGGAGTTACAATGAGCAGTTCTTC (SEQ ID NO: 118)
Seq-ID6.2b
TGTGTGGTGAGCGCCGGGAGGGAATATGGAAACAAACTGGTCTTT (SEQ ID NO: 94)
Seq-ID6.3b
TGTGCCAGTAGTCGGACTAGCGGGAGTCTTAATGAGCAGTTCTTC (SEQ ID NO: 93)
Seq-ID6.4b
TGTGCCAGTACCGTAACAAGCGGGAGCTACAATGAGCAGTTCTTC (SEQ ID NO: 117)
Seq-ID6.5b
TGTGCCAGTAGTCTCACTAGCGGTTCCTACAATGAGCAGTTCTTC (SEQ ID NO: 95)
클러스터 6 블록 J/C
GGGCCAGGGACACGGCTCACCGTGCTAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCAAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGCTAG (SEQ ID NO: 113)
클러스터 6 블록 V
MSNQVLCCVVLCFLGANTVDGGITQSPKYLFRKEGQNVTLSCEQNLNHDAMYWYRQDPGQGLRLIYYSQIVNDFQKGDIAEGYSVSREKKESFPLTVTSAQKNPTAFYL (SEQ ID NO: 36)
Seq-ID6.1b
CASSIGSGSYNEQFF (SEQ ID NO: 10)
Seq-ID6.2b
CASSLTSGNYNEQFF (SEQ ID NO: 42)
Seq-ID6.3b
CASSRTSGSLNEQFF (SEQ ID NO: 7)
Seq-ID6.4b
CASTVTSGSYNEQFF (SEQ ID NO: 44)
Seq-ID6.5b
CASSLTSGSYNEQFF (SEQ ID NO: 17)
클러스터 6 블록 J/C
GPGTRLTVLEDLKNVFPPKVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG (SEQ ID NO: 56)
알파-사슬, TRA: TRAV10*01, TRAJ47*01, TRAC*01
클러스터 6 블록 V
ATGAAAAAGCATCTGACGACCTTCTTGGTGATTTTGTGGCTTTATTTTTATAGGGGGAATGGCAAAAACCAAGTGGAGCAGAGTCCTCAGTCCCTGATCATCCTGGAGGGAAAGAACTGCACTCTTCAATGCAATTATACAGTGAGCCCCTTCAGCAACTTAAGGTGGTATAAGCAAGATACTGGGAGAGGTCCTGTTTCCCTGACAATCATGACTTTCAGTGAGAACACAAAGTCGAACGGAAGATATACAGCAACTCTGGATGCAGACACAAAGCAAAGCTCTCTGCACATCACAGCCTCCCAGCTCAGCGATTCAGCCTCCTACATC (SEQ ID NO: 150)
Seq-ID6.1a
TGTGTGGTGAGCGCGGGGAGGGAATATGGAAACAAACTGGTCTTT (SEQ ID NO: 122)
Seq-ID6.2a
TGTGTGGTGAGCGCCGGGAGGGAATATGGAAACAAACTGGTCTTT (SEQ ID NO: 94)
Seq-ID6.3a
TGTGTGGTGACCGCGGGGAGGGAATATGGAAACAAACTGGTCTTT (SEQ ID NO: 130)
Seq-ID6.4a
TGTGTGGTGAGCGCGGGGAGGGAATATGGAAACAAACTGGTCTTT (SEQ ID NO: 122)
Seq-ID6.5a
TGTGTGGTGAGCGTTGGAAGGGAATATGGAAACAAACTGGTCTTT (SEQ ID NO: 82)
클러스터 6 블록 J/C
GGCGCAGGAACCATTCTGAGAGTCAAGTCCTATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCTGA (SEQ ID NO: 137)
클러스터 6 블록 V
MKKHLTTFLVILWLYFYRGNGKNQVEQSPQSLIILEGKNCTLQCNYTVSPFSNLRWYKQDTGRGPVSLTIMTFSENTKSNGRYTATLDADTKQSSLHITASQLSDSASYI (SEQ ID NO: 14)
Seq-ID6.1a
CVVSAGREYGNKLVF (SEQ ID NO: 25)
Seq-ID6.2a
CVVSAGREYGNKLVF (SEQ ID NO: 25)
Seq-ID6.3a
CVVTAGREYGNKLVF (SEQ ID NO: 5)
Seq-ID6.4a
CVVSAGREYGNKLVF (SEQ ID NO: 25)
Seq-ID6.5a
CVVSVGREYGNKLVF (SEQ ID NO: 46)
클러스터 6 블록 J/C
GAGTILRVKSYIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS (SEQ ID NO: 50)
Claims (24)
- 공통 종양 특이적 T 세포 수용체(TCR)의 식별을 위한 방법으로서,
a. 다음 단계를 통해 n(n>1) 명의 환자 중 각 개별 환자로부터 복수의 종양 특이적 TCR 서열을 얻는 단계:
i. 종양 서열 기반 단계에서, 다음 단계를 통해 복수의 종양 TCR 서열 각각의 빈도를 결정하는 단계;
I. 상기 환자로부터 얻는 분리된 종양 샘플을 제공하는 단계;
II. 상기 종양 샘플로부터 종양 T 세포를 분리시키는 단계;
III. 복수의 종양 TCR 핵산 서열을 얻는 단계;
IV. 종양 TCR 클론형 그룹으로 본질적으로 동일한 종양 TCR 핵산 서열을 그룹화하는 단계, 및 각 종양 TCR 클론형 그룹에서 종양 TCR 핵산 서열을 계수하는 단계;
V. 각 종양 TCR 클론형 그룹에서 종양 TCR 핵산 서열의 수를 모든 종양 TCR 핵산 서열의 수로 나눔으로써 각 종양 TCR에 대한 빈도를 결정하는 단계;
ii. 비종양 서열 기반 단계에서, 다음 단계를 통해 복수의 비종양 TCR 서열 각각의 빈도를 결정하는 단계;
I. 상기 환자로부터 분리된 비종양 조직 샘플을 제공하는 단계;
II. 상기 비종양 조직 샘플로부터 비종양 T 세포를 분리하는 단계;
III. 복수의 비종양 TCR 핵산 서열을 얻는 단계;
IV. 비종양 TCR 핵산 서열을 본질적으로 동일한 하나의 비종양 TCR 클론형 그룹으로 그룹화하는 단계 및 각 종양 TCR 클론형 그룹에서 비종양 TCR 핵산 서열을 계수하는 단계;
V. 각 비종양 TCR 클론형 그룹에서 비종양 TCR 핵산 서열의 수를 모든 비종양 TCR 핵산 서열의 수로 나눔으로써 각 비종양 TCR에 대한 빈도를 결정하는 단계;
iii. 종양 특이적 선택 단계에서, 종양 TCR의 빈도가 비종양 TCR의 빈도보다 높은 경우 종양 특이적 TCR 서열로 TCR 핵산 서열을 선택하는 단계;
b. 다음 단계를 통해 공통 종양 특이적 TCR 서열을 선택하는 단계:
i. 종양 특이적 TCR 핵산 서열을 종양 특이적 TCR 아미노산 서열로 번역하는 단계;
ii. 상기 n 명의 환자의 상기 종양 특이적 TCR 아미노산 서열의 CDR3-영역을 결정하는 단계;
iii. 상기 n 명의 환자의 상기 복수의 종양 특이적 TCR 아미노산 서열의 CDR3-영역을 정렬하는 단계;
iv. CDR3-영역이 3 이하의 아미노산(AA)/CDR3만큼, 특히 2 이하의 AA/CDR3만큼, 보다 특히 1 이하의 AA/CDR3만큼 다르거나, 가장 특히 다르지 않은 경우, 하나의 TCR 클론형 클러스터로 TCR 서열을 그룹화하는 단계;
v. 공통 TCR 선택 단계에서, TCR 클론형 클러스터가 적어도 2 명의 환자에 존재하는 경우 공통 종양 특이적 TCR 서열로 TCR 서열의 클러스터를 선택하는 단계;를 포함하는,
방법. - 제1항에 있어서,
상기 n 명의 환자의 종양 샘플은 동일한 조직 유형인,
방법. - 제1항 또는 제2항에 있어서,
상기 비종양 조직 샘플은 종양 샘플과 동일한 조직 유형인,
방법. - 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서,
복수의 환자는 동일한 HLA 유형의 적어도 하나의 유전자를 공통으로 갖는 것으로 결정되는,
방법. - 제4항에 있어서,
복수의 환자는 공통으로 동일한 HLA 유형의 유전자, 특히 공통으로 동일한 HLA 유형의 정확히 하나의 유전자를 갖는 것으로 결정되며, 상기 공통 종양 특이적 TCR은 HLA 유형 특이적 TCR에 할당되는,
방법. - 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 공통 종양 특이적 TCR은 다음 단계를 통해 HLA 유형 특이적 TCR에 할당되는, 방법.
a. 공통 종양 특이적 TCR 서열이 존재하는 모든 환자를 선택하는 단계;
b. 상기 선택된 환자에게 어떤 HLA 유전자가 존재하는지 결정하는 단계;
c.공통 HLA 유전자, 특히 정확히 하나의 공통 HLA 유전자가 모든 선택된 환자에게 존재하는 경우 공통 종양 특이적 TCR을 HLA 유형 특이적 TCR로 할당하는 단계. - 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서,
종양 TCR 클론형 그룹의 빈도가 비종양 TCR 클론형 그룹의 빈도보다 2배, 특히 3배, 보다 특히 5배, 훨씬 더 특히 비종양 TCR 클론형 그룹의 빈도보다 10배 더 높은 경우 TCR 서열은 종양 특이적 선택 단계(a.iii.)에서 종양 특이적 TCR 서열로 선택되는,
방법. - 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서,
환자의 수 n은 2 내지 100, 특히 n은 10 내지 50, 보다 특히 n은 20 내지 30인,
방법. - 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서,
공통 TCR 선택 단계(단계 b.v)는 T 세포 활성화/소진/분화 마커, 특히 PDCD1(PD1), TIGIT, LAG3, HAVCR2(TIM3), CTLA4, IFNG, TNF, GZMB, TNFRSF9(CD137, 4-1BB), CD45(CD45RA/RO), CD69, LAMP1(CD107a), TBX21(T-BET), TCF7(TCF-1), EOMES, TOX 및 RUNX3으로부터 선택된 마커의 측정을 추가로 포함하며, TCR 서열은 TCR을 운반하는 T 세포가 하나 이상의 T 세포 활성화/소진/분화 마커 또는 이들의 조합을 발현하는 경우 TCR 서열은 공통 종양 특이적 TCR 서열로 선택되는,
방법. - 공통 종양 특이적 항원의 식별을 위한 방법으로서,
a. n(n>1) 명의 환자로부터 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 따른 공통 종양 특이적 TCR을 식별하는 단계;
b. 다음 단계를 통해 복수의 종양 특이적 폴리펩티드를 얻는 단계:
(1) 다음 단계를 통해 상기 환자로부터 각 환자로부터의 복수의 종양 특이적 mRNA 서열을 얻는 단계:
i. mRNA 종양 서열 기반 단계에서, 다음 단계를 통해 복수의 종양 mRNA 서열을 결정하는 단계;
I. 상기 환자의 종양 샘플로부터의 종양 RNA 제제를 분리하는 단계;
II. 상기 종양 RNA 제제로부터 복수의 종양 mRNA 서열을 얻는 단계;
ii. mRNA 비종양 서열 기반 단계에서, 다음 단계를 통해 복수의 비종양 mRNA 서열을 결정하는 단계;
I. 상기 환자의 상기 비종양 조직 샘플로부터 비종양 RNA 제제를 분리하는 단계;
II. 상기 종양 RNA 제제로부터 복수의 비종양 mRNA 서열을 얻는 단계;
iii. mRNA 종양 특이적 선택 단계에서, 다음 단계를 통해 종양 특이적 mRNA 서열을 선택하는 단계;
I. 복수의 종양 mRNA 서열 및 복수의 비종양 mRNA 서열을 정렬하는 단계;
II. 종양 샘플에는 존재하고 비종양 샘플에는 존재하지 않는 mRNA 서열을 종양 특이적 RNA 서열로 선택하는 단계
(2) 다음 단계를 통해 복수의 종양 특이적 폴리펩티드를 선택하는 단계:
i. 상기 복수의 종양 특이적 RNA 서열을 복수의 종양 특이적 아미노산 서열로 번역하는 단계;
ii. 복수의 n 명의 환자로부터 복수의 종양 특이적 아미노산 서열을 정렬하는 단계;
iii. 아미노산 서열이 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 92% 이상, 94% 이상, 96% 이상, 98% 이상 또는 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 경우 아미노산 서열을 하나의 폴리펩티드 클러스터로 그룹화하는 단계;
iv. 종양 특이적 아미노산 서열이 n 명의 환자 모두에 존재하는 경우 아미노산 서열의 복수의 폴리펩티드 클러스터를 종양 특이적 폴리펩티드로서 선택하는 단계;
c. 복수의 종양 특이적 폴리펩티드의 각 멤버에 대해, 항원 제시 세포에서 상기 멤버를 발현시키는 단계;
d. 항원 제시 세포가 상기 공통 종양 특이적 TCR을 발현하는 T 세포를 활성화할 수 있는지 여부를 각각의 항원 제시 세포에 대해 검출하는 단계;
e. 상기 종양 특이적 폴리펩티드를 발현하는 항원 제시 세포가 상기 공통 종양 특이적 TCR을 발현하는 상기 T 세포를 활성화할 수 있는 경우 종양 특이적 폴리펩티드를 공통 종양 특이적 항원으로 선택하는 단계; 를 포함하는,
방법. - 제10항에 있어서,
추가적으로 상기 공통 종양 특이적 항원을 발현하는 항원 제시 세포 상의 HLA 분자 상에 제시되는 펩티드는 분리되고 질량 분석법을 통해 특성화되는,
방법. - 제10항에 있어서,
후속적으로,
a. 제10항의 방법에 의해 발견된 항원은 펩티드로 단편화되며;
b. 각 펩티드는 항원 제시 세포의 HLA 분자에 로드되며;
c. 각 항원 제시 세포에 대해 항원 제시 세포가 공통 종양 특이적 TCR을 발현하는 T 세포를 활성화할 수 있는지 여부가 결정되는,
방법. - 제10항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 종양 샘플 및 상기 비종양 조직 샘플은 동일한 조직 샘플로부터 유래하며 상기 조직 샘플로부터 종양 RNA 제제를 분리하는 것은 단일 종양 세포 및 상기 조직 샘플로부터 얻은 비종양 세포와 별도로 수행되는,
방법. - 공통 종양 특이적 항원의 식별을 위한 방법으로서,
a. n(n>1) 명의 환자로부터 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 따른 공통 종양 특이적 TCR을 식별하는 단계;
b. 상기 공통 종양 특이적 TCR을 발현하는 T 세포를 종양 세포와 접촉시키는 단계로서, 종양 세포는 종양 세포주로부터 유래되는, 접촉시키는 단계 및 종양 세포가 T 세포를 활성화하여 공통 종양 특이적 항원을 발현하는 종양 세포주 유래 세포를 산출할 수 있는지 여부를 검출하는 단계;
c. 선택적으로 상이한 종양 세포주를 사용하여 단계 b를 반복하는 단계;
d. 공통 종양 특이적 항원을 발현하는 종양 세포주 유래 세포로부터 cDNA 라이브러리를 준비하는 단계;
e. cDNA 라이브러리의 각 멤버에 대해, 항원 제시 세포에서 상기 멤버를 발현시키는 단계;
f. 항원 제시 세포가 상기 공통 종양 특이적 TCR을 발현시키는 T 세포를 활성화시킬 수 있는지 여부를 각각의 항원 제시 세포에 대해 검출하는 단계;
g. 상기 cDNA를 발현하는 항원 제시 세포가 상기 공통 종양 특이적 TCR을 발현하는 상기 T 세포를 활성화시킬 수 있는 경우 공통 종양 특이적 항원으로 cDNA를 선택하는 단계;를 포함하는,
방법. - 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 따른 방법에 의해 식별되는 분리된 TCR.
- 제15항에 있어서,
TCR은 CDR3 알파 서열 및 CDR 베타 서열을 포함하며, CDR3 알파 서열 및 CDR3 베타 서열은 아래 주어진 서열과 동일하거나 CDR3 서열 당 하나 또는 둘의 아미노산 치환을 가지며,
여기서
a. 그룹 a의 경우, CDR3 알파 서열은 서열 번호 6, 1, 59를 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며, CDR3 베타 서열은 서열 번호 38, 41, 20을 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되거나, 또는
b. 그룹 b의 경우, CDR3 알파 서열은 서열 번호 11, 12, 18, 26, 55, 58을 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며, CDR3 베타 서열은 서열 번호 47, 72, 73을 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되거나, 또는
c. 그룹 c의 경우, CDR3 알파 서열은 서열 번호 62, 63, 71을 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며, CDR3 베타 서열은 서열 번호 28의 서열로부터 선택되거나, 또는
d. 그룹 d의 경우, CDR3 알파 서열은 서열번호 8, 51을 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며, CDR3 베타 서열은 서열 번호 19, 45, 60을 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되거나, 또는
e. 그룹 e의 경우, CDR3 알파 서열은 서열 번호 2, 21, 24, 32를 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며, CDR3 베타 서열은 서열 번호 15, 27, 31을 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되거나, 또는
f. 그룹 f의 경우, CDR3 알파 서열은 서열 번호 29, 52를 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며, CDR3 베타 서열은 서열 번호 9의 서열로부터 선택되거나, 또는
g. 그룹 g의 경우, CDR3 알파 서열은 서열 번호 13, 65를 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며, CDR3 베타 서열은 서열 번호 61의 서열로부터 선택되거나, 또는
h. 그룹 h의 경우, CDR3 알파 서열은 서열 번호 5, 25, 46을 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며, CDR3 베타 서열은 서열 번호 7, 10, 17, 42, 44를 포함하는 서열의 그룹으로부터 선택되며,
특히 CRD3 알파 서열 및 CDR3 베타 서열은 표 1-8의 동일한 행에서 식별되며,
특히 상기 대체는 아래 주어진 대체 규칙에 따라 선택되며,
대체 규칙은:
- 글리신(G) 및 알라닌(A)은 상호교환 가능하며; 발린(V), 류신(L) 및 이소류신(I)이 상호교환 가능하며, A 및 V는 상호교환 가능하며;
- 트립토판(W) 및 페닐알라닌(F)은 상호교환 가능하며, 티로신(Y) 및 F는 상호교환 가능하며;
- 세린(S) 및 트레오닌(T)은 상호교환 가능하며;
- 아스파르트산(D) 및 글루타민산(E)은 상호교환 가능하며;
- 아스파라긴(N) 및 글루타민(Q)은 상호교환 가능하며; N 및 S는 상호교환 가능하며; N 및 D는 상호교환 가능하며; E 및 Q는 상호교환 가능하며;
- 메티오닌(M) 및 Q는 상호교환 가능하며;
- 시스테인(C), A 및 S는 상호교환 가능하며;
- 프롤린(P), G 및 A는 상호교환 가능하며;
- 아르기닌(R) 및 라이신(K)은 상호교환 가능한,
분리된 TCR. - 제16항에 있어서,
CDR3 서열은 그룹 a, b, f, g 및 h로부터 선택되는,
분리된 TCR. - 제16항 또는 제17항에 있어서,
TCR은 가변(V) 알파 서열, 결합 상수(JC) 알파 서열, V 베타 서열 및 JC 베타 서열 또는 상기 서열에 대해 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 92% 이상, 94% 이상, 96% 이상, 98% 이상 또는 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 서열을 추가로 포함하며,
여기서
a. 그룹 a의 경우, V 알파 서열은 서열 번호 67이며, JC 알파 서열은 서열 번호 4이며, V 베타 서열은 서열 번호 23이며, JC 베타 서열은 서열 번호 33이거나, 또는
b. 그룹 b의 경우, V 알파 서열은 서열 번호 3이며, JC 알파 서열은 서열 번호 53이며, V 베타 서열은 서열 번호 64이며, JC 베타 서열은 서열 번호 56이거나, 또는
c. 그룹 c의 경우, V 알파 서열은 서열 번호 54이며, JC 알파 서열은 서열 번호 48이며, V 베타 서열은 서열 번호 43이며, JC 베타 서열은 서열 번호 37이거나, 또는
d. 그룹 d의 경우, V 알파 서열은 서열 번호 68며, JC 알파 서열은 서열 번호 70이며, V 베타 서열은 서열 번호 30이며, JC 베타 서열은 서열 번호 37이거나, 또는
e. 그룹 e의 경우, V 알파 서열은 서열 번호 57이며, JC 알파 서열은 서열 번호 4이며, V 베타 서열은 서열 번호 16이며, JC 베타 서열은 서열 번호 22이거나, 또는
f. 그룹 f의 경우, V 알파 서열은 서열 번호 49이며, JC 알파 서열은 서열 번호 66이며, V 베타 서열은 서열 번호 39이며, JC 베타 서열은 서열 번호 34이거나, 또는
g. 그룹 g의 경우, V 알파 서열은 서열 번호 35이며, JC 알파 서열은 서열 번호 40이며, V 베타 서열은 서열 번호 43이며, JC 베타 서열은 서열 번호 69이거나, 또는
h. 그룹 h의 경우, V 알파 서열은 서열 번호 14이며, JC 알파 서열은 서열 번호 50이며, V 베타 서열은 서열 번호 36이며, JC 베타 서열은 서열 번호 56인,
분리된 TCR. - 제15항 내지 제18항 중 어느 한 항에 따른 TCR을 코딩하는 핵산 서열.
- 제15항 내지 제18항 중 어느 한 항에 따른 TCR을 포함하는 분리된 자가 T 세포 및/또는 제19항에 따른 핵산 서열.
- 제20항에 따른 분리된 자가 T 세포로서, 분리된 자가 T 세포는 재조합 T 세포인, 분리된 자가 T 세포.
- 암의 치료에 사용하기 위한 제15항 내지 제18항 중 어느 한 항에 따른 TCR, 제19항에 따른 핵산 서열 또는 제20항 또는 제21항에 따른 분리된 자가 T 세포.
- 제5항 또는 제6항에 따른 방법을 통해 결정되는 HLA 유형 특이적 TCR과 동일한 HLA 유형을 갖는 환자의 암의 치료에 사용하기 위한 제15항 내지 제18항 중 어느 한 항에 따른 TCR, 제19항에 따른 핵산 서열 또는 제20항 또는 제21항에 따른 분리된 자가 T 세포.
- 다음 HLA 유형을 갖는 환자의 제15항 내지 제18항 중 어느 한 항에 따른 TCR, 제19항에 따른 핵산 서열 또는 제20항 또는 제21항에 따른 분리된 자가 T 세포:
a. 그룹 a의 경우 HLA-B*08:01 및/또는 HLA-C*07:01; 또는
b. 그룹 b의 경우 HLA-A*02:01-수퍼타입(HLA-A*02:01/68:02); 또는
c. 그룹 c의 경우 HLA-A*02:01-수퍼타입(HLA-A*02:01/02:35/02:05) 및/또는 HLA-C*07:01/07:04; 또는
d. 그룹 d의 경우 HLA-A*01:01 및/또는 HLA-A*02:01; 또는
e. 그룹 e의 경우 HLA-A*02:01 및/또는 HLA-A*01-수퍼타입(A*01:01/68:01); 또는
f. 그룹 f의 경우 HLA-C*07:01; 또는
g. 그룹 g의 경우 HLA-A*01:01 및/또는 HLA-A*02:01 및/또는 HLA-C*02:02; 또는
h. 그룹 h의 경우 HLA-B*15:01.
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