KR20240021768A - 용해성 파지의 제조 - Google Patents

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앙뚜안 드끄륄
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블라스코 이네스 카나다스
오렐리 마띠유
띠볼 까를리에
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엘리고 바이오사이언스
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Abstract

본 발명은 용해성 파지 입자 또는 용해성 파지-유래 전달 입자를 생산하기 위한 생산 박테리아 세포에 관한 것으로서, 상기 생산 박테리아 세포는 적어도 하나의 파지 구조 유전자 및 적어도 하나의 파지 DNA 패키징 유전자를 안정하게 포함하고, 상기 파지 구조 유전자(들) 및 파지 DNA 패키징 유전자(들)는 용해성 박테리오파지로부터 유래되고, 상기 생산 박테리아 세포에서 상기 파지 구조 유전자 중 적어도 하나 및/또는 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들) 중 적어도 하나의 발현은 유도 기전에 의해 제어된다.

Description

용해성 파지의 제조
본 발명은 용해성 파지 입자를 생산하기 위한 박테리아 세포 및 이러한 박테리아 세포를 사용하는 방법에 관한 것이다.
용해성 박테리오파지 (파지)는 자가 복제성 바이러스로서, 그들의 특이적 숙주 박테리아를 감염시켜서 용해시킬 수 있다. 그들의 숙주 특이성 및 무독성때문에, 용해성 파지는 항미생물-내성 병원체와 싸울 대안적인 해법으로서 여겨진다.
그러나, 용해성 파지는 천연적으로 균주의/균주 내 게놈에서 및/또는 에피솜으로서 안정하게 유지될 수 없어서, 산업적 규모로 그들 생산을 매우 복잡하게 한다.
게다가, 가장 최근의 파지 또는 파지-유래 전달 비히클 제조 방법은 생산 세포로서, 상기 파지의 천연 숙주인 박테리아 종 또는 균주의 사용을 의미한다. 이러한 방법은 이러한 박테리아 세포가 예를 들어, 그들이 독소를 생산할 때 병원성인 경우에 위험한 것으로 판명될 수 있다. 게다가, 많은 박테리아 종들은 예를 들어, 그들 성장 조건 때문에 또는 그들 박테리아에 대한 효율적인 유전자 도구가 존재하지 않기 때문에, 쉽게 조작할 수 없다.
따라서, 임의의 용해성 파지 또는 용해성 파지-유래 입자의 안전하고, 보다 쉬우며, 효율적인 생산을 가능하게 하는 방법에 대한 요구가 존재한다.
본 발명자는 파지가 다소 큰 유전자 회로로 여겨질 수 있어, 그의 최종 출력이 더 많은 파지 입자의 생성이라고 생각하였다. 이를 위해서, 파지가 용해성, 잠복성, 또는 만성 (예를 들어, 사상성 파지 예컨대 M13)이건 무관하게, 본 발명자는 그들 게놈에 코딩되는 정보는 대체로 수행되는 기능에 따라 다음과 같이 분류할 수 있다고 생각하였다:
- 삽입/절제를 위한 유전자 (잠복성 파지 경우).
- DNA 복제, RNA 전사 등을 위한 유전자. 실제로, 일부 용해성 파지는 예를 들어, 그들 자신의 RNA 또는 DNA 폴리머라제를 코딩한다. 일부 유전자는 숙주의 RNA 폴리머라제가 종결자를 지나서 작동할 수 있도록 변형되고, 일부 다른 유전자는 플라스미드 또는 선형 플라스미드 형태로 존재하는 경우에 프로파지 서열의 분리에 관여된다.
- 새롭게 합성된 파지 캡시드로 새롭게 합성된 파지 게놈의 패키징을 위한 유전자: 터미나제 및 보조 단백질, 리가제 등
- DNA를 위한 단백질 캡시드를 구축하기 위한 구조 유전자: 엄격한 구조 유전자, 예컨대 캡시드 유전자, 테이프 메져, 섬유, 베이스플레이트 등외에도, 많은 다른 유전자가 성분들 (샤페론, 프로테아제)을 비롯하여 세포에 주입되는 스캐폴드 또는 파일롯 단백질 (예를 들어, 파지 N4의 RNA 폴리머라제 또는 다른 파지의 일부 부 파일럿 단백질)로서, 캡시드 내에 패키징될 수 있는 단백질을 조립하는데 필요하다.
- 숙주의 항-파지 기전에 대한 방어, 용해성 주기를 완료하기 위한 숙주 구성요소의 분해/변형, 수퍼-배제 기전 또는 숙주에 유리한 유전자와 관련된 유전자.
DNA 패키징 및 구조 유전자 범주는 깊게 연결되는데, 패키징 기전이 사전조립된 헤드 및 이들 헤드에 패키징하려는 DNA를 인식하여, DNA 패키징을 개시시키고 종결시키기 때문이다.
본 발명자는 상기 정의된 모든 모듈을 요약하고 구분지어서, 본 발명자가 고려하는 바와 같이, 독립적 유전자 모듈로서 여겨질 수 있으므로, 비용해성 파지 유래의 모든 절제/삽입, 복제 및 조절 구성요소를 함유하고, 용해성 파지에 대한 패키징/구조 구성요소를 코딩하는 시스템을 구축할 수 있다고 가정하였다.
독립적인 유전자 모듈로 처리하여서, 파지로부터 유래되지 않을 수 있는 마스터 조절 구성요소 (예를 들어, 유도성 리프레서)의 제어 하에서 생산하려는 용해성 파지의 원하는 구조 및/또는 조절 구성요소만을 함유하는 시스템의 구축을 허용할 수 있었다. 예를 들어, 용해성 파지의 구조 오페론 및 DNA 패키징 기구만을 소형 분자 또는 물리적/화학적 신호에 반응하는 리프레서 (LacI, AraC, PhlF, 람다 cI 등)의 제어 하에 배치시킬 수 있어서, 순수한 성숙 용해성 파지 전달 입자 (파지 또는 패키징된 파지미드)를 생성시키는데 필요한 모든 구성요소의 생산을 촉발시킨다. 파지 게놈의 이러한 "축소 (trimmed down)"형은 박테리아 생산 균주에서 안정하게 유지될 수 있었다.
본 발명은 순수한 람다 패키징된 파지미드를 생성시키기 위한 시스템을 코딩하는 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli) 생산 균주의 구조 오페론을 엄격한 용해 파지 (예컨대, T7 파지)의 구조 구성요소로 교환하여서, 올바른 패키징 신호 (T7 파지 경우 LTR)를 함유하는 플라스미드가 보충될 때 순수한 이종성 용해 파지미드 입자의 조립 및 패키징을 구동하는 것이 가능하다는 본 발명자의 예상치 못한 발견에서 출발한다. 따라서 본 발명자는 본 명세서에서 패키징된 파지미드가 T7 용해 파지를 기반으로 하여서 구조적으로 생산될 수 있지만, 에스케리치아 콜라이 생산 균주에서 람다 프로파지 기구에 의해서 용원성 상태로 조절되고 유지된다는 것을 보여주었다.
본 발명자는 또한 피. 프레우덴레이키 (P. freudenreichii) 프로파지의 구조 오페론이 씨. 아크네스 (C. acnes) 균주의 용해성 파지의 구조 오페론으로 교환될 수 있다는 것을 보여주었다. 이러한 접근법을 사용하여, 본 발명자는 피. 프레우덴레이키 프로파지의 구조 오페론을 씨. 아크네스 균주의 용해성 파지의 구조 오페론으로 교환하여서, 순수한 씨. 아크네스 파지미드의 조립 및 패키징을 구동시키는 것이 가능하다는 것을 보여주었다.
따라서, 본 발명은 용해성 파지 입자 또는 용해성 파지-유래 전달 비히클을 생산하기 위한 생산 박테리아 세포에 관한 것으로서, 상기 생산 박테리아 세포는 적어도 하나의 파지 구조 유전자들 및 적어도 하나의 파지 DNA 패키징 유전자들을 안정하게 포함하고, 상기 파지 구조 유전자(들) 및 파지 DNA 패키징 유전자(들)는 용해성 박테리오파지로부터 유래되고,
상기 생산 박테리아 세포 중 상기 파지 구조 유전자들 중 적어도 하나 및/또는 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들) 중 적어도 하나의 발현은 유도 기전에 의해 제어된다.
본 발명은 또한 용해성 파지 입자 또는 용해성 파지-유래 전달 비히클을 제조하기 위한 방법에 관한 것으로서,
(a) 본 발명의 생산 박테리아 세포를 제공하는 단계, 및
(b) 상기 생산 박테리아 세포에서, 상기 파지 구조 유전자(들) 중 상기 적어도 하나 및 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들) 중 상기 적어도 하나의 발현, 및 상기 적어도 하나의 파지 구조 유전자(들) 및 상기 적어도 하나의 파지 DNA 패키징 유전자(들)에 의해 발현되는 생산물의 조립을 유도하여서, 용해성 파지 입자 또는 용해성 파지-유래 전달 비히클을 생성시키는 단계
를 포함한다.
본 발명의 다른 목적은
(i) 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 적어도 하나의 파지 DNA 패키징 유전자(들),
(i') 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 적어도 하나의 파지 구조 유전자(들),
(ii") 임의로, 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 파지 조절에 관여되는 적어도 하나의 파지 유전자(들), 및
(ii) 비-용해성 박테리오파지로부터 유래되는, 파지 절제/삽입, 파지 DNA 복제, 및/또는 파지 조절에 관여되는 적어도 하나의 유전자
를 포함하는 하이브리드 헬퍼 파지 시스템에 관한 것으로서,
상기 유전자 (i), (i'), (ii") 및 (ii)는 고유한 핵산 분자 또는 별개 핵산 분자에 포함되고,
상기 하이브리드 헬퍼 파지 시스템은 상기 비-용해성 박테리오파지로부터 유래되는 임의의 발현된 파지 구조 유전자를 포함하지 않는다.
생산 박테리아 세포
본 발명은 용해성 파지 입자 또는 용해성 파지-유래 전달 비히클을 생산하기 위한 생산 박테리아 세포에 관한 것으로서, 상기 생산 박테리아 세포는 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 적어도 하나의 파지 구조 유전자(들) 및 적어도 하나의 파지 DNA 패키징 유전자(들)를 안정하게 포함하고,
상기 생산 박테리아 세포에서 상기 파지 구조 유전자(들) 중 적어도 하나 및 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들) 중 적어도 하나의 발현은 유도 기전에 의해 제어된다.
본 명세서에서 사용되는, 용어 "파지 입자"는 기능성 또는 비기능성 (예를 들어, 비-번식성 및/또는 복제성) 비리온을 의미한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "용해성 파지 입자"는 천연적으로 균주의/균주 내 게놈에서 및/또는 에피솜으로서 안정하게 유지될 수 없고, 따라서 엄격하게 용해성 (용원성과 반대) 생활주기인 파지로부터 유래되는 입자를 의미하고, 다시 말해서, 감염 과정은 항상 표적 균주의 용해로 끝난다.
본 명세서에서 사용되는, 용어 "용해성 파지-유래 전달 비히클"은 박테리아로 페이로드의 전달을 허용하고 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 임의 수단을 의미한다. 본 발명의 상황에서, 용어 "용해성 파지-유래 전달 비히클"은 임의의 페이로드를 포함하지 않지만 박테리아 세포를 표적화할 수 있는 용해성 박테리오파지-유래 입자를 더 포괄한다.
용해성 파지-유래 전달 비히클은 용해성 박테리오파지 유래 스캐폴드를 의미할 수 있고 천연, 진화 또는 조작된 용해성 박테리오파지로부터 수득될 수 있다.
박테리아 세포
본 발명의 생산 박테리아 세포는 특히 "표적화된 박테리아" 부분에서 하기 정의된, 임의의 박테리아 종 또는 균주일 수 있다.
그러나, 생산 박테리아 세포는 바람직하게 비-병원체 박테리아 세포이다. 여전히 바람직하게, 생산 박테리아 세포는 쉽게 조작할 수 있는 박테리아 세포이다.
"쉽게 조작되는" 이란 본 명세서에서 박테리아 세포가 충분히 공지된 기술을 사용해 배양 및/또는 변형될 수 있다는 것을 의미한다.
특히 바람직한 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포는 이. 콜라이 (E. coli) 박테리아 세포이다. 대안적으로, 상기 생산 박테리아 세포는 박테로이데스 (Bacteroides) 박테리아 세포, 보다 특히 박테로이데스 쎄타이오타오미크론 (Bacteroides thetaiotaomicron) 박테리아 세포, 피. 프레우덴레이키 (P. freudenreichii) 박테리아 세포, 푸소박테리움 (Fusobacterium) 박테리아 세포, 또는 스트렙토코쿠스 (Streptococcus) 박테리아 세포일 수 있다. 특정 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포는 피. 프레우덴레이키 박테리아 세포이다.
본 발명의 생산 박테리아 세포는 특히 당분야에 충분히 공지된 임의 기술을 통해서, 박테리아 세포로, 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 상기 파지 구조 유전자(들) 및 파지 DNA 패키징 유전자(들)를 도입시켜서, 당업자에게 충분히 공지된 임의 기술로 수득될 수 있다.
본 발명의 생산 박테리아 세포는 전형적으로 예를 들어, CRISPR, TALEN, 메가뉴클레아제, 및/또는 Zn-핑거 기술을 사용하거나, 또는 파지 인테그라제와 부위 특이적 재조합을 사용하는, MAGE (Wannier et al. Recombineering and MAGE. Nat Rev Methods Primers 1, 7 (2021)), PASTE (Ioannidi et al. Drag-and-drop genome insertion without DNA cleavage with CRISPR-directed integrases. Biorxiv 2021.11.01.466786 (2021) doi:10.1101/2021.11.01.466786) 또는 트랜스포존-연관 CRISPR-Cas 시스템 (Ma et al. Trends Microbiol 29, 565-568 (2021))을 포함한 상동성 재조합 또는 리콤비니어링을 통해 수득될 수 있다.
파지 DNA 패키징 유전자 및 파지 구조 유전자
본 발명의 생산 박테리아 세포는 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 적어도 하나의 파지 구조 유전자(들) 및 적어도 하나의 파지 DNA 패키징 유전자(들)를 안정하게 포함한다.
"안정하게 포함하다" 또는 "안정하게 포함하는"은 본 명세서에서 생산 박테리아 세포가 상기 파지 구조 유전자(들) 및 파지 DNA 패키징 유전자(들)를 이의 염색체에 도입시켜서, 또는 전형적으로 선택 (예를 들어, 영양분, 영양요구성, 또는 약물 내성 마커)을 통해 세포에서 유지되는 에피솜에 보유한다는 것을 의미한다. 생산 박테리아 세포에 안정하게 포함된 각각의 유전자는 플라스미드, 헬퍼 파지와 독립적일 수 있거나, 또는 생산 박테리아 세포 염색체에 통합된다.
특정 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포는 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 적어도 2, 3, 4개, 또는 모든 파지 구조 유전자, 및 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 적어도 하나의 파지 DNA 패키징 유전자(들)를 안정하게 포함한다.
특정 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포는 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 적어도 하나의 파지 구조 유전자(들), 및 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 적어도 2 또는 모든 파지 DNA 패키징 유전자를 안정하게 포함한다.
특정 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포는 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 적어도 2, 3, 4개, 또는 모든 파지 구조 유전자, 및 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 적어도 2 또는 모든 파지 DNA 패키징 유전자를 안정하게 포함한다.
특정 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포는 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 모든 파지 구조 유전자, 및 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 모든 파지 DNA 패키징 유전자를 안정하게 포함한다.
"파지 구조 유전자"란 본 명세서에서 박테리오파지 단백질 캡시드의 구축에 관여되는 박테리오파지 유래 유전자를 의미한다. 파지 구조 유전자는 파지 구조 구성요소를 코딩하는 유전자; 파지 구조 구성요소의 조립에 관여되는 파지 단백질을 코딩하는 유전자; 및 표적화된 박테리아 세포로 주입시키려는 파일럿 단백질로서 또는 스캐폴드로서 캡시드 내부에 패키징된 파지 단백질을 코딩하는 유전자를 포함한다.
파지 구조 구성요소는 당업자에게 잘 알려져 있고, 그들이 유래되는 박테리오파지 유형에 의존적이다. 파지 구조 구성요소는 단백질일 수 있고 또한 RNA (예를 들어, 바실러스 서브틸리스 (Bacillus subtilis) 유래 phi29같은 일부 파지는 RNA로 만들어진 구조 스캐폴드를 코딩함)일 수도 있다. 파지 구조 구성요소는 전형적으로 캡시드 단백질, 테이프 메져 단백질, 섬유, 베이스플레이트 단백질, 테일 시트 단백질, 위스커 단백질, 장식 단백질 등을 포함한다.
구조 구성요소의 조립에 관여되는 파지 단백질은 당업자에게 잘 알려져 있고, 그들이 유래되는 박테리오파지의 유형, 및 임의로 다른 파지 구조 유전자에 의해 코딩되는 구조 구성요소에 의존적이다. 구조 구성요소의 조립에 관여되는 파지 단백질은 전형적으로 파지 샤페론 단백질 및 파지 프로테아제를 포함한다.
표적 숙주 세포에 주입시키려는 파일럿 단백질로서 또는 스캐폴드로서 캡시드 내부에 패키징된 파지 단백질은 당업자에게 잘 알려져 있고, 그들이 유래되는 박테리오파지의 유형에 의존적이다. 이러한 파지 단백질의 예는 파지 N5 유래 RNA 폴리머라제 또는 부 파일럿 단백질이다.
당업자가 이해하는 바와 같이, 본 발명의 생산 박테리아 세포에서 특정 파지 구조 유전자의 존재는 상기 파지 구조 유전자가 유래되는 박테리오파지에 의존적이게 된다.
"파지 DNA 패키징 유전자"란 본 명세서에서 박테리오파지 캡시드로 박테리오파지 게놈의 패키징에 관여되는 박테리오파지 유래 유전자를 의미한다. 파지 DNA 패키징 유전자는 당업자가 잘 알고 있고, 파지 터미나제를 코딩하는 유전자, 파지 보조 단백질을 코딩하는 유전자, 파지 리가제를 코딩하는 유전자, DNA 패키징에 관여되는 파지 엑소뉴클레아제를 코딩하는 유전자, 및 DNA 패키징에 관여되는 파지 엔도뉴클레아제를 코딩하는 유전자를 포함한다.
특정 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포는 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 파지 조절에 관여되는 적어도 하나의 유전자를 안정하게 더 포함한다.
"파지 조절에 관여되는 유전자"란 본 명세서에서 숙주와 파지의 상호작용에 관여되는 파지 유전자를 의미한다. 파지 조절에 관여되는 유전자의 예는 마스터 리프레서를 코딩하는 파지 유전자, 종결 방지 단백질을 코딩하는 파지 유전자, 전사에 관여되는 파지 유전자 예컨대 RNA 폴리머라제를 코딩하는 유전자, 수퍼-배제 기전에 관여되는 파지 유전자, 숙주의 항-파지 기전에 대한 방어에 관여되는 파지 유전자, 예를 들어, 용해 주기를 완료하기 위해 숙주의 구성요소의 분해 및/또는 변형에 관여되는 파지 유전자, 및 숙주에 유리한 파지 유전자를 포함한다.
특정 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포는 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 숙주의 항-파지 기전에 대한 방어에 관여되는 파지 유전자(들)를 안정하게 포함한다.
다른 특정 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포는 상기 용해성 박테리오파지로부터 유 래하는, 전사에 관여되는 파지 유전자(들) 예컨대 RNA 폴리머라제를 코딩하는 파지 유전자를 안정하게 포함한다.
특정 구현예에서, 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 상기 파지 구조 유전자(들) 및 파지 DNA 패키징 유전자(들), 및 임의로 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 파지 조절에 관여되는 상기 유전자(들)는 적어도 하나의 플라스미드, 염색체 및/또는 헬퍼 파지에 포함된다. 특정 구현예에서, 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 상기 파지 구조 유전자(들) 및 파지 DNA 패키징 유전자(들), 및 임의로 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 파지 조절에 관여되는 상기 유전자(들)는 적어도 2개의 별개 핵산 분자, 특히 적어도 2개의 플라스미드, 염색체, 헬퍼 파지 또는 이의 조합에 포함된다.
특정 구현예에서, 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 상기 파지 구조 유전자(들) 및 파지 DNA 패키징 유전자(들) 및 임의로 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 파지 조절에 관여되는 상기 유전자(들)는 하기 정의된 바와 같은 하이브리드 헬퍼 파지 시스템에 포함된다.
특정 구현예에서, 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 상기 파지 구조 유전자(들) 및 파지 DNA 패키징 유전자(들), 및 임의로 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 파지 조절에 관여되는 상기 유전자(들)는 헬퍼 파지에 포함된다.
유도 기전
본 발명의 상황에서, 상기 생산 박테리아 세포에서, 상기 "파지 DNA 패키징 유전자, 및 파지 구조 유전자" 부분에 정의된 바와 같은, 상기 파지 구조 유전자(들) 중 적어도 하나 및/또는 상기 파지 DNA 패키징 유전자 중 적어도 하나의 발현은 적어도 하나의 유도 기전에 의해 제어된다.
특정 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포에서, 상기 파지 구조 유전자(들) 중 적어도 하나, 특히 적어도 2, 적어도 3, 또는 모든 상기 파지 구조 유전자의 발현은 ,적어도 하나의 유도 기전, 특히 하나의 유도 기전에 의해 제어된다.
특정 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포에서, 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들) 중 적어도 하나, 특히 적어도 2, 적어도 3, 또는 모든 상기 파지 DNA 패키징 유전자의 발현은 적어도 하나의 유도 기전, 특히 하나의 유도 기전에 의해 제어된다.
특정 구현예에서, 동일한 유도 기전은 상기 파지 구조 유전자(들) 중 적어도 하나 및 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들) 중 적어도 하나의 발현을 제어한다.
대안적인 구현예에서, 상기 파지 구조 유전자(들) 중 적어도 하나의 발현 및 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들) 중 적어도 하나의 발현은 상이한 유도 기전에 의해 제어된다.
"유도 기전"이란 본 명세서에서 소정 가폭제에 반응하여, 그들을 제어하는 유전자의 발현을 유도할 수 있는, 상기 생산 박테리아 세포에 포함되는, 특히 안정하게 포함되는 유전자 또는 유전자의 그룹에 의해 코딩되는 기전을 의미한다.
특정 구현예에서, 상기 유도 기전은 상기 파지 구조 유전자(들) 중 상기 적어도 하나 및/또는 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들) 중 상기 적어도 하나의 카피수를 추가로 제어한다. 달리 말해서, 특정 구현예에서, 상기 유도 기전은 상기 파지 구조 유전자(들) 중 상기 적어도 하나 및/또는 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들) 중 상기 적어도 하나의 복제, 특히 상기 파지 구조 유전자(들) 중 상기 적어도 하나 및/또는 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들) 중 상기 적어도 하나를 보유하는 핵산 분자(들)의 복제를 추가로 제어한다.
특정 구현예에서, 상기 유도 기전은 상기 파지 구조 유전자(들) 중 상기 적어도 하나 및 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들) 중 상기 적어도 하나에 의해 발현되는 생산물의 조립을 추가로 제어한다.
이러한 유도 기전의 예는 하기를 포함한다:
- 소형 분자 (예를 들어, 당 쿼럼-센싱 분자, 가스, 합성 분자, 펩티드, 아미노산, 대사산물 등), 물리적 신호 (온도, 압력 등), 화학적 신호 (삼투압, pH 등), 생물학적 신호 (세포 밀도, DNA 손상 등)에 반응하는 단백질 리프레서 또는 활성인자-기반 유도 시스템; 이들 시스템은 2차 단백질 예컨대 직교성 RNA 폴리머라제 또는 시그마 인자에 의해 활성화될 수 있다.
- 프로모터로부터 전사를 활성화시키거나 또는 억제시키는 단백질 분해 시스템.
- 상기 언급된 신호, 예컨대 RNAi, CRISPRi, 토우홀드 시스템, 리보스위치 등에 반응하는 RNA-기반 유도 시스템 예컨대 압타머.
- 파지 절제/삽입, 파지 DNA 복제, 및/또는 파지 조절에 관여되는, 비-용해성 박테리오파지로부터 유래되는, 적어도 하나의 유전자를 포함하는 하나 이상의 핵산.
특정 구현예에서, 상기 유도 기전은 파지 절제/삽입, 파지 DNA 복제, 및/또는 파지 조절에 관여되는, 비-용해성 박테리오파지로부터 유래되는, 적어도 하나의 유전자를 포함한다.
그러므로, 특정 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포는 파지 절제/삽입, 파지 DNA 복제, 및/또는 파지 조절에 관여되는, 비-용해성 박테리오파지로부터 유래되는, 적어도 하나의 유전자를 더 포함한다.
파지 절제/삽입, 파지 DNA 복제, 및/또는 파지 조절에 관여되는 유전자
"파지 절제/삽입에 관여되는 유전자"란 본 명세서에서 박테리아 세포의 게놈 또는 에피솜으로부터의, 프로파지로서 존재하는, 파지의 절제 및/또는 박테리아 세포의 게놈 또는 에피솜에, 프로파지로서, 파지의 삽입에 관여되는 용원성 파지 유래 유전자를 의미한다.
"파지 DNA 복제에 관여되는 유전자"란 본 명세서에서, 파지 DNA의 복제 기전에 관여되는, 용원성 파지 유래 유전자를 의미한다. 파지 DNA 복제에 관여되는 유전자의 예는 DNA 폴리머라제를 코딩하는 유전자 및 플라스미드 또는 선형 플라스미드 형태로 존재하는 경우 프로파지 서열의 분리에 관여되는 유전자를 포함한다.
"파지 조절에 관여되는 유전자"란 본 명세서에서 숙주와 파지의 상호작용에 관여되는 파지 유전자를 의미한다. 파지 조절에 관여되는 유전자의 예는 마스터 리프레서를 코딩하는 파지 유전자, 종결 방지 단백질을 코딩하는 파지 유전자, 수퍼-배제 기전에 관여되는 파지 유전자, 숙주의 항-파지 기전에 대한 방어에 관여하는 파지 유전자, 예를 들어 용해 주기를 완료하기 위한 숙주의 구성요소의 분해 및/또는 변형에 관여되는 파지 유전자, 및 숙주에 유리한 파지 유전자를 포함한다.
본 발명의 상황에서, 파지 절제/삽입, 파지 DNA 복제, 및/또는 파지 조절에 관여되는 상기 유전자(들)는 상기 정의된 바와 같이, DNA 패키징 유전자(들) 또는 구조 유전자(들)가 아니다.
바람직한 구현예에서, 본 발명의 생산 박테리아 세포는 제2 유형의 박테리오파지로부터 유래되는, 파지 절제/삽입에 관여되는 적어도 하나의 유전자, 바람직하게 모든 유전자; 비-용해성 박테리오파지로부터 유래되는 파지 DNA 복제에 관여되는, 적어도 하나의 유전자, 바람직하게 모든 유전자; 및/또는 비-용해성 박테리오파지로부터 유래되는 파지 조절에 관여되는, 적어도 하나의 유전자, 바람직하게 모든 유전자를 포함한다.
본 발명의 상황에서, 상기 생산 박테리아 세포는 파지 절제/삽입 및/또는 파지 DNA 복제에 관여되는 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 유전자를 포함하지 않는다.
특정 구현예에서, 상기 비-용해성의 박테리오파지로부터 유래되는 파지 절제/삽입, 파지 DNA 복제, 및/또는 파지 조절에 관여되는 상기 유전자(들)는 적어도 하나의 플라스미드, 염색체 및/또는 헬퍼 파지에 포함된다. 특정 구현예에서, 상기 비-용해성 박테리오파지로부터 유래되는 파지 절제/삽입, 파지 DNA 복제, 및/또는 파지 조절에 관여되는 상기 유전자(들)는 적어도 2개의 별개 핵산 분자, 특히 적어도 2개의 플라스미드, 염색체, 헬퍼 파지 또는 이의 조합에 포함된다.
특정 구현예에서, 상기 비-용해성 박테리오파지로부터 유래되는 파지 절제/삽입, 파지 DNA 복제, 및/또는 파지 조절에 관여되는 상기 유전자(들)은 하기 정의되는 바와 같은 하이브리드 헬퍼 파지 시스템에 포함된다.
특정 구현예에서, 상기 비-용해성 박테리오파지로부터 유래되는 파지 절제/삽입, 파지 DNA 복제, 및/또는 파지 조절에 관여되는 상기 유전자(들)는 헬퍼 파지 시스템, 보다 특히 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 상기 파지 구조 유전자(들) 및 파지 DNA 패키징 유전자(들), 및 임의로 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 파지 조절에 관여되는 상기 유전자(들)와 동일한 헬퍼 파지 시스템에 포함된다.
특정 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포는 상기 비-용해성 박테리오파지가 비롯되고/되거나 상기 비-용해성 박테리오파지가 표적화하는 박테리아 종 또는 균주와 동일한 박테리아 종 또는 균주 유래이다.
보다 특정한 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포는 이. 콜라이 박테리아 세포이다. 다른 특정 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포는 피. 프레우덴레이키 박테리아 세포이다.
다른 구성요소
특정 구현예에서, 본 발명의 생산 박테리아 세포는 파지 RNA 전사에 관여되는 적어도 하나의 유전자를 더 포함한다.
"파지 RNA 전사에 관여되는 유전자"란 파지 RNA의 전사 기전에 관여되는, 잠재성 또는 용해성 파지 유래 유전자를 의미한다. 이러한 유전자의 예는 파지 RNA 폴리머라제를 코딩하는 유전자 및 특히 종결자를 지나서 작용할 수 있도록, 숙주의 RNA 폴리머라제를 변형시키는 단백질을 코딩하는 파지 유전자를 포함한다.
박테리오파지 및 박테리오파지로부터 유래되는 유전자
"박테리오파지로부터 유래되는 유전자"란 본 명세서에서 유전자의 서열이 박테리오파지로부터 수득되는 것을 의미하고, 상기 서열은 초기에 박테리오파지에 존재한 서열과 비교하여 임의로 변형되고/되거나, 재코딩되고/되거나, 최적화될 수 있다. 예를 들어, 상기 서열은 코돈 교환 또는 최적화를 위해서 또는 재조합을 방지하기 위해서 재코딩될 수 있다.
박테리오파지는 숙주 생합성 기구의 일부 또는 전부를 끌어들여서 박테리아 내부에서 증식하는 절대 세포내 기생체이다. 대안적으로, 일부 박테리오파지 (용해성 박테리오파지)는 천연적으로 박테리아에서 에피솜으로서 및/또는 박테리아 게놈에서 안정하게 유지될 수 없고, 박테리아의 용해를 유발시킨다. 대부분의 파지는 24-200 nm 직경 크기의 범위이다. 파지는 핵산 (즉, 게놈) 및 단백질을 함유하고, 지질 막으로 둘러싸일 수 있다. 파지에 따라, 핵산 게놈은 DNA 또는 RNA 일 수 있고, 원형 또는 선형 형태로 존재할 수 있다. 파지 게놈의 크기는 파지에 따라 달라진다. 가장 단순한 파지는 단지 수 천 개의 뉴클레오티드 크기인 게놈을 가지고 있지만, 더 복잡한 파지는 그들의 게놈에 100,000개 초과의 뉴클레오티드, 드문 경우에는 1,000,000개 초과의 뉴클레오티드를 함유할 수 있다. 파지 입자 중 개별 유형의 단백질의 수 및 양은 파지에 따라 다양할 것이다.
"용해성 파지"란 본 명세서에서 박테리아 또는 고세균을 감염시키고, 천연적으로 균주의/균주 내에서 에피솜으로서 및/또는 게놈에서 안정하게 유지될 수 없고, 따라서 엄격한 용해성 (용원성과 반대) 생활방식을 갖고, 파지의 복제 이후에 박테리아 또는 미생물의 용해 및 파괴를 초래하는 박테리오파지를 의미한다. 세포가 파괴되자마자, 파지 자손은 감염시키려는 새로운 숙주 세포 (예를 들어, 박테리아)를 찾을 수 있다. 하기 열거된 박테리오파지 중에서, 어떠한 박테리오파지가 용해성 파지인지는 당업자에게 잘 알려져 있다.
특정 구현예에서, 상기 비-용해성 박테리오파지는 잠재성 박테리오파지, 사상성 파지, 또는 위-용원성 파지이다.
"잠재성 박테리오파지" 또는 "용원성 박테리오파지"란 본 명세서에서 균주의/균주에서 게놈 중에 및/또는 에피솜으로서 안정하게 유지될 수 있고, 그들의 용원성 상태에서, 비리온을 생성하지 않으면서, 세포와 함께 복제되는, 박테리아 또는 고세균을 감염시키는 박테리오파지를 의미한다. 하기 열거된 박테리오파지 중에서, 어떠한 박테리오파지가 잠재성 파지인지는 당업자에게 잘 알려져 있다.
"사상성 파지"란 본 명세서에서 긴 단백질 캡시드 실린더로 감싸여진 단일 가닥 DNA 게놈을 갖는 것을 특징으로 하는 박테리오파지를 의미한다. 전형적으로, 사상성 파지에 감염된 박테리아는 파지의 생활 주기 및 복제 동안 용해되지 않고, 대신에 파지 입자가 막으로부터 분비되면서 성장 속도의 감소를 경험한다. 하기 열거된 박테리오파지 중에서, 어떠한 박테리오파지가 사상성 파지인지는 당업자에게 잘 알려져 있다.
"위-용원성 파지"란 본 명세서에서 파지 게놈의 복제 (용해성 발달로서) 또는 세포주에서 세포 주기와 동기화된 이의 복제 및 안정한 유지 (용원화로서)없이 숙주 세포에서 정지된 발단 단계에 있어서, 바이러스 게놈 분해가 진행되지 않아서, 바이러스 발생의 후속 재시작을 허용하는, 박테리오파지를 의미한다.
특정 구현예에서, 용해성 박테리오파지는 카우도비랄레스 (Caudovirales) 목의 용해성 박테리오파지로부터 선택되고,비-용해성 박테리오파지는 카우도비랄레스 목의 비-용해성 박테리오파지로부터 선택되며, 상기 카우도비랄레스 목은 Krupovic 등 (Krupovic et al.Arch Virol. 2016 Jan;161 (1):233-47)의 분류법을 기반으로, 하기로 이루어진다:
- 미오비리다에 과 (예컨대, 제한없이, 속 Cp220바이러스, Cp8바이러스, Ea214바이러스, 펠릭소1바이러스, 무글바이러스, 수스프바이러스, Hp1바이러스, P2바이러스, 카이바이러스, P100바이러스, 실비아바이러스, 스포1바이러스, 차르봄바바이러스, 트워트바이러스, Cc31바이러스, Jd18바이러스, Js98바이러스, Kp15바이러스, 문바이러스, Rb49바이러스, Rb69바이러스, S16바이러스, 스키조트4바이러스, Sp18바이러스, T4바이러스, Cr3바이러스, Se1바이러스, V5바이러스, 아보우오바이러스, 아게이트바이러스, 아그리칸357바이러스, Ap22바이러스, Arv1바이러스, B4바이러스, 바스티유바이러스, Bc431바이러스, Bcep78바이러스, 비셉무바이러스, 비콰르타바이러스, Bxz1바이러스, Cd119바이러스, Cp51바이러스, Cvm10바이러스, Eah2바이러스, El바이러스, 하푸나바이러스, 짐머바이러스, Kpp10바이러스, M12바이러스, 마키나바이러스, 마샤바이러스, Msw3바이러스, 뮤바이러스, 미오할로바이러스, Nit1바이러스, P1바이러스, 파크푸나바이러스, 프부나바이러스, Phikz바이러스, Rheph4바이러스, Rsl2바이러스, Rsluna바이러스, 세쿤다5바이러스, Sep1바이러스, Spn3바이러스, 스부나바이러스, Tg1바이러스, Vhml바이러스 및 Wph바이러스);
- 포도비리다에 과 (예컨대, 제한없이, 속 Fri1바이러스, Kp32바이러스, Kp34바이러스, Phikmv바이러스, 프라도바이러스, Sp6바이러스, T7바이러스, Cp1바이러스, P68바이러스, Phi29바이러스, 노나33바이러스, Pocj바이러스, Tl2011바이러스, Bcep22바이러스, Bpp1바이러스, Cba41바이러스, Dfl12바이러스, Ea92바이러스, 엡실론15바이러스, F116바이러스, G7c바이러스, 잘파바이러스, Kf1바이러스, Kpp25바이러스, 리트1바이러스, 루즈24바이러스, 루즈7바이러스, N4바이러스, 노나나바이러스, P22바이러스, 페이지바이러스, 피에코32바이러스, Prtb바이러스, Sp58바이러스, 우나961바이러스 및 Vp5바이러스);
- 시포비리다에 과 (예컨대, 제한없이, 속 캄바이러스, 리카바이러스, R4바이러스, 아카디안바이러스, 쿠퍼바이러스, Pg1바이러스, 파이프피시바이러스, 로즈부시바이러스, 브루히타바이러스, Che9c바이러스, 호크아이바이러스, 플롯바이러스, 저지바이러스, K1g바이러스, Sp31바이러스, Lmd1바이러스, 우나4바이러스, 봉고바이러스, 레이바이러스, 버터스바이러스, 찰리바이러스, 레디바이러스, 박스터바이러스, 님파도라바이러스, 비그누즈바이러스, 피시부르네바이러스, 파이온스바이러스, Kp36바이러스, 로게1바이러스, Rtp바이러스, T1바이러스, Tls바이러스, Ab18바이러스, 아미고바이러스, 아나톨레바이러스, 안드로메다바이러스, 아티스바이러스, 반야드바이러스, 베르날13바이러스, 비셉티마바이러스, 브론바이러스, C2바이러스, C5바이러스, Cba181바이러스, Cbast바이러스, 세시바이러스, 체8바이러스, 치바이러스, Cjw1바이러스, 콘독바이러스, 크로누스바이러스, D3112바이러스, D3바이러스, 데쿠로바이러스, 데모스테네스바이러스, 두세트바이러스, E125바이러스, 에이아우바이러스, Ff47바이러스, 가이아바이러스, 길스바이러스, 고든바이러스, Gordtnk바이러스, 해리슨바이러스, Hk578바이러스, Hk97바이러스, 젠스트바이러스, Jwx바이러스, 켈레지오바이러스, 코라바이러스, L5바이러스, 람다바이러스, 라로이어바이러스, 라이파이바이러스, 마빈바이러스, 머드캣바이러스, N15바이러스, 노나그바이러스, Np1바이러스, 오메가바이러스, P12002바이러스, P12024바이러스, P23바이러스, P70바이러스, Pa6바이러스, Pamx74바이러스, 페이션스바이러스, Pbi1바이러스, Pepy6바이러스, Pfr1바이러스, Phic31바이러스, Phicbk바이러스, 피에타바이러스, 피펠바이러스, Phijl1바이러스, Pis4a바이러스, Psa바이러스, 사이무나바이러스, Rdjl바이러스, Rer2바이러스, Sap6바이러스, 센드513바이러스, 셉티마3바이러스, 쇠라바이러스, 섹스택바이러스, Sfi11바이러스, Sfi21dt1바이러스, 시타라바이러스, Sk1바이러스, 슬래시바이러스, 스무디바이러스, 수프스바이러스, Sp베타바이러스, Ssp2바이러스, T5바이러스, 탱크바이러스, 틴2바이러스, 티탄바이러스, Tm4바이러스, Tp21바이러스, Tp84바이러스, 트리아바이러스, 트리긴타두오바이러스, 베가스바이러스, 벤데타바이러스, W베타바이러스, 와일드캣바이러스, 위저드바이러스, 우스바이러스, Xp10바이러스, Ydn12바이러스 및 위아바이러스).
- 악커만비리다에 과 (예컨대, 제한없이, 속 Ag3바이러스, 라임스톤바이러스, Cba120바이러스 및 Vi1바이러스).
특정 구현예에서, 용해성 박테리오파지 및/또는 비-용해성 박테리오파지는 는 카우도비랄레스 목의 일부는 아니지만 미지정 목의 과, 예컨대, 제한없이, 텍티비리다에 (Tectiviridae) 과 (예컨대 속 알파텍티바이러스, 베타텍티바이러스), 코르티코비리다에 (Corticoviridae) 과 (예컨대 속 코르티코바이러스), 이노비리다에 (Inoviridae) 과 (예컨대 속 피브로바이러스, 하베니바이러스, 이노바이러스, 리네아바이러스, 플렉트로바이러스, 사에티바이러스, 베스페르틸리오바이러스), 시스토비리다에 (Cystoviridae) 과 (예컨대 속 시스토바이러스), 레비비리다에 (Leviviridae) 과 (예컨대 속 알로레비바이러스, 레비바이러스), 마이크로비리다에 (Microviridae) 과 (예컨대 속 알파3마이크로바이러스, G4마이크로바이러스, Phix174마이크로바이러스, 브델로마이크로바이러스, 클라미디아마이크로바이러스, 스피로마이크로바이러스) 및 플라스마비리다에 (Plasmaviridae) 과 (예컨대 속 플라스마바이러스) 유래이다.
특정 구현예에서, 용해성 박테리오파지 및/또는 비-용해성 박테리오파지는 고세균을 표적으로 하지만 카우도비랄레스 목의 일부는 아니고, 미지정 목의 과, 예컨대, 제한없이, 암풀라비리다에 (Ampullaviridae), 푸셀로비리다에 (FuselloViridae), 글로불로비리다에 (Globuloviridae), 구타비리다에 (Guttaviridae), 리포트릭스비리다에 (Lipothrixviridae), 플레올리포비리다에 (Pleolipoviridae), 루디비리다에 (Rudiviridae), 살터프로바이러스 및 비카우다비리다에 (Bicaudaviridae) 유래이다.
특정 구현예에서, 상기 용해성 박테리오파지는 소정 박테리아 종 또는 균주로부터 비롯된다. 다른 특정 구현예에서, 상기 비-용해성 박테리오파지는 동일하거나 또는 상이한 소정 박테리아 종 또는 균주에서 비롯된다.
"소정 박테리아 종 또는 균주로부터 비롯되는 박테리오파지"란 본 명세서에서 특정 박테리아 종 또는 균주를 특이적으로 표적화하는 박테리오파지 및/또는 특정 박테리아 종 또는 균주가 숙주인 박테리오파지를 의미한다.
박테리아 속 및 그들의 기지의 숙주-특이적 박테리아 바이러스의 비제한적인 목록은 하기 단락에 표시된다. 동의어 및 철자 변형은 괄호 안에 표시된다. 동음이의어는 발생하는 만큼 자주 반복된다 (예를 들어, D, D, d). 무명의 파지는 그들의 속 옆에 "NN" 으로 표시되고 그들의 번호는 괄호에 제공된다.
악티노마이세스 (Actinomyces) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: Av-I, Av-2, Av-3, BF307, CTl, CT2, CT3, CT4, CT6, CT7, CT8 및 1281.
아에로모나스 (Aeromonas) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: AA-I, Aeh2, N, PMl, TP446, 3, 4, 11, 13, 29, 31, 32, 37, 43, 43-10T, 51, 54, 55R.1, 56, 56RR2, 57, 58, 59.1, 60, 63, Aehl, F, PM2, 1, 25, 31, 40RR2.8t, (syn= 44R), (syn= 44RR2.8t), 65, PM3, PM4, PM5 및 PM6.
바실러스 (Bacillus) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: A, aizl, Al-K-I, B, BCJAl, BCl, BC2, BLLl, BLl, BP142, BSLl, BSL2, BSl, BS3, BS8, BS15, BS18, BS22, BS26, BS28, BS31, BS104, BS105, BS106, BTB, B1715V1, C, CK-I, Coll, Corl, CP-53, CS-I, CSi, D, D, D, D5, entl, FP8, FP9, FSi, FS2, FS3, FS5, FS8, FS9, G, GH8, GT8, GV-I, GV-2, GT-4, g3, gl2, gl3, gl4, gl6, gl7, g21, g23, g24, g29, H2, kenl, KK-88, Kuml, Kyul, J7W-1, LP52, (syn= LP-52), L7, Mexl, MJ-I, mor2, MP-7, MPlO, MP12, MP14, MP15, Neol, N°2, N5, N6P, PBCl, PBLA, PBPl, P2, S-a, SF2, SF6, Shal, Sill, SP02, (syn= ΦSPP1), SPβ, STI, STi, SU-Il, t, TbI, Tb2, Tb5, TbIO, Tb26, Tb51, Tb53, Tb55, Tb77, Tb97, Tb99, Tb560, Tb595, Td8, Td6, Tdl5, TgI, Tg4, Tg6, Tg7, Tg9, TgIO, TgIl, Tgl3, Tgl5, Tg21, Tinl, Tin7, Tin8, Tinl3, Tm3, Tocl, Togl, toll, TP-I, TP-10vir, TP-15c, TP-16c, TP-17c, TP-19, TP35, TP51, TP-84, Tt4, Tt6, A형, B형, C형, D형, E형, Tφ3, VA-9, W, wx23, wx26, Yunl, α, γ, pll, φmed-2, φT, φμ-4, φ3T, φ75, φlO5, (syn= φlO5), IA, IB, 1-97A, 1-97B, 2, 2, 3, 3, 3, 5, 12, 14, 20, 30, 35, 36, 37, 38, 41C, 51, 63, 64, 138D, I, II, IV, NN-Bacillus (13), alel, ARl, AR2, AR3, AR7, AR9, Bace-11, (syn= 11), 바스티유, BLl, BL2, BL3, BL4, BL5, BL6, BL8, BL9, BP124, BS28, BS80, Ch, CP-51, CP-54, D-5, darl, denl, DP-7, entl, FoSi, FoS2, FS4, FS6, FS7, G, gall, 감마, GEl, GF-2, GSi, GT-I, GT-2, GT-3, GT-4, GT-5, GT-6, GT-7, GV-6, gl5, 19, 110, ISi, K, MP9, MP13, MP21, MP23, MP24, MP28, MP29, MP30, MP32, MP34, MP36, MP37, MP39, MP40, MP41, MP43, MP44, MP45, MP47, MP50, NLP-I, No.l, N17, N19, PBSl, PKl, PMBl, PMB12, PMJl, S, SPOl, SP3, SP5, SP6, SP7, SP8, SP9, SPlO, SP-15, SP50, (syn= SP-50), SP82, SST, subl, SW, Tg8, Tgl2, Tgl3, Tgl4, thul, thuΛ, thuS, Tin4, Tin23, TP-13, TP33, TP50, TSP-I, V형, VI형, V, Vx, β22, φe, φNR2, φ25, φ63, 1, 1, 2, 2C, 3NT, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 12, 17, 18, 19, 21, 138, III, 4 (비. 메가테리움 (B. megaterium)), 4 (비. 스파에리쿠스) (B. sphaericus)), AR13, BPP-IO, BS32, BS107, Bl, B2, GA-I, GP-IO, GV-3, GV-5, g8, MP20, MP27, MP49, Nf, PP5, PP6, SF5, Tgl8, TP-I, 베르사이유, φl5, φ29, 1-97, 837/IV, mi-바실러스 (1), BatlO, BSLlO, BSLI l, BS6, BSI l, BS16, BS23, BSlOl, BS102, gl8, morl, PBLl, SN45, thu2, thu3, TmI, Tm2, TP-20, TP21, TP52, F형, G형, IV형, HN-BacMus (3), BLE, (syn= θc), BS2, BS4, BS5, BS7, BlO, B12, BS20, BS21, F, MJ-4, PBA12, AP50, AP50-04, AP50-11, AP50-23, AP50-26, AP50-27 및 Bam35. 하기 바실러스-특이적 파지는 결함성이다: DLP10716, DLP-11946, DPB5, DPB12, DPB21, DPB22, DPB23, GA-2, M, No. IM, PBLB, PBSH, PBSV, PBSW, PBSX, PBSY, PBSZ, phi, SPa, 1형 및 μ.
박테로이데스 (Bacteroides) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: crAss-파지, ad I2, Baf-44, Baf-48B, Baf-64, Bf-I, Bf-52, B40-8, Fl, βl, φAl, φBrOl, φBrO2, 11, 67.1, 67.3, 68.1, mt-박테로이데스 (3), Bf42, Bf71, HN-브델로비브리오 (1) 및 BF-41.
보르데텔라 (Bordetella) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: 134 및 NN-보르데텔라 (3).
보렐리아 (Borrelia) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: NN-보렐리아 (1) 및 NN-보렐리아 (2).
브루셀라 (Brucella) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: A422, Bk, (syn= 버클리), BM29, FOi, (syn= FOl), (syn= FQl), D, FP2, (syn= FP2), (syn= FD2), Fz, (syn= Fz75/13), (syn= 피렌체 75/13), (syn= Fi), Fi, (syn= Fl), Fim, (syn= FIm), (syn= Fim), FiU, (syn= FlU), (syn= FiU), F2, (syn= F2), F3, (syn= F3), F4, (syn= F4), F5, (syn= F5), F6, F7, (syn= F7), F25, (syn= F25), (syn= ￡25), F25U, (syn= F25u), (syn= F25U), (syn= F25V), F44, (syn- F44), F45, (syn= F45), F48, (syn= F48), I, Im, M, MC/75, M51, (syn= M85), P, (syn= D), S708, R, Tb, (syn= TB), (syn= 트빌리시), W, (syn= Wb), (syn= 웨이브릿지), X, 3, 6, 7, 10/1, (syn= 10), (syn= F8), (syn= F8), 12m, 24/11, (syn= 24), (syn= F9), (syn= F9), 45/111, (syn= 45), 75, 84, 212/XV, (syn= 212), (syn= Fi0), (syn= FlO), 371/XXIX, (syn= 371), (syn= Fn), (syn= Fl l) 및 513.
버크홀데리아 (Burkholderia) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: CP75, NN-버크홀데리아 (1) 및 42.
캄필로박터 (Campylobacter) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: C형, NTCC12669, NTCC12670, NTCC12671, NTCC12672, NTCC12673, NTCC12674, NTCC12675, NTCC12676, NTCC12677, NTCC12678, NTCC12679, NTCC12680, NTCC12681, NTCC12682, NTCC12683, NTCC12684, 32f, 111c, 191, NN-캄필로박터 (2), Vfi-6, (syn= V19), VfV-3, V2, V3, V8, V16, (syn= Vfi-1), V19, V20 (V45), V45, (syn= V-45) 및 NN-캄필로박터 (1).
클라미디아 (Chlamydia) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: Chpl.
클로스트리듐 (Clostridium) 속의 박테리아는 파기 파지에 의해 감염될 수 있다: CAKl, CA5, Ca7, CEβ, (syn= 1C), CEγ, Cldl, c-n71, c-203 Tox-, DEβ, (syn= ID), (syn= lDt0X+), HM3, KMl, KT, Ms, NAl, (syn= Naltox+), PA135Oe, Pfo, PL73, PL78, PL81, Pl, P50, P5771, P19402, lCt0X+, 2Ct0X＼2D3 (syn= 2Dt0X+), 3C, (syn= 3Ctox+), 4C, (syn= 4Ct0X+), 56, III-l, NN-클로스트리듐 (61), NBlt0X+, αl, CAl, HMT, HM2, PFl5 P-23, P-46, Q-05, Q-oe, Q-16, Q-21, Q-26, Q-40, Q-46, S111, SA02, WA01, WA03, Wm, W523, 80, C, CA2, CA3, CPTl, CPT4, cl, c4, c5, HM7, H11/A1, H18/Ax, FWS23, Hi58ZA1, K2ZA1, K21ZS23, ML, NA2t0X; Pf2, Pf3, Pf4, S9ZS3, S41ZA1, S44ZS23, α2, 41, 112ZS23, 214/S23, 233/Ai, 234/S23, 235/S23, II-l, II-2, II-3, NN-클로스트리듐 (12), CAl, Fl, K, S2, 1, 5 및 NN-클로스트리듐 (8).
코리네박테리움 (Corynebacterium) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: CGKl (결함성), A, A2, A3, AlOl, A128, A133, A137, A139, A155, A182, B, BF, B17, B18, B51, B271, B275, B276, B277, B279, B282, C, capi, CCl, CGl, CG2, CG33, CL31, Cog, (syn= CG5), D, E, F, H, H-I, hqi, hq2, 11ZH33, Ii/31, J, K, K, (syn= Ktox"), L, L, (syn= Ltox+), M, MC-I, MC-2, MC-3, MC-4, MLMa, N, O, ovi, ov2, ov3, P, P, R, RP6, RS29, S, T, U, UB1, ub2, UH1, UH3, uh3, uh5, uh6, β, (syn= βtox+), βhv64, βvir, γ, (syn= γtoχ-), γl9, δ, (syn= δ'ox+), p, (syn= ptoχ-), Φ9, φ984, ω, IA, 1/1180, 2, 2/1180, 5/1180, 5ad/9717, 7/4465, 8/4465, 8ad/10269, 10/9253, 13Z9253, 15/3148, 21/9253, 28, 29, 55, 2747, 2893, 4498 및 5848.
엔테로코쿠스 (Enterococcus) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: DF78, Fl, F2, 1, 2, 4, 14, 41, 867, Dl, SB24, 2BV, 182, 225, C2, C2F, E3, E62, DS96, H24, M35, P3, P9, SBlOl, S2, 2BII, 5, 182a, 705, 873, 881, 940, 1051, 1057, 21096C, NN-엔테로코쿠스 (1), PEl, Fl, F3, F4, VD13, 1, 200, 235 및 341.
에리시펠로트릭스 (Erysipelothrix) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: NN-에이시펠로트릭스 (1).
에스케리치아 (Escherichia) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: BW73, B278, D6, D108, E, El, E24, E41, FI-2, FI-4, FI-5, HI8A, Ffl8B, i, MM, Mu, (syn= mu), (syn= MuI), (syn= Mu-I), (syn= MU-I), (syn= MuI), (syn= μ), 025, PhI-5, Pk, PSP3, Pl, PlD, P2, P4 (결함성), Sl, Wφ, φK13, φR73 (결함성), φl, φ2, φ7, φ92, ψ (결함성), 7 A, 8φ, 9φ, 15 (결함성), 18, 28-1, 186, 299, HH-에스케리치아 (2), AB48, CM, C4, C16, DD-VI, (syn= Dd-Vi), (syn= DDVI), (syn= DDVi), E4, E7, E28, FIl, FI3, H, Hl, H3, H8, K3, M, N, ND-2, ND-3, ND4, ND-5, ND6, ND-7, Ox-I (syn= OXl), (syn= HF), Ox-2 (syn= 0x2), (syn= 0X2), Ox-3, Ox-4, Ox-5, (syn= 0X5), Ox-6, (syn= 66F), (syn= φ66t), (syn= φ66t-)5 0111, PhI-I, RB42, RB43, RB49, RB69, S, SaI-I, Sal-2, Sal-3, Sal-4, Sal-5, Sal-6, TC23, TC45, TuII*-6, (syn= TuII*), TuIP-24, TuII*46, TuIP-60, T2, (syn= ganuTia), (syn= γ), (syn= PC), (syn= P.C.), (syn= T-2), (syn= T2), (syn= P4), T4, (syn= T-4), (syn= T4), T6, T35, αl, 1, IA, 3, (syn= Ac3), 3A, 3T+, (syn= 3), (syn= Ml), 5φ, (syn= φ5), 9266Q, CFO103, HK620, J, K, KlF, m59, no. A, no. E, no. 3, no. 9, N4, sd, (syn= Sd), (syn= SD), (syn= Sa)3 (syn= sd), (syn= SD), (syn= CD), T3, (syn= T-3), (syn= T3), T7, (syn= T-7), (syn= T7), WPK, W31, ΔH, φC3888, φK3, φK7, φK12, φV-1, Φ04-CF, Φ05, Φ06, Φ07, φl, φl.2, φ20, φ95, φ263, φlO92, φl, φll, (syn=φW), Ω8, 1, 3, 7, 8, 26, 27, 28-2, 29, 30, 31, 32, 38, 39, 42, 933W, NN-에스케리치아 (1), Esc-7-11, AC30, CVX-5, Cl, DDUP, ECl, EC2, E21, E29, Fl, F26S, F27S, Hi, HK022, HK97, (syn= ΦHK97), HK139, HK253, HK256, K7, ND-I, no.D, PA-2, q, S2, Tl, (syn= α), (syn= P28), (syn= T-I), (syn= Tx), T3C, T5, (syn= T-5), (syn= T5), UC-I, w, β4, γ2, λ (syn= 람다), (syn= Φλ), ΦD326, φγ, Φ06, Φ7, Φ10, φ80, χ, (syn= χi), (syn= φχ), (syn= φχi), 2, 4, 4A, 6, 8A, 102, 150, 168, 174, 3000, AC6, AC7, AC28, AC43, AC50, AC57, AC81, AC95, HK243, KlO, ZG/3A, 5, 5A, 21EL, H19-J 및 933H, O157 유형 파지 1 내지 16, JES-2013, 121Q, 172-1, 1720a-02, ADB-2, AKFV33, av-05, bV_EcoS_AHP42, bV_EcoS_AHP24, bC_EcoS_AHS24, bV_EcoS_AKS96, CBA120.
푸소박테리움 (Fusobacterium) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: NN-푸소박테리움 (2), fv83-554/3, fv88-531/2, 227, fv2377, fv2527 및 fv8501.
해모필루스 (Haemophilus) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: HPl, S2 및 N3.
헬리코박터 (Helicobacter) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: HPl 및 ^^-헬리코박터 (1).
클렙시엘라 (Klebsiella) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: AIO-2, KI4B, Kl6B, Kl9, (syn= K19), Kl14, Kl15, Kl21, Kl28, Kl29, KI32, Kl33, Kl35, Kl106B, Kl171B, Kl181B, Kl832B, AIO-I, AO-I, AO-2, AO-3, FC3-10, K, Kl1, (syn= KIl), Kl2, (syn= K12), Kl3, (syn= K13), (syn= Kl 70/11), Kl4, (syn= K14), Kl5, (syn= K15), Kl6, (syn= K16), Kl7, (syn= K17), Kl8, (syn= K18), Kl19, (syn= K19), Kl27, (syn= K127), Kl31, (syn= K131), Kl35, Kl171B, II, VI, IX, CI-I, Kl4B, Kl8, Kl11, Kl12, Kl13, Kl16, Kl17, Kl18, Kl20, Kl22, Kl23, Kl24, Kl26, Kl30, Kl34, Kl106B, KIi65B, Kl328B, KLXI, K328, P5046, 11, 380, III, IV, VII, VIII, FC3-11, Kl2B, (syn= K12B), Kl25, (syn= K125), Kl42B, (syn= K142), (syn= K142B), Kl181B, (syn= KIl 81), (syn= K1181B), Kl765/!, (syn= K1765/1), Kl842B, (syn= K1832B), Kl937B, (syn= K1937B), Ll, φ28, 7, 231, 483, 490, 632 및 864/100.
레피토스피라 (Lepitospira) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: LEl, LE3, LE4 및 ∼NN-렙토스피라 (1).
리스테리아 (Listeria) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: A511, 01761, 4211, 4286, (syn= BO54), A005, A006, A020, A500, A502, A511, Al 18, A620, A640, B012, B021, B024, B025, B035, B051, B053, B054, B055, B056, BlOl, BI lO, B545, B604, B653, C707, D441, HSO47, HlOG, H8/73, H19, H21, H43, H46, H107, H108, HI lO, H163/84, H312, H340, H387, H391/73, H684/74, H924A, PSA, U153, φMLUP5, (syn= P35), 00241, 00611, 02971A, 02971C, 5/476, 5/911, 5/939, 5/11302, 5/11605, 5/11704, 184, 575, 633, 699/694, 744, 900, 1090, 1317, 1444, 1652, 1806, 1807, 1921/959, 1921/11367, 1921/11500, 1921/11566, 1921/12460, 1921/12582, 1967, 2389, 2425, 2671, 2685, 3274, 3550, 3551, 3552, 4276, 4277, 4292, 4477, 5337, 5348/11363, 5348/11646, 5348/12430, 5348/12434, 10072, 11355C, 11711A, 12029, 12981, 13441, 90666, 90816, 93253, 907515, 910716 및 NN-리스테리아 (15).
모르가넬라 (Morganella) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: 47.
마이코박테리움 (Mycobacterium) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: 13, AGl, ALi, ATCC 11759, A2, B.C3, BG2, BKl, BK5, butyricum, B-I, B5, B7, B30, B35, Clark, Cl, C2, DNAIII, DSP1, D4, D29, GS4E, (syn= GS4E), GS7, (syn= GS-7), (syn= GS7), IPa, 락티콜라, 레장드르, Leo, L5, (syn= ΦL-5), MC-I, MC-3, MC-4, 미네티, MTPHI l, Mx4, MyF3P/59a, phlei, (syn= phlei 1), phlei 4, 폴로누스 II, 라비노비츠, 스메그마티스, TM4, TM9, TMlO, TM20, Y7, YlO, φ630, IB, IF, IH, 1/1, 67, 106, 1430, Bl, (syn= Bol), B24, D, D29, F-K, F-S, HP, 폴로누스 I, Roy, Rl, (syn= Rl-Myb), (syn= Ri), 11, 31, 40, 50, 103a, 103b, 128, 3111-D, 3215-D 및 NN-마이코박테리움 (1).
네이세리아 (Neisseria) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: 그룹 I, 그룹 II 및 NPl.
노카르디아 (Nocardia) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: MNP8, NJ-L, NS-8, N5 및 TtiN-노카르디아.
프로테우스 (Proteus) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: Pm5, 13vir, 2/44, 4/545, 6/1004, 13/807, 20/826, 57, 67b, 78, 107/69, 121, 9/0, 22/608, 30/680, PmI, Pm3, Pm4, Pm6, Pm7, Pm9, PmIO, PmI l, Pv2, πl, φm, 7/549, 9B/2, 10A/31, 12/55, 14, 15, 16/789, 17/971, 19A/653, 23/532, 25/909, 26/219, 27/953, 32A/909, 33/971, 34/13, 65, 5006M, 7480b, VI, 13/3a, Clichy 12, π2600, φχ7, 1/1004, 5/742, 9, 12, 14, 22, 24/860, 2600/D52, Pm8 및 24/2514.
프로비덴시아 (Providencia) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: PL25, PL26, PL37, 9211/9295, 9213/921 Ib, 9248, 7/R49, 7476/322, 7478/325, 7479, 7480, 9000/9402 및 9213/921 Ia.
슈도모나스 (Pseudomonas) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: PfI, (syn= Pf-I), Pf2, Pf3, PP7, PRRl, 7s, im-슈도모나스 (1), AI-I, AI-2, B 17, B89, CB3, Col 2, Col 11, Col 18, Col 21, C154, C163, C167, C2121, E79, F8, ga, gb, H22, K1, M4, N2, Nu, PB-I, (syn= PBl), pfl6, PMN17, PPl, PP8, Psal, PsPl, PsP2, PsP3, PsP4, PsP5, PS3, PS17, PTB80, PX4, PX7, PYOl, PYO2, PYO5, PYO6, PYO9, PYOlO, PYO13, PYO14, PYO16, PYO18, PYO19, PYO20, PYO29, PYO32, PYO33, PYO35, PYO36, PYO37, PYO38, PYO39, PYO41, PYO42, PYO45, PYO47, PYO48, PYO64, PYO69, PYO103, PlK, SLPl, SL2, S2, UNL-I, wy, Yai, Ya4, Yan, φBE, φCTX, φC17, φKZ, (syn=ΦKZ), φ-LT, Φmu78, φNZ, φPLS-1, φST-1, φW-14, φ-2, 1/72, 2/79, 3, 3/DO, 4/237, 5/406, 6C, 6/6660, 7, 7v, 7/184, 8/280, 9/95, 10/502, 11/DE, 12/100, 12S, 16, 21, 24, 25F, 27, 31, 44, 68, 71, 95, 109, 188, 337, 352, 1214, NN-슈도모나스 (23), A856, B26, CI-I, CI-2, C5, D, gh-1, Fl 16, HF, H90, K5, K6, Kl 04, K109, K166, K267, N4, N5, O6N-25P, PE69, Pf, PPN25, PPN35, PPN89, PPN91, PP2, PP3, PP4, PP6, PP7, PP8, PP56, PP87, PPl 14, PP206, PP207, PP306, PP651, Psp231a, Pssy401, Pssy9220, psi, PTB2, PTB20, PTB42, PXl, PX3, PXlO, PX12, PX14, PYO70, PYO71, R, SH6, SH133, tf, Ya5, Ya7, φBS, ΦKf77, φ-MC, ΦmnF82, φPLS27, φPLS743, φS-1, 1, 2, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 12B, 13, 14, 15, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 20, 21, 21, 22, 23, 23, 24, 25, 31, 53, 73, 119x, 145, 147, 170, 267, 284, 308, 525, NN-슈도모나스 (5), af, A7, B3, B33, B39, BI-I, C22, D3, D37, D40, D62, D3112, F7, FlO, g, gd, ge, gξHwl2, Jb 19, KFl, L°, OXN-32P, O6N-52P, PCH-I, PC13-1, PC35-1, PH2, PH51, PH93, PH132, PMW, PM13, PM57, PM61, PM62, PM63, PM69, PM105, PMl 13, PM681, PM682, PO4, PPl, PP4, PP5, PP64, PP65, PP66, PP71, PP86, PP88, PP92, PP401, PP711, PP891, Pssy41, Pssy42, Pssy403, Pssy404, Pssy420, Pssy923, PS4, PS-IO, Pz, SDl, SLl, SL3, SL5, SM, φC5, φCll, φCll-1, φC13, φC15, φMO, φX, φO4, φll, φ240, 2, 2F, 5, 7m, 11, 13, 13/441, 14, 20, 24, 40, 45, 49, 61, 73, 148, 160, 198, 218, 222, 236, 242, 246, 249, 258, 269, 295, 297, 309, 318, 342, 350, 351, 357-1, 400-1, HN-슈도모나스 (6), GlOl, M6, M6a, Ll, PB2, Pssyl5, Pssy4210, Pssy4220, PYO12, PYO34, PYO49, PYO50, PYO51, PYO52, PYO53, PYO57, PYO59, PYO200, PX2, PX5, SL4, φO3, φO6 및 1214.
리켓치아 (Rickettsia) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: NN-리켓치아.
살모넬라 (Salmonella) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: b, 벡클레스, CT, d, 던디, f, FeIs 2, GI, GUI, GVI, GVIII, k, K, i, j, L, 01, (syn= 0-1), (syn= O1), (syn= O-I), (syn= 7), 02, 03, P3, P9a, PlO, Sab3, Sab5, SanlS, Sanl7, SI, 타운톤, ViI, (syn= ViI), 9, im살모넬라 (1), N-I, N-5, N-IO, N-17, N-22, 11, 12, 16-19, 20.2, 36, 449C/C178, 966A/C259, a, B.A.O.R., e, G4, GUI, L, LP7, M, MG40, N-18, PSA68, P4, P9c, P22, (syn= P22), (syn= PLT22), (syn= PLT22), P22al, P22-4, P22-7, P22-11, SNT-I, SNT-2, SP6, Villi, ViIV, ViV, ViVI, ViVII, 워크솝, Sj5, ε34, 1,37, 1 (40), (syn= φl[40]), 1,422, 2, 2.5, 3b, 4, 5, 6,14 (18), 8, 14 (6,7), 10, 27, 28B, 30, 31, 32, 33, 34, 36, 37, 39, 1412, SNT-3, 7-11, 40.3, c, C236, C557, C625, C966N, g, GV, G5, Gl 73, h, IRA, Jersey, MB78, P22-1, P22-3, P22-12, Sabl, Sab2, Sab2, Sab4, Sanl, San2, San3, San4, San6, San7, San8, San9, Sanl3, Sanl4, Sanl6, Sanl8, Sanl9, San20, San21, San22, San23, San24, San25, San26, SasLl, SasL2, SasL3, SasL4, SasL5, SlBL, SII, ViII, φl, 1, 2, 3a, 3al, 1010, Ym-살모넬라 (1), N-4, SasL6 및 27.
세라티아 (Serratia) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: A2P, PS20, SMB3, SMP, SMP5, SM2, V40, V56, ic, ΦCP-3, ΦCP-6, 3M, 10/la, 20A, 34CC, 34H, 38T, 345G, 345P, 501B, SMB2, SMP2, BC, BT, CW2, CW3, CW4, CW5, Lt232, L2232, L34, L.228, SLP, SMPA, V.43, σ, φCWl, ΦCP6-1, ΦCP6-2, ΦCP6-5, 3T, 5, 8, 9F, 10/1, 2OE, 32/6, 34B, 34CT, 34P, 37, 41, 56, 56D, 56P, 6OP, 61/6, 74/6, 76/4, 101/8900, 226, 227, 228, 229F, 286, 289, 290F, 512, 764a, 2847/10, 2847/1Oa, L.359 및 SMBl.
시겔라 (Shigella) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: Fsa, (syn=a), FSD2d, (syn= D2d), (syn= W2d), FSD2E, (syn= W2e), fv, F6, f7.8, H-Sh, PE5, P90, SfII, Sh, SHm, SHrv, (syn= HIV), SHvi, (syn= HVI), SHVvm, (syn= HVIII), SKγ66, (syn= 감마 66), (syn= yββ), (syn= γ66b), SKm, (syn= SIIIb)5 (syn= UI), SKw, (syn= Siva), (syn= IV), SIC™, (syn= SIVA.), (syn= IVA), SKvi, (syn= KVI), (syn= Svi), (syn= VI), SKvm, (syn= Svm), (syn= VIII), SKVÐIA, (syn= SvmA), (syn= VIIIA), STvi, STK, STx1, STxn, S66, W2, (syn= D2c), (syn= D20), φl, φIVb 3-SO-R, 8368-SO-R, F7, (syn= FS7), (syn= K29), FlO, (syn= FSlO), (syn= K31), I1, (syn= 알파), (syn= FSa), (syn= Kl 8), (syn= α), I2, (syn= a), (syn= K19), SG33, (syn= G35), (syn= SO-35/G), SG35, (syn= SO-55/G), SG3201, (syn= SO-3201/G), SHn, (syn= HII), SHv, (syn= SHV), SHx, SHX, SKn, (syn= K2), (syn= KII), (syn= Sn), (syn= SsII), (syn= II), SKrv, (syn= Sm), (syn= SsIV), (syn= IV), SK1Va, (syn= Swab), (syn= SsIVa), (syn= IVa), SKV, (syn= K4), (syn= KV), (syn= SV), (syn= SsV), (syn= V), SKx, (syn= K9), (syn= KX), (syn= SX), (syn= SsX), (syn= X), STV, (syn= T35), (syn= 35-50-R), STvm, (syn= T8345), (syn= 8345-SO-S-R), W1, (syn= D8), (syn= FSD8), W2a, (syn= D2A), (syn= FS2a), DD-2, Sf6, FSi, (syn= Fl), SF6, (syn= F6), SG42, (syn= SO-42/G), SG3203, (syn= SO-3203/G), SKF12, (syn= SsF12), (syn= F12), (syn= F12), STn, (syn= 1881-SO-R), γ66, (syn= 감마 66a), (syn= Ssγ66), φ2, BIl, DDVII, (syn= DD7), FSD2b, (syn= W2B), FS2, (syn= F2), (syn= F2), FS4, (syn= F4), (syn= F4), FS5, (syn= F5), (syn= F5), FS9, (syn= F9), (syn= F9), FI l, P2-S0-S, SG36, (syn= SO-36/G), (syn= G36), SG3204, (syn= SO-3204/G), SG3244, (syn= SO-3244/G), SHi, (syn= HI), SHvπ, (syn= HVII), SHK, (syn= HIX), SHx1, SHxπ, (syn= HXn), SKI, KI, (syn= S1), (syn= SsI), SKVII, (syn= KVII), (syn= Svπ), (syn= SsVII), SKIX, (syn= KIX), (syn= S1x), (syn= SsIX), SKXII, (syn= KXII), (syn= Sxn), (syn= SsXII), STi, STffl, STrv, STVi, STvπ, S70, S206, U2-S0-S, 3210-SO-S, 3859-SO-S, 4020-SO-S, φ3, φ5, φ7, φ8, φ9, φlO, φl l, φl3, φl4, φl8, SHm, (syn= Hði), SHχi, (syn= HXt) 및 SKxI, (syn= KXI), (syn= Sχi), (syn= SsXI), (syn= XI).
스타필로코쿠스 (Staphylococcus) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: A, EW, K, Ph5, Ph9, PhIO, Phl3, Pl, P2, P3, P4, P8, P9, PlO, RG, SB-i, (syn= Sb-I), S3K, 트워트, ΦSK311, φ812, 06, 40, 58, 119, 130, 131, 200, 1623, STCl, (syn=stcl), STC2, (syn=stc2), 44AHJD, 68, ACl, AC2, A6"C", A9"C", b581, CA-I, CA-2, CA-3, CA-4, CA-5, DI l, L39x35, L54a, M42, Nl, N2, N3, N4, N5, N7, N8, NlO, Ni l, N12, N13, N14, N16, Ph6, Phl2, Phl4, UC-18, U4, U15, Sl, S2, S3, S4, S5, X2, Z1, φB5-2, φD, ω, 11, (syn= φl l), (syn= P11-M15), 15, 28, 28A, 29, 31, 31B, 37, 42D, (syn= P42D), 44A, 48, 51, 52, 52A, (syn= P52A), 52B, 53, 55, 69, 71, (syn= P71), 71A, 72, 75, 76, 77, 79, 80, 80α, 82, 82A, 83 A, 84, 85, 86, 88, 88A, 89, 90, 92, 95, 96, 102, 107, 108, 111, 129-26, 130, 130A, 155, 157, 157A, 165, 187, 275, 275A, 275B, 356, 456, 459, 471, 471A, 489, 581, 676, 898, 1139, 1154A, 1259, 1314, 1380, 1405, 1563, 2148, 2638A, 2638B, 2638C, 2731, 2792A, 2792B, 2818, 2835, 2848A, 3619, 5841, 12100, AC3, A8, AlO, A13, b594n, D, HK2, N9, N15, P52, P87, Sl, S6, Z4, φRE, 3A, 3B, 3C, 6, 7, 16, 21, 42B, 42C, 42E, 44, 47, 47A5 47C, 51, 54, 54x1, 70, 73, 75, 78, 81, 82, 88, 93, 94, 101, 105, 110, 115, 129/16, 174, 594n, 1363/14, 2460 및 mS-스타필로코쿠스 (1).
스트렙토코쿠스 (Streptococcus) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: EJ-I, NN-스트렙토코카이스 (1), a, Cl, FL0Ths, H39, Cp-I, Cρ-5, Cp-7, Cp-9, Cp-IO, AT298, A5, alO/Jl, alO/J2, alO/J5, alO/J9, A25, BTI l, b6, CAl, c20-l, c20-2, DP-I, Dp-4, DTl, ET42, elO, FA101, FEThs, Fκ, FKKIOI, FKLIO, FKP74, FKH, FLOThs, FyIOl, fl, F10, F20140/76, g, GT-234, HB3, (syn= HB-3), HB-623, HB-746, M102, O1205, φO1205, PST, PO, Pl, P2, P3, P5, P6, P8, P9, P9, P12, P13, P14, P49, P50, P51, P52, P53, P54, P55, P56, P57, P58, P59, P64, P67, P69, P71, P73, P75, P76, P77, P82, P83, P88, sc, sch, sf, SfIl 1, (syn= SFiI l), (syn= φSFill), (syn= ΦSfil l), (syn= φSfil l), sfil9, (syn= SFil9), (syn= φSFil9), (syn= φSfil9), Sfi21, (syn= SFi21), (syn= φSFi21), (syn= φSfi21), ST0, STX, st2, ST2, ST4, S3, (syn= φS3), s265, Φ17, φ42, Φ57, φ80, φ81, φ82, φ83, φ84, φ85, φ86, φ87, φ88, φ89, φ90, φ91, φ92, φ93, φ94, φ95, φ96, φ97, φ98, φ99, φlOO, φlOl, φlO2, φ227, Φ7201, ωl, ω2, ω3, ω4, ω5, ω6, ω8, ωlO, 1, 6, 9, 1OF, 12/12, 14, 17SR, 19S, 24, 50/33, 50/34, 55/14, 55/15, 70/35, 70/36, 71/ST15, 71/45, 71/46, 74F, 79/37, 79/38, 80/J4, 80/J9, 80/ST16, 80/15, 80/47, 80/48, 101, 103/39, 103/40, 121/41, 121/42, 123/43, 123/44, 124/44, 337/ST17 및 m스트렙토코쿠스 (34).
트레포네마 (Treponema) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: NN-트레포네마 (1).
비브리오 (Vibrio)의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: CTXΦ, fs, (syn= si), fs2, Ivpf5, Vfl2, Vf33, VPIΦ, VSK, v6, 493, CP-Tl, ET25, 카파, K139, 라볼), XN-69P, OXN-86, O6N-21P, PB-I, P147, rp-1, SE3, VA-I, (syn= VcA-I), VcA-2, VPl, VP2, VP4, VP7, VP8, VP9, VPlO, VP17, VP18, VP19, X29, (syn= 29 데렐), t, ΦHAWI-1, ΦHAWI-2, ΦHAWI-3, ΦHAWI-4, ΦHAWI-5, ΦHAWI-6, ΦHAWI-7, XHAWI-8, ΦHAWI-9, ΦHAWI-10, ΦHCl-1, ΦHC1-2, ΦHC1-3, ΦHC1-4, ΦHC2-1, >HC2-2, ΦHC2-3, ΦHC2-4, ΦHC3-1, ΦHC3-2, ΦHC3-3, ΦHD1S-1, ΦHD1S-2, ΦHD2S-1, ΦHD2S-2, ΦHD2S-3, ΦHD2S-4, ΦHD2S-5, ΦHDO-1, ΦHDO-2, ΦHDO-3, ΦHDO-4, ΦHDO-5, ΦHDO-6, ΦKL-33, ΦKL-34, ΦKL-35, ΦKL-36, ΦKWH-2, ΦKWH-3, ΦKWH-4, ΦMARQ-1, ΦMARQ-2, ΦMARQ-3, ΦMOAT-1, ΦO139, ΦPEL1A-1, ΦPEL1A-2, ΦPEL8A-1, ΦPEL8A-2, ΦPEL8A-3, ΦPEL8C-1, ΦPEL8C-2, ΦPEL13A-1, ΦPEL13B-1, ΦPEL13B-2, ΦPEL13B-3, ΦPEL13B-4, ΦPEL13B-5, ΦPEL13B-6, ΦPEL13B-7, ΦPEL13B-8, ΦPEL13B-9, ΦPEL13B-10, φVP143, φVP253, Φ16, φl38, 1- II, 5, 13, 14, 16, 24, 32, 493, 6214, 7050, 7227, II, (syn= 그룹 II), (syn== φ2), V, VIII, ∼m-비브리오 (13), KVP20, KVP40, nt-1, O6N-22P, P68, el, e2, e3, e4, e5, FK, G, I, K, nt-6, Nl, N2, N3, N4, N5, O6N-34P, OXN-72P, OXN-85P, OXN-100P, P, Ph-I, PL163/10, Q, S, T, φ92, 1-9, 37, 51, 57, 70A-8, 72A-4, 72A-10, 110A-4, 333, 4996, I (syn= 그룹 I), III (syn= 그룹 III), VI, (syn= A-사라토브), VII, IX, X, HN-비브리오 (6), pAl, 7, 7-8, 70A-2, 71A-6, 72A-5, 72A-8, 108A-10, 109A-6, 109A-8, l lOA-1, 110A-5, 110A-7, hv-1, OXN-52P, P13, P38, P53, P65, P108, Pill, TPl3 VP3, VP6, VP12, VP13, 70A-3, 70A-4, 70A-10, 72A-1, 108A-3, 109-B1, 110A-2, 149, (syn= φl49), IV, (syn= 그룹 IV), NN-비브리오 (22), VP5, VPIl, VP15, VP16, αl, α2, α3a, α3b, 353B 및 HN-비브리오 (7).
여시니아 (Yersinia) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: H, H-I, H-2, H-3, H-4, 루카스 110, 루카스 303, 루카스 404, YerA3, YerA7, YerA20, YerA41, 3/M64-76, 5/G394-76, 6/C753-76, 8/C239-76, 9/F18167, 1701, 1710, PST, 1/F2852-76, 데렐, EV, H, 코틀랴로바, PTB, R, Y, YerA41, φYerO3-12, 3, 4/C1324-76, 7/F783-76, 903, 1/M6176 및 Yer2AT.
특정 구현예에서, 용해성 박테리오파지는 상기 열거된 용해성 박테리오파지로 이루어진 군으로부터 선택되고, 비-용해성 박테리오파지는 상기 열거된 비-용해성 박테리오파지로 이루어진 군으로부터 선택된다.
특정 구현예에서, 용해성 박테리오파지 및/또는 비용해성 박테리오파지는 하기로 이루어진 군으로부터 선택되고, 제1 박테리오파지는 제2 박테리오파지와 상이하다: 살모넬라 바이러스 SKML39, 시겔라 바이러스 AG3, 딕케야 바이러스 라임스톤, 딕케야 바이러스 RC2014, 에스케리치아 바이러스 CBA120, 에스케리치아 바이러스 PhaxI, 살모넬라 바이러스 38, 살모넬라 바이러스 Det7, 살모넬라 바이러스 GG32, 살모넬라 바이러스 PM10, 살모넬라 바이러스 SFP10, 살모넬라 바이러스 SH19, 살모넬라 바이러스 SJ3, 에스케리치아 바이러스 ECML4, 살모넬라 바이러스 마셜, 살모넬라 바이러스 메이나드, 살모넬라 바이러스 SJ2, 살모넬라 바이러스 STML131, 살모넬라 바이러스 ViI, 어위니아 바이러스 Ea2809, 클렙시엘라 바이러스 0507KN21, 세라티아 바이러스 IME250, 세라티아 바이러스 MAM1, 캄필로박터 바이러스 CP21, 캄필로박터 바이러스 CP220, 캄필로박터 바이러스 CPt10, 캄필로박터 바이러스 IBB35, 캄필로박터 바이러스 CP81, 캄필로박터 바이러스 CP30A, 캄필로박터 바이러스 CPX, 캄필로박터 바이러스 NCTC12673, 어위니아 바이러스 Ea214, 어위니아 바이러스 M7, 에스케리치아 바이러스 AYO145A, 에스케리치아 바이러스 EC6, 에스케리치아 바이러스 HY02, 에스케리치아 바이러스 JH2, 에스케리치아 바이러스 TP1, 에스케리치아 바이러스 VpaE1, 에스케리치아 바이러스 wV8, 살모넬라 바이러스 FelixO1, 살모넬라 바이러스 HB2014, 살모넬라 바이러스 머쉬룸, 살모넬라 바이러스 UAB87, 시트로박터 바이러스 무글, 시트로박터 바이러스 모르딘, 에스케리치아 바이러스 SUSP1, 에스케리치아 바이러스 SUSP2, 아에로모나스 바이러스 phiO18P, 해모필러스 바이러스 HP1, 해모필러스 바이러스 HP2, 파스퇴렐라 바이러스 F108, 비브리오 바이러스 K139, 비브리오 바이러스 카파, 버크홀데리아 바이러스 phi52237, 버크홀데리아 바이러스 phiE122, 버크홀데리아 바이러스 phiE202, 에스케리치아 바이러스 186, 에스케리치아 바이러스 P4, 에스케리치아 바이러스 P2, 에스케리치아 바이러스 Wphi, 만헤이미아 바이러스 PHL101, 슈도모나스 바이러스 phiCTX, 랄스토니아 바이러스 RSA1, 살모넬라 바이러스 Fels2, 살모넬라 바이러스 PsP3, 살모넬라 바이러스 SopEphi, 여시니아 바이러스 L413C, 스타필로코쿠스 바이러스 G1, 스타필로코쿠스 바이러스 G15, 스타필로코쿠스 바이러스 JD7, 스타필로코쿠스 바이러스 K, 스타필로코쿠스 바이러스 MCE2014, 스타필로코쿠스 바이러스 P108, 스타필로코쿠스 바이러스 Rodi, 스타필로코쿠스 바이러스 S253, 스타필로코쿠스 바이러스 S25-4, 스타필로코쿠스 바이러스 SA12, 리스테리아 바이러스 A511, 리스테리아 바이러스 P100, 스타필로코쿠스 바이러스 레무스, 스타필로코쿠스 바이러스 SA11, 스타필로코쿠스 바이러스 Stau2, 바실러스 바이러스 캠프호크, 바실러스 바이러스 SPO1, 바실러스 바이러스 BCP78, 바실러스 바이러스 챠르봄바, 스타필로코쿠스 바이러스 트워트, 엔테로코쿠스 바이러스 phiEC24C, 락토바실러스 바이러스 Lb338-1, 락토바실러스 바이러스 LP65, 엔테로박터 바이러스 PG7, 에스케리치아 바이러스 CC31, 클렙시엘라 바이러스 JD18, 클렙시엘라 바이러스 PKO111, 에스케리치아 바이러스 Bp7, 에스케리치아 바이러스 IME08, 에스케리치아 바이러스 JS10, 에스케리치아 바이러스 JS98, 에스케리치아 바이러스 QL01, 에스케리치아 바이러스 VR5, 엔테로박터 바이러스 Eap3, 클렙시엘라 바이러스 KP15, 클렙시엘라 바이러스 KP27, 클렙시엘라 바이러스 마티스, 클렙시엘라 바이러스 Miro, 시트로박터 바이러스 Merlin, 시트로박터 바이러스 문, 에스케리치아 바이러스 JSE, 에스케리치아 바이러스 phi1, 에스케리치아 바이러스 RB49, 에스케리치아 바이러스 HX01, 에스케리치아 바이러스 JS09, 에스케리치아 바이러스 RB69, 시겔라 바이러스 UTAM, 살모넬라 바이러스 S16, 살모넬라 바이러스 STML198, 비브리오 바이러스 KVP40, 비브리오 바이러스 nt1, 비브리오 바이러스 ValKK3, 에스케리치아 바이러스 VR7, 에스케리치아 바이러스 VR20, 에스케리치아 바이러스 VR25, 에스케리치아 바이러스 VR26, 시겔라 바이러스 SP18, 에스케리치아 바이러스 AR1, 에스케리치아 바이러스 C40, 에스케리치아 바이러스 E112, 에스케리치아 바이러스 ECML134, 에스케리치아 바이러스 HY01, 에스케리치아 바이러스 Ime09, 에스케리치아 바이러스 RB3, 에스케리치아 바이러스 RB14, 에스케리치아 바이러스 T4, 시겔라 바이러스 Pss1, 시겔라 바이러스 Shfl2, 여시니아 바이러스 D1, 여시니아 바이러스 PST, 아시네토박터 바이러스 133, 아에로모나스 바이러스 65, 아에로모나스 바이러스 Aeh1, 에스케리치아 바이러스 RB16, 에스케리치아 바이러스 RB32, 에스케리치아 바이러스 RB43, 슈도모나스 바이러스 42, 크로노박터 바이러스 CR3, 크로노박터 바이러스 CR8, 크로노박터 바이러스 CR9, 크로노박터 바이러스 PBES02, 펙토박테리움 바이러스 phiTE, 크로노박터 바이러스 GAP31, 에스케리치아 바이러스 4MG, 살모넬라 바이러스 SE1, 살모넬라 바이러스 SSE121, 에스케리치아 바이러스 FFH2, 에스케리치아 바이러스 FV3, 에스케리치아 바이러스 JES2013, 에스케리치아 바이러스 V5, 브레비바실러스 바이러스 아보우오, 브레비바실러스 바이러스 데이비스, 바실러스 바이러스 아게이트, 바실러스 바이러스 Bobb, 바실러스 바이러스 Bp8pC, 어위니아 바이러스 데이모스, 어위니아 바이러스 Ea35-70, 어위니아 바이러스 RAY, 어위니아 바이러스 Simmy50, 어위니아 바이러스 스페셜G, 아시네토박터 바이러스 AB1, 아시네토박터 바이러스 AB2, 아시네토박터 바이러스 AbC62, 아시네토박터 바이러스 AP22, 아트로박터 바이러스 ArV1, 아트로박터 바이러스 트리나, 바실러스 바이러스 아베소브모어, 바실러스 바이러스 B4, 바실러스 바이러스 빅버샤, 바실러스 바이러스 릴리, 바실러스 바이러스 스포크, 바실러스 바이러스 트롤, 바실러스 바이러스 바스티유, 바실러스 바이러스 CAM003, 바실러스 바이러스 Bc431, 바실러스 바이러스 Bcp1, 바실러스 바이러스 BCP82, 바실러스 바이러스 BM15, 바실러스 바이러스 딥블루, 바실러스 바이러스 JBP901, 버크홀데리아 바이러스 Bcep1, 버크홀데리아 바이러스 Bcep43, 버크홀데리아 바이러스 Bcep781, 버크홀데리아 바이러스 BcepNY3, 잔토모나스 바이러스 OP2, 버크홀데리아 바이러스 BcepMu, 버크홀데리아 바이러스 phiE255, 아에로모나스 바이러스 44RR2, 마이코박테리움 바이러스 앨리스, 마이코박테리움 바이러스 Bxz1, 마이코박테리움 바이러스 단델리온, 마이코박테리움 바이러스 HyRo, 마이코박테리움 바이러스 I3, 마이코박테리움 바이러스 타피, 마이코박테리움 바이러스 세바타, 클로스트리듐 바이러스 phiC2, 클로스트리듐 바이러스 phiCD27, 클로스트리듐 바이러스 phiCD119, 바실러스 바이러스 CP51, 바실러스 바이러스 JL, 바실러스 바이러스 샤네트, 에스케리치아 바이러스 CVM10, 에스케리치아 바이러스 ep3, 어위니아 바이러스 아세시노, 어위니아 바이러스 EaH2, 슈도모나스 바이러스 EL, 할로모나스 바이러스 HAP1, 비브리오 바이러스 VP882, 브레비바실러스 바이러스 짐머, 브레비바실러스 바이러스 오시리스, 슈도모나스 바이러스 Ab03, 슈도모나스 바이러스 KPP10, 슈도모나스 바이러스 PAKP3, 시노리조비움 바이러스 M7, 시노리조비움 바이러스 M12, 시노리조비움 바이러스 N3, 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클라미디아 바이러스 CPAR39, 클라미디아 바이러스 CPG1, 스피로플라스마 바이러스 SpV4, 아콜레플라스마 바이러스 L2, 슈도모나스 바이러스 PR4, 슈도모나스 바이러스 PRD1, 바실러스 바이러스 AP50, 바실러스 바이러스 Bam35, 바실러스 바이러스 GIL16, 바실러스 바이러스 Wip1, 에스케리치아 바이러스 phi80, 에스케리치아 바이러스 RB42, 에스케리치아 바이러스 T2, 에스케리치아 바이러스 T3, 에스케리치아 바이러스 T6, 에스케리치아 바이러스 VT2-Sa, 에스케리치아 바이러스 VT1-사카이, 에스케리치아 바이러스 VT2-사카이, 에스케리치아 바이러스 CP-933V, 에스케리치아 바이러스 P27, 에스케리치아 바이러스 Stx2phi-I, 에스케리치아 바이러스 Stx1phi, 에스케리치아 바이러스 Stx2phi-II, 에스케리치아 바이러스 CP-1639, 에스케리치아 바이러스 BP-4795 기반, 에스케리치아 바이러스 86, 에스케리치아 바이러스 Min27, 에스케리치아 바이러스 2851, 에스케리치아 바이러스 1717, 에스케리치아 바이러스 YYZ-2008, 에스케리치아 바이러스 EC026_P06, 에스케리치아 바이러스 ECO103_P15, 에스케리치아 바이러스 ECO103_P12, 에스케리치아 바이러스 ECO111_P16, 에스케리치아 바이러스 ECO111_P11, 에스케리치아 바이러스 VT2phi_272, 에스케리치아 바이러스 TL-2011c, 에스케리치아 바이러스 P13374, 에스케리치아 바이러스 Sp5.
일 구현예에서, 제1 박테리오파지는 하기로 이루어진 군으로부터 선택된다: BW73, B278, D6, D108, E, El, E24, E41, FI-2, FI-4, FI-5, HI8A, Ffl8B, i, MM, Mu, 025, PhI-5, Pk, PSP3, Pl, PlD, P2, P4, Sl, Wφ, φK13, φl, φ2, φ7, φ92, 7 A, 8φ, 9φ, 18, 28-1, 186, 299, HH-에스케리치아 (2), AB48, CM, C4, C16, DD-VI, E4, E7, E28, FIl, FI3, H, Hl, H3, H8, K3, M, N, ND-2, ND-3, ND4, ND-5, ND6, ND-7, Ox-I, Ox-2, Ox-3, Ox-4, Ox-5, Ox-6, PhI-I, RB42, RB43, RB49, RB69, S, SaI-I, Sal-2, Sal-3, Sal-4, Sal-5, Sal-6, TC23, TC45, TuII*-6, TuIP-24, TuII*46, TuIP-60, T2, T4, T6, T35, αl, 1, IA, 3, 3A, 3T+, 5φ, 9266Q, CFO103, HK620, J, K, KlF, m59, no. A, no. E, no. 3, no. 9, N4, sd, T3, T7, WPK, W31, ΔH, φC3888, φK3, φK7, φK12, φV-1, Φ04-CF, Φ05, Φ06, Φ07, φl, φl.2, φ20, φ95, φ263, φlO92, φl, φll, Ω8, 1, 3, 7, 8, 26, 27, 28-2, 29, 30, 31, 32, 38, 39, 42, 933W, NN-에스케리치아 (1), Esc-7-11, AC30, CVX-5, Cl, DDUP, ECl, EC2, E21, E29, Fl, F26S, F27S, Hi, HK022, HK97, HK139, HK253, HK256, K7, ND-I, PA-2, q, S2, Tl), T3C, T5, UC-I, w, β4, γ2, λ, ΦD326, φγ, Φ06, Φ7, Φ10, φ80, χ, 2, 4, 4A, 6, 8A, 102, 150, 168, 174, 3000, AC6, AC7, AC28, AC43, AC50, AC57, AC81, AC95, HK243, KlO, ZG/3A, 5, 5A, 21EL, H19-J 및 933H.
바람직한 구현예에서, 상기 용해성 박테리오파지는 T7 박테리오파지이다. 다른 바람직한 구현예에서, 상기 용해성 박테리오파지는 씨. 아크네스 용해성 박테리오파지이다.
바람직한 구현예에서, 상기 비-용해성 박테리오파지는 람다 박테리오파지이다. 다른 바람직한 구현예에서, 상기 비-용해성 박테리오파지는 피. 프레우덴레이키 박테리오파지이다.
바람직한 구현예에서, 상기 용해성 박테리오파지는 T7 박테리오파지이고 상기 비-용해성 박테리오파지는 람다 박테리오파지이다. 다른 바람직한 구현예에서, 상기 용해성 박테리오파지는 씨. 아크네스 용해성 박테리오파지이고, 상기 비용해성 박테리오파지는 피. 프레우덴레이키 박테리오파지이다.
추가적인 박테리아 유전자
당업자에게 충분히 알려진 바와 같이, 일부 파지는 그들의 구조 구성요소의 폴딩 및/또는 조립, 및/또는 그들 DNA의 적절한 패키징을 위해서 그들 박테리아 숙주가 생산하는 생산물을 사용한다.
그러므로, 특정 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포는 파지 구조 구성요소의 폴딩 및/또는 조립에 관여하고/하거나 DNA 패키징에 관여하는, 용해성 박테리오파지가 비롯되는 박테리아 종 또는 균주로부터 유래되는, 적어도 하나의 박테리아 유전자를 더 포함한다.
당업자가 이해하는 바와 같이, 파지 구조 구성요소의 폴딩 및/또는 조립에 관여되는 박테리아 유전자는 상기 파지 구조 구성요소가 수득되는 특정 박테리오파지에 의존적이다. 그들은 전형적으로 샤페론을 코딩하는 박테리아 유전자를 포함한다.
유사하게, 파지 DNA 패키징에 관여되는 박테리아 유전자는 파지 DNA 패키징 유전자가 수득되는 특정 박테리오파지에 의존적이다. 이러한 박테리아 유전자의 예는 IHF 단백질을 코딩하는 유전자를 포함한다.
페이로드
특정 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포는 상기 파지 입자 또는 파지-유래 전달 비히클에 패키징시키려는 페이로드를 더 포함한다.
본 명세서에서 사용되는, 용어 "페이로드"는 전달 비히클을 사용하여 박테리아에 전달하려는 임의의 핵산 서열 (DNA 및/또는 RNA) 또는 아미노산 서열, 또는 둘의 조합 (예컨대, 제한없이, 펩티드 핵산 또는 펩티드-올리고뉴클레오티드 접합체)을 의미한다. 특정 구현예에서, 페이로드는 핵산 페이로드, 보다 특히 DNA 및/또는 RNA 페이로드, 여전히 특히 DNA 페이로드이다.
용어 "페이로드"는 또한 플라스미드, 벡터, 또는 카고를 의미할 수 있다.
페이로드는 천연, 진화 또는 조작된 박테리오파지 게놈으로부터 수득되는 파지미드 또는 파스미드일 수 있다. 페이로드는 또한 천연, 진화 또는 조작된 박테리오파지 게놈으로부터 수득된 파지미드 또는 파스미드의 일부로서만 구성될 수도 있다.
본 명세서에서 사용되는, 용어 "파지미드" 또는 "파스미드"는 동등하고, 박테리오파지 게놈의 적어도 하나의 서열을 포함하고, 캡시드에 패키징되도록 허용할 수 있으며, 바람직하게 자손을 생산할 수 없는 재조합 DNA 벡터, 보다 특히 플라스미드 및 박테리오파지 게놈 둘 모두로부터 유래되는 벡터를 의미한다. 본 개시의 파지미드는 파지 패키징 부위 및 임의로 복제 기원 (ori), 특히 박테리아 및/또는 파지 복제 기원을 포함한다. 일 구현예에서, 파지미드는 복제 기원을 포함하지 않고, 따라서 박테리아에 주입되면 그 자체로 복제될 수 없다. 대안적으로, 파지미드는 플라스미드 복제 기원, 특히 박테리아 및/또는 파지 복제 기원을 포함한다.
특정 구현예에서, 상기 페이로드는 패키징된 파지미드의 형태로 패키징되는 것이다.
본 명세서에서 사용되는, 용어 "패키징된 파지미드"는 박테리오파지 스캐폴드, 파지-유래 전달 입자 또는 캡시드에 캡시드화되는 파지미드를 의미한다. 특히, 이것은 박테리오파지 게놈이 없는 박테리오파지 스캐폴드, 파지 전달 입자 또는 캡시드를 의미한다. 패키징된 파지미드는 당업자에게 충분히 공지된, 헬퍼 파지 전략에 의해 생산될 수 있다. 헬퍼 파지는 전형적으로 캡시드화시키려는 본 발명에 따른 파지미드에 필수적인 구조 및 기능 단백질을 코딩하는 모든 유전자를 포함한다.
특정 구현예에서, 상기 페이로드는 하기에 정의되는 바와 같이, 표적화된 박테리아 세포에 전달되는 것이다.
보다 특정한 구현예에서, 상기 페이로드는 상기 표적화된 박테리아 세포에서 안정하게 유지된다. 대안적인 구현예에서, 상기 페이로드는 상기 표적화된 박테리아 세포에서 복제되지 않는다.
프로모터 제어 하의 관심 서열
특정 구현예에서, 페이로드는 특히 프로모터의 제어 하에, 관심 서열을 포함한다.
당업자가 알고 있는 바와 같이, 프로모터는 RNA 폴리머라제에 대한 이의 친화성에 따라서 강하거나 또는 약한 것으로 분류될 수 있다. 프로모터의 강도는 전사의 개시가 그 프로모터에서 고빈도 또는 저빈도로 일어나는지 여부에 의존적일 수 있다. 상이한 강도를 갖는 상이한 프로모터가 본 발명에서 사용되어서 상이한 수준의 유전자/단백질 발현을 야기할 수 있다 (예를 들어, 약한 프로모터로부터 기원하는 mRNA로부터 개시되는 발현 수준은 강한 프로모터로부터 개시된 발현 수준에 비해서 더 낮음).
프로모터 서열은 다양한 박테리아 종에 의해 발현되는 다수의 기지 박테리아 유전자로부터 선택될 수 있다는 것을 당업자는 이해할 것이다. 또한, 원핵생물 프로모터 예측 방법이 존재하고, Kanhere 및 Bansal (BMC Bioinformatics 2005, 6:1)이 기술한 바와 같은 DNA 안정성 분석을 기반으로 할 수 있다. 본 발명의 상황에서 사용되는 페이로드에 대한 프로모터의 선택은 따라서, 표적화되는 박테리아를 기반으로 이루어질 수 있다.
일부 구현예에서, 관심 핵산은 이의 천연 환경에서 관심 핵산과 정상적으로는 회합되지 않는 프로모터를 의미하는, 재조합 또는 이종성 프로모터의 제어 하에 배치될 수 있다.
본 발명에 따라서 사용을 위한 박테리아 프로모터의 예는 제한없이, 양성 조절 이. 콜라이 프로모터 예컨대 양성 조절 σ70 프로모터 (예를 들어, 유도성 pBad/araC 프로모터, Lux 카세트 우측 프로모터, 변형된 람다 Prm 프로모터, plac Or2-62 (양성), 잉여 REN 부위를 갖는 pBad/AraC, pBad, P (Las) TetO, P (Las) CIO, P (Rhl), Pu, FecA, pRE, cadC, hns, pLas, pLux), "s" 프로모터 (예를 들어, Pdps), σ32 프로모터 (예를 들어, 열충격) 및 σ54 프로모터 (예를 들어, glnAp2); 음성 조절 이. 콜라이 프로모터 예컨대 음성 조절 σ70 프로모터 (예를 들어, 프로모터 (PRM+), 변형된 람다 Prm 프로모터, TetR - TetR-4C P (Las) TetO, P (Las) CIO, P (Lac) IQ, RecA_DlexO_DLac01, dapAp, FecA, Pspac-hy, pel, plux-cl, plux-lac, CinR, CinL, 글루코스 제어, 변형된 Pr, 변형된 Prm+, FecA, Pcya, rec A (SOS), Rec A (SOS), EmrR_조절, Betl_조절, pLac_lux, pTet_Lac, pLac/Mnt, pTet/Mnt, LsrA/cI, pLux/cI, Lacl, LacIQ, pLacIQl, pLas/cI, pLas/Lux, pLux/Las, LexA 결합 부위를 갖는 pRecA, 역 BBa_R0011, pLacI/ara-1, pLacIq, rrnB PI, cadC, hns, PfhuA, pBad/araC, nhaA, OmpF, RcnR), σS 프로모터 (예를 들어, 대체 시그마 인자 σ38을 갖는 Lutz-Bujard LacO), σ32 프로모터 (예를 들어, 대체 시그마 인자 σ32를 갖는 Lutz-Bujard LacO), σ54 프로모터 (예를 들어, glnAp2); 음성 조절 비. 서브틸리스 프로모터 예컨대 억제성 비. 서브틸리스 σA 프로모터 (예를 들어, 그람-양성 IPTG-유도성, Xyl, 하이퍼-스팽크), σ 프로모터, 및 Mutalik VK 등 (Nature Methods, 2013, 10: 354-360, 특히 보충 데이터 참조)을 비롯하여 BioFAB 웹사이트 (http://biofab.synberc.org/data)에 개시된 BioFAB 프로모터를 포함한다. 다른 유도성 미생물 프로모터 및/또는 박테리아 프로모터는 본 발명에 따라서 사용될 수 있다. 본 개시에 따라서 사용을 위한 유도성 프로모터는 하나 이상의 생리적 조건(들), 예컨대 pH, 온도, 방사선, 삼투압, 염수 구배, 세포 표면 결합, 및 하나 이상의 외인성 또는 내인성 유도제(들) 농도의 변화에 의해서 유도될 수 있다 (또는 억제될 수 있다). 외인성 유도인자 또는 유도제는 제한없이, 아미노산 및 아미노산 유사체, 당류 및 다당류, 핵산, 단백질 전사 활성인자 및 억제인자, 사이토카인, 독소, 석유계 화합물, 금속 함유 화합물, 염, 이온, 효소 기질 유사체, 호르몬, 또는 이의 조합을 포함할 수 있다.
본 발명에 따라서 사용을 위해 특히 바람직한 박테리아 프로모터는 σ70에 의해 조절되는 항상성 프로모터 예컨대 Anderson 컬렉션 (http://parts.igem.org/Promoters/Catalog/Anderson)의 하기 프로모터로부터 선택될 수 있다: BBa_J23100, BBa_J23101, BBa_J23102, BBa_J23103, BBa_J23104, BBa_J23105, BBa_J23106, BBa_J23107, BBa_J23108, BBa_J23109, BBa_J23110, BBa_J23111, BBa_J23112, BBa_J23113, BBa_J23114, BBa_J23115, BBa_J23116, BBa_J23117, BBa_J23118, 및 BBa_J23119.
다른 바람직한 박테리아 프로모터는 특히 TetR, IcaR (A), AmtR, BetI, SrpR, Orf2, BM3R1, ButR, PhlF, PsrA, HlyIIR, AmeR, LmrA, QacR, ScbR, McbR, LitR, HapR, SmcR, TarA 및 이의 변이체를 포함하여, 참조로 본 명세서에 편입되는, [Stanton et al. (2014) Nat. Chem. Biol. 10:99-105]에 개시된 프로모터이다. 특정 구현예에서, 상기 프로모터는 SrpR 및/또는 PhlF, 또는 이의 변이체이다.
본 발명의 일부 구현예에서, 프로모터는 프로모터 하류의 핵산 서열의 전사 활성황 관여되는 시스-작용성 조절 서열이라고 하는 "인핸서"와 함께 사용될 수 있거나 또는 그렇지 않을 수도 있다. 인핸서는 프로모터의 앞 또는 뒤에서 임의 기능성 위치에 위치될 수 있다.
일부 구현예에서, 페이로드는 종결자 서열, 또는 종결자를 포함할 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 "종결자"는 전사가 중지되게 하는 핵산 서열이다. 종결자는 단방향성일 수 있거나 또는 양방향성일 수 있다. 이것은 RNA 폴리머라제에 의한 RNA 전사물의 특이적 종결에 관여되는 DNA 서열로 이루어진다. 종결자 서열은 상류 프로모터에 의한 하류 핵산 서열의 전사 활성화를 방지한다. 따라서, 일정 구현예에서, RNA 전사물의 생산을 종료하는 종결자가 고려된다. 종결자는 원하는 유전자/단백질 발현 수준을 획득하기 위해 생체내에서 필요할 수 있다.
가장 일반적으로 사용되는 유형의 종결자는 전방향 종결자이다. 일반적으로 전사되는 관심 핵산의 하류에 위치될 때, 전방향 전사 종결자는 전사가 중단되게 할 것이다. 일부 구현예에서, 양방향성 전사 종결자가 제공되고, 이것은 일반적으로 전방향 및 역방향 가닥 둘 모두 상에서 전사가 종결되도록 야기한다. 일부 구현예에서, 역방향 전사 종결자가 제공되고, 이것은 일반적으로 오직 역방향 가닥에서만 전사를 종결시킨다. 원핵생물 시스템에서, 종결자는 일반적으로 하기 2개 범주로 분류된다: (1) rho-독립적 종결자 및 (2) rho-의존적 종결자. Rho-독립적 종결자는 일반적으로 G-C 염기쌍의 풍부한 스템 루프를 형성하는 회문형 서열에 이어서 일련의 우라실 염기로 구성된다.
본 발명에 따라서 사용을 위한 종결자는 당업자에게 공지되거나 또는 본 명세서에 기술된 전사의 임의 종결자를 포함한다. 종결자의 예는 제한없이, 유전자의 종결 서열 예컨대, 예를 들어, 소 성장 호르몬 종결자, 및 바이러스 종결 서열 예컨대, 예를 들어, 박테리아 시스템에서 발견되는 TO 종결자, TE 종결자, 람다 T1 및 T1T2 종결자를 포함한다. 일부 구현예에서, 종결 신호는 전사 또는 번역될 수 없는 서열, 예컨대 서열 절두로 야기되는 것일 수 있다.
본 발명에 따라 사용을 위한 종결자는 또한 Chen YJ 등 (2013, Nature Methods, 10: 659-664)이 개시한 종결자, 및 Cambray G 등 (Nucl Acids Res, 2013, 41 (9): 5139-5148)이 개시한 BioFAB 종결자를 포함한다.
일 구현예에서, 관심 서열은 표적화된 박테리아로 전달하려는 프로그램가능한 뉴클레아제 회로이다. 이러한 프로그램가능한 뉴클레아제 회로는 관심 표적 유전자 (예를 들어, 인간에 유해한 유전자)를 함유하는 박테리아의 생체내 서열-특이적 제거를 매개할 수 있다. 본 개시의 일부 구현예는 스트렙토코쿠스 피오게네스 (Streptococcus pyogenes)의 II형 CRISPR-Cas (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats-CRISPR-associated) 시스템의 조작된 변이체에 관한 것이다. 사용될 수 있는 다른 프로그램가능한 뉴클레아제는 다른 CRISPR-Cas 시스템, 조작된 TALEN (Transcription Activator-Like Effector Nuclease) 변이체, 조작된 아연 핑거 뉴클레아제 (ZFN) 변이체, 천연, 진화 또는 조작된 메가뉴클레아제 또는 리콤비나제 변이체, 및 프로그램가능한 뉴클레아제의 임의 조합 또는 하이브리드를 포함한다. 따라서, 본 명세서에서 제공되는 조작된 자율적으로 분포된 회로는 관심 유전자 예컨대, 예를 들어, 독소 유전자, 병독성 인자 유전자, 항생제 내성 유전자, 리모델링 유전자 또는 조절 유전자를 코딩하는 DNA를 선택적으로 절단시키는데 사용될 수 있다 (참조: WO2014124226 및 US2015/0064138).
바람직하게, 프로그램가능한, 다른 관심 서열이 표적화된 박테리아에 전달하기 위해 벡터에 첨가될 수 있다. 바람직하게, 페이로드에 첨가되는 관심 서열은 표적화된 박테리아의 세포 사멸을 야기한다. 예를 들어, 페이로드에 첨가되는 핵산 관심 서열은 표적화된 박테리아에 영향을 미치는 홀린, 엔도리신, 제한 효소 또는 독소를 코딩할 수 있다.
대안적으로, 페이로드에 첨가되는 관심 서열 회로를 표적화된 박테리아의 사멸을 야기하지 않는다. 예를 들어, 관심 서열은 발광 또는 형광 신호를 야기하는 리포터 유전자를 코딩할 수 있다. 대안적으로, 관심 서열은 표적화된 박테리아의 물질대사, 이의 환경의 조성을 변형시키거나, 또는 숙주 대상체에게 영향을 미치는 것과 같은 유용한 기능을 달성하는 단백질 및 효소를 포함할 수 있다. 보다 특히 관심 서열은 숙주 대상체의 면역 반응을 촉발시키는 항원일 수 있다. 특이적 항원은 표적 세포의 용해 유도 이후에 환경으로 방출될 수 있거나 또는 표적 세포에 의해 분비될 수 있다 (Costa et al. Nat Rev Microbiol. 2015 Jun;13 (6):343-59; Anne et al. Curr Top Microbiol Immunol. 2017;404:267-308)
특정 구현예에서, 핵산 관심 서열은 Cas 뉴클레아제, Cas9 뉴클레아제, 라이드 RNA, 단일 가이드 RNA (sgRNA), CRISPR 유전자좌, 효소, 예컨대 뉴클레아제 또는 키나제, TALEN, ZFN, 메가뉴클레아제, 리콤비나제, 트랜스포사제, 박테리아 수용체, 막 단백질, 구조 단백질, 분비 단백질을 발현하는 유전자, 항생제 또는 일반 약물에 대한 내성을 발현하는 유전자, 독성 단백질 또는 독성 인자를 발현하는 유전자 및 병독성 단백질 또는 병독성 인자, 박테리아 분비 단백질 또는 수송체, 박테리아 포어를 발현하는 유전자, 또는 임의의 그들 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 이들 단백질은 또한 비제한적인 예로서, 기능의 첨가 또는 제거 (예를 들어, dCas9), 정상적으로 분비되지 않는 단백질에 분비 신호의 첨가, 루프 내 외생성 펩티드의 첨가같은, 추가 특성을 포함하도록 변형될 수 있거나 또는 조작될 수 있다.
특정 구현예에서, 핵산 관심 서열은 전형적으로 [Vo et al. Nat Biotechnol. 2021 Apr;39 (4):480-489]에 개시된 바와 같은 가이드 RNA-보조 표적화 (INTEGRATE) 시스템을 코딩하고, 상기 INTEGRATE 시스템은 예를 들어, I-F형 브이. 콜레라에 (V. cholerae) CRISPR-트랜스포존 또는 V-K형 에스. 호프만니 (S. hofmanii) CRISPR-트랜스포존을 포함한다. 특정 구현예에서, 상기 핵산 관심 서열은 crRNA를 코딩하는 핵산, TniQ 캐스캐이드, cas8, cas7 및 cas6 단백질을 코딩하는 핵산, tnsA, tnsB 및 tnsC 단백질을 코딩하는 핵산을 포함하고, 도너 DNA를 더 포함하며, 상기 도너 DNA는 표적화된 박테리아 게놈에 첨가하려는 관심 단백질을 코딩한다. 특정 구현예에서, TniQ 캐스캐이드, cas8, cas7 및 cas6 단백질을 코딩하고, tnsA, tnsB 및 tnsC 단백질을 코딩하는 상기 핵산들은 단일 폴리시스트론 핵산의 형태이다. 다른 특정 구현예에서, 상기 핵산 관심 서열은 가이드 RNA를 코딩하는 핵산, cas12k 단백질, tnsB 및 tnsC 단백질 및 TniQ 캐스캐이드를 코딩하는 핵산을 포함하고, 도너 DNA를 더 포함하며, 상기 도너 DNA는 표적화된 박테리아 게놈에 첨가하려는 관심 단백질을 코딩한다.
특정 구현예에서, 본 발명의 상황에서 사용되는 페이로드는 다른 박테리아의 성장을 억제하거나 또는 사멸시키기 위해서 박테리아가 생산하는 단백질성 독소일 수 있는, 박테리오신을 코딩하는 관심 서열을 포함한다. 박테리오신은 생산 균주, 공통 내성 기전, 및 사멸 기전을 포함하여, 몇가지 방식으로 분류된다. 이러한 박테리오신은 그람 음성 박테리아 (예를 들어, 미크로신, 콜리신-유사 박테리오신 및 테일로신) 및 그람 양성 박테리아 (예를 들어, 클래스 I, 클래스 II, 클래스 III 또는 클래스 IV 박테리오신)로부터 설명되었다.
일 구현예에서, 본 발명의 상황에서 사용되는 페이로드는 미크로신, 콜리신-유사 박테리오신, 테일로신, 클래스 I, 클래스 II, 클래스 III 및 클래스 IV 박테리오신으로 이루어진 군으로부터 선택되는 독소를 코딩하는 관심 서열을 더 포함한다. 회로는 또한 세포외 공간으로 독소를 분비하는데 필요한 수송체를 코딩할 수 있다.
특정 구현예에서, 상응하는 면역 폴리펩티드 (항-독소)는 페이로드 생산 및 캡시드화 목적을 위해서 박테리아 세포를 보호하는데 사용될 수 있지만 (참조: [Cotter et al., Nature Reviews Microbiology 11: 95, 2013]에서 고찰됨), 본 발명의 상황에서 사용되는 페이로드가 전달되는 표적화된 박테리아 및 약학 조성물에는 부재한다.
특정 구현예에서, 본 발명의 상황에서 사용되는 페이로드는 CRISPR-Cas 시스템을 코딩하는 관심 서열을 포함한다.
CRISPR 시스템은 2개의 별도 구성요소, 즉 i) 엔도뉴클레아제로서, 이러한 경우에 CRISPR 연관 뉴클레아제 (Cas 또는 "CRISPR 연관 단백질") 및 ii) 가이드 RNA를 함유한다. CRISPR 시스템의 유형에 따라서, 가이드 RNA는 CRISPR (crRNA) 박테리아 RNA 및 tracrRNA (trans-activating RNA CRISPR)의 조합으로 이루어진 키메라 RNA의 형태일 수 있다 (Jinek et al. Science. 2012 Aug 17;337 (6096):816-21). 가이드 RNA는 Cas 단백질에 대한 가이드로서 제공되는 "스페이싱 서열"에 상응하는 crRNA에 대한 표적화 특이성, 및 단일 전사물에서 tracrRNA의 입체형태적 성질을 조합한다. 가이드 RNA 및 Cas 단백질이 세포에서 동시에 발현될 때, 표적 게놈 서열은 영구적으로 차단 (및 위치에 의존하여, 표적 및 주변 서열의 소멸 및/또는 세포 사멸 유발) 또는 변형될 수 있다. 변형은 복구 매트릭스에 의해 가이드될 수 있다.
CRISPR 시스템은 뉴클레아제 작용 기전에 의존하여 2개 주요 클래스를 포함한다:
- 클래스 1은 다수-서브유닛 이펙터 복합체로 구성되고, I형, III형 및 IV형을 포함한다;
- 클래스 2는 단일-유닛 이펙터 모듈, 예컨대 Cas9 뉴클레아제로 구성되고, II형 (II-A,II-B,II-C,II-C 변이체), V형 (V-A,V-B,V-C,V-D,V-E,V-U1,V-U2,V-U3,V-U4,V-U5) 및 VI형 (VI-A,VI-B1,VI-B2,VI-C,VI-D)을 포함한다.
본 발명에 따른 관심 서열은 Cas 단백질을 코딩하는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 다양한 CRISPR 효소는 본 발명의 상황에서 사용되는 페이로드 상의 관심 서열로서 사용에 이용가능하다. 일부 구현예에서, CRISPR 효소는 II형 CRISPR 효소, II-A형 또는 II-B형 CRISPR 효소이다. 다른 구현예에서, CRISPR 효소는 I형 CRISPR 효소 또는 III형 CRISPR 효소이다. 일부 구현예에서, CRISPR 효소는 DNA 절단을 촉매한다. 일부 다른 구현예에서, CRISPR 효소는 RNA 절단을 촉매한다. 일 구현예에서, CRISPR 효소는 가이드 RNA 또는 단일 가이드 RNA (sgRNA)에 커플링될 수 있다. 일정 구현예에서, 가이드 RNA 또는 sgRNA는 항생제 내성 유전자, 병독성 단백질 또는 인자 유전자, 독소 단백질 또는 인자 유전자, 박테리아 수용체 유전자, 막 단백질 유전자, 구조 단백질 유전자, 분비형 단백질 유전자, 일반 약물에 대한 내성 발현 유전자, 및 숙주에 대해 유해한 효과를 유발하는 유전자로 이루어진 군으로부터 선택되는 유전자를 표적화한다.
관심 서열은 단독으로 또는 페이로드에 의해 코딩되는 Cas 단백질 및/또는 가이드 RNA와 조합하여, 표적화된 박테리아에 대해 내생성인 Cas 단백질을 가이드하기 위해 가이드 RNA 또는 sgRNA를 코딩하는 핵산 서열을 포함할 수 있다.
다수-서브유닛 이펙터 또는 단일-유닛 이펙터의 일부로서 Cas 단백질의 비제한적인 예는 Cas1, Cas1B, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas6, Cas7, Cas8, Cas9 (Csn1 및 Csx12로도 알려짐), Cas10, Cas11 (SS), Cas12a (Cpf1), Cas12b (C2c1), Cas12c (C2c3), Cas12d (CasY), Cas12e (CasX), C2c4, C2c8, C2c5, C2c10, C2c9, Cas13a (C2c2), Cas13b (C2c6), Cas13c (C2c7), Cas13d, Csa5, Csc1, Csc2, Cse1, Cse2, Csy1, Csy2, Csy3, Csf1, Csf2, Csf3, Csf4, Csm1, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, Csm6, Cmr1, Cmr3, Cmr4, Cmr5, Cmr6, Csn2, Csb1, Csb2, Csb3, Csx17, Csx14, Csx10, Csx16, CsaX, Csx13, Csx1, Csx15, SdCpf1, CmtCpf1, TsCpf1, CmaCpf1, PcCpf1, ErCpf1, FbCpf1, UbcCpf1, AsCpf1, LbCpf1, Mad4, Mad7, Cms1, 이의 상동체, 이의 오솔로그, 이의 변이체, 또는 이의 변형된 형태를 포함한다. 일부 구현예에서, CRISPR 효소는 PAM (Protospacer Adjacent Motif) 부위에서 표적 핵산의 양쪽 가닥을 절단한다.
특정 구현예에서, CRISPR 효소는 임의의 Cas9 단백질, 예를 들어, 임의의 천연 발생 박테리아 Cas9를 비롯하여, 이의 임의의 변이체, 상동체 또는 오솔로그이다.
"Cas9"란 단백질 Cas9 (Csn1 또는 Csx12라고도 함) 또는 이의 기능성 단백질, 펩티드 또는 폴리펩티드 단편을 의미하는 것으로서, 다시 말해서 가이드 RNA(들)와 상호작용할 수 있고 효소 활성 (뉴클레아제)을 발휘하여서 표적 게놈의 DNA의 이중 가닥 절단을 수행하도록 허용할 수 있는 것을 의미한다. 따라서, "Cas9"는 변형된 단백질, 예를 들어 단백질의 사전정의된 기능에 필수적이지 않은 단백질의 도메인, 특히 gRNA (들)와 상호작용을 위해 필요하지 않은 도메인을 제거하도록 절두된 것을 의미한다.
본 발명의 상황에서 사용되는 바와 같이 Cas9 (전체 단백질 또는 이의 단편)을 코딩하는 서열은 임의의 기지 Cas9 단백질로부터 수득될 수 있다 (Fonfara et al. Nucleic Acids Res. 2014 Feb;42 (4):2577-90; Koonin et al. Curr Opin Microbiol. 2017 Jun;37:67-78). 본 발명에서 유용한 Cas9 단백질의 예는 스트렙토코쿠스 피오게네스 (Streptococcus pyogenes) (SpCas9), 스트렙토코쿠스 ㅆ머필레스 (Streptococcus thermophiles) (St1Cas9, St3Cas9), 스트렙토코쿠스 뮤탄스 (Streptococcus mutans), 스타필로코쿠스 아우레우스 (Staphylococcus aureus) (SaCas9), 캄필로박터 제주니 (Campylobacter jejuni) (CjCas9), 프란시셀라 노비시다 (Francisella novicida) (FnCas9), 및 네이세리아 메닌지티데스 (Neisseria meningitides) (NmCas9)의 Cas9 단백질을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 상황에서 사용되는 바와 같은 Cpf1 (Cas12a) (전체 단백질 또는 이의 단편)을 코딩하는 서열은 임의의 기지 Cpf1 (Cas12a) 단백질 (Koonin et al. Curr Opin Microbiol. 2017 Jun;37:67-78)로부터 수득될 수 있다. 본 발명에서 유용한 Cpf1 (Cas12a) 단백질의 예는 악시다미노코쿠스 (Acidaminococcus) sp, 라크노스피라세아에 박테리우 (Lachnospiraceae bacteriu) 및 프란시셀라 노비시다 (Francisella novicida)의 Cpf1 (Cas12a) 단백질을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 상황에서 사용되는 바와 같은 Cas13a (전체 단백질 또는 이의 단편)를 코딩하는 서열은 임의의 기지 Cas13a (C2c2) 단백질 (Abudayyeh et al. Nature. 2017 Oct 12;550 (7675):280-284)로부터 수득될 수 있다. 본 발명에서 유용한 Cas13a (C2c2) 단백질의 예는 렙토트리키아 와데이 (Leptotrichia wadei)의 Cas13a (C2c2) 단백질을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 상황에서 사용되는 바와 같은 Cas13d (전체 단백질 또는 이의 단편)를 코딩하는 서열은 임의의 기지 Cas13d 단백질 (Yan et al. Mol Cell. 2018 Apr 19;70 (2):327-339.e5.)로부터 수득될 수 있다. 본 발명에서 유용한 Cas13d 단백질의 예는 유박테리움 시라에움 (Eubacterium siraeum) 및 루미노코쿠스 (Ruminococcus) sp의 Cas13d 단백질을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 상황에서 사용되는 바와 같은 Mad4 (전체 단백질 또는 이의 단편)를 코딩하는 서열은 국제 특허 출원 공개 번호 WO2018/236548에 개시된다.
본 발명의 상황에서 사용되는 바와 같은 Mad7 (전체 단백질 또는 이의 단편)을 코딩하는 서열은 국제 특허 출원 공개 번호 WO2018/236548에 개시된다.
본 발명의 상황에서 사용되는 바와 같은 Cms1 (전체 단백질 또는 이의 단편)을 코딩하는 서열은 국제 특허 출원 공개 번호 WO2017/141173에 개시된다.
특정 구현예에서, 관심 핵산 서열은 항생제 내성 유전자, 병독성 인자 또는 단백질 유전자, 독소 인자 또는 단백질 유전자, 박테리아 수용체, 막 단백질, 구조 단백질, 분비형 단백질을 발현하는 유전자, 일반 약물에 대한 내성을 발현하는 유전자 및 숙주 대상체에게 유해한 효과를 유발하는 유전자로 이루어진 군으로부터 선택되는 유전자의 불활성화 또는 유전자 발현의 감소를 위한 CRISPR/Cas9 시스템이다.
일 구현예에서, CRISPR 시스템은 병독성 인자를 표적화하여 불활성화시키는데 사용된다. 병독성 인자는 숙주 대상체에게 가해진 손상 정도를 증가시켜서 숙주 대상체-병원체 상호작용을 변경시키는 병원체에 의해 생산된 임의 물질일 수 있다. 병독성 인자는 예를 들어, 숙주 대상체의 면역 반응을 회피하거나, 숙주 대상체의 세포로의 유입 및 그로부터의 유출을 촉진하거나, 숙주 대상체로부터 영양분을 수득하거나, 또는 숙주 대상체에서 다른 생리학적 과정을 억제하기 위해서, 숙주 대상체의 니쉐의 집락화 또는 세포 부착에서를 포함하여, 많은 방식으로 병원체에 의해 사용된다. 병독성 인자는 효소, 내독소, 부착 인자, 운동 인자, 보체 회피에 관여하는 인자, 소거 인자 및 생물막 형성을 촉진하는 인자를 포함할 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 이. 콜라이 병독성 인자 유전자, 예컨대, 제한없이, EHEC-HlyA, Stx1 (VT1), Stx2 (VT2), Stx2a (VT2a), Stx2b (VT2b), Stx2c (VT2c), Stx2d (VT2d), Stx2e (VT2e) and Stx2f (VT2f), Stx2h (VT2h), stx2k, fimA, fimF, fimH, neuC, kpsE, sfa, foc, iroN, aer, iha, papC, papGI, papGII, papGIII, hlyC, cnf1, hra, sat, ireA, usp ompT, ibeA, malX, fyuA, irp2, traT, afaD, ipaH, eltB, estA, bfpA, eaeA, espA, aaiC, aatA, TEM, CTX, SHV, csgA, csgB, csgC, csgD, csgE, csgF, csgG, csgH, T1SS, T2SS, T3SS, T4SS, T5SS, T6SS (분비 시스템)일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 시겔라 디센테리아에 (Shigella dysenteriae) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, stx1 및 stx2일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 여시니아 페스티스 (Yersinia pestis) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, yscF (플라스미드-유래 (pCDl) T3SS 외부 바늘 서브유닛)일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 프란시셀라 툴라렌시스 (Francisella tularensis) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, fslA일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 바실러스 안트라시스 (Bacillus anthracis) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, pag (탄저균 독소, 세포-결합 보호성 항원)일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 비브리오 콜레라 (Vibrio cholera) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, ctxA 및 ctxB (콜레라 독소), tcpA (독소-공조절 선모), 및 toxT (마스터 병독성 조절인자)일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, 피오베르딘 (예를 들어, 시그마 인자 pvdS, 생합성 유전자 pvdL, pvdl, pvdJ, pvdH, pvdA, pvdF, pvdQ, pvdN, pvdM, pvdO, pvdP, 수송체 유전자 pvdE, pvdR, pvdT, opmQ), 시데로포어 피오켈린 (예를 들어, pchD, pchC, pchB, pchA, pchE, pchF 및 pchG, 및 독소 (예를 들어, exoU, exoS 및 exoT)일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 클렙시엘라 뉴모니아에 (Klebsiella pneumoniae) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, fimA (부착, I형 핌브리아 주요 서브유닛), 및 cps (캡슐 다당류)일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 아시네토박터 바우만니 (Acinetobacter baumannii) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, ptk (캡슐 중합) 및 epsA (조립)일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 살모넬라 엔테리카 티피 (Salmonella enterica Typhi) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, MIA (침입, SPI-1 조절인자), ssrB (SPI-2 조절인자), 및 유출 펌프 유전자 acrA, acrB 및 tolC를 포함하는, 담즙 내성과 연관된 것일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 푸소박테리움 뉴클레아툼 (Fusobacterium nucleatum) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, FadA 및 TIGIT일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 박테로이데스 프라질리스 (Bacteroides fragilis) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, bft일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 큐티박테리움 아크네스 (Cutibacterium acnes) 포르피린 유전자, CAMP-인자 (CAMP1, CAMP2, CAMP3, CAMP4), 히알루로네이트 리아제 (HYL-IB/II, HYL-IA), 리파제 (GehA, GehB), 해몰리신, 시알리다제, 엔도글리코세라미다제, 엔도-β-N-아세틸글루코사미니다제, 더마탄 술페이트 어드헤신 (DsA1, DsA2), 프롤린-트레오닌 반복부 (PTR) 또는 여드름 연관 게놈 유전자좌 1, 2, 3 (플라스미드), 4에 포함된 임의의 병독성 인자 예컨대 [Tomida et al. mBio. 2013 Apr 30;4 (3):e00003-13]에 기술된 바와 같은 조밀 부착 유전자좌 (tad), 스트렙토리신 S-연관 유전자 (sag), 비-리보솜 펩티드 신써타제 (NRPS)일 수 있다.
다른 구현예에서, CRISPR/Cas 시스템은 항생제 내성 유전자 예컨대, 제한없이, GyrB, ParE, ParY, AAC (1), AAC (2'), AAC (3), AAC (6'), ANT (2"), ANT (3"'), ANT (4'), ANT (6), ANT (9), APH (2"'), APH (3"')), APH (3'), APH (4), APH (6), APH (7"), APH (9), ArmA, RmtA, RmtB, RmtC, Sgm, AER, BLA1, CTX-M, KPC, SHV, TEM, BlaB, CcrA, IMP, NDM, VIM, ACT, AmpC, CMY, LAT, PDC, OXA β-락타마제, mecA, Omp36, OmpF, PIB, bla (blaI, blaR1) 및 mec (mecI, mecR1) 오페론, 클로람페니콜 아세틸트랜스퍼라제 (CAT), 클로람페니콜 포스포트랜스퍼라제, 에탐부톨-내성 아라비노실트랜스퍼라제 (EmbB), MupA, MupB, 통합 막 단백질 MprF, Cfr 23S rRNA 메틸트랜스퍼라제, 리팜핀 ADP-리보실트랜스퍼라제 (Arr), 리팜핀 글리코실트랜스퍼라제, 리팜핀 모노옥시게나제, 리팜핀 포스포트랜스퍼라제, DnaA, RbpA, RNA 폴리머라제의 리팜핀-내성 베타-서브유닛 (RpoB), Erm 23S rRNA 메틸트랜스퍼라제, Lsa, MsrA, Vga, VgaB, 스트렙토그라민 Vgb 리아제, Vat 아세틸트랜스퍼라제, 플루오로퀴놀론 아세틸트랜스퍼라제, 플루오로퀴놀론-내성 DNA 토포이소머라제, 플루오로퀴놀론-내성 GyrA, GyrB, ParC, 퀴놀론 내성 단백질 (Qnr), FomA, FomB, FosC, FosA, FosB, FosX, VanA, VanB, VanD, VanR, VanS, 린코사미드 뉴클레오티딜트랜스퍼라제 (Lin), EreA, EreB, GimA, Mgt, Ole, 마크롤리드 포스포트랜스퍼라제 (MPH), MefA, MefE, Mel, 스트렙토트리신 아세틸트랜스퍼라제 (sat), Sul1, Sul2, Sul3, 술폰아미드-내성 FolP, 테트라사이클린 불활성화 효소 TetX, TetA, TetB, TetC, Tet30, Tet31, TetM, TetO, TetQ, Tet32, Tet36, MacAB-TolC, MsbA, MsrA,VgaB, EmrD, EmrAB-TolC, NorB, GepA, MepA, AdeABC, AcrD, MexAB-OprM, mtrCDE, EmrE, adeR, acrR, baeSR, mexR, phoPQ, mtrR, 또는 종합 항생제 내성 데이터베이스 (CARD https://card.mcmaster.ca/)에 기술된 임의의 항생제 내성 유전자를 표적화하고 불활성화시키는데 사용된다.
다른 구현예에서, CRISPR/Cas 시스템은 박테리아 독소 유전자를 표적화하여 불활성화시키는데 사용된다. 박테리아 독소는 외독소 또는 내독소로 분류될 수 있다. 외독소는 생성되어서 능동적으로 분비되고, 내독소는 박테리아의 일부로 남아있는다. 박테리아 독소에 대한 반응은 중증 염증을 포함할 수 있어서, 패혈증을 초래할 수 있다. 이러한 독소는 예를 들어 보툴리늄 (Botulinum) 신경 독소, 파상풍 (Tetanus) 독소, 스타필로코쿠스 (Staphylococus) 독소, 디프테리아 (Diphteria) 독소, 탄저병 (Anthrax) 독소, 알파 독소, 백일해 (Pertussis) 독소, 시가 (Shiga) 독소, 열-안정성 장독소 (이. 콜라이 ST), 콜리박틴, BFT (비. 프라질리스 (B. fragilis) 독소) 또는 Henkel 등 (Toxins from Bacteria in EXS. 2010 ; 100: 1-29)이 기술한 임의 독소일 수 있다.
특정 구현예에서, 본 발명의 상황에서 사용되는 페이로드는 염기 편집 시스템을 코딩하는 관심 서열을 포함한다.
염기 편집 (BE)은 DNA 또는 RNA 분자 상의 특별한 뉴클레오티드 염기쌍을 다른 것으로 치환하는 능력을 의미한다. 최근까지, 생체내에 DNA에서 특이적 치환을 수행하는 유일한 방법은 관심 유전자좌와, 특이적 염기쌍 변화를 보유하는, 주형 DNA의 재조합을 사용하는 것이었다. 염기 편집 기술은 완전하게 상이한 전략에 의존한다. DNA의 교환은 없고, 대신에 효소 반응은 뉴클레오티드를 다른 것으로 전환시켜서 dsDNA의 수준에서 불일치를 초래하고 이후 세포 기구에 의해 보정된다.
일부 구현예에서, 염기 편집 시스템은 하기 효소 및 시스템 중 하나 이상을 포함한다:
A) [Rees, H. A. & Liu, D. R. Nat Rev Genet 19, 770-788 (2018)]에 기술된 바와 같은, 시토신 염기 편집자 (CBE) 및 아데노신 염기 편집자 (ABE).
지금까지 7개 유형의 DNA 염기 편집자가 설명되었다:
- C:G를 T:A로 전환시키는 시토신 염기 편집자 (CBE) (Komor, A et al. Nature 533:420-4. (2016));
- A:T를 G:C로 전환시키는 아데닌 염기 편집자 (ABE) (Gaudelli, N. M. et al. Nature 551 (7681) 464-471 (2017));
- C:G를 G:C로 전환시키는 시토신 구아닌 염기 편집자 (CGBE) (Chen, L et al. Precise and programmable C:G to G:C base editing in genomic DNA. Biorxiv (2020).; Kurt, I et al. CRISPR C-to-G base editors for inducing targeted DNA transversions in human cells. Nature Biotechnology (2020));
- C:G를 A:T로 전환시키는 시토신 아데닌 염기 편집자 (CABE) (Zhao, D et al. New base editors change C to A in bacteria and C to G in mammalian cells. Nature Biotechnology (2020));
- A:T를 C:G로 전환시키는 아데닌 시토신 염기 편집자 (ACBE) (WO2020181180);
- A:T를 T:A로 전환시키는 아데닌 티민 염기 편집자 (ATBE) (WO2020181202);
- T:A를 A:T로 전환시키는 티민 아데닌 염기 편집자 (TABE) (WO2020181193; WO2020181178; WO2020181195).
염기 편집자는 염기 변형 효소가 상이하다. CBE는 하기 ssDNA 시티딘 데아미나제에 의존한다: APOBEC1, rAPOBEC1, APOBEC1 돌연변이체 또는 진화 형태 (evoAPOBEC1), 및 APOBEC 상동체 (APOBEC3A (eA3A), Anc689), 시티딘 데아미나제 1 (CDA1), evoCDA1, FERNY, evoFERNY.
ABE는 ssDNA 상에서 아데노신을 이노신으로 전환시킬 수 있는, 이. 콜라이 tRNA 아데노신 데아미나제 효소인, 직렬 융합체 TadA-TadA* (여기서, TadA*은 TadA의 진화된 형태임)의 데옥시아데닌 데아미나제에 의존한다. TadA*은 TadA-8a-e 및 TadA-7.10을 포함한다.
염기 변형 효소를 제외하고, 편집 효능, 정밀성, 및 모듈성을 증가시키기 위해 염기 편집자로 구현되는 변형이 또한 존재하였다:
- 염기 편집을 복귀시키는 염기 절단 복구 기전을 방지하도록 하나 또는 2개 우라실 DNA 글리코실라제 억제제 도메인 (UGI)의 첨가;
- 세포에서 비-상동성 말단 연결 기전 (NHEJ)을 억제하여 삽입-결실 비율을 감소시키는 Mu-GAM의 첨가;
- 비-편집된 가닥 상에 닉을 생성시켜서, 이의 복구 및 결론적으로 편집된 염기의 고정을 촉진하는 닉카제 활성 Cas9 (nCas9 D10A)의 사용;
- 예를 들어 상이한 유기체 유래의 다양한 Cas 단백질, 상이한 PAM 모티프 또는 상이한 충실도를 갖는 돌연변이체 또는 상이한 패밀리 (예를 들어, Cas12a)의 사용.
DNA-기반 편집자 단백질의 비제한적인 예는 BE1, BE2, BE3, BE4, BE4-GAM, HF-BE3, 스나이퍼-BE3, 표적-AID, 표적-AID-NG, ABE, EE-BE3, YE1-BE3, YE2-BE3, YEE-BE3, BE-PLUS, SaBE3, SaBE4, SaBE4-GAM, Sa(KKH)-BE3, VQR-BE3, VRER-BE3, EQR-BE3, xBE3, Cas12a-BE, Ea3A-BE3, A3A-BE3, TAM, CRISPR-X, ABE7.9, ABE7.10, ABE7.10*, xABE, ABESa, VQR-ABE, VRER-ABE, Sa(KKH)-ABE, ABE8e, SpRY-ABE, SpRY-CBE, SpG-CBE4, SpG-ABE, SpRY-CBE4, SpCas9-NG-ABE, SpCas9-NG-CBE4, enAsBE1.1, enAsBE1.2, enAsBE1.3, enAsBE1.4, AsBE1.1, AsBE1.4, CRISPR-Abest, CRISPR-Cbest, eA3A-BE3, AncBE4를 포함한다.
시토신 구아닌 염기 편집자 (CGBE)는 하기에 융합된 닉카제 CRISPR로 이루어진다:
- 시토신 데아미나제 (rAPOBEC) 및 염기 절제 복구 단백질 (예를 들어, rXRCC1) (Chen, L et al. Precise and programmable C:G to G:C base editing in genomic DNA. Biorxiv (2020).; Chen et al. Nature Communications 12:1384 (2021));
- 래트 APOBEC1 변이체 (R33A) 단백질 및 이. 콜라이-유래 우라실 DNA N-글리코실라제 (eUNG) (Kurt, I et al. CRISPR C-to-G base editors for inducing targeted DNA transversions in human cells. Nature Biotechnology (2020)).
시토신 아데닌 염기 편집자 (CABE)는 Cas9 닉카제, 시티딘 데아미나제 (예를 들어, AID), 및 우라실-DNA 글리코실라제 (Ung)로 이루어진다 (Zhao, D et al. New base editors change C to A in bacteria and C to G in mammalian cells. Nature Biotechnology (2020)).
ACBE는 핵산 프로그램가능한 DNA-결합 단백질 및 아데닌 옥시다제를 포함한다 (WO2020181180).
ATBE는 Cas9 닉카제 및 하나 이상의 아데노신 데아미나제 또는 옥시다제 도메인으로 이루어진다 (WO2020181202).
TABE는 Cas9 닉카제 및 아데노신 메틸트랜스퍼라제, 티민 알킬트랜스퍼라제, 또는 아데노신 데아미나제 도메인으로 이루어진다 (WO2020181193; WO2020181178; WO2020181195).
염기 편집자 분자는 또한 Cas 단백질에 융합된 상기 열거된 편집자 효소 (예를 들어, ABE 및 CBE의 조합) 중 둘 이상으로 이루어질 수 있다. 이들 생분자는 이중 염기 편집자로 명명되고 2개 상이한 염기를 편집할 수 있다 (Grunewald, J et al. A dual-deaminase CRISPR base editor enables concurrent adenine and cytosine editing, Nature Biotechnology (2020); Li, C et al. Targeted, random mutagenesis of plant genes with dual cytosine and adenine base editors, Nature Biotechnology (2020)).
특정 구현예에서, 염기 편집 시스템은 상기에 정의된 바와 같은 시토신 염기 편집자 (CBE) 및/또는 아데노신 염기 편집자 (ABE)를 포함한다.
B) [Anzalone, A. V. et al. Nature 576, 149-157 (2019)]에 기술된 바와 같은, 프라임 편집자 (PE)는 프라임 편집 RNA (pegRNA, 역전사를 위한 주형 영역을 포함하는 가이드 RNA)와 조합하여 사용되는 역전사효소에 융합된 nCas9로 이루어진다.
프라임 편집은 삽입, 결실 (indel), 및 12개 염기-대-염기 전환의 도입을 허용한다. 프라임 편집은 Cas 단백질에 의해 생성된 닉 부위에서 프라임 편집 가이드 RNA (pegRNA)가 가져온 RNA 서열을 DNA로 전환시키는, Cas 닉카제 변이체에 융합된, 역전사효소 (RT)의 능력에 의존한다. 이러한 과정으로 생성된 DNA 플랩은 표적화된 DNA 서열에 포함되거나 또는 그에 존재하지 않는다.
프라임 편집 시스템은 하기를 포함한다:
- 역전사효소 도메인 예컨대 M-MLV RT 또는 이의 돌연변이체 형태 (M-MLV RT (D200N), M-MLV RT (D200N/L603W), M-MLV RT (D200N/L603W/T330P/ T306K/W313F)에 융합된 Cas 닉카제 변이체 예컨대 Cas9-H840A;
- 프라임 편집 가이드 RNA (pegRNA).
편집을 촉진하기 위해서, 프라임 편집 시스템은 이상적으로 오직 본래 가닥이 아닌 편집된 가닥과 어닐링하도록 sgRNA를 디자인하여서 편집된 가닥 플랩의 분해 이후에만 비-편집된 DNA 가닥에 대한 Cas 닉카제 활성을 표적화하는 추가적인 sgRNA의 발현을 포함할 수 있다.
프라임 편집 시스템의 비제한적인 예는 PE1, PE1-M1, PE1-M2, PE1-M3, PE1-M6, PE1-M15, PE1-M3inv, PE2, PE3, PE3b를 포함한다.
CRISPEY (Cas9 Retron precISe Parallel Editing via homologY)는, 레트론 RNA가 sgRNA에 융합되고, Cas9와 함께 발현되며, 레트론 단백질은 적어도 역전사효소를 포함한다 (Sharon, E. et al. Cell 175, 544-557.e16 (2018)).
SCRIBE 전략: 단일 가닥 어닐링 단백질 (SSAP)로서도 알려진, 단일 가닥 DNA의 조합을 촉진하는 리콤비나제와 조합하여 발현되는 레트론 시스템 (Farzadfard, F. & Lu, T. K. Science 346, 1256272 (2014)). 이러한 리콤비나제는 파지 리콤비나제 예컨대 람다 red, recET, Sak, Sak4, 및 [Wannier, T. M. et al. Improved bacterial recombineering by parallelized protein discovery. Biorxiv 2020.01.14.906594 (2020) doi:10.1101/2020.01.14.906594]에 새롭게 기술된 SSAP를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
그룹 II 인트론을 기반으로 하는 타겟트론 시스템은 많은 박테리아 종에 대해 적합화된, [Karberg, M. et al. Nat Biotechnol 19, 1162-7 (2001)]에 기술되었다.
다른 레트론 기반 유전자 표적화 접근법은 [Simon, A. J., Ellington, A. D. & Finkelstein, I. J. Nucleic Acids Res 47, 11007-11019 (2019)]에 기술된다.
C) CRISPR/Cas. 다양한 구현예에서, 관심 서열은 Cas9 (예를 들어, Cas9 닉카제) 도메인 및 데아미나제 도메인을 포함하는 융합 단백질을 코딩한다. 일부 구현예에서, 융합 단백질은 예를 들어, 미국 특허 출원 공개 번호 제 2015/0166980호에 개시된 바와 같은, Cas9 및 시토신 데아미나제 효소, 예컨대 APOBEC 효소, 또는 아데노신 데아미나제 효소, 예컨대 ADAT 효소를 포함한다. 일 구현예에서, 데아미나제는 ACF1/ASE 데아미나제이다.
다양한 구현예에서, APOBEC 데아미나제는 APOBEC1 데아미나제, APOBEC2 데아미나제, APOBEC3A 데아미나제, APOBEC3B 데아미나제, APOBEC3C 데아미나제, APOBEC3D 데아미나제, APOBEC3F 데아미나제, APOBEC3G 데아미나제, 및 APOBEC3H 데아미나제로 이루어진 군으로부터 선택된다. 다양한 구현예에서, 융합 단백질은 Cas9 도메인, 시토신 데아미나제 도메인, 및 우라실 글리코실라제 억제제 (UGI) 도메인을 포함한다.
일 구현예에서, 데아미나제는 예를 들어, 미국 특허 제10,113,163호에 개시된 바와 같이, DNA의 아데노신을 탈아민화시키는 아데노신 데아미나제이다. 일부 구현예에서, 융합 단백질은 염기 복구의 억제제, 예컨대 예를 들어, 미국 특허 제10,113,163호에 개시된 바와 같이, 뉴클레아제 사멸 이노신 특이적 뉴클레아제 (dISN)를 더 포함한다. 다양한 구현예에서, 관심 핵산은 예를 들어, [Anzalone et al.]에 기술된 바와 같이, 표적 부위를 특정하고 바람직한 편집을 코딩하는 프라임 편집 가이드 RNA (pegRNA)에 의해 프로그램된, 조작된 역전사효소에 융합된 촉매적으로 손상된 Cas9 엔도뉴클레아제를 포함하는 융합 단백질을 코딩한다.
일부 구현예에서, 다른 프로그램가능한 뉴클레아제가 사용될 수 있다. 이들은 조작된 TALEN (Transcription Activator-Like Effector Nuclease) 및 변이체, 조작된 아연 핑거 뉴클레아제 (ZFN) 변이체, 천연, 진화 또는 조작된 메가뉴클레아제 또는 리콤비나제 변이체, 및 프로그램가능한 뉴클레아제의 임의 조합 또는 하이브리드를 포함한다. 따라서, 본 명세서에 제공되는 프로그램가능한 뉴클레아제는 관심 DNA 서열 또는 유전자 예컨대, 예를 들어, 독소 유전자, 병독성 인자 유전자, 항생제 내성 유전자, 리모델링 유전자 또는 조절 유전자를 코딩하는 DNA를 선택적으로 변형시키는데 사용될 수 있다 (참조: WO2014124226 및 US2015/0064138).
일 구현예에서, 염기 편집 시스템 또는 염기 편집자는 전사 또는 번역에 관여되는 하나 또는 몇개 뉴클레오티드를 편집하여서 유전자의 발현을 불활성화시키는데 사용된다. 보다 특히, 염기 편집자는 프로모터, RBS, 출발 코돈의 하나 또는 몇개 뉴클레오티드를 표적화한다.
일 구현예에서, 염기 편집 시스템 또는 염기 편집자는 조기 중지 코돈을 도입시키는데 사용된다.
일 구현예에서, 염기 편집 시스템 또는 염기 편집자는 하나 또는 몇개 희귀 코돈을 도입시키는데 사용된다.
다른 구현예에서, 염기 편집 시스템 또는 염기 편집자는 전사 또는 번역에 관여되는 하나 또는 몇개 뉴클레오티드를 편집하여서 유전자의 발현을 조절하는데 사용된다. 보다 특히, 염기 편집자는 프로모터, RBS, 출발 코돈의 하나 또는 몇개 뉴클레오티드를 표적화하여서, 유전자 발현의 증가 또는 감소를 야기시킨다.
다른 구현예에서, 염기 편집 시스템 또는 염기 편집자는 유전자 또는 경로의 활성에서 불활성화, 감소 또는 증가를 유발시키는 돌연변이를 반전시키는데 사용된다.
다른 구현예에서, 염기 편집 시스템 또는 염기 편집자는 병원성의 증가를 유발시키는 돌연변이를 반전시키는데 사용된다.
일 구현예에서, 염기 편집 시스템 또는 염기 편집자는 이의 조절에 관여되는 하나 또는 몇 개 뉴클레오티드 예컨대 오퍼레이터 서열, 전사 인자 결합 부위, 리보스위치, RNAse 인식 부위, 프로테아제 절단 부위, 메틸화 부위, 번역후 변형 부위 (인산화, 글리코실화, 아세틸화, 푸필화...)의 뉴클레오티드를 편집하여서 유전자의 조절을 변형시키는데 사용된다.
일부 구현예에서, 관심 서열은 RNA 염기 편집 시스템을 코딩한다. RNA 염기 편집은 DNA 염기 편집과 동일한 원리를 기반으로 하는데, RNA 염기의 다른 것으로의 전환을 촉매하는 효소는 국소적으로 이의 전환을 수행하기 위해 표적 염기에 가깝게 와야한다. 일 구현예에서, RNA 편집에 사용되는 효소는 dsRNA 구조에서 아데노신을 이노신으로 전환시키는 ADAR 패밀리의 아데노신 데아미나제이다. 몇몇 중대한 연구들은 dsRNA에 대한 이러한 특이성을 사용하였고 국소 RNA 염기 편집을 프로그래밍하기 위해서 ADAR 데아미나제 도메인 (ADARDD)을 안티센스 올리고에 융합시켰다. 보다 최근에 RNA 분자에 결합하는 일부 CRISPR-Cas 시스템의 능력은 RNA 편집으로 용도 변경되었다. ADAR2 데아미나제 도메인 (REPAIRv1 경우 ADAR2DD-E488Q 및 REPAIRv2 경우 ADAR2DD-E488Q-T375G)의 과활성 돌연변이체에 융합된 촉매적으로 죽은 Cas13b 효소 (dPspCas13b)를 사용하여, Cox 등은 이전의 RAN 편집 전략과 비교하여 특이성 및 효율을 개선시켰다 (Cox, D. B. T. et al. Science 358, 1019-1027 (2017)).
RNA 기반 편집자 단백질의 비제한적인 예는 REPAIRv1, REPAIRv2를 포함한다.
일 구현예에서, RNA 염기 편집자는 번역에 관여되는 하나 또는 몇개 뉴클레오티드를 편집하여 유전자의 발현을 불활성화시키는데 사용된다. 보다 특히, 염기 편집자는 5'UTR, RBS, 출발 코돈의 하나 또는 몇개 뉴클레오티드를 표적화한다.
일 구현예에서, RNA 염기 편집자는 조기 중지 코돈을 도입시키는데 사용된다.
일 구현예에서, RNA 염기 편집자는 하나 또는 몇개 희귀 코돈을 도입시키는데 사용된다.
다른 구현예에서, RNA 염기 편집자는 번역에 관여되는 하나 또는 몇개 뉴클레오티드를 편집하여서 유전자의 발현을 조절하는데 사용된다. 보다 특히, 염기 편집자는 5' UTR, RBS, 출발 코돈의 하나 또는 몇개 뉴클레오티드를 표적화하여서, 유전자 발현의 증가 또는 감소를 유발시킨다.
다른 구현예에서, RNA 염기 편집자는 유전자 또는 경로의 활성에서 불활성화 또는 감소를 유발하는 돌연변이를 반전시키는데 사용된다.
다른 구현예에서, 염기 편집자는 병원성의 증가를 유발하는 돌연변이를 반전시키는데 사용된다.
바람직한 구현예에서, 상기 관심 서열은 오직 상기 표적화된 박테리아 세포에서 효과를 발생시킨다. 보다 바람직하게, 상기 관심 서열은 오직 상기 표적화된 박테리아 세포에서 발현된다.
복제 기원
특정 구현예에서, 상기 페이로드의 카피수는 상기 정의된 상기 적어도 하나의 유도 기전에 의해서, 상기 생산 박테리아 세포에서, 제어된다. 대안적인 구현예에서, 다른 유도 기전은 상기 생산 박테리아 세포에서 상기 페이로드의 카피수를 제어한다.
당분야에 공지된 복제 기원은 종-특이적 플라스미드 DNA (예를 들어, CoIE1, Rl, pT181, pSC101, pMB1, R6K, RK2, p15a 등), 박테리아 바이러스 (예를 들어, φX174, M13, F1 및 P4), 및 박테리아 염색체 복제 기원 (예를 들어, oriC)으로부터 확인되었다.
일 구현예에서, 본 발명의 상황에서 사용되는 페이로드는 표적화된 박테리아에서 기능성인 박테리아 복제 기원을 포함한다.
대안적으로, 본 발명의 상황에서 사용되는 페이로드는 임의의 기능성 박테리아 복제 기원을 포함하지 않거나 또는 표적화된 박테리아에서 불활성인 복제 기원을 함유한다. 이러한 구현예에서, 본 발명의 상황에서 사용되는 페이로드는 파지 입자 또는 파지-유래 전달 입자에 의해서 박테리아에 도입되면 그 자체로 복제할 수 없다.
일 구현예에서, 패키징하려는 페이로드 상의 복제 기원은 표적화된 박테리아에서 불활성인데, 이러한 복제 기원이 파지 입자 또는 파지-유래 전달 비히클에 의해서 표적화되는 박테리아에서 기능성이 아니므로, 원치않는 플라스미드 복제를 방지한다는 것을 의미한다.
일 구현예에서, 페이로드는 본 발명의 생산 박테리아 세포에서 기능성인 박테리아 복제 기원을 포함한다.
박테리아-특이적 복제 기원
플라스미드 복제는 숙주 박테리아 효소 및 플라스미드-제어된 시스 및 트랜스 결정자에 의존한다. 예를 들어, 일부 플라스미드는 거의 모든 그람-음성 박테리아에서 인식되고, 복제 개시 및 조절 동안 각각의 숙주 박테리아에서 올바르게 작용하는 결정자를 갖는다. 다른 플라스미드는 오직 일부 박테리아에서만 이러한 능력을 보유한다 (Kues, U and Stahl, U 1989 Microbiol Rev 53:491-516).
플라스미드는 복제 기원에서 출발하는 3개 일반 기전, 즉 쎄타 유형, 가닥 치환, 및 롤링 써클에 의해 복제된다 (Del Solar et al. 1998 Microbio and Molec Biol. Rev 62:434-464). 이들 복제 기원은 숙주 코딩되는 단백질 및/또는 플라스미드의 상호작용에 필요한 부위를 함유한다.
본 발명의 상황에서 사용되는 페이로드에서 사용되는 복제 기원은 중간 카피수일 수 있고, 예컨대 pBR322 (15-20 카피/세포) 유래 ColE1 ori 또는 R6K 플라스미드 (15-20 카피/세포)일 수 있고, 또는 높은 카피수, 예를 들어, pUC oris (500-700 카피/세포), pGEM oris (300-400 카피/세포), pTZ oris (>1000 카피/세포) 또는 pBluescript oris (300-500 카피/세포)일 수 있다.
일 구현예에서, 박테리아 복제 기원은 ColE1, pMB1 및 변이체 (pBR322, pET, pUC 등), p15a, ColA, ColE2, pOSAK, pSC101, R6K, IncW (pSa etc), IncFII, pT181, P1, F IncP, IncC, IncJ, IncN, IncP1, IncP4, IncQ, IncH11, RSF1010, CloDF13, NTP16, R1, f5, pPS10, pC194, pE194, BBR1, pBC1, pEP2, pWVO1, pLF1311, pAP1, pWKS1, pLS1, pLS11, pUB6060, pJD4, pIJ101, pSN22, pAMbeta1, pIP501, pIP407, ZM6100 (Sa), pCU1, RA3, pMOL98, RK2/RP4/RP1/R68, pB10, R300B, pRO1614, pRO1600, pECB2, pCM1, pFA3, RepFIA, RepFIB, RepFIC, pYVE439-80, R387, phasyl, RA1, TF-FC2, pMV158 및 pUB113으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
보다 바람직하게, 박테리아 복제 기원은 ColE1, pMB1 및 변이체 (pBR322, pET, pUC 등), p15a, ColA, ColE2, pOSAK, pSC101, R6K, IncW (pSa etc), IncFII, pT181, P1, F IncP, IncC, IncJ, IncN, IncP1, IncP4, IncQ, IncH11, RSF1010, CloDF13, NTP16, R1, f5, pPS10으로 이루어진 군으로부터 선택되는 이. 콜라이 복제 기원이다.
보다 바람직하게, 박테리아 복제 기원은 pC194, pE194, BBR1, pBC1, pEP2, pWVO1, pLF1311, pAP1, pWKS1, pLS1, pLS11, pUB6060, pJD4, pIJ101, pSN22, pAMbeta1, pIP501, pIP407, ZM6100 (Sa), pCU1, RA3, pMOL98, RK2/RP4/RP1/R68, pB10, R300B, pRO1614, pRO1600, pECB2, pCM1, pFA3, RepFIA, RepFIB, RepFIC, pYVE439-80, R387, phasyl, RA1, TF-FC2, pMV158 및 pUB113으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
보다 더 바람직하게 박테리아 복제 기원은 ColE1 및 p15a이다.
일 구현예에서, 프로피오니박테리움 (Propionibacterium) 및 큐티박테리움 (Cutibacterium), 보다 특히 프로피오니박테리움 프레우덴레이키 (Propionibacterium freudenreichii) 및 큐티박테리움 아크네스 (Cutibacterium acnes)에서 기능성인 박테리아 복제 기원은 pLME108, pLME106, p545, pRGO1, pZGX01, pPG01, pYS1, FRJS12-3, FRJS25-1, pIMPLE-HL096PA1, A_15_1_R1로 이루어진 군으로부터 선택된다. 특정 구현예에서, 박테리아 복제 기원은 US 특허출원 공개 번호 US2022/135986 및 US2022/135987에 개시된 박테리아 복제 기원으로부터 선택된다.
파지 복제 기원
본 발명의 상황에서 사용되는 페이로드는 완전한 파지 게놈의 보완으로, 상이한 캡시드로 이후에 캡슐화를 위해 페이로드의 복제를 개시할 수 있는, 파지 복제 기원을 포함할 수 있다.
파지 복제 기원은 또한 임의의 파지 입자를 패키징할 필요없이 박테리아 복제 기원으로서 작용하도록 조작될 수 있다.
본 발명의 상황에서 사용되는 페이로드에 포함되는 파지 복제 기원은 파지에서 발견되는 임의의 복제 기원일 수 있다.
바람직하게, 파지 복제 기원은 M13, f1, φX174, P4, 람다, P2, 186, 람다-like, HK022, mEP237, HK97, HK629, HK630, mEP043, mEP213, mEP234, mEP390, mEP460, mEPx1, mEPx2, phi80, mEP234, T2, T4, T5, T7, RB49, phiX174, R17, PRD1 P1-유사, P2-유사, P22, P22-유사, N15 및 N15-유사 박테리오파지의 야생형 또는 비-야생형 서열일 수 있다.
보다 바람직하게, 파지 복제 기원은 M13, f1, φX174, P4, 및 람다의 파지 복제 기원으로 이루어지는 군에서 선택된다.
특정 구현예에서, 파지 복제 기원은 P4 복제 기원이다.
특정 구현예에서, 파지 복제 기원은 프로피오니박테리움 (Propionibacterium) 파지: BW-유사 파지 예컨대 듀세트, B22, E6, G4; BV-유사 파지 예컨대 아나톨, E1, B3; BX-유사 파지 예컨대 PFR1 및 PFR2; 사상성 B5 파지; BU-유사 파지 (큐티박테리움 아크네스 파지) 유래이다. 특정 구현예에서, 파지 복제 기원은 참조로 본 명세서에 편입되는, 미국 특허 출원 공개 번호 US2022/135986 및 US2022/135987에 개시된 파지 복제 기원에서 선택된다.
조건적 복제 기원
특정 구현예에서, 페이로드는 표적화된 박테리아에서 불활성이지만 생산 박테리아 세포에서 활성인 조건적 복제 기원을 포함한다.
본 발명의 상황에서, "조건적 복제 기원"은 그의 기능성이 특별한 분자의 존재에 의해 제어될 수 있는 복제 기원을 의미한다.
특정 구현예에서, 조건적 복제 기원은 그의 복제가 하나 이상의 소정 단백질, 펩티드, RNA, 핵산, 분자 또는 이의 임의 조합의 존재에 의존하는 것인 복제 기원이다.
특정 구현예에서, 상기 복제 기원이 관여되는 복제는 상기 복제를 활성화시키기 위한, 전가같은 과정에 더 의존적일 것이다.
본 발명의 상황에서, 상기 조건적 복제 기원은 표적화된 박테리아에서 불활성인데 상기 표적화된 박테리아에서 상기 소정 단백질, 펩티드, RNA, 핵산, 분자 또는 이의 임의 조합의 부재때문이다.
특정 구현예에서, 상기 조건적 복제 기원은 상기 생산 박테리아 세포가 상기 소정 단백질, 펩티드, RNA, 핵산, 분자 또는 이의 임의 조합을 발현하기 때문에 상기 생산 박테리아 세포에서 활성이다. 특정 구현예에서, 상기 단백질, 펩티드, RNA 핵산, 분자 또는 이의 임의 조합은 상기 생산 박테리아 세포에서 트랜스로 발현된다.
"트랜스로 (in trans)"란 본 명세서에서 상기 단백질, 펩티드, RNA, 핵산, 분자, 또는 이의 임의 조합이 복제 기원을 포함하는 것과 동일한 핵산 분자 상에서 코딩되지 않는다는 것을 의미한다. 특정 구현예에서, 상기 단백질, 펩티드, RNA, 핵산, 분자 또는 이의 임의 조합은 염색체 또는 벡터, 특히 플라스미드 상에서 코딩된다. 특정 구현예에서, 상기 벡터는 항생제 내성 마커를 포함한다. 대안적인 구현예에서, 상기 벡터는 항생제 내성 마커가 없다.
상기 조건적 복제 기원이 표적화된 박테리아에서, 상기 표적화된 박테리아에 상기 소정 단백질, 펩티드, RNA, 핵산, 분자 또는 이의 임의 조합의 부재 때문에, 불활성이므로, 상기 조건적 복제 기원은 표적화하려는 특별한 박테리아에 의존하여 선택될 수 있다.
본 명세서에 개시된 조건적 복제 기원은 바람직하게 하기 특징을 공유하는 플라스미드, 박테리오파지 또는 PICI로부터 기원할 수 있다: 그들은 그들의 복제 기원 반복 서열, 또는 이테론에 함유되고, 그들은 그들 자신에 특이적인 상기 복제 기원과 상호작용하는 적어도 하나의 단백질 (즉, Rep, 단백질 O, 단백질 P, pri)을 코딩한다.
예로서, 하기 플라스미드 및 박테리오파지의 조건적 복제 시스템을 언급할 수 있다: RK2, R1, pSC101, F, Rts1, RSF1010, P1, P4, 람다, phi82, phi80.
특정 구현예에서, 상기 조건적 복제 기원은 R6Kλ DNA 복제 기원 및 이의 유도체, IncPα oriV 복제 기원 및 이의 유도체, 유도성 프로모터 하에 있도록 변형된 ColE1 복제 기원, 및 파지-유도성 염색체 섬 (PICI) 유래 복제 기원 및 이의 유도체로 이루어진 군으로부터 선택된다.
특정 구현예에서, 상기 조건적 복제 기원은 숙주 대상체의 마이크로바이옴의 박테리아중 50% 미만, 또는 40% 미만, 30% 미만, 20% 미만, 10% 미만 또는 5% 미만에 존재하는 복제 기원이다.
다른 특정 구현예에서, 상기 조건적 복제 기원은 숙주 대상체의 마이크로바이옴의 박테리아, 특히 숙주 대상체의 마이크로바이옴의 50% 초과, 보다 특히 60% 초과, 70% 초과, 80% 초과, 90% 초과 또는 95% 초과를 대표하는 박테리아의 복제 기원의 서열과 80% 미만으로 동일한, 특히 70% 미만, 60% 미만, 50% 미만, 40% 미만, 30% 미만, 20% 미만, 10% 미만, 5% 미만 또는 1% 미만으로 동일한 서열을 포함하거나 또는 그로 이루어진다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "파지-유도성 염색체 섬" 또는 "PICI"는 보존된 유전자 구성을 갖고, PICI 마스터 리프레서를 포함한, 분기 조절 유전자의 쌍을 코딩하는 이동성 유전자 구성요소를 의미한다. 전형적으로, 그람-양성 박테리아에서, rpr의 좌측에서, 동일 방향으로 전사되는, PICI는 인테그라제 (int) 유전자를 포함하는 작은 유전자 세트를 코딩하고; rpr의 우측에서, 반대 방향으로 전사되는, PICI는 절제 기능 (xis) 및, 때때로 융합되는, 프리마제 상동체 (pri) 및 임의로 복제 개시인자 (rep)로 이루어지는 복제 모듈에 이어서, 이들 유전자 옆에, 복제 기원 (ori)을 코딩하고, 또한 동일한 방향으로 전사되는, PICI는 파지 간섭에 관여되는 유전자, 및 임의로, 터미나제 소형 서브유닛 상동체 (terS)를 코딩한다.
특정 구현예에서, 상기 조건적 복제 기원은 파지-유도성 염색체 섬 (PICI)으로부터 기원하는 복제 기원이다.
특정 조건적 복제 기원은 실제로 PICI로부터 유래되었다.
특히 프리마제-헬리카제 및 PICI 유래 복제 기원을 기반으로, 신규한 조건적 복제 벡터를 유도시키는 것이 가능한 것으로 확인되었다. 이들 기원은 표적 균주에서 상대적으로 드물 수 있고, 보다 유리하게 프리마제-ori 쌍은 각각의 PICI에 대해 고유할 수 있으며, 원치않는 재조합 또는 페이로드 확산 사건의 확률을 유의하게 감소시킬 수 있다. 그들은 재조합 기회를 더 제한하고 제한 부위를 제거하여 표적 박테리아 방어 시스템을 우회하도록 더 변형될 수 있다.
특정 구현예에서, 상기 조건적 복제 기원은 [Fillol-Salom et al. (2018) The ISME Journal 12:2114-2128]에 개시되는, 에스케리치아 콜라이 균주 CFT073의 PICI 유래 복제 기원으로부터 유래된다.
특정 구현예에서, 상기 조건적 복제 기원은 에스케리치아 콜라이 균주 CFT073의 PICI 유래 프리마제 ori로서, 전형적으로 서열 SEQ ID NO: 1이다.
다른 특정 구현예에서, 상기 조건적 복제 기원은 에스케리치아 콜라이 균주 CFT073의 PICI 유래 프리마제 ori로서, GAAABCC, GCCGGC, RCCGGY, GCNGC, TWCANNNNNNTGG (SEQ ID NO: 2), TGGCCA, ACCYAC, YGGCCR, AGACC, GCWGC, GGGANGC, GKAGATD, GCCGGYYD, GGCYAC, RGCCGGYYD, 및 VGCCGGYBD로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15 또는 적어도 16의 제한 부위 (들)가 없다.
특정 구현예에서, 상기 조건적 복제 기원은 에스케리치아 콜라이 균주 CFT073의 PICI로부터의 프리마제 ori로서, 제한 부위 GAAABCC가 없다. 바람직하게, 상기 조건적 복제 기원은 SEQ ID NO: 3의 서열이다.
다른 특정 구현예에서, 상기 조건적 복제 기원은 에스케리치아 콜라이 균 CFT073의 PICI 유래 프리마제 ori로서, 제한 부위 GAAABCC , GCCGGC, RCCGGY, GCNGC, TWCANNNNNNTGG (SEQ ID NO: 2), TGGCCA, ACCYAC, YGGCCR, AGACC, GCWGC, GGGANGC, GKAGATD, GCCGGYYD, GGCYAC, RGCCGGYYD, 및 VGCCGGYBD가 없다. 바람직하게, 상기 조건적 복제 기원은 SEQ ID NO: 4의 서열이다.
특정 구현예에서, 상기 복제 기원이 파지-유도성 염색체 섬 (PICI)로부터 유래되는 경우에, 상기 조건적 복제 기원은 상기 생산 박테리아 세포가 rep 단백질, 특히 프리마제-헬리카제, 특히 SEQ ID NO: 6의 서열을 포함하거나 또는 그로 이루어지는 핵산에 의해 코딩되는 SEQ ID NO: 5의 서열의 프리마제-헬리카제를 발현하기 때문에 상기 생산 박테리아에서 활성이다.
이들 특이적 조건적 복제 기원은 특히 람다-기반 패키징과 상용성이어서, 미생물총-관련 적용분야에 필요한 충분히 높은 적정가 (>1010/mL)를 초래하는 것으로 입증되었다.
바람직하게, 상기 생산 박테리아 세포는 상기 페이로드를 안정하게 포함하고 상기 페이로드를 복제할 수 있다.
특정 구현예에서, 상기 페이로드의 조건적 복제 기원이 이의 복제가 소정 단백질, 펩티드, 핵산, RNA, 분자 또는 이의 임의 조합의 존재에 의존하는, 복제 기원일때, 상기 도너 박테리아 세포는 상기 단백질, 펩티드, 핵산, RNA, 분자 또는 이의 임의 조합을 발현한다. 바람직하게, 상기 단백질, 펩티드, 핵산, RNA, 분자 또는 이의 임의 조합은 상기 정의된 바와 같이, 트랜스로 발현된다.
특정 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포는 상기 단백질, 펩티드, 핵산, RNA, 분자 또는 이의 임의 조합을 코딩하는 핵산을 안정하게 포함한다.
특정 구현예에서, 상기 복제 기원이 파지-유도성 염색체 섬 (PICI)으로부터 유래될 때, 상기 조건적 복제 기원은 상기 도너 박테리아 세포에서 활성인데 상기 도너 박테리아 세포가 rep 단백질, 특히 프리마제-헬리카제, 특히 SEQ ID NO: 5 서열의 프리마제-헬리카제를 발현하기 때문이다.
특정 구현예에서, 상기 생산 박테리아 세포는 상기 rep 단백질, 특히 상기 프리마제-헬리카제를 코딩하는 핵산을 안정하게 포함하고, 상기 핵산은 전형적으로 SEQ ID NO: 6의 서열을 포함하거나 또는 그로 이루어진다.
패키징 부위
특정 구현예에서, 상기 페이로드는 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 패키징 부위를 포함하는 핵산 페이로드이다.
"패키징 부위"란 본 명세서에서 비리온에 게놈 패키징을 위해 요구되는 파지 게놈 상의 DNA 서열을 의미한다. 숙주-특이적 박테리오파지 (및 그들 패키징 부위)는 SPP1 (SPP1 pac 부위), P1 (P1 pac 부위), T1 (T1 pac site), T7 (T7 콘카타머 접합부), 람다 (cos 부위), mu (mu pac 부위), P22 (P22 pac 부위), φ8 (φ8 pac 부위), Sf6 (Sf6 pac 부위), 149 (149 pac 부위), 및 A1122 (A1122-콘카타머 접합부)를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 대부분의 박테리오파지 경우에, 패키징 부위는 pac 부위라고 한다. 일부 경우에, 패키징 부위는 콘카타머 접합부 (예를 들어, T7 콘카타머 접합부)를 의미한다. 모든 경우에서, 패키징 부위는 박테리오파지 게놈에서 그에 인접하여 천연적으로 발생된 서열로부터 실질적으로 단리된다.
일부 박테리오파지 경우에, 패키징 부위는 알려지지 않았을 수 있다. 이들 경우에, pac 부위는 기능성 박테리오파지 pac 부위를 함유하는 플라스미드를 패키징하는 성질을 이용하여 결정될 수 있다. 예를 들어, 박테리오파지 λ의 패키징에 필요한 DNA 서열은 플라스미드로 λ 파지 게놈 DNA의 소형 제한 단편을 도입시켜서 결정된다 (Hohn 1983 PNAS USA 80:7456-7460). 생체내에서 패키징 균주에 도입 이후, 패키징/형질도입 효율은 정량적으로 평기되었다. 유사한 전략을 사용하여서, 다수의 박테리오파지에 대한 pac 부위가 결정되었다: λ (Miwa 1982 Gene 20:267-279); Mu (Croenen et al. 1985 Virology 144:520-522); f1, fd, M13, 및 Ike를 포함한 사상성 박테리오파지 (Russel et al. 1989 J Virol 1989 63:3284-3295); P22 (Petri et al. 1990 Gene 88:47-55; Wu et al. 2002 Molec Microbiol 45:1631-1646); T7 (Chung et al. 1990 J Mol Biol 216:927-938), 및 T3 (Hashimoto et al. 1992 Virology 187:788-795).
특정 구현예에서, 상기 패키징 부위는 미국 특허 출원 US2022/135986 및 US2022/135987에 개시된다.
페이로드의 다른 성분
본 발명의 상황에서 사용되는 페이로드는 바람직하게 항생제 내성 마커가 없다.
항생제 내성 유전자는 당분야에 충분히 공지되어 있고 암피실린 내성 (Amp), 클로람페니콜 내성 (Cm), 테트라사이클린 내성 (Tet), 카나마이신 내성 (Kan), 하이그로마이신 내성 (Qiyg 또는 hph 유전자), 및 제오마이신 내성 (Zeo)을 포함한다.
특정 구현예에서, 본 발명의 상황에서 사용되는 페이로드는 영양요구성 마커를 포함한다. 박테리아에서 영양요구성 마커는 예를 들어, 하기 문헌에서 이전에 기술하였고, 전형적으로 DapA 및ThyA를 포함한다: 예를 들어, 미국 특허 제4,920,048호, 제5,691,185호, 제6,291,245호, 제6,413,768호, 및 제6,752,994호; 미국 특허 출원 공개 번호 제20050186666호; Struhl et al. (1976) PNAS USA 73; 1471-1475; MacCormick et al., (1995) FEMS Microbiol. Lett. 127:105-109; Dickely et al. (1995) Mol. Microbiol. 15:839-847; Sorensen et al. (2000) Appl. Environ. Microbiol 66:1253-1258; 및 Fiedler & Skerra (2001) Gene 274: 111 118. 특정 구현예에서, 상기 영양요구성 마커는 ThyA이다.
특정 구현예에서, 상기 페이로드 상기 표적화된 박테리아 세포에 의해 빈번하게 코딩되는 제한 효소에 의해 인식되는 임의 제한 부위를 포함하지 않는다. 다른 특정 구현예에서, 상기 페이로드는 상기 표적화된 박테리아 세포 또는 표적화된 박테리아 세포(들)의 개체군 또는 그룹에 의해 빈번하게 코딩되는 제한 효소에 의해 인식되는 40, 30, 20, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1 이하의 제한 부위(들)를 포함한다.
본 명세서에서 사용되는, 용어 "제한 부위" 및 "제한 효소 부위"는 동등하고, 제한 효소에 의해 인식되는, 뉴클레오티드의 특이적 서열을 함유하는 핵산 상의 위치를 의미한다. 특히, 핵산은 제한 효소가 결합하여 절단하는 특이적 서열을 포함한다. 제한 부위는 일반적으로 4-8 염기쌍 길이의 회문형 서열이다. 보다 정확하게, 제한 부위는 제한 효소가 결합하여 그에 의해 절단되기 위한 특정 서열 및 변형 상태를 의미한다. 특히, 이것은 제한 효소가 결합하여 그에 의해 절단되는 특정 비변형 서열을 의미한다. 특히 서열은 메틸화, 히드록시메틸화 및 글루코실-히드록시메틸화되지 않는다. 이러한 상황에서, 제한 효소는 I형, II형, 또는 III형이다. 대안적으로, 이것은 제한 효소가 결합하여 그에 의해 절단되는 특정 변형된 서열, 예를 들어, 메틸화, 히드록시메틸화, 및 글루코실-히드록시메틸화된 DNA를 의미할 수 있다. 이러한 상황에서, 제한 효소는 IV형이다.
본 명세서에서 사용되는, 제한 부위 및 제한 효소에 대해 "∼에 의해 인식되는"은 제한 부위가 제한 효소에 의해 절단된다는 것을 의미한다.
제한 부위에서 서열 N은 뉴클레오티드가 A, C, G 또는 T일 수 있다는 것을 의미하고; B 는 뉴클레오티드가 C, G 또는 T인 것을 의미하고; Y 는 뉴클레오티드가 C 또는 T인 것을 의미하고; W 는 뉴클레오티드가 A 또는 T인 것을 의미하고; R 은 뉴클레오티드가 A 또는 G인 것을 의미하고; D 는 A, G 또는 T를 의미한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "제한 효소" 및 "제한 엔도뉴클레아제"는 동등하고, 제한 부위에서 또는 그 근처에서 핵산을 절단하는 효소를 의미한다. 제한 효소는 일반적으로 4개 유형 (I형 내지 IV형)으로 분류된다. REBASE 데이터베이스는 소정 박테리아가 발현하는 제한 효소에 따라서 인식될 수 있는 제한 효소를 열거한다.
관심 박테리아 그룹에서 "빈번한" 또는 "빈번하게"란 그룹의 박테리아 중 적어도 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 75, 80, 85, 90, 95 또는 99%가 제한 효소를 코딩한다는 것을 의미한다.
본 발명에 따른 페이로드는 바람직하게 100 이하의 제한 부위를 포함한다. 바람직한 구현예에서, 본 발명에 따른 페이로드는 10 이하의 제한 부위를 포함한다. 가장 바람직한 구현예에서, 본 발명에 따른 페이로드는 임의의 제한 부위를 포함하지 않는다.
표적화된 박테리아
본 발명의 파지 입자 또는 파지-유래 전달 입자에 의해 표적화되는 박테리아는 포유동물 유기체, 식물 또는 환경에 존재하는 임의 박테리아일 수 있다. 미생물총 또는 마이크로바이옴의 임의의 편리공생, 공생, 또는 병원성 박테리아일 수 있다.
마이크로바이옴은 다양한 내생성 박테리아 종을 포함할 수 있고, 이들 중 어느 것도 본 개시에 따라서 표적화될 수 있다. 일부 구현예에서, 표적화된 내생성 박테리아 세포의 속 및/또는 종은 상기 "박테리오파지 및 박테리오파지로부터 유래되는 유전자" 부분에 정의된 바와 같은 제1 유형의 박테리오파지에 의존적일 것이다. 예를 들어, 일부 박테리오파지는 박테리아의 특정 숙주 종에 대한 향성을 나타내거나, 또는 그를 우선적으로 표적화한다. 다른 박테리오파지는 이러한 향성을 나타내지 않고, 내생성 박테리아 세포의 다수의 상이한 속 및/또는 종을 표적화하는데 사용될 수 있다.
박테리아 세포의 예는 제한없이, 속 여시니아 (Yersinia) spp., 에스케리치아 (Escherichia) spp., 클렙시엘라 (Klebsiella) spp., 아시네토박터 (Acinetobacter) spp., 보르데텔라 (Bordetella) spp., 네이세리아 (Neisseria) spp., 아에로모나스 (Aeromonas) spp., 프란시셀라 (Franciesella) spp., 코리네 박테리움 (Corynebacterium) spp., 시트로박터 (Citrobacter) spp., 클라미디아 (클라미디아) spp., 헤모필러스 (Hemophilus) spp., 브루셀라 (Brucella) spp., 마이코박테리움 (Mycobacterium) spp., 레지오넬라 (Legionella) spp., 로도코쿠스 (Rhodococcus) spp., 슈도모나스 (Pseudomonas) spp., 헬리코박터 (Helicobacter) spp., 비브리오 (Vibrio) spp., 바실러스 (Bacillus) spp., 에리시펠로트릭스 (Erysipelothrix) spp., 살모넬라 (Salmonella) spp., 스트렙토마이세스 (Streptomyces) spp., 스트렙토코쿠스 (Streptococcus) spp., 스타필로코쿠스 (Staphylococcus) spp., 박테로이데스 (Bacteroides) spp., 프레보텔라 (Prevotella) spp., 클로스트리듐 (Clostridium) spp., 비피도박테리움 (Bifidobacterium) spp., 클로스트리듐 (Clostridium) spp., 브레비박테리움 (Brevibacterium) spp., 락토코쿠스 (Lactococcus) spp., 류코노스톡 (Leuconostoc) spp., 악티노바실러스 (Actinobacillus) spp., 셀로모나스 (Selnomonas) spp., 시겔라 (Shigella) spp., 자이모나스 (Zymonas) spp., 마이코플라스마 (Mycoplasma) spp., 트레포네마 (Treponema) spp., 류코노스톡 (Leuconostoc) spp., 코리네박테리움 (Corynebacterium) spp., 엔테로코쿠스 (Enterococcus) spp., 엔테로박터 (Enterobacter) spp., 파이로코쿠스 (Pyrococcus) spp., 세라티아 (Serratia) spp., 모르게넬라 (Morganella) spp., 파르비모나스 (Parvimonas) spp., 푸소박테리움 (Fusobacterium) spp., 악티노마이세스 (Actinomyces) spp., 포르피로모나스 (Porphyromonas) spp., 미크로코쿠스 (Micrococcus) spp., 바르토넬라 (Bartonella) spp., 보렐리아 (Borrelia) spp., 브루셀리아 (Brucelia) spp., 캄필로박터 (Campylobacter) spp., 힐라미도필리아 (hlamydophilia) spp., 큐티박테리움 (Cutibacterium) spp., 프로피오니박테리움 (Propionibacterium) spp., 가르드네렐라 (Gardnerella) spp., 에를리키아 (Ehrlichia) spp., 해모필러스 (Haemophilus) spp., 렙토스피라 (Leptospira) spp., 리스테리아 (Listeria) spp., 마이코플라스마 (Mycoplasma) spp., 노카르디아 (Nocardia) spp., 리켓치아 (Rickettsia) spp., 우레아플라스마 (Ureaplasma) spp., 락토바실러스 (Lactobacillus) spp., 프라에칼리박테리움 (Faecalibacterium) spp., 루미노코쿠스 (Ruminococcus) spp., 및 이의 혼합물의 박테리아 유래 세포를 포함한다.
따라서, 파지 입자, 파지 전달 입자 및/또는 파지는 특히 본 발명에 따른 페이로드를 특이적으로 전달하기 위해서 전술한 속 중 어느 하나 이상에서 유래되는 박테리아 세포를 표적화 (예를 들어, 특이적으로 표적화)할 수 있다.
바람직하게, 표적화된 박테리아는 여시니아 (Yersinia) spp., 에스케리치아 (Escherichia) spp., 클렙시엘라 (Klebsiella) spp., 아시네토박터 (Acinetobacter) spp., 슈도모나스 (Pseudomonas) spp., 헬리코박터 (Helicobacter) spp., 비브리오 (Vibrio) spp, 살모넬라 (Salmonella) spp., 스트렙토코쿠스 (Streptococcus) spp., 스타필로코쿠스 (Staphylococcus) spp., 박테로이데스 (Bacteroides) spp., 클로스트리듐 (Clostridium) spp., 시겔라 (Shigella) spp., 엔테로코쿠스 (Enterococcus) spp., 엔테로박터 (Enterobacter) spp., 리스테리아 (Listeria) spp., 큐티박테리움 (Cutibacterium) spp., 프로피오니박테리움 (Propionibacterium) spp., 푸소박테리움 (Fusobacterium) spp., 포르피로모나스 (Porphyromonas) spp. 및 가르드네렐라 (Gardnerella) spp.로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.
일부 구현예에서, 표적화된 박테리아 세포는 혐기성 박테리아 세포 (예를 들어, 성장에 산소를 요구하지 않는 세포)이다. 혐기성 박테리아 세포는 조건부 혐기성 세포 예컨대 제한없이 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli), 슈와넬라 오네이덴시 (Shewanella oneidensi), 가르드네렐라 바지날리스 (Gardnerella vaginalis) 및 리스테리아 (Listeria)를 포함한다. 혐기성 박테리아 세포는 또한 절대 혐기성 세포, 예컨대, 예를 들어, 박테로이데스, 클로스트리듐, 큐티박테리움, 프로피오니박테리움, 푸소박테리움, 및 포르피로모나스 종을 포함한다. 인간에서, 혐기성 박테리아는 위장관에서 가장 흔히 발견된다. 일부 특정 구현예에서, 따라서 표적화된 박테리아는 위장관에서 가장 흔하게 발견되는 박테리아이다. 하이브리드 헬퍼 파지를 제조하는데 사용된 박테리오파지, 및 파지 입자, 파지 전달 비히클 및/또는 파지는 플라스미드를 특이적으로 전달하기 위해 당업자에게 공지된 그들의 특별한 스펙트럼에 따라서 혐기성 박테리아를 표적화 (예를 들어, 특이적으로 표적화)할 수 있다.
일부 구현예에서, 표적화된 박테리아 세포는 제한없이, 박테로이데스 세타이오타오미크론 (Bacteroides thetaiotaomicron), 박테로이데스 프라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 디스타소니스 (Bacteroides distasonis), 박테로이데스 불가투스 (Bacteroides vulgatus), 클로스트리듐 렙툼 (Clostridium leptum), 클로스트리듐 코코이데스 (Clostridium coccoides), 스타필로코쿠스 아우레우스 (Staphylococcus aureus), 바실러스 서브틸리스 (Bacillus subtilis), 클로스트리듐 부티리쿰 (Clostridium butyricum), 브레비박테리움 락토퍼멘툼 (Brevibacterium lactofermentum), 스트렙토코쿠스 아갈락티아에 (Streptococcus agalactiae), 락토코쿠스 락티스 (Lactococcus lactis), 류코노스톡 락티스 (Leuconostoc lactis), 악티노바실러스 악티노비세템코미탄스 (Actinobacillus actinobycetemcomitans), 시아노박테리아 (cyanobacteria), 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli), 헬리코박터 피롤리 (Helicobacter pylori), 셀노모나스 루미나티움 (Selnomonas ruminatium), 시겔라 소네이 (Shigella sonnei), 자이모모나스 모빌리스 (Zymomonas mobilis), 마이코플라스마 마이코이데스 (Mycoplasma mycoides), 트레포네마 덴티콜라 (Treponema denticola), 바실러스 투린지엔시스 (Bacillus thuringiensis), 스타필로코쿠스 루그두넨시스 (Staphylococcus lugdunensis), 류코노스톡 오에노스 (Leuconostoc oenos), 코리네박테리움 세로시스 (Corynebacterium xerosis), 락토바실러스 플란타룸 (Lactobacillus plantarum), 락토바실러스 람노서스 (Lactobacillus rhamnosus), 락토바실러스 카세이 (Lactobacillus casei), 락토바실러스 악시도필러스 (Lactobacillus acidophilus), 엔테로코쿠스 패칼리스 (Enterococcus faecalis), 바실러스 코아굴란스 (Bacillus coagulans), 바실러스 세레우스 (Bacillus cereus), 바실러스 포필라에 (Bacillus popillae), 시네코시스티스 (Synechocystis) 균주 PCC6803, 바실러스 리퀘파시엔스 (Bacillus liquefaciens), 파이로코쿠스 아비시 (Pyrococcus abyssi), 셀레노모나스 노미난티움 (Selenomonas nominantium), 락토바실러스 힐가르디이 (Lactobacillus hilgardii), 스트렙토코쿠스 페루스 (Streptococcus ferus), 락토바실러스 펜토서스 (Lactobacillus pentosus), 박테로이데스 프라질리스 (Bacteroides fragilis), 스타필로코쿠스 에피더미디스 (Staphylococcus epidermidis), 스트렙토마이세스 파에크로모게네스 (Streptomyces phaechromogenes), 스트렙토마이세스 가나에니스 (Streptomyces ghanaenis), 클렙시엘라 뉴모니아에 (Klebsiella pneumoniae), 엔테로박터 클로아카에 (Enterobacter cloacae), 엔테로박터 아에로게네스 (Enterobacter aerogenes), 세라티아 마르세센스 (Serratia marcescens), 모르가넬라 모르가니이 (Morganella morganii), 시트로박터 프레운디이 (Citrobacter freundii), 프로피오니박테리움 프로이덴레이키이 (Propionibacterium freudenreichii), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 파르비모나스 미크라 (Parvimonas micra), 프레보텔라 인테르메디아 (Prevotella intermedia), 푸소박테리움 뉴클레아툼 (Fusobacterium nucleatum), 프레보텔라 니그레센스 (Prevotella nigrescens), 악티노마이세스 이스라엘리이 (Actinomyces israelii), 포르피로모나스 엔도돈탈리스 (Porphyromonas endodontalis), 포르피로모나스 진지발리스 (Porphyromonas gingivalis), 미크로코쿠스 루테우스 (Micrococcus luteus), 바실러스 메가테리움 (Bacillus megaterium), 아에로모나스 히드로필라 (Aeromonas hydrophila), 아에로모나스 카비아에 (Aeromonas caviae), 바실러스 안트라시스 (Bacillus anthracis), 바르토넬라 헨셀라에 (Bartonella henselae), 바르토넬라 퀸타나 (Bartonella Quintana), 보르데텔라 퍼투시스 (Bordetella pertussis), 보렐리아 부르그도르페리 (Borrelia burgdorferi), 보렐리아 가리니이 (Borrelia garinii), 보렐리아 아프젤리이 (Borrelia afzelii), 보렐리아 레쿠렌티스 (Borrelia recurrentis), 브루셀라 아보르투스 (Brucella abortus), 브루셀라 카니스 (Brucella canis), 브루셀라 멜리텐시스 (Brucella melitensis), 브루셀라 수이스 (Brucella suis), 캄필로박터 제주니 (Campylobacter jejuni), 캄필로박터 콜라이 (Campylobacter coli), 캄필로박터 페투스 (Campylobacter fetus), 클라미디아 뉴모니아에 (Chlamydia pneumoniae), 클라미디아 트라코마티스 (Chlamydia trachomatis), 클라미도필라 프시타시 (Chlamydophila psittaci), 클로스트리듐 보툴리눔 (Clostridium botulinum), 클로스트리듐 디피실 (Clostridium difficile), 클로스트리듐 퍼프린젠스 (Clostridium perfringens), 클로스트리듐 테타니 (Clostridium tetani), 코리네박테리움 디프테리아 (Corynebacterium diphtheria),　큐티박테리움 아크네스 (Cutibacterium acnes) (이전명 프로피오니박테리움 아크네스 (Propionibacterium acnes)),　에를리키아 카니스 (Ehrlichia canis), 에를리키아 카페엔시스 (Ehrlichia chaffeensis), 엔테로코쿠스 패시움 (Enterococcus faecium), 프란시셀라 툴라렌시스 (Francisella tularensis), 해모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenza), 레지오넬라 뉴모필라 (Legionella pneumophila), 렙토스피라 인테로간스 (Leptospira interrogans), 렙토스피라 산타로사이 (Leptospira santarosai), 렙토스피라 웨일리이 (Leptospira weilii), 렙토스피라 노구치이 (Leptospira noguchii), 리스테리아 모노시토게네스 (Listeria monocytogenes), 마이코박테리움 레프라에 (Mycobacterium leprae), 마이코박테리움 튜버큘로시스 (Mycobacterium tuberculosis), 마이코박테리움 울세란스 (Mycobacterium ulcerans), 마이코플라스마 뉴모니아 (Mycoplasma pneumonia), 네이세리아 모노로에아에 (Neisseria gonorrhoeae), 네이세리아 메닌지티데스 (Neisseria meningitides), 노카르디아 아스테로이드스 (Nocardia asteroids), 리켓치아 리켓치아 (Rickettsia rickettsia), 살모넬라 엔테리티디스 (Salmonella enteritidis), 살모넬라 티피 (Salmonella typhi), 살모넬라 파라티피 (Salmonella paratyphi), 살모넬라 티피무리움 (Salmonella typhimurium), 시겔라 플레스네리이 (Shigella flexnerii), 시겔라 디센테리아에 (Shigella dysenteriae), 스타필로코쿠스 사프로피티쿠스 (Staphylococcus saprophyticus), 스트렙토코쿠스 뉴모니아에 (Streptococcus pneumoniae), 스트렙토코쿠스 피오게네스 (Streptococcus pyogenes), 카르드네렐라 바지날리스 (Gardnerella vaginalis), 스트렙토코쿠스 비리단스 (Streptococcus viridans), 트레포네마 팔리둠 (Treponema pallidum), 우레아플라스마 우레알리티쿰 (Ureaplasma urealyticum), 비브리오 콜레라 (Vibrio cholera), 비브리오 파라해몰리티쿠스 (Vibrio parahaemolyticus), 여시니아 페스티스 (Yersinia pestis), 여시니아 엔테로콜리티카 (Yersinia enterocolitica), 여시니아 슈도튜버큘로시스 (Yersinia pseudotuberculosis), 악티노박터 바우만니이 (Actinobacter baumanii), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 및 이의 혼합물이고, 바람직하게 관심 박테리아는 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli), 엔테로코쿠스 패시움 (Enterococcus faecium), 스타필로코쿠스 아우레우스 (Staphylococcus aureus), 클렙시엘라 뉴모니아에 (Klebsiella pneumoniae), 아시네토박터 바우마니이 (Acinetobacter baumanii), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 엔테로박터 클로아카에 (Enterobacter cloacae), 및 엔테로박터 아에로게네스 (Enterobacter aerogenes),　및 이의 혼합물로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 표적화된 박테리아 세포는 제한없이, 아나에로트룬쿠스 (Anaerotruncus), 아세타나에로박테리움 (Acetanaerobacterium), 아세티토마쿨룸 (Acetitomaculum), 아세티비브리오 (Acetivibrio), 아나에로코쿠스 (Anaerococcus), 아나에로필룸 (Anaerofilum), 아나에로시누스 (Anaerosinus), 아나에로스티페스 (Anaerostipes), 아나에로보락스 (Anaerovorax), 부티리비브리오 (Butyrivibrio), 클로스트리듐 (Clostridium), 카프라코쿠스 (Capracoccus), 데할로박터 (Dehalobacter), 디알리스터 (Dialister), 도레아 (Dorea), 엔테로코쿠스 (Enterococcus), 에타놀리게네스 (Ethanoligenens), 파에칼리박테리움 (Faecalibacterium), 푸소박테리움 (Fusobacterium), 크라실리박터 (Gracilibacter), 구겐헤이멜라 (Guggenheimella), 헤스펠리아 (Hespellia), 라크노박테리움 (Lachnobacterium), 라크노스피라 (Lachnospira), 락토바실러스 (Lactobacillus), 류코노스톡 (Leuconostoc), 메가모나스 (Megamonas), 모리엘라 (Moryella), 미추오켈라 (Mitsuokella), 오리박테리움 (Oribacterium), 옥소박터 (Oxobacter), 파필리박터 (Papillibacter), 프로프리오니스피라 (Proprionispira), 슈도부티리비브리오 (Pseudobutyrivibrio), 슈도라미박터 (Pseudoramibacter), 로세부리아 (Roseburia), 루미노코쿠스 (Ruminococcus), 사르시나 (Sarcina), 세이노넬라 (Seinonella), 셔틀워티아 (Shuttleworthia), 스포로박터 (Sporobacter), 스포로박테리움 (Sporobacterium), 스트렙토코쿠스 (Streptococcus), 서브돌리그라눌룸 (Subdoligranulum), 신트로포코쿠스 (Syntrophococcus), 써모바실러스 (Thermobacillus), 투리박터 (Turibacter), 웨이셀라 (Weisella), 클로스트리듐 (Clostridium), 박테로이데스 (Bacteroides), 루미노코쿠스 (Ruminococcus), 파에칼리박테리움 (Faecalibacterium), 트레포네마 (Treponema), 파스콜락토박테리움 (Phascolarctobacterium), 메가스파에라 (Megasphaera), 파에칼리박테리움 (Faecalibacterium), 비피도박테리움 (Bifidobacterium), 락토바실러스 (Lactobacillus), 수터렐라 (Sutterella), 및/또는 프레보텔라 (Prevotella)이다.
다른 구현예에서, 표적화된 박테리아 세포는 제한없이, 아크로모박터 자일로속시단스 (Achromobacter xylosoxidans), 아시다미노코쿠스 퍼멘탄스 (Acidaminococcus fermentans), 아시다미노코쿠스 인테스티니 (Acidaminococcus intestini), 아시다미노코쿠스 (Acidaminococcus) sp., 아시네토박터 바우만니이 (Acinetobacter baumannii), 아시네토박터 주니이 (Acinetobacter junii), 아시네토박터 로피이 (Acinetobacter lwoffii), 악티노바실러스 캅술라투스 (Actinobacillus capsulatus), 악티노마이세스 나에슬룬디이 (Actinomyces naeslundii), 악티노마이세스 네우이이 (Actinomyces neuii), 악티노마이세스 오돈톨리티쿠스 (Actinomyces odontolyticus), 악티노마이세스 라딘가에 (Actinomyces radingae), 아들러크루트지아 에쿠올리파시엔스 (Adlercreutzia equolifaciens), 아에로미크로비움 마실리엔스 (Aeromicrobium massiliense), 아그레가티박터 악티노마이세템코미탄스 (Aggregatibacter actinomycetemcomitans), 아가커만시아 무시니필라 (Akkermansia muciniphila), 알리아가리보란스 마리누스 (Aliagarivorans marinus), 알리스티페스 피네골디이 (Alistipes finegoldii), 알리스티페스 인디스팅투스 (Alistipes indistinctus), 알리스티페스 이놉스 (Alistipes inops), 알리스티페스 온데돈키이 (Alistipes onderdonkii), 알리스티페스 푸트레디니스 (Alistipes putredinis), 알리스티페스 세네갈렌시스 (Alistipes senegalensis), 알리스티페스 샤히이 (Alistipes shahii), 알리스티페스 티모넨시스 (Alistipes timonensis), 알로스카르도비아 옴니콜렌스 (Alloscardovia omnicolens), 아나에로박터 폴리엔도스포루스 (Anaerobacter polyendosporus), 아나에로바쿨룸 히드로게니포르만스 (Anaerobaculum hydrogeniformans), 아나에로코쿠스 히드로게날리스 (Anaerococcus hydrogenalis), 아나에로코쿠스 프레보티이 (Anaerococcus prevotii), 아나에로코쿠스 세네갈렌시스 (Anaerococcus senegalensis), 아나에로푸스티스 스테르코리호미니스 (Anaerofustis stercorihominis), 아나에로스티페스 카카에 (Anaerostipes caccae), 아나에로스티페스 하드루스 (Anaerostipes hadrus), 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 (Anaerotruncus colihominis), 아네우리니바실러스 아네우리닐리티쿠스 (Aneurinibacillus aneurinilyticus), 바실러스 리케니포르미스 (Bacillus licheniformis), 바실러스 마실리오아노렉시우스 (Bacillus massilioanorexius), 바실러스 마실리오세네갈렌시스 (Bacillus massiliosenegalensis), 바실러스 심플렉스 (Bacillus simplex), 바실러스 스미티이 (Bacillus smithii), 바실러스 서브틸리스 (Bacillus subtilis), 바실러스 투린지엔시스 (Bacillus thuringiensis), 바실러스 티모넨시스 (Bacillus timonensis), 박테로이데스 자일라니솔벤스 (Bacteroides xylanisolvens), 박테로이데스 악시디파시엔스 (Bacteroides acidifaciens), 박테로이데스 카카에 (Bacteroides caccae), 박테로이데스 카필로수스 (Bacteroides capillosus), 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스 (Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스 (Bacteroides clarus), 박테로이데스 코프로콜라 (Bacteroides coprocola), 박테로이데스 코프로필루스 (Bacteroides coprophilus), 박테로이데스 도레이 (Bacteroides dorei), 박테로이데스 에게르티이 (Bacteroides eggerthii), 박테로이데스 파에시스 (Bacteroides faecis), 박테로이데스 피네골디이 (Bacteroides finegoldii), 박테로이데스 플룩수스 (Bacteroides fluxus), 박테로이데스 프라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 갈리나룸 (Bacteroides gallinarum), 박테로이데스 인테스티날리스 (Bacteroides intestinalis), 박테로이데스 노르디이 (Bacteroides nordii), 박테로이데스 올레이시플레누스 (Bacteroides oleiciplenus), 박테로이데스 오바투스 (Bacteroides ovatus), 박테로이데스 펙티노필루스 (Bacteroides pectinophilus), 박테로이데스 플레베이우스 (Bacteroides plebeius), 박테로이데스 살라니트로니스 (Bacteroides salanitronis), 박테로이데스 살리에르시아에 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 (Bacteroides) sp., 박테로이데스 스테르코리스 (Bacteroides stercoris), 박테로이데스 세타이오타오미크론 (Bacteroides thetaiotaomicron), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 불가투스 (Bacteroides vulgatus), 박테로이데스 자이라니솔벤스 (Bacteroides xylanisolvens), 박테로이데스 펙티노필루스 (Bacteroides pectinophilus) ATCC, 바르네시엘라 인테스티니호미니스 (Barnesiella intestinihominis), 바바리이코쿠스 세일레리 (Bavariicoccus seileri), 비피도박테리움 아돌레센티스 (Bifidobacterium adolescentis), 비피도박테리움 안굴라툼 (Bifidobacterium angulatum), 비피도박테리움 아니말리스 (Bifidobacterium animalis), 비피도박테리움 비피둠 (Bifidobacterium bifidum), 비피도박테리움 브레베 (Bifidobacterium breve), 비피도박테리움 카테눌라툼 (Bifidobacterium catenulatum), 비피도박테리움 덴티움 (Bifidobacterium dentium), 비피도박테리움 갈리쿰 (Bifidobacterium gallicum), 비피도박테리움 롱검 (Bifidobacterium longum), 비피도박테리움 슈도카테눌라툼 (Bifidobacterium pseudocatenulatum), 비피도박테리움 스테르코리스 (Bifidobacterium stercoris), 빌로필라 와드스워티아 (Bilophila wadsworthia), 블라우티아 파에시스 (Blautia faecis), 블라우티아 한세니이 (Blautia hansenii), 블라우티아 히드로게노트로피카 (Blautia Hydrogenotrophica), 블라우티아 루티 (Blautia luti), 블라우티아 오베움 (Blautia obeum), 블라우티아 프로덕타 (Blautia producta), 블라우티아 웩슬레라에 (Blautia wexlerae), 브라키모나스 키로노미 (Brachymonas chironomi), 브레비박테리움 세네갈렌스 (Brevibacterium senegalense), 브리안텔라 포르마텍시겐스 (Bryantella formatexigens), 부티레이트-생성 박테리움, 부티리시코쿠스 풀리카에코룸 (Butyricicoccus pullicaecorum), 부티리시모나스 비로사 (Butyricimonas virosa), 부티리비브리오 크로소투스 (Butyrivibrio crossotus), 부티리비브리오 피브리솔벤스 (Butyrivibrio fibrisolvens), 칼디코프로박터 파에칼리스 (Caldicoprobacter faecalis), 캄필로박터 콘시수스 (Campylobacter concisus), 캄필로박터 제주니 (Campylobacter jejuni), 캄필로박터 웁살리엔시스 (Campylobacter upsaliensis), 카테니박테리움 미추오카이 (Catenibacterium mitsuokai), 세데세아 다비사에 (Cedecea davisae), 셀룰로모나스 마실리엔시스 (Cellulomonas massiliensis), 세토박테리움 소메라에 (Cetobacterium somerae), 시트로박터 브라아키이 (Citrobacter braakii), 시트로박터 프레운디이 (Citrobacter freundii), 시트로박터 파스테우리이 (Citrobacter pasteurii), 시트로박터 (Citrobacter) sp., 시트로박터 윤가에 (Citrobacter youngae), 클로아시바실러스 에브리엔시스 (Cloacibacillus evryensis), 클로스트리디알레스 (Clostridiales) 박테리움, 클로스트리디오이데스 디피실 (Clostridioides difficile), 클로스트리듐 아스파라기포르메 (Clostridium asparagiforme), 클로스트리듐 바틀레티이 (Clostridium bartlettii), 클로스트리듐 볼리비엔시스 (Clostridium boliviensis), 클로스트리듐 볼테아에 (Clostridium bolteae), 클로스트리듐 하테와이이 (Clostridium hathewayi), 클로스트리듐 히라노니스 (Clostridium hiranonis), 클로스트리듐 힐레모나에 (Clostridium hylemonae), 클로스트리듐 렙툼 (Clostridium leptum), 클로스트리듐 메틸펜토숨 (Clostridium methylpentosum), 클로스트리듐 넥실 (Clostridium nexile), 클로스트리듐 오르비신덴스 (Clostridium orbiscindens), 클로스트리듐 라모숨 (Clostridium ramosum), 클로스트리듐 신덴스 (Clostridium scindens), 클로스트리듐 (Clostridium) sp, 클로스트리듐 (Clostridium) sp., 클로스트리듐 스피로포르메 (Clostridium spiroforme), 클로스트리듐 스포로게네스 (Clostridium sporogenes), 클로스트리듐 심비오숨 (Clostridium symbiosum), 콜린셀라 아에로파시엔스 (Collinsella aerofaciens), 콜린셀라 인테스티날리스 (Collinsella intestinalis), 콜린셀라 스테르코리스 (Collinsella stercoris), 콜린셀라 타나카에이 (Collinsella tanakaei), 코프로바실러스 카테니포르미스 (Coprobacillus cateniformis), 코프로박터 파스티디오수스 (Coprobacter fastidiosus), 코프로코쿠스 카투스 (Coprococcus catus), 코프로코쿠스 코메스 (Coprococcus comes), 코프로코쿠스 유탁투스 (Coprococcus eutactus), 코리네박테리움 암모니아게네스 (Corynebacterium ammoniagenes), 코리네박테리움 아미콜라툼 (Corynebacterium amycolatum), 코리네박테리움 슈도디프테리티쿰 (Corynebacterium pseudodiphtheriticum), 큐티박테리움 아크네스 (Cutibacterium acnes), 더마박터 호미니스 (Dermabacter hominis), 데술피토박테리움 하프니엔스 (Desulfitobacterium hafniense), 데술포비브리오 파일피엘덴시스 (Desulfovibrio fairfieldensis), 데술포비브리오 피거 (Desulfovibrio piger), 디알리스터 숙시나티필루스 (Dialister succinatiphilus), 디엘마 파스티디오사 (Dielma fastidiosa), 도레아 포르미시게네란스 (Dorea formicigenerans), 도레아 론지카테나 (Dorea longicatena), 디스고노모나스 카프노시토파고이데스 (Dysgonomonas capnocytophagoides), 디스고노모나스 가데이 (Dysgonomonas gadei), 디스고노모나스 모시이 (Dysgonomonas mossii), 에드워드시엘라 타르다 (Edwardsiella tarda), 에게르텔라 렌타 (Eggerthella lenta), 데이센베르기엘라 타이이 (Eisenbergiella tayi), 에노르마 마실리엔시스 (Enorma massiliensis), 엔테로박터 아에로게네스 (Enterobacter aerogenes), 엔테로박터 아스부리아에 (Enterobacter asburiae), 엔테로박터 칸세로게누스 (Enterobacter cancerogenus), 엔테로박터 클로아카에 (Enterobacter cloacae), 엔테로박터 마실리엔시스 (Enterobacter massiliensis), 엔테로코쿠스 카셀리플라부스 (Enterococcus casseliflavus), 엔테로코쿠스 두란스 (Enterococcus durans), 엔테로코쿠스 패칼리스 (Enterococcus faecalis), 엔테로코쿠스 패시움 (Enterococcus faecium), 엔테로코쿠스 플라베센스 (Enterococcus flavescens), 엔테로코쿠스 갈리나룸 (Enterococcus gallinarum), 엔테로코쿠스 (Enterococcus) sp., 엔테로비브리오 니그리칸스 (Enterovibrio nigricans), 에리시펠라토클로스트리듐 라모숨 (Erysipelatoclostridium ramosum), 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli), 에스케리치아 (Escherichia) sp., 유박테리움 비포르메 (Eubacterium biforme), 유박테리움 돌리쿰 (Eubacterium dolichum), 유박테리움 할리이 (Eubacterium hallii), 유박테리움 리모숨 (Eubacterium limosum), 유박테리움 라물루스 (Eubacterium ramulus), 유박테리움 렉탈레 (Eubacterium rectale), 유박테리움 시라에움 (Eubacterium siraeum), 유박테리움 벤트리오숨 (Eubacterium ventriosum), 엑시구오박테리움 마리눔 (Exiguobacterium marinum), 엑시구오박테리움 운다에 (Exiguobacterium undae), 파에칼리박테리움 (Faecalibacterium) cf, 파에칼리박테리움 프라우스니트지이 (Faecalibacterium prausnitzii), 파에칼리탈레아 시린드로이데스 (Faecalitalea cylindroides), 페리모나스 발레아리카 (Ferrimonas balearica), 피네골디아 마그나 (Finegoldia magna), 플라보박테리움 대전넨스 (Flavobacterium daejeonense), 플라보니프락토르 플라우티이 (Flavonifractor plautii), 푸시카테니박터 사카리보란스 (Fusicatenibacter saccharivorans), 푸소박테리움 고니디아포르만스 (Fusobacterium gonidiaformans), 푸소박테리움 모르티페룸 (Fusobacterium mortiferum), 푸소박테리움 네크로포룸 (Fusobacterium necrophorum), 푸소박테리움 뉴클레아툼 (Fusobacterium nucleatum), 푸소박테리움 페리오돈티쿰 (Fusobacterium periodonticum), 푸소박테리움 (Fusobacterium) sp., 푸소박테리움 울세란스 (Fusobacterium ulcerans), 푸소박테리움 바리움 (Fusobacterium varium), 갈리박테리움 아나티스 (Gallibacterium anatis),겜미거 포르미실리스 (Gemmiger formicilis), 고르도니박터 파멜라에아에 (Gordonibacter pamelaeae), 하프니아 알베이 (Hafnia alvei), 헬리코박터 빌리스 (Helicobacter bilis), 헬리코박터 빌스 (Helicobacter bills), 헬리코박터 카나덴시스 (Helicobacter canadensis), 헬리코박터 카니스 (Helicobacter canis), 헬리코박터 시나에디 (Helicobacter cinaedi), 헬리코박터 마카카에 (Helicobacter macacae), 헬리코박터 파메텐시스 (Helicobacter pametensis), 헬리코박터 풀로룸 (Helicobacter pullorum), 헬리코박터 피롤리 (Helicobacter pylori), 헬리코박터 로덴티움 (Helicobacter rodentium), 헬리코박터 윙하멘시스 (Helicobacter winghamensis), 허바스피릴룸 마실리엔스 (Herbaspirillum massiliense), 홀더마넬라 비포르미스 (Holdemanella biformis), 홀데마니아 프디포르미드 (Holdemania fdiformis), 홀데마니아 필리포르미스 (Holdemania filiformis), 홀데마니아 마실리엔시스 (Holdemania massiliensis), 홀데마니아 필리포르미스 (Holdemania filiformis), 훈가텔라 하테와이 (Hungatella hathewayi), 인테스티니박터 바틀티 (Intestinibacter bartlettii), 인테스티니모나스 부티리시프로두센스 (Intestinimonas butyriciproducens), 클렙시엘라 옥시토카 (Klebsiella oxytoca), 클렙시엘라 뉴모니아에 (Klebsiella pneumoniae), 커티아 마실리엔시스 (Kurthia massiliensis), 라크노스피라 펙티노스키자 (Lachnospira pectinoschiza), 락토바실러스 악시도필루스 (Lactobacillus acidophilus), 락토바실러스 아밀로리티쿠스 (Lactobacillus amylolyticus), 락토바실러스 아미날리스 (Lactobacillus animalis), 락토바실러스 안트리 (Lactobacillus antri), 락토바실러스 브레비스 (Lactobacillus brevis), 락토바실러스 부크네리 (Lactobacillus buchneri), 락토바실러스 카세이 (Lactobacillus casei), 락토바실러스 커바투스 (Lactobacillus curvatus), 락토바실러스 델브루엑키이 (Lactobacillus delbrueckii), 락토바실러스 퍼멘툼 (Lactobacillus fermentum), 락토바실러스 가세리 (Lactobacillus gasseri), 락토바실러스 헬베티쿠스 (Lactobacillus helveticus), 락토바실러스 힐가르디이 (Lactobacillus hilgardii), 락토바실러스 이네르스 (Lactobacillus iners), 락토바실러스 인테스티날리스 (Lactobacillus intestinalis), 락토바실러스 존소니이 (Lactobacillus johnsonii), 락토바실러스 무리누스 (Lactobacillus murinus), 락토바실러스 파라카세이 (Lactobacillus paracasei), 락토바실러스 플란타럼 (Lactobacillus plantarum), 락토바실러스 레우테리 (Lactobacillus reuteri), 락토바실러스 람노수스 (Lactobacillus rhamnosus), 락토바실러스 루미니스 (Lactobacillus ruminis), 락토바실러스 사케이 (Lactobacillus sakei), 락토바실러스 살리바리우스 (Lactobacillus salivarius), 락토바실러스 울투넨시스 (Lactobacillus ultunensis), 락토바실러스 바지날리스 (Lactobacillus vaginalis), 락토바실러스 플란타럼 (Lactobacillus plantarum) subsp., 류코노스톡 메센테로이데스 (Leuconostoc mesenteroides), 류코노스톡 슈도메센테로이데스 (Leuconostoc pseudomesenteroides), 리스테리아 그라이 (Listeria grayi), 리스테리아 이노쿠아 (Listeria innocua), 만헤이미아 그라눌로마티스 (Mannheimia granulomatis), 마빈브리안티아 포르마텍시겐스 (Marvinbryantia formatexigens),메가모나스 푸니포르미스 (Megamonas funiformis), 메가모나스 히퍼메갈 (Megamonas hypermegal), 메타노브레비박터 스미티이 (Methanobrevibacter smithii), 메타노브레비박터 스미티이 (Methanobrevibacter smithii) Fl, 미크로코쿠스 루테우스 (Micrococcus luteus), 미크로비르굴라 아에로데니트리피칸스 (Microvirgula aerodenitrificans), 미츠오켈라 잘랄루디니이 (Mitsuokella jalaludinii), 미츠오켈라 물타시다 (Mitsuokella multacida), 몰리쿠테스 (Mollicutes) 박테리움, 무리모나스 인테스티니 (Murimonas intestini), 네이세리아 마카카에 (Neisseria macacae), 니트릴리룹토르 알칼리필루스 (Nitriliruptor alkaliphilus), 오세아노바실러스 마실리엔시스 (Oceanobacillus massiliensis), 오도리박터 라네우스 (Odoribacter laneus), 오도리박터 스플란크니쿠스 (Odoribacter splanchnicus), 오르니토박테리움 리노트라케알레 (Ornithobacterium rhinotracheale), 옥살로박터 포르미게네스 (Oxalobacter formigenes), 파에니바실러스 바렌골트지이 (Paenibacillus barengoltzii), 파에니바실러스 키티놀리티쿠스 (Paenibacillus chitinolyticus), 파에니바실러스 라우투스 (Paenibacillus lautus), 파에니바실러스 모토부엔시스 (Paenibacillus motobuensis), 바에니바실러스 세네갈렌시스 (Paenibacillus senegalensis), 파에니스포로사르시나 퀴스퀼리아룸 (Paenisporosarcina quisquiliarum), 파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis), 파라박테로이데스 골드스테이니이 (Parabacteroides goldsteinii), 파라박테로이데스 고르도니이 (Parabacteroides gordonii), 파라박테로이데스 존소니이 (Parabacteroides johnsonii), 파라박테로이데스 메르다에 (Parabacteroides merdae), 파라프레보텔라 자일라니필라 (Paraprevotella xylaniphila), 파라수테렐라 엑스크레멘티호미니스 (Parasutterella excrementihominis), 파르비모나스 미크라 (Parvimonas micra), 페디오코쿠스 아시딜락티시 (Pediococcus acidilactici), 펩토클로스트리듐 디피실 (Peptoclostridium difficile), 펩토니필루스 하레이 (Peptoniphilus harei), 펩토니필루스 오베시 (Peptoniphilus obesi), 펩토니필루스 세네갈렌시스 (Peptoniphilus senegalensis), 펩토니필루스 티모넨시스 (Peptoniphilus timonensis), 파스콜락토박테리움 숙시나투텐스 (Phascolarctobacterium succinatutens), 포르피로모나스 아사카롤리티카 (Porphyromonas asaccharolytica), 포르피로모나스 유에노니스 (Porphyromonas uenonis), 프레보텔라 바로니아에 (Prevotella baroniae), 프레보텔라 비비아 (Prevotella bivia), 프레보텔라 코프리 (Prevotella copri), 프레보텔라 덴탈리스 (Prevotella dentalis), 프레보텔라 미칸스 (Prevotella micans), 프레보텔라 멀티사카리보락스 (Prevotella multisaccharivorax), 프레보텔라 오랄리스 (Prevotella oralis), 프레보텔라 살리바에 (Prevotella salivae), 프레보텔라 스테르코레아 (Prevotella stercorea), 프레보텔라 베로랄리스 (Prevotella veroralis), 프로피오니박테리움 아크네스 (Propionibacterium acnes), 프로피오니박테리움 아비둠 (Propionibacterium avidum), 프로피오니박테리움 프로이덴레이키이 (Propionibacterium freudenreichii), 프로피오니미크로비움 림포필룸 (Propionimicrobium lymphophilum), 프로테우스 미라빌리스 (Proteus mirabilis), 프로테우스페네리 (Proteuspenneri) ATCC, 프로비덴시아 알칼리파시엔스 (Providencia alcalifaciens), 프로비덴시아 레트게리 (Providencia rettgeri), 프로비덴시아 루스티지아니이 (Providencia rustigianii), 프로비덴시아 스투아르티이 (Providencia stuartii), 슈도플라보니프락토르 카필로수스 (Pseudoflavonifractor capillosus), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 슈도모나스 루테올라 (Pseudomonas luteola), 랄스토니아 픽케티이 (Ralstonia pickettii), 레인헤이메라 퍼루시다 (Rheinheimera perlucida), 레인헤이메라 텍사센시스 (Rheinheimera texasensis), 리에메렐라 콜룸비나 (Riemerella columbina), 롬보우트시아 리투세부렌시스 (Romboutsia lituseburensis), 로세부리아 파에시스 (Roseburia faecis), 로세부리아 인테스티날리스 (Roseburia intestinalis), 로세부리아 이눌리니보란스 (Roseburia inulinivorans), 루미노코쿠스 비실쿠란스 (Ruminococcus bicirculans), 루미노코쿠스 브로미이 (Ruminococcus bromii), 루미노코쿠스 칼리두스 (Ruminococcus callidus), 루미노코쿠스 캄파넬렌시스 (Ruminococcus champanellensis), 루미노코쿠스 파에시스 (Ruminococcus faecis), 루미노코쿠스 그나부스 (Ruminococcus gnavus), 루미노코쿠스 락타리스 (Ruminococcus lactaris), 루미노코쿠스 오베움 (Ruminococcus obeum), 루미노코쿠스 (Ruminococcus) sp, 루미노코쿠스 (Ruminococcus) sp., 루미노코쿠스 토르케스 (Ruminococcus torques), 사르시나 벤트리쿨리 (Sarcina ventriculi), 셀리모나스 인테스티날리스 (Sellimonas intestinalis), 세네갈리마실리아 아나에로비아 (Senegalimassilia anaerobia), 시겔라 손네이 (Shigella sonnei), 슬락키아 피리포르미스 (Slackia piriformis), 스타필로코쿠스 에피더미디스 (Staphylococcus epidermidis), 스타필로코쿠스 렌투스 (Staphylococcus lentus), 스타필로코쿠스 네팔렌시스 (Staphylococcus nepalensis), 스타필로코쿠스 슈딘테르메디우스 (Staphylococcus pseudintermedius), 스타필로코쿠스 자일로수스 (Staphylococcus xylosus), 스테노트로포모나스 말토필리아 (Stenotrophomonas maltophilia), 스트렙토코쿠스 아갈락티아에 (Streptococcus agalactiae), 스트렙토코쿠스 안지노수스 (Streptococcus anginosus), 스트렙토코쿠스 아우스트랄리스 (Streptococcus australis), 스트렙토코쿠스 카발리 (Streptococcus caballi), 스트렙토코쿠스 카스토레우스 (Streptococcus castoreus), 스트렙토코쿠스 디델피스 (Streptococcus didelphis), 스트렙토코쿠스 에퀴누스 (Streptococcus equinus), 스트렙토코쿠스 고르도니이 (Streptococcus gordonii), 스트렙토코쿠스 헨리이 (Streptococcus henryi), 스트렙토코쿠스 히요바지날리스 (Streptococcus hyovaginalis), 스트렙토코쿠스 인판타리우스 (Streptococcus infantarius), 스트렙토코쿠스 인판티스 (Streptococcus infantis), 스트렙토코쿠스 루테티엔시스 (Streptococcus lutetiensis), 스트렙토코쿠스 메리오니스 (Streptococcus merionis), 스트렙토코쿠스 미티스 (Streptococcus mitis), 스트렙토코쿠스 뮤탄스 (Streptococcus mutans), 스트렙토코쿠스 오랄리스 (Streptococcus oralis), 스트렙토코쿠스 오비스 (Streptococcus ovis), 스트렙토코쿠스 파라산퀴니스 (Streptococcus parasanguinis), 스트렙토코쿠스 플루렉스토룸 (Streptococcus plurextorum), 스트렙토코쿠스 포르시 (Streptococcus porci), 스트렙토코쿠스 피오게네스 (Streptococcus pyogenes), 스트렙토코쿠스 살리바리우스 (Streptococcus salivarius), 스트렙토코쿠스 소브리누스 (Streptococcus sobrinus), 스트렙토코쿠스 써모필루스 (Streptococcus thermophilus), 스트렙토코쿠스 토랄텐시스 (Streptococcus thoraltensis), 스트렙토카이세스 알부스 (Streptomyces albus), 서브돌리그라눌룸 바리아빌 (Subdoligranulum variabile), 숙시나티모나스 히페이 (Succinatimonas hippei), 수테렐라 파르비루브라 (Sutterella parvirubra), 수테렐라 와드스워텐시스 (Sutterella wadsworthensis), 테리스포로박터 글리콜리쿠스 (Terrisporobacter glycolicus), 테리스포로박터 마이옴베이 (Terrisporobacter mayombei), 탈라소바실러스 데보란스 (Thalassobacillus devorans), 티모넬라 세네갈렌시스 (Timonella senegalensis), 투리시박터 산귀니스 (Turicibacter sanguinis), 불명 sp, 불명 sp., 바리바쿨룸 캄브리엔스 (Varibaculum cambriense), 베일로넬라 아티피카 (Veillonella atypica), 베일로넬라 디스파르 (Veillonella dispar), 베일로넬라 파르불라 (Veillonella parvula), 비브리오 신신나티엔시스 (Vibrio cincinnatiensis), 비르지바실러스 살렉시겐스 (Virgibacillus salexigens), 및/또는 (Weissella paramesenteroides)이다.
다른 구현예에서, 표적화된 박테리아 세포는 피부 미생물총에서 통상적으로 발견되는 것들이고, 제한없이 아세토박터 파리날리스 (Acetobacter farinalis), 아세토박터 말로룸 (Acetobacter malorum), 아세토박터 올레아넨시스 (Acetobacter orleanensis), 아세토박터 시세라에 (Acetobacter sicerae), 아크로모박터 안시퍼 (Achromobacter anxifer), 아크로모박터 데니트리피칸스 (Achromobacter denitrificans), 아크로모박터 마르플라텐시스 (Achromobacter marplatensis), 아크로모박터 스파니우스 (Achromobacter spanius), 아크로모박터 자일로속시단스 (Achromobacter xylosoxidans) subsp. 자일로속시단스 (xylosoxidans), 악시도보락스 콘자시 (Acidovorax konjaci), 악시도보락스 라시디스 (Acidovorax radicis), 아시네토박터 존소니이 (Acinetobacter johnsonii), 악티노마두라 시트레아 (Actinomadura citrea), 악티노마두라 코에룰레아 (Actinomadura coerulea), 악티노마두라 피브로사 (Actinomadura fibrosa), 악티노마두라 풀베센스 (Actinomadura fulvescens), 악티노마두라 지아오헤엔시스 (Actinomadura jiaoheensis), 악티노마두라 루테오플루오레센스 (Actinomadura luteofluorescens), 악티노마두라 멕시카나 (Actinomadura mexicana), 악티노마두라 니트리티게네스 (Actinomadura nitritigenes), 악티노마두라 베루코소스포라 (Actinomadura verrucosospora), 악티노마두라 유마엔시스 (Actinomadura yumaensis), 악티노마이세스 오돈톨리티쿠스 (Actinomyces odontolyticus), 악티노마이세토스포라 아티피카 (Actinomycetospora atypica), 악티노마이세토스포라 코르티시콜라 (Actinomycetospora corticicola), 악티노마이세토스포라 리조필라 (Actinomycetospora rhizophila), 악티노마이세토스포라 리시리엔시스 (Actinomycetospora rishiriensis), 아에로모나스 아우스트랄리엔시스 (Aeromonas australiensis), 아에로모나스 베스티아룸 (Aeromonas bestiarum), 아에로모나스 비발비움 (Aeromonas bivalvium), 아에로모나스 엔켈레이아 (Aeromonas encheleia), 아에로모나스 유크레노필라 (Aeromonas eucrenophila), 아에로모나스 히드로필라 (Aeromonas Hydrophila) subsp. 히드로 필라 (Hydrophila), 아에로모나스 피시콜라 (Aeromonas piscicola), 아에로모나스 아에로모나스 포포피이 (Aeromonas popoffii), 아에로모나스 리불리 (Aeromonas rivuli), 아에로모나스 살모니시다 (Aeromonas salmonicida) subsp. 펙티놀리티카 (pectinolytica), 아에로모나스 살모니시다 (Aeromonas salmonicida) subsp. 스미티아 (smithia), 아마리코쿠스 카플리센시스 (Amaricoccus kaplicensis), 아마리코쿠스 베로넨시스 (Amaricoccus veronensis), 아미노박터 아가노엔시스 (Aminobacter aganoensis), 아미노박터 시세로네이 (Aminobacter ciceronei), 아미노박터 리사렌시스 (Aminobacter lissarensis), 아미노박터 니이가타엔시스 (Aminobacter niigataensis), 안실로박터 폴리모르푸스 (Ancylobacter polymorphus), 아녹시바실러스 플라비써무스 (Anoxybacillus flavithermus) subsp. 윤난넨시스 (yunnanensis), 아쿠아미크로비움 아에로라툼 (Aquamicrobium aerolatum), 아르칸지움 제피라 (Archangium gephyra), 아르칸지우 제피라 (Archangium gephyra), 아르칸지움 미누스 (Archangium minus), 아르칸지움 비오라세움 (Archangium violaceum), 아르트로박터 비스코수스 (Arthrobacter viscosus), 바실러스 안트라시스 (Bacillus anthracis), 바실러스 아우스트랄리마리스 (Bacillus australimaris), 바실러스 드렌텐시스 (Bacillus drentensis), 바실러스 미코이데스 (Bacillus mycoides), 바실러스 슈도미코이데스 (Bacillus pseudomycoides), 바실러스 푸밀루스 (Bacillus pumilus), 바실러스 사펜시스 (Bacillus safensis), 바실러스 발리스모르티스 (Bacillus vallismortis), 보세아 티오옥시단스 (Bosea thiooxidans), 브라디리조비움 후안후아이하이엔스 (Bradyrhizobium huanghuaihaiense), 브라디리조비움 자포니쿰 (Bradyrhizobium japonicum), 브레분디모나스 아우란티아카 (Brevundimonas aurantiaca), 브레분디모나스 인테르메디아 (Brevundimonas intermedia), 버크홀데리아 아스팔라티 (Burkholderia aspalathi), 버크홀데리아 코이카 (Burkholderia choica), 버크홀데리아 코르도벤시스 (Burkholderia cordobensis), 버크홀데리아 디푸사 (Burkholderia diffusa), 버크홀데리아 인술라 (Burkholderia insulsa), 버크홀데리아 린코시아에 (Burkholderia rhynchosiae), 버크홀데리아 테레스트리스 (Burkholderia terrestris), 버크홀데리아 우데이스 (Burkholderia udeis), 부티아욱셀라 가비니아에 (Buttiauxella gaviniae), 카에니모나스 테라에 (Caenimonas terrae), 카프노시토파가 진지발리스 (Capnocytophaga gingivalis), 키티노파가 딘후엔시스 (Chitinophaga dinghuensis), 크리세오박테리움 글레움 (Chryseobacterium gleum), 크리세오박테리움 그린란덴스 (Chryseobacterium greenlandense), 크리세오박테리움 제주엔스 (Chryseobacterium jejuense), 크리세오박테리움 피스시움 (Chryseobacterium piscium), 크리세오박테리움 세디미니스 (Chryseobacterium sediminis), 크리세오박테리움 트룩타에 (Chryseobacterium tructae), 크리세오박테리움 우레일리티쿰 (Chryseobacterium ureilyticum), 크리세오박테리움 비에트나멘스 (Chryseobacterium vietnamense), 코리네박테리움 아콜렌스 (Corynebacterium accolens), 코리네박테리움 아페르멘탄스 (Corynebacterium afermentans) subsp. 리포필룸 (lipophilum), 코리네박테리움 미누티시뭄 (Corynebacterium minutissimum), 코리네박테리움 순드스발렌스 (Corynebacterium sundsvallense), 쿠프리아비두스 메탈리두란스 (Cupriavidus metallidurans), 쿠프리아비두스 난톤겐시스 (Cupriavidus nantongensis), 쿠프리아비두스 네카토르 (Cupriavidus necator), 쿠프리아비두스 팜파에 (Cupriavidus pampae), 쿠프리아비두스 연천엔시스 (Cupriavidus yeoncheonensis), 커토박테리움 플락쿰파시엔스 (Curtobacterium flaccumfaciens), 데보시아 에피더미디히루디니스 (Devosia epidermidihirudinis), 데보시아 리보플라비나 (Devosia riboflavina), 데보시아 리보플라비나 (Devosia riboflavina), 디아포로박터 오리자에 (Diaphorobacter oryzae), 디에트지아 피크랄칼리필라 (Dietzia psychralcaliphila), 엔시퍼 아드하에렌스 (Ensifer adhaerens), 엔시퍼 아메리카누스 (Ensifer americanus), 엔테로코쿠스 말로도라투스 (Enterococcus malodoratus), 엔테로코쿠스 슈도아비움 (Enterococcus pseudoavium), 엔테로코쿠스 비익키엔시스 (Enterococcus viikkiensis), 엔테로코쿠스 시안판겐시스 (Enterococcus xiangfangensis), 어위니아 라폰티시 (Erwinia rhapontici), 팔시로도박터 할로톨레란스 (Falsirhodobacter halotolerans), 팔르보박테리움 아라우카나눔 (Flavobacterium araucananum), 플라보박테리움 프리지디마리스 (Flavobacterium frigidimaris), 글루코노박터 프라테우리이 (Gluconobacter frateurii), 글루코노박터 타일란디쿠스 (Gluconobacter thailandicus), 고르도니아 알카니보란스 (Gordonia alkanivorans), 할로모나스 아쿠아마리나 (Halomonas aquamarina), 할로모나스 악시알렌시스 (Halomonas axialensis), 할로모나스 메리디아나 (Halomonas meridiana), 할로모나스 올리바리아 (Halomonas olivaria), 할로모나스 송네넨시스 (Halomonas songnenensis), 할로모나스 바리아빌리스 (Halomonas variabilis), 허바스피릴룸 클로로페놀리쿰 (Herbaspirillum chlorophenolicum), 허바스피릴룸 프리신겐스 (Herbaspirillum frisingense), 허바스피릴룸 힐트네리 (Herbaspirillum hiltneri), 허바스피릴룸 후티엔스 (Herbaspirillum huttiense) subsp. 푸테이 (putei), 허바스피릴룸 루시타눔 (Herbaspirillum lusitanum), 허미니이모나스 폰티콜라 (Herminiimonas fonticola), 히드로게노파가 인테르메디아 (Hydrogenophaga intermedia), 히드로게노파가 슈도플라바 (Hydrogenophaga pseudoflava), 클렙시엘라 옥시토카 (Klebsiella oxytoca), 코사코니아 사카리 (Kosakonia sacchari), 락토바실러스 델브루엑키이 (Lactobacillus delbrueckii) subsp. 불가리쿠스 (bulgaricus), 락토바실러스 모데스티살리톨레란스 (Lactobacillus modestisalitolerans), 락토바실러스 프란타룸 (Lactobacillus plantarum) subsp. 아르겐토라텐시스 (argentoratensis), 락토바실러스 시안판겐시스 (Lactobacillus xiangfangensis), 레케발리에리아 로셀리니아에 (Lechevalieria roselyniae), 렌트제아 알비다 (Lentzea albida), 렌트제아 칼리포르니엔시스 (Lentzea californiensis), 류코노스톡 카르노숨 (Leuconostoc carnosum), 류코노스톡 시트레움 (Leuconostoc citreum), 류코노스톡 겔리둠 (Leuconostoc gelidum) subsp. 가시코미타툼 (gasicomitatum), 류코노스톡 메센테로이데스 (Leuconostoc mesenteroides) subsp. 수이오니쿰 (suionicum), 루테이모나스 아에스투아리이 (Luteimonas aestuarii), 리소박터 안티비오티쿠스 (Lysobacter antibioticus), 리소박터 코레엔시스 (Lysobacter koreensis), 리소박터 오리자에 (Lysobacter oryzae), 마그네토스피릴룸 모스코비엔스 (Magnetospirillum moscoviense), 마리노모나스 알카라지이 (Marinomonas alcarazii), 마리노모나스 프리모리엔시스 (Marinomonas primoryensis), 마실리아 아우레아 (Massilia aurea), 마실리아 제주엔시스 (Massilia jejuensis), 마실리아 키온기엔시스 (Massilia kyonggiensis), 마실리아 티모나에 (Massilia timonae), 메소리조비움 아카시아에 (Mesorhizobium acaciae), 메소리조비움 킹센지이 (Mesorhizobium qingshengii), 메소리조비움 쇼넨스 (Mesorhizobium shonense), 메틸로박테리움 하플로클라디이 (Methylobacterium haplocladii), 메틸로박테리움 플라타니 (Methylobacterium platani), 메틸로박테리움 슈도사시콜라 (Methylobacterium pseudosasicola), 메틸로박테리움 자트만니이 (Methylobacterium zatmanii), 미크로박테리움 옥시단 (Microbacterium oxydan), 미크로모노스포라 카이야푸멘시스 (Micromonospora chaiyaphumensis), 미크로모노스포라 칼세아 (Micromonospora chalcea), 미크로모노스포라 시트레아 (Micromonospora citrea), 미크로모노스포라 콕센시스 (Micromonospora coxensis), 미크로모노스포라 에키노푸스카 (Micromonospora echinofusca), 미크로모노스포라 할로피티카 (Micromonospora halophytica), 미크로모노스포라 캉레이파켄시스 (Micromonospora kangleipakensis), 미크로모노스포라 마리티마 (Micromonospora maritima), 미크로모노스포라 니그라 (Micromonospora nigra), 미크로모노스포라 푸르푸레오크로모게네 (Micromonospora purpureochromogene), 미크로모노스포라 리조스파에라에 (Micromonospora rhizosphaerae), 미크로모노스포라 사엘리세센시스 (Micromonospora saelicesensis), 미크로비르가 서브테라네아 (Microvirga subterranea), 미크로비르가 잠비엔시스 (Microvirga zambiensis), 마이코박테리움 알베이 (Mycobacterium alvei), 마이코박테리움 아비움 (Mycobacterium avium) subsp. 실바티쿰 (silvaticum), 마이코박테리움 콜롬비엔스 (Mycobacterium colombiense), 마이코박테리움 콘셉티오넨스 (Mycobacterium conceptionense), 마이코박테리움 콘셉티오넨스 (Mycobacterium conceptionense), 마이코박테리움 파시노게네스 (Mycobacterium farcinogenes), 마이코박테리움 포르투이툼 (Mycobacterium fortuitum) subsp. 포르투이툼 (fortuitum), 마이코박테리움 구디이 (Mycobacterium goodii), 마이코박테리움 인수브리쿰 (Mycobacterium insubricum), 마이코박테리움 일라트제렌스 (Mycobacterium llatzerense), 마이코박테리움 네오아우룸 (Mycobacterium neoaurum), 마이코박테리움 뉴올레안센스 (Mycobacterium neworleansense), 마이코박테리움 오부엔스 (Mycobacterium obuense), 마이코박테리움 페레그리눔 (Mycobacterium peregrinum), 마이코박테리움 사오파울렌스 (Mycobacterium saopaulense), 마이코박테리움 셉티쿰 (Mycobacterium septicum), 마이코박테리움 세텐스 (Mycobacterium setense), 마이코박테리움 스메그마티스 (Mycobacterium smegmatis), 네이세리아 서브플라바 (Neisseria subflava), 노카르디아 리지안겐시스 (Nocardia lijiangensis), 노카르디아 타일란디카 (Nocardia thailandica), 노보스핀고비움 바르카이미이 (Novosphingobium barchaimii), 노보스핀고비움 린다니클라스티쿰 (Novosphingobium lindaniclasticum), 노보스핀고비움 린다니클라스티쿰 (Novosphingobium lindaniclasticum), 노보스핀고비움 마투렌스 (Novosphingobium mathurense), 오크로박트룸 슈도그리그노넨스 (Ochrobactrum pseudogrignonense), 옥살리시박테리움 솔루비스 (Oxalicibacterium solurbis), 파라버크홀데리아 글라테이 (Paraburkholderia glathei), 파라버크홀데리아 후미 (Paraburkholderia humi), 파라버크홀데리아 페나지니움 (Paraburkholderia phenazinium), 파라버크홀데리아 피토피르만스 (Paraburkholderia phytofirmans), 파라버크홀데리아 솔디디콜라 (Paraburkholderia sordidicola), 파라버크홀데리아 테리콜라 (Paraburkholderia terricola), 파라버크홀데리아 제노보란스 (Paraburkholderia xenovorans), 파라코쿠스 라에비글루코시보란스 (Paracoccus laeviglucosivorans), 파툴리박터 진센지테라에 (Patulibacter ginsengiterrae), 폴리모르포스포라 루브라 (Polymorphospora rubra), 포르피로박터 콜림비 (Porphyrobacter colymbi), 프레보텔라 제주니 (Prevotella jejuni), 프레보텔라 멜라니노게니카 (Prevotella melaninogenica), 프로피오니박테리움 아크네 (Propionibacterium acnes) subsp.엘론가툼 (elongatum), 프로테우스 불가리스 (Proteus vulgaris), 프로비덴시아 루스티기아니이 (Providencia rustigianii), 슈도알테로모나스 아가리보란스 (Pseudoalteromonas agarivorans), 슈도알테로모나스 아틀란티카 (Pseudoalteromonas atlantica), 슈도알테로모나스 파라고르기콜라 (Pseudoalteromonas paragorgicola), 슈도모나스 아스플레니이 (Pseudomonas asplenii), 슈도모나스 아수엔시스 (Pseudomonas asuensis), 슈도모나스 벤제니보란스 (Pseudomonas benzenivorans), 슈도모나스 칸나비나 (Pseudomonas cannabina), 슈도모나스 시시콜라 (Pseudomonas cissicola), 슈도모나스 콘젠란스 (Pseudomonas congelans), 슈도모나스 코스탄티니이 (Pseudomonas costantinii), 슈도모나스 피쿠세렉타에 (Pseudomonas ficuserectae), 슈도모나스 프레데릭스베르겐시스 (Pseudomonas frederiksbergensis), 슈도모나스 그라미니스 (Pseudomonas graminis), 슈도모나스 제세니이 (Pseudomonas jessenii), 슈도모나스 코레엔시스 (Pseudomonas koreensis), 슈도모나스 코레엔시스 (Pseudomonas koreensis), 슈도모나스 쿤민겐시스 (Pseudomonas kunmingensis), 슈도모나스 마르기날리스 (Pseudomonas marginalis), 슈도모나스 무시도렌스 (Pseudomonas mucidolens), 슈도모나스 파나시스 (Pseudomonas panacis), 슈도모나스 플레코글로시시다 (Pseudomonas plecoglossicida), 슈도모나스 포아에 (Pseudomonas poae), 슈도모나스 슈도알칼리게네스 (Pseudomonas pseudoalcaligenes), 슈도모나스 푸티다 (Pseudomonas putida), 슈도모나스 레이네케이 (Pseudomonas reinekei), 슈도모나스 리조스파에라에 (Pseudomonas rhizosphaerae), 슈도모나스 셀레니이프라에시피탄스 (Pseudomonas seleniipraecipitans), 슈도모나스 움손겐시스 (Pseudomonas umsongensis), 슈도모나스 자오돈겐시스 (Pseudomonas zhaodongensis), 슈도노카르디아 알라니니필라 (Pseudonocardia alaniniphila), 슈도노카르디아 아미니옥시단스 (Pseudonocardia ammonioxydans), 슈도노카르디아 아우토트로피카 (Pseudonocardia autotrophica), 슈도노카르디아 콩주엔시스 (Pseudonocardia kongjuensis), 슈도노카르디아 윤나넨시스 (Pseudonocardia yunnanensis), 슈도로도페락스 솔라이 (Pseudorhodoferax soli), 슈도잔토모나스 대전넨시스 (Pseudoxanthomonas daejeonensis), 슈도잔토모나스 인디카 (Pseudoxanthomonas indica), 슈도잔토모나스 카오시운겐시스 (Pseudoxanthomonas kaohsiungensis), 사이크로박터 아쿠아티쿠스 (Psychrobacter aquaticus), 사이크로박터 아크티쿠스 (Psychrobacter arcticus), 사이크로박터 셀러 (Psychrobacter celer), 사이크로 박터 마린콜라 (Psychrobacter marincola), 사이크로박터 니비마리스 (Psychrobacter nivimaris), 사이크로박터 오코츠켄시스 (Psychrobacter 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(Rhodococcus enclensis), 로도페락스 사이덴바켄시스 (Rhodoferax saidenbachensis), 리켓치아 카나덴시스 (Rickettsia canadensis), 리켓치아 헤일론지안겐시스 (Rickettsia heilongjiangensis), 리켓치아 호네이 (Rickettsia honei), 리켓치아 라오울티이 (Rickettsia raoultii), 로세아텔레스 아쿠아틸리스 (Roseateles aquatilis), 로세아텔레스 아쿠아틸리스 (Roseateles aquatilis), 살모넬라 엔테리카 (Salmonella enterica) subsp. 살라마에 (salamae), 세라티아 피카리아 (Serratia ficaria), 세라티아 미오티스 (Serratia myotis), 세라티아 베스퍼틸리오니스 (Serratia vespertilionis), 슈와넬라 아에스투아리이 (Shewanella aestuarii), 슈와넬라 데콜로라티오니스 (Shewanella decolorationis), 스핀고비움 아미엔스 (Sphingobium amiense), 스핀고비움 바데리 (Sphingobium baderi), 스핀고비움 바타이이 (Sphingobium barthaii), 스핀고비움 클로로페놀리쿰 (Sphingobium chlorophenolicum), 스핀고비움 쿠프리레시스텐스 (Sphingobium cupriresistens), 스핀고비움 체헨스 (Sphingobium czechense), 스핀고비움 풀리기니스 (Sphingobium fuliginis), 스핀고비움 인디쿰 (Sphingobium indicum), 스핀고비움 인디쿰 (Sphingobium indicum), 스핀고비움 자포니쿰 (Sphingobium japonicum), 스핀고비움 락토수텐스 (Sphingobium lactosutens), 스핀고모나스 독도넨시스 (Sphingomonas dokdonensis), 스핀고모나스 슈도산귀니스 (Sphingomonas pseudosanguinis), 스핀고픽시스 킬렌시스 (Sphingopyxis chilensis), 스핀고픽시스 프리베르겐시스 (Sphingopyxis fribergensis), 스핀고픽시스 그라눌리 (Sphingopyxis granuli), 스핀고픽시스 인디카 (Sphingopyxis indica), 스핀고픽시스 위트플라리엔시스 (Sphingopyxis witflariensis), 스타필로코쿠스 아그네티스 (Staphylococcus agnetis), 스타필로코쿠스 아우레우스 (Staphylococcus aureus) subsp. 아우레우스 (aureus), 스타필로코쿠스 에피더미디스 (Staphylococcus epidermidis), 스타필로코쿠스 호미니스 (Staphylococcus hominis) subsp. 노보비오셉티쿠스 (novobiosepticus), 스타필로코쿠스 네팔렌시스 (Staphylococcus nepalensis), 스타필로코쿠스 사프로피티쿠스 (Staphylococcus saprophyticus) subsp. 보비스 (bovis), 스타필로코쿠스 스시우리 (Staphylococcus sciuri) subsp. 카르나티쿠스 (carnaticus), 스트렙토마이세스 카에룰레아투스 (Streptomyces caeruleatus), 스트렙토마이세스 카나리우스 (Streptomyces canarius), 스트렙토마이세스 카포아무스 (Streptomyces capoamus), 스트렙토마이세스 시스카우카시쿠스 (Streptomyces ciscaucasicus), 스트렙토마이세스 그리세오루비기노수스 (Streptomyces griseorubiginosus), 스트렙토마이세스 올리바세오비리디스 (Streptomyces olivaceoviridis), 스트렙토마이세스 파나시라디시스 (Streptomyces panaciradicis), 스트렙토마이세스 파에오푸르푸레우스 (Streptomyces phaeopurpureus), 스트렙토마이세스 슈도베네주엘라에 (Streptomyces pseudovenezuelae), 스트렙토마이세스 레시스토마이시피쿠스 (Streptomyces resistomycificus), 티안웨이타니아 세디미니스 (Tianweitania sediminis), 추카무렐라 파우로메타볼라 (Tsukamurella paurometabola), 바리오보락스 구안시엔시스 (Variovorax guangxiensis), 보게셀라 알칼리필라 (Vogesella alkaliphila), 잔토모나스 아르보리콜라 (Xanthomonas arboricola), 잔토모나스 악소노포디스 (Xanthomonas axonopodis), 잔토모나스 카사바에 (Xanthomonas cassavae), 잔토모나스 쿠쿠르비타에 (Xanthomonas cucurbitae), 잔토모나스 시나라에 (Xanthomonas cynarae), 잔토모나스 유베시카토리아 (Xanthomonas euvesicatoria), 잔토모나스 프라가리아에 (Xanthomonas fragariae), 잔토모나스 가르드네리 (Xanthomonas gardneri), 잔토모나스 퍼포란스 (Xanthomonas perforans), 잔토모나스 피시 (Xanthomonas pisi), 잔토모나스 포풀리 (Xanthomonas populi), 잔토모나스 비시콜라 (Xanthomonas vasicola), 제노필루스 아에로라투스 (Xenophilus aerolatus), 여시니아 누르미이 (Yersinia nurmii), 아비오트로피아 데펙티바 (Abiotrophia defectiva), 아시도셀라 아미놀리티카 (Acidocella aminolytica), 아시네토박터 구안돈겐시스 (Acinetobacter guangdongensis), 아시네토박터 파르부스 (Acinetobacter parvus), 아시네토박터 라디오레시스텐스 (Acinetobacter radioresistens), 아시네토박터 솔라이 (Acinetobacter soli), 아시네토박터 바리아빌리스 (Acinetobacter variabilis), 악티노마이세스 카르디펜시스 (Actinomyces cardiffensis), 악티노마이세스 덴탈리스 (Actinomyces dentalis), 악티노마이세스 유로파에우스 (Actinomyces europaeus), 악티노마이세스 제렌세리아에 ( Actinomyces gerencseriae), 악티노마이세스 그라에베니치이 (Actinomyces graevenitzii), 악티노마이세스 할리오티스 (Actinomyces haliotis), 악티노마이세스 존소니이 (Actinomyces johnsonii), 악티노마이세스 마실리엔시스 (Actinomyces massiliensis), 악티노마이세스 메이에리 (Actinomyces meyeri), 악티노마이세스 메이에리 (Actinomyces meyeri), 악티노마이세스 나에슬룬디이 (Actinomyces naeslundii), 악티노마이세스 네우이이 (Actinomyces neuii) subsp. 아니트라투스 (anitratus), 악티노마이세스 오돈톨리티쿠스 (Actinomyces odontolyticus), 악티노마이세스 오리스 (Actinomyces oris), 악티노마이세스 투리센시스 (Actinomyces turicensis), 악티노마이세토스포라 코르티시콜라 (Actinomycetospora corticicola), 악티노티그눔 샤알리이 (Actinotignum schaalii), 아에로코쿠스 크리스텐세니이 (Aerococcus christensenii), 아에로코쿠스 우리나에 (Aerococcus urinae), 아에로니크로비움 플라붐 (Aeromicrobium flavum), 아에로미크로비움 마실리엔스 (Aeromicrobium massiliense), 아에로미크로비움 탐렌스 (Aeromicrobium tamlense), 아에로모나스 샤르마나 (Aeromonas sharmana), 아그레가티박터 아프로필루스 (Aggregatibacter aphrophilus), 아그레가티박터 세그니스 (Aggregatibacter segnis), 아그로코쿠스 발드리 (Agrococcus baldri), 알비박터 메틸로보란스 (Albibacter Methylovorans), 알칼리게네스 패칼리스 (Alcaligenes faecalis) subsp. 패칼리스 (faecalis), 알고리파구스 라트코우스키이 (Algoriphagus ratkowskyi), 알칼리박테리움 올리바포블리티쿠스 (Alkalibacterium olivapovliticus), 알칼리박테리움 펠라기움 (Alkalibacterium pelagium), 알칼리박테리움 펠라기움 (Alkalibacterium pelagium), 알로프레보텔라 라바 (Alloprevotella rava), 알소박터 메탈리두란스 (Alsobacter metallidurans), 아마리코쿠스 카플리센시스 (Amaricoccus kaplicensis), 아마리코쿠스 베로넨시스 (Amaricoccus veronensis), 아나에로코쿠스 히드로게날리스 (Anaerococcus Hydrogenalis), 아나에로코쿠스 락톨리티쿠스 (Anaerococcus lactolyticus), 아나에로코쿠스 무르도키이 (Anaerococcus murdochii), 아나에로코쿠스 옥타비우스 (Anaerococcus octavius), 아나에로코쿠스 프레보티이 (Anaerococcus prevotii), 아나에로코쿠스 바지날리스 (Anaerococcus vaginalis), 아쿠아박테리움 시트라티필룸 (Aquabacterium citratiphilum), 아쿠아박테리움 올레이 (Aquabacterium olei), 아쿠아박테리움 올레이 (Aquabacterium olei), 아쿠아박테리움 파르븀 (Aquabacterium parvum), 아퀸콜라 터티아리카르보니스 (Aquincola tertiaricarbonis), 아르코박터 베네루피스 (Arcobacter venerupis), 아르세니시코쿠스 볼리덴시스 (Arsenicicoccus bolidensis), 아트로박터 루시쿠스 (Arthrobacter russicus), 아스티카카울리스 엑센트리쿠스 (Asticcacaulis excentricus), 아토포비움 델타에 (Atopobium deltae), 아토포비움 파르불룸 (Atopobium parvulum), 아토포비움 리마에 (Atopobium rimae), 아토포비움 바지나에 (Atopobium vaginae), 아우레이모나스 알타리렌시스 (Aureimonas altamirensis), 아우레이모나스 루비기니스 (Aureimonas rubiginis), 아조스피라 오리자에 (Azospira oryzae), 아조스피릴룸 오리자에 (Azospirillum oryzae), 바실러스 서쿨란스 (Bacillus circulans), 바실러스 드렌텐시스 (Bacillus drentensis), 바실러스 파스티디오수스 (Bacillus fastidiosus), 바실러스 레헨시스 (Bacillus lehensis), 바실러스 오세아니세디미니스 (Bacillus oceanisediminis), 바실러스 리조스파에라에 (Bacillus rhizosphaerae), 박테리오보락스 스톨피이 (Bacteriovorax stolpii), 박테로이데스 코아굴란스 (Bacteroides coagulans), 박테로이데스 도레이 (Bacteroides dorei), 박테로이데스 프라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 오바투스 (Bacteroides ovatus), 박테로이데스 스테르코리스 (Bacteroides stercoris), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 불가투스 (Bacteroides vulgatus), 브델로비브리오 박테리오보루스 (Bdellovibrio bacteriovorus), 브델로비브리오 엑소보루스 (Bdellovibrio exovorus), 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salmoninarum), 바리바쿨룸 캄브리엔스 (Varibaculum cambriense), 비브리오 메츠니코비이 (Vibrio metschnikovii), 잔토박터 타게티디스 (Xanthobacter tagetidis), 제노필루스 아에로라투스 (Xenophilus aerolatus), 제노필루스 아르세니시레시스텐스 (Xenophilus arseniciresistens), 이멜라 루테아 (Yimella lutea), 짐머만넬라 알바 (Zimmermannella alba), 짐머만넬라 비피다 (Zimmermannella bifida) 및/또는 주글로에아 카에니 (Zoogloea caeni)이다.
다른 구현예에서, 표적화된 박테리아 세포는 질 미생물총에서 통상적으로 발견되는 것들이고, 제한없이, 아시네토박터 안티비랄리스 (Acinetobacter antiviralis), 아시네토박터 바우만니이 (Acinetobacter baumannii), 아시네토박터 칼코아세티쿠스 (Acinetobacter calcoaceticus), 아시네토박터 존소니이 (Acinetobacter johnsonii), 악티노바쿨룸 마실리엔스 (Actinobaculum massiliense), 악티노바쿨룸 스카알리이 (Actinobaculum schaalii), 악티노마이세스 유로파에우스 (Actinomyces europaeus), 악티노마이세스 그라에베니트지이 (Actinomyces graevenitzii), 악티노마이세스 이스라엘리이 (Actinomyces israelii), 악티노마이세스 메이에리 (Actinomyces meyeri), 악티노마이세스 나에스룬디이 (Actinomyces naeslundii), 악티노마이세스 네우이이 (Actinomyces neuii), 악티노마이세스 오돈톨리티쿠스 (Actinomyces odontolyticus), 악티노마이세스 투리센시스 (Actinomyces turicensis), 악티노마이세스 우로게니탈리스 (Actinomyces urogenitalis), 악티노마이세스 비스코수스 (Actinomyces viscosus), 아에로코쿠스 크리스텐세니이 (Aerococcus christensenii), 아에로코쿠스 우리나에 (Aerococcus urinae), 아에로코쿠스 비리단스 (Aerococcus viridans), 아에로모나스 엔켈레이아 (Aeromonas encheleia), 아에로모나스 살모니시다 (Aeromonas salmonicida), 아피피아 마실리엔시스 (Afipia massiliensis), 아그로박테리움 투머파시엔스 (Agrobacterium tumefaciens), 알고리파구스 아쿠아틸리스 (Algoriphagus aquatilis), 알리이비브리오 우다니스 (Aliivibrio wodanis), 알리스티페스 피네골디이 (Alistipes finegoldii), 알로이오코쿠스 오티티스 (Alloiococcus otitis), 알로프레보텔라 탄네라에 (Alloprevotella tannerae), 알로스카르도비아 옴니콜렌스 (Alloscardovia omnicolens), 알테레리트로박터 에폭시디보란스 (Altererythrobacter epoxidivorans), 암모니필루스 옥살리필루스 (Ammoniphilus oxalaticus), 암니박테리움 키온기엔스 (Amnibacterium kyonggiense), 아나에로코쿠스 히드로게날리스 (Anaerococcus hydrogenalis), 아나에로코쿠스 락톨리티쿠스 (Anaerococcus lactolyticus), 아나에로코쿠스 무르도키이 (Anaerococcus murdochii), 아나에로코쿠스 오베시엔시스 (Anaerococcus obesiensis), 아나에로코쿠스 프레보티이 (Anaerococcus prevotii), 아나에로코쿠스 테트라디우스 (Anaerococcus tetradius), 아나에로코쿠스 바지날리스 (Anaerococcus vaginalis), 아나에로글로부스 게미나투스 (Anaeroglobus geminatus), 아녹시바실러스 푸시키노엔시스 (Anoxybacillus pushchinoensis), 아쿠아박테리움 파르븀 (Aquabacterium parvum), 아르카노박테리움 포카에 (Arcanobacterium phocae), 아트로박터 아우레센스 (Arthrobacter aurescens), 아스티카카울리스 엑센트리쿠스 (Asticcacaulis excentricus), 아토포비움 미누툼 (Atopobium minutum), 아토포비움 파르불룸 (Atopobium parvulum), 아토포비움 리마에 (Atopobium rimae), 아토포비움 바지나에 (Atopobium vaginae), 아비박테리움 갈리나룸 (Avibacterium gallinarum), 바실러스 악시디콜라 (Bacillus acidicola), 바실러스 아트로파에우스 (Bacillus atrophaeus), 바실러스 세레우스 (Bacillus cereus), 바실러스 시바이 (Bacillus cibi), 바실러스 코아후일렌시스 (Bacillus coahuilensis), 바실러스 가에모켄시스 (Bacillus gaemokensis), 바실러스 메타놀리쿠스 (Bacillus methanolicus), 바실러스 올레로니우스 (Bacillus oleronius), 바실러스 푸밀루스 (Bacillus pumilus), 바실러스 사클레토니이 (Bacillus shackletonii), 바실러스 스포로써모두란스 (Bacillus sporothermodurans), 바실러스 서브틸리스 (Bacillus subtilis), 바실러스 와코엔시스 (Bacillus wakoensis), 바실러스 웨이헨스테파넨시스 (Bacillus weihenstephanensis), 박테로이데스 바르네시아에 (Bacteroides barnesiae), 박테로이데스 코아굴란스 (Bacteroides coagulans), 박테로이데스 도레이 (Bacteroides dorei), 박테로이데스 파에시스 (Bacteroides faecis), 박테로이데스 포르시투스 (Bacteroides forsythus), 박테로이데스 프라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 노르디이 (Bacteroides nordii), 박테로이데스 오바투스 (Bacteroides ovatus), 박테로이데스 살리에르시아에 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 스테르코리스 (Bacteroides stercoris), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 불가투스 (Bacteroides vulgatus), 박테로이데스 자일라니솔벤스 (Bacteroides xylanisolvens), 박테로이데스 주글레오포르만스 (Bacteroides zoogleoformans), 바르네시엘라 비스세리콜라 (Barnesiella viscericola), 바르가바에아 세셈벤시스 (Bhargavaea cecembensis), 비피도박테리움 알돌레센티스 (Bifidobacterium adolescentis), 비피도박테리움 비피둠 (Bifidobacterium bifidum), 비피도박테리움 브레베 (Bifidobacterium breve), 비피도박테리움 덴티움 (Bifidobacterium dentium), 비피도박테리움 롱검 (Bifidobacterium logum) subsp. 인판티스 (infantis), 비피도박테리움 롱검 (Bifidobacterium longum), 비피도박테리움 슈도카테눌라툼 (Bifidobacterium pseudocatenulatum), 비피도박테리움 스카르도비이 (Bifidobacterium scardovii), 빌로필라 와드스워티아 (Bilophila wadsworthia), 블라우티아 히드로게노트로피카 (Blautia Hydrogenotrophica), 브라우티아 오베움 (Blautia obeum), 블라우티아 프로덕타 (Blautia producta), 브란키박테리움 패시움 (Brachybacterium faecium), 브라디리조비움 자포니쿰 (Bradyrhizobium japonicum), 브레비박테리움 맥브렐네리 (Brevibacterium mcbrellneri), 브레비박테리움 오티티디스 (Brevibacterium otitidis), 브레비박테리움 파우시보란스 (Brevibacterium paucivorans), 불레이디아 엑스트룩타 (Bulleidia extructa), 버크홀데리아 푼고룸 (Burkholderia fungorum), 버크홀데리아 페놀리럽틱스 (Burkholderia phenoliruptix), 칼디셀룰로시럽토르 사카롤리티쿠스 (Caldicellulosiruptor saccharolyticus), 칼디모나스 타이와넨시스 (Caldimonas taiwanensis), 캄필로박터 그라실리스 (Campylobacter gracilis), 캄필로박터 호미니스 (Campylobacter hominis), 캄필로박터 스푸토룸 (Campylobacter sputorum), 캄필로박터 우레올리티쿠스 (Campylobacter ureolyticus), 카프노시토파가 오크라세아 (Capnocytophaga ochracea), 카르디오박테리움 호미니스 (Cardiobacterium hominis), 카토넬라 모르비 (Catonella morbi), 클라미디아 트라코마티스 (Chlamydia trachomatis), 클라미도필라 아보르투스 (Chlamydophila abortus), 콘드로마이세스 로부스투스 (Chondromyces robustus), 크리세오박테리움 아쿠아티쿰 (Chryseobacterium aquaticum), 시트로박터 윤가에 (Citrobacter youngae), 클로아시박테리움 노르마넨스 (Cloacibacterium normanense), 클로스트리듐 카벤디시이 (Clostridium cavendishii), 클로스트리듐 콜리카니스 (Clostridium colicanis), 클로스트리듐 제주엔스 (Clostridium jejuense), 클로스트리듐 퍼프린젠스 (Clostridium perfringens), 클로스트리듐 라모숨 (Clostridium ramosum), 클로스트리듐 소르델리이 (Clostridium sordellii), 클로스트리듐 비리데 (Clostridium viride), 코마모나스 테리게나 (Comamonas terrigena), 코리네박테리움 아콜렌스 (Corynebacterium accolens), 코리네박테리움 아펜디시스 (Corynebacterium appendicis), 코리네박테리움 코일레아에 (Corynebacterium coyleae), 코리네박테리움 글루쿠로놀리티쿰 (Corynebacterium glucuronolyticum), 코리네박테리움 글루타미쿰 (Corynebacterium glutamicum), 코리네박테리움 제이케이움 (Corynebacterium jeikeium), 코리네박테리움 크롭펜스테드티이 (Corynebacterium kroppenstedtii), 코리네박테리움 리포필로플라붐 (Corynebacterium lipophiloflavum), 코리네박테리움 미누티시뭄 (Corynebacterium minutissimum), 코리네박테리움 무시파시엔스 (Corynebacterium mucifaciens), 코리네박테리움 누루카이 (Corynebacterium nuruki), 코리네박테리움 슈도제니탈리움 (Corynebacterium pseudogenitalium), 코리네박테리움 피루비시프로두센스 (Corynebacterium pyruviciproducens), 코리네박테리움 신굴라레 (Corynebacterium singulare), 코리네박테리움 스트리아툼 (Corynebacterium striatum), 코리네박테리움 투버큘로스테아리쿰 (Corynebacterium tuberculostearicum), 코리네박테리움 제로시스 (Corynebacterium xerosis), 크리오박테리움 사이크로필룸 (Cryobacterium psychrophilum), 쿠르토박테리움 플라쿰파시엔스 (Curtobacterium flaccumfaciens), 큐티박테리움 아크네스 (Cutibacterium acnes), 큐티박테리움 아비둠 (Cutibacterium avidum), 시토파가 자일라놀리티카 (Cytophaga xylanolytica), 데이노코쿠스 라디오필루스 (Deinococcus radiophilus), 델프티아 추루하텐시스 (Delftia tsuruhatensis), 데술포비브리오 데술푸리칸스 (Desulfovibrio desulfuricans), 디알리스터 인비수스 (Dialister invisus), 디알리스터 미크로아에로필루스 (Dialister micraerophilus), 디알리스터 뉴모신테스 (Dialister pneumosintes), 디알리스터 프로피오니시파시엔스 (Dialister propionicifaciens), 딕케야 크리산테미 (Dickeya chrysanthemi), 도레아 론기카테나 (Dorea longicatena), 에게르텔라 렌타 (Eggerthella lenta), 에게르티아 카테나포르미스 (Eggerthia catenaformis), 에이케넬라 코로덴스 (Eikenella corrodens), 엔히드로박터 아에로사쿠스 (Enhydrobacter aerosaccus), 엔테로박터 아스부리아에 (Enterobacter asburiae), 엔테로박터 클로아카에 (Enterobacter cloacae), 엔테로코쿠스 아비움 (Enterococcus avium), 엔테로코쿠스 두란스 (Enterococcus durans), 엔테로코쿠스 패칼리스 (Enterococcus faecalis), 엔테로코쿠스 패시움 (Enterococcus faecium), 엔테로코쿠스 히라에 (Enterococcus hirae), 어위니아 페르시시나 (Erwinia persicina), 어위니아 라폰티시 (Erwinia rhapontici), 어위니아 톨레타나 (Erwinia toletana), 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli), 에스케리치아 페르구소니이 (Escherichia fergusonii), 유박테리움 브라키 (Eubacterium brachy), 유박테리움 엘리겐스 (Eubacterium eligens), 유박테리움 노다툼 (Eubacterium nodatum), 유박테리움 렉탈레 (Eubacterium rectale), 유박테리움 사페눔 (Eubacterium saphenum), 유박테리움 시라에움 (Eubacterium siraeum), 유박테리움 술사이 (Eubacterium sulci), 유박테리움 유리이 (Eubacterium yurii), 엑시구오박테리움 아세틸리쿰 (Exiguobacterium acetylicum), 팍클라미아 이그나바 (Facklamia ignava), 파에칼리박테리움 프라우스니트지이 (Faecalibacterium prausnitzii), 필리팍토르 알로시스 (Filifactor alocis), 피네골디아 마그나 (Finegoldia magna), 푸소박테리움 고니디아포르만스 (Fusobacterium gonidiaformans), 푸소박테리움 뉴클레아툼 (Fusobacterium nucleatum), 푸소박테리움 페리오돈티쿰 (Fusobacterium periodonticum), 카르드네렐라 바지날리스 (Gardnerella vaginalis), 제멜라 아사카롤리티카 (Gemella asaccharolytica), 제멜라 베르게리 (Gemella bergeri), 제멜라 해몰리산스 (Gemella haemolysans), 제멜라 산귀니스 (Gemella sanguinis), 지오바실러스 스테아로써모필루스 (Geobacillus stearothermophilus), 지오바실러스 써모카테눌라투스 (Geobacillus thermocatenulatus), 지오바실러스 써모글루코시다시우스 (Geobacillus thermoglucosidasius), 지오박터 글비시아에 (Geobacter grbiciae), 그라눌리카텔라 엘레간스 (Granulicatella elegans), 해모필러스 두크레이이 (Haemophilus ducreyi), 해모필러스 해몰리티쿠스 (Haemophilus haemolyticus), 해모필러스 파라해몰리티쿠스 (Haemophilus parahaemolyticus), 해모필러스 파라인플루엔자에 (Haemophilus parainfluenzae), 하프니아 알베이 (Hafnia alvei), 할로모나스 메리디아나 (Halomonas meridiana), 할로모나스 포세아에 (Halomonas phoceae), 할로모나스 베누스타 (Halomonas venusta), 헤르바스피릴룸 세로페디카에 (Herbaspirillum seropedicae), 잔티노박테리움 리비둠 (Janthinobacterium lividum), 존케텔라 안트로피 (Jonquetella anthropi), 클렙시엘라 그라눌로마티스 (Klebsiella granulomatis), 클렙시엘라 옥시토카 (Klebsiella oxytoca), 클렙시엘라 뉴모니아에 (Klebsiella pneumoniae), 락토바실러스 악시도필루스 (Lactobacillus acidophilus), 락토바실러스 아밀로보루스 (Lactobacillus amylovorus), 락토바실러스 브레비스 (Lactobacillus brevis), 락토바실러스 콜레오호미니스 (Lactobacillus coleohominis), 락토바실러스 크리스파투스 (Lactobacillus crispatus), 락토바실러스 쿠르바투스 (Lactobacillus curvatus), 락토바실러스 델브루엑키이 (Lactobacillus delbrueckii), 락토바실러스 페르멘툼 (Lactobacillus fermentum), 락토바실러스 가세리 (Lactobacillus gasseri), 락토바실러스 헬베티쿠스 (Lactobacillus helveticus), 락토바실러스 이네르스 (Lactobacillus iners), 락토바실러스 젠세니이 (Lactobacillus jensenii), 락토바실러스 존소니이 (Lactobacillus johnsonii), 락토바실러스 칼릭센시스 (Lactobacillus kalixensis), 락토바실러스 케피라노파시엔스 (Lactobacillus kefiranofaciens), 락토바실러스 킴치쿠스 (Lactobacillus kimchicus), 락토바실러스 키타사토니스 (Lactobacillus kitasatonis), 락토바실러스 무코사에 (Lactobacillus 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펩토니필루스 마실리엔시스 (Peptoniphilus massiliensis), 펩토스트렙토코쿠스 아나에로비우스 (Peptostreptococcus anaerobius), 펩토스트렙토코쿠스 마시리아에 (Peptostreptococcus massiliae), 펩토스트렙토코쿠스 스토마티스 (Peptostreptococcus stomatis), 포토박테리움 안구스툼 (Photobacterium angustum), 포토박테리움 프리기디필룸 (Photobacterium frigidiphilum), 포토박테리움 포스포레움 (Photobacterium phosphoreum), 포피로모나스 아사카롤리티카 (Porphyromonas asaccharolytica), 포르피로모나스 벤노니스 (Porphyromonas bennonis), 포르피로모나스 카토니아에 (Porphyromonas catoniae), 포르피로모나스 엔도돈탈리스 (Porphyromonas endodontalis), 포르피로모나스 진지발리스 (Porphyromonas gingivalis), 포르피로모나스 소머라에 (Porphyromonas somerae), 포르피로모나스 우에노니스 (Porphyromonas uenonis), 프레보텔라 암니이 (Prevotella amnii), 프레보텔라 바로니아에 (Prevotella baroniae), 프레보텔라 베르겐시스 (Prevotella bergensis), 프레보텔라 비비아 (Prevotella bivia), 프레보텔라 부카에 (Prevotella buccae), 프레보텔라 부칼리스 (Prevotella buccalis), 프레보텔라 콜로란스 (Prevotella colorans), 프레보텔라 코프리 (Prevotella copri), 프레보텔라 코르포리스 (Prevotella corporis), 프레보텔라 덴탈리스 (Prevotella dentalis), 프레보텔라 덴티콜라 (Prevotella denticola), 프레보텔라 디시엔스 (Prevotella disiens), 프레보텔라 인테르메디아 (Prevotella intermedia), 프레보텔라 로에스케이 (Prevotella loescheii), 프레보텔라 마르시이 (Prevotella marshii), 프레보텔라 멜라니노게니카 (Prevotella melaninogenica), 프레보텔라 미칸스 (Prevotella micans), 프레보텔라 니그레센스 (Prevotella nigrescens), 프레보텔라 오리스 (Prevotella oris), 프레보텔라 프레우리티디스 (Prevotella pleuritidis), 프레보텔라 루미니콜라 (Prevotella ruminicola), 프레보텔라 샤히이 (Prevotella shahii), 프레보텔라 스테르코레아 (Prevotella stercorea), 프레보텔라 티모넨시스 (Prevotella timonensis), 프레보텔라 베로랄리스 (Prevotella veroralis), 프로피오니미크로비움 림포필룸 (Propionimicrobium lymphophilum), 프로테우스 미라빌리스 (Proteus mirabilis), 슈도모나스 아비에타니필라 (Pseudomonas abietaniphila), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 슈도모나스 아미그달리 (Pseudomonas amygdali), 슈도모나스 아조토포르만스 (Pseudomonas azotoformans), 슈도모나스 클로로라피스 (Pseudomonas chlororaphis), 슈도모나스 쿠아트로시에네가센시스 (Pseudomonas cuatrocienegasensis), 슈도모나스 플루오레센스 (Pseudomonas fluorescens), 슈도모나스 풀바 (Pseudomonas fulva), 슈도모나스 루테아 (Pseudomonas lutea), 슈도모나스 무시돌렌스 (Pseudomonas mucidolens), 슈도모나스 올레오보란스 (Pseudomonas oleovorans), 슈도모나스 오리엔탈리스 (Pseudomonas orientalis), 슈도모나스 슈도알칼리게네스 (Pseudomonas pseudoalcaligenes), 슈도모나스 사이크로필라 (Pseudomonas psychrophila), 슈도모나스 푸티다 (Pseudomonas putida), 슈도모나스 신산타 (Pseudomonas synxantha), 슈도모나스 시린가에 (Pseudomonas syringae), 슈도모나스 톨라아시이 (Pseudomonas tolaasii), 슈도프로피오니박테리움 프로피오니쿰 (Pseudopropionibacterium propionicum), 라넬라 아쿠아틸리스 (Rahnella aquatilis), 랄스토니아 픽케티이 (Ralstonia pickettii), 랄스토니아 솔라나세아룸 (Ralstonia solanacearum), 라오울텔라 플란티콜라 (Raoultella planticola), 리조박터 다우시 (Rhizobacter dauci), 리조비움 에틀리 (Rhizobium etli), 로도코쿠스 파시안스 (Rhodococcus fascians), 로도슈도모나스 팔루스트리스 (Rhodopseudomonas palustris), 로세부리아 인테스티날리스 (Roseburia intestinalis), 로세부리아 이눌리니보란스 (Roseburia inulinivorans), 로티아 무실라기노사 (Rothia mucilaginosa), 루미노코쿠스 브로미이 (Ruminococcus bromii), 루미노코쿠스 그나부스 (Ruminococcus gnavus), 루미노코쿠스 토르케스 (Ruminococcus torques), 산귀박터 케디에이 (Sanguibacter keddieii), 세디미니박테리움 살모네움 (Sediminibacterium salmoneum), 셀레노모나스 보비스 (Selenomonas bovis), 세라티아 폰티콜라 (Serratia fonticola), 세라티아 리케파시엔스 (Serratia liquefaciens), 세라티아 마르세센스 (Serratia marcescens), 슈와넬라 알가에 (Shewanella algae), 슈와넬라 아마조넨시스 (Shewanella amazonensis), 시겔라 보이디이 (Shigella boydii), 시겔라 손네이 (Shigella sonnei), 슬락키아 엑시구아 (Slackia exigua), 스네아티아 암니이 (Sneathia amnii), 스테아티아 산귀네겐스 (Sneathia sanguinegens), 솔로박테리움 무레이 (Solobacterium moorei), 소란기움 셀룰로숨 (Sorangium cellulosum), 스핀고비움 아미엔스 (Sphingobium amiense), 스핀고비움 자포니쿰 (Sphingobium japonicum), 스핀고비움 야노이쿠야에 (Sphingobium yanoikuyae), 스핀고모나스 위티치 (Sphingomonas wittichii), 스포로사르시나 아퀴마리나 (Sporosarcina aquimarina), 스타필로코쿠스 아우레우스 (Staphylococcus aureus), 스타필로코쿠스 아우리쿨라리스 (Staphylococcus auricularis), 스타필로코쿠스 카피티스 (Staphylococcus capitis), 스타필로코쿠스 에피더미디스 (Staphylococcus epidermidis), 스타필로코쿠스 해몰리티쿠스 (Staphylococcus haemolyticus), 스타필로코쿠스 호미니스 (Staphylococcus hominis), 스타필로코쿠스 루그두넨시스 (Staphylococcus lugdunensis), 스타필로코쿠스 사프로피티쿠스 (Staphylococcus saprophyticus), 스타필로코쿠스 슬레이페리 (Staphylococcus schleiferi), 스타필로코쿠스 시미아에 (Staphylococcus simiae), 스타필로코쿠스 시물란스 (Staphylococcus simulans), 스타필로코쿠스 와르네리 (Staphylococcus warneri), 스테노트로포모나스 말토필리아 (Stenotrophomonas maltophilia), 스테녹시박터 아세티보란스 (Stenoxybacter acetivorans), 스트렙토코쿠스 아갈락티아에 (Streptococcus agalactiae), 스트렙토코쿠스 안지노수스 (Streptococcus anginosus), 스트렙토코쿠스 아우스탈리스 (Streptococcus australis), 스트렙토코쿠스 에퀴누스 (Streptococcus equinus), 스트렙토코쿠스 갈롤리티쿠스 (Streptococcus gallolyticus), 스트렙토코쿠스 인판티스 (Streptococcus infantis), 스트렙토코쿠스 인테르메디우스 (Streptococcus intermedius), 스트렙토코쿠스 루테티엔시스 (Streptococcus lutetiensis), 스트렙토코쿠스 마리마말리움 (Streptococcus marimammalium), 스트렙토코쿠스 미티스 (Streptococcus mitis), 스트렙토코쿠스 뮤탄스 (Streptococcus mutans), 스트렙토코쿠스 오랄리스 (Streptococcus oralis), 스트렙토코쿠스 파라산귀니스 (Streptococcus parasanguinis), 스트렙토코쿠스 포카에 (Streptococcus phocae), 스트렙토코쿠스 슈도뉴모니아에 (Streptococcus pseudopneumoniae), 스트렙토코쿠스 살리바리우스 (Streptococcus salivarius), 스트렙토코쿠스 산귀니스 (Streptococcus sanguinis), 스트렙토코쿠스 써모필루스 (Streptococcus thermophilus), 수테렐라 와드스워텐시스 (Sutterella wadsworthensis), 탄네렐라 포르시티아 (Tannerella forsythia), 테라해모필루스 아로마티시보란스 (Terrahaemophilus aromaticivorans), 트레포네마 덴티콜라 (Treponema denticola), 트레포네마 말토필룸 (Treponema maltophilum), 트레포네마 파르븀 (Treponema parvum), 트레포네마 빈센티이 (Treponema vincentii), 트루에페렐라 베르나르디아에 (Trueperella bernardiae), 투리셀라 오티티디스 (Turicella otitidis), 우레아플라스마 파르븀 (Ureaplasma parvum), 우레아플라스마 우레알리티쿰 (Ureaplasma urealyticum), 바리바쿨룸 캄브리엔스 (Varibaculum cambriense), 바리오보락스 파라독수스 (Variovorax paradoxus), 베일로넬라 아티피카 (Veillonella atypica), 베일로넬라 디스파르 (Veillonella dispar), 베일로넬라 몬트펠리에렌시스 (Veillonella montpellierensis), 베일로넬라 파르불라 (Veillonella parvula), 비르기바실러스 프루미이 (Virgibacillus proomii), 비리디바실러스 아레노시 (Viridibacillus arenosi), 비리디바실러스 아르비 (Viridibacillus arvi), 웨이셀라 시바리아 (Weissella cibaria), 웨이셀라 솔라이 (Weissella soli), 잔토모나스 감페스트리스 (Xanthomonas campestris), 잔토모나스 베시카토리아 (Xanthomonas vesicatoria), 조벨리아 라미나리아에 (Zobellia laminariae), 및/또는 주글로에아 라미게라 (Zoogloea ramigera)이다.
일 구현예에서, 표적화된 박테리아는 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli)이다.
일 구현예에서, 표적화된 박테리아는 큐티박테리움 아크네스 (Cutibacterium acnes), 보다 특히 계통군 IA1 또는 RT4, RT5, RT8, RT9, RT10 또는 클론 복합체 (CC) CC1, CC3, CC4, 보다 특히 ST1, ST3, ST4로부터의 여드름 관련 쿠니박테리움 아크네스이다.
따라서, 본 명세서에 개시된 제1 유형의 박테리오파지 및 그러므로 본 발명의 파지 입자 또는 파지-유래 전달 입자는 특히 페이로드를 특이적으로 전달하기 위해서 전술된 박테리아의 속 및/또는 종 중 어느 하나 이상으로부터의 박테리아 세포를 표적화 (예를 들어, 특이적으로 표적화)할 수 있다.
일 구현예에서, 표적화된 박테리아는 병원성 박테리아이다. 표적화된 박테리아는 병독성 박테리아일 수 있다.
표적화된 박테리아는 바람직하게 확장-스펙트럼 베타-락타마제-생산 (ESBL) 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli), ESBL 클렙시엘라 뉴모니아에 (Klebsiella pneumoniae), 반코마이신-내성 엔테로코쿠스 (Enterococcus) (VRE), 메티실린-내성 스타필로코쿠스 아우레우스 (Staphylococcus aureus) (MRSA), 다제-내성 (MDR) 아시네토박터 바우만니이 (Acinetobacter baumannii), MDR 엔테로박터 (Enterobacter) spp., 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 항박테리아 내성 박테리아일 수 있다. 바람직하게, 표적화된 박테리아는 확장-스펙트럼 베타-락타마제-생산 (ESBL) 에스케리치아 콜라이 균주로 이루어진 군으로부터 선택되는 항박테리아 내성 박테리아일 수 있다.
대안적으로, 표적화된 박테리아는 소정 종의 마이크로바이옴의 박테리아, 바람직하게 인간 미생물총의 박테리아일 수 있다.
특정 구현예에서, 상기 표적화된 박테리아 세포는 생산 박테리아 세포와 상이한 종 또는 균주 유래이다.
하이브리드 헬퍼 파지 시스템 및 하이브리드 헬퍼 파지
본 발명은 또한
(i) 상기 "박테리오파지 및 박테리오파지로부터 유래되는 유전자" 부분에 정의된 바와 같은, 용해성 박테리오파지로부터 유래되는, 상기 "생산 박테리아 세포" 부분에 정의된 바와 같은, 적어도 하나의 파지 DNA 패키징 유전자(들),
(i') 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는, 상기 "생산 박테리아 세포" 부분에 정의된 바와 같은, 적어도 하나의 파지 구조 유전자(들),
(i") 임의로, 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는, 상기 "생산 박테리아 세포" 부분에 정의된 바와 같은, 파지 조절에 관여되는 적어도 하나의 파지 유전자(들), 및
(ii) 상기 "생산 박테리아 세포" 부분에 정의된 바와 같은, 파지 절제/삽입, 파지 DNA 복제, 및/또는 파지 조절에 관여되는, 상기 "박테리오파지 및 박테리오파지로부터 유래되는 유전자" 부분에 정의된 바와 같은, 비-용해성 박테리오파지로부터 유래되는, 상기 적어도 하나의 유전자
를 포함하는 하이브리드 헬퍼 파지 시스템에 관한 것으로서,
상기 유전자 (i), (i'), (i") 및 (ii)는 고유한 핵산 분자 또는 별개 핵산 분자에 포함되고,
상기 하이브리드 헬퍼 파지 시스템은 상기 비-용해성 박테리오파지로부터 유래되는, 임의의 발현된 파지 구조 유전자를 포함하지 않는다.
본 발명의 상황에서, 용어 "하이브리드 헬퍼 파지 시스템"은 상기 시스템을 포함하는 생산 박테리아 세포에 의해서 용해성 파지 입자 및/또는 용해성 파지-유래 전달 비히클을 생산할 수 있는, 상기 정의된 유전자 (i), (i'), 임의로 (i") 및 (ii)를 포함하는, 적어도 하나의 핵산 분자, 바람직하게 적어도 2개의 별개 핵산 분자의 그룹을 의미하고, 시스템이 적어도 2개의 별개 핵산 분자를 포함할 때, 상기 유전자 (i), (i'), 임의로 (i") 및 (ii)는 상기 적어도 2개의 별개 핵산 분자에 분포된다.
본 명세서에서 사용되는, 용어 "핵산"은 단일 가닥 또는 이중 가닥일 수 있거나 또는 단일 가닥 및 이중 가닥 서열 둘 모두의 일부분을 함유하는 함께 공유적으로 연결된 적어도 2개의 뉴클레오티드의 서열을 의미한다. 본 발명의 핵산은 천연 발생, 재조합 또는 합성일 수 있다. 핵산은 원형 서열 또는 선형 서열의 형태 또는 양쪽 형태의 조합일 수 있다. 핵산은 게놈이거나 또는 cDNA인, DNA, 또는 RNA, 또는 둘 모두의 조합일 수 있다. 핵산은 데옥시리보뉴클레오티드 및 리보뉴클레오티드의 임의 조합, 및 우라실, 아데닌, 티민, 시토신, 구아닌, 이노신, 잔틴, 하이포잔틴, 이소시토신, 5-히드록시메틸시토신 및 이소구아닌을 포함한, 염기의 임의 조합을 함유할 수 있다. 본 발명에서 사용될 수 있는 변형된 염기의 다른 예는 하기 문헌에서 상술된다: Weigele et al. Chem Rev. 2016 Oct 26;116 (20):12655-12687. 용어 "핵산"은 또한 제한없이, 포스포르아미드, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, O-메틸포스포로아미다이트 연결 및/또는 데옥시리보뉴클레오티드 및 리보뉴클레오티드 핵산을 포함하는 다른 골격을 함유할 수 있는 임의 핵산 유사체를 포괄한다. 핵산의 상기 특성의 임의 조합이 또한 본 발명에 포괄된다.
특정 구현예에서, 상기 유전자 (i), (i'), 임의로 (i") 및 (ii)는 박테리아 염색체, 특히 생산 박테리아 세포 염색체에 포함된다. 보다 특정한 구현예에서, 상기 유전자 (i), (i'), 임의로 (i") 및 (ii)는 박테리아 염색체에서 동일한 영역에 포함된다. 대안적인 구현예에서, 상기 유전자 (i), (i'), 임의로 (i") 및 (ii)는 박테리아 염색체에서 별도 영역에 포함된다.
대안적인 구현예에서, 상기 유전자 (i), (i'), 임의로 (i") 및 (ii)는 별개 플라스미드에 포함된다. 다른 특정 구현예에서, 상기 유전자 (i), (i'), 임의로 (i") 및 (ii)는 모두 동일 플라스미드에 포함된다.
다른 특정 구현예에서, 상기 유전자 (i), (i'), 임의로 (i") 및 (ii)는 각각 독립적으로 박테리아 염색체 또는 플라스미드에 포함된다.
보다 특정한 구현예에서, 상기 유전자 (i), (i'), 임의로 (i") 및 (ii)는 하이브리드 헬퍼 파지에 포함된다.
그러므로, 특정 구현예에서, 상기 하이브리드 헬퍼 파지 시스템은
(i) 상기 "박테리오파지 및 박테리오파지로부터 유래되는 유전자" 부분에 정의된 바와 같은, 용해성 박테리오파지로부터 유래되는, 상기 "생산 박테리아 세포" 부분에 정의된 바와 같은, 적어도 하나의 파지 DNA 패키징 유전자(들), 상기 "생산 박테리아 세포" 부분에 정의된 바와 같은, 적어도 하나의 파지 구조 유전자(들), 및 임의로 상기 "생산 박테리아 세포" 부분에 정의된 바와 같은, 파지 조절에 관여되는 적어도 하나의 파지 유전자(들), 및
(ii) 상기 "생산 박테리아 세포" 부분에 정의된 바와 같은, 파지 절제/삽입, 파지 DNA 복제, 및/또는 파지 조절에 관여되는, 상기 "박테리오파지 및 박테리오파지로부터 유래되는 유전자" 부분에 정의된 바와 같은, 비-용해성 박테리오파지로부터 유래되는, 적어도 하나의 유전자
를 포함하는 하이브리드 헬퍼 파지로 이루어지고,
상기 하이브리드 헬퍼 파지는 상기 비-용해성 박테리오파지로부터 유래되는, 임의 파지 구조 유전자를 포함하지 않는다.
"헬퍼 파지"란 본 명세서에서 파지미드 벡터를 사용할 때 입자 형성에 필수적인 유전자 생산물을 모두 제공하는 조작된 파지를 의미한다. 헬퍼 파지는 전형적으로 결함성 복제 기원 또는 패키징 신호를 갖고, 자가-패키징이 비효율적이다.
"하이브리드 헬퍼 파지"란 본 명세서에서 박테리오파지의 적어도 용해성 박테리오파지 및 비-용해성 박테리오파지로부터 유래되는 구성요소로 구성되는 조작된 헬퍼 파지를 의미한다.
특정 구현예에서, 본 발명의 하이브리드 헬퍼 파지는 프로파지로서 생산 박테리아 세포의 게놈에 통합된다.
제조 방법
본 발명은 용해성 파지 입자 또는 용해성 파지-유래 전달 비히클를 제조하기 위한 방법을 또한 고려하고, 방법은
(a) 발명의 생산 박테리아 세포를 제공하는 단계, 및
(b) 상기 생산 박테리아 세포에서, 상기 파지 구조 유전자(들) 중 상기 적어도 하나 및 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들) 중 적어도 하나의 발현, 및 상기 적어도 하나의 파지 구조 유전자(들) 및 상기 적어도 하나의 파지 DNA 패키징 유전자(들)에 의해 발현되는 생산물의 조립을 유도하여서, 용해성 파지 입자 또는 용해성 파지-유래 전달 비히클을 생성시키는 단계를 포함한다.
유도 단계 (b)는 당업자에게 충분히 공지된 임의 기술로 수행될 수 있다. 특히, 당업자가 이해하는 바와 같이, 상기 유도 단계는 상기 생산 박테리아 세포에서 상기 파지 구조 유전자 및 파지 DNA 패키징 유전자 중 상기 적어도 하나의 발현을 제어하는 특정 유도 기전에 의존하게 된다.
보다 특히, 상기 유도 기전이 파지 절제/삽입, 파지 DNA 복제, 및/또는 파지 조절에 관여되는, 비용해성 박테리오파지로부터 유래되는, 적어도 하나의 유전자를 포함하는 경우에, 상기 유도 단계는 상기 서열이 유래되는 박테리오파지에 의존적일 것임을 당업자는 이해할 것이다. 전형적으로, 상기 유도 단계는 열 유도 (이러한 신호 또는 조작된 리프레서 예컨대 람다 cI에 의해 천연적으로 촉발되는 파지 경우), 소형 분자 유도인자 (파지에 따라 좌우됨), 임의의 신호 촉발 SOS 반응 (예를 들어, 미토마이신 첨가) 등일 수 있다.
다르게 정의되지 않으면, 본 명세서에서 사용되는 모든 기술 및 과학적 용어는 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 통상적으로 이해되는 바와 동일한 의미를 갖는다.
본 명세서에서 사용되는 단수형 "일", "하나" 및 "그"는 문맥에서 분명하게 달리 명시하지 않으면 복수 참조를 포함한다는 것을 유의해야 한다. 따라서, 예를 들어, "한 세포"에 대한 참조는 다수의 이러한 세포 (예를 들어, 이러한 세포의 개체군)를 포함한다. 유사하게, "핵산"에 대한 참조는 하나 이상의 이러한 핵산을 포함한다.
본 발명이 그 특정 구현예와 함께 설명되었더라도, 다수의 대안, 변형 및 변동이 당업자에게 자명할 것이다. 따라서, 첨부된 청구항의 정신 및 광범위한 범주 내에 속하는 모든 이러한 대안, 변형 및 변동을 포괄하고자 한다.
본 명세서에서 언급된 모든 공개물들, 특허들, 및 특허 출원들은, 각각의 개별 공개물, 특허 또는 특허 출원이 참조로 본 명세서에 통합되도록 구체적으로 그리고 개별적으로 표시된 것과 동일한 정도로, 본 명세서에 참조로 전부 여기에 통합된다. 추가적으로, 본 출원에서의 임의의 참조물의 인용 또는 식별은, 그러한 참조물이 본 발명에 대한 선행 기술로서 이용가능하다는 허가로서 해석되지는 않을 것이다. 부제목이 사용되는 정도까지, 그들을 반드시 제한으로 해석해서는 않된다.
하기의 실시예는 본 발명의 다양한 구현예를 예시할 목적으로 제공되며, 어떠한 방식으로든 본 발명을 제한하려는 것이 아니다.
서열
도면의 간략한 설명
도 1: 람다 게놈 구성 (패키징된 파지). 구조 오페론은 후기 구조 오페론의 전사를 허용하는 항 종결 단백질 Q를 피롯하여, 붉은색으로 표시되어 있다. 도면은 [Rajagopala et al. BMC Microbiol 11, 213 (2011)]의 것을 각색하였다.
도 2: 람다-T7 하이브리드 프로파지 시스템에서 생산된 T7 파지미드의 적정. 생산 균주 CY-L7은 페이로드 p1883을 함유한다. 좌측 패널, MG1655에 대한 적정; 우측 패널, KEIO-waaG에 대한 적정.
도 3: 람다-T7 하이브리드 프로파지 시스템에서 생산된 T7 파지미드의 적정. 좌측 패널, MG1655에 대한 적정; 우측 패널, KEIO-waaG에 대한 적정. 좌측에서 우측으로: 좌측) 페이로드 p1883 + p1885 (빠른 분해의 T7 RNA 폴리머라제); 중간) 페이로드 p1883 + p1884 (중간 강도 분해의 T7 RNA 폴리머라제); 우측) 페이로드 p1883 단독.
도 4: PCR을 사용한 피. 프레우덴레이키의 확인. ORF3 및 ORF5에 대한 PCR을 모든 파지 현탁물에서 수행하였다. 플라크 1-3의 BW4는 orf3 및 orf5 둘 모두에 대해 예상 크기에서 밴드를 제공한다. 래더는 GeneRuler 1 kb 이다.
도 5: 리소겐 Pf0s14253의 중복감염에 대한 면역력. 좌측 패널: 4개의 상이한 BW-유사 파지 현탁물의 반점이 존재하는 Pf0s2841의 상층 한천. 우측 패널: 4개의 상이한 BW-유사 파지 현탁물의 반점이 존재하는 Pf0s14253의 상층 한천.
도 6: 미토마이신 C 처리 후 BW4 파지의 높은 유도. 좌측 패널: 미토마이신 C (MMC) 유도없이 Pf0s14253으로부터의 배양 상청액의 반점이 존재하는 Pf0s2841의 상층 한천 (ND: 희석 10-3 까지 미희석). 우측 패널: 0.5 μg/ml의 미토마이신 C 유도한 Pf0s14253로부터의 배양 상청액의 반점이 존재하는 Pf0s2841의 상층 한천 (ND: 희석 10-7 까지 미희석).
도 7: BW4 및 PAC7 박테리오파지의 게놈 구성. BW4 및 PAC7 게놈 구성은 패키징, 헤드, 테일, 및 용해 모듈을 함유하는 양쪽 추정 구조 오페론 (화살표 표시)과 유사하다.
도 8: 키메라 BW4-PAC7 프로파지의 구축. BW4 프로파지를 함유하는 균주 Pf1s22499로 pAN514 자살 플라스미드의 형질전환. 클로람페니콜 상에서 선택을 사용하여서 좌측 상동성 팔부 (LHA) 및 우측 상동성 팔부 (RHA)에서 이중 교차에 대해 선택되었다. 수득된 프로파지는 첫번째 BW4 gp1에 이어서 PAC7의 gp1-gp14가 후속되고, 클로람페니콜 선택 카세트 (CmR) 이후에 BW4 구조 유전자의 나머지 (gp15-gp25)가 존재하는 구조 오페론을 함유하는 키메라이다.
도 9: 코스미드 pAN594의 플라스미드 맵.
도 10: PAC7 파지-유래 입자의 적정. 좌측 패널:에리쓰로마이신에 도말된 Pf1s22904로부터의 적정. 우측 패널: 에리쓰로마이신에 도말된 임의의 코스미드를 보유하지 않는 균주 Pf1s22903의 대조군 현탁물로부터의 적정.
도 11: PCR에 의한 Pf1s22904 생산의 파지-유래 입자 적정으로부터 획선도말된 8개 콜로니에 대한 확인. 상단 패널: 파지 유래된 적정 어세이에서 획선도말된 8개 콜로니에 대한 SLTS PCR (Scholz 2014). 예상 크기는 612 bp이다. 하단 패널: 8개 콜로니에 대한 pAN594 특이적 PCR. 예상 크기는 769 bp이다. 래더는 generuler 1 kb plus이다.
실시예
실시예 1 : 용해성 파지의 구성요소로 람다의 구조 오페론의 교환
본 발명자는 그의 최종 출력이 더 많은 파지 입자의 생성인 다소 큰 유전자 회로로서 여겨질 수 있다고 생각하였다. 이를 위해서, 파지가 용해성, 잠재성 또는 만성 (예를 들어, 사상성 파지 예컨대 M13)인지 여부와 무관하게, 그들 게놈에서 코딩되는 정보는 대체로 수행되는 기능에 의존하여 대체로 다음과 같이 분류될 수 있다:
- 삽입/절제를 위한 유전자 (잠복성 파지 경우).
- DNA 복제, RNA 전사 등을 위한 유전자. 일부 용해성 파지는 예를 들어, 그들 자신의 RNA 또는 DNA 폴리머라제를 코딩한다. 일부 유전자는 종결자를 지나 작용할 수 있도록 숙주의 RNA 폴리머라제를 변형시키고, 일부 다른 유전자는 플라스미드 또는 선형 플라스미드 형태로 존재하는 경우에 프로파지 서열의 분리에 관여한다.
- 숙주의 항-파지 기전으로부터 방어, 용해성 주기를 완료하도록 숙주 구성요소의 분해/변형, 수퍼-배제 기전 또는 숙주에 유리한 유전자와 관련된 유전자.
- DNA 패키징을 위한 유전자: 터미나제 및 보조 단백질, 리가제 등.
- DNA를 위한 단백질 캡시드의 구축을 위한 구조 유전자: 엄격한 구조 유전자, 예컨대 캡시드 유전자, 테이프 메져, 섬유, 베이스플레이트 등 이외에도, 많은 다른 유전자가 성분 (샤페론, 프로테아제)을 비롯하여 세포로 주입되는 파일럿 단백질로서 또는 스캐폴드로서, 캡시드 내부에 패키징될 수 있는 단백질을 조립하는데 필요하다 (예를 들어, 파지 N4의 RNA 폴리머라제 또는 다른 파지의 일부 부 파일럿 단백질).
마지막 2개 범주 (NA 패키징 및 구조 유전자)는 깊이 연관되는데, 패키징 기구가 패키징하려는 사전-조립된 헤드 및 DNA를 인식하고, DNA 패키징을 개시하고 종결시키기 때문이다.
본 발명자는 상기 정의된 모든 모듈을 요약하고 구분지어서, 원칙적으로 시스템은 한 파지, 특히 비-용해성 파지 유래의 모든 절제/삽입, 복제 및 조절 구성요소를 함유하고, 다른 파지, 특히 용해성 파지 유래의 패키징/구조 구성요소를 코딩하는 시스템을 구축할 수 있다고 가정하였는데, 주로, 그들이 독립적인 유전자 모듈로서 여겨졌기 때문이다.
본 실시예에서, DNA 패키징에 필요한 단백질 및 성숙한 비리온을 조립하는데 필요한 구조 단백질에 대해서 "구조 구성요소"라고 한다.
이러한 "하이브리드 구조 파지"는 다음과 같은 이유로 상이한 접근법에 매우 유리할 수 있다:
- 실험실 작업/대규모 생산/더 안정할 수 있는 종은 구조 유전자가 다른 종에서 비롯된 이러한 입자를 생산하는데 사용될 수 있다;
- 순수한 파지미드 생산 균주는 상이한 파지의 캡시드 생산을 구동하는 충분히 특징규명된 파지 (예를 들어, 람다)의 조절 구성요소를 사용하여 구축될 수 있다;
- 마지막으로, 용해성 파지 캡시드의 생산을 구동하는 구조 하이브리드 프로파지 (즉, 게놈에 보유됨)를 구축할 수 있다.
이것이 본 명세서에서 개발한 접근법이다. 순수한 람다 파지미드를 생성시키는 시스템을 코딩하는 생산 균주를 사용하여서, 이러한 구조 오페론은 엄격한 용해성 이. 콜라이 파지 T7의 구조 구성요소로 교환되었다 (소형 터미나제부터 STF 유전자까지, 약 23 kb). 개략도는 람다 게놈 구성을 보여준다 (도 1).
이러한 시스템에서, 프로파지 람다의 열불안정성 형태는 프로파지를 절제하고, 원형화된 절제된 게놈을 복제하고, 종결방지 단백질 Q의 존재를 포함하여, 긴, 후기 오페론의 발현을 구동하는데 필요한 모든 조절 구성요소를 함유한다. 이것은 올바른 패키징 신호 (T7 경우 LTR)를 함유하는 플라스미드가 보충될 때 완전하게 다른 파지를 기반으로 하는 순수한 파지미드 입자의 조립 및 패키징을 구동해야 한다.
하이브리드의 구축
람다 프로파지 구조 오페론 (SEQ ID NO: 7)은 cos 부위 (s1965)없는 람다 프로파지를 함유하는 생산 균주로부터 출발하여서, 람다 레드 리콤비니어링 시스템을 사용하여, gp6.5에서 gp19.5까지 용해성 파지 T7의 구조 "오페론" (T7 RNA 폴리머라제가 이 영역 내에서 상이한 mRNA의 전사를 구동하므로 엄격한 오페론이 아님)으로 교환하였다. 하기 몇가지 변화를 추가로 만들었다:
- T7에서 추정 홀린 및 용해 유전자의 제거 (gp17.5 및 gp18.5);
- gp19 DNA 성숙화 단백질의 3' 부분 및 gp19와 그 다음 것, gp19.5 사이의 유전자간 영역의 재코딩 (하기 설명됨);
- 모든 T7 RNA 폴리머라제 프로모터는 온전하게 남았지만, T7 RNA 폴리머라제가 시스템에 첨가되지 않았다.
완전하게 편집된 구조 "오페론은 약 20 kb (SEQ ID NO: 8)에 걸친다. 최종 생산물은 CY-L7로 명명하였고, 임의의 특별한 언급없이 구축되었다.
생산 및 적정
[Auster et al. RNA Biol. 2019 Apr;16(4):595-599]에 기술된 바와 같이, T7에 의해 패키징되어야 하는 페이로드를 구축하였고, pJ23115-GFP T7 cos 2.0 (p1883, SEQ ID NO: 9)이라고 하였다. 이러한 페이로드는 T7에 의해 효율적으로 패키징되는데 필요한 5' LTR을 함유하였다. 이 플라스미드의 추정 패키징 영역은 gp19의 3' 부분 및 gp19와 gp19.5 사이의 유전자간 영역을 함유한다. 이러한 이유로, gp19의 3' 부분은 생산 균주의 게놈에 삽입되기 전에 재코딩되었고, 그래서 재조합이 방지된다.
다음으로, CY-L7 균주는 p1883 페이로드로 형질전환되었고, 생산은 하기 기술된 대로 수행되었다.
밤샘 배양물은 클로람페니콜이 보충된 LB+5 mM CaCl2 의 최종 부피에 1:6으로 희석하였고, 30분 동안 30℃에서 진탕하면서 성장시켰다. 이후에, 42℃에서 45분간-열충격을 수행하였다. 마지막으로, 배양은 37℃에서 3시간 동안 진탕하면서 성장시켰다. 이 기간 이후에, 세포는 원심분리를 통해서 회수하였고, 3 mL의 B-PER 단백질 추출 시약을 사용해 용해하였고, 600 mg의 세제 제거 바이오-비드를 첨가하고 약하게 진탕하면서 실온 인큐베이션을 1시간 동안 수행하였다. 이후, 용해물은 10분 동안 10,000 g에서 원심분리하였고, 상청액은 0.2 미크론 포어-크기 막에서 여과시켰다.
용해물은 이. 콜라이 MG1655 및 KEIO-waaG (T7 결합에 필수적인 것으로 확인된, waaG 유전자가 결실된 유도체 (Qimron et al. Proc Natl Acad Sci U S A. (2006) 103(50):19039-19044))에서 적정되었다. 파지미드사 생산되면, 콜로니는 MG1655 균주에서만 검출되어야 하는데, KEIO-waaG는 T7에 대한 수용체를 함유하지 않기 때문이다.
도 2에서 확인할 수 있듯이, 적은 수의 콜로니가 MG1655 컬럼에서만 검출되었다. 이러한 결과는 엄격 용해성 파지를 "길들"일 수 있고, 이의 구조 및 패키징 유전자는 용원성 파지 (람다)에 의해 제어되어서 T7을 기반으로 하는 순수한 파지미드 입자를 산출할 수 있다는 최초의 증거이다.
수득된 적정가는 매우 낮았지만, 순수한 T7-기반 파지미드가 생산되었다. 본 발명자는 상이한 합리적인 접근법을 적용하여서 적정가를 개선시키고자 하였다. 예를 들어, T7 플라스미드 또는 게놈 패키징을 위해서, 5' LTR 내 프로모터로부터 T7 폴리머라제에 의한 전사가 필요한 것으로 알려져 있다 (Chung et al. J Mol Biol. 1990 Dec 20;216(4):927-38). 추가적으로, T7 게놈은 이의 동족 RNA 폴리머라제에 의해 전사되고, 많은 상이한 T7 프로모터가, 상이한 구조 구성요소를 코딩하는 영역 내에서도, 발견된다 (Dunn et al. J Mol Biol. 1983 Jun 5;166(4):477-535). 이것은 상이한 mRNA를 생산하고 이후, 이. 콜라이 RNAse III에 의해 처리된다 (Studier et al. "Processing of bacteriophage T7 RNAs by RNase III" Ed: Thomas R. Russell, Keith Brew, Harvey Faber, Julius Schultz, From Gene to Protein: Information Transfer in Normal and Abnormal Cells, Academic Press, 1979, p. 261-269). 이러한 2가지 이유때문에, 생산 균주는 PhlF 리프레서의 제어 하에 유도성 플라스미드에서, 트랜스로 T7 RNA 폴리머라제가 보완되었다.
초기에, p1883 페이로드를 함유하는 CY-L7 균주에서 T7 RNA 폴리머라제 플라스미드의 형질전환은 콜로니를 생성하지 않았는데, 아마도 유도성 pphlF 프로모터의 누출로 인한 독성때문인 듯하다 (데이터 미도시). 이러한 이유로, 상이한 강도의 2개의 상이한 분해 태그를 갖는 T7 RNA 폴리머라제를 코딩하는 2개의 대안적인 플라스미드가 구축되었다 (p1884, SEQ ID NO: 10; 및 p1885, SEQ ID NO: 11). 이들 2개 플라스미드에서 코딩되는 T7 RNA 폴리머라제의 서열이 개시되어 있다 (AAV형 경우 SEQ ID NO: 12 및 SEQ ID NO: 13; LVA형 경우 SEQ ID NO: 14 및 SEQ ID NO: 15). 단백질에 분해 태그를 첨가하여서, 억제성 프로모터로부터 누출되는 발현의 잠재적 효과를 개선시키는 것으로 입증되었다 (Fernandez-Rodriguez et al. Nucleic Acids Res. (2016) 44(13):6493-6502).
페이로드 p1883을 보유하고, 플라스미드 p1884 또는 p1885에 코딩되는 T7 RNA 폴리머라제 변이체가 보충된 균주 CY-L7로부터의 생산은 상기 몇시된 동일 프로토콜에 따라 수행되었다. 용해물을 이어서 MG1655 또는 KEIO-waaG에 대해 적정하였다.
도 3에서 확인할 수 있듯이, p1883 페이로드만을 보유하는 생산과 비교하여 T7 RNA 폴리머라제의 도입은 100X (중간 분해 태그 경우) 또는 1000X (빠른 분해 태그 경우)의 배율까지 수득된 적정가를 증가시킨다. 이 시스템에서 수득된 적정가는 약 2 x 106 TU/mL이다.
이 실험은 일정 유형의 파지 경우에, 상기 정의된 구조 범주에 엄격하게 속하지 않는 조절 단백질이, 이 경우에는 T7 RNA 폴리머라제가, 패키징 반응을 개선시키거나 또는 촉진시키거나, 또는 구조 성분을 코딩하는 mRNA의 양 또는 프로세싱을 제어하기 위해서, 필요할 수 있다는 것을 보여준다.
실시예 2 : 큐티박테리움 아크네스 파지-유래 입자의 생산
큐티박테리움 아크네스는 털피지선 단위 (PSU)를 집락화시키는 피부에 가장 우세하고 풍부한 종 중 하나이다 (Kashaf et al. Nat Microbiol 7, 169-179 (2022)). 각질층과 달리, PSU에 존재하는 박테리아는 살아있는 세포 특히 각질세포, 피지세포 및 상이한 면역 세포에 의해 둘러싸여있다 (Kabashima et al. Nat Rev Immunol 19, 19-30 (2019)). 씨. 아크네스와 이들 세포 간 밀접한 접촉은 유리하거나 또는 유해한 상호작용을 일으킬 수 있다 (Bruggemann et al. Front Microbiol 12, 673845 (2021)). 씨. 아크네스를 유전자 변형시킬 수 있는 것은 US 특허 출원 US2022/135986 및 US2022/135987에 개시된 출원인의 새로운 도구 이전에는 매우 어려웠었다. 이들 특허 출원에서, 본 발명자는 최초로, 생산 균주로서 씨. 아크네스를 사용한 씨. 아크네스 파지-유래 입자의 생산을 설명하였다.
본 실시예에서, 발명자는 피. 프레우덴레이키 프로파지의 구조 유전자를 씨. 아크네스 파지의 구조 유전자로 바꾸어서 씨. 아크네스 파지-유래 입자를 생산하는 피. 프레우덴레이키 균주를 사용하였다.
결과
BW4 파지의 단리
피. 프레우덴레이키 및 연관된 박테리오파지는 일부 유제품에 존재하는 것으로 알려져 있다 (Gautier et al. (1995) Lait 75:427-434; Gautier et al. (1995) Appl. Environ. Microbiol. 61:2572-2576; Cheng et al. (2018) BMC Microbiology 18:19). 그러므로, 본 발명자는 치즈 샘플 중에서 프로피오니박테리움 파지 또는 피. 프레우덴레이키 리소겐 둘 모두의 존재에 대해 스크리닝하였다.
상이한 유형의 치즈 샘플을 분쇄하였고, RCM (Reinforced Clostridial Medium)에 재현탁하고, 30℃에 혐기성 조건에서 2일 동안 인큐베이션하였다. 인큐베이션 이후에, 배양의 희석을 프로피오니박테리아에 대한 선택 배지인, 리튬 글리세롤 액체배지 (WO1994017201)에서 수행하였고, 6일 동안 30℃에서 인큐베이션하였다. 잠재적 프로파지를 유도하기 위해서 RCM + 미토마이신 C 중 최종 희석물을 1일 동안 30℃에서 인큐베이션하였다. 유도된 배양을 여과 (0.2 μm)하였고 상이한 지시자 균주 상에 스폿팅해 주었다. 샘플 중 하나는 피. 프레우덴레이키 균주 Pf0s2841의 상층 한천 상에 탁한 플라크 형성을 일으켰다. 3개 개별 플라크를 2회 연속 픽킹으로 단리하였고 Pf0s2841 상에 획선도말하고, Pf0s2841의 상층 한천에서 증폭을 수행하였다. 3개 상이한 플라크 경우에, 증폭은 ∼1010 PFU/mL의 파지 현탁물을 야기하였다.
잠재성 dsDNA 피. 프레우덴레이키 파지의 2개 클러스터 (BW 및 BV)가 이전에 확인되었었다 (Cheng et al. (2018) BMC Microbiology 18:19). 듀세트 파지 (KX620751)로부터 BW 게놈에 대해 디자인된 PCR을 사용하여 2개의 상이한 단편을 추출하였다:
- AD1334 (SEQ ID NO: 16) / AD1335 (SEQ ID NO: 17)를 갖는 ORF3
- AD1336 (SEQ ID NO: 18) / AD1337 (SEQ ID NO: 19)를 갖는 ORF5.
발명자는 단리된 파지를 BW-유사로 분류할 수 있었다 (도 4). ORF5의 시퀀싱은 모든 파지가 거의 아마도 동일하였고, 따라서 BW4로 명명된 동일한 BW-유사 파지로부터 비롯되었다는 것을 밝혀주었다.
BW4 파지를 보유하는 Pf0s2841 리소겐의 단리
다음으로 본 발명자는 프로파지로서 BW4 파지를 보유하는 피. 프레우덴레이키 리소겐을 단리하였다. 그를 위해서, BW4 파지 현탁물을 균주 Pf0s2841 상에 스폿팅해주었고, 3일 동안 인큐베이션하였다. 탁한 플라크를 픽킹하였고, 현탁하고, 획선도말하였다. 5일 후에, 단일 콜로니를 수득하였고, 몇개 콜로니는 획선도말하고, 2회 및 3회 인큐베이션하였고, 파지 유전자의 존재는 파지의 입자는 부재하지만 파지의 존재는 보장하기 위해서, 접착 말단 (AD1322 (SEQ ID NO: 20) / AD1323 (SEQ ID NO: 21))을 가로질러서, DNAse 처리 이후에, PCR을 통해서 각 획선 도말에서, 검토하였다.
세번째 획선도말 이후에, 콜로니는 상층 한천에서 성장시켰고, 비희석된 BW-유사 파지 현탁물의 반점은 추정 용원성 균주 (Pf0s14253) 및 조상 균주 (Pf0s2841) 상에 스폿팅해주었다. 인큐베이션 이후에, BW13 및 BW14 반점에 대한 양쪽 균주에서 클리어런스를 관찰한데 반해서, BW4 반점 경우에 Pf0s2841에 대해서만 클리어런스를 관찰하였다 (도 5). 이것은 균주 Pf0s14253이 BW4 파지 중복 감염에 면역성이고, BW4 프로파지를 보유한다는 것을 의미한다. BW14 및 BW13에 대한 면역력의 부재는 이들 파지는 아마도 상이한 면역력 리프레서를 갖는다는 것을 의미한다.
BW4 프로파지 유도
파지-유래 입자에 대한 생산 균주로서 BW4 리소겐 균주를 사용하기 위해서, 발명자는 먼저 용해 주기의 유도 시에 BW4 파지의 고 농도를 생산하는 능력을 시험해야 했다. 그를 위해서, Pf0s14253은 프로파지를 유도하는 것으로 알려진 항생제인 미토마이신 C (MMC)의 부재 또는 존재 하에서 성장시켰고, 배양 상청액은 지시자 균주 Pf0s2841 상에서 BW4 파지 입자의 존재에 대해 적정하였다. 고량의 BW4 파지 입자가 미토마이신 C 없는 조건 경우에 3.0Х103 PFU/μL이지만, 미토마이신 C가 보충된 조건에서는 7.4Х107 PFU/μL인 것으로 관찰되었다 (도 6). 이것은 이러한 조건 하에서 BW4 프로파지에 대한 용해성 및 용원성 주기 간에 높은 동적 범위를 의미하고, 파지-유래 입자의 생산을 위한 BW4의 잠재성을 확인하였다.
BW4 파지의 시퀀싱 및 주석
씨. 아크네스 파지-유래 입자의 생산을 위해 BW4 프로파지를 조작하기 위해서, BW4 파지를 시퀀싱하였다. Illumina 시퀀싱에 따른 DNA 단리 (Promega Wizard DNA Clean-Up System)를 BW4 파지 현탁물에 대해 수행하였다. 미가공 판독치는 Spades를 사용하여 단일 contig로 조립하였고, 말단은 sanger 시퀀싱으로 보정하였다 (SEQ ID NO: 22). 주석은 Phaster를 사용해 수행하였고, 다른 BW-유사 파지와 상동성을 기반으로 수동으로 선별하였다 (Cheng et al. (2018) BMC Microbiology 18:19).
[Cheng et al. (2018) BMC Microbiology 18:19]에 기술된 바와 같이, BW-유사 파지는 전사 순서로, 패키징, 헤드, 테일, 및 용해 모듈의 상이한 기능성 모듈로 구성되는, 큰 추정 구조 오페론 (용해 오페론이라고 함)을 갖는 다른 잠복성 파지의 전형적인 게놈 구조를 갖는다. 놀랍게도, 추정 오페론의 제1 유전자 (gp1)는 이기능성 프리마제 및 폴리머라제 단백질과 유사한 도메인을 함유하므로 HHpred를 기반으로 DNA 복제와 관련된 것으로 보인다. BW4 파지 게놈의 다른 부분은 프로파지 통합/절제, DNA 복제, DNA 재조합, 용해성/용원성 주기의 조질 및 다른 ”I 단백질에 필요한 유전자를 함유한다. 이러한 모듈식 구조는 씨. 아크네스 파지 게놈의 그들 등가물로 BW4 파지 캡시드의 생산 및 파지 게놈의 패키징에 필요한 유전자를 교환하는 가능성이 확인된다.
씨. 아크네스 PAC7 파지의 단리
씨. 아크네스 파지는 건강한 지원자의 피부에서 단리하였다. 간략하게, 패치 (Biore)를 코에 적용하고, 면포반을 추출하여 RCM에 현탁하고, MRS 상에 도말하여 37℃에 혐기성 조건 하에서 인큐베이션하였다. 일부 플레이트 경우에, 플라크는 씨. 아크네스의 짙은 론에서 관찰할 수 있었다. DPBS (Dulbecco's Phosphate Buffered Saline)를 플레이트에 부어주어서 잠재적 파지를 재현탁하였고, 여과하여 박테리아를 제거하였다. 이러한 파지 현탁물을 플레이트 상에 획선 도말하였고, 균주 Ca0s2345의 상층 한천을 첨가하였다. 플레이트는 2일 동안 인큐베이션하였고, 플레이트는 3회 연속 픽킹, 획선도말, 및 상층 한천 도말을 통해 재단리하였다. 마지막으로, 플라크는 Ca0s2345 균주 존재의 상층 한천 상에서 증폭시켰고, 최종 파지 현탁물을 PEG 침전시켰다. 높은 적정가 (> 106 PFU/μL) 파지 현탁물이 Ca0s2345 상에서 적정시 수득되었다.
PAC7 파지의 시퀀싱 및 주석
Illumina 시퀀싱에 따른 DNA 단리 (Promega Wizard DNA Clean-Up System)는 PAC7 파지 현탁물에 대해 수행되었다. 미가공 판독치는 Spades를 사용해 단일 contig로 조립하였고, 말단은 sanger 시퀀싱으로 보정하였다 (SEQ ID NO: 23). 주석은 Phaster를 사용해 수행하였고, 다른 씨. 아크네스 파지와 상동성을 기반으로 수동으로 선별하였다 (Marinelli et al. (2012) mBio 3:e00279-12). 피. 프레우덴레이키 BW4 파지와 유사하게, 패키징, 헤드 및 테일 조립 및 세포 용해를 위한 모듈을 포함하는 구조 오페론을 확인하였다 (도 7). HNH 엔도뉴클레아제는 파지의 마지막 유전자 (gp45)로서 확인되었다. 이러한 엔도뉴클레아제는 효율적인 패키징을 위해 필수적인 것으로 이미 확인되었다 (Quiles-Puchalt et al. (2014) Proc Nat. Acad. Sci. 111:6016-6021).
키메라 BW4-PAC7 프로파지를 사용한 리소겐 균주의 구축
BW4 프로파지의 구조 오페론의 유전자로서, 포함된 소형 터미나제 gp2부터 테이프-메져 단백질 gp16는 gp1에서 gp14의 구조 PAC7로 대체하였다 (도 8). 이것은 플라스미드 pAN514 (SEQ ID NO: 24)로서, 이. 콜라이 DH10B에 클로닝된 피. 프레우덴레이키 자살 벡터를 사용하여 상동성 재조합을 통해 수행하였다. 벡터의 형질전환 이후에, 이중 교차 사건은 클로람페니콜 상에서 선택을 통해 피. 프레우덴레이키 (Pf1s22499)에서 선택되었다. 키메라 BW4-PAC7 구조 오페론 무결성은 전체 키메라 구조 오페론의 PCR 및 sanger 시퀀싱을 통해서 전반적으로 확인하였다.
키메라 BW4-PAC7 프로파지를 보유하는 리소겐 균주로부터 PAC7 유래된 입자의 생산 및 적정
피. 프레우덴레이키 BW4-PAC7 키메라 리소겐으로부터 씨. 아크네스 파지-유래 입자를 생산하기 위해서, PAC7 파지의 패키징 신호 (SEQ ID NO: 25), PAC7 테일 모듈의 5개 유전자를 발현하는 오페론 (gp15-gp19) 및 gp45 엔도뉴클레아제 (SEQ ID NO: 26), 및 피. 프레우덴레이키 및 씨. 아크네스에서 기능성인 복제 기원 (미국 특허 출원 US2022/135986 및 US2022/135987에 개시됨)을 함유하는 pAN594 코스미드 (도 9)를 Pf1s22903에 형질전환시켰다. 형질전환체는 프로파지의 존재를 선택하기 위해서 클로람페니콜 (1 μg/mL) 및 pAN594의 존재를 선택하기 위해서 에리쓰로마이신 (2.5 μg/mL) 둘 모두의 존재 하에서, 획선도말 및 성장시켰다. OD600nm∼0.4에서, 배양물은 0.5 μg/ml의 미토마이신 C가 보충되었고 밤새 30℃에 혐기성 조건 하에서 성장되었다. 인큐베이션 이후에, 세포는 원심분리를 통해 수집하였고, 비드 비팅으로 용해시키고 (0.1 mm 유리 비드를 사용해 30 Hz에서 2 x 20분), 상청액을 여과하고, 파지 유래 입자의 존재는 씨. 아크네스 Ca0s2258 상에서 적정하였다.
μL 당 최대 ∼102 의 잠재적 형질도입체가 수득되었다 (도 10). 8개 콜로니는 BHI (Brain Heart Infusion) 에리쓰로마이신 (5 μg/mL)에 획선도말하였고, PCR을 사용하여 pAN594를 보유하는 형질도입체 및 씨. 아크네스에 대해 확인하였다 (도 11).
따라서, 본 발명자는 큐티박테리움 아크네스에 DNA를 전달할 수 있는 씨. 아크네스 파지-유래 입자가 큐티박테리움 아크네스 파지의 구조 유전자로 피. 프레우덴레이키 프로파지의 구조 파지를 교환하여 생산될 수 있다는 것을 최초로 입증하였다.
재료 및 방법:
사용 및 생성된 균주
표 1: 사용 및 생성된 균주
배양 조건
피. 프레우덴레이키 균주의 모든 인큐베이션은 30℃에 혐기성 조건 하에서 수행되었다 (Thermo Scientific™ Sachet Oxoid™ AnaeroGen).
씨. 아크네스 균주의 모든 인큐베이션은 37℃에 혐기성 챔버에서 수행되었다.
균주 Pf1s22499의 구축
BW4 프로파지로부터 패키징 신호의 결실은 이. 콜라이에서 클로닝된 다음에 Pf0s14253 균주에 형질전환된 pAN241 피. 프레우덴레이키 벡터를 사용하여서 상동성 재조합 및 재조합체의 CRISPR-Cas 선택을 통해 수행되었다. pAN241 벡터는 상동성 재조합을 위한 주형 (SEQ ID NO: 27) 및 BW4 프로파지의 cos를 표적화하는 crRNA가 존재하는 FnCpf1 전사 카세트를 함유한다.
피. 프레우덴레이키에 대한 형질전환 프로토콜
피. 프레우덴레이키의 형질전환은 [Brede, D. A. et al. Appl Environ Microb 71, 8077-8084 (2005)]를 개조하였고, SLB (소듐 락테이트 액체배지) 배지를 BHI로 대체하였다.
파지-유래 입자 적정
균주 Ca0s2258는 BHI 한천 플레이트 상에 획선도말하였다. 플레이트 상에서 진한 성장이 수득되면, 액체 배지를 BHI로 설정하였다. 밤샘 인큐베이션 후에, 탁한 배양물을 BHI 중에 10X로 농축하였다. 90 μl의 세포를 음성 대조군으로서 Pf1s22904 또는 Pf1s22903에서 생산된 10 μL의 파지-유래 입자의 순수한, 희석된 1/10 및 희석된 1/100 용액과 혼합하였다. 샘플은 2시간 동안 실온에서 인큐베이션시킨 다음에 1/10 연속 희석을 BHI에서 수행하였고, 샘플은 2시간 동안 37℃에 혐기성 조건 하에서 인큐베이션하고 나서 BHI + 5 μg/mL 에리쓰로마이신 상에 4 μL를 스폿팅하였다. 플레이트는 7일 동안 37℃에 혐기성 조건 하에서 인큐베이션하였다.
<110> ELIGO BIOSCIENCE <120> PRODUCTION OF LYTIC PHAGES <130> EB2021-04b <150> US63/187,531 <151> 2021-05-12 <150> US63/187,532 <151> 2021-05-12 <160> 27 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 282 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primase ori from the PICI of the Escherichia coli strain CFT073 <400> 1 tttgttgcaa tggctgtcta ccctgtctac ctgagtaaag aaaaatacat ttaattcagt 60 acattaactt gggtagacag ccttttttta ctgtctacct actatctacc ctctctacct 120 gattttacct gaatcagaca gggaggtaga tacggggtag atagtggata aaagcactct 180 accccactga aagccgcgcc attactggca tggtggccag taaggtagat aaggtagaca 240 aggggaggca caactcaaaa ctttttaaac gagggggtaa aa 282 <210> 2 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 2 twcannnnnn tgg 13 <210> 3 <211> 282 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primase ori deltaGAAABCC <400> 3 tttgttgcaa tggctgtcta ccctgtctac ctgagtaaag aaaaatacat ttaattcagt 60 acattaactt gggtagacag ccttttttta ctgtctacct actatctacc ctctctacct 120 gattttacct gaatcagaca gggaggtaga tacggggtag atagtggata aaagcactct 180 accccactga aagcagcgcc attactggca tggtggccag taaggtagat aaggtagaca 240 aggggaggca caactcaaaa ctttttaaac gagggggtaa aa 282 <210> 4 <211> 282 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primase ori devoid of restriction sites <400> 4 tttgttgcaa tggctgtcta ccctgtctac ctgagtaaag aaaaatacat ttaattcagt 60 atattaactt gggtagacag ccttttttta ctgtctacct tctgtctacc ctctctacct 120 gattttacct gaatcagaca gggaggtaga cacggggtag acagtggata aaagcactct 180 accccactga aagcagtgcc attactggca tggttgccag taaggttgat aaggtagaca 240 aggggaggga caactcaaaa ctttttaaac gagggggtaa aa 282 <210> 5 <211> 584 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> PICI primase-helicase <400> 5 Met Lys Leu Ala Pro Asn Val Lys Gln Gln Ser Arg Gly Ile Lys His 1 5 10 15 Lys Glu Thr Glu Val Ile Ile Phe Ala Gly Ser Asp Ala Trp Ser His 20 25 30 Ala Lys Gln Trp Gln Glu His Asp Ala Arg Met Ala Gly 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ggtcagaagc tggcggcggc aggcgtacag 300 gatgcaaatt tttaccctga tggtatgcac ggtcagaagg tggagaactg gcgcgaatat 360 ctggcccgtg agcgccagaa tctttctgat ggtctggtca ttgagcttcc ggtaaagcaa 420 aaggcgcaac tttcgcagat ggcggacagt gagcgcgcgc agctgcttgc cgatcgcttt 480 gatggcgttt gcgtacatcc tgaaagtgaa atcgttcacg tatggtgcgg cggggtatgg 540 tgtccggtca gcacaatgga gctgagccgc gaaatggtgg cgatctattc agagcacagg 600 gccactttca gcaagcgcgt aatcaataac gccgtggaag cgttaaaagt tattgccgaa 660 ccaatgggcg agccgtccgg cgatttgctg ccgttcgcca atggtgcgct tgacctgaaa 720 acgggggaat tttccccgca cacgccggag aactggatca ccacgcacaa cggcattgag 780 tacacgccac cagcacccgg ggagaacatc cgcgataacg cgccaaactt tcataaatgg 840 cttgagcacg cagccggaaa agacccgcgc aagatgatgc gtatatgtgc cgcgctgtac 900 atgattatgg cgaaccggta cgactggcag atgtttattg aggccaccgg agacggcggg 960 agcggtaaaa gtacattcac acacatagcc agccttctgg cagggaaaca aaacacggta 1020 agcgctgaaa tgacatcgct tgatgatgct ggtgggcgtg cgcaggttgt cgggagtcgt 1080 cttatcgtcc tggcagacca gccgaaatat acaggcgaag gaacgggcat caagaaaatc 1140 acgggcggcg accccgtgga aattaacccg aaatatgaaa agcgttttac ggcggtaatc 1200 agggcggtgg tgctggcaac caataacaat ccgatgatat tcaccgaacg ggccggaggt 1260 gtggcacgtc gtcgggtgat attccggttc gataacatcg taagcgaggc agaaaaagac 1320 agggagctac cggaaaagat cgcggctgaa atccctgtca ttatccgccg cttgctggcg 1380 aactttgccg accctgaaaa ggcacgggct ttactcattg aacagcgtga cggtgatgaa 1440 gcactggcaa taaagcaaca gacggatccg gttattgagt tttgccagtt cctgaatttt 1500 ctggaggaag cacgcggcct gatgatgggc ggcggtggcg attcagtgaa gtacacgacc 1560 agaaacagcc tttaccgcgt ctatctggcg tttatggcgt acgcaggcag gagcaaaccg 1620 ctaaacgtaa atgactttgg caaggctatg aagccagccg cgaaagttta cggacatgaa 1680 tatattacgc ggaaagttaa aggagtaacg cagactaacg caataacaac agacgattgc 1740 gacgcgtttt ta 1752 <210> 7 <211> 22368 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Lambda prophage structural operon <400> 7 atggaagtca acaaaaagca gctggctgac attttcggtg cgagtatccg taccattcag 60 aactggcagg aacagggaat gcccgttctg cgaggcggtg gcaagggtaa tgaggtgctt 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actaatgggc gtggcttctg gtgcctgggc ggtaaagcgg caaaaaacta 1020 ccgtgaaaag tcggtggatg tggcgggtta tgatgaactt gctgcttttg atgatgatat 1080 tgaacaggaa ggctctccga cgttcctggg tgacaagcgt attgaaggct cggtctggcc 1140 aaagtccatc cgtggctcca cgccaaaagt gagaggcacc tgtcagattg agcgtgcagc 1200 cagtgaatcc ccgcatttta tgcgttttca tgttgcctgc ccgcattgcg gggaggagca 1260 gtatcttaaa tttggcgaca aagagacgcc gtttggcctc aaatggacgc cggatgaccc 1320 ctccagcgtg ttttatctct gcgagcataa tgcctgcgtc atccgccagc aggagctgga 1380 ctttactgat gcccgttata tctgcgaaaa gaccgggatc tggacccgtg atggcattct 1440 ctggttttcg tcatccggtg aagagattga gccacctgac agtgtgacct ttcacatctg 1500 gacagcgtac agcccgttca ccacctgggt gcagattgtc aaagactgga tgaaaacgaa 1560 aggggatacg ggaaaacgta aaaccttcgt aaacaccacg ctcggtgaga cgtgggaggc 1620 gaaaattggc gaacgtccgg atgctgaagt gatggcagag cggaaagagc attattcagc 1680 gcccgttcct gaccgtgtgg cttacctgac cgccggtatc gactcccagc tggaccgcta 1740 cgaaatgcgc gtatggggat gggggccggg tgaggaaagc tggctgattg accggcagat 1800 tattatgggc 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aacgcccacc attcccaccc ttctggggcc ggacggcatg acatcgctgc 2700 gcgaatatgc cggttatcac ggcggtggca gcggatttgg agggcagttg cggtcgtgga 2760 acccaccgag tgaaagtgtg gatgcagccc tgttgcccaa ctttacccgt ggcaatgccc 2820 gcgcagacga tctggtacgc aataacggct atgccgccaa cgccatccag ctgcatcagg 2880 atcatatcgt cgggtctttt ttccggctca gtcatcgccc aagctggcgc tatctgggca 2940 tcggggagga agaagcccgt gccttttccc gcgaggttga agcggcatgg aaagagtttg 3000 ccgaggatga ctgctgctgc attgacgttg agcgaaaacg cacgtttacc atgatgattc 3060 gggaaggtgt ggccatgcac gcctttaacg gtgaactgtt cgttcaggcc acctgggata 3120 ccagttcgtc gcggcttttc cggacacagt tccggatggt cagcccgaag cgcatcagca 3180 acccgaacaa taccggcgac agccggaact gccgtgccgg tgtgcagatt aatgacagcg 3240 gtgcggcgct gggatattac gtcagcgagg acgggtatcc tggctggatg ccgcagaaat 3300 ggacatggat accccgtgag ttacccggcg ggcgcgcctc gttcattcac gtttttgaac 3360 ccgtggagga cgggcagact cgcggtgcaa atgtgtttta cagcgtgatg gagcagatga 3420 agatgctcga cacgctgcag aacacgcagc tgcagagcgc cattgtgaag gcgatgtatg 3480 ccgccaccat 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caacaactgt ttcagccact gcttcgcagg ctgacgttac tgacgtggtg 5220 ccagcgacgg agggcgagaa cgccagcgcg gcgcagccgg acgtgaacgc gcagatcacc 5280 gcagcggttg cggcagaaaa cagccgcatt atggggatcc tcaactgtga ggaggctcac 5340 ggacgcgaag aacaggcacg cgtgctggca gaaacccccg gtatgaccgt gaaaacggcc 5400 cgccgcattc tggccgcagc accacagagt gcacaggcgc gcagtgacac tgcgctggat 5460 cgtctgatgc agggggcacc ggcaccgctg gctgcaggta acccggcatc tgatgccgtt 5520 aacgatttgc tgaacacacc agtgtaaggg atgtttatga cgagcaaaga aacctttacc 5580 cattaccagc cgcagggcaa cagtgacccg gctcataccg caaccgcgcc cggcggattg 5640 agtgcgaaag cgcctgcaat gaccccgctg atgctggaca cctccagccg taagctggtt 5700 gcgtgggatg gcaccaccga cggtgctgcc gttggcattc ttgcggttgc tgctgaccag 5760 accagcacca cgctgacgtt ctacaagtcc ggcacgttcc gttatgagga tgtgctctgg 5820 ccggaggctg ccagcgacga gacgaaaaaa cggaccgcgt ttgccggaac ggcaatcagc 5880 atcgtttaac tttacccttc atcactaaag gccgcctgtg cggctttttt tacgggattt 5940 ttttatgtcg atgtacacaa ccgcccaact gctggcggca aatgagcaga aatttaagtt 6000 tgatccgctg tttctgcgtc tctttttccg tgagagctat cccttcacca cggagaaagt 6060 ctatctctca caaattccgg gactggtaaa catggcgctg tacgtttcgc cgattgtttc 6120 cggtgaggtt atccgttccc gtggcggctc cacctctgaa tttacgccgg gatatgtcaa 6180 gccgaagcat gaagtgaatc cgcagatgac cctgcgtcgc ctgccggatg aagatccgca 6240 gaatctggcg gacccggctt accgccgccg tcgcatcatc atgcagaaca tgcgtgacga 6300 agagctggcc attgctcagg tcgaagagat gcaggcagtt tctgccgtgc ttaagggcaa 6360 atacaccatg accggtgaag ccttcgatcc ggttgaggtg gatatgggcc gcagtgagga 6420 gaataacatc acgcagtccg gcggcacgga gtggagcaag cgtgacaagt ccacgtatga 6480 cccgaccgac gatatcgaag cctacgcgct gaacgccagc ggtgtggtga atatcatcgt 6540 gttcgatccg aaaggctggg cgctgttccg ttccttcaaa gccgtcaagg agaagctgga 6600 tacccgtcgt ggctctaatt ccgagctgga gacagcggtg aaagacctgg gcaaagcggt 6660 gtcctataag gggatgtatg gcgatgtggc catcgtcgtg tattccggac agtacgtgga 6720 aaacggcgtc aaaaagaact tcctgccgga caacacgatg gtgctgggga acactcaggc 6780 acgcggtctg cgcacctatg gctgcattca ggatgcggac gcacagcgcg aaggcattaa 6840 cgcctctgcc 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ttacgatggc tggtgttcct gtgctgtctt tgcttgccag 9780 gcagacgggt aaaacctcgg ctgaggtttc gcagatggtg tcgaaggggc agattgattt 9840 tgccacgttt gcggctgcga tgaagcttgg catgggtggt gctgcgcagg cgtctggtaa 9900 gacgtttgag ggcgctatga agaatgttaa gggcgctttg ggctatttgg gtgctacggc 9960 tatggcgccg tttcttaacg gcctgcggca gatttttgtt gcgttgaatc cggttattaa 10020 gtctatcacg gattctgtga agccgatgtt tgctgccgtc gatgctggta tccagcggat 10080 gatgccgtct attttggcgt ggattaaccg tatgccggct atgatcacga gaatgaatgc 10140 acagatgcgc gccaaggtgg agcagttgaa gggcattttt gcgagaatgc atttgcctgt 10200 tcctaaagtg aatttgggtg ccatgtttgc tggcggcacc gcagtgtttg gtattgttgc 10260 tgcgggtgtg gggaagcttg ttgcagggtt tgctccgttg gcggttgcgt tgaagaatct 10320 gttgccgtcg tttggtgctt tgaggggtgc cgccgggggg cttggtggcg tgtttcgcgc 10380 cctgggtggc cctgtcggga ttgtgatcgg cttgtttgcg gcaatgtttg ccacgaacgc 10440 ccagttccgt gccgctgtta tgcagctggt ggctgtggtt ggtcaggcgt tgggccagat 10500 tatggcagct gtgcagccgc tgtttggttt ggttgctggc gtggttgcca ggttggcgcc 10560 ggtgttcggc cagattatcg gtatggttgc tggtttggct gcccggctgg tgcctgttat 10620 tggtatgctt attgcccggc tggttcctgt tatcacccag attattggta tggtaaccca 10680 ggttgctgcc atgttgttgc ctatgctgat gccggttatt caggctgttg ttgctgtgat 10740 acggcaggtt attggtgtca ttatgcagtt gatacctgtt ttgatgccgg ttgtgcagca 10800 gattttgggt gctgtcatgt ctgttttgcc gccgattgtt ggtttgatac ggtcgctgat 10860 accggtgatc atgtcgatta tgcgtgtggt ggtgcaggtt gttggtgctg tgctacaggt 10920 ggtggcccgt attattccgg ttgttatgcc gatttatgtt tcggtgattg gattcattgc 10980 caagatttat gctgcggtta tcgtttttga ggctaaggtt attggcgcta ttcttcgtac 11040 tattacgtgg attgtgaatc attcagtgtc tggcgtgagg tctatgggca cggccatcca 11100 gaatggctgg aatcatatta aatcgtttac gtctgcgttt attaacggtt ttaagtcgat 11160 catttctggc ggcgtgaacg cggttgtggg gttttttacg cggcttggtt tgtcggttgc 11220 ttcccatgtg aggtccggtt ttaacgctgc gaggggtgct gtttcttccg ccatgaatgc 11280 tattcggagt gttgtgtctt cggtggcgtc tgctgttggc gggtttttca gttcgatggc 11340 gtctcgtgtt cggaatggtg ctgtgcgcgg gtttaatggt gcccggagtg cggcttcttc 11400 tgctatgcat gctatggggt ccgctgtgtc tagtggtgtg catggtgtgc tgggtttttt 11460 ccggaatttg cctgacaata ttcggcgtgc gcttggtaat atggggtccc tgttggtgtc 11520 ggctggccgt gatgtggtgt ccggtttagg taatggtatc aagaatgctt tgagtggcct 11580 gttggatacg gtgcgtaata tgggttctca ggttgctaat gcggcgaagt cggtgttggg 11640 tattcattcc ccgtctcggg tgtttcgtga cgaggttggc cggcaggttg ttgccggttt 11700 ggctgagggt attactggta atgctggttt ggcgttggat gcgatgtcgg gtgtggctgg 11760 gaggctgcct gatgcggttg atgcccggtt tggtgtgcga tcgtctgtgg gttcgtttac 11820 cccgtatggc aggtatcagc gcatgaatga taagagtgtt gtggtgaatg tgaatgggcc 11880 tacttatggg gatcctgccg agtttgcgaa gcggattgag cggcagcagc gtgacgcttt 11940 gaacgcgttg gcttacgtgt gattttgggg gtgtggtgc 11979 <210> 25 <211> 83 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PAC7 cos of pAN594 <400> 25 acaaaaggga ggtatttcac taagccgtac gaggtcttgc acgggtgtgc agggggtgtg 60 cccggtgggg gttggcgggt ttt 83 <210> 26 <211> 4670 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> operon of gp15-gp19+gp45 <400> 26 cgacgcggcg gtctgccgac ccggcaacga ccaactcccc gacgggcgct gacaccggcc 60 cggcagcgtg catgcgtgca tttccaccct caagaaccat tgactggcga cgcgcaggtg 120 ggagaattga actgaacgct ttgaacgcgt tggcttacgt gtgattttgg gggtgtggtg 180 catgtttatt cctgacccgt ctgatcgttc tggtttgact gtgacttggt ctatgttgcc 240 gttgattggt aatgatccgg agcgtgtgct tcatttgacg gattatacgg ggtcgtctcc 300 gataatgttg ttgaatgatt cgttgcgcgg tttgggtgtt cctgaggtgg agcatttttc 360 tcaaactcat gttggggtgc atggctcgga gtggcgcggg tttaatgtga agcctcgcga 420 ggtgacgcta ccggtgttgg tgtcgggtgt tggcccggat ccggtgggcg gttttcgtga 480 cggttttttg aaggcgtatg acgagttgtg gtctgctttt cctcctggcg aggtggggga 540 gttgtctgtg aagactcctg ccggtcgtga gcgtgtgttg aagtgccggt ttgattcggt 600 ggatgacacg tttacggtgg atccggtgaa caggggttat gcgcgttatc tgttgcattt 660 gacggcttat gacccgtttt ggtatgggga tgagcagaag tttcgtttca gtaacgctaa 720 gttgcaggat tggttgggtg gcggccctgt cgacggtaag ggtaccgcgt ttccggtggt 780 gttgacgcct ggtgttggtt cgggttggga taatctgtct aataagggtg atgtgcctgc 840 gtggcctgtg attcgtgttg 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gtgaaccagt ttgagaatgc gaagtttgat cagcgtggtt 1740 tggtgtttga ttgtgtgcct gctgtgaccc ggaaacatgt gttgactgcc gagtcgggtt 1800 cgattgtgtc gtgggagtat gtgcgtgacg ccccgaaggc gacatctgtg gtggttggtg 1860 gccgtggcga gggtaaggat cggctgtttt gtgaggatgt tgattcggcg gccgaggatg 1920 attggtttga tcgtgtcgag gtgtttaagg atgcccgtaa cacggattcc gagaaggtgt 1980 ctctcttcga tgaggctgag cgggtgttgt ccgagtcggg ggctacgtcg gggtttaaga 2040 ttgagttggc tgagtcggat gtgttgcggt ttggtcccgg caatctgatg cctggggatt 2100 tgatctatgt ggatgtgggt tctgggccta ttgcggagat tgtgcggcag attgatgtgg 2160 agtgtgtatc gcctggtgat ggttggacga aggtgactcc ggttgcgggg gattatgagg 2220 ataatccgtc ggccctgttg gctcgccgtg tggctggttt ggctgcgggt gtgcgggatt 2280 tgcaaaagtt ttagtaagtg attggggttt gttgtgggta ttgtgtgtaa agggtttgat 2340 ggtgtgttga ccgagtatga ttgggctcaa atgtctggtc tgatgggtaa tatgccgtct 2400 gtgaaggggc ctgacgattt tcgtgtcggc acgacgattc agggttctac ggtgttgtgt 2460 gagatcctgc cggggcaggc ttgggctcac ggggtgatgt gcacgtcgaa tagtgttgag 2520 acggtgacgg gtcagcttcc gggcccgggt gagactcgat acgactatgt ggtgttgtct 2580 cgggattggc aggagaatac ggccaagttg gagattgttc ccggtgggcg tgcggagcgt 2640 gccagggatg tgttgagggc tgagcctggc gtgtttcatc agcagctact ggcgactttg 2700 gtgttgtcgt ctaacgggtt gcagcagcag ttggataggc gtgctgtggc ggctagggtt 2760 gcgtttgggg agtctgctgc gtgtgatcct acccctgtgg agggtgaccg tgtgatggtt 2820 ccttcggggg ctgtgtgggc taaccatgcc ggcgagtgga tgttgttgtc tcccaggatt 2880 gagacgggtt cgaagtcgat catgtttggt ggttctgctg tgtatgctta cacgatcccg 2940 tttgagcgcc agttcagtag tccgcctgtt gtggtggcgt ctatggctac ggcggctggg 3000 ggcacggcac agattgatgt gaaagcctac aatgtgactg cccaaaattt tagtttggcg 3060 tttattacga atgatggttc gaagccgaat ggtgtgcctg cggtggcgaa ttggattgct 3120 gtcggcgtgt gactgcacgg gtgttgtggc ggatggtgtg atgttggggg gctgtggtgt 3180 cgtggtttac tcctgcactg gtggcctcta tttgtaccgc gttggccacg gttttgggtt 3240 ctgttcaggc tgtcacatcc cggtctagga agcgtttacg caggctgtcg gctcaggtgg 3300 atgcgatgga agagtatacg tggggtgtgc ggcgcgaggt gcgaaggttt aacgccgggc 3360 ttcctgatga tgtggagccg atgcatcttc ctgatttgcc cgagtttttg aaagatactg 3420 ttgatggtgg aggtgagtag ggttgaggga gttggaggag gagaagcggc agcgccgcaa 3480 ttttgagaag gcttcactgg tgttgttgtt tttgtcgctt gtgttgttgg cggtggttgc 3540 tgcgggtgct ttgcgtttcg gggctgtatc ctctgagcgg gattcggagc aggcgagggc 3600 ccagtcgaat ggtacggctg ccaggggttt ggctgcccgt gtgaagcagg cgtgtgcttc 3660 gggtggggtg gagtctgtgc gtcttcaccg ttctggtttg tgtgtggatg ctgtgcgtgt 3720 tgagcagcgt gttcagggtg tgccgggtcc tgccggtgag cgcggcccgc aaggcccttc 3780 aggtcctgcc ggccgggatg gtgttaatgg ttcggctggg ctggttggcc ctgttggtcc 3840 gcaaggttct ccgggtttga atggtgtgaa aggtcctgac ggcttgcctg gcgctaacgg 3900 ttcggatggc cgtgatggtg ttccaggtcg tgcaggtgct gacggtgtga acggcgttga 3960 cggcgctgat ggtcgggatg gttctgccgg tgagcgcggc ccgcaaggcc cttcaggtcc 4020 tgccggcccg caaggtgcac agggtgaacg gggtgagcgt ggtcccgccg gtgcgaatgg 4080 atcggatggc catgatggta aggatgggcg ctcggtggtg tctgtgtact gttccggggg 4140 ccgcctggtt gtgaaatata gtgacggtgt ggcttccacg atatcgggtt cggcggcctg 4200 ccagggtgtg aaaccgtcgc ctctagtgac tatatcatcc cacaaataga ggctcacagg 4260 ggccatggga gattgggggg cgtgatggca cacaccaacc gcacagccag ccaagcccac 4320 cggcgctggc gggcaaggct catcacccaa gcccgacaac aaggccaaac cgaatgccca 4380 ctctgcggag tcaccatcac ctggaacacc cacgacctgc caaccagccc cgaagccgac 4440 cacatcacac ccgtcagccg gggaggactc aacaccctcg acaacgggca aatcatctgc 4500 agaacatgca acagaagcaa aggcaacaga acacaaccaa acatcaaatt ccaacaacaa 4560 accacaaaaa cattgattcc atggtgagga tatccacgag ctgcgttcgg ctaaacccaa 4620 aagtaaaaac ccgccgaagc gggttttaac gtaaaacagg tgaaactgac 4670 <210> 27 <211> 1910 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> pAN241 vector <400> 27 caagtggccc atcgaagagg acggcaccac catctcgccg ggcaagctca aggacgtgtc 60 caggctgacg ctcacggtgc tgctgcaccc ctcgtgcgcc atcatcgtgg atccccaaga 120 ttgtccggac ggcggttgag cgcggcctga taggcgccgc agctcctgct cccgggccgc 180 cccggtcggc ggtttactcc tttcctgccg gccggggcac tcaagacaac cgggggccct 240 cgcgaaattg aggggccccg cctgattgca agggggtgcc catgaagcaa cccgggcccc 300 accaaagaat gcgggctacc ttcaaggccg acaggggctg gcgagtggca tgcccacggt 360 gcgcctggca tgccaccagc acccaccttg catggctcat ggatcaggcc agcacacaca 420 cctgtgcacc cctgctgttg tcgcccacgc cacccgacgt ggagctggca ccggcaggcg 480 acgggctgtc cgtcctgtgg cccgaggtgg acggtgacgt gcagttcacc tgcatccaca 540 ccagcaccgc cacgtgcagg caggacgcac catgagcacc agtcgcaccg gcacggccac 600 atggttgcgc catgcagcac aggccaagcg tgaggcccaa gcacgaggac tcgcccgctg 660 cccactgtgc ggcgtctgga tggactacga ggtcggcaag cgacccaact cggccgaagc 720 agaccacatc agaccgcatt cgcttggtgg ttcagacgac atcgacaaca ttcgcgtcat 780 ttgtcgtcgt tgcaatcaat cgcgcggaaa cggcctgaag cgaccagggc gccaacgtca 840 gcgtccaatc aagcgcatcg agctggccca accggcccgc agtggggcat ttcctgcccc 900 gccggcatga atggaagggc agtgcggatg gtgcggtcgg gcattcgatc gtgcccggac 960 gggtcgcccg cgacgcttct gctcggcccg ctgtcgggtc gccgcgtccc ggtgtgcgat 1020 cccgctggcc atgaggtccc gcactgcgtg ggtccgctgc gacggcaagc gccccatcac 1080 cctggctggc gctccggcct catccacgga cccgggcaca tggtctggct ggtcgcaggt 1140 gcgacgcgcc acggccggcg atggcttcgg gaccatgctc ggtgacgggc tggggtgctg 1200 ggatctcgac cacttcgacg atcagggcgc ccgggccttc atcgaccgga tcgataagcc 1260 gatcatcttc gccgagcggt cggtgtcggg gcatggcttc cacatcttcg tccggactga 1320 cgaggccccc ggacgccgca ccggaaacat cgagttctac tcacgccatc ggttcatcag 1380 ggtcacagga gaccagttcg tctgaagaag ggggtgcgcc atggctgcac aggtcagggc 1440 cgtggacccc gatgagcgcc cacccgcccg caagcgggcc aagaccatca cccaggccgc 1500 gaagtccggc actgaggttg aactgttgga ggcactgcag gctcgcgtgg cccgcgccgt 1560 gcaggaccgt gacactccgc cgcgcgatct ggcagcgctg acgaagcggc tgatggacat 1620 cacccgggag ctcgaggcgg cccgggtcaa ggatcaggag gcgggatctg atggtgccgt 1680 caccgcagac gaaacatggc gaccgcaagc tctctgaggt cgccaagcac ctgatccttc 1740 ctgaagggat cgtctcgacg ggctggccgg ccgtgcgtga ccggtgtggc gagtggggtg 1800 tggtcttcga ccgttggcag gacggcatgg gccgggtgat cctgtcgaag cgcggcagcg 1860 gcctgttcgc cgctggtgtg ggcggggtcg gcatgtcgat cccgcgccag 1910

Claims (28)

  1. 용해성 파지 입자 또는 용해성 파지-유래 전달 비히클을 생산하기 위한 생산 박테리아 세포로서, 상기 생산 박테리아 세포는 적어도 하나의 파지 구조 유전자 및 적어도 하나의 파지 DNA 패키징 유전자를 안정하게 포함하고, 상기 파지 구조 유전자(들) 및 파지 DNA 패키징 유전자(들)는 용해성 박테리오파지로부터 유래하고,
    상기 생산 박테리아 세포에서 상기 파지 구조 유전자 중 적어도 하나 및/또는 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들) 중 적어도 하나의 발현은 유도 기전에 의해 제어되는 것인 생산 박테리아 세포.
  2. 제1항에 있어서, 상기 박테리아 세포는 상기 파지 입자 또는 파지-유래 전달 비히클에 패키징하려는 페이로드를 더 포함하는 것인 생산 박테리아 세포.
  3. 제2항에 있어서, 상기 페이로드는 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 패키징 부위를 포함하는 핵산 페이로드인 생산 박테리아 세포.
  4. 제2항 또는 제3항에 있어서, 상기 페이로드는 표적화된 박테리아 세포에 전달하려는 것인 생산 박테리아 세포.
  5. 제4항에 있어서, 상기 페이로드는 상기 표적화된 박테리아 세포에서 안정하게 유지되는 것인 생산 박테리아 세포.
  6. 제4항에 있어서, 상기 페이로드는 상기 표적화된 박테리아 세포에서 복제되지 않는 것인 생산 박테리아 세포.
  7. 제4항 내지 제6항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 페이로드는 관심 서열을 포함하는 것인 생산 박테리아 세포.
  8. 제7항에 있어서, 상기 관심 서열은 상기 표적화된 박테리아 세포에서만 효과를 발생시키는 것인 생산 박테리아 세포.
  9. 제8항에 있어서, 상기 표적화된 박테리아 세포는 생산 박테리아 세포와 상이한 종 또는 균주 유래인 생산 박테리아 세포.
  10. 제1항 내지 제9항 중 어느 하나의 항에 있어서, 동일한 유도 기전은 상기 파지 구조 유전자(들) 중 적어도 하나 및 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들) 중 적어도 하나의 발현을 제어하는 것인 생산 박테리아 세포.
  11. 제1항 내지 제9항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 파지 구조 유전자(들) 중 적어도 하나의 발현 및 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들) 중 적어도 하나의 발현은 상이한 유도 기전에 의해 제어되는 것인 생산 박테리아 세포.
  12. 제1항 내지 제11항 중 어느 하나의 항에 있어서, 적어도 하나의 유도 기전은 모든 상기 파지 구조 유전자(들)의 발현을 제어하는 것인 생산 박테리아 세포.
  13. 제1항 내지 제12항 중 어느 하나의 항에 있어서, 적어도 하나의 유도 기전은 모든 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들)의 발현을 제어하는 것인 생산 박테리아 세포.
  14. 제1항 내지 제13항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 유도 기전은 상기 파지 구조 유전자(들) 중 상기 적어도 하나 및/또는 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들) 중 상기 적어도 하나의 카피수를 추가로 제어하는 것인 생산 박테리아 세포.
  15. 제2항 내지 제14항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 적어도 하나의 유도 기전은 상기 생산 박테리아 세포 중 상기 페이로드의 카피수를 추가로 제어하는 것인 생산 박테리아 세포.
  16. 제2항 내지 제14항 중 어느 하나의 항에 있어서, 다른 유도 기전은 상기 생산 박테리아 세포에서 상기 페이로드의 카피수를 제어하는 것인 생산 박테리아 세포.
  17. 제1항 내지 제16항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 상기 파지 구조 유전자(들) 및 파지 DNA 패키징 유전자(들)는 적어도 하나의 플라스미드, 염색체, 및/또는 헬퍼 파지에 포함되는 것인 생산 박테리아 세포.
  18. 제1항 내지 제17항 중 어느 하나의 항에 있어서, 파지 조절에 관여되는, 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는, 적어도 하나의 유전자를 더 포함하는 것인 생산 박테리아 세포.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 생산 박테리아 세포는 비-용해성 박테리오파지로부터 유래되고, 파지 절제/삽입, 파지 DNA 복제, 및/또는 파지 조절에 관여되는, 적어도 하나의 유전자를 더 포함하는 것인 생산 박테리아 세포.
  20. 제7항에 있어서, 상기 생산 박테리아 세포는 상기 비용해성 박테리오파지가 비롯되고/되거나 상기 비용해성 박테리오파지가 표적화하는 박테리아 종 또는 균주와 동일한 박테리아 종 또는 균주 유래인 생산 박테리아 세포.
  21. 제1항 내지 제20항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 생산 박테리아 세포는 이. 콜라이 (E. coli) 박테리아 세포인 생산 박테리아 세포.
  22. 제1항 내지 제20항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 생산 박테리아 세포는 피. 프레우덴레이키 (P. freudenreichii) 박테리아 세포인 생산 박테리아 세포.
  23. 제22항에 있어서, 상기 파지 구조 유전자(들) 및 파지 DNA 패키징 유전자(들)는 씨. 아크네스 (C. acnes) 박테리오파지로부터 유래되는 것인 생산 박테리아 세포.
  24. 용해성 파지 입자 또는 용해성 파지-유래 전달 비히클을 제조하는 방법으로서,
    (a) 제1항 내지 제23항 중 어느 하나의 항의 생산 박테리아 세포를 제공하는 단계, 및
    (b) 상기 생산 박테리아 세포에서, 상기 파지 구조 유전자(들) 중 상기 적어도 하나 및 상기 파지 DNA 패키징 유전자(들) 중 상기 적어도 하나의 발현, 및 상기 적어도 하나의 파지 구조 유전자(들) 및 상기 적어도 하나의 파지 DNA 패키징 유전자(들)에 의해 발현된 생산물의 조립을 유도하여, 용해성 파지 입자 또는 용해성 파지-유래 전달 비히클을 생산하는 단계
    를 포함하는 것인 제조 방법.
  25. 하이브리드 헬퍼 파지 시스템으로서,
    (i) 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 적어도 하나의 파지 DNA 패키징 유전자(들),
    (i') 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 적어도 하나의 파지 구조 유전자(들), 및
    (i") 임의로 상기 용해성 박테리오파지로부터 유래되는 파지 조절에 관여되는 적어도 하나의 파지 유전자(들), 및
    (ii) 파지 절제/삽입, 파지 DNA 복제, 및/또는 파지 조절에 관여되는, 비용해성 박테리오파지로부터 유래되는, 적어도 하나의 유전자
    를 포함하고,
    상기 유전자 (i), (i'), (i") 및 (ii)는 고유한 핵산 분자 또는 별개 핵산 분자에 포함되고,
    상기 하이브리드 헬퍼 파지 시스템은 상기 비용해성 박테리오파지로부터 유래되는 임의의 발현된 파지 구조 유전자를 포함하지 않는 것인 하이브리드 헬퍼 파지 시스템.
  26. 제25항에 있어서, 상기 유전자 (i), (i'), (i") 및 (ii)는 박테리아 염색체에 포함되는 것인 하이브리드 헬퍼 파지 시스템.
  27. 제25항에 있어서, 상기 유전자 (i), (i'), (i") 및 (ii)는 별개 플라스미드에 포함되는 것인 하이브리드 헬퍼 파지 시스템.
  28. 제25항에 있어서, 상기 하이브리드 헬퍼 파지 시스템은
    (i) 용해성 박테리오파지로부터 유래되는, 적어도 하나의 파지 DNA 패키징 유전자(들), 적어도 하나의 파지 구조 유전자(들), 및 임의로 파지 조절에 관여되는 적어도 하나의 파지 유전자(들), 및
    (ii) 파지 절제/삽입, 파지 DNA 복제, 및/또는 파지 조절에 관여되는, 비용해성 박테리오파지로부터 유래되는 적어도 하나의 유전자
    를 포함하는 하이브리드 헬퍼 파지로 이루어지고,
    상기 하이브리드 헬퍼 파지는 상기 비용해성 박테리오파지로부터 유래되는 임의의 발현된 파지 구조 유전자를 포함하지 않는 것인 하이브리드 헬퍼 파지 시스템.
KR1020237039931A 2021-05-12 2022-05-12 용해성 파지의 제조 KR20240021768A (ko)

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