KR20240004290A - C-met 억제제를 이용한 암의 진단 및 치료 - Google Patents

C-met 억제제를 이용한 암의 진단 및 치료 Download PDF

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KR20240004290A
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산지브 레드카
구오리앙 유
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Abstract

본 개시내용은 대상체에서 암을 치료하는 방법을 제공한다. 한 실시양태에서, 상기 방법은 대상체로부터의 샘플에서 발현된 실질적으로 모든 RNA 전사체를 검출하여, 샘플의 전체 전사체군에서 각각의 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계; HGF의 발현 수준이 전체 전사체군의 적어도 95%보다 큰지를 결정하는 단계; c-Met의 발현 수준이 전체 전사체군의 적어도 95%보다 큰지를 결정하는 단계; 및 c-Met 억제제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.

Description

C-MET 억제제를 이용한 암의 진단 및 치료
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 2021년 4월 21일에 출원된 미국 특허 가출원 제63/177,941호에 기초한 우선권을 주장하며, 상기 출원의 개시내용은 본 명세서에 참조로 포함된다.
발명의 분야
본 발명은 일반적으로 암 치료에 관한 것이다. 특히, 본 발명은 환자가 HGF 및 c-Met를 과다발현하는 경우 c-Met 억제제를 사용하여 암 환자를 치료하는 방법에 관한 것이다.
간세포 성장 인자 수용체로도 알려진 c-Met는 증식, 운동성, 이동 및 침입에 관여하는 것을 포함하는 광범위한 상이한 세포 신호전달 경로를 조절하는 수용체 티로신 키나제이다. 발암 및 암 진행에 중요한 세포 과정에서의 다면발현성(pleotropic) 역할로 인해, c-Met 이상(aberration)은 소세포 폐암(SCLC) 및 NSCLC와 같은 다양한 악성 종양에 관여하는 것으로 나타났다([Olivero et al., Br J Cancer, 74: 1862-8 (1996)] 및 [Ichimura et al., Jpn J Cancer Res, 87:1063-9 (1996)]). 따라서, c-Met는 항암 치료에서 중요한 표적으로 여겨져 왔다.
특히, c-Met에 대한 억제제는 매력적인 신규한 표적 치료 접근법을 나타낸다. 예를 들어, c-Met의 새로운 소분자 특이적 억제제인 SU11274의 효과는 새틀러(Sattler) 등(Pfizer; 이전에는 Sugen)에 의해 모델로서 발암성 Tpr-Met에 의해 형질전환된 세포에서 및 SCLC에서 처음 보고되었다(Sattler et al., Cancer Res, 63, (17), 5462-9 (2003)). 최근에는, APL-101(Apollomics - 보지티비, 베브렐티닙 및 PLB-1001로도 알려짐), 카프마틸립(Novartis), 테포티닙(Merck) 및 사볼리티닙(AstraZeneca)과 같은 c-Met의 소분자 억제제가 폐암 및 뇌종양에 대한 임상 시험에서 유망한 효능을 보였다. 그러나, 임상 데이터는 많은 암 환자가 c-Met 억제제에 반응하지 않으며 c-Met 억제제의 효능이 제한적임을 나타낸다. 따라서, c-Met 억제제를 사용하여 암 환자를 치료하기 위한 새로운 방법을 개발할 긴급한 필요성이 존재한다.
요약
한 측면에서, 본 개시내용은 암을 갖는 대상체를, c-Met 억제제를 사용한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로서 확인하는 방법을 제공한다. 한 실시양태에서, 상기 방법은 대상체로부터 샘플을 얻는 단계; 샘플에서 발현된 실질적으로 모든 RNA 전사체(transcript)를 검출하여, 샘플의 전체 전사체군(transcriptome)에서 각각의 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계; HGF의 발현 수준이 전체 전사체군 내의 모든 유전자의 제1 역치 백분율(예를 들어, 적어도 95%)보다 큰지를 결정하는 단계; c-Met의 발현 수준이 전체 전사체군 내의 모든 유전자의 제2 역치 백분율(예를 들어, 적어도 95%)보다 큰지를 결정하는 단계; 및 대상체가 c-Met 억제제를 사용한 치료에 반응할 가능성이 있는지를 결정하는 단계를 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 암을 갖는 대상체를, c-Met 억제제를 사용한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로서 확인하는 방법은 대상체로부터 샘플을 얻는 단계; 샘플에서 발현된 바이오마커 유전자 세트의 RNA 전사체를 검출하여, 샘플의 바이오마커 유전자 세트에서 각각의 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계로서, 바이오마커 유전자 세트는 ABL1, ALK, ATM, ATR, AXL, BAP1, BRAF, BRCA1, BRCA2, CHEK2, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB4, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT1, FLT4, HGF, HRAS, KDR, KIT, KRAS, MERTK, MET, MYC, NF1, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PTEN, RAF1, RET, ROS1, TEK를 포함하는 것인 단계; HGF의 발현 수준이 제1 역치 백분율, 예를 들어 바이오마커 유전자 세트 내의 다른 유전자의 적어도 75%보다 큰지를 결정하는 단계; c-Met의 발현 수준이 제2 역치 백분율, 예를 들어 바이오마커 유전자 세트 내의 다른 유전자의 적어도 95%보다 큰지를 결정하는 단계; 및 대상체가 c-Met 억제제를 사용한 치료에 반응할 가능성이 있는지를 결정하는 단계를 포함한다.
또 다른 측면에서, 본 개시내용은 암을 갖는 대상체를 치료하는 방법을 제공한다. 한 실시양태에서, 상기 방법은 대상체로부터의 샘플에서 발현된 실질적으로 모든 RNA 전사체를 검출하여, 샘플의 전체 전사체군에서 각각의 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계; HGF의 발현 수준이 전체 전사체군 내의 모든 유전자의 제1 역치 백분율(예를 들어, 적어도 95%)보다 큰지를 결정하는 단계; c-Met의 발현 수준이 전체 전사체군 내의 모든 유전자의 제2 역치 백분율(예를 들어, 적어도 95%)보다 큰지를 결정하는 단계; 및 치료 유효량의 c-Met 억제제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 암을 갖는 대상체를 치료하는 방법은 대상체로부터의 샘플에서 발현된 바이오마커 유전자 세트의 RNA 전사체를 검출하여, 샘플의 바이오마커 유전자 세트에서 각각의 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계로서, 바이오마커 유전자 세트는 ABL1, ALK, ATM, ATR, AXL, BAP1, BRAF, BRCA1, BRCA2, CHEK2, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB4, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT1, FLT4, HGF, HRAS, KDR, KIT, KRAS, MERTK, MET, MYC, NF1, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PTEN, RAF1, RET, ROS1, TEK를 포함하는 것인 단계; HGF의 발현 수준이 제1 역치 백분율, 예를 들어 바이오마커 유전자 세트 내의 모든 다른 유전자의 적어도 70%보다 큰지를 결정하는 단계; c-Met의 발현 수준이 제2 역치 백분율, 예를 들어 바이오마커 유전자 세트 내의 모든 다른 유전자의 적어도 95%보다 큰지를 결정하는 단계; 및 치료 유효량의 c-Met 억제제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 제1 또는 제2 역치 백분율은 전체 전사체군의 적어도 96%, 97%, 98% 또는 99%이다. 일부 실시양태에서, 제1 또는 제2 역치 백분율은 바이오마커 유전자 세트의 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이다.
일부 실시양태에서, 상기 방법은 HGF 또는 c-Met의 발현 수준이 전체 전사체군 또는 바이오마커 유전자 세트 내의 모든 유전자의 역치 백분율보다 큰지를 결정하기 전에, 전체 전사체군 또는 바이오마커 유전자 세트 내의 각각의 유전자의 발현 수준을 순위화하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 샘플은 c-Met 유전자에 돌연변이를 갖지 않는다. 특정 실시양태에서, 샘플은 c-Met 유전자에 발암성 돌연변이를 갖지 않는다. 특정 실시양태에서, c-Met 유전자에서의 발암성 돌연변이는 c-Met의 막근접(juxtamembrane) 도메인을 코딩하는 엑손 14가 결여된 더 짧은 단백질을 코딩하는 선택적 스플라이싱을 생성하는 점 돌연변이; 효소를 구성적으로 활성화시키는 키나제 도메인의 점 돌연변이; 또는 Cb1 결합 부위를 불활성화하여 구성적 c-Met 발현을 유도하는 Y1003 돌연변이이다. 특정 실시양태에서, c-Met 유전자의 돌연변이는 c-Met 융합 유전자를 생성한다. 특정 실시양태에서, c-Met 유전자의 돌연변이는 본원에 참조로 포함된 PCT/CN2020/094824에 개시되어 있다.
일부 실시양태에서, 암은 폐암, 흑색종, 신장암, 간암, 골수종, 전립선암, 유방암, 결장직장암, 췌장암, 갑상선암, 신경초종, 혈액암, 백혈병 및 비호지킨(Hodgkin) 림프종으로 이루어지는 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 암은 비소세포 폐암(NSCLC), 신장 세포 암종 또는 간세포 암종이다.
일부 실시양태에서, c-Met 억제제는 크리조티닙, 카보잔티닙, APL-101(CBT-101, PLB1001, 보지티닙, 베브렐티닙으로도 알려짐), SU11274, PHA665752, K252a, PF-2341066, AM7, JNJ-38877605, PF-04217903, MK2461, GSK1363089(XL880, 포레티닙), AMG458, 티반티닙(ARQ197로도 알려짐), INCB28060(INC280, 캅마티닙으로도 알려짐), E7050, BMS-777607, 사볼리티닙(볼리티닙으로도 알려짐), 테포티닙, HQP-8361, 메레스티닙, ARGX-111, 오나르투주맙, 릴로투무맙, 에미베투주맙 및 XL184로 이루어지는 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, c-Met 억제제는 하기 화학식의 화합물을 포함한다:
식 중,
R1 및 R2는 독립적으로 수소 또는 할로겐이고;
X 및 X1은 독립적으로 수소 또는 할로겐이고;
A 및 G는 독립적으로 CH 또는 N이거나, 또는 CH=G는 황 원자로 치환되고;
E는 N이고;
J는 CH, S 또는 NH이고;
M은 N 또는 CH이고;
Ar은 C1-6 알킬, C1-6 알콕실, 할로 C1-6 알킬, 할로 C1-6 알콕시, C3-7 사이클로알킬, 할로겐, 시아노, 아미노, -CONR4R5, -NHCOR6, -SO2NR7R8, C1-6 알콕실-, C1-6 알킬-, 아미노-C1-6 알킬-, 헤테로사이클릴 및 헤테로사이클릴-C1-6 알킬-로부터 독립적으로 선택된 1-3개의 치환체로 선택적으로 치환된 아릴 또는 헤테로아릴이고, 또는 2개의 연결된 치환체는 이들이 부착된 원자와 함께 상기 아릴 또는 헤테로아릴과 융합된 4-6원 락탐을 형성하고;
R3은 수소, C1-6 알킬, C1-6 알콕시, 할로 C1-6 알킬, 할로겐, 아미노 또는 -CONH-C1-6 알킬-헤테로사이클릴이고;
R4 및 R5는 독립적으로 수소, C1-6 알킬, C3-7 사이클로알킬, 헤테로사이클릴-C1-6 알킬이거나, 또는 R4 및 R5는 이들이 부착된 N과 함께 헤테로사이클릴을 형성하고;
R6은 C1-6 알킬 또는 C3-7 사이클로알킬이고;
R7 및 R8은 독립적으로 수소 또는 C1-6 알킬이다.
일부 실시양태에서, 화합물은 하기 화학식을 갖는 APL-101이다:
.
일부 실시양태에서, c-Met 억제제는 항-c-Met 항체이다.
도 1은 IHC에 의해 결정된 환자 003-019의 c-MET 과다발현을 보여준다.
도 2는 MET 및 HGF 둘 모두의 유전자 발현 수준이 환자 003-019 전체 전사체군에서 비정상적으로 높다는 것을 보여준다.
도 3은 MET 및 HGF 둘 모두의 유전자 발현 수준이 93개의 특유한 종양 유형 및 일치된 30개의 조직 유형에 의해 조사된 동적 범위와 비교하여 환자 003-019에서 비정상적으로 높다는 것을 보여준다.
도 4는 SA4097 육종 PDX 모델에서 40개의 암 유전자-시그니쳐 중에서 MET 및 HGF 유전자 발현 순위의 백분위수를 나타낸다.
도 5는 KP4 인간 췌장암 세포주에서 40개의 암 유전자-시그니쳐 중에서 MET 및 HGF 유전자 발현 순위의 백분위수를 나타낸다.
도 6은 SA10199 육종 PDX 모델에서 40개의 암 유전자-시그니쳐 중에서 MET 및 HGF 유전자 발현 순위의 백분위수를 나타낸다.
도 7은 c-Met 억제제 APL-101 및 캅마티닙이 SA4097 육종 PDX 모델에서 종양 성장을 억제하였음을 보여준다.
도 8은 c-Met 억제제 APL-101, 캅마티닙, 테포티닙 및 사볼리티닙이 KP4 인간 췌장암 세포주 이종이식 모델에서 종양 성장을 억제함을 보여준다.
발명의 상세한 설명
본 개시내용을 보다 상세하게 설명하기 전에, 본 개시내용은 기재된 특정 실시양태에 제한되지 않으며, 따라서 물론 다양할 수 있음을 이해하여야 한다. 또한, 본 개시내용의 범위는 첨부된 청구범위에 의해서만 제한될 것이기 때문에, 본 명세서에서 사용되는 용어는 단지 특정 실시양태를 설명하기 위한 것이며 본 개시내용을 제한하려는 의도가 아님을 이해하여야 한다.
달리 정의되지 않는 한, 본원에서 사용되는 모든 기술 및 과학 용어는 본 개시내용이 속하는 기술 분야의 통상의 기술자가 일반적으로 이해하는 것과 동일한 의미를 갖는다. 본 명세서에서 설명되는 것과 유사하거나 동등한 임의의 방법 및 재료가 또한 본 개시내용의 실시 또는 시험에 사용될 수 있지만, 바람직한 방법 및 물질을 이제 설명한다.
본 명세서에서 인용되는 모든 간행물 및 특허는 마치 각각의 개별 간행물 또는 특허가 구체적이고 개별적으로 참조로 포함되는 것으로 표시되는 것처럼 본 명세서에 참조로 포함되고, 간행물이 그와 함께 인용되는 방법 및/또는 재료를 개시하고 설명하기 위해 본 명세서에 참조로 포함된다. 임의의 간행물의 인용은 출원일 이전의 그의 개시내용에 대한 것이며, 본 개시내용이 사전 개시로 인해 그러한 간행물보다 선행할 자격이 없다는 것을 인정하는 것으로 해석되어서는 안된다. 또한, 제시된 발행일은 실제 발행일과 다를 수 있으므로, 독립적으로 확인하여야 한다.
본 개시내용을 읽을 때 관련 기술 분야의 통상의 기술자에게 명백한 바와 같이, 본 명세서에서 설명되고 예시되는 각각의 개별적인 실시양태는 본 개시내용의 범위 또는 사상을 벗어나지 않으면서 임의의 다른 몇몇의 실시양태의 특징과 쉽게 분리되거나 조합될 수 있는 별개의 구성요소 및 특징을 갖는다. 언급된 임의의 방법은 언급된 사건의 순서로 또는 논리적으로 가능한 다른 순서로 수행될 수 있다.
정의
다음 정의는 독자를 돕기 위해 제공된다. 달리 정의되지 않는 한, 여기에서 사용되는 모든 기술 용어, 표기법 및 기타 과학 또는 의학 용어는 화학 및 의학 분야의 통상의 기술자에 의해 일반적으로 이해되는 의미를 갖도록 의도된다. 일부 경우에, 일반적으로 이해되는 의미를 갖는 용어는 명료성 및/또는 용이한 참조를 위해 본원에서 정의되며, 본원에 그러한 정의를 포함하는 것이 반드시 관련 기술 분야에서 일반적으로 이해되는 용어의 정의에 대한 실질적인 차이를 나타내는 것으로 해석되어서는 안 된다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 단수 형태 "a", "an" 및 "the"는 문맥상 명백하게 달리 지시하지 않는 한, 복수의 참조 대상을 포함한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, "항체"는 자연 발생 면역글로불린뿐만 아니라, 예를 들어 단일 사슬 항체, 키메라 항체(예를 들어, 인간화 뮤린 항체) 및 이형접합 항체(예를 들어, 이중특이성 항체)를 포함하는 비자연 발생 면역글로불린을 포함한다. 항체의 단편에는 항원에 결합하는 단편(예를 들어, Fab', F(ab')2, Fab, Fv 및 rIgG)이 포함된다. 예를 들어, 문헌 [Pierce Catalog and Handbook, 1994-1995 (Pierce Chemical Co., Rockford, Ill.)]; [Kuby, J., Immunology, 3rd Ed., W.H. Freeman & Co., New York (1998)]을 참조한다. 또한, 용어 항체에는 2가 또는 이중특이성 분자, 디아바디, 트리아바디 및 테트라바디가 포함된다. 용어 "항체"는 추가로 폴리클로날 및 모노클로날 항체를 모두 포함한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "투여"는 약제 또는 조성물을 대상체에게 제공하는 것을 의미하며, 의료 전문가에 의한 투여 및 자가 투여를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용되는 바와 같이, "항혈관신생제"는 예를 들어 혈관 내피 성장 인자(VEGF)의 억제제 및 내피 세포 이동의 억제제와 같이 새로운 혈관의 성장을 감소시키거나 억제하는 물질을 의미한다. 항혈관신생제는 2-메톡시에스트라디올, 안지오스타틴, 베바시주맙, 연골 유래 혈관신생 억제 인자, 엔도스타틴, IFN-α, IL-12, 이트라코나졸, 리노마이드, 혈소판 인자-4, 프로락틴, SU5416, 수라민, 타스퀴니모드, 테코갈란, 테트라티오몰리브데이트, 탈리도마이드, 트롬보스폰딘, 트롬보스폰딘, TNP-470, 지브-아플리베르셉트, 이의 약제학적으로 허용되는 염, 프로드러그, 및 이의 조합을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용되는 바와 같이, "암"이라는 용어는 비정상적인 세포 성장을 수반하는 임의의 질병을 지칭하며, 신체의 임의의 조직, 기관 또는 세포에 영향을 미치는 모든 병기 및 모든 형태의 질병을 포함한다. 이 용어는 악성, 양성, 연조직 또는 고형으로 특징지어지는 모든 알려진 암 및 신생물 병태, 및 전이 전 및 전이 후의 암을 포함하는 모든 병기 및 등급의 암을 포함한다. 일반적으로, 암은 암이 위치하거나 그로부터 기원하는 조직 또는 기관 및 암 조직 및 세포의 형태에 따라 분류할 수 있다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 암 유형에는 급성 림프구성 백혈병(ALL), 급성 골수성 백혈병, 부신피질 암종, 항문암, 성상세포종, 소아 소뇌 또는 대뇌, 기저 세포 암종, 담관암, 방광암, 골 종양, 뇌암, 유방암, 버킷(Burkitt) 림프종, 소뇌 성상세포종, 대뇌 성상세포종/악성 신경교종, 자궁경부암, 만성 림프구성 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 결장암, 기종, 자궁내막암, 뇌실막세포종, 식도암, 유잉 종양군(Ewing family of tumor), 유잉 육종, 위(위장)암, 신경교종, 두경부암, 심장암, 호지킨(Hodgkin) 림프종, 섬세포 암종(내분비 췌장암), 카포시(Kaposi) 육종, 신장암(신세포암), 후두암, 백혈병, 간암, 폐암, 수모세포종, 흑색종, 신경모세포종, 비호지킨 림프종, 난소암, 췌장암, 인두암, 전립선암, 직장암, 신세포 암종(신장암), 망막모세포종, 피부암, 위암, 천막상부 원시 신경외배엽 종양, 고환암, 인후암, 갑상선암, 질암, 시신경로 및 시상하부 신경교종이 포함된다.
용어 "암 샘플"은 생물학적 샘플 또는 하나 이상의 암 세포를 포함하는 생물학적 공급원으로부터의 샘플을 포함한다. 생물학적 샘플은 체액, 예를 들어 혈액, 혈장, 혈청 또는 소변으로부터의 샘플, 또는 예를 들어 생검에 의해 세포, 조직 또는 기관으로부터 유래된 샘플, 바람직하게는 암 세포를 포함하거나 본질적으로 암 세포로 이루어지는 것으로 의심되는 종양 조직을 포함한다.
용어 "c-Met"는 간세포 성장 인자 수용체(HGFR)로 알려진 단백질을 코딩하는 원발성 암유전자(proto-oncogene)를 의미한다. c-Met 단백질은 c-Met의 전구체(pro c-Met)가 절단되어 생성된 α 사슬과 β 사슬로 구성되어 있으며, 디설파이드 연결에 의해 이량체를 형성한다. c-Met는 세포막을 관통하는 수용체이고, 전체 α 사슬 및 β 사슬의 일부가 세포 외에 존재한다(예를 들어, 문헌 [Mark et al., The Journal of Biological Chemistry (1992) 267:26166-71]; [Ayumi I, Journal of Clinical and Experimental Medicine (2008) 224:51-55] 참조). 또한, 인간 c-Met 및 이의 α 사슬 및 β 사슬에 대해서는 GenBank 수탁 번호 NP_000236.2를 참조한다. 암에서 비정상적인 c-Met 활성화는 불량한 예후와 관련이 있는 것으로 나타났고, 여기서 비정상적으로 활성화된 c-Met는 종양 성장, 종양에 영양분을 공급하는 새로운 혈관의 형성, 및 다른 장기로의 암 전이를 촉발한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, "c-Met 억제제"는 c-Met 단백질의 발현 또는 활성을 억제할 수 있는 작용제를 의미한다. c-Met 억제제의 예는 크리조티닙, 카보잔티닙, 테포티닙, AMG337, APL-101(PLB1001, 보지티닙으로도 알려짐), SU11274, PHA665752, K252a, PF-2341066, AM7, JNJ-38877605, PF-04217903, MK2461, GSK1363089(XL880, 포레티닙으로도 알려짐), AMG458, 티반티닙(ARQ197), INCB28060(INC280, 캅마티닙으로도 알려짐), E7050, BMS-777607, 사볼리티닙(볼리티닙으로도 알려짐), HQP-8361, 메레스티닙, ARGX-111, 오나르투주맙, 릴로투무맙, 에미베투주맙 XL184 및 US20150218171에 개시된 화합물을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
"결정", "평가", "측정" 및 "검출"이라는 용어는 교환 가능하게 사용될 수 있으며, 정량적 및 반정량적 결정을 모두 지칭한다. 정량적 및 반정량적 결정이 의도되는 경우, 관심 있는 폴리뉴클레오타이드 또는 폴리펩타이드의 "수준 결정" 또는 관심 있는 폴리뉴클레오타이드 또는 폴리펩타이드의 "검출"이라는 어구가 사용될 수 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "유효량" 또는 "치료 유효량"은 임의의 장애 또는 질병의 증상 및/또는 근본적인 원인을 예방, 치료, 감소 및/또는 완화시키기에 충분한 제제의 양, 또는 세포에 원하는 효과를 생성하기에 충분한 작용제의 양을 의미한다. 한 실시양태에서, "치료 유효량"은 질병의 증상을 감소시키거나 제거하기에 충분한 양이다. 또 다른 실시양태에서, 치료 유효량은 질병 자체를 극복하기에 충분한 양이다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 유전자의 "발현 수준"이라는 용어는 유전자로부터 발현되는 생성물, 예를 들어 RNA 또는 단백질의 양을 의미한다. 특정 실시양태에서, 유전자의 발현 수준은 그 유전자로부터 발현된 RNA 전사체의 양을 지칭한다. 특정 실시양태에서, 유전자의 발현 수준은 고처리량 시퀀싱 검정(예를 들어, RNA-seq)에서 측정된다. 이 경우, 각각의 리드(read)는 리드가 어느 유전자에 속하는지를 결정하기 위해 참조 전사체 주석에 먼저 매핑된다. 그런 다음, 각각의 유전자에 매핑된 리드의 수를 세어 발현 수준을 정량한다. 더 긴 유전자는 전사체 발현이 동일한 경우 더 짧은 유전자보다 더 많은 단편/리드/카운트를 가질 것이기 때문에, 일부 실시양태에서, 발현 수준은 리드의 수를 유전자(mRNA)의 길이로 나눔으로써 조정된다. 일부 실시양태에서, 발현 수준은 백만당 스케일링 인자(per million scaling factor)(백만 건당 전사체, TPM: Transcript Per Million)에 의해 추가로 정규화된다.
본 발명에서, 용어 "면역조절제"는 면역계가 항체를 생성하거나 항체 생성을 개시한 항원을 인식하고 반응하는 세포를 감작시키는 능력을 증가시키거나 감소시킴으로써 면역 반응을 변경하는 물질을 의미한다. 면역조절제는 재조합, 합성 또는 천연 제제일 수 있으며, 사이토카인, 코르티코스테로이드, 세포독성제, 티모신 및 면역글로불린을 포함한다. 일부 면역조절제는 신체에 자연적으로 존재하며, 이들 중 일부는 약리학적 제제로 이용 가능하다. 특정 실시양태에서, 면역조절제는 면역 체크포인트의 조절제이다. 면역조절제의 예는 과립구 콜로니 자극 인자(G-CSF), 인터페론, 이미퀴모드 및 박테리아로부터의 세포막 분획, IL-2, IL-7, IL-12, CCL3, CCL26, CXCL7, 및 합성 시토신 포스페이트-구아노신(CpG)을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
용어 "핵산" 및 "폴리뉴클레오타이드"는 교환 가능하게 사용되며, 데옥시리보뉴클레오타이드 또는 리보뉴클레오타이드 중 어느 하나인 임의의 길이의 뉴클레오타이드의 중합체 형태, 또는 이들의 유사체를 지칭한다. 폴리뉴클레오타이드는 임의의 3차원 구조를 가질 수 있으며, 알려지거나 알려지지 않은 임의의 기능을 수행할 수 있다. 폴리뉴클레오타이드의 비제한적인 예는 유전자, 유전자 단편, 엑손, 인트론, 메신저 RNA(mRNA), 전달 RNA, 리보솜 RNA, 리보자임, cDNA, shRNA, 단일 가닥의 짧거나 긴 RNA, 재조합 폴리뉴클레오타이드, 분지형 폴리뉴클레오타이드, 플라스미드, 벡터, 임의의 서열의 단리된 DNA, 제어 영역, 임의의 서열의 단리된 RNA, 핵산 프로브 및 프라이머를 포함한다. 핵산 분자는 선형 또는 원형일 수 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "광활성 치료제"는 광에 노출 시에 활성이 되는 화합물 및 조성물을 의미한다. 광활성 치료제의 특정 예는 예를 들어 미국 특허 출원 공개 제2011/015223호에 개시되어 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "방사선 감작제"는 종양 세포를 방사선 요법에 더 민감하게 만드는 화합물을 의미한다. 방사선 감작제의 예는 미소니다졸, 메트로니다졸, 티라파자민 및 트랜스 소듐 크로세티네이트를 포함한다.
암 요법에 대한 환자의 반응과 관련하여 사용되는 용어 "반응성", "임상 반응", "양성 임상 반응" 등은 교환 가능하게 사용되며, 바람직하지 않은 반응, 즉 유해한 반응과는 반대되는, 치료에 대한 호의적인 환자의 반응을 지칭한다. 환자에서, 유익한 반응은 검출 가능한 종양의 소실(완전 반응, CR), 종양 크기 및/또는 암 세포 수의 감소(부분 반응, PR), 종양 성장 정지(안정적 질환, SD), 종양의 퇴행 또는 거부를 야기할 수 있는 항종양 면역 반응의 강화; 종양과 관련된 하나 이상의 증상의 어느 정도의 완화; 치료 후 생존 기간의 증가; 및/또는 치료 후 주어진 시점에서 사망률의 감소를 비롯한 많은 임상 파라미터의 측면에서 표현될 수 있다. 종양 크기 및/또는 암 세포 수 및/또는 종양 전이의 지속적인 증가는 치료에 대한 유익한 반응이 없음을 나타낸다. 모집단에서, 약물의 임상적 이점, 즉 그 효능은 하나 이상의 종료점을 기준으로 평가할 수 있다. 예를 들어, 전체 반응률(ORR) 분석은 약물 치료 후 CR 또는 PR을 경험한 환자를 반응자로 분류한다. 질병 통제(DC) 분석은 약물 치료 후 CR, PR 또는 SD를 경험한 환자를 반응자로 분류한다. 양성 임상 반응은 다음을 포함하지만 이에 제한되지 않는, 환자에 대한 유익성을 나타내는 임의의 종료점을 사용하여 평가될 수 있다: (1) 둔화 및 완전한 성장 정지를 포함하는 종양 성장의 어느 정도의 억제; (2) 종양 세포 수의 감소; (3) 종양 크기의 감소; (4) 인접한 말초 기관 및/또는 조직으로의 종양 세포 침윤의 억제(즉, 감소, 둔화 또는 완전한 중지); (5) 전이의 억제; (6) 종양의 퇴행 또는 거부를 야기할 수 있는 항종양 면역 반응의 강화; (7) 종양과 관련된 하나 이상의 증상의 어느 정도의 경감; (8) 치료 후 생존 기간의 증가; 및/또는 (9) 치료 후 주어진 시점에서 감소된 사망률. 또한, 긍정적인 임상 반응은 임상 결과의 다양한 척도의 측면에서 표현될 수도 있다. 긍정적인 임상 결과는 비슷한 임상 진단을 받은 환자 집단의 결과와 비교하여 개인의 결과라는 맥락에서 고려될 수도 있으며, 무재발 간격(RFI)의 지속 기간의 증가, 집단의 전체 생존(OS) 대비 생존 시간의 증가, 무질병 생존(DFS) 시간의 증가, 원격 재발이 없는 기간(DRFI)의 지속 시간의 증가 등과 같은 다양한 종료점을 사용하여 평가될 수 있다. 추가의 종료점에는 임의의 사건(AE)이 없는 생존 가능성, 전이성 재발(MR)이 없는 생존(MRFS) 가능성, 무병 생존(DFS) 가능성, 무재발 생존(RFS) 가능성, 1차 진행(FP) 가능성 및 원격 전이가 없는 생존(DMFS) 가능성이 포함된다. 긍정적 임상 반응 가능성의 증가는 암의 재발 또는 증상 재현 가능성의 감소에 상응한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 용어 "샘플"은 대상체로부터 얻어지고 RNA 전사체, 게놈 DNA 및/또는 단백질을 포함하는 생물학적 샘플을 의미한다. 샘플의 예는 암 세포와 같은 세포, 조직, 예를 들어 생검 조직(예를 들어, 생검된 뼈 조직, 골수, 유방 조직, 위장관 조직, 폐 조직, 간 조직, 전립선 조직, 뇌 조직, 신경 조직, 뇌수막 조직, 신장 조직, 자궁 내막 조직, 자궁경부 조직, 림프절 조직, 근육 조직 또는 피부 조직) 및 파라핀 포매 조직, 및 체액, 예를 들어 혈액, 혈장, 혈청, 소변, 질액, 자궁 또는 질 세척액, 흉수, 복수액, 뇌척수액, 타액, 땀, 눈물, 가래, 기관지 폐포 세척액 등을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 특정 실시양태에서, 샘플은 암 세포를 포함하는 생물학적 샘플일 수 있다. 일부 실시양태에서, 샘플은 예를 들어 종양 생검 또는 미세 바늘 흡인에 의해 종양으로부터 얻은 신선하거나 보관된 샘플이다. 또한, 샘플은 암 세포를 포함하는 모든 생물학적 유체일 수 있다. 대상체로부터 샘플을 수집하는 것은 생검 동안과 같이 일반적으로 병원 또는 진료소에서 따르는 표준 프로토콜에 따라 수행된다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "대상체"는 인간 또는 인간이 아닌 모든 동물(예를 들어, 마우스, 래트, 토끼, 개, 고양이, 소, 돼지, 양, 말 또는 영장류)을 의미한다. 인간은 출생 전 형태와 출생 후 형태를 포함한다. 많은 실시양태에서, 대상체는 인간이다. 대상체는 질병의 진단 또는 치료를 위해 의료 제공자에게 제시하는 인간을 지칭하는 환자일 수 있다. 용어 "대상체"는 본원에서 "개체" 또는 "환자"와 교환 가능하게 사용된다. 대상체는 질병 또는 장애에 걸리거나 걸리기 쉬울 수 있지만, 질병 또는 장애의 증상을 나타내거나 나타내지 않을 수 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "독소"는 식물 또는 동물 기원의 항원성 독 또는 독액을 의미한다. 그 예는 디프테리아 독소 또는 그의 일부이다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "전사체군"은 샘플, 예를 들어 개별 세포 또는 세포 집단 내의 모든 또는 실질적으로 모든 RNA 전사체의 세트를 의미한다. 일부 실시양태에서, 전사체군은 샘플 내의 모든 mRNA 전사체를 의미한다. 일부 실시양태에서, 전사체군은 모든 단백질 코딩 및 비코딩 RNA 전사체를 포함한다.
용어 "치료", "치료하다" 또는 "치료하는"은 암(예를 들어, 유방암, 폐암, 난소암 등)의 영향 또는 암의 증상을 감소시키는 방법을 지칭한다. 따라서, 개시된 방법에서, 치료는 암의 중증도 또는 암의 증상의 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100% 감소를 의미할 수 있다. 예를 들어, 질병을 치료하는 방법은 대조군과 비교하여 대상체에서 질병의 하나 이상의 증상이 10% 감소한 경우 치료로 간주된다. 따라서, 감소는 천연 또는 대조군 수준과 비교하여 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100% 또는 10 내지 100% 사이의 임의의 백분율의 감소일 수 있다. 치료가 반드시 질병, 병태, 또는 질병 또는 병태의 증상의 치유 또는 완전한 제거를 의미하는 것은 아님이 이해될 것이다.
전사체군 분석
본 개시내용은 암을 갖는 대상체를, c-Met 억제제를 사용한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로서 확인하는 방법을 제공한다. 한 실시양태에서, 상기 방법은 대상체로부터 샘플을 얻는 단계; 샘플에서 발현된 실질적으로 모든 RNA 전사체를 검출하여, 샘플의 전체 전사체군에서 각각의 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계; HGF의 발현 수준이 전체 전사체군 내의 모든 유전자의 적어도 95%보다 큰지를 결정하는 단계; c-Met의 발현 수준이 전체 전사체군 내의 모든 유전자의 적어도 95%보다 큰지를 결정하는 단계; 및 대상체가 c-Met 억제제를 사용한 치료에 반응할 가능성이 있는지를 결정하는 단계를 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 암을 갖는 대상체를, c-Met 억제제를 사용한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로서 확인하는 방법은 HGF 및 c-Met의 발현 수준을 모든 암 환자에서 일반적으로 변경되는 바이오마커 유전자의 세트와 비교하는 것을 포함한다. 한 실시양태에서, 상기 방법은 대상체로부터 샘플을 얻는 단계; 샘플에서 발현된 바이오마커 유전자 세트의 RNA 전사체를 검출하여, 샘플의 바이오마커 유전자 세트에서 각각의 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계; HGF의 발현 수준이 바이오마커 유전자 세트 내의 다른 유전자의 적어도 75%보다 큰지를 결정하는 단계; c-Met의 발현 수준이 바이오마커 유전자 세트 내의 다른 유전자의 적어도 95%보다 큰지를 결정하는 단계; 및 대상체가 c-Met 억제제를 사용한 치료에 반응할 가능성이 있는지를 결정하는 단계를 포함한다. 한 실시양태에서, 바이오마커 유전자의 세트는 ABL1, ALK, ATM, ATR, AXL, BAP1, BRAF, BRCA1, BRCA2, CHEK2, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB4, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT1, FLT4, HGF, HRAS, KDR, KIT, KRAS, MERTK, MET, MYC, NF1, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PTEN, RAF1, RET, ROS1, TEK를 포함한다.
원발성 암유전자 c-MET는 수용체 티로신 키나아제(RTK) c-Met를 코딩한다. 상피-내피 기원의 세포는 배아 발생 및 조직 복구에 필수적인 c-MET를 광범위하게 발현한다. 간세포 성장 인자(HGF)는 c-Met 수용체에 대해 유일하게 알려진 리간드이며, 주로 중간엽 기원의 세포에서 발현된다. 정상적인 조건 하에서, c-Met는 리간드 결합 시에 이량체화 및 자가인산화되며, 이는 다시 미토겐 활성화 단백질 키나제(MAPK), 포스파티딜이노시톨 3-키나제(PDK)-AKT, v-src 육종 바이러스 암유전자 상동체(SRC), 신호 변환기 및 전사 활성제(STAT: signal transducer and activator of transcription) 신호전달 경로의 활성화를 유발하는 하류 신호전달을 매개하는 단백질에 대한 활성 도킹 부위를 생성한다. 이러한 활성화는 증가된 세포 성장, 산란 및 운동성, 침습, 세포사멸로부터의 보호, 분지형 형태 형성 및 혈관신생으로 이어지는 다양한 다발성 생물학적 반응을 유발한다. 그러나, 병리학적 상태 하에서 c-Met의 부적절한 활성화는 암 세포의 증식, 생존 및 침습/전이 능력을 부여할 수 있다.
조절 이상(deregulation) 및 그에 따른 c-Met의 비정상적인 신호전달은 유전자 증폭 및 활성화 돌연변이를 포함하는 상이한 메커니즘에 의해 일어날 수 있다. c-Met는 폐암, 유방암, 난소암, 신장암, 결장암, 갑상선암, 간 및 위 암종을 포함하는 다양한 암종에서 과다발현되는 것으로 보고되었다. 이러한 과다발현은 전사 활성화, 저산소증 유발 과다발현의 결과 또는 c-Met 유전자 증폭의 결과일 수 있다. 유전자 증폭은 c-Met의 빈번한 유전자 변형이며, NSCLC, 결장직장암 및 위암에서 불량한 예후와 관련이 있는 것으로 보고된 반면, c-Met 유전자의 발암성 돌연변이는 비유전성 암 환자에서 거의 발견되지 않는다. c-Met의 잠재적 발암성 돌연변이는 주로 c-Met의 막근접 도메인을 코딩하는 엑손 14가 결여된 더 짧은 단백질을 코딩하는 선택적 스플라이싱을 생성하는 점 돌연변이; 효소를 구성적으로 활성화시키는 키나제 도메인의 점 돌연변이; 및 Cb1 결합 부위를 불활성화하여 구성적 c-Met 발현을 유도하는 Y1003 돌연변이를 포함한다.
본 개시내용에서, 본 발명자들은 놀랍게도 c-Met 신호전달 경로에서 다중 성분, 예를 들어 HGF 및 c-Met의 과다발현이 c-Met 억제제의 치료에 대한 환자의 반응성을 나타낸다는 것을 발견하였다. 특히, c-Met 신호전달 경로에서 유전자의 과다발현은 전사체군 분석을 기반으로 하여 측정된다.
본원에서 설명되는 전사체군은 주어진 유기체 또는 생물학적 샘플에 존재하는 모든 RNA 전사체를 포함한다. 특정 실시양태에서, 전사체군은 생물학적 샘플 내의 모든 RNA를 지칭한다. 특정 실시양태에서, 전사체군은 생물학적 샘플 내의 모든 mRNA를 지칭한다. 특정 실시양태에서, 전사체군은 생물학적 샘플 내의 모든 단백질 코딩 RNA를 지칭한다. 특정 실시양태에서, 전사체군은 모든 단백질 코딩 및 비코딩 RNA를 포함한다.
생물학적 샘플의 전사체군은 혼성화 기반 검정인 마이크로어레이(microarray) 및 시퀀싱 기반 검정인 RNA-seq를 포함하지만 이에 제한되지 않는, 관련 기술 분야에 공지된 적절한 방법에 의해 측정될 수 있다.
샘플 준비
본원에서 제공되는 방법을 수행하는 데 적합한 모든 생물학적 샘플은 대상체로부터 얻을 수 있다. 특정 실시양태에서, 샘플은 전사체군을 측정하기 위한 바람직한 방법에 의해 추가로 처리될 수 있다.
특정 실시양태에서, 샘플 제조 방법은 대상체로부터 얻은 생물학적 유체 샘플(예를 들어, 말초 혈액 샘플) 또는 조직 샘플로부터 암 세포(예를 들어, 순환 종양 세포)를 단리 또는 추출하는 것을 포함한다. 암 세포는 이뮤니콘(Immunicon)(미국 펜실베니아주 헌팅던 밸리 소재)에서 입수할 수 있는 것과 같은 면역자기 분리 기술에 의해 분리될 수 있다.
특정 실시양태에서, 상기 방법은 샘플로부터 핵산, 예를 들어 RNA를 단리하는 단계를 추가로 포함한다. 페놀 및 클로로포름 추출과 같은 다양한 추출 방법 및 예를 들어 문헌 [Ausubel et al., Current Protocols of Molecular Biology (1997) John Wiley & Sons] 및 [Sambrook and Russell, Molecular Cloning: A Laboratory Manual 3 rd ed. (2001)]에 기재된 다른 다양한 방법이 세포 또는 조직으로부터 RNA를 단리하기 위해 적합하다. 특정 실시양태에서, 샘플로부터 단리된 RNA는 마이크로어레이 또는 시퀀싱을 수행하기 전에 cDNA로 역전사될 수 있다.
마이크로어레이
핵산 혼성화 검정은 프로브를 사용하여 표적 핵산에 혼성화함으로써 표적 핵산을 검출할 수 있다. 마이크로어레이는 RNA, DNA, mRNA로부터 역전사된 cDNA 또는 염색체 DNA일 수 있는 매우 많은 표적 핵산 분자의 수준을 동시에 측정하는 방법을 제공하는 혼성화 기반 검정이다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 표적 핵산, 예를 들어, RNA 또는 mRNA로부터 역전사된 cDNA는 기판 표면의 제곱 센티미터당 최대 수백만 개의 프로브의 밀도로 배열된 다수의 고정된 핵산 프로브를 갖는 기판을 포함하는 마이크로어레이에 혼성화될 수 있다. 샘플의 RNA 또는 DNA는 어레이의 상보성 프로브에 혼성화된 다음, 레이저 스캐닝에 의해 검출된다. 어레이의 각각의 프로브에 대한 혼성화 강도가 결정되고, RNA 또는 DNA의 상대적인 수준을 나타내는 정량적인 값으로 전환된다. 미국 특허 제6,040,138호, 제5,800,992호, 제6,020,135호, 제6,033,860호 및 제6,344,316호를 참조한다.
기계적 합성 방법을 사용하여 이들 어레이를 합성하는 기술은 예를 들어 미국 특허 제5,384,261호에 기재되어 있다. 평면 어레이 표면이 종종 사용되지만, 어레이는 거의 모든 모양의 표면 또는 심지어 다수의 표면에서 제작될 수 있다. 어레이는 비드, 겔, 중합체 표면, 광섬유와 같은 섬유, 유리 또는 임의의 다른 적절한 기판 상의 핵산일 수 있다. 미국 특허 제5,770,358호, 제5,789,162호, 제5,708,153호, 제6,040,193호 및 제5,800,992호를 참조한다. 어레이는 모든 것이 포함된 장치의 진단 또는 기타 조작을 허용하는 방식으로 패키징될 수 있다. 또한, 유용한 마이크로어레이, 예를 들어 아피메트릭스(Affymetrix), 나노 스트링 테크놀로지스(Nano String Technologies)의 마이크로어레이, 파노믹스(Panomics)의 QuantiGene 2.0 멀티플렉스 어쎄이(Multiplex Assay)가 상업적으로 입수 가능하다.
시퀀싱 방법
생물학적 샘플에서 전사체군의 측정에 유용한 시퀀싱 방법은 고처리량 시퀀싱(차세대 시퀀싱)일 수 있다. 생어(Sanger) 시퀀싱과 같은 기존의 방법과 구별되는 방법을 사용하는 고처리량 시퀀싱, 또는 차세대 시퀀싱은 확장성이 뛰어나며, 전체 게놈 또는 전사체군을 한 번에 시퀀싱할 수 있다. 고처리량 시퀀싱은 합성에 의한 시퀀싱, 라이게이션에 의한 시퀀싱 및 울트라-딥(ultra-deep) 시퀀싱(문헌 [Marguiles et al., Nature 437 (7057): 376-80 (2005)]에 기술됨)을 포함한다. 합성에 의한 서열화는 폴리머라제 증폭에서 표지된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오타이드 유사체를 통합함으로써 표적 핵산의 상보성 가닥을 합성하는 것을 포함한다. 표지 뉴클레오타이드의 성공적인 통합 직후에 또는 통합 시에, 표지의 신호를 측정하고, 뉴클레오타이드의 정체를 기록한다. 통합된 뉴클레오타이드의 검출 가능한 표지는 통합, 검출 및 확인 단계가 반복되기 전에 제거된다. 서열별 합성 방법의 예는 관련 기술 분야에 공지되어 있고, 예를 들어 미국 특허 제7,056,676호, 미국 특허 제8,802,368호 및 특허 미국 제7,169,560호에 기재되어 있고, 이들 특허의 내용은 본 명세서에 참조로 포함된다. 합성에 의한 시퀀싱은 폴드백(fold-back) PCR 및 고정된 프라이머를 사용하여 고체 표면(또는 마이크로어레이 또는 칩) 상에서 수행될 수 있다. 표적 핵산 단편은 고정된 프라이머에 혼성화하여 고체 표면에 부착되고, 브리지 증폭될 수 있다. 이 기술은 예를 들어 일루미나(Illumina)® 시퀀싱 플랫폼에서 사용된다.
파이로시퀀싱은 표적 핵산 영역을 프라이머에 혼성화하고, 폴리머라제의 존재 하에서 염기 A, C, G 및 T(U)에 해당하는 데옥시뉴클레오타이드 트리포스페이트를 순차적으로 통합하여 새로운 가닥을 연장하는 것을 포함한다. 각각의 염기 통합은 옥시루시페린의 합성 및 가시광선의 방출을 유도하는, 설퍼릴라제에 의해 ATP로 전환되는 파이로포스페이트의 방출을 동반한다. 파이로포스페이트 방출은 통합된 염기의 수와 등몰이기 때문에, 발산되는 빛은 임의의 한 단계에서 부가되는 뉴클레오타이드의 수에 비례한다. 전체 서열이 결정될 때까지 과정이 반복된다.
특정 실시양태에서, 본원에서 설명되는 전사체군은 전체 전사체군 샷건 시퀀싱(RNA 시퀀싱)에 의해 측정된다. RNA 시퀀싱 방법은 문헌에 기술되어 있다([Wang Z, Gerstein M and Snyder M, Nature Review Genetics (2009) 10:57-63]; [Maher CA et al., Nature (2009) 458:97-101]; [Kukurba K & Montgomery SB, Cold Spring Harbor Protocols (2015) 2015(11): 951-969]).
발현 수준의 측정 및 순위 평가
마이크로어레이 및 고처리량 시퀀싱은 생물학적 샘플의 모든(또는 검정의 민감도에 따라 실질적으로 모든, 즉 적어도 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.9%) 유전자의 발현 수준의 측정을 제공한다.
마이크로어레이 검정에서, 유전자의 발현 수준은 RNA 또는 cDNA에 부착된 염료(예를 들어, 형광단)의 강도로 표시되는, 마이크로어레이 상의 프로브와 혼성화된 RNA 또는 cDNA의 양을 기반으로 하여 측정될 수 있다.
고처리량 시퀀싱 검정(예를 들어, RNA-seq)에서, 각각의 리드는 리드가 어느 유전자에 속하는지를 결정하기 위해 참조 전사체 주석에 먼저 매핑된다. 그런 다음, 각각의 유전자에 매핑된 리드의 수를 세어 발현 수준을 정량한다. 더 긴 유전자는 전사체 발현이 동일한 경우 더 짧은 유전자보다 더 많은 단편/리드/카운트를 가질 것이기 때문에, 일부 실시양태에서, 발현 수준은 리드의 수를 유전자(mRNA)의 길이로 나누고, 백만당 스케일링 인자(백만 건당 전사체, TPM)에 의해 정규화함으로써 조정된다. 일부 실시양태에서, 발현 수준은 백만 개의 매핑된 단편당 유전자 엑손의 길이(백만 개의 매핑된 단편당 엑손의 킬로베이스당 단편, FPKM: fragments per kilobase of exon per million mapped fragments)에 의해 단편의 수를 정규화함으로써 조정된다.
일부 실시양태에서, 전사체군 또는 바이오마커 유전자 세트의 각각의 유전자의 발현 수준을 측정한 후, 유전자는 그의 발현 수준에 따라 순위가 정해진다. 일부 실시양태에서, 전체 전사체군 또는 바이오마커 유전자 세트와 비교하여 c-Met 신호전달 경로에 관여하는 유전자, 예를 들어 HGF 및 c-Met의 상대적인 발현 수준이 결정된다. 일부 실시양태에서, 대상체는 c-Met 신호전달 경로의 다중 성분이 전사체군 또는 바이오마커 유전자 세트에서 가장 많이 발현되는 유전자에 속하는 경우 c-Met 억제제의 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 확인된다. 일부 실시양태에서, 생물학적 샘플에서 HGF 및 c-Met 둘 모두의 발현 수준이 전사체군의 모든 유전자의 적어도 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%보다 높은 경우 대상체가 c-Met 억제제의 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 확인된다. 일부 실시양태에서, HGF의 발현 수준이 바이오마커 유전자 세트 내의 모든 유전자의 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%보다 높고 생물학적 샘플 내의 c-Met의 발현 수준이 바이오마커 유전자 세트 내의 모든 유전자의 적어도 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%보다 높은 경우, 대상체는 c-Met 억제제의 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 확인된다.
c-Met 억제제를 사용한 치료
또 다른 측면에서, 본 개시내용은 암을 갖는 대상체를 치료하는 방법을 제공한다. 한 실시양태에서, 상기 방법은 대상체로부터의 샘플에서 발현된 실질적으로 모든 RNA 전사체를 검출하여, 샘플의 전체 전사체군에서 각각의 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계; HGF의 발현 수준이 전체 전사체군 내의 모든 유전자의 제1 역치 백분율, 예를 들어 적어도 95%보다 큰지를 결정하는 단계; c-Met의 발현 수준이 전체 전사체군 내의 모든 유전자의 제2 역치 백분율, 예를 들어 적어도 95%보다 큰지를 결정하는 단계; 및 치료 유효량의 c-Met 억제제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
본원에서 사용되는 "c-Met 억제제"는 c-Met 단백질의 발현 또는 활성을 억제할 수 있는 작용제를 의미한다. 특정 실시양태에서, c-Met 억제제는 크리조티닙, 카보잔티닙, 테포티닙, AMG337, APL-101(PLB1001, 보지티닙, 베브렐티닙으로도 알려짐), SU11274, PHA665752, K252a, PF-2341066, AM7, JNJ-38877605, PF-04217903, MK2461, GSK1363089(XL880, 포레티닙으로도 알려짐), AMG458, 티반티닙(ARQ197로도 알려짐), INCB28060(INC280, 캅마티닙으로도 알려짐), E7050, BMS-777607, 사볼리티닙(볼리티닙으로도 알려짐), HQP-8361, 메레스티닙, ARGX-111, 오나르투주맙, 릴로투무맙, 에미베투주맙 및 XL184로 이루어지는 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, c-Met 억제제는 하기 화학식의 화합물을 포함한다:
식 중,
R1 및 R2는 독립적으로 수소 또는 할로겐이고;
X 및 X1은 독립적으로 수소 또는 할로겐이고;
A 및 G는 독립적으로 CH 또는 N이거나, 또는 CH=G는 황 원자로 치환되고;
E는 N이고;
J는 CH, S 또는 NH이고;
M은 N 또는 CH이고;
Ar은 C1-6 알킬, C1-6 알콕실, 할로 C1-6 알킬, 할로 C1-6 알콕시, C3-7 사이클로알킬, 할로겐, 시아노, 아미노, -CONR4R5, -NHCOR6, -SO2NR7R8, C1-6 알콕실-, C1-6 알킬-, 아미노-C1-6 알킬-, 헤테로사이클릴 및 헤테로사이클릴-C1-6 알킬-로부터 독립적으로 선택된 1-3개의 치환체로 선택적으로 치환된 아릴 또는 헤테로아릴이고, 또는 2개의 연결된 치환체는 이들이 부착된 원자와 함께 상기 아릴 또는 헤테로아릴과 융합된 4-6원 락탐을 형성하고;
R3은 수소, C1-6 알킬, C1-6 알콕시, 할로 C1-6 알킬, 할로겐, 아미노 또는 -CONH-C1-6 알킬-헤테로사이클릴이고;
R4 및 R5는 독립적으로 수소, C1-6 알킬, C3-7 사이클로알킬, 헤테로사이클릴-C1-6 알킬이거나, 또는 R4 및 R5는 이들이 부착된 N과 함께 헤테로사이클릴을 형성하고;
R6은 C1-6 알킬 또는 C3-7 사이클로알킬이고;
R7 및 R8은 독립적으로 수소 또는 C1-6 알킬이다.
일부 실시양태에서, c-Met 억제제는 다음으로 이루어지는 군으로부터 선택된다:
특정 실시양태에서, c-Met 억제제는 하기 화학식을 갖는 APL-101(이전에 CBT-101로 명명됨, 그 전문이 참조로 포함되는 US20150218171 참조)이다:
특정 실시양태에서, c-Met 억제제는 약제학적으로 허용되는 담체와 함께 제제화될 수 있다. 담체는 존재하는 경우, c-Met 억제제 및 담체의 총 부피 또는 중량을 기준으로 5 내지 95 중량%의 담체의 양과 같은 임의의 적합한 양으로 c-Met 억제제와 블렌딩될 수 있다. 일부 실시양태에서, 담체의 양은 5%, 10%, 12%, 15%, 20%, 25%, 28%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70% 또는 75%의 하한 및 20%, 22%, 25%, 28%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 및 95% 중 임의의 값의, 하한보다 높은 상한을 갖는 범위로 존재할 수 있다. 특정 실시양태에서 담체의 양은 특정 투여 형태, c-Met 억제제의 상대적인 양, 담체를 포함하는 조성물의 총 중량, 담체의 물리적 및 화학적 특성 및 제제화 기술의 통상의 기술자에게 알려진 다른 요인을 고려하여 결정될 수 있다.
c-Met 억제제는 경구 섭취에 의해, 또는 눈에 대한 국소 투여를 위한 연고 또는 점적제로서, 또는 비경구 또는 임의의 적절한 방식의 다른 투여, 예를 들어 복강내, 피하, 국소, 피내, 흡입, 폐내, 직장, 질, 설하, 근육내, 정맥내, 동맥내, 척수강내 또는 림프내 투여와 같이 임의의 바람직하고 효과적인 방식으로 투여될 수 있다. 또한, c-Met 억제제는 다른 치료와 함께 투여될 수 있다. c-Met 억제제는 원하는 경우 캡슐화되거나 또는 필요한 경우 위 분비물 또는 기타 분비물로부터 다른 방식으로 보호될 수 있다.
본원에서 개시되는 c-Met 억제제의 투여량의 적절한 비제한적인 예는 1 mg/kg/일 내지 약 2400 mg/kg, 예를 들어 약 1 mg/kg/일 내지 약 1200 mg/kg/일, 75 mg/kg/일 내지 약 300 mg/kg/일, 예를 들어 약 1 mg/kg/일 내지 약 100 mg/kg/일이다. 이러한 작용제의 다른 대표적인 투여량은 1일당 약 1 mg/kg, 5 mg/kg, 10 mg/kg, 15 mg/kg, 20 mg/kg, 25 mg/kg, 30 mg/kg, 35 mg/kg, 40 mg/kg, 45 mg/kg, 50 mg/kg, 60 mg/kg, 70 mg/kg, 75 mg/kg, 80 mg/kg, 90 mg/kg, 100 mg/kg, 125 mg/kg, 150 mg/kg, 175 mg/kg, 200 mg/kg, 250 mg/kg, 300 mg/kg, 400 mg/kg, 500 mg/kg, 600 mg/kg, 700 mg/kg, 800 mg/kg, 900 mg/kg, 1000 mg/kg, 1100 mg/kg, 1200 mg/kg, 1300 mg/kg, 1400 mg/kg, 1500 mg/kg, 1600 mg/kg, 1700 mg/kg, 1800 mg/kg, 1900 mg/kg, 2000 mg/kg, 2100 mg/kg, 2200 mg/kg, 및 2300 mg/kg을 포함한다. 일부 실시양태에서, 인간에서 c-Met 억제제의 투여량은 12시간마다 약 400 mg/일이다. 일부 실시양태에서, 인간에서 c-Met 억제제의 투여량은 300-500 mg/일, 100-600 mg/일 또는 25-1000 mg/일의 범위이다. 본원에서 개시되는 c-Met 억제제의 유효 용량은 2회, 3회, 4회, 5회, 6회 또는 그 초과의 하위 용량으로 투여될 수 있으며, 이들 용량은 하루에 걸쳐 적절한 간격으로 개별적으로 투여된다.
한 실시양태에서, 방법은 면역 체크포인트 조절제, 세포독성제, 독소, 방사성핵종, 면역조절제, 광활성 치료제, 방사선 감작제, 호르몬, 항혈관신생제 및 이들의 조합으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 추가의 치료제를 투여하는 것을 추가로 포함한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "면역 체크포인트" 또는 "암 면역 체크포인트"는 면역 반응의 신호를 증가시키거나(즉, 공동자극 분자) 신호를 감소시키는(즉, 억제 분자) 면역계의 분자를 의미한다. 특정 실시양태에서, 면역 체크포인트는 PD-1, PD-L1, PD-L2, LAG-3, TIM-1, CTLA-4, VISTA, B7-H2, B7-H3, B7-H4, B7-H6, 284, ICOS, HVEM, CD160, gp49B, PIR-B, KIR 계열 수용체, TIM-1, TIM-4, BTLA, SIRP알파 (CD47), CD48, 284 (CD244), B7.1, B7.2, ILT-2, ILT-4, TIGIT 및 A2aR로 이루어지는 군으로부터 선택된다.
특정 실시양태에서, 면역 체크포인트의 조절자는 면역 체크포인트에 대한 모노클로날 항체이다. 특정 실시양태에서, 면역 체크포인트는 PD-1 또는 PD-L1이다. 특정 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 그 전문이 본 명세서에 참조로 포함된 PCT 출원 공개 제WO2016/014688호에 개시된 것들로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 APL-501(이전에 CBT-501로 명명됨, WO2016/014688 참조), GB226 또는 게놀림주맙이다. 특정 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 그 전문이 본 명세서에 참조로 포함된 PCT 출원 공개 제WO2016/022630호에 개시된 것들로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 APL-502(이전에 CBT-502로 명명됨, WO2016/022630 참조) 또는 TQB2450이다.
c-Met 억제제 이외의 다른 항암제
본 개시내용의 방법은 또한 대상체가 c-Met 억제제에 반응할 가능성이 없다고 판단한 후에 대상체에게 c-Met 억제제 이외의 다른 항암제를 투여하는 것을 포함한다. 이러한 항암제는 다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다: 알킬화제 또는 알킬화 작용을 갖는 작용제, 예를 들어 사이클로포스파미드(CTX; 예를 들어, 시톡산(cytoxan)®), 클로람부실(CHL; 예를 들어, 류케란(leukeran)®), 시스플라틴(CisP; 예를 들어, 플라티놀(platinol)®), 부설판(예를 들어, 밀레란(myleran)®), 멜팔란, 카르무스틴(BCNU), 스트렙토조토신, 트리에틸렌멜라민(TEM), 미토마이신 C 등; 항대사물질, 예를 들어 메토트렉세이트(MTX), 에토포사이드(VP16, 예를 들어, 베페시드(vepesid)®), 6-메르캅토푸린(6MP), 6-티오쿠아닌(6TG), 시타라빈(Ara-C), 5-플루오로우라실(5-FU), 카페시타빈(예를 들어, 젤로다(Xeloda)®), 다카르바진(DTIC) 등; 항생제, 예를 들어 악티노마이신 D, 독소루비신(DXR; 예를 들어 아드리아마이신(adriamycin)®), 다우노루비신(다우노마이신), 블레오마이신, 미트라마이신 등; 알칼로이드, 예를 들어 빈카 알칼로이드, 예를 들어 빈크리스틴(VCR), 빈블라스틴 등; 및 기타 항종양제, 예를 들어 파클리탁셀(예를 들어, 탁솔(taxol)®) 및 팍티탁셀 유도체, 세포증식 억제제, 글루코코르티코이드, 예를 들어 덱사메타손(DEX; 예를 들어, 데카드론(decadron)®) 및 코르티코스테로이드, 예를 들어 프레드니손, 뉴클레오사이드 효소 억제제, 예를 들어 하이드록시우레아, 아미노산 고갈 효소, 예를 들어 아스파라기나제, 류코보린, 폴린산, 랄티트렉세드 및 기타 엽산 유도체, 및 이와 유사한 다양한 항종양제. 또한, 다음 작용제도 추가의 작용제로서 사용할 수 있다: 아르니포스틴(예를 들어, 에티올(ethyol)®), 닥티노마이신, 메클로레타민(질소 머스타드), 스트렙토조신, 사이클로포스파마이드, 로르누스틴(CCNU), 독소루비신 리포(예를 들어, 독실(doxil)®), 겜시타빈(예를 들어, 젬자르(gemzar)®), 다우노루비신 리포(예를 들어, 다우녹솜(daunoxome)®), 프로카르바진, 미토마이신, 도세탁셀(예를 들어, 탁소테레(taxotere)®), 알데스류킨, 카르보플라틴, 옥살리플라틴, 클라드리빈, 캄토테신, CPT 11(이리노테칸), 10-하이드록시 7-에틸 캄토테신(SN38), 플록수리딘, 플루다라빈, 이포스파미드, 이다루비신, 메스나, 인터페론 알파, 인터페론 베타, 미톡산트론, 토포테칸, 류프롤라이드, 메게스트롤, 멜팔란, 메르캅토푸린, 플리카마이신, 미토탄, 페가스파르가제, 펜토스타틴, 피포브로만, 플리카마이신, 타목시펜, 테니포사이드, 테스토락톤, 티오구아닌, 티오테파, 우라실 머스타드, 비노렐빈 및 클로람부실.
특정 실시양태에서, c-Met 억제제 이외의 다른 항암제는 항호르몬제이다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "항호르몬제"는 종양에 대한 호르몬의 작용을 조절하거나 억제하는 작용을 하는 천연 또는 합성 유기 또는 펩타이드 화합물을 포함한다.
항호르몬제는 예를 들어 다음을 포함한다: 스테로이드 수용체 길항제, 항에스트로겐제, 예를 들어 타목시펜, 랄록시펜, 4(5)-이미다졸을 억제하는 아로마타제, 다른 아로마타제 억제제, 42-하이드록시타목시펜, 트리옥시펜, 케옥시펜, LY 117018, 오나프리스톤, 및 토레미펜(예를 들어, 파레스톤(Fareston)®); 항안드로겐제, 예를 들어 플루타마이드, 닐루타마이드, 비칼루타마이드, 류프롤라이드 및 고세렐린; 및 임의의 상기 작용제의 약제학적으로 허용되는 염, 산 또는 유도체; 당단백질 호르몬의 작용제 및/또는 길항제, 예를 들어 난포 자극 호르몬(FSH), 갑상선 자극 호르몬(TSH), 및 황체 형성 호르몬(LH) 및 LHRH(황체 형성 호르몬 방출 호르몬); 졸라덱스(Zoladex)®(AstraZeneca)로서 상업적으로 입수 가능한 LHRH 작용제 고세렐린 아세테이트; LHRH 길항제 D-알라닌아미드 N-아세틸-3-(2-나프탈레닐)-D-알라닐-4-클로로-D-페닐알라닐-3-(3-피리디닐)-D-알라닐-L-세릴-N6-(3-피리디닐카르보닐)-L-리실-N6-(3-피리디닐카르보닐)-D-리실-L-류실-N6-(1-메틸에틸)-L-리실-L-프롤린(예를 들어, 안타이드(Antide)®, 아레스-세로노(Ares-Serono)); LHRH 길항제 가니렐릭스 아세테이트; 스테로이드성 항안드로겐제 시프로테론 아세테이트(CPA) 및 메게이스(Megace)®(Bristol-Myers Oncology)로서 상업적으로 입수 가능한 메게스트롤 아세테이트; 율렉신(Eulexin)®(Schering Corp.)로서 상업적으로 입수 가능한 비스테로이드성 항안드로겐제 플루타미드(2-메틸-N-[4,20-니트로-3-(트리플루오로메틸)페닐프로판아미드); 비스테로이드성 항안드로겐제 닐루타미드, (5,5-디메틸-3-[4-니트로-3-(트리플루오로메틸-4'-니트로페닐)-4,4-디메틸-이미다졸리딘-디온); 및 기타 비허용성 수용체에 대한 길항제, 예를 들어 RAR, RXR, TR, VDR 등에 대한 길항제.
특정 실시양태에서, c-Met 억제제 이외의 다른 항암제는 혈관신생 억제제이다. 항혈관신생제는 예를 들어 다음을 포함한다: VEGFR 억제제, 예를 들어 SU-5416 및 SU-6668(Sugen Inc., 미국 캘리포니아주 사우쓰 샌 프란시스코 소재) 또는 예를 들어 국제 특허 출원 공개 WO 99/24440, WO 99/62890, WO 95/21613, WO 99/61422, WO 98/50356, WO 99/10349, WO 97/32856, WO 97/22596, WO 98/54093, WO 98/02438, WO 99/16755, 및 WO 98/02437, 및 미국 특허 제5,883,113호, 제5,886,020호, 제5,792,783호, 제5,834,504호 및 제6,235,764호에 기재된 것; VEGF 억제제, 예를 들어 IM862(Cytran Inc., 미국 워싱턴주 커크랜드 소재); 리보자임(Ribozyme, 미국 콜로라도주 보울더 소재) 및 키론(Chiron, 미국 캘리포니아주 에머리빌 소재)으로부터 입수 가능한 합성 리보자임인 안지오자임; 및 VEGF에 대한 항체, 예를 들어 베바시주맙(예를 들어, 아바스틴(Avastin)™, 제넨테크(Genentech), 미국 캘리포니아주 사우쓰 샌 프란시스코 소재), VEGF에 대한 재조합 인간화 항체; 인테그린 수용체 길항제 및 인테그린 길항제, 예를 들어 αvβ3, αvβ5 및 αvβ6 인테그린, 및 그의 서브타입, 예를 들어 실렌기타이드(EMD 121974), 또는 항-인테그린 항체, 예를 들어 αvβ3 특이적 인간화 항체(예를 들어, 비탁신(Vitaxin)®); IFN-알파(미국 특허 제41530,901호, 제4,503,035호 및 제5,231,176호)와 같은 인자; 안지오스타틴 및 플라스미노겐 단편(예를 들어, 크링글(kringle) 14, 크링글 5, 크링글 1-3(O'Reilly, M. S. et al. (1994) Cell 79:315-328; Cao et al. (1996) J. Biol. Chem. 271: 29461-29467; Cao et al. (1997) J. Biol. Chem. 272:22924-22928); 엔도스타틴(O'Reilly, M. S. et al. (1997) Cell 88:277; 및 국제 특허 출원 공개 WO 97/15666); 트롬보스폰딘(TSP-1; Frazier, (1991) Curr. Opin. Cell Biol. 3:792); 혈소판 인자 4(PF4); 플라스미노겐 활성제/유로키나제 억제제; 유로키나제 수용체 길항제; 헤파리나제; 푸마길린 유사체, 예를 들어 TNP-4701; 수라민 및 수라민 유사체; 혈관신생 억제 스테로이드; bFGF 길항제; flk-1 및 flt-1 길항제; 항혈관신생제, 예를 들어 MMP-2(매트릭스-메탈로프로티나제 2) 억제제 및 MMP-9(매트릭스-메탈로프로티나제 9) 억제제. 유용한 매트릭스 메탈로프로테이나제 억제제의 예는 국제 특허 출원 공개 WO 96/33172, WO 96/27583, WO 98/07697, WO 98/03516, WO 98/34918, WO 98/34915, WO 98/33768, WO 98/30566, WO 90/05719, WO 99/52910, WO 99/52889, WO 99/29667, 및 WO 99/07675, 유럽 특허 공개 818,442, 780,386, 1,004,578, 606,046, 및 931,788; 영국 특허 공개 9912961, 및 미국 특허 제5,863,949호및 제5,861,510호에 기재되어 있다. 바람직한 MMP-2 및 MMP-9 억제제는 MMP-1을 억제하는 활성이 거의 또는 전혀 없는 것이다. 보다 바람직한 것은 다른 매트릭스-메탈로프로테이나제(즉, MMP-1, MMP-3, MMP-4, MMP-5, MMP-6, MMP-7, MMP-8, MMP-10, MMP-11, MMP-12, 및 MMP-13)에 비해 MMP-2 및/또는 MMP-9를 선택적으로 억제하는 것이다.
특정 실시양태에서, c-Met 억제제 이외의 다른 항암제는 종양 세포 아폽토시스 촉진제 또는 아폽토시스 자극제이다.
특정 실시양태에서, c-Met 억제제 이외의 다른 항암제는 신호 전달 억제제이다. 신호 전달 억제제는 예를 들어 다음을 포함한다: erbB2 수용체 억제제, 예를 들어 유기 분자, 또는 erbB2 수용체에 결합하는 항체, 예를 들어 트라스투주맙(예를 들어, 헤르셉틴(Herceptin)®); 다른 단백질 티로신 키나제의 억제제, 예를 들어 이미티닙(예를 들어, 글리벡(Gleevec)®); ras 억제제; raf 억제제; MEK 억제제; mTOR 억제제; 사이클린 의존성 키나제 억제제; 단백질 키나제 C 억제제; 및 PDK-1 억제제(이러한 억제제의 여러 예 및 암 치료를 위한 임상 시험에서의 그의 용도에 대한 설명에 대해서는 문헌 [Dancey, J. and Sausville, E. A. (2003) Nature Rev. Drug Discovery 2:92-313] 참조); GW-282974(Glaxo Wellcome plc); 모노클로날 항체, 예를 들어 AR-209(Aronex Pharmaceuticals Inc., 미국 텍사스주 더 우드랜즈 소재) 및 2B-1(Chiron); 및 erbB2 억제제, 예를 들어 국제 특허 출원 공개 WO 98/02434, WO 99/35146, WO 99/35132, WO 98/02437, WO 97/13760, 및 WO 95/19970, 및 미국 특허 제5,587,458호, 제5,877,305호, 제6,465,449호 및 제6,541,481호에 기재된 억제제.
특정 실시양태에서, c-Met 억제제 이외의 다른 항암제는 면역 체크포인트에 특이적으로 결합하는 항체와 같은 암 면역요법제이다. 면역 체크포인트는 예를 들어 다음을 포함한다: A2AR, B7.1, B7.2, B7-H2, B7-H3, B7-H4, B7-H6, BTLA, CD48, CD160, CD244, CTLA-4, ICOS, LAG-3, LILRB1, LILRB2, LILRB4, OX40, PD-1, PD-L1, PD-L2, SIRP알파(CD47), TIGIT, TIM-3, TIM-1, TIM-4, 및 VISTA.
특정 실시양태에서, c-Met 억제제 이외의 다른 항암제는 항증식제이다. 항증식제는 예를 들어 다음을 포함한다: 효소 파르네실 단백질 트랜스퍼라제의 억제제 및 수용체 티로신 키나제 PDGFR의 억제제, 예를 들어 미국 특허 제6080769호, 제6194438호, 제6258824호, 제6586447호, 제6071935호, 제6495564호, 제6150377호, 제6596735호 및 제6479513호, 및 국제 특허 출원 공개 WO 01/40217에 개시되고 특허 청구된 화합물.
특정 실시양태에서, c-Met 억제제 이외의 다른 항암제는 세포독성제이다. 본 발명에 따른 세포독성제는 DNA 손상제, 항대사물질, 항미세소관제, 항생제 등을 포함한다. DNA 손상제는 알킬화제, 백금 기반 작용제, 삽입제 및 DNA 복제 억제제를 포함한다. DNA 알킬화제의 비제한적인 예는 사이클로포스파미드, 메클로레타민, 우라무스틴, 멜팔란, 클로람부실, 이포스파미드, 카르무스틴, 로무스틴, 스트렙토조신, 부설판, 테모졸로마이드, 이의 약제학적으로 허용되는 염, 프로드러그 및 이들의 조합을 포함한다. 백금 기반 작용제의 비제한적인 예는 시스플라틴, 카르보플라틴, 옥살리플라틴, 네다플라틴, 사트라플라틴, 트리플라틴 테트라니트레이트, 이의 약제학적으로 허용되는 염, 프로드러그, 및 이들의 조합을 포함한다. 삽입제의 비제한적인 예는 독소루비신, 다우노루비신, 이다루비신, 미톡산트론, 이의 약제학적으로 허용되는 염, 프로드러그 및 이들의 조합을 포함한다. DNA 복제 억제제의 비제한적인 예는 이리노테칸, 토포테칸, 암사크린, 에토포사이드, 에토포사이드 포스페이트, 테니포사이드, 이의 약제학적으로 허용되는 염, 프로드러그 및 이들의 조합을 포함한다. 항대사산물은 메토트렉세이트 및 프레메트렉세드와 같은 엽산 길항제, 6-머캅토퓨린, 다카르바진 및 플루다라빈과 같은 퓨린 길항제, 및 5-플루오로우라실, 아라비노실시토신, 카페시타빈, 겜시타빈, 데시타빈과 같은 피리미딘 길항제, 이의 약제학적으로 허용되는 염, 프로드러그 및 이들의 조합을 포함한다. 항미세소관제는 빈카 알칼로이드, 파클리탁셀(탁솔(Taxol)®), 도세탁셀(탁소테레®) 및 익사베필론(이그젬프라(Ixempra)®)를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 항생제는 악티노마이신, 안트라사이클린, 발루비신, 에피루비신, 블레오마이신, 플리카마이신, 미토마이신, 이의 약제학적으로 허용되는 염, 프로드러그 및 이의 조합을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
하기 실시예는 특허 청구된 발명을 보다 잘 설명하기 위해 제공되며, 본 발명의 범위를 제한하는 것으로 해석되어서는 안 된다. 이하에서 설명되는 모든 특정 조성물, 재료 및 방법은 전체적으로 또는 부분적으로 본 발명의 범위 내에 속한다. 이들 특정 조성, 재료 및 방법은 본 발명을 제한하려는 것이 아니라, 단지 본 발명의 범위 내에 속하는 특정 실시양태를 설명하기 위한 것이다. 관련 기술 분야의 통상의 기술자는 발명 능력을 발휘하지 않고 본 발명의 범위를 벗어나지 않으면서 균등한 조성, 재료 및 방법을 개발할 수 있다. 여전히 본 발명의 범위 내에서 유지하면서 본 명세서에서 설명되는 절차에 대한 많은 변형이 이루어질 수 있음을 이해할 것이다. 상기 변형이 본 발명의 범위 내에 포함되는 것이 본 발명자들의 의도이다.
실시예 1
본 실시예는 HGF와 c-Met 둘 모두의 과다발현을 갖는 암 환자가 c-Met 억제제에 반응하였음을 입증한다.
재료 및 방법
환자(003-019)는 전이성 신경초종으로 진단되었고, 선택적 유형 1b c-Met 키나제 억제제인 APL-101에 대한 임상 시험에 등록하는 데 동의하였다. 임상시험은 APL-101의 안전성 및 내약성을 평가하고, 권장되는 2상 용량(RP2D) 및 용량 제한 독성을 결정하고, c-Met 조절 이상 진행성 고형 종양을 갖는 대상체에서 예비 효능을 얻기 위한 공개 라벨(open-label) 1상 연구이었다. 환자는 캐리스 라이프 사이언시스(Caris Life Sciences, 미국 85040 애리조나주 피닉스 사우쓰 44번 플레이스 4610 소재)에서 환자의 종양 조직 샘플의 c-Met 면역조직화학(IHC) 분석에 의해 검출된 높은 수준의 c-Met 단백질 발현에 기초하여 등록되었다(도 1). 1상 연구는 17명의 대상체가 등록하고 1일당 100 mg, 200 mg, 300 mg 및 400 mg의 4가지의 점증 용량 그룹에 대해 하루 2회 경구 투여(BID)하여 치료함으로서 완료되었다. 안전성 및 PK 결과에 기초하여, RP2D는 BID 일정에 따라 매일 400 mg으로 결정되었다. 환자 003-019는 499일(15.8개월) 동안 BID에 의해 300 mg APL-101로 치료받았다. 환자의 종양 샘플을 캐리스 라이프 사이언시스의 MI 전사체군 시퀀싱 검정에 의해 추가로 분석하여, 전체 전사체군을 포괄하는 전사체 수준에서 환자의 암에 의해 전달되는 유전자 변형 및 비정상적인 유전자 발현에 대한 프로파일링을 수행하였다. 환자의 혈액 샘플은 아처 클리니컬 서비스(Archer Clinical Service, 미국 80401 콜로라도주 골든 스위트 150 더블유 6번 애비뉴 15000 소재)의 ArcherDx LiquidPlex에 의해 순환 종양 DNA(ctDNA)의 DNA 수준에서 유전적 변경에 대한 프로파일링을 위해 기준선 및 치료 종료 시점에 수집되었다.
결과
환자 003-019 질병은 모든 2회 투여 주기의 프로토콜 정의 일정에 따라 RECIST 기준 1.1에 기초한 방사선학적 평가에 의해 평가되었다. 환자는 APL-101 치료의 2회 투여 주기 후에 먼저 질병 통제를 경험하였고, APL-101의 8회 투여 주기 동안 안정적인 질병 치료로 지속적으로 이익을 받은 후, 10회 투여 주기 후에 부분 반응을 경험하였다. 환자는 치료 종료 시에 질병이 진행될 때까지 APL-101에 계속 반응하였다. 환자는 499일(15.8개월) 동안 APL-101로부터 임상적 이익을 경험하였다.
APL-101 치료에 대한 환자의 임상 반응과 관련된 잠재적인 예측 바이오마커를 발견하기 위해, 환자의 종양 및 혈액 샘플을 분석하여 전체 전사체군의 RNA 전사체 및 ctDNA의 NGS에 의해 포획된 유전자 변형에 대한 프로파일을 분석하였다. ArcherDx LiquidPlex ctDNA 패널은 100%의 MET 게놈 영역 및 이상 변이체 및 카피수 변이의 검출을 위한 AKT1, ALK, AR, BRAF, CDK6, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, HRAS, IDH1, IDH2, KIT KRAS, MAP2K1, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, RET, ROS1 및 TP53을 포함하는 28개의 다른 드라이버(driver) 발암 유전자의 알려진 핫 스팟을 포함한다. Caris MI 전사체군 시험은 전사체의 유전자 발현 및 이상 변이체 검출을 위한 전체 전사체군을 다룬다.
투여 전 기준선 및 치료 종료시의 혈액 샘플에 대한 ctDNA 분석은 알려진 실행 가능한 드라이버 발암성 변이체를 검출하지 못하였다(표 1).
전체 전사체군 프로파일링 결과는 전사체 수준에서 알려진 실행 가능한 드라이버 발암성 변이체를 검출하지 않았다. 그러나, MET 및 HGF의 유전자 발현 수준(TPM으로 측정됨)은 둘 모두 비정상적으로 높은 것으로 확인되었고, 20366개의 유전자 중에서 각각 99.4% 및 98.6% 백분위수로 순위가 매겨졌고, 도 2에 도시된 바와 같이 전사체 수준이 검출 한계보다 높았다. 다중 종양 다중 조직 검증 세트와 비교했을 때, 대상체 003-019의 HGF 및 c-Met 발현 수준은 93개의 특유한 샘플의 30개의 종양 유형 및 일치된 조직 유형 검증 세트에 의해 조사된 동적 범위보다 유의하게 더 높다(도 3). 이러한 결과는 APL-101에서 예시된 바와 같이 c-Met 억제제를 통해 이익을 받을 수 있는 비정상적으로 높은 수준의 c-MET 및 HGF 동시 발생 유전자 발현을 보이는 야생형 c-MET 유전자를 보유한 환자를 확인하는 방법이 될 가능성을 지지하였다.
실시예 2
본 실시예는 실제 세계에서 발생하는 매우 광범위한 암 유형에 걸쳐 일반적으로 비정상적인 유전자의 선택된 세트의 유전자 발현에 대한 RNA-시퀀싱 분석에 의해 암 환자, 종양 세포주, 또는 높은 수준의 MET 및 HGF 동시 발현을 보이는 야생형 MET 보유 환자 유래 종양 모델(PDX)을 확인하는 방법을 예시한다. 본 실시예는 이러한 MET 및 HGF 바이오마커 방법에 의해 확인된 암 세포가 c-MET 발암성 경로에 의존할 가능성이 있는지, APL-101을 포함하는 c-Met 억제제를 사용한 치료에 반응하고 그로부터 이익을 얻을 수 있는지의 여부를 추가로 검증한다.
재료 및 방법
제노스페이스(Genospace)(Sarah Cannon Real-world evidence(RWE) 암 게놈 데이터베이스)에서 NGS 프로파일링을 갖는 모든 암 환자에서 일반적으로 변경된 40개의 유전자는 MET/HGF 동시 발현 바이오마커 결정을 위한 암 유전자-시그니쳐 세트가 되도록 조립된다. 40개의 유전자는 다음과 같다: ABL1, ALK, ATM, ATR, AXL, BAP1, BRAF, BRCA1, BRCA2, CHEK2, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB4, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT1, FLT4, HGF, HRAS, KDR, KIT, KRAS, MERTK, MET, MYC, NF1, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PTEN, RAF1, RET, ROS1, TEK.
암 시그니쳐 세트의 각각의 유전자의 유전자 발현 수준은 전사체군의 RNA 시퀀싱에 의해 결정된다. 이 유전자 세트에서 MET 및 HGF 발현의 백분위수는 주어진 RNA 시퀀싱 방법의 단위(예를 들어, TPM 또는 FPKM(백만 개의 매핑된 단편당 엑손의 킬로베이스당 단편)에 의해 정량되는 유전자 발현 수준의 순위(백분위수)에 의해 결정된다.
또한, 주요 발암성 드라이버 돌연변이의 동시 발생은 DNA 기반 엑솜 시퀀싱에 의해 조사된다. 드라이버 돌연변이 분석을 위한 핵심 유전자는 MET, KRAS, BRAF, EGFR, ERBB2, ERBB3, PIK3CA이다.
MET/HGF 동시 발현 바이오마커와 c-MET 억제제(들)를 사용한 치료에 대한 반응 사이의 관계를 밝히기 위해, 종양 세포주 이종이식편 모델(제노베이스(XenoBase)®, Crown Bioscience, 미국 캘리포니아주 소재) 및 PDX 종양 모델(휴베이스(HuBase)®, Crown Bioscience, 미국 캘리포니아주 소재)를 스크리닝하여, 상이한 수준의 MET/HGF 동시 발현 및 상이한 동시 발생 발암성 드라이버 돌연변이를 보유하는 야생형 MET 보유 종양 모델을 확인하였다. APL-101 및 FDA 승인된 c-Met 억제제인 캅마티닙을 포함하는 선택된 c-MET 억제제의 생체내 항종양 효과를 상기 모델에서 조사하였다.
결과
하나의 종양 세포주 이종이식편 모델, 2개의 PDX 종양 모델이 제노베이스® 및 휴베이스®로부터 MET/HGF 동시 발현이 높거나 중간 정도인 야생형 MET를 보유하는 것으로 확인되었고, 생체내 항종양 평가를 위해 선택되었다. 40종의 암 유전자-시그니쳐 유전자 중에서 조직학적 특성 및 MET 및 HGF 발현 수준을 표 2 및 3에 나타내었다.
주요 발암성 드라이버 돌연변이의 동시 발생은 이들 3가지 종양 모델에서 DNA 기반 엑솜 시퀀싱에 의해 조사된다(표 4). 세 가지 모델은 모두 야생형 MET를 가지고 있다. KP4는 알려진 발암성 KRAS 돌연변이 G12D 및 다른 5개의 주요 발암성 드라이버 유전자에 대한 야생형을 가지고 있는 반면, 다른 두 모델은 6개의 주요 발암성 유전자 드라이버 유전자 모두에 대해 야생형이다.
40종의 암 유전자-시그니쳐 중에서 MET 및 HGF 유전자 발현 순위의 백분위수는 도 4, 5 및 6에 제시되어 있다.
MET 및 HGF의 백분위수는 KP4 및 SA10199에서 가장 높다. 그러나, SA4097의 경우에는 MET의 백분위수가 SA4097에서 가장 높지만, HGF의 백분위수는 중간 순위인 74번째 백분위수이다.
MET와 동시 발현될 때 HGF의 보다 낮은 역치가 c-Met 발암성 경로에 대한 의존성을 부여할 수 있는지를 이해하기 위해, SA4097 보유 마우스를 APL-101 및 승인된 c-Met 억제제인 캅마티닙을 사용하여 생체 내에서, 약리학 연구에서 두 억제제 모두에 대한 치료 활성 용량인 것으로 나타난 10 mg/kg QD로 처리하였다. APL-101 및 캅마티닙은 SA4097의 강력한 종양 성장 억제를 입증하였다(도 7). 이 결과는 실시예 1에 제시된 환자 003-019의 임상 사례에서 생성된 초기 바이오마커 가설을 추가로 뒷받침하고, MET 및 HGF의 동시 발현 수준의 어떤 역치가 APL-101 및 캅마티닙에 의해 예시되는 바와 같이 c-MET 억제제에 대한 치료 반응을 부여할 수 있는지에 대한 이해를 확장한다.
동시 발생 발암성 드라이버 돌연변이가 높은 수준의 MET 및 HGF 둘 모두와 함께 야생형 MET를 보유하는 종양에 대한 눈에 띄는 저항성을 부여하는지를 이해하기 위해, KP4 종양 이종이식편을 보유하는 마우스를 APL-101 및 3개의 추가의 승인된 c-Met 억제제인 캅마티닙, 테포티닙 및 사볼리티닙을 사용하여 생체 내에서, 약리학 연구에서 이들 억제제에 대한 치료 활성 용량인 것으로 또한 나타난 7 mg/kg QD로 처리하였다(도 8). 모든 c-Met 억제제는 부분적인 종양 성장 억제를 나타냈고, APL-101 및 캅마티닙은 다른 2개의 c-Met 억제제보다 수치적으로 더 강력한 항종양 효과를 나타냈다. 이러한 결과는 KRAS와 같은 동시 발생하는 발암성 돌연변이가 MET 야생형 유전적 배경에서 높은 수준의 MET 및 HGF로 인해 MET 경로에 의존할 가능성이 있는 종양에 대한 c-Met 억제제의 항종양 효과를 약화시킬 수 있음을 시사한다.

Claims (30)

  1. 암을 갖는 대상체를 치료하는 방법으로서,
    대상체로부터의 샘플에서 발현된 실질적으로 모든 RNA 전사체(transcript)를 검출하여, 샘플의 전체 전사체군(transcriptome)에서 각각의 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계;
    HGF의 발현 수준이 전체 전사체군 내의 모든 유전자의 적어도 95%보다 큰지를 결정하는 단계;
    c-Met의 발현 수준이 전체 전사체군 내의 모든 유전자의 적어도 95%보다 큰지를 결정하는 단계; 및
    치료 유효량의 c-Met 억제제를 대상체에게 투여하는 단계
    를 포함하는 방법.
  2. 제1항에 있어서, HGF 또는 c-Met의 발현 수준은 전체 전사체군 내의 모든 유전자의 적어도 96%, 97%, 98% 또는 99%보다 큰 것인 방법.
  3. 제1항에 있어서, HGF 또는 c-Met의 발현 수준이 전체 전사체군 내의 모든 유전자의 역치 백분율보다 큰지를 결정하기 전에, 전체 전사체군 내의 각각의 유전자의 발현 수준을 순위화하는 것을 포함하는 방법.
  4. 제1항에 있어서, 샘플은 c-Met 유전자 내에 돌연변이를 갖지 않는 것인 방법.
  5. 제1항에 있어서, 샘플은 c-Met 유전자 내에 발암성 돌연변이를 갖지 않는 것인 방법.
  6. 제1항에 있어서, 암은 폐암, 흑색종, 신장암, 간암, 골수종, 전립선암, 유방암, 결장직장암, 췌장암, 갑상선암, 혈액암, 백혈병 및 비호지킨 림프종으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 것인 방법.
  7. 제1항에 있어서, 암은 비소세포 폐암(NSCLC), 신장 세포 암종 또는 간세포 암종인 방법.
  8. 제1항에 있어서, 샘플은 조직 또는 혈액인 방법.
  9. 제1항에 있어서, RNA 전사체는 고처리량 시퀀싱을 사용하여 검출되는 것인 방법.
  10. 제1항에 있어서, c-Met 억제제는 크리조티닙, 카보잔티닙, APL-101(CBT-101, PLB1001, 보지티닙), SU11274, PHA665752, K252a, PF-2341066, AM7, JNJ-38877605, PF-04217903, MK2461, GSK1363089(XL880, 포레티닙), AMG458, 티반티닙(ARQ197), INCB28060(INC280, 캅마티닙), E7050, BMS-777607, 사볼리티닙(볼리티닙), 테포티닙, HQP-8361, 메레스티닙, ARGX-111, 오나르투주맙, 릴로투무맙, 에미베투주맙 및 XL184로 이루어지는 군으로부터 선택되는 것인 방법.
  11. 제1항에 있어서, c-Met 억제제는 하기 화학식의 화합물인 방법:

    식 중,
    R1 및 R2는 독립적으로 수소 또는 할로겐이고;
    X 및 X1은 독립적으로 수소 또는 할로겐이고;
    A 및 G는 독립적으로 CH 또는 N이거나, 또는 CH=G는 황 원자로 치환되고;
    E는 N이고;
    J는 CH, S 또는 NH이고;
    M은 N 또는 CH이고;
    Ar은 C1-6 알킬, C1-6 알콕실, 할로 C1-6 알킬, 할로 C1-6 알콕시, C3-7 사이클로알킬, 할로겐, 시아노, 아미노, -CONR4R5, -NHCOR6, -SO2NR7R8, C1-6 알콕실-, C1-6 알킬-, 아미노-C1-6 알킬-, 헤테로사이클릴 및 헤테로사이클릴-C1-6 알킬-로부터 독립적으로 선택된 1-3개의 치환체로 선택적으로 치환된 아릴 또는 헤테로아릴이고, 또는 2개의 연결된 치환체는 이들이 부착된 원자와 함께 상기 아릴 또는 헤테로아릴과 융합된 4-6원 락탐을 형성하고;
    R3은 수소, C1-6 알킬, C1-6 알콕시, 할로 C1-6 알킬, 할로겐, 아미노 또는 -CONH-C1-6 알킬-헤테로사이클릴이고;
    R4 및 R5는 독립적으로 수소, C1-6 알킬, C3-7 사이클로알킬, 헤테로사이클릴-C1-6 알킬이거나, 또는 R4 및 R5는 이들이 부착된 N과 함께 헤테로사이클릴을 형성하고;
    R6은 C1-6 알킬 또는 C3-7 사이클로알킬이고;
    R7 및 R8은 독립적으로 수소 또는 C1-6 알킬이다.
  12. 제11항에 있어서, 화합물은 하기 화학식을 갖는 것인 방법:
    .
  13. 제1항에 있어서, c-Met 억제제는 항-c-Met 항체인 방법.
  14. 암을 갖는 대상체를, c-Met 억제제를 사용한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로서 확인하는 방법으로서,
    대상체로부터 샘플을 얻는 단계;
    샘플에서 발현된 실질적으로 모든 RNA 전사체를 검출하여, 샘플의 전체 전사체군에서 각각의 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계;
    HGF의 발현 수준이 전체 전사체군의 적어도 95%보다 큰지를 결정하는 단계;
    c-Met의 발현 수준이 전체 전사체군의 적어도 95%보다 큰지를 결정하는 단계; 및
    대상체가 c-Met 억제제를 사용한 치료에 반응할 가능성이 있는지를 결정하는 단계
    를 포함하는 방법.
  15. 제14항에 있어서, 대상체에게 치료 유효량의 c-Met 억제제를 투여하는 것을 추가로 포함하는 방법.
  16. 암을 갖는 대상체를 치료하는 방법으로서,
    대상체로부터의 샘플에서 발현된 바이오마커 유전자 세트의 RNA 전사체를 검출하여, 샘플의 바이오마커 유전자 세트에서 각각의 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계로서, 바이오마커 유전자 세트는 ABL1, ALK, ATM, ATR, AXL, BAP1, BRAF, BRCA1, BRCA2, CHEK2, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB4, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT1, FLT4, HGF, HRAS, KDR, KIT, KRAS, MERTK, MET, MYC, NF1, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PTEN, RAF1, RET, ROS1, TEK를 포함하는 것인 단계;
    HGF의 발현 수준이 바이오마커 유전자 세트 내의 모든 다른 유전자의 적어도 70%보다 큰지를 결정하는 단계;
    c-Met의 발현 수준이 바이오마커 유전자 세트 내의 모든 다른 유전자의 적어도 95%보다 큰지를 결정하는 단계; 및
    치료 유효량의 c-Met 억제제를 대상체에게 투여하는 단계
    를 포함하는 방법.
  17. 제16항에 있어서, HGF의 발현 수준이 바이오마커 유전자 세트 내의 모든 다른 유전자의 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%보다 크거나, 또는 c-Met의 발현 수준이 바이오마커 유전자 세트 내의 모든 다른 유전자의 적어도 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%보다 큰 것인 방법.
  18. 제16항에 있어서, HGF 또는 c-Met의 발현 수준이 바이오마커 유전자 세트 내의 모든 다른 유전자의 역치 백분율보다 큰지를 결정하기 전에, 바이오마커 유전자 세트 내의 각각의 유전자의 발현 수준을 순위화하는 것을 포함하는 방법.
  19. 제16항에 있어서, 샘플은 c-Met 유전자 내에 돌연변이를 갖지 않는 것인 방법.
  20. 제16항에 있어서, 샘플은 c-Met 유전자 내에 발암성 돌연변이를 갖지 않는 것인 방법.
  21. 제16항에 있어서, 암은 폐암, 흑색종, 신장암, 간암, 골수종, 전립선암, 유방암, 결장직장암, 췌장암, 갑상선암, 혈액암, 백혈병 및 비호지킨 림프종으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 것인 방법.
  22. 제16항에 있어서, 암은 비소세포 폐암(NSCLC), 신장 세포 암종 또는 간세포 암종인 방법.
  23. 제16항에 있어서, 샘플은 조직 또는 혈액인 방법.
  24. 제16항에 있어서, RNA 전사체는 고처리량 시퀀싱을 사용하여 검출되는 것인 방법.
  25. 제16항에 있어서, c-Met 억제제는 크리조티닙, 카보잔티닙, APL-101(CBT-101, PLB1001, 보지티닙), SU11274, PHA665752, K252a, PF-2341066, AM7, JNJ-38877605, PF-04217903, MK2461, GSK1363089(XL880, 포레티닙), AMG458, 티반티닙(ARQ197), INCB28060(INC280, 캅마티닙), E7050, BMS-777607, 사볼리티닙(볼리티닙), 테포티닙, HQP-8361, 메레스티닙, ARGX-111, 오나르투주맙, 릴로투무맙, 에미베투주맙 및 XL184로 이루어지는 군으로부터 선택되는 것인 방법.
  26. 제16항에 있어서, c-Met 억제제는 하기 화학식의 화합물을 포함하는 것인 방법:

    식 중,
    R1 및 R2는 독립적으로 수소 또는 할로겐이고;
    X 및 X1은 독립적으로 수소 또는 할로겐이고;
    A 및 G는 독립적으로 CH 또는 N이거나, 또는 CH=G는 황 원자로 치환되고;
    E는 N이고;
    J는 CH, S 또는 NH이고;
    M은 N 또는 CH이고;
    Ar은 C1-6 알킬, C1-6 알콕실, 할로 C1-6 알킬, 할로 C1-6 알콕시, C3-7 사이클로알킬, 할로겐, 시아노, 아미노, -CONR4R5, -NHCOR6, -SO2NR7R8, C1-6 알콕실-, C1-6 알킬-, 아미노-C1-6 알킬-, 헤테로사이클릴 및 헤테로사이클릴-C1-6 알킬-로부터 독립적으로 선택된 1-3개의 치환체로 선택적으로 치환된 아릴 또는 헤테로아릴이고, 또는 2개의 연결된 치환체는 이들이 부착된 원자와 함께 상기 아릴 또는 헤테로아릴과 융합된 4-6원 락탐을 형성하고;
    R3은 수소, C1-6 알킬, C1-6 알콕시, 할로 C1-6 알킬, 할로겐, 아미노 또는 -CONH-C1-6 알킬-헤테로사이클릴이고;
    R4 및 R5는 독립적으로 수소, C1-6 알킬, C3-7 사이클로알킬, 헤테로사이클릴-C1-6 알킬이거나, 또는 R4 및 R5는 이들이 부착된 N과 함께 헤테로사이클릴을 형성하고;
    R6은 C1-6 알킬 또는 C3-7 사이클로알킬이고;
    R7 및 R8은 독립적으로 수소 또는 C1-6 알킬이다.
  27. 제26항에 있어서, 화합물은 하기 화학식을 갖는 것인 방법.
  28. 제16항에 있어서, c-Met 억제제는 항-c-Met 항체인 방법.
  29. 암을 갖는 대상체를, c-Met 억제제를 사용한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로서 확인하는 방법으로서,
    대상체로부터 샘플을 얻는 단계;
    샘플에서 발현된 바이오마커 유전자 세트의 RNA 전사체를 검출하여, 샘플의 바이오마커 유전자 세트에서 각각의 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계로서, 바이오마커 유전자 세트는 ABL1, ALK, ATM, ATR, AXL, BAP1, BRAF, BRCA1, BRCA2, CHEK2, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB4, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT1, FLT4, HGF, HRAS, KDR, KIT, KRAS, MERTK, MET, MYC, NF1, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PTEN, RAF1, RET, ROS1, TEK를 포함하는 것인 단계;
    HGF의 발현 수준이 바이오마커 유전자 세트 내의 다른 유전자의 적어도 70%보다 큰지를 결정하는 단계;
    c-Met의 발현 수준이 바이오마커 유전자 세트 내의 다른 유전자의 적어도 95%보다 큰지를 결정하는 단계; 및
    대상체가 c-Met 억제제를 사용한 치료에 반응할 가능성이 있는지를 결정하는 단계
    를 포함하는 방법.
  30. 제26항에 있어서, 대상체에게 치료 유효량의 c-Met 억제제를 투여하는 것을 추가로 포함하는 방법.
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