KR20230124656A - 전립선암 키메라 항원 수용체 - Google Patents

전립선암 키메라 항원 수용체 Download PDF

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매튜 드레버
에이미 이. 길버트
새뮤얼 티. 헤일리
캐서린 에이. 하트젤
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카이트 파마 인코포레이티드
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Abstract

본원에 개시된 항-PMCA 항원 결합 도메인 중 하나 이상을 포함하는 항체, 이의 단편, 키메라 항원 수용체(CAR) 및 T 세포 수용체(TCR)가 제공된다. 제공된 항-PSCA 결합 도메인을 포함하는 SynNotch 수용체는 항체, 이의 단편, CAR, T 세포 수용체(TCR) 및 SynNotch 수용체를 암호화하는 폴리뉴클레오티드이다. 이를 포함하는 조성물, 세포 및 세포 요법이 제공된다. 치료 방법이 추가로 제공된다.

Description

전립선암 키메라 항원 수용체
관련 출원의 교차 참조
본 출원은 2020년 12월 24일자로 출원된 미국 임시 출원 제63/130,529호에 대한 우선권을 주장하며, 이는 모든 목적을 위해 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다.
기술분야
본 개시내용은 세포 요법 분야, 보다 구체적으로는 전립선암 세포 상에 존재하는 항원을 표적으로 하는 CAR 및/또는 TCR에 관한 것이다.
서열 목록 참조
본 출원은 2021년 12월 14일에 작성되고, 크기가 301,341 바이트인 파일명 K-1096-WO-PCT_SL.txt로서 컴퓨터 판독 가능한 형식으로 제출된 서열 목록을 참조에 의해 포함한다.
인간 암은 본질적으로 정상세포가 유전적 또는 후성적 전환을 거쳐 비정상 암세포가 된 것으로 구성되어 있다. 그렇게 함에 있어서, 암 세포는 정상 세포에 의해 발현되는 것들과는 구별되는 단백질 및 다른 항원을 발현하기 시작한다. 신체의 선천성 면역계는 이러한 비정상 종양 항원을 사용하여 암세포를 특이적으로 표적화하고 사멸시킬 수 있다. 하지만, 암세포는 T 림프구 및 B 림프구와 같은 면역세포가 암세포를 성공적으로 표적화하는 것을 막기 위해 다양한 메커니즘을 이용한다.
현재 요법인 T 세포 요법은 환자에서 암 세포를 표적화하고 사멸시키기 위해서 농축 또는 변형된 인간 T 세포에 의존한다. 특정 암 세포를 표적화하고 사멸시키는 T 세포의 능력을 증가시키기 위해서, T 세포를 특정 표적 암 세포에 안내하는 작제물을 발현시키기 위해서 T 세포를 조작하는 방법이 개발되어 왔다. 특정 종양 항원과 상호작용할 수 있는 결합 도메인을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR: chimeric antigen receptor) 및 조작된 T 세포 수용체(TCR: T cell receptor)는 T 세포가 특정 종양 항원을 발현하는 암 세포를 표적화하고 살해하는 것을 가능하게 한다. 암 세포, 특히 고형 종양 세포, 예컨대, 전립선암 세포를 표적화하고 사멸시키기 위한 CAR 및 TCR에 대한 필요성이 존재한다.
항-PSMA 결합 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 개시되며, 여기서 항-PSMA 결합 도메인은 서열번호 1, 25, 49 및 73으로 이루어진 군으로부터 선택된 중쇄 가변 영역(HCVR: heavy chain variable region) 중 어느 하나의 3개의 중쇄 상보성 결정 영역(HCDR: heavy chain complementarity determining region)의 서열 및 서열번호 12, 36, 60 및 84로 이루어진 군으로부터 선택된 경쇄 가변 영역(LCVR: light chain variable region)의 3개의 경쇄 CDR(LCDR: light chain CDR)의 서열을 포함한다.
특정 실시형태에서, 항-PSMA 결합 도메인은 3개의 중쇄 상보성 결정 영역(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3)을 포함하는 제1 도메인 및 3개의 경쇄 상보성 결정 영역(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3)을 포함하는 제2 도메인을 포함하고, 여기서 (i) HCDR1은 서열번호 3 내지 5, 27 내지 29, 51 내지 53 및 75 내지 77 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖고; (ii) HCDR2는 서열번호 6 내지 8, 30 내지 32, 54 내지 56 및 78 내지 80 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖고; (iii) HCDR3은 서열번호 9 내지 11, 33 내지 35, 57 내지 59 및 81 내지 83 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖고; (iv) LCDR1은 서열번호 14 내지 16, 38 내지 40, 62 내지 64 및 86 내지 88 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖고; (v) LCDR2는 서열번호 17 내지 19, 41 내지 43, 65 내지 67 및 89 내지 91 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖고; (vi) LCDR3은 서열번호 20 내지 22, 44 내지 46, 68 내지 70 및 92 내지 94 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖는다.
특정 실시형태에서, HCDR은 (i) 서열번호 3 내지 5 중 임의의 것에 따른 HCDR1; 서열번호 6 내지 8 중 임의의 것에 따른 HCDR2; 서열번호 9 내지 11 중 임의의 하나에 따른 HCDR3; (ii) 서열번호 27 내지 29 중 임의의 것에 따른 HCDR1; 서열번호 30 내지 32 중 임의의 것에 따른 HCDR2; 서열번호 33 내지 35 중 임의의 하나에 따른 HCDR3; (iii) 서열번호 51 내지 53 중 임의의 것에 따른 HCDR1; 서열번호 54 내지 56 중 임의의 것에 따른 HCDR2; 서열번호 57 내지 59 중 임의의 하나에 따른 HCDR3; 또는 (iv) 서열번호 75 내지 77 중 임의의 것에 따른 HCDR1; 서열번호 78 내지 80 중 임의의 것에 따른 HCDR2; 서열번호 81 내지 83 중 임의의 하나에 따른 HCDR3을 포함하고; LCDR은 (i) 서열번호 14 내지 16 중 임의의 것에 따른 LCDR1; 서열번호 17 내지 19 중 임의의 것에 따른 LCDR2; 서열번호 20 내지 22 중 임의의 하나에 따른 LCDR3; (ii) 서열번호 38 내지 40 중 임의의 것에 따른 LCDR1; 서열번호 41 내지 43 중 임의의 것에 따른 LCDR2; 서열번호 44 내지 46 중 임의의 하나에 따른 LCDR3; (iii) 서열번호 62 내지 64 중 임의의 것에 따른 LCDR1; 서열번호 65 내지 67 중 임의의 것에 따른 LCDR2; 서열번호 68 내지 70 중 임의의 하나에 따른 LCDR3; 또는 (iv) 서열번호 86 내지 88 중 임의의 것에 따른 LCDR1; 서열번호 89 내지 91 중 임의의 것에 따른 LCDR2; 서열번호 92 내지 94 중 임의의 하나에 따른 LCDR3을 포함한다.
특정 실시형태에서, 항원 결합 시스템, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 3개의 중쇄 상보성 결정 영역(HCDR)을 포함하는 제1 도메인 및 3개의 경쇄 상보성 결정 영역(LCDR)을 포함하는 제2 도메인을 포함하고, 여기서 HCDR 및 LCDR은 (i) 서열번호 3 내지 5 중 임의의 것에 따른 HCDR1; 서열번호 6 내지 8 중 임의의 것에 따른 HCDR2; 서열번호 9 내지 11 중 임의의 하나에 따른 HCDR3; 서열번호 14 내지 16 중 임의의 것에 따른 LCDR1; 서열번호 17 내지 19 중 임의의 것에 따른 LCDR2; 서열번호 20 내지 22 중 임의의 하나에 따른 LCDR3; (ii) 서열번호 27 내지 29 중 임의의 것에 따른 HCDR1; 서열번호 30 내지 32 중 임의의 것에 따른 HCDR2; 서열번호 33 내지 35 중 임의의 하나에 따른 HCDR3; 서열번호 38 내지 40 중 임의의 것에 따른 LCDR1; 서열번호 41 내지 43 중 임의의 것에 따른 LCDR2; 서열번호 44 내지 46 중 임의의 하나에 따른 LCDR3; (iii) 서열번호 51 내지 53 중 임의의 것에 따른 HCDR1; 서열번호 54 내지 56 중 임의의 것에 따른 HCDR2; 서열번호 57 내지 59 중 임의의 하나에 따른 HCDR3; 서열번호 62 내지 64 중 임의의 것에 따른 LCDR1; 서열번호 65 내지 67 중 임의의 것에 따른 LCDR2; 서열번호 68 내지 70 중 임의의 하나에 따른 LCDR3; 또는 (iv) 서열번호 75 내지 77 중 임의의 것에 따른 HCDR1; 서열번호 78 내지 80 중 임의의 것에 따른 HCDR2; 서열번호 81 내지 83 중 임의의 하나에 따른 HCDR3; 서열번호 86 내지 88 중 임의의 것에 따른 LCDR1; 서열번호 89 내지 91 중 임의의 것에 따른 LCDR2; 서열번호 92 내지 94 중 임의의 하나에 따른 LCDR3을 포함한다.
특정 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 3개의 HCDR을 포함하는 제1 중쇄 가변 도메인 및 3개의 LCDR을 포함하는 경쇄 가변 도메인을 포함하고, 여기서 (i) 중쇄 가변 도메인은 서열번호 1 서열번호 25, 서열번호 49 및 서열번호 73과 적어도 80% 동일하고; (ii) 경쇄 가변 도메인은 서열번호 12, 서열번호 36, 서열번호 60 및 서열번호 84와 적어도 80% 동일하다.
특정 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 3개의 HCDR을 포함하는 제1 중쇄 가변 도메인 및 3개의 LCDR을 포함하는 경쇄 가변 도메인을 포함하고, 여기서 (i) 중쇄 가변 도메인은 서열번호 1과 적어도 80% 동일하고 경쇄 가변 도메인은 서열번호 12와 적어도 80% 동일하고; (ii) 중쇄 가변 도메인은 서열번호 25와 적어도 80% 동일하고 경쇄 가변 도메인은 서열번호 36과 적어도 80% 동일하고; (iii) 중쇄 가변 도메인은 서열번호 49와 적어도 80% 동일하고 경쇄 가변 도메인은 서열번호 60과 적어도 80% 동일하고; 또는 (iv) 중쇄 가변 도메인은 서열번호 73과 적어도 80% 동일하고 경쇄 가변 도메인은 서열번호 84와 적어도 80% 동일하다.
특정 실시형태에서, 3개의 HCDR 및 3개의 LCDR은 단일 폴리펩티드에 포함된다. 특정 실시형태에서, 이의 항원 결합 단편은 scFv를 포함한다.
개시된 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 암호화하는 핵산이 개시되어 있다.
본원에 개시된 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 키메라 항원 수용체가 개시되어 있다.
실시형태에서 키메라 항원 수용체는 서열번호 1과 적어도 80% 동일한 중쇄 가변 도메인 및 서열번호 12와 적어도 80% 동일한 경쇄 가변 도메인; (ii) 서열번호 25와 적어도 80% 동일한 중쇄 가변 도메인 및 서열번호 36과 적어도 80% 동일한 경쇄 가변 도메인; (iii) 서열번호 49와 적어도 80% 동일한 중쇄 가변 도메인 및 서열번호 60과 적어도 80% 동일한 경쇄 가변 도메인; (iv) 서열번호 73과 적어도 80% 동일한 중쇄 가변 도메인 및 서열번호 84와 적어도 80% 동일한 경쇄 가변 도메인; 또는 (v) 서열번호 97과 적어도 80% 동일한 중쇄 가변 도메인 및 서열번호 103과 적어도 80% 동일한 경쇄 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함한다.
실시형태에서 키메라 항원 수용체는 4-1BB/CD137의 막관통 도메인, T 세포 수용체의 알파 사슬, T 세포 수용체의 베타 사슬, CD3 엡실론, CD4, CD5, CD8 알파, CD9, CD16, CD19, CD22, CD28, CD33, CD37, CD45, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137, CD154, 또는 T 세포 수용체의 제타 사슬, 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다.
본원에 개시된 키메라 항원 수용체를 포함하는 핵산이 개시되어 있다. 본원에 개시된 핵산을 포함하는 재조합 벡터가 개시되어 있다. 실시형태에서, 항체, 이의 항원 결합 단편 또는 키메라 항원 수용체를 암호화하는 핵산은 구성적으로 활성화된 프로모터 또는 조건적으로 활성화된 프로모터에 작동 가능하게 연결되어 있다. 실시형태에서 조건적으로 활성화된 프로모터는 적어도 하나의 전사 활성화제 결합 부위를 포함한다. 실시형태에서 전사 활성화제 결합 부위는 하나 이상의 GAL4 결합 부위를 포함한다.
실시형태에서 개시된 재조합 벡터 또는 핵산은 TGF-β 수용체로부터의 세포외 도메인(ECD: extracellular domain) 및 막관통 도메인(TMD: transmembrane domain)을 포함하는 우성 음성 TGFβ 수용체(DN TGFβR: dominant negative TGFβ receptor)를 암호화하는 핵산을 추가로 포함하며, 여기서 재조합 폴리펩티드는 야생형 TGF-β 수용체에 존재하는 신호전달 및 인산화를 담당하는 아미노산 잔기가 결여되어 있다. 실시형태에서 ECD는 TGF-βRI 또는 TGF-βRII에서 선택된다. 실시형태에서 TMD는 TGF-βRI, TGF-βRII, PDGFR, CD4, CD8, CD28, CD127, CD132, CD3ζ, 4-IBB, OX40, ICOS, CTLA-4, PD-1, LAG-3, 2B4, IL-5, IL-7, IL-7Rα, BTLA 또는 상기 중 임의의 것의 돌연변이체로부터 선택된다. 실시형태에서 DN TGFβR은 야생형 TGF-β 수용체에 존재하는 신호전달과 인산화를 담당하는 아미노산 잔기가 결여되어 있는 이종 세포내 도메인(ICD)을 추가로 포함한다. 실시형태에서 DN TGFβR은 TGF-β1에 결합한다.
합성 노치(synNotch) 수용체 폴리펩티드가 개시되어 있는데, 이것은 N에서 C 말단으로 세포외 항-PSCA 결합 도메인, 하나 이상의 단백질분해 절단 부위를 포함하는 노치 코어 도메인 및 DNA 결합 도메인 및 트랜스액티베이션(transactivation) 도메인을 포함하는 전사 활성화제를 포함하는 세포내 도메인을 포함하며, 여기서 PSCA에 대한 결합 세포외 항-PSCA 결합 도메인의 결합은 하나 이상의 단백질분해 절단 부위에서 노치 코어 도메인의 절단을 유도하여, 세포내 도메인 및 전사 조절제를 방출한다.
실시형태에서 항-PSCA 결합 도메인은 3개의 중쇄 상보성 결정 영역(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3)을 포함하는 제1 도메인 및 3개의 경쇄 상보성 결정 영역(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3)을 포함하는 제2 도메인을 포함하고, 여기서 (i) HCDR1은 서열번호 152 내지 154 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖고, (ii) HCDR2는 서열번호 155 내지 157 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖고; (iii) HCDR3은 서열번호 158 내지 160 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖고; (iv) LCDR1은 서열번호 163 내지 165 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖고; (v) LCDR2는 서열번호 166 내지 168 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖고; (vi) LCDR3은 서열번호 169 내지 171 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖는다. 실시형태에서 synNotch 수용체 폴리펩티드는 3개의 HCDR을 포함하는 제1 중쇄 가변 도메인 및 3개의 LCDR을 포함하는 경쇄 가변 도메인을 포함하고, 여기서 (i) 중쇄 가변 도메인은 서열번호 150과 적어도 80% 동일하고; (ii) 경쇄 가변 도메인은 서열번호 161과 적어도 80% 동일하다.
실시형태에서 전사 조절제는 전사 활성화제이다. 실시형태에서 전사 활성화제는 GAL4, HNF1 알파 또는 HNF1 베타를 포함한다. 실시형태에서 전사 활성화제는 VP64, RelA (p65), YAP, WWTR1(TAZ), CREB3(LZIP) 및 MyoD로 이루어진 군으로부터 선택된 트랜스액티베이션 도메인을 포함한다.
개시된 synNotch 수용체 폴리펩티드를 암호화하는 핵산이 개시되어 있다.
개시된 synNotch 수용체 폴리펩티드를 포함하는 재조합 벡터가 개시되어 있다.
개시된 핵산 또는 개시된 재조합 벡터로 형질전환된 숙주 세포가 개시되어 있다. 실시형태에서 숙주 세포는 T 세포 또는 NK 세포를 포함한다.
개시된 핵산 또는 개시된 재조합 벡터로 형질전환된 T 세포 및/또는 NK 세포를 포함하는 약학적 조성물이 개시되어 있다.
질환의 치료를 필요로 하는 환자에서 질환을 치료하는 방법이 개시되어 있고, 이 방법은 개시된 핵산 또는 개시된 재조합 벡터로 형질전환된 T 세포 및/또는 NK 세포 또는 이를 포함하는 약학적 조성물을 환자에게 투여하는 단계를 포함한다. 실시형태에서 질환은 전립선암이다.
대상체에서 면역 반응을 유도하거나 전립선암에 대해서 대상체를 면역화시키는 방법이 개시되어 있고, 이 방법은 대상체에게 개시된 핵산 또는 개시된 재조합 벡터로 형질전환된 T 세포 및/또는 NK 세포 또는 이를 포함하는 약학적 조성물을 환자에게 투여하는 단계를 포함한다. 실시형태에서 T 세포 및/또는 NK 세포는 환자에 대해서 동종이형이다. 실시형태에서 T 세포 및/또는 NK 세포는 환자에 대해서 동종이형이다.
도 1은 제시된 정규(canonical) CAR에 대한 세포독성 대 시간의 그래프이다.
도 2는 제시된 정규 CAR에 대한 세포독성 대 시간의 그래프이다.
도 3은 제시된 정규 CAR에 대한 세포독성 대 시간의 그래프이다.
도 4는 제시된 synNotch 활성화된 CAR에 대한 세포독성 대 시간의 그래프이다.
도 5는 제시된 synNotch 활성화된 CAR에 대한 세포독성 대 시간의 그래프이다.
도 6은 제시된 synNotch 활성화된 CAR에 대한 세포독성 대 시간의 그래프이다.
용어
본 개시내용이 더 용이하게 이해되도록 하기 위해, 먼저 소정의 용어들이 하기 한정된다. 하기 용어들 및 다른 용어들에 대한 추가의 한정이 명세서 전체에 걸쳐 기술된다.
본원 및 첨부된 청구범위에 사용되는 바와 같이, 단수 형태("a", "an", 및 "the")는 문맥이 명확하게 달리 지시하지 않는 한 복수의 지시 대상을 포함한다.
문맥에서 구체적으로 언급되지 않거나 명백하지 않는 한, 본원에 사용된 용어 "또는"은 포괄적이며 "또는"과 "및"을 모두 포함하는 것으로 이해해야 한다.
본원에 사용되는 경우에 용어 "및/또는"은 다른 것의 존재 또는 부재 하의 2개의 특정된 특징 또는 구성요소 각각의 특이적 개시내용으로서 이해되어야 한다. 따라서, 본원에서 "A 및/또는 B"와 같은 구문에 사용되는 바와 같이 용어 "및/또는"은 A 및 B; A 또는 B; A(단독); 및 B(단독)를 포함하도록 의도된다. 마찬가지로, "A, B, 및/또는 C"와 같은 구문에 사용되는 바와 같이 용어 "및/또는"은 하기 양태 각각을 포함하도록 의도된다: A, B, 및 C; A, B 또는 C; A 또는 C; A 또는 B; B 또는 C; A 및 C; A 및 B; B 및 C; A(단독); B(단독); 및 C(단독).
본원에 사용되는 용어 "예를 들어"는 단지 예로서, 의도된 제한 없이 사용되며, 본원에 명시적으로 열거된 항목만을 지칭하는 것으로 해석되어서는 안 된다.
용어 "~ 이상", "적어도", "~ 초과" 등, 예를 들어, "하나 이상"은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149 또는 150, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 2000, 3000, 4000, 5000 이상 또는 언급된 값 초과를 포함하지만 이로 제한되지 않는 것으로 이해된다. 또한 그 사이의 임의의 더 큰 수 또는 분수가 포함된다.
역으로, 용어 "~ 이하"는 언급된 값 미만의 각각의 값을 포함한다. 예를 들어 "100개 이하의 뉴클레오티드"는, 100개, 99개, 98개, 97개, 96개, 95개, 94개, 93개, 92개, 91개, 90개, 89개, 88개, 87개, 86개, 85개, 84개, 83개, 82개, 81개, 80개, 79개, 78개, 77개, 76개, 75개, 74개, 73개, 72개, 71개, 70개, 69개, 68개, 67개, 66개, 65개, 64개, 63개, 62개, 61개, 60개, 59개, 58개, 57개, 56개, 55개, 54개, 53개, 52개, 51개, 50개, 49개, 48개, 47개, 46개, 45개, 44개, 43개, 42개, 41개, 40개, 39개, 38개, 37개, 36개, 35개, 34개, 33개, 32개, 31개, 30개, 29개, 28개, 27개, 26개, 25개, 24개, 23개, 22개, 21개, 20개, 19개, 18개, 17개, 16개, 15개, 14개, 13개, 12개, 11개, 10개, 9개, 8개, 7개, 6개, 5개, 4개, 3개, 2개, 1개 및 0개의 뉴클레오티드를 포함한다. 또한 그 사이의 임의의 더 작은 수 또는 분수가 포함된다.
용어 "복수", "적어도 2개", "둘 이상", "적어도 제2" 등은 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149 또는 150, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 2000, 3000, 4000, 5000 이상 또는 그 초과를 포함하지만 이로 제한되지 않는 것으로 이해된다. 또한 그 사이의 임의의 더 큰 수 또는 분수가 포함된다.
명세서 전체에 걸쳐, 단어 "포함하는", 또는 "포함한다" 또는 "포함하는"과 같은 변형은 언급된 요소, 정수, 또는 단계, 또는 요소들, 정수들, 또는 단계들의 군의 포함을 시사하지만, 임의의 다른 요소, 정수, 또는 단계, 또는 요소들, 정수들, 또는 단계들의 군의 배제를 시사하지 않는 것으로 이해될 것이다. 양태가 "포함하는"이라는 언어로 본원에 기재되는 경우에는 언제나, "~로 구성된" 및/또는 "본질적으로 ~로 구성된"이라는 용어로 기재된 다른 유사한 양태가 또한 제공되는 것으로 이해해야 한다.
문맥에서 구체적으로 언급되거나 명백하지 않는 한, 용어 "약"은 당업자에 의해 결정된 특정 값 또는 조성에 대한 허용 가능한 오차 범위 내에 있는 값 또는 조성을 나타내며, 이는 이러한 값 또는 조성이 측정 또는 결정되는 방식, 즉, 측정 시스템의 한계에 부분적으로 의존할 것이다. 예를 들어, "약" 또는 "본질적으로 포함하는"은 당업계에서의 실시에 따라 하나 또는 하나 초과의 표준 편차 이내를 의미할 수 있다. "약" 또는 "본질적으로 포함하는"은 최대 10%의 범위(즉, ±10%)를 의미할 수 있다. 따라서, "약"은 언급된 값보다 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0.5%, 0.1%, 0.05%, 0.01% 또는 0.001% 내에서 더 크거나 더 작은 것으로 이해될 수 있다. 예를 들어, 약 5 mg은 4.5 mg 내지 5.5 mg의 임의의 양을 포함할 수 있다. 또한, 특히 생물학적 시스템 또는 과정에 관련하여, 이 용어는 최대 한 자릿수 또는 최대 5-배의 값을 의미할 수 있다. 특정 값 또는 조성이 본 개시내용에 제공되는 경우, 달리 언급되지 않는 한, "약" 또는 "본질적으로 포함하는"의 의미는 해당 특정 값 또는 조성에 대한 허용 가능한 오차 범위 이내에 있는 것으로 가정해야 한다.
본원에 사용된 임의의 농도 범위, 백분율 범위, 비율 범위 또는 정수 범위는, 달리 지시되지 않는 한, 언급된 범위 내 임의의 정수 값, 및 적절한 경우, 이의 분수(예컨대, 정수의 1/10 및 1/100)를 포함하는 것으로 이해해야 한다.
본원에 사용되는 단위, 접두어, 및 기호는 이들의 국제 단위 체계
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허용 형태를 사용하여 제공된다. 수치 범위는 해당 범위를 한정하는 수치를 포함한다.
달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 기술 및 과학 용어는 본 개시내용과 관련된 업계에서 당업자가 통상적으로 이해하는 바와 동일한 의미를 갖는다. 예를 들어, 문헌[Juo, "The Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology", 2nd ed., (2001), CRC Press]; 문헌["The Dictionary of Cell & Molecular Biology", 5th ed., (2013), Academic Press]; 및 문헌["The Oxford Dictionary Of Biochemistry And Molecular Biology", Cammack et al. eds., 2nd ed, (2006), Oxford University Press]는, 당업자에게 본 개시내용에 사용된 다수의 용어의 일반 사전을 제공한다.
"투여"는 당업자에게 알려진 다양한 방법 및 전달 시스템 중 임의의 것을 사용하는, 대상체, 예컨대, 본원에 개시된 변형된 T 세포에 대한 제제의 물리적 도입을 지칭한다. 본원에 개시된 제형에 대한 예시적인 투여 경로는 정맥내, 근육내, 피하, 복강내, 척추 또는 다른 비경구 투여 경로, 예를 들어 주사 또는 주입을 포함한다. "비경구 투여"라는 구절은 통상적으로 주사에 의한, 장관내 및 국소 투여 이외의 투여 방식을 의미하며, 이는 정맥내, 근육내, 동맥내, 경막내, 임파선내, 병변내, 관절낭내, 안와내, 심장내, 피내, 복강내, 경기관내, 피하, 표피하, 관절내, 피막하, 지주막하, 척수내, 경막외 및 흉골내 주사 및 주입뿐만 아니라, 생체내 전기천공을 포함하지만 이로 제한되지 않는다. 일부 실시형태에서, 제형은 비경구 외(non-parenteral) 경로를 통해서, 예를 들어, 경구로 투여된다. 다른 비경구 외 경로는 국소, 표피 또는 점막 투여 경로, 예를 들어 비강내, 질내, 직장, 설하 또는 국소를 포함한다. 투여는 또한, 예를 들어 한 번, 복수회 그리고/또는 1회 이상의 장기간에 걸쳐 수행될 수 있다.
"활성화된" 및 "활성화"라는 용어는, 검출 가능한 세포 증식을 유도하도록 충분히 자극된 T 세포의 상태를 나타낸다. 일 실시형태에서, 활성화는 또한 유도된 사이토카인 생산 및 검출 가능한 이펙터 기능과 관련이 있을 수 있다. "활성화된 T 세포"라는 용어는, 특히, 증식하고 있는 T 세포를 나타낸다. TCR만을 통해 생성된 신호는 T 세포의 완전한 활성화에 충분하지 않을 수 있으며, 하나 이상의 2차 또는 공동자극 신호가 또한 필요할 수 있다. 따라서, T 세포 활성화는 TCR/CD3 복합체를 통한 1차 자극 신호와 하나 이상의 2차 공동자극 신호를 포함한다. 공동자극은 TCR/CD3 복합체를 통한 자극과 같은 1차 활성화 신호를 받은 T 세포에 의한 증식 및/또는 사이토카인 생산에 의해 입증될 수 있다.
용어 "제제"는 임의의 것이 예를 들어 폴리펩티드, 핵산, 당류, 지질, 저분자, 금속, 세포(예컨대, T 세포 또는 NK 세포 또는 이러한 세포의 선조), 또는 유기체(예를 들어, 이의 분획 또는 추출물) 또는 이들의 구성성분일 수 있는 것을 포함하는 임의의 부류의 분자 또는 엔티티, 또는 복수의 분자 또는 엔티티를 지칭할 수 있다. 일부 실시형태에서, 제제는 단리된 형태 또는 순수한 형태로 활용될 수 있다. 일부 실시형태에서, 제제는 조(crude) 형태 또는 불순한 형태로 활용될 수 있다. 일부 실시형태에서, 제제는 예를 들어, 그 안에 존재하는 구성원을 식별하거나 특징 규명하기 위해 스크리닝될 수 있는 집단, 수집물, 또는 라이브러리로서 제공될 수 있다.
"동종이형(allogeneic)"이라는 용어는, 하나의 개체에서 유도된 임의의 물질이 동일한 종의 또 다른 개체에 도입되는 것, 예를 들어 동종이형 T 세포 이식을 나타낸다.
용어 "항체"(Ab)는 비제한적으로, 항원에 특이적으로 결합하는 당단백질 면역글로불린을 포함한다. 일반적으로, 항체는 디설파이드(disulfide) 결합에 의해 상호연결된 적어도 2개의 중쇄(H)와 2개의 경쇄(L), 또는 이의 항원 결합 분자를 포함할 수 있다. 각각의 중쇄는 중쇄 가변 영역(본원에서 VH로 약어화됨)과 중쇄 불변 영역을 포함한다. 중쇄 불변 영역은 3개의 불변 도메인인, CH1, CH2 및 CH3을 포함한다. 각각의 경쇄는 경쇄 가변 영역(본원에서 VL로 약어화됨)과 경쇄 불변 영역을 포함한다. 경쇄 불변 영역은 하나의 불변 도메인인, CL을 포함한다. VH 영역과 VL 영역은 프레임워크 영역(FR)으로 지칭되는 더 보존되는 영역들 사이에 배치된 상보성 결정 영역(CDR)으로 지칭되는 초가변 영역으로 추가로 세분될 수 있다. 각각의 VH와 VL은 아미노 말단에서 카르복시 말단 방향으로 다음과 같은 순서로 배열된 3개의 CDR과 4개의 FR을 포함한다: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3 및 FR4. 중쇄와 경쇄의 가변 영역은 항원과 상호작용하는 결합 도메인을 함유한다. Ab의 불변 영역은 면역계의 다양한 세포(예를 들어, 이펙터 세포)와 전형적인 보체계의 첫 번째 구성요소(C1q)를 포함하는 숙주 조직 또는 인자에 대한 면역글로불린의 결합을 매개할 수 있다. 일반적으로, 인간 항체는 2개의 동일한 중쇄(H) 폴리펩티드(각각 약 50 kD)와 2개의 동일한 경쇄(L) 폴리펩티드(각각 약 25 kD)가 서로 회합되어 통상 "Y형" 구조로 지칭되는 구조로 구성되어 있는 대략 150 kD의 사량체 작용제이다. 중쇄 및 경쇄는 단일 디설파이드 결합에 의해 서로 결합 또는 연결되며; 2개의 다른 디설파이드 결합이 중쇄 힌지 영역을 서로 연결하여, 이량체가 서로 연결되어 사량체가 형성된다. 자연적으로 생성된 항체는 또한, 예를 들어 CH2 도메인에서 글리코실화된다.
용어 "인간 항체"는 인간 면역글로불린 서열로부터 생성, 조립 또는 유도된 가변 및 불변 도메인 서열, 또는 이와 구별할 수 없는 서열을 갖는 항체를 포함하는 것으로 의도된다. 일부 실시형태에서, 항체(또는 항체 구성요소)는, 이의 아미노산 서열이 인간 생식계열 면역글로불린 서열에 의해 암호화되지 않은 잔기 또는 요소(예를 들어, 시험관내 무작위 또는 부위 특이적 돌연변이유발에 의해 도입되거나 생체내 체세포 돌연변이에 의해 도입된 변이)를 포함하더라도 "인간"인 것으로 간주될 수 있다. 용어 "인간화"는 인간 생식계열 암호화된 서열과 더 유사하도록 변형된, 비-인간 종(예를 들어, 마우스)의 가변 도메인으로부터 유래된 서열을 갖는 가변 도메인을 갖는 항체를 포함하도록 의도된다. 일부 실시형태에서, "인간화" 항체는 실질적으로 인간 프레임워크 도메인의 아미노산 서열을 갖는 하나 이상의 프레임워크 도메인과, 실질적으로 비인간 항체의 아미노산 서열과 같은 아미노산 서열을 갖는 하나 이상의 상보성 결정 영역을 포함한다. 일부 실시형태에서, 인간화 항체는 일반적으로 인간 면역글로불린 불변 도메인의 면역글로불린 불변 영역(Fc)의 적어도 일부를 포함한다. 일부 실시형태에서, 인간화 항체는 인간 중쇄 불변 도메인의 CH1, 힌지, CH2, CH3, 및 선택적으로 CH4 영역을 포함할 수 있다.
항체는, 예를 들어 단일클론 항체, 재조합적으로 생산된 항체, 단일특이적 항체, 다중특이적 항체(이중특이적 항체 포함), 인간 항체, 조작된 항체, 인간화 항체, 키메라 항체, 면역글로불린, 합성 항체, 2개의 중쇄 분자와 2개의 경쇄 분자를 포함하는 사량체 항체, 항체 경쇄 단량체, 항체 중쇄 단량체, 항체 경쇄 이량체, 항체 중쇄 이량체, 항체 경쇄-항체 중쇄 쌍, 인트라바디, 항체 융합체(본원에서 때때로 "항체 접합체"로 지칭됨), 이종접합체 항체, 단일 도메인 항체, 1가 항체, 단일 사슬 항체 또는 단일 사슬 Fv(scFv), 낙타과 항체, 아피바디, Fab 단편, F(ab')2 단편, 디설파이드 결합된 Fv(sdFv), 항-개별특이형(항-Id) 항체(예를 들어, 항-항-Id 항체 포함), 미니체, 도메인 항체, 합성 항체(본원에서 때때로 "항체 모방체"로 지칭됨), 및 상기 중 임의의 하나의 항원 결합 단편을 포함할 수 있다. 특정 실시형태에서, 본원에 기재된 항체는 다중클론 항체 집단을 지칭한다. 항체는 또한, 예를 들어 Fab' 단편, Fd' 단편, Fd 단편, 단리된 CDR, 단일 사슬 Fv, 폴리펩티드-Fc 융합체, 단일 도메인 항체(예를 들어, IgNAR과 같은 상어 단일 도메인 항체 또는 이의 단편), 낙타과 항체, 단일 사슬 또는 탠덤(Tandem) 이중체(TandAb®), Anticalins®, Nanobodies® 미니체, BiTE®, 안키린 반복 단백질 또는 DARPINs®, Avimers®, DART, TCR-유사 항체, Adnectins®, Affilins®, Trans-bodies®, Affibodies®, TrimerX®, 미세단백질, Fynomers®, Centyrins® 및 KALBITOR®을 포함할 수 있다.
면역글로불린은, 비제한적으로, IgA, 분비형 IgA, IgG, IgE 및 IgM을 포함하는, 통상적으로 알려진 아이소타입(isotype) 중 임의의 하나에서 유래할 수 있다. IgG 서브클래스가 또한 당업계에 알려져 있으며, 이는 인간 IgG1, IgG2, IgG3 및 IgG4를 포함하지만 이로 제한되지 않는다. "아이소타입"은, 중쇄 불변 영역 유전자에 의해 암호화되는 Ab 클래스 또는 서브클래스(예를 들어, IgM 또는 IgG1)를 나타낸다. 용어 "항체"는 예로서, 천연 발생 Ab와 비-천연 발생 Ab 둘 다; 단일클론 Ab 및 다중클론 Ab; 키메라 Ab 및 인간화 Ab; 인간 Ab 또는 비인간 Ab; 전체 합성 Ab; 및 단일 사슬 Ab를 포함한다. 비인간 Ab는 인간에서 이의 면역원성을 감소시키기 위해 재조합 방법에 의해 인간화될 수 있다. 명시적으로 언급되지 않은 경우, 및 문맥이 달리 나타내지 않는 한, 용어 "항체"는 또한 상기 언급된 면역글로불린 중 임의의 하나의 항원 결합 단편 또는 항원 결합 부분을 포함하며, 1가 및 2가 단편 또는 부분, 및 단일 사슬 Ab를 포함한다.
"항원 결합 분자", "항원 결합 부분" "항원 결합 단편" 또는 "항체 단편" 또는 "항원 결합 도메인"은, 분자가 유래된 항체의 항원 결합 부분(예를 들어, CDR)을 포함하는 임의의 분자를 나타낸다. 항원 결합 분자는 항원 상보성 결정 영역(CDR)을 포함할 수 있다. 항체 단편의 예는 항원 결합 분자에서 형성된 Fab, Fab', F(ab')2 및 Fv 단편, dAb, 선형 항체, scFv 항체 및 다중특이적 항체를 포함하지만 이로 제한되지 않는다. 펩티바디(peptibody)(즉, 펩티드 결합 도메인을 포함하는 Fc 융합 분자)는 적합한 항원 결합 분자의 또 다른 예이다. 일부 실시형태에서, 항원 결합 분자는 종양세포 상의 항원에 결합한다. 일부 실시형태에서, 항원 결합 분자는 과증식성 질환에 관여하는 세포 상의 항원, 또는 바이러스 또는 박테리아 항원에 결합한다. 특정 실시형태에서 항원 결합 분자는 키메라 항원 수용체(CAR) 또는 조작된 T 세포 수용체(TCR)이다. 특정 실시형태에서, 항원 결합 분자 또는 도메인은 전립선 줄기 세포 항원(PSCA) 또는 전립선-특이적 막 항원(PSMA)에 결합한다. 특정 실시형태에서, 항원 결합 분자 또는 도메인은 이의 상보성 결정 영역(CDR) 중 하나 이상을 포함하는, 항원에 특이적으로 결합하는 항체 단편이다. 추가의 실시형태에서, 항원 결합 분자는 단일 사슬 가변 단편(scFv)이다. 일부 실시형태에서, 항원 결합 분자 또는 도메인은 아비머(avimer)를 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 경우, CDR은 참조 항체(예를 들어, 본 개시내용의 항체) 및/또는 본 개시내용에 제공된 CDR의 서열에서 발견되는 것과 실질적으로 동일하다. 일부 실시형태에서, CDR은 참조 CDR(예를 들어, 본 개시내용에 제공된 CDR)과 비교하여 1개, 2개, 3개, 4개 또는 5개(예를 들어, 1개 내지 5개)의 아미노산 치환을 함유하거나 서열이 동일하다는 점에서 참조 CDR과 실질적으로 동일하다. 일부 실시형태에서, CDR은 참조 CDR과 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%(예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%)의 서열 동일성을 보여준다는 점에서 참조 CDR과 실질적으로 동일하다. 일부 실시형태에서, CDR은 참조 CDR과 적어도 96%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 서열 동일성을 나타낸다는 점에서 참조 CDR과 실질적으로 동일하다. 일부 실시형태에서, CDR은 CDR 내 하나의 아미노산이 참조 CDR과 비교하여 결실, 부가 또는 치환되어 있지만, CDR이 참조 CDR의 아미노산 서열과 달리 동일한 아미노산 서열을 갖는다는 점에서 참조 CDR과 실질적으로 동일하다. 일부 실시형태에서, CDR은 CDR 내 2개, 3개, 4개 또는 5개(예를 들어, 2개 내지 5개)의 아미노산이 참조 CDR과 비교하여 결실, 부가 또는 치환되어 있지만, CDR이 참조 CDR과 달리 동일한 아미노산 서열을 갖는다는 점에서 참조 CDR과 실질적으로 동일하다. 다양한 실시형태에서, 항원 결합 단편은 참조 항체와 동일한 항원에 결합한다. 다양한 실시형태에서, 항원 결합 단편은 예를 들어, 참조 항체와 실질적으로 동일하거나 동일한 에피토프에 대한 결합에 대해서 참조 항체와 교차 경쟁한다.
항원 결합 단편은 임의의 수단에 의해 생산될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 항원 결합 단편은 온전한 항체의 단편화에 의해 효소적으로 또는 화학적으로 생산될 수 있다. 일부 실시형태에서, 항원 결합 단편은 재조합적으로(예컨대, 조작된 핵산 서열의 발현에 의해) 생성될 수 있다. 일부 실시형태에서, 항원 결합 단편은 완전히 또는 부분적으로 합성적으로 생산될 수 있다. 일부 실시형태에서, 항원 결합 단편은 적어도 약 50개, 60개, 70개, 80개, 90개, 100개, 110개, 120개, 130개, 140개, 150개, 160개, 170개, 180개, 190개 또는 그 이상의 아미노산; 일부 실시형태에서 적어도 약 200개의 아미노산(예를 들어, 50개 내지 100개, 50개 내지 150개, 50개 내지 200개, 또는 100개 내지 200개의 아미노산)의 길이를 가질 수 있다.
용어 "가변 영역" 또는 "가변 도메인"은 상호 교환적으로 사용된다. 가변 영역은 항체들 사이에서 서열이 크게 다르며, 특정 항원에 대한 특정 항체의 결합 및 특이성에 사용되는, 전형적으로 항체의 일부, 일반적으로 경쇄 또는 중쇄의 일부, 전형적으로 성숙 중쇄의 아미노 말단에 있는 약 110개 내지 120개의 아미노산과 성숙 경쇄의 약 90개 내지 115개의 아미노산을 나타낸다. 서열의 가변성은 상보성 결정 영역(CDR)이라고 불리는 이들 영역에 집중되어 있고, 가변 도메인의 보다 고도로 보존된 영역은 프레임워크 영역(FR)이라고 불린다. 임의의 특정 메커니즘 또는 이론에 구애됨 없이, 경쇄와 중쇄의 CDR은 항체와 항원의 상호작용 및 특이성에 주로 기여하는 것으로 여겨진다. 특정 실시형태에서, 가변 영역은 인간 가변 영역이다. 특정 실시형태에서, 가변 영역은 설치류 또는 뮤린 CDR과 인간 프레임워크 영역(FR)을 포함한다. 실시형태에서, 가변 영역은 영장류(예를 들어, 비인간 영장류) 가변 영역이다. 특정 실시형태에서, 가변 영역은 설치류 또는 뮤린 CDR과 영장류(예를 들어, 비인간 영장류) 프레임워크 영역(FR)을 포함한다.
용어 "VL" 및 "VL 도메인"은 항체 또는 이의 항원-결합 분자의 경쇄 가변 영역을 지칭하기 위해 상호 교환적으로 사용된다.
용어 "VH" 및 "VH 도메인"은 항체 또는 이의 항원-결합 분자의 중쇄 가변 영역을 지칭하기 위해 상호 교환적으로 사용된다.
다음과 같은 CDR에 대한 다수의 정의가 통상적으로 사용된다: Kabat 넘버링, Chothia 넘버링, AbM 넘버링, 또는 Contact 넘버링. AbM 정의는 Oxford Molecular의 AbM 항체 모델링 소프트웨어에서 사용하는 2가지를 절충한 것이다. Contact 정의는 이용 가능한 복합체 결정 구조의 분석을 기반으로 한다.
[표 1]
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"Kabat 넘버링" 등의 용어는 당업계에서 인정되는 것으로, 항체 또는 이의 항원 결합 분자의 중쇄 및 경쇄 가변 영역에 있는 아미노산 잔기의 넘버링 시스템을 나타낸다. 특정 양태에서, 항체의 CDR은 Kabat 넘버링 시스템에 따라 결정될 수 있다(예를 들어, 문헌[Kabat EA & Wu TT (1971) Ann NY Acad Sci 190: 382-391] 및 문헌[Kabat EA et al., (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242] 참조). Kabat 넘버링 시스템을 사용하여, 항체 중쇄 분자 내의 CDR은 전형적으로 아미노산 위치 31 내지 35 - 이것은 선택적으로 1개 또는 2개의 선택적인 아미노산을 포함할 수 있음 - 그 다음 35(Kabat 넘버링 체계에서 35A 및 35B로 지칭됨)(CDR1), 아미노산 위치 50 내지 65(CDR2), 및 아미노산 위치 95 내지 102(CDR3)에 존재한다. Kabat 넘버링 시스템을 사용하여, 항체 경쇄 분자 내의 CDR은 전형적으로 아미노산 위치 24 내지 34(CDR1), 아미노산 위치 50 내지 56(CDR2), 및 아미노산 위치 89 내지 97(CDR3)에 존재한다. 특정 실시형태에서, 본원에 기재된 항체의 CDR은 Kabat 넘버링 체계에 따라 결정되었다.
특정 양태에서, 항체의 CDR은 Chothia 넘버링 체계에 따라 결정될 수 있으며, 이는 면역글로불린 구조적 루프의 위치를 지칭한다(예를 들어, 문헌[Chothia C & Lesk AM, (1987), J Mol Biol 196: 901-917]; 문헌[Al-Lazikani B et al., (1997) J Mol Biol 273: 927-948]; 문헌[Chothia C et al., (1992) J Mol Biol 227: 799-817]; 문헌[Tramontano A et al., (1990) J Mol Biol 215(1): 175-82]; 및 미국 특허 제7,709,226호 참조). 전형적으로, Kabat 넘버링 규칙을 사용하는 경우, Chothia CDR-H1 루프는 중쇄 아미노산 26번 내지 32번, 33번 또는 34번에 존재하고, Chothia CDR-H2 루프는 중쇄 아미노산 52번 내지 56번에 존재하고, Chothia CDR-H3 루프는 중쇄 아미노산 95번 내지 102번에 존재하며, Chothia CDR-L1 루프는 경쇄 아미노산 24번 내지 34번에 존재하고, Chothia CDR-L2 루프는 경쇄 아미노산 50번 내지 56번에 존재하고, Chothia CDR-L3 루프는 경쇄 아미노산 89번 내지 97번에 존재한다. Kabat 넘버링 관례를 사용하여 넘버링될 때 Chothia CDR-HI 루프의 단부(end)는 루프의 길이에 따라 H32와 H34 사이에서 다양하다(이는 Kabat 넘버링 체계가 H35A 및 H35B에 삽입을 배치하며; 35A 또는 35B 중 어느 것도 존재하지 않는다면, 루프는 32에서 끝나고; 35A만 존재한다면, 루프는 33에서 끝나며; 35A와 35B가 둘 다 존재한다면, 루프는 34에 끝나기 때문임). 특정 실시형태에서, 본원에 기재된 항체의 CDR은 Chothia 넘버링 체계에 따라 결정되었다.
용어 "불변 영역" 및 "불변 도메인"은 상호 교환적으로 사용되며, 당업계에서 통상적인 의미를 갖는다. 불변 영역은 항체 부분, 예를 들어 항원에 대한 항체의 결합에 직접 관여하지 않지만, Fc 수용체와의 상호작용과 같은 다양한 이펙터 기능을 나타낼 수 있는 경쇄 및/또는 중쇄의 카르복실 말단 부분이다. 면역글로불린 분자의 불변 영역은 일반적으로 면역글로불린 가변 도메인에 비해 더 보존된 아미노산 서열을 갖는다.
항체와 관련하여 사용되는, "중쇄"라는 용어는, 불변 도메인의 아미노산 서열에 기반한 임의의 별개의 유형, 예를 들어 알파(α), 델타(δ), 엡실론(ε), 감마(γ) 및 뮤(μ)를 나타낼 수 있으며, 이는 IgG의 서브클래스(예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3 및 IgG4)를 포함하여, 각각, IgA, IgD, IgE, IgG 및 IgM 클래스의 항체를 생성한다.
항체와 관련하여 사용되는 "경쇄"라는 용어는 불변 도메인의 아미노산 서열에 기초하여 임의의 별개의 유형, 예를 들어, 카파(κ) 또는 람다(λ)를 지칭할 수 있다. 경쇄 아미노산 서열은 당업계에 널리 알려져 있다. 특정 실시형태에서, 경쇄는 인간 경쇄이다.
"항원"은, 인간 또는 동물에 주사되거나 흡수되는 조성물(예컨대, 종양 특이적 단백질을 포함하는 것)을 포함하여, 인간 또는 동물에서 T 세포 반응 또는 항체의 생산을 자극할 수 있는 화합물, 조성물 또는 물질을 나타낸다. 항원은 본원에 개시된 항원과 같은 이종 항원에 의해 유도된 것들 포함하는 특정 체액성 또는 세포성 면역의 산물과 반응한다. "표적 항원" 또는 "관심 표적 항원"은 다른 정상적인(목적하는) 세포의 표면에서 실질적으로 발견되지 않고, 본원에서 고려되는 TCR 또는 CAR의 결합 도메인에 결합하도록 설계된 항원이다. 당업자는, 사실상 모든 단백질 또는 펩티드를 포함하는 임의의 거대분자가 항원으로 작용할 수 있다는 것을 쉽게 이해할 것이다. 항원은 내생적으로, 즉 게놈 DNA에 의해 발현되거나, 재조합적으로 발현될 수 있다. 항원은 암세포와 같은 특정 조직에 특이적이거나, 광범위하게 발현될 수 있다. 또한, 더 큰 분자의 단편이 항원으로 작용할 수 있다. 일 실시형태에서, 항원은 종양 항원이다. 특정 일 실시형태에서, 항원은 전립선 줄기 세포 항원(PSCA) 또는 전립선-특이적 막 항원(PSMA)의 전부 또는 이의 단편이다. "표적"은 결합 모티프, 항원 결합 시스템 또는 CAR 또는 항원 결합제, 예를 들어 항체에 의해 결합되는 임의의 분자이다.
"항원-특이적 표적화 영역"(ASTR)은 특정 항원을 표적화하는 CAR의 영역을 지칭한다. CAR 상의 표적화 영역은 세포외이다. 일부 실시형태에서, 항원-특이적 표적화 영역은 항체 또는 이의 기능성 등가물 또는 이의 단편 또는 이의 유도체를 포함하고, 표적화 영역 각각은 상이한 항원을 표적화한다. 표적화 영역은 전장 중쇄, Fab 단편, 단일 사슬 Fv(scFv) 단편, 2가 단일 사슬 항체 또는 디아바디를 포함할 수 있고, 이들 각각은 표적 항원에 특이적이다. 그러나, 다수의 대체물, 예컨대, 연결된 사이토카인(이것은 사이토카인 수용체를 보유하는 세포의 인식으로 이어짐), 어피바디, 자연 발생 수용체로부터의 리간드 결합 도메인, (예를 들어, 종양 세포 상의) 수용체에 대한 가용성 단백질/펩티드 리간드, 펩티드, 및 면역 반응을 촉발하기 위한 백신이 존재하며, 이들은 각각 본 개시내용의 다양한 실시형태에서 사용될 수 있다. 실제로, 당업자가 인식할 바와 같이, 소정의 항원에 높은 친화성으로 결합하는 거의 모든 분자가 항원-특이적 표적화 영역으로서 사용될 수 있다.
"항원 제시 세포" 또는 "APC"는 항원을 처리하고 T 세포에 제시하는 세포를 지칭한다. 예시적인 APC는 수지상 세포, 대식 세포, B 세포, 특정 활성화된 상피 세포, 및 TCR 자극과 적절한 T 세포 공동자극을 가능하게 하는 다른 세포 유형을 포함한다.
"항종양 효과"는, 종양 부피의 감소, 종양세포 수의 감소, 종양세포 증식의 감소, 전이 수의 감소, 전체생존기간 또는 무진행생존기간의 증가, 기대수명의 증가, 또는 종양과 관련이 있는 다양한 생리학적 증상의 개선으로 나타날 수 있는 생물학적 효과를 나타낸다. 항종양 효과는 또한 종양 발생의 예방을 나타낼 수 있다.
2개의 사건 또는 엔티티는 이의 존재, 수준, 및/또는 형태가 다른 것과 상관관계가 있다면 서로 "회합된"다. 예를 들어, 엔티티(예를 들어, 폴리펩티드, 유전적 시그너처, 대사산물, 미생물 등)는 이의 존재, 수준, 및/또는 형태가 질환, 장애, 또는 병태의 발생빈도 및/또는 감수성과 상관관계가 있다면(예를 들어, 관련 집단에 걸쳐) 질환, 장애, 또는 병태와 회합되는 것으로 간주된다. 예를 들어, 2개 이상의 엔티티가 직접적으로 또는 간접적으로 상호작용하여 이들이 서로와 물리적으로 가깝게 존재하고/하거나 유지(예를 들어, 결합)된다면 이들은 서로와 물리적으로 "회합된다". 추가 예에서, 서로 물리적으로 회합되는 2개 이상의 엔티티는 예를 들어, 수소 결합에 의해, 반데르발스 상호작용, 소수성 상호작용, 자기작용(magnetism), 및 이들의 조합을 통해 서로 공유적으로 연결되거나 결합되거나, 비공유적으로 회합된다.
용어 "자가"는 이후에 재도입되게 되는 동일한 개체로부터 유래된 임의의 물질을 나타낸다. 예를 들어, 본원에 기재된 조작된 자가 세포 요법(eACT™)은 환자로부터 림프구를 수집하고, 이어서 이를, 예를 들어 CAR 작제물을 발현하도록 조작한 후, 동일한 환자에게 다시 투여하는 것을 포함한다.
"결합 친화도"는 일반적으로 분자(예를 들어, 항체)의 단일 결합 부위와 이의 결합 파트너(예를 들어, 항원) 사이의 비공유 상호작용의 총 합계의 강도를 지칭한다. 달리 지시되지 않는 한, "결합 친화도"는 결합쌍의 구성원(예를 들어, 항체와 항원) 사이의 1:1 상호작용을 반영하는 내인성 결합 친화도를 지칭한다. 이의 파트너 Y에 대한 분자 X의 친화도는 일반적으로 해리 상수(KD)에 의해 나타내어질 수 있다. 친화도는 평형 해리 상수(KD), 및 평형 회합 상수(KA)를 포함하지만 이로 제한되지 않는 당업계에 알려진 수많은 방식으로 측정되고/되거나 표현될 수 있다. KD는 koff/kon의 몫(quotient)으로부터 계산되는 반면, KA는 kon/koff의 몫으로부터 계산된다. kon은, 예를 들어, 항원에 대한 항체의 회합률 상수를 지칭하고, koff는, 예를 들어, 항원에 대한 항체의 해리를 지칭한다. kon 및 koff는 당업자에게 알려진 기술, 예컨대 BIAcore® 또는 KinExA에 의해 결정될 수 있다.
용어 "KD"(M)는 특정 항체-항원 상호작용의 해리 평형 상수 또는 항체 또는 항원에 결합하는 항체-결합 단편의 해리 평형 상수를 지칭한다. KD와 결합 친화도 사이에는 반비례 관계가 있으므로, KD 값이 작을수록 친화도가 더 높고, 즉, 친화도가 더 강하다. 따라서, "더 높은 친화도" 또는 "더 강한 친화도"라는 용어는 상호작용을 형성하는 더 높은 능력 및 따라서 더 작은 KD 값에 관한 것이고, 반대로 "더 낮은 친화도" 또는 "더 약한 친화도"라는 용어는 상호작용을 형성하는 더 낮은 능력 따라서 더 큰 KD 값에 관한 것이다. 일부 상황에서, 다른 상호작용 파트너 분자(예를 들어, 항원 Y)에 대한 분자(예를 들어, 항체)의 결합 친화도와 비교할 때 이의 상호작용 파트너 분자(예를 들어, 항원 X)에 대한 특정 분자(예를 들어, 항체)의 더 높은 결합 친화도(또는 KD)는 더 큰 KD 값(더 낮은 또는 더 약한 친화도)을 더 작은 KD(더 높은 또는 더 강한 친화도)로 나누어 결정되는 결합 비로서 표현될 수 있고, 예를 들어, 경우에 따라 5배 또는 10배 더 큰 결합 친화도로서 표현될 수 있다.
용어 "Kd"(초-1 또는 1/s)는 특정 항체-항원 상호작용의 해리 속도 상수 또는 항체 또는 항체-결합 단편의 해리 속도 상수를 지칭한다. 상기 값은 또한 k0ir 값으로서 지칭된다.
용어 "Ka"(M-1 x 초-1 또는 1/M)는 특정 항체-항원 상호작용의 회합 속도 상수 또는 항체 또는 항체-결합 단편의 회합 속도 상수를 지칭한다.
용어 "KA"(M-1 또는 1/M)는 특정 항체-항원 상호작용의 회합 평형 상수 또는 항체 또는 항체 결합 단편의 회합 평형 상수를 지칭한다. 회합 평형 상수는 ka를 kd로 나누어 얻어진다.
용어 "결합"은 일반적으로 2개 이상의 엔티티 사이에서 또는 중에서의 비공유 회합을 지칭한다. 직접 결합은 엔티티와 모이어티 사이의 물리적 접촉을 수반한다. "간접" 결합은 하나 이상의 중간 엔티티와의 물리적 접촉에 의한 물리적 상호작용을 수반한다. 2개 이상의 엔티티 사이의 결합은 임의의 여러 가지 맥락에서 평가될 수 있으며, 예를 들어, 여기서 상호작용성 엔티티 또는 모이어티는 단리되어 또는 더 복잡한 시스템의 맥락에서 연구된다(예를 들어, 한편 담체 엔티티와 공유적으로 또는 다르게는 회합되어 그리고/또는 세포와 같은 생물학적 시스템에서).
용어 "면역특이적으로 결합한다", "면역특이적으로 인식한다", "특이적으로 결합한다" 및 "특이적으로 인식한다"는 항체의 맥락에서 유사한 용어이고, 항원(예를 들어, 에피토프 또는 면역 복합체)에 결합하는 분자를 지칭하며, 이러한 결합은 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 이해된다. 예를 들어, 항원에 특이적으로 결합하는 분자는 예를 들어, 면역검정, BIACORE®, KinExA 3000 장비(Sapidyne Instruments, Boise, ID), 또는 당업계에 알려진 다른 검정에 의해 결정되는 바와 같이 일반적으로 더 낮은 친화도로 다른 펩티드 또는 폴리펩티드에 결합할 수 있다. 특정 실시형태에서, 항원에 특이적으로 결합하는 분자는 분자가 또 다른 항원에 결합하는 경우의 KA보다 적어도 2 log, 2.5 log, 3 log, 4 log 또는 그 초과인 KA로 항원에 결합한다. 결합은 결합 모티프, 항체, 또는 항원 결합 시스템과 표적이 아닌 엔티티(즉, 비-표적)와의 회합과 비교하여 결합 모티프, 항체, 또는 항원 결합 시스템과 결합 모티프, 항체, 또는 항원 결합 시스템의 표적과의 우선적인 회합을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 결합 모티프, 항체, 또는 항원 결합 시스템은 상기 결합 모티프, 항체, 또는 항원 결합 시스템과 표적 사이의 결합이 결합 모티프, 항체, 또는 항원 결합 시스템과 비-표적의 결합과 비교하여 2배 초과, 5배 초과, 10배 초과, 20배, 30배, 40배, 50배, 60배, 70배, 80배, 90배, 또는 100배 초과라면 표적에 선택적으로 결합한다. 일부 실시형태에서, 결합 모티프, 항체 또는 항원 결합 시스템은 결합 친화도가 약 10-5 M 미만, 약 10-6 M 미만, 약 10-7 M 미만, 약 10-8 M 미만 또는 약 10-9 M 미만인 경우에 표적에 선택적으로 결합한다.
또 다른 실시형태에서, 항원에 특이적으로 결합하는 분자는 약 1×10-7 M의 해리 상수 (Kd)로 결합한다. 일부 실시형태에서, 항원 결합 분자는 Kd가 약 1 × 10-9 M 내지 약 5 × 10-9 M인 경우에 "높은 친화도"로 항원에 특이적으로 결합한다. 일부 실시형태에서, 항원 결합 분자는 Kd가 1 × 10-10 M 내지 약 5 × 10-10 M인 경우에 "매우 높은 친화도"로 항원에 특이적으로 결합한다. 일 실시형태에서, 항원 결합 분자는 10-9 M의 Kd를 갖는다. 일 실시형태에서, 오프-레이트는 약 1 × 10-5 미만이다. 실시형태에서, 항원 결합 분자는 약 1 × 10-10 M 내지 약 5 × 10-10 M의 Kd로 전립선 줄기 세포 항원(PSCA) 또는 전립선-특이적 막 항원(PSMA)에 결합한다.
특정 실시형태에서, 본원에는 예를 들어, 표적 인간 항원에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 분자가 제공된다. 특정 실시형태에서, 항원 결합 분자는 예를 들어, 방사선면역검정, 표면 플라스몬 공명 또는 키네틱 배제 검정에 의해서 측정되는 경우 또 다른 종의 표적 항원에 대한 친화도보다 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70% 또는 더 큰 친화도로 전립선 줄기 세포 항원(PSCA) 또는 전립선-특이적 막 항원(PSMA)에 결합한다. 특정 실시형태에서, 표적 인간 항원에 결합하는 본원에 기재된 항체 또는 이의 항원 결합 분자는 예를 들어, 방사선면역검정, 표면 플라스몬 공명 또는 키네틱 배제 검정에 의해서 측정되는 경우 인간 항원에 대한 항체 또는 이의 항원 결합 분자의 결합의 10%, 15% 또는 20% 미만으로 또 다른 종의 표적 항원에 결합할 것이다.
"암"은, 신체에서 비정상 세포의 제어되지 않은 성장을 특징으로 하는 다양한 질환의 광범위한 군을 나타낸다. 조절되지 않은 세포 분열 및 성장은 인접 조직에 침범하여, 림프계 또는 혈류를 통해 신체의 먼 부분으로 전이될 수도 있는 악성종양의 형성을 초래한다. "암" 또는 "암 조직"은 종양을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 방법은, 예를 들어, 전립선암, 골암, 췌장암, 피부암, 두경부암, 피부 또는 안내 악성 흑색종, 자궁암, 난소암, 직장암, 항문부위암, 위암, 고환암, 자궁암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 자궁경부암종, 질암종, 외음부암종, 다발골수종, 호지킨병(Hodgkin's Disease), 비(non)호지킨림프종(NHL), 원발성 종격동 거대 B 세포 림프종(PMBC), 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), 여포성 림프종(FL), 형질전환된 여포성 림프종, 비장 변연부림프종(SMZL), 식도암, 소장암, 내분비계암, 갑상선암, 부갑상선암, 부신암, 연조직육종, 요도암, 음경암, 만성 또는 급성 백혈병, 급성 골수성 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 급성 림프모구성 백혈병(ALL)(비(non)T 세포 ALL 포함), 만성림프구성백혈병(CLL), 소아의 고형 종양, 림프구성 림프종, 방광암, 신장암 또는 요관암, 신우 암종, 중추신경계(CNS) 신생물, 원발성 CNS림프종, 종양 혈관신생, 척수축 종양, 뇌간교종, 뇌하수체샘종, 카포시 육종(Kaposi's sarcoma), 표피양암, 편평세포암, T 세포 림프종, 석면에 의해 유도된 것들을 포함하는 환경적으로 유도된 암, 다른 B 세포 악성종양, 및 상기 암들의 조합으로부터 유래된 종양의 종양 크기를 감소시키는 데 사용될 수 있다. 하나의 특정 실시형태에서, 암은 전립선암이다. 특정 암은 화학요법 또는 방사선요법에 반응할 수 있거나, 암은 불응성일 수 있다. 불응성 암은 수술적 개입으로 교정할 수 없는 암을 나타내며, 이러한 암은 초기에 화학요법 또는 방사선요법에 반응하지 않거나 암은 시간 경과에 따라 반응하지 않게 된다.
"케모카인"은, 세포 화학주성 또는 방향성 이동을 매개하는 사이토카인의 한 유형이다. 케모카인의 예는 IL-8, IL-16, 에오탁신, 에오탁신-3, 대식 세포 유래 케모카인(MDC 또는 CCL22), 단핵구 화학주성 단백질 1(MCP-1 또는 CCL2), MCP-4, 대식 세포 염증성 단백질 1α(MIP-1α, MIP-1a), MIP-1β(MIP-1b), 감마 유도 단백질 10(IP-10), 흉선 및 활성화 조절 케모카인(TARC 또는 CCL17)을 포함하지만 이로 제한되지 않는다.
"키메라 항원 수용체" 또는 "CAR"은 결합 모티프와, 항원 결합 시 면역 세포(예를 들어, 나이브 T 세포, 중추 기억 T 세포, 이펙터 기억 T 세포, NK 세포 또는 이들의 조합과 같은 T 세포)를 활성화시키는 수단을 포함하도록 조작된 분자를 나타낸다. CAR은 또한 인공 T 세포 수용체, 키메라 T 세포 수용체 또는 키메라 면역수용체로도 알려져 있다. 일부 실시형태에서, CAR은 결합 모티프, 세포외 도메인, 막관통 도메인, 하나 이상의 공동자극 도메인 및 세포내 신호전달 도메인을 포함한다. 키메라 항원 수용체를 발현하도록 유전적으로 조작된 T 세포는 CAR T 세포로 지칭될 수 있다. 유사하게 키메라 항원 수용체를 발현하도록 유전적으로 조작된 NK 세포는 CAR NK 세포로 지칭될 수 있다.
"감소시키다" 또는 "낮추다" 또는 "줄이다" 또는 "저하시키다" 또는 "약화시키다"라는 것은, 일반적으로 비히클 단독(즉, 활성 모이어티) 또는 제어 분자/조성물에 의해 유발되는 반응과 비교하여 더 적은 생리학적 반응(즉, 다운스트림 효과)을 생성, 유도 또는 유발하는 본원에서 고려되는 조성물의 능력을 나타낸다. "감소" 또는 "감소된" 양은 전형적으로 "통계적으로 유의미한" 양이며, 제어 조성물인 비히클에 의해 생성된 반응(참조 반응)의 1.1배, 1.2배, 1.5배, 2배, 2.5배, 3배, 3.5배, 4배, 4.5배, 5배, 5.5배, 6배, 6.5배, 7배, 7.5배, 8배, 8.5배, 9배, 9.5배, 10배, 15배, 20배, 30배 또는 그 이상(예를 들어, 500배, 1000배)(이들 수치 사이에 있으며 1 위인 모든 정수 및 소수점을, 예를 들어 1.5배, 1.6배, 1.7배, 1.8배 등을, 포함함)의 감소를 포함할 수 있다.
"세포외 도메인"(또는 "ECD")은, 폴리펩티드가 세포막에 존재할 때, 세포막 외부의 세포외 공간에 존재하는 것으로 이해되는 폴리펩티드의 일부를 지칭한다.
본원에서 사용되는 용어 "세포외 리간드-결합 도메인"은 리간드, 예를 들어, 세포 표면 분자에 결합할 수 있는 올리고 또는 폴리펩티드를 지칭한다. 예를 들어, 세포외 리간드-결합 도메인은 특정 질환 상태(예를 들어, 암)와 연관된 표적 세포 상의 세포 표면 마커로서 작용하는 리간드를 인식하도록 선택될 수 있다. 리간드로서 작용할 수 있는 세포 표면 마커의 예는, 바이러스, 박테리아 및 기생충 감염, 자가면역 질환 및 암 세포와 연관된 마커가 포함된다.
CAR의 결합 도메인 다음에는, 적절한 세포/세포 접촉, 항원 결합 및 활성화를 가능하게 하기 위해 항원 결합 도메인을 이펙터 세포 표면으로부터 멀리 이동시키는 영역을 나타내는 "스페이서" 또는 "힌지"가 뒤따를 수 있다(문헌[Patel et al., Gene Therapy, 1999; 6: 412-419]). CAR에서 힌지 영역은 일반적으로 막관통(TM)과 결합 도메인 사이에 존재한다. 특정 실시형태에서, 힌지 영역은 면역글로불린 힌지 영역이고, 야생형 면역글로불린 힌지 영역 또는 변경된 야생형 면역글로불린 힌지 영역일 수 있다. 본원에 기재된 CAR에서 사용되는 다른 예시적인 힌지 영역에는, CD8알파, CD4, CD28 및 CD7과 같은 유형 1 막단백질의 세포외 영역에서 유도된 힌지 영역이 포함되며, 이는 이러한 분자로부터의 야생형 힌지 영역일 수 있거나 변경될 수 있다.
"막관통" 영역 또는 도메인은 세포외 결합 부분을 면역 이펙터 세포의 원형질막에 고정시켜 표적 항원에 대한 결합 도메인의 결합을 용이하게 하는 CAR의 부분이다. 막관통 도메인은 CD3제타 막관통 도메인일 수 있지만, 사용될 수 있는 다른 막관통 도메인은 CD8알파, CD4, CD28, CD45, CD9, CD16, CD22, CD33, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 및 CD154로부터 얻어진 것을 포함한다. 일 실시형태에서, 막관통 도메인은 CD137의 막관통 도메인이다. 특정 실시형태에서, 막관통 도메인은 합성일 수 있는데, 이 경우 이것은 주로 류신 및 발린과 같은 소수성 잔기를 포함할 것이다.
"세포내 신호전달 도메인" 또는 "신호전달 도메인"은, 이펙터 세포 기능, 예를 들어 활성화, 사이토카인 생산, 증식, 및 CAR 결합된 표적 세포로의 세포독성 인자의 방출을 포함하는 세포독성 활성, 또는 세포외 CAR 도메인에 대한 항원 결합으로 유도된 다른 세포 반응을 유도하기 위해, 표적 항원에 대한 효과적인 CAR 결합의 메시지를 면역 이펙터 세포의 내부로 전달하는 데 참여하는 키메라 항원 수용체 단백질의 부분을 나타낸다. "이펙터 기능"이라는 용어는, 세포의 특수한 기능을 나타낸다. T 세포의 이펙터 기능은, 예를 들어 세포용해 활성, 또는 사이토카인의 분비를 포함하는 활성 또는 도움일 수 있다. 따라서, 본원에서 상호 교환 가능하게 사용되는, "세포내 신호전달 도메인" 또는 "신호전달 도메인"이라는 용어는, 이펙터 기능 신호를 전달하고 세포가 특수한 기능을 수행하도록 지시하는 단백질의 부분을 나타낸다. 통상적으로 전체 세포내 신호전달 도메인이 이용될 수 있지만, 다수의 경우, 전체 도메인을 사용할 필요가 없다. 세포내 신호전달 도메인의 절단된 부분이 사용되는 경우, 절단된 부분이 이펙터 기능 신호를 전달하는 한, 전체 도메인 대신 이러한 절단된 부분이 사용될 수 있다. 세포내 신호전달 도메인이라는 용어는, 이펙터 기능 신호를 전달하는 데 충분한 세포내 신호전달 도메인의 임의의 절단된 부분을 포함하는 것을 의미한다. 세포내 신호전달(signaling) 도메인은 "신호 전달(signal transduction) 도메인"이라고도 알려져 있고, 전형적으로 인간 CD3 또는 FcRy 사슬의 부분으로부터 유래된다.
T 세포 수용체를 통해 생성된 신호만으로는 T 세포의 완전한 활성화에 충분하지 않으며, 2차 또는 공동자극 신호가 또한 필요하다고 알려져 있다. 따라서, T 세포 활성화는 세포질 신호전달 서열의 2개의 구별되는 부류에 의해 매개된다고 말할 수 있다: T 세포 수용체를 통해 항원 의존적 1차 활성화를 개시하는 것(1차 세포질 신호전달 서열) 및 항원 독립적 방식으로 작용하여 2차 또는 공동자극 신호(2차 세포질 신호전달 서열)를 제공하는 것. 공동자극 방식으로 작용하는 세포질 신호전달 서열은 면역수용체 티로신-기반 활성화 모티프 또는 ITAM으로 알려진 신호전달 모티프를 함유할 수 있다.
본 개시내용에서 특별하게 사용되는 ITAM 함유 1차 세포질 신호전달 서열의 예는 DAP10, DAP12, TCR제타, FcR감마, FcR베타, CD3감마, CD3델타, CD3엡실론, CD5, CD22, CD79a, CD79b 및 CD66d로부터 유래되는 것을 포함한다.
본원에 사용된 "공동자극 신호전달 도메인" 또는 "공동자극 도메인"이라는 용어는 공동자극 분자의 세포내 도메인을 포함하는 CAR의 부분을 나타낸다. 공동자극 분자는 항원에 결합 시에 T 림프구의 효율적인 활성화 및 기능에 필요한 제2 신호를 제공하는 항원 수용체 또는 Fc 수용체 이외의 세포 표면 분자이다. 이러한 공동자극 분자의 예는 CD27, CD28, 4-1 BB (CD137), 0X40 (CD134), CD30, CD40, PD-1, ICOS (CD278), LFA-1, CD2, CD7, LIGHT, NKD2C, B7-H2 및 CD83에 특이적으로 결합하는 리간드를 포함한다. 따라서, 본 개시내용은 4-1 BB로부터 유래된 예시적인 공동자극 도메인을 제공하며, 다른 공동자극 도메인이 본원에 기재된 CAR과의 사용에 고려된다. 하나 이상의 공동자극 신호전달 도메인을 포함시키면 CAR 수용체를 발현하는 T 세포의 효능 및 확장을 향상시킬 수 있다. 세포내 신호전달 도메인과 공동자극 신호전달 도메인은 막관통 도메인의 카르복실 말단에 직렬로 임의의 순서로 연결될 수 있다.
CD3 또는 FcR감마로부터의 신호전달 도메인을 함유하도록 조작된 scFv-기반 CAR은 T 세포 활성화 및 이펙터 기능을 위한 강력한 신호를 전달하는 것으로 밝혀져 있지만, 이들은 동시 공동자극 신호의 부재 하에서 T 세포 생존 및 확장을 촉진하는 신호를 유도하기에 충분하지 않다. 하나 이상의 공동자극 신호전달 도메인(예를 들어, 4-1BB, CD28, CD137, CD134 및 CD278로부터 유래된 세포내 공동자극 도메인)과 함께 결합 도메인, 힌지, 막관통 및 신호전달 도메인(CD3제타 또는 FcR감마로부터 유래됨)을 함유하는 다른 CAR은 시험관내 및 동물 모델 및 암 환자에서 CAR 발현 T 세포에서 증가된 사이토카인 분비, 용해 활성, 생존 및 증식뿐만 아니라 항종양 활성을 보다 효과적으로 유도할 수 있다(문헌[Milone et al., Molecular Therapy, 2009; 17: 1453-1464]; 문헌[Zhong et al., Molecular Therapy, 2010; 18: 413-420]; 문헌[Carpenito et al., PNAS, 2009; 106:3360-3365]).
"공동자극 신호"는, TCR/CD3 결찰과 같은 1차 신호와 조합되어, 비제한적으로, 주요 분자의 증식 및/또는 상향조절 또는 하향조절과 같은 T 세포 반응을 유발하는 신호를 지칭한다.
"공동자극 리간드"는 T 세포 상의 동족 공동자극 분자와 특이적으로 결합하는 항원 제시 세포 상의 분자를 포함한다. 공동자극 리간드의 결합은 비제한적으로, 증식, 활성화, 분화 등을 포함하는 T 세포 반응을 매개하는 신호를 제공한다. 공동자극 리간드는, 자극 분자에 의해 제공되는 1차 신호에 더하여, 예를 들어 T 세포 수용체(TCR)/CD3 복합체와 펩티드가 로딩된 주조직적합 복합체(MHC) 분자의 결합에 의한 신호를 유도한다. 공동자극 리간드는 3/TR6, 4-1BB 리간드, Toll 리간드 수용체에 결합하는 작용제 또는 항체, B7-1(CD80), B7-2(CD86), CD30 리간드, CD40, CD7, CD70, CD83, 헤르페스 바이러스 진입 매개체(HVEM), 인간 백혈구 항원 G(HLA-G), ILT4, 면역글로불린 유사 전사체(ILT) 3, 유도성 공동자극 리간드(ICOS-L), 세포간 부착 분자(ICAM), B7-H3과 특이적으로 결합하는 리간드, 림포톡신 베타 수용체, MHC 부류 I 사슬 관련 단백질 A(MICA), MHC 부류 I 사슬 관련 단백질 B(MICB), OX40 리간드, PD-L2 또는 세포 예정사(PD) L1을 포함할 수 있지만 이로 제한되지 않는다. 공동자극 리간드는 비제한적으로 T 세포에 존재하는 공동자극 분자, 예컨대, 비제한적으로 4-1BB, B7-H3, CD2, CD27, CD28, CD30, CD40, CD7, ICOS, CD83과 특이적으로 결합하는 리간드, 림프구 기능-연관 항원-1(LFA-1), 자연 살해 세포 수용체 C(NKG2C), OX40, PD-1, 또는 종양 괴사 인자 슈퍼 패밀리 구성원 14(TNFSF14 또는 LIGHT)와 특이적으로 결합하는 항체를 포함한다.
"공동자극 분자"는 공동자극 리간드와 특이적으로 결합하여, 비제한적으로, 증식과 같은 T 세포에 의한 공동자극 반응을 매개하는 T 세포 상의 동족 결합 파트너이다. 공동자극 분자에는, 비제한적으로, 공동자극 리간드와 특이적으로 결합하여, 비제한적으로, 증식과 같은 T 세포에 의한 공동자극 반응을 매개하는 T 세포 상의 동족 결합 파트너인 "공동자극 분자"가 포함된다. 공동자극 분자는 4-1BB/CD137, B7-H3, BAFFR, BLAME (SLAMF8), BTLA, CD 33, CD 45, CD100(SEMA4D), CD103, CD134, CD137, CD154, CD16, CD160(BY55), CD18, CD19, CD19a, CD2, CD22, CD247, CD27, CD276(B7-H3), CD28, CD29, CD3(알파; 베타; 델타; 엡실론; 감마; 제타), CD30, CD37, CD4, CD4, CD40, CD49a, CD49D, CD49f, CD5, CD64, CD69, CD7, CD80, CD83 리간드, CD84, CD86, CD8알파, CD8베타, CD9, CD96(Tactile), CDl-la, CDl-lb, CDl-lc, CDl-ld, CDS, CEACAM1, CRT AM, DAP-10, DNAM1(CD226), Fc 감마 수용체, GADS, GITR, HVEM(LIGHTR), IA4, ICAM-1, ICAM-1, ICOS, Ig 알파 (CD79a), IL2R 베타, IL2R 감마, IL7R 알파, 인테그린, ITGA4, ITGA4, ITGA6, ITGAD, ITGAE, ITGAL, ITGAM, ITGAX, ITGB2, ITGB7, ITGBl, KIRDS2, LAT, LFA-1, LFA-1, LIGHT, LIGHT(종양 괴사 인자 슈퍼패밀리 구성원 14; TNFSF14), LTBR, Ly9(CD229), 림프구 기능-연관 항원-1(LFA-1(CDl la/CD18), MHC 클래스 I 분자, NKG2C, NKG2D, NKp30, NKp44, NKp46, NKp80(KLRF1), OX40, PAG/Cbp, PD-1, PSGL1, SELPLG(CD162), 신호전달 림프구 활성화 분자, SLAM(SLAMF1; CD150; IPO-3), SLAMF4(CD244; 2B4), SLAMF6(NTB-A; Lyl08), SLAMF7, SLP-76, TNF, TNFr, TNFR2, Toll 리간드 수용체, TRANCE/RANKL, VLA1, 또는 VLA-6, 또는 이의 단편, 절단물 또는 조합을 포함하지만 이들로 제한되지 않는다.
"보존적 아미노산 치환"은 아미노산 잔기가 유사한 측쇄를 갖는 아미노산 잔기로 대체되는 것이다. 측쇄를 갖는 아미노산 잔기의 계열은 당업계에 정의되어 있다. 이러한 패밀리에는, 염기성 측쇄(예를 들어, 리신, 아르기닌, 히스티딘), 산성 측쇄(예를 들어, 아스파르트산, 글루탐산), 하전되지 않은 극성 측쇄(예를 들어, 글리신, 아스파라긴, 글루타민, 세린, 트레오닌, 티로신, 시스테인, 트립토판), 비극성 측쇄(예를 들어, 알라닌, 발린, 류신, 이소류신, 프롤린, 페닐알라닌, 메티오닌), 베타 분지형 측쇄(예를 들어, 트레오닌, 발린, 이소류신) 및 방향족 측쇄(예를 들어, 티로신, 페닐알라닌, 트립토판, 히스티딘)를 갖는 아미노산이 포함된다. 특정 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원-결합 분자의 CDR(들) 또는 프레임워크 영역(들) 내의 하나 이상의 아미노산 잔기는 유사한 측쇄를 갖는 아미노산 잔기로 대체될 수 있다. 일반적으로, 2개의 서열은 일반적으로, 이들이 상응하는 위치에 보존적 아미노산 치환을 함유하는 경우, "실질적으로 유사한" 것으로 간주된다. 예를 들어, 특정 아미노산은 일반적으로 "소수성" 또는 "친수성" 아미노산으로, 및/또는 "극성" 또는 "비극성" 측쇄를 갖는 것으로 분류된다. 하나의 아미노산의 동일한 유형의 또 다른 아미노산으로의 치환은 보존적 치환으로 간주될 수 있다. 예시적인 아미노산 분류는 하기 표 2 및 표 3에 요약되어 있다:
[표 2]
Figure pct00003
[표 3]
Figure pct00004
"병용 요법"은, 대상체가 2가지 이상의 치료 레지먼(예를 들어, 2가지 이상의 치료 모이어티)에 동시에 노출되는 상황을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 2가지 이상의 레지먼은 동시에 투여될 수 있고; 일부 실시형태에서, 이러한 레지먼은 순차적으로 투여될 수 있고(예를 들어, 두 번째 레지먼의 임의의 용량의 투여 전 첫 번째 레지먼의 모든 "용량 "이 투여됨); 일부 실시형태에서, 이러한 제제는 중복 투여 레지먼으로 투여된다. 일부 실시형태에서, 병용 요법의 "투여"는 다른 제제(들) 또는 방식(들)을 조합으로 투여받고 있는 대상체에게의 하나 이상의 제제(들) 또는 방식(들)의 투여를 포함할 수 있다. 명확성을 위해, 병용 요법은 개별 작용제가 단일 조성물로 함께(또는 심지어 반드시 동시에) 투여될 필요는 없지만, 일부 실시형태에서, 2가지 이상의 작용제 또는 이의 활성 모이어티가 조합 조성물, 또는 심지어 조합 화합물(예를 들어, 단일 화학 복합체 또는 공유 엔티티의 일부로)로 함께 투여될 수 있다.
"에 상응하는"은 적절한 참조 분자 또는 조성물과 비교하여 분자 또는 조성물에서 구조 요소의 위치/엔티티를 지정하는 데 사용될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 중합체 내 단량체성 잔기(예를 들어, 폴리펩티드 내 아미노산 잔기 또는 폴리뉴클레오티드 내 핵산 잔기)는 적절한 참조 중합체 내 잔기"에 상응하는" 것으로 식별될 수 있다. 예를 들어, 단순성의 목적을 위해, 폴리펩티드 내 잔기는 참조 관련 폴리펩티드에 기초한 캐노니컬 넘버링 시스템을 사용하여 지정될 수 있으며, 따라서 예를 들어 위치 100의 잔기"에 상응하는" 아미노산이 실제로 아미노산 사슬 내 100번째 아미노산일 필요가 없으며, 단, 이는 참조 폴리펩티드 내 위치 100에서 발견되는 잔기에 상응한다. 예를 들어, 본 개시내용에 따라 폴리펩티드 및/또는 핵산 내의 "상응하는" 잔기를 확인하기 위해 이용될 수 있는 소프트웨어 프로그램, 예컨대, 예를 들어, BLAST, CS-BLAST, CUDASW++, DIAMOND, FASTA, GGSEARCH/GLSEARCH, Genoogle, HMMER, HHpred/HHsearch, IDF, Infernal, KLAST, USEARCH, parasail, PSI-BLAST, PSI-Search, ScalaBLAST, Sequilab, SAM, SSEARCH, SWAPHI, SWAPHI-LS, SWIMM, 또는 SWIPE를 포함하는 다양한 서열 정렬 전략이 이용 가능하다.
항원 결합 분자, 예컨대, 항체 또는 이의 항원 결합 단편, CAR 또는 TCR은, 항원과 제1 항원 결합 분자 사이의 상호작용이 참조 결합 분자가 항원과 상호작용하는 능력을 차단, 제한, 억제 또는 달리 감소시키는 경우에 참조 결합 분자, 예컨대, 항체 또는 이의 항원 결합 단편과 "교차-경쟁"한다. 교차 경쟁은 완전할 수 있고, 예를 들어, 항원 결합 분자의 항원에 대한 결합이 참조 결합 분자가 항원에 결합하는 능력을 완전히 차단하거나, 또는 교차 경쟁은 부분적일 수 있고, 예를 들어, 항원 결합 분자의 항원에 대한 결합이 참조 항원 결합 분자가 항원에 결합하는 능력을 감소시킨다. 특정 실시형태에서, 참조 항원 결합 분자와 교차-경쟁하는 항원 결합 분자는 참조 항원 결합 분자와 동일한 또는 중첩되는 에피토프에 결합한다. 다른 실시형태에서, 참조 항원 결합 분자와 교차-경쟁하는 항원 결합 분자는 참조 항원 결합 분자와 상이한 에피토프에 결합한다. 수많은 유형의 경쟁적 결합 검정, 예를 들어, 고체 상 직접 또는 간접 방사선면역검정(RIA); 고체상 직접 또는 간접 효소 면역검정(EIA); 샌드위치 경쟁 검정(문헌[Stahli et al., 1983, Methods in Enzymology 9:242-253]); 고체상 직접 비오틴-아비딘 EIA(문헌[Kirkland et al., 1986, J. Immunol. 137:3614-3619]); 고체상 직접 표지된 검정, 고체상 직접 표지된 샌드위치 검정(문헌[Harlow and Lane, 1988, Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press]); I-125 표지를 사용하는 고체상 직접 표지 RIA(문헌[Morel et al., 1988, Molec. Immunol. 25:7- 15]); 고체상 직접 비오틴-아비딘 EIA(문헌[Cheung, et al., 1990, Virology 176:546-552]); 및 직접 표지된 RIA(문헌[Moldenhauer et al., 1990, Scand. J. Immunol. 32:77-82])를 사용하여 하나의 항원 결합 분자가 또 다른 것과 경쟁하는지 여부를 결정할 수 있다.
"사이토카인"은 특정 항원과의 접촉에 반응하여 하나의 세포에 의해 방출된 비항체 단백질을 나타내며, 여기서 사이토카인은 제2 세포와 상호작용하여 제2 세포에서 반응을 매개한다. 사이토카인은 세포에 의해 내생적으로 발현되거나, 대상체에게 투여될 수 있다. 사이토카인은 대식 세포, B 세포, T 세포 및 비만 세포를 포함하는 면역 세포에 의해 방출되어 면역 반응을 전파할 수 있다. 사이토카인은 수용 세포에서 다양한 반응을 유도할 수 있다. 사이토카인은 항상성 사이토카인, 케모카인, 전염증성 사이토카인, 이펙터 및 급성병기단백질(acute-phase protein)을 포함할 수 있다. 예를 들어, 인터류킨(IL) 7 및 IL-15를 포함하는 항상성 사이토카인은 면역 세포 생존 및 증식을 촉진시키고, 전염증성 사이토카인은 염증반응을 촉진시킬 수 있다. 항상성 사이토카인의 예에는, 비제한적으로, IL-2, IL-4, IL-5, IL-7, IL-10, IL-12p40, IL-12p70, IL-15 및 인터페론(IFN) 감마가 포함된다. 전염증성 사이토카인의 예에는, 비제한적으로, IL-1a, IL-1b, IL-6, IL-13, IL-17a, 종양괴사인자(TNF)-알파, TNF-베타, 섬유모세포 성장인자(FGF) 2, 과립구 대식세포 집락자극인자(GM-CSF), 가용성 세포간 부착분자 1(sICAM-1), 가용성 혈관 세포 부착 분자 1(sVCAM-1), 혈관내피성장인자(VEGF), VEGF-C, VEGF-D 및 태반성장인자(PLGF)가 포함된다. 이펙터의 예는 그랜자임 A, 그랜자임 B, 가용성 Fas 리간드(sFasL) 및 퍼포린을 포함하지만 이로 제한되지 않는다. 급성기 단백질의 예는 C-반응성 단백질(CRP) 및 혈청 아밀로이드 A(SAA)를 포함하지만 이로 제한되지 않는다.
용어 "도메인"은 엔티티의 일부를 지칭한다. 일부 실시형태에서, "도메인"은 엔티티의 구조적 및/또는 기능적 특질과 연관이 있으며, 예를 들어, 도메인이 이의 부모 엔티티의 나머지로부터 물리적으로 분리될 때, 이는 구조적 및/또는 기능적 특질을 실질적으로 또는 전적으로 보유한다. 일부 실시형태에서, 도메인은 해당 (부모) 엔티티로부터 분리되고 상이한 (수용) 엔티티와 연결되거나 결합될 때, 수용 엔티티 상에 예를 들어, 부모 엔티티에서 이를 특징화하는 하나 이상의 구조적 및/또는 기능적 특질을 실질적으로 보유하고/하거나 부여하는 엔티티의 일부를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 도메인은 분자(예를 들어, 소분자, 탄수화물, 지질, 핵산 또는 폴리펩티드)의 부분이다. 일부 실시형태에서, 도메인은 폴리펩티드의 섹션이며; 일부 이러한 실시형태에서, 도메인은 구조적 요소(예를 들어, 아미노산 서열 또는 서열 모티프, α-나선 특징, β-시트 특징, 코일드-코일 특징, 무작위 코일 특징 등), 및/또는 기능적 특질(예를 들어, 결합 활성, 효소 활성, 접힘 활성, 신호전달 활성 등)을 특징으로 한다.
"투여 형태"라는 용어는 대상체에게 투여하기 위한 활성제(예를 들어, 항원 결합 시스템 또는 항체)의 물리적으로 분리된 단위를 지칭하기 위해서 사용될 수 있다. 일반적으로, 각각의 이러한 단위는 사전결정된 양의 활성제를 함유한다. 일부 실시형태에서, 이러한 양은 관련 집단에 투여될 때 목적하거나 유익한 결과와 상관관계가 있는 것으로 결정된 투여 레지먼에 따른 투여에 적절한 단위 투여량(또는 이의 전체 분획)이다. 대상체에게 투여되는 치료용 조성물 또는 작용제의 총량은 한 명 이상의 의사에 의해 결정되고, 하나 초과의 투여형의 투여를 포함할 수 있다.
용어 "투여 레지먼"은 대상체에게 개별적으로 투여되는 하나 이상의 단위 용량의 세트를 지칭하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시형태에서, 소정의 치료제는 1회 이상의 용량을 포함할 수 있는 권장 투여 레지먼을 갖는다. 일부 실시형태에서, 투여 레지먼은 각각의 용량이 다른 용량과 시간상 분리되어 있는 복수의 용량을 포함한다. 일부 실시형태에서, 투여 레지먼은 복수의 용량을 포함하고, 연속된 용량은 동일한 길이의 기간에 의해 서로 분리되며; 일부 실시형태에서, 투여 레지먼은 복수의 용량을 포함하고, 연속된 용량은 적어도 2가지 상이한 길이의 시간에 의해 서로 분리된다. 일부 실시형태에서, 투여 레지먼 내 모든 용량은 동일한 단위 용량을 갖는다. 일부 실시형태에서, 투여 레지먼 내 상이한 용량은 상이한 양을 갖는다. 일부 실시형태에서, 투여 레지먼은 제1 투여량의 제1 투여, 이어서 제1 투여량과 상이한 제2 투여량의 1회 이상의 추가 투여를 포함한다. 일부 실시형태에서, 투여 레지먼은 목적하거나 유익한 결과를 달성하도록 주기적으로 조정된다.
"이펙터 세포"는, 하나 이상의 Fc 수용체를 발현하고 하나 이상의 이펙터 기능을 매개하는 면역계의 세포를 나타낸다. 일부 실시형태에서, 이펙터 세포는, 비제한적으로, 단핵구, 대식세포, 호중구, 수지상세포, 호산구, 비만세포, 혈소판, 거대 과립 림프구, 랑게르한스세포(Langerhans' cell), 자연 살해(NK) 세포, T-림프구 및 B-림프구 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 이펙터 세포는, 비제한적으로, 인간, 마우스, 래트, 토끼 및 원숭이를 포함하는 임의의 유기체의 것일 수 있다.
"이펙터 기능"은 항체 Fc 영역과 Fc 수용체 또는 리간드의 상호작용의 생물학적 결과를 나타낸다. 이펙터 기능은 비제한적으로, 항체-의존적 세포-매개 세포독성(ADCC), 항체-의존적 세포-매개 포식작용(ADCP) 및 보체-매개 세포독성(CMC)을 포함한다. 이펙터 기능은 항원 결합 의존적, 항원 결합 독립적 또는 둘 모두일 수 있다. ADCC는 면역 이펙터 세포에 의한 항체-결합 표적 세포의 용해를 지칭한다. 임의의 이론으로 결부시키고자 하는 것은 아니지만, ADCC는 일반적으로 항체-코팅된 표적 세포(예를 들어, 항체가 결합된 표면 항원 상에서 발현하는 세포)를 인식하고 후속적으로 사멸시키는 Fc 수용체(FcR)-보유 이펙터 세포를 수반하는 것으로 이해된다. ADCC를 매개하는 이펙터 세포는 비제한적으로, 자연 살해(NK) 세포, 대식 세포, 호중구, 호산구 중 하나 이상을 포함하는 면역 세포를 포함할 수 있다.
용어 "eACT™"로 약어화될 수 있고, 입양 세포 전달로도 알려져 있는 "조작된 자가 세포 요법"은 환자 자체의 T 세포가 수집되고, 후속적으로 하나 이상의 특정 종양 세포 또는 악성물의 세포 표면 상에서 발현된 하나 이상의 항원을 인식하고 표적화하도록 유전적으로 변경되는 과정이다. T 세포는 예를 들어, 키메라 항원 수용체(CAR) 또는 T 세포 수용체(TCR)를 발현하도록 조작될 수 있다. CAR 양성(+) T 세포는 적어도 하나의 공동자극 도메인과 적어도 하나의 활성화 도메인을 포함하는 세포내 신호전달 부분에 연결된 특정 종양 항원에 대해 특이성을 갖는 세포외 단일 사슬 가변 단편(scFv)을 발현하도록 조작된다. 공동자극 도메인은 자연 발생 공동자극 도메인 또는 이의 변이체, 예를 들어 절두된(truncated) 힌지 도메인("THD")을 갖는 변이체로부터 유래될 수 있고, 활성화 도메인은, 예를 들어 CD3-제타로부터 유래될 수 있다. 특정 실시형태에서, CAR은 2개, 3개, 4개 또는 그 이상의 공동자극 도메인을 갖도록 설계된다. CAR scFv는 예를 들어, 암종을 비롯한 막관통 단백질 발현 전립선 조직인 PSMA를 표적화하도록 설계될 수 있다.
일부 실시형태에서, CAR은 공동자극 도메인이 별개의 폴리펩티드 사슬로 발현되도록 조작된다. CAR T 세포 요법과 작제물의 예는 미국 특허 출원 공개 제2013/0287748호, 제2014/0227237호, 제2014/0099309호 및 제2014/0050708호에 기재되어 있으며, 이들 문헌은 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다. "입양 세포 요법" 또는 "ACT"는 대상체, 예를 들어 암 환자에게 항종양 활성을 갖는 면역 세포를 전달하는 것을 포함한다. 일부 실시형태에서, ACT는 항종양 활성을 갖는 림프구(예를 들어, 조작된 림프구)의 사용을 포함하는 치료 접근법이다.
"에피토프"는 항체가 특이적으로 결합할 수 있는 항원의 국소화된 영역을 지칭한다. 에피토프는, 예를 들어 폴리펩티드의 연속 아미노산(선형 또는 연속 에피토프)일 수 있거나, 에피토프는, 예를 들어 폴리펩티드 또는 폴리펩티드들의 2개 이상의 비(non)연속 영역이 함께 합쳐진 것(입체형태적, 비(non)선형, 불연속 또는 비연속 에피토프)일 수 있다. 특정 실시형태에서, 항체에 결합하는 에피토프는, 예를 들어 NMR 분광법, X선 회절 결정학 연구, ELISA 검정, 질량 분석법과 결합된 수소/중수소 교환(예를 들어, 액체 크로마토그래피 전자분무 질량 분석법), 어레이 기반 올리고 펩티드 스캐닝 검정, 및/또는 돌연변이유발 맵핑(예를 들어, 부위 지정 돌연변이유발 맵핑)에 의해 결정될 수 있다. X-선 결정학에 대해, 결정화는 당업계의 임의의 알려진 방법을 사용하여 달성될 수 있다(예를 들어, 문헌[
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(1994) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 50(Pt 4): 339-350]; 문헌[McPherson A (1990) Eur J Biochem 189: 1-23]; 문헌[Chayen NE (1997) Structure 5: 1269-1274]; 문헌[McPherson A (1976) J Biol Chem 251: 6300-6303] 참조). 항체:항원 결정은 잘 알려진 X-선 회절 기법을 사용하여 연구될 수 있고, 컴퓨터 소프트웨어, 예컨대 X-PLOR(Yale University, 1992, Molecular Simulations, Inc.에서 배포함; 예를 들어, 문헌[Meth Enzymol (1985) volumes 114 & 115, eds Wyckoff HW et al.,]; 미국 특허출원공개 U.S. 2004/0014194호 참조), 및 BUSTER(문헌[Bricogne G (1993) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 49(Pt 1): 37-60]; 문헌[Bricogne G (1997) Meth Enzymol 276A: 361-423, ed Carter CW]; 문헌[Roversi P et al., (2000) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 56(Pt 10): 1316-1323])를 사용하여 개선될 수 있다. 돌연변이유발 맵핑 연구는 당업자에게 알려진 임의의 방법을 사용하여 달성될 수 있다. 예를 들어, 알라닌 스캐닝 돌연변이유발 기법을 포함하는 돌연변이유발 기법의 설명에 대해서는 문헌[Champe M et al., (1995) J Biol Chem 270: 1388-1394] 및 문헌[Cunningham BC & Wells JA (1989) Science 244: 1081-1085]를 참조한다.
유전자, 단백질 및/또는 핵산과 관련하여 "내인성"은 세포, 예컨대, 면역 세포에서 해당 유전자, 단백질 및/또는 핵산의 자연 존재를 지칭한다.
"외인성"은 예를 들어, 외부 공급원으로부터 세포로 도입된 제제, 예컨대, 핵산, 유전자 또는 단백질을 지칭한다. 세포에 도입된 핵산은, 그것이 세포에서 자연적으로 발견되는 단백질을 암호화하더라도, 외인성이다. 단백질을 암호화하는 핵산의 이러한 외인성 도입은 단백질의 발현을 예를 들어, 외인성 핵산의 도입 없이 유사한 조건 하에서 세포에서 자연적으로 발견될 수준을 초과하게 증가시키기 위해서 사용될 수 있다.
용어 "부형제"는 예를 들어 원하는 점조도 또는 안정화 효과를 제공하거나 이에 기여하기 위해 조성물에 포함될 수 있는 제제를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 적합한 부형제는 예를 들어 전분, 글루코스, 락토스, 수크로스, 젤라틴, 맥아, 쌀, 밀가루, 초크, 실리카겔, 소듐 스테아레이트, 글리세롤 모노스테아레이트, 탈크, 소듐 클로라이드, 탈지 분유, 글리세롤, 프로필렌, 글리콜, 물, 에탄올 등을 포함할 수 있다.
본원에 기재된 바와 같은 물질 또는 개체의 "단편" 또는 "부분"은 전체, 예를 들어 물리적 개체 또는 추상적 개체의 개별 부분을 포함하는 구조를 갖는다. 일부 실시형태에서, 단편에는 전체에서 발견되는 모이어티가 하나 이상 결여되어 있다. 일부 실시형태에서, 단편은 전체에서 발견되는 특징적인 구조 요소, 도메인 또는 모이어티를 포함하거나 이로 이루어져 있다. 일부 실시형태에서, 중합체 단편은 전체 중합체에서 발견되는 단량체 단위(예를 들어, 잔기) 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 25개, 30개, 35개, 40개, 45개, 50개, 55개, 60개, 65개, 70개, 75개, 80개, 85개, 90개, 95개, 100개, 110개, 120개, 130개, 140개, 150개, 160개, 170개, 180개, 190개, 200개, 210개, 220개, 230개, 240개, 250개, 275개, 300개, 325개, 350개, 375개, 400개, 425개, 450개, 475개, 500개 또는 그 이상을 포함하거나 이로 이루어져 있다. 일부 실시형태에서, 중합체 단편은 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 25%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과(예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100% 또는 95 내지 100%)의 전체 중합체에서 발견되는 단량체 단위(예를 들어, 잔기)를 포함하거나 이들로 이루어진다. 전체 물질 또는 엔티티는 일부 실시형태에서 단편의 "모체"로서 지칭될 수 있다.
용어 "융합 폴리펩티드" 또는 "융합 단백질"은 일반적으로 적어도 2개의 분절을 포함하는 폴리펩티드를 지칭한다. 일반적으로, 적어도 2개의 이러한 분절을 함유하는 폴리펩티드는, 2개의 분절이 (1) 동일한 펩티드에 자연적으로 포함되어 있지 않고/않거나, (2) 이전에 단일 폴리펩티드에서 서로 결합 또는 연결되지 않았고/않았거나, (3) 인간의 손의 작용을 통해 서로 결합 또는 연결된 모이어티인 경우, 융합 폴리펩티드인 것으로 간주된다. 실시형태에서, CAR은 융합 단백질이다. 실시형태에서, 합성 노치 수용체(synNotch 수용체)는 융합 단백질이다.
용어 "유전자 생성물" 또는 "발현 생성물"은 일반적으로 유전자로부터 전사되는 RNA(가공 전 및/또는 가공 후) 또는 유전자로부터 전사된 RNA에 의해 암호화된 폴리펩티드(변형 전 및/또는 변형 후)를 지칭한다.
"유전적으로 조작된" 또는 "조작된"이라는 용어는, 비제한적으로, 암호 또는 비암호 영역, 또는 이의 일부를 결실시키거나, 암호 영역 또는 이의 일부를 삽입하는 것을 포함하는, 세포의 게놈을 변경시키는 방법을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 변형되는 세포는 환자 또는 공여자로부터 수득될 수 있는 림프구, 예를 들어 T 세포 또는 NK 세포이다. 세포는, 예를 들어 세포의 게놈에 혼입되는 키메라 항원 수용체(CAR) 또는 T 세포 수용체(TCR)와 같은 외인성 작제물을 발현하도록 변형될 수 있다. 조작은 일반적으로 인간의 손에 의한 조작을 포함한다. 예를 들어, 폴리뉴클레오티드는, 자연에서 해당 순서로 함께 결합 또는 연결되지 않은 2개 이상의 서열이 조작된 폴리뉴클레오티드에서 서로 직접 결합 또는 연결되도록 인간의 손에 의해 조작되는 경우, "조작된" 것으로 간주된다. 분자생물학 기술에 의한 세포 조작의 맥락에서, 세포 또는 유기체는 이의 유전 정보가 변경되도록 조작된 경우(예를 들어, 이전에 존재하지 않았던 새로운 유전 물질이 예를 들어 형질전환, 체세포 혼성화, 트랜스펙션, 형질도입 또는 다른 메커니즘에 의해 도입되었거나, 이전에 존재하던 유전 물질이 예를 들어 치환 또는 결실 돌연변이, 또는 다른 프로토콜에 의해 변경되거나 제거됨), "조작된" 것으로 간주된다. 일부 실시형태에서, 결합제는 변형된 림프구, 예를 들어, T 세포 또는 NK 세포이며, 환자 또는 공여자로부터 수득될 수 있다. 조작된 세포는, 예를 들어 세포의 게놈에 혼입되는 키메라 항원 수용체(CAR) 또는 T 세포 수용체(TCR)와 같은 외인성 작제물을 발현하도록 변형될 수 있다. 조작된 폴리뉴클레오티드 또는 결합제의 자손은 일반적으로 실제 조작이 이전 개체에 대해 수행되었음에도 불구하고 "조작된" 것으로 지칭된다. 일부 실시형태에서, "조작된"은 설계되고 생산된 개체를 나타낸다. 용어 "설계된"은 (i) 이의 구조가 사람의 손에 의해 선택되거나 선택되었고; (ii) 사람의 손을 필요로 하는 과정에 의해 생성되고; 그리고/또는 (iii) 천연 물질 및 다른 기지의 제제와 구별되는 제제를 지칭한다.
"T 세포 수용체" 또는 "TCR"은 T 세포의 표면 상에 존재하는 항원 인식 분자를 나타낸다. 정상적인 T 세포 발달 동안, 4개의 TCR 유전자, α, β, γ 및 δ는, 각각, 재배열되어 매우 다양한 TCR 단백질을 유도할 수 있다.
용어 "이종성"은 천연 발생 서열 이외의 임의의 공급원으로부터 비롯됨을 의미한다. 예를 들어, 공동자극 단백질의 부분으로서 포함된 이종성 서열은 자연 발생하지 않는 아미노산인데, 그 이유는, 즉 야생형 인간 공동자극 단백질과 정렬하지 않기 때문이다. 예를 들어, 이종성 뉴클레오티드 서열은 야생형 인간 공동자극성 단백질-암호화 서열 이외의 뉴클레오티드 서열을 지칭한다.
"동일성"이라는 용어는, 중합체 분자, 예를 들어 핵산 분자(예를 들어, DNA 분자 및/또는 RNA 분자) 및/또는 폴리펩티드 분자 사이의 전반적인 관련성을 나타낸다. 2개의 제공된 폴리펩티드 서열 사이의 동일성 백분율을 계산하는 방법은 알려져 있다. 2개의 핵산 또는 폴리펩티드 서열의 동일성% 계산은, 예를 들어 최적 비교를 위해 2개의 서열을 정렬하는 방식으로 수행될 수 있다(예를 들어, 최적 정렬을 위해 제1 서열과 제2 서열 중 하나 또는 둘 모두에 갭을 도입할 수 있고, 비교를 위해 동일하지 않은 서열을 무시할 수 있음). 그 다음 상응하는 위치에서 뉴클레오티드 또는 아미노산이 비교된다. 제1 서열의 위치가 제2 서열의 상응하는 위치와 동일한 잔기(예를 들어, 뉴클레오티드 또는 아미노산)로 점유되어 있는 경우, 분자는 해당 위치에서 동일하다. 2개의 서열 사이의 동일성%는, 선택적으로 2개의 서열의 최적 정렬을 위해 도입될 필요가 있을 수 있는 갭의 수와 각 갭의 길이를 고려한, 서열들이 공유하는 동일한 위치의 수의 함수이다. 서열의 비교 또는 정렬, 및 2개의 서열 사이의 동일성% 결정은 BLAST(basic local alignment search tool)와 같은 수학적 알고리즘을 사용하여 달성될 수 있다. 일부 실시형태에서, 중합체 분자는 이들 서열이 적어도 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 99%(예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%) 동일한 경우 서로 "상동성"인 것으로 간주된다.
동일성%를 계산하기 위해, 비교되는 서열은 전형적으로 서열들 사이에서 가장 큰 매치(match)를 제공하는 방식으로 정렬된다. 동일성%를 결정하는 데 사용될 수 있는 컴퓨터 프로그램의 일례는, GAP를 포함하는 GCG 프로그램 패키지이다(문헌[Devereux et al., 1984, Nucl. Acid Res. 12:387]; Genetics Computer Group, University of Wisconsin, 미국 위스코신주 매디슨 소재). 컴퓨터 알고리즘 GAP는 서열 동일성%를 결정하고자 하는 2개의 폴리펩티드 또는 폴리뉴클레오티드를 정렬하는 데 사용된다. 서열은 각각의 아미노산 또는 뉴클레오티드의 최적 매칭(알고리즘에 의해 결정된 "매칭된 범위")을 위해 정렬된다. 특정 실시형태에서, 표준 비교 매트릭스(PAM 250 비교 매트릭스에 대해 문헌[Dayhoff et al., 1978, Atlas of Protein Sequence and Structure 5:345-352]; BLOSUM 62 비교 매트릭스에 대해 문헌[Henikoff et al., 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89:10915-10919] 참조)가 또한 알고리즘에 의해서 사용된다. 뉴클레오티드 서열의 경우 BLASTN, 및 아미노산 서열의 경우 BLASTP, gapped BLAST 및 PSI-BLAST와 같은 상업적 컴퓨터 프로그램에서 이용 가능한 것들을 포함하는, 아미노산 또는 핵산 서열의 비교를 위한 다른 알고리즘이 또한 이용 가능하다. 이러한 예시적인 프로그램은 문헌[Altschul, et al., Basic local alignment search tool, J. Mol. Biol., 215(3): 403-410, 1990]; 문헌[Altschul, et al., Methods in Enzymology]; 문헌[Altschul, et al., "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402, 1997]; 문헌[Baxevanis, et al., Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, Wiley, 1998]; 및 문헌[Misener, et al., (eds.), Bioinformatics Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology, Vol. 132), Humana Press, 1999]에 기재되어 있다. 유사한 서열을 식별하는 것에 더하여, 상기 언급된 프로그램은 일반적으로 유사성 정도의 표시를 제공한다. 일부 실시형태에서, 2개의 서열은 이들의 상응하는 잔기의 적어도 50%, 적어도 55%, 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 그 이상이 잔기의 관련 스트레치(예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%)에 걸쳐 유사하고/하거나 동일한 경우 실질적으로 유사한 것으로 간주된다. 일부 실시형태에서, 관련 스트레치는 완전 서열이다. 일부 실시형태에서, 관련 스트레치는 적어도 10개, 적어도 15개, 적어도 20개, 적어도 25개, 적어도 30개, 적어도 35개, 적어도 40개, 적어도 45개, 적어도 50개, 적어도 55개, 적어도 60개, 적어도 65개, 적어도 70개, 적어도 75개, 적어도 80개, 적어도 85개, 적어도 90개, 적어도 95개, 적어도 100개, 적어도 125개, 적어도 150개, 적어도 175개, 적어도 200개, 적어도 225개, 적어도 250개, 적어도 275개, 적어도 300개, 적어도 325개, 적어도 350개, 적어도 375개, 적어도 400개, 적어도 425개, 적어도 450개, 적어도 475개, 적어도 500개 또는 그 이상의 잔기이다. 실질적인 서열 유사성을 갖는 서열은 서로의 동족체일 수 있다.
핵산 또는 이의 단편을 언급할 때 용어 "실질적인 동일성" 또는 "실질적으로 동일한"은 다른 핵산(또는 이의 상보적 가닥)과의 적절한 뉴클레오티드 삽입 또는 결실과 최적으로 정렬되는 경우 하기에 논의된 바와 같은 임의의 널리 알려진 서열 동일성 알고리즘, FASTA, BLAST 또는 Gap에 의해 측정되는 경우 뉴클레오티드 염기의 적어도 약 95%, 보다 바람직하게는 적어도 약 96%, 97%, 98% 또는 99%의 뉴클레오티드 서열 동일성이 존재한다는 것을 나타낸다. 참조 핵산 분자와 실질적인 동일성을 갖는 핵산 분자는 특정 경우에 참조 핵산 분자에 의해 암호화되는 폴리펩티드와 동일하거나 실질적으로 유사한 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드를 암호화할 수 있다.
폴리펩티드에 적용되는 경우, 용어 "실질적인 유사성" 또는 "실질적으로 유사한"은 예컨대, 기본 갭 가중치를 사용하는 GAP 또는 BESTFIT 프로그램에 의해서 최적으로 정렬되는 경우 2개의 펩티드 서열이 적어도 95% 서열 동일성, 보다 더 바람직하게는 적어도 98% 또는 99% 서열 동일성을 공유한다는 것을 의미한다. 바람직하게는 동일하지 않은 잔기 위치는 보존적 아미노산 치환에 따라 다르다.
용어 "향상시키다", "증가시키다", "저해하다" 및 "감소시키다"는 기준선 또는 다른 참조 측정에 대한 상대적 값을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 적절한 참조 측정은 다르게는 제제 또는 치료의 부존재(예를 들어, 그 전의 그리고/또는 그 후의)와 같은 대등한 조건 하에 또는 적절한 대등한 참조 제제의 존재 하에 특정한 시스템에서(예를 들어, 단일 개체에서)의 측정을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 적절한 참조 측정은 관련 제제 또는 치료제의 존재 하에서 대등한 방식으로 반응하는 것으로 알려져 있거나 예상되는 대등한 시스템에서의 측정을 포함할 수 있다.
"면역 반응"은, 척추동물 신체에 침입한 병원체, 병원체에 감염된 세포 또는 조직, 암성 또는 다른 비정상 세포, 또는 자가면역 또는 병리학적 염증의 경우, 정상 인간 세포 또는 조직의 선택적 표적화, 이에 대한 결합, 이에 대한 손상, 이의 파괴 및/또는 이의 제거를 유도하는, 면역계의 세포(예를 들어, T 림프구, B 림프구, 자연 살해(NK) 세포, 대식 세포, 호산구, 비만 세포, 수지상세포 및 호중구), 및 이러한 세포 중 임의의 하나 또는 간에 의해 생성된 가용성 거대분자(Ab, 사이토카인, 및 보체 포함)의 작용을 나타낸다.
용어 "면역요법"은 면역 반응을 유도, 향상, 억제 또는 달리 변형시키는 것을 포함하는 방법에 의해서 질환을 앓거나, 질환을 앓을 위험이 있거나 재발될 위험이 있는 대상체를 치료하는 것을 지칭한다. 면역요법의 예에는, 비제한적으로, NK 세포 및 T 세포 요법이 포함된다. T 세포 요법은 입양 T 세포 요법, 종양침윤림프구(TIL) 면역요법, 자가 세포 요법, 조작된 자가 세포 요법(eACT™) 및 동종이형 T 세포 이식을 포함할 수 있다. 하지만, 당업자는 본원에 개시된 컨디셔닝 방법이 임의의 이식된 T 세포 요법의 효과를 증강시킬 수 있다는 것을 인식할 것이다. T 세포 요법의 예는, 미국 특허 공개 제2014/0154228호 및 제2002/0006409호, 미국 특허 제5,728,388호, 및 국제공개 WO 2008/081035호에 기재되어 있다.
면역요법의 T 세포 또는 NK 세포는 당업계에 알려진 임의의 공급원에서 유래할 수 있다. 예를 들어, T 세포 또는 NK 세포는 조혈 줄기세포 집단으로부터 시험관내에서 분화될 수 있거나, 대상체에서 수득될 수 있다. T 세포와 NK 세포는 예를 들어 말초 혈액 단핵 세포(PBMC), 골수, 림프절 조직, 제대혈, 흉선 조직, 감염 부위 조직, 복수, 흉막 삼출물, 비장 조직 및 종양으로부터 수득될 수 있다. 또한, T 세포는 당업계에서 이용 가능한 하나 이상의 T 세포주로부터 유래될 수 있다. T 세포는 또한 FICOLL™ 분리 및/또는 성분채집술(apheresis)과 같이 당업자에게 알려진 임의의 수의 기법을 사용하여 대상체로부터 수집된 혈액 단위로부터 수득될 수 있다. T 세포 요법을 위해 T 세포를 단리하는 추가의 방법은 미국 특허 출원 공개 제2013/0287748호에 개시되어 있으며, 이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다.
용어 "시험관내"는 다세포 유기체 내에서보다는 인공 환경에서, 예를 들어 시험관, 반응 용기, 세포 배양물 등에서 발생하는 사건을 지칭한다. 용어 "시험관내 세포"는 생체외에서 배양된 임의의 세포를 지칭한다. 특히, 시험관내 세포는 T 세포 또는 NK 세포를 포함할 수 있다. 용어 "생체내"는 인간 및 비인간 동물과 같은 다세포 유기체 내에서 발생하는 사건을 지칭한다.
용어 "단리된"은 (1) 이전에 회합되었거나 다르게는 회합되었을 수 있는 적어도 일부 구성요소로부터 분리된 물질, 및/또는 (2) 제한된 또는 정의된 양 또는 농도의 하나 이상의 알려져 있거나 알려지지 않은 오염물을 포함하는 조성물에 존재하는 물질을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 단리된 물질은 해당 성분과 이전에 회합되었던 다른 비(non)성분 구성요소, 예를 들어 해당 성분과 이전에 회합되었거나 다르게는 회합되었을 다른 구성요소 또는 오염물의 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99%, 또는 약 99% 초과(예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%)로부터 분리될 수 있다. 특정 예에서, 물질은 이것이 동일하거나 유사한 유형의 분자를 제한되거나 감소된 양 또는 농도로 포함하는 조성물에 존재하는 경우, 단리된 것이다. 예를 들어, 특정 예에서, 핵산, DNA 또는 RNA 물질은 이것이 비성분 핵산, DNA 또는 RNA 분자를 제한되거나 감소된 양 또는 농도로 포함하는 조성물에 존재하는 경우, 단리된 것이다. 예를 들어, 특정 예에서, 폴리펩티드 물질은 이것이 비성분 폴리펩티드 분자를 제한되거나 감소된 양 또는 농도로 포함하는 조성물에 존재하는 경우, 단리된 것이다. 특정 실시형태에서, 양은, 예를 들어 조성물에 존재하는 원하는 물질의 양을 기준으로 측정된 양일 수 있다. 특정 실시형태에서, 제한된 양은 조성물 내 성분의 양의 100% 이하, 예를 들어 조성물 내 물질의 양(예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%)의 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 또는 95% 이하인 양일 수 있다. 특정 예에서, 조성물은 선택된 물질과 관련하여 순수하거나 실질적으로 순수하다. 일부 실시형태에서, 단리된 물질은 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99% 또는 약 99% 초과(예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%)의 순도를 갖는다. 다른 구성요소 또는 오염물이 실질적으로 없는 경우, 물질은 "순수"하다. 일부 실시형태에서, 물질은, 예를 들어 하나 이상의 담체 또는 부형제(예를 들어, 완충액, 용매, 물 등)와 같은 특정한 다른 구성요소와 조합된 후에도 "단리된" 또는 심지어 "순수한" 것으로 간주될 수 있으며; 이러한 실시형태에서, 물질의 단리% 또는 순도는 이러한 담체 또는 부형제가 포함되지 않은 것으로 계산된다.
"링커"(L) 또는 "링커 도메인" 또는 "링커 영역"은 CAR, synNotch 수용체, DN TFG베타 수용체 및/또는 scFv의 도메인/영역 중 임의의 것을 함께 또는 이들 폴리펩티드 중 하나 이상을 함께 연결하는, 약 1 내지 100개의 아미노산 길이의 올리고- 또는 폴리펩티드 영역을 지칭한다. 링커는 글리신 및 세린과 같은 가요성 잔기로 이루어져 있어서, 인접 단백질 도메인은 서로에 비해 자유롭게 이동한다. 더 긴 링커는 2개의 인접 도메인이 서로 공간적으로 방해하지 않는 것을 보장하는 것이 바람직할 때 사용될 수 있다. 링커는 절단 가능하거나 절단 불가능할 수 있다. 절단 가능한 링커의 예는 2A 링커(예를 들어, T2A), 2A-유사 링커 또는 이의 기능적 등가물 및 이들의 조합을 포함한다. 일부 실시형태에서, 링커는 피코르나바이러스 2A-유사 링커, 돼지 테스코바이러스(P2A)의 CHYSEL 서열, 바이러스(T2A), 또는 이들의 조합, 변이체 및 기능적 등가물을 포함한다. 다른 실시형태에서, 링커 서열은 Asp-Val/Ile-Glu-X-Asn-Pro-Gly(2A)-Pro(2B) 모티프(서열번호 255)를 포함할 수 있는데, 이것은 2A 글리신과 2B 프롤린 사이의 절단을 초래한다. 다른 링커는 당업자에게 명백할 것이고, 본 개시내용과 함께 사용될 수 있다. 링커는 상이한 요소를 서로에 연결하는 다중 요소 제제의 일부일 수 있다. 예를 들어, 폴리펩티드는 2개 이상의 기능성 또는 구조적 도메인을 포함하고, 이들을 서로 연결하는 이러한 도메인 사이의 아미노산의 스트레치를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 링커 요소를 포함하는 폴리펩티드는 일반 형태 S1-L-S2의 전체 구조를 갖고, 여기서 S1 및 S2는 동일하거나 상이할 수 있고, 링커에 의해서 서로와 회합된 2개의 도메인을 나타낸다. 링커는 CAR 또는 synNotch 수용체의 도메인/영역 중 임의의 것을 함께 연결하거나 연결시킬 수 있다. 일부 실시형태에서, 폴리펩티드 링커는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100개 이상의 아미노산 길이(예를 들어, 1 내지 10개, 1 내지 20개, 1 내지 30개, 1 내지 40개, 1 내지 50개, 1 내지 60개, 1 내지 70개, 1 내지 80개, 1 내지 90개, 1 내지 100개, 10 내지 20개, 10 내지 30개, 10 내지 40개, 10 내지 50개, 10 내지 60개, 10 내지 70개, 10 내지 80개, 10 내지 90개, 또는 10 내지 100개 아미노산 길이)이다. 일부 실시형태에서, 링커는 뻣뻣한 3차원 구조를 채택하지 않는 경향이 있고, 대신에 폴리펩티드에 가요성을 제공하는 것을 특징으로 한다. 또 다른 예에서, 그것은 본원에 개시된 바와 같은 발현될 하나 이상의 폴리펩티드, 예컨대, CAR, synNotch 수용체 및/또는 TGFβ-DNR에 연결하기 위해서 사용될 수 있다. 일부 예에서, CAR, synNotch 수용체 및/또는 DN TGFβ-R은 절단 가능한 링커에 의해서 연결된다.
다른 링커는 비-절단 가능한 링커를 포함한다. "가요성 링커"를 비롯한 다수의 링커가 본 발명을 실현하기 위해서 사용된다. 후자는 글리신에서 풍부한다. 문헌[Klein et al., Protein Engineering, Design & Selection Vol. 27, No. 10, pp. 325-330, 2014]; 문헌[Priyanka et al., Protein Sci., 2013 Feb; 22(2): 153-167].
일부 실시형태에서, 링커는 합성 링커이다. 합성 링커는 약 10개 아미노산 내지 약 200개 아미노산, 예를 들어, 10 내지 25개 아미노산, 25 내지 50개 아미노산, 50 내지 75개 아미노산, 75 내지 100개 아미노산, 100 내지 125개 아미노산, 125 내지 150개 아미노산, 150 내지 175개 아미노산, 또는 175 내지 200개 아미노산 길이를 가질 수 있다. 합성 링커는 10 내지 30개 아미노산, 예를 들어, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30개 아미노산 길이를 가질 수 있다. 합성 링커는 30 내지 50개 아미노산, 예를 들어, 30 내지 35개 아미노산, 35 내지 40개 아미노산, 40 내지 45개 아미노산, 또는 45 내지 50개 아미노산 길이를 가질 수 있다.
일부 실시형태에서, 링커는 가요성 링커이다. 일부 실시형태에서, 링커는 글리신(Gly 또는 G) 잔기에서 풍부하다. 일부 실시형태에서, 링커는 세린(Ser 또는 S) 잔기에서 풍부하다. 일부 실시형태에서, 링커는 글리신 및 세린 잔기에서 풍부하다. 일부 실시형태에서, 링커는 하나 이상의 글리신-세린 잔기 쌍(GS), 예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개 이상의 GS 쌍을 갖는다.
용어 "림프구"는 자연 살해(NK) 세포, T 세포, 또는 B 세포를 포함한다. NK 세포는 선천성 면역계의 구성요소를 나타내는 세포독성(세포 독성) 림프구의 한 유형이다. NK 세포는 바이러스에 감염된 세포와 종양을 거부한다. 이는 세포자멸사 또는 세포예정사의 과정을 통해 작용한다. 이는 세포를 사멸시키기 위한 활성화가 필요 없기 때문에 "자연 살해자"로 지칭된다. T 세포는 세포-매개-면역에서 역할을 한다(항체 관여가 없음). 그의 T 세포 수용체(TCR)는 다른 림프구 유형으로부터 이들 자신을 구별되게 한다. 면역계의 특수 기관인 흉선은 주로 T 세포의 성숙을 담당한다. 6개 유형의 T 세포, 즉: 헬퍼 T 세포(예를 들어, CD4+ 세포), 세포독성 T 세포(TC, 세포독성 T 림프구, CTL, T-살해 세포, 세포용해성 T 세포, CD8+ T 세포, 또는 살해 T 세포로도 알려짐), 기억 T 세포((i) 무경험 세포와 같은 줄기 기억 TSCM 세포는 CD45RO-, CCR7+, CD45RA+, CD62L+(L-셀렉틴), CD27+, CD28+, 및 IL-7Rα+이지만, 이들은 또한 다량의 CD95, IL-2Rβ, CXCR3, 및 LFA-1을 발현하며, 기억 세포에 특징적인 다수의 기능적 속성을 나타내고; (ii) 중심 기억 TCM 세포는 L-셀렉틴 및 CCR7을 발현하고, 이들은 IL-2를 분비하지만, IFNγ 또는 IL-4는 분비하지 않으며, (iii) 이펙터 기억 TEM 세포는, 그러나, L-셀렉틴 또는 CCR7을 발현하지 않지만 IFNγ 및 IL-4와 같은 이펙터 사이토카인을 생성함), 조절 T 세포(Treg, 억제자 T 세포, 또는 CD4+CD25+ 조절 T 세포), 자연 살해 T 세포(NKT), 및 감마 델타 T 세포가 존재한다. 한편, B 세포는 체액성 면역(항체가 관여함)에서 역할을 담당한다. 이는 항체와 항원을 만들고, 항원 제시 세포(APC)의 역할을 수행하며, 항원 상호작용에 의한 활성화 후 기억 B 세포로 변한다. 포유류에서, 미성숙 B 세포는 골수에서 형성되는 데, 여기서 이의 명칭이 유래된 것이다.
용어 "중화"는 리간드에 결합하여, 이러한 리간드의 생물학적 효과를 막거나 감소시키는 항원 결합 분자, scFv, 항체, 또는 이의 단편을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 항원 결합 분자, scFv, 항체, 또는 이의 단편은 직접적으로 리간드 상의 결합 부위를 차단하거나, 다르게는 간접적인 수단(예컨대, 리간드의 구조 또는 에너지 변경)을 통해 리간드의 결합 능력을 변경시킨다. 일부 실시형태에서, 항원 결합 분자, scFv, 항체, 또는 이의 단편은 이에 결합된 단백질이 생물학적 기능을 수행하는 것을 방지한다.
"핵산"은 뉴클레오티드의 임의의 중합체 사슬을 나타낸다. 핵산은 DNA, RNA 또는 이들의 조합일 수 있다. 일부 실시형태에서, 핵산은 하나 이상의 천연 핵산 잔기를 포함한다. 일부 실시형태에서, 핵산은 하나 이상의 핵산 유사체로 구성된다. 일부 실시형태에서, 핵산은 천연 공급원에서의 단리, 상보적 주형을 기반으로 한 중합에 의한 효소적 합성(생체내 또는 시험관내), 재조합 세포 또는 시스템에서의 번식, 및 화학적 합성 중 하나 이상에 의해 제조된다. 일부 실시형태에서, 핵산은 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 15개, 20개, 25개, 30개, 35개, 40개, 45개, 50개, 55개, 60개, 65개, 70개, 75개, 80개, 85개, 90개, 95개, 100개, 110개, 120개, 130개, 140개, 150개, 160개, 170개, 180개, 190개, 20개, 225개, 250개, 275개, 300개, 325개, 350개, 375개, 400개, 425개, 450개, 475개, 500개, 600개, 700개, 800개, 900개, 1000개, 1500개, 2000개, 2500개, 3000개, 3500개, 4000개, 4500개, 5000개 또는 그 이상의 잔기 길이(예를 들어, 20개 내지 100개, 20개 내지 500개, 20개 내지 1000개, 20개 내지 2000개, 또는 20개 내지 5000개 또는 그 이상의 잔기)이다. 일부 실시형태에서, 핵산은 부분적으로 또는 전체적으로 단일 가닥이고; 일부 실시형태에서, 핵산은 부분적으로 또는 전체적으로 이중 가닥이다. 일부 실시형태에서 핵산은 폴리펩티드를 암호화하는 서열의 보체이거나, 폴리펩티드를 암호화하는 적어도 하나의 요소를 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는다.
"작동 가능하게 연결된"은, 기재된 구성요소가 의도된 방식으로 기능하는 것을 가능하게 하는 관계에 있는 근접위치(juxtaposition)를 나타낸다. 예를 들어, 기능적 요소에 "작동 가능하게 연결된" 제어 요소는, 기능적 요소의 발현 및/또는 활성이 제어 요소와 상용 가능한 조건 하에서 달성되는 방식으로 회합된다. 실시형태에서, 프로모터는 핵산에 작동 가능하게 연결되어 있다.
"환자"는 암(예를 들어, 전립선암)을 앓고 있는 임의의 인간을 포함한다. 용어 "대상체" 및 "환자"는 본원에서 상호 교환가능하게 사용된다.
"펩티드", "폴리펩티드" 및 "단백질"이라는 용어는 상호교환적으로 사용되며, 펩티드 결합에 의해 공유결합으로 연결된 아미노산 잔기로 구성된 화합물을 나타낸다. 단백질 또는 펩티드는 적어도 2개의 아미노산을 함유하며, 단백질 또는 펩티드의 서열을 구성할 수 있는 아미노산의 최대 수에는 제한이 없다. 폴리펩티드는 펩티드 결합에 의해 서로 연결된 2개 이상의 아미노산을 포함하는 임의의 펩티드 또는 단백질을 포함한다. 본원에 사용된 용어는 예를 들어, 펩티드, 올리고펩티드 및 올리고머로서 당업계에서 또한 보편적으로 지칭되는 단쇄와, 많은 유형이 존재하는 일반적으로 당업계에서 또한 단백질로 지칭되는 장쇄를 둘 다 지칭한다. "폴리펩티드"는 특히, 예를 들어 생물학적 활성 단편, 실질적으로 상동인 폴리펩티드, 올리고펩티드, 동종이량체, 이종이량체, 폴리펩티드 변이체, 변형된 폴리펩티드, 유도체, 유사체, 융합 단백질을 포함한다. 폴리펩티드는 천연 펩티드, 재조합 펩티드, 합성 펩티드 또는 이들의 조합을 포함한다.
용어 "약학적으로 허용 가능한"은 수용자에게 투여될 때, 수용자에게 유해하지 않거나, 수용자에게 유익한 효과가 임의의 유해한 효과를 능가하는 분자 또는 조성물을 지칭한다. 본원에 개시된 바와 같은 조성물을 제형화하는 데 사용되는 담체, 희석제 또는 부형제와 관련하여, 약학적으로 허용 가능한 담체, 희석제 또는 부형제는 조성물의 다른 성분과 상용 가능해야 하고, 이의 수용자에게 유해하지 않거나, 수용자에게 유익한 효과가 임의의 유해한 효과를 능가해야 한다. 용어 "약학적으로 허용 가능한 담체"는 제제를 신체의 한 부분에서 다른 부분으로(예를 들어, 한 기관에서 다른 기관으로) 운반하거나 수송하는 것과 관련된 약학적으로 허용 가능한 물질, 조성물 또는 비히클, 예컨대, 액체 또는 고체 충전제, 희석제, 부형제 또는 용매 캡슐화 물질을 의미한다. 약학적 조성물에 존재하는 각각의 담체는 제형의 다른 성분과 상용성이고, 환자에게 유해하지 않다는 의미에서 "허용 가능해야"하고, 수용자에게 유익한 효과가 임의의 유해한 효과를 능가해야 한다. 약학적으로 허용 가능한 담체로서 작용할 수 있는 물질의 일부 예는 하기를 포함한다: 당류, 예컨대 락토스, 글루코스 및 수크로스; 전분, 예컨대 옥수수 전분 및 감자 전분; 셀룰로스 및 이의 유도체, 예컨대 카르복시메틸셀룰로스나트륨, 에틸 셀룰로스 및 셀룰로스 아세테이트; 분말화 트래거캔스; 맥아; 젤라틴; 탈크; 부형제, 예컨대 코코아 버터 및 좌제 왁스; 오일, 예컨대 땅콩유, 면실유, 홍화유, 참기름, 올리브유, 옥수수유 및 대두유; 글리콜, 예컨대 프로필렌 글리콜; 폴리올, 예컨대 글리세린, 소르비톨, 만니톨 및 폴리에틸렌 글리콜; 에스테르, 예컨대, 올레인산에틸 및 라우르산에틸; 한천; 완충제, 예컨대 수산화마그네슘 및 수산화알루미늄; 알긴산; 무발열원수(pyrogen-free water); 등장식염수; 링거 용액; 에틸 알코올; pH 완충 용액; 폴리에스테르, 폴리카르보네이트 및/또는 폴리무수물; 및 약학적 제형에 이용되는 다른 무독성의 상용성 물질.
용어 "약학적 조성물"은 활성제가 하나 이상의 약학적으로 허용 가능한 담체와 함께 제형화된 조성물을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 활성제는, 관련 대상체 또는 집단에 투여될 때, 사전결정된 치료 효과를 달성할 통계적으로 유의미한 확률을 나타내는 치료 레지먼에서 투여에 적절한 단위 용량으로 존재한다. 일부 실시형태에서, 약학적 조성물은 비제한적으로, 하기에 적합한 형태를 포함하는 고체 또는 액체 형태로 투여하기 위해 제형화될 수 있다: 경구 투여, 예를 들어 드렌치(drench)(수성 또는 비(non)수성 용액 또는 현탁액), 정제(예를 들어 협측, 설하 및 전신 흡수를 목적으로 하는 것들), 볼루스, 분말, 과립, 혀 도포용 페이스트; 비경구 투여, 예를 들어, 피하, 근육내, 정맥내 또는 경막외 주사에 의해서, 예를 들어, 멸균 용액 또는 현악액으로서 또는 지연 방출형 제형; 국소 적용, 예를 들어 크림, 연고, 또는 피부, 폐 또는 구강에 도포되는 제어 방출형 패치 또는 스프레이; 질내 또는 직장내, 예를 들어 패서리, 크림 또는 발포체; 설하; 안구; 경피; 또는 비강, 폐 및 다른 점막 표면.
용어 "증식"은 세포 분열, 즉, 세포의 대칭 또는 비대칭 분열의 증가를 지칭한다. 일부 실시형태에서, "증식"은 T 세포의 대칭 또는 비대칭 분열을 지칭한다. "증가된 증식"은 처리되지 않은 샘플의 세포와 비교하여 처리된 샘플에서 세포의 수가 증가할 때 발생한다.
"참조(기준)"라는 용어는 비교가 수행되는 표준 또는 대조군을 설명한다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 관심 작용제, 동물, 개체, 집단, 샘플, 서열 또는 값은, 특정 작용제, 동물, 개체, 집단, 샘플, 서열 또는 값인 참조 또는 대조군과 비교된다. 일부 실시형태에서, 참조 또는 대조군은 관심 시험, 측정 또는 결정과 실질적으로 동시에 시험, 측정 및/또는 결정된다. 일부 실시형태에서, 참조 또는 대조군은 선택적으로 유형(tangible) 매체에서 구현된 역사적 참조 또는 대조군이다. 일반적으로, 참조 또는 대조군은 평가되는 것과 유사한 조건 또는 환경 하에서 결정되거나 특징 규명된다. 선택된 참조 또는 대조군에 대한 의존 및/또는 이와의 비교를 정당화하기에 충분한 유사성이 존재한다.
"조절 T 세포"("Treg", "Treg 세포", 또는 "Tregs")는 특정한 면역 활성, 예를 들어, 자가면역, 알레르기, 및 감염에의 반응을 제어하는 데 참여하는 CD4+ T 림프구의 계열을 지칭한다. 조절 T 세포는 T 세포 집단의 활성을 조절할 수 있고, 또한 특정한 선천적 면역계 유형 세포에 영향을 미칠 수 있다. Treg는 바이오마커 CD4, CD25 및 Foxp3의 발현, 및 CD127의 낮은 발현에 의해 식별될 수 있다. 천연 발생 Treg 세포는 통상 말초 CD4+ T 림프구의 약 5% 내지 10%를 이룬다. 그러나, 종양 미세환경 내의 Treg 세포(즉, 종양-침윤적 Treg 세포), Treg 세포는 총 CD4+ T 림프구 집단의 20% 내지 30%만큼을 이룰 수 있다.
용어 "샘플"은 일반적으로 관심 공급원으로부터 수득되거나 유래된 물질의 분취물을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 관심 공급원은 생물학적 또는 환경적 공급원이다. 일부 실시형태에서, 관심 공급원은 세포 또는 유기체, 예컨대 세포 집단, 조직, 또는 동물(예를 들어, 인간)을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 관심 공급원은 생물학적 조직 또는 유체를 포함한다. 일부 실시형태에서, 생물학적 조직 또는 유체는 양수, 방수(aqueous humor), 복수, 담즙, 골수, 혈액, 모유, 뇌척수액, 귀지, 유미액(chyle), 차임(chime), 사정액, 내림프, 삼출물, 대변, 위산, 위액, 림프액, 점액, 심낭액, 외림프액, 복막액, 흉막액, 고름, 점막 분비물(rheum), 타액, 피지, 정액, 혈청, 피지(smegma), 가래, 활액, 땀, 눈물, 소변, 질 분비물, 유리액, 토사물, 및/또는 이들의 조합 또는 구성요소(들)를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 생물학적 유체는 세포내 유체, 세포외 유체, 혈관내 유체(혈장), 간질액, 림프액 및/또는 체강액(transcellular fluid)을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 생물학적 유체는 식물 삼출물을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 생물학적 조직 또는 샘플은 예를 들어, 흡인, 생검(예를 들어 미세침 또는 조직 생검), 면봉(swab)(예를 들어 경구, 비내, 피부, 또는 질 면봉), 긁어내기(scraping), 수술, 세척 또는 세정(lavage)(예를 들어 기관지, 관(ductal), 비내, 안구, 경구, 자궁, 질, 또는 다른 세척 또는 세정)에 의해 수득될 수 있다. 일부 실시형태에서, 생물학적 샘플은 개체로부터 얻은 세포를 포함한다. 일부 실시형태에서, 샘플은 임의의 적절한 수단에 의해 관심 공급원으로부터 직접 수득되는, "1차 샘플"이다. 일부 실시형태에서, 문맥으로부터 분명하게 될 바와 같이, 용어 "샘플"은 1차 샘플을 가공함으로써(예를 들어, 1차 샘플의 하나 이상의 구성요소를 제거함으로써 그리고/또는 하나 이상의 제제를 1차 샘플에 첨가함으로써) 수득되는 조제물을 지칭한다. 이러한 "가공된 샘플"은 예를 들어, 샘플로부터 추출되거나 1차 샘플을 하나 이상의 기법, 예컨대 핵산의 증폭 또는 역전사, 특정한 구성요소의 단리 및/또는 정제 등을 받게 함으로써 수득되는 핵산 또는 단백질을 포함할 수 있다.
"단일 사슬 가변 단편", "단일 사슬 항체 가변 단편" 또는 "scFv" 항체는 링커 펩티드에 의해 연결된 중쇄와 경쇄 단독의 가변 영역을 포함하는 항체의 형태를 지칭한다.
용어 "암의 병기"는 암의 진행 수준의 정성적 또는 정량적 평가를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 암의 병기를 결정하는 데 사용되는 기준은, 비제한적으로 암이 신체 내에 위치하는 곳, 종양 크기, 암이 림프절로 확산되었는지의 여부, 암이 신체의 1곳 이상의 상이한 부분으로 확산되었는지의 여부 등 중 1가지 이상을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 암은 소위 TNM 시스템을 사용하여 병기결정될 수 있으며, 이에 따르면 T는 통상적으로 원발성 종양으로 불리는 주요 종양의 크기 및 정도를 지칭하고; N은 암을 갖는 근처 림프절의 수를 지칭하고; M은 암이 전이되었는지의 여부를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 암은 0기(비정상적 세포가 근처 조직으로 확산되지 않고 존재함, 상피내 암종 또는 CIS로도 불림; CIS는 암이 될 수도 있지만 암은 아님), I 내지 III기(암이 존재함; 수가 높을수록, 종양이 더 크고, 근처 조직으로 더 많이 확산됨) 또는 IV기(암이 신체의 원위 부분으로 확산됨)로 지칭될 수 있다. 일부 실시형태에서, 암은 동소(in situ); 국재화(암이 시작되는 장소로 제한되고, 확산되었다는 징후가 없음); 국소(암이 근처 림프절, 조직 또는 기관으로 확산되었음): 원위(암이 신체의 원위 부분 으로 확산되었음); 및 미지(병기를 결정하기에 충분한 정보가 없음)로 이루어진 군으로부터 선택된 병기에 배정될 수 있다.
"자극"은 자극 분자와 그의 동족 리간드의 결합에 의해 유도되는 1차 반응 - 결합은 신호 전달 사건을 매개함 -을 지칭한다. "자극 분자"는 항원 제시 세포 상에 존재하는 동족 자극 리간드와 특이적으로 결합하는 T 세포 상의 분자, 예를 들어 T 세포 수용체(TCR)/CD3 복합체이다. "자극 리간드"는 항원 제시 세포(예를 들어, APC, 수지상 세포, B-세포 등) 상에 존재할 때 T 세포 상의 자극 분자와 특이적으로 결합할 수 있는 리간드이며, 이에 의해 활성화, 면역 반응의 개시, 증식 등을 포함하지만 이로 제한되지 않는 T 세포에 의한 1차 반응을 매개한다. 자극 리간드는 항-CD3 항체(예컨대, OKT3), 펩티드와 함께 로딩된 MHC 클래스 I 분자, 과작용제 항-CD2 항체 및 과작용제 항-CD28 항체를 포함하지만 이들로 제한되지 않는다.
어구 "치료제"는 유기체에게 투여될 때 원하는 약리학적 효과를 이끌어내는 임의의 제제를 지칭할 수 있다. 일부 실시형태에서, 제제는 이것이 적절한 집단에 걸쳐 통계학적으로 유의한 효과를 실증한다면 치료제인 것으로 간주된다. 일부 실시형태에서, 적절한 집단은 모델 유기체 또는 인간 대상체의 집단일 수 있다. 일부 실시형태에서, 적절한 집단은 바이오마커의 존재 또는 부재 등에 따라서 다양한 기준, 예컨대, 특정 연령군, 성별, 유전적 배경, 기존의 임상 상태에 의해서 정의될 수 있다. 일부 실시형태에서, 치료제는 질환, 장애 및/또는 병태의 하나 이상의 증상 또는 특징의 발병을 개선, 완화, 경감, 저해, 예방, 지연시키고, 이의 중증도를 감소시키고 및/또는 이의 발생률을 감소시키기 위해서 사용될 수 있는 물질이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 이것이 인간에게 투여되기 위해 판매될 수 있기 전에 정부 기관에 의해 승인을 받았거나 승인받는 것을 필요로 하는 제제이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 인간에게 투여되기 위해 의학적 처방이 필요한 제제이다.
치료제, 예를 들어, 조작된 CAR T 세포 또는 NK 세포의 "치료적 유효량", "유효 용량", "유효량", 또는 "치료적 유효 투여량"은, 단독으로 또는 다른 치료제와 조합하여 사용될 경우, 질환 증상의 중증도의 감소, 질환 증상이 없는 기간의 빈도 및 지속기간의 증가, 또는 질환 고통으로 인한 손상 또는 장애의 예방에 의해 입증되는 질환 퇴행을 촉진하거나 질환의 발병에 대해 대상체를 보호하는 임의의 양이다. 질환 퇴행을 촉진하는 치료제의 능력은 당업자에게 알려진 다양한 방법을 사용하여, 예컨대 임상 시험 중에 인간 대상체에서, 인간에서의 효능을 예측하는 동물 모델 시스템에서, 또는 시험관내 검정에서 제제의 활성을 검정함으로써 평가할 수 있다.
"형질도입" 및 "형질도입된"이라는 용어는, 외래 DNA가 바이러스 벡터를 통해 세포에 도입되는 과정을 나타낸다(문헌[Jones et al., "Genetics: principles and analysis", Boston: Jones & Bartlett Publ. (1998)] 참조). 일부 실시형태에서, 벡터는 레트로바이러스 벡터, DNA 벡터, RNA 벡터, 아데노바이러스 벡터, 바큘로바이러스 벡터, 엡스타인-바 바이러스 벡터, 파포바바이러스 벡터, 우두 바이러스 벡터, 단순 포진 바이러스 벡터, 아데노바이러스 관련 벡터, 렌티바이러스 벡터 또는 이들의 임의의 조합이다.
"형질전환"은 외인성 DNA가 숙주 세포에 도입되는 임의의 과정을 나타낸다. 형질전환은 다양한 방법을 사용하여 자연 또는 인공 조건 하에서 일어날 수 있다. 형질전환은 외래 핵산 서열을 원핵생물 또는 진핵생물 숙주 세포에 삽입하는 임의의 알려진 방법을 사용하여 달성될 수 있다. 일부 실시형태에서, 일부 형질전환 방법은 형질전환되는 숙주 세포 및/또는 삽입되는 핵산을 기준으로 선택된다. 형질전환 방법은 바이러스 감염, 전기천공 및 지질주입을 포함할 수 있으나 이로 제한되지 않는다. 일부 실시형태에서, "형질전환된" 세포는, 삽입된 DNA가 자가 복제 플라스미드 또는 숙주 염색체의 일부로 복제될 수 있다는 점에서 안정적으로 형질전환된다. 일부 실시형태에서, 형질전환된 세포는 도입된 핵산을 발현할 수 있다.
대상체의 "치료" 또는 "치료하는"은 질환과 관련된 증상, 합병증 또는 병태, 또는 생화학적 지표의 발병, 진행, 발증, 중증도, 또는 재발의 역전, 경감, 개선, 저해, 지연, 또는 예방의 목적으로 대상체에 대해 수행되는 임의의 유형의 개입 또는 과정, 또는 활성제의 투여를 지칭한다. 일 실시형태에서, "치료" 또는 "치료하는"은 부분 관해를 포함한다. 또 다른 실시형태에서, "치료" 또는 "치료하는"은 완전 관해를 포함한다. 일부 실시형태에서, 치료는 관련 질환, 장애 및/또는 병태의 징후를 나타내지 않는 대상체 및/또는 질환, 장애, 및/또는 병태의 초기 징후만 나타내는 대상체의 것일 수 있다. 일부 실시형태에서, 이러한 치료는 관련 질환, 장애 및/또는 병태의 하나 이상의 확립된 징후를 나타내는 대상체의 것일 수 있다. 일부 실시형태에서, 치료는 관련 질환, 장애, 및/또는 병태를 겪고 있는 것으로 진단된 대상체의 것일 수 있다. 일부 실시형태에서, 치료는 관련 질환, 장애, 및/또는 병태의 발증의 증가된 위험과 통계학적으로 상관관계가 있는 하나 이상의 감수성 인자를 갖는 것으로 알려진 대상체의 것일 수 있다.
용어 "벡터"는 제공된 핵산 서열을 포함하거나 혼입하도록 변형된 수용 핵산 분자를 지칭한다. 벡터의 한 유형은 추가의 DNA가 결찰될 수 있는 원형의 이중가닥 DNA 분자를 나타내는 "플라스미드"이다. 벡터의 또 다른 유형은 추가의 DNA 분절이 바이러스 게놈에 결찰될 수 있는 바이러스 벡터이다. 특정 벡터는 이들이 도입되는 숙주 세포에서 자가 복제될 수 있다(예를 들어, 박테리아 복제 기원을 갖는 박테리아 벡터 및 에피솜 포유류 벡터). 다른 벡터(예를 들어, 비(non)에피솜 포유류 벡터)는 숙주 세포에의 도입 시 숙주 세포의 게놈에 통합되어, 숙주 게놈과 함께 복제될 수 있다. 나아가, 특정 벡터는 이에 작동적으로 연결된 삽입된 유전자의 발현을 지시하는 서열을 포함한다. 이러한 벡터는 본원에서 "발현 벡터"로 지칭될 수 있다. 예를 들어 문헌[Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (1989))]에서 확인할 수 있는 바와 같은 표준 기법을 사용하여 벡터를 조작할 수 있으며, 이는 본원에 참조로서 인용된다.
"결합 단백질"은 다른 분자에 비공유적으로 결합할 수 있는 단백질이다. 결합 단백질은 예를 들어, DNA 분자(DNA 결합 단백질), RNA 분자(RNA 결합 단백질) 및/또는 단백질 분자(단백질 결합 단백질)에 결합할 수 있다. 단백질 결합 단백질의 경우, 그것은 (동종이량체, 동종삼량체 등을 형성하기 위해서) 그 자체에 결합할 수 있고/있거나, 그것은 상이한 단백질 또는 단백질의 하나 이상의 분자에 결합할 수 있다. 결합 단백질은 하나 초과의 유형의 결합 활성을 가질 수 있다. 예를 들어, 징크 핑거 단백질은 DNA 결합, RNA 결합 및 단백질 결합 활성을 갖는다.
용어 "서열"은 DNA 또는 RNA일 수 있는 임의의 길이의 뉴클레오티드 서열을 지칭하며; 선형, 원형 또는 분지형일 수 있고, 단일 가닥 또는 이중 가닥일 수 있다. "도너 서열"이라는 용어는 게놈에 삽입되는 뉴클레오티드 서열을 지칭한다. 도너 서열은 임의의 길이, 예를 들어, 2개 내지 10,000개의 뉴클레오티드 길이(또는 그 사이 또는 그 초과의 임의의 정수 값), 바람직하게는 약 100개 내지 1,000개의 뉴클레오티드 길이(또는 그 사이의 임의의 정수), 보다 바람직하게는 약 200개 내지 500개의 뉴클레오티드 길이일 수 있다.
본 개시내용의 목적을 위해서 "유전자"는, 이러한 조절 서열이 암호 및/또는 전사된 서열에 인접해 있든 그렇지 않든 간에, 유전자 산물을 암호화하는 DNA 영역(아래 참조)뿐만 아니라 유전자 산물의 생성을 조절하는 모든 DNA 영역을 포함한다. 따라서, 유전자는 프로모터 서열, 터미네이터, 리보솜 결합 부위 및 내부 리보솜 진입 부위와 같은 번역 조절 서열, 인핸서, 사일런서, 인설레이터, 경계 요소, 복제 기점, 매트릭스 부착 부위 및 유전자좌 제어 영역을 포함하지만 반드시 이들로 제한되는 것은 아니다.
국제 특허 공개 WO16138034호 및 WO18236825호에 기재된 바와 같이 "키메라 노치 수용체" 또는 "키메라 노치 수용체" 또는 "합성 노치 수용체"(synNotch 수용체)로도 지칭되는, "키메라 노치 수용체"는 N-말단에서 C-말단까지 공유 연결부에서 a) 전립선 특이 막 항원(PSMA)과 같은 세포 표면 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 세포외 리간드 결합 도메인, 예를 들어, 항원 결합 도메인을 포함하고; b) 여기서 synNotch 수용체 폴리펩티드는 50개 아미노산 내지 1000개 아미노산의 길이를 가지며, 하나 이상의 리간드-결합 유도성 단백질분해 절단 부위를 포함하고; c) 세포내 도메인을 포함하고, 여기서 리간드 결합 도메인은 synNotch 수용체 폴리펩티드에 이종이고, 리간드의 결합 리간드 결합 도메인에 대한 결합은 하나 이상의 리간드 결합-유도성 단백질 분해 절단 부위에서 synNotch 수용체 폴리펩티드의 절단을 유도하여 세포내 도메인을 방출한다. 일부 경우에, synNotch 수용체 폴리펩티드는 300개 아미노산 내지 400개 아미노산의 길이를 갖는다.
실시형태에서 synNotch 수용체 폴리펩티드는 세포외 리간드 결합 도메인과 Notch 수용체 폴리펩티드 사이에 개재된 링커를 포함한다. 실시형태에서 세포내 도메인은 전사 인자와 같은 전사 활성화제이다. 실시형태에서, 세포외 리간드 결합 도메인은 전립선 줄기 세포 항원(PSCA)에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함한다. 특정 결합 쌍의 첫 번째 구성원이 항체인 일부 경우에, 항체는 전립선 줄기 세포 항원(PSCA)에 특이적으로 결합하는 scFv와 같은 단일 사슬 Fv(scFv)이다. 실시형태에서, 세포외 리간드 결합 도메인은 나노바디, 단일 도메인 항체, 디아바디, 트리아바디 또는 미니바디이다.
"막관통 도메인"은 포유동물 세포에서 발현될 때 상응하는 내인성 폴리펩티드에 존재하는 경우 지질 이중층을 가로지르는 적어도 하나의 인접 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드의 도메인이다. 예를 들어, 막관통 도메인은 포유동물 세포에서 발현될 때 상응하는 내인성 폴리펩티드에 존재하는 경우 각각 지질 이중층을 가로지르는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 인접 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 막관통 도메인은 지질 이중층에 α-나선형 2차 구조를 갖는 (포유동물 세포에서 발현될 때 상응하는 내인성 폴리펩티드에 존재하는 경우 지질 이중층을 가로지르는) 예를 들어, 적어도 1개(예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개)의 인접 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 막관통 도메인은 지질 이중층에 β-배럴 2차 구조를 형성하는 (포유동물 세포에서 발현될 때 상응하는 내인성 폴리펩티드에 존재하는 경우 지질 이중층을 각각 가로지르는) 2개 이상의 인접 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 막관통 도메인의 비제한적 예는 본원에 기재되어 있다. 막관통 도메인의 추가 예는 당업계에 알려져 있다.
폴리펩티드의 위치를 설명하기 위해 사용될 때 "원형질막의 세포외 측면"이라는 어구는 폴리펩티드가 원형질막을 가로지르는 적어도 하나의 막관통 도메인 및 세포외 공간에 위치된 적어도 하나의 도메인(예를 들어, 적어도 하나의 항원 결합 도메인)을 포함한다는 것을 의미한다.
본 개시내용은, 명시적으로 달리 제시되지 않는 한, 당업계의 기술 내에 있는 화학, 생화학, 유기화학, 분자생물학, 미생물학, 재조합 DNA 기술, 유전학, 면역학 및 세포생물학 방법을 이용할 수 있으며, 이들 중 다수는 예시의 목적으로 하기에 기재되어 있다. 이러한 기술은 문헌에 상세하게 설명되어 있다. 예를 들어, 문헌[Sambrook, et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (3rd Edition, 2001)]; 문헌[Maniatis et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (1982)]; 문헌[Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley and Sons, updated July 2008)]; 문헌[Short Protocols in Molecular Biology: A Compendium of Methods from Current Protocols in Molecular Biology, Greene Pub. Associates and Wiley-Interscience]; 문헌[Glover, DNA Cloning: A Practical Approach, vol. I & II (IRL Press, Oxford, 1985)]; 문헌[Anand, Techniques for the Analysis of Complex Genomes, (Academic Press, New York, 1992)]; 문헌[Transcription and Translation (B. Hames & S. Higgins, Eds., 1984)]; 문헌[Perbal, A Practical Guide to Molecular Cloning (1984)]; 문헌[Harlow and Lane, Antibodies, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1998) Current Protocols in Immunology Q. E. Coligan, A. M. Kruisbeek, D. H. Margulies, E. M. Shevach and W. Strober, eds., 1991)]; 문헌[Annual Review of Immunology]; 뿐만 아니라 문헌[Advances in Immunology]와 같은 저널의 논문을 참조한다.
본 개시내용은 적어도 항-PSMA 결합 도메인을 포함하는 항원 결합제, 예컨대, 항체, 키메라 항원 수용체(CAR) 및 T 세포 수용체(TCR)를 제공한다. 무엇보다도, 본 개시내용은 암 치료 및/또는 면역 반응의 개시 또는 조절에 유용한 방법 및 조성물을 제공한다. 다양한 실시형태에서, 하나 이상의 항-PSMA 결합 도메인은 scFv이다. 예시적인 항-PSMA 결합 도메인 아미노산 서열, 및 이를 암호화하는 핵산 서열이 예를 들어 표 4 내지 표 8에 제공된다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 항원 결합제는 키메라 항원 수용체(CAR)이다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 항원 결합제는 조작된 T 세포 수용체(TCR)이다. 일부 실시형태에서, CAR 및/또는 TCR은 우성 음성 TFGβ 수용체(DN TFGβ R)와 함께 발현된다.
본 개시내용은 적어도 항-PSCA 결합 도메인을 포함하는 합성 Notch 수용체(synNotch 수용체)를 추가로 제공한다. 다양한 실시형태에서, 하나 이상의 항-PSCA 결합 도메인은 scFv이다. 예시적인 항-PSCA 결합 도메인 아미노산 서열 및 이를 암호화하는 핵산 서열이 본원에 예를 들어, 표 9에 제공되어 있다. 일부 실시형태에서, synNotch 수용체 CAR 및/또는 TCR은 우성 음성 TFGβ 수용체와 함께 발현된다.
본 개시내용의 다양한 실시형태는 본원에 제공된 항-PSMA 결합 도메인 또는 항원 항-PSMA 결합제를 암호화하는 벡터, 예를 들어 항-PSMA CAR을 암호화하는 벡터를 제공한다. 본 개시내용의 다양한 실시형태는 DN TFGβ R을 암호화하는 벡터, 예를 들어 항-PSMA CAR 및 DN TFGβ R을 암호화하는 벡터를 제공한다. 일부 실시형태에서 DN TFGβ R은 항-PSMA CAR을 암호화하는 벡터와 별개의 벡터에 암호화된다. 일부 실시형태에서 DN TFGβ R은 항-PSMA CAR을 암호화하는 동일한 벡터에 암호화된다. 본 개시내용의 다양한 실시형태는 항-PSCA synNotch 수용체를 암호화하는 벡터를 제공한다. 일부 실시형태에서 DN TFGβ R은 항-PSCA synNotch 수용체를 암호화하는 벡터와 별개의 벡터에 암호화된다. 일부 실시형태에서 DN TFGβ R은 항-PSCA synNotch 수용체를 암호화하는 동일한 벡터에 암호화된다.
본 개시내용의 다양한 실시형태는 항-PSMA 항원 결합제를 암호화하거나 발현하는 세포, 예를 들어, 항-PSMA 키메라 항원 수용체 또는 TCR을 암호화하거나 발현하도록 조작된 T 세포 또는 NK 세포인 항-PSMA 항원 결합제를 제공한다. 본 개시내용은 통합된 유전자, 예를 들어, 관심 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 이러한 뉴클레오티드 서열을 포함하는 구성적 발현 작제물 및/또는 유도성 발현 작제물, 예를 들어, 합성 노치(synNotch) 수용체 유도성 발현 작제물, 예컨대, 본원에 기재된 항-PSCA synNotch 수용체)로 유전적으로 변형된 면역 세포를 제공한다. 실시형태에서 면역 세포는 항-PSCA synNotch 수용체를 발현하도록 추가로 조작된다. 실시형태에서, 면역 세포는 DN TFGβ R을 발현하도록 추가로 조작된다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용은 대상체에게 본원에 기재된 항-PSMA 결합제 요법 및/또는 본원에 기재된 단백질 치료제를 투여하는 단계를 포함하는, 전립선 종양과 같은 종양을 갖는 대상체를 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시형태에서, 방법은 하나 이상의 추가 요법(예를 들어, 제2 결합제(예를 들어, CAR-T 세포, CAR-NK 세포, TCR-T 세포, TIL 세포, 동종이형 NK 세포 및 자가 NK 세포), 항체-약물 접합체, 항체, 이중특이적 항체, T 세포-관여 이중특이적 항체, 조작된 항체, 및/또는 본원에 기재된 폴리펩티드)의 투여를 추가로 포함한다.
본 개시내용의 다른 특징, 목적 및 장점은 다음의 상세한 설명에서 명백하다. 그러나 상세한 설명은 본 개시내용의 실시형태를 나타내지만 제한이 아니라 단지 예시로서 주어진다는 것을 이해해야 한다.
본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 기재된 항체에서 발견되는 바와 같은 항원-결합 서열을 포함할 수 있다. 일부 예에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 scFv와 같은 본원에 기술된 항-PSMA 결합 도메인을 포함한다. 달리 나타내지 않는 한, 본 개시내용에서 PSMA에 대한 언급은 인간 PSMA에 관한 것으로 이해되어야 한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 제공된 적어도 1개의 중쇄 CDR(HCDR), 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 적어도 1개의 HCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 제공된 2개의 HCDR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 적어도 2개의 HCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 제공된 3개의 HCDR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 3개의 HCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 제공된 적어도 1개의 경쇄 CDR(LCDR), 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 적어도 1개의 LCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 제공된 2개의 LCDR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 적어도 2개의 LCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 제공된 3개의 LCDR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 3개의 LCDR을 포함한다.
다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 제공된 적어도 1개의 HCDR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 적어도 1개의 HCDR, 및 본원에 제공된 적어도 1개의 LCDR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 적어도 1개의 LCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 제공된 1개의 HCDR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 적어도 1개의 HCDR, 및 예를 들어, HCDR(들)의 동일한 표 4 내지 표 8의 표로부터 유래된 본원에 제공된 1개의 LCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 제공된 2개의 HCDR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 적어도 2개의 HCDR, 및 본원에 제공된 2개의 LCDR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 적어도 2개의 LCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 제공된 2개의 HCDR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 적어도 2개의 HCDR, 및 예를 들어, HCDR(들)과 동일한 표 4 내지 표 8의 표로부터 유래된 본원에 제공된 2개의 LCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 제공된 3개의 HCDR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 3개의 HCDR, 및 본원에 제공된 3개의 LCDR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 3개의 LCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 제공된 3개의 HCDR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 3개의 HCDR, 및 HCDR(들)과 동일한 표 4 내지 표 8의 표로부터 유래된 3개의 LCDR을 포함한다.
다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 개시된 중쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 중쇄 프레임워크 영역(중쇄 FR), 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 중쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 중쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 개시된 중쇄 가변 도메인의 2개의 중쇄 FR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 중쇄 가변 도메인의 적어도 2개의 중쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 개시된 중쇄 가변 도메인의 3개의 중쇄 FR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 중쇄 가변 도메인의 3개의 중쇄 FR을 포함한다.
다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 개시된 경쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 경쇄 FR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 경쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 경쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 개시된 경쇄 가변 도메인의 2개의 경쇄 FR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 경쇄 가변 도메인의 적어도 2개의 경쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 개시된 경쇄 가변 도메인의 3개의 경쇄 FR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 경쇄 가변 도메인의 3개의 경쇄 FR을 포함한다.
다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 개시된 중쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 중쇄 FR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 중쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 중쇄 FR, 및 본원에 개시된 경쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 경쇄 FR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 경쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 경쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 개시된 중쇄 가변 도메인의 1개의 중쇄 FR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 중쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 중쇄 FR, 및 예를 들어, 중쇄 FR(들)과 동일한 표 4 내지 표 8의 표로부터 유래된, 본원에 개시된 경쇄 가변 도메인의 1개의 경쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 개시된 중쇄 가변 도메인의 2개의 중쇄 FR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 중쇄 가변 도메인의 적어도 2개의 중쇄 FR, 및 본원에 개시된 경쇄 가변 도메인의 2개의 경쇄 FR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 경쇄 가변 도메인의 적어도 2개의 경쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 개시된 중쇄 가변 도메인의 2개의 중쇄 FR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 중쇄 가변 도메인의 적어도 2개의 중쇄 FR, 및 예를 들어, 중쇄 FR(들)과 동일한 표 4 내지 표 8의 표로부터 유래된, 본원에 개시된 경쇄 가변 도메인의 2개의 경쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 개시된 중쇄 가변 도메인의 3개의 중쇄 FR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 중쇄 가변 도메인의 3개의 중쇄 FR, 및 본원에 개시된 경쇄 가변 도메인의 3개의 경쇄 FR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 경쇄 가변 도메인의 3개의 경쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본원에 개시된 중쇄 가변 도메인의 3개의 중쇄 FR, 예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 경쇄 가변 도메인의 3개의 경쇄 FR, 및 중쇄 FR(들)과 동일한 표 4 내지 표 8의 표로부터 유래된 3개의 경쇄 FR을 포함한다.
표 4 내지 표 8에 제공된 예시적인 항체 서열은 예를 들어, 사량체 항체, 단일특이적 항체, 이중특이적 항체, 항원 결합 단편 또는 결합 모티프를 포함하는 임의의 항체 형식으로 사용하기에 적합하다. 표 4 내지 표 8에 제공된 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인 및 이의 부분은 항-PSMA 결합 도메인에 포함될 수 있다.
다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 함께 또는 각각 개별적으로 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 중쇄 가변 도메인의 중쇄 가변 도메인의 상응하는 FR(들)과 적어도 75%의 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%, 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100% 또는 95 내지 100%)을 갖는 1개, 2개 또는 3개의 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 함께 또는 각각 개별적으로 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 경쇄 가변 도메인의 경쇄 가변 도메인의 상응하는 FR(들)과 적어도 75%의 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%)을 갖는 1개, 2개 또는 3개의 FR을 포함한다.
다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 중쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100%, 또는 95 내지 100%)을 갖는 적어도 1개의 중쇄 가변 도메인을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 표 4 내지 표 8에 개시된 중쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100%, 또는 95 내지 100%)을 각각 갖는 2개의 중쇄 가변 도메인을 포함하고, 중쇄 가변 도메인은 동일하거나 상이할 수 있다.
다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 경쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100%, 또는 95 내지 100%)을 갖는 적어도 1개의 경쇄 가변 도메인을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 경쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100%, 또는 95 내지 100%)을 각각 갖는 2개의 경쇄 가변 도메인을 포함하고, 경쇄 가변 도메인은 동일하거나 상이할 수 있다.
다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 중쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100%, 또는 95 내지 100%)을 갖는 적어도 1개의 중쇄 가변 도메인 및 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 경쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100% 또는 95 내지 100%)을 갖는 적어도 1개의 경쇄 가변 도메인을 포함한다. 특정 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 중쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100%, 또는 95 내지 100%)을 갖는 1개의 중쇄 가변 도메인 및 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나에 개시된 경쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100% 또는 95 내지 100%)을 갖는 1개의 경쇄 가변 도메인을 포함하고, 여기서 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인은 동일한 표 4 내지 표 8의 표로부터 선택적으로 유래된다.
다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 표 4 내지 표 8에 개시된 중쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100%, 또는 95 내지 100%)을 각각 갖는 2개의 중쇄 가변 도메인 및 표 4 내지 표 8에 개시된 경쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100% 또는 95 내지 100%)을 각각 갖는 2개의 경쇄 가변 도메인을 포함하고, 여기서, 다양한 실시형태에서, (i) 중쇄 가변 도메인 각각은 동일하거나 상이할 수 있거나; (ii) 경쇄 가변 도메인 각각은 동일하거나 상이할 수 있거나; (iii) 적어도 1개의 중쇄 가변 도메인 및 적어도 1개의 경쇄 가변 도메인은 동일한 표 4 내지 표 8의 표로부터 유래될 수 있거나; 또는 (iv) 2개의 중쇄 가변 도메인 및 2개의 경쇄 가변 도메인은 동일한 표 4 내지 표 8의 표로부터 모두 유래된다. 표 4 내지 표 8 각각은 예시적인 항체의 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인 서열을 나타내고, 이것은 (i) 예시적인 항체의 중쇄 가변 도메인; (ii) 중쇄 가변 도메인을 암호화하는 DNA 서열; (iii) IMGT, Kabat, 및 Chothia 넘버링에 따른 중쇄 가변 도메인의 3개의 중쇄 가변 도메인 CDR; (iv) 예시적인 항체의 경쇄 가변 도메인; (v) 경쇄 가변 도메인을 암호화하는 DNA 서열; 및 (vi) IMGT, Kabat, 및 Chothia 넘버링에 따른 경쇄 가변 도메인의 3개의 경쇄 가변 도메인 CDR을 포함한다. 각각의 표에 제공된 정보는 프레임워크 아미노산 서열뿐만 아니라 각각의 CDR 아미노산 서열을 암호화하는 뉴클레오티드 서열 및 상응하는 FR 아미노산 서열을 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 제공한다.
다양한 실시형태에서 항-PSMA 결합 도메인은 본 개시내용의 중쇄 가변 도메인(예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나의 중쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성, 예를 들어, 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100% 또는 95 내지 100% 서열 동일성을 가짐), 본 개시내용의 경쇄 가변 도메인(예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나의 경쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성, 예를 들어, 적어도 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100% 또는 95 내지 100%의 동일성을 가짐), 및 링커(예를 들어, 서열번호 126에 따른 링커)를 포함할 수 있다. 다양한 실시형태에서 항-PSMA 결합 도메인은 리더 서열, 본 개시내용의 중쇄 가변 도메인(예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나의 중쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성, 예를 들어, 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100% 또는 95 내지 100% 서열 동일성을 가짐), 본 개시내용의 경쇄 가변 도메인(예를 들어, 표 4 내지 표 8 중 임의의 하나의 경쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성, 예를 들어, 적어도 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100% 또는 95 내지 100%의 동일성을 가짐), 및 링커를 포함할 수 있다. 본 개시내용의 중쇄 가변 도메인 및 본 개시내용의 경쇄 가변 도메인을 포함하는 항-PSMA 결합 도메인의 아미노산 또는 뉴클레오티드 서열과 함께 제공되는 경우, 2개의 가변 도메인을 연결하는 링커가 본 개시내용의 관점에서 서열로부터 명백할 것이다. 본 개시내용의 중쇄 가변 도메인 및 본 개시내용의 경쇄 가변 도메인을 포함하는 항-PSMA 결합 도메인의 아미노산 또는 뉴클레오티드 서열과 함께 제공되는 경우, 리더 서열이 본 개시내용의 관점에서 명백할 것이다. 의심의 여지를 회피하기 위해서, 본 개시내용의 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인은 임의의 배향으로, 예를 들어, 중쇄 가변 도메인이 경쇄 가변 도메인의 C 말단에 존재하거나 중쇄 가변 도메인이 경쇄 가변 도메인의 N 말단에 존재하는 배향으로 존재할 수 있다. 다양한 실시형태에서 항-PSMA 결합 도메인은 서열번호 126에 따른 링커를 포함할 수 있다.
특정 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본 개시내용의 중쇄 가변 도메인, 본 개시내용의 경쇄 가변 도메인 및 서열번호 8과 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100%, 또는 95 내지 100%의 동일성)을 갖는 링커를 포함하는 항-PSMA 결합 도메인을 포함한다. 특정 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 서열번호 126에 따른 링커를 포함하는 항-PSMA 결합 도메인을 포함한다. 특정 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본 개시내용의 중쇄 가변 도메인, 본 개시내용의 경쇄 가변 도메인 및 서열번호 48과 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100%, 또는 95 내지 100%의 동일성)을 갖는 리더 서열을 포함하는 항-PSMA 결합 도메인을 포함한다. 특정 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 서열번호 137(MLLLVTSLLLCELPHPAFLLIP; 서열번호 137)에 따른 CSF2RA 리더 서열을 포함하는 항-PSMA 결합 도메인을 포함한다. 실시형태에서 리더 서열은 적어도 atgcttctcctggtgacaagccttctgctctgtgaattgccacacccagcattcctcctgattcct(서열번호 256)와 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100% 또는 95 내지 100%의 동일성)을 갖는 핵산 서열에 의해서 암호화될 수 있다. 특정 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본 개시내용의 중쇄 가변 도메인, 본 개시내용의 경쇄 가변 도메인, 본 개시내용의 링커 및 본 개시내용의 리더 서열을 포함하는 항-PSMA 결합 도메인을 포함한다.
본원에 제공된 예시적인 항체에 기초한 본 개시내용의 결합제, 예를 들어, Ab 1 내지 5는 제시된 예시적인 항체에 따른 중쇄 가변 도메인 및 제시된 예시적인 항체에 따른 경쇄 가변 도메인을 포함하는, 임의의 단편 또는 형식으로 제공될 수 있다.
[표 4]
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[표 5]
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[표 6]
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[표 7]
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[표 8]
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키메라 항원 수용체(CAR)는 T 세포 또는 NK 세포(예를 들어 환자 또는 공여자 T 또는 NK 세포)를 선택된 항원으로 표적화시키기 위해 안내하거나 재안내할 수 있는 조작된 수용체이다. CAR은 항원을 인식하고, 해당 항원에 결합되었을 때 면역 세포를 활성화시켜 해당 항원을 보유하는 세포를 공격하고 파괴하도록 조작될 수 있다. 이러한 항원이 종양 세포 상에 존재하는 경우, CAR을 발현하는 면역 세포는 종양 세포를 표적화하여 이를 사멸시킬 수 있다. CAR은 일반적으로, 항원 결합을 매개하는 세포외 결합 모티프(예를 들어, 항-PSMA 결합 도메인), CAR이 세포 표면 또는 세포막에 존재할 때 세포막에 걸쳐있거나 걸쳐있는 것으로 이해되는 막관통 도메인, 및 세포내(또는 세포질) 신호전달 도메인을 포함한다.
적어도 하나의 비제한적 관점에 따르면, 적어도 3개 "세대"의 CAR 조성물이 존재해 왔다. 제1 세대 CAR에서, 결합 모티프(예를 들어 단일 사슬 단편 가변, 결합 모티프)는 선택적으로 힌지 도메인 및 하나 이상의 스페이서를 포함하는 막관통 도메인을 통해 신호전달 도메인(예를 들어 CD3ζ)에 연결되거나 결합된다. 제2 세대 CAR에서, 공동자극 도메인(CM1, 예컨대 CD28, 4-1BB, 또는 OX-40)이 신호전달 도메인(예를 들어, CD3ζ)과 함께 도입된다. 제3 세대 CAR에서, 제2 공동자극 도메인(CM2)이 포함된다.
TCR은 α-사슬과 β-사슬로 이루어진 헤테로이량체이다. TCR 신호전달은 면역 시냅스를 생성하는 신호전달 단백질의 모집을 필요로 한다. 이에 더하여, 원형질막에서 TCR 위치화는 T 세포에서 발현되는 CD3 복합체에 의존한다. 조작된 단일 사슬 TCR은 예를 들어, CAR 작제물의 막관통 도메인 및 신호전달 도메인을 사용하여 생성될 수 있으며, 이를 위한 방법 및 작제물은 알려져 있다(예를 들어 sTCR 및 TCR-CAR 분자, 예를 들어 TCRβ 사슬과 CD28 TM 및 CD28과 CD3ζ 신호전달 모듈의 융합). 본 개시내용의 항-PSMA 결합 시스템은 PSMA에 결합하는 하나 이상의 항원 결합 모티프를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 항원 결합 시스템은 공동자극 도메인, 및/또는 세포외 도메인(예를 들어 "힌지" 또는 "스페이서" 영역), 및/또는 막관통 도메인, 및/또는 세포내(신호전달) 도메인, 및/또는 CD3-제타 또는 CD3-엡실론 활성화 도메인을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 시스템은 인간 PSMA, 공동자극 도메인, 세포외 도메인, 막관통 도메인, 및 CD3-제타 또는 CD3-엡실론 활성화 도메인에 결합하는 적어도 결합 모티프를 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA CAR은 리더 펩티드(P), 항-PSMA 결합 도메인(B), 공동자극 단백질의 세포외 도메인(E), 막관통 도메인(T), 공동자극 도메인(C), 제2 공동자극 도메인(C'), 및 활성화 도메인(A) 중 하나 이상 또는 전부를 포함하는 항원 결합 시스템을 포함할 수 있다. 일부 예에서, 항-PSMA CAR은 하기에 따라서 구성된다: B E T A. 일부 예에서, 항-PSMA CAR은 하기에 따라서 구성된다: P B E T A. 일부 예에서, 항-PSMA CAR은 하기에 따라서 구성된다: B E T C A. 일부 예에서, 항-PSMA CAR은 하기에 따라서 구성된다: P B E T C A. 일부 예에서, 항-PSMA CAR은 하기에 따라서 구성된다: B E T C C' A. 일부 예에서, 항-PSMA CAR은 하기에 따라서 구성된다: P B E T C C' A. 일부 실시형태에서, 항-PSMA CAR은 VH 및 VL을 포함하고, 선택적으로 여기서 CAR은 하기에 따라서 구성된다: P-VH-VL-E-T-C-A 또는 P-VL-VH-E-T-C-A. 일부 실시형태에서, VH 및 VL은 링커(L)에 의해서 연결되고, 선택적으로 여기서 CAR은 N-말단에서 C-말단으로 하기와 같이 구성된다: P-VH-L-VL-E-T-C-A 또는 P-VH-L-VL-E-T-C-A.
하나 이상의 항원 결합 모티프는 항원 결합 시스템의 표적(들)을 결정한다. 항원 결합 시스템의 결합 모티프는 임의의 항-PSMA 결합 도메인, 예를 들어, 본 개시내용에 의해서 제공된, 예를 들어, 본 개시내용의 결합 모티프를 포함할 수 있다. 결합 도메인은 적어도 부분적으로는 키메라 항원 수용체에 사용되는데, 이는 상기 결합 도메인이 다른 CAR 구성요소와 더불어 단일 사슬의 일부로서 발현되도록 조작될 수 있기 때문이다. 예를 들어, 미국 특허 제7,741,465호 및 제6,319,494호뿐만 아니라 문헌[Eshhar et al., Cancer Immunol Immunotherapy (1997) 45: 131-136], 문헌[Krause et al., J. Exp. Med., Volume 188, No. 4, 1998 (619-626)]; 문헌[Finney et al., Journal of Immunology, 1998, 161: 2791-2797]을 참조하며, 이들은 각각 CAR에서 결합 도메인에 관해 본원에 참조로서 인용된다. 결합 도메인 또는 scFv는 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함하는 단일 사슬 항원 결합 단편이며, 상기 중쇄 가변 도메인과 경쇄 가변 도메인은 함께 연결되거나 결합된다. 예를 들어, 미국 특허 제7,741,465호 및 제6,319,494호, 뿐만 아니라 문헌[Eshhar et al., Cancer Immunol Immunotherapy (1997) 45: 131-136]을 참조하며, 이들은 각각 결합 모티프 도메인에 관해 본원에 참조로서 인용된다. 부모 항체로부터 유래될 때, 결합 모티프는 표적 항원의 부모 항체 결합 중 일부를 보유하거나, 모두를 보유하거나, 이를 본질적으로 보유할 수 있다. 일부 실시형태에서, 본원에서 고려되는 CAR은 암세포에서 발현되는 항원에 결합하는 scFv(뮤린, 인간 또는 인간화 scFv)일 수 있는 항원 특이적 결합 도메인을 포함한다. 특정 실시형태에서, scFv는 PSMA에 결합한다.
특정 실시형태에서, 본원에서 고려되는 CAR은 분자의 적절한 간격 입체형태를 위해 추가된, 다양한 도메인 사이, 예를 들어 VH 도메인과 VL 도메인 사이의 링커 잔기를 포함할 수 있다. 본원에서 고려되는 CAR은 1개, 2개, 3개, 4개, 또는 5개, 또는 그 초과의 링커를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 링커의 길이는 약 1개 내지 약 25개 아미노산, 약 5개 내지 약 20개 아미노산, 또는 약 10개 내지 약 20개 아미노산, 또는 임의의 사이 길이의 아미노산이다. 일부 실시형태에서, 링커는 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개 또는 그 이상의 아미노산 길이이다.
링커의 예시적인 예는 글리신 중합체 (G)n; 글리신-세린 중합체 (G1-5S1-5)n(서열번호 257)(여기서 n은 적어도 1, 2, 3, 4, 5의 정수임); 글리신-알라닌 중합체; 알라닌-세린 중합체; 및 당업계에 알려진 다른 가요성 링커를 포함한다. 글리신 및 글리신-세린 중합체는 상대적으로 구조화되어 있지 않기 때문에, 본원에 기재된 CAR과 같은 융합 단백질의 도메인 사이에서 중성 테더(tether)로 작용할 수 있다. 글리신은 심지어 알라닌보다 더 넓은 파이(phi)-프사이(psi) 공간에 접근하고, 더 긴 측쇄를 갖는 잔기보다 훨씬 덜 제한된다(문헌[Scheraga, Rev. Computational Chem. 11173-142 (1992)] 참조). 본원에서 고려되는 다른 링커에는 Whitlow 링커가 포함된다(예를 들어, 문헌[Whitlow, Protein Eng. 6(8): 989-95 (1993)] 참조). 당업자는, 링커가 목적하는 CAR 구조를 제공하기 위해 가요성 링커뿐 아니라, 덜 가요성인 구조를 부여하는 하나 이상의 부분을 포함할 수 있도록, 일부 실시형태에서, CAR의 설계가 전부 또는 부분적으로 가요성인 링커를 포함할 수 있다는 것을 인식할 것이다. 일 실시형태에서, 본원에 기재된 작제물 중 임의의 것은 "GS" 링커를 포함할 수 있다. 또 다른 실시형태에서, 본원에 기재된 작제물 중 임의의 것은 "GSG" 링커를 포함한다. 예시적인 글리신-세린 링커는 아미노산 서열 GS(서열번호 121)를 포함하거나 이것으로 이루어지는데, 이것은 ggatcc(서열번호 122) 또는 gggtcc(서열번호 123)에 따른 핵산 서열에 의해서 암호화될 수 있다. 예시적인 글리신-세린 링커는 아미노산 서열 GGGSGGGS(서열번호 124)를 포함하거나 이것으로 이루어지는데, 이것은 ggcggtggaagcggaggaggttcc(서열번호 125)에 따른 핵산 서열에 의해서 암호화될 수 있다. 또 다른 실시형태에서, 본원에 기재된 CAR은 서열번호 126(GSTSGSGKPGSGEGSTKG(서열번호 126)과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일 실시형태에서, 링커는 ggctccacctccggaagcggcaaacccggtagcggcgagggctccacaaagggc(서열번호 127)에 따른 핵산 서열과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 핵산 서열에 의해서 암호화된다.
실시형태에서, CAR은 가변 영역 연결 서열을 추가로 포함하는 scFv를 포함한다. "가변 영역 연결 서열"은, 중쇄 가변 영역을 경쇄 가변 영역에 연결하고, 생성된 폴리펩티드가 동일한 경쇄 및 중쇄 가변 영역을 포함하는 항체와 동일한 표적 분자에 대한 특이적 결합 친화성을 유지하도록 2개의 하위 결합 도메인의 상호작용과 양립 가능한 스페이서 기능을 제공하는 아미노산 서열이다. 일 실시형태에서, 가변 영역 연결 서열은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 또는 그 초과의 아미노산 길이이다.
실시형태에서, CAR의 결합 도메인 다음에는, 적절한 세포/세포 접촉, 항원 결합 및 활성화를 가능하게 하기 위해 항원 결합 도메인을 이펙터 세포 표면으로부터 멀리 이동시키는 영역을 나타내는 하나 이상의 "스페이서 도메인"이 뒤따른다(문헌[Patel et al., Gene Therapy, 1999; 6: 412-419]). 스페이서 도메인은 천연, 합성, 반합성 또는 재조합 공급원에서 유도될 수 있다. 특정 실시형태에서, 스페이서 도메인은, 비제한적으로, 하나 이상의 중쇄 불변 영역, 예를 들어 CH2 및 CH3을 포함하는 면역글로불린의 일부이다. 스페이서 도메인은 자연발생 면역글로불린 힌지 영역 또는 변경된 면역글로불린 힌지 영역의 아미노산 서열을 포함할 수 있다.
CAR의 결합 도메인 다음에는, 일반적으로 적절한 세포/세포 접촉, 항원 결합 및 활성화를 가능하게 하기 위해 항원 결합 도메인을 이펙터 세포 표면으로부터 멀리 배치시키는 역할을 하는 하나 이상의 "힌지 도메인"이 뒤따를 수 있다. CAR은 일반적으로 결합 도메인과 막관통 도메인 사이에 하나 이상의 힌지 도메인을 포함한다. 힌지 도메인은 천연, 합성, 반합성 또는 재조합 공급원에서 유도될 수 있다. 힌지 도메인은 자연발생 면역글로불린 힌지 영역 또는 변경된 면역글로불린 힌지 영역의 아미노산 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용의 항원 결합 시스템은 면역글로불린-유사 힌지 도메인이거나, 이로부터의 것이거나, 이로부터 유래되는 힌지를 포함할 수 있다(예를 들어, 이의 전부 또는 단편을 포함함). 일부 실시형태에서, 힌지 도메인은 면역글로불린으로부터의 것이거나 이로부터 유래된다. 일부 실시형태에서, 힌지 도메인은 IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA, IgD, IgE, 또는 IgM의 힌지, 또는 이의 단편으로부터 선택된다.
힌지는 천연 공급원 또는 합성 공급원으로부터 유래될 수 있다. 본원에 기재된 CAR에 사용하기에 적합한 힌지 도메인에는, CD8α, CD4, CD28 및 CD7과 같은 유형 1 막단백질의 세포외 영역에서 유도된 힌지 영역이 포함되며, 이는 이러한 분자로부터의 야생형 힌지 영역일 수 있거나, 변경된, 예를 들어 절단된 CD28 힌지 도메인일 수 있다. 힌지는 천연 공급원 또는 합성 공급원으로부터 유래될 수 있다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 항원 결합 시스템은, CD2, CD3 델타, CD3 엡실론, CD3 감마, CD4, CD7, CD8α, CD8β, CD11a(ITGAL), CD11b(ITGAM), CD11c(ITGAX), CD11d(ITGAD), CD18(ITGB2), CD19(B4), CD27(TNFRSF7), CD28, CD28T, CD29(ITGB1), CD30(TNFRSF8), CD40(TNFRSF5), CD48(SLAMF2), CD49a(ITGA1), CD49d(ITGA4), CD49f(ITGA6), CD66a(CEACAM1), CD66b(CEACAM8), CD66c(CEACAM6), CD66d(CEACAM3), CD66e(CEACAM5), CD69(CLEC2), CD79A(B세포 항원 수용체 복합체 관련 알파 사슬), CD79B(B세포 항원 수용체 복합체 관련 베타 사슬), CD84(SLAMF5), CD96(Tactile), CD100(SEMA4D), CD103(ITGAE), CD134(OX40), CD137(4-1BB), CD150(SLAMF1), CD158A(KIR2DL1), CD158B1(KIR2DL2), CD158B2(KIR2DL3), CD158C(KIR3DP1), CD158D(KIRDL4), CD158F1(KIR2DL5A), CD158F2(KIR2DL5B), CD158K(KIR3DL2), CD160(BY55), CD162(SELPLG), CD226(DNAM1), CD229(SLAMF3), CD244(SLAMF4), CD247(CD3-제타), CD258(LIGHT), CD268(BAFFR), CD270(TNFSF14), CD272(BTLA), CD276(B7-H3), CD279(PD-1), CD314(NKG2D), CD319(SLAMF7), CD335(NK-p46), CD336(NK-p44), CD337(NK-p30), CD352(SLAMF6), CD353(SLAMF8), CD355(CRTAM), CD357(TNFRSF18), 유도성 T 세포 공동자극인자(ICOS), LFA-1(CD11a/CD18), NKG2C, DAP-10, ICAM-1, NKp80(KLRF1), IL-2R 베타, IL-2R 감마, IL-7R 알파, LFA1-1, SLAMF9, LAT, GADS(GrpL), SLP-76(LCP2), PAG1/CBP, CD83 리간드, Fc 감마 수용체, MHC 클래스 1 분자, MHC 클래스 2 분자, TNF 수용체 단백질, 면역글로불린 단백질, 사이토카인 수용체, 인테그린, 활성화 NK세포 수용체 또는 Toll 리간드 수용체이거나, 이에서 유래하거나 또는 이에서 유도된(예를 들어, 이의 전부 또는 단편을 포함하는), 또는 이들의 단편 또는 조합인 힌지를 포함할 수 있다. 특정 실시형태에서, CAR은 CD28 힌지를 포함하지 않는다. 실시형태에서, 힌지 도메인은 CD8α 힌지 영역을 포함한다. 실시형태에서 본원에 기재된 CAR은 서열번호 129 (TTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACD(서열번호 129))와 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 갖는 CD8α로부터의 힌지 도메인을 포함한다. 실시형태에서, CD8α로부터의 힌지 도메인은 accacgacgccagcgccgcgaccaccaacaccggcgcccaccatcgcgtcgcaacccctgtccctgcgccccgaggcgtgccggccagcggcggggggcgcagtgcacacgagggggctggacttcgcctgtgat(서열번호 130)에 따른 서열을 갖는 핵산과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 핵산에 의해서 암호화된다.
이들 힌지 도메인의 폴리뉴클레오티드 및 폴리펩티드 서열은 알려져 있다. 일부 실시형태에서, 힌지 도메인을 암호화하는 폴리뉴클레오티드는 알려진 뉴클레오티드 서열과 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100%(예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%) 동일한 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 힌지 도메인의 폴리펩티드 서열은 알려진 폴리펩티드 서열과 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100%(예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%) 동일한 폴리펩티드 서열을 포함한다.
일반적으로, (예를 들어, 항원 결합 시스템의) "막관통 도메인"은 세포 표면 또는 세포 막(예를 들어, 세포 막의 일부 또는 전부에 걸쳐 있음)에서 분자 내에 존재하는 경우 막에 존재하는 속성을 갖는 도메인을 지칭한다. 본 개시내용의 항원 결합 시스템에 대한 공동자극 도메인은 막관통 도메인 및/또는 세포내 신호전달 도메인을 추가로 포함할 수 있다. 막관통 도메인 내 모든 아미노산이 막에 존재할 필요는 없다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 막관통 도메인은 단백질의 지정된 스트레치 또는 일부가 막에 실질적으로 위치하는 것을 특징으로 한다. 아미노산 또는 핵산 서열은 단백질 하위세포 위치화(예를 들어, 막관통 위치화)를 예측하기 위해 여러 가지 알고리즘을 사용하여 분석될 수 있다. 프로그램 psort(PSORT.org) 및 Prosite(prosite.expasy.org)는 이러한 프로그램을 예시한다.
본원에 기재된 항원 결합 시스템에 포함된 막관통 도메인의 유형은 임의의 유형으로 제한되지 않는다. 일부 실시형태에서, 결합 모티프 및/또는 세포내 도메인과 천연적으로 회합되는 막관통 도메인이 선택된다. 일부 경우, 막관통 도메인은 예를 들어, 이러한 도메인이 동일한 또는 상이한 표면 막 단백질의 막관통 도메인에 결합하는 것을 피하여 수용체 복합체의 다른 구성원과의 상호작용을 최소화하기 위해 하나 이상의 아미노산의 변형(예를 들어, 결실, 삽입, 및/또는 치환)을 포함한다.
막관통 도메인은 천연 또는 합성 공급원으로부터 유래될 수 있다. 공급원이 천연인 경우, 도메인은 임의의 막결합 또는 막관통 단백질로부터 유래될 수 있다. 예시적인 막관통 도메인은 T 세포 수용체의 알파, 베타, 또는 제타 사슬, CD28, CD3 엡실론, CD3 델타, CD3 감마, CD45, CD4, CD5, CD7, CD8, CD8 알파, CD8베타, CD9, CD11a, CD11b, CD11c, CD11d, CD16, CD22, CD27, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137, TNFSFR25, CD154, 4-1BB/CD137, 활성화 NK세포 수용체, 면역글로불린 단백질, B7-H3, BAFFR, BLAME(SLAMF8), BTLA, CD100(SEMA4D), CD103, CD160(BY55), CD18, CD19, CD19a, CD2, CD247, CD276(B7-H3), CD29, CD30, CD40, CD49a, CD49D, CD49f, CD69, CD84, CD96(Tactile), CDS, CEACAM1, CRT AM, 사이토카인 수용체, DAP-10, DNAM1(CD226), Fc 감마 수용체, GADS, GITR, HVEM(LIGHTR), IA4, ICAM-1, ICAM-1, Ig 알파(CD79a), IL-2R 베타, IL-2R 감마, IL-7R 알파, 유도성 T 세포 공동자극인자(ICOS), 인테그린, ITGA4, ITGA4, ITGA6, ITGAD, ITGAE, ITGAL, ITGAM, ITGAX, ITGB2, ITGB7, ITGB1, KIRDS2, LAT, LFA-1, LFA-1, CD83과 결합하는 리간드, LIGHT, LIGHT, LTBR, Ly9(CD229), 림프구 기능 관련 항원-1(LFA-1; CD1-1a/CD18), MHC 클래스 1 분자, NKG2C, NKG2D, NKp30, NKp44, NKp46, NKp80(KLRF1), OX-40, PAG/Cbp, 예정사-1(PD-1), PSGL1, SELPLG(CD162), 신호전달 림프구성 활성화 분자(SLAM 단백질), SLAM(SLAMF1; CD150; IPO-3), SLAMF4(CD244; 2B4), SLAMF6(NTB-A; Ly108), SLAMF7, SLP-76, TNF 수용체 단백질, TNFR2, TNFSF14, Toll 리간드 수용체, TRANCE/RANKL, VLA1 또는 VLA-6, 또는 이들의 단편, 절단물 또는 조합으로부터 유래될 수 있다(예를 들어, 적어도 이의 막관통 도메인을 포함할 수 있음). 일부 실시형태에서, 막관통 도메인은 합성일 수 있다(예를 들어, 주로 류신 및 발린과 같은 소수성 잔기를 포함할 수 있음). 일부 실시형태에서, 페닐알라닌, 트립토판 및 발린의 삼중체가 합성 막관통 도메인의 각 말단에 포함되어 있다. 일부 실시형태에서, 막관통 도메인은 세포질 도메인에 직접 결합 또는 연결된다. 일부 실시형태에서, 짧은 올리고펩티드 또는 폴리펩티드 링커(예를 들어, 2개 내지 10개 아미노산 길이)가 막관통 도메인과 세포내 도메인 사이에 연결을 형성할 수 있다. 일부 실시형태에서, 링커는 글리신-세린 이중체이다. 실시형태에서 본원에 기재된 CAR은 서열번호 131 (IYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYC(서열번호 131))과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 갖는 CD8α로부터의 TM 도메인을 포함한다. 실시형태에서, CD8α로부터의 TM 도메인은 atctacatctgggcgcccttggccgggacttgtggggtccttctcctgtcactggttatcaccctttattgc(서열번호 132)에 따른 서열을 갖는 핵산과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 핵산에 의해서 암호화된다.
본원에 제공된 막관통 도메인의 폴리뉴클레오티드 및 폴리펩티드 서열은 알려져 있다. 일부 실시형태에서, 막관통 도메인을 암호화하는 폴리뉴클레오티드는 알려진 뉴클레오티드 서열과 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100%(예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%) 동일한 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 막관통 도메인의 폴리펩티드 서열은 알려진 폴리펩티드 서열과 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100%(예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%) 동일한 폴리펩티드 서열을 포함한다. 선택적으로, 짧은 스페이서는 CAR의 세포외 도메인, 막관통 도메인, 및 세포내 도메인 중 임의의 것 또는 일부 사이에 연결부를 형성할 수 있다.
항원이 면역 세포에 결합 시 신호를 전달할 수 있는 세포내 신호전달 도메인은 알려져 있고, 이들 중 임의의 것은 본 개시내용의 항원 결합 시스템에 포함될 수 있다. 예를 들어, T 세포 수용체(TCR)의 세포질 서열은 TCR이 항원에 결합한 후 신호 전달을 개시하는 것으로 알려져 있다(예를 들어, 문헌[Brownlie et al., Nature Rev. Immunol. 13:257-269 (2013)] 참조).
일부 실시형태에서, 본원에서 고려되는 CAR은 세포내 신호전달 도메인을 포함한다. "세포내 신호전달 도메인"은, 이펙터 세포 기능, 예를 들어 활성화, 사이토카인 생산, 증식, 및 CAR 결합된 표적 세포로의 세포독성 인자의 방출을 포함하는 세포독성 활성, 또는 세포외 CAR 도메인에 대한 항원 결합으로 유도된 다른 세포 반응을 유도하기 위해, 표적 항원에 대한 효과적인 CAR 결합의 메시지를 면역 이펙터 세포의 내부로 전달하는 데 참여하는 CAR의 부분을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 신호전달 도메인 및/또는 활성화 도메인은 면역수용체 티로신-기반 활성화 모티프(ITAM)를 포함한다. 세포질 신호전달 서열을 함유하는 ITAM의 예는 TCR 제타, FcR 감마, FcR 베타, CD3 제타, CD3 감마, CD3 델타, CD3 엡실론, CD5, CD22, CD79a, CD79b 및 CD66d로부터 유래된 것을 포함한다(예를 들어, 문헌[Love et al., Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2:a002485 (2010)]; 문헌[Smith-Garvin et al., Annu. Rev. Immunol. 27:591-619 (2009)] 참조). 특정 실시형태에서, 적합한 신호전달 도메인은, 비제한적으로, 4-1BB/CD137, 활성화 NK 세포 수용체, 면역글로불린 단백질, B7-H3, BAFFR, BLAME(SLAMF8), BTLA, CD100(SEMA4D), CD103, CD160(BY55), CD18, CD19, CD19a, CD2, CD247, CD27, CD276(B7-H3), CD28, CD29, CD3 델타, CD3 엡실론, CD3 감마, CD30, CD4, CD40, CD49a, CD49D, CD49f, CD69, CD7, CD84, CD8알파, CD8베타, CD96(Tactile), CD11a, CD11b, CD11c, CD11d, CDS, CEACAM1, CRT AM, 사이토카인 수용체, DAP-10, DNAM1(CD226), Fc 감마 수용체, GADS, GITR, HVEM(LIGHTR), IA4, ICAM-1, ICAM-1, Ig 알파(CD79a), IL-2R 베타, IL-2R 감마, IL-7R 알파, 유도성 T 세포 공동자극인자(ICOS), 인테그린, ITGA4, ITGA4, ITGA6, ITGAD, ITGAE, ITGAL, ITGAM, ITGAX, ITGB2, ITGB7, ITGB1, KIRDS2, LAT, LFA-1, LFA-1, CD83과 결합하는 리간드, LIGHT, LIGHT, LTBR, Ly9(CD229), Ly108, 림프구 기능 관련 항원-1(LFA-1; CD1-1a/CD18), MHC 부류 1 분자, NKG2C, NKG2D, NKp30, NKp44, NKp46, NKp80(KLRF1), OX-40, PAG/Cbp, 예정사-1(PD-1), PSGL1, SELPLG(CD162), 신호전달 림프구성 활성화 분자(SLAM 단백질), SLAM(SLAMF1; CD150; IPO-3), SLAMF4(CD244; 2B4), SLAMF6(NTB-A), SLAMF7, SLP-76, TNF 수용체 단백질, TNFR2, TNFSF14, Toll 리간드 수용체, TRANCE/RANKL, VLA1 또는 VLA-6, 또는 이들의 단편, 절단물 또는 조합을 포함한다.
"이펙터 기능"이라는 용어는, 세포의 특수한 기능을 나타낸다. T 세포의 이펙터 기능은, 예를 들어 세포용해 활성, 또는 사이토카인의 분비를 포함하는 활성 또는 도움일 수 있다. 따라서, "세포내 신호전달 도메인"이라는 용어는, 이펙터 기능 신호를 전달하고 세포가 특수한 기능을 수행하도록 지시하는 단백질의 부분을 나타낸다. 통상적으로 전체 세포내 신호전달 도메인이 이용될 수 있지만, 다수의 경우, 전체 도메인을 사용할 필요가 없다. 세포내 신호전달 도메인의 절단된 부분이 사용되는 경우, 절단된 부분이 이펙터 기능 신호를 전달하는 한, 전체 도메인 대신 이러한 절단된 부분이 사용될 수 있다. 세포내 신호전달 도메인이라는 용어는, 이펙터 기능 신호를 전달하는 데 충분한 세포내 신호전달 도메인의 임의의 절단된 부분을 포함하는 것을 의미한다.
TCR을 통해 생성된 신호만으로는 T 세포의 완전한 활성화에 충분하지 않으며, 2차 또는 공동자극 신호가 또한 필요할 수 있다고 알려져 있다. 따라서, T 세포 활성화는 2가지 별개 부류의 세포내 신호전달 도메인, 즉, TCR을 통한 항원 의존적 1차 활성화를 개시하는 1차 신호전달 도메인(예를 들어, TCR/CD3 복합체)과, 2차 또는 공동자극 신호를 제공하기 위해 항원 독립적 방식으로 작용하는 공동자극 신호전달 도메인에 의해 매개된다고 할 수 있다. 일부 실시형태에서, 본원에서 고려되는 CAR은 하나 이상의 "공동자극 신호전달 도메인"과 "1차 신호전달 도메인"을 포함하는 세포내 신호전달 도메인을 포함한다.
본 개시내용에서 유용한 1차 신호전달 도메인을 함유하는 ITAM의 예시적인 예에는, TCRζ, FcRγ, FcRβ, DAP12, CD3γ, CD3δ, CD3ε, CD3ζ, CD22, CD79a, CD79b 및 CD66d에서 유도된 것들이 포함된다. 일부 실시형태에서, CAR은 CD3ζ 1차 신호전달 도메인과 하나 이상의 공동자극 신호전달 도메인을 포함한다. 세포내 1차 신호전달 도메인과 공동자극 신호전달 도메인은 막관통 도메인의 카르복실 말단에 직렬로 임의의 순서로 연결될 수 있다. 일 실시형태에서, CAR은 서열번호 133과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 갖는 CD3ζ 도메인을 갖는다. LRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(서열번호 133). 실시형태에서, CD3ζ 도메인은 ttgagagtgaagttcagcaggagcgcagacgcccccgcctatcagcaaggccagaaccagctctataacgagctcaatttagggcgaagagaggagtacgatgttttggacaagaggcgtggccgggaccccgaaatggggggaaagccgagaaggaagaaccctcaggaaggcttgtacaatgaattgcagaaggataagatggcggaggcatacagtgagattgggatgaaaggcgagcgccggaggggcaaggggcacgatggcctttatcagggtctcagtacagccaccaaggacacctacgacgcccttcacatgcaagccctgccccctcgc(서열번호 134)에 따른 서열을 갖는 핵산과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 핵산에 의해서 암호화된다.
본원에서 고려되는 CAR은 CAR 수용체를 발현하는 T 세포의 효능 및 확장을 증강시키기 위해 하나 이상의 공동자극 신호전달 도메인을 포함한다. 본원에 사용된 "공동자극 신호전달 도메인" 또는 "공동자극 도메인"이라는 용어는, 공동자극 분자의 세포내 신호전달 도메인을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 공동자극 분자는 CD27, CD28, CD137(4-IBB), OX40(CD134), CD30, CD40, PD-I, ICOS(CD278), CTLA4, LFA-1, CD2, CD7, LIGHT, TRIM, LCK3, SLAM, DAPIO, LAG3, HVEM 및 NKD2C, 및 CD83을 포함할 수 있다. 실시형태에서, 본원에 기재된 CAR은 서열번호 135와 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 갖는 4-IBB 공동자극 도메인을 포함한다. KRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCE(서열번호 135). 실시형태에서, 4-IBB 공동자극 도메인은 aaacggggcagaaagaaactcctgtatatattcaaacaaccatttatgagaccagtacaaactactcaagaggaagatggctgtagctgccgatttccagaagaagaagaaggaggatgtgaa(서열번호 136)에 따른 핵산 서열에 의해서 암호화될 수 있는, 에 따른 서열을 갖는 핵산과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 핵산에 의해서 암호화된다.
본원에 기재된 조작된 CAR은 또한 scFv 또는 항원 결합 도메인의 N-말단에 N-말단 신호 펩티드 또는 태그를 포함할 수 있다. 일 실시형태에서, 이종 신호 펩티드가 사용될 수 있다. 항원 결합 도메인 또는 scFV는 초기 단백질을 소포체로 유도하고, 이어서 세포 표면으로 전위시키는 리더 또는 신호 펩티드에 융합될 수 있다. 신호 펩티드를 함유하는 폴리펩티드가 세포 표면에서 발현되면, 신호 펩티드는 일반적으로 소포체에서의 폴리펩티드의 처리 및 세포 표면으로의 전위 동안 단백질분해에 의해 제거되는 것으로 이해된다. 따라서, 본원에 기재된 CAR 작제물과 같은 폴리펩티드는 일반적으로 세포 표면에서 신호 펩티드가 결여된 성숙 단백질로 발현되지만, 폴리펩티드의 전구 형태는 신호 펩티드를 포함한다. 당업계에 알려진 임의의 적합한 신호 서열이 사용될 수 있다. 유사하게, 당업계에 알려진 임의의 기지의 태그 서열도 사용될 수 있다. 일 실시형태에서 서열은 CSF2RA 신호 서열이다. 실시형태에서 본원에 기재된 CAR은 서열번호 137; MLLLVTSLLLCELPHPAFLLIP(서열번호 137) 서열번호 MEWTWVFLFLLSVTAGVHS(서열번호 138), MALPVTALLLPLALLLHAARP(서열번호 139)와 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 갖는 CSF2RA 신호 서열을 포함한다.
CAR의 구성요소는 등가의 구성요소에 대한 생명공학의 일상적인 기법을 사용하여 교환되거나 "교체"될 수 있다. 단지 소수의 부분적인 예를 제공하기 위해, 본 개시내용의 CAR은 본원에 제공된 힌지 및 본원에 제공된 공동자극 도메인과 조합된 본원에 제공된 바와 같은 결합 모티프를 포함할 수 있다. 특정한 예에서, 본 개시내용의 CAR은 본원에 제공된 힌지 및 본원에 제공된 공동자극 도메인과 조합된 본원에 제공된 바와 같은 결합 모티프와 함께 본원에 제공된 바와 같은 리더 서열을 포함할 수 있다.
본 개시내용은 본 개시내용의 항체가 치료제 또는 검출 가능한 모이어티와 회합된 접합체를 포함한다. 다양한 실시형태에서, 치료제는 본원에 제공된 바와 같은 항암제이다. 특정 실시형태에서, 제공된 접합체는 하나 이상의 검출 가능한 모이어티를 포함하며, 즉, 하나 이상의 이러한 모이어티로 "표지된"다. 일부 이러한 실시형태에서, 본 개시내용의 접합체는 진단 또는 이미지화 적용, 예를 들어 암의 진단 또는 이미지화에 유용하다. 임의의 광범위하게 다양한 검출 가능한 모이어티는 본원에 기재된 표지된 항체 접합체로 사용될 수 있다. 적합한 검출 가능한 모이어티는 비제한적으로: 다양한 리간드, 방사성 핵종; 형광 염료; 화학발광제(예컨대, 예를 들어, 아크리디늄 에스테르, 안정화된 디옥세탄 등); 생물발광제; 스펙트럼적으로 분해 가능한 무기 형광 반도체 나노결정(즉, 양자점); 미세입자; 금속 나노입자(예를 들어, 금, 은, 구리, 백금 등); 나노클러스터; 상자성 금속 이온; 효소; 비색 표지(예컨대, 예를 들어, 염료, 콜로이드 금 등); 비오틴; 디옥시게닌; 합텐; 및 항혈청제 또는 단일클론 항체가 이용 가능한 단백질을 포함한다.
본 개시내용은 본원에 제공된 항-PSMA 결합 도메인을 암호화하는 핵산을 포함한다. 본 개시내용은 비제한적으로 항-PSMA 결합 도메인을 암호화하는 핵산을 포함하는, 본원에 제공된 항체를 암호화하는 핵산을 포함한다. 본 개시내용은 비제한적으로 항-PSMA 키메라 항원 수용체를 암호화하는 핵산을 포함하는, 본원에 제공된 항원 결합 시스템을 암호화하는 핵산을 포함한다. 서열번호 2의 핵산 서열은 각각 서열번호 1 및 3 내지 11에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다. 서열번호 13의 핵산 서열은 각각 서열번호 12 및 14 내지 22에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다. 서열번호 24의 핵산 서열은, 서열번호 23에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다.
서열번호 26의 핵산 서열은 각각 서열번호 25 및 27 내지 35에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다. 서열번호 37의 핵산 서열은 각각 서열번호 36 및 38 내지 46에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다. 서열번호 48의 핵산 서열은 서열번호 47에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다.
서열번호 50의 핵산 서열은 각각 서열번호 49 및 51 내지 59에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다. 서열번호 61의 핵산 서열은 각각 서열번호 60 및 62 내지 70에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다. 서열번호 72의 핵산 서열은 서열번호 71에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다.
서열번호 74의 핵산 서열은 각각 서열번호 73 및 75 내지 83에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다. 서열번호 85의 핵산 서열은 각각 서열번호 84 및 86 내지 94에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다. 서열번호 76의 핵산 서열은 서열번호 95에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다.
서열번호 98의 핵산 서열은 각각 서열번호 97 및 99 내지 101에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다. 서열번호 109의 핵산 서열은 각각 서열번호 108 및 110 내지 118에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다. 서열번호 108의 핵산 서열은 서열번호 107에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다.
본원에 기재된 일 실시형태에서, 항-PSMA CAR 작제물은 서열번호 140과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 갖는다. DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASSSVSHIYWYQQKPGKAPKPWIYRTSNLASGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSLQPEDFATYYCQQYHTYPPTFGQGTKLEIKGSTSGSGKPGSGEGSTKGEVQLVESGGGLVQPGGSMRLSCAASGFTFSDYYMAWVRQAPGKGLEWIANINYDGSNTYYADSLKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARNWDGYYGYFDVWGQGTTVTVSSGSTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(서열번호 140). 실시형태에서 항-PSMA CAR은 gatatccagctgacccagtccccttcctctctgtctgcgtctgttggcgatcgtgtcaccatcacttgtcgtgccagcagcagcgtgagccacatttattggtaccaacaaaagcccggcaaagcccctaagccttggatctacagaacctccaatctggccagcggcgtgcccagcagattcagcggaagcggatccggcaccgactacactttaaccatcagctctttacagcccgaggacttcgccacatactactgccagcagtaccacacctatccccccacattcggccaaggaacaaagctggagattaagggctccacctccggaagcggcaaacccggtagcggcgagggctccacaaagggcgaggtgcaacttgtggagagcggaggaggtttagtgcaacccggaggcagcatgagactgagctgcgccgccagcggcttcacattctccgactactacatggcttgggtccgacaagctcccggaaaaggactggagtggatcgccaacatcaactacgacggctccaacacctactacgccgactctttaaagggtcgtttcacaatctctcgtgacaacagcaagaacactttatatttacaaatgaactctttaagggccgaggataccgccgtgtactactgcgctcgtaactgggacggctactacggctacttcgacgtgtggggccaaggaaccaccgtgaccgtgagcagcgggtccaccacgacgccagcgccgcgaccaccaacaccggcgcccaccatcgcgtcgcaacccctgtccctgcgccccgaggcgtgccggccagcggcggggggcgcagtgcacacgagggggctggacttcgcctgtgatatctacatctgggcgcccttggccgggacttgtggggtccttctcctgtcactggttatcaccctttattgcaaacggggcagaaagaaactcctgtatatattcaaacaaccatttatgagaccagtacaaactactcaagaggaagatggctgtagctgccgatttccagaagaagaagaaggaggatgtgaattgagagtgaagttcagcaggagcgcagacgcccccgcctatcagcaaggccagaaccagctctataacgagctcaatttagggcgaagagaggagtacgatgttttggacaagaggcgtggccgggaccccgaaatggggggaaagccgagaaggaagaaccctcaggaaggcttgtacaatgaattgcagaaggataagatggcggaggcatacagtgagattgggatgaaaggcgagcgccggaggggcaaggggcacgatggcctttatcagggtctcagtacagccaccaaggacacctacgacgcccttcacatgcaagccctgccccctcgc(서열번호 141)에 따른 서열을 갖는 핵산과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 핵산에 의해서 암호화된다.
본원에 기재된 일 실시형태에서, 항-PSMA CAR 작제물은 서열번호 142와 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 갖는다. DIQMTQSPSSLSASVGDRVTVTCRASQNVNTNVAWYQQKPGKAPKVLIYSASYRNSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSVQPEDFATYYCQQYNSYPFTFGQGTKLEIKGSTSGSGKPGSGEGSTKGQVQLVQSGAEVKKPGASVKLSCKASGYTFTTYWMHWVRQAPGQGLEWIGMIHPNSGSTNYAQKFQGRATLTVDTSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARDPYDYGEDFDVWGQGTTVTVSSGSTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(서열번호 142). 실시형태에서 항-PSMA CAR은 gacatccagatgacccagagccccagctctttaagtgccagcgtgggcgacagagtgacagtgacttgtcgtgccagccagaacgtgaataccaacgtggcttggtaccagcagaagcccggcaaagcccctaaggtgctgatctattccgcgtcttatcgtaactccggcgtgccttcgcgtttttctgggtctggtagcggcaccgacttcactttaacaatcagcagcgttcagcccgaagacttcgccacctactactgccagcagtacaacagctatccctttactttcggtcaagggaccaagctcgagatcaaaggctccaccagcggtagcggcaaacccggttccggcgagggctctaccaagggccaagtgcagctggtgcagtccggcgccgaggtgaagaagcccggtgcttccgtgaagctgtcttgcaaagccagcggctacaccttcaccacctattggatgcactgggtccgacaagctcccggtcaaggtctggagtggattggcatgatccaccccaactccggctccaccaactacgcccagaagttccaaggtcgtgccactttaacagtggataccagcaccagcaccgcctacatggagctgagtagtttgaggagcgaggacaccgccgtgtactattgcgctcgtgacccctacgactacggcgaggacttcgacgtgtggggccaaggaacaacagtgaccgtgagcagcgggtccaccacgacgccagcgccgcgaccaccaacaccggcgcccaccatcgcgtcgcaacccctgtccctgcgccccgaggcgtgccggccagcggcggggggcgcagtgcacacgagggggctggacttcgcctgtgatatctacatctgggcgcccttggccgggacttgtggggtccttctcctgtcactggttatcaccctttattgcaaacggggcagaaagaaactcctgtatatattcaaacaaccatttatgagaccagtacaaactactcaagaggaagatggctgtagctgccgatttccagaagaagaagaaggaggatgtgaattgagagtgaagttcagcaggagcgcagacgcccccgcctatcagcaaggccagaaccagctctataacgagctcaatttagggcgaagagaggagtacgatgttttggacaagaggcgtggccgggaccccgaaatggggggaaagccgagaaggaagaaccctcaggaaggcttgtacaatgaattgcagaaggataagatggcggaggcatacagtgagattgggatgaaaggcgagcgccggaggggcaaggggcacgatggcctttatcagggtctcagtacagccaccaaggacacctacgacgcccttcacatgcaagccctgccccctcgc(서열번호 143)에 따른 서열을 갖는 핵산과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 핵산에 의해서 암호화된다.
본원에 기재된 일 실시형태에서, 항-PSMA CAR 작제물은 서열번호 144와 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 갖는다. EVQLVESGGGLVQPGGSMRLSCAASGFTFSDYYMAWVRQAPGKGLEWVANINYDGTSTYYADSLKGRFTISRDSSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARALDGYYGYLDVWGQGTTVTVSSGSTSGSGKPGSGEGSTKGDIQLTQSPSSLSASVGDRVTLTCRASQSISNNLHWYQQKPGKAPKLLIKYVSQSISGIPSRFSGSGLGTDFTLTISSVQPEDFATYYCQQSNSWPYTFGQGTKLEIKGSTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(서열번호 144). 실시형태에서 항-PSMA CAR은 gaggtgcagctggtggagtccggaggaggtttagtccaacccggtggcagcatgaggctgtcttgtgctgcctccggcttcactttttctgattactacatggcttgggtccgacaagctcccggaaaaggtttagagtgggtggctaacatcaactacgacggcaccagcacctactatgccgacagcctcaagggcagattcaccatctctcgtgattcgtctaaaaacactttatatttacaaatgaactctttaagagccgaagataccgccgtgtactattgcgctcgtgccctcgacggctactacggatatttagacgtgtggggtcaaggaacaaccgtgaccgtgtccagcggatccacctccggaagcggcaaacccggtagcggcgaaggcagcaccaaaggagacatccagctgacccagagccctagctctttaagcgctagcgtgggcgatagggtgactctgacttgtcgtgcgtcccaaagcattagcaacaatttacactggtaccagcagaagcccggaaaagcccccaagctgctgatcaaatatgtgagccagagcatctccggcatcccctctcgtttttctggtagcggactgggcaccgactttactttaaccatcagcagcgtccagcccgaggacttcgccacatactactgccagcagagcaacagctggccctatactttcggccaaggaacaaagctggagatcaaggggtccaccacgacgccagcgccgcgaccaccaacaccggcgcccaccatcgcgtcgcaacccctgtccctgcgccccgaggcgtgccggccagcggcggggggcgcagtgcacacgagggggctggacttcgcctgtgatatctacatctgggcgcccttggccgggacttgtggggtccttctcctgtcactggttatcaccctttattgcaaacggggcagaaagaaactcctgtatatattcaaacaaccatttatgagaccagtacaaactactcaagaggaagatggctgtagctgccgatttccagaagaagaagaaggaggatgtgaattgagagtgaagttcagcaggagcgcagacgcccccgcctatcagcaaggccagaaccagctctataacgagctcaatttagggcgaagagaggagtacgatgttttggacaagaggcgtggccgggaccccgaaatggggggaaagccgagaaggaagaaccctcaggaaggcttgtacaatgaattgcagaaggataagatggcggaggcatacagtgagattgggatgaaaggcgagcgccggaggggcaaggggcacgatggcctttatcagggtctcagtacagccaccaaggacacctacgacgcccttcacatgcaagccctgccccctcgc(서열번호 145)에 따른 서열을 갖는 핵산과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 핵산에 의해서 암호화된다.
본원에 기재된 일 실시형태에서, 항-PSMA CAR 작제물은 서열번호 146과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 갖는다. DIVMTQSPSSLSASVGDRVTITCKASQDVGTAVDWYQQKPGKAPKLLIYWASTRHTGVPDRFTGSGSGTDFTLTISSLQPEDFADYFCQQYNSYPLTFGGGTKLEIKGSTSGSGKPGSGEGSTKGEVQLVQSGAEVKKPGASVKISCKTSGYTFTEYTIHWVKQASGKGLEWIGNINPNNGGTTYNQKFEDRATLTVDKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAAGWNFDYWGQGTTVTVSSGSTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(서열번호 146). 실시형태에서 항-PSMA CAR은 gacattgtgatgactcagtctccttcttctctttccgcttccgttggggaccgcgtcactataacttgtaaagcgtcccaagatgtcggcaccgccgttgactggtaccagcaaaaacccgggaaagcgccgaaactgctcatctactgggcttcaacccgccacacgggtgtcccggaccggtttacggggagcggtagtggaaccgatttcactctgaccatttcctcccttcaaccggaagatttcgctgactacttttgtcaacaatataattcatatcccctcactttcggagggggcacgaagttggaaataaagggtagcacctctggtagcggcaagcctggctctggcgagggtagtaccaaaggagaagttcaacttgtgcaaagcggggcagaagtgaaaaaacccggggcgagcgttaaaatatcttgtaaaacaagtggctacaccttcacggagtacaccatccactgggttaaacaagcttctggaaagggacttgaatggatcgggaacataaaccccaacaatgggggcactacttataatcaaaagtttgaggatcgggctaccctcacagtggataagtccacctccacagcttatatggaattgagtagccttaggagcgaggatacagccgtttattattgtgcggcgggctggaactttgactattgggggcaagggacgacggtgacggtgtcctccgggtccaccacgacgccagcgccgcgaccaccaacaccggcgcccaccatcgcgtcgcaacccctgtccctgcgccccgaggcgtgccggccagcggcggggggcgcagtgcacacgagggggctggacttcgcctgtgatatctacatctgggcgcccttggccgggacttgtggggtccttctcctgtcactggttatcaccctttattgcaaacggggcagaaagaaactcctgtatatattcaaacaaccatttatgagaccagtacaaactactcaagaggaagatggctgtagctgccgatttccagaagaagaagaaggaggatgtgaattgagagtgaagttcagcaggagcgcagacgcccccgcctatcagcaaggccagaaccagctctataacgagctcaatttagggcgaagagaggagtacgatgttttggacaagaggcgtggccgggaccccgaaatggggggaaagccgagaaggaagaaccctcaggaaggcttgtacaatgaattgcagaaggataagatggcggaggcatacagtgagattgggatgaaaggcgagcgccggaggggcaaggggcacgatggcctttatcagggtctcagtacagccaccaaggacacctacgacgcccttcacatgcaagccctgccccctcgc(서열번호 147)에 따른 서열을 갖는 핵산과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 핵산에 의해서 암호화된다.
본원에 기재된 일 실시형태에서, 항-PSMA CAR 작제물은 서열번호 148과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 갖는다. DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASSSVSHMYWYQQKPGKAPKPWIYRTSNLASGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSMQPEDFATYYCQQYHSYPLTFGQGTKLEIKGSTSGSGKPGSGEGSTKGEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYYMAWVRQAPGKGLEWVANINYDGSSTFYADSLKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCGRQVGYYDPMDYWGQGTTVTVSSGSTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(서열번호 148). 실시형태에서 항-PSMA CAR은 gacatccagctgacccagtcccccagctctttatccgctagcgtgggcgatagggtgaccatcacttgtcgtgcgtcttcgtctgtgtctcatatgtactggtaccagcagaagcccggcaaggcccccaagccttggatctatcgtacatccaatcttgcaagcggcgtcccttctcgtttttctggttccgggtctggtaccgactacactttaaccatcagcagcatgcagcccgaggacttcgccacctactactgccagcagtatcactcctatcctttaacttttggccaaggaacaaagttggagatcaagggcagcacctccggtagcggaaagcccggtagcggcgagggcagcaccaagggagaggtgcagttggtggagagcggaggaggactggtgcagcccggtggctctttaagactcagctgtgccgccagcggatttacattctccgactactacatggcttgggtccgacaagcccccggaaaaggtttagagtgggtggccaacatcaactacgacggctcctccacattctacgccgactctttaaagggtcgtttcaccatctctcgtgacaacagcaaaaatactttatatttacaaatgaactctttaagggccgaggacaccgccgtgtactactgcggtcgtcaagttggctattacgaccccatggactactggggccaaggaactaccgtgaccgtgagcagcgggtccaccacgacgccagcgccgcgaccaccaacaccggcgcccaccatcgcgtcgcaacccctgtccctgcgccccgaggcgtgccggccagcggcggggggcgcagtgcacacgagggggctggacttcgcctgtgatatctacatctgggcgcccttggccgggacttgtggggtccttctcctgtcactggttatcaccctttattgcaaacggggcagaaagaaactcctgtatatattcaaacaaccatttatgagaccagtacaaactactcaagaggaagatggctgtagctgccgatttccagaagaagaagaaggaggatgtgaattgagagtgaagttcagcaggagcgcagacgcccccgcctatcagcaaggccagaaccagctctataacgagctcaatttagggcgaagagaggagtacgatgttttggacaagaggcgtggccgggaccccgaaatggggggaaagccgagaaggaagaaccctcaggaaggcttgtacaatgaattgcagaaggataagatggcggaggcatacagtgagattgggatgaaaggcgagcgccggaggggcaaggggcacgatggcctttatcagggtctcagtacagccaccaaggacacctacgacgcccttcacatgcaagccctgccccctcgc(서열번호 149)에 따른 서열을 갖는 핵산과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 핵산에 의해서 암호화된다.
Notch 수용체는 세포-세포 접촉 신호전달을 매개하고 2개의 접촉하는 세포 간의 세포-대-세포 소통의 발달 및 다른 양태에서 중요한 역할을 하는 단일 통과 막관통 단백질이고, 여기서 하나의 접촉하는 세포는 노치 수용체이고, 나머지 접촉하는 세포는 상응하는 노치 수용체에 결합하는 표면 상의 리간드를 나타내는 세포이다. 네이티브 노치와 이의 네이티브 리간드인 델타의 맞물림은 노치 수용체의 2단계 단백질분해로 이어지는데, 이는 궁극적으로 막으로부터의 수용체의 세포내 부분을 세포질(이것은 핵으로 이동함)로 방출시킨다. 거기에서 방출된 도메인은 전사 조절제로서 기능함으로써 세포 거동을 변경한다. Notch 수용체는 발달 동안 다양한 세포 기능에 관여하거나 이를 위해 필요하며, 종에 걸쳐서 다수의 세포 유형의 기능에 중요하다.
본 명세서에 개시된 합성 노치 수용체(synNotch 수용체)는 세포 표면 상에 하나 이상의 상이한 결합 모이어티, 예를 들어, 몇 가지 예를 들면 scFVs, 나노바디, 단일 사슬 T-세포 수용체를 제시할 수 있는데, 이것은 전립선 특이적 암 항원(PSCA)을 인식하여 수용체의 세포내 전사 조절 부분을 막으로부터 세포질로 방출시켜 전사 조절을 초래한다. 그 다음 이의 특이적 표적 항원(PSCA)을 만난 synNotch 수용체를 보유하는 조작된 세포는 절단되어 이의 세포질 또는 세포간 단편은 합성 프로모터, 예를 들어 GAL4 프로모터의 제어 하에 임의의 오픈 리딩 프레임(ORF)의 전사를 조절하기 위해 세포 핵으로 자유롭게 전위된다. 본원에 개시된 바와 같이 발현된 ORF는, synNotch 수용체에 의해서 검출된 프라이밍 표적 항원(본원에 개시된 synNotch 수용체에서 전립선 특이적 암 항원(PSCA))이 검출된 후에만, 표적 세포 사멸을 위해서 별개의 구별되는 표적 항원(PSMA)을 표적으로 하는 항-PSMA 키메라 항원 T-세포 수용체(CAR-T)이다. 이것은 고도로 특이적인 조합 항원 패턴 인식을 가능하게 하여 병변 또는 암성 세포와 건강한 세포 간의 더 큰 차별이 가능해 진다. 이것은 조작된 CAR-T 세포의 적용을 가능하게 하여 건강한 조직에 대한 부작용이 적게 종양을 안전하게 표적화할 수 있다.
본 개시내용의 SynNotch 수용체 폴리펩티드는 a) 세포외 항-PSCA 결합 도메인; b) 노치 수용체 코어 폴리펩티드 - 여기서 노치 수용체 폴리펩티드는 50개 아미노산 내지 1000개 아미노산 길이를 갖고, 하나 이상의 리간드-유도성(PSCA 결합) 단백질분해 절단 부위를 포함함 -; 및 c) 세포내 도메인을 포함한다. 예를 들어, 전립선암 세포의 표면 상의 PSCA에 대한 항-PSCA 결합 도메인의 결합은 하나 이상의 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위에서 노치 수용체 코어 폴리펩티드의 절단을 유도하여, 세포내 도메인을 방출한다. 세포내 도메인의 방출은 항-PSCA synNotch 수용체 폴리펩티드를 생산하는 세포에서 항-PSMA CAR의 발현을 유도한다. 세포외 도메인은 노치 코어 수용체 폴리펩티드에 이종성인 아미노산 서열을 포함한다. 세포내 도메인은 노치 코어 수용체 폴리펩티드에 이종성인 아미노산 서열을 포함한다.
본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드는 전립선 특이적 암 항원(PSCA), 즉, 항-PSCA 결합 도메인에 특이적으로 결합하는 항원 결합 도메인을 유도하는 세포외 도메인을 포함한다. 실시형태에서 항-PSCA 결합은 본원에 기재된 항체에서 발견되는 바와 같은 항원-결합 서열을 포함할 수 있다. 일부 예에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본원에 기재된 항원 결합 단편, 예컨대, scFv를 포함한다. 달리 나타내지 않는 한, 본 개시내용에서 PSCA에 대한 언급은 인간 PSCA에 관한 것으로 이해되어야 한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSCA 결합 모티프는 본원에 제공된 적어도 1개의 중쇄 CDR(HCDR), 예를 들어, 표 9에 개시된 적어도 1개의 HCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본 명세서에 제공된 2개의 HCDR, 예를 들어, 표 9에 개시된 적어도 2개의 HCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본 명세서에 제공된 3개의 HCDR, 예를 들어, 표 9에 개시된 3개의 HCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본원에 제공된 적어도 1개의 경쇄 CDR(LCDR), 예를 들어, 표 9에 개시된 적어도 1개의 LCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본 명세서에 제공된 2개의 LCDR, 예를 들어, 표 9에 개시된 적어도 2개의 LCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본 명세서에 제공된 3개의 LCDR, 예를 들어, 표 9에 개시된 3개의 LCDR을 포함한다.
다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본원에 제공된 적어도 1개의 HCDR, 예를 들어, 표 9에 개시된 적어도 1개의 HCDR, 및 본원에 제공된 적어도 1개의 LCDR, 예를 들어, 표 9에 개시된 적어도 1개의 LCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본원에 제공된 1개의 HCDR, 예를 들어, 표 9에 개시된 적어도 1개의 HCDR, 및 예를 들어, HCDR(들)의 동일한 표 9의 표로부터 유래된 본원에 제공된 1개의 LCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본원에 제공된 2개의 HCDR, 예를 들어, 표 9에 개시된 적어도 2개의 HCDR, 및 본원에 제공된 2개의 LCDR, 예를 들어, 표 9에 개시된 적어도 2개의 LCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본원에 제공된 2개의 HCDR, 예를 들어, 표 9에 개시된 적어도 2개의 HCDR, 및 예를 들어, HCDR(들)의 동일한 표 9의 표로부터 유래된 본원에 제공된 2개의 LCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본원에 제공된 3개의 HCDR, 예를 들어, 표 9에 개시된 3개의 HCDR, 및 본원에 제공된 3개의 LCDR, 예를 들어, 표 9에 개시된 3개의 LCDR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본원에 제공된 3개의 HCDR, 예를 들어, 표 9에 개시된 3개의 HCDR, 및 HCDR(들)의 동일한 표 9의 표로부터 유래된 3개의 LCDR을 포함한다.
다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본 명세서에 개시된 중쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 중쇄 프레임워크 영역(중쇄 FR), 예를 들어, 표 9에 개시된 중쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 중쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본 명세서에 개시된 중쇄 가변 도메인의 2개의 중쇄 FR, 예를 들어, 표 9에 개시된 중쇄 가변 도메인의 적어도 2개의 중쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본 명세서에 개시된 중쇄 가변 도메인의 3개의 중쇄 FR, 예를 들어, 표 9에 개시된 중쇄 가변 도메인의 3개의 중쇄 FR을 포함한다.
다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본 명세서에 개시된 경쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 경쇄 FR, 예를 들어, 표 9에 개시된 경쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 경쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본 명세서에 개시된 경쇄 가변 도메인의 2개의 경쇄 FR, 예를 들어, 표 9에 개시된 경쇄 가변 도메인의 적어도 2개의 경쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본 명세서에 개시된 경쇄 가변 도메인의 3개의 경쇄 FR, 예를 들어, 표 9에 개시된 경쇄 가변 도메인의 3개의 경쇄 FR을 포함한다.
다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본 명세서에 개시된 중쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 중쇄 FR, 예를 들어, 표 9에 개시된 중쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 중쇄 FR, 및 본 명세서에 개시된 경쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 경쇄 FR, 예를 들어, 표 9에 개시된 경쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 경쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본 명세서에 개시된 중쇄 가변 도메인의 1개의 중쇄 FR, 예를 들어, 표 9에 개시된 중쇄 가변 도메인의 적어도 1개의 중쇄 FR, 및 예를 들어, 중쇄 FR(들)과 동일한 표 9의 표로부터 유래된, 본원에 개시된 경쇄 가변 도메인의 1개의 경쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본 명세서에 개시된 중쇄 가변 도메인의 2개의 중쇄 FR, 예를 들어, 표 9에 개시된 중쇄 가변 도메인의 적어도 2개의 중쇄 FR, 및 본 명세서에 개시된 경쇄 가변 도메인의 2개의 경쇄 FR, 예를 들어, 표 9에 개시된 경쇄 가변 도메인의 적어도 2개의 경쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본 명세서에 개시된 중쇄 가변 도메인의 2개의 중쇄 FR, 예를 들어, 표 9에 개시된 중쇄 가변 도메인의 적어도 2개의 중쇄 FR, 및 예를 들어, 중쇄 FR(들)과 동일한 표 9의 표로부터 유래된, 본원에 개시된 경쇄 가변 도메인의 2개의 경쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본 명세서에 개시된 중쇄 가변 도메인의 3개의 중쇄 FR, 예를 들어, 표 9에 개시된 중쇄 가변 도메인의 3개의 중쇄 FR, 및 본 명세서에 개시된 경쇄 가변 도메인의 3개의 경쇄 FR, 예를 들어, 표 9에 개시된 경쇄 가변 도메인의 3개의 경쇄 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본 명세서에 개시된 중쇄 가변 도메인의 3개의 중쇄 FR, 예를 들어, 표 9에 개시된 경쇄 가변 도메인의 3개의 경쇄 FR, 및 중쇄 FR(들)과 동일한 표 9의 표로부터 유래된 3개의 경쇄 FR을 포함한다.
표 9에 제공된 예시적인 항체 서열은 예를 들어, 사량체 항체, 단일특이적 항체, 이중특이적 항체, 항원 결합 단편 또는 결합 모티프를 포함하는 임의의 항체 형식으로 사용하기에 적합하다. 표 9에 제공된 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인 및 이의 부분은 결합 모티프에 포함될 수 있다.
다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 함께 또는 각각 개별적으로 표 9에 개시된 중쇄 가변 도메인의 중쇄 가변 도메인의 상응하는 FR(들)과 적어도 75%의 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%, 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100% 또는 95 내지 100%)을 갖는 1개, 2개 또는 3개의 FR을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 함께 또는 각각 개별적으로 표 9에 개시된 경쇄 가변 도메인의 경쇄 가변 도메인의 상응하는 FR(들)과 적어도 75%의 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%)을 갖는 1개, 2개 또는 3개의 FR을 포함한다.
다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 표 9에 개시된 중쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100%, 또는 95 내지 100%)을 갖는 적어도 1개의 중쇄 가변 도메인을 포함한다.
다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 표 9에 개시된 경쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100%, 또는 95 내지 100%)을 갖는 적어도 1개의 경쇄 가변 도메인을 포함한다.
다양한 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 표 9에 개시된 중쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100%, 또는 95 내지 100%)을 갖는 적어도 1개의 중쇄 가변 도메인 및 표 9에 개시된 경쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100% 또는 95 내지 100%)을 갖는 적어도 1개의 경쇄 가변 도메인을 포함한다.
표 9는 예시적인 항체의 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인 서열을 나타내고, 이것은 (i) 예시적인 항체의 중쇄 가변 도메인; (ii) 중쇄 가변 도메인을 암호화하는 DNA 서열; (iii) IMGT, Kabat, 및 Chothia 넘버링에 따른 중쇄 가변 도메인의 3개의 중쇄 가변 도메인 CDR; (iv) 예시적인 항체의 경쇄 가변 도메인; (v) 경쇄 가변 도메인을 암호화하는 DNA 서열; 및 (vi) IMGT, Kabat, 및 Chothia 넘버링에 따른 경쇄 가변 도메인의 3개의 경쇄 가변 도메인 CDR을 포함한다. 각각의 표에 제공된 정보는 프레임워크 아미노산 서열뿐만 아니라 각각의 CDR 아미노산 서열을 암호화하는 뉴클레오티드 서열 및 상응하는 FR 아미노산 서열을 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 제공한다.
다양한 실시형태에서 항-PSCA 결합 도메인은 중쇄 가변 도메인(예를 들어, 표 9의 중쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성, 예를 들어, 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100% 또는 95 내지 100% 서열 동일성을 가짐), 경쇄 가변 도메인(예를 들어, 표 9의 경쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성, 예를 들어, 적어도 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100% 또는 95 내지 100%의 동일성을 가짐), 및 링커(예를 들어, 서열번호 126에 따른 링커)를 포함할 수 있다. 다양한 실시형태에서 결합 모티프는 리더 서열, 본 개시내용의 중쇄 가변 도메인(예를 들어, 표 9의 중쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성, 예를 들어, 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100% 또는 95 내지 100% 서열 동일성을 가짐), 경쇄 가변 도메인(예를 들어, 표 9의 하나의 경쇄 가변 도메인과 적어도 75% 서열 동일성, 예를 들어, 적어도 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100% 또는 95 내지 100%의 동일성을 가짐), 및 링커를 포함할 수 있다. 2개의 가변 도메인을 연결하는 링커가 본 개시내용의 관점에서 서열로부터 명백할 것이다. 의심의 여지를 회피하기 위해서, 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인은 임의의 배향으로, 예를 들어, 중쇄 가변 도메인이 경쇄 가변 도메인의 C 말단에 존재하거나 중쇄 가변 도메인이 경쇄 가변 도메인의 N 말단에 존재하는 배향으로 존재할 수 있다. 다양한 실시형태에서 항-PSCA 결합 도메인은 서열번호 126에 따른 링커를 포함할 수 있다.
특정 실시형태에서, 본 개시내용의 항-PSMA 결합 도메인은 본 개시내용의 중쇄 가변 도메인, 본 개시내용의 경쇄 가변 도메인 및 서열번호 126과 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100%, 또는 95 내지 100%의 동일성)을 갖는 링커를 포함하는 결합 도메인을 포함한다. 특정 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 서열번호 126에 따른 링커를 포함하는 결합 모티프를 포함한다. 특정 실시형태에서, 항-PSCA 결합 모티프는 본 개시내용의 중쇄 가변 도메인, 본 개시내용의 경쇄 가변 도메인 및 서열번호 137, 서열번호 138, 또는 서열번호 139와 적어도 75% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100%, 또는 95 내지 100%의 동일성)을 갖는 리더 서열을 포함하는 결합 도메인을 포함한다. 특정 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 서열번호 137에 따른 CSF2RA 리더 서열을 포함하는 결합 모티프를 포함한다.
특정 실시형태에서, 항-PSCA 결합 도메인은 본 개시내용의 중쇄 가변 도메인, 본 개시내용의 경쇄 가변 도메인, 본 개시내용의 링커 및 본 개시내용의 리더 서열을 포함하는 결합 모티프를 포함한다.
본원에 제공된 예시적인 항체에 기초한 결합제, 예를 들어, Ab6은 제시된 예시적인 항체에 따른 중쇄 가변 도메인 및 제시된 예시적인 항체에 따른 경쇄 가변 도메인을 포함하는, 임의의 단편 또는 형식으로 제공될 수 있다.
[표 9]
Figure pct00011
상기에 언급된 바와 같이, synNotch 수용체 폴리펩티드는 50개 아미노산 내지 1000개 아미노산의 길이를 갖고 하나 이상의 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위를 포함하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드를 포함한다. 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 50개 아미노산 내지 1000개 아미노산, 예를 들어, 50개 아미노산 내지 75개 아미노산, 75개 아미노산 내지 100개 아미노산, 100개 아미노산 내지 150개 아미노산, 150개 아미노산 내지 200개 아미노산, 200개 아미노산 내지 250개 아미노산, 250개 내지 300개 아미노산, 300개 아미노산 내지 350개 아미노산, 350개 아미노산 내지 400개 아미노산, 400개 아미노산 내지 450개 아미노산, 450개 아미노산 내지 500개 아미노산, 500개 아미노산 내지 550개 아미노산, 550개 아미노산 내지 600개 아미노산, 600개 아미노산 내지 650개 아미노산, 650개 아미노산 내지 700개 아미노산, 700개 아미노산 내지 750개 아미노산, 750개 아미노산 내지 800개 아미노산, 800개 아미노산 내지 850개 아미노산, 850개 아미노산 내지 900개 아미노산, 900개 아미노산 내지 950 아미노산, 또는 950개 아미노산 내지 1000개 아미노산 길이를 갖는다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 300개 아미노산 내지 400개 아미노산 길이를 갖는다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 300개 아미노산 내지 350개 아미노산 길이를 갖는다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 300개 아미노산 내지 325개 아미노산 길이를 갖는다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 350개 아미노산 내지 400개 아미노산 길이를 갖는다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 750개 아미노산 내지 850개 아미노산 길이를 갖는다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 50개 아미노산 내지 75개 아미노산 길이를 갖는다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 310개 아미노산 내지 320개 아미노산, 예를 들어, 310개 아미노산, 311개 아미노산, 312개 아미노산, 313개 아미노산, 314개 아미노산, 315개 아미노산, 316개 아미노산, 317개 아미노산, 318개 아미노산, 319개 아미노산 또는 320개 아미노산 길이를 갖는다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 315개 아미노산 길이를 갖는다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 360개 아미노산 내지 370개 아미노산, 예를 들어, 360개 아미노산, 361개 아미노산, 362개 아미노산, 363개 아미노산 364개 아미노산, 365개 아미노산, 366개 아미노산, 367개 아미노산, 368개 아미노산, 369개 아미노산 또는 370개 아미노산 길이를 갖는다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 367개 아미노산 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 다음 아미노산 서열: IPYKIEAVKSEPVEPPLPSQLHLMYVAAAAFVLLFFVGCGVLLSRKRRRQHGQL(서열번호 174)과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고; 여기서 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 S2 단백질분해 절단 부위 및 S3 단백질분해 절단 부위를 포함하고; 노치 수용체 폴리펩티드는 50개 아미노산(aa) 내지 65개 aa, 예를 들어, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64 또는 65개 aa 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 다음 아미노산 서열: IPYKIEAVKSEPVEPPLPSQLHLMYVAAAAFVLLFFVGCGVLLSRKRRRQLCIQKL(서열번호 175)과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고; 여기서 TM 도메인은 밑줄 쳐져 있고, 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 S2 단백질분해 절단 부위 및 S3 단백질분해 절단 부위를 포함하고; 노치 수용체 폴리펩티드는 50개 아미노산(aa) 내지 65개 aa, 예를 들어, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64 또는 65개 aa 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단의 순서로: i) LNR-A 분절; ii) LNR-B 분절; iii) a LNR-C 분절; iv) HD-N 분절, v) HD- C 분절; 및 vi) TM 도메인을 포함한다. LNR-A 분절, LNR-B 분절, 및 LNR-C 분절은 총괄하여 "LNR 분절"이라고 지칭될 수 있다.
LNR 분절은 다음 아미노산 서열: PPQIEEACELPECQVDAGNKVCNLQCNNHACGWDGGDCSLNFNDPWKNCTQSLQCWKYFSDGHCDSQCNSAGCLFDGFDCQLTEGQCNPLYDQYCKDHFSDGHCDQGCNSAECEWDGLDC(서열번호 176)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 118 내지 122개 아미노산(예를 들어, 118, 119, 120, 121, 또는 122개 아미노산) 길이를 가질 수 있다.
HD 분절(HD-N과 HD-C)은 다음 아미노산 서열: AAGTLVLVVLLPPDQLRNNSFHFLRELSHVLHTNVVFKRDAQGQQMIFPYYGHEEELRKHPIKRSTVGWATSSLLPGTSGGRQRRELDPMDIRGSIVYLEIDNRQCVQSSSQCFQSATDVAAFLGALASLGSLNIPYKIEAVKSEPVEPPLP(서열번호 177)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 150, 151, 152, 153, 또는 154개 아미노산 길이를 가질 수 있다.
막관통 분절은 다음 아미노산 서열: HLMYVAAAAFVLLFFVGCGVLLS(서열번호 178)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 21, 22, 23, 24, 또는 25개 아미노산 길이를 가질 수 있다.
일부 실시형태에서, 노치 수용체 폴리펩티드는 다음 아미노산 서열: PPQIEEACELPECQVDAGNKVCNLQCNNHACGWDGGDCSLNFNDPWKNCTQSLQCWKYFSDGHCDSQCNSAGCLFDGFDCQLTEGQCNPLYDQYCKDHFSDGHCDQGCNSAECEWDGLDCAEHVPERLAAGTLVLVVLLPPDQLRNNSFHFLRELSHVLHTNVVFKRDAQGQQMIFPYYGHEEELRKHPIKRSTVGWATSSLLPGTSGGRQRRELDPMDIRGSIVYLEIDNRQCVQSSSQCFQSATDVAAFLGALASLGSLNIPYKIEAVKSEPVEPPLPSQLHLMYVAAAAFVLLFFVGCGVLLS(서열번호 179)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고; 300개 아미노산 내지 310 아미노산(예를 들어, 300, 301, 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308, 309, 또는 310개 아미노산) 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 다음 아미노산 서열: PCVGSNPCYNQGTCEPTSENPFYRCLCPAKFNGLLCHILDYSFTGGAGRDIPPPQIEEACELPECQVDAGNKVCNLQCNNHACGWDGGDCSLNFNDPWKNCTQSLQCWKYFSDGHCDSQCNSAGCLFDGFDCQLTEGQCNPLYDQYCKDHFSDGHCDQGCNSAECEWDGLDCAEHVPERLAAGTLVLVVLLPPDQLRNNSFHFLRELSHVLHTNVVFKRDAQGQQMIFPYYGHEEELRKHPIKRSTVGWATSSLLPGTSGGRQRRELDPMDIRGSIVYLEIDNRQCVQSSSQCFQSATDVAAFLGALASLGSLNIPYKIEAVKSEPVEPPLPSQLHLMYVAAAAFVLLFFVGCGVLLS(서열번호 180)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고; 350개 아미노산 내지 370개 아미노산(예를 들어, 350 351, 352, 353, 354, 355, 356, 357, 358, 359, 360, 361, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 또는 370개 아미노산) 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단의 순서로: i) 단일 EGF 반복부; ii) LNR 분절; iii) HD-N 분절, iv) HD-C 분절; 및 v) TM 도메인을 포함한다.
EGF 반복부는 다음 서열: PCVGSNPCYNQGTCEPTSENPFYRCLCPAKFNGLLCH(서열번호 181)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 35개 아미노산 내지 40개 아미노산 (예를 들어, 35, 36, 37, 38, 39, 또는 40개 아미노산 길이를 가질 수 있다.
LNR 분절은 다음 아미노산 서열: PPQIEEACELPECQVDAGNKVCNLQCNNHACGWDGGDCSLNFNDPWKNCTQSLQCWKYFSDGHCDSQCNSAGCLFDGFDCQLTEGQCNPLYDQYCKDHFSDGHCDQGCNSAECEWDGLDC (서열번호 182)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 118 내지 122개 아미노산(예를 들어, 118, 119, 120, 121, 또는 122개 아미노산) 길이를 가질 수 있다.
HD 분절(HD-N과 HD-C)은 다음 아미노산 서열: AAGTLVLVVLLPPDQLRNNSFHFLRELSHVLHTNVVFKRDAQGQQMIFPYYGHEEELRKHPIKRSTVGWATSSLLPGTSGGRQRRELDPMDIRGSIVYLEIDNRQCVQSSSQCFQSATDVAAFLGALASLGSLNIPYKIEAVKSEPVEPPLP(서열번호 183)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 150, 151, 152, 153, 또는 154개 아미노산 길이를 가질 수 있다.
막관통 분절은 다음 아미노산 서열: HLMYVAAAAFVLLFFVGCGVLLS(서열번호 184)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 21, 22, 23, 24, 또는 25개 아미노산 길이를 가질 수 있다.
일부 실시형태에서, 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 합성 링커를 포함한다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단의 순서로: i) 합성 링커; ii) EGF 반복부; iii) LNR 분절; iv) HD-N 분절, v) HD-C 분절; 및 vi) TM 도메인을 포함한다.
합성 링커는 약 10개 아미노산(aa) 내지 약 200개 aa, 예를 들어, 10개 aa 내지 25개 aa, 25개 aa 내지 50개 aa, 50개 aa 내지 75개 aa, 75개 aa 내지 100개 aa, 100개 aa 내지 125개 aa, 125개 aa 내지 150개 aa, 150개 aa 내지 175개 aa, 또는 175개 aa 내지 200개 aa 길이를 가질 수 있다. 합성 링커는 10개 aa 내지 30개 aa, 예를 들어, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30개 aa 길이를 가질 수 있다. 합성 링커는 30개 aa 내지 50개 aa, 예를 들어, 30개 aa 내지 35개 aa, 35개 aa 내지 40개 aa, 40개 aa 내지 45개 aa, 또는 45개 aa 내지 50개 aa 길이를 가질 수 있다.
일부 예에서, 본 명세서에 기재된 바와 같은 합성 링커는 세포외 단백질 구조 도메인 또는 이의 일부를 포함할 수 있다. 합성 링커로서 사용하기에 적합한 세포외 단백질 구조 도메인은 예를 들어, Ig-유사 세포외 구조 도메인, Fc 세포외 구조 도메인, 피브로넥틴 세포외 구조 도메인 등을 포함하지만 이들로 제한되지 않는다. 일부 예에서, 합성 링커는 복수의 세포외 단백질 구조 도메인을 포함할 수 있고, 여기서 복수는 복수의 동일한 도메인 또는 복수의 상이한 도메인을 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단의 순서로: i) 2 내지 11개의 단일 EGF 반복부; ii) LNR 분절; iii) HD-N 분절, iv) HD-C 분절; 및 v) TM 도메인을 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단의 순서로: i) 2개의 EGF 반복부; ii) LNR 분절; iii) HD-N 분절, iv) HD-C 분절; 및 v) TM 도메인을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단의 순서로: i) 3개의 EGF 반복부; ii) LNR 분절; iii) HD-N 분절, iv) HD-C 분절; 및 v) TM 도메인을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단의 순서로: i) 4개의 EGF 반복부; ii) LNR 분절; iii) HD-N 분절, iv) HD-C 분절; 및 v) TM 도메인을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단의 순서로: i) 5개의 EGF 반복부; ii) LNR 분절; iii) HD-N 분절, iv) HD-C 분절; 및 v) TM 도메인을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단의 순서로: i) 6개의 EGF 반복부; ii) LNR 분절; iii) HD-N 분절, iv) HD-C 분절; 및 v) TM 도메인을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단의 순서로: i) 7개의 EGF 반복부; ii) LNR 분절; iii) HD-N 분절, iv) HD-C 분절; 및 v) TM 도메인을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단의 순서로: i) 8개의 EGF 반복부; ii) LNR 분절; iii) HD-N 분절, iv) HD-C 분절; 및 v) TM 도메인을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단의 순서로: i) 9개의 EGF 반복부; ii) LNR 분절; iii) HD-N 분절, iv) HD-C 분절; 및 v) TM 도메인을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단의 순서로: i) 10개의 EGF 반복부; ii) LNR 분절; iii) HD-N 분절, iv) HD-C 분절; 및 v) TM 도메인을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드에 존재하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단의 순서로: i) 11개의 EGF 반복부; ii) LNR 분절; iii) HD-N 분절, iv) HD-C 분절; 및 v) TM 도메인을 포함한다.
EGF 반복부는 DINECVLSPCRHGASCQNTHGGYRCHCQAGYSGRNCE; 서열번호 185와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 35개 아미노산 내지 약 40개 아미노산(aa)(예를 들어, 35, 36, 37, 38, 39, 또는 40개 aa) 길이를 가질 수 있다.
EGF 반복부는 DIDDCRPNPCHNGGSCTDGINTAFCDCLPGFRGTFC; 서열번호 186과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 35개 아미노산 내지 약 40개 아미노산(aa)(예를 들어, 35, 36, 37, 38, 39, 또는 40개 aa) 길이를 가질 수 있다.
EGF 반복부는 DINECASDPCRNGANCTDCVDSYTCTCPAGFSGIHCE(서열번호 187과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 35개 아미노산 내지 약 40개 아미노산(aa)(예를 들어, 35, 36, 37, 38, 39, 또는 40개 aa) 길이를 가질 수 있다.
EGF 반복부는 TESSCFNGGTCVDGINSFTCLCPPGFTGSYCQ; 서열번호 188과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 30개 아미노산(aa) 내지 35개 aa(예를 들어, 30, 31, 32, 33, 34, 또는 35개 aa) 길이를 가질 수 있다.
EGF 반복부는 DVNECDSQPCLHGGTCQDGCGSYRCTCPQGYTGPNCQ; 서열번호 189와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 35개 아미노산 내지 약 40개 아미노산(aa)(예를 들어, 35, 36, 37, 38, 39, 또는 40개 aa) 길이를 가질 수 있다.
EGF 반복부는 DSSPCKNGGKCWQTHTQYRCECPSGWT; 서열번호 190과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 25개 아미노산(aa) 내지 30개 aa, 예를 들어, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30개 aa 길이를 가질 수 있다.
EGF 반복부는 LVDECSPSPCQNGATCTDYLGGYSCKCVAGYHGVNC; 서열번호 191과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 35개 아미노산 내지 약 40개 아미노산(aa)(예를 들어, 35, 36, 37, 38, 39, 또는 40개 aa) 길이를 가질 수 있다.
EGF 반복부는 IDECLSHPCQNGGTCLDLPNTYKCSCPRGTQGVHCE; 서열번호 192와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 35개 아미노산 내지 약 40개 아미노산(aa)(예를 들어, 35, 36, 37, 38, 39, 또는 40개 aa) 길이를 가질 수 있다.
EGF 반복부는 CFNNGTCVDQVGGYSCTCPPGFVGERCE; 서열번호 193과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 25개 아미노산(aa) 내지 30개 aa, 예를 들어, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30개 aa 길이를 가질 수 있다.
EGF 반복부는 DVNECLSNPCDARGTQNCVQRVNDFHCECRAGHTGRRCE;(서열번호 194)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 35개 아미노산 내지 약 40개 아미노산(aa)(예를 들어, 35, 36, 37, 38, 39, 또는 40개 aa) 길이를 가질 수 있다.
EGF 반복부는 PCVGSNPCYNQGTCEPTSENPFYRCLCPAKFNGLLCH(서열번호 195)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 35개 아미노산 내지 40 아미노산 (예를 들어, 35, 36, 37, 38, 39, 또는 40개 아미노산 길이를 가질 수 있다.
LNR 분절은 다음 아미노산 서열: PPQIEEACELPECQVDAGNKVCNLQCNNHACGWDGGDCSLNFNDPWKNCTQSLQCWKYFSDGHCDSQCNSAGCLFDGFDCQLTEGQCNPLYDQYCKDHFSDGHCDQGCNSAECEWDGLDC (서열번호 196)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 118 내지 122개 아미노산(예를 들어, 118, 119, 120, 121, 또는 122개 아미노산) 길이를 가질 수 있다.
HD 분절(HD-N과 HD-C)은 다음 아미노산 서열: AAGTLVLVVLLPPDQLRNNSFHFLRELSHVLHTNVVFKRDAQGQQMIFPYYGHEEELRKHPIKRSTVGWATSSLLPGTSGGRQRRELDPMDIRGSIVYLEIDNRQCVQSSSQCFQSATDVAAFLGALASLGSLNIPYKIEAVKSEPVEPPLP(서열번호 197)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 150, 151, 152, 153, 또는 154개 아미노산 길이를 가질 수 있다.
막관통 분절은 다음 아미노산 서열: HLMYVAAAAFVLLFFVGCGVLLS(서열번호 198)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 21, 22, 23, 24, 또는 25개 아미노산 길이를 가질 수 있다.
일부 실시형태에서, 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 합성 링커를 포함한다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 노치 코어 수용체 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단의 순서로: i) 2 내지 11개의 EGF 반복부; ii) 합성 링커; iii) LNR 분절; iv) HD-N 분절, v) HD-C 분절; 및 vi) TM 도메인을 포함한다.
합성 링커는 약 10개 아미노산(aa) 내지 약 200개 aa, 예를 들어, 10개 aa 내지 25개 aa, 25개 aa 내지 50개 aa, 50개 aa 내지 75개 aa, 75개 aa 내지 100개 aa, 100개 aa 내지 125개 aa, 125개 aa 내지 150개 aa, 150개 aa 내지 175개 aa, 또는 175개 aa 내지 200개 aa 길이를 가질 수 있다. 합성 링커는 10개 aa 내지 30개 aa, 예를 들어, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30개 aa 길이를 가질 수 있다. 합성 링커는 30개 aa 내지 50개 aa, 예를 들어, 30개 aa 내지 35개 aa, 35개 aa 내지 40개 aa, 40개 aa 내지 45개 aa, 또는 45개 aa 내지 50개 aa 길이를 가질 수 있다.
Notch 수용체 폴리펩티드는 HD-C 분절 및 TM 도메인을 포함한다.
일부 실시형태에서, synNotch 수용체 폴리펩티드는 N-말단에서 C-말단의 순서로: i) HD-C 분절; 및 ii) TM 도메인을 포함하고, 여기서 synNotch 수용체 폴리펩티드는 LNR 분절을 포함하지 않는다. 일부 실시형태에서, LNR 분절은 이종성 폴리펩티드로 대체된다.
막관통 분절은 다음 아미노산 서열: HLMYVAAAAFVLLFFVGCGVLLS(서열번호 199)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있고; 21, 22, 23, 24, 또는 25개 아미노산 길이를 가질 수 있다.
상기에 논의된 바와 같이, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드는 a) 세포외 항-PSCA 결합 도메인; b) 50개 아미노산 내지 1000개 아미노산 길이를 갖고, 1개 이상의 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위를 포함하는 노치 코어 수용체 폴리펩티드; 및 c) 세포내 도메인을 포함하고, 여기서 PSCA에 대한 세포외 항-PSCA 결합 도메인의 결합은 하나 이상의 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위에서 노치 수용체 폴리펩티드의 절단을 유도하여 세포내 도메인을 방출한다.
일부 실시형태에서, synNotch 수용체 폴리펩티드는 단지 1개의 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위를 포함한다. 일부 실시형태에서, synNotch 수용체 폴리펩티드는 2개의 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위를 포함한다. 일부 실시형태에서, synNotch 수용체 폴리펩티드는 3개의 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위를 포함한다. 간략화를 위해서, 리간드-유도성 절단 부위는 본 명세서에서 "SI", "S2", 및 "S3" 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위라고 지칭될 것이다.
일부 실시형태에서, synNotch 수용체 폴리펩티드는 SI 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위를 포함한다. SI 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위는 HD-N 분절과 HD-C 분절 사이에 위치될 수 있다. 일부 실시형태에서, SI 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위는 푸린-유사 프로테아제 절단 부위이다. 푸린-유사 프로테아제 절단 부위는 정규 서열 Arg-X-(Arg/Lys)-Arg을 가질 수 있고, 여기서 X는 아미노산이고, 프로테아제는 정규 서열에 대해 바로 C-말단을 절단한다. 일부 실시형태에서, SI 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위를 포함하는 아미노산 서열은 아미노산 서열 GRRRRELDPM(서열번호 200)을 가질 수 있고, 여기서 절단은 "RE" 서열 사이에서 일어난다. 또 다른 예로서, SI 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위를 포함하는 아미노산 서열은 아미노산 서열 RQRRELDPM(서열번호 201)을 가질 수 있고, 여기서 절단은 "RE" 서열 사이에서 일어난다.
일부 실시형태에서, synNotch 수용체 폴리펩티드는 S2 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위를 포함한다. S2 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위는 HD-C 분절 내에 위치될 수 있다. 일부 실시형태에서, S2 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위는 ADAM-17-유형 프로테아제 절단 부위이다. ADAM-17-유형 프로테아제 절단 부위는 Ala-Val 디펩티드 서열을 포함할 수 있고, 여기서 효소는 Ala과 Val 사이를 절단한다. 일부 실시형태에서, S2 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위를 포함하는 아미노산 서열은 아미노산 서열 KIEAVKSE(서열번호 128)를 가질 수 있고, 여기서 절단은 "AV" 서열 사이에서 일어난다. 또 다른 예로서, S2 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위를 포함하는 아미노산 서열은 아미노산 서열 KIEAVQSE(서열번호 202)을 가질 수 있고, 여기서 절단은 "AV" 서열 사이에서 일어난다.
일부 실시형태에서, synNotch 수용체 폴리펩티드는 S3 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위를 포함한다. S3 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위는 TM 도메인 내에 위치될 수 있다. 일부 실시형태에서, S3 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위는 감마-세크레타제(γ-세크레타제) 절단 부위이다. γ-세크레타제 절단 부위는 Gly-Val 디펩티드 서열을 포함할 수 있고, 효소는 Gly과 Val 사이를 절단한다. 일부 실시형태에서, S3 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위는 아미노산 서열 VGCGVLLS(서열번호 203)을 가지며, 절단은 "GV" 서열 사이에서 일어난다. 일부 실시형태에서, S3 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위는 아미노산 서열 GCGVLLS(서열번호 204)를 포함한다.
일부 실시형태에서, synNotch 수용체 폴리펩티드는 SI 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위가 결여되어 있다. 일부 실시형태에서, synNotch 수용체 폴리펩티드는 S2 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위가 결여되어 있다. 일부 실시형태에서, synNotch 수용체 폴리펩티드는 S3 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위가 결여되어 있다. 일부 실시형태에서, synNotch 수용체 폴리펩티드는 SI 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위 및 S2 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위 둘 다가 결여되어 있다. 일부 실시형태에서, synNotch 수용체 폴리펩티드는 S3 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위를 포함하고; SI 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위 및 S2 리간드-유도성 단백질분해 절단 부위 둘 다가 결여되어 있다.
일부 실시형태에서, synNotch 수용체 폴리펩티드는 다음 아미노산 서열과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 노치 코어를 포함한다:ILDYSFTGGAGRDIPPPQIEEACELPECQVDAGNKVCNLQCNNHACGWDGGDCSLNFNDPWKNCTQSLQCWKYFSDGHCDSQCNSAGCLFDGFDCQLTEGQCNPLYDQYCKDHFSDGHCDQGCNSAECEWDGLDCAEHVPERLAAGTLVLVVLLPPDQLRNNSFHFLRELSHVLHTNVVFKRDAQGQQMIFPYYGHEEELRKHPIKRSTVGWATSSLLPGTSGGRQRRELDPMDIRGSIVYLEIDNRQCVQSSSQCFQSATDVAAFLGALASLGSLNIPYKIEAVKSEPVEPPLPSQLHLMYVAAAAFVLLFFVGCGVLLSRKRRRQHGQLWFPEGFKVSEASKKKRREPLGEDSVGLKPLKNASDGALMDDNQNEWGDEDLETKKFRFEEPVV(서열번호 205).
실시형태에서, 노치 코어는 다음 서열에 따른 서열을 갖는 핵산과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 핵산에 의해서 암호화된다:atcctggactacagcttcacaggtggcgctgggcgcgacattcccccaccgcagattgaggaggcctgtgagctgcctgagtgccaggtggatgcaggcaataaggtctgcaacctgcagtgtaataatcacgcatgtggctgggatggtggcgactgctccctcaacttcaatgacccctggaagaactgcacgcagtctctacagtgctggaagtattttagcgacggccactgtgacagccagtgcaactcggccggctgcctctttgatggcttcgactgccagctcaccgagggacagtgcaaccccctgtatgaccagtactgcaaggaccacttcagtgatggccactgcgaccagggctgtaacagtgccgaatgtgagtgggatggcctagactgtgctgagcatgtacccgagcggctggcagccggcaccctggtgctggtggtgctgcttccacccgaccagctacggaacaactccttccactttctgcgggagctcagccacgtgctgcacaccaacgtggtcttcaagcgtgatgcgcaaggccagcagatgatcttcccgtactatggccacgaggaagagctgcgcaagcacccaatcaagcgctctacagtgggttgggccacctcttcactgcttcctggtacaagtggtgggcgccagcgcagggagctggaccccatggacatccgtggctccattgtctacctggagatcgacaaccggcaatgtgtgcagtcatcctcgcagtgcttccagagtgccaccgatgtggctgccttcctaggtgctcttgcgtcacttggcagcctcaatattccttacaagattgaggccgtgaagagtgagccggtggagcctccgctgccctcgcagctgcacctcatgtacgtggcagcagccgccttcgtgctcctgttctttgtgggctgtggggtgctgctgtcccgcaagcgccggcgg(서열번호 206).
일부 실시형태에서, 키메라 노치 수용체 폴리펩티드는 인간 노치1, 노치2, 노치3, 또는 노치4 중 모두 또는 일부를 함유한다. 일부 실시형태에서, 키메라 노치 수용체 폴리펩티드는 서열번호 244 서열번호 245, 서열번호 246, 서열번호 247, 또는 서열번호 248 중 모두 또는 일부를 함유한다. 일부 실시형태에서, 노치의 "일부"는 3개의 NLR 도메인, 막관통 도메인, 및 노치의 네이티브 핵 국재화 서열(NLS)을 포함하는 짧은 세포질 단편을 포함한다.
인간 신경 유전자좌 노치 동족체 단백질 1 단백질원 NP_060087.3: MPPLLAPLLCLALLPALAARGPRCSQPGETCLNGGKCEAANGTEACVCGGAFVGPRCQDPNPCLSTPCKNAGTCHVVDRRGVADYACSCALGFSGPLCLTPLDNACLTNPCRNGGTCDLLTLTEYKCRCPPGWSGKSCQQADPCASNPCANGGQCLPFEASYTCHCPPSFHGPTCRQDVNECGQKPGLCRHGGTCHNEVGSYRCVCRATHTGPNCERPYVPCSPSPCQNGGTCRPTGDVTHECACLPGFTGQNCEENIDDCPGNNCKNGGACVDGVNTYNCRCPPEWTGQYCTEDVDECQLMPNACQNGGTCHNTHGGYNCVCVNGWTGEDCSENIDDCASAACFHGATCHDRVASFYCECPHGRTGLLCHLNDACISNPCNEGSNCDTNPVNGKATCTCPSGYTGPACSQDVDECSLGANPCEHAGKCINTLGSFECQCLQGYTGPRCEIDVNECVSNPCQNDATCLDQTGEFQCTCMPGYEGVHCEVNTDECASSPCLHNGRCLDKINEFQCECPTGFTGHLCQYDVDECASTPCKNGAKCLDGPNTYTCVCTEGYTGTHCEVDIDECDPDPCHYGSCKDGVATFTCLCRPGYTGHHCETNINECSSQPCRHGGTCQDRDNAYLCFCLKGTTGPNCEINLDDCASSPCDSGTCLDKIDGYECACEPGYTGSMCNINIDECAGNPCHNGGTCEDGINGFTCRCPEGYHDPTCLSEVNECNSNPCVHGACRDSLNGYKCDCDPGWSGTNCDINNNECESNPCVNGGTCKDMTSGYVCTCREGFSGPNCQTNINECASNPCLNQGTCIDDVAGYKCNCLLPYTGATCEVVLAPCAPSPCRNGGECRQSEDYESFSCVCPTGWQGQTCEVDINECVLSPCRHGASCQNTHGGYRCHCQAGYSGRNCETDIDDCRPNPCHNGGSCTDGINTAFCDCLPGFRGTFCEEDINECASDPCRNGANCTDCVDSYTCTCPAGFSGIHCENNTPDCTESSCFNGGTCVDGINSFTCLCPPGFTGSYCQHDVNECDSQPCLHGGTCQDGCGSYRCTCPQGYTGPNCQNLVHWCDSSPCKNGGKCWQTHTQYRCECPSGWTGLYCDVPSVSCEVAAQRQGVDVARLCQHGGLCVDAGNTHHCRCQAGYTGSYCEDLVDECSPSPCQNGATCTDYLGGYSCKCVAGYHGVNCSEEIDECLSHPCQNGGTCLDLPNTYKCSCPRGTQGVHCEINVDDCNPPVDPVSRSPKCFNNGTCVDQVGGYSCTCPPGFVGERCEGDVNECLSNPCDARGTQNCVQRVNDFHCECRAGHTGRRCESVINGCKGKPCKNGGTCAVASNTARGFTCKCPAGFEGATCENDARTCGSLRCLNGGTCISGPRSPTCLCLGPFTGPECQFPASSPCLGGNPCYNQGTCEPTSESPFYRCLCPAKFNGLLCHILDYSFGGGAGRDIPPPLIEEACELPECQEDAGNKVCSLQCNNHACGWDGGDCSLNFNDPWKNCTQSLQCWKYFSDGHCDSQCNSAGCLFDGFDCQRAEGQCNPLYDQYCKDHFSDGHCDQGCNSAECEWDGLDCAEHVPERLAAGTLVVVVLMPPEQLRNSSFHFLRELSRVLHTNVVFKRDAHGQQMIFPYYGREEELRKHPIKRAAEGWAAPDALLGQVKASLLPGGSEGGRRRRELDPMDVRGSIVYLEIDNRQCVQASSQCFQSATDVAAFLGALASLGSLNIPYKIEAVQSETVEPPPPAQLHFMYVAAAAFVLLFFVGCGVLLSRKRRRQHGQLWFPEGFKVSEASKKKRREPLGEDSVGLKPLKNASDGALMDDNQNEWGDEDLETKKFRFEEPVVLPDLDDQTDHRQWTQQHLDAADLRMSAMAPTPPQGEVDADCMDVNVRGPDGFTPLMIASCSGGGLETGNSEEEEDAPAVISDFIYQGASLHNQTDRTGETALHLAARYSRSDAAKRLLEASADANIQDNMGRTPLHAAVSADAQGVFQILIRNRATDLDARMHDGTTPLILAARLAVEGMLEDLINSHADVNAVDDLGKSALHWAAAVNNVDAAVVLLKNGANKDMQNNREETPLFLAAREGSYETAKVLLDHFANRDITDHMDRLPRDIAQERMHHDIVRLLDEYNLVRSPQLHGAPLGGTPTLSPPLCSPNGYLGSLKPGVQGKKVRKPSSKGLACGSKEAKDLKARRKKSQDGKGCLLDSSGMLSPVDSLESPHGYLSDVASPPLLPSPFQQSPSVPLNHLPGMPDTHLGTGHLNVAAKPEMAALGGGGRLAFETGPPRLSHLPVASGTSTVLGSSSGGALNFTVGGSTSLNGQCEWLSRLQSGMVPNQYNPLRGSVAPGPLSTQAPSLQHGMVGPLHSSLAASALSQMMSYQGLPSTRLATQPHLVQTQQVQPQNLQMQQQNLQPANIQQQQSLQPPPPPPQPHLGVSSAASGHLGRSFLSGEPSQADVQPLGPSSLAVHTILPQESPALPTSLPSSLVPPVTAAQFLTPPSQHSYSSPVDNTPSHQLQVPEHPFLTPSPESPDQWSSSSPHSNVSDWSEGVSSPPTSMQSQIARIPEAFK(서열번호 244).
인간 신경 유전자좌 노치 동족체 단백질 2 이소폼 1 단백질원 NP_077719.2: SMPALRPALLWALLALWLCCAAPAHALQCRDGYEPCVNEGMCVTYHNGTGYCKCPEGFLGEYCQHRDPCEKNRCQNGGTCVAQAMLGKATCRCASGFTGEDCQYSTSHPCFVSRPCLNGGTCHMLSRDTYECTCQVGFTGKECQWTDACLSHPCANGSTCTTVANQFSCKCLTGFTGQKCETDVNECDIPGHCQHGGTCLNLPGSYQCQCPQGFTGQYCDSLYVPCAPSPCVNGGTCRQTGDFTFECNCLPGFEGSTCERNIDDCPNHRCQNGGVCVDGVNTYNCRCPPQWTGQFCTEDVDECLLQPNACQNGGTCANRNGGYGCVCVNGWSGDDCSENIDDCAFASCTPGSTCIDRVASFSCMCPEGKAGLLCHLDDACISNPCHKGALCDTNPLNGQYTCTCPQGYKGADCTEDVDECAMANSNPCEHAGKCVNTDGAFHCECLKGYAGPRCEMDINECHSDPCQNDATCLDKTGGFTCLCMPGFKGVHCELEINECQSNPCVNNGQCVDKVNRFQCLCPPGFTGPVCQIDIDDCSSTPCLNGAKCIDHPNGYECQCATGFTGVLCEENIDNCDPDPCHHGQCQDGIDSYTCICNPGYMGATCSDQIDECYSSPCLNDGRCIDLVNGYQCNCQPGTSGVNCEINFDDCASNPCIHGTCMDGINRYSCVCSPGFTGQRCNIDIDECASNPCRKGATCINGVNGFRCTCPEGPHHPSCYSQVNECLSNPCIHGNCTGGLSGYKCLCDAGWVGINCEVDKNECLSNPCQNGGTCDNLVNGYRCTCKKGFKGYNCQVNIDECASNPCLNQGTCFDDISGYTCHCVLPYTGKNCQTVLAPCSPNPCENAAVCKESPNFESYTCLCAPGWQGQRCTIDIDECISKPCMNHGLCHNTQGSYMCECPPGFSGMDCEEDIDDCLANPCQNGGSCMDGVNTFSCLCLPGFTGDKCQTDMNECLSEPCKNGGTCSDYVNSYTCKCQAGFDGVHCENNINECTESSCFNGGTCVDGINSFSCLCPVGFTGSFCLHEINECSSHPCLNEGTCVDGLGTYRCSCPLGYTGKNCQTLVNLCSRSPCKNKGTCVQKKAESQCLCPSGWAGAYCDVPNVSCDIAASRRGVLVEHLCQHSGVCINAGNTHYCQCPLGYTGSYCEEQLDECASNPCQHGATCSDFTGGYRCECVPGYQGVNCEYEVDECQNQPCQNGGTCIDLVNHFKCSCPPGTRGLLCEENIDDCARGPHCLNGGQCMDRTGGYSCRCLPGFAGERCEGDINECLSNPCSSEGSLDCIQLTNDYLCVCRSAFTGRHCETFVDVCPQMPCLNGGTCAVASNMPDGFTCRCPPGFSGARCQSSCGQVKCRKGEQCVHTASGPRCFCPSPRDCESGCASSPCQHGGSCHPQRQPPYYSCQCAPPFSGSRCELYTAPPSTPPATCLSQYCADKARDGVCDEACNSHACQWDGGDCSLIMENPWANCSSPLPCWDYINNQCDELCNTVECLFDNFECQGNSKTCKYDKYCADHFKDNHCDQGCNSEECGWDGLDCAADQPENLAEGTLVIVVLMPPEQLLQDARSFLRALGTLLHTNLRIKRDSQGELMVYPYYGEKSAAMKKQRMTRRSLPGEQEQEVAGSKVFLEIDNRQCVQDSDHCFKNTDAAAALLASHAIQGTLSYPLVSVVSESLTPERTQLLYLLAVAVVIILFIILLGVIMAKRKRKHGSLWLPEGFTLRRDASNHKRREPVGQDAVGLKNLSVQVSEANLTGTGTSEHWVDDEGPQPKKVKAEDEALLSEEDDPIDRRPWTQQHLEAADIRRTPSLALTPPQAEQEVDVLDVNVRGPDGCTPLMLASLRGGSSDLSDEDEDAEDSSANIITDLVYQGASLQAQTDRTGEMALHLAARYSRADAAKRLLDAGADANAQDNMGRCPLHAAVAADAQGVFQILIRNRVTDLDARMNDGTTPLILAARLAVEGMVAELINCQADVNAVDDHGKSALHWAAAVNNVEATLLLLKNGANRDMQDNKEETPLFLAAREGSYEAAKILLDHFANRDITDHMDRLPRDVARDRMHHDIVRLLDEYNVTPSPPGTVLTSALSPVTCGPNRSFLSLKHTPMGKKSRRPSAKSTMPTSLPNLAKEAKDAKGSRRKKSLSEKVQLSESSVTLSPVDSLESPHTYVSDTTSSPMITSPGILQASPNPMLATAAPPAPVHAQHALSFSNLHEMQPLAHGASTVLPSVSQLLSHHHIVSPGSGSAGSLSRLHPVPVPADWMNRMEVNETQYNEMFGMVLAPAEGTHPGIAPQSRPPEGKHITTPREPLPPIVTFQLIPKGSIAQPAGAPQPQSTCPPAVAGPLPTMYQIPEMARLPSVAFPTAMMPQQDGQVAQTILPAYHPFPASVGKYPTPPSQHSYASSNAAERTPSHSGHLQGEHPYLTPSPESPDQWSSSSPHSASDWSDVTTSPTPGGAGGGQRGPGTHMSEPPHNNMQVYA(서열번호 245).
인간 신경 유전자좌 노치 동족체 단백질 2 이소폼 2 전구체 NP_001186930.1: MPALRPALLWALLALWLCCAAPAHALQCRDGYEPCVNEGMCVTYHNGTGYCKCPEGFLGEYCQHRDPCEKNRCQNGGTCVAQAMLGKATCRCASGFTGEDCQYSTSHPCFVSRPCLNGGTCHMLSRDTYECTCQVGFTGKECQWIDACLSHPCANGSTCTTVANQFSCKCLTGFTGQKCETDVNECDIPGHCQHGGTCLNLPGSYQCQCPQGFTGQYCDSLYVPCAPSPCVNGGTCRQTGDFTFECNCLPGFEGSTCERNIDDCPNHRCQNGGVCVDGVNTYNCRCPPQWTGQFCTEDVDECLLQPNACQNGGTCANRNGGYGCVCVNGWSGDDCSENIDDCAFASCTPGSTCIDRVASFSCMCPEGKAGLLCHLDDACISNPCHKGALCDTNPLNGQYTCTCPQGYKGADCTEDVDECAMANSNPCEHAGKCVNTDGAFHCECLKGYAGPRCEMDINECHSDPCQNDATCLDKTGGFTCLCMPGFKGVHCELEINECQSNPCVNNGQCVDKVNRFQCLCPPGFTGPVCQIDIDDCSSTPCLNGAKCIDHPNGYECQCATGFTGVLCEENIDNCDPDPCHHGQCQDGIDSYTCICNPGYMGATCSDQIDECYSSPCLNDGRCIDLVNGYQCNCQPGTSGVNCEINFDDCASNPCIHGTCMDGINRYSCVCSPGFTGQRCNIDIDECASNPCRKGATCINGVNGFRCTCPEGPHHPSCYSQVNECLSNPCIHGNCTGGLSGYKCLCDAGWVGINCEVDKNECLSNPCQNGGTCDNLVNGYRCTCKKGFKGYNCQVNIDECASNPCLNQGTCFDDISGYTCHCVLPYTGKNCQTVLAPCSPNPCENAAVCKESPNFESYTCLCAPGWQGQRCTIDIDECISKPCMNHGLCHNTQGSYMCECPPGFSGMDCEEDIDDCLANPCQNGGSCMDGVNTFSCLCLPGFTGDKCQTDMNECLSEPCKNGGTCSDYVNSYTCKCQAGFDGVHCENNINECTESSCFNGGTCVDGINSFSCLCPVGFTGSFCLHEINECSSHPCLNEGTCVDGLGTYRCSCPLGYTGKNCQTLVNLCSRSPCKNKGTCVQKKAESQCLCPSGWAGAYCDVPNVSCDIAASRRGVLVEHLCQHSGVCINAGNTHYCQCPLGYTGSYCEEQLDECASNPCQHGATCSDFTGGYRCECVPGYQGVNCEYEVDECQNQPCQNGGTCIDLVNHFKCSCPPGTRGMKSSLSIFHPGHCLKL(서열번호 246).
인간 신경 유전자좌 노치 동족체 단백질 3 전구체 NP_000426.2; MGPGARGRRRRRRPMSPPPPPPPVRALPLLLLLAGPGAAAPPCLDGSPCANGGRCTQLPSREAACLCPPGWVGERCQLEDPCHSGPCAGRGVCQSSVVAGTARFSCRCPRGFRGPDCSLPDPCLSSPCAHGARCSVGPDGRFLCSCPPGYQGRSCRSDVDECRVGEPCRHGGTCLNTPGSFRCQCPAGYTGPLCENPAVPCAPSPCRNGGTCRQSGDLTYDCACLPGFEGQNCEVNVDDCPGHRCLNGGTCVDGVNTYNCQCPPEWTGQFCTEDVDECQLQPNACHNGGTCFNTLGGHSCVCVNGWTGESCSQNIDDCATAVCFHGATCHDRVASFYCACPMGKTGLLCHLDDACVSNPCHEDATCDTNPVNGRATCTCPPGFTGGACDQDVDECSTGANPCEHLGRCVNTQGSFLCQCGRGYTGPRCETDVNECLSGPCRNQATCLDRTGQFTCTCMAGFTGTYCEVDIDECQSSPCVNGGVCKDRVNGFSCTCPSGFSGSTCQLDVDECASTPCRNGAKCVDQPDGYECRCAEGFEGTLCDRNVDDCSPDPCHHGRCVDGIASFSCACAPGYTGTRCESQVDECRSQPCRHGGKCLDLVDKYLCRCPSGTTGVNCEVNIDDCASNPCTFGVCRDGINRYDCVCQPGFTGPLCNVEINECASSPCGEGGSCVDGENGFRCLCPPGSLPPLCLPPSHPCAHEPCSHGTCYDAPGGFRCVCEPGWSGPRCSQSLARDACESQPCRAGGTCSSDGMGFHCTCPPGVQGRQCELLSPCIPNPCEHGGRCESAPGQLPVCSCPQGWQGPRCQQDVDECAGPAPCGPHGTCTNLAGSFSCTCHGGYTGPSCDQDINDCDPNPCLNGGSCQDGVGSFSCSCLPGFAGPRCARDVDECLSNPCGPGTCTDHVASFTCTCPPGYGGFHCEQDLPDCSPSSCFNGGTCVDGVNSFSCLCRPGYTGAHCQHEADPCLSRPCLHGGVCSAAHPGFRCTCLESFTGPQCQTLVDWCSRQPCQNGGRCVQTGAYCLCPPGWSGRLCDIRSLPCREAAAQTGVRLEQLCQAGGQCVDEDSSHYCVCPEGRTGSHCEQEVDPCLAQPCQHGGTCRGYMGGYMCECLPGYNGDNCEDDVDECASQPCQHGGSCIDLVARYLCSCPPGTLGVLCEINEDDCGPGPPLDSGPRCLHNGTCVDLVGGFRCTCPPGYTGLRCEADINECRSGACHAAHTRDCLQDPGGGFRCLCHAGFSGPRCQTVLSPCESQPCQHGGQCRPSPGPGGGLTFTCHCAQPFWGPRCERVARSCRELQCPVGVPCQQTPRGPRCACPPGLSGPSCRSFPGSPPGASNASCAAAPCLHGGSCRPAPLAPFFRCACAQGWTGPRCEAPAAAPEVSEEPRCPRAACQAKRGDQRCDRECNSPGCGWDGGDCSLSVGDPWRQCEALQCWRLFNNSRCDPACSSPACLYDNFDCHAGGRERTCNPVYEKYCADHFADGRCDQGCNTEECGWDGLDCASEVPALLARGVLVLTVLLPPEELLRSSADFLQRLSAILRTSLRFRLDAHGQAMVFPYHRPSPGSEPRARRELAPEVTGSVVMLEIDNRLCLQSPENDHCFPDAQSAADYLGALSAVERLDFPYPLRDVRGEPLEPPEPSVPLLPLLVAGAVLLLVILVLGVMVARRKREHSTLWFPEGFSLHKDVASGHKGRREPVGQDALGMKNMAKGESLMGEVATDWMDTECPEAKRLKVEEPGMGAEEAVDCRQWTQHHLVAADIRVAPAMALTPPQGDADADGMDVNVRGPDGFTPLMLASFCGGALEPMPTEEDEADDTSASIISDLTCQGAQLGARTDRTGETALHLAARYARADAAKRLLDAGADTNAQDHSGRTPLHTAVTADAQGVFQILIRNRSTDLDARMADGSTALILAARLAVEGMVEELIASHADVNAVDELGKSALHWAAAVNNVEATLALLKNGANKDMQDSKEETPLFLAAREGSYEAAKLLLDHFANREITDHLDRLPRDVAQERLHQDIVRLLDQPSGPRSPPGPHGLGPLLCPPGAFLPGLKAAQSGSKKSRRPPGKAGLGPQGPRGRGKKLTLACPGPLADSSVTLSPVDSLDSPRPFGGPPASPGGFPLEGPYAAATATAVSLAQLGGPGRAGLGRQPPGGCVLSLGLLNPVAVPLDWARLPPPAPPGPSFLLPLAPGPQLLNPGTPVSPQERPPPYLAVPGHGEEYPAAGAHSSPPKARFLRVPSEHPYLTPSPESPEHWASPSPPSLSDWSESTPSPATATGAMATTTGALPAQPLPLSVPSSLAQAQTQLGPQPEVTPKRQVLA(서열번호 247).
인간 신경 유전자좌 노치 동족체 단백질 4 단백질원 NP_004548.3: MQPPSLLLLLLLLLLLCVSVVRPRGLLCGSFPEPCANGGTCLSLSLGQGTCQCAPGFLGETCQFPDPCQNAQLCQNGGSCQALLPAPLGLPSSPSPLTPSFLCTCLPGFTGERCQAKLEDPCPPSFCSKRGRCHIQASGRPQCSCMPGWTGEQCQLRDFCSANPCVNGGVCLATYPQIQCHCPPGFEGHACERDVNECFQDPGPCPKGTSCHNTLGSFQCLCPVGQEGPRCELRAGPCPPRGCSNGGTCQLMPEKDSTFHLCLCPPGFTGPDCEVNPDNCVSHQCQNGGTCQDGLDTYTCLCPETWTGWDCSEDVDECETQGPPHCRNGGTCQNSAGSFHCVCVSGWGGTSCEENLDDCIAATCAPGSTCIDRVGSFSCLCPPGRTGLLCHLEDMCLSQPCHGDAQCSTNPLTGSTLCLCQPGYSGPTCHQDLDECLMAQQGPSPCEHGGSCLNTPGSFNCLCPPGYTGSRCEADHNECLSQPCHPGSTCLDLLATFHCLCPPGLEGQLCEVETNECASAPCLNHADCHDLLNGFQCTCLPGFSGTRCEEDIDECRSSPCANGGQCQDQPGAFHCKCLPGFEGPRCQTEVDECLSDPCPVGASCLDLPGAFFCLCPSGFTGQLCEVPLCAPNLCQPKQTCKDQKDKANCLCPDGSPGCAPPEDNCTCHHGHCQRSSCVCDVGWTGPECEAELGGCISAPCAHGGTCYPQPSGYNCTCPTGYTGPTCSEEMTACHSGPCLNGGSCNPSPGGYYCTCPPSHTGPQCQTSTDYCVSAPCFNGGTCVNRPGTFSCLCAMGFQGPRCEGKLRPSCADSPCRNRATCQDSPQGPRCLCPTGYTGGSCQTLMDLCAQKPCPRNSHCLQTGPSFHCLCLQGWTGPLCNLPLSSCQKAALSQGIDVSSLCHNGGLCVDSGPSYFCHCPPGFQGSLCQDHVNPCESRPCQNGATCMAQPSGYLCQCAPGYDGQNCSKELDACQSQPCHNHGTCTPKPGGFHCACPPGFVGLRCEGDVDECLDQPCHPTGTAACHSLANAFYCQCLPGHTGQWCEVEIDPCHSQPCFHGGTCEATAGSPLGFTCHCPKGFEGPTCSHRAPSCGFHHCHHGGLCLPSPKPGFPPRCACLSGYGGPDCLTPPAPKGCGPPSPCLYNGSCSETTGLGGPGFRCSCPHSSPGPRCQKPGAKGCEGRSGDGACDAGCSGPGGNWDGGDCSLGVPDPWKGCPSHSRCWLLFRDGQCHPQCDSEECLFDGYDCETPPACTPAYDQYCHDHFHNGHCEKGCNTAECGWDGGDCRPEDGDPEWGPSLALLVVLSPPALDQQLFALARVLSLTLRVGLWVRKDRDGRDMVYPYPGARAEEKLGGIRDPTYQERAAPQTQPLGKETDSLSAGFVVVMGVDLSRCGPDHPASRCPWDPGLLLRFLAAMAAVGALEPLLPGPLLAVHPHAGTAPPANQLPWPVLCSPVAGVILLALGALLVLQLIRRRRREHGALWLPPGFTRRPRTQSAPHRRRPPLGEDSTGLKALKPKAEVDEDGVVMCSGPEEGEEVGQAEETGPPSTCQLWSLSGGCGALPQAAMLIPPQESEMEAPDLDTRGPDGVTPLMSAVCCGEVQSGTFQGAWLGCPEPWEPLLDGGACPQAHTVGTGETPLHLAARFSRPTAARRLLEAGANPNQPDRAGRTPLHAAVAADAREVCQLLLRSRQTAVDARTEDGTTPLMLAARLAVEDLVEELIAAQADVGARDKWGKTALHWAAAVNNARAARSLLQAGADKDAQDNREQTPLFLAAREGAVEVAQLLLGLGAARELRDQAGLAPADVAHQRNHWDLLTLLEGAGPPEARHKATPGREAGPFPRARTVSVSVPPHGGGALPRCRTLSAGAGPRGGGACLQARTWSVDLAARGGGAYSHCRSLSGVGAGGGPTPRGRRFSAGMRGPRPNPAIMRGRYGVAAGRGGRVSTDDWPCDWVALGACGSASNIPIPPPCLTPSPERGSPQLDCGPPALQEMPINQGGEGKK(서열번호 248).
일부 실시형태에서, 키메라 노치 수용체 폴리펩티드의 노치 코어는 서열번호 244 서열번호 245, 서열번호 246, 서열번호 247, 또는 서열번호 248 중 일부를 함유한다. 일부 실시형태에서, 키메라 노치 수용체 폴리펩티드는 서열번호 244 서열번호 245, 서열번호 246, 서열번호 247, 또는 서열번호 248의 50 내지 1000개 아미노산을 함유한다. 일부 실시형태에서, 키메라 노치 수용체 폴리펩티드는 서열번호 244 서열번호 245, 서열번호 246, 서열번호 247, 또는 서열번호 248의 50 내지 900개 아미노산, 100 내지 800개 아미노산, 200 내지 700개 아미노산, 300 내지 600개 아미노산, 400 내지 500개 아미노산을 함유한다. 일부 실시형태에서, 본원에 기재된 바와 같은 노치의 아미노산 서열은 서열번호 244 서열번호 245, 서열번호 246, 서열번호 247, 또는 서열번호 248 내의 상응하는 아미노산 서열과 적어도 80% 동일하다. 일부 실시형태에서, 노치의 아미노산 서열은 서열번호 244 서열번호 245, 서열번호 246, 서열번호 247, 또는 서열번호 248 내의 상응하는 아미노산 서열과 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일하다. 일부 실시형태에서, 본원에 기재된 바와 같은 노치의 아미노산 서열은 서열번호 244 서열번호 245, 서열번호 246, 서열번호 247, 또는 서열번호 248의 아미노산 서열로부터 1 내지 50개 아미노산, 예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 또는 100개 아미노산만큼 달라질 수 있다. 인간 노치1 코어 조절 도메인(인간 노치1 코어 조절 영역, hN1 c): 인간 노치1(NP _060087)의 NECD 상의 마지막 EGF 이후의 ile1427을 hN1 c의 N-말단으로서 사용하였다. 막관통 도메인의 C-말단에서 5개의 연속적인 염기성 아미노산(RKRRR(서열번호 249))의 마지막 Arg1762는 hN 1C의 C-말단으로서 제공된다. hN1c 및 mN1c의 서열은 고도로 유사하였다.
ILDYSFGGGAGRDIPPPLIEEACELPECQEDAGNKVCSLQCNNHACGWDGGDCSLNFNDPWKNCTQSLQCWKYFSDGHCDSQCNSAGCLFDGFDCQRAEGQCNPLYDQYCKDHFSDGHCDQGCNSAECEWDGLDCAEHVPERLAAGTLVVVVLMPPEQLRNSSFHFLRELSRVLHTNVVFKRDAHGQQMIFPYYGREEELRKHPIKRAAEGWAAPDALLGQVKASLLPGGSEGGRRRRELDPMDVRGSIVYLEIDNRQCVQASSQCFQSATDVAAFLGALASLGSLNIPYKIEAVQSETVEPPPPAQLHFMYVAAAAFVLLFFVGCGVLLSRKRRRNRR(서열번호 250)(위치 1 내지 294에 hN1c를 가짐, 295 내지 336은 TMD임). 인간 노치2 코어 조절 도메인(인간 노치2 코어 조절 영역, hN2 c): 인간 노치2(NP _077719)의 NECD 상의 마지막 EGF 반복부 이후의 leu1413을 hN2 c의 N-말단으로서 사용하였다. 막관통 도메인의 C-말단에서 4개의 연속적인 염기성 아미노산(KRKR(서열번호 258))의 마지막 Arg1704는 hN 2C의 C-말단으로서 제공된다.
LYTAPPSTPPATCLSQYCADKARDGVCDEACNSHACQWDGGDCSLTMENPWANCSSPLPCWDYINNQCDELCNTVECLFDNFECQGNSKTCKYDKYCADHFKDNHCDQGCNSEECGWDGLDCAADQPENLAEGTLVIVVLMPPEQLLQDARSFLRALGTLLHTNLRIKRDSQGELMVYPYYGEKSAAMKKQRMTRRSLPGEQEQEVAGSKVFLEIDNRQCVQDSDHCFKNTDAAAALLASHAIQGTLSYPLVSVVSESLTPERTQLLYLLAVAVVIILFIILLGVIMAKRKR(서열번호 251). 인간 노치3 코어 조절 도메인(인간 노치3 코어 조절 영역, hN3 c): 인간 노치3(NP-000426)의 NECD 상의 마지막 EGF 반복부 이후의 pro1375를 hN3 c의 N-말단으로서 사용하였다. 막관통 도메인의 C-말단에서 4개의 연속적인 염기성 아미노산(RRKR(서열번호 259))의 마지막 Arg1669는 hN 3C의 C-말단으로서 제공된다.
PAAAPEVSEEPRCPRAACQAKRGDQRCDRECNSPGCGWDGGDCSLSVGDPWRQCEALQCWRLFNNSRCDPACSSPACLYDNFDCHAGGRERTCNPVYEKYCADHFADGRCDQGCNTEECGWDGLDCASEVPALLARGVLVLTVLLPPEELLRSSADFLQRLSAILRTSLRFRLDAHGQAMVFPYHRPSPGSEPRARRELAPEVIGSVVMLEIDNRLCLQSPENDHCFPDAQSAADYLGALSAVERLDFPYPLRDVRGEPLEPPEPSVPLLPLLVAGAVLLLVILVLGVMVARRKR(서열번호 252). 인간 노치4 코어 조절제y 도메인(인간 노치4 코어 조절 영역, hN3 c): 인간 노치4(NP-004548)의 NECD 상의 반복부의 마지막 EGF 반복부 이후의 pro1162를 hN4 c의 N-말단으로서 사용하였다. 막관통 도메인의 C-말단에서 5개의 연속적인 염기성 아미노산(RRRRRRR(서열번호 253))의 마지막 Arg1476은 hN 4C의 C-말단으로서 제공된다.
PHSSPGPRCQKPGAKGCEGRSGDGACDAGCSGPGGNWDGGDCSLGVPDPWKGCPSHSRCWLLFRDGQCHPQCDSEECLFDGYDCETPPACTPAYDQYCHDHFHNGHCEKGCNTAECGWDGGDCRPEDGDPEWGPSLALLVVLSPPALDQQLFALARVLSLTLRVGLWVRKDRDGRDMVYPYPGARAEEKLGGTRDPTYQERAAPQTQPLGKETDSLSAGFVVVMGVDLSRCGPDHPASRCPWDPGLLLRFLAAMAAVGALEPLLPGPLLAVHPHAGTAPPANQLPWPVLCSPVAGVILLALGALLVLQLIRRRRR(서열번호 254).
상기에 언급된 바와 같이, 본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드는 PSCA에 대한 항-PSCA 결합 도메인의 결합 이후에 방출되는 세포내 도메인을 포함하고, 여기서 PSCA에 대한 synNotch 수용체 폴리펩티드의 결합은 상기에 언급된 단백질분해 절단 부위의 절단을 유도한다. 세포내 도메인은 synNotch 수용체 폴리펩티드에 이종성인 아미노산 서열을 포함한다. 즉, 세포내 도메인은 synNotch 수용체 폴리펩티드에 자연적으로 존재하지 않는 아미노산 서열을 포함한다.
synNotch 수용체 폴리펩티드로부터 방출되는 경우 세포내 도메인은 이펙터 기능을 제공하는데, 여기서 이펙터 기능은 본 개시내용에서는 항-PSMA CAR의 발현인, 표적 유전자의 전사를 변화시킨다. 일부 실시형태에서, 세포내 도메인은 synNotch 수용체 폴리펩티드로부터 방출되는 경우 항-PSMA CAR의 전사를 증가시킨다.
일부 경우에, 전사 인자는 예를 들어, 징크-핑거-기반 인공 전사 인자(예를 들어, 문헌[Sera T. Adv Drug Deliv Rev. 2009 61(7-8):513-26]; 문헌[Collins et al. Curr Opin Biotechnol. 2003 14(4):371-8]; 문헌[Onori et al. BMC Mol Biol. 2013 14:3]에 기재된 것 포함, 상기 문헌의 개시내용은 이들의 전문이 참조에 의해 본 명세서에 포함됨)를 포함하지만 이들로 제한되지 않는 인공 전사 인자(ATF)일 수 있다. 일부 실시형태에서, 세포내 도메인은 전사 활성화제이다.
일부 경우에, 전사 활성화제는 GAL4-VP16이다. 일부 경우에, 전사 활성화제는 GAL4-VP64이다. 일부 경우에, 전사 활성화제는 Tbx21이다. 일부 경우에 전사 활성화제는 이펙터 도메인, 예컨대, VP64(전사 활성화) 또는 KRAB(전사 억제)에 융합된 조작된 단백질, 예컨대, 징크 핑거 또는 TALE 기반 DNA 결합 도메인이다. 사용에 적합한 다양한 다른 전사 트랜스액티베이터가 알려져 있다.
일부 경우에, 세포내 도메인은 다음 GAL4-VP64 서열: MKLLSSIEQACDICRLKKLKCSKEKPKCAKCLKNNWECRYSPKTKRSPLTRAHLTEVESRLERLEQLFLLIFPREDLDMILKMDSLQDIKALLTGLFVQDNVNKDAVTDRLASVETDMPLTLRQHRISATSSSEESSNKGQRQLTVS(서열번호 207)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
일부 경우에, 세포내 도메인은 다음 GAL4-VP64 서열: MKLLSSIEQACDICRLKKLKCSKEKPKCAKCLKNNWECRYSPKTKRSPLTRAHLTEVESRLERLEQLFLLIFPREDLDMILKMDSLQDIKALLTGLFVQDNVNKDAVTDRLASVETDMPLTLRQHRISATSSSEESSNKGQRQLTVSAAAGGSGGSGGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGS(서열번호 208)와 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고; 208 내지 214개 아미노산(예를 들어, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 또는 214개 아미노산) 길이를 갖는다.
일부 경우에, 세포내 도메인은 다음 GAL4-VP64 서열: MKLLSSIEQACDICRLKKLKCSKEKPKCAKCLKNNWECRYSPKTKRSPLTRAHLTEVESRLERLEQLFLLIFPREDLDMILKMDSLQDIKALLTGLFVQDNVNKDAVTDRLASVETDMPLTLRQHRISATSSSEESSNKGQRQLTVSGGGSGGGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDML(서열번호 209)과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고; 208 내지 214개 아미노산 (예를 들어, 203, 203, 204, 205, 206, 207, 또는 208개 아미노산) 길이를 갖는다.
본 개시내용은 비제한적으로 항-PSCA synNotch 항원 수용체를 암호화하는 핵산을 포함하는, 본원에 제공된 항원 결합 시스템을 암호화하는 핵산을 포함한다. 서열번호 151의 핵산 서열은 각각 서열번호 150 및 152 내지 160에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다. 서열번호 162의 핵산 서열은 각각 서열번호 161 및 163 내지 191에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다. 서열번호 173의 핵산 서열은 서열번호 172에 상응하고 이를 암호화하는 예시적인 핵산 서열을 제공한다.
일 실시형태에서, 항-PSCA synNotch 수용체 펩티드는 DIVMTQSPLSLPVTPGEPASISCRSSQSLLHSNGYNYLVWYLQKPGQSPQLLIYLGSIRASGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQPLQTPITFGQGTRLEIKGSTSGSGKPGSGEGSTKGQVQLQQWGAGLLKPSETLSLTCAVYGGSFSGNYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGGSYNYFDYWGQGTLVTVSSILDYSFTGGAGRDIPPPQIEEACELPECQVDAGNKVCNLQCNNHACGWDGGDCSLNFNDPWKNCTQSLQCWKYFSDGHCDSQCNSAGCLFDGFDCQLTEGQCNPLYDQYCKDHFSDGHCDQGCNSAECEWDGLDCAEHVPERLAAGTLVLVVLLPPDQLRNNSFHFLRELSHVLHTNVVFKRDAQGQQMIFPYYGHEEELRKHPIKRSTVGWATSSLLPGTSGGRQRRELDPMDIRGSIVYLEIDNRQCVQSSSQCFQSATDVAAFLGALASLGSLNIPYKIEAVKSEPVEPPLPSQLHLMYVAAAAFVLLFFVGCGVLLSRKRRRQHGQLWFPEGFKVSEASKKKRREPLGEDSVGLKPLKNASDGALMDDNQNEWGDEDLETKKFRFEEPVVGSMKLLSSIEQACDICRLKKLKCSKEKPKCAKCLKNNWECRYSPKTKRSPLTRAHLTEVESRLERLEQLFLLIFPREDLDMILKMDSLQDIKALLTGLFVQDNVNKDAVTDRLASVETDMPLTLRQHRISATSSSEESSNKGQRQLTVSGGGSGGGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDML(서열번호 210)과 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이들로 이루어진다. 실시형태에서 항-PSCA synNotch 수용체는 gacatcgtgatgacacagagccctctgtctttacccgttacccccggtgaacccgctagcatcagctgcagaagctcccagtctttactccacagcaacggctacaactatttagtgtggtatttacagaaacccggccagagcccccagctgctgatttatctgggctccattcgtgctagcggcgtgcccgatagattttccggcagcggaagcggcaccgacttcactttaaagatctctcgtgtggaggccgaggacgtgggcgtctactactgtatgcagcctctgcagacccccattaccttcggccaaggtactcgtctggaaatcaagggcagcaccagcggcagcggaaaacccggaagcggcgagggaagcaccaaaggccaagttcagctgcagcagtggggagctggtttactgaagcctagcgagacactgtctttaacatgcgccgtgtacggcggaagcttcagcggcaactattggagctggatcagacagcctcccggtaagggtttagagtggatcggcgagatcaaccactccggctccaccaactataacccctctttaaagtctcgtgtgaccatctccgtggacaccagcaagaaccagttctctttaaagctgagctccgtgacagccgccgacaccgctgtgtattactgtgctcgtggcggcagctacaactacttcgactactggggccaaggtaccctcgtgaccgtgtccagcatcctggactacagcttcacaggtggcgctgggcgcgacattcccccaccgcagattgaggaggcctgtgagctgcctgagtgccaggtggatgcaggcaataaggtctgcaacctgcagtgtaataatcacgcatgtggctgggatggtggcgactgctccctcaacttcaatgacccctggaagaactgcacgcagtctctacagtgctggaagtattttagcgacggccactgtgacagccagtgcaactcggccggctgcctctttgatggcttcgactgccagctcaccgagggacagtgcaaccccctgtatgaccagtactgcaaggaccacttcagtgatggccactgcgaccagggctgtaacagtgccgaatgtgagtgggatggcctagactgtgctgagcatgtacccgagcggctggcagccggcaccctggtgctggtggtgctgcttccacccgaccagctacggaacaactccttccactttctgcgggagctcagccacgtgctgcacaccaacgtggtcttcaagcgtgatgcgcaaggccagcagatgatcttcccgtactatggccacgaggaagagctgcgcaagcacccaatcaagcgctctacagtgggttgggccacctcttcactgcttcctggtacaagtggtgggcgccagcgcagggagctggaccccatggacatccgtggctccattgtctacctggagatcgacaaccggcaatgtgtgcagtcatcctcgcagtgcttccagagtgccaccgatgtggctgccttcctaggtgctcttgcgtcacttggcagcctcaatattccttacaagattgaggccgtgaagagtgagccggtggagcctccgctgccctcgcagctgcacctcatgtacgtggcagcagccgccttcgtgctcctgttctttgtgggctgtggggtgctgctgtcccgcaagcgccggcggcagcacggtcaactttggttcccagaaggcttcaaggtctccgaagcctccaagaaaaagcgaagggaaccactcggggaagacagtgtagggttgaaacctttgaagaacgccagcgatggagccttgatggatgataaccaaaatgaatggggtgatgaagacctggaaaccaaaaagtttcgctttgaggaacctgtggtaggatccatgaaactccttagcagcatcgaacaggcttgcgacatctgcaggttgaaaaaactcaagtgctcaaaagaaaagcctaagtgcgcaaagtgccttaaaaacaattgggaatgtcgctatagccccaagacaaagcggagccctctcacgagagcacacctgactgaggtagaatctcgcttggagaggctggaacagcttttcctgcttatctttccacgcgaggatctcgatatgatcctcaaaatggactccctccaggacatcaaagctctgctgactggactgtttgtacaggataatgtgaacaaggacgctgtgacagacagattggcaagcgtggagaccgatatgcccctgacccttagacagcaccggatcagtgccacctcttctagcgaggaaagttcaaataaaggacagcgccagctgacggtgagtggcggtggaagcggaggaggttccgacgctcttgatgatttcgatctcgacatgctgggatcagacgctctcgacgacttcgatttggacatgcttggatccgacgctctcgatgatttcgacctcgacatgctcggatccgatgctctggatgactttgatcttgatatgctg(서열번호 221)에 따른 서열을 갖는 핵산과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 핵산에 의해서 암호화된다.
본원에 개시된 바와 같이 세포내 도메인은, PSCA에 대한 항-PSCA 결합 도메인의 결합 시 방출되는 경우, 항-PSMA CAR의 synNotch 폴리펩티드를 발현하는 세포에서, 생산을 유도하는 폴리펩티드이다.
본 개시내용의 synNotch 수용체 폴리펩티드의 세포내 도메인은, 특정 결합 쌍의 제2 구성원에 대한 특정 결합 쌍의 제1 구성원의 결합 시에 방출되는 경우, 본원에 기재된 바와 같은 다양한 폴리펩티드의 발현을 유도할 수 있기 때문에, 일부 예에서, 2종 이상의 폴리펩티드의 유도된 발현은 논리 게이트 회로를 생성시킬 수 있다. 이러한 논리 게이트 회로는 예를 들어, "AND 게이트", "OR 게이트", "NOT 게이트" 및 이들의 조합을 포함할 수 있지만 이들로 제한되지 않고, 이것은 예를 들어, 고차 게이트, 예컨대, 고차 AND 게이트, 고차 OR 게이트, 고차 NOT 게이트, 고차 조합 게이트(즉, AND, OR 및/또는 NOT 게이트의 일부 조합을 사용하는 게이트)를 포함한다.
일부 실시형태에서 항-PSCA synNotch 수용체는 서열번호 75(EQKLISEEDL: 서열번호 222)에 제시된 아미노산 서열과 예컨대, 적어도 75% 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100%, 또는 95 내지 100%)을 갖는 Myc 태그를 포함한다. 일 실시형태에서, Myc 태그는 gagcagaagctgattagcgaggaggattta(서열번호 223)와 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 핵산 서열에 의해서 암호화된다.
조작된 T 세포 수용체(TCR)와 키메라 항원 수용체(CAR) 요법은 모두 다양한 악성종양의 치료를 위해 T 세포의 특이성과 면역요법 효과를 이용한다. 일부 연구는, 이러한 요법이, TGF-β에 의한 T 세포 억제로 인한 TME 내 억제인자에 민감할 수 있다고 시사한다(문헌[Bendle et al., J Immunol, 191:3232-3239 (2013)] 및 문헌[Vong et al., Blood, 130:1791 (2017)]). 본 개시내용은, TGF-β 억제의 존재 하에서 TCR 및/또는 CAR 확장을 유지하거나, 일부 경우에는 이를 회복시키기 위한 방법으로서, TCR 또는 CAR 요법과 조합된 본원에 기재된 DN TGF-β 수용체의 사용을 고려한다.
키메라 항원 수용체(CAR) T 세포 요법은 종양 진행에 대한 또 다른 치료 접근법을 제공한다. 임상적으로, 연구자들은 CAR 확장 및 지속성이 치료 효능과 상관관계가 있다고 입증하였다. 임의의 이론에 구애됨 없이, TME에서 발견되는 TGF-β 억제된 T 세포 집단이 CAR 요법에 반응하지 않는 환자에서 CAR T 세포 확장 및 지속성을 제한할 수 있다고 여겨진다. TME에서 생성된 저해 사이토카인은 CAR 세포 기능 및 확장을 제한하는 것으로 여겨진다. 따라서, TGF-β는 치료용 조작된 T 세포의 효능을 제한할 수 있다.
본원에 기재된 바와 같은 임의의 CAR 작제물 또는 TCR과 DN TGF-β 수용체를 조합하면, TGF-β 억제에 의해 방해를 받는 CAR T 요법의 치료 효과를 회복, 유지 또는 증강시킬 수 있다. 따라서, 본원에 기재된 일 실시형태에서, DN TGF-β 수용체, 예를 들어, DN TGF-βRI 또는 RII는 본원에 기재된 바와 같이 구성적으로 또는 조건적으로 발현된 항-PSMA CAR과 함께 T 세포 또는 NK 세포에서 공동발현된다. 일부 실시형태에서, DN TGF-β 수용체, 예를 들어, DN TGF-βRI 또는 RII는 본원에 기재된 바와 같은 항-PSMA CAR과 함께 T 세포 또는 NK 세포에서 공동발현된다. 일부 실시형태에서, DN TGF-β 수용체, 예를 들어, DN TGF-βRI 또는 RII는 본원에 기재된 바와 같은 항-PSMA CAR 및 항-PSCA synNotch 수용체와 함께 T 세포 또는 NK 세포에서 공동발현된다. DN TGF-β 수용체는 국제 특허 공개 PCT/US2020/070157호에 기재되어 있고, 이것은 이의 전문이 참조에 의해 본 명세서에 포함된다.
우성 음성 TGF-β 수용체는 TME에서 TGF-β의 면역억제 효과를 저해하도록 설계되어 있다. 이러한 작제물은 또한 사이토카인 신호전달을 자극하여 TME에서 T 세포 또는 NK기능을 증강시킬 수 있다. 본원에 기재된 작제물은 TGF-β 유도 면역억제를 저해하기 위해 단독으로, 서로 조합으로 및/또는 다른 면역요법과 조합으로 사용될 수 있다.
조작된 TGF-β 수용체는 N-말단, 예를 들어, DN TGF-βRI의 세포외 리간드 결합 도메인의 N-말단에 N-말단 신호 펩티드를 포함할 수 있다. 일 실시형태에서, 이종 신호 펩티드가 사용될 수 있다. DN TGF-βRI의 세포외 도메인은 초기 단백질을 소포체로 유도하고, 이어서 세포 표면으로 전위시키는 리더 또는 신호 펩티드에 융합될 수 있다. 신호 펩티드를 함유하는 폴리펩티드가 세포 표면에서 발현되면, 신호 펩티드는 일반적으로 소포체에서의 폴리펩티드의 처리 및 세포 표면으로의 전위 동안 단백질분해에 의해 제거되는 것으로 이해된다. 따라서, DN TGF-βRI과 같은 폴리펩티드는 일반적으로 세포 표면에서 신호 펩티드가 결여된 성숙 단백질로 발현되지만, 폴리펩티드의 전구 형태는 신호 펩티드를 포함한다. 임의의 적합한 신호 서열이 사용될 수 있다. 본원에 기재된 일 실시형태에서, DN TGF-βRI는 서열번호 224 또는 이의 일부와 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. MEAAVAAPRPRLLLLVLAAAAAAAAALLPGATA(서열번호 224).
신호 펩티드 또는 리더는 DN TGF-βRI의 글리코실화를 촉진시킬 수 있다. 신호 서열 또는 리더는 일반적으로 분비 경로로의 진입을 지시하는 새로 합성된 단백질의 N-말단 또는 C-말단에 존재하는 펩티드 서열이다. 본 개시내용에서, 신호 펩티드는 융합 단백질로서 DN TGF-βRI의 세포외 항원 결합 도메인의 N-말단에 연결된다. 일 실시형태에서, DN TGF-βRI는 적어도 75% 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100%, 또는 95 내지 100%)을 갖는 세포외 리간드 결합 도메인, 야생형 TGF-βRI 및 세포외 도메인 TGF-βRI의 N-말단에서 신호 펩티드(서열번호 225의 아미노산 서열과 적어도 75% 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85 내지 90%, 85 내지 95%, 85 내지 100%, 90 내지 95%, 90 내지 100%, 또는 95 내지 100%의 동일성)을 가짐)를 포함한다.
MEAAVAAPRPRLLLLVLAAAAAAAAALLPGATALQCFCHLCTKDNFTCVTDGLCFVSVTETTDKVIHNSMCIAEIDLIPRDRPFVCAPSSKTGSVTTTYCCNQDHCNKIELPTTVKSSPGLGPVEL(서열번호 225).
조작된 DN TGF-βRII 작제물은 또한 TGF-βRII의 세포외 리간드 결합 도메인의 N-말단에 N-말단 신호 펩티드를 포함할 수 있다. 일 실시형태에서, 이종 신호 펩티드가 사용될 수 있다. DN TGF-βRII의 세포외 도메인은 초기 단백질을 소포체로 유도하고, 이어서 세포 표면으로 전위시키는 리더 또는 신호 펩티드에 융합될 수 있다. 신호 펩티드를 함유하는 폴리펩티드가 세포 표면에서 발현되면, 신호 펩티드는 일반적으로 소포체에서의 폴리펩티드의 처리 및 세포 표면으로의 전위 동안 단백질분해에 의해 제거되는 것으로 이해된다. 따라서, DN TGF-βRII와 같은 폴리펩티드는 일반적으로 세포 표면에서 신호 펩티드가 결여된 성숙 단백질로 발견되지만, 폴리펩티드의 전구 형태는 신호 펩티드를 포함한다. 임의의 적합한 신호 서열이 사용될 수 있다. 본원에 기재된 일 실시형태에서, 본원에 기재된 DN TGF-βRII 작제물은 서열번호 226의 아미노산 서열 또는 이의 일부와 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 신호 서열을 포함한다. MGRGLLRGLWPLHIVLWTRIAS(서열번호 226). 또 다른 실시형태에서, 신호 서열은 서열번호 137 또는 이의 일부와 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 집락자극인자 2 수용체 알파 서브유닛(CSF2Rα)에서 유도된다. MLLLVTSLLLCELPHPAFLLIP(서열번호 137). 본원에 기재된 신호 서열은 또한 선택적으로, 비제한적으로, V5-태그, myc-태그, HA-태그, Spot-태그, NE-태그를 포함하는 임의의 적합한 단백질 태그와 함께 사용될 수 있다. 본원에 기재된 일 실시형태에서, 신호 서열과 태그는 서열번호 227과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. MLLLVTSLLLCELPHPAFLLIPEQKLISEEDL(서열번호 227).
이러한 신호 펩티드의 사용은 예시적인 것으로 이해된다. 당업계에 널리 알려진 임의의 적합한 신호 펩티드를 DN TGF-βRI 또는 RII에 적용하여 면역세포에서 세포 표면 발현을 제공할 수 있다. 본원에 개시된 폴리펩티드의 신호 펩티드 중 임의의 것을 포함하는 유용한 신호 펩티드는, T 세포 또는 NK 세포 또는 이의 전구세포에서 자연적으로 발현되는 세포 표면 단백질에서 유도될 수 있다. 따라서, 임의의 적합한 신호 펩티드를 이용하여 DN TGF-βRI RII가 T 세포 또는 NK 세포의 세포 표면에서 발현되도록 지시할 수 있다.
실시형태에서, DN TGF-βRI는 서열번호 228의 아미노산 서열과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
MEAAVAAPRPRLLLLVLAAAAAAAAALLPGATALQCFCHLCTKDNFTCVTDGLCFVSVTETTDKVIHNSMCIAEIDLIPRDRPFVCAPSSKTGSVTTTYCCNQDHCNKIELPTTVKSSPGLGPVELAAVIAGPVCFVCISLMLMVYIRVNRQ(서열번호 228).
일 실시형태에서, DN TGF-βRII는 서열번호 229의 아미노산 서열과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
MGRGLLRGLWPLHIVLWTRIASTIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDLLLVIFQVTGISLLPPLGVAISVIIIFYCYRVNRQ(서열번호 229).
일 실시형태에서, DN TGF-βRII는 서열번호 230의 아미노산 서열과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
TIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPD(서열번호 230).
본원에 기재된 일 실시형태에서, DN TGF-βRII는 서열번호 231의 아미노산 서열에 제시된 바와 같은 야생형 TGF-βRII와 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
TIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDLLLVIFQVTGISLLPPLGVAISVIIIFYCY(서열번호 231).
본원에 기재된 일 실시형태에서, DN TGF-βRII는 서열번호 232의 아미노산 서열과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
TIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDSGPILLTISILSFFSVALLVIL(서열번호 232).
본원에 기재된 일 실시형태에서, DN TGF-βRII는 서열번호 233의 아미노산 서열에 제시된 바와 같은 서열과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
TIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDSGPILLTCPTISILSFFSVALLVIL(서열번호 233).
본원에 기재된 일 실시형태에서, DN TGF-βRII는 서열번호 234와 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
ACVLWKKRIKPIVWPSLPDHKKTLEHLCKKPRKNLNVSFNPESFLDCQIHRVDDIQARDEVEGFLQDTFPQQLEESEKQRLGGDVQSPNCPSEDVVITPESFGRDSSLTCLAGNVSACDAPILSSSRSLDCRESGKNGPHVYQDLLLSLGTTNSTLPPPFSLQSGILTLNPVAQGQPILTSLGSNQEEAYVTMSSFYQNQ(서열번호 234).
본원에 기재된 일 실시형태에서, DN TGF-βRII는 서열번호 235의 아미노산 서열과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
TIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDSGPILLTISILSFFSVALLVILACVLWKKRIKPIVWPSLPDHKKTLEHLCKKPRKNLNVSFNPESFLDCQIHRVDDIQARDEVEGFLQDTFPQQLEESEKQRLGGDVQSPNCPSEDVVITPESFGRDSSLTCLAGNVSACDAPILSSSRSLDCRESGKNGPHVYQDLLLSLGTTNSTLPPPFSLQSGILTLNPVAQGQPILTSLGSNQEEAYVTMSSFYQNQ(서열번호 235).
본원에 기재된 일 실시형태에서, DN TGF-βRII는 서열번호 236의 아미노산 서열과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
TIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDSGPILLTCPTISILSFFSVALLVILACVLWKKRIKPIVWPSLPDHKKTLEHLCKKPRKNLNVSFNPESFLDCQIHRVDDIQARDEVEGFLQDTFPQQLEESEKQRLGGDVQSPNCPSEDVVITPESFGRDSSLTCLAGNVSACDAPILSSSRSLDCRESGKNGPHVYQDLLLSLGTTNSTLPPPFSLQSGILTLNPVAQGQPILTSLGSNQEEAYVTMSSFYQNQ(서열번호 236).
일 실시형태에서, 조작된 DN TGF-βRII는 서열번호 237의 아미노산 서열과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
MLLLVTSLLLCELPHPAFLLIPTIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPD(서열번호 237).
일 실시형태에서, 조작된 DN TGF-βRII는 서열번호 238과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
MLLLVTSLLLCELPHPAFLLIPEQKLISEEDLTIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPD(서열번호 238).
일 실시형태에서, 조작된 DN TGF-βRII는 서열번호 239와 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
MLLLVTSLLLCELPHPAFLLIPTIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDSGPILLTISILSFFSVALLVILACVLWKKRIKPIVWPSLPDHKKTLEHLCKKPRKNLNVSFNPESFLDCQIHRVDDIQARDEVEGFLQDTFPQQLEESEKQRLGGDVQSPNCPSEDVVITPESFGRDSSLTCLAGNVSACDAPILSSSRSLDCRESGKNGPHVYQDLLLSLGTTNSTLPPPFSLQSGILTLNPVAQGQPILTSLGSNQEEAYVTMSSFYQNQ(서열번호 239).
일 실시형태에서, 조작된 DN TGF-βRII는 서열번호 240과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
MLLLVTSLLLCELPHPAFLLIPEQKLISEEDLTIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDSGPILLTISILSFFSVALLVILACVLWKKRIKPIVWPSLPDHKKTLEHLCKKPRKNLNVSFNPESFLDCQIHRVDDIQARDEVEGFLQDTFPQQLEESEKQRLGGDVQSPNCPSEDVVITPESFGRDSSLTCLAGNVSACDAPILSSSRSLDCRESGKNGPHVYQDLLLSLGTTNSTLPPPFSLQSGILTLNPVAQGQPILTSLGSNQEEAYVTMSSFYQNQ(서열번호 240).
일 실시형태에서, 조작된 DN TGF-βRII는 서열번호 241과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
MLLLVTSLLLCELPHPAFLLIPTIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDSGPILLTISILSFFSVALLVILACVLWKKRIKPIVWPSLPDHKKTLEHLCKKPRKNLNVSFNPESFLDCQIHRVDDIQARDEVEGFLQDTFPQQLEESEKQRLGGDVQSPNCPSEDVVITPESFGRDSSLTCLAGNVSACDAPILSSSRSLDCRESGKNGPHVYQDLLLSLGTTNSTLPPPFSLQSGILTLNPVAQGQPILTSLGSNQEEAYVTMSSFYQNQ(서열번호 241).
일 실시형태에서, 조작된 DN TGF-βRII는 서열번호 242와 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
MLLLVTSLLLCELPHPAFLLIPEQKLISEEDLTIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDSGPILLTCPTISILSFFSVALLVILACVLWKKRIKPIVWPSLPDHKKTLEHLCKKPRKNLNVSFNPESFLDCQIHRVDDIQARDEVEGFLQDTFPQQLEESEKQRLGGDVQSPNCPSEDVVITPESFGRDSSLTCLAGNVSACDAPILSSSRSLDCRESGKNGPHVYQDLLLSLGTTNSTLPPPFSLQSGILTLNPVAQGQPILTSLGSNQEEAYVTMSSFYQNQ(서열번호 242).
일 실시형태에서, 조작된 DN TGF-βRII는 서열번호 243과 적어도 75%의 서열 동일성(예컨대, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%의 동일성; 예를 들어, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100%, 또는 95% 내지 100%의 동일성)을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
MLLLVTSLLLCELPHPAFLLIPTIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDSGPILLTCPTISILSFFSVALLVILACVLWKKRIKPIVWPSLPDHKKTLEHLCKKPRKNLNVSFNPESFLDCQIHRVDDIQARDEVEGFLQDTFPQQLEESEKQRLGGDVQSPNCPSEDVVITPESFGRDSSLTCLAGNVSACDAPILSSSRSLDCRESGKNGPHVYQDLLLSLGTTNSTLPPPFSLQSGILTLNPVAQGQPILTSLGSNQEEAYVTMSSFYQNQ(서열번호 243).
본 개시내용은 본원에 개시된 항-PSMA 결합 도메인 및 본원에 개시된 항-PSMA CAR을 암호화하는 폴리뉴클레오티드의 발현, 조작된 DN TGF-β 수용체와 구성적으로 발현된 항-PSMA CAR, 조건적으로 발현된 항-PSMA CAR을 포함하는 폴리뉴클레오티드의 공동발현 및 본원에 기재된 항-PSCA synNotch 수용체, 이의 단편, 이를 포함하는 세포 및 조성물 및 폴리펩티드를 발현하는 벡터를 고려한다. "폴리펩티드", "폴리펩티드 단편", "펩티드" 및 "단백질"은, 달리 명시되지 않는 한, 및 통상적인 의미에 따라, 즉, 아미노산의 서열이다. 폴리펩티드는 특정 길이에 제한되지 않으며, 예를 들어 이는 전장 단백질 서열 또는 전장 단백질의 단편을 포함할 수 있고, 폴리펩티드의 번역 후 변형, 예를 들어 글리코실화, 아세틸화, 인산화 등뿐만 아니라, 당업계에 알려진 다른 변형(자연 발생 및 비자연 발생 둘 다)을 포함할 수 있다. 다양한 실시형태에서, 본원에 고려된 폴리펩티드는 단백질의 N-말단에 신호(또는 리더) 서열을 포함하는데, 이것은 단백질의 전달을 번역과 동시에 또는 번역후에 유도한다.
폴리펩티드는 "폴리펩티드 변이체"를 포함한다. 폴리펩티드 변이체는 자연발생 폴리펩티드와 하나 이상의 치환, 결실, 부가 및/또는 삽입에 있어서 다를 수 있다. 이러한 변이체는 자연발생이거나, 예를 들어 상기 폴리펩티드 서열 중 하나 이상을 변경시키는 방식으로 합성적으로 생성될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 하나 이상의 치환, 결실, 부가 및/또는 삽입을 도입하는 방식으로 조작된 DN TGF-β 수용체, 조작된 항-PSMA CAR 및 조작된 항-PSCA synNotch 수용체의 결합 친화성 및/또는 다른 생물학적 특성을 개선시키는 것이 바람직할 수 있다. 바람직하게는, 본 개시내용의 폴리펩티드는 이와 적어도 약 50%, 60%, 65%, 70%, 75%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드를 포함한다. 본 개시내용의 폴리펩티드에는 본원에 기재된 참조 서열(예를 들어, 서열목록 참조) 중 임의의 것과 적어도 약 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 변이체가 포함되며, 전형적으로 여기서 변이체는 참조 서열의 적어도 하나의 생물학적 활성을 유지한다. 폴리펩티드는 "폴리펩티드 단편"을 포함한다. 폴리펩티드 단편은, 아미노 말단 결실, 카르복실 말단 결실, 및/또는 자연발생 또는 재조합적으로 생산된 폴리펩티드의 내부 결실 또는 치환을 갖는 단량체 또는 다량체일 수 있는 폴리펩티드를 나타낸다. 특정 실시형태에서, 폴리펩티드 단편은 적어도 5개 내지 약 500개 아미노산 길이의 아미노산 사슬을 포함할 수 있다. 특정 실시형태에서, 단편의 길이는 적어도 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 33개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개, 41개, 42개, 43개, 44개, 45개, 46개, 47개, 48개, 49개, 50개, 55개, 60개, 65개, 70개, 75개, 80개, 85개, 90개, 95개, 100개, 110개, 150개, 200개, 250개, 300개, 350개, 400개 또는 450개 아미노산이라고 이해될 것이다.
폴리펩티드는 또한 폴리펩티드(예를 들어, poly-His)의 합성, 정제 또는 식별의 용이성을 위해서 또는 고체 지지체에 대한 폴리펩티드의 결합을 향상시키기 위해 링커 또는 다른 서열에 인-프레임으로 융합되거나 접합될 수 있다.
상기 언급된 바와 같이, 본 개시내용의 폴리펩티드는 아미노산 치환, 결실, 절단 및 삽입을 포함하는 다양한 방식으로 변경될 수 있다. 이러한 조작 방법은 일반적으로 당업계에 알려져 있다. 예를 들어, 참조 폴리펩티드의 아미노산 서열 변이체는 DNA의 돌연변이에 의해 제조될 수 있다. 돌연변이유발 및 뉴클레오티드 서열 변경 방법은 당업계에 널리 알려져 있다. 예를 들어, 문헌[Kunkel, 1985, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 82: 488-492)], 문헌[Kunkel et al., 1987, Methods in Enzymol, 154: 367-382)], 미국 특허 제4,873,192호, 문헌[Watson, J. D. et al., Molecular Biology of the Gene, Fourth Edition, Benjamin/Cummings, Menlo Park, Calif., 1987] 및 그 안에 인용된 참고문헌을 참조한다. 관심 단백질의 생물학적 활성에 영향을 미치지 않는 적절한 아미노산 치환에 대한 지침은, 문헌[Dayhoff et al., (1978) Atlas of Protein Sequence and Structure (Natl. Biomed. Res. Found., Washington, D.C.)]의 모델에서 확인할 수 있다.
특정 실시형태에서, 변이체는 보존적 치환을 함유할 것이다. "보존적 치환"은, 펩티드 화학의 당업자가 폴리펩티드의 2차 구조와 소수성 성질이 실질적으로 변하지 않을 것으로 예상할 수 있도록, 한 아미노산이 유사한 특성을 갖는 또 다른 아미노산으로 치환된 것이다. 본 개시내용의 폴리뉴클레오티드와 폴리펩티드의 구조에서 변형이 이루어질 수 있으며, 바람직한 특성을 갖는 변이체 또는 유도체 폴리펩티드를 암호화하는 기능성 분자를 여전히 얻을 수 있다.
폴리펩티드 변이체는 글리코실화된 형태, 다른 분자와의 집합적 접합체, 및 관련이 없는 화학적 모이어티(예를 들어, 페길화된 분자)와의 공유결합 접합체를 추가로 포함한다. 공유결합 변이체는, 당업계에 알려진 바와 같이, 아미노산 사슬 또는 N-말단 또는 C-말단 잔기에서 발견되는 기에 관능기를 연결하는 방식으로 제조될 수 있다. 변이체는 또한 대립유전자 변이체, 종 변이체 및 뮤테인(mutein)을 포함한다. 단백질의 기능적 활성에 영향을 미치지 않는 영역의 절단 또는 결실 또한 변이체이다.
2개 이상의 폴리펩티드의 발현을 목적으로 하는 경우, 이를 암호화하는 폴리뉴클레오티드 서열은 본원의 다른 곳에 논의된 바와 같이 IRES 서열에 의해 분리될 수 있다. 또 다른 실시형태에서, 2개 이상의 폴리펩티드는 하나 이상의 자가 절단 폴리펩티드 서열을 포함하는 융합 단백질로 발현될 수 있다. 다른 실시형태에서, 이들은 상이한 프로모터로부터 발현되고, 2개 이상(예컨대, 3개)의 벡터에 존재할 수 있다. 일부 실시형태에서, 조작된 DN TGF-β 수용체와 동일한 벡터에 암호화된 항-PSMA CAR은 조작된 DN TGF-β 수용체와 동일한 프로모터에 작동 가능하게 연결되며, 여기서 서열은 IRES 서열에 의해서 분리된다. 일부 실시형태에서, 조작된 DN TGF-β 수용체와 동일한 벡터에 암호화된 항-PSMA CAR은 조작된 DN TGF-β 수용체의 프로모터와 상이한 프로모터에 작동 가능하게 연결된다. 일부 실시형태에서, 조작된 DN TGF-β 수용체와 동일한 벡터에 암호화된 항-PSMA CAR은 조건적으로 활성인 프로모터에 작동 가능하게 연결되고, 조작된 DN TGF-β 수용체는 구성적으로 활성인 프로모터에 작동 가능하게 연결된다. 일부 실시형태에서, 항-PSCA synNotch 수용체는 항-PSMA CAR 또는 조작된 DN TGF-β 수용체와 상이한 벡터에 암호화되는데, 이것은 동일하거나 상이한 벡터 상에 존재할 수 있다. 일부 실시형태에서, 항-PSCA synNotch 수용체를 암호화하는 핵산은 구성적으로 활성인 프로모터에 작동 가능하게 연결된다. 일부 실시형태에서, 항-PSMA CAR을 암호화하는 핵산은 구성적으로 활성인 프로모터에 작동 가능하게 연결된다. 일부 실시형태에서, 항-PSMA CAR을 암호화하는 핵산은 예를 들어, 항-PSCA synNotch 수용체의 전사 활성화제 도메인의 결합 시에 활성인, 조건적으로 활성인 프로모터에 작동 가능하게 연결된다. 일부 실시형태에서, DN TGF-β 수용체를 암호화하는 핵산은 구성적으로 활성인 프로모터에 작동 가능하게 연결된다. 실시형태에서 항-PSCA synNotch 수용체의 전사 활성화제 도메인은 GAL4-VP64를 포함하고, 조건적으로 활성인 프로모터는 하나 이상의 GAL4 결합 부위, 예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 GAL4 결합 부위를 포함한다. 일 실시형태에서, GAL4 결합 부위는 에 따른 핵산 서열을 갖는다.
본 개시내용의 폴리펩티드는 융합 폴리펩티드를 포함한다. 일부 실시형태에서, 융합 폴리펩티드와 융합 폴리펩티드를 암호화하는 폴리뉴클레오티드가 제공된다. 융합 폴리펩티드와 융합 단백질은 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개, 또는 그 이상의 폴리펩티드 분절을 갖는 폴리펩티드를 나타낸다. 융합 폴리펩티드는 전형적으로 C-말단이 N-말단에 연결된 것이지만, 이는 또한 C-말단이 C-말단에, N-말단이 N-말단에, 또는 N-말단이 C-말단에 연결된 것일 수 있다. 융합 단백질의 폴리펩티드는 임의의 순서로 또는 특정한 순서로 존재할 수 있다. 융합 폴리펩티드 또는 융합 단백질은 또한, 융합 폴리펩티드의 목적하는 전사 활성이 보존되는 한, 보존적으로 변형된 변이체, 다형성 변이체, 대립유전자, 돌연변이체, 하위서열 및 종간 상동체를 포함할 수 있다. 융합 폴리펩티드는 화학적 합성 방법에 의해 또는 2개의 모이어티 사이의 화학적 연결에 의해 생성될 수 있거나, 일반적으로 다른 통상의 기술을 사용하여 제조될 수 있다. 융합 폴리펩티드를 포함하는 결찰된 DNA 서열은 본원의 다른 곳에 논의된 바와 같이 적합한 전사 또는 변역 제어 요소에 작동 가능하게 연결되어 있다.
일 실시형태에서, 융합 파트너는 천연 재조합 단백질보다 높은 수율로 단백질을 발현하는 것을 돕는 서열(발현 인핸서)을 포함한다. 단백질의 용해도를 증가시키거나, 단백질을 목적하는 세포내 구획으로 표적화할 수 있거나, 또는 세포막을 통한 융합 단백질의 수송을 용이하게 하기 위해 다른 융합 파트너가 선택될 수 있다.
융합 폴리펩티드는 본원에 기재된 각각의 폴리펩티드 도메인 사이에 폴리펩티드 절단 신호를 추가로 포함할 수 있다. 또한, 폴리펩티드 부위는 임의의 링커 펩티드 서열에 삽입될 수 있다. 예시적인 폴리펩티드 절단 신호에는, 폴리펩티드 절단 인식 부위, 예컨대 프로테아제 절단 부위, 뉴클레아제 절단 부위(예를 들어, 희귀 제한효소 인식 부위, 자가 절단 리보자임 인식 부위) 및 자가 절단 바이러스 올리고펩티드가 포함된다(문헌[deFelipe and Ryan, 2004. Traffic, 5(8); 616-26] 참조).
적합한 프로테아제 절단 부위 및 자가 절단 펩티드는 당업자에게 알려져 있다(예를 들어, 문헌[Ryan et al., 1997. J Gener. Viral. 78, 699-722; Scymczak et al. (2004) Nature Biotech. 5, 589-594] 참조). 예시적인 프로테아제 절단 부위에는, 비제한적으로, 포티바이러스(potyvirus) Nia 프로테아제(예를 들어, 담배식각바이러스 프로테아제), 포티바이러스 HC 프로테아제, 포티바이러스 Pl(P35) 프로테아제, 비요바이러스(byovirus) Nia 프로테아제, 비요바이러스 RNA-2-암호화된 프로테아제, 아프토바이러스(aphthovirus) L 프로테아제, 엔테로바이러스(enterovirus) 2A 프로테아제, 리노바이러스(rhinovirus) 2A 프로테아제, 피코마(picoma) 3C 프로테아제, 코모바이러스(comovirus) 24K 프로테아제, 네포바이러스(nepovirus) 24K 프로테아제, RTSV(쌀 퉁그로 구형(rice tungro spherical) 바이러스) 3C-유사 프로테아제, PYVF(파스닙 황색 반점(parsnip yellow fleck) 바이러스) 3C-유사 프로테아제, 헤파린, 트롬빈, 인자 Xa 및 엔테로키나제의 절단 부위가 포함된다. 이의 높은 절단 엄격성으로 인해서, TEV(담배식각바이러스) 프로테아제 절단 부위가 사용될 수 있다. 다른 실시형태에서, 자가 절단 펩티드는 포티바이러스 및 카르디오바이러스(cardiovirus) 2A 펩티드, FMDV(수족구병 바이러스), 말 비염 A 바이러스, 토세아 아시그나(Thosea asigna) 바이러스 및 돼지 테스코바이러스에서 수득된 폴리펩티드 서열을 포함할 수 있다. 다른 실시형태에서, 자가 절단 폴리펩티드 부위는 2A 또는 2A-유사 부위, 서열 또는 도메인을 포함한다(문헌[Donnelly et al., 2001. J Gen. Viral. 82:1027-1041]).
일반적으로, 임의의 적절한 바이러스 벡터 또는 벡터들이 본원에 기재된 조작된 작제물의 형질도입에 사용될 수 있다고 이해된다. 본원에 기재된 일 실시형태에서, 세포(예를 들어, T 세포 또는 NK 세포)는 레트로바이러스 벡터, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 조작된 DN TGF-β 수용체 작제물 및 조작된 항-PSMA CAR 및 조작된 항-PSCA synNotch 수용체를 암호화하는 렌티바이러스 벡터로 형질도입된다. 형질도입된 T 세포는 안정하고 장기적이며 지속적인 반응을 유도한다.
본원에 사용된 "레트로바이러스"라는 용어는, 이의 게놈 RNA를 선형 이중가닥 DNA 카피로 역전사시키고, 이어서 게놈 DNA를 숙주 게놈에 공유결합적으로 통합시키는 RNA 바이러스를 나타낸다. 일부 실시형태에서 사용하기에 적합한 예시적인 레트로바이러스에는, 비제한적으로, 몰로니 쥐 백혈병 바이러스(M-MuLV), 몰로니 쥐 육종 바이러스(MoMSV), 하베이 쥐 육종 바이러스(HaMuSV), 뮤린 유선종양 바이러스(MuMTV), 긴팔원숭이 백혈병 바이러스(GaLV), 고양이 백혈병 바이러스(FLV), 스푸마바이러스(spumavirus), 프리엔드(Friend) 쥐 백혈병 바이러스, 뮤린 줄기세포 바이러스(MSCV) 및 라우스 육종 바이러스(RSV), 및 렌티바이러스가 포함된다.
본원에 사용된 "렌티바이러스"라는 용어는 복합체 레트로바이러스의 군(또는 종)을 지칭한다. 예시적인 렌티바이러스는 HIV(인간 면역결핍 바이러스; HIV 1형 및 HIV 2형 포함); 비스나-메디(VMV: visna-maedi virus) 바이러스; 염소 관절염 뇌염 바이러스(CAEV); 말 전염성 빈혈 바이러스(EIAV); 고양이 면역결핍 바이러스(FIV); 소 면역 결핍 바이러스(BIV); 및 원숭이 면역결핍 바이러스(SIV)를 포함하지만 이들로 제한되지 않는다.
"벡터"라는 용어는, 또 다른 핵산 분자를 전달하거나 수송할 수 있는 핵산 분자를 나타내기 위해 본원에서 사용된다. 전달된 핵산은 일반적으로 벡터 핵산 분자에 연결, 예를 들어 이에 삽입된다. 벡터는 세포에서 자가 복제를 지시하는 서열을 포함할 수 있거나, 숙주 세포 DNA로의 통합을 가능하게 하는 데 충분한 서열을 포함할 수 있다. 유용한 벡터는, 예를 들어 플라스미드(예를 들어, DNA 플라스미드 또는 RNA 플라스미드), 트랜스포존, 코스미드, 박테리아 인공 염색체 및 바이러스 벡터를 포함한다. 유용한 바이러스 벡터는, 예를 들어 복제 결함 레트로바이러스와 렌티바이러스를 포함한다.
당업자에게 자명한 바와 같이, "바이러스 벡터"라는 용어는, 전형적으로 핵산 분자의 전달 또는 세포의 게놈으로의 통합을 용이하게 하는 바이러스 유래 핵산 요소를 포함하는 핵산 분자(예를 들어, 전달 플라스미드), 또는 핵산 전달을 매개하는 바이러스 입자를 나타내는 데 광범위하게 사용된다. 바이러스 입자는 전형적으로 다양한 바이러스 구성성분 및 또한 때로는 핵산(들)에 더하여 숙주 세포를 포함할 것이다.
바이러스 벡터라는 용어는, 핵산을 세포에 전달할 수 있는 바이러스 또는 바이러스 입자, 또는 전달된 핵산 자체를 나타낼 수 있다. 바이러스 벡터와 전달 플라스미드는 주로 바이러스에서 유도되는 구조적 및/또는 기능적 유전 요소를 함유한다. "레트로바이러스 벡터"라는 용어는, 주로 레트로바이러스에서 유도되는 구조적 및 기능적 유전 요소, 또는 이의 일부를 함유하는 바이러스 벡터 또는 플라스미드를 나타낸다. "렌티바이러스 벡터"라는 용어는, 주로 렌티바이러스에서 유도되는 LTR을 포함하는, 구조적 및 기능적 유전 요소, 또는 이의 일부를 함유하는 바이러스 벡터 또는 플라스미드를 나타낸다. "하이브리드 벡터"라는 용어는, 레트로바이러스, 예를 들어 렌티바이러스 서열과 비(non)레트로바이러스 바이러스 서열을 모두 함유하는 벡터, LTR 또는 다른 핵산을 나타낸다. 일 실시형태에서, 하이브리드 벡터는 역전사, 복제, 통합 및/또는 패키징을 위한 레트로바이러스, 예를 들어 렌티바이러스 서열을 포함하는 벡터 또는 전달 플라스미드를 나타낸다.
일부 실시형태에서, "렌티바이러스 벡터", "렌티바이러스 발현 벡터"라는 용어는, 렌티바이러스 전달 플라스미드 및/또는 감염성 렌티바이러스 입자를 나타내는 데 사용될 수 있다. 클로닝 부위, 프로모터, 조절 요소, 이종 핵산 등과 같은 요소가 본원에서 언급되는 경우, 이러한 요소의 서열은 본 개시내용의 렌티바이러스 입자에서 RNA 형태로 존재하고, 본 개시내용의 DNA 플라스미드에서 DNA 형태로 존재한다는 것을 이해해야 한다. 본원에 기재된 일 실시형태에서, 발현 벡터는 렌티바이러스 발현 벡터이다.
프로바이러스(provirus)의 각 말단은 "긴 말단 반복부(long terminal repeat)" 또는 "LTR"로 불리는 구조이다. "긴 말단 반복부(LTR)"라는 용어는, 이의 천연 서열의 맥락에서, 직접 반복부이고 U3, R 및 U5 영역을 함유하는, 레트로바이러스 DNA의 말단에 위치한 염기쌍의 도메인을 나타낸다. LTR은 일반적으로 레트로바이러스 유전자의 발현(예를 들어, 유전자 전사체의 촉진, 개시 및 폴리아데닐화) 및 바이러스 복제에 기본적인 기능을 제공한다. LTR은 전사 제어 요소, 폴리아데닐화 신호, 및 바이러스 게놈의 복제와 통합에 필요한 서열을 포함하는 다수의 조절 신호를 함유한다. 바이러스 LTR은 U3, R 및 U5로 불리는 3가지 영역으로 나뉜다. U3 영역은 인핸서 요소와 프로모터 요소를 함유한다. U5 영역은 프라이머 결합 부위와 R 영역 사이의 서열이며, 폴리아데닐화 서열을 함유한다. R(반복) 영역의 측면에는 U3 영역과 U5 영역이 있다. LTR은 U3, R 및 U5 영역으로 구성되며, 바이러스 게놈의 5' 말단과 3' 말단 둘 모두에 나타난다. 게놈의 역전사에 필요한 서열(tRNA 프라이머 결합 부위)과 바이러스 RNA의 입자에의 효율적인 패키징에 필요한 서열(Psi 부위)이 5' LTR에 인접해 있다.
본원에 사용된 "패키징 신호" 또는 "패키징 서열"이라는 용어는, 바이러스 RNA를 바이러스 캡시드 또는 입자에 삽입하는데 필요한 레트로바이러스 게놈 내에 위치한 서열을 나타낸다(예를 들어, 문헌[Clever et al., 1995. J of Virology, Vol. 69, No. 4; pp. 2101-2109] 참조). 몇몇 레트로바이러스 벡터는 바이러스 게놈의 캡시드화에 필요한 최소 패키징 신호(프사이['P] 서열로도 지칭됨)를 사용한다. 따라서, 본원에 사용된 "패키징 서열", "패키징 신호", "프사이"라는 용어 및 기호 "'P"는, 바이러스 입자 형성 동안 레트로바이러스 RNA 가닥의 캡시드화에 필요한 암호 서열과 관련하여 사용된다.
다양한 실시형태에서, 벡터는 변형된 5' LTR 및/또는 3' LTR을 포함한다. LTR 중 어느 하나 또는 둘 모두는, 비제한적으로, 하나 이상의 결실, 삽입 또는 치환을 포함하는 하나 이상의 변형을 포함할 수 있다. 바이러스 복제 결함을 만들어 렌티바이러스 또는 레트로바이러스 시스템의 안전성을 개선시키기 위해 종종 3' LTR의 변형이 이루어진다. 본원에 사용된 "복제 결함"이라는 용어는, 감염성 비리온이 생산되지 않도록 완전하고 효과적인 복제를 불가능하게 하는 바이러스(예를 들어, 복제 결함 렌티바이러스 자손)를 나타낸다. "복제 가능"이라는 용어는, 바이러스의 바이러스 복제가 감염성 비리온을 생산할 수 있도록 복제를 가능하게 하는 야생형 바이러스 또는 돌연변이 바이러스(예를 들어, 복제 가능 렌티바이러스 자손)를 나타낸다.
"자가 불활성화"(SIN) 벡터는, U3 영역으로 알려진 우측(3') LTR 인핸서-프로모터 영역이 첫 번째 회차의 바이러스 복제를 지나 바이러스 전사를 방지하도록 변형(예를 들어, 결실 또는 치환)된, 복제 결함 벡터, 예를 들어 레트로바이러스 또는 렌티바이러스 벡터를 나타낸다. 이는, 우측(3 ') LTR U3 영역이 바이러스 복제 동안 좌측(5') LTR U3 영역에 대한 주형으로 사용되어, U3 인핸서-프로모터 없이 바이러스 전사체가 제조될 수 있기 때문이다. 본 개시내용의 추가의 실시형태에서, U5 영역이, 예를 들어 이상적인 poly(A) 서열로 대체되도록, 3'LTR이 변형된다. 3'LTR, 5'LTR, 또는 3'LTR과 5'LTR 둘 모두에 대한 변형과 같은 LTR에 대한 변형이 또한 본원에서 고려된다는 점에 유의해야 한다.
바이러스 입자 생산 동안 5'LTR의 U3 영역을 이종 프로모터로 대체하여 바이러스 게놈의 전사를 유도하는 방식으로 추가적인 안전성 증강이 제공된다. 사용될 수 있는 이종 프로모터의 예에는, 예를 들어 원숭이 바이러스 40(SV40)(예를 들어, 초기 또는 후기), 거대세포바이러스(CMV)(예를 들어, 극초기), 몰로니 쥐 백혈병 바이러스(MoMLV), 라우스 육종 바이러스(RSV) 및 단순헤르페스바이러스(HSV)(티미딘 키나제) 프로모터가 포함된다. 전형적인 프로모터는 Tat-독립적 방식으로 높은 수준의 전사를 유도할 수 있다. 이러한 대체는, 바이러스 생산 시스템에 완전한 U3 서열이 존재하지 않기 때문에, 복제 가능 바이러스를 생성하는 재조합 가능성을 감소시킨다. 특정 실시형태에서, 이종 프로모터는 바이러스 게놈이 전사되는 방식을 제어하는데 추가의 이점을 갖는다. 예를 들어, 이종 프로모터는 유도인자가 존재할 때만 바이러스 게놈의 전부 또는 일부의 전사가 일어나도록 유도될 수 있다. 유도인자에는, 비제한적으로, 하나 이상의 화학적 화합물, 또는 숙주 세포가 배양되는 온도 또는 pH와 같은 생리학적 조건이 포함된다.
일부 실시형태에서, 바이러스 벡터는 TAR 요소를 포함한다. "TAR"이라는 용어는, 렌티바이러스(예를 들어, HIV) LTR의 R 영역에 위치한 "트랜스-활성화 반응" 유전 요소를 나타낸다. 이러한 요소는 렌티바이러스 트랜스-활성화제(tat) 유전 요소와 상호작용하여 바이러스 복제를 증강시킨다.
"R 영역"은 캡핑기의 시작(즉, 전사 시작)에서 시작하여 poly A 트랙트의 시작 직전에 종결되는 레트로바이러스 LTR 내 영역을 나타낸다. R 영역은 또한 U3 영역과 U5 영역이 측면에 있는 것으로 정의된다. R 영역은 역전사 동안 초기 DNA를 게놈의 하나의 말단에서 또 다른 말단으로 전달하는 것을 가능하게 하는 역할을 한다.
본원에 사용된 "FLAP 요소"라는 용어는, 이의 서열이 레트로바이러스, 예를 들어 HIV-I 또는 HIV-2의 중심 폴리퓨린 트랙트와 중심 종결 서열(cPPT 및 CTS)을 포함하는 중심 폴리퓨린 트랙트와 중심 종결 서열(cPPT 및 CTS)을 포함하는 핵산을 나타낸다. 적합한 FLAP 요소는 미국 특허 제6,682,907호 및 문헌[Zennou, et al., 2000, Cell, 101: 173]에 기재되어 있다. HIV-I 역전사 동안, 중심 폴리퓨린 트랙트(cPPT)에서의 플러스 가닥 DNA의 중심 개시와 중심 종결 서열(CTS)에서의 중심 종결은, 3중가닥 DNA 구조인 HIV-I 중심 DNA 플랩의 형성으로 이어진다. 임의의 이론에 구애됨 없이, DNA 플랩은 렌티바이러스 게놈 핵 유입의 시스-활성 결정기로서 작용할 수 있고/있거나 바이러스 역가를 증가시킬 수 있다.
일 실시형태에서, 레트로바이러스 또는 렌티바이러스 전달 벡터는 하나 이상의 배출 요소를 포함한다. "배출 요소"라는 용어는, 세포의 핵에서 세포질로의 RNA 전사체의 수송을 조절하는 시스-작용 전사 후 조절 요소를 나타낸다. RNA 배출 요소의 예는 인간 면역결핍 바이러스(HIV) rev 반응 요소(RRE)(예를 들어, 문헌[Cullen et al., 1991. J Virol. 65: 1053]; 및 문헌[Cullen et al., 1991. Cell 58: 423]), 및 B형 간염 바이러스 전사 후 조절 요소(HPRE)를 포함하지만 이들로 제한되지 않는다. 일반적으로, RNA 배출 요소는 유전자의 3' UTR 내에 위치하며, 하나 또는 다중 카피로 삽입될 수 있다.
다른 실시형태에서, 바이러스 벡터에서 이종 서열의 발현은 전사 후 조절 요소, 효율적인 폴리아데닐화 부위, 및 선택적으로, 전사 종결 신호를 벡터에 혼입시키는 방식으로 증가된다. 다양한 전사 후 조절요소, 예를 들어, 우드척 간염 바이러스 전사 후 조절 요소(문헌[WPRE; Zufferey et al., 1999, J Virol., 73:2886]); B형 간염 바이러스(HPRE)에 존재하는 전사 후 조절 요소(문헌[Huang et al., Mol. Cell. Biol., 5:3864]) 등(문헌[Liu et al., 1995, Genes Dev., 9:1766])이 단백질에서 이종성 핵산의 발현을 증가시킬 수 있다.
일부 실시형태에서, 벡터는 전사 또는 번역 조절 활성을 갖는 조절 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 이러한 올리고뉴클레오티드는 발현의 제어를 조절하기 위한 다양한 유전자 발현 구성에 사용될 수 있다. 전사 조절 올리고뉴클레오티드는 재조합 발현 작제물의 발현 수준을 증가(증강) 또는 감소(침묵)시킬 수 있다. 조절 올리고뉴클레오티드는, 예를 들어 폴리뉴클레오티드의 조직 특이적, 발달 단계 특이적 등의 발현(구성적 또는 유도성 발현 포함)을 부여하는 것을 포함하는 맥락 특이적 방식으로 발현을 선택적으로 조절할 수 있다. 본 개시내용의 조절 올리고뉴클레오티드는 또한 발현 가능한 폴리뉴클레오티드에 작동적으로 연결된 조절 올리고뉴클레오티드를 포함하는 재조합 핵산 분자 또는 발현 벡터의 구성요소일 수 있다. 조절 요소는 수 개의 뉴클레오티드에서 수백 개의 뉴클레오티드까지의 다양한 길이를 가질 수 있다.
이종 핵산 전사체의 효율적인 종결과 폴리아데닐화를 지시하는 요소는 이종 유전자 발현을 증가시킨다. 전사 종결 신호는 일반적으로 폴리아데닐화 신호의 다운스트림에서 발견된다. 일부 실시형태에서, 벡터는 발현시키고자 하는 폴리펩티드를 암호화하는 폴리뉴클레오티드의 폴리아데닐화 서열 3'를 포함한다. 본원에 사용된 "poly A 부위" 또는 "poly A 서열"이라는 용어는, RNA 폴리머라제 II에 의한 초기 RNA 전사체의 종결과 폴리아데닐화 둘 모두를 지시하는 DNA 서열을 나타낸다. 폴리아데닐화 서열은 poly A 테일을 암호 서열의 3' 말단에 부가하는 방식으로 mRNA 안정성을 향상시켜, 증가된 번역 효율에 기여할 수 있다. poly A 테일이 결여된 전사체는 불안정하고 신속하게 분해되기 때문에, 재조합 전사체의 효율적인 폴리아데닐화가 바람직하다. 본 개시내용의 벡터에 사용될 수 있는 poly A 신호의 예시적인 예에는, 이상적인 poly A 서열(예를 들어, AATAAA, ATTAAA, AGTAAA), 소 성장호르몬 poly A 서열(BGHpA), 토끼 β-글로빈 poly A 서열(rβgpA), 또는 당업계에 알려진 또 다른 적합한 이종 또는 내인성 poly A 서열이 포함된다.
또한 "코돈 최적화된" 핵산이 본 명세서에 기재되어 있다. "코돈 최적화된" 핵산은, 코돈이 특정 시스템(예컨대, 특정 종 또는 종의 군)에서의 발현에 최적화되도록 변경된 핵산 서열을 나타낸다. 예를 들어, 핵산 서열은, 천연 서열의 코돈 중 적어도 하나, 하나 초과 또는 상당한 수를 해당 종의 유전자에 더 자주 또는 가장 자주 사용되는 코돈으로 대체하는 방식으로 포유류 세포 또는 특정 포유류 종(예컨대, 인간 세포)에서의 발현을 위해 최적화될 수 있다. 코돈 최적화는 암호화된 단백질의 아미노산 서열을 변경시키지 않는다.
본 개시내용에 제시된 코돈 최적화된 뉴클레오티드 서열은 발현 효능과 관련된 개선된 특성을 나타낼 수 있다. 일부 실시형태에서, 전사될 DNA 서열은 더 효율적인 전사 및/또는 번역을 가능하게 하기 위해 최적화될 수 있다. 일부 실시형태에서, DNA 서열은 시스-조절 요소(예를 들어, TATA 박스, 종결 신호 및 단백질 결합 부위), 인공 재조합 부위, 카이 부위, CpG 디뉴클레오티드 함량, 음성 CpG 섬(island), GC 함량, 폴리머라제 슬리피지(slippage) 부위, 및/또는 전사와 관련된 다른 요소에 관하여 최적화될 수 있고; DNA 서열은 은성(cryptic) 스플라이스 부위, mRNA 2차 구조, mRNA의 안정한 자유 에너지, 반복 서열, RNA 불안정성 모티프, 및/또는 mRNA 처리 및 안정성과 관련된 기타 요소와 관련하여 최적화될 수 있고; DNA 서열은 코돈 사용 편향, 코돈 적응성, 내부 카이 부위, 리보솜 결합 부위(예를 들어, IRES), 조기성숙 polyA 부위, Shine-Dalgarno(SD) 서열, 및/또는 번역과 관련된 다른 요소에 관하여 최적화될 수 있고/있거나; DNA 서열은 코돈 맥락, 코돈-안티코돈 상호작용, 번역 정지 부위, 및/또는 단백질 폴딩과 관련된 다른 요소에 관하여 최적화될 수 있다.
벡터는 하나 이상의 LTR을 가질 수 있는데, 여기서 임의의 LTR은 하나 이상의 변형, 예컨대, 하나 이상의 뉴클레오티드 치환, 부가 또는 결실을 포함한다. 벡터는 형질도입 효율을 증가시키는 하나 이상의 보조 요소(예를 들어, cPPT/FLAP), 바이러스 패키징(예를 들어, 프사이(Ψ) 패키징 신호, RRE), 및/또는 치료용 유전자 발현을 증가시키는 다른 요소(예를 들어, poly(A) 서열)를 추가로 포함할 수 있으며, 선택적으로 WPRE 또는 HPRE를 포함할 수 있다. 당업자는, 본 개시내용의 기존 실시형태로부터 다수의 다른 상이한 실시형태가 형성될 수 있다는 것을 이해할 것이다.
"숙주 세포"는, 본 개시내용의 재조합 벡터 또는 폴리뉴클레오티드로 생체내, 생체외 또는 시험관내 트랜스펙션, 감염 또는 형질도입된 세포를 포함한다. 숙주 세포는 패키징 세포, 생산 세포, 및 바이러스 벡터에 감염된 세포를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 바이러스 벡터에 감염된 숙주 세포가 요법을 필요로 하는 대상체에게 투여된다. 특정 실시형태에서, "표적 세포"라는 용어는 숙주 세포와 상호교환적으로 사용되며, 목적하는 세포 유형의 트랜스펙션, 감염 또는 형질도입된 세포를 나타낸다. 일부 실시형태에서, 표적 세포는 T 세포이다.
대규모 바이러스 입자 생산은 종종 합리적인 바이러스 역가를 달성하는 데 필요하다. 바이러스 입자는 전달 벡터를, 바이러스 구조 및/또는 부속 유전자, 예를 들어 gag, pol, env, tat, rev, vif, vpr, vpu, vpx 또는 nef 유전자, 또는 다른 레트로바이러스 유전자를 포함하는 패키징 세포주에 트랜스펙션시키는 방식으로 생산된다.
본원에 사용된 "패키징 벡터"라는 용어는 패키징 신호가 결여된 발현 벡터 또는 바이러스 벡터를 나타내며, 1개, 2개, 3개, 4개 또는 그 이상의 바이러스 구조 및/또는 부속 유전자를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 전형적으로, 패키징 벡터는 패키징 세포에 포함되어 있으며, 트랜스펙션, 형질도입 또는 감염을 통해 세포에 도입된다. 트랜스펙션, 형질도입 또는 감염 방법은 당업자에게 널리 알려져 있다. 본 개시내용의 레트로바이러스/렌티바이러스 전달 벡터는 트랜스펙션, 형질도입 또는 감염을 통해 패키징 세포주에 도입되어, 생산 세포 또는 세포주를 생성할 수 있다. 본 개시내용의 패키징 벡터는, 예를 들어 인산칼슘 트랜스펙션, 리포펙션 또는 전기천공을 포함하는 통상의 방법에 의해 인간 세포 또는 세포주에 도입될 수 있다. 일부 실시형태에서, 패키징 벡터는 네오마이신(neomycin), 히그로마이신(hygromycin), 퓨로마이신(puromycin), 블라스토시딘(blastocidin), 제오신(zeocin), 티미딘 키나제, DHFR, Gln 합성효소 또는 ADA와 같은 우성 선별 마커와 함께 세포에 도입된 후, 적절한 약물의 존재 하에서 선별되고, 클론이 단리된다. 선택 가능한 마커 유전자는 예를 들어, IRES 또는 자가 절단 바이러스 펩티드에 의해서, 패키징 벡터에 의해서 암호화된 유전자에 물리적으로 연결될 수 있다.
바이러스 외피 단백질(env)은 궁극적으로 세포주에서 생성된 재조합 레트로바이러스에 의해 감염 및 형질전환될 수 있는 숙주 세포의 범위를 결정한다. HIV-1, HIV-2, SIV, FIV 및 EIV와 같은 렌티바이러스의 경우, env 단백질은 gp41 및 gp120을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 패키징 세포에 의해 발현된 바이러스 env 단백질은, 이전에 기재된 바와 같이, 바이러스 gag 및 pol 유전자와 별개의 벡터 상에 암호화된다.
본원에 기재된 실시형태에 이용될 수 있는 레트로바이러스 유래 env 유전자의 예시적인 예에는, 비제한적으로, MLV 외피, IOAI 외피, BAEV, FeLV-B, RDI 14, SSAV, 에볼라(Ebola), 센다이(Sendai), FPV(조류 흑사병 바이러스) 및 인플루엔자바이러스 외피가 포함된다. 유사하게, RNA 바이러스(예를 들어, 피코마바이러스과(Picomaviridae), 칼리시바이러스과(Caliciviridae), 아스트로바이러스과(Astroviridae), 토가바이러스과(Togaviridae), 플라비바이러스과(Flaviviridae), 코로나바이러스과(Coronaviridae), 파라믹소바이러스과(Paramyxoviridae), 랍도바이러스과(Rhabdoviridae), 필로바이러스과(Filoviridae), 오르토믹소바이러스과(Orthomyxoviridae), 분야바이러스과(Bunyaviridae), 아레나바이러스과(Arenaviridae), 레오바이러스과(Reoviridae), 비마바이러스과(Bimaviridae), 레트로바이러스과(Retroviridae)의 RNA 바이러스 패밀리)뿐 아니라, DNA 바이러스(헤파드나바이러스과(Hepadnaviridae), 시르코바이러스과(Circoviridae), 파르보바이러스과(Parvoviridae), 파포바바이러스과(Papovaviridae), 아데노바이러스과(Adenoviridae), 헤르페스바이러스과(Herpesviridae), 폭스바이러스과(Poxyiridae), 및 이리도바이러스과(Iridoviridae)의 패밀리)의 외피를 암호화하는 유전자가 이용될 수 있다. 대표적인 예는 FeLV, VEE, HFVW, WDSV, SFV, Rabies, ALV, BIV, BL V, EBV, CAEV, SNV, ChTL V, STLV, MPMV SMRV, RAV, FuSV, MH2, AEV, AMV, CTIO, 및 EIAV를 포함한다.
다른 실시형태에서, 본 개시내용의 바이러스를 위형화하기 위한 외피 단백질에는, 비제한적으로, 하기 바이러스 중 임의의 하나가 포함된다: 인플루엔자 A(예컨대, H1N1, H1N2, H3N2 및 H5Nl(조류 독감)), 인플루엔자 B, 인플루엔자 C 바이러스, A형 간염바이러스, B형 간염바이러스, C형 간염바이러스, D형 간염바이러스, E형 간염바이러스, 로타바이러스, 노워크(Norwalk) 바이러스 군 중 임의의 바이러스, 장 아데노바이러스, 파르보바이러스, 뎅기열 바이러스, 원숭이 폭스, 모노네가바이러스(Mononegavirus), 리사바이러스(Lyssavirus)(예컨대, 광견병 바이러스, 라고스 박쥐 바이러스, 모콜라바이러스(Mokola virus), 듀벤헤이즈바이러스(Duvenhage virus), 유럽 박쥐 바이러스 1 & 2 및 호주 박쥐 바이러스), 에페메로바이러스(Ephemerovirus), 베시큘로바이러스(Vesiculovirus), 수포성 구내염 바이러스(VSV), 헤르페스바이러스(예컨대, 단순헤르페스바이러스 유형 1 및 2, 대상포진, 거대세포바이러스, 엡스타인-바 바이러스(EBV), 인간 헤르페스바이러스(HHV), 인간 헤르페스바이러스 유형 6 및 8, 인간 면역결핍바이러스(HIV), 유두종 바이러스, 뮤린 감마 헤르페스바이러스), 아레나바이러스(예컨대, 아르헨티나 출혈열바이러스, 볼리비아 출혈열바이러스, 사비아(Sabia) 관련 출혈열바이러스, 베네수엘라 출혈열바이러스, 라싸열바이러스, 마추포바이러스(Machupo virus), 림프구성 맥락수막염바이러스(LCMV)), 분야바이러스과(예컨대 크리미안-콩고(Crimean-Congo) 출혈열바이러스, 한타바이러스, 신증후군 동반 출혈열 유발 바이러스, 리프트계곡열바이러스(Rift Valley fever virus) 포함), 필로바이러스과(필로바이러스)(에볼라 출혈열 및 마르부르크 출혈열 포함), 플라비바이러스과(키아사누르삼림열바이러스(Kaysanur Forest disease virus), 옴스크(Omsk) 출혈열바이러스, 진드기매개뇌염 유발 바이러스 포함), 및 파라믹소바이러스과(예컨대, 헨드라바이러스(Hendra virus) 및 니파바이러스(Nipah virus), 대두창 및 소두창(천연두) 포함), 알파바이러스(예컨대, 베네수엘라 말 뇌염바이러스, 동부 말 뇌염바이러스, 서부 말 뇌염바이러스), SARS 관련 코로나바이러스(SARS-Co V), 웨스트나일바이러스(West Nile virus), 또는 임의의 뇌염 유발 바이러스.
본원에서 사용되는, "위형(pseudotype)" 또는 "위형화(pseudotyping)"라는 용어는 이의 바이러스 외피 단백질이 다른 특징을 갖는 또 다른 바이러스의 것으로 대체된 바이러스를 지칭한다. 예를 들어, HIV는 수포성 구내염 바이러스 G-단백질(VSV-G) 외피 단백질로 위형화될 수 있으며, 이는 (env 유전자에 의해 암호화된) HIV 외피 단백질이 통상적으로 바이러스를 CD4+ 제시세포로 표적화하기 때문에, HIV가 더 넓은 범위의 세포를 감염시키는 것을 가능하게 한다.
본원에 사용된 "패키징 세포주"라는 용어는, 패키징 신호를 함유하지 않지만, 바이러스 입자의 정확한 패키징에 필요한 바이러스 구조 단백질 및 복제 효소(예를 들어, gag, pol 및 env)를 안정적으로 또는 일시적으로 발현하는 세포주와 관련하여 사용된다. 본 개시내용의 패키징 세포를 제조하는 데 임의의 적합한 세포주가 이용될 수 있다. 일반적으로, 세포는 포유류 세포이다. 또 다른 실시형태에서, 패키징 세포주 생산에 사용되는 세포는 인간 세포이다. 패키징 세포주 생산에 사용될 수 있는 적합한 세포주에는, 예를 들어 CHO 세포, BHK 세포, MDCK 세포, C3H 10Tl/2 세포, FLY 세포, Psi-2 세포, BOSC23 세포, PA317 세포, WEHI 세포, COS 세포, BSC1 세포, BSC40 세포, BMT10 세포, VERO 세포, W138 세포, MRC5 세포, A549 세포, HTI080 세포, 293 세포, 293T 세포, B-50 세포, 3T3 세포, NIH3T3 세포, HepG2 세포, Saos-2 세포, Huh7 세포, HeLa 세포, W163 세포, 211 세포 및 211A 세포가 포함된다.
본원에서 사용되는 용어 "생산자 세포주"는 패키징 세포주 및 패키징 신호를 포함하는 전달 벡터 작제물을 포함하는 재조합 레트로바이러스 입자를 생산할 수 있는 세포주를 지칭한다. 감염성 바이러스 입자 및 바이러스 스톡 용액의 생산은 통상적인 기술을 사용하여 수행될 수 있다. 바이러스 스톡 용액의 제조 방법은 당업계에 알려져 있고, 예를 들어, 문헌[Y. Soneoka et al. (1995) Nucl. Acids Res. 23:628-633] 및 문헌[N. R. Landau et al. (1992) J Virol. 66:5110-5113]에 예시되어 있다. 감염성 바이러스 입자는 통상적인 기술을 사용하여 패키징 세포로부터 수집될 수 있다. 예를 들어, 감염성 입자는, 당업계에 알려진 바와 같이, 세포 용해, 또는 세포 배양물의 상청액 수집에 의해 수집될 수 있다. 선택적으로, 목적하는 경우, 수집된 바이러스 입자는 정제될 수 있다. 적합한 정제 기술은 당업자에게 널리 알려져 있다.
트랜스펙션이 아닌 바이러스 감염에 의한 레트로바이러스 또는 렌티바이러스 벡터를 사용하는 유전자(들) 또는 다른 폴리뉴클레오티드 서열의 전달은 "형질도입"으로 지칭된다. 일 실시형태에서, 레트로바이러스 벡터는 감염 및 프로바이러스 통합을 통해 세포 내로 형질도입된다. 특정 실시형태에서, 표적 세포, 예를 들어 T 세포 또는 NK 세포는, 이것이 바이러스 또는 레트로바이러스 벡터를 사용한 감염에 의해 세포에 전달된 유전자 또는 다른 폴리뉴클레오티드 서열을 포함하는 경우, "형질도입된" 것이다. 일부 실시형태에서, 형질도입된 세포는 이의 세포 게놈에 레트로바이러스 또는 렌티바이러스 벡터에 의해 전달된 하나 이상의 유전자 또는 다른 폴리뉴클레오티드 서열을 포함한다.
일부 실시형태에서, 숙주 세포는 본 개시내용의 작제물 중 하나 이상(항-PSMA CAR, 항-PSCA synNotch 수용체, 및/또는)을 발현한다. 숙주 세포는 본 개시내용의 DN TGF-β 수용체 작제물과 조작된 TCR 및/또는 CAR을 발현하는 하나 이상의 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 서열을 포함하는 하나 이상의 바이러스 벡터로 형질도입될 수 있다. 숙주 세포는 T 세포 악성종양을 치료 및/또는 예방하기 위해 대상체에게 투여될 수 있다. 본 개시내용의 특정 실시형태에 따라서 사용될 수 있는 유전자 요법에서 바이러스 벡터의 사용에 관련된 다른 방법은 예를 들어, 문헌[Kay, M.A. (1997) Chest 111(6 Supp.): 138S-142S]; 문헌[Ferry, N. and Heard, J.M. (1998) Hum. Gene Ther. 9:1975-81]; 문헌[Shiratory, Y. et al., (1999) Liver 19:265-74]; 문헌[Oka, K. et al., (2000) Curr. Opin. Lipidol. 11:179-86]; 문헌[Thule, P. M. and Liu, J.M. (2000) Gene Ther. 7:1744-52]; 문헌[Yang, N. S. (1992) Crit. Rev. Biotechnol. 12:335-56]; 문헌[Alt, M. (1995) J Hepatol. 23:746-58]; 문헌[Brody, S. L. and Crystal, R.G. (1994) Ann. NY Acad. Sci. 716:90-101]; 문헌[Strayer, D.S. (1999) Expert Opin. Investig. Drugs 8:2159-2172]; 문헌[Smith-Arica, J. R. and Bartlett, J. S. (2001) Curr. Cardiol. Rep. 3:43-49]; 및 문헌[Lee, H. C. et al., (2000) Nature 408:483-8]에서 찾아볼 수 있다.
본원에 기재된 조성물은 본원에서 고려되는 바와 같은 하나 이상의 폴리뉴클레오티드, 폴리펩티드, 이를 포함하는 벡터 및 T 세포 조성물을 포함할 수 있다. 본원에 기재된 일 실시형태는, 본원에 기재된 하나 이상의 조작된 DN TGF-β 수용체와 조작된 TCR 및/또는 CAR을 공동발현하는 변형된 T 세포를 포함하는 조성물이다. 조성물은, 비제한적으로, 약학적 조성물을 포함한다. "약학적 조성물"은, 단독으로, 또는 하나 이상의 다른 치료 방식과 조합으로 세포 또는 동물에게 투여하기 위해 약학적으로 허용 가능하거나 생리학적으로 허용 가능한 용액으로 제형화된 조성물을 나타낸다. 또한, 목적하는 경우, 본 개시내용의 조성물이, 예를 들어 사이토카인, 성장인자, 호르몬, 소분자, 화학요법제, 전구약물, 약물, 항체, 또는 다른 다양한 약학적 활성제와 같은 다른 작용제와 조합으로 투여될 수 있다고 이해될 것이다. 추가의 작용제가 의도된 요법을 전달하는 조성물의 능력에 부정적인 영향을 미치지 않는 한, 조성물에 포함될 수 있는 다른 구성요소에는 사실상 제한이 없다.
"약학적으로 허용 가능한"이라는 구절은, 본원에서 건전한 의학적 판단의 범위 내에서, 과도한 독성, 자극, 알레르기 반응, 또는 다른 문제 또는 합병증 없이, 합리적인 유익/위험 비율에 상응하여, 인간 및 동물이 조직과 접촉하여 사용하기에 적합한 화합물, 물질, 조성물, 및/또는 투여형을 나타내는 데 이용된다.
본원에서 사용되는, "약학적으로 허용 가능한 담체, 희석제 또는 부형제"는 임의의 보조제, 담체, 부형제, 활택제, 감미제, 희석제, 보존제, 염료/착색제, 풍미 증강제, 계면활성제, 습윤제, 분산제, 현탁화제, 안정화제, 등장화제, 용매, 계면활성제 또는 유화제를 포함하지만 이들로 제한되지 않으며, 이들은 미국 식품의약국(FDA)에서 사람이나 가축에 사용할 수 있는 것으로 승인된 것이다. 예시적인 약학적으로 허용 가능한 담체는 당류, 예컨대 락토스, 글루코스 및 수크로스; 전분, 예컨대 옥수수 전분 및 감자 전분; 셀룰로스 및 이의 유도체, 예컨대 카르복시메틸셀룰로스나트륨, 에틸 셀룰로스 및 셀룰로스 아세테이트; 트래거캔스; 맥아; 젤라틴; 탈크; 코코아 버터, 왁스, 동물 및 식물성 지방, 파라핀, 실리콘, 벤토나이트, 규산, 산화아연; 오일, 예컨대 땅콩유, 면실유, 홍화유, 참깨유, 올리브유, 옥수수유 및 대두유; 글리콜, 예컨대 프로필렌 글리콜; 폴리올, 예컨대 글리세린, 소르비톨, 만니톨 및 폴리에틸렌 글리콜; 에스테르, 예컨대 올레인산에틸 및 라우르산에틸; 한천; 완충제, 예컨대 수산화마그네슘 및 수산화알루미늄; 알긴산; 무발열원수; 등장식염수; 링거 용액; 에틸 알코올; 인산염 완충액; 및 약학적 제형에 이용되는 임의의 다른 상용성 물질을 포함하지만 이들로 제한되지 않는다.
본원에 기재된 일 실시형태에서, 본 개시내용의 조성물은 본원에서 고려되는 변형된 T 세포를 일정량 포함한다. 본원에서 고려되는 T 세포를 포함하는 약학적 조성물이 체중 1 ㎏ 당 102개 내지 1010개의 세포, 체중 1 ㎏ 당 105개 내지 109개의 세포, 체중 1 ㎏ 당 105개 내지 108개의 세포, 체중 1 ㎏ 당 105개 내지 107개의 세포, 체중 1 ㎏ 당 107개 내지 109개의 세포, 또는 체중 1 ㎏ 당 107개 내지 108개의 세포(해당 범위 내 모든 정수값 포함)의 투여량으로 투여될 수 있다고 일반적으로 명시될 수 있다. 세포의 수는 그 안에 포함된 세포 유형과 마찬가지로 조성물이 의도되는 궁극적인 용도에 따라 달라질 것이다. 조작된 TCR 또는 CAR을 발현하도록 변형된 T 세포는 이러한 범위 내 투여량으로 수 회 투여될 수 있다. 세포는 치료를 받는 환자에 대해 동종이형, 동계, 이종 또는 자가일 수 있다. 목적하는 경우, 치료는 또한 융합된 T 세포의 생착 및 기능을 증강시키기 위해 본원에 기재된 바와 같은 미토겐(예를 들어, PHA) 또는 림포카인, 사이토카인, 및/또는 케모카인(예를 들어, IFN-γ, IL-2, IL-7, IL-15, IL-12, TNF-알파, IL-18 및 TNF-베타, GM-CSF, IL-4, IL-13, Flt3-L, RANTES, MIP1α 등)의 투여를 포함할 수 있다.
일반적으로, 본원에 기재된 바와 같이 활성화되고 확장된 세포를 포함하는 조성물은 면역저하되거나 면역억제된 개체에서 발생하는 질환의 치료 및 예방에 이용될 수 있다. 일부에서, 본원에서 고려되는 변형된 T 세포를 포함하는 조성물은 암의 치료에 사용된다. 본원에 기재된 변형된 T 세포는 단독으로, 또는 담체, 희석제, 부형제, 및/또는 IL-2, IL-7, 및/또는 IL-15, 또는 다른 사이토카인 또는 세포 집단과 같은 다른 구성요소와 조합된 약학적 조성물로 투여될 수 있다. 일부 실시형태에서, 본원에서 고려되는 약학적 조성물은, 하나 이상의 약학적으로 또는 생리학적으로 허용 가능한 담체, 희석제 또는 부형제와 조합으로, 일정량의 유전적으로 변형된 T 세포를 포함한다.
본원에서 고려되는 변형된 T 세포를 포함하는 약학적 조성물은 다음을 추가로 포함할 수 있다: 중성으로 완충된 식염수, 인산염 완충된 식염수 등과 같은 완충액; 탄수화물, 예컨대 글루코스, 만노스, 수크로스 또는 덱스트란, 만니톨; 단백질; 폴리펩티드 또는 아미노산, 예컨대 글리신; 항산화제; 킬레이트제, 예컨대 EDTA 또는 글루타티온; 아쥬반트(예를 들어, 수산화알루미늄); 및 보존제. 본 개시내용의 조성물은 비경구 투여, 예를 들어 혈관내(정맥내 또는 동맥내), 복강내 또는 근육내 투여에 맞게 제형화될 수 있다.
용액, 현탁액 또는 다른 유사 형태일 수 있는 액체 약학적 조성물은, 하기 중 하나 이상을 포함할 수 있다: 주사용수, 생리 식염수와 같은 식염수, 링거액, 등장성 염화나트륨, 용매 또는 현탁 매질로서 작용할 수 있는 합성 모노글리세리드 또는 디글리세리드와 같은 고정유(fixed oil), 폴리에틸렌 글리콜, 글리세린, 프로필렌 글리콜 또는 다른 용매와 같은 멸균 희석제; 벤질 알코올 또는 메틸 파라벤과 같은 항박테리아제; 아스코르브산 또는 아황산수소나트륨과 같은 항산화제; 에틸렌디아민테트라아세트산과 같은 킬레이트제; 아세테이트, 시트레이트 또는 포스페이트와 같은 완충액, 및 염화나트륨 또는 덱스트로스와 같은 긴장성 조정제. 비경구 제제는 유리 또는 플라스틱으로 제조된 앰플, 1회용 시린지 또는 다회용 바이알에 동봉될 수 있다. 멸균 주사용 약학적 조성물이 또한 포함된다.
일부 실시형태에서, 본원에서 고려되는 조성물은 유효량의 확장된 변형된 T 세포 조성물을, 단독으로, 또는 하나 이상의 치료제와 조합으로 포함한다. 따라서, T 세포 조성물은 단독으로, 또는 방사선요법, 화학요법, 이식, 면역요법, 호르몬요법, 광역학요법 등과 같은 다른 알려진 암 치료법과 조합으로 투여될 수 있다. 조성물은 또한 항생제 및 항바이러스제와 조합으로 투여될 수 있다. 이러한 치료제는 본원에 기재된 바와 같은 질환 상태, 예를 들어 암을 위한 치료로 당업계에서 허용될 수 있다. 일 실시형태에서, 본원에서 고려되는 조성물은 또한 TGF-β의 저해제, 예를 들어 소분자 저해제 LY55299와 함께 투여될 수 있다. 본원에서 고려되는 예시적인 치료제에는, 사이토카인, 성장인자, 스테로이드, NSAID, DMARD, 항염증제, 화학요법제, 방사선요법제, 치료용 항체, 또는 다른 활성제 및 보조제가 포함된다.
특정 실시형태에서, 본원에서 고려되는 T 세포를 포함하는 조성물은 임의의 수의 화학요법제와 함께 투여될 수 있다. 화학요법제의 예시적인 예에는, 비제한적으로, 하기가 포함된다: 티오테파(thiotepa) 및 시클로포스파미드(CYTOXAN™)와 같은 알킬화제; 알킬 설포네이트, 예컨대 부설판(busulfan), 임프로설판(improsulfan) 및 피포설판(piposulfan); 아지리딘, 예컨대 벤조도파(benzodopa), 카르보퀀(carboquone), 메투레도파(meturedopa) 및 우레도파(uredopa); 알트레타민(altretamine), 트리에틸렌멜라민, 트리에틸렌포스포라미드, 트리에틸렌티오포스포라미드 및 트리메틸올멜라민 수지를 포함한 에틸렌이민 및 메틸멜라민; 클로람부실(chlorambucil), 클로마파진(chlomaphazine), 콜로포스파미드(cholophosphamide), 에스트라무스틴(estramustine), 이포스파미드(ifosfamide), 메클로르에타민(mechlorethamine), 메클로르에타민 옥시드 히드로클로라이드, 멜팔란(melphalan), 노벰비킨(novembichin), 페네스테린(phenesterine), 프레드니무스틴(prednimustine), 트로포스파미드(trofosfamide), 우라실 머스타드와 같은 질소 머스타드류; 카르무스틴(carmustine), 클로로조토신(chlorozotocin), 포테무스틴(fotemustine), 로무스틴(lomustine), 니무스틴(nimustine), 라니무스틴(ranimustine)과 같은 니트로우레아; 아클라시노마이신(aclacinomysin), 악티노마이신(actinomycin), 안트라마이신(anthramycin), 아자세린(azaserin), 블레오마이신(bleomycin), 칵티노마이신(cactinomycin), 칼리케아마이신(calicheamicin), 카라비신(carabicin), 카르미노마이신(carminomycin), 카르지노필린(carzinophilin), 크로모마이신(chromomycin), 닥티노마이신(dactinomycin), 다우노루비신(daunorubicin), 데토루비신(detorubicin), 6-디아조-5-옥소-L-노르류신, 독소루비신(doxorubicin), 에피루비신(epirubicin), 에소루비신(esorubicin), 이다루비신(idarubicin), 마르셀로마이신(marcellomycin), 미토마이신(mitomycin), 마이코페놀산(mycophenolic acid), 노갈라마이신(nogalamycin), 올리보마이신(olivomycin), 페플로마이신(peplomycin), 포트피로마이신(potfiromycin), 퓨로마이신(puromycin), 쿠엘라마이신(quelamycin), 로도루비신(rodorubicin), 스트렙토니그린(streptonigrin), 스트렙토조신(streptozocin), 투베르시딘(tubercidin), 우베니멕스(ubenimex), 지노스타틴(zinostatin), 조루비신(zorubicin)과 같은 항생제; 메토트렉세이트 및 5-플루오로우라실(5-FU)과 같은 항대사물질; 데노프테린(denopterin), 메토트렉세이트, 프테로프테린(pteropterin), 트리메트렉세이트(trimetrexate)와 같은 엽산 유사체; 플루다라빈(fludarabine), 6-메르캅토퓨린, 티아미프린(thiamiprine), 티오구아닌(thioguanine)과 같은 퓨린 유사체; 안시타빈(ancitabine), 아자시티딘(azacitidine), 6-아자우리딘(6-azauridine), 카르모푸르(carmofur), 시타라빈(cytarabine), 디데옥시우리딘, 독시플루리딘(doxifluridine), 에노시타빈(enocitabine), 플록수리딘(floxuridine), 5-FU와 같은 피리미딘 유사체; 칼루스테론(calusterone), 드로모스타놀론 프로피오네이트(dromostanolone propionate), 에피티오스타놀(epitiostanol), 메피티오스탄(mepitiostane), 테스토락톤(testolactone)과 같은 안드로겐류; 아미노글루테테티미드(aminoglutethimide), 미토탄(mitotane), 트릴로스탄(trilostane)과 같은 항-아드레날류; 프롤린산(frolinic acid)과 같은 엽산 보충제; 아세글라톤(aceglatone); 알도포스파미드 글리코시드(aldophosphamide glycoside); 아미노레불린산(aminolevulinic acid); 암사크린(amsacrine); 베스트라부실(bestrabucil); 비산트렌(bisantrene); 에다트락세이트(edatraxate); 데포파민(defofamine); 데메콜신(demecolcine); 디아지퀀(diaziquone); 엘포르미틴(elformithine); 엘립티늄 아세테이트(elliptinium acetate); 에토글루시드(etoglucid); 갈륨 니트레이트; 히드록시우레아; 렌티난(lentinan); 로니다민(lonidamine); 미토구아존(mitoguazone); 미톡산트론; 모피다몰(mopidamol); 니트라크린(nitracrine); 펜토스타틴(pentostatin); 페나메트(phenamet); 피라루비신(pirarubicin); 포도필린산(podophyllinic acid); 2-에틸히드라지드; 프로카르바진(procarbazine); PSK®; 라족산(razoxane); 시조피란(sizofiran); 스피로게르마늄; 테누아존산(tenuazonic acid); 트리아지쿠온; 2,2',2"-트리클로로트리에틸아민; 우레탄; 빈데신(vindesine); 다카르바진(dacarbazine); 만노무스틴(mannomustine); 미토브로니톨(mitobronitol); 미토락톨(mitolactol); 피포브로만(pipobroman); 가시토신(gacytosine); 아라비노시드(arabinoside)("Ara-C"); 시클로포스파미드; 티오테파; 탁소이드류, 예를 들어 파클리탁셀(paclitaxel)(TAXOL®, Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, N.J.) 및 도세탁셀(doxetaxel)(TAXOTERE®, Rhone-Poulenc Rorer, Antony, France); 클로람부실; 젬시타빈(gemcitabine); 6-티오구아닌; 메르캅토퓨린; 메토트렉세이트; 시스플라틴(cisplatin) 및 카르보플라틴(carboplatin)과 같은 백금 유사체; 빈블라스틴(vinblastine); 백금; 에토포시드(etoposide)(VP-16); 이포스파미드; 미토마이신 C; 미톡산트론; 빈크리스틴(vincristine); 비노렐빈(vinorelbine); 나벨빈(navelbine); 노반트론(novantrone); 테니포시드(teniposide); 다우노마이신(daunomycin); 아미노프테린(aminopterin); 젤로다(xeloda); 이반드로네이트(ibandronate); CPT-11; 토포아이소머라제 억제제 RPS 2000; 디플루오로메틸로미틴(DMFO: difluoromethylomithine); Targretin™(벡사로텐(bexarotene)), Panretin™(알리트레티노인(alitretinoin))과 같은 레티노산 유도체; ONTAK™(데니류킨 디프티톡스(denileukin diftitox)); 에스페라마이신(esperamicin); 카페시타빈(capecitabine); 및 상기 중 임의의 하나의 약학적으로 허용 가능한 염, 산 또는 유도체. 이러한 정의에는 또한, 예를 들어 타목시펜(tamoxifen), 랄록시펜(raloxifene), 아로마타제 저해 4(5)-이미다졸, 4-히드록시타목시펜, 트리옥시펜(trioxifene), 케옥시펜(keoxifene), LY117018, 오나프리스톤(onapristone) 및 토레미펜(toremifene)(Fareston)을 포함하는 항에스트로겐류; 및 플루타미드, 닐루타미드, 비칼루타미드, 류프로라이드 및 고세렐린과 같은 항안드로겐; 및 상기 중 임의의 하나의 약학적으로 허용 가능한 염, 산 또는 유도체가 포함된다.
다양한 기타 치료제가 본원에 기재된 조성물과 함께 사용될 수 있다. 일 실시형태에서, T 세포를 포함하는 조성물은 항염증제와 함께 투여된다. 항염증 작용제 또는 약물에는, 비제한적으로, 스테로이드류 및 글루코코르티코이드류(베타메타손(betamethasone), 부데소니드(budesonide), 덱사메타손(dexamethasone), 히드로코르티손 아세테이트(hydrocortisone acetate), 히드로코르티손, 히드로코르티손, 메틸프레드니솔론(methylprednisolone), 프레드니솔론, 프레드니손(prednisone), 트리암시놀론(triamcinolone) 포함), 비스테로이드성 항염증제(NSAIDS)(아스피린(aspirin), 이부프로펜(ibuprofen), 나프록센(naproxen), 메토트렉세이트, 설파살라진(sulfasalazine), 레플루노미드(leflunomide), 항-TNF 약제, 시클로포스파미드 및 마이코페놀레이트 포함)가 포함된다.
일부 실시형태에서, NSAID는 이부프로펜, 나프록센, 나프록센 나트륨, Cox-2 저해제(예컨대, VIOXX®(로페콕시브(rofecoxib)) 및 CELEBREX®(셀레콕시브(celecoxib))) 및 시알릴레이트(sialylate)로 이루어지는 군에서 선택된다. 예시적인 진통제는 아세트아미노펜(acetaminophen), 옥시코돈(oxycodone), 트라마돌(tramadol) 또는 프로폭시펜 히드로클로라이드로 이루어지는 군에서 선택된다. 예시적인 글루코코르티코이드류는 코르티손, 덱사메타손, 히드로코르티손, 메틸프레드니솔론, 프레드니솔론 또는 프레드니손으로 이루어지는 군에서 선택된다. 예시적인 생물학적 반응 개질제에는, 세포 표면 마커에 대한 분자(예를 들어, CD4, CD5 등), TNF 길항제(예를 들어, 에타네르셉트(etanercept)(ENBREL®), 아달리무맙(adalimumab)(HUMIRA®) 및 인플릭시맙(infliximab)(REMICADE®))와 같은 사이토카인 저해제, 케모카인 저해제 및 부착 분자 저해제가 포함된다. 생물학적 반응 변형제는 단일클론 항체뿐만 아니라 분자의 재조합 형태를 포함한다. 예시적인 질환 조절 항류마티스제(DMARD)에는, 아자티오프린(azathioprine), 시클로포스파미드, 시클로스포린(cyclosporine), 메토트렉세이트, 페니실라민(penicillamine), 레플루노미드, 설파살라진, 히드록시클로로퀸, 금(경구(아우라노핀(auranofin)) 및 근육내) 및 미노시클린이 포함된다.
다른 실시형태에서, 본원에서 고려되는 CAR 변형된 T 세포와 조합하기에 적합한 치료용 항체에는, 비제한적으로, 아바고보맙(abagovomab), 아데카투무맙(adecatumumab), 아푸투주맙(afutuzumab), 알렘투주맙(alemtuzumab), 알투모맙(altumomab), 아마툭시맙(amatuximab), 아나투모맙(anatumomab), 아르시투모맙(arcitumomab), 바비툭시맙(bavituximab), 벡투모맙(bectumomab), 베바시주맙(bevacizumab), 비바투주맙(bivatuzumab), 블리나투모맙(blinatumomab), 브렌툭시맙(brentuximab), 칸투주맙(cantuzumab), 카투막소맙(catumaxomab), 세툭시맙(cetuximab), 시타투주맙(citatuzumab), 식수투무맙(cixutumumab), 클리바투주맙(clivatuzumab), 코나투무맙(conatumumab), 다라투무맙(daratumumab), 드로지투맙(drozitumab), 두리고투맙(duligotumab), 두시기투맙(dusigitumab), 데투모맙(detumomab), 다세투주맙(dacetuzumab), 달로투주맙(dalotuzumab), 에크로멕시맙(ecromeximab), 엘로투주맙(elotuzumab), 엔시툭시맙(ensituximab), 에르투막소맙(ertumaxomab), 에타라시주맙(etaracizumab), 파리에투주맙(farietuzumab), 피클라투주맙(ficlatuzumab), 피기투무맙(figitumumab), 플란보투맙(flanvotumab), 푸툭시맙(futuximab), 가니투맙(ganitumab), 젬투주맙(gemtuzumab), 기렌툭시맙(girentuximab), 글렘바투무맙(glembatumumab), 이브리투모맙(ibritumomab), 이고보맙(igovomab), 임가투주맙(imgatuzumab), 인다툭시맙(indatuximab), 이노투주맙(inotuzumab), 인테투무맙(intetumumab), 이필리무맙(ipilimumab), 이라투무맙(iratumumab), 라베투주맙(labetuzumab), 렉사투무맙(lexatumumab), 린투주맙(lintuzumab), 로르보투주맙(lorvotuzumab), 루카투무맙(lucatumumab), 마파투무맙(mapatumumab), 마투주맙(matuzumab), 밀라투주맙(milatuzumab), 민레투모맙(minretumomab), 미투모맙(mitumomab), 목세투모맙(moxetumomab), 나마투맙(namatumab), 납투모맙(naptumomab), 네시투무맙(necitumumab), 니모투주맙(nimotuzumab), 노페투모맙(nofetumomab), 오카라투주맙(ocaratuzumab), 오파투무맙(ofatumumab), 올라라투맙(olaratumab), 오나르투주맙(onartuzumab), 오포르투주맙(oportuzumab), 오레고보맙(oregovomab), 파니투무맙(panitumumab), 파르사투주맙(parsatuzumab), 파트리투맙(patritumab), 펨투모맙(pemtumomab), 페르투주맙(pertuzumab), 핀투모맙(pintumomab), 프리투무맙(pritumumab), 라코투모맙(racotumomab), 라드레투맙(radretumab), 릴로투무맙(rilotumumab), 리툭시맙, 로바투무맙(robatumumab), 사투모맙(satumomab), 시브로투주맙(sibrotuzumab), 실툭시맙(siltuximab), 심투주맙(simtuzumab), 솔리토맙(solitomab), 타카투주맙(tacatuzumab), 타플리투모맙(taplitumomab), 테나투모맙(tenatumomab), 테프로투무맙(teprotumumab), 티가투주맙(tigatuzumab), 토시투모맙(tositumomab), 트라스투주맙(trastuzumab), 투코투주맙(tucotuzumab), 우블리툭시맙(ublituximab), 벨투주맙(veltuzumab), 보르세투주맙(vorsetuzumab), 보투무맙(votumumab), 잘루투무맙(zalutumumab), CC49 및 3F8이 포함된다.
일부 실시형태에서, 본원에 기재된 조성물은 사이토카인과 함께 투여된다. 본원에 사용된 "사이토카인"이란, 세포간 매개체로서 또 다른 세포에 작용하는 하나의 세포 집단에 의해 방출된 단백질에 대한 총칭을 의미한다. 이러한 사이토카인의 예는, 림포카인, 모노카인, 케모카인 및 전형적인 폴리펩티드 호르몬이다. 사이토카인 중에는, 하기가 포함된다: 인간 성장호르몬, N-메티오닐 인간 성장호르몬 및 소 성장호르몬과 같은 성장호르몬; 부갑상선 호르몬; 티록신(thyroxine); 인슐린; 프로인슐린(proinsulin); 렐락신(relaxin); 프로렐락신; 여포자극호르몬(FSH), 갑상선자극호르몬(TSH) 및 황체형성호르몬(LH)과 같은 당단백질 호르몬; 간 성장인자; 섬유아세포 성장인자; 프롤락틴; 태반 락토겐; 종양괴사인자-알파 및 종양괴사인자-베타; 뮬러리안(mullerian) 저해 물질; 마우스 성선자극호르몬 관련 펩티드; 인히빈(inhibin); 액티빈(activin); 혈관 내피 성장 인자; 인테그린; 트롬보포이에틴(TPO); NGF-베타와 같은 신경 성장인자; 혈소판 성장인자; TGF-알파 및 TGF-베타와 같은 형질전환 성장인자(TGF); 인슐린 유사 성장인자-I 및 인슐린 유사 성장인자-II; 에리트로포이에틴(EPO); 골유도인자; 인터페론-알파, 인터페론-베타, 및 인터페론-감마와 같은 인터페론; 대식세포-CSF(M-CSF); 과립구-대식세포-CSF(GM-CSF); 및 과립구-CSF(G-CSF); IL-1, IL-1α, IL-2, IL-3, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-9, IL-10, IL-11, IL-12, IL-15와 같은 인터류킨(IL); TNF-α 또는 TNF-β와 같은 종양괴사인자; 및 LIF 및 kit 리간드(KL)를 포함하는 다른 폴리펩티드 인자. 본원에 사용된 용어 사이토카인은 천연 공급원 또는 재조합 세포 배양물에서 유래한 단백질, 및 천연 서열 사이토카인의 생물학적 활성 등가물을 포함한다.
본 개시내용은, 부분적으로, 표적 세포, 예를 들어 종양 또는 암 세포로 재지향되고, 본원에 기재된 조작된 DN TGF-β 수용체와, 세포 상의 표적 항원에 결합하는 결합 도메인을 갖는 조작된 TCR 또는 CAR을 포함하는 유전적으로 변형된 T 세포(본원에 기재된 CAR-DN TGF-β 수용체 작제물을 포함함)를 고려한다. 암 세포는 혈액 및 림프 시스템을 통해 신체의 다른 일부로 퍼질 수도 있다. 암에는 몇 가지 주요 유형이 존재한다. 암종은 내부 기관의 막을 형성하거나 이를 덮고 있는 조직 또는 피부에서 시작되는 암이다. 육종은 뼈, 연골, 지방, 근육, 혈관, 또는 다른 결합 또는 지지 조직에서 시작되는 암이다. 백혈병은 골수와 같은 혈액 형성 조직에서 시작되며, 많은 수의 비정상 혈액세포가 생성되어 혈액으로 들어가는 암이다. 림프종과 다발골수종은 면역계의 세포에서 시작되는 암이다. 중추신경계암은 뇌 및 척수의 조직에서 시작되는 암이다.
일 실시형태에서, 표적 세포는 항원, 예를 들어 표적 항원을 발현한다. 일 실시형태에서, 표적 세포는 췌장실질세포, 췌관세포, 간세포(hepatic cell), 심근세포, 골격근세포, 골모세포, 골격근모세포, 뉴런, 혈관내피세포, 색소세포, 평활근세포, 신경아교세포, 지방세포, 뼈세포, 연골세포, 췌도세포, CNS 세포, PNS 세포, 간 세포(liver cell), 지방세포, 간세포, 신장세포, 폐세포, 피부세포, 난소세포, 여포세포, 상피세포, 면역세포 또는 내피세포이다.
특정 실시형태에서, 표적 세포는 췌장 조직, 신경 조직, 심장 조직, 골수, 근육 조직, 뼈 조직, 피부 조직, 간 조직, 모낭, 혈관 조직, 지방 조직, 폐 조직 및 신장 조직의 일부이다.
일 실시형태에서, 표적 세포는 종양세포이다. 또 다른 실시형태에서, 표적 세포는 암을 앓고 있는 환자의 세포와 같은 암세포이다. 개시된 방법으로 사멸될 수 있는 예시적인 세포는 전립선 종양의 세포를 포함한다. 일 실시형태에서, 표적 세포는 전립선의 악성 세포이다.
본원에서 고려되는 변형된 T 세포 또는 NK 세포는, 비제한적으로, 암, 감염성질환, 자가면역질환, 염증성질환 및 면역결핍을 포함하는 다양한 병태의 치료에 사용되는 개선된 입양 면역요법을 제공한다. 일부 실시형태에서, 1차 T 세포의 특이성은 본원에서 고려되는 TCR 또는 CAR과 조작된 DN TGF-β 수용체를 공동발현하도록 조작된 1차 T 세포를 유전적으로 변형시키는 방식으로 종양 또는 암 세포에 대해 재지향된다. 예를 들어, 본원에 기재된 CAR-DN TGF-β 수용체 작제물을 이용하는 경우, CAR의 scFv의 항원 결합 도메인은 T 세포를 종양 항원을 발현하는 세포로 지향시키고, 본원에 기재된 TGF-β 수용체 작제물은 TGF-β의 억제 효과를 저해하는 방식으로 이러한 T 세포의 집단을 보호한다.
본 개시내용의 일 실시형태는, 조작된 DN TGF-β 수용체와 조작된 TCR 또는 CAR을 공동발현하도록 T 세포를 변형시키고(표적 항원을 발현하는 암세포를 표적으로 하는 본원에 기재된 CAR-DN TGF-β 수용체 작제물을 포함함), 변형된 T 세포를 이를 필요로 하는 수용체에게 주입하는 일종의 세포 요법을 포함한다. 따라서 주입된 세포는 TGF-β 억제의 영향을 최소화하면서 수용자의 종양 세포를 사멸시킬 수 있다.
임의의 세포는 본 개시내용의 폴리뉴클레오티드, 벡터 또는 폴리펩티드에 대한 숙주 세포로 사용될 수 있다. 일부 실시형태에서, 세포는 원핵생물 세포, 진균 세포, 효모 세포 또는 포유류 세포와 같은 고등 진핵생물 세포일 수 있다. 적합한 원핵생물 세포는 비제한적으로 그람 음성 또는 그람 양성 유기체와 같은 유박테리아(eubacteria), 예를 들어 에스케리키아(Escherichia), 예컨대 에스케리키아 콜라이(E. Coli)와 같은 엔테로박테리아과(Enterobactehaceae); 엔테로박테리아(Enterobacter); 에르위니아(Erwinia); 클레브시엘라(Klebsiella); 프로테우스(Proteus); 살모넬라(Salmonella), 예를 들어 살모넬라 티피뮤리움(Salmonella typhimurium); 세라티아(Serratia), 예를 들어 세라티아 마르세센스(Serratia marcescans) 및 시겔라(Shigella); 바실러스(Bacilli), 예컨대 바실러스 서브틸리스(B. subtilis) 및 바실러스 리체니포르미스(B. licheniformis); 슈도모나스(Pseudomonas), 예컨대 슈도모나스 아에루기노사(P. aeruginosa); 및 스트렙토마이세스(Streptomyces)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 세포는 인간 세포이다. 일부 실시형태에서, 세포는 면역 세포이다. 일부 실시형태에서, 면역 세포는 T 세포, B 세포, 종양 침윤 림프구(TIL), TCR 발현 세포, 자연 살해(NK) 세포, 수지상 세포, 과립구, 선천성 림프 세포, 거핵 세포, 단핵구, 대식 세포, 혈소판, 흉선 세포 및 골수 세포로 이루어지는 군으로부터 선택된다. 일 실시형태에서, 면역 세포는 T 세포이다. 또 다른 실시형태에서, 면역 세포는 NK 세포이다. 특정 실시형태에서, T 세포는 종양 침윤 림프구(TIL), 자가 T 세포, 조작된 자가 T 세포(eACT™), 동종이형 T 세포, 이종 T 세포 또는 이들의 임의의 조합이다. 항체 요법, 또는 단독형 TCR 또는 CAR 변형된 T 세포와 달리, 본원에 기재된 조작된 DN TGF-β 수용체와 조작된 TCR 또는 CAR을 공동발현하도록 변형된 T 세포(또는 상기 기재된 바와 같은 임의의 세포)는 생체내에서 복제되어 지속적인 암 치료로 이어질 수 있는 장기 지속성에 기여할 수 있을 뿐 아니라, TGF-β의 억제 영향을 회피할 수 있는 추가의 이점이 있다. 따라서, 본원에 기재된 일 실시형태는, 본원에 기재된 DN TGF-β 수용체와 본원에 기재된 바와 같은 TCR 또는 CAR을 공동발현하는 변형된 T 세포의 치료적 유효량을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 것을 포함하는, TGF-β의 활성을 저해하는 방법이다.
또 다른 실시형태에서, 본원에 기재된 바와 같은 조작된 TCR 또는 CAR과 DN TGF-β 수용체를 공동발현하는 T 세포는, 치료용 T 세포의 집단이 연장된 기간 동안 유지되거나 지속될 수 있도록 T 세포 확장을 거칠 수 있다. 따라서, 본원에 기재된 또 다른 실시형태는, 본원에 기재된 T 세포의 치료적 유효량을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 것을 포함하는, T 세포 집단을 확장시키는 방법이다.
본원에 기재된 일 실시형태에서, T 세포 집단은 7일 후 약 50% 내지 약 100%, 7일 후 약 60% 내지 약 90%, 또는 7일 후 약 70% 내지 약 80% 남아있다. 본원에 기재된 또 다른 실시형태에서, T 세포 집단은 7일 후 약 50%, 7일 후 약 60%, 7일 후 약 70%, 7일 후 약 80%, 7일 후 약 90%, 또는 7일 후 약 100% 남아있다.
본원에 기재된 또 다른 실시형태에서, 본원에 기재된 변형된 T 세포의 투여는, TGF-β1의 존재 하에서 형질도입된 T 세포를 약 10% 내지 약 100%, 약 20% 내지 약 90%, 또는 약 30% 내지 약 80% 확장시킨다. 본원에 기재된 또 다른 실시형태에서, 본원에 기재된 변형된 T 세포의 투여는, TGF-β1의 존재 하에서 형질도입된 T 세포를 약 1%, 약 5%, 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95% 또는 약 100% 확장시킨다.
본원에 기재된 일 실시형태에서, 본원에 기재된 바와 같은 코돈 최적화된 서열로부터 변형된 T 세포의 투여는, 발현 효율을 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95% 또는 약 100% 증가시킨다. 본원에 기재된 또 다른 실시형태에서, 본원에 기재된 바와 같은 코돈 최적화된 서열로부터 변형된 T 세포의 투여는, 형질도입 효율을 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95% 또는 약 100% 증가시킨다.
임의의 이론에 구애됨 없이, CAR T 세포 요법의 유망한 용도에도 불구하고, 종양 항원의 부재 하에서의 구성적 긴장성 신호전달은 감소된 효율, 불량한 CAR T 세포 생존 및 독성을 초래할 수 있다고 여겨진다(문헌[Ajina et al., Mol Cancer Ther., 17(9):1795-1815(2018)]). 따라서, 긴장성 신호전달이 감소된 CAR T 세포 요법은 우수한 성능을 나타낸다. 본원에 기재된 일 실시형태에서, 종양 항원의 부재 하에서의 본원에 기재된 바와 같은 코돈 최적화된 서열로부터 변형된 T 세포의 투여는, 사이토카인 방출을 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95% 또는 약 100% 감소시킨다. 본원에 기재된 일 실시형태에서, 종양 항원의 부재 하에서의 코돈 최적화된 서열로부터 변형된 T 세포의 투여는, 사이토카인 방출을 약 80%, 약 81%, 약 82%, 약 83%, 약 84%, 약 85%, 약 86%, 약 87%, 약 88%, 약 89%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99%, 또는 약 100% 감소시킨다.
또 다른 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 바와 같은 코돈 최적화된 서열로부터의 변형된 T 세포의 투여는 종양 부피를 약 50% 내지 약 10% 내지 약 100%, 약 20% 내지 약 90%, 또는 약 30% 내지 약 80% 감소시킨다. 또 다른 실시형태에서, 종양 부피의 감소는 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95% 또는 약 100%이다.
본원에 기재된 또 다른 실시형태는, 본원에 기재된 바와 같은 TCR 또는 CAR과 DN TGF-β 수용체를 공동발현하는 T 세포를 포함하는 조성물의 유효량, 예를 들어 치료적 유효량을 투여하는 것을 포함하는, 암의 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법이다. 투여량 및 빈도는 환자의 상태, 환자의 질환의 종류 및 중증도 등의 요인에 따라 결정되지만, 적절한 투여량은 임상시험에 의해 결정될 수 있다.
본원에 기재된 또 다른 실시형태는, 본원에 기재된 바와 같은 TCR 또는 CAR과 DN TGF-β 수용체를 공동발현하는 T 세포를 포함하는 조성물(본원에 기재된 CAR-DN TGF-β 수용체 작제물을 포함함)의 유효량, 예를 들어 치료적 유효량을 투여하는 것을 포함하는, 간암의 치료를 필요로 하는 대상체에서 간암을 치료하는 방법이다. 투여량 및 빈도는 환자의 상태, 환자의 질환의 종류 및 중증도 등의 요인에 따라 결정되지만, 적절한 투여량은 임상시험에 의해 결정될 수 있다.
다른 실시형태에서, DN TGF-β 수용체를 암호화하는 폴리뉴클레오티드와 TCR 또는 CAR을 암호화하는 폴리뉴클레오티드에 작동 가능하게 연결된 프로모터를 포함하는 벡터로 유전적으로 변형된 T 세포를 포함하는 조성물(본원에 기재된 CAR-DN TGF-β 수용체 작제물을 포함함)은, 비제한적으로, 간암, 췌장암, 폐암, 유방암, 방광암, 뇌암, 골암, 갑상선암, 신장암, 피부암 또는 바이러스에 의해 유도된 암을 포함하는 고형 종양 또는 암의 치료에 사용된다.
일부 실시형태에서, DN TGF-β 수용체를 암호화하는 폴리뉴클레오티드와 CAR 및/또는 synNotch 분자를 암호화하는 폴리뉴클레오티드에 작동 가능하게 연결된 프로모터를 포함하는 벡터로 유전적으로 변형된 T 세포를 포함하는 조성물(본원에 기재된 CAR-DN TGF-β 수용체 작제물을 포함함)은, 다양한 암의 치료에 사용되는 PSCA 또는 PSMA의 에피토프에 결합하는 항원 특이적 결합 도메인을 포함한다.
다른 실시형태에서, 본원에서 고려되는 변형된 T 세포 또는 이를 포함하는 조성물의 치료적 유효량을, 단독으로, 또는 하나 이상의 치료제와 조합으로, 이를 필요로 하는 환자에게 투여하는 것을 포함하는 방법이 제공된다. 특정 실시형태에서, 본 개시내용의 세포는 암이 발병할 위험이 있는 환자의 치료에 사용된다. 따라서, 본 개시내용은 본 개시내용의 변형된 T 세포의 치료적 유효량을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 것을 포함하는, 암의 치료 또는 예방 방법을 제공한다.
당업자는, 본 개시내용의 조성물의 다회투여가 목적하는 요법을 유효하게 하는 데 필요할 수 있다는 것을 인식할 것이다. 예를 들어, 조성물은 1주, 2주, 3주, 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 1년, 2년, 5년, 10년 또는 그 이상의 기간에 걸쳐 1회, 2회, 3회, 4회, 5회, 6회, 7회, 8회, 9회 또는 10회, 또는 그 이상 투여될 수 있다.
특정 실시형태에서, 활성화된 T 세포를 대상체에게 투여한 후, 다시 채혈하여(또는 성분채집술을 수행하여), 본 개시내용에 따라 T 세포를 활성화시키고, 이러한 활성화되고 확장된 T 세포를 환자에게 다시 주입하는 것이 바람직할 수 있다. 이러한 과정은 몇 주마다 여러 번 수행될 수 있다. 특정 실시형태에서, T 세포는 10 cc 내지 400 cc의 채혈로부터 활성화될 수 있다. 이론에 구애됨 없이, 이러한 다회 채혈/다회 재주입 프로토콜의 사용은 T 세포의 특정 집단을 선택하는 역할을 할 수 있다.
본원에서 고려되는 조성물의 투여는 에어로졸 흡입, 주사, 섭취, 수혈, 착상 또는 이식을 포함하는 임의의 편리한 방식으로 수행될 수 있다. 일부 실시형태에서, 조성물은 비경구로 투여된다. 본원에 사용된 "비경구 투여" 및 "비경구로 투여된"이라는 구절은 통상적으로 주사에 의한, 장관내 및 국소 투여 이외의 투여 방식을 나타내며, 이에는, 비제한적으로, 혈관내, 정맥내, 근육내, 동맥내, 경막내, 관절낭내, 안와내, 종양내, 심장내, 피내, 복강내, 경기관내, 피하, 표피하, 관절내, 피막하, 지주막하, 척추내 및 흉골내 주사 및 주입이 포함된다. 일 실시형태에서, 본원에서 고려되는 조성물은 대상체에게 종양, 림프절 또는 감염 부위 내로의 직접 주입에 의해서 투여된다.
일 실시형태에서, 이를 필요로 하는 대상체는 상기 대상체에서 암에 대한 세포 면역반응을 증가시키는 조성물의 유효량을 투여받는다. 면역반응은 감염된 세포를 사멸시킬 수 있는 세포독성 T 세포, 조절 T 세포 및 헬퍼 T 세포 반응에 의해 매개되는 세포 면역반응을 포함할 수 있다. B세포를 활성화시켜 항체 생산을 유도할 수 있는 헬퍼 T 세포에 의해 주로 매개되는 체액성 면역반응이 또한 유도될 수 있다. 본 개시내용의 조성물에 의해서 유도되는 면역 반응의 유형을 분석하기 위해서 다양한 기술이 사용될 수 있는데, 이것은 당업계에 널리 설명되어 있고; 예를 들어, 문헌[Current Protocols in Immunology, Edited by: John E. Coligan, Ada M. Kruisbeek, David H. Margulies, Ethan M. Shevach, Warren Strober (2001) John Wiley & Sons, NY, N.Y]에 기재되어 있다.
T 세포 매개 사멸의 경우, CAR-리간드 결합은 T 세포로의 CAR 신호전달을 개시하여, T 세포가 다양한 메커니즘에 의해 표적 세포 세포자멸사를 유도할 수 있는 단백질을 생산하거나 방출하도록 유도하는 다양한 T 세포 신호전달 경로를 활성화시킨다. 이러한 T 세포 매개 메커니즘에는, (비제한적으로) T 세포에서 표적 세포로의 세포내 세포독성 과립의 전달, 표적 세포 사멸을 직접적으로(또는 다른 살해 이펙터 세포의 동원을 통해 간접적으로) 유도할 수 있는 전염증성 사이토카인의 T 세포 분비, 및 표적 세포의 동족 사멸 수용체(예를 들어, Fas)에 결합한 후 표적 세포 세포자멸사를 유도하는 T 세포 표면 상의 사멸 수용체 리간드(예를 들어, FasL)의 상향조절이 포함된다.
일 실시형태에서 본원에는 암으로 진단된 대상체를 치료하는 방법이 기재되어 있는데, 이 방법은 대상체에서 T 세포를 제거하는 단계, 본원에서 고려되는 바와 같은 항-PSMA CAR과 조작된 DN TGF-β 수용체를 암호화하는 핵산을 포함하는 벡터(본원에 기재된 항-PSMA CAR-DN TGF-β 수용체 작제물을 포함함)로 상기 T 세포를 유전적으로 변형시켜, 변형된 T 세포의 집단을 생성하는 단계, 및 동일한 대상체에게 변형된 T 세포 집단을 투여하는 단계를 포함한다. 일 실시형태에서 본원에는 암으로 진단된 대상체를 치료하는 방법이 기재되어 있는데, 이 방법은 대상체에서 T 세포를 제거하는 단계, 본원에서 고려되는 바와 같은 항-PSMA CAR과 조작된 DN TGF-β 수용체를 암호화하는 핵산을 포함하는 벡터(본원에 기재된 항-PSMA CAR-DN TGF-β 수용체 작제물을 포함함)로 상기 T 세포를 유전적으로 변형시켜, 변형된 T 세포의 집단을 생성하는 단계, 및 동일한 대상체에게 변형된 T 세포 집단 및 항-PSCA synNotch 분자를 암호화하는 핵산 작제물을 투여하는 단계를 포함한다.
특정 실시형태에서, 본 개시내용은 또한 조작된 DN TGF-β 수용체와 항-PSMA CAR 분자를 암호화하는 핵산 작제물(본원에 기재된 CAR-DN TGF-β 수용체 작제물을 포함함)을 발현하는 면역 이펙터 세포 집단을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 대상체에서 표적 세포 집단에 대한 이펙터 세포 매개 면역 조절 반응을 자극시키는 방법을 제공한다. 일부 예에서 면역 이펙터 세포 집단은 항-PSCA synNotch 분자를 암호화하는 핵산 작제물을 추가로 발현한다.
본원에 기재된 세포 조성물을 투여하는 방법은, 대상체에서 조작된 CAR을 직접적으로 발현하는 생체외 유전적으로 변형된 면역 이펙터 세포의 재도입, 또는 대상체에게 도입 시 조작된 CAR, 조작된 DN TGF-β 수용체 및 항-PSMA CAR 분자(본원에 기재된 CAR-DN TGF-β 수용체 작제물을 포함함)를 발현하는 성숙 면역 이펙터 세포로 분화되는 면역 이펙터 세포의 유전적으로 변형된 전구체의 재도입을 유도하는 데 효과적인 임의의 방법을 포함한다. 일부 예에서 면역 이펙터 세포 집단은 항-PSCA synNotch 분자를 암호화하는 핵산 작제물을 추가로 발현한다. 하나의 방법은 말초혈액 T 세포를 생체외에서 본 개시내용에 따른 핵산 작제물로 형질도입하는 단계, 및 형질도입된 세포를 대상체에게 다시 돌려보내는 단계를 포함한다.
전술한 개시내용은 이해의 명확성을 위해 예시 및 예로서 일부 상세하게 설명되었지만, 첨부된 청구범위의 사상 또는 범위에서 벗어나지 않는 한, 본 개시내용의 교시에 비추어 특정 변경 및 변형이 이루어질 수 있다는 것이 당업자에게 명백할 것이다. 하기 실시예는 예시의 방식으로만 제공되며 제한의 방식이 아니다. 당업자는 본질적으로 유사한 결과를 산출하도록 변경되거나 변형될 수 있는 다양한 비임계 매개변수를 쉽게 인식할 것이다.
실시예
실시예 1
ALLCells®(미국 캘리포니아주 알라메다 소재)로부터 얻은 CD3+ 세포를 건강한 공여자로부터 얻은 말초 혈액 단핵 세포로부터 단리하고, CryoStor® 세포 동결건조 배지(Sigma Aldrich®)에서 동결시켰다. 제조사의 지시에 따라서 STEMCELL Technologies™(캐나다 밴쿠버 소재)로부터의 상업적으로 입수 가능한 키트를 사용하여 음성 선택에 의해 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)를 함유하는 백혈구로부터 Pan CD3+ T 세포를 단리하고, 그 다음 액체 질소에서 동결시켰다. 키메라 항원 수용체(CAR) T 세포를 동결된 인간 Pan CD3+ T 세포로부터 생성시켰다. 렌티바이러스 형질도입 전에, CD3+ pan T 세포를 해동하고, 제조사 권장 사항에 따라 항-CD3/CD28 Dynabeads®(ThermoFisher Scientific) 및 100 IU/ml 외인성 인터루킨-2(IL-2)를 사용하여 생체 외에서 활성화하였다. 활성화된 세포를 밤새 휴지시켰다. 항-CD3/CD28 비드 활성화 1일 후, T 세포를 플레이팅하고, 렌티바이러스 벡터(항-PSMA CAR 포함)를 형질도입하였다. 정규 CAR(synNotch 수용체 전사 활성화가 없는 CAR)은 6 내지 9의 감염 다중도(MOI)로 형질도입되었다. 합성 노치(synNotch) 작제물은 6 내지 9의 synNotch 렌티바이러스 벡터 MOI 및 6 내지 9의 CAR 페이로드 렌티바이러스 벡터 MOI로 이중 형질도입되었다. 형질도입 3일 후에 T 세포에서 비드를 제거하고 형질도입 후 8일 내지 11일에 발현 및 세포독성 검정에 대해 평가하였다.
정규 CAR 벡터는 항-PSMA CAR의 구성적 발현을 유도하기 위한 EF1a 프로모터를 포함하였다. synNotch 벡터는 항-PSCA synNotch 수용체의 구성적 발현을 유도하기 위해서 EF1a 프로모터를 포함하였다. CAR 페이로드 벡터(synNotch 수용체 활성화 조건적 발현용)는 항-PSMA CAR의 조건적 발현을 유도하기 위해서 5x gal4 결합 부위-최소 CMV 프로모터를 포함하였다. synNotch 작제물에 상기 기재된 바와 같이 synNotch 및 CAR 페이로드 벡터를 동시에 형질도입하였다.
하기 실시예에서 사용된 항-PSMA CAR은 CSF2RA 신호 서열, 항-PSMA scFv, CD8α 힌지 도메인, CD8α 막관통 도메인, 4-1BB 공동자극 도메인 및 CD3제타 신호전달 도메인을 포함하였다. synNotch 수용체는 항-PSCA scFv, 뮤린 Notch 코어, gal4 DNA 결합 도메인 및 vp64 트랜스액티베이션 도메인을 포함하였다. synNotch 수용체의 리간드 유도 활성화를 시뮬레이션하기 위해 myc 태그를 포함시켰다.
인간 전립선 세포주 22RV1 및 인간 백혈병 세포주 K562를 American Type Culture Collection(ATCC)으로부터 얻었다. 세포를 1% 페니실린/스트렙토마이신 및 10% 소 태아 혈청(FBS)이 보충된 Roswell Park Memorial Institute(RPMI; 22RV1) 또는 Iscove's Modified Dulbecco's Medium(IMDM; K562)에서 37℃, 5% CO2에서 배양하였다. 22RV1 및 K562 세포를 표 10에 기재된 바와 같이 PSCA 및 PSMA를 넉아웃(KO)하도록 또는 과발현하도록 조작하였다.
[표 10]
실시예 2
형질도입 7일 후, 실시예 1에 기재된 바와 같이 형질도입된 T 세포를 수거하여 형질도입 효율을 측정하였다. 1.5×105개 T 세포를 96웰 플레이트에 이중으로 플레이팅하였다. 정규 CAR T 세포의 경우, T 세포를 x-vivo 15(Lonza(스위스 바젤 소재)), 5% 인간 혈청(Valley Biomedical(미국 버지니아주 윈체스터 소재)), 및 1% Glutamax(Gibco)를 포함한 hTCM(인간 T 세포 배지)에서 밤새 배양하였다. synNotch T 수용체 발현 세포의 경우, T 세포를 myc 비드의 존재 및 부재 하에서 밤새 배양하여 synNotch 수용체를 자극함으로써 CAR 발현을 유도하였다. 밤새 배양한 후, 6X His 태그(서열번호 260)를 함유하는 재조합 PSMA(rPSMA)를 사용하여 CAR 발현을 측정하였다. 세포를 항-His 항체로 염색하고, 염색된 세포를 유세포 분석법을 통해 검출하였다. rPSMA(및 항-His)에 의해 결합된 세포만 검출하여 발현을 측정한다. 표 11은 정규 CAR 발현을 제시한다. 표 12는 synNotch 및 CAR 페이로드 발현을 제시한다.
[표 11]
Figure pct00013
[표 12]
Figure pct00014
실시예 3
T 세포-의존성 세포독성 검정의 경우, 실시예 1에 기재된 바와 같이 형질도입된 T 세포의 T 세포 세포독성을 이펙터(T 세포)-대-표적 세포(표 10에 기재된 바와 같음) 비율(E:T) 1:1에서 실시간으로 측정하였다. 표적 세포를 xCELLigence 플레이트에 밤새 플레이팅하고 임피던스를 15분마다 측정하였다. 약술하자면, 50 μl의 hTCM을 xCELLigence 플레이트에 첨가하고, 측정을 수행하여 플레이트에 대한 기준선을 만든다. 그런 다음 4개의 상이한 22RV1 세포주 각각 3×104개를 xCELLigence 플레이트에 50 μl로 플레이팅하고 임피던스를 밤새 15분마다(16 내지 18시간) 측정하였다. 마지막으로, 100 μl에 3×104 CAR+ 이펙터를 첨가하고, 추가 72 내지 96시간 동안 15분마다 임피던스를 측정한다. 기기는 "세포 지수"라고 하는 각각의 판독값을 취하고, 동일한 플레이트에서 종양 세포가 단독으로 성장한 방식을 기반으로 "세포 독성%"를 계산한다. 정규 CAR T 세포에 대한 표적 세포는 22RV1-PSMA 넉아웃(KO)(도 1) 및 22RV1(도 2)이었다. synNotch T 세포의 표적 세포는 22RV1-PSMA KO(도 3), 22RV1-PSMA KO-PSCA(도 4), 22RV1 (도 5) 및 22RV1-PSCA(도 6)이었다.
실시예 4
표 10에 기재된 바와 같이 5 ×104개 표적 세포를 96웰 플레이트에서 hTCM 배지에서 5 ×104개 CAR+ T 세포와 총 부피 200 μl로 72시간 동안 공동배양하였다. 그 다음 상청액을 수거하고 사이토카인 방출(IFNγ 및 IL-2)을 제조사 권장사항(Protein Simple, 미국 캘리포니아주 산 호세 소재)에 따라 IFNγ 또는 IL-2 카트리지를 사용하여 Ella를 통해 측정하였다.
[표 13]
Figure pct00015
[표 14]
Figure pct00016
[표 15]
Figure pct00017
[표 16]
Figure pct00018
[표 17]
Figure pct00019
[표 18]
Figure pct00020
[표 19]
Figure pct00021
[표 20]
Figure pct00022
[표 21]
Figure pct00023
[표 22]
Figure pct00024
[표 23]
Figure pct00025
[표 24]
Figure pct00026
[표 25]
Figure pct00027
[표 26]
Figure pct00028
[표 27]
Figure pct00029
[표 28]
Figure pct00030
[표 29]
Figure pct00031
[표 30]
Figure pct00032
[표 31]
Figure pct00033
[표 32]
Figure pct00034
[표 33]
Figure pct00035
[표 34]
Figure pct00036
[표 35]
Figure pct00037
[표 36]
Figure pct00038
실시예 5
22RV1 또는 미토마이신 C 처리된-K562 세포를 96웰 플레이트에서 96시간 동안 Cell Trace Violet(CTV) 표지된-T 세포와 공동배양하였다. 접종 후, 플레이트를 CTV의 희석에 대해서 유세포 분석법으로 분석하였다.
[표 37]
Figure pct00039
[표 38]
Figure pct00040
[표 39]
Figure pct00041
[표 40]
Figure pct00042
실시예 6
암컷 NSG 마우스에게 50% Matrigel에서 등 옆구리에 5×105개의 K562-PSCA-PSMA를 피하 이식하였다. 제14일에, 마우스에게 2×106 또는 5×106개의 CAR+ T 세포를 투여하였다. 종양을 캘리퍼스를 통해 측정하였다.
[표 41]
Figure pct00043
Figure pct00044
[표 41]
Figure pct00045
Figure pct00046
실시예 7
암컷 NSG 마우스에게 50% Matrigel에서 등 옆구리에 5×105개의 K562-PSCA-PSMA를 피하 이식하였다. 제13일에, 마우스에게 2×106 또는 5×106개의 CAR+ T 세포를 투여하였다. 종양을 캘리퍼스를 통해 측정하였다.
Figure pct00047
일반적으로, 하기 청구범위에서 사용된 용어는 청구범위를 본원 및 청구범위에 개시된 특정 실시형태로 제한하는 것으로 해석되어서는 안되며, 이러한 청구범위에 부여된 등가물의 전체 범위와 함께 모든 가능한 실시형태를 포함하는 것으로 해석되어야 한다. 따라서, 청구범위는 본 개시내용에 의해 제한되지 않는다.
SEQUENCE LISTING <110> KITE PHARMA, INC. <120> PROSTATE CANCER CHIMERIC ANTIGEN RECEPTORS <130> K-1096-WO-PCT <140> <141> <150> 63/130,529 <151> 2020-12-24 <160> 260 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 120 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide" <400> 1 Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly 1 5 10 15 Ser Met Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr 20 25 30 Tyr Met Ala Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Ala Asn Ile Asn Tyr Asp Gly Ser Asn Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Leu 50 55 60 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Asn Trp Asp Gly Tyr Tyr Gly Tyr Phe Asp Val Trp Gly Gln 100 105 110 Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser 115 120 <210> 2 <211> 360 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> 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Ser Ser Pro Ala Cys Leu Tyr Asp 65 70 75 80 Asn Phe Asp Cys His Ala Gly Gly Arg Glu Arg Thr Cys Asn Pro Val 85 90 95 Tyr Glu Lys Tyr Cys Ala Asp His Phe Ala Asp Gly Arg Cys Asp Gln 100 105 110 Gly Cys Asn Thr Glu Glu Cys Gly Trp Asp Gly Leu Asp Cys Ala Ser 115 120 125 Glu Val Pro Ala Leu Leu Ala Arg Gly Val Leu Val Leu Thr Val Leu 130 135 140 Leu Pro Pro Glu Glu Leu Leu Arg Ser Ser Ala Asp Phe Leu Gln Arg 145 150 155 160 Leu Ser Ala Ile Leu Arg Thr Ser Leu Arg Phe Arg Leu Asp Ala His 165 170 175 Gly Gln Ala Met Val Phe Pro Tyr His Arg Pro Ser Pro Gly Ser Glu 180 185 190 Pro Arg Ala Arg Arg Glu Leu Ala Pro Glu Val Ile Gly Ser Val Val 195 200 205 Met Leu Glu Ile Asp Asn Arg Leu Cys Leu Gln Ser Pro Glu Asn Asp 210 215 220 His Cys Phe Pro Asp Ala Gln Ser Ala Ala Asp Tyr Leu Gly Ala Leu 225 230 235 240 Ser Ala Val Glu Arg Leu Asp Phe Pro Tyr Pro Leu Arg Asp Val Arg 245 250 255 Gly Glu Pro Leu Glu Pro Pro Glu Pro Ser Val Pro Leu Leu Pro Leu 260 265 270 Leu Val Ala Gly Ala Val Leu Leu Leu Val 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region may encompass 1-5 residues" <220> <221> SITE <222> (31)..(35) <223> /note="This region may encompass 1-5 residues" <220> <221> SITE <222> (36)..(40) <223> /note="This region may encompass 1-5 residues" <220> <221> SITE <222> (41)..(45) <223> /note="This region may encompass 1-5 residues" <220> <221> SITE <222> (46)..(50) <223> /note="This region may encompass 1-5 residues" <400> 257 Gly Gly Gly Gly Gly Ser Ser Ser Ser Ser Gly Gly Gly Gly Gly Ser 1 5 10 15 Ser Ser Ser Ser Gly Gly Gly Gly Gly Ser Ser Ser Ser Ser Gly Gly 20 25 30 Gly Gly Gly Ser Ser Ser Ser Ser Gly Gly Gly Gly Gly Ser Ser Ser 35 40 45 Ser Ser 50 <210> 258 <211> 4 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 258 Lys Arg Lys Arg 1 <210> 259 <211> 4 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 259 Arg Arg Lys Arg 1 <210> 260 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic 6xHis tag" <400> 260 His His His His His His 1 5

Claims (28)

  1. 항-PSMA 결합 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편으로서, 상기 항-PSMA 결합 도메인은 서열번호 1, 25, 49 및 73으로 이루어진 군으로부터 선택된 중쇄 가변 영역(HCVR: heavy chain variable region) 중 어느 하나의 3개의 중쇄 상보성 결정 영역(HCDR: heavy chain complementarity determining region)의 서열 및 서열번호 12, 36, 60 및 84로 이루어진 군으로부터 선택된 경쇄 가변 영역(LCVR: light chain variable region)의 3개의 경쇄 CDR(LCDR: light chain CDR)의 서열을 포함하는, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  2. 제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 3개의 중쇄 상보성 결정 영역(HCDR)을 포함하는 제1 도메인 및 3개의 경쇄 상보성 결정 영역(LCDR)을 포함하는 제2 도메인을 포함하되,
    상기 HCDR 및 LCDR은 하기를 포함하는, 항체 또는 이의 항원 결합 단편:
    (i) 서열번호 3 내지 5 중 임의의 하나에 따른 HCDR1; 서열번호 6 내지 8 중 임의의 하나에 따른 HCDR2; 서열번호 9 내지 11 중 임의의 하나에 따른 HCDR3; 서열번호 14 내지 16 중 임의의 하나에 따른 LCDR1; 서열번호 17 내지 19 중 임의의 하나에 따른 LCDR2; 서열번호 20 내지 22 중 임의의 하나에 따른 LCDR3;
    (ii) 서열번호 27 내지 29 중 임의의 하나에 따른 HCDR1; 서열번호 30 내지 32 중 임의의 하나에 따른 HCDR2; 서열번호 33 내지 35 중 임의의 하나에 따른 HCDR3; 서열번호 38 내지 40 중 임의의 하나에 따른 LCDR1; 서열번호 41 내지 43 중 임의의 하나에 따른 LCDR2; 서열번호 44 내지 46 중 임의의 하나에 따른 LCDR3;
    (iii) 서열번호 51 내지 53 중 임의의 하나에 따른 HCDR1; 서열번호 54 내지 56 중 임의의 하나에 따른 HCDR2; 서열번호 57 내지 59 중 임의의 하나에 따른 HCDR3; 서열번호 62 내지 64 중 임의의 하나에 따른 LCDR1; 서열번호 65 내지 67 중 임의의 하나에 따른 LCDR2; 서열번호 68 내지 70 중 임의의 하나에 따른 LCDR3; 또는
    (iv) 서열번호 75 내지 77 중 임의의 하나에 따른 HCDR1; 서열번호 78 내지 80 중 임의의 하나에 따른 HCDR2; 서열번호 81 내지 83 중 임의의 하나에 따른 HCDR3; 서열번호 86 내지 88 중 임의의 하나에 따른 LCDR1; 서열번호 89 내지 91 중 임의의 하나에 따른 LCDR2; 서열번호 92 내지 94 중 임의의 하나에 따른 LCDR3.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 3개의 HCDR을 포함하는 제1 중쇄 가변 도메인 및 3개의 LCDR을 포함하는 경쇄 가변 도메인을 포함하되,
    (i) 상기 중쇄 가변 도메인은 서열번호 1과 적어도 80% 동일하고, 상기 경쇄 가변 도메인은 서열번호 12와 적어도 80% 동일하거나;
    (ii) 상기 중쇄 가변 도메인은 서열번호 25과 적어도 80% 동일하고, 상기 경쇄 가변 도메인은 서열번호 36과 적어도 80% 동일하거나;
    (iii) 상기 중쇄 가변 도메인은 서열번호 49와 적어도 80% 동일하고, 상기 경쇄 가변 도메인은 서열번호 60과 적어도 80% 동일하거나;
    (iv) 상기 중쇄 가변 도메인은 서열번호 73과 적어도 80% 동일하고, 상기 경쇄 가변 도메인은 서열번호 84와 적어도 80% 동일한, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 3개의 HCDR 및 상기 3개의 LCDR은 단일 폴리펩티드에 포함되는, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 이의 항원 결합 단편은 scFv를 포함하는, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항의 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 암호화하는 핵산.
  7. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항의 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는, 키메라 항원 수용체.
  8. 제7항에 있어서, 4-1BB/CD137의 막관통 도메인, T 세포 수용체의 알파 사슬, T 세포 수용체의 베타 사슬, CD3 엡실론, CD4, CD5, CD8 알파, CD9, CD16, CD19, CD22, CD28, CD33, CD37, CD45, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137, CD154, 또는 T 세포 수용체의 제타 사슬, 또는 이들의 임의의 조합을 더 포함하는, 키메라 항원 수용체.
  9. 제7항 또는 제8항의 키메라 항원 수용체를 포함하는 핵산.
  10. 제6항 또는 제9항의 핵산을 포함하는 재조합 벡터.
  11. 제10항에 있어서, 상기 항체, 이의 항원 결합 단편 또는 키메라 항원 수용체를 암호화하는 핵산은 구성적으로 활성화된 프로모터 또는 조건적으로 활성화된 프로모터에 작동 가능하게 연결되는, 재조합 벡터.
  12. 제11항에 있어서, 상기 조건적으로 활성화된 프로모터는 적어도 하나의 전사 활성화제 결합 부위를 포함하는, 재조합 벡터.
  13. 제12항에 있어서, 상기 전사 활성화제 결합 부위는 하나 이상의 GAL4 결합 부위를 포함하는, 재조합 벡터.
  14. 제9항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 재조합 벡터는 우성 음성 TGFβ 수용체(DN TGFβR: dominant negative TGFβ receptor)를 암호화하는 핵산을 더 포함하며, 상기 DN TGFβR은
    TGF-β 수용체로부터의 세포외 도메인(ECD: extracellular domain)
    및 막관통 도메인(TMD: transmembrane domain)을 포함하되, 상기 재조합 폴리펩티드는 야생형 TGF-β 수용체에 존재하는 신호전달과 인산화를 담당하는 아미노산 잔기가 결여되어 있는 재조합 폴리펩티드가 결여되어 있는, 재조합 벡터 또는 핵산.
  15. 합성 노치(synNotch) 수용체 폴리펩티드로서, N에서 C 말단으로
    세포외 항-PSCA 결합 도메인,
    하나 이상의 단백질분해 절단 부위를 포함하는 노치 코어 도메인 및
    DNA 결합 도메인 및 트랜스액티베이션(transactivation) 도메인을 포함하는 전사 활성화제를 포함하는 세포내 도메인을 포함하되, PSCA에 대한 상기 결합 세포외 항-PSCA 결합 도메인의 결합은 상기 하나 이상의 단백질분해 절단 부위에서 상기 노치 코어 도메인의 절단을 유도하여, 상기 세포내 도메인 및 상기 전사 조절제를 방출하는, synNotch 수용체 폴리펩티드.
  16. 제15항에 있어서, 상기 항-PSCA 결합 도메인은 3개의 중쇄 상보성 결정 영역(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3)을 포함하는 제1 도메인 및 3개의 경쇄 상보성 결정 영역(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3)을 포함하는 제2 도메인을 포함하되,
    (i) 상기 HCDR1은 서열번호 152 내지 154 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖고,
    (ii) 상기 HCDR2는 서열번호 155 내지 157 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖고;
    (iii) 상기 HCDR3은 서열번호 158 내지 160 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖고;
    (iv) 상기 LCDR1은 서열번호 163 내지 165 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖고;
    (v) 상기 LCDR2는 서열번호 166 내지 168 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖고;
    (vi) 상기 LCDR3은 서열번호 169 내지 171 중 임의의 하나에 따른 서열을 갖는, synNotch 수용체 폴리펩티드.
  17. 제15항 또는 제16항에 있어서, 상기 전사 조절제는 전사 활성화제인, synNotch 수용체 폴리펩티드.
  18. 제17항에 있어서, 상기 전사 활성화제는 GAL4, HNF1 알파 또는 HNF1 베타를 포함하는, synNotch 수용체 폴리펩티드.
  19. 제17항에 있어서, 상기 전사 활성화제는 VP64, RelA (p65), YAP, WWTR1(TAZ), CREB3(LZIP) 및 MyoD로 이루어진 군으로부터 선택된 트랜스액티베이션 도메인을 포함하는, synNotch 수용체 폴리펩티드.
  20. 제15항 내지 제19항 중 어느 한 항의 synNotch 수용체 폴리펩티드를 암호화하는 핵산.
  21. 제20항의 핵산을 포함하는 재조합 벡터.
  22. 제6항, 제9항 또는 제20항 중 어느 한 항의 핵산으로 형질전환된 숙주 세포 또는 제10항 내지 제14항 및/또는 제21항 중 어느 한 항의 재조합 벡터.
  23. 제22항에 있어서, 상기 숙주 세포는 T 세포 또는 NK 세포를 포함하는, 숙주 세포.
  24. 제23항의 T 세포 및/또는 NK 세포를 포함하는 약학적 조성물.
  25. 질환의 치료를 필요로 하는 환자에서 질환을 치료하는 방법으로서, 제23항의 T 세포 및/또는 NK 세포 또는 제24항의 약학적 조성물을 상기 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  26. 제25항에 있어서, 상기 질환은 전립선암인, 방법.
  27. 대상체에서 면역 반응을 유도하거나 대상체를 전립선암에 대해서 면역화시키는 방법으로서, 제23항의 T 세포 및/또는 NK 세포 또는 제24항의 약학적 조성물을 상기 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  28. 제25항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 T 세포 및/또는 NK 세포는 상기 환자에 대해 동종이형인, 방법.
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