KR20230117135A - 항박테리아 방법 및 세포 - Google Patents

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Abstract

본 발명은 내성-결절화-세포 분열 (RND)-유출 펌프를 포함하는 박테리아 표적 세포를 사멸시키는 방법, 뿐만 아니라 이러한 목적에 유용한 담체 세포에 관한 것이며, 여기서 담체 세포는 표적 세포에 독성이 있는 항박테리아-미생물제를 코딩하는 접합성 플라스미드를 포함한다. 담체 박테리아는 표적 세포에 상기 작용제를 코딩하는 플라스미드 DNA의 접합성 전달이 가능하다.

Description

항박테리아 방법 및 세포
본 발명은 내성-결절화-세포 분열(Resistance-Nodulation-Cell Division) (RND)-유출 펌프(efflux pump)를 포함하는 박테리아 표적 세포를 사멸시키는 방법, 뿐만 아니라 이러한 목적에 유용한 담체 세포에 관한 것이며, 여기서 담체 세포는 표적 세포에 독성이 있는 항박테리아-미생물제를 코딩하는 접합성 플라스미드를 포함한다. 담체 박테리아는 표적 세포에 상기 작용제를 코딩하는 플라스미드 DNA의 접합성 전달이 가능하다.
다중약물 내성의 결정인자로서의 박테리아 유출 시스템
유출 펌프는 세포 내부로부터 외부 환경으로의 기질의 압출에 관여하는 박테리아 수송 단백질이다. 이들 기질은 종종 항생제이며, 박테리아 항생제 내성 표현형을 발현하는 유출 펌프를 부여한다. 1990년대에 발견된 최초의 약물-내성 유출 펌프부터, 분자 미생물학의 발전은 메티실린-내성　스타필로코쿠스 아우레우스(Staphylococcus aureus) (MRSA),　스트렙토코쿠스 뉴모니아에(Streptococcus pneumoniae), 클로스트리디움 디피실레(Clostridium difficile), 엔테로코쿠스 종(Enterococcus　spp.) 및　리스테리아 모노시토게네스(Listeria monocytogenes)를 포함한 그람-양성 박테리아 (GPB)　및 그람-음성 박테리아 (GNB) 예컨대　아시네토박터 바우마니(Acinetobacter baumannii), 에스케리키아 콜라이(Escherichia coli), 클렙시엘라 뉴모니아에(Klebsiella pneumoniae), 스테노트로포모나스 말토필리아(Stenotrophomonas maltophilia), 캄필로박터 제주니(Campylobacter jejuni), 슈도모나스 아에루기노사(Pseudomonas aeruginosa), 나이세리아 고노로에아에(Neisseria gonorrhoeae), 비브리오 콜레라에(Vibrio cholerae)　및　살모넬라 종(Salmonella　spp)에서 많은 유출 펌프의 특성화를 야기하였다. 농도 구배에 대한 이들 수송 기질 때문에, 이들 유출 펌프는 에너지 의존적이다. 이러한 에너지를 유도하는 메커니즘에 기초하여, 유출 펌프는 크게 두 가지 범주로 분류된다. 1차 유출 펌프는 ATP의 활성 가수분해로부터 에너지를 끌어오며, 한편 2차 유출 펌프는 양성자 또는 이온 예컨대 나트륨에 의해 형성된 화학적 구배로부터 에너지를 끌어온다. 유출 펌프의 다섯 가지 주요 패밀리, 즉: (i) 1차 능동 수송체인 ATP 결합 카세트 (ABC), (ii) 작은 다중약물 내성 패밀리, (iii) 다중약물 및 독소 압출 (MATE) 패밀리, (iv) 주요 촉진제 수퍼패밀리 (MFS) 및 (v) 내성 결절 세포 분열 (RND) 패밀리가 원핵생물에서 설명되어 있다. RND 패밀리 유출 펌프는 삼자 조직을 가지며 플루오로퀴놀론, β-락탐, 테트라사이클린 및 리네졸리드를 포함한, 광범위한 항생제 및 살생물제를 추방하는, 내재적 항생제 내성의 주요 원인 제공자이다. 약물 내성은 별문제로 하고, 박테리아에서 유출 펌프의 생리학적 역할은 장내박테리아에서의 담즙 내성으로 확장되어, 숙주에서 콜로니화, 병독성 증가, 생물막 분비 및 박테리아 생존을 야기한다.
생물막은 비생물적 또는 생물적 표면에 고정된 복잡한 미생물 회합이며, 생물막 자체에 의해 생성된 세포외 매트릭스에 내장되어 여기서 이들이 서로 및 환경과 상호작용한다. 생물막의 주요 특성 중 하나는 플랑크톤 세포보다 항미생물제에 대한 내성이 더 강하다는 것이다. 유출 펌프는 생물막 구조에서 항미생물제 내성을 담당하는 메커니즘 중 하나로서 보고되어 있다. 생물막 내성에서 유출 펌프의 역할에 대한 증거는 몇몇 미생물 예컨대　슈도모나스 아에루기노사,　에스케리키아 콜라이　및　칸디다 알비칸스(Candida albicans)에서 발견되었다.　
RND 유출 펌프
내성-결절화 세포 분열 (RND) 패밀리에 속하는 다중약물 유출 펌프는 광범위한 화합물에 대한 그람-음성 박테리아의 내재적 및 상승된 내성에 주요 역할을 한다. RND 유출 펌프는 작동하기 위해 막 융합 단백질 (MFP) 및 외막 단백질이라는 두 가지 다른 단백질을 필요로 한다. 살모넬라 엔테리카 혈청형 티피무리움(Salmonella enterica serovar Typhimurium)은 다섯 가지 RND 유출 시스템: AcrAB, AcrD, AcrEF, MdtABC 및 MdsABC을 가짐이 입증되었다. 대부분의 RND 유출 시스템 유전자는 또한 동일한 오페론에서 MFP를 코딩한다.
수송체의 내성-결절화-분열 (RND) 패밀리에 속하는 유출 펌프는 이 콜라이(E coli) 및 피 아에루기노사(P aeruginosa) 둘 다에서 주요 다중-약물 유출 (Mex) 메커니즘이다. 이 패밀리의 펌프는 능동 수송을 통해 항생제를 포함한 수많은 분자를 세포 밖으로 이동시키는 기능을 하는 세 가지 성분으로 이루어진다: 수송체로서 기능하는 역수송체 (예를 들어, MexB, Mex D, MexF, MexY), 표면-노출 채널을 형성하는 외막 단백질 (예를 들어, OprC, OprB, OprG, OprD, Oprl, OprH, OprP, OprO, OprM, OprJ, OprN), 및 상기 두 단백질을 연결하는 주변세포질 막 융합 단백질 (예를 들어, MexA, MexC, MexE, MexH, MexX). 이 시스템은 피 아에루기노사에서 가능한 17개의 RND 유출 펌프 중 내재적 내성과 연관된 주요 유출 펌프이다. 피 아에루기노사는 매우 불투과성인 OM 및 다중 유출 시스템의 존재로 인해 이. 콜라이보다 더 내성이 있다. Mex 유출 펌프의 불활성화는 피 아에루기노사를 평균 이 콜라이 균주보다 항생제에 더 취약하게 만든다.
유출 펌프의 플라보노이드-반응성 RND 패밀리는 몇몇 구성원, 그 중에서도 예컨대 에르위니아 아밀로보라(Erwinia amylovora)로부터의 AcrAB, 아그로박테리움 투메파시엔스(Agrobacterium tumefaciens)로부터의 IfeAB, 슈도모나스 시링가에(Pseudomonas syringae)로부터의 MexAB-OprM, 브라디리조비움 자포니쿰(Bradyrhizobium japonicum)으로부터의 BjG30,　및 시노르히조비움 멜리로티(Sinorhizobium meliloti)에서의 EmrAB를 포함한다. 박테리아/식물 상호작용에서 이 유출 펌프의 역할을 추가로 뒷받침하는 것은, 로사세아에(Rosaceae)과의 종에 불 마름병(fire blight)을 유발하는 장내박테리아인 이. 아밀로보라(E. amylovora)가 피토알렉신에 대한 내성을 부여하는, AcrAB 유출 펌프를 가지고 있으며, 식물의 성공적인 콜로니화 및 박테리아 유독성에 필요한 것으로 보고되었다. 이 연구결과는 독성 화합물을 외수송하는 능력이 근권에서 생존을 위한 핵심 특성 중 하나이며, 유출 펌프가 이들 독성 화합물에 대한 내성을 달성하는 데 관련 역할을 할 수 있다는 견해와 일치한다.
계통발생학적으로 이. 콜라이와 가까운, 장내박테리아 병원체 살모넬라 엔테리카 혈청형 티피무리움은 적어도 아홉 가지의 다중약물 유출 펌프를 제시한다. 이들 펌프 중에서, 동일한 명칭을 가진 이. 콜라이 유출 펌프의 오르토로그인 AcrAB는 항미생물제 내성에 기여하고 항생제, 염료, 및 세제를 포함하는 넓은 기질 스펙트럼을 갖는다. 또 다른 중요한 장내 병원체는 캄필로박터 제주니이다. 이 미생물의 공지된 항생제 내성 메커니즘 중에서, CmeABC 유출 펌프는 관련 플레이어이며 담즙염과 같이, 그의 동물 숙주에 그러한 자연적으로 존재하는 것들을 포함하여, 구조적으로 다양한 항생제 및 독성 화합물에 대한 내성을 부여한다. CmeABC는 유출 수송체의 RND 패밀리에 속하며 그의 발현은 cmeABC의 프로모터 영역에서 특이적 부위에 결합하는, 전사 리프레서 CmeR에 의해 조절된다. 환경적 기원을 가진 기회 병원균을 포함한, 독립-생활 박테리아는 상이한 신호에 반응하여야 하며 이는 임상 및 비임상 생태계에서의 그의 거동에 영향을 미칠 수 있다. 예를 들어, 슈도모나스 아에루기노사는 몇몇 RND-유형 유출 시스템을 발현하며, 그 중에서 네 가지, MexAB-OprM, MexCD-OprJ, MexEF-OprN, 및 MexXY-OprM은 다중약물 내성의 유의한 결정인자로 보고된다.
MDR 유출 펌프의 발현이 숙주-생산 화합물에 의해 유도된다는 사실은 이들이 박테리아성 병원체의 유독성에 역할을 할 수 있음을 시사한다. 실제로, 비브리오 콜레라에　유출 펌프 VexB는 이 미생물의 담즙염에 대한 내성을 담당하는 주요 유출 시스템인 것으로 나타났다. 담즙염은 인간의 장에 존재하기 때문에, 이 유출 펌프의 활성은 비. 콜레라에(V. cholerae) 감염의 전제 조건이다. 유사한 상황이 살모넬라 엔테리카 혈청형 티피무리움의 발병에 필요한 엔테로박테리아세아에(Enterobacteriaceae)에서의 담즙염 내성을 담당하는 주요 펌프인 AcrAB에서도 발생한다. 특히 이 유출 펌프는 생물막을 형성하는 박테리아의 능력에도 관여한다. 숙주 항박테리아 화합물에 대한 보호 역할은 나이세리아 고노로에아에의 경우에도 기재되어 있다. 이 유기체에서, MtrCDE 유출 펌프는 척추동물 항박테리아 펩티드에 대한 내성에 기여하고, FarAB는 장쇄 지방산에 대한 내성에 관여한다. 이러한 유출 펌프의 활성은 엔. 고노로에아에(N. gonorrhoeae)의 발병에 기여한다. 유사하게, 캄필로박터 제주니　CmeABC 유출 펌프는 담즙염, 지방산, 및 세제에 대한 내성을 부여하며, 장관의 콜로니화에 필요하다.
쿼럼-감지 응답, 및 결과적으로 박테리아 유독성을 조정하는 그들의 역할과 함께, 이들 결과는 MDR 유출 펌프가 박테리아성 병원체의 내성에 기여하는 것 외에도, 그의 병원성에 주요한 원인 제공자라는 개념을 뒷받침한다.
슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토(Pseudomonas syringae　pv. tomato) DC3000 (PsPto)는 토마토 (박테리아 반점병(bacterial speck)) 및 아라비돕시스 칼리아나(Arabidopsis thaliana)를 감염시키는 식물병원성 박테리아이다. PsPto는 질환 증상을 유발하지 않고 식물 잎에서 착생 및 내생적으로 성장할 수 있다. 감염 단계의 초기 단계에서, PsPto는 상처와 자연 개구부 (예컨대 기공)를 통해 식물에 들어가고 살아있는 숙주 세포를 이용함으로써 아포플라스트의 공간(apoplastic space)에서 증식한다. 이 시나리오에서, 아포플라스트에서의 박테리아 생존은 인접한 식물 조직을 추가로 감염시키기에 충분히 큰 박테리아 밀도를 확립하기 위한 핵심 인자 중 하나이다. 그러나, 식물 아포플라스트는 병원체의 성장을 억제할 수 있는 화학적 장벽을 구성하는, 미리 형성된 (피토안티시핀) 그리고 또한 유도성 (피토알렉신)인 항미생물 화합물이 가득 차 있기 때문에 박테리아에게 가혹한 환경을 나타낸다.　 사실상, 식물은 항미생물 펩티드 및 다양한 2차 대사산물 예컨대 페닐프로파노이드, 이소프레노이드, 및 알칼로이드를 생산하며, 이는 일반적으로 병원체로부터 식물을 보호하는 역할을 하는 것으로 받아들여지고 있다. 토마토-PsPto 병태계를 사용하여, 알칼로이드, 클로로겐산 (CGA), 및 플라보노이드 루틴에 접합된 히드록시신남산 아미드와 같은 상이한 페닐프로파노이드의 특정 축적과 함께, 박테리아 감염시 페닐프로파노이드 생합성 유전자의 발현 증가가 검출되었다. 토마토 식물은 또한 칼코나린게린, 루틴, 케르세틴 3-O-(2"-O-β-아피오실-6"-O-α-람노실-β-글루코시드) 또는 플로레틴 3', 5'-디-C-β-글루코시드와 같은 다른 수의 플라보노이드를 생산하는 것으로 보고되었다. 이들 잠재적 독성 화합물의 영향을 극복하기 위해, 식물-연관 박테리아는 차례로 상이한 방어 전략을 발전시켰으며, 그 중에서 다중약물 내성 (MDR) 유출 펌프가 가장 널리 퍼졌다. MDR 수송체는 상이한 유기 화합물 (종종 구조적으로 유사하지 않음)을 인식하고 배출하여, 항생제 및 많은 다른 항미생물 화합물에 대한 내성을 제공한다. 가장 많은 MDR 펌프 수를 가진 미생물은 토양에서 또는 식물과 공동으로 발견된다. 여전히 드물긴 하지만, 크산토모나스(Xanthomonas), 랄스토니아(Ralstonia), 에르위니아 및 딕케야(Dickeya) 속으로부터의 박테리아와의 식물-병원체 상호작용에 대한 몇몇 연구는 유출 펌프가 박테리아 유독성, 박테리아 적합성, 식물 항미생물제에 대한 내성, 또는 착생 박테리아와의 경쟁에 기여할 수 있음을 나타냈다.
피. 시링가에(P.　syringae)와 관련하여, 대부분의 연구는 내성-결절화-세포 분열 (RND) 패밀리로부터의 유출 펌프인 MexAB-OprM에 초점을 맞췄다. 피. 시링가에 MexAB-OprM 시스템은 일부 식물-유래 항미생물제를 포함하여, 광범위한 독성 화합물에 대한 내성에 관여하고, 이 시스템의 돌연변이는 식물에서 증식 능력이 감소한 것으로 나타났다. 아라비돕시스-PsPto　병태계에 대한 최근 연구는 아라비돕시스의 이소시아네이트-기반 방어를 극복하는 데 필요한 세 가지 RND 유출 펌프 (그 중 하나는 MexAB-OprM 시스템)를 확인하였다
PSPTO_0820은 식물병원성 박테리아 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 DC3000으로부터의 예측된 다중약물 수송체이다. 이 단백질의 오르토로그는 식물과 상호작용하는 많은 슈도모나스 종 내에서 보존된다. 문헌 [PLoS One, 2019 Jun 25;14(6):e0218815. doi: 10.1371/journal.pone.0218815. eCollection 2019, "The Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000 PSPTO_0820 multidrug transporter is involved in resistance to plant antimicrobials and bacterial survival during tomato plant infection", Saray Santamaria-Hernando et al] 참조하며: 식물-박테리아 상호작용에서 PSPTO_0820의 잠재적인 역할을 연구하기 위해, 이 유전자의 돌연변이를 단리하고 특성화하였다. 또한, 이 유출 시스템의 외막 채널을 찾기 위해, TolC-유사 유전자인　PSPTO_4977의 돌연변이체를 또한 분석하였다. 두 돌연변이체 모두 배양 배지에 첨가되었을 때, 트랜스-신남산 및 클로로겐산 및 플라보노이드 (+)-카테킨에 더 민감하였다. 두 유전자 모두의 발현 수준은 (+)-카테킨의 존재 하에 증가하였고, PSPTO_0820의 경우에는, 또한 트랜스-신남산에 대한 반응에서 증가하였다. PSPTO_0820 및 PSPTO_4977 돌연변이체는 높은 집단 수준에서 토마토를 콜로니화할 수 없었다. 이 연구는 식물 항미생물제에 대한 내성에 이들 두 단백질이 관여하고 있음을 입증하며, 이는 피. 시링가에 병원체변종 토마토 DC3000 감염에 대한 토마토 식물 방어 반응에서 클로로겐산, 트랜스-신남산, 및 (+)-카테킨의 중요성을 또한 뒷받침한다.
박테리아 접합
염색체외 복제 (ori) 및 전달 (tra)을 제어하는 DNA 서열은 서로 별개이며; 즉, 복제 서열은 일반적으로 플라스미드 전달을 제어하지 않거나, 그 반대도 또한 마찬가지이다. 복제 및 전달 둘 다는 플라스미드- 및 숙주-코딩된 기능 둘 다를 사용하는 복잡한 분자 프로세스이다. 박테리아 접합은 한 박테리아에서 또 다른 박테리아로의 유전 정보의 수평 전송이다. 전달된 유전 물질은 플라스미드일 수 있거나, 전달의 기능적 기원이 염색체 내에 있는 경우 염색체의 전부 또는 일부일 수 있다. 접합성 플라스미드를 보유하는 박테리아 세포는 공여자 및 수용자 세포의 커플링, 및 유전 정보의 전달에 관여하는 표면 구조 (성선모)를 함유한다. 접합은 세포 사이의 접촉을 포함하고, 유전 형질의 전달은 많은 플라스미드에 의해 매개될 수 있다. 모든 자연적 전달 메커니즘 중에서, 접합이 가장 효율적이다. 예를 들어, 이. 콜라이의 F 플라스미드, 엔테로코쿠스 패칼리스(Enterococcus faecalis)의 pCFlO 플라스미드 및 바실루스 튜린겐시스(Bacillus thuringiensis)의 pXO16 플라스미드는는 교배 쌍의 확립을 위해 상이한 메커니즘을 사용하고, 교배 응집체의 크기가 상이하고, 이들은 그람-음성 (F)뿐만 아니라 그람-양성 (pCFlO 및 pXO16) 박테리아 내에서 상이한 숙주 범위를 갖는다. 이들의 플라스미드 크기가 또한 상이하며; 각각 54, 100 및 200 kb이다. 그러나, 놀랍게도, 그러한 접합 시스템은 액체 배지에서 접합성 전달을 지속시킬 수 있고, 종종 매우 짧은 시간에 높은 전달 효율에 도달한다는 매우 중요한 공통 특징을 갖는다. 따라서, 접합 프로세스는 환경 뉴클레아제에 대한 플라스미드 DNA의 보호, 및 수용자 세포로의 플라스미드 DNA의 매우 효율적인 전달을 허용한다. 접합 기능은 자연적으로 플라스미드 코딩된다. 하나의 종 내에 (좁은 숙주 범위) 또는 많은 종 사이에 (광범위한 숙주 범위) 연관 유전자를 전달할 수 있는 수많은 접합성 플라스미드 (및 트랜스포존)가 공지되어 있다. 전형적으로 플라스미드 접합성 시스템의 비호환성 기 및 접합이 발생하는 조건 및 환경에 따라 달라지는 다양한 효율성이 관찰된다 (Alderliesten, J.B., Duxbury, S.J.N., Zwart, M.P.　et al.　Effect of donor-recipient relatedness on the plasmid conjugation frequency: a meta-analysis.　BMC Microbiol　20,　135 (2020). https://doi.org/10.1186/s12866-020-01825-4). 전송가능한 플라스미드는 스트렙토코쿠스, 스타필로코쿠스, 바실루스, 클로스트리디움 및 노르카르디아(Nocardia)의 병원성 균주를 포함하나 이에 제한되지는 않는 수많은 그람-양성 속에서 보고되었다. 접합의 초기 단계는 일반적으로 그람-음성 및 그람-양성 박테리아에서 상이하다. 그람-음성 박테리아로부터의 접합성 플라스미드에서 일부 전달 유전자의 역할은 선모-매개 세포-대-세포 접촉, 접합 기공의 형성 및 관련 형태학적 기능을 제공하는 것이다. 선모는 그람-양성 박테리아에서 접합을 개시하는데 관여하는 것으로 보이지 않는다.
본 발명은 또한 하기 구성을 제공한다:-
제1 구성에서
제1 측면에서:
적어도 하나의 내성-결절화-세포 분열 (RND)-유출 펌프를 포함하는 박테리아 표적 세포를 사멸시키는 방법이며, 방법은 표적 세포를 담체 박테리아 세포와 접촉시키는 것을 포함하고, 여기서 담체 세포는 접합성 플라스미드를 포함하고, 플라스미드는 표적 세포에 독성이 있는 항박테리아제를 코딩하고, 여기서 담체 세포는 표적 세포에 접합되고 플라스미드는 표적 세포로 전달되고, 여기서 작용제는 표적 세포에서 발현되고 표적 세포는 사멸되는 것인, 박테리아 표적 세포를 사멸시키는 방법.
또 다른 측면에서:
적어도 하나의 내성-결절화-세포 분열 (RND)-유출 펌프를 포함하는, 박테리아 표적 세포의 게놈을 변형시키는 방법이며, 방법은 표적 세포를 담체 박테리아 세포와 접촉시키는 것을 포함하고, 여기서 담체 세포는 접합성 플라스미드를 포함하고, 플라스미드는 표적 세포의 게놈을 변형시킬 수 있는 작용제를 코딩하고, 여기서 담체 세포는 표적 세포에 접합되고 플라스미드는 표적 세포로 전달되고, 여기서 작용제는 표적 세포에서 발현되고 표적 세포 게놈은 변형되는 것인, 박테리아 표적 세포의 게놈을 변형시키는 방법.
제1 구성의 제1 측면에서
방법은 식물 또는 그의 일부의 바이오매스를 증가시키는 방법이며, 여기서 방법은 복수의 표적 세포를 포함하는 제2 세포 집단과 접촉되는 복수의 담체 세포를 포함하는 제1 세포 집단을 사용하여 수행되며, 여기서 상기 플라스미드의 카피는 담체 세포로부터 표적 세포로 접합적으로 전달되고, 이에 의해 제2 집단의 세포의 일부 또는 전부가 사멸되고, 여기서 식물은 상기 표적 세포를 포함하고 (임의로 그의 잎 및/또는 줄기 상에 있거나 식물의 아포플라스트에 의해 포함됨), 이에 의해 표적 세포가 사멸되고 상기 바이오매스가 증가된다.
제1 구성의 제2 측면에서
방법은 식물 종자의 발아를 촉진하는 방법이며, 여기서 방법은 복수의 표적 세포를 포함하는 제2 세포 집단과 접촉되는 복수의 담체 세포를 포함하는 제1 세포 집단을 사용하여 수행되며, 여기서 상기 플라스미드의 카피는 담체 세포로부터 표적 세포로 접합적으로 전달되고, 이에 의해 제2 집단의 세포의 일부 또는 전부가 사멸되고, 여기서 종자는 상기 표적 세포를 포함하고, 이에 의해 표적 세포가 사멸되고 발아가 촉진된다.
제1 구성의 제3 측면에서
방법은 식물에서 잎 엽록소 생산을 증가시키는 방법이며, 여기서 방법은 복수의 표적 세포를 포함하는 제2 세포 집단과 접촉되는 복수의 담체 세포를 포함하는 제1 세포 집단을 사용하여 수행되며, 여기서 상기 플라스미드의 카피는 담체 세포로부터 표적 세포로 접합적으로 전달되고, 이에 의해 제2 집단의 세포의 일부 또는 전부가 사멸되고, 여기서 식물은 상기 표적 세포를 포함하고 (임의로 그의 잎 및/또는 줄기 상에 있거나, 식물의 아포플라스트에 의해 포함됨), 이에 의해 식물에서 표적 세포가 사멸되고 엽록소가 증가된다.
제1 구성의 제4 측면에서
방법은 대상체에 의해 포함되거나 표면 상에 포함된 생물막을 감소시키는 방법이며, 여기서 생물막은 표적 세포를 포함하고, 여기서 방법은 복수의 표적 세포를 포함하는 제2 세포 집단과 접촉되는 복수의 담체 세포를 포함하는 제1 세포 집단을 사용하여 수행되며, 여기서 상기 플라스미드의 카피는 담체 세포로부터 표적 세포로 접합적으로 전달되어, 생물막에서 표적 세포를 사멸시키거나 표적 세포의 성장 또는 증식을 감소시키며, 임의로 여기서 방법은 생체외 또는 시험관내에서 수행된다.
제2 구성에서
제1 구성에 따라 박테리아 표적 세포를 사멸시키는 방법에서 사용하기 위한 담체 박테리아 세포이며, 여기서 담체 세포는 접합성 플라스미드를 포함하고, 플라스미드는 표적 세포에 독성이 있는 항박테리아제를 코딩하고, 여기서 담체 세포는 표적 세포에 접합될 수 있고 여기서 플라스미드는 표적 세포로 전달되고, 여기서 작용제는 표적 세포에서 발현되고 표적 세포는 사멸되는 것인 담체 박테리아 세포.
제3 구성에서
대상체에 의해 포함된 복수의 박테리아 표적 세포를 사멸시키기 위해 인간 또는 동물 대상체에게 투여하기 위한 제2 구성의 복수의 담체 세포를 포함하는 제약 조성물이며, 여기서 각각의 표적 세포는 적어도 하나의 내성-결절화-세포 분열 (RND)-유출 펌프를 포함하고 이에 의해 각각의 표적 세포는 항생제 내성 세포이고, 여기서 항박테리아제를 코딩하는 플라스미드는 접합에 의해 담체 세포로부터 표적 세포로 도입되고 상기 항박테리아제는 표적 세포에서 생성되며, 이에 의해 표적 세포가 사멸되고 박테리아 표적 세포의 항생제 내성 감염이 대상체에서 치료되거나 예방되는 것인 제약 조성물.
제4 구성에서
식물 (예를 들어, 식물의 하나 이상의 줄기 및/또는 하나 이상의 잎)을 제2 구성의 복수의 담체 세포를 포함하는 조성물과 접촉시키는 것을 포함하는, 식물에서 질환 또는 병태를 치료 또는 예방하는 방법이며, 여기서 식물은 질환 또는 병태를 매개하는 표적 박테리아 세포를 포함하고, 여기서 각각의 표적 세포는 적어도 하나의 내성-결절화-세포 분열 (RND)-유출 펌프를 포함하고, 여기서 항박테리아제를 코딩하는 플라스미드는 접합에 의해 담체 세포로부터 표적 세포로 도입되고 상기 항박테리아제는 표적 세포에서 생성되며, 이에 의해 표적 세포가 사멸되고 질환 또는 병태가 치료 또는 예방되는 것인, 식물에서 질환 또는 병태를 치료 또는 예방하는 방법.
제5 구성에서
생체외 박테리아 표적 세포를 사멸시키기 위한, 또는 표적 세포가 인간 또는 동물에 의해 포함되지 않는 것 (예를 들어, 표적 세포가 식물 또는 토양에 포함되는 것)인, 조성물의 제조에서 제2 구성의 담체 세포의 용도이며, 여기서 표적 세포는 적어도 하나의 내성-결절화-세포 분열 (RND)-유출 펌프를 포함하고, 여기서 표적 세포는 담체 세포와 접촉되고 담체 세포는 표적 세포에 접합되고, 이에 의해 플라스미드가 표적 세포에 도입되고, 여기서 항박테리아제가 표적 세포에서 발현되고 표적 세포가 사멸되는 것인 담체 세포의 용도.
임의로, 표적 박테리아는 슈도모나스 박테리아, 예컨대 피 시링가에(P syringae) 또는 피 아에루기노사 박테리아 또는 본원에 개시된 임의의 다른 슈도모나스 박테리아이다. 예를 들어, 피 시링가에는 피. 시링가에 병원체변종 토마토 DC3000이고/이거나 표적 세포는 토마토 식물, 예를 들어, 리코페르시콘 에스쿨렌툼(Lycopersicon esculentum)　재배종 (cv.) 머니메이커(Moneymaker)에 의해 포함된다.
임의로, 작용제는 가이드된 뉴클레아제 시스템 또는 그의 성분, 예를 들어 표적 박테리아에 의해 포함된 표적 핵산 서열을 변형 (예를 들어, 커팅)하기 위한 본원에 개시된 임의의 이러한 시스템 또는 성분이다.
임의로, 식물은 본원에 개시된 임의의 식물이다.
임의로, 엽록소는 엽록소 a 및/또는 엽록소 b이다.
도 1a-c. 식물 대조군 GB™ 1 및 식물 활성 GB™ 1을 사용한 보호 검정의 세 가지 생물학적 복제물 (표지된 바와 같은 순서대로). 생물학적 복제물 # 2에서, Pto DC3000의 CFU/cm2는 시점 48시간 및 7일에 식물 활성 GB™ 1의 경우 0이었다;
도 2a-c: 식물 대조군 GB™ 2 및 식물 활성 GB™ 2를 사용한 보호 검정의 세 가지 생물학적 복제물 (표지된 바와 같은 순서대로); 및
도 3. 식물 대조군 GB™ 1 또는 식물 활성 GB™ 1로 처리하고 Pto DC3000으로 분무한 머니메이커 토마토 식물. (a 및 b). 식물 대조군 GB™ 1 + Pto DC3000 (c 및 d). 식물 활성 GB™ 1 + Pto DC3000.
본 발명은 내성-결절화-세포 분열 (RND)-유출 펌프를 포함하는 박테리아 표적 세포를 사멸시키는 방법, 뿐만 아니라 이러한 목적에 유용한 담체 세포에 관한 것이며, 여기서 담체 세포는 표적 세포에 독성이 있는 항박테리아-미생물제를 코딩하는 접합성 플라스미드를 포함한다. 담체 박테리아는 표적 세포에 상기 작용제를 코딩하는 플라스미드 DNA의 접합성 전달이 가능하다.
에이 바우마니이(A baumanii)에서 RND 유출 펌프를 연구한, 문헌 [mBio, 2015 Mar 24;6(2):e00309-15. doi: 10.1128/mBio.00309-15, "Contribution of resistance-nodulation-cell division efflux systems to antibiotic resistance and biofilm formation in Acinetobacter baumannii", Eun-Jeong Yoon et al]을 참조한다. 저자들은 두 가지 유형의 플라스미드 전달, 동원 및 접합에서, 수용자 박테리아에 의한 adeABC　및　adeIJK　RND 펌프의 높은 발현이 전달 빈도의 재현가능한 감소를 발생시킨다는 것을 관찰하였다 (윤(Yoon) 등에서의 도 4 참조). 저자들은 따라서 펌프의 높은 발현이 유출에 의한 다중약물 내성 (MDR)에 기여한다면 그것이 형질전환과 접합 둘 다에 의한 외래 DNA 획득을 감소시키는 것으로 보인다고 결론지었다. 이것은 RND 펌프 발현의 상향조절 (예컨대 박테리아 환경에서 항생제 및 기타 항박테리아제에 대한 반응)이 접합에 의한 DNA 진입 기회를 감소시킬 수 있음을 시사한다. 예를 들어, 몇몇 연구는 이. 콜라이 생물막이 플랑크톤 세포보다 항생제 내성이 더 높고 생물막에서 몇몇 유전자-코딩 유출 펌프의 발현이 증가된 것으로 보고하였다 (예를 들어, 문헌 [Ito A, Taniuchi A, May T, Kawata K, Okabe S. Increased antibiotic resistance of Escherichia coli in mature biofilms.　Appl Environ Microbiol.　2009;75:4093-100. doi: 10.1128/AEM.02949-08] 참조). mexAB-oprM,　mexCD-oprJ,　mexEF-oprN, 및　mexXY (-oprA)에 의해 염색체로 코딩된 슈도모나스 아에루기노사 (예를 들어, MexAB-OprM)에서의 RND 유형의 유출 펌프의 과발현은 종종 임상 분리주에서 검출되며 걱정스러운 다중약물 내성 표현형에 기여한다. pmt를 과발현하는 균주에 의해 방출된 세포외 DNA (eDNA)의 양을 모니터링함으로써, 문헌 [Sahu et al ("Characterization of eDNA from the clinical strain Acinetobacter baumannii AIIMS 7 and its role in biofilm formation", Sahu PK et al, Scientific World Journal. 2012; 2012:973436)]은 핵산 수송에서 Pmt 유출 펌프 (MFS 펌프)의 관여를 제안하였다. DNA와 RNA는 생물막 매트릭스의 널리 공지된 스캐폴딩 성분이기 때문에, 저자들은 eDNA의 증가가 박테리아 생물막의 보다 풍부한 발달을 뒷받침한다고 추론하였다.
이러한 교시내용과 같은 관련 기술분야의 관점에서, 본 발명자들이 RND 유출 펌프를 포함하는 박테리아로의 접합을 사용하여 플라스미드-기반 항박테리아제를 성공적으로 전달할 수 있었다는 것은 놀라운 일이다 (실시예 참조). 원하는 박테리아의 표적 사멸이 놀랍고도 유리하게 달성되었다. 예를 들어, 본 발명은 생물막에서 박테리아를 표적화하는데 특히 유용할 것이다.
특히, 실시예에 나타낸 바와 같이 플라스미드 접합 및 CRISPR/Cas 사멸을 사용하여 매우 높은 비율의 표적 세포 사멸이 놀랍게도 관찰되었다. 표적 세포의 90% 초과를 사멸시키는 것이 표적 균주에서 RND 유출 펌프의 존재에도 불구하고 재현가능하고 유리하게 달성되었다.
또한, 본 발명자들은 놀랍게도 표면에 대한 살박테리아 효과의 유지를 달성할 수 있었다 (잎 표면에 의해 예시된 바와 같이, 실시예 1).
따라서, 다음이 제공된다:-
적어도 하나의 내성-결절화-세포 분열 (RND)-유출 펌프를 포함하는 박테리아 표적 세포를 사멸시키는 방법이며, 방법은 표적 세포를 담체 박테리아 세포와 접촉시키는 것을 포함하고, 여기서 담체 세포는 접합성 플라스미드를 포함하고, 플라스미드는 표적 세포에 독성이 있는 항박테리아제를 코딩하고, 여기서 담체 세포는 표적 세포에 접합되고 플라스미드는 표적 세포로 전달되고, 여기서 작용제는 표적 세포에서 발현되고 표적 세포는 사멸되는 것인, 박테리아 표적 세포를 사멸시키는 방법.
한 대안에서, 박테리아 세포 대신에, 담체 및 표적 세포가 고세균류일 수 있다.
또 다른 대안에서, 표적 세포를 사멸시키는 대신에, 방법은 세포의 게놈을 변형시키며, 예를 들어 세포의 염색체 또는 에피솜 (예를 들어, 플라스미드)을 변형시킨다. 변형은 예를 들어 작용제가 가이드된 뉴클레아제인 경우와 같이, 염색체 또는 에피솜의 커팅일 수 있다. 이러한 뉴클레아제의 예는 Cas, 메가건클레아제, TALEN 또는 아연 핑거 뉴클레아제이다. 따라서, 다음이 또한 제공된다:-
적어도 하나의 내성-결절화-세포 분열 (RND)-유출 펌프를 포함하는 박테리아 표적 세포의 게놈을 변형시키는 방법이며, 방법은 표적 세포를 담체 박테리아 세포와 접촉시키는 것을 포함하고, 여기서 담체 세포는 접합성 플라스미드를 포함하고, 플라스미드는 표적 세포의 게놈을 변형시킬 수 있는 작용제를 코딩하고, 여기서 담체 세포는 표적 세포에 접합되고 플라스미드는 표적 세포 내로 전달되고, 여기서 작용제는 표적 세포에서 발현되고 표적 세포 게놈이 변형되는 것인, 박테리아 표적 세포의 게놈을 변형시키는 방법.
임의로, 표적 세포는 하나 이상의 항생제에 내성이 있다. 표적 세포는 표적 세포에서 항생제 내성을 매개할 수 있는 유출 펌프를 포함할 수 있다. 표적 세포는 하나 이상의 항박테리아제에 대한 표적 세포의 내성을 매개할 수 있는 유출 펌프를 포함할 수 있다.
담체 세포 및 표적 세포는 실시예에 기재된 바와 같이 동일한 목, 과 또는 속의 세포일 수 있다.
바람직하게는, 작용제는 CRISPR/Cas 시스템 또는 그의 성분을 포함한다. 작용제는 표적 세포 내의 Cas 뉴클레아제를 표적 프로토스페이서 서열로 가이드하는 crRNA 또는 가이드 RNA일 수 있으며, 여기서 Cas는 표적 서열을 커팅하고 표적 세포는 사멸된다. 예를 들어, 플라스미드는 표적 세포에서 Cas를 제1 프로토스페이서 서열로 가이드할 수 있는 스페이서 서열을 포함하는 제1 cRNA 또는 gRNA 및 표적 세포에서 Cas를 제2 프로토스페이서 서열로 가이드할 수 있는 스페이서 서열을 포함하는 제2 cRNA 또는 gRNA와 같은, 복수의 상이한 crRNA 또는 가이드 RNA를 코딩할 수 있으며, 여기서 프로토스페이서 서열은 상이하다 (예를 들어, 표적 세포의 상이한 염색체 서열). 각각의 프로토스페이서는 표적 세포 게놈의 필수 유전자, 유독성 유전자 또는 항생제 내성 유전자에 의해 포함될 수 있다. 각각의 프로토스페이서 서열은 10 내지 60개의 뉴클레오티드 길이, 예를 들어 15 내지 50개, 15 내지 40개, 15 내지 30개 또는 15 내지 20개의 뉴클레오티드 길이일 수 있다. 표적 서열은 표적 세포의 염색체 서열일 수 있다. 표적 서열은 표적 세포의 에피솜 서열일 수 있다. 플라스미드는 상기 Cas 뉴클레아제, 임의로 Cas9, Cas3 또는 Cpf1을 코딩할 수 있다.
한 예에서, 표적 세포는
(i) 아조토박터 크루코쿰(Azotobacter chroococcum) NCIMB 8003, 아조토박터 크루코쿰 균주 B3, 아조토박터 살리네스트리스(Azotobacter salinestris) 균주 KACC 13899, 부르크홀데리아 암비파리아(Burkholderia ambifaria) MC40-6, 부르크홀데리아 세노세파시아(Burkholderia cenocepacia) AU 1054 염색체 1, 부르크홀데리아 세노세파시아 HI2424 염색체 3, 부르크홀데리아 세노세파시아 MC0-3, 부르크홀데리아 세노세파시아 균주 CR318 염색체 3, 부르크홀데리아 세노세파시아 균주 FDAARGOS_720, 부르크홀데리아 라타(Burkholderia lata) 균주 A05, 부르크홀데리아 피로시니아(Burkholderia pyrrocinia) 균주 mHSR5, 큐프리아비두스 바실렌시스(Cupriavidus basilensis) 균주 4G11, 큐프리아비두스 네카토르(Cupriavidus necator) N-1 플라스미드 pBB1, 큐프리아비두스 타이와넨시스(Cupriavidus taiwanensis) STM 3679, 리소박터 굼모서스(Lysobacter gummosus) 균주 3.2.11, 파라부르크홀데리아 스프렌티아에(Paraburkholderia sprentiae) WSM5005, 파라부르크홀데리아 테리콜라 균주(Paraburkholderia terricola) mHS1, 랄스토니아 슈도솔라나세아룸(Ralstonia pseudosolanacearum) 균주 CRMRs218, 랄스토니아 솔라나세아룸(Ralstonia solanacearum) 균주 UA-1591, 바리오보락스 파라독서스(Variovorax paradoxus) S110, 바리오보락스 종(Variovorax sp.) PBL-H6, 크산토모나스 아르보리콜라 병원체변종 저글랜디스(Xanthomonas arboricola pv. juglandis) 균주 Xaj 417, 크산토모나스 아르보리콜라 병원체변종 푸르니(Xanthomonas arboricola pv. pruni) 균주 15-088, 크산토모나스 아르보리콜라 균주 17, 크산토모나스 악소노포디스 병원체변종 디에펜바치아에(Xanthomonas axonopodis pv. dieffenbachiae) LMG 695, 크산토모나스 악소노포디스 병원체변종 파세올리(Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli) 균주 ISO18C8, 크산토모나스 악소노포디스 병원체변종 파세올리 균주 ISO98C12, 크산토모나스 캄페스트리스 병원체변종 캄페스트리스(Xanthomonas campestris pv. campestris) MAFF302021, 크산토모나스 시트리 병원체변종 글리시네스(Xanthomonas citri pv. glycines) 균주 2098, 크산토모나스 유베시카토리아(Xanthomonas euvesicatoria) 균주 LMG930, 크산토모나스 페르포란즈(Xanthomonas perforans) 균주 LH3 및 크산토모나스 종 ISO98C4 (이 균주들은 각각 CP010415.1, CP011835.1, CP045302.1, CP001027.1, CP000378.1, CP000460.1, CP000960.1, CP017240.1, CP050980.1, CP024945.1, CP024903.1, CP010537.1, CP002879.1, LT984803.1, CP011131.1, CP017561.1, CP024941.1, CP021764.1, CP034195.1, CP001636.1, LR594659.1, CP012251.1, CP044334.1, CP011256.1, CP014347.1, CP012063.1, CP012057.1, AP019684.1, CP041965.1, CP018467.1, CP018475.1 및 CP012060.1의 NCBI 수탁 번호를 가짐), 또는 이러한 펌프의 오르토로그 또는 상동체;
(ii) 슈도모나스 아에루기노사 균주: IOMTU 133, 슈도모나스 아에루기노사 DSM 50071, 슈도모나스 아에루기노사 게놈 어셈블리 NCTC10332, 슈도모나스 아에루기노사 분리주 B10W, 슈도모나스 아에루기노사 분리주 PA14Or, 슈도모나스 아에루기노사 NCGM2.S1, 슈도모나스 아에루기노사 PAK, 슈도모나스 아에루기노사 균주 243931, 슈도모나스 아에루기노사 균주 24Pae112 , 슈도모나스 아에루기노사 균주 268, 슈도모나스 아에루기노사 균주 60503, 슈도모나스 아에루기노사 균주 AR_0095, 슈도모나스 아에루기노사 균주 AR_0353, 슈도모나스 아에루기노사 균주 AR_0354, 슈도모나스 아에루기노사 균주 AR_455, 슈도모나스 아에루기노사 균주 BAMCPA07-48, 슈도모나스 아에루기노사 균주 CCUG 51971, 슈도모나스 아에루기노사 균주 E90, 슈도모나스 아에루기노사 균주 FDAARGOS_571, 슈도모나스 아에루기노사 균주 GIMC5002:PAT-169, 슈도모나스 아에루기노사 균주 H26023, 슈도모나스 아에루기노사 균주 L10, 슈도모나스 아에루기노사 균주 M1608, 슈도모나스 아에루기노사 균주 M37351, 슈도모나스 아에루기노사 균주 MRSN12280, 슈도모나스 아에루기노사 균주 NCTC13715, 슈도모나스 아에루기노사 균주 Pa58, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PABL048, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PAK, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PASGNDM345, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PASGNDM699, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PA-VAP-3, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PB368, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PB369, 슈도모나스 아에루기노사 균주 S04 90, 슈도모나스 아에루기노사 균주 ST773,슈도모나스 아에루기노사 균주 T2436, 슈도모나스 아에루기노사 균주 W60856, 슈도모나스 아에루기노사 균주 WPB099, 슈도모나스 아에루기노사 균주 WPB100, 슈도모나스 아에루기노사 균주 WPB101, 슈도모나스 아에루기노사 UCBPP-PA14, 슈도모나스 아에루기노사 UCBPP-PA14, 슈도모나스 아에루기노사 VRFPA04, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 라크리만스 균주(Pseudomonas amygdali pv. lachrymans str.) M301315, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 라크리만스 균주(Pseudomonas amygdali pv. lachrymans strain) NM002, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 모르스프루노룸 (Pseudomonas amygdali pv. morsprunorum) 균주 R15244, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 타바시 균주(Pseudomonas amygdali pv. tabaci str.) ATCC 11528, 슈도모나스 아벨라나에(Pseudomonas avellanae) 균주 R2leaf, 슈도모나스 코로나파시엔스 병원체변종 코로나파시엔스(Pseudomonas coronafaciens pv. coronafaciens) 균주 B19001, 슈도모나스 코로나파시엔스 병원체변종 오리자에 균주(Pseudomonas coronafaciens pv. oryzae str.) 1_6, 슈도모나스 코로나파시엔스 균주 X-1, 슈도모나스 오티티디스(Pseudomonas otitidis) MrB4, 슈도모나스 살레겐스(Pseudomonas salegens) 균주 CECT 8338, 슈도모나스 사바스타노이 병원체변종 파세올리콜라(Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola) 1448A, 슈도모나스 사바스타노이 병원체변종 사바스타노이(Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi) NCPPB 3335, 슈도모나스 종(Pseudomonas sp.) KBS0707, 슈도모나스 종 LPH1, 슈도모나스 시링가에 CC1557, 슈도모나스 시링가에 그룹 게노모스프. (Pseudomonas syringae group genomosp.) 3 분리주 CFBP6411, 슈도모나스 시링가에 분리주 CFBP3840, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에(Pseudomonas syringae pv. actinidiae) ICMP 18708, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 ICMP 18884, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 ICMP 9853, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 샨시(str. Shaanxi)_M228, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 CRAFRU 12.29, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 CRAFRU 14.08, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 MAFF212063, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 NZ-45, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 NZ-47, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 P155, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 아비(Pseudomonas syringae pv. avii) 분리주 CFBP3846, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 세라시콜라(Pseudomonas syringae pv. cerasicola) 분리주 CFBP6109, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 마큘리콜라 균주(Pseudomonas syringae pv. maculicola str.) ES4326, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 (Pseudomonas syringae pv. tomato str.) DC3000, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 B13-200, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 델타 IV/IX, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 델타 VI, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 델타 X, 슈도모나스 시링가에 균주 CFBP 2116 및 슈도모나스 시링가에 균주 Ps25 (이 균주들은 각각 AP017302.1, CP012001.1, LN831024.1, CP017969.1, LT608330.1, AP012280.1, CP020659.1, CP041772.1, CP029605.1, CP032761.1, CP041774.1, CP027538.1, CP027172.1, CP027171.1, CP030328.1, CP015377.1, CP043328.1, CP044006.1, CP033833.1, CP043549.1, CP033685.1, CP019338.1, CP008862.2, CP008863.1, CP028162.1, LR134330.1, CP021775.1, CP039293.1, LR657304.1, CP020703.1, CP020704.1, CP028330.1, CP025050.1, CP025049.1, CP011369.1, CP041945.1, CP039988.1, CP008864.2, CP031878.1, CP031877.1, CP031876.1, CP034244.1, CP000438.1, CP008739.2, CP031225.1, CP020351.1, CP026558.1, CP042804.1, CP026562.1, CP046441.1, CP046035.1, CP050260.1, AP022642.1, LT629787.1, CP000058.1, CP008742.1, CP041754.1, CP017290.1, CP007014.1, LT963408.1, LT963409.1, CP012179.1, CP011972.2, CP018202.1, CP032631.1, CP019730.1, CP019732.1, CP024712.1, CP017007.1, CP017009.1, CP032871.1, LT963402.1, LT963391.1, CP047260.1, AE016853.1, CP019871.1, CP047072.1, CP047071.1, CP047073.1, LT985192.1 및 CP034558.1의 NCBI 수탁 번호를 가짐), 또는 이러한 펌프의 오르토로그 또는 상동체;
(iii) 스테노트로포모나스 리조필라(Stenotrophomonas rhizophila) 균주 GA1, 엔테로코쿠스 패칼리스 균주 V583 및 파우시모나스 레모이그네이(Paucimonas lemoignei) 균주 NCTC10937 (이 균주들은 각각 NCBI 수탁 번호 CP031729.1, CP022312.1 및 LS483371.1을 가짐), 또는 이러한 펌프의 오르토로그 또는 상동체; 또는
(iv) 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 라크리만스 균주 NM002, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 모르스프루노룸 균주 R15244, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 타바시 균주 ATCC 11528, 슈도모나스 아스투리엔시스(Pseudomonas asturiensis) 균주 CC1524, 슈도모나스 아벨라나에 균주 R2, 슈도모나스 세라시(Pseudomonas cerasi) 분리주 PL963, 슈도모나스 클로로라피스(Pseudomonas chlororaphis) 균주 PCL1606, 슈도모나스 클로로라피스 아종 아우란티아카 (Pseudomonas chlororaphis subsp. aurantiaca) 균주 JD37, 슈도모나스 클로로라피스 아종 아우레오파시엔스(Pseudomonas chlororaphis subsp. aureofaciens) 균주 ChPhzTR36, 슈도모나스 클로로라피스 아종 클로로라피스 (Pseudomonas chlororaphis subsp. chlororaphis) 균주 DSM 50083, 슈도모나스 클로로라피스 아종 피스시움(Pseudomonas chlororaphis subsp. piscium) 균주 DSM 21509, 슈도모나스 시초리이(Pseudomonas cichorii) JBC1, 슈도모나스 코로나파시엔스 병원체변종 코로나파시엔스 균주 B19001, 슈도모나스 푸티다(Pseudomonas putida) GB-1 염색체, 슈도모나스 사바스타노이 병원체변종 파세올리콜라 1448A, 슈도모나스 종 09C 129, 슈도모나스 시링가에 CC1557, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 ICMP 18708, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 세라시콜라 분리주 CFBP6109, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 라프사(Pseudomonas syringae pv. lapsa) 균주 ATCC 10859, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 마큘리콜라 균주 ES4326, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 피시 균주(Pseudomonas syringae pv. pisi str.) PP1, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 시링가에(Pseudomonas syringae pv. syringae) B301D, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 시링가에 B301D, 슈도모나스 시링가에 UMAF0158 및 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava) 균주 CFBP 1590 (이 균주들은 각각 CP020351.1, CP026558.1, CP042804.1, CP047265.1, CP026562.1, LT963395.1, CP011110.1, CP009290.1, CP027721.1, CP027712.1, CP027707.1, CP007039.1, CP046441.1, CP000926.1, CP000058.1, CP025261.1, CP007014.1, CP012179.1, LT963391.1, CP013183.1, CP047260.1, CP034078.1, CP005969.1, AE016853.1, CP005970.1 및 LT855380.1의 NCBI 수탁 번호를 가짐), 또는 이러한 펌프의 오르토로그 또는 상동체
로부터 선택된 균주의 RND 유출 펌프를 포함한다.
표적 세포의 RND 유출 펌프는 이들 균주 중 임의의 것에 의해 생성된 단백질을 포함할 수 있다. 표적 세포는 이들 균주 중 임의의 것의 세포일 수 있다. 임의의 NCBI 데이터베이스 및 관련 수탁 번호는 예를 들어 2020년 4월 27일에 공개적으로 이용가능한 것들이다.
유출 펌프는
PSPTO_0820, PSPTO_4977, PSPTO_02375, PSPTO_1308, PSPTO_2592, PSPTO_2755, PSPTO_3100, PSPTO_3302, PSPTO_430 또는 PSPTO_5191로부터 선택된 슈도모나스 시링가에 유전자, 또는 그의 오르토로그 또는 상동체
에 의해 코딩되는 단백질을 포함할 수 있다.
유출 펌프는
(a) 슈도모나스 시링가에 PSPTO_0820 또는 PSPTO_4977 유전자 또는 그의 오르토로그 또는 상동체; 또는
(a) 서열식별번호: 1 및 3으로부터 선택된 뉴클레오티드 서열, 또는 서열식별번호: 1 또는 3과 적어도 70% 동일한 (예를 들어, 적어도 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98 또는 99% 동일한) 뉴클레오티드 서열
에 의해 코딩되는 단백질을 포함할 수 있다.
유출 펌프는 서열식별번호: 2 또는 4의 아미노산 서열, 또는 서열식별번호: 2 또는 4와 적어도 70% 동일한 (예를 들어, 적어도 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98 또는 99% 동일한) 아미노산 서열을 포함하는 단백질을 포함할 수 있다.
유출 펌프는 Mex 유출 펌프 (임의로 MexAB-OprM 유출 펌프, MexCD-OprJ 유출 펌프, MexEF-OprN 유출 펌프 또는 MexXY 유출 펌프), AdeABC 유출 펌프, AcrAD-TolC 유출 펌프, AcrAB-TolC 유출 펌프, AcrABZ-TolC 유출 펌프, AcrA 유출 펌프, ArcB 유출 펌프, AcrC 유출 펌프, AcrD 유출 펌프, AcrAB 유출 펌프, AcrEF 유출 펌프, AcrF 유출 펌프, CmeABC 유출 펌프, VexB 유출 펌프 , VexD 유출 펌프, VexK 유출 펌프, adeABC 유출 펌프, adeIJK 유출 펌프, MdsABC 유출 펌프 또는 MdtABC 유출 펌프일 수 있다. 바람직하게는, 펌프는 AcrAD-TolC 유출 펌프이다.
담체 세포는 슈도모나스 세포, 임의로 피 플루오레센스(P fluorescens) 세포일 수 있다. 임의로, 담체 및 표적 세포는 동일한 속 또는 종의 세포이며, 임의로 둘 다 슈도모나스 세포이다. 예를 들어, 표적 세포는 피 시링가에 또는 아에루기노사 세포이고 담체는 슈도모나스 (예를 들어, 피 플루오레센스) 세포이다. 이는 실시예에 입증되어 있다.
바람직하게는, 담체 세포는 표적 세포를 포함하는 유기체 (예를 들어, 식물, 동물 또는 인간)에 병원성이 없는 균주 또는 종이다. 담체 세포는 표적 세포를 포함하는 유기체 (예를 들어, 식물, 동물 또는 인간)에 대해 공생 또는 프로바이오틱인 균주 또는 종, 예를 들어 유기체의 장에서 프로바이오틱 또는 공생일 수 있다.
한 예에서, 담체 세포는 키티나제 클래스 I 세포외효소를 포함하고/하거나 담체 세포 게놈은 키티나제 클래스 I 세포외효소를 코딩한다. 임의로, 이 예에서 담체 세포는 슈도모나스, 예를 들어 피 플루오레센스 세포이다.
한 예에서, 담체 세포는 pep1 유전자를 포함한다. 임의로, 이 예에서 담체 세포는 슈도모나스, 예를 들어 피 플루오레센스 세포이다.
한 예에서, 담체 세포는 운동성 박테리아 세포이다. 임의로, 이 예에서 담체 세포는 슈도모나스, 예를 들어 피 플루오레센스 세포이다.
예를 들어, 각각의 표적 세포는 지연 위상 세포, 지수 위상 세포 또는 정지 위상 세포이다. 예를 들어, 각각의 담체 세포는 지연 위상 세포, 지수 위상 세포 또는 정지 위상 세포이다.
바람직하게는, 표적 세포는 슈도모나스 (임의로 피 플루오레센스 또는 피 아에루기노사) 세포, 에르위니아 (임의로 이 카로토보라(E carotovora)), 크산토모나스, 아그로박테리움(Agrobcaterium), 부르크홀디(Burkholdi), 클라비박테리움(Clavibacterium), 엔테로박테리아(Enterobacteria), 판토아에(Pantoae), 펙토박테리움(Pectobacterium) (예를 들어, 피 아트로셉티쿰(P atrosepticum)), 리조비움(Rhizobium), 스트렙토마이세스(Streptomyces) (예를 들어, 에스 스카비즈(S scabies), 크실렐라(Xylella) (예를 들어, 엑스 파스티디오사(X fastidiosa)), 칸디다투스(Candidatus) (예를 들어, 씨 리베리박터(C liberibacter)), 피토플라스마(Phytoplasma), 랄스토니아 (예를 들어, 알 솔라나세아룸(R solanacearum)), 또는 딕케야 (예를 들어, 디 다단티이(D dadantii)) 세포이다.
각각의 표적 세포 (예를 들어, 복수의 표적 세포)는 표 1 또는 표 2에 개시된 속 또는 종의 세포일 수 있다. 각각의 표적 세포 (예를 들어, 복수의 표적 세포)는 식물 또는 식물 환경 (예컨대 토양)에 의해 포함될 수 있으며 표 1에 개시된 속 또는 종으로부터 선택된다.
방법은 시험관내 또는 생체외에서 수행될 수 있다.
표적 세포는
(a) 식물 마이크로바이옴 (예를 들어, 본원에 개시된 임의의 식물 부분의 마이크로바이옴),
(b) 동물 또는 인간 마이크로바이옴 (예를 들어, 본원에 개시된 임의의 인간 또는 동물 기관 또는 조직 또는 부분의 마이크로바이옴); 또는
(c) 토양, 거름, 식품 또는 음료 마이크로바이옴
에 의해 포함될 수 있다.
예를 들어, 세포는 식물 잎, 줄기, 뿌리, 종자, 구근, 꽃 또는 과일 마이크로바이옴에 의해 포함된다.
임의로, 본원의 마이크로바이옴은 장, 폐, 신장, 요도, 방광, 혈액, 질, 눈, 귀, 코, 음경, 창자, 간, 심장, 혀, 모발 또는 피부 마이크로바이옴이다.
예를 들어, 표적 세포는 토양에서 발견되는 종의 세포이다.
방법은 복수의 표적 세포를 포함하는 제2 세포 집단과 접촉되는 복수의 담체 세포를 포함하는 제1 세포 집단을 사용하여 수행될 수 있으며, 여기서 상기 플라스미드의 카피는 담체 세포로부터 표적 세포로 접합적으로 전달되고, 이에 의해 제2 집단의 세포의 일부 또는 모두가 사멸된다.
방법은 상기 복수의 표적 세포의 수를 적어도 105, 106 또는 107-배, 예를 들어, 105 내지 107-배, 또는 105 내지 108-배 또는 105 내지 109-배 감소시킬 수 있다. 통상의 기술자는 예를 들어 마이크로바이옴 또는 세포 집단을 대표하는 세포 샘플을 사용하여 세포의 배수-사멸 또는 감소를 결정하는 데 친숙할 것이다. 예를 들어, 사멸 또는 감소 정도는 세포 샘플, 예를 들어 본 발명의 담체 세포가 투여된 대상체로부터 수득된 샘플, 또는 본 발명의 담체 세포와 접촉한 환경 (예를 들어, 수원, 수로 또는 들판)으로부터 수득된 환경 샘플 (예를 들어, 수성, 물 또는 토양 샘플)을 사용하여 결정된다. 예를 들어, 방법은 상기 복수의 표적 세포의 수를 적어도 105, 106 또는 107-배 감소시키고 임의로 복수는 적어도 각각 100,000; 1,000,000; 또는 10,000,000개의 표적 세포를 포함한다. 임의로, 복수의 표적 세포는 세포 집단에 의해 포함되며, 여기서 집단의 세포 중 적어도 5, 6 또는 7 로그10이 방법에 의해 사멸되고, 임의로 복수는 적어도 100,000; 1,000,000; 또는 10,000,000개의 표적 세포를 포함한다.
임의로, 방법은 상기 복수의 표적 세포의 적어도 99%, 99.9%, 99.99%, 99.999%, 99.9999% 또는 99.99999% 세포를 사멸시킨다.
한 예에서, 방법은 상기 표적 세포의 집단 (또는 상기 복수)에서 수행되고 방법은 상기 집단 (또는 상기 복수)의 세포 모두 (또는 본질적으로 모두)를 사멸시킨다. 한 예에서, 방법은 상기 표적 세포의 집단 (또는 상기 복수)에서 수행되고 방법은 상기 집단 (또는 복수)의 세포의 100% (또는 약 100%)를 사멸시킨다.
바람직하게는, 표적 세포의 적어도 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 또는 99%가 사멸된다. 이는 놀랍게도 실시예에서 재현가능하게 입증된다 (CRISPR/Cas 항박테리아 시스템의 성분의 표적 세포로의 접합성 전달 사용).
한 측면에서:-
방법은 식물 또는 그의 일부의 바이오매스를 증가시키는 방법이며, 여기서 방법은 복수의 표적 세포를 포함하는 제2 세포 집단과 접촉되는 복수의 담체 세포를 포함하는 제1 세포 집단을 사용하여 수행되며, 여기서 상기 플라스미드의 카피는 담체 세포로부터 표적 세포로 접합적으로 전달되고, 이에 의해 제2 집단의 세포의 일부 또는 전부가 사멸되고, 여기서 식물은 상기 표적 세포를 포함하고 (임의로 그의 잎 및/또는 줄기 상에 있거나 식물의 아포플라스트에 의해 포함됨), 이에 의해 표적 세포가 사멸되고 상기 바이오매스가 증가된다.
임의로, 표적 세포는 슈도모나스 (예를 들어, 피 시링가에) 세포이고, 예를 들어 여기서 세포는 작물 식물, 예컨대 토마토 식물에 의해 포함된다.
예를 들어, 잎, 과일, 이삭, 종자, 곡물, 머리, 꼬투리, 줄기, 몸통, 괴경 및/또는 뿌리 바이오매스가 증가된다. 예를 들어, 잎 또는 과일 건조 바이오매스, 잎 또는 과일 습윤 바이오매스 또는 꽃의 수가 증가된다. 예를 들어, 평균 바이오매스 또는 수는 본 발명의 방법이 실시된 복수의 식물에 걸쳐 증가된다.
바이오매스 (예를 들어 평균 바이오매스 또는 수)의 증가는 담체 박테리아에 노출되지 않았으나 표적 박테리아를 포함하는 식물(들)의 바이오매스와 비교하여 적어도 5, 10, 15, 20, 25, 30, 40 또는 50% 증가일 수 있다. 식물 바이오매스의 증가는 수확된 면적당 수확된 물질 (예를 들어, 과일, 곡물, 줄기, 잎, 괴경, 견과류 또는 종자)의 중량을 측정하고 본 발명에 의해 처리되지 않은 동일한 종 및 균주의 식물로부터 수확된 물질의 동일한 영역과 비교하여 본 발명에 의해 처리된 식물로부터 수확된 물질의 측정치를 비교함으로써 결정될 수 있으며, 여기서 모든 식물은 동일한 조건 하에, 예를 들어 동일한 필드에서 성장한다. 일부 시스템에서는 부셸과 같은 부피 단위가 중량 단위 대신 사용된다.
한 측면에서:-
방법은 식물 종자의 발아를 촉진하는 방법이며, 여기서 방법은 복수의 표적 세포를 포함하는 제2 세포 집단과 접촉되는 복수의 담체 세포를 포함하는 제1 세포 집단을 사용하여 수행되며, 여기서 상기 플라스미드의 카피는 담체 세포로부터 표적 세포로 접합적으로 전달되고, 이에 의해 제2 집단의 세포의 일부 또는 전부가 사멸되고, 여기서 종자는 상기 표적 세포를 포함하고, 이에 의해 표적 세포가 사멸되고 발아가 촉진된다.
발아 촉진은 발아 시작까지의 시간을 줄이는 것 및/또는 발아 기간을 줄이는 것일 수 있다. 발아 촉진은 방법에서 담체 세포에 노출되는 복수의 종자에 의해 포함된 종자의 발아 백분율 (예를 들어, 적어도 5, 10, 15 또는 20%)을 증가시키는 것일 수 있다.
각각의 종자는 종자 표면에 표적 세포를 포함할 수 있다.
방법에서 담체 세포에 노출된 복수의 종자에서 발아 (예를 들어, 평균 발아)의 증가가 수득될 수 있으며, 이는 담체 세포에 노출되지 않았지만 표적 박테리아를 포함하는 종자의 발아와 비교하여 적어도 5, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 또는 50%의 증가이다.
방법은 성공적인 발아를 멈추게 하는 병원체를 가진 발아 전 묘목을 처리하는 데 유용할 수 있다. 따라서 한 측면은 다음을 제공한다:-
방법은 식물 묘목의 성장을 촉진하는 방법이며, 여기서 방법은 복수의 표적 세포를 포함하는 제2 세포 집단과 접촉되는 복수의 담체 세포를 포함하는 제1 세포 집단을 사용하여 수행되며, 여기서 상기 플라스미드의 카피는 담체 세포로부터 표적 세포로 접합적으로 전달되고, 이에 의해 제2 집단의 세포의 일부 또는 전부가 사멸되고, 여기서 묘목은 상기 표적 세포를 포함하고, 이에 의해 표적 세포가 사멸되고 묘목 성장이 촉진된다.
각각의 묘목은 묘목의 잎 및/또는 줄기에 표적 세포를 포함할 수 있다.
방법에서 담체 세포에 노출된 복수의 묘목에서 성장의 증가 (예를 들어, 평균 성장)가 수득될 수 있으며, 이는 담체 세포에 노출되지 않았지만 표적 박테리아를 포함하는 묘목의 성장과 비교하여 적어도 5, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 또는 50%의 증가이다.
한 측면:-
방법은 식물에서 잎 엽록소 (예를 들어, 엽록소 a 및/또는 b) 생산을 증가시키는 방법이며, 여기서 방법은 복수의 표적 세포를 포함하는 제2 세포 집단과 접촉되는 복수의 담체 세포를 포함하는 제1 세포 집단을 사용하여 수행되며, 여기서 상기 플라스미드의 카피는 담체 세포로부터 표적 세포로 접합적으로 전달되고, 이에 의해 제2 집단의 세포의 일부 또는 전부가 사멸되고, 여기서 식물은 상기 표적 세포를 포함하고 (임의로 그의 잎 및/또는 줄기 상에 있거나, 식물의 아포플라스트에 의해 포함됨), 이에 의해 식물에서 표적 세포가 사멸되고 엽록소가 증가된다. 엽록소 측정은 예를 들어 분광광도법, 고성능 액체 크로마토그래피 (HPLC) 또는 형광측정법에 의해 측정할 수 있다.
방법은 식물에서 엽록소 (예를 들어, 엽록소 a 및/또는 b)의 양을 증가시키는 방법이며, 여기서 방법은 복수의 표적 세포를 포함하는 제2 세포 집단과 접촉되는 복수의 담체 세포를 포함하는 제1 세포 집단을 사용하여 수행되며, 여기서 상기 플라스미드의 카피는 담체 세포로부터 표적 세포로 접합적으로 전달되고, 이에 의해 제2 집단의 세포의 일부 또는 전부가 사멸되고, 여기서 식물은 상기 표적 세포를 포함하고 (임의로 그의 잎 및/또는 줄기 상에 있거나, 식물의 아포플라스트에 의해 포함됨), 이에 의해 식물에서 표적 세포가 사멸되고 엽록소가 증가된다,
한 측면:-
방법은 대상체에 의해 포함되거나 표면 상에 포함된 생물막을 감소시키는 방법이며, 여기서 생물막은 표적 세포를 포함하고, 여기서 방법은 복수의 표적 세포를 포함하는 제2 세포 집단과 접촉되는 복수의 담체 세포를 포함하는 제1 세포 집단을 사용하여 수행되며, 여기서 상기 플라스미드의 카피는 담체 세포로부터 표적 세포로 접합적으로 전달되어, 생물막에서 표적 세포를 사멸시키거나 표적 세포의 성장 또는 증식을 감소시키며, 임의로 여기서 방법은 생체외 또는 시험관내에서 수행된다.
대상체는 인간 또는 동물일 수 있으며, 임의로 여기서 표면은 폐 표면이다.
대상체는 식물일 수 있으며, 임의로 여기서 생물막은 식물의 잎, 몸통, 뿌리 또는 줄기에 의해 포함된다.
표면은 가정용 또는 산업용 장치 또는 컨테이너, 예를 들어 발효 컨테이너에 의해 포함될 수 있다.
다음이 추가로 제공된다:-
본 발명에 따라 박테리아 표적 세포를 사멸시키는 방법에 사용하기 위한 담체 박테리아 세포이며, 여기서 담체 세포는 접합성 플라스미드를 포함하고, 플라스미드는 표적 세포에 독성이 있는 항박테리아제를 코딩하고, 여기서 담체 세포는 표적 세포에 접합될 수 있고 여기서 플라스미드는 표적 세포로 전달되고, 여기서 작용제는 표적 세포에서 발현되고 표적 세포는 사멸되는 것인 담체 박테리아 세포.
담체 세포는 본원에 개시된 담체 세포 또는 임의의 담체 세포일 수 있다. 표적 세포는 본원에 개시된 표적 세포 또는 임의의 담체 세포일 수 있다.
다음이 제공된다:-
대상체에 의해 포함된 복수의 박테리아 표적 세포를 사멸시키기 위해 인간 또는 동물 대상체에게 투여하기 위한 본 발명의 복수의 담체 세포를 포함하는 제약 조성물이며, 여기서 각각의 표적 세포는 적어도 하나의 내성-결절화-세포 분열 (RND)-유출 펌프를 포함하고 이에 의해 각각의 표적 세포는 항생제 내성 세포이고, 여기서 항박테리아제를 코딩하는 플라스미드는 접합에 의해 담체 세포로부터 표적 세포로 도입되고 상기 항박테리아제는 표적 세포에서 생성되며, 이에 의해 표적 세포가 사멸되고 박테리아 표적 세포의 항생제 내성 감염이 대상체에서 치료되거나 예방되는 것인 제약 조성물.
바람직하게는, 표적 세포의 적어도 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 또는 99%가 사멸된다. 이는 놀랍게도 실시예에서 재현가능하게 입증된다 (CRISPR/Cas 항박테리아 시스템의 성분의 표적 세포로의 접합성 전달 사용).
복수의 표적 세포는 적어도 107, 108, 109, 1010, 1011 또는 1012개의 표적 세포를 포함할 수 있다. 예를 들어, 복수의 표적 세포는 대상체의 장, 혈액, 폐, 구강, 간, 신장, 방광, 요도 또는 피부 미생물총에 의해 포함된다.
다음이 제공된다:-
식물 (예를 들어, 식물의 하나 이상의 줄기 및/또는 하나 이상의 잎 또는 식물 아포플라스트)을 본 발명의 복수의 담체 세포를 포함하는 조성물과 접촉시키는 것을 포함하는, 식물에서 질환 또는 병태를 치료 또는 예방하는 방법이며, 여기서 식물은 질환 또는 병태를 매개하는 표적 박테리아 세포를 포함하고, 여기서 각각의 표적 세포는 적어도 하나의 내성-결절화-세포 분열 (RND)-유출 펌프를 포함하고, 여기서 항박테리아제를 코딩하는 플라스미드는 접합에 의해 담체 세포로부터 표적 세포로 도입되고 상기 항박테리아제는 표적 세포에서 생성되며, 이에 의해 표적 세포가 사멸되고 질환 또는 병태가 치료 또는 예방되는 것인, 식물에서 질환 또는 병태를 치료 또는 예방하는 방법.
식물 또는 환경에 의해 포함된 박테리아 표적 세포를 사멸시키기 위한, 식물 또는 환경 (예를 들어 토양)에 투여하기 위한 조성물의 제조에서 본 발명의 복수의 담체 세포의 용도이며, 여기서 표적 세포는 적어도 하나의 내성-결절화-세포 분열 (RND)-유출 펌프를 포함하고, 여기서 표적 세포는 담체 세포와 접촉되고 항미생물제를 포함하는 플라스미드가 표적 세포에 전달되고, 여기서 작용제가 표적 세포에서 발현되고 표적 세포가 사멸되는 것인 본 발명의 복수의 담체 세포의 용도.
생체외 박테리아 표적 세포를 사멸시키기 위한, 또는 표적 세포가 인간 또는 동물에 의해 포함되지 않는 것 (예를 들어, 표적 세포가 식물 또는 토양에 포함되는 것)인, 조성물의 제조에서 본 발명의 담체 세포의 용도이며, 여기서 표적 세포는 적어도 하나의 내성-결절화-세포 분열 (RND)-유출 펌프를 포함하고, 여기서 표적 세포는 담체 세포와 접촉되고 담체 세포는 표적 세포에 접합되고, 이에 의해 플라스미드가 표적 세포에 도입되고, 여기서 항박테리아제가 표적 세포에서 발현되고 표적 세포가 사멸되는 것인 본 발명의 담체 세포의 용도.
임의로, 용도는 복수의 상기 표적 세포를 사멸시키기 위해 복수의 상기 담체 세포를 사용하는 것을 포함하고, 여기서 표적 세포는 식물 또는 식물 환경 (예를 들어, 토양)에 의해 포함되고 사멸은
a) 식물 또는 그 일부의 바이오매스를 증가시키고 (또는 증가시키기 위한 것임) (예를 들어, 잎, 과일, 이삭, 종자, 곡물, 머리, 꼬투리, 줄기, 몸통, 괴경 및/또는 뿌리 바이오매스가 증가됨);
b) 식물의 하나 이상의 종자의 발아를 촉진하고 (또는 촉진하기 위한 것임);
c) 식물의 잎 엽록소의 양을 증가시키고 (또는 증가시키기 위한 것임)/시키거나;
d) 표적 세포 (예를 들어, 슈도모나스 세포)를 포함하는, 식물에 의해 포함된 생물막을 감소시킨다 (또는 감소시키기 위한 것임).
임의로, 표적 세포 또는 복수의 표적 세포는 환경, 예를 들어 토양, 또는 식물 성장을 위한 환경에 있다.
예시적인 표적 세포
예를 들어, 각각의 표적 세포는 그람-양성 박테리아 세포 (예를 들어, 스타필로코쿠스 (예컨대 에스 아우레우스(S aureus), 예를 들어, 메티실린-내성　스타필로코쿠스 아우레우스 (MRSA)),　스트렙토코쿠스 뉴모니아에, 클로스트리디움 디피실레, 엔테로코쿠스 종 또는　리스테리아 모노시토게네스 세포)이다. 예를 들어, 각각의 표적 세포는 그람-음성 박테리아 세포 (예를 들어, 아시네토박터 바우마니니, 에스케리키아 콜라이, 클렙시엘라 뉴모니아에, 스테노트로포모나스 말토필리아, 캄필로박터 제주니, 슈도모나스 아에루기노사, 나이세리아 고노로에아에, 비브리오 콜레라에　또는　살모넬라 종 세포)이다. 예를 들어, 각각의 표적 세포는 본원의 표 1, 본원의 표 2에 개시된 속 또는 종의 세포이다. 문헌 [Journal of Plant Pathology (2010), 92 (3), 551-592 Edizioni ETS Pisa, 2010 551, LETTER TO THE EDITOR, COMPREHENSIVE LIST OF NAMES OF PLANT PATHOGENIC BACTERIA, 1980-2007", C.T. Bull et al]을 참조하며, 이의 개시내용은 식물에 중요한 박테리아 속, 종 및 균주의 예를 제공하기 위해 본원에 참조로 포함되며 상기 예는 본 발명의 표적 세포의 속, 종 및 균주일 수 있다. 예는 본원에서 표 1에 개시되어 있다.
예를 들어, 각각의 표적 세포는 플루오로퀴놀론, β-락탐 (예를 들어, 메티실린), 테트라사이클린 또는 리네졸리드 항생제에 내성이 있다. 예를 들어, 각각의 표적 세포는 반코마이신에 대해 내성이며, 예를 들어 여기서 세포는 반코마이신-내성 엔테로코쿠스 세포이다.
예를 들어, 각각의 표적 세포는 아조토박터, 부르크홀데리아, 큐프리아비두스, 엔테로코쿠스, 리소박터, 파우시모나스, 파라부르크홀데리아, 랄스토니아, 스테노트로포모나스, 바리오보락스, 크산토모나스 또는 슈도모나스 세포이다.
예를 들어, 각각의 표적 세포는 이 콜라이 세포이며, 예를 들어, 여기서 유출 펌프 단백질은 TolC 또는 이러한 펌프 단백질의 오르토로그 또는 상동체에 의해 코딩된다. 예를 들어, 각각의 표적 세포는 크렙시엘라 세포 (예컨대 케이 뉴모니아에(K pneumoniae) 세포)이며, 예를 들어, 여기서 유출 펌프 단백질은 KexC, KexD, KexE, KexF, KexEF, AcrA, AcrB, AcrAB, OqxA, OqxB, OqxAB, EefA, EefB, EefC 및 EefABC 또는 이러한 펌프 단백질의 오르토로그 또는 상동체 단백질로부터 선택된다.
예를 들어, 각각의 표적 세포는 아조토박터, 부르크홀데리아, 큐프리아비두스, 리소박터, 파라부르크홀데리아, 랄스토니아, 바리오보락스, 크산토모나스 또는 슈도모나스 세포이다.
예를 들어, 각각의 표적 세포는 슈도모나스 종의 세포이며, 임의로 여기서 종은 슈도모나스 아에루기노사 슈도모나스 아미그달리, 슈도모나스 아스투리엔시스, 슈도모나스 아벨라나에, 슈도모나스 세라시, 슈도모나스 클로로라피스, 슈도모나스 시초리이, 슈도모나스 코로나파시엔스, 슈도모나스 오티티디스, 슈도모나스 푸티다, 슈도모나스 살레겐스 슈도모나스 사바스타노이, 슈도모나스 시링가에 및 슈도모나스 비리디플라바로부터 선택된다.
예를 들어, 각각의 표적 세포는 아조토박터 크루코쿰, 아조토박터 살리네스트리스, 부르크홀데리아 암비파리아, 부르크홀데리아 세노세파시아, 부르크홀데리아 라타, 부르크홀데리아 피로시니아, 큐프리아비두스 바실렌시스, 큐프리아비두스 네카토르, 큐프리아비두스 타이와넨시스, 리소박터 굼모서스, 파라부르크홀데리아 스프렌티아에, 파라부르크홀데리아 테리콜라, 랄스토니아 슈도솔라나세아룸, 랄스토니아 솔라나세아룸, 바리오보락스 파라독서스, 크산토모나스 아르보리콜라, 크산토모나스 악소노포디스, 크산토모나스 캄페스트리스 크산토모나스 시트리, 크산토모나스 유베시카토리아 및 크산토모나스 페르포란즈로부터 선택된 종의 세포이다.
예를 들어, 각각의 표적 세포는 스테노트로포모나스, 엔테로코쿠스, 파우시모나스 또는 슈도모나스 세포이다.
예를 들어, 각각의 표적 세포는 슈도모나스 종의 세포이며, 임의로 여기서 종은 슈도모나스 아미그달리, 슈도모나스 아스투리엔시스, 슈도모나스 아벨라나에, 슈도모나스 세라시, 슈도모나스 클로로라피스, 슈도모나스 시초리이, 슈도모나스 코로나파시엔스, 슈도모나스 푸티다, 슈도모나스 사바스타노이, 슈도모나스 시링가에 및 슈도모나스 비리디플라바로부터 선택된다.
예를 들어, 각각의 표적 세포는 스테노트로포모나스 리조필라, 엔테로코쿠스 패칼리스, 파우시모나스 레모이그네이, 슈도모나스 아미그달리, 슈도모나스 아스투리엔시스, 슈도모나스 아벨라나에, 슈도모나스 세라시, 슈도모나스 클로로라피스, 슈도모나스 시초리이, 슈도모나스 코로나파시엔스, 슈도모나스 푸티다, 슈도모나스 사바스타노이, 슈도모나스 시링가에 및 슈도모나스 비리디플라바로부터 선택된 종의 세포이다.
임의로, 유출 펌프는
(a) 슈도모나스 시링가에 PSPTO_0820 또는 PSPTO_4977 유전자 또는 그의 오르토로그 또는 상동체에 의해 코딩되거나;
(b) 본원에 개시된 균주에 의해 생산되는
단백질을 포함한다.
임의로, 표적 세포의 게놈은 (i) 피 시링가에 PSPTO_0820 유전자 또는 그의 오르토로그 또는 상동체; 및 (ii) 피 시링가에 PSPTO_4977 유전자 또는 그의 오르토로그 또는 상동체를 포함한다.
임의로, 유출 펌프는 MexAB-OprM 유출 펌프, 예를 들어, 피. 시링가에 MexAB-OprM 유출 펌프이다. 임의로, 유출 펌프 단백질은 이러한 펌프의 단백질이다.
임의로, 유출 펌프는 AdeABC 유출 펌프, 예를 들어, 에이. 바우마니니(A. baumannii) AdeABC 유출 펌프이다. 임의로, 유출 펌프 단백질은 이러한 펌프의 단백질이다.
임의로, 유출 펌프 단백질은 슈도모나스 시링가에 유전자 PSPTO_0820, PSPTO_4977, PSPTO_02375, PSPTO_1308, PSPTO_2592, PSPTO_2755, PSPTO_3100, PSPTO_3302, PSPTO_430 또는 PSPTO_5191, 또는 그의 오르토로그 또는 상동체에 의해 코딩된다. 피 시링가에에서 이러한 유전자의 산물의 역할에 대해서는 표 7을 참조한다. 오르토로그 또는 상동체는 상이한 속 또는 종 (즉 슈도모나스 또는 피 시링가에가 아님)으로부터일 수 있다.
임의로, 유출 펌프 단백질은 슈도모나스 시링가에 AcrB, D 또는 F 패밀리 단백질 또는 그의 상동체 또는 오르토로그이다. 임의로, 유출 펌프 단백질은 슈도모나스 시링가에 양이온 유출 단백질 또는 그의 상동체 또는 오르토로그이다. 임의로, 유출 펌프 단백질은 슈도모나스 시링가에 이소티오시아네이트 단백질 또는 그의 상동체 또는 오르토로그이다. 임의로, 유출 펌프 단백질은 슈도모나스 시링가에 TpsC 수송체 단백질 또는 그의 상동체 또는 오르토로그이다. 임의로, 유출 펌프 단백질은 슈도모나스 시링가에 SaxG 단백질 또는 그의 상동체 또는 오르토로그이다. 임의로, 유출 펌프 단백질은 슈도모나스 아에루기노사 MexB, D 또는 F 단백질 또는 그의 상동체 또는 오르토로그이다. 임의로, 유출 펌프는 슈도모나스 아에루기노사 MexAB-OprM, MexCD-OprJ, MexEF-OprN 또는 MexXY 펌프 또는 그의 상동체 또는 오르토로그이다. 임의로, 유출 펌프 단백질은 슈도모나스 아에루기노사 MexAB-OprM, MexCD-OprJ, MexEF-OprN 또는 MexXY 펌프 단백질 또는 그의 상동체 또는 오르토로그이다. 오르토로그 또는 상동체는 상이한 속 또는 종 (즉 슈도모나스 또는 피 시링가에가 아님)으로부터 것일 수 있다.
임의로, 유출 펌프 단백질은 Mex 유출 펌프의 단백질이다. Mex 단백질은 표적 박테리아에 대한 표면 노출 단백질인 단백질일 수 있다. 일부 실시양태에서, Mex 단백질은 OprM, MexA, MexB, MexX, 및 MexY로 이루어진 군으로부터 선택된다.
임의로, 유출 펌프 단백질은 박테리아 TolC 단백질 (예를 들어, 슈도모나스 또는 이 콜라이 TolC 단백질) 또는 그의 상동체 또는 오르토로그이다.
한 예에서, 각각의 표적 세포는 식물 마이크로바이옴에 의해 포함된다. 한예에서, 각각의 표적 세포는 환경 마이크로바이옴, 예를 들어 물 또는 수로 (예를 들어, 강, 연못, 호수 또는 바다) 마이크로바이옴에 의해 포함된다. 한 예에서, 각각의 표적 세포는 토양 마이크로바이옴에 의해 포함된다. 한 예에서, 각각의 표적 세포는 동물 (즉, 비인간 동물) 마이크로바이옴에 의해 포함된다. 한 예에서, 각각의 표적 세포는 인간 마이크로바이옴 (예를 들어, 폐, 신장, GI 관, 장, 혈액, 구강, 비강 또는 간 마이크로바이옴)에 의해 포함된다.
PSPTO_0820, 오르토로그 및 상동체
PSPTO_0820 유전자 오르토로그 또는 상동체는 하기 균주 중 임의의 것에 의해 포함되는 유전자일 수 있다.
예시적인 슈도모나스 균주
예를 들어, 표적 세포는 슈도모나스 아에루기노사 균주: IOMTU 133, 슈도모나스 아에루기노사 DSM 50071, 슈도모나스 아에루기노사 게놈 어셈블리 NCTC10332, 슈도모나스 아에루기노사 분리주 B10W, 슈도모나스 아에루기노사 분리주 PA14Or, 슈도모나스 아에루기노사 NCGM2.S1, 슈도모나스 아에루기노사 PAK, 슈도모나스 아에루기노사 균주 243931, 슈도모나스 아에루기노사 균주 24Pae112 , 슈도모나스 아에루기노사 균주 268, 슈도모나스 아에루기노사 균주 60503, 슈도모나스 아에루기노사 균주 AR_0095, 슈도모나스 아에루기노사 균주 AR_0353, 슈도모나스 아에루기노사 균주 AR_0354, 슈도모나스 아에루기노사 균주 AR_455, 슈도모나스 아에루기노사 균주 BAMCPA07-48, 슈도모나스 아에루기노사 균주 CCUG 51971, 슈도모나스 아에루기노사 균주 E90, 슈도모나스 아에루기노사 균주 FDAARGOS_571, 슈도모나스 아에루기노사 균주 GIMC5002:PAT-169, 슈도모나스 아에루기노사 균주 H26023, 슈도모나스 아에루기노사 균주 L10, 슈도모나스 아에루기노사 균주 M1608, 슈도모나스 아에루기노사 균주 M37351, 슈도모나스 아에루기노사 균주 MRSN12280, 슈도모나스 아에루기노사 균주 NCTC13715, 슈도모나스 아에루기노사 균주 Pa58, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PABL048, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PAK, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PASGNDM345, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PASGNDM699, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PA-VAP-3, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PB368, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PB369, 슈도모나스 아에루기노사 균주 S04 90, 슈도모나스 아에루기노사 균주 ST773,슈도모나스 아에루기노사 균주 T2436, 슈도모나스 아에루기노사 균주 W60856, 슈도모나스 아에루기노사 균주 WPB099, 슈도모나스 아에루기노사 균주 WPB100, 슈도모나스 아에루기노사 균주 WPB101, 슈도모나스 아에루기노사 UCBPP-PA14, 슈도모나스 아에루기노사 UCBPP-PA14, 슈도모나스 아에루기노사 VRFPA04, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 라크리만스 균주 M301315, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 라크리만스 균주 NM002, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 모르스프루노룸 균주 R15244, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 타바시 균주 ATCC 11528, 슈도모나스 아벨라나에 균주 R2leaf, 슈도모나스 코로나파시엔스 병원체변종 코로나파시엔스 균주 B19001, 슈도모나스 코로나파시엔스 병원체변종 오리자에 균주 1_6, 슈도모나스 코로나파시엔스 균주 X-1, 슈도모나스 오티티디스 MrB4, 슈도모나스 살레겐스 균주 CECT 8338, 슈도모나스 사바스타노이 병원체변종 파세올리콜라 1448A, 슈도모나스 사바스타노이 병원체변종 사바스타노이 NCPPB 3335, 슈도모나스 종 KBS0707, 슈도모나스 종 LPH1, 슈도모나스 시링가에 CC1557, 슈도모나스 시링가에 그룹 게노모스프. 3 분리주 CFBP6411, 슈도모나스 시링가에 분리주 CFBP3840, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 ICMP 18708, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 ICMP 18884, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 ICMP 9853, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 샨시_M228, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 CRAFRU 12.29, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 CRAFRU 14.08, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 MAFF212063, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 NZ-45, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 NZ-47, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 P155, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 아비 분리주 CFBP3846, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 세라시콜라 분리주 CFBP6109, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 마큘리콜라 균주 ES4326, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 DC3000, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 B13-200, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 델타 IV/IX, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 델타 VI, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 델타 X, 슈도모나스 시링가에 균주 CFBP 2116 및 슈도모나스 시링가에 균주 Ps25 (이 균주들은 각각 AP017302.1, CP012001.1, LN831024.1, CP017969.1, LT608330.1, AP012280.1, CP020659.1, CP041772.1, CP029605.1, CP032761.1, CP041774.1, CP027538.1, CP027172.1, CP027171.1, CP030328.1, CP015377.1, CP043328.1, CP044006.1, CP033833.1, CP043549.1, CP033685.1, CP019338.1, CP008862.2, CP008863.1, CP028162.1, LR134330.1, CP021775.1, CP039293.1, LR657304.1, CP020703.1, CP020704.1, CP028330.1, CP025050.1, CP025049.1, CP011369.1, CP041945.1, CP039988.1, CP008864.2, CP031878.1, CP031877.1, CP031876.1, CP034244.1, CP000438.1, CP008739.2, CP031225.1, CP020351.1, CP026558.1, CP042804.1, CP026562.1, CP046441.1, CP046035.1, CP050260.1, AP022642.1, LT629787.1, CP000058.1, CP008742.1, CP041754.1, CP017290.1, CP007014.1, LT963408.1, LT963409.1, CP012179.1, CP011972.2, CP018202.1, CP032631.1, CP019730.1, CP019732.1, CP024712.1, CP017007.1, CP017009.1, CP032871.1, LT963402.1, LT963391.1, CP047260.1, AE016853.1, CP019871.1, CP047072.1, CP047071.1, CP047073.1, LT985192.1 및 CP034558.1의 NCBI 수탁 번호를 가짐), 또는 이러한 펌프의 오르토로그 또는 상동체로부터 선택된 균주의 세포이다. 임의로, 이러한 RND 유출 단백질은 유전자 피 시링가에 PSPTO_0820 또는 그의 오르토로그 또는 상동체에 의해 코딩된다.
예시적인 비-슈도모나스 균주
예를 들어, 표적 세포는 아조토박터 크루코쿰 NCIMB 8003, 아조토박터 크루코쿰 균주 B3, 아조토박터 살리네스트리스 균주 KACC 13899, 부르크홀데리아 암비파리아 MC40-6, 부르크홀데리아 세노세파시아 AU 1054 염색체 1, 부르크홀데리아 세노세파시아 HI2424 염색체 3, 부르크홀데리아 세노세파시아 MC0-3, 부르크홀데리아 세노세파시아 균주 CR318 염색체 3, 부르크홀데리아 세노세파시아 균주 FDAARGOS_720, 부르크홀데리아 라타 균주 A05, 부르크홀데리아 피로시니아 균주 mHSR5, 큐프리아비두스 바실렌시스 균주 4G11, 큐프리아비두스 네카토르 N-1 플라스미드 pBB1, 큐프리아비두스 타이와넨시스 STM 3679, 리소박터 굼모서스 균주 3.2.11, 파라부르크홀데리아 스프렌티아에 WSM5005, 파라부르크홀데리아 테리콜라 균주 mHS1, 랄스토니아 슈도솔라나세아룸 균주 CRMRs218, 랄스토니아 솔라나세아룸 균주 UA-1591, 바리오보락스 파라독서스 S110, 바리오보락스 종 PBL-H6, 크산토모나스 아르보리콜라 병원체변종 저글랜디스 균주 Xaj 417, 크산토모나스 아르보리콜라 병원체변종 푸르니 균주 15-088, 크산토모나스 아르보리콜라 균주 17, 크산토모나스 악소노포디스 병원체변종 디에펜바치아에 LMG 695, 크산토모나스 악소노포디스 병원체변종 파세올리 균주 ISO18C8, 크산토모나스 악소노포디스 병원체변종 파세올리 균주 ISO98C12, 크산토모나스 캄페스트리스 병원체변종 캄페스트리스 MAFF302021, 크산토모나스 시트리 병원체변종 글리시네스 균주 2098, 크산토모나스 유베시카토리아 균주 LMG930, 크산토모나스 페르포란즈 균주 LH3 및 크산토모나스 종 ISO98C4 (이 균주들은 각각 CP010415.1, CP011835.1, CP045302.1, CP001027.1, CP000378.1, CP000460.1, CP000960.1, CP017240.1, CP050980.1, CP024945.1, CP024903.1, CP010537.1, CP002879.1, LT984803.1, CP011131.1, CP017561.1, CP024941.1, CP021764.1, CP034195.1, CP001636.1, LR594659.1, CP012251.1, CP044334.1, CP011256.1, CP014347.1, CP012063.1, CP012057.1, AP019684.1, CP041965.1, CP018467.1, CP018475.1 및 CP012060.1의 NCBI 수탁 번호를 가짐)로부터 선택된 균주의 세포이다.
예를 들어, 표적 세포는
(a) 슈도모나스 아에루기노사 균주: IOMTU 133, 슈도모나스 아에루기노사 DSM 50071, 슈도모나스 아에루기노사 게놈 어셈블리 NCTC10332, 슈도모나스 아에루기노사 분리주 B10W, 슈도모나스 아에루기노사 분리주 PA14Or, 슈도모나스 아에루기노사 NCGM2.S1, 슈도모나스 아에루기노사 PAK, 슈도모나스 아에루기노사 균주 243931, 슈도모나스 아에루기노사 균주 24Pae112 , 슈도모나스 아에루기노사 균주 268, 슈도모나스 아에루기노사 균주 60503, 슈도모나스 아에루기노사 균주 AR_0095, 슈도모나스 아에루기노사 균주 AR_0353, 슈도모나스 아에루기노사 균주 AR_0354, 슈도모나스 아에루기노사 균주 AR_455, 슈도모나스 아에루기노사 균주 BAMCPA07-48, 슈도모나스 아에루기노사 균주 CCUG 51971, 슈도모나스 아에루기노사 균주 E90, 슈도모나스 아에루기노사 균주 FDAARGOS_571, 슈도모나스 아에루기노사 균주 GIMC5002:PAT-169, 슈도모나스 아에루기노사 균주 H26023, 슈도모나스 아에루기노사 균주 L10, 슈도모나스 아에루기노사 균주 M1608, 슈도모나스 아에루기노사 균주 M37351, 슈도모나스 아에루기노사 균주 MRSN12280, 슈도모나스 아에루기노사 균주 NCTC13715, 슈도모나스 아에루기노사 균주 Pa58, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PABL048, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PAK, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PASGNDM345, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PASGNDM699, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PA-VAP-3, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PB368, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PB369, 슈도모나스 아에루기노사 균주 S04 90, 슈도모나스 아에루기노사 균주 ST773,슈도모나스 아에루기노사 균주 T2436, 슈도모나스 아에루기노사 균주 W60856, 슈도모나스 아에루기노사 균주 WPB099, 슈도모나스 아에루기노사 균주 WPB100, 슈도모나스 아에루기노사 균주 WPB101, 슈도모나스 아에루기노사 UCBPP-PA14, 슈도모나스 아에루기노사 UCBPP-PA14, 슈도모나스 아에루기노사 VRFPA04, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 라크리만스 균주 M301315, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 라크리만스 균주 NM002, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 모르스프루노룸 균주 R15244, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 타바시 균주 ATCC 11528, 슈도모나스 아벨라나에 균주 R2leaf, 슈도모나스 코로나파시엔스 병원체변종 코로나파시엔스 균주 B19001, 슈도모나스 코로나파시엔스 병원체변종 오리자에 균주 1_6, 슈도모나스 코로나파시엔스 균주 X-1, 슈도모나스 오티티디스 MrB4, 슈도모나스 살레겐스 균주 CECT 8338, 슈도모나스 사바스타노이 병원체변종 파세올리콜라 1448A, 슈도모나스 사바스타노이 병원체변종 사바스타노이 NCPPB 3335, 슈도모나스 종 KBS0707, 슈도모나스 종 LPH1, 슈도모나스 시링가에 CC1557, 슈도모나스 시링가에 그룹 게노모스프. 3 분리주 CFBP6411, 슈도모나스 시링가에 분리주 CFBP3840, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 ICMP 18708, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 ICMP 18884, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 ICMP 9853, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 샨시_M228, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 CRAFRU 12.29, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 CRAFRU 14.08, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 MAFF212063, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 NZ-45, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 NZ-47, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 P155, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 아비 분리주 CFBP3846, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 세라시콜라 분리주 CFBP6109, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 마큘리콜라 균주 ES4326, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 DC3000, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 B13-200, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 델타 IV/IX, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 델타 VI, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 델타 X, 슈도모나스 시링가에 균주 CFBP 2116 및 슈도모나스 시링가에 균주 Ps25 (이 균주들은 각각 AP017302.1, CP012001.1, LN831024.1, CP017969.1, LT608330.1, AP012280.1, CP020659.1, CP041772.1, CP029605.1, CP032761.1, CP041774.1, CP027538.1, CP027172.1, CP027171.1, CP030328.1, CP015377.1, CP043328.1, CP044006.1, CP033833.1, CP043549.1, CP033685.1, CP019338.1, CP008862.2, CP008863.1, CP028162.1, LR134330.1, CP021775.1, CP039293.1, LR657304.1, CP020703.1, CP020704.1, CP028330.1, CP025050.1, CP025049.1, CP011369.1, CP041945.1, CP039988.1, CP008864.2, CP031878.1, CP031877.1, CP031876.1, CP034244.1, CP000438.1, CP008739.2, CP031225.1, CP020351.1, CP026558.1, CP042804.1, CP026562.1, CP046441.1, CP046035.1, CP050260.1, AP022642.1, LT629787.1, CP000058.1, CP008742.1, CP041754.1, CP017290.1, CP007014.1, LT963408.1, LT963409.1, CP012179.1, CP011972.2, CP018202.1, CP032631.1, CP019730.1, CP019732.1, CP024712.1, CP017007.1, CP017009.1, CP032871.1, LT963402.1, LT963391.1, CP047260.1, AE016853.1, CP019871.1, CP047072.1, CP047071.1, CP047073.1, LT985192.1 및 CP034558.1의 NCBI 수탁 번호를 가짐), 또는 이러한 펌프의 오르토로그 또는 상동체; 또는
(b) 아조토박터 크루코쿰 NCIMB 8003, 아조토박터 크루코쿰 균주 B3, 아조토박터 살리네스트리스 균주 KACC 13899, 부르크홀데리아 암비파리아 MC40-6, 부르크홀데리아 세노세파시아 AU 1054 염색체 1, 부르크홀데리아 세노세파시아 HI2424 염색체 3, 부르크홀데리아 세노세파시아 MC0-3, 부르크홀데리아 세노세파시아 균주 CR318 염색체 3, 부르크홀데리아 세노세파시아 균주 FDAARGOS_720, 부르크홀데리아 라타 균주 A05, 부르크홀데리아 피로시니아 균주 mHSR5, 큐프리아비두스 바실렌시스 균주 4G11, 큐프리아비두스 네카토르 N-1 플라스미드 pBB1, 큐프리아비두스 타이와넨시스 STM 3679, 리소박터 굼모서스 균주 3.2.11, 파라부르크홀데리아 스프렌티아에 WSM5005, 파라부르크홀데리아 테리콜라 균주 mHS1, 랄스토니아 슈도솔라나세아룸 균주 CRMRs218, 랄스토니아 솔라나세아룸 균주 UA-1591, 바리오보락스 파라독서스 S110, 바리오보락스 종 PBL-H6, 크산토모나스 아르보리콜라 병원체변종 저글랜디스 균주 Xaj 417, 크산토모나스 아르보리콜라 병원체변종 푸르니 균주 15-088, 크산토모나스 아르보리콜라 균주 17, 크산토모나스 악소노포디스 병원체변종 디에펜바치아에 LMG 695, 크산토모나스 악소노포디스 병원체변종 파세올리 균주 ISO18C8, 크산토모나스 악소노포디스 병원체변종 파세올리 균주 ISO98C12, 크산토모나스 캄페스트리스 병원체변종 캄페스트리스 MAFF302021, 크산토모나스 시트리 병원체변종 글리시네스 균주 2098, 크산토모나스 유베시카토리아 균주 LMG930, 크산토모나스 페르포란즈 균주 LH3 및 크산토모나스 종 ISO98C4 (이 균주들은 각각 CP010415.1, CP011835.1, CP045302.1, CP001027.1, CP000378.1, CP000460.1, CP000960.1, CP017240.1, CP050980.1, CP024945.1, CP024903.1, CP010537.1, CP002879.1, LT984803.1, CP011131.1, CP017561.1, CP024941.1, CP021764.1, CP034195.1, CP001636.1, LR594659.1, CP012251.1, CP044334.1, CP011256.1, CP014347.1, CP012063.1, CP012057.1, AP019684.1, CP041965.1, CP018467.1, CP018475.1 및 CP012060.1의 NCBI 수탁 번호를 가짐), 또는 이러한 펌프의 오르토로그 또는 상동체로부터 선택된 균주의 RND 유출 펌프 또는 RND 유출 펌프 단백질을 포함한다. 임의로, 이러한 RND 유출 단백질은 유전자 피 시링가에 PSPTO_0820 또는 그의 오르토로그 또는 상동체에 의해 코딩된다.
예를 들어, 표적 세포는 유전자 피 시링가에 PSPTO_0820 또는 그의 오르토로그 또는 상동체에 의해 코딩된 RND 유출 펌프 단백질을 포함한다.
예를 들어, 표적 세포가 유전자 피 시링가에 PSPTO_0820 또는 그의 오르토로그 또는 상동체에 의해 코딩된 RND 유출 펌프 단백질을 포함하는 경우: 표적 세포는 아조토박터, 부르크홀데리아, 큐프리아비두스, 리소박터, 파라부르크홀데리아, 랄스토니아, 바리오보락스, 크산토모나스 또는 슈도모나스 세포이다. 예를 들어, 표적 세포는 슈도모나스 종의 세포이며, 임의로 여기서 종은 슈도모나스 아에루기노사 슈도모나스 아미그달리, 슈도모나스 아스투리엔시스, 슈도모나스 아벨라나에, 슈도모나스 세라시, 슈도모나스 클로로라피스, 슈도모나스 시초리이, 슈도모나스 코로나파시엔스, 슈도모나스 오티티디스, 슈도모나스 푸티다, 슈도모나스 살레겐스 슈도모나스 사바스타노이, 슈도모나스 시링가에 및 슈도모나스 비리디플라바로부터 선택된다. 예를 들어, 표적 세포는 아조토박터 크루코쿰, 아조토박터 살리네스트리스, 부르크홀데리아 암비파리아, 부르크홀데리아 세노세파시아, 부르크홀데리아 라타, 부르크홀데리아 피로시니아, 큐프리아비두스 바실렌시스, 큐프리아비두스 네카토르, 큐프리아비두스 타이와넨시스, 리소박터 굼모서스, 파라부르크홀데리아 스프렌티아에, 파라부르크홀데리아 테리콜라, 랄스토니아 슈도솔라나세아룸, 랄스토니아 솔라나세아룸, 바리오보락스 파라독서스, 크산토모나스 아르보리콜라, 크산토모나스 악소노포디스, 크산토모나스 캄페스트리스 크산토모나스 시트리, 크산토모나스 유베시카토리아 및 크산토모나스 페르포란즈로부터 선택된 종의 세포이다.
PSPTO_4977, 오르토로그 및 상동체
PSPTO_4977 유전자 오르토로그 또는 상동체는 하기 균주 중 임의의 것에 의해 포함된 유전자일 수 있다.
예시적인 비-슈도모나스 균주
예를 들어, 표적 세포는 스테노트로포모나스 리조필라 균주 GA1, 엔테로코쿠스 패칼리스 균주 V583 및 파우시모나스 레모이그네이 균주 NCTC10937로부터 선택된 균주의 세포이며, 이 균주들은 각각 NCBI 수탁 번호 CP031729.1, CP022312.1 및 LS483371.1을 갖는다.
예시적인 슈도모나스 균주
예를 들어, 표적 세포는 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 라크리만스 균주 NM002, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 모르스프루노룸 균주 R15244, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 타바시 균주 ATCC 11528, 슈도모나스 아스투리엔시스 균주 CC1524, 슈도모나스 아벨라나에 균주 R2, 슈도모나스 세라시 분리주 PL963, 슈도모나스 클로로라피스 균주 PCL1606, 슈도모나스 클로로라피스 아종 아우란티아카 균주 JD37, 슈도모나스 클로로라피스 아종 아우레오파시엔스 균주 ChPhzTR36, 슈도모나스 클로로라피스 아종 클로로라피스 균주 DSM 50083, 슈도모나스 클로로라피스 아종 피스시움 균주 DSM 21509, 슈도모나스 시초리이 JBC1, 슈도모나스 코로나파시엔스 병원체변종 코로나파시엔스 균주 B19001, 슈도모나스 푸티다 GB-1 염색체, 슈도모나스 사바스타노이 병원체변종 파세올리콜라 1448A, 슈도모나스 종 09C 129, 슈도모나스 시링가에 CC1557, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 ICMP 18708, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 세라시콜라 분리주 CFBP6109, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 라프사 균주 ATCC 10859, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 마큘리콜라 균주 ES4326, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 피시 균주 PP1, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 시링가에 B301D, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 시링가에 B301D, 슈도모나스 시링가에 UMAF0158 및 슈도모나스 비리디플라바 균주 CFBP 1590로부터 선택된 균주 (이들 균주는 각각 CP020351.1, CP026558.1, CP042804.1, CP047265.1, CP026562.1, LT963395.1, CP011110.1, CP009290.1, CP027721.1, CP027712.1, CP027707.1, CP007039.1, CP046441.1, CP000926.1, CP000058.1, CP025261.1, CP007014.1, CP012179.1, LT963391.1, CP013183.1, CP047260.1, CP034078.1, CP005969.1, AE016853.1, CP005970.1 및 LT855380.1의 NCBI 수탁 번호를 가짐)의 세포이다.
예를 들어, 표적 세포는
(a) 스테노트로포모나스 리조필라 균주 GA1, 엔테로코쿠스 패칼리스 균주 V583 및 파우시모나스 레모이그네이 균주 NCTC10937 (이 균주들은 각각 NCBI 수탁 번호 CP031729.1, CP022312.1 및 LS483371.1을 가짐), 또는 이러한 펌프의 오르토로그 또는 상동체; 또는
(b) 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 라크리만스 균주 NM002, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 모르스프루노룸 균주 R15244, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 타바시 균주 ATCC 11528, 슈도모나스 아스투리엔시스 균주 CC1524, 슈도모나스 아벨라나에 균주 R2, 슈도모나스 세라시 분리주 PL963, 슈도모나스 클로로라피스 균주 PCL1606, 슈도모나스 클로로라피스 아종 아우란티아카 균주 JD37, 슈도모나스 클로로라피스 아종 아우레오파시엔스 균주 ChPhzTR36, 슈도모나스 클로로라피스 아종 클로로라피스 균주 DSM 50083, 슈도모나스 클로로라피스 아종 피스시움 균주 DSM 21509, 슈도모나스 시초리이 JBC1, 슈도모나스 코로나파시엔스 병원체변종 코로나파시엔스 균주 B19001, 슈도모나스 푸티다 GB-1 염색체, 슈도모나스 사바스타노이 병원체변종 파세올리콜라 1448A, 슈도모나스 종 09C 129, 슈도모나스 시링가에 CC1557, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 ICMP 18708, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 세라시콜라 분리주 CFBP6109, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 라프사 균주 ATCC 10859, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 마큘리콜라 균주 ES4326, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 피시 균주 PP1, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 시링가에 B301D, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 시링가에 B301D, 슈도모나스 시링가에 UMAF0158 및 슈도모나스 비리디플라바 균주 CFBP 1590 (이 균주들은 각각 CP020351.1, CP026558.1, CP042804.1, CP047265.1, CP026562.1, LT963395.1, CP011110.1, CP009290.1, CP027721.1, CP027712.1, CP027707.1, CP007039.1, CP046441.1, CP000926.1, CP000058.1, CP025261.1, CP007014.1, CP012179.1, LT963391.1, CP013183.1, CP047260.1, CP034078.1, CP005969.1, AE016853.1, CP005970.1 및 LT855380.1의 NCBI 수탁 번호를 가짐), 또는 이러한 펌프의 오르토로그 또는 상동체
로부터 선택된 균주의 RND 유출 펌프 또는 RND 유출 펌프 단백질을 포함한다.
예를 들어, 표적 세포는 유전자 피 시링가에 PSPTO_4977 또는 그의 오르토로그 또는 상동체에 의해 코딩되는 RND 유출 펌프 단백질을 포함한다.
예를 들어, 표적 세포가 유전자 피 시링가에 PSPTO_4977 또는 그의 오르토로그 또는 상동체에 의해 코딩되는 RND 유출 펌프 단백질을 포함하는 경우: 표적 세포는 스테노트로포모나스, 엔테로코쿠스, 파우시모나스 또는 슈도모나스 세포이다. 예를 들어, 표적 세포는 슈도모나스 종의 세포이며, 임의로 여기서 종은 슈도모나스 아미그달리 슈도모나스 아스투리엔시스, 슈도모나스 아벨라나에, 슈도모나스 세라시, 슈도모나스 클로로라피스, 슈도모나스 시초리이, 슈도모나스 코로나파시엔스, 슈도모나스 푸티다, 슈도모나스 사바스타노이, 슈도모나스 시링가에 및 슈도모나스 비리디플라바로부터 선택된다. 예를 들어, 표적 세포는 스테노트로포모나스 리조필라, 엔테로코쿠스 패칼리스, 파우시모나스 레모이그네이, 슈도모나스 아미그달리, 슈도모나스 아스투리엔시스, 슈도모나스 아벨라나에, 슈도모나스 세라시, 슈도모나스 클로로라피스, 슈도모나스 시초리이, 슈도모나스 코로나파시엔스, 슈도모나스 푸티다, 슈도모나스 사바스타노이, 슈도모나스 시링가에 및 슈도모나스 비리디플라바로부터 선택된 종의 세포이다.
예시적인 담체 세포
예를 들어, 각각의 담체 세포는 그람-양성 박테리아 세포이다. 예를 들어, 각각의 담체 세포는 그람-음성 박테리아 세포이다. 예를 들어, 담체 세포는 WO2017211753의 표 1에 개시된 속 또는 종의 세포이다 (이 표의 개시내용 및 각각의 속 및 종은 본 발명에서 사용될 수 있는 세포 속 또는 종의 개시내용을 위해 본원에 개별적으로 포함된다).
예를 들어, 담체 세포는 프로테오박테리아(Proteobacteria) 문, 감마프로테오박테리아(Gammaproteobacteria) 강, 슈도모나달레스(Pseudomonadales) 목 또는 슈도모나다세아에(Pseudomonadaceae) 과의 세포이다. 바람직한 예에서, 담체는 슈도모나스 (예를 들어, 피 플루오르센스(P fluorscens)) 세포이다.
예를 들어, 담체는 이 콜라이 세포 (예를 들어, 이 콜라이, K12, 니슬(Nissle) 또는 S17 세포)이다.
예를 들어, 담체는 그람 양성 세포, 예를 들어, 바실루스 (예컨대 바실루스 서브틸리스(Bacillus subtilis)) 또는 클로이스트리디알레스(Cloistridiales) (예컨대 클로스트리디움 부티리쿰(Clostridium butyricum)) 세포이다.
한 예에서, 대상체는 조개류이다. 조개류는 새우, 가재, 게, 랍스터, 조개, 가리비, 굴, 프론(prawn) 및 홍합으로부터 선택될 수 있다.
대상체는 본원에 개시된 임의의 대상체일 수 있다. 대상체는 동물, 예컨대 가축 동물, 예를 들어 조류 (예컨대 가금류 조류; 또는 닭 또는 칠면조) 또는 돼지일 수 있다.
한 대안에서, 대상체는 예를 들어 식물이고, 표적 박테리아는 식물 병원체 박테리아이다. 한 예에서, 표적 박테리아는 슈도모나스, 예를 들어, 피 시링가에 또는 피 아에루기노사이다.
한 대안에서, 담체 및 표적 세포는 고세균류 세포이다. 예를 들어 표적 세포는 메타노박테리움 세포이다. 예를 들어 표적 세포는 메타노겐 세포이다. 예를 들어, 표적 세포는 하기로부터 선택된 세포의 하나 이상의 종을 포함한다:
· 메타노박테리움 브리안티이(Methanobacterium bryantii)
· 메타노박테리움 포르미쿰(Methanobacterium formicum)
· 메타노브레비박터 아르보리필리쿠스(Methanobrevibacter arboriphilicus)
· 메타노브레비박터 고트샬키이(Methanobrevibacter gottschalkii)
· 메타노브레비박터 루미난티움(Methanobrevibacter ruminantium)
· 메타노브레비박터 스미티이(Methanobrevibacter smithii)
· 메타노코쿠스 충싱엔시스(Methanococcus chunghsingensis)
· 메타노코쿠스 부르토니이(Methanococcus burtonii)
· 메타노코쿠스 아에올리쿠스(Methanococcus aeolicus)
· 메타노코쿠스 델타에(Methanococcus deltae)
· 메타노코쿠스 자나쉬이(Methanococcus jannaschii)
· 메타노코쿠스 마리팔루디스(Methanococcus maripaludis)
· 메타노코쿠스 바니엘리이(Methanococcus vannielii)
· 메타노코르푸스쿨룸 라브레아눔(Methanocorpusculum labreanum)
· 메타노쿨레우스 보우르겐시스(Methanoculleus bourgensis) (메타노게니움 올렌탕이이(Methanogenium olentangyi) 및 메타노게니움 보우르겐세 (Methanogenium bourgense))
· 메타노쿨레우스 마리스니그리(Methanoculleus marisnigri)
· 메타노플로렌스 스토르달렌미렌시스(Methanoflorens stordalenmirensis) [34]
· 메타노폴리스 리미나탄스(Methanofollis liminatans)
· 메타노게니움 카리아시(Methanogenium cariaci)
· 메타노게니움 프리기둠(Methanogenium frigidum)
· 메타노게니움 오르가노필룸(Methanogenium organophilum)
· 메타노게니움 울페이(Methanogenium wolfei)
· 메타노미크로비움 모빌레(Methanomicrobium mobile)
· 메타노피루스 칸들레리(Methanopyrus kandleri)
· 메타노레굴라 부네이(Methanoregula boonei)
· 메타노사에타 콘실리이(Methanosaeta concilii)
· 메타노사에타 써모필라(Methanosaeta thermophila)
· 메타노사르시나 아세티보란스(Methanosarcina acetivorans)
· 메타노사르시나 바르케리(Methanosarcina barkeri)
· 메타노사르시나 마제이(Methanosarcina mazei)
· 메타노스파에라 스타드트마나에(Methanosphaera stadtmanae)
· 메타노스피릴리움 훈가테이(Methanospirillium hungatei)
· 메타노써모박터 데플루비이(Methanothermobacter defluvii) (메타노박테리움 데플루비이(Methanobacterium defluvii))
· 메타노써모박터 써마우토트로피쿠스(Methanothermobacter thermautotrophicus) (메타노박테리움 써모오토트로피쿰 (Methanobacterium thermoautotrophicum))
· 메타노써모박터 써모플렉수스(Methanothermobacter thermoflexus) (메타노박테리움 써모플렉숨(Methanobacterium thermoflexum))
· 메타노써모박터 울페이(Methanothermobacter wolfei) (메타노박테리움 울페이(Methanobacterium wolfei))
· 메타노트릭스 소큰게니이(Methanothrix sochngenii)
임의로, 표적 세포는 예를 들어 방법이 비의학적 방법인 경우 대상체에 병원성이 없다. 한 예에서, 방법은 미용 방법이다.
예를 들어 표적 세포는 메탄-생산 세포이고, 임의로 대상체는 가축 동물, 바람직하게는 반추동물, 또는 소 (예를 들어, 육우 또는 젖소)이다. 이러한 동물에서 메탄-생산 세포를 감소시킴으로써, 본 발명은 한 실시양태에서 동물의 중량을 증진 (예를 들어, 동물로부터의 고기의 수율을 증진)시키고/시키거나 우유 또는 동물의 또 다른 산물, 예컨대 모피 또는 지방의 수율을 증진시킬 수 있다.
한 예에서, 표적 세포는 이. 콜라이, 살모넬라 및 캄필로박터 세포로부터 선택된다. 한 예에서, 표적 세포는 이. 콜라이, 살모넬라 또는 캄필로박터 세포이다. 한 예에서, 각각의 동물은 닭 (예를 들어, 육용계 또는 알을 낳는 암탉)이고, 표적 세포는 살모넬라 또는 캄필로박터 세포이다. 한 예에서, 각각의 동물은 소 (예를 들어, 육우 또는 젖소)이고, 표적 세포는 메타노겐 세포이다.
한 예에서, 표적 세포는 미코플라스마(Mycoplasma) (예를 들어, 미코플라스마 미코이데스(Mycoplasma mycoides) (예를 들어, 미코플라스마 미코이데스 아종 미코이데스(Mycoplasma mycoides　subsp.　Mycoides)), 미코플라스마 레아치이(Mycoplasma leachii) 또는 미코플라스마 보비스(Mycoplasma bovis)), 브루셀라 아보르투스(Brucella abortus), 리스테리아 모노시토게네스(Listeria monocytogenes), 클로스트리디움 (예를 들어, 클로스트리디움 차우보에이(Clostridium chauvoei) 또는 클로스트리디움 셉티컴(Clostridium septicum)), 렙토스피라 (예를 들어, 엘. 카니콜라(L. canicola), 엘. 익테로헤모라기아에(L. icterohaemorrhagiae), 엘. 그리포티포사(L. grippotyphosa), 엘. 하르드조(L. hardjo) 또는 엘. 포모나(L. Pomona)), 만헤이미아 헤몰리티카(Mannheimia haemolytica), 트루에페렐라 피오게네스(Trueperella pyogenes), 미코박테리움 보비스(Mycobacterium bovis), 캄필로박터(Campylobacter) 종 (예를 들어, 캄필로박터 제주니　또는　캄필로박터 콜라이(Campylobacter coli)), 바실루스 안트라시스(Bacillus anthracis), 이. 콜라이 (예를 들어, 이. 콜라이 O157:H7) 또는 파스테우렐라 물토시다(Pasteurella multocida) (예를 들어, 파스테우렐라 물토시다 B:2, E:2, A:1 또는 A:3)로부터 선택된다. 그 예에서, 임의로 대상체 또는 동물은 가축 동물, 예컨대 소, 양, 염소 또는 닭 (바람직하게는 젖소)이다.
임의로, 예를 들어, 여기서 대상체는 동물 (예를 들어, 가축 동물 또는 야생 동물)이고, 표적 세포는 인수공통전염성 박테리아 세포, 예컨대 바실루스 안트라시스, 미코박테리움 보비스 (예를 들어, 여기서 동물은 소임), 캄필로박터 종 (예를 들어, 여기서 동물은 가금류 동물임), 미코박테리움 마리눔(Mycobacterium marinum) (예를 들어, 여기서 동물은 어류임), 시가 독소(Shiga toxin)-생성 이. 콜라이 (예를 들어, 여기서 동물은 반추동물임), 리스테리아 종 (예를 들어, 여기서 동물은 소 또는 양임), 클라미디아 아보르투스(Chlamydia abortus) (예를 들어, 여기서 동물은 양임), 콕시엘라 부르네티이(Coxiella burnetii) (예를 들어, 여기서 동물은 소, 양 또는 염소임), 살모넬라 종 (예를 들어, 여기서 동물은 가금류 동물임), 스트렙토코쿠스 수이스(Streptococcus suis) (예를 들어, 여기서 동물은 돼지임) 및 코리네박테리움(Corynebacterium) (예를 들어, 씨 울세란스(C ulcerans)) (예를 들어, 여기서 동물은 소임)으로부터 선택된 종의 세포이다.
한 예에서, 본원에 기재된 바와 같은 복수의 담체 세포 (예를 들어, 본원에 기재된 임의의 구성, 측면, 예 또는 실시양태의 담체 세포)가 대상체에게 투여되며, 여기서 담체 세포는 작용제를 코딩하는 플라스미드 DNA를 포함한다.
한 예에서, 각각의 동물은 닭 (예를 들어, 육용계 또는 알을 낳는 암탉)이고, 표적 세포는 살모넬라 또는 캄필로박터 세포이다. 한 예에서, 각각의 동물은 소 (예를 들어, 육우 또는 젖소)이고, 표적 세포는 메타노겐 세포이다.
임의로, 표적 세포는 살모넬라 세포이다. 한 예에서, 표적 세포는 에스 엔테리카(S enterica) 및/또는 에스 티피뮤리움(S typhimurium) 세포를 포함하고; 임의로 여기서 에스 엔테리카는 에스 엔테리카 아종 엔테리카(S enterica subspecies enterica)이다. 임의로, 방법은 복수의 상이한 에스 엔테리카 아종 엔테리카 혈청형을 사멸시키며; 임의로 여기서 각각의 혈청형은 티피뮤리움(Typhimurium), 엔테리티디스(Enteritidis), 비르효(Virchow), 몬테비데오(Montevideo), 하이델베르크(Heidelberg), 하다르(Hadar), 빈자(Binza), 브레데니(Bredeney), 인판티스(Infantis), 켄터키(Kentucky), 세프텐베르크(Seftenberg), 엠반다카(Mbandaka), 아나툼(Anatum), 아고나(Agona) 및 더블린(Dublin)으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 임의로, 방법은 에스 엔테리카 아종 엔테리카 혈청형 티피뮤리움, 인판티스 및 엔테리티디스를 사멸시킨다. 임의로, 방법은 에스 엔테리카 아종 엔테리카 혈청형 티피뮤리움 및 엔테리티디스를 사멸시킨다. 임의로, 방법은 에스 엔테리카 아종 엔테리카 혈청형 티피뮤리움 및 인판티스를 사멸시킨다. 임의로, 방법은 에스 엔테리카 아종 엔테리카 혈청형 엔테리티디스 및 인판티스를 사멸시킨다. 닭에서 가장 우세한 혈청형은 살모넬라 엔테리티디스(Salmonella Enteritidis), 살모넬라 인판티스(Salmonella Infantis) 및 살모넬라 티피뮤리움(Salmonella Typhimurium)이다. 일반적으로, 살모넬라의 유사한 혈청형이 감염된 인간 및 닭 (에스. 엔테리티디스(S. Enteritidis) 및 에스. 티피뮤리움(S. Typhimurium))에서 발견된다. 가축 동물에서 살모넬라를 사멸시킴으로써, 본 발명은 인간에게의 전송에 이용가능한 인수공통전염성 박테리아의 풀(pool)을 감소시키는데 유용하다 (예컨대 가축 또는 그로부터 만들어진 산물, 예컨대 인간 소비를 위한 고기 또는 유제품을 먹음으로써).
유리하게는, 담체 세포는 엔테로박테리아세아에 세포, 임의로 이 콜라이 세포이다. 임의로, 방법은 에스 엔테리카 아종 엔테리카 혈청형 티피뮤리움 및 엔테리티디스 혈청형을 사멸시킨다.
임의로 방법은 동물의 위장관에서 표적 세포를 감소시키며; 임의로 방법은 동물의 공장, 회장, 결장, 간, 비장 또는 맹장에서 표적 세포를 감소시키며; 임의로 여기서 동물은 조류이고, 방법은 조류의 맹장에서 표적 세포를 감소시킨다. 이는 대상체, 예컨대 가축 동물의 분변에서 인수공통전염성 또는 다른 유해한 표적 균주의 확산을 감소시키는데 중요할 수 있다. 따라서, 한 예에서 방법은 대상체 그룹 (예를 들어, 떼 또는 무리, 예컨대 돼지 떼 또는 조류 무리)에 대해 수행되며, 여기서 표적 종의 세포의 확산이 그룹에서 감소된다.
따라서, 한 예에서 방법은 동물의 그룹 (임의로 무리 또는 떼)에 대해 수행되며, 여기서 동물의 일부 또는 전부는 표적 세포 (예를 들어, 살모넬라 세포)를 포함하고, 여기서 표적 종의 세포의 확산이 그룹에서 감소되거나; 여기서 동물의 그룹으로부터 제2 그룹으로 확산이 감소된다.
임의로, 플라스미드는 RP4 전달 기점 (oriT)을 포함한다. 플라스미드는 본원에 개시된 임의의 유형의 플라스미드일 수 있다.
작용제는 본원에 개시된 임의의 항박테리아제, 바람직하게는 표적 세포에서 하나 이상의 표적 서열을 커팅하도록 프로그래밍된 가이드된 뉴클레아제일 수 있다. 적합한 뉴클레아제는 TALEN, 메가뉴클레아제, 아연 핑거 뉴클레아제 또는 Cas 뉴클레아제일 수 있다. 예를 들어, 작용제는 표적 세포에 의해 포함된 프로토스페이서 서열을 커팅하도록 표적 세포에서 작동가능한 CRISPR/Cas 시스템의 하나 이상의 성분 (예를 들어, Cas 뉴클레아제 및/또는 가이드 RNA 또는 crRNA)을 포함하고, 임의로 여기서 표적 세포는 박테리아 종의 제1 및 제2 균주를 포함하고, 각각의 균주는 프로토스페이서 서열을 포함하고, 여기서 균주의 세포는 사멸된다. 예를 들어, 시스템은 세포 게놈에 의해 포함된 적어도 3개의 상이한 프로토스페이서 서열을 커팅하도록 작동가능하다. 임의로, 상기 프로토스페이서 서열의 각각 또는 일부는 세포에 의해 포함된 병원성 섬에 의해 포함된다. 임의로, 작용제는 표적 세포 게놈에 의해 포함된 복수의 상이한 프로토스페이서 서열을 커팅하도록 작동가능하다. 임의로, 작용제는 표적 세포 게놈에 의해 포함된 (예를 들어, 표적 세포 염색체에 의해 포함된) 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 상이한 프로토스페이서 서열을 커팅하도록 표적 세포에서 작동가능한 CRISPR/Cas 시스템의 하나 이상의 성분을 포함한다.
한 실시양태에서, 작용제는
(a) 표적 핵산 서열을 인식 및 변형할 수 있는 가이드된 뉴클레아제를 포함하고, 여기서 표적 서열이 표적 세포의 내인성 염색체 또는 에피솜에 의해 포함되나 담체 세포에 의해 포함되지는 않으며, 여기서 뉴클레아제가 표적 세포를 사멸시키거나 표적 세포의 성장 또는 증식을 억제하기 위해 염색체 또는 에피솜을 변형하고/하거나;
(b) 표적 세포에 의해 포함된 프로토스페이서 서열을 커팅하도록 표적 세포에서 Cas 뉴클레아제와 함께 작동하는 CRISPR/Cas 시스템의 가이드 RNA 또는 crRNA를 코딩한다.
임의로, 각각의 표적 세포는 살모넬라 세포이고 각각의 담체 세포는 엔테로박테리아세아에 세포이다.
임의로, 표적 세포는 대상체에 병원성인 균주 또는 종의 세포이며 방법은 병원성 표적 세포에 의한 감염의 증상을 치료하거나 감소시킨다.
본원에서 대상체로의 임의의 세포 투여는 경구 투여에 의한 것일 수 있다. 본원에서 대상체로의 임의의 세포 투여는 바람직하게는 GI 관으로의 투여에 의한 것일 수 있다. 본원에서 대상체로의 임의의 세포 투여는 전신, 비강내 또는 흡입 투여에 의한 것일 수 있다.
또한 다음이 제공된다:
동물에게 복수의 담체 세포를 투여하는 것을 포함하는 동물에서 인수공통전염성 박테리아 표적 세포를 사멸시키는 비의학적 방법이며, 여기서 상기 플라스미드는 그 내에서의 발현을 위해 담체 세포로부터 표적 세포로 전달되어 항박테리아제를 생성하며, 이에 의해 대상체에서 표적 세포를 사멸시키거나 표적 세포의 성장 또는 증식을 감소시키며, 임의로 여기서 표적 세포는 살모넬라 세포이고/이거나, 임의로 담체 세포는 엔테로박테리아세아에 세포인 방법.
동물은 본원에 개시된 임의의 동물, 예를 들어 가축 동물, 길들인 동물 또는 야생 동물 (예를 들어, 박쥐 또는 조류)일 수 있다
임의로, 본원의 임의의 방법은 대상체의 위장관에서 살모넬라를 감소시킨다. 임의로, 표적 세포는 사멸된 상이한 살모넬라 종 유형을 포함한다.
하기 정의가 제공된다:-
상동체: 공통 조상 DNA 또는 단백질 서열로부터의 자손에 의한 제2 유전자, 뉴클레오티드 또는 단백질 서열과 관련된 유전자, 뉴클레오티드 또는 단백질 서열. 용어 상동체는 유전적 중복의 사건에 의해 분리된 유전자 사이의 관계 또는 그의 사건에 의해 분리된 유전자 사이의 관계에 적용될 수 있다.
오르토로그: 오르토로그는 공통 조상 유전자, 뉴클레오티드 또는 단백질 서열로부터 종분화에 의해 진화한 상이한 종의 유전자, 뉴클레오티드 또는 단백질 서열이다. 정상적으로, 오르토로그는 진화 과정에서 동일한 기능을 유지한다.
임의로 본원에서 임의의 살모넬라는 살모넬라 엔테리카 아종 엔테리카 혈청형 티피뮤리움 균주(Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str.) LT2이다.
임의로, 각각의 플라스미드는 CRISPR/Cas 시스템의 복수의 가이드 RNA 또는 crRNA를 코딩하고, 여기서 가이드 RNA 또는 crRNA는 표적 세포 게놈에 의해 포함된 복수의 프로토스페이서 서열을 인식하도록 표적 세포에서 Cas 뉴클레아제와 함께 작동가능하며, 임의로 여기서 표적 세포는 살모넬라 세포이고, 프로토스페이서 서열은 invB, sicP 및 sseE로부터 선택된 유전자의 하나 이상의 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 예를 들어, 프로토스페이서 서열은 유전자 invB, sicP 및 sseE의 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 한 예에서, 플라스미드는 또한 Cas, 예를 들어, Cas9, Cas3, Cpf1, Cas12, Cas13, CasX 또는 CasY를 코딩한다. 한 실시양태에서, Cas는 유형 I, II, III, IV, V 또는 VI Cas, 바람직하게는 유형 I 또는 II Cas이다. 한 예에서, DNA는 또한 Cas3 및 동족 캐스케이드 단백질 (예를 들어, CasA, B, C, D 및 E)을 코딩한다. 임의로, Cas (및 현재의 캐스케이드)는 이 콜라이 Cas (및 캐스케이드)이다.
플라스미드는 하나 이상의 CRISPR 스페이서를 포함할 수 있으며, 여기서 각각의 스페이서는 표적 세포의 게놈에 의해 포함된 유전자; 예를 들어,
(a) 살모넬라의 avrA, sptP, sicP, sipA, sipD, sipC, sipB, sicA, invB, ssaE, sseA, sseB, sscA, sseC, sseD, sseE, sscB, sseF, sseG, mgtC, cigR, pipA, pipB, pipC, sopB 및 pipD로부터 선택된 유전자 또는 그의 상동체 또는 오르토로그;
(b) 표적 세포 게놈에 의해 포함된 병원성 섬에 의해 포함된 유전자;
(c) 표적 세포 게놈에 의해 포함된 분비 시스템 (예를 들어, 유형 III 단백질 분비 시스템) 유전자
의 20-40, 25-35, 또는 30-35개의 연속 뉴클레오티드로 이루어진다.
임의로, 플라스미드는 RP4 전달 기점 (oriT) 및/또는 p15A 복제 기점을 포함한다.
한 예에서, 플라스미드는 접합성 파지미드이다.
한 예에서, 플라스미드는 Cas3 및 임의로 하나 이상의 캐스케이드 단백질 (예를 들어, CasA, B, C, D 및 E 중 하나 이상)을 코딩한다. 한 실시양태에서, 플라스미드는 Cas3 및 CasA, B, C, D 및 E를 코딩한다. 한 실시양태에서, 플라스미드는 이 콜라이 Cas3 및 CasA, B, C, D 및 E를 코딩한다. 임의로, 가이드된 뉴클레아제 (예를 들어, Cas3)는 유형 I-A, -B, -C, -D, -E, -F 또는 -U Cas이다.
한 예에서, 본원에서 임의의 구성, 측면, 예, 옵션 또는 실시양태에서 작용제는 표적 세포에 의해 포함된 프로토스페이서 서열을 커팅하도록 표적 세포에서 작동가능한 CRISPR/Cas 시스템의 하나 이상의 성분을 포함한다.
한 예에서, 시스템은 표적 세포 게놈에 의해 포함된 적어도 3개의 상이한 프로토스페이서 서열을 커팅하도록 작동가능하다. 한 실시양태에서, 상기 프로토스페이서 서열의 각각 또는 일부는 표적 세포에 의해 포함된 병원성 섬에 의해 포함된다.
한 실시예에서, 플라스미드는
(a) 표적 세포 핵산 서열을 인식 및 변형할 수 있는 가이드된 뉴클레아제를 코딩하고, 여기서 표적 서열이 표적 세포(들)의 내인성 염색체 또는 에피솜에 의해 포함되나 담체 세포(들)에 의해 포함되지는 않으며, 여기서 뉴클레아제가 표적 세포(들)를 사멸시키거나 표적 세포의 성장 또는 증식을 억제하기 위해 염색체 또는 에피솜을 변형하고/하거나;
(b) 표적 세포에 의해 포함된 프로토스페이서 서열을 커팅하도록 표적 세포에서 Cas 뉴클레아제와 함께 작동하는 CRISPR/Cas 시스템의 가이드 RNA 또는 crRNA를 코딩한다.
임의로, 플라스미드는 가이드 RNA 또는 crRNA의 발현을 위한 구성적 프로모터를 포함한다. 임의로, 플라스미드는 표적 세포 게놈의 프로토스페이서 서열을 변형 (예를 들어, 커트)하도록 가이드 RNA 또는 crRNA와 표적 세포에서 작동가능한 Cas 뉴클레아제의 발현을 위한 구성적 프로모터를 포함한다.
임의로, Cas, 캐스케이드 단백질, gRNA 및 crRNA는 각각 이. 콜라이 K12 (MG1655) Cas, 캐스케이드 단백질, gRNA 및 crRNA이다. 임의로, 플라스미드는 Cas1 및 Cas2 단백질을 코딩하는 뉴클레오티드 서열이 결여되어 있다.
실시양태에서, 표적 세포의 성장 또는 증식은 감소된다 (예를 들어, 작용제의 부재 하에 성장과 비교하여 적어도 40, 50, 60, 70, 80, 또는 90%만큼). 본 발명은 예를 들어 인간, 동물 또는 식물에 병원성인 표적 박테리아를 제어 또는 사멸시키는 적용을 발견한다. 본 발명은 예를 들어 동물 (예를 들어, 가축 동물)에 의해 포함된 인수공통전염성 표적 박테리아를 제어 또는 사멸시키는 적용을 발견한다. 예를 들어, 담체 세포는 인간 또는 동물에서 질환 또는 병태를 치료 또는 예방하기 위한 의약; 그의 성장을 촉진하기 위해 동물에게 투여하기 위한 성장 촉진제; 동물에서 인수공통전염성 박테리아를 사멸시키는 것; 농약으로서 가축 투여용; 식물에 적용되는 농약; 또는 식물 비료에 의해 포함될 수 있다
항박테리아제를 코딩하는 DNA가 복제될 수 있는 생산자 세포로서 담체 세포가 사용될 수 있다는 이점이 있을 수 있다.
예시적인 플라스미드
임의의 작용제, 예컨대 CRISPR-Cas 시스템 (또는 그의 성분)의 전달 방법은 공여자 박테리아 (담체 박테리아)가 플라스미드 DNA를 그 자체로부터 수용자 박테리아 (표적 박테리아)로 전달하는 자연적 프로세스인 박테리아 접합에 의한 것일 수 있다. 공여자 박테리아는 DNA를 전달하는 주사기 또는 빨대와 같은 것으로 간주될 수 있는 표면 구조인 선모를 정교하게 만든다. 공여자 선모는 수용적인 수용자의 표면에 결합하고, 이 사건은 DNA 전달 프로세스를 촉발한다. 플라스미드는 플라스미드가 본 발명의 작용제를 코딩하는 DNA를 포함하는 이러한 접합 프로세스에 적합하다.
접합에 의한 DNA 전달은 '감수성 수용자'에서만 발생할 수 있지만, 일반적으로 유사한 유형의 플라스미드를 운반하는 수용자에서는 발생하지 않는다. 접합은 선모 브릿지를 통해 이루어지기 때문에, 해당 브릿지가 수용자가 아니라 공여자 박테리아에 부착될 수 있다. 이는 플라스미드 DNA를 그 자체에게 전달하는 무익 회로를 초래할 수 있다. 따라서 플라스미드는 자연적으로 비호환성 인자를 코딩한다. 하나는 동일한 플라스미드를 운반하는 임의의 다른 박테리아 또는 그 자체와 같은 표면 단백질을 표시하는 박테리아에의 선모 결합을 방지하는 표면 어레이된 단백질이다. 또한, 플라스미드는 박테리아 내부의 플라스미드의 카피 수를 밀접하게 조절하는 또 다른 비호환성 시스템을 자연적으로 코딩한다. 따라서, 접합 사건이 표면 배제를 피하고 접합에 의해 DNA를 전달하기 시작하도록 관리하는 경우, 수용자는 현재 카피 수를 이미 유지하고 더 이상 원치않는 추가 카피를 허용 및 유지하지 않기 때문에 해당 플라스미드 확립을 방지할 것이다.
본 발명의 한 예에서, 플라스미드는 플라스미드 비호환성 그룹의 구성원이며, 여기서 표적 세포는 상기 그룹의 플라스미드를 포함하지 않는다. 임의로, 본 발명의 플라스미드는 비호환성 그룹 P의 구성원이다 (즉, 플라스미드는 incP 플라스미드임). 살모넬라는 매우 드물게 incP 플라스미드를 운반하므로, 이 incP 플라스미드는 표적 세포가 살모넬라 세포인 경우에 유용하다. 예를 들어, 엔테로박테리아세아에 내에서, 하기는 전달에 사용될 수 있는 잠재적인 플라스미드의 비 독점적 목록이다: IncFI, IncFII, IncFIll, IncFIV, IncFV, IncM, Inc9, InclO, Incl, IncA, IncB, IncC, IncH, IncIa, InclIc, IncI2, IncIy, IncJ, IncL, IncN, Inc2e, IncO, IncP, IncS, IncT 및/또는 IncW. 따라서, 임의로, 표적 세포는 엔테로박테리아세아에 세포이며 본 발명의 DNA는 플라스미드에 의해 포함되며, 여기서 플라스미드는 IncFI, IncFII, IncFIll, IncFIV, IncFV, IncM, Inc9, InclO, Incl, IncA, IncB, IncC, IncH, IncIa, InclIc, IncI2, IncIy, IncJ, IncL, IncN, Inc2e, IncO, IncP, IncS, IncT 및 IncW 플라스미드로부터 선택된다.
한 예에서, 본 발명의 담체 세포는 2개 이상의 플라스미드를 포함하고, 각 플라스미드는 항박테리아제를 코딩하는 DNA를 포함하고, 여기서 상기 플라스미드 중 첫 번째는 제1 비호환성 그룹의 구성원이며, 여기서 표적 세포는 상기 제1 그룹의 플라스미드를 포함하지 않으며, 여기서 상기 플라스미드 중 두 번째는 제2 비호환성 그룹의 구성원이며, 여기서 표적 세포는 상기 제2 그룹의 플라스미드를 포함하지 않는다. 예를 들어, 담체 세포는 항-표적 세포 CRISPR-Cas 시스템 또는 그의 성분을 코딩하는 (예를 들어, 표적 세포 게놈의 제1 프로토스페이서 서열을 표적화하는 제1 crRNA 또는 가이드 RNA를 코딩함) incP 플라스미드를 포함할 수 있으며, 여기서 담체 세포는 항-표적 세포 CRISPR-Cas 시스템 또는 그의 성분을 코딩하는 (예를 들어, 표적 세포 게놈의 제2 프로토스페이서 서열을 표적화하는 제2 crRNA 또는 가이드 RNA를 코딩함) incF1 플라스미드를 추가로 포함하고, 프로토스페이서는 상이한 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 예를 들어, 프로토스페이서는 표적 세포 게놈의 상이한 유전자에 의해 포함된다. 예를 들어 프로토스페이서는 표적 세포 게놈의 하나 이상의 병원성 섬에 의해 포함된다. 임의로, 표적 세포는 엔테로박테리아세아에 세포이다. 임의로, 담체 세포는 2, 3, 4, 5, 6개 또는 그 초과의 상이한 유형의 플라스미드를 포함하는 플라스미드 그룹을 포함하고, 여기서 각 플라스미드는 표적 세포로 접합적으로 전달될 수 있으며, 여기서 플라스미드는 상이한 작용제 또는 항박테리아제의 상이한 성분을 코딩한다. 예를 들어, 플라스미드는 표적 세포 게놈에 의해 포함된 상이한 프로토스페이서를 표적화하는 상이한 cRNA 또는 gRNA를 코딩한다. 예를 들어, 플라스미드 그룹은 최대 n개의 상이한 유형의 플라스미드를 포함하고, 여기서 플라스미드는 최대 n개의 상이한 비호환성 그룹, 예를 들어 IncFI, IncFII, IncFIll, IncFIV, IncFV, IncM, Inc9, InclO, Incl, IncA, IncB, IncC, IncH, IncIa, InclIc, IncI2, IncIy, IncJ, IncL, IncN, Inc2e, IncO, IncP, IncS, IncT 및 IncW로부터 선택된 그룹의 구성원이다. 예를 들어, 예를 들어, n=2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10.
예를 들어, 담체 세포는 (i) 표적 세포 게놈에 의해 포함된 제1 프로토스페이서를 표적화하는 제1 유형의 CRISPR/Cas 시스템을 코딩하거나 상기 시스템의 성분을 코딩하는 제1 플라스미드; 및 (ii) 표적 세포 게놈에 의해 포함된 제2 프로토스페이서를 표적화하는 제2 유형의 CRISPR/Cas 시스템을 코딩하거나 상기 시스템의 성분을 코딩하는 제2 플라스미드를 포함하고, 여기서 제1 및 제2 유형은 상이하다. 예를 들어, 제1 유형은 유형 I 시스템이고, 제2 유형은 유형 II 시스템이다 (예를 들어, 제1 플라스미드는 제1 프로토스페이서를 변형하도록 표적 세포에서 Cas3 및 캐스케이드와 작동가능한 Cas3, 캐스케이드 및 crRNA 또는 가이드 RNA를 코딩하고; 제2 플라스미드는 제2 프로토스페이서를 변형하도록 표적 세포에서 Cas9와 작동가능한 Cas9 및 crRNA 또는 가이드 RNA를 코딩함). 한 대안에서, Cas3 및 캐스케이드는 내인성 표적 세포 유전자에 의해 코딩되며, 여기서 제1 플라스미드는 제1 프로토스페이서를 변형하도록 표적 세포에서 내인성 Cas3 및 캐스케이드와 작동가능한 crRNA 또는 가이드 RNA를 코딩한다. 한 대안에서, Cas9는 내인성 표적 세포 유전자에 의해 코딩되며, 여기서 제2 플라스미드는 제2 프로토스페이서를 변형하도록 표적 세포에서 내인성 Cas9와 작동가능한 crRNA 또는 가이드 RNA를 코딩한다. 임의로, Cas3 및 캐스케이드는 표적 세포의 내인성 유전자에 의해 코딩되고, Cas9는 제2 플라스미드에 의해 코딩된다.
유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 유형 I CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분, 예를 들어 Cas3 또는 crRNA 또는 gRNA)을 코딩하는 제1 플라스미드 및 유형 III CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제2 플라스미드를 제공한다. 유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 유형 I CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제1 플라스미드 및 유형 IV CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제2 플라스미드를 제공한다. 유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 유형 I CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제1 플라스미드 및 유형 V CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제2 플라스미드를 제공한다. 유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 유형 I CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제1 플라스미드 및 유형 VI CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제2 플라스미드를 제공한다.
유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 유형 II CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분, 예를 들어 Cas9 또는 crRNA 또는 gRNA)을 코딩하는 제1 플라스미드 및 유형 III CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제2 플라스미드를 제공한다. 유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 유형 II CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)를 코딩하는 제1 플라스미드 및 유형 IV CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제2 플라스미드를 제공한다. 유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 유형 II CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제1 플라스미드 및 유형 V CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제2 플라스미드를 제공한다. 유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 유형 II CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제1 플라스미드 및 유형 VI CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제2 플라스미드를 제공한다.
유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 유형 V CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분, 예를 들어 Cas12a 또는 crRNA)을 코딩하는 제1 플라스미드 및 유형 III CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제2 플라스미드를 제공한다. 유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 유형 V CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제1 플라스미드 및 유형 IV CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제2 플라스미드를 제공한다. 유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 유형 V CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제1 플라스미드 및 유형 V CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제2 플라스미드를 제공한다. 유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 유형 V CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제1 플라스미드 및 유형 VI CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제2 플라스미드를 제공한다.
유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 각각 유형 I CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제1 및 제2 플라스미드를 제공한다. 유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 각각 유형 II CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제1 및 제2 플라스미드를 제공한다. 유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 각각 유형 III CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제1 및 제2 플라스미드를 제공한다. 유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 각각 유형 IV CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제1 및 제2 플라스미드를 제공한다. 유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 각각 유형 V CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제1 및 제2 플라스미드를 제공한다. 유형 I 및 유형 II 시스템 대신에, 본 발명은 대안적으로 한 실시양태에서 각각 유형 VI CRISPR/Cas 시스템 (또는 그의 성분)을 코딩하는 제1 및 제2 플라스미드를 제공한다.
임의로, 플라스미드는 상이한 비호환성 그룹, 예를 들어 IncFI, IncFII, IncFIll, IncFIV, IncFV, IncM, Inc9, InclO, Incl, IncA, IncB, IncC, IncH, IncIa, InclIc, IncI2, IncIy, IncJ, IncL, IncN, Inc2e, IncO, IncP, IncS, IncT 및 IncW로부터 선택된 그룹의 구성원이다. 본원의 한 예에서, 표적 세포는 엔테로박테리아세아에 세포이다.
유리하게는, 담체 세포는 인간 또는 동물 대상체 (예를 들어, 닭, 소, 돼지, 어류 또는 조개류)에서 표적 세포 감염을 치료 또는 예방하기 위한 것이다. 유리하게는, 담체 세포는 상기 대상체에 대해 프로바이오틱이거나 인간 또는 동물 (예를 들어, 닭)에 대해 프로바이오틱인 종의 세포이다. 예를 들어, 담체 세포는 프로바이오틱 이 콜라이 세포이다. 예를 들어, 담체 세포는 프로바이오틱 바실루스 세포이다. 한 예에서, 담체 세포는 상기 대상체에 병원성이거나 인간 또는 동물 (예를 들어, 닭)에 병원성인 종의 세포이다. 유리하게는, 각각의 플라스미드는 표적 세포에서 각각의 표적 핵산 서열(들)에 혼성화할 수 있는 하나 이상의 가이드 RNA 또는 하나 이상의 crRNA를 코딩하며, 여기서 표적 서열(들)은 표적 세포의 내인성 염색체 및/또는 내인성 에피솜에 의해 포함된다. 예를 들어, 각각의 플라스미드는 각각의 표적 서열에 혼성화하는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 7, 9 또는 10개 (또는 10개 초과)의 상이한 gRNA 또는 상이한 crRNA를 코딩하고, 여기서 표적 서열은 서로 상이하다. 예를 들어, 3개의 상이한 gRNA 또는 crRNA는 각각의 플라스미드에 의해 코딩된다. 예를 들어, 2개의 상이한 gRNA 또는 crRNA는 각각의 플라스미드에 의해 코딩된다. 예를 들어, 3개의 상이한 gRNA 또는 crRNA는 각각의 플라스미드에 의해 코딩된다. 예를 들어, 4개의 상이한 gRNA 또는 crRNA는 각각의 플라스미드에 의해 코딩된다. 예를 들어, 3개의 상이한 gRNA 또는 crRNA는 각각의 플라스미드에 의해 코딩된다. 예를 들어, 5개의 상이한 gRNA 또는 crRNA는 각각의 플라스미드에 의해 코딩된다. 예를 들어, 6개의 상이한 gRNA 또는 crRNA는 각각의 플라스미드에 의해 코딩된다. 예를 들어, 7개의 상이한 gRNA 또는 crRNA는 각각의 플라스미드에 의해 코딩된다. 예를 들어, 8개의 상이한 gRNA 또는 crRNA는 각각의 플라스미드에 의해 코딩된다. 예를 들어, 9개의 상이한 gRNA 또는 crRNA는 각각의 플라스미드에 의해 코딩된다. 예를 들어, 10개의 상이한 gRNA 또는 crRNA는 각각의 플라스미드에 의해 코딩된다. 예를 들어, 11개의 상이한 gRNA 또는 crRNA는 각각의 플라스미드에 의해 코딩된다. 예를 들어, 12개의 상이한 gRNA 또는 crRNA는 각각의 플라스미드에 의해 코딩된다. 예를 들어, 13개의 상이한 gRNA 또는 crRNA는 각각의 플라스미드에 의해 코딩된다. 한 예에서, 표적 세포는 살모넬라 세포이다 (예를 들어, 여기서 대상체는 닭임). 한 예에서, 표적 세포는 이 콜라이 세포이다. 한 예에서, 표적 세포는 캄필로박터 세포이다 (예를 들어, 여기서 대상체는 닭임). 한 예에서, 표적 세포는 에드워드시엘라(Edwardsiella) 세포이다 (예를 들어, 여기서 대상체는 어류 또는 조개류, 예를 들어 메기 또는 새우 또는 프론임). 한 예에서, 표적 세포는 이 콜라이 세포이다.
임의로, 각각의 플라스미드는 발현가능한 tra1 및/또는 tra2 모듈 또는 그의 상동체를 포함한다. 본원에서 임의의 에피솜은 플라스미드일 수 있다.
임의로, 각각의 플라스미드는 tra1 및/또는 tra2 모듈 또는 그의 상동체의 발현가능한 오페론을 포함한다.
임의로, 각각의 플라스미드는 RK2 또는 R6K 플라스미드에 의해 포함된다.
임의로, 각각의 플라스미드는 RK2 또는 R6K 플라스미드, 또는 그의 상동체의 oriV를 포함한다.
임의로, 각각의 플라스미드는 RK2 또는 R6K 플라스미드, 또는 그의 상동체의 oriT를 포함한다.
임의로, 작용제는 표적 세포에 의해 포함된 프로토스페이서 서열을 커팅하도록 표적 세포에서 작동가능한 CRISPR/Cas 시스템의 하나 이상의 성분을 포함하고, 예를 들어, 여기서 프로토스페이서 서열은 세포 염색체에 의해 포함된다.
한 실시양태에서 본원에서 커팅은 표적 세포를 사멸시킨다. 한 대안에서, 커팅은 표적 세포의 성장 또는 증식을 억제한다.
임의로, 작용제는 표적 세포에 의해 포함된 프로토스페이서 서열을 커팅하도록 표적 세포에서 Cas 뉴클레아제와 함께 작동가능한 CRISPR/Cas 시스템의 가이드 RNA 또는 crRNA를 코딩하고, 예를 들어 여기서 프로토스페이서 서열이 세포 염색체에 의해 포함된다.
한 예에서, 표적 세포는 살모넬라 세포이고, 프로토스페이서는 pipA, pipB, pipC, hilA, sicP, mart 또는 sopB 유전자에 의해 포함된다. 한 예에서, 프로토스페이서는 살모넬라 sicP, sseF, pipA, pipB, pipC, hilA, sicP, mart 또는 sopB 유전자의 상동체 또는 오르토로그인 유전자에 의해 포함된다.
임의로, 각각의 플라스미드는 산물을 코딩하는 유전자를 포함하고, 여기서 산물은 산물이 결여되어 있는 환경에서 담체 세포의 생존 또는 증식에 필수적이며, 여기서 담체 세포 염색체가 산물을 코딩하는 발현가능한 유전자를 포함하지 않고, 임의로 플라스미드가 산물을 코딩하는 담체 세포에 의해 포함된 유일한 에피솜 DNA이다. 예를 들어, 유전자는 aroA, argH, hisD, leuB, lysA, metB, proC, thrC, pheA, tyrA, trpC 및 pflA 유전자로부터 선택되거나; 여기서 유전자가 항-독소 유전자이고, 임의로 제1 DNA가 동족 독소를 코딩한다.
예를 들어, 담체 세포는 이 콜라이 (예를 들어, 니슬, F18 또는 S17 이 콜라이 균주), 바실루스 (예를 들어, 비 서브틸리스(B subtilis)), 엔테로코쿠스 또는 락토바실루스 세포이다.
임의로, 담체 세포는 인간, 닭, 돼지, 양, 소, 어류 (예를 들어, 메기 또는 연어) 또는 조개류 (예를 들어, 새우 또는 랍스터) 공생 박테리아 균주 (예를 들어, 공생 이 콜라이 균주)의 세포이다.
임의로, 임의의 담체 세포는 의학적 용도를 위해 인간 또는 동물 대상체의 미생물총에 투여하기 위한 것이다.
예를 들어, 의학적 용도는 본원에 개시된 질환을 치료 또는 예방하기 위한 것이다. 예를 들어, 의학적 용도는 본원에 개시된 병태를 치료 또는 예방하기 위한 것이다.
임의로, 의학적 용도는 상기 표적 세포에 의해 매개되는 질환 또는 병태의 치료 또는 예방을 위한 것이다.
임의로, 담체 세포(들)는 동물의 성장 또는 중량을 증진시키기 위해 동물에 투여하기 위한 것이다.
대안으로, 인간에게 투여는 인간의 성장 또는 체중을 증진시키기 위한 것이다. 임의로, 증진은 의학적 요법이 아니다. 임의로, 증진은 의학적 요법이다.
임의로, 용도는 대상체의 미생물총 (예를 들어, 장내 미생물총)에 복수의 담체 세포를 투여하는 것을 포함하고, 여기서 미생물총이 표적 세포를 포함하고, 제1 DNA가 그 내에서의 발현을 위해 표적 세포로 전달되어 항박테리아제를 생성하며, 이에 의해 대상체에서 표적 세포를 사멸시키거나 표적 세포의 성장 또는 증식을 감소시킨다.
예를 들어 본 발명의 임의의 구성 또는 실시양태에서 본원에서 식물은 토마토 식물, 감자 식물, 밀 식물, 옥수수 식물, 메이즈 식물, 사과 나무, 콩-생산 식물, 완두콩 식물, 비트 뿌리 식물, 핵과 식물, 보리 식물, 홉 식물 및 잔디로부터 선택된다. 예를 들어, 식물은 나무, 예를 들어 야자수, 칠엽수, 소나무, 오크 나무 또는 활엽수이다. 예를 들어 식물은 딸기, 라즈베리, 블랙베리, 레드커런 트, 키위 과일, 바나나, 사과, 살구, 아보카도, 체리, 오렌지, 클레멘타인, 사츠마, 자몽, 플러스, 대추야자, 무화과, 라임, 레몬, 멜론, 망고, 배, 올리브 또는 포도로부터 선택된 과일을 생산하는 식물이다. 임의로, 식물은 쌍떡잎식물이다. 임의로, 식물은 현화 식물이다. 임의로, 식물은 외떡잎식물이다.
본원의 임의의 구성, 실시양태 또는 예에서, 표적 박테리아는 피 시링가에 박테리아 (예를 들어, 식물에 의해 포함됨)이다. 슈도모나스 시링가에 병원체변종 시링가에는 전 세계적으로 단자엽 및 쌍자엽 식물 둘 다의 질환을 일으키는 흔한 식물-연관 박테리아이다. 한 예에서 표적 박테리아는 피. 에스. 병원체변종 아세리스(P. s.　pv.　aceris), 피. 에스. 병원체변종 압타타(P. s.　pv.　aptata), 피. 에스. 병원체변종 아트로파시엔스(P. s.　pv.　atrofaciens), 피. 에스. 병원체변종 디스옥실리스(P. s.　pv.　dysoxylis), 피. 에스. 병원체변종 자포니카(P. s.　pv.　japonica), 피. 에스. 병원체변종 랍사(P. s.　pv.　lapsa,), 피. 에스. 병원체변종 파니시(P. s.　pv.　panici), 피. 에스. 병원체변종 파풀란스(P. s.　pv.　papulans), 피. 에스. 병원체변종 피시(P. s.　pv.　pisi), 피. 에스. 병원체변종 시링가에(P. s.　pv.　syringae) 및 피. 에스. 병원체변종 모르스프루노룸(P. s.　pv.　morsprunorum)으로부터 선택된 병원체변종의 피 시링가에 박테리아이다.
· 피. 에스. 병원체변종 아세리스는 단풍나무 에이서(Acer) 종을 공격한다.
· 피. 에스. 병원체변종 악티니디아에는 키위 과일 악티니디아 델리시오사(Actinidia deliciosa)를 공격한다.
· 피. 에스. 병원체변종 아에스쿨리(P. s.　pv.　aesculi)는 칠엽수 아에스쿨루스 히포카스타눔(Aesculus hippocastanum)을 공격하여 출혈성 동고병을 일으킨다.
· 피. 에스. 병원체변종 압타타는 비트 베타 불가리스(Beta vulgaris)를 공격한다.
· 피. 에스. 병원체변종 아트로파시엔스는 밀 트리티쿰 아에스티붐(Triticum aestivum)을 공격한다.
· 피. 에스. 병원체변종 디스옥실리스는 코헤코헤(kohekohe) 나무 디스옥실룸 스펙타빌레(Dysoxylum spectabile)를 공격한다.
· 피. 에스. 병원체변종 자포니카는 보리 호르데움 불가레(Hordeum vulgare)를 공격한다.
· 피. 에스. 병원체변종 랍사는 밀 트리티쿰 아에스티붐을 공격한다.
· 피. 에스. 병원체변종 파니시는 파니쿰 그래스(Panicum grass) 종을 공격한다.
· 피. 에스. 병원체변종 파풀란스는 크랩애플 말루스 실베스트리스 (Malus sylvestris)종을 공격한다.
· 피. 에스. 병원체변종 파세올리콜라는 콩의 달무리무늬병(halo blight)을 일으킨다.
· 피. 에스. 병원체변종 피시는 완두콩 피숨 사티붐(Pisum sativum)을 공격한다.
· 피. 에스. 병원체변종 시링가에는 시링가(Syringa), 프루누스(Prunus), 및 파세올루스(Phaseolus) 종을 공격한다.
· 피. 에스. 병원체변종 글리시네아는 대두를 공격하여 대두의 박테리아성 마름병을 일으킨다.
한 예에서, 표적 박테리아는 직전 단락의 글머리 기호에 인용된 혈청형으로부터 선택된 피 시링가에이고, 박테리아는 해당 글머리 기호에도 언급된 식물에 의해 포함된다.
한 예에서, 중량 (즉, 바이오매스)은 건조 중량이다. 예를 들어, 방법은 건조 중량을 증가시키기 위한 것이다 (예를 들어, 상기 투여의 1 또는 2주 이내). 임의로, 증가는 담체 세포가 투여되지 않은 동일한 종 또는 균주의 대조군 식물과 비교하여 적어도 5, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20%의 증가이며, 여기서 모든 식물은 동일한 환경 조건 하에 유지된다. 예를 들어, 이러한 증가는 담체 세포의 제1 투여 후 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 8주 이내이다. 한 예에서, 방법은 식물, 예컨대 토마토 식물의 잎 및/또는 과일의 건조 중량을 증가시키기 위한 것이다.
한 예에서, 중량은 습윤 중량이다. 예를 들어, 방법은 습윤 중량을 증가시키기 위한 것이다 (예를 들어, 상기 투여의 1 또는 2주 이내). 임의로, 증가는 담체 세포가 투여되지 않은 동일한 종 또는 균주의 대조군 식물과 비교하여 적어도 5, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20%의 증가이며, 여기서 모든 식물은 동일한 환경 조건 하에 유지된다. 예를 들어, 이러한 증가는 담체 세포의 제1 투여 후 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 8주 이내이다. 한 예에서, 방법은 식물, 예컨대 토마토 식물의 잎 및/또는 과일의 건조 중량을 증가시키기 위한 것이다.
예를 들어, 미생물총은 식물의 잎, 몸통, 뿌리 또는 줄기에 의해 포함된다.
표적 박테리아 (또는 표적 세포)는 식물의 미생물총에 의해 포함된다. 한 예에서, 미생물총은 잎에 의해 포함된다. 한 예에서, 미생물총은 목질부에 의해 포함된다. 한 예에서, 미생물총은 체관부에 의해 포함된다. 한 예에서, 미생물총은 뿌리에 의해 포함된다. 한 예에서, 미생물총은 괴경에 의해 포함된다. 한 예에서, 미생물총은 구근에 의해 포함된다. 한 예에서, 미생물총은 종자에 의해 포함된다. 한 예에서, 미생물총은 겉열매껍질, 외과피, 중과피 또는 내과피에 의해 포함된다. 한 예에서, 미생물총은 과일, 예를 들어 단과; 집합과; 또는 복합과에 의해 포함된다. 한 예에서, 미생물총은 종자 또는 배아, 예를 들어 종피; 자엽; 떡잎; 또는 유근에 의해 포함된다. 한 예에서, 미생물총은 꽃에 의해 포함되고, 예를 들어 꽃자루; 꽃받침: 꽃잎; 수술; 화사; 꽃밥 또는 암술에 의해 포함된다. 한 예에서, 미생물총은 뿌리; 예를 들어, 직근 시스템, 또는 수염뿌리 시스템에 의해 포함된다. 한 예에서, 미생물총은 잎 또는 잎 들에 의해 포함되고, 예를 들어 잎사귀, 잎자루 또는 탁엽에 의해 포함된다. 한 예에서, 미생물총은 줄기에 의해 포함되고, 예를 들어 껍질, 표피, 체관부, 형성층, 목질부 또는 속에 의해 포함된다.
한 예에서 "생물막을 감소시키는 것"은 생물막의 커버리지 영역을 감소시키는 것을 포함한다. 한 예에서 "생물막을 감소시키는 것"은 생물막의 증식을 감소시키는 것을 포함한다. 한 예에서 "생물막을 감소시키는 것"은 생물막의 내구성을 감소시키는 것을 포함한다. 한 예에서 "생물막을 감소시키는 것"은 생물막의 확산을 감소시키는 것을 포함한다 (예를 들어, 대상체 내에 또는 위에, 예를 들어 대상체를 함유하는 환경으로의 확산). 대상체는 인간 또는 동물이다.
예를 들어, 생물막은 대상체의 폐에 의해 포함되고, 예를 들어, 여기서 표적 세포는 슈도모나스 (예를 들어, 피 아에루기노사) 세포이다. 이는 대상체가 폐 질환 또는 병태, 예컨대 폐렴 또는 낭포성 섬유증을 앓고 있는 인간인 경우에 유용할 수 있다
예를 들어, 생물막은 본원에 개시된 동물 또는 인간 장기에 의해 포함된다. 예를 들어, 생물막은 본원에 개시된 인간 또는 동물의 미생물총에 의해 포함된다.
임의로, 상기 표면은 생체외 표면, 예컨대 가정용 또는 산업용 장치 또는 컨테이너에 의해 포함된 표면이다.
임의로, 표적 세포는 생물막, 예를 들어 본원에 개시된 바와 같은 생물막에 의해 포함된다.
임의로, 표적 박테리아는 살모넬라, 슈도모나스, 에스케리키아, 클렙시엘라, 캄필로박터, 헬리코박터(Helicobacter), 아시네토박터, 엔테로박테리아세아, 클로스트리디움, 스타필로코쿠스 또는 스트렙토코쿠스 박테리아이다. 예를 들어, 표적 박테리아는 살모넬라 엔테리카 박테리아이다. 예를 들어, 표적 박테리아는 살모넬라 엔테리카 아종 엔테리카, 혈청형 티피뮤리움, 엔테리티디스, 비르효, 몬테비데오, 하다르 및 빈자로 이루어진 군으로부터 선택된다.
임의로, 표적 박테리아는 이 콜라이 박테리아이다. 예를 들어, 표적 박테리아는 장출혈성 이. 콜라이 (EHEC), 이. 콜라이 혈청형 O157:H7 또는 시가-독소 생성 이. 콜라이 (STEC))이다. 한 예에서, 표적 박테리아는 하기로부터 선택된다:
· 시가 독소-생성 이. 콜라이 (STEC) (STEC는 베로세포독소-생성 이. 콜라이 (VTEC)로도 지칭될 수 있음);
· 장출혈성 이. 콜라이 (EHEC) (이 병원형은 식인성 발생과 연관하여 뉴스에서 가장 흔히 듣게 되는 것임);
· 장독소생성 이. 콜라이 (ETEC);
· 장병원성 이. 콜라이 (EPEC);
· 장응집성 이. 콜라이 (EAEC);
· 장침습성 이. 콜라이 (EIEC); 및
· 확산성 접착성 이. 콜라이 (DAEC)
장출혈성 에스케리키아 콜라이 (EHEC) 혈청형 O157:H7은 전 세계적으로 혈성 설사 및 용혈성 요독 증후군 (HUS)의 발생의 원인이 되는 인간 병원체이다. 기존 항미생물제는 EHEC 감염과 연관된 이환율 및 사망률의 대부분의 원인이 되는 강력한 시가 독소의 방출을 촉진하는 EHEC에서 SOS 반응을 촉발한다. 소는 EHEC의 천연 저장소이고, EHEC 발생의 대략 75%는 오염된 소-유래 제품의 소비와 관련이 있다. EHEC는 인간에서 질환을 유발하지만, 성체 반추동물에서는 무증상이다. 이. 콜라이 혈청형 O157:H7 (EHEC) 감염의 특징은 복부 경련 및 출혈성 설사, 뿐만 아니라 생명을 위협하는 합병증 용혈성 요독 증후군 (HUS)을 포함한다. 현재 EHEC 감염에 대한 치료가 필요하다 (Goldwater and Bettelheim, 2012). 기존 항생제의 사용은 시가 독소-매개 세포독성을 악화시킨다. 질환 통제 예방 센터에 의해 수행된 역학 연구에서, EHEC 장염에 대한 항생제로 치료된 환자는 HUS를 발병할 더 높은 위험을 가졌다 (Slutsker et al., 1998). 추가 연구는 EHEC 감염에서 항생제의 금기를 지지하고; EHEC와 연관된 출혈성 결장염에 대한 항생제 요법을 받는 어린이는 HUS를 발병할 증가된 가능성을 가졌다 (Wong et al., 2000; Zimmerhackl, 2000; Safdar et al., 2002; Tarr et al., 2005). 기존 항생제는 염색체로 통합된 람도이드 프로파지 게놈 내에 코딩된 stx 유전자의 복제 및 발현을 증진시킴으로써 시가 독소 생성을 촉진한다. 본 발명의 일부 구성의 접근법은 뉴클레아제 커팅에 의존한다. Stx 유도는 또한 EHEC 세포 외피의 파지-매개 용해를 촉진하여 환경으로의 시가 독소의 방출 및 전파를 허용한다 (Karch et al., 1999; Matsushiro et al., 1999; Wagner et al., 2002). 따라서, 유리하게는, 본 발명의 이들 구성은 인간 및 동물 대상체에서 EHEC를 치료하기 위한 대안적인 수단을 제공한다. 이는 뉴클레아제 작용에 의해 생성된 항-EHEC 작용의 속도 및 지속기간에 대한 놀라운 결과로 아래에 예시된다 (기존 항생제 작용과 반대).
한 예에서, 대상체 (예를 들어, 인간 또는 동물)는 용혈성 요독 증후군 (HUS)을 앓고 있거나 이의 위험이 있고, 예를 들어 대상체는 이 콜라이 감염, 예컨대 EHEC 이 콜라이 감염을 앓고 있다.
다음이 제공된다:-
복수의 담체 세포를 포함하는 제약 조성물, 가축 성장 촉진 조성물, 토양 개량제, 제초제, 식물 비료, 식품 또는 식품 성분 멸균 조성물, 치과용 조성물, 개인 위생 조성물 또는 소독제 조성물 (예를 들어, 가정용 또는 산업용).
본원에서, 담체 세포는 예를 들어 인간 또는 동물 대상체에게 투여하기 위한 프로바이오틱 세포이다. 예를 들어, 담체 세포는 인간 또는 동물 대상체의 마이크로바이옴 (예를 들어, 장 또는 혈액 마이크로바이옴)에 공생하며, 여기서 담체는 대상체에 투여하기 위한 것이다. 한 예에서, 담체 세포는 박테리아 세포이다 (그리고 임의로 표적 세포는 박테리아 세포임). 한 예에서, 담체 세포는 고세균류 세포이다 (그리고 임의로 표적 세포는 고세균류 세포임)
임의로, 담체 세포는 그람-양성 박테리아 세포이고, 표적 세포는 그람-양성 박테리아 세포이다.
임의로, 담체 세포는 그람-양성 박테리아 세포이고, 표적 세포는 그람-음성 박테리아 세포이다.
임의로, 담체 세포는 그람-음성 박테리아 세포이고, 표적 세포는 그람-양성 박테리아 세포이다.
임의로, 담체 세포는 그람-음성 박테리아 세포이고, 표적 세포는 그람-음성 박테리아 세포이다.
임의로, 담체 세포는 바실루스 박테리아 세포이고, 표적 세포는 그람-양성 박테리아 세포이다.
임의로, 담체 세포는 바실루스 박테리아 세포이고, 표적 세포는 그람-음성 박테리아 세포이다.
임의로, 담체 세포는 바실루스 박테리아 세포이고, 표적 세포는 살모넬라 박테리아 세포이다.
임의로, 담체 세포는 바실루스 박테리아 세포이고, 표적 세포는 이 콜라이 박테리아 세포이다.
임의로, 담체 세포는 이 콜라이 박테리아 세포이고, 표적 세포는 슈도모나스 박테리아 세포이다
임의로, 담체 세포는 이 콜라이 박테리아 세포이고, 표적 세포는 그람-양성 박테리아 세포이다.
임의로, 담체 세포는 이 콜라이 박테리아 세포이고, 표적 세포는 그람-음성 박테리아 세포이다.
임의로, 담체 세포는 이 콜라이 박테리아 세포이고, 표적 세포는 살모넬라 박테리아 세포이다.
임의로, 담체 세포는 이 콜라이 박테리아 세포이고, 표적 세포는 이 콜라이 박테리아 세포이다.
임의로, 담체 세포는 이 콜라이 박테리아 세포이고, 표적 세포는 슈도모나스 박테리아 세포이다.
본원에서 바실루스 세포는 임의로 비 서브틸리스 세포이다.
임의로, 담체 세포는 인간 또는 동물 대상체에게 투여하기 위한 프로바이오틱 또는 공생 이 콜라이 박테리아 세포이다. 임의로, 담체 세포는 인간 또는 동물 대상체에게 투여하기 위한 프로바이오틱 또는 공생 바실루스 박테리아 세포이다.
본원에서, 임의로 플라스미드는 폐쇄 원형 DNA에 의해 포함된다.
한 실시양태에서, 플라스미드 DNA는 dsDNA이다. 한 실시양태에서, 플라스미드 DNA는 ssDNA이다.
임의로, 표적 세포는 살모넬라 세포 (예를 들어, 여기서 담체 세포는 이 콜라이 세포임), 예를 들어 살모넬라 엔테리카 아종 엔테리카, 예를 들어 살모넬라 엔테리카 아종 엔테리카 혈청형 티피뮤리움, 엔테리티디스, 비르효, 몬테비데오, 하다르 또는 빈자이다.
예를 들어, 표적 박테리아는 에스 엔테리카; 에스 티피뮤리움; 피 아에루기노사; 이 콜라이; 케이 뉴모니아에; 씨 주제니; 에이치 필로리; 에이 바우만니이; 씨 디피실레; 에스 아우레우스; 에스 피오게네스 또는 에스 써모필루스로 이루어진 군으로부터 선택된다.
한 예에서, 표적 세포는 인간에서 병원내 감염을 유발하는 종의 세포이다.
임의로, 표적 세포는 동물 (예를 들어, 가금류 동물 (예컨대 닭), 돼지, 소, 어류 (예를 들어, 메기 또는 연어) 또는 조개류 (예를 들어, 프론 또는 랍스터)) 마이크로바이옴에 의해 포함된다. 임의로, 마이크로바이옴은 장내 마이크로바이옴이다. 예를 들어, 표적 세포는 닭 장 생물막에 의해 포함된 살모넬라 세포이다. 예를 들어, 표적 세포는 생체외 닭 장 생물막 샘플에 의해 포함된 살모넬라 세포이다.
한 실시양태에서, 각각의 플라스미드는 박테리아 oriV 및/또는 oriT를 포함한다. 한 실시양태에서, 각각의 플라스미드는 oriV 및/또는 oriT를 포함한다.
한 실시양태에서, 플라스미드는 oriV를 포함하고, 플라스미드의 복제를 개시하기 위해 oriV와 작동가능한 임의의 복제 단백질 (예를 들어, pir 또는 trfA)을 코딩하지 않는다.
한 예에서, 본 발명은 본 발명의 복수의 담체 세포를 포함하는 조성물에 관한 것이다. 임의로, 담체 세포 모두는 동일한 상기 플라스미드를 포함한다. 임의로, 복수는 담체 세포의 제1 하위집단 (제1 세포) 및 담체 세포의 제2 하위집단 (제2 세포)을 포함하고, 여기서 제1 세포는 동일한 제1 상기플라스미드를 포함하고, 제2 세포는 동일한 제2 상기 플라스미드 (이는 제1 세포의 제1 플라스미드와 상이함)를 포함한다. 예를 들어, 제1 플라스미드는 제1 가이드 RNA 또는 crRNA를 코딩하고, 제2 플라스미드는 제2 가이드 RNA 또는 crRNA를 코딩하고, 여기서 제1 가이드 RNA/crRNA는 제1 표적 세포에서 제1 프로토스페이서 서열에 혼성화할 수 있고; 제2 가이드 RNA/crRNA는 제2 표적 세포에서 제2 프로토스페이서 서열에 혼성화할 수 있으며, 여기서 프로토스페이서는 상이하다. 임의로, 제1 표적 세포는 제2 표적 세포와 상이하다. 임의로, 제1 표적 세포는 제2 표적 세포와 동일한 종 또는 균주의 것이다. 대안적으로, 제1 표적 세포는 제2 표적 세포의 종 또는 균주와 상이한 종 또는 균주의 것이다 (이러한 방식으로 예를 들어 인간 또는 동물 또는 식물에 투여하기 위한 담체 세포의 칵테일이 상이한 종 또는 균주의 복수의 표적 세포를 표적화 및 사멸시키기 위해 제공된다).
임의로, 조성물은 액체에 의해 포함되고 (예를 들어, 수성 액체 또는 수중), 조성물은 담체 세포를 1 x 103 내지 1 x 1010 (예를 들어, 1 x 104 내지 1 x 1010 ; 1 x 104 내지 1 x 109 ; 1 x 104 내지 1 x 108 ; 1 x 104 내지 1 x 107 ; 1 x 103 내지 1 x 1010 ; 1 x 103 내지 1 x 109 ; 1 x 103 내지 1 x 108 ; 1 x 103 내지 1 x 107 ; 1 x 105 내지 1 x 1010 ; 1 x 105 내지 1 x 109 ; 1 x 105 내지 1 x 108; 1 x 105 내지 1 x 107 ; 1 x 106 내지 1 x 1010 ; 1 x 106 내지 1 x 109 ; 1 x 106 내지 1 x 108 ; 또는 1 x 106 내지 1 x 107) cfu/ml의 양으로 포함한다. 예를 들어, 액체는 음료, 예컨대 인간 또는 동물 소비용 음료이다. 예를 들어, 음료는 가축 음료, 예를 들어 가금류 음료 (즉, 가금류, 예컨대 닭에 의한 소비를 위한 음료)이다.
한 예에서, 조성물은 인간 또는 동물에 의한 소비를 위한 식이 (예를 들어, 식이 보충제) 조성물이다. 한 예에서, 조성물은 인간 또는 동물에 의한 소비를 위한 슬리밍 조성물이다. 한 예에서, 조성물은 인간 또는 동물에 의한 소비를 위한 성장 촉진 조성물이다. 한 예에서, 조성물은 인간에 의한 소비를 위한 신체 구축 조성물이다. 한 예에서, 조성물은 인간 또는 동물에 의한 소비를 위한 프로바이오틱 조성물이다. 한 예에서, 조성물은 인간 또는 동물에 의한 소비를 위한 살생물 조성물이다. 한 예에서, 조성물은 인간 또는 동물에 의한 소비를 위한 농약 조성물이다. 한 예에서, 조성물은 동물에 의한 소비를 위한 인수공통전염병 방제 조성물이다.
한 예에서, 조성물은 담체 세포에 더하여 비타민을 포함한다. 한 예에서, 조성물은 담체 세포에 더하여 비타민 A, B (예를 들어, B12), C, D, E 및/또는 K를 포함한다. 한 예에서, 조성물은 담체 세포에 더하여 지질을 포함한다. 한 예에서, 조성물은 담체 세포에 더하여 탄수화물을 포함한다. 한 예에서, 조성물은 담체 세포에 더하여 단백질 및/또는 아미노산을 포함한다. 한 예에서, 조성물은 담체 세포에 더하여 미네랄을 포함한다. 한 예에서, 조성물은 담체 세포에 더하여 금속 이온 (예를 들어, Mg2+, Cu2+ 및/또는 Zn2+)을 포함한다. 한 예에서, 조성물은 나트륨 이온, 칼륨 이온, 마그네슘 이온, 칼슘 이온, 망간 이온, 철 이온, 코발트 이온, 구리 이온, 아연 이온 및/또는 몰리브데넘 이온을 포함한다
한 예에서, 조성물은 식물 비료 조성물이다. 한 예에서, 조성물은 제초제이다. 한 예에서, 조성물은 식물에 적용하기 위한 농약 조성물이다.
임의의 실시양태 또는 예에서, 적절한 경우: 식물은 예를 들어 작물 식물이다. 식물은 예를 들어 밀이다. 식물은 예를 들어 옥수수이다. 식물은 예를 들어 메이즈이다. 식물은 예를 들어 결실 식물이다. 식물은 예를 들어 채소 식물이다. 식물은 예를 들어 토마토 식물이다. 식물은 예를 들어 감자 식물이다. 식물은 예를 들어 잔디 식물이다. 식물은 예를 들어 현화 식물이다. 식물은 예를 들어 나무이다. 식물은 예를 들어 관목이다.
한 예에서, 조성물은 환경 적용을 위한 것이며, 여기서 환경은 옥외 환경이다 (예를 들어, 들판 또는 수로 또는 저장소에 적용).
한 예에서, 조성물은 식품 또는 식품 성분 (예를 들어, 인간 또는 동물 소비용)에 의해 포함된다. 한 예에서, 조성물은 음료 또는 음료 성분 (예를 들어, 인간 또는 동물 소비용)에 의해 포함된다.
한 예에서 표적 세포(들)는 인간 생물막 세포이고, 예를 들어 여기서 생물막은 장, 피부, 폐, 눈, 코, 귀, 위장관 (GI 관), 위, 모발, 신장, 요도, 세기관지, 구강, 입, 간, 심장, 항문, 직장, 방광, 장, 창자, 음경, 질 또는 음낭 생물막이다. 한 예에서 표적 세포(들)는 동물 생물막 세포이고, 예를 들어 여기서 생물막은 장, 피부, 폐, 눈, 코, 귀, 위장관 (GI 관), 맹장, 공장, 회장, 결장, 위, 모발, 깃털, 비늘, 신장, 요도, 세기관지, 구강, 입, 간, 비장, 심장, 항문, 직장, 방광, 장, 창자, 음경, 질 또는 음낭 생물막이다. 예를 들어, 생물막은 조류 (예를 들어, 닭) 맹장 생물막이다. 예를 들어, 생물막은 조류 (예를 들어, 닭) 위장관 (GI 관), 맹장, 공장, 회장, 결장 또는 위 생물막이다.
한 예에서, 본원의 임의의 방법은 생체외이다. 한 예에서, 본원의 방법은 생체내이다. 한 예에서, 본원의 방법은 시험관내이다. 한 예에서, 본원의 방법은 환경, 예를 들어 가정 (예컨대 집), 산업 (예컨대 공장) 또는 농업 환경 (예컨대 밭)에서 수행된다. 한 예에서, 본원의 방법은 컨테이너 내에서 또는 상에서; 또는 표면 상에서 수행된다.
한 예에서 각각의 플라스미드는 표적 세포에서 프로토스페이서 커팅을 수행하도록 작동가능한 CRISPR/Cas 시스템의 하나 이상의 성분을 포함한다 (예를 들어, 여기서 프로토스페이서는 표적 세포에서 NSI에 의해 코딩된 crRNA 또는 gRNA와 혼성화할 수 있는 10-20, 10-30, 10-40, 10-100, 12-15 또는 12-20개의 연속 뉴클레오티드를 포함함). 예를 들어, 시스템은 유형 I, II, III, IV 또는 V CRISPR/Cas 시스템이다.
한 예에서, 상기 또는 각각의 플라스미드는 Cas9 (및 임의로 제2의 상이한 Cas, 예컨대 Cas3, Cas9, Cpf1, Cas13a, Cas13b 또는 Cas10); 및/또는 Cas3 (및 임의로 제2의 상이한 Cas, 예컨대 Cas3, Cas9, Cpf1, Cas13a, Cas13b 또는 Cas10)을 코딩한다. 한 예에서, 상기 또는 각각의 플라스미드는 Cas3, Cas9, Cpf1, Cas13a, Cas13b 및 Cas10로부터 선택된 Cas를 코딩한다. 추가적으로 또는 대안적으로, 플라스미드는 가이드 RNA 또는 crRNA 또는 tracrRNA를 코딩한다. 예를 들어, 가이드 RNA 또는 crRNA 또는 tracrRNA는 제1 Cas와 동족이다 (즉, 표적 세포에서 작동가능함).
한 예에서, 본원에서 Cas는 Cas9이다. 한 예에서, 본원에서 Cas는 Cas3이다. Cas는 표적 박테리아에 의해 코딩된 Cas와 동일할 수 있다.
한 실시양태에서, 각각의 플라스미드는 셔틀 벡터이다.
임의로, 표적 세포는 플라스미드, 예를 들어 표적 세포에서 기능적이고 표적 세포에 독성이 있는 외인성 CRISPR/Cas 시스템의 성분을 포함하는 플라스미드가 내부로 전달되기 전에 기능적 내인성 CRISPR/Cas 시스템이 결여되어 있다. 한 실시양태는 의학적 용도를 위해 인간 또는 동물 대상체에게 투여하기 위한, 본 발명의 복수의 담체 세포를 포함하는 항박테리아 조성물을 제공하며, 여기서 각각의 표적 세포는 임의로 이 단락에 따른다.
한 예에서, 본 발명의 조성물은 제초제, 농약, 살곤충제, 식물 비료 또는 세정제이다.
임의로, 본원에서 표적 박테리아는 대상체의 마이크로바이옴, 예를 들어 장내 마이크로바이옴에 의해 포함된다. 대안적으로, 마이크로바이옴은 피부, 두피, 모발, 눈, 귀, 구강, 인후, 폐, 혈액, 직장, 항문, 질, 음낭, 음경, 코 또는 혀 마이크로바이옴이다.
한 예에서 대상체 (예를 들어, 인간 또는 동물)는 담체 세포 투여와 동시에 또는 순차적으로 의약을 추가로 투여받는다. 한 예에서, 의약은 항생제, 항체, 면역 체크포인트 억제제 (예를 들어, 항-PD-1, 항-PD-L1 또는 항-CTLA4 항체), 입양 세포 요법 (예를 들어, CAR-T 요법) 또는 백신이다.
한 실시양태에서, 플라스미드는 가이드된 뉴클레아제, 예컨대 Cas 뉴클레아제, TALEN, 아연 핑거 뉴클레아제 또는 메가뉴클레아제를 코딩한다. 따라서, 독성제는 가이드된 뉴클레아제, 예컨대 Cas 뉴클레아제, TALEN, 아연 핑거 뉴클레아제 또는 메가뉴클레아제를 포함할 수 있다. 임의로, 플라스미드는 표적 세포의 염색체를 커팅할 수 있는 제한 뉴클레아제를 코딩한다.
임의로, 조성물은 인간 또는 동물 대상체에 대해 시행되는 의약에 사용하기 위한 제약 조성물이다
한 예에서, 동물은 가축 또는 반려 애완 동물 (예를 들어, 소, 돼지, 염소, 양, 말, 개, 고양이 또는 토끼)이다. 한 예에서, 동물은 곤충 (그의 수명 주기의 임의의 단계에 있는 곤충, 예를 들어 알, 유충 또는 번데기)이다. 한 예에서, 동물은 원생동물이다. 한 예에서, 동물은 두족류이다.
임의로, 조성물은 제초제, 농약, 식품 또는 음료 가공제, 식품 또는 음료 첨가제, 석유화학 또는 연료 가공제, 정수제, 화장품 첨가제, 세제 첨가제 또는 환경 (예를 들어, 토양) 첨가제 또는 세정제이다.
예를 들어 담체 박테리아는 락토바실루스 (예를 들어, 엘 루테리(L reuteri) 또는 엘 락티스(L lactis)), 이 콜라이, 바실루스 또는 스트렙토코쿠스 (예를 들어, 에스 써모필루스) 박테리아이다. 유용하게는, 담체는 주변 환경으로부터 플라스미드의 보호를 제공할 수 있다. 담체의 사용은 경구 투여, 또는 담체가 대상체의 산성 위 또는 다른 가혹한 환경으로부터 플라스미드의 보호를 제공할 수 있는 다른 경로에 유용할 수 있다. 더욱이, 담체는 음료, 예를 들어 프로바이오틱 드링크, 예를 들어 개조된 야쿠르트(Yakult) (상표), 액티멜(Actimel) (상표), 케비타(Kevita) (상표), 액티비아(Activia) (상표), 자로우(Jarrow) (상표) 또는 인간 소비용 유사한 드링크로 제제화될 수 있다.
임의로, 담체 세포(들) 또는 조성물은 플라스미드의 작용제 또는 발현 산물을 사용하여 표적 박테리아를 사멸시키는 것을 포함하는, 의학적 용도를 위해 인간 또는 동물 대상체에게 투여하기 위한 것이며, 여기서 표적 박테리아는 대상체에서 질환 또는 병태를 매개한다. 한 예에서, 대상체가 인간인 경우, 대상체는 배아가 아니다. 한 예에서, 담체 세포는 대상체에서 프로바이오틱이다.
임의로, 환경은 토양의 마이크로바이옴; 식물, 부분의 일부 (예를 들어, 잎, 과일, 채소 또는 꽃) 또는 식물 산물 (예를 들어, 과육); 물; 수로; 유체; 식료품 또는 그의 성분; 음료 또는 그의 성분; 의료 장치; 화장품; 세제; 혈액; 체액; 의학적 장치; 산업용 장치; 석유 굴착 장치; 석유화학 공정, 저장 또는 운송 장치; 비히클 또는 컨테이너이다.
임의로, 환경은 조성물을 투여받은 인간 또는 동물 대상체의 생체외 체액 (예를 들어, 소변, 혈액, 혈액 산물, 땀, 눈물, 가래 또는 침), 신체 고형물 (예를 들어, 분변) 또는 조직이다.
임의로, 환경은 조성물을 투여받은 인간 또는 동물 대상체의 생체내 체액 (예를 들어, 소변, 혈액, 혈액 산물, 땀, 눈물, 가래 또는 침), 신체 고형물 (예를 들어, 분변) 또는 조직이다.
한 실시양태에서, 플라스미드는 파지미드 또는 클로닝 벡터 (예를 들어, 셔틀 벡터, 예를 들어 pUC 벡터)이다.
임의로, 항박테리아제는 CRISPR/Cas 시스템의 하나 이상의 성분, 예를 들어 유형 I 캐스케이드 (예를 들어, CasA)의 하나 이상의 성분을 코딩하는 DNA 서열을 포함한다.
임의로, 작용제는 가이드된 뉴클레아제, 예컨대 Cas 뉴클레아제, TALEN, 아연 핑거 뉴클레아제 또는 메가뉴클레아제를 코딩하는 DNA 서열을 포함한다.
한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 의료 컨테이너, 예를 들어 주사기, 바이알, IV 백, 흡입기, 점안기 또는 네뷸라이저에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 멸균 컨테이너에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 의학적으로-호환성인 컨테이너에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 발효 컨테이너, 예를 들어 금속, 유리 또는 플라스틱 컨테이너에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 농업 장치에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 식품 생산 또는 가공 장치에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 원예 장치에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 사육 장치에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 석유화학제품 회수 또는 가공 장치에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 증류 장치에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 세포 배양 컨테이너 (예를 들어, 적어도 50, 100, 1000, 10000 또는 100000 리터의 용량을 가짐)에 의해 포함된다. 추가적으로 또는 대안적으로, 표적 세포(들)는 이들 장치 등 중 임의의 것에 의해 포함된다.
한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 예를 들어 의약을 경구, IV, 피하, 비강내, 안내, 질, 국소, 직장 또는 흡입 투여에 의해 인간 또는 동물 대상체에게 투여하기 위한 사용설명서를 갖는 패키징 라벨 또는 지침과 조합하여 의약에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 경구 의약 제제에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 비강내 또는 안구 의약 제제에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 개인 위생 조성물 (예를 들어, 샴푸, 비누 또는 탈취제) 또는 화장품 제제에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 세제 제제에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 예를 들어 의료용 또는 산업용 디바이스 또는 장치를 세정하기 위한 세정 제제에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 식료품, 식료품 성분 또는 식료품 가공제에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 음료, 음료 성분 또는 음료 가공제에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 의료용 붕대, 직물, 석고 또는 면봉에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 제초제 또는 농약에 의해 포함된다. 한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 살곤충제에 의해 포함된다.
한 예에서, CRISPR/Cas 성분(들)은 유형 I CRISPR/Cas 시스템의 성분(들)이다. 한 예에서, CRISPR/Cas 성분 (들)은 유형 II CRISPR/Cas 시스템의 성분(들)이다. 한 예에서, CRISPR/Cas 성분(들)은 유형 III CRISPR/Cas 시스템의 성분(들)이다. 한 예에서, CRISPR/Cas 성분(들)은 유형 IV CRISPR/Cas 시스템의 성분(들)이다. 한 예에서, CRISPR/Cas 성분(들)은 유형 V CRISPR/Cas 시스템의 성분(들)이다. 한 예에서, CRISPR/Cas 성분(들)은 Cas9-코딩 뉴클레오티드 서열 (예를 들어, 에스 피오게네스(S pyogenes) Cas9, 에스 아우레우스 Cas9 또는 에스 써모필루스 Cas9)을 포함한다. 한 예에서, CRISPR/Cas 성분(들)은 Cas3-코딩 뉴클레오티드 서열 (예를 들어, 이 콜라이 Cas3, 씨 디피실레(C dificile) Cas3 또는 살모넬라 Cas3)을 포함한다. 한 예에서, CRISPR/Cas 성분(들)은 Cpf-코딩 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 한 예에서, CRISPR/Cas 성분(들)은 CasX-코딩 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 한 예에서, CRISPR/Cas 성분(들)은 CasY-코딩 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
한 예에서, 각각의 담체 세포는 표적 박테리아에서 작동가능한 프로모터를 포함하는 뉴클레오티드 서열 (NSI)로부터 CRISPR/Cas 성분을 코딩한다.
임의로, 표적 박테리아는 그람 음성 박테리아 (예를 들어, 스피릴라(spirilla) 또는 비브리오(vibrio))이다. 임의로, 표적 박테리아는 그람 양성 박테리아이다. 임의로, 표적 박테리아는 미코플라스마, 클라미디아에, 스피로헤타 또는 미코박테리움 박테리아이다. 임의로, 표적 박테리아는 스트렙토코쿠스 (예를 들어, 피오게네스 또는 써모필루스)이다. 임의로, 표적 박테리아는 스타필로코쿠스 (예를 들어, 아우레우스, 예를 들어 MRSA)이다. 임의로, 표적 박테리아는 이. 콜라이 (예를 들어, O157: H7)이고, 예를 들어 여기서 Cas는 벡터에 의해 코딩되거나, 내인성 표적 세포 Cas 뉴클레아제 (예를 들어, Cas3) 활성은 탈억제된다. 임의로, 표적 박테리아는 슈도모나스 (예를 들어, 시링가에 또는 아에루기노사)이다. 임의로, 표적 박테리아는 비브리오 (예를 들어, 콜레라에(cholerae) (예를 들어, O139) 또는 불니피쿠스(vulnificus))이다. 임의로, 표적 박테리아는 나이세리아(Neisseria) (예를 들어, 고노로에아에(gonnorrhoeae) 또는 메닝기티디스(meningitidis))이다. 임의로, 표적 박테리아는 보르데텔라(Bordetella) (예를 들어, 페르투시스)이다. 임의로, 표적 박테리아는 헤모필루스(Haemophilus) (예를 들어, 인플루엔자에)이다. 임의로, 표적 박테리아는 시겔라(Shigella) (예를 들어, 디센테리아에(dysenteriae))이다. 임의로, 표적 박테리아는 브루셀라 (예를 들어, 아보르투스)이다. 임의로, 표적 박테리아는 프란시셀라(Francisella) 숙주이다. 임의로, 표적 박테리아는 크산토모나스이다. 임의로, 표적 박테리아는 아그로박테리움(Agrobacterium)이다. 임의로, 표적 박테리아는 에르위니아이다. 임의로, 표적 박테리아는 레지오넬라(Legionella) (예를 들어, 뉴모필라(pneumophila))이다. 임의로, 표적 박테리아는 리스테리아(Listeria) (예를 들어, 모노시토게네스(monocytogenes))이다. 임의로, 표적 박테리아는 캄필로박터 (예를 들어, 제주니)이다. 임의로, 표적 박테리아는 예르시니아(Yersinia) (예를 들어, 페스티스(pestis))이다. 임의로, 표적 박테리아는 보렐리아(Borelia) (예를 들어, 부르그도르페리(burgdorferi))이다. 임의로, 표적 박테리아는 헬리코박터 (예를 들어, 필로리)이다. 임의로, 표적 박테리아는 클로스트리디움 (예를 들어, 디피실레 또는 보툴리눔)이다. 임의로, 표적 박테리아는 에를리키아(Erlichia) (예를 들어, 차페엔시스(chaffeensis))이다. 임의로, 표적 박테리아는 살모넬라 (예를 들어, 티피 또는 엔테리카, 예를 들어 혈청형 티피뮤리움, 예를 들어 DT 104)이다. 임의로, 표적 박테리아는 클라미디아 (예를 들어, 뉴모니아에)이다. 임의로, 표적 박테리아는 파라클라미디아(Parachlamydia) 숙주이다. 임의로, 표적 박테리아는 코리네박테리움 (예를 들어, 아미코라툼(amycolatum))이다. 임의로, 표적 박테리아는 클렙시엘라 (예를 들어, 뉴모니아에) 이다. 임의로, 표적 박테리아는 엔테로코쿠스 (예를 들어, 파에칼리스 또는 파에심, 예를 들어 리네졸리드-내성)이다. 임의로, 표적 박테리아는 아시네토박터 (예를 들어, 바우만니이, 예를 들어 다중 약물 내성)이다.
표적 세포의 추가 예는 하기와 같다:-
1. 임의로 표적 박테리아는 예를 들어 메티실린, 반코마이신, 리네졸리드, 답토마이신, 퀴누프리스틴, 달포프프리스틴 및 테이코플라닌으로부터 선택된 항생제에 내성인 스타필로코쿠스 아우레우스 세포이다.
2. 임의로 표적 박테리아는 예를 들어 세팔로스포린 (예를 들어, 세프타지딤), 카르바페넴 (예를 들어, 이미페넴 또는 메로페넴), 플루오로퀴놀론, 아미노글리코시드 (예를 들어, 겐타마이신 또는 토브라마이신) 및 콜리스틴으로부터 선택된 항생제에 내성인 슈도모나스 아에루기노사 세포이다.
3. 임의로 표적 박테리아는 예를 들어 카르바페넴에 내성인 클렙시시엘라 (예를 들어, 뉴모니아에) 세포이다.
4. 임의로 표적 박테리아는 예를 들어 에리트로마이신, 클린다마이신, 베타-락탐, 마크롤라이드, 아목시실린, 아지트로마이신 및 페니실린으로부터 선택된 항생제에 내성인 스트렙토코쿠스 (예를 들어, 써모필루스, 뉴모니아에 또는 피오게네스) 세포이다.
5. 임의로 표적 박테리아는 예를 들어 세프트리악손, 아지트로마이신 및 시프로플록사신으로부터 선택된 항생제에 내성인 살모넬라 (예를 들어, 혈청형 티피) 세포이다.
6. 임의로 표적 박테리아는 예를 들어 시프로플록사신 및 아지트로마이신으로부터 선택된 항생제에 내성인 시겔라 세포이다.
7. 임의로 표적 박테리아는 예를 들어 이소니아지드 (INH), 리팜피신 (RMP), 플루오로퀴놀론, 아미카신, 카나마이신 및 카프레오마이신 및 아지트로마이신으로부터 선택된 항생제에 내성인 미코박테리움 투베르쿨로시스(Mycobacterium tuberculosis) 세포이다.
8. 임의로 표적 박테리아는 예를 들어 반코마이신에 내성인 엔테로코쿠스 세포이다.
9. 임의로 표적 박테리아는 예를 들어 세팔로스포린 및 카르바페넴으로부터 선택된 항생제에 내성인 엔테로박테리아세아에 세포이다.
10. 임의로 표적 박테리아는 예를 들어 트리메토프림, 이트로푸란토인, 세팔렉신 및 아목시실린으로부터 선택된 항생제에 내성인 이. 콜라이 세포이다.
11. 임의로 표적 박테리아는 예를 들어 플루오로퀴놀론 항생제 및 카르바페넴으로부터 선택된 항생제에 내성인 클로스트리디움 (예를 들어, 디피실레) 세포이다.
12. 임의로 표적 박테리아는 예를 들어 세픽심 (예를 들어, 경구 세팔로스포린), 세프트리악손 (주사가능한 세팔로스포린), 아지트로마이신 및 테트라사이클린으로부터 선택된 항생제에 내성인 나이세리아 고노로에아 세포이다.
13. 임의로 표적 박테리아는 예를 들어 베타-락탐, 메로페넴 및 카르바페넴으로부터 선택된 항생제에 내성인 아시네토박터 바우만니이 세포이다.
14. 임의로 표적 박테리아는 예를 들어 시프로플록사신 및 아지트로마이신으로부터 선택된 항생제에 내성인 캄필로박터 (예를 들어, 제주니) 세포이다.
15. 임의로, 표적 세포(들)는 베타 (β)-락타마제 (예를 들어, ESBL-생산 이. 콜라이 또는 ESBL-생산 클렙시엘라)를 생산한다.
16. 임의로, 표적 세포(들)는 예 1 내지 14 중 어느 하나에 언급된 항생제에 내성인 박테리아 세포이다.
한 예에서, 표적 세포(들)는 시겔라, 이 콜라이, 살모넬라, 세라티아, 클렙시엘라, 예르시니아, 슈도모나스 및 엔테로박터로부터 선택된 종의 세포이다.
임의로, 조성물은 각각 또는 조합하여 시겔라, 이 콜라이, 살모넬라, 세라티아, 클렙시엘라, 예르시니아, 슈도모나스 및 엔테로박터 중 둘 이상으로부터 선택된 종의 표적 세포로의 제1 DNA의 접합성 전달이 가능한 담체 세포를 포함한다.
한 예에서, 표적 세포의 성장 또는 증식의 감소는 적어도 50, 60, 70, 80, 90 또는 95%이다. 임의로, 조성물 또는 담체 세포(들)는 표적 세포에 독성이 있는 항생제와 동시에 또는 순차적으로 투여된다. 예를 들어, 항생제는 본원에 개시된 임의의 항생제일 수 있다.
임의로, 상기 작용제의 발현은 표적 세포에서 작동가능한 유도성 프로모터의 제어 하에 있다. 임의로, 상기 작용제의 발현은 표적 세포에서 작동가능한 구성적 프로모터의 제어 하에 있다.
실시양태에서, 플라스미드는 스크리닝가능한 또는 선택가능한 마커 유전자를 함유한다. 예를 들어, 선택가능한 마커 유전자는 항생제 내성 유전자이다.
담체 박테리아는 다음과 같은 종 또는 속의 박테리아일 수 있다. 예를 들어, 종은 온혈 동물 (예를 들어, 가축 척추동물)에서 발견된다. 예를 들어, 종은 인간에서 발견된다. 예를 들어, 종은 식물에서 발견된다. 바람직하게는, 인간 또는 동물 신체의 비멸균 부분 (예를 들어, 피부, 소화관, 비뇨생식기 영역, 입, 비강, 인후 및 상기도, 귀 및 눈)을 콜로니화하는 비병원성 박테리아가 담체 세포로 활용되고, 한 예에서 본 발명의 방법론은 인간 또는 동물의 신체의 이러한 일부의 표적 세포 박테리아 감염을 퇴치하는데 사용된다. 또 다른 실시양태에서, 감염은 전신 감염이다. 특히 바람직한 담체 박테리아 종의 예는 하기를 포함하나 이에 제한되지는 않는다: 에스케리키아 콜라이의 비병원성 균주 (이. 콜라이 F18, S17 및 이. 콜라이 균주 니슬), 락토바실루스의 다양한 종 (예컨대 엘. 카세이(L. casei), 엘. 플란타룸(L. plantarum), 엘. 파라카세이(L. paracasei), 엘. 아시도필루스(L. acidophilus), 엘. 퍼멘툼(L. fermentum), 엘. 제아에(L. zeae) 및 엘. 가세리(L. gasseri)), 또는 다른 비병원성 또는 프로바이오틱 피부- 또는 GI 콜로니화 박테리아, 예컨대 락토코쿠스(Lactococcus), 비피도박테리아(Bifidobacteria), 유박테리아(Eubacteria), 및 박테리아 미니-세포 (사멸될 운명이지만 여전히 플라스미드를 전달할 수 있는 비뉴클레오이드 세포) (참조; 예를 들어, 문헌 [Adler et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 57; 321-326, 1970]; [Frazer and Curtiss III, Current Topics in Microbiology and Immunology 69: 1-84, 1975]; 미국 특허 번호 4,968,619 (Curtiss III)). 일부 실시양태에서, 표적 수용자 세포는 인간, 동물 또는 식물 (예를 들어 피부 상에서 또는 소화관, 비뇨생식기 영역, 입, 비강, 인후 및 상기도, 눈(들) 및 귀(들) 내에서)에 의해 포함된 병원성 박테리아이다. 표적화 및 박멸에 대한 특히 관심은 슈도모나스 아에루기노사, 에스케리키아 콜라이, 스타필로코쿠스 뉴모니아에(Staphylococcus pneumoniae) 및 기타 종, 엔테로박터 종, 엔테로코쿠스 종 및 미코박테리움 투베르쿨로시스의 병원성 균주이다.
본 발명은 광범위한 설정 또는 환경, 예를 들어 미국 특허 6,271,359, 6,261,842, 6,221,582, 6,153,381, 6,106,854, 및 5,627,275에 기재된 것들을 포함하나 이에 제한되지는 않는 치료, 농업 또는 다른 설정에서의 용도를 발견한다. 다른 것들은 또한 본원에서 논의되고, 또 다른 것들은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 용이하게 명백할 것이다.
단일 담체 박테리아 균주가 하나 초과의 유형의 이러한 플라스미드를 보유할 수 있다 (예를 들어, 이들이 코딩하는 항박테리아제가 상이함). 또한, 또 다른 예에서, 각각 하나 이상의 이러한 플라스미드를 함유하는 2개 이상의 상이한 담체 박테리아 균주는 다중-표적 효과를 위해, 즉, 2개 이상의 상이한 표적 종 또는 균주를 사멸시키기 위해, 또는 표적 세포의 동일한 종 또는 균주의 세포를 사멸시키기 위해 조합될 수 있다.
본 발명은 인간의 치료 및 다양한 수의학, 농경학, 원예 및 식품 가공 적용에 대한 유용성을 발견한다. 인간 및 수의학적 사용을 위해, 그리고 보호를 위해 표적화된 세포 집단 또는 조직에 따라, 본 발명의 담체 박테리아의 하기 투여 방식이 고려된다: 국소, 경구, 코, 안구, 귀, 폐 (예를 들어, 흡입기를 통해), 안과, 직장, 비뇨 생식기, 피하, 복강내 및 정맥내. 박테리아는 치료될 환자에 대해 선택된 투여 방식에 적합한 전달 비히클에서 제약 조성물로서 공급될 수 있다. 본원에서 사용된 바와 같은 용어 "환자" 또는 "대상체"는 인간 또는 동물 (예를 들어 특정 공여자 균주의 임상적 효능에 대한 모델로서 특히 유용한 동물 또는 사육된 또는 가축 동물)을 지칭할 수 있다. 상업적으로 관련된 동물은 닭, 칠면조, 오리, 메기, 연어, 대구, 청어, 랍스터, 새우, 프론, 소, 양, 염소, 돼지, 염소, 거위 또는 토끼이다.
예를 들어, 담체 박테리아를 위장관 또는 비강으로 전달하기 위해, 바람직한 투여 방식은 경구 섭취 또는 비강 에어로졸, 또는 섭식에 의한 것일 수 있다 (단독으로 또는 대상체의 사료 또는 식품 및/또는 음료, 예컨대 음용수에 혼입됨). 이와 관련하여, 담체 세포는 가축 (또는 사육된 또는 반려 동물)의 식품에 의해 포함될 수 있고, 예를 들어 담체 박테리아는 가축용 사료 첨가제에 의해 포함된다. 대안적으로, 첨가제는 가축용 음료 (예를 들어, 물) 첨가제이다. 프로바이오틱 박테리아, 예컨대 락토바실루스 아시도필루스는 박테리아 세포의 동결건조된 혼합물 및 고체 지지체, 예컨대 만니톨을 함유하는 젤 캡슐로 판매된다는 점에 유의해야 한다. 젤 캡슐이 액체와 함께 섭취되는 경우, 동결건조된 세포가 재수화되고 생존가능한 결장생성 박테리아가 된다. 따라서, 유사한 방식으로, 본 발명의 담체 박테리아 세포는 젤 캡슐 내의 분말화된 동결건조된 제제로서, 또는 예를 들어 식품 또는 음료에 살포하기 위한 벌크로 공급될 수 있다. 그 후, 재수화된 생존가능한 박테리아 세포는 상 부 및/또는 하부 위장 시스템 전체에 걸쳐 부위를 집단화 및/또는 콜로니화할 것이고, 그 후 표적 박테리아와 접촉하게 된다.
국소 적용을 위해, 담체 박테리아는 영향을 받는 피부 표면에 확산될 연고 또는 크림으로 제제화될 수 있다. 연고 또는 크림 제제는 또한 다른 표준 제제, 예컨대 좌약과 함께 직장 또는 질 전달에 적합하다. 국소, 질 또는 직장 투여를 위한 적절한 제제는 의약 화학자에게 널리 공지되어 있다.
본 발명은 다양한 박테리아 감염 또는 박테리아와 관련된 바람직하지 않은 상태를 치료하기 위한 국소 또는 점막 투여에 특히 유용할 것이다. 이들 용도의 일부 대표적인 예는 (1) 헤모필루스 종에 의해 유발된 결막염, 및 슈도모나스 아에루기노사에 의해 유발된 각막 궤양; (2) 슈도모나스 아에루기노사에 의해 유발된 외이도염; (3) 많은 그람-양성 구균 및 그람-음성 간균에 의해 유발된 만성 부비동염, 또는 기관지의 일반적인 오염제거; (4) 슈도모나스 아에루기노사와 연관된 낭포성 섬유증; (5) 헬리코박터 필로리 (예를 들어, 위 궤양 치료 또는 예방 을 위해), 에스케리키아 콜라이, 살모넬라 티피뮤리움, 캄필로박터 또는 시겔라 종에 의해 유발된 장염; (6) 예를 들어 예방적 조치로서 외과적 또는 비-외과적 개방 상처; (7) 슈도모나스 아에루기노사 또는 다른 그람-음성 병원체를 제거하기 위한 화상; (8) 여드름, 예를 들어 프로피오노박터 아크네스에 의해 유발된 여드름; (9) 코 또는 피부 감염 (예를 들어, 메티실린 내성 스타필로코쿠스 아우레우스 (MSRA)에 의해 유발됨); (10) 체취 (예를 들어, 그람-양성 혐기성 박테리아에 의해 유발됨) (즉, 탈취제에서 담체 세포의 사용); (11) 박테리아성 질증 (예를 들어, 가르드네렐라 바기날리스 또는 다른 혐기성 생물과 연관됨); 및 (12) 다양한 유기체에 의해 유 발된 치은염 및/또는 충치의 치료를 포함한다.
한 예에서, 표적 세포는 이 콜라이 세포이고, 인간에서 치료 또는 예방될 질환 또는 병태는 자궁관 감염 또는 인공호흡기 연관 감염, 예를 들어 폐렴, 패혈증(sepsis), 패혈증(septicaemia) 또는 HUS이다.
다른 실시양태에서, 본 발명의 담체 세포는 원치않는 표적 박테리아의 제거 또는 약독화를 위한 표면 처리에서의 적용, 예를 들어 표적 박테리아를 포함하는 이러한 표면 또는 환경을 처리하는 방법에서의 용도를 발견하며, 여기서 방법은 표면 또는 환경을 본 발명의 담체 박테리아와 접촉시키는 것, 담체로부터 표적 박테리아로의 본 발명의 제1 DNA의 접합성 전달을 허용하는 것, 및 항박테리아제가 표적 세포를 사멸시키도록 허용하는 것을 포함한다. 예를 들어, 침습적 치료, 예컨대 수술, 카테터삽입 등에 사용될 수 있는 표면은 표면 상의 박테리아 오염물질에 의한 대상체의 감염을 예방하기 위해 처리될 수 있다. 본 발명의 방법 및 조성물은 수많은 표면, 물체, 물질 등 (예를 들어, 의료용 또는 응급 처치 장치, 보육 및 주방 장치 및 표면)을 처리하여 그 위의 박테리아 오염을 제어하는데 사용될 수 있는 것으로 고려된다.
담체 박테리아를 포함하는 제약 제제 또는 다른 조성물은 투여의 용이성 및 투여량의 균일성을 위해 투여량 단위 형태로 제제화될 수 있다. 본원에서 사용된 바와 같은 투여량 단위 형태는 환자 또는 식물 또는 처리를 받는 환경 또는 표면에 적절한 제약 제제의 물리적으로 분리된 단위를 지칭한다. 각 투여량은 선택된 담체와 연관하여 원하는 항박테리아 효과를 생성하도록 계산된 담체 박테리아의 양을 함유해야 한다. 적절한 투여량 단 위를 결정하기 위한 절차는 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 널리 공지되어 있다. 투여량 단위는 환자, 식물, 표면 또는 환경의 중량을 기준으로 비례적으로 증가 또는 감소될 수 있다. 병원성 표적 세포 (예를 들어, 환자의 조직에 의해 포함됨)의 박멸을 달성하기 위한 적절한 농도는 관련 기술분야에 공지된 바와 같이 투여량 농도 곡선 계산에 의해 결정될 수 있다.
본 발명의 담체 박테리아에 대한 다른 용도가 또한 고려된다. 이들은 다양한 농업, 원예, 환경 및 식품 가공 적용을 포함한다. 예를 들어, 농업 및 원예에서, 다양한 식물 병원성 박테리아는 식물 질환을 최소화하기 위해 표적화될 수 있다. 표적화에 적합한 식물 병원체의 한 예는 에르위니아 (예를 들어, 불 마름병의 원인 인자인 이 아밀로보라)이다. 절화의 시듦을 감소시키거나 방지하기 위해 유사한 전략이 사용될 수 있다. 수의학 또는 동물 사육의 경우, 본 발명의 담체 세포는 생물-부담을 감소시키거나 특정 병원성 유기체 (예를 들어, 살모넬라, 예컨대 닭, 칠면조 또는 다른 가금류에서)를 제거하기 위해 동물 사료 (닭, 돼지, 가금류, 염소, 양, 어류, 조개류 또는 소 사료)에 혼입될 수 있다. 다른 실시양태에서, 본 발명은 원치않는 또는 병원성 박테리아 (예를 들어, 고기 상의 이. 콜라이 O157:H7, 또는 해산물 상의 "비린내 냄새"의 한 원인인 프로테우스 종)를 제거하기 위해 고기 또는 다른 식품에 적용될 수 있다.
환경 유틸리티는 항박테리아제 (예를 들어, 말라리아 또는 웨스트 나일 바이러스를 전파하는 모기 방제용)에 추가로 또는 대신에 살곤충제를 전달하고 조건부로 발현하는 예를 들어 엔지니어링 담체 박테리아, 예를 들어 바실루스 투렌기엔시스 및 그의 접합성 플라스미드 중 하나를 포함한다. 이러한 적용에서, 뿐만 아니라 농업 및 원예 또는 상기 기재된 다른 적용에서, 용액, 에어로졸, 또는 젤 캡슐로서의 담체 박테리아의 제제화가 고려된다.
본원에서 사용된 바와 같은 용어 "담체 세포"는 분열 및/또는 비분열 박테리아 세포 (미니세포 및 맥시세포), 또는 조건부로 비기능적 세포를 포함할 수 있다.
한 예에서 플라스미드는 조작된 RK2 플라스미드 (즉, 재조합 DNA 기술에 의해 변형된 RK2 플라스미드 또는 이러한 변형된 플라스미드의 자손)이다. 플라스미드 RK2는 29개 (및 아마도 더 많은) 그람-음성 종에서 복제할 수 있는 무차별 플라스미드이다 (Guiney and Lanka, 1989, p 27-54. In C. M. Thomas (ed) Promiscous plasmids in gram-negative bacteria. London, Ltd London United Kingdom.). 플라스미드 RK2는 공지된 완전 뉴클레오티드 서열을 갖는 60-kb 자기-전송가능한 플라스미드이다 (Pansegrau et al., 1994, J. Mol. Biol. 239, 623-663). TrfA라고 하는 플라스미드의 Rep 단백질을 코딩하는 trfA 유전자, 및 무성생식 복제 oriV의 기원을 제외한 그의 모든 유전자가 결여되어 있는 이 큰 플라스미드로부터 유래된 최소 레플리콘이 수득되었다. RK2 복제 및 TrfA 단백질에 의한 그의 제어에 대한 검토를 위해, 문헌 [Helinski et al., 1996 (In Escherichia coli and Salmonella Cellular and Molecular Biology, Vol. 2 (ed. F. Neidhardt, et al., 2295-2324, ASM Press, Washington D.C.)]을 참조한다.
한 예에서 플라스미드는 조작된 R6K 플라스미드 (즉, 재조합 DNA 기술에 의해 변형된 R6K 플라스미드 또는 이러한 변형된 플라스미드의 자손)이다.
본 발명은 임의로 산업용 또는 가정용이거나, 이러한 용도를 위한 방법에서 사용된다. 예를 들어, 이는 농업, 오일 또는 석유 산업, 식품 또는 음료 산업, 의류 산업, 포장 산업, 전자장치 산업, 컴퓨터 산업, 환경 산업, 화학 산업, 항공우주 산업, 자동차 산업, 생명공학 산업, 의료 산업, 보건 산업, 치과학 산업, 에너지 산업, 소비재 산업, 제약 산업, 광업, 청소 산업, 임업, 어업, 레저 산업, 재활용 산업, 화장품 산업, 플라스틱 산업, 펄프 또는 제지 산업, 섬유 산업, 의류 산업, 가죽 또는 스웨이드 또는 동물 가죽 산업, 담배 산업 또는 철강 산업에서 사용되거나 이를 위한 것이다.
본 발명은 임의로 산업에서 사용하기 위한 것이거나, 환경은 산업용 환경이며, 여기서 산업은 의료 및 보건; 제약; 인간 식품; 동물 식품; 식물 비료; 음료; 낙농; 육류 가공; 농업; 가축 사육; 가금류 사육; 어패류 양식업; 수의학; 오일; 가스; 석유화학; 물 처리; 하수 처리; 포장; 전자장치 및 컴퓨터; 개인 보건 및 세면도구; 화장품; 치과; 비의료 치과; 안과; 비의료 안과; 광물 채광 및 가공; 금속 채광 및 가공; 채석; 항공; 자동차; 기차; 선박; 우주; 환경; 토양 처리; 펄프 및 제지; 의류 제조; 염료; 인쇄; 접착제; 공기 처리; 용매; 생물 방어; 비타민 보충제; 저온 저장; 섬유 레팅 및 생산; 생명공학; 화학물질; 산업용 청소 제품; 가정용 청소 제품; 비누 및 세제; 소비재; 임학; 어업; 레저; 재활용; 플라스틱; 가죽(hide), 가죽(leather) 및 스웨이드; 폐기물 관리; 장례 및 장의사업; 연료; 건물; 에너지; 철강; 및 담배 산업 분야로 이루어진 군으로부터 선택된 분야의 산업이다.
한 예에서, 플라스미드는 표적 박테리아를 표적화하는 CRISPR 어레이를 포함하고, 여기서 어레이는 표적 박테리아의 게놈을 표적화하기 위한 1 또는 2개 또는 그 초과의 상이한 스페이서 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ,10, 20, 30, 40, 50개 또는 그 초과의 스페이서)를 포함한다.
한 예에서, 표적 박테리아는 하기와 같은 환경에 의해 포함된다. 한 예에서, 환경은 인간의 마이크로바이옴, 예를 들어 구강 마이크로바이옴 또는 장내 마이크로바이옴 또는 혈류이다. 한 예에서, 환경은 인간 내의 또는 위의 환경이 아니다. 한 예에서, 환경은 비인간 동물 내의 또는 위의 환경이 아니다. 한 실시양태에서, 환경은 공기 환경이다. 한 실시양태에서, 환경은 농업 환경이다. 한 실시양태에서, 환경은 오일 또는 석유 회수 환경, 예를 들어 오일 또는 석유 필드 또는 유정이다. 한 예에서, 환경은 인간 또는 비인간 동물 소비를 위한 식료품 또는 음료 내의 또는 위의 환경이다. 한 예에서, 환경은 예를 들어 해수 내의 또는 보트 상의 해양 환경이다 (예를 들어, 선박 또는 보트 평형수).
한 예에서, 환경은 인간 또는 동물 마이크로바이옴 (예를 들어, 장, 질, 두피, 겨드랑이, 피부 또는 구강 마이 크로바이옴)이다. 한 예에서, 표적 박테리아는 인간 또는 동물 마이크로바이옴 (예를 들어, 장, 질, 두피, 겨드랑이, 피부 또는 구강 마이크로바이옴)에 의해 포함된다.
한 예에서, 본 발명의 담체 박테리아 또는 조성물은 인간 또는 비인간 동물에게 비강내로, 국소로 또는 경구로 투여되거나, 이러한 투여를 위한 것이다. 인간 또는 동물의 마이크로바이옴을 치료하는 것을 목표로 하는 통상의 기술자는 관심 마이크로바이옴에 따라 최선의 투여 경로를 결정할 수 있을 것이다. 예를 들어, 마이크로바이옴이 장내 마이크로바이옴인 경우, 투여는 비강내로 또는 경구로 수행될 수 있다. 마이크로바이옴이 두피 또는 겨드랑이 마이크로바이옴인 경우, 투여는 국소로 수행될 수 있다. 마이크로바이옴이 입 또는 인후에 있는 경우, 투여는 경구로 수행될 수 있다.
한 예에서, 환경은 음료 또는 물 (예를 들어, 수로 또는 인간 소비용 음용수) 또는 토양에 의해 보유된다. 물은 임의로 가열, 냉각 또는 산업용 시스템, 또는 음용수 저장 컨테이너에 있다.
한 예에서, 담체 및/또는 표적 박테리아는 아나에로트룬쿠스, 아세타나에로박테리움, 아세티토마쿨룸, 아세티비 브리오, 아나에로코쿠스, 아나에로필룸, 아나에로시누스, 아나에로스티페스, 아나에로보락스, 부티리비브리오, 클로스트리디움, 카프라코쿠스, 데할로박터, 디알리스터, 도레아, 엔테로코쿠스, 에탄올리게넨스, 파에칼리박테리움(Faecalibacterium,), 푸소박테리움, 그라실리박터, 구겐하이멜라, 헤스펠리아, 라크노박테리움, 라크노스피라, 락토바실루스, 류코노스톡, 메가모나스, 모리엘라, 미츠오켈라, 오리박테리움, 옥소박터, 파필리박터, 프로프리오니스피라, 슈 도부티리비브리오, 슈도라미박터, 로세부리아, 루미노코쿠스, 사르시나, 세이노넬라, 셔틀워르티아, 스포로박터, 스포로박테리움, 스트렙토코쿠스, 서브돌리그라눌룸, 신트로포코쿠스, 써모바실루스, 투리박터 및 웨이셀라로부터 선택된 피르미쿠테스(Firmicutes)이다.
한 예에서, 담체 박테리아, 조성물, 용도 또는 방법은 병원성 감염을 감소시키기 위한, 또는 장 또는 경구 생물막을 재균형화하기 위한, 예를 들어, 인간 또는 동물에서 비만 또는 질환을 치료 또는 예방하기 위한; 또는 GI 병태 (예컨대 크론병, IBD 또는 결장염)를 치료 또는 예방하기 위한 것이다. 예를 들어, DNA, 담체 박테리아, 조성물, 용도 또는 방법은 인간 또는 동물의 장 생물막 또는 식물에서, 바람직하게는 인간 또는 동물에서 살모넬라, 캄필로박터, 에르위니아, 크산토모너스, 에드워드시엘라, 슈도모나스, 클렙시엘라, 펙토박테리움, 클로스트리디움 디피실레 또는 이 콜라이 박테리아를 녹다운하기 위한 것이다.
한 예에서, 동물은 닭이고, 예를 들어 표적 박테리아는 살모넬라 또는 캄필로박터이다. 한 예에서, 동물은 어류 (예를 들어, 메기 또는 연어) 또는 조개류 (예를 들어, 프론 또는 랍스터)이고, 예를 들어 표적 박테리아는 에드워드시엘라이다. 한 예에서, 식물은 감자 식물이고, 예를 들어 표적 박테리아는 펙토박테리움이다. 한 예에서, 식물은 양배추 식물이고, 예를 들어 표적 박테리아는 크산토모너스 (예를 들어, 엑스 캄페스트리스)이다. 한 예에서, 식물은 마리화나 식물이고, 예를 들어 표적 박테리아는 슈도모나스 (예를 들어, 피 칸나비나 또는 피 아미그달리), 아그로박테리움 (예를 들어, 에이 투메파시엔스) 또는 크산토모나스 (예를 들어, 엑스 캄페스트리스)이다. 한 예에서, 식물은 대마 식물이고, 예를 들어 표적 박테리아는 슈도모나스 (예를 들어, 피 칸나비나 또는 피 아미그달리), 아그로박테리움 (예를 들어, 에이 투메파시엔스) 또는 크산토모나스 (예를 들어, 엑스 캄페스트리스)이다.
한 예에서, 질환 또는 병태는 암, 염증성 또는 자가면역 질환 또는 병태, 예를 들어 비만, 당뇨병 IBD, GI 관 상태 또는 구강 상태이다.
임의로, 환경 또는 표적 박테리아는 장 생물막, 피부 생물막, 구강 생물막, 인후 생물막, 모발 생물막, 겨드랑이, 질 생물막, 직장 생물막, 항문 생물막, 안구 생물막, 코 생물막, 혀 생물막, 폐 생물막, 간 생물막, 신장 생물막, 생식기 생물막, 음경 생물막, 음낭 생물막, 유선 생물막, 귀 생물막, 요도 생물막, 음순 생물막, 장기 생물막 또는 치과 생물막에 의해 포함된다. 임의로, 환경 또는 표적 박테리아는 식물 (예를 들어, 담배, 작물 식물, 과일 식물, 채소 식물 또는 담배, 예를 들어 식물의 표면 상에 있거나 식물에 함유됨) 또는 환경 (예를 들어, 토양 또는 물 또는 수로 또는 수성 액체)에 의해 포함된다.
한 예에서, 담체 세포(들) 또는 조성물은 동물 또는 인간에서 질환 또는 병태를 치료하기 위한 것이다 (여기서, 질환 또는 병태). 한 예에서, 질환 또는 병태는 대상체 또는 환자에 의해 포함된 표적 세포의 감염에 의해 유발 또는 매개된다. 한 예에서, 질환 또는 병태는 대상체 또는 환자에 의해 포함된 표적 세포의 감염과 연관된다. 한 예에서, 질환 또는 병태의 증상은 대상체 또는 환자에 의해 포함된 표적 세포의 감염이다.
임의로, 인간 또는 동물 대상체의 질환 또는 병태는 하기로부터 선택된다:
(a) 신경퇴행성 질환 또는 병태;
(b) 뇌 질환 또는 병태;
(c) CNS 질환 또는 병태;
(d) 기억 상실 또는 손상;
(e) 심장 또는 심혈관 질환 또는 병태, 예를 들어, 심장마비, 뇌졸중 또는 심방 세동;
(f) 간 질환 또는 병태;
(g) 신장 질환 또는 병태, 예를 들어, 만성 신장 질환 (CKD);
(h) 췌장 질환 또는 병태;
(i) 폐 질환 또는 병태, 예를 들어, 낭포성 섬유증 또는 COPD;
(j) 위장 질환 또는 병태;
(k) 인후 또는 구강 질환 또는 병태;
(l) 안구 질환 또는 병태;
(m) 생식기 질환 또는 병태, 예를 들어, 질, 음순, 음경 또는 음낭 질환 또는 병태;
(n) 성-전염성 질환 또는 병태, 예를 들어, 임질, HIV 감염, 매독 또는 클라미디아 감염;
(o) 귀 질환 또는 병태;
(p) 피부 질환 또는 병태;
(q) 심장 질환 또는 병태;
(r) 코 질환 또는 병태
(s) 혈액학적 질환 또는 병태, 예를 들어, 빈혈 예를 들어, 만성 질환 또는 암의 빈혈;
(t) 바이러스 감염;
(u) 병원성 박테리아 감염;
(v) 암;
(w) 자가면역 질환 또는 병태, 예를 들어, SLE;
(x) 염증성 질환 또는 병태, 예를 들어 류마티스 관절염, 건선, 습진, 천식, 궤양성 결장염, 결장염, 크론병 또는 IBD;
(y) 자폐증;
(z) ADHD;
(aa) 양극성 장애;
(bb) ALS [근위축성 측삭 경화증];
(cc) 골관절염;
(dd) 선천적 또는 발달적 결함 또는 병태;
(ee) 유산;
(ff) 혈액 응고 상태;
(gg) 기관지염;
(hh) 건성 또는 습성 AMD;
(ii) 신생혈관증식 (예를 들어, 종양의 또는 눈에서);
(jj) 감기;
(kk) 간질;
(ll) 섬유증, 예를 들어 간 또는 폐 섬유증;
(mm) 진균성 질환 또는 병태, 예를 들어, 아구창;
(nn) 대사 질환 또는 병태, 예를 들어 비만, 식욕부진, 당뇨병, I형 또는 II형 당뇨병.
(oo) 궤양(들), 예를 들어 위 궤양화 또는 피부 궤양화;
(pp) 건성 피부;
(qq) 쇼그렌 증후군(Sjogren's syndrome);
(rr) 시토카인 폭풍(Cytokine storm);
(ss) 난청, 청력 상실 또는 손상;
(tt) 느리거나 빠른 신진대사 (즉, 대상체의 중량, 성별 및 연령에 대한 평균보다 느리거나 빠름);
(uu) 임신 장애, 예를 들어, 불임증 또는 저출산력;
(vv) 황달;
(ww) 피부 발진;
(xx) 가와사키병(Kawasaki Disease);
(yy) 라임병(Lyme Disease);
(zz) 알레르기, 예를 들어, 견과류, 잔디, 꽃가루, 집먼지 진드기, 고양이 또는 개 털 또는 비듬 알레르기;
(aaa) 말라리아, 장티푸스열, 결핵 또는 콜레라;
(bbb) 우울증;
(ccc) 정신 지체;
(ddd) 소두증;
(eee) 영양실조;
(fff) 결막염;
(ggg) 폐렴;
(hhh) 폐 색전증;
(iii) 폐 고혈압;
(jjj) 골 장애;
(kkk) 패혈증 또는 패혈성 쇼크;
(lll) 부비동;
(mmm) 스트레스 (예를 들어, 직업적 스트레스);
(nnn) 지중해빈혈, 빈혈, 폰 빌레브란트병(von Willebrand Disease), 또는 혈우병(haemophilia);
(ooo) 대상포진 또는 구순포진;
(ppp) 월경;
(qqq) 낮은 정자 카운트.
본 발명에 의한 치료 또는 예방을 위한 신경퇴행성 또는 CNS 질환 또는 병태
한 예에서, 신경퇴행성 또는 CNS 질환 또는 병태는 알츠하이머병, 노인성 정신병, 다운 증후군, 파킨슨병, 크로 이츠펠트-야콥병, 당뇨병성 신경병증, 파킨슨 증후군, 헌팅턴병, 마카도-조셉병, 근위축성 측삭 경화증, 당뇨병성 신경병증, 및 크로이츠펠트 크로이츠펠트-야콥병으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
예를 들어, 질환은 알츠하이머병이다. 예를 들어, 질환은 파킨슨 증후군이다.
한 예에서, 여기서 본 발명의 방법은 CNS 또는 신경퇴행성 질환 또는 병태를 치료하기 위해 인간 또는 동물 대상체에서 실행되고, 방법은 대상체에서 Treg 세포의 하향조절을 유발하며, 이에 의해 맥락총을 가로질러 대상체의 뇌로의 전신 단핵구-유래 대식세포 및/또는 Treg 세포의 유입을 촉진하며, 이에 의해 질환 또는 병태 (예를 들어, 알츠하이머병)가 치료, 예방되거나 또는 그 진행이 감소된다. 한 실시양태에서 방법은 대상체의 CNS 시스템 (예를 들어, 뇌 및/또는 CSF)에서 IFN-감마의 증가를 유발한다. 한 예에서, 방법은 신경 섬유를 회복시키고/시키거나 신경 섬유 손상의 진행을 감소시킨다. 한 예에서, 방법은 신경 수초를 회복시키고/시키거나 신경 수초 손상의 진행을 감소시킨다. 한 예에서, 본 발명의 방법은 WO2015136541에 개시된 질환 또는 병태를 치료 또는 예방하고/하거나, 방법은 WO2015136541에 개시된 임의의 방법과 함께 사용될 수 있다 (이 문서의 개시내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함됨, 예를 들어 CNS 및 신경퇴행성 질환 및 병태의 치료 및/또는 예방을 수행하기 위해 대상체에게 투여될 수 있는 이러한 방법, 질환, 병태 및 잠재적인 치료제, 예를 들어 작용제, 예컨대 면역 체크포인트 억제제, 예를 들어 항-PD-1, 항-PD-L1, 항-TIM3 또는 여기에 개시된 다른 항체의 개시를 제공하기 위해).
방법에 의한 치료 또는 예방을 위한 암
치료될 수 있는 암은 혈관화되지 않거나 실질적으로 혈관화되지 않은 종양, 뿐만 아니라 혈관화된 종양을 포함한다. 암은 비-고형 종양 (예컨대 혈액학적 종양, 예를 들어 백혈병 및 림프종)을 포함할 수 있거나, 고형 종양을 포함할 수 있다. 본 발명으로 치료될 암의 유형은 암종, 모세포종 및 육종, 및 특정 백혈병 또는 림프성 악성종양, 양성 및 악성 종양, 및 악성종양 예를 들어, 육종, 암종, 및 흑색종을 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 성인 종양/암 및 소아 종양/암이 또한 포함된다.
혈액학적 암은 혈액 또는 골수의 암이다. 혈액학적 (또는 조혈성) 암의 예는 급성 백혈병 (예컨대 급성 림프구성 백혈병, 급성 골수구성 백혈병, 급성 골수혈성 백혈병 및 골수모세포, 전골수구성, 골수단핵구성, 단핵구성 및 에리트로백혈병), 만성 백혈병 (예컨대 만성 골수구성 (과립구성) 백혈병, 만성 골수혈성 백혈병, 및 만성 림프구성 백혈병)을 포함하는 백혈병, 진성 적혈구증가증, 림프종, 호지킨병, 비호지킨 림프종 (무통성 및 고도 형태), 다발성 골수종, 발덴스트롬 거대글로불린혈증, 중쇄 질환, 골수이형성 증후군, 모발 세포 백혈병 및 골수 이형성증을 포함한다.
고형 종양은 일반적으로 낭종 또는 액체 영역을 함유하지 않는 비정상적인 조직 덩어리이다. 고형 종양은 양성 또는 악성일 수 있다. 상이한 유형의 고형 종양은 이를 형성하는 세포 유형에 따라 명명된다 (예컨대, 육종, 암종 및 림프종). 고형 종양, 예컨대 육종 및 암종의 예는 섬유육종, 믹소육종, 지방육종, 연골육종, 골육종, 및 다른 육종, 윤활막종, 중피종, 유잉 종양, 평활근육종, 횡문근육종, 결장 암종, 림프성 악성종양, 췌장암, 유방암, 폐암, 난소암, 전립선암, 간세포 암종, 편평 세포 암종, 기저 세포 암종, 선암종, 땀샘 암종, 갑상선 수질 암종, 유두 갑상선 암종, 크롬친화성세포종 피지선 암종, 유두 암종, 유두 선암종, 수질 암종, 기관지 암종, 신세포 암종, 간암, 담관 암종, 융모막암종, 윌름스 종양, 자궁경부암, 고환 종양, 정상피종, 방광 암종, 흑색종, 및 CNS 종양 (예컨대, 신경교종 (예컨대 뇌간 신경교종 및 혼합 신경교종), 교모세포종 (다형성 교모세 포종으로도 공지됨) 성상세포종, CNS 림프종, 배아세포종, 수모세포종, 신경초종 두개인두종, 뇌실막종, 송과종, 혈관모세포종, 청신경종, 핍돌기신경교종, 수막종, 신경모세포종, 망막모세포종 및 뇌 전이)을 포함한다.
방법에 의한 치료 또는 예방을 위한 자가면역 질환
1. 급성 파종성 뇌척수염 (ADEM)
2. 급성 괴사성 출혈성 백질뇌염
3. 애디슨병(Addison's disease)
4. 무감마글로불린혈증
5. 원형 탈모증
6. 아밀로이드증
7. 강직성 척추염
8. 항-GBM/항-TBM 신염
9. 항인지질 증후군 (APS)
10. 자가면역 혈관부종
11. 자가면역 재생불량성 빈혈
12. 자가면역 자율신경실조증
13. 자가면역 간염
14. 자가면역 고지혈증
15. 자가면역 면역결핍
16. 자가면역 내이 질환 (AIED)
17. 자가면역 심근염
18. 자가면역 난소염
19. 자가면역 췌장염
20. 자가면역 망막병증
21. 자가면역 혈소판감소성 자반증 (ATP)
22. 자가면역 갑상선 질환
23. 자가면역 두드러기
24. 축삭 및 뉴런 신경병증
25. 발로병(Balo disease)
26. 베체트병(Behcet's disease)
27. 수포성 유천포창
28. 심근병증
29. 캐슬만병(Castleman disease)
30. 셀리악병(Celiac disease)
31. 샤가스병(Chagas disease)
32. 만성 피로 증후군
33. 만성 염증성 탈수초성 다발신경병증 (CIDP)
34. 만성 재발성 다초점성 골수염 (CRMO)
35. 처그-스트라우스 증후군(Churg-Strauss syndrome)
36. 반흔성 유천포창/양성 점막 유천포창
37. 크론병
38. 코간 증후군(Cogans syndrome)
39. 저온 응집소 질환
40. 선천적 심장 차단
41. 콕사키 심근염(Coxsackie myocarditis)
42. 크레스트병(CREST disease)
43. 본태성 혼합 한랭글로불린혈증
44. 탈수초성 신경병증
45. 포진성 피부염
46. 피부근염
47. 데빅병(Devic's disease) (시신경척수염)
48. 원판성 루푸스
49. 드레슬러 증후군(Dressler's syndrome)
50. 자궁내막증
51. 호산구성 식도염
52. 호산구성 근막염
53. 결절성 홍반
54. 실험적 알레르기성 뇌척수염
55. 에반스 증후군(Evans syndrome)
56. 섬유근육통
57. 섬유화성 폐포염
58. 거대 세포 동맥염 (측두 동맥염)
59. 거대 세포 심근염
60. 사구체신염
61. 굿패스쳐 증후군(Goodpasture's syndrome)
62. 다발혈관염 동반 육아종증 (GPA) (이전에는 베게너 육아종증(Wegener's Granulomatosis)이라고 함)
63. 그레이브스병(Graves' disease)
64. 길랑-바레 증후군(Guillain-Barre syndrome)
65. 하시모토 뇌염(Hashimoto's encephalitis)
66. 하시모토 갑상선염(Hashimoto's thyroiditis)
67. 용혈성 빈혈
68. 헤노흐-쉔라인 자반증(Henoch-Schonlein purpura)
69. 임신성 헤르페스
70. 저감마글로불린혈증
71. 특발성 혈소판감소성 자반증 (ITP)
72. IgA 신병증
73. IgG4-관련 경화성 질환
74. 면역조절 지단백질
75. 봉입체 근염
76. 간질성 방광염
77. 소아 관절염
78. 소아 당뇨병 (1형 당뇨병)
79. 소아 근염
80. 가와사키 증후군(Kawasaki syndrome)
81. 램버트-이튼 증후군(Lambert-Eaton syndrome)
82. 백혈구파괴성 혈관염
83. 편평 태선
84. 경화성 태선
85. 목질 결막염
86. 선형 IgA 질환 (LAD)
87. 루푸스 (SLE)
88. 라임병, 만성(Lyme disease, chronic)
89. 메니에르병(Meniere's disease)
90. 현미경적 다발혈관염
91. 혼합 결합 조직 질환 (MCTD)
92. 무렌 궤양(Mooren's ulcer)
93. 뮈샤-하버만병(Mucha-Habermann disease)
94. 다발성 경화증
95. 중증 근무력증
96. 근염
97. 기면증
98. 시신경척수염 (데빅 (Devic's))
99. 호중구감소증
100. 안구 반흔성 유천포창
101. 시신경염
102. 재발성 류마티즘
103. PANDAS (스트렙토코쿠스와 연관된 소아 자가면역 신경정신병 장애)
104. 부신생물 소뇌 변성
105. 발작성 야간 혈색소뇨 (PNH)
106. 패리 롬버그 증후군(Parry Romberg syndrome)
107. 파소나지-터너 증후군(Parsonnage-Turner syndrome)
108. 주변 포도막염 (말초 포도막염)
109. 천포창
110. 말초 신경병증
111. 정맥주위성 뇌척수염
112. 악성 빈혈
113. POEMS 증후군
114. 결절성 다발동맥염
115. I, II, 및 III형 자가면역 다선성 증후군
116. 류마티스성 다발성 근육통
117. 다발성 근염
118. 심근경색후 증후군
119. 심막절개후 증후군
120. 프로게스테론 피부염
121. 원발성 담즙성 간경변증
122. 원발성 경화성 담관염
123. 건선
124. 건선성 관절염
125. 특발성 폐 섬유증
126. 괴저성 농피증
127. 진성 적혈구 무형성증
128. 레이노 현상(Raynauds phenomenon)
129. 반응성 관절염
130. 반사 교감신경 이영양증
131. 라이터 증후군(Reiter's syndrome)
132. 재발성 다발연골염
133. 하지 불안 증후군
134. 후복막 섬유증
135. 류마티스 열
136. 류마티스 관절염
137. 유육종증
138. 슈미트 증후군(Schmidt syndrome)
139. 공막염
140. 피부경화증
141. 쇼그렌 증후군(Sjogren's syndrome)
142. 정자 및 고환 자가면역
143. 강직 인간 증후군
144. 아급성 박테리아성 심내막염 (SBE)
145. 수삭 증후군(Susac's syndrome)
146. 교감성 안염
147. 다카야스 동맥염(Takayasu's arteritis)
148. 측두 동맥염/거대 세포 동맥염
149. 혈소판감소성 자반증 (TTP)
150. 톨로사-헌트 증후군(Tolosa-Hunt syndrome)
151. 횡단 척수염
152. 1형 당뇨병
153. 궤양성 결장염
154. 미분화 결합 조직 질환 (UCTD)
155. 포도막염
156. 혈관염
157. 수포성 피부병
158. 백반증
159. 베게너 육아종증(Wegener's granulomatosis) (지금은 다발혈관염 동반 육아종증 (GPA)이라고 함).
방법에 의한 치료 또는 예방을 위한 염증성 질환
1. 알츠하이머
2. 강직성 척추염
3. 관절염 (골관절염, 류마티스 관절염 (RA), 건선성 관절염)
4. 천식
5. 아테롬성동맥경화증
6. 크론병
7. 결장염
8. 피부염
9. 게실염
10. 섬유근육통
11. 간염
12. 과민성 장 증후군 (IBS)
13. 전신 홍반성 루푸스 (SLE)
14. 신염
15. 파킨슨병
16. 궤양성 결장염.
예를 들어, 담체 세포를 포함하는 조성물은 동물 사료 및/또는 음료 (예를 들어, 음용수에 혼합됨)이다. 음료에 공급될 때, 시스템, 성분 또는 작용제는 담체 박테리아에 의해 포함될 수 있으며, 여기서 담체 박테리아는 음료에 1 x 103 내지 1 x 1010 (예를 들어, 1 x 104 내지 1 x 1010 ; 1 x 104 내지 1 x 109 ; 1 x 104 내지 1 x 108 ; 1 x 104 내지 1 x 107 ; 1 x 103 내지 1 x 1010 ; 1 x 103 내지 1 x 109 ; 1 x 103 내지 1 x 108 ; 1 x 103 내지 1 x 107 ; 1 x 105 내지 1 x 1010 ; 1 x 105 내지 1 x 109 ; 1 x 105 내지 1 x 108; 1 x 105 내지 1 x 107 ; 1 x 106 내지 1 x 1010 ; 1 x 106 내지 1 x 109 ; 1 x 106 내지 1 x 108 ; 또는 1 x 106 내지 1 x 107) cfu/ml의 양으로 포함된다. 음료에 공급될 때, 시스템, 성분 또는 작용제는 담체 박테리아에 의해 포함될 수 있으며, 여기서 담체 박테리아는 음료에 적어도 1 x 108 cfu/ml의 양으로 포함되며, 예를 들어, 여기서 동물은 가금류 조류, 예컨대 닭이다.
임의로, 가이드된 뉴클레아제는 본원에 개시된 임의의 가이드된 뉴클레아제, 예를 들어 Cas, TALEN, 메가뉴클레아제 또는 아연 핑거 뉴클레아제이다. 한 예에서, 성분은 동족 Cas 뉴클레아제와 표적 세포에서 작동가능한 crRNA 또는 가이드 RNA이다. Cas 뉴클레아제는 본원에 개시된 임의의 Cas 뉴클레아제일 수 있다. Cas 뉴클레아제는 표적 세포의 내인성 Cas일 수 있거나, 동물에게 투여되는 외인성 핵산에 의해 코딩될 수 있다.
본원에 기재된 특정 실시양태는 본 발명의 제한이 아니라 예시의 방식으로 표시된 것으로 이해될 것이다. 본 발명의 주요 특징은 본 발명의 범위를 벗어나지 않으면서 다양한 실시양태에서 사용될 수 있다. 관련 기술분야의 통상의 기술자는 본원에 기재된 특정 절차에 대한 수많은 등가물을 인식하거나, 단지 일상적인 연구를 사용 하여 확인할 수 있을 것이다. 이러한 등가물은 본 발명의 범위 내에 있는 것으로 고려되며, 청구범위에 포함된다. 명세서에 언급된 모든 간행물 및 특허 출원은 본 발명이 속하는 기술분야의 통상의 기술자의 기술 수준을 나타낸다. 모든 간행물 및 특허 출원 및 모든 미국 동등 특허 출원 및 특허는 각 개별 간행물 또는 특허 출원이 참조로 포함되는 것으로 구체적으로 및 개별적으로 표시된 것과 동일한 정도로 본원에 참조로 포함된다. 청구범위 및/또는 명세서에서 용어 "포함하는"과 함께 사용될 때 단어 "하나"의 사용은 "하나"를 의미할 수 있지만, 또한 "하나 이상," "적어도 하나," 및 "하나 또는 하나 초과"의 의미와 일치한다. 청구범위에서 용어 "또는"의 사용은 대안만을 지칭하거나 대안이 상호 배타적임을 명시적으로 나타내지 않는 한 "및/또는"을 의미하는데 사용되지만, 본 개시내용은 대안 및 "및/또는"만을 지칭하는 정의를 뒷받침한다. 본 출원 전체에 걸쳐, 용어 "약"은 값이 디바이스에 대한 고유한 오차 변동, 값을 결정하기 위해 사용되는 방법, 또는 연구 대상체 중에 존재하는 변동을 포함하는 것을 나타내기 위해 사용된다.
본 명세서 및 청구항(들)에서 사용된 바와 같이, 단어 "포함하는" (및 포함하는의 임의의 형태, 예컨대 "포함하다" 및 "포함한다"), "갖는" (및 갖는의 임의의 형태, 예컨대 "갖다" 및 "갖는다"), "수반하는" (및 수반하는의 임의의 형태, 예컨대 "수반한다" 및 "수반하다" 또는 "함유하는" (및 함유하는의 임의의 형태, 예컨대 "함유한 다" 및 "함유하다")은 포괄적 또는 개방적이고, 인용되지 않은 추가 요소 또는 방법 단계를 배제하지 않는다
본원에서 사용된 바와 같은 용어 "또는 이들의 조합" 또는 유사한 용어는 용어 앞에 나열된 항목의 모든 순열 및 조합을 지칭한다. 예를 들어, "A, B, C, 또는 이들의 조합"은 A, B, C, AB, AC, BC 또는 ABC 중 적어도 하나, 및 특정 문맥에서 순서가 중요한 경우, 또한 BA, CA, CB, CBA, BCA, ACB, BAC 또는 CAB를 포함하는 것으로 의도된다. 이 예에 계속하여, 하나 이상의 항목 또는 용어의 반복을 함유하는 조합, 예컨대 BB, AAA, MB, BBC, AAABCCCC, CBBAAA, CABABB 등이 명시적으로 포함된다. 관련 기술분야의 통상의 기술자는 문맥에서 달리 명백하지 않는 한, 전형적으로 임의의 조합에서 항목 또는 용어의 수에 제한이 없음을 이해할 것이다.
본 개시내용의 임의의 부분은 문맥에서 달리 명백하지 않는 한, 본 개시내용의 임의의 다른 부분과 조합하여 판독될 수 있다.
본원에 개시되고 청구된 모든 조성물 및/또는 방법은 본 개시내용에 비추어 과도한 실험 없이 제조 및 실행될 수 있다. 본 발명의 조성물 및 방법이 바람직한 실시양태의 면에서 설명되었지만, 변동이 본 발명의 개념, 사상 및 범위에서 벗어나지 않으면서 조성물 및/또는 방법에 및 본원에 기재된 방법의 단계 또는 단계의 순서에 적용될 수 있음이 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 명백할 것이다. 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 명백한 이러한 모든 유사한 치환물 및 변형은 첨부된 청구범위에 의해 정의된 바와 같은 본 발명의 사상, 범위 및 개념 내에 있는 것으로 간주된다.
실시예
실시예에 사용된 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 DC3000은 그의 서열이 진뱅크(GenBank) 수탁 번호 AE016853.1를 갖는 완전 게놈을 가지며, 이의 전체 서열은 본원에 참조로 포함된다.
실시예에 사용된 피 플루오로센스 균주 896 (pfu 896)은 진뱅크 수탁 번호 CABVIN000000000.1의 완전 게놈 서열을 가지며, 그의 전체 서열은 본원에 참조로 포함된다. 실시예에 사용된 피 플루오로센스 균주 887 (pfu 887)은 진뱅크 수탁 번호 CABVIQ000000000.1의 완전 게놈 서열을 가지며, 그의 전체 서열은 본원에 참고로 포함된다.
실시예 1: RND-유출 펌프로 박테리아에 접합을 사용하는 항박테리아제의 효과적인 전달, 사멸 및 유지
연구의 목적
이 연구는 토마토 식물의 재배종 머니메이커 품종에서 피 시링가에 병원체변종 토마토 DC3000 균주 (Pto DC3000)를 선택적으로 표적화하고 사멸시키기 위한 보호 제품으로 사용할 때, 접합-전달 항-피 시링가에 항박테리아 CRISPR/Cas 작용제의 효능을 평가하기 위해 수행되었다. 여기서, 본 발명자들은 상기 작용제를 CRISPR 가이드된 바이오틱™ (GB™)이라고 지칭한다. Pto DC3000은 유전자 PSPTO_0820 및 PSPTO_4977을 포함하여, RND 유출 펌프를 코딩하는 유전자를 포함하였다.
배경/범위
피 시링가에 병원체변종 토마토 (Pto)는 토마토 식물의 병원체이다. Pto에 의해 유발되는 질환은 어린 이식 잎에 나타나기 시작하는 박테리아 반점병이 특징이다. 발생하는 식물에서 질환을 관리하지 않고 방치하면, 식물이 죽게 된다. 이것은 토마토 작물의 수확량이 박테리아성 반점병에 의해 심각한 영향을 받은 미국1과 더 최근에는 이탈리아2에서 주요 우려 원인으로 보고되었다. 본 발명자들은 질환을 보호하거나 관리하고 수확량 손실을 방지하기 위해 식물 위 또는 내부의 병원체를 표적으로 하는 CRISPR 가이드된 바이오틱™ (GB™) 기술을 조사하였다.
Pto DC3000에 대한 본 발명자들의 GB™ 기술은 접합성 플라스미드 벡터에서 수행되는 CRISPR/Cas 시스템을 기반으로 하였다. 활성 GB™ 벡터는 피. 시링가에 DC3000의 게놈에서 2개의 보존된 필수 유전자를 표적으로 하는 crRNA 스페이서와 함께, Cas 뉴클레아제 및 동족 crRNA를 코딩하였다. 두 유전자 모두 Pto DC3000의 게놈에 염색체상 위치한다. 대조군 GB™ 벡터는 활성 GB™ 벡터의 다른 모든 성분을 함유하고 있지만 crRNA를 코딩하지는 않았다. 식물의 표적 박테리아에 GB™ 벡터를 전달하기 위해, 본 발명자들은 식물의 정상 미생물총의 일부를 형성하고 토양과 물에 존재하는 비병원성 박테리아를 선택하였다. GB™ 벡터의 전달을 위해 2개의 균주를 개발하고 비교하였다. GB™ 벡터의 접합성 전달을 가능하게 하기 위해, 접합성 플라스미드 (p)RP4를 전달 균주 (즉, 담체 세포)로 형질전환시켰다. pRP4는 이. 콜라이 S173,4의 게놈에도 통합된 60 kb 플라스미드이다. 마지막으로, 대조군 및 활성 GB™ 벡터를 전달 균주로 형질전환시켰다.
재료 및 방법
머니메이커 토마토 식물을 파종하고 파종 2주 후에 묘목을 9 cm 화분에 이식하였다. 실험은 오염물질 수준 2 공장실에서 수행되었다. 식물은 실험을 시작하기 전에 7주 동안 성장하도록 허용되었다. 본 연구에 사용된 균주와 그들의 특성은 다음과 같다:-
Figure pct00001
GB™ 대조군 및 활성 균주를 12.5 μg/mL 테트라사이클린 및 25 μg/mL 겐타마이신을 함유하는 리소게니(Lysogeny) (L) 배지 (시그마-알드리치(Sigma-Aldrich), 영국)에 접종하였다. L 배지에서 이들 배양물 및 Pto DC3000은 밤새 28℃에서 진탕 성장하도록 허용되었다. 밤새 인큐베이션 후, 배양물을 4000 xg에서 15분 동안 원심분리하였다. 원심분리 후, 상청액을 폐기하였다. 펠릿을 10 mM MgCl2에 부드럽게 현탁하고 상기에 기재한 바와 같이 다시 원심분리하였다. 펠릿을 신선한 10 mM MgCl2에 현탁시켜 3회 세척하고 매번 원심분리하였다. 마지막으로 분광광도계를 사용하여 각 배양액의 OD600nm를 측정하였다. 각각의 GB™ 활성 및 대조군 균주의 OD600nm는 0.04% 실웨트(Silwet)를 함유하는 10 mM MgCl2에서 0.3으로 조정되었다. Pto DC3000은 0.04% 실웨트™를 함유하는 10 mM MgCl2에서 0.1로 조정되었다. 이 연구에서는 하기 처리가 적용되었다.
본 연구에 사용된, 처리 조합 및 처리당 식물 수:-
Figure pct00002
첫 번째 실험에서, 식물의 커버리지의 균질성을 위해, 각각의 GB™ 처리를 적용하기 위해 '침지 접종 방법'을 사용하였다. 침지 접종을 위해, 화분을 조심스럽게 뒤집어 1 L 비이커에 함유된 처리제에 침지시켰다. 병원체, Pto DC3000 대조군 및 0.04% 실웨트를 함유한 10 mM MgCl2를 음성 대조군으로서 식물에 분무하였다. 분무 접종을 위해, 플라스틱 식물 물 분무 병을 사용하였다. 분무 병은 제트 및 미스트 제어를 가져 식물에 균일하게 분무할 수 있었다. GB™ 처리 및 Pto DC3000 둘 다 단일 적용으로 적용되었다. 나머지 생물학적 복제물의 경우, GB™ 처리 및 대조군 모두 식물에 분무되었다. 처리물을 2-3시간 (hrs) 동안 건조시켰다. 이후, 모든 식물에 Pto DC3000을 분무하였는데, 음성 대조군의 식물의 경우는 실웨트 0.04%를 함유하는 10 mM MgCl2만 분무하였다. 잎 디스크 샘플을 만들고 다음과 같이 처리하였다: 식물이 건조된 후, 코르크 천공기 2호 (면적 = 0.125 cm2)를 사용함으로써, 식물당 3개의 개별 잎 각각으로부터 2개의 잎 디스크를 수집하였다. 잎 디스크는 10 mM MgCl2의 100 μL 부피에서 분쇄하였다. 잎 디스크 추출물을 10 mM MgCl2에 연속 희석하고 각각의 희석액의 10 μL 스폿을 Pto DC3000 및 항진균제로서 사용된 25 μg/mL의 니스태틴(Nystatin)을 선택하는, 50 μg/mL의 리팜피신을 함유하는 L 배지 한천 플레이트에 이중으로 플레이팅하였다. 각각의 식물로부터의 잎 디스크 추출물은 24, 48, 72시간 및 7일 후에 수득하였고 상기에 기재한 바와 같이 처리하였다. 플레이트를 28℃에서 48시간 동안 인큐베이션하였다. 박테리아 콜로니 수를 세고 CFU/cm2를 계산하였다5. 병원체 (Pto DC3000) 로드에서의 백분율 (%) 감소는 다음과 같이 계산되었다: (CFU/cm2 식물 대조군 GB™ - CFU/cm2 식물 활성 GB™)/CFU/cm2 식물 대조군 GB™ *100. 병원체 (Pto DC3000) 로드에서의 로그 감소는 다음과 같이 계산하였다: 로그 (CFU/cm2 식물 대조군 GB™) - 로그 (CFU/cm2 식물 활성 GB™).
결과 및 논의
GB™ 벡터를 가진 접합성 담체 박테리아를 토마토 식물에 적용하였다. 이어서, 침지 접종 방법이 사용된 최초의 생물학적 복제물을 제외하고, 이들 식물을 식물에 분무 적용함으로써 Pto DC3000으로 감염에 노출시켰다. GB™ 처리 후 임의의 생존한 Pto DC3000을 열거하고 대조군과 비교하였다.
보호 검정은 질환에 대한 양성 대조군으로서 적용한 Pto DC3000이 감염 7일 후 평균적으로 CFU/cm2에서 2.5 로그 증가를 달성하였음을 나타냈다 (도 1 및 2). 활성 GB™ 1을 사용한 처리는 대조군 GB™ 1과 비교하여, CFU/cm2에서 전체 1.7 로그 감소를 나타냈다 (도 1 및 표 8). Pto DC3000의 CFU/cm2 감소에서 유사한 경향이 대조군 GB™ 2와 비교하여, 식물에 대한 병원체 로드에서 전체 1.2 로그 감소와 함께 활성 GB™ 2의 경우에 관찰되었다 (도 2 및 표 8).
대조군 GB™와 비교하여 활성 GB™ 사이의 시점마다 Pto DC3000의 로드에서 로그 감소 값에 변화가 있었긴 하지만 (도 1 및 2), 활성 GB™는 모든 경우에 성공적으로 병원체 로드를 감소시켰다.
결론적으로, 접합을 사용한 활성 GB™의 적용 결과 Pto DC3000의 수 감소는 가이드된 바이오틱이 식물에 대한 사멸에 효과적임을 나타냈다. 따라서, 놀랍게도 본 발명자들은 RND 유출 펌프의 존재에도 불구하고, 접합을 사용하여 항박테리아제를 표적 세포로 효과적으로 전달할 수 있었다. 게다가, 전달된 작용제는 유리하게는 측정가능하고 의미 있는 양에 의해 사멸이 가능하도록 충분히 유지되었다. 이 연구는 또한 능동 접합체 GB™가 최대 1주 동안 식물에서 생존하여, Pto DC3000에 대한 살박테리아제 역할을 하여, 박테리아 부담을 저하시킨다는 것을 시사한다. 이와 관련하여, 표 9를 참조한다: 본 발명자들은 치료 후 1일차 (실험 시작) 및 또한 7일차 (실험 종료)에 활성 GB에 의한 % 사멸이라고 하는 박테리아 로드에서의 백분율 감소를 계산하였다. 각각의 시점 (즉, 1일차 및 7일차)에서의 % 사멸을 비활성 (또는 대조군) GB와 비교하였다. 7일차와 1일차 사이의 % 사멸의 차이는 사용된 2 가지 전달 균주 (Pfu 896 및 Pfu 887) 각각에 대해, 삼중 실험에 대한 % 사멸의 평균 차이로서 계산되었다. 표 9에서 볼 수 있는 바와 같이, 사멸 효과는 놀라울 정도로 지속되었고 7일차에도 유지되거나 심지어 증가되었다.
Pto DC3000으로만 처리된 식물 세트와 대조군 GB™로 처리된 다음에 Pto DC3000에 노출된 식물 세트는 특징적인 박테리아 반점병을 발생시켰고, 처리 7일 후에, 감염된 잎의 백화 및 괴사의 징후도 볼 수 있었다. 도 3a 및 3b는 Pto DC3000에 의한 성공적인 감염을 나타내는, 식물 대조군 GB™ 1로 처리한 다음에 Pto DC3000으로 분무한 식물의 대표적인 이미지이다. 비교로서, 식물 활성 GB™ 1로 처리된 식물은 감염 제어 및 더 건강한 식물을 나타냈다 (도 3c). 이 경우에, 일부 잎에서 질환의 단지 국부적인 증상이 관찰되었으며 (도 3d), 이는 식물 활성 GB™ 1이 활성 병원체, Pto DC3000과 접촉하지 않았거나 식물 활성 GB™ 1이 식물의 모든 잎 부분에서 생존하거나 복제하지 못한 경우의 잎의 면적을 나타낼 수 있다. 일반적으로, 본 발명에 따라 처리된 식물은 대조군과 비교하여 더 건강하였다.
실시예 2: 유전자 오르토로그 및 상동체로 박테리아 종 및 균주를 결정하기 위한 생물정보학 분석
PSPTO_0477 및 PSPTO_0820에 대한 상동체 및 오르토로그를 결정하기 위해, NCBI 온라인 검색 도구 (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)를 사용하여, 이들 유전자의 뉴클레오티드 서열을 사용하여 BLASTN 검색을 수행하였다. 검색은 2020년 4월 27일에 이용가능한 데이터베이스에 대해 수행하였다. 유전자 PSPTO_0477 및 PSPTO_0820에 대한 상동체는 NCBI의 표준 비중복 뉴클레오티드 (nr/nt) 수집 데이터베이스에 대한 BLASTN 검색을 수행하여 발견되었으며 (표 3 내지 6) 상위 100개의 히트가 보고된다. 슈도모나달레스를 제외한 표준 비중복 뉴클레오티드 (nr/nt) 수집 데이터베이스에 대한 BLASTN 검색은 비-슈도모나스 종에서 PSPTO_0477 및 PSPTO_0820의 오르토로그를 제공하였다 (표 4 및 6). PSPTO_0820의 경우, 이 검색은 97-98% 범위의 쿼리(query) 서열의 길이의 80-82% 범위에서 백분율 (%) 서열 동일성으로 몇몇 최상의 히트를 달성하였다. 각각의 종에 대한 최고의 히트가 보고되어 있다 (표 6).
실시예 3 바람직한 담체 균주 특성의 결정
피. 플루오레센스(P. fluorescens) 균주 컬렉션의 게놈 서열 데이터 마이닝은 이들 균주의 천연물 경로에 관련된 유전자 또는 오페론의 존재 또는 부재를 나타냈다 (참조문헌 6, 도 2). 본 발명자들은 연구에 사용된 운동성 피. 플루오레센스 담체 균주가 잘 수행되는 것으로 결정하였으며; 운동성이 없는 균주는 성능이 좋지 않은 것으로 밝혀졌다. PepI에 대한 유전자 코딩은 본 발명자들의 연구에 사용된 운동성 균주의 게놈에만 존재하고 비운동성 균주에는 없다. PepI는 RiPP (리보좀 합성 및 번역 후 변형된 펩티드) 경로에서 역할을 한다 (참조문헌 7). PepI는 그람 양성 스타필로코쿠스 에피더피스(Staphylococcus epidermidis)에 의해 생산되는 란티바이오틱 (항미생물 펩티드)인 Pep5에 대한 면역성을 제공하는 69개 아미노산 산물을 코딩한다 (참조 8). 본 발명자들은 또한 또 다른 유전자인 키티나제 클래스 I 세포외효소를 코딩하는 유전자가 연구된 대부분의 운동성 균주에 존재하고 비운동성 균주에는 없다는 것을 결정하였다. 이 효소는 슈도모나스 아에루기노사에 의해 생성되며 조류 및 진균의 세포벽에 존재하는 고분자 키틴을 세포외 환경으로 분해한다 (참고문헌 9). 운동성 균주에만 있는 이들 두 유전자의 존재는 병원체 제어 성능 개선, 콜로니화의 이점 및 그에 따른 식물의 수확량 증가에서 이들 유전자의 역할을 시사한다.
참고문헌
1Jones JB, Mc Carter SM, and Gitaitis R. (1981). Pseudomonas syringae pv. syringae with a leaf spot disease of tomato transplants in southern Georgia. Phytopathology. 71;1281-1285.
2Garibaldi A, Minuto A, Scortichini M and Gullino, M. (2007). First Report of Syringae Leaf Spot Caused by Pseudomonas syringae pv. syringae on Tomato in Italy.　Plant disease. 91;1518. doi:　10.1094/PDIS-91-11-1518B
3Pansegrau W, Lanka E, Barth PT, Figurski DH, Guiney DG, Haas D, Helinski DR, Schwab H, Stanisich VA, and Thomas CM. (1994). Complete nucleotide sequence of Birmingham IncP plasmids: compilation and comparative analysis. J. Mol. Biol. 239;623-663.
4Strand TA, Lale R, Degnes KF, Lando M and Valla S. (2014). A new and improved host-independent plasmid system for RK2-based conjugal transfer.　PLoS One. 9(3):e90372. doi: 10.1371/journal.pone.0090372. PMID: 24595202; PMCID: PMC3940858.
5Jacob C, Panchal S and Melotto M. Surface Inoculation and Quantification of　Pseudomonas syringae　Population in the　Arabidopsis　Leaf Apoplast. (2017).　Bio Protoc. 7(5):e2167. doi: 10.21769/BioProtoc.2167. PMID: 28573169; PMCID: PMC5448416
6Stefanato FL, Trippel C, Uszkoreit S, Ferrafiat L, Grenga L, Dickens R, Kelly N, Kingdon ADH, Ambrosetti L, Findlay KC, Cheema J, Trick M, Chandra G, Tomalin G, Malone JG, Truman AW. (2019). Pan-genome analysis identifies intersecting roles for Pseudomonas specialized metabolites in potato pathogen inhibition. In review: bioRxiv 783258; doi: https://doi.org/10.1101/783258
7Hudson GA, and Mitchell DA. (2018). RiPP antibiotics: biosynthesis and engineering potential. Curr Opin Microbiol. 45:61-69. doi:10.1016/j.mib.2018.02.010
8Reis M, Eschbach-Bludau M, Iglesias-Wind MI, Kupke T, Sahl HG. (1994). Producer immunity towards the lantibiotic Pep5: identification of the immunity gene pepI and localization and functional analysis of its gene product.　Appl Environ Microbiol. 60(8):2876-2883. doi:10.1128/AEM.60.8.2876-2883.1994
9Folders J, Algra J, Roelofs MS, van Loon LC, Tommassen J, Bitter W. (2001). Characterization of Pseudomonas aeruginosa chitinase, a gradually secreted protein. J Bacteriol. 183(24):7044-7052. doi:10.1128/JB.183.24.7044-7052.2001
<표 1>
예시적인 표적 세포 속, 종 및 균주
이들은 예를 들어 표적 세포가 식물 (또는 본원에 개시된 식물의 임의의 부분), 또는 환경 (예를 들어, 식물 환경, 예를 들어 토양)에 포함되는 경우에 유용할 수 있다.
Figure pct00003
Figure pct00006
Figure pct00007
Figure pct00008
Figure pct00009
<표 2>
추가의 예시적인 박테리아
임의로, 담체 세포는 이 표로부터 선택되고/되거나, 표적 세포는 이 표로부터 선택된다 (예를 들어, 여기서 담체 및 표적 세포는 상이한 종의 것; 또는 동일한 종이지만 상이한 균주이거나, 또는 담체 세포는 조작되지만, 표적 세포는 야생형이거나 그 반대도 또한 마찬가지임). 예를 들어 담체 세포는 이 콜라이 세포이고, 표적 세포는 씨 디피실레, 이 콜라이, 악케르만시아(Akkermansia), 엔테로박테리아세아, 루미노코쿠스, 파에칼리박테리움, 피르미쿠테스, 박테로이데스, 살모넬라, 클렙시엘라, 슈도모나스, 아시네토박터 또는 스트렙토코쿠스 세포이다.
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Figure pct00064
<표 7>
PsPto 게놈에 코딩된 RND (Pfam PF00873) 슈퍼패밀리로부터의 예측된 MDR 수송체의 목록
Figure pct00066
<표 8>
대조군 GB™와 비교하여 활성 GB™에 의한 병원체 Pto DC3000 로드의 로그(Log) 감소 요약 (실시예 1 참조)
<표 9>
접합에 의해 전달되는 항박테리아 반응의 지속성
뉴클레오티드 및 단백질 서열
Figure pct00070
Figure pct00071
Figure pct00072
Figure pct00073
SEQUENCE LISTING <110> Folium Food Science Ltd <120> ANTIBACTERIAL METHODS & CELLS <130> 163394.00035 <150> GB2017618.6 <151> 2020-11-08 <160> 4 <170> BiSSAP 1.3.6 <210> 1 <211> 3111 <212> DNA <213> Pseudomonas syringae <400> 1 atgagcgaag gtcgtttcaa cctgtcagtg ctggccgtgc gcgagcgctc gatcaccctg 60 ttcctgattt gcctgatttc gctggccggg gtcattgcct ttttcaaact gggccgcgcc 120 gaagacccgg ccttcacggt caaggtaatg accgtggtgt cggtctggcc gggcgcaacc 180 gcccaggaga tgcaggatca ggtggcggag aagatcgaaa agcgccttca ggaactgcgc 240 tggtacgacc gcaccgaaac ctacacgcgg cctggcatgg cattcacaac cctgaccctg 300 ctcgacagca cgccgccgtc gcaagtgccg gatgagtttt atcaggcacg caagaaaatc 360 ggtgacgagg ccatgacgct tccggccggg gtgatcgggc cgatggtcaa cgacgagtat 420 tcggacgtta ctttcgcgct gttcgcgctc aaggccaaag gcgagccgca gcgcgtgctg 480 gcacgtgacg ccgaatcgct gcgccagcgc ctgctgcatg tgccgggcgt gaagaaggtc 540 aacatcgtgg gcgagcagcc cgagcgcatc tacgtcgagt tctcccacga gcgactggca 600 acgctgggta tcagcccgca agaggtattt gccgcgctga ataatcagaa tgcgcttacc 660 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Ser Val Leu Ala Val Arg Glu Arg 1 5 10 15 Ser Ile Thr Leu Phe Leu Ile Cys Leu Ile Ser Leu Ala Gly Val Ile 20 25 30 Ala Phe Phe Lys Leu Gly Arg Ala Glu Asp Pro Ala Phe Thr Val Lys 35 40 45 Val Met Thr Val Val Ser Val Trp Pro Gly Ala Thr Ala Gln Glu Met 50 55 60 Gln Asp Gln Val Ala Glu Lys Ile Glu Lys Arg Leu Gln Glu Leu Arg 65 70 75 80 Trp Tyr Asp Arg Thr Glu Thr Tyr Thr Arg Pro Gly Met Ala Phe Thr 85 90 95 Thr Leu Thr Leu Leu Asp Ser Thr Pro Pro Ser Gln Val Pro Asp Glu 100 105 110 Phe Tyr Gln Ala Arg Lys Lys Ile Gly Asp Glu Ala Met Thr Leu Pro 115 120 125 Ala Gly Val Ile Gly Pro Met Val Asn Asp Glu Tyr Ser Asp Val Thr 130 135 140 Phe Ala Leu Phe Ala Leu Lys Ala Lys Gly Glu Pro Gln Arg Val Leu 145 150 155 160 Ala Arg Asp Ala Glu Ser Leu Arg Gln Arg Leu Leu His Val Pro Gly 165 170 175 Val Lys Lys Val Asn Ile Val Gly Glu Gln Pro Glu Arg Ile Tyr Val 180 185 190 Glu Phe Ser His Glu Arg Leu Ala Thr Leu Gly Ile Ser Pro Gln Glu 195 200 205 Val Phe Ala Ala Leu Asn Asn Gln Asn Ala Leu Thr Pro Ala Gly Ser 210 215 220 Val Glu Thr Arg Gly Pro Gln Val Phe Ile Arg Leu Asp Gly Ala Phe 225 230 235 240 Asp Glu Leu Gln Lys Ile Arg Asp Thr Pro Val Val Ala Gln Gly Arg 245 250 255 Thr Leu Lys Leu Ala Asp Ile Ala Thr Val Lys Arg Gly Tyr Glu Asp 260 265 270 Pro Ala Thr Phe Met Ile Arg Asn Gly Gly Glu Pro Ala Leu Leu Leu 275 280 285 Gly Ile Val Met Arg Asp Gly Trp Asn Gly Leu Asp Leu Gly Lys Ala 290 295 300 Leu Asp His Glu Val Gly Ala Ile Asn Ala Glu Leu Pro Leu Gly Met 305 310 315 320 Ser Leu Asn Lys Val Thr Asp Gln Ala Val Asn Ile Ser Ser Ala Val 325 330 335 Asp Glu Phe Met Ile Lys Phe Phe Val Ala Leu Leu Val Val Met Leu 340 345 350 Val Cys Phe Ile Ser Met Gly Trp Arg Val Gly Val Val Val Ala Ala 355 360 365 Ala Val Pro Leu Thr Leu Ala Val Val Phe Val Ile Met Ala Met Ser 370 375 380 Gly Lys Asn Phe Asp Arg Ile Thr Leu Gly Ser Leu Ile Leu Ala Leu 385 390 395 400 Gly Leu Leu Val Asp Asp Ala Ile Ile Ala Ile Glu Met Met Val Val 405 410 415 Lys Met Glu Glu Gly Tyr Asp Arg Ile Ala Ala Ser Ala Tyr Ala Trp 420 425 430 Ser His Thr Ala Ala Pro Met Leu Ser Gly Thr Leu Val Thr Ala Val 435 440 445 Gly Phe Met Pro Asn Gly Phe Ala Arg Ser Thr Ala Gly Glu Tyr Thr 450 455 460 Ser Asn Met Phe Trp Ile Val Gly Ile Ala Leu Ile Ala Ser Trp Val 465 470 475 480 Val Ala Val Phe Phe Thr Pro Tyr Leu Gly Val Lys Leu Leu Pro Glu 485 490 495 Val Lys Gln Val Glu Gly Gly His Ala Thr Leu Tyr Asp Thr Pro Arg 500 505 510 Tyr Asn Arg Phe Arg Arg Val Leu Ala Arg Val Ile Ala Gly Lys Trp 515 520 525 Leu Val Ala Gly Ser Val Ile Gly Leu Phe Val Leu Ala Val Leu Gly 530 535 540 Met Gly Leu Val Lys Lys Gln Phe Phe Pro Val Ser Asp Arg Pro Glu 545 550 555 560 Val Leu Val Glu Leu Gln Met Pro Tyr Gly Thr Ser Ile Ala Gln Thr 565 570 575 Ser Ala Ala Ala Ala Lys Val Glu Ser Trp Leu Ala Glu Gln Ala Glu 580 585 590 Ala Gly Ile Val Thr Ala Tyr Ile Gly Gln Gly Ala Pro Arg Phe Tyr 595 600 605 Met Ala Met Gly Pro Glu Leu Pro Asp Pro Ser Phe Ala Lys Ile Val 610 615 620 Val Arg Thr Asp Ser Gln Glu Gln Arg Glu Thr Leu Lys His Arg Leu 625 630 635 640 Arg Gln Ala Ile Ser Glu Gly Leu Ala Gly Glu Ala Gln Val Arg Val 645 650 655 Thr Gln Leu Val Phe Gly Pro Tyr Ser Pro Tyr Pro Val Ala Tyr Arg 660 665 670 Val Thr Gly His Asp Pro Asp Thr Leu Arg Ser Ile Ala Ala Gln Val 675 680 685 Gln Gln Val Leu Ser Ala Ser Pro Met Met Arg Thr Val Asn Thr Asp 690 695 700 Trp Gly Thr Arg Thr Pro Thr Leu His Phe Thr Leu Gln Gln Asp Arg 705 710 715 720 Met Gln Ala Ile Gly Leu Ser Ser Ser Gln Val Ala Gln Gln Leu Gln 725 730 735 Phe Leu Leu Thr Gly Leu Pro Val Thr Ala Val Arg Glu Asp Ile Arg 740 745 750 Thr Val Gln Val Val Ala Arg Ser Ala Gly Asp Thr Arg Leu Asp Pro 755 760 765 Ala Lys Ile Met Asp Phe Thr Leu Thr Gly Val Asp Gly Gln Arg Val 770 775 780 Pro Leu Ser Gln Ile Gly Ala Val Asp Val Arg Met Glu Glu Pro Val 785 790 795 800 Met Arg Arg Arg Asp Arg Thr Pro Thr Ile Thr Val Arg Gly Asp Ile 805 810 815 Ala Asp Gly Leu Gln Pro Pro Asp Val Ser Thr Ala Ile Thr Arg Gln 820 825 830 Leu Gln Pro Ile Ile Asp Thr Leu Pro Ser Gly Tyr Arg Ile Asp Gln 835 840 845 Ala Gly Ser Ile Glu Glu Ser Gly Lys Ala Met Ala Ala Met Leu Pro 850 855 860 Leu Phe Pro Ile Met Leu Ala Val Thr Leu Ile Ile Leu Ile Leu Gln 865 870 875 880 Val Arg Ser Ile Ser Ala Met Val Met Val Phe Leu Thr Ser Pro Leu 885 890 895 Gly Leu Ile Gly Val Val Pro Thr Leu Ile Leu Phe Gln Gln Pro Phe 900 905 910 Gly Ile Asn Ala Leu Val Gly Leu Ile Ala Leu Ser Gly Ile Leu Met 915 920 925 Arg Asn Thr Leu Ile Leu Ile Gly Gln Ile His His Asn Glu Gln Ala 930 935 940 Gly Leu Asp Pro Phe Gln Ala Val Val Glu Ala Thr Val Gln Arg Ala 945 950 955 960 Arg Pro Val Ile Leu Thr Ala Leu Ala Ala Ile Leu Ala Phe Ile Pro 965 970 975 Leu Thr His Ser Val Phe Trp Gly Thr Leu Ala Tyr Thr Leu Ile Gly 980 985 990 Gly Thr Phe Ala Gly Thr Val Leu Thr Leu Val Phe Leu Pro Ala Met 995 1000 1005 Tyr Ser Ile Trp Phe Arg Ile Arg Pro Asp Gly Asn Glu Arg Pro Gln 1010 1015 1020 Gly Gly His Ser Leu Ser Thr Gly Lys Gly Val Ser 1025 1030 1035 <210> 3 <211> 1440 <212> DNA <213> Pseudomonas syringae <400> 3 atgttgcgca aactttcgtt ggtcgtggct gtttcgttgg cgtccagcgg actgacctgg 60 gctgccgact tgccgctgcc aaccaaaacc ggtctgttga atgtgtatca gcaggcggta 120 gacaacaacg ccgacctcgc ggcctcgcgt gccgattacg atgcccgcaa ggaagccgtg 180 ccacaggccc gagccggcct gctgccgaat atttccggca gtgtccagaa caccaacacc 240 cgcaccagca tcgaccgccc cagcgccgtg gcgacccgca gcggcacggt ttatcaggcc 300 accctgagcc agccgatctt tcgcgccgac cgctggttcc agttgcaggc tgccgaagcg 360 gtcaacgaac aggccgcgct ggaactgtcg gccaccgagc agaacctgat cctgcaatcg 420 gcgcagagct atttcagtgt gttgcgcgcg caggacaatc tggcctcgac caaggctgag 480 gaagcggcgt tcaaacgcca gctcgatcag gccaacgaac gcttcgatgt cggtctgtca 540 gacaagaccg atgtgctgca ggcccaggcc agctacgaca cctcgcgcgc cagccggctg 600 atcgccaggc gtcaggtgga cgatgccttt caggcgctgg tgaccctgac caatcgcgaa 660 tacaactcca tcgaaggcat cgtgcacacc ttgccggtgc tggcaccaac gcccaacgac 720 gccaaggcct gggtggatac ggcagcgcaa caaaacctca acctgctggc cagcaactac 780 gccgtcagcg ctgccgaaga aaccctgcgc cagcgcaagg ccgggcacgc gcccaccctt 840 gatgccgtgg cgacttacca gcgtggcgac aacgatgcat tgggtttcaa caaccccaac 900 tacaccgggc aaaattacgg cggcgacgtc gagcaacgca gcattggcgt gcagttgaat 960 atcccgatct acagcggcgg cctgaccagt tcacaggtgc gtgaggctta ttcgcgcctg 1020 agccagagcg agcagcgccg cgaaagcctg cgacgtcagg tggtggaaaa cacccgtaac 1080 ctgcaccgtg cggtgaacac tgatgtcgag caggttcagg cgcgcaaaca gtcgatcatc 1140 tccaaccaga gtgcgctgga agccacggaa atcggctatc aggtcggcac ccgcaacatc 1200 gtcgatgtgc tggacgccca gcgtcagttg tatgcctcgg tgcgtgacta caacaacacg 1260 cgctatgact acatcctcga caacctgcgc ctcaagcagg cagcgggcac cctgaacccg 1320 ggcgacttgc aggacctgtc acgctacctc aaaccggact acaacccgga caaggacttc 1380 ctgccgccgg atttggcgac tgcagcgcag aagaatttcg agcggccggc gcagcgctga 1440 <210> 4 <211> 479 <212> PRT <213> Pseudomonas syringae <400> 4 Met Leu Arg Lys Leu Ser Leu Val Val Ala Val Ser Leu Ala Ser Ser 1 5 10 15 Gly Leu Thr Trp Ala Ala Asp Leu Pro Leu Pro Thr Lys Thr Gly Leu 20 25 30 Leu Asn Val Tyr Gln Gln Ala Val Asp Asn Asn Ala Asp Leu Ala Ala 35 40 45 Ser Arg Ala Asp Tyr Asp Ala Arg Lys Glu Ala Val Pro Gln Ala Arg 50 55 60 Ala Gly Leu Leu Pro Asn Ile Ser Gly Ser Val Gln Asn Thr Asn Thr 65 70 75 80 Arg Thr Ser Ile Asp Arg Pro Ser Ala Val Ala Thr Arg Ser Gly Thr 85 90 95 Val Tyr Gln Ala Thr Leu Ser Gln Pro Ile Phe Arg Ala Asp Arg Trp 100 105 110 Phe Gln Leu Gln Ala Ala Glu Ala Val Asn Glu Gln Ala Ala Leu Glu 115 120 125 Leu Ser Ala Thr Glu Gln Asn Leu Ile Leu Gln Ser Ala Gln Ser Tyr 130 135 140 Phe Ser Val Leu Arg Ala Gln Asp Asn Leu Ala Ser Thr Lys Ala Glu 145 150 155 160 Glu Ala Ala Phe Lys Arg Gln Leu Asp Gln Ala Asn Glu Arg Phe Asp 165 170 175 Val Gly Leu Ser Asp Lys Thr Asp Val Leu Gln Ala Gln Ala Ser Tyr 180 185 190 Asp Thr Ser Arg Ala Ser Arg Leu Ile Ala Arg Arg Gln Val Asp Asp 195 200 205 Ala Phe Gln Ala Leu Val Thr Leu Thr Asn Arg Glu Tyr Asn Ser Ile 210 215 220 Glu Gly Ile Val His Thr Leu Pro Val Leu Ala Pro Thr Pro Asn Asp 225 230 235 240 Ala Lys Ala Trp Val Asp Thr Ala Ala Gln Gln Asn Leu Asn Leu Leu 245 250 255 Ala Ser Asn Tyr Ala Val Ser Ala Ala Glu Glu Thr Leu Arg Gln Arg 260 265 270 Lys Ala Gly His Ala Pro Thr Leu Asp Ala Val Ala Thr Tyr Gln Arg 275 280 285 Gly Asp Asn Asp Ala Leu Gly Phe Asn Asn Pro Asn Tyr Thr Gly Gln 290 295 300 Asn Tyr Gly Gly Asp Val Glu Gln Arg Ser Ile Gly Val Gln Leu Asn 305 310 315 320 Ile Pro Ile Tyr Ser Gly Gly Leu Thr Ser Ser Gln Val Arg Glu Ala 325 330 335 Tyr Ser Arg Leu Ser Gln Ser Glu Gln Arg Arg Glu Ser Leu Arg Arg 340 345 350 Gln Val Val Glu Asn Thr Arg Asn Leu His Arg Ala Val Asn Thr Asp 355 360 365 Val Glu Gln Val Gln Ala Arg Lys Gln Ser Ile Ile Ser Asn Gln Ser 370 375 380 Ala Leu Glu Ala Thr Glu Ile Gly Tyr Gln Val Gly Thr Arg Asn Ile 385 390 395 400 Val Asp Val Leu Asp Ala Gln Arg Gln Leu Tyr Ala Ser Val Arg Asp 405 410 415 Tyr Asn Asn Thr Arg Tyr Asp Tyr Ile Leu Asp Asn Leu Arg Leu Lys 420 425 430 Gln Ala Ala Gly Thr Leu Asn Pro Gly Asp Leu Gln Asp Leu Ser Arg 435 440 445 Tyr Leu Lys Pro Asp Tyr Asn Pro Asp Lys Asp Phe Leu Pro Pro Asp 450 455 460 Leu Ala Thr Ala Ala Gln Lys Asn Phe Glu Arg Pro Ala Gln Arg 465 470 475

Claims (38)

  1. 적어도 하나의 내성-결절화-세포 분열 (RND)-유출 펌프를 포함하는 박테리아 표적 세포를 사멸시키는 방법으로서, 방법은 표적 세포를 담체 박테리아 세포와 접촉시키는 것을 포함하고, 여기서 담체 세포는 접합성 플라스미드를 포함하고, 플라스미드는 표적 세포에 독성이 있는 항박테리아제를 코딩하고, 여기서 담체 세포는 표적 세포에 접합되고 플라스미드는 표적 세포로 전달되고, 여기서 작용제는 표적 세포에서 발현되고 표적 세포는 사멸되는 것인 방법.
  2. 제1항에 있어서, 작용제가 CRISPR/Cas 시스템 또는 그의 성분을 포함하는 것인 방법.
  3. 제2항에 있어서, 작용제가 표적 세포 내의 Cas 뉴클레아제를 표적 프로토스페이서 서열로 가이드하는 crRNA 또는 가이드 RNA이고, 여기서 Cas가 표적 서열을 커팅하고 표적 세포가 사멸되는 것인 방법.
  4. 제3항에 있어서, 표적 서열이 표적 세포의 염색체 서열인 방법.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 플라스미드가 상기 Cas 뉴클레아제, 임의로 Cas9, Cas3 또는 Cpf1을 코딩하는 것인 방법.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 세포가 하기로부터 선택된 균주의 RND 유출 펌프를 포함하는 것인 방법:
    (i) 아조토박터 크루코쿰(Azotobacter chroococcum) NCIMB 8003, 아조토박터 크루코쿰 균주 B3, 아조토박터 살리네스트리스(Azotobacter salinestris) 균주 KACC 13899, 부르크홀데리아 암비파리아(Burkholderia ambifaria) MC40-6, 부르크홀데리아 세노세파시아(Burkholderia cenocepacia) AU 1054 염색체 1, 부르크홀데리아 세노세파시아 HI2424 염색체 3, 부르크홀데리아 세노세파시아 MC0-3, 부르크홀데리아 세노세파시아 균주 CR318 염색체 3, 부르크홀데리아 세노세파시아 균주 FDAARGOS_720, 부르크홀데리아 라타(Burkholderia lata) 균주 A05, 부르크홀데리아 피로시니아(Burkholderia pyrrocinia) 균주 mHSR5, 큐프리아비두스 바실렌시스(Cupriavidus basilensis) 균주 4G11, 큐프리아비두스 네카토르(Cupriavidus necator) N-1 플라스미드 pBB1, 큐프리아비두스 타이와넨시스(Cupriavidus taiwanensis) STM 3679, 리소박터 굼모서스(Lysobacter gummosus) 균주 3.2.11, 파라부르크홀데리아 스프렌티아에(Paraburkholderia sprentiae) WSM5005, 파라부르크홀데리아 테리콜라 균주(Paraburkholderia terricola) mHS1, 랄스토니아 슈도솔라나세아룸(Ralstonia pseudosolanacearum) 균주 CRMRs218, 랄스토니아 솔라나세아룸(Ralstonia solanacearum) 균주 UA-1591, 바리오보락스 파라독서스(Variovorax paradoxus) S110, 바리오보락스 종(Variovorax sp.) PBL-H6, 크산토모나스 아르보리콜라 병원체변종 저글랜디스(Xanthomonas arboricola pv. juglandis) 균주 Xaj 417, 크산토모나스 아르보리콜라 병원체변종 푸르니(Xanthomonas arboricola pv. pruni) 균주 15-088, 크산토모나스 아르보리콜라 균주 17, 크산토모나스 악소노포디스 병원체변종 디에펜바치아에(Xanthomonas axonopodis pv. dieffenbachiae) LMG 695, 크산토모나스 악소노포디스 병원체변종 파세올리(Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli) 균주 ISO18C8, 크산토모나스 악소노포디스 병원체변종 파세올리 균주 ISO98C12, 크산토모나스 캄페스트리스 병원체변종 캄페스트리스(Xanthomonas campestris pv. campestris) MAFF302021, 크산토모나스 시트리 병원체변종 글리시네스(Xanthomonas citri pv. glycines) 균주 2098, 크산토모나스 유베시카토리아(Xanthomonas euvesicatoria) 균주 LMG930, 크산토모나스 페르포란즈(Xanthomonas perforans) 균주 LH3 및 크산토모나스 종 ISO98C4 (이 균주들은 각각 CP010415.1, CP011835.1, CP045302.1, CP001027.1, CP000378.1, CP000460.1, CP000960.1, CP017240.1, CP050980.1, CP024945.1, CP024903.1, CP010537.1, CP002879.1, LT984803.1, CP011131.1, CP017561.1, CP024941.1, CP021764.1, CP034195.1, CP001636.1, LR594659.1, CP012251.1, CP044334.1, CP011256.1, CP014347.1, CP012063.1, CP012057.1, AP019684.1, CP041965.1, CP018467.1, CP018475.1 및 CP012060.1의 NCBI 수탁 번호를 가짐), 또는 이러한 펌프의 오르토로그 또는 상동체;
    (ii) 슈도모나스 아에루기노사(Pseudomonas aeruginosa) 균주: IOMTU 133, 슈도모나스 아에루기노사 DSM 50071, 슈도모나스 아에루기노사 게놈 어셈블리 NCTC10332, 슈도모나스 아에루기노사 분리주 B10W, 슈도모나스 아에루기노사 분리주 PA14Or, 슈도모나스 아에루기노사 NCGM2.S1, 슈도모나스 아에루기노사 PAK, 슈도모나스 아에루기노사 균주 243931, 슈도모나스 아에루기노사 균주 24Pae112 , 슈도모나스 아에루기노사 균주 268, 슈도모나스 아에루기노사 균주 60503, 슈도모나스 아에루기노사 균주 AR_0095, 슈도모나스 아에루기노사 균주 AR_0353, 슈도모나스 아에루기노사 균주 AR_0354, 슈도모나스 아에루기노사 균주 AR_455, 슈도모나스 아에루기노사 균주 BAMCPA07-48, 슈도모나스 아에루기노사 균주 CCUG 51971, 슈도모나스 아에루기노사 균주 E90, 슈도모나스 아에루기노사 균주 FDAARGOS_571, 슈도모나스 아에루기노사 균주 GIMC5002:PAT-169, 슈도모나스 아에루기노사 균주 H26023, 슈도모나스 아에루기노사 균주 L10, 슈도모나스 아에루기노사 균주 M1608, 슈도모나스 아에루기노사 균주 M37351, 슈도모나스 아에루기노사 균주 MRSN12280, 슈도모나스 아에루기노사 균주 NCTC13715, 슈도모나스 아에루기노사 균주 Pa58, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PABL048, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PAK, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PASGNDM345, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PASGNDM699, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PA-VAP-3, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PB368, 슈도모나스 아에루기노사 균주 PB369, 슈도모나스 아에루기노사 균주 S04 90, 슈도모나스 아에루기노사 균주 ST773,슈도모나스 아에루기노사 균주 T2436, 슈도모나스 아에루기노사 균주 W60856, 슈도모나스 아에루기노사 균주 WPB099, 슈도모나스 아에루기노사 균주 WPB100, 슈도모나스 아에루기노사 균주 WPB101, 슈도모나스 아에루기노사 UCBPP-PA14, 슈도모나스 아에루기노사 UCBPP-PA14, 슈도모나스 아에루기노사 VRFPA04, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 라크리만스 균주(Pseudomonas amygdali pv. lachrymans str.) M301315, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 라크리만스 균주(Pseudomonas amygdali pv. lachrymans strain) NM002, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 모르스프루노룸 (Pseudomonas amygdali pv. morsprunorum) 균주 R15244, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 타바시 균주(Pseudomonas amygdali pv. tabaci str.) ATCC 11528, 슈도모나스 아벨라나에(Pseudomonas avellanae) 균주 R2leaf, 슈도모나스 코로나파시엔스 병원체변종 코로나파시엔스(Pseudomonas coronafaciens pv. coronafaciens) 균주 B19001, 슈도모나스 코로나파시엔스 병원체변종 오리자에 균주(Pseudomonas coronafaciens pv. oryzae str.) 1_6, 슈도모나스 코로나파시엔스 균주 X-1, 슈도모나스 오티티디스(Pseudomonas otitidis) MrB4, 슈도모나스 살레겐스(Pseudomonas salegens) 균주 CECT 8338, 슈도모나스 사바스타노이 병원체변종 파세올리콜라(Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola) 1448A, 슈도모나스 사바스타노이 병원체변종 사바스타노이(Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi) NCPPB 3335, 슈도모나스 종(Pseudomonas sp.) KBS0707, 슈도모나스 종 LPH1, 슈도모나스 시링가에 CC1557, 슈도모나스 시링가에 그룹 게노모스프. (Pseudomonas syringae group genomosp.) 3 분리주 CFBP6411, 슈도모나스 시링가에 분리주 CFBP3840, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에(Pseudomonas syringae pv. actinidiae) ICMP 18708, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 ICMP 18884, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 ICMP 9853, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 샨시(str. Shaanxi)_M228, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 CRAFRU 12.29, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 CRAFRU 14.08, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 MAFF212063, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 NZ-45, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 NZ-47, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 균주 P155, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 아비(Pseudomonas syringae pv. avii) 분리주 CFBP3846, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 세라시콜라(Pseudomonas syringae pv. cerasicola) 분리주 CFBP6109, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 마큘리콜라 균주(Pseudomonas syringae pv. maculicola str.) ES4326, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 (Pseudomonas syringae pv. tomato str.) DC3000, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 B13-200, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 델타 IV/IX, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 델타 VI, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 토마토 균주 델타 X, 슈도모나스 시링가에 균주 CFBP 2116 및 슈도모나스 시링가에 균주 Ps25 (이 균주들은 각각 AP017302.1, CP012001.1, LN831024.1, CP017969.1, LT608330.1, AP012280.1, CP020659.1, CP041772.1, CP029605.1, CP032761.1, CP041774.1, CP027538.1, CP027172.1, CP027171.1, CP030328.1, CP015377.1, CP043328.1, CP044006.1, CP033833.1, CP043549.1, CP033685.1, CP019338.1, CP008862.2, CP008863.1, CP028162.1, LR134330.1, CP021775.1, CP039293.1, LR657304.1, CP020703.1, CP020704.1, CP028330.1, CP025050.1, CP025049.1, CP011369.1, CP041945.1, CP039988.1, CP008864.2, CP031878.1, CP031877.1, CP031876.1, CP034244.1, CP000438.1, CP008739.2, CP031225.1, CP020351.1, CP026558.1, CP042804.1, CP026562.1, CP046441.1, CP046035.1, CP050260.1, AP022642.1, LT629787.1, CP000058.1, CP008742.1, CP041754.1, CP017290.1, CP007014.1, LT963408.1, LT963409.1, CP012179.1, CP011972.2, CP018202.1, CP032631.1, CP019730.1, CP019732.1, CP024712.1, CP017007.1, CP017009.1, CP032871.1, LT963402.1, LT963391.1, CP047260.1, AE016853.1, CP019871.1, CP047072.1, CP047071.1, CP047073.1, LT985192.1 및 CP034558.1의 NCBI 수탁 번호를 가짐), 또는 이러한 펌프의 오르토로그 또는 상동체;
    (iii) 스테노트로포모나스 리조필라(Stenotrophomonas rhizophila) 균주 GA1, 엔테로코쿠스 패칼리스 균주 V583 및 파우시모나스 레모이그네이(Paucimonas lemoignei) 균주 NCTC10937 (이 균주들은 각각 NCBI 수탁 번호 CP031729.1, CP022312.1 및 LS483371.1을 가짐), 또는 이러한 펌프의 오르토로그 또는 상동체; 또는
    (iv) 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 라크리만스 균주 NM002, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 모르스프루노룸 균주 R15244, 슈도모나스 아미그달리 병원체변종 타바시 균주 ATCC 11528, 슈도모나스 아스투리엔시스(Pseudomonas asturiensis) 균주 CC1524, 슈도모나스 아벨라나에 균주 R2, 슈도모나스 세라시(Pseudomonas cerasi) 분리주 PL963, 슈도모나스 클로로라피스(Pseudomonas chlororaphis) 균주 PCL1606, 슈도모나스 클로로라피스 아종 아우란티아카 (Pseudomonas chlororaphis subsp. aurantiaca) 균주 JD37, 슈도모나스 클로로라피스 아종 아우레오파시엔스(Pseudomonas chlororaphis subsp. aureofaciens) 균주 ChPhzTR36, 슈도모나스 클로로라피스 아종 클로로라피스 (Pseudomonas chlororaphis subsp. chlororaphis) 균주 DSM 50083, 슈도모나스 클로로라피스 아종 피스시움(Pseudomonas chlororaphis subsp. piscium) 균주 DSM 21509, 슈도모나스 시초리이(Pseudomonas cichorii) JBC1, 슈도모나스 코로나파시엔스 병원체변종 코로나파시엔스 균주 B19001, 슈도모나스 푸티다(Pseudomonas putida) GB-1 염색체, 슈도모나스 사바스타노이 병원체변종 파세올리콜라 1448A, 슈도모나스 종 09C 129, 슈도모나스 시링가에 CC1557, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 악티니디아에 ICMP 18708, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 세라시콜라 분리주 CFBP6109, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 라프사(Pseudomonas syringae pv. lapsa) 균주 ATCC 10859, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 마큘리콜라 균주 ES4326, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 피시 균주(Pseudomonas syringae pv. pisi str.) PP1, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 시링가에(Pseudomonas syringae pv. syringae) B301D, 슈도모나스 시링가에 병원체변종 시링가에 B301D, 슈도모나스 시링가에 UMAF0158 및 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava) 균주 CFBP 1590 (이 균주들은 각각 CP020351.1, CP026558.1, CP042804.1, CP047265.1, CP026562.1, LT963395.1, CP011110.1, CP009290.1, CP027721.1, CP027712.1, CP027707.1, CP007039.1, CP046441.1, CP000926.1, CP000058.1, CP025261.1, CP007014.1, CP012179.1, LT963391.1, CP013183.1, CP047260.1, CP034078.1, CP005969.1, AE016853.1, CP005970.1 및 LT855380.1의 NCBI 수탁 번호를 가짐), 또는 이러한 펌프의 오르토로그 또는 상동체.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 유출 펌프가 제6항에 열거된 균주에 의해 생성된 단백질을 포함하는 것인 방법.
  8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 유출 펌프가
    PSPTO_0820, PSPTO_4977, PSPTO_02375, PSPTO_1308, PSPTO_2592, PSPTO_2755, PSPTO_3100, PSPTO_3302, PSPTO_430 또는 PSPTO_5191로부터 선택된 슈도모나스 시링가에 유전자, 또는 그의 오르토로그 또는 상동체
    에 의해 코딩되는 단백질을 포함하는 것인 방법.
  9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 유출 펌프가
    (a) 슈도모나스 시링가에 PSPTO_0820 또는 PSPTO_4977 유전자 또는 그의 오르토로그 또는 상동체; 또는
    (b) 서열식별번호: 1 및 3으로부터 선택된 뉴클레오티드 서열, 또는 서열식별번호: 1 또는 3과 적어도 70% 동일한 뉴클레오티드 서열
    에 의해 코딩되는 단백질을 포함하는 것인 방법.
  10. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 유출 펌프가 Mex 유출 펌프 (임의로 MexAB-OprM 유출 펌프, MexCD-OprJ 유출 펌프, MexEF-OprN 유출 펌프 또는 MexXY 유출 펌프), AdeABC 유출 펌프, AcrAD-TolC 유출 펌프, AcrAB-TolC 유출 펌프, AcrABZ-TolC 유출 펌프, AcrA 유출 펌프, ArcB 유출 펌프, AcrC 유출 펌프, AcrD 유출 펌프, AcrAB 유출 펌프, AcrEF 유출 펌프, AcrF 유출 펌프, CmeABC 유출 펌프, VexB 유출 펌프 , VexD 유출 펌프, VexK 유출 펌프, adeABC 유출 펌프, adeIJK 유출 펌프, MdsABC 유출 펌프 또는 MdtABC 유출 펌프인 방법.
  11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 담체 세포가 슈도모나스 세포, 임의로 피 플루오레센스(P fluorescens) 세포인 방법.
  12. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 담체 세포가 키티나제 클래스 I 세포외효소를 포함하고/하거나 담체 세포 게놈이 키티나제 클래스 I 세포외효소를 코딩하는 것인 방법.
  13. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 담체 세포가 pep1 유전자를 포함하는 것인 방법.
  14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 담체 세포가 운동성 박테리아 세포인 방법.
  15. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 세포가 슈도모나스(Pseudomonas) (임의로 피 플루오레센스(P fluorescens) 또는 피 아에루기노사(P aeruginosa)) 세포, 에르위니아(Erwinia) (임의로 이 카로토보라(E carotovora)), 크산토모나스(Xanthomonas), 아그로박테리움(Agrobcaterium), 부르크홀디(Burkholdi), 클라비박테리움(Clavibacterium), 엔테로박테리아(Enterobacteria), 판토아에(Pantoae), 펙토박테리움(Pectobacterium) (예를 들어, 피 아트로셉티쿰(P atrosepticum)), 리조비움(Rhizobium), 스트렙토마이세스(Streptomyces) (예를 들어, 에스 스카비즈(S scabies)), 크실렐라(Xylella) (예를 들어, 엑스 파스티디오사(X fastidiosa)), 칸디다투스(Candidatus) (예를 들어, 씨 리베리박터(C liberibacter)), 피토플라스마(Phytoplasma), 랄스토니아(Ralstonia) (예를 들어, 알 솔라나세아룸(R solanacearum)), 또는 딕케야(Dickeya) (예를 들어, 디 다단티이(D dadantii)) 세포인 방법.
  16. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 시험관내 또는 생체외에서 수행되는 방법.
  17. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 세포가
    (a) 식물 마이크로바이옴,
    (b) 동물 또는 인간 마이크로바이옴; 또는
    (c) 토양, 거름, 식품 또는 음료 마이크로바이옴
    에 의해 포함되는 것인 방법.
  18. 제17항(a)에 있어서, 세포가 식물 잎, 줄기, 뿌리, 종자, 구근, 꽃 또는 과일 마이크로바이옴에 의해 포함되는 것인 방법.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 세포가 토양에서 발견되는 종의 세포인 방법.
  20. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 복수의 표적 세포를 포함하는 제2 세포 집단과 접촉되는 복수의 담체 세포를 포함하는 제1 세포 집단을 사용하여 수행되며, 여기서 상기 플라스미드의 카피는 담체 세포로부터 표적 세포로 접합적으로 전달되고, 이에 의해 제2 집단의 세포의 일부 또는 모두가 사멸되는 것인 방법.
  21. 제20항에 있어서, 표적 세포의 적어도 90%가 사멸되는 것인 방법.
  22. 제20항 또는 제21항의 방법을 수행하는 것을 포함하는, 식물 또는 그의 일부의 바이오매스를 증가시키는 방법으로서, 여기서 식물이 상기 표적 세포를 포함하고 (임의로 그의 잎 및/또는 줄기 상에 있거나 식물의 아포플라스트에 의해 포함됨), 이에 의해 표적 세포가 사멸되고 상기 바이오매스가 증가되는 것인 방법.
  23. 제22항에 있어서, 잎, 과일, 이삭, 종자, 곡물, 머리, 꼬투리, 줄기, 몸통, 괴경 및/또는 뿌리 바이오매스가 증가되는 것인 방법.
  24. 제20항 또는 제21항의 방법을 수행하는 것을 포함하는, 식물 종자의 발아를 촉진하는 방법으로서, 여기서 식물 종자가 상기 표적 세포를 포함하고, 이에 의해 표적 세포가 사멸되고 발아가 촉진되는 것인 방법.
  25. 제20항 또는 제21항의 방법을 수행하는 것을 포함하는, 식물에서 잎 엽록소 생산을 증가시키는 방법으로서, 여기서 식물이 상기 표적 세포를 포함하고 (임의로 그의 잎 및/또는 줄기 상에 있거나, 식물의 아포플라스트에 의해 포함됨), 이에 의해 식물에서 표적 세포가 사멸되고 엽록소가 증가되는 것인 방법.
  26. 대상체에 의해 포함되거나 표면 상에 포함된 생물막을 감소시키는 방법으로서, 여기서 생물막은 표적 세포를 포함하고, 여기서 방법은 제20항 또는 제21항의 방법을 수행하고, 이에 의해 생물막에서 표적 세포를 사멸시키거나 표적 세포의 성장 또는 증식을 감소시키는 것을 포함하고, 임의로 여기서 방법은 생체외 또는 시험관내에서 수행되는 것인 방법.
  27. 제26항에 있어서, 대상체가 인간 또는 동물이고, 임의로 여기서 표면이 폐 표면인 방법.
  28. 제26항에 있어서, 대상체가 식물이고, 임의로 여기서 생물막이 식물의 잎, 몸통, 뿌리 또는 줄기에 의해 포함되는 것인 방법.
  29. 제26항에 있어서, 표면이 가정용 또는 산업용 장치 또는 컨테이너에 의해 포함되는 것인 방법.
  30. 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 따른 박테리아 표적 세포를 사멸시키는 방법에 사용하기 위한 담체 박테리아 세포로서, 여기서 담체 세포는 접합성 플라스미드를 포함하고, 플라스미드는 표적 세포에 독성이 있는 항박테리아제를 코딩하고, 여기서 담체 세포는 표적 세포에 접합될 수 있고, 여기서 플라스미드는 표적 세포로 전달되고, 여기서 작용제는 표적 세포에서 발현되고 표적 세포는 사멸되는 것인 담체 박테리아 세포.
  31. 제30항에 있어서, 담체 세포 및/또는 표적 세포가 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 따르는 것인 담체 세포.
  32. 대상체에 의해 포함된 복수의 박테리아 표적 세포를 사멸시키기 위해 인간 또는 동물 대상체에게 투여하기 위한 복수의 제30항 또는 제31항의 담체 세포를 포함하는 제약 조성물로서, 여기서 각각의 표적 세포는 적어도 하나의 내성-결절화-세포 분열 (RND)-유출 펌프를 포함하고 이에 의해 각각의 표적 세포는 항생제 내성 세포이고, 여기서 항박테리아제를 코딩하는 플라스미드는 접합에 의해 담체 세포로부터 표적 세포로 도입되고 상기 항박테리아제는 표적 세포에서 생성되며, 이에 의해 표적 세포가 사멸되고 박테리아 표적 세포의 항생제 내성 감염이 대상체에서 치료되거나 예방되는 것인 제약 조성물.
  33. 제32항에 있어서, 상기 표적 세포의 적어도 90%가 사멸되는 것인 조성물.
  34. 식물 (예를 들어, 식물의 하나 이상의 줄기 및/또는 하나 이상의 잎)을 복수의 제30항 또는 제31항의 담체 세포를 포함하는 조성물과 접촉시키는 것을 포함하는, 식물에서 질환 또는 병태를 치료 또는 예방하는 방법으로서, 여기서 식물은 질환 또는 병태를 매개하는 표적 박테리아 세포를 포함하고, 여기서 각각의 표적 세포는 적어도 하나의 내성-결절화-세포 분열 (RND)-유출 펌프를 포함하고, 여기서 항박테리아제를 코딩하는 플라스미드는 접합에 의해 담체 세포로부터 표적 세포로 도입되고 상기 항박테리아제는 표적 세포에서 생성되며, 이에 의해 표적 세포가 사멸되고 질환 또는 병태가 치료 또는 예방되는 것인 방법.
  35. 생체외 박테리아 표적 세포를 사멸시키기 위한 또는 표적 세포가 인간 또는 동물에 의해 포함되지 않는 것 (예를 들어, 표적 세포가 식물 또는 토양에 포함되는 것)인, 조성물의 제조에서의 제30항 또는 제31항의 담체 세포의 용도로서, 여기서 표적 세포는 적어도 하나의 내성-결절화-세포 분열 (RND)-유출 펌프를 포함하고, 여기서 표적 세포는 담체 세포와 접촉되고 담체 세포는 표적 세포에 접합되고, 이에 의해 플라스미드가 표적 세포에 도입되고, 여기서 항박테리아제가 표적 세포에서 발현되고 표적 세포가 사멸되는 것인 용도.
  36. 제35항에 있어서, 담체 세포 및/또는 표적 세포가 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 따르는 것인 용도.
  37. 제35항 또는 제36항에 있어서, 용도가 복수의 상기 표적 세포를 사멸시키기 위해 복수의 상기 담체 세포를 사용하는 것을 포함하고, 여기서 용도가 표적 세포의 적어도 90%를 사멸시키기 위한 것인 용도.
  38. 제35항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 용도가 복수의 상기 표적 세포를 사멸시키기 위해 복수의 상기 담체 세포를 사용하는 것을 포함하고, 여기서 표적 세포는 식물 또는 식물 환경 (예를 들어, 토양)에 의해 포함되고 사멸은
    a) 식물 또는 그 일부의 바이오매스를 증가시키고 (또는 증가시키기 위한 것임) (예를 들어, 잎, 과일, 이삭, 종자, 곡물, 머리, 꼬투리, 줄기, 몸통, 괴경 및/또는 뿌리 바이오매스가 증가됨)/거나;
    b) 식물의 하나 이상의 종자의 발아를 촉진하고 (또는 촉진하기 위한 것임)/거나;
    c) 식물의 잎 엽록소의 양을 증가시키고 (또는 증가시키기 위한 것임)/거나;
    d) 표적 세포 (예를 들어, 슈도모나스 세포)를 포함하는, 식물에 의해 포함된 생물막을 감소시키는 것인 (또는 감소시키기 위한 것임) 용도.
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US4968619A (en) 1976-09-27 1990-11-06 Research Corporation Modified microorganisms and method of preparing and using same
US5705332A (en) 1994-04-25 1998-01-06 University Of Hawaii Detection and identification of Salmonella and Shigella
AU713611B2 (en) 1994-10-28 1999-12-09 Delft Diagnostic Laboratory B.V. New polynucleic acid sequences for use in the detection and differentiation of prokaryotic organisms
US6153381A (en) 1997-08-28 2000-11-28 Millennium Pharmaceuticals, Inc. Screening for antibiotics
US6261842B1 (en) 1997-10-23 2001-07-17 Wisconsin Alumni Research Foundation Microorganism genomics, compositions and methods related thereto
US6106854A (en) 1998-03-25 2000-08-22 Belfer; William A. Disinfectant composition for infectious water and surface contaminations
US6271359B1 (en) 1999-04-14 2001-08-07 Musc Foundation For Research Development Tissue-specific and pathogen-specific toxic agents and ribozymes
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US10760075B2 (en) * 2018-04-30 2020-09-01 Snipr Biome Aps Treating and preventing microbial infections

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