KR20230036505A - 호흡기 질환 진단용 마커 및 이의 용도 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 호흡기 질환의 발병 위험도가 높음을 예측할 수 있는 SNP 마커 및 유전자 마커를 제공함으로써 호흡기 질환 발병 위험군을 조기에 진단 및 예측할 수 있는 정보 제공 방법, 호흡기 질환 진단용 조성물 및 이를 포함하는 키트에 관한 것이다.
Description
본 발명은 호흡기 질환의 발병과 관련된 기도벽 두께와 유의적 상관관계를 갖는 특정 단일 염기 다형성(SNP) 염기 및 유전자를 확인하여 호흡기 질환을 진단하는 방법, 상기 SNP 및 유전자를 확인할 수 있는 제제를 포함하는 호흡기 질환 진단용 조성물 및 키트에 관한 것이다.
호흡기 질환은 호흡과 관련이 있는 기관인 비강, 인두, 후두, 기관, 기관지, 폐, 흉곽, 횡격막 등에 영향을 주는 질병을 말한다. 그 중, 만성 호흡기 질환은 6개월 혹은 1년 이상 지속되는 질환으로 급성 질환과는 달리 장기간 동안 서서히 진행되는 비감염성 질환이다. 만성 호흡기 질환에는 천식, 만성폐쇄성폐질환(폐기종, 만성 기관지염) 등이 있으며 완전한 치료가 어렵다고 알려져 있다.
천식은 기도의 염증 질환으로, 구체적으로 조직과 사이토카인, 각종 면역세포와 상피세포 및 외부적 요인들이 복잡하게 상호작용하여 기도에 염증과 손상이 생기는 질환이다.
만성 폐쇄성 폐질환(Chronic Obstructive Pulmonary Disease, COPD)은 비가역적 기류 제한으로 장기간에 걸쳐 진행되는 폐질환으로서 일반적으로 여러 원인에 의해 기관지나 폐에 염증이 생기고, 결과적으로 기침이나 가래, 심한 경우 호흡곤란이 생기는 만성 호흡기 질환이다. 만성 폐쇄성 폐질환의 증상이 심화될 경우, 폐기종(emphysema)이나 만성 기관지염(chronic bronchitis)이 동반될 수 있으며, 대부분의 환자에서 중복되어 있는 경우가 많다. 폐기종은 말단 세기관지 이하의 폐포들이 비정상적으로 늘어나고, 폐포벽이 파괴되어 폐 탄력성이 감소하고, 호기성 기도폐쇄를 일으키는 질환이다. 만성 기관지염은 작은 기관지들이 만성적인 염증으로 인하여 벽이 두꺼워지고 내경이 좁아지면서 만성적으로 객담(가래)를 동반하는 기침이 나타나는 질환이다.
기관지 확장증(bronchiectasis)은 기관지의 일부분이 비가역적으로 확장되는 질병으로, 반복적인 감염과 감염으로 인한 염증, 염증 세포의 소화효소의 복합적인 작용으로 인해 기관지의 연골 부분과 콜라겐 등으로 형성된 탄성 섬유가 파괴되면서 기관지가 넓어지게 되는 것이다.
이러한 만성 호흡기 질환 환자에서는 기도 개형(airway remodeling)이라는 기도의 특징적인 구조 변화가 생기며, 예를 들어 상피세포하 섬유화, 기도 평활근의 비후와 과형성으로 기도벽이 두꺼워지는 현상, 혈관 증식으로 인한 기도벽 비후, 점액 과분비 등의 변화가 관찰된다. 특히, 호흡기 질환이 진행되면서 기도 벽의 두께가 증가하고, 폐포 부착의 소실, 폐의 탄성 반동의 소실이 동반되고 그에 따라 FEV1 (1초간 노력성호기량, forced expiratory volume in one second) 및 FVC (노력성폐활량, forced vital capacity)는 감소하게 되며, 이는 만성 호흡기 질환 진단과 치료에 있어 중요한 판단의 기준이 된다. 따라서, 기도벽 두께(Airway wall thickness, AWT)는 호흡기 질환에서 중요한 병태생리학적 역할을 한다. 그러나, GWAS 분석을 통해 AWT의 유전적 감수성을 확인한 연구는 거의 존재하지 않는다.
한편, 인간의 경우 약 1000염기당 1회 빈도로 변이가 있는데 이것을 SNP (single nucleotide polymorphism)라고 하며, 5% 다형을 common polymorphism이라고 하며, 1~5% 다형을 rare polymorphism이라고 한다. 현재 인간의 전체 염기서열을 분석하기 위해 많은 실험 기법 등이 발달하였고, 그 중 전장 유전체 연구(Genome-wide association study, GWAS)는 현재까지 많은 질환 연구에 사용되고 있다.
이에 본 발명자들은 폐기종, COPD 및 천식 등 호흡기 질환의 주요 발병 원인인 기도벽 두께와 관련된 개개인의 SNP 변이가 호흡기 질환 발병 위험도에 영향을 미칠 것으로 가설을 세우고, 호흡기 질환 환자들과 정상인들을 비교하여 GWAS 연구를 진행하고, 연관성 분석을 수행하였다. 그 결과, 호흡기 질환 발병 위험을 미리 예측하고 진단할 수 있는 단일 SNP 바이오마커 및 유전자 마커를 발굴하여 본 발명을 완성하였다.
본 발명은 대상체로부터 얻은 유전자 시료에 대하여 호흡기 질환 발병과 관련된 기도벽 두께(airway wall thickness, AWT)와 유의적 상관관계를 갖는 특정의 SNP 염기 및 유전자를 확인함으로써, 호흡기 질환의 진단 방법 또는 진단을 위한 정보 제공 방법을 제공하는 것을 목적으로 한다.
또한 본 발명은 특정 SNP 마커 및 유전자를 확인할 수 있는 제제를 포함하는 호흡기 질환 진단용 조성물 또는 키트를 제공하는 것을 목적으로 한다.
이하, 본 발명의 구성을 상세히 설명한다.
본 발명은, NCBI refSNP ID: rs11648772, rs11970854 및 rs16920168로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 단일염기다형성(SNP)을 검출하기 위한 제제를 포함하는 호흡기 질환 진단용 조성물을 제공한다.
본 발명의 일 구현예에서, 상기 호흡기 질환은 만성 호흡기 질환일 수 있다. 구체적으로, 상기 호흡기 질환은 기관지 확장증(bronchiectasis), 만성 기관지염(chronic bronchitis), 만성 폐쇄성 폐질환 (chronic obstructive pulmonary disease), 천식(asthma), 또는 폐기종(emphysema)일 수 있다.
본 발명의 용어, "rs 넘버(rs number)" 또는 "NCBI refSNP ID"란 NCBI가 등록되는 모든 SNP에 대하여 해당 SNP의 서열 및 그 위치를 나타낸 번호를 의미하며, 당업자라면 상기 refSNP ID를 이용하여 SNP 가 존재하는 염색체 위치, 유전자 자리(genetic loci), 및 SNP를 포함하는 다형성 서열(polymorphic sequence) 등을 용이하게 확인할 수 있을 것이다. NCBI의 dbSNP 번호인 refSNP ID에 해당하는 구체적인 서열은 계속되는 유전자에 대한 연구 결과에 따라 약간 변경될 수 있으며, 본 발명의 범위가 상기 변경된 서열에도 미치는 것은 당업자에게 자명할 것이다.
구체적으로, 본 발명에서 rs11648772은 16번 염색체의 전체 서열의 51,031,165번째 염기가 T에서 C 또는 G로 치환된 것이며, rs11970854는 7번 염색체의 전체 서열의 139,491,432번째 염기가 T에서 C로 치환된 것이고, rs16920168은 8번 염색체의 전체 서열의 55,982,717번째 염기가 C에서 T로 치환된 것이다.
본 발명에서, "다형성(polymorphism)"이란 단일 유전자 좌위(locus)에 두 가지 이상의 대립 유전자(allele)가 존재하는 경우를 말하며, “다형성 부위(polymorphic site)"란 상기 대립유전자가 존재하는 유전자 좌위를 의미한다. 다형성 부위 중에서, 사람에 따라 단일 염기만이 상이한 것을 "단일 염기 다형성", 즉 SNP(single nucleotide polymorphism)이라고 한다.
게놈 유전자의 99.9%는 개체 내에서 공통적이고, 나머지 0.1%가 특정 질환에 대한 발병 위험도, 과민성 등과 관련한 개체 차이에 관여하고 있다고 여겨지는데, 이러한 발병 위험도 또는 과민성과 직접적으로 관련있다고 생각되는 것이 SNP이다. SNP는 출현 빈도가 높고, 게놈 전체에 걸쳐 거의 균등하게 분포되어 있기 때문에 상기 발병 위험도 또는 과민성과 유전자의 관련성을 연구하는 신뢰성 높은 유전자 다형성이라고 판단되고 있다. 따라서, 이러한 SNP의 변화를 효과적으로 분석하는 경우, 자연적인 유전자 변형과 관련된 각종 질환과의 연관성과 관련된 정보를 효과적으로 분석할 수 있어, 유전적 질환의 스크리닝 및 개인별 맞춤 치료에 크게 기여할 수 있다.
이러한 SNP의 위치는 보통 매우 보존된 서열들이 그 전후로 존재하게 된다. SNP는 보통 특정 위치의 한 염기가 다른 염기로 치환되어 일어나게 되는데, 뉴클레오타이드의 결실이나 중복에 의해서도 일어날 수 있다. 특히, 대립유전자(allele)의 빈도가 5% 이하인 경우를 rare SNP(레어 SNP)라고 하며, 대립유전자의 빈도가 5% 이상인 경우에는 common SNP(커먼 SNP)라고 한다. rare SNP는 민족별 또는 인종별로 다르게 나타날 수 있다. 이러한 rare SNP, 일정하게 정의된 집단(population)의 정의를 인류 전체로 볼 것인지, 특정 집단에 한정하여 볼 것인지에 따라 rare SNP의 범위가 변화할 수 있고, 한 집단에서 common SNP로 보이는 변이라 하더라도, 다른 집단에서는 rare SNP의 양상을 나타낼 수 있음은 자명한 사실에 해당한다.
본 발명의 용어, "대립 유전자(allele)"는 상동 염색체의 동일한 유전자 좌위에 존재하는 한 유전자의 여러 타입을 말한다. 대립 유전자는 다형성을 나타내는데 사용되기도 하며, 예컨대, SNP는 두 종류의 대립인자를 갖는다.
본 발명에서 용어, "SNP 마커"란, 개체 또는 종을 식별하기 위해 이용되는 DNA 서열 상의 단일 염기 다형성 대립유전자 염기쌍을 의미한다. SNP는 비교적 그 빈도가 높고 안정하며 유전체 전체에 분포되어 있고 이에 의하여 개체의 유전적 다양성이 발생하므로, SNP 마커는 개체 간의 유전적 근접성을 알려주는 지표의 역할을 할 수 있다. SNP 마커는 일반적으로 단일 염기 다형성에 수반되는 표현형의 변화를 포함하지만 경우에 따라 그렇지 않을 수도 있다. 본 발명의 SNP 마커의 경우 아미노산 서열의 변이 또는 호흡기 질환 감수성과 같은 개체의 표현형의 차이를 나타낼 수 있다.
본 발명에서, "대상체"란 호흡기 질환 위험도를 확인하고자 하는 대상을 의미할 수 있다. 또는, 호흡기 질환이 이미 발병한 대상일 수 있다. 상기 대상체로부터 얻어진 유전자 시료를 이용하여, 상기 SNP 마커의 유전자형을 분석함으로써 상기 호흡기 질환을 진단할 수 있다. 상기 "시료"는 대상체로부터 얻은 조직, 세포, 전혈, 혈청, 혈장, 타액, 객담, 뇌척수액 또는 뇨 등을 포함하나, 이에 제한되는 것은 아니다. 상기 시료로부터 유전자 시료를 얻을 수 있으며, DNA, mRNA, 또는 mRNA로부터 합성되는 cDNA를 포함할 수 있다.
본 발명에서 용어, "진단"은 대상체에서 질병의 존재 또는 특징을 확인하는 일련의 행위를 의미한다. 본 발명에서 상기 진단은 질병의 발병 여부를 확인하는 행위를 포함할 수 있다. 또한, 본 발명에서 상기 진단은 질병의 발병 위험도를 확인하는 행위를 포함할 수 있다. 본 발명은 대한 호흡기 질환 발병 위험도가 높은 임의의 특정 대상체에 특별하고 적절한 관리를 통하여 발병 시기를 늦추거나 발병하지 않도록 하는 데 사용될 수 있다. 또한, 본 발명은 호흡기 질환을 조기에 진단하여 가장 적절한 치료 방식을 선택함으로써 치료 결정을 하기 위해 임상적으로 사용될 수 있다.
본 발명에서, 상기 단일염기다형성 마커가 호흡기 질환 진단에 이용될 수 있다는 것은, 호흡기 질환이 발병된 군의 유전자 분석 결과 단일염기다형성 부위에서 특정 염기가 존재할 확률이 높다는 것에 근거한 것이다. 본 발명의 실시예에서, 본 발명자들은 한국의 두 코호트의 샘플에 대해 GWAS 메타 분석을 실시하였다. 이를 통해, rs11648772, rs11970854 및 rs16920168이 호흡기 질환과 관련된 기도 벽 두께(AWT)와 유의적 관련성이 있음을 확인하였다. 또한 본 발명자들은, rs11648772에서 가장 가까운 유전자 SALL1 (Spalt Like Transcription Factor 1)의 발현이 천식 환자의 기도 벽 두께와 관련이 있음을 확인하였다.
본 발명의 조성물은 대상체로부터 분리된 유전자 시료에 대하여, rs11648772, rs11970854 및 rs16920168로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 SNP를 검출 또는 확인하기 위한 제제를 함유하는 것일 수 있다.
본 발명에서, 상기 제제는 상기 SNP를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 또는 이들의 상보적 폴리뉴클레오타이드; 또는 상기 폴리뉴클레오타이드와 특이적으로 혼성화하는 프로브 또는 프라이머일 수 있다.
일 예로, 본 발명의 조성물에 함유되는 제제는, 바람직하게는 rs11648772, rs11970854 및 rs16920168로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 또는 이의 상보적 폴리뉴클레오타이드일 수 있다.
본 발명에서, "폴리뉴클레오타이드"는 일반적으로 비변형된 RNA 또는 비변형된 DNA 또는 변형된 RNA 또는 변형된 DNA일 수 있는 임의의 폴리리보뉴클레오타이드 또는 폴리데옥시리보뉴클레오타이드를 의미한다. 따라서, 예를 들어 본 명세서에서 정의된 바와 같은 폴리뉴클레오타이드는 비제한적으로 단일 및 이중가닥 DNA, 단일 및 이중가닥 영역을 포함하는 DNA, 단일 및 이중가닥 RNA, 및 단일 및 이중가닥 영역을 포함하는 RNA, 단일가닥 또는 보다 전형적으로는 이중가닥이거나, 또는 단일 및 이중가닥 영역을 포함할 수 있는 DNA 및 RNA를 포함하는 하이브리드 분자를 포함한다. 따라서, 안정성 또는 다른 이유로 인해 변형된 백본을 갖는 DNA 또는 RNA는 본 명세서에서 의도된 용어와 같은 "폴리뉴클레오타이드”이다. 또한, 이노신과 같은 비통상적 염기 또는 삼중수소화 염기와 같은 변형된 염기를 포함하는 DNA 또는 RNA가 본 명세서에 정의된 바와 같은 "폴리뉴클레오타이드”에 포함될 수 있다. 일반적으로, 용어 "폴리뉴클레오타이드"는 비변형된 폴리뉴클레오타이드의 모든 화학적, 효소적 및/또는 대사적으로 변형된 형태를 포함한다. 폴리뉴클레오타이드는 시험관내 재조합 DNA-매개 기술을 비롯한 다양한 방법에 의해, 그리고 세포 및 유기체 내의 DNA 발현에 의해 제조될 수 있다.
본 발명에 따른 상기 폴리뉴클레오타이드 또는 이의 상보적 폴리뉴클레오타이드는 5개 이상, 바람직하게는 10 내지 100개, 보다 바람직하게는 20 내지 80개, 보다 더 바람직하게는 40 내지 60개의 연속 염기로 구성될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
다른 예로, 본 발명의 조성물에 함유되는 제제는, 바람직하게는 상기 폴리뉴클레오타이드 또는 이의 상보적 폴리뉴클레오타이드와 특이적으로 혼성화하는 폴리뉴클레오타이드일 수 있다.
본 발명에서, 상기 폴리뉴클레오타이드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오타이드와 특이적으로 혼성화하는 폴리뉴클레오타이드는 대립유전자 특이적(allele-specific) 폴리뉴클레오타이드일 수 있다.
구체적으로, 대립형질 특이적 폴리뉴클레오타이드는 각 대립유전자에 특이적으로 혼성화하는 것을 의미한다. 즉, 다형성 서열 중에 존재하는 다형성 부위의 염기를 특이적으로 구별할 수 있도록 혼성화하는 것을 말한다. 여기에서, 혼성화 조건은 대립형질 간의 혼성화 강도에 있어서 유의한 차이를 보여 특정 대립유전자에만 혼성화되도록 충분히 엄격해야 한다. 혼성화에 적합한 조건은 당업계에 통상적으로 알려진 내용을 참조하여 결정할 수 있으며, 온도, 이온 세기(완충액 농도) 및 유기 용매와 같은 화합물의 존재 등을 조절하여 결정될 수 있다. 이러한 엄격한 조건은 혼성화되는 서열에 의존하여 다르게 결정될 수 있다.
본 발명에서, 상기 특이적으로 혼성화하는 폴리뉴클레오타이드는 대립 유전자 특이적 프로브일 수 있다. “프로브(probe)"는 특정 핵산에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 핵산 단편을 의미한다. 프로브는 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편일 수 있으며, 표지(Labelling)되어 있어서 특정 핵산의 존재 유무를 확인할 수 있다. 프로브는 올리고뉴클레오타이드 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다. 본 발명의 프로브는 SNP를 포함하는 서열에 완전하게 또는 부분적으로 상보적인 서열이 이용될 수 있으나, 특이적 혼성화를 방해하지 않는 범위 내에서 실질적으로 (substantially) 상보적인 서열이 이용될 수도 있다. 본 발명에서는 본 발명의 SNP를 포함하는 부위와 상보적인 프로브를 이용하여 혼성화를 실시하여, 혼성화 여부를 통해 SNP를 확인할 수 있다. 적당한 프로브의 선택 및 혼성화 조건은 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.
또한, 본 발명에서, 상기 특이적으로 혼성화하는 폴리뉴클레오타이드는 대립 유전자 특이적 프라이머일 수 있다. 본 발명에서 "프라이머"는 짧은 자유 3' 말단 수산화기를 가지는 염기 서열로 상보적인 주형과 염기쌍을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 서열을 의미하며, 주로 특정 구간을 증폭하는 프라이머 세트의 형태로 사용된다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 중합효소 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. 또한, 프라이머는 통상 7개 내지 50개 또는 15 내지 30개의 염기로 구성될 수 있으나, 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있다. 프라이머는 DNA 합성의 개시점으로 작용하는 프라이머의 기본 성질을 변화시키지 않는 추가의 특징을 혼입할 수 있다. 프라이머 서열은 주형과 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 주형과 혼성화할 정도로 충분히 상보적이어야 한다. 상기 프라이머는 SNP를 포함하는 서열에 혼성화하여 다형성 부위를 포함하는 DNA 단편을 증폭시켜 이를 검출하는데 사용할 수 있다.
프라이머 또는 프로브는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.
또한, 본 발명의 조성물은 SALL1(spalt like transcription factor 1) 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현 수준을 측정하기 위한 제제를 포함하는 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, 상기 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 제제는 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 폴리뉴클레오타이드, 프로브, 또는 프라이머일 수 있다. 상기 측정은 중합효소연쇄반응, 실시간 RT-PCR (Real-time RT-PCR), 역전사 중합효소연쇄반응, 경쟁적 중합효소연쇄반응(Competitive RT-PCR), Nuclease 보호 분석(RNase, S1 nuclease assay), in situ 교잡법, 핵산 마이크로어레이, 노던블랏, DNA 칩, multiplex PCR 또는 ddPCR로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 방법으로 수행될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 구현예에서, "폴리뉴클레오타이드", "프로브" 및 "프라이머"와 관련하여 상기 기술한 모든 내용을 그대로 적용 또는 준용할 수 있다. 본 발명에서는 본 발명의 SALL1 유전자 서열에 상보적인 프로브를 이용하여 혼성화를 실시하여, 혼성화 여부를 통해 유전자의 mRNA 수준을 측정할 수 있다. 또한, 본 발명에서 상기 프라이머는 SALL1 유전자 서열에 혼성화하여 유전자 부위를 포함하는 DNA 단편을 증폭시켜 mRNA 수준을 측정하는데 사용할 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예에서, 상기 단백질 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적인 항체, 앱타머(aptamer), 아비머(avidity multimer) 또는 펩티도모방체(peptidomimetics)일 수 있다. 상기 측정은 웨스턴블랏, ELISA(enzyme linked immunosorbent assay), 방사선면역분석(RIA: Radioimmunoassay), 방사면역확산법(radioimmunodiffusion), 면역 전기영동, 조직면역염색, 면역침전 분석법(Immunoprecipitation assay), 보체 고정 분석법(Complement Fixation Assay), FACS, 질량분석 또는 단백질 칩으로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 방법으로 수행될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 용어 "항체"는 당해 분야에서 공지된 용어로서 항원성 부위에 대해서 지시되는 특이적인 단백질 분자를 의미한다. 본 발명의 목적상, 항체는 본 발명의 마커인 SALL1 단백질에 대해 특이적으로 결합하는 항체를 의미하며, 이러한 SALL1 항체는, SALL1 유전자의 전장 혹은 일부를 통상적인 방법에 따라 발현벡터에 클로닝하여 상기 SALL1 유전자의 전장 혹은 일부에 의해 코딩되는 단백질을 얻고, 얻어진 단백질을 면역원(항원)으로 사용하여 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다. 본 발명의 항체의 형태는 특별히 제한되지 않으며 폴리클로날 항체, 모노클로날 항체 또는 항원 결합성을 갖는 기능적인 단편도 본 발명의 항체에 포함되고 모든 면역 글로불린 항체가 포함된다. 나아가, 본 발명의 항체에는 인간화 항체 등의 특수 항체도 포함된다. 상기 항체 분자의 기능적인 단편이란 적어도 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 뜻하며 Fab, F(ab'), F(ab')2 및 ScFv 등이 있다.
본 발명에서, 용어 "압타머(aptamer)"는 안정된 삼차구조를 유지하면서 특정 분자에 특이적으로 강하게 결합할 수 있는 핵산을 의미한다. 특이적 결합을 하는 기능 때문에 항체와 비교되며 항체의 대체 기술로 평가되고 있다.
본 발명은 rs11648772, rs11970854 및 rs16920168로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 SNP를 검출하기 위한 제제를 포함하는 키트를 제공한다. 상기 키트는 당업자에게 공지된 통상적인 방법에 의해 제작될 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, 상기 키트는 RT-PCR 키트, 마이크로어레이 칩, 또는 미세유체 칩 (microfluidic chip) 키트일 수 있다. 본 발명의 키트는 상기 폴리뉴클레오타이드 또는 이의 상보적 폴리뉴클레오타이드 또는 이와 특이적으로 혼성화하는 폴리뉴클레오타이드뿐만 아니라 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 성분 조성물, 용액 또는 장치가 포함될 수 있다.
일 구현예로서, 본 발명의 키트는 PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있으며, 예를 들어, SNP 부위 또는 유전자 서열을 포함하는 핵산을 증폭할 수 있는 각각의 프라이머 쌍, 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액 (pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드 (dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNAse 억제제, DEPC-수 (DEPC-water) 및 멸균수 등을 추가로 포함할 수 있다,
다른 일 구현예로서, 본 발명의 키트는 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 호흡기 질환 진단용 키트일 수 있으며, 바람직하게는 마이크로어레이 칩 또는 미세유체 칩 키트일 수 있다. DNA 칩 키트는 상기 SNP에 대한 특이적인 폴리뉴클레오타이드, 또는 이와 특이적으로 혼성화하는 프라이머 또는 프로브가 부착되어 있는 기판을 포함하고 기판은 정량 대조군 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 핵산을 포함할 수 있다. 이러한 DNA 칩 키트에서 칩 표면에 핵산이 일정하게 배열되어, DNA 칩 상의 핵산과 칩 표면에 처리된 용액 내에 포함된 상보적인 핵산 간에 다중 혼성화 반응이 일어나 대량 병렬 분석이 가능하다.
마이크로어레이는 본 발명의 상기 폴리뉴클레오타이드 또는 이의 상보적 폴리뉴클레오타이드 또는 이와 특이적으로 혼성화하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 것을 제외하고는 통상적인 마이크로어레이로 이루어질 수 있다. 마이크로어레이 상에서의 핵산의 혼성화 및 혼성화 결과의 검출은 당업계에 잘 알려져 있다. 상기 검출은 예를 들면, 핵산 시료를 형광 물질, 예를 들면, Cy3 및 Cy5와 같은 물질을 포함하는 검출가능한 신호를 발생시킬 수 있는 표지 물질로 표지한 다음, 마이크로어레이 상에 혼성화하고 상기 표지 물질로부터 발생하는 신호를 검출함으로써 혼성화 결과를 검출할 수 있다.
미세유체 칩은 미세유체 제어 기술을 이용하여 유체샘플에 포함되어 있는 분석 대상 물질을 칩 위에 있는 생체 물질, 세포, 조직 또는 검출 장치와의 상호작용을 측정 및 분석하는 미소유체 장치로서, 프로브/표적 혼성화, 핵산 증폭, 및 모세관 전기영동 반응과 같은 과정을 소형화 및 구획화하여 포함할 수 있다.
본 발명의 키트가 SALL1 단백질의 발현 수준을 측정하기 위한 키트일 경우, 항체의 면역학적 검출을 위하여 기질, 적당한 완충용액, 발색 효소 또는 형광물질로 표지된 2차 항체, 발색 기질 등을 포함할 수 있다. 상기에서 기질은 니트로셀룰로오스 막, 폴리비닐 수지로 합성된 96 웰 플레이트, 폴리스티렌 수지로 합성된 96 웰 플레이트 및 유리로 된 슬라이드글라스 등이 이용될 수 있고, 발색효소는 퍼옥시다아제(peroxidase), 알칼라인 포스파타아제(Alkaline Phosphatase)가 사용될 수 있고, 형광물질은 FITC(Fluorescein isothiocyanate), RITC(Rhodamine B isothiocyanate) 등이 사용될 수 있고, 발색 기질액은 ABTS(2,2'-아지노-비스(3-에틸벤조티아졸린-6-설폰산)) 또는 OPD(o-페닐렌디아민), TMB(테트라메틸벤지딘)가 사용될 수 있다.
본 발명의 유전자형 확인에는 서열분석(sequencing), 마이크로어레이 등에 의한 혼성화 분석, PCR을 이용한 증폭 등이 사용될 수 있다.
본 발명의 유전자형 확인은 유전자 서열 분석에 의해 수행될 수 있다. 예를 들어, 시퀀싱, 미니-시퀀싱, 자동시퀀싱, TaqMan 분석, 파이로시퀀싱, 대립 유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allelespecific hybridization, DASH), PCR-RELP (restriction fragment length polymorphism), PCR-SSCP(single strand conformation polymorphism), PCR-SSO (specific sequence oligonucleotide), 마이크로어레이에 의한 혼성화, 프라이머 신장, 서던 블롯 혼성화, 도트 혼성화, PCR-SSO과 도트 하이브리드화를 조합한 ASO(allele specific oligonucleotide) 혼성화, RCA (rolling circle amplification), HRM (high resolution melting), 또는 MALDI-TOF/MS (matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry) 등의 공지의 방법이 사용될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
나아가, 상기 분석의 결과들은 당업계에서 일반적으로 사용되는 통계학적 분석 방법을 이용하여 통계처리 할 수 있으며, 예를 들면, 스튜던트 t-검정(Student's t-test), 카이-스퀘어 테스트 (Chi-square test), 선형 회귀선 분석(linear regression line analysis), 다변량 로지스틱 회귀분석 (multiple logistic regression analysis) 등을 통해 얻은 연속 변수 (continuous variables), 절대 변수 (categorical variables), 대응비 (odds ratio) 및 95% 신뢰구간 (confidence interval) 등의 변수를 이용하여 분석할 수 있다.
본 발명의 일 양태는 대상체로부터 분리된 유전자 시료에 대하여, rs11648772, rs11970854 및 rs16920168로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 SNP를 검출하는 단계를 포함하는 호흡기 질환의 진단을 위한 정보 제공 방법을 제공한다. 또한, 본 발명은 대상체로부터 분리된 유전자 시료에 대하여, rs11648772, rs11970854 및 rs16920168로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 SNP를 검출하는 단계를 포함하는 호흡기 질환의 진단 방법을 제공한다. 또한, 본 발명은 호흡기 질환의 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, 대상체로부터 분리된 유전자 시료로부터 rs11648772, rs11970854 및 rs16920168로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 SNP를 검출하는 방법을 제공한다.
상기에서 호흡기 질환 진단용 조성물 및 키트와 관련하여 기술한 모든 내용이 상기 방법에 그대로 적용 또는 준용될 수 있다.
상기 방법은 대상체의 시료에서 검출된 SNP를 호흡기 질환 환자의 SNP 대조군 또는 정상인의 SNP 대조군과 비교하는 단계를 포함할 수 있다. 예를 들어, 대상체의 시료에서 검출된 SNP가 호흡기 질환 환자의 SNP 대조군과 동일한 유전형을 나타내는 경우, 호흡기 질환이 발병되거나 발병 위험도가 높다고 판단될 수 있고, 상기 대조군과 동일한 유전형을 나타내지 않는 경우 호흡기 질환이 발병되지 않거나 발병 위험도가 낮다고 판단될 수 있다. 또는, 대상체의 시료에서 검출된 SNP가 정상인의 SNP 대조군과 비교하여 동일한 유전형을 나타내는 경우 호흡기 질환이 발병되지 않거나 발병 위험도가 낮다고 판단될 수 있고, 상기 대조군과 동일한 유전형을 나타내지 않는 경우 호흡기 질환이 발병되거나 발병 위험도가 높다고 판단될 수 있다.
본 발명에서, 상기 rs11648772, rs11970854 및 rs16920168로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 SNP가 검출되는 경우, 호흡기 질환 발병 위험도가 높은 것으로 진단하는 것일 수 있다. 본 발명의 일 구현예에서, 상기 방법은 상기 rs11648772의 염기가 C 또는 G인 경우, T인 경우보다 호흡기 질환 발병 위험도가 높은 것으로 진단하는 단계를 포함할 수 있다. 본 발명의 또 다른 구현예에서, 상기 방법은 상기 rs11970854의 염기가 C인 경우, T인 경우보다 호흡기 질환 발병 위험도가 높은 것으로 진단하는 단계를 포함할 수 있다. 본 발명의 또 다른 구현예에서, 상기 방법은 상기 rs16920168의 염기가 T인 경우, C인 경우보다 호흡기 질환 발병 위험도가 높은 것으로 진단하는 단계를 포함할 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, 상기 방법은 SALL1 유전자의 mRNA 또는 상기 유전자로부터 발현되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함할 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, SALL1 유전자의 mRNA 또는 단백질의 발현 수준 측정은, 시료로부터 유전자의 mRNA 또는 단백질을 분리하여 측정될 수 있고, 상기 유전자의 mRNA 또는 단백질의 분리 방법은 당업계의 공지의 방법을 이용하여 수행할 수 있다. 상기 시료로부터 측정된 SALL1 유전자의 mRNA 또는 상기 유전자로부터 발현되는 단백질의 발현 수준이 정상 대조군 시료에서 측정된 SALL1 유전자의 mRNA 또는 상기 유전자로부터 발현되는 단백질의 발현 수준보다 높은 경우, 대상체를 호흡기 질환 발병 위험도가 높거나 이미 발병한 것으로 진단할 수 있다.
본 발명의 이점 및 특징, 그리고 그것들을 달성하는 방법은 상세하게 후술되어 있는 실시예들을 참조하면 명확해질 것이다. 그러나 본 발명은 이하에서 개시되는 실시예들에 한정되는 것이 아니라 서로 다른 다양한 형태로 구현될 것이며, 단지 본 실시예들은 본 발명의 개시가 완전하도록 하고, 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 발명의 범주를 완전하게 알려주기 위해 제공되는 것이며, 본 발명은 청구항의 범주에 의해 정의될 뿐이다.
본 발명은 호흡기 질환을 진단할 수 있는 정보 제공 방법, 조성물 및 키트에 관한 것으로, 전장 유전체 연관성 분석(GWAS)을 통해 호흡기 질환 발병 위험도와 연관된 SNP 변이 및 유전자를 확인하였는바, 상기 SNP 및 유전자를 통해 호흡기 질환의 진단 또는 발병 예측에 활용할 수 있다.
도 1은 분석 연구 설계의 개략도를 나타낸 것이다.
도 2는 메타 분석의 맨해튼 플롯을 나타낸 것이다.
도 3은 메타 분석의 locus zoom plot을 나타낸 것이다.
도 4는 상위 10개의 SNP에 대한 포레스트 플롯을 나타낸 것이다.
도 2는 메타 분석의 맨해튼 플롯을 나타낸 것이다.
도 3은 메타 분석의 locus zoom plot을 나타낸 것이다.
도 4는 상위 10개의 SNP에 대한 포레스트 플롯을 나타낸 것이다.
이하, 본 출원을 실시예를 통해 상세히 설명한다. 하기 실시예는 본 출원을 예시하는 것일 뿐 본 출원의 범위가 하기 실시예에 한정되는 것은 아니다.
[실시예]
실험방법
1-1. 연구 대상
연구 모집단은 2012년과 2017년 사이 강원대학교 병원에서 시멘트 공장 근처 지역에 거주하는 피험자 500명(KWNU 데이터)과 고려대학교 안산병원의 KoGES-안산 연구(N=5012)에서 2001-2016년 동안 1:1 일치 중첩 사례-대조군 연구(240건의 COPD 사례 및 240건의 대조군)로 설계된 480명의 피험자(KU 데이터)로 구성된다. 각 데이터셋의 인구 통계학적 특성은 표 1에 요약하였다. 하기 표에서 평균±SD 값은 각 셀에 표시된다. (BMI: 체질량 지수; EI: 폐기종 지수; FEV1: 1초 동안의 강제 호기량; BD: 기관지 확장제(bronchodilator); FVC: 강제 폐활량; P15HU_WL: 전체 폐에서 밀도 히스토그램의 15번째 백분위수에 있는 HU; FWHM_AWT_P10_WL: FWHM 방법에 의한 전체 폐의 AWT-Pi10(mm); FWHM_WTM_WL: FWHM 방법에 의한 전체 폐의 기도 벽 두께(AWT)(mm); FWHM_WAPM_WL: FWHM 방법에 의한 전체 폐의 기도 벽 백분율(%AWA))
1-2. 폐활량 측정 및 이미징 절차
폐기능 측정은 EasyOne(NDD, Zurich, Switzerland)을 사용하여 400μg의 살부타몰 투여 전후에 시행하였고, ATS/ERS 기준에 따라 폐기능 측정을 선택하였다. CT 측정은 이중 소스 CT 스캐너(Somatom Definition, Siemens Healthcare, Forchheim, Germany[KWNU 데이터]; Brilliance 64, Philips Healthcare, Cleveland, OH, USA[KU 데이터])를 사용하여 누운 자세에서 완전히 흡기 및 호기 시 획득했다. 기도 벽 두께를 평가하기 위해 벽 면적 백분율은 (100 x 벽 면적/총 기관지 면적)으로 정의되었으며 벽 면적은 사내 소프트웨어를 사용하여 오른쪽 정점 및 왼쪽 정점 후분 기관지 기점 부근에서 측정되었으며 두 측정값의 평균을 구했다. 폐기종 지수는 -950HU 임계값 미만의 폐 면적 백분율로 계산되었다. 기능적 소기도 질환은 Aview® 시스템(Coreline Soft Inc., Seoul, South Korea)을 사용하여 흡기 및 호기 CT의 영상 동시 등록 후 흡기 시≥-950HU와 호기 시 < -856HU 사이의 폐 면적 비율로 계산되었다.
1-3. 유전자형 및 대체
유전자형은 860,000개 이상의 SNP를 포함하는 PMRA(AxiomTM Precision Medicine Research Array)를 사용하여 생성되었으며, SNP와 피험자의 품질 관리는 PLINK 및 ONETOOL로 수행되었다. 다음 조건 중 적어도 하나의 조건을 충족하는 모든 SNP는 제외되었다: 유전자형 호출률은 95% 미만; Hardy-Weinberg 평형(HWE) 테스트의 P<1×10-5; 0.2<X 염색체 동형 접합성<0.8; 또는 SNP의 이형 접합 비율이 이형 접합 비율의 평균 ± 3 표준 편차를 벗어난 경우. 상기 품질 관리 과정을 마친 후, KWNU 데이터와 KU 데이터에는 각각 433명과 387명의 피험자와 768,913명과 775,371개의 SNP가 남았으며, 자세한 절차는 도 1에 나타내었다.
SNP 유전자형 대체는 KWNU 데이터와 KU 데이터에 대해 각각 미시건 대체 서버(https://imputationserver.sph.umich.edu)를 사용하여 수행되었다. Haplotype Reference Consortium release v1.1을 참조 패널로 사용하고 '비유럽인' 또는 '혼합' 집단만 고려했고, 각각 Eagle V 2.4 및 Minimac4를 사용하여 사전 단계화 및 대체를 수행했다. 대체 과정 후, R-제곱(Rsq)이 0.3보다 작거나 중복된 SNP가 있는 경우, 누락된 유전자형 비율(missing genotype rate)이 0.05보다 더 큰 경우, HWE에 대한 P-value가 1×10-5미만이거나 소수 대립 유전자 빈도(MAF)가 0.05 미만인 경우, 대체된 SNP를 제거했다. 또한, IBS(identity-by-descent)>0.9이고 PC 점수가 5x IQRPC를 벗어나는 대상은 제거되었다. 최종적으로, 각 데이터셋에 대해 433 및 387명의 피험자, 4,941,935 및 4,956,071개의 SNP가 분석에 사용되었다 (도 1).
1-4. 전장유전체 연관분석(GWAS) 및 메타 분석
기도 벽 두께에 대한 전장유전체 연관 분석은 KWNU 데이터와 KU 데이터 모두에 대한 선형 회귀를 사용하여 수행되었으며, 집단 구조, 연령 및 성별을 조정하기 위해 PLINK로 추정된 10개의 주성분(PC) 점수가 공변량으로 포함되었다.
METAL 소프트웨어를 사용하여 두 데이터셋에 대한 메타 분석을 수행하였으며, 효과 크기(effect size) 추정치와 표준오차를 기본옵션으로 이용하였다. 표 2는 각 데이터셋의 메타분석 결과와 GWAS 결과를 보여준다. 도 2는 메타분석의 맨해튼 플롯과 locus zoom plot을 보여준다.
1-5. RNA 발현 연관성 검사
유전자 발현 옴니버스(GEO) 데이터베이스의 GSE18965는 메타 분석에서 표적 유전자의 RNA 발현을 분석하는 데 사용되었습니다. 9명의 천식 아토피 환자와 7명의 건강한 비아토피 대조군의 기도 상피 세포(AEC)에서 마이크로어레이(Affymetrix Human Genome U133A Array)를 사용하여 RNA 발현을 조사했다. 현저하게 차등 발현되는 유전자를 검출하기 위해 R 패키지의 'limma' 방법을 수행하였다.
실험 결과
1. 한국 데이터셋에서 기도 벽 두께(AWT) 간의 전장유전체 연관성
KWNU 데이터와 KU 데이터에 대해 선형 회귀로 GWAS 메타 분석을 수행하였다. 도 2는 이에 대한 맨해튼 플롯은 염색체 16에 위치한 rs11648772가 1.41×10-8의 P-값을 가져 게놈 전체에서 유의미한 수준을 충족함을 보여준다. 표 2는 AWT와 유의한 연관성을 갖는 상위 10개 SNP를 나열한 것으로, 상위 10개의 SNP MAF를 Kref의 SNP의 MAF와 비교하였다. 아래 표에서 사용된 용어의 의미는 다음과 같다: BP 염기쌍; MAF 소수 대립 유전자 빈도; KRef 한국 참조 데이터; SE 표준 오차; Alt 대체 대립 유전자; Ref 참조 대립 유전자; HWE, 하디-와인버그(Hardy-Weinberg) 평형.
도 3은 표 2의 상위 10개 SNP에 대한 포레스트 플롯을 보여준다. 표 2에 나타난 SNP 중 가장 유의하게 연관된 SNP는, 폐 기능과 관련된 LINC02127 유전자에 위치해 있는 rs11648772이다. LINC02127에 있는 또 다른 SNP인 rs147153117은 기관제 확장제(bronchodilator) 후의 FEV1/FVC 비율에 대해 유의하게 게시된 바 있다 (표 3). 아래 표에서 RAF는 risk 대립 유전자 빈도를 의미한다.
rs11648772 외에도, 여러 SNP 중에서 rs11970854 및 rs16920168가 기도 염증 및 증식에 유의하게 관여함을 확인하였다. rs11970854는 염색체 7의 KLRG2(dist = 7,721) 근처에 위치하고 rs16920168은 염색체 8의 LYN에 위치한다. 이전 연구에서 염증성 ILC2(iILC2)로 정의된 KLRG2는 GATA3(ILC2의 주요 전사 인자)을 발현한다고 알려져있다. 이러한 감염에 따른 증가된 ILC2 는 병원성 만성 염증 및/또는 폐의 구조적, 복구 및 발달 과정의 변경이 포함될 수 있다. 또한, 이전 연구에서 Lyn이 알레르겐-유발 기도 염증을 하향 조절하는 것으로 밝혀진 바 있으며, Lyn의 과발현은 알레르겐에 노출된 쥐에서 점액 분비와 MUC5AC 전사를 감소시킴이 밝혀졌다.
2. 차등 발현 유전자 분석
SALL1은 게놈 전반에 걸친 유의미한 SNP인 rs11648772 근처에 가장 가깝게 위치해 있다 (rs11648772에서 104,810bp 떨어져 있음). 기도 벽 두께와 관련된 SALL1을 파악하기 위해 GEO 데이터베이스의 GSE18965 데이터셋을 사용했다. 그 결과 천식성 아토피 환자에서 SALL1 유전자 발현이 증가하였다 (β=0.11,p-value=0.0172) (표 4). 즉, SALL1의 발현은 천식 아토피 환자의 기도 벽 두께와 관련이 있음이 확인되었다.
SALL1은 단백질을 암호화하는 유전자로, 이 유전자에 의해 암호화된 단백질은 징크 핑거 전사 억제자이며, Nucleosome Remodeling Deacetylase 히스톤 데아세틸라아제 복합체의 일부일 수 있다. 어린이의 천식 상피 세포(asthmatic epithelial cells)에서 피브로넥틴(FN) 분비 능력의 감소가 조절되지 않는 기도 상피 세포(Airway epithelial cells, AEC)의 복구에 중요한 역할을 하며, FN이 상피 이동 및 증식을 위한 표면을 제공하는 임시 ECM의 필수 구성요소라는 점을 감안할 때, FN 발현은 천식 기도에서 나타나는 비정상 상피 복구의 잠재적 기전과 관련이 있다. 또한, SALL1은 상피-중간엽 전이(epithelial-mesenchymal transition, EMT)를 방지하고 줄기 세포 마커의 발현을 하향 조절하여 세포 이동을 억제한다고 알려져 있으며, EMT는 기도 개형(airway remodeling)과 관련하여 자주 언급된다. 즉, 본 발명자들은 SALL은 신경교세포에서 EMT 억제에 관여 관여하여 천식 환자의 기관지벽 함몰에 영향을 미치며, SALL1이 EMT 경로와 관련되어, 기관지 기도에서의 세포 증식을 억제할 수 있음을 확인하였다.
본 발명은 상술한 실시예 및 실험예를 참고로 설명되었으나 이는 예시적인 것에 불과하며, 당해 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자라면 이로부터 다양한 변형 및 균등한 다른 실시예 및 실험예가 가능하다는 점을 이해할 것이다. 따라서 본 발명의 진정한 기술적 보호 범위는 첨부된 특허청구범위의 기술적 사상에 의하여 정해져야 할 것이다.
Claims (13)
- NCBI refSNP ID: rs11648772, rs11970854 및 rs16920168로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 단일염기다형성(SNP)을 검출하기 위한 제제를 포함하는,
호흡기 질환 진단용 조성물. - 제1항에 있어서,
상기 제제는 rs11648772, rs11970854 및 rs16920168로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 SNP를 검출할 수 있는 프로브 또는 프라이머인,
호흡기 질환 진단용 조성물. - 제1항에 있어서,
상기 조성물은 SALL1(spalt like transcription factor 1) 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현 수준을 측정하기 위한 제제를 추가로 포함하는,
호흡기 질환 진단용 조성물. - 제3항에 있어서,
상기 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 제제는 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 폴리뉴클레오타이드, 프로브, 또는 프라이머인,
호흡기 질환 진단용 조성물. - 제3항에 있어서,
상기 단백질 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적인 항체, 앱타머, 아비머 또는 펩티도모방체인,
호흡기 질환 진단용 조성물. - 제1항에 있어서,
상기 호흡기 질환은 기관지 확장증(bronchiectasis), 만성 기관지염(chronic bronchitis), 만성 폐쇄성 폐질환 (chronic obstructive pulmonary disease), 천식(asthma) 또는 폐기종(emphysema)인,
호흡기 질환 진단용 조성물. - 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항의 조성물을 포함하는,
호흡기 질환 진단용 키트. - 제7항에 있어서,
상기 키트는 RT-PCR 키트, 마이크로어레이 칩 또는 미세유체 칩인,
호흡기 질환 진단용 키트. - 대상체로부터 분리된 유전자 시료에 대하여,
제1항의 조성물을 이용하여 rs11648772, rs11970854 및 rs16920168로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 SNP를 검출하는 단계를 포함하는,
호흡기 질환의 진단을 위한 정보 제공 방법. - 제9항에 있어서,
상기 rs11648772, rs11970854 및 rs16920168로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 SNP가 검출되는 경우, 호흡기 질환 발병 위험도가 높은 것으로 진단하는 것인,
호흡기 질환의 진단을 위한 정보 제공 방법. - 제9항에 있어서,
SALL1 유전자의 mRNA 또는 상기 유전자로부터 발현되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계를 더 포함하는,
호흡기 질환의 진단을 위한 정보 제공 방법. - 제11항에 있어서,
상기 발현 수준이 정상 대조군 시료에서의 발현 수준보다 높은 경우에 호흡기 질환의 발병 위험도가 높은 것으로 진단하는 것인,
호흡기 질환의 진단을 위한 정보 제공 방법. - 제9항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 호흡기 질환은 기관지 확장증(bronchiectasis), 만성 기관지염(chronic bronchitis), 만성 폐쇄성 폐질환 (chronic obstructive pulmonary disease), 천식(asthma) 또는 폐기종(emphysema)인, 호흡기 질환의 진단을 위한 정보 제공 방법.
Applications Claiming Priority (2)
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2022
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