KR20220080124A - 생물학적 요법에 대한 요구를 예측하는 방법 - Google Patents

생물학적 요법에 대한 요구를 예측하는 방법 Download PDF

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코스탄티노 피잘리스
마일스 제이 루이스
프랜시스 클레어 험비
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퀸 메리 유니버시티 오브 런던
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Abstract

류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 이용한 치료를 필요로 하는 대상체를 식별하기 위한 방법으로서, 상기 방법은 (a) 대상체로부터 획득된 하나 이상의 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 수준을 결정하는 단계로서, 상기 하나 이상의 바이오마커가 표 1로부터 선택되는, 단계; 및 (b) 하나 이상의 상응하는 참조 값에 대해 하나 이상의 바이오마커의 수준을 비교하는 단계로서, 상응하는 참조 값에 비해 하나 이상의 바이오마커의 수준이 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 이용한 치료에 대한 요구를 나타내는, 단계를 포함한다.

Description

생물학적 요법에 대한 요구를 예측하는 방법
본 발명은 대상체가 류마티스 관절염에 대해 생물학적 요법을 필요로 할 것인지를 예측하기 위한 방법에 관한 것이다. 본 발명은 또한 류마티스 관절염에 대해 대상체를 치료하기 위한 방법에 관한 것이다.
염증성 관절염은 류마티스 관절염(RA), 건선성 관절염(PsA), 전신 홍반선 루푸스(SLE), 쇼그렌 증후군 및 다발근육염을 포함하는 다양한 자가면역 장애에서 현저한 임상 소견이다.
RA는 북유럽 및 북미 성인 인구의 대략 0.5 내지 1%에 영향을 미치는 만성 염증성 질병이다. 이는 영향을 받은 관절의 윤활막에서 만성 염증을 특징으로 하는 전신 염증성 질병으로, 궁극적으로 만성 통증 및 피로로 인해 일상적인 기능을 상실하게 된다. 대부분의 환자는 또한 영향을 받은 관절에서 연골 및 뼈의 점진적인 악화를 경험하며, 이는 결국 영구 장애로 이어질 수 있다. RA의 장기 예후는 좋지 않으며, 환자의 대략 50%가 진단 시점으로부터 10년 이내에 유의한 기능적 장애를 경험한다. 기대 수명은 평균 3-10년 감소된다.
RA와 같은 염증성 골 질병은 증가된 파골성 흡수로 인해 영향을 받은 관절 주위의 골 손실을 동반한다. 이러한 과정은 주로 종양 괴사 인자-알파(TNF-α)가 주요 효과기인 염증촉진성 사이토카인의 증가된 국소 생산에 의해 매개된다.
RA에서 구체적으로 면역 반응은 윤활막 구획에 존재하는 하나 또는 여러 항원에 의해 개시/영속되어 급성 염증 세포 및 림프구의 관절로의 유입을 생성시키는 것으로 생각된다. 염증의 연속적인 파동은 판누스로 언급되는 침습성 및 침식성 조직의 형성으로 이어진다. 이는 TNF-α 및 인터루킨-1(IL-1)과 같은 염증촉진성 사이토카인을 생성하는 증식하는 섬유모세포-유사 윤활막세포 및 대식세포를 함유한다. 단백질분해 효소, 다양한 염증 매개체 및 파골성 활성화의 국소 방출은 많은 조직 손상에 기여한다. 관절 연골의 손실 및 골 침식의 형성이 존재한다. 주변 힘줄 및 윤활낭은 염증 과정에 의해 영향을 받을 수 있다. 궁극적으로, 관절 구조의 온전성이 손상되어 장애가 발생한다.
B 세포는 주로 자가항체-생산 세포의 전구체로서뿐만 아니라 항원 제시 세포(APC) 및 염증촉진성 사이토카인 생성 세포로서 작용함으로써 RA의 면역병리발생에 기여하는 것으로 생각된다. 유형 II 콜라겐 및 프로테오글리칸뿐만 아니라 류마티스 인자에 대한 항체 및 가장 중요하게는 항 시트룰린화 단백질 항체(ACPA)를 포함하여 다수의 자가항체 특이성이 확인되었다. 다량의 항체의 생성은 면역 복합체 형성 및 보체 캐스케이드의 활성화로 이어진다. 이는 차례로 면역 반응을 증폭시키고, 국소 세포 용해에서 절정에 이를 수 있다.
질병 과정을 변형시키고 관절 파괴를 지연시키기 위해 사용되는 RA에 대한 현재의 표준 요법은 질병 변형 항-류마티스 약물(DMARD)로 공지되어 있다. 메토트렉세이트, 레플루노미드 및 설파살라진은 전통적인 DMARD이며, 이는 종종 1차 치료로서 효과적이다.
RA에서 역할을 하는 면역계의 특정 성분을 표적으로 하도록 설계된 생물학적 제제가 또한 치료제로 사용된다. TNF-α 억제제(에타너셉트, 인플릭시맙 및 아달리무맙), 인간 IL-1 수용체 길항제(아나킨라), 및 선택적 공동-자극 조절제(아바타셉트)를 포함하는 다양한 그룹의 RA에 대한 생물학적 치료가 있다.
ACR/EULAR RA 분류 기준의 도입은 RA의 조기 진단 및 치료에 긍정적인 영향을 미쳐 더 나은 결과를 가져온다. 같은 이유로, 더 광범위한 기준으로 인해 더 경미하고 더 균일하지 않은 질병을 갖는 환자가 포함되었다. 이는 개별 특허 수준에서 질병 예후 및 치료 반응을 정확하게 예측할 수 없음과 함께, 구조적 손상 진행이 가속화될 위험이 있는 환자를 식별하고 예후가 좋지 않은 환자에 대해 공격적/생물학적 요법을 신속하게 추적할 필요성을 강조한다.
csDMARD에 반응할 가능성이 없는 환자의 질병 발병시 식별은 충족되지 않은 주요 요구사항으로 남아 있다. 초기 임상 분류 기준을 구체화하는 능력 및 질병 발병시 생물학적 요법이 이후 필요한 환자를 식별하는 능력은 가장 필요한 환자에게 치료적 개입을 계층화할 수 있는 기회를 제공할 것이다.
따라서, 특히 질병 발병시 대상체가 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 필요로 할 것인지 예측하는 방법이 필요하다. 류마티스 관절염에 대해 대상체를 치료하기 위한 방법이 또한 필요하다.
본 발명은 청구범위에 설명된 바와 같이 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 이용한 치료를 필요로 하는 대상체를 식별하기 위한 방법과 함께 이와 같이 식별된 대상체를 치료하기 위한 방법을 제공함으로써 상기 종래 기술 문제를 해결한다.
본 발명자는 현재까지 가장 큰 생검 유도된 초기 염증성 관절염 코호트(200명의 환자)를 연구하였고, 상세한 윤활막 세포 및 분자 특성규명을 통해 ACR/EULAR 질병 분류를 세분화하였다. 또한, 본 발명자는 12개월에 림프-골수성 병원형 및 생물학적 요법의 요구와 관련된 윤활막 병리학적 마커를 식별하였다. 특히, 이들 발견은 증상이 시작된 후 처음 12개월 이내에 진단 시점과 독립적이며, 이는 소위 "기회 창(window of opportunity)"이 6개월보다 넓고 질병 발병시 불량한 예후의 윤활막 병리학적 아형에 따른 생물학적 요법의 조기 계층화가 이들 환자의 결과를 개선할 수 있음을 암시한다. 윤활막 병리학적 마커의 로지스틱 회귀 모델로의 통합은 예측 정확도를 78.8%에서 89-90%로 개선시키고, 이후에 생물학적 요법을 필요로 하는 환자의 질병 발병시 식별을 가능하게 한다. 본 발명자의 접근법은 불량한 예후를 갖는 환자에서 생물학적 요법을 조기에 시작할 수 있게 한다.
일 양태에서, 본 발명은 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 이용한 치료를 필요로 하는 대상체를 식별하기 위한 방법을 제공하며, 상기 방법은 (a) 대상체로부터 획득된 하나 이상의 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 수준을 결정하는 단계로서, 여기서 하나 이상의 바이오마커가 표 1로부터 선택되는, 단계; 및 (b) 하나 이상의 상응하는 참조 값에 대해 하나 이상의 바이오마커의 수준을 비교하는 단계로서, 상응하는 참조 값에 비해 하나 이상의 바이오마커의 수준이 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 이용한 치료에 대한 요구를 나타내는, 단계를 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 질병-변형 항-류마티스 약물(DMARD) 이외에 또는 이에 더하여 류마티스 관절염에 대한 요법을 이용한 치료를 필요로 하는 대상체를 식별하기 위한 방법을 제공하며, 상기 방법은 (a) 대상체로부터 획득된 하나 이상의 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 수준을 결정하는 단계로서, 여기서 하나 이상의 바이오마커가 표 1로부터 선택되는, 단계; 및 (b) 하나 이상의 상응하는 참조 값에 대해 하나 이상의 바이오마커의 수준을 비교하는 단계로서, 상응하는 참조 값에 비해 하나 이상의 바이오마커의 수준이 MDARD 이외에 또는 이에 더하여 류마티스 관절염에 대한 요법을 이용한 치료에 대한 요구를 나타내는, 단계를 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 DMARD-불응성일 수 있는 대상체를 식별하기 위한 방법을 제공하며, 상기 방법은 (a) 대상체로부터 획득된 하나 이상의 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 수준을 결정하는 단계로서, 여기서 하나 이상의 바이오마커가 표 1로부터 선택되는, 단계; 및 (b) 하나 이상의 상응하는 참조 값에 대해 하나 이상의 바이오마커의 수준을 비교하는 단계로서, 상응하는 참조 값에 비해 하나 이상의 바이오마커의 수준이 대상체가 DMARD-불응성임을 나타내는, 단계를 포함한다.
일 양태에서, 본 발명은 류마티스 관절염을 갖거나 가질 것으로 의심되는 대상체에 대한 요법을 선택하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 (a) 대상체로부터 획득된 하나 이상의 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 수준을 결정하는 단계로서, 여기서 하나 이상의 바이오마커가 표 1로부터 선택되는, 단계; 및 (b) 하나 이상의 상응하는 참조 값에 대해 하나 이상의 바이오마커의 수준을 비교하는 단계로서, 상응하는 참조 값에 비해 하나 이상의 바이오마커의 수준이 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 이용한 치료에 대한 요구를 나타내는, 단계를 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 질병-변형 항-류마티스 약물(DMARD) 단독으로 류마티스 관절염을 치료하는 것이 효과적이지 않을 가능성이 있는 대상체를 식별하기 위한 방법을 제공하며, 상기 방법은 (a) 대상체로부터 획득된 하나 이상의 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 수준을 결정하는 단계로서, 여기서 하나 이상의 바이오마커가 표 1로부터 선택되는, 단계; 및 (b) 하나 이상의 상응하는 참조 값에 대해 하나 이상의 바이오마커의 수준을 비교하는 단계로서, 상응하는 참조 값에 비해 하나 이상의 바이오마커의 수준이 MDARD 단독을 이용한 류마티스 관절염의 치료가 효과적이지 않은 것을 나타내는, 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 1로부터의 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71개 또는 모든 72개의 바이오마커를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 1로부터의 모든 바이오마커를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 1로부터의 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71개 또는 모든 72개의 바이오마커로 구성된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 1로부터의 모든 바이오마커로 구성된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 2로부터 선택되고, 하나 이상의 바이오마커의 수준은 상응하는 참조 값과 비교하여 증가된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 2로부터의 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48개 또는 모든 49개의 바이오마커를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 2로부터의 모든 바이오마커를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 2로부터의 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48개 또는 모든 49개의 바이오마커로 구성된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 2로부터의 모든 바이오마커로 구성된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 3로부터 선택되고, 하나 이상의 바이오마커의 수준은 상응하는 참조 값과 비교하여 감소된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 3으로부터의 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22개 또는 모든 23개의 바이오마커를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 3으로부터의 모든 바이오마커를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 3으로부터의 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22개 또는 모든 23개의 바이오마커로 구성된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 3으로부터의 모든 바이오마커로 구성된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, CSF1, MMP3, IL20 및 MMP10 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, CSF1, MMP3, IL20 및 MMP10를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, CSF1, MMP3, IL20, MMP10 및 NOG 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, CSF1, MMP3, IL20, MMP10 및 NOG를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, IL8, CSF1, MMP3, LTB, HIVEP1, IL20, UBASH3A 및 MMP10 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, IL8, CSF1, MMP3, LTB, HIVEP1, IL20, UBASH3A 및 MMP10을 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, IL8, CSF1, MMP3, HIVEP1, IL20, MMP10, NOG 및 IFNB1 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, IL8, CSF1, MMP3, HIVEP1, IL20, MMP10, NOG 및 IFNB1을 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 대상체의 하나 이상의 임상 공변량을 결정하고 하나 이상의 임상 공변량을 하나 이상의 참조 값과 비교하는 것을 추가로 포함한다. 임상 공변량은, 예를 들어, 질병 활성 스코어(DAS), DAS28, 기준선 병원형, C-반응성 단백질 및 압통 관절수(TJC)로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 대상체의 C-반응성 단백질 및 DAS28 임상 공변량을 결정하고 각각의 임상 공변량을 하나 이상의 참조 값과 비교하는 것을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 대상체의 병원형, C-반응성 단백질, TJC 및 DAS28 임상 공변량을 결정하고 각각의 임상 공변량을 하나 이상의 참조 값과 비교하는 것을 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, CSF1, MMP3, IL20 및 MMP10 중 하나 이상을 포함하고, 상기 방법은 대상체의 C-반응성 단백질 및 DAS28 임상 공변량을 결정하고 각각의 임상 공변량을 하나 이상의 참조 값과 비교하는 것을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, CSF1, MMP3, IL20 및 MMP10을 포함하고, 상기 방법은 대상체의 C-반응성 단백질 및 DAS28 임상 공변량을 결정하고 각각의 임상 공변량을 하나 이상의 참조 값과 비교하는 것을 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, CSF1, MMP3, IL20, MMP10 및 NOG 중 하나 이상을 포함하고, 상기 방법은 대상체의 병원형, C-반응성 단백질, TJC 및 DAS28 임상 공변량을 결정하고 각각의 임상 공변량을 하나 이상의 참조 값과 비교하는 것을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, CSF1, MMP3, IL20, MMP10 및 NOG를 포함하고, 상기 방법은 대상체의 병원형, C-반응성 단백질, TJC 및 DAS28 임상 공변량을 결정하고 각각의 임상 공변량을 하나 이상의 참조 값과 비교하는 것을 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, IL8, CSF1, MMP3, LTB, HIVEP1, IL20, UBASH3A 및 MMP10 중 하나 이상을 포함하고, 상기 방법은 대상체의 C-반응성 단백질 및 DAS28 임상 공변량을 결정하고 각각의 임상 공변량을 하나 이상의 참조 값과 비교하는 것을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, IL8, CSF1, MMP3, LTB, HIVEP1, IL20, UBASH3A 및 MMP10을 포함하고, 상기 방법은 대상체의 C-반응성 단백질 및 DAS28 임상 공변량을 결정하고 각각의 임상 공변량을 하나 이상의 참조 값과 비교하는 것을 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, IL8, CSF1, MMP3, HIVEP1, IL20, MMP10, NOG 및 IFNB1 중 하나 이상을 포함하고, 상기 방법은 대상체의 병원형, C-반응성 단백질, TJC 및 DAS28 임상 공변량을 결정하고 각각의 임상 공변량을 하나 이상의 참조 값과 비교하는 것을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, IL8, CSF1, MMP3, HIVEP1, IL20, MMP10, NOG 및 IFNB1을 포함하고, 상기 방법은 대상체의 병원형, C-반응성 단백질, TJC 및 DAS28 임상 공변량을 결정하고 각각의 임상 공변량을 하나 이상의 참조 값과 비교하는 것을 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, IL8, CSF1, MMP3, LTB, HIVEP1, IL20, UBASH3A, MMP10, NOG 및 IFNB1 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, IL8, CSF1, MMP3, LTB, HIVEP1, IL20, UBASH3A, MMP10, NOG 및 IFNB1을 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 GPR114, IL8, CSF1, MMP3, LTB, HIVEP1, IL20, UBASH3A, MMP10, NOG 및 IFNB1을 포함하고, 상기 방법은 대상체의 병원형, C-반응성 단백질 및 TJC(및 선택적으로 DAS28) 임상 공변량을 결정하고 각각의 임상 공변량을 하나 이상의 참조 값과 비교하는 것을 추가로 포함한다.
본원에 설명된 방법에 사용하기 위한 예시적인 바이오마커 및/또는 임상 공변량은 실시예 1 및/또는 도 6b에 설명된 것들이다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커의 수준을 결정하는 단계는 하나 이상의 바이오마커의 유전자 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 수준은 핵산 수준이다. 일부 구현예에서, 핵산 수준은 mRNA 수준이다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커의 수준은 핵산의 직접 디지털 카운팅, RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, 마이크로어레이 분석, 또는 이들의 조합에 의해 결정된다.
일부 구현예에서, 수준은 단백질 수준이다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커의 수준은 면역검정, 액체 크로마토그래피-질량분광법(LC-MS), 혼탁측정법, 압타머 기술, 또는 이들의 조합에 의해 결정된다.
바람직한 구현예에서, 대상체는 이전에 류마티스 관절염에 대해 치료된 적이 없다. 바람직한 구현예에서, 대상체는 질병-변형 항-류마티스 약물(DMARD) 및/또는 스테로이드에 대해 치료 나이브(naive)이다.
일부 구현예에서, 대상체는 이전에 질병-변형 항-류마티스 약물(DMARD)로 치료된 적이 없다. 일부 구현예에서, 대상체는 이전에 류마티스 관절염에 대해 생물학적 요법으로 치료된 적이 없다. 바람직한 구현예에서, 대상체는 이전에 류마티스 관절염에 대해 질병-변형 항-류마티스 약물(DMARD) 또는 생물학적 요법으로 치료된 적이 없다.
일부 구현예에서, 대상체는 류마티스 관절염을 갖는 것으로 의심된다.
일부 구현예에서, 대상체는 1년 미만(예를 들어, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개월 미만) 동안 류마티스 관절염의 하나 이상의 증상을 나타내었다.
일부 구현예에서, 샘플은 윤활막 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 윤활막 조직 샘플 또는 윤활액 샘플이다.
일부 구현예에서, 샘플은 윤활막 생검, 바람직하게는 초음파-유도 윤활막 생검에 의해 획득된다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 대상체가 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 이용한 치료를 필요로 하거나; 질병-변형 항-류마티스 약물(DMARD) 이외에 또는 이에 더하여 류마티스 관절염에 대한 요법을 이용한 치료를 필요로 하거나; DMARD-불응성으로 식별된 경우 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 대상체에 투여하는 것을 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 대상체가 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 이용한 치료를 필요로 하거나; 질병-변형 항-류마티스 약물(DMARD) 이외에 또는 이에 더하여 류마티스 관절염에 대한 요법을 이용한 치료를 필요로 하거나; DMARD-불응성으로 식별된 경우 질병-변형 항-류마티스 약물(DMARD) 이외에 또는 이에 더하여 치료제를 대상체에 투여하는 것을 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 생물학적 요법은 B 세포 길항제, 야누스 키나제(JAK) 길항제, 종양 괴사 인자(TNF) 길항제, 디코이 TNF 수용체, T 세포 공동자극 신호 길항제, IL-1 수용체 길항제, IL-6 수용체 길항제, 또는 이들의 조합이다.
일부 구현예에서, 생물학적 요법은 항-TNF-알파 요법 또는 항-CD20 요법이다.
일부 구현예에서, 항-TNF-알파 요법은 항-TNF-알파 항체, 바람직하게는 아달리무맙을 포함한다.
일부 구현예에서, 항-CD20 요법은 항-CD20 항체, 바람직하게는 리툭시맙을 포함한다.
일부 구현예에서, 생물학적 요법은 아달리무맙, 인플릭시맙, 세르톨리주맙 페골, 골리무맙, 리툭시맙, 오크렐리주맙, 벨투주맙, 오파투무맙, 토실리주맙 및 토파시티닙, 또는 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다.
일부 구현예에서, DMARD는 메토트렉세이트, 하이드록시클로로퀸, 설파살라진, 레플루노미드, 아자티오프린, 사이클로포스파미드, 사이클로스포린 및 미코페놀레이트 모페틸, 또는 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 대상체가 림프-골수성 병원형을 나타내는지 여부를 결정하는 단계를 추가로 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 류마티스 관절염을 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 유효량의 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 대상체에 투여하는 것을 포함하고, 상기 대상체는 임의의 이전 청구항의 방법에 의해 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 이용한 치료의 요구를 갖거나; 질병-변형 항-류마티스 약물(DMARD) 이외에 또는 이에 더하여 류마티스 관절염에 대한 요법을 이용한 치료에 대한 요구를 갖거나; DMARD-불응성인 것으로 식별되었다.
도 1
기준선 환자 인구 통계. (a) 환자의 기준선 분류. 200명의 환자를 RA1987 대 미분화 관절염(UA)으로 분류하였다. RA 2010 ACR/EULAR 기준을 이후 UA 환자에 적용하였다. 획득된 최종 3개 그룹은 47명의 환자 UA(RA 1987-/RA2010-), RA 2010(RA1987-/RA2010+), RA 1987(RA1987+/RA2010+)을 나타내었다. (b) 분류 기준에 따른 인구 통계. 데이터는 연속 변수에 대한 평균(SD, 표준 편차) 및 범주형 변수에 대한 빈도 및 백분율로 표시된다. 3개의 그룹 사이의 기준선 특징은 크러스컬-월리스(Kruskal-Wallis) 또는 피셔(Fisher) 정확 검정을 사용하여 적절하게 비교되었다. 사후 비교를 위해, 던(Dunn) 검정을 수행하고, 쌍을 이룬 비교로부터의 p-값을 표의 마지막 3개 열에 보고하였다. ESR: 적혈구 침강 속도; CRP: C-반응성 단백질; 28TJC: 28개의 압통 관절수; 28SJC: 28개의 부은 관절수; DAS28: 질병 활성 스코어 28 관절; RF 역가: 류마티스 인자 역가(IU/ml); ACPA 역가: 항-시트룰린화 단백질 항체 역가(IU/L); RF +ve: 류마티스 인자 혈청 양성(>15IU/L); ACPA +ve: 항-시트룰린화 단백질 항체(>20IU/L).
도 2
환자 인구 통계 및 질병 활성: 병원형 사이의 비교. (a) 관절 MCP(중수수지), MTP(중족지), PIP(근위지간) 당 생검 절차의 수. (b) 윤활막 병원형의 대표적 이미지. H&E: 헤마톡실린 & 에오신. 섹션은 CD20+ B 세포, CD3+ T 세포, CD68+ 라이닝(l) 및 서브라이닝(sl) 대식세포 및 CD138+ 형질 세포 침윤의 정도를 결정하기 위해 면역조직화학 염색 및 반-정량적 스코어링(0-4)을 거쳤다. 섹션은 세 가지 병원형으로 분류되었다: (i) 파우치-면역(Pauci-iumne)(CD68 SL<2 및/또는 CD3, CD20, CD138<1), (ii) 미만성-골수성: (CD68SL>2, CD20<1 및/또는 CD3>1) 및 (iii) 림프-골수성: (등급 2-3 CD20+ 응집체, CD20>2). 화살촉은 양성 염색 세포를 나타낸다. 빈 화살표는 B 세포 응집체를 나타낸다. (c) 병원형에 의한 인구 통계 분석. 데이터는 숫자 변수에 대한 평균 및 표준 편차(SD) 및 범주형 변수에 대한 빈도 및 백분율로 표시된다. 크러스컬-월리스 검정 및 피셔-검정(RF 및 ACPA 양성)을 적절히 사용하여 3개의 병원형 사이의 기준선 특징을 비교하였다. 다중 비교를 위해 던 검정을 사용한 유의한 차이에 대해 사후 분석. <0.05의 P 값을 통계적으로 유의한 것으로 간주하였다. (d) 진단시 질병 기간(개월)에 따른 병원형. 절대 값(N) 및 백분율. <0.05의 P 값을 통계적으로 유의한 것으로 간주하였다.
도 3
환자의 임상 분류에 따른 윤활막 병리학의 변화. (a) 병원형과 비교한 기준선 임상 분류. 기준선 하위그룹(RA 1987, RA2010 및 UA)을 병원형과 비교하였다. 분석에 사용되는 피셔 검정. (b) 각각의 임상 하위그룹에 대한 면역 세포 침윤. 3개의 그룹 사이의 비교를 위한 크러스컬-월리스 검정. 다중 비교를 위해 던 검정을 사용한 유의한 차이에 대해 사후 분석. (c-e) 하위그룹 사이의 비교를 위한 유전자 발현 분석. 비교를 위한 T-검정 및 대표 이미지에 대한 볼카노(Volcano) 플롯. 양성 값은 상향조절을 나타내고, 음성 값은 하향조절을 나타낸다. 녹색 수평선 위의 녹색 원은 그룹 사이의 다중 분석 발현 유전자에 대해 보정되지 않았음을 나타낸다. 적색 선 위의 적색 원은 다중 분석에 대한 보정된 p-값(벤자민-호치버그(Benjamini-Hochberg) 방법)을 나타낸다. (c) 볼카노 플롯 RA 1987 대 RA 2010: RA 1987 ACR 기준을 충족하는 환자와 RA 2010 ACR/EULAR 기준을 충족하는 환자 사이의 유전자 발현의 차이. (d) 볼카노 플롯 RA 1987 대 UA: RA 1987 ACR 기준을 충족하는 환자와 미분화 관절염을 충족하는 환자 사이의 유전자 발현의 차이. (e) 볼카노 플롯 RA 2010 대 UA: RA 2010 ACR/EULAR 기준을 충족하는 환자와 UA를 충족하는 환자 사이의 유전자 발현의 차이.
도 4
질병 진화. (a) 12개월 추적 조사 후의 환자 분류. 각각의 초기 기준선 하위그룹(RA1987/RA2010/UA)에 대한 12개월의 추적 조사 후의 질병 결과. 자기-제한 또는 지속적인 질병으로 분류되는 질병 진화. 1년 후 재분류된 사람들에 대해 설명된 다른 진단은 UA 코호트를 형성한다. (b) 하위그룹에 의한 질병 진화. 질병 진화를 기준선 하위그룹(RA 1987, RA2010 및 UA)과 비교하였다. 분석에 사용되는 피셔 검정. (c) 병원형에 의한 질병 진화. 질병 진화는 병원형과 비교되었다(파우치-면역 대 미만성-골수성 대 림프-골수성). 분석에 사용되는 피셔 검정. <0.05의 P 값을 통계적으로 유의한 것으로 간주하였다.
도 5
(a) 12개월 추적 조사에서 진단 하위그룹과 치료 결과 사이의 비교. 필요한 치료는 3개의 그룹으로 나누어졌다: (i) 치료 없음; (ii) csDMARD 단독, (iii) csDMARD +/- 생물제제. 분석을 위한 피셔 검정. (b) 12개월에서 병원형과 치료 결과 사이의 비교. (c) 생물학적 제제가 필요한 환자 대 비-생물학적 그룹 사이의 볼카노 플롯 비교로 표시된 유전자 발현 분석. 그룹 사이의 유전자 차이 발현에 대한 T-검정 비교. 양성 값은 상향조절을 나타내고, 음성 값은 하향조절을 나타낸다. <0.01의 조정된(다중 분석에 대한 벤자민-호치버그 보정) P-값이 통계적으로 유의한 것으로 간주되었으며, 적색 선 위 점으로 표시되었다. 다중 분석에 대해 보정이 적용되지 않는 경우의 유전자 발현 유의성에 대한 녹색 선 위의 녹색 점(P 값 <0.05). (d) 기준선 질병 기간에 따른 치료 결과. 분석을 위한 피셔 검정. (e) 생물학적 환자 코호트에 대한 기준선 질병 기간에 따른 병원형. 분석을 위한 피셔 검정. <0.05의 P 값을 달리 언급되지 않는 한 통계적으로 유의한 것으로 간주하였다.
도 6
예측 모델. (a-b) 임상 및 유전자 발현의 식별은 1년에서 생물학적 요법 사용의 예측을 특색으로 한다. 역방향 및 단계적 모델 선택과 결합된 로지스틱 회귀를 생물학적 요법 사용의 종속 변수에 대한 기준선 임상 파라미터에 적용하거나 예측에 가장 많이 기여한 임상 공변량을 선택하기 위해 12개월에 적용하지 않았다. 최적의 희소 예측 모델을 결정하기 위해 선택된 공변량(119개 유전자+4개의 임상 공변량)을 L1 정규화 페널티(LASSO)와 함께 로지스틱 모델에 동시에 입력하였다. 선택된 공변량의 약간 상이한 세트(도 6b)를 갖는 결과가 페널티를 받지 않은 경우(적색 점선, 도 6a)보다 결과가 페널티를 받은 경우(청색 점선, 도 6a) 임상이 관찰된 경우의 모델의 유사한 예측 성능. 도 6b는 LASSO 회귀에 의해 선택된 최종 변수와 관련된 0이 아닌 가중치를 제시한다. 회색 공간은 모델에 의해 선택되지 않은 변수를 나타낸다. (c-d) 최종 glmnet 적합 모델로부터의 람다 훈련 곡선. 적색 점은 10겹 교차 검정을 사용한 평균 이항 편차를 나타낸다. 오차 막대는 이항 편차의 표준 오차를 나타낸다. 수직 점선은 최소 이항 편차(λmin) 및 이항 편차 오차가 최소 이항 편차의 하나의 표준 오차(λ1se) 내에 있는 보다 정규화된 모델을 나타낸다. 임상이 페널티를 받은 LASSO에 대한 최종 모델에서 11개의 0이 아닌 계수(도 6c) 및 임상이 페널티를 받지 않은 LASSO에 대한 최종 모델에서 13개의 0이 아닌 계수(도 6d)에 해당하는 λmin이 선택되었다.
본원에서 사용되는 용어 "포함하는(comprising)", "포함하다(comprises)" 및 "구성된(comprised of)"은 "포함하는(including)" 또는 "포함하다(includes)", 또는 "함유하는(containing)" 또는 "함유하다(contains)"와 동의어이며, 포괄적이거나 개방적이고, 추가의 언급되지 않은 구성원, 요소 또는 단계를 배제하지 않는다. 용어 "포함하는", "포함하다" 및 "구성된"은 또한 용어 "구성되는"을 포함한다.
류마티스 관절염(RA)
류마티스 관절염(RA)은 많은 조직 및 기관에 영향을 미칠 수 있지만 주로 윤활막 관절을 공격하는 만성 전신 염증 장애이다. 이는 무력화되고 고통스러운 상태이며, 적절하게 치료되지 않는 경우 기능 및 이동성의 상당한 손실을 초래할 수 있다.
질병 과정은 대규모 면역 세포 침윤 및 윤활막 세포의 증식, 과도한 윤활액 및 연골 및 연골하 뼈를 공격하는 윤활막에서의 섬유 조직(판누스)의 발달에 이차적인 윤활막의 염증 반응을 포함한다. 이는 종종 관절 연골의 파괴 및 관절의 이차 강직증(융합)과 함께 뼈 침식의 형성으로 이어진다. RA는 또한 폐, 심낭, 흉막, 공막에서 미만성 염증 및 또한 가장 일반적으로 피하 조직에서 결절성 병변을 발생시킬 수 있다. RA는 자가면역이 이의 만성 및 진행에서 중추적인 역할을 하기 때문에 전신 자가면역 질병으로 간주된다.
T 세포, B 세포, 단핵구, 대식세포, 수지상 세포 및 윤활막 섬유모세포를 포함하는 다수의 세포 유형이 RA의 병인론에 관여한다. RA와 관련된 것으로 공지된 자가항체는 류마티스 인자(RF)를 표적으로 하는 것들 및 항-시트룰린화 단백질 항체(ACPA)를 포함한다.
RA 요법
새로 진단된 RA를 갖는 전형적인 환자는 종종 처음에 비스테로이드성 항염증 약물 및 질병-변형 항-류마티스 약물(DMARD), 예를 들어, 하이드록시클로로퀸, 설파살라진, 레플루노미드 또는 메토트렉세이트(MTX)로 단독으로 또는 조합하여 치료된다. 일반적인 DMARD에 반응하지 않는 환자는 DMARD-불응성으로 언급될 수 있다.
DMARD-불응성 환자는 전통적으로 종종 생물학적 치료제, 예를 들어, TNF-α 길항제, 예를 들어, 아달리무맙, 에타너셉트, 골리무맙 및 인플릭시맙으로 진행된다. TNF-α 길항제 요법에 반응하지 않는 환자는 TNF-α 길항제-불응성 또는 부적절한 반응자(ir)로 언급될 수 있다.
초기 임상 분류 기준을 세분하는 본 발명에 의해 제공되는 능력 및 질병 발병시 생물학적 요법이 필요할 환자를 식별하는 능력은 가장 필요한 환자에게 치료적 개입을 계층화할 수 있는 기회를 제공하며 생물학적 요법이 불량한 예후를 갖는 환자에서 조기에 시작되는 것을 가능하게 한다.
본원에서 사용되는 용어 "생물학적 요법"은 류마티스 관절염에 대한 치료를 가능하게 하는 단백질 제제를 지칭할 수 있다. 류마티스 관절염에 대한 예시적인 생물학적 요법은 당 분야에 널리 공지되어 있으며, 적합한 생물학적 요법은 당업자에 의해 용이하게 선택될 수 있다.
일부 구현예에서, 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법은 항체이다.
일부 구현예에서, 생물학적 요법은 B 세포 길항제, 야누스 키나제(JAK) 길항제, 종양 괴사 인자(TNF) 길항제, 디코이 TNF 수용체, T 세포 공동자극 신호 길항제, IL-1 수용체 길항제, IL-6 수용체 길항제, 또는 이들의 조합이다.
일부 구현예에서, 생물학적 요법은 항-TNF-알파 요법 또는 항-CD20 요법이다.
일부 구현예에서, 항-TNF-알파 요법은 항-TNF-알파 항체, 바람직하게는 아달리무맙을 포함한다.
일부 구현예에서, 항-CD20 요법은 항-CD20 항체, 바람직하게는 리툭시맙을 포함한다.
일부 구현예에서, 생물학적 요법은 아달리무맙, 인플릭시맙, 세르톨리주맙 페골, 골리무맙, 리툭시맙, 오크렐리주맙, 벨투주맙, 오파투무맙, 토실리주맙 및 토파시티닙, 또는 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다.
항-TNF-알파 요법
본원에서 사용되는 용어 "항-TNF-알파 요법"은 작용 메커니즘이 TNF-알파에 대한 생리학적 반응을 억제하는 것을 포함하는 치료 물질의 사용을 포함하는 것으로 의도된다.
특히, 항-TNF-알파 요법은 TNF-알파에 결합하고 이의 수용체에 결합하는 이의 능력을 억제함으로써 작용할 수 있는 TNF-억제제를 포함한다. TNF-억제제의 예는 항-TNF-알파 항체 및 융합 단백질 에타너셉트를 포함한다.
항-TNF-알파 항체의 예는 아달리무맙(Humira), 인플릭시맙(Remicade), 세르톨리주맙 페골(Cimzia) 및 골리무맙(Simponi)을 포함한다.
아달리무맙은 상표명 Humira로 시판되는 모노클로날 항체이며, 류마티스 관절염, 건선성 관절염, 강직성 척추염, 크론병, 궤양성 대장염, 만성 건선, 화농땀샘염, 및 청소년 특발성 관절염을 포함하는 질환을 치료하는 데 사용된다.
세르톨리주맙은 상표명 Cimzia로 세르톨리주맙 페골로서 시판되는 모노클로날 항체의 단편이다. 이는 크론병, 류마티스 관절염, 건선성 관절염 및 강직성 척추염의 치료에 사용된다.
항-CD20 요법
본원에서 사용되는 용어 "항-CD20 요법"은 작용 메커니즘이 CD20에 대한 결합을 포함하는 치료 물질의 사용을 포함하는 것으로 의도된다. 항-CD20 요법은 B 세포의 발달 및/또는 기능을 방해하거나 억제할 수 있다. 항-CD20 요법은 B 세포 고갈 또는 B 세포 발달 및 성숙의 억제를 유발할 수 있다.
일부 구현예에서, 항-CD20 요법은 항-CD20 항체(예를 들어, 항-CD20 모노클로날 항체), 예를 들어, 리툭시맙을 포함한다.
CD20에 대한 항체는 표적 항원에 결합하고, 아폽토시스, 보체 의존성 세포독성(CDC) 및 항체-의존성 세포-매개 세포 세포독성(ADCC)의 혼합을 개시함으로써 표적 항원이 발현되는 표면 상의 세포를 사멸시킬 수 있다.
일부 구현예에서, 항-CD20 요법은 리툭시맙, 오크렐리주맙, 벨투주맙 및 오파투무맙으로 구성된 군으로부터 선택된다.
바람직한 구현예에서, 항-CD20 요법은 리툭시맙이다.
리툭시맙은 CD20에 대한 결합시 B 세포 파괴를 자극하는 CD20에 대한 키메라 마우스/인간 면역글로불린 G1(IgG1) 모노클로날 항체이다. 리툭시맙은 항체-의존성 세포 세포독성(ADCC), 보체 의존성 세포독성(CDC)을 포함하는 메커니즘을 통해 혈액, 골수 및 림프절로부터의 CD20 표면-양성 나이브 및 기억 B 세포를 고갈시킨다. 이는 골수에서 CD20-음성 초기 B 세포 계통 전구체 세포 및 후기 B 계통 형질 세포에 영향을 미치지 않는다.
오크렐리주맙은 ADCC 및 CDC를 포함하는 메커니즘을 통해 CD20에 결합한 후 CD20+ B 세포 고갈을 유발하는 인간화 항-CD20 모노클로날 항체이다.
벨투주맙은 ADCC 및 CDC를 포함하는 메커니즘을 통해 CD20에 결합한 후 CD20+ B 세포 고갈을 유발하는 인간화 2세대 항-CD20 모노클로날 항체이다.
오파투무맙은 CD20에 대한 인간 모노클로날 IgG1 항체이며, 초기 단계 B 림프구 활성화를 억제할 수 있다. 오파투무맙은 리툭시맙에 의해 표적화된 에피토프와 비교하여 CD20의 N-말단에 더 가깝게 위치한 상이한 에피토프를 표적화하고, CD20 분자의 소형 및 대형 루프 둘 모두에 결합하기 때문에 세포 외 루프를 포함한다. 오파투무맙은 ADCC 및 CDC 경로를 통해 B 세포 파괴를 자극한다.
B 세포
B 세포는 RA의 발병기전에서 중심적인 역할을 한다.
미성숙 B 세포는 골수에서 생성된다. 골수에서 IgM+ 미성숙 단계에 도달한 후, 이들 미성숙 B 세포는 이차 림프 조직(예를 들어, 비장, 림프절)으로 이동하며, 여기서 이들은 이행 B 세포로 언급되고, 이들 세포 중 일부는 성숙한 B 림프구 및 가능하게는 형질 세포로 분화한다.
B 세포는 B 세포 발달 및 성숙의 상이한 단계에서 발현되는 다양한 세포 표면 마커에 의해 정의될 수 있다(하기 표 참조). 이들 B 세포 마커는 CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD27, CD38, CD40, CD72, CD79a 및 CD79b, CD138 및 면역글로불린(Ig)을 포함할 수 있다.
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면역글로불린(Ig)은 외래 항원을 인식하고 면역계의 체액 반응을 촉진하는 면역글로불린 상과에 속하는 당단백질이다. Ig는 2개의 물리적 형태, 즉, 세포로부터 분비되는 가용성 형태, 및 B 세포의 표면에 부착되고 B 세포 수용체(BCR)로 지칭되는 막-결합 형태로 발생할 수 있다. 포유류 Ig는 이들이 갖는 중쇄에 기초하여 5개의 클래스(동형)으로 그룹화될 수 있다. 항원에 노출된 적이 없는 미성숙 B 세포는 나이브 B 세포로 공지되어 있으며, 세포 표면 결합 형태로 IgM 동형만을 발현한다. B 세포는 이들이 성숙에 도달하면 IgM 및 IgD 둘 모두를 발현하기 시작하고, 이들 둘 모두의 면역글로불린 동형의 공동 발현은 B 세포 "성숙"되고 항원에 반응할 준비가 되게 한다. B 세포 활성화는 세포 결합된 항체 분자와 항원의 결합에 따르며, 이는 세포가 분열하고 항체 생성 형질 세포로 분화되도록 한다. 이러한 활성화된 형태에서, B 세포는 막 결합된 형태가 아닌 분비 형태로 항체를 생성하기 시작한다. 활성화된 B 세포의 일부 딸세포는 동형 전환을 겪어 IgM 또는 IgD에서 면역계에서 정의된 역할을 갖는 다른 항체 동형인 IgE, IgA 또는 IgG로 변화한다.
CD19는 본질적으로 모든 B-계통 세포에 의해 발현되고, Src-패밀리 키나제 활성을 증폭시킴으로써 세포 내 신호 전달을 조절한다.
CD20은 막 내장된 Ca2+ 채널로 기능하는 성숙한 B 세포 특이적 분자이다. CD20의 발현은 형질 세포로의 최종 분화까지 pre-B-세포 단계로부터 B 세포 계통으로 제한된다.
CD22는 소포 B-세포 생존을 조절하고 신호전달을 부정적으로 조절하는 α2,6-연결된 시알산에 대한 포유동물 렉틴으로 기능한다.
CD23은 IgE 생성에 영향을 미치는 활성화된 B 세포에서 발현된 IgE에 대한 저 친화성 수용체이다.
CD24는 식별될 처음 범-B-세포 분자 중 하나인 GPI-고정된 당단백질이다.
CD27은 TNF-수용체 상과의 구성원이다. 이는 이의 리간드 CD70에 결합하며, B-세포 활성화 및 면역글로불린 합성을 조절하는 데 중요한 역할을 한다. 이러한 수용체는 NF-κB 및 MAPK8/JNK의 활성화로 이어지는 신호를 전달한다.
CD38은 또한 사이클릭 ADP 리보스 가수분해효소로 공지되어 있다. 이는 또한 세포 부착, 신호 전달 및 칼슘 신호전달에서 기능하고 일반적으로 세포 활성화의 마커인 당단백질이다.
CD40은 배 중심(GC) B 세포에 대한 중요한 생존 인자로서 작용하고, T 세포에 의해 발현되는 CD154에 대한 리간드이다.
CD72는 신호 전달의 음성 조절인자 및 세마포린 4D(CD100)에 대한 B-세포 리간드로 기능한다.
CD79a/CD79b 이량체는 B-세포 항원 수용체와 밀접하게 연관되어 있으며, 세포가 이의 표면 상의 항원의 존재에 반응할 수 있게 한다. CD79a/CD79b 이량체는 B-세포의 수명 주기 전체에 걸쳐 B-세포의 표면에 존재하며, 다른 모든 건강한 세포에는 존재하지 않는다.
CD138은 Syndecan 1으로도 공지되어 있다. Syndecan은 세포 결합, 세포 신호전달 및 세포골격 조직을 매개한다. CD138은 형질 세포에 대한 세포 표면 마커로서 유용할 수 있다.
RA 환자에서의 요법에 대한 반응
류마티스 관절염에 대한 요법에 대한 대상체의 반응을 평가하는 방법은 당 분야에 공지되어 있으며, 당업자에게 친숙할 것이다.
예를 들어, RA에서 질병 활성의 널리 공지된 척도는 질병 활성 스코어(DAS), 변형된 버전 DAS28, 및 DAS-기반 EULAR 반응 기준을 포함한다.
바이오마커
본 발명은 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 이용한 치료를 필요로 하는 대상체를 식별하기 위한 방법을 제공하며, 상기 방법은,
(a) 대상체로부터 획득된 하나 이상의 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 수준을 결정하는 단계로서, 상기 하나 이상의 바이오마커가 표 1로부터 선택되는, 단계; 및
(b) 하나 이상의 바이오마커의 수준을 하나 이상의 상응하는 참조 값과 비교하는 단계로서, 상응하는 참조 값에 비해 하나 이상의 마이오마커의 수준이 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 이용한 치료에 대한 요구를 나타내는, 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 1로부터의 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71개 또는 모든 72개의 바이오마커를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 1로부터의 모든 72개의 바이오마커를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 1로부터의 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71개 또는 모든 72개의 바이오마커로 구성된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 1로부터의 모든 72개의 바이오마커로 구성된다.
표 1. 유전자 발현의 유의한 차별적 조절을 갖는 바이오마커(12 m에서 생물학적 대 비 생물학적 치료).
Figure pct00002
Figure pct00003
Figure pct00004
본 발명의 추가 바이오마커의 각각의 예시적인 NCBI 유전자 ID 및 핵산 서열(NCBI 등록 번호)은 IL8(NCBI 유전자 ID 3576; 예시적인 NCBI 등록 번호 NM_000584.4), LTB(NCBI 유전자 ID 4050; 예시적인 NCBI 등록 번호 NM_002341.2), HIVEP1(NCBI 유전자 ID 3096; 예시적인 NCBI 등록 번호 NM_002114.4), UBASH3A(NCBI 유전자 ID 53347; 예시적인 NCBI 등록 번호 NM_001001895.3) 및 IFNB1(NCBI 유전자 ID 3456; 예시적인 NCBI 등록 번호 NM_002176.4)을 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 2로부터 선택되고, 하나 이상의 바이오마커의 수준은 상응하는 참조 값과 비교하여 증가된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 2로부터의 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48개 또는 모든 49개의 바이오마커를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 2로부터의 모든 49개의 바이오마커를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 2로부터의 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48개 또는 모든 49개의 바이오마커로 구성된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 2로부터의 모든 49개의 바이오마커로 구성된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 B 및 T 세포 증식, 분화 및 활성화와 관련된 표 2로부터의 하나 이상의 유전자(예를 들어, TNFRSF13C, CD79A, CD2 및 CD3E)를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 TNFRSF13C, CD79A, CD2 및 CD3E로부터 선택되는 하나 이상의 바이오마커를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 TNFRSF13C, CD79A, CD2 및 CD3E를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 TNFRSF13C, CD79A, CD2 및 CD3E로부터 선택되는 하나 이상의 바이오마커로 구성된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 TNFRSF13C, CD79A, CD2 및 CD3E로 구성된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 기질 금속단백질분해효소 생성/조절과 관련된 표 2로부터의 하나 이상의 유전자(예를 들어, MMP1)를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 MMP1을 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 MMP1으로 구성된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 사이토카인 매개 세포 활성화와 관련된 표 2로부터의 하나 이상의 유전자(예를 들어, TNFA 및 TRAF3IP3)를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 TNFA 및 TRAF3IP3로부터 선택되는 하나 이상의 바이오마커를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 TNFA 및 TRAF3IP3을 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 TNFA 및 TRAF3IP3로부터 선택되는 하나 이상의 바이오마커로 구성된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 TNFA 및 TRAF3IP3으로 구성된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 파골세포형성 억제와 관련된 표 2로부터의 하나 이상의 유전자(예를 들어, DEF6)를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 DEF6을 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 DEF6으로 구성된다.
표 2. 상향조절되는 표 1의 바이오마커.
Figure pct00005
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 3로부터 선택되고, 하나 이상의 바이오마커의 수준은 상응하는 참조 값과 비교하여 감소된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 3으로부터의 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22개 또는 모든 23개의 바이오마커를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 3으로부터의 모든 23개의 바이오마커를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 3으로부터의 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22개 또는 모든 23개의 바이오마커로 구성된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 표 3으로부터의 모든 23개의 바이오마커로 구성된다.
표 3. 하향조절되는 표 1의 바이오마커.
Figure pct00006
상응하는 참조 값과 비교하여 하나 이상의 바이오마커의 수준의 증가는, 예를 들어, 참조 값에 비해 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 또는 그 초과의 수준의 증가일 수 있다. 상응하는 참조 값과 비교하여 하나 이상의 바이오마커의 수준의 증가는, 예를 들어, 참조 값에 비해 적어도 약 1.1x, 1.2x, 1.3x, 1.4x, 1.5x, 1.6x, 1.7x, 1.8x, 1.9x, 2x, 2.1x, 2.2x, 2.3x, 2.4x, 2.5x, 2.6x, 2.7x, 2.8x, 2.9x, 3x, 3.5x, 4x, 4.5x, 5x, 6x, 7x, 8x, 9x, 10x, 15x, 20x, 30x, 40x, 50x, 100x, 500x 또는 1000x의 수준의 증가일 수 있다.
상응하는 참조 값과 비교하여 하나 이상의 바이오마커의 수준의 감소는, 예를 들어, 참조 값에 비해 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 또는 그 초과의 수준의 감소일 수 있다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 CCL19, MMP1, TNFRSF17, PIM2, CXCL1, FCRL5, CD19, MMP10, SEL1L3, SIRPG, CD40LG, XBP1, SLAMF6, BTK, BTLA, TRAF3IP3, MAP4K1, SLC31A1, TNFA, TIGIT, CD180, DKK3, FGF9, NOG 및 CILP로 구성된 군으로부터 선택되는 바이오마커를 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 CCL19를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 MMP1을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 TNFRSF17을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 PIM2를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 CXCL1을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 FCRL5를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 CD19를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 MMP10을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 SEL1L3을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 SIRPG를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 CD40LG를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 XBP1을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 SLAMF6을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 BTK를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 BTLA를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 TRAF3IP3을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 MAP4K1을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 SLC31A1을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 TNFA를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 TIGIT를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 CD180을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 DKK3을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 FGF9를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 NOG를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 CILP를 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커는 CCL19, MMP1, TNFRSF17, PIM2, CXCL1, FCRL5, CD19, MMP10, SEL1L3, SIRPG, CD40LG, XBP1, SLAMF6, BTK, BTLA, TRAF3IP3, MAP4K1, SLC31A1, TNFA, TIGIT, CD180, DKK3, FGF9, NOG 및 CILP 중 임의의 것을 포함하지 않는다.
추가 임상 공변량
본원에 개시된 방법은 대상체의 하나 이상의 임상 공변량을 결정하는 것을 추가로 포함할 수 있다. 대안적으로 또는 추가로, 하나 이상의 임상 공변량이 대상체에 대해 결정될 수 있다. 상기 방법은 하나 이상의 임상 공변량을 하나 이상의 참조 값과 비교하는 것을 포함할 수 있다. 예시적인 임상 공변량은 질병 활성 스코어(DAS), DAS28, 기준선 병원형, C-반응성 단백질 및 압통 관절수(TJC)를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 임상 공변량은 질병 활성 스코어(DAS), DAS28, 기준선 병원형, C-반응성 단백질 및 압통 관절수(TJC)로 구성된 군으로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 대상체의 기준선 병원형을 결정하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 기준선 병원형이 대상체에 대해 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 대상체가 림프-골수성 병원형을 나타내는지 여부를 결정하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 림프-골수성 병원형은 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 이용한 치료에 대한 요구를 나타낸다.
본원에서 사용되는 용어 "병원형"은 RA의 병리학적, 조직학적 및/또는 임상적 특징을 특징으로 하는 RA의 아형을 지칭할 수 있다. 상기 병원형은 림프성 병원형(예를 들어, B 세포-풍부 응집체를 특징으로 함), 골수성 병원형(예를 들어, 우세한 대식세포 침윤을 특징으로 함) 및 파우치면역-섬유성 병원형(예를 들어, 소수의 침윤성 면역 세포를 특징으로 하나, 여전히 서브라이닝 및 라이닝 층에서 섬유모세포 계통 세포의 확장을 특징으로 함)을 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
하나 이상의 바이오마커의 수준 결정
바이오마커 수준을 결정하기 위한 방법은 당 분야에 널리 공지되어 있으며, 당업자에게 친숙할 것이다.
예를 들어, 바이오마커의 수준은 바이오마커 유전자에 대한 유전자 발현을 측정(예를 들어, RTPCR을 사용함)하거나 바이오마커 유전자의 단백질 생성물을 검출(예를 들어, 면역검정을 사용함)함으로써 결정될 수 있다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커의 수준을 결정하는 단계는 하나 이상의 바이오마커의 유전자 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 수준은 핵산 수준이다. 일부 구현예에서, 핵산 수준은 mRNA 수준이다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커의 수준은 핵산의 직접 디지털 카운팅(예를 들어, 본원의 실시예에 개시된 바와 같이, 예를 들어, 나노스트링(Nanostring)에 의함), RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, 마이크로어레이 분석, 또는 이들의 조합에 의해 결정된다.
일부 구현예에서, 수준은 단백질 수준이다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커의 수준은 면역검정, 액체 크로마토그래피-질량분광법(LC-MS), 혼탁측정법, 압타머 기술, 또는 이들의 조합에 의해 결정된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커의 수준은 하나 이상의 바이오마커의 수준의 평균이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커의 수준의 평균은 하나 이상의 바이오마커의 표준화된 수준의 평균이다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커의 수준은 하나 이상의 바이오마커의 수준의 중앙값이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커의 수준의 중앙값은 하나 이상의 바이오마커의 표준화된 수준의 중앙값이다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 바이오마커의 수준은 참조 유전자(예를 들어, ACTB, GAPDH, GUSB, HPRT 1, PGK1, RPL19, TUBB, TMEM55B 또는 이들의 조합)에 대해 표준화된 하나 이상의 바이오마커의 수준이다.
샘플
본 발명의 방법은 대상체, 예를 들어, RA를 갖는 것으로 의심되는 환자로부터 획득된 하나 이상의 샘플에 대해 수행된다.
샘플은 대상체의 관절로부터, 예를 들어, 생검으로부터 획득될 수 있다. 샘플은 대상체로부터의 윤활막 조직 샘플로부터 획득될 수 있다.
본원에서 사용되는 용어 "윤활막 샘플"은 윤활막 관절로부터 유래된 샘플을 지칭한다. 전형적으로, 윤활막 샘플은 RA 환자의 윤활막 관절로부터 유래될 것이다. 윤활막 샘플은 윤활막 조직 생검일 수 있으며, 윤활막 관절은 샘플을 채취할 때 활성 염증을 나타낼 수 있다.
윤활막 조직 샘플과 같은 샘플을 획득하기 위한 방법은 당 분야에 널리 공지되어 있으며, 당업자에게 친숙할 것이다. 예를 들어, 초음파(US)-유도 생검과 같은 기술이 조직 샘플을 획득하기 위해 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 샘플은 윤활막 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 윤활막 조직 샘플 또는 윤활액 샘플이다.
일부 구현예에서, 샘플은 윤활막 생검, 바람직하게는 초음파-유도 윤활막 생검에 의해 획득된다.
참조 값
본 발명의 방법은 하나 이상의 바이오마커의 수준을 하나 이상의 상응하는 참조 값과 비교하는 단계를 포함한다.
본원에서 사용되는 용어 "참조 값"은 또 다른 발현 수준(예를 들어, 본원에 개시된 하나 이상의 바이오마커의 수준)이 비교되는(예를 들어, 진단적(예를 들어, 예측 및/또는 예후) 및/또는 치료적 결정을 하기 위함) 발현 수준을 지칭할 수 있다.
예를 들어, 참조 값은 참조 집단, 예를 들어, RA 요법으로 치료되지 않은 RA를 갖는 환자의 집단의 발현 수준(예를 들어, 참조 집단의 중앙값 발현 수준); 참조 샘플; 및/또는 사전 할당된 값(예를 들어, 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 필요로 하는 개인의 제1 서브셋 및 그렇지 않은 개인의 제2 서브셋을 유의하게 분리하기 위해 이전에 결정된 컷-오프 값)으로부터 유래될 수 있다.
일부 구현예에서, 컷-오프 값은 참조 집단에서 중앙값 또는 평균 발현 수준일 수 있다. 일부 구현예에서, 참조 수준은 참조 집단에서 발현 수준의 상위 40%, 상위 30%, 상위 20%, 상위 10%, 상위 5% 또는 상위 1%일 수 있다.
상응하는 참조 값은 RA가 없는 대상체, 예를 들어, 골관절염(OA)을 갖는 대상체로부터 유래될 수 있다.
참조 값은, 예를 들어, 대상체, 예를 들어, 5, 10, 100, 1000명 이상의 대상체(시험 대상체와 연령 및/또는 성별 일치하거나 일치하지 않을 수 있음)의 대조군 집단에서 바이오마커의 평균 또는 중앙값 수준에 기초할 수 있다.
특정 구현예에서, 참조 값은 이전에 결정되었을 수 있거나, 획득된 각각의 시험 샘플에 관하여 대조군 샘플에 대해 상응하는 결정을 수행하지 않고 계산되거나 외삽될 수 있다.
대상체
바람직한 구현예에서, 대상체는 인간이다.
바람직한 구현예에서, 대상체는 성인 인간이다. 일부 구현예에서, 대상체는 아동 또는 유아일 수 있다.
바람직한 구현예에서, 대상체는 이전에 류마티스 관절염에 대해 치료된 적이 없다. 바람직하게는, 대상체는 질병-변형 항-류마티스 약물(DMARD) 및/또는 스테로이드에 대해 치료 나이브이다.
일부 구현예에서, 대상체는 이전에 질병-변형 항-류마티스 약물(DMARD)로 치료된 적이 없다. 일부 구현예에서, 대상체는 이전에 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법으로 치료된 적이 없다. 바람직한 구현예에서, 대상체는 이전에 류마티스 관절염에 대해 질병-변형 항-류마티스 약물(DMARD) 또는 생물학적 요법으로 치료된 적이 없다.
일부 구현예에서, 대상체는 류마티스 관절염을 갖는 것으로 의심된다. 일부 구현예에서, 대상체는 RA와 관련된 하나 이상의 증상을 나타낸다. 일부 구현예에서, 류마티스 관절염(RA)으로 진단되었다.
일부 구현예에서, 대상체는 1년 미만, 예를 들어, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4 또는 3개월 미만 동안 류마티스 관절염의 하나 이상의 증상을 나타내었다.
항체
용어 "항체"는 항체 또는 이의 기능적 단편과 관련하여 본원에서 사용된다. 기능적 단편은 모 항체와 동일한 항원 표적에 결합하는 능력을 보유하는 항체의 임의의 부분을 의미한다.
본원에서 사용되는 "항체"는 적어도 하나의 상보성 결정 영역(CDR)을 포함하는 항원 결합 부위를 갖는 폴리펩티드를 의미한다. 항체는 3개의 CDR을 포함하고, 도메인 항체(dAb)의 것과 동등한 항원 결합 부위를 가질 수 있다. 항체는 6개의 CDR을 포함하고, 고전적 항체 분자의 것과 동등한 항원 결합 부위를 가질 수 있다. 폴리펩티드의 나머지는 항원 결합 부위에 적합한 스캐폴드를 제공하고 그것이 항원에 결합하기에 적절한 방식으로 이를 디스플레이하는 임의의 서열일 수 있다. 항체는 전체 면역글로불린 분자 또는 이의 일부, 예를 들어, Fab, F(ab)'2, Fv, 단일 사슬 Fv(ScFv) 단편 또는 나노바디(Nanobody)일 수 있다. 항체는 항체 및 또 다른 제제 또는 항체의 컨쥬게이트일 수 있으며, 예를 들어, 항체는 중합체(예를 들어, PEG), 독소 또는 표지에 컨쥬게이션될 수 있다. 항체는 이기능성 항체일 수 있다. 항체는 비-인간, 키메라, 인간화 또는 완전히 인간 항체일 수 있다.
치료 방법
본 발명은 또한 류마티스 관절염에 대해 대상체를 치료하기 위한 방법을 제공하며, 상기 방법은 유효량의 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 대상체에 투여하는 것을 포함하고, 상기 대상체는 본원에 개시된 바와 같은 본 발명의 방법에 의해 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 이용한 치료를 필요로 하는 것으로 식별되었다.
류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법은 본원에 개시된 바와 같은 생물학적 요법일 수 있다.
키트
본 발명은 또한 본원에 개시된 바와 같은 방법을 수행하기에 적합한 키트를 제공한다. 특히, 키트는 본원에 개시된 바이오마커 또는 본원에 개시된 바와 같은 바이오마커 조합을 검출하기에 적합한 시약을 포함할 수 있다.
당업자는 이들이 개시된 본 발명의 범위를 벗어나지 않으면서 본원에 개시된 본 발명의 모든 특징을 조합할 수 있음을 이해할 것이다.
본 발명의 바람직한 특징 및 구현예는 이제 비제한적인 예에 의해 설명될 것이다.
본 발명의 실시는 달리 나타내지 않는 한 화학, 생화학, 분자생물학, 미생물학 및 면역학의 통상적인 기술을 이용할 것이며, 이는 당업자의 능력 내이다. 상기 기술은 문헌에서 설명된다. 예를 들어, 문헌[Sambrook, J., Fritsch, E.F., and Maniatis, T. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press; Ausubel, F.M. et al. (1995 및 주기적 증보판) Current Protocols in Molecular Biology, Ch. 9, 13 and 16, John Wiley & Sons; Roe, B., Crabtree, J., and Kahn, A. (1996) DNA Isolation and Sequencing: Essential Techniques, John Wiley & Sons; Polak, J.M., and McGee, J.O'D. (1990) In Situ Hybridization: Principles and Practice, Oxford University Press; Gait, M.J. (1984) Oligonucleotide Synthesis: A Practical Approach, IRL Press; and Lilley, D.M., and Dahlberg, J.E. (1992) Methods in Enzymology: DNA Structures Part A: Synthesis and Physical Analysis of DNA, Academic Press]을 참조한다. 상기 전반적 문헌 각각은 참조로서 본원에 포함된다.
실시예
실시예 1
방법
환자
초기 관절염 코호트의 다기관 병리생물학의 일부로서 Barts Health NHS Trust에서 모집된 200명의 연속 염증성 관절염 환자(http://www.peac-mrc.mds.qmul.ac.uk)가 연구에 포함되었다. 환자는 치료 나이브였고(csDMARD 및 스테로이드), 1년 미만의 증상을 가졌다.
기준선에서 환자는 일상적인 인구 통계 데이터의 수집을 거쳤고, (i) RA1987(Arnett FC et al. (1987) THE AMERICAN RHEUMATISM ASSOCIATION 1987 REVISED CRITERIA FOR THE CLASSIFICATION OF RHEUMATOID ARTHRITIS) 또는 (ii) UA의 기준에 따라 분류되었다. RA에 대한 2010 ACR/EULAR 기준(Aletaha D et al. (2010) Rheumatoid arthritis classification criteria: an American College of Rheumatology / European League Against Rheumatism collaborative initiative 1580-8)은 이후 UA를 갖는 환자를 추가로 분류하기 위해 적용되어 (i) RA1987(RA1987+/RA2010+), (ii) RA2010(RA1987-/RA2010+) 및 (iii) UA(RA1987-/RA2010-)의 3개의 그룹을 발생시켰다. 임상적으로 활성인 관절의 초음파(US) 유도 윤활막 생검을 수행하였다(Kelly S et al. (2013) Ann Rheum Dis 74: 611-7). 이후, 환자는 치료 단계적 상승에 대한 표적 치료 접근(DAS28<3.2)을 사용한 표준의 통상적인 합성(cs) DMARD 요법을 시작하였다. csDMARD 요법에 실패한 환자는 6개월의 요법 후 DAS28>5.1을 계속 유지한 경우 우세한 UK National Institute for Clinical Excellence(NICE) 처방 알고리즘에 따라 생물학적 요법(항-TNF, 토실리주맙 또는 리툭시맙)을 시작하였다(Overview | Rheumatoid arthritis in adults: management | Guidance | NICE. https://www.nice.org.uk/guidance/ng100 (accessed 2 Jul 2019)). 12개월의 추적 조사에서 환자는 다음과 같이 분류되었다: i. 자기-제한(SL) 질병(DAS28<3.2 및 오프 csDMARD/스테로이드 요법) 대 지속적인 질병(PD)(DAS28>3.2 및/또는 csDMARD) 및 ii. 증상 치료(비-스테로이드성 항-염증제) 치료 대 csDMARD 요법 대 생물제제+/-csDMARD 요법.
윤활막 생검 수집 및 처리
파라핀 포매를 위해 환자 당 최소 6개의 생검을 수집하였고, 온전한 라이닝 층이 확인된 경우 조직병리학적 평가를 거쳤다. 윤활막염 스코어는 이전에 검증된 스코어링 시스템을 사용하여 결정하였다(Krenn V et al. (2006) Histopathology 49: 358-64). B 세포(CD20), T 세포(CD3), 대식세포(CD68) 및 형질 세포(CD138)에 대해 이전에 보고된 프로토콜을 사용하여 순차적으로 절단된 슬라이드의 면역조직화학 염색 후, 면역 세포 침윤 정도를 반정량적으로 평가하였다(0-4)(Humby F et al. (2009) PLoS Med 6: 0059-75). 생검을 다음 기준에 따라 3개의 윤활막 병원형 중 하나로 계층화하였다: i) 2-3 등급의 CD20+응집체, (CD20≥2) 및/또는 CD138>2의 림프-골수성 존재, ii) 미만성-골수성 CD68 SL≥ 2, CD20≤1 및/또는 CD3≥1, CD138≤2 및 iii) 파우치면역 CD68 SL<2 및 CD3, CD20, CD138<1.
나노스트링(Nanostring) 분석
환자 당 최소 6개의 윤활막 샘플을 RNA-Later에 즉시 침지하고, 설명된 바와 같이 RNA 추출을 수행하였다(Humby F et al. (2019) Ann Rheum Dis annrheumdis-2018-214539, doi:10.1136/annrheumdis-2018-214539). 이후, RNA 샘플은 확립된 RA(Dennis G et al. (2014) Arthritis Res Ther 16: R90) 및/또는 RA 발병기전과의 관련성을 갖는 환자로부터의 윤활막 조직의 이전 마이크로어레이 분석에 기초하여 미리 선택된 238개의 유전자의 발현에 대해 프로파일링을 거쳤다. Raw NanoString 카운트를 R 3.2.0의 NanoStringQCPro 패키지를 사용하여 처리하였다. 카운트를 전체 유전자 카운트 표준화에 의해 RNA 함량에 대해 표준화한 후 로그 변환시켰다(베이스 2). 표준화의 유효성은 이후 표준화된 카운트의 박스- 및 산점도를 통해 확인하였다. 벤자민-호치버그 방법을 사용하여 다중 시험을 조정하였고, 유전자를 FDR-조정된 p-값 <0.01을 입증한 경우 차별적으로 발현되는 것으로 간주하였다.
통계 분석
통계 분석을 R.3.0.2를 사용하여 수행하였다. 3원 비교를 위해, 크러스컬-월리스 검정을 연속 및 카이-제곱에 사용하거나 피셔 정확도 검정을 범주형 변수에 대해 적절하게 사용하였다. p-값 <0.05를 통계적으로 유의한 것으로 간주하였다. 던 검정 또는 본페로니 보정을 적절하게 사용하여 사후 비교 검정을 수행하였다.
선형 회귀 모델: R에서 glm 함수를 사용하여 순방향, 역방향 및 양방향 단계적 선택을 사용한 로지스틱 회귀가 사용되었다.
유전자 발현 예측자는 R 패키지 glmnet을 사용하여 L1(LASSO) 희소 로지스틱 회귀에 의해 선택되었다. 페널티 파라미터 λ는 10겹 교차 검증을 사용하여 최적화되었다. 최소 평균 교차 검증 오류에 해당하는 λ는 모델에서 최종 페널티 파라미터로 유지되었다.
예측 성능 평가: 95% CI로 겉보기 및 내부 검증 둘 모두를 사용하여 수신기 조작 특성 곡선 아래 영역(AUC)을 계산하여 최종 예측 모델의 예측 성능을 평가하였다. 부트스트랩(bootstrap) 방법을 사용한 내부 검증(Smith GCS et al. (2014) Am J Epidemiol 180: 318-24; Efron B et al. An introduction to the bootstrap. Chapman & Hall 1994. https://www.crcpress.com/An-Introduction-to-the-Bootstrap/Efron-Tibshirani/p/book/9780412042317 (2019년 2월 27일에 평가됨))(R package boot version 1.3-18로 수행됨)을 사용하여 과잉 적합화에 대해 보정하여 낮은 절대 오차를 갖는 C 통계(AUC)의 편향되지 않은 최적도(optimism)-조정된 추정치를 발생시켰다. AUC 통계의 부트스트랩 추정치는 최적도 보정된 AUC의 추정을 가능하게 하기 위해 500회 교체로 무작위 샘플링에 의해 계산되었다.
결과
환자 인구 통계 및 임상 상관관계
200명의 PEAC 환자가 포함되었고, 128/200명(64%)의 환자는 RA1987(RA 1987+/RA2010+)로 분류되고 72/200명(36%)의 환자는 UA로 분류되었다. UA 환자 중 25명은 추가로 RA2010(RA1987-/RA2010+)(25/200, 12.5%)로 분류되었고, 47명은 UA(RA1987-/RA2010-)(47/200, 23.5%)로 남아 있었다(도 1a). 그룹 사이에 평균 연령, 질병 기간 또는 ESR에서 유의한 차이가 입증되지 않았다. 그러나, RA1987 그룹은 RA2010 또는 UA 그룹에 비해 유의하게 더 높은 수준의 CRP, TJC, SJC, DAS28, RF, ACPA 및 VAS 및 유의하게 더 많은 수의 RF 및 ACPA에 대해 혈청 양성인 환자를 가졌다(도 1b). SJC 및 ACPA 역가는 RA2010 및 UA 그룹 사이에 유의한 차이를 갖는 유일한 임상 파라미터였으며, 이는 질병 활성의 임상 측정 측면에서 이들 두 그룹이 비교적 균일한 것을 나타낸다.
윤활막 병원형은 질병 기간에 관계 없이 임상 표현형을 구별한다.
윤활막 생검은 주로 작은 관절에서 획득되었다(81.5%)(도 2a). 조직학적 분석에 적합한 윤활막 조직을 갖는 환자(166/200)를 기준선 윤활막 병원형에 따라 분리하고(도 2b), 임상 파라미터의 차이를 평가하였다. 본 발명자는 미만성-골수성 또는 파우치면역 그룹에 비해 림프-골수성 내에서 유의하게 더 높은 평균 DAS28을 입증하였다(5.82 대 4.93 대 4.86, p<0.001). 평균 CRP는 림프-골수성 및 미만성-골수성 대 파우치면역 그룹에서 유의하게 더 높았고(16.86 대 15.52 대 9.55, p<0.001), 유의하게 더 많은 수의 환자가 림프-골수성 그룹 내에서 RF(p=0.012) 또는 ACPA(p=0.011)에 대해 혈청 양성이었다(도 2c). 질병 지속기간이 윤활막 병원형의 유병률에 영향을 미치는지 평가하기 위해, 환자를 기준선에서 질병 기간에 따라 4개의 그룹으로 계층화하였고(1-3m, 4-6m, 7-9m 및 10-12m), 윤활막 병원형의 빈도를 결정하였다. 각각의 시점에서 윤활막 병원형 빈도의 유의한 차이는 입증되지 않았다(p=0.65)(도 2d).
RA1987 환자는 RA2010 및 UA 환자에 비해 유의하게 높은 수준의 윤활막 면역 세포 침윤을 나타낸다.
환자는 병원형에 따라 그리고 추가로 RA1987, RA2010 및 UA 범주로 분리되었다. RA1987 그룹 내에서 더 높은 비율의 환자는 림프-골수성(대 미만성-골수성 또는 파우치면역)으로 분류되었다(43.5% 대 33% 대 23.5%)(도 3a). 본 발명자는 또한 RA1987 그룹과 RA2010 및 UA 그룹 둘 모두 사이에서 유의하게 더 높은 평균 윤활막염, CD3+ T 세포, CD20 +B 세포, CD138+ 형질 세포 및 CD68+ SL/L 대식세포 스코어를 입증하였다(p<0.001)(도 3b). 본 발명자는 RA2010과 UA 그룹 사이에 윤활막염 스코어, 평균 CD3+T, CD20+B, CD68+ L 또는 SL 대식세포 또는 CD138+ 형질 세포 수에서 유의한 차이를 보지 못했으며(도 3b), 이는 이들 두 그룹이 조직 병리학의 측면에서 비교적 균일한 것을 나타낸다.
B 세포 활성화 및 기능을 조절하는 윤활막 유전자는 RA2010/UA 그룹에 비해 RA1987 환자에서 유의하게 상향조절된다.
145/200명의 환자가 나노스트링 분석에 이용 가능한 RNA를 가졌고(95/128 RA1987, 12/25 RA2010 및 38/47 UA 환자), 그룹 사이의 차별적 유전자 발현(238개 유전자)에 대해 분석하였다.
RA1987 대 RA2010 그룹을 비교하여 본 발명자는 53개의 유전자의 유의한 차별적 발현을 입증하였다(도 3c). 조직학적 분석과 함께, RA1987 코호트 내의 다수의 차별적으로 상향조절된 유전자가 B 세포 활성화/기능을 매개하는 데 관여하였다(예를 들어, CD79A, CD38, IGJ, CXCL13, IRF4, CCL19, CD38, TNFA 및 IL6). RA1987과 UA 그룹 사이의 유전자 발현을 평가하는 경우, 본 발명자는 다중 비교에 대한 보정 후에 CXCL13만이 유의하게 남아 있었지만 B 세포 활성화/기능을 매개하는 RA1987 코호트 내에서 다수의 유전자의 차별적 상향조절과 유사한 경향을 발견하였다(도 3d). 반대로, RA2010 코호트와 UA 코호트 사이의 유전자 발현을 평가하는 경우, 단지 7개의 유전자가 RA2010 코호트 매개 연골 생물학(COMP, DKK3, INHBA) 내에서 차별적으로 상향조절된 유전자의 우세로 유의한 것으로 나타났고, 다중 비교를 위한 보정 후에는 유의한 것으로 남아 있지 않았다(도 3e).
질병 발병시 RA1987 기준으로서의 분류는 12개월에 지속적인 질병을 예측한다.
190/200명의 환자는 12개월의 추적 조사 데이터를 이용할 수 있었으며, 본 발명자는 기준선 윤활막 병원형이 질병 진화와 관련이 있는지의 여부를 조사하였다. 119/121명(99%)의 RA1987 환자 및 19/22명(90%)의 RA2010 환자가 PD를 가졌다(도 4a). UA 코호트 내에서 11/47명(23%)은 다른 진단을 받았다. 나머지 36명의 환자 중, 26/36명(72.2%)이 PD를 가졌고, 10/36명(27.8%)이 SL을 가졌다. PD를 갖는 UA 환자 중, 4/26명(15.3%)이 12개월에 진행되어 2010ACR/EULAR 기준 RA를 충족시켰다. 결과는 RA2010 또는 RA1987 그룹에 비해 UA 그룹에서 SL 질병을 갖는 환자의 유의하게 더 높은 비율 및 유의하게 더 많은 수의 PD를 갖는 RA1987 그룹 내의 환자를 입증하였다(도 4b). 기준성 병원형의 효과를 평가하는 경우, 본 발명자는 더 높은 비율의 PD를 갖는 림프-골수성 대 미만성-골수성 또는 파우치면역 병원형을 갖는 환자(39% 대 32% 대 13%) 및 더 많은 수의 SL을 갖는 미만성-골수성 대 림프-골수성 또는 파우치면역 병원형을 갖는 환자(54% 대 18% 대 27%)를 입증하였다(도 4c).
기준선 림프-골수성 병원형은 생물학적 요법에 대한 12개월 요구와 유의하게 연관된다.
진단 그룹 또는 병원형에 따라 계층화된 환자는 12개월 치료 요구에 따라 추가로 분류되었다: i. 증상 치료, ii. csDMARD 또는 iii. 생물제제+/-csDMARD. RA1987 환자의 유의하게 더 높은 비율은 RA2010 및 UA에 비해 생물학적 요법을 필요로 하였고(27.82% 대 20.83% 대 10.63%)(p<0.001)(도 5a), 중요하게는 림프-골수성(대 미만성-골수성 또는 파우치면역) 병원형은 생물학적 요법에 대한 12개월 요구와 유의하게 연관되었다(57% 대 21% 대 21% p=0.02)(도 5b).
이후, 본 발명자는 생물학적 요법을 필요로 하는 환자(n=34) 또는 그렇지 않은 환자(n=106) 사이에서 나노스트링 패널에서 238개 유전자의 발현을 비교하였고, 119개의 차별적으로 발현된 유전자를 발견하였다. 생물학적 요법이 필요한 환자는 B 및 T 세포 증식, 분화 및 활성화를 조절하는 유전자(예를 들어, TNFRSF13C, CD79A, CD2, CD3E 및 CD38), 기질 금속단백질분해효소 생성/조절에 관여하는 유전자(예를 들어, MMP1 및 TIMP1), 사이토카인 매개 세포 활성화에 관여하는 유전자(TNFA, TRAF3IP3, IFNA1), 및 파골세포형성 억제(DEF6)의 유의하게 더 높은 차별적 상향조절을 가졌다. 생물학적 요법을 필요로 하지 않은 환자는 일부 B 및 T 세포 조절 유전자 및 B 증식 마커를 발현하였지만, 대부분 섬유모세포 증식 및 연골 전환의 마커였다(도 5c).
질병 기간이 결과에 영향을 미치는지 여부를 결정하기 위해, 본 발명자는 12개월 치료(생물학적 요법 여부)에 따라 그리고 추가로 질병 기간 사분위수로 환자를 분리하였고(도 5d), 진단시 질병 기간의 측면에서 유의한 차이를 나타내지 않았다. 다음으로, 본 발명자는 질병 기간의 사분위수에 따라 생물학적 요법(n=39)으로 치료된 환자를 분리한 후, 윤활막 병원형을 분리하였다. 본 발명자는 각 사분위수에서 환자 수에서 유의한 차이를 발견하지 못했다(P=0.3)(도 5e). 이들 결과는 질병 기간보다는 윤활막 병원형이 12개월 치료 결과에 영향을 미친다는 것을 강력하게 시사한다.
윤활막 유전자 발현 시그니처는 생물학적 요구에 대한 임상 예측 모델의 성능을 향상시킨다.
기준선 임상 및 유전자 발현 데이터가 생물학적 요법에 대한 요구를 예측하기 위한 모델로 조합될 수 있는지의 여부를 결정하기 위해, 본 발명자는 2개의 보완적 접근법, 즉, 예측적 임상 공변량을 식별하기 위한 로지스틱 회귀 모델, 및 임상 모델을 개선하는 유전자를 식별하기 위한 L1 정규화 페널티(LASSO)와 함께 로지스틱 회귀를 기반으로 하는 페널티를 받는 방법을 사용하였다.
9개의 기준성 임상 공변량이 회귀 모델에서 후보로 고려되었다: 질병 기간, ESR, CRP, RF, ACPA, TJC, SJC, DAS28, 및 병원형(두 가지 범주, 림프-골수성 대 파우치면역/미만성-골수성). 역방향 및 양방향 단계적 선택을 사용하는 로지스틱 회귀 모델은 동일한 세트의 임상 공변량인 DAS28, 병원형, CRP 및 TJC의 선택을 발생시켰다. AUC에 의해 평가된 모델의 겉보기 예측 성능은 0.78이었다(95% CI=0.70-0.87).
유전자는 이전 로지스틱 회귀에 의해 선택된 4개의 임상 공변량에 적용된 L1 공병량 페널티(LASSO) 및 생물학적 및 비생물학적 그룹 사이에 유의하게 차별적으로 발현되는 것으로 확인된 119개의 유전자를 사용한 로지스틱 회귀를 사용하여 임상 모델을 개선하기 위해 선택하였다. 임상 예측자가 페널티를 받거나 강제 포함된 모델을 비교하였다. 모든 예측자가 페널티를 받은 경우, 11개의 예측자가 최종 모델에 유지되었고, 임상 공병량이 페널티를 받지 않은 경우, 13개의 예측자가 유지되었다(도 6a). 페널티를 받은 임상 모델 및 페널티를 받지 않은 임상 모델 둘 모두에서 겉보기 예측 성능이 개선되었다(겉보기 AUC=0.89, 95% CI=0.83-0.95 및 AUC=0.90, 95% CI=0.84-0.95)(도 6b). 본 발명자는 원래 데이터 세트의 대체로 부트-스트랩된 샘플링에 의해 각각의 모델에 대한 AUC의 최적도를 계산함으로써 과잉 적합에 대한 AUC 성능 측정을 보정하기 위해 내부 검증을 추가로 수행하였다. 최적도 보정된 AUC는 순수 임상 모델의 경우 0.75이고, 임상 및 유전자 모델(LASSO)의 경우 0.81이었으며(도 6c 및 6d), 이는 모델에 임상 공변량 및 유전자 둘 모두를 포함시키는 것이 모델의 예측 능력을 개선시킴을 시사한다.
모델에 사용된 유전자는 하기 표에 제시된다.
표 4. 유전자 발현의 유의한 차별적 조절(12 m에서 생물학적 대 비 생물학적 치료).
Figure pct00007
논의
이들 결과는 RA1987 기준을 총족하지 않는 초기 염증성 관절염 환자가 RA2010 또는 UA 기준에 따른 추가 분류에 관계 없이 유사한 임상적, 윤활막 조직학적 및 분자적 특징을 나타낸다는 것을 강력하게 시사한다. 이들 데이터는 또한 질병 발병시 림프-골수성 병원형이 임상 분류와 관계 없이 이후에 생물학적 요법을 필요로 하는 환자의 불량한 결과를 예측하고, 최종적으로 임상 예측 모델에 대한 조직학적 및 분자적 시그니처의 통합이 환자가 생물학적 요법을 필요로 하는지의 여부를 예측하기 위한 민감도/특이성을 향상시킨다는 것을 시사한다.
데이터는 RA2010+/RA1987- 그룹에서 생물학적 요법을 필요로 하는 환자의 더 낮은 백분율을 제시하며, 이는 조기 진단을 가능하게 하고 따라서 효과적인 치료를 가능하게 하는 ACR/EULAR 2010 기준과 일치한다. 그러나, 이러한 그룹은 처음부터 더 가벼운 병리를 가질 수도 있다.
윤활막 병원형 자체는 SL 질병보다는 PD 발병 위험이 있는 환자를 구별하는 것으로 보이지는 않는다. 그러나, 예후 결과로서 12개월의 생물학적 요구를 적용하는 경우, 본 발명자는 B 세포가 풍부한 조밀한 윤활막 침윤 및 질병 발병시 T/B 세포 유전자의 유의한 상향조절을 갖는 림프-골수성 병원형을 갖는 환자가 후속 생물학적 요법에 대한 요구를 예측하고, 결정적으로 이것이 질병 기간과 무관하다는 것을 입증하였다. 현재의 연구는 12개월 추적 조사에서 림프-골수성 병원형으로 분류된 환자의 유의하게 더 높은 비율이 생물학적 요법을 필요로 한다는 것을 입증한다. 연구는 또한 RA를 갖는 모든 환자에 대한 "초기 기회 창"을 둘러싼 현재의 교리에 의문을 제기하며, 이는 단순히 질병 기간이 아닌 병원형이 결과에 영향을 미치고, 집중적인 치료 요법이 불량한 예후 병원형을 표적으로 삼아야 함을 시사한다. 이러한 개념은 생물제제 사용을 위한 임상 예측 모델에 윤활막 조직학적 및 분자 마커의 통합이 질병 기관과 독립적으로 민감도/특이성을 78.8%에서 89-90%로 개선시킨다는 입증에 의해 뒷받침된다.
윤활막 불균일성이 임상 표현형과 관련이 없음을 시사하는 이전에 보고된 데이터와의 불일치는 아마도 본 연구에서 대부분의 생검이 작은 관절에서 수행되었지만 상기 코호트에서 관절경 생검이 주로 큰 관절 병발을 가져 이에 따라 잠재적인 선택 평향을 갖는 환자로 제한되었다는 사실에 의해 설명될 수 있다. 또한, 현재까지 보고된 가장 큰 생검 유래 초기 관절염 코호트에서 쌍을 이룬 조직학적 및 분자 데이터는 내부 검증 및 높은 분류 정확도를 보장하였다.
본 발명자의 결과는 강력하며, 새로운 RA2010 분류 기준의 도입은 불량한 결과를 예측하는 RA2010 기준 단독의 제한된 능력을 갖는 1987 기준과 비교하여 조기 환자 분류에 추가적인 임상 및 생물학적 불균일성을 제공함을 시사한다. 윤활막 병리학적 마커를 질병 기간과 무관하게 불량한 결과(생물학적 요법에 대한 요구)를 예측하는 임상 알고리즘에 통합한다는 시연은 "기회 창"이 6개월보다 넓고 질병 발병시 불량한 예후의 윤활막 병리학적 하위유형에 따른 생물학적 요법의 초기 계층화가 이들 환자의 결과를 개선시킬 수 있음을 시사한다.
상기 명세서에 언급된 모든 간행물은 참조로서 본원에 포함된다. 본 발명의 개시된 방법의 다양한 변형 및 변화는 본 발명의 범위 및 사상을 벗어나지 않으면서 당업자에게 명백할 것이다. 본 발명은 특정한 바람직한 구체예와 관련하여 개시되었으나, 청구된 바와 같은 본 발명은 상기 특정 구체예로 부당하게 제한되지 않아야 함이 이해되어야 한다. 실제로, 당업자에게 명백한 본 발명을 수행하기 위한 개시된 모드의 다양한 변형은 하기의 청구항의 범위 내인 것으로 의도된다.

Claims (16)

  1. 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 이용한 치료를 필요로 하는 대상체를 식별하기 위한 방법으로서, 상기 방법이,
    (a) 대상체로부터 획득된 하나 이상의 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 수준을 결정하는 단계로서, 상기 하나 이상의 바이오마커가 표 1로부터 선택되는, 단계; 및
    (b) 하나 이상의 바이오마커의 수준을 하나 이상의 상응하는 참조 값과 비교하는 단계로서, 상응하는 참조 값과 비교한 하나 이상의 마이오마커의 수준이 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 이용한 치료에 대한 요구를 나타내는, 단계를 포함하는,
    방법.
  2. 제1항에 있어서, 하나 이상의 바이오마커가 표 1로부터의 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71개 또는 모든 72개의 바이오마커를 포함하는 방법.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 하나 이상의 바이오마커가 표 2로부터 선택되고, 상기 하나 이상의 바이오마커의 수준이 상응하는 참조 값과 비교하여 증가되고, 선택적으로 상기 하나 이상의 바이오마커가 표 2로부터의 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48개 또는 모든 49개의 바이오마커를 포함하는, 방법.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 바이오마커가 표 3으로부터 선택되고, 상기 하나 이상의 바이오마커의 수준이 상응하는 참조 값과 비교하여 감소되고, 선택적으로 상기 하나 이상의 바이오마커가 표 3으로부터의 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22개 또는 모든 23개의 바이오마커를 포함하는, 방법.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 바이오마커의 수준을 결정하는 단계가 하나 이상의 바이오마커의 유전자 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 수준이 핵산 수준이고, 선택적으로 상기 핵산 수준이 mRNA 수준인 방법.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 바이오마커의 수준이 핵산의 직접 디지털 카운팅, RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, 마이크로어레이 분석, 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 방법.
  8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 이전에 류마티스 관절염에 대해 질병-변형 항-류마티스 약물(DMARD) 또는 생물학적 요법으로 치료된 적이 없는 방법.
  9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 1년 미만 동안 류마티스 관절염의 하나 이상의 증상을 나타낸 방법.
  10. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 샘플이 윤활막 샘플이고, 선택적으로 상기 샘플이 윤활막 조직 샘플 또는 윤활액 샘플인, 방법.
  11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법이 대상체가 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 이용한 치료를 필요로 하는 것으로 식별된 경우 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 상기 대상체에 투여하는 것을 추가로 포함하는 방법.
  12. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 생물학적 요법이 B 세포 길항제, 야누스 키나제(JAK) 길항제, 종양 괴사 인자(TNF) 길항제, 디코이 TNF 수용체, T 세포 공동자극 신호 길항제, IL-1 수용체 길항제, IL-6 수용체 길항제, 또는 이들의 조합인 방법.
  13. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 생물학적 요법이 항-TNF-알파 요법 또는 항-CD20 요법인 방법.
  14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 생물학적 요법이 아달리무맙, 인플릭시맙, 세르톨리주맙 페골, 골리무맙, 리툭시맙, 오크렐리주맙, 벨투주맙, 오파투무맙, 토실리주맙 및 토파시티닙, 또는 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택되는 방법.
  15. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법이 대상체가 림프-골수성 병원형을 나타내는지 여부를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  16. 류마티스 관절염을 치료하는 방법으로서, 상기 방법이 유효량의 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 대상체에 투여하는 것을 포함하고, 상기 대상체가 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항의 방법에 의해 류마티스 관절염에 대한 생물학적 요법을 이용한 치료를 필요로 하는 것으로 식별된, 방법.
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