KR20220066752A - 면역력 강화 소 African Humped Cattle (AFH) 품종 특이적 단일염기다형성 및 그의 용도 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 본 발명은 면역력 강화 소 African Humped Cattle (AFH) 품종 특이적 단일염기다형성 및 그의 용도에 관한 것으로, 본 발명에 따른 면역력 강화 소 AFH 품종 선별용 키트는 높은 정확도로 AFH 품종에서 면역력이 강화된 개체를 검출할 수 있어, 아프리카소 유전체 연구 및 유전자 분석을 기반으로 한 생식 유전자 연구에 다양하게 이용될 수 있는 장점을 가진다.
Description
본 발명은 면역력 강화 소 African Humped Cattle (AFH) 품종 특이적 단일염기다형성 및 그의 용도에 관한 것이다.
소는 아프리카에서 경제적으로 사회적으로 중요한 자원이다. 대략 150 개의 고유한 소의 품종이 사하라 사막 이남의 아프리카에 서식한다. 오랜 시간 동안 고립된 지역에서 살고 있는 고유한 아프리카 소들은 환경적으로 요소들에 의해 선발되어왔다. 이는 아프리카 소들에게 강력한 선택압으로 (selective pressure) 작용하고 척박한 환경에 더 적응한 개체들이 선발되도록 하였다. 특히 몇몇 품종들은 생존율과 생산성을 감소시키는 치명적인 지역적인 질병들에 저항성을 얻었다. 환경적인 요소에 더해서, 인간으로부터 기인한 선발도 유제품 및 육질의 생성을 향상시키는 표현 형질에 영향을 끼쳤다.
단기간에 급격히 생겨난 대규모의 유전적 변이는 표현 형질을 조절하는 유전자 혹은 좌위의 위치를 확인할 수 있도록 해주었다. 전장 유전체 분석은 궁극적으로 환경에 적응하기 위한 특이한 유전적 시그니쳐의 역할을 이해할 수 있도록 해준다. 최근 진행된 몇몇 지놈 분석은 다양한 아프리카 소 품종의 다양성과 유전적 배경을 연구하기 위해서 수행되었다. 예를 들면, 가축의 생산량을 향상시키기 위해 small African zebu를 대상으로 한 SNP 분석은 해당 형질과 연관된 후보의 좌위를 발견할 수 있도록 해주었다. 이러한 유전 좌위들의 발견을 통해 특정 품종의 표현 형질과 관련이 있는 유전적 다양성을 보였으며 유전체를 기능적으로 해석할 수 있도록 해주었다.
한편, 오늘날 아프리카의 대부분의 소는 B. taurus 종과 B. indicus 종을 조상으로 두고, 다양한 표현형의 B. taurus x B. indicus 개채군인 것으로 알려져 있다. African humped cattle은, taurine mtDNA 일배체형만 가지고 있으며, Y 염색체 미세위성 (microsatellite)은 아프리카에 indicine 와 taurine Y 염색체가 모두 존재하고 있다. 나아가, 상 염색체 전장유전체 분석에 따르면 아프리카 혹 소는 집단에 걸쳐 유전 적 기여도가 다른 타우린 유전자을 포함하지만 집단 내에서 거의 변이가 없음을 보여주며, 이는 아프리카 소에서의 자연 선택이 B. taurus x B. indicus 혼합 비율을 형성하는 데 중요한 역할을 했으며, 유전적 혼합은 다양성을 증가시키고 인간과 자연 선택을 위한 새로운 유전자 원을 제공했음을 시사한다.
이러한 배경에서, taurine 또는 indicine 으로부터 유래된 유전자의 다양성 분석을 통해 아프리카소 개체에서 생존율과 생산성을 높게 유지시킬 수 있는 유전자 마커를 발굴하려는 연구들이 시도되고 있다.
본 발명자들은 가혹한 환경 조건에서 높은 생존율을 나타내는 면역력 강화 소 African Humped Cattle (AFH) 품종-특이적인 유전적 시그니쳐 (genetic signature)를 규명하고자 노력하였다. 그 결과, 다양한 품종의 소에 대한 전장 유전체 비교 분석 (comparative genome-wide analysis)을 통해, 면역력 강화 소 AFH 품종 특이적인 SNP를 규명함으로써 본 발명을 완성하였다.
이에, 본 발명의 목적은 면역력 강화 소 African Humped Cattle (AFH) 품종 선별용 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 면역력 강화 소 AFH 품종-특이적 마커의 검출 방법을 제공하는 것이다.
본 발명은 면역력 강화 소 African Humped Cattle (AFH) 품종 특이적 단일염기다형성 및 그의 용도에 관한 것으로, 본 발명에 따른 면역력 강화 소 AFH 품종 선별용 키트는 높은 정확도로 AFH 품종에서 면역력이 강화된 개체를 검출할 수 있다.
이하 본 발명을 더욱 자세히 설명하고자 한다.
본 발명의 일 양태는, MATR3 유전자 업스트림 (Upstream)의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제1서열의 1535 및 2359 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
MATR3 유전자의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제2서열의 4549, 4875, 5386 및 25653 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
MATR3 유전자 다운스트림 (Downstream)의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제3서열의 1254, 1405, 1496, 1566, 1771, 1994, 2550, 2596, 2952, 4586, 4759, 5023, 6229, 6457, 6593, 6814, 8876 및 9282 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
MZB1 유전자 다운스트림의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제4서열의 551, 854 및 855 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
MZB1 유전자 업스트림의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제5서열의 8223 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
STING1 유전자 다운스트림의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제6서열의 8462 및 8617 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
STING1 유전자의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제7서열의 19 번째 위치의 단일염기다형성 부위; 및
STING1 유전자 업스트림의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제8서열의 2797, 2884, 3206, 3239, 3283 및 4430 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
중 하나 이상의 단일염기다형성 부위를 포함하는 10-100개의 연속 뉴클레오타이드 서열에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브를 포함하는 면역력 강화 소 AHF (African Humped cattle) 품종 선별용 키트이다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제1서열의 1535번째 뉴클레오티드 위치에 C를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제1서열의 2359번째 뉴클레오티드 위치에 C를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제2서열의 4549번째 뉴클레오티드 위치에 G를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제2서열의 4875번째 뉴클레오티드 위치에 C를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제2서열의 5386번째 뉴클레오티드 위치에 C를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제2서열의 25653번째 뉴클레오티드 위치에 G를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 1254번째 뉴클레오티드 위치에 C를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 1405번째 뉴클레오티드 위치에 A를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 1496번째 뉴클레오티드 위치에 C를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 1566번째 뉴클레오티드 위치에 G를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 1771번째 뉴클레오티드 위치에 G를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 1994번째 뉴클레오티드 위치에 T를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 2550번째 뉴클레오티드 위치에 A를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 2596번째 뉴클레오티드 위치에 T를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 2952번째 뉴클레오티드 위치에 G를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 4586번째 뉴클레오티드 위치에 C를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 4759번째 뉴클레오티드 위치에 C를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 5023번째 뉴클레오티드 위치에 C를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 6229번째 뉴클레오티드 위치에 C를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 6457번째 뉴클레오티드 위치에 A를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 6593번째 뉴클레오티드 위치에 A를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 6814번째 뉴클레오티드 위치에 C를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 8876번째 뉴클레오티드 위치에 G를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제3서열의 9282번째 뉴클레오티드 위치에 C를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제4서열의 551번째 뉴클레오티드 위치에 A를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제4서열의 854번째 뉴클레오티드 위치에 T를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제4서열의 855번째 뉴클레오티드 위치에 C를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제5서열의 8223번째 뉴클레오티드 위치에 T를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제6서열의 8462번째 뉴클레오티드 위치에 A를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제6서열의 8617번째 뉴클레오티드 위치에 C를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제7서열의 19번째 뉴클레오티드 위치에 T를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제8서열의 2797번째 뉴클레오티드 위치에 G를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제8서열의 2884번째 뉴클레오티드 위치에 A를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제8서열의 3206번째 뉴클레오티드 위치에 T를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제8서열의 3239번째 뉴클레오티드 위치에 C를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제8서열의 3283번째 뉴클레오티드 위치에 T를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, AFH 품종은 서열목록 제8서열의 4430번째 뉴클레오티드 위치에 C를 가지는 단일염기다형성 부위를 갖는 것인, 키트인 것일 수 있다.
본 명세서 상의 용어“뉴클레오타이드”는 단일가닥 또는 이중가닥 형태로 존재하는 디옥시리보뉴클레오타이드 또는 리보뉴클레오타이드이며, 다르게 특별하게 언급되어 있지 않은 한 자연의 뉴클레오타이드의 유사체를 포함한다.
본 명세서 상의 용어“단일염기다형성 (single nucleotide polymorphism, SNP)”은 게놈에서 단일염기 (A, T, C 또는 G)가 종의 멤버들 간 또는 한 개체 (individual)의 쌍 염색체 간에 다른 경우에 발생하는 DNA 서열의 다양성을 의미한다. 예를 들어, 서로 다른 개체의 세 개의 DNA 단편들(예: AAGT[A/A]AG, AAGT[A/G]AG, AAGT[G/G]AG)처럼 단일염기에서 차이를 포함하는 경우, 두 개의 대립 유전자 (A 또는 G)라고 부르며, 일반적으로 거의 모든 SNPs는 두 개의 대립 유전자를 가진다. 한 집단 (population)내에서, SNP는 소수 대립인자 빈도 (minor allele frequency, MAF; 특정 집단에서 발견되는 유전자위치 (locus)에서 가장 낮은 대립인자 빈도)로 할당될 수 있다. 인간 집단 내에서 변이성 (variations)이 존재하며, 지질학적 또는 민족적 군에서 공통적인 하나의 SNP 대립 유전자는 매우 희귀하다.
단일염기다형성은 유전자의 코딩 서열, 유전자의 비-코딩 부위 또는 유전자 사이의 지역에 포함될 수 있다. 유전자의 코딩 서열 내의 SNP는 유전암호의 중복성 (degeneracy)으로 인해 반드시 타겟 단백질의 아미노산 서열 상에 변화를 일으키지는 않는다. 동일한 폴리펩타이드 서열을 형성하는 SNP는 동의적 (synonymous)이라 하고 (침묵 돌연변이라고도 불리움), 다른 폴리펩타이드 서열을 형성하는 SNP의 경우 비-동의적 (non-synonymous)이라고 한다. 비-동의적 SNP는 미스센스 또는 넌센스일 수 있으며, 미스센스 변화는 다른 아미노산을 발생시키는 반면에 넌센스 변화는 비성숙 종결코돈을 형성한다. 단백질-코딩 부위가 아닌 곳에 존재하는 SNP는 유전자 사일런싱, 전사인자 결합 또는 비-코딩 RNA 서열을 유발시킬 수 있다.
본 명세서 상의 용어 “프라이머”는 올리고뉴클레오타이드를 의미하는 것으로, 핵산쇄 (주형)에 상보적인 프라이머 연장 산물의 합성이 유도되는 조건, 즉, 뉴클레오타이드와 DNA 중합효소와 같은 중합제의 존재, 그리고 적합한 온도와 pH의 조건에서 합성의 개시점으로 작용할 수 있다. 예를 들어, 프라이머는 디옥시리보 뉴클레오타이드이며 단일쇄이다. 본 발명에서 이용되는 프라이머는 자연 (naturally occurring) dNMP (즉, dAMP, dGMP, dCMP 및 dTMP), 변형 뉴클레오타이드 또는 비-자연 뉴클레오타이드를 포함할 수 있다. 또한, 프라이머는 리보뉴클레오타이드도 포함할 수 있다.
본 발명의 프라이머는 타겟 핵산에 어닐링 되어 주형-의존성 핵산 중합효소에 의해 타겟 핵산에 상보적인 서열을 형성하는 연장 프라이머 (extension primer)일 수 있으며, 이는 고정화 프로브가 어닐링 되어 있는 위치까지 연장되어 프로브가 어닐링 되어 있는 부위를 차지한다.
본 발명에서 이용되는 연장 프라이머는 타겟 핵산의 제1위치에 상보적인 혼성화 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 용어 “상보적” 은 소정의 어닐링 또는 혼성화 조건하에서 프라이머 또는 프로브가 타겟 핵산 서열에 선택적으로 혼성화할 정도로 충분히 상보적인 것을 의미하며, 실질적으로 상보적 (substantially complementary) 및 완전히 상보적 (perfectly complementary)인 것을 모두 포괄하는 의미를 가지며, 예를 들어, 완전히 상보적인 것을 의미한다. 본 명세서에서, 프라이머 서열과 관련하여 사용되는 용어, “실질적으로 상보적인 서열” 은 완전히 일치되는 서열뿐만 아니라, 특정 서열에 어닐링하여 프라이머 역할을 할 수 있는 범위 내에서, 비교 대상의 서열과 부분적으로 불일치되는 서열도 포함되는 의미이다.
프라이머는, 중합제의 존재 하에서 연장 산물의 합성을 프라이밍시킬 수 있을 정도로 충분히 길어야 한다. 프라이머의 적합한 길이는 다수의 요소, 예컨대, 온도, 응용분야 및 프라이머의 소스(source)에 따라 결정되지만 전형적으로 15-30 뉴클레오타이드이다. 짧은 프라이머 분자는 주형과 충분히 안정된 혼성 복합체를 형성하기 위하여 일반적으로 보다 낮은 온도를 요구한다. 용어 “어닐링” 또는 “프라이밍” 은 주형 핵산에 올리고디옥시뉴클레오타이드 또는 핵산이 병치(apposition)되는 것을 의미하며, 상기 병치는 중합효소가 뉴클레오타이드를 중합시켜 주형 핵산 또는 그의 일부분에 상보적인 핵산 분자를 형성하게 한다.
프라이머의 서열은 주형의 일부 서열과 완전하게 상보적인 서열을 가질 필요는 없으며, 주형과 혼성화 되어 프라이머 고유의 작용을 할 수 있는 범위 내에서의 충분한 상보성을 가지면 충분하다. 따라서 본 발명에서의 프라이머는 주형인 상술한 뉴클레오티드 서열에 완벽하게 상보적인 서열을 가질 필요는 없으며, 이 유전자 서열에 혼성화되어 프라이머 작용을 할 수 있는 범위 내에서 충분한 상보성을 가지면 충분하다. 이러한 프라이머의 디자인은 상술한 뉴클레오티드 서열을 참조하여 당업자에 의해 용이하게 실시할 수 있으며, 예컨대, 프라이머 디자인용 프로그램(예: PRIMER 3 프로그램)을 이용하여 할 수 있다.
본 명세서에서, 용어 “핵산 분자”는 DNA(gDNA 및 cDNA) 그리고 RNA 분자를 포괄적으로 포함하는 의미를 갖으며, 핵산 분자에서 기본 구성 단위인 뉴클레오타이드는 자연의 뉴클레오타이드뿐만 아니라, 당 또는 염기 부위가 변형된 유사체 (analogue)도 포함한다.
본 발명의 키트에서 출발물질이 gDNA인 경우, gDNA의 분리는 당업계에 공지된 통상의 방법에 따라 실시될 수 있다.
본 발명의 키트에 있어서, 상기 특정 서열을 규명하는 것은 당업계에 공지된 다양한 방법을 응용하여 실시될 수 있다. 예를 들어, 본 발명에 응용될 수 있는 기술은, 형광 인 시투 혼성화 (FISH), 직접적 DNA 서열결정, PFGE 분석, 서던 블롯 분석, 단일-가닥 컨퍼메이션 분석, RNase 보호 분석, 닷트 블롯 분석, 변성 구배 젤 전기영동, 뉴클레오타이드 미스매치를 인식하는 단백질을 이용하는 방법 및 대립형-특이 PCR을 포함하나, 이에 한정되는 것은 아니다.
서열변화가 단일-가닥 분자내 염기 결합의 차이를 초래하여, 이동성이 다른 밴드를 출현하게 하는 데, SSCA는 이 밴드를 검출한다. DGGE 분석은 변성 구배 젤을 이용하여, 야생형 서열과 다른 이동성을 나타내는 서열을 검출한다.
다른 기술들은 일반적으로 본 발명의 SNP들을 포함하는 서열에 상보적인 프로브 또는 프라이머를 이용한다.
예를 들어, RNase 보호 분석에서, 본 발명의 SNP들을 포함하는 서열에 상보적인 리보프로브가 이용된다. 리보프로브와 인간으로부터 분리한 DNA 또는 mRNA를 혼성화시키고, 이어 미스매치를 검출할 수 있는 RNase A 효소로 절단한다. 만일, 미스매치가 있어 RNase A가 인식을 한 경우에는, 보다 작은 밴드가 관찰된다.
혼성화 시그널을 이용하는 분석에서, 본 발명의 SNP를 포함하는 서열에 상보적인 프로브가 이용된다. 이러한 기술에서, 프로브와 타깃 서열의 혼성화 시그널을 검출하여 직접적으로 질환의 위험도를 결정한다.
본 명세서에서 상의 용어 “프로브”는 특정 뉴클레오타이드 서열에 혼성화될 수 있는 디옥시리보뉴클레오타이드 및 리보뉴클레오타이드를 포함하는 자연 또는 변형되는 모노머 또는 결합을 갖는 선형의 올리고머를 의미한다. 예를 들어, 프로브는 혼성화에서의 최대 효율을 위하여 단일가닥이다. 프로브는 바람직하게는 디옥시리보 뉴클레오타이드이다.
본 발명에 이용되는 프로브로서, 상기 SNP를 포함하는 서열에 완전하게(perfectly) 상보적인 서열이 이용될 수 있으나, 특이적 혼성화를 방해하지 않는 범위 내에서 실질적으로 (substantially) 상보적인 서열이 이용될 수도 있다. 예를 들어, 본 발명에 이용되는 프로브는 본 발명의 SNP를 포함하는 10-30개의 연속 뉴클레오타이드 잔기를 포함하는 서열에 혼성화될 수 있는 서열을 포함한다. 보다 바람직하게는, 상기 프로브의 3'-말단 또는 5'-말단은 상기 SNP 염기에 상보적인 염기를 갖는다. 일반적으로, 혼성화에 의해 형성되는 듀플렉스 (duplex)의 안정성은 말단의 서열의 일치에 의해 결정되는 경향이 있기 때문에, 3'-말단 또는 5'-말단에 SNP 염기에 상보적인 염기를 갖는 프로브에서 말단 부분이 혼성화되지 않으면, 이러한 듀플렉스는 엄격한 조건에서 해체될 수 있다.
혼성화에 이용되는 엄격한 조건 (stringent condition)은 온도, 이온세기 (완충액 농도) 및 유기 용매와 같은 화합물의 존재 등을 조절하여 결정될 수 있다. 이러한 엄격한 조건은 혼성화되는 서열에 의존하여 다르게 결정될 수 있다.
본 발명의 다른 양태는, 면역력 강화 소 AHF (African Humped cattle) 품종의 선별에 필요한 정보를 제공하기 위하여 소의 생물학적 시료에 있는,
MATR3 유전자 업스트림 (Upstream)의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제1서열의 1535 및 2359 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
MATR3 유전자의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제2서열의 4549, 4875, 5386 및 25653 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
MATR3 유전자 다운스트림 (Downstream)의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제3서열의 1254, 1405, 1496, 1566, 1771, 1994, 2550, 2596, 2952, 4586, 4759, 5023, 6229, 6457, 6593, 6814, 8876 및 9282 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
MZB1 유전자 다운스트림의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제4서열의 551, 854 및 855 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
MZB1 유전자 업스트림의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제5서열의 8223 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
STING1 유전자 다운스트림의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제6서열의 8462 및 8617 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
STING1 유전자의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제7서열의 19 번째 위치의 단일염기다형성 부위; 및
STING1 유전자 업스트림의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제8서열의 2797, 2884, 3206, 3239, 3283 및 4430 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
중 하나 이상의 단일염기다형성 부위를 검출하는 단계를 포함하는 면역력 강화 소 AHF (African Humped cattle) 품종-특이적 마커의 검출방법이다.
본 명세서 상의 용어 "생물학적 시료"는 핵산을 포함한 생물의 모든 물질을 말하는 것이며, 본 발명에 핵산 증폭 반응에 사용할 수 있는 생물학적 시료는 바이러스, 박테리아, 조직, 세포, 모발, 구강 조직, 구강 세포, 혈액, 림프, 골수 액, 타액, 유즙, 소변, 분변, 안구 액, 정액, 뇌추출 액, 척수 액, 관절 액, 유선 액, 복수, 양막 액 또는 세포조직액이 포함하나 이에 한정되지 않는다. 생물학적 시료로서 혈액은 전혈, 혈장, 또는 혈청을 포함한다.
본 발명의 일 구현예에서, 상기 생물학적 시료는 전혈, 혈장 또는 혈청이다.
본 발명의 단일염기다형성 (SNP) 부위를 검출하는 단계는 마이크로어레이 방식 또는 유전자 증폭 방식으로 실시될 수 있다.
본 발명에 있어서 검출 단계가 유전자 증폭 방식으로 실시되는 경우, 프라이머를 이용한 PCR (polymerase chain reaction)에 따라 실시될 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, PCR 과정은 역전사 중합효소연쇄반응 (Reverse Transcription PCR; RT-PCR), 역전사-정량 중합효소연쇄반응 (Reverse Transcription-quantitative PCR; RT-qPCR), 실시간 네스티드 역전사-중합효소연쇄반응(realtime nested RT-PCR; rt-nRT-PCR), 디지털 역전사 중합효소연쇄반응(digital RT-PCR; dRT-PCR)에 의해 수행될 수 있으나, 이에 한정되는 것은 아니다.
본 발명의 방법을 프라이머를 이용하여 실시하는 경우에는, 유전자 증폭 반응을 실시하여 본 발명의 마커의 뉴클레오티드 서열을 분석하여 확인한다. 본 발명은 본 발명의 마커의 뉴클레오티드 서열을 검출하는 것이기 때문에, 분석 대상의 시료 (예컨대, 게놈 DNA)에서 본 발명의 마커의 뉴클레오티드 서열을 결정함으로써 조사하여 대상 시료의 AFH 품종 여부를 확인할 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, 방법은 마이크로어레이 방식으로 실시될 수도 있다. 본 발명의 방법이 마이크로어레이 방식에 의하는 경우에는, 마이크로어레이의 고상표면에 프로브가 고정화 될 수 있다.
본 발명의 방법에서 이용되는 프로브는 상기 나열한 본 발명의 SNP들을 포함하는 각 유전자상의 10-100개의 연속 뉴클레오타이드 서열에 상보적인 서열을 가질 수 있다.
본 발명의 마이크로어레이에 있어서, 상기한 프로브는 혼성화 어레이 요소 (hybridizable array element)로서 이용되며, 기체 (substrate) 상에 고정화된다. 바람직한 기체는 적합한 견고성 또는 반-견고성 지지체로서, 예컨대, 막, 필터, 칩, 슬라이드, 웨이퍼, 파이버, 자기성 비드 또는 비자기성 비드, 겔, 튜빙, 플레이트, 고분자, 미소입자 및 모세관을 포함한다. 상기한 혼성화 어레이 요소는 상기의 기체 상에 배열되고 고정화 된다. 이와 같은 고정화는 화학적 결합 방법 또는 UV와 같은 공유 결합적 방법에 의해 실시된다. 예를 들어, 상기 혼성화 어레이 요소는 에폭시 화합물 또는 알데히드기를 포함하도록 변형된 글래스 표면에 결합될 수 있고, 또한 폴리라이신 코팅 표면에서 UV에 의해 결합될 수 있다. 또한, 상기 혼성화 어레이 요소는 링커 (예: 에틸렌 글리콜올리고머 및 디아민)를 통해 기체에 결합될 수 있다.
본 발명의 마이크로어레이에 적용되는 시료 DNA는 표지 (labeling)될 수 있고, 마이크로어레이상의 어레이 요소와 혼성화될 수 있다. 혼성화 조건은 다양하게 할 수 있다. 혼성화 정도의 검출 및 분석은 표지 물질에 따라 다양하게 실시될 수 있다.
프로브의 표지는 혼성화 여부를 검출케 하는 시그널을 제공할 수 있으며, 이는 올리고뉴클레오타이드에 연결될 수 있다. 적합한 표지는 형광단 (예컨대, 플루오리신 (fluorescein), 피코에리트린 (phycoerythrin), 로다민, 리사민 (lissamine), 그리고 Cy3와 Cy5 (Pharmacia)), 발색단, 화학발광단, 자기입자, 방사능동위원소(P32 및 S35), 매스 표지, 전자밀집입자, 효소 (알칼린 포스파타아제 또는 호스래디쉬 퍼옥시다아제), 조인자, 효소에 대한 기질, 중금속 (예컨대, 금) 그리고 항체, 스트렙타비딘, 바이오틴, 디곡시게닌과 킬레이팅기와 같은 특정 결 합 파트너를 갖는 햅텐을 포함하나, 이에 한정되는 것은 아니다. 표지는 당업계에서 통상적으로 실시되는 다양한 방법, 예컨대, 닉 트랜스레이션 (nick translat 바이오 방법, 무작위 프라이밍 방법 및 카이네이션 방법을 통해 실시될 수 있다. 표지는 형광, 방사능, 발색 측정, 중량 측정, X-선 회절 또는 흡수, 자기, 효소적 활성, 매스 분석, 결합 친화도, 혼성화 고주파, 나노크리스탈에 의하여 검출할 수 있는 시그널을 제공한다.
본 발명에 있어서, 분석 대상이 되는 핵산 시료는 다양한 생시료 (biosamples)에서 얻은 mRNA를 이용하여 제조할 수 있다. 프로브 대신에 분석 대상이 되는 cDNA를 표지하여 혼성화 반응-기초 분석을 실시할 수도 있다.
프로브를 이용하는 경우, 프로브를 cDNA 분자와 혼성화시킬 수 있다. 본 발명에서, 적합한 혼성화 조건은 최적화 절차에 의하여 일련의 과정으로 결정될 수 있다. 이런 절차는 연구실에서 사용을 위한 프로토콜을 수립하기 위하여 당업자에 의하여 일련의 과정으로 실시된다. 예를 들어, 온도, 성분의 농도, 혼성화 및 세척 시간, 완충액 성분 및 이들의 pH 및 이온세기 등의 조건은 프로브의 길이 및 GC 양 및 타깃 뉴클레오타이드 서열 등의 다양한 인자에 의존할 수 있다.
혼성화 반응 이후에, 혼성화 반응을 통하여 나오는 혼성화 시그널을 검출한다. 혼성화 시그널은 예컨대, 프로브에 결합된 표지의 종류에 따라 다양한 방법으로 실시할 수 있다. 예를 들어, 프로브가 효소에 의해 표지된 경우, 이 효소의 기질을 혼성화 반응 결과물과 반응시켜 혼성화 여부를 확인할 수 있다. 이용될 수 있는 효소/기질의 조합은, 퍼옥시다아제 (예컨대, 호스래디쉬 퍼옥시다아제)와 클로로나프톨, 아미노에틸카바졸, 디아미노 벤지딘, D-루시페린, 루시게닌 (비스-N-메틸아크리디늄 니트레이트), 레소루핀 벤질 에테르, 루미놀, 암플렉스레드 시약 (10-아세틸-3,7-디하이드록시페녹사진), HYR (p-phenylenediamine-HCl and pyrocatecN-l), TMB (tetramethyl benzidine), ABTS (2,2-Azino-di-[3-ethylbenzthiazoline sulfate]), o-페닐렌디아민 (OPD미노 에틸나프톨/파이로닌; 알칼린 포스파타아제와 브로모클로로인돌일 포스페이트 (BCIP), 니트로 블루 테트라졸리움 (NBT), 나프톨-AS-B1-포스페이트 (naphtN-l-AS-B1-pN-spNate) 노에틸ECF 기질; 글루코스 옥시다아제와 tNBT (nitroblue tetrazolium) 및 m-PMS (phenzaine methosulfate) 등이다. 프로브가 금 입자로 표지된 경우에는 실버 나이트레이트를 이용하여 실버 염색 방법으로 검출할 수 있다. 따라서 본 발명의 마커를 검출하는 방법을 혼성화에 기초하여 실시하는 경우에는, 구체적으로 (i) 본 발명의 마커의 뉴클레오티드 서열에 대하여 상보적인 서열을 가지는 프로브를 핵산 시료에 혼성화시키는 단계; (ii) 상기 혼성화 반응 발생 여부를 검출하는 단계를 포함한다. 혼성화 과정에 의한 혼성화 시그널의 세기를 분석함으로써, AFH 품종 여부를 판단할 수 있다. 즉, 시료에서 본 발명의 마커의 뉴클레오티드 서열에 대한 혼성화 시그널이 정상 시료보다 강하게 나오는 경우에는 면역력 강화 AFH 품종으로 판별한다
본 발명은 본 발명은 면역력 강화 소 African Humped Cattle (AFH) 품종 특이적 단일염기다형성 및 그의 용도에 관한 것으로, 본 발명에 따른 면역력 강화 소 AFH 품종 선별용 키트는 높은 정확도로 AFH 품종에서 면역력이 강화된 개체를 검출할 수 있어, 아프리카소 유전체 연구 및 유전자 분석을 기반으로 한 생식 유전자 연구에 다양하게 이용될 수 있는 장점을 가진다.
도 1은 본 발명의 일 실시예에 따른 AFH 품종의 iHS (Integrated haplotype score) 분석결과를 보여주는 그래프이다.
도 2는 본 발명의 일 실시예에 따른 AFH 품종의 iHS taurine 조상에 대한 분석결과를 보여주는 그래프이다.
도 3a는 본 발명의 일 실시예에 따른 indicine 조상의 유전자가 과량으로 나타나는 BTA11 상의 선택적 유전좌자의 후보들을 분석한 결과를 나타낸 그래프이다.
도 3a는 본 발명의 일 실시예에 따른 indicine 조상의 유전자가 과량으로 나타나는 BTA11 상의 선택적 유전좌자의 후보들을 분석한 결과를 나타낸 히트맵이다.
도 2는 본 발명의 일 실시예에 따른 AFH 품종의 iHS taurine 조상에 대한 분석결과를 보여주는 그래프이다.
도 3a는 본 발명의 일 실시예에 따른 indicine 조상의 유전자가 과량으로 나타나는 BTA11 상의 선택적 유전좌자의 후보들을 분석한 결과를 나타낸 그래프이다.
도 3a는 본 발명의 일 실시예에 따른 indicine 조상의 유전자가 과량으로 나타나는 BTA11 상의 선택적 유전좌자의 후보들을 분석한 결과를 나타낸 히트맵이다.
이하, 본 발명을 하기의 실시예에 의하여 더욱 상세히 설명한다. 그러나 이들 실시예는 본 발명을 예시하기 위한 것일 뿐이며, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의하여 한정되는 것은 아니다.
실험예 1: 유전자 시퀀싱
총 116개체의 아프리카소 유전체 샘플을 TruSeq DNA Sample Prep Kit v.2 Support (FC121-2001)을 따라 시퀀싱하였다. 지노믹 DNA 1μg을 Covaris Focused-Ultrasonicator을 이용하여 조각낸 후, 3'말단에 'A' 서열 및 어댑터 (adapter) 서열을 부가하였다. 조각난 DNA 조각 중 400~500bp 길이의 조각들을 선발하였고 PCR 증폭 후 Bioanalyzer를 이용한 품질 검증 과정을 수행하고, 이후 DNA 선별된 조각은 HiSeq2000을 이용하여 시퀀싱을 진행하였다.
상기 시퀀싱 데이터 외에 이전 연구에 생산된 총 53개체의 상업 taurine 품종, 48개체의 아프리카 품종 (African cattle)과, 오픈 데이터베이스에서 확보한 10개체의 African taurine, 50개체의 European taurine, 34개체의 American-Australian zebu 및 22 Asian Zebu 품종을 사용하였다.
유전정보는 1000 Bull Genome Project에서 2019년 10월 17일자로 제공한 가이드라인을 따라 가공하였다. fastQC (v.0.11.8) 프로그램을 이용하여 생산된 유전체 데이터의 품질을 확인하고, Trimmomatic (v.0.39) 프로그램을 이용하여 품질이 낮은 시퀀스 및 아티펙트를 제거하였다. 이를 통해 확보한 유전체 조각 정보들은 bwa mem (v.0.7.17)의 default parameter를 이용하여 참조유전체 ARS-UCD1.2에 정렬되었고, Samtools (v.1.9)를 이용하여 추가 가공되었다. Picard v.2.20.2 프로그램의 'MarkDuplicates' 옵션을 이용하여 PCR에 의해 생성된 중복 서열들을 찾아내었고, GATK (v.3.8)의 'BaseRecalibrator' 옵션을 이용하여 시퀀스들의 품질 스코어를 보정하였다. 소에 존재하는 변이 정보로는 African buffalo 2개체를 제외한 1000 Bull Genome Project에서 생산한 자료를 활용하였다. 시퀀스 품질 스코어 보정을 위한 과정 (base quality score recalibration; BQSR)의 전과 후의 결과 검증은 'AnalyzeCovariates' 옵션을 통해 이루어졌다. 시퀀스 품질 스코어 보정을 위한 과정은 분석 후 발견된 변이들을 이용하여 반복되었다.
실험예 2: 유전자 변이 발굴
유전자 변이 후보 발굴을 위해 GATK 프로그램의 'HaplotypeCaller', '-ERC GVCF' 옵션을 사용하여, GVCF 파일을 생성하고, 각 개체별 생성된 GVCF 파일을 GATK 프로그램의 'CombineGVCFs' 옵션을 이용하여 합쳤다. 합쳐진 GVCF 파일들은 'GenotypeGVCFs', 'SelectVariants' 옵션을 통해 대표적 유전변이 중 하나인 단일염기다형성 (SNP) 발굴을 위해 사용하였다. 이때, 변이 정보의 1종 오류를 최소화하기 위해 GATK 에서 제시하는 방법을 참고하였다: (1) '-cluseterSize 3', '-clusterWindowSize 10'으로 묶이는 SNP, (2) 평균 DP < 1/3X 및 >3X, (3) QD < 2, (4) QUAL < 30, (5) SOR >3 (6) FS > 60, (7) MQ < 40, (8) MQRankSum < -12.5, (9) ReadPosRankSum < -8 에 해당하는 SNP들은 제거하였다. 또한, 대립유전자가 2개 이상인 SNP 및 99% 이상의 샘플에서 유전형 정보가 없는 (missing) SNP들도 제거하였다. 이를 통해 남겨진 SNP들은 BEAGLE 4.0 (r1399) 프로그램을 이용하여 산입 (imputation) 및 페이징 (phasing) 과정을 거쳤으며, 마지막으로 적은 빈도수의 대립유전자가 전체 유전형의 0.01% 미만인 SNP들이 추가 필터 되었고, 남은 SNP은 SnpEff (v.4.3) 프로그램을 이용하여 주석화하였다.
유전 변이 정보들의 신뢰도를 확인하기 위해 BovineSNP50 Genotyping BeadChip (Illumina)를 통해 확보한 69개체의 유전형 정보와 비교하였다. GeneCall score 가 0.7 미만인 SNP들을 제외한 유전변이들이 비교하였고, 추가적으로 이전 연구에서 사용하였던 45개체의 유전형 데이터를 활용하여 본 연구의 유전변이 발굴 파이프라인의 신뢰도를 확인하였다.
실험예 3: 아프리카의 혹이 있는 소 (African cattle populations; AFH) 품종을 대상으로한 자연선택 신호 발굴
유전체상의 특정 패악을 통해 자연석택 신호를 발굴하기 위하여 HAPBIN v.1.3.0 프로그램의 iHS (Integrated Haplotype Score) 방법을 사용하였다. '-f 0.01' 이외의 옵션은 default 옵션을 사용하였으며, African buffalo (AFB)를 외집단으로 해당 종의 유전형을 가장 최근 조상종의 유전형으로 고려하여 분석하였다.
각 SNP의 iHS 값을 계산한 후, SNP들은 빈도수를 기준으로 그룹핑되었으며 표준화하였다. 이 후, 각 50kb 길이의 지역마다 해당 지역 내 존재하는 SNP 중 iHS의 절대값이 2 이상인 SNP의 비중이 계산하였다. 유전지역 중 SNP의 개수가 10개 미만인 지역들은 제거하였으며, 이를 통해 얻어진 유전지역 중 앞서 언급한 SNP의 비중이 높은 상위 1%의 지역들이 자연선택 신호를 보이는 후보 지역으로 판단하였다.
실험예 4: AFH 품종의 local ancestry inference 분석
AFH 유전체에서 지역적으로 taurine 혹은 indicine으로부터 유래한 유전형을 분석하기 위하여 LOTER package를 이용하였다. AFH 품종들이 가진 유전 정보가 Eurasian Taurine (EAT) 및 American-Australian-Asian Indicine (AAI)에서 유래한 유전 정보가 혼재되어 있다는 가정하에, 총 103개체의 EAT 품종과 56개체의 AAI를 기준집단으로 활용하였다. LOTER를 이용하여 AFH의 유전정보가 taurine 혹은 indicine에 소속하는지를 확인하였고, 두 조상으로부터 유래한 유전형의 빈도수를 계산하였다. 이를 통해 얻은 각 조상의 비율은 50kb 유전지역마다 그 평균값을 계산하였으며, 이러한 유전지역 중 상위 또는 하위 0.5%는 Fst 값을 (<0.2296) 기준으로 추가 필터링 하였다. 이때, 남겨진 유전지역들은 taurine의 정보를 보이거나 혹은 taurine 정보가 손실된 지역들로 판단하였다.
실시예 1: Integrated haplotype score (iHS)를 통한 자연선택의 신호 탐색
Integrated haplotype score (iHS) 방법을 이용하여 “selective sweep”이라고 부르는 자연선택의 신호를 탐색하였다.
AFH 품종의 유전체를 50kb 길이의 지역 (window)으로 나눈 후 분석이 진행되었고, 이중 iHS의 절대값이 2보다 큰 SNP의 비중이 가장 높은 상위 1%의 지역들을 (총 496개) 후보 지역으로 판단하였다. (도 1 참조). 또한 위 분석을 통해 자연선택 신호를 보이는 지역과 겹치는 총 494개의 유전자를 확인하였으며 해당 유전자들이 “박테리아에 대한 방어 반응” (GO:0042742), “각질화 (keratinization)”(R-BTA-6805567) 관련 Gene ontology 와 통계적으로 연관이 있음을 확인하였다. (FDR-adjusted P < 0.05).
iHS 분석을 통해 찾은 상위 496개의 지역들은 평균적으로 taurine 조상으로부터 이어진 유전 정보가 26.14%로 전장 유전체 평균 (32.49%)에 비해 낮았으며 (도 2 참조), 리샘플링 방법을 통해 생성한 경험적 분포(empirical distribution)로부터 벗어난 수치임을 확인하였다. 이러한 결과로 부터, 자연선택을 받은 유전자 지역은 indicine으로부터 유래한 지역으로 치우쳐져 있다는 것을 확인하였다.
실시예 2: LOTER 분석
iHS 분석 후에는 전장유전체에 걸쳐 각 유전지역의 유전정보가 어떤 조상으로부터 유래하였는지 확인하기 위하여 LOTER 분석을 이용하였다. 이를 통해 상위 0.5%로 높은 비중의 taurine 또는 indicine 유전형을 보이는 지역들을 확인하였으며, 총 496개의 유전 지역 중 63개의 지역들이 iHS 분석을 통해 확인된 지역들이었고 후속 분석에 사용하였다. 두 집단간 생식적 격리 수준을 나타내는 Fst 값을 기준으로 추가적인 필터과정을 거치고 (<0.2296), 바로 옆에 위치하여 이어지는 지역들을 합친 결과, 총 16개의 유전체 지역들을 확인하였다.
분석 결과 하기 표 1과 같이, 이들 중 3개에서 taurine의 유전정보, 13개가 indicine의 유전정보가 높게 나타났다. 또한, Taurine과 indicine 정보를 보여주며 자연선택 신호를 보이는 유전지역들은 각각 9개, 51개의 유전자들과 겹치는 지역들로 나타났다.
| BTAa | 지역 (Region) (Mb) | #Windows | Proportion of SNPs with |iHS| ≥ 2 (%) |
Ancestry (%) | Fst | 확인된 유전자 |
| Regions with an excess of indicine ancestry | ||||||
| 3 | 120.30-120.40 | 2 | 67.74% | 93.02% | 0.3390 | PASK, PPP1R7, SNED1, MTERF4 |
| 3 | 120.45-120.55 | 2 | 63.33% | 92.86% | 0.2913 | SEPTIN2, FARP2, HDLBP |
| 3 | 120.60-120.65 | 1 | 79.35% | 92.62% | 0.2875 | FARP2, STK25, BOK |
| 3 | 120.70-120.80 | 2 | 83.36% | 92.62% | 0.2553 | ING5, D2HGDH, THAP4, ATG4B, DTYMK |
| 3 | 120.85-120.90 | 1 | 79.25% | 92.62% | 0.3182 | RTP5 |
| 7 | 49.75-49.80 | 1 | 65.74% | 92.62% | 0.3817 | KDM3B |
| 7 | 50.05-50.25 | 4 | 67.90% | 91.28% | 0.4179 |
CTNNA1, LRRTM2, ENSBTAG00000004415 |
| 7 | 50.30-50.45 | 3 | 75.17% | 91.28% | 0.6321 | SIL1 |
| 7 | 50.55-51.15 | 12 | 86.06% | 92.05% |
0.4861 |
PSD2, NRG2, DNAJC18, ECSCR, SMIM33, STING1 CXXC5, UBE2D2, MATR3, PAIP2, SLC23A1, MZB1, PROB1, SPATA24 |
| 13 | 56.95-57.00 | 1 | 82.80% | 93.58% | 0.3090 | - |
| 13 | 57.05-57.10 | 1 | 73.94%g | 93.76% | 0.2685 | EDN3 |
| 13 | 57.15-57.65 | 10 | 81.95% | 92.69% | 0.3114 | PRELID3B, ATP5F1E, TUBB1, CTSZ, NELFCD, ZNF831, GNAS |
| 9 | 39.65-39.85 | 4 | 67.07% | 92.44% | 0.2982 | STAC2, FBXL20, MED1,PLXDC1, CACNB1, RPL19, ENSBTAG00000008368, ENSBTAG00000050597 |
| Regions with an excess of taurine ancestry | ||||||
| 10 | 92.15-92.25 | 2 | 72.23% | 59.98% | 0.3211 | CEP128, ENSBTAG00000047322 |
| 11 | 14.40-14.45 | 1 | 67.08% | 61.19% | 0.4337 | - |
| 11 | 14.65-14.85 | 4 | 78.31% | 61.34% | 0.2870 | MEMO1, DPY30, SPAST,SLC30A6, NLRC4, ENSBTAG00000048521, ENSBTAG00000049576 |
표 1에서 확인할 수 있듯이, 가장 긴 유전 지역은 600kb 길이의 지역으로 7번째 염색체에 위치하였다. 총 12개의 이어지는 유전지역을 포함하는 지역으로 평균적으로 92.05%의 indicine 조상의 유전정보를 보였으며, 이러한 수치는 유전체 평균값인 67.51%를 훨씬 상회하는 수치이다. 이 지역의 후미부분 (downstream)에는 비교적 짧은 지역으로 150, 200, 50kb 길이의 지역들이 각각 91.28%, 91.28%, 92.62%의 indicine 조상 정보를 보인 것을 확인하였다.
도 3a 및 3b에서 확인할 수 있듯이, 위의 4개의 유전지역들은 7번째 염색체의 총 1.40Mb 길이에 걸쳐 분포하였다 (49.75-51.15Mb). 해당 유전지역들은 아프리카 고유 품종인 African indicine, Sanga, Zenga, Sheko를 포함한 혹이 있는 품종 (African Humped Cattle or AFH)들에서 낮은 유전적 다양성을 보였으며 (reduced level of diversity), European Taurine (EUT) 및 Asian Taurine (AST)을 포함한 Eurasian Taurine (EAT)와는 유전정보의 차이를 보인 것을 확인하였다. 단상형 (haplotype) 정보로 보았을 때는 AFH와 American-Australian-Asian Indicine (AAI) 사이가 AFH와 EAT 사이보다 유전적 거리가 더 가까운 점을 확인하였다.
해당 유전지역에서 18개의 유전자들이 발견되었고, 그 중 MATR3, MZB1, STING1 유전자들은 면역력 기능과 관련이 있었고, DNAJC18 유전자는 열 저항 기능에 관련이 있었다. PAIP2와 SPATA24 유전자는 생식 (reproduction) 과 관련된 유전자이며 같은 위치에서 발견되었다. 염색체 3번에 위치한 유전 지역에서는 생식 관련된 SEPTIN2 유전자가 발견되었고, 하기 표 2에 AFH에서 발견된 상기 면역력 강화 유전자의 SNP 정보와, 하기 표 3에 SNP를 발견한 각 유전자에 대한 정보를 나타내었다.
| 염색체 | SNP 위치 | SNP | 유전자 | 유전자 지역 | iHS score | Ancestry |
| 7 | 50585149 | T>C | MATR3 | Upstream | 3.02421 | 0.912751678 |
| 7 | 50585973 | T>C | MATR3 | Upstream | 3.04136 | 0.912751678 |
| 7 | 50598163 | T>G | MATR3 | Gene | 3.02205 | 0.912751678 |
| 7 | 50598489 | G>C | MATR3 | Gene | 3.00466 | 0.912751678 |
| 7 | 50599000 | T>C | MATR3 | Gene | 3.00483 | 0.912751678 |
| 7 | 50619267 | A>G | MATR3 | Gene | 3.13559 | 0.912751678 |
| 7 | 50621654 | A>C | MATR3 | Downstream | -3.01545 | 0.912751678 |
| 7 | 50621805 | G>A | MATR3 | Downstream | -3.01545 | 0.912751678 |
| 7 | 50621896 | T>C | MATR3 | Downstream | 3.37159 | 0.912751678 |
| 7 | 50621966 | T>G | MATR3 | Downstream | 3.37159 | 0.912751678 |
| 7 | 50622171 | A>G | MATR3 | Downstream | -3.01278 | 0.912751678 |
| 7 | 50622394 | C>T | MATR3 | Downstream | -3.01278 | 0.912751678 |
| 7 | 50622950 | T>A | MATR3 | Downstream | 3.37174 | 0.912751678 |
| 7 | 50622996 | C>T | MATR3 | Downstream | 3.37174 | 0.912751678 |
| 7 | 50623352 | A>G | MATR3 | Downstream | -3.01635 | 0.912751678 |
| 7 | 50624986 | T>C | MATR3 | Downstream | 3.34123 | 0.912751678 |
| 7 | 50625159 | G>C | MATR3 | Downstream | 3.63911 | 0.912751678 |
| 7 | 50625423 | T>C | MATR3 | Downstream | 3.08832 | 0.912751678 |
| 7 | 50626629 | T>C | MATR3 | Downstream | 3.08832 | 0.912751678 |
| 7 | 50626857 | G>A | MATR3 | Downstream | 3.08832 | 0.912751678 |
| 7 | 50626993 | G>A | MATR3 | Downstream | 3.13919 | 0.912751678 |
| 7 | 50627214 | T>C | MATR3 | Downstream | 3.65315 | 0.912751678 |
| 7 | 50629276 | A>G | MATR3 | Downstream | 3.12972 | 0.912751678 |
| 7 | 50629682 | G>C | MATR3 | Downstream | 4.01242 | 0.912751678 |
| 7 | 50651898 | G>A | MZB1 | Downstream | -3.22816 | 0.919463087 |
| 7 | 50652201 | G>T | MZB1 | Downstream | -3.22816 | 0.919463087 |
| 7 | 50652202 | A>C | MZB1 | Downstream | 3.73846 | 0.919463087 |
| 7 | 50671650 | C>T | MZB1 | Upstream | 3.46945 | 0.919463087 |
| 7 | 50735115 | G>A | STING1 | Downstream | 3.42992 | 0.919463087 |
| 7 | 50735270 | T>C | STING1 | Downstream | 3.42992 | 0.919463087 |
| 7 | 50736672 | C>T | STING1 | Gene | 3.54369 | 0.919463087 |
| 7 | 50745893 | A>G | STING1 | Upstream | 3.2183 | 0.919463087 |
| 7 | 50745980 | T>A | STING1 | Upstream | 3.2183 | 0.919463087 |
| 7 | 50746302 | C>T | STING1 | Upstream | 3.2183 | 0.919463087 |
| 7 | 50746335 | T>C | STING1 | Upstream | 3.2183 | 0.919463087 |
| 7 | 50746379 | C>T | STING1 | Upstream | 3.2183 | 0.919463087 |
| 7 | 50747526 | T>C | STING1 | Upstream | 3.22942 | 0.919463087 |
| 서열번호 | 명명 | 위치 (염색체: 서열위치) | 유전자 방향 |
| 1 | MATR3_Upstream | 7:50583615-50593615 | + |
| 2 | MATR3_Gene | 7:50593615-50620401 | + |
| 3 | MATR3_Downstream | 7:50620401-50630401 | + |
| 4 | MZB1_Downstream | 7:50651348-50661348 | - |
| 5 | MZB1_Upstream | 7:50663428-50673428 | - |
| 6 | STING1_Downstream | 7:50726654-50736654 | - |
| 7 | STING1_Gene | 7:50736654-50743097 | - |
| 8 | STING1_Upstream | 7:50743097-50753097 | - |
Taurine 조상의 정보가 가장 높은 수치로 (61.34%) 발견된 지역은 200kb 길이의 지역으로 11: 14.65-14.85Mb에 위치하였다. 도 염색체 7번에 발견된 지역들과 마찬가지로 낮은 유전적 다양성을 보였으며, 해당 지역에서는 AFH 와 AAI 간에 유전적 차이가 증가한 것을 확인되었고, EAT 와 AFH 간에 서로 공유하는 단상형 정보의 비중도 높다는 것을 확인하였다. 해당 지역은 7개의 유전자를 포함하며, 그 중 NLRC4는 염증 반응(inflammatory response)과 진드기 감염증(tick infestation)에 관련된 유전자임을 확인하였다.
이상으로 본 발명의 특정한 부분을 상세히 기술하였는바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 이러한 구체적인 기술은 단지 바람직한 구현예일 뿐이며, 이에 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백하다.
따라서 본 발명의 실질적인 범위는 첨부된 청구항과 그의 등가물에 의하여 정의된다고 할 것이다.
<110> C&K genomics Inc.
Seoul National University R&DB Foundation
<120> Single nucleotide polymorphisms associated with immunity of
African indicine breeds and their application
<130> PN200322
<160> 8
<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1
<211> 10001
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> MATR3_Upstream
<400> 1
gagttattgc ttcttttgga gcagtaattg agtccccttt gtagtgattt tgttttggaa 60
tgctaatttt ctgagaagag atgcttctca gttctaggca agagtgatgc tggagattat 120
ccaatggggc agacttagtt gttgctttca gtgaaaagta acatcttagt ttctacagaa 180
ggacttgagg atgttgggag gcagaggtgt tatttgtcaa agctagtttt gttctatcaa 240
ttggctttcc cttaaaagaa ttctcttagc taaacgttgg gtgctttgtg tgaatacctc 300
agatgttcat tgtgaatagc cttttacata tgggtccata atacaagtga taatctagag 360
agctttagtg gtaacaggca agaaaaaaag gcaagtaatg ggaaataatt gctgaggata 420
taaaaatttg gtaaatcata aatggcagac agcattgttt ccatctctac cgaaaagcag 480
cctcagaagc taggatgttg aacactgaaa tctttttctt tttaggatga ctcaaaagta 540
gggcatcctt ggccctcctg aagagatgaa attagtggca agtggaccat ctatctgtat 600
ggcgttatca ggtaaatgtc cttattcatt ctgatgctga ccatgtgcca ggcctgttag 660
ttggagccca tcagaaaaca actggaaggc agaaacaatt gtatttgtgc ctaacaaatt 720
cagcctctgg gcagaaaaag gctgaatagg attttggtgg ttatggtctg aaggtttttg 780
agataatctg aatcattaca tctgagaaaa ctgaggggag attgtaaatt tcatgacgga 840
aagtatagtg tatcttacct tgttcacaga tcccaatccc tagatcccaa gcacagtgcc 900
cagcacatgg caagaactct cagtgttgga taaaatgact gacggcatgg gaaagggttt 960
cctgtttcct gtttgtttca aggttttgac agcagggtct gcaatcagtg cttccaggcc 1020
tctgttttgc agtcaatgtt caattcatgg ggataccttc tgaaataagt aagaaaactg 1080
tttcaggaat catccagcag ttgtcagcta tccaggctag cgtgatgcct cagatggtgt 1140
tacactgttg gaagagcaag cactgccttt attgaggtct gacttcagca ctgttttggt 1200
gttgtggctg agtacctctg ggcagtgttt tgcacctctg agagtggagt aactcctcct 1260
gtggagttgg tcctagtctg ggtgcaaaca gtttttttct attagaaaaa gaccctgcct 1320
tatggacagc ctgtcatttg tttcctcttt gaatcctaga tgcctttgcc tgagtgagaa 1380
accttcctcc attgggaccc cagaggtctg atggcccttt gtgacatcca aataagtaat 1440
gtatgtagtc cttttgtcct gaaggtccag gaacatcttt tgttctaata cttggtcttt 1500
gaatctggtt cctgacagtg agctcctaaa tcccctagaa cttcctgggt gatagtaaag 1560
tctttgttct aatgggactg gaatttttac acacactcat atgatacaca ttcattctcc 1620
agagagggga gaggggttgg aaatgatcat gatgaagcct ccataaaaat tccattagta 1680
tagggttcag agaactttca ggttagctaa caacacattg aagtgctggg agagtgatgc 1740
cccttcctac ataccttctc ttatgcatct cttctatccg gatgttcatt tgtacccttt 1800
atcatatcct tttgcagtaa accagtaaac agtaaactgt tttcctgagc tcttttgagc 1860
ccatctagca aaaatgagtc aaacccaagg agaaggttgt ggcaatctct gacttacagc 1920
ctttctgtca gaagcacagg ttaacaacct ggacttgggt ttggcatctg aagtggagga 1980
ggggcagtct tgtgggactg tgcccttagc ctctgagatc tgaagttatt tctaggtgta 2040
gatggtgtct taattgagtt acattgcagg acacccaact gctgacaaga cccacacatc 2100
tggtgtcaaa aatactgaga gtatggccag agtttgagac tgaaggaaaa acaggatgaa 2160
gcacgaggtt ttcttaaaag gtagaaatac ttaacattca aaaaaactgt ggtgagaact 2220
agaattttag aggagaatgc ttaacgtcta agacttgaga attccctggc agtccagtgg 2280
ttaggactct gtgcttctac tgctgggggc ttggctttga tccctgctca gggaattaag 2340
gtgcagaaca gctaaaaaca agtaaaccca agacttaaac taagtcttca tattctagag 2400
ctctgctgca tagtacatgt ggatttaaaa ttgacaaaat ccatttctgc atctcagtac 2460
ttagtgactg cctattggag agctcagaag acatttccac caatacagaa agttatatta 2520
tatgctgctg ttctagagca ggggctggca aacttcatgt aaagaggctg ataatatttt 2580
aggtttgtgt accatataaa ctttttatct gttgcagcta ctcaactctg cagttgcagt 2640
atacaagcag ccatagataa tatgtcaaca aatgagcact actgtgctcc aatacaactt 2700
aatttaggaa cactgaaata aaaatttcat aaacttttca gtgaaggaaa ataatttcct 2760
tcaacccttc taagcttgag ggcctttcaa aaacagatgg caggccagaa ttaccaaccc 2820
ctgtcttggg gaatgaaatt caggccttgg gagtttacag ctcattagca acagatttag 2880
ggccagtacc aacatgtgtc agtgaaaaat tagatgttat caataccttt gccttaaaca 2940
agcttttacc atatagtatt aaactcttca gcttttagag tactggggtg actttagtaa 3000
attatccagt aatagggtag tccttatttc ttatgtttgg ggtttgttgt atgtgctttt 3060
ttgaatgagt tacttataaa tggttctttt ttttaaatgt acacctaagg aagagttcct 3120
aagaaagaac agcagtgttt ggtttccagc agaacctgat cacaaaccca tcctagtagt 3180
gaagtagaaa tggtccctaa ggaaagagga aatttttata tgtcaacagt agccagaaga 3240
aagataaata tcatattcta atgcatatat atggaatcta gaaaaatggt actgaagaac 3300
ttatttacag ggcagcagtg gagaaacaga catagagaac agacttatgg acacagggag 3360
aggggaggag agggtgagaa gtatggaaag agtaacaggg aaacttacat taccatattt 3420
aagatagcca atgggaattt gctgtatggc tcaggaaact caaactgggt tctgtatcaa 3480
cctagaggag tgggatgggg agggagatgg gagggaggct caagagggag gagatatatg 3540
tatacctatg actgattcat gttgaagttt gaaagaaaac attctttcaa aacaaagttc 3600
tgtaaagcaa ttatccttca gttaaaacct agctttgaat taaaaaaata atatcataaa 3660
aacaaaccaa aaaagaatag ccaggaaaaa aaaatccagg ttttaaaatc tggaatctca 3720
agttattaga atatagatgg ctttcctggg catggtaaag ctacccaggt gcagggagag 3780
gcccctgtgt tgctacttga aaaaggaaaa ttcatttggt gtttatgcct gtattcagta 3840
cccccagagg tttcagtggc ttaatcatgc acattaaaat aatttaatgg gatttcctac 3900
ttgataagtg aagttaatta gtcacctact actccctgtt ggcttgagtt tttttttttt 3960
cctggtaagt ctaagatgaa gtaacacatt tcagctttaa atccatgcct tctctttctc 4020
catcaccctt ttcccatgct gcaatgaaaa ctgaaattga actggcacat attggcctgt 4080
aaatatccaa gctgccacct cctgccatag ctagcaatta gtaaacacaa gtgccccttg 4140
agctgctcaa gttcaggacc tataccatat taagaaagga aaattaaagc agtatgagta 4200
gagggcccca aatattgagt ctgtcacctg tcaatgattt atttcctttc attcaaggtt 4260
ggaaaaaact atcagtgagc ttttgcaatg aaagtttgaa ttacatttca aattttaatc 4320
aggaaaacaa aaccccagag aaataaattc tgcaggcccc aaagagacac aaaaaggtgg 4380
catagggcct aggaattcac actaaggaag acaacctggt tagagcaact aattaagaac 4440
ctaaaagagt gacaatggct cctctgaatc tttttgctta attagggctt tatgaacagc 4500
tccagttaat agacctgtca atattctctt ggaaaacaat ttcactgaat taacaattca 4560
actctaatat ttacaatgtc tgtttagcaa caccttgctc tttacagtta tttaggaaca 4620
cttaatgagc ccacttgcta ggtcatagat ttgtcaattt aggatcctaa ggcctggttc 4680
aaaggagccc ctgttacttt ggctctccct attctccatt acaagccctt ttgggtgtaa 4740
gaacatttta tactgctttt taagggtaac ttgactacct gggaagaggt gataaaatgg 4800
accttgaaat ttatttcatt ttagaatagt tgtagattta cagaaaagct ataaagatag 4860
tacaaagaaa tcccatgtac cctgcaccta gtttctcctg ttagtaacat attagtatag 4920
tacatttgtt attaattgac taaagttcat gctttattca tatttcctta tttttcacct 4980
aatgtccttt atctgttcca gcatcccatt gaggatatta tatttagtca tcatgtctct 5040
ttaggcttct cttggctgtg acagcttctt agacttcctt gatcttctga ccattttttt 5100
attgtttttt tttaatactg agttgtttga gctgtttgta tgttttacaa actaagctct 5160
tgtccatagc atcatttgca aatatcttct tccattctgt aggttgtttt taatactcaa 5220
aatgccttag ttatggcctt tattctcttt catttagaat agtggtcgag cctgttgtct 5280
tttatagtag atgctgtagt ccccaaatga ctgattattt ttaccttatg agctcacagt 5340
agaggatgga attttgtatc agctggtggg agaagggagg agccaagccc aggccctagt 5400
gtaggcccaa cttcaatgag ttgaagaaaa gtagacaaat ccccaaggta cacagcctgt 5460
gaattagata gaacctggac ttcatcagaa tggcagatgg tagaactcta gatgagaact 5520
ccaggagcta atggttacga tatactggcc actccaggag agttttctgt gctgccccta 5580
ttccaatggc actataattt cttgcccctg tatagtagag cccaatcatg atctgttcat 5640
ccagggaact cttcatattt agtttcttgg ggccctaacc tcccttttac ttgtacatat 5700
aatatatcca gggctgagga agtgataata acctatgcta tttgctcatc ttgtcagaag 5760
actagttatt taactcatac cctttttatg gttttacagc ttttattaac tgaacgctat 5820
gctagccatt ggtgatatgt gatgaacaca acacggtcat gtttaccacc ttcagatttc 5880
tttctgacca cgttggtttc tttcagtcct tttgtatcta ggtctctgta tatgctgttt 5940
ccctttctga ttccatcttc catttccact ttgtatactt ttatatctca gctcagatag 6000
caccttccct gactgagcac ccattttatg tgtcattgtg ctgtattcaa ccacagagct 6060
agatagccag gtgccatgtt aacagtcctt tgaaaaggta ttattcacca gtttttaaat 6120
gtttatctta ctcacatata gccaagcagc ctcaattata ccaatagctg actaaagagc 6180
ttcaactggt aaatattatt atcagtgtgt cattatgtac ccaatataga gtaaggtcgt 6240
aagtgtatcc tactttttaa taccctggta agtaaggata acaagaatgc tggttttgtt 6300
aaattttgaa acaaatcatg gaaacaaata tgtcagtttc caaatcattt gctagtggac 6360
tctataaaga tataacatgt atgtgtgtta gtcgctcagt tgtgtccgac cttggaaccc 6420
cacagactga agcctaccag gcttcgctgt ccatgggatt ctccagggaa gaatactgga 6480
gtggattgct gttcccttct ccagaggatc tttccgaccc aaggatcaaa cccgcatctc 6540
ctgcactgca ggcagactct ttaccatttg agctacagga aagtcctgaa gatgtaacag 6600
tgcctaacta tttgaaatcc ttaaaacaca catggttgat ggtggttgcc tttaagggaa 6660
tagcagttgg ggaaaacttc tgcgtgtgct ttgaatttta ttatatgtat tccttattca 6720
aaaactcccc ccaattttta aatttatttt tggctgtgtt gcatggcttg cggtatctgc 6780
ctgatcaggg atcaaaccca ggacccctgc agtggaagca tggaattctc taactactgg 6840
accaccagga aattccccaa aattttaagc ccatttccct tccctttcaa ctgctaaaag 6900
agctgctggt taacaatttt ctgtttttta aatagcctaa aggtttgaaa tgacctgctg 6960
ctgcttagtt gcttcagtca tgtccaactc tgtgcagccc tagggactgt agcccaccag 7020
gctcctctgt ccatggaatt ctccaggcaa gagtactgga gtgggttgcc ccattacctt 7080
ctccagggga tcttcttaac ccagggattg aaccctcgtc acctgcattg caatcagatt 7140
cttcaccact gagccaccag ggaagcccct ccagggcatt ttatctattt aaaaagtaga 7200
tggtgaactg ccaggagacc acagccttgc tgaaggcagt ccaatataat gctcaaacag 7260
gcaagcttct taatctctta tgtaaaataa aagtaaaggt actttactct taaaattata 7320
ttatcagctg cttagtgatt gtgtggtgtg aaaatatatg tcctcaacca atatgactcc 7380
tctgctcaaa actttagaaa gattagcttt atggagattg tatcctggtg tttaaagttt 7440
tattccaaac ttgtcactta gacctttcaa agtctcagca gaaattcttg ctttgtagcc 7500
tctgtcatca ctggtatacc acgcccactc ctaagaaacc caaatgtgaa tagaactctt 7560
gatccatctc ttctcatagc caggcccatc ttgaggccag cctccttgtc cagtcttcat 7620
cagactggga ttctcaaaag ctgataatct gtcttatcca tcattgtatg tgtgcatgcg 7680
tgctaagctg cttcagtcat gtctgactct ttgcaaccct gtggactgta gcctgctggg 7740
ctcctctgtc catgggattc tccaggcaag gatactggaa tgggctgcca tgcccttctc 7800
cagggaattt tcccgaccca gggatcgaac cacccatcat gaaatagaca tttgacgact 7860
gaaatcttgt attacctttg gtttccagtg tgtctttttg ctgttgacct actaagcaga 7920
tcctcaataa ataattactc aactgaaaaa gtttgccttt cctttgaaca atcaccaaat 7980
tgcattaata gtctgtacaa aagcatggta tgtatatatc tgaaataagc atgcattcat 8040
acttctgaat ccagaaaagc agagctgctt tcatctaaga tctggggaga acataaagtg 8100
aagtcttagc caaaatcagt tggaatcaaa gactcataga gtagacgtga aggaggaccc 8160
aatattcact gaacaaattt cattccaaag ttaacaatgt agtagcctta gggatgcccc 8220
agttcttgat gtattctacc aaatgccttc tcaaagcctg tagaaaatca tgcaacataa 8280
tggagatgtg ggagtacagt tccactcttc acaatggcta tttaaaattt ttcctttgtg 8340
taactctagc cctttccata gatggcttag tcacagaaaa cttaagtcac ctgactaatt 8400
cctaatgaaa attcagcacc atcctctcca tacctattac aagaaagaga tgtctcctcc 8460
agaactcatc ctttgagtaa tgtccaatat gaatctttcc ttctgttgct gcctttccca 8520
accaatcctt tcctaattta actcttctgc aaacatttta atggcccaaa attctcctgt 8580
agtaaatcaa atcttcccca accctgattt cttttcatag ccagttattc cacatttggt 8640
agtttgtttt acacttttca catactaagc acctcccatc tgacatcctc tcccactgaa 8700
ctggaagtcc ctgttgccaa agcttttgta gatgttttta gtcctaggct tgacctcttg 8760
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aaggggcttc cctggtggct cagtggtaaa gaatctgcct cccaatgcag aagacatagg 4680
ttcaatcctg gtccaagaag atcccacatg cctcggagca actaagcctg tgcaccacaa 4740
ctattgagcc tgtgctccag agcctgggta ccacaactac tgagcccaca tgatgcaact 4800
actgaagcct gcatgcccta gagcctgttc tctgcagcaa gagaagccac cccaacgaga 4860
agcccatgca ctgcaacgaa gaataactcc tgcttgccgc aactaaagaa aagcccacat 4920
agcacccaag acccaacaca gccagaaata aattaattaa atacataaaa ttataaagaa 4980
aaagttcctg gaccacattc tcacataccc caattcagca gtggcctccc ccccatctaa 5040
ccacactctc aagtccaggt ctcttctgtt ccacatgcaa acccacctct cgtatccgtg 5100
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tgtcaaactt gggttctgtg gacagggaca ctggggggtc ccttgtggag gtccctgctg 6840
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cacctggctc ccacctcacg ttgccttgtg caggaatgag tccactgtgc tggctcctgg 7080
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cagcgtcctc ccgggccctc atctttgggg cacaggtgtg agccgttcct gaggagaagg 7560
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taaatctgta accagatctc tatcactgat tgcgaaagga gggcccaggc tgaggtaacg 7680
tattaactct ggctgtagtg gaaaaggccg cccaagcctc tgccacatgc gcctcttgag 7740
cattcccttg cttgcccaca cctgagcctg ggcacgggcc acaagttttc caagagaggg 7800
ccagggtgag ggtgaggaga ggatgacctt ggaagggtac caggccctgg gtgaggtgag 7860
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ttattaataa aaagttaatc attatcatca tcataaccca tcttgttatt ggggaatgac 7980
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agcccgttgt tctgcctgcc tgtcctctcc tctcccttct tggctactgc tcccaggttc 8820
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cacatgatct cagatacaca gttgcacaaa cacacccaga gtctgatgca aagtctaagt 9060
cacttcacaa acacaggacc acgcaggtcc acatcacagc tcccagctcc acacctgcta 9120
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cctccagcac tatccttcct cccaccccta aatgtgaatt ccctcccagc cctgccattt 9360
cacctaggac tctgcctgag tctttttgtt gtctgagcca aggtgtcaac agagtattac 9420
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accccagata cccagactca ggtgcaaccc aggtggagct ctttcctctg ctgctaaaga 9540
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ctgttctagg aaccccgccc tgccctgccc tgccccaggg cccagtcacg ccagctgggt 9660
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ggagttttcc ttggctttcg ttttctctcc tgagggatct ggggttccaa acgtgctgat 9840
aactgatttc atgtgccttt gtcagctcac tcacattttc aaccatgaca gatctcactt 9900
acctctggga aactgtgggg cttgtccctg gtcttctcca gcagaaacac caatgtttat 9960
cctcccagcc ccccaagaac cttttgcaga gagaaggagt c 10001
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<211> 10001
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> MZB1_Upstream
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ggttggggtg caggtgtgtg ggtgcatctg tgtgtgtgtg tgtagtgggg gctgcttcag 60
aacacctggc ccagaccaat ggggaactga cacttcaccc ctcccattct ctcccttccc 120
ccagggccct ggagactcca cgtgtgcacc ttctctcgtg ggaccctggc tccagccaat 180
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ctgggacagg ccacatggca ggcactgtgc taagctcctt ggtggaggag atgactggtt 300
actgttgtct taaatctacc cccaagaaca caaaggttca gagaaaagtg acaaattcaa 360
ggccacacag ctagaagggc tatgctgaga ctggaaccca agcctggttg atccccaagg 420
cccactgacc actcagccgc cagaagaaat gaggtcacag gcgtgactgc cagcctaggg 480
ctcgctccct gagaggcagg tttgctgaag gatggatgcc acagtttatg aaagacacat 540
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caaatcgagg ggggcagtga ctccaagaga tgcaggtcca ccagaggcct ggaatttaag 840
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ccactaatct gctcctcccc cctcggtggg aacagccaga acccccactt ataaccccag 1320
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tcagctgggc ccacctttgg ggagagacag acatctccct acctctaggg gcagcccctt 1740
ccttgcagct cccatttcct gctgtccctg agaaaccccg tcaccccctc aggtcggttc 1800
ctggggccat gtcctgggat ttttcacaca gccaactaaa aattgtcact tgtcacctgc 1860
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ggtagaggcc ggggcccagg gccagcggag tgtagacgcg gcggggtggc accgagggcg 2880
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tccccgggtt tgcagccccc ggcggcctac gcgtcccctg ggaggaaccg tccgctgacc 3060
ggtccagcgg aggcgccgag gcagcgcggg gctgggcccg ggccgttcta cgagtcgacg 3120
cctggggctc ccgcaggagg ggcggctgga ccgccaccgc gggctcaagg gccttagggg 3180
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ggcgtggcgg tccgggaggt tgggtctctg ccggccctat gggcgactgc tggggtgagg 3300
tgcgagcgcc gcctagaggg ctggtccgac ccttgttgtc tgggaccaag cgctgagcct 3360
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tgtctggggt tggctctggg ggttcgtagg ggtgggacac gaccggcaga aagtccttga 3600
gaaaaatgga agtgtagtga gacggggcgg ggggccccag cgcctgaagt tcttgtgtct 3660
tggatgcgct gccttcctcc ccgcggggtt ctgcaggagg ggcggggagc cctgagtctg 3720
gggtgcttgc cgcaaagctc ggcgcgtacg tggtcttcac catcttgcgt acgtcgcggg 3780
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ctgttagctt tggagtccct ggtgcagacg gcgtgggcgg caccagttcc tcttgggccg 4020
cgccattaat agctaccggc gtagacacta ccgatgaact ctgcactgtg gagttccacg 4080
tctcctgggg cgatgggctc cacgttccaa cagaacgatc tggagtctcc cacgagggca 4140
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cctgattgtc ccatgtagag gatgcctccg ggatcgatgg gctactcacc ttccgaattg 4380
ttcgattcca gggggacagg ttctgggggg aggtgcagtg aggaccccgc acggtcccat 4440
ttggggcttc ccacggcggg gatgggcttc tccgtctcac agccttactc gaaacttccc 4500
aggggggcct agactggaaa ggcggaccct gtgccctcag gacggtttga gccggagtat 4560
ctcgcgggaa acgagccttc ggttcttttt ggtgcacctc ctcgggcttc tcccctgact 4620
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gccgaattgc gcgctcccgg aggcttggcc acggtcttgg ggccctggct ggggctgaac 4740
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cattggcctc ccgcggggga ctccggggcc gagggcgcag ctcgatctga cgtttgggca 5040
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accctcctag atctcttctc gggcgtgaac ctgagagctt aggctgacat tccaggcttt 5880
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acacacccag ccaagcatac acactgcacc atgctgccct gcctggtggt tttattctga 6360
tttgcaaatg cagatcctct ttttttgaag actgtgacat cagactagag gcggggaaaa 6420
tgaagagtta tttcctgtaa caag 6444
<210> 8
<211> 10001
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> STING1_Upstream
<400> 8
gagccttcta gtaaaaacac ttagtgggag ccaaagggct gctgaagtgt ggggttttgg 60
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agattgaagg caggaggaga aggggacgac agaggataag atggttagat ggcatcactg 1740
actcaatgga catgaatttg gataaactcc aggagttggt gatagacagg gaggcctggc 1800
gtgctgcggt tcatggggtt gcaacgagtc agacacgact gaacaactga actaatactg 1860
atactgatcc tgcccagcag ccagcaccac ctccgctggg tggtaccatt tctgccagct 1920
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gacacataga atcatagacc tagcaattca cttctgggaa tccttcatca agaaataatc 2100
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cgatccccgg gtcaagaaga tctcacatgc catggagatt gggcccgtgt gccacatcta 2220
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tcctaagagt ttaatgattt tggcttttac atttatatct ttggtccatt ttgaattttt 6000
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acaaaatttg cctctttaat cattttattt ttttaattta tttttattac tttttatcag 6660
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cataatgttt ttaaggttca tccacaagtg gtatcatgta gtagacgtca ttcctttata 8580
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aagtggaatt gttaggtcat acagtaattc tatggttaat gttttgaaga accctcaaat 8880
tattttctat tttattcttt ttcatgttat tgtaaataaa attgttttca caattttatt 8940
agacatacag tgttgtaact tgcttttttt aagatgaggg atcatttcat agacatattt 9000
gtggatcaat aaaggtaaaa tttcatcata atttttggtg tatacctagt actccatggt 9060
atagaattat gaatcatgat ttagtcagtg acctatttgg agacatatca gttcagttca 9120
gtcactccgt tgtgtctttg cgaccccatg gactgcagca tgccaggcct ccctgtccct 9180
caccaactcc cagagcttgc tcaaactcat gtccatccag tgagtgatga catctaacca 9240
tgtcatcctc tgtcttcccc ttctcctcct gccttcagtc tttcccagca tcagggtctt 9300
ttcaaatgag tcagttcttt gcattaggtg gccaaagtac tcaagtttca gtttcagcat 9360
cagttcttcc aatgaatatt cagaactcat ttcctttagg atggactggt tggatctcct 9420
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tcggtgctca gctttcttta tggtccaact ttcacatcca tacatgacta ctggaaaaac 9540
catagctttg tctagacaga cctttgtcgg taaagtaatg tctctgcttt ttaatatgct 9600
atctaggttg gtcatagttt ttcttccaag gagcaagcat cttttaattt cattgctgca 9660
gtcaccattt gcagtgattt tggagcccaa taaaattaag tctctcactg tttccattgt 9720
gtccccatct atctgccatg aagctttggg actggatgcc atgattttca ttttttgaat 9780
gttgagtttt aagccaactt tttcactctc ctctttcact ttcgtcaaga ggctctttgc 9840
ttcttcttct ctttctgcca taagagtggt gtcatctgca tatgtgaggt tattgatatt 9900
tctctctgca atcttgactc agtttgttct tcatccagtc cctcatttca catgatgtac 9960
tctgcttata atttaaataa acagggtgat aatatacagc c 10001
Claims (3)
- MATR3 유전자 업스트림 (Upstream)의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제1서열의 1535 및 2359 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
MATR3 유전자의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제2서열의 4549, 4875, 5386 및 25653 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
MATR3 유전자 다운스트림 (Downstream)의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제3서열의 1254, 1405, 1496, 1566, 1771, 1994, 2550, 2596, 2952, 4586, 4759, 5023, 6229, 6457, 6593, 6814, 8876 및 9282 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
MZB1 유전자 다운스트림의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제4서열의 551, 854 및 855 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
MZB1 유전자 업스트림의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제5서열의 8223 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
STING1 유전자 다운스트림의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제6서열의 8462 및 8617 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
STING1 유전자의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제7서열의 19 번째 위치의 단일염기다형성 부위; 및
STING1 유전자 업스트림의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제8서열의 2797, 2884, 3206, 3239, 3283 및 4430 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
중 하나 이상의 단일염기다형성 부위를 포함하는 10-100개의 연속 뉴클레오타이드 서열에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브를 포함하는 면역력 강화 소 AHF (African Humped cattle) 품종 선별용 키트. - 면역력 강화 소 AHF (African Humped cattle) 품종의 선별에 필요한 정보를 제공하기 위하여 소의 생물학적 시료에 있는,
MATR3 유전자 업스트림 (Upstream)의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제1서열의 1535 및 2359 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
MATR3 유전자의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제2서열의 4549, 4875, 5386 및 25653 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
MATR3 유전자 다운스트림 (Downstream)의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제3서열의 1254, 1405, 1496, 1566, 1771, 1994, 2550, 2596, 2952, 4586, 4759, 5023, 6229, 6457, 6593, 6814, 8876 및 9282 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
MZB1 유전자 다운스트림의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제4서열의 551, 854 및 855 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
MZB1 유전자 업스트림의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제5서열의 8223 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
STING1 유전자 다운스트림의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제6서열의 8462 및 8617 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
STING1 유전자의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제7서열의 19 번째 위치의 단일염기다형성 부위; 및
STING1 유전자 업스트림의 단일염기다형성 (SNP) 부위로서, 서열목록 제8서열의 2797, 2884, 3206, 3239, 3283 및 4430 번째 위치의 단일염기다형성 부위;
중 하나 이상의 단일염기다형성 부위를 검출하는 단계를 포함하는 면역력 강화 소 AHF (African Humped cattle) 품종-특이적 마커의 검출방법. - 제2항에 있어서, 상기 생물학적 시료는 전혈, 혈장 또는 혈청인 것을 특징으로 하는 면역력 강화 소 AFH 품종-특이적 마커의 검출방법.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020200153120A KR102480128B1 (ko) | 2020-11-16 | 2020-11-16 | 면역력 강화 소 African Humped Cattle (AFH) 품종 특이적 단일염기다형성 및 그의 용도 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020200153120A KR102480128B1 (ko) | 2020-11-16 | 2020-11-16 | 면역력 강화 소 African Humped Cattle (AFH) 품종 특이적 단일염기다형성 및 그의 용도 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| KR20220066752A true KR20220066752A (ko) | 2022-05-24 |
| KR102480128B1 KR102480128B1 (ko) | 2022-12-23 |
Family
ID=81807097
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| KR1020200153120A KR102480128B1 (ko) | 2020-11-16 | 2020-11-16 | 면역력 강화 소 African Humped Cattle (AFH) 품종 특이적 단일염기다형성 및 그의 용도 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| KR (1) | KR102480128B1 (ko) |
-
2020
- 2020-11-16 KR KR1020200153120A patent/KR102480128B1/ko active IP Right Grant
Non-Patent Citations (3)
| Title |
|---|
| Kim et al. BMC Genomics (2017) 18:371 * |
| Kim et al. Genome Biology (2017) 18:34 * |
| Zwane, AA. et al., Frontiers in Genetics (2019) 10:273 * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| KR102480128B1 (ko) | 2022-12-23 |
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