KR20220039395A - 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 루프-매개 등온증폭(Loop-mediated isothermal AMPlification, 이하 LAMP)을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기에 관한것으로 더욱 상세하게는 PCR 튜브 내의 특정 염기서열이 증폭되면서 나타나는 pH의 변화나 Double stranded DNA의 증가를 형광으로 확인할 수 있게 하는 SyBr Green 등의 변화를 육안으로 실시간으로 관측할 수 있는 PCR튜브를 삽입할 수 있는 구멍을 가진 튜브베이스, 상기 튜브베이스의 구멍과 구멍 사이 하부에 위치하는 UV-LED소자, 상기 UV-LED소자의 UV광이 외부로 확산되는 것을 차단하여 PCR튜브를 관찰할 때 안구의 손상을 방지하기 위한 투시창을 포함하는 것을 특징으로하여 육안을 통해 실시간으로 PCR을 진행하고 있는 시료의 변화를 관측하고 확인할 수 있고 장치에 설치된 UV-LED소자의 온도와 광량을 사용자가 장치에 외부에서도 실시간으로 제어할 수 있으며 이에 따른 변화 또한 관측하고 기록할 수 있는 환경을 제공하며 장치의 동작을 사전에 프로그래밍하여 입력하는 것으로 필요한 작업을 자동으로 실행할 수 있게 할 수 있는 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기를 제공한다.
Description
본 발명은 루프-매개 등온증폭(Loop-mediated isothermal AMPlification, 이하 LAMP)을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기에 관한것으로 더욱 상세하게는 PCR 튜브 내의 특정 염기서열이 증폭되면서 나타나는 pH의 변화나 Double stranded DNA의 증가를 형광으로 확인할 수 있게 하는 SyBr Green 등의 변화를 육안으로 실시간으로 관측할 수 있는 PCR튜브를 삽입할 수 있는 구멍을 가진 튜브베이스, 상기 튜브베이스의 구멍과 구멍 사이 하부에 위치하는 UV-LED소자, 상기 UV-LED소자의 UV광이 외부로 확산되는 것을 차단하여 PCR튜브를 관찰할 때 안구의 손상을 방지하기 위한 투시창을 포함하는 것을 특징으로하는 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기에 관한 것이다.
PCR이란 종합효소 연쇄반응(Polymerase Chain Reaction, 이하 PCR)의 약자로 원하는 특정 DNA를 증폭하고자 할때 사용되는 기술이다. 일반적으로는 생명과학, 유전공학 및 의학분야 등의 실험을 수행하기 전 단계에서 적은 양의 특정 DNA를 충분하게 증폭시키기 위하여 DNA를 증폭시키는데, PCR장치는 이런 유전체의 특정 DNA를 증폭시켜 바이러스 등의 진단에 널리 활용되는 기술이다.
PCR의 단계는 변성 단계(denaturation), 결합 단계(annealing), 연장 단계(extension)의 3단계로 이루어진다.
첫 번째 변성 단계는 일반적으로 약 93∼95℃에서 진행되며 두 가닥의 DNA가 가열되어서 분리된다. 분리된 각각의 DNA는 주형으로서 역할을 하게 된다.
두 번째 단계인 결합 단계는 DNA 조성에 따라 온도가 달라질 수 있지만 약 50℃ 내지 60℃에서 진행되며 DNA 합성 개시점으로 작용하는 짧은 DNA 단일가닥인 프라이머들이 분리된 주형 DNA의 특정 염기서열에 결합하게 된다.
세 번째 연장 단계는 일반적으로 약 68℃ 내지 74℃에서 진행되며 DNA 중합효소가 주형 DNA에 프라이머가 결합된 부분을 기초로 하여 새로운 DNA가 형성되어 이중 가닥의 DNA가 만들어진다.
상기 과정을 진행하기 위해서는 PCR 장치에 실험자가 원하는 온도 및 시간, 그 외의 변화를 설정 입력하면, 이에 따라서 작동하게 된다. 일반적으로 PCR은 4단계의 온도를 단계별로 수행하게 되며, 이를 간략히 설명하면, 1단계는 2분 내지 10분동안 93℃ 내지 95℃의 온도로 진행되며, 2단계는 15초 내지 60초 동안 93℃ 내지 95℃의 온도로 진행되고, 3단계는 30초 내지 60초동안 50℃ 내지 60℃의 온도로 진행되며, 4단계는 30초 내지 120초동안 68℃ 내지 74℃의 온도로 진행하게 된다. 그리고, 다시 2단계로 돌아가서 4단계까지 반복하게 되며, 보통 상기 과정을 25회 내지 35회 정도 반복한 후에 마지막 단계로 10분동안 68℃ 내지 74℃도의 온도로 진행된다.
이렇게 반복된 단계를 거침으로써 특정 염기 서열을 갖는 DNA가 기하급수적으로 증폭될 수 있다.
하지만 등온증폭기술(Loop-mediated isothermal amplification, 이하 LAMP)은 조금 다른 생화학적 반응을 일으켜 특정 염기 서열을 갖는 DNA를 증폭시킨다. LAMP에서 표적 염기 서열은 복제 활성에 추가하여 높은 가닥 치환 활성을 가진 프라이머와 중합 효소의 2 개 또는 3 개 세트를 사용하여 60-65℃의 일정한 온도에서 증폭된다. 일반적으로 4 개의 서로 다른 프라이머를 사용하여 표적 유전자의 6 개의 개별 영역을 증폭하여 특이성을 높인다. 추가 "루프 프라이머"쌍은 반응을 더욱 가속화 할 수 있다.
증폭 산물은 광도계를 통해 검출 할 수 있으며, 증폭 부산물 인 용액 내 마그네슘 피로 인산염 침전물에 의해 야기되는 탁도를 측정한다. 이것은 육안으로 또는 작은 부피에 대한 간단한 광도 검출 방법을 통해 쉽게 시각화 할 수 있다. 반응은 탁도 측정 또는 SYTO9와 같은 삽입 염료를 사용하여 형광을 통해 실시간으로 이어질 수 있다. SYBR green 과 같은 염료로 값 비싼 장비 없이도 육안으로 볼 수 있는 눈에 띄는 색상 변화를 생성하거나 계측기로보다 정확하게 측정 할 수 있는 응답을 생성하는 데 사용할 수 있다. 염료 분자는 DNA를 삽입하거나 직접 표지한다.
또한, LAMP DNA 증폭의 in-tube 검출은 in vitro DNA 합성 과정에서 피로 인산염에 의한 망간 복합체 화시 형광을 시작 하는 망간 로드 칼세인을 사용하여 가능하다 .
육안으로 LAMP 앰플 리콘을 시각적으로 감지하는 또 다른 방법은 상보적인 금 결합 ss-DNA와 혼성화하는 능력을 기반으로 하여 소금으로 유도된 응집 중에 발생하는 정상적인 적색에서 보라색-청색 색상 변화를 방지하는 것이다. 따라서 AuNP에 의한 앰플 리콘 검출과 결합된 LAMP 방법은 분석 시간 단축, 혼성화를 통한 앰플 리콘 확인 및 더 간단한 장비 사용 측면에서 다른 방법에 비해 이점을 가질 수 있다 .
상기의 기술을 활용하기 위해서는 많은 장비가 필요하고 안정적인 환경에서만 작업이 이루어져야 한다는 문제점이 있다.
이에 종래 기술로서 국내 등록특허 제10-2113957호가 제시된 바 있다.
상기 종래 기술은 PCR본체 내부에는 상기 히팅블럭과 일정 거리 이격되어 UV검출부가 설치되어 이루어지는 어류양식장 휴대용 유전자 추출 및 등온증폭 PCR 분석장치를 제공함으로써 유전자의 추출과 증폭을 배터리를 이용하여 무상시전원상태에서도 휴대용 기기에 관한 것이다.
상기 종래 기술은 휴대가능한 등온증폭 PCR 분석장치를 제공함으로써 많은장비가 필요하다는 문제점은 해결하였지만, 일반적인 작업환경이 아닌 어류양식장에 적합한 형태의 기술로 다양한 종류의 시료를 실험하는데에는 제한이 있다.
이에, 등온 인큐베이터와 형광장비 두 가지를 활용하여 사용되고 있는데, LAMP 기술을 위해 등온 장치와 UV LED가 모두 포함되어 있고 다양한 종류의 시료를 실험할 수 있는 등온증폭기의 필요성이 대두되었다.
본 발명은 상기와 같은 문제점을 해결하기 위한 것으로 그 목적은 실시간으로 진단하고자 하는 시약의 변화를 육안으로 관측하고 확인할 수 있는 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기를 제공한다.
또한, 본 발명의 목적은 장치에 설치된 열판의 온도와 UV-LED의 광량을 외부에서 실시간으로 제어할 수 있는 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기를 제공한다.
또한, 본 발명의 목적은 장치의 동작을 사전에 프로그래밍하여 입력하는 것으로 자동으로 동작을 실행 할 수 있게 하는 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기를 제공한다.
루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기에 있어서, 상기 등온증폭기는 8개의 PCR튜브를 삽입할 수 있는 구멍을 가진 튜브베이스, 상기 튜브베이스의 구멍과 구멍 사이 하부에 위치하는 9개의 UV-LED소자, 상기 UV-LED소자의 차단하여 외부에서 실시간으로 PCR튜브를 관찰할 수 있게하고 안구의 손상을 방지하기 위한 자외선을 차단하는 투시창, 상기 PCR튜브의 온도를 조절하고 튜브베이스에 이격되어 측후면에 설치되는 열판, 상기 UV-LED소자의 광량과 상기 열판의 온도를 조절하는 조절패널, 상기 조절패널에서 변경된 값을 바로 확인할 수 있는 조절디스플레이를 포함하는 것을 특징으로 하는 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기를 제공한다.
또한, 상기 조절디스플레이에서 장비의 동작을 프로그래밍하여 자동으로 동작을 실행 할 수 있게 하는 것을 특징으로 하는 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기를 제공한다.
본 발명에 따르면, 육안을 통해 실시간으로 등온증폭을 진행하고 있는 시료의 변화를 관측하고 확인할 수 있다.
또한, 본 발명에 따르면 장치에 설치된 UV-LED소자의 온도와 광량을 사용자가 장치에 외부에서도 실시간으로 제어할 수 있으며 이에 따른 변화 또한 관측하고 기록할 수 있는 환경을 제공한다.
또한, 본 발명에 따르면 장치의 동작을 사전에 프로그래밍하여 입력하는 것으로 필요한 작업을 자동으로 실행할 수 있게 할 수 있다.
도 1은 본 발명의 일실시예의 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기의 사시도.
도 2는 본 발명의 일실시예의 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기의 단면도.
도 3은 본 발명의 일실시예의 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기 튜브베이스의 사시도.
도 4는 본 발명의 일실시예의 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기 튜브베이스의 정면도.
도 5는 본 발명의 일실시예의 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기 튜브베이스의 평면도.
도 2는 본 발명의 일실시예의 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기의 단면도.
도 3은 본 발명의 일실시예의 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기 튜브베이스의 사시도.
도 4는 본 발명의 일실시예의 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기 튜브베이스의 정면도.
도 5는 본 발명의 일실시예의 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기 튜브베이스의 평면도.
이하 첨부된 도면을 참조하여, 본 발명의 바람직한 일실시예의 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기를 상세히 설명한다.
도 1은 본 발명의 일실시예의 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기이다.
도 1에서 보는 바와 같이 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기는 장치 내부의 회로와 소자들을 보호하는 장치본체(30), 상기 장치본체(30)로부터 탈착이 가능하고 내부를 확인할 수 있는 투시창이 나있는 장치커버(20), 상기 장치커버(20)에 설치되고 UV-LED소자(40)의 UV광을 차단하여 외부에서 실시간으로 PCR튜브를 관찰할 때 안구의 손상을 방지하기 위한 자외선을 차단하는 투시창(21), 상기 UV-LED소자(40)의 광량과 열판(50)의 온도를 조절하는 조절패널(32) 및 상기 조절패널(32)에서 변경된 값을 모니터로 바로 확인할 수 있는 조절디스플레이(31)를 포함한다.
여기서 상기 UV-LED소자(40)의 UV광 파장은 340nm 내지 380nm로 해당 파장범위 내에서는 광화학작용이 활발하게 일어나 시약에 포함되는 형광물질을 효과적으로 보이게 하며 바람직하게는 365nm의 파장을 사용하는 것이 가장 활발한 형광반응을 확인할 수 있다.
또한, 상기 자외선을 차단하는 투시창(21)은 자외선을 완전히 차단하는 필름으로 코팅되거나 자외선 차단 플라스틱으로 조성되어 시약을 관측하는 사용자의 안구와 피부를 상기 UV-LED소자(40)의 UV광으로부터 보호하고 시약을 안전하게 관측할 수 있도록 하는 기능을 수행한다.
또한, 상기 조절패널(32)는 PCR 과정 중 상기 열판(50)의 온도를 0℃ 내지 100℃까지 조절할 수 있다.
또한, 상기 조절디스플레이(31)는 사용자가 직접 장비의 동작을 프로그래밍하여 자동으로 동작을 실행 할 수 있게 할 수 있게 제어하는 기능을 제공한다.
도 2는 본 발명의 일실시예의 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기의 단면도이며 도 3은 본 발명의 일실시예의 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기 튜브베이스의 사시도, 도 4는 본 발명의 일실시예의 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기 튜브베이스의 정면도, 도 5는 본 발명의 일실시예의 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기 튜브베이스의 평면도이다.
도 2에서 보는 바와 같이 상기 장치본체(30)에는 튜브베이스(10)이 삽입되어 장착될 수 있는 구멍이 있으며, 상기 튜브베이스(10)에는 시약이 담긴 PCR튜브(15)가 삽입될 수 있는 튜브구멍(11)이 도 3과 도 5에서 보는 바와 같이 베이스바디(12) 상부에 8개 이상 형성된다.
또한, 상기 PCR튜브(15)는 기본적으로는 90% 내지 99%의 광투과율을 가지는 플라스틱으로 조성되는 것을 특징으로하며 DNA시료의 종류와 목적에 따라서 95% 내지 99%의 광투과율을 가지는 석영으로 조성될 수도 있다.
또한, 상기 PCR튜브(15)를 90% 내지 99%의 광투과율을 가지는 플라스틱으로 조성함에 있어서 다른 광투과성 조성물의 비용과 UV광의 확산정도를 고려할때, 92% 내지 95%의 광투과율을 가지도록 상기 PCR튜브(15)를 조성함이 바람직하다.
또한, 상기 PCR튜브(15)를 상기의 재료와는 다른 재료를 사용하여 조성할 때에는 UV광이 상기 PCR튜브(15)에 전달될 수 있도록 90% 이상의 광투과율을 가지도록 조성되어야 한다.
또한, 베이스바디(12) 하부에는 UV광이 효과적으로 상기 튜브구멍(11)에 삽입된 PCR튜브(15)에 전달 될 수 있도록 도 4에서 보는 바와 같이 원뿔형의 홈이 상기 튜브구멍(11)과 엇갈려 다수 구비되며, 상기 튜브베이스(10) 하부에는 9개의 UV-LED소자(40)가 상기 튜브구멍(11)과 엇갈린 위치. 즉, 상기 원뿔형의 홈 하부에 설치된다.
이 때, 상기 UV-LED소자(40)가 상기 PCR튜브(15)당 두 개의 광원을 균일하게 제공하게된다.
또한, 상기 튜브베이스(10)는 사용자의 필요에 따라 등온증폭기(100)에 추가적으로 설치 될 수 있으며, 이 때에는 장치의 폭이 그만큼 넓어져야하므로 보편적인 사용 환경을 고려하면 12열까지만 추가로 설치하는 것이 바람직하다.
부호를 명기하여 도시되어있지는 않으나 장치하부 밑면에 탄성고무를 추가로 부착하여 장치 작동중 장치가 흔들려 미끄러지는 것을 방지할 수 있다.
상기의 구성을 통하여 본 발명의 작동을 설명하면, 먼저 시약이 투입된 상기 PCR튜브(15)가 상기 튜브베이스(10)에 삽입되고, 상기 장치커버(20)를 덮음으로써 외부와 차단한다.
이 상태에서 상기 등온증폭기(100)를 작동하게 되면 상기 UV-LED소자(40)에 의해 발생되는 UV광이 상기 PCR튜브(15)를 비추게 되고, 상기 열판(50)에 의해 상기 PCR튜브(15)가 설정된 적정 온도까지 가열된다
일반적으로 자외선을 차단하는 투시창(21)의 특성상 외부에 비해 내부가 상대적으로 어두울 경우 내부를 관측하는데 있어서 어려움이 있으나 내부에 UV-LED소자(40)에 의한 PCR튜브(15)내 시약에서 형광반응이 일어나게 되므로 외부에서 관측이 가능해지고, 등온증폭기(100) 사용자는 이를 관측하고 기록할 수 있게 한다.
상기 내용에서 본 발명의 도면을 기준으로 설명하였으며, 상기의 도면을 기준으로 설명한 부분에 한정되지 아니하고, 상기의 도면을 기준으로 설명한 부분을 통해 본 발명이 속하는 기술분야에서 본 발명의 요지를 벗어나지 않는 범위에서 다양한 변경으로 실시할 수 있다.
100 : 등온증폭기
10 : 튜브베이스
11 : 튜브구멍 12 : 베이스바디
15 : PCR튜브 20 : 장치커버
21 : 투시창 30 : 장치본체
31 : 조절디스플레이 32 : 조절패널
40 : UV-LED소자 50 : 열판
11 : 튜브구멍 12 : 베이스바디
15 : PCR튜브 20 : 장치커버
21 : 투시창 30 : 장치본체
31 : 조절디스플레이 32 : 조절패널
40 : UV-LED소자 50 : 열판
Claims (6)
- 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기에 있어서,
상기 등온증폭기는 8개의 PCR튜브를 삽입할 수 있는 구멍을 가진 튜브베이스;
상기 튜브베이스의 구멍과 구멍 사이 하부에 위치하는 9개의 UV-LED소자;
상기 UV-LED소자의 UV광이 외부로 확산되는 것을 차단하고 PCR튜브를 관찰할 때 안구의 손상을 방지하기 위한 투시창;
상기 튜브베이스의 측후면에 설치되는열판;
상기 UV-LED소자의 광량과 상기 열판의 온도를 조절하는 조절패널; 및
상기 조절패널에서 변경된 값을 바로 확인할 수 있는 조절디스플레이;
를 포함하는 것을 특징으로 하는 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기. - 제 1항에 있어서,
상기 열판에 의해 상기 PCR튜브에 열을 가하는 것을 특징으로 하는 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기. - 제 1항에 있어서,
상기 PCR튜브는 90% 내지 99%의 광투과율을 가지는 플라스틱으로 조성되는 것을 특징으로 하는 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기. - 제 3항에 있어서,
상기 PCR튜브는 95% 내지 99%의 광투과율을 가지는 석영으로 조성되는 것을 특징으로 하는 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기. - 제 1항에 있어서,
상기 자외선을 차단하는 투시창은 자외선을 완전히 차단하는 필름으로 코팅되거나 자외선차단 플라스틱으로 조성되어 시약을 관측하는 사용자의 안구와 피부를 상기 UV-LED소자의 UV광으로부터 보호하는 것을 특징으로 하는 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기. - 제 1항에 있어서,
상기 UV-LED소자가 상기 PCR튜브당 두 개의 광원을 균일하게 제공하는 것을 특징으로 하는 루프-매개 등온증폭을 실시간으로 관찰할 수 있는 등온증폭기.
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