KR20220037475A - 응집 감소를 위한 완충제 조성물 - Google Patents

응집 감소를 위한 완충제 조성물 Download PDF

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KR20220037475A
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빈센트 블란쳇
마리-헬렌 트렘블레이
세바스찬 모라쎄
소피 구아이
세바스찬 시머드
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벡톤 디킨슨 앤드 컴퍼니
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Abstract

본 개시는 질 장애, 예를 들어, 외음질 칸디다증, 트리코모나스증 및/또는 세균성 질증의 핵산 기반 검출 및 식별을 위한 조성물, 키트 및 방법을 포함한다. 조성물, 키트 및 방법은 간섭 물질, 예를 들어, 임상 질-면봉 샘플에 존재하는 겔에 대한 강력한 진단 시험 성능을 얻기 위해 사용될 수 있다.

Description

응집 감소를 위한 완충제 조성물
본 출원은 2019년 7월 26일자로 출원된, 미국 가특허 출원 일련 번호62/879,310에 대한 우선권을 주장하고, 이는 그 전체가 본원에 참고로 포함된다.
기술 분야
본 개시내용은 조성물, 키트 및 방법에 관한 것으로, 예를 들어, 완충제 조성물, 이를 포함하는 분석 키트, 이의 용도 및 질 장애 및/또는 그를 포함하는 성병에 대한 진단 방법을 포함하는, 조성물, 키트 및 방법에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 조성물, 키트 및 방법은 특히 간섭 물질의 존재하에, 생물학적 샘플로부터 강력한 고성능 진단 시험을 달성한다. 일부 구현예는 본원에 개시된 조성물, 키트 및 방법을 사용하여 질염(vaginitis) 및/또는 질증(vaginosis)의 임상 증상을 나타내는 여성으로부터 샘플링된 임상 질-면봉으로부터의 외음질 칸디다증 관련 칸디다 종, 트리코모나스증-유발 트리코모나스 바질날리스 및/또는 세균성 질증 관련 세균의 핵산 기반 검출 및 식별에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 클라미디아, 임질, 트리코모나스증을 포함하는, 성병은 본원에 개시된 핵산 기반 조성물, 키트 및 방법을 사용하여 진단된다.
칸디다는 효모 속이고 전 세계적으로 진균 감염의 가장 흔한 원인이다. 많은 칸디다 종은 숙주의 정상 균주의 일부인 무해한 공생체로서 발견되고 인간을 포함한 숙주의 내공생체가 될 수 있다. 그러나, 숙주의 불균형이나 면역 저하의 경우, 침입하여 질환을 일으키는 것으로 알려져 있다. 일부 칸디다 종, 예를 들어 C. 크루세이, 및 C. 글라브라타는 외음질 칸디다증 (VVC)과 관련된 것으로 알려져 있다. 트리코모나스 바질날리스 (T. 바지날리스)는 혐기성, 편모 원충 기생충으로, 이는 트리코모나스증의 원인 병원체이다. 세균성 질증 (BV)은 질의 정상적인 세균 균형의 변화로 인해 발생하는 질의 감염이다.
성매개 감염 (STI), 예를 들어 클라미디아 (CT), 임질 (GC), 및 트리코모나스증 (TV)은 공중 보건에 막대한 부담을 가중시키고 있다. 이러한 감염의 대부분은 무증상이지만, 치료하지 않으면 이는 골반 염증성 질환 (PID), 자궁외 임신, 불임, 조산 또는 저체중 출생아, 및 남성 및 여성에서 STI 전파 또는 감염 (HIV를 포함)의 위험 증가를 포함하는 심각한 결과를 초래할 수 있다.
질 장애 및/또는 성병의 정확한 진단을 기반으로 한 표적 치료는 환자의 삶의 질을 개선하고 더 나은 임상 결과를 달성하는 데 필요하다. 핵산 추출을 위한 기능화된 입자의 유체 조작을 포함하는, 분석 플랫폼 및 방법은 VVC, 트리코모나스증, BV, CT, GC, 및 TV의 진단 시험 및 치료 중재를 위해 개발되었다. 일부 이러한 분석법은 시험 중인 생물학적 샘플에 존재하는 미량의 간섭 물질에도 민감하다. 특히, 임상 질-면봉 샘플은 겔, 예를 들어 환자가 사용하는 일반의약품 개인 관리 크림 및 샘플링 전에 검사 절차에 도입된 임상용 윤활제에 의해 오염될 수 있다. 간섭 겔 중 다수는 핵산 추출을 위한 분석에 배치된 기능화된 입자와 상호작용할 수 있는 카보머 (폴리아크릴산)와 같은 고분자 전해질을 함유한다. 분석 카트리지로 옮기는 경우, 간섭 겔은 유체 채널에서 기능화된 입자의 응집을 일으켜, 유체 채널을 막히게 하고/하거나 표적 핵산의 중합효소 연쇄 반응 (PCR)을 억제할 수 있다. 따라서, 간섭 물질의 존재하에, 많은 핵산 기반 분석은 더 많은 보고 오류 (위양성 및 위음성)를 생산할 뿐만 아니라 보고 불가 결과 (예를 들어 내부 제어 실패로 인한 미해결 결과, 과도한 노이즈 등으로 인한 미정 결과 등)를 증가시킨다. 예를 들어 입자 응집은 기능화의 손실로 이어지며 이에 따라, 분석 감도를 감소시키고 미해결 결과의 비율을 증가시킬 수 있다. 채널 막힘은 미정 결과의 비율을 증가시킬 수 있고; 그리고 PCR 억제는 위음성 비율을 증가시킬 수 있다.
상기 논의한 것과 같은 분석에 사용되는 표준 완충제는 일반적으로 후속하는 진단 분석을 위해 수집한 후 생물학적 시료를 보존하기 위한 유일한 목적으로 설계되었다. 임상 샘플에 일반적으로 존재하는 간섭 물질과 관련된 다양한 부작용을 고려할 때, 온-칩 샘플 처리 및 뒤이은 질 장애 (예를 들어, 외음질 칸디다증, 트리코모나스증, 세균성 질증 등)의 검출에 대한 임상 효율성을 유지하면서, 간섭 견고성을 더 높일 수 있는 신규한 완충제 조성물 (및 그 방법)을 개발할 필요가 있다. 이전 단락에서 논의된 미세유체 분석의 경우, 입자 응집, 채널 막힘 및 PCR 억제의 발생을 방지 및/또는 결과를 완화하는 것과 관련하여 특히 필요하다. 보다 신속한 진단, 보다 효과적인 치료, 및 보다 나은 환자 결과로 이어지는 다양한 임상 작업 흐름과 호환 가능하게 작업할 수 있는 신규한 완충제 조성물에 대한 추가 요구가 있다.
본 개시내용의 구현예는 특히, 간섭 물질을 함유하는 질 샘플로부터의 질 장애 및/또는 성병의 핵산 기반 검출 및 식별을 위한 조성물, 키트, 및 방법에 관한 것이다. 일부 개시된 구현예는 표면 기능화된 입자, 예를 들어, 핵산 추출 및/또는 정제를 위한 미세유체 PCR 장치에 배치된 것들의 응집을 방지하거나 감소시키기 위한 완충제 조성물, 키트, 및 방법에 관한 것이다. 일부 구현예는 질 병원성 유기체로부터 핵산의 증폭 및/또는 검출의 효율성을 향상시킬 수 있다. 본원에 개시된 조성물, 키트, 및 방법의 적용이 특정 샘플 또는 특정 질 장애에 제한되지 않는다는 것이 당업자에 의해 이해될 것이다.
완충제 조성물이 본원에 개시되어 있다. 일부 구현예에서, 상기 완충제 조성물은 하기를 포함한다: 산 및 염기의 접합체 쌍(conjugate pair); 킬레이트제 또는 환원제; 비이온성 계면활성제; 나트륨염, 칼륨염, 칼슘염, 마그네슘염, 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된, 1가 또는 2가 염; 및 임의로 하나 이상의 이소티아졸론을 포함하는, 살생물 방부제. 일부 구현예에서, 상기 접합체 쌍은 아세트산 및 이의 염을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 접합체 쌍은 약 50 mM 내지 약 150 mM 아세트산을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 접합체 쌍은 약 90 mM 내지 약 110 mM 아세트산을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 접합체 쌍은 약 350 mM 내지 450 mM 아세트산나트륨을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 접합체 쌍은 약 400 mM 내지 약 600 mM 범위의 농도로 존재할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 접합체 쌍은 아세트산 및 아세트산나트륨, 또는 트리스-HCl을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 아세트산은 200 mM 이하의 농도로 존재하고 아세트산나트륨은 300 mM 이상의 농도로 존재할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 완충제 조성물은 약 4.0 내지 약 6.0 또는 약 1.0 내지 약 3.0의 pH일 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 완충제 조성물은 약 5.0의 pH일 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 완충제 조성물은 약 또는 약 2.4의 pH일 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 킬레이트제는 EDTA를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 환원제는 TCEP를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 킬레이트제 또는 환원제는 약 1 mM 내지 약 20 mM 범위의 농도로 존재할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 킬레이트제는 약 10 mM 농도의 EDTA이다. 일부 구현예에서, 상기 환원제는 약 15 mM 농도의 TCEP이다. 일부 구현예에서, 상기 비이온성 계면활성제는 에톡실화 비이온성 계면활성제, 프로폭실화 비이온성 계면활성제, 공동-에톡실화-프로폭실화 비이온성 계면활성제, 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 비이온성 계면활성제는 단일 지방산의 에톡실화 소르비탄 에스테르, 에톡실화 옥틸페놀, 에톡실화 2차 C1 내지 C20 알코올, 공동-에톡실화-프로폭실화 종자유 알코올, 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 비이온성 계면활성제는 계면활성제당 평균 1 내지 50개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유하는 단일 지방산의 에톡실화 소르비탄 에스테르, 계면활성제당 평균 1 내지 20개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유하는 에톡실화 옥틸페놀, 계면활성제당 평균 1 내지 20개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유하는 에톡실화 2차 C1 내지 C20 알코올, 계면활성제당 평균 1 내지 20 프로필렌 옥사이드 단위 및 1 내지 30개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유하는 공동-에톡실화-프로폭실화 종자유 알코올, 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 비이온성 계면활성제는 단일 지방산의 하나 이상의 에톡실화 소르비탄 에스테르를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 단일 지방산의 하나 이상의 에톡실화 소르비탄 에스테르는 평균 1 내지 50개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 비이온성 계면활성제는 하나 이상의 에톡실화 2차 C1 내지 C20 알코올을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 에톡실화 2차 C1 내지 C20 알코올은 평균 1 내지 20개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 비이온성 계면활성제는 하나 이상의 에톡실화 옥틸페놀을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 에톡실화 옥틸페놀은 평균 1 내지 20개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 비이온성 계면활성제는 하나 이상의 공동-에톡실화-프로폭실화 종자유 알코올을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 공동-에톡실화-프로폭실화 종자유 알코올은 평균 1 내지 20개 프로필렌 옥사이드 단위 및 1 내지 30개 에틸렌 옥사이드 단위를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 비이온성 계면활성제는 Tergitol™ 또는 Triton™ 계면활성제이다. 일부 구현예에서, 상기 비이온성 계면활성제는 Tergitol™ 15-S-9 또는 Triton™ X-100이다. 일부 구현예에서, 상기 비이온성 계면활성제는 완충제 조성물의 약 0.5 중량% 내지 1.5 중량% 범위의 농도로 존재할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 비이온성 계면활성제는 완충제 조성물의 약 1.0 중량% 범위의 농도로 존재한다. 일부 구현예에서, 상기 2가 염은 칼슘염일 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 2가 염은 CaCl2일 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 1가 또는 2가 염은 약 100 mM 내지 약 300 mM 범위의 농도로 존재할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 1가 또는 2가 염은 약 200 mM의 농도로 존재할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 살생물 방부제는 완충제 조성물의 약 0.03 중량% 범위의 농도로 존재할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 살생물 방부제는 약 1 중량% 내지 약 5 중량%의 하나 이상의 이소티아졸론을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 살생물 방부제는 약 2 중량% 내지 약 4 중량% 하나 이상의 이소티아졸론을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 살생물 방부제는 약 1 중량% 내지 약 3 중량% 하나 이상의 이소티아졸론을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 이소티아졸론은 클로로메틸이소티아졸리논 및 메틸이소티아졸리논을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 클로로메틸이소티아졸리논 및 메틸이소티아졸리논은 약 1:1 내지 약 5:1의 중량비이다. 일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 이소티아졸론은 5-클로로-2-메틸-4-이소티아졸린-3-온 및 2-메틸-4-이소티아졸린-3-온을 약 3:1의 중량비로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 살생물 방부제는 염이 없는 독점적인 글리콜(salt-free proprietary glycol) 및 알킬 카르복실레이트 안정화제 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 완충제 조성물은 살생물 방부제를 함유하지 않는다. 일부 구현예에서, 상기 완충제 조성물은 예시 완충제 I, 또는 예시 완충제 II, 또는 예시 완충제 III이다.
본 개시내용은 또한 키트를 제공한다. 일부 구현예에서, 상기 키트는 상기 기재되고/되거나 본원의 다른 곳에서 기재되는 완충제 조성물을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 키트는 완충제 조성물을 수용하는 멸균 용기를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 키트는 질 감염 또는 염증과 관련된 상태를 진단하기 위한 설명서를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 병태는 질염, 또는 질증, 또는 성병, 또는 이의 조합이다. 일부 구현예에서, 상기 병태는 외음질 칸디다증 (VVC), 트리코모나스증, 또는 세균성 질증 (BV), 또는 이의 조합이다. 일부 구현예에서, 상기 병태는 성병, 예를 들어, 클라미디아 (CT), 임질 (GC), 트리코모나스증 (TV), 또는 이의 조합이다.
본 개시내용은 샘플을 상기 기재되고/되거나 본원의 다른 곳에서 기재되는 완충제 조성물과 접촉시키는 것을 포함하는, 표면 기능화된 입자의 응집을 방지하거나 감소시키는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서 상기 샘플은 복수의 표면 기능화된 입자를 포함하고; 완충제 조성물의 존재하에 복수의 표면 기능화된 입자의 응집 수준은 완충제 조성물의 부재하에 응집 수준과 비교하여 감소된다. 일부 구현예에서, 완충제 조성물의 존재하에 복수의 표면 기능화된 입자 완충제의 응집 수준은 조성물의 부재하에 응집 수준과 비교하여 적어도 1% 감소될 수 있다. 일부 구현예에서, 완충제 조성물의 존재하에 복수의 표면 기능화된 입자의 응집 수준은 완충제 조성물의 부재하에 응집 수준과 비교하여 적어도 5% 감소된다. 일부 구현예에서, 완충제 조성물의 존재하에 복수의 표면 기능화된 입자의 응집 수준은 완충제 조성물의 부재하에 응집 수준과 비교하여 적어도 10% 감소된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 임상 샘플이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 질 샘플이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 임상 질-면봉이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 질에서 수집된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 질염, 질증, 성병 (예를 들어, 클라미디아 (CT), 임질 (GC), 트리코모나스증 (TV)), 또는 이의 조합의 임상 증상을 나타내는 대상체로부터 수집된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 질염, 또는 질증, 또는 둘 다의 임상 증상을 나타내는 대상체로부터 수집된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 클라미디아 (CT), 임질 (GC), 트리코모나스증 (TV), 또는 이의 조합의 임상 증상을 나타내는 대상체로부터 수집된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 복수의 핵산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 복수의 핵산은 하나 이상의 외음질 칸디다증 (VVC)-관련 칸디다 종, 트리코모나스증-유발 트리토모나스 바지날리스, 하나 이상의 세균성 질증 (BV)-관련 박테리아, 또는 이의 조합으로부터 유래된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 VVC-관련 칸디다 종은 칸디다 글라브라타, 칸디다 알비칸스, 칸디다 트로피칼리스, C. 더블리니엔시스, C. 파라프실로시스, 칸디다 크루세이, 또는 이의 조합을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 BV-관련 박테리아는 락토바실러스 크리스파투스, 락토바실러스 젠세니, 가드넬라 바지날리스, 아토포비움 바지나에, 메가스파레아 유형 1, 메가스파레아 BVAB2, 또는 이의 조합을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 복수의 핵산을 증폭 및/또는 검출하는 것을 추가로 포함할 수 있고, 여기서 복수의 핵산의 증폭 및/또는 검출의 효율은 완충제 조성물의 부재하의 효율과 비교하여 완충제 조성물의 존재하에 향상된다. 일부 구현예에서, 복수의 핵산의 증폭 및/또는 검출의 효율은 완충제 조성물의 부재하의 효율과 비교하여 완충제 조성물의 존재하에 적어도 1% 향상된다. 일부 구현예에서, 복수의 핵산의 증폭 및/또는 검출의 효율은 완충제 조성물의 부재하의 효율과 비교하여 완충제 조성물의 존재하에 적어도 5% 향상된다. 일부 구현예에서, 상기 표면 기능화된 입자는 1 mm 미만의 평균 직경을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 표면 기능화된 입자는 핵산 추출, 정제, 증폭, 검출, 또는 이의 조합을 위해 구성된다. 일부 구현예에서, 상기 응집은 샘플 내의 간섭 물질에 의해 유도된다. 일부 구현예에서, 상기 응집은 미세유체 채널에서 발생할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 간섭 물질은 윤활제, 겔, 크림, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 간섭 물질은 하나 이상의 카보머를 포함하는 겔을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 간섭 물질은 임의의 카보머를 포함하지 않는 겔을 포함할 수 있다.
본원에 기재된 대안적 또는 추가적 구현예는 전술한 설명 또는 본원의 다른 곳에서의 임의의 설명의 특징 중 하나 이상을 포함하는 완충제 조성물을 제공한다.
본원에 기재된 대안적 또는 추가적 구현예는 전술한 설명 또는 본원의 다른 곳에서의 임의의 설명의 특징 중 하나 이상을 포함하는 키트를 제공한다.
본원에 기재된 대안적 또는 추가적 구현예는 전술한 설명 또는 본원의 다른 곳에서의 임의의 설명의 특징 중 하나 이상을 포함하는 표면 기능화된 입자의 응집을 방지하거나 감소시키는 방법을 제공한다.
도 1은 실시예 2 내지 9에서 연구된, 임상 질-면봉 샘플 263명 공여자의 조성의 파이 차트를 지리적 지역별로 나타낸다.
도 2 내지 4는 본원에 개시된 완충제 조성물의 구현예의 사용에 의해 달성된 바와 같은 BD MAXTM PCR 카트리지에서 입자 응집의 감소 및 미세유체 막힘의 방지의 구현예를 예시한다 (하기 표 1 참조).
도 2a-2b는 BD MAXTM PCR 카트리지의 구현예의 사진을 나타내고, 이들 각각은 간섭 겔을 함유하지 않는 임상 질-면봉 샘플의 진단 시험에 사용되었다.
도 3a-3b는 BD MAXTM PCR 카트리지 사진의 구현예를 나타내고, 이들 각각은 10 μL로 존재하는 카보머 기반 간섭 겔, 맥케슨을 함유하는 임상 질-면봉 샘플의 진단 시험에 사용되었다. 도 4a-4b는 10 μL로 존재하는 추가 간섭 겔 E-Z 상표 (Medline Industries, Inc.)를 시험하는데 사용되는 BD MAXTM PCR 카트리지 사진의 추가 구현예를 나타낸다 (도 4a-4b).
도 5-6은 2개의 대표적인 간섭 겔의 존재하에, 비교 완충제와 비교한, 예시 완충제 II에 의해 제공되는 개선된 분석 성능의 구현예를 예시한다: E-Z 윤활 젤리 (Medline Industries, Inc.) (도 5a-5f) 및 비-카보머 기반 Surgilube® (도 6a-6f). 세균성 질증 (BV)을 검출하기 위한 분석의 구현예를 비교 완충제 또는 예시 완충제를 사용하여 BD MAXTM 시스템에서 수행하였다. 3세트의 산점도는 일상적인 작업 흐름에 따라 비교 완충제를 사용하고 (도 5a, 5d, 6a, 6d), 최적화된 작업 흐름에 따라 비교 완충제를 사용하고 (도 5b, 5e, 6b, 6e), 그리고 최적화된 작업 흐름에 따라 예시 완충제를 사용하여 (도 5c, 5f, 6c, 6f) 생성하였다.
본원에 사용된 섹션 제목은 조직적 목적만을 위한 것이고 어떤 식으로든 설명된 주제를 제한하는 것으로 해석되어서는 안 된다. 특허, 특허 출원, 기사, 서적, 논문 및 인터넷 웹 페이지를 포함하지만 이에 제한되지 않는 본 출원에 인용된 모든 문헌 및 유사한 자료는 그러한 문헌 및 유사한 자료의 형식에 관계없이 임의의 목적을 위해 그 전체가 참고로 명시적으로 포함된다. 포함된 문헌 및 유사한 자료 중 하나를 본 출원에서 해당 용어의 사용과 모순되는 방식으로 용어를 정의하거나 사용하는 경우, 본 출원이 우선한다. 본 교시가 다양한 구현예와 관련하여 기술되지만 본 교시는 이러한 구현예로 제한되는 것으로 의도되지 않는다. 반대로, 본 교시는 당업자에 의해 이해될 바와 같이 다양한 대안, 수정, 및 등가물을 포함한다.
본원에서 질 장애, 예를 들어, 외음질 칸디다증 (VVC), 트리코모나스증 및/또는 세균성 질증 (BV)의 핵산 기반 검출을 위한 완충제 조성물, 키트, 및 방법이 제공된다. 예를 들어, 표면 기능화된 입자, 예를 들어, 핵산 추출을 위한 미세유체 PCR 카트리지에 배치된 것들의 응집을 방지하거나 감소시킬 수 있는 완충제 조성물은 간섭 물질의 존재하에 임상 질-면봉 샘플로부터 병원성 유기체를 검출하기 위해 제공된다. 일부 구현예에서, 완충제 조성물은 예를 들어, VVC-관련 칸디다 종, 트리코모나스증-유발 트리코모나스 바질날리스 및/또는 BV-관련 박테리아에 대한 핵산 기반 검출의 효율을 향상시키거나 유지할 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, "핵산"은 본 개시내용에 비추어 볼 때 일상적 의미를 갖고, 폴리뉴클레오티드를 형성하기 위해 핵산 골격 연결 (예를 들어, 포스포디에스테르 결합)에 의해 함께 연결된, 질소성 헤테로시클릭 염기, 및 염기 유사체를 갖는 뉴클레오시드 또는 뉴클레오시드 유사체를 포함하는 중합체 화합물을 지칭한다. 핵산의 비제한적 예시는 RNA, DNA, 및 이들의 유사체를 포함한다. 핵산 골격은 다양한 결합, 예를 들어, 당-포스포디에스테르 연결, 펩티드-핵산 결합, 포스포로티오에이트 또는 메틸포스포네이트 연결 중 하나 이상 또는 단일 올리고뉴클레오티드에서 이러한 연결의 혼합물을 포함할 수 있다. 핵산의 당 모이어티는 리보스 또는 데옥시리보스, 또는 알려진 치환을 갖는 유사한 화합물이다. 기존의 질소성 염기 (예를 들어, A, G, C, T, U), 알려진 염기 유사체 (예를 들어, 이노신 퓨린 또는 피리미딘 염기의 유도체 및 "비염기성" 잔기 (즉, 하나 이상의 백본 위치에 대해 질소성 염기가 없음)가 용어 핵산에 포함된다. 즉, 핵산은 RNA 및 DNA에서 발견되는 통상적인 당, 염기 및 연결만을 포함하거나, 통상적인 구성성분 및 치환을 모두 포함할 수 있다 (예를 들어, 통상적인 염기 및 메톡시 골격을 통해 연결된 유사체, 또는 통상적인 염기 및 RNA 또는 DNA 골격을 통해 연결된 하나 이상의 염기 유사체).
본원에 사용된 바와 같이, "접합체 쌍(conjugate pair)"은 본 개시내용의 관점에서 분명하고 통상적인 의미를 갖고, 하나의 양성자 (H+)가 다른 산 (HA) 및 염기 (A-)를 지칭한다. 예를 들어, 일염기성 인산칼륨 (KH2PO4)과 이염기성 인산칼륨 (K2HPO4)은 접합체 쌍이다. 다른 예시로서, 아세트산과 아세트산나트륨 (CH3COONa)이 또한 접합체 쌍이다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "민감도"는 본 개시내용의 관점에서 분명하고 통상적인 의미를 갖고, 시험 방법의 성능을 언급할 때, 진양성을 진양성과 위음성의 합으로 나눈 것이다. 당업자는 시험 방법의 성능을 언급할 때, 용어 "리콜," "적중률," 및 "진양성률 (TPR)"이 "민감도"와 동일하다는 것을 이해할 것이다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "특이성"은 본 개시내용의 관점에서 분명하고 통상적인 의미를 갖고, 시험 방법의 성능을 언급할 때, 진음성을 진음성 및 위양성의 합으로 나눈 것이다. 당업자는 시험 방법의 성능을 언급할 때, 용어 "선택성," 및 "진음성률 (TPR)"이 "특이성"과 동일하다는 것을 이해할 것이다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "정확도"는 본 개시내용의 관점에서 분명하고 통상적인 의미를 갖고, 시험 방법의 성능을 언급할 때, 진양성 및 진음성의 합을 진양성, 위양성, 진음성, 및 위음성의 합으로 나눈 것이다.
본원에 사용된 바와 같이, "a" 및 "b"가 정수인 "Ca 내지 Cb"는 화합물의 탄소 수를 지칭한다.
완충제 조성물
본원에 개시된 일부 구현예는 완충제 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 완충제 조성물은 산 및 염기의 접합체 쌍, 킬레이트제, 비이온성 계면활성제, 1가 또는 2가 염, 및 임의로 살생물 방부제를 포함한다. 일부 구현예에서, 완충제 조성물은 하기를 포함하는 본원에 개시된 임의의 양 또는 양의 범위로 산 및 염기의 접합체 쌍, 킬레이트제, 비이온성 계면활성제, 1가 또는 2가 염, 및 임의로 살생물 방부제를 포함한다.
일부 구현예에서, 접합체 쌍의 염기는 산의 염이다. 일부 구현예에서, 산은 아세트산을 포함한다. 일부 구현예에서, 염기는 아세트산의 염을 포함한다. 일부 구현예에서, 접합체 쌍은 아세트산 및 이의 염을 포함한다. 일부 구현예에서, 염기는 아세트산나트륨을 포함한다. 일부 구현예에서, 접합체 쌍은 아세트산 및 아세트산나트륨을 포함한다. 일부 구현예에서 완충제는 트리스-HCl을 포함한다. 일부 구현예에서, 산 (예를 들어, 아세트산)의 농도는 5 mM, 10 mM, 15 mM, 20 mM, 25 mM, 30 mM, 35 mM, 40 mM, 45 mM, 50 mM, 55 mM, 60 mM, 65 mM, 70 mM, 75 mM, 80 mM, 85 mM, 90 mM, 95 mM, 100 mM, 105 mM, 110 mM, 115 mM, 120 mM, 125 mM, 130 mM, 135 mM, 140 mM, 145 mM, 150 mM, 155 mM, 160 mM, 165 mM, 170 mM, 175 mM, 180 mM, 185 mM, 190 mM, 195 mM, 200 mM, 205 mM, 210 mM, 215 mM, 220 mM, 225 mM, 230 mM, 235 mM, 240 mM, 245 mM, 250 mM, 255 mM, 260 mM, 265 mM, 270 mM, 275 mM, 280 mM, 285 mM, 290 mM, 295 mM, 300 mM, 305 mM, 310 mM, 315 mM, 320 mM, 325 mM, 330 mM, 335 mM, 340 mM, 345 mM, 350 mM, 355 mM, 360 mM, 365 mM, 370 mM, 375 mM, 380 mM, 385 mM, 390 mM, 395 mM, 400 mM, 405 mM, 410 mM, 415 mM, 420 mM, 425 mM, 430 mM, 435 mM, 440 mM, 445 mM, 450 mM, 455 mM, 460 mM, 465 mM, 470 mM, 475 mM, 480 mM, 485 mM, 490 mM, 495 mM, 또는 500 mM의 농도, 또는 약 이들의 농도, 또는 이들 이하의 농도, 또는 약 이들 이하의 농도, 또는 이들 이상의 농도, 또는 약 이들 이상의 농도, 또는 이들 값 중 임의의 2개 사이의 범위이다. 일부 구현예에서, 산 (예를 들어, 아세트산)의 농도는 5 mM 내지 100 mM, 5 mM 내지 250 mM, 200 내지 400 mM, 250 mM 내지 500 mM, 300 mM 내지 500 mM 또는 400 mM 내지 500 mM이다. 일부 구현예에서, 염기 (예를 들어, 아세트산나트륨)의 농도는 5 mM, 10 mM, 15 mM, 20 mM, 25 mM, 30 mM, 35 mM, 40 mM, 45 mM, 50 mM, 55 mM, 60 mM, 65 mM, 70 mM, 75 mM, 80 mM, 85 mM, 90 mM, 95 mM, 100 mM, 105 mM, 110 mM, 115 mM, 120 mM, 125 mM, 130 mM, 135 mM, 140 mM, 145 mM, 150 mM, 155 mM, 160 mM, 165 mM, 170 mM, 175 mM, 180 mM, 185 mM, 190 mM, 195 mM, 200 mM, 205 mM, 210 mM, 215 mM, 220 mM, 225 mM, 230 mM, 235 mM, 240 mM, 245 mM, 250 mM, 255 mM, 260 mM, 265 mM, 270 mM, 275 mM, 280 mM, 285 mM, 290 mM, 295 mM, 300 mM, 305 mM, 310 mM, 315 mM, 320 mM, 325 mM, 330 mM, 335 mM, 340 mM, 345 mM, 350 mM, 355 mM, 360 mM, 365 mM, 370 mM, 375 mM, 380 mM, 385 mM, 390 mM, 395 mM, 400 mM, 405 mM, 410 mM, 415 mM, 420 mM, 425 mM, 430 mM, 435 mM, 440 mM, 445 mM, 450 mM, 455 mM, 460 mM, 465 mM, 470 mM, 475 mM, 480 mM, 485 mM, 490 mM, 495 mM, 또는 500 mM의 농도, 또는 약 이들의 농도, 또는 이들 이하의 농도, 또는 약 이들 이하의 농도, 또는 이들 이상의 농도, 또는 약 이들 이상의 농도, 또는 이들 값 중 임의의 2개 사이의 범위이다. 일부 구현예에서, 염기 (예를 들어, 아세트산나트륨)의 농도는 5 mM 내지 100 mM, 5 mM 내지 250 mM, 200 내지 400 mM, 250 mM 내지 500 mM, 300 mM 내지 500 mM 또는 400 mM 내지 500 mM이다. 일부 구현예에서, 접합체 쌍은 약 350 mM 내지 450 mM 아세트산나트륨을 포함한다. 일부 구현예에서, 접합체 쌍은 약 50 mM 내지 약 150 mM 아세트산을 포함한다. 일부 구현예에서, 접합체 쌍은 약 90 mM 내지 약 110 mM 아세트산을 포함한다. 일부 구현예에서, 접합체 쌍은 5 mM, 10 mM, 15 mM, 20 mM, 25 mM, 30 mM, 35 mM, 40 mM, 45 mM, 50 mM, 55 mM, 60 mM, 65 mM, 70 mM, 75 mM, 80 mM, 85 mM, 90 mM, 95 mM, 100 mM, 105 mM, 110 mM, 115 mM, 120 mM, 125 mM, 130 mM, 135 mM, 140 mM, 145 mM, 150 mM, 155 mM, 160 mM, 165 mM, 170 mM, 175 mM, 180 mM, 185 mM, 190 mM, 195 mM, 200 mM, 205 mM, 210 mM, 215 mM, 220 mM, 225 mM, 230 mM, 235 mM, 240 mM, 245 mM, 250 mM, 255 mM, 260 mM, 265 mM, 270 mM, 275 mM, 280 mM, 285 mM, 290 mM, 295 mM, 300 mM, 305 mM, 310 mM, 315 mM, 320 mM, 325 mM, 330 mM, 335 mM, 340 mM, 345 mM, 350 mM, 355 mM, 360 mM, 365 mM, 370 mM, 375 mM, 380 mM, 385 mM, 390 mM, 395 mM, 400 mM, 405 mM, 410 mM, 415 mM, 420 mM, 425 mM, 430 mM, 435 mM, 440 mM, 445 mM, 450 mM, 455 mM, 460 mM, 465 mM, 470 mM, 475 mM, 480 mM, 485 mM, 490 mM, 495 mM, 500 mM, 505 mM, 510 mM, 515 mM, 520 mM, 525 mM, 530 mM, 535 mM, 540 mM, 545 mM, 550 mM, 555 mM, 560 mM, 565 mM, 570 mM, 575 mM, 580 mM, 585 mM, 590 mM, 595 mM, 600 mM, 605 mM, 610 mM, 615 mM, 620 mM, 625 mM, 630 mM, 635 mM, 640 mM, 645 mM, 650 mM, 655 mM, 660 mM, 665 mM, 670 mM, 675 mM, 680 mM, 685 mM, 690 mM, 695 mM, 700 mM, 705 mM, 710 mM, 715 mM, 720 mM, 725 mM, 730 mM, 735 mM, 740 mM, 745 mM, 750 mM, 755 mM, 760 mM, 765 mM, 770 mM, 775 mM, 780 mM, 785 mM, 790 mM, 795 mM, 800 mM, 805 mM, 810 mM, 815 mM, 820 mM, 825 mM, 830 mM, 835 mM, 840 mM, 845 mM, 850 mM, 855 mM, 860 mM, 865 mM, 870 mM, 875 mM, 880 mM, 885 mM, 890 mM, 895 mM, 또는 900 mM의 농도, 또는 약 이들의 농도, 또는 이들 이하의 농도, 또는 약 이들 이하의 농도, 또는 이들 이상의 농도, 또는 약 이들 이상의 농도, 또는 이들 값 중 임의의 2개 사이의 범위로 존재한다. 일부 구현예에서, 접합체 쌍 (예를 들어, 아세트산 및 아세트산나트륨 또는 트리스-HCL)의 농도는 5 mM 내지 100 mM, 5 mM 내지 250 mM, 200 내지 400 mM, 250 mM 내지 500 mM, 300 mM 내지 500 mM, 400 mM 내지 500 mM, 5 mM 내지 1 M, 300 mM 내지 700 mM, 500 mM 내지 900 mM, 750 mM 내지 1 M 또는 800 mM 내지 1 M이다. 일부 구현예에서, 접합체 쌍은 약 400 mM 내지 약 600 mM 범위의 농도로 존재한다. 일부 구현예에서, 접합체 쌍은 아세트산 및 아세트산나트륨을 포함한다. 일부 구현예에서, 아세트산은 200 mM 이하의 농도로 존재하고 아세트산나트륨은 300 mM 이상의 농도로 존재한다. 일부 구현예에서 접합체는 10mM 농도의 트리스-HCl이다.
일부 구현예에서, 완충제 조성물의 pH는 1.0, 2.0, 2.1, 2.2, 2.3, 2.4, 2.5, 2.6, 2.7, 2.8, 2.9, 3.0, 3.1, 3.2, 3.3, 3.4, 3.5, 3.6, 3.7, 3.8, 3.9, 4.0, 4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 4.5, 4.6, 4.7, 4.8, 4.9, 5.0, 5.1, 5.2, 5.3, 5.4, 5.5, 5.6, 5.7, 5.8, 5.9, 6.0, 6.1, 6.2, 6.3, 6.4, 6.5, 6.6, 6.7, 6.8, 6.9, 7.0, 7.1, 7.2, 7.3, 7.4, 7.5, 7.6, 7.7, 7.8, 7.9, 또는 8.0이거나, 약 이들 이거나, 이들 이하이거나, 약 이들 이하이거나, 이들 이상이거나, 약 이들 이상, 또는 이들 값 사이의 범위이다. 일부 구현예에서, 완충제 조성물은 약 4.0 내지 약 6.0의 pH에 있다. 일부 구현예에서, 완충제 조성물은 약 5.0의 pH에 있다.
일부 구현예에서 킬레이트제는 에틸렌디아민테트라아세트산 (EDTA), 에틸렌디아민, 글루탐산 및 히스타민과 같은 아미노산, 옥살산, 말론산, 숙신산 등과 같은 유기이산, 및 전술한 것의 약학적으로 허용 가능한 염을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 일부 구현예에서, 킬레이트제는 EDTA를 포함한다. 일부 구현예에서, 킬레이트제 (예를 들어 EDTA)의 농도는 0.2 mM, 0.5 mM, 0.8 mM, 0.9 mM, 1 mM, 2 mM, 3 mM, 4 mM, 5 mM, 6 mM, 7 mM, 8 mM, 9 mM, 10 mM, 11 mM, 12 mM, 13 mM, 14 mM, 15 mM, 16 mM, 17 mM, 18 mM, 19 mM, 또는 20 mM이거나, 약 이들 이거나, 이들 이하이거나, 약 이들 이하이거나, 이들 이상이거나, 약 이들 이상이거나, 이들 값 중 임의의 2개 사이의 범위이다. 일부 구현예에서, 킬레이트제는 약 1 mM 내지 약 20 mM, 0.2 mM 내지 2mM, 1 mM 내지 7 mM, 16 mM 내지 20 mM, 10 mM 내지 20 mM, 또는 4 mM 내지 8 mM의 범위의 농도로 존재한다. 일부 구현예에서 킬레이트제 (예를 들어, EDTA)의 농도는 약 10 mM이다.
일부 구현예에서, 비이온성 계면활성제는 에톡실화 비이온성 계면활성제, 프로폭실화 비이온성 계면활성제, 공동-에톡실화-프로폭실화 비이온성 계면활성제, 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 비이온성 계면활성제는 단일 지방산의 에톡실화 소르비탄 에스테르, 에톡실화 옥틸페놀, 에톡실화 2차 C1 내지 C20 알코올, 공동-에톡실화-프로폭실화 종자유 알코올, 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 비이온성 계면활성제는 계면활성제당 평균 1 내지 50개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유하는 단일 지방산의 에톡실화 소르비탄 에스테르, 계면활성제당 평균 1 내지 20개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유하는 에톡실화 옥틸페놀, 계면활성제당 평균 1 내지 20개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유하는 에톡실화 2차 C1 내지 C20 알코올, 계면활성제당 평균 1 내지 20개 프로필렌 옥사이드 단위 및 1 내지 30개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유하는 공동-에톡실화-프로폭실화 종자유 알코올, 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 비이온성 계면활성제는 하나 이상의 단일 지방산의 에톡실화 소르비탄 에스테르를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 단일 지방산의 에톡실화 소르비탄 에스테르는 평균 1 내지 50개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유한다. 일부 구현예에서, 비이온성 계면활성제는 트윈 계면활성제를 포함한다. 일부 구현예에서, 비이온성 계면활성제는 트윈 20 계면활성제, 트윈 40 계면활성제, 트윈 60 계면활성제, 트윈 80 계면활성제, 또는 이의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서 계면활성제는 ECOSURF™ 계면활성제 (Dow Chemical Co.), 예를 들어, ECOSURF™ SA-4, SA-7, SA-9 또는 SA-15 계면활성제이다. 일부 구현예에서, 비이온성 계면활성제는 하나 이상의 에톡실화 2차 C1 내지 C20 알코올을 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 에톡실화 2차 C1 내지 C20 알코올은 평균 1 내지 20개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유한다. 일부 구현예에서, 비이온성 계면활성제는 TergitolTM 계면활성제 (Signma-Aldrich), 예를 들어, TergitolTM 15-S-9 계면활성제를 포함한다. 일부 구현예에서, 비이온성 계면활성제는 하나 이상의 에톡실화 옥틸페놀을 포함한다. 하나 이상의 에톡실화 옥틸페놀 중 일부는 평균 1 내지 20개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유한다. 일부 구현예에서, 비이온성 계면활성제는 트리톤 계면활성제, 예를 들어, 트리톤 X-100 계면활성제를 포함한다. 일부 구현예에서, 비이온성 계면활성제는 하나 이상의 공동-에톡실화-프로폭실화 종자유 알코올을 포함한다. 하나 이상의 공동-에톡실화-프로폭실화 종자유 알코올 중 일부는 평균 1 내지 20개 프로필렌 옥사이드 단위 및 1 내지 30개 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 구현예에서, 비이온성 계면활성제는 EcoSurfTM 계면활성제를 포함한다. 비이온성 계면활성제는 0.1%, 0.2%, 0.3%, 0.4%, 0.5%, 0.6%, 0.7%, 0.8%, 0.9%, 1.0%, 1.1%, 1.2%, 1.3%, 1.4%, 1.5%, 1.6%, 1.7%, 1.8%, 1.9%, 2.0%, 2.1%, 2.2%, 2.3%, 2.4%, 2.5%, 2.6%, 2.7%, 2.8%, 2.9%, 또는 3.0%의 농도, 또는 약 이들의 농도, 또는 이들 이하의 농도, 또는 약 이들 이하의 농도, 또는 이들 이상의 농도, 또는 약 이들 이상의 농도, 또는 이들 값 중 임의의 2개 사이의 범위인 완충제 조성물에 존재한다. 일부 구현예에서, 비이온성 계면활성제는 완충제 조성물의 약 0.5% 내지 1.5%, 0.1% 내지 3.0%, 0.8% 내지 1.9%, 1.0% 내지 2.0%, 2.5% 내지 3% 또는 0.7% 내지 2.6 중량% 범위의 농도로 존재한다. 일부 구현예에서, 비이온성 계면활성제는 완충제 조성물의 약 1.0 중량% 범위의 농도로 존재한다.
일부 구현예에서, 1가 또는 2가 염은 나트륨염, 칼륨염, 칼슘염, 마그네슘염, 또는 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 2가 염은 칼슘염이다. 일부 구현예에서, 2가 염은 CaCl2이다. 일부 구현예에서, 1가 또는 2가 염은 5 mM, 10 mM, 15 mM, 20 mM, 25 mM, 30 mM, 35 mM, 40 mM, 45 mM, 50 mM, 55 mM, 60 mM, 65 mM, 70 mM, 75 mM, 80 mM, 85 mM, 90 mM, 95 mM, 100 mM, 105 mM, 110 mM, 115 mM, 120 mM, 125 mM, 130 mM, 135 mM, 140 mM, 145 mM, 150 mM, 155 mM, 160 mM, 165 mM, 170 mM, 175 mM, 180 mM, 185 mM, 190 mM, 195 mM, 200 mM, 205 mM, 210 mM, 215 mM, 220 mM, 225 mM, 230 mM, 235 mM, 240 mM, 245 mM, 250 mM, 255 mM, 260 mM, 265 mM, 270 mM, 275 mM, 280 mM, 285 mM, 290 mM, 295 mM, 300 mM, 305 mM, 310 mM, 315 mM, 320 mM, 325 mM, 330 mM, 335 mM, 340 mM, 345 mM, 350 mM, 355 mM, 360 mM, 365 mM, 370 mM, 375 mM, 380 mM, 385 mM, 390 mM, 395 mM, 400 mM, 405 mM, 410 mM, 415 mM, 420 mM, 425 mM, 430 mM, 435 mM, 440 mM, 445 mM, 450 mM, 455 mM, 460 mM, 465 mM, 470 mM, 475 mM, 480 mM, 485 mM, 490 mM, 495 mM, 또는 500 mM의 농도, 또는 약 이들의 농도, 또는 이들 이하의 농도, 또는 약 이들 이하의 농도, 또는 이들 이상의 농도, 또는 약 이들 이상의 농도, 또는 이들 값 중 임의의 2개 사이의 범위로 존재한다. 일부 구현예에서, 1가 또는 2가 염 (예를 들어, CaCl2)의 농도는 5 mM 내지 100 mM, 5 mM 내지 250 mM, 200 내지 400 mM, 250 mM 내지 500 mM, 300 mM 내지 500 mM 또는 400 mM 내지 500 mM이다. 일부 구현예에서, 1가 또는 2가 염은 약 100 mM 내지 약 300 mM 범위의 농도로 존재한다. 일부 구현예에서, 1가 또는 2가 염은 약 200 mM의 농도로 존재한다.
일부 구현예에서, 완충제 조성물은 살생물 방부제를 선택적으로 포함한다. 일부 구현예에서, 살생물 방부제는 하나 이상의 이소티아졸론을 포함한다. 일부 구현예에서, 살생물 방부제는 완충제 조성물의 0.01%, 0.015%, 0.02%, 0.025%, 0.03%, 0.035%, 0.04%, 0.045%, 0.05%, 0.06%, 0.07%, 0.08%, 0.09%, 또는 0.1 중량%의 농도, 또는 약 이들의 농도, 또는 이들 이하의 농도, 또는 약 이들 이하의 농도, 또는 이들 이상의 농도, 또는 약 이들 이상의 농도, 또는 이들 값 중 임의의 2개 사이의 범위로 존재한다. 일부 구현예에서, 살생물 방부제는 완충제 조성물의 약 0.01% 내지 0.1%, 0.01% 내지 0.03%, 0.025% 내지 0.045%, 0.05% 내지 0.1%, 0.07% 내지 0.01% 또는 0.04% 내지 0.08 중량%의 농도로 존재한다. 일부 구현예에서, 살생물 방부제는 완충제 조성물의 약 0.03 중량%의 농도로 존재한다. 일부 구현예에서, 살생물 방부제는 ProClinTM 300이다. 일부 구현예에서, 살생물 방부제 ProClinTM 300은 완충제 조성물의 약 0.03 중량%의 농도로 존재한다. 일부 구현예에서, 살생물 방부제는 하나 이상의 이소티아졸론의 0.1%, 0.2%, 0.3%, 0.4%, 0.5%, 0.6%, 0.7%, 0.8%, 0.9%, 1.0%, 1.1%, 1.2%, 1.3%, 1.4%, 1.5%, 1.6%, 1.7%, 1.8%, 1.9%, 2.0%, 2.1%, 2.2%, 2.3%, 2.4%, 2.5%, 2.6%, 2.7%, 2.8%, 2.9%, 3.0%, 3.1%, 3.2%, 3.3%, 3.4%, 3.5%, 3.6%, 3.7%, 3.8%, 3.9%, 4.0%, 4.1%, 4.2%, 4.3%, 4.4%, 4.5%, 4.6%, 4.7%, 4.8%, 4.9%, 5.0%, 5.1%, 5.2%, 5.3%, 5.4%, 5.5%, 5.6%, 5.7%, 5.8%, 5.9%, 또는 6.0 중량%를 포함하거나, 이들 이하를 포함하거나, 약 이들 이하를 포함하거나, 이들 이상을 포함하거나, 약 이들 이상을 포함하거나, 이들 값 중 임의의 2개 사이의 범위를 포함한다. 일부 구현예에서, 살생물 방부제는 완충제 조성물의 약 0.1% 내지 6.0%, 0.1% 내지 3.0%, 1.0% 내지 4.0%, 3% 내지 6%, 5% 내지 6% 또는 2% 내지 5 중량%의 농도로 존재한다. 일부 구현예에서, 살생물 방부제는 하나 이상의 이소티아졸론의 약 1 중량% 내지 약 5 중량%를 포함한다. 일부 구현예에서, 살생물 방부제는 하나 이상의 이소티아졸론의 약 2 중량% 내지 약 4 중량%를 포함한다. 일부 구현예에서, 살생물 방부제는 하나 이상의 이소티아졸론의 약 1 중량% 내지 약 3 중량%를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 이소티아졸론은 클로로메틸이소티아졸리논 및 메틸이소티아졸리논을 포함한다. 일부 구현예에서, 클로로메틸이소티아졸리논 및 메틸이소티아졸리논은 1:1, 1.5:1, 2:1, 2.5:1 3:1, 3:5:1, 4:1, 4.5:1, 5:1, 5.5:1, 6:1, 6.5:1, 7:1, 7.5:1, 8:1, 8.5:1, 9:1, 9.5:1, 또는 10:1의 중량비,또는 약 이들의 중량비, 또는 이들 이하의 중량비, 또는 약 이들 이하의 중량비, 또는 이들 이상의 중량비, 또는 약 이들 이상의 중량비, 또는 이들 값 중 임의의 2개 사이의 범위의 중량비이다. 일부 구현예에서, 클로로메틸이소티아졸리논 및 메틸이소티아졸리논은 약 1:1 내지 약 5:1 중량비이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 이소티아졸론은 약 3:1의 중량비로 5-클로로-2-메틸-4-이소티다졸린-3-온 및 2-메틸-4-이소티아졸린-3-온을 포함한다. 일부 구현예에서, 살생물 방부제는 염이 없는 독점적인 글리콜 및 알킬 카르복실레이트 안정화제 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 완충제 조성물은 시험 전에 샘플을 보존하기 위해 사용된다. 일부 구현예에서, 완충제 조성물은 살생물 방부제를 함유하지 않는다.
일부 구현예에서, 완충제 조성물은 환원제를 포함한다. 일부 구현예에서 환원제는 디티오트레이톨 (DTT), β-메르캅토에탄올, 및 TCEP (트리스(2-카르복시에틸)포스핀)으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서 환원제는 TCEP (트리스(2-카르복시에틸)포스핀)이다. 일부 구현예에서, 환원제 (예를 들어 TCEP)의 농도는 0.2 mM, 0.5 mM, 0.8 mM, 0.9 mM, 1 mM, 2 mM, 3 mM, 4 mM, 5 mM, 6 mM, 7 mM, 8 mM, 9 mM, 10 mM, 11 mM, 12 mM, 13 mM, 14 mM, 15 mM, 16 mM, 17 mM, 18 mM, 19 mM, 20 mM, 25 mM, 30 mM, 40 mM, 또는 50 mM, 또는 이들 값 중 임의의 2개 사이의 범위이거나, 이들 이하이거나, 약 이들 이하이거나, 이들 이상이거나, 약 이들 이상이다. 일부 구현예에서, 환원제는 1 mM 내지 50 mM, 1 mM 내지 30 mM, 10 mM 내지 20 mM의 범위의 농도로 존재한다. 일부 구현예에서 킬레이트제 (예를 들어, TCEP)의 농도는 약 15 mM이다.
예시적인 완충제 조성물
하기는 비제한적인 예시적인 완충제 조성물이다. 일부 구현예에서, 완충제는 완충제 #1, #2, 또는 #3의 구성성분을 포함한다:
Figure pct00001
상기 완충제 #1-3의 일부 구현예에서, 산-염기 쌍은 아세트산/아세트산나트륨 및 트리스-HCl로 이루어진 군으로부터 선택되고, 킬레이트제는 에틸렌디아민테트라아세트산 (EDTA), 에틸렌디아민, 글루탐산 및 히스타민과 같은 아미노산, 옥살산, 말론산, 숙신산 등과 같은 유기이산으로 이루어진 군으로부터 선택되고, 계면활성제는 에톡실화 비이온성 계면활성제, 프로폭실화 비이온성 계면활성제, 공동-에톡실화-프로폭실화 비이온성 계면활성제, 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되고, 1가 또는 2가 염은 나트륨염, 칼륨염, 칼슘염, 마그네슘염, 또는 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되고, 살생물 방부제는 하나 이상의 이소티아졸론을 포함한다. 상기 완충제 #1-3의 일부 구현예에서, 산-염기 쌍은 아세트산/아세트산나트륨이고, 킬레이트제는 EDTA이고, 계면활성제는 TergitolTM 15-S-9, 트리톤 X-100TM, TweenTM 계면활성제 또는 EcosurfTM 계면활성제이고, 2가 염은 CaCl2이고, 살생물 방부제 클로로메틸이소티아졸리논 및 메틸이소티아졸리논의 조합이다. 상기 완충제 #1-3의 일부 구현예에서, 산-염기 쌍은 아세트산/아세트산나트륨이고, 킬레이트제는 EDTA이고, 계면활성제는 TergitolTM 15-S-9 또는 트리톤 X-100TM이고, 2가 염은 CaCl2이고, 살생물 방부제는 클로로메틸이소티아졸리논 및 메틸이소티아졸리논의 조합이다. 상기 완충제 #1-3의 일부 구현예에서, 산-염기 쌍은 아세트산/아세트산나트륨이고, 킬레이트제는 EDTA이고, 계면활성제는 TergitolTM 15-S-9 또는 트리톤 X-100TM이고, 2가 염은 CaCl2이고, 살생물 방부제는 ProClinTM 300이다. 상기 완충제 #1-3의 일부 구현예에서, 산-염기 쌍은 아세트산/아세트산나트륨이고, 킬레이트제는 EDTA이고, 계면활성제는 TergitolTM 15-S-9 또는 트리톤 X-100TM이고, 2가 염은 CaCl2이고, 살생물 방부제는 ProClinTM 300이다. 상기 완충제 #1-3의 일부 구현예에서, 산-염기 쌍은 아세트산/아세트산나트륨이고, 킬레이트제는 EDTA이고, 계면활성제는 TergitolTM 15-S-9이고, 2가 염은 CaCl2이고, 살생물 방부제는 ProClinTM 300이다. 상기 완충제 #1-3의 일부 구현예에서, 산-염기 쌍은 아세트산/아세트산나트륨이고, 킬레이트제는 EDTA이고, 계면활성제는 트리톤 X-100TM이고, 2가 염은 CaCl2이고, 살생물 방부제는 ProClinTM 300이다. 상기 및 본원의 것을 포함하는 완충제 #1-3의 일부 구현예에서, 완충제 조성물은 살생물 방부제를 함유하지 않는다.
일부 구현예에서, 완충제는 완충제 #4, #5, 또는 #6의 구성성분을 포함한다:
Figure pct00002
상기 완충제 #4-6의 일부 구현예에서, 산-염기 쌍은 아세트산/아세트산나트륨 및 트리스-HCl로 이루어진 군으로부터 선택되고, 계면활성제는 에톡실화 비이온성 계면활성제, 프로폭실화 비이온성 계면활성제, 공동-에톡실화-프로폭실화 비이온성 계면활성제, 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되고, 환원제는 β-메르캅토에탄올 및 TCEP (트리스(2-카르복시에틸)포스핀)로부터 선택되고, 1가 및 2가 염은 나트륨염, 칼륨염, 칼슘염, 마그네슘염, 또는 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 상기 완충제 #4-6의 일부 구현예에서, 산-염기 쌍은 아세트산 트리스-HCl이고, 계면활성제는 TergitolTM 15-S-9, 트리톤 X-100TM, TweenTM 계면활성제 또는 Ecosurf TM 계면활성제이고, 환원제는 β-메르캅토에탄올 및 TCEP로 이루어진 군으로부터 선택되고, 1가 및 2가 염은 칼슘염이다. 상기 완충제 #4-6의 일부 구현예에서, 산-염기 쌍은 트리스-HCl이고, 계면활성제는 TergitolTM 15-S-9 또는 트리톤 X-100TM이고, 환원제는 TCEP (트리스(2-카르복시에틸)포스핀)이고, 1가 및 2가 염은 CaCl2이다. 상기 완충제 #4-6의 일부 구현예에서, 산-염기 쌍은 트리스-HCl이고, 계면활성제는 트리톤 X-100TM이고, 환원제는 TCEP이고, 1가 및 2가 염은 CaCl2이다. 일부 구현예에서, 완충제 조성물은 10 mM의 트리스-HCl 완충제, TCEP 15 mM, 1% 트리톤-X100, CaCl2 50-150 mM, pH 2.4±0.2를 포함한다. 상기 및 본원의 것을 포함하는 완충제 #4-6의 일부 구현예에서, 완충제는 본원에 기술된 바와 같이 살생물 방부제를 함유한다. 일부 구현예에서 살생물 방부제는 ProClinTM 300이다. 일부 구현예에서 살생물 방부제는 0.03%의 양의 ProClinTM 300이다. 상기 및 본원의 것을 포함하는 완충제 #4-6의 일부 구현예에서, 완충제 조성물은 살생물 방부제를 함유하지 않는다.
일부 구현예에서 완충제는 예시 완충제 I 또는 예시 완충제 II이다:
Figure pct00003
일부 구현예에서 완충제는 예시 완충제 III이다:
Figure pct00004
키트
본원에 개시된 구현예 중 일부는 키트를 제공한다. 일부 구현예에서, 키트는 상기 기재되거나 본원의 다른 곳에서 기재되는 완충제 조성물을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 완충제 조성물을 수용하는 멸균 용기를 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 미세유체 카트리지를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 미세유체 카트리지는 핵산의 처리 및 검출을 용이하게 하도록 구성된다. 일부 구현예에서, 미세유체 카트리지는 일회용이다. 일부 구현예에서, 키트는 질 감염 또는 염증과 관련된 상태를 진단하기 위한 설명서를 포함한다. 일부 구현예에서, 병태는 질염, 또는 질증, 또는 이의 조합이다. 일부 구현예에서, 병태는 외음질 칸디다증 (VVC), 트리코모나스증, 또는 세균성 질증 (BV), 또는 이의 조합이다. 일부 구현예에서, 병태는 성병, 예를 들어, 클라미디아 (CT), 임질 (GC), 트리코모나스증 (TV), 또는 이의 조합이다.
방법
본원에 개시된 구현예 중 일부는 샘플과 "완충제 조성물" 부분에서 상기 기재되거나 본원의 다른 곳에서 기재된 바와 같은 완충제 조성물을 접촉시키는 것을 포함하는, 표면 기능화된 입자의 응집을 방지하거나 감소시키는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 샘플은 복수의 표면 기능화된 입자를 포함하고; 완충제 조성물의 존재하에 복수의 표면 기능화된 입자의 응집 수준은 완충제 조성물의 부재하에 응집 수준과 비교하여 감소된다.
일부 구현예에서, 완충제 조성물의 존재하에 복수의 표면 기능화된 입자의 응집 수준은 완충제 조성물의 부재하에 응집 수준과 비교하여 0.1%, 0.2%, 0.3%, 0.4%, 0.5%, 0.6%, 0.7%, 0.8%, 0.9%, 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%. 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%, 또는 이들 값 중 임의의 2개 사이의 범위로 감소되거나, 약 이들로 감소되거나, 적어도 이들로 감소되거나, 적어도 약 이들로 감소되거나, 최대로 이들로 감소되거나, 최대로 약 이들로 감소된다. 일부 구현예에서, 완충제 조성물의 존재하에 복수의 표면 기능화된 입자의 응집 수준은 완충제 조성물의 부재하에 응집 수준과 비교하여 적어도 1% 감소된다. 일부 구현예에서, 완충제 조성물의 존재하에 복수의 표면 기능화된 입자의 응집 수준은 완충제 조성물의 부재하에 응집 수준과 비교하여 적어도 5% 감소된다. 일부 구현예에서, 완충제 조성물의 존재하에 복수의 표면 기능화된 입자의 응집 수준은 완충제 조성물의 부재하에 응집 수준과 비교하여 적어도 10% 감소된다. 일부 구현예에서, 완충제 조성물의 존재하에 복수의 표면 기능화된 입자의 응집 수준은 완충제 조성물의 부재하에 응집 수준과 비교하여 1-5%, 1-10%, 1-20%, 1-30%, 1-40%, 1-50%, 1-60%, 1-70%, 1-80%, 1-90%, 5-10%, 5-20%, 5-30%, 5-40%, 5-50%, 5-60%, 5-70%, 5-80%, 5-90%, 10-20%, 10-30%, 10-40%, 10-50%, 10-60%, 10-70%, 10-80%, 또는 10-90% 감소된다. 일부 구현예에서, 입자 응집의 수준은 디지털 이미지 처리를 사용하여 측정되고, 여기서 입자 응집체의 크기는 이미지(들) 상의 직경 또는 2차원 영역을 측정함으로써 결정된다.
일부 구현예에서, 샘플은 임상 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 질 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 임상 질-면봉이다. 일부 구현예에서, 샘플은 질에서 수집된다. 일부 구현예에서, 샘플은 질염, 또는 질증, 또는 둘 다의 임상 증상을 나타내는 대상체로부터 수집된다. 일부 구현예에서, 샘플은 복수의 핵산을 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 하나 이상의 외음질 칸디다증 (VVC)-관련 칸디다 종, 트리코모나스증-유발 트리토모나스 바지날리스, 하나 이상의 세균성 질증 (BV)-관련 박테리아, 또는 이의 조합으로부터의 복수의 핵산을 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 VVC-관련 칸디다 종은 칸디다 글라브라타, 칸디다 알비칸스, 칸디다 트로피칼리스, C. 더블리니엔시스, C. 파라프실로시스, 칸디다 크러세이, 또는 이의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 BV-관련 박테리아는 락토바실러스 크리스파투스, 락토바실러스 젠세니, 가드넬라 바지날리스, 아토포비움 바지나에, 메가스파레아 유형 1, 메가스파레아 BVAB2, 또는 이의 조합을 포함한다.
일부 구현예에서, 방법은 복수의 핵산을 증폭 및/또는 검출하는 것을 추가로 포함하고, 여기서 복수의 핵산의 증폭 및/또는 검출의 효율은 완충제 조성물의 존재하에 완충제 조성물의 부재하의 효율과 비교하여 향상된다. 일부 구현예에서, 복수의 핵산의 증폭 및/또는 검출의 효율은 완충제 조성물의 부재하의 효율과 비교하여, 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%, 또는 이들 값 중 임의의 2개 사이의 범위로 향상되거나, 약 이들로 향상되거나, 적어도 이들로 향상되거나, 적어도 약 이들로 향상되거나, 최대로 이들로 향상되거나, 최대로 약 이들로 향상된다. 일부 구현예에서, 복수의 핵산의 증폭 및/또는 검출의 효율은 완충제 조성물의 부재하의 효율과 비교하여 완충제 조성물의 존재하에 적어도 1% 향상된다. 일부 구현예에서, 복수의 핵산의 증폭 및/또는 검출의 효율은 향상된다 완충제 조성물의 부재하의 효율과 비교하여 완충제 조성물의 존재하에 적어도 5% 향상된다. 일부 구현예에서, 복수의 핵산의 증폭 및/또는 검출의 효율은 완충제 조성물의 부재하의 효율과 비교하여 완충제 조성물의 존재하에 1-10%, 1-20%, 1- 30%, 1-40%, 1-50%, 1-60%, 1-70%, 1-80%, 또는 1-90%, 5-10%, 5-20%, 5-30%, 5-40%, 5-50%, 5-60%, 5-70%, 5-80%, 5-90%, 10-20%, 10-30%, 10-40%, 10-50%, 10-60%, 10-70%, 10-80%, 또는 10-90% 향상된다.
일부 구현예에서, 표면 기능화된 입자는 1 mm 미만의 평균 직경을 포함한다. 일부 구현예에서, 표면 기능화된 입자는 핵산 추출, 정제, 증폭, 검출, 또는 이의 조합을 위해 구성된다. 일부 구현예에서, 응집은 샘플 내의 간섭 물질에 의해 유도된다. 일부 구현예에서, 응집은 미세유체 채널에서 발생한다.
일부 구현예에서, 간섭 물질은 윤활제, 겔, 크림, 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 간섭 물질은 하나 이상의 카보머를 포함하는 겔을 포함한다. 일부 구현예에서, 간섭 물질은 카보머를 포함하지 않는 겔을 포함한다.
또한 본원에 간섭 물질(들)이 있는 상태에서 샘플의 진단 시험 성능을 유지하거나 향상시키는 방법이 개시되어 있다. 일부 구현예에서, 방법은 "완충제 조성물" 섹션 또는 본원의 다른 곳에서 상기 기술된 바와 같이 샘플을 완충제 조성물로 전달하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 전달 단계 이전에, 대상체로부터 면봉으로 샘플을 수집하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 전달 단계 이후에, 생물학적 샘플에서 하나 이상의 핵산을 증폭 및 검출하거나 생물학적 샘플로부터 추출된 하나 이상의 핵산을 증폭 및 검출하는 것을 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 성능은 민감도, 특이성, 리콜, 정확도, 신속성, 견고성, 또는 이의 조합을 포함한다.
일부 구현예에서, 방법은 보고 불가 결과의 발생률을 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%로, 또는 약 이들로, 또는 적어도 약 이들로, 또는 최대로 이들로, 또는 최대로 약 이들로, 또는 이들 값 중 임의의 2개 사이의 범위로 감소시킨다. 일부 구현예에서, 방법은 보고 불가 결과의 발생률을 적어도 5%, 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90% 감소시킨다. 일부 구현예에서, 보고 불가 결과는 미정 결과, 미해결 결과, 불완전 결과, 또는 이의 조합을 포함한다.
일부 구현예에서, 방법은 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95% 정확도 비율로 유지하거나, 약 이들로 유지하거나, 적어도 이들로 유지하거나, 적어도 약 이들로 유지하거나, 최대로 이들로 유지하거나, 최대로 약 이들로 유지하거나, 이들 값 중 임의의 2개 사이의 범위를 유지한다. 일부 구현예에서 방법은 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 정확도 비율을 유지한다. 일부 구현예에서, 정확도 비율은 양성 결과의 일치율, 음성 결과의 일치율, 전체 일치율, 또는 이의 조합에 의해 측정된다.
실시예
하기 실시예는 이 기술이 적용될 수 있는 특정 상황 및 설정을 입증하기 위해 제공되고 본 개시내용에 포함된 본 발명 및 청구범위의 범위를 제한하도록 의도되지 않는다.
실시예 1.
질 샘플에 대해 수행된 진단 분석
본원의 이 부분에 기술된 연구는 간섭 물질을 함유할 수 있는 임상 질-면봉 샘플에서, 질 장애, 예를 들어, 외음질 칸디다증 (VVC), 트리코모나스증 및 세균성 질증 (BV)을 검출하기 위해 본 출원에 개시된 완충제 조성물의 사용에 의해 달성된 진단 분석의 강력한 성능을 설명한다. 예를 들어, 분석은 칸디다 종 (예를 들어, C. 글라브라타 및 C. 크루세이), T. 바지날리스 및/또는 BV-관련 박테리아의 정성적 분석을 위해 BD MAXTM 시스템에서 완전 자동화된 시험관 내 진단 시험을 시행하였다. 분석은 미세유체 기반 샘플 처리 및 핵산 기반 검출 방법을 통합하였다. 보다 구체적으로, 진단 분석은 핵산 추출을 위한 유체 작동 자성 입자, 표적 DNA의 증폭을 위한 실시간 중합효소 연쇄 반응 (PCR), 및 표적 유기체의 식별을 위한 형광 혼성화 프로브를 활용하였다.
실시예 2 내지 9 및 11에서 하기에 논의된 바와 같은, 진단 분석은 예시 완충제 I 또는 II를 사용하여 수행하였다. 이에 비해, 진단 분석을 또한 비교 완충제를 사용하여 수행하였다. 비교 완충제, 예시 완충제 I, 및 예시 완충제 II의 조성은 하기 표 1에 요약되어 있다. 표 1의 비교 완충제는 질 장애 또는 성병에 대한 생물학적 샘플 제조 및 진단 검출에 사용되는 일반적인 "최적 표준" 완충제 조성물을 대표한다.
표 1. 완충제 조성물
Figure pct00005
비교 완충제에서 산-염기 쌍으로 일염기성 인산칼륨 (KH2PO4)/이염기성 인산이칼륨 (K2HPO4)을 사용하는 것은 예시 완충제에서 아세트산/아세트산나트륨 (CH3COONa)을 사용하는 것보다 더 큰 입자 응집 및 더 흔한 미세유체 막힘과 관련된 것으로 밝혀졌다. 예시 완충제에 계면활성제 (예를 들어, TergitolTM 15-S-9 또는 트리톤 X-100) 및 염 (예를 들어, CaCl2)을 포함하는 것은 자성 입자와 간섭 겔에 일반적으로 존재하는 고분자전해질 (예를 들어, 카보머)의 상호작용을 감소시켜 분석 성능의 견고성을 개선하는 것으로 밝혀졌다. 3가지 완충제 조성물 모두에서 킬레이트제로서, 에틸렌디아민테트라아세트산 (EDTA)의 존재는 샘플 안정화에 필수적인 것으로 밝혀졌다. ProClinTM 300 방부제 (Sigma Aldrich, St. Louis, Mo.)는 샘플 보존 목적을 위해 살생물제로서, 3가지 완충제 조성물 모두에 첨가되었다.
질 면봉을 질염 또는/및 질증의 임상 증상이 있는 총 263명의 여성으로부터 수집하였고 BD MAXTM 시스템 상에서 시험하였다. 도 1은 지리적 지역별 샘플 공여자의 구성을 요약한다: Biocollection Oakland의 94명 공여자 (36%), PPGC Houston의 69명 공여자 (26%), 및 Biocollection Miami의 100명 공여자 (38%).
이 실시예는 진단 분석의 실험적 측면을 설명하고, 그 결과는 하기 실시예 2 내지 9에서 논의된다. 특히, 이 실시예는 본 출원에 개시된 예시적인 완충제 조성물을 설명한다.
실시예 2.
시험 반복성
표 2는 동일한 샘플 ("동일한 면봉")의 2번의 시험 ("첫 번째 채취" 및 "두 번째 채취")에서 얻은 분석 결과 간의 일치율을 요약한다. 비교 완충제를 표 2(a)의 분석에 사용하였고, 예시 완충제 I을 표 2(b)의 분석에 사용하였다. 각각의 표 2(a)-2(b)에 칸디다 종, C. 글라브라타, C. 크루세이, T. 바지날리스, 및 BV (위에서 아래로)에 대해 양성 결과, 음성 결과, 및 전체 (왼쪽에서 오른쪽으로)의 일치율이 나열된다.
표 2. 진단 분석의 기준선 반복성
Figure pct00006
다양한 병원성 마커에 대한 진단 검출이 수행되었을 때, 비교 완충제 및 예시 완충제 I 모두 "동일한 면봉"의 두 가지 상이한 시험 ("첫 번째 채취" 및 "두 번째 채취") 간에 적어도 90.0% 일치를 달성하였다.
이와 같이, 이 실시예는 진단 분석 및 관련 방법의 반복성에 대한 대표적인 기준선을 제공한다.
실시예 3.
시험 재현성
표 3은 동일한 대상체 (또는 샘플 공여자)로부터 수집된 두 샘플 ("면봉 1" 및 "면봉 2")의 하나의 시험 ("첫 번째 채취")에서 각각, 얻은 분석 결과 간의 일치율을 요약한다. 비교 완충제를 표 3(a)의 분석에 사용하였고, 예시 완충제 I을 표 3(b)의 분석에 사용하였다. 각각의 표 3(a)-3(b)에 칸디다 종, C. 글라브라타, C. 크루세이, T. 바지날리스, 및 BV (위에서 아래로)에 대한 양성 결과, 음성 결과, 및 전체 (왼쪽에서 오른쪽으로)의 일치율이 나열된다.
다양한 병원성 마커를 시험했을 때, 비교 완충제 및 예시 완충제 I 모두 동일한 대상체로부터 얻은 2가지 상이한 샘플 ("면봉 1" 및 "면봉 2") 간에 적어도 90.0% 일치를 달성하였다.
표 3. 병원체 검출을 위한 PCR 분석의 기준선 재현성
Figure pct00007
이와 같이, 이 실시예는 진단 분석 및 관련 방법의 재현성에 대한 대표적인 기준선을 입증한다.
실시예 4.
보고 가능한 결과에 대한 완충제의 기준선 효과
표 4는 대표적인 바이오마커의 5개 세트에 대해 보고된 분석 결과의 완충제 의존 변이를 예시한다: 칸디다 종 (표 4(a)), C. 글라브라타 (표 4(b)), C. 크루세이 (표 4(c)), T. 바지날리스 (표 4(d)), 및 세균성 질증 (BV) (표 4(e)).
예를 들어, 표 4(a)에 나타낸 바와 같이, 예시 완충제를 분석에 사용하였을 때, PCR 분석은 칸디다 종에 대해 45개의 양성 및 178개의 음성 결과를 보고하였고; 반면, 비교 완충제를 사용하였을 때, PCR 분석은 칸디다 종에 대해 46개의 양성 및 177개의 음성 결과를 보고하였다. 표 4(a)에 보고된 223개의 결과 중에, 비교 완충제에서 음성으로 보고된, 3개의 샘플 (오른쪽 상단), 예시 완충제에서 병원성-양성으로 확인되었고; 비교 완충제에서 양성으로 보고된, 4개의 샘플 (왼쪽 하단)이 예시 완충제에서 병원성-음성으로 확인되었다.
표 4. 예시 완충제 및 비교 완충제를 사용하여 보고된 결과의 차이
Figure pct00008
예로서, 표 4(b)에 나타낸 바와 같이, 예시 완충제를 분석에 사용하였을 때, PCR 분석은 C. 글라브라타에 대해 11개의 양성 및 212개의 음성 결과를 보고하였고; 반면, 비교 완충제를 사용하였을 때, PCR 분석은 C. 글라브라타에 대해 13개의 양성 및 210개의 음성 결과를 보고하였다. 표 4(b)에 보고된 223개의 결과 중에, 비교 완충제에서 양성으로 보고된, 2개의 샘플 (왼쪽 하단)이 예시 완충제에서 병원성-음성으로 확인되었다.
Figure pct00009
예로서, 표 4(c)에 나타낸 바와 같이, 예시 완충제를 분석에 사용하였을 때, PCR 분석은 C. 크루세이에 대해 0개의 양성 및 223개의 음성 결과를 보고하였고; 반면, 비교 완충제를 사용하였을 때, PCR 분석은 C. 크루세이에 대해 0개의 양성 및 223 개의 음성 결과를 보고하였다.
예로서, 표 4(d)에 나타낸 바와 같이, 예시 완충제를 분석에 사용하였을 때, PCR 분석은 T. 바지날리스에 대해 36개의 양성 및 187개의 음성 결과를 보고하였고; 반면, 비교 완충제를 사용하였을 때, PCR 분석은 T. 바지날리스에 대해 36개의 양성 및 187개의 음성 결과를 보고하였다. 표 4(d)에 보고된 223개의 결과 중에, 비교 완충제에서 음성으로 보고된, 1개의 샘플 (오른쪽 상단)이 예시 완충제에서 병원성-양성으로 확인되었고; 비교 완충제에서 양성으로 보고된, 1개의 샘플 (왼쪽 하단)이 예시 완충제에서 병원성-음성으로 확인되었다.
예로서, 표 4(e)에 나타낸 바와 같이, 예시 완충제를 분석에 사용하였을 때, PCR 분석은 BV에 대해 129개의 양성 및 104개의 음성 결과를 보고하였고; 반면, 비교 완충제를 사용하였을 때, PCR 분석은 C. 글라브라타에 대해 129개의 양성 및 104개의 음성 결과를 보고하였다. 표 4(e)에 보고된 223개의 보고 가능한 결과 중에, 비교 완충제에서 음성으로 보고된, 7개의 샘플 (오른쪽 상단)이 예시 완충제에서 병원성-양성으로 확인되었고; 비교 완충제에서 양성으로 보고된, 7개의 샘플 (왼쪽 하단)이 예시 완충제에서 병원성-음성으로 확인되었다.
표 5는 표 4에 나타낸 바와 같이, 예시 완충제와 비교 완충제 사이의 분석 결과 (일반적으로 84% 초과)의 일치율을 요약한다. 특히, 칸디다 종, C. 글라브라타, C. 크루세이, T. 바지날리스, 및 BV (위에서 아래로)에 대해 양성 결과, 음성 결과, 및 전체 (왼쪽에서 오른쪽으로)의 일치율을 시험하였다.
이 실시예는 진단 분석 및 관련 방법의 보고 가능한 결과에 대한 분석 완충제의 평가 가능한 효과의 대표적인 기준선을 예시한다.
표 5. 예시 완충제 I 및 비교 완충제를 사용하여 얻은 분석 결과 간의 일치 (%)
Figure pct00010
실시예 5.
보고 불가 결과에 대한 완충제의 기준선 효과
표 6-7은 비교 완충제 (표 6(a)-6(d), 7(a)-7(f)) 및 예시 완충제 I (표 6(e)-6(h), 7(g)-7(l))를 사용하였을 때, 각각, 질 장애의 분석 시험에서 보고 불가 비율을 예시한다. 표 6에서 조사된 샘플은 간섭 겔을 함유하지 않는 반면, 표 7에서 조사된 샘플은 맥케슨 윤활 젤리 (표 7(a), 7(g)), E-Z 윤활 젤리 (표 7(b), 7(h)), Surgilube® 윤활제 (표 7(c), 7(i)), Canesten® (클로트리마졸 항진균 크림) (표 7(d), 7(j)), 및 Vagisil® (벤조카인/ 레조르시놀 가려움증 크림) (표 7(e), 7(k))을 포함하는 다양한 간섭 겔을 함유하였다. 표 6-7에서 조사된 각각의 면봉 샘플을 질염 및 질증에 대해 분석하였고, 표 6-7에 나열된 보고 불가 비율을 미해결된 결과 및 미정 결과의 비율로 더욱 세분화하였다.
간섭 겔이 없는 면봉 샘플의 분석 시험과 관련하여, 표 6(a) 및 6(e)는 각각, 비교 완충제 및 예시 완충제 I을 사용하여 수행된 샘플의 첫 번째 시험 ("면봉 1, 채취 1")을 비교하고; 표 6(b) 및 6(f)는 2가지 완충제로 수행된 샘플의 두 번째 시험 ("면봉 1, 채취 2")을 비교하고; 표 6(c) 및 6(g)는 두 번째 샘플의 첫 번째 시험 ("면봉 2, 채취 1")을 비교하고; 그리고 표 6(d) 및 6(h)는 각각, 표 6(a)-6(c) 및 6(e)-6(g)의 시험으로부터 얻은 전체 결과를 비교한다.
표 6. 간섭 물질이 없는 샘플의 보고할 수 없는 비율은 비교 완충제와 예시 완충제 사이에 비교 가능하게 유지된다
Figure pct00011
표 7. 샘플이 간섭 물질 (윤활제)을 함유할 때 예시 완충제는 보고 불가 비율을 감소시킨다
Figure pct00012
표 7. 샘플이 간섭 물질 (윤활제)을 함유할 때 예시 완충제는 보고 불가 비율을 감소시킨다 (계속)
Figure pct00013
표 6에 나타낸 바와 같이, 예시 완충제 I 및 비교 완충제는 분석이 겔로 간섭받지 않을 때 비교 가능한 보고 불가 비율을 산출하였다.
따라서, 예시 완충제 I의 사용은 간섭 겔 없이 샘플에 대해 보고 가능한 결과 수준을 유지하는 것으로 입증되었다.
표 7에 나타낸 바와 같이, 예시 완충제 I은 면봉 샘플이 간섭 물질을 함유하였을 때 보고 불가 비율을 유의하게 감소시켰다. 예를 들어, 맥케슨 윤활 젤리로 오염된 면봉 샘플의 경우, 예시 완충제 I의 사용은 샘플당 미해결, 미정, 및 총 보고 불가 비율을 34.8%, 34.8%, 및 69.6% (표 7(a))에서 8.7%, 0.0%, 및 8.7% (표 7(g))로 감소시켰다. 다른 예시로서, E-Z 윤활 젤리로 오염된 면봉 샘플의 경우, 예시 완충제 I의 사용은 샘플당 미해결, 미정, 및 총 보고 불가 비율을 23.1%, 53.8%, 및 76.9% (표 7(b))에서 0.0%, 0.0%, 및 0.0% (표 7(h))로 감소시켰다.
전반적으로, 샘플당 미해결, 미정, 총 보고 불가 비율은 47.1%, 21.8%, 및 68.9% (표 7(f))에서 12.6%, 0.0%, 및 12.6% (표 7(l))로 감소되었다.
이와 같이, 이 실시예는 예시 완충제의 사용이 다양한 간섭 물질의 존재에 대한 시험 견고성을 향상시키면서, 간섭 물질이 없는 수준에서 보고 가능한 비율을 여전히 유지함으로써 분석 성능을 상당히 개선할 수 있음을 설명한다.
실시예 6.
간섭에 대한 비교 완충제의 견고성
비교 완충제를 사용하여 119개의 임상 면봉 샘플에서 진단 분석을 수행하였다. 이들 119개의 샘플 중에서, 단지 37개 (약 31.1%)만이 보고 가능한 결과를 산출하였다. 이들 119개의 샘플 각각에 대해, 하나의 시험 ("채취 1")을 간섭 겔의 부재하에 실행되었고, 다른 시험 ("채취 2")을 간섭 겔의 존재하에 실행하였다.
표 8은 칸디다 종 (표 8(a)), C. 글라브라타 (표 8(b)), C. 크루세이 (표 8(c)), T. 바지날리스 (표 8(d)), 및 세균성 질증 (BV) (표 8(e))을 검출하기 위한 보고 가능한 분석 결과에 대한 간섭 겔의 존재의 효과를 설명한다.
예를 들어, 표 8(e)에 나타낸 바와 같이, 간섭 겔의 존재하에, 진단 분석은 BV에 대해 34개의 양성 및 37개의 음성 결과를 보고한 반면; 간섭 겔의 부재하에, 진단 분석은 BV에 대해 38개의 양성 및 33개의 음성 결과를 보고하였다. 표 8(d)에 보고된 결과 중에, 간섭 겔의 존재하에 양성으로 보고된, 2개의 샘플 (오른쪽 상단)은 간섭 겔의 부재하에 음성으로 확인되었고; 간섭 겔의 존재하에 음성으로 보고된, 6개의 샘플 (왼쪽 하단)은 간섭 겔의 부재하에 양성으로 확인되었다.
표 8. 비교 완충제를 사용하여 보고된 분석 결과
Figure pct00014
표 9는 표 8에 나타낸 바와 같이, 간섭 겔의 존재 및 부재하에 시험 사이의 분석 결과의 일치율 (일반적으로 84% 초과)을 요약한다. 특히, 양성 결과, 음성 결과, 및 전체 (왼쪽에서 오른쪽으로)의 일치율을 칸디다 종, C. 글라브라타, C. 크루세이, T. 바지날리스, 및 BV (위에서 아래로)에 대해 시험하였다.
표 9. 양성, 음성 및 전체 결과 간의 일치 (%)로 측정된, 샘플내에서 간섭 물질 에 대한 분석 견고성
Figure pct00015
이 실시예는 비교 완충제가 사용되었을 때, 제한된 분석 성능, 특히 낮은 보고 가능 비율을 설명한다.
실시예 7.
간섭에 대한 예시 완충제의 견고성
예시 완충제 I을 사용하여 119개의 임상 면봉 샘플 상에서 진단 분석을 수행하였다. 이 119개의 샘플 중에서, 104개 (약 87.4%)가 실시예 6의 약 31.1%와 반대로, 보고 가능한 결과를 산출하였다. 따라서, 실시예 6에서 비교 완충제의 사용과 비교하여, 예시 완충제 I의 사용은 진단 분석의 보고 가능 비율을 유의하게 증가시켰다. 이들 119개 샘플 각각에 대해, 하나의 시험 ("채취 1")을 간섭 겔의 부재하여 실행하였고, 다른 시험 ("채취 2")을 간섭 겔의 존재하여 실행하였다.
실시예 6의 표 8과 유사하게, 표 10은 예시 완충제 I을 이용하였을 때 칸디다 종 (표 10(a)), C. 글라브라타 (표 10(b)), C. 크루세이 (표 10(c)), T. 바지날리스 (표 10(d)), 및 세균성 질증 (BV) (표 10(e))를 검출하기 위한 보고 가능 분석 결과에 대한 간섭 겔의 존재의 효과를 설명한다.
예를 들어, 표 10(d)에 나타낸 바와 같이, 간섭 겔의 존재하에, 진단 분석은 BV에 대해 54개의 양성 및 50개의 음성 결과를 보고한 반면; 간섭 겔의 부재하에, 진단 분석은 BV에 대해 55개의 양성 및 49개의 음성 결과를 보고하였다. 표 10(d)에 보고된 결과 중에, 간섭 겔의 존재하에 양성으로 보고된, 1개의 샘플 (오른쪽 상단), 간섭 겔의 부재하에 음성으로 확인되었고; 간섭 겔의 존재하에 음성으로 보고된, 2개의 샘플 (왼쪽 하단)은 간섭 겔의 부재하에 양성으로 확인되었다.
표 10. 예시 완충제 I을 사용하여 보고된 분석 결과
Figure pct00016
표 11. 양성, 음성 및 전체 결과 간의 일치 (%)로 측정된, 샘플내에서 간섭 물질 에 대한 분석 견고성
Figure pct00017
표 11은 표 10에 나타낸 바와 같이, 간섭 겔의 존재 및 부재하에 시험 사이 분석 결과의 일치율 (일반적으로 87% 초과)을 설명한다. 특히, 양성 결과, 음성 결과, 및 전체 (왼쪽에서 오른쪽으로)의 일치율을 칸디다 종, C. 글라브라타, C. 크루세이, T. 바지날리스, 및 BV (위에서 아래로)에 대해 시험하였다.
표 11에 나타낸 일치율은 적어도 표 9에 나타낸 것과 비교 가능하다. 이와 같이, 예시 완충제 I (표 10-11)의 사용은 비교 완충제의 사용 (표 8-9)과 동일한 정확도 수준을 유지하는 것으로 입증되었다.
따라서, 이 실시예는 예시 완충제의 사용이 노이즈 조건하에서 진단 분석의 재현성에 영향을 미치지 않으면서 보고 가능한 비율을 증가시킨다는 것을 설명한다.
실시예 8.
예시 완충제는 미세유체 막힘을 방지/ 감소시킨다
도 2a-2b는 BD MAXTM PCR 카트리지의 사진을 보여주고, 이들 각각은 간섭 겔을 함유하지 않는 임상 질-면봉 샘플의 진단 시험에 이용되었다. 예시 완충제 I은 도 2a의 시험에 이용되었고, 비교 완충제는 도 2b의 시험에 이용되었다. 도 2a에서 빨간색 화살표로 표시된 바와 같이, 핵산 추출을 위한 카트리지에 배치된, 자성 입자는 진단 분석이 비교 완충제를 사용하여 수행되었을 때 응집체를 형성하였다. 입자 응집은 도 2a에 나타낸 바와 같이 미세유체 막힘을 유발하였다. 도 2a의 입자 응집 및 미세유체 막힘의 예시적인 영역은 "Ai," "Aii," 및 "Aiii"로 표시되고 하단에 확대된다. 이에 비해, 도 2b에서 이러한 입자 응집 또는 미세유체 막힘이 관찰되지 않았고, 도 2b의 예시적인 영역은 "Bi," "Bii," 및 "Biii"로 표시되고 하단에 확대된다.
도 3a-3b는 BD MAXTM PCR 카트리지의 사진을 보여주고, 이들 각각은 카보머 기반 간섭 겔, 맥케슨을 함유하지 않는 임상 질-면봉 샘플의 진단 시험에 이용되었다. 도 4a-4b는 10 μL로 존재하는 추가 간섭 겔 E-Z 브랜드 (Medline Industries, Inc.)를 시험하는데 이용되는 BD MAXTM PCR 카트리지의 추가 구현예의 사진을 보여준다 (도 4a-4b).
도 3a 및 4a에서 빨간색 화살표로 표시된 바와 같이, 핵산 추출을 위한 카트리지에 배치된 자성 입자는 진단 분석이 비교 완충제를 사용하여 수행될 때 응집체를 형성하였다. 그런 다음 도 3a 및 4a에 나타낸 바와 같이, 입자 응집은 미세유체 막힘을 유발하였다. 도 3a의 입자 응집 및 미세유체 막힘의 예시적인 영역은 "Ai," "Aii," 및 "Aiii"로 표시되고 하단에 확대된다. 도 4a의 입자 응집 및 미세유체 막힘의 예시적인 영역은 "Ai," "Aii," 및 "Aiii"로 표시되고 하단에 확대된다. 이에 비해, 도 3b에서 이러한 입자 응집 또는 미세유체 막힘은 예를 들어, "Bi," "Bii," 및 "Biii"로 표시된 영역에서 관찰되지 않고 하단에 확대된다. 도 4b에서 입자 응집 또는 미세유체 막힘은 예를 들어, "Bi" 및 "Bii"로 표시된 영역에서 관찰되지 않고 하단에 확대된다.
이와 같이, 이 실시예는 본 출원에 개시된 완충제 조성물의 사용이 진단 분석 동안 BD MAXTM PCR 카트리지에서 입자 응집 및 미세유체 막힘을 방지하거나 감소시킴을 설명한다.
실시예 9.
예시 완충제는 진단 정확도를 개선/ 유지한다
간섭 겔을 함유하는 샘플에서 대표적인 질 상태를 검출하고 진단하기 위한 분석을 예시 완충제 II 및 비교 완충제를 사용하여 BD MAXTM 시스템에서 수행하였다. 도 5의 질증 시험 결과는 간섭 E-Z 윤활 젤리 (Medline Industries, Inc.)를 함유하는 질-면봉 샘플로부터 얻었고; 도 6의 질염 시험 결과는 카보머가 없는 겔, 간섭 Surgilube® 윤활제를 함유하는 질-면봉 샘플로부터 얻었다.
각각, 일상적인 작업 흐름에 따라 비교 완충제를 사용하여 (도 5a, 5d, 6a, 및 6d), 최적화된 작업 흐름에 따라 비교 완충제를 사용하여 (도 5b, 5e, 6b, 및 6e), 최적화된 작업 흐름에 따라 예시 완충제를 사용하여 (도 5c, 5f, 6c, 및 6f) 얻은 PCR 데이터로 산점도를 생성하였다. 도 5-6의 y-축 ("Cy5.5 EP")은 종말점 형광을 나타내고, 이는 PCR 증폭 곡선의 끝에서 시아닌 염료 5.5 (Cy5.5)의 형광 광도를 측정한다. 도 5a-5c 및 6a-6c의, x-축 ("Cy5.5 Ct 점수")은 역치 PCR 주기 수를 나타내고, 여기서 증폭된 산물은 신호 드리프트에 대한 보정 후 확실하게 검출 가능해졌다. 도 5d-5f 및 6d-6f의 x-축 ("Cy5.5 SDPA")은 "2차 도함수 피크 가로좌표"를 나타내고, 이는 분석 재현성을 평가하기 위한 기준으로 사용되었다. 도 5 및 6 모두에 나타낸 바와 같이, 예시 완충제 II는 비교 완충제보다 Ct 점수 및 SDPA 모두의 관점에서 더 좁은 분포의 시험 결과를 달성하였다.
이와 같이, 이 실시예는 예시 완충제의 사용이 노이즈 조건하에서 적어도 진단 시험의 재현성을 개선함으로써, 특히 간섭 겔의 존재하 샘플에 대해 분석 성능을 유의하게 개선할 수 있음을 설명한다.
실시예 10.
예시 완충제 III는 샘플이 간섭 물질 (윤활제)을 함유할 때 보고 불가 비율을 감소시킨다
실시예 2 내지 9에 대해 상기 기술된 연구와 유사한 추가 연구를 제3 예시 완충제를 사용하여 수행하였다. 예시 완충제 III는 하기를 함유한다:
Figure pct00018
예시 완충제 I 및 II에서 보고된 바와 같이, 예시 완충제 III의 사용은 간섭 물질 (E-Z jelly, Medline Industries, Inc.)의 존재하에 기존 완충제와 비교하여 미정 및 미해결 시험의 수를 감소시켰다.
실시예 11.
비교 완충제에 대한 예시 완충제 I의 비교
BD MAX TM 질 패널 및 BD MAX TM CT/GC/TV
하기 실시예는 BD MAXTM 질 패널 분석 및 BD MAXTM CT/GC/TV 분석에서 보고 불가 비율 (NRR), 퍼센트 일치 및 검출에 대한 완충제 I의 영향을 조사한 연구 결과를 기술한다. 완충제 I을 실시예 1, 표 1에 기술된 비교 완충제와 비교하였다.
실험실 및 임상 절차: 샘플을 공여자 대상체로부터 수집하였다. 각 공여자에 대해, 4가지 수집 방법이 사용되었다:
1) 윤활제 없이 자가 채취한 질
2) 윤활제 없이 임상의 수집 질
3) 검경(speculum) + 윤활제가 포함된 임상의 수집 질 (3가지 상이한 브랜드)
4) 검경 + 윤활제가 포함된 임상의 수집 자궁경내 (3가지 상이한 브랜드)
윤활제는 임상의가 적절하다고 생각하는 양으로 검경에 사용되었고, 3가지 상이한 브랜드의 윤활제가 사용되었다　: Surgilube® 수술용 윤활제, 살균된 세균 발육 저지제 (HR® Pharmaceuticals, Inc., York PA), 맥케슨 윤활 젤리 (McKesson Medical-Surgical Inc., Richmond VA), Aplicare 윤활 젤리 (Aplicare, Inc., Meriden CT). 샘플을 제조사 사양에 따라 BD MAXTM 질 패널 분석 밀 BD MAXTM CT/GC/TV 분석에서 실행하였다. 연구 결과는 하기에 나타낸다.
표 12는 예시 완충제 I가 BD MAXTM 질 패널 (-7.9)에서 실행할 때 윤활제를 함유하는 질 샘플에서 NRR (미해결 (UNR) 및 미정 (IND) 결과)를 감소시키는데 매우 효율적이었지만, NRR (5.5)에서 작은 증가가 윤활제를 사용하지 않고 임상의에 의해 수집된 질 샘플에서 예시 I 완충제로 관찰되었음을 나타낸다. 윤활제를 사용하는 자가 채취 질 샘플 또는 임상의 수집 자궁경내 샘플에 대한 NRR에서 유의한 변화가 관찰되지 않았다.
표 12. BD MAX TM 질 패널에 대한 예시 완충제 I (아세테이트) 대 비교 완충제 (포스페이트)의 비교
Figure pct00019
BD MAXTM 질 패널과 마찬가지로, 예시 I 완충제는 BD MAXTM CT/GC/TV 분석 (-13.1)을 수행할 때 윤활제를 함유하는 질 샘플에서 NRR을 감소시키는데 효율적이었지만, BD MAXTM 질 패널과 달리, 윤활제를 사용하지 않고 임상의에 의해 수집된 질 샘플에서 UNR의 증가가 관찰되지 않았다 (표 13). 윤활제를 사용하는 자가 채취 질 샘플 또는 임상의 수집 자궁경내 샘플에 대한 NRR에서 유의한 변화가 없다.
표 13. BD MAX TM CT/GC/ TV에 대한 예시 완충제 I (아세테이트) 대 비교 완충제 (포스페이트)의 비교
Figure pct00020
BD MAXTM 질 패널 분석의 경우, 예시 I 완충제는 모든 표적에 대해 비교 완충제를 사용한 시험 결과와 양호한 일치를 보였다. C. 글라브라타에 대해 약간 더 낮은 양성 일치가 관찰되었지만, 이는 양성 결과의 수가 매우 적기 때문이었다 (표 14).
표 14. BD MAXTM 질 패널 표적에 대한 예시 완충제 I 및 비교 완충제 간의 테스트 결과 일치
Figure pct00021
BD MAXTM CT/GC/TV 분석의 경우, 예시 I 완충제는 비교 완충제를 사용한 시험 결과와 양호한 일치를 보였다 (표 15).
표 15. BD MAX TM CT/GC/TV 표적에 대한 예시 완충제 I 및 비교 완충제 간의 테스트 결과 일치
Figure pct00022
PCR 메트릭 (종점, SDPA, Ct. 점수)의 분석을 기반으로, 예시 완충제 I은 BD MAXTM 질 패널 분석에서 여러 표적의 증폭에 약간 부정적인 영향을 미치는 경향이 있는 반면, BD MAXTM CT/GC/TV 분석에서 TV의 증폭을 약간 개선하는 경향이 있다.
다양한 양태 및 구현예가 본원에서 개시되었지만, 다른 양태 및 구현예가 당업자에게 명백할 것이다. 본원에 개시된 다양한 양태 및 구현예는 예시의 목적이고 제한하는 것으로 의도되지 않고, 진정한 범위 및 사상은 하기 청구 범위에 의해 표시된다.
당업자는 본원에 개시된 이것 및 다른 프로세스 및 방법에 대해, 프로세스 및 방법에서 수행되는 기능은 상이한 순서로 구현될 수 있음을 이해할 것이다. 또한, 개략된 단계들 및 작업들은 예로서만 제공되고, 개시된 구현예의 본질에서 벗어나지 않고 단계 및 작업들의 일부는 선택적일 수 있고, 더 적은 단계 및 작업으로 결합되거나, 추가적인 단계들 및 동작으로 확장될 수 있다.
본원에서 실질적으로 임의의 복수 및/또는 단수 용어의 사용과 관련하여, 당업자는 문맥 및/또는 적용에 적절한 대로 복수에서 단수로 및/또는 단수에서 복수로 번역할 수 있다. 명료함을 위해 다양한 단수/복수 순열이 본원에 명시적으로 설명될 수 있다.
일반적으로, 본원, 특히 첨부된 청구범위 (예를 들어, 첨부된 청구범위의 본문)에서 사용되는 용어는 일반적으로 "개방된" 용어로서 해석되는 (예를 들어, 용어 "포함하는"은 "포함하지만 이에 제한되지 않는"으로 해석되어야 하고, 용어 "갖는"은 "적어도 갖는"으로 해석되어야 하고, 용어 "포함하다"는 "포함하지만 이에 제한되지 않는다"로 해석되어야 하는 등) 것으로 당업자에 의해 이해될 것이다. 특정 수의 도입된 청구범위 인용이 의도된 경우, 그러한 의도가 청구범위에 명시적으로 인용될 것이고, 그러한 인용이 없는 경우 그러한 의도가 존재하지 않는다는 것이 당업자에 의해 추가로 이해될 것이다. 예를 들어, 이해를 돕기 위해, 하기 첨부된 청구범위는 청구범위 인용을 도입하기 위해 도입 구절 "적어도 하나" 및 "하나 이상"의 사용을 함유할 수 있다. 그러나, 이러한 구절의 사용은 동일한 청구범위가 도입 구절 "하나 이상" 또는 "적어도 하나" 및 부정 관사("a" 또는 "an"과 같음)를 포함할 때 부정관사 ("a" 또는 "an")에 의한 청구범위 인용의 도입이 이러한 인용 하나만 함유하는 구현예에 대해 이러한 도입된 청구범위 인용을 함유하는 임의의 특정 청구범위를 제한하는 것을 의미하는 것으로 해석되어서는 안 된다 (예를 들어, "a" 및/또는 "an"은 "적어도 하나" 또는 "하나 이상"를 의미하는 것으로 해석되어야 함); 청구범위 인용을 도입하기 위해 사용되는 정관사의 용법에서도 동일하다. 또한, 특정 수의 도입된 청구범위 인용이 명시적으로 인용된 경우에도, 당업자는 이러한 인용이 적어도 인용된 수를 의미하는 것으로 해석되어야 함을 인식할 것이다 (예를 들어, 다른 수식어 없이 "2개의 인용"의 단순한 인용, 적어도 2개의 인용, 또는 2개 이상의 인용을 의미함). 더욱이, "A, B, 및 C 등 중 적어도 하나"와 유사한 관례가 사용되는 경우, 일반적으로 그러한 구성은 당업자가 관례를 이해할 수 있는 의미에서 의도된다 (예를 들어, "A, B, 및 C 중 적어도 하나를 갖는 시스템"은 A 단독, B 단독, C 단독, A와 B가 함께, A와 C가 함께, B와 C가 함께, 및/또는 A, B, 및 C가 함께 등을 갖는 시스템을 포함하지만 이에 제한되지 않을 것임). "A, B, 또는 C 등 중 적어도 하나"와 유사한 관례가 사용되는 경우, 일반적으로 그러한 구성은 당업자가 관례를 이해할 수 있는 의미에서 의도된다 (예를 들어, "A, B, 또는 C 적어도 하나를 갖는 시스템"은 A 단독, B 단독, C 단독, A와 B가 함께, A와 C가 함께, B와 C가 함께, 및/또는 A, B, 및 C가 함께 등을 갖는 시스템을 포함하지만 이제 제한되지 않음). 명세서, 청구범위 또는 도면에 있든 간에, 둘 이상의 대체 용어를 나타내는 사실상 임의의 개별 분리 단어 및/또는 구절은 용어 중 하나, 용어 중 어느 하나, 또는 용어 둘 다를 포함하는 가능성을 고려하는 것으로 이해되어야 한다는 것이 당업자에 의해 추가로 이해될 것이다. 예를 들어, 구절 "A 또는 B"는 "A" 또는 "B" 또는 "A 및 B"의 가능성을 포함하는 것으로 이해될 것이다.
또한, 본 개시내용의 특징 또는 양태가 마쿠쉬 그룹의 관점에서 기술되는 경우, 당업자는 본 개시내용이 또한 마쿠쉬 그룹의 임의의 개별 구성원 또는 구성원의 하위 그룹의 관점에서도 기술된다는 것을 인식할 것이다.
당업자가 이해할 바와 같이, 서면 설명을 제공하는 것과 같은 임의의 모든 목적을 위해, 본원에 개시된 모든 범위는 또한 임의의 및 모든 가능한 하위 범위 및 이들의 하위 범위의 조합을 포함한다. 임의의 나열된 범위는 적어도 동일한 1/2, 1/3, 1/4, 1/5, 1/10 등으로 나뉠 수 있는 동일한 범위를 충분히 설명하고 가능하게 하는 것으로 쉽게 인식될 수 있다. 비제한적인 예시로서, 본원에서 논의된 각각의 범위는 하단 1/3, 중간 1/3 및 상단 1/3 등으로 쉽게 나뉠 수 있다. 또한 당업자가 이해할 바와 같이 "최대," "적어도" 등과 같은 모든 언어는 인용된 수를 포함하고 상기 논의된 하위범위로 후속적으로 나뉠 수 있는 범위를 지칭한다.
값의 범위가 본원에 제공될 때마다, 범위는 달리 구체적으로 언급되지 않는 한, 시작 값, 종료 값, 각각의 개별 값, 또는 사이 값의 범위를 포함하는 것을 의미한다. 예를 들어, "0.2 내지 0.5"는 0.2, 0.3, 0.4, 0.5; 0.2-0.3, 0.3-0.4, 0.2-0.4와 같은 사이의 범위; 0.25, 0.35, 0.225, 0.335, 0.49와 같은 사이의 증분; 0.26-0.39와 같은 사이의 증분 범위 등을 의미한다. 다른 예시로서, 1-3개 세포를 갖는 군은 1, 2, 또는 3개의 세포를 갖는 군을 지칭한다. 유사하게, 1-5개 세포를 갖는 군은 1, 2, 3, 4, 또는 5개의 세포 등을 갖는 군을 지칭한다.
상기로부터, 본 개시내용의 다양한 구현예는 예시의 목적으로 본원에 기술되고, 다양한 변형이 본 개시내용의 사상 및 범위를 벗어나지 않고 이루어질 수 있다는 것이 이해될 것이다. 따라서, 본원에 개시된 다양한 구현예는 제한하는 것으로 의도되지 않고, 진정한 범위 및 사상은 하기 청구 범위에 의해 표시된다.

Claims (72)

  1. 하기를 포함하는, 완충제 조성물:
    산 및 염기의 접합체 쌍;
    킬레이트제 또는 환원제;
    비이온성 계면활성제;
    나트륨염, 칼륨염, 칼슘염, 마그네슘염, 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 1가 또는 2가 염; 및
    선택적으로, 하나 이상의 이소티아졸론을 포함하는 살생물 방부제.
  2. 제1항에 있어서, 상기 접합체 쌍은 아세트산 및 이의 염을 포함하는 완충제 조성물.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 접합체 쌍은 약 50 mM 내지 약 150 mM 아세트산 포함하는 완충제 조성물.
  4. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 접합체 쌍은 약 90 mM 내지 약 110 mM 아세트산을 포함하는 완충제 조성물.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 접합체 쌍은 약 350 mM 내지 450 mM 아세트산나트륨을 포함하는 완충제 조성물.
  6. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 접합체 쌍은 약 400 mM 내지 약 600 mM 범위의 농도로 존재하는 완충제 조성물.
  7. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 접합체 쌍은 아세트산 및 아세트산나트륨 또는 트리스-HCl을 포함하는 완충제 조성물.
  8. 제7항에 있어서, 상기 아세트산은 200 Mm 이하의 농도로 존재하고 아세트산나트륨은 300 mM 이상의 농도로 존재하는 완충제 조성물.
  9. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 완충제 조성물은 약 4.0 내지 약 6.0, 또는 약 1.0 내지 약 3.0의 pH인 완충제 조성물.
  10. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 완충제 조성물은 약 5.0의 pH인 완충제 조성물.
  11. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 완충제 조성물은 약 2.4의 pH인 완충제 조성물.
  12. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 킬레이트제는 EDTA를 포함하거나, 상기 환원제는 TCEP를 포함하는 완충제 조성물.
  13. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 킬레이트제 또는 환원제는 약 1 mM 내지 약 20 mM 범위의 농도로 존재하는 완충제 조성물.
  14. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 킬레이트제는 약 10 mM 농도의 EDTA인 완충제 조성물.
  15. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환원제는 약 15 mM 농도의 TCEP인 완충제 조성물.
  16. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 비이온성 계면활성제는 에톡실화 비이온성 계면활성제, 프로폭실화 비이온성 계면활성제, 공동-에톡실화-프로폭실화 비이온성 계면활성제, 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 완충제 조성물.
  17. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 비이온성 계면활성제는 Tergitol 또는 Triton 계면활성제인 완충제 조성물.
  18. 제17항에 있어서, 상기 비이온성 계면활성제는 Tergitol 15-S-9 또는 Triton X-100인 완충제 조성물.
  19. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 비이온성 계면활성제는 단일 지방산의 에톡실화 소르비탄 에스테르, 에톡실화 옥틸페놀, 에톡실화 2차 C1 내지 C20 알코올, 공동-에톡실화-프로폭실화 종자유 알코올, 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 완충제 조성물.
  20. 제19항에 있어서, 상기 비이온성 계면활성제는 계면활성제당 평균 1 내지 50개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유하는 단일 지방산의 에톡실화 소르비탄 에스테르, 계면활성제당 평균 1 내지 20개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유하는 에톡실화 옥틸페놀, 계면활성제당 평균 1 내지 20개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유하는 에톡실화 2차 C1 내지 C20 알코올, 계면활성제당 평균 1 내지 20개 프로필렌 옥사이드 단위 및 1 내지 30개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유하는 공동-에톡실화-프로폭실화 종자유 알코올, 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 완충제 조성물.
  21. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 비이온성 계면활성제는 하나 이상의 단일 지방산의 에톡실화 소르비탄 에스테르를 포함하는 완충제 조성물.
  22. 제21항에 있어서, 상기 각각의 하나 이상의 단일 지방산의 에톡실화 소르비탄 에스테르는 평균 1 내지 50개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유하는 완충제 조성물.
  23. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 비이온성 계면활성제는 하나 이상의 에톡실화 2차 C1 내지 C20 알코올을 포함하는 완충제 조성물.
  24. 제23항에 있어서, 상기 각각의 하나 이상의 에톡실화 2차 C1 내지 C20 알코올은 평균 1 내지 20개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유하는 완충제 조성물.
  25. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 비이온성 계면활성제는 하나 이상의 에톡실화 옥틸페놀을 포함하는 완충제 조성물.
  26. 제25항에 있어서, 상기 각각의 하나 이상의 에톡실화 옥틸페놀은 평균 1 내지 20개 에틸렌 옥사이드 단위를 함유하는 완충제 조성물.
  27. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 비이온성 계면활성제는 하나 이상의 공동-에톡실화-프로폭실화 종자유 알코올을 포함하는 완충제 조성물.
  28. 제27항에 있어서, 상기 각각의 하나 이상의 공동-에톡실화-프로폭실화 종자유 알코올은 평균 1 내지 20개 프로필렌 옥사이드 단위 및 1 내지 30개 에틸렌 옥사이드 단위를 포함하는 완충제 조성물.
  29. 제1항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 비이온성 계면활성제는 완충제 조성물의 약 0.5 중량% 내지 1.5 중량% 범위의 농도로 존재하는 완충제 조성물.
  30. 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 비이온성 계면활성제는 완충제 조성물의 약 1.0 중량% 범위의 농도로 존재하는 완충제 조성물.
  31. 제1항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 2가 염은 CaCl2인 완충제 조성물.
  32. 제1항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 1가 또는 2가 염은 약 100 mM 내지 약 300 mM 범위의 농도로 존재하는 완충제 조성물.
  33. 제1항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 1가 또는 2가 염은 약 200 mM의 농도로 존재하는 완충제 조성물.
  34. 제1항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 살생물 방부제는 완충제 조성물의 약 0.03 중량%의 농도로 존재하는 완충제 조성물.
  35. 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 살생물 방부제는 하나 이상의 이소티아졸론 약 1 중량% 내지 약 5 중량%를 포함하는 완충제 조성물.
  36. 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 살생물 방부제는 하나 이상의 이소티아졸론 약 2 중량% 내지 약 4 중량%를 포함하는 완충제 조성물.
  37. 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 살생물 방부제는 하나 이상의 이소티아졸론 약 1 중량% 내지 약 3 중량%를 포함하는 완충제 조성물.
  38. 제1항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 하나 이상의 이소티아졸론은 클로로메틸이소티아졸리논 및 메틸이소티아졸리논을 포함하는 완충제 조성물.
  39. 제38항에 있어서, 상기 클로로메틸이소티아졸리논 및 메틸이소티아졸리논은 약 1:1 내지 약 5:1의 중량비인 완충제 조성물.
  40. 제38항 또는 제39항에 있어서, 상기 하나 이상의 이소티아졸론은 5-클로로-2-메틸-4-이소티다졸린-3-온 및 2-메틸-4-이소티아졸린-3-온을 약 3:1의 중량비로 포함하는 완충제 조성물.
  41. 제1항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 살생물 방부제는 염이 없는 독점적인 글리콜(salt-free proprietary glycol) 및 알킬 카르복실레이트 안정화제 중 하나 이상을 포함하는 완충제 조성물.
  42. 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 완충제는 예시 완충제(Example Buffer) I, II 또는 III로 이루어진 군으로부터 선택되는 완충제 조성물.
  43. 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항의 완충제 조성물을 포함하는, 키트.
  44. 제43항에 있어서, 상기 키트는 완충제 조성물을 보유하는 멸균 용기를 포함하는 키트.
  45. 제43항 또는 제44항에 있어서, 질 감염 또는 염증과 관련된 병태를 진단하기 위한 설명서를 포함하는 키트.
  46. 제45항에 있어서, 상기 병태는 질염(vaginitis), 또는 질증(vaginosis), 또는 이의 조합인 키트.
  47. 제45항에 있어서, 상기 병태는 외음질 칸디다증 (VVC), 트리코모나스증, 또는 세균성 질증 (BV), 또는 이의 조합인 키트.
  48. 표면 기능화된 입자의 응집을 방지하거나 감소시키는 방법으로서, 샘플을 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항의 완충제 조성물과 접촉시키는 것을 포함하고, 상기 샘플은 복수의 표면 기능화된 입자를 포함하고; 완충제 조성물의 존재하에 복수의 표면 기능화된 입자의 응집 수준은 완충제 조성물의 부재하에 응집 수준과 비교하여 감소되는 것인 방법.
  49. 제48항에 있어서, 상기 완충제 조성물의 존재하에 복수의 표면 기능화된 입자의 응집 수준은 완충제 조성물의 부재하에 응집 수준과 비교하여 적어도 1% 감소되는 방법.
  50. 제48항 또는 제49항에 있어서, 상기 완충제 조성물의 존재하에 복수의 표면 기능화된 입자의 응집 수준은 완충제 조성물의 부재하에 응집 수준과 비교하여 적어도 5% 감소되는 방법.
  51. 제48항 내지 제50항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 완충제 조성물의 존재하에 복수의 표면 기능화된 입자의 응집 수준은 완충제 조성물의 부재하에 응집 수준과 비교하여 적어도 10% 감소되는 방법.
  52. 제48항 내지 제51항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플은 임상 샘플인 방법.
  53. 제48항 내지 제52항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플은 질 샘플인 방법.
  54. 제48항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플은 임상 질-면봉인 방법.
  55. 제48항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플은 질에서 수집되는 방법.
  56. 제48항 내지 제55항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플은 질염, 또는 질증, 또는 둘 다의 임상 증상을 나타내는 대상체로부터 수집되는 방법.
  57. 제48항 내지 제56항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플은 복수의 핵산을 포함하는 방법.
  58. 제57항에 있어서, 상기 복수의 핵산은 하나 이상의 외음질 칸디다증 (VVC)-관련 칸디다 종, 트리코모나스증-유발 트리토모나스 바지날리스, 하나 이상의 세균성 질증 (BV)-관련 박테리아, 또는 이의 조합으로부터 유래되는 방법.
  59. 제58항에 있어서, 상기 하나 이상의 VVC-관련 칸디다 종은 칸디다 글라브라타, 칸디다 알비칸스, 칸디다 트로피칼리스, C. 더블리니엔시스, C. 파라프실로시스, 칸디다 크루세이, 또는 이의 조합을 포함하는 방법.
  60. 제58항 또는 제59항에 있어서, 상기 하나 이상의 BV-관련 박테리아는 락토바실러스 크리스파투스, 락토바실러스 젠세니, 가드넬라 바지날리스, 아토포비움 바지나에, 메가스파레아 유형 1, 메가스파레아 BVAB2, 또는 이의 조합을 포함하는 방법.
  61. 제57항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 복수의 핵산을 증폭 및/또는 검출하는 것을 추가로 포함하고, 상기 복수의 핵산의 증폭 및/또는 검출의 효율은 완충제 조성물의 부재하의 효율과 비교하여 완충제 조성물의 존재하에 향상되는 방법.
  62. 제61항에 있어서, 상기 복수의 핵산의 증폭 및/또는 검출의 효율은 완충제 조성물의 부재하의 효율과 비교하여 완충제 조성물의 존재하에 적어도 1% 향상되는 방법.
  63. 제61항 또는 제62항에 있어서, 복수의 핵산의 증폭 및/또는 검출의 효율은 완충제 조성물의 부재하의 효율과 비교하여 완충제 조성물의 존재하에 적어도 5% 향상되는 방법.
  64. 제48항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 표면 기능화된 입자는 1 mm 미만의 평균 직경을 포함하는 방법.
  65. 제48항 내지 제64항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 표면 기능화된 입자는 핵산 추출, 정제, 증폭, 검출, 또는 이의 조합을 위해 구성되는 방법.
  66. 제48항 내지 제65항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 응집은 샘플내에서 간섭 물질에 의해 유도되는 방법.
  67. 제66항에 있어서, 상기 간섭 물질은 윤활제, 겔, 크림, 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 방법.
  68. 제67항에 있어서, 상기 간섭 물질은 하나 이상의 카보머를 포함하는 겔을 포함하는 방법.
  69. 제67항에 있어서, 상기 간섭 물질은 임의의 카보머를 포함하지 않는 겔을 포함하는 방법.
  70. 제48항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 응집은 미세유체 채널에서 발생하는 방법.
  71. 제1항 내지 제70항 중 어느 한 항의 조성물, 키트 또는 방법으로서, 상기 완충제 조성물은 살생물 방부제를 함유하지 않는 조성물, 키트 또는 방법.
  72. 제1항 내지 제71항 중 어느 한 항의 조성물, 키트 또는 방법으로서, 상기 완충제 조성물은 살생물 방부제를 함유하는 조성물, 키트 또는 방법.
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