KR20220019794A - 표적화된 유전자 편집 작제물 및 이의 사용 방법 - Google Patents

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마르크 구엘 카골
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마리아 팔라로스 마스미차
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우니베르시타트 폼페우 파브라
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Abstract

본 발명은 게놈 내로 외인성 핵산의 부위-특이적 삽입을 개선하는데 사용하기 위한 핵산 작제물을 제공한다. 일부 양태에서 핵산 작제물은 특정 게놈 DNA 서열에 결합하도록 조작된 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 제1 폴리뉴클레오타이드 서열, 외인성 핵산을 게놈 내로 삽입할 수 있는 변형된 인테그라제 또는 변형된 트랜스포사제를 포함하는 제2 폴리뉴클레오타이드, 및 두 뉴클레오타이드 사이 링커를 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 핵산 작제물은 융합 단백질, 예를 들어, 렌티바이러스 입자에 의해 세포로 전달하기 위한 융합 단백질을 인코딩한다.

Description

표적화된 유전자 편집 작제물 및 이의 사용 방법
전자적으로 제출된 서열 목록 참조
[1] 본 명세서와 함께 제출된 ASCII 텍스트 파일 (이름: 4349.001PC01_Seqlisting_ST25; 크기: 389,120 bytes; 및 생성 일자 : 2020년 6월 11일)로 전자적으로 제출된 서열 목록의 내용은 그 전체가 본 명세서에 참조 문헌으로 포함된다.
[2] 암, 발달 장애 및 일부 감염과 같은 많은 질병에는 유전적 및 후성 유전적 이상이 공통적으로 존재한다. 유전자 치료는 유전적 기능 장애 세포를 교정하여 관련 질병을 치료하기 위해 유전자를 직접 표적화하고 편집하기 위해 세포에 유전 물질을 도입하도록 설계된다. 아연 집게 뉴클레아제 (Zinc finger nuclease, ZFN), Talen 및 Crispr-cas9 유전자 편집 기술은 DNA 편집을 위해 최근에 개발된 도구 중 일부를 나타낸다. 유전 물질을 게놈에 전달하기 위해 전기천공법, 양이온성 지질, 미세주입 또는 바이러스와 같은 방법이 사용되고 있다. 유전자 전달을 위한 현재 전략은 일반적으로 아데노바이러스(adenovirus), 레트로바이러스(retroviruse) 또는 네이키드 DNA 플라스미드(naked DNA plasmid)를 기반으로 한다.
[3] HIV를 포함하는 렌티바이러스는 핵산 전달을 위한 벡터로서 사용될 때 강력한 도구이다. 렌티바이러스는 분열 세포와 비분열 세포를 안정적으로 감염시킬 수 있다. 렌티바이러스 벡터는 숙주 게놈에 무작위로 통합되는 경향이 있으며, 삽입 돌연변이의 위험을 높이는 고도로 전사된 유전자 부위에 종종 통합될 수 있다.
[4] HIV-1 인테그라제는 숙주 게놈에서 바이러스 DNA의 삽입을 촉매한다. 일반적으로, HIV-1 인테그라제는 N-말단 도메인 (NTD), 촉매 코어 도메인 (CCD) 및 C-말단 도메인 (CTD)으로 구성된다. NTD는 중요한 보조 인자로서 Zn2+ 양이온에 결합하고 배위하는데 사용되는 반면, CTD는 DNA 결합에 사용된다. CCD는 촉매 코어를 형성하여, 통합 과정이 촉매된다. 바이러스 벡터가 사용하는 삽입 메커니즘의 문제에는 낮은 효율성과 특이성 부족을 포함하는데, 이것은 의도하지 않은 삽입 돌연변이 유발 및 유전독성을 초래할 수 있다.
[5] 본 발명의 일부 양태는 대상체의 게놈, 예를 들어, 인간 게놈 내의 단일 부위 또는 영역을 편집하는 것을 포함하는, 핵산의 표적화된 편집에 유용한 작제물, 플라스미드, 벡터, 입자, 융합 단백질, 조성물, 방법, 및 키트를 제공한다.
[6] 본 발명의 실시예는 프로그래밍 가능한(programmable) 트랜스포사제 및 인테그라제와 Cas9/아연 집게 단백질의 융합 단백질의 작제물의 성공적인 생성을 타당하게 입증하는 실험 데이터를 제공한다. 게다가, 이러한 작제물은 외인성 핵산 서열을 형질감염된 세포의 게놈 내로 부위-특이적 통합을 야기할 수 있었다. 본 발명자들은 게놈에서 외인성 핵산의 부위-특이적 통합 능력을 가지며 특히 큰 유전자를 포함하는 유전자 치료에 적합한 이러한 유형의 융합 단백질이 생성된 것이 이번이 처음이라고 생각하지만, 이러한 이론에 제한되고자 함은 아니다. 본 발명자들은 또한 특정 표적화된 전위를 수행하는 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제를 확인하였다.
[7] 따라서, 본 발명의 양태는 핵산 작제물에 관한 것이며, 여기서 핵산 작제물은
a) 게놈의 특정 게놈 DNA 서열에 결합하도록 조작된 제1 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 핵산을 포함하는 제1 폴리뉴클레오타이드 서열로서; 여기서 제1 DNA 결합 단백질은 아연 집게 단백질 또는 Cas9 단백질인 것인 서열;
b) 외인성 핵산을 게놈 내로 삽입할 수 있는 제2 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 핵산을 포함하는 제2 폴리뉴클레오타이드 서열로서, 여기서 제2 DNA 결합 단백질은
i. 과활성 PiggyBac 트랜스포사제, 또는 과활성 PiggyBac에 비해 외인성 핵산을 게놈에 삽입하는 특이성이 개선된 변형된 과활성 PiggyBac, 또는
ii. 인간 면역결핍 바이러스 (HIV) 인테그라제, 또는 HIV 인테그라제에 비해 외인성 핵산을 게놈에 삽입하는 특이성이 개선된 변형된 HIV 인테그라제인 것인 서열;
c) 링커를 인코딩하는 핵산을 포함하는 선택적인 폴리뉴클레오타이드 서열;
을 포함하며, 여기서 핵산 작제물은 제1 DNA 결합 단백질, 제2 DNA 결합 단백질, 및 제1 DNA 결합 단백질과 제2 DNA 결합 단백질 사이의 선택적인 링커를 포함하는 융합 단백질을 인코딩하고;
여기서 융합 단백질은 외인성 핵산을 게놈의 특정 부위에 삽입할 수 있다.
[8] 또한 본 명세서에 기재된 핵산 작제물, 벡터 또는 융합 단백질, 및 게놈에 삽입하기 위한 외인성 핵산을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함하는 조성물이 제공되며, 이러한 조성물은 패키징 벡터에 함유 또는 결합된다.
[9] 본 발명은 또한 외인성 핵산 서열의 단일 카피 또는 다중 카피를 세포 내로 제어된, 부위-특이적 통합 방법을 제공하며, 상기 방법은 (a) 본 명세서에 기재된 핵산 작제물, 벡터 또는 융합 단백질을 세포에 전달하는 단계, 및 (b) 외인성 핵산을 세포에 전달하는 단계를 포함하고; 여기서 세포의 게놈에서 특정 게놈 DNA 서열에 대한 융합 단백질의 결합은 게놈의 절단 및 게놈 내로 외인성 핵산의 하나 이상의 카피를 세포의 통합을 초래한다.
[10] 또 다른 양태는 아미노산 서열 서열 번호 9를 포함하는 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제의 제공에 관한 것이며, 여기서: 위치 245의 아미노산은 A이고, 위치 275의 아미노산은 R 또는 A이고, 위치 277의 아미노산은 R 또는 A이고, 위치 325의 아미노산은 A 또는 G이고, 위치 347의 아미노산은 N 또는 A이고, 위치 351의 아미노산은 E, P 또는 A이고, 위치 372의 아미노산은 R이고, 위치 375의 아미노산은 A이고, 위치 450의 아미노산은 D 또는 N이고, 위치 465의 아미노산은 W 또는 A이고, 위치 560의 아미노산은 T 또는 A이고, 위치 564의 아미노산은 P 또는 S이고, 위치 573의 아미노산은 S 또는 A이고, 위치 592의 아미노산은 G 또는 S이고, 위치 594의 아미노산은 L 또는 F이다.
[11] 일부 구현예에서, (i) Cas9 또는 아연 집게 단백질에 연결된 (ii) 인테그라제, 변형된 인테그라제, 트랜스포사제 또는 변형된 트랜스포사제의 융합 단백질; 및 이를 인코딩하는 핵산 작제물이 제공된다.
[12] 본 발명의 특정 양태는 핵산 작제물에 관한 것이며, 여기서 핵산 작제물은 (a) 게놈의 특정 게놈 DNA 서열에 결합하도록 조작된 제1 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 제1 폴리뉴클레오타이드 서열; (b) 외인성 핵산을 게놈 내로 삽입할 수 있는 제2 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 제2 폴리뉴클레오타이드 서열로서, 여기서 제2 DNA 결합 단백질은 (i) 인테그라제 또는 야생형 인테그라제에 비해 변형된 변형된 인테그라제 또는 (ii) 트랜스포사제 또는 야생형 트랜스포사제에 비해 변형된 변형된 트랜스포사제; 및 (c) 링커를 인코딩하는 핵산을 포함하는 제3 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함하며; 여기서 핵산 작제물은 제1 DNA 결합 단백질, 제2 DNA 결합 단백질, 및 제1 DNA 결합 단백질과 제2 DNA 결합 단백질 사이의 링커를 포함하는 융합 단백질을 인코딩한다.
[13] 일부 구현예에서, 핵산 작제물은 다음을 포함한다: (a) Cas 9 단백질을 인코딩하는 제1 폴리뉴클레오타이드 서열; 및 (b) 트랜스포사제 또는 본 발명의 변형된 과활성 PiggyBac 또는 이의 기능적 단편을 인코딩하는 제2 폴리뉴클레오타이드 서열.
[14] 일부 구현예에서, 핵산 작제물은 다음을 포함한다: (a) 아연 집게 단백질을 인코딩하는 제1 폴리뉴클레오타이드 서열; 및 (b) 인테그라제 또는 본 발명의 변형된 인테그라제 또는 이의 기능적 단편을 인코딩하는 제2 폴리뉴클레오타이드 서열.
[15] 일부 구현예에서, 본 발명은 본 발명의 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드, 벡터, 또는 숙주 세포에 관한 것이다.
[16] 본 발명의 일부 양태는 융합 단백질에 관한 것이며, 여기서 융합 단백질은 게놈의 특정 게놈 DNA 서열에 결합하도록 조작된 제1 DNA 결합 단백질; 외인성 핵산을 게놈 내로 삽입할 수 있는 제2 DNA 결합 단백질을 포함하며, 여기서 제2 DNA 결합 단백질은 인테그라제, 트랜스포사제 또는 변형된 인테그라제 또는 트랜스포사제; 및 제1 단백질과 제2 단백질을 연결하는 링커이다.
[17] 일부 구현예에서, 융합 단백질은 다음을 포함한다: (a) Cas 9 단백질; 및 (b) 과활성 PiggyBac 또는 본 발명의 변형된 과활성 PiggyBac 또는 이의 기능적 단편.
[18] 일부 구현예에서, 융합 단백질은 다음을 포함한다: (a) 아연 집게 단백질; 및 (b) 인테그라제 또는 본 발명의 변형된 인테그라제 또는 이의 기능적 단편.
[19] 본 발명의 일부 양태는 본 발명의 융합 단백질을 포함하는 렌티바이러스 입자에 관한 것이다.
[20] 본 발명의 일부 양태는 외인성 핵산 서열을 유기체의 게놈 DNA 내로 삽입하는 방법에 관한 것이며, 상기 방법은 본 발명의 핵산 작제물 또는 융합 단백질을 포함하는 렌티바이러스 입자를 유기체에 투여하여, 이로 인해 제1 및 제2 DNA 결합 단백질이 특정 게놈 DNA 서열에 결합하고 외인성 핵산을 게놈 DNA 내로 삽입하는 것을 포함하며; 여기서 외인성 핵산은 특정 게놈 DNA 서열에서 통합된다.
[21] 본 발명의 일부 양태는 세포 내로의 외인성 핵산 서열의 단일 카피 또는 다중 카피의 제어된, 부위-특이적 통합 방법에 관한 것이며, 상기 방법은 (a) 본 발명의 융합 단백질을 세포에 전달하는 단계, 및 (b) 외인성 핵산을 세포에 전달하는 단계를 포함하며; 세포의 게놈에서 특정 게놈 DNA 서열에 대한 융합 단백질의 결합은 게놈의 절단 및 게놈 내로 외인성 핵산의 하나 이상의 카피를 세포의 통합을 초래하고; 융합 단백질은 렌티바이러스 입자에 의해 세포로 전달된다.
[22] 본 명세서 및 특허 청구범위 전반에 걸쳐 단어 "포함하다" 및 이의 변형은 다른 기술적 특징, 첨가물, 구성 요소, 또는 단계를 배제하려는 의도가 아니다. 본 발명의 추가적인 목적, 이점 및 특징은 설명을 검토함으로써 당업자에게 명백해질 것이며, 본 발명의 실시에 의해 학습될 수 있다. 게다가, 본 발명은 본 명세서에 기재된 특정 및 바람직한 구현예의 가능한 모든 조합을 포함한다. 하기 실시예 및 도면은 본 발명을 제한하려는 의도 없이 예시의 목적으로 여기에 제공된다.
[23] 도 1A 및 1B는 (도 1A) Cas9-PiggyBac 융합 단백질 (인간 Cas9 (hCas9), 닉카제 Cas9 (nCas9), 또는 멸실 Cas9 (dCas9) 및 과활성 PiggyBac (PB) 트랜스포사제) 및 (도 1B) Cas9-SB100 융합 단백질 (인간 Cas9 (hCas9), 닉카제 Cas9 (nCas9), 또는 멸실 Cas9 (dCas9) 및 과활성 슬리핑 뷰티 (SB100) 트랜스포사제)으로 형질감염 후 외인성 핵산 서열이 게놈에 통합된 세포의 백분율을 도시한다. Cas9의 3' 말단이 GGS 링커 (서열 번호 48, 49)에 의해 각각의 트랜스포사제의 5' 말단에 연결된 벡터를 생성하였다 (hCas9PB, nCas9PB, dCas9PB, hCas9SB, nCas9SB, 및 dCas9SB). 각각의 트랜스포사제의 3' 말단이 GGS 링커 (서열 번호 48, 49)에 의해 Cas9의 5' 말단에 연결된 다른 벡터를 생성하였다 (PBhCas9, PBnCas9, PBdCas9, SBhCas9, SbnCas9, 및 SBdCas9). "PiggyBac" (도 1A) 및 "SB100" (도 1B)는 양성 대조군으로서 사용하였고, RFP (도 1A에서 "에피솜(Episomal) RFP"으로 표시) 및 GFP (도 1B에서 "에피솜 GFP"으로 표시)를 인코딩하는 트랜스포존 단독을 음성 대조군으로서 사용하였다. 도 1C는 상이한 구성으로 PB 및 Cas9으로 전위 활성을 나타내는 도 1A 의 상이한 표현이다.
[24] 도 2A는 Cas9/PB 융합 단백질을 인코딩하는 플라스미드 작제물을 도시한다.
[25] 도 2B는 인간 Cas9-PiggyBac ("표적화된 HCas9") 또는 닉카제 Cas9-PiggyBac ("표적화된 NCas9")으로 형성된 융합 작제물에 의한 게놈 내로 통합된 외인성 핵산 서열을 가지는 세포의 백분율을 도시한다. Cas9의 3' 말단을 링커에 의해 트랜스포사제의 5' 말단에 연결하였다. "비표적화된"은 전체 삽입에 대한 대조군이고 (PiggyBac 단독) "에피솜"은 비통합의 음성 대조군이다 (트랜스포존 단독).
[26] 도 3은 예시적인 ZFP-인테그라제 융합 단백질을 도시한다. ZFP 및 인테그라제는 GGS 서열에 의해 연결된다. NLS는 핵 국소화 서열을 지칭한다.
[27] 도 4는 야생형 인테그라제 렌티바이러스 (LV), 빈 바이러스 입자 (LVO), 비통합 렌티바이러스 (NILV), 야생형 인테그라제를 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+IN), ZFP-인테그라제 융합 단백질을 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+ZP-IN (AAVS1)), Cas9-인테그라제 융합 단백질을 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+Cas-IN), 및 야생형 인테그라제를 가지는 야생형 인테그라제 렌티바이러스 (LV+IN)의 렌티바이러스 적가를 도시한다. ( ' )는 기술적 복제를 나타낸다.
[28] 도 5는 야생형 인테그라제 렌티바이러스 (LV), 빈 바이러스 입자 (LVO), 비통합 렌티바이러스 (NILV), 야생형 인테그라제를 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+IN), ZFP-인테그라제 융합 단백질을 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+ZP-IN(AAVS1)), Cas9-인테그라제 융합 단백질을 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+Cas-IN), 및 야생형 인테그라제를 가지는 야생형 인테그라제 렌티바이러스 (LV+IN)으로 감염 후 게놈 내로의 통합된 (전체 통합) 외인성 핵산 서열의 세포 백분율을 도시한다. 각 조건에 대해, 왼쪽에서부터 오른쪽으로, 제1 컬럼은 제3일을 지칭하고, 제2 컬럼을 제5일, 제3 컬럼은 제7일을, 제4 컬럼은 제10일을, 및 제5 컬럼은 제12일을 지칭한다.
[29] 도 6 은 대표적인 AAVS1 통합 및 비통합 부위를 가지는 염색체의 이미지를 도시한다. 별 기호는 19번 염색체의 AAVS1 부위를 나타내고, 삼각형 기호는 비표적 통합 부위를 의미하고; 다이아몬드 기호는 표적 통합을 의미한다.
[30] 도 7A는 야생형 인테그라제 렌티바이러스 (LV), 빈 바이러스 입자 (LVO), 비통합 렌티바이러스 (NILV), 야생형 인테그라제를 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+IN), AAVS1 부위에 대해 표적화된 ZFP-IN 융합 단백질을 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+ZP-IN(AAVS1)), 및 CCR5 부위에 대해 표적화된 ZFP-IN 융합 단백질을 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+ZP-IN(CCR5))에 의해 생성된 바이러스 역가를 도시한다.
[31] 도 7B는 야생형 인테그라제 렌티바이러스 (LV), 비통합 렌티바이러스 (NILV), 야생형 인테그라제를 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+IN), AAVS1 부위에 대해 표적화된 ZFP-IN 융합 단백질을 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+ZP-IN(AAVS1)), 및 CCR5 부위에 대해 표적화된 ZFP-IN 융합 단백질을 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+ZP-IN(CCR5))감염시킨 후 게놈 내로 외인성 핵산 서열이 통합된 (전체 통합) 세포 백분율을 나타낸다.
[32] 도 7C는 야생형 인테그라제 렌티바이러스 (LV), 빈 바이러스 입자 (LVO), 비통합 렌티바이러스 (NILV), 야생형 인테그라제를 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+IN), AAVS1 부위에 대해 표적화된 ZFP-IN 융합 단백질을 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+ZP-IN(AAVS1)), 및 CCR5 부위에 대해 표적화된 ZFP-IN 융합 단백질을 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+ZP-IN(CCR5))감염시킨 후 게놈 내로 외인성 핵산 서열이 통합된 세포 백분율을 나타낸다.
[33] 도 7D는 야생형 인테그라제 렌티바이러스 (LV), 비통합 렌티바이러스 (NILV), 야생형 인테그라제를 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+IN), AAVS1 부위에 대해 표적화된 ZFP-IN 융합 단백질을 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+ZP-IN(AAVS1)), 및 CCR5 부위에 대해 표적화된 ZFP-IN 융합 단백질을 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+ZP-IN(CCR5))감염시킨 후 게놈 내로 외인성 핵산 서열이 통합된 세포 백분율을 나타낸다.
[34] 도 8A-8C는 렌티바이러스 역가 (도 8A) 및 제3일 및 제14일의 CAR 발현 세포 % (도 8B)를 도시하고, CD3 발현 세포 %가 도 8C에 도시된다. Jurkat 세포는 다음의 여러 조건의 렌티바이러스로 감염시켰다: 야생형 인테그라제 렌티바이러스 (LV), 빈 바이러스 입자 (LVO), 비통합 렌티바이러스 (NILV), 야생형 인테그라제를 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+IN), ZFP-인테그라제 융합 단백질을 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+ZFP-IN(TRCa-1), Cas9-인테그라제 융합 단백질을 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+Cas-IN). NILV는 역가의 급격한 감소를 나타냈고; 바이러스 생산 세포에서 IN WT 또는 융합 ZNF-IN의 발현과의 트랜스보완은 역가나 통합 능력에 대한 구제 효과가 없었다. 또한, 통합이 TCR 유전자좌 (CD3 단백질 발현)를 향해 표적화될 때 세포는 CD3의 발현을 잃지 않았다. 이것은 특히 이 세포주의 맥락에서 VPR 단백질과 같은 트랜스 보완을 위해 추가적인 요인을 사용할 필요가 있음을 나타낸다.
[35] 도 9A-9B는 WT 렌티바이러스 및 두 개의 상이한 인테그라제 결핍 바이러스 시스템 (NILV 및 TAA, 후자는 렌티바이러스 패키징 플라스미드에서 IN-코딩 영역의 시작 부분에 정지 코돈이 도입되었음을 나타냄) 단독 또는 IN 또는 VPR_IN 융합으로 트랜스보완된 시스템에 대한 역가를 나타낸다. 감염 3일 후 형광 유세포 분석에 의해 역가를 검출하였다 (도 9A). 도 9B는 트랜스보완을 위한 IN에 대한 VPR 단백질 융합의 이점을 보여주는 트랜스보완 통합 기계의 상대적 통합 효율을 도시한다. WT: WT IN으로 생성된 렌티바이러스; NILV: 비통합 IN으로 생성된 렌티바이러스 (촉매 중심에 두 개이 돌연변이 보유); TAA: 단백질이 발현되지 않는 IN 결함 IN으로 생성된 렌티바이러스; +IN: IN으로 트랜스보완된 렌티바이러스 ; +VPR-IN: C-말단 단부에서 VPR에 대해 융합된 IN으로 트랜스보완된 렌티바이러스.
[36] 도 10A는 링커에 의해 융합된 DNA 결합 도메인 및 프로그램밍 가능한 DNA 인식 도메인을 가지는 삽입 도메인에 의해 형성된 핵산 작제물의 도식을 나타낸다. 도 10B는 상이한 배열에서 링커에 의해 연결된 Cas9 및 트랜스포사제의 융합을 나타내는 도식이다.
[37] 도 11은 상이한 링커 크기 및 조성을 사용하여 hyPB에 연결된 Cas9에서의 Cas9 활성의 결과를 나타낸다. Cas9 활성은 gRNA 표적 부위를 시퀀싱하고 CRISPR-GA를 사용하여 인델 빈도를 분석하여 측정하였다. AAVS1 부위를 표적으로 하는 2개의 다른 gRNA를 사용하였다. 사용되는 링커는 서열 번호 50 내지 63이다.
[38] 도 12는 프로그래밍 가능한 트랜스포사제 유전재트랩 전위 효율의 결과를 도시한다. RFP 형광을 형질감염 10일 후 유세포 분석으로 측정하였다. 표적화된 삽입에서 링커의 길이 및 조성물 중요성을 결정하기 위해 상이한 링커를 사용하였다. 2개의 독립적인 실험의 평균이다. 사용되는 링커는 서열 번호 50 내지 63이다.
[39] 도 13은 hcas9_PB 링커의 표적화된 전위의 결과를 도시한다. 2개의 서로 다른 gRNA를 사용하여 분할 GFP 세포주를 사용하여 서로 다른 cas9-PB 링커 구성의 표적화된 전위 효율. GFP 발현은 형질감염 72시간 후 유세포 분석에 의해 측정하였다.
[40] 도 14는 개별 돌연변이체의 검증뿐만 아니라 상이한 hyPB 돌연변이의 라이브러리의 고처리량 분석의 스크리닝을 위해 생성된 분할 GFP 리포터 세포주의 계획을 보여준다. 슬리핑 뷰티 100x 시스템을 사용하여 Hek293T 세포의 게놈에 표적 영역 사이트의 다운스트림인 GFP (Ct-GFP) 코딩 서열의 절반이 뒤따르는 스플라이스 수용체 (SA)를 도입하였다. 이러한 스크리닝을 위해 역 말단 반복부 (ITR) 측면에 있는 PiggyBac 트랜스포존은 도면에 도시된 바와 같이 전체 RPF 발현 카세트와 프로모터, 나머지 절반의 GFP (Nt-GFP) 및 절반의 GFP 단편의 스플라이스 공여체 (SD) 중 하나였다.
[41] 도 15는 hcas9_PB 선택된 돌연변이체의 표적화된 전위의 결과를 도시한다. hcas9_PB D450N 및 hcas9_PB R372A K375A D450의 표적화된 전위 효율 GFP 발현은 형질감염 72시간 후 유세포 분석에 의해 측정하였다. 4 개의 독립적인 실험의 평균이다.
[42] 도 16은 hcas9_PB 선택된 돌연변이체의 무작위 및 표적화된 전위의 결과를 도시한다. hcas9_PB D450N 및 hcas9_PB R372A K375A D450의 표적화된 및 무작위 전위 효율 GFP 발현은 형질감염 72시간 후 유세포분석으로 측정하였고, RFP 발현은 형질감염 후 15일째에 유세포분석으로 측정하였고, 형질감염 48시간 후 RFP 형광에 의해 정규화되어 형질감염 효율로 간주하였다.
[43] 도 17는 상이한 배열에서 링커에 의해 연결된 ZFP 및 트랜스포사제의 융합을 나타내는 도식이다.
[44] 도 18은 ZFP-PB 융합 단백질 표적화된 전위의 결과를 도시한다. N 및 C-말단 형태에서 ZFP_hyPB 또는 ZFP_hyPBD450N의 표적화된 전위 효율. GFP 발현은 형질감염 5일 후 유세포 분석에 의해 측정하였다. 1 회 이상 독립적으로 반복하였다. ZFP_PB: XTEN 링커를 사용한 C-말단 구성의 융합 ZFP 및 hyPB; PB_ZFP: XTEN 링커를 사용한 N-말단 구성의 융합 ZFP 및 hyPB, ZFP_450: XTEN 링커를 사용한 C-말단 구성의 융합 ZFP 및 hyPB (D450N); 450_ZFP: XTEN 링커를 사용한 N-말단 구성의 융합 ZFP 및 hyPB (D450N); hyPB: 변형이 없는 hyPB; 1/2 GFP: 대조군 트랜스포존 단독.
[45] 도 19는 PiggyBac 돌연변이 라이브러리의 스크리닝에 사용된 분석 방법의 도식을 나타낸다.
[46] 도 20에서 모든 라이브러리 변이체가 있는 PiggyBac 1116 bp 영역은 Illumina NGS 기술로 시퀀싱하였다. I7 인덱스 프라이머는 변이체 450 및 465를 제외하고 다른 변이체의 전체 시퀀싱을 허용하는 맞춤형 프라이머로 대체하였다.
[47] 도 21A-21B는 hyPB 라이브러리 다양성 생성의 결과를 보여준다. 도 21A는 정렬 플롯의 예이다. 양성 표적 통합 적중 (GFP 형광)은 게이트 P4에서 선택하고 음성 표적 통합 적중 (GFP 형광 없음)은 게이트 P5에서 선택하였다. 비 생존 세포 및 파편은 DAPI 염색이 있는 이전 게이트에서 음성 선택하였다. 도 21B는 이중 플라스미드 형질감염 효율의 결과를 나타낸다. GFP 및 RFP 플라스미드를 ½ GFP 및 gRNA 형질감염과 동일한 날 및 동일한 조건에서 형질감염시켜 형질감염 효율을 측정하였다. Gate P8은 이중 플라스미드 형질감염을 선택한다. 비 생존 세포 및 파편은 DAPI 염색이 있는 이전 게이트에서 음성 선택하였다.
[48] 도 22A-22K는 양성 적중과 음성을 비교한 라이브러리 스크리닝 분석의 결과를 보여준다. 도 22A-22B: 품질 관리로 대량 라이브러리의 시퀀싱이 표시되었으며; 대부분의 변형은 한 번만 나타났다. 벌크 대표적인 Piggyback 라이브러리의 로고는 다음의 아미노산 위치에 해당하는 위치에 나타났다: 1- R245; 2- R275; 3-R277; 4-G325; 5-N347; 6- S351; 7- R372; 8-K375; 9- R388; 10-T560; 11- S564; 12- S573; 13- M589; 14- S592; 15-F594. 또한, 음성 선택된 세포의 로고는 대량 라이브러리와 유사한 패턴으로 나타났다. 도 22C-22K는 양성 적중의 3개의 독립적인 반복; 양성 로고를 호출하는 변이체 (하단)과 선택 후 Top1 변이체 (상단)에 해당한다. 상위 5개 및 상위 10개 변형에 대한 로고도 나타났다. B, C의 왼쪽 패널에서 양성 대 음성 분류 집단에서 Piggyback 변이체의 상대적 농축이 log2 척도로 표시된다.
[49] 도 23A는 독립적 반복 3의 상위 1 및 상위 3 양성 변이체를 보여준다. 오직 위치 254에 1 개의 아미노산 차이가 존재한다. 도 23B는 3개의 독립적인 반복에서 확인된 3개의 top1 변이체를 보여준다. WT hyPB도 참조용으로 표시된다.
[50] 도 24A는 GFP 양성 대 RFP 양성 세포의 과발현된 변이체를 도시한다 GPF의 클러스터링, 표적 삽입; RPF, 무작위 삽입 및 음성 모집단이 도시된다. 도 24B 및 24C에는 1개 이상의 독립적 반복에서 양성 히트 중에서 발견된 변이체가 도시되어 있다. Rep: 독립적인 실험 반복; Pos: 표적화된 통합을 가지는 양성 세포; Neg: 표적화된 통합이 일어나지 않은 음성 세포.
[51] 도 25는 변이체 공변량의 히스토그램을 도시한다. 이것은 양성 샘플에서 다른 변형과 함께 볼 수 있는 변이를 음성 샘플로 나눈 비율을 보여준다. 라이브러리 디자인에 포함된 변이체 외에도 바이러스 라이브러리 생성 동안 렌티바이러스 레트로트랜스크립타제(retrotranscriptase)에 의해 무작위로 도입된 변이체를 분석하였다. 이러한 새로운 변이체 중 일부는 양성 적중과 연관되어 조합에 대해 표적화된 통합을 수행한다. D450N 및 W465A의 예시
[52] 도 26은 변형된 hyPB가 Cas9와 융합될 때 WT hyPB와 비교하여 표적 통합에서 더 큰 증가를 나타내었음을 보여준다. Cas9는 4GGS 링커 및 리포터 세포주 시스템을 사용하여 hyPB 또는 hyPB의 상이한 돌연변이체 조합 (Unilarge-A: D450N; Unilarge-B: R245A/D450N; Unilarge-C: R245A/G325A/D450N/S573P; Unilarge-D: R245A/G325A/S573P)으로 융합시켰다.
[53] 도 27은 인테그라제 결핍 트랜스 보완의 결과를 도시한다. 2일째에 측정된 바이러스 생산 효율과 7일째에 측정된 통합 능력을 Hek293T 세포의 다양한 시스템에 대해 평가하였다. 웨스턴 블롯은 바이러스 입자에서 IN 트랜스의 존재를 보여주었다. 통합 결핍 바이러스와 트랜스보완된 바이러스의 다른 조건을 Hek293T에 감염시켜 바이러스 생산 효율성과 통합 능력을 평가하였다. 세포는 에피솜 신호가 검출되지 않을 때까지 7일 동안 통과하였고 GFP 신호는 2일, 5일 및 7일에 유세포 분석에 의해 분석하였다. NILV는 생산 시 WT에 대해 폐쇄되므로 시스템마다 다른 생산 효율성이 감지될 수 있다. 모든 경우에 WT-HIV_IN으로 보완 보완을 수행했을 때 통합 활동의 명확한 구조가 분명하였다. IN이 트랜스보완 시스템에 로딩되었다는 증거는 웨스턴 블롯으로 수득하였다. WT: WT IN로 생성된 렌티바이러스 ; NILV: 비통합 IN으로 생성된 렌티바이러스 (촉매 중심에 두 개의 돌연변이 보유); TAA: IN 결함 IN으로 생성된 렌티바이러스 (단백질은 IN 코딩 서열의 시작 부분에 정지 코돈이 존재하여 발현되지 않음), TAAx3: IN 결함 IN으로 생성된 렌티바이러스 (단백질은 IN 코딩 서열의 시작 부분에 3개의 연속적인 정지 코돈이 존재하여 발현되지 않음); Delta-IN: IN의 코딩 서열이 제거된 IN 결함 IN으로 생성된 렌티바이러스; Delta-IN_cPPT: IN의 코딩 서열이 중심 폴리피리미딘 트랙 (cPPT) 서열로 치환된 IN 결함 IN으로 생성된 렌티바이러스; +VPR-IN:C-말단 단부에서 VPR에 대해 융합된 IN으로 보완된 렌티바이러스 트랜스.
I. 정의
[54] 본 명세서에서 사용 시 단수 형태 (“a”“an”및 “the”는 문맥이 명백하게 나타내지 않는 한 복수의 참조 대상을 포함한다. 이에 따라, 예를 들어, “제제”의 언급은 단일 제제 및 복수의 제제를 포함한다.
[55] 용어 "핵산", "폴리뉴클레오타이드", 및 "올리고뉴클레오타이드"는 호환적으로 사용되며, 선형 또는 원형의, 그리고 단일- 또는 이중-가닥 형태의 데옥시리보뉴클레오타이드 또는 리보뉴클레오타이드 폴리머를 지칭한다. 본 명세서의 목적을 위해, 상기 용어가 폴리머의 길이와 관련하여 제한하려는 것으로 해석되어서는 안된다. 상기 용어는 천연 뉴클레오타이드, 뿐만 아니라 염기, 당 및/또는 포스페이트 모이어티 (예컨대, 포스포로티오에이트 골격)에서 변형된 뉴클레오타이드의 공지된 유사체를 포함할 수 있다. 일반적으로, 특정 뉴클레오타이드의 유사체는 동일한 염기-쌍 특이성을 가지며; 즉, A의 유사체는 T와 염기-쌍을 이루게 될 것이다.
[56] 용어 "폴리펩타이드", "펩타이드" 및 "단백질"은 아미노산 잔기의 폴리머를 지칭하도록 호환적으로 사용된다. 또한 용어는 하나 이상의 아미노산이 화학적 유사체인 또는 상응하는 자연-발생 아미노산의 변형된 유도체인 아미노산 폴리머에도 적용된다.
[57] 용어 "결합 단백질"은 본 명세서에서 사용 시 또 다른 분자에 비공유적으로 결합할 수 있는 단백질을 지칭한다. 결합 단백질은, 예를 들어, DNA 분자 (DNA-결합 단백질), RNA 분자 (RNA-결합 단백질) 및/또는 단백질 분자 (단백질-결합 단백질)에 결합할 수 있다. 단백질 결합 단백질의 경우에, 그 자체에 결합할 수 있고 (동종이합체, 동종 삼합체, 동종사합체, 등을 형성) 및/또는 상이한 단백질 또는 단백질의 하나 이상의 분자에 결합할 수 있다. 결합 단백질은 하나 이상의 유형의 결합 활성을 가질 수 있다. 예를 들어, 아연 집게 단백질은 DNA-결합, RNA-결합 및 단백질-결합 활성을 가진다.
[58] 용어 "아연 집게 단백질(zinc finger protein)"은 본 명세서에서 사용 시 하나 이상의 아연 집게를 통해 서열-특이적 방식으로 DNA에 결합하는 단백질, 또는 큰 단백질 내의 도메인이며, 이는 아연 집게 단백질의 결합 도메인 내의 아미노산 서열 영역이며, 이의 구조는 아연 이온의 배위를 통해 안정화된다. 용어 아연 집게 단백질은 종종 ZFP로 약칭된다.
[59] 용어 “아연-집게 뉴클레아제”는 아연 집게 DNA-결합 도메인을 DNA-절단 도메인에 융합하여 생성된 인공 제한 효소를 지칭한다. 아연 집게 도메인은 특정 원하는 DNA 서열을 표적화하도록 조작될 수 있으며 이를 통해 아연-집게 뉴클레아제가 복잡한 게놈 내의 고유한 서열을 표적을 표적화할 수 있다. 아연 집게 뉴클레아제는 종종 ZFN 또는 ZNP으로 약칭된다.
[60] 용어 "핵산 서열” 또는 “폴리뉴클레오타이드 서열” 또는 “유전자 서열"은 본 명세서에서 사용 시 DNA 또는 RNA일 수 있고; 선형, 원형 또는 분지형일 수 있으며 단일-가닥 또는 이중-가닥일 수 있는 임의의 길이의 뉴클레오타이드 서열을 지칭한다.
[61] 용어 "아미노산 서열" 또는 "폴리펩타이드" 또는 "단백질"은 본 명세서에서 사용 시 아미노산 잔기의 중합체를 지칭한다. 명시되지 않는 한, 아미노산 잔기의 중합체는 임의의 길이일 수 있다.
[62] 용어 "외인성(exogenous)"은 본 명세서에서 사용 시 정상적으로 세포에 존재하지 않지만, 하나 또는 그 이상의 유전적, 생화학적 또는 다른 방법에 의해 세포 내부로 도입될 수 있는 분자를 지칭한다. 세포 내 정상적인 존재는 세포의 특정 발생 단계 및 환경 조건과 관련하여 결정된다. 이에 따라, 예를 들어, 근육 세포의 배아 발생기 동안에만 존재하는 분자는 성체 근육 세포에 대한 외인성 분자이다. 유사하게, 열 충격에 의해 유도된 분자는 비-열-충격 세포와 관련하여 외인성 분자이다. 외인성 분자는, 예를 들어, 기능부전 내인성 분자의 기능적 형태(version) 또는 정상적으로 기능하는 내인성 분자의 기능부전 형태를 포함할 수 있다.
[63] 대조적으로, "내인성(endogenous)" 분자는 특정 환경 조건 하에서 특정 발생 단계에 있는 특정 세포에 정상적으로 존재하는 분자이다. 예를 들어, 내인성 핵산은 염색체, 미토콘드리아, 클로로플라스트 또는 다른 소기관의 유전체, 또는 자연 발생 에피솜 핵산을 포함할 수 있다. 추가적인 내인성 분자는 단백질, 예를 들면, 전사 인자 및 효소를 포함할 수 있다.
[64] "표적 부위" 또는 "표적 서열"은 결합을 위한 충반한 조건이 존재하는 경우 결합 분자가 결합할 핵산 또는 폴리펩타이드의 일부를 정의하는 서열이다. 예를 들어, 서열 5'-GAATTC-3'는 EcoRI 제한 엔도뉴클레아제의 표적 부위이다.
[65] 용어 "융합"은 본 명세서에서 사용 시 둘 또는 그 이상의 아단위 분자들이 연결, 바람직하게는 공유적으로 연결되어 있는 분자이다. 아단위 분자는 동일한 화학적 유형의 분자일 수 있거나, 상이한 화학적 유형의 분자일 수 있다.
[66] 용어 “융합 단백질”은 본 명세서에서 사용 시 적어도 두 개의 상이한 단백질로부터의 단백질 도메인을 포함하는 하이브리드 폴리펩타이드를 지칭한다. 하나의 단백질은 융합 단백질의 아미노-말단 (N-말단) 부분 또는 카복시-말단 (C-말단) 단백질에 위치하여, 각각 “아미노-말단 융합 단백질” 또는 “카복시-말단 융합 단백질”을 형성할 수 있다.
[67] 용어 "유전자" 또는 "게놈"은 본 명세서에서 사용 시 유전자 생성물을 인코딩하는 DNA 영역, 뿐만 아니라 조절 서열이 코딩 및/또는 전사된 서열에 인접하는지 여부와 관계없이 유전자 생성물의 생성을 조절하는 DNA 영역을 포함한다. 따라서, 유전자는 프로모터 서열, 터미네이터, 번역 조절 서열, 가령, 리보솜 결합 부위 및 내부 리보솜 진입 부위, 인핸서, 슬라이서, 절연체, 경계 요소, 복제 원점, 기질 부착 부위 및 좌위 제어 영역을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
[68] 용어 “진핵” 세포는 진균 세포 (예컨대, 효모), 식물 세포, 동물 세포, 포유동물 세포 및 사람 세포 (예를 들어, T-세포)를 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
[69] 용어 "연결된"은 둘 이상의 구성 요소 (예컨대, 서열 요소)의 병치를 지칭하며, 이러한 구성 요소는 두 가지 구성 요소가 정상적으로 기능하고 구성 요소 중 최소한 하나가 다른 구성 요소 중 최소한 하나에 대해 발휘되는 기능을 매개할 수 있도록 배열된다.
[70] 단백질, 폴리펩타이드 또는 핵산의 "기능적 단편"은, 각각, 서열이 전장 단백질, 폴리펩타이드 또는 핵산과 동일하지 않지만, 전장 단백질, 폴리펩타이드 또는 핵산과 동일한 기능을 유지하는 단백질, 폴리펩타이드 또는 핵산이다. 기능적 단편은 상응하는 본래의 분자와 동일한, 더 많은 또는 더 적은 수의 잔기를 보유할 수 있고, 및/또는 하나 이상의 아미노산 또는 뉴클레오타이드 치환을 포함할 수 있다.
[71] 용어 "형질감염"은 본 명세서에서 사용 시 핵산 (DNA 또는 RNA)를 진핵 또는 원핵 세포 또는 유기체 내로 도입하는 것을 지칭한다.
[72] 용어 "절단"은 본 명세서에서 사용 시 DNA 분자의 공유 골격의 파손을 지칭한다. 절단은 포스포다이에스터 결합(phosphodiester bond)의 효소적 또는 화학적 가수분해를 포함하지만 이에 제한되지 않는 다양한 방법에 의해 개시될 수 있다. 단일-가닥 절단 및 이중-가닥 절단 둘 모두가 가능하며, 이중-가닥 절단은 두 가지 별개의 단일-가닥 절단 사건의 결과로 발생할 수 있다. DNA 절단으로 인해 평활 말단(blunt end)이나 엇갈린 말단(staggered end)이 생성될 수 있다. 특정 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 표적화된 이중-가닥 DNA 절단에 대해 사용된다.
[73] 용어 "인테그라제(integrase)"는 본 명세서에서 사용 시 게놈 물질을 감염된 세포의 DNA, 예를 들어, 게놈 DNA 내로 통합될 수 있게 하는 바이러스에 의해 생성된 효소를 지칭한다.
[74] 용어 "특이성"은 본 명세서에서 사용 시 선택된 서열에 대해 서열 동일성 정도를 공유하는 서열에 선택적으로 결합하는 능력을 지칭한다.
[75] 용어 "삽입", 및 "통합"은 본 명세서에서 사용 시 핵산 서열을 제2 핵산 서열 또는 게놈에 첨가하는 것을 지칭한다.
[76] 본 명세서에서 삽입 또는 통합과 관련하여, 용어 “특이적”, “부위-특이적”, “표적화된” 및 “표적 적중된(on-targeted)”은 제2 핵산 또는 게놈의 특정 부위에 핵산을 삽입하는 것을 지칭하도록 호환적으로 사용된다. 용어 “무작위”, “비표적화된” 및 “표적 외(off-targeted)”는 비특이적이고 의도되지 않은 유전자 삽입을 지칭한다. 용어 “총” 또는 “전체”는 삽입의 전체 수를 지칭한다.
[77] 용어 "돌연변이", 본 명세서에서 사용 시 서열, 예를 들어, 핵산 또는 아미노산 서열 내의 잔기의, 또 다른 잔기로의 치환, 또는 서열 내의 하나 이상의 잔기의 결실 또는 삽입을 지칭한다. 돌연변이는 일반적으로 서열 내의 잔기의 위치에 이어지는 본래의 잔기를 확인함으로써 및 서열 내 새롭게 치환된 잔기의 확인에 의해 본 명세서에 기술된다. 본 명세서에 제공된 아미노산 치환 (돌연변이)를 제공하기 위한 다양한 방법은 기술 분야 내에 잘 알려져있으며, 예를 들어, 문헌 [Green and Sambrook,　Molecular Cloning: A Laboratory Manual　(4th　ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (2012))]를 참조한다.
[78] 용어 "트랜스포사제"는 본 명세서에서 사용 시 트랜스포존의 말단에 결합하고 절단 및 페이스트 메커니즘 또는 복제적 전위 메커니즘에 의해 게놈의 또 다른 부분으로의 이동을 촉매하는 효소를 지칭한다.
[79] 용어 "변형된"은 본 명세서에서 사용 시 상응하는 변형되지 않은 단백질 또는 핵산 서열과 상이한 단백질 또는 핵산 서열을 지칭한다.
[80] 용어 "링커"는 본 명세서에서 사용 시 두 인접한 분자 또는 모이어티를 연결하는 화학적 그룹 또는 분자를 지칭한다.
[81] 용어 "벡터" 및 "플라스미드"는 본 명세서에서 사용 시, 예를 들어, 관심의 제2 폴리뉴클레오타이드를 보유할 수 있고, 예를 들어, 유전자 서열을 표적 세포로 전달할 수 있는 임의의 폴리뉴클레오타이드를 지칭한다. 이에 따라, 이러한 용어는 클로닝, 및 발현 운반체, 뿐만 아니라 통합 벡터를 포함한다. 구체적으로, 용어 "발현 벡터"는 본 명세서에서 사용 시 핵산의 발현을 지시할 수 있는 임의의 폴리뉴클레오타이드를 지칭한다. 일부 양태에서, 용어 "벡터" 및 "플라스미드"는 용어 "핵산 작제물"과 호환적으로 사용된다.
[82] 용어 "동일성 백분율"은 본 명세서에서 사용 시 핵산 서열 또는 아미노산 서열이든, 두 서열의 동일성 백분율을 나타내며, 정렬된 두 서열 간의 일치 정합수(exact match)를 더 짧은 서열의 길이로 나누고 100을 곱한 것이다.　
[83] 용어 "재조합" 또는 "조작"은 본 명세서에서 사용 시 인공적으로 생성된 단백질 또는 핵산 서열을 지칭한다.
[84] 용어 “대상체”는 본 명세서에서 사용 시 개별 유기체, 예를 들어, 개별 포유동물을 지칭한다. 일부 구현예에서, 대상체는 인간이다. 일부 구현예에서, 대상체는 비-인간 포유동물이다. 일부 구현예에서, 대상체는 비-인간 영장류이다. 일부 구현예에서, 대상체는 설치류이다. 일부 구현예에서, 대상체는 양, 염소, 소, 고양이 또는 개이다. 일부 구현예에서, 대상체는 척추동물, 양서류, 파충류, 어류, 곤충, 파리, 또는 선충이다. 일부 구현예에서, 대상체는 연구 동물이다.
[85] 용어 “치료”, “치료하다”, 및 “치료하는”은 본 명세서에 기재된바와 같이 질병 또는 장애, 또는 이의 하나 이상의 증상의 개시를 역전, 완화, 지연시키거나, 또는 진행을 억제하기 위한 임상적 개입을 지칭한다. 본 명세서에서 사용 시 용어 “치료”, “치료하다”, 및 “치료하는”은 본 명세서에 기재된바와 같이 질병 또는 장애, 또는 이의 하나 이상의 증상의 개시를 역전, 완화, 지연시키거나, 또는 진행을 억제하기 위한 임상적 개입을 지칭한다. 일부 구현예에서, 치료는 하나 이상의 증상이 발생한 후 및/또는 질병이 진단된 후에 투여될 수 있다. 다른 구현예에서, 치료는, 예를 들어, 예방, 발병 가능성 감소, 또는 증상 발병 지연, 발병 또는 질병 진행 억제 등을 위해, 증상의 부재 하에 투여될 수 있다. 예를 들어, 치료는 증상이 개시되기 전 (예를 들어, 증상의 병력에 비추어 및/또는 유전적 또는 다른 감수성 요인에 비추어) 감수성이 있는 개체에게 투여될 수 있다. 치료는, 예를 들어, 증상의 재발을 예방하거나 지연시키기 위해, 증상이 해결된 후에도 지속될 수 있다.
II. 핵산 작제물
[86] 핵산 서열 표적화된 편집, 예를 들어, 게놈 DNA 내로 특이적 변형의 도입 (예를 들어, 외인성 핵산의 삽입)은 인간의 유전 질병을 치료하기 위한 유망한 접근법이다. 이를 위해, 본 발명자들은 원하는 변형을 설치하는데 매우 효율적인 게놈 편집에 사용하기 위한 개선된 핵산 작제물; 최소한의 표적 외 활성; 및 인간 게놈 내의 특정 부위를 정확하게 편집하도록 프로그래밍되는 능력을 제공하는 것을 목표로 한다.
[87] 본 발명의 특정 양태는 게놈 내로 외인성 핵산, 예를 들어, 관심 유전자 (GOI)의 의 부위-특이적 삽입을 개선하는데 사용하기 위한 핵산 작제물에 관한 것이다. 일부 구현예에서, GOI는 치료적 유전자, 예를 들어, 치료적 단백질을 인코딩하는 유전자이다. 관심의 치료적 유전자의 예로는 낭포성 섬유증 질병을 치료하기 위한 CFTR 유전자 (낭포성 섬유증 막횡단 전도도 조절자); 척수성 근위축증 (SMA)을 치료하기 위한 SMN1 유전자 (생존 운동 뉴런 1); 골다공증 및 골절을 예방하기 위한 LRP5 유전자 (LDL 수용체 관련 단백질 5) 변이체 G171V; 및 알츠하이머 소인을 감소시키기 위한 APP 유전자 (아밀로이드 베타 전구체 단백질) 변이체 A673T를 포함한다.
[88] 일부 구현예에서, 삽입을 위한 외인성 핵산 (예를 들어, GOI)는 최대 약 10 kb, 최대 약 15 kb, 최대 약 20kb의 길이, 최대 약 25kb의 길이, 최대 약 30kb의 길이, 최대 약 35kb의 길이, 또는 최대 약 40kb의 길이일 수 있다.
[89] 일부 구현예에서, 외인성 핵산을 게놈 내로 삽입할 수 있는 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 서열은 인테그라제 또는 야생형 인테그라제에 대해 변형된 인테그라제를 포함하며, 삽입을 위한 외인성 핵산은 최대 10 kb, 최대 15 kb, 또는 최대 20kb의 길이, 예를 들어, 약 1 kb 내지 약 20 kb, 약 1 kb 내지 약 19 kb, 약 1 내지 약 18 kb, 약 1 kb 내지 약 17 kb, 약 1 kb 내지 약 16 kb, 또는 약 1 kb 내지 약 15 kb의 길이일 수 있다.
[90] 일부 구현예에서, 외인성 핵산을 게놈 내로 삽입할 수 있는 제2 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 서열은 트랜스포사제 또는 야생형 트랜스포사제에 대해 변형된 트랜스포사제를 포함하며, 삽입을 위한 외인성 핵산은 최대 10 kb, 최대 15 kb, 최대 20kb의 길이, 최대 25kb의 길이, 최대 30kb의 길이, 최대 35kb의 길이, 또는 최대 40kb의 길이, 예를 들어, 약 1 kb 내지 약 40 kb, 약 1 kb 내지 약 39 kb, 약 1 내지 약 38 kb, 약 1 kb 내지 약 37 kb, 약 1 kb 내지 약 36 kb, 또는 약 1 kb 내지 약 35 kb의 길이일 수 있다.
[91] 일부 구현예에서, 핵산 작제물은 제1 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 서열, 예를 들어, 유전자 편집 폴리펩타이드, 및 제2 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 서열, 예를 들어, 인테그라제 또는 트랜스포사제를 포함하며, 여기서 핵산 작제물은 융합 단백질로서 제1 및 제2 결합 단백질을 인코딩한다. 일부 구현예에서, 핵산 작제물은 제1 및 제2 결합 단백질 사이의 링커를 인코딩하는 핵산 서열을 추가적으로 포함한다. 일부 구현예에서, 핵산 작제물은 게놈 내로 외인성 핵산의 부위 특이적 삽입을 가능하게 하는 및/또는 촉진하는 융합 단백질을 인코딩한다. 일부 구현예에서, 제1 또는 제2 결합 단백질은 야생형에 대해 변형된 인테그라제이다. 일부 구현예에서, 제1 또는 제2 결합 단백질은 야생형에 대해 변형된 트랜스포사제이다. 일부 구현예는 본 발명의 핵산 작제물을 포함하는 벡터 또는 플라스미드에 관한 것이다. 특정 양태에서, 본 발명의 핵산 작제물은 게놈 내로 핵산, 예를 들어, GOI의 삽입의 특이성을 개선하는 융합 단백질을 인코딩한다. 일부 구현예에서, 융합 단백질 및 외인성 핵산은 렌티바이러스 입자를 사용하여 세포에 전달된다.
[92] 일부 구현예에서, 제1 및 제2 결합 단백질은 별개의 핵산 작제물 상에 있고, 예를 들어, 트랜스포사제 또는 인테그라제 (예를 들어, 야생형에 대해 변형된 트랜스포사제 및/또는 인테그라제)는 Cas9 또는 ZFP로부터 별개의 핵산 작제물 상에 있다.
[93] 특정 양태는 본 명세서에 개시된 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드 또는 벡터에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드는 패키징 플라스미드(packaging plasmid)이다. 일부 구현예에서, 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드는 캡시드(capsid) 단백질, 예를 들어, gag 및 pol을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 추가적으로 포함한다. 일부 구현예에서, (i) 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드는 (ii) 바이러스 외피에 대한 단백질을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 플라스미드 (외피 플라스미드); 및 (iii) 외인성 핵산 서열 (예를 들어, GOI)를 포함하는 플라스미드와 함께 조합되며, 여기서 조합물이 제조 세포주 (예를 들어, 진핵 세포, 원핵 세포 및/또는 세포주) 내로 도입되는 경우, 외인성 핵산, 예를 들어, GOI를 포함하는 바이러스 입자, 및 제1 및 제2 결합 단백질을 포함하는 융합 단백질이 생성된다.
[94] 일부 구현예에서, (i) 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드는 (ii) 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드로서, 캡시드 단백질, 예를 들어, gag 및 pol를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 추가적으로 포함하는 플라스미드 (패키징 플라스미드, 여기서 패키징 플라스미드는 기능적 인테그라제를 가지지 않음); (iii) 바이러스 외피에 대한 단백질을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 플라스미드 (외피 플라스미드) 및 (iv) 외인성 핵산 서열 (예를 들어, GOI)을 포함하는 플라스미드와 조합되며, 여기서 조합물이 제조 세포주 (예를 들어, 진핵 세포, 원핵 세포 및/또는 세포주) 내로 도입되는 경우, 외인성 핵산, 예를 들어, GOI를 포함하는 바이러스 입자, 및 제1 및 제2 결합 단백질을 포함하는 융합 단백질이 생성된다.
[95] 핵산 작제물은 특이적 DNA 서열에 결합하도록 조작된 제1 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 제1 폴리뉴클레오타이드 서열, 외인성 핵산을 게놈 내로 삽입할 수 있는 제2 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 제2 폴리뉴클레오타이드 서열로서, 여기서 제2 DNA 결합 단백질은 인테그라제 또는 트랜스포사제 (예를 들어, 야생형에 대해 변형된 트랜스포사제 및/또는 인테그라제)인 서열, 및 제1 및 제2 폴리뉴클레오타이드 사이의 링커를 인코딩하는 핵산 서열을 포함하는 제3 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 DNA 결합 단백질은 아연 집게 단백질 또는 Cas 9 단백질이다.
[96] 일부 구현예에서, 핵산 작제물은 (GGS)n, (GGGGS)n (SEQ ID NO133), (G)n, (EAAAK)n (SEQ ID NO134), XTEN-기반 링커, 또는 (XP)n 모티프, 또는 상기 임의의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 링커를 포함하며, 여기서 n은 독립적으로 1 내지 50의 정수이다. 일부 구현예에서 핵산은 XTEN 서열 또는 GGS 서열을 포함하는 링커를 인코딩한다. 일부 구현예에서, 링커 핵산 서열은 3 내지 150 개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 구현예에서, 링커는 12 내지 24 개의 아미노산, 또는 36 내지 72 개의 핵산 길이이다. 일부 구현예에서, 핵산 작제물은 6 내지 120, 6 내지 90, 6 내지 78, 6 내지 72, 9 내지 120, 9 내지 90, 9 내지 78, 9 내지 72, 12 내지 120, 12 내지 90, 12 내지 78, 12 내지 72, 15 내지 120, 15 내지 90, 15 내지 78, 15 내지 72, 18 내지 120, 18 내지 90, 18 내지 78, 18 내지 72, 21 내지 120, 21 내지 90, 21 내지 78, 21 내지 72, 24 내지 120, 24 내지 90, 24 내지 78, 24 내지 72, 27 내지 120, 27 내지 90, 27 내지 78, 27 내지 72, 30 내지 120, 30 내지 90, 30 내지 78, 30 내지 72, 33 내지 120, 33 내지 90, 33 내지 78, 33 내지 72, 36 내지 120, 36 내지 90, 36 내지 78, 또는 36 내지 72 개의 뉴클레오타이드 길이인 링커 핵산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 링커를 인코딩하는 핵산은 9 내지 150 개의 핵산 길이이다. 일부 구현예에서, 아연 집게 단백질은 GGS 서열을 포함하는 링커와 함께 본 발명의 변형된 인테그라제에 부착될 수 있다. 일부 구현예에서, 링커는 1 내지 50 개의 아미노산 길이이다. 일부 구현예에서, 링커는 3 내지 40, 3 내지 30, 3 내지 29, 3 내지 24, 4 내지 40, 4 내지 30, 4 내지 29, 4 내지 24, 5 내지 40, 5 내지 30, 5 내지 29, 5 내지 24, 6 내지 40, 6 내지 30, 6 내지 29, 6 내지 24, 7 내지 40, 7 내지 30, 7 내지 29, 7 내지 24, 8 내지 40, 8 내지 30, 8 내지 29, 8 내지 24, 9 내지 40, 9 내지 30, 9 내지 29, 9 내지 24, 10 내지 40, 10 내지 30, 10 내지 29, 10 내지 24, 11 내지 40, 11 내지 30, 11 내지 29, 11 내지 24, 12 내지 40, 12 내지 30, 12 내지 29, 또는 12 내지 24 개의 아미노산 길이이다.
[97] 일부 구현예에서 제1 폴리뉴클레오타이드 서열의 3' 말단은 링커를 인코딩하는 핵산에 의해 제2 폴리뉴클레오타이드 서열의 5' 말단에 연결된다. 일부 구현예에서 제1 폴리뉴클레오타이드 서열의 5' 말단은 링커를 인코딩하는 핵산에 의해 제2 폴리뉴클레오타이드 서열의 3' 말단에 연결된다. 일부 구현예에서 Cas 9 단백질의 3' 말단은 링커에 의해 트랜스포사제의 5' 말단에 연결된다. 일부 구현예에서 Cas 9 단백질의 5' 말단은 링커에 의해 트랜스포사제의 3' 말단에 연결된다. 일부 구현예에서 3' 아연 집게 단백질은 링커에 의해 인테그라제의 5' 말단에 연결된다. 일부 구현예에서 5' 아연 집게 단백질은 링커에 의해 인테그라제의 3' 말단에 연결된다.
[98] 일부 구현예에서, 변형된 인테그라제 또는 변형된 트랜스포사제는 Cas9 또는 ZFP로부터의 별개의 플라스미드로부터 발현되었기 때문에 링커가 요구되지 않는다.
[99] 본 발명의 특정 양태는 숙주 세포, 예를 들어, 포유동물 세포, 효모 세포, 곤충 세포, 식물 세포, 진균 세포 또는 조류 세포에서의 발현에 적합한 본 발명의 핵산 작제물을 포함하는 벡터 또는 플라스미드 (예를 들어, 발현 벡터 또는 패키징 벡터)에 관한 것이다.
[100] 일부 구현예에서, 핵산 작제물은 (a) 게놈의 특정 게놈 DNA 서열에 결합하도록 조작된 제1 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 핵산을 포함하는 제1 폴리뉴클레오타이드 서열로서; 여기서 제1 DNA 결합 단백질은 아연 집게 단백질 또는 Cas9 단백질인 것인 서열; (b) 외인성 핵산을 게놈 내로 삽입할 수 있는 제2 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 핵산을 포함하는 제2 폴리뉴클레오타이드 서열로서, 여기서 제2 DNA 결합 단백질은 (i) 과활성 PiggyBac 트랜스포사제, 또는 과활성 PiggyBac에 비해 외인성 핵산을 게놈에 삽입하는 특이성이 개선된 변형된 과활성 PiggyBac, 또는 (ii) 인간 면역결핍 바이러스 (HIV) 인테그라제, 또는 HIV 인테그라제에 비해 외인성 핵산을 게놈에 삽입하는 특이성이 개선된 변형된 HIV 인테그라제인 것인 서열; 및 (c) 링커를 인코딩하는 핵산을 포함하는 선택적인 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함하고; 여기서 핵산 작제물은 제1 DNA 결합 단백질, 제2 DNA 결합 단백질, 및 제1 DNA 결합 단백질과 제2 DNA 결합 단백질 사이의 선택적인 링커를 포함하는 융합 단백질을 인코딩하고; 융합 단백질은 외인성 핵산을 게놈의 특정 부위 내로 삽입할 수 있다.
[101] 구현예에서, (a) 제1 DNA 결합 단백질은 Cas 9 단백질 또는 아연 집게 단백질이고; (b) 제2 DNA 결합 단백질은 과활성 PiggyBac 트랜스포사제, 또는 과활성 PiggyBac에 비해 트랜스포사제 외인성 핵산을 게놈에 삽입하는 특이성이 개선된 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제이다.
[102] 또 다른 구현예에서, (a) 제1 DNA 결합 단백질은 Cas 9 단백질 또는 아연 집게 단백질이고; (b) 제2 DNA 결합 단백질은 HIV 인테그라제, 또는 HIV 인테그라제에 비해 외인성 핵산을 게놈에 삽입하는 특이성이 개선된 변형된 HIV 인테그라제이다.
[103] 일부 구현예에서, Cas9 단백질은 본 명세서에 기재된 것이며, 구체적으로 인간 Cas9, 닉카제 Cas9 및 멸실(dead) Cas 9로 구성된 군으로부터 선택되며, 더욱 구체적으로 인간 Cas9 또는 닉카제 Cas9이다.
[104] 하나의 구현예에서, dCas9가 사용되는 경우, 제2 DNA 결합 단백질은 Gin, Hin 또는 Tn3 리콤비나제(recombinase) 촉매 도메인 또는 FokI DNA 절단 도메인이 아니다. 이러한 리콤비나제 및 FoKI는 통합할 수 있는 공지된 부위 (게놈의 수용체 서열)을 필요로 하며; 따라서 표적화 부위의 가능성은 훨씬 더 제한적이고; 또한 기능적이기 위해 예를 들어 Gin의 이합체의 형성을 필요로 한다.
[105] 또 다른 구현예에서, 아연 집게 단백질은 본 명세서에 기재된 것이며, 구체적으로 6 개의 결합 도메인을 포함하는 C2H2 아연 집게 단백질이다.
[106] 또 다른 구현예에서, 링커는 본 명세서에 기재된 것이며, 구체적으로 링커는 XTEN 서열 (예를 들어으로서, 서열 번호 61으로서, 서열 번호 60에 의해 인코딩됨) 또는 GGS 서열, 더욱 구체적으로 GGSx3 (서열 번호 49으로서, SEQ ID NO48에 의해 인코딩됨), GGSx4 (서열 번호 51으로서, 서열 번호 50에 의해 인코딩됨), GGSx5 (서열 번호 53으로서, 서열 번호 52에 의해 인코딩됨), GGSx6 (서열 번호 55으로서, 서열 번호 54에 의해 인코딩됨), GGSx7 (서열 번호 57으로서, 서열 번호 56에 의해 인코딩됨) 또는 GGSx8 (서열 번호 59으로서, 서열 번호 58에 의해 인코딩됨)을 포함한다.
[107] 또 다른 구현예에서, 제1 폴리뉴클레오타이드 서열의 3' 말단은 제2 폴리뉴클레오타이드의 5' 말단에 연결된다.
[108] 일부 구현예에서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 본 명세서에 기재된 것이다. 다른 구현예에서, 변형된 HIV 인테그라제는 본 명세서에 기재된 것이다.
[109] 다른 구현예에서, 링커는 사용되지 않는다. 대신에, 예를 들어, 제1 및/또는 제2 폴리뉴클레오타이드 서열은 제1 및 제2 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 핵산을 포함하며, 링커의 기능을 이루는 적어도 하나의 말단에 추가적인 핵산을 추가적으로 포함한다.
[110] 구현예에서, (a) 제1 DNA 결합 단백질은 Cas 9 단백질 또는 아연 집게 단백질이고, (b) 제2 DNA 결합 단백질은 과활성 PiggyBac 트랜스포사제, 또는 과활성 PiggyBac에 비해 외인성 핵산을 게놈에 삽입하는 특이성이 개선된 변형된 과활성 PiggyBac이고, 여기서 핵산 작제물은 (c) XTEN 서열 또는 GGS 서열을 포함하는 링커를 인코딩하는 핵산을 포함하는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 여기서 제1 폴리뉴클레오타이드 서열의 3' 말단은 제2 폴리뉴클레오타이드의 5' 말단에 연결된다.
[111] 하나의 구현예에서, (a) 제1 DNA 결합 단백질은 Cas 9 단백질이고, (b) 제2 DNA 결합 단백질은 과활성 PiggyBac 트랜스포사제, 또는 변형된 과활성 PiggyBac이되, 단 Cas9가 비활성 Cas9 (dcas9)인 경우 링커는 KLAGGAPAVGGGPK (서열 번호 130)이 아니다.
[112] 하나의 구현예에서, a) 제1 DNA 결합 단백질은 아연 집게 단백질이고, (b) 제2 DNA 결합 단백질은 과활성 PiggyBac 트랜스포사제, 또는 변형된 과활성 PiggyBac이며, 여기서 아연 집게 단백질은 다중 인식 부위를 인식할 수 있는데, 이는 본 명세서에 설명된 바와 같이 아연 집게 단백질의 결합 도메인이 선택된 서열에 결합하도록 조작될 수 있기 때문이다.
[113] 하나의 구현예에서, a) 제1 DNA 결합 단백질은 아연 집게 단백질이고, (b) 제2 DNA 결합 단백질은 과활성 PiggyBac 트랜스포사제, 또는 변형된 과활성 PiggyBac이고, 링커는 XTEN이다.
[114] 하나의 구현예에서, (a) 제1 DNA 결합 단백질은 아연 집게 단백질이고, (b) 제2 DNA 결합 단백질은 과활성 PiggyBac 트랜스포사제, 또는 변형된 과활성 PiggyBac이고, 여기서 아연 결합 단백질은 Gal4 DNA 결합 도메인을 가지지 않는다. Gal4는 CGG-N11-CCG에 결합하며, 여기서 N은 임의의 염기일 수 있다. 상기 단백질은 갈락토스를 글루코스로 전환하는데 사용되는 효소를 코딩하는 갈락토스-유도 유전자 예컨대 GAL1, GAL2, GAL7, GAL10, 및 MEL1의 유전자 발현에 대한 양성 조절자이다. 이는 상기 유전자의 (5'-CGGRNNRCYNYNCNCCG-3') (서열 번호 135) 업스트립 활성화 서열 (UAS-G)에서 17 개의 염기쌍 서열을 인식한다. 따라서, Gal4는 짧고 게놈에서 매우 빈번한 서열을 인식하여, 부위 특이적이지 않다. 구체적인 구현예에서, 아연 결합 단백질은 부위-특이적이도록 조작된 Gal4 DNA 결합 도메인을 가진다.
[115] 하나의 구현예에서, (a) 제1 DNA 결합 단백질은 아연 집게 단백질이고, (b) 제2 DNA 결합 단백질은 과활성 PiggyBac 트랜스포사제, 또는 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제이되, 단 링커는 EFGGGGSGGGGSGGGGSQF (서열 번호 131)가 아니다.
[116] 또 다른 구현예에서, (a) 제1 DNA 결합 단백질은 Cas 9 단백질 또는 아연 집게 단백질이고 (b) 제2 DNA 결합 단백질은 HIV 인테그라제, 또는 HIV 인테그라제에 비해 외인성 핵산을 게놈에 삽입하는 특이성이 개선된 변형된 HIV 인테그라제이고, 여기서 핵산 작제물은 (c) XTEN 서열 또는 GGS 서열을 포함하는 링커를 인코딩하는 핵산을 포함하는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 제1 폴리뉴클레오타이드 서열의 3' 말단은 제2 폴리뉴클레오타이드의 5' 말단에 연결된다.
[117] 일부 구현예에서, 핵산 작제물은 DNA 또는 RNA 형태이다.
[118] 또한 본 명세서에 제공된 임의의 핵산 작제물을 포함하는 벡터가 본 명세서에 제공된다. 구체적으로, 벡터는 포유동물 세포, 효모 세포, 곤충 세포, 식물 세포, 진균 세포 또는 조류 세포에서의 발현에 적합하다. 또한 본 명세서에 제공된 임의의 핵산 작제물 또는 벡터를 포함하는 숙주 세포가 본 명세서에 제공된다.
III. 인테그라제 및 변형된 인테그라제
[119] 인테그라제는 바이러스 게놈을 숙주 세포 내로 안정적으로 통합하기 위한 핵심 효소이지만, 야생형 인테그라제에 의한 통합 부위를 예측할 수 없음에 따라 인테그라제는 삽입 돌연변이 유발 (insertional mutagenesis)과도 관련이 있다. 통합은 고도로 전사된 유전자에 대해 바람직한 것으로 나타났으며, 이는 중요한 유전자 및 조절인자의 돌연변이 위험을 증가시킨다. 일반적으로, HIV-1 인테그라제는 N-말단-도메인 (NTD), 촉매 코어- (CCD) 및 C-말단-도메인 (CTD)으로 구성된다. NTD는 중요한 보조 인자로서 Zn2+ 양이온에 결합하고 배위하는데 사용되는 반면, CTD는 DNA 결합에 사용된다. CCD-도메인은 촉매 코어를 형성하여, 통합 과정이 촉매된다. 숙주 세포에 들어가서 바이러스-RNA 게놈의 역전사 후, 4 개의 인테그라제 분자는 사합체를 형성하고 바이러스 DNA의 말단에 부착되며, 이를 인타솜(intasome)이라고 한다. 사전-통합 복합체(pre-integration complex, PIC)는 DNA의 3'OH 말단을 소화하여 5'OH-돌출부를 형성하고, 이는 이후 숙주 DNA에 대한 친핵성 공격에 필요하다. 이러한 PIC의 형성 동안, 복합체는 핵으로 운반된다. 핵으로의 운반 후 PIC는 숙주 DNA와 복합체를 형성하는데, 이를 가닥 전달 복합체(strand transfer complex, STC)라고 한다. 여기서, 바이러스 DNA의 두 3'OH 돌출부 모두 약 5 개의 뉴클레오타이드 공간으로 숙주 DNA 백본의 두 부위를 공격한다. 이로 인해 5 개 뉴클레오타이드의 표적 복제가 발생한다. 친핵성 공격 이후, 바이러스 DNA는 통합되고 숙주-세포 DNA 복구 기구에 의해 단일 가닥 DNA-부분이 복구된다.
[120] 본 발명은 외인성 핵산을 게놈의 특정 부위 내로 삽입하기 위한 인테그라제 및 변형된 인테그라제를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 핵산 작제물을 제공한다. 일부 구현예에서, 삽입을 위한 외인성 핵산은 최대 10 kb, 최대 15 kb, 또는 최대 20 kb의 길이, 예를 들어, 약 1 kb 내지 약 20 kb, 약 1 kb 내지 약 19 kb, 약 1 내지 약 18 kb, 약 1 kb 내지 약 17 kb, 약 1 kb 내지 약 16 kb, 또는 약 1 kb 내지 약 15 kb의 길이일 수 있다. 일부 구현예에서, 외인성 핵산을 게놈 내로 삽입할 수 있는 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 서열은 야생형 인테그라제에 대해 변형될 수 있는 인테그라제를 포함하며, 삽입을 위한 외인성 핵산은 최대 10 kb 또는 최대 15 kb의 길이일 수 있다.
[121] 본 명세서의 일부 양태는 본 명세서에 기재된 방법 및 전략을 사용하여 설계된 인테그라제 융합 단백질을 제공한다. 본 명세서의 일부 구현예는 인테그라제 또는 변형된 인테그라제 및/또는 이를 포함하는 융합 단백질을 인코딩하는 핵산을 제공한다. 본 명세서의 일부 구현예는 인테그라제 또는 변형된 인테그라제 및/또는 이를 포함하는 융합 단백질을 인코딩하는 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드 또는 발현 벡터를 제공한다.
[122] 본 발명의 인테그라제 또는 변형된 인테그라제는 외인성 핵산을 게놈의 특정 부위 내로 삽입할 수 있는 임의의 인테그라제일 수 있다. 인테그라제의 비제한적 예시로는 HIV 인테그라제, 렌티바이러스 인테그라제, 아데노바이러스 인테그라제, 레트로바이러스 인테그라제, 및 유선 마우스 종양 바이러스 인테그라제를 포함한다. 일부 구현예에서, 인테그라제 (예를 들어, 야생형에 대한 하나 이상의 변형을 포함하는 변형된 인테그라제)는 HIV 인테그라제, 특히 NC_001802.1에 해당하는 HIV 인테그라제 서열 (서열 번호 1 및 2, 각각 아미노산 및 핵산 서열)이다. 일부 구현예에서, 변형된 인테그라제는 야생형 HIV 인테그라제 (서열 번호 1 및 2)에 대해 하나 이상의 변형을 포함한다.
[123] 일부 구현예에서, 인테그라제는 변형된 HIV 인테그라제이다. 변형된 HIV 인테그라제는 서열 번호 1의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산: 10, 13, 64, 94, 116, 117, 119, 120, 122, 124, 128, 152, 168, 170, 185, 231, 264, 266, 또는 273으로부터 선택된 하나 이상의 아미노산의 돌연변이를 포함할 수 있다. 변형된 HIV 인테그라제 돌연변이는 표 8에 나열된 하나 이상의 아미노산 변형을 포함할 수 있다. 변형된 HIV 인테그라제 돌연변이는 서열 번호 1 또는 서열 번호 3의 아미노산 넘버링에 해당하는 D10K, E13K, D64A, D64E, G94D, G94E, G94R, G94K, D116A, D116E, N117D, N117E, N117R, N117K, S119A, S119P, S119T, S119G, S119D, S119E, S119R, S119K, N120D, N120E, N120R, N120K, T122K, T122I, T122V, T122A, T122R, A124D, A124E, A124R, A124K, A128T, E152A, E152D, Q168L, Q168A, E170G, F185K, R231G, R231K, R231D, R231E, R231S, K264R, K266R, 또는 K273R로부터 선택된 하나 이상의 아미노산 변형을 포함할 수 있다.
[124] 일부 구현예에서, 변형된 인테그라제는 예를 들어, 서열 번호 1 또는 서열 번호 4의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산 94, 117, 119, 120, 124, 및/또는 231에서 DNA 결합을 손상시키는 야생형에 대한 하나 이상의 돌연변이 (예를 들어, G94D, G94E, G94R, G94K, N117D, N117E, N117R, N117K, S119A, S119P, S119T, S119G, S119D, S119E, S119R, S119K, N120D, N120E, N120R, N120K, A124D, A124E, A124R, A124K , R231G, R231K, R231D, R231E, 및/또는 R231K)를 포함할 수 있다.
[125] 일부 구현예에서, 변형된 인테그라제는 예를 들어, 서열 번호 1 또는 서열 번호 5의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산 94, 117, 119, 120, 122, 124, 및/또는 231에서 DNA 결합을 향상시키는 야생형에 대한 하나 이상의 돌연변이 (예를 들어, G94D, G94E, G94R, G94K, N117D, N117E, N117R, N117K, S119A, S119P, S119T, S119G, S119D, S119E, S119R, S119K, N120D, N120E, N120R, N120K, T122K, T122I, T122V, T122A, T122R, A124D, A124E, A124R, A124K, R231G, R231K, R231D, R231E, 및/또는 R231S)를 포함할 수 있다.
[126] 일부 구현예에서, 변형된 인테그라제는 예를 들어, 서열 번호 1 또는 서열 번호 6의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산 264, 266, 및/또는 273 (예를 들어, K264R, K266R, 및/또는 K273R)에 p300에 의한 인테그라제 아세틸화에 수반되는 야생형에 대한 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다.
[127] 일부 구현예에서, 변형된 인테그라제는 예를 들어, 서열 번호 1 또는 서열 번호 7의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산 10, 13, 64, 116, 128, 152, 168, 및/또는 170 (예를 들어, D10K, E13K, D64A, D64E, D116A, D116E, A128T, E152A, E152D, Q168L, Q168A, 및/또는 E170G)에 레트로바이러스 통합 재조합에 필수적인 고도로 보존된 아미노산에서 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다.
[128] 일부 구현예에서, 변형된 인테그라제는 예를 들어, 서열 번호 1 또는 서열 번호 8의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산 168 (예를 들어, Q168L 또는 Q168A)에 LEDGF/p75와의 상호 작용을 방해하고 염색체 테더링 및 HIV-1 복제를 손상시키는 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다.
[129] 일부 구현예에서, 변형된 HIV 인테그라제는 서열 번호 1에 제시된 서열에 대해 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 상동성인 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형된 HIV 인테그라제는 서열 번호 1, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8에 대해 본 명세서에 개시된 하나 이상의 변형을 가지는 아미노산 서열을 포함하고, 각각 서열 번호 1, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8에 제시된 서열에 대해 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 상동성을 유지한다. 일부 구현예에서, 변형된 HIV 인테그라제는 야생형 HIV 인테그라제에 비해 게놈으로의 DNA 통합의 높은 특이성을 위해 선택된다.
[130] 본 발명의 특정 양태는 숙주 세포, 예를 들어, 포유동물 세포, 효모 세포, 곤충 세포, 식물 세포, 진균 세포 또는 조류 세포에서의 발현에 적합한 본 발명의 인테그라제 또는 변형된 인테그라제를 포함하는 핵산 작제물을 포함하는 벡터 또는 플라스미드 (예를 들어, 발현 벡터 또는 패키징 벡터)에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 인테그라제 또는 변형된 인테그라제는 Cas9 또는 아연 집게 단백질과의 융합 단백질로서 발현된다. 일부 구현예에서, 인테그라제 또는 변형된 인테그라제는 별도의 벡터로부터 Cas9 또는 아연 집게 단백질과 공동 발현되지만, 동일한 세포로 전달된다. 일부 구현예에서, 인테그라제 또는 변형된 인테그라제 또는 이를 포함하는 융합 단백질은 세포에 전달하기 위해 렌티바이러스 입자로 패키징된다.
IV. 트랜스포사제 및 변형된 트랜스포사제
[131] 트랜스포존은 전위를 겪을 수 있는 염색체 분절, 예를 들어, 숙주 DNA에 상보적인 서열이 부재하는 경우 전체적으로 전위될 수 있는 DNA이다. 트랜스포존은 인간 세포에서 긴 범위의 DNA 조작을 수행하는데 사용될 수 있다. 포유동물 세포에서 사용되는 일반적인 트랜스포존 시스템으로는 나방 트리코플루시아(Trichoplusia)으로부터 단리된 비활성 트랜스포존, 및 PiggyBac (PB)으로부터 작제된 슬리핑 뷰티 (SB)를 포함한다. PiggyBac은 SB 보다 전위 활성이 높고 흉터없이 절제될 수 있다.
[132] 천연 DNA 트랜스포존은 일반적으로 트랜스포사제 단백질을 코딩하는 단일 유전자를 포함하며, 이는 트랜스포사제 결합 부위를 운반하는 말단 역반복체 (ITR)에 의해 측면에 존재한다. 전위 동안, 트랜스포사제 단백질은 이러한 ITR를 인식하여 절제를 촉매하고 이후 다른 곳에서 무작위 방식으로 요소의 재통합을 촉매한다. 게다가, 이러한 트랜스포존 일부는 이를 2 성분 시스템으로 사용하는 유전자 요법 프로토콜에 사용하도록 조정될 수 있으며, 이러한 시스템에서 플라스미드는 발현 카세트를 포함하여, 여기서 트랜스포존 ITR 사이에 배치된 DNA 서열은 트랜스포사제 효소 또는 시험관 내 합성된 이의 mRNA를 인코딩하는 서열을 포함하는 공동-형질감염된 플라스미드에 의해 지시된 숙주 게놈 내로 도입될 수 있다. 본 발명의 특정 양태에서 트랜스포존-기반은 치료 유전자와 같은 이식유전자의 안정적인 통합 및 지속적인 발현을 효과적으로 매개하는데 사용된다.
[133] 본 발명은 외인성 핵산을 게놈의 특정 부위 내로 삽입하기 위한 트랜스포사제 또는 변형된 트랜스포사제를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 핵산 작제물을 제공한다. 일부 구현예에서, 삽입을 위한 외인성 핵산은 최대 20kb의 길이, 최대 25kb의 길이, 최대 30kb의 길이, 또는 최대 40kb의 길이, 예를 들어, 약 1 kb 내지 약 40 kb, 약 1 kb 내지 약 39 kb, 약 1 내지 약 38 kb, 약 1 kb 내지 약 37 kb, 약 1 kb 내지 약 36 kb, 약 1 kb 내지 약 35 kb, 약 1 kb 내지 약 30 kb, 약 1 kb 내지 약 30 kb, 또는 약 1 kb 내지 약 25 kb의 길이일 수 있다. 일부 구현예에서, 외인성 핵산을 게놈 내로 삽입할 수 있는 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 서열은 트랜스포사제 또는 야생형 트랜스포사제에 대해 변형된 트랜스포사제을 포함하며, 삽입을 위한 외인성 핵산은 최대 35 kb 또는 최대 40 kb의 길이일 수 있다.
[134] 본 발명의 트랜스포사제 또는 변형된 트랜스포사제는 외인성 핵산을 게놈의 특정 부위 내로 삽입할 수 있는 임의의 트랜스포사제일 수 있다. 본 명세서의 일부 양태는 본 명세서에 기재된 방법 및 전략을 사용하여 설계된 트랜스포사제 융합 단백질을 제공한다. 본 명세서의 일부 구현예는 이러한 트랜스포사제 또는 변형된 트랜스포사제 및/또는 이를 포함하는 융합 단백질을 인코딩하는 핵산을 제공한다. 본 명세서의 일부 구현예는 트랜스포사제 또는 변형된 트랜스포사제 및/또는 이를 포함하는 융합 단백질을 인코딩하는 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드 또는 발현 벡터를 제공한다.
[135] 트랜스포사제의 비제한적인 예로는 프로그 프린스(Frog Prince), 슬리핑 뷰티, 과활성 슬리핑 뷰티, PiggyBac, 및 과활성 PiggyBac를 포함한다. 일부 구현예에서, 트랜스포사제는 서열 번호 9 및 67에 해당하는 과활성 PiggyBac 트랜스포사제이다 (본 명세서에 hyPB 또는 간단하게 PB로도 지칭). 일부 구현예에서, 변형된 트랜스포사제는 과활성 PiggyBac 트랜스포사제 (서열 번호 9)에 대해 하나 이상의 변형을 포함한다.
[136] 일부 구현예에서, 트랜스포사제는 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제이다. 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 서열 번호 9의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산: 245, 268, 275, 277, 287, 290, 315, 325, 341, 346, 347, 350, 351, 356, 357, 372, 375, 388, 409, 412, 432, 447, 450, 460, 461, 465, 517, 560, 564, 571, 573, 576, 586, 587, 589, 592, 및 594으로부터 선택된 하나 이상의 아미노산의 돌연변이를 포함할 수 있다. 변형된 과활성 PiggyBac 돌연변이는 표 3에 나열된 하나 이상의 아미노산 변형을 포함할 수 있다. 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제 돌연변이는 서열 번호 9 또는 서열 번호 10의 아미노산 넘버링에 해당하는 R245A, D268N, R275A/R277A, K287A, K290A, K287A/K290A, R315A, G325A, R341A, D346N, N347A, N347S, T350A, S351E, S351P, S351A, K356E, N357A, R372A, K375A, R372A/K375A, R388A, K409A, K412A, K409A/K412A, K432A, D447A, D447N, D450N, R460A, K461A, R460A/K461A, W465A, S517A, T560A, S564P, S571N, S573A, K576A, H586A, I587A, M589V, S592G, 또는 F594L으로부터 선택된 아미노산 변형 중 하나 이상을 포함할 수 있다.
[137] 일부 구현예에서, 변형된 트랜스포사제는, 예를 들어, 서열 번호 9 또는 서열 번호 11의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산 268 및/또는 346에서 보존된 촉매 트라이어드(catalytic triad)에 관여하는 hyPB에 대한 하나 이상의 돌연변이 (예를 들어, D268N 및/또는 D346N)를 포함할 수 있다.
[138] 일부 구현예에서, 변형된 트랜스포사제는 예를 들어, 서열 번호 9 또는 서열 번호 12의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산 287, 287/290 및/또는 460/461에서 절제에 중요한 hyPB에 대한 하나 이상의 돌연변이 (예를 들어, K287A, K287A/K290A, 및/또는 R460A/K461A)를 포함할 수 있다.
[139] 일부 구현예에서, 변형된 트랜스포사제는 예를 들어, 서열 번호 9 또는 서열 번호 13의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산 351, 356, 및/또는 379에서 표적 접합에 관여하는 hyPB에 대한 하나 이상의 돌연변이 (예를 들어, S351E, S351P, S351A, 및/또는 K356E)를 포함할 수 있다.
[140] 일부 구현예에서, 변형된 트랜스포사제는 예를 들어 서열 번호 9 또는 서열 번호 14의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산 560, 564, 571, 573, 589, 592, 및/또는 594에서 통합에 중요한 hyPB에 대한 하나 이상의 돌연변이 (예를 들어, T560A, S564P, S571N, S573A, M589V, S592G, 및/또는 F594L)를 포함할 수 있다.
[141] 일부 구현예에서, 변형된 트랜스포사제는 예를 들어, 서열 번호 9 또는 서열 번호 15의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산 325, 347, 350, 357 및/또는 465에서 정렬에 관여하는 hyPB에 대한 하나 이상의 돌연변이 (예를 들어, G325A, N347A, N347S, T350A 및/또는 W465A)를 포함할 수 있다.
[142] 일부 구현예에서, 변형된 트랜스포사제는, 예를 들어, 서열 번호 9 또는 서열 번호 16의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산 576 및/또는 587에서 잘 보존된 hyPB에 대한 하나 이상의 돌연변이 (예를 들어, K576A 및/또는 I587A)를 포함할 수 있다.
[143] 일부 구현예에서, 변형된 트랜스포사제는 예를 들어, 서열 번호 9 또는 서열 번호 17의 아미노산 넘버링에 해당하는 586에서 Zn2+ 결합에 관여하는 hyPB에 대한 하나 이상의 돌연변이 (예를 들어, H586A)를 포함할 수 있다.
[144] 일부 구현예에서, 프로그래밍 가능한 트랜스포사제는 예를 들어, 서열 번호 9 또는 서열 번호 18의 아미노산 넘버링에 해당하는 315, 341, 372, 및/또는 375에서 통합에 관여하는 hyPB에 대한 하나 이상의 돌연변이 (예를 들어, R315A, R341A, R372A, 및/또는 K375A)를 포함할 수 있다.
[145] 일부 구현예에서, 변형된 과활성 PiggyBac은 서열 번호 9에 제시된 서열에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 상동성인 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형된 과활성 PiggyBac은 과활성 PiggyBac에 비해 게놈으로의 DNA 통합의 높은 특이성을 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 변형된 과활성 PiggyBac은 서열 번호 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 또는 18에 대해 본 명세서에 개시된 하나 이상의 변형을 가지는 아미노산 서열을 포함하고, 각각 서열 번호 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 또는 18에 제시된 서열에 대해 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 상동성을 유지한다.
[146] 일부 구현예에서, 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 서열 번호 67에 대해 적어도 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 상동성을 가지는 핵산 서열에 의해 인코딩된다. 일부 구현예에서, SB100 트랜스포사제는 서열 번호 68에 대해 적어도 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 상동성을 가지는 핵산 서열에 의해 인코딩된다.
[147] 일부 구현예에서, PB 트랜스포사제는 서열 번호 72에 대해 적어도 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, SB100 트랜스포사제는 서열 번호 73에 대해 적어도 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함한다.
[148] 일부 구현예에서, 변형된 트랜스포사제는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 변형된 슬리핑 뷰티 트랜스포사제이다. 일부 구현예에서, 과활성 슬리핑 뷰티 트랜스포사제 또는 SB100의 하나 이상의 돌연변이는 서열 번호 9 또는 서열 번호 73의 L25F, R36A, I42K, G59D, I212K, N245S, K252A 및 Q271L에 해당한다.
[149] 특정 구현예에서, 변형된 트랜스포사제는 Himar1C9 돌연변이체가 아니다.
[150] 본 발명의 특정 양태는 숙주 세포, 예를 들어, 포유동물 세포, 효모 세포, 곤충 세포, 식물 세포, 진균 세포 또는 조류 세포에서의 발현에 적합한 본 발명의 트랜스포사제 또는 변형된 트랜스포사제를 포함하는 핵산 작제물을 포함하는 벡터 또는 플라스미드 (예를 들어, 발현 벡터 또는 패키징 벡터)에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 트랜스포사제 또는 변형된 트랜스포사제는 Cas9과의 융합 단백질로서 발현된다. 일부 구현예에서, 트랜스포사제 또는 변형된 트랜스포사제는 별도의 벡터로부터 Cas9와 공동 발현되지만, 동일한 세포로 전달된다. 일부 구현예에서, 트랜스포사제 또는 변형된 트랜스포사제 또는 이를 포함하는 융합 단백질은 세포에 전달하기 위해 렌티바이러스 입자로 패키징된다.
[151] 실시예 20에 나타난 바와 같이, 새롭게 개발된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제 돌연변이 라이브러리는 특이적 표적화된 전위를 수행하는 변형된 과활성 PiggyBac을 식별하는데 사용될 수 있다. 양성 표적화된 전위를 가지는 변형된 과활성 PiggyBac은 이러한 라이브러리를 사용하여 식별되었다.
[152] 일부 구현예에서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 서열 번호 9의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산: 245, 275, 277, 325, 347, 351, 372, 375, 388, 450, 465, 560, 564, 573, 589, 592, 594으로부터 선택된 하나 이상의 아미노산의 돌연변이를 포함할 수 있다.
[153] 일부 구현예에서, 변형된 과활성 PiggyBac 돌연변이는 표 11에 나열된 하나 이상의 아미노산 변형을 포함할 수 있다.
[154] 일부 구현예에서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제 돌연변이는 서열 번호 9 또는 SEQ ID NO119의 아미노산 넘버링에 해당하는 R245A, R275A, R277A, R275A/R277A, G325A, N347A, N347S, S351E, S351P, S351A, R372A, K375A, R388A, D450N, W465A, T560A, S564P, S573A, M589V, S592G, 또는 F594L으로부터 선택된 아미노산 변형 중 하나 이상을 포함할 수 있다.
[155] 구현예에서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 서열 번호 9 또는 서열 번호 119의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산 변형 D450을 포함한다.
[156] 구현예에서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 서열 번호 9 또는 서열 번호 119의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산 변형 R372A, K375A 및 D450을 포함한다.
[157] 구현예에서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 서열 번호 9 또는 서열 번호 119의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산 변형 R245A 및 D450을 포함한다.
[158] 구현예에서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 서열 번호 9 또는 서열 번호 119의 아미노산 넘버링에 해당하는 아미노산 변형 R245A, G325A, 및 S573P를 포함한다.
[159] 구현예에서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 서열 번호 9 또는 서열 번호 119의 아미노산 넘버링에 해당하는아미노산 변형 R245A, G325A, D450 및 S573P를 포함한다.
[160] 앞서 말한 바와 같이, 본 명세서에 개시된 요소에 융합될 수 있지만, 또한 단독으로 또는 상이한 요소와 조합하여 사용될 수 있는 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제가 본 명세서에 제공된다. 상기 트랜스포사제는 본 발명자들에 의해 생성하였다. 이에 따라, 아미노산 서열 서열 번호 9를 포함하는 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제가 제공되며, 여기서:
i. 위치 245의 아미노산은 A이고,
ii. 위치 275의 아미노산은 R 또는 A이고,
iii. 위치 277의 아미노산은 R 또는 A이고,
iv. 위치 325의 아미노산은 A 또는 G이고,
v. 위치 347의 아미노산은 N 또는 A이고,
vi. 위치 351의 아미노산은 E, P 또는 A이고,
vii. 위치 372의 아미노산은 R이고,
viii. 위치 375의 아미노산은 A이고,
ix. 위치 450의 아미노산은 D 또는 N이고,
x. 위치 465의 아미노산은 W 또는 A이고,
xi. 위치 560의 아미노산은 T 또는 A이고,
xii. 위치 564의 아미노산은 P 또는 S이고,
xiii. 위치 573의 아미노산은 S 또는 A이고,
xiv. 위치 592의 아미노산은 G 또는 S이고,
xv. 위치 594의 아미노산은 L 또는 F이다.
[161] 일부 구현예에서, 변형된 과활성 PiggyBac은 서열 번호 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 및 129로 구성된 군으로부터 선택되는 아미노산 서열을 포함한다.
[162] 일부 구현예에서, 변형된 과활성 PiggyBac은 서열 번호 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128 또는 129에 대해 본 명세서에 개시된 하나 이상의 변형을 가지는 아미노산 서열을 포함하고, 각각 서열 번호 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128 또는 129에 제시된 서열에 대해 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 상동성을 유지한다. 일부 구현예에서, 변형된 과활성 PiggyBac은 과활성 PiggyBac에 비해 게놈으로의 DNA 통합의 높은 특이성을 위해 선택된다.
[163] 본 발명은 또한, 생체 외 또는 생체 내에서, 구체적으로 유전자 요법에서, 의약으로서 사용하기 위해 본 명세서에 제공된 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제에 관한 것이다.
V. CAS9 및 아연 집게 유전자 편집
[164] 현재의 게놈 조작 도구는 조작된 아연 집게 단백질 (ZFP), 전사 활성인자 유사 이펙터 뉴클레아제 (TALEN)를 포함하며, 더욱 최근에는, RNA-가이드 DNA 엔도뉴클레아제 Cas9가 게놈에서 서열-특이적 DNA 절단을 수행한다. 이러한 프로그래밍 가능한 절단은 비-상동 말단 접합 (NHEJ)을 통한 절단 부위의 DNA의 돌연변이 또는 상동성-지정 복구 (HDR)를 통한 절단 부위를 둘러싼 DNA 교체를 초래할 수 있다.
[165] 본 발명의 특정 양태는 특정 게놈 DNA 서열에 결합하도록 조작된 DNA 결합 단백질, 예를 들어, Cas9 및 ZFP을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 핵산 작제물에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 이러한 DNA 결합 단백질은 유전자 편집을 위해 본 명세서에 개시된 변형된 인테그라제 또는 변형된 트랜스포사제에 융합된다.
i. Cas9
[166] CRISPR-Cas9 시스템은 서열-특이적 이중 가닥 절단 (DSB)을 통해 유전자를 비활성화 또는 변형시키는데 매우 효과적인 도구이다. 이러한 DSB는 세포 DNA 손상 반응 기구에 의해 인식되고 내인성 DSB 복구 경로에 의해 복구될 수 있다. 우세한 복구 경로는 NHEJ (비상동 말단 연결)이며, 이는 종종 프레임시프트 돌연변이를 생성하고 유전자 기능을 방해할 수 있는 작은 삽입 및/또는 결실을 초래한다. 이러한 경로는 유전자 녹아웃 돌연변이를 생성하도록 활용될 수 있다. 택일적으로, 복구 주형의 존재하에, 손상은 상동성-지정 복구 (HDR)에 의해 원활하게 복구될 수 있다. 그러나, 놀라운 발전에도 불구하고, 정확한 유전자 변형을 도입하기 위한 HDR 매개 게놈 편집은 NHEJ 매개 유전자 파괴보다 효율성이 훨씬 낮다. 또한, HDR 경로에 의한 대규모 다중 kb 교체는 어려운 결과를 초래하고, 선택 및/또는 대규모 집단 세포 분류를 필요로 한다. 결과적으로, HDR 경로의 주된 적용은 유전자 내 핵심 영역의 국소적인 대체이다.
[167] 용어 "Cas9" 및 "Cas9 뉴클레아제"는 Cas9 단백질, 또는 이의 단편 (예를 들어, Cas9의 활성 또는 비활성 DNA 절단 도메인, 및/또는 Cas9의 gRNA 결합 도메인을 포함하는 단백질)을 포함하는 RNA-가이드 뉴클레아제를 지칭한다. Cas9 뉴클레아제는 종종 casn1 뉴클레아제 또는 CRISPR (클러스터형 규칙적 간격의 짧은 회문 반복부)-관련 뉴클레아제로도 지칭된다. CRISPR은 이동성 유전 요소 (바이러스, 전이 요소 및 접합 플라스미드)에 대한 보호를 제공하는 적응 면역 시스템이다. CRISPR 클러스터는 스페이서, 선행 이동 요소에 상보적인 서열 및 표적 침입 핵산을 포함한다. CRISPR 클러스터는 전사되어 CRISPR RNA (crRNA)로 처리된다. 유형 II CRISPR 시스템에서, pre-crRNA의 정확하게 처리하기 위해 트랜스-인코딩된 작은 RNA (tracrRNA), 내인성 리보뉴클레아제 3 (rnc) 및 Cas9 단백질이 필요하다. tracrRNA는 pre-crRNA의 리보뉴클레아제 3-보조(aided) 가공을 위한 가이드로서 역할을 한다. 후속적으로, Cas9/crRNA/tracrRNA는 스페이서에 상보적인 선형 또는 원형 dsDNA 표적을 핵산내부분해방식으로(endonucleolytically) 절단한다. crRNA에 상보적이지 않은 표적 가닥은 먼저 핵산내부분해방식으로 절단된 다음, 3 ′-5′핵산외부분해방식으로(exonucleolytically) 트리밍된다. 자연적으로, DNA 결합 및 절단에는 일반적으로 단백질과 두 RNA가 모두 필요하다. 그러나, 단일 가이드 RNA ("sgRNA", 또는 간단히 "gRNA")는 crRNA 및 tracrRNA의 두 양상이 단일 RNA 종으로 통합되도록 하기 위해 조작될 수 있다.
[168] Cas9는 CRISPR 반복 서열에서 짧은 모티프 (PAM 또는 프로토스페이서 인접 모티프)를 인식하여 자기(self) 또는 비-자기(non-self) 구별을 돕는다. Cas9 뉴클레아제 서열 및 구조는 당업자에게 공지되어 있다. Cas9 오르쏘로그는 S. 피오게네스(S. pyogenes) 및 S. 써모필루스(S. thermophilus)를 포함하지만, 이로만 제한되지 않는, 다양한 종에서 설명되어 있다. 추가의 적합한 Cas9 뉴클레아제 및 서열은 본 명세서에 기초하여 당업자에게 명백할 것이며 이러한 Cas9 뉴클레아제 및 서열은 문헌 [Chylinski, et al., "The tracrRNA and Cas9 families of type II CRISPR-Cas immunity systems" (2013) RNA Biology 10:5, 726-737]에 개시된 유기체 및 유전자좌로부터의 Cas9 서열을 포함하며; 상기 문헌의 전체 내용은 본 명세서에 참조 문헌으로 포함된다.
[169] 일부 구현예에서, Cas9 뉴클레아제는 비활성 (예를 들어, 비활성화된) DNA 절단 도메인을 가진다. 뉴클레아제-비활성화된 Cas9 단백질은 "dCas9" 단백질 (뉴클레아제-"멸실" Cas9의 경우)로서 호환적으로 지칭될 수 있다. 비활성 DNA 절단 도메인을 가지는 Cas9 단백질 (또는 이의 단편)을 생성하는 방법은 공지되어 있다 (예를 들어, 문헌 [Jinek et al., Science. 337:816-821(2012); Qi et al., "Repurposing CRISPR as an RNA-Guided Platform for Sequence-Specific Control of Gene Expression" (2013) Cell. 28; 152(5):1173-83]을 참조하며, 각각의 전체 내용은 본 명세서에 참조 문헌으로 포함).
[170] 예를 들어, Cas9의 DNA 절단 도메인은 두 개의 하위 도메인인, HNH 뉴클레아제 하위 도메인 및 RuvC1 하위 도메인을 포함하는 것으로 공지되어 있다. HNH 하위 도메인은 gRNA에 상보적인 가닥을 절단하는 반면, RuvC1 하위 도메인은 비상보적인 가닥을 절단한다. 이러한 하위 도메인 내의 돌연변이는 Cas9의 뉴클레아제 활성을 침묵시킬 수 있다. 예를 들어, 돌연변이 D10A 및 H841A는 S. 피오게네스 Cas9의 뉴클레아제 활성을 완전히 비활성화시킨다. Cas9 닉카제는 RuvC 뉴클레아제 도메인의 점 돌연변이 (D10A)에 의해 구별되는 Cas9 뉴클레아제의 변이체이며, DNA에 흠집을 낼 수는 있지만, 절단할 수는 없다.
[171] 용어 "Cas9"는 또한 변이체 및 이의 기능적 단편을 포함한다. 일부 구현예에서, Cas9의 단편을 포함하는 단백질이 제공된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 단백질은 두 Cas9 도메인 중 하나를 포함한다: (1) Cas9의 gRNA 결합 도메인; 또는 (2) Cas9의 DNA 절단 도메인. 일부 구현예에서, Cas9 또는 이의 단편을 포함하는 단백질은 "Cas9 변이체"로서 지칭된다. Cas9 변이체는 Cas9, 또는 이의 단편과 상동성을 공유한다. 예를 들어, Cas9 변이체는 야생형 Cas9에 대해 적어도 약 70% 상동성, 적어도 약 80% 상동성, 적어도 약 90% 상동성, 적어도 약 95% 상동성, 적어도 약 96% 상동성, 적어도 약 97% 상동성, 적어도 약 98% 상동성, 적어도 약 99% 상동성, 적어도 약 99.5% 상동성, 또는 적어도 약 99.9% 상동성일 수 있다. 일부 구현예에서, Cas9 변이체는 Cas9의 단편 (예를 들어, gRNA 결합 도메인 또는 DNA-절단 도메인)을 포함하며, 이에 따라 단편은 야생형 Cas9의 상응하는 단편에 대해 적어도 약 70% 상동성, 적어도 약 80% 상동성, 적어도 약 90% 상동성, 적어도 약 95% 상동성, 적어도 약 96% 상동성, 적어도 약 97% 상동성, 적어도 약 98% 상동성, 적어도 약 99% 상동성, 적어도 약 99.5% 상동성, 또는 적어도 약 99.9% 상동성을 가진다. 일부 구현예에서, Cas9는 다음으로부터 유래한 Cas9를 지칭한다: 코리네박테리움 울세란스(Corynebacterium ulcerans) (NCBI 참조: NC_015683.1, NC_017317.1) (서열 번호 19); 코리네박테리움 디프테리아(Corynebacterium diphtheria) (NCBI 참조: NC_016782.1, NC_016786.1) (서열 번호 20); 스피로플라스마 시르피디콜라(Spiroplasma syrphidicola)(NCBI 참조: NC_021284.1) (서열 번호 21); 프레보텔라 인터메디아(Prevotella intermedia) (NCBI 참조: NC_017861.1) (서열 번호 22); 스피로플라스마 타이와넨세(Spiroplasma taiwanense) (NCBI 참조: NC_021846.1) (서열 번호 23); 스트렙토코커스 이니애(Streptococcus iniae) (NCBI 참조: NC_021314.1) (서열 번호 24); 벨리엘라 발티카(Belliella baltica) (NCBI 참조: NC_018010.1) (서열 번호 25); 사이크로플렉수스 토르퀴스(Psychroflexus torquisi) (NCBI 참조: NC_018721.1) (SEQ ID NO26); 스트렙토코커스 써모필러스(Streptococcus thermophilus) (NCBI 참조: YP_820832.1) (SEQ ID NO27); 리스테리아 인노쿠아(Listeria innocua) (NCBI 참조: NP_472073.1) (SEQ ID NO28); 캄필로박터 제주니(Campylobacter jejuni) (NCBI 참조: YP_002344900.1) (서열 번호 29); 또는 나이세리아 메닌지티디스(Neisseria. meningitidis) (NCBI 참조: YP_002342100.1) (서열 번호 30).일부 구현예에서, 야생형 Cas9는 스트렙토코커스 피오게네스로부터의 Ca9 (NCBI 참조 서열: NC_017053.1) (서열 번호 31)에 해당한다.
[172] 공지된 Cas9 단백질 가운데, S. 피오게네스 Cas9가 게놈 조작을 위한 도구로서 널리 사용된다. 이러한 Cas9 단백질은 두 개의 별개의 뉴클레아제 도메인을 포함하는 큰, 다중-도메인 단백질이다. 점 돌연변이는 Cas9 내에 도입되어 abolish 뉴클레아제 활성을 없애, sgRNA-프로그래밍된 방식으로 DNA에 결합하는 능력을 여전히 유지하는 멸실 Cas9 (dCas9)를 생성할 수 있다. 원칙적으로, 또 다른 단백질 또는 도메인에 융합될 경우, dCas9는 간단하게 적절한 sgRNA와의 공동 발현에 의해 사실상 임의의 DNA 서열에 대해 해당 단백질을 표적화할 수 있다.
[173] 본 발명은 외인성 핵산을 게놈의 특정 부위 내로 삽입하기 위한 Cas9 단백질을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 핵산 작제물을 제공한다. 본 명세서의 일부 양태는 Cas9 단백질 및 본 발명의 변형된 인테그라제 또는 변형된 트랜스포사제를 포함하는 융합 단백질을 제공한다. 본 명세서의 일부 구현예는 이러한 Cas9 단백질 또는 융합 단백질을 인코딩하는 핵산을 제공한다. 일부 구현예는 이러한 핵산을 포함하는 플라스미드 또는 발현 벡터를 제공한다.
[174] 본 명세서에 개시된 핵산 작제물에 의해 인코딩된 Cas9는 게놈의 특정 게놈 DNA 서열에 결합할 수 있는 임의의 Cas9일 수 있다. Cas9 단백질의 예로는 인간 Cas9 (hCas9), 닉카제 Cas9 (nCas9), 멸실 Cas9 (dCas9), 스트렙토코커스 피오게네스 Cas9, 스타필로코커스 아우레우스 Cas9, Cas12a, Cas12b, 멸실 Cas9 (dCas9), 변이체 및 이의 기능적 단편을 포함한다. 일부 구현예에서, Cas9는 인간 Cas9 또는 변이체 또는 이의 기능적 단편이다.
[175] 일부 구현예에서, hCas9는 서열 번호 64에 대해 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 가지는 핵산 서열에 의해 인코딩된다. 일부 구현예에서, nCas9는 서열 번호 65에 대해 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 가지는 핵산 서열에 의해 인코딩된다. 일부 구현예에서, dCas9는 서열 번호 66에 대해 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 가지는 핵산 서열에 의해 인코딩된다.
[176] 일부 구현예에서, hCas9는 서열 번호 69에 대해 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 가지는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, nCas9는 서열 번호 70에 대해 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 가지는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, dCas9는 서열 번호 71에 대해 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 가지는 아미노산 서열을 포함한다.
[177] 본 발명의 특정 양태는 숙주 세포, 예를 들어, 포유동물 세포, 효모 세포, 곤충 세포, 식물 세포, 진균 세포 또는 조류 세포에서의 발현에 적합한 Cas9를 포함하는 핵산 작제물을 포함하는 벡터 또는 플라스미드 (예를 들어, 발현 벡터 또는 패키징 벡터)에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 핵산 작제물은 본 발명의 변형된 트랜스포사제와의 융합 단백질로서 발현되는 Cas9를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함한다.
ii. 아연 집게 단백질
[178] 본 발명은 또한 외인성 핵산을 게놈의 특정 부위 내로 삽입하기 위한 아연 집게 단백질 (ZFP)을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 핵산 작제물을 제공한다. 본 명세서의 일부 양태는 ZFP 및 본 발명의 변형된 인테그라제 또는 변형된 트랜스포사제를 포함하는 융합 단백질을 제공한다. 본 명세서의 일부 구현예는 이러한 ZFP 또는 융합 단백질을 인코딩하는 핵산을 제공한다. 본 명세서의 일부 구현예는 이러한 인코딩 핵산을 포함하는 플라스미드 또는 발현 벡터를 제공한다.
[179] 본 발명에 사용되는 아연 집게 단백질은 서열-특이적 방식으로 DNA에 결합하는 단백질이다. ZFP는 진핵생물에 고르지 않게 분포되어 있다. ZFP는 DNA 인식, RNA 결합, 및 단백질 결합에 관여하는 것으로 식별되어 있다. 특정 분류의 아연 집게 단백질은 접힌 도메인에서 단백질 백본의 전체 형태를 고려하여 "접힘 그룹(fold group)"에 기초한다. 아연 집게의 가장 흔한 "접힘 그룹"은 C2H2 또는 Cys2His2-유사 ("고전적인 아연 집게"), 트레블 클레프 (treble clef), 및 아연 리본이다. 이러한 단백질의 한 부류 (C2H2 부류)를 특징으로 하는 대표적인 모티프는 -Cys- (X) 2-4 -Cys- ( X) 12 -His- (X) 3-5 -His (여기서 X는 임의의 아미노산)이다.
[180] 본 발명의 ZFP는 게놈의 특정 게놈 DNA 서열에 결합할 수 있는 임의의 ZFP, 변이체 또는 이의 기능적 단편일 수 있다. ZFP의 비제한적인 예로는 C2H2, 개그 너클(gag knuckle), 트레블 클레퍼, 아연 리본, Zn2/Cys6-유사, 또는 TAZ2 도메인-유사, 또는 임의의 이의 조합으로부터 선택된 접힘 그룹 또는 아연 집게 모티프를 포함하는 ZFP를 포함한다. 일부 구현예에서, ZFP는 C2H2 아연 집게 단백질이다. 일부 구현예에서, ZFP는 조작된 ZFP이다.
[181] 조작된 아연 집게 어레이는 DNA 절단 도메인 (보통 FokI의 절단 도메인)에 융합되어 아연 집게 뉴클레아제를 생성할 수 있다. 이러한 아연 집게-FokI 융합은 게놈 조작에 대해 유용한 시약이 되었다.
[182] 본 발명의 ZFP는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 개 이상의 아연 집게 도메인을 포함할 수 있다. ZFP는 2-12, 2-10, 2-8, 3-8, 4-8, 또는 5-8 개의 아연 집게 도메인을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, ZFP는 6 개의 아연 집게 도메인을 포함할 수 있다.
[183] 일반적인 모듈식 어셈블리 공정은 각각 3-염기쌍 DNA 서열을 인식할 수 있는 별도의 아연 집게를 조합하여 3-집게, 4-, 5-, 또는 6-집게 어레이를 생성하는 하는 단계를 포함하며 이는 9 개의 염기쌍 내지 18 개의 염기쌍 길이 범위의 표적 부위를 인식한다. 또 다른 방법은 2-집게 모듈을 사용하여 최대 6개의 개별 아연 집게를 가지는 아연 집게 어레이를 생성하는 것이다.
[184] 일부 구현예에서, ZFP의 결합 도메인은 선택된 서열에 결합하도록 조작될 수 있다. 조작된 아연 집게 결합 도메인은 자연 발생 ZFP에 비해 결합 특이성이 개선될 수 있다. 일부 구현예에서, ZFP를 인코딩하는 핵산 서열은 서열 번호 32, 서열 번호 34, 서열 번호 36, 또는 서열 번호 38에 해당한다. 일부 구현예에서, ZFP의 아미노산 서열은 서열 번호 33, 서열 번호 35, 서열 번호 37, 또는 서열 번호 39에 해당한다. 일부 구현예에서, ZFP는 서열 번호 33, 35, 37 또는 39 중 임의의 서열에 대해 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 가지는 아미노산 서열을 포함한다.
[185] 본 발명의 특정 양태는 숙주 세포, 예를 들어, 포유동물 세포, 효모 세포, 곤충 세포, 식물 세포, 진균 세포 또는 조류 세포에서의 발현에 적합한 ZFP를 포함하는 핵산 작제물을 포함하는 벡터 또는 플라스미드 (예를 들어, 발현 벡터 또는 패키징 벡터)에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 핵산 작제물은 본 발명의 변형된 인테그라제 또는 변형된 트랜스포사제와의 융합 단백질로서 발현되는 ZFP를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함한다.
VII. 융합 단백질
[186] 본 발명은 게놈 내로 외인성 핵산의 부위-특이적 삽입을 위한 융합 단백질을 제공한다. 특정 구현예에서, 융합 단백질은 특정 게놈 DNA 서열에 결합하도록 조작된 제1 DNA 결합 단백질, 외인성 핵산을 게놈 내로 삽입할 수 있는 제2 DNA 결합 단백질 (여기서 제2 DNA 결합 단백질은 본 명세서의 인테그라제 또는 트랜스포사제임) 및 제1 및 제2 단백질을 연결하는 링커를 포함한다. 일부 구현예에서 제1 DNA 결합 단백질은 Cas9 단백질 또는 아연 집게 단백질이다. 일부 구현예에서 제1 DNA 결합 단백질은 Cas9이며 제2 결합 단백질은 본 명세서에 개시된 변형된 트랜스포사제이고, 여기서 제1 및 제2 결합 단백질은 작제물에서 어느 순서로든 배향될 수 있다. 일부 구현예에서 제1 DNA 결합 단백질은 아연 집게 단백질이며 제2 결합 단백질은 변형된 인테그라제이고, 여기서 제1 및 제2 결합 단백질은 작제물에서 어느 순서로든 배향될 수 있다.
[187] 일부 구현예에서, 융합 단백질은 제1 결합 단백질과 제2 결합 단백질 사이의 링커를 포함하며, 여기서 링커는 (GGS)n, (GGGGS)n (서열 번호 133), (G)n, (EAAAK)n (서열 번호 134), XTEN-기반, 또는 (XP)n 모티프, 또는 상기 링커 중 임의의 조합 (여기서 n은 독립적으로 1 내지 50의 정수)를 포함한다. 일부 구현예에서, 링커는 12 내지 24 개의 아미노산, 또는 36 내지 72 개의 핵산 길이인 핵산 서열에 의해 코딩된다. 일부 구현예에서 링커는 XTEN 서열 또는 GGS 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 융합 단백질은 본 발명의 변형된 인테그라제에 연결된 아연 집게 단백질을 포함하며, 여기서 링커는 GGS 서열 또는 XTEN 서열을 포함하며, 변형된 인테그라제는 링커에 대해 5' 또는 3'일 수 있다. 일부 구현예에서, 융합 단백질은 본 발명의 변형된 트랜스포사제에 연결된 Cas9 단백질을 포함하며, 여기서 링커는 GGS 서열 또는 XTEN 서열을 포함하며, 변형된 트랜스포사제는 링커에 대해 5' 또는 3'일 수 있다. 일부 구현예에서, 링커는 표 1에 나타난 링커이다. 일부 구현예에서, 링커는 서열 번호 49의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 링커는 서열 번호 49, 서열 번호 51, 서열 번호 53, 서열 번호 55, 서열 번호 57, 서열 번호 59, 서열 번호 61, 서열 번호 63, 또는 임의의 이의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 링커는 서열 번호 48를 포함하는 핵산 서열에 의해 인코딩된다. 일부 구현예에서, 링커는 서열 번호 48, 서열 번호 50, 서열 번호 52, 서열 번호 54, 서열 번호 56, 서열 번호 58, 서열 번호 60, 서열 번호 62, 또는 임의의 이의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 서열을 포함하는 핵산 서열에 의해 인코딩된다.
표 1: 링커
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[188] 일부 구현예에서, 제1 DNA 결합 단백질의 3' 말단은 링커에 의해 제2 DNA 결합 단백질의 5' 말단에 연결된다. 일부 구현예에서, 제2 DNA 결합 단백질의 3' 말단은 링커에 의해 제1 DNA 결합 단백질의 5' 말단에 연결된다. 일부 구현예에서, Cas 9 단백질의 3' 말단은 링커에 의해 트랜스포사제의 5' 말단에 연결된다. 일부 구현예에서, Cas 9 단백질의 5' 말단은 링커에 의해 트랜스포사제의 3' 말단에 연결된다. 일부 구현예에서, 3' 아연 집게 단백질은 링커에 의해 인테그라제의 5' 말단에 연결된다. 일부 구현예에서, 5' 아연 집게 단백질은 링커에 의해 인테그라제의 3' 말단에 연결된다.
[189] 또한 본 명세서에 제공된 임의의 핵산 작제물의 발현으로부터 수득된 융합 단백질이 본 명세서에 제공된다.
VIII. 숙주 세포/유기체
[190] 일부 구현예에서, 본 발명의 핵산 작제물은 숙주 세포에서 발현된다. 적합한 숙주 세포로는 진핵 및 원핵 세포 및/또는 세포주를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 이러한 세포로부터 생성된 숙주 세포 또는 세포주의 비제한적인 예로는 COS, CHO (예를 들어, CHO-S, CHO-K1, CHO-DG44, CHO-DUXB11, CHO-DUKX, CHOK1SV), VERO, MDCK, WI38, V79, B14AF28-G3, BHK, HaK, NS0, SP2/0-Ag14, HeLa, HEK293 (예를 들어, HEK293-F, HEK293-H, HEK293-T), 및 perC6 세포, 뿐만 아니라 곤충 세포 예컨대 스포도프테라 프루기페르다(Spodoptera fugiperda, Sf), 또는 진균 세포 예컨대 사카로미세스(Saccharomyces), 피키아(Pichia) 및 쉬조사카로마이세스(Schizosaccharomyces)를 포함한다.
[191] 일부 구현예에서, 숙주 세포는 미생물로부터 유래한다. 본 명세서에 개시된 특정 방법에 유용한 미생물로는, 예를 들어, 박테리아 (예를 들어, E coli), 효모 (예를 들어, 사카로미케스 케레비시아이(Saccharomyces cerevisiae)), 및 식물을 포함한다. 숙주 세포는 원핵생물 또는 진핵생물일 수 있다. 일부 구현예에서, 숙주 세포는 진핵생물이다. 적합한 진핵 숙주 세포로는 효모 세포, 곤충 세포, 식물 세포, 진균 세포, 및 조류 세포를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
[192] 일부 구현예에서, 숙주 세포는 적격 숙주 세포이다. 일부 구현예에서, 숙주 세포는 자연적으로 적격이다. 일부 구현예에서, 숙주 세포는, 예를 들어, 칼슘 클로라이드 및 열 충격을 사용하는 공정에 의해 적격으로 만들어진다. 사용되는 세포는 임의의 적격 세포, 특히 포유동물, 예를 들어 인간 또는 동물의 구체적으로 진핵 세포일 수 있다. 체세포 또는 배아 줄기일 수 있거나 또는 분화될 수 있다. 일부 양태에서, 세포는 293T 세포, 섬유아세포, 간세포, 근육 세포 (골격, 심장, 평활, 혈관 등), 상피 세포의 신경 세포 (뉴런, 신경교 세포, 성상세포), 신장, 안구 등을 포함한다. 또한 , 곤충, 식물 세포, 효모, 또는 원핵 세포를 포함할 수 있다. 추가로, 1차 세포는 뉴클레아제 (예를 들어, ZFN 또는 TALEN) 또는 뉴클레아제 시스템 (예를 들어, CRISPR/Cas)으로 치료한 후 치료될 대상체로 재도입하기 위해 생체 외에서 분리되고 사용될 수 있다. 적합한 1차 세포는 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC), 및 CD4+ T 세포 또는 CD8+ T 세포와 같은 T-림프구 (이에 제한되지 않음)와 같은 다른 혈액 세포 서브세트를 포함한다. 적합한 세포는 또한 줄기 세포, 예를 들어 배아 줄기 세포, 유도 만능 줄기 세포, 조혈 줄기 세포 (CD34+), 신경 줄기 세포 및 중간엽 줄기 세포를 포함한다.
[193] 일부 구현예에서, 숙주 세포는 본 명세서에 개시된 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드로 형질감염된다. 일부 구현예에서, 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드는 패키징 플라스미드이다. 일부 구현예에서, 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드는 캡시드(capsid) 단백질, 예를 들어, gag 및 pol을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 추가적으로 포함한다. 일부 구현예에서, 숙주 세포는 다음으로 형질감염된다: (i) 숙주 세포에서 조합된 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드와 (ii) 바이러스 외피에 대한 단백질 (외피 플라스미드)를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 플라스미드; 및 (iii) 외인성 핵산 서열 (예를 들어, GOI)을 포함하는 플라스미드, 여기서 외인성 핵산, 예를 들어, GOI를 포함는 바이러스 입자, 및 제1 및 제2 결합 단백질을 포함하는 융합 단백질이 생성된다.
[194] 일부 구현예에서, 숙주 세포는 다음으로 형질감염된다: (i) 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드는 (ii) 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드로서, 캡시드 단백질, 예를 들어, gag 및 pol를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 추가적으로 포함하는 플라스미드 (패키징 플라스미드, 여기서 패키징 플라스미드는 기능적 인테그라제를 가지지 않음); (iii) 바이러스 외피에 대한 단백질을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 플라스미드 (외피 플라스미드) 및 (iv) 외인성 핵산 서열 (예를 들어, GOI)을 포함하는 플라스미드와 조합되며, 여기서 외인성 핵산, 예를 들어, GOI를 포함하는 바이러스 입자, 및 제1 및 제2 결합 단백질을 포함하는 융합 단백질이 생성된다.
[195] 추가적인 구현예에서, 벡터, 예를 들어, 본 발며에 따른 렌티바이러스 벡터는 본 발명의 핵산 작제물 및 외인성 핵산에 의해 인코딩된 융합 단백질을 유기체, 예를 들어, 포유동물, 및 더욱 구체적으로 포유 동물의 관심 표적 세포로 전달하기 위해 사용될 수 있다. 본 발명의 융합 단백질을 포함하는 렌티바이러스 벡터는 다양한 세포 유형, 예를 들어, 간세포 (예를 들어 간세포(hepatocyte)), 근육 세포, 뇌 세포, 신장 세포, 망막 세포, 및 조혈 세포를 형질도입할 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명의 표적 세포는 “비분열” 세포이다. 이러한 세포는 정상적으로 분열하지 않는 신경 세포와 같은 세포를 포함한다. 그러나, 본 발명이 비분열 세포 (근육 세포, 백혈구 세포, 비장 세포, 간 세포, 눈 세포, 상피 세포 등을 포함하지만 이에 제한되지 않음)에 제한되는 것으로 의도되지 않는다.
[196] 특정 구현예에서, 패킹된 본 발명의 융합 단백질은, 예를 들어, 유기체의 DNA를 유전자 편집하기 위해 유기체에 투여된다. 일부 구현예에서, 유기체는 인간이다. 일부 구현예에서, 유기체는 비인간 포유동물이다. 일부 구현예에서, 유기체는 비인간 영장류이다. 일부 구현예에서, 유기체는 설치류이다. 일부 구현예에서, 유기체는 양, 염소, 소, 고양이, 또는 개이다. 일부 구현예에서, 유기체는 척추동물, 양서류, 파충류, 어류, 곤충, 파리, 또는 선충이다. 일부 구현예에서, 유기체는 연구용 동물이다. 일부 구현예에서, 유기체는 유전자 조작된, 예를 들어, 유전자 조작된 비인간 대상체이다. 유기체는 어떠한 성별일 수 있고, 임의의 발달 단계일 수 있다.
IX. 게놈 내로의 삽입 방법
[197] 외인성 핵산을 게놈 내로 삽입하는 방법은 기재되어 있다. 예를 들어, 문헌 [Yusa et al. PNAS 4(108):1531-1536 (2011); Feng et al. Nuc. Acid Res. 4(38):1204-1216 (2009); Kettlun et al. Amer. Soc. Gene and Cell Ther. 9(19):1636-1644 (2011); Skipper et al. 20(92):1-23 (2013); Li et al. PNAS 25:E2279-E2287 (2013); M
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s et al. Nature Genetics 41(6):753-761 (2009); Mali et al. Nat. Methods 10(10):957-963; Vargas et al. J. Trans. Med. 14(288):1-15 (2016); Gersbach et al. Acc. Chem. Res. 47:2309-2318 (2014); Chandrasegaran et al. Cell Gene Ther. Ins. 3(1):33-41 (2017); Wilson et al. 649:353-363 (2010); Zhao Zhang, et al. Mol Ther Nucleic Acids. 9: 230-241 (2017); Naldini L. EMBO Mol Med. 11(3) (2019); 및 Naldini L, et al. Hum Gene Ther. 27(10):727-728 (2016)]를 참조하며, 상기 문헌 각각은 본 명세서에 참조 문헌으로 포함된다.
[198] 본 발명은 외인성 핵산을 게놈의 특정 부위 내로 삽입하기 위한 융합 단백질을 인코딩하는 핵산 작제물을 제공한다. 본 발명은 또한 외인성 핵산을 게놈의 특정 부위 내로 삽입하기 위한 융합 단백질을 제공한다. 일부 구현예에서 삽입을 위한 외인성 핵산은 최대 5 kb의 길이, 최대 10 kb의 길이, 최대 15 kb의 길이, 20 kb의 길이, 최대 25kb의 길이, 최대 30kb의 길이, 최대 35 kb의 길이, 또는 최대 40 kb의 길이일 수 있다.
[199] 또 다른 구현예에서, 게놈 내로 부위-특이적 핵산 삽입 방법이 제공된다. 일부 구현예에서, 방법은 표적 DNA를 Cas9 및 본 명세서에 기재된 트랜스포사제를 포함하는 임의의 융합 단백질과 접촉시키는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 방법은 DNA를 (i) Cas9; 및 (ii) 트랜스포사제의 두 개의 연결된 폴리펩타이드를 포함하는 융합 단백질과 접촉시키는 것을 포함하며: 여기서 활성 Cas9는 DNA의 영역, 예를 들어, 게놈 DNA에 혼성화하는 gRNA에 결합한다.
[200] 일부 구현예에서, 방법은 표적 DNA를 Cas9 및 본 명세서에 기재된 인테그라제를 포함하는 임의의 융합 단백질과 접촉시키는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 방법은 DNA를 (i) Cas9; 및 (ii) 인테그라제의 두 개의 연결된 폴리펩타이드를 포함하는 융합 단백질과 접촉시키는 것을 포함하며: 여기서 활성 Cas9는 DNA의 영역, 예를 들어, 게놈 DNA에 혼성화하는 gRNA에 결합한다.
[201] 일부 구현예에서, 방법은 표적 DNA를 ZFP 및 본 명세서에 기재된 인테그라제를 포함하는 임의의 융합 단백질과 접촉시키는 것을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 방법은 DNA를 (i) Cas9; 및 (ii) 인테그라제의 두 개의 연결된 폴리펩타이드를 포함하는 융합 단백질과 접촉시키는 것을 포함하며: 여기서 ZFP는 DNA의 영역, 예를 들어, 게놈 DNA에 혼성화한다.
[202] 일부 구현예에서, 융합 단백질은 바이러스 벡터, 예를 들어, 렌티바이러스 입자를 사용하여 표적 DNA, 예를 들어, 게놈 DNA를 포함하는 유기체 및/또는 세포에 전달된다.
X. 렌티바이러스 패키징
[203] 렌티바이러스 패키징 방법이 기재되어 있다. 문헌 [Grandchamp et al. 9(6):1-13 (2014); Voelkel et al. 107(17):7805-7810 (2010); Tan et al. 80(4)1939-1948; Li et al. 9(8):1-9 (2014); M
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s et al. Nature Genetics 41(6):753-761 (2009); 및 Robert H Kutner1, et al. NATURE PROTOCOLS 4(4):495 (2009)]를 참조하며, 상기 문헌 각각은 본 명세서에 참조 문헌으로 포함된다.
[204] 일반적으로, 렌티바이러스 전달 시스템은 바이러스 질병을 유발하는데 필요한 유전적 성분을 포함하지 않은 완전한 바이러스를 생산하는데 사용되는 별도의 플라스미드에서 상이한 렌티바이러스 유전자를 가지는 분할 시스템을 사용한다. 예를 들어, 하나의 플라스미드 (외피 플라스미드)는 바이러스 외피 (env)에 대한 단백질을 인코딩할 수 있고; 또 다른 플라스미드 (패키징 플라스미드)는 캡시드 단백질 (예를 들어, gag 및 pol) 및 역전사효소 및/또는 인테그라제와 같은 효소를 인코딩할 수 있고; 관심 유전자 (GOI)를 포함하는 추가적인 플라스미드는 (게놈 통합을 위한) 긴 말단 반복부 및 psi-서열 (유전자를 바이러스 내로 패키징하기 위한 신호를 표시)가 측면에 있다 (전달 플라스미드). 이러한 플라스미드가 동시에 세포 내로 도입되는 경우, 질병을 유발하는데 필요한 바이러스 유전자를 가지지 않고 GOI를 포함하는 바이러스가 생성된다.
[205] 본 발명의 특정 양태에서 본 발명의 렌티바이러스 벡터 (또는 입자)는 분할 시스템, 예를 들어, 트랜스 보완(transcomplementation)시스템 (벡터/패키징 시스템)에 의해, 시험관 내 허용 세포 (예컨대 293T 세포)를, 렌티바이러스 벡터 게놈의 특정 성분, 및, 폴리펩타이드 GAG, POL 및 외피 단백질(들), 또는 레트로바이러스 입자의 형성을 가능하게 하기에 충분한 이러한 폴리펩타이드의 일부를 인코딩하는 gag, pol 및 env 서열을 교차로 제공하는 적어도 하나의 다른 플라스미드를 포함하는 플라스미드로 형질감염시킴으로써 수득될 수 있다.
[206] 예시로서, 숙주 세포는 다음으로 형질감염된다: a) 렌티바이러스 gag 및 pol 서열을 포함하는 패키징 플라스미드, b) 외피 단백질(들) (예컨대 VSV-G)를 인코딩하는 유전자를 포함하는 제2 플라스미드 (외피 발현 플라스미드 또는 유사유형의 env 플라스미드), c) 5' 및 3' LTR 서열 사이에, psi 캡슐화 서열, 및 이식유전자를 포함하는 플라스미드 벡터, 및 d) 본 명세서에 개시된 조작된 융합 단백질을 인코딩하는 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드 벡터. 일부 구현예에서, 본 명세서에 개시된 조작된 융합 단백질을 인코딩하는 핵산 작제물은 별도의 플라스미드를 대신하여 패키징 플라스미드에 있다. gag, pol 및 env cDNA를 인코딩하는 핵산은 종래의 기법에 따라 입수가능한 선행 기술 및 데이터베이스로부터 바이러스 유전자 서열로부터 유리하게 제조될 수 있다.
[207] 일부 구현예에서, 렌티바이러스 벡터는 본 명세서에 기재된 핵산 작제물을 포함한다. 일부 구현예에서, 렌티바이러스 벡터는 본 명세서에 기재된 융합 단백질을 포함한다.
[208] 플라스미드에서 사용되는 프로모터는 동일하거나 또는 상이할 수 있다. 일부 구현예에서, 플라스미드 트랜스 보완 시스템에서, 외피 플라스미드 및 플라스미드 벡터는, 각각, 외피 단백질의 gag 및 pol을 촉진하기위해, 벡터 게놈 및 이식유전자의 mRNA가 동일하거나 또는 상이할 수 있는 프로모터이다. 이러한 프로모터는 유리하게는 유비쿼터스 프로모터로부터 선택되고 또는 특이적으로, 예를 들어, 바이러스 프로모터 CMV, TK, RSV LTR 프로모터 및 RNA 폴리머라제 III 프로모터 예컨대 U6 또는 H1 또는 env, gag 및 pol을 인코딩하는 헬퍼 이러스 (즉 아데노바이러스, 바큘로바이러스, 헤르페스 바이러스)의 프로모터부터 선택된다.
[209] 본 발명의 렌티바이러스 벡터의 제조를 위해 본 명세서에 기재된 플라스미드가 숙주 세포 내로 도입될 수 있고 바이러스가 생성되고 수확된다. 적합한 세포로는 진핵 및 원핵 세포 및/또는 세포주를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 이러한 세포로부터 생성된 세포 또는 세포주의 비제한적인 예로는, 예를 들어, COS, CHO (예를 들어, CHO-S, CHO-K1, CHO-DG44, CHO-DUXB11, CHO-DUKX, CHOK1SV), VERO, MDCK, WI38, V79, B14AF28-G3, BHK, HaK, NS0, SP2/0-Ag14, HeLa, HEK293 (예를 들어, HEK293-F, HEK293-H, HEK293-T), 및 perC6 세포 뿐만 아니라 곤충 세포 예컨대 스포도프테라 프루기페르다(Spodoptera fugiperda, Sf), 또는 진균 세포 예컨대 사카로미세스(Saccharomyces), 피키아(Pichia) 및 쉬조사카로마이세스(Schizosaccharomyces)를 포함한다.
[210] 숙주 세포가 플라스미드로 형질감염되고 본 발명의 렌티바이러스 벡터 (또는 입자)가 생성되면, 본 발명의 렌티바이러스 벡터 (또는 입자)는 세포의 상청액으로부터 정제될 수 있다. 농도를 향상시키기 위한 렌티바이러스 벡터의 정제는 임의의 적합한 방법에 의해, 예컨대 밀도 구배 정제 (예를 들어, 세슘 클로라이드 (CsCl))에 의해, 크로마토그래피 기법 (예를 들어, 컬럼 또는 배치 크로마토그래피)에 의해, 또는 초원심분리에 의해 달성될 수 있다. 예를 들어, 본 발명의 벡터는 2 또는 3 개의 CsCl 밀도 구배 정제 단계를 거칠 수 있다. 벡터는, 바람직하게는 세포를 용해시키고, 용해물을 크로마토그래피 수지로에 적용하고, 크로마토그래피 수지로부터 바이러스를 용리하고, 본 발명의 렌티바이러스 벡터를 포함하는 분획을 수집하는 단계를 포함하는 방법을 사용하여 감염된 세포로부터 정제된다.
XI. 전달 방법
[211] 렌티바이러스 벡터의 전달 방법이 기재되어 있다. 예를 들어, 문헌[Vargas et al. J. Trans. Med. 14(288):1-15 (2016); Mali et al. Nat. Methods 10(10):957-963; M
Figure pct00006
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Figure pct00007
s et al. Nature Genetics 41(6):753-761 (2009); Skipper et al. 20(92):1-23 (2013)]을 참조한다.
[212] 본 발명의 핵산 작제물에 의해 인코딩되는 융합 단백질을 포함하는 렌티바이러스 벡터는 임의의 경로에 의해 대상체에 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명의 렌티바이러스 벡터는 생체 내 또는 생체 외에서 대상체의 세포에 전달될 수 있다
[213] 일부 구현예에서, 본 발명의 렌티바이러스 벡터는 생체 내로 전달될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명의 핵산 작제물에 의해 인코딩되는 융합 단백질을 포함하는 렌티바이러스 벡터는 GOI를 전달 및/또는 대상체의 DNA에서 유전적 결함을 표적화하는데 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 렌티바이러스 벡터는 대상체에게 비경구로, 바람직하게 혈관 내로 (정맥 내 포함) 투여된다. 비경구로 투여되는 경우, 벡터는 멸균 수용액 또는 분산액과 같은 주사에 적합한 약제학적 비히클에 제공되는 것이 바람직하다.
[214] 일부 구현예에서, 본 발명의 렌티바이러스 벡터는 생체 외에서 사용될 수 있다.
[215] 일부 구현예에서, 본 발명의 핵산 작제물에 의해 인코딩되는 융합 단백질을 포함하는 렌티바이러스 벡터는 GOI를 전달 및/또는 대상체의 DNA에서 유전적 결함을 표적화하는데 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포는 대상체로부터 제거되고 본 발명의 핵산 작제물에 의해 인코딩되는 융합 단백질을 포함하는 렌티바이러스 벡터는 세포의 DNA를 변형시키기 위해 생체 외로 세포에 투여된다. 그런 다음, 변형된 DNA를 운반하는 세포가 확장되어 대상체로 다시 주입된다. 특정 구현예에서, 본 발명의 핵산 작제물에 의해 인코딩되는 융합 단백질을 포함하는 렌티바이러스 벡터는 환자의 자가 T-세포를 유전적으로 변형시켜 종양 항원에 대해 특이적인 CAR를 발현하는 키메라 항원 수용체 (CAR) T-세포 요법에 사용될 수 있다. 추가적인 구현예에서, 변형된 CAR-T 세포가 생체 외에서 확장된 후 환자로 다시 주입된다. 일부 구현예에서, 변경된 T 세포는 보다 구체적으로 암 세포를 표적으로 한다. 항체 요법과는 달리, CAR-T 세포는 생체 내에서 복제할 수 있어, 장기간 지속된다.
[216] 본 발명의 렌티바이러스 벡터 또는 세포를 투여한 후 생체 외에서 변형된 본 발명의 렌티바이러스 벡터 대상체를 사용하여 대상체는 이식유전자의 발현을 검출하기 위해 모니터링된다. 용량 및 치료 기간은 치료되는 병태 또는 질병에 따라 개별적으로 결정된다. 다양한 병태 또는 질병은 본 발명의 벡터에서 관심 유전자의 투여에 의해 생성된 유전자 발현에 기초하여 치료될 수 있다. 본 발명의 방법을 사용하여 전달되는 벡터의 투여량은 숙주 및 사용된 벡터에 의한 원하는 반응에 따라 달라질 것이다.
[217] 일부 유전자 요법 적용에서, 유전자 요법 벡터는 특정 조직 유형에 대해 고도의 특이성을 가지며 전달되는 것이 바람직하다. 따라서, 바이러스 벡터는 바이러스의 외부 표면에 바이러스 외피 단백질과의 융합 단백질로서 리간드를 발현함으로써 주어진 세포 유형에 대해 특이성을 가지도록 변형될 수 있다. 리간드는 관심 세포 유형에 존재하는 것으로 알려진 수용체에 대해 친화력을 가지도록 선택된다.
[218] 본 발명의 양태는 외인성 핵산 서열을 유기체의 게놈 DNA 내로 삽입하는 방법에 관한 것이며, 다음의 단계를 포함한다: 유기체의 게놈에서 특정 게놈 DNA 서열을 식별하는 단계; 본 발명의 핵산 작제물을 포함하는 렌티바이러스 입자를 유기체에 투여하여 특정 게놈 DNA 서열에 결합시키고 외인성 핵산을 게놈 DNA 내로 삽입하는 단계; 여기서 외인성 핵산은 특정 게놈 DNA 서열에 통합된다.
[219] 본 발명의 특정 양태는 또한 외인성 핵산 서열의 단일 카피 또는 다중 카피를 세포 내로 제어된, 부위-특이적 통합 방법에 관한 것이며, 상기 방법은 (a) 본 발명의 핵산 작제물, 벡터 또는 융합 단백질을 세포에 전달하는 단계, 및 (b) 외인성 핵산을 세포에 전달하는 단계를 포함하고; 여기서 세포의 게놈에서 특정 게놈 DNA 서열에 대한 융합 단백질의 결합은 게놈의 절단 및 게놈 내로 외인성 핵산의 하나 이상의 카피를 세포의 통합을 초래한다. 일부 양태에서, 세포로의 전달은 렌티바이러스 입자에 의해 이루어진다.
XII. 사용/적용 방법
[220] 통합 부위에 대해 태스트하고 지시되는 통합을 위한 최상의 기구를 선별하기 위해 몇 가지 전략이 사용될 수 있다.
[221] 본 명세서에 개시된 변형된 인테그라제 및 트랜스포존의 분석을 위해, 프로모터, GFP의 코딩 서열의 절반 및 게놈에서 표적화된 삽입 부위의 다운스트림에 스플라이스 부위 공여자를 가지는 리포터 세포주가 사용될 수 있다. 예를 들어, 렌티바이러스 페이로드는 융합 인테그라제 변이체에 이어 역 스플라이스 부위 수용체 및 GPF의 나머지 절반을 가질 수 있다. GFP의 발현은 직접 삽입이 일어나고 삽입 부위 및 통합된 페이로드로부터 생성된 mRNA를 포함하는 GFP의 스플라이싱이 전체 GFP CDS를 만들어 낼때 발생한다.
[222] VPR 트랜스 보완 시스템은 또한 통합 돌연변이체를 선별 및 비교하는데 사용될 수 있다. 트랜스 보완 시스템은 융합 인테그라제 변이체를 포함하는 렌티바이러스 페이로드의 표적화된 삽입을 위해 사용될 수 있으며, 이는 입자에서 발현되고 로딩될 때 자체 통합을 촉진하여 VPR 융합을 사용하여 바이러스 입자에 로딩될 것이다. 이것은 입자 제조에 사용되는 패키징 벡터에 코딩되는 통합 결함 IN을 교차로 보완할 것이다. 통합 매핑에 사용될 수 있는 다른 방법으로는 including IC, 또는 FISH 프로브를 포함한다. 표적화된 삽입은 또한 TCRa 또는 RFP 표적 중단 또는 표적 스플라이스 사이트 통합에 의한 GFP 활성화로 스크리닝될 수 있다.
[223] 염색질에서 삽입 및 표적 영역의 동시 염색을 위한 FISH 접근 방식의 경우, Hek293T 게놈에서 GOI 트랜스포존을 국소화하기 위한 형광 제자리(in situ) 혼성화가 수행될 수 있다. Hek293T는 1) GOI- 트랜스포존 2) 프로그래밍 가능한 트랜스포사제 및 3) PPP1R12에 대한 gRNA로 형질감염될 수 있다. 프로브는 PPP1R12 유전자, CD46 유전자 (음성 대조군) 및 GOI를 표적화하도록 설계되며, PCR 증폭된 DNA로부터 Nick Translation Mix (Sigma)으로 합성될 수 있다.
[224] 일부 구현예에서, 본 명세서에 개시된 변형된 트랜스포사제 또는 변형된 인테그라제를 포함하는 융합 단백질은 예를 들어, Genetrap 검정에 의해 결정된 바와 같이 상응하는 야생형 단백질을 포함하는 융합 단백질에 비해, 게놈 내로 외인성 핵산의 삽입 특이성을 개선한다. 일부 구현예에서, HEK293T 세포, 또는 임의의 다른 허용가능한 세포는, 다음의 플라스미드 또는 페이로드를 가지는 렌티바이러스 입자로 형질감염 또는 형질도입된다: (i) DNA의 특이적 영역을 표적으로 하는 gRNA를 포함하는 플라스미드, (ii) 변형된 트랜스포사제 융합 단백질 또는 변형된 인테그라제 융합 단백질을 인코딩하는 본 발명의 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드, 및 (iii) 프로모터가 결여된 리포터 단백질, 예를 들어, GFP를 인코딩하는 핵산 서열을 포함하는 유전자트랩 플라스미드 . 일부 구현예에서, 유전자트랩 플라스미드는 역반복체를 가지는 트랜스포존을 추가적으로 포함한다.
[225] 일부 구현예에서, GFP 삽입을 포함하는 세포 백분율은 유세포 분석에 의해 결정될 수 있다. 일부 구현예에서, 프로그래밍 가능한 트랜스포사제 융합 단백질은 GFP의 삽입을 포함하는 세포의 백분율을 상응하는 야생형 단백질에 비해 적어도 5%, 적어도 10%, 적어도 15%, 적어도 20%, 적어도 25%, 또는 적어도 30% 증가시킨다. 일부 구현예에서, 프로그래밍 가능한 트랜스포사제 융합 단백질은 GFP의 삽입을 포함하는 세포 백분율을 약 15-30% 증가시킨다.
[226] 일부 구현예에서, 표적화된 부위에서의 삽입 백분율 및 표적 부위에서의 커버리지 백분율 (삽입 부위당 리드 수)는 게놈 DNA 추출 및 바이러스 LTR에 대해 특이적인 올리고뉴클레오타이드를 사용한 표적화된 시퀀싱에 의해 결정될 수 있다. 일부 구현예에서, 변형된 트랜스포사제 융합 단백질은 표적화된 부위에서의 삽입 백분율을 상응하는 야생형 단백질에 비해 적어도 10 배, 적어도 20 배, 적어도 30 배, 적어도 40 배, 적어도 50 배, 적어도 60 배, 적어도 70 배, 적어도 80 배, 적어도 90 배, 또는 적어도 100 배 증가시킨다. 일부 구현예에서, 표적화된 부위에서의 삽입 백분율은 약 10-100 배 증가한다. 일부 구현예에서, 변형된 트랜스포사제 융합 단백질은 표적 부위에서의 커버리지 백분율 (삽입 부위당 리드 수)를 상응하는 야생형 단백질에 비해 적어도 10 배, 적어도 20 배, 적어도 30 배, 적어도 40 배, 적어도 50 배, 적어도 60 배, 적어도 70 배, 적어도 80 배, 적어도 90 배, 적어도 100 배, 적어도 110 배, 적어도 120 배, 적어도 130 배, 적어도 140 배, 적어도 150 배, 적어도 160 배, 적어도 170 배, 적어도 180 배, 적어도 190 배, 또는 적어도 200 배 증가시킨다. 일부 구현예에서, 표적 부위에서의 커버리지 백분율 (삽입 부위당 리드 수)은 적어도 100 배 증가한다.
[227] 일부 구현예에서, 변형된 인테그라제 융합 단백질은 GFP 통합에 의해 정량화된 바와 같이 상응하는 야생형 단백질에 비해 게놈 내로의 외인성 핵산의 삽입 특이성을 개선한다. 일부 구현예에서, 변형된 인테그라제 융합 단백질을 포함하는 렌티바이러스는 HEK293T 세포, 또는 임의의 다른 허용가능한 세포를, (i) GFP를 인코딩하는 핵산 서열을 포함하는 핵산 서열을 포함하는 플라스미드, (ii) 패키징 단백질을 포함하는 플라스미드, (iii) 외피 단백질을 포함하는 플라스미드, 및 (iv) 변형된 인테그라제 융합 단백질을 인코딩하는 핵산 작제물을 포함하는 플라스미드로 형질감염시킴으로써 생성하였다. 렌티바이러스를 포함하는 상청액을 형질감염 후 48 시간에 수집하였다.
[228] 표적화된 삽입을 위해, HEK293T 세포를 변형된 인테그라제 융합 단백질을 포함하는 렌티바이러스로 감염시켰다. 일부 구현예에서, 감염 후 3, 5, 7, 10, 및 12 일에 유세포 분석에 의해 GFP 양성 세포의 백분율을 정량화되었다. 일부 구현예에서, 변형된 인테그라제 융합 단백질은 GFP의 삽입을 포함하는 세포 백분율율 상응하는 야생형 단백질에 비해 적어도 5%, 적어도 10%, 적어도 15%, 적어도 20%, 적어도 25%, 또는 적어도 30% 증가시킨다.
[229] 일부 구현예에서, 표적화된 부위에서의 삽입 백분율 및 표적 부위에서의 커버리지 백분율 (삽입 부위당 리드 수)는 게놈 DNA 추출 및 바이러스 삽입된 LTR에 대해 특이적인 올리고뉴클레오타이드를 사용한 표적화된 시퀀싱에 의해 결정될 수 있다. 일부 구현예에서, 변형된 인테그라제 융합 단백질은 표적화된 부위에서의 삽입 백분율을 상응하는 야생형 단백질에 비해 적어도 10 배, 적어도 20 배, 적어도 30 배, 적어도 40 배, 적어도 50 배, 적어도 60 배, 적어도 70 배, 적어도 80 배, 적어도 90 배, 또는 적어도 100 배 증가시킨다. 일부 구현예에서, 변형된 인테그라제 융합 단백질은 표적 부위에서의 커버리지 백분율 (삽입 부위당 리드 수)를 상응하는 야생형 단백질에 비해 적어도 10 배, 적어도 20 배, 적어도 30 배, 적어도 40 배, 적어도 50 배, 적어도 60 배, 적어도 70 배, 적어도 80 배, 적어도 90 배, 적어도 100 배, 적어도 110 배, 적어도 120 배, 적어도 130 배, 적어도 140 배, 적어도 150 배, 적어도 160 배, 적어도 170 배, 적어도 180 배, 적어도 190 배, 또는 적어도 200 배 증가시킨다.
[230] 본 발명의 융합 단백질을 포함하는 렌티바이러스 벡터의 가능한 적용은 유전자 요법, 즉 임의의 포유동물 세포, 특히 인간 세포에서의 유전자 전달을 포함한다. 간, 췌장, 근육, 심장 등과 같은 말초 기관 또는 중추 기관에 속하는 세포 또는 정지 세포일 수 있다. 유전자 요법은 단백질, 예를 들어 신경 영양 인자, 효소, 전사 인자, 수용체, 등을 발현시키도록 할 수 있다. 본 발명에 따른 렌티바이러스 벡터는 또한 연구 목적에 특히 적합할 수 있다.
[231] 일부 구현예에서, 본 발명의 핵산 작제물, 융합 단백질, 및/또는 렌티바이러스 벡터는 질병을 치료하기 위해 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 질병은 유전자 요법으로부터 이익을 얻을 수 있는 유전적 장애이다.
[232] 일부 구현예에서, 본 발명에 따른 융합 단백질을 포함하는 렌티바이러스 벡터는 약제로서 사용될 수 있다. 본 발명에 따른 렌티바이러스 벡터는 대상체에서 유전적 질병을 치료하는데 특히 적합할 수 있다.
XIII. 조성물 및 키트
[233] 본 발명은 또한 본 명세서에 기재된 바와 같은 개시된 방법을 수행하기 위한 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 조성물은 본 명세서에 정의된 바와 같은 핵산 작제물 또는 벡터, 및 패키징 벡터에 포함된 또는 이에 결합된, 게놈에서 삽입을 위한 외인성 핵산을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함한다.
[234] 일부 구현예에서, 전달 방법에 따라, 핵산 작제물은 RNA, DNA 또는 단백질의 형태이며, 외인성 핵산을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 서열은 RNA 또는 DNA의 형태이다. 구체적으로, 외인성 핵산을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 서열은 RNA이 형태이다.
[235] 일부 구현예에서, 조성물은 바이러스를 가지지 않으며, 패키징 벡터는 나노입자 예를 들어 고분자 또는 지질 나노입자이다. 패키징 벡터는 또한 조성물의 요소에 결합된 캐리어일 수 있다. 일부 구현예에서, 조성물은 바이러스 벡터, 구체적으로 렌티바이러스 입자에 포함된다.
[236] 일부 구현예에서, 조성물은 (a) RNA 형태의 본 명세서에 기재된 핵산 작제물 (예를 들어 Cas9 및 트랜스포사제 포함), (b) 필요한 경우, 가이드 RNA (예를 들어 별도의 선형 단일 가닥 RNA 분자로서), 및 (c) 패키징 벡터에 포함된 또는 이에 결합된 (예를 들어 벡터에) DNA 형태의 삽입을 위한 외인성 유전자를 포함하는 폴리뉴클레오타이드를 포함한다.
[237] 일부 구현예에서, 조성물은 (a) 단백질 형태의 본 명세서에 기재된 융합 단백질 (예를 들어 Cas9 및 트랜스포사제 포함), (b) 필요한 경우 가이드 RNA (예를 들어 별도의 선형 단일 가닥 RNA 분자로서), (여기서 융합 단백질 및 가이드 RNA는 리보핵단백질 복합체 (RNP)를 형성하고), 및 (c) 패키징 벡터에 포함된 또는 이에 결합된 (예를 들어 벡터에) DNA 형태의 삽입을 위한 외인성 유전자를 포함하는 폴리뉴클레오타이드를 포함한다.
[238] 일부 구현예에서, 조성물은 (a) DNA의 형태의 본 명세서에 기재된 핵산 작제물 (예를 들어 Cas9 및 트랜스포사제 포함), (b) 필요한 경우 가이드 RNA (예를 들어 별도의 선형 RNA 분자로 또는 벡터 내 DNA로서), 및 (c) 패키징 벡터에 포함된 또는 이에 결합된 (예를 들어 벡터에) DNA 형태의 삽입을 위한 외인성 유전자를 포함하는 폴리뉴클레오타이드를 포함한다.
[239] 일부 구현예에서, 조성물은 (a) 단백질 형태의 본 명세서에 기재된 융합 단백질 (예를 들어 Cas9 및 인테그라제 포함), (b) 필요한 경우 가이드 RNA (예를 들어 융합 단백질과 복합체를 형성한 별도의 RNA 분자), 및 (c) 삽입, 패키징 벡터에 포함된 또는 이에 결합된, 삽입을 위한 외인성 유전자를 포함하는 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 구체적인 구현예에서, 패키징 벡터는 렌티바이러스 입자이다. 일부 구현예에서, (a) 융합 단백질은 gag-pol 또는 VPR (바이러스 단백질 R)에 의해 렌티바이러스 캡시드에 결합된다. 일부 구현예에서, (c) 폴리뉴클레오타이드는 인테그라제의 페이로드로서 RNA의 형태이다.
[240] 구체적인 구현예에서, ZFP가 사용되는 경우, (b) 가이드 RNA는 요구되지 않는다.
[241] 또한 본 명세서에 기재된 바와 같이 개시된 방법을 수행하기 위한 키드가 본 명세서에 의해 제공된다. 키트는 본 명세서에 기재된 핵산 작제물 또는 융합 단백질을 포함할 수 있다. 일부 양태에서, 키트는 본 명세서에 기재된 핵산 작제물 또는 융합 단백질을 포함하는 렌티바이러스 입자를 포함할 수 있다.
[242] 대상 키트는 대상 방법을 실시하기 위해 키트의 구성요소를 사용하기 위한 지침을 추가적으로 포함할 수 있다. 대상 방법을 실시하기 위한 지침은 일반적으로 적합한 기록 매체에 기록된다. 예를 들어, 지침은 종이 또는 플라스틱, 등과 같은 기재에 프린팅될 수 있따. 이와 같이, 지침은 키트의 용기 또는 이의 구성요소의 라벨링 (즉, 패키징 또는 서브패키징과 관련), 등에 패키지 삽입물로서 키트에 존재할 수 있다. 다른 구현예에서, 지침은 적합한 컴퓨터 판독 저장 매체, 예를 들어 CD-ROM, 디스켓, 등에 존재하는 전자 저장 데이터 파일로서 존재한다. 또 다른 구현예에서, 실제 지침은 키트에 존재하지 않지만, 예를 들어 인터넷을 통해 원격 소스로부터 지침을 얻기 위한 수단이 제공된다. 이러한 구현예의 예시는 지침을 볼 수 있고 및/또는 지침을 다운로드할 수 있는 웹 주소를 포함하는 키트이다. 지침과 마찬가지로, 지침을 얻기 위한 상기 수단은 적절한 기재에 기록된다.
XIV. 구현예
[243] E1. 다음을 포함하는 핵산 작제물:
a) 게놈의 특정 게놈 DNA 서열에 결합하도록 조작된 제1 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 제1 폴리뉴클레오타이드 서열;
b) 외인성 핵산을 게놈 내로 삽입할 수 있는 제2 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 제2 폴리뉴클레오타이드 서열로서, 제2 DNA 결합 단백질은 (i) 야생형 인테그라제에 대해 변형된 인테그라제 또는 (ii) 야생형 트랜스포사제에 대해 변형된 트랜스포사제인 서열; 및
c) 링커를 인코딩하는 핵산을 포함하는 제3 폴리뉴클레오타이드 서열;
여기서 핵산 작제물은 제1 DNA 결합 단백질, 제2 DNA 결합 단백질, 및 제1 DNA 결합 단백질과 제2 DNA 결합 단백질 사이의 링커를 포함하는 융합 단백질을 인코딩하는 것인 핵산 작제물.
[244] E2. 구현예 E1에 있어서, 제2 DNA 결합 단백질은 상응하는 야생형 단백질에 비해 게놈 내로의 외인성 핵산의 삽입 특이성을 개선하도록 변형된 것인 핵산 작제물.
[245] E3. 구현예 E1 또는 E2에 있어서, 삽입을 위한 외인성 핵산은 최대 약 20kb의 길이일 수 있는 것인 핵산 작제물.
[246] E4. 구현예 E1 또는 E3 중 어느 한 구현에에 있어서, 제1 폴리뉴클레오타이드 서열은 아연 집게 단백질, Cas9 단백질, 및 임의의 변이체 또는 이의 기능적 단편으로 구성된 군으로부터 선택되는 단백질을 인코딩하는 것인 핵산 작제물.
[247] E5. 구현예 E4에 있어서, Cas9 단백질은 인간 Cas9, 닉카제 Cas9, 스트렙토코커스 피오게네스 Cas9, 스타필로코커스 아우레우스 Cas9, Cas12a, Cas12b, 및 멸실 Cas 9로 구성된 군으로부터 선택되는 것인 핵산 작제물.
[248] E6. 구현예 E4에 있어서, 아연 집게 단백질은 C2H2 아연 집게 단백질인 것인 핵산 작제물.
[249] E7. 구현예 E1-E6 중 어느 한 구현에에 있어서, 변형된 인테그라제는 변형된 인간 면역결핍 바이러스 (HIV) 인테그라제 또는 이의 기능적 단편인 것인 핵산 작제물.
[250] E8. 구현예 E7에 있어서, 변형된 HIV 인테그라제는 야생형 HIV 인테그라제 서열 (서열 번호 1)의 아미노산 번호에 해당하는 아미노산 10, 13, 64, 94, 116, 117, 119, 120, 122, 124, 128, 152, 168, 170, 185, 231, 264, 266, 또는 273 중 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 것인 핵산 작제물.
[251] E9. 구현예 E8에 있어서, 변형된 HIV 인테그라제 돌연변이는 야생형 HIV 인테그라제 서열 (서열 번호 1)의 아미노산 번호에 해당하는 D10K, E13K, D64A, D64E, G94D, G94E, G94R, G94K, D116A, D116E, N117D, N117E, N117R, N117K, S119A, S119P, S119T, S119G, S119D, S119E, S119R, S119K, N120D, N120E, N120R, N120K, T122K, T122I, T122V, T122A, T122R, A124D, A124E, A124R, A124K, A128T, E152A, E152D, Q168L, Q168A, E170G, F185K, R231G, R231K, R231D, R231E, R231S, K264R, K266R, 또는 K273R 중 하나 이상을 포함하는 것인 핵산 작제물.
[252] E10. 구현예 E7-E9 중 어느 한 구현에에 있어서, 변형된 HIV 인테그라제는 서열 번호 3에 제시된 서열에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% 상동성인 아미노산 서열을 포함하는 것인 핵산 작제물.
[253] E11. 구현예 E1-E6 중 어느 한 구현에에 있어서, 변형된 트랜스포사제는 변형된 프로그 프린스, 변형된 슬리핑 뷰티, 변형된 과활성 슬리핑 뷰티 (SB100X), 변형된 PiggyBac, 변형된 과활성 PiggyBac, 및 임의의 이의 기능적 단편으로 구성된 군으로부터 선택되는 것인 핵산 작제물.
[254] E12. 구현예 E11에 있어서, 변형된 트랜스포사제는 변형된 과활성 PiggyBac 또는 이의 기능적 단편인 것인 핵산 작제물.
[255] E13. 구현예 E12에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac는 과활성 PiggyBac 서열 (서열 번호 9)의 아미노산 번호에 해당하는 아미노산 245, 268, 275, 277, 287, 290, 315, 325, 341, 346, 347, 350, 351, 356, 357, 372, 375, 388, 409, 412, 432, 447, 450, 460, 461, 465, 517, 560, 564, 571, 573, 576, 586, 587, 589, 592, 및 594 중 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 것인 핵산 작제물.
[256] E14. 구현예 E13에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 돌연변이는 과활성 PiggyBac 서열 (서열 번호 9)의 아미노산 번호에 해당하는 R245A, D268N, R275A/R277A, K287A, K290A, K287A/K290A, R315A, G325A, R341A, D346N, N347A, N347S, T350A, S351E, S351P, S351A, K356E, N357A, R372A, K375A, R372A/K375A, R388A, K409A, K412A, K409A/K412A, K432A, D447A, D447N, D450N, R460A, K461A, R460A/K461A, W465A, S517A, T560A, S564P, S571N, S573A, K576A, H586A, I587A, M589V, S592G, 또는 F594L 중 하나 이상을 포함하는 것인 핵산 작제물.
[257] E15. 구현예 E12-E14 중 어느 한 구현에에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac은 서열 번호 10에 제시된 서열에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% 상동성인 아미노산 서열을 포함하는 것인 핵산 작제물.
[258] E16. 구현예 E1-E15 중 어느 한 구현에에 있어서, 링커는 XTEN 서열 또는 GGS 서열을 포함하는 것인 핵산 작제물.
[259] E17. 구현예 E1-E16 중 어느 한 구현에에 있어서, 링커를 인코딩하는 핵산은 약 9 내지 약 150 개의 핵산 길이인 것인 핵산 작제물.
[260] E18. 구현예 E1-E17 중 어느 한 구현에에 있어서, 제1 폴리뉴클레오타이드 서열의 3' 말단은 핵산 링커에 의해 제2 폴리뉴클레오타이드의 5' 말단에 연결되는 것인 핵산 작제물.
[261] E19. 구현예 E1-E17 중 어느 한 구현에에 있어서, 제2 폴리뉴클레오타이드 서열의 3' 말단은 핵산 링커에 의해 제1 폴리뉴클레오타이드 서열의 5' 말단에 연결되는 것인 핵산 작제물.
[262] E20. 구현예 E1-E19 중 어느 한 구현에의 핵산 작제물을 포함하는 벡터로서, 발현 벡터는 포유동물 세포, 효모 세포, 곤충 세포, 식물 세포, 진균 세포 또는 조류 세포에서의 발현에 적합한 것인 벡터.
[263] E21. 구현예 E1에 있어서,
a) 제1 폴리뉴클레오타이드 서열은 Cas 9 단백질을 인코딩하고;
b) 제2 폴리뉴클레오타이드 서열은 변형된 과활성 PiggyBac 또는 이의 기능적 단편인 것인 변형된 트랜스포사제를 인코딩하는 것인 핵산 작제물.
[264] E22. 구현예 E21에 있어서, Cas 9 단백질은 인간 Cas 9, 닉카제 Cas 9, 스트렙토코커스 피오게네스 Cas 9, 스타필로코커스 아우레우스 Cas 9, Cas12a, Cas12b, 및 멸실 Cas 9로 구성된 군으로부터 선택되는 것인 핵산 작제물.
[265] E23. 구현예 E21 또는 E22 중 어느 한 구현에에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac는 과활성 PiggyBac 서열 (서열 번호 9)의 아미노산 번호에 해당하는 아미노산 245, 268, 275, 277, 287, 290, 315, 325, 341, 346, 347, 350, 351, 356, 357, 372, 375, 388, 409, 412, 432, 447, 450, 460, 461, 465, 517, 560, 564, 571, 573, 576, 586, 587, 589, 592, 및 594 중 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 것인 핵산 작제물.
[266] E24. 구현예 E23에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 돌연변이는 과활성 PiggyBac 서열 (서열 번호 9)의 아미노산 번호에 해당하는 R245A, D268N, R275A/R277A, K287A, K290A, K287A/K290A, R315A, G325A, R341A, D346N, N347A, N347S, T350A, S351E, S351P, S351A, K356E, N357A, R372A, K375A, R372A/K375A, R388A, K409A, K412A, K409A/K412A, K432A, D447A, D447N, D450N, R460A, K461A, R460A/K461A, W465A, S517A, T560A, S564P, S571N, S573A, K576A, H586A, I587A, M589V, S592G, 또는 F594L 중 하나 이상을 포함하는 것인 핵산 작제물.
[267] E25. 구현예 E21 또는 E22 중 어느 한 구현에에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac은 서열 번호 10에 제시된 서열에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% 상동성인 아미노산 서열을 포함하는 것인 핵산 작제물.
[268] E26. 구현예 E21-E25 중 어느 한 구현에에 있어서, 링커를 을인코딩하는 핵산은 XTEN 서열 또는 GGS 서열을 포함하는 것인 핵산 작제물.
[269] E27. 구현예 E21-E26 중 어느 한 구현에에 있어서, 링커를 인코딩하는 핵산은 9 내지 150 개의 핵산 길이인 것인 핵산 작제물.
[270] E28. 구현예 E22-E27 중 어느 한 구현에에 있어서, 제2 폴리뉴클레오타이드 서열의 3' 말단은 링커에 의해 제1 폴리뉴클레오타이드 서열의 5' 말단에 연결되는 것인 핵산 작제물.
[271] E29. 구현예 E1에 있어서,
a) 제1 폴리뉴클레오타이드 서열은 아연 집게 단백질을 인코딩하고;
b) 제2 폴리뉴클레오타이드 서열은 변형된 인테그라제 또는 이의 기능적 단편을 인코딩하는 것인 핵산 작제물.
[272] E30. 구현예 E29에 있어서, 아연 집게 단백질은 C2H2 아연 집게 단백질인 것인 핵산 작제물.
[273] E31. 구현예 E29 또는 E30에 있어서, 변형된 인테그라제는 변형된 인간 면역결핍 바이러스 (HIV) 인테그라제 또는 이의 기능적 단편인 것인 핵산 작제물.
[274] E32. 구현예 E31에 있어서, 변형된 HIV 인테그라제는 야생형 HIV 인테그라제 서열 (서열 번호 1)의 아미노산 번호에 해당하는 아미노산 10, 13, 64, 94, 116, 117, 119, 120, 122, 124, 128, 152, 168, 170, 185, 231, 264, 266, 또는 273 중 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 것인 핵산 작제물.
[275] E33. 구현예 E32에 있어서, 변형된 HIV 인테그라제 돌연변이는 야생형 HIV 인테그라제 서열 (서열 번호 1)의 아미노산 번호에 해당하는 D10K, E13K, D64A, D64E, G94D, G94E, G94R, G94K, D116A, D116E, N117D, N117E, N117R, N117K, S119A, S119P, S119T, S119G, S119D, S119E, S119R, S119K, N120D, N120E, N120R, N120K, T122K, T122I, T122V, T122A, T122R, A124D, A124E, A124R, A124K, A128T, E152A, E152D, Q168L, Q168A, E170G, F185K, R231G, R231K, R231D, R231E, R231S, K264R, K266R, 또는 K273R 중 하나 이상을 포함하는 것인 핵산 작제물.
[276] E34. 구현예 E31-E33 중 어느 한 구현에에 있어서, 변형된 HIV 인테그라제는 서열 번호 3에 제시된 서열에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% 상동성인 아미노산 서열을 포함하는 것인 핵산 작제물.
[277] E35. 구현예 E29-E34 중 어느 한 구현에에 있어서, 링커는 XTEN 서열 또는 GGS 서열을 포함하는 것인 핵산 작제물.
[278] E36. 구현예 E29-E35 중 어느 한 구현에에 있어서, 링커를 인코딩하는 핵산은 9 내지 150 개의 핵산 길이인 것인 핵산 작제물.
[279] E37. 구현예 E29-E37 중 어느 한 구현에에 있어서, 제2 폴리뉴클레오타이드 서열의 3' 말단은 링커에 의해 제1 폴리뉴클레오타이드 서열의 5' 말단에 연결되는 것인 핵산 작제물.
[280] E38. 구현예 E21-E37 중 어느 한 구현에의 핵산 작제물을 포함하는 벡터로서, 발현 벡터는 포유동물 세포, 효모 세포, 곤충 세포, 식물 세포, 진균 세포 또는 조류 세포에서의 발현에 적합한 것인 벡터.
[281] E39. 구현예 E1-E38 중 어느 한 구현예의 핵산 작제물 또는 벡터를 포함하는 숙주 세포.
[282] E40. 다음을 포함하는 융합 단백질:
게놈에서 특정 게놈 DNA 서열에 결합하도록 조작된 제1 DNA 결합 단백질;
외인성 핵산을 게놈 내로 삽입할 수 있는 제2 DNA 결합 단백질로서, 여기서 제2 DNA 결합 단백질은 야생형에 대해 변형된 인테그라제 또는 트랜스포사제인 것인 단백질; 및
제1 단백질과 제2 단백질을 연결하는 링커.
[283] E41. 구현예 E40에 있어서, 제2 DNA 결합 단백질은 상응하는 야생형 단백질에 비해 게놈 내로의 외인성 핵산의 삽입 특이성을 개선하도록 변형된 것인 융합 단백질.
[284] E42. 구현예 E40 또는 E41 중 어느 한 구현에에 있어서, 외인성 핵산은 최대 약 20kb의 길이일 수 있는 것인 융합 단백질.
[285] E43. 구현예 E40-E42 중 어느 한 구현에에 있어서, 제1 DNA 결합 단백질은 아연 집게 단백질, Cas 9 단백질, 및 임의의 변이체 또는 이의 기능적 단편 일부로 구성된 군으로부터 선택되는 것인 융합 단백질.
[286] E44. 구현예 E43에 있어서, Cas 9 단백질은 인간 Cas 9, 닉카제 Cas 9, 스트렙토코커스 피오게네스 Cas 9, 스타필로코커스 아우레우스 Cas 9, Cas12a, Cas12b, 및 멸실 Cas 9로 구성된 군으로부터 선택되는 것인 융합 단백질.
[287] E45. 구현예 E43에 있어서, 아연 집게 단백질은 C2H2 아연 집게 단백질인 것인 융합 단백질.
[288] E46. 구현예 E40-E45 중 어느 한 구현에에 있어서, 변형된 인테그라제는 변형된 인간 면역결핍 바이러스 (HIV) 인테그라제 또는 이의 기능적 단편인 것인 융합 단백질.
[289] E47. 구현예 E46에 있어서, 변형된 HIV 인테그라제는 야생형 HIV 인테그라제 서열 (서열 번호 1)의 아미노산 번호에 해당하는 아미노산 10, 13, 64, 94, 116, 117, 119, 120, 122, 124, 128, 152, 168, 170, 185, 231, 264, 266, 또는 273 중 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 것인 융합 단백질.
[290] E48. 구현예 E47에 있어서, 변형된 HIV 인테그라제 돌연변이는 야생형 HIV 인테그라제 서열 (서열 번호 1)의 아미노산 번호에 해당하는 D10K, E13K, D64A, D64E, G94D, G94E, G94R, G94K, D116A, D116E, N117D, N117E, N117R, N117K, S119A, S119P, S119T, S119G, S119D, S119E, S119R, S119K, N120D, N120E, N120R, N120K, T122K, T122I, T122V, T122A, T122R, A124D, A124E, A124R, A124K, A128T, E152A, E152D, Q168L, Q168A, E170G, F185K, R231G, R231K, R231D, R231E, R231S, K264R, K266R, 또는 K273R 중 하나 이상을 포함하는 것인 융합 단백질.
[291] E49. 구현예 E46-E48 중 어느 한 구현에에 있어서, 변형된 HIV 인테그라제는 서열 번호 3에 제시된 서열에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% 상동성인 아미노산 서열을 포함하는 것인 융합 단백질.
[292] E50. 구현예 E40-E45 중 어느 한 구현에에 있어서, 변형된 트랜스포사제는 변형된 프로그 프린스, 변형된 슬리핑 뷰티, 변형된 과활성 슬리핑 뷰티 (SB100X), 변형된 PiggyBac, 변형된 과활성 PiggyBac, 및 임의의 이의 기능적 단편으로 구성된 군으로부터 선택되는 것인 융합 단백질.
[293] E51. 구현예 E50에 있어서, 변형된 트랜스포사제는 변형된 과활성 PiggyBac 또는 이의 기능적 단편인 것인 융합 단백질.
[294] E52. 구현예 E51에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac는 과활성 PiggyBac 서열 (서열 번호 9)의 아미노산 번호에 해당하는 아미노산 245, 268, 275, 277, 287, 290, 315, 325, 341, 346, 347, 350, 351, 356, 357, 372, 375, 388, 409, 412, 432, 447, 450, 460, 461, 465, 517, 560, 564, 571, 573, 576, 586, 587, 589, 592, 및 594 중 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 것인 융합 단백질.
[295] E53. 구현예 E52에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 돌연변이는 과활성 PiggyBac 서열 (서열 번호 9)의 아미노산 번호에 해당하는 R245A, D268N, R275A/R277A, K287A, K290A, K287A/K290A, R315A, G325A, R341A, D346N, N347A, N347S, T350A, S351E, S351P, S351A, K356E, N357A, R372A, K375A, R372A/K375A, R388A, K409A, K412A, K409A/K412A, K432A, D447A, D447N, D450N, R460A, K461A, R460A/K461A, W465A, S517A, T560A, S564P, S571N, S573A, K576A, H586A, I587A, M589V, S592G, 또는 F594L 중 하나 이상을 포함하는 것인 융합 단백질.
[296] E54. 구현예 E50-E53 중 어느 한 구현에에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac은 서열 번호 10에 제시된 서열에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% 상동성인 아미노산 서열을 포함하는 것인 융합 단백질.
[297] E55. 구현예 E40-E54 중 어느 한 구현에에 있어서, 링커는 XTEN 서열 또는 GGS 서열을 포함하는 것인 융합 단백질.
[298] E56. 구현예 E40-E55 중 어느 한 구현에에 있어서, 링커는 3 내지 50 개의 아미노산 길이인 것인 융합 단백질.
[299] E57. 구현예 E40에 있어서,
a) 제1 DNA 결합 단백질은 Cas 9 단백질이고;
b) 제2 DNA 결합 단백질은 변형된 과활성 PiggyBac 또는 이의 기능적 단편인 것인 융합 단백질.
[300] E58. 구현예 E57에 있어서, Cas 9 단백질은 인간 Cas 9, 닉카제 Cas 9, 스트렙토코커스 피오게네스 Cas 9, 스타필로코커스 아우레우스 Cas 9, Cas12a, Cas12b, 및 멸실 Cas 9로 구성된 군으로부터 선택되는 것인 융합 단백질.
[301] E59. 구현예 E57 또는 E58 중 어느 한 구현에에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac는 과활성 PiggyBac 서열 (서열 번호 9)의 아미노산 번호에 해당하는 아미노산 245, 268, 275, 277, 287, 290, 315, 325, 341, 346, 347, 350, 351, 356, 357, 372, 375, 388, 409, 412, 432, 447, 450, 460, 461, 465, 517, 560, 564, 571, 573, 576, 586, 587, 589, 592, 및 594 중 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 것인 융합 단백질.
[302] E60. 구현예 E59에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 돌연변이는 과활성 PiggyBac 서열 (서열 번호 9)의 아미노산 번호에 해당하는 R245A, D268N, R275A/R277A, K287A, K290A, K287A/K290A, R315A, G325A, R341A, D346N, N347A, N347S, T350A, S351E, S351P, S351A, K356E, N357A, R372A, K375A, R372A/K375A, R388A, K409A, K412A, K409A/K412A, K432A, D447A, D447N, D450N, R460A, K461A, R460A/K461A, W465A, S517A, T560A, S564P, S571N, S573A, K576A, H586A, I587A, M589V, S592G, 또는 F594L 중 하나 이상을 포함하는 것인 융합 단백질.
[303] E61. 구현예 E57-E60 중 어느 한 구현에에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac은 서열 번호 10에 제시된 서열에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% 상동성인 아미노산 서열을 포함하는 것인 융합 단백질.
[304] E62. 구현예 E40에 있어서,
a) 제1 DNA 결합 단백질은 아연 집게 단백질이고;
b) 제2 DNA 결합 단백질은 변형된 인테그라제 또는 이의 기능적 단편인 것인 융합 단백질.
[305] E63. 구현예 E62에 있어서, 아연 집게 단백질은 C2H2 아연 집게 단백질인 것인 융합 단백질.
[306] E64. 구현예 E62 또는 E63 중 어느 한 구현에에 있어서, 변형된 인테그라제는 변형된 인간 면역결핍 바이러스 (HIV) 인테그라제 또는 이의 기능적 단편인 것인 융합 단백질.
[307] E65. 구현예 E64에 있어서, 변형된 HIV 인테그라제는 야생형 HIV 인테그라제 서열 (서열 번호 1)의 아미노산 번호에 해당하는 아미노산 10, 13, 64, 94, 116, 117, 119, 120, 122, 124, 128, 152, 168, 170, 185, 231, 264, 266, 또는 273 중 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 것인 융합 단백질.
[308] E66. 구현예 E65에 있어서, 변형된 HIV 인테그라제 돌연변이는 야생형 HIV 인테그라제 서열 (서열 번호 1)의 아미노산 번호에 해당하는 D10K, E13K, D64A, D64E, G94D, G94E, G94R, G94K, D116A, D116E, N117D, N117E, N117R, N117K, S119A, S119P, S119T, S119G, S119D, S119E, S119R, S119K, N120D, N120E, N120R, N120K, T122K, T122I, T122V, T122A, T122R, A124D, A124E, A124R, A124K, A128T, E152A, E152D, Q168L, Q168A, E170G, F185K, R231G, R231K, R231D, R231E, R231S, K264R, K266R, 또는 K273R 중 하나 이상을 포함하는 것인 융합 단백질.
[309] E67. 구현예 E62에 있어서, 변형된 HIV 인테그라제는 서열 번호 3에 제시된 서열에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% 상동성인 아미노산 서열을 포함하는 것인 융합 단백질.
[310] E68. 구현예 E57-E67 중 어느 한 구현에에 있어서, 링커는 XTEN 서열 또는 GGS 서열을 포함하는 것인 융합 단백질.
[311] E69. 구현예 E57-E68 중 어느 한 구현에에 있어서, 링커는 3 내지 50 개의 아미노산 길이인 것인 융합 단백질.
[312] E70. 구현예 E40-E69 중 어느 한 구현에에 있어서, 제2 DNA 결합 단백질의 3' 말단은 링커에 의해 제1 DNA 결합 단백질의 5' 말단에 연결되는 것인 융합 단백질.
[313] E71. 구현예 E40-E69 중 어느 하나의 융합 단백질을 포함하는 것인 렌티바이러스 입자.
[314] E72. 유전자 편집을 위한 렌티바이러스 입자의 생성 방법으로서, 숙주 세포에서 다음을 발현시키는 단계를 포함하는 방법:
a) 구현예 E1-E38 중 어느 하나의 핵산 작제물을 포함하는 폴리뉴클레오타이드; 및
b) 렌티바이러스 외피에 대한 단백질을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드.
[315] E73. 구현예 E72에 있어서, c) 외인성 핵산을 포함하는 폴리뉴클레오타이드 서열을 발현시키는 단계를 추가적으로 포함하는 방법.
[316] E74. 구현예 E72 또는 E73 중 어느 한 구현에에 있어서, 핵산 작제물을 포함하는 폴리뉴클레오타이드는 렌티바이러스 캡시드 단백질을 인코딩하는 핵산 서열을 추가적으로 포함하는 것인 방법.
[317] E75. 구현예 E72-E74 중 어느 하나의 구현예에 있어서, 숙주 세포로부터 렌티바이러스 입자를 회수하는 단계를 추가적으로 포함하는 것인 방법.
[318] E76. 구현예 E72-E75 중 어느 하나의 구현예에 있어서, 렌티바이러스 입자를 정제하는 단계를 추가적으로 포함하는 것인 방법.
[319] E77. 외인성 핵산 서열을 유기체의 게놈 DNA 내로 삽입하는 방법으로서, 구현예 E1-E38 중 어느 한 구현예의 핵산 작제물 또는 구현예 E40-E71 중 어느 한 구현예의 융합 단백질을 포함하는 렌티바이러스 입자를 유기체에 투여하여, 이로 인해 제1 및 제2 DNA 결합 단백질이 특정 게놈 DNA 서열에 결합하고 외인성 핵산을 게놈 DNA 내로 삽입하는 것을 포함하며; 여기서 외인성 핵산은 특정 게놈 DNA 서열에서 통합되는 것인 방법.
[320] E78. 다음의 단계를 포함하는, 내로의 외인성 핵산 서열의 단일 카피 또는 다중 카피의 제어된, 부위-특이적 통합 방법:
a) 구현예 E40-E71 중 어느 하나의 구현예의 융합 단백질을 세포에 전달하는 단계, 및
b) 외인성 핵산을 세포에 전달하는 단계;
여기서 세포의 게놈에서 특정 게놈 DNA 서열에 대한 융합 단백질의 결합은 게놈의 절단 및 게놈 내로 외인성 핵산의 하나 이상의 카피를 세포의 통합을 초래하고; 융합 단백질은 렌티바이러스 입자에 의해 세포로 전달되는 것인 방법.
[321] E79. 다음을 포함하는 핵산 작제물:
[322] a) 게놈의 특정 게놈 DNA 서열에 결합하도록 조작된 제1 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 핵산을 포함하는 제1 폴리뉴클레오타이드 서열로서; 여기서 제1 DNA 결합 단백질은 아연 집게 단백질 또는 Cas9 단백질인 것인 서열;
[323] b) 외인성 핵산을 게놈 내로 삽입할 수 있는 제2 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 핵산을 포함하는 제2 폴리뉴클레오타이드 서열로서, 여기서 제2 DNA 결합 단백질은
(i) 과활성 PiggyBac 트랜스포사제, 또는 과활성 PiggyBac에 비해 외인성 핵산을 게놈에 삽입하는 특이성이 개선된 변형된 과활성 PiggyBac이거나, 또는
(ii) 인간 면역결핍 바이러스 (HIV) 인테그라제, 또는 HIV 인테그라제에 비해 외인성 핵산을 게놈에 삽입하는 특이성이 개선된 변형된 HIV 인테그라제인것인 서열; 및
[324] c) 링커를 인코딩하는 핵산을 포함하는 선택적인 폴리뉴클레오타이드 서열;
[325] 여기서 핵산 작제물은 제1 DNA 결합 단백질, 제2 DNA 결합 단백질, 및 제1 DNA 결합 단백질과 제2 DNA 결합 단백질 사이의 선택적인 링커를 포함하는 융합 단백질을 인코딩하고;
[326] 융합 단백질은 외인성 핵산을 게놈의 특정 부위에 삽입할 수 있는 것인 핵산 작제물.
[327] E80. 구현예 E79에 있어서, Cas9 단백질은 인간 Cas9, 닉카제 Cas9 및 멸실 Cas 9로 구성된 군으로부터 선택되는 것인 핵산 작제물.
[328] E81. 구현예 E79에 있어서, 아연 집게 단백질은 6 개의 도메인을 포함하는 C2H2 아연 집게 단백질인 것인 핵산 작제물.
[329] E82. 구현예 E79-E81 중 어느 한 구현에에 있어서, 링커는 XTEN 서열 또는 GGS 서열을 포함하는 것인 핵산 작제물.
[330] E83. 구현예 E79-E82 중 어느 한 구현에에 있어서, 제1 폴리뉴클레오타이드 서열의 3' 말단은 제2 폴리뉴클레오타이드의 5' 말단에 연결되는 것인 핵산 작제물.
[331] E84. 구현예 E79-E83 중 어느 한 구현에에 있어서, (a) 제1 DNA 결합 단백질은 Cas 9 단백질 또는 아연 집게 단백질이고, (b) 제2 DNA 결합 단백질은 과활성 PiggyBac 트랜스포사제, 또는 과활성 PiggyBac에 비해 외인성 핵산을 게놈에 삽입하는 특이성이 개선된 변형된 과활성 PiggyBac이고, 여기서 핵산 작제물은 (c) XTEN 서열 또는 GGS 서열을 포함하는 링커를 인코딩하는 핵산을 포함하는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함하며, 제1 폴리뉴클레오타이드 서열의 3' 말단은 제2 폴리뉴클레오타이드의 5' 말단에 연결되는 것인 핵산 작제물.
[332] E85. 구현예 E79-E83 중 어느 한 구현에에 있어서, (a) 제1 DNA 결합 단백질은 Cas 9 단백질 또는 아연 집게 단백질이고 (b) 제2 DNA 결합 단백질은 HIV 인테그라제, 또는 HIV 인테그라제에 비해 외인성 핵산을 게놈에 삽입하는 특이성이 개선된 변형된 HIV 인테그라제이고, 여기서 핵산 작제물은 (c) XTEN 서열 또는 GGS 서열을 포함하는 링커를 인코딩하는 핵산을 포함하는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 제1 폴리뉴클레오타이드 서열의 3' 말단은 제2 폴리뉴클레오타이드의 5' 말단에 연결되는 것인 핵산 작제물.
[333] E86. 구현예 E79-E84 중 어느 한 구현에에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 과활성 PiggyBac의 아미노산 서열 서열 번호 9에 상응하는 아미노산 245, 268, 275, 277, 287, 290, 315, 325, 341, 346, 347, 350, 351, 356, 357, 372, 375, 388, 409, 412, 432, 447, 450, 460, 461, 465, 517, 560, 564, 571, 573, 576, 586, 587, 589, 592, 및 594 중 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 것인 핵산 작제물.
[334] E87. 구현예 E86에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제 돌연변이는 과활성 PiggyBac의 아미노산 서열 서열 번호 9에 해당하는 R245A, D268N, R275A/R277A, K287A, K290A, K287A/K290A, R315A, G325A, R341A, D346N, N347A, N347S, T350A, S351E, S351P, S351A, K356E, N357A, R372A, K375A, R372A/K375A, R388A, K409A, K412A, K409A/K412A, K432A, D447A, D447N, D450N, R460A, K461A, R460A/K461A, W465A, S517A, T560A, S564P, S571N, S573A, K576A, H586A, I587A, M589V, S592G, 또는 F594L로부터 선택된 아미노산 변형 중 하나 이상을 포함하는 것인 핵산 작제물.
[335] E88. 구현예 E79-E84 중 어느 한 구현에에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 과활성 PiggyBac의 아미노산 서열 서열 번호 9에 해당하는 아미노산 245, 275, 277, 325, 347, 351, 372, 375, 388, 450, 465, 560, 564, 573, 589, 592, 594 중 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 것인 핵산 작제물.
[336] E89. 구현예 E88에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제 돌연변이는 과활성 PiggyBac의 아미노산 서열 서열 번호 9에 해당하는 R245A, R275A, R277A, R275A/R277A, G325A, N347A, N347S, S351E, S351P, S351A, R372A, K375A, R388A, D450N, W465A, T560A, S564P, S573A, M589V, S592G, 또는 F594L으로부터 선택된 아미노산 변형 중 하나 이상을 포함하는 것인 핵산 작제물.
[337] E90. 구현예 E88에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 아미노산 서열 서열 번호 9를 포함하며, 여기서: 위치 245의 아미노산은 A이고, 위치 275의 아미노산은 R 또는 A이고, 위치 277의 아미노산은 R 또는 A이고, 위치 325의 아미노산은 A 또는 G이고, 위치 347의 아미노산은 N 또는 A이고, 위치 351의 아미노산은 E, P 또는 A이고, 위치 372의 아미노산은 R이고, 위치 375의 아미노산은 A이고, 위치 450의 아미노산은 D 또는 N이고, 위치 465의 아미노산은 W 또는 A이고, 위치 560의 아미노산은 T 또는 A이고, 위치 564의 아미노산은 P 또는 S이고, 위치 573의 아미노산은 S 또는 A이고, 위치 592의 아미노산은 G 또는 S이고, 위치 594의 아미노산은 L 또는 F인 것인 핵산 작제물.
[338] E91. 구현예 E88에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 서열 번호 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 및 129로 구성된 군으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 것인 핵산 작제물.
[339] E92. 구현예 E88에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 서열 번호 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128 및 129으로 구성된 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 80% 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함하고, 여기서 변형된 과활성 PiggyBac은 과활성 PiggyBac에 비해 게놈 내로의 DNA 통합의 높은 특이성을 나타내는 것인 핵산 작제물.
[340] E93. 구현예 E79-E83 또는 E85 중 어느 한 구현에에 있어서, 변형된 HIV 인테그라제는 야생형 HIV 인테그라제의 아미노산 서열 서열 번호 1에 해당하는 아미노산 10, 13, 64, 94, 116, 117, 119, 120, 122, 124, 128, 152, 168, 170, 185, 231, 264, 266, 또는 273 중 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 것인 핵산 작제물.
[341] E94. 구현예 E93에 있어서, 변형된 HIV 인테그라제 돌연변이는 야생형 HIV 인테그라제의 아미노산 서열 서열 번호 1에 해당하는 D10K, E13K, D64A, D64E, G94D, G94E, G94R, G94K, D116A, D116E, N117D, N117E, N117R, N117K, S119A, S119P, S119T, S119G, S119D, S119E, S119R, S119K, N120D, N120E, N120R, N120K, T122K, T122I, T122V, T122A, T122R, A124D, A124E, A124R, A124K, A128T, E152A, E152D, Q168L, Q168A, E170G, F185K, R231G, R231K, R231D, R231E, R231S, K264R, K266R, 또는 K273R 중 하나 이상을 포함하는 것인 핵산 작제물.
[342] E95. 구현예 E79-E95 중 어느 한 구현에의 핵산 작제물을 포함하는 벡터로서, 벡터는 포유동물 세포, 효모 세포, 곤충 세포, 식물 세포, 진균 세포 또는 조류 세포에서의 발현에 적합한 것인 벡터.
[343] E96. 구현예 E79-E95 중 어느 하나의 구현예의 핵산 작제물 또는 벡터를 포함하는 숙주 세포.
[344] E97. 구현예 E79-E94 중 어느 하나의 구현예의 핵산 작제물의 발현으로부터 수득된 융합 단백질.
[345] E98. 구현예 E79-E95 또는 E97 중 어느 하나의 구현예의 핵산 작제물, 벡터 또는 융합 단백질, 및 게놈에 삽입하기 위한 외인성 핵산을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함하는 조성물로서, 이러한 조성물은 패키징 벡터에 함유 또는 결합되는 것인 조성물.
[346] E99. 구현예 E98에 있어서, 핵산 작제물은 RNA, DNA 또는 단백질의 형태이며, 외인성 핵산을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 서열은 DNA 또는 RNA의 형태인 것인 조성물.
[347] E100. 구현예 E98-E99 중 어느 한 구현에에 있어서, 패키징 벡터는 나노입자 또는 렌티바이러스 입자인 것인 조성물.
[348] E101. 외인성 핵산 서열의 단일 카피 또는 다중 카피를 세포 내로 제어된, 부위-특이적 통합 방법으로서, 상기 방법은 (a) E79-E95 또는 E97 중 어느 한 구현예의 핵산 작제물, 벡터 또는 융합 단백질을 세포에 전달하는 단계, 및 (b) 외인성 핵산을 세포에 전달하는 단계를 포함하고; 여기서 세포의 게놈에서 특정 게놈 DNA 서열에 대한 융합 단백질의 결합은 게놈의 절단 및 게놈 내로 외인성 핵산의 하나 이상의 카피를 세포의 통합을 초래하는 것인 방법.
[349] E102. A 아미노산 서열 서열 번호 9를 포함하는 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제로서, 여기서: 위치 245의 아미노산은 A이고, 위치 275의 아미노산은 R 또는 A이고, 위치 277의 아미노산은 R 또는 A이고, 위치 325의 아미노산은 A 또는 G이고, 위치 347의 아미노산은 N 또는 A이고, 위치 351의 아미노산은 E, P 또는 A이고, 위치 372의 아미노산은 R이고, 위치 375의 아미노산은 A이고, 위치 450의 아미노산은 D 또는 N이고, 위치 465의 아미노산은 W 또는 A이고, 위치 560의 아미노산은 T 또는 A이고, 위치 564의 아미노산은 P 또는 S이고, 위치 573의 아미노산은 S 또는 A이고, 위치 592의 아미노산은 G 또는 S이고, 위치 594의 아미노산은 L 또는 F인 것인 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제.
[350] E103. 구현예 E102에 있어서, 서열 번호 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 및 129으로 구성된 군으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 것인 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제.
[351] E104. 구현예 E102에 있어서, 서열 번호 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128 및 129으로 구성된 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 80% 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함하고, 여기서 변형된 과활성 PiggyBac은 과활성 PiggyBac에 비해 게놈 내로의 DNA 통합의 높은 특이성을 나타내는 것인 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제.
[352] 본 명세서 전반에 걸쳐 인용될 수 있는 모든 인용 참조 (참조 문헌, 특허, 특허 출원 및 웹사이트 포함)의 내용은 본 명세서에 인용된 참조 문헌과 마찬가지로 모든 목적을 위해 그 전체가 참조에 의해 명시적으로 포함된다. 다음의 실시예는 제한의 목적이 아니라 예시를 위해 제공된다.
실시예
[353] “PB”및 “hyPB”는 과활성 PiggyBac 트랜스포사제를 지칭하도록 호환적으로 사용된다. 하기 실시예 1-3은 프로그래밍 가능한 트랜스포사제 및 Cas9의 융합 단백질의 작제물의 표적화된 통합 관점에서 생성 및 성능에 관한 것이다. 실시예 1에서, Cas9 의 상이한 버전에 융합된 트랜스포사제 과활성 PiggyBac 및 슬리핑 뷰티의 상이한 DNA 작제물을 성공적으로 생성하여, 형질감염된 세포의 게놈 내로 트랜스포존이 통합되도록 하였다. 놀랍게도, PiggyBac 및 Cas9의 작제물은 게놈의 관심 부위 내로 표적화된 통합을 촉진할 수 있었다 (실시예 2). 실시예 3은 게놈 내로의 외인성 핵산 서열 삽입의 특이성을 증가시키기 위해 생성된 변형된 트랜스포사제를 제공한다.
실시예 1: 프로그래밍 가능한 트랜스포사제 융합 단백질의 발현을 위한 DNA 벡터
[354] 본 실험은 트랜스포존 통합의 성능을 위해 뉴클레아제 (h), 닉카제 (n) 및 멸실 (d) Cas9에 대한 과활성 PiggyBac 트랜스포사제 (여기서 hyPB 또는 PB로 지칭) 및 슬리핑 뷰티 (여기서 SB100x로서 지칭)의 융합의 다양한 구성을 테스트 하는 것을 목적으로 한다. 프로그래밍 가능한 트랜스포사제 융합 단백질은 pcDNA3.3-TOPO 발현 벡터 (Invitrogen 플라스미드 백본, Addgene 플라스미드 #41815) 야생형 인간 Cas9 인코딩 DNA 서열 (hCas9), 닉카제 Cas9 (nCas9), 또는 멸실 Cas9 (dCas9) (각각 서열 번호 64-66) 및 과활성 PiggyBac (PB) 또는 과활성 슬리핑 뷰티 (SB100) 트랜스포사제 (각각 서열 번호 67-68)을 통합하여 생성하였다. Cas9의 3' 말단이 GGS 링커를 인코딩하는 핵산 링커 서열 (서열 번호 48)에 의해 트랜스포사제 각각의 5' 말단에 연결된 벡터를 생성하였다 (hCas9PB, nCas9PB, dCas9PB, hCas9SB, nCas9SB, 및 dCas9SB). 트랜스포사제 각각의 3' 말단이 GGS 링커를 인코딩하는 핵산 링커 서열 (서열 번호 48)에 의해 Cas9의 5' 말단에 연결된 다른 벡터를 생성하였다 (PBhCas9, PBnCas9, PBdCas9, SBhCas9, SBnCas9, 및 SBdCas9). 융합 작제물의 요약이 표 2에 제공된다.
표 2. 실시예 1에 의해 생성된 프로그래밍 가능한 트랜스포사제 단백질의 목록
Figure pct00008
[355] 형질감염 전에 동결된 HEK293T 세포를 37℃에서 빠르게 해동한 다음 5mL 미리 데워진 배지에 재현탁하고 1,000rpm에서 4분 동안 원심분리하여 펠릿화하였다. 펠릿을 새로운 배지에 재현탁하고 ~1.6x106 세포를 새로운 T75 플라스크에 접종하였다. 세포가 95%의 포화도(confluency)에 도달했을 때 트립신을 사용하여 계대하고 40%의 포화도에서 시딩하였다. 세포는 실험에 사용하기 전에 두 번 계대하였다.
[356] 형질감염 실험을 위해 웰당 5x105 HEK293T 세포를 완전 DMEM 배지(Dulbecco의 변형된 독수리 배지(DMEM), 10% 소 태아 혈청, 2mM 글루타민 및 100U 페니실린/0.1mg/mL 스트렙토마이신이 보충됨)가 있는 다중 웰 플레이트에 접종하였다. 형질감염 전에 배지를 2.7mL의 새로운 완전 DMEM 배지로 교체하였다. Opti-MEM I Reduced 혈청 배지를 플라스미드의 각 조합뿐만 아니라 선형 폴리에틸렌이민(PEI 25K) 용액 1mg/mL와 혼합하였다. PEI 25K(μg):전체 DNA(μg)의 3:1 비율을 사용하였다. 두 용액을 혼합하고 실온에서 15분 동안 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후, 혼합물 300μL를 세포에 적가하였다. 형질감염 24시간 후, 배지를 새로운 완전 배지로 교체하였다. 유세포 분석 또는 세포 분류 및 DNA 추출을 위해 형질감염 후 세포를 수확하였다.
[357] HEK293T 세포를 표 2로부터 프로그래밍 가능한 트랜스포사제 융합 단백질을 인코딩하는 플라스미드, 통합되는 핵산을 인코딩하는 플라스미드, RFP (적색 형광 단백질) 또는 GFP (녹색 형광 단백질) 트랜스포존, 및 인간 게놈의 AAVS1 부위 (아데노-관련 바이러스 통합 부위 1)에 대해 표적화된 가이드 RNA으로 공동 형질감염시켰다. 과활성 PiggyBac 및 SB100을 양성 대조군으로 사용하였고 트랜스포존 단독은 에피솜 발현 검출 (즉, 삽입되지 않은 플라스미드로부터의 발현)을 위한 음성 대조군으로 사용하였다. 형광은 14일까지 유세포 분석에 의해 분석되었으며, 그 이후에는 에피솜 형광은 검출할 수 없었다. 그런 다음 세포를 GFP 발현에 의해 분류하고 분류 2일 후, 표적 DNA의 통합을 형광 세포의 백분율을 계수함으로써 정량화하였다.
[358] 결과 및 결론: Cas9-PB 융합에 대한 결과가 도 1A 및 도 1C에 도시되며; Cas9-SB100 융합에 대한 결과가 도 1B에 도시된다. 과활성 PiggyBac에 대해 융합된 인간 Cas9 (hCas9PB) 및 과활성 PiggyBac에 대해 융합된 닉카제 Cas9 (nCas9PB)는 형광 세포의 백분율을 14 일 이후 RFP 음성 대조군에 비해 약 8% 증가시켰다 (도 1A, 1C). 따라서, 상기 융합 단백질은 외인성 DNA를 세포 게놈에 성공적으로 통합할 수 있었다. 테스트된 Cas9-슬리핑 뷰티 융합 단백질은 14일 후에 에피솜 GFP 음성 대조군보다 더 많은 형광 세포를 생성할 수 없었다 (도 1B).
실시예 2: 프로그래밍 가능한 트랜스포사제 융합 단백질의 표적화된 전위 효율
[359] 전술한 실시예에 이어, 실시예 1에서 전체 삽입이 가장 우수한 구성으로 (비표적화에 대한) 표적화된 삽입이 있는지 여부를 연구하였. 이를 위해, HEK293T를 hCas9PB 또는 nCas9PB를 인코딩하는 플라스미드 (pSico), 역반복부 및 프로모터가 없는 GFP를 가지는 트랜스포존을 인코딩하는 유전자트랩 플라스미드, 및 AAVS1 부위 또는 인간 게놈 상의 프로모터 이후 CD46 유전자 내의 부위에 대해 표적화된 가이드 RNA (gRNA)로 리포펙타민 3000을 사용하여 공동 형질감염시켰다. Cas9의 3' 말단을 링커 (서열 번호 48)에 의해 트랜스포사제의 5' 말단에 연결하였다. Cas9PB 발현 벡터 구조의 예가 도 2A에 도시되어 있다. 트랜스포사제는 3'과 5' 반복 사이에 스플라이싱 수용체와 프로모터가 없는 GFP를 포함하였다. gRNA와 Cas9는 트랜스포사제가 트랜스포존을 프로모터 영역으로 통합하도록 지시한다. 이 접근법을 사용하면 트랜스포존이 표적 부위에 삽입되는 경우에만 세포가 형광성을 띠게 된다.
[360] 결과 및 결론: GFP 발현 세포의 백분율 정량화는 프로그래밍 가능한 트랜스포사제 융합 단백질 Cas9-PiggyBac (“표적화된 HCas9”) 및 닉카제 Cas9-PiggyBac (“표적화된 NCas9”)이 대조군 "비표적화된" (전체 삽입에 대한 대조군 (PiggyBac 단독)) 및 "에피솜" (비통합의 음성 대조군 (트랜스포존 단독))에 비해 더 높은 표적 DNA의 표적화된 전달을 가지는 것을 나타냈다 (도 2B). 이러한 경우 백그라운드보다 신호의 3배 및 4배가 증가가 상당했고; 특히 모든 세포가 트랜스포존 삽입에 필요한 모든 벡터로 효율적으로 형질전환된 것은 아니라는 점을 고려하였으며; 여기에 사용된 것과 같이 최적화되지 않은 조건에서 hyPB에 대한 무작위 삽입의 효율성은 10-15%이다.
실시예 3: 변형된 과활성 PIGGYBAC 트랜스포사제의 생성
[361] 게놈 내로의 외인성 핵산 서열 삽입의 특이성을 증가시키기 위해 변형된 PiggyBac 트랜스포사제를 생성하였다. 트랜스포사제 아미노산 돌연변이의 목록이 표 3에 제공된다.
표 3. 과활성 PiggyBac 대 과활성 PiggyBac 서열 번호 9에 대한 돌연변이 부위
Figure pct00009
Figure pct00010
[362] 하기 실시예 4에서, 아연 집게 단백질 (ZFP)이 관심 유전자의 삽입을 위한 염색체 표적 부위에 결합할 수 있다는 목적으로 여러 작제물을 생성하였다. ZFP는 DNA 결합 단백질로서 Cas9의 대체물을 구성한다. 실시예 5-13은 일반적으로 HIV-1 인테그라제 및 Cas9/ZFP의 융합 단백질 작제물의 표적화된 통합의 관점에서 생성 및 성능과 관련된다. 특히, 실시예 5에서는 ZFP와 인테그라제의 융합 단백질을 생성하였다 실시예 6-10은 실시예 11에서 생성된 인테그라제 융합 단백질과의 통합 기능의 회복을 입증하기 위한 시험관 내 연구의 기초로서 작용하도록 생성된 다양한 인테그라제 결함 패키징 시스템(즉, 비-통합 벡터)을 제공한다. 실시예 12에서, 표적화된 인테그라제 융합 단백질이 표적화된 삽입의 백분율을 증가시키는 것으로 관찰되었다.
실시예 4 표적화된 아연 집게 단백질 (ZFP)의 생성
[363] 목적은 관심 유전자의 삽입을 위한 염색체 표적 부위에 결합하는 여러 ZFP를 생성하는 것이었다. 인간 게놈 상의 AAVS1 부위 (서열 번호 40)를 표적화하기 위해 6 개의 도메인 아연 집게 단백질을 생성하였다. 표적 DNA 서열 및 상응하는 ZFP 나선이 표 4에 나타난다. 표적 부위및 ZFP를 인코딩하는 작제물을 제조하였다 (AAVS1-6d-ZFP). ZFP를 인코딩하는 핵산 및 아미노산 서열은 각각 서열 번호 32 및 33이다.
표 4. AAVS1 표적 부위 및 상응하는 ZFP 나선 목록
Figure pct00011
실시예 5: ZFP-인테그라제 융합 단백질의 생성
[364] 6개의 도메인(유효한 서열 특이적)을 갖는 ZFP를 갖는 인테라제 융합 단백질이 생성하였다. 부위 특이적 인테그라제를 생성하기 위해, 실시예 4에서 생성된 ZFP (AAVS1-6d-ZFP)를 HIV-1 인테그라제(서열 번호 1) (pZFP-AAVS1-6d-IN)와 함께 pcDNA3.1 발현 벡터에 클로닝하였다. 융합 단백질을 암호화하는 서열은 ZFP와 인테그라제 사이에 N-말단 핵 국소화 신호(서열 번호 47) 및 GGS 링커 서열(서열 번호 48)을 포함한다(도 3).
[365] 추가의 인테그라제 융합 벡터, 예컨대 pZFP-TRCa-IN (서열 번호 38 포함, TRCa 유전자좌를 표적화) 및 pZFP-AAVs1-TEX-IN (TEX 링커 (서열 번호 61) 포함)과 같은 생성하였으며, 이는 유사한 방법을 사용하여 제조하였다.
실시예 6: 결함 인테그라제를 가지는 DNA 벡터의 생성
[366] 인테그라제 결함 포장 시스템은 조작된 인테그라제를 사용한 시험관 내 연구의 기초 역할을 하기 위해 생성하였다. 비통합 패킹 플라스미드 (NILV) psPAX2에서 결함이 있는 인테그라제 작제물을 생성하였다. psPAX2 플라스미드는 단일 N64D 돌연변이 및 이중 N64D/N116D 돌연변이를 가진다. 전체 인테그라제 코딩 영역이 결여된 결실된 인테그라제(ΔIN) 플라스미드를 생성하였다. 인테그라제 코딩 서열 앞에 정지 코돈을 포함하는 비-코딩 플라스미드를 생성하였다 (하기 실시예 8). cPPT/CTS가 없는 DNA 결합 도메인 및 C-말단 도메인을 함유하는 작제물을 포함하는 절단된 인테그라제를 함유하는 플라스미드를 생성하였다 (하기 실시예 10). 일반적인 클로닝 프로토콜은 아래에 간략하게 설명된 대로 따랐다.
KAPA HiFi HotStart 프로토콜
[367] KAPA HiFi HotStart를 사용하는 PCR 실험의 경우, PCR 반응 혼합물은 KAPA HiFi PCR Kit 제조업체의 프로토콜에 따라 제조하였다. KAPA HFi PCR 반응은 Mastercycler Pro로 수행하였다.
플라스미드 DNA 추출
[368] 플라스미드 DNA는 제조사의 프로토콜에 따라 QIAprep Spin Miniprep Kit를 사용하여 추출하였다. 박테리아 배양물을 5,000rpm에서 3분 동안 원심분리하여 수확하였다. 세포 펠릿을 250μL의 버퍼 P1에 재현탁하고 250μL의 버퍼 P2로 튜브를 4-6회 뒤집어 혼합하였다. 350 μL의 버퍼 N3를 첨가하고 튜브를 뒤집어 혼합하였다. 에펜도프 튜브를 12,000rpm에서 10분 동안 원심분리하여 세포 파편과 염색체 DNA를 제거하였다. 상청액을 제공된 QIAprep 스핀 컬럼으로 옮기고 1분 동안 원심분리하였다 (12,000 rpm). 샘플을 0.5mL의 버퍼 PB와 0.75mL의 버퍼 PE로 두 번 세척하고 매번 12,000rpm에서 1분 동안 원심분리하였다. 12000rpm에서 1분 동안 추가로 원심분리하여 잔류 세척 용액 버퍼를 제거하였다. QIAprep 스핀 컬럼을 새로운 1.5ml 미세원심분리 튜브로 옮기고 50μL의 물을 첨가하여 튜브를 1분 동안 방치한 후 12,000rpm에서 1분 원심분리하여 플라스미드를 용리하였따. NanoDrop One으로 농도를 측정하였다.
플라스미드 DNA의 단리 및 정제
[369] 원하는 플라스미드를 함유하는 박테리아 균주 (DH5α 또는 DH10B)를 100 μg/mL 카베니실린을 함유하는 LB 배지에서 밤새 성장시켰다. 제조사의 프로토콜에 따라, NZYTech의 플라스미드 미니 또는 맥시 키트를 사용하여 플라스미드를 단리하였다. 플라스미드는 30 μL (miniprep) 또는 500 μL (maxiprep)의 65℃ 뜨거운 물에서 용리시켰다. 플라스미드는 -20 ℃에서 보관하였다. PCR 정제를 위해 반응 혼합물을 PCR 정제 키트를 사용하여 처리하였다. 30μL, 65℃ 뜨거운 물에서 DNA를 용출시켰다.
DNA 겔 전기영동
[370] 아가로스를 끓여 100mL TAE-완충액에 용해시켰다. 액체 젤에 100mL 아가로스 용액당 4μL 그린세이프(greensafe)를 보충하고 트레이에 부었다. DNA 준비를 시각화하기 위해 DNA를 6x 로딩 염료와 혼합하고 1% 아가로스 겔에 로딩하였다. 또한, 하나의 챔버에는 1mm 겔 레인당 1μL 유전자 사다리를 로딩하였다. 겔을 100V에서 1.5시간 동안 실행하고 반조명기를 사용하여 시각화하였다.
형질전환
[371] DH5α를 사용한 형질전환 실험의 경우, 플라스미드를 제조사의 프로토콜에 따라 50μL DH5α 세포로 형질전환시켰다. s.o.c 배지에서 회수 후, 박테리아를 30초 동안 15,000g에서 펠릿화하고 50μl LB 배지에 재현탁시켰다. 세포를 100 μg/mL 카르베니실린을 함유하는 LB-Agar 플레이트에 도말하고 37℃에서 밤새 인큐베이션하였다. 배양물을 선택하고 100㎍/mL 카베니실린을 함유하는 LB 배지에서 밤새 접종하였다. 액체 배양물은 다시 플라스미드 단리 또는 글리세롤 스톡에 사용하였다. 글리세롤 스톡의 경우 500μL 액체 배양물을 500μL 50% 글리세롤과 혼합하고 -80℃에서 보관하였다.
[372] XL-10 Gold Ultracompetent 세포를 사용한 형질전환 실험의 경우, 먼저 세포를 얼음 위에서 해동하고 45μL의 세포를 미리 냉각된 14 mL Falcon 폴리프로필렌 둥근 바닥 튜브에 추가하였다. 키트와 함께 제공된 2μL의 β혼합물을 세포에 첨가하였다. 튜브의 내용물을 부드럽게 휘젓고 세포를 얼음 위에서 10분 동안 인큐베이션하였다 (2 분마다 소용돌이). 1.5μL의 DpnI 처리된 DNA를 세포의 분취량에 첨가하고 혼합하고 얼음 위에서 30분 동안 인큐베이션하였다. 세포/DNA 혼합물을 튜브에서 42℃에서 30초 동안 열 펄스하였다. 그런 다음 튜브를 얼음 위에서 2분 동안 인큐베이션하였다. 그런 다음 0.5mL의 예열된(42℃) NZY+ 브로쓰를 각 튜브에 첨가한 다음 225-250rpm에서 진탕하면서 37℃에서 1시간 동안 인큐베이션하였다. 이어서, 혼합물을 플라스미드 벡터에 대한 적절한 항생제를 함유하는 한천 플레이트에 플레이팅하였다. DNA 추출을 위해 5개의 콜로니를 선택하고 서열을 확인하였다. 콜로니 1을 선택하고 유지하였다.
실시예 7: PPT 또는 ZFP-변형된 인테그라제 융합 단백질을 포함하는 비-통합 벡터 생성
[373] 인테그라제 (IN) 결함이 있지만 완전히 기능적인 psPAX2 플라스미드를 생성하기 위해, 폴리피리미딘 트랙 도메인 (PPT) (서열 번호 74, 렌티바이러스와 같은 모든 레트로바이러스 RNA 게놈의 후속 이중-가닥 cDNA 형성에 결정적)을 인테그라제 (psPAX2-ΔIN)을 포함하지 않는 psPAX2 벡터에 클로닝하였다. 실시예 4에서 생성된 AAVS1를 표적화하는 합성 아연 집게 작제물 (AAVS1-6d-ZFP-IN)을 psPAX2-ΔIN에 클로닝하였다. 정지 코돈(IN+PPT 및 IN+PPT(STOP))을 가지거나 또는 가지지 않는, 두 개의 다른 정방향 프라이머와 동일한 역방향 프라이머 (서열 번호 75-77)를 PPT에 대해 설계하였다. 핵 국소화 신호를 가지는 것과 가지지 않는, 2 개의 상이한 정방향 프라이머 (서열 번호 78-80) 및 동일한 역방향 프라이머를 AVS1-6d-ZFP-IN에 대해 설계하였다 (AAVS1-6d-ZFP-IN 및 AAVS1-6d-ZFP-IN(-NLS)). 삽입물은 Kappa 표준 조건, 62℃의 어닐링 온도, PPT의 경우 40초, AAVS1-6d-ZFP-IN의 경우 90초의 확장 시간을 사용하여 PCR에 의해 증폭되었다. PCR 산물은 겔 전기영동으로 분리하였다.
[374] 증폭된 산물을 정제하고 1:2.5 백본:삽입의 비율로 5주기로 조립 프로토콜을 수행하였다. 50μL의 컴피턴트 세포를 4μL의 결찰 산물로 형질전환하고 60%의 컴피턴트 세포를 카베니실린 플레이트에 접종하였다. 콜로니의 초기 검증은 제한 소화 및 DNA 겔 전기영동에 의해 결정하였다. 다음의 콜로니를 선택하였다: 콜로니 1 및 2 (IN+PPT F1+R, AAVS1-6d-ZFP-IN F1+R, AAVS1-6d-ZFP-IN(-NLS) F2+R) 및 콜로니 7 및 8 (IN+PPT(STOP) F2+R). 콜로니가 올바른 삽입물을 포함하는지 추가로 확인하기 위해 4mM Mg, 62-STS 및 NEB 표준 taq를 사용하여 콜로니 PCR을 수행하였다.
실시예 8: 정지 코돈의 삽입에 의한 비-통합 벡터의 삽입
[375] 비통합 벡터는 인테그라제 오픈 리딩 프레임(psPAX2-TAA-IN) 이전에 정지 코딩을 삽입하여 생성하였다. psPAX2-TAA-IN은 인테그라제의 시작 부분에서 프로테아제 절단 부위 뒤에 2개의 정지 코돈을 추가하여 부위 지정 돌연변이 유발에 의해 생성하였다. 부위 지정 돌연변이 유발을 위한 PCR 조건을 사용하여 psPAX2-TAA-IN을 생성하였다.
[376] PCR 후, 반응 튜브를 2분 동안 얼음 위에 놓아 냉각시켰다. 그런 다음 1μL DpnI를 각 증폭 반응에 직접 첨가하고 37℃에서 5분 동안 배양하여 모체 (돌연변이되지 않은) 이중 가닥 DNA를 분해하였다.
[377] 플라스미드 DNA를 분해하여 부위 지정 돌연변이 유발이 원치 않는 변형을 일으키지 않았음을 확인하였다. SacI 및 AgeI를 사용한 psPAX2 및 psPAX2-TAA-IN의 소화는 7,500, 1,900 및 1,300bp의 3개 밴드를 생성해야 한다. SacI 및 AgeI를 사용한 psPax2-ΔIN의 소화는 7,500, 1,300 및 800bp의 3개 밴드를 생성해야 한다. 분해 반응이 수행하였고 분해 결과 올바른 밴딩 패턴이 생성하였다.
실시예 9: 야생형 인테그라제 INTO 인테그라제 결함 벡터의 재구성
[378] 목적은 비-통합 벡터가 상이한 형태의 인테그라제 융합 단백질의 발현으로 삽입 활성을 회복할 수 있는지 여부를 확인하는 방법론을 개발하는 것이었다. psPAX2-Δ이 완전히 기능하는지 확인하기 위해 Gibson Assembly를 사용하여 벡터에 인테그라제를 첨가하였다. 백본또한, 어셈블리 사이트가 융합 "IN"을 복제하기에 좋은지 테스트하기 위해 wt-IN은 사이트 앞의 백본에 있는 IN의 추가 N-말단 (거기에 없어야 하는 Leu 포함)으로 복제하였다. 이것은 또한 이 가짜 N-말단 도메인을 피하기 위해 추가 프로테아제 표적 서열로 수행하였다. IN-1, IN-2 및 IN-3 단편을 증폭하기 위해 PCR 반응을 수행하였다.
[379] PCR 증폭 산물은 DNA 겔 전기영동으로 분리하였다. 증폭된 밴드를 정제하고 37℃에서 1:2.5 백본:삽입 및 5 사이클의 비율로 조립을 수행하였다. 50μL 적격 세포를 4μL의 결찰 생성물로 형질전환하고 카베니실린 플레이트에 접종하였다.
[380] IN-3을 포함하는 구성을 생성하기 위해, Gibson Assembly HiFi 1 단계 키트(CRG MM 사용)에 대한 표준 프로토콜에 따라 Gibson 어셈블리를 수행하였다 (SGI-DNA, Inc., www.sgidna.com/products/gibson-assembly-reagents/). 반응 혼합물을 생성하고 50℃에서 1시간 동안 조립하였다. 적격 세포는 2μL의 반응 혼합물로 형질전환시켰다.
[381] 50μL의 컴피턴트 세포를 2μL의 결찰 산물로 형질전환하고 카르베니실린 플레이트에 접종하였다.
실시예 10: C-터미널 도메인 잘린 통합을 포함하는 비-통합 벡터의 생성
[382] C-말단 도메인 (CTD) (서열 번호 74의 핵산 83-118) 및 CppT +CTD (서열 번호 74) 인테그라제 단편을 psPAX2 벡터에 클로닝하였다.
[383] PCR 증폭 산물은 DNA 겔 전기영동으로 분리하였다. CppT+CTD의 결찰은 실시예 9에서 사용된 조건을 사용하여 수행하였다.
[384] 결찰은 65 ℃에서 5주기 동안 수행하였고, 결찰 생성물을 형질전환시켰다. 콜로니가 성장하지 않았다. 다시 결찰 및 형질전환을 수행하고 IN-fw 프라이머(서열 번호 81)로 시퀀싱하여 3개의 콜로니를 확인하였다.
실시예 11: 인테그라제 융합 단백질의 생성
[385] 표적화된 인테그라제 융합 단백질은 pcDNA3.3 발현 벡터에, HIV-1 인테그라제 및 표적화된 ZFP 또는 인간 Cas9 중 하나를 통합하여 생성하였다. ZFP 또는 Cas9의 3' 말단이 핵산 링커에 의해 인테그라제의 5' 말단에 연결된 하나의 벡터를 생성하였다. 인테그라제의 3' 말단이 핵산 링커에 의해 ZFP 또는 Cas9의 5' 말단에 연결된 두 번째 벡터를 생성하였다. 사용된 링커는 13, 16, 19, 22, 25 또는 28개 아미노산 길이 범위의 XTEN 또는 GGS 이었다. ZFP-인테그라제 융합 단백질은 인간 게놈에서 AAVS1 부위 또는 T-세포 수용체 알파(TCRa) 유전자좌를 표적으로 하도록 조작하였다. Cas9-인테그라제 융합 단백질은 인간 게놈의 AAVS1 부위 또는 TCRa 유전자좌를 표적으로 하는 가이드 RNA와 조합하여 사용하였다. 변형된 인테그라제 융합 단백질의 목록이 표 5에 나타난다.
표 5. 실시예 11에 생성된 변형된 인테그라제 융합 단백질의 목록
Figure pct00012
실시예 12: 표적화된 인테그라제 융합 단백질을 가지는
인테그라제 결함 렌티바이러스의 시스 및 트랜스 보완
[386] 실시예 11의 표적화된 인테그라제 융합 단백질을 사용하여 촉매 도메인(D64V/D116N)에서 2개의 돌연변이를 갖는 IN을 발현하는 비-통합 렌티바이러스의 통합 능력의 결여를 보완하였다. 이러한 실험을 위해, 표적화된 인테그라제 융합 단백질을 pcDNA3.1 벡터에 클로닝하였다. 렌티바이러스는 세포를 pSICO (GFP 발현 페이로드), pmd2.g (VSVG for 외피 발현), pax2 (패키징 단백질 및 인테그라제 포함) 또는 NILV-pax2 (패키징 단백질 포함), 및 야생형 인테그라제 또는 표적화된 인테그라제를 포함하는 pcDNA3.1 벡터로 공동 형질감염시켜 생산하였다 (표 6).
표 6. 표적화된 인테그라제 융합 단백질을 가지는 인테그라제 결함 렌티바이러스의 보완에 대한 조건
Figure pct00013
[387] 웰당 6x105 HEK293T 세포(계대 8)를 6웰 플레이트에 접종하고 밤새 인큐베이션하였다. 바이러스 생산을 시작하기 5시간 전에 배지를 1:1000 클로로퀸 다이포스페이트 (chloroquine diphosphate, CD; 스톡 = 25mM)를 포함하는 1.7mL 배지로 교체하였다. 플라스미드는 1.6:1.32:0.72:3.32의 몰비(pSICO:pax2:VSVG:wtIN-rescue)로 감염시켰다. PEI(폴리에틸렌이민; 스톡 = 1mg/mL)는 형질감염 시약으로 사용되었으며, 3μL PEI는 형질감염에 사용된 1μg 총 DNA에 사용하였다. DNA를 83μL Opti-MEM 및 83μL PEI에 희석하고 혼합하고 실온에서 15-20분 동안 인큐베이션하였다. 각 형질감염 혼합물을 CD-배지와 함께 세포에 적가하였다. 세포를 밤새 인큐베이션하고 배지를 다음날 2.5mL 새로운 배지로 교체하였다. 다음 날 세포의 상등액을 1,000rpm에서 5분간 원심분리하고 45μM 필터를 통과시켰다. 바이러스를 포함하는 상층액은 -80℃에서 보관하였다.
[388] 첫 번째 단계는 다른 렌티바이러스 패키지가 내용물과 독립적으로 세포를 감염시키는 능력을 유지하는지 확인하는 것이었다. 바이러스 역가를 결정하기 위해 웰당 75,000개의 HEK293T 세포를 6웰 플레이트에 접종하였다. 세포는 1:100 폴리브렌과 이전에 생성된 바이러스 상청액(1:3) 500μL를 포함하는 1mL 배지의 혼합물로 감염시켰다. 다음 날 배지를 교체하였다. 다음 날, 배지를 흡인하고 200μL 트립신을 사용하여 세포를 분리하였다. 800μL의 일반 배지를 첨가하여 반응을 중단시키고 유세포 분석으로 분석하였다. 바이러스 역가는 야생형 인테그라제 렌티바이러스 (LV), 빈 바이러스 입자 (LVO), 비통합 렌티바이러스 (NILV), 야생형 인테그라제를 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+IN), ZFP-인테그라제 융합 단백질을 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+ZP-IN(AAVS1)), Cas9-인테그라제 융합 단백질을 가지는 비통합 렌티바이러스 (NILV+Cas-IN), 및 야생형 인테그라제를 가지는 야생형 인테그라제 렌티바이러스 (LV+IN)에 대해 정량화하였다. LV 및 LVO는 각각 양성 및 음성 대조군으로 사용하였다. HEK293T 세포를 감염시키고 GFP 양성 세포의 수를 계수하여 바이러스 역가를 정량하였다(도 4). 결과: 바이러스 역가는 모든 조건에 대해 동일한 규모 내에 있었다.
[389] 다음으로, 표적 인테그라제 융합 단백질의 전체 통합 능력은 표적 삽입물의 유세포 분석 및 차세대 시퀀싱에 의해 결정하였다. HEK293T 세포는 모든 조건에 대해 동일한 감염 다중도로 감염시켰고, GFP 형광은 감염 후 3, 5, 7, 10 및 12일에 모니터링하였다. 감염 7일 후, 세포를 GFP 발현에 의해 분류하였다. 결과: 12일에, 보완되지 않은 NILV로 감염된 세포는 바이러스 생산 능력의 감소를 나타내는 더 작은 백분율의 GFP 발현 세포를 가졌다 (도 5).
[390] 테스트한 인테그라제 융합 단백질의 표적 통합 능력을 평가하기 위해 12일째에 DNeasy 혈액 및 조직 키트 프로토콜 (Qiagen)에 따라 게놈 DNA를 추출하였다. 세포 배양물을 190rpm에서 5분 동안 원심분리하여 수확하였다 (최대 5x105). 펠릿을 200μL PBS (인산염 버퍼 식염수)에 용해하였다. 20μL Proteinase K를 버퍼 AL 200μL와 함께 첨가하였다. 볼텍싱 후, 샘플을 56℃에서 10분 동안 인큐베이션하였다. 200μL 에탄올 (96-100%)을 첨가하고 짧은 볼텍싱 후, 혼합물을 DNeasy Mini 스핀 컬럼으로 옮기고 3mL 수집 튜브에 넣고 8,000rpm에서 1분 동안 원심분리하였다. 스핀 컬럼을 새로운 2mL 수집 튜브로 옮기고 500μL의 버퍼 AW1을 첨가하였다. 튜브를 8,000rpm에서 1분 동안 원심분리하였다. 완충액 AW2에 대해 이 세척 단계를 반복하였다 (3 분 원심분리). 그런 다음, 스핀을 새로운 1.5mL 마이크로 원심분리 튜브에 옮기고 버퍼 AE 200μL를 스핀 컬럼 멤브레인 중앙에 첨가하여 튜브를 1분간 방치하여 DNA를 용출한 후 8,000rpm에서 1분간 원심분리하였다. NanoDrop One으로 게놈 DNA 농도를 정량화하였다.
[391] 바이러스 삽입 LTR에 특이적인 올리고를 사용하여 역 클로닝을 수행하였다. 차세대 표적 시퀀싱은 다음의 파라미터에 의해 분석하였다: R1 및 R2 모두 해당 시퀀싱 프라이머를 포함하는 것과 같은 판독을 필터링하고, 검사를 가장 왼쪽 염기 (프라이머가 가진 만큼의 bp)로 제한하고, 2개의 불일치를 허용하고, 프라이머 서열 (서열번호 82-89)을 트리밍하고, R1 및 R2 모두 해당 LTR 염기를 포함하는 것과 같은 리드를 필터링하고, 리드의 가장 왼쪽 5개 염기로 검사를 제한하고, K=3인 5개의 첫 번째 LTR 염기 (시퀀싱 프라이머 다음)를 사용하고 (서열에 대해 ACTGA가 다음 k-mer: ACT, CTG, TGA 중 하나의 판독에서 존재를 확인함을 의미), 2개의 불일치를 허용하고, 해당 LTR 염기쌍을 트리밍하고, 리드를 참조 게놈에 매핑하고, 적용 범위 검색(삽입 부위당 리드 수), R1과 R2가 겹치는 영역을 2로 나누고, R1과 R2가 겹치지 않으면 삽입 사이트 중 하나만 추가하고, 커버리지 임계값을 적용하고, 참조 게놈의 각 10mb당 커버리지를 계산하고 커버리지 플롯을 수행하고, 각 삽입 부위에 대한 적용 비율을 계산한다. 결과: 표적화된 인테그라제 융합 단백질은 AAVS1 부위 커버리지 및 표적화된 삽입의 백분율을 증가시켰다 (표 7 및 도 6). 표 7에서 볼 수 있는 바와 같이, 삽입이 인테그라제 융합 단백질에 의해 수행될 때 표적 부위에 더 많은 수의 리드가 존재하고; 이를 표적화된 삽입을 나타내는 IN WT와 비교하였다. 도 6은 IN 및 ZFP_IN(AAVS1)에 대한 게놈에서 가장 흔한 표적 부위를 나타낸 것이며; 융합 조건에서만 표적 삽입의 존재를 나타낸다.
표 7. AAVS1 리드 수 및 표적화된 인테그라제 융합 단백질의 표적화된 삽입 백분율
Figure pct00014
[392] 두 번째 ZFP는 또한 CCR5 유전자 내의 핵산 세그먼트를 표적화하기 위해 생성하였다. 이러한 아연-집게 단백질은 HIV-1 인테그라제에 융합되어 CCR5 표적 인테그라제를 생성하였다. 이러한 ZFP-IN을 포함하는 렌티바이러스를 상기 기재된 바와 같이 생산하였고, HEK293T 세포(NILV+ZP-IN(CCR5))로 형질도입시켰다 (표 6). 결과: NILV+ZP-IN(CCR5)의 바이러스 역가는 LV 및 NILV+IN과 유사하였다 (도 7A). 이러한 작제물은 시험된 다른 ZFP_IN 융합체와 동일한 효율로 바이러스 입자를 생성할 수 있었다 (도 7B 및 C). 부위 특이적 방식으로 DNA를 통합하는 능력은 CCR5에 대해서는 테스트하지 않았다.
[393] 또 다른 실험에서, 6d 표적화 TCRa 유전자좌 및 동일한 부위를 표적화하는 gRNA를 가지는 융합 ZFP-IN에 대해 새로 클로닝된 발현 벡터를 생성하였다 (실시예 11 참조). 이 분석은 야생형 인테그라제와 ZFP-인테그라제 융합이 NILV 용량을 보완하고 CAR-T 카세트의 선택적 통합을 촉진할 수 있는지 여부를 테스트하였다. Jurkat 세포는 모든 TCRa 표적화된 삽입 입자에 대해 동일한 감염 다중도로 감염시켰따. 이러한 실험에서, 바이러스 입자는 표적화된 삽입 후 CD3(TCRa 유전자에 의해 인코딩됨) 단백질 발현의 손실을 초래할 CD19 CAR-T 카세트로 로딩하였다. CD19 양성 및 CD3 음성 세포의 백분율을 시간에 따라 추적하였다. 렌티바이러스 역가는 도 8A에 도시되어 있고, 제3일 및 제14일에 CAR 발현 세포의 %는 도 8B에 도시되어 있다. CD3 발현 세포의 %가 도 8C에 도시되어 있다. 이는 효율적인 IN 트랜스보완을 위한 중요한 요소인 VPR이 없는 경우 이러한 세포주의 맥락에서 트랜스보완이 작동하지 않았음을 나타낸다.
실시예 13: 부위 지정 돌연변이 및 포화 돌연변이 유발에 의한 변형된 인테그라제의 생성
[394] 변형된 HIV-1 인테그라제는 부위 지정 돌연변이 유발 및 포화 돌연변이 유발에 의해 생성하였다. 부위 지향적 돌연변이유발의 경우, 변형된 HIV-1 인테그라제는 부위 지향적 돌연변이유발에 의해 아미노산을 돌연변이시킴으로써 생성될 것이다. QuikChange Lightning Multi Site-Directed Mutagenesis Kit를 사용하며, 프라이머는 제조업체의 권장 사항(서열 번호 90-97)에 따라 설계하였다. 돌연변이될 플라스미드는 약 7,000bp이다. 접근 방식당 약 5개의 콜로니를 시퀀싱에 의해 스크리닝할 것이다. 원하는 플라스미드를 포함하는 콜로니의 글리세롤 스톡을 제조할 것이다.
[395] HIV-1 인테그라제의 포화 돌연변이유발은 상이한 HIV-1 인테그라제 분자의 대규모 조합 라이브러리를 생성하기 위해 수행할 것이다. 프로토콜은 문헌 [Cornell et al., (Biochemistry, 57(5)604-613, 2018)]에서 채택하였다. 돌연변이 부위에 변성된 NNS 서열을 포함하는 여러 정방향 프라이머와 하나의 PCR 반응에서 하나의 역방향 프라이머를 사용할 것이다 (서열 번호 90-97). 전체 플라스미드가 증폭되어 돌연변이된 인테그라제 분자를 생성한다. 프라이머는 68℃의 용융 온도에 최적화될 것이다. 사이클 동안 어닐링 온도는 사이클당 0.3℃씩 증가할 것이다. 아미노산 돌연변이의 목록이 Table 8에 제공된다.
표 8. HIV-1 인테그라제의 돌연변이 부위 대 야생형 HIV-1 인테그라제 aa 서열 NC_001802.1 - NP_705928 (서열 번호 1)
Figure pct00015
Figure pct00016
Figure pct00017
실시예 14: pRRLVPR 통합 구조의 생성 및 HEK293T 세포에서 전이 효율성 테스트
[396] pRRLIN, pRRLVPRIN 및 pRRLINGFP 벡터는 VPR 트랜스보완에 사용하기 위해 생성하였다 (표 9).
표 9. pRRL 작제물
Figure pct00018
[405] GFP 발현 분석을 사용하여 작제물을 테스트하였다. HEK293T 세포를 pSICO MAXI, pSICO MINI 및 pRRL_INGFP로 형질감염시켜 pRRLINGFP 에피솜 발현을 테스트하였다. 렌티바이러스 생산 세포에서 VPRINGFP 작제물의 발현이 양성으로 검출하였다. 다음으로, HEK293T 세포에서 트랜스 보완의 효율성을 테스트하였다.
[406] LV 배지를 초원심분리하고, 재현탁되도록 방치하고, 세포를 시딩하였다. 감염은 0.6ml(1.5*0.4)의 부피로 수행하였다. 폴리브렌을 첨가하였다. 역가는 세포측정법에 의해 결정하였다. 역가 (1:100)가 도 9에 도시되어 있다.
[407] VPR 트랜스 보완 시스템은 통합을 위해 변형된 인테그라제 서열을 비교하는데 사용하였다.
[408] 하기 실시예 15-19에서, 변형된 과다활성 PiggyBac 트랜스포사제를 갖는 융합 단백질의 상이한 작제물을 생성하였다. 구성체의 전체 및 표적화된 전위 활성이 결정하였고, 특히 hcas9_mutated PB의 작제물에 대한 관련 결과가 나타났다. 돌연변이된 PB 및 ZFP의 융합 단백질 작제물의 생성 및 표적화된 전위 활성 결정에 대한 증거가 또한 제공된다. 다른 링커를 테스트하였고, 테스트한 나머지 링커보다 XTEN의 성능이 더 우수함을 보여준다. 5GGS 및 7GGS도 제대로 작동하여 링커의 길이와 유연성이 성능에 중요한 역할을 함을 나타낸다.
실시예 15: 변형된 과민성 PIGGYBAC 트랜스퍼라제를 가지는 융합 단백질의 생성 및 표적 전이 효율의 측정 방법
형질감염:
[409] Hek293T 세포는 형질감염 당일에 70-80%의 포화도를 달성하기 위해 전날 시딩하였다 (p12 웰 플레이트에서 일반적으로 290,000개 세포). 제조업체의 지침에 따라 리포펙타민 3000 시약을 사용하거나 OptiMem에서 1:3 DNA-PEI 비율의 PEI를 사용하여 형질감염을 수행하였다.
[410] 프로그래밍 가능한 트랜스포사제 (PT), gRNA 및 트랜스포존 플라스미드를 1 PT:2.5 gRNA:2.5 트랜스포존 비율로 함께 형질감염시켰다.
[411] 실험에 따라 원하는 종점까지 세포를 통과시키고 유지하였다.
PB 돌연변이체의 생성:
[412] Quickchange Lightning Agilent 돌연변이 유발 키트의 지침에 따라 부위 지정 돌연변이 유발에 의해 Cas9(hCas9_PB 플라스미드)에 융합된 hyPB 서열에 다양한 돌연변이를 도입하였다. Primer는 QuikChange Primer Design으로 설계되어 다음의 돌연변이를 달성하였다: PB R245A, PB R275-277A, PB R388A, PB S351A, PB W465A, PB R372A-K375A, PB D450N (서열 번호 100-106).
Cas9 활성:
[413] 뉴클레아제 Cas9 및 gRNa 플라스미드가 있는 프로그래밍 가능한 트랜스포사제 플라스미드를 1:2.5 비율로 함께 형질감염시켰다. 48시간 후에 세포를 수확하고 게놈 DNA를 추출하였다. PCR은 gRNA 표적 부위(NGS-aavs fw & NGS-aavs rv, SEQ ID NO 98-99) 주변의 150-200 bp를 표적으로 하는 프라이머로 수행하였다. Illumina 어댑터와 바코드는 두 번째 PCR에 도입되었으며 miseq 시퀀싱은 일반적으로 2x250 Nano 플로우 셀에서 수행하였다. 결과는 CRISPR-GA 웹 도구로 분석하였다.
유전자트랩 분석:
[414] 프로모터가 없는 RFP 트랜스포존은 PPR1alpha 및 CD46 인트론 1을 표적화하는 스플라이싱 수용체 및 gRNA가 U6 프로모터 조절에 따라 설계 및 복제하였다. RFP 형광은 트랜스포존이 표적 영역 또는 다른 프로모터 영역에 우연히 삽입된 경우에만 감지된다. 유전자 트랩 분석을 위해, Hek293T 세포를 유전자 트랩 트랜스포존, 프로그래밍 가능한 트랜스포사제 및 gRNA로 형질감염시키고 RFP 신호를 유세포 분석으로 분석하였다.
분할 GPF 리포터 세포주:
[415] 표적화된 전위 증거 실험을 위해 293T 리포터 세포주를 생산하였다. 간단히 말해, 세포주는 표적 영역(다른 gRNA 및 ZFP 표적 서열 포함)과 스플라이싱 수용체 서열과 GFP 코딩 서열의 절반이 뒤따른다. 이러한 세포주는 과활성 버전의 슬리핑 뷰티 트랜스포사제인 SB100X를 사용하여 리포터 카세트를 무작위로 삽입하여 생성하였다. 프로모터 및 스플라이싱 공여자가 있는 GFP 서열의 전반부가 있는 트랜스포존의 표적화된 도입은 유세포 분석에 의해 검출가능한 GFP 신호에 대한 결과를 가져온다.
[416] 표적 대 무작위 삽입을 평가하기 위해 EF1알파 구성적 프로모터가 선행하는 전체 RFP 서열 및 절반 GFP 서열을 포함하는 두 번째 트랜스포존을 생성하였다. 형질감염 후 약 15일에 에피솜 신호의 양호한 붕괴가 있어 전체 삽입 (RFP 신호) 대 표적 삽입 (GFP 신호)을 분석할 수 있었다.
실시예 16: 변형된 과활성 PIGGYBAC 트랜스포사제를 가지는 융합 단백질의 플라스미드 작제물의 생성
[417] 다른 플라스미드 구성을 복제하여 DNA (cas9, ZNF)를 표적으로 하는 프로그래밍 가능한 요소와 포유류 트랜스포사제 (Piggybac, SB100) 간의 융합을 달성하였다. 2개의 모듈 사이에 있는 링커는 서열 번호 50-63을 갖는 링커 라이브러리로부터 선택된 상이한 작제물에서 가변적이었다. 작제물이 표 10에 나타난다.
표 10. 생성된 융합 단백질 목록
Figure pct00019
hcas9: cas9 뉴클레아제 인간 코돈 최적화; ncas9: 닉카제 cas9 인간 코돈 최적화; dcas9: 멸실 cas9 인간 코돈 최적화.
실시예 17: 상이한 링커의 전위 효율
[418] Hek 293T 세포는 길이와 구조가 다른 링커 (링커 라이브러리)와 2개의 다른 gRNA(AAVS1 1 및 AAVS1 2)가 있는 hcas9_PB 작제물로 형질감염시켰다. 게놈 DNA는 형질감염 후 48 시간에 추출하였고, 표적 영역은 PCR 증폭하였고 Illumina miseq 시퀀싱으로 시퀀싱하였다.
[419] 결과: 링커 길이와 구조가 다른 작제물은 cas9 뉴클레아제 활성을 방해하지 않는다. 4GGS 링커는 hcas9 활성과 비교하여 두 gRNA 표적 부위 모두에서 더 높은 cas9 활성을 제공한다 (도 11).
실시예 18: 변형된 과활성 PIGGYBAC 트랜스포사제를 가지는 융합 단백질의 표적화된 전위
18.1. 유전자트랩:
[420] hcas9_PB 작제물의 표적화된 전위 활성 (전술된 상이한 링커를 사용하여 hyPB에 연결된 hcas9)은 유전자트랩 트랜스포존을 사용하여 평가하였다. 유전자트램 트랜스포존은 스플라이싱 공여자 뒤의 프로모터 영역에 삽입된 경우에만 발현될 수 있는 스플라이싱 수용체 서열이 선행하는 프로모터 없는 RFP 서열을 포함한다.
[421] Genetrap 트랜스포존은 PPR1 인트론 1 gRNA 및 다양한 링커 작제물을 갖는 프로그래밍 가능한 트랜스포사제로 형질감염시켰다. 결과는 유세포분석기를 사용하여 RFP 형광에 의해 형질감염 10일 후에 분석하였다.
[422] 결과: 표적화된 활성은 야생형 hyPB로 형질감염시킨 조건보다 더 많은 형광을 가지는 hyPB 무작위 삽입과 비교하여 프로그래밍 가능한 트랜스포사제로 형질감염시킨 조건에서 프로그래밍 가능한 트랜스포사제에 의해 증가하였다. 8ggs, XTEN 링커는 다른 링커와 비교하여 Genetrap 표적 활성을 증가시켰다 (도 12).
분할 GFP 리포터 세포주:
[423] 18.2 상이한 링커를 가지는 표적화된 전위 hcas9_PB
[424] hcas9_PB 작제물의 표적화된 전위 활성을 리포터 세포주를 사용하여 평가하였다. 상이한 링커를 갖는 hcas9_PB 작제물을 gRNA AAVS1 3 또는 TCR1알파 및 1/2 GFP 트랜스포존으로 형질감염시켰다. 결과: 상이한 링커 작제물 전위와 관련하여 큰 차이는 인정되지 않았다 (도 13).
[425] 18.3. 선택된 돌연변이체의 표적화된 전위:
[426] PB 450 및 PB 372-375-450은 우수한 표적화된 전위 효율로 인해 추가 표적화된 전위 실험을 위해 선택하였다. 실험은 gRNA aavs1 3 및 tcr 1을 사용하여 앞서 언급한 대로 수행하였다. 결과: hcas9_PB 450 및 hcas9_PB 372-374-450의 표적화된 전위는 hyPB WT 서열을 갖는 hcas9_PB와 비교하여 6 내지 10배 더 높았다. 분리된 플라스미드에서 형질감염된 hcas9 + hyPB는 일부 표적화된 활성을 나타낸 반면 hCas9가 없는 hyPB가 0 활성을 나타내어, 분할 GFP 리포터 세포주가 충분히 특이적이지 않은 Ther 방법의 노이즈에 대해 이 기능을 수행하는 변이체 선택을 위한 강력한 표적 삽입 방법임을 나타낸다 (도 15).
18.4. 선택된 PB 돌연변이체에 대한 표적화된 및 무작위 전위:
[427] 표적 및 무작위 전위는 실시예 19.4에서 선택된 돌연변이체에 대해 앞서 언급한 RFP-GFP 이중 트랜스포존을 사용하여 평가하였다. 적색 형광은 형질 감염 후 (비 에피솜 신호를 보장하기 위해) 약 15일 동안 총 삽입(구성적으로 표현되는 RFP)을 나타내고 GFP 형광은 표적화된 전위를 나타낸다. 결과: 도 16은 무작위 전위와 비교하여 더 높은 표적화된 전위가 wt hyPB 서열을 갖는 hcas9:PB와 비교하여 hcas9_PB D450N 및 hcas9_PB R372A K375A D450 선택된 돌연변이체 둘 모두에서 나타났음을 보여준다. 전체 전위 효율은 돌연변이체 둘 모두에서 더 낮고 표적화된 결과는 도 15와 일치한다.
18.5. 표적화된 전위 ZFP-PB 작제물:
[428] 아연 집게-과활성 PiggyBac 융합 단백질에 대한 작제물을 분할 GFP 리포터 세포주 및 D450N 돌연변이가 있는 hyPB 또는 hyPB에 존재하는 ZFP 표적화 tcr4 서열을 사용하여 클로닝하였다. 실시예 15의 프로토콜에 따라 세포를 ZFP-PB 조합 및 ½ GFP 트랜스포존으로 형질감염시켰다. 형질감염 5일 후에 GFP 신호를 분석하였다. 결과: 모든 작제물에서 백그라운드 (hyPB 무작위 삽입) 위에서 표적화된 전위가 관찰되었다. 결과: 표적화된 전위는 hyPB 및 hyPB D450N 둘 모두에 대한 N-말단 위치의 ZFP에서 더 높다(도 18). 이러한 실험을 위한 ZFP 서열은 각각 서열 번호 117 및 118의 핵산 및 아미노산 서열을 가지는 6개의 핑거 도메인의 단백질에 상응한다.
[429] 하기 실시예 20에서, PB 돌연변이의 라이브러리를 설계하고 양성 표적화된 전위에 대해 변형된 PB를 확인하기 위한 스크리닝 방법에 제출하였다. 양성 표적화된 전위를 가지는 변형된 PB에 대한 일부 적중(hit)를 식별하고 검증하였다.
실시예 20: 과활성 PIGGYBAC 돌연변이 라이브러리 생성 및 FOR 표적화된 전위에 대한 스크리닝
방법:
[430] hyPB 돌연변이 라이브러리는 Twist Biosciences에서 설계 및 구입하였다.
표 11. hyPiggyBac에 대한 돌연변이 부위
Figure pct00020
스크리닝 방법:
[431] 스크리닝 방법은 cas9와 같은 표적 가능한 DNA 결합 단백질에 연결되고 특이적 표적화된 전위를 수행하는 설계된 돌연변이 라이브러리에서 Piggybac 변이체를 식별하도록 설계하였다. 스크리닝 방법의 도식은 도 19에 도시되어 있다. PB 라이브러리는 Esp3I 효소를 사용하여 골든 게이트 어셈블리에 의해 hcas9 및 XTEN 링커를 포함하는 SIN 전달 렌티바이러스 플라스미드로 클로닝된 후 CMV 프로모터 조절하에 hcas9_XTEN_PB_NLS 융합 단백질을 달성하기 위해 NLS 전에 Esp3I 클로닝 사이트로 클로닝하였다. Invitrogen electroporation의 ElectroMAX™ Stbl4™ 적격 세포 이후 약 6.000.000개의 콜로니를 수확하였고, 플라스미드는 HiPure Maxiprep 키트, LifeTechnologies를 사용하여 maxiprep으로 추출하였다. Addgene의 렌티바이러스 생산 프로토콜을 사용하여 렌티바이러스를 생산하였다 (Addgene에서 구입한 pMD2.G 및 psPAX2 헬퍼 플라스미드 사용). 렌티바이러스를 초원심분리하고 카피 수 분석 qPCR (올리고뉴클레오타이드 서열 번호 107-110 사용)에 의해 적정하였다. 간단히 말해서, 80.000 Hek293T 세포가 전날 p12 웰 플레이트에 접종하였다. 세포를 라이브러리 렌티바이러스의 경우 ½, 1/10, GFP 렌티바이러스의 경우 1/50, 1/100, 1/1000으로 희석하여 라이브러리 렌티바이러스 및 표준 GFP 렌티바이러스로 감염시켰다. 감염 3일 후 유동 세포 계측법에 의해 GFP 신호를 분석하였다. 세포를 수확하고 gDNA를 추출하였다. qPCR 분석은 WPRE 유전자 카피 수를 평가하도록 설계하였으며 RNAse 유전자 카피 수에 의해 정규화하였다.
[432] Hek293T Reporter 세포는 1:1000 폴리브렌을 사용하여 500 cm2 정사각형 접시에서 MOI 0.8로 감염시키고, 10M 세포는 전날 플레이팅하였다. 감염 3-4일 후, 세포를 PEI 1:3을 사용하여 8.1 pmol gRNA AAVS1 플라스미드 및 ½ GFP 트랜스포존으로 형질감염시켰다. 9M 세포를 15 cm 접시에 전날 플레이팅하였다. 형질감염 3-4일 후 세포는 FACSAria 세포계측기(0.70 μm 노즐)를 사용하여 분류하였다. 동일한 몰 농도의 RFP 및 GFP 플라스미드를 사용하여 10cm 플레이트에서 형질감염 대조군을 수행하고 GFP-RFP 양성 세포에 대해 Fortessa 세포계측기에서 분석하였다. 분류 후, gDNA를 직접 추출하였다.
[433] 다양한 시퀀싱 방법을 사용하여 양성 표적화된 전위가 있는 PB 돌연변이를 분석하였다.
PiggyBac 라이브러리 영역 표적화된 시퀀싱:
[434] 모든 라이브러리 변이체가 있는 PiggyBac 1116 bp 영역은 KAPA HiFi Hotstart ReadyMix를 사용하여 프라이머 NGS 클러스터 1 fw 및 NGS 클러스터 2 rv로 PCR 증폭시켰다. Illumina 어댑터 및 바코드를 두 번째 PCR에 추가하고 NEBNext 9 프라이머 및 Illumina 맞춤 바코드를 사용하였다 (서열 번호 111-114). 표적 시퀀싱은 v2 또는 v3 Illumina miseq 플로우 셀에서 수행하였다. I7 인덱스 프라이머는 다양한 변이체의 전체 시퀀싱을 허용하기 위해 맞춤형 프라이머로 대체하였다.
Piggybac 및 cas9 시퀀스 샷건 라이브러리 생성 및 시퀀싱:
[435] GFP 양성 분류된 세포의 게놈 DNA로부터 6000bp PCR을 프라이머 CMV-F 및 SV40 pA rv(서열 번호 115 및 132)로 수행하고 KAPA HiFi HotStart ReadyMix로 cas9 및 PB 서열을 증폭시켰다. 그런 다음 DNA를 Qiagen 겔 추출 키트로 정제하고 Covaris S220 및 마이크로튜브 AFA 섬유 크림프-캡(Crimp-Cap)을 사용하여 500bp로 단편화하였다. Shotgun 라이브러리는 제조업체의 지침에 따라 KAPA 하이퍼프렙 키트로 준비하였다.
결과:
20.1. hyPB 라이브러리 다양성 생성:
[436] ½ GFP 리포터 세포주는 PB 라이브러리 돌연변이가 있는 hcas9_PB를 포함하는 렌티바이러스로 MOI 0.8으로 감염시켰다. 감염 3일 후, 세포를 75-90% 형질감염 효율로 gRNA AAVS1 3 및 ½ GFP 트랜스포존으로 형질감염시켰다.
[437] 첫 번째 실험에서 총 254M의 세포가 분류하였고, 185.757개의 양성 세포를 획득하여, 0.073%의 표적화된 전위 양성 변이체를 나타냈다. 두 번째 실험에서 120M 세포를 분류하고 0.059% 표적화된 전위 양성 변이체를 나타내는 70.974개의 양성 세포를 수득하였다 (도 21A 및 21B).
[438] 게놈 DNA는 양성 및 음성 분류된 세포에서 직접 추출하였다. 수득된 DNA의 ⅔는 표적 시퀀싱 분석을 위해 처리하였고, ⅓는 본 실시예의 섹션 방법에 명시된 바와 같이 샷건 라이브러리 시퀀싱으로 처리하였다.
20.2. 가변 영역의 표적화된 시퀀싱에 의한 hyPB 라이브러리 스크리닝 분석:
[439] Cas9-PB 변이체의 양성 및 음성 세포 분석을 다음과 같이 분석하였다. 표적화된 시퀀싱의 리드는 참조 시퀀스에 대해 매핑하였다. 모든 라이브러리 변이 위치는 두 가지 접근 방식: 정렬된 리드를 사용하여 위치별로, 및 주변 시퀀스의 패턴 일치를 사용하여 시퀀스별로 검색하였다. 모든 변이체 수의 대수 배수 변화는 양성(표적 통합이 있는 GFP 양성 세포)과 음성 샘플 (통합이 발생했는지 여부에 관계없이 비표적 통합 샘플) 사이에서 계산하였고 상위 변이체를 검색하였다. 또한 무작위 통합이 있는 샘플의 음성 선택은 RFP 양성 선택으로 수행하였고; 여기서 트랜스포존이 게놈에 무작위로 삽입되었다.
[440] 결과가 도 22A-22K에 도시되어 있다. 따라서, 변이체 조합 라이브러리의 감독되지 않은 고처리량 스크리닝 접근 방식을 사용하여, 양성 대 음성 세포 집단에서의 존재 비교에 의해 표시된 바와 같이, 고효율로 부위 지정 삽입을 수행할 수 있는 Piggyback에 대한 돌연변이체 컬렉션이 확인하였다.
[441] 다음으로, 반복 1에서 상위 양성 적중의 표적화된 및 무작위 전위는 이전에 언급된 RFP-GFP 이중 트랜스포존을 사용하여 평가하였다. 적색 형광은 형질 감염 후 약 15일 동안 총 삽입(구성적으로 표현되는 RFP)을 나타내고 GFP 형광은 표적화된 전위를 나타낸다.
[442] 결과: 무작위 전위와 비교하여 더 높은 표적화된 전위가 hcas9_PB 및 wt hyPB와 비교하여 반복 1 변이체의 Top1에서 나타났다 (도 23A-23B). 리포터 세포주를 사용한 표적 삽입의 독립적인 검증이 수행되었으며, WT 버전 및 D450N 돌연변이체와 비교하여 상당한 표적 표적 활성이 관찰관찰되었다.
20.3. 과발현된 양성 적중의 식별:
[443] 선별된 음성 변이체에 비해 GPF 모집단에서 과발현된 몇 가지 양성 적중을 스크리닝에서 확인하였다. 그 중 일부는 전체 삽입을 나타내는 RFP 모집단에서도 발견되지 않았으며, 이는 통합 능력의 증가를 나타낸다. 또한 RFP에는 무작위 및 표적화된 통합을 포함한다. 따라서, 고효율로 부위 지정 삽입을 수행할 수 있는 Piggyback에 대한 조합 돌연변이체의 집합이 확인되었다 (도 24A-24C).
20.4. 샷건 시퀀싱에 의한 hyPB 라이브러리 스크리닝 분석:
[444] 샷건 시퀀싱의 경우 참조 시퀀스에 대해 읽기가 매핑하였고 참조에서 모든 변형을 검색하는 변형 호출을 수행하였으며, 양성 및 음성 대립 유전자 수 사이의 유클리드(Euclidean) 및 상관 거리를 계산하였다. 가장 다른 위치가 변형으로 검색하였고; 이러한 변이체 간의 연관성을 계산하였다.
[445] 결과: 라이브러리 디자인에 포함된 변이체 외에도 바이러스 라이브러리 생성 동안 렌티바이러스 레트로트랜스크립타제(retrotranscriptase)에 의해 무작위로 도입된 변이체를 분석하였다. 이러한 새로운 변이체 중 일부는 양성 적중와 연관되어 결합 시 표적 통합을 수행할 수 있으며 표적 통합을 수행하기 위해 hyPB의 변이 버전에서 돌연변이 형태로 존재해야 할 수도 있다. D450N 및 W465A의 예가 도 25에 도시되어 있다.
[446] 실시예 20에서 확인된 돌연변이된 PB 서열은 표 12 (서열번호 120-129)에 나열되어 있다.
20.5. hyPB 라이브러리 스크리닝 검증:
[447] 스크리닝 양성 적중 (Unilarge-A, -B, -C 및 Unilarge-D)에서 확인된 Top1-1에서 볼 수 있는 단일 돌연변이의 여러 조합의 표적화된 및 무작위 전위는 이전에 언급된 RFP-GFP 이중 트랜스포존을 사용하여 평가하였다. 적색 형광은 형질 감염 후 약 15일 동안 총 삽입(구성적으로 표현되는 RFP)을 나타내고 GFP 형광은 표적화된 전위를 나타낸다.
[448] 결과: 모든 경우에, hyPB의 WT 버전에 Cas9-의 융합과 비교할 때, 4GGS 링커와 hyPB의 상이한 돌연변이 조합에 융합된 Cas9에 대해 전체 통합에 비해 표적화된 삽입의 증가가 관찰되었다 (Unilarge-A: D450N; Unilarge-B: R245A/D450N; Unilarge-C: R245A/G325A/D450N/S573P; Unilarge-D: R245A/G325A/S573P). 테스트된 돌연변이 조합 중 일부 (R245A/G325A/D450N/S573P)는 hyPB 융합(Unilarge C)에서 3% 대신 총 통합 이벤트의 최대 30%인 표적 삽입의 큰 증가를 보였습니다 (도 26).
[449] 하기 실시예 21은 상이한 통합 결핍 바이러스 벡터의 발달 상태 및 최상의 트랜스보완 시스템의 개요; 및 IN 융합 단백질과의 상호보완에 대한 데이터를 제공한다.
실시예 21: 상이한 인테그라제 결핍 시스템의 트랜스보완
[450] IN 융합 단백질을 테스트하기 위한 효율적인 트랜스보완시스템을 생성하기 위해, 통합 결핍 바이러스와 트랜스보완된 바이러스의 다른 조건을 Hek293T 및 Jurkats 세포에 감염시켜 바이러스 생산 효율성과 통합 능력을 평가하였다. 세포는 에피솜 신호가 검출되지 않을 때까지 7일 동안 통과하였고 GFP 신호는 2일, 5일 및 7일에 유세포 분석에 의해 분석하였다.
[451] 결과: NILV는 생산 시 WT에 대해 폐쇄되므로 시스템마다 다른 생산 효율성이 감지될 수 있다. 모든 경우에 WT-HIV_IN으로 보완 보완을 수행했을 때 통합 활동의 명확한 구조가 분명하였다. (도 27). IN이 트랜스보완 시스템에 로딩되었다는 증거는 웨스턴 블롯으로 수득하였다.
표 12. 서열. “서열”은 핵산 서열을 나타내고 “서열”은 아미노산 서열을 나타낸다.
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SEQUENCE LISTING <110> Universitat Pompeu Fabra <120> TARGETED GENE EDITING CONSTRUCTS AND METHODS OF USING THE SAME <130> 4349.001PC01/TJS/JCA/LXR <150> US 62/860,186 <151> 2019-06-11 <160> 134 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 288 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Wildtype HIV-1 integrase amino acid sequence <400> 1 Phe Leu Asp Gly Ile Asp Lys Ala Gln Asp Glu His Glu Lys Tyr His 1 5 10 15 Ser Asn Trp Arg Ala Met Ala Ser Asp Phe Asn Leu Pro Pro Val Val 20 25 30 Ala Lys Glu Ile Val Ala Ser Cys Asp Lys Cys Gln Leu Lys Gly Glu 35 40 45 Ala Met His Gly Gln Val Asp Cys Ser Pro Gly Ile Trp Gln Leu Asp 50 55 60 Cys Thr His Leu Glu Gly Lys Val Ile Leu Val Ala Val His Val Ala 65 70 75 80 Ser Gly Tyr Ile Glu Ala Glu Val Ile Pro Ala Glu Thr Gly Gln Glu 85 90 95 Thr Ala Tyr Phe Leu Leu Lys Leu Ala Gly Arg Trp Pro Val Lys Thr 100 105 110 Ile His Thr Asp Asn Gly Ser Asn Phe Thr Gly Ala Thr Val Arg Ala 115 120 125 Ala Cys Trp Trp Ala Gly Ile Lys Gln Glu Phe Gly Ile Pro Tyr Asn 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catggacaag tagactgtag tccaggaata 180 tggcaactag attgtacaca tttagaagga aaagttatcc tggtagcagt tcatgtagcc 240 agtggatata tagaagcaga agttattcca gcagaaacag ggcaggaaac agcatatttt 300 cttttaaaat tagcaggaag atggccagta aaaacaatac atactgacaa tggcagcaat 360 ttcaccggtg ctacggttag ggccgcctgt tggtgggcgg gaatcaagca ggaatttgga 420 attccctaca atccccaaag tcaaggagta gtagaatcta tgaataaaga attaaagaaa 480 attataggac aggtaagaga tcaggctgaa catcttaaga cagcagtaca aatggcagta 540 ttcatccaca attttaaaag aaaagggggg attggggggt acagtgcagg ggaaagaata 600 gtagacataa tagcaacaga catacaaact aaagaattac aaaaacaaat tacaaaaatt 660 caaaattttc gggtttatta cagggacagc agaaatccac tttggaaagg accagcaaag 720 ctcctctgga aaggtgaagg ggcagtagta atacaagata atagtgacat aaaagtagtg 780 ccaagaagaa aagcaaagat cattagggat tatggaaaac agatggcagg tgatgattgt 840 gtggcaagta gacaggatga ggattag 867 <210> 3 <211> 288 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Modified HIV-1 integrase <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> Xaa can be Lys, Asp <220> <221> misc_feature <222> (11)..(11) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (13)..(13) <223> Xaa can be Glu, Lys <220> <221> misc_feature <222> (64)..(64) <223> Xaa can be Ala, Glu, Asp <220> <221> misc_feature <222> (94)..(94) <223> Xaa can be Asp, Glu, Arg, Lys, Gly <220> <221> misc_feature <222> (116)..(116) <223> Xaa can be Asp, Ala, Glu <220> <221> misc_feature <222> (117)..(117) <223> Xaa can be Asp, Glu, Arg, Lys, Asn <220> <221> misc_feature <222> (119)..(119) <223> Xaa can be Ala, Pro, Thr, Gly, Asp, Glu, Arg, Lys, Ser <220> <221> misc_feature <222> (120)..(120) <223> Xaa can be Asp, Glu, Arg, Lys, Asn <220> <221> misc_feature <222> (122)..(122) <223> Xaa can be Lys, Ile, Val, Ala, Arg, Thr <220> <221> misc_feature <222> (124)..(124) <223> Xaa can be Asp, Glu, Arg, Lys, Ala <220> <221> misc_feature <222> (125)..(125) <223> Xaa can be Asp, Glu, Arg, Lys, Thr <220> <221> misc_feature <222> (128)..(128) <223> Xaa can be Ala, Thr <220> <221> misc_feature <222> (152)..(152) <223> Xaa can be Ala, Asp, Glu <220> <221> misc_feature <222> (168)..(168) <223> Xaa can be Leu, Ala, Gln <220> <221> misc_feature <222> (170)..(170) <223> Xaa can be Glu, Gly <220> <221> misc_feature <222> (185)..(185) <223> Xaa can be Phe, Lys <220> <221> misc_feature <222> (231)..(231) <223> Xaa can be Arg, Gly, Lys, Asp, Glu, Ser <220> <221> misc_feature <222> (264)..(264) <223> Xaa can be Lys, Arg <220> <221> misc_feature <222> (266)..(266) <223> Xaa can be Lys, Arg <220> <221> misc_feature <222> (273)..(273) <223> Xaa can be Lys, Arg <400> 3 Phe Leu Asp Gly Ile Asp Lys Ala Gln Xaa Xaa His Xaa Lys Tyr His 1 5 10 15 Ser Asn Trp Arg Ala Met Ala Ser Asp Phe Asn Leu Pro Pro Val Val 20 25 30 Ala Lys Glu Ile Val Ala Ser Cys Asp Lys Cys Gln Leu Lys Gly Glu 35 40 45 Ala Met His Gly Gln Val Asp Cys Ser Pro Gly Ile Trp Gln Leu Xaa 50 55 60 Cys Thr His Leu Glu Gly Lys Val Ile Leu Val Ala Val His Val Ala 65 70 75 80 Ser Gly Tyr Ile Glu Ala Glu Val Ile Pro Ala Glu Thr Xaa Gln Glu 85 90 95 Thr Ala Tyr Phe Leu Leu Lys Leu Ala Gly Arg Trp Pro Val Lys Thr 100 105 110 Ile His Thr Xaa Xaa Gly Xaa Xaa Phe Xaa Gly Xaa Xaa Val Arg Xaa 115 120 125 Ala Cys Trp Trp Ala Gly Ile Lys Gln Glu Phe Gly Ile Pro Tyr Asn 130 135 140 Pro Gln Ser Gln Gly Val Val Xaa Ser Met Asn Lys Glu Leu Lys Lys 145 150 155 160 Ile Ile Gly Gln Val Arg Asp Xaa Ala Glu His Leu Lys Thr Ala Val 165 170 175 Gln Met Ala Val Phe Ile His Asn Xaa Lys Arg Lys Gly Gly Ile Gly 180 185 190 Gly Tyr Ser Ala Gly Glu Arg Ile Val Asp Ile Ile Ala Thr Asp Ile 195 200 205 Gln Thr Lys Glu Leu Gln Lys Gln Ile Thr Lys Ile Gln Asn Phe Arg 210 215 220 Val Tyr Tyr Arg Asp Ser Xaa Asn Pro Leu Trp Lys Gly Pro Ala Lys 225 230 235 240 Leu Leu Trp Lys Gly Glu Gly Ala Val Val Ile Gln Asp Asn Ser Asp 245 250 255 Ile Lys Val Val Pro Arg Arg Xaa Ala Xaa Ile Ile Arg Asp Tyr Gly 260 265 270 Xaa Gln Met Ala Gly Asp Asp Cys Val Ala Ser Arg Gln Asp Glu Asp 275 280 285 <210> 4 <211> 288 <212> PRT <213> 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Gly Asp Asp Cys Val Ala Ser Arg Gln Asp Glu Asp 275 280 285 <210> 5 <211> 288 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Modified integrase with enhanced DNA binding <220> <221> Misc_feature <222> (94)..(94) <223> Xaa can be Gly, Asp, Glu, Arg, Lys <220> <221> Misc_feature <222> (117)..(117) <223> Xaa can be Asn, Asp, Glu, Arg, Lys <220> <221> Misc_feature <222> (119)..(119) <223> Xaa can be Ala, Pro, Thr, Gly, Asp, Glu, Arg, Lys, Ser <220> <221> Misc_feature <222> (120)..(120) <223> Xaa can be Asn, Asp, Glu, Arg, Lys <220> <221> Misc_feature <222> (122)..(122) <223> Xaa can be Thr, Lys, Ile, Val, Ala, Arg <220> <221> Misc_feature <222> (124)..(124) <223> Xaa can be Asp, Glu, Arg, Lys, Ala <220> <221> Misc_feature <222> (125)..(125) <223> Xaa can be Asp, Glu, Arg, Lys, Thr <220> <221> Misc_feature <222> (168)..(168) <223> Xaa can be Leu, Ala, Gln <220> <221> Misc_feature <222> (231)..(231) <223> Xaa can be Arg, Gly, Lys, Asp, Glu, Ser <400> 5 Phe Leu Asp Gly Ile Asp Lys Ala Gln 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Phe Arg 210 215 220 Val Tyr Tyr Arg Asp Ser Xaa Asn Pro Leu Trp Lys Gly Pro Ala Lys 225 230 235 240 Leu Leu Trp Lys Gly Glu Gly Ala Val Val Ile Gln Asp Asn Ser Asp 245 250 255 Ile Lys Val Val Pro Arg Arg Lys Ala Lys Ile Ile Arg Asp Tyr Gly 260 265 270 Lys Gln Met Ala Gly Asp Asp Cys Val Ala Ser Arg Gln Asp Glu Asp 275 280 285 <210> 6 <211> 288 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Modified integrase with acetylation mutations <220> <221> misc_feature <222> (264)..(264) <223> Xaa can be Lys, Arg <220> <221> misc_feature <222> (266)..(266) <223> Xaa can be Lys, Arg <220> <221> misc_feature <222> (273)..(273) <223> Xaa can be Lys, Arg <400> 6 Phe Leu Asp Gly Ile Asp Lys Ala Gln Asp Glu His Glu Lys Tyr His 1 5 10 15 Ser Asn Trp Arg Ala Met Ala Ser Asp Phe Asn Leu Pro Pro Val Val 20 25 30 Ala Lys Glu Ile Val Ala Ser Cys Asp Lys Cys Gln Leu Lys Gly Glu 35 40 45 Ala Met His Gly Gln Val Asp Cys Ser Pro Gly Ile Trp Gln Leu Asp 50 55 60 Cys Thr His Leu Glu Gly Lys Val Ile Leu Val Ala Val His Val Ala 65 70 75 80 Ser Gly Tyr Ile Glu Ala Glu Val Ile Pro Ala Glu Thr Gly Gln Glu 85 90 95 Thr Ala Tyr Phe Leu Leu Lys Leu Ala Gly Arg Trp Pro Val Lys Thr 100 105 110 Ile His Thr Asp Asn Gly Ser Asn Phe Thr Gly Ala Thr Val Arg Ala 115 120 125 Ala Cys Trp Trp Ala Gly Ile Lys Gln Glu Phe Gly Ile Pro Tyr Asn 130 135 140 Pro Gln Ser Gln Gly Val Val Glu Ser Met Asn Lys Glu Leu Lys Lys 145 150 155 160 Ile Ile Gly Gln Val Arg Asp Gln Ala Glu His Leu Lys Thr Ala Val 165 170 175 Gln Met Ala Val Phe Ile His Asn Phe Lys Arg Lys Gly Gly Ile Gly 180 185 190 Gly Tyr Ser Ala Gly Glu Arg Ile Val Asp Ile Ile Ala Thr Asp Ile 195 200 205 Gln Thr Lys Glu Leu Gln Lys Gln Ile Thr Lys Ile Gln Asn Phe Arg 210 215 220 Val Tyr Tyr Arg Asp Ser Arg Asn Pro Leu Trp Lys Gly Pro Ala Lys 225 230 235 240 Leu Leu Trp Lys Gly Glu Gly Ala Val Val Ile Gln Asp Asn Ser Asp 245 250 255 Ile Lys Val Val Pro Arg Arg Xaa Ala Xaa Ile Ile Arg Asp Tyr Gly 260 265 270 Xaa Gln Met Ala Gly Asp Asp Cys Val Ala Ser Arg Gln Asp Glu Asp 275 280 285 <210> 7 <211> 288 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Modified integrase with mutations in retroviral integrative recombination <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> Xaa can be Asp, Lys <220> <221> misc_feature <222> (11)..(11) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (13)..(13) <223> Xaa can be Glu, Lys <220> <221> misc_feature <222> (64)..(64) <223> Xaa can be Asp, Ala, Glu <220> <221> misc_feature <222> (116)..(116) <223> Xaa can be Ala, Glu, Asp <220> <221> misc_feature <222> (128)..(128) <223> Xaa can be Ala, Thr <220> <221> misc_feature <222> (152)..(152) <223> Xaa can be Glu, Ala, Asp <220> <221> misc_feature <222> (168)..(168) <223> Xaa can be Gln, Leu, Ala <220> <221> misc_feature <222> (170)..(170) <223> Xaa can be Asp, Gly <400> 7 Phe Leu Asp Gly Ile Asp Lys Ala Gln Xaa Xaa His Xaa Lys Tyr His 1 5 10 15 Ser Asn Trp Arg Ala Met Ala Ser Asp Phe Asn Leu Pro Pro Val Val 20 25 30 Ala Lys Glu Ile Val Ala Ser Cys Asp Lys Cys Gln Leu Lys Gly Glu 35 40 45 Ala Met His Gly Gln Val Asp Cys Ser Pro Gly Ile Trp Gln Leu Xaa 50 55 60 Cys Thr His Leu Glu Gly Lys Val Ile Leu Val Ala Val His Val Ala 65 70 75 80 Ser Gly Tyr Ile Glu Ala Glu Val Ile Pro Ala Glu Thr Gly Gln Glu 85 90 95 Thr Ala Tyr Phe Leu Leu Lys Leu Ala Gly Arg Trp Pro Val Lys Thr 100 105 110 Ile His Thr Xaa Asn Gly Ser Asn Phe Thr Gly Ala Thr Val Arg Xaa 115 120 125 Ala Cys Trp Trp Ala Gly Ile Lys Gln Glu Phe Gly Ile Pro Tyr Asn 130 135 140 Pro Gln Ser Gln Gly Val Val Xaa Ser Met Asn Lys Glu Leu Lys Lys 145 150 155 160 Ile Ile Gly Gln Val Arg Asp Xaa Ala Xaa His Leu Lys Thr Ala Val 165 170 175 Gln Met Ala Val Phe Ile His Asn Phe Lys Arg Lys Gly Gly Ile Gly 180 185 190 Gly Tyr Ser Ala Gly Glu Arg Ile Val Asp Ile Ile Ala Thr Asp Ile 195 200 205 Gln Thr Lys Glu Leu Gln Lys Gln Ile Thr Lys Ile Gln Asn Phe Arg 210 215 220 Val Tyr Tyr Arg Asp Ser Arg Asn Pro Leu Trp Lys Gly Pro Ala Lys 225 230 235 240 Leu Leu Trp Lys Gly Glu Gly Ala Val Val Ile Gln Asp Asn Ser Asp 245 250 255 Ile Lys Val Val Pro Arg Arg Lys Ala Lys Ile Ile Arg Asp Tyr Gly 260 265 270 Lys Gln Met Ala Gly Asp Asp Cys Val Ala Ser Arg Gln Asp Glu Asp 275 280 285 <210> 8 <211> 288 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Modified integrase with mutations in HIV-1 replication <220> <221> misc_feature <222> (168)..(168) <223> Xaa can be Gln, Leu, Ala <400> 8 Phe Leu Asp Gly Ile Asp Lys Ala Gln Asp Glu His Glu Lys Tyr His 1 5 10 15 Ser Asn Trp Arg Ala Met Ala Ser Asp Phe Asn Leu Pro Pro Val Val 20 25 30 Ala Lys Glu Ile Val Ala Ser Cys Asp Lys Cys Gln Leu Lys Gly Glu 35 40 45 Ala Met His Gly Gln Val Asp Cys Ser Pro Gly Ile Trp Gln Leu Asp 50 55 60 Cys Thr His Leu Glu Gly Lys Val Ile Leu Val Ala Val His Val Ala 65 70 75 80 Ser Gly Tyr Ile Glu Ala Glu Val Ile Pro Ala Glu Thr Gly Gln Glu 85 90 95 Thr Ala Tyr Phe Leu Leu Lys Leu Ala Gly Arg Trp Pro Val Lys Thr 100 105 110 Ile His Thr Asp Asn Gly Ser Asn Phe Thr Gly Ala Thr Val Arg Ala 115 120 125 Ala Cys Trp Trp Ala Gly Ile Lys Gln Glu Phe Gly Ile Pro Tyr Asn 130 135 140 Pro Gln Ser Gln Gly Val Val Glu Ser Met Asn Lys Glu Leu Lys Lys 145 150 155 160 Ile Ile Gly Gln Val Arg Asp Xaa Ala Glu His Leu Lys Thr Ala Val 165 170 175 Gln Met Ala Val Phe Ile His Asn Phe Lys Arg Lys Gly Gly Ile Gly 180 185 190 Gly Tyr Ser Ala Gly Glu Arg Ile Val Asp Ile Ile Ala Thr Asp Ile 195 200 205 Gln Thr Lys Glu Leu Gln Lys Gln Ile Thr Lys Ile Gln Asn Phe Arg 210 215 220 Val Tyr Tyr Arg Asp Ser Arg Asn Pro Leu Trp Lys Gly Pro Ala Lys 225 230 235 240 Leu Leu Trp Lys Gly Glu Gly Ala Val Val Ile Gln Asp Asn Ser Asp 245 250 255 Ile Lys Val Val Pro Arg Arg Lys Ala Lys Ile Ile Arg Asp Tyr Gly 260 265 270 Lys Gln Met Ala Gly Asp Asp Cys Val Ala Ser Arg Gln Asp Glu Asp 275 280 285 <210> 9 <211> 594 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Hyperactive PiggyBac aa sequence <400> 9 Met Gly Ser Ser Leu Asp Asp Glu His Ile Leu Ser Ala Leu Leu Gln 1 5 10 15 Ser Asp Asp Glu Leu Val Gly Glu Asp Ser Asp Ser Glu Val Ser Asp 20 25 30 His Val Ser Glu Asp Asp Val Gln Ser Asp Thr Glu Glu Ala Phe Ile 35 40 45 Asp Glu Val His Glu Val Gln Pro Thr Ser Ser Gly Ser Glu Ile Leu 50 55 60 Asp Glu Gln Asn Val Ile Glu Gln Pro Gly Ser Ser Leu Ala Ser Asn 65 70 75 80 Arg Ile Leu Thr Leu Pro Gln Arg Thr Ile Arg Gly Lys Asn Lys His 85 90 95 Cys Trp Ser Thr Ser Lys Pro Thr Arg Arg Ser Arg Val Ser Ala Leu 100 105 110 Asn Ile Val Arg Ser Gln Arg Gly Pro Thr Arg Met Cys Arg Asn Ile 115 120 125 Tyr Asp Pro Leu Leu Cys Phe Lys Leu Phe Phe Thr Asp Glu Ile Ile 130 135 140 Ser Glu Ile Val Lys Trp Thr Asn Ala Glu Ile Ser Leu Lys Arg Arg 145 150 155 160 Glu Ser Met Thr Ser Ala Thr Phe Arg Asp Thr Asn Glu Asp Glu Ile 165 170 175 Tyr Ala Phe Phe Gly Ile Leu Val Met Thr Ala Val Arg Lys Asp Asn 180 185 190 His Met Ser Thr Asp Asp Leu Phe Asp Arg Ser Leu Ser Met Val Tyr 195 200 205 Val Ser Val Met Ser Arg Asp Arg Phe Asp Phe Leu Ile Arg Cys Leu 210 215 220 Arg Met Asp Asp Lys Ser Ile Arg Pro Thr Leu Arg Glu Asn Asp Val 225 230 235 240 Phe Thr Pro Val Arg Lys Ile Trp Asp Leu Phe Ile His Gln Cys Ile 245 250 255 Gln Asn Tyr Thr Pro Gly Ala His Leu Thr Ile Asp Glu Gln Leu Leu 260 265 270 Gly Phe Arg Gly Arg Cys Pro Phe Arg Val Tyr Ile Pro Asn Lys Pro 275 280 285 Ser Lys Tyr Gly Ile Lys Ile Leu Met Met Cys Asp Ser Gly Thr Lys 290 295 300 Tyr Met Ile Asn Gly Met Pro Tyr Leu Gly Arg Gly Thr Gln Thr Asn 305 310 315 320 Gly Val Pro Leu Gly Glu Tyr Tyr Val Lys Glu Leu Ser Lys Pro Val 325 330 335 His Gly Ser Cys Arg Asn Ile Thr Cys Asp Asn Trp Phe Thr Ser Ile 340 345 350 Pro Leu Ala Lys Asn Leu Leu Gln Glu Pro Tyr Lys Leu Thr Ile Val 355 360 365 Gly Thr Val Arg Ser Asn Lys Arg Glu Ile Pro Glu Val Leu Lys Asn 370 375 380 Ser Arg Ser Arg Pro Val Gly Thr Ser Met Phe Cys Phe Asp Gly Pro 385 390 395 400 Leu Thr Leu Val Ser Tyr Lys Pro Lys Pro Ala Lys Met Val Tyr Leu 405 410 415 Leu Ser Ser Cys Asp Glu Asp Ala Ser Ile Asn Glu Ser Thr Gly Lys 420 425 430 Pro Gln Met Val Met Tyr Tyr Asn Gln Thr Lys Gly Gly Val Asp Thr 435 440 445 Leu Asp Gln Met Cys Ser Val Met Thr Cys Ser Arg Lys Thr Asn Arg 450 455 460 Trp Pro Met Ala Leu Leu Tyr Gly Met Ile Asn Ile Ala Cys Ile Asn 465 470 475 480 Ser Phe Ile Ile Tyr Ser His Asn Val Ser Ser Lys Gly Glu Lys Val 485 490 495 Gln Ser Arg Lys Lys Phe Met Arg Asn Leu Tyr Met Gly Leu Thr Ser 500 505 510 Ser Phe Met Arg Lys Arg Leu Glu Ala Pro Thr Leu Lys Arg Tyr Leu 515 520 525 Arg Asp Asn Ile Ser Asn Ile Leu Pro Lys Glu Val Pro Gly Thr Ser 530 535 540 Asp Asp Ser Thr Glu Glu Pro Val Met Lys Lys Arg Thr Tyr Cys Thr 545 550 555 560 Tyr Cys Pro Ser Lys Ile Arg Arg Lys Ala Ser Ala Ser Cys Lys Lys 565 570 575 Cys Lys Lys Val Ile Cys Arg Glu His Asn Ile Asp Met Cys Gln Ser 580 585 590 Cys Phe <210> 10 <211> 594 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Modified hyperactive PiggyBac <220> <221> misc_feature <222> (245)..(245) <223> Wherein amino acid can be Arg, Ala <220> <221> misc_feature <222> (268)..(268) <223> Wherein amino acid can be Asp, Asn <220> <221> misc_feature <222> (275)..(275) <223> Wherein amino acid can be Arg, Ala <220> <221> misc_feature <222> (277)..(277) <223> Wherein amino acid can be Arg, Ala <220> <221> misc_feature <222> (287)..(287) <223> Wherein amino acid can be Ala, Lys <220> <221> misc_feature <222> (290)..(290) <223> Wherein amino acid can be Ala, Lys <220> <221> misc_feature <222> (315)..(315) <223> Wherein amino acid can be Arg, Ala <220> <221> misc_feature <222> (325)..(325) <223> Wherein amino acid can be Gly, Ala <220> <221> misc_feature <222> (341)..(341) <223> Wherein amino acid can be Arg, Ala <220> <221> misc_feature <222> (346)..(346) <223> Wherein amino acid can be Asp, Asn <220> <221> misc_feature <222> (347)..(347) <223> Wherein amino acid can be Asn, Ala, Ser <220> <221> misc_feature <222> (350)..(350) <223> Wherein amino acid can be Thr, Ala <220> <221> misc_feature <222> (351)..(351) <223> Xaa can be Ser, Glu, Pro, Ala <220> <221> misc_feature <222> (356)..(356) <223> Wherein amino acid can be Lys, Glu <220> <221> misc_feature <222> (357)..(357) <223> Wherein amino acid can be Asn, Ala <220> <221> misc_feature <222> (372)..(372) <223> Wherein amino acid can be Arg, Ala <220> <221> misc_feature <222> (375)..(375) <223> Wherein amino acid can be Lys, Ala <220> <221> misc_feature <222> (388)..(388) <223> Wherein amino acid can be Arg, Ala <220> <221> misc_feature <222> (409)..(409) <223> Wherein amino acid can be Lys, Ala <220> <221> misc_feature <222> (412)..(412) <223> Wherein amino acid can be Lys, Ala <220> <221> misc_feature <222> (432)..(432) <223> Wherein amino acid can be Lys, Ala <220> <221> misc_feature <222> (460)..(460) <223> Wherein amino acid can be Arg, Ala <220> <221> misc_feature <222> (461)..(461) <223> Wherein amino acid can be Ala, Lys <220> <221> misc_feature <222> (465)..(465) <223> Wherein amino acid can be Trp, Ala <220> <221> misc_feature <222> (560)..(560) <223> Wherein amino acid can be Thr, Ala <220> <221> misc_feature <222> (564)..(564) <223> Wherein amino acid can be Ser, Pro <220> <221> misc_feature <222> (571)..(571) <223> Wherein amino acid can be Asn, Ser <220> <221> misc_feature <222> (573)..(573) <223> Wherein amino acid can be Ser, Ala <220> <221> misc_feature <222> (576)..(576) <223> Wherein amino acid can be Lys, Ala <220> <221> misc_feature <222> (586)..(586) <223> Wherein amino acid can be His, any naturally occuring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (587)..(587) <223> Wherein amino acid can be Ile, Ala <220> <221> misc_feature <222> (589)..(589) <223> Wherein amino acid can be Met, Val <220> <221> misc_feature <222> (592)..(592) <223> Wherein amino acid can be Ser, Gly <220> <221> misc_feature <222> (594)..(594) <223> Wherein amino acid can be Phe, Leu <400> 10 Met Gly Ser Ser Leu Asp Asp Glu His Ile Leu Ser Ala Leu Leu Gln 1 5 10 15 Ser Asp Asp Glu Leu Val Gly Glu Asp Ser Asp Ser Glu Val Ser Asp 20 25 30 His Val Ser Glu Asp Asp Val Gln Ser Asp Thr Glu Glu Ala Phe Ile 35 40 45 Asp Glu Val His Glu Val Gln Pro Thr Ser Ser Gly Ser Glu Ile Leu 50 55 60 Asp Glu Gln Asn Val Ile Glu Gln Pro Gly Ser Ser Leu Ala Ser Asn 65 70 75 80 Arg Ile Leu Thr Leu Pro Gln Arg Thr Ile Arg Gly Lys Asn Lys His 85 90 95 Cys Trp Ser Thr Ser Lys Pro Thr Arg Arg Ser Arg Val Ser Ala Leu 100 105 110 Asn Ile Val Arg Ser Gln Arg Gly Pro Thr Arg Met Cys Arg Asn Ile 115 120 125 Tyr Asp Pro Leu Leu Cys Phe Lys Leu Phe Phe Thr Asp Glu Ile Ile 130 135 140 Ser Glu Ile Val Lys Trp Thr Asn Ala Glu Ile Ser Leu Lys Arg Arg 145 150 155 160 Glu Ser Met Thr Ser Ala Thr Phe Arg Asp Thr Asn Glu Asp Glu Ile 165 170 175 Tyr Ala Phe Phe Gly Ile Leu Val Met Thr Ala Val Arg Lys Asp Asn 180 185 190 His Met Ser Thr Asp Asp Leu Phe Asp Arg Ser Leu Ser Met Val Tyr 195 200 205 Val Ser Val Met Ser Arg Asp Arg Phe Asp Phe Leu Ile Arg Cys Leu 210 215 220 Arg Met Asp Asp Lys Ser Ile Arg Pro Thr Leu Arg Glu Asn Asp Val 225 230 235 240 Phe Thr Pro Val Arg Lys Ile Trp Asp Leu Phe Ile His Gln Cys Ile 245 250 255 Gln Asn Tyr Thr Pro Gly Ala His Leu Thr Ile Asp Glu Gln Leu Leu 260 265 270 Gly Phe Arg Gly Arg Cys Pro Phe Arg Val Tyr Ile Pro Asn Lys Pro 275 280 285 Ser Lys Tyr Gly Ile Lys Ile Leu Met Met Cys Asp Ser Gly Thr Lys 290 295 300 Tyr Met Ile Asn Gly Met Pro Tyr Leu Gly Arg Gly Thr Gln Thr Asn 305 310 315 320 Gly Val Pro Leu Gly Glu Tyr Tyr Val Lys Glu Leu Ser Lys Pro Val 325 330 335 His Gly Ser Cys Arg Asn Ile Thr Cys Asp Asn Trp Phe Thr Ser Ile 340 345 350 Pro Leu Ala Lys Asn Leu Leu Gln Glu Pro Tyr Lys Leu Thr Ile Val 355 360 365 Gly Thr Val Arg Ser Asn Lys Arg Glu Ile Pro Glu Val Leu Lys Asn 370 375 380 Ser Arg Ser Arg Pro Val Gly Thr Ser Met Phe Cys Phe Asp Gly Pro 385 390 395 400 Leu Thr Leu Val Ser Tyr Lys Pro Lys Pro Ala Lys Met Val Tyr Leu 405 410 415 Leu Ser Ser Cys Asp Glu Asp Ala Ser Ile Asn Glu Ser Thr Gly Lys 420 425 430 Pro Gln Met Val Met Tyr Tyr Asn Gln Thr Lys Gly Gly Val Asp Thr 435 440 445 Leu Asp Gln Met Cys Ser Val Met Thr Cys Ser Arg Lys Thr Asn Arg 450 455 460 Trp Pro Met Ala Leu Leu Tyr Gly Met Ile Asn Ile Ala Cys Ile Asn 465 470 475 480 Ser Phe Ile Ile Tyr Ser His Asn Val Ser Ser Lys Gly Glu Lys Val 485 490 495 Gln Ser Arg Lys Lys Phe Met Arg Asn Leu Tyr Met Gly Leu Thr Ser 500 505 510 Ser Phe Met Arg Lys Arg Leu Glu Ala Pro Thr Leu Lys Arg Tyr Leu 515 520 525 Arg Asp Asn Ile Ser Asn Ile Leu Pro Lys Glu Val Pro Gly Thr Ser 530 535 540 Asp Asp Ser Thr Glu Glu Pro Val Met Lys Lys Arg Thr Tyr Cys Thr 545 550 555 560 Tyr Cys Pro Ser Lys Ile Arg Arg Lys Ala Ser Ala Ser Cys Lys Lys 565 570 575 Cys Lys Lys Val Ile Cys Arg Glu His Asn Ile Asp Met Cys Gln Ser 580 585 590 Cys Phe <210> 11 <211> 594 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Modified hyperactive PiggyBac with mutations in the catalytic triad <220> <221> misc_feature <222> (268)..(268) <223> Xaa can be Asp, Asn <220> <221> misc_feature <222> (346)..(346) <223> Xaa can be Asp, Asn <400> 11 Met Gly Ser Ser Leu Asp Asp Glu His Ile Leu Ser Ala Leu Leu Gln 1 5 10 15 Ser Asp Asp Glu Leu Val Gly Glu Asp Ser Asp Ser Glu Val Ser Asp 20 25 30 His Val Ser Glu Asp Asp Val Gln Ser Asp Thr Glu Glu Ala Phe Ile 35 40 45 Asp Glu Val His Glu Val Gln Pro Thr Ser Ser Gly Ser Glu Ile Leu 50 55 60 Asp Glu Gln Asn Val Ile Glu Gln Pro Gly Ser Ser Leu Ala Ser Asn 65 70 75 80 Arg Ile Leu Thr Leu Pro Gln Arg Thr Ile Arg Gly Lys Asn Lys His 85 90 95 Cys Trp Ser Thr Ser Lys Pro Thr Arg Arg Ser Arg Val Ser Ala Leu 100 105 110 Asn Ile Val Arg Ser Gln Arg Gly Pro Thr Arg Met Cys Arg Asn Ile 115 120 125 Tyr Asp Pro Leu Leu Cys Phe Lys Leu Phe Phe Thr Asp Glu Ile Ile 130 135 140 Ser Glu Ile Val Lys Trp Thr Asn Ala Glu Ile Ser Leu Lys Arg Arg 145 150 155 160 Glu Ser Met Thr Ser Ala Thr Phe Arg Asp Thr Asn Glu Asp Glu Ile 165 170 175 Tyr Ala Phe Phe Gly Ile Leu Val Met Thr Ala Val Arg Lys Asp Asn 180 185 190 His Met Ser Thr Asp Asp Leu Phe Asp Arg Ser Leu Ser Met Val Tyr 195 200 205 Val Ser Val Met Ser Arg Asp Arg Phe Asp Phe Leu Ile Arg Cys Leu 210 215 220 Arg Met Asp Asp Lys Ser Ile Arg Pro Thr Leu Arg Glu Asn Asp Val 225 230 235 240 Phe Thr Pro Val Arg Lys Ile Trp Asp Leu Phe Ile His Gln Cys Ile 245 250 255 Gln Asn Tyr Thr Pro Gly Ala His Leu Thr Ile Xaa Glu Gln Leu Leu 260 265 270 Gly Phe Arg Gly Arg Cys Pro Phe Arg Val Tyr Ile Pro Asn Lys Pro 275 280 285 Ser Lys Tyr Gly Ile Lys Ile Leu Met Met Cys Asp Ser Gly Thr Lys 290 295 300 Tyr Met Ile Asn Gly Met Pro Tyr Leu Gly Arg Gly Thr Gln Thr Asn 305 310 315 320 Gly Val Pro Leu Gly Glu Tyr Tyr Val Lys Glu Leu Ser Lys Pro Val 325 330 335 His Gly Ser Cys Arg Asn Ile Thr Cys Xaa Asn Trp Phe Thr Ser Ile 340 345 350 Pro Leu Ala Lys Asn Leu Leu Gln Glu Pro Tyr Lys Leu Thr Ile Val 355 360 365 Gly Thr Val Arg Ser Asn Lys Arg Glu Ile Pro Glu Val Leu Lys Asn 370 375 380 Ser Arg Ser Arg Pro Val Gly Thr Ser Met Phe Cys Phe Asp Gly Pro 385 390 395 400 Leu Thr Leu Val Ser Tyr Lys Pro Lys Pro Ala Lys Met Val Tyr Leu 405 410 415 Leu Ser Ser Cys Asp Glu Asp Ala Ser Ile Asn Glu Ser Thr Gly Lys 420 425 430 Pro Gln Met Val Met Tyr Tyr Asn Gln Thr Lys Gly Gly Val Asp Thr 435 440 445 Leu Asp Gln Met Cys Ser Val Met Thr Cys Ser Arg Lys Thr Asn Arg 450 455 460 Trp Pro Met Ala Leu Leu Tyr Gly Met Ile Asn Ile Ala Cys Ile Asn 465 470 475 480 Ser Phe Ile Ile Tyr Ser His Asn Val Ser Ser Lys Gly Glu Lys Val 485 490 495 Gln Ser Arg Lys Lys Phe Met Arg Asn Leu Tyr Met Gly Leu Thr Ser 500 505 510 Ser Phe Met Arg Lys Arg Leu Glu Ala Pro Thr Leu Lys Arg Tyr Leu 515 520 525 Arg Asp Asn Ile Ser Asn Ile Leu Pro Lys Glu Val Pro Gly Thr Ser 530 535 540 Asp Asp Ser Thr Glu Glu Pro Val Met Lys Lys Arg Thr Tyr Cys Thr 545 550 555 560 Tyr Cys Pro Ser Lys Ile Arg Arg Lys Ala Ser Ala Ser Cys Lys Lys 565 570 575 Cys Lys Lys Val Ile Cys Arg Glu His Asn Ile Asp Met Cys Gln Ser 580 585 590 Cys Phe <210> 12 <211> 594 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Modified hyperactive PiggyBac with mutations in amino acids that are critical for excision <220> <221> misc_feature <222> (287)..(287) <223> Xaa can be Lys, Ala <220> <221> misc_feature <222> (290)..(290) <223> Xaa can be Lys, Ala <220> <221> misc_feature <222> (460)..(460) <223> Xaa can be Arg, Ala <220> <221> misc_feature <222> (461)..(461) <223> Xaa can be Lys, Ala <400> 12 Met Gly Ser Ser Leu Asp Asp Glu His Ile Leu Ser Ala Leu Leu Gln 1 5 10 15 Ser Asp Asp Glu Leu Val Gly Glu Asp Ser Asp Ser Glu Val Ser Asp 20 25 30 His Val Ser Glu Asp Asp Val Gln Ser Asp Thr Glu Glu Ala Phe Ile 35 40 45 Asp Glu Val His Glu Val Gln Pro Thr Ser Ser Gly Ser Glu Ile Leu 50 55 60 Asp Glu Gln Asn Val Ile Glu Gln Pro Gly Ser Ser Leu Ala Ser Asn 65 70 75 80 Arg Ile Leu Thr Leu Pro Gln Arg Thr Ile Arg Gly Lys Asn Lys His 85 90 95 Cys Trp Ser Thr Ser Lys Pro Thr Arg Arg Ser Arg Val Ser Ala Leu 100 105 110 Asn Ile Val Arg Ser Gln Arg Gly Pro Thr Arg Met Cys Arg Asn Ile 115 120 125 Tyr Asp Pro Leu Leu Cys Phe Lys Leu Phe Phe Thr Asp Glu Ile Ile 130 135 140 Ser Glu Ile Val Lys Trp Thr Asn Ala Glu Ile Ser Leu Lys Arg Arg 145 150 155 160 Glu Ser Met Thr Ser Ala Thr Phe Arg Asp Thr Asn Glu Asp Glu Ile 165 170 175 Tyr Ala Phe Phe Gly Ile Leu Val Met Thr Ala Val Arg Lys Asp Asn 180 185 190 His Met Ser Thr Asp Asp Leu Phe Asp Arg Ser Leu Ser Met Val Tyr 195 200 205 Val Ser Val Met Ser Arg Asp Arg Phe Asp Phe Leu Ile Arg Cys Leu 210 215 220 Arg Met Asp Asp Lys Ser Ile Arg Pro Thr Leu Arg Glu Asn Asp Val 225 230 235 240 Phe Thr Pro Val Arg Lys Ile Trp Asp Leu Phe Ile His Gln Cys Ile 245 250 255 Gln Asn Tyr Thr Pro Gly Ala His Leu Thr Ile Asp Glu Gln Leu Leu 260 265 270 Gly Phe Arg Gly Arg Cys Pro Phe Arg Val Tyr Ile Pro Asn Xaa Pro 275 280 285 Ser Xaa Tyr Gly Ile Lys Ile Leu Met Met Cys Asp Ser Gly Thr Lys 290 295 300 Tyr Met Ile Asn Gly Met Pro Tyr Leu Gly Arg Gly Thr Gln Thr Asn 305 310 315 320 Gly Val Pro Leu Gly Glu Tyr Tyr Val Lys Glu Leu Ser Lys Pro Val 325 330 335 His Gly Ser Cys Arg Asn Ile Thr Cys Asp Asn Trp Phe Thr Ser Ile 340 345 350 Pro Leu Ala Lys Asn Leu Leu Gln Glu Pro Tyr Lys Leu Thr Ile Val 355 360 365 Gly Thr Val Arg Ser Asn Lys Arg Glu Ile Pro Glu Val Leu Lys Asn 370 375 380 Ser Arg Ser Arg Pro Val Gly Thr Ser Met Phe Cys Phe Asp Gly Pro 385 390 395 400 Leu Thr Leu Val Ser Tyr Lys Pro Lys Pro Ala Lys Met Val Tyr Leu 405 410 415 Leu Ser Ser Cys Asp Glu Asp Ala Ser Ile Asn Glu Ser Thr Gly Lys 420 425 430 Pro Gln Met Val Met Tyr Tyr Asn Gln Thr Lys Gly Gly Val Asp Thr 435 440 445 Leu Asp Gln Met Cys Ser Val Met Thr Cys Ser Xaa Xaa Thr Asn Arg 450 455 460 Trp Pro Met Ala Leu Leu Tyr Gly Met Ile Asn Ile Ala Cys Ile Asn 465 470 475 480 Ser Phe Ile Ile Tyr Ser His Asn Val Ser Ser Lys Gly Glu Lys Val 485 490 495 Gln Ser Arg Lys Lys Phe Met Arg Asn Leu Tyr Met Gly Leu Thr Ser 500 505 510 Ser Phe Met Arg Lys Arg Leu Glu Ala Pro Thr Leu Lys Arg Tyr Leu 515 520 525 Arg Asp Asn Ile Ser Asn Ile Leu Pro Lys Glu Val Pro Gly Thr Ser 530 535 540 Asp Asp Ser Thr Glu Glu Pro Val Met Lys Lys Arg Thr Tyr Cys Thr 545 550 555 560 Tyr Cys Pro Ser Lys Ile Arg Arg Lys Ala Ser Ala Ser Cys Lys Lys 565 570 575 Cys Lys Lys Val Ile Cys Arg Glu His Asn Ile Asp Met Cys Gln Ser 580 585 590 Cys Phe <210> 13 <211> 594 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Modified hyperactive PiggyBac with mutation that are involved in target joining <220> <221> misc_feature <222> (351)..(351) <223> Xaa can be Ser, Glu, Pro, Ala <220> <221> misc_feature <222> (356)..(356) <223> Xaa can be Lys, Glu <400> 13 Met Gly Ser Ser Leu Asp Asp Glu His Ile Leu Ser Ala Leu Leu Gln 1 5 10 15 Ser Asp Asp Glu Leu Val Gly Glu Asp Ser Asp Ser Glu Val Ser Asp 20 25 30 His Val Ser Glu Asp Asp Val Gln Ser Asp Thr Glu Glu Ala Phe Ile 35 40 45 Asp Glu Val His Glu Val Gln Pro Thr Ser Ser Gly Ser Glu Ile Leu 50 55 60 Asp Glu Gln Asn Val Ile Glu Gln Pro Gly Ser Ser Leu Ala Ser Asn 65 70 75 80 Arg Ile Leu Thr Leu Pro Gln Arg Thr Ile Arg Gly Lys Asn Lys His 85 90 95 Cys Trp Ser Thr Ser Lys Pro Thr Arg Arg Ser Arg Val Ser Ala Leu 100 105 110 Asn Ile Val Arg Ser Gln Arg Gly Pro Thr Arg Met Cys Arg Asn Ile 115 120 125 Tyr Asp Pro Leu Leu Cys Phe Lys Leu Phe Phe Thr Asp Glu Ile Ile 130 135 140 Ser Glu Ile Val Lys Trp Thr Asn Ala Glu Ile Ser Leu Lys Arg Arg 145 150 155 160 Glu Ser Met Thr Ser Ala Thr Phe Arg Asp Thr Asn Glu Asp Glu Ile 165 170 175 Tyr Ala Phe Phe Gly Ile Leu Val Met Thr Ala Val Arg Lys Asp Asn 180 185 190 His Met Ser Thr Asp Asp Leu Phe Asp Arg Ser Leu Ser Met Val Tyr 195 200 205 Val Ser Val Met Ser Arg Asp Arg Phe Asp Phe Leu Ile Arg Cys Leu 210 215 220 Arg Met Asp Asp Lys Ser Ile Arg Pro Thr Leu Arg Glu Asn Asp Val 225 230 235 240 Phe Thr Pro Val Arg Lys Ile Trp Asp Leu Phe Ile His Gln Cys Ile 245 250 255 Gln Asn Tyr Thr Pro Gly Ala His Leu Thr Ile Asp Glu Gln Leu Leu 260 265 270 Gly Phe Arg Gly Arg Cys Pro Phe Arg Val Tyr Ile Pro Asn Lys Pro 275 280 285 Ser Lys Tyr Gly Ile Lys Ile Leu Met Met Cys Asp Ser Gly Thr Lys 290 295 300 Tyr Met Ile Asn Gly Met Pro Tyr Leu Gly Arg Gly Thr Gln Thr Asn 305 310 315 320 Gly Val Pro Leu Gly Glu Tyr Tyr Val Lys Glu Leu Ser Lys Pro Val 325 330 335 His Gly Ser Cys Arg Asn Ile Thr Cys Asp Asn Trp Phe Thr Xaa Ile 340 345 350 Pro Leu Ala Xaa Asn Leu Leu Gln Glu Pro Tyr Lys Leu Thr Ile Val 355 360 365 Gly Thr Val Arg Ser Asn Lys Arg Glu Ile Pro Glu Val Leu Lys Asn 370 375 380 Ser Arg Ser Arg Pro Val Gly Thr Ser Met Phe Cys Phe Asp Gly Pro 385 390 395 400 Leu Thr Leu Val Ser Tyr Lys Pro Lys Pro Ala Lys Met Val Tyr Leu 405 410 415 Leu Ser Ser Cys Asp Glu Asp Ala Ser Ile Asn Glu Ser Thr Gly Lys 420 425 430 Pro Gln Met Val Met Tyr Tyr Asn Gln Thr Lys Gly Gly Val Asp Thr 435 440 445 Leu Asp Gln Met Cys Ser Val Met Thr Cys Ser Arg Lys Thr Asn Arg 450 455 460 Trp Pro Met Ala Leu Leu Tyr Gly Met Ile Asn Ile Ala Cys Ile Asn 465 470 475 480 Ser Phe Ile Ile Tyr Ser His Asn Val Ser Ser Lys Gly Glu Lys Val 485 490 495 Gln Ser Arg Lys Lys Phe Met Arg Asn Leu Tyr Met Gly Leu Thr Ser 500 505 510 Ser Phe Met Arg Lys Arg Leu Glu Ala Pro Thr Leu Lys Arg Tyr Leu 515 520 525 Arg Asp Asn Ile Ser Asn Ile Leu Pro Lys Glu Val Pro Gly Thr Ser 530 535 540 Asp Asp Ser Thr Glu Glu Pro Val Met Lys Lys Arg Thr Tyr Cys Thr 545 550 555 560 Tyr Cys Pro Ser Lys Ile Arg Arg Lys Ala Ser Ala Ser Cys Lys Lys 565 570 575 Cys Lys Lys Val Ile Cys Arg Glu His Asn Ile Asp Met Cys Gln Ser 580 585 590 Cys Phe <210> 14 <211> 594 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Modified hyperactive PiggyBac with mutations that are critical for integration <220> <221> misc_feature <222> (560)..(560) <223> Wherein amino acid can be Thr, Ala, <220> <221> misc_feature <222> (564)..(564) <223> Wherein amino acid can be Ser, Pro <220> <221> misc_feature <222> (571)..(571) <223> Wherein amino acid can be Asn, Ser <220> <221> misc_feature <222> (573)..(573) <223> Wherein amino acid can be Ser, Ala <220> <221> misc_feature <222> (589)..(589) <223> Wherein amino acid can be Met, Val <220> <221> misc_feature <222> (592)..(592) <223> Wherein amino acid can be Ser, Gly <220> <221> misc_feature <222> (594)..(594) <223> Wherein amino acid can be Phe, Leu <400> 14 Met Gly Ser Ser Leu Asp Asp Glu His Ile Leu Ser Ala Leu Leu Gln 1 5 10 15 Ser Asp Asp Glu Leu Val Gly Glu Asp Ser Asp Ser Glu Val Ser Asp 20 25 30 His Val Ser Glu Asp Asp Val Gln Ser Asp Thr Glu Glu Ala Phe Ile 35 40 45 Asp Glu Val His Glu Val Gln Pro Thr Ser Ser Gly Ser Glu Ile Leu 50 55 60 Asp Glu Gln Asn Val Ile Glu Gln Pro Gly Ser Ser Leu Ala Ser Asn 65 70 75 80 Arg Ile Leu Thr Leu Pro Gln Arg Thr Ile Arg Gly Lys Asn Lys His 85 90 95 Cys Trp Ser Thr Ser Lys Pro Thr Arg Arg Ser Arg Val Ser Ala Leu 100 105 110 Asn Ile Val Arg Ser Gln Arg Gly Pro Thr Arg Met Cys Arg Asn Ile 115 120 125 Tyr Asp Pro Leu Leu Cys Phe Lys Leu Phe Phe Thr Asp Glu Ile Ile 130 135 140 Ser Glu Ile Val Lys Trp Thr Asn Ala Glu Ile Ser Leu Lys Arg Arg 145 150 155 160 Glu Ser Met Thr Ser Ala Thr Phe Arg Asp Thr Asn Glu Asp Glu Ile 165 170 175 Tyr Ala Phe Phe Gly Ile Leu Val Met Thr Ala Val Arg Lys Asp Asn 180 185 190 His Met Ser Thr Asp Asp Leu Phe Asp Arg Ser Leu Ser Met Val Tyr 195 200 205 Val Ser Val Met Ser Arg Asp Arg Phe Asp Phe Leu Ile Arg Cys Leu 210 215 220 Arg Met Asp Asp Lys Ser Ile Arg Pro Thr Leu Arg Glu Asn Asp Val 225 230 235 240 Phe Thr Pro Val Arg Lys Ile Trp Asp Leu Phe Ile His Gln Cys Ile 245 250 255 Gln Asn Tyr Thr Pro Gly Ala His Leu Thr Ile Asp Glu Gln Leu Leu 260 265 270 Gly Phe Arg Gly Arg Cys Pro Phe Arg Val Tyr Ile Pro Asn Lys Pro 275 280 285 Ser Lys Tyr Gly Ile Lys Ile Leu Met Met Cys Asp Ser Gly Thr Lys 290 295 300 Tyr Met Ile Asn Gly Met Pro Tyr Leu Gly Arg Gly Thr Gln Thr Asn 305 310 315 320 Gly Val Pro Leu Gly Glu Tyr Tyr Val Lys Glu Leu Ser Lys Pro Val 325 330 335 His Gly Ser Cys Arg Asn Ile Thr Cys Asp Asn Trp Phe Thr Ser Ile 340 345 350 Pro Leu Ala Lys Asn Leu Leu Gln Glu Pro Tyr Lys Leu Thr Ile Val 355 360 365 Gly Thr Val Arg Ser Asn Lys Arg Glu Ile Pro Glu Val Leu Lys Asn 370 375 380 Ser Arg Ser Arg Pro Val Gly Thr Ser Met Phe Cys Phe Asp Gly Pro 385 390 395 400 Leu Thr Leu Val Ser Tyr Lys Pro Lys Pro Ala Lys Met Val Tyr Leu 405 410 415 Leu Ser Ser Cys Asp Glu Asp Ala Ser Ile Asn Glu Ser Thr Gly Lys 420 425 430 Pro Gln Met Val Met Tyr Tyr Asn Gln Thr Lys Gly Gly Val Asp Thr 435 440 445 Leu Asp Gln Met Cys Ser Val Met Thr Cys Ser Arg Lys Thr Asn Arg 450 455 460 Trp Pro Met Ala Leu Leu Tyr Gly Met Ile Asn Ile Ala Cys Ile Asn 465 470 475 480 Ser Phe Ile Ile Tyr Ser His Asn Val Ser Ser Lys Gly Glu Lys Val 485 490 495 Gln Ser Arg Lys Lys Phe Met Arg Asn Leu Tyr Met Gly Leu Thr Ser 500 505 510 Ser Phe Met Arg Lys Arg Leu Glu Ala Pro Thr Leu Lys Arg Tyr Leu 515 520 525 Arg Asp Asn Ile Ser Asn Ile Leu Pro Lys Glu Val Pro Gly Thr Ser 530 535 540 Asp Asp Ser Thr Glu Glu Pro Val Met Lys Lys Arg Thr Tyr Cys Thr 545 550 555 560 Tyr Cys Pro Ser Lys Ile Arg Arg Lys Ala Ser Ala Ser Cys Lys Lys 565 570 575 Cys Lys Lys Val Ile Cys Arg Glu His Asn Ile Asp Met Cys Gln Ser 580 585 590 Cys Phe <210> 15 <211> 594 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Modified hyperactive PiggyBac with mutations that are involved in alignment <220> <221> misc_feature <222> (325)..(325) <223> Xaa can be Gly, Ala <220> <221> misc_feature <222> (347)..(347) <223> Xaa can be Asn, Ala, Ser <220> <221> misc_feature <222> (350)..(350) <223> Xaa can be Thr, Ala <220> <221> misc_feature <222> (465)..(465) <223> Xaa can be Trp, Ala <400> 15 Met Gly Ser Ser Leu Asp Asp Glu His Ile Leu Ser Ala Leu Leu Gln 1 5 10 15 Ser Asp Asp Glu Leu Val Gly Glu Asp Ser Asp Ser Glu Val Ser Asp 20 25 30 His Val Ser Glu Asp Asp Val Gln Ser Asp Thr Glu Glu Ala Phe Ile 35 40 45 Asp Glu Val His Glu Val Gln Pro Thr Ser Ser Gly Ser Glu Ile Leu 50 55 60 Asp Glu Gln Asn Val Ile Glu Gln Pro Gly Ser Ser Leu Ala Ser Asn 65 70 75 80 Arg Ile Leu Thr Leu Pro Gln Arg Thr Ile Arg Gly Lys Asn Lys His 85 90 95 Cys Trp Ser Thr Ser Lys Pro Thr Arg Arg Ser Arg Val Ser Ala Leu 100 105 110 Asn Ile Val Arg Ser Gln Arg Gly Pro Thr Arg Met Cys Arg Asn Ile 115 120 125 Tyr Asp Pro Leu Leu Cys Phe Lys Leu Phe Phe Thr Asp Glu Ile Ile 130 135 140 Ser Glu Ile Val Lys Trp Thr Asn Ala Glu Ile Ser Leu Lys Arg Arg 145 150 155 160 Glu Ser Met Thr Ser Ala Thr Phe Arg Asp Thr Asn Glu Asp Glu Ile 165 170 175 Tyr Ala Phe Phe Gly Ile Leu Val Met Thr Ala Val Arg Lys Asp Asn 180 185 190 His Met Ser Thr Asp Asp Leu Phe Asp Arg Ser Leu Ser Met Val Tyr 195 200 205 Val Ser Val Met Ser Arg Asp Arg Phe Asp Phe Leu Ile Arg Cys Leu 210 215 220 Arg Met Asp Asp Lys Ser Ile Arg Pro Thr Leu Arg Glu Asn Asp Val 225 230 235 240 Phe Thr Pro Val Arg Lys Ile Trp Asp Leu Phe Ile His Gln Cys Ile 245 250 255 Gln Asn Tyr Thr Pro Gly Ala His Leu Thr Ile Asp Glu Gln Leu Leu 260 265 270 Gly Phe Arg Gly Arg Cys Pro Phe Arg Val Tyr Ile Pro Asn Lys Pro 275 280 285 Ser Lys Tyr Gly Ile Lys Ile Leu Met Met Cys Asp Ser Gly Thr Lys 290 295 300 Tyr Met Ile Asn Gly Met Pro Tyr Leu Gly Arg Gly Thr Gln Thr Asn 305 310 315 320 Gly Val Pro Leu Xaa Glu Tyr Tyr Val Lys Glu Leu Ser Lys Pro Val 325 330 335 His Gly Ser Cys Arg Asn Ile Thr Cys Asp Xaa Trp Phe Xaa Ser Ile 340 345 350 Pro Leu Ala Lys Asn Leu Leu Gln Glu Pro Tyr Lys Leu Thr Ile Val 355 360 365 Gly Thr Val Arg Ser Asn Lys Arg Glu Ile Pro Glu Val Leu Lys Asn 370 375 380 Ser Arg Ser Arg Pro Val Gly Thr Ser Met Phe Cys Phe Asp Gly Pro 385 390 395 400 Leu Thr Leu Val Ser Tyr Lys Pro Lys Pro Ala Lys Met Val Tyr Leu 405 410 415 Leu Ser Ser Cys Asp Glu Asp Ala Ser Ile Asn Glu Ser Thr Gly Lys 420 425 430 Pro Gln Met Val Met Tyr Tyr Asn Gln Thr Lys Gly Gly Val Asp Thr 435 440 445 Leu Asp Gln Met Cys Ser Val Met Thr Cys Ser Arg Lys Thr Asn Arg 450 455 460 Xaa Pro Met Ala Leu Leu Tyr Gly Met Ile Asn Ile Ala Cys Ile Asn 465 470 475 480 Ser Phe Ile Ile Tyr Ser His Asn Val Ser Ser Lys Gly Glu Lys Val 485 490 495 Gln Ser Arg Lys Lys Phe Met Arg Asn Leu Tyr Met Gly Leu Thr Ser 500 505 510 Ser Phe Met Arg Lys Arg Leu Glu Ala Pro Thr Leu Lys Arg Tyr Leu 515 520 525 Arg Asp Asn Ile Ser Asn Ile Leu Pro Lys Glu Val Pro Gly Thr Ser 530 535 540 Asp Asp Ser Thr Glu Glu Pro Val Met Lys Lys Arg Thr Tyr Cys Thr 545 550 555 560 Tyr Cys Pro Ser Lys Ile Arg Arg Lys Ala Ser Ala Ser Cys Lys Lys 565 570 575 Cys Lys Lys Val Ile Cys Arg Glu His Asn Ile Asp Met Cys Gln Ser 580 585 590 Cys Phe <210> 16 <211> 594 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Modified hyperactive PiggyBac with mutations at well conserved amino acids <220> <221> misc_feature <222> (576)..(576) <223> Xaa can be lys, Ala <220> <221> misc_feature <222> (587)..(587) <223> Xaa can be Ile, Ala <400> 16 Met Gly Ser Ser Leu Asp Asp Glu His Ile Leu Ser Ala Leu Leu Gln 1 5 10 15 Ser Asp Asp Glu Leu Val Gly Glu Asp Ser Asp Ser Glu Val Ser Asp 20 25 30 His Val Ser Glu Asp Asp Val Gln Ser Asp Thr Glu Glu Ala Phe Ile 35 40 45 Asp Glu Val His Glu Val Gln Pro Thr Ser Ser Gly Ser Glu Ile Leu 50 55 60 Asp Glu Gln Asn Val Ile Glu Gln Pro Gly Ser Ser Leu Ala Ser Asn 65 70 75 80 Arg Ile Leu Thr Leu Pro Gln Arg Thr Ile Arg Gly Lys Asn Lys His 85 90 95 Cys Trp Ser Thr Ser Lys Pro Thr Arg Arg Ser Arg Val Ser Ala Leu 100 105 110 Asn Ile Val Arg Ser Gln Arg Gly Pro Thr Arg Met Cys Arg Asn Ile 115 120 125 Tyr Asp Pro Leu Leu Cys Phe Lys Leu Phe Phe Thr Asp Glu Ile Ile 130 135 140 Ser Glu Ile Val Lys Trp Thr Asn Ala Glu Ile Ser Leu Lys Arg Arg 145 150 155 160 Glu Ser Met Thr Ser Ala Thr Phe Arg Asp Thr Asn Glu Asp Glu Ile 165 170 175 Tyr Ala Phe Phe Gly Ile Leu Val Met Thr Ala Val Arg Lys Asp Asn 180 185 190 His Met Ser Thr Asp Asp Leu Phe Asp Arg Ser Leu Ser Met Val Tyr 195 200 205 Val Ser Val Met Ser Arg Asp Arg Phe Asp Phe Leu Ile Arg Cys Leu 210 215 220 Arg Met Asp Asp Lys Ser Ile Arg Pro Thr Leu Arg Glu Asn Asp Val 225 230 235 240 Phe Thr Pro Val Arg Lys Ile Trp Asp Leu Phe Ile His Gln Cys Ile 245 250 255 Gln Asn Tyr Thr Pro Gly Ala His Leu Thr Ile Asp Glu Gln Leu Leu 260 265 270 Gly Phe Arg Gly Arg Cys Pro Phe Arg Val Tyr Ile Pro Asn Lys Pro 275 280 285 Ser Lys Tyr Gly Ile Lys Ile Leu Met Met Cys Asp Ser Gly Thr Lys 290 295 300 Tyr Met Ile Asn Gly Met Pro Tyr Leu Gly Arg Gly Thr Gln Thr Asn 305 310 315 320 Gly Val Pro Leu Gly Glu Tyr Tyr Val Lys Glu Leu Ser Lys Pro Val 325 330 335 His Gly Ser Cys Arg Asn Ile Thr Cys Asp Asn Trp Phe Thr Ser Ile 340 345 350 Pro Leu Ala Lys Asn Leu Leu Gln Glu Pro Tyr Lys Leu Thr Ile Val 355 360 365 Gly Thr Val Arg Ser Asn Lys Arg Glu Ile Pro Glu Val Leu Lys Asn 370 375 380 Ser Arg Ser Arg Pro Val Gly Thr Ser Met Phe Cys Phe Asp Gly Pro 385 390 395 400 Leu Thr Leu Val Ser Tyr Lys Pro Lys Pro Ala Lys Met Val Tyr Leu 405 410 415 Leu Ser Ser Cys Asp Glu Asp Ala Ser Ile Asn Glu Ser Thr Gly Lys 420 425 430 Pro Gln Met Val Met Tyr Tyr Asn Gln Thr Lys Gly Gly Val Asp Thr 435 440 445 Leu Asp Gln Met Cys Ser Val Met Thr Cys Ser Arg Lys Thr Asn Arg 450 455 460 Trp Pro Met Ala Leu Leu Tyr Gly Met Ile Asn Ile Ala Cys Ile Asn 465 470 475 480 Ser Phe Ile Ile Tyr Ser His Asn Val Ser Ser Lys Gly Glu Lys Val 485 490 495 Gln Ser Arg Lys Lys Phe Met Arg Asn Leu Tyr Met Gly Leu Thr Ser 500 505 510 Ser Phe Met Arg Lys Arg Leu Glu Ala Pro Thr Leu Lys Arg Tyr Leu 515 520 525 Arg Asp Asn Ile Ser Asn Ile Leu Pro Lys Glu Val Pro Gly Thr Ser 530 535 540 Asp Asp Ser Thr Glu Glu Pro Val Met Lys Lys Arg Thr Tyr Cys Thr 545 550 555 560 Tyr Cys Pro Ser Lys Ile Arg Arg Lys Ala Ser Ala Ser Cys Lys Xaa 565 570 575 Cys Lys Lys Val Ile Cys Arg Glu His Asn Xaa Asp Met Cys Gln Ser 580 585 590 Cys Phe <210> 17 <211> 594 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Modified hyperactive PiggyBac with mutations involved in Zn2+ binding <220> <221> misc_feature <222> (586)..(586) <223> Wherein amino acid can be His, any naturally occuring amino acid <400> 17 Met Gly Ser Ser Leu Asp Asp Glu His Ile Leu Ser Ala Leu Leu Gln 1 5 10 15 Ser Asp Asp Glu Leu Val Gly Glu Asp Ser Asp Ser Glu Val Ser Asp 20 25 30 His Val Ser Glu Asp Asp Val Gln Ser Asp Thr Glu Glu Ala Phe Ile 35 40 45 Asp Glu Val His Glu Val Gln Pro Thr Ser Ser Gly Ser Glu Ile Leu 50 55 60 Asp Glu Gln Asn Val Ile Glu Gln Pro Gly Ser Ser Leu Ala Ser Asn 65 70 75 80 Arg Ile Leu Thr Leu Pro Gln Arg Thr Ile Arg Gly Lys Asn Lys His 85 90 95 Cys Trp Ser Thr Ser Lys Pro Thr Arg Arg Ser Arg Val Ser Ala Leu 100 105 110 Asn Ile Val Arg Ser Gln Arg Gly Pro Thr Arg Met Cys Arg Asn Ile 115 120 125 Tyr Asp Pro Leu Leu Cys Phe Lys Leu Phe Phe Thr Asp Glu Ile Ile 130 135 140 Ser Glu Ile Val Lys Trp Thr Asn Ala Glu Ile Ser Leu Lys Arg Arg 145 150 155 160 Glu Ser Met Thr Ser Ala Thr Phe Arg Asp Thr Asn Glu Asp Glu Ile 165 170 175 Tyr Ala Phe Phe Gly Ile Leu Val Met Thr Ala Val Arg Lys Asp Asn 180 185 190 His Met Ser Thr Asp Asp Leu Phe Asp Arg Ser Leu Ser Met Val Tyr 195 200 205 Val Ser Val Met Ser Arg Asp Arg Phe Asp Phe Leu Ile Arg Cys Leu 210 215 220 Arg Met Asp Asp Lys Ser Ile Arg Pro Thr Leu Arg Glu Asn Asp Val 225 230 235 240 Phe Thr Pro Val Arg Lys Ile Trp Asp Leu Phe Ile His Gln Cys Ile 245 250 255 Gln Asn Tyr Thr Pro Gly Ala His Leu Thr Ile Asp Glu Gln Leu Leu 260 265 270 Gly Phe Arg Gly Arg Cys Pro Phe Arg Val Tyr Ile Pro Asn Lys Pro 275 280 285 Ser Lys Tyr Gly Ile Lys Ile Leu Met Met Cys Asp Ser Gly Thr Lys 290 295 300 Tyr Met Ile Asn Gly Met Pro Tyr Leu Gly Arg Gly Thr Gln Thr Asn 305 310 315 320 Gly Val Pro Leu Gly Glu Tyr Tyr Val Lys Glu Leu Ser Lys Pro Val 325 330 335 His Gly Ser Cys Arg Asn Ile Thr Cys Asp Asn Trp Phe Thr Ser Ile 340 345 350 Pro Leu Ala Lys Asn Leu Leu Gln Glu Pro Tyr Lys Leu Thr Ile Val 355 360 365 Gly Thr Val Arg Ser Asn Lys Arg Glu Ile Pro Glu Val Leu Lys Asn 370 375 380 Ser Arg Ser Arg Pro Val Gly Thr Ser Met Phe Cys Phe Asp Gly Pro 385 390 395 400 Leu Thr Leu Val Ser Tyr Lys Pro Lys Pro Ala Lys Met Val Tyr Leu 405 410 415 Leu Ser Ser Cys Asp Glu Asp Ala Ser Ile Asn Glu Ser Thr Gly Lys 420 425 430 Pro Gln Met Val Met Tyr Tyr Asn Gln Thr Lys Gly Gly Val Asp Thr 435 440 445 Leu Asp Gln Met Cys Ser Val Met Thr Cys Ser Arg Lys Thr Asn Arg 450 455 460 Trp Pro Met Ala Leu Leu Tyr Gly Met Ile Asn Ile Ala Cys Ile Asn 465 470 475 480 Ser Phe Ile Ile Tyr Ser His Asn Val Ser Ser Lys Gly Glu Lys Val 485 490 495 Gln Ser Arg Lys Lys Phe Met Arg Asn Leu Tyr Met Gly Leu Thr Ser 500 505 510 Ser Phe Met Arg Lys Arg Leu Glu Ala Pro Thr Leu Lys Arg Tyr Leu 515 520 525 Arg Asp Asn Ile Ser Asn Ile Leu Pro Lys Glu Val Pro Gly Thr Ser 530 535 540 Asp Asp Ser Thr Glu Glu Pro Val Met Lys Lys Arg Thr Tyr Cys 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diphtheria <400> 20 Met Asn Pro His Glu Glu Leu Trp Ala Lys Gln Lys Gly Leu Ala Lys 1 5 10 15 Pro Tyr Pro Leu Leu Ala His Leu Leu Asp Ser Ala Ala Val Ala Gly 20 25 30 Ala Leu Trp Asp His Trp Leu Arg Gln Asp Leu Arg Gln Met Phe Ile 35 40 45 Glu Glu Leu Gly Ser Asn Ala Arg Glu Ile Ile Gln Phe Val Val Gly 50 55 60 Ser His Asp Ile Gly Lys Ala Thr Pro Leu Phe Gln Tyr Gln Lys Ala 65 70 75 80 Gln Lys Gly Glu Val Trp Asp Ser Ile Arg Tyr Ala Ile Asp Arg Thr 85 90 95 Gly Arg Tyr Gln Lys Pro Leu Pro Ser Ser Tyr Leu Val Lys Lys Thr 100 105 110 Ser Gly Gly Pro Asn Arg His Glu Gln Trp Ser Ser Phe Ala Ser Lys 115 120 125 Asn Glu Tyr Leu Lys Pro Ser Ala Ala Ala Lys Glu Asn Trp Ile Gly 130 135 140 Leu Ala Ile Gly Gly His His Gly Arg Phe Glu Pro Val Gly Tyr Gly 145 150 155 160 Arg His Gln Arg Lys Ala Ala Glu Asp Leu Ala Lys Ser Gly Trp Ser 165 170 175 Ala Ala Gln Gln Asp Leu Leu Arg Ala Leu Glu Lys Ala Ser Gly Ile 180 185 190 Thr Arg Ala Ser Leu Pro Ser Glu Leu Ser Pro Glu Leu Thr Leu Val 195 200 205 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tgccgcgatc tggcgcgcca tcagcgcacc cataccggcg aaaaaccgta taaatgcccg 300 gaatgcggca aaagctttag ccagagcagc catctggtgc gccatcagcg cacccatacc 360 ggcgaaaaac cgtataaatg cccggaatgc ggcaaaagct ttagcgattg ccgcgatctg 420 gcgcgccatc agcgcaccca taccggcgaa aaaccgtata aatgcccgga atgcggcaaa 480 agctttagcc gcagcgataa actggtgcgc catcagcgca cccataccgg caaaaaaacc 540 agcggccagg cgggc 555 <210> 35 <211> 185 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> ZNF-E2C Aminoacid <400> 35 Met Ala Gln Ala Ala Leu Glu Pro Gly Glu Lys Pro Tyr Lys Cys Pro 1 5 10 15 Glu Cys Gly Lys Ser Phe Ser Arg Lys Asp Ser Leu Val Arg His Gln 20 25 30 Arg Thr His Thr Gly Glu Lys Pro Tyr Lys Cys Pro Glu Cys Gly Lys 35 40 45 Ser Phe Ser Gln Ser Gly Asp Leu Arg Arg His Gln Arg Thr His Thr 50 55 60 Gly Glu Lys Pro Tyr Lys Cys Pro Glu Cys Gly Lys Ser Phe Ser Asp 65 70 75 80 Cys Arg Asp Leu Ala Arg His Gln Arg Thr His Thr Gly Glu Lys Pro 85 90 95 Tyr Lys Cys Pro Glu Cys Gly Lys Ser Phe Ser Gln Ser Ser His Leu 100 105 110 Val Arg His Gln 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agagcagcca tctggtgcgc catcagcgca cccataccgg caaaaaaacc 540 agcggccagg cgggc 555 <210> 37 <211> 185 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> ZNF-E3 Amino acid <400> 37 Met Ala Gln Ala Ala Leu Glu Pro Gly Glu Lys Pro Tyr Lys Cys Pro 1 5 10 15 Glu Cys Gly Lys Ser Phe Ser Asp Pro Gly Ala Leu Val Arg His Gln 20 25 30 Arg Thr His Thr Gly Glu Lys Pro Tyr Lys Cys Pro Glu Cys Gly Lys 35 40 45 Ser Phe Ser Gln Ser Ser His Leu Val Arg His Gln Arg Thr His Thr 50 55 60 Gly Glu Lys Pro Tyr Lys Cys Pro Glu Cys Gly Lys Ser Phe Ser Asp 65 70 75 80 Cys Arg Asp Leu Ala Arg His Gln Arg Thr His Thr Gly Glu Lys Pro 85 90 95 Tyr Lys Cys Pro Glu Cys Gly Lys Ser Phe Ser Gln Ser Ser His Leu 100 105 110 Val Arg His Gln Arg Thr His Thr Gly Glu Lys Pro Tyr Lys Cys Pro 115 120 125 Glu Cys Gly Lys Ser Phe Ser Asp Cys Arg Asp Leu Ala Arg His Gln 130 135 140 Arg Thr His Thr Gly Glu Lys Pro Tyr Lys Cys Pro Glu Cys Gly Lys 145 150 155 160 Ser Phe Ser Gln Ser Ser His Leu Val Arg His Gln Arg Thr His Thr 165 170 175 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gtcgacaaac tctttatcca actggttcag acttacaatc agcttttcga agagaacccg 600 atcaacgcat ccggagttga cgccaaagca atcctgagcg ctaggctgtc caaatcccgg 660 cggctcgaaa acctcatcgc acagctccct ggggagaaga agaacggcct gtttggtaat 720 cttatcgccc tgtcactcgg gctgaccccc aactttaaat ctaacttcga cctggccgaa 780 gatgccaagc ttcaactgag caaagacacc tacgatgatg atctcgacaa tctgctggcc 840 cagatcggcg accagtacgc agaccttttt ttggcggcaa agaacctgtc agacgccatt 900 ctgctgagtg atattctgcg agtgaacacg gagatcacca aagctccgct gagcgctagt 960 atgatcaagc gctatgatga gcaccaccaa gacttgactt tgctgaaggc ccttgtcaga 1020 cagcaactgc ctgagaagta caaggaaatt ttcttcgatc agtctaaaaa tggctacgcc 1080 ggatacattg acggcggagc aagccaggag gaattttaca aatttattaa gcccatcttg 1140 gaaaaaatgg acggcaccga ggagctgctg gtaaagctta acagagaaga tctgttgcgc 1200 aaacagcgca ctttcgacaa tggaagcatc ccccaccaga ttcacctggg cgaactgcac 1260 gctatcctca ggcggcaaga ggatttctac ccctttttga aagataacag ggaaaagatt 1320 gagaaaatcc tcacatttcg gataccctac tatgtaggcc ccctcgcccg gggaaattcc 1380 agattcgcgt ggatgactcg caaatcagaa gagaccatca ctccctggaa cttcgaggaa 1440 gtcgtggata agggggcctc tgcccagtcc ttcatcgaaa ggatgactaa ctttgataaa 1500 aatctgccta acgaaaaggt gcttcctaaa cactctctgc tgtacgagta cttcacagtt 1560 tataacgagc tcaccaaggt caaatacgtc acagaaggga tgagaaagcc agcattcctg 1620 tctggagagc agaagaaagc tatcgtggac ctcctcttca agacgaaccg gaaagttacc 1680 gtgaaacagc tcaaagaaga ctatttcaaa aagattgaat gtttcgactc tgttgaaatc 1740 agcggagtgg aggatcgctt caacgcatcc ctgggaacgt atcacgatct cctgaaaatc 1800 attaaagaca aggacttcct ggacaatgag gagaacgagg acattcttga ggacattgtc 1860 ctcaccctta cgttgtttga agatagggag atgattgaag aacgcttgaa aacttacgct 1920 catctcttcg acgacaaagt catgaaacag ctcaagaggc gccgatatac aggatggggg 1980 cggctgtcaa gaaaactgat caatgggatc cgagacaagc agagtggaaa gacaatcctg 2040 gattttctta agtccgatgg atttgccaac cggaacttca tgcagttgat ccatgatgac 2100 tctctcacct ttaaggagga catccagaaa gcacaagttt ctggccaggg ggacagtctt 2160 cacgagcaca tcgctaatct tgcaggtagc ccagctatca aaaagggaat actgcagacc 2220 gttaaggtcg tggatgaact cgtcaaagta atgggaaggc ataagcccga gaatatcgtt 2280 atcgagatgg cccgagagaa ccaaactacc cagaagggac agaagaacag tagggaaagg 2340 atgaagagga ttgaagaggg tataaaagaa ctggggtccc aaatccttaa ggaacaccca 2400 gttgaaaaca cccagcttca gaatgagaag ctctacctgt actacctgca gaacggcagg 2460 gacatgtacg tggatcagga actggacatc aatcggctct ccgactacga cgtggatcat 2520 atcgtgcccc agtcttttct caaagatgat tctattgata ataaagtgtt gacaagatcc 2580 gataaaaata gagggaagag tgataacgtc ccctcagaag aagttgtcaa gaaaatgaaa 2640 aattattggc ggcagctgct gaacgccaaa ctgatcacac aacggaagtt cgataatctg 2700 actaaggctg aacgaggtgg cctgtctgag ttggataaag ccggcttcat caaaaggcag 2760 cttgttgaga cacgccagat caccaagcac gtggcccaaa ttctcgattc acgcatgaac 2820 accaagtacg atgaaaatga caaactgatt cgagaggtga aagttattac tctgaagtct 2880 aagctggtct cagatttcag aaaggacttt cagttttata aggtgagaga gatcaacaat 2940 taccaccatg cgcatgatgc ctacctgaat gcagtggtag gcactgcact tatcaaaaaa 3000 tatcccaagc ttgaatctga atttgtttac ggagactata aagtgtacga tgttaggaaa 3060 atgatcgcaa 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<222> (351)..(351) <223> Wherein amino acid could be Glu, Pro, Ala <220> <221> MISC_FEATURE <222> (372)..(372) <223> Wherein amino acid could be Ala <220> <221> MISC_FEATURE <222> (375)..(375) <223> Wherein amino acid could be Ala <220> <221> MISC_FEATURE <222> (388)..(388) <223> Wherein amino acid could be Ala <220> <221> MISC_FEATURE <222> (450)..(450) <223> Wherein amino acid could be Asn <220> <221> MISC_FEATURE <222> (465)..(465) <223> Wherein amino acid could be Ala <220> <221> MISC_FEATURE <222> (560)..(560) <223> Wherein amino acid could be Ala <220> <221> MISC_FEATURE <222> (564)..(564) <223> Wherein amino acid could be Pro <220> <221> MISC_FEATURE <222> (573)..(573) <223> Wherein amino acid could be Ala <220> <221> MISC_FEATURE <222> (589)..(589) <223> Wherein amino acid could be Val <220> <221> MISC_FEATURE <222> (592)..(592) <223> Wherein amino acid could be Gly <220> <221> MISC_FEATURE <222> (594)..(594) <223> Wherein amino acid could be Leu <400> 119 Met Gly Ser Ser Leu 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could be Ala <220> <221> MISC_FEATURE <222> (275)..(275) <223> Wherein amino acid could be Arg, Ala <220> <221> MISC_FEATURE <222> (277)..(277) <223> Wherein amino acid could be Arg, Ala <220> <221> MISC_FEATURE <222> (325)..(325) <223> Wherein amino acid could be Ala, Gly <220> <221> MISC_FEATURE <222> (347)..(347) <223> Wherein amino acid could be Asn, Ala <220> <221> MISC_FEATURE <222> (351)..(351) <223> Wherein amino acid could be Glu, Pro, Ala <220> <221> MISC_FEATURE <222> (372)..(372) <223> Wherein amino acid could be Arg <400> 120 Met Gly Ser Ser Leu Asp Asp Glu His Ile Leu Ser Ala Leu Leu Gln 1 5 10 15 Ser Asp Asp Glu Leu Val Gly Glu Asp Ser Asp Ser Glu Val Ser Asp 20 25 30 His Val Ser Glu Asp Asp Val Gln Ser Asp Thr Glu Glu Ala Phe Ile 35 40 45 Asp Glu Val His Glu Val Gln Pro Thr Ser Ser Gly Ser Glu Ile Leu 50 55 60 Asp Glu Gln Asn Val Ile Glu Gln Pro Gly Ser Ser Leu Ala Ser Asn 65 70 75 80 Arg Ile Leu Thr Leu Pro Gln Arg Thr Ile Arg Gly Lys Asn Lys His 85 90 95 Cys Trp Ser 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485 490 495 Gln Ser Arg Lys Lys Phe Met Arg Asn Leu Tyr Met Gly Leu Thr Ser 500 505 510 Ser Phe Met Arg Lys Arg Leu Glu Ala Pro Thr Leu Lys Arg Tyr Leu 515 520 525 Arg Asp Asn Ile Ser Asn Ile Leu Pro Lys Glu Val Pro Gly Thr Ser 530 535 540 Asp Asp Ser Thr Glu Glu Pro Val Met Lys Lys Arg Thr Tyr Cys Ala 545 550 555 560 Tyr Cys Pro Ser Lys Ile Arg Arg Lys Ala Ser Ala Ser Cys Lys Lys 565 570 575 Cys Lys Lys Val Ile Cys Arg Glu His Asn Ile Asp Met Cys Gln Gly 580 585 590 Cys Phe <210> 129 <211> 594 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Regular modified 6 hyperactive PiggyBac aa sequence <220> <221> MISC_FEATURE <222> (450)..(450) <223> Wherein the amino acid can be Asp, Asn <220> <221> MISC_FEATURE <222> (456)..(456) <223> Wherein the amino acid can be Trp, Ala <400> 129 Met Gly Ser Ser Leu Asp Asp Glu His Ile Leu Ser Ala Leu Leu Gln 1 5 10 15 Ser Asp Asp Glu Leu Val Gly Glu Asp Ser Asp Ser Glu Val Ser Asp 20 25 30 His Val Ser Glu Asp Asp Val Gln Ser Asp Thr Glu Glu Ala Phe Ile 35 40 45 Asp Glu Val His Glu Val Gln Pro Thr Ser Ser Gly Ser Glu Ile Leu 50 55 60 Asp Glu Gln Asn Val Ile Glu Gln Pro Gly Ser Ser Leu Ala Ser Asn 65 70 75 80 Arg Ile Leu Thr Leu Pro Gln Arg Thr Ile Arg Gly Lys Asn Lys His 85 90 95 Cys Trp Ser Thr Ser Lys Pro Thr Arg Arg Ser Arg Val Ser Ala Leu 100 105 110 Asn Ile Val Arg Ser Gln Arg Gly Pro Thr Arg Met Cys Arg Asn Ile 115 120 125 Tyr Asp Pro Leu Leu Cys Phe Lys Leu Phe Phe Thr Asp Glu Ile Ile 130 135 140 Ser Glu Ile Val Lys Trp Thr Asn Ala Glu Ile Ser Leu Lys Arg Arg 145 150 155 160 Glu Ser Met Thr Ser Ala Thr Phe Arg Asp Thr Asn Glu Asp Glu Ile 165 170 175 Tyr Ala Phe Phe Gly Ile Leu Val Met Thr Ala Val Arg Lys Asp Asn 180 185 190 His Met Ser Thr Asp Asp Leu Phe Asp Arg Ser Leu Ser Met Val Tyr 195 200 205 Val Ser Val Met Ser Arg Asp Arg Phe Asp Phe Leu Ile Arg Cys Leu 210 215 220 Arg Met Asp Asp Lys Ser Ile Arg Pro Thr Leu Arg Glu Asn Asp Val 225 230 235 240 Phe Thr Pro Val Arg Lys Ile Trp Asp Leu Phe Ile His Gln Cys Ile 245 250 255 Gln Asn Tyr Thr Pro Gly Ala His Leu Thr Ile Asp Glu Gln Leu Leu 260 265 270 Gly Phe Ala Gly Arg Cys Pro Phe Arg Val Tyr Ile Pro Asn Lys Pro 275 280 285 Ser Lys Tyr Gly Ile Lys Ile Leu Met Met Cys Asp Ser Gly Thr Lys 290 295 300 Tyr Met Ile Asn Gly Met Pro Tyr Leu Gly Arg Gly Thr Gln Thr Asn 305 310 315 320 Gly Val Pro Leu Gly Glu Tyr Tyr Val Lys Glu Leu Ser Lys Pro Val 325 330 335 His Gly Ser Cys Arg Asn Ile Thr Cys Asp Asn Trp Phe Thr Ala Ile 340 345 350 Pro Leu Ala Lys Asn Leu Leu Gln Glu Pro Tyr Lys Leu Thr Ile Val 355 360 365 Gly Thr Val Ala Ser Asn Ala Arg Glu Ile Pro Glu Val Leu Lys Asn 370 375 380 Ser Arg Ser Arg Pro Val Gly Thr Ser Met Phe Cys Phe Asp Gly Pro 385 390 395 400 Leu Thr Leu Val Ser Tyr Lys Pro Lys Pro Ala Lys Met Val Tyr Leu 405 410 415 Leu Ser Ser Cys Asp Glu Asp Ala Ser Ile Asn Glu Ser Thr Gly Lys 420 425 430 Pro Gln Met Val Met Tyr Tyr Asn Gln Thr Lys Gly Gly Val Asp Thr 435 440 445 Leu Asp Gln Met Cys Ser Val Met Thr Cys Ser Arg Lys Thr Asn Arg 450 455 460 Trp Pro Met Ala Leu Leu Tyr Gly Met Ile Asn Ile Ala Cys Ile Asn 465 470 475 480 Ser Phe Ile Ile Tyr Ser His Asn Val Ser Ser Lys Gly Glu Lys Val 485 490 495 Gln Ser Arg Lys Lys Phe Met Arg Asn Leu Tyr Met Gly Leu Thr Ser 500 505 510 Ser Phe Met Arg Lys Arg Leu Glu Ala Pro Thr Leu Lys Arg Tyr Leu 515 520 525 Arg Asp Asn Ile Ser Asn Ile Leu Pro Lys Glu Val Pro Gly Thr Ser 530 535 540 Asp Asp Ser Thr Glu Glu Pro Val Met Lys Lys Arg Thr Tyr Cys Ala 545 550 555 560 Tyr Cys Pro Ser Lys Ile Arg Arg Lys Ala Ser Ala Ser Cys Lys Lys 565 570 575 Cys Lys Lys Val Ile Cys Arg Glu His Asn Ile Asp Met Cys Gln Gly 580 585 590 Cys Phe <210> 130 <211> 14 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Linker aa sequence <400> 130 Lys Leu Ala Gly Gly Ala Pro Ala Val Gly Gly Gly Pro Lys 1 5 10 <210> 131 <211> 19 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Linker aa sequence <400> 131 Glu Phe Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly 1 5 10 15 Ser Gln Phe <210> 132 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer SV40pA-R <400> 132 Gly Ala Ala Ala Thr Thr Thr Gly Thr Gly Ala Thr Gly Cys Thr Ala 1 5 10 15 Thr Thr Gly Cys 20 <210> 133 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Linker <220> <221> MISC_FEATURE <222> (1)..(5) <223> Wherein the sequence can be repeated 1 to 50 times <400> 133 Gly Gly Gly Gly Ser 1 5 <210> 134 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Linker <220> <221> MISC_FEATURE <222> (1)..(5) <223> Wherein the sequence can be repeated 1 to 50 times <400> 134 Glu Ala Ala Ala Lys 1 5

Claims (26)

  1. 다음을 포함하는 핵산 작제물:
    a) 게놈의 특정 게놈 DNA 서열에 결합하도록 조작된 제1 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 핵산을 포함하는 제1 폴리뉴클레오타이드 서열로서; 여기서 제1 DNA 결합 단백질은 아연 집게 단백질(zinc finger protein) 또는 Cas9 단백질인 것인 서열;
    b) 외인성 핵산을 게놈 내로 삽입할 수 있는 제2 DNA 결합 단백질을 인코딩하는 핵산을 포함하는 제2 폴리뉴클레오타이드 서열로서, 여기서 제2 DNA 결합 단백질은
    (i) 과활성 PiggyBac 트랜스포사제(hyperactive PiggyBac transposase) 또는 과활성 PiggyBac에 비해 외인성 핵산을 게놈에 삽입하는 특이성이 개선된 변형된 과활성 PiggyBac이거나, 또는
    (ii) 인간 면역결핍 바이러스 (HIV) 인테그라제(integrage), 또는 HIV 인테그라제에 비해 외인성 핵산을 게놈에 삽입하는 특이성이 개선된 변형된 HIV 인테그라제인 것인 서열, 및
    c) 링커를 인코딩하는 핵산을 포함하는 선택적인 폴리뉴클레오타이드 서열;
    여기서 핵산 작제물은 제1 DNA 결합 단백질, 제2 DNA 결합 단백질, 및 제1 DNA 결합 단백질과 제2 DNA 결합 단백질 사이의 선택적인 링커를 포함하는 융합 단백질을 인코딩하고;
    융합 단백질은 외인성 핵산을 게놈의 특정 부위에 삽입할 수 있는 것인 핵산 작제물.
  2. 제1항에 있어서, Cas9 단백질은 인간 Cas9, 닉카제 Cas9 및 멸실(dead) Cas 9로 구성된 군으로부터 선택되는 것인 핵산 작제물.
  3. 제1항에 있어서, 아연 집게 단백질은 6 개의 도메인을 포함하는 C2H2 아연 집게 단백질인 것인 핵산 작제물.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 링커는 XTEN 서열 또는 GGS 서열을 포함하는 것인 핵산 작제물.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 폴리뉴클레오타이드 서열의 3' 말단은 제2 폴리뉴클레오타이드의 5' 말단에 연결되는 것인 핵산 작제물.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서,
    a) 제1 DNA 결합 단백질은 Cas 9 단백질 또는 아연 집게 단백질이고,
    b) 제2 DNA 결합 단백질은 과활성 PiggyBac 트랜스포사제, 또는 과활성 PiggyBac에 비해 외인성 핵산을 게놈에 삽입하는 특이성이 개선된 변형된 과활성 PiggyBac이고,
    여기서 핵산 작제물은 (c) XTEN 서열 또는 GGS 서열을 포함하는 링커를 인코딩하는 핵산을 포함하는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함하고,
    제1 폴리뉴클레오타이드 서열의 3' 말단은 제2 폴리뉴클레오타이드의 5' 말단에 연결되는 것인 핵산 작제물.
  7. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서,
    a) 제1 DNA 결합 단백질은 Cas 9 단백질 또는 및 아연 집게 단백질이고,
    b) 제2 DNA 결합 단백질은 HIV 인테그라제, 또는 HIV 인테그라제에 비해 외인성 핵산을 게놈에 삽입하는 특이성이 개선된 변형된 HIV 인테그라제이고,
    여기서 핵산 작제물은 (c) XTEN 서열 또는 GGS 서열을 포함하는 링커를 인코딩하는 핵산을 포함하는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함하고,
    제1 폴리뉴클레오타이드 서열의 3' 말단은 제2 폴리뉴클레오타이드의 5' 말단에 연결되는 것인 핵산 작제물.
  8. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 과활성 PiggyBac의 아미노산 서열 서열 번호 9에 상응하는 아미노산 245, 268, 275, 277, 287, 290, 315, 325, 341, 346, 347, 350, 351, 356, 357, 372, 375, 388, 409, 412, 432, 447, 450, 460, 461, 465, 517, 560, 564, 571, 573, 576, 586, 587, 589, 592, 및 594 중 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 것인 핵산 작제물.
  9. 제8항에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제 돌연변이는 과활성 PiggyBac의 아미노산 서열 서열 번호 9에 해당하는 R245A, D268N, R275A/R277A, K287A, K290A, K287A/K290A, R315A, G325A, R341A, D346N, N347A, N347S, T350A, S351E, S351P, S351A, K356E, N357A, R372A, K375A, R372A/K375A, R388A, K409A, K412A, K409A/K412A, K432A, D447A, D447N, D450N, R460A, K461A, R460A/K461A, W465A, S517A, T560A, S564P, S571N, S573A, K576A, H586A, I587A, M589V, S592G, 또는 F594L로부터 선택된 아미노산 변형 중 하나 이상을 포함하는 것인 핵산 작제물.
  10. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 과활성 PiggyBac의 아미노산 서열 서열 번호 9에 해당하는 아미노산 245, 275, 277, 325, 347, 351, 372, 375, 388, 450, 465, 560, 564, 573, 589, 592, 594 중 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 것인 핵산 작제물.
  11. 제10항에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제 돌연변이는 과활성 PiggyBac의 아미노산 서열 서열 번호 9에 해당하는 R245A, R275A, R277A, R275A/R277A, G325A, N347A, N347S, S351E, S351P, S351A, R372A, K375A, R388A, D450N, W465A, T560A, S564P, S573A, M589V, S592G, 또는 F594L으로부터 선택된 아미노산 변형 중 하나 이상을 포함하는 것인 핵산 작제물.
  12. 제10항에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 아미노산 서열 서열 번호 9를 포함하며, 여기서:
    i. 위치 245의 아미노산은 A이고,
    ii. 위치 275의 아미노산은 R 또는 A이고,
    iii. 위치 277의 아미노산은 R 또는 A이고,
    iv. 위치 325의 아미노산은 A 또는 G이고,
    v. 위치 347의 아미노산은 N 또는 A이고,
    vi. 위치 351의 아미노산은 E, P 또는 A이고,
    vii. 위치 372의 아미노산은 R이고,
    viii. 위치 375의 아미노산은 A이고,
    ix. 위치 450의 아미노산은 D 또는 N이고,
    x. 위치 465의 아미노산은 W 또는 A이고,
    xi. 위치 560의 아미노산은 T 또는 A이고,
    xii. 위치 564의 아미노산은 P 또는 S이고,
    xiii. 위치 573의 아미노산은 S 또는 A이고,
    xiv. 위치 592의 아미노산은 G 또는 S이고,
    xv. 위치 594의 아미노산은 L 또는 F인 것인 핵산 작제물.
  13. 제10항에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 서열 번호 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 및 129으로 구성된 군으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 것인 핵산 작제물.
  14. 제10항에 있어서, 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제는 서열 번호 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128 및 129으로 구성된 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 80% 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함하고, 여기서 변형된 과활성 PiggyBac은 과활성 PiggyBac에 비해 게놈 내로의 DNA 통합의 높은 특이성을 나타내는 것인 핵산 작제물.
  15. 제1항 내지 제5항 또는 제7항 중 어느 한 항에에 있어서, 변형된 HIV 인테그라제는 야생형 HIV 인테그라제의 아미노산 서열 서열 번호 1에 해당하는 아미노산 10, 13, 64, 94, 116, 117, 119, 120, 122, 124, 128, 152, 168, 170, 185, 231, 264, 266, 또는 273 중 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 것인 핵산 작제물.
  16. 제15항에 있어서, 변형된 HIV 인테그라제 돌연변이는 야생형 HIV 인테그라제의 아미노산 서열 서열 번호 1에 해당하는 D10K, E13K, D64A, D64E, G94D, G94E, G94R, G94K, D116A, D116E, N117D, N117E, N117R, N117K, S119A, S119P, S119T, S119G, S119D, S119E, S119R, S119K, N120D, N120E, N120R, N120K, T122K, T122I, T122V, T122A, T122R, A124D, A124E, A124R, A124K, A128T, E152A, E152D, Q168L, Q168A, E170G, F185K, R231G, R231K, R231D, R231E, R231S, K264R, K266R, 또는 K273R 중 하나 이상을 포함하는 것인 핵산 작제물.
  17. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항의 핵산 작제물을 포함하는 벡터로서, 이러한 벡터는 포유동물 세포, 효모 세포, 곤충 세포, 식물 세포, 진균 세포 또는 조류 세포에서의 발현에 적합한 것인 벡터.
  18. 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항의 핵산 작제물 또는 벡터를 포함하는 숙주 세포.
  19. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항의 핵산 작제물의 발현으로부터 수득된 융합 단백질.
  20. 제1항 내지 제17항 또는 제19항 중 어느 한 항의 핵산 작제물, 벡터 또는 융합 단백질, 및 게놈에 삽입하기 위한 외인성 핵산을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함하는 조성물로서, 이러한 조성물은 패키징 벡터에 함유 또는 결합되는 것인 조성물.
  21. 제20항에 있어서, 핵산 작제물은 RNA, DNA 또는 단백질의 형태이며, 외인성 핵산을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 서열은 RNA 또는 DNA의 형태인 것인 조성물.
  22. 제20항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 패키징 벡터는 나노입자 또는 렌티바이러스 입자인 것인 조성물.
  23. 다음의 단계를 포함하는, 세포 내로의 외인성 핵산 서열의 단일 카피 또는 다중 카피의 제어된, 부위-특이적 통합 방법:
    a) 제1항 내지 제17항 또는 제19항 중 어느 한 항의 핵산 작제물, 벡터 또는 융합 단백질을 세포에 전달하는 단계, 및
    b) 외인성 핵산을 세포에 전달하는 단계;
    여기서 세포의 게놈에서 특정 게놈 DNA 서열에 대한 융합 단백질의 결합은 게놈의 절단 및 게놈 내로 외인성 핵산의 하나 이상의 카피를 세포의 통합을 초래하는 것인 방법
  24. 아미노산 서열 서열 번호 9를 포함하는 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제로서, 여기서:
    i. 위치 245의 아미노산은 A이고,
    ii. 위치 275의 아미노산은 R 또는 A이고,
    iii. 위치 277의 아미노산은 R 또는 A이고,
    iv. 위치 325의 아미노산은 A 또는 G이고,
    v. 위치 347의 아미노산은 N 또는 A이고,
    vi. 위치 351의 아미노산은 E, P 또는 A이고,
    vii. 위치 372의 아미노산은 R이고,
    viii. 위치 375의 아미노산은 A이고,
    ix. 위치 450의 아미노산은 D 또는 N이고,
    x. 위치 465의 아미노산은 W 또는 A이고,
    xi. 위치 560의 아미노산은 T 또는 A이고,
    xii. 위치 564의 아미노산은 P 또는 S이고,
    xiii. 위치 573의 아미노산은 S 또는 A이고,
    xiv. 위치 592의 아미노산은 G 또는 S이고,
    xv. 위치 594의 아미노산은 L 또는 F인 것인 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제.
  25. 제24항에 있어서, 서열 번호 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 및 129으로 구성된 군으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 것인 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제.
  26. 제24항에 있어서, 서열 번호 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128 및 129으로 구성된 군으로부터 선택된 서열에 대해 적어도 80% 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함하고, 여기서 변형된 과활성 PiggyBac은 과활성 PiggyBac에 비해 게놈 내로의 DNA 통합의 높은 특이성을 나타내는 것인 변형된 과활성 PiggyBac 트랜스포사제.
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IL311782A (en) * 2021-10-04 2024-05-01 Poseida Therapeutics Inc Transposases and their uses
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WO2023141504A2 (en) * 2022-01-19 2023-07-27 Genomeminer, Inc. (Formally Tupac Bio, Inc.) Dcas9-integrase for targeted genome editing

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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
SI1546322T1 (sl) * 2002-07-24 2011-05-31 Manoa Biosciences Inc Vektorji na osnovi transpozona in metode integracije nukleinskih kislin
EP3277805A1 (en) * 2015-03-31 2018-02-07 Exeligen Scientific, Inc. Cas 9 retroviral integrase and cas 9 recombinase systems for targeted incorporation of a dna sequence into a genome of a cell or organism
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