KR20210013592A - Cmv 감염 및 cmv-관련 질환에 대한 적응 t-세포 치료법 - Google Patents

Cmv 감염 및 cmv-관련 질환에 대한 적응 t-세포 치료법 Download PDF

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라지브 칸나
코리 스미스
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더 카운실 오브 더 퀸스랜드 인스티튜트 오브 메디칼 리서어치
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Abstract

세포독성 T 세포(CTL)에 의해 인식되고, 특히 고형 장기 이식 수혜자에서, CMV 감염, 재활성, 및/또는 질환(예를 들어, CMV-관련 말단 장기 질환)의 예방 및/또는 치료에 이용될 수 있는, T 세포 에피토프(예를 들어, CMV 에피토프)에 기초한 CMV-특이적 예방적 및/또는 치료적 면역치료법의 개발과 관련된 면역원성 폴리펩타이드, 조성물 및 방법이 본원에 제공된다.

Description

CMV 감염 및 CMV-관련 질환에 대한 적응 T-세포 치료법
관련 출원
본 출원은 2018년 5월 18일에 출원된 미국 가특허 출원 일련 번호 62/673,260에 대해 우선권의 이익을 주장하며, 이는 그 전체가 참조에 의해 포함된다.
헤르페스바이러스는 여러 가지 동물 및 인간 질환과 관련된 진핵 바이러스의 크고 가까운 유비쿼터스 계통(ubiquitous family)을 나타낸다. 헤르페스비리대(herpesviridae)는 몇몇 공통된 구조, 예를 들어, 이중-가닥의 선형 DNA 게놈, 및 정20면체 캡시드를 포함하는 비리온을 공유하며, 상기 비리온 자체는 바이러스 피막층 및 지질 이중층(바이러스 외피)으로 둘러싸여 있다. 게다가, 헤르페스바이러스는 헤르페스바이러스 비리온의 지질 이중층 외피 상에서 보유되는 특징적이고 고도로 보존된 당단백질을 포함한다. 이들 당단백질 중 적어도 일부는 초기에 바이러스가 세포 표면에 부착하고 후속해서 세포 내로 침투하는 데 있어서 역할을 한다.
헤르페스바이러스 계통의 구성원은 중요한 인간 병원체를 나타내며, 이들 병원체 중에는 인간 사이토메갈로바이러스(CMV)가 있다. 사이토메갈로바이러스는 모든 지리학적 장소과 사회경제적 그룹 전반에 걸쳐 보편적으로 발견될 수 있으며, 60% 내지 90%의 개체에 영향을 미친다. 건강한 개체에서, 1차 감염 후, CMV는 주기적인 재활성 및 점막 표면으로부터의 탈락(shedding)으로 이루어진 잠복 상태를 확립하고, 엡스타인-바 바이러스에 의해 야기되는 것과 유사한 단핵증(mononucleosis)-유사 병의 임상적 증상이 동반될 수 있지만, 일반적으로 무증상이다. CMV는 숙주 면역 반응을 침범하기 위해 다수의 면역-조절 전략을 이용한다. 이러한 전략의 예는 인터페론(IFN) 및 IFN-자극 유전자의 저해, 세포독성 T-세포로의 항원 제시를 방지하기 위한 HLA 분해, 및 자연 살해(NK) 세포 기능을 방지하기 위한 활성화 리간드와 저해성 리간드의 조절을 포함한다.
그러나, 소정의 조건 하에, CMV는 유의한 이환율(morbidity) 및 사망률(mortality)을 야기할 수 있다. 예를 들어, 고형 장기 이식(SOT) 수혜자에서 CMV 감염의 임상 관리는 주요한 과제로 남아 있다. SOT 수혜자에서 초기 CMV-관련 합병증의 발생은 간사이클로비르(ganciclovir)에 기초한 바이러스 증식 저해성(virostatic) 치료법의 출현 이후 유의하게 감소하였다. 따라서, 간사이클로비르의 예방적 또는 선제적 투여에 의한 바이러스 재활성의 저해는 CMV-관련 질환의 예방에 중요하게 되었다. 그러나, 후기 CMV 재활성은, 특히 항-바이러스 T-세포 면역력을 재구성할 수 없는 환자에서 관리하는 것이 더욱 문제가 될 수 있다. 더욱이, 간사이클로비르-내성 CMV 재활성 또는 질환의 출현은 임상 관리에서 주요한 어려움을 제기하며, 이때 유의한 이환율 및 사망률은 약물-관련 독성, 면역조절 영향 및 동종이식 손실(allograft loss)로 인한 것이다.
간사이클로비르-내성 CMV에 대한 대안적인 안전하고 효과적인 치료적 옵션이 결여되어 있다. 포스카넷(foscarnet) 또는 시도포비르(cidofovir)를 사용하는 부가적인 항-바이러스 관리 전략은 신독성(nephrotoxicity)과 관련이 있고, 정맥내 투여 및 입원을 필요로 한다. 간사이클로비르에 대해 내성을 부여하는 유전자 또한, 포스카넷 및 시도포비르에 대한 내성과 관련이 있다. 면역억제의 감소는 바이러스 제어를 향상시키는 데 사용될 수 있지만, 이식 거부의 위험을 증가시킨다.
그러므로, SOT 수혜자 및 CMV-관련 질환을 갖는 다른 환자에서 CMV 감염, 재활성, 및 관련 합병증과 질환의 치료를 위한 새롭고 향상된 방법 및 조성물에 대한 필요성이 크다.
세포독성 T 세포(CTL)에 의해 인식되고, 특히 고형 장기 이식 수혜자에서, CMV 감염, 재활성, 및/또는 질환(예를 들어, CMV-관련 말단 장기 질환)의 예방 및/또는 치료에 이용될 수 있는, T 세포 에피토프(예를 들어, CMV 에피토프)에 기초한 CMV-특이적 예방적 및/또는 치료적 면역치료법의 개발과 관련된 면역원성 폴리펩타이드, 조성물 및 방법이 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, CMV 감염, 재활성, 및/또는 질환은 지속적이다. 소정의 구현예에서, CMV 감염, 재활성, 및/또는 질환은 항-바이러스 치료법에 내성이다.
또한, 펩타이드-특이적 T 세포의 증식을 유도할 수 있는 HLA 클래스 I 및 클래스 II-국한(restricted) 사이토메갈로바이러스(CMV) 펩타이드 에피토프를 포함하는 면역원성 펩타이드 풀(pool)이 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, 면역원성 펩타이드 풀은 서열 번호 25 내지 29로 제시된 적어도 하나의 에피토프 아미노산 서열 또는 이들의 조합을 포함한다. 소정의 구현예에서, 펩타이드 풀은 각각의 CMV 항원 pp50, pp65, IE-1, gB 및 gH로부터 유래되는 적어도 하나의 펩타이드 에피토프를 포함한다. 바람직하게는, 이러한 면역원성 펩타이드 풀은 표 1에 제시된 적어도 하나의 CMV 펩타이드 에피토프 아미노산 서열을 추가로 포함한다. 더욱 바람직하게는, 본 발명의 면역원성 펩타이드 풀은 표 1에 제시된 각각의 CMV 펩타이드 에피토프 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 면역원성 펩타이드 풀의 각각의 에피토프는 HLA-A*01:01, -A*02:01, -A*23:01, -A*24:02, -B*07:02, -B*08:01, -B*18:01, -B*35:01, -B*35:08, -B*40:01, -B*40:02, -B*41.01, -B*44:02, -C*06:02, -C*07:02, -DRB1*01:01, -DRB1*03:01, -DRB1*04:01, -DRB1*07, 또는 -DRB1*11:01로부터 선택되는 HLA 특이성 중 임의의 하나에 의해 국한된다.
일부 양태에서, 다작용성, CMV-특이적 세포독성 T 세포(CTL)의 조제물을 제조하는 방법이 본원에 제공되며, 상기 방법은 a) CTL을 포함하는 시료를 단리하는 단계; b) 상기 시료를 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항의 면역원성 펩타이드 풀에 노출시키는 단계; 및 c) CTL를 수합하는 단계를 포함한다. 소정의 구현예에서, 면역원성 펩타이드 풀은 본질적으로, 표 1에 제시된 각각의 CMV 펩타이드 에피토프 아미노산 서열로 구성된다. 일부 구현예에서, CTL을 포함하는 시료는 건강한 공여자로부터의 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)를 포함한다. 일부 이러한 구현예에서, 공여자는 면역약화(immunocompromised)되어 있다. 소정의 구현예에서, 공여자는 면역억제성 치료법을 받고 있다. 바람직하게는, 공여자는 고형 장기 이식 수혜자이다. 소정의 바람직한 구현예에서, 공여자는 항-바이러스 치료법을 받고 있다.
일부 구현예에서, 상기 단계 b)의 노출된 시료는 적어도 14일 동안 인큐베이션된다. 사이토카인은 본 발명의 방법에 이용될 수 있고, 비제한적으로, IL-1, IL-2, IL-4, IL-6 IL-7, IL-12, IL-15, 및/또는 IL-21을 포함할 수 있다. 예를 들어, 상기 단계 b)의 노출된 시료는 제0일에 IL-21과 함께 인큐베이션될 수 있다. 일부 이러한 구현예에서, 상기 단계 b)의 노출된 시료는 제2일에 IL-2와 함께 인큐베이션된다. 바람직하게는, 시료는 3일마다 IL-2와 함께 인큐베이션된다.
본 발명의 소정의 양태에서, 대상체에서 CMV 감염을 치료하거나 예방하는 방법이 본원에 제공되며, 상기 방법은 본원에 개시된 방법에 의해 생성된 CTL 또는 이의 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 대상체는 CMV 재활성 또는 CMV-관련 질병(예를 들어, CMV-관련 말단 장기 질환)을 앓고 있거나 앓을 위험에 있다. 소정의 바람직한 구현예에서, 상기 대상체는 고형 장기 이식을 받았다. 또한, 고형 장기 이식을 받은 대상체에서 항-바이러스 치료법의 필요성을 감소시키거나 없애는 방법이 본원에 제공되며, 이러한 방법은 본원에 개시된 방법에 의해 생성된 CTL을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
도 1은 적응 면역치료법을 위해 증식된 CMV-특이적 T-세포의 표현형 및 기능적 특징을 도시한다. (a) CMV 펩타이드 풀-증식된 T-세포의 표현형 특징이 표준 TBNK(T-세포, B-세포, NK-세포) 분석을 사용하여 CD3(T-세포), CD8(CD8+ T-세포), CD4(CD4+ T-세포), CD16과 CD56(NK-세포) 및 CD19(B-세포)의 표면 발현을 측정함으로써 평가되었다. (b) PBMC(생체외; 펩타이드로의 노출 전에) 또는 증식된 T-세포(제14일)는 CMV 펩타이드 풀에 의한 또는 개별적인 HLA-매칭 펩타이드에 의한 재-자극 후 IFN-γ의 세포내 생성에 대해 평가되었다. 데이터는 IFN-γ를 생성하는 CD8+ T-세포의 비율을 나타낸다. (c) 신장 또는 심장/폐 이식 환자로부터 생성된 CMV-특이적 T-세포 반응의 비교이다. (d) CMV-혈청반응음성(seronegative) 수혜자(R-) 또는 CMV-혈청반응양성(seropositive) 수혜자(R+)로부터 생성된 CMV-특이적 T-세포 반응의 비교이다. (e) CMV 펩타이드 풀-자극 T 세포는 CMV 펩타이드 풀에 의한 상기(recall) 후 세포내 사이토카인 생성(IFN-γ, TNF, IL-2) 및 탈과립화(CD107a)에 대해 평가되었다. 데이터는 효과기 기능(즉, 다작용성)의 각각의 조합을 생성하는 총 항원-특이적 T-세포의 비율을 나타낸다.
도 2는 적응 세포 치료법 후 면역학적 및 바이러스학적 효과를 도시한다. (a) T-세포 치료법 전과 그리고 후에 환자로부터의 PBMC 시료는, CMV 펩타이드 풀에 의한 자극 후 IFN-γ-생성 CMV-특이적 T-세포에 대해 평가되었다. 데이터는 치료법에 반응을 나타낸 4명의 환자로부터 IFN-γ-생성 CD8+ T-세포의 수와 카피(copy)/mL의 CMV 부하(load)의 중첩(overlay)을 나타낸다. 음영 영역은 적응 T-세포 치료법 전의 시간 기간을 나타내고, 화살표는 T-세포 주입을 나타낸다. (b) 다작용성, 즉, 사이토카인 생성(IFN-γ, TNF, IL-2) 및 탈과립화(CD107a)는 CMV 펩타이드 풀에 의한 자극 후 PBMC 시료 상에서 평가되었다. 히트-맵은 효과기 기능의 각각의 조합을 생성하는 총 항원-특이적 T 세포의 비율을 나타낸다.
도 3은 T-세포 표현형의 다색성 프로파일링을 도시한다. 도 3의 상부 패널의 대표적인 t-분포 확률적 이웃 임베딩(tSNE: t-distributed stochastic neighbor embedding) 분석은 환자 P1553PAH08에서 치료법-전 및 치료법-후에 T 세포 표현형 지표 및 CMV-특이적 T 세포(VTE)의 발현을 도시하고, CD57의 발현의 증가를 실증한다. 도 3의 하부 패널의 데이터는, 적응 T 세포 치료법에 반응한 3명의 SOT 수혜자(P1553PAH08, 1553PCH02 및 1553PCH04) 및 임의의 임상 반응을 나타내는 데 실패한 1명의 SOT 수혜자(P1553RAH01)에서 T 세포 치료법 후 CD57을 발현하는 CD8+ T-세포의 비율과 CMV-특이적 IFN-γ 생성 세포의 백분율의 중첩을 나타낸다.
일반적인 설명
CMV-특이적 T-세포의 투여를 통한 CMV 면역력의 재구성은 CMV의 제어를 증강시키기 위한 매력적인 옵션을 제공한다. 본원에 개시된 바와 같은 다수의 CMV 항원으로부터의 복수의 에피토프를 사용하는 것은 바이러스-특이적 면역 반응의 광범위한 저장소를 유도하여, 바이러스-관련 발병에 대해 더욱 효과적인 보호를 제공할 수 있다. 가장 바람직하게는, 본 개시내용은 다작용성 T-세포, 즉, 다수의 면역 효과기 기능을 유도할 수 있으며, 예를 들어, 단일 면역 효과기(예를 들어, 단일 생물지표, 예컨대 사이토카인 또는 CD107a)만 생성하는 세포보다 병원체에 대해 더욱 효과적인 면역 반응을 제공하는 T 세포의 자극 및 증식에 관한 것이다. 덜 작용성인, 단일작용성인, 또는 심지어 "소진된(exhausted)" T 세포는 만성 감염 동안 면역 반응을 지배할 수 있어서, 바이러스-관련 합병증에 대한 보호에 악영향을 미칠 수 있다.
그러나, SOT 수혜자의 경우, 과하게 면역억제된 개체로부터의 자가 면역 세포가, 효과적인 T-세포 치료법을 생성시키는 데 필요하다. SOT 환자에서 자가 CMV-특이적 T-세포 치료법에 의한 일부 유망한 결과를 나타내긴 하지만, 이전 사례의 연구 또한, 잠재적인 안전성 염려를 야기하였다(Brestrich et al. (2009) Am J Transplant 9(7): 1679-84). 그 결과, 이러한 접근법의 개발은 고도로 면역억제된 대상체(예를 들어, SOT 수혜자)로부터 T-세포를 생성시키는 데 있어서의 인지된 어려움, 및 T-세포 투여 후 이식 거부와 관련된 잠재적인 위험으로 인해 제한되어 왔다.
정의
편의상, 명세서, 실시예 및 첨부된 청구항에서 이용된 소정의 용어는 본원에서 수집된다.
관사("a" 및 "an")는 본원에서, 물품의 문법적 목적어를 하나 또는 하나 초과로(즉, 적어도 하나로) 지칭하는 데 사용된다. 예를 들어, "요소"는 하나의 요소 또는 하나 초과의 요소를 의미한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "투여하는"은 약제학적 제제 또는 조성물을 대상체에게 제공하는 것을 의미하고, 의료진에 의한 투여 및 자가-투여를 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아니다. 이러한 제제는 예를 들어, 본원에 기재된 펩타이드, 본원에 제공된 항원-제시 세포 및/또는 본원에 제공된 CTL을 함유할 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "대상체" 또는 "수혜자"는 치료 또는 치료법을 받도록 선별된 인간 또는 비-인간 동물을 의미한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "치료"는 임상적 병태의 경로 동안 치료를 받는 개체의 자연적인 경로를 변경시키도록 설계된 임상적 개입을 지칭한다. 치료의 바람직한 효과는 특정 질환, 장애 또는 질병의 진행 속도의 저하, 병리학적 상태의 개선 또는 경감, 및 관해 또는 향상된 예후를 포함한다. 예를 들어, 특정 질환, 장애 또는 질병과 관련된 하나 이상의 증상이 완화되거나 해소되는 경우, 개체는 성공적으로 "치료된다".
본원에 사용된 바와 같이, 질병을 "예방하는" 치료제는, 장애 또는 질병의 개시 전에 통계적인 시료에 투여되는 경우, 비처리된 대조군 시료와 비교하여 처리된 시료에서 장애 또는 질환의 발생을 감소시키거나, 또는 비처리된 대조군 시료와 비교하여 장애 또는 질병의 하나 이상의 증상의 개시를 지연시키거나 이의 중증도를 감소시키는 화합물을 지칭한다.
본원에 사용된 바와 같이, 어구 "약제학적으로 허용 가능한"은 합리적인 의학적 판단 범위 내에서, 합리적인 이익/위험비(benefit/risk ratio)에 맞게, 과도한 독성, 자극, 알레르기 반응, 또는 다른 문제점 또는 합병증 없이 인간 및 동물의 조직과 접촉되어 사용되기에 적합한, 제제, 화합물, 물질, 조성물 및/또는 투약 형태를 지칭한다.
본원에 사용된 바와 같이, 어구 "약제학적으로-허용 가능한 담체"는 제제를 하나의 장기 또는 신체의 일부로부터 또 다른 장기 또는 신체의 일부로 운반하거나 수송하는 데 관여하는 약제학적으로-허용 가능한 물질, 조성물 또는 비히클, 예컨대 액체 또는 고체 충전제, 희석제, 부형제, 또는 용매 캡슐화 물질을 의미한다. 각각의 담체는 제형의 다른 성분과 융화성이고 환자에게 유해하지 않다는 의미에서 "허용 가능"해야 한다. 약제학적으로-허용 가능한 담체로서 역할을 할 수 있는 물질의 일부 예는: (1) 당(sugar), 예컨대 락토스, 글루코스 및 수크로스; (2) 전분, 예컨대 옥수수 전분 및 감자 전분; (3) 셀룰로스 및 이의 유도체, 예컨대 소듐 카르복시메틸 셀룰로스, 에틸 셀룰로스 및 셀룰로스 아세테이트; (4) 분말화된 트라가칸트; (5) 맥아; (6) 젤라틴; (7) 활석; (8) 부형제, 예컨대 코코아 버터 및 좌제 왁스; (9) 오일, 예컨대 땅콩유, 면실유, 홍화유, 참기름, 올리브유, 옥수수유 및 대두유; (10) 글리콜, 예컨대 프로필렌 글리콜; (11) 폴리올, 예컨대 글리세린, 소르비톨, 만니톨 및 폴리에틸렌 글리콜; (12) 에스테르, 예컨대 에틸 올레에이트 및 에틸 라우레이트; (13) 한천; (14) 완충제, 예컨대 마그네슘 하이드록사이드 및 알루미늄 하이드록사이드; (15) 알긴산; (16) 발열원-부재 물; (17) 등장성 식염수; (18) 링거액; (19) 에틸 알코올; (20) pH 완충액; (21) 폴리에스테르, 폴리카르보네이트 및/또는 폴리무수물(polyanhydride); 및 (22) 약제학적 제형에 이용되는 다른 무독성의 융화성 성분을 포함한다.
용어 "결합하는" 또는 "상호작용하는"은 2개 분자 사이에서, 예를 들어 TCR과 펩타이드/MHC 사이에서 예를 들어, 생리학적 조건 하에 정전기적, 소수성, 이온 및/또는 수소-결합 상호작용으로 인한 안정한 회합(association)일 수 있는 회합을 지칭한다.
본원에 사용된 바와 같이, "특이적인 결합"은 MHC(예를 들어, 클래스 I MHC 또는 클래스 II MHC) 상에 제시된 펩타이드에 결합하는 TCR의 능력을 지칭한다. 전형적으로, TCR은 이의 펩타이드/MHC에 약 10-4 M 이하의 적어도 KD의 친화도로 특이적으로 결합하고, 예정된 항원/결합 파트너에, 비-특이적이고 무관한 펩타이드/MHC 복합체(예를 들어, BSA 펩타이드 또는 카제인 펩타이드를 포함하는 것)로의 결합에 대한 이의 친화도보다 적어도 10배 적은, 적어도 100배 적은 또는 적어도 1000배 적은 친화도(KD로 표현됨)로 결합한다.
용어 "생물학적 시료," "조직 시료," 또는 단순히 "시료"는 각각 대상체의 조직으로부터 수득된 세포의 집합을 지칭한다. 조직 시료의 공급원은 신선한, 냉동된 및/또는 보존된 장기, 조직 시료, 생검 또는 흡인물(aspirate)로부터 유래한 것과 같은 고형 조직; 혈액 또는 임의의 혈액 성분, 혈청, 혈액; 체액, 예컨대 뇌척수액, 양수, 복막액 또는 장액; 또는 대상체의 임신 또는 발달 중 임의의 시기로부터의 세포일 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "사이토카인"은 세포의 기능에 영향을 주고 면역, 염증 또는 조혈 반응에서 세포 사이의 상호작용을 조절하는 분자인 임의의 분비된 폴리펩타이드를 지칭한다. 사이토카인은, 세포가 이들을 생성하는지와 상관없이 모노카인 및 림포카인을 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아니다. 예를 들어, 모노카인은 일반적으로, 단핵 세포, 예컨대 대식세포 및/또는 단핵구에 의해 생성되고 분비되는 것으로 지칭된다. 그러나, 많은 다른 세포, 예컨대 자연 살해 세포, 섬유모세포, 호염기구, 호중구, 내피 세포, 뇌 성상세포, 골수 기질 세포, 표피 케라티노사이트 및 B-림프구 또한, 모노카인을 생성한다. 림포카인은 일반적으로, 림프구 세포에 의해 생성되는 것으로 지칭된다. 사이토카인의 예는 인터루킨-1(IL-1), 인터루킨-2(IL-2), 인터루킨-6(IL-6), 인터루킨-8(IL-8), 종양 괴사 인자-알파(TNFα) 및 종양 괴사 인자 베타(TNFβ)를 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아니다.
용어 "에피토프"는 항체 또는 TCR에 특이적으로 결합할 수 있는 단백질 결정기를 의미한다. 에피토프는 통상, 아미노산 또는 당 측쇄와 같이 분자의 화학적으로 활성인 표면 그룹핑으로 구성된다. 소정의 에피토프는, 항체가 결합할 수 있는 아미노산의 특정 서열에 의해 정의될 수 있다.
용어 "폴리뉴클레오타이드", 및 "핵산"은 상호교환적으로 사용된다. 이들은 임의의 길이의 뉴클레오타이드의 중합체성 형태, 데옥시리보뉴클레오타이드 또는 리보뉴클레오타이드, 또는 이의 유사체를 지칭한다. 폴리뉴클레오타이드는 임의의 3차원 구조를 가질 수 있고, 임의의 기능을 수행할 수 있다. 하기: 유전자 또는 유전자 단편의 코딩 또는 비-코딩 영역, 연결 분석으로부터 정의된 좌위들(좌위), 엑손, 인트론, 메신저 RNA(mRNA), 전달 RNA, 리보솜 RNA, 리보자임, cDNA, 재조합 폴리뉴클레오타이드, 분지형 폴리뉴클레오타이드, 플라스미드, 벡터, 임의의 서열의 단리된 DNA, 임의의 서열의 단리된 RNA, 핵산 프로브, 및 프라이머는 폴리뉴클레오타이드의 비제한적인 예이다. 폴리뉴클레오타이드는 변형된 뉴클레오타이드, 예컨대 메틸화된 뉴클레오타이드 및 뉴클레오타이드 유사체를 포함할 수 있다. 존재한다면, 뉴클레오타이드 구조에 대한 변형은 중합체의 조립 전에 또는 후에 부여될 수 있다. 폴리뉴클레오타이드는 예컨대 표지 구성요소와의 접합에 의해 추가로 변형될 수 있다. 본원에 제공된 모든 핵산 서열에서, U 뉴클레오타이드는 T 뉴클레오타이드와 상호교환 가능하다.
용어 "벡터"는 핵산이 유기체, 세포, 또는 세포 구성요소 사이에서 전파 및/또는 전달될 수 있는 수단을 지칭한다. 벡터는 플라스미드, 바이러스, 박테리오파지, 프로-바이러스, 파지미드, 트랜스포존, 및 인공 염색체 등을 포함하며, 이들은 독자적으로 복제할 수 있거나 그러지 않을 수 있거나, 또는 숙주 세포의 염색체 내로 통합될 수 있거나 그러지 않을 수 있다.
펩타이드
세포독성 T 림프구(CTL)에 의해 인식되고, CMV 감염, 재활성, 및/또는 CMV 감염 및/또는 암의 질환(예를 들어, 고형 장기 이식 수혜자에서 말단 장기 질환)의 예방 및/또는 치료에 유용한, 헤르페스바이러스 에피토프를 포함하는 펩타이드가 본원에 제공된다. 소정의 구현예에서, CMV 에피토프는 표 1에 열거된 에피토프이다.
표 1. 예시적인 CMV 에피토프
에피토프 서열 HLA 국한 HCMV 항원 코드 서열 번호:
VTEHDTLLY A*01:01 pp50 VTE 1
YSEHPTFTSQY A*01:01 pp65 YSEH 2
NLVPMVATV A*02:01 pp65 NLV 3
VLEETSVML A*02:01 IE-1 VLE 4
YILEETSVML A*02:01 IE-1 YIL 5
AYAQKIFKIL A*23:01 A*24:02 IE-1 AYA 6
QYDPVAALF A*24:02 pp65 QYD 7
TPRVTGGGAM B*07:02 pp65 TPR 8
RPHERNGFTVL B*07:02 pp65 RPH 9
ELRRKMMYM B*08:01 IE-1 ELR 10
ELKRKMIYM B*08:01 IE-1 ELK 11
QIKVRVDMV B*08:01 IE-1 QIK 12
DELRRKMMY B*18:01, B*44:02 IE-1 DEL 13
IPSINVHHY B*35:01 pp65 IPS 14
CPSQEPMSIYVY B*35:08 pp65 CPS 15
CEDVPSGKL B*40:01 pp65 CED 16
HERNGFTVL B*40:01, B*40:02 pp65 HER 17
EEAIVAYTL B*40:01, B*44:02 IE-1 EEA 18
QEFFWDANDIY B*44:02 pp65 QEF 19
TRATKMQVI C*06:02 pp65 TRA 20
YAYIYTTYL B*41:01 gB YAY 21
QAIRETVEL B*35:01 pp65 QAI 22
CRVLCCYVL C*07:02 pp65 CRV 23
HELLVLVKKAQL DRB1*11:01 gH HELL 24
DYSNTHSTRYV DRB1*07 gB DYSN 25
QEFFWDANDIYRIFA DRB3*01:01 pp65 QEFF 26
CMLTITTARSKYPYH DRB1*04:01 gH CMLT 27
PLKMLNIPSINVHHY DRB1*01:01 pp65 PLKM 28
EHPTFTSQYRIQGKL DRB1*11:01 pp65 EHPT 29
AGILARNLVPMVATV DRB1*03:01 pp65 AGIL 30
KARAKKDELR* HLA-B*31:01 IE-1 KAR 31
* 환자 P1553PAH01의 경우, CMV 펩타이드 풀에 IE-1-인코딩된 HLA-B*31:01-국한 에피토프 KARAKKDELR (KAR)이 보충되었다.
소정의 양태에서, 펩타이드-특이적 T 세포의 증식을 유도할 수 있는 HLA 클래스 I 및 클래스 II-국한 사이토메갈로바이러스(CMV) 펩타이드 에피토프를 포함하는 면역원성 펩타이드 풀이 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, 면역원성 펩타이드 풀은 서열 번호 25 내지 29로 제시된 적어도 하나의 에피토프 아미노산 서열을 포함한다. 일부 이러한 구현예에서, 펩타이드 풀은 각각의 CMV 항원 pp50, pp65, IE-1, gB 및 gH로부터 유래되는 적어도 하나의 펩타이드 에피토프를 포함한다. 바람직하게는, 면역원성 펩타이드 풀은 표 1에 제시된 적어도 하나의 CMV 펩타이드 에피토프 아미노산 서열 또는 이들의 조합을 추가로 포함한다. 가장 바람직하게는, 이러한 펩타이드 풀은 표 1에 제시된 각각의 CMV 펩타이드 에피토프 아미노산 서열을 포함한다.
"HLA 국한(즉, MHC 국한)이란, 펩타이드가 특정 HLA 분자에 결합된 경우에만, 주어진 T 세포가 상기 펩타이드를 인식하고 반응할 것임을 의미한다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 면역원성 펩타이드 풀의 각각의 에피토프는 HLA-A*01:01, -A*02:01, -A*23:01, -A*24:02, -B*07:02, -B*08:01, -B*18:01, -B*35:01, -B*35:08, -B*40:01, -B*40:02, -B*41.01, -B*44:02, -C*06:02, -C*07:02, -DRB1*01:01, -DRB1*03:01, -DRB1*04:01, -DRB1*07, 또는 -DRB1*11:01로부터 선택되는 HLA 특이성 중 임의의 하나에 의해 국한된다.
가장 바람직하게는, 면역원성 펩타이드 및 이의 풀은 펩타이드-특이적 세포독성 T 세포(CTL)의 증식을 유도할 수 있다.
일부 구현예에서, 본원에 제공된 펩타이드는 전장 CMV 폴리펩타이드이다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 펩타이드는 CMV 바이러스 폴리펩타이드의 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30, 25, 20, 15 또는 10개 미만의 인접(contiguous) 아미노산을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 펩타이드는 표 1에 열거된 2개 이상의 CMV 에피토프를 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 본원에 제공된 펩타이드는 폴리펩타이드 링커에 의해 연결된, 표 1에 열거된 2개 이상의 CMV 에피토프를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 펩타이드는 표 1에 열거된 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19개 또는 모든 에피토프를 포함한다.
일부 구현예에서, 펩타이드의 서열은 하나 초과(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상)의 보존적 서열 변형을 제외한, CMV 바이러스 폴리펩타이드 서열을 포함한다. 본원에 사용된 바와 같이, 용어 "보존적 서열 변형"은, 주 조직적합성 복합체(MHC) 상에 제시된 아미노산 서열을 함유하는 펩타이드와 T-세포 수용체(TCR) 사이의 상호작용에 유의하게 영향을 주지 않거나 변형시키지 않는 아미노산 변형을 지칭하고자 한다. 이러한 보존적 변형은 아미노산 치환, 첨가(예를 들어, 펩타이드의 N 또는 C 말단으로의 아미노산의 첨가) 및 결실(예를 들어, 펩타이드의 N 또는 C 말단으로부터의 아미노산의 결실)을 포함한다. 보존적 아미노산 치환은, 아미노산 잔기가 유사한 측쇄를 갖는 아미노산 잔기로 대체되는 치환이다. 유사한 측쇄를 갖는 아미노산 잔기 계통은 당업계에 정의되어 있다. 이들 계통은 염기성 측쇄를 갖는 아미노산(예를 들어, 라이신, 아르기닌, 히스티딘), 산성 측쇄를 갖는 아미노산(예를 들어, 아스파르트산, 글루탐산), 비하전된 극성 측쇄를 갖는 아미노산(예를 들어, 글리신, 아스파라긴, 글루타민, 세린, 트레오닌, 티로신, 시스테인, 트립토판), 비극성 측쇄를 갖는 아미노산(예를 들어, 알라닌, 발린, 류신, 이소류신, 프롤린, 페닐알라닌, 메티오닌), 베타-분지형 측쇄를 갖는 아미노산(예를 들어, 트레오닌, 발린, 이소류신) 및 방향족 측쇄를 갖는 아미노산(예를 들어, 티로신, 페닐알라닌, 트립토판, 히스티딘)을 포함한다. 그러므로, 본원에 기재된 펩타이드의 하나 이상의 아미노산 잔기는 동일한 측쇄 계통으로부터의 다른 아미노산 잔기로 대체될 수 있고, 변경된 펩타이드는 당업계에 알려진 방법을 사용하여 TCR 결합의 보유(retention)에 대해 시험될 수 있다. 변형은 당업계에 알려진 표준 기법, 예컨대 부위-지향적 돌연변이형성 및 PCR-매개 돌연변이형성에 의해 항체 내로 도입될 수 있다.
2개의 아미노산 서열 또는 2개의 핵산 서열의 동일성 백분율을 결정하기 위해, 서열은 최적의 비교 목적으로 정렬된다(예를 들어, 최적의 정렬을 위해 제1 및 제2 아미노산 또는 핵산 서열 중 하나 또는 둘 다에 갭이 도입될 수 있고, 비교 목적을 위해 동일하지 않은 서열은 무시될 수 있음). 그 후에, 상응하는 아미노산 위치 또는 뉴클레오타이드 위치에서 아미노산 잔기 또는 뉴클레오타이드가 비교된다. 제1 서열에서의 위치가 제2 서열에서의 상응하는 위치와 동일한 아미노산 잔기 또는 뉴클레오타이드에 의해 차지되는 경우, 분자는 해당 위치에서 동일하다. 2개의 서열 사이의 동일성 백분율은, 2개 서열의 최적의 정렬을 위해 도입되어야 하는 갭의 수, 및 각각의 갭의 길이를 고려하여, 서열에 의해 공유되는 동일한 위치의 수의 함수이다.
또한, 키메라 단백질 또는 융합 단백질이 본원에 제공된다. 본원에 사용된 바와 같이, "키메라 단백질" 또는 "융합 단백질"은, 자연상에서 연결되지 않는 별개의 펩타이드에 연결된, 본원에 제공된 펩타이드(들)(예를 들어, 표 1에 열거된 에피토프를 포함하는 것들)를 포함한다. 예를 들어, 별개의 펩타이드는 펩타이드 결합을 통해 직접적으로 또는 화학적 링커를 통해 간접적으로, 펩타이드의 N-말단 또는 C-말단에 융합될 수 있다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 펩타이드는 다른 CMV 에피토프를 포함하는 폴리펩타이드에 연결된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 펩타이드는 다른 바이러스 및/또는 감염성 질환으로부터의 에피토프를 포함하는 펩타이드에 연결된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 펩타이드는 암-관련 에피토프를 인코딩하는 펩타이드에 연결된다.
본원에 제공된 키메라 또는 융합 펩타이드는 표준 재조합 DNA 기법에 의해 생성될 수 있다. 예를 들어, 상이한 펩타이드 서열을 코딩하는 DNA 단편은 종래의 기법에 따라, 예를 들어 연결을 위해 블런트-단부(blunt-ended) 또는 스태거-단부(stagger-end) 말단, 적절한 말단을 제공하기 위한 제한 효소 분해, 적절하다면 응집성 단부에서의 충전, 바람직하지 못한 연결을 피하기 위한 알칼리 포스파타제 처리, 및 효소적 연결을 이용함으로써 프레임-내에서 함께 연결될 수 있다. 유사하게는, 융합 유전자는 자동화된 DNA 합성기를 포함한 종래의 기법에 의해 합성될 수 있다. 대안적으로, 유전자 단편의 PCR 증폭은 앵커 프라이머를 사용하여 수행될 수 있으며, 상기 앵커 프라이머는 2개의 연속적인 유전자 단편 사이에 상보적 오버행을 형성시키며 이는 후속적으로 어닐링되고 재-증폭되어 키메라 유전자 서열을 생성시킬 수 있다(예를 들어, Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel et al., eds., John Wiley & Sons: 1992 참조). 더욱이, 융합 모이어티를 이미 인코딩하는 많은 발현 벡터가 상업적으로 입수 가능하다.
일부 양태에서, 본원에 기재된 펩타이드(예를 들어, 표 1에 열거된 에피토프를 포함하는 펩타이드)를 제시하는 세포가 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, 세포는 포유류 세포이다. 세포는 항원-제시 세포(APC)(예를 들어, 항원 제시 t-세포, 수지상 세포, B 세포, 대식세포 또는 인공 항원 제시 세포, 예컨대 aK562 세포)일 수 있다. 본원에 기재된 펩타이드를 제시하는 세포는 당업계에 알려진 표준 기법에 의해 생성될 수 있다. 예를 들어, 세포는 펩타이드 흡수를 촉진하기 위해 감작(pulse)될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포는 본원에 제공된 펩타이드를 인코딩하는 핵산으로 형질감염될 수 있다.
일부 양태에서, 항원-제시 세포(APC)를 생성하는 방법이 본원에 제공되며, 상기 방법은 본원에 기재된 펩타이드로 세포를 감작시키는 단계를 포함한다. 항원 제시 세포를 생성하는 예시적인 방법은 그 전체가 본원에 포함된 WO2013088114에서 찾을 수 있다.
본원에 기재된 펩타이드는 표준 단백질 정제 기법을 사용하여 적절한 정제 계획에 의해 세포 또는 조직 공급원으로부터 단리될 수 있으며, 재조합 DNA 기법에 의해 정제될 수 있으며, 및/또는 표준 펩타이드 합성 기법을 사용하여 화학적으로 합성될 수 있다. 본원에 기재된 펩타이드는 본 발명의 펩타이드(들)를 인코딩하는 뉴클레오타이드의 발현에 의해 원핵 또는 진핵 숙주 세포 내에서 생성될 수 있다. 대안적으로, 이러한 펩타이드는 화학적 방법에 의해 합성될 수 있다. 재조합 숙주에서 이종성 펩타이드를 발현시키는 방법, 펩타이드의 화학적 합성, 및 시험관내 번역 방법은 당업계에 잘 알려져 있고, Maniatis et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (1989), 2nd Ed., Cold Spring Harbor, N. Y.; Berger and Kimmel, Methods in Enzymology, Volume 152, Guide to Molecular Cloning Techniques (1987), Academic Press, Inc., San Diego, Calif.; Merrifield, J. (1969) J. Am. Chem. Soc. 91:501; Chaiken I. M. (1981) CRC Crit. Rev. Biochem. 11:255; Kaiser et al. (1989) Science 243:187; Merrifield, B. (1986) Science 232:342; Kent, S. B. H. (1988) Annu. Rev. Biochem. 57:957; and Offord, R. E. (1980) Semisynthetic Proteins, Wiley Publishing에 추가로 기재되어 있으며, 이들은 참조에 의해 본원에 포함된다.
세포
일부 양태에서, 본원에 기재된 CMV 에피토프를 포함하는 하나 이상의 펩타이드를 제시하는 MHC를 표면 상에 발현하는 항원-제시 세포(APC)(예를 들어, 표 1에 열거된 하나 이상의 CMV 에피토프를 제시하는 APC)가 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, MHC는 클래스 I MHC이다. 일부 구현예에서, MHC는 클래스 II MHC이다. 일부 구현예에서, 클래스 I MHC는 HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-E, HLA-F, HLA-g, HLA-K 또는 HLA-L인 α 사슬 폴리펩타이드를 가진다. 일부 구현예에서, 클래스 II MHC는 HLA-DMA, HLA-DOA, HLA-DPA, HLA-DQA 또는 HLA-DRA인 α 사슬 폴리펩타이드를 가진다. 일부 구현예에서, 클래스 II MHC는 HLA-DMB, HLA-DOB, HLA-DPB, HLA-DQB 또는 HLA-DRB인 β 사슬 폴리펩타이드를 가진다.
일부 구현예에서, APC는 B 세포, 항원-제시 T-세포, 수지상 세포, 또는 인공 항원-제시 세포(예를 들어, aK562 세포)이다. 본 방법에 사용하기 위한 수지상 세포는 환자 시료로부터 PBMC를 수합하고 이러한 PBMC를 플라스틱에 부착시킴으로써 준비될 수 있다. 일반적으로, 단핵구 집단이 점착되고 모든 다른 세포는 씻겨질 수 있다. 그 후에, 부착 집단은 IL-4 및 GM-CSF에 의해 분화되어, 단핵구 유래 수지상 세포를 생성한다. 이들 세포는 IL-1β, IL-6, PGE-1 및 TNF-α(수지상 세포의 표면 상의 중요한 공동-자극성 분자를 상향조절함)의 첨가에 의해 성숙될 수 있고, 그 후에, 본원에 제공된 하나 이상의 펩타이드가 형질도입된다.
일부 구현예에서, APC는 인공 항원-제시 세포, 예컨대 aK562 세포이다. 일부 구현예에서, 인공 항원-제시 세포는 CD80, CD83, 41BB-L, 및/또는 CD86을 발현하도록 조작된다. aK562 세포를 포함한 예시적인 인공 항원-제시 세포는 미국 특허 공보 제2003/0147869호에 기재되어 있고, 이는 참조에 의해 본원에 포함된다.
소정의 양태에서, 본원에 기재된 하나 이상의 CMV 에피토프를 제시하는 APC를 생성시키는 방법이 본원에 제공되며, 상기 방법은 APC를 본원에 기재된 바와 같은 CMV 에피토프를 포함하는 펩타이드 또는 CMV 에피토프 펩타이드의 풀과, 및/또는 본원에 기재된 하나 이상의 CMV 에피토프 펩타이드를 인코딩하는 핵산과 접촉시키는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, APC는 방사선 조사된다.
소정의 양태에서, MHC(예를 들어, HLA-국한) 상에 제시되는 본원에 기재된 펩타이드(표 1에 열거된 CMV 에피토프를 포함하는 펩타이드)를 인식하는 TCR(예를 들어, αβTCR 또는 γδTCR)을 발현하는 T-세포(예를 들어, CD4 T-세포 및/또는 CD8 T-세포)가 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, T-세포는 클래스 I MHC(예를 들어, HLA -A, -B, 및 -C) 상에 제시되는 본원에 기재된 펩타이드를 인식하는 TCR을 발현하는 CD8+ T-세포(CTL)이다. 일부 구현예에서, T-세포는 클래스 II MHC(예를 들어, HLA -DP, -DM, -DOA, -DOB, -DQ, 및 -DR) 상에 제시되는 본원에 기재된 펩타이드를 인식하는 CD4+ T-세포(헬퍼 T-세포)이다. 소정의 구현예에서, 이러한 T 세포는 본원에 개시된 임의의 하나의 방법에 의해 제조된다.
일부 구현예에서, 본원에 제공된 T 세포는 키메라 항원 수용체(CAR)를 발현하도록 조작될 수 있다. 광범위하게 다양한 CAR이 과학적 문헌에 기재되어 있다. 일반적으로, CAR은 세포외 항원-결합 도메인(예를 들어, 항체의 가변 중쇄 및 경쇄로부터 유래되는 scFv), 스페이서 도메인, 막관통 도메인 및 세포내 신호전달 도메인을 포함한다. 이에, 일부 구현예에서, CMV-특이적 T 세포(예를 들어, 제공된 CMV 펩타이드 에피토프-풀 자극 CTL)는 질환 세포, 예컨대 암세포(예를 들어, 종양 세포)와 관련된 세포외 분자(예를 들어, 종양 항원, 예컨대 HER2)를 표적화하는 CAR을 발현한다.
일부 양태에서, 본원에 기재된 하나 이상의 CMV 에피토프를 인식하는 T-세포(예를 들어, CTL)를 생성시키며, 활성화시키며 및/또는 증식을 유도하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, CTL을 포함하는 시료(예를 들어, PBMC 시료)가 단리되며, 본원에 개시된 면역원성 펩타이드 풀에 노출되고, 자극된 CTL이 수합된다. 바람직하게는, 면역원성 펩타이드 풀은 본질적으로, 표 1에 제시된 각각의 CMV 펩타이드 에피토프 아미노산 서열로 구성된다. 소정의 구현예에서, 노출된 시료는 적어도 14일 동안 인큐베이션된다. 일부 이러한 구현예에서, 노출된 시료는 제0일에 IL-21과 함께 인큐베이션된다. 바람직하게는, 노출된 시료는 제2일에 IL-2와 함께 인큐베이션된다. 더욱 바람직한 구현예에서, 노출된 시료의 인큐베이션은 IL-2를 3일마다 첨가하는 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, PBMC 시료는 건강한 공여자로부터 유래된다. 소정의 구현예에서, PBMC는 면역약화 공여자로부터 유래된다. 일부 이러한 구현예에서, 공여자는 면역억제성 치료법을 받고 있다. 일부 구현예에서, 공여자는 고형 장기 이식 수혜자이다. 추가의 구현예에서, 공여자는 항-바이러스 치료법을 받고 있다.
일부 구현예에서, CTL을 포함하는 시료(예를 들어, PBMC 시료)는 본원에 제공된 APC(예를 들어, 본원에 기재된 CMV 에피토프를 포함하는 펩타이드를 클래스 I MHC 복합체 상에 제시하는 APC)와 함께 배양물에서 인큐베이션된다. APC는, T-세포가 수득되는 대상체에 대해 자가유래일 수 있다. 일부 구현예에서, T-세포를 함유하는 시료는 본원에 제공된 APC와 함께 2회 이상 인큐베이션된다. 일부 구현예에서, T-세포는 적어도 하나의 사이토카인, 예를 들어, IL-2, IL-4, IL-7, IL-15 및/또는 IL-21의 존재 하에 APC와 함께 인큐베이션된다. APC를 사용하여 T-세포의 증식을 유도하는 예시적인 방법은 예를 들어, 미국 특허 공보 제2015/0017723호에 제공되며, 이는 참조에 의해 본원에 포함된다.
일부 양태에서, 본원에 제공된 T-세포(예를 들어, 본원에 제공된 CMV 펩타이드-특이적 CTL) 및/또는 APC를 포함하는 조성물(예를 들어, 치료적 조성물)이 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, 이러한 조성물은 대상체에서 CMV 감염, 재활성, 및/또는 질환을 치료하며 및/또는 예방하는 데 사용되며, 상기 방법은 유효량의 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. T-세포 및/또는 APC는 대상체에 대해 자가유래일 수 있거나 자가유래가 아닐 수 있다. 일부 구현예에서, T-세포 및/또는 APC는, 이들이 대상체에게 투여되기 전에 세포 은행에 보관된다. 소정의 구현예에서, 대상체는 고형 장기 이식 수혜자일 수 있다.
약제학적 조성물
일부 양태에서, 약제학적으로 허용 가능한 담체와 함께 제제화되는 CTL을 함유하는 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물) 및 이의 제조, 뿐만 아니라 이러한 약제학적 조성물을 투여하는 방법이 본원에 제공된다.
일부 구현예에서, 조성물은 아쥬반트를 추가로 포함할 수 있다. 본원에 사용된 바와 같이, 용어 "아쥬반트"는 넓게는, 시험관내에서 또는 생체내에서 조성물에 대한 면역학적 반응을 변형시키거나 증강시키는 면역학적 또는 약리학적 제제를 지칭한다. 예를 들어, 아쥬반트는 시간 경과에 따라 항원의 제시를 증가시키며, 항원-제시 세포가 항원을 흡수하는 것을 돕고, 대식세포 및 림프구를 활성화시키고, 사이토카인의 생성을 지지할 것이다. 면역 반응을 변화시킴으로써, 아쥬반트는 더 적은 용량의 면역 상호작용 제제 또는 조제물이 투약 효과성 또는 안전성을 증가시키도록 할 수 있을 것이다. 예를 들어, 아쥬반트는 T-세포 소진을 방지하여, 특정 면역 상호작용 제제 또는 조제물의 효과성 또는 안전성을 증가시킬 것이다. 아쥬반트의 예는 면역 조절 단백질, 아쥬반트 65, α-GalCer, 알루미늄 포스페이트, 알루미늄 하이드록사이드, 칼슘 포스페이트, β-글루칸 펩타이드, CpG DNA, GPI-0100, 지질 A 및 이의 변형된 버전(예를 들어, 모노인산화된 지질 A, 지질다당류, 리포반트(Lipovant), 몬타나이드(Montanide), N-아세틸-무라밀-L-알라닐-D-이소글루타민, Pam3CSK4, 쿠일 A(quil A) 및 트레할로스 디미콜레이트를 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아니다.
이들 제형 또는 조성물을 제조하는 방법은 본원에 기재된 제제를 담체 및 선택적으로 하나 이상의 보조 성분과 회합시키는 단계를 포함한다. 일반적으로, 제형은 본원에 기재된 제제를 액체 담체 또는 미분된 고체 담체 또는 둘 다와 균일하게 직접적으로 회합시킨 후, 필요하다면 생성물을 성형함으로써 제조된다.
비경구 투여에 적합한 본 발명의 약제학적 조성물은 본원에 기재된 하나 이상의 제제를 하나 이상의 약제학적으로 허용 가능한 멸균 등장수(sterile isotonic aqueous) 또는 비수성 용액, 분산액, 현탁액 또는 에멀젼, 또는 사용 직전에 멸균된 주사 가능한 용액 또는 분산액으로 재구성될 수 있는 멸균 분말을 포함하며, 이들은 당, 알코올, 항산화제, 완충제, 세균 발육 억제 물질(bacteriostat), 제형을 의도된 수혜자의 혈액과 등장성으로 만드는 용질, 또는 현탁제 또는 증점제를 함유할 수 있다.
본 발명의 약제학적 조성물에 사용될 수 있는 적합한 수성 및 비수성 담체의 예는 물, 에탄올, 폴리올(예컨대, 글리세롤, 프로필렌 글리콜, 폴리에틸렌 글리콜 등), 및 이들의 적합한 혼합물, 식물성 오일, 예컨대 올리브유 및 주사 가능한 유기 에스테르, 예컨대, 에틸 올레이트를 포함한다. 예를 들어, 적절한 유동성은 레시틴과 같은 코팅 물질의 사용에 의해, 분산액의 경우 필요한 입자 크기의 유지에 의해, 및 계면활성제의 사용에 의해 유지될 수 있다.
선택된 투여 경로와 관계없이, 적합한 수화된 형태로 사용될 수 있는 본 발명의 제제 및/또는 본 발명의 약제학적 조성물은 당업자에게 알려진 통상적인 방법에 의해 약제학적으로 허용 가능한 투약 형태로 제형화된다.
치료 방법
소정의 구현예에서, 대상체에서 CMV 감염, 재활성, 및/또는 질환(예를 들어, 고형 장기 이식 수혜자에서 말단-장기 질환)을 치료하거나 예방하는 방법이 본원에 제공되며, 상기 방법은 본원에 제공된 방법에 따라 제조되는 펩타이드-특이적 T 세포(또는 상기 T 세포를 포함하는 약제학적 조성물)를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, 대상체에서 CMV 감염을 치료하거나 예방하는 방법이 본원에 제공된다. 소정의 구현예에서, 대상체에서 CMV 재활성 또는 CMV-관련 질병을 치료하거나 예방하는 방법이 본원에 제공된다. 바람직한 구현예에서, 상기 방법은 본원에 제공된 방법에 따라 제조된 CTL을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 예를 들어 그리고 비제한적으로, 단리된 PBMC 시료는 본원에 제공된 방법에 따라 면역원성 펩타이드 풀에 노출된다. 일부 이러한 구현예에서, 면역원성 펩타이드 풀은 CMV 펩타이드-특이적 T 세포의 자극 및 증식을 유도한다. 일부 구현예에서, 대상체에게 투여되는 CTL은 자가유래이다. 소정의 구현예에서, 감염은 재발성 CMV 감염이다. 일부 구현예에서, 치료를 받는 대상체는 면역약화되어 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 대상체는 T-세포 결핍을 가진다. 일부 구현예에서, 대상체는 백혈병, 림프종 또는 다발성 골수종을 가진다. 일부 구현예에서, 대상체는 HIV로 감염되며 및/또는 AIDS를 가진다. 일부 구현예에서, 대상체는 조직, 장기 및/또는 골수 이식을 받았다. 일부 이러한 구현예에서, 대상체는 고형 장기 이식의 수혜자이다. 일부 구현예에서, 대상체는 면역억제성 약물을 투여받고 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 화학치료법을 받았으며 및/또는 받고 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 방사선 치료법을 받았으며 및/또는 받고 있다.
일부 구현예에서, 또한, 대상체에게 항-바이러스 약물이 투여된다. 일부 이러한 구현예에서, 항-바이러스 약물은 CMV 감염(예를 들어, 항-바이러스 약물은 CMV 복제를 저해함)을 치료하기 위한 것이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 대상체에게 간사이클로비르(ganciclovir), 발간사이클로비르(valganciclovir), 포스카넷(foscarnet), 시도포비르(cidofovir), 아사이클로비르(acyclovir), 포르미비르센(formivirsen), 마리바비르(maribavir), BAY 38-4766 또는 GW275175X가 투여된다. 소정의 구현예에서, CMV 감염은 약물-내성이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, CMV 감염은 간사이클로비르-내성이다.
CMV 펩타이드-특이적 T 세포에 의한 생물지표의 발현은 임의의 적합한 방법, 예컨대 유세포분석법에 의해 평가될 수 있다. 일부 구현예에서, CMV 펩타이드-특이적 T 세포는 CMV-특이적 펩타이드에 의해 자극되고, 유세포분석법을 통해 분류된다. 바람직하게는, CMV 펩타이드-특이적 T 세포는 실시예 1, 4, 5 또는 이들의 임의의 조합에 예시된 프로토콜에 따라 자극 및/또는 표면 염색된다. 일부 구현예에서, CMV 펩타이드-특이적 T 세포는 CD107a에 특이적인 하나 이상의 항체와 함께 인큐베이션되고, 후속적으로 유세포분석법에 의해 분류된다. 일부 구현예에서, CMV 펩타이드-특이적 T 세포는 세포내 사이토카인에 결합하는 하나 이상의 항체, 예컨대 IFNγ, IL-2, 및/또는 TNF에 특이적인 항체와 함께 인큐베이션된다. 일부 구현예에서, CMV 펩타이드-특이적 T 세포는 세포내 사이토카인에 대한 항체와 함께 인큐베이션되고, 후속적으로 유세포분석법을 통해 분류된다.
일부 양태에서, 적응 면역치료법을 위한 대상체를 선별하는 방법이 본원에 제공되며, 상기 방법은 상기 대상체로부터 PBMC 시료를 수득하는 단계, 자가 T 세포를 단리하는 단계, 상기 자가 T 세포의 CMV 반응성을 결정하는 단계, 및 상기 자가 T 세포 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70% 또는 80%가 CMV 반응성인 경우 적응 면역치료법을 위한 대상체로서 선별하는 단계를 포함한다.
일부 양태에서, 적응 면역치료법을 위한 대상체를 선별하는 방법이 본원에 제공되며, 상기 방법은 상기 대상체로부터 T 세포(예를 들어, CTL)를 포함하는 시료를 수득하는 단계, 자가 T 세포를 단리하는 단계, 상기 자가 T 세포의 CD107a 발현을 결정하는 단계, 및 상기 자가 T 세포 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70% 또는 80%가 CD107a를 발현하는 경우 적응 면역치료법을 위한 대상체로서 선별하는 단계를 포함한다.
일부 양태에서, 적응 면역치료법을 위한 대상체를 선별하는 방법이 본원에 제공되며, 상기 방법은 상기 대상체로부터 T 세포(예를 들어, CTL)를 포함하는 시료를 수득하는 단계, 자가 T 세포를 단리하는 단계, 상기 자가 T 세포의 IFNγ 발현을 결정하는 단계, 및 상기 자가 T 세포 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70% 또는 80%가 IFNγ를 발현하는 경우 적응 면역치료법을 위한 대상체로서 선별하는 단계를 포함한다.
일부 양태에서, 적응 면역치료법을 위한 대상체를 선별하는 방법이 본원에 제공되며, 상기 방법은 상기 대상체로부터 T 세포(예를 들어, CTL)를 포함하는 시료를 수득하는 단계, 자가 T 세포를 단리하는 단계, 상기 자가 T 세포의 TNF 발현을 결정하는 단계, 및 상기 자가 T 세포 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70% 또는 80%가 TNF를 발현하는 경우 적응 면역치료법을 위한 대상체로서 선별하는 단계를 포함한다.
일부 양태에서, 적응 면역치료법을 위한 대상체를 선별하는 방법이 본원에 제공되며, 상기 방법은 상기 대상체로부터 T 세포(예를 들어, CTL)를 포함하는 시료를 수득하는 단계, 자가 T 세포를 단리하는 단계, 상기 자가 T 세포의 IL-2 발현을 결정하는 단계, 및 상기 자가 T 세포 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70% 또는 80%가 IL-2를 발현하는 경우 적응 면역치료법을 위한 대상체로서 선별하는 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 T 세포를 포함하는 시료를 대상체로부터 수득하는 단계(예를 들어, PBMC 시료를 대상체로부터 수득하는 단계)를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 자가 T 세포(예를 들어, CD4+ T 세포 또는 CD8+ T 세포)는 시료로부터 단리된다. 일부 구현예에서, 시료는 자가 T 세포로 대체로 이루어지거나 완전히 이루어진다.
대상체에서 CMV 감염을 치료하거나 예방하는 방법이 본원에 제공되며, 상기 방법은 클래스 I 및/또는 클래스 II MHC 상에서 제시되는 하나 이상의 CMV 펩타이드(예를 들어, 표 1에 제시된 펩타이드 또는 이들의 조합 중 임의의 하나)에 특이적으로 결합하는 T 세포 수용체를 발현하는 면역원성 펩타이드 풀-자극 T 세포(예를 들어, 자가 CMV 펩타이드-특이적 CTL)를 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 시료 내 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%는 CD107a를 발현한다. 일부 구현예에서, 시료 내 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%는 IFNγ를 발현한다. 일부 구현예에서, 시료 내 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%는 TNF를 발현한다. 일부 구현예에서, 시료 내 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%는 IL-2를 발현한다.
일부 구현예에서, 시료 내 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%는 CD107a 및 IFNγ를 발현한다.
일부 구현예에서, 시료 내 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%는 CD107a 및 TNF를 발현한다.
일부 구현예에서, 시료 내 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%는 CD107a 및 IL-2를 발현한다.
일부 구현예에서, 시료 내 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%는 IFNγ 및 TNF를 발현한다.
일부 구현예에서, 시료 내 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%는 IFNγ 및 IL-2를 발현한다.
일부 구현예에서, 시료 내 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%는 TNF 및 IL-2를 발현한다.
일부 구현예에서, 시료 내 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%는 IFNγ, TNF 및 IL-2를 발현한다.
일부 구현예에서, 시료 내 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%는 CD107a, TNF 및 IL-2를 발현한다.
일부 구현예에서, 시료 내 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%는 CD107a, IFNγ 및 IL-2를 발현한다.
일부 구현예에서, 시료 내 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%는 CD107a, IFNγ 및 TNF를 발현한다.
일부 구현예에서, 시료 내 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%는 CD107a, IFNγ, TNF 및 IL-2를 발현한다.
본원에 개시된 방법의 일부 구현예에서, T 세포(예를 들어, CTL)는 다수의 CMV 항원으로부터 유래되는 다수의 펩타이드 에피토프에 대한 반응성을 나타낸다. T 세포(예를 들어, CTL) 중 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%는 하나 초과의 CMV 에피토프에 반응성이다. 소정의 구현예에서, T 세포(예를 들어, CTL)는 표 1에 제시된 CMV 펩타이드 에피토프 아미노산 서열 또는 이들의 조합 중 임의의 하나에 반응성이다. 일부 구현예에서, T 세포(예를 들어, CTL)는 pp50, pp65, IE-1, gB, gH 또는 이들의 조합 중 임의의 하나에 반응성이다.
T 세포 생물지표 발현 및/또는 CMV 반응성은 T 세포(예를 들어, CTL) 증식 전에 또는 후에 본원에 개시된 임의의 하나의 방법에 의해, 예를 들어, 면역원성 CMV 펩타이드 에피토프 풀로의 노출에 의해 측정 및/또는 분석될 수 있다.
일부 구현예에서, CMV 반응성 및 생물지표 발현은 T 세포(예를 들어, CTL)의 자극 전에 정량화된다. 대안적으로 또는 부가적으로, CMV 반응성 및 생물지표 발현은 T 세포(예를 들어, CTL)의 자극 후에 정량화될 수 있다. 일부 구현예에서, CMV 반응성은 CD107a를 발현하는 시료에서 T 세포의 백분율을 정량화함으로써 측정된다. 일부 구현예에서, CMV 반응성은 IFNγ를 발현하는 시료에서 T 세포의 백분율을 정량화함으로써 측정된다. 일부 구현예에서, CMV 반응성은 TNF를 발현하는 시료에서 T 세포의 백분율을 정량화함으로써 측정된다. 일부 구현예에서, CMV 반응성은 IL-2를 발현하는 시료에서 T 세포의 백분율을 정량화함으로써 측정된다. 일부 구현예에서, CMV 반응성은 다수의 생물지표(예를 들어, CD107a, IFNγ, TNF 및 IL-2 중 2개 이상, 바람직하게는 4개 모두)를 발현하는 T 세포의 백분율로서 측정된다. 일부 구현예에서, CMV 반응성은 CD107a, IFNγ, TNF 및 IL-2를 발현하는 시료에서 자가 T 세포의 백분율을 정량화함으로써 계산된다. T 세포는 CMV 반응성 백분율 정량화 전에 또는 후에 시료(예를 들어, PBMC 시료 또는 T 세포를 포함하는 시료)로부터 단리될 수 있다. 따라서, 일부 구현예에서, CMV 반응성은 대체로 T 세포를 포함하는 시료에서 요망되는 특징(들)을 갖는 T 세포의 백분율이다.
일부 구현예에서, CMV 반응성은 CD107a를 발현하는 시료에서 CD8+ 림프구의 백분율을 정량화함으로써 측정된다. 일부 구현예에서, CMV 반응성은 IFNγ를 발현하는 시료에서 CD8+ 림프구의 백분율을 정량화함으로써 측정된다. 일부 구현예에서, CMV 반응성은 TNF를 발현하는 시료에서 CD8+ 림프구의 백분율을 정량화함으로써 측정된다. 일부 구현예에서, CMV 반응성은 IL-2를 발현하는 시료에서 CD8+ 림프구의 백분율을 정량화함으로써 측정된다. 일부 구현예에서, CMV 반응성은 다수의 생물지표(예를 들어, CD107a, IFNγ, TNF 및 IL-2 중 2개 이상, 바람직하게는 4개 모두)를 발현하는 시료에서 CD8+ 림프구의 백분율로서 측정된다. CD8+ 림프구는 CMV 반응성 백분율 정량화 전에 또는 후에 시료(예를 들어, PBMC 시료 또는 CD8+ 림프구의 시료)로부터 단리될 수 있다. 따라서, 일부 구현예에서, CMV 반응성은 대체로 CD8+ 림프구를 포함하는 시료에서 요망되는 특징(들)을 갖는 CD8+ 림프구의 백분율이다.
일부 구현예에서, CMV 반응성은 CD107a를 발현하는 시료에서 CD3+ 림프구의 백분율을 정량화함으로써 측정된다. 일부 구현예에서, CMV 반응성은 IFNγ를 발현하는 시료에서 CD3+ 림프구의 백분율을 정량화함으로써 측정된다. 일부 구현예에서, CMV 반응성은 TNF를 발현하는 시료에서 CD3+ 림프구의 백분율을 정량화함으로써 측정된다. 일부 구현예에서, CMV 반응성은 IL-2를 발현하는 시료에서 CD3+ 림프구의 백분율을 정량화함으로써 측정된다. 일부 구현예에서, CMV 반응성은 다수의 생물지표(예를 들어, CD107a, IFNγ, TNF 및 IL-2 중 2개 이상, 바람직하게는 4개 모두)를 발현하는 시료에서 CD3+ 림프구의 백분율로서 측정된다. CD3+ 림프구는 CMV 반응성 백분율 정량화 전에 또는 후에 시료(예를 들어, PBMC 시료 또는 CD3+ 림프구의 시료)로부터 단리될 수 있다. 따라서, 일부 구현예에서, CMV 반응성은 대체로 CD3+ 림프구를 포함하는 시료에서 요망되는 특징(들)을 갖는 CD3+ 림프구의 백분율이다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)에 의한 CD107a, IFNγ, TNF 또는 IL-2의 발현을 분석하는 단계, 및 상기 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%가 CD107a, IFNγ, TNF 또는 IL-2를 발현하는 경우 CMV 펩타이드-특이적 자가 T 세포(예를 들어, CTL)를 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)에 의한 다수의 생물지표의 발현을 분석하는 단계, 및 적어도 2개의 생물지표가 상기 상기 CMV 펩타이드-특이적 T 세포에 의해 발현되는 경우 CMV 펩타이드-특이적 T 세포를 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 이러한 구현예에서, 상기 방법은 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)에 의한 CD107a 및 TNF의 발현을 분석하는 단계, 및 상기 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%가 CD107a 및 TNF를 발현하는 경우, 펩타이드-특이적 자가 T 세포(예를 들어, CTL)를 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)에 의한 CD107a 및 IFNγ의 발현을 분석하는 단계, 및 상기 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%가 CD107a and IFNγ를 발현하는 경우 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)를 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 증식된 펩타이드-특이적 자가 T 세포(예를 들어, CTL)에 의한 CD107a 및 IL-2의 발현을 분석하는 단계, 및 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%가 CD107a 및 IL-2를 발현하는 경우 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)를 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)에 의한 TNF 및 IL-2의 발현을 분석하는 단계, 및 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%가 TNF 및 IL-2를 발현하는 경우 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)를 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)에 의한 IFNγ 및 IL-2의 발현을 분석하는 단계, 및 CMV 펩타이드-특이적 자가 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%가 IFNγ 및 IL-2를 발현하는 경우, CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)를 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 증식된 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)에 의한 IFNγ 및 TNF의 발현을 분석하는 단계, 및 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%가 IFNγ 및 TNF를 발현하는 경우, CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)를 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)에 의한 CD107a, IFNγ 및 TNF의 발현을 분석하는 단계, 및 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%가 CD107a, IFNγ 및 TNF를 발현하는 경우, CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)를 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)에 의한 CD107a, IFNγ 및 IL-2의 발현을 분석하는 단계, 및 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%가 CD107a, IFNγ 및 IL-2를 발현하는 경우, CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)를 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)에 의한 CD107a, IL-2 및 TNF의 발현을 분석하는 단계, 및 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%가 CD107a, IL-2 및 TNF를 발현하는 경우, 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)를 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)에 의한 IFNγ, IL-2 및 TNF의 발현을 분석하는 단계, 및 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%가 IFNγ, IL-2 및 TNF를 발현하는 경우, CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)를 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, CMV 펩타이드-특이적 자가 T 세포(예를 들어, CTL) 중 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%가 CD107a, IFNγ, TNF 및 IL-2를 발현하는 경우, 자가 T 세포(예를 들어, CTL)가 대상체에게 투여된다.
CMV 펩타이드-특이적 자가 T 세포(예를 들어, CTL)는 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%의 CMV 반응성을 가질 수 있다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)의 CMV 반응성을 분석하는 단계, 및 상기 반응성이 하나 초과의 에피토프에 관한 것이고 적어도 역치 백분율(예를 들어, 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% 또는 90%)의 CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)가 CMV 반응성인 경우, CMV 펩타이드-특이적 T 세포(예를 들어, CTL)를 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, 약 1 x 105개 내지 약 1 x 108개의 T-세포가 T 세포의 용량 당 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, 약 1 x 106개 내지 약 1 x 107개의 T 세포가 T 세포의 용량 당 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, 5 x 106개, 1 x 107개, 1.5 x 107개, 또는 2 x 107개의 T 세포(예를 들어, CTL)가 대상체에게 투여된다. 다수의 용량이 대상체에게 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 초기 용량의 T 세포(예를 들어, 자가 CTL)가 투여되고, 하나 이상의 부가적인 용량의 T 세포(예를 들어, 자가 CTL)가 예를 들어, 치료법의 과정에 따라 증가하는 용량으로 투여된다. 일부 구현예에서, 2 이상, 3 이상, 4 이상, 5 이상, 6 이상, 7 이상, 8 이상, 9 이상, 또는 10 이상의 용량이 투여된다. 대상체에게 초기 용량과 동일하거나 상이한 부가적인 용량이 투여될 수 있다. 예를 들어, 더 낮은 용량이 투여되고, 뒤이어 더 높은 용량이 투여될 수 있다. 상기 용량은 매일, 1주에 2회, 매주, 격주, 1개월에 단지 1회, 2개월에 단지 1회, 3개월에 단지 1회, 또는 6개월에 단지 1회 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 T 세포(예를 들어, 자가 CTL) 투여의 결과 임의의 유해 효과를 경험하지 않는다.
일부 양태에서, 본 방법은 적응 면역치료법의 효능을 평가하는 단계를 추가로 포함하며, 상기 단계는 CMV 감염, 재활성, 또는 관련 질환을 갖는 대상체에서 CMV 바이러스 부하를 측정하는 것에 의한 것이다. 일부 구현예에서, 대상체는 고형 장기 이식을 받았다. 비제한적인 예로서, CMV 바이러스 부하는 대상체로부터 제1 시료(예를 들어, 혈액 시료)를 수득하는 단계, 상기 제1 시료에서 바이러스 부하를 당업계에 알려진 방법을 사용하여 (바람직하게는 CTL 투여 전에) 평가하는 단계, 및 소정의 기간 후, 상기 대상체로부터 제2 시료를 (바람직하게는 CTL 투여 후에) 수득하는 단계, 상기 제2 시료에서 바이러스 부하를 평가하는 단계, 및 상기 제2 시료 내 바이러스 부하가 상기 제1 시료보다 낮은 경우, CMV 감염, 재활성, 또는 관련 질환이 향상되었으며 및/또는 진전되지 않은 것인 단계에 의해 측정될 수 있다. 부가적인 시료가 수득되고 이전의 시료와 비교될 수 있다. 또한, CMV 감염, 재활성, 또는 관련 질환을 갖는 대상체에서 바이러스 부하를 감소시키는 방법이 본원에 제공되며, 상기 방법은 면역원성 펩타이드 풀-자극 T 세포(예를 들어, 본원에 개시된 CMV 펩타이드-특이적 자가 CTL)를 상기 대상체에게 투여하는 단계에 의한 것이다. 바이러스 부하의 변화(예를 들어, 감소)는 당업자에게 알려진 방법, 예컨대 핵산-기초 검정법(예를 들어 핵산 시험(NAT) 및 핵산 증폭 시험(NAAT)) 또는 비-핵산 시험(예를 들어, 정량적 효소 면역검정법)을 사용하여 측정될 수 있다. 바이러스 부하는 T 세포의 투여 후, 약 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%만큼 감소될 수 있다.
일부 구현예에서, 본 방법은 CMV 감염, 재활성, 또는 관련 질환을 갖는 대상체의 증상 또는 상태를 향상시키거나 안정화시키는 단계를 포함하며, 상기 단계는 면역원성 펩타이드 풀-자극 T 세포(예를 들어, 본원에 기재된 CTL, 예컨대 CMV 펩타이드 특이적 자가 CTL)를 상기 대상체에게 투여하는 단계에 의한 것이다. 또한, DNA혈증을 감소시키거나 해소하며; 및/또는 CMV로 감염된 대상체에서 CMV-관련 말단 장기 질환을 감소시키거나, 안정화시키거나 중단시키는 방법이 본원에 제공되며, 상기 방법은 면역원성 펩타이드 풀-자극 T 세포(예를 들어, 본원에 기재된 CTL, 예컨대 CMV 펩타이드 특이적 자가 CTL)를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, CMV로 감염된 항-바이러스 치료법의 사용을 감소시키거나 중단시키는 방법이 본원에 제공되며, 상기 방법은 면역원성 펩타이드 풀-자극 T 세포(예를 들어, 본원에 기재된 CTL, 예컨대 CMV 펩타이드 특이적 자가 CTL)를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 바람직한 구현예에서, 상기 대상체는 고형 장기 이식을 받았다. 더욱 바람직한 구현예에서, 상기 대상체는 간사이클로비르-내성 CMV 감염, 재활성, 또는 관련 질환을 앓고 있다.
일부 구현예에서, 대상체는 암을 갖는다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 방법은 임의의 암성 또는 전암성 종양을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 암은 본원에 제공된 하나 이상의 에피토프(예를 들어, 표 1에 열거된 CMV 에피토프)를 발현한다. 일부 구현예에서, 암은 고형 종양을 포함한다. 본원에 제공된 방법 및 조성물에 의해 치료될 수 있는 암은 방광, 혈액, 뼈, 골수, 뇌, 유방, 대장, 식도, 위장관, 잇몸, 머리, 신장, 간, 폐, 비인두, 목, 난소, 전립선, 피부, 위, 고환, 혀 또는 자궁의 암세포를 포함하나, 이들로 제한되는 것은 아니다. 또한, 암은 구체적으로 하기의 조직학적 유형: 악성 신생물; 암종; 미분화된 암종; 거대 및 방추형 세포 암종; 소세포 암종; 유두상암; 편평세포 암종; 림프상피암종; 기저세포암; 섬모기질암; 이행상피암; 유두상 이행상피암; 선암; 악성 가스트린종; 담관암; 간세포 암종; 조합된 간세포 암종 및 담관암; 섬유주 선암; 샘낭 암종; 샘종성 폴립에서의 선암; 가족성 대장 폴립증 선암; 고형 암종; 악성 유암종; 세기관지-폐포 선암; 유두상 선암종; 색소혐성 암종; 호산성 암종(acidophil carcinoma); 호산성 선암(oxyphilic adenocarcinoma); 호염기성 암종; 투명세포 선암종; 과립세포 암종; 여포선암종; 유두상 및 여포 선암종; 비피막 경화성 암종; 부신피질 암종; 자궁내막 암종; 피부부속물 암종; 아포크린 선암종; 피지선암; 귀지선암; 점액표피양 암종; 낭선암종; 유두상 낭선암종; 유두상 장액성 낭선암종; 점액성 낭선암종; 점액성 선암; 반지 세포 암종; 침윤성 관 암종; 수질암종; 소엽암; 염증성 암종; 유방성 페이젯병(mammary paget's disease); 선방세포 암종; 선편평세포 암종; 선암종 w/편평세포화생(adenocarcinomaw/squamous metaplasia); 악성 흉선종; 악성 난소 기질 종양; 악성 난포막종; 악성 과립막 세포종; 악성 남성모세포종; 세르톨리세포 암종; 악성 간질세포종(malignant leydig cell 종양); 악성 지질세포종; 악성 부신경절종; 악성 유방외 부신경절종; 갈색세포종; 글로만지오사르코마(glomangiosarcoma); 악성 흑색종; 멜라닌결핍 흑색종; 표재 확산 흑색종; 거대색소 모반에서의 악성 흑색종; 유상피세포 흑색종; 악성 청색모반; 육종; 섬유육종; 악성 섬유조직구종; 점액육종; 지방육종; 평활근육종; 횡문근육종; 배아형 횡문근육종; 포상 횡문근육종; 기질육종; 악성 혼합 종양; 뮐로(mullerian) 혼합 종양; 신아세포종; 간모세포종; 암육종; 악성 간엽종(malignant mesenchymoma); 악성 브레너 종양(malignant brenner tumor); 악성 엽상종; 활막육종; 악성 중피종; 미분화배세포종; 태생기암; 악성 기형종; 악성 난소갑상선종; 융모막암종; 악성 중신종; 혈관 육종; 악성 혈관내피종; 카포시 육종(kaposi's sarcoma); 악성 혈관주위세포종; 림프관육종; 골육종; 측피질 골육종(juxtacortical osteosarcoma); 연골육종; 악성 연골모세포종; 중간엽 연골육종; 뼈의 거대 세포 종양; 유잉 육종(ewing's sarcoma); 악성 치성 종양; 법랑모세포 치육종(ameloblastic odontosarcoma); 악성 법랑모세포종; 법랑모세포 섬유육종; 악성 송과체종; 척삭종; 악성 신경교종; 상의세포종; 성상세포종; 원형질 성상세포종; 원섬유성 성상세포종; 성상모세포종; 교모세포종; 다형성 교아종(GBM); 핍지교종; 핍지모세포종; 원시신경외배엽; 소뇌 육종; 신경절아세포종; 신경아세포종; 망막모세포종; 후각 신경성 종양; 악성 뇌수막종; 신경섬유육종; 악성 신경초종; 악성 과립 세포 종양; 악성 림프종; 호지킨병(Hodgkin's disease); 호지킨 림프종; 파라육아종; 소형 림프구성 악성 림프종; 광범위 큰 세포 악성 림프종; 난포 악성 림프종; 균상 식육종; 다른 명시된 비-호지킨 림프종; 악성 조직구증; 다발성 골수종; 비만세포 육종; 면역증식 소장 질환; 백혈병; 림프성 백혈병; 형질세포성 백혈병; 적백혈병; 림프육종 세포 백혈병; 골수성 백혈병; 호염기성 백혈병; 호산구성 백혈병; 단구성 백혈병; 비만세포성 백혈병; 거핵아구 백혈병(megakaryoblastic leukemia); 골수성 육종; 및 모양 세포 백혈병일 수 있으나, 이들로 제한되는 것은 아니다.
일부 구현예에서, 또한, 대상체에게 항암 화합물이 투여된다. 예시적인 항암 화합물은 알렘투주맙(Alemtuzumab)(Campath®), 알리트레티노인(Alitretinoin)(Panretin®), 아나스트로졸(Anastrozole)(Arimidex®), 베바시주맙(Bevacizumab)(Avastin®), 벡사로텐(Bexarotene)(Targretin®), 보르테조밉(Bortezomib)(Velcade®), 보수티닙(Bosutinib)(Bosulif®), 브렌툭시맙 베도틴(Brentuximab vedotin)(Adcetris®), 카보잔티닙(Cabozantinib)(Cometriq™), 카르필로조밉(Carfilzomib)(Kyprolis™), 세툭시맙(Cetuximab)(Erbitux®), 크리조티닙(Crizotinib)(Xalkori®), 다사티닙(Dasatinib)(Sprycel®), 데닐루킨 디프티톡스(Denileukin diftitox)(Ontak®), 에를로티닙 하이드로클로라이드(Erlotinib hydrochloride)(Tarceva®), 에베롤리무스(Everolimus)(Afinitor®), 엑세메스탄(Exemestane)(Aromasin®), 풀베스트란트(Fulvestrant)(Faslodex®), 게피티닙(Gefitinib)(Iressa®), 이브리투모맙 티욱세탄(Ibritumomab tiuxetan)(Zevalin®), 이마티닙 메실레이트(Imatinib mesylate)(Gleevec®), 이필리무맙(Ipilimumab)(Yervoy™), 라파티닙 디토실레이트(Lapatinib ditosylate)(Tykerb®), 레트로졸(Letrozole)(Femara®), 닐로티닙(Nilotinib)(Tasigna®), 오파투무맙(Ofatumumab)(Arzerra®), 파니투무맙(Panitumumab)(Vectibix®), 파조파닙 하이드로클로라이드(Pazopanib hydrochloride)(Votrient®), 페르투주맙(Pertuzumab)(Perjeta™), 프랄라트렉세이트(Pralatrexate)(Folotyn®), 레고라페닙(Regorafenib)(Stivarga®), 리툭시맙(Rituximab)(Rituxan®), 로미뎁신(Romidepsin)(Istodax®), 소라페닙 토실레이트(Sorafenib tosylate)(Nexavar®), 수니티닙 말레이트(Sunitinib malate)(Sutent®), 타목시펜(Tamoxifen), 템시롤리무스(Temsirolimus)(Torisel®), 토레미펜(Toremifene)(Fareston®), 토시투모맙 및 131I-토시투모맙(Tositumomab and 131I-tositumomab)(Bexxar®), 트라스투주맙(Trastuzumab)(Herceptin®), 트레티노인(Tretinoin)(Vesanoid®), 반데타닙(Vandetanib)(Caprelsa®), 베무라페닙(Vemurafenib)(Zelboraf®), 보리노스탓(Vorinostat)(Zolinza®), 및 지브-아플리베르셉트(Ziv-aflibercept)(Zaltrap®)를 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아니다.I
일부 구현예에서, 또한, 대상체에게 화학치료제가 투여된다. 이러한 화학치료제의 예는 알킬화제, 예컨대 티오테파 및 사이클로포스파미드; 알킬 설포네이트, 예컨대 부술판, 임프로술판 및 피포술판; 아지리딘, 예컨대 벤조도파, 카르보쿠온, 메투레도파 및 우레도파; 에틸렌이민 및 메틸라멜라민, 예컨대 알트레타민, 트리에틸렌멜라민, 트리에틸렌포스포라미드, 트리에틸렌티오포스포라미드 및 트리메틸올멜라민; 아세토게닌(특히 불라타신 및 불라타시논); 캄프토테신(합성 유사체 토포테칸 포함); 브리오스타틴; 칼리스타틴; CC-1065(이의 아도젤레신, 카르젤레신 및 비젤레신 합성 유사체 포함); 크립토피신(특히 크립토피신 1 및 크립토피신 8 포함); 돌라스타틴; 듀오카르마이신(합성 유사체, KW-2189 및 CB1-TM1 포함); 엘레우테로빈; 판크라티스타틴; 사르코딕티인; 스폰기스타틴; 질소 머스타드, 예컨대 클로람부실, 클로르나파진, 클로로포스파미드, 에스트라무스틴, 이포스파미드, 메클로레타민, 메클로레타민 옥사이드 하이드로클로라이드, 멜팔란, 노벰비친, 페네스테린, 프레드니무스틴, 트로포스파미드, 우라실 머스타드; 니트로소우레아, 예컨대 카르무스틴, 클로로조토신, 포테무스틴, 로무스틴, 니무스틴 및 라님누스틴; 항생제, 예컨대 에네다인 항생제(예를 들어 칼리케아미신, 특히 칼리케아미신 감마II 및 칼리케아미신 오메가II; 디네마이신, 예컨대 디네마이신 A; 비스포스포네이트, 예컨대 클로드로네이트; 에스페라미신; 뿐만 아니라 네오카르지노스타틴 발색단 및 관련 발색단백지 에네다인 항생제 발색단, 아클라시노마이신, 액티노마이신, 아우트라나이신, 아자세린, 블레오마이신, 칵티노마이신, 카라비신, 카미노마이신, 카르지노필린, 크로모마이시니스, 닥티노마이신, 다우노루비신, 데토루비신, 6-디아조-5-옥소-L-노르류신, 독소루비신(모르폴리노-독소루비신, 시아노모르폴리노-독소루비신, 2-피롤리노-독소루비신 및 데옥시독소루비신 포함), 에피루비신, 에소루비신, 이다루비신, 마르셀로마이신, 미토마이신, 예컨대 미토마이신 C, 미코페놀산, 노갈라마이신, 올리보마이신, 페플로마이신, 포트피로마이신, 퓨로마이신, ??라마이신, 로도루비신, 스트렙토니그린, 스트렙토조신, 투베르시딘, 우베니멕스, 지노스타틴, 조루비신; 대사길항제, 예컨대 메토트렉세이트 및 5-플루오로우라실(5-FU); 엽산 유사체, 예컨대 데노프테린, 메토트렉세이트, 프테로프테린, 트리메트렉세이트; 퓨린 유사체, 예컨대 플루다라빈, 6-머캅토퓨린, 티아미프린, 티오구아닌; 피리미딘 유사체, 예컨대 안시타빈, 아자시티딘, 6-아자우리딘, 카르모푸르, 시타라빈, 디데옥시우리딘, 독시플루리딘, 에노시타빈, 플록수리딘; 안드로겐, 예컨대 칼루스테론, 드로모스타놀론 프로피오네이트, 에피티오스타놀, 메피티오스탄, 테스토락톤; 항-아드레날린제, 예컨대 아미노글루테티미드, 미토탄, 트릴로스탄; 엽산 보충물, 예컨대 프롤린산; 아세글라톤; 알도포스파미드 글리코사이드; 아미노레불린산; 에닐우라실; 암사크린; 베스트라부실; 비산트렌; 에다트락세이트; 데포파민; 데메콜신; 디아지쿠온; 엘포르미틴; 엘립티늄 아세테이트; 에포틸론; 에토글루시드; 갈륨 니트레이트; 하이드록시우레아; 렌티난; 로니다이닌; 마이탄시노이드, 예컨대 마이탄신 및 암사미토신; 미토구아존; 미톡산트론; 모피단몰; 니트라에린; 펜토스타틴; 페나메트; 피라루비신; 로속산트론; 포도필린산; 2-에틸하이드라자이드; 프로카바진; PSK 다당류 복합체; 라족산; 리족신; 시조푸란; 스피로게르마늄; 테누아존산; 트리아지쿠온; 2,2',2''-트리클로로트리에틸아민; 트리코테센(특히 T-2 독소, 베라쿠린 A, 로리딘 A 및 안구이딘); 우레탄; 빈데신; 다카르바진; 만노무스틴; 미토브로니톨; 미토락톨; 피포브로만; 가사이토신; 아라비노사이드("Ara-C"); 사이클로포스파미드; 티오테파; 탁소이드, 예를 들어, 파클리탁셀 및 도세탁셀; 클로람부실; 겜시타빈; 6-티오구아닌; 머캅토퓨린; 메토트렉세이트; 백금 배위 착화합물, 예컨대 시스플라틴, 옥살리플라틴 및 카르보플라틴; 빈블라스틴; 백금; 에토포사이드(VP-16); 이포스파미드; 미톡산트론; 빈크리스틴; 비노렐빈; 노반트론; 테니포사이드; 에다트렉세이트; 다우노마이신; 아미노프테린; 젤로다; 이반드로네이트; 이리노테칸(예를 들어, CPT-11); 토포이소머라제 저해제 RFS 2000; 디플루오로메틸로니틴(DMFO); 레티노이드, 예컨대 레티노산; 카페시타빈; 및 이들 중 임의의 약제학적으로 허용 가능한 염, 산 또는 유도체를 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아니다.
일부 구현예에서, 또한, 대상체에게 면역치료제가 투여된다. 면역치료법은 질병을 치료하거나 예방하기 위해 대상체의 면역계를 사용하는 치료, 예를 들어, 암 백신, 사이토카인, 표적-특이적 항체의 사용, T-세포 치료법, 및 수지상 세포 치료법을 지칭한다.
일부 구현예에서, 또한, 대상체에게 면역 조절 단백질이 투여된다. 면역 조절 단백질의 예는 B 림프구 화학주성("BLC"), C-C 모티프 케모카인 11("에오탁신-1"), 호산구 화학주성 단백질 2("에오탁신-2"), 과립구 콜로니-자극 인자("G-CSF"), 과립구 대식세포 콜로니-자극 인자("GM-CSF"), 1-309, 세포내 부착 분자 1("ICAM-1"), 인터페론 감마("IFN-감마"), 인터루킨-1 알파("IL-1 알파"), 인터루킨-1 베타("IL-1 베타"), 인터루킨 1 수용체 길항제("IL-1 ra"), 인터루킨-2("IL-2"), 인터루킨-4("IL-4"), 인터루킨-5("IL-5"), 인터루킨-6("IL-6"), 인터루킨-6 가용성 수용체("IL-6 sR"), 인터루킨-7("IL-7"), 인터루킨-8("IL-8"), 인터루킨-10("IL-10"), 인터루킨-11("IL-11"), 인터루킨-12의 서브유닛 베타("IL-12 p40" 또는 "IL-12 p70"), 인터루킨-13("IL-13"), 인터루킨-15("IL-15"), 인터루킨-16("IL-16"), 인터루킨-17("IL-17"), 케모카인(C-C 모티프) 리간드 2("MCP-1"), 대식세포 콜로니-자극 인자("M-CSF"), 감마 인터페론에 의해 유도되는 모노카인("MIG"), 케모카인(C-C 모티프) 리간드 2("MIP-1 알파"), 케모카인(C-C 모티프) 리간드 4("MIP-1 베타"), 대식세포 염증 단백질-1-델타("MIP-1 델타"), 혈소판-유래 성장인자 서브유닛 B("PDGF-BB"), 케모카인(C-C 모티프) 리간드 5, 활성화 시 조절, 정상 T-세포 발현 및 분비("RANTES"), TIMP 메탈로펩티다제 저해제 1("TIMP-1"), TIMP 메탈로펩티다제 저해제 2("TIMP-2"), 종양 괴사 인자, 림포톡신-알파("TNF 알파"), 종양 괴사 인자, 림포톡신-베타("TNF 베타"), 가용성 TNF 수용체 유형 1("sTNFRI"), sTNFRIIAR, 뇌-유래 신경영양 인자("BDNF"), 염기성 섬유모세포 성장인자("bFGF"), 골 형성 단백질 4("BMP-4"), 골 형성 단백질 5("BMP-5"), 골 형성 단백질 7("BMP-7"), 신경 성장인자("b-NGF"), 표피 성장인자("EGF"), 표피 성장인자 수용체("EGFR"), 내분비선-유래 혈관 내피 성장인자("EG-VEGF"), 섬유모세포 성장인자 4("FGF-4"), 케라티노사이트 성장인자("FGF-7"), 성장 분화 인자 15("GDF-15"), 교질 세포-유래 신경영양 인자("GDNF"), 성장호르몬, 헤파린-결합 EGF-유사 성장인자("HB-EGF"), 간세포 성장인자("HGF"), 인슐린-유사 성장인자 결합 단백질 1("IGFBP-1"), 인슐린-유사 성장인자 결합 단백질 2("IGFBP-2"), 인슐린-유사 성장인자 결합 단백질 3("IGFBP-3"), 인슐린-유사 성장인자 결합 단백질 4("IGFBP-4"), 인슐린-유사 성장인자 결합 단백질 6("IGFBP-6"), 인슐린-유사 성장인자 1("IGF-1"), 인슐린, 대식세포 콜로니-자극 인자("M-CSF R"), 신경 성장인자 수용체("NGF R"), 뉴로트로핀-3("NT-3"), 뉴로트로핀-4("NT-4"), 파골세포형성 저해 인자("오스테오프로테게린"), 혈소판-유래 성장인자 수용체("PDGF-AA"), 포스파티딜이노시톨-글리칸 생합성("PIGF"), Skp, 컬린(Cullin), F-박스 함유 복합체("SCF"), 줄기세포 인자 수용체("SCF R"), 형질전환 성장인자 알파("TGF알파"), 형질전환 성장인자 베타-1("TGF 베타 1"), 형질전환 성장인자 베타-3("TGF 베타 3"), 혈관 내피 성장인자("VEGF"), 혈관 내피 성장인자 수용체 2("VEGFR2"), 혈관 내피 성장인자 수용체 3("VEGFR3"), VEGF-D 6Ckine, 티로신-단백질 키나제 수용체 UFO("Axl"), 베타셀룰린("BTC"), 점막-관련 상피 케모카인("CCL28"), 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 27("CTACK"), 케모카인 (C-X-C 모티프) 리간드 16("CXCL16"), C-X-C 모티프 케모카인 5("ENA-78"), 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 26("에오탁신-3"), 과립구 화학주성 단백질 2("GCP-2"), GRO, 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 14("HCC-l"), 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 16("HCC-4"), 인터루킨-9("IL-9"), 인터루킨-17 F("IL-17F"), 인터루킨-18-결합 단백질("IL-18 BPa"), 인터루킨-28 A("IL-28A"), 인터루킨 29("IL-29"), 인터루킨 31("IL-31"), C-X-C 모티프 케모카인 10("IP-10"), 케모카인 수용체 CXCR3("I-TAC"), 백혈병 저해 인자("LIF"), 라이트(Light), 케모카인 (C 모티프) 리간드("림포탁틴"), 단핵구 화학주성 단백질 2("MCP-2"), 단핵구 화학주성 단백질 3("MCP-3"), 단핵구 화학주성 단백질 4("MCP-4"), 대식세포-유래 케모카인("MDC"), 대식세포 이동 저해 인자("MIF"), 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 20("MIP-3 알파"), C-C 모티프 케모카인 19("MIP-3 베타"), 케모카인 (C-C 모티프) 리간드 23("MPIF-1"), 대식세포 자극 단백질 알파 사슬("MSP알파"), 뉴클레오솜 조립 단백질 1-유사 4("NAP-2"), 분비형 인단백질 1("오스테오폰틴"), 폐 및 활성화-조절 사이토카인("PARC"), 혈소판 인자 4("PF4"), 기질 세포-유래 인자-1 알파("SDF-1 알파"), 케모카인(C-C 모티프) 리간드 17("TARC"), 흉선-발현 케모카인("TECK"), 흉선 기질 림포포이에틴("TSLP 4- IBB"), CD 166 항원("ALCAM"), 분화 군집 80("B7-1"), 종양 괴사 인자 수용체 슈퍼계통 구성원 17("BCMA"), 분화 군집 14("CD14"), 분화 군집 30("CD30"), 분화 군집 40("CD40 리간드"), 암배아 항원-관련 세포 부착 분자 1(담즙 당단백질)("CEACAM-1"), 사멸 수용체 6("DR6"), 데옥시티미딘 키나제("Dtk"), 유형 1 막 당단백질("엔도글린"), 수용체 티로신-단백질 키나제 erbB-3("ErbB3"), 내피-백혈구 부착 분자 1("E-셀렉틴"), 세포자멸사 항원 1("Fas"), Fms-유사 티로신 키나제 3("Flt-3L"), 종양 괴사 인자 수용체 슈퍼계통 구성원 1("GITR"), 종양 괴사 인자 수용체 슈퍼계통 구성원 14("HVEM"), 세포내 부착 분자 3("ICAM-3"), IL-1 R4, IL-1 RI, IL-10 R베타, IL-17R, IL-2R감마, IL-21R, 리소좀 막 단백질 2("LIMPII"), 호중구 겔라티니제-관련 리포칼린("리포칼린-2"), CD62L("L-셀렉틴"), 림프 내피("LYVE-1"), MHC 클래스 I 폴리펩타이드-관련 서열 A("MICA"), MHC 클래스 I 폴리펩타이드-관련 서열 B("MICB"), NRGl-베탈, 베타-유형 혈소판-유래 성장인자 수용체("PDGF R베타"), 혈소판 내피 세포 부착 분자("PECAM-1"), RAGE, A형 간염 바이러스 세포성 수용체 1("TIM-1"), 종양 괴사 인자 수용체 슈퍼계통 구성원 IOC("TRAIL R3"), 트랩핀 단백질 트랜스글루타미나제 결합 도메인("트랩핀-2"), 유로키나제 수용체("uPAR"), 혈관 세포 부착 단백질 1("VCAM-1"), XEDAR, 액티빈 A, 아구티-관련 단백질("AgRP"), 리보뉴클레아제 5("앤지오게닌"), 앤지오포이에틴 1, 앤지오스타틴, 카텝신 S, CD40, 크립틱 계통 단백질 IB("Cripto-1"), DAN, 딕코프(Dickkopf)-관련 단백질 1("DKK-1"), E-카드헤린, 상피 세포 부착 분자("EpCAM"), Fas 리간드(FasL 또는 CD95L), Fcg RIIB/C, 포우이스타틴(FoUistatin), 갈렉틴-7, 세포내 부착 분자 2("ICAM-2"), IL-13R1, IL-13R2, IL-17B, IL-2 Ra, IL-2 Rb, IL-23, LAP, 신경 세포 부착 분자("NrCAM"), 플라스미노겐 활성인자 저해제-1("PAI-1"), 혈소판 유래 성장인자 수용체("PDGF-AB"), 레지스틴, 기질l 세포-유래 인자 1("SDF-1 베타"), sgpl30, 분비형 프리즐드-관련 단백질 2("ShhN"), 시알산-결합 면역글로불린-유형 렉틴("Siglec-5"), ST2, 형질전환 성장인자-베타 2("TGF 베타 2"), Tie-2, 트롬보포이에틴("TPO"), 종양 괴사 인자 수용체 슈퍼계통 구성원 10D("TRAIL R4"), 골수성 세포 상에서 발현되는 촉발 수용체 1("TREM-1"), 혈관 내피 성장인자 C("VEGF-C"), VEGFRl, 아디포넥틴, 아딥신("AND"), 알파-페토단백질("AFP"), 앤지오포이에틴-유사 4("ANGPTL4"), 베타-2-마이크로글로불린("B2M"), 기저 세포 부착 분자("BCAM"), 탄수화물 항원 125("CA125"), 암 항원 15-3("CA15-3"), 암배아 항원("CEA"), cAMP 수용체 단백질("CRP"), 인간 표피 성장인자 수용체 2("ErbB2"), 폴리스타틴, 여포-자극 호르몬("FSH"), 케모카인(C-X-C 모티프) 리간드 1("GRO 알파"), 인간 융모 성선 자극 호르몬("베타 HCG"), 인슐린-유사 성장인자 1 수용체("IGF-1 sR"), IL-1 sRII, IL-3, IL-18 Rb, IL-21, 렙틴, 매트릭스 메탈로프로테이나제-1("MMP-1"), 매트릭스 메탈로프로테이나제-2("MMP-2"), 매트릭스 메탈로프로테이나제-3("MMP-3"), 매트릭스 메탈로프로테이나제-8("MMP-8"), 매트릭스 메탈로프로테이나제-9("MMP-9"), 매트릭스 메탈로프로테이나제-10("MMP-10"), 매트릭스 메탈로프로테이나제-13("MMP-13"), 신경 세포 부착 분자("NCAM-1"), 엔탁틴("니도겐-1"), 신경 특이적 에놀라제("NSE"), 온코스타틴 M("OSM"), 프로칼시토닌, 프롤락틴, 전립선 특이적 항원("PSA"), 시알산-결합 Ig-유사 렉틴 9("Siglec-9"), ADAM 17 엔도펩티다제("TACE"), 티로글로불린, 메탈로프로테이나제 저해제 4("TIMP-4"), TSH2B4, 디스인테그린 및 메탈로프로테이나제 도메인-함유 단백질 9("ADAM-9"), 앤지오포이에틴 2, 종양 괴사 인자 리간드 슈퍼계통 구성원 13/ 산성 류신-풍부 핵 인단백질 32 계통 구성원 B("APRIL"), 골 형성 단백질 2("BMP-2"), 골 형성 단백질 9("BMP-9"), 보체 구성요소 5a("C5a"), 카텝신 L, CD200, CD97, 케메린(Chemerin), 종양 괴사 인자 수용체 슈퍼계통 구성원 6B("DcR3"), 지방산-결합 단백질 2("FABP2"), 섬유모세포 활성화 단백질, 알파("FAP"), 섬유모세포 성장인자 19("FGF-19"), 갈렉틴-3, 간세포 성장인자 수용체("HGF R"), IFN-알파/베타 R2, 인슐린-유사 성장인자 2("IGF-2"), 인슐린-유사 성장인자 2 수용체("IGF-2 R"), 인터루킨-1 수용체 6("IL-1R6"), 인터루킨 24("IL-24"), 인터루킨 33("IL-33", 칼리크레인 14, 아스파라기닐 엔도펩티다제("레구마인"), 산화된 저밀도 지질단백질 수용체 1("LOX-1"), 만노스-결합 렉틴("MBL"), 네프릴라이신("NEP"), 노치 상동체 1, 전좌-관련(초파리)("노치-1"), 신장모세포종 과발현("NOV"), 오스테오액티빈, 프로그래밍된 세포 사멸 단백질 1("PD-1"), N-아세틸무라모일-L-알라닌 아미다제("PGRP-5"), 세르핀 A4, 분비형 프리즐드 관련 단백질 3("sFRP-3"), 트롬보모듈린, 톨(Toll)-유사 수용체 2("TLR2"), 종양 괴사 인자 수용체 슈퍼계통 구성원 10A("TRAIL Rl"), 트랜스페린("TRF"), WIF-lACE-2, 알부민, AMICA, 앤지오포이에틴 4, B-세포 활성화 인자("BAFF"), 탄수화물 항원 19-9("CA19-9"), CD 163, 클러스테린, CRT AM, 케모카인(C-X-C 모티프) 리간드 14("CXCL14"), 시스타틴 C, 데코린("DCN"), 딕코프(Dickkopf)-관련 단백질 3("Dkk-3"), 델타-유사 단백질 1("DLL1"), 페투인 A, 헤파린-결합 성장인자 1("aFGF"), 폴레이트 수용체 알파("FOLR1"), 푸린(Furin), GPCR-관련 분류 단백질 1("GASP-1"), GPCR-관련 분류 단백질 2("GASP-2"), 과립구 콜로니-자극 인자 수용체("GCSF R"), 세린 프로테아제 헵신("HAI-2"), 인터루킨-17B 수용체("IL-17B R"), 인터루킨 27("IL-27"), 림프구-활성화 유전자 3("LAG-3"), 아포지질단백질 A-V("LDL R"), 펩시노겐 I, 레티놀 결합 단백질 4("RBP4"), SOST, 헤파란 설페이트 프로테오글리칸("신데칸-1"), 종양 괴사 인자 수용체 슈퍼계통 구성원 13B("TACI"), 조직 인자 경로 저해제("TFPI"), TSP-1, 종양 괴사 인자 수용체 슈퍼계통, 구성원 10b("TRAIL R2"), TRANCE, 트로포닌 I, 유로키나제 플라스미노겐 활성인자("uPA"), 카드헤린 5, CD144로도 알려진 유형 2 또는 VE-카드헤린(혈관 내피)("VE-카드헤린"), WNT1-유도성-신호전달 경로 단백질 1("WISP-1"), 및 핵 인자 B의 수용체 활성인자("RANK")를 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아니다.
일부 구현예에서, 또한, 대상체에게 면역 체크포인트 저해제가 투여된다. 면역 체크포인트 저해는 넓게는, 면역 반응을 방지하거나 하향조절하기 위해 암세포가 발휘할 수 있는 체크포인트를 저해하는 것을 지칭한다. 면역 체크포인트 단백질의 예는 CTLA4, PD-1, PD-L1, PD-L2, A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, KIR, LAG3, TIM-3 또는 VISTA를 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아니다. 면역 체크포인트 저해제는 면역 체크포인트 단백질에 결합하고 이를 저해하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편일 수 있다. 면역 체크포인트 저해제의 예는 니볼루맙(nivolumab), 펨브롤리주맙(pembrolizumab), 피딜리주맙(pidilizumab), AMP-224, AMP-514, STI-A1110, TSR-042, RG-7446, BMS-936559, MEDI-4736, MSB-0020718C, AUR-012 및 STI-A1010을 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아니다.
일부 구현예에서, 본원에 제공된 조성물(예를 들어, 본원에서 제공되는 백신 조성물)은 암 및/또는 CMV 감염을 예방적으로 방지하기 위해 투여된다. 일부 구현예에서, 백신은 종양 세포 증식을 저해하기 위해 투여된다. 백신은 환자에서 암세포 또는 CMV 감염 세포의 검출 전에 또는 후에 투여될 수 있다. 종양 세포 증식의 저해는 종양 세포의 성장을 방지하거나, 중단시키거나 서행시키거나 종양 세포를 사멸화하는 것을 지칭하는 것으로 이해된다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 펩타이드, 핵산, 항체 또는 APC를 포함하는 백신의 투여 후, 전염증성 반응이 유도된다. 전염증성 면역 반응은 전염증성 사이토카인 및/또는 케모카인, 예를 들어, 인터페론 감마(IFN-γ) 및/또는 인터루킨 2(IL-2)의 생성을 포함한다. 전염증성 사이토카인 및 케모카인은 당업계에 잘 알려져 있다.
공동 치료법은, 후속 치료가 투여될 때, 투여된 제1 제제의 치료 효과가 완전히 사라지지 않게 된 방식으로 활성 화합물의 순차적인, 동시적인 및 별개의, 및/또는 공동-투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 제제는 제1 제제와 공동-제형화되거나 별개의 약제학적 조성물에서 제형화될 수 있다.
본원에 제공된 약제학적 조성물 내의 활성 성분의 실제 투약 수준은, 환자에게 독성이 없으면서, 특정 환자, 조성물 및 투여 방식의 요망되는 치료 반응을 달성하기에 효과적인 활성 성분의 양을 수득하기 위해 달라질 수 있다.
선택된 투약 수준은 이용되는 특정 제제의 활성, 투여 경로, 투여 시간, 이용될 특정 화합물의 배출 또는 대사 속도, 치료 기간, 이용되는 특정 화합물과 조합되어 사용되는 다른 약물, 화합물 및/또는 물질, 치료를 받을 환자의 연령, 성별, 체중, 조건, 일반적인 건강 상태 및 과거 병력, 및 의료 분야에서 잘 알려진 유사한 인자를 포함한 여러 가지 인자에 따라 다를 것이다.
일부 구현예에서, 본원에 제공된 방법은 식별된 대상체를 본원에 제공된 치료 방법을 사용하여 (예를 들어, 대상체에게 본원에 제공된 약제학적 조성물을 투여함으로써) 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
실시예
실시예 1: 환자 특징
CMV-관련 합병증을 갖는 고형 장기 이식(SOT) 수혜자에서 자가 T-세포 치료법의 안전성을 평가하기 위해, 환자가 하기 4개의 기준 중 하나를 충족시킨다면 환자를 선별하고 적격인 것으로 간주하였다:
(A) 성공적인 초기 치료법 후 CMV 재활성 또는 질환(조직학에 의해 정의된 바와 같음), 예를 들어, 간사이클로비르-내성 CMV 재활성;
(B) 지속적인 CMV 질환, 즉, 2주간의 샐비지(salvage) 포스카넷 또는 다른 제2선 항-바이러스제에 대해 반응이 없으며, 예를 들어, 제2선 약물 치료법에 대한 불응성으로 인한 재발성 CMV 재발;
(C) 적절한 항-바이러스 치료법에도 불구하고 지속적인 CMV　복제(PCR에 의해 6주 초과); 또는
(D) 항-바이러스 치료법이 불내증(intolerance) 또는 말단 장기 한계(예를 들어 신장 손상, 골수 이상(marrow dysfunction))에 기초하여 사용 금지된 임의의 CMV 재활성 또는 질환, 예를 들어, 말단-장기 CMV 질환 또는 항-바이러스 약물 치료법에 대한 불내증.
항-바이러스 약물 치료법을 기관의 지침에 따라 투여하였다. 환자는 시험관내에서 증식된 T-세포를 1-2 x 107개 세포/m2에서 6개 이하의 용량으로 2주마다 제공받았다. 각각의 참가자는 적응 T-세포 치료법의 완료 후 28주 동안 안전성, 임상적 증상, 바이러스 부하 및 면역 재구성에 대해 모니터링되었다. 바이러스 부하 모니터링은 이전에 기재된 바와 같이 인-하우스 정성적 검정법을 사용하여 수행되었다(Hill et al. 2016 Am J Transplant 2010; 10(1): 173-9).
결과
이 연구에 포함된 참가자의 임상 특징은 표 2에 제공된다. 총 21명의 SOT 수혜자(13명 신장, 8명 폐, 1명 심장)가 연구에 포함되었다. 추적 조사 분석에 포함된 폐 이식 환자 중 2명은 치료 제품 투여의 특별 공급 제도 하에 이전에 치료를 받았다(Holmes-Liew et al. Clinical & translational immunology 2015; 4(3): e35; Pierucci et al. J Heart Lung Transplant 2016; 35(5): 685-7). 분석된 21명의 환자 중, 13명의 SOT 수혜자가 개입에 할당되었고, 최대 6개 용량의 적응 T-세포 치료법을 제공받았다. 단일 투약 후 1명의 환자는 치료법을 중단하였고, 면역 모니터링이 수행되지 않았다. 나머지 8명의 환자 중에서, 7명은 이들의 임상적 상태의 향상으로 인해 적응 T-세포 치료법을 받지 않았고, 상기 치료법은 1명의 환자를 위해 준비될 수 없었다.
표 2: 연구에 등록된 SOT 수혜자의 임상 프로파일
환자 코드 연령 / 성별 장기 모집 기준 면역 억제 항-바이러스 치료 약물 내성 CMV 질환
병력 		공여자/ 수혜자 CMV 상태
1553PAH01 61M 신장 B,C TAC; MMF; MePRD GCV; FOS Nil 위, 폐, 결장 +/-
1553PAH02 45F 신장 A TAC; MMF; PRD VGCV Nil 결장 +/+
1553PAH03 57M 신장 A CSA; PRD VGCV; GCV Nil 검출되지 않음 Unk/+
1553PAH04 64F 신장 A TAC; MMF; PRD VGCV Nil 결장 +/+
1553PAH05 23M 신장 C TAC; MMF; PRD　　 VGCV; GCV; FOS; LEF Nil 결장염,
폐렴		 +/+
1553PAH06 57M 신장 A TAC; MMF; PRD VGCV; GCV GCV 결장염 -/-
1553PAH07 26F 신장 A TAC; MMF; PRD VGCV; GCV N.A. 결장염 +/+
1553PAH08 26M 신장 B,C TAC; MMF; PRD VGCV; GCV; FOS Nil 검출되지 않음 +/-
1553PAH09 44M 신장 C TAC; MMF; PRD; MePRD VGCV; GCV Nil 검출되지 않음 +/-
1553PAH10 53F 신장 A TAC; MMF; PRD VGCV; GCV Nil 검출되지 않음 +/+
1553PAH11 45M 신장 C TAC; MMF; PRD VGCV; GCV Nil 검출되지 않음 +/-
1553PAH12 43F 신장 C TAC; MMF; PRD VGCV; GCV Nil 　검출되지 않음 +/-
1553PAH13 53M 신장 A TAC; MMF; PRD VGCV; GCV Nil 검출되지 않음 +/+
1553PCH01 62M 폐 B EVR, PRD　 GCV; FOS GCV 식도염 -/-
1553PCH02 55M 폐 A TAC; MMF; EVR; AZA; PRD VGCV; GCV; FOS; IVIG GCV 결장염 +/+
1553PCH03 62F 폐 C TAC; MMF; EVR; AZA; MYF VGCV; GCV; FOS Nil 폐렴 +/-
1553PCH04 29F 폐 A CSA; TAC; MMF; EVR VGCV: GCV; FOS; IVIG; LEF GCV 폐렴, 결장염 +/-
1553PCH05 66M 폐 A CSA; TAC; MMF; AZA VGCV; GCV Nil 결장염,
구강 궤양		 +/-
1553RAH01 64M 폐 D 　TAC; PRD VGCV; GCV N.A. 폐 +/-
SASRAH01 41F 폐 A,B TAC; PRD; AZA; EVR; LEF; MePRD VGCV; GCV; FOS GCV ULP7 L595S 간염, 폐 +/-
SASSVH01 56M 폐 A,B N.A. VGCV: GCV; FOS; CDV GCV; L595S; FOS; UL54; L415N; S734P; I840T 검출되지 않음 +/-
1553PCH06 61M 심장 D CSA; MMF VGCV Nil Nil +/+
N.A. 이용 가능하지 않음
A: 성공적인 초기 치료법 후 CMV 재활성 또는 질환(조직학에 의해 정의된 바와 같음).
B: 지속적인 CMV 질환, 즉, 2주간의 샐비지 포스카넷 또는 다른 제2선 항-바이러스제에 대해 반응이 없음.
C: 적절한 항-바이러스 치료법에도 불구하고 지속적인 CMV　복제(PCR에 의해 6주 초과).
D: 항-바이러스 치료법이 불내증 또는 말단 장기 한계(예를 들어 신장 손상, 골수 이상)에 기초하여 사용 금지된 임의의 CMV 재활성 또는 질환.
AZA: 아자티오프린(Azathioprine);
CSA: 사이클로스포린;
EVR: 에베롤리무스;
LEF: 레플루노마이드(Leflunomide);
MePRD: 메틸프레드니솔론;
MMF: 미코페놀레이트;
PRD: 프레드니솔론;
TAC: 타크롤리무스;
CDV: 시도포비르;
FOS: 포스카넷;
GCV: 간사이클로비르;
VGCV: 발간사이클로비르.
실시예 2: T-세포 치료법 준비
CMV-특이적 T-세포 치료법을 생성시키기 위해, 각각의 환자로부터 획득된 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)를 각각, IL-21(제0일에 40 ng/mL)의 존재 하에 pp65, pp50, IE-1, gH 및 gB(표 1)로부터의 사전-한정된 HLA 클래스 I 및 클래스 II-국한 펩타이드 에피토프를 포함한 임상-등급의 CMV 펩타이드 풀로 자극시켰다. 그 후에, 자극된 시료를 Grex-10 배양 플라스크(Wilson Wolf Corporation, Saint Paul, MN)에서 2-5 x 106개 세포/cm2의 시작 세포 밀도로 배양하였다. 이들 배양물에 제2일에 그리고 이후에 3일마다 IL-2(120 IU/mL)를 보충하였다. 제14일에, 증식된 T-세포를 수합하고, 10% 디메틸 설폭사이드를 함유하는 Albumex 4(CSL Behring, Broadmeadows, Australia)에서 1 mL 단일-용량 분취물에서 냉동시켰다. 주입 전에 T-세포를 미생물 오염에 대해 시험하고, Multitest 6-색 TBNK 시약(BD Biosciences, San Jose, CA) 및 세포내 사이토카인 염색(하기 상술됨)을 사용하여 표현형적으로 그리고 기능적으로 특징화하였다. 적응 전달을 위해, T-세포를 19 mL의 임상 등급의 생리 식염수 내로 해동시키고, 5분 내지 10분의 기간에 걸쳐 정맥내로 주입하였다.
결과
CMV-특이적 T-세포를 21명의 환자 중 20명으로부터 성공적으로 증식시키고, 이들의 항원 특이성을 세포내 IFN-γ 분석(표 3)에 의해 평가하였다. CMV 펩타이드 풀-증식 세포는 주로 CD3+ CD8+ T-세포(도 1a)였으며, 특이성의 중앙값은 51.2%였다(도 1b). IFN-γ-생성 CD8+ T-세포의 빈도는 신장 이식 수혜자와 폐/심장 이식 수혜자 사이에서 유의하게 상이하지 않았거나(도 1c) 이식-전 CMV 혈청반응양성 개체와 CMV 혈청반응음성 개체 사이에서 유의하게 상이하지 않았다(도 1d). CMV-특이적 T-세포의 다작용성의 두드러진 향상은 시험관내 증식 후에 관찰되었으며, 이때 IFN-γ, TNF 및 CD107a를 생성할 수 있는 세포의 비율은 증가하였다(도 1e). 대부분의 환자로부터 생성된 T-세포는 다수의 CMV 항원에 의해 인코딩된 다수의 펩타이드 에피토프에 대한 반응성을 나타내었다(표 3).
표 3: SOT 수혜자로부터 시험관내 증식된 T-세포의 CMV-특이적 반응성
환자 코드 장기 수혜자 HLA 유형 장기 공여자 HLA 유형 CMV-특이적 T-세포 반응# 표적화된 CMV 에피토프
생체외 (자극 전) 제14일
1553PAH01 A1 A11 B8 B60 A31 A33 B51 B58 0.24 0.0 N.A.
1553PAH02 A2 A34 B44 B75 A1 A2 B44 B44 5.15 79.9 NLV (pp65, A2); VLE/YIL (IE-1, A2) DEL (IE-1, B44)
1553PAH04 A2 A25 B7 B35 A2 A24 B7 B62 0.43 47.6 RPH (pp65, B7); TPR (pp65, B7)
1553PAH05 A24 A34 B56 Cw1 Cw7 A3 A31 B51 B7 0.05 24.3 QYD (pp65, A24)
1553PAH06 A2 A32 B7 B27 A2 A11 B13 B46 17.67 77.2 NLV (pp65, A2); RPH (pp65, B7); TPR (pp65, B7)
1553PAH07 A2 A2 B44 B51 A2 A2 B7 B44 0 36.5 NLV (pp65, A2)
1553PAH08 A1 A29 B8 B52 A1 A2 B44 B57 0 22.9 VTE (pp50, A1); ELR/K (IE-1, B8);
1553PAH09 A3 A29 B44 B45 Cw6 Cw16 A2 A3 B7 B51 0.09 48.4 TRA (pp65, Cw6)
1553PAH10 A11 A24 B7 B55 Cw7 Cw7 A2 A31 B62 B60 3.14 66.0 RPH (pp65, B7); TPR (pp65, B7); QYD (pp65, A24); AYA (IE-1, A24)
1553PAH11 A3 A24 B35 B60 A2 A23 B44 B62 3.21 59.1 IPS (pp65, B35); AYA (IE-1, A24)
1553PAH12 A25 A68 B8 B35 A1 A11 B8 B35 0.44 61.6 IPS (pp65, B35); ELR/K (IE-1, B8)
1553PAH13 A2 A11 B35 B35 Cw4 Cw4 A11 A32 B58 B62 Cw4 Cw7 3.21 60.2 NLV (pp65, A2); IPS (pp65, B35)
1553PCH01* A3 A31 B38 B65 Cw8 A2 A3 B7 B65 0.00 56.9 KAR (IE-1; A31)
1553PCH02 A1 A3 B42 B57 Cw17 A2 A3 B7 B62 0.87 57.3 TRA (pp65, Cw6); VTE (pp50, A1)
1553PCH03 A1 A3 B7 B8 Cw7 Cw7 A1 A2 B51 B57 8.74 48.0 RPH (pp65, B7); TPR (pp65, B7); YSE (pp65, A1); VTE (pp50; A1); QIK (IE-1; B8); CRV (IE-1; Cw7)
1553PCH04 A2 A11 B44 B50 Cw5 Cw6 A32 A62 B44 B53 6.35 63.6 TRA (pp65, Cw6)
1553PCH05 A2 A3 B27 B49 Cw1 Cw7 A3 A29 B50 B51 1.32 26.9 NLV (pp65, A2)
1553RAH01 A2 A23 B44 B44 N.A. 0.00 31.9 N.A.
SASRAH01** A1 A11 B7 B35 Cw4 Cw7 N.A. 0.73 11.68 RPH (pp65, B7); TPR (pp65, B7); YSE (pp65, A1); VTE (pp50, A1); IPS (pp65, B35);
SASSVH01** A1 A3 B7 B8 Cw7 Cw7 N.A. 14.22 43.94 RPH (pp65, B7); TPR (pp65, B7); VTE (pp50; A1); ELR (IE-1; B8); QIK (IE-1; B8);
1553PCH06 A2 A24 B44 B56 Cw1 Cw5 A1 A3 B7 B8 17.13 71.4 NLV (pp65, A2); VLE/YIL (IE-1, A2)
N.A. 이용 가능하지 않음
# CMV 반응은 IFN-γ를 생성하는 CD8+ T-세포의 비율로서 결정되었음
* KAR 펩타이드는 자극을 위해 CMV 펩타이드 풀에 첨가되었음
** HLA-특이적 펩타이드 풀은 이들 환자에 대한 T-세포를 제조하기 위해 생성되었음
실시예 3: 적응 면역치료법 후 임상적 성과
적응 CMV-특이적 T-세포 치료법을 받은 환자 중 누구도 치료-관련 등급 3, 4 또는 5의 유해 사건을 나타내었다(표 4). 적어도 T-세포 주입에 기인할 가능성이 있는 것으로 여겨진 모든 유해 사건은 등급 1 및 2였고, 피로 및 불쾌감을 포함하였다. 중요하게는, 이식 상태의 변화와 관련된 어떠한 유해 사건도 검출되지 않았다. T-세포 치료법 개입에 할당된 환자의 임상적 추적 조사는, 13명의 환자 중 11명이 이들의 증상에서 객관적인 향상을 보여주었음을 나타내었다. 이들은 CMV 재활성 및/또는 질환의 감소 또는 해소, 및 항-바이러스 약물 치료법에 대한 향상된 반응을 포함하였다. 임상 반응을 보여준 11명의 환자에서 적응 T-세포 치료법 전의 중앙값 피크 바이러스 부하는 3.2 x 104 CMV 카피/mL 혈액(범위 1.4 x 103 내지 3.44 x 105 카피)이었다. 적응 면역치료법 후, 중앙값 바이러스 부하는 1.2 x 103 CMV 카피/mL 혈액(범위 0-7.9 x 103 카피; 표 4)까지 하락하였다. 더욱이, 이들 환자 중 많은 사람들이 CMV 질환 증상의 해소를 나타내었다(표 4). 더욱 중요하게는, 적응 T-세포 치료법의 완료 후, 항-바이러스 약물 치료법의 사용은 완전히 중단되거나(5/11) 또는 유의하게 감소되었다(6/11; 표 5).
결과
환자 코호트(약물 내성/ 불내증, 지속적인 바이러스 재활성 또는 관련 질환의 증거로 인해 동원됨)에서, T-세포 투여 후 중증 유해 사건 또는 이식물에 대한 임의의 음성 효과 중 어느 것도 실증되지 않았다(표 4 참조).
표 4: T-세포 치료법 후의 안전성 평가
유해 사건* 사건 수
등급 1 - 경증
메스꺼움 2
불쾌감 2
피로 2
변경된 미각 2
등급 2 - 중등도
피로 1
구취 1
미소혈관증 용혈성 빈혈 1
*T-세포 치료법과 관련이 있거나 가능성이 있는 사건.
어떠한 유해 사건도 T-세포 치료법과 명확하게 관련이 있는 것으로 보이지 않았음.
표 5: 적응 T-세포 치료법 후 임상 반응
환자 코드 장기 주입 수 총 T-세포 용량 (x10 6 ) 주입-전 피크 부하
(x10 3 ) 		주입-후 피크 부하
(x10 3 ) 		항-바이러스 치료법 T-세포 주입-전 항-바이러스 치료법
T-세포 치료법 후 		임상 증상/T-세포 치료법 후 관리
1553PAH05 신장 1 45.25 1.4 0.32 VGCV; GCV; FOS; LEF FOS; LEF 해소된 DNA혈증 및 CMV 질환 증상
1553PAH06 신장 6 245 12 0.78 VGCV; GCV Nil 해소된 CMV 질환 증상
1553PAH08 신장 5 226 54 7.9 VGCV; GCV; FOS VGCV; IVIG 해소된 CMV 질환 증상
1553PAH09 신장 5 180 10 1.4 VGCV; GCV VGCV 해소된 설사; 감소된 면역억제
1553PCH01 폐 6 210 8 0.12 GCV; FOS Nil FOS는 바이러스 재활성 없이 중단됨
1553PCH02 폐 3 108 48 2.3 VGCV; GCV; FOS; IVIG Nil DNA혈증의 감소
1553PCH03 폐 2 42 12 45 VGCV; GCV; FOS GCV 다발성 장기 부전으로 인한 사망
1553PCH04 폐 6 168 17 2.9 VGCV; GCV; FOS; IVIG; LEF IVIG; LEF DNA혈증의 감소
1553PCH05 폐 6 241 47 0 VGCV; GCV VGCV DNA혈증의 감소
1553RAH01 폐 3 104 18.9 17.6 VGCV; GCV GCV; FOS; IVIG 진행중인 상승된 CMV PCR, 그러나 말단-장기 질환은 없음
SASRAH01 폐 4 120 344 1 VGCV; GCV; FOS Nil 약물-독립적 DNA혈증의 감소
SASSVH01* 폐 2
1		 38.7 (cycle 1)
22.2 (cycle 2)		 95.4 2.5 VGCV; GCV; FOS; CDV CDV DNA혈증의 감소
1553PCH06 심장 6 204 1.5 0 VGCV Nil T-세포 치료법 후 VGCV 중단됨
CDV: 시도포비르; FOS: 포스카넷; GCV: 간사이클로비르; IVIG: 정맥내 CMV 면역글로불린; LEF: 레플루노마이드; VGCV: 발간사이클로비르
실시예 4: T-세포 치료법 후 바이러스학적 및 면역학적 모니터링
CMV-특이적 T-세포 면역 재구성에 미치는 적응 T-세포 치료법의 영향을 평가하기 위해, 면역치료법 후 세로방향 세포내 사이토카인 분석을 수행하였으며, 각각의 환자에서 바이러스학적 모니터링과 중첩하였다. 간략하게는, T-세포 치료법 및 추적 조사 혈액 시료로부터 단리된 PBMC를 특징화하기 위해, 세포를 CMV 펩타이드 에피토프로 자극시키고, 이전에 기재된 바와 같이 세포내 사이토카인 검정법을 사용하여 IFN-γ, TNF 및 IL-2의 발현 및 CD107의 이동(mobilisation)에 대해 평가하였다(Smith C et al. Oncoimmunology 2017; 6(2): e1273311). 세포를 FACSDiva 소프트웨어(BD Biosciences)와 함께 BD LSR Fortessa를 사용하여 획득하였다. 획득-후 및 Boolean 분석을 FlowJo 소프트웨어(FlowJo LLC, Ashland, OR)를 사용하여 수행하였다.
결과
적응 면역치료법에 대해 객관적인 반응을 나타낸 4명의 SOT 환자로부터의 대표적인 데이터는 도 2에 도시되어 있다. 음영 박스는 치료-전 분석 기간을 나타내고, 화살표는 자가 시험관내-증식된 CMV-특이적 T 세포의 각각의 주입을 나타낸다. 이러한 분석은 바이러스혈증의 제어와 관련하여 치료법-후 면역학적 재구성의 증거를 드러내었다. 이는 환자 1553PAH08에서 가장 잘 예시되어 있으며, 이 환자에서 IFN-γ-생성 CMV-특이적 T-세포의 비율은 제1 주입 전 0.03%로부터 추적 조사 기간의 관료 시 9.3%까지 증가하였으며, 이때 바이러스 부하의 감소 및 항-바이러스 약물 치료법의 중단과 일치하였다(도 2a). T-세포 주입의 시작 후 말초 T-세포 면역력의 유사한 향상 또한, 1553PAH09, 1553PCH02 및 1553PCH04를 포함한 다른 환자에서 입증되었다(도 2a). 이들 환자에서의 면역 재구성은 적응 T-세포 치료법 전에 처방된 면역억제성 치료법의 지속에도 불구하고 관찰되었다(표 2). 면역 재구성과 일관되게, CMV-특이적 T-세포 반응의 기능적 품질의 향상 또한 개선되었으며, 이는 IFN-γ, TNF 및 CD107을 공동-발현하는 T-세포의 증가된 비율을 특징으로 하였다(도 2b). 대조적으로, 치료법에 임상적으로 반응하지 않은 환자 1553RAH01은 치료법-후 면역학적 재구성의 증거를 나타내지 않았다(데이터는 제시되지 않음). 추적조사 면역학적 분석은, 치료법의 시작 후 초기에 CMV 감염과 관련된 합병증으로 인해 사망한 환자 1553PCH03에서는 가능하지 않았다. 환자 1553PAH06 및 1553PCH05가 임상적 향상을 나타내긴 하였지만, 적응 T-세포 치료법 후 이들의 말초 혈액에서 CMV-특이적 T-세포의 빈도에 변화가 없었다(데이터는 제시되지 않음).
실시예 5: T-세포 표현형의 다색성 프로파일링
적응 T-세포 치료법 및 재구성 후 CMV-특이적 T-세포의 표현형을 특징화하기 위해, 각각의 환자로부터 획득된 T-세포를 HLA-A2-국한 에피토프 NLV(pp65), HLA-A1 국한 에피토프 VTE(pp65), HLA-B7 국한 에피토프 TPR 및 RPH(pp65), 또는 HLA-B8 국한 에피토프 ELR 및 ELK(IE-1)에 특이적인 알로피코시아닌-표지 MHC 클래스 I 다량체와 함께 인큐베이션하였다. 표면 표현형의 평가를 위해, 세포를 4℃에서 추가의 30분 동안 하기 항체 항-CD45RA FITC, 항-CD8 PerCP-Cy5.5, 항-CCR7 AF700, 항-CD95 BV421, 항-CD28 BV480, 항-CD57-비오틴, 뒤이어 SA-BV605, 항-CD27 PE, 항-CD19 PE-Cy5, 항-CD4 PE-Cy7 및 살아있는/죽은 NIR과 함께 인큐베이션하였다; (세포를 FACSDiva 소프트웨어(BD Biosciences)와 함께 BD LSR Fortessa를 사용하여 획득하였다. 획득-후 분석을 FlowJo 소프트웨어(TreeStar) 및 t-분포 확률 이웃 임베딩(tSNE)분석을 사용하여 수행하여, 치료법-후 면역학적 표현형 변화를 정의하였다.
결과
도 3의 상부 패널의 대표적인 tSNE 분석은, 환자 P1553PAH08에서 치료법-전 및 치료법-후에 T-세포 표현형 지표 및 CMV-특이적 T-세포(VTE)의 발현을 나타내고, CD57의 발현의 증가를 실증한다. 도 3의 하부 패널의 데이터는, 적응 T-세포 치료법에 반응한 3명의 SOT 수혜자(P1553PAH08, 1553PCH02 및 1553PCH04) 및 임의의 임상 반응을 나타내지 못한 1명의 SOT 수혜자(P1553RAH01)에서 T-세포 치료법 후 CD57을 발현하는 CD8+ T-세포의 비율과 CMV-특이적 IFN-γ 생성 세포의 백분율의 중첩을 나타낸다.
결론 요약
건강한 CMV-혈청반응양성 개체로부터 생성된 CMV-특이적 T-세포와 대조적으로, 조혈 줄기세포 이식(HSCT) 수혜자에서의 투여의 경우(Fuji et al. Current opinion in infectious diseases 2017; 30(4): 372-6; Tzannou et al. J Clin Oncol 2017; 35(31): 3547-57.), SOT 수혜자에서의 자가 CMV-특이적 면역치료법은 면역억제된 개체로부터 CMV-특이적 T 세포를 생성시키는 능력에 따라 달라진다. 그러나, 본원에 개시된 바와 같이 21명의 환자 중 20명으로부터 CMV-특이적 T-세포를 성공적으로 생성시켰다. 이식 거부를 방지하는 데 사용되는 고도의 면역억제성 요법에도 불구하고, 대부분의 환자는 CMV-특이적 T-세포 반응을 프라이밍할 수 있었고, 일부 경우, T-세포 증식 전에 이들의 PBMC에서 높은 전구체 빈도를 가졌다. 최근에 보고된 바와 같이 SOT 수혜자의 말초 혈액 내 CMV-특이적 T 세포에서 기능적인 결함이 주목되었으며(Snyder LD, Chan C, Kwon D, et al. Polyfunctional T-Cell Signatures to Predict Protection from Cytomegalovirus after Lung Transplantation. Am J Respir Crit Care Med 2016; 193(1): 78-85); TNF 및 IFN-γ를 발현하는 감소된 능력을 특징으로 하였다. 중요하게는, 이러한 표현형은 시험관내 자극 후 역전될 수 있을 것이며, 이때 대부분의 증식된 CMV-특이적 T 세포는 CD107a, TNF 및 IFN-γ를 공동-발현하였다.
바이러스학적 및 면역학적 모니터링은 적응 면역치료법 후 면역학적 재구성이 SOT 환자에서 바이러스 제어 시 가질 수 있는 잠재적인 이익의 증거를 제공하였다. 면역 재구성이 바이러스 재활성의 감소 또는 이의 해소와 일치한 다수의 환자에서 명백한 증거가 존재하였다. 이는 특히, 약물 내성을 발달시켰으며, 진행중인 CMV-관련 말단-장기 질환 또는 이의 과거 병력을 가진 SOT 수혜자에게 중요하다. 더욱이, 본원에 개시된 적응 T-세포 치료법은 표준 항-바이러스 약물 치료법을 관용할 수 없는 환자에서 CMV-관련 합병증을 방지하기 위한 면역억제성 치료법과 수반되어 안전하게 사용될 수 있을 것이다.

Claims (98)

  1. 펩타이드-특이적 T 세포의 증식을 유도할 수 있는 HLA 클래스 I 및 클래스 II-국한(restricted) 사이토메갈로바이러스(CMV) 펩타이드 에피토프를 포함하는 면역원성 펩타이드 풀(pool)로서,
    상기 펩타이드 풀은 서열 번호 25 내지 29로 제시된 적어도 하나의 에피토프 아미노산 서열 또는 이들의 조합을 포함하는, 면역원성 펩타이드 풀.
  2. 펩타이드-특이적 T 세포의 증식을 유도할 수 있는 HLA 클래스 I 및 클래스 II-국한 CMV 펩타이드 에피토프를 포함하는 면역원성 펩타이드 풀로서,
    상기 펩타이드 풀은 각각의 CMV 항원 pp50, pp65, IE-1, gB 및 gH로부터 유래되는 적어도 하나의 펩타이드 에피토프를 포함하는, 면역원성 펩타이드 풀.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서,
    표 1에 제시된 적어도 하나의 CMV 펩타이드 에피토프 아미노산 서열 또는 이들의 조합을 추가로 포함하는, 면역원성 펩타이드 풀.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서,
    표 1에 제시된 각각의 CMV 펩타이드 에피토프 아미노산 서열을 포함하는, 면역원성 펩타이드 풀.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서,
    각각의 에피토프는 HLA-A*01:01, -A*02:01, -A*23:01, -A*24:02, -B*07:02, -B*08:01, -B*18:01, -B*35:01, -B*35:08, -B*40:01, -B*40:02, -B*41.01, -B*44:02, -C*06:02, -C*07:02, -DRB1*01:01, -DRB1*03:01, -DRB1*04:01, -DRB1*07, 또는 -DRB1*11:01로부터 선택되는 임의의 하나의 HLA 특이성에 의해 국한되는, 면역원성 펩타이드 풀.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 면역원성 펩타이드는 펩타이드-특이적 세포독성 T 세포(CTL)의 증식을 유도할 수 있는, 면역원성 펩타이드 풀.
  7. 다작용성, CMV-특이적 세포독성 T 세포(CTL)의 조제물을 제조하는 방법으로서,
    상기 방법은
    a) CTL을 포함하는 시료를 단리하는 단계;
    b) 상기 시료를 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항의 면역원성 펩타이드 풀에 노출시키는 단계; 및
    c) CTL를 수합하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  8. 제7항에 있어서,
    상기 면역원성 펩타이드 풀은 본질적으로, 표 1에 제시된 각각의 CMV 펩타이드 에피토프 아미노산 서열로 구성되는, 방법.
  9. 제7항 또는 제8항에 있어서,
    상기 CTL을 포함하는 시료는 건강한 공여자로부터의 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)를 포함하는, 방법.
  10. 제7항 또는 제8항에 있어서,
    상기 CTL을 포함하는 시료는 면역약화(immunocompromised) 공여자로부터의 PBMC를 포함하는, 방법.
  11. 제10항에 있어서,
    상기 공여자는 면역억제성 치료법을 받고 있는 중인, 방법.
  12. 제10항 또는 제11항에 있어서,
    상기 공여자는 고형 장기(solid organ) 이식 수혜자인, 방법.
  13. 제10항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 공여자는 항-바이러스 치료법을 받고 있는 공여자인, 방법.
  14. 제7항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 단계 b)의 노출된 시료는 적어도 14일 동안 인큐베이션되는, 방법.
  15. 제14항에 있어서,
    상기 단계 b)의 노출된 시료를 제0일에 IL-21과 함께 인큐베이션하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  16. 제14항 또는 제15항에 있어서,
    상기 단계 b)의 노출된 시료를 제2일에 IL-2와 함께 인큐베이션하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  17. 제16항에 있어서,
    IL-2를 3일마다 첨가하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  18. 제7항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서,
    CMV 감염을 앓고 있는 대상체에게 CTL을 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  19. 대상체에서 CMV 감염을 치료하거나 예방하는 방법으로서,
    상기 방법은 제7항 내지 제17항 중 어느 한 항의 CTL을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  20. 제7항 내지 제16항 중 어느 한 항의 방법에 의해 제조되는 CTL.
  21. 대상체에서 CMV 감염을 치료하거나 예방하는 방법으로서,
    상기 방법은 제20항의 CTL을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  22. 제21항에 있어서,
    면역원성 펩타이드 풀로의 노출은 CMV 펩타이드-특이적 T 세포의 자극 및 증식을 유도하는, 방법.
  23. 제21항에 있어서,
    상기 대상체에게 투여되는 CTL은 자가유래(autologous)인, 방법.
  24. 제21항에 있어서,
    상기 감염은 재발성 CMV 감염인, 방법.
  25. 제21항 또는 제24항에 있어서,
    상기 CMV 감염은 약물-내성인, 방법.
  26. 제25항에 있어서,
    상기 CMV 감염은 간사이클로비르(ganciclovir)-내성인, 방법.
  27. 제21항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 대상체는 고형 장기 이식의 수혜자인, 방법.
  28. 제21항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 5%는 CD107a를 발현하는, 방법.
  29. 제21항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 10%는 CD107a를 발현하는, 방법.
  30. 제21항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 20%는 CD107a를 발현하는, 방법.
  31. 제21항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 60%는 CD107a를 발현하는, 방법.
  32. 제21항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 90%는 CD107a를 발현하는, 방법.
  33. 제21항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 5%는 IFNγ를 발현하는, 방법.
  34. 제33항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 10%는 IFNγ를 발현하는, 방법.
  35. 제34항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 20%는 IFNγ를 발현하는, 방법.
  36. 제35항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 60%는 IFNγ를 발현하는, 방법.
  37. 제36항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 90%는 IFNγ를 발현하는, 방법.
  38. 제21항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 5%는 TNF를 발현하는, 방법.
  39. 제38항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 10%는 TNF를 발현하는, 방법.
  40. 제39항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 20%는 TNF를 발현하는, 방법.
  41. 제40항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 60%는 TNF를 발현하는, 방법.
  42. 제41항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 90%는 TNF를 발현하는, 방법.
  43. 제21항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 1%는 IL-2를 발현하는, 방법.
  44. 제43항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 5%는 IL-2를 발현하는, 방법.
  45. 제44항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 10%는 IL-2를 발현하는, 방법.
  46. 제45항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 20%는 IL-2를 발현하는, 방법.
  47. 제21항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 20%는 CD107a, IFNγ 및 TNF를 발현하는, 방법.
  48. 제47항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 43%는 CD107a, IFNγ 및 TNF를 발현하는, 방법.
  49. 제48항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 55%는 CD107a, IFNγ 및 TNF를 발현하는, 방법.
  50. 제49항에 있어서,
    상기 CTL 중 적어도 90%는 CD107a, IFNγ 및 TNFa를 발현하는, 방법.
  51. 제1항 내지 제50항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 CTL은 다수의 CMV 항원으로부터 유래되는 다수의 펩타이드 에피토프에 대해 반응성을 나타내는, 방법.
  52. 제51항에 있어서,
    상기 CTL은 하나 초과의 CMV 에피토프에 대해 적어도 11% CMV 반응성을 갖는, 방법.
  53. 제52항에 있어서,
    상기 CTL은 하나 초과의 CMV 에피토프에 대해 적어도 43% CMV 반응성을 갖는, 방법.
  54. 제53항에 있어서,
    상기 CTL은 하나 초과의 CMV 에피토프에 대해 적어도 48% CMV 반응성을 갖는, 방법.
  55. 제54항에 있어서,
    상기 CTL은 하나 초과의 CMV 에피토프에 대해 적어도 66% CMV 반응성을 갖는, 방법.
  56. 제55항에 있어서,
    상기 CTL은 하나 초과의 CMV 에피토프에 대해 적어도 77% CMV 반응성을 갖는, 방법.
  57. 제56항에 있어서,
    상기 CTL은 하나 초과의 CMV 에피토프에 대해 적어도 79% CMV 반응성을 갖는, 방법.
  58. 제51항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 CTL은 표 1에 제시된 CMV 펩타이드 에피토프 아미노산 서열 또는 이들의 조합 중 임의의 하나에 대해 반응성인, 방법.
  59. 제45항 내지 제51항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 CTL은 pp50, pp65, IE-1, gB, gH 또는 이들의 조합 중 임의의 하나에 대해 반응성인, 방법.
  60. 대상체에서 CMV 재활성 또는 CMV-관련 질병을 치료하거나 예방하는 방법으로서,
    상기 방법은 제20항의 CTL을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  61. 제60항에 있어서,
    상기 CTL은 자가 CTL인, 방법.
  62. 제60항 또는 제61항에 있어서,
    상기 방법은 CMV 펩타이드-특이적 CTL에 의한 다수의 생물지표의 발현을 분석하는 단계, 및 적어도 2개의 생물지표가 상기 CTL에 의해 발현되는 경우, 상기 CTL을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  63. 제62에 있어서,
    상기 CMV 펩타이드-특이적 CTL에 의한 CD107a, TNF 및 IFNγ의 발현이 분석되고, CTL 중 적어도 10%가 CD107a, TNF 및 IFNγ를 발현하는 경우, 상기 펩타이드-특이적 CTL을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  64. 제63항에 있어서,
    시료 내 CMV 펩타이드-특이적 CTL 중 적어도 20%가 CD107a, TNF 및 IFNγ를 발현하는 경우, 상기 CTL을 투여하는, 방법.
  65. 제63항에 있어서,
    시료 내 증식된 펩타이드-특이적 CTL 중 적어도 60%가 CD107a, TNF 및 IFNγ를 발현하는 경우, 상기 CTL을 투여하는, 방법.
  66. 제63항에 있어서,
    시료 내 증식된 펩타이드-특이적 CTL 중 적어도 90%가 CD107a, TNF 및 IFNγ를 발현하는 경우, 상기 CTL을 투여하는, 방법.
  67. 제60항 내지 제66항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 방법은 CMV 펩타이드-특이적 CTL의 CMV 반응성을 분석하는 단계, 및 상기 반응성이 하나 초과의 에피토프에 관한 것이고 예정된 역치를 초과하는 경우, 상기 펩타이드-특이적 CTL을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  68. 제67항에 있어서,
    상기 역치는 11%인, 방법.
  69. 제67항에 있어서,
    상기 역치는 43%인, 방법.
  70. 제67항에 있어서,
    상기 역치는 48%인, 방법.
  71. 제67항에 있어서,
    상기 역치는 66%인, 방법.
  72. 제67항에 있어서,
    상기 역치는 77%인, 방법.
  73. 제67항에 있어서,
    상기 역치는 79%인, 방법.
  74. 제60항 내지 제73항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 시료는 상기 단계 (a)에서 하나 이상의 사이토카인과 함께 인큐베이션되는, 방법.
  75. 제60항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 시료는 PBMC를 포함하는, 방법.
  76. 제75항에 있어서,
    상기 대상체는 면역약화되어 있는, 방법.
  77. 제75항 또는 제76항에 있어서,
    상기 대상체는 면역억제성 치료법을 받고 있는, 방법.
  78. 제75항 내지 제77항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 대상체는 고형 장기 이식 수혜자인, 방법.
  79. 제75항 내지 제78항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 대상체는 항-바이러스 치료법을 받고 있는, 방법..
  80. 제21항 내지 제79항 중 어느 한 항에 있어서,
    약 1 Х 107개 CTL을 1회 용량으로 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  81. 제21항 내지 제79항 중 어느 한 항에 있어서,
    약 1.5 Х 107개 CTL을 1회 용량으로 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  82. 제21항 내지 제79항 중 어느 한 항에 있어서,
    약 2 Х 107개 CTL을 1회 용량으로 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  83. 제80항 내지 제82항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 용량은 격주로 투여되는, 방법.
  84. 제21항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 대상체는 CTL 투여의 결과 유의한 부작용을 경험하지 않는, 방법.
  85. 제21항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 방법은 상기 대상체에서 CMV 바이러스 부하(virus load)를 측정함으로써 적응 T-세포 치료법의 효능을 평가하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  86. 제85항에 있어서,
    상기 CMV 바이러스 부하는 CTL 투여 후 약 82%만큼 감소되는, 방법.
  87. 제85항에 있어서,
    상기 CMV 바이러스 부하는 CTL 투여 후 약 95%만큼 감소되는, 방법.
  88. 제85항에 있어서,
    상기 CMV 바이러스 부하는 CTL 투여 후 약 100%만큼 감소되는, 방법.
  89. 제21항 내지 제88항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 대상체의 임상적 증상이 향상되는, 방법.
  90. 제89항에 있어서,
    상기 대상체는 DNA혈증(DNAemia)의 감소 또는 해소(resolution)를 경험하는, 방법.
  91. 제89항에 있어서,
    상기 대상체는 CMV-관련 말단 장기 질환(end organ disease)의 감소 또는 중단(cessation)을 경험하는, 방법.
  92. 제89항에 있어서,
    상기 대상체는 항-바이러스 치료법의 중단 또는 사용 감소를 경험하는, 방법.
  93. 고형 장기 이식을 받은 대상체에서 CMV 바이러스 부하를 감소시키는 방법으로서,
    상기 방법은 제20항의 CTL을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  94. 고형 장기 이식을 받은 대상체에서 CMV-관련 말단 장기 질환을 치료하거나 예방하는 방법으로서,
    상기 방법은 제20항의 CTL을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  95. 고형 장기 이식을 받은 대상체에서 항-바이러스 치료법의 필요성을 감소시키거나 없애는 방법으로서,
    상기 방법은 제20항의 CTL을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  96. 고형 장기 이식을 받은 대상체에서 약물-내성 CMV 감염, 재활성, 또는 관련 질환을 치료하는 방법으로서,
    상기 방법은 제20항의 CTL을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  97. 제93항 내지 제96항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 대상체는 간사이클로비르-내성 CMV 감염, 재활성, 또는 관련 질환을 앓고 있는, 방법.
  98. 제93항 내지 제97항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 CTL은 자가 CTL인, 방법.
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