KR20200040803A - 아토피 피부염의 치료 및 치료 선택을 위한 조성물 및 방법 - Google Patents

아토피 피부염의 치료 및 치료 선택을 위한 조성물 및 방법 Download PDF

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Abstract

본 발명은 일반적으로 환자 샘플에 존재하는 폴리펩티드 및 폴리뉴클레오티드 마커의 수준에서의 변화를 검출함으로써 항-흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 요법에 대해 반응하는 것으로 아토피 피부염을 특성규명하기 위한 조성물 및 방법, 및 관련 치료 방법을 특징으로 한다.

Description

아토피 피부염의 치료 및 치료 선택을 위한 조성물 및 방법
아토피 피부염("AD"로도 언급됨)은 최대 25%의 아동 및 10%의 성인에게 영향을 미치는 가장 흔한 만성 염증성 피부병이다. 아토피 피부염의 환자는 심한 가려움 및 긁기, 불면증 및/또는 우울증 및 불안의 악순환으로 인해 삶의 질이 매우 떨어지게 된다. 아토피 피부염은 유전적 요인 및 환경적 요인의 복잡한 상호작용에 의해 야기되는 것으로 여겨지며, 일부 치료법이 일부 아토피 피부염 환자에게는 효과적이나 다른 환자에는 그렇지 않은 이유가 이 때문인 것으로 풀이될 수 있다.
새로운 치료 방법 및 요법에 대한 아토피 피부염 환자의 반응성을 예측하기 위한 방법이 시급히 요구되고 있다. 아토피 피부염을 특성규명하는 방법은 치료 선택을 개인화하고 아토피 피부염 환자를 효과적인 요법으로 유도할 잠재성을 갖는다.
하기 기재되는 바와 같이, 본 발명은 일반적으로 아토피 피부염을 특성규명하고 치료하기 위한 조성물 및 방법을 특징으로 하며, 상기 아토피 피부염은 환자 샘플에 존재하는 폴리펩티드 및 폴리뉴클레오티드 마커의 수준의 변화를 검출함으로써 항-흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 요법에 반응하는 것으로 밝혀진다. 흉선 기질상 림포포이에틴은 사이토카인 패밀리에 속하는 단백질이다. 이는 항원 제시 세포의 활성화를 통한 T 세포 집단의 성숙에 중요한 역할을 하는 것으로 공지되어 있다. 이는 SEQ ID NO:1의 mRNA에 의해 인코딩될 수 있는 한편, TSLP의 전장 아미노산 서열은 SEQ ID NO:2에 제공된다.
일 양태에서, 본 발명은 흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제를 대상체에 투여하는 단계를 포함하는 아토피 피부염을 갖는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 대상체는 참조에 비해 순환에서 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF) 폴리펩티드 수준의 증가 또는 대상체로부터 유래된 피부 샘플에서 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF) 폴리뉴클레오티드 수준의 증가를 갖는 것으로 확인된다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제를 대상체에 투여하는 단계를 포함하는 아토피 피부염을 갖는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 대상체는 참조에 비해 대상체로부터 유래된 피부 샘플에서 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF) 폴리뉴클레오티드 및 앰피레귤린 폴리뉴클레오티드 수준의 증가를 갖는 것으로 확인된다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제를 대상체에 투여하는 단계를 포함하는 아토피 피부염을 갖는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 대상체는 참조에 비해 대상체로부터 유래된 피부 샘플에서 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF) 폴리뉴클레오티드, 앰피레귤린 폴리뉴클레오티드, 및 NTRK2, NTRK3 또는 NTF3 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상의 수준의 증가를 갖는 것으로 확인된다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제를 대상체에 투여하는 단계를 포함하는 아토피 피부염을 갖는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 대상체는 참조에 비해 대상체로부터 유래된 혈액, 혈장 또는 혈청에서 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF) 폴리펩티드 수준의 증가 및 CNTF 및/또는 CNTFR의 증가를 갖는 것으로 확인된다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제를 대상체에 투여함으로써 아토피 피부염을 치료하는 단계를 포함하는 아토피 피부염을 갖는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 대상체는 참조에 비해 대상체의 혈액, 혈장 또는 혈청 샘플에서 앰피레귤린(AREG), 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF), 섬모 신경친화성 인자(CNTF), 섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR), 뉴로트로핀 3(NTF3), 뉴로트로핀 4(NTF4), 신경 성장 인자(NGF), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 1(NTRK1), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2) 및 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3)로 구성된 군으로부터 선택되는 바이오마커 폴리펩티드에서 변화를 갖는 것으로 확인된다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제를 대상체에 투여함으로써 아토피 피부염을 치료하는 단계를 포함하는 아토피 피부염을 갖는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 대상체는 참조에 비해 대상체의 피부 샘플에서 앰피레귤린(AREG), 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF), 섬모 신경친화성 인자(CNTF), 섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR), 뉴로트로핀 3(NTF3), 뉴로트로핀 4(NTF4), 신경 성장 인자(NGF), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 1(NTRK1), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2) 및 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3)로 구성된 군으로부터 선택되는 바이오마커 폴리뉴클레오티드에서 변화를 갖는 것으로 확인된다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염(AD)을 갖는 것으로 확인하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 참조에 비해 순환에서 뇌 유래 신경친화성 인자(BDNF) 폴리펩티드 수준의 증가 또는 대상체로부터 유래된 피부 샘플에서 뇌 유래 신경친화성 인자(BDNF) 폴리뉴클레오티드 수준의 증가를 검출함으로써 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염을 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염(AD)을 갖는 것으로 확인하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 참조에 비해 대상체로부터 유래된 피부 샘플에서 뇌 유래 신경친화성 인자(BDNF) 폴리뉴클레오티드 및 앰피레귤린 폴리뉴클레오티드 수준의 증가를 검출함으로써 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염을 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염(AD)을 갖는 것으로 확인하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 대상체로부터 유래된 피부 샘플에서 뇌 유래 신경친화성 인자(BDNF) 폴리뉴클레오티드, 앰피레귤린 폴리뉴클레오티드, 및 NTRK2, NTRK3 또는 NTF3 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상의 수준의 증가를 검출함으로써 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염을 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염(AD)을 갖는 것으로 확인하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 대상체로부터 유래된 혈액, 혈장 또는 혈청에서 뇌 유래 신경친화성 인자(BDNF) 폴리펩티드 수준의 증가 및 CNTF 및/또는 CNTFR의 증가를 검출함으로써 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염을 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염(AD)을 갖는 것으로 확인하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 대상체의 혈액, 혈장 또는 혈청 샘플에서 앰피레귤린(AREG), 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF), 섬모 신경친화성 인자(CNTF), 섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR), 뉴로트로핀 3(NTF3), 뉴로트로핀 4(NTF4), 신경 성장 인자(NGF), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 1(NTRK1), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2) 및 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3)로 구성된 군으로부터 선택되는 순환 폴리펩티드 마커에 대한 항체 결합을 검출하는 단계; 및 참조에 비해 샘플에서 상기 마커 수준의 변화를 검출함으로써 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염(AD)을 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염(AD)을 갖는 것으로 확인하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 대상체의 피부 샘플에서 앰피레귤린(AREG), 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF), 섬모 신경친화성 인자(CNTF), 섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR), 뉴로트로핀 3(NTF3), 뉴로트로핀 4(NTF4), 신경 성장 인자(NGF), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 1(NTRK1), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2) 및 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3)로 구성된 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드 마커에 대한 프로브 결합을 검출하는 단계; 및 참조에 비해 샘플에서 상기 마커 수준의 변화를 검출함으로써 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염(AD)을 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 대상체에서 요법의 효능을 모니터링하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 대상체에 항-TSLP 요법을 투여하는 단계; 및 초기 시점의 대상체로부터 획득된 피부 샘플 내 뇌 유래 신경친화성 인자 폴리뉴클레오티드 수준에 비한 대상체로부터 유래된 피부 샘플 내 뇌 유래 신경친화성 인자 폴리뉴클레오티드 수준을 검출하는 단계를 포함하며, 여기서 시간 경과에 따른 BDNF 수준의 감소는 항-TSLP 요법이 효과적임을 나타낸다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제, 및 앰피레귤린(AREG), 섬모 신경친화성 인자(CNTF), 섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR), 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF), 뉴로트로핀 3(NTF3), 뉴로트로핀 4(NTF4), 신경 성장 인자(NGF), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 1(NTRK1), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2) 또는 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3) 중 하나 이상인 폴리펩티드 또는 폴리뉴클레오티드 바이오마커에 특이적으로 결합하는 포획 분자 또는 프로브 중 하나 이상을 함유하는 아토피 피부염(AD)의 치료를 위한 키트를 제공한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제, 및 앰피레귤린(AREG), 섬모 신경친화성 인자(CNTF), 섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR), 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF), 뉴로트로핀 3(NTF3), 뉴로트로핀 4(NTF4), 신경 성장 인자(NGF), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 1(NTRK1), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2) 또는 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3) 중 하나 이상인 폴리펩티드 또는 폴리뉴클레오티드 바이오마커에 특이적으로 결합하는 포획 분자 또는 프로브 중 하나 이상을 함유하는 아토피 피부염(AD)의 치료를 위한 키트를 제공한다.
본원에 기재된 임의의 양태의 다양한 구현예에서, 순환 내 BDNF 폴리펩티드는 대상체로부터 유래된 혈액, 혈장 또는 혈청 샘플에서 측정된다. 본원에 기재된 임의의 양태의 다양한 구현예에서, 피부 내 BDNF 폴리뉴클레오티드는 대조군 샘플과 비교하여 병변 또는 비-병변 피부의 피부 생검에서 증가된다. 본원에 기재된 임의의 양태의 다양한 구현예에서, 대조군 샘플은 항-TSLP 요법에 반응하지 않는 아토피 피부염을 갖는 대상체로부터 유래된다. 본원에 기재된 임의의 양태의 다양한 구현예에서, 대조군 샘플은 건강한 대상체로부터 유래된다. 본원에 기재된 임의의 양태의 다양한 구현예에서, 상기 방법은 초기 시점 내 대상체의 혈청에 존재하는 수준에 비해 대상체의 혈청 내 앰피레귤린 폴리펩티드 수준을 검출하는 단계를 추가로 포함하며, 여기서 시간 경과에 따른 상기 수준의 증가는 항-TSLP 요법이 효과적임을 나타낸다.
본원에 기재된 임의의 양태의 다양한 구현예에서, 상기 방법은 대조군 샘플과 비교하여 순환 내 섬모 신경친화성 인자(CNTF) 폴리뉴클레오티드 또는 섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR) 폴리뉴클레오티드의 증가를 검출하는 단계를 추가로 포함한다. 본원에 기재된 임의의 양태의 다양한 구현예에서, 상기 방법은 병변 및 비-병변 피부 생검에서 앰피레귤린 폴리뉴클레오티드의 증가를 검출하는 단계를 추가로 포함한다. 본원에 기재된 임의의 양태의 다양한 구현예에서, 상기 방법은 NTRK2, NTRK3 및 뉴로트로핀 인자 3(NTF3)로 구성된 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드 바이오마커의 증가를 검출하는 단계를 추가로 포함한다.
본원에 기재된 임의의 양태의 다양한 구현예에서, 아토피 피부염은 흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제를 이용한 치료에 반응한다. 본원에 기재된 임의의 양태의 다양한 구현예에서, TSLP 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제는 항-TSLP 항체 또는 이의 항원 결합 부분이다.
다양한 구현예에서, 항-TSLP 항체는 (a) (i) SEQ ID NO:3에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 CDR1 서열; (ii) SEQ ID NO:4에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 CDR2 서열; (iii) SEQ ID NO:5에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 CDR3 서열을 포함하는 경쇄 가변 도메인; 및 (b) (i) SEQ ID NO:6에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 CDR1 서열; (ii) SEQ ID NO:7에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 CDR2 서열, 및 (iii) SEQ ID NO:8에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 CDR3 서열을 포함하는 중쇄 가변 도메인을 포함하며, 상기 항체는 SEQ ID NO:2의 아미노산 29 내지 159에 제시된 바와 같은 TSLP 폴리펩티드에 특이적으로 결합한다.
다양한 구현예에서, 항-TSLP 항체는,
a. 하기로 구성된 군으로부터 선택되는 경쇄 가변 도메인:
i. SEQ ID NO:12와 적어도 80% 동일한 아미노산 서열;
ii. SEQ ID NO:11과 적어도 80% 동일한 폴리뉴클레오티드 서열에 의해 인코딩되는 아미노산 서열;
iii. 중간 정도로 엄격한 조건하에서 SEQ ID NO:11로 구성된 폴리뉴클레오티드의 상보체에 하이브리드화되는 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩되는 아미노산 서열; 및
b. 하기로 구성된 군으로부터 선택되는 중쇄 가변 도메인:
i. SEQ ID NO:10과 적어도 80% 동일한 아미노산 서열;
ii. SEQ ID NO:9와 적어도 80% 동일한 폴리뉴클레오티드 서열에 의해 인코딩되는 아미노산 서열;
iii. 중간 정도로 엄격한 조건하에서 SEQ ID NO:9로 구성된 폴리뉴클레오티드의 상보체에 하이브리드화되는 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩되는 아미노산 서열; 또는
c. (a)의 경쇄 가변 도메인 및 (b)의 중쇄 가변 도메인을 포함하며, 상기 항체는 SEQ ID NO:2의 아미노산 29 내지 159에 제시된 바와 같은 TSLP 폴리펩티드에 특이적으로 결합한다.
본원에 기재된 임의의 양태의 다양한 구현예에서, 항체는 테제펠루맙(Tezepelumab)(WHO Drug Information Vol. 30, No. 1, 2016 Recommended INN: List 75 pages 56-57)이다.
본원에 기재된 임의의 양태의 다양한 구현예에서, 대상체는 인간이다. 본원에 기재된 임의의 양태의 다양한 구현예에서, 폴리펩티드는 면역학적 검정에서 검출된다. 본원에 기재된 임의의 양태의 다양한 구현예에서, 폴리뉴클레오티드는 마이크로어레이에 대한 하이브리드화 또는 유전자 발현 분석에 의해 검출된다. 본원에 기재된 임의의 양태의 다양한 구현예에서, 참조는 대조군 샘플에 존재하는 상응하는 폴리펩티드 또는 핵산 분자 바이오마커의 수준, 발현 또는 활성이다.
본 발명의 다른 특징 및 장점은 상세한 설명, 및 청구항으로부터 명백해질 것이다.
정의
달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용되는 모든 기술적 및 과학적 용어는 본 발명이 속하는 분야의 당업자에 의해 일반적으로 이해되는 의미를 갖는다. 하기 참고문헌은 본 발명에 사용되는 많은 용어의 일반적인 정의를 당업자에게 제공한다: 문헌[Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology (2nd ed. 1994); The Cambridge Dictionary of Science and Technology (Walker ed., 1988); The Glossary of Genetics, 5th Ed., R. Rieger et al. (eds.), Springer Verlag (1991); 및 Hale & Marham, The Harper Collins Dictionary of Biology (1991)]. 본원에 사용되는 바와 같은 하기 용어는 달리 특정되지 않는 한 하기에서 이들에 기인되는 의미를 갖는다.
"흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드"는 NCBI 수탁번호 NP_149024.1에 제공된 아미노산 서열(SEQ ID NO:2 참조)과 적어도 약 85% 또는 그 초과의 아미노산 동일성을 갖고, TSLP 생물학적 활성을 갖는 폴리펩티드 또는 이의 단편을 의미한다. 예시적인 TSLP 생물학적 활성은 CRLF2 및 IL-7R 알파 사슬을 포함하는 TSLP 수용체에 대한 결합을 포함한다.
"흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 핵산 분자"는 TSLP 폴리펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 예시적 TSLP 핵산 분자는 NCBI 수탁번호 AY037115.1(SEQ ID NO:1)에 제공된다.
"섬모 신경친화성 인자(CNTF) 폴리펩티드"는 NCBI 수탁번호 NP_000605에 제공된 아미노산 서열과 적어도 약 85% 또는 그 초과의 아미노산 동일성을 갖고, CNTF 생물학적 활성을 갖는 폴리펩티드 또는 이의 단편을 의미한다. 예시적 CNTF 생물학적 활성은 CNTF 수용체에 대한 결합 및 신경친화성 활성을 포함한다.
"섬모 신경친화성 인자(CNTF) 핵산 분자"는 CNTF 폴리펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 예시적 CNTF 핵산 분자는 NCBI 수탁번호 NM_000614에 제공된다.
"섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR) 폴리펩티드"는 NCBI 수탁번호 NP_001193940에 제공된 아미노산 서열과 적어도 약 85% 또는 그 초과의 아미노산 동일성을 갖고, CNTFR 생물학적 활성을 갖는 폴리펩티드 또는 이의 단편을 의미한다. 예시적 CNTFR 생물학적 활성은 CNTF에 대한 결합 및 신경친화성 활성을 포함한다.
"섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR) 핵산 분자"는 CNTFR 폴리펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 예시적 CNTFR 핵산 분자는 NCBI 수탁번호 NM_001842에 제공된다.
"뇌 유래 신경친화성 인자(BDNF) 폴리펩티드"는 NCBI 수탁번호 NP_001137277에 제공된 아미노산 서열과 적어도 약 85% 또는 그 초과의 아미노산 동일성을 갖고, BDNF 생물학적 활성을 갖는 폴리펩티드 또는 이의 단편을 의미한다. 예시적 BDNF 생물학적 활성은 NTRK2에 대한 결합 및 신경친화성 활성을 포함한다.
"뇌 유래 신경친화성 인자(BDNF) 핵산 분자"는 BDNF 폴리펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 예시적 BDNF 핵산 분자는 NCBI 수탁번호 NM_001143805에 제공된다.
"신경 성장 인자(NGF) 폴리펩티드"는 NCBI 수탁번호 NP_002497에 제공된 아미노산 서열과 적어도 약 85% 또는 그 초과의 아미노산 동일성을 갖고, NGF 생물학적 활성을 갖는 폴리펩티드 또는 이의 단편을 의미한다. 예시적 NGF 생물학적 활성은 NTRK1에 대한 결합 및 신경친화성 활성을 포함한다.
"신경 성장 인자(NGF) 핵산 분자"는 NGF 폴리펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 예시적 NGF 핵산 분자는 NCBI 수탁번호 NM_002506에 제공된다.
"뉴로트로핀 3(NTF3) 폴리펩티드"는 NCBI 수탁번호 NP_002518에 제공된 아미노산 서열과 적어도 약 85% 또는 그 초과의 아미노산 동일성을 갖고, NTF3 생물학적 활성을 갖는 폴리펩티드 또는 이의 단편을 의미한다. 예시적 NTF3 생물학적 활성은 NTRK3에 대한 결합 및 신경친화성 활성을 포함한다.
"뉴로트로핀 3(NTF3) 핵산 분자"는 NTF3 폴리펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 예시적 NTF3 핵산 분자는 NCBI 수탁번호 NM_002527에 제공된다.
"뉴로트로핀 4(NTF4) 폴리펩티드"는 NCBI 수탁번호 NP_006170에 제공된 아미노산 서열과 적어도 약 85% 또는 그 초과의 아미노산 동일성을 갖고, NTF4 생물학적 활성을 갖는 폴리펩티드 또는 이의 단편을 의미한다. 예시적 NTF4 생물학적 활성은 NTRK2에 대한 결합 및 신경친화성 활성을 포함한다.
"뉴로트로핀 4(NTF4) 핵산 분자"는 NTF4 폴리펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 예시적 NTF4 핵산 분자는 NCBI 수탁번호 NM_006179에 제공된다.
"신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 1(NTRK1) 폴리펩티드"는 NCBI 수탁번호 NP_002520에 제공된 아미노산 서열과 적어도 약 85% 또는 그 초과의 아미노산 동일성을 갖고, NTRK1 생물학적 활성을 갖는 폴리펩티드 또는 이의 단편을 의미한다. 예시적 NTRK1 생물학적 활성은 NGF에 대한 결합 및 신경친화성 활성을 포함한다.
"신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 1(NTRK1) 핵산 분자"는 NTRK1 폴리펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 예시적 NTRK1 핵산 분자는 NCBI 수탁번호 NM_002529에 제공된다.
"신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2) 폴리펩티드"는 NCBI 수탁번호 NP_001007098에 제공된 아미노산 서열과 적어도 약 85% 또는 그 초과의 아미노산 동일성을 갖고, NTRK2 생물학적 활성을 갖는 폴리펩티드 또는 이의 단편을 의미한다. 예시적 NTRK2 생물학적 활성은 BDNF 및/또는 NTF4에 대한 결합 및 신경친화성 활성을 포함한다.
"신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2) 핵산 분자"는 NTRK2 폴리펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 예시적 NTRK2 핵산 분자는 NCBI 수탁번호 NM_001007097에 제공된다.
"신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3) 폴리펩티드"는 NCBI 수탁번호 NP_002521에 제공된 아미노산 서열과 적어도 약 85% 또는 그 초과의 아미노산 동일성을 갖고, NTRK3 생물학적 활성을 갖는 폴리펩티드 또는 이의 단편을 의미한다. 예시적 NTRK3 생물학적 활성은 NTF3에 대한 결합 및 신경친화성 활성을 포함한다.
"신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3) 핵산 분자"는 NTRK3 폴리펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 예시적 NTRK3 핵산 분자는 NCBI 수탁번호 NM_002530에 제공된다.
"앰피레귤린(AREG) 폴리펩티드"는 NCBI 수탁번호 NP_001648과 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 단백질 또는 T 세포 조절 활성을 갖는 이의 단편을 의미한다. 예시적 앰피레귤린 폴리펩티드의 서열은 NCBI 수탁번호 NP_001648에 제공된다.
"앰피레귤린(AREG) 폴리뉴클레오티드"는 앰피레귤린 폴리펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다.
본 발명의 개시에 사용되는 바와 같은 용어 "항체"는 면역글로불린 또는 이의 단편 또는 유도체를 나타내며, 이는 시험관 내 또는 생체 내에서 생성되는지에 관계 없이 항원 결합 부위를 포함하는 임의의 폴리펩티드를 포함한다. 상기 용어는 폴리클로날, 모노클로날, 일특이적, 다중특이적, 비특이적, 인간화, 단일쇄, 키메라, 합성, 재조합, 하이브리드, 돌연변이, 및 이식 항체를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 본 발명의 개시의 목적상 "온전한 항체"에서와 같이 용어 "온전한"에 의해 달리 변형되지 않는 한, 용어 "항체"는 또한 항체 단편, 예를 들어, Fab, F(ab')2, Fv, scFv, Fd, dAb, 및 항원 결합 기능, 즉, 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 능력을 보유하는 다른 항체 단편을 포함한다. 전형적으로, 상기 단편은 항원 결합 도메인을 포함할 것이다.
용어 "항원 결합 도메인", "항원 결합 단편" 및 "결합 단편"은 항체와 항원 사이의 특이적 결합을 담당하는 아미노산을 포함하는 항체 분자의 일부를 나타낸다. 항원이 큰 경우, 항원 결합 도메인은 항원의 일부에만 결합할 수 있다. 항원 결합 도메인과의 특이적 상호작용을 담당하는 항원 분자의 부분은 "에피토프" 또는 "항원 결정인자"로 언급된다. 특정 구현예에서, 항원 결합 도메인은 항체 경쇄 가변 영역(VL) 및 항체 중쇄 가변 영역(VH)을 포함하나, 이는 반드시 둘 모두를 포함할 필요는 없다. 예를 들어, 소위 Fd 항체 단편은 VH 도메인으로만 구성되나, 온전한 항체의 일부 항원 결합 기능을 여전히 보유한다.
항체의 결합 단편은 재조합 DNA 기술, 또는 온전한 항체의 효소적 또는 화학적 절단에 의해 생성된다. 결합 단편은 Fab, Fab', F(ab')2, Fv, 및 단일쇄 항체를 포함한다. "이특이적" 또는 "이기능성" 항체 이외의 항체는 이의 결합 부위 각각이 동일한 것으로 이해된다. 효소 파파인을 이용한 항체의 소화는 "Fab" 단편으로도 공지된 2개의 동일한 항원 결합 단편, 및 항원 결합 활성은 없으나 결정화하는 능력을 갖는 "Fc" 단편을 발생시킨다. 효소 펩신을 이용한 항체의 소화는 항체 분자의 2개의 아암이 연결된 상태로 유지되고, 2-항원 결합 부위를 포함하는 F(ab')2 단편을 발생시킨다. F(ab')2 단편은 항원을 가교시키는 능력을 갖는다. 본원에 사용되는 경우 "Fv"는 항원 인지 및 항원 결합 부위 둘 모두를 보유하는 항체의 최소 단편을 나타낸다. 본원에 사용되는 경우 "Fab"는 경쇄의 불변 도메인 및 중쇄의 CHI 도메인을 포함하는 항체의 단편을 나타낸다.
용어 "mAb"는 모노클로날 항체를 나타낸다. 본 발명의 항체는 전체 고유 항체, 이특이적 항체; 키메라 항체; Fab, Fab', 단일쇄 V 영역 단편(scFv), 융합 폴리펩티드, 및 통상적이지 않은 항체를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
용어 "인간화 항체"는 최소의 비-인간(예를 들어, 뮤린) 서열을 함유하도록 조작된 비-인간(예를 들어, 뮤린) 면역글로불린으로부터 유래된 항체를 나타낸다. 전형적으로, 인간화 항체는 상보성 결정 영역(CDR)으로부터의 잔기가 관심 특이성, 친화성 및/또는 능력을 갖는 비-인간 종(예를 들어, 마우스, 래트, 토끼 또는 햄스터)의 CDR로부터의 잔기로 대체된 인간 면역글로불린이다(Jones et al., 1986, Nature, 321:522-525; Riechmann et al., 1988, Nature, 332:323-327; Verhoeyen et al., 1988, Science, 239:1534-1536). 일부 예에서, 인간 면역글로불린의 Fv 프레임워크 영역(FW) 잔기는 관심 특이성, 친화성 및/또는 능력을 갖는 비-인간 종으로부터의 항체의 상응하는 잔기로 대체된다.
인간화 항체는 항체 특이성, 친화성 및/또는 능력을 개선시키고 최적화시키기 위해 Fv 프레임워크 영역 내 및/또는 대체된 비-인간 잔기 내에서의 추가 잔기의 치환에 의해 추가로 변형될 수 있다. 일반적으로, 인간화 항체는 비-인간 면역글로불린에 상응하는 모든 또는 실질적으로 모든 CDR 영역을 함유하는 적어도 하나, 전형적으로는 2개 또는 3개의 가변 도메인을 실질적으로 모두 포함하는 반면, 모든 또는 실질적으로 모든 FW 영역은 인간 면역글로불린 컨센서스 서열의 것이다. 인간화 항체는 또한 면역글로불린 불변 영역 또는 도메인(Fc)의 적어도 일부, 전형적으로 인간 면역글로불린의 것을 포함할 수 있다. 인간화 항체를 생성하기 위해 이용되는 방법의 예는 미국 특허 번호 5,225,539호 또는 5,639,641호에 기재되어 있다.
"검출하다"는 검출된 분석물의 존재, 부재 또는 양을 확인하는 것을 나타낸다. 다양한 구현예에서, 분석물은 폴리펩티드 또는 핵산 바이오마커이다.
"단편"은 폴리펩티드 또는 핵산 분자의 부분을 의미한다. 이러한 부분은 바람직하게는 참조 핵산 분자 또는 폴리펩티드의 전체 길이의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%를 함유한다. 특정 구현예에서, 폴리펩티드의 단편은 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 200 또는 300개의 아미노산을 함유할 수 있다.
2개 이상의 핵산 또는 폴리펩티드의 상황에서 용어 "동일한" 또는 "동일성" 백분율은 서열 동일성의 일부로서 임의의 보존적 아미노산 치환을 고려하지 않고 최대 대응을 위해 비교되고 정렬(필요한 경우 갭 도입)되는 경우 동일하거나, 동일한 뉴클레오티드 또는 아미노산 잔기의 특정 백분율을 갖는 2개 이상의 서열 또는 하위서열을 나타낸다. 동일성 백분율은 서열 비교 소프트웨어 또는 알고리즘을 이용하거나 육안 검사에 의해 측정될 수 있다. 아미노산 또는 뉴클레오티드 서열의 정렬을 획득하기 위해 사용될 수 있는 다양한 알고리즘 및 소프트웨어가 당 분야에 공지되어 있으며(예를 들어, 문헌[Karlin et al., 1993, Proc. Natl. Acad. Sci., 90:5873-5877]에서 변형된 바와 같은 문헌[Karlin et al., 1990, Proc. Natl. Acad. Sci., 87:2264-2268] 참조), 이는 NBLAST 및 XBLAST 프로그램에 통합되어 있다(Altschul et al., 1991, Nucleic Acids Res., 25:3389-3402). 특정 구현예에서, Gapped BLAST가 문헌[Altschul et al., 1997, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. BLAST-2, WU-BLAST-2(Altschul et al., 1996, Methods in Enzymology, 266:460-480), ALIGN, ALIGN-2(Genentech, South San Francisco, California) 또는 Megalign(DNASTAR)]에 기재된 바와 같이 이용될 수 있다.
"증가하다"는 긍정적인 변화를 의미한다. 예를 들어, 적어도 10%, 25%, 50%, 75%, 100%, 200%, 300%, 400%, 500%, 1000% 또는 그 초과만큼의 증가.
용어 "분리된"은 자연 환경에 존재하는 다른 원소가 실질적으로 없는 분자를 나타낸다. 예를 들어, 분리된 단백질은 그것이 유래되는 세포 또는 조직 공급원으로부터의 세포 물질 또는 다른 단백질이 실질적으로 없다. 용어 "분리된"은 또한 분리된 단백질이 약학적 조성물로서 투여되기에 충분히 순수하거나, 적어도 70 내지 80%(w/w) 순수하고, 더욱 바람직하게는 적어도 80 내지 90%(w/w) 순수하고, 더욱 더 바람직하게는 90 내지 95% 순수하고; 가장 바람직하게는 적어도 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%(w/w) 순수한 제조물을 나타낸다.
"감소하다"는 부정적인 변화를 의미한다. 예를 들어, 10%, 25%, 50%, 75% 또는 100%의 감소.
"참조"는 비교 표준을 의미한다. 일 구현예에서, 참조 수준은 영향을 받지 않은 조직으로부터 획득된 생물학적 샘플 내 바이오마커의 수준, 발현 또는 활성이다.
"참조 서열"은 서열 비교를 위한 기초로서 사용되는 정의된 서열이다. 참조 서열은 특정 서열의 서브셋 또는 전체일 수 있으며; 예를 들어, 전장 cDNA 또는 유전자 서열의 세그먼트, 또는 완전한 cDNA 또는 유전자 서열일 수 있다. 폴리펩티드의 경우, 참조 폴리펩티드 서열의 길이는 일반적으로 적어도 약 16개의 아미노산, 바람직하게는 적어도 약 20개의 아미노산, 더욱 바람직하게는 적어도 약 25개의 아미노산, 더욱 더 바람직하게는 약 35개의 아미노산, 약 50개의 아미노산, 또는 약 100개의 아미노산일 것이다. 핵산 분자의 경우, 참조 핵산 서열의 길이는 일반적으로 적어도 약 50개의 뉴클레오티드, 바람직하게는 적어도 약 60개의 뉴클레오티드, 더욱 바람직하게는 적어도 약 75개의 뉴클레오티드, 더욱 더 바람직하게는 약 100개의 뉴클레오티드 또는 약 300개의 뉴클레오티드 또는 그 근처 또는 그 사이의 임의의 정수일 것이다.
"특이적으로 결합하는"은 분자(예를 들어, 폴리펩티드)를 인지하고 이에 결합하나, 샘플, 예를 들어, 생물학적 샘플 내의 다른 분자를 실질적으로 인지하고 이에 결합하지 않는 제제(예를 들어, 항체)를 의미한다. 예를 들어, 특이적으로 결합하는 2개의 분자는 생리학적 조건하에서 비교적 안정한 복합체를 형성한다. 특이적 결합은 일반적으로 중간 내지 높은 용량과 함께 낮은 친화성을 갖는 비특이적 결합과 구별되는 높은 친화성 및 낮음 내지 중간 용량을 특징으로 한다.
"대상체"는 인간 또는 비-인간 포유동물, 예를 들어, 소, 말, 개, 양, 고양이 또는 뮤린을 포함하나 이에 제한되지는 않는 포유동물을 의미한다.
본 발명의 개시에서, "포함하다", "포함하는", "함유하는" 및 "갖는" 등은 미국 특허법에서 이들에게 부여된 의미를 가질 수 있고, "포함하다", "포함하는" 등을 의미할 수 있으며; "본질적으로 포함하는" 또는 "본질적으로 포함하다" 등은 마찬가지로 미국 특허법에 부여된 의미를 가지며, 상기 용어는 인용된 것의 기본적 또는 신규한 특징이 인용된 것 이상의 존재에 의해 변화되지 않는 한 인용된 것 이상의 존재를 허용하나 종래 기술의 구현예를 배제하는 개방형이다.
본원에 제공된 범위는 범위 내의 모든 값에 대해 약기인 것으로 이해된다. 예를 들어, 1 내지 50의 범위는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 또는 50으로 구성된 군으로부터의 임의의 수, 수들의 조합, 또는 하위범위를 포함하는 것으로 이해된다.
"치료하는" 또는 "치료" 또는 "치료하기 위한" 또는 "경감시키는" 또는 "경감시키기 위한"과 같은 용어는 (1) 진단된 병리학적 질환 또는 장애를 치료하고/치료하거나, 늦추고/늦추거나, 이의 증상을 감소시키고/감소시키거나, 이의 진행을 중지시키는 치료적 수단 및 (2) 표적화된 병리학적 질환 또는 장애의 발달을 예방하고/예방하거나 늦추는 예방적 또는 방지적 수단 둘 모두를 나타낸다. 따라서, 치료를 필요로 하는 사람들은 이미 장애를 갖는 사람들; 장애를 갖기 쉬운 사람들; 및 장애가 예방되는 사람들을 포함한다. 특정 구현예에서, 환자가, 예를 들어, 질병 또는 장애와 관련된 증상의 전체적, 부분적 또는 일시적 경감 또는 제거를 나타내는 경우에 본원에 제공된 방법에 따라 염증성 또는 자가면역 질병 또는 장애에 대해 대상체가 성공적으로 "치료"된다.
본 명세서 및 첨부된 청구항에 사용되는 단수 형태는 문맥이 명백히 달리 지시하지 않는 한 복수의 지시대상을 포함한다. 용어 하나뿐만 아니라 용어 "하나 이상" 및 "적어도 하나"는 본원에서 상호교환적으로 사용될 수 있다.
또한, 본원에 사용되는 "및/또는"은 다른 것과 함께 또는 다른 것 없이 2개의 특정된 특징 또는 구성요소 각각의 특정 개시로 취해져야 한다. 따라서, 본원의 "A 및/또는 B"와 같은 어구에 사용되는 바와 같은 용어 "및/또는"은 "A 및 B," "A 또는 B," "A"(단독) 및 "B"(단독)을 포함하는 것으로 의도된다. 마찬가지로, "A, B 및/또는 C"와 같은 어구에 사용되는 바와 같은 용어 "및/또는"은 하기 구현예 각각을 포함하는 것으로 의도된다: A, B 및 C; A, B 또는 C; A 또는 C; A 또는 B; B 또는 C; A 및 C; A 및 B; B 및 C; A(단독); B(단독); 및 C(단독).
구체적으로 언급되거나 문맥으로부터 명백하지 않은 한, 본원에 사용되는 용어 "약"은 당 분야의 일반적인 허용 범위 내, 예를 들어, 평균의 2 표준 편차 내인 것으로 이해된다. 약은 언급된 값의 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0.5%, 0.1%, 0.05% 또는 0.01% 내로 이해될 수 있다. 문맥으로부터 달리 명백하지 않은 한, 본원에 제공된 모든 수치 값은 용어 약에 의해 변형된다.
본원의 변수의 임의의 정의에서의 화학기의 목록의 언급은 나열된 기의 임의의 단일한 기 또는 조합으로서의 상기 변수의 정의를 포함한다. 본원의 변수 또는 양태에 대한 구현예의 언급은 임의의 하나의 구현예로서의 구현예 또는 임의의 다른 구현예 또는 이의 일부와 조합된 구현예를 포함한다.
본원에 제공된 임의의 조성물 또는 방법은 본원에 제공된 임의의 다른 조성물 및 방법 중 하나 이상과 조합될 수 있다.
도 1은 테제펠루맙이 투여된 아토피 피부염 환자의 혈청에서 기준선, 29일(D29) 및 85일(D85)에서 CNTF 및 CNTFR의 단백질체 발현을 도시하는 2개의 그래프를 포함한다. 30일의 반감기를 갖는 테제펠루맙을 1일에 투여하였다. 기준선에서, 비-반응 환자에 비해 반응 환자의 혈청에서 CNTF 및 CNTFR의 증가된 수준이 인지되었다. 테제펠루맙을 이용한 치료에 반응하는 환자는 원으로 도시된다. 비-반응자는 사각형으로 도시된다. 그래프는 마이크로어레이 분석에 의해 획득된 형광 데이터의 정량화를 도시한다.
도 2는 테제펠루맙이 투여된 아토피 피부염 환자의 혈청에서 기준선, 29일(D29) 및 85일(D85)에서 BDNF, NGF, NTF3 및 NTF4의 단백질체 발현을 도시하는 그래프이다. 유의하게, 테제펠루맙 요법에 반응한 환자의 혈청에서 29일째에 BDNF 수준에서 50% 감소가 관찰되었다. 혈청에서 NTF3 및 NTF4 수준에서 변화가 인지되지 않았다.
도 3은 테제펠루맙이 투여된 아토피 피부염 환자의 혈청에서 기준선, 29일(D29) 및 85일(D85)에서 NTRK1, NTRK2 및 NTRK3의 단백질체 발현을 도시하는 그래프이다. 혈청에서 NTRK1, NTRK2 및 NTRK3 수준의 유의한 변화는 관찰되지 않았다.
도 4는 1일에 테제펠루맙 또는 위약이 투여된 아토피 피부염 환자의 병변(LS) 및 비-병변(NL) 피부 생검에서 BDNF, NTF3 및 NTF4의 유전체 발현을 도시하는 그래프이다. 생검은 1일 및 29일에 획득되었다. 기준선에서, BDNF 및 NTF3의 수준은 비-반응 환자의 기준선에 존재하는 수준에 비해 테제펠루맙 요법에 반응하는 것으로 이후에 밝혀진 환자의 병변 피부 생검에서 증가되었다. 이러한 발견은 피부 생검에서 증가된 수준의 BDNF 및 NTF가 테제펠루맙 요법에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인하기 위한 마커로서 사용될 수 있음을 나타낸다. BDNF는 호산구 생존과 관련이 있다. 29일에, 반응 환자의 피부 병변에서 BDNF의 수준이 감소되었다.
도 5는 1일에 테제펠루맙 또는 위약이 투여된 아토피 피부염 환자의 병변 및 비-병변 피부 생검에서 NTRK2의 유전체 발현을 도시하는 그래프이다. NTRK2 유전체 발현의 기준선 수준은 비-반응 환자의 기준선에 존재하는 수준에 비해 테제펠루맙에 반응한 환자에서 증가되었다. 이러한 발견은 병변 피부 생검에서 NTRK2의 증가된 유전체 발현이 테제펠루맙 요법에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인하기 위한 마커로서 사용될 수 있음을 나타낸다.
도 6은 1일에 테제펠루맙 또는 위약이 투여된 아토피 피부염 환자의 병변 및 비-병변 피부 생검에서 NTRK3의 유전체 발현을 도시하는 그래프이다. NTRK3의 기준선 수준은 비-반응 환자의 기준선에 존재하는 수준에 비해 테제펠루맙에 반응하는 것으로 밝혀진 대상체에서 더 높았다. 이는 위약으로 처리된 환자로부터의 병변 피부 생검에서의 수준에 비해 증가된 수준의 NTRK3가 테제펠루맙 요법에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인하기 위한 마커로서 사용될 수 있음을 나타낸다.
도 7은 아토피 피부염 환자의 혈청에서 TSLP 및 BDNF, TSLP 및 NTF3, TSLP 및 NTF4/5, TSLP 및 AREG의 단백질 수준 사이의 상관 관계를 도시하는 그래프이다.
도 8은 아토피 피부염 환자의 혈청에서 TSLP 및 TrkA, TSLP 및 TrkB, TSLP 및 TrkC, 및 TSLP 및 TSLPR/CRLF2의 단백질 수준 사이의 상관 관계를 도시하는 그래프이다.
도 9는 병변 및 비-병변 피부 생검에서 앰피레귤린의 유전체 발현을 제시하는 그래프이다. 기준선에서, 앰피레귤린(프로브 215564)의 유전체 발현은 궁극적으로 테제펠루맙 요법에 반응한 환자로부터 획득된 병변 피부 생검에서 증가된다. 앰피레귤린의 수준은 테제펠루맙을 이용한 치료 후 피부 병변에서 감소된다.
도 10은 기준선에서의 앰피레귤린의 수준이 테제펠루맙 치료에 반응할 환자를 분리할 수 있음을 제시하는 그래프이다.
도 11은 TSLP 및 다른 염증성 매개체의 유전체 발현이 피부 병변에서 증가되고, 테제펠루맙을 이용한 치료에 반응하는 환자를 확인하는 데 사용될 수 있음을 나타내는 개략도이며; 상기 도표는 또한 TSLP 및 다른 염증성 매개체의 증가된 수준이 테제펠루맙에 반응할 가능성이 있는 환자의 혈청에서 관찰되는 것을 제시한다.
도 12는 24시간 동안 TSLP를 이용한 자극 후 호산구 및 호염기구에서 AREG, BDNF, NGF, NTRK1/TrkA 및 TSLPR/CRLF2 유전자 발현의 직접 유도를 입증하는 표이다.
본 발명은 일반적으로 환자 샘플에 존재하는 폴리펩티드 및 폴리뉴클레오티드 마커의 수준에서의 변화를 검출함으로써 항-흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 요법에 대해 반응하는 것으로 아토피 피부염을 특성규명하기 위한 조성물 및 방법, 및 관련 치료 방법을 특징으로 한다.
본 발명은 적어도 부분적으로 테제펠루맙에 반응하는 환자가 환자로부터 획득된 피부 및 혈청 샘플 내의 폴리펩티드 및 폴리뉴클레오티드 바이오마커(예를 들어, 앰피레귤린(AREG), 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF), 섬모 신경친화성 인자(CNTF), 섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR), 뉴로트로핀 3(NTF3), 뉴로트로핀 4(NTF4), 신경 성장 인자(NGF), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 1(NTRK1), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2) 및 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3))의 수준을 특성규명함으로써 확인될 수 있다는 발견을 기초로 한다. BDNF 및 앰피레귤린은 일반적으로 TLSP 수준과 상관 관계가 있으며, TLSP를 측정하는 대신 측정될 수 있다.
일 양태에서, 본 발명의 바이오마커는 TSLP의 길항작용(예를 들어, 항-TSLP 항체)으로부터 이익을 얻을 수 있는 개체의 확인을 돕기 위한 진단 용도이다. TH2 반응을 조절하는 사이토카인은, 예를 들어, IL-13 및 IL-4 매개 면역 반응을 유도하는 IL-33, IL-25 및/또는 TSLP를 포함한다. 그러나, 사이토카인은 소량으로 존재하고, 검출하기 어렵고, 사이토카인을 측정하는 것은 현재의 방법으로 고비용이고 비실용적이다. 본원에 기재된 바와 같이, 신경친화성 인자 폴리펩티드 및 폴리뉴클레오티드(예를 들어, BDNF, 앰피레귤린, NTRK3)의 발현 수준이 사이토카인 수준과 상관 관계가 있는 것으로 밝혀졌다. 따라서, 가용성 신경친화성 인자는 하나 이상의 사이토카인(TSLP, IL-33, IL-25 등)의 수준을 검출하기 위한 프록시로서 작용할 잠재성을 갖는다. 이는 적절한 요법을 시작하기 전에 진단 검정, 예를 들어, 현장 진단 면역검정 또는 유전체 발현 검정의 결과를 기초로 하여 아토피 피부염 요법에 대한 개인화된 접근을 가능하게 한다.
따라서, 본 발명은 질병에 대해 이용 가능한 치료에 대한 환자의 아토피 피부염의 반응성을 포함하는 질병으로 고통받는 환자에서 아토피 피부염을 특성규명하기 위한 방법, 및 아토피 피부염에 대한 적절한 치료를 선택하기 위한 방법을 제공한다.
아토피 피부염
아토피 피부염은 최대 25%의 아동 및 10%의 성인에게 영향을 미치는 가장 흔한 만성 염증성 피부병이다. 아토피 피부염의 환자는 심한 가려움 및 긁기, 불면증 및/또는 우울증 및 불안의 악순환으로 인해 삶의 질이 매우 떨어지게 된다. 아토피 피부염은 유전적 및 환경적 요인의 복잡한 상호작용에 의해 야기되는 것으로 생각된다. 아토피 피부염 병변 피부는 손상된 보호 장벽, 불충분한 선천 면역 반응, 및 주로 Th2 매개 염증을 특징으로 한다. 증가된 Th2 축은 아토피 피부염 피부 및 순환에서 관찰된다. IL-4 및 IL-13 발현은 비-병변 및 병변 아토피 피부염 피부에서 검출되고, 아토피 피부염에서 IL-4 및 IL-13 T-세포가 증가하였다. 또한, 아토피 피부염 환자는 박테리아, 바이러스 및 진균 감염에 대한 증가된 감수성을 가지며, 예를 들어, 아토피 피부염 환자의 90% 초과가 스태필로코커스 아우레우스(Staphylococcus aureus)로 집락화되었다. 아토피 피부염 환자의 약 80%는 상승된 혈청 IgE 수준(200 kU/L 초과) 및 증가된 알레르기항원 특이적 반응을 갖는다.
상이한 염증 경로를 표적으로 하는 생물제제의 다양한 효과는 아토피 피부염의 비균질성 및 복잡성을 강조한다. 이론으로 제한하고자 하는 것은 아니지만, 요법에 대한 상이한 아토피 피부염 환자의 반응은 사이토카인 수준의 차이로 인한 것일 수 있다. 따라서, 적절한 사이토카인을 표적화하는 것은 효과적인 치료를 제공할 잠재성을 갖는다. 아토피 피부염에 대해 현재 이용 가능하거나 개발 중인 치료제는 항-IL-5, 항-IL-23, 항-IL-22, 항-OX40, 항-IL-4Rα, 항-IL-13, 항-TSLP, 및 항-IL-33을 포함한다. 본 발명은 측정하기가 훨씬 더 어려운 TSLP와 같은 사이토카인에 대한 프록시로서 작용할 수 있는 BDNF 및 앰피레귤린과 같은 바이오마커 폴리펩티드의 측정을 제공한다.
바이오마커
특정 구현예에서, 바이오마커는 또 다른 표현형 상태(예를 들어, 질병을 갖지 않음)와 비교하여 하나의 표현형 상태(예를 들어, 질병을 가짐)의 대상체로부터 채취한 샘플에 차별적으로 존재하는 유기 생체분자이다. 상이한 군에서의 바이오마커의 평균 또는 중간 발현 수준이 통계적으로 유의한 것으로 계산되는 경우 바이오마커는 상이한 표현형 상태 사이에서 차별적으로 존재한다. 통계적 유의성에 대한 일반적인 검정은 무엇보다도 t-검정, ANOVA, 크루스칼-왈리스(Kruskal-Wallis), 윌콕슨(Wilcoxon), 만-휘트니(Mann-Whitney) 및 오즈비(odds ratio)를 포함한다. 바이오마커는 단독으로 또는 조합하여 대상체가 하나의 표현형 상태 또는 또 다른 표현형 상태에 속하는 상대 위험의 척도를 제공한다. 따라서, 이들은 질병을 특성규명하기 위한 마커로서 유용하다.
일 양태에서, 본 발명은 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염 대상체의 조직(예를 들어, 혈액, 혈장, 혈청, 피부 샘플)에 차별적으로 존재하는 바이오마커의 패널을 제공한다. 따라서, 바이오마커의 패널은 하기 중 2개 이상을 포함한다: 섬모 신경친화성 인자(CNTF), 섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR), 뉴로트로핀 3(NTF3), 뉴로트로핀 4(NTF4), 신경 성장 인자(NGF), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 1(NTRK1), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3), 뇌 유래 신경친화성 인자(BDNF), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2); 및 앰피레귤린(AREG). 특정 구현예에서, 패널은 CNTF 및 BDNF를 포함한다. 또 다른 구현예에서, 패널은 BDNF 및 앰피레귤린을 포함한다. 또 다른 구현예에서, 패널은 BDNF, NTRK3, 앰피레귤린, TSLPR/CRLF2, CNTF, NTF3, NTF4 또는 이들의 조합을 포함한다. 또 다른 양태에서, 본 발명은 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염 대상체에 차별적으로 존재하는 바이오마커에 특이적으로 결합하는 포획 시약의 패널을 제공한다.
본 발명은 분리된 바이오마커를 포함하는 패널을 제공한다. 바이오마커는 생물학적 유체, 예를 들어, 혈액 또는 혈청 또는 다른 생물학적 샘플, 예를 들어, 피부 생검으로부터 분리될 수 있다. 이들은 바이오마커에 특이적으로 결합하는 포획 시약 또는 프로브를 사용하는 것을 포함하여 당 분야에 공지된 임의의 방법에 의해 분리될 수 있다. 특정 구현예에서, 이러한 분리는 마커의 질량 및/또는 결합 특징을 이용하여 달성된다. 예를 들어, 생체분자를 포함하는 샘플은 크로마토그래피 분별에 적용될 수 있고, 예를 들어, 아크릴아미드 젤 전기영동에 의해 추가 분리에 적용될 수 있다. 바이오마커 정체의 지식은 또한 면역친화성 크로마토그래피에 의한 이의 분리를 가능하게 한다. "분리된 바이오마커"는 마커와 자연적으로 관련된 단백질 및 자연 발생 유기 분자가 없는 적어도 60 중량%를 의미한다. 바람직하게는, 제조물은 적어도 75 중량%, 더욱 바람직하게는 80, 85, 90 또는 95 중량% 순수하거나, 적어도 99 중량%의 정제된 마커이다.
본 발명의 바이오마커는 임의의 적합한 방법에 의해 검출될 수 있다. 본원에 기재된 방법은 바이오마커의 더욱 정확한 검출을 위해 개별적으로 또는 조합하여 사용될 수 있다(예를 들어, 질량분광법과 조합된 바이오칩, 질량분광법과 조합된 면역검정 등). 본 발명의 바이오마커는 혈액, 혈청 또는 조직 샘플(예를 들어, 피부 생검), 환자 샘플로부터 분리된 세포 등을 포함하나, 이에 제한되지는 않는 대상체의 생물학적 샘플(예를 들어, 조직, 유체)에서 검출될 수 있다.
본 발명에 이용될 수 있는 검출 패러다임은 광학 방법, 전기화학적 방법(전압전류법 및 전류측정 기술), 원자력 현미경검사, 및 무선 주파수 방법, 예를 들어, 다극 공명 분광법을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 공초점 및 비-공초점 둘 모두의 현미경검사 이외의 예시적 광학 방법은 형광, 발광, 화학발광, 흡광도, 반사도, 투과도, 및 복굴절 또는 굴절률(예를 들어, 표면 플라즈몬 공명, 타원계측법, 공명 거울 방법(resonant mirror method), 격자 커플러 도파관 방법(grating coupler waveguide method) 또는 간섭법)의 검출이다.
이들 및 추가 방법은 하기에 기재된다.
면역검정에 의한 검출
특정 구현예에서, 본 발명의 바이오마커는 면역검정에 의해 측정된다. 면역검정은 전형적으로 샘플에서 바이오마커의 존재 또는 수준을 검출하기 위해 항체(또는 마커에 특이적으로 결합하는 다른 제제)를 이용한다. 항체는, 예를 들어, 바이오마커로 동물을 면역화시킴으로써 당 분야에 널리 공지된 방법에 의해 생성될 수 있다. 바이오마커는 이들의 결합 특징을 기초로 하여 샘플로부터 분리될 수 있다. 대안적으로, 폴리펩티드 바이오마커의 아미노산 서열이 공지된 경우, 당 분야에 널리 공지된 방법에 의해 항체를 생성시키기 위해 폴리펩티드가 합성되고 사용될 수 있다.
본 발명은, 예를 들어, 웨스턴 블롯, 샌드위치 면역검정, 예를 들어, ELISA 및 다른 효소 면역검정, 형광-기반 면역검정, 화학발광을 포함하는 전통적인 면역검정을 고려한다. 비탁법은 항체가 용액 상태인 액체상에서 수행되는 검정이다. 항체에 대한 항원의 결합은 흡광도의 변화를 발생시키며, 이는 측정된다. 다른 형태의 면역검정은 자기 면역검정, 방사선면역검정, 및 실시간 면역정량적 PCR(iqPCR)을 포함한다.
면역검정은 고체 기판(예를 들어, 칩, 비드, 미세유체 플랫폼, 막) 또는 마커에 대한 항체의 결합 및 이후의 검출을 지원하는 임의의 다른 형태 상에서 수행될 수 있다. 단일 마커는 한 번에 검출될 수 있거나, 다중 포맷이 사용될 수 있다. 다중 면역분석은 평면 마이크로어레이(단백질 칩) 및 비드-기반 마이크로어레이(현탁액 어레이)를 포함할 수 있다.
SELDI-기반 면역검정에서, 바이오마커에 대한 생물특이적 포획 시약은 사전 활성화된 ProteinChip 어레이와 같은 MS 프로브의 표면에 부착된다. 이후, 바이오마커는 이러한 시약을 통해 바이오칩 상에서 특이적으로 포획되고, 포획된 바이오마커는 질량분광법에 의해 검출된다.
바이오칩에 의한 검출
본 발명의 양태에서, 샘플은 바이오칩(마이크로어레이로도 공지됨)에 의해 분석된다. 본 발명의 폴리펩티드 및 핵산 분자는 바이오칩에서 하이브리드화 가능한 어레이 요소로서 유용하다. 바이오칩은 일반적으로 고체 기판을 포함하고, 포획 시약(흡착제 또는 친화성 시약이라고도 언급됨)이 부착되는 일반적으로 평면의 표면을 갖는다. 종종, 바이오칩의 표면은 복수의 주소 지정 가능한 위치를 포함하며, 이들 각각은 포획 시약이 거기에 결합되어 있다.
어레이 요소는 각각의 요소가 기판 상의 특정 위치에 존재하도록 순서대로 구성된다. 유용한 기판 물질은 종이, 나일론 또는 다른 물질로 구성된 막, 필터, 칩, 유리 슬라이드, 및 다른 고체 지지체를 포함한다. 어레이 요소의 정렬된 배열은 하이브리드화 패턴 및 강도가 특정 유전자 또는 단백질의 발현 수준으로 해석되는 것을 가능하게 한다. 핵산 마이크로어레이를 제조하기 위한 방법은 당업자에게 공지되어 있고, 예를 들어, 참조로서 본원에 포함되는 미국 특허 번호 5,837,832호, 문헌[Lockhart, et al. (Nat. Biotech. 14:1675-1680, 1996), 및 Schena, et al. (Proc. Natl. Acad. Sci. 93:10614-10619, 1996)]에 기재되어 있다. 폴리펩티드 마이크로어레이를 제조하기 위한 방법은, 예를 들어, 참조로서 본원에 포함되는 문헌[Ge (Nucleic Acids Res. 28: e3. i-e3. vii, 2000), MacBeath et al., (Science 289:1760-1763, 2000), Zhu et al.(Nature Genet. 26:283-289)], 및 미국 특허 번호 6,436,665호에 기재되어 있다.
단백질 바이오칩에 의한 검출
본 발명의 양태에서, 샘플은 단백질 바이오칩(단백질 마이크로어레이로도 공지됨)에 의해 분석된다. 상기 바이오칩은 본 발명의 폴리펩티드 또는 이의 단편의 발현 또는 번역후 변형의 변화를 확인하기 위한 고처리량, 저비용 스크린에서 유용하다. 구현예에서, 본 발명의 단백질 바이오칩은 대상체 샘플에 존재하는 바이오마커에 결합하고, 바이오마커의 수준의 변화를 검출한다. 전형적으로, 단백질 바이오칩은 고체 지지체에 결합된 단백질 또는 이의 단편을 특징으로 한다. 적합한 고체 지지체는 막(예를 들어, 니트로셀룰로스, 종이 또는 다른 물질로 구성된 막), 중합체 기반 필름(예를 들어, 폴리스티렌), 비드 또는 유리 슬라이드를 포함한다. 일부 적용의 경우, 단백질(예를 들어, 본 발명의 마커에 결합하는 항체)은 당업자에게 공지된 임의의 편리한 방법(예를 들어, 수작업 또는 잉크젯 프린터에 의함)을 이용하여 기판 상에 스포팅된다.
구현예에서, 단백질 바이오칩은 검출 가능한 프로브와 하이브리드화된다. 상기 프로브는 폴리펩티드, 핵산 분자, 항체, 또는 소분자일 수 있다. 일부 적용의 경우, 폴리펩티드 및 핵산 분자 프로브는 체액(예를 들어, 혈액, 혈청, 혈장, 타액, 소변, 복수, 낭액 등)과 같은 환자로부터 채취된 생물학적 샘플; 균질화된 조직 샘플(예를 들어, 생검에 의해 획득된 조직 샘플); 또는 환자 샘플로부터 분리된 세포로부터 유래된다. 프로브는 또한 항체, 후보 펩티드, 핵산, 또는 펩티드, 핵산 또는 화학 라이브러리로부터 유래된 소분자 화합물을 포함할 수 있다. 하이브리드화 조건(예를 들어, 온도, pH, 단백질 농도, 및 이온 강도)은 특정 상호작용을 촉진하도록 최적화된다. 상기 조건은 당업자에게 공지되어 있으며, 예를 들어, 문헌[Harlow, E. and Lane, D., Using Antibodies : A Laboratory Manual. 1998, New York: Cold Spring Harbor Laboratories]에 기재되어 있다. 비특이적 프로브의 제거 후, 특이적으로 결합된 프로브는, 예를 들어, 형광, 효소 활성(예를 들어, 효소-연관 열량측정 검정), 직접 면역검정, 방사선측정 검정, 또는 당업자에게 공지된 임의의 다른 적합한 검출 가능한 방법에 의해 검출된다.
많은 단백질 바이오칩은 당 분야에 기재되어 있다. 예를 들어, 이들은 Ciphergen Biosystems, Inc.(Fremont, CA), Zyomyx(Hayward, CA), Packard BioScience Company(Meriden, CT), Phylos(Lexington, MA), Invitrogen(Carlsbad, CA), Biacore(Uppsala, Sweden) 및 Procognia(Berkshire, UK)에 의해 생산된 단백질 바이오칩을 포함한다. 상기 단백질 바이오칩의 예는 하기 특허 또는 공개된 특허 출원에 기재되어 있다: 미국 특허 번호 6,225,047호; 6,537,749호; 6,329,209호; 및 5,242,828호; PCT 국제 공개 번호 WO 00/56934호; WO 03/048768호; 및 WO 99/51773호.
핵산 바이오칩에 의한 검출
본 발명의 양태에서, 샘플은 핵산 바이오칩(핵산 마이크로어레이로도 공지됨)에 의해 분석된다. 핵산 바이오칩을 생성시키기 위해, 올리고뉴클레오티드는 PCT 출원 W095/251116호(Baldeschweiler et al.)에 기재된 바와 같이 화학적 커플링 절차 및 잉크젯 적용 장치를 이용하여 기판의 표면에서 합성되거나 이에 결합될 수 있다. 대안적으로, 격자화된 어레이는 진공 시스템, 열, UV, 기계적 또는 화학적 결합 절차를 이용하여 기판의 표면에 cDNA 단편 또는 올리고뉴클레오티드를 배열하고 연결시키는 데 사용될 수 있다.
생물학적 샘플로부터 유래된 핵산 분자(예를 들어, RNA 또는 DNA)는 본원에 기재된 바와 같은 하이브리드화 프로브를 생성시키는 데 사용될 수 있다. 생물학적 샘플은 일반적으로, 예를 들어, 체액(예를 들어, 혈액, 혈청, 혈장, 타액, 소변, 복수, 낭액 등); 균질화된 조직 샘플(예를 들어, 생검에 의해 획득된 조직 샘플); 또는 환자 샘플로부터 분리된 세포로서 환자로부터 유래된다. 일부 적용의 경우, 배양된 세포 또는 다른 조직 제조물이 사용될 수 있다. mRNA는 표준 방법에 따라 분리되고, cDNA가 생성되고, 하이브리드화에 적합한 상보적 RNA를 제조하기 위한 주형으로서 사용된다. 상기 방법은 당 분야에 널리 공지되어 있다. RNA는 형광 뉴클레오티드의 존재하에서 증폭되고, 이후 표지된 프로브는 마이크로어레이와 함께 인큐베이션되어 프로브 서열이 바이오칩에 결합된 상보적 올리고뉴클레오티드에 하이브리드화되도록 한다.
인큐베이션 조건은 이용되는 엄격성 정도에 따라 정확한 상보성 일치로 또는 다양한 정도의 덜한 상보성으로 하이브리드화가 발생하도록 조정된다. 예를 들어, 엄격한 염 농도는 일반적으로 약 750 mM NaCl 내지 75 mM 미만의 트리소듐 시트레이트, 약 500 mM NaCl 내지 50 mM 미만의 트리소듐 시트레이트, 또는 약 250 mM NaCl 내지 25 mM 미만의 트리소듐 시트레이트일 것이다. 낮은 엄격성의 하이브리드화는 유기 용매, 예를 들어, 포름아미드의 부재하에서 획득될 수 있는 반면, 높은 엄격성의 하이브리드화는 적어도 약 35%의 포름아미드, 가장 바람직하게는 적어도 약 50%의 포름아미드의 존재하에서 획득될 수 있다. 엄격한 온도 조건은 일반적으로 적어도 약 30℃, 적어도 약 37℃ 또는 적어도 약 42℃의 온도를 포함할 것이다. 다양한 추가 파라미터, 예를 들어, 하이브리드화 시간, 세제, 예를 들어, 소듐 도데실 설페이트(SDS)의 농도, 및 담체 DNA의 포함 또는 배제가 당업자에게 널리 공지되어 있다. 필요에 따라 이들 다양한 조건을 조합하여 다양한 수준의 엄격성이 달성된다. 바람직한 구현예에서, 하이브리드화는 750 mM NaCl, 75 mM 트리소듐 시트레이트, 및 1% SDS에서 30℃에서 발생할 것이다. 구현예에서, 하이브리드화는 500 mM NaCl, 50 mM 트리소듐 시트레이트, 1% SDS, 35% 포름아미드, 및 100 ㎍/㎖ 변성 연어 정자 DNA(ssDNA)에서 37℃에서 발생할 것이다. 다른 구현예에서, 하이브리드화는 250 mM NaCl, 25 mM 트리소듐 시트레이트, 1% SDS, 50% 포름아미드, 및 200 ㎍/㎖ ssDNA에서 42℃에서 발생할 것이다. 이들 조건에 대한 유용한 변동은 당업자에게 용이하게 명백할 것이다.
하이브리드화되지 않은 프로브의 제거는, 예를 들어, 세척에 의해 달성될 수 있다. 하이브리드화에 후속되는 세척 단계는 또한 엄격성에 있어서 다양할 수 있다. 세척 엄격성 조건은 염 농도 및 온도에 의해 정의될 수 있다. 상기와 같이, 염 농도를 감소시키거나, 온도를 증가시킴으로써 세척 엄격성은 증가될 수 있다. 예를 들어, 세척 단계에 대한 엄격한 염 농도는 바람직하게는 약 30 mM NaCl 및 3 mM 트리소듐 시트레이트 미만, 가장 바람직하게는 약 15 mM NaCl 및 1.5 mM 트리소듐 시트레이트 미만일 것이다. 세척 단계에 대한 엄격한 온도 조건은 일반적으로 적어도 약 25℃, 적어도 약 42℃ 또는 적어도 약 68℃의 온도를 포함할 것이다. 구현예에서, 세척 단계는 30 mM NaCl, 3 mM 트리소듐 시트레이트, 및 0.1% SDS에서 25℃에서 발생할 것이다. 더욱 바람직한 구현예에서, 세척 단계는 15 mM NaCl, 1.5 mM 트리소듐 시트레이트, 및 0.1% SDS에서 42℃에서 발생할 것이다. 다른 구현예에서, 세척 단계는 15 mM NaCl, 1.5 mM 트리소듐 시트레이트, 및 0.1% SDS에서 68℃에서 발생할 것이다. 이들 조건에 대한 추가 변동은 당업자에게 용이하게 명백할 것이다.
모든 별개의 핵산 서열에 대한 하이브리드화의 부재, 존재 및 양을 측정하기 위한 검출 시스템은 당 분야에 널리 공지되어 있다. 예를 들어, 동시 검출은 문헌[Heller et al., Proc. Natl. Acad. Sci. 94:2150-2155, 1997]에 기재되어 있다. 구현예에서, 스캐너는 형광의 수준 및 패턴을 결정하는 데 사용된다.
진단 방법
본 발명은 항-TLSP 요법(예를 들어, 테제펠루맙), 항-IL-33 요법, 항-ST2 요법(IL-33에 대한 수용체)을 이용한 치료에 대해 아토피 피부염 환자를 계층화하고/계층화하거나, 아토피 피부염(AD)을 갖는 환자에서 항-TSLP 요법에 대한 반응을 예측하고/예측하거나 결정하는 방법을 제공한다. 본원에 기재된 바와 같이, 바이오마커 섬모 신경친화성 인자(CNTF), 섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR), 뉴로트로핀 3(NTF3), 뉴로트로핀 4(NTF4), 신경 성장 인자(NGF), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 1(NTRK1), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3), 앰피레귤린, 및/또는 뇌 유래 신경친화성 인자(BDNF) 중 하나 이상에서의 변경된 수준, 발현 또는 활성이 AD를 갖는 대상체에서 TSLP-매개 아토피 피부염(AD)을 나타내는 것이 발견되었다. 상기 진단 방법은 항-TSLP 요법에 대한 반응성을 결정하고, 대상체 치료를 알리는 데 유용하다.
치료 방법
본 발명은 TSLP 수준, 발현 또는 생물학적 활성을 감소시키는 제제를 투여함으로써 아토피 피부염 또는 이의 증상을 치료하는 방법을 제공한다. TSLP 생물학적 활성 또는 발현을 억제하는 제제는 아토피 피부염을 갖는 대상체에 약학적 조성물로 제공되며, 상기 약학적 조성물은 유효량의 제제 및 적합한 부형제를 포함한다. 일 구현예에서, 제제는 대상체에서 TSLP 폴리펩티드의 수준, 발현 또는 활성을 감소시키는 항-TSLP 항체이다. 항-TSLP 항체는 당 분야에 공지되어 있으며, 테제펠루맙을 포함한다. 아토피 피부염 치료 방법은 AD의 특징에 따라 다양하지만, 항-TSLP 요법은 상기 치료에 반응하는 것으로 확인된 환자에 사용될 것이다. 본원에 사용되는 "치료 방법"에 관한 개시는 질병의 치료를 위한 약제의 제조를 위한 화합물의 용도뿐만 아니라 질병의 치료에 사용하기 위한 화합물에 동등하게 적용된다.
항-TSLP 항체
항-TSLP 항체를 이용한 치료에 반응하는 아토피 피부염 대상체는 대상체에서 본 발명의 하나 이상의 바이오마커의 수준, 발현 또는 활성을 특성규명함으로써 확인된다. 치료를 위해 선택된 경우, 상기 대상체는 사실상 당 분야에 공지된 임의의 항-TSLP 항체가 투여될 수 있다. 적합한 항-TSLP 항체는, 예를 들어, 공지된 항-TSLP 항체, 상업적으로 이용 가능한 항-TSLP 항체, 항-TSLPR 항체, 또는 당 분야에 널리 공지된 방법을 이용하여 개발된 항-TSLP 항체를 포함한다. 예시적인 항-TSLP 항체는 테제펠루맙(미국 특허 번호 7,982,016호; 8,163,284호; 9,284,372호 참조)이다.
본 발명에 유용한 항체는 면역글로불린, 모노클로날 항체(전장 모노클로날 항체를 포함함), 폴리클로날 항체, 적어도 2개의 상이한 에피토프 결합 단편으로부터 형성된 다중특이적 항체(예를 들어, 이특이적 항체), 인간 항체, 인간화 항체, 카멜화 항체, 키메라 항체, 단일쇄 Fvs(scFv), 단일쇄 항체, 단일 도메인 항체, 도메인 항체, Fab 단편, F(ab')2 단편, 원하는 생물학적 활성을 나타내는 항체 단편(예를 들어, 항원 결합 부분), 이황화물 연결된 Fvs(dsFv), 및 항-이디오타입(항-Id) 항체(예를 들어, 본원에 개시된 항체에 대한 항-Id 항체를 포함함), 인트라바디(intrabody), 및 상기 중 임의의 것의 에피토프 결합 단편을 포함한다. 특히, 항체는 면역글로불린 분자 및 면역글로불린 분자의 면역학적 활성 단편, 예를 들어, 적어도 하나의 항원 결합 부위를 함유하는 분자를 포함한다.
항-TSLP 항체는 모노클로날 인간, 인간화 또는 키메라 항-TSLP 항체를 포함한다. 본 발명의 조성물 및 방법에 사용되는 항-TSLP 항체는 네이키드 항체, 면역컨쥬게이트 또는 융합 단백질일 수 있다. 특정 구현예에서, 항-TSLP 항체는 IgG 동형, 특히 IgG1, IgG2, IgG3 또는 IgG4 인간 동형 또는 인간 집단에서 발견되는 임의의 IgG1, IgG2, IgG3 또는 IgG4 대립유전자를 갖는 인간, 인간화 또는 키메라 항체이다. 인간 IgG 클래스의 항체는 유리한 기능적 특징, 예를 들어, 혈청에서의 긴 반감기 및 다양한 효과기 기능을 매개하는 능력을 갖는다(Monoclonal Antibodies: Principles and Applications, Wiley-Liss, Inc., Chapter 1 (1995)). 인간 IgG 클래스 항체는 하기 4개의 서브클래스로 추가로 분류된다: IgG1, IgG2, IgG3 및 IgG4. IgG1 서브클래스는 인간에서 높은 ADCC 활성 및 CDC 활성을 갖는다(Chemical Immunology, 65, 88 (1997)). 다른 구현예에서, 항-TSLP 항체는 공지된 항-TSLP 항체의 동형 전환된 변이체이다.
키트
본 발명은 아토피 피부염(AD)의 치료를 위한 키트를 제공한다. 일 구현예에서, 본 발명은 아토피 피부염을 갖는 대상체의 항-TSLP 치료에 대한 반응성을 특성규명하기 위한 키트를 제공한다. 본 발명의 진단 키트는 본 발명의 폴리펩티드 또는 핵산 분자 바이오마커의 발현, 수준 또는 활성을 측정하기 위한 시약(예를 들어, 프라이머/프로브 및 하우스키핑 참조 유전자)을 제공한다. 원하는 경우, 키트는 본 발명의 바이오마커의 수준, 발현 또는 활성을 측정하기 위한 설명서 및/또는 AD를 갖는 대상체에 항-TSLP 요법을 제공하기 위한 설명서를 추가로 포함한다.
추가 구현예에서, 키트는 또한 TSLP 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드의 수준, 발현 또는 활성을 감소시키는 제제, 예를 들어, 항-TSLP 항체(예를 들어, 테제펠루맙)를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 키트는 치료 또는 예방 조성물을 함유하는 멸균 용기를 포함하며; 상기 용기는 박스, 앰풀, 병, 바이알, 튜브, 백, 파우치, 수포-팩, 또는 당 분야에 공지된 다른 적합한 용기 형태일 수 있다. 상기 용기는 플라스틱, 유리, 라미네이트지, 금속 호일, 또는 약제를 보유하기에 적합한 다른 물질로 제조될 수 있다. 원하는 경우, 제제는 아토피 피부염을 갖는 대상체에 제제를 투여하기 위한 설명서와 함께 제공된다.
특정 구현예에서, 설명서는 하기 중 적어도 하나를 포함한다: 치료제의 설명; 아토피 피부염 또는 이의 증상의 치료를 위한 투여 스케줄 및 투여; 지침; 경고; 적응증; 금기사항; 과 투여 정보; 이상 반응; 동물 약리학; 임상 연구; 및/또는 참조. 설명서는 용기(존재하는 경우)에 직접 인쇄되거나, 용기에 적용되는 라벨, 또는 용기 내에 또는 용기와 함께 공급되는 별도의 시트, 팜플렛, 카드 또는 폴더로 존재할 수 있다.
본 발명의 실시는 달리 명시하지 않는 한 분자 생물학(재조합 기술 포함), 미생물학, 세포생물학, 생화학 및 면역학의 통상적인 기술을 이용하며, 이는 충분히 당업자의 이해범위 내이다. 상기 기술은 문헌["Molecular Cloning: A Laboratory Manual", second edition (Sambrook, 1989); "Oligonucleotide Synthesis" (Gait, 1984); "Animal Cell Culture" (Freshney, 1987); "Methods in Enzymology" "Handbook of Experimental Immunology" (Weir, 1996); "Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells" (Miller and Calos, 1987); "Current Protocols in Molecular Biology" (Ausubel, 1987); "PCR: The Polymerase Chain Reaction", (Mullis, 1994); "Current Protocols in Immunology" (Coligan, 1991)]와 같은 문헌에 완전히 설명되어 있다. 이들 기술은 본 발명의 폴리뉴클레오티드 및 폴리펩티드의 생성에 적용 가능하며, 따라서 본 발명을 제조하고 실시하는 데 고려될 수 있다. 특정 구현예에 대해 특히 유용한 기술은 후속되는 섹션에서 논의될 것이다.
하기 실시예는 본 발명의 검정, 스크리닝 및 치료 방법을 제조하고 사용하기 위한 방법의 완전한 개시 및 설명을 당업자에게 제공하기 위해 제공되며, 본 발명자가 이들의 발명으로 간주하는 것의 범위를 제한하고자 함이 아니다.
실시예
실시예 1: 아토피 피부염 환자에서 테제펠루맙에 대한 반응의 신규 바이오마커의 확인.
소규모 시험에서, 습진 부위 중증도 지수(eczema area severity index; EASI)를 이용하여 등록된 대상체에서 피부병 중증도를 평가하였다. 테제펠루맙으로 치료된 환자에서 개선이 관찰되었다. 위약 또는 테제펠루맙을 이용한 치료 후, 연구에서 2개 이상의 시점에서 EASI 스코어가 50% 감소(기준선과 비교하여)한 경우 대상체를 반응자로 분류하였다. 1일, 29일 및 85일에 중등증 내지 중증 아토피 피부염을 갖는 12명의 환자로부터 혈청 샘플을 수집하였다. 기준선에서 대상체를 테제펠루맙(700 ㎎; n=9) 또는 위약(n=3)으로 i.v. 치료하였다. 말초 혈액을 단백질체 분석을 위해 수집하였다. 위약 또는 테제펠루맙(700 ㎎)을 이용한 치료 전 및 후에 병변 및 비-병변 피부 생검으로부터 RNA를 획득하였다.
테제펠루맙을 투여받은 4명의 환자는 시험 동안 2개 이상의 시점에서 EASI50(피부병의 50% 개선)을 달성하였다. AMG 157로 치료된 환자로부터의 혈청학적 샘플을 분석하여 반응자 및 비-반응자에서 신경친화성 인자의 수준에서 차이가 존재하는지 결정하였으며, 이는 테제펠루맙을 이용한 치료에 대한 반응성을 나타내는 바이오마커로 작용할 수 있다.
모든 대상체로부터의 혈청을 이전에 기재된 SOMAscan 단백질체 검정을 이용하여 평가하였다(Gold et al., 2010, PLOS One 5 (12):e15004; Rohloff et al., 2014, Molecular Therapy-Nucleic Acids 3: e201). 간략하게, 이들 연구에 이용된 SOMAscan 단백질체 검정의 버전은 각각의 단백질을 표적화하는 변형된 앱타머를 이용하여 1,129개의 단백질을 측정하였다. 혈청 내 단백질 농도를 DNA 앱타머 농도의 상응하는 징후로 전환시킨 후, DNA 마이크로어레이 상에서 정량하였다. SOMAscan 데이터는 상대 형광 단위(RFU)로 보고된다. 이분산성을 감소시키기 위해, 통계 분석 전에 RFU 데이터를 log2 변환시켰다.
테제펠루맙을 이용한 치료는 "반응자"의 기준선에서 상승된 혈청 CNTF 및 CNTFR과 관련이 있었다(도 1). 따라서, CNTF 및 CNTFR은 반응자 및 비-반응자에서 차별적으로 발현되는 것으로 확인되었다. 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF), 신경 성장 인자(NGF), NTF3 및 NTF4의 단백질체 발현 수준을 또한 특성규명하였다(도 2). 테제펠루맙에 반응한 대상체는 비-반응자에 비해 혈청에서 BDNF 수준의 감소를 나타내었다. 혈청에서 BDNF의 수준은 반응 환자에서 29일까지 극적으로 감소되었다. 이는 BDNF 및 TSLP 수준이 호산구 생존 수준과 상관 관계가 있다는 점에서 특히 흥미롭다. 따라서, BDNF 수준이 감소함에 따라, 호산구 생존은 감소할 것으로 예상된다. 혈청 내 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 1(NTRK1), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3) 단백질체 발현을 또한 특성규명하였다(도 3). 유의한 변화가 관찰되지 않았다.
실시예 2: 아토피 피부염 환자에서 테제펠루맙에 대한 반응의 핵산 바이오마커의 확인.
병변 및 비-병변 피부 생검 내 추가 뉴트로핀 마커의 유전체 발현을 또한 시험하였다. 아토피 피부염 코호트로부터의 병변 및 비-병변 피부 샘플을 신경친화성 인자의 수준에 대해 분석하였다. 피부 생검을 1일 및 29일에 아토피 피부염 환자의 병변 및 비-병변 피부로부터 수집하였다. 피부 생검(6 mm)을 종방향으로 절단하고, 절반을 액체 질소에 넣었다. 이후, 동결된 생검을 -70℃ 또는 드라이아이스에서 유지시켰다. 액체 질소에서 동결된 샘플로부터 RNA를 분리하였다. 메신저 RNA를 Nugen Ovation cDNA 라벨링 키트 및 Affymetrix HT_HG-U133_Plus_PM 마이크로어레이를 이용한 마이크로어레이로 분석하였다.
앰피레귤린, CNTF, CNTFR, BDNF, NTF3, NTF4, NGF, NTRK1, NTRK2 및 NTRK3를 포함한 추가 뉴트로핀 마커를 병변 및 비-병변 피부 생검 내 유전자 발현에 대해 분석하였다. BDNF 유전체 발현 수준은 비-반응자에 존재하는 수준에 비해 항-TLSP 요법에 반응하는 것으로 특성규명된 환자의 병변 피부 및 비-병변 피부 샘플 둘 모두의 기준선에서 상승되었다(도 4). 피부 내 NTF3 유전체 발현 수준은 또한 비-반응자에 비해 항-TLSP 요법 반응자에서 기준선에서 증가된다(도 4).
NTRK2 유전체 발현 수준은 비-반응자에 존재하는 유전체 발현 수준에 비해 항-TLSP 요법에 반응하는 것으로 이후에 밝혀진 대상체의 병변 피부의 기준선에서 상승하였다(도 5). NTRK3 유전체 발현은 또한 비-반응자로부터 획득된 상응하는 샘플에 존재하는 수준에 비해 항-TLSP 요법에 반응하는 것으로 이후에 밝혀진 대상체의 기준선에서 병변 및 비-병변 피부에서 상승하였다(도 6).
앰피레귤린 유전체 발현 수준은 비-반응자로부터 획득된 상응하는 샘플에 존재하는 유전체 발현 수준에 비해 항-TLSP 요법에 반응하는 것으로 이후에 밝혀진 대상체의 병변 및 비-병변 피부 샘플의 기준선에서 상승하였다(도 9). 흥미롭게도, 앰피레귤린의 단백질체 발현은 비-반응자로부터 획득된 상응하는 샘플에 존재하는 수준에 비해 항-TLSP 요법에 반응하는 것으로 이후에 밝혀진 대상체로부터 획득된 혈청 샘플의 기준선에서 감소하였다(도 10).
실시예 3: 중등증 내지 중증 아토피 피부염에서 선택된 바이오마커 발현의 상관 관계.
피부병의 병력이 없는 건강한 대조군 및 중등증 내지 중증 아토피 피부염 대상체로부터 혈청학적 샘플을 수집하였다. TR Bio를 이용한 프로토콜(20명의 건강한 대조군; 41명의 아토피 피부염) 및 마운트 시나이 의과 대학(Mount Sinai School of Medicine)의 엠마 구트만-야스키 박사(Dr. Emma Guttman-Yassky)와의 협력(20명의 건강한 대조군; 35명의 아토피 피부염)을 통해 대상체를 모집하였다.
모든 대상체로부터의 혈청을 실시예 2에서 상기 기재된 이전에 기재된 SOMAscan 단백질체 검정을 이용하여 평가하였다. 선택된 바이오마커를 동일 대상체로부터의 TSLP 측정과의 상관 관계에 대해 평가하였다(표 1; 도 7 및 8). TSLP와 BDNF의 단백질 수준 사이(도 7)뿐만 아니라 TSLP와 앰피레귤린의 단백질 수준 사이에 통계적으로 유의한 상관 관계가 관찰되었다. TSLP와 TSLP 수용체, CRLF2의 단백질 수준 사이에 상관 관계가 또한 관찰되었다(도 8).
[표 1]
TSLP와 선택된 바이오마커 사이의 상관 관계
Figure pct00001
피부에서 증가된 수준의 TLSP가 피부 및 순환에서의 마커 수준에 어떻게 영향을 미치는지에 대한 모델이 도 11에 제공된다.
실시예 4: 호산구 및 호염기구에서 선택된 바이오마커 발현의 유도
정제된 호산구(Eol-1) 및 호염기구(KU812) 세포주를 구입하고, 10% 우태아 혈청이 보충된 RPMI 배지에서 배양하였다. 세포를 편평 바닥 96웰 미세배양 플레이트에 2.5×105/웰로 시딩하고, 24시간 동안 50 ng/㎖의 rhTSLP(Peprotech)로 자극하였다. 자극 후, 세포를 수집하고, miRVana 용해/결합 완충액에 현탁시키고, 전체 RNA를 mirVana miRNA 분리 키트(Life Technologies)를 이용하여 추출하였다. RNA 순도 및 농도를 분광광도법으로 결정하였다. 100 ng의 전체 RNA를 SuperScript III 역전사효소 및 무작위 헥사머(Invitrogen)를 사용하여 cDNA로 역전사시켰다. 생성된 cDNA를 TaqMan PreAmp Master Mix 및 관심 유전자에 대한 TaqMan 검정의 프라이머 푸울(Life Technologies)을 이용하여 사전 증폭시켰다. 사전 증폭 후, 증폭된 샘플을 DNA 현탁 완충액(TEKnova, Hollister, Calif.)에 1:4로 희석하고, -20℃에서 유지하거나, PCR에 즉시 사용하였다. Biomark HD 시스템 및 48.48 동적 배열(Fluidigm)로 실시간 수행하였다. 델타 Ct 값(ΔCt)을 2개의 참조 유전자(GAPDH, ACTB)의 평균을 이용하여 계산하였다. 대조군으로서 자극되지 않은 세포에서 관심 유전자의 발현을 이용하여 2-ΔΔCt를 계산함으로써 배수 변화 값을 결정하였다.
기타 구현예
상기 기재로부터, 다양한 용도 및 조건에 적합화시키기 위해 본원에 기재된 발명에 대한 변화 및 변형이 이루어질 수 있음이 명백할 것이다. 상기 구현예는 또한 하기 청구항의 범위 내이다.
본원의 변수의 임의의 정의에서의 요소의 목록의 언급은 나열된 요소의 임의의 단일한 요소 또는 조합(또는 하위조합)으로서의 상기 변수의 정의를 포함한다. 본원의 구현예의 언급은 임의의 하나의 구현예로서의 구현예 또는 임의의 다른 구현예 또는 이의 일부와 조합된 구현예를 포함한다.
본 명세서에 언급된 모든 특허 및 간행물은 각각의 독립적 특허 및 간행물이 구체적 및 개별적으로 참조로서 포함되는 것으로 지정되는 것과 동일한 정도로 참조로서 본원에 포함된다.
SEQUENCE LISTING <110> MedImmune LLC <120> COMPOSITIONS AND METHODS FOR TREATMENT OF ATOPIC DERMATITIS AND TREATMENT SELECTION <130> ATOP-101-US-PCT <140> 16/637,294 <141> 2020-02-07 <150> PCT/IB2018/056131 <151> 2018-08-15 <150> US 62/546,210 <151> 2017-08-16 <160> 12 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 743 <212> DNA <213> Homo Sapiens <220> <221> misc_feature <223> TSLP <220> <221> CDS <222> (200)..(676) <400> 1 gcagccagaa agctctggag catcagggag actccaactt aaggcaacag catgggtgaa 60 taagggcttc ctgtggactg gcaatgagag gcaaaacctg gtgcttgagc actggcccct 120 aaggcaggcc ttacagatct cttacactcg tggtgggaag agtttagtgt gaaactgggg 180 tggaattggg tgtccacgt atg ttc cct ttt gcc tta cta tat gtt ctg tca 232 Met Phe Pro Phe Ala Leu Leu Tyr Val Leu Ser 1 5 10 gtt tct ttc agg aaa atc ttc atc tta caa ctt gta ggg ctg gtg tta 280 Val Ser Phe Arg Lys Ile Phe Ile Leu Gln Leu Val Gly Leu Val Leu 15 20 25 act tac gac ttc act aac tgt gac ttt gag aag att aaa gca gcc tat 328 Thr Tyr Asp Phe Thr Asn Cys Asp Phe Glu Lys Ile Lys Ala Ala Tyr 30 35 40 ctc agt act att tct aaa gac ctg att aca tat atg agt ggg acc aaa 376 Leu Ser Thr Ile Ser Lys Asp Leu Ile Thr Tyr Met Ser Gly Thr Lys 45 50 55 agt acc gag ttc aac aac acc gtc tct tgt agc aat cgg cca cat tgc 424 Ser Thr Glu Phe Asn Asn Thr Val Ser Cys Ser Asn Arg Pro His Cys 60 65 70 75 ctt act gaa atc cag agc cta acc ttc aat ccc acc gcc ggc tgc gcg 472 Leu Thr Glu Ile Gln Ser Leu Thr Phe Asn Pro Thr Ala Gly Cys Ala 80 85 90 tcg ctc gcc aaa gaa atg ttc gcc atg aaa act aag gct gcc tta gct 520 Ser Leu Ala Lys Glu Met Phe Ala Met Lys Thr Lys Ala Ala Leu Ala 95 100 105 atc tgg tgc cca ggc tat tcg gaa act cag ata aat gct act cag gca 568 Ile Trp Cys Pro Gly Tyr Ser Glu Thr Gln Ile Asn Ala Thr Gln Ala 110 115 120 atg aag aag agg aga aaa agg aaa gtc aca acc aat aaa tgt ctg gaa 616 Met Lys Lys Arg Arg Lys Arg Lys Val Thr Thr Asn Lys Cys Leu Glu 125 130 135 caa gtg tca caa tta caa gga ttg tgg cgt cgc ttc aat cga cct tta 664 Gln Val Ser Gln Leu Gln Gly Leu Trp Arg Arg Phe Asn Arg Pro Leu 140 145 150 155 ctg aaa caa cag taaaccatct ttattatggt catatttcac agcccaaaat 716 Leu Lys Gln Gln aaatcatctt tattaagtaa aaaaaaa 743 <210> 2 <211> 159 <212> PRT <213> Homo Sapiens <400> 2 Met Phe Pro Phe Ala Leu Leu Tyr Val Leu Ser Val Ser Phe Arg Lys 1 5 10 15 Ile Phe Ile Leu Gln Leu Val Gly Leu Val Leu Thr Tyr Asp Phe Thr 20 25 30 Asn Cys Asp Phe Glu Lys Ile Lys Ala Ala Tyr Leu Ser Thr Ile Ser 35 40 45 Lys Asp Leu Ile Thr Tyr Met Ser Gly Thr Lys Ser Thr Glu Phe Asn 50 55 60 Asn Thr Val Ser Cys Ser Asn Arg Pro His Cys Leu Thr Glu Ile Gln 65 70 75 80 Ser Leu Thr Phe Asn Pro Thr Ala Gly Cys Ala Ser Leu Ala Lys Glu 85 90 95 Met Phe Ala Met Lys Thr Lys Ala Ala Leu Ala Ile Trp Cys Pro Gly 100 105 110 Tyr Ser Glu Thr Gln Ile Asn Ala Thr Gln Ala Met Lys Lys Arg Arg 115 120 125 Lys Arg Lys Val Thr Thr Asn Lys Cys Leu Glu Gln Val Ser Gln Leu 130 135 140 Gln Gly Leu Trp Arg Arg Phe Asn Arg Pro Leu Leu Lys Gln Gln 145 150 155 <210> 3 <211> 11 <212> PRT <213> Homo Sapiens <220> <221> MISC_FEATURE <223> LCDR1 <400> 3 Gly Gly Asn Asn Leu Gly Ser Lys Ser Val His 1 5 10 <210> 4 <211> 7 <212> PRT <213> Homo Sapiens <220> <221> MISC_FEATURE <223> LCDR2 <400> 4 Asp Asp Ser Asp Arg Pro Ser 1 5 <210> 5 <211> 11 <212> PRT <213> Homo Sapiens <220> <221> MISC_FEATURE <223> LCDR3 <400> 5 Gln Val Trp Asp Ser Ser Ser Asp His Val Val 1 5 10 <210> 6 <211> 5 <212> PRT <213> Homo Sapiens <220> <221> MISC_FEATURE <223> HCDR1 <400> 6 Thr Tyr Gly Met His 1 5 <210> 7 <211> 17 <212> PRT <213> Homo Sapiens <220> <221> MISC_FEATURE <223> HCDR2 <400> 7 Val Ile Trp Tyr Asp Gly Ser Asn Lys His Tyr Ala Asp Ser Val Lys 1 5 10 15 Gly <210> 8 <211> 13 <212> PRT <213> Homo Sapiens <220> <221> MISC_FEATURE <223> HCDR3 <400> 8 Ala Pro Gln Trp Glu Leu Val His Glu Ala Phe Asp Ile 1 5 10 <210> 9 <211> 366 <212> DNA <213> Homo Sapiens <220> <221> misc_feature <223> Heavy Chain VH <400> 9 cagatgcagc tggtggagtc tgggggaggc gtggtccagc ctgggaggtc cctgagactc 60 tcctgtgcag cgtctggatt caccttcaga acctatggca tgcactgggt ccgccaggct 120 ccaggcaagg gactggagtg ggtggcagtt atatggtatg atggaagtaa taaacactat 180 gcagactccg tgaagggccg attcaccatc accagagaca attccaagaa cactctgaat 240 ctgcaaatga acagcctgag agccgaggac acggctgtgt attactgtgc gagagcccct 300 cagtgggagc tagttcatga agcttttgat atctggggcc aagggacaat ggtcaccgtc 360 tcttca 366 <210> 10 <211> 122 <212> PRT <213> Homo Sapiens <220> <221> MISC_FEATURE <223> Heavy Chain VH <400> 10 Gln Met Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Arg Thr Tyr 20 25 30 Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Ala Val Ile Trp Tyr Asp Gly Ser Asn Lys His Tyr Ala Asp Ser Val 50 55 60 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Thr Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Asn 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Ala Pro Gln Trp Glu Leu Val His Glu Ala Phe Asp Ile Trp 100 105 110 Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser 115 120 <210> 11 <211> 325 <212> DNA <213> Homo Sapiens <220> <221> misc_feature <223> Light Chain VL <400> 11 tcctatgtgc tgactcagcc accctcggtg tcagtggccc caggacagac ggccaggatt 60 acctgtgggg gaaacaacct tggaagtaaa agtgtgcact ggtaccagca gaagccaggc 120 caggcccctg tgctggtcgt ctatgatgat agcgaccggc cctcatggat ccctgagcga 180 ttctctggct ccaactctgg gaacacggcc accctgacca tcagcagggg cgaagccggg 240 gatgaggccg actattactg tcaggtgtgg gatagtagta gtgatcatgt ggtatttcgg 300 cggagggacc aagctgaccg tccta 325 <210> 12 <211> 108 <212> PRT <213> Homo Sapiens <220> <221> MISC_FEATURE <223> Light Chain VL <400> 12 Ser Tyr Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Val Ala Pro Gly Gln 1 5 10 15 Thr Ala Arg Ile Thr Cys Gly Gly Asn Asn Leu Gly Ser Lys Ser Val 20 25 30 His Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Val Leu Val Val Tyr 35 40 45 Asp Asp Ser Asp Arg Pro Ser Trp Ile Pro Glu Arg Phe Ser Gly Ser 50 55 60 Asn Ser Gly Asn Thr Ala Thr Leu Thr Ile Ser Arg Gly Glu Ala Gly 65 70 75 80 Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Val Trp Asp Ser Ser Ser Asp His 85 90 95 Val Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu 100 105

Claims (33)

  1. 흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제를 대상체에 투여하는 단계를 포함하는 아토피 피부염을 갖는 대상체를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체가 참조에 비해 순환에서 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF) 폴리펩티드 수준의 증가 또는 대상체로부터 유래된 피부 샘플에서 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF) 폴리뉴클레오티드 수준의 증가를 갖는 것으로 확인되는, 방법.
  2. 제1항에 있어서, 순환 내 BDNF 폴리펩티드가 대상체로부터 유래된 혈액, 혈장 또는 혈청 샘플에서 측정되는, 방법.
  3. 제1항에 있어서, 순환 내 섬모 신경친화성 인자(CNTF) 폴리뉴클레오티드 또는 섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR) 폴리뉴클레오티드의 증가를 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  4. 제1항에 있어서, 피부 내 BDNF 폴리뉴클레오티드가 병변 또는 비-병변 피부의 피부 생검에서 증가되는, 방법.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 병변 및 비-병변 피부 생검에서 앰피레귤린 폴리뉴클레오티드의 증가를 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3), 및 뉴로트로핀 인자 3(NTF3)로 구성된 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드 바이오마커의 증가를 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  7. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리펩티드가 면역학적 검정에서 검출되는, 방법.
  8. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리뉴클레오티드가 마이크로어레이에 대한 하이브리드화 또는 유전자 발현 분석에 의해 검출되는, 방법.
  9. 흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제를 대상체에 투여하는 단계를 포함하는 아토피 피부염을 갖는 대상체를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체가 참조에 비해 대상체로부터 유래된 피부 샘플에서 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF) 폴리뉴클레오티드 및 앰피레귤린 폴리뉴클레오티드 수준의 증가를 갖는 것으로 확인되는, 방법.
  10. 흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제를 대상체에 투여하는 단계를 포함하는 아토피 피부염을 갖는 대상체를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체가 참조에 비해 대상체로부터 유래된 피부 샘플에서 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF) 폴리뉴클레오티드, 앰피레귤린 폴리뉴클레오티드, 및 NTRK2, NTRK3 또는 NTF3 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상의 수준의 증가를 갖는 것으로 확인되는, 방법.
  11. 제9항 또는 제10항에 있어서, 폴리뉴클레오티드가 마이크로어레이에 대한 하이브리드화에 의해 검출되는, 방법.
  12. 흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제를 대상체에 투여하는 단계를 포함하는 아토피 피부염을 갖는 대상체를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체가 참조에 비해 대상체로부터 유래된 혈액, 혈장 또는 혈청에서 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF) 폴리펩티드 수준의 증가 및 섬모 신경친화성 인자(CNTF) 및/또는 섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR)의 증가를 갖는 것으로 확인되는, 방법.
  13. 제12항에 있어서, 폴리펩티드가 면역학적 검정에서 검출되는, 방법.
  14. 흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제를 대상체에 투여함으로써 아토피 피부염을 치료하는 단계를 포함하는 아토피 피부염을 갖는 대상체를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체가 참조에 비해 대상체의 혈액, 혈장 또는 혈청 샘플에서 앰피레귤린(AREG), 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF), 섬모 신경친화성 인자(CNTF), 섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR), 뉴로트로핀 3(NTF3), 뉴로트로핀 4(NTF4), 신경 성장 인자(NGF), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 1(NTRK1), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2) 및 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3)로 구성된 군으로부터 선택되는 바이오마커 폴리펩티드에서 변화를 갖는 것으로 확인되는, 방법.
  15. 흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제를 대상체에 투여함으로써 아토피 피부염을 치료하는 단계를 포함하는 아토피 피부염을 갖는 대상체를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체가 참조에 비해 대상체의 피부 샘플에서 앰피레귤린(AREG), 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF), 섬모 신경친화성 인자(CNTF), 섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR), 뉴로트로핀 3(NTF3), 뉴로트로핀 4(NTF4), 신경 성장 인자(NGF), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 1(NTRK1), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2) 및 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3)로 구성된 군으로부터 선택되는 바이오마커 폴리뉴클레오티드에서 변화를 갖는 것으로 확인되는, 방법.
  16. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 아토피 피부염이 흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제를 이용한 치료에 반응하는, 방법.
  17. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, TSLP 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제가 항-TSLP 항체 또는 이의 항원 결합 부분인, 방법.
  18. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 항체 또는 이의 항원 결합 부분이 하기를 포함하는 방법:
    (a) SEQ ID NO:6의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR1;
    (b) SEQ ID NO:7의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR2;
    (c) SEQ ID NO:8의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR3;
    (d) SEQ ID NO:3의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR1;
    (e) SEQ ID NO:4의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR2; 및
    (f) SEQ ID NO:5의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR3.
  19. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 항체 또는 이의 항원 결합 부분이 SEQ ID NO:10의 중쇄 서열 및 SEQ ID NO:12의 경쇄 서열을 포함하는, 방법.
  20. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 항체가 테제펠루맙(Tezepelumab)인, 방법.
  21. 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 인간인, 방법.
  22. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 참조가 대조군 샘플에 존재하는 상응하는 폴리펩티드 또는 핵산 분자 바이오마커의 수준, 발현 또는 활성인, 방법.
  23. 제22항에 있어서, 대조군 샘플이 항-TSLP 요법에 반응하지 않는 아토피 피부염을 갖는 대상체로부터 유래되는, 방법.
  24. 제22항 또는 제23항에 있어서, 대조군 샘플이 건강한 대상체로부터 유래되는, 방법.
  25. 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염(AD)을 갖는 것으로 확인하는 방법으로서, 참조에 비해 순환에서 뇌 유래 신경친화성 인자(BDNF) 폴리펩티드 수준의 증가 또는 대상체로부터 유래된 피부 샘플에서 뇌 유래 신경친화성 인자(BDNF) 폴리뉴클레오티드 수준의 증가를 검출함으로써 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염을 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는, 방법.
  26. 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염(AD)을 갖는 것으로 확인하는 방법으로서, 참조에 비해 대상체로부터 유래된 피부 샘플에서 뇌 유래 신경친화성 인자(BDNF) 폴리뉴클레오티드 및 앰피레귤린 폴리뉴클레오티드 수준의 증가를 검출함으로써 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염을 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는, 방법.
  27. 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염(AD)을 갖는 것으로 확인하는 방법으로서, 대상체로부터 유래된 피부 샘플에서 뇌 유래 신경친화성 인자(BDNF) 폴리뉴클레오티드, 앰피레귤린 폴리뉴클레오티드, 및 NTRK2, NTRK3 또는 NTF3 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상의 수준의 증가를 검출함으로써 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염을 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는, 방법.
  28. 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염(AD)을 갖는 것으로 확인하는 방법으로서, 대상체로부터 유래된 혈액, 혈장 또는 혈청에서 뇌 유래 신경친화성 인자(BDNF) 폴리펩티드 수준의 증가 및 CNTF 및/또는 CNTFR의 증가를 검출함으로써 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염을 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는, 방법.
  29. 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염(AD)을 갖는 것으로 확인하는 방법으로서,
    (a) 대상체의 혈액, 혈장 또는 혈청 샘플 내의 앰피레귤린(AREG), 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF), 섬모 신경친화성 인자(CNTF), 섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR), 뉴로트로핀 3(NTF3), 뉴로트로핀 4(NTF4), 신경 성장 인자(NGF), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 1(NTRK1), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2) 및 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3)로 구성된 군으로부터 선택되는 순환 폴리펩티드 마커에 대한 항체 결합을 검출하는 단계; 및
    (b) 참조에 비해 샘플에서 상기 마커 수준의 변화를 검출함으로써 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염(AD)을 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는, 방법.
  30. 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염(AD)을 갖는 것으로 확인하는 방법으로서,
    (a) 대상체의 피부 샘플 내의 앰피레귤린(AREG), 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF), 섬모 신경친화성 인자(CNTF), 섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR), 뉴로트로핀 3(NTF3), 뉴로트로핀 4(NTF4), 신경 성장 인자(NGF), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 1(NTRK1), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2) 및 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3)로 구성된 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드 마커에 대한 프로브 결합을 검출하는 단계; 및
    (b) 참조에 비해 샘플에서 상기 마커 수준의 변화를 검출함으로써 대상체를 항-TSLP 요법에 반응하는 아토피 피부염(AD)을 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는, 방법.
  31. 대상체에서 요법의 효능을 모니터링하는 방법으로서,
    (a) 대상체에 항-TSLP 요법을 투여하는 단계; 및
    (b) 초기 시점의 대상체로부터 획득된 피부 샘플 내 뇌 유래 신경친화성 인자 폴리뉴클레오티드 수준에 비한 대상체로부터 유래된 피부 샘플 내 뇌 유래 신경친화성 인자 폴리뉴클레오티드 수준을 검출하는 단계로서, 여기서 시간 경과에 따른 BDNF 수준의 감소가 항-TSLP 요법이 효과적임을 나타내는, 단계를 포함하는, 방법.
  32. 제31항에 있어서, 초기 시점에서의 대상체의 혈청에 존재하는 수준에 비한 대상체의 혈청 내 앰피레귤린 폴리펩티드 수준을 검출하는 단계를 추가로 포함하고, 여기서 상기 시간 경과에 따른 상기 수준의 증가가 항-TSLP 요법이 효과적임을 나타내는, 방법.
  33. 흉선 기질상 림포포이에틴(TSLP) 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 제제, 및 앰피레귤린(AREG), 섬모 신경친화성 인자(CNTF), 섬모 신경친화성 인자 수용체(CNTFR), 뇌 유래 뉴로트로핀(BDNF), 뉴로트로핀 3(NTF3), 뉴로트로핀 4 (NTF4), 신경 성장 인자(NGF), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 1(NTRK1), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 2(NTRK2), 신경친화성 티로신 키나제 수용체 타입 3(NTRK3)로 구성된 군으로부터 선택되는 폴리펩티드 또는 폴리뉴클레오티드 바이오마커에 특이적으로 결합하는 포획 분자 또는 프로브 중 하나 이상을 포함하는, 아토피 피부염(AD)의 치료를 위한 키트.
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