KR20190121820A

KR20190121820A - 신규한 펩타이드 및 진단에 있어서의 이의 용도

Info

Publication number: KR20190121820A
Application number: KR1020197027947A
Authority: KR
Inventors: 브롤 사무엘 룬딘
Original assignee: 바이오톰 피티와이 엘티디
Priority date: 2017-02-24
Filing date: 2018-02-22
Publication date: 2019-10-28
Also published as: AU2024219396A1; AU2018225417A1; AU2018225417B2; US20200062806A1; US11401308B2; US20220363725A1; CN110662757A; AU2022203786A1; JP2020512398A; KR20240126079A; SG11201907408PA; US12037365B2; EP3585802A1; SE541618C2; WO2018153991A1; AU2022203786B2; US20240309054A1; JP2023049050A; JP7199384B2; SE1750203A1

Abstract

CagA+ H. 파일로리(H. pylori) 감염의 진단 또는 위암 위험의 예측에 사용하기 위한 신규한 펩타이드가 제공된다. 상기 펩타이드는 높은 특이성 및 민감도로 CagA+ H. 파일로리 환자로부터의 항체에 결합하고, 예를 들어 진단 키트에 사용될 수 있다.

Description

신규한 펩타이드 및 진단에 있어서의 이의 용도

본 발명은 헬리코박터 파일로리(Helicobacter pylori)의 CagA 단백질로부터의 신규한 펩타이드에 관한 것이다. 상기 펩타이드는 박테리아 감염의 개선된 예방, 진단 및 치료, 및 위암 위험의 평가에 사용될 수 있다.

헬리코박터 파일로리는 일반적으로 위에서 발견되는 박테리아이다. 일부 H. 파일로리(H. pylori) 균주는 독성 인자를 암호화하는 CagA(세포독성-관련 항원 A) 유전자를 갖는다. CagA 유전자는 감염 부위에서 위 상피세포로 전위되는 박테리아 종양단백질인 1,140 내지 1,180-아미노산 단백질 CagA를 암호화한다. 전위시, 이는 상피세포의 세포내 신호전달 경로에 영향을 미친다.

CagA를 갖는 H. 파일로리 박테리아는 위암 발병 위험의 증가와 관련있으며, 항-CagA-항체의 존재는 미래의 위암 위험의 증가와 관련있다. CagA+ H. 파일로리 감염의 조기 검출은, 감염된 개체에서의 감염의 박멸이 위암 위험을 감소시켜, 암 생존을 증가시킬 수 있다. 따라서, CagA+ H. 파일로리를 갖는 개체를 식별하는 방법을 사용하여 높은 위암 위험을 진단하고, 위암 발병을 예방할 수 있다.

그러나, CagA+ H. 파일로리 감염에 대한 기존의 혈청학 방법은, 충분히 구체적이지 않기 때문에, 임상적으로 유용하지 않다. H. 파일로리에 감염되지 않은 개체, 또는 CagA가 없는 H. 파일로리 균주에 감염된 개체에서도, CagA에 대한 광범위한 항체 반응성을 나타내는 높은 수준의 허위양성(false-positive) 샘플이 있다. 따라서, 임상적으로 유용한 진단 테스트에 대해 특이성과 민감도가 충분하지 않다(Yamaoka et al, J Clin Microbiol 1998:36:3433; Yamaoka et al, Gastroenterology 1999:117:745; Figueiredo et al, J Clin Microbiol 2001:39:1339).

따라서, 개선된 진단 특성, 예를 들어 개선된 특이성 및 민감도를 갖는, CagA+ H. 파일로리에 대한 진단 테스트가 필요하다.

또한, 상이한 H. 파일로리 단리물 사이에서 DNA 서열에 큰 변동성이 있다. 특정 CagA 변이체는 위암 위험과 더 밀접하게 관련된다. 따라서, CagA 균주 유형을 식별할 수 있는 것 또한 유용할 것이다.

또한 항체, 특히 CagA 단백질에 결합하는 항체에 특이적으로 결합하는 CagA 펩타이드가 필요하다.

위암 발병 위험이 높은 개체를 식별하는 것을 포함하는, H. 파일로리 관련 질환과 관련된 진단 적용에 유용한, CagA로부터의 펩타이드에 관한 정보가 본원에 제공된다. H. 파일로리에 감염된 개체는 CagA를 포함하는, H. 파일로리 단백질에 대한 항체를 생성한다. 따라서, CagA 특이적 항체의 존재는 H. 파일로리 감염을 나타낸다.

감염된 개체에 존재하는 모든 CagA 펩타이드로부터, 본 발명자들은 1) 면역원성이며 항체 반응을 유발하는 서브셋(subset)을 정의하였다(표 1 참조, 여기에서 단백질 길이의 34%가 면역원성이다). 많은 펩타이드가 또한 감염되지 않은 환자로부터의 혈청과 반응하는 것으로 밝혀졌다(도 1의 백색 막대). 면역원성 펩타이드의 서브셋 내에서, 본 발명자들은 2) 진단 능력이 있는 펩타이드의 더 작은 서브셋을 동정하였고, 마지막으로, 이러한 진단 펩타이드의 서브셋에서, 본 발명자들은 3) 가장 높은 진단 능력을 갖는 펩타이드에서 공통적인 중요한 아미노산 서열(들)을 동정하였다. 다시 말해, 진단 능력은 감염된 개체에서 펩타이드의 존재/부재에서 유래할 뿐만 아니라, 감염되지 않은 개체에 존재하지 않는 항체 반응을 지속적으로 유발하는 면역원성 펩타이드의 작은 서브셋으로부터도 결정적으로 유래한다.

단백질 수준 대신 펩타이드 수준에서의 분해능을 갖는 고정밀 혈청학을 이용함으로써, CagA+ H. 파일로리 감염이 없는 개체에서 교차반응성 항체 반응으로 인한 허위양성을 유발하는 펩타이드를 제외하면서, 본 발명자들은 CagA+ H. 파일로리를 갖는 개체에서만 강한 항체 반응이 있는 펩타이드를 동정하였다. 따라서, 본 발명자들이 동정한 진단 펩타이드는, ROC AUC 값에 의해 확인된 바와 같이, 높은 민감도 및 특이성 둘 다를 가지며, 진단 적용에 유용할 것이다.

본 발명의 제1 측면에서, 서열번호 1 내지 서열번호 7로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하거나 이들로 이루어진 펩타이드가 제공된다. 바람직하게는 상기 펩타이드는 최대 25개의 아미노산으로 이루어지고, 더 바람직하게는 최대 15개의 아미노산, 훨씬 더 바람직하게는 최대 10개의 아미노산으로 이루어진다. 바람직한 실시양태에서 상기 펩타이드는 서열번호 2 내지 서열번호 7로 이루어진 군, 또는 더 바람직하게는 서열번호 2 내지 서열번호 5로 이루어진 군으로부터 선택된 서열을 포함하거나 이들로 이루어진다.

이들 신규한 펩타이드는 진단, 더 구체적으로는 CagA 양성 H. 파일로리의 진단에 사용될 수 있다는 이점이 있다. 따라서, 이들 펩타이드를 사용하는 진단은 허위양성이 거의 없다.

동정된 최소 결합 영역은 또한 CagA 특이적 항체를 검출하는 데 유용하다. 이들은 짧기 때문에, 백그라운드 결합(background binding)이 낮을 것이다. 또한, 상기 펩타이드가 짧기 때문에 낮은 비용에서 제작될 수 있다.

본 발명의 제2 측면에서, 진단에 사용하기 위한 본 발명의 제1 측면에 따른 펩타이드가 제공된다. 바람직한 실시양태에서 상기 진단은 H. 파일로리 감염, 더 구체적으로는 CagA 양성 H. 파일로리의 진단, 또는 위암 위험의 예측을 위한 진단이다.

본 발명의 제3 측면에서, 본 발명의 제1 측면에 따른 펩타이드 또는 본 발명의 제2 측면에 따른 펩타이드의 혼합물을 포함하는 키트가 제공된다. 상기 키트는 바람직하게는 진단, 더 구체적으로는 CagA 양성 H. 파일로리의 진단, 또는 위암 위험의 예측을 위한 키트이다.

본 발명의 제4 측면에서, a) 대상으로부터 샘플을 단리하거나 제공하는 단계, b) 상기 샘플을 본원에 기술된 바와 같은 펩타이드 또는 본원에 기술된 바와 같은 펩타이드의 혼합물과 접촉시키는 단계, 및 c) 상기 샘플에서 상기 펩타이드에 대한 항체의 특이적 결합을 검출하는 단계를 포함하는 진단 방법이 제공된다. 바람직한 실시양태에서, 상기 방법은 H. 파일로리 감염의 검출 또는 위암 위험의 예측에 사용된다.

본 발명의 제5 측면에서, 1) 본원에 기술된 바와 같은 진단을 수행하는 단계 및 2) 대상에서 H. 파일로리 CagA+ 감염을 치료하는 단계를 포함하는, 대상에서 위암을 예방하는 방법이 제공된다. 상기 방법은 본원의 진단 방법을 사용하여 대상이 헬리코박터 파일로리 감염을 갖는지 확인하고, 그 후 감염을 치료하는 단계를 포함할 수 있다. 상기 치료는, 매크로라이드, 베타-락탐, 니트로이미다졸, 테트라사이클린 및 플루오로퀴놀론으로 이루어진 군으로부터 선택된 항생제의 부류로부터 선택된 항생제를 투여하는 것을 포함할 수 있다. 상기 치료는 상기 부류로부터의 2종의 항생제를 투여하는 것을 포함할 수 있으며, 여기에서 2종의 항생제는 상이한 부류로부터의 것이다. 상기 치료는 또한 대상에게 양성자 펌프 억제제를, 바람직하게는 항생제와 조합하여 투여하는 것을 포함할 수 있다.

본 발명의 제6 측면에서, 대상으로부터의 샘플에서 H. 파일로리 CagA 결합 항체를 검출하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 생물학적 샘플과 본 발명의 제1 측면에 따른 펩타이드를 접촉시키는 단계 및 상기 샘플에서 상기 펩타이드에 대한 항체의 결합을 검출하는 단계를 포함한다. 상기 샘플은 혈액, 혈청, 혈장 샘플 또는 조직 샘플, 예를 들어 위 조직 샘플일 수 있다.

본 발명의 제7 측면에서, 본 발명의 제1 측면에 따른 펩타이드의 적어도 2종의 혼합물이 제공된다. 이러한 혼합물은 효율적인 방식으로 H. 파일로리의 2종 이상의 상이한 CagA 양성 균주를 검출하는 데 사용될 수 있다는 이점이 있다. 상기 혼합물은 본원의 펩타이드와 동일한 방식으로 사용될 수 있다.

도 1. 펩타이드 마이크로어레이(microarray) 분석을 사용한 CagA의 18개의 상이한 선형 B 세포 에피토프의 식별. 각 펩타이드(n=1,172 펩타이드)에 대한 어레이 점수가 CagA 서열의 시작 위치(x축)에서 수직 막대로서 도시된다. 흑색 막대는 H. 파일로리 감염 개체로부터의 혈청의 결과이고, 백색 막대는 H. 파일로리에 감염되지 않은 개체로부터의 혈청의 결과이다. 중요한 점은, 많은 펩타이드가 감염되지 않은 개체로부터의 혈청과도 반응성을 나타낸다는 것이다(백색 막대).
도 2. 18개의 식별된 CagA 에피토프로부터 테스트된 모든 펩타이드의 ROC AUC 수준(n=1,144 펩타이드). 도 2a: 중앙값, 사분위수 범위 및 이상점(outlier)을 포함하는 박스 플롯(box plot)으로서 도시된 결과. 도 2b: 각각의 개별적 펩타이드에 대한 결과가, 에피토프별로 분류되어 도시된다. 도 2a 및 도 2b 둘 다에서, 쓸모없는 진단(AUC=0.5)의 AUC는 수평 점선으로 표시된다.
도 3. 중요한 서열 모티프를 함유하는 모든 펩타이드에 대한 ROC AUC 점수. 데이터가 중앙값, 사분위수 범위 및 이상점으로서 도시된다. 하나의 펩타이드가 테스트된 경우에는, 중앙값만이 도시된다(수평선). 서열 모티프 명칭은 표 4의 서열 명칭과 동일하다:
BT_300: IINQKVTDKVDNLNQ (서열번호 13)(15개의 아미노산 중 적어도 12개가 동일, n=298 펩타이드);
BT_301: EPIYA (서열번호 8) (n=270);
BT_302: EPIYAK (서열번호 9) (n=16);
BT_303: EPIYAQ (서열번호 10) (n=21);
BT_304: EPIYT (서열번호 11) (n=21);
BT_305: EPIYAT (서열번호 12) (n=196);
BT_306: FXLKRHX (서열번호 1) (n=246);
BT_307: FXLKKHX (서열번호 2) (n=34);
BT_308: FXLKQHX (서열번호 3) (n=1);
BT_309: YXLKRHX (서열번호 4) (n=3);
BT_310: IXLKRHX (서열번호 5) (n=1);
BT_311: FXLRRYX (서열번호 6) (n=1);
BT_312: FXLRRSX (서열번호 7) (n=7).
AUC = 0.5가 수평 점선으로 표시된다.

때때로 본원에서 서열의 간격이 지칭된다. 이는 간격의 모든 서열을 지칭하며, 따라서 예를 들어 "서열번호 2 내지 서열번호 5"는 서열번호 2, 3, 4, 및 5를 지칭한다. 아미노산 잔기에 대한 표준 1문자 주석을 사용하여 서열을 기록한다. 아미노산 잔기는 바람직하게는 펩타이드 결합과 연결된다.

본원의 일부 펩타이드는 서열 가변성을 가질 수 있다. 따라서, 특정 서열은 서열에서 임의의 아미노산일 수 있는 위치를 지정할 수 있다. 서열 목록에서, 이는 X 또는 Xaa로 표시될 수 있다. X 또는 Xaa는, 시트룰린과 같은, 번역후 변형으로부터 생성된 아미노산을 포함하는 임의의 아미노산, 바람직하게는 임의의 L-아미노산으로 대체될 수 있다. 아미노산은 자연 발생 아미노산일 필요는 없다. 부피가 큰 측쇄는 항체 결합을 막을 수 있기 때문에, 바람직하게는 아미노산은 부피가 큰 측쇄를 갖지 않는다. 아미노산의 적합한 분자량은 85 D 내지 300 D, 더 바람직하게는 89 D 내지 220 D일 수 있다.

일반적으로, 펩타이드는 서열번호 1 내지 서열번호 330으로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어질 수 있다. 펩타이드는 서열번호 32 내지 서열번호 330의 서열의 일부, 예를 들어 서열번호 32 내지 서열번호 330 중 12개, 더 바람직하게는 13개, 훨씬 더 바람직하게는 14개 및 가장 바람직하게는 15개의 모든 잔기를 포함할 수 있다. 펩타이드가 12개, 13개, 또는 14개의 서열번호 32 내지 서열번호 330의 아미노산을 포함하거나 이들로 이루어진 경우, 다른 아미노산 위치는 X 및 Xaa에 대해 앞서 기술된 바와 같은 임의의 아미노산으로 대체될 수 있지만, 나머지 아미노산은 서열번호 32 내지 330에서와 같은 위치를 갖는다. 특정 실시양태에서 아미노산은 보존되는 방식으로 대체될 수 있으며, 예를 들어, 소수성 아미노산이 다른 소수성 아미노산으로 대체되거나, 또는 극성 아미노산이 다른 극성 아미노산으로 대체된다.

일부 실시양태에서 서열번호 32 내지 서열번호 330(표 2 및 3)의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어진 펩타이드가 바람직할 수 있다. 한 실시양태에서 서열번호 14 내지 서열번호 31 중 하나를 포함하거나 이로 이루어진 펩타이드가 사용된다. 한 실시양태에서 서열번호 32 내지 서열번호 207 중 하나를 포함하거나 이로 이루어진 펩타이드가 사용된다(표 2). 한 실시양태에서 서열번호 208 내지 서열번호 330 중 하나를 포함하거나 이로 이루어진 펩타이드가 사용된다(표 3).

바람직한 실시양태에서 서열번호 1 내지 서열번호 13 중 하나를 포함하거나 이로 이루어진 펩타이드, 예를 들어 서열번호 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 또는 13이 사용된다(표 4). 이들 서열은 특정 항체의 최소 결합 영역을 포함한다. 바람직한 실시양태에서 펩타이드는 서열번호 1 내지 서열번호 12로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어진다.

훨씬 더 바람직한 실시양태에서 펩타이드는 서열번호 1 내지 서열번호 7로부터 선택된 서열을 포함하거나 이로 이루어진다. 이들 펩타이드는 CagA+ H. 파일로리 감염을 갖는 개체의 높은 비율에서 강한 항체 반응을 유발하기 때문에, 진단 정확도가 더 높다는 이점이 있다. 이들 펩타이드(서열번호 1 내지 서열번호 7)는 모두 동일한 에피토프(에피토프 12 내지 에피토프 14)에 관한 것이며, 전세계의 모든 CagA+ H. 파일로리 단리물 중 약 95%가 이들 서열 변이체 중 적어도 하나를 갖는다. 또한, 펩타이드는 다음과 같은 공통적인 구조적 특징을 갖는다:

ㆍ 이들은 모두 7개의 아미노산 잔기를 갖는다.

ㆍ 이들은 모두 제1 위치에 소수성 잔기를 갖는다(F, Y 또는 I).

ㆍ 이들은 모두 제2 위치에 x를 갖는다.

ㆍ 이들은 모두 제3 위치에 L을 갖는다.

ㆍ 이들은 모두 제4 위치에 K 또는 R(양성 측쇄)를 갖는다.

ㆍ 이들은 모두 제7 위치에 x를 갖는다.

서열번호 1 내지 서열번호 7을 포함하는 유용한 펩타이드의 예는 서열번호 129 내지 서열번호 170, 서열번호 186 내지 서열번호 187 및 서열번호 266 내지 서열번호 279의 서열을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.

훨씬 더 바람직한 실시양태에서 펩타이드는 서열번호 1, 2, 3, 4 및 5로부터 선택된 서열, 또는 훨씬 더 바람직하게는, 서열번호 2, 3, 4, 5, 6, 및 7 또는 훨씬 더 바람직하게는 서열번호 2, 3, 4, 5로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열을 포함하거나 이들로 이루어진다. 이들 서열을 포함하는 유용한 펩타이드의 예는 표 2 및 3에 기술된다.

한 실시양태에서 펩타이드는 서열번호 13의 서열, 또는 이 서열로부터 선택된 12개의 아미노산 잔기를 포함하거나 이들로 이루어지고, 여기에서 다른 3개의 아미노산 잔기는 앞서 기술된 바와 같은 임의의 아미노산일 수 있다. 서열번호 13으로부터의 아미노산을 적어도 12개 포함하는 유용한 아미노산 서열은 서열번호 52 내지 서열번호 67 및 서열번호 235 내지 서열번호 256의 서열을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.

한 실시양태에서 펩타이드는 서열번호 153의 서열, 또는 이 서열로부터 선택된 12개, 13개 또는 14개의 아미노산의 서열을 포함하거나 이로 이루어지며, 여기에서 다른 아미노산 잔기는 앞서 기술된 바와 같은 임의의 아미노산일 수 있다.

펩타이드는 바람직하게는 25개의 아미노산 또는 더 짧은, 예컨대 20개 또는 15개의 아미노산 길이를 갖는다. 짧은 펩타이드는 (항체에 의한) 비특이적 결합이 적고 따라서 백그라운드가 적기 때문에 바람직할 수 있다. 그러나, 일부 경우에, 입체 장애 없이 항체 결합을 허용하기 위해 에피토프를 노출하는 것을 가능하게 하기 위해서, 또는 펩타이드 폴딩(folding)을 가능하게 하기 위해서는 긴 펩타이드가 바람직할 수 있다. 따라서, 더 바람직하게는 펩타이드는 14개의 아미노산 잔기, 더 바람직하게는 13개의 아미노산 잔기, 훨씬 더 바람직하게는 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 또는 5개의 아미노산 잔기이다(6개는 서열번호 8, 11, 9, 10 및 12에만 적용되고, 5개는 서열번호 8 및 11에만 적용된다).

바람직하게는 펩타이드는 특이적으로(면역학적 의미에서) 및 높은 친화도로 항체에, 바람직하게는 또한 H. 파일로리 CagA 단백질에 결합하는 항체에 결합한다. 이것이 대체 세포 또는 물질과 반응하거나 회합되는 것보다 특정 세포 또는 물질과 더 빈번하게, 더 빠르게, 더 큰 지속시간으로 및/또는 더 큰 친화도로 반응하거나 회합하는 경우, 항체-펩타이드 상호작용이 면역학적 의미에서 "특이적 결합" 또는 "선호적 결합"을 나타낸다고 한다. 항체가 다른 물질에 결합하는 것보다 더 큰 친화도, 친화력으로, 더 쉽게, 및/또는 더 큰 지속시간으로 결합하는 경우, 항체가 펩타이드에 "특이적으로 결합"하거나 "선호적으로 결합"한다. 결합은 임의의 적합한 방법으로 측정될 수 있다. 결합은 당업계에 공지된 방법, 예를 들어 ELISA, 표면 플라스몬 공명, 웨스턴 블랏 또는 본원에 기술되는 다른 방법(아래 참조)에 의해 측정될 수 있다. 이러한 방법은 펩타이드의 적합한 길이 또는 아미노산 서열을 결정하는 데 사용될 수 있다.

바람직하게는 펩타이드의 사용은 높은 진단 특이성 및 높은 진단 민감도 둘 다를 갖는다. 임의의 진단 테스트에서, 이들 2개의 특성은 양성 테스트의 컷오프(cut-off)로 사용되는 수준이 어느 정도냐에 따라 달라진다. 설정된 컷오프와 독립적으로 진단 정확도를 평가하기 위해, 수신자 조작 특성 곡선(ROC 곡선)이 사용될 수 있다. ROC 곡선에서, 컷오프가 0에서 무한대로 변함에 따라 참양성 비율(true positive rate)(민감도)이 허위양성 비율(false positive rate)(1-특이성)에 대해 플롯된다. 그 후 전반적인 진단 정확도를 추정하기 위해 ROC 곡선하 면적(ROC AUC)이 사용된다. 바람직하게는 펩타이드의 용도는 ROC AUC가 적어도 0.55, 예를 들어 ROC AUC가 적어도, 0.60, 0.65, 0.70, 0.75, 0.80, 0.85, 0.90, 0.95, 0.96, 0.97, 0.98, 0.99 또는 ROC AUC가 1.00이다. 바람직하게는, 펩타이드의 용도는 ROC AUC가 적어도 0.85, 가장 바람직하게는 ROC AUC가 1이다.

본원에 사용된 바와 같이, 용어 "펩타이드"는 모방펩타이드(peptidomimetic) 화합물을 포함하는, 펩타이드, 단백질, 단백질의 단편 등을 의미하는 데 사용된다. 용어 "모방펩타이드"는 구조적으로 기초한 펩타이드의 활성을 갖는 펩타이드 유사 분자를 의미하며, 여기에서 활성은 CagA 단백질에 결합하는 항체에 특이적으로 및 높은 친화성으로 결합하는 것이다. 이러한 모방펩타이드는 화학적으로 변형된 펩타이드, 비 자연 발생 아미노산을 함유하는 펩타이드 유사 분자를 포함한다(예를 들어, 문헌 [Goodman and Ro, Peptidomimetics for Drug Design, in "Burger's Medicinal Chemistry and Drug Discovery" Vol. 1 (ed. M. E. Wolff; John Wiley & Sons 1995), pages 803-861]을 참조한다). 예를 들어, 제한 아미노산을 함유하는 펩타이드 유사 분자를 포함하여, 다양한 모방펩타이드가 당업계에 공지되어 있다. 특정 실시양태에서 원형 펩타이드가 사용될 수 있다.

펩타이드는, 자연적으로 존재하는 것이 아닌 형태, 예를 들어 완충액에서, 재구성을 기다리는 건조된 형태로, 키트의 일부로서 등의 형태의 펩타이드를 의미하는 단리된 펩타이드일 수 있다.

일부 실시양태에서, 펩타이드는 실질적으로 정제될 수 있으며, 이는 펩타이드가 다른 단백질, 지질, 탄수화물, 핵산 및 자연적으로 관련된 다른 생물학적 물질을 실질적으로 포함하지 않는다는 것을 의미한다. 예를 들어, 실질적으로 순수한 펩타이드는 건조 중량의 적어도 약 60%, 바람직하게는 건조 중량의 적어도 약 70%, 80%, 90%, 95%, 또는 99%일 수 있다.

본 발명의 펩타이드는 염의 형태일 수 있다. 펩타이드와 염을 형성할 수 있는 적합한 산 및 염기는 당업계의 숙련가에게 잘 공지되어 있으며, 무기 및 유기 산 및 염을 포함한다.

펩타이드는 용액, 예를 들어 수용액으로 제공될 수 있다. 이러한 용액은 적합한 완충제, 염, 프로테아제 억제제, 또는 당업계에 공지된 바와 같은 다른 적합한 성분을 포함할 수 있다.

펩타이드는 당업계에 공지된 바와 같은 하나 이상의 추가 모이어티와 회합(예를 들어 직접적으로 또는 간접적으로 커플링, 융합 또는 연결)될 수 있다. 이러한 모이어티의 비제한적 예는 비오틴, 폴리히스택, GST, FLAG-태그, 또는 링커 또는 스페이서와 같은 펩타이드 또는 비펩타이드 분자를 포함한다. 회합은 공유 또는 비공유 결합일 수 있다. 회합은 예를 들어, 말단 시스테인 잔기 또는 화학적 반응성 연결제, 비오틴-아비딘 시스템 또는 폴리히스택을 통한 것일 수 있다. 예를 들어, 펩타이드는 단일 비오틴-접합된 리신 잔기에 펩타이드 결합과 연결될 수 있으며, 여기에서 리신은 이의 측쇄 상의 엡실론 아미노기, 예컨대 펩타이드 예 H-XXXXXXXXXXXXXXX(K(비오틴))-NH2를 통해 비오티닐화되고, 여기에서 X는 펩타이드의 아미노산을 나타낸다.

회합된 모이어티는 펩타이드를 부착 또는 연결하고, 정제를 개선하고, 숙주 세포에서 펩타이드의 발현을 향상시키고, 검출을 돕고, 펩타이드를 안정화시키는 데 사용될 수 있다. 짧은 펩타이드가 기재, 예를 들어 고체상에 부착되는 경우, 항체가 결합할 수 있도록 펩타이드를 항체에 노출시키는 것을 보장하기 위해 링커 또는 스페이서를 사용하는 것이 바람직할 수 있다.

펩타이드는 펩타이드를 고정시키는 기재와 회합될 수 있다. 기재는, 예를 들어, 고체 또는 반고체 담체, 고체상, 지지체 또는 표면일 수 있다. 펩타이드는 고체 지지체 상에 고정될 수 있다. 예는 미량적정(microtiter) 플레이트, 예컨대 96웰 플레이트와 같은 플레이트의 비드 또는 웰을 포함하며, 또한 랩온어칩(lab-on-a-chip) 진단 또는 유사한 장치의 표면을 포함한다. 회합은 공유 또는 비공유일 수 있고, 공유 또는 비공유 결합을 가능하게 하는 펩타이드와 관련된 모이어티, 예컨대 담체, 고체상, 지지체 또는 표면에 부착된 성분에 대한 높은 친화성을 갖는 모이어티에 의해 용이해질 수 있다. 예를 들어, 비오틴-아비딘 시스템이 사용될 수 있다.

펩타이드는 대상으로부터의 샘플에서 H. 파일로리 CagA 특이적 항체를 검출하는 데 사용될 수 있으며, 상기 방법은 생물학적 샘플과 본원에 기술된 바와 같은 펩타이드를 접촉시키는 단계 및 샘플에서 펩타이드에 대한 항체의 결합을 검출하는 단계를 포함한다. 펩타이드는 예를 들어 고체 지지체에 부착된, 본원에 기술된 바와 같은 펩타이드를 고정시키는 기재에 회합될 수 있다. 상기 방법은 본원에 기술된 바와 같은 항체의 결합, 세척, 및 검출을 허용하기 위한 인큐베이션을 포함할 수 있다. 항체의 결합을 검출하기 위한 방법은 아래에 기술되며 예를 들어 ELISA를 포함한다.

펩타이드는 진단, 특히 H. 파일로리의 감염 또는 위암의 진단에 사용될 수 있다. CagA H. 파일로리 감염이 위암 위험의 증가와 관련있다는 것이 알려져 있다. 따라서, 펩타이드는 위암이 발병하는 대상의 위험을 평가하는 데 사용될 수 있다. 위암 발병의 위험은 위암이 없는 것부터 임의의 단계의 위암이 있는 것으로의 진행의 위험, 양성 질환 상태에서 악성 상태로의 진행의 위험 또는 약한 악성 상태에서 강한 악성 상태로의 진행의 위험을 포함할 수 있다. 따라서, 위험은 위암을 갖는 또는 미래에 위암이 발병하는 위험을 포함할 수 있다. 바람직한 실시양태에서 펩타이드는 미래에 위암이 발병하는 대상의 위험을 평가하는 데 사용된다. 펩타이드는 또한 소화성 궤양 질환, 소화불량 및 만성 혈소판감소성 자반증(ITP)와 같은 H. 파일로리 감염과 관련된 다른 질환을 진단하는 데 사용될 수 있다.

진단은 임의의 적합한 방법을 사용하여 수행될 수 있다. 바람직한 방법에서, 대상으로부터의 샘플의 항체는 펩타이드에 결합되고, 결합이 검출된다. 상기 대상은 인간 또는 동물, 바람직하게는 인간일 수 있다. 펩타이드에 대한 대상으로부터의 항체의 시험관내 결합은, 대상의 면역 시스템이 특정 펩타이드에 대해 항체를 발생시켰고 따라서 펩타이드 및 CagA H. 파일로리가 대상에 존재한다는 것을 나타낸다.

상기 방법은 (1) 항체를 함유할 것으로 예상되는 체액 또는 조직의 샘플을 대상으로부터 단리시키거나 시험관 내에서 이러한 샘플을 제공하는 단계, (2) (펩타이드를 항체에 특이적으로 결합시키기 위해) 특정 펩타이드-항체 복합체를 형성하는 데 효과적인 조건, 예를 들어, 상기 샘플과 펩타이드를 반응 또는 인큐베이션하는 조건 하에서, 상기 샘플과 펩타이드를 접촉시키는 단계, 및 (3) 항체-펩타이드 반응의 존재에 대해 접촉된(반응된) 샘플을 검정하는 단계(예를 들어 항체-펩타이드 복합체의 양을 측정하는 것)를 포함할 수 있다. 상기 방법은 당업계에 공지된 바와 같은 하나 이상의 세척 단계를 포함할 수 있다. 단계 2 및 3은 바람직하게는 시험관 내에서, 즉, 샘플을 대상으로부터 단리시킨 후 샘플을 사용하여, 대상으로부터 미리 분리된 샘플에서 수행된다.

샘플은 임의의 적합한 샘플, 예를 들어 혈액, 혈청, 혈장, 타액, 점막 분비물, 복수(ascites)액, 또는 유사 체액, 또는 조직의 샘플일 수 있다.

펩타이드에 대한 항체 반응은 상이한 면역학적/혈청학적 방법에 의해 검출될 수 있다. 펩타이드를 사용하여 항체의 존재를 검출하는 적합한 형식은 펩타이드 마이크로 어레이, ELISA, 크로마토그래피, 웨스턴 블랏, 랩온어칩 형식, 마이크로비드 기반 단일 또는 다중 면역검정 등을 포함한다.

종종 이들 방법은 고정상(예컨대 ELISA 플레이트의 웰 또는 마이크로비드의 표면)에 결합된 펩타이드를 입증하는 단계 및 액체상에서 분석될 샘플을 첨가하여 항체가 결합하는 것을 허용하고 그 후 결합하지 않은 항체를 세척해내는 단계를 포함한다.

항체 결합은 인간 항체의 특정 유형에 결합하는 표지화된 이차 항체, 예를 들어 IgG, IgA, IgG1, IgG2 또는 IgG3, IgG4를 사용하여 시험관 내에서 검출될 수 있다. ELISA에서, 이차 항체는 효소, 예컨대 홀스래디시 페록시다아제(horseradish peroxidase)(HRP) 또는 알칼리 포스파타아제(AP)로 표지화된다. 이차 항체는 적합하게는 인간과 다른 종, 예를 들어 토끼 또는 염소로부터의 것이다.

대안으로, 형광 표지 또는 방사성 표지가 사용될 수 있다.

ELISA에서 펩타이드를 사용하기 위한 프로토콜은 어느 이차 항체를 사용할 지, 이의 희석, 완충제, 차단 용액, 세척 등에 관해 당업계의 숙련가에 의해 쉽게 최적화될 수 있다. 플레이트를 사용하는 ELISA 프로토콜의 예의 개요는 다음과 같을 수 있다: 폴리스티렌 미량적정 플레이트를, 바둑판식 적정에 의해 측정된 바와 같은, PBS 중에 용해된 관심 펩타이드의 최적 농도로 밤새 상온에서 코팅한다. PBS로 두 번 세척한 후, 웰을 0.1%(wt/vol) 소 혈청 알부민-PBS로 37℃에서 30분 동안 차단한다. 후속 인큐베이션을 상온에서 수행하고, 인큐베이션 사이에 0.05% Tween을 함유하는 PBS(PBS-Tween)로 플레이트를 세 번 세척한다. 혈청 또는 다른 체액의 샘플을 예를 들어 1/10의 초기 희석에서 2회 또는 3회 첨가하고, 예를 들어 3배 희석 시리즈로 희석한다. 미리 테스트되고 펩타이드에 대한 항체를 갖는 것으로 확인된 대조군 샘플을 양성 대조군으로 사용한다. 항체의 알려진 농도를 갖는 샘플은 표준 곡선을 만들기 위해 사용할 수 있다. PBS-Tween만이 첨가된 웰을 백그라운드 값의 측정을 위한 음성 대조군으로 사용한다. 상온에서 90분 동안 인큐베이션한 후, HRP 표지화된 토끼 항 인간 IgA 또는 IgG 항체를 첨가하고 60분 동안 인큐베이션한다. 그 후 pH 4.5의 0.1 M 나트륨 시트레이트 완충제 중 H₂O₂ 및 오르토-페닐렌-디아민 디히드로클로라이드를 첨가한 지 20분 후 분광 광도계에서 플레이트를 판독한다. 각 샘플의 종점 역가는 450 nm에서 백그라운드 위에 예를 들어 0.4의 흡광도를 제공하는 상호 보간 희석으로서 측정된다. 대안으로, 최종 판독 값으로서, 흡광도가 사용될 수 있다. 숙련가는 이러한 ELISA 프로토콜이 예시일 뿐이고 이러한 프로토콜의 많은 상이한 변형 및 변화가 가능하다는 것을 인식한다.

대안으로, 한 실시양태에서, B 세포가 대상으로부터 단리되고, 펩타이드에 결합하는 항체를 생성할 수 있는지 분석된다. 이는 ELISPOT 방법, ALS(림프구 분비물의 항체), 또는 유사한 방법을 사용하여 수행될 수 있다.

진단은 또한 서열번호 32 내지 서열번호 330, 서열번호 1 내지 서열번호 7, 특히 서열번호 2 내지 서열번호 5를 포함하거나 이들로 이루어진 펩타이드로부터 선택된 펩타이드에 특이적인 항체를 사용하여, 환자로부터의 조직 샘플의 CagA 단백질의 존재를 검출함으로써 수행될 수 있다. 상기 샘플은 바람직하게는 위 조직의 샘플이다. 원하는 결합 특이성을 갖는 항체는 당업계의 숙련가에 의해 생성될 수 있다. 항체는 다중클론 또는 단일클론 항체일 수 있으며, 단일클론 항체가 바람직하다. 항체는 단백질을 검출하는 임의의 유용한 형식, 예를 들어 웨스턴 블랏, ELISA, 면역조직화학 등에서 사용될 수 있다. 항체는 본원의 진단 방법에 사용될 수 있다.

상기 방법은 H. 파일로리 감염의 존재 또는 H. 파일로리 감염의 부재와 같은 2개의 가능한 결과를 가져올 수 있다. H. 파일로리 감염은 예를 들어 검정에서의 신호 컷오프에 기반하여 결정될 수 있다. 또한 추가 조사 또는 재샘플링 또는 샘플의 재분석이 필요한 불확실한 결과와 같은 중간 결과가 있을 수 있다.

CagA+ H. 파일로리 감염이 존재한다고 확립되면, 예를 들어 대상의 위암 발병의 위험을 감소시키기 위해 H. 파일로리 감염을 치료하는 것이 유용할 수 있다. 치료는 예를 들어 항생제를 사용하여 당업계에 공지된 방법에 의해 수행될 수 있다. 위장 내 활성 항생제의 낮은 가용성 뿐만 아니라 항생제 내성에 관한 문제를 포함한 다양한 이유로, H. 파일로리 감염에 대한 많은 상이한 항생제 치료법이 있으며, 이들의 효능은 일반적으로 세계의 다양한 지역에서 서로 다르다. 일반적으로, 상기 치료법은 비스무트 서브시트레이트 칼륨의 첨가와 함께 또는 이의 첨가 없이, 매크로라이드, 베타-락탐, 니트로이미다졸, 테트라사이클린 및 플루오로퀴놀론의 군으로부터 선택된 적어도 2종의 상이한 항생제를 포함하며, 여기에서 1종의 항생제는 바람직하게는 각 군으로부터 선택된다. 양성자 펌프 억제제와 조합하여 1종 이상의 항생제가 투여될 수 있다. 하나의 치료는 양성자 펌프 억제제 오메프라졸, 및 항생제 아목시실린 및 클라리트로마이신을 7일 내지 14일 동안 투여하는 것을 포함한다.

따라서, 1) 대상에게 본원에 기술된 바와 같은 진단을 수행하는 단계 및 2) 대상에서 H. 파일로리 감염을 치료하는 단계를 포함하는, 위암의 예방 방법이 또한 제공된다. 바람직하게는 대상에 H. 파일로리 감염이 없도록 치료가 이루어진다.

CagA+ H. 파일로리 감염이 존재한다고 확립되면, 추가 조사를 수행하여 초기 또는 경과 단계의 위암의 존재를 평가하는 것이 또한 유용할 수 있다. 이는 모든 환자와 관련있을 수 있지만, 위암 위험이 높은 국가에서 온 환자, 흡연자인 대상, 및/또는 가까운 가족 구성원이 위암 진단을 받은 것으로 알려진 대상과 같이, 위암 위험이 높다고 알려져 있거나 의심되는 대상과 특별히 관련된다. 이러한 조사는 위 내시경으로 이루어질 수 있으며, 여기에서 위암이 존재하는지 평가하기 위해 위 내벽이 검사된다. 위 종양이 발견되는 경우, 초기 단계인 경우 내시경 절제술로, 경과 단계인 경우 수술에 의해 치료될 수 있다.

대안으로, 상기 방법은 일상적인 위 내시경 조사에 대한 후속 조치로 사용될 수 있다. 내시경 및/또는 후속 조직병리학 검사에서, 예를 들어 높은 OLGA 점수에 의해 위장 내에 전암 병태(precancerous condition)가 존재한다는 것이 발견된 경우, 상기 방법이 사용되어 추가 환자 취급에 영향을 미칠 수 있다. 이는 후속 위 내시경에 대한 적절한 시간 간격에 대한 권장의 형태일 수 있다. 예를 들어, CagA+ H. 파일로리 감염이 존재한다고 확립된 경우, CagA+ H. 파일로리 감염이 존재하지 않는 경우보다 더 짧은 시간 간격으로 후속 위 내시경을 수행하는 것이 유익할 수 있다.

펩타이드는 당업계에 공지된 방법에 의해 합성될 수 있다. 고체상 합성과 같은 유기 합성에 의해 펩타이드는 순수하고 많은 양으로 얻어질 수 있다. 펩타이드의 합성 방법은 당업계에 잘 공지되어 있으며, 예를 들어 펩타이드 합성 기계를 사용하는 것이다. 물론, 펩타이드 합성 회사로부터 펩타이드를 주문할 수 있다.

펩타이드는 또한 동물, 식물, 박테리아 또는 바이러스 유래 펩타이드일 수 있다. 그 후 펩타이드는 당업계에 공지된 바와 같이 유기체로부터 정제될 수 있다. 펩타이드는 재조합 기술을 사용하여, 예를 들어 진핵 세포, 박테리아 세포, 또는 바이러스 발현 시스템을 사용하여 제조될 수 있다. 자세한 내용은 문헌 [Current Protocols in Molecular Biology, (Ausubel et al, Eds.,) John Wiley & Sons, NY](최신판)을 참조한다.

H. 파일로리는 CagA 서열에서 약간의 유전적 다양성을 나타내며, 몇몇 균주를 식별하는 펩타이드 또는 펩타이드 군을 사용하는 것이 바람직할 수 있다. 서열번호 1 내지 서열번호 7이 이러한 펩타이드 군을 나타내는데, 전세계의 모든 CagA+ H. 파일로리 단리물의 95%가 이들 서열 변이체 중 적어도 하나를 갖기 때문이다. 따라서, 본원의 펩타이드(서열번호 1 내지 서열번호 330)의 2개 이상의 혼합물("칵테일")을 제공하는 것이 유용할 수 있다. 한 실시양태에서 이러한 혼합물은 서열번호 1 내지 서열번호 13을 포함하거나 이들로 이루어진 펩타이드로부터 선택된 펩타이드를 적어도 2개, 바람직하게는 3개, 더 바람직하게는 4개 더 바람직하게는 5개, 더 바람직하게는 6개 및 더 바람직하게는 7개 포함한다. 한 실시양태에서 서열은 서열번호 1 내지 서열번호 7로부터 선택된다. 바람직한 혼합물은 서열번호 1, 2, 3, 4, 5, 6 및 7, 서열번호 1, 2, 3, 4 및 5, 서열번호 2, 3, 4, 5, 6, 및 7 및 서열번호 2, 3, 4 및 5를 포함한다. 서열번호 1 내지 서열번호 5는 소위 CagA ABC, ABCC 및 ABCCC 유형에 존재하는 반면, 서열번호 6 및 서열번호 7은 ABD 유형에만 존재한다. 따라서, 한 실시양태에서 하나의 서열은 서열번호 1 내지 서열번호 5로부터 선택되고 하나의 서열은 서열번호 6 및 서열번호 7 중 하나로부터 선택된다. 서열번호 6 및 서열번호 7의 펩타이드는 아시아에서 H. 파일로리 균주의 진단에 특히 유용할 수 있다.

다른 실시양태에서 펩타이드는 서열번호 8 내지 서열번호 13의 펩타이드로부터 선택된다.

하나보다 많은 H. 파일로리 균주를 검출하기 위한 다른 유용한 방법은, 서열번호 8, 9, 10 및 12에 존재하는 모티프 EPIYA를 함유하는 펩타이드를 사용하는 것이다.

하나 이상의 펩타이드가 키트에 포함될 수 있다. 상기 키트는 본원에 기술된 바와 같은 진단에 사용될 수 있다. 키트는 하나 이상의 펩타이드 또는 이들의 혼합물, 결합 완충제, 및 이차 항체와 같은 검출제를 포함할 수 있다. 상기 키트는 고체 지지체, 미량적정 플레이트, 본 발명의 펩타이드(들)가 미리 흡착된 ELISA 플레이트와 같은, 펩타이드를 고정시키는 기재, 다양한 희석액 및 완충제, 표지화된 접합체 또는 이차 항체와 같은 특이적으로 결합된 항원 또는 항체를 검출하기 위한 다른 작용제, 및 효소 기재, 보조인자 및 크로모겐과 같은 다른 신호 발생 시약을 포함할 수 있다. 키트의 다른 적합한 구성요소는 당업계의 숙련가에 의해 쉽게 결정될 수 있다.

실시예

실시예 1

펩타이드 어레이 실험을 사용하는 3단계 절차를 사용하여 관련있는 CagA 펩타이드를 확인하였다. 소화불량 환자 집단으로부터의 H. 파일로리에 감염된 또는 감염되지 않은 개체로부터의 풀링된 또는 개별 혈청 샘플과 어레이를 인큐베이션함으로써, 펩타이드의 항체 결합 특징을 분석하였다. H. 파일로리에 감염된 개체는 알려진 CagA 상태(CagA 유전자의 존재/부재)의 감염을 가졌다.

앞서 기술된 바와 같이, 소화불량으로 인해 내시경 검사를 받는 니카라과의 마나과의 개체로부터 혈청 샘플을 얻었다(Thorell et al, BMC Evol Biol 2016:16:53). 이들 환자 각각은 알려진 H. 파일로리 감염 상태를 가졌으며, 이들의 H. 파일로리 단리물의 게놈 서열은 이용 가능하였다.

H. 파일로리의 공개된 게놈 서열을 NCBI로부터 얻었다. 2013년 8월에 GenBank로부터 H. 파일로리에 대한 이용가능한 완전 게놈(n=49)을 다운로드하였다. 실험 균주 B8, Rif1, Rif2, UM298, 및 UM299를 제거하였고 나머지 44개의 완전 균주를 비교 유전자에 사용하였다. 2013년 11월 1일 현재 GenBank에서 이용가능한 전체 게놈 서열 단리물을 다운로드하였고, 개방형 판독 프레임 정보를 함유하는 모든 단리물을 동물에서 계대된 균주 또는 실험적으로 유도된 균주에 사용하였다. 또한 수탁 번호 SRP045449 하의 서열 판독 아카이브 데이터베이스(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra)로부터 이전에 공개된 니카라과 게놈 서열을 사용하였다.

공개적으로 이용가능한 이들 게놈 서열 이외에, 호주에서 단리된 H. 파일로리 균주의 서열을 Barry J Marshall 교수(호주 웨스턴오스트레일리아 주, 웨스턴 오스트레일리아 대학교)로부터 얻었다.

이용가능한 게놈 내에서 추론된 CagA 단백질 서열을 동정하기 위해, 균주 26695(NC_000915.1)로부터의 CagA 서열을 사용하여, blastp를 사용하는 유사성 검색을 수행하였다. 본 발명자들의 게놈 서열의 수집에서, 245개의 균주/단리물이 cagA 유전자를 함유하는 것으로 밝혀졌으며, 이들 단리물의 모든 추론된 CagA 단백질 서열을 후속 분석에 사용하였다.

실시예 2

펩타이드 어레이 분석을 사용하여 CagA 펩타이드에 대한 항체 반응을 검정하였다. 레이저 프린팅 합성 기술을 사용하여 중간 밀도 어레이를 프린팅하였다. 이들 칩에서, 약 8,600개의 상이한 15-아미노산(15-mer) H. 파일로리 펩타이드가 각 칩 상에 스폿팅되었다. 그 후, 환자 혈청의 1/1000 희석 또는 10개의 상이한 혈청 샘플의 풀의 1/1000 희석으로 칩을 인큐베이션하고, 세척 및 플루오로크롬-접합된 토끼-항-인간 IgG 항체에 의한 후속 인큐베이션을 수행하였다. 마지막으로, 형광 이미지 스캐닝 및 디지털 이미지 분석을 수행하여 칩 상의 각 펩타이드에 대한 항체 결합을 검출하였다. 칩 프린팅 및 항체 분석을 PEPperPRINT 회사(독일, 하이델베르크)에서 수행하였다.

실시예 3

온칩 포토리소그래픽 합성(on-chip photolithographic synthesis)을 사용하여 고밀도 어레이를 제조하였다. 이들 실험에서, 약 200,000개의 상이한 15-mer H. 파일로리 펩타이드가 각 칩 상에 스폿팅되었다. 그 후, 환자 혈청의 1/1000 희석 또는 10개의 상이한 혈청 샘플의 풀의 1/1000 희석으로 칩을 인큐베이션하고, 세척 및 플루오로크롬-접합된 토끼 항-인간-IgG 또는 토끼-항-인간-IgA 항체에 의한 후속 인큐베이션을 수행하였다. 마지막으로, 형광 이미지 스캐닝 및 디지털 이미지 분석을 수행하여 칩 상의 각 펩타이드에 대한 항체 결합을 검출하였다. 칩 프린팅 및 항체 분석을 Schafer-n 회사(덴마크, 코펜하겐)에서 수행하였다.

실시예4- CagA의 B 세포 에피토프의 동정

중첩된 15-mer 펩타이드 및 혈청 샘플의 풀에 대한 혈청 항체 결합을 평가함으로써, 전체 CagA 서열을 스크리닝하였다. 10개의 아미노산(n=234 펩타이드)의 순차적 중첩을 갖는, CagA 서열 전체를 커버하는 펩타이드로 스폿팅한 실시예 2의 중간 밀도 어레이를 사용하였다. 후속 실험에서, 이번에는 14개의 아미노산(n=1,172 펩타이드)의 순차적 중첩을 갖는, CagA 서열 전체를 커버하는, 15-mer 펩타이드를 갖는 실시예 3의 고밀도 어레이를 사용하였다. 두 경우 모두에서, CagA 펩타이드 서열의 공급원으로서 H. 파일로리 균주 26695를 사용하였다. 어레이 상에서 각 펩타이드에 대한 항체 결합을 개별적으로 평가하였고, 2개의 혈청 풀(하나는 10개의 H. 파일로리에 감염된(Hp+) 개체로부터의 풀링된 혈청으로 이루어져 있고, 다른 하나는 10개의 감염되지 않은(Hp-) 개체로부터의 혈청으로 이루어져 있음)을 사용하였다.

HP+ 혈청 풀의 항체 결합을 Hp- 풀의 결합과 비교하였다. Hp- 군에서보다 Hp+ 군에서 항체 결합이 적어도 2배 더 높은 적어도 4개의 아미노산의 스트레치로서 선형 B 세포 에피토프를 정의하였다. 이러한 방식으로, H. 파일로리 CagA는 평균 길이가 22개의 아미노산인 18개의 상이한 선형 B 세포 에피토프를 함유하는 것으로 밝혀졌다(표 1 및 도 1). 이들 에피토프 모두는 CagA+ H. 파일로리 감염의 진단에 유용하다.

실시예 5- 높은 진단 잠재력을 가진 15-mer CagA 펩타이드의 동정

CagA+ H. 파일로리가 있거나 없는, H. 파일로리에 감염된 개체가 상이한 에피토프에 대한 항체와 반응하는 빈도를 평가하기 위해, 동정된 에피토프에 대한 항체 결합에 대해 개별 혈청 샘플을 평가하였다. 18개의 에피토프 각각이 하나보다 많은 15-mer 펩타이드에 걸쳐있기 때문에, 다시 중첩 펩타이드를 사용하였는데, 이번에는 순차적 펩타이드 사이에 10개 또는 11개의 아미노산 중첩이 있었다. 또한, 상이한 H. 파일로리 단리물에서 CagA의 상당한 서열 다양성이 있기 때문에, 각 펩타이드에 대한 서열 변이체가 포함되었다. 따라서, 26695 CagA로부터의 각각의 중첩된 15-mer 펩타이드 서열에 대해, 이러한 서열 변이체가 245개의 전세계 CagA 서열의 본 발명자들의 데이터베이스에 적어도 2회 존재한다고 밝혀지는 경우, 이러한 펩타이드의 모든 이용가능한 서열 변이체를 또한 사용하였다. 전체적으로, 고밀도 어레이를 사용하여 18개의 동정된 에피토프 내의 1,144개의 상이한 CagA 펩타이드 및 서열 변이체를 검정하였다. CagA+ H. 파일로리 감염이 있거나 없는 개체로부터, 및 감염되지 않은 대조군으로부터의 각각의 혈청 샘플(n=48)로 각각의 펩타이드를 검정하였다.

개체에 높은 빈도로 반응하고 강한 항체 결합을 갖는 에피토프가 CagA+ H. 파일로리 감염의 진단에 사용하기에 적합할 것이다. CagA 항체를 평가하는 이전에 공지된 방법의 문제점은, 테스트에서 양성으로 드러나는 허위양성 개체(즉 H. 파일로리에 감염되지 않은 개체)의 수가 많다는 것이었다. 따라서, CagA+ 감염 개체에서 강한 항체 반응을 나타내지만, CagA가 없는 감염 개체, 및 H. 파일로리에 감염되지 않은 개체에서 최소한의 반응을 나타내는, 우수한 식별 능력을 갖는 펩타이드를 동정하였다.

ROC 곡선을 사용하여 펩타이드의 식별 능력을 검정하였고, ROC 곡선의 곡선하 면적(ROC AUC)을 진단 능력의 추정치로 사용하였다.

서열 변이체를 포함하는, 18개의 동정된 CagA 에피토프로부터의 1,144개의 상이한 펩타이드의 ROC AUC의 중앙값은 0.53이었다(도 2a). 0.53의 ROC AUC는 동전 던지기의 진단 정확도에 매우 근접하기 때문에(즉 진단에 유용하지 않음), 이는 전체 CagA 단백질에 대한 항체 반응에 의존하는 현존하는 혈청학 테스트에 대한 높은 허위양성 비율의 문제점을 강조한다.

높은 진단 능력을 갖는 에피토프의 대부분을 함유하는 에피토프 3 및 4, 8 내지 14, 및 17 및 18을 갖는 상이한 에피토프 사이에 ROC AUC의 불균일한 분포가 있었다(도 2b).

1,144개의 펩타이드 중에서, ROC AUC가 0.7보다 큰 176개의 CagA 펩타이드를 확인하였다(표 2). 이들 펩타이드 각각은 H. 파일로리 CagA+ 감염의 진단에 사용될 수 있다.

실시예 6

ROC AUC가 0.7 미만인 진단이라도 진단 능력을 가질 수 있다. 이를 평가하기 위해, CagA+ 개체의 일정 부분이 항체 반응을 갖지만, CagA 음성 균주를 갖거나 H. 파일로리의 감염이 없는 개체 중 어느 것도 이러한 반응을 갖지 않는 펩타이드를 동정하였다. 이러한 방식으로, 참양성(true-positive) 비율이 10% 초과이고 허위양성 비율이 0%인, ROC AUC가 0.7 미만인 123개의 펩타이드를 확인하였다(표 3). 이들 펩타이드 각각은 또한 H. 파일로리 CagA+ 감염의 진단에 사용될 수 있다.

실시예 7- CagA+ H. 파일로리 감염의 진단에 대한 중요한 아미노산 서열의 동정

고진단이라고 확인된 펩타이드 내에서 H. 파일로리 CagA의 B 세포 에피토프의 상세한 매핑(mapping)을 수행하였다. 고밀도 펩타이드 어레이를 사용하여 매핑을 수행하였다. 선택된 펩타이드 각각의 서열 변이체에 대한 항체 결합에 대해 개별 혈청 샘플(n=48)을 테스트하였다. 항체 결합에 기여하여 진단 적용에 포함시키는 데 중요한, 펩타이드 각각의 아미노산 위치를 정확히 찾아내기 위해 이를 수행하였다.

본 발명자들은 높은 진단 잠재력을 갖는 펩타이드를 선택하였고, 선택된 펩타이드 각각에 대하여 300개의 상이한 서열 변이체를 만들었다. 이는 소위 완전 단일 잔기 치환에 의해 수행되었다. 이는 각각의 펩타이드의 15개의 아미노산 위치 각각에 대하여, 본 발명자들이 그 위치에서 순서만 다른 20개의 상이한 서열 변이체를 만들었다는 것을 의미한다. 그 위치에서, 20개의 변이체는 20개의 상이한 공통 단백질 아미노산 중 각각 하나를 가졌다. 아미노산 위치당 20개의 상이한 서열 변이체가 존재하였기 때문에, 그리고 펩타이드는 15개의 아미노산 길이의 펩타이드였기 때문에, 총 300개의 상이한 서열 변이체가 존재하였다. 절차는 앞서 기술되었다(Hansen et al, PLOS One 2013:8(7):e68902). 이 분석은 항체에 대한 펩타이드의 결합에 대해 펩타이드 내의 주어진 잔기 위치가 중요하지 않은지, 즉 결합에 영향을 주지 않고 원래 서열의 아미노산 잔기가 자유롭게 치환될 수 있는지 결정하였다.

이러한 방식으로, 48개의 혈청 샘플 각각으로 항체 결합에 대해 선택된 펩타이드의 모든 변이체를 테스트하였다. 본 발명자들은 어느 펩타이드 변이체가 원래 펩타이드보다 현저히/실질적으로 낮은 ROC AUC 점수를 얻는지 관찰하였고, 이러한 정보에 기반하여, CagA+ H. 파일로리 감염의 식별 능력에 대해 중요한 서열 모티프를 동정할 수 있었다.

펩타이드의 중요한 부분은 5개 내지 6개의 아미노산에 걸쳐 있으며, 이들 중요한 서열의 위치의 일부에 중복이 있음이 밝혀졌다. 특정 에피토프에 대한 중요한 서열이 표 4에 나타나 있으며, 이들의 ROC AUC 점수가 도 3에 나타나 있다. 표 4의 펩타이드는, 매우 특이적이기 때문에, 암의 예방을 포함하여 H. 파일로리 감염 및 위암의 진단 및 치료에 특히 유용하다.

SEQUENCE LISTING <110> Biotome Pty Ltd <120> Novel peptides and their use in diagnosis <130> 160055PC <160> 330 <170> BiSSAP 1.3.6 <210> 1 <211> 7 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <220> <221> VARIANT <222> 2 <220> <221> VARIANT <222> 2 <223> Xaa is any amino acid <220> <221> VARIANT <222> 7 <223> Xaa is any amino acid <400> 1 Phe Xaa Leu Lys Arg His Xaa 1 5 <210> 2 <211> 7 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <220> <223> 325 <220> <221> VARIANT <222> 2 <223> Xaa is any amino acid <220> <221> VARIANT <222> 7 <223> Xaa is any amino acid <400> 2 Phe Xaa Leu Lys Lys His Xaa 1 5 <210> 3 <211> 7 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <220> <221> VARIANT <222> 2 <223> Xaa is any amino acid <220> <221> VARIANT <222> 7 <223> Xaa is any amino acid <400> 3 Phe Xaa Leu Lys Gln His Xaa 1 5 <210> 4 <211> 7 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <220> <221> VARIANT <222> 2 <223> Xaa is any amino acid <220> <221> VARIANT <222> 7 <223> Xaa is any amino acid <400> 4 Tyr Xaa Leu Lys Arg His Xaa 1 5 <210> 5 <211> 7 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <220> <221> VARIANT <222> 2 <223> Xaa is any amino acid <220> <221> VARIANT <222> 7 <223> Xaa is any amino acid <400> 5 Ile Xaa Leu Lys Arg His Xaa 1 5 <210> 6 <211> 7 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <220> <221> VARIANT <222> 2 <223> Xaa is any amino acid <220> <221> VARIANT <222> 7 <223> Xaa is any amino acid <400> 6 Phe Xaa Leu Arg Arg Tyr Xaa 1 5 <210> 7 <211> 7 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <220> <221> VARIANT <222> 2 <223> Xaa is any amio acid <220> <221> VARIANT <222> 7 <223> Xaa is any amino acid <400> 7 Phe Xaa Leu Arg Arg Ser Xaa 1 5 <210> 8 <211> 5 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 8 Glu Pro Ile Tyr Ala 1 5 <210> 9 <211> 6 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 9 Glu Pro Ile Tyr Ala Lys 1 5 <210> 10 <211> 6 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 10 Glu Pro Ile Tyr Ala Gln 1 5 <210> 11 <211> 5 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 11 Glu Pro Ile Tyr Thr 1 5 <210> 12 <211> 6 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 12 Glu Pro Ile Tyr Ala Thr 1 5 <210> 13 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 13 Ile Ile Asn Gln Lys Val Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Asn Gln 1 5 10 15 <210> 14 <211> 31 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 14 Asn Pro Thr Lys Lys Asn Gln Tyr Phe Ser Asp Phe Ile Asp Lys Ser 1 5 10 15 Asn Asp Leu Ile Asn Lys Asp Asn Leu Ile Asp Val Glu Ser Ser 20 25 30 <210> 15 <211> 25 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 15 Asp Pro Ser Lys Ile Asn Thr Arg Ser Ile Arg Asn Phe Met Glu Asn 1 5 10 15 Ile Ile Gln Pro Pro Ile Pro Asp Asp 20 25 <210> 16 <211> 33 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 16 Lys Lys Gln Ser Ser Asp Val Lys Glu Ala Ile Asn Gln Glu Pro Val 1 5 10 15 Pro His Val Gln Pro Asp Ile Ala Thr Thr Thr Thr Asp Ile Gln Gly 20 25 30 Leu <210> 17 <211> 31 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 17 Pro Glu Ala Arg Asp Leu Leu Asp Glu Arg Gly Asn Phe Ser Lys Phe 1 5 10 15 Thr Leu Gly Asp Met Glu Met Leu Asp Val Glu Gly Val Ala Asp 20 25 30 <210> 18 <211> 22 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 18 Lys Ala Gln Ala Asn Ser Gln Lys Asp Glu Ile Phe Ala Leu Ile Asn 1 5 10 15 Lys Glu Ala Asn Arg Asp 20 <210> 19 <211> 24 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 19 Ser Lys Asp Leu Lys Asp Phe Ser Lys Ser Phe Asp Glu Phe Lys Asn 1 5 10 15 Gly Lys Asn Lys Asp Phe Ser Lys 20 <210> 20 <211> 24 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 20 Gly Ile Asn Pro Glu Trp Ile Ser Lys Val Glu Asn Leu Asn Ala Ala 1 5 10 15 Leu Asn Glu Phe Lys Asn Gly Lys 20 <210> 21 <211> 17 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 21 Ile Asn Gln Lys Val Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Asn Gln Ala Val 1 5 10 15 Ser <210> 22 <211> 20 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 22 Phe Ser Asp Ile Lys Lys Glu Leu Asn Glu Lys Phe Lys Asn Phe Asn 1 5 10 15 Asn Asn Asn Asn 20 <210> 23 <211> 17 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 23 Lys Asn Ser Thr Glu Pro Ile Tyr Ala Lys Val Asn Lys Lys Lys Thr 1 5 10 15 Gly <210> 24 <211> 20 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 24 Tyr Thr Gln Val Ala Lys Lys Val Asn Ala Lys Ile Asp Arg Leu Asn 1 5 10 15 Gln Ile Ala Ser 20 <210> 25 <211> 17 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 25 Ala Ala Gly Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys Val Asp Asp Leu Ser 1 5 10 15 Lys <210> 26 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 26 Gly Leu Ser Ala Ser Pro Glu Pro Ile Tyr Ala Thr Ile Asp Asp 1 5 10 15 <210> 27 <211> 17 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 27 Gly Gly Pro Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys Val Asp Asp Leu Ser 1 5 10 15 Lys <210> 28 <211> 17 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 28 Val Ser Glu Ala Lys Ala Gly Phe Phe Gly Asn Leu Glu Gln Thr Ile 1 5 10 15 Asp <210> 29 <211> 18 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 29 Glu Ser Ala Lys Lys Val Pro Ala Ser Leu Ser Ala Lys Leu Asp Asn 1 5 10 15 Tyr Ala <210> 30 <211> 18 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 30 Gly Ala Ile Asn Glu Lys Ala Thr Gly Met Leu Thr Gln Lys Asn Pro 1 5 10 15 Glu Trp <210> 31 <211> 27 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 31 Ser Glu Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Asn Gln Lys Asn Met Lys Asp Tyr 1 5 10 15 Ser Asp Ser Phe Lys Phe Ser Thr Lys Leu Asn 20 25 <210> 32 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 32 Asp Val Lys Glu Ala Ile Asn Gln Glu Pro Val Pro His Val Gln 1 5 10 15 <210> 33 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 33 Asp Val Lys Glu Ala Ile Asn Gln Glu Pro Leu Pro His Val Gln 1 5 10 15 <210> 34 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 34 Asp Val Lys Glu Ala Ile Asn Gln Glu Pro Val Pro His Ile Gln 1 5 10 15 <210> 35 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 35 Asp Val Lys Glu Ala Ile Asn Gln Glu Pro Val Pro Asn Val Gln 1 5 10 15 <210> 36 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 36 Thr Thr Thr His Ile Gln Gly Leu Pro Pro Glu Ser Arg Asp Leu 1 5 10 15 <210> 37 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 37 Thr Thr Thr Pro Ile Gln Gly Leu Pro Pro Glu Ser Arg Asp Leu 1 5 10 15 <210> 38 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 38 Thr Pro Thr His Ile Gln Gly Leu Pro Pro Glu Ala Arg Asp Leu 1 5 10 15 <210> 39 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 39 Gln Gly Leu Pro Pro Glu Ser Arg Asp Leu Leu Asp Glu Arg Gly 1 5 10 15 <210> 40 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 40 Gln Gly Leu Pro Pro Glu Ala Arg Asp Leu Leu Asp Glu Arg Gly 1 5 10 15 <210> 41 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 41 Gln Ser Leu Pro Pro Glu Ala Arg Asp Leu Leu Asp Glu Arg Gly 1 5 10 15 <210> 42 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 42 Gln Gly Leu Pro Leu Glu Ala Arg Asp Leu Leu Asp Glu Arg Gly 1 5 10 15 <210> 43 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 43 Glu Ser Arg Asp Leu Leu Asp Glu Arg Gly Asn Phe Ser Lys Phe 1 5 10 15 <210> 44 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 44 Leu Asp Glu Arg Gly Asn Phe Phe Lys Phe Thr Leu Gly Asp Met 1 5 10 15 <210> 45 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 45 Asn Phe Ser Lys Phe Thr Leu Gly Asp Met Glu Met Leu Asp Val 1 5 10 15 <210> 46 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 46 Asn Phe Phe Lys Phe Thr Leu Gly Asp Val Glu Met Leu Asp Val 1 5 10 15 <210> 47 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 47 Asn Phe Ser Lys Phe Thr Leu Gly Asp Met Asn Met Leu Asp Val 1 5 10 15 <210> 48 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 48 Asp Phe Ser Lys Phe Thr Leu Gly Asp Met Glu Met Leu Asp Val 1 5 10 15 <210> 49 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 49 Asn Phe Phe Lys Phe Thr Leu Gly Asp Met Glu Met Leu Asp Val 1 5 10 15 <210> 50 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 50 Asn Phe Pro Lys Phe Thr Leu Gly Asp Met Glu Met Leu Asp Val 1 5 10 15 <210> 51 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 51 Asn Phe Ser Lys Phe Thr Leu Gly Asp Val Glu Met Leu Asp Val 1 5 10 15 <210> 52 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 52 Ile Lys Asp Val Ile Ile Asn Gln Glu Ile Thr Asp Lys Val Asp 1 5 10 15 <210> 53 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 53 Ile Ile Asn Gln Lys Ile Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Asn Gln 1 5 10 15 <210> 54 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 54 Ile Ile Asn Gln Lys Val Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Asn Gln 1 5 10 15 <210> 55 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 55 Ile Ile Asn Gln Lys Ile Thr Asp Lys Val Asp Asp Leu Asn Gln 1 5 10 15 <210> 56 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 56 Ile Ile Asn Gln Lys Ile Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Ser Gln 1 5 10 15 <210> 57 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 57 Ile Ile Asn Gln Lys Ile Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Ser Ser 1 5 10 15 <210> 58 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 58 Ile Ile Asn Gln Lys Val Thr Asp Lys Val Asp Asp Leu Asn Gln 1 5 10 15 <210> 59 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 59 Ile Ile Asn Gln Glu Ile Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Asn Gln 1 5 10 15 <210> 60 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 60 Ile Ile Asn Gln Lys Ile Thr Asp Lys Ala Asp Asn Leu Asn Gln 1 5 10 15 <210> 61 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 61 Ile Ile Asn Gln Lys Val Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Ser Ser 1 5 10 15 <210> 62 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 62 Ile Ile Asn Gln Lys Ile Thr Asp Lys Val Asp Ser Leu Asn Gln 1 5 10 15 <210> 63 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 63 Ile Ile Asn Gln Lys Ile Thr Asp Lys Val Glu Asn Leu Asn Gln 1 5 10 15 <210> 64 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 64 His Ile Asn Gln Gln Ile Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Asn Gln 1 5 10 15 <210> 65 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 65 Ile Phe Asn Gln Lys Ile Thr Asp Lys Val Asp Asp Leu Asn Gln 1 5 10 15 <210> 66 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 66 Ile Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Asn Gln Ala Val Ser Ile Ala 1 5 10 15 <210> 67 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 67 Ile Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Asn Gln Ala Val Ser Glu Ala 1 5 10 15 <210> 68 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 68 Thr Leu Ala Lys Asn Phe Ser Asp Ile Lys Lys Glu Leu Asn Glu 1 5 10 15 <210> 69 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 69 Thr Leu Ser Lys Asn Phe Ser Asp Ile Lys Lys Glu Leu Asn Glu 1 5 10 15 <210> 70 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 70 Asn Leu Ala Lys Asn Phe Ser Asp Ile Lys Lys Glu Leu Asn Glu 1 5 10 15 <210> 71 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 71 Asn Phe Ser Asp Ile Lys Lys Glu Leu Asn Glu Lys Phe Lys Asn 1 5 10 15 <210> 72 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 72 Asn Phe Ser Asp Ile Lys Lys Glu Leu Asn Glu Lys Leu Phe Gly 1 5 10 15 <210> 73 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 73 Lys Asn Ser Thr Glu Pro Ile Tyr Ala Lys Val Asn Lys Lys Lys 1 5 10 15 <210> 74 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 74 Gly Leu Lys Asn Glu Pro Ile Tyr Ala Lys Val Asn Lys Lys Lys 1 5 10 15 <210> 75 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 75 Lys Asn Asn Thr Glu Pro Ile Tyr Ala Gln Val Asn Lys Lys Lys 1 5 10 15 <210> 76 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 76 Lys Asn Ser Gly Glu Pro Ile Tyr Ala Gln Val Asn Lys Lys Lys 1 5 10 15 <210> 77 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 77 Lys Gly Pro Glu Glu Pro Ile Tyr Ala Lys Val Asn Lys Lys Lys 1 5 10 15 <210> 78 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 78 Lys Asn Ser Ala Glu Pro Ile Tyr Ala Gln Val Asn Lys Lys Lys 1 5 10 15 <210> 79 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 79 Lys Asn Ser Gly Glu Pro Ile Tyr Ala Lys Val Asn Lys Lys Lys 1 5 10 15 <210> 80 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 80 Lys Asn Ser Ala Glu Pro Ile Tyr Ala Lys Val Asn Lys Lys Lys 1 5 10 15 <210> 81 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 81 Glu Asn Ser Thr Glu Pro Ile Tyr Ala Lys Val Asn Lys Lys Lys 1 5 10 15 <210> 82 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 82 Lys Asn Asn Glu Glu Pro Ile Tyr Ala Gln Val Asn Lys Lys Lys 1 5 10 15 <210> 83 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 83 Lys Asn Asn Thr Glu Pro Ile Tyr Ala Lys Val Asn Lys Lys Lys 1 5 10 15 <210> 84 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 84 Glu Pro Ile Tyr Ala Lys Val Asn Lys Lys Lys Thr Gly Gln Val 1 5 10 15 <210> 85 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 85 Glu Pro Ile Tyr Ala Gln Val Asn Lys Lys Lys Thr Gly Gln Val 1 5 10 15 <210> 86 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 86 Glu Pro Ile Tyr Ala Lys Val Asn Lys Lys Lys Ala Gly Gln Ala 1 5 10 15 <210> 87 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 87 Glu Pro Ile Tyr Ala Lys Val Asn Lys Lys Lys Thr Gly Gln Ala 1 5 10 15 <210> 88 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 88 Glu Pro Ile Tyr Ala Lys Val Asn Lys Lys Lys Ala Gly Gln Val 1 5 10 15 <210> 89 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 89 Glu Pro Ile Tyr Ala Gln Val Asn Lys Lys Lys Thr Gly Gln Ala 1 5 10 15 <210> 90 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 90 Glu Pro Ile Tyr Ala Gln Val Asn Lys Lys Lys Ala Gly Gln Ala 1 5 10 15 <210> 91 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 91 Glu Pro Ile Tyr Ala Gln Val Asn Lys Lys Lys Ala Gly Gln Val 1 5 10 15 <210> 92 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 92 Glu Pro Ile Tyr Ala Lys Val Asn Lys Lys Lys Thr Gly Glu Val 1 5 10 15 <210> 93 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 93 Glu Pro Ile Tyr Ala Lys Val Asn Lys Lys Lys Thr Glu Gln Ala 1 5 10 15 <210> 94 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 94 Val Ala Ser Pro Glu Glu Pro Ile Tyr Ala Gln Val Ala Lys Lys 1 5 10 15 <210> 95 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 95 Val Ala Ser Pro Glu Glu Pro Ile Tyr Thr Gln Val Ala Lys Lys 1 5 10 15 <210> 96 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 96 Ala Ala Ser Pro Glu Glu Pro Ile Tyr Ala Gln Val Ala Lys Lys 1 5 10 15 <210> 97 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 97 Ala Thr Ser Pro Glu Glu Pro Ile Tyr Ala Gln Val Ala Lys Lys 1 5 10 15 <210> 98 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 98 Ala Ala Ser Leu Glu Glu Pro Ile Tyr Ala Gln Val Ala Lys Lys 1 5 10 15 <210> 99 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 99 Ala Ala Ser Pro Glu Glu Pro Ile Tyr Thr Gln Val Ala Lys Lys 1 5 10 15 <210> 100 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 100 Ala Ala Ser His Glu Glu Pro Ile Tyr Ala Gln Val Ala Lys Lys 1 5 10 15 <210> 101 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 101 Val Ala Ser Leu Glu Glu Pro Ile Tyr Thr Gln Val Ala Lys Lys 1 5 10 15 <210> 102 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 102 Leu Glu Asn Ser Thr Glu Pro Ile Tyr Thr Gln Val Ala Lys Lys 1 5 10 15 <210> 103 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 103 Ala Ser Pro Glu Glu Pro Val Tyr Thr Gln Val Ala Lys Met Val 1 5 10 15 <210> 104 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 104 Val Ala Ser His Glu Glu Pro Ile Tyr Ala Gln Val Ala Lys Lys 1 5 10 15 <210> 105 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 105 Glu Glu Pro Ile Tyr Ala Gln Val Ala Lys Lys Val Asn Ala Lys 1 5 10 15 <210> 106 <211> 15 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Pro Ile Tyr Thr Gln Val Ala Lys Lys Val Lys Ala Lys 1 5 10 15 <210> 114 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 114 Glu Glu Pro Val Tyr Thr Gln Val Ala Lys Met Val Thr Gln Lys 1 5 10 15 <210> 115 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 115 Ala Gln Val Ala Lys Lys Val Asn Ala Lys Ile Asp Arg Leu Asn 1 5 10 15 <210> 116 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 116 Ala Gln Val Ala Lys Lys Val Ser Ala Lys Ile Asp Gln Leu Asn 1 5 10 15 <210> 117 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 117 Thr Gln Val Ala Lys Lys Val Asn Ala Lys Ile Asp Arg Leu Asn 1 5 10 15 <210> 118 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 118 Ala Gln Val Ala Lys Lys Val Asn Ala Lys Ile Asp Gln Leu Asn 1 5 10 15 <210> 119 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 119 Thr Gln Val Ala Lys Lys Val Asn Ala Lys Ile Asp Gln Leu Asn 1 5 10 15 <210> 120 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 120 Thr Gln Val Ala Lys Lys Val Lys Ala Lys Ile Asp Gln Leu Asn 1 5 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pylori <400> 128 Lys Lys Val Ser Ala Lys Ile Asp Gln Leu Asn Gln Ala Ala Ser 1 5 10 15 <210> 129 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 129 Gly Val Gly Gln Ala Ala Gly Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys 1 5 10 15 <210> 130 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 130 Gly Val Gly Gln Ala Ala Gly Phe Pro Leu Lys Lys His Asp Lys 1 5 10 15 <210> 131 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 131 Gly Val Gly Gln Ala Ala Gly Phe Pro Leu Lys Lys His Gly Lys 1 5 10 15 <210> 132 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 132 Gly Val Gly Gln Ala Ala Ser Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys 1 5 10 15 <210> 133 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 133 Gly Val Gly Arg Ala Ala Gly Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys 1 5 10 15 <210> 134 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 134 Gly Val Gly Gln Ala Val Gly Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys 1 5 10 15 <210> 135 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 135 Gly Val Gly Lys Ala Ala Gly Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys 1 5 10 15 <210> 136 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 136 Asp Val Gly Gln Ala Ala Asn Phe Leu Leu Lys Arg His Asp Lys 1 5 10 15 <210> 137 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 137 Val Val Gly Gln Ala Val Gly Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys 1 5 10 15 <210> 138 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 138 Gly Val Gly Gln Ala Ala Gly Tyr Pro Leu Lys Arg His Asp Lys 1 5 10 15 <210> 139 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 139 Gly Val Gly Gln Ala Thr Gly Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys 1 5 10 15 <210> 140 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 140 Gly Val Gly Gln Val Ala Gly Phe Pro Leu Lys Lys His Gly Lys 1 5 10 15 <210> 141 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 141 Val Gly Gln Ala Gly Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys Val Asp 1 5 10 15 <210> 142 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 142 Val Gly Gln Ala Gly Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys Val Glu 1 5 10 15 <210> 143 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 143 Val Gly Gln Ala Gly Phe Pro Leu Lys Lys His Ala Lys Val Glu 1 5 10 15 <210> 144 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 144 Val Asn Gln Ala Gly Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys Val Asp 1 5 10 15 <210> 145 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 145 Val Gly Gln Ala Gly Phe Leu Leu Lys Arg His Asp Lys Val Asp 1 5 10 15 <210> 146 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 146 Ala Gly Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys Val Asp Asp Leu Ser 1 5 10 15 <210> 147 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 147 Gly Pro Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys Val Asp Asp Leu Ser 1 5 10 15 <210> 148 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 148 Ala Gly Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys Val Glu Asp Leu Ser 1 5 10 15 <210> 149 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 149 Ala Gly Phe Pro Leu Lys Lys His Asp Lys Val Asp Asp Leu Ser 1 5 10 15 <210> 150 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 150 Ala Gly Phe Pro Leu Lys Lys His Ala Lys Val Glu Asp Leu Ser 1 5 10 15 <210> 151 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 151 Ala Gly Phe Pro Leu Lys Lys His Asp Lys Val Glu Asp Leu Ser 1 5 10 15 <210> 152 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 152 Ala Ser Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys Val Asp Asp Leu Ser 1 5 10 15 <210> 153 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 153 Glu Gly Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys Val Asp Asp Leu Ser 1 5 10 15 <210> 154 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 154 Ala Gly Phe Pro Leu Lys Lys His Gly Lys Val Asp Asp Leu Ser 1 5 10 15 <210> 155 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 155 Ala Gly Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys Val Gly Asp Leu Ser 1 5 10 15 <210> 156 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 156 Gly Ser Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys Val Glu Asp Leu Ser 1 5 10 15 <210> 157 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 157 Ala Gly Tyr Pro Leu Lys Arg His Asp Lys Val Asp Asp Leu Ser 1 5 10 15 <210> 158 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 158 Gly Ser Ser Pro Leu Lys Arg His Ala Lys Val Asp Asp Leu Ser 1 5 10 15 <210> 159 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 159 Thr Gly Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys Val Asp Asp Leu Ser 1 5 10 15 <210> 160 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 160 Gly Pro Phe Pro Leu Lys Lys His Ala Lys Val Asp Asp Leu Ser 1 5 10 15 <210> 161 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 161 Leu Lys Arg His Asp Lys Val Asp Asp Leu Ser Lys Val Gly Leu 1 5 10 15 <210> 162 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 162 Leu Lys Arg His Asp Lys Val Asp Asp Leu Ser Lys Val Gly Arg 1 5 10 15 <210> 163 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 163 Leu Lys Arg His Asp Lys Val Glu Asp Leu Ser Lys Val Gly Arg 1 5 10 15 <210> 164 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 164 Leu Lys Arg His Asp Lys Val Glu Asp Leu Ser Lys Val Gly Leu 1 5 10 15 <210> 165 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 165 Leu Lys Arg His Asp Lys Val Gly Asp Leu Ser Lys Val Gly Leu 1 5 10 15 <210> 166 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 166 Leu Lys Lys His Asp Lys Val Glu Asp Leu Ser Lys Val Gly Arg 1 5 10 15 <210> 167 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 167 Leu Lys Lys His Asp Lys Val Asp Asp Leu Ser Lys Val Gly Arg 1 5 10 15 <210> 168 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 168 Leu Lys Arg His Ala Lys Val Asp Asp Leu Ser Lys Val Gly Leu 1 5 10 15 <210> 169 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 169 Leu Lys Lys His Asp Lys Val Asp Asp Leu Ser Lys Val Gly Leu 1 5 10 15 <210> 170 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 170 Leu Lys Lys His Gly Lys Val Asp Asp Leu Ser Lys Val Gly Leu 1 5 10 15 <210> 171 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 171 Arg Ser Val Ser Pro Glu Pro Ile Tyr Ala Thr Ile Asp Asp Leu 1 5 10 15 <210> 172 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 172 Leu Ser Ala Ser Pro Glu Pro Ile Tyr Ala Thr Ile Asp Asp Leu 1 5 10 15 <210> 173 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 173 Ser Ala Ser Pro Glu Pro Ile Tyr Ala Thr Ile Asp Phe Asp Glu 1 5 10 15 <210> 174 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 174 Leu Ser Ala Asn Pro Glu Pro Ile Tyr Ala Thr Ile Asp Asp Leu 1 5 10 15 <210> 175 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 175 Arg Leu Asp Ser Pro Glu Pro Ile Tyr Ala Thr Ile Asp Asp Leu 1 5 10 15 <210> 176 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 176 Leu Ser Ala Asn His Glu Pro Ile Tyr Ala Thr Ile Asp Asp Leu 1 5 10 15 <210> 177 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 177 Asn Ser Asp Arg Ser Glu Pro Ile Tyr Ala Thr Ile Asp Asp Leu 1 5 10 15 <210> 178 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 178 Leu Ser Ala Ser Pro Glu Pro Ile Tyr Ala Thr Ile Asp Glu Leu 1 5 10 15 <210> 179 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 179 Pro Glu Pro Ile Tyr Ala Thr Ile Asp Asp Leu Gly Gly Pro Phe 1 5 10 15 <210> 180 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 180 Pro Glu Pro Ile Tyr Ala Thr Ile Asp Asp Leu Gly Gly Ser Phe 1 5 10 15 <210> 181 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 181 Pro Glu Pro Ile Tyr Ala Thr Ile Asp Glu Leu Gly Gly Pro Phe 1 5 10 15 <210> 182 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 182 Ser Glu Pro Ile Tyr Ala Thr Ile Asp Asp Leu Gly Gly Pro Phe 1 5 10 15 <210> 183 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 183 His Glu Pro Ile Tyr Ala Thr Ile Asp Asp Leu Asp Gly Pro Phe 1 5 10 15 <210> 184 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 184 His Glu Pro Ile Tyr Ala Thr Ile Asp Asp Leu Gly Gly Pro Phe 1 5 10 15 <210> 185 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 185 Glu Pro Ile Tyr Ala Thr Ile Asp Asp Leu Asp Gly Ser Ser Pro 1 5 10 15 <210> 186 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 186 Ile Asp Asp Leu Gly Gly Pro Phe Pro Leu Lys Arg His Asp Lys 1 5 10 15 <210> 187 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 187 Arg His Asp Lys Val Asp Asp Leu Ser Lys Val Gly Arg Ser Val 1 5 10 15 <210> 188 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 188 Asp Leu Asn Gln Ala Val Ser Glu Ala Lys Ile Gly His Phe Asp 1 5 10 15 <210> 189 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 189 Asn Gly Ala Ile Asn Glu Lys Ala Thr Gly Met Leu Thr Gln Lys 1 5 10 15 <210> 190 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 190 Asn Gly Thr Ile Asn Glu Lys Ala Thr Gly Met Leu Thr Gln Lys 1 5 10 15 <210> 191 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 191 Ser Gly Thr Ile Asn Glu Lys Ala Thr Gly Met Leu Thr Gln Lys 1 5 10 15 <210> 192 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 192 Thr Gly Thr Ile Asn Glu Lys Ala Thr Gly Met Leu Thr Gln Lys 1 5 10 15 <210> 193 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 193 Glu Lys Ala Thr Gly Met Leu Thr Gln Lys Asn Pro Glu Trp Leu 1 5 10 15 <210> 194 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 194 Glu Lys Val Thr Gly Met Leu Thr Gln Lys Asn Pro Glu Trp Leu 1 5 10 15 <210> 195 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 195 Leu Ser Glu Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Asn Gln Lys Asn Met Lys 1 5 10 15 <210> 196 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 196 Leu Ser Ala Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Asn Gln Lys Asn Met Lys 1 5 10 15 <210> 197 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 197 Leu Ser Asp Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Asn Gln Lys Asn Met Lys 1 5 10 15 <210> 198 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 198 Leu Ser Glu Tyr Asp Asn Ile Gly Phe Asn Gln Lys Asn Met Lys 1 5 10 15 <210> 199 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 199 Leu Leu Glu Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Asn Gln Lys Asn Met Lys 1 5 10 15 <210> 200 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 200 Leu Ser Glu Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Ser Gln Lys Asn Met Lys 1 5 10 15 <210> 201 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 201 Leu Ser Glu Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Asn Gln Lys Ser Met Lys 1 5 10 15 <210> 202 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 202 Leu Ser Asp Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Asn Gln Lys Asp Met Lys 1 5 10 15 <210> 203 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 203 Lys Asp Tyr Ser Asp Ser Phe Lys Phe Ser Thr Lys Leu Asn Asn 1 5 10 15 <210> 204 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 204 Lys Asp Tyr Ser Asp Ser Phe Lys Phe Ser Thr Lys Leu Ser Asn 1 5 10 15 <210> 205 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 205 Lys Asp Tyr Ser Asp Ser Phe Lys Phe Ser Thr Lys Leu Asn Asp 1 5 10 15 <210> 206 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 206 Lys Asp Tyr Ser Asp Ser Phe Lys Phe Ser Thr Arg Leu Asn Asn 1 5 10 15 <210> 207 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 207 Lys Asp Tyr Ser Asp Ser Phe Lys Phe Ser Ile Lys Leu Ser Asn 1 5 10 15 <210> 208 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 208 Asn Lys Ser Asn Asp Leu Ile Asn Lys Asp Ala Leu Ile Asp Val 1 5 10 15 <210> 209 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 209 Thr Thr Thr Asp Ile Gln Gly Leu Pro 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pylori <400> 239 Val Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Asn Gln Ala Val Ser Ile Ala 1 5 10 15 <210> 240 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 240 Ile Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Asn Gln Ala Val Ser Met Ala 1 5 10 15 <210> 241 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 241 Val Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Asn Gln Glu Val Ser Val Ala 1 5 10 15 <210> 242 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 242 Val Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Asn Gln Ala Val Ser Met Ala 1 5 10 15 <210> 243 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 243 Ile Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Asn Gln Ala Val Ser Glu Thr 1 5 10 15 <210> 244 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 244 Val Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Asn Gln Ala Val Ser Val Ala 1 5 10 15 <210> 245 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 245 Ile Thr Asp Lys Val Asp Asn Leu Asn Gln Ala Val Ser Val Ala 1 5 10 15 <210> 246 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 246 Lys Val Asp Asn Leu Asn Gln Ala Val 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<212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 291 Lys Ala Gly Phe Phe Gly Asn Leu Glu Arg Thr Ile Asp Lys Leu 1 5 10 15 <210> 292 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 292 Ala Val Ser Glu Ala Lys Ser Gly Phe Phe Gly Asn Leu Glu Gln 1 5 10 15 <210> 293 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 293 Lys Ala Gly Phe Phe Gly Asn Leu Glu Gln Thr Met Asp Arg Leu 1 5 10 15 <210> 294 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 294 Lys Ala Gly Tyr Phe Gly Asn Leu Glu Gln Thr Ile Asp Lys Leu 1 5 10 15 <210> 295 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 295 Lys Ala Gly Phe Phe Gly Asn Leu Glu Arg Thr Ile Asp Asn Leu 1 5 10 15 <210> 296 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 296 Ala Val Ser Glu Ala Lys Ala Gly Tyr Phe Gly Asn Leu Glu Gln 1 5 10 15 <210> 297 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 297 Lys Val Pro Asp Ser Leu Ser Ala Lys Leu Asp Asn Tyr Ala Thr 1 5 10 15 <210> 298 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 298 Met Asn Leu Trp Ala Glu Ser Ala Lys Lys Val Pro Ala Gly Leu 1 5 10 15 <210> 299 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 299 Val Asn Leu Trp Ala Glu Ser Ala Lys Lys Val Pro Val Ser Leu 1 5 10 15 <210> 300 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 300 Lys Val Pro Ala Ser Leu Leu Glu Lys Leu Asp Asn Tyr Ala Thr 1 5 10 15 <210> 301 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 301 Met Asn Leu Trp Ala Glu Ser Ala Lys Lys Val Pro Ala Ser Leu 1 5 10 15 <210> 302 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 302 Val Asn Leu Trp Ala Glu Asn Ala Lys Lys Leu Pro Ala Ser Leu 1 5 10 15 <210> 303 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 303 Val Glu Ser Ala Lys Gln Val Pro Ala Gly Leu Gln Ala Lys Leu 1 5 10 15 <210> 304 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 304 Asn Gly Gly Ile Asn Glu Lys Ala Thr Gly Met Leu Thr Gln Lys 1 5 10 15 <210> 305 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 305 Glu Lys Ala Ile Gly Met Leu Thr Gln Lys Asn Pro Glu Trp Leu 1 5 10 15 <210> 306 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 306 Glu Lys Ala Thr Gly Val Leu Thr Gln Lys Asn Pro Glu Trp Leu 1 5 10 15 <210> 307 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 307 Glu Lys Ala Thr Gly Met Leu Met Gln Lys Asn Pro Glu Trp Leu 1 5 10 15 <210> 308 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 308 Lys Asp Tyr Ser Asp Ser Phe Lys Phe Ser Thr Lys Leu Asn Ser 1 5 10 15 <210> 309 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 309 Gly Ser Val Pro Leu Ser Ala Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Asn Gln 1 5 10 15 <210> 310 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 310 Gly Ser Val Ser Leu Ser Glu Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Asn Gln 1 5 10 15 <210> 311 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 311 Gly Ser Thr His Leu Ser Glu Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Asn Gln 1 5 10 15 <210> 312 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 312 Leu Ser Glu Tyr Asp Asn Ile Gly Phe Ser Gln Lys Asn Met Lys 1 5 10 15 <210> 313 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 313 Gly Ser Ala His Leu Ser Glu Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Asn Gln 1 5 10 15 <210> 314 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 314 Gly Ser Ala Pro Leu Ser Asp Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Asn Gln 1 5 10 15 <210> 315 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 315 Asp Ser Phe Lys Phe Ser Thr Lys Leu Asn Ser Ala Ile Lys Asp 1 5 10 15 <210> 316 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 316 Gly Ser Val Pro Leu Ser Glu Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Asn Gln 1 5 10 15 <210> 317 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 317 Gly Ser Ala Pro Leu Ser Glu Tyr Asp Asn Ile Gly Phe Ser Gln 1 5 10 15 <210> 318 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 318 Gly Ser Ala Pro Leu Ser Glu Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Asn Gln 1 5 10 15 <210> 319 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 319 Gly Ser Ala Pro Leu Ser Ala Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Asn Gln 1 5 10 15 <210> 320 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 320 Asp Ser Phe Lys Phe Ser Thr Lys Leu Asn Asp Ala Val Lys Asp 1 5 10 15 <210> 321 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 321 Asp Ser Phe Lys Phe Ser Thr Lys Leu Asn Asn Ala Val Lys Asn 1 5 10 15 <210> 322 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 322 Gly Ser Val Pro Leu Ser Glu Tyr Asp Asn Ile Gly Phe Asn Gln 1 5 10 15 <210> 323 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 323 Asp Ser Phe Lys Phe Ser Thr Lys Leu Asn Asn Ala Val Lys Asp 1 5 10 15 <210> 324 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 324 Asp Ser Phe Lys Phe Ser Thr Lys Leu Ser Asn Ala Val Lys Asn 1 5 10 15 <210> 325 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 325 Asp Ser Phe Lys Phe Ser Thr Arg Leu Asn Asn Ala Val Lys Asp 1 5 10 15 <210> 326 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 326 Gly Ser Thr Pro Leu Ser Asp Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Asn Gln 1 5 10 15 <210> 327 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 327 Asp Ser Phe Lys Phe Ser Thr Glu Leu Asn Asn Ala Val Lys Asp 1 5 10 15 <210> 328 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 328 Gly Ser Thr Pro Leu Ser Glu Tyr Asp Lys Ile Gly Phe Asn Gln 1 5 10 15 <210> 329 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 329 Asp Ser Phe Lys Phe Ser Thr Lys Leu Ser Asn Ala Val Lys Asp 1 5 10 15 <210> 330 <211> 15 <212> PRT <213> Helicobacter pylori <400> 330 Asp Ser Phe Lys Phe Ser Thr Lys Ser Asn Asn Ala Val Lys Asp 1 5 10 15

Claims

서열번호 1 내지 서열번호 7로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 펩타이드로서, 최대 25개의 아미노산으로 이루어진 펩타이드.
제1항에 있어서, 상기 서열이 서열번호 2 내지 서열번호 7로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 펩타이드.
진단에 사용하기 위한 제1항 또는 제2항에 따른 펩타이드.
제3항에 있어서, 상기 진단이 헬리코박터 파일로리(Helicobacter pylori) 감염의 진단 또는 위암 위험에 대한 예측인 것인, 진단에 사용하기 위한 펩타이드.
제3항 또는 제4항에 있어서, 서열번호 2 내지 서열번호 5로 이루어진 군으로부터 선택되는, 진단에 사용하기 위한 펩타이드.
제3항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 최대 10개의 아미노산을 포함하는, 진단에 사용하기 위한 펩타이드.
제3항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 서열번호 1 내지 서열번호 7로부터 선택되는 아미노산 서열로 이루어진, 진단에 사용하기 위한 펩타이드.
제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 따른 펩타이드를 포함하는 키트.
진단 방법으로서,
a) 대상으로부터의 샘플을 제공하는 단계,
b) 상기 샘플과, 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 따른 펩타이드를 접촉시키는 단계,
c) 상기 샘플에서 상기 펩타이드에 대한 항체의 특이적 결합을 검출하는 단계
를 포함하는 진단 방법.
제9항에 있어서, 헬리코박터 파일로리 감염의 검출 또는 위암 위험의 예측에 사용되는 진단 방법.
제9항 또는 제10항에 있어서, 상기 펩타이드가 서열번호 2 내지 서열번호 5로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 진단 방법.
위암의 예방 방법으로서, 제9항 내지 제11항 중 어느 한 항의 진단 방법을 사용하여 대상이 헬리코박터 파일로리 감염을 갖는지 확인하고, 그 후 상기 감염을 치료하는 단계를 포함하는 위암의 예방 방법.
제12항에 있어서, 상기 치료가 매크로라이드, 베타-락탐, 니트로이미다졸, 테트라사이클린 및 플루오로퀴놀론으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 2종의 항생제를 투여하는 것을 포함하는 것인 위암의 예방 방법.
제13항에 있어서, 상기 치료가 대상에게 양성자 펌프 억제제를 투여하는 것을 포함하는 것인 위암의 예방 방법.
대상으로부터의 샘플에서 H. 파일로리 CagA 결합 항체를 검출하는 방법으로서, 생물학적 샘플과 제1항 또는 제2항의 펩타이드를 접촉시키는 단계 및 상기 샘플에서 상기 펩타이드에 대한 항체의 결합을 검출하는 단계를 포함하는 검출 방법.
제15항에 있어서, 상기 샘플이 혈액, 혈청, 혈장 또는 위 조직 샘플인 것인 검출 방법.