KR20180017706A - 유전자 발현 정보 제공 장치 - Google Patents

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Abstract

본 발명은 유전자 발현 정보 제공 장치에 관한 것이다.
본 발명은 방사선 반응 생물종에 대한 방사선 반응 실험을 통해 획득된 방사선 반응 데이터를 방사선 반응 데이터 DB에 등록하여 관리하는 방사선 반응 데이터 관리부, 공개 DB에 저장된 KOG(euKaryotic orthologous group) 데이터를 온톨로지 구조로 구성하여 KOG 카테고리 정보를 생성하고 상기 방사선 반응 데이터 DB에 등록되는 방사선 반응 데이터를 상기 KOG 카테고리 정보에 연계하여 KOG 카테고리 유전자 정보를 생성하는 KOG 카테고리 유전자 정보 생성부, 상기 공개 DB에 저장된 유전자 네트워크 데이터와 상기 KOG 카테고리 정보 및 상기 방사선 반응 데이터를 연계하여 유전자 네트워크 정보를 생성하는 유전자 네트워크 정보 생성부 및 입력부를 통한 사용자 검색 조건 입력에 응답하여 상기 방사선 반응 데이터, 상기 KOG 카테고리 유전자 정보, 상기 유전자 네트워크 정보 중에서 하나 이상을 제공하는 정보 제공부를 포함한다.
본 발명에 따르면, 방사선 조사에 반응하는 방사선 반응 생물종의 유전자 발현 정보를 DB화하여, 병원성 치료 및 항진균제 타깃 분자제시 등의 산업적으로 활용 가능한 정보를 제공해주고, 다른 유전자들과의 상관관계가 높은 허브 유전자를 용이하게 발견할 수 있다.

Description

유전자 발현 정보 제공 장치{GENE EXPRESSION INFORMATION PROVIDING APPARATUS}
본 발명은 유전자 발현 정보 제공 장치에 관한 것이다. 보다 구체적으로, 본 발명은 방사선 조사에 반응하는 방사선 반응 생물종의 유전자 발현 정보를 DB화하여, 병원성 치료 및 항진균제 타깃 분자제시 등의 산업적으로 활용 가능한 정보를 제공해주고, 유전자 간의 상관관계를 네트워크 형식으로 가시화하여 제공함으로써 다른 유전자들과의 상관관계가 높은 허브 유전자를 용이하게 발견할 수 있도록 하는 유전자 발현 정보 제공 장치에 관한 것이다.
일반적으로, 크립토코쿠스(Cryptococcus)는 수막염을 일으키는 대표적인 균류(fungi)로서, 방사선 저항성을 가지는 진행 미생물로 알려져 있다.
이러한 크립토코쿠스의 병원성에 대한 연구들은 꾸준히 증가하고 있지만 이러한 정보들이 파편화되어 있어, 메커니즘을 이해하는데 어려움이 있다는 문제점이 있다.
공개 정보 시스템인 크립토넷(CryptoNet) 정보 시스템은 크립토코쿠스와 다른 생물종과의 오솔로그(ortholog) 분석을 통해 크립토코쿠스 분자 네트워크 정보를 가시화하여 보여주는 시스템이다. 이러한 크립토넷 정보 시스템은 크립토코쿠스의 전반적인 분자 메커니즘을 이해하는 데 용이하지만, 병원성 치료 및 항진균제 타깃 분자 제시 등의 산업적으로 활용 가능한 정보들을 제시하지는 못한다는 문제점이 있다.
대한민국 공개특허공보 제10-2012-0041362호(공개일자: 2012년 05월 02일, 명칭: 유전자정보 제공 방법 및 이를 위한 유전자정보 서버 그리고 유전자정보 브라우저 프로그램을 기록한 컴퓨터로 읽을 수 있는 기록 매체)
본 발명은 방사선 조사에 반응하는 크립토코쿠스와 같은 방사선 반응 생물종의 유전자 발현 정보를 DB화하여, 병원성 치료 및 항진균제 타깃 분자제시 등의 산업적으로 활용 가능한 정보를 제공해주는 유전자 발현 정보 제공 장치를 제공하는 것을 기술적 과제로 한다.
본 발명은 방사선 반응 생물종을 구성하는 유전자 간의 상관관계를 네트워크 형식으로 가시화하여 제공함으로써 다른 유전자들과의 상관관계가 높은 허브 유전자를 용이하게 발견할 수 있도록 하는 유전자 발현 정보 제공 장치를 제공하는 것을 기술적 과제로 한다.
이러한 과제를 해결하기 위한 본 발명에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치는 방사선 반응 생물종에 대한 방사선 반응 실험을 통해 획득된 방사선 반응 데이터를 방사선 반응 데이터 DB에 등록하여 관리하는 방사선 반응 데이터 관리부, 공개 DB에 저장된 KOG(euKaryotic orthologous group) 데이터를 온톨로지 구조로 구성하여 KOG 카테고리 정보를 생성하고 상기 방사선 반응 데이터 DB에 등록되는 방사선 반응 데이터를 상기 KOG 카테고리 정보에 연계하여 KOG 카테고리 유전자 정보를 생성하는 KOG 카테고리 유전자 정보 생성부, 상기 공개 DB에 저장된 유전자 네트워크 데이터와 상기 KOG 카테고리 정보 및 상기 방사선 반응 데이터를 연계하여 유전자 네트워크 정보를 생성하는 유전자 네트워크 정보 생성부 및 입력부를 통한 사용자 검색 조건 입력에 응답하여 상기 방사선 반응 데이터, 상기 KOG 카테고리 유전자 정보, 상기 유전자 네트워크 정보 중에서 하나 이상을 제공하는 정보 제공부를 포함한다.
본 발명에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치에 있어서, 상기 입력부를 통해 방사선 정보, 생물종 정보를 포함하는 방사선 반응 데이터 제공 요청이 입력되는 경우, 상기 정보 제공부는 상기 방사선 반응 데이터를 방사선 반응 데이터 제공 화면을 통해 제공하고, 상기 방사선 반응 데이터 제공 화면은, 상기 방사선 반응 실험의 실험조건정보를 표시하기 위한 실험조건정보 표시부, 상기 방사선 반응 생물종을 구성하는 방사선 반응 유전자의 검색 범위를 설정하기 위한 제1 검색범위 설정부, 상기 방사선 반응 유전자의 발현정보를 그래프 형식으로 표시하기 위한 발현정보 그래프 표시부, 상기 방사선 반응 유전자의 발현정보를 목록 형식으로 표시하기 위한 발현정보 목록 표시부를 포함하는 것을 특징으로 한다.
본 발명에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치에 있어서, 상기 제1 검색범위 설정부는 상기 방사선 반응 유전자의 발현 정도를 가리키는 폴드 체인지(Fold Change, FC) 값을 설정하기 위한 FC 설정부, 제공되는 정보에 대한 신뢰도를 가리키는 p-value를 설정하기 위한 p-value 설정부를 포함하는 것을 특징으로 한다.
본 발명에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치에 있어서, 상기 발현정보 그래프 표시부의 양 축은 상기 FC 값과 상기 p-value를 가리키고, 상기 발현정보 그래프 표시부에는 각각의 방사선 반응 유전자의 발현정보가 점으로 표시되고, 임의의 점이 1차 선택되는 경우, 상기 1차 선택된 점에 해당하는 방사선 반응 유전자의 FC 값과 p-value를 포함하는 간략 정보가 표시되는 것을 특징으로 한다.
본 발명에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치에 있어서, 상기 1차 선택된 점이 2차 선택되는 경우, 상기 2차 선택된 점에 해당하는 방사선 반응 유전자의 상세 정보가 표시되는 것을 특징으로 한다.
본 발명에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치에 있어서, 상기 입력부를 통해 KOG 카테고리 유전자 검색 요청이 입력되는 경우, 상기 정보 제공부는 상기 KOG 카테고리 유전자 정보를 KOG 카테고리 유전자 정보 제공 화면을 통해 제공하고, 상기 KOG 카테고리 유전자 정보 제공 화면은, 상기 방사선 반응 실험의 실험조건정보를 표시하기 위한 실험조건정보 표시부, 상기 KOG 카테고리 정보에 포함된 유전자의 검색 범위를 설정하기 위한 제2 검색범위 설정부, 상기 KOG 카테고리 정보를 표시하기 위한 KOG 카테고리 정보 표시부를 포함하는 것을 특징으로 한다.
본 발명에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치에 있어서, 상기 제2 검색범위 설정부는 상기 방사선 반응 유전자의 발현 정도를 가리키는 폴드 체인지(Fold Change, FC) 값을 설정하기 위한 FC 설정부, 제공되는 정보에 대한 신뢰도를 가리키는 p-value를 설정하기 위한 p-value 설정부를 포함하는 것을 특징으로 한다.
본 발명에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치에 있어서, 상기 KOG 카테고리 정보 표시부에 표시되는 KOG 카테고리 정보를 구성하는 KOG 카테고리 노드들 중에서 임의의 KOG 카테고리 노드가 선택되는 경우, 선택된 KOG 카테고리 노드에 속하는 방사선 반응 유전자에 대한 정보가 유전자 노드 형태로 표시되는 것을 특징으로 한다.
본 발명에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치에 있어서, 상기 유전자 노드의 색상은 상기 FC 값의 크기에 따라 구분되어 표시되는 것을 특징으로 한다.
본 발명에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치에 있어서, 임의의 유전자 노드가 1차 선택되는 경우, 상기 1차 선택된 유전자 노드에 해당하는 방사선 반응 유전자의 FC 값과 p-value 및 상기 방사선 반응 유전자가 속하는 KOG 카테고리 노드의 식별정보를 포함하는 간략 정보가 표시되는 것을 특징으로 한다.
본 발명에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치에 있어서, 상기 1차 선택된 유전자 노드가 2차 선택되는 경우, 상기 2차 선택된 유전자 노드에 해당하는 방사선 반응 유전자의 상세 정보가 표시되는 것을 특징으로 한다.
본 발명에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치에 있어서, 상기 입력부를 통해 유전자 네트워크 정보 검색 요청이 입력되는 경우, 상기 정보 제공부는 상기 유전자 네트워크 정보를 유전자 네트워크 정보 제공 화면을 통해 제공하고, 상기 유전자 네트워크 정보 제공 화면은, 상기 KOG 카테고리 정보를 구성하는 KOG 카테고리 노드를 선택하기 위한 KOG 카테고리 노드 선택부, 선택된 KOG 카테고리 노드에 해당하는 유전자 노드들을 네트워크 형식으로 표시하기 위한 유전자 네트워크 정보 표시부를 포함하는 것을 특징으로 한다.
본 발명에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치에 있어서, 상기 KOG 카테고리 노드에 해당하는 유전자 노드들 중에서 임의의 유전자 노드가 선택되는 경우, 선택된 유전자 노드에 연결된 유전자 노드들이 네트워크 형식으로 표시되는 것을 특징으로 한다.
본 발명에 따르면, 방사선 조사에 반응하는 크립토코쿠스와 같은 방사선 반응 생물종의 유전자 발현 정보를 DB화하여, 병원성 치료 및 항진균제 타깃 분자제시 등의 산업적으로 활용 가능한 정보를 제공해주는 유전자 발현 정보 제공 장치가 제공되는 효과가 있다.
또한, 방사선 반응 생물종을 구성하는 유전자 간의 상관관계를 네트워크 형식으로 가시화하여 제공함으로써 다른 유전자들과의 상관관계가 높은 허브 유전자를 용이하게 발견할 수 있도록 하는 유전자 발현 정보 제공 장치가 제공되는 효과가 있다.
도 1은 본 발명의 일 실시 예에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치를 나타낸 도면이고,
도 2는 본 발명의 일 실시 예에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치의 구체적인 동작을 예시적으로 설명하기 위한 도면이고,
도 3은 본 발명의 일 실시 예에 있어서, 방사선 반응 데이터를 검색하는 사용자에게 제공되는 초기 화면을 예시적으로 나타내고,
도 4는 본 발명의 일 실시 예에 있어서, 방사선 반응 데이터를 제공받기 위해 검색 조건을 입력한 사용자에게 제공되는 검색 결과 화면을 예시적으로 나타내고,
도 5는 본 발명의 일 실시 예에 있어서, 도 4에 예시된 화면을 제공받은 사용자가 상세정보를 요청하는 경우 제공되는 방사선 반응 데이터 제공 화면을 예시적으로 나타내고,
도 6은 본 발명의 일 실시 예에 있어서, 도 5에 예시된 화면을 제공받은 사용자가 심층분석정보를 요청하는 경우 제공되는 심층분석정보 제공창을 예시적으로 나타내고,
도 7은 본 발명의 일 실시 예에 있어서, 도 5에 예시된 방사선 반응 데이터 제공 화면에 포함된 발현정보 그래프 표시부와 발현정보 목록 표시부를 강조하여 나타낸 도면이고,
도 8은 본 발명의 일 실시 예에 있어서, 도 5에 예시된 방사선 반응 데이터 제공 화면에 포함된 발현정보 그래프 표시부와 발현정보 목록 표시부를 통해 선택된 방사선 반응 유전자의 상세 정보 제공창을 예시적으로 나타낸 도면이고,
도 9는 본 발명의 일 실시 예에 있어서, 도 5에 예시된 방사선 반응 데이터 제공 화면을 제공받은 사용자가 KOG 카테고리 유전자 검색을 요청하는 경우 제공되는 KOG 카테고리 유전자 정보 제공 화면을 예시적으로 나타낸 도면이고,
도 10은 본 발명의 일 실시 예에 있어서, 도 9에 예시된 KOG 카테고리 유전자 정보 제공 화면을 통해 임의의 KOG 카테고리 노드가 선택되는 경우 제공되는 유전자 노드 정보를 예시적으로 나타내고,
도 11은 본 발명의 일 실시 예에 있어서, 도 10에 예시된 유전자 노드가 선택되는 경우 제공되는 상세 정보 제공창을 예시적으로 나타내고,
도 12는 본 발명의 일 실시 예에 있어서, 도 5에 예시된 방사선 반응 데이터 제공 화면을 제공받은 사용자가 유전자 네트워크 정보 검색을 요청하는 경우 제공되는 유전자 네트워크 정보 제공 화면을 예시적으로 나타낸 도면이다.
본 명세서에 개시되어 있는 본 발명의 개념에 따른 실시 예들에 대해서 특정한 구조적 또는 기능적 설명은 단지 본 발명의 개념에 따른 실시 예들을 설명하기 위한 목적으로 예시된 것으로서, 본 발명의 개념에 따른 실시 예들은 다양한 형태들로 실시될 수 있으며 본 명세서에 설명된 실시 예들에 한정되지 않는다.
본 발명의 개념에 따른 실시 예들은 다양한 변경들을 가할 수 있고 여러 가지 형태들을 가질 수 있으므로 실시 예들을 도면에 예시하고 본 명세서에서 상세하게 설명하고자 한다. 그러나, 이는 본 발명의 개념에 따른 실시 예들을 특정한 개시 형태들에 대해 한정하려는 것이 아니며, 본 발명의 사상 및 기술 범위에 포함되는 모든 변경, 균등물, 또는 대체물을 포함한다.
제1 또는 제2 등의 용어는 다양한 구성 요소들을 설명하는데 사용될 수 있지만, 상기 구성 요소들은 상기 용어들에 의해 한정되어서는 안 된다. 상기 용어들은 하나의 구성 요소를 다른 구성 요소로부터 구별하는 목적으로만, 예컨대 본 발명의 개념에 따른 권리 범위로부터 벗어나지 않은 채, 제1 구성 요소는 제2 구성 요소로 명명될 수 있고 유사하게 제2구성 요소는 제1구성 요소로도 명명될 수 있다.
어떤 구성 요소가 다른 구성 요소에 "연결되어" 있다거나 "접속되어" 있다고 언급된 때에는, 그 다른 구성 요소에 직접적으로 연결되어 있거나 또는 접속되어 있을 수도 있지만, 중간에 다른 구성 요소가 존재할 수도 있다고 이해되어야 할 것이다. 반면에, 어떤 구성 요소가 다른 구성 요소에 "직접 연결되어" 있다거나 "직접 접속되어" 있다고 언급된 때에는 중간에 다른 구성 요소가 존재하지 않는 것으로 이해되어야 할 것이다. 구성 요소들 간의 관계를 설명하는 다른 표현들, 즉 "~사이에"와 "바로 ~사이에" 또는 "~에 이웃하는"과 "~에 직접 이웃하는" 등도 마찬가지로 해석되어야 한다.
본 명세서에서 사용한 용어는 단지 특정한 실시 예를 설명하기 위해 사용된 것으로서, 본 발명을 한정하려는 의도가 아니다. 단수의 표현은 문맥상 명백하게 다르게 뜻하지 않는 한, 복수의 표현을 포함한다. 본 명세서에서, "포함하다" 또는 "가지다" 등의 용어는 본 명세서에 기재된 특징, 숫자, 단계, 동작, 구성요소, 부분품 또는 이들을 조합한 것이 존재함을 지정하려는 것이지, 하나 또는 그 이상의 다른 특징들이나 숫자, 단계, 동작, 구성 요소, 부분품 또는 이들을 조합한 것들의 존재 또는 부가 가능성을 미리 배제하지 않는 것으로 이해되어야 한다.
다르게 정의되지 않는 한, 기술적이거나 과학적인 용어를 포함해서 여기서 사용되는 모든 용어들은 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에 의해 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 나타낸다. 일반적으로 사용되는 사전에 정의되어 있는 것과 같은 용어들은 관련 기술의 문맥상 가지는 의미와 일치하는 의미를 갖는 것으로 해석되어야 하며, 본 명세서에서 명백하게 정의하지 않는 한, 이상적이거나 과도하게 형식적인 의미로 해석되지 않는다.
이하에서는, 첨부된 도면을 참조하여 본 발명의 바람직한 실시예를 상세히 설명한다.
도 1은 본 발명의 일 실시 예에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치(2)를 나타낸 도면이다.
도 1을 참조하면, 본 발명의 일 실시 예에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치(2)는 방사선 반응 데이터 관리부(10), KOG 카테고리 유전자 정보 생성부(20), 유전자 네트워크 정보 생성부(30), 입력부(40) 및 정보 제공부(50)를 포함한다.
방사선 반응 데이터 관리부(10)는 방사선 반응 생물종에 대한 방사선 반응 실험을 통해 획득된 방사선 반응 데이터를 방사선 반응 데이터 DB(3)에 등록하여 관리하는 기능을 수행한다. 예를 들어, 방사선 반응 생물종은 크립토코쿠스(Cryptococcus)일 수 있으나, 이에 한정되지 않으며, 방사선에 반응하는 조건을 충족시키는 다양한 생물종일 수 있다.
KOG 카테고리 유전자 정보 생성부(20)는 공개 DB(4)에 저장된 KOG(euKaryotic orthologous group) 데이터를 온톨로지(Ontology) 구조로 구성하여 KOG 카테고리 정보를 생성하고, 방사선 반응 데이터 DB(3)에 등록되는 방사선 반응 데이터를 KOG 카테고리 정보에 연계하여 KOG 카테고리 유전자 정보를 생성하는 기능을 수행한다.
유전자 네트워크 정보 생성부(30)는 공개 DB(4)에 저장된 유전자 네트워크 데이터와 KOG 카테고리 정보 및 방사선 반응 데이터를 연계하여 유전자 네트워크 정보를 생성하는 기능을 수행한다.
입력부(40)는 정보를 제공받고자 하는 사용자로부터 검색 조건을 입력받기 위한 수단이다.
정보 제공부(50)는 입력부(40)를 통한 사용자 검색 조건 입력에 응답하여 방사선 반응 데이터, KOG 카테고리 유전자 정보, 유전자 네트워크 정보 중에서 하나 이상의 정보를 사용자에게 제공하는 기능을 수행한다.
도 2는 본 발명의 일 실시 예에 따른 유전자 발현 정보 제공 장치(2)의 구체적인 동작을 예시적으로 설명하기 위한 도면이다.
도 2를 추가적으로 참조하면, 단계 S10에서는, 입력부(40)를 통해 사용자로부터 방사선 정보, 생물종 정보를 포함하는 방사선 반응 데이터 제공 요청이 입력되는 과정이 수행된다. 도 3은 유전자 발현 정보 제공 장치(2)에 접속한 사용자 단말(1)을 통해 사용자에게 제공되는 초기 화면을 예시적으로 나타내며, 사용자는 이 초기 화면을 통해 검색 조건을 입력할 수 있다.
단계 S20에서는, 정보 제공부(50)는 방사선 반응 데이터를 방사선 반응 데이터 제공 화면(102)을 통해 제공하는 과정이 수행된다.
예를 들어, 도 4 및 도 5에 개시된 바와 같이, 방사선 반응 데이터 제공 화면(102)은 실험조건정보 표시부(110), 제1 검색범위 설정부(120), 발현정보 그래프 표시부(130) 및 발현정보 목록 표시부(140)를 포함할 수 있다.
실험조건정보 표시부(110)는 방사선 반응 실험의 실험조건정보를 표시하기 위한 수단이다. 예를 들어, 실험조건정보 표시부(110)에 표시되는 실험조건정보는 방사선 반응 생물종에 조사되는 방사선의 종류, 방사선의 양, 방사선 조사 후의 회복 시간, 생물종, 실험 플랫폼, 데이터 유형 등을 포함할 수 있다.
제1 검색범위 설정부(120)는 방사선 반응 생물종을 구성하는 방사선 반응 유전자의 검색 범위를 설정하기 위한 수단이다.
예를 들어, 제1 검색범위 설정부(120)는 방사선 반응 유전자의 발현 정도를 가리키는 폴드 체인지(Fold Change, FC) 값을 설정하기 위한 FC 설정부(122), 제공되는 정보에 대한 신뢰도를 가리키는 p-value를 설정하기 위한 p-value 설정부(124)를 포함할 수 있다.
발현정보 그래프 표시부(130)는 방사선 반응 유전자의 발현정보를 그래프 형식으로 표시하기 위한 수단이다.
예를 들어, 발현정보 그래프 표시부(130)의 X축은 FC 값을 가리키고, Y축은 p-value를 가리키고, 발현정보 그래프 표시부(130)에는 각각의 방사선 반응 유전자의 발현정보가 점으로 표시되도록 구성될 수 있다.
예를 들어, 도 7에 개시된 바와 같이, 발현정보 그래프 표시부(130)의 임의의 점이 1차 선택되는 경우, 1차 선택된 점에 해당하는 방사선 반응 유전자의 FC 값과 p-value를 포함하는 간략 정보가 툴팁(tooltip) 형식으로 표시될 수 있다.
또한, 예를 들어, 도 8에 개시된 바와 같이, 1차 선택된 점이 2차 선택되는 경우, 2차 선택된 점에 해당하는 방사선 반응 유전자의 상세 정보가 팝업창(pop up window) 형식으로 표시될 수 있다. 방사선 반응 유전자의 상세 정보는 발현정보 목록 표시부(140)에 표시되는 목록에 대한 선택을 통해서도 제공될 수 있다.
발현정보 목록 표시부(140)는 방사선 반응 유전자의 발현정보를 목록 형식으로 표시하기 위한 수단이다. 예를 들어, 발현정보 목록 표시부(140)는 발현정보를 회복 시간별로 구분하여 제공할 수 있으며, 발현정보는 FC 값일 수 있다.
예를 들어, 도 6에 개시된 바와 같이, 도 5에 예시된 화면을 제공받은 사용자가 심층분석정보를 요청하는 경우 심층분석정보를 팝업창 형식으로 제공할 수 있다.
단계 S30에서는, 입력부(40)를 통해 사용자로부터 KOG 카테고리 유전자 검색 요청을 입력받는 과정이 수행된다.
단계 S40에서는, KOG 카테고리 유전자 정보 생성부(20)가 외부 DB에 저장된 KOG(euKaryotic orthologous group) 데이터를 온톨로지 구조로 구성하여 KOG 카테고리 정보를 생성하는 과정이 수행된다.
단계 S50에서는, KOG 카테고리 유전자 정보 생성부(20)가 방사선 반응 데이터를 KOG 카테고리 정보에 연계하여 KOG 카테고리 유전자 정보를 생성하는 과정이 수행된다.
단계 S60에서는, 정보 제공부(50)가 KOG 카테고리 유전자 정보 생성부(20)로부터 전달받은 KOG 카테고리 유전자 정보를 KOG 카테고리 유전자 정보 제공 화면(200)을 통해 제공하는 과정이 수행된다.
예를 들어, 도 9에 개시된 바와 같이, KOG 카테고리 유전자 정보 제공 화면(200)은 실험조건정보 표시부(210), 제2 검색범위 설정부(220) 및 KOG 카테고리 정보 표시부(230)를 포함할 수 있다.
실험조건정보 표시부(210)는 방사선 반응 실험의 실험조건정보를 표시하기 위한 수단이다.
제2 검색범위 설정부(220)는 KOG 카테고리 정보에 포함된 유전자의 검색 범위를 설정하기 위한 수단이다.
예를 들어, 상기 제2 검색범위 설정부(220)는 FC 설정부(222)와 p-value 설정부(224)를 포함할 수 있다.
FC 설정부(222)는 방사선 반응 유전자의 발현 정도를 가리키는 폴드 체인지(Fold Change, FC) 값을 설정하기 위한 수단이다.
p-value 설정부(224)는 사용자에게 제공되는 정보에 대한 신뢰도를 가리키는 p-value를 설정하기 위한 수단이다.
KOG 카테고리 정보 표시부(230)는 KOG 카테고리 정보를 표시하기 위한 수단이다.
단계 S70에서는, 입력부(40)가 사용자로부터 KOG 카테고리 정보를 구성하는 KOG 카테고리 노드들 중에서 임의의 KOG 카테고리 노드에 대한 선택 명령을 입력받는 과정이 수행된다.
단계 S80에서는, 정보 제공부(50)가 선택된 KOG 카테고리 노드에 속하는 방사선 반응 유전자에 대한 정보를 유전자 노드 형태로 표시하는 과정이 수행된다.
예를 들어, 도 10에 개시된 바와 같이, KOG 카테고리 노드 K, B, D가 선택되는 경우, 정보 제공부(50)는 KOG 카테고리 노드 K, B, D에 속하는 방사선 반응 유전자에 대한 정보를 유전자 노드 형태로 표시한다. 이때, 표시되는 유전자 노드의 색상은 FC 값의 크기에 따라 구분되어 표시되도록 구성될 수 있다. 예를 들어, 발현 정도가 높은 경우 즉, FC 값이 큰 경우에는 적색, 그 반대인 경우에는 청색 등으로 구분되어 표시될 수 있다.
예를 들어, 도 10에 개시된 바와 같이, 입력부(40)를 통한 사용자 선택명령에 의해 임의의 유전자 노드가 1차 선택되는 경우, 정보 제공부(50)는 1차 선택된 유전자 노드에 해당하는 방사선 반응 유전자의 FC 값과 p-value 및 방사선 반응 유전자가 속하는 KOG 카테고리 노드의 식별정보를 포함하는 간략 정보가 툴팁 형식으로 표시할 수 있다.
또한, 예를 들어, 도 11에 개시된 바와 같이, 입력부(40)를 통한 사용자 선택명령에 의해 1차 선택된 유전자 노드가 2차 선택되는 경우, 정보 제공부(50)는 2차 선택된 유전자 노드에 해당하는 방사선 반응 유전자의 상세 정보를 팝업창 형식으로 표시할 수 있다.
단계 S90에서는, 입력부(40)를 통해 사용자로부터 유전자 네트워크 정보 검색 요청을 입력받는 과정이 수행된다.
단계 S100에서는, 유전자 네트워크 정보 생성부(30)가 외부 DB에 저장된 유전자 네트워크 데이터와 KOG 카테고리 정보 및 방사선 반응 데이터 DB(3)에 등록된 방사선 반응 데이터를 연계하여 유전자 네트워크 정보를 생성하는 과정이 수행된다.
단계 S110에서는, 정보 제공부(50)가 유전자 네트워크 정보를 유전자 네트워크 정보 제공 화면(300)을 통해 사용자에게 제공하는 과정이 수행된다.
예를 들어, 도 12에 개시된 바와 같이, 유전자 네트워크 정보 제공 화면(300)은 KOG 카테고리 노드 선택부(310), 유전자 네트워크 정보 표시부(320)를 포함할 수 있다.
KOG 카테고리 노드 선택부(310)는 KOG 카테고리 정보를 구성하는 KOG 카테고리 노드를 선택하기 위한 수단이다.
유전자 네트워크 정보 표시부(320)는 선택된 KOG 카테고리 노드에 해당하는 유전자 노드들을 네트워크 형식으로 표시하기 위한 수단이다.
단계 S120에서는, 입력부(40)를 통해 사용자로부터 유전자 네트워크 정보 제공 화면(300)에 표시되는 KOG 카테고리 노드에 해당하는 유전자 노드들 중에서 임의의 유전자 노드에 대한 선택명령을 입력받는 과정이 수행된다.
단계 S130에서는, 정보 제공부(50)가 선택된 유전자 노드에 연결된 유전자 노드들을 네트워크 형식으로 표시하는 과정이 수행된다.
예를 들어, 도 12에 개시된 바와 같이, 유전자 노드 CNAG_07573이 선택된 경우, 유전자 노드 CNAG_07573에 연결된 유전자 노드들이 다시 네트워크 형식으로 표시된다.
이상에서 상세히 설명한 바와 같이 본 발명에 따르면, 방사선 조사에 반응하는 크립토코쿠스와 같은 방사선 반응 생물종의 유전자 발현 정보를 DB화하여, 병원성 치료 및 항진균제 타깃 분자제시 등의 산업적으로 활용 가능한 정보를 제공해주는 유전자 발현 정보 제공 장치가 제공되는 효과가 있다.
또한, 방사선 반응 생물종을 구성하는 유전자 간의 상관관계를 네트워크 형식으로 가시화하여 제공함으로써 다른 유전자들과의 상관관계가 높은 허브 유전자를 용이하게 발견할 수 있도록 하는 유전자 발현 정보 제공 장치가 제공되는 효과가 있다.
1: 사용자 단말
2: 유전자 발현 정보 제공 장치
3: 방사선 반응 데이터 DB
4: 공개 DB
10: 방사선 반응 데이터 관리부
20: KOG 카테고리 유전자 정보 생성부
30: 유전자 네트워크 정보 생성부
40: 입력부
50: 정보 제공부
100, 102: 방사선 반응 데이터 제공 화면
110: 실험조건정보 표시부
120: 제1 검색범위 설정부
122: FC 설정부
124: p-value 설정부
130: 발현정보 그래프 표시부
140: 발현정보 목록 표시부
200: KOG 카테고리 유전자 정보 제공 화면
210: 실험조건정보 표시부
220: 제2 검색범위 설정부
230: KOG 카테고리 정보 표시부
222: FC 설정부
224: p-value 설정부
300: 유전자 네트워크 정보 제공 화면
310: KOG 카테고리 노드 선택부
320: 유전자 네트워크 정보 표시부

Claims (13)

  1. 유전자 발현 정보 제공 장치로서,
    방사선 반응 생물종에 대한 방사선 반응 실험을 통해 획득된 방사선 반응 데이터를 방사선 반응 데이터 DB에 등록하여 관리하는 방사선 반응 데이터 관리부;
    공개 DB에 저장된 KOG(euKaryotic orthologous group) 데이터를 온톨로지 구조로 구성하여 KOG 카테고리 정보를 생성하고 상기 방사선 반응 데이터 DB에 등록되는 방사선 반응 데이터를 상기 KOG 카테고리 정보에 연계하여 KOG 카테고리 유전자 정보를 생성하는 KOG 카테고리 유전자 정보 생성부;
    상기 공개 DB에 저장된 유전자 네트워크 데이터와 상기 KOG 카테고리 정보 및 상기 방사선 반응 데이터를 연계하여 유전자 네트워크 정보를 생성하는 유전자 네트워크 정보 생성부; 및
    입력부를 통한 사용자 검색 조건 입력에 응답하여 상기 방사선 반응 데이터, 상기 KOG 카테고리 유전자 정보, 상기 유전자 네트워크 정보 중에서 하나 이상을 제공하는 정보 제공부를 포함하는, 유전자 발현 정보 제공 장치.
  2. 제1항에 있어서,
    상기 입력부를 통해 방사선 정보, 생물종 정보를 포함하는 방사선 반응 데이터 제공 요청이 입력되는 경우,
    상기 정보 제공부는 상기 방사선 반응 데이터를 방사선 반응 데이터 제공 화면을 통해 제공하고,
    상기 방사선 반응 데이터 제공 화면은,
    상기 방사선 반응 실험의 실험조건정보를 표시하기 위한 실험조건정보 표시부, 상기 방사선 반응 생물종을 구성하는 방사선 반응 유전자의 검색 범위를 설정하기 위한 제1 검색범위 설정부, 상기 방사선 반응 유전자의 발현정보를 그래프 형식으로 표시하기 위한 발현정보 그래프 표시부, 상기 방사선 반응 유전자의 발현정보를 목록 형식으로 표시하기 위한 발현정보 목록 표시부를 포함하는 것을 특징으로 하는, 유전자 발현 정보 제공 장치.
  3. 제2항에 있어서,
    상기 제1 검색범위 설정부는 상기 방사선 반응 유전자의 발현 정도를 가리키는 폴드 체인지(Fold Change, FC) 값을 설정하기 위한 FC 설정부, 제공되는 정보에 대한 신뢰도를 가리키는 p-value를 설정하기 위한 p-value 설정부를 포함하는 것을 특징으로 하는, 유전자 발현 정보 제공 장치.
  4. 제3항에 있어서,
    상기 발현정보 그래프 표시부의 양 축은 상기 FC 값과 상기 p-value를 가리키고,
    상기 발현정보 그래프 표시부에는 각각의 방사선 반응 유전자의 발현정보가 점으로 표시되고,
    임의의 점이 1차 선택되는 경우, 상기 1차 선택된 점에 해당하는 방사선 반응 유전자의 FC 값과 p-value를 포함하는 간략 정보가 표시되는 것을 특징으로 하는, 유전자 발현 정보 제공 장치.
  5. 제4항에 있어서,
    상기 1차 선택된 점이 2차 선택되는 경우, 상기 2차 선택된 점에 해당하는 방사선 반응 유전자의 상세 정보가 표시되는 것을 특징으로 하는, 유전자 발현 정보 제공 장치.
  6. 제1항에 있어서,
    상기 입력부를 통해 KOG 카테고리 유전자 검색 요청이 입력되는 경우,
    상기 정보 제공부는 상기 KOG 카테고리 유전자 정보를 KOG 카테고리 유전자 정보 제공 화면을 통해 제공하고,
    상기 KOG 카테고리 유전자 정보 제공 화면은,
    상기 방사선 반응 실험의 실험조건정보를 표시하기 위한 실험조건정보 표시부, 상기 KOG 카테고리 정보에 포함된 유전자의 검색 범위를 설정하기 위한 제2 검색범위 설정부, 상기 KOG 카테고리 정보를 표시하기 위한 KOG 카테고리 정보 표시부를 포함하는 것을 특징으로 하는, 유전자 발현 정보 제공 장치.
  7. 제6항에 있어서,
    상기 제2 검색범위 설정부는 상기 방사선 반응 유전자의 발현 정도를 가리키는 폴드 체인지(Fold Change, FC) 값을 설정하기 위한 FC 설정부, 제공되는 정보에 대한 신뢰도를 가리키는 p-value를 설정하기 위한 p-value 설정부를 포함하는 것을 특징으로 하는, 유전자 발현 정보 제공 장치.
  8. 제7항에 있어서,
    상기 KOG 카테고리 정보 표시부에 표시되는 KOG 카테고리 정보를 구성하는 KOG 카테고리 노드들 중에서 임의의 KOG 카테고리 노드가 선택되는 경우, 선택된 KOG 카테고리 노드에 속하는 방사선 반응 유전자에 대한 정보가 유전자 노드 형태로 표시되는 것을 특징으로 하는, 유전자 발현 정보 제공 장치.
  9. 제8항에 있어서,
    상기 유전자 노드의 색상은 상기 FC 값의 크기에 따라 구분되어 표시되는 것을 특징으로 하는, 유전자 발현 정보 제공 장치.
  10. 제8항에 있어서,
    임의의 유전자 노드가 1차 선택되는 경우, 상기 1차 선택된 유전자 노드에 해당하는 방사선 반응 유전자의 FC 값과 p-value 및 상기 방사선 반응 유전자가 속하는 KOG 카테고리 노드의 식별정보를 포함하는 간략 정보가 표시되는 것을 특징으로 하는, 유전자 발현 정보 제공 장치.
  11. 제10항에 있어서,
    상기 1차 선택된 유전자 노드가 2차 선택되는 경우, 상기 2차 선택된 유전자 노드에 해당하는 방사선 반응 유전자의 상세 정보가 표시되는 것을 특징으로 하는, 유전자 발현 정보 제공 장치.
  12. 제1항에 있어서,
    상기 입력부를 통해 유전자 네트워크 정보 검색 요청이 입력되는 경우,
    상기 정보 제공부는 상기 유전자 네트워크 정보를 유전자 네트워크 정보 제공 화면을 통해 제공하고,
    상기 유전자 네트워크 정보 제공 화면은,
    상기 KOG 카테고리 정보를 구성하는 KOG 카테고리 노드를 선택하기 위한 KOG 카테고리 노드 선택부, 선택된 KOG 카테고리 노드에 해당하는 유전자 노드들을 네트워크 형식으로 표시하기 위한 유전자 네트워크 정보 표시부를 포함하는 것을 특징으로 하는, 유전자 발현 정보 제공 장치.
  13. 제12항에 있어서,
    상기 KOG 카테고리 노드에 해당하는 유전자 노드들 중에서 임의의 유전자 노드가 선택되는 경우, 선택된 유전자 노드에 연결된 유전자 노드들이 네트워크 형식으로 표시되는 것을 특징으로 하는, 유전자 발현 정보 제공 장치.
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20210022805A (ko) * 2019-08-20 2021-03-04 한국마필거래소 주식회사 블록체인 디앱 기반의 동물 개체 고유식별정보 관리 방법 및 이를 위한 컴퓨터 프로그램

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2007048027A (ja) * 2005-08-10 2007-02-22 Hitachi Software Eng Co Ltd 遺伝子発現データと遺伝子機能の関連表示方法
KR20120041362A (ko) 2010-10-21 2012-05-02 삼성에스디에스 주식회사 유전자정보 제공 방법 및 이를 위한 유전자정보 서버 그리고 유전자정보 브라우저 프로그램을 기록한 컴퓨터로 읽을 수 있는 기록 매체

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2007048027A (ja) * 2005-08-10 2007-02-22 Hitachi Software Eng Co Ltd 遺伝子発現データと遺伝子機能の関連表示方法
KR20120041362A (ko) 2010-10-21 2012-05-02 삼성에스디에스 주식회사 유전자정보 제공 방법 및 이를 위한 유전자정보 서버 그리고 유전자정보 브라우저 프로그램을 기록한 컴퓨터로 읽을 수 있는 기록 매체

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
R.M.Waterhouse 외, "OrthoDB: the hierachical catalog of eukaryotic orthologs in 2011", Nucleic Acids Research, 39권, pp.D283-D288, 2011. *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20210022805A (ko) * 2019-08-20 2021-03-04 한국마필거래소 주식회사 블록체인 디앱 기반의 동물 개체 고유식별정보 관리 방법 및 이를 위한 컴퓨터 프로그램

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