KR20160044179A - 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성 마커와 이를 이용한 류머티즘에 특이적인 대립유전자형 분석방법 - Google Patents

류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성 마커와 이를 이용한 류머티즘에 특이적인 대립유전자형 분석방법 Download PDF

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한양대학교 산학협력단
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Abstract

본 발명은 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP) 마커와, 이를 이용하여 류머티즘에 특이적인 대립유전자형을 분석함으로써 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 할 수 있는 방법을 제공한다. 본 발명은 정상군, 무증상 자가항체군 및 류머티즘 환자군 사이에서 다양한 후보 단일염기다형성 마커들의 대립유전자형 빈도(minor allele frequency; MAF)를 비교 확인하고, 이들 비교 집단 사이에서 대립유전자형 빈도가 통계학적으로 유의적인 차이를 보이는 단일염기다형성 마커들을 선정한 후 선정된 단일염기다형성 마커들을 이용하여 류머티즘에 특이적인 대립유전자형을 분석함으로써 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 할 수 있다.

Description

류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성 마커와 이를 이용한 류머티즘에 특이적인 대립유전자형 분석방법{Single nucleotide polymorphism markers for diagnosing and predicting rheumatism in early stage and method for genotyping alleles specific to rheumatism using the same}
본 발명은 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP) 마커와 이를 이용한 류머티즘에 특이적인 대립유전자형 분석방법에 관한 것으로서, 보다 상세하게는 류머티즘 환자를 조기 진단하는 동시에 무증상 자가항체군의 발병을 예측할 수 있는 단일염기다형성 마커들을 발굴하고, 이들을 이용하여 류머티즘에 특이적인 대립유전자형을 분석함으로써 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 할 수 있는 방법에 관한 것이다.
또한, 본 발명은 정상군, 무증상 자가항체군 및 류머티즘 환자군 사이에서 다양한 후보 단일염기다형성 마커들의 대립유전자형 빈도(minor allele frequency; MAF)를 비교 확인하고, 이들 비교 집단 사이에서 대립유전자형 빈도가 통계학적으로 유의적인 차이를 보이는 단일염기다형성 마커들을 선정한 후 선정된 단일염기다형성 마커들을 이용하여 류머티즘에 특이적인 대립유전자형을 분석함으로써 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 할 수 있는 방법에 관한 것이다.
아울러, 본 발명은 전술한 바와 같은 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성 마커와 이를 이용한 류머티즘에 특이적인 대립유전자형 분석방법에 기초하여 류마티스 관절염에 대한 새로운 의료 패러다임의 변화를 선도하고, 류머티즘 질환의 예측 및 예방을 통한 적극적 질환 극복으로 인한 의료비 절감 및 삶의 질 향상에 기여할 수 있는 기술의 제공에 관한 것이다.
현대 의학은 질환 발생 후 이를 치료하는 치료 중심이며 개인별 차이를 반영하지 못하고 경험적 치료에 의존하는 공급자 중심의 의료기술인 문제가 있다. 앞으로의 미래 지향적인 의료는 질병이 발생하기 전에 발생 가능성을 조기에 예측하고 예방하는 의료로 패러다임이 변화할 것이고, 또한 환자 중심의 맞춤의료 기술로 발전될 것으로 예측된다. 이와 관련하여 우리나라를 비롯한 세계 의료 강국들에서는 이러한 예측, 예방, 맞춤, 환자 참여 기반의 미래형 의료기술 개발을 위해 다양한 질병에 대한 활발한 연구를 진행하고 있다. 이와 관련하여 인구의 노령화 및 여러 가지 환경적 요인과 밀접한 관련이 있는 류머티즘 질환은 예측, 예방, 맞춤 및 환자 참여 기반의 의료 기술 개발에 있어 주목을 받고 있다.
류머티즘은 근육이나 관절 또는 그 근접 조직에 동통, 운동장애, 경결이 발현하는 급성 또는 만성 질환이다. 류머티즘 질환은 관절 류머티즘, 신경통을 포함해 악화되면 운동장애를 일으키고 후유증으로 심장판막증을 남기는 경우가 많다. 이와 같은 류머티즘 증상을 몇 번이고 되풀이하는 동안 병상(病狀)은 악화되어 운동 장애, 심장 장애를 가져오게 된다.
류머티즘에 속하는 질환의 종류는 다양하고 환자의 수도 많으며, 특히 만성관절 류머티즘 환자가 많다. 류머티즘에 걸린 환자의 혈청 속에서는 류머토이드라는 인자가 나타나는데, 이것이 IgG(면역글로불린 G)에 대해 자기 항체가 있다는 사실이 알려진 후에는 면역이상에 의한 질환이라고 생각하게 되었다.
류머티즘 질환의 대표적인 질환인 류마티스 관절염의 유병률은 일반적으로 전체 인구의 약 1% 정도로 알려져 있고, 여자가 남자에 비해 2-4배 정도 유병률이 높으며 연령이 증가함에 따라 증가하는 것으로 알려져 있다. 류마티스 관절염은 주로 관절을 침범하는 대표적인 전신성 만성 자가면역질환으로 완치가 힘들며 관절의 통증 뿐만 아니라 변형 및 장애를 유발하고 노동력 상실로 인한 간접비용이 더 많아서 사회경제적 비용부담이 매우 큰 질환이다.
그러나, 류마티스 관절염은 항CCP(anti-cyclic citrullinated peptide) 인자나 류마티스 인자 등의 다양한 자가항체 검사를 통해 진단 및 질병 발생 예측을 하지만, 질병 발생 예측률에 대한 정보가 빈약하고 임상양상과 검사실 소견에 의존하여 판단하는 한계가 있었다. 특히, 증상이 없는 자가항체 양성군(무증상 자가항체군)의 경우 질병 발생 여부 또는 예측을 하기 어려우며, 자가항체가 없는 관절염의 경우 진단이 늦어져 치료시기를 놓치는 문제가 있는 등 류머티즘 질환의 질병 발생 예측과 예방은 매우 힘는 것으로 알려져 있다.
현재까지 알려진 바로는 상당수의 환자들이 류마티즘의 임상 증상이 나타나기 수년전부터 자가항체가 형성되는 무증상 자가항체군(preclinical RA) 시기를 거치는 것으로 보고되고 있으나, 무증상 자가항체군의 질병 발생 예측은 매우 힘들고 무증상 자가항체군에서 류머티즘 질병 이행 예측에 대한 객관적인 임상 정보는 빈약한 실정이다. 전술한 바와 같이, 류마티스관절염의 진단은 임상 양상과 검사실 소견을 임상의가 종합적으로 주관적으로 판단하는데, 이때 사용하는 류마티스 인자나 항CCP 인자는 민감도가 50-60% 정도에 불과하여 고감도의 혈청학적 검사가 요구되는 실정이다.
최근에는 매트릭스 리스크 모델(matrix risk model)과 같이 자가항체 (RF 및 ACPA), CRP(C 반응성 단백질), 관절 손상 스코어(Erosion score)의 조합을 이용하여 류마티스 관절염 예후를 예측하여 적절한 맞춤 치료제 선택의 기준을 제시하고자 하는 노력이 활발히 진행되고 있으나, 다른 면역질환과의 모호함이 존재하고 아직은 소수의 임상정보만을 이용하고 있는 한계가 있다.
최근 연구결과에 따르면, 조직 및 골수 이식수술의 경우 주요 검사항목으로 지정되어 있는 HLA 타이핑이 류마티스 관절염과 같은 자가면역 질환에서의 진단 가능성을 가지는 것으로 보고되고 있고, HLA 항원에 대한 혈청학적 방법에 기초한 검사방법이 개발되어 있다. 분자 생물학의 발달로 HLA 항원을 지배하는 대립 유전자의 염기 서열이 자세히 밝혀짐에 따라 염기서열의 차이로써 HLA의 대립 유전자형의 다양성을 확인하는 HLA 유전자 분석이 가능해 졌고, 이를 통해 HLA 타이핑에 의한 류마티스 관절염과 같은 자가면역 질환에 대한 유전적 수준에서의 진단 및 발병 예측 가능성에 대한 방법론적 방안이 제시되고 있다. 이와 관련하여, 대한민국 등록특허공보 제10-0581002호에서는 전술한 바와 같은 종래의 HLA 타이핑 방법의 단점을 보완할 수 있는 DNA 칩의 원리를 이용하여 HLA-A, -B, -Cw, -DRB1을 하나의 슬라이드 위에서 동시에 분석하는 저해상도(low resolution) DNA 칩을 개시하고 있다.
뿐만 아니라, 류마티즘 질환과 관련하여 유전체, 분자생물학, 진단 기술 발전에 힘입어 새로운 류마티즘 질병 예측 바이오 마커를 개발하려는 시도가 전 세계적으로 활발하게 진행되고 있다. 류마티즘 질환의 발생을 예측할 수 있는 바이오 마커를 이용한 통합적 예측시스템 개발은 질병 발생의 예방적 접근을 가능하게 하기 때문에, 이러한 예측 및 조기치료 또는 예방적 치료를 위한 바이오 마커의 개발에 대한 요구는 점점 커지고 있는 실정이다. 그러나, 정상인 집단, 류마티스 관절염 환자 집단 및 무증상 자가항체군 집단의 다양하고 많은 시료를 대상으로 한 바이오 마커의 개발은 쉬운 일이 아니며, 대량의 시료에 대한 유전자 분석과 분석된 유전자의 대립유전자형에 대한 통계적 처리에는 많은 시간과 인력이 소요되는 어려운 작업이다.
본 발명자들은 선행 연구결과 외에도 직접 수행한 류마티스관절염 후보 유전자 분석, 전장유전체 연관 분석연구(GWAS). 류마티스관절염 면역칩(Immunochip) 연구, 류마티스 관절염 메가 GWAS(Mega GWAS) 연구, 류마티스 관절염 NGS(Next Generation Sequencing) 연구 및 발표된 논문들의 메타 분석(meta-analysis) 등을 통해 류머티즘과 관련이 있는 것으로서 통계학적으로 유의적인 단일염기다형성 마커들을 수백개 발굴하였다.
또한, 본 발명자들은 백여개의 선정된 마커들 각각에 대한 정상인 집단, 류마티스 관절염 환자 집단 및 무증상 자가항체군 집단의 단일염기다형성 분석에 있어서 많은 수의 마커들과 대량의 시료를 동시에 분석하기 위해 오픈 어레이(OpenArray®; Life Technologies, 미국) 기술을 이용하였다. 이러한 새로운 분석 플랫폼에 의해 대량의 시료에 대한 대량의 단일염기다형성 분석이 가능하였고, 그 결과, 비교 집단 사이에서의 다양한 후보 단일염기다형성 마커들의 대립유전자형 빈도(minor allele frequency; MAF)를 비교 확인하였으며, 비교 집단 사이에서 대립유전자형 빈도가 통계학적으로 유의적인 차이를 보이는 단일염기다형성 마커들을 선정하였다. 그리고, 이와 같이 선정된 단일염기다형성 마커들을 이용하여 류머티즘에 특이적인 대립유전자형을 분석함으로써 류머티즘 환자를 조기 진단하는 동시에 무증상 자가항체군의 발병을 예측할 수 있는 본 발명을 완성하기에 이르렀다.
대한민국 등록특허공보 제10-0581002호 (2006. 05. 17)
본 발명의 목적은 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP) 마커와 이를 이용한 류머티즘에 특이적인 대립유전자형 분석방법을 제공하는데 있다. 구체적으로, 본 발명의 목적은 류머티즘 환자를 조기 진단하는 동시에 무증상 자가항체군의 발병을 예측할 수 있는 단일염기다형성 마커들을 발굴하고, 이들을 이용하여 류머티즘에 특이적인 대립유전자형을 분석함으로써 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 할 수 있는 방법을 제공하는데 있다.
또한, 본 발명의 목적은 정상군, 무증상 자가항체군 및 류머티즘 환자군 사이에서 다양한 후보 단일염기다형성 마커들의 대립유전자형 빈도(minor allele frequency; MAF)를 비교 확인하고, 이들 비교 집단 사이에서 대립유전자형 빈도가 통계학적으로 유의적인 차이를 보이는 단일염기다형성 마커들을 선정한 후 선정된 단일염기다형성 마커들을 이용하여 류머티즘에 특이적인 대립유전자형을 분석함으로써 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 할 수 있는 방법을 제공하는데 있다.
아울러, 본 발명의 목적은 전술한 바와 같은 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성 마커와 이를 이용한 류머티즘에 특이적인 대립유전자형 분석방법에 기초하여 류마티스 관절염에 대한 새로운 의료 패러다임의 변화를 선도하고, 류머티즘 질환의 예측 및 예방을 통한 적극적 질환 극복으로 인한 의료비 절감 및 삶의 질 향상에 기여할 수 있는 기술을 제공하는데 있다.
본 발명은 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP) 마커와, 이를 이용하여 류머티즘에 특이적인 대립유전자형을 분석함으로써 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 할 수 있는 방법을 제공한다.
구체적으로, 본 발명자들은 수많은 연구와 노력을 통하여 정상군, 무증상 자가항체군 및 류머티즘 환자군 사이에서 다양한 후보 단일염기다형성 마커들의 대립유전자형 빈도(minor allele frequency; MAF)를 비교 확인하였고, 또한 이에 기초하여 예의 연구를 거듭한 결과 이들 비교 집단 사이에서 대립유전자형 빈도가 통계학적으로 유의적인 차이를 보이는 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성 마커들을 선정하였다.
우선, 본 발명의 명세서에서 사용되는 용어를 설명하면 다음과 같다.
본 발명의 명세서에서 사용되는 "리얼타임(real-time) PCR"이란 형광물질(fluorescent material)을 PCR 기법에 응용한 것으로 반응 중 검체 내에 존재하는 표적 유전자의 증폭과 함께 형광물질의 발광(emission) 정도를 실시간으로 검출하고 정량 분석하여 표적 유전자의 증폭 유무 및 그 양상을 신속하고 정확하게 분석할 수 있는 방법이다. 이러한 리얼타임(real-time) PCR은 SYBR 그린(SYBR Green)을 사용하는 방법과 이중 표지된 프로브를 이용하는 방법으로 나누어진다.
SYBR 그린(SYBR green) 기법은 리얼타임 PCR 증폭 과정에서 증폭된 DNA에 SYBR 그린 염색약이 끼어들어가 PCR 반응으로 합성된 이중가닥 DNA에 결합하여 형광신호를 발생하게 되고 이러한 형광신호를 검출하여 표적 유전자의 존재 여부와 이로부터의 증폭산물의 생성량을 측정할 수 있는 방법이다. 또한, 이중 표지된 프로브(dual labeled probe)를 이용한 리얼타임 PCR 기법은 5'말단에 형광물질이 표지되어 있고 3'말단에 소광물질(Quencher)이 표지된 이중 표지된 프로브를 이용하는 방법으로서, 이중 표지된 프로브에 의한 형광신호를 통해 이중 표지된 프로브가 표적 유전자의 PCR 증폭 산물과 어닐링되었는지 여부를 확인할 수 있고, 표적 유전자의 존재 여부와 이로부터의 증폭산물의 생성량을 측정할 수 있는 방법이다.
또한, 본 발명의 명세서에서 사용되는 "오픈 어레이 (OpenArray®) 기술"은 미국의 Life Technologies에 의해 제작된 오픈 어레이 플레이트를 이용한 리얼타임 PCR 기술로서, 10 ~ 1,000 피코리터(pico liter)의 극소량 시료로도 분석이 가능하며, 많은 수의 시료를 동시에 처리할 수 있는 기술이다. 오픈 어레이 기술은 바이오칩 처럼 프로브 또는 실험 재료를 기판에 심거나 분주하여 상보적인 서열을 갖는 시료를 검출하거나 미량의 시료를 이용하여 다양한 증폭 결과를 얻어내는 기술이다. 오픈 어레이 기술은 384-웰 플레이트에서만 행해지는 종래의 리얼타임 PCR과는 달리 한 번의 실험에서 플레이트 당 최대 3,072개의 시료를 로딩할 수 있고, 이러한 오프 어레이 플레이트를 최대 4개까지 리얼타임 PCR 기기에 장착하여 동시에 실험을 진행할 수 있으므로, 시료의 대량 분석이 가능하고 실험 시간 및 분석 시간이 짧아지며 반복할 수 있는 실험 수가 증가하면서 그 정확도까지 증가시킬 수 있는 기술이다.
다음으로, 본 명세서에서 사용되는 용어인 "다형성(polymorphism)"이란 유전학적으로 결정된 집단 내에서 둘 이상의 대체적 서열 또는 대립 형질의 발생을 의미하고 다형성 마커 또는 부위는 발산(divergence)이 일어나는 좌위(locus)를 통상 의미한다. 바람직한 마커는 선택된 집단에 1% 이상, 더 바람직하게는 10% 또는 20% 이상의 발생 빈도를 나타내는 두 개 이상의 대립 형질을 가지는 것이다.
한편, 본 명세서에서 사용되는 용어인 "rs 넘버(rs number)" 또는 "SNP(single nucleotide polymorphism) rs 넘버"란 레퍼런스 SNP 클러스터 ID 데이터 베이스에 새로운 SNP를 발견했다고 보고할 경우 부여받게 되는 고유 SNP(single nucleotide polymorphism) 레퍼런스 번호로서 이 고유 번호를 통해 SNP 클러스터 ID 데이터 베이스에 접근하여 해당 SNP의 염기서열과 SNP 부위 및 변이를 확인할 수 있다. 따라서, SNP(single nucleotide polymorphism) rs 넘버의 특정에 의해 당업자라면 해당 SNP가 존재하는 염색체 번호, 유전자좌, 염기서열, SNP 부위 및 변이 염기를 확인할 수 있으므로, 본 명세서에서는 이러한 SNP rs 넘버에 의해 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP) 마커를 특정한다.
본 발명의 일실시예의 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성(SNP) 마커는, SNP(single nucleotide polymorphism) rs 넘버로 정의된 rs773125 SNP 유전자 마커, rs7752903 SNP 유전자 마커, rs72100402 SNP 유전자 마커, rs11123816 SNP 유전자 마커, rs1571878 SNP 유전자 마커, rs11889341 SNP 유전자 마커, rs3087243 SNP 유전자 마커, rs61117627 SNP 유전자 마커, rs147285202 SNP 유전자 마커, rs212389 SNP 유전자 마커, rs2317230 SNP 유전자 마커, rs58721818 SNP 유전자 마커, rs74984480 SNP 유전자 마커, rs2301888 SNP 유전자 마커, rs6479800 SNP 유전자 마커, rs2236323 SNP 유전자 마커, rs59716545 SNP 유전자 마커, rs2485363 SNP 유전자 마커, 및 rs909685 SNP 유전자 마커로 구성된 군으로부터 선택된 적어도 하나의 SNP 유전자 마커이다.
본 발명의 일실시예의 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성(SNP) 마커는, 류마티스 관절염 환자군과 정상인 집단 사이에서 후보 단일염기다형성 마커들의 대립유전자형 빈도(minor allele frequency; MAF)를 비교 확인한 후, 이들 비교 집단 사이에서 대립유전자형 빈도가 통계학적으로 유의적인 차이를 보이는 단일염기다형성 마커들을 선정한 것이다.
본 발명의 일실시예의 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성(SNP) 마커에 있어서, rs773125 SNP 유전자 마커는 56394954번째 염기 위치에서 염기 G의 대립유전자형(발생 빈도가 낮은 대립유전자형(minor allele), 이하 동일함)을 나타내고, rs7752903 SNP 유전자 마커는 138227364번째 염기 위치에서 염기 G의 대립유전자형을 나타내며, rs72100402 SNP 유전자 마커는 128615714번째 염기 위치에서 염기 C의 대립유전자형을 나타내고, rs11123816 SNP 유전자 마커는 100783653번째 염기 위치에서 염기 T의 대립유전자형을 나타내며, rs1571878 SNP 유전자 마커는 167540842번째 염기 위치에서 염기 C의 대립유전자형을 나타내고, rs11889341 SNP 유전자 마커는 191943742번째 염기 위치에서 염기 T의 대립유전자형을 나타내며, rs3087243 SNP 유전자 마커는 204738919번째 염기 위치에서 염기 A의 대립유전자형을 나타내고, rs61117627 SNP 유전자 마커는 138243700번째 염기 위치에서 염기 A의 대립유전자형을 나타내며, rs147285202 SNP 유전자 마커는 54554694번째 염기 위치에서 염기 C의 대립유전자형을 나타내고, rs212389 SNP 유전자 마커는 159489791번째 염기 위치에서 염기 G의 대립유전자형을 나타내며, rs2317230 SNP 유전자 마커는 157674997번째 염기 위치에서 염기 T의 대립유전자형을 나타내고, rs58721818 SNP 유전자 마커는 138243739번째 염기 위치에서 염기 T의 대립유전자형을 나타내며, rs74984480 SNP 유전자 마커는 14103212번째 염기 위치에서 염기 T의 대립유전자형을 나타내고, rs2301888 SNP 유전자 마커는 17672730번째 염기 위치에서 염기 C의 대립유전자형을 나타내며, rs6479800 SNP 유전자 마커는 64036881번째 염기 위치에서 염기 C의 대립유전자형을 나타내고, rs2236323 SNP 유전자 마커는 117297784번째 염기 위치에서 염기 C의 대립유전자형을 나타내며, rs59716545 SNP 유전자 마커는 38031857번째 염기 위치에서 염기 T의 대립유전자형을 나타내고, rs2485363 SNP 유전자 마커는 159506121번째 염기 위치에서 염기 G의 대립유전자형을 나타내며, rs909685 SNP 유전자 마커는 39747671번째 염기 위치에서 염기 T의 대립유전자형을 나타낸다.
본 발명의 일실시예의 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성(SNP) 마커는, SNP(single nucleotide polymorphism) rs 넘버로 정의된 rs2105325 SNP 유전자 마커와, rs678347 SNP 유전자 마커로 구성된 군으로부터 선택된 적어도 하나의 SNP 유전자 마커이다.
본 발명의 일실시예의 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성(SNP) 마커는, 무증상 자가항체군 집단과 정상인 집단 사이에서 후보 단일염기다형성 마커들의 대립유전자형 빈도(minor allele frequency; MAF)를 비교 확인한 후, 이들 비교 집단 사이에서 대립유전자형 빈도가 통계학적으로 유의적인 차이를 보이는 단일염기다형성 마커들을 선정한 것이다.
본 발명의 일실시예의 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성(SNP) 마커에 있어서, rs2105325 SNP 유전자 마커는 173349725번째 염기 위치에서 염기 A의 대립유전자형을 나타내고, rs678347 SNP 유전자 마커는 102463602번째 염기 위치에서 염기 A의 대립유전자형을 나타낸다.
본 발명의 일실시예의 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성(SNP) 마커는, SNP(single nucleotide polymorphism) rs 넘버로 정의된 rs1571878 SNP 유전자 마커, rs212389 SNP 유전자 마커, rs6732565 SNP 유전자 마커, rs2105325 SNP 유전자 마커, rs2317230 SNP 유전자 마커, rs2451258 SNP 유전자 마커, 및 rs773125 SNP 유전자 마커로 구성된 군으로부터 선택된 적어도 하나의 SNP 유전자 마커이다.
본 발명의 일실시예의 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성(SNP) 마커는, 류마티스 관절염 환자군과 무증상 자가항체군 집단 사이에서 후보 단일염기다형성 마커들의 대립유전자형 빈도(minor allele frequency; MAF)를 비교 확인한 후, 이들 비교 집단 사이에서 대립유전자형 빈도가 통계학적으로 유의적인 차이를 보이는 단일염기다형성 마커들을 선정한 것이다.
본 발명의 일실시예의 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성(SNP) 마커에 있어서, rs1571878 SNP 유전자 마커는 167540842번째 염기 위치에서 염기 C의 대립유전자형을 나타내고, rs212389 SNP 유전자 마커는 159489791번째 염기 위치에서 염기 G의 대립유전자형을 나타내며, rs6732565 SNP 유전자 마커는 111607832번째 염기 위치에서 염기 G의 대립유전자형을 나타내고, rs2105325 SNP 유전자 마커는 173349725번째 염기 위치에서 염기 A의 대립유전자형을 나타내며, rs2317230 SNP 유전자 마커는 157674997번째 염기 위치에서 염기 T의 대립유전자형을 나타내고, rs2451258 SNP 유전자 마커는 159506600번째 염기 위치에서 염기 C의 대립유전자형을 나타내며, rs773125 SNP 유전자 마커는 56394954번째 염기 위치에서 염기 G의 대립유전자형을 나타낸다.
또한, 본 발명은 (a) 피검자의 유전자 시료로부터 전술한 바와 같은 본 발명의 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성 마커를 증폭시키는 단계와, (b) 상기 마커의 단일염기다형성 부위의 유전자형을 분석하는 단계를 포함하는 류머티즘에 특이적인 대립유전자형 분석방법을 제공한다.
본 발명의 일실시예의 류머티즘에 특이적인 대립유전자형 분석방법에 있어서, 상기 (b) 단계에서는 상기 단일염기다형성 부위에서 발생 빈도가 낮은 대립유전자형(minor allele) 염기의 존재 여부를 결정하는 것을 특징으로 한다.
본 발명은 류머티즘 환자를 조기 진단하는 동시에 무증상 자가항체군의 발병을 예측할 수 있는 단일염기다형성 마커들을 이용하여 류머티즘에 특이적인 대립유전자형을 분석함으로써 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 할 수 있다.
또한, 본 발명은 정상군, 무증상 자가항체군 및 류머티즘 환자군 사이에서 다양한 후보 단일염기다형성 마커들의 대립유전자형 빈도(minor allele frequency; MAF)를 비교 확인하고, 각 비교군 집단 사이에서 대립유전자형 빈도가 통계학적으로 유의적인 차이를 보이는 단일염기다형성 마커들을 선정한 후 선정된 단일염기다형성 마커들을 이용하여 류머티즘에 특이적인 대립유전자형을 분석하기 때문에, 검사자 및 임상의의 주관적 판단을 배제하면서 객관적으로 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측이 가능한 장점이 있다.
추가로, 본 발명은 류머티즘 각 환자 별 최적치료에 필요한 정보를 제공하고 환자 개개인의 진료지침과 치료방향을 보다 효율적으로 판단할 수 있도록 하는 장점이 있으며, 무증상 자가항체군의 류머티즘 증상으로의 진행 가능성을 예측하는 경우에도 매우 유용하게 응용될 수 있다.
아울러, 본 발명은 전술한 바와 같은 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성 마커와 이를 이용한 류머티즘에 특이적인 대립유전자형 분석방법에 기초하여 류마티스 관절염에 대한 새로운 의료 패러다임의 변화를 선도하고, 류머티즘 질환의 예측 및 예방을 통한 적극적 질환 극복으로 인한 의료비 절감 및 삶의 질 향상에 기여할 수 있다.
도 1a 내지 도 1d는 정상인 집단, 류마티스 관절염 환자 집단 및 무증상 자가항체군 집단의 유전자 시료에 대해 단일염기다형성 분석 및 대립유전자형 분석이 수행된 115개의 후보 단일염기다형성 마커들의 유전정보(SNP rs 넘버, SNP가 존재하는 염색체 번호, SNP 부위 등)를 나타낸다.
도 2는 정상인 집단, 류마티스 관절염 환자 집단 및 무증상 자가항체군 집단의 단일염기다형성 분석을 위해, 오픈 어레이(OpenArray®; Life Technologies, 미국) 기술을 이용하여 대량의 유전자 시료에 대한 115개의 후보 단일염기다형성 마커들에 대한 유전자 분석결과가 도출되는 것을 개략적으로 보여주는 도면이다.
이하, 본 발명의 실시예에 기초하여 보다 상세하게 기술한다. 본 발명의 하기 실시예는 본 발명을 구체화하기 위한 것일 뿐 본 발명의 권리범위를 제한하거나 한정하는 것이 아님은 물론이다. 본 발명의 상세한 설명 및 실시예로부터 본 발명이 속하는 기술분야의 전문가가 용이하게 유추할 수 있는 것은 본 발명의 권리범위에 속하는 것으로 해석된다. 본 발명에 인용된 참고문헌은 본 발명에 참고로서 통합된다.
실시예
실시예 1: 후보 SNP 마커 선정 과정 및 오픈 어레이 기술의 적용
선행 연구결과 외에도 본 발명자들이 직접 수행한 류마티스관절염 후보 유전자 분석, 전장유전체 연관 분석연구(GWAS). 류마티스관절염 면역칩(Immunochip) 연구, 류마티스 관절염 메가 GWAS(Mega GWAS) 연구, 류마티스 관절염 NGS(Next Generation Sequencing) 연구 및 발표된 논문들의 메타 분석(meta-analysis) 등을 통해 류머티즘과 관련이 있는 것으로서 통계학적으로 유의적인 단일염기다형성 마커들을 수백개 발굴하였다.
백여개의 선정된 마커들 각각에 대한 정상인 집단, 류마티스 관절염 환자 집단 및 무증상 자가항체군 집단의 단일염기다형성 분석에 있어서 많은 수의 마커들과 대량의 시료를 동시에 분석하기 위해 오픈 어레이(OpenArray®; Life Technologies, 미국) 기술을 이용하였다.
실시예 2: 115개의 후보 SNP 마커 분석을 위한 오픈 어레이 주문 제작
도 1a 내지 도 1d에는 정상인 집단, 류마티스 관절염 환자 집단 및 무증상 자가항체군 집단의 유전자 시료에 대해 단일염기다형성 분석 및 대립유전자형 분석이 수행되는 115개의 후보 단일염기다형성 마커들의 유전정보(SNP rs 넘버, SNP가 존재하는 염색체 번호, SNP 부위 등)가 도시되어 있다. 이러한 115개의 후보 단일염기다형성 마커들의 유전정보를 오픈 어레이(OpenArray®; Life Technologies, 미국) 의 제조사에 제공하여 오픈 어레이를 주문 제작하였다. 오픈 어레이 제조사로부터, 도 1a 내지 도 1d의 유전정보에 기초하여 각 후보 SNP 마커에 대한 프로브가 집적된 오픈 어레이 플레이트(주문자가 요청한 규격)를 제공받았다.
실시예 3: 각 비교 집단 별 유전자 시료의 준비
다년간 지속적으로 한국인 류마티스관절염 환자의 DNA 시료를 축적하고 임상정보를 체계적으로 데이터베이스화하여 대규모 임상 코호트를 구축한 한양대학교 류마티스 병원으로부터 DNA 시료를 제공받았다. 또한, PCR 증폭을 위해 류마티스관절염 환자의 혈액 샘플로부터 독일 퀴아젠사 (QIAGEN)의 DNeasy blood & tissue kit를 사용하여 DNA를 직접 추출할 수 있다. 그리고, 입수된 시료는 DNA 주형의 농도가 ≥ 25 ng/μL (단, 50 ng/μL 가 이상적임)이 되도록 준비하였다(A260/A280 = 1.7~1.9; A260/A230 ＞ 2.0).
위와 같이 준비된 시료는 류마티스 관절염 환자 230명, 무증상 자가항체군 95명 및 정상인 496명으로부터 입수한 것이며(총 821명의 시료 사용), 입수된 시료의 각 비교 집단 별 특성은 다음과 같다:
류마티스 관절염 환자군: 230명, 97% 여성, 발병나이 45.2세 (표준편차 12.7세), 100% CCP 양성;
무증상 자가항체군: 95명, 93% 여성, 나이 45.1세 (표준편차 11.5세), 43.5% CCP 양성;
대조군(정상인): 496명, 86% 여성, 나이 34.1세 (표준편차 10.1세).
실시예 4: 오픈 어레이 플레이트로의 로딩 및 리얼타임 PCR을 통한 단일염기다형성 분석
실시예 3에서 준비된 각 유전자 시료를 TaqMan® 제노타입핑 마스터 믹스(Genotyping Master Mix)와 섞어 반응 용액 혼합물을 완성한 후(하기 표 1의 조성 참조), 384-웰 플레이트의 각 웰에 분주하였다.
TaqMan® OpenArray® 반응 용액 혼합물 (5㎕)- PCR 증폭 조성
No. 반응 용액 혼합물 조성 부피(㎕)
1 각 유전자 시료(20ng/㎕ 이상으로 농도 보정된 시료) 2.5
2 TaqMan® 제노타입핑 마스터 믹스 2.5
합계 5
또한, 제조사의 매뉴얼에 따라 AccuFill 기기(Life Technologies, 미국)를 이용하여 384-웰 플레이트에 분주된 각 유전자 시료를 실시예 2에서 주문 제작한 오픈 어레이 플레이트의 각 웰로 옮겼다. 주문 제작한 오픈 어레이 포맷에 따라 오픈 어레이 플레이트의 각 웰 당 옮겨지는 반응 용액 혼합물의 부피는 하기 표 2와 같다.
오픈 어레이 플레이트의 각 웰 당 옮겨지는 반응 용액 혼합물 부피
　오픈 어레이 플레이트로 옮겨지는 웰 당 부피(㎕)
　성분 오픈 어레이 포맷 64
(스타터 키트 실험 및 큰 포맷 해당)		 오픈 어레이 포맷 16 오픈 어레이 포맷 32
2X TaqMan® 제노타입핑 마스터 믹스 2.5　 1.5　 2.0　
농도 조정된 gDNA 시료 2.5　 1.5　 2.0　
합계 5.0　 3.0　 4.0　
상기와 같이 제조사의 매뉴얼에 따라 AccuFill 기기를 이용하여 주문 제작된 오픈 어레이 (TaqMan® OpenArray®) 플레이트의 웰에 대해 정상인 집단, 류마티스 관절염 환자 집단 및 무증상 자가항체군 집단의 각 유전자 시료를 로딩하였고, QuantStudio 12K Flex 기기(Life Technologies, 미국)를 이용하여 리얼타임 PCR을 실시하였다. 이때, 주문 제작된 오픈 어레이 플레이트의 각 웰에는 각 유전자 시료와 각 후보 SNP 마커의 위치를 매칭한 엑셀 파일 데이터에 따라 시료가 로딩되어야 한다.
즉, 제조사의 매뉴얼에 따라, 오픈 어레이 (TaqMan® OpenArray®) 플레이트, AccuFill 기기 및 QuantStudio 12K Flex 기기(Life Technologies, 미국)를 이용하여 리얼타임 PCR 증폭을 수행하였는데, 아래의 표 3의 PCR 증폭 조건 하에서 위 기기 제조사 매뉴얼에 따라 리얼타임 PCR 증폭을 수행하였다. 한편, PCR 증폭 반응 혼합물 조성 중 TaqMan® 제노타입핑 마스터 믹스(Genotyping Master Mix)는 예를 들어, PCR 버퍼, dNTP, DNA 폴리머라아제, 유니버설 프라이머(제조사 제공) 등으로 이루어진 것이다(Life Technologies, 미국).
리얼타임 PCR 증폭 조건 (TaqMan® OpenArray® PCR 조건)
No.
 단계
 온도
 시간
 사이클
1
 활성화(Activation)
 50℃
 2분
2
 사전 변성
 95℃
 10분
3
 변성 95℃
 15초
 40 사이클
4
 어닐링
 60℃ 60초
상기와 같은 조성과 조건 하에서 리얼타임 PCR을 수행한 결과, 리얼타임 PCR 장비에 제공되는 제노타이퍼 프로그램(Genotyper program)을 이용하여 원시 데이터를 산출하였고, 해당 프로그램에 의해 데이터 시트를 엑설 파일 형태로 변환하여 결과를 얻었다(도 2 참조). 도 2에는 오픈 어레이(OpenArray®; Life Technologies, 미국) 기술을 이용하여 대량의 유전자 시료에 대한 115개의 후보 단일염기다형성 마커들에 대한 유전자 분석결과가 도출되는 것이 개략적으로 도시되어 있으며, 이러한 분석 결과 데이터에 입각하여 정상인 집단, 류마티스 관절염 환자 집단 및 무증상 자가항체군 집단의 단일염기다형성 분석을 수행할 수 있다.
따라서, 본 발명에서는 오픈 어레이(OpenArray®; Life Technologies, 미국) 기술을 이용함으로써 정상인 집단, 류마티스 관절염 환자 집단 및 무증상 자가항체군 집단의 단일염기다형성 분석에 있어서 대량의 시료에 대한 대량의 단일염기다형성 데이터의 획득과 분석이 가능한 장점이 있다.
실시예 5: 각 유전자 시료 별 SNP 마커 분석 결과
실시예 4에서 얻어진 정상인 집단, 류마티스 관절염 환자 집단 및 무증상 자가항체군 집단에 대한 SNP 데이터를 기초로, 결과 분석을 수행하여 통계학적으로 유의적인 단일염기다형성 마커를 선정하였다.
이를 위해 실시예 4에서 얻어진 결과 데이터들에 대해 퀄러티 콘트롤(qaulity control)[SNP 당 콜 레이트(SNP call rate)> 90%, 콘트롤 HWE(Hardy Weinberg equilibrium) p 밸류 >10-5, 개인 당 콜 레이트(individual call rate) > 80%]을 수행하여 무의미한 SNP 마커들을 1차적으로 걸러내어 추후 수행되는 통계학적 분석의 질과 신뢰도를 높인 후, 아래의 표 4에 도시된 바와 같은 류마티스 관절염 환자 230명, 무증상 자가항체군 95명 및 정상인 496명의 비교 집단 별로 PLINK를 이용한 연관성 분석을 수행하였다(Purcell S, Neale B, Todd-Brown K, et al. PLINK: a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses. Am J Hum Genet 2007;81:559-75 참조).
케이스(Case) 대조군
RA(류마티스관절염) VS 대조군(정상인) 230 496
SPAR(무증상 자가항체군) VS 대조군(정상인) 95 496
RA(류마티스관절염) VS SPAR(무증상 자가항체군) 230 95
즉, 류마티스 관절염 환자군과 정상인 집단 사이, 무증상 자가항체군과 정상인 집단 사이, 그리고 류마티스 관절염 환자군과 무증상 자가항체군 집단 사이에서 케이스와 대조군 사이의 단일염기다형성 데이터를 비교 분석하였다. 비교 집단 별로 나눈 케이스와 대조군에서 115개의 후보 단일염기다형성 마커들의 대립유전자형 빈도(minor allele frequency; MAF)를 비교 확인하였고, 비교 집단 내의 케이스와 대조군 사이에서 대립유전자형(minor allele) 빈도가 통계학적으로 유의적인 차이를 보이는 단일염기다형성 마커들을 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성 마커들로 선정하였다. 그 결과는 하기 표 5 내지 표 7에 도시된 바와 같다.
류마티스 관절염 환자군 230명(케이스)과 정상인 496명(대조군)에 대한 비교 분석결과로부터 확인된 19개의 진단 및 예측용 단일염기다형성 마커 (p<0.05)
SNP 염색체
번호 		BP
(Base Position)		 대립유전자형 (minor allele) 케이스
MAF 		대조군
MAF 		OR P
rs773125 12 56394954 G 0.1313 0.2331 0.51 2.96E-05
rs7752903 6 138227364 G 0.0895 0.0425 2.16 6.60E-04
rs72100402
(rs3830639) 		7 128615714 C 0.0891 0.0423 2.16 6.65E-04
rs11123816 2 100783653 T 0.1087 0.0607 1.93 1.40E-03
rs1571878 6 167540842 C 0.5328 0.4414 1.44 1.44E-03
rs11889341 2 191943742 T 0.3531 0.2834 1.39 7.36E-03
rs3087243 2 204738919 A 0.1239 0.1798 0.65 8.91E-03
rs61117627 6 138243700 A 0.0546 0.0274 2.12 9.79E-03
rs147285202 19 54554694 C 0.0157 0.0011 15.23 1.11E-02
rs212389 6 159489791 G 0.0544 0.0919 0.55 1.28E-02
rs2317230 1 157674997 T 0.4491 0.3806 1.34 1.30E-02
rs58721818 6 138243739 T 0.0553 0.0294 1.94 1.85E-02
rs74984480 6 14103212 T 0.1786 0.1333 1.42 2.50E-02
rs2301888 1 17672730 C 0.4389 0.3790 1.28 3.15E-02
rs6479800 10 64036881 C 0.1238 0.0870 1.50 3.41E-02
rs2236323 1 117297784 C 0.3976 0.4588 0.78 3.82E-02
rs59716545 17 38031857 T 0.2652 0.3165 0.77 4.17E-02
rs2485363 6 159506121 G 0.0804 0.0525 1.58 4.18E-02
rs909685 22 39747671 T 0.1256 0.1680 0.72 4.21E-02
무증상 자가항체군 95명(케이스)과 정상인 496명(대조군)에 대한 분석결과로부터 확인된 2개의 진단 및 예측용 단일염기다형성 마커 (p<0.05)
SNP 염색체
번호		 BP
(Base Position) 		대립유전자형 (minor allele) 케이스
MAF 		대조군
MAF 		OR P
rs2105325 1 173349725 A 0.0160 0.0700 0.20 7.93E-03
rs678347 8 102463602 A 0.2581 0.1872 1.50 2.98E-02
류마티스 관절염 환자군 230명(케이스)과 무증상 자가항체군 95명(대조군)에 대한 분석결과로부터 확인된 7개의 진단 및 예측용 단일염기다형성 마커 (p<0.05)
SNP 염색체
번호		 BP
(Base Position) 		대립유전자형 (minor allele) 케이스
MAF 		대조군
MAF 		OR P
rs1571878 6 167540842 C 0.5328 0.4105 1.69 4.05E-03
rs212389 6 159489791 G 0.0543 0.1105 0.45 1.17E-02
rs6732565 2 111607832 G 0.3712 0.4681 0.65 1.87E-02
rs2105325 1 173349725 A 0.0611 0.0159 4.22 2.05E-02
rs2317230 1 157674997 T 0.4491 0.3617 1.52 3.08E-02
rs2451258 6 159506600 C 0.0219 0.0526 0.39 4.29E-02
rs773125 12 56394954 G 0.1313 0.2000 0.64 4.41E-02
이상과 같이, 본 발명은 정상군, 무증상 자가항체군 및 류머티즘 환자군 사이에서 다양한 후보 단일염기다형성 마커들의 대립유전자형 빈도(minor allele frequency; MAF)를 비교 확인한 다음에, 이들 비교 집단 사이에서 대립유전자형 빈도가 통계학적으로 유의적인 차이를 보이는 단일염기다형성 마커들을 선정한 후 선정된 류머티즘 진단 및 예측용 단일염기다형성 마커들을 이용하여 류머티즘에 특이적인 대립유전자형을 분석하기 때문에, 검사자 및 임상의의 주관적 판단을 배제하면서 객관적으로 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측이 가능한 장점이 있다.
따라서, 본 발명은 류머티즘 각 환자 별 최적치료에 필요한 정보를 제공하고 환자 개개인의 진료지침과 치료방향을 보다 효율적으로 판단할 수 있도록 하는 장점이 있으며, 무증상 자가항체군의 류머티즘 증상으로의 진행 가능성을 예측하는 경우에도 매우 유용하게 응용될 수 있다.
이상 본 발명을 상기 실시예를 들어 설명하였으나, 본 발명은 이에 제한되는 것이 아니다. 당업자라면 본 발명의 취지 및 범위를 벗어나지 않고 수정, 변경을 할 수 있으며 이러한 수정과 변경 또한 본 발명에 속하는 것임을 알 수 있을 것이다.

Claims (8)

  1. 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성(SNP) 마커로서,
    rs773125 SNP 유전자 마커, rs7752903 SNP 유전자 마커, rs72100402 SNP 유전자 마커, rs11123816 SNP 유전자 마커, rs1571878 SNP 유전자 마커, rs11889341 SNP 유전자 마커, rs3087243 SNP 유전자 마커, rs61117627 SNP 유전자 마커, rs147285202 SNP 유전자 마커, rs212389 SNP 유전자 마커, rs2317230 SNP 유전자 마커, rs58721818 SNP 유전자 마커, rs74984480 SNP 유전자 마커, rs2301888 SNP 유전자 마커, rs6479800 SNP 유전자 마커, rs2236323 SNP 유전자 마커, rs59716545 SNP 유전자 마커, rs2485363 SNP 유전자 마커, 및 rs909685 SNP 유전자 마커로 구성된 군으로부터 선택된 적어도 하나의 SNP 유전자 마커인 것을 특징으로 하는 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성 마커.
  2. 제1항에 있어서,
    rs773125 SNP 유전자 마커는 56394954번째 염기 위치에서 염기 G의 대립유전자형을 나타내고, rs7752903 SNP 유전자 마커는 138227364번째 염기 위치에서 염기 G의 대립유전자형을 나타내며, rs72100402 SNP 유전자 마커는 128615714번째 염기 위치에서 염기 C의 대립유전자형을 나타내고, rs11123816 SNP 유전자 마커는 100783653번째 염기 위치에서 염기 T의 대립유전자형을 나타내며, rs1571878 SNP 유전자 마커는 167540842번째 염기 위치에서 염기 C의 대립유전자형을 나타내고, rs11889341 SNP 유전자 마커는 191943742번째 염기 위치에서 염기 T의 대립유전자형을 나타내며, rs3087243 SNP 유전자 마커는 204738919번째 염기 위치에서 염기 A의 대립유전자형을 나타내고, rs61117627 SNP 유전자 마커는 138243700번째 염기 위치에서 염기 A의 대립유전자형을 나타내며, rs147285202 SNP 유전자 마커는 54554694번째 염기 위치에서 염기 C의 대립유전자형을 나타내고, rs212389 SNP 유전자 마커는 159489791번째 염기 위치에서 염기 G의 대립유전자형을 나타내며, rs2317230 SNP 유전자 마커는 157674997번째 염기 위치에서 염기 T의 대립유전자형을 나타내고, rs58721818 SNP 유전자 마커는 138243739번째 염기 위치에서 염기 T의 대립유전자형을 나타내며, rs74984480 SNP 유전자 마커는 14103212번째 염기 위치에서 염기 T의 대립유전자형을 나타내고, rs2301888 SNP 유전자 마커는 17672730번째 염기 위치에서 염기 C의 대립유전자형을 나타내며, rs6479800 SNP 유전자 마커는 64036881번째 염기 위치에서 염기 C의 대립유전자형을 나타내고, rs2236323 SNP 유전자 마커는 117297784번째 염기 위치에서 염기 C의 대립유전자형을 나타내며, rs59716545 SNP 유전자 마커는 38031857번째 염기 위치에서 염기 T의 대립유전자형을 나타내고, rs2485363 SNP 유전자 마커는 159506121번째 염기 위치에서 염기 G의 대립유전자형을 나타내며, rs909685 SNP 유전자 마커는 39747671번째 염기 위치에서 염기 T의 대립유전자형을 나타내는 것을 특징으로 하는 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성 마커.
  3. 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성(SNP) 마커로서,
    rs2105325 SNP 유전자 마커와, rs678347 SNP 유전자 마커로 구성된 군으로부터 선택된 적어도 하나의 SNP 유전자 마커인 것을 특징으로 하는 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성 마커.
  4. 제3항에 있어서,
    rs2105325 SNP 유전자 마커는 173349725번째 염기 위치에서 염기 A의 대립유전자형을 나타내고, rs678347 SNP 유전자 마커는 102463602번째 염기 위치에서 염기 A의 대립유전자형을 나타내는 것을 특징으로 하는 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성 마커.
  5. 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성(SNP) 마커로서,
    rs1571878 SNP 유전자 마커, rs212389 SNP 유전자 마커, rs6732565 SNP 유전자 마커, rs2105325 SNP 유전자 마커, rs2317230 SNP 유전자 마커, rs2451258 SNP 유전자 마커, 및 rs773125 SNP 유전자 마커로 구성된 군으로부터 선택된 적어도 하나의 SNP 유전자 마커인 것을 특징으로 하는 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성 마커.
  6. 제5항에 있어서,
    rs1571878 SNP 유전자 마커는 167540842번째 염기 위치에서 염기 C의 대립유전자형을 나타내고, rs212389 SNP 유전자 마커는 159489791번째 염기 위치에서 염기 G의 대립유전자형을 나타내며, rs6732565 SNP 유전자 마커는 111607832번째 염기 위치에서 염기 G의 대립유전자형을 나타내고, rs2105325 SNP 유전자 마커는 173349725번째 염기 위치에서 염기 A의 대립유전자형을 나타내며, rs2317230 SNP 유전자 마커는 157674997번째 염기 위치에서 염기 T의 대립유전자형을 나타내고, rs2451258 SNP 유전자 마커는 159506600번째 염기 위치에서 염기 C의 대립유전자형을 나타내며, rs773125 SNP 유전자 마커는 56394954번째 염기 위치에서 염기 G의 대립유전자형을 나타내는 것을 특징으로 하는 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성 마커.
  7. (a) 피검자의 유전자 시료로부터 청구항 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 정의된 류머티즘의 조기 진단 및 발병 예측을 위한 단일염기다형성 마커를 증폭시키는 단계와,
    (b) 상기 마커의 단일염기다형성 부위의 유전자형을 분석하는 단계를 포함하는 류머티즘에 특이적인 대립유전자형 분석방법.
  8. 제7항에 있어서,
    상기 (b) 단계에서는 상기 단일염기다형성 부위에서 발생 빈도가 낮은 대립유전자형(minor allele) 염기의 존재 여부를 결정하는 것을 특징으로 하는 류머티즘에 특이적인 대립유전자형 분석방법.
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KR20190088037A (ko) * 2019-07-16 2019-07-25 한국과학기술원 류마티스관절염 예후 예측용 snp 마커 세트

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