KR20150073121A - 생물학적 모델을 설계하기 위한 컴퓨터-구현된 방법 - Google Patents

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Abstract

생물학적 모델을 설계하기 위한 컴퓨터-구현된 방법
- 생물학적 모델들의 셋트를 제공하는 단계 (1) 로서, 각각의 생물학적 모델은 복수의 엘리먼트들 및 그 엘리먼트들 사이의 상호작용들을 포함하는, 상기 생물학적 모델들의 셋트를 제공하는 단계 (1);
- 동일한 것으로서 식별된 엘리먼트들의 그룹들을 제공하는 단계 (2) 로서, 각각의 엘리먼트는 연관된 생물학적 모델을 갖는, 상기 동일한 것으로서 식별된 엘리먼트들의 그룹들을 제공하는 단계 (2);
- 엘리먼트들의 그룹핑을 정정하기 위해 엘리먼트를 제 1 그룹으로부터 제 2 그룹으로 이동시키는 단계 (3);
- 양 그룹들을 업데이트하는 단계 (4); 및
- 업데이트된 그룹들에 따라 생물학적 모델들의 셋트를 결합함으로써 결합된 모델을 생성하는 단계 (5) 를 포함하는, 생물학적 모델을 설계하기 위한 컴퓨터-구현된 방법.

Description

생물학적 모델을 설계하기 위한 컴퓨터-구현된 방법{A COMPUTER-IMPLEMENTED METHOD FOR DESIGNING A BIOLOGICAL MODEL}
본 발명은 컴퓨터 프로그램들 및 시스템들의 분야에 관한 것이고, 보다 구체적으로는, 생물학적 모델들을 병합 또는 구성하는 분야에 관한 것이다. 생물학적 모델들은 분자들 (또는 엔티티들 또는 엘리먼트들) 및 그들 사이의 상호작용들을 나타냄으로써 몇몇 생물학적 현상을 기술한다.
이러한 시스템들은, 전반적인 동적 및 예측적 비전 (vision) 을 제안하기 위해 모델들을 분석하고, 모델들을 설계하고, 또는 복잡한 정상적인 (normal) 및 병적인 (pathological) 생체 시스템들의 출현 특성들을 시뮬레이션 및 이해하는 것을 목적으로 한다.
병합 프로세스 (merging process) 는 입력 모델들로부터의 어떤 엔티티들 (entities) 이 출력 모델에서 그룹핑되어야 하는지를 선택하는 것으로 이루어진다.
도 1, 도 2, 및 도 3 은 출력 모델 AB (도 3) 를 전달하기 위한 모델들 A (도 1) 및 B (도 2) 의 구성을 나타낸다. 이 예에서, 공통 엔티티들은 Mp 및 P0 로 지정된다. 이들 도들에서, 정사각형들은 엔티티들 간의 상호작용들을 나타낸다. 출력 모델 AB 는 어느 엔티티들이 A 및 B 모델들 양자 모두에서 식별될 것으로 추정되는지에 의존한다.
이 일련의 선택들 (choices) 은 다양한 이유들 (동일한 생물학적 현상은 상이한 모델링을 가질 수도 있고, 모델들은 상이한 명명 규칙들로 상이한 사람들에 의해 만들어졌을 수도 있는 등등) 로 인해 중대한 프로세스이다. 이들 선택들을 실시하는 것을 돕기 위해, 분자 명칭들, 주석들 또는 그래프 토폴로지 (topology) 와 같이 많은 기준들이 이용될 수 있다.
주석들은, 대부분 텍스트 형식을 이용하여 모델에 비구조적 정보를 부가하는, 모델 엘리먼트들에 부착된 추가적인 데이터이다. 예를 들어, 주석들은 공용 데이터베이스들에 참조들을 부가하기 위해 이용될 수 있다. 이러한 데이터베이스들은 생물 정보학 분야에서 매우 흔하게 사용된다.
상표 Uniprot 하에 제공되는 데이터베이스는 크고 널리 이용되는 단백질 데이터베이스의 예이다. 각각의 데이터베이스는 그 자신의 고유한 식별자 신택스 (syntax) 를 갖는다. 예를 들어, 모델의 단백질은 주석 "uniprot:P38731" 을 가질 수 있을 것이다. 식별자 "P38731" 은 Uniprot 특정적인 것이고, Uniprot 데이터베이스 http://www.uniprot.org/uniprot/P38731 ("Siderophore iron transporter ARN1") 에서의 오브젝트 (object) 를 가리킨다. 이들 주석들이 어떤 일치성-체크 없이 사용자에 의해 부가됨에 따라, 그들은 수많은 에러들을 포함할 수도 있다. 더욱이, 몇몇 복제들 (clones) 또는 모호성들이 공용 데이터베이스들에 존재한다. 이들 2 가지 포인트들은 왜 충분하게 주석된 모델들에서도 병합이 간단한 프로세스가 아닌지를 설명한다.
병합 프로세스는 수동적일 수도 있고 또는 알고리즘들에 의해 자동화될 수도 있으며, 자동화의 경우에는 결과는 에러들을 포함할 수도 있고, 그 결과, 수동적 해결을 필요로한다.
본 발명은 사용자가 이 병합 프로세스를 살피는 것을 허용하고, 사용자가 제안된 결과를 정정하는 것을 허용한다.
시스템 생물학 병합 영역에서 알려진 진보적 툴 (tool) 은 상표 SemanticSBML 로 알려진 소프트웨어이고, 이것은 사용자가, 상표 BioModels 저장소 하에 제공된 모델들 데이터베이스로부터의 또는 사용자 하드 드라이브로부터의 중 어느 일방으로부터의 생물학적 모델들을 선택하는 것을 허용고, 그들을 결합하는 것을 허용하는 온라인 툴이다. 동작의 목적은 단일 출력 모델을 생성하는 것이다.
병합 사용자 인터페이스는 도 4 에 나타난 바와 같이 테이블로서 표현되고, 각 칼럼은 모델을 나타낸다. 각 라인은 출력 모델의 엘리먼트를 나타낸다. 라인이 오직 하나의 입력 모델에 대해 채워지는 경우, 그것은 엘리먼트가 출력 모델로 단순히 복사된다는 것을 의미한다 (예를 들어, 스크린샷 상의 Ach). 수개의 칼럼들이 동일한 라인들에 대해 채워지는 경우, 그것은 입력 모델들 엔티티들의 이 그룹이 출력 모델에서 단일 엔티티 또는 엘리먼트로 이끌 것이라는 것을 의미한다 (예를 들어, 스크린샷 상에서, 모델 1 로부터의 BasalACh2 및 모델 2 로부터의 BasalACh2 가 결합될 것이다).
각 라인에 대해, 사용자는 체크박스를 이용하여 그룹을 유지하거나 거부하는 것 중 어느 일방을 선택할 수도 있다. 애플리케이션은 또한 사용자가 병합 그룹을 취소하고, 입력 모델들로부터 오는 미리선택된 엘리먼트들로부터 새로운 그룹을 형성하는 것을 허용한다.
종래의 솔루션 (solution) 으로는, 구현된 방법의 수많은 단계들에 대응하는, 사용자로부터의 수많은 상호작용들을 수반하지 않고 엘리먼트를 병합 그룹으로부터 다른 것으로 변환하는 것이 가능하지 않다. 예를 들어, 엘리먼트 A 가 사전에 존재하는 병합 그룹 {B, C, D} 에 부가될 필요가 있는 경우, 사용자는:
- 그룹 {B, C, D} 을 분해,
- A 를, 그 다음에 B 를, 그 다음에 C 를, 그 다음에 D 를 선택,
- "match selected (선택된 것을 매치)" 명령을 클릭
하여야만 한다.
단순한 동작을 행하기 위해 필요한 상호작용들의 수는 애플리케이션의 유용성 및 생산성에 대한 중대한 결점이다.
SemanticSBML 로 이루어진 이러한 동작의 예는 도 5 내지 도 10 에 제시된다. 도 5 에서, 제 1 모델의 엘리먼트 EGF 는 제 2 모델의 엘리먼트 EGFR 과 연관되고, 제 1 모델의 엘리먼트 EGFR 은 제 2 모델의 엘리먼트 EGF 와 연관된다. 잘못을 정정하기 위해, 여덟번의 클릭들 (clicks) 이 필요하다 (클릭은 점선 원에 의해 표시된다):
- 제 1 그룹 "EGF/EGFR" 을 분해하기 위한 한번의 클릭;
- 제 2 그룹 "EGFR/EGF" 을 분해하기 위한 한번의 클릭;
- 각 모델로부터 EGF 를 선택하기 위한 2 번의 클릭, 그 다음, 그것들로 새로운 그룹을 형성하기 위한 한번의 클릭 ("match selected");
- 각 모델로부터 EGFR 을 선택하기 위한 2 번의 클릭; 및
- 그것들로 새로운 그룹을 형성하기 위한 한번의 클릭 ("match selected").
본 발명의 목적은 상기 언급된 문제들을 극복하기 위한, 그리고 특히 드래그-앤드-드롭 동작들을 대폭 제한하기 위한 컴퓨터-구현된 방법 및 시스템을 제공하는 것이다.
본 발명의 일 양태에 따라,
- 생물학적 모델들의 셋트를 제공하는 단계로서, 각각의 생물학적 모델은 복수의 엘리먼트들 및 그 엘리먼트들 사이의 상호작용들을 포함하는, 상기 생물학적 모델들의 셋트를 제공하는 단계;
- 동일한 것으로서 식별된 엘리먼트들의 그룹들을 제공하는 단계로서, 각각의 엘리먼트는 연관된 생물학적 모델을 갖는, 상기 동일한 것으로서 식별된 엘리먼트들의 그룹들을 제공하는 단계;
- 엘리먼트들의 그룹핑 (grouping) 을 정정하기 위해 엘리먼트를 제 1 그룹으로부터 제 2 그룹으로 이동시키는 단계;
- 양 그룹들을 업데이트하는 단계; 및
- 업데이트된 그룹들에 따라 생물학적 모델들의 셋트를 결합함으로써 결합된 모델을 생성하는 단계를 포함하는, 생물학적 모델을 설계하기 위한 컴퓨터-구현된 방법이 제안된다.
이러한 방법은 사용자로 하여금, 생물학적 모델들의 병합을 단순화하고, 제공된 엘리먼트들의 그룹들을 정정하기 위해 필요한 동작의 수를 제한하는 것을 허용한다. 본 방법은 보다 생산적이고 사용하기 쉽다.
이러한 단일의 이동 상호작용은, 특정 "그룹화되지 않은 엘리먼트들" 그룹의 및 이용가능한 빈 그룹들의 존재에 추가하여, 사용자 상호작용들의 수를 제한하면서 병합 조합들의 전체 셋트를 표현하는 능력을 사용자에게 제공한다.
일 실시형태에 따르면, 동일한 것으로서 식별된 엘리먼트들의 그룹들을 제공하는 단계는, 생물학적 모델들에 부착된 주석들 (annotations) 을 이용한다.
주석들의 사용은 병합 제안들의 리스트를 프로세스하기 위한 식별 단서들을 제공한다.
일 실시형태에 따르면, 생물학적 모델들의 셋트를 제공하는 단계는, 적어도 하나의 외부 데이터베이스를 이용한다.
데이터베이스들에 액세스하는 것은, 제한된 수의 생물학적 모델들로, 그리고 그들이 이들 데이터베이스들 내에 놓이자 마자, 액세스 데이터베이스들을 이용하는 것을 허용한다.
일 실시형태에 따르면, 대응하는 병합 제안의 수락의 경우에, 공통 주석으로, 공통 엘리먼트 주위의 생물학적 모델들을 부분적으로 나타내는 단계를 포함한다.
그러면, 사용자가 현재 처리하고 있는 엘리먼트에 대응하는 결합된 모델의 부분을 시각화하고 엘리먼트의 이웃들 (neighborhoods) 에 대한 병합의 결과를 이해하는 것이 가능하다.
일 실시형태에 따르면, 엘리먼트들의 그룹핑을 정정하기 위해 엘리먼트를 제 1 그룹으로부터 제 2 그룹으로 이동시키는 단계는, 비어있지 않을 때 제 1 그룹 또는 제 2 그룹의 파괴의 중간 단계를 회피한다.
이러한 방법은 효율을 증가시키고, 컴퓨터에 의한 프로세싱의 시간을 제한한다.
일 실시형태에 따르면, 엘리먼트들의 그룹핑을 정정하기 위해 엘리먼트를 제 1 그룹으로부터 제 2 그룹으로 이동시키는 단계는, 드래그 앤드 드롭 (drag and drop) 기법에 의해 수행된다.
따라서, 그것은 이 단계를 수행하기 위한 쉬운 방법이다.
일 실시형태에 따르면, 엘리먼트들의 그룹핑을 정정하기 위해 엘리먼트를 제 1 그룹으로부터 제 2 그룹으로 이동시키는 단계는, 임시의 비어있는 그룹을 생성하는 단계를 포함한다.
따라서, 그것은 동일한 종류의 사용자 상호작용을 이용하여, 새로운 그룹의 생성을 수행하는 쉬운 방법이다.
일 실시형태에 따르면, 방법은, 예를 들어, 체크 박스 또는 팁 박스를 이용한, 그룹의 활성화/비활성화의 단계를 포함한다.
일 실시형태에 따르면, 그룹 내에서, 엘리먼트들은 전용 컬러, 아이콘, 또는 패턴과 같은 각각의 표상 (representation) 에 의해 구별가능하다.
본 발명의 다른 양태에 따라, 컴퓨터 시스템으로 하여금, 상기 설명된 생물학적 모델을 설계하기 위한 방법을 수행하게 하기 위한 컴퓨터-실행가능 명령들을 갖는 컴퓨터-판독가능 매체가 제안된다.
본 발명의 다른 양태에 따라, 시스템으로 하여금 상기 설명된 단계들을 실행하게 하기 위한 코드 수단을 포함하는, 생물학적 모델을 설계하기 위한, 컴퓨터 판독가능 매체에 저장된, 컴퓨터 프로그램 제품이 제안된다.
본 발명의 다른 양태에 따라, 상기 설명된 방법의 단계들을 구현하는 수단을 포함하는 생물학적 모델을 설계하기 위한 장치가 제안된다.
본 발명은 첨부 도면들에 의해 도시되고 비제한적 예들의 방식으로 설명된 몇몇 실시형태들의 연구로 더 잘 이해될 것이다.
- 도 1 내지 도 10 은 생물학적 모델들을 결합 또는 병합하기 위한 종래 기술을 나타낸다.
- 도 11 내지 도 26 은, 본 발명의 일 양태에 따른, 생물학적 모델을 설계하는 컴퓨터-구현된 방법의 예를 나타낸다.
- 도 27 은 본 발명이 구현될 수도 있는 컴퓨터 네트워크 또는 유사한 디지털 프로세싱 환경을 나타낸다.
- 도 28 은 컴퓨터의 내부 구조의 다이어그램을 나타낸다.
다음의 모습들은 본 발명의 기능을 보다 자세히 설명한다.
결합된 모델을 구성하기 위해 사용자에 의해 생물학적 모델들의 선택 후에, 이들 모델들로부터의 엘리먼트들은 부분적 뷰 (view) 를 이용하여 디스플레이된다. 도 11 에서, 각 엘리먼트는 그것의 명칭 및, 예를 들어, 엘리먼트의 원래 모델을 나타내는 특정 채움을 갖는 작은 직사각형에서의 패턴에 의해 표현된다.
상이한 모델 엘리먼트들이 그룹핑되는 것으로서 디스플레이되는 경우, 그것은 그들이 함께 병합될 가능성이 크다는 것을 의미한다. 이러한 그룹은 "병합 그룹 (merging group)" 으로 명명된다. 도 11 은 하나의 병합 그룹을 나타낸다.
병합 그룹은 또한 체크박스를 포함한다. 사용자는, 그가 병합 제안을 고려하기를 원하는 경우 그것을 체크할 수 있고, 또는, 그가 그것을 무시하기를 원하는 경우 그것을 체크해제할 수 있다.
도 12 에 도시된 예에 대해서 말하자면, 병합 프로세스가 오직 수동적인 경우에, 엘리먼트들의 총 수만큼 많은 병합 그룹들을 갖는 초기 리스트가 사용자에게 디스플레이되고, 각 그룹은 하나의 모델 엘리먼트를 포함한다. 도 13 에 도시된 예에 대해서 말하자면, 병합 알고리즘이 제공되는 경우, 리스트의 초기화는 알고리즘 결과로부터 나온다.
본 방법의 특정 문자는 병합 제안 리스트를 수정하는 방식에 관한 것이다. 도 14, 도 15, 및 도 16 은 병합 프로세스의 임의적 단계를 나타낸다. 본 예에서, 7 개의 병합 그룹들이 초기에 표시된다.
사용자는 단일 원자 상호작용을 이용하여 병합 그룹의 현재 상태를 충분한 표현성으로 변경할 수 있다. 이 상호작용은 드래그 앤드 드롭에 의해 구현될 수 있다.
예에서, 사용자는 제 5 병합 그룹으로부터 엘리먼트 "sag" 엘리먼트를 드래그하여 그것을 제 4 그룹에 드롭한다. 그 결과, 엘리먼트 "sag" 는 그러면 제 4 병합 그룹의 엘리먼트 "SAG" 와 함께 식별된다.
방법의 특별한 경우는 새로운 병합 그룹의 생성이다. 도 17, 도 18, 및 도 19 에 도시된 예에서, 사용자는 마지막 병합 그룹으로부터 GSK3B 를 제거한다.
병합 프로세스에서 사용자를 돕기 위해, 선택된 병합 그룹에 기초하여 상황적 뷰 (contextual view) 가 제공된다. 이 상황적 뷰는 각각의 원래 모델에서의 엘리먼트의 2-레벨 이웃 (Wnt, Complex Wnt-Frzzl) 에 의해 완료된, 단일 노드로 표현된 병합 그룹의 모든 엘리먼트들 (Frizzled) 로 이루어진다. 상기와 동일한 범례가 각각의 표현된 노드의 원래 모델을 나타내기 위해 사용된다. 특정 범례가 "병합 그룹 노드" 에 대해 사용된다 (여기서, 체크된 패턴).
도 20 및 도 21 에서, 엘리먼트 Frizzled 는 파동 (wave) 모델로부터 선택되고, 그것의 이웃들 (neighbors) (Wnt, Complex Wnt-Frzzl) 은 오른 쪽에 표시된다. "re38" 은 Frizzled, Wnt 및 Complex Wnt-Frzzl 사이의 상호작용을 나타내고, Wnt 와 Frizzled 사이의 반응은 "Complex Wnt-Frzzl" 을 제공한다.
도 22 및 도 23 에서, 엘리먼트 Frzzl 은 줄무늬 모델로부터 선택되고, 그것의 이웃들 (Wnt, Complex_br_(Wnt-Frzzled)) 은 우측에 표시된다. "r1" 은 Frzzl, Wnt 및 complex 사이의 상호작용을 나타낸다.
도 24 및 도 25 에서, "Frizzled - Frzzl" 병합 그룹이 선택되고, 양 Frizzled 및 Frzzl 의 이웃들은 우측에 그들이 어느 모델로부터 온 것인지를 이해하기 위한 범례와 함께 표시된다.
마지막 결합된 모델 종단 이전 조작들은, 결합된 모델의 사이즈가 특허 출원 도면에 매우 중요하기 때문에 도면에 나타나지 않는다.
도 26 은,
- 생물학적 모델들의 셋트를 제공하는 단계 (1) 로서, 각각의 생물학적 모델은 복수의 엘리먼트들 및 그 엘리먼트들 사이의 상호작용들을 포함하는, 상기 생물학적 모델들의 셋트를 제공하는 단계 (1);
- 동일한 것으로서 식별된 엘리먼트들의 그룹들을 제공하는 단계 (2) 로서, 각각의 엘리먼트는 연관된 생물학적 모델을 갖는, 상기 동일한 것으로서 식별된 엘리먼트들의 그룹들을 제공하는 단계 (2);
- 엘리먼트들의 그룹핑을 정정하기 위해 엘리먼트를 제 1 그룹으로부터 제 2 그룹으로 이동시키는 단계 (3);
- 양 그룹들을 업데이트하는 단계 (4); 및
- 업데이트된 그룹들에 따라 생물학적 모델들의 셋트를 결합함으로써 결합된 모델을 생성하는 단계 (5) 를 포함하는, 생물학적 모델을 설계하기 위한 본 발명의 일 양태에 따른 컴퓨터-구현된 방법의 단계들을 나타낸다.
도 27 은 본 발명이 구현되는 컴퓨터 네트워크 또는 유사한 디지털 프로세싱 환경을 나타낸다.
클라이언트 컴퓨터(들)/디바이스들 (CL) 및 서버 컴퓨터(들) (SV) 은 애플리케이션 프로그램들 등을 실행하는 프로세싱, 저장, 및 입력/출력 디바이스들을 제공한다. 클라이언트 컴퓨터(들)/디바이스들 (CL) 은 또한, 다른 클라이언트 디바이스들/프로세스들 (CL) 및 서버 컴퓨터(들) (SV) 을 포함하는, 다른 컴퓨팅 디바이스들에 통신 네트워크 (CNET) 를 통해 링크될 수 있다. 통신 네트워크 (70) 는 원격 액세스 네트워크, 글로벌 네트워크 (예를 들어, 인터넷), 컴퓨터들의 전세계적 집합, 로컬 영역 또는 광역 네트워크들, 및 현재 서로 통신하기 위해 각각의 프로토콜들 (TCP/IP, Bluetooth 등) 을 이용하는 게이트웨이들의 일부일 수 있다. 다른 전자 디바이스/컴퓨터 네트워크 아키텍처들이 적합하다.
도 28 은 도 26 의 컴퓨터 시스템에서의 컴퓨터 (예를 들어, 클라이언트 프로세서/디바이스 (CL) 또는 서버 컴퓨터들 (SV)) 의 내부 구조의 다이어그램이다. 각각의 컴퓨터 (CL, SV) 는 시스템 버스 (SB) 를 포함하고, 여기서, 버스는 컴퓨터 또는 프로세싱 시스템의 컴포넌트들 사이의 데이터 전송을 위해 사용되는 하드웨어 라인들의 셋트이다. 버스 (SB) 는 본질적으로, 엘리먼트들 사이의 정보의 전송을 가능하게 하는 컴퓨터 시스템의 상이한 엘리먼트들 (예를 들어, 프로세서, 디스크 스토리지, 메모리, 입력/출력 포트들, 네트워크 포트들 등) 을 연결하는 공유된 전선관이다.
시스템 버스 (SB) 에 부착된 것은 컴퓨터 (CL, SV) 에 다양한 입력 및 출력 디바이스들 (예를 들어, 키보드, 마우스, 디스플레이들, 프린터들, 스피커들 등) 을 연결하기 위한 I/O 디바이스 인터페이스 (DI) 이다. 네트워크 인터페이스 (NI) 는 컴퓨터가, 네트워크 (예를 들어, 도 27 의 네트워크 (CNET)) 에 부착된 다양한 다른 디바이스들에 접속하는 것을 허용한다.
메모리 (MEM) 는 본 발명의 실시형태를 구현하기 위해 사용되는 컴퓨터 소프트웨어 명령들 (SI) 및 데이터 CPP (예를 들어, 도 1 내지 도 26 에서 논의된 방법을 구현하는 제 1 경로 빌더 (PB), 제 2 경로를 계산하기 위한 수단 (CM), 업데이터 (UD), 및 상기 상세의 지원 코드) 에 대한 휘발성 스토리지 (volatile storage) 를 제공한다.
디스크 스토리지 (DS) 는 본 발명의 실시형태를 구현하기 위해 사용되는 컴퓨터 소프트웨어 명령들 (SI) 및 데이터 (DAT) 에 대한 비-휘발성 스토리지를 제공한다. 중앙 처리 유닛 (CPU) 은 또한 시스템 버스 (SB) 에 부착되고, 컴퓨터 명령들의 실행을 제공한다.
일 실시형태에서, 프로세서 루틴들 (SI) 및 데이터 (DAT) 는, 본 발명의 시스템을 위한 소프트웨어 명령들의 적어도 부분을 제공하는 컴퓨터 판독가능 매체 (하나 이상의 DVD-ROM 들, CD-ROM 들, 디스켓들, 테이프들 등과 같은 착탈형 저장 매체) 를 포함하는, 컴퓨터 프로그램 제품 (일반적으로 CPP 로 지칭됨) 이다. 컴퓨터 프로그램 제품 (CPP) 은 당해 기술분야에서 잘 알려진 바와 같이 임의의 적합한 소프트웨어 설치 절차에 의해 설치될 수 있다.
다른 실시형태에서, 소프트웨어 명령들의 적어도 일부분은 또한 케이블, 통신 및/또는 무선 접속을 통해 다운로드될 수도 있다. 다른 실시형태들에서, 본 발명의 프로그램들은 전파 매체 (예를 들어, 라디오파, 적외선파, 레이저파, 음파, 또는 인터넷과 같은 글로벌 네트워크 또는 다른 네트워크(들)를 통해 전파되는 전기파) 상의 전파된 신호에 포함된 컴퓨터 프로그램 전파된 신호 제품 (SP) 이다. 이러한 캐리어 매체 또는 신호들은 본 발명의 루틴들/프로그램 (CPP) 을 위한 소프트웨어 명령들의 적어도 일부분을 제공한다.
대체 실시형태들에서, 전파된 신호는 전파된 매체 상에서 반송되는 아날로그 반송파 또는 디지털 신호이다. 예를 들어, 전파된 신호는 글로벌 네트워크 (예를 들어, 인터넷), 원격통신 네트워크, 또는 다른 네트워크를 통해 전파되는 디지털화된 신호일 수도 있다.
일 실시형태에서, 전파된 신호는, 밀리세컨드, 초, 분, 또는 그보다 긴 기간에 걸쳐 네트워크를 통해 패킷들로 전송되는 소프트웨어 애플리케이션을 위한 명령들과 같은, 기간에 걸쳐 전파 매체를 통해 송신되는 신호이다.
다른 실시형태에서, 컴퓨터 프로그램 제품 (CPP) 의 컴퓨터 판독가능 매체는, 컴퓨터 프로그램 전파된 신호 제품에 대해 상기 설명된 바와 같이, 전파 매체를 수신하고 그 전파 매체에 포함된 전파된 신호를 식별하는 등에 의해, 컴퓨터 시스템 (CL) 이 수신 및 판독할 수도 있는 전파 매체이다.
일반적으로 말해서, "캐리어 매체" 또는 일시성 캐리어는 전술한 일시성 신호들, 전파된 신호들, 전파된 매체, 저장 매체 등을 포함한다.
본 발명은 그것의 예시적인 실시형태들을 참조하여 상세하게 나타나고 설명되었지만, 당해 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자라면 형태 및 상세들에서의 다양한 변경들이 첨부된 청구항들에 의해 포함되는 본 발명의 범위로부터 벗어남이 없이 그 안에서 이루어질 수도 있다는 것을 이해할 것이다.

Claims (12)

  1. 생물학적 모델을 설계하기 위한 컴퓨터-구현된 방법으로서,
    - 생물학적 모델들의 셋트를 제공하는 단계 (1) 로서, 각각의 생물학적 모델은 복수의 엘리먼트들 및 엘리먼트들 사이의 상호작용들을 포함하는, 상기 생물학적 모델들의 셋트를 제공하는 단계 (1);
    - 동일한 것으로서 식별된 엘리먼트들의 그룹들을 제공하는 단계 (2) 로서, 각각의 엘리먼트는 연관된 생물학적 모델을 갖는, 상기 동일한 것으로서 식별된 엘리먼트들의 그룹들을 제공하는 단계 (2);
    - 상기 엘리먼트들의 그룹핑을 정정하기 위해 엘리먼트를 제 1 그룹으로부터 제 2 그룹으로 이동시키는 단계 (3);
    - 양 그룹들을 업데이트하는 단계 (4); 및
    - 업데이트된 상기 그룹들에 따라 상기 생물학적 모델들의 셋트를 결합함으로써 결합된 모델을 생성하는 단계 (5) 를 포함하는, 생물학적 모델을 설계하기 위한 컴퓨터-구현된 방법.
  2. 제 1 항에 있어서,
    상기 동일한 것으로서 식별된 엘리먼트들의 그룹들을 제공하는 단계 (2) 는, 생물학적 모델들 (A, B) 에 부착된 주석들을 이용하는, 생물학적 모델을 설계하기 위한 컴퓨터-구현된 방법.
  3. 제 1 항 또는 제 2 항에 있어서,
    상기 생물학적 모델들의 셋트를 제공하는 단계 (1) 는, 적어도 하나의 외부 데이터베이스를 이용하는, 생물학적 모델을 설계하기 위한 컴퓨터-구현된 방법.
  4. 제 1 항 내지 제 3 항 중 어느 한 항에 있어서,
    대응하는 병합 제안의 수락의 경우에, 공통 주석으로, 공통 엘리먼트 주위의 상기 생물학적 모델들을 부분적으로 나타내는 단계를 포함하는, 생물학적 모델을 설계하기 위한 컴퓨터-구현된 방법.
  5. 제 1 항 내지 제 4 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 엘리먼트들의 그룹핑을 정정하기 위해 엘리먼트를 제 1 그룹으로부터 제 2 그룹으로 이동시키는 단계 (3) 는, 상기 제 1 그룹 또는 상기 제 2 그룹이 비어있지 않을 때 상기 제 1 그룹 또는 상기 제 2 그룹의 파괴의 중간 단계를 회피하는, 생물학적 모델을 설계하기 위한 컴퓨터-구현된 방법.
  6. 제 5 항에 있어서,
    상기 엘리먼트들의 그룹핑을 정정하기 위해 엘리먼트를 제 1 그룹으로부터 제 2 그룹으로 이동시키는 단계 (3) 는, 드래그 앤드 드롭 기법에 의해 수행되는, 생물학적 모델을 설계하기 위한 컴퓨터-구현된 방법.
  7. 제 1 항 또는 제 2 항에 있어서,
    상기 엘리먼트들의 그룹핑을 정정하기 위해 엘리먼트를 제 1 그룹으로부터 제 2 그룹으로 이동시키는 단계 (3) 는, 임시의 비어있는 그룹을 생성하는 단계를 포함하는, 생물학적 모델을 설계하기 위한 컴퓨터-구현된 방법.
  8. 제 1 항 내지 제 7 항 중 어느 한 항에 있어서,
    그룹의 활성화/비활성화의 단계를 포함하는, 생물학적 모델을 설계하기 위한 컴퓨터-구현된 방법.
  9. 제 1 항 내지 제 8 항 중 어느 한 항에 있어서,
    그룹 내에서, 엘리먼트들은 각각의 표상 (representation) 에 의해 구별가능한, 생물학적 모델을 설계하기 위한 컴퓨터-구현된 방법.
  10. 컴퓨터 시스템으로 하여금, 제 1 항 내지 제 9 항 중 어느 한 항에 기재된 생물학적 모델을 설계하기 위한 방법을 수행하게 하기 위한 컴퓨터-실행가능 명령들을 갖는, 컴퓨터-판독가능 매체.
  11. 생물학적 모델을 설계하기 위한, 컴퓨터 판독가능 매체에 저장된, 컴퓨터 프로그램 제품으로서,
    시스템으로 하여금 제 1 항 내지 제 9 항 중 어느 한 항에 기재된 단계들을 실행하게 하기 위한 코드 수단을 포함하는, 컴퓨터 판독가능 매체에 저장된 컴퓨터 프로그램 제품.
  12. 제 1 항 내지 제 9 항 중 어느 한 항에 기재된 방법의 단계들을 구현하는 수단을 포함하는, 생물학적 모델을 설계하기 위한 장치.
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP3743371B2 (ja) * 2000-03-27 2006-02-08 セイコーエプソン株式会社 ネットワークに接続されたデバイスの管理システム
NO319858B1 (no) * 2003-09-26 2005-09-26 Tandberg Telecom As Fremgangsmate for identifisering
CA2595627A1 (en) * 2004-10-29 2006-05-04 National Institute of Advanced Industrial Science and Tecnology Methods and systems for analyzing a network of biological functions
JP4861687B2 (ja) * 2005-11-21 2012-01-25 シスメックス株式会社 医療用シミュレーションシステム及びそのコンピュータプログラム
JP4901226B2 (ja) * 2006-01-27 2012-03-21 シスメックス株式会社 医療用シミュレーションシステム及びそのコンピュータプログラム
JP2009104558A (ja) * 2007-10-25 2009-05-14 Osaka Univ シミュレーション装置、生体モデルのデータ構造、モデル作成装置、検索装置、生体モデル開発システム、モデル作成プログラムおよび記録媒体
JP5907880B2 (ja) * 2009-11-13 2016-04-26 ベックマン コールター， インコーポレイテッド クラスタリングを用いて生物学的持続状態の存在を検出するためのシステムおよび方法
JP5336453B2 (ja) * 2010-10-01 2013-11-06 学校法人沖縄科学技術大学院大学学園 ネットワークモデル統合装置、ネットワークモデル統合システム、ネットワークモデル統合方法、および、プログラム

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