KR20060125252A - 심근 경색에 관련된 유전자 다형성 및 그의 용도 - Google Patents
심근 경색에 관련된 유전자 다형성 및 그의 용도 Download PDFInfo
- Publication number
- KR20060125252A KR20060125252A KR1020050047195A KR20050047195A KR20060125252A KR 20060125252 A KR20060125252 A KR 20060125252A KR 1020050047195 A KR1020050047195 A KR 1020050047195A KR 20050047195 A KR20050047195 A KR 20050047195A KR 20060125252 A KR20060125252 A KR 20060125252A
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- polynucleotide
- dna
- primer
- artificial sequence
- seq
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
- C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Pathology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
본 발명은 심근 경색에 관련된 유전자 다형성에 관한 것이다. 보다 상세하게, 본 발명은 심근 경색에 연관된 단일염기다형성을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드, 그에 혼성화하는 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드, 상기 폴리펩티드에 결합하는 항체, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 마이크로어레이 및 키트, 심근 경색의 진단 방법, 단일염기다형성 검출 방법, 및 심근 경색 치료용 약제의 스크리닝 방법에 관한 것이다.
단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP), 해플로타입, 심혈관 질환, 심근경색
Description
본 발명은 심근 경색에 관련된 유전자 다형성 및 그의 용도에 관한 것이다.
인간 유전체 염기서열 중에 99.9%가 동일하다. 하지만, 인류 집단내에서 일부분 0.1%의 차이에 의해 개인간에 모습이나, 행동, 그리고 질환 감수성에 차이가 생기는 것이다. 즉, 3백만개 정도의 염기서열에서 서로 다른 것에 의해 개인간의 차이, 또는 일정 집단이나 인종, 민족간에 차이가 발생하게 된다. 인종간에 피부 색깔과 같은 표현형의 차이와 함께 질환 분포의 차이와 연관지을 수 있다. 30억개 인간 유전체 염기서열 중에서 대략 1.0kb마다 서로 다른 염기가 올 수 있다. 이는 총 3백만개가 되며, 이를 단일 염기 다형성(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)이라고 부른다. 즉 전체 염기서열을 분석하지 않아도 다형성을 보이는 이들 3백만개 염기서열을 분석한다면, 개인간이나 집단간의 차이, 또는 질환군과 정상인의 차이를 알 수 있을 것이다.
유전학의 최고 목표는 인체 질환과 같은 표현형의 차이를 DNA 상의 차이와 연결하는 것이다. 이 목표 달성에 가장 좋은 도구는 모든 유전체에 존재하는 다형 성을 가진 마커(polymorphic marker)이다. 현재까지 개인을 구별하거나 유전질환 가계에서 관련 유전자 발굴에 주로 사용된 다양성 마커는 microsatellite marker였으나, DNA 칩이 개발된 이후 단일염기다형성에 관심이 모아지고 있다. 단일염기다형성은 그 빈도가 높고, 안정하며 유전체 전체에 골고루 잘 분포되어 있어 자동화로 대단위 발굴이 가능하다. SNP는 DNA 칩 기술, 초고속 염기서열 분석 기술 및 첨단의 생명공학 기술과 접목되어 개인의 질병 예측 및 의약품에 대한 개인 차이를 규명하여 치료에 혁명을 가져오는 등 21세기 예측의학이라는 새로운 분야로 나아가는데 기여할 것이다.
단일염기다형성은 인구집단내에서 일정한 빈도로 분포하는 유전형에 대한 분석이다. 따라서 유전형에 따라 인구집단을 구분할 수 있으며, 이 때 유전형에 따라 질환군이 유의하게 분포하게 되면, 해당 유전형과 질환을 연관지을 수 있다. 대부분의 단일염기다형성 연구의 경우 단일 유전형(single genotype) 또는 몇 개의 유전형이 질환군과 대조군에서 유의하게 다른 분포를 가지면, 어떤 유전형을 가지느냐에 따라 질환빈도에 차이가 나는 것을 분석할 수 있다.
인간 유전체에 존재하는 3백여만개의 SNP 중에서 약 1/6에 해당하는 510,000여개의 변이는 유전자 내에 존재한다. 이들 유전자내의 변이는 유전자의 발현 양이나 단백질의 기능과 바로 직접 연결되기 때문에 그 분포를 아는 것이 매우 중요하다. 만일 질환과 관련되어 있다고 생각되는 유전형이 유전자의 발현이나 기능의 변이를 유발할 수 있다면, 그 유전자 또는 단백질은 질병의 원인 유전자일 가능성이 많다. 이 경우 해당 유전자는 질환 치료의 좋은 목표 유전자가 된다. 물론 해 당하는 단일염기다형성을 분석함으로써 질환감수성을 분석할 수도 있다.
프로모터와 같은 전사조절부위 염기서열에 있는 SNP들은 발현되는 유전자의 양을 조절할 수 있다. 또한 아주 드물게 RNA 스플라이싱(splicing)에 영향을 주는 엑손-인트론 바운더리에 있는 염기서열들이나, 경우에 따라 3'-UTR에 분포하여 RNA 안정성이나 번역 효율에 영향을 주는 경우가 있다. 단일염기다형성이 인코딩 부위나 전사 및 번역 조절부위에 존재하여 직접 단백질에 영향을 주지 않는 경우에도 질환과 관련되어 있는 SNP를 발견할 수 있다. 즉, 질환 감수성을 결정할 수 있는 유용한 지표로 사용될 수 있다. 이 경우에는 아직 발견하지 못하였으나, 유전자 발현이나 단백질에 영향을 직접 줄 수 있거나, 그러한 염기서열부위와 연관되어 같이 유전되는 경우라고 할 수 있다.
한편, 심혈관 질환은 전세계적으로 산업화된 국가들에서 주요 사망 원인이고, 우리나라에서도 1970년대부터 주요 사망 원인이 되고 있다. 통계청에 따르면, 2003년 한해 동안 우리나라 전체 사망자(24만 6천명)의 9.1%인 2만 2천명(10만명당 사망률 9087명)이 심장질환 및 고혈압으로 사망하여 암(1위) 및 뇌혈관 질환(2위)에 이어 사망원인 순위 3위를 기록하였다.
심혈관 질환 중에 중요한 부분을 차지하는 관상동맥질환은 대개 동맥경화에 의해서 심장에 혈액을 공급하는 관상동맥이 막히거나, 좁아져서 발생한다. 동맥경화에 의해 관상동맥이 완전히 막히는 것을 심근경색, 좁아지는 것을 협심증이라고 한다. 관상동맥질환의 원인으로는 고지혈증(고콜레스테롤혈증), 고혈압, 흡연, 당뇨, 유전, 비만, 운동부족, 스트레스 및 여성의 폐경 등이 알려져 있다. 여러 가 지 위험 요인을 복합적으로 가질수록 병의 위험도 증가한다.
종래 심혈관 질환, 특히 심근 경색을 비롯한 복잡한 질병을 진단 혹은 조기 예측하는데 가장 큰 문제점은 이들 질환은 어느 정도 진행되어야 물리적인 방법을 사용하여 진단해 낼 수 있다는 것이다. 현재 심혈관 질환의 경우 조영 장비를 이용하여 심장 내부 및 관상동맥을 X-선 및 초음파 촬영하여 진단을 하고 있지만, 이는 발병 후에야 진단이 가능하다.
본 발명자들은 심근 경색과 관련된 SNP를 발굴하기 위하여 연구를 계속한 결과, 심근 경색의 발병 확률 및 유전적 감수성을 예측할 수 있는 심근 경색 관련 SNP를 확인함으로써 본 발명을 완성하였다.
본 발명의 목적은 심근 경색과 관련된 SNP를 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 상기 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드와 특이적으로 혼성화하는 폴리뉴클레오티드를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩되는 폴리펩티드를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 항체를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 단일염기다형성 검출용 마이크로어레이를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 단일염기다형성 검출용 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 심근 경색 발병의 변경된 위험도를 갖는 대상을 확인하는 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 핵산 분자 내의 단일염기다형성(SNP)을 검출하는 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 심근 경색 치료용 약제의 스크리닝 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 유전자 발현 조절 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 1 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 각 101번째 염기를 포함하는 8개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 제공한다.
본 발명의 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드와 특이적으로 혼성화하는 폴리뉴클레오티드를 제공한다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 상기 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩되는 폴리펩티드를 제공한다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 상기 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 항체를 제공한다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 상기 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 포함하는 단일염기다형성 검출용 마이크로어레이를 제공한다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 상기 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 포함하는 단일염기다형성 검출용 키트를 제공한다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 a) 진단 대상으로부터 핵산 시료를 분리하는 단계; 및 b) 서열번호 1 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드의 각 101번째 염기인 다형성 부위의 대립 유전자형을 결정하는 단계;를 포함하는 심근 경색 발병의 변경된 위험도를 갖는 대상을 확인하는 방법을 제공한다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 a) 서열번호 1 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 각 101번째 염기를 포함하는 8개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티트 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드와 엄격한 혼성화 조건 하에서 특이적으로 혼성화하는 시약을 핵산 분자를 포함하는 시험 샘플과 접촉시키는 단계; 및 b) 혼성화된 이중 가닥의 형성을 검출하는 단계;를 포함하는 핵산 분자 내의 단일염기다형성(SNP)을 검출하는 방법을 제공한다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 a) 서열번호 1 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 각 101번째 염기를 포함하는 8개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티트 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩되는 폴리펩티드를 결합 복합체 형성의 적합한 조건 하에서 후보 물질과 접촉시키는 단계; 및 b) 상기 폴리펩티드 및 상기 후보 물질간의 결합 복합체의 형성을 검출하는 단계;를 포함하는 심근 경색 치료용 약제의 스크리닝 방법을 제공한다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 서열번호 1 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 각 101번째 염기를 포함하는 8개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티트 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드에 특이적인 안티센스 뉴클레오티드 또는 Si RNA를 상기 폴리뉴클레오티드와 결합시키는 단계를 포함하는 유전자 발현 조절 방법을 제공한다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 서열번호 1 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 각 101번째 염기를 포함하는 8개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티트 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드에 특이적인 안티센스 뉴클레오티드 또는 Si RNA를 상기 폴리뉴클레오티드와 결합시키는 단계를 포함하는 유전자 발현 조절 방법을 제공한다.
이하 본 발명을 보다 상세히 설명한다.
본 발명의 일면은 심근 경색과 관련된 SNP에 관한 것이다.
본 발명에 따른 심근 경색 관련 SNP는 서열번호 1 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 각 101번째 염기를 포함하는 8개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 한다.
상기 서열번호 1 내지 60의 폴리뉴클레오티드 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드는 다형성 서열이다. 다형성 서열(polymorphic sequence)이란 폴리뉴클레오티드 서열 중에 SNP를 나타내는 다형성 부위(polymorphic site)를 포함하는 서열을 말한다. 상기 폴리뉴클레오티드는 DNA 또는 RNA가 될 수 있다.
본 발명에 있어서, SNP(단일 염기 다형성; single nucleotide polymorphism)는 개인과 개인간의 DNA에 존재하는 한 염기쌍(single base-pair variation)의 차이로 DNA 서열 다형성(polymorphism) 중에서 가장 많이 존재하는 형태(약 1개/1kb)를 말한다.
본 발명의 일 실시예에서는 심혈관 질환, 특히 심근 경색과의 관련성이 매우 큰 SNP를 개발하기 위하여 일련의 선별 과정을 거쳤다. 즉, 심근 경색 환자들 및 정상인들의 혈액으로부터 DNA를 분리 및 증폭하고, 상기 DNA 중 SNP 부위의 서열을 분석한 다음, 심근 경색 환자들에서의 출현 빈도 및 정상인들 사이에서의 출현 빈도가 현저히 다른 SNP 및 그들의 유전자형을 확인하였다. 본 발명의 실시예에서 확인된 60개의 SNP 및 그들의 유전자형을 표 1 및 표 2에 나타내었다.
<표 1>
서열번호 | alias_id | cas_num | con_num | 대립인자 A | 대립인자 a | cas_AA | cas_Aa | cas_aa | con_AA | con_Aa | con_aa | GTX p-val | allele_OR |
1 | MI_0042 | 213 | 184 | A | G | 2 | 44 | 167 | 10 | 49 | 125 | 0.00777 | 0.550 |
2 | MI_0050 | 220 | 190 | T | G | 8 | 57 | 155 | 2 | 35 | 153 | 0.0353 | 1.74 |
3 | MI_0056 | 218 | 185 | T | G | 7 | 58 | 153 | 1 | 31 | 153 | 0.00669 | 2.02 |
4 | MI_0070 | 220 | 187 | A | G | 10 | 54 | 156 | 9 | 68 | 110 | 0.0301 | 0.677 |
5 | MI_0100 | 216 | 189 | C | T | 159 | 54 | 3 | 124 | 55 | 10 | 0.0397 | 1.53 |
6 | MI_0127 | 217 | 190 | C | T | 127 | 79 | 11 | 126 | 62 | 2 | 0.0347 | 0.693 |
7 | MI_0159 | 221 | 191 | A | G | 2 | 39 | 180 | 2 | 17 | 172 | 0.0221 | 1.85 |
8 | MI_0177 | 218 | 190 | A | G | 0 | 12 | 206 | 0 | 22 | 168 | 0.0312 | 0.461 |
9 | MI_0232 | 215 | 189 | C | T | 43 | 109 | 63 | 53 | 98 | 38 | 0.0450 | 0.708 |
10 | MI_0235 | 216 | 189 | A | G | 5 | 63 | 148 | 2 | 33 | 154 | 0.00865 | 1.87 |
11 | MI_0292 | 212 | 189 | T | G | 16 | 102 | 94 | 5 | 64 | 120 | 0.000255 | 1.90 |
12 | MI_0294 | 221 | 191 | A | G | 138 | 77 | 6 | 100 | 76 | 15 | 0.02 | 1.52 |
13 | MI_0299 | 220 | 191 | A | G | 36 | 110 | 74 | 61 | 85 | 45 | 0.000629 | 0.596 |
14 | MI_0354 | 222 | 190 | A | G | 98 | 101 | 23 | 62 | 96 | 32 | 0.027 | 1.47 |
15 | MI_0370 | 222 | 191 | A | G | 44 | 119 | 59 | 73 | 83 | 35 | 0.000155 | 0.584 |
16 | MI_0374 | 219 | 187 | A | G | 5 | 48 | 166 | 1 | 25 | 161 | 0.023 | 1.96 |
17 | MI_0393 | 222 | 189 | C | T | 50 | 125 | 47 | 31 | 82 | 76 | 0.000151 | 1.67 |
18 | MI_0433 | 222 | 191 | A | G | 61 | 106 | 55 | 72 | 86 | 33 | 0.0444 | 0.698 |
19 | MI_0464 | 222 | 189 | A | G | 27 | 95 | 100 | 31 | 96 | 62 | 0.0363 | 0.703 |
20 | MI_0493 | 221 | 191 | A | G | 85 | 102 | 34 | 61 | 82 | 48 | 0.0422 | 1.40 |
<표 1(계속)>
서열번호 | allele_OR_LB | allele_OR_UB | con_HWX_p-val | gene_name | SNP_function | AA_change | AA_position |
1 | 0.369 | 0.82 | 0.0918 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
2 | 1.15 | 2.64 | 1.00 | LOC144678 | intron | null | null |
3 | 1.30 | 3.13 | 0.641 | LOC144678 | mrna-utr | null | null |
4 | 0.479 | 0.958 | 0.810 | FLJ11117 | mrna-utr | null | null |
5 | 1.06 | 2.23 | 0.249 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
6 | 0.49 | 0.98 | 0.0402 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
7 | 1.08 | 3.18 | 0.0988 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
8 | 0.225 | 0.944 | 0.476 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
9 | 0.536 | 0.934 | 0.665 | DUSP10 | locus-region | null | null |
10 | 1.23 | 2.86 | 0.392 | KIAA1573 | mrna-utr | null | null |
11 | 1.37 | 2.63 | 0.241 | DSCR1 | intron | null | null |
12 | 1.10 | 2.10 | 1 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
13 | 0.452 | 0.786 | 0.144 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
14 | 1.11 | 1.95 | 0.662 | KIAA1363 | intron | null | null |
15 | 0.442 | 0.77 | 0.176 | MANBA | mrna-utr | null | null |
16 | 1.21 | 3.17 | 0.984 | PAPSS1 | coding-synon | K | 12 |
17 | 1.26 | 2.21 | 0.281 | MANBA | intron | null | null |
18 | 0.529 | 0.92 | 0.45 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
19 | 0.529 | 0.934 | 0.656 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
20 | 1.06 | 1.84 | 0.0588 | FLJ40288 | mrna-utr | null | null |
<표 1(계속)>
서열번호 | alias_id | cas_num | con_num | 대립인자 A | 대립인자 a | cas_AA | cas_Aa | cas_aa | con_AA | con_Aa | con_aa | GTX p-val | allele_OR |
21 | MI_0495 | 221 | 191 | A | G | 136 | 68 | 17 | 90 | 84 | 17 | 0.011 | 1.49 |
22 | MI_0507 | 222 | 191 | T | G | 8 | 60 | 154 | 8 | 72 | 111 | 0.0498 | 0.69 |
23 | MI_0526 | 221 | 191 | C | A | 23 | 97 | 101 | 33 | 91 | 67 | 0.0375 | 0.685 |
24 | MI_0577 | 215 | 185 | A | G | 139 | 64 | 12 | 134 | 50 | 1 | 0.00782 | 0.636 |
25 | MI_0606 | 222 | 190 | C | G | 142 | 68 | 12 | 136 | 53 | 1 | 0.00809 | 0.647 |
26 | MI_0720 | 221 | 190 | A | G | 12 | 73 | 136 | 21 | 73 | 96 | 0.0299 | 0.648 |
27 | MI_1005 | 221 | 189 | C | A | 16 | 66 | 139 | 12 | 92 | 85 | 0.000418 | 0.643 |
28 | MI_1022 | 221 | 190 | A | G | 5 | 62 | 154 | 2 | 35 | 153 | 0.0397 | 1.7 |
29 | MI_1028 | 220 | 190 | T | G | 193 | 27 | 0 | 181 | 9 | 0 | 0.00821 | 0.371 |
30 | MI_1029 | 221 | 190 | C | T | 46 | 124 | 51 | 60 | 92 | 38 | 0.0468 | 0.757 |
31 | MI_1036 | 219 | 191 | C | T | 14 | 102 | 103 | 29 | 90 | 72 | 0.00832 | 0.667 |
32 | MI_1039 | 217 | 189 | A | G | 154 | 59 | 4 | 159 | 27 | 3 | 0.00415 | 0.524 |
33 | MI_1051 | 222 | 191 | A | G | 131 | 85 | 6 | 95 | 80 | 16 | 0.0172 | 1.48 |
34 | MI_1065 | 219 | 189 | A | G | 1 | 36 | 182 | 1 | 50 | 138 | 0.0193 | 0.596 |
35 | MI_1070 | 216 | 185 | T | G | 28 | 107 | 81 | 41 | 93 | 51 | 0.0189 | 0.675 |
36 | MI_1071 | 222 | 190 | T | G | 2 | 39 | 181 | 4 | 51 | 135 | 0.0384 | 0.583 |
37 | MI_1076 | 215 | 190 | T | G | 97 | 96 | 22 | 108 | 72 | 10 | 0.0303 | 0.662 |
38 | MI_1096 | 221 | 191 | A | G | 0 | 6 | 215 | 0 | 15 | 176 | 0.0235 | 0.337 |
39 | MI_1112 | 222 | 191 | A | G | 115 | 94 | 13 | 123 | 62 | 6 | 0.0283 | 0.649 |
40 | MI_1130 | 222 | 190 | C | G | 155 | 64 | 3 | 150 | 40 | 0 | 0.0359 | 0.629 |
<표 1(계속)>
서열번호 | allele_OR_LB | allele_OR_UB | con_HWX_p-val | gene_name | SNP_function | AA_change | AA_position |
21 | 1.09 | 2.03 | 0.741 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
22 | 0.49 | 0.972 | 0.537 | GNA12 | intron | null | null |
23 | 0.515 | 0.911 | 0.775 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
24 | 0.437 | 0.925 | 0.135 | ALOX5AP | intron | null | null |
25 | 0.449 | 0.934 | 0.0795 | ALOX5AP | intron | null | null |
26 | 0.473 | 0.887 | 0.165 | LGALS2 | intron | null | null |
27 | 0.470 | 0.88 | 0.0571 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
28 | 1.12 | 2.58 | 1 | ANK3 | mrna-utr | null | null |
29 | 0.172 | 0.799 | 1 | HIP1 | intron | null | null |
30 | 0.575 | 0.997 | 0.776 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
31 | 0.499 | 0.892 | 0.883 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
32 | 0.337 | 0.815 | 0.15 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
33 | 1.08 | 2.03 | 0.865 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
34 | 0.382 | 0.928 | 0.212 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
35 | 0.509 | 0.895 | 1 | THH | intron | null | null |
36 | 0.384 | 0.888 | 1 | MAP2K4 | intron | null | null |
37 | 0.486 | 0.902 | 0.692 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
38 | 0.129 | 0.877 | 1 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
39 | 0.467 | 0.901 | 0.815 | RGS7 | intron | null | null |
40 | 0.415 | 0.952 | 0.23 | RBL2 | mrna-utr | null | null |
<표 1(계속)>
서열번호 | alias_id | cas_num | con_num | 대립인자 A | 대립인자 a | cas_AA | cas_Aa | cas_aa | con_AA | con_Aa | con_aa | GTX p-val | allele_OR |
41 | MI_1145 | 221 | 191 | A | G | 23 | 99 | 99 | 34 | 93 | 64 | 0.0217 | 0.67 |
42 | MI_1169 | 212 | 186 | A | G | 3 | 37 | 172 | 0 | 19 | 167 | 0.0207 | 2.10 |
43 | MI_1175 | 222 | 187 | A | G | 0 | 26 | 196 | 1 | 36 | 150 | 0.0315 | 0.55 |
44 | MI_1186 | 219 | 188 | A | G | 149 | 64 | 6 | 97 | 73 | 18 | 0.000435 | 1.94 |
45 | MI_1206 | 222 | 190 | A | G | 80 | 113 | 29 | 57 | 90 | 43 | 0.035 | 1.38 |
46 | MI_1209 | 218 | 190 | T | G | 16 | 77 | 125 | 16 | 89 | 85 | 0.0374 | 0.713 |
47 | MI_1221 | 219 | 190 | A | G | 2 | 40 | 177 | 0 | 18 | 172 | 0.00955 | 2.25 |
48 | MI_1247 | 215 | 186 | C | T | 54 | 101 | 60 | 67 | 85 | 34 | 0.0193 | 0.661 |
49 | MI_1261 | 222 | 189 | C | T | 171 | 50 | 1 | 165 | 22 | 2 | 0.00513 | 0.557 |
50 | MI_1264 | 222 | 190 | C | T | 14 | 55 | 153 | 2 | 46 | 142 | 0.0182 | 1.52 |
51 | MI_1272 | 221 | 188 | A | G | 26 | 106 | 89 | 38 | 91 | 59 | 0.0332 | 0.696 |
52 | MI_1273 | 221 | 188 | C | A | 188 | 30 | 3 | 136 | 45 | 7 | 0.00547 | 2.10 |
53 | MI_1329 | 220 | 189 | C | G | 71 | 115 | 34 | 93 | 74 | 22 | 0.00255 | 0.637 |
54 | MI_1363 | 221 | 190 | T | A | 103 | 102 | 16 | 67 | 97 | 26 | 0.0199 | 1.48 |
55 | MI_1377 | 222 | 190 | C | T | 86 | 108 | 28 | 100 | 72 | 18 | 0.0181 | 0.678 |
56 | MI_1503 | 216 | 187 | A | G | 0 | 30 | 186 | 2 | 42 | 143 | 0.0153 | 0.532 |
<표 1(계속)>
서열번호 | allele_OR_LB | allele_OR_UB | con_HWX_p-val | gene_name | SNP_function | AA_change | AA_position |
41 | 0.504 | 0.89 | 1 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
42 | 1.20 | 3.67 | 1 | SIPA1L1 | intron | null | null |
43 | 0.327 | 0.924 | 0.413 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
44 | 1.39 | 2.71 | 0.38 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
45 | 1.04 | 1.82 | 0.476 | CSMD1 | intron | null | null |
46 | 0.525 | 0.969 | 0.316 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
47 | 1.27 | 3.96 | 1 | LOC387895 | intron | null | null |
48 | 0.499 | 0.874 | 0.449 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
49 | 0.34 | 0.911 | 0.212 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
50 | 1.04 | 2.22 | 0.746 | MST1R | coding-nonsynon | G | 1335 |
51 | 0.525 | 0.923 | 0.769 | SLC8A1 | intron | null | null |
52 | 1.35 | 3.26 | 0.0919 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
53 | 0.478 | 0.851 | 0.168 | NFKB1 | intron | null | null |
54 | 1.11 | 1.98 | 0.361 | intergenic | intergenic | n/a | n/a |
55 | 0.505 | 0.91 | 0.369 | NFKB1 | intron | null | null |
56 | 0.328 | 0.862 | 1 | CYBA | coding-nonsynon | H | 72 |
표 1에서, 칼럼 '서열번호'는 본 명세서에 첨부된 각 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드 서열의 번호를 의미한다.
칼럼 'alias_id'는 본 발명자들이 임의로 명명한 SNP의 번호를 의미한다.
칼럼 'cas_num' 및 'con_num'은 각각 해당 SNP 부위를 갖는 환자군 및 정상 인군의 수를 나타낸다.
대립인자 A 및 대립인자 a는 시쿼넘(Sequenom)사의 균질적 MassEXTEND 기법에 의하여 서열분석을 하는 과정에서 질량이 작은 대립인자를 A 및 질량이 큰 대립인자를 a로 임의적으로 실험의 편의상 명명한 것이다.
칼럼 'cas_AA', 'cas_Aa' 및 'cas_aa'는 각각 AA, Aa 및 aa의 유전자형을 갖는 환자의 수를 나타내고, 칼럼 'con_AA', 'con_Aa' 및 'con_aa'는 각각 AA, Aa 및 aa의 유전자형을 갖는 정상인의 수를 나타낸다.
칼럼 'GTX_p-val'는 상기 유전자형에 대한 피셔의 정확성 검증(Fisher's exact test)의 결과인 p-value를 의미한다. p-value≤ 0.05인 경우 질병군과 정상군의 유전자형이 같지 않다 즉, 유의하다고 판단하였다.
칼럼 'allele_OR'은 유전자형을 기준으로 정상인군 중에서 해당 SNP를 가질 확률에 대한 환자군 중에서 해당 SNP를 가질 확률인 오즈비(odds ratio)를 나타낸다. 칼럼 'allele_OR_LB' 및 'allele_OR_UB'는 각각 해당 오즈비가 어떤 구간에 존재할 확률에 대한 95% 신뢰구간의 하한 및 상한을 의미한다. 상기 오즈비가 1을 초과하는 경우 A가 심근 경색의 위험인자이고, 1 미만인 경우 a가 심근 경색의 위험인자이다. 또한, 신뢰구간이 1을 포함하는 경우에는 해당 유전자형이 조사된 실험군에서 질병과의 연관성이 유의하다고 판단할 수 없다.
칼럼 'con_HWX_p-val'은 정상군에서 하아디-와인버그 평형 여부를 나타내는 것이다. 검정에서 p-value가 0.05 이하인 경우 하디-와인버그 평형(Hardy-Weinberg Equilibrium)으로 판단하였다.
칼럼 'gene_name'은 해당 SNP가 속한 유전자의 명칭이다.
칼럼 'SNP_function'은 상기 유전자 내에서 상기 각 단일 SNP가 수행하는 역할을 의미한다.
칼럼 'AA_change'는 SNP에 의한 아미노산이 변화 여부를 나타내는 것이다.
칼럼 'AA_position'는 SNP 부위에 의해 코딩되는 아미노산의 폴리펩티드 상 위치를 나타내는 것이다.
<표 2>
서열번호 | alias_id | 대립인자 A | 대립인자 a | gene_name | SNP_function | AA_change | AA_position | cas_a |
57 | MI_1111 | A | G | polymerase iota | intron | null | null | 0.287 |
58 | MI_1248 | C | T | polymerase iota | exon | Thr->Ala | 706 | 0.715 |
59 | MI_2143 | T | G | polymerase iota | intron | null | null | 0.285 |
60 | MI_2144 | T | G | polymerase iota | intron | null | null | 0.322 |
<표 2(계속)>
서열번호 | con_a | Delta | chi_value | chi_exact_Pvalue | OR | OR_LB | OR_UB | con_HW |
57 | 0.215 | 0.072 | 7.561 | 0.0228 | 1.47 | 1.113 | 1.937 | HWE |
58 | 0.788 | 0.075 | 8.043 | 0.0179 | 1.5 | 1.131 | 1.978 | HWE |
59 | 0.217 | 0.068 | 6.829 | 0.0329 | 1.49 | 1.094 | 1.904 | HWE |
60 | 0.242 | 0.8 | 8.816 | 0.0122 | 1.49 | 1.137 | 1.949 | HWE |
칼럼 'cas_a', 'con_a' 및 'Delta'는 각각 환자군에서의 a 대립인자의 빈도, 정상인군에서의 a 대립인자의 빈도 및 상기 cas_a와 con_a의 차이의 절대값을 나타내는 것이다. 여기서 cas_a는 환자군에서 (aa 유전자형의 빈도 × 2 + Aa 유전형의 빈도)/(질병군의 샘플 수 × 2)이고, con_a는 정상군에서 (aa 유전자형의 빈도 × 2 + Aa 유전자형의 빈도)/(정상군의 샘플 수 × 2)이다.
칼럼 'Chi-value'는 카이 스퀘어 검정의 결과 값으로 p-value 계산의 기준이 되는 값이다. 칼럼 'chi-exact-p-value'는 p-value of Fisher's exact test of chi-square test를 나타내는 것으로, 유전자형 수의 값이 5 보다 작은 값이 포함되는 경우 일반 카이제곱 검정 결과가 부정확할 수 있으므로, Fisher's exact test를 통해 보다 정확한 통계적 유의성 (p-value)을 검정하는데 사용되는 변수이다. p-value≤ 0.05인 경우 질병군과 정상군의 유전자형이 같지 않다 즉, 유의하다고 판단하였다.
칼럼 'OR'은 질병군과 정상군에 대하여 특정 유전자형이 한 쪽에 특이적으로 많이 발견되는지를 알려주는 비로서 (특정 유전자형을 가진 질병군의 수)*(특정 유전자형을 가지지 않은 정상군의 수)/(특정 유전자형을 가지지 않은 질병군의 수)*(특정 유전자형을 가진 정상군의 수)를 계산 하여 얻는다. 칼럼 'OR_LB', 'OR_UB'는 유의 수준 5%에서의 OR의 신뢰구간의 최소값과 최대값을 각각 나타낸다.
또한, 본 발명은 특정 해플로타입(haplotype)을 포함한다. 즉, 본 발명에 따른 심근 경색 진단용 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호 57 내지 60으로 구성되는 것이 바람직하다. 서로에 대한 연관비평형(linkage disequlibrium; LD)을 표 3에 나타내었다. 표 3에 나타낸 바와 같이, 상기 4개의 SNP는 강한 LD 블락을 구성하였다.
<표 3>
MI_2144 | MI_1111 | MI_2143 | MI_1248 | |
MI_2144 | 0 | 1 | 1 | 0.9898 |
MI_1111 | 1 | 0 | 1 | 0.9951 |
MI_2143 | 1 | 1 | 0 | 1 |
MI_1248 | 0.9898 | 0.9951 | 1 | 0 |
보다 바람직하게, 상기 해플로타입을 구성하는 서열번호 57 내지 60의 폴리뉴클레오티드 중 SNP 부위인 101번째 염기가 각각의 위험 대립인자일 수 있다. 즉, 하기 표 4의 해플로타입 번호 1 또는 2일 수 있다.
<표 4>
해플로타입 번호 | MI_2144 | MI_1111 | MI_2143 | MI_1248 | Hap.score | p.val | Hap.Freq total_freq |
1 | 1 | 1 | 1 | 2 | -3.06506 | 0.00218 | 71.60% |
2 | 2 | 2 | 2 | 1 | 2.71413 | 0.00664 | 25.00% |
3 | 2 | 1 | 1 | 2 | 0.73651 | 0.46142 | 3% |
표 4에서, 각 SNP 칼럼의 번호 '1' 또는 '2'는 대립인자(allele)의 번호를 의미한다. 예를들어 칼럼1은 4개의 SNP으로 구성되는 haplotype이며 각 위치에 '1', '1', '1', '2'의 대립인자(allele)로 구성되는 haplotype이다. 칼럼'Hap.score'는 특정 haplotype이 정상군과 질병군을 얼마나 잘 구분해 주는지를 나타내 주는 척도이며, 칼럼 'p.val'의 값이 0.05 이하 일 때 유의하다고 판단한다.
서열번호 57 내지 60의 SNP의 심근 경색과 관련된 습관적 또는 환경적 요인과의 연관성을 조사하였다. 그 결과를 표 5에 나타내었다. 표 5에 나타낸 바와 같이 남성 및 비흡연자의 경우에서 심근 경색 발병에 더 유의한 관계를 보였다. 이는 표 5에서 남성 및 비흡연자 경우, 오즈비가 증가한 것으로부터 알 수 있다.
<표 5>
group | alias_id | 서열번호 | OR | OR_LB | OR_UB | Chi_squ_Pvalue |
남성 | MI_1111 | 57 | 1.3816 | 1.0067 | 1.8961 | 0.0939 |
MI_1248 | 58 | 1.4353 | 1.0427 | 1.9757 | 0.0674 | |
MI_2143 | 59 | 1.3513 | 0.98 | 1.8587 | 0.112 | |
MI_2144 | 60 | 1.4705 | 1.08 | 2 | 0.0547 | |
남성 흡연자 | MI_1111 | 57 | 1.8472 | 1.0138 | 3.3657 | 0.161 |
MI_1248 | 58 | 1.8752 | 1.029 | 3.4173 | 0.166 | |
MI_2143 | 59 | 1.8181 | 1.033 | 3.1746 | 0.122 | |
MI_2144 | 60 | 1.8518 | 1.0141 | 3.3557 | 0.132 | |
남성 비흡연자 | MI_1111 | 57 | 2.2865 | 1.2005 | 4.3546 | 0.0231 |
MI_1248 | 58 | 2.3976 | 1.2492 | 4.6018 | 0.024 | |
MI_2143 | 59 | 2.2727 | 1.2004 | 4.3478 | 0.0242 | |
MI_2144 | 60 | 2.5641 | 1.3458 | 4.7619 | 0.0107 |
본 발명에 따른 SNP를 구성하는 각 단일 SNP의 폴리뉴클레오티드는 8개 이상의 연속 뉴클레오티드인 것이 바람직하고, 8 내지 70개의 연속 뉴클레오티드인 것이 보다 바람직하다.
본 발명의 다른 일면은 본 발명에 따른 서열번호 1 내지 60의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드와 특이적으로 혼성화하는 폴리뉴클레오티드에 관한 것이다. 상기 폴리뉴클레오티드는 대립인자 특이적이다.
상기 폴리뉴클레오티드는 8개 이상의 연속 뉴클레오티드인 것이 바람직하고, 8 내지 70개의 연속 뉴클레오티드인 것이 보다 바람직하다.
상기 대립인자 특이적(allele-specific) 폴리뉴클레오티드란 각 대립인자에 특이적으로 혼성화하는 것을 의미한다. 즉, 서열번호 1 내지 60의 각 다형성 서열 중의 다형성 부위의 염기를 특이적으로 구별할 수 있도록 혼성화하는 것을 말한다. 여기서, 혼성화란 엄격한 조건, 예를 들면 1M 이하의 염 농도 및 25 ℃ 이상의 온도하에서 보통 수행된다. 예를 들면, 5×SSPE(750 mM NaCl, 50 mM Na Phosphate, 5 mM EDTA, pH 7.4) 및 25∼30℃의 조건이 대립인자 특이적 프로브 혼성화에 적합 할 수 있다.
본 발명에 있어서 상기 대립인자 특이적 폴리뉴클레오티드는 프라이머일 수 있다. 여기서 프라이머(primer)란 적절한 버퍼 중의 적절한 조건(예를 들면, 4개의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 DNA, RNA 폴리머라제 또는 역전사 효소와 같은 중합제) 및 적당한 온도 하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리고클레오티드를 말한다. 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 통상 15 내지 30 뉴클레오티드이다. 짧은 프라이머 분자는 일반적으로 주형과 안정한 혼성체를 형성하기 위해서는 더 낮은 온도를 필요로 한다. 프라이머 서열은 주형과 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 주형과 혼성화할 정도로 충분히 상보적이어야 한다. 상기 프라이머는 그 3′말단이 서열번호 1 내지 60의 다형성 부위와 정렬하는 것이 바람직하다. 상기 프라이머는 다형성 부위를 포함하는 표적 DNA에 혼성화하고, 상기 프라이머가 완전한 상동성을 보이는 대립인자 형태의 증폭을 개시한다. 이 프라이머는 반대편에 혼성화하는 제2 프라이머와 쌍을 이루어 사용된다. 증폭에 의하여 두개의 프라이머로부터 산물이 증폭되고, 이는 특정 대립인자 형태가 존재한다는 것을 의미한다. 본 발명의 프라이머에는 리가제 연쇄 반응(ligase chain reaction : LCR)에서 사용되는 폴리뉴클레오티드 단편을 포함한다. 예컨대, 상기 프라이머는 표 6의 서열번호 87 내지 서열번호 344의 폴리뉴클레오티드일 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 대립인자 특이적 폴리뉴클레오티드는 프로브일 수 있다. 본 발명에서 프로브(probe)란 혼성화 프로브를 의미하는 것으로, 핵산의 상 보성 가닥에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 이러한 프로브에는 Nielsen 등, Science 254, 1497-1500 (1991)에 기재된 펩티드 핵산을 포함한다. 본 발명의 프로브는 대립인자 특이적 프로브로서, 같은 종의 두 구성원으로부터 유래한 핵산 단편 중에 다형성 부위가 존재하여, 한 구성원으로부터 유래한 DNA 단편에는 혼성화하나, 다른 구성원으로부터 유래한 단편에는 혼성화하지 않는다. 이 경우 혼성화 조건은 대립인자간의 혼성화 강도에 있어서 유의한 차이를 보여, 대립인자 중 하나에만 혼성화하도록 충분히 엄격해야 한다. 이러한 본 발명의 프로브는 중앙부위(즉, 15 개의 뉴클레오티드로 된 프로브이면 7번 위치가, 16 개의 뉴클레오티드로 된 프로브이면 8 또는 9번 위치)가 상기 서열의 다형성 부위와 정렬하는 것이 바람직하다. 이렇게 함으로써 다른 대립인자성 형태 간에 좋은 혼성화 차이를 유발할 수 있다. 본 발명의 상기 프로브는 대립인자을 검출하기 위한 진단 방법 등에 사용될 수 있다. 상기 진단 방법에는 서던 블롯팅 등과 같은 핵산의 혼성화에 근거한 검출방법들이 포함되며, 마이크로어레이를 이용한 방법에서 마이크로어레이의 기판에 미리 결합된 형태로 제공될 수도 있다.
본 발명의 다른 일면은 서열번호 1 내지 60의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
특히, 유전자 CYBA 내에 위치하는 MI_1503을 포함하는 서열번호 56의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩되는 폴리펩티드는 해당 아미노산이 변한다. 또한, 유전자 MST1R 내에 위치하는 MI_1264을 포함하는 서열번호 50의 폴리뉴클레오티드 및 유전자 polymerase iota 내에 위치하는 MI_1248를 포함하는 서열번호 58의 폴리뉴 클레오티드에 의해 인코딩되는 폴리펩티드는 해당 아미노산이 변한다. 상기 3개의 아미노산 변화 위치는 각각 CYBA 단백질의 72번째 아미노산, MST1R 단백질의 1335번째 아미노산 및 polymerase iota 단백질의 706번째 아미노산이다.
본 발명의 다른 일면은 상기 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 항체에 관한 것이다. 상기 항체는 모노클로날 항체인 것이 바람직하다.
본 발명의 다른 일면은 본 발명에 따른 서열번호 1 내지 60의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드 또는 그들과 혼성화하는 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 포함하는 마이크로어레이에 관한 것이다.
본 발명에 따른 마이크로어레이는 본 발명에 따른 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 프로브 또는 그들과 혼성화하는 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 이용하여 본 분야의 당업자에게 알려져 있는 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다.
예컨대, 상기 폴리뉴클레오티드는 아미노-실란(amino-silane), 폴리-L-라이신(poly-L-lysine) 및 알데히드(aldehyde)로 이루어진 군에서 선택되는 활성기가 코팅된 기판 상에 고정될 수 있다. 또한, 상기 기판은 실리콘 웨이퍼, 유리, 석영, 금속 및 플라스틱으로 이루어진 군에서 선택될 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드를 기판에 고정화시키는 방법으로는 파이조일렉트릭(piezoelectric) 방식을 이용한 마이크로피펫팅(micropipetting) 법, 핀(pin) 형태의 스폿터(spotter)를 이용한 방법 등을 사용할 수 있다.
본 발명의 또 다른 일면은 본 발명에 따른 서열번호 1 내지 60의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드 또는 그들과 혼성화하는 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 포함하는 키트에 관한 것이다.
본 발명에 따른 키트는 본 발명에 따른 폴리뉴클레오티드 이외에 진단 대상로부터 해당 SNP를 포함하는 DNA를 분리 및 증폭하는데 사용되는 프라이머 세트를 추가로 포함할 수 있다. 상기 적절한 프라이머 세트는 본 발명의 서열을 참조하여 당업자는 용이하게 설계할 수 있을 것이다. 예컨대, 상기 프라이머 세트로서 표 6에 도시된 것을 이용할 수 있다. 또한, 본 발명에 따른 키트는 중합 반응에 필요한 시약, 예컨대 dNTP, 각 종의 중합효소 및 발색제 등을 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 일면은 본 발명에 따른 SNP를 이용하여 심근 경색 발병의 변경된 위험도를 갖는 대상을 확인하는 방법에 관한 것이다.
상기 본 발명에 따른 심근 경색의 진단 방법은 a) 진단 대상으로부터 핵산 시료를 분리하는 단계; 및 b) 서열번호 1 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드의 각 101번째 염기인 다형성 부위의 대립 유전자형을 결정하는 단계;를 포함한다.
본 발명의 방법에 있어서, 진단 대상로부터 DNA를 분리하는 방법은 당업계에 알려진 방법을 통하여 이루어질 수 있다. 예를 들면, 조직 또는 세포로부터 DNA를 직접적으로 정제하거나 PCR과 같은 증폭 방법을 사용하여 특정한 영역을 특이적으로 증폭하고 이를 분리함으로써 이루어질 수 있다. 본 발명에 있어서, DNA란 DNA 뿐만 아니라 mRNA로부터 합성되는 cDNA도 포함하는 의미이다. 진단 대상로부터 핵산을 얻는 단계는 예를 들면, PCR 증폭법, 리가제 연쇄 반응(LCR)(Wu 및 Wallace, Genomics 4, 560(1989), Landegren 등, Science 241, 1077(1988)), 전사증폭(transcription amplification) (Kwoh 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 1173(1989)) 및 자가유지 서열 복제 (Guatelli 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 1874(1990)) 및 핵산에 근거한 서열 증폭 (NASBA)이 사용될 수 있다.
분리된 DNA의 염기서열의 결정은 당업계에 알려진 다양한 방법에 의하여 이루어질 수 있다. 예를 들면, 디데옥시 법에 의하여 직접적인 핵산의 뉴클레오티드 서열의 결정을 통하여 이루어지거나 SNP 부위의 서열을 포함하는 프로브 또는 그에 상보적인 프로브를 상기 DNA와 혼성화시키고 그로부터 얻어지는 혼성화 정도를 측정함으로써 다형성 부위의 뉴클레오티드 서열을 결정하는 방법 등이 이용될 수 있다. 혼성화의 정도는 예를 들면, 검출가능한 표지를 표적 DNA에 표지하여, 혼성화된 표적 DNA 만을 특이적으로 검출함으로써 이루어질 수 있으나, 그외 전기적 신호 검출방법 등이 사용될 수 있다.
구체적으로, 대립인자 특이적 프로브 혼성화 방법(allele-specific probe hybridization), 대립인자 특이적 증폭 방법(allele-specific amplification), 서열분석법(sequencing), 5' 뉴클레아제 분해법(5' nuclease digestion), 분자 비콘 어세이법(molecular beacon assay), 올리고뉴클레오티드 결합 어세이법(oligonucleotide ligation assay), 크기 분석법(size analysis) 및 단일 가닥 배좌 다형성법(single-stranded conformation polymorphism)으로 구성된 군에서 선택 되는 방법에 의해 수행될 수 있다.
본 발명에 따른 심근 경색을 진단하는 방법은 c) 상기 서열번호 1 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드의 다형성 부위의 대립 유전자형이 위험 대립인자를 포함하는 경우, 상기 대상을 심근 경색 발병의 증가된 위험도를 갖는 것으로 판정하는 단계를 추가적으로 포함할 수 있다.
본 발명에 있어서, 위험 대립인자(risk allele)는 기준 대립인자를 A로 하여 질병군에서의 A의 빈도가 정상군에서의 A의 빈도 보다 큰 경우에는 A를 위험 대립인자로 하고, 그 반대의 경우에는 a를 위험 대립인자로 하였다. 위험 대립인자를 많이 가질수록 심근 경색 발병 가능성이 높음을 의미한다.
본 발명에 따른 심근 경색을 진단하는 방법에 있어서, 상기 변경된 위험도는 증가된 위험도 또는 감소된 위험도일 수 있다. 어느 한 SNP의 대립유전자형의 빈도가 질병군에서보다 정상군에서 큰 경우 상기 변경된 위험도는 감소된 위험도일 수 있고, 다른 한 SNP의 대립유전자형의 빈도가 정산군에서보다 질병군에서 큰 경우 상기 변경된 위험도는 증가된 위험도일 수 있다.
본 발명에 따른 심근 경색을 진단하는 방법에 있어서, 상기 진단 대상의 유형이 남성 및 비흡연자이고, 상기 대상에 대해 다형성 부위의 대립 유전자형을 결정하는 폴리뉴클레오티드가 서열번호 57 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 것이 바람직하다.
또한, 본 발명에 따른 심근 경색을 진단하는 방법에 있어서, 본 발명에 따른 해플로타입을 이용하는 것이 바람직하다. 즉, 상기 폴리뉴클레오티드가 서열번호 57 내지 60으로 구성된 것이 바람직하다.
본 발명의 다른 일면은 a) 서열번호 1 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 각 101번째 염기를 포함하는 8개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티트 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드와 엄격한 혼성화 조건 하에서 특이적으로 혼성화하는 시약을 핵산 분자를 포함하는 시험 샘플과 접촉시키는 단계; 및 b) 혼성화된 이중 가닥의 형성을 검출하는 단계;를 포함하는 핵산 분자 내의 단일염기다형성(SNP)을 검출하는 방법에 관한 것이다.
상기 b) 단계는 대립인자 특이적 프로브 혼성화 방법(allele-specific probe hybridization), 대립인자 특이적 증폭 방법(allele-specific amplification), 서열분석법(sequencing), 5' 뉴클레아제 분해법(5' nuclease digestion), 분자 비콘 어세이법(molecular beacon assay), 올리고뉴클레오티드 결합 어세이법(oligonucleotide ligation assay), 크기 분석법(size analysis) 및 단일 가닥 배좌 다형성법(single-stranded conformation polymorphism)으로 구성된 군에서 선택되는 방법에 의해 수행될 수 있다.
본 발명의 다른 일면은 a) 서열번호 1 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 각 101번째 염기를 포함하는 8개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티트 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩되는 폴리펩티드를 결합 복합체 형성의 적합한 조건 하에서 후보 물질과 접촉시키는 단계; 및 b) 상기 폴리펩티드 및 상기 후보 물질간의 결합 복합체의 형성을 검출하는 단계;를 포함하는 심근 경색 치료용 약제의 스크리닝 방법에 관한 것 이다.
상기 b) 단계는 면역침전법(coimmunoprecipitation), 방사능면역분석법(RIA), 효소면역분석법(ELISA), 면역조직화학, 웨스턴 블롯(Western Blotting) 또는 유세포 분석법(FACS)으로 수행될 수 있다.
이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예 1
본 발명에 따른 SNP의 선별
본 실시예에서는 한국인 중 심혈관 질환 환자로 판명되어 치료 중인 환자군과 아직 심혈관 질환 증상이 없는 정상인의 혈액으로부터 DNA를 분리하고, 특정한 SNP의 출현 빈도를 분석하였다. 본 실시예에 선택된 SNP는 공개된 데이터베이스(NCBI dbSNP:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/) 또는 Sequenom 사의 realsnp.com (http:://www.realsnp.com/)으로부터 선택하였으며, 선택된 SNP 주변의 서열을 이용한 프라이머를 이용하여 시료 중의 SNP 서열을 분석하였다.
1-1. DNA 시료의 준비
심근경색 환자로 판명되어 치료 중인 한국인 남성 환자군(221 명)과 아직 심근경색 증상이 없는 한국인 남성 정상인(192 명)의 혈액으로부터 DNA를 추출하였다. 염색체 DNA 추출은 공지의 추출 방법(Molecular cloning : A Laboratory Manual, p 392, Sambrook, Fritsch and Maniatis, 2nd edition, Cold Spring Harbor Press, 1989)과 상업용 키트(Gentra system, D-50K)의 설명서에 따라 이루어졌다. 추출된 DNA 중 순도 기준이 UV 측정비율(260/280nm)로 최소 1.7 이상 되는 것만을 선별하여 사용하였다.
1-2. 표적 DNA의 증폭
분석하고자 하는 SNP가 포함된 일정한 DNA 영역인 표적 DNA를 PCR을 이용하여 증폭하였다. PCR 방법은 통상적인 방법으로 진행하였으며, 그 조건은 다음과 같았다. 먼저, 표적 게놈 DNA를 2.5 ng/ml로 준비하였다. 다음으로 다음의 PCR 반응액을 준비하였다.
물(HPLC 급) 3.14㎕
10x 버퍼 0.5㎕
MgCl2 25 mM 0.2㎕
dNTP 믹스(GIBCO)(25 mM/각) 0.04㎕
Taq pol(HotStart)(5U/㎕) 0.02㎕
전위/후위 프라이머 믹스 (10μM) 0.1㎕
DNA 1.00㎕
총 반응 부피 5.00㎕
여기서, 상기 전위(forward) 및 후위(reverse) 프라이머는 SNP의 상류와 하류로부터, 적당한 위치에서 선택하였다. 상기 프라이머 세트를 표 6에 정리하였다.
PCR의 열 순환은, 95℃에서 15분 동안 유지하고, 95℃에서 30초, 56℃에서 30초, 72℃에서 1분을 45회 반복하고, 72℃에서 3분 동안 유지한 후, 4℃에 보관하였다. 그 결과, 200개 뉴클레오티드 이하의 길이를 가진 표적 DNA 단편을 얻었다.
1-3. 증폭된 표적 DNA 중의 SNP 부위 서열의 분석
표적 DNA 단편 중의 SNP의 분석은 시쿼넘 (Sequenom)사의 균질적 MassEXTEND (homogeneous Mass Extend: 이하 hME라고도 한다) 기법을 이용하였다. 상기 MassEXTEND 기법의 원리는 다음과 같다. 먼저, 표적 DNA 단편 중의 SNP 바로 전까지의 염기에 상보적인 프라이머(연장용 프라이머(extension primer)라고도 한다.)를 제작한다. 다음으로, 상기 프라이머를 표적 DNA 단편에 혼성화시키고, DNA 중합 반응을 일으킨다. 이 때, 반응액 중에 대상 SNP 대립인자 중 제1 대립인자 염기(예를 들면, A 대립인자)에 상보적인 염기가 첨가된 후 반응이 멈추도록 하는 시약(Termination mix; 예를 들면, ddTTP)을 포함시킨다. 그 결과, 표적 DNA 단편에 제1 대립인자(예를 들면, A 대립인자)가 존재하는 경우에는, 상기 제1 대립인자에 상보적인 염기(예를 들면, T) 하나만이 첨가된 산물이 얻어진다. 반면, 표적 DNA 단편에 제2 대립인자(예를 들면, G 대립인자)가 존재하는 경우에는, 상기 제2 대립인자에 상보적인 염기(예를 들면, C)가 첨가된 가장 근접한 제1 대립인자 염기 (예를 들면, A)까지 연장된 산물을 얻게 된다. 이렇게 얻어진 상기 프라이머로부터 연장된 산물의 길이를 질량 분석을 통하여 결정함으로써, 표적 DNA에 존재하는 대립인자의 종류를 결정할 수 있다. 구체적인 실험조건은 다음과 같았다.
먼저, 상기 PCR 산물로부터 결합되지 않는 dNTP를 제거하였다. 이를 위하여 순수 1.53㎕, hME 버퍼 0.17㎕, SAP(shrimp alkaline phosphatase) 0.30㎕를 1.5 ml 튜브에 넣고 혼합하여 SAP 효소 용액을 준비하였다. 상기 튜브를 5,000 rpm에서 10초 동안 원심분리하였다. 그 후, PCR(Polymerase Chain Reaction) 산물을 상기 SAP 용액 튜브에 넣고, 밀봉한 다음 37 ℃에서 20분, 85 ℃에서 5분 동안 유지한 후, 4 ℃에 보관하였다.
다음으로, 상기 표적 DNA 산물을 주형으로 하여 균질적 연장 반응을 실시하였다. 반응액은 다음과 같았다.
물(나노급 순수) 1.728㎕
hME 연장 믹스 (2.25 mM d/ddNTPs를 포함하는 10x버퍼) 0.200㎕
연장 프라이머 (각 100μM) 0.054㎕
Thermosequenase(32U/㎕) 0.018㎕
총부피 2.00㎕
상기 반응액을 잘 혼합한 후, 스핀다운 원심분리하였다. 상기 반응액이 든 튜브 또는 플레이트를 잘 밀봉한 다음, 94℃에서 2분 동안 유지한 다음, 94 ℃에서 5초, 52 ℃에서 5초, 72 ℃에서 5초를 40회 반복 한 다음, 4 ℃에 보관하였다. 이렇게 얻어진 균질적 연장 반응 산물로부터 레진(SpectroCLEAN, Sequenom사 #10053)을 사용하여 염들을 제거하였다. 연장 반응에 사용된 연장 프라이머를 표 6에 나타내었다.
<표 6>
SNP 포함 뉴클레오티드 (서열 번호) | 표적 DNA 증폭용 프라이머(서열번호) | 연장 프라이머 (서열번호) | |
전위 프라이머 | 후위 프라이머 | ||
1 | 61 | 62 | 63 |
2 | 64 | 65 | 66 |
3 | 67 | 68 | 69 |
4 | 70 | 71 | 72 |
5 | 73 | 74 | 75 |
6 | 76 | 77 | 78 |
7 | 79 | 80 | 81 |
8 | 82 | 83 | 84 |
9 | 85 | 86 | 87 |
10 | 88 | 89 | 90 |
11 | 91 | 92 | 93 |
12 | 94 | 95 | 96 |
13 | 97 | 98 | 99 |
14 | 100 | 101 | 102 |
15 | 103 | 104 | 105 |
16 | 106 | 107 | 108 |
17 | 109 | 110 | 111 |
18 | 112 | 113 | 114 |
19 | 115 | 116 | 117 |
20 | 118 | 119 | 120 |
<표 6(계속)>
SNP 포함 뉴클레오티드 (서열 번호) | 표적 DNA 증폭용 프라이머(서열번호) | 연장 프라이머 (서열번호) | |
전위 프라이머 | 후위 프라이머 | ||
21 | 121 | 122 | 123 |
22 | 124 | 125 | 126 |
23 | 127 | 128 | 129 |
24 | 130 | 131 | 132 |
25 | 133 | 134 | 135 |
26 | 136 | 137 | 138 |
27 | 139 | 140 | 141 |
28 | 142 | 143 | 144 |
29 | 145 | 146 | 147 |
30 | 148 | 149 | 150 |
31 | 151 | 152 | 153 |
32 | 154 | 155 | 156 |
33 | 157 | 158 | 159 |
34 | 160 | 161 | 162 |
35 | 163 | 164 | 165 |
36 | 166 | 167 | 168 |
37 | 169 | 170 | 171 |
38 | 172 | 173 | 174 |
39 | 175 | 176 | 177 |
40 | 178 | 179 | 180 |
<표 6(계속)>
SNP 포함 뉴클레오티드 (서열 번호) | 표적 DNA 증폭용 프라이머(서열번호) | 연장 프라이머 (서열번호) | |
전위 프라이머 | 후위 프라이머 | ||
41 | 181 | 182 | 183 |
42 | 184 | 185 | 186 |
43 | 187 | 188 | 189 |
44 | 190 | 191 | 192 |
45 | 193 | 194 | 195 |
46 | 196 | 197 | 198 |
47 | 199 | 200 | 201 |
48 | 202 | 203 | 204 |
49 | 205 | 206 | 207 |
50 | 208 | 209 | 210 |
51 | 211 | 212 | 213 |
52 | 214 | 215 | 216 |
53 | 217 | 218 | 219 |
54 | 220 | 221 | 222 |
55 | 223 | 224 | 225 |
56 | 226 | 227 | 228 |
57 | 229 | 230 | 231 |
58 | 232 | 233 | 234 |
59 | 235 | 236 | 237 |
60 | 238 | 239 | 240 |
반응 산물을 질량 분석 방법 중 MALDI-TOF(Matrix Assisted Laser Desorption and Ionization-Time of Flight)를 이용하여 다형성 부위의 서열을 분석하였다. 상기 MALDI-TOF는 분석하고자 하는 물질이 레이저 빔을 받으면, 이온화된 매트릭스(3-Hydorxypicolinic acid)와 함께 비행하여 진공상태에서 반대편에 있는 검출기까지 날아가는 데 걸린 시간을 계산하여 질량을 분석해내는 원리에 의하여 작동한다. 질량이 작은 물질은 검출기에 빨리 도달하게 되는데, 이렇게 얻어지는 질량의 차이와 이미 알고 있는 SNP의 서열을 근거로 하여 표적 DNA의 SNP 서열을 결정할 수 있는 것이다.
1-4. 본 발명에 따른 SNP의 선별
심근경색 환자로 판명되어 치료 중인 한국인 남성 환자군(221 명)과 아직 심근경색 증상이 없는 한국인 남성 정상인군(192 명) 사이의 대립인자 빈도를 비교하 였다. 상기 빈도를 기초로 해서, 관련성 검사(association test)인 피셔의 정확성 검증(Fisher's exact test)를 수행하였다.
유효성의 크기(effect size)는 대립인자 오즈비(odds ratio) 및 그의 95% 신뢰구간을 사용하여 추정하였다. 보고된 대립인자가 환자군에 비해 정상인군에서 더 높은 빈도로 나타나는 경우 상기 대립인자는 심근 경색의 감소된 위험도와 관련성이 있고 나머지 대립인자가 심근 경색의 위험 대립인자이다. 반대로, 보고된 대립인자가 정상인군에 비해 환자군에서 더 높은 빈도로 나타나는 경우 상기 대립인자는 심근 경색의 위험 대립인자이다.
SNP가 대립인자 관련성 검사에서 p-value ≤ 0.05인 경우, 상기 SNP는 현저한 유전적 마커라고 간주하였다.
상기의 결과를 표 1 및 표 2에 나타내었다. 표 1 및 표 2에 나타낸 바와 같이, 심근 경색에 관련된 SNP 60개를 확인하였다.
1-5. 본 발명에 따른 해플로타입의 선별
DNA repair 관련 유전자인 polymerase iota 유전자에 대해서는 4개의 SNP가 표2와 같이 유의하게 나왔고 연관비평형(linkage disequilibrium; LD)을 조사하였다. 그 결과, 서열번호 57 내지 60의 4개의 SNP는 높은 연관비평형을 나타내, 강한 LD 블락을 구성하였다. 그 결과를 표 3에 나타내었다.
1-6. 본 발명에 따른 SNP의 환경적 또는 습관적 요인 의존도 조사
심근경색 환자로 판명되어 치료 중인 한국인 남성 환자군(221 명)과 아직 심근경색 증상이 없는 한국인 남성 정상인군(192 명) 각각을 심근 경색과 관련된 환 경적 또는 습관적 요인의 위험도를 기준으로 서브그룹으로 분류하고, 대립인자 빈도를 비교하였다. 즉, 서열번호 57 내지 60의 SNP의 심근 경색과 관련된 습관적 또는 환경적 요인, 특히 성별 및 흡연 여부와의 연관성을 조사하였다.
상기 결과를 표 4에 나타내었다. 표 4에 나타낸 바와 같이, 서열번호 57 내지 60의 SNP는 각각 남성인 동시에 비흡연자의 경우에서 심근 경색 발병에 더 유의한 연관을 보였다.
실시예 2
본 발명에 따른 SNP가 고정된 마이크로어레이의 제작
상기에서 선별된 SNP를 기판 상에 고정하여 마이크로어레이를 제작하였다. 즉, 서열번호 1 내지 60으로 구성된 폴리뉴클레오티드에서 각 101번째 염기를 포함하는 20개의 연속 뉴클레오티드로 구성되는 폴리뉴클레오티드들(각 SNP는 상기 20개 중 11번째에 위치 함)을 기판상에 고정하였다.
먼저, 상기 각 폴리뉴클레오티드의 N-말단을 아민기로 치환한 다음 실릴화 슬라이드(Telechem 사)에 스팟팅하였으며, 이 때 상기 스팟팅 버퍼는 2×SSC(pH 7.0)를 사용하였다. 스팟팅 후 건조기에 두어 결합을 유도한 후 0.2% SDS로 2분간, 3차 증류수로 2분간 세척하여 결합되지 않는 올리고를 제거하였다. 상기 슬라이드를 95℃에서 2분간 처리하여 변성을 유도한 후, 블로킹 용액(1.0g NaBH4, PBS(pH 7.4) 300 mL, EtOH 100 mL)으로 15분간, 0.2% SDS 용액으로 1분간, 3차 증류수로 2분간 각각 세척하고 상온에서 건조시켜 마이크로어레이를 제작하였다.
실시예 3
본 발명에 따른 마이크로어레이를 이용한 심근 경색 진단
상기 실시예 1의 1-1 단계 및 1-2 단계에 설명되어 있는 방법을 이용하여 심근 경색 발병 또는 발병 가능성을 진단하고자 하는 대상의 혈액으로부터 표적 DNA를 분리하고, 형광 표지 시켰다. UniHyb 혼성화 용액(TeleChem 사) 하에서 상기 실시예 2에서 제조된 마이크로어레이와 형광 표지된 표적 DNA의 혼성화를 42℃에서 4시간 동안 수행하였다. 2×SSC로 실온에서 5분간 두 번 세척한 후 공기 중에서 건조시켰다. 건조 후 슬라이드를 스캔어레이 5000(ScanArray 5000; GSI Lumonics 사)으로 스캔하고 스캔 결과를 퀀트어레이(QuantArray)(GSI Lumonics 사)와 ImaGene 소프트웨어(BioDiscover 사)로 분석하여 상기 대상이 본 발명에 따른 SNP를 갖고 있는지를 확인함으로써, 심근 경색의 발병 가능성 및 심근 경색에 대한 감수성을 측정하였다.
본 발명에 따른 심근 경색 관련 SNP 및 해플로타입은 심근 경색의 진단, 치료 및 유전자 지문 분석과 같은 심근 경색과 관련된 용도로 사용될 수 있다. 또한, 본 발명의 SNP를 포함하는 마이크로어레이 및 키트에 의하면, 심근 경색을 효과적으로 진단할 수 있다. 또한, 본 발명의 심근 경색과 관련된 SNP를 분석하는 방법에 의하면, 심근 경색의 존재 또는 위험의 유무를 효과적으로 진단할 수 있다.
<110> Samsung Electronics Co., Ltd
<120> Genetic polymorphisms associated with myocardial infarction and
uses thereof
<130> PN061465
<160> 240
<170> KopatentIn 1.71
<210> 1
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 1
aagaatggaa ggacagcttg ctacttctgg gtgttcatca tgagcagtta aggctcacca 60
tatggtctcc actgatattt gggggaagga gacttgttac yacctaataa tgagatgaaa 120
gatcctgatt ccctacttgg tttactatga caccgccctg gcatgatggt tcaggaaact 180
ctttacattt acagattgtc 200
<210> 2
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 2
tactgctgtc tttggaacac tgttactcat cctacaaggc ctcaatcaag aatcttagga 60
ggtcattggt gcctacctgc ccatggcaga gaccaccaac mccttctgag agctgccaca 120
gtgctgcttt ctaacatgtc tacactagct cctcacagtg tgcggtgatt gttgggtgaa 180
agctctgttt ctcatagtga 200
<210> 3
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 3
tgatttgatt ttatccagtg ttgcaaactg ggtttcgtaa gtgactcttt tgtaaggagt 60
ttcagtgcac cccgtctgca acccatgcat atcttattta mccccaagct tctaaggtag 120
aatcctactt ttttcaagtg ctattgatta gttgcctgtt tagacttttg ttatatgatt 180
taaaatttta aaaatgataa 200
<210> 4
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 4
gtgtttctaa agcaactccc caccaacctc ttgggctgtg gtgaccaagg gctaaaaatt 60
aagtggggac cctggtgtct gacttttgct ccacttctga yaccttcttt ctctcccgtt 120
tcactaggac tggaaaatac aggctttttt cccaatcctt gtttctctca aaccaagacc 180
tcatctacat aaaacatcta 200
<210> 5
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 5
ccactgaaaa tatcctctgg tcatttattt ggctcaacgg acctatatgg ccattccctc 60
ttccacagtt gtaaagactt tgcctaattt ctggcaacta yagaagtagt ggtaaggata 120
atgtaaaatt tctttttgtc ttggaaatta tcaaaccact tttgaagatt gtattatcta 180
gtaatcagaa acttactttg 200
<210> 6
<211> 166
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 6
taagggcttg agtatgcaaa tatggaggct ttctcaaatc acgtttcgtt taatttaaca 60
ccttcataaa taggatggac ttaagagatc atcccaacct ycttactgta cagatcaaga 120
gatgggggtc cggaaagctg ctgatgttca tgctgtgagt ttaaca 166
<210> 7
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 7
tttgccaacc attcttcacc ctgttgggag agaatacaga aatctgtatt caagcataag 60
gtgctataca cttgtttgat gcctgcctct agggcaatga rgaggtaaga caatctcccc 120
attacatgct ttcgcagagg acagtctgta aagttacaga actccattcc ttcttacgta 180
ccttatacca taatatacca 200
<210> 8
<211> 152
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 8
aaggggcggc gctggccgga ctctctcggg tggactcccg gagcggcggc ggcggcggcg 60
gtggcagact gcgagtcacg tgcgacagag gaggcggagc rcggcggccg ggtgggtgga 120
gaaaacaaag cccccagctg tcagcagagg aa 152
<210> 9
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 9
attatataaa tgaaactggt ttaggatgtg tctttttttc ccctctcttt taccttaact 60
caggttcaag cctttcttaa gctctggtaa cttgcatata yaacaaagtt gaaataaaac 120
agatttttat atagggaaag agagatgagg aagggaacat atccagtttt ctcactgtga 180
aacagagtta gcaaggaagt 200
<210> 10
<211> 201
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 10
gattatgtta acagaaattc tcagcctgtg tgatttgtca tattttaata tttcaagcca 60
ccattgcagc ttcttttagg tttggtttgt ctgaggcacc rcagcgagtg catgagcaca 120
cagactttga atttgtataa gtgaatggct cttccactta ctttgtggct ttgggctcat 180
cacttaactc attgatataa a 201
<210> 11
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 11
tgtgcagcaa tagtaactgg aacaacattt ctgcgatggg cagaagtggc aaggattgta 60
actcattaga ctcagaaggc gaggtcacct gagtaagcag kgtccttagt ggaacagtgg 120
gtgtaagagg aaggagagat gggtgggtgt ggggcttctt gccatctaca tatgtagggt 180
ctgcctttta cttgcacatc 200
<210> 12
<211> 166
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 12
gatgatactt agcttctgcg tcttcagtaa actcatctgt acaatggcct gttaaaccta 60
gctatttgaa aacatcagct aaaactaagt gatttttttg rtattcattt aggtctttta 120
tttcttgata tgcttgaaat ctaattgtct tttaaatgca ctaata 166
<210> 13
<211> 151
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 13
gattacaggc gtgagccacg gcacctggag agaaaaaagc ttctttaatg acgacctcaa 60
cataatttac atggagaagt ttcttaggtg gaaaaccgat ytgtatggtc ctcagaatgt 120
aacctacagg ttcttgccct cagaaaaatg c 151
<210> 14
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 14
taaggaagag ggacagctat gacctaatgc ttgcttggac cactataagc atgccaggga 60
aaatattcag gctaaattgt cggctctaag aacatgaagt rtattgattt ctttattaca 120
gctagcagat atttaagaat gttagcacag gtctttgaat aaattttgct tttaagagaa 180
gttactattt attcctaatt 200
<210> 15
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 15
tggacaatgg gaataaagca tttctaaagc accgactgga gaggaaggca acagagacaa 60
ggagagaagc cgagagacat gtctgcgtgc tgccacgcat ytgagcgatt gctctgtgaa 120
gagttgtaca ctgaacactt tcaggggagg ctgtttaccc aggcaatgtc ctcaaacaag 180
cctgtgccgg ggtgtcctgg 200
<210> 16
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 16
agaggcggcg gctccggaac gagctgctcc cacagcccct ccgctcctcg ccgtctcgcc 60
ttcgtcccca gcttacccag ttctgcgcgt tattgctcag yttgactttc ttgcacaggc 120
tcccggggat ctccatgacc gcggagcgcg ctgagcagcc ggggttctct gcgccgggan 180
ggtagcaaga ggagggcagg 200
<210> 17
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 17
ttagcagtcc cgcaaagctt gaggtttact catttttact ttctttagtc tctgggcaag 60
gaactaagag gtagtataga attctagacg atggaaactt yagaatggac aggattttaa 120
aaattatata ttccattctc ctgggttaca ggtggtctta cagctaaact atttgagact 180
gttgaagcca ttcgattttt 200
<210> 18
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 18
ttatgaggaa cagatgagat agtgaggttg agtgccagca cagtagccag tactcaatca 60
aatataactg taaaacaaag gggcagttcc taaggcccaa ratggagttt tagtcaaaag 120
gaaataaggc aaaaggccag ttacaagatg gagcaggccc tgcagtggag ttgaaaaccc 180
aggtcaccat gatgactgtg 200
<210> 19
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 19
ttaggaaatt ttcaatggag aaaataagtt ccaaaagtca ttctttctca gattaagatg 60
tcttgggttt cagtttactt ctttaaagaa agattcagag ytagtactga ggacccagac 120
tttcttgatg tgggaaatag ataattttct gttctgttga cattttttct ctctcttctc 180
tcattttcaa agtacagttc 200
<210> 20
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 20
taccatcctc acatcttgta tagactcctt ttatcagggc ctggtggtcc cagttcttcc 60
tagagaaacc catagcaaca ttcttgatgg tcagtggtcc rtggactggg ggggtcccca 120
tggccatctg tccttcctct tggctccctt ctgaggggca ggcagggtcc taaaaggaca 180
gagccctgtg gacctggcag 200
<210> 21
<211> 173
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 21
aaacattgtt tacataagta aacaagccag ggctgctgtg aaagttatta tggaagatac 60
aatttatata ttttctggaa aatatatcgc ctcatatata yagacaaaac ctttgcttta 120
acatgtttgt gcaactaatt acttactttc caatgagtac aatttcccac tag 173
<210> 22
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 22
gaggtgggca ctggtggctt ccagcctagg gctgtgactc tgctgttagg ggcacgctgc 60
tacacaggca ccaacctctc tagcacaggg gttcctccaa ktgtgctgtg ggggcccccg 120
agaccctttc aggggttccc ccaggttcct tgaaaggctc cnctgattag atcaggccca 180
ccaagatcac ctccctttgg 200
<210> 23
<211> 201
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 23
agagtcataa gaagggtttt ctctctccta aggaggaacc aaagggggaa aaaaagtctc 60
tttgcttcta gacgttgttt ctgtagatgt aaaggctgtt macttctgca gtcatcttgc 120
tgagaataaa ttcagaatga agatggcaaa atggagcaag aaataagtta atgacccgga 180
aggcctcctt ctgaagttgt t 201
<210> 24
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 24
caccatttat ttcctatttt ctctcctgag ttaaatagga aacatgtctc gcattacttg 60
aaaaatcaag tcaaactatg ctcttactag gagttatggt yctttttatg tcttagatga 120
tgcttgatct agatgaatgc ggacttgctg tagctagata aatacaatgg gagtttgaag 180
gtgtttcgta gccctggaaa 200
<210> 25
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 25
agaactgtgg agcgattcct gatttttgag caggaagagt gacaattcaa aacagtattt 60
gactagattc acggctccgt agcatcccct tgggtgggag sgggaaggct gactaggacc 120
tctgattctt ctttccctga gctttgaagg ctctgaaaat acagctgggg ggacttgccc 180
agttttctta ttaagcaatt 200
<210> 26
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 26
agcacagttc caagatgcgc tgacatgttc tgcaggcgag agagcctttc gctggactgt 60
gactcacgga ggtggtgagg ccgctggttc taaccaagag ratgccagcg agaccactca 120
gcctcccctg gtggctgccc tggtttaatg ctcatgaaat gccagcctgt ggccattctg 180
ctgggtaaag agggtggtgt 200
<210> 27
<211> 125
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 27
cccagcagga acccttctgg aagggaatat ttgcagagat ttcccagatc tatgtgccct 60
tctgcttcct ctatgcttac tgctctcacc tgggccaccc mtgaaggtgg gcttgctgtt 120
tcagc 125
<210> 28
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 28
tggcgcgtgt gcaattagca atgcagtgta tatacaagaa gccatgctgt taacagttta 60
tctcaagtaa tttggtgtca tttacaaaag gaagaaattc ytgccatcag aagggacaga 120
aggagatgga atgatcaaat cacagagaaa cactaaaatt actaaatcta caacagctcg 180
ccttattttt cttggaccca 200
<210> 29
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 29
gagacaacgg ggatcaggca gaggggtggg cacataggag gcaacgtaaa ccagaactga 60
ggctgggcca ggccagggtg tcagaggctg aggcggggag kcgggctgcc cttgggctgg 120
attgcaaggc gaagaagcag gagggagagg ctgagagtgt ggaggggagg gggcttgtag 180
cgtgtgattg gagggaggac 200
<210> 30
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 30
ctacccacaa aagtttcttt gtacttattt acnagtcctg atgtttttgt tagaaaaaca 60
ttgccacctn tttttaccca gccaggtctc agcctaagtg ycactgggtc cagtttctct 120
catcttctga gcagttggcc taaagtgacc ctatgttttc cttttttctt tctcctcttc 180
ctcttccaca ccagtgcaaa 200
<210> 31
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 31
tttttaggct taaaaagata ttttaatgta actctatcca attctcaatt ttaggcctgc 60
cagaattgaa actcaagctt aactataatc atcaccaagc rttacttttg aagccctccc 120
gtaaatatga ggctgttaag gatgcaatac tataccgcgt gtctcttagg ttagttggaa 180
aaatgagtta gaaaatgagg 200
<210> 32
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 32
aaagctgagt aagcacctat agtaacaggt aacaaagtat tctagggatc agctgctgtg 60
agttagttca caagtgcttt aagtacgtgt taatcaaaga ygatgtattt ttcatttctg 120
acaataaaca tctggggcat cctacatttt tcctgggcaa tttgccttta tcattatatt 180
ttaatctctg atgcaatctt 200
<210> 33
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 33
ccacttccct ctcacacaga atagatttcc atagggtgag aattcaagag aaacttttta 60
attgtacagc aaagtgttta ctttgccacc aacctgccct rtagcttaag catatggcta 120
ccttttctat caacagctgg gcttctgtag gtttggcact cggtatacca tcccagcgca 180
gtcaaaaacc tgcaggtgac 200
<210> 34
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 34
atgttgttca gagggctatt cagagaatgg aaacccaagg ctcacctttc ttgagtctaa 60
gtacccactc agccaagtat atttagcaaa atagaaaaac yaaactgctt tggtgactgg 120
actttgccaa tgtctgaaag aaagaagtaa cagaaaggag agtctaaagt tgatcctgta 180
cagtataaaa catttcccca 200
<210> 35
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 35
tggatgtact catagagagg gctggagcgc actgggacac tggcaaactg atgagtgccg 60
ggctccagaa gccgcccatg gcccttccct tcttgggatt ktatctcccc gacttggcgg 120
tgcctctgtt cctccttctg ctggcggcgg atgtgttctt cccgtaattt cctttcccgt 180
tcctggcgac gtttctgctc 200
<210> 36
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 36
gggaataaat tagttttcct tgacagtata tactgcctgt ttctgtccat cctcttattt 60
gcttcttttt ctttgctctt ccactccagt ccttaagcga ktttagtttt attcgttcct 120
cttgtccctt ttcatgataa caatgtgtca tagtctgctt taaagttttt catacttacc 180
gatgttagtt ttattgctag 200
<210> 37
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 37
tggggacaga gcctgtgggg agtcttgatg tagtcttgtc cttgaaatcc attcacggct 60
ctgctgagat ctcgggaaag agtctcttta taaatatggg kttttgtttt ttcaaatttt 120
ggaaaagtca cctctggttt taaaacaatt acttcccgct ccaaacagat tagtcacttc 180
ccaagaacca tgcttctctc 200
<210> 38
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 38
attatagaca agcagagagg gaatggatcc gagggtgacc tggctgaatt aaaagtactg 60
catctaagtg tgtgcaggtt gtagtccaca gtaatggtgc yattcggagc tgtgtgtacc 120
tgcactactg catcaggtga ccttatccag cataacggta caacagaaat ttaacttgaa 180
acaggtttat tgacttgctt 200
<210> 39
<211> 201
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 39
gtgacaaacc tgagactaga aaactactac atatgacatc ctacacactg actcccttct 60
tcagctctgt ctgataaagg gatgagagat cgtttcttat yattacacat acacgccact 120
tccgttcctt ccatctaaac ctagttcaga aacaccgcta agaattccca cccccaaaaa 180
aatggggatg ggggaagaga a 201
<210> 40
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 40
actgaggtta gtctcttgta ttaaactctt cacaaaatct gtttagcagc agcctttaat 60
gcatctagat tatggagctt ttttccttaa tccagctgat sagttacagc ctgttagtaa 120
catgagggga cattttggtg agaaatggga cttaactcct tccagtgtcc ttagaacatt 180
ttaattcatc ccaactgtct 200
<210> 41
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 41
cgagactcaa gataatgtac taaagacctt tagcacaatg tctgacatct ggtgttcaat 60
aagtggtgat attgctcaat ttcattccaa ttcaaactta yaaacatcca tgggaagtct 120
gctttataga caagcaatag gggagcacag taattatttg ggaggggaaa tctcagcagt 180
tcttccaagt gacacattct 200
<210> 42
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 42
atttgctgac tttgccaagc gatgagccac acaggattgg gaagcctgaa tgtcatcagt 60
caaggcccag agtgctgaac ctatgaggcc tggggagacc rctgtgaatt cctgcatcgt 120
cactgagatc atcatatcct gtgaaaaaca tctgccagcc actgtctgtg ttgtagaaag 180
ctgctgatgg gaaaacttgg 200
<210> 43
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 43
cataaaccct caataaacct aagctactat tattaagtac tgtgtgtcca cacaaaaaaa 60
aggtctggaa agatatagcc accaggagta gttatgagga rtgaggcaga gaggctgatg 120
gaggacttcc attttctatt ttgtatacta cttttctagt gtttacaaat gagcttgtat 180
tgtttttatc atcagcaaaa 200
<210> 44
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 44
atagcaggcc agggctctgt aggcttgttt tgctgctgtg cctgttgcca aatgcttgaa 60
aatcctgaag tacaaacata acagtctgaa ttaaatttca ytgattttat ctttctcttc 120
cttttctcac tgtggtgcag ttgttaatgg aattctagcc aaaaggatgt gggaggagag 180
gaaggagcca caaagggaga 200
<210> 45
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 45
ttagtcatga tgttctggtt tttatttata cattcatctg aaagagcaaa gtggtagagc 60
taaaatcagt aagcttggct ctgtttccaa actcataaaa rtgcaatatc gtggcagaaa 120
gattcttgtc ctatttctta ttttacctgg gcttttggga tttcacatgg acatagttgc 180
aaaataatac tccccaaact 200
<210> 46
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 46
ctaaccaagc ttgcccatat ttcacatgtt gagtttgttc attttaactg tcaattggcc 60
taattttccc atttctagca ttttaatttc tccagagctt kcatactaca ttgaacacca 120
attcagtgac ctggaacaat tccactcgca tttgttcctt ttagaccatt tcactgggag 180
tatgtttcca atccacttat 200
<210> 47
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 47
cagagacctg gtcctaaatc tgtgtgactt ttgcgaaatc cttttgcctc acagagctct 60
aggttcttat ctgtcaaaca ggaaccagac catcagatcc rtagagatcc aaccaatgaa 120
ggagacttcg aaaacttcac attgccgtgt caatgtgagg ttgctggatg gttatgacaa 180
gaaatcacat taaattcact 200
<210> 48
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 48
gcaggaggaa gggtgcctga ttcacagggg agatgcctga tggcgggtgg ggggctgctg 60
ttggcatccc cactggaacg tttgtcctaa tgggggcctg rctccctcat cagtggcttg 120
tcccaaaaca acaaccagtg ttcccaaacc tatacttcct ctttggattt ttgtttttca 180
tctagttgga gggaataaaa 200
<210> 49
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 49
tcattagttt attgcatccc caaggctttg ataacaaatg aagcaaatat tttcaaattt 60
ttctggttac ccaataagaa aaatcatgtg actttccaca yctgccatca ttggaagtga 120
caaaactcta gatacttggg tcattgttat catttgtcta tcttccttgg tatgctctat 180
tcttcgttgt ggagtaataa 200
<210> 50
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 50
ccagggtcgg cgcctgcccc agcctgagta ttgccctgat tctctgtacc aagtgatgca 60
gcaatgctgg gaggcagacc cagcagtgcg acccaccttc rgagtactag tgggggaggt 120
ggagcagata gtgtctgcac tgcttgggga ccattatgtg cagctgccag caacctacat 180
gaacttgggc cccagcacct 200
<210> 51
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 51
tctgacattc tctggttata aaactagagt atcaaaatgc atgagagtgc ctgctcagat 60
aaccatcaga tgaatatgaa gcttgctcat ccctgggagt rcagaaatca gctcctttta 120
cctcttgaag aagtggatac agcatcctct actgctcaat tgcataaacc agcacttgtc 180
cttggtgagc cgttgtttgc 200
<210> 52
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 52
atagaatttt tggtatactg aacaaaggga ttaaaaaggt cagttttatg tagggacttt 60
ctttgctggg gagggaaggt ctcatcccca agaattattt mtttattttc ccttcccaga 120
gtttttacat ggaagtatga aatattacct tcctactata taattaatag aaaaaataaa 180
cagagcccag attatactat 200
<210> 53
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 53
gcatagtact cagactcatt gaaagtttat agaatttggc ctgtgtggaa aactctgtgc 60
tccaagtaca acaactaact gaattctcta atttaaacaa stttgaaggg aagtgaaagg 120
ttataaaatg atacagactc ataccgcaga atcaccttaa aatgcagctg ttggagaaaa 180
aaaaaaagga agctttatgc 200
<210> 54
<211> 176
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 54
ttttcctggg cttcatgggc catttaaatt gtgaaccccc agggacacag tgcttagccc 60
aagccatcag tgcttgaaaa taggcatttc tgtcatcgag wttctgtatg ttgagatata 120
ttttgagata ggcttaaggg tgaggacatt tggctggagt cagcaataag ttgcaa 176
<210> 55
<211> 201
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 55
cacaagacta gattgcagga agatgtgaaa gcatttggct aattctgaca tttggctaat 60
aacatcctca cagtatgtcc caagtatctt ctgcccttcc yaccacggtg agcagtcatg 120
acagtgaggg tggcataggt gggatgtgtg gctggcagaa gccagtgggc aagagttgtc 180
cacagaatag tccatgagct t 201
<210> 56
<211> 200
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 56
tagagggggt gcgggacggg gactcacagg agatgcagga cggcccgaac atagtaattc 60
ctggtaaagg gcccgaacag cttcaccacg gcggtcatgt rcttctgtcc cctgggggag 120
ggaggaaggc gagacggcgc ggctgggcct ctcccactcg ggactccttt gctgccctgc 180
tgaccacccc agggcaccca 200
<210> 57
<211> 201
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 57
gttcacttgc tgctaccctc ttgtgcccac tttggcttaa taaatcccaa tccagcctag 60
ctgatttact gaagaacaaa gggatgacta gtttttgcta ygccaaggtg agtctaggat 120
cttaaaactt ttctaagggt gccaaggagt tagaatcagg ggacctaagt tttttctcct 180
gaaggcattt ctgagtagta g 201
<210> 58
<211> 201
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 58
tgttgatgag aaaattactt tcccttctga cattgatcct caagttttct atgaactacc 60
agaagcagta caaaaggaac tgctggcaga gtggaagaga rcaggatcag atttccacat 120
tggacataaa taagcatatt cagcaaaaag gtctgaaaag caagggaata ccattatttt 180
cggattagcg gtttattaag c 201
<210> 59
<211> 201
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 59
atgtgcatgt agccctttca gtaaggagtg tatggggagc ttgggccctc tgtggccttc 60
catttatttg catgtagcct cctagtcaac tagggttgta mggggagcct atgtagtccc 120
tctttggttc tctcatttcc aaatctcctg gtgacatatc tggctggtcc actgatctgt 180
ccttcacccg aaccacgact g 201
<210> 60
<211> 201
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 60
gcacgtgggc ctccacgatt ccttggcatg cgtgtcactc tgggcaacag gctggtcggc 60
cacgactgcg caggcgagag gcacagagcg actggagact ktagtccccc ggtttccctg 120
gagaccaggc ggaagcggcc ggaagtagcg ctgcggttgg cagcggcggg atggagaagc 180
tgggggtgga gccggaggag g 201
<210> 61
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 61
acgttggatg ccaagtaggg aatcaggatc 30
<210> 62
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Homo sapiens
<400> 62
acgttggatg ggtctccact gatatttggg 30
<210> 63
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 63
ggatctttca tctcattatt aggt 24
<210> 64
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 64
acgttggatg gttagaaagc agcactgtgg 30
<210> 65
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 65
acgttggatg tcttaggagg tcattggtgc 30
<210> 66
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 66
tggcagctct cagaagg 17
<210> 67
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 67
acgttggatg gtaggattct accttagaag c 31
<210> 68
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 68
acgttggatg taaggagttt cagtgcaccc 30
<210> 69
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 69
accttagaag cttgggg 17
<210> 70
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 70
acgttggatg ttccagtcct agtgaaacgg 30
<210> 71
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 71
acgttggatg accctggtgt ctgacttttg 30
<210> 72
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 72
aacgggagag aaagaaggt 19
<210> 73
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 73
acgttggatg cacagttgta aagactttgc c 31
<210> 74
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 74
acgttggatg gtggtttgat aatttccaag 30
<210> 75
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 75
tgcctaattt ctggcaacta 20
<210> 76
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 76
acgttggatg gatggactta agagatcatc c 31
<210> 77
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 77
acgttggatg tgaacatcag cagctttccg 30
<210> 78
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 78
agagatcatc ccaacct 17
<210> 79
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 79
acgttggatg acacttgttt gatgcctgcc 30
<210> 80
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 80
acgttggatg tttacagact gtcctctgcg 30
<210> 81
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 81
ctgcctctag ggcaatga 18
<210> 82
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 82
acgttggatg agactgcgag tcacgtgcga 30
<210> 83
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 83
acgttggatg gctttgtttt ctccacccac 30
<210> 84
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 84
gacagaggag gcggagc 17
<210> 85
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 85
acgttggatg aagcctttct taagctctgg 30
<210> 86
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 86
acgttggatg cttcctcatc tctctttccc 30
<210> 87
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 87
agctctggta acttgcatat a 21
<210> 88
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 88
acgttggatg tttcaagcca ccattgcagc 30
<210> 89
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 89
acgttggatg tcaaagtctg tgtgctcatg 30
<210> 90
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 90
ggtttgtctg aggcacc 17
<210> 91
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 91
acgttggatg ctcattagac tcagaaggcg 30
<210> 92
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 92
acgttggatg ccatctctcc ttcctcttac 30
<210> 93
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 93
aggtcacctg agtaagcag 19
<210> 94
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 94
acgttggatg aatggcctgt taaacctagc 30
<210> 95
<211> 32
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 95
acgttggatg gcatatcaag aaataaaaga cc 32
<210> 96
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 96
gctaaaacta agtgattttt ttg 23
<210> 97
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 97
acgttggatg tttctgaggg caagaacctg 30
<210> 98
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 98
acgttggatg tggagaagtt tcttaggtgg 30
<210> 99
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 99
ttacattctg aggaccatac a 21
<210> 100
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 100
acgttggatg tcaggctaaa ttgtcggctc 30
<210> 101
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 101
acgttggatg caaagacctg tgctaacatt c 31
<210> 102
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 102
gtcggctcta agaacatgaa gt 22
<210> 103
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 103
acgttggatg cagtgtacaa ctcttcacag 30
<210> 104
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 104
acgttggatg acagagacaa ggagagaagc 30
<210> 105
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 105
cttcacagag caatcgctca 20
<210> 106
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 106
acgttggatg ctccgcggtc atggagatc 29
<210> 107
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 107
acgttggatg ttacccagtt ctgcgcgtta 30
<210> 108
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 108
ctgtgcaaga aagtcaa 17
<210> 109
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 109
acgttggatg ggcaaggaac taagaggtag 30
<210> 110
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 110
acgttggatg acctgtaacc caggagaatg 30
<210> 111
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 111
tctagacgat ggaaactt 18
<210> 112
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 112
acgttggatg acagtagcca gtactcaatc 30
<210> 113
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 113
acgttggatg tggccttttg ccttatttcc 30
<210> 114
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 114
cagttcctaa ggcccaa 17
<210> 115
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 115
acgttggatg tcaagaaagt ctgggtcctc 30
<210> 116
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 116
acgttggatg ctcagattaa gatgtcttgg g 31
<210> 117
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 117
ctgggtcctc agtacta 17
<210> 118
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 118
acgttggatg ctagagaaac ccatagcaac 30
<210> 119
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 119
acgttggatg caagaggaag gacagatggc 30
<210> 120
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 120
ttgatggtca gtggtcc 17
<210> 121
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 121
acgttggatg gtgggaaatt gtactcattg g 31
<210> 122
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 122
acgttggatg tctggaaaat atatcgcctc 30
<210> 123
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 123
ttaaagcaaa ggttttgtct 20
<210> 124
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 124
acgttggatg acaggcacca acctctctag 30
<210> 125
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 125
acgttggatg ggagcctttc aaggaacctg 30
<210> 126
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 126
tagcacaggg gttcctccaa 20
<210> 127
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 127
acgttggatg gcttctagac gttgtttctg 30
<210> 128
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 128
acgttggatg tgctccattt tgccatcttc 30
<210> 129
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 129
tgtagatgta aaggctgtt 19
<210> 130
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 130
acgttggatg acagcaagtc cgcattcatc 30
<210> 131
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 131
acgttggatg caaactatgc tcttactagg 30
<210> 132
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 132
agcatcatct aagacataaa aag 23
<210> 133
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 133
acgttggatg gaatcagagg tcctagtcag 30
<210> 134
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 134
acgttggatg ttgactagat tcacggctcc 30
<210> 135
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 135
tcctagtcag ccttccc 17
<210> 136
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 136
acgttggatg gtgaggccgc tggttctaac 30
<210> 137
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 137
acgttggatg tgagcattaa accagggcag 30
<210> 138
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 138
ccgctggttc taaccaagag 20
<210> 139
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 139
acgttggatg tctatgtgcc cttctgcttc 30
<210> 140
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 140
acgttggatg gctgaaacag caagccca 28
<210> 141
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 141
ctctcacctg ggccaccc 18
<210> 142
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 142
acgttggatg atctccttct gtcccttctg 30
<210> 143
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 143
acgttggatg gaagccatgc tgttaacagt 30
<210> 144
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 144
tgtcccttct gatggca 17
<210> 145
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 145
acgttggatg acgtaaacca gaactgaggc 30
<210> 146
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 146
acgttggatg ttcttcgcct tgcaatccag 30
<210> 147
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 147
tcagaggctg aggcggggag 20
<210> 148
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 148
acgttggatg tcactttagg ccaactgctc 30
<210> 149
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 149
acgttggatg tttttaccca gccaggtctc 30
<210> 150
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 150
agaaactgga cccagtg 17
<210> 151
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 151
acgttggatg cctcatattt acgggagggc 30
<210> 152
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 152
acgttggatg aggcctgcca gaattgaaac 30
<210> 153
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 153
gagggcttca aaagtaa 17
<210> 154
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 154
acgttggatg aatgtaggat gccccagatg 30
<210> 155
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 155
acgttggatg cagctgctgt gagttagttc 30
<210> 156
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 156
ttgtcagaaa tgaaaaatac atc 23
<210> 157
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 157
acgttggatg tgtttacttt gccaccaacc 30
<210> 158
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 158
acgttggatg agtgccaaac ctacagaagc 30
<210> 159
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 159
tgccaccaac ctgccct 17
<210> 160
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 160
acgttggatg cattggcaaa gtccagtcac 30
<210> 161
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 161
acgttggatg agtctaagta cccactcagc 30
<210> 162
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 162
agtcaccaaa gcagttt 17
<210> 163
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 163
acgttggatg atgagtgccg ggctccagaa 30
<210> 164
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 164
acgttggatg agaaggagga acagaggcac 30
<210> 165
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 165
cttcccttct tgggatt 17
<210> 166
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 166
acgttggatg tctttgctct tccactccag 30
<210> 167
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 167
acgttggatg gaaaagggac aagaggaacg 30
<210> 168
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 168
ccactccagt ccttaagcga 20
<210> 169
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 169
acgttggatg tgagatctcg ggaaagagtc 30
<210> 170
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 170
acgttggatg aaaccagagg tgacttttcc 30
<210> 171
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 171
aaagagtctc tttataaata tggg 24
<210> 172
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 172
acgttggatg tggataaggt cacctgatgc 30
<210> 173
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 173
acgttggatg agtgtgtgca ggttgtagtc 30
<210> 174
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 174
tacacacagc tccgaat 17
<210> 175
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 175
acgttggatg ggtttagatg gaaggaacgg 30
<210> 176
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 176
acgttggatg cagctctgtc tgataaaggg 30
<210> 177
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 177
aagtggcgtg tatgtgtaat 20
<210> 178
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 178
acgttggatg ccctcatgtt actaacaggc 30
<210> 179
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 179
acgttggatg gcagcagcct ttaatgcatc 30
<210> 180
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 180
gttactaaca ggctgtaact 20
<210> 181
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 181
acgttggatg gtctataaag cagacttccc 30
<210> 182
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 182
acgttggatg gcacaatgtc tgacatctgg 30
<210> 183
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 183
agacttccca tggatgttt 19
<210> 184
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 184
acgttggatg aatgtcatca gtcaaggccc 30
<210> 185
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 185
acgttggatg tgatctcagt gacgatgcag 30
<210> 186
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 186
tgaggcctgg ggagacc 17
<210> 187
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 187
acgttggatg ggaaagatat agccaccagg 30
<210> 188
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 188
acgttggatg aatggaagtc ctccatcagc 30
<210> 189
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 189
caggagtagt tatgagga 18
<210> 190
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 190
acgttggatg cacagtgaga aaaggaagag 30
<210> 191
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 191
acgttggatg tgcctgttgc caaatgcttg 30
<210> 192
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 192
aaggaagaga aagataaaat ca 22
<210> 193
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 193
acgttggatg gtaagcttgg ctctgtttcc 30
<210> 194
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 194
acgttggatg tgaaatccca aaagcccagg 30
<210> 195
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 195
gctctgtttc caaactcata aaa 23
<210> 196
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 196
acgttggatg gtcaattggc ctaattttcc c 31
<210> 197
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 197
acgttggatg gagtggaatt gttccaggtc 30
<210> 198
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 198
cattttaatt tctccagagc tt 22
<210> 199
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 199
acgttggatg caaacaggaa ccagaccatc 30
<210> 200
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 200
acgttggatg agcaacctca cattgacacg 30
<210> 201
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 201
accagaccat cagatcc 17
<210> 202
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 202
acgttggatg aggtttggga acactggttg 30
<210> 203
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 203
acgttggatg ggaacgtttg tcctaatggg 30
<210> 204
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 204
acaagccact gatgagggag 20
<210> 205
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 205
acgttggatg ttttctggtt acccaataag 30
<210> 206
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 206
acgttggatg caatgaccca agtatctaga g 31
<210> 207
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 207
atcatgtgac tttccaca 18
<210> 208
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 208
acgttggatg agtgcagaca ctatctgctc 30
<210> 209
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 209
acgttggatg aagtgatgca gcaatgctgg 30
<210> 210
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 210
cacctccccc actagtactc 20
<210> 211
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 211
acgttggatg agagtgcctg ctcagataac 30
<210> 212
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 212
acgttggatg tcaagaggta aaaggagctg 30
<210> 213
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 213
tgctcatccc tgggagt 17
<210> 214
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 214
acgttggatg gtagggactt tctttgctgg 30
<210> 215
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 215
acgttggatg tgtaaaaact ctgggaaggg 30
<210> 216
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 216
ctcatcccca agaattattt 20
<210> 217
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 217
acgttggatg ctgcggtatg agtctgtatc 30
<210> 218
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 218
acgttggatg ctctgtgctc caagtacaac 30
<210> 219
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 219
aacctttcac ttcccttcaa a 21
<210> 220
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 220
acgttggatg ttagcccaag ccatcagtgc 30
<210> 221
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 221
acgttggatg ctcaccctta agcctatctc 30
<210> 222
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 222
gcatttctgt catcgag 17
<210> 223
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 223
acgttggatg acatcctcac agtatgtccc 30
<210> 224
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 224
acgttggatg tcactgtcat gactgctcac 30
<210> 225
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 225
caagtatctt ctgcccttcc 20
<210> 226
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 226
acgttggatg aacagcttca ccacggcgg 29
<210> 227
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 227
acgttggatg aaaggagtcc cgagtgggag 30
<210> 228
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 228
cttcaccacg gcggtcatgt 20
<210> 229
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 229
acgttggatg taactccttg gcacccttag 30
<210> 230
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 230
acgttggatg ctgaagaaca aagggatgac 30
<210> 231
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 231
cctagactca ccttggc 17
<210> 232
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 232
acgttggatg gcttttcaga cctttttgct g 31
<210> 233
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 233
acgttggatg aaaaggaact gctggcagag 30
<210> 234
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 234
tgtggaaatc tgatcctg 18
<210> 235
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 235
acgttggatg tgagagaacc aaagagggac 30
<210> 236
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 236
acgttggatg ttgcatgtag cctcctagtc 30
<210> 237
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 237
gactacatag gctcccc 17
<210> 238
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 238
acgttggatg atgcgtgtca ctctgggcaa 30
<210> 239
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 239
acgttggatg tggtctccag ggaaaccgg 29
<210> 240
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 240
cagagcgact ggagact 17
Claims (25)
- 서열번호 1 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 각 101번째 염기를 포함하는 8개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드.
- 제 1항에 있어서,서열번호 57 내지 서열번호 60으로 구성되는 것을 특징으로 하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드.
- 제 1항에 있어서,서열번호 57 내지 60으로 구성된 군에서 선택되고 남성 및 비흡연자의 심근 경색 진단용인 것을 특징으로 하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드.
- 제 1항에 있어서,상기 8개 이상의 연속 뉴클레오티드는 8 내지 70개의 연속 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드.
- 제 1항의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드와 특이적으 로 혼성화하는 폴리뉴클레오티드.
- 제 5항에 있어서,8 내지 70개의 연속 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 폴리뉴클레오티드.
- 제 5항에 있어서,대립인자 특이적 프로브인 것을 특징으로 하는 폴리뉴클레오티드.
- 제 5항에 있어서,대립인자 특이적 프라이머인 것을 특징으로 하는 폴리뉴클레오티드.
- 제 1항의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩되는 폴리펩티드.
- 제 9항의 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 항체.
- 제 10항에 있어서,모노클로날 항체인 것을 특징으로 하는 항체.
- 제 1항 또는 제 5항의 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 포함하는 단일염기다형성 검출용 마이크로어레이.
- 제 1항 또는 제 5항의 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 포함하는 단일염기다형성 검출용 키트.
- a) 진단 대상으로부터 핵산 시료를 분리하는 단계; 및b) 서열번호 1 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드의 각 101번째 염기인 다형성 부위의 대립 유전자형을 결정하는 단계;를 포함하는 심근 경색 발병의 변경된 위험도를 갖는 대상을 확인하는 방법.
- 제 14항에 있어서,상기 b) 단계는 대립인자 특이적 프로브 혼성화 방법(allele-specific probe hybridization), 대립인자 특이적 증폭 방법(allele-specific amplification), 서열분석법(sequencing), 5' 뉴클레아제 분해법(5' nuclease digestion), 분자 비콘 어세이법(molecular beacon assay), 올리고뉴클레오티드 결합 어세이법(oligonucleotide ligation assay), 크기 분석법(size analysis) 및 단일 가닥 배좌 다형성법(single-stranded conformation polymorphism)으로 구성된 군에서 선택되는 방법에 의해 수행되는 것을 특징으로 하는 방법.
- 제 14항에 있어서,상기 변경된 위험도는 증가된 위험도인 것을 특징으로 하는 방법.
- 제 14항에 있어서,상기 변경된 위험도는 감소된 위험도인 것을 특징으로 하는 방법.
- 제 14항에 있어서,c) 상기 서열번호 1 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드의 다형성 부위의 대립 유전자형이 위험 대립인자를 포함하는 경우, 상기 대상을 심근 경색 발병의 증가된 위험도를 갖는 것으로 판정하는 단계를 추가적으로 포함하는 방법.
- 제 14항에 있어서,상기 진단 대상의 유형이 남성 및 비흡연자이고, 상기 대상에 대해 다형성 부위의 대립 유전자형을 결정하는 폴리뉴클레오티드가 서열번호 57 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 방법.
- 제 14항에 있어서,상기 폴리뉴클레오티드가 서열번호 57 내지 60으로 구성된 것을 특징으로 하는 방법.
- a) 서열번호 1 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드에 있 어서, 각 101번째 염기를 포함하는 8개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티트 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드와 엄격한 혼성화 조건 하에서 특이적으로 혼성화하는 시약을 핵산 분자를 포함하는 시험 샘플과 접촉시키는 단계; 및b) 혼성화된 이중 가닥의 형성을 검출하는 단계;를 포함하는 핵산 분자 내의 단일염기다형성(SNP)을 검출하는 방법.
- 제 21항에 있어서,상기 b) 단계는 대립인자 특이적 프로브 혼성화 방법(allele-specific probe hybridization), 대립인자 특이적 증폭 방법(allele-specific amplification), 서열분석법(sequencing), 5' 뉴클레아제 분해법(5' nuclease digestion), 분자 비콘 어세이법(molecular beacon assay), 올리고뉴클레오티드 결합 어세이법(oligonucleotide ligation assay), 크기 분석법(size analysis) 및 단일 가닥 배좌 다형성법(single-stranded conformation polymorphism)으로 구성된 군에서 선택되는 방법에 의해 수행되는 것을 특징으로 하는 방법.
- a) 서열번호 1 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 각 101번째 염기를 포함하는 8개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티트 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩되는 폴리펩티드를 결합 복합체 형성의 적합한 조건 하에서 후보 물질과 접촉시키는 단계; 및b) 상기 폴리펩티드 및 상기 후보 물질간의 결합 복합체의 형성을 검출하는 단계;를 포함하는 심근 경색 치료용 약제의 스크리닝 방법.
- 제 23항에 있어서,상기 b) 단계는 면역침전법(coimmunoprecipitation), 방사능면역분석법(RIA), 효소면역분석법(ELISA), 면역조직화학, 웨스턴 블롯(Western Blotting) 또는 유세포 분석법(FACS)으로 수행되는 것을 특징으로 하는 방법.
- 서열번호 1 내지 60으로 구성된 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 각 101번째 염기를 포함하는 8개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티트 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드에 특이적인 안티센스 뉴클레오티드 또는 Si RNA를 상기 폴리뉴클레오티드와 결합시키는 단계를 포함하는 유전자 발현 조절 방법.
Priority Applications (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR1020050047195A KR101138866B1 (ko) | 2005-06-02 | 2005-06-02 | 심근 경색에 관련된 유전자 다형성 및 그의 용도 |
US11/430,939 US20060257913A1 (en) | 2005-05-13 | 2006-05-10 | Genetic polymorphisms associated with myocardial infarction and uses thereof |
EP06768483.7A EP1880026B1 (en) | 2005-05-13 | 2006-05-15 | Genetic polymorphisms associated with myocardial infarction and uses thereof |
JP2008511059A JP2008545377A (ja) | 2005-05-13 | 2006-05-15 | 心筋梗塞に関連した遺伝子多型およびその使用 |
PCT/KR2006/001812 WO2006121312A1 (en) | 2005-05-13 | 2006-05-15 | Genetic polymorphisms associated with myocardial infarction and uses thererof |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR1020050047195A KR101138866B1 (ko) | 2005-06-02 | 2005-06-02 | 심근 경색에 관련된 유전자 다형성 및 그의 용도 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
KR20060125252A true KR20060125252A (ko) | 2006-12-06 |
KR101138866B1 KR101138866B1 (ko) | 2012-05-14 |
Family
ID=37729681
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
KR1020050047195A KR101138866B1 (ko) | 2005-05-13 | 2005-06-02 | 심근 경색에 관련된 유전자 다형성 및 그의 용도 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
KR (1) | KR101138866B1 (ko) |
-
2005
- 2005-06-02 KR KR1020050047195A patent/KR101138866B1/ko not_active IP Right Cessation
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
KR101138866B1 (ko) | 2012-05-14 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
KR101206029B1 (ko) | 대장암 진단용 다중 snp, 그를 포함하는 마이크로어레이및 키트 및 그를 이용한 대장암 진단 방법 | |
US20060263815A1 (en) | Multiple SNP for diagnosing cardiovascular disease, microarray and kit comprising the same, and method of diagnosing cardiovascular disease using the same | |
KR100754398B1 (ko) | 심혈관 질환 진단용 다중 snp, 그를 포함하는마이크로어레이 및 키트 및 그를 이용한 심혈관 질환 진단방법 | |
KR101138862B1 (ko) | 단일염기 다형을 포함하는 유방암과 관련된 폴리뉴클레오티드, 그를 포함하는 마이크로어레이 및 진단 키트 및 그를이용한 유방암 진단 방법 | |
KR101138863B1 (ko) | 단일염기 다형을 포함하는 대장암과 관련된 폴리뉴클레오티드, 그를 포함하는 마이크로어레이 및 진단 키트 및 그를이용한 대장암의 진단방법 | |
KR20060117691A (ko) | 대상의 유형에 따른 심혈관 질환 진단용 snp, 그를포함하는 마이크로어레이 및 키트 및 그를 이용한 심혈관질환 진단 방법 | |
KR100908125B1 (ko) | 심근 경색에 관련된 유전자 다형성 및 그의 용도 | |
KR100790871B1 (ko) | 심근 경색에 관련된 유전자 다형성 및 그의 용도 | |
KR101138866B1 (ko) | 심근 경색에 관련된 유전자 다형성 및 그의 용도 | |
EP1880026B1 (en) | Genetic polymorphisms associated with myocardial infarction and uses thereof | |
KR102409336B1 (ko) | 면역글로불린 a 신병증 및 혈관염 진단용 snp 마커 및 이를 이용한 진단 방법 | |
KR101972333B1 (ko) | 섬유근육통 진단용 조성물, 그를 포함하는 마이크로어레이 및 키트 | |
KR100912469B1 (ko) | 정신분열증 진단용 snp와 그를 포함하는 마이크로어레이및 키트 | |
KR100912470B1 (ko) | 정신분열증 진단용 snp와 그를 포함하는 마이크로어레이및 키트 | |
KR100912472B1 (ko) | 정신분열증 진단용 snp와 초위성체, 그를 포함하는마이크로어레이 및 키트 | |
WO2006137644A2 (en) | Genetic polymorphisms associated with myocardial infarction and uses therof | |
JP2008502341A (ja) | 電位型カリウムチャネルをコードするヒト肥満感受性遺伝子およびその使用 | |
KR100695147B1 (ko) | 다중좌 마커를 이용한 2형 당뇨병의 진단방법, 2형당뇨병과 연관된 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드 및마이크로어레이 | |
WO2006127609A2 (en) | Polymorphism in the macrophage migration inhibitory factor (mif) gene as marker for prostate cancer |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A201 | Request for examination | ||
E902 | Notification of reason for refusal | ||
E701 | Decision to grant or registration of patent right | ||
GRNT | Written decision to grant | ||
FPAY | Annual fee payment |
Payment date: 20150313 Year of fee payment: 4 |
|
FPAY | Annual fee payment |
Payment date: 20160318 Year of fee payment: 5 |
|
FPAY | Annual fee payment |
Payment date: 20170321 Year of fee payment: 6 |
|
LAPS | Lapse due to unpaid annual fee |