KR102202273B1

KR102202273B1 - Dna 오리가미 구조체의 강성 제어 방법

Info

Publication number: KR102202273B1
Application number: KR1020190040594A
Authority: KR
Inventors: 김도년; 이찬석; 김경수
Original assignee: 서울대학교산학협력단
Priority date: 2019-04-08
Filing date: 2019-04-08
Publication date: 2021-01-12
Also published as: KR20200118552A; WO2020209392A1

Abstract

본 발명은 DNA 오리가미 구조체의 단면 형상 변화를 동반하지 않으면서, 구조체의 강성만을 제어할 수 있는 방법에 관한 것이다.

Description

DNA 오리가미 구조체의 강성 제어 방법{Stiffness Control Method of DNA Origami Structure}

DNA 오리가미 기술은 통상 7,000∼8,000개 정도의 염기를 지닌 긴 DNA 가닥(strand)을 수십에서 수백 개의 짧은 단일가닥 DNA(ssDNA) 가닥들로 접고 고정하여 원하는 구조물을 만드는 기술이다.

DNA 나노기술에서는 원하는 형상의 구조물을 만들기 위해 왓슨-크릭 결합법칙을 이용하여 미리 프로그래밍된 특정한 염기서열의 DNA 가닥들을 합성한다. 해당 DNA는 자신과 상보적인 염기서열을 갖는 다른 DNA와 자가조립되어 이중나선 DNA를 이루며, 같은 원리를 이용하면 홀리데이 정션(Holliday junction 또는 crossover)이라 불리는 결합부위(접힌 부위)를 통해 두 개의 이중나선 DNA를 평행하게 연결할 수 있다. 이와 같은 방법으로 다수의 이중나선 DNA를 연결하면 2차원 평면상에서 특정한 형상을 갖는 DNA 나노구조물을 제작할 수 있으며, 같은 원리를 공간상으로 확장하면 특정한 격자구조를 갖는 3차원 형태의 구조물이 만들어진다.

DNA 오리가미에서는 구조물을 만들기 위한 기본 뼈대로 7,000∼8,000개 정도의 염기로 구성된 긴 단일가닥 DNA를 사용하며, 이를 스캐폴드(scaffold)라 부른다. 또한, 스캐폴드의 특정한 부분들을 연결하여 나노구조물 만들기 위해 20∼50개 정도의 염기로 구성된 짧은 단일가닥 DNA를 약 200개 정도 화학적으로 합성해 사용하며, 이러한 DNA를 스테이플(staple)이라 한다. 스테이플은 만들고자 하는 구조물의 형상에 따라 스캐폴드의 특정한 부분에만 결합될 수 있도록 그 개수 및 염기서열이 정확하게 설계되어야 한다.

스캐폴드 및 스테이플의 상호결합은 수용액 상에서 이루어지며, 그 안에는 완충용액 버퍼와 DNA 사이의 정전기적 반발력을 완화시키기 위한 염이온(MgCl₂ 또는 NaCl)이 첨가된다. 모든 반응물이 포함된 용액을 80℃정도의 온도로 가열시킨 후 수 시간에서 수십 시간 동안 천천히 온도를 낮추는 열풀림(thermal annealing) 기법을 이용하면 수용액 속 스테이플들이 스캐폴드의 지정된 위치에 상보적으로 결합하면서 DNA 나노구조물을 이루게 된다.

이러한 DNA 오리가미 기술은 수 나노미터(nm) 이내의 높은 정밀도로 기존의 하향식 제작기법으로 만들 수 없는 복잡한 형상의 2차원/3차원 나노구조물을 제작할 수 있다. 이를 통해 다양한 나노재료들을 원하는 위치에 정밀하게 배열하는 등의 응용이 가능하며, 또한 생체분자를 이용하므로 제작된 나노구조물의 생체적합성이 매우 우수하다.

그러나, DNA 오리가미 기술로 제조된 구조체에서 일부분, 또는 구조 전체의 강성을 변화시키기 위해 단면의 형상, 또는 DNA 가닥들의 배열 패턴을 변화시키고자 하는 경우에는 대부분의 스테이플 DNA 세트를 교체하거나, 전체 스테이플 DNA 세트를 새로 구성해야 하는 문제가 있다.

한국공개특허 제2016-0048232호

본 발명은 DNA 오리가미 구조체의 단면 형상 변화를 동반하지 않으면서, 구조체 전체, 또는 일부분의 강성만을 제어할 수 있는 우수한 DNA 오리가미 구조체 강성 제어 방법을 제공하는 것에 그 목적이 있다.

1. 스캐폴드 DNA에 복수개의 스테이플 DNA를 결합시켜 DNA 오리가미 구조체를 형성하는 단계를 포함하고,

상기 구조체의 강성 조절 대상 부위 내 적어도 일부의 인접한 스테이플 DNA의 양 말단 사이에 갭(gap)을 형성하는 DNA 오리가미 구조체(DNA origami structure)의 강성을 제어하는 방법.

2. 위 1에 있어서, 상기 갭을 1개 이상 형성하거나, 갭의 길이를 늘려 상기 강성 조절 대상 부위의 강성을 낮추는 방법.

3. 위 1에 있어서, 상기 갭의 길이를 1 내지 10 뉴클레오티드(nucleotide)로 형성하는 방법.

4. 위 1에 있어서, 상기 갭의 길이를 1 내지 5 뉴클레오티드로 형성하는 방법.

5. 위 1에 있어서, 상기 갭과 홀리데이 교차점 간 간격을 3 뉴클레오티드 이상으로 형성하는 방법.

6. 위 1에 있어서, 기결정된 길이의 갭을 기결정된 개수로 형성하도록 스테이플 DNA를 설계하는 단계를 더 포함하는 방법.

7. 위 1에 있어서, 상기 구조체는 2 내지 20개의 헬릭스를 포함하는 것인 방법.

8. 위 1에 있어서, 상기 강성은 굽힘 강성(bending stiffness)인 방법.

본 발명의 DNA 오리가미 구조체 강성 제어 방법은 DNA 오리가미 구조체의 단면 형상 변화를 동반하지 않으면서, 구조체의 강성만을 제어할 수 있어 그 효과가 우수하다.

도 1은 긴 원형 스캐폴드와 수백개의 스테이플 가닥으로 구성된 전형적인 DNA 오리가미 구조로서, 인접한 스테이플 두 끝이 만나는 여러 닉(nick, DNA single-stranded break)을 확인할 수 있다.
도 2는 설계된 결손부위 및 일반 닉의 확대 도면으로서, 자가조립 공정에서 일반 스테이플보다 짧은 스테이플을 사용하여 닉 위치에서 결손을 설계할 수 있다(화살촉은 스테이플의 3' 말단을 나타냄).
도 3, 4는 설계된 갭에 대한 2개의 디자인 파라미터의 모식도, 샘플 모노머(단량체)의 원자힘현미경(Atomic force microscope, AFM) 이미지 및 각 설계 케이스에 대한 120개의 대표적인 모노머의 윤곽선에 관한 것으로서, 초기 접선은 수평이다(Scale bar 및 ticks: 100 nm).
도 5는 체계적으로 다양한 갭 길이와 갭 밀도로 설계된 4HB와 6HB 구조의 굽힘 지속 길이의 측정결과로서, 실선은 계산으로 추정된 값의 스플라인 ??춤 곡선을 나타내고, 회색 점선은 2 nt 및 4 nt 길이 갭 설계에 해당하며, 오차 막대는 실험결과의 표준편차를 나타낸다.
도 6은 4HB-Ref 및 6HB-Ref 윤곽선의 첨도 변화를 나타낸 것으로서, 두 구조 모두 단량체의 길이 구간에서 이론적 2D 평형 상태에 해당하는 값인 3으로 수렴했다.
도 7은 대표적인 4HB-Ref(왼쪽) 및 6HB-Ref(오른쪽) 윤곽의 평균 제곱근 종단 거리(Mean-square end-to-end distance)를 나타낸 것이다.
도 8은 유한요소(Finite element, FE) 모델의 개략도로서, inter-helix 크로스오버는 회색으로 표시되고, ssDNA 갭은 파란색 실린더로 표시되었다. 일반 dsDNA 요소 및 ssDNA 갭 요소는 주황색 상자에 표시된 것과 같이, 기계적 강성 값이 서로 다른 빔 요소로 모델링된다.
도 9는 풀(full) 갭 밀도를 갖는 1 nt, 3 nt, 5 nt 갭 디자인의 실험값에 적합하도록 FE 파라미터 최적화를 수행함으로써 결정된, 일반 dsDNA 요소에 대한 갭 요소의 상대 강성 계수를 나타낸 것으로서, 2 nt 및 4 nt 갭 요소의 강성은 인접한 값은 2차 보간법에서 파생되었다. 번들의 굽힘 지속 길이는 갭 요소의 축 방향 강성에 크게 영향을 받는다.
도 10은 정상 모드 분석(Normal mode analysis, NMA)에서 얻은 첫번째 굽힘 모드의 개략도로서, 번들의 길이는 명확한 시각화를 위해 1/3의 축척으로 축소되었다.
도 11은 실험적으로 측정되고 FE 모델을 통해 예측된 굽힘 지속 길이와의 비교결과로서, 점선은 계산된 값의 스플라인 맞춤 곡선을 나타낸다. 오차막대는 실험결과의 표준편차를 나타낸다(P.L: 지속길이(Persistence length)).
도 12는 5 nt 갭을 갖는 84 nt 길이의 6HB 구조물의 평형 구성을 보여주는 분자 동역학(Molecular dynamics, MD) 시뮬레이션 스냅샷으로서, 박스처리 된 부분은 갭 부위를 나타낸다.
도 13은 시뮬레이션 시간 전체에 대한 MD 궤적의 평균평방근편차(Root-mean-square deviation, RMSD)을 나타낸 것으로서, 최종 200나노초(ns) 시간 범위의 결과가 분석 전반에 걸쳐 사용되었다.
도 14는 MD 시뮬레이션에 사용된 6HB의 개략도로서, 청색 영역에 존재하는 6개 염기의 궤적은 각 단면별로 2D 평면에 위치를 투영하여 분석하였다.
도 15는 갭이 있거나 없는 6HB 구조의 5개의 대표 평면의 시간 평균 횡단면 형상(time-average cross-sectional shape)으로서, 파란색 영역은 각 꼭지점에서 염기쌍 좌표를 나타내고, 각도는 6개의 내각에 대한 시간 평균 표준편차를 나타낸다(tick 및 scale bar: 20 nm).
도 16은 각 디자인에 대한 5개의 육각 평면의 평균면적을 나타낸 것이다.
도 17은 각 디자인의 평균 평면간 거리를 나타낸 것이다.
도 18은 시뮬레이션 결과 검증을 위해 실험 측정값, FE 시뮬레이션의 NMA, MD 시뮬레이션 궤적의 PCA 데이터 각각에 대하여 갭이 없는 기준(레퍼런스) 구조체 대비 결손 설계 6HB 구조체의 상대 굽힘 지속 길이를 나타낸 것이다.
도 19는 갭이 있거나 없는 6HB 구조체의 스캐폴드 가닥 상에 존재하는 모든 개별 염기들의 RMSF(Root-mean-square fluctuation)를 나타낸 것이고, 점선의 상자는 닉이 있는 부분, 실선의 상자는 갭이 있는 부분을 나타낸다.
도 20은 결손 설계된 다양한 횡단면 형상을 가진 번들의 굽힘 지속 길이를 나타낸 것이다. 회색 막대는 FE 시뮬레이션에 의해 추정된 각 횡단면에 대한 달성할 수 있는 굽힘 강성 범위를 나타낸다. 막대의 십자 표시는 서로 다른 갭 설계에 대해 실험적으로 측정된 값을 나타낸다. 흑색 실선은 모든 나선이 단단히 결합되어있을 때 유효한 것으로 알려진 이론적인 N²(N, 구성 dsDNA 나선의 수) 스케일링 경향을 보여준다. 노란색 및 빨간색 점선은 각각 이론값의 50% 및 70% 감소치에 해당한다. DNA 이중나선 한 가닥의 굽힘 지속 길이는 50 nm로 가정된다.
도 21은 풀 결손 밀도를 갖는 다양한 횡단면 디자인의 개략도이다.
도 22는 시뮬레이션 결과의 검증을 위한 갭 밀도 변이가 있는 10HB의 결과로서, 오차막대는 실험결과의 표준편차를 나타낸다.
도 23의 상부 도면은 각도조절이 가능한 구부러진 DNA 번들 디자인의 개략도로서, 빨간색은 결손 설계를 통해 강성이 변조된 힌지 영역을 나타내고, 3가지 다른 각도의 12HB 구조는 결손이 설계되거나 그러하지 않도록 디자인되었다. 중간부 도면은 일반 및 결손 설계 디자인의 겔 전기영동 결과를 나타낸 것이고, 하부 도면은 구조적 조립 수율로서, 모든 경우에서 현저한 상승이 관찰된다.
도 24는 상기 도 23의 대표적인 AFM 이미지이다(Scale bar: 300 nm).
도 25 내지 27은 6HB 디자인의 횡단면 분석(하단 실시예)을 위한 참조도면이다.
도 28은 4HB 갭 디자인의 (a) 사각-격자 패킹(square-lattice packing)된 4HB를 구성하는 반복 스캐폴드 및 스테이플 경로로서, 삼각형과 사각형은 각각 스테이플 DNA의 5' 및 3' 말단을 나타내고, (b) 색 상자가 해당 색인에 있는 닉이 프로그램된 길이의 ssDNA 갭으로 변경된 위치를 보여주는 개략도이다.
도 29는 6HB 갭 디자인의 (a) 벌집-격자 패킹(honeycomb-lattice packing) 을 가진 6HB를 구성하는 반복 스캐폴드 및 스테이플 경로로서, 삼각형과 사각형은 각각 스테이플 DNA의 5' 및 3' 말단을 나타내고, (b) 색 상자가 해당 색인에 있는 닉이 프로그램된 길이의 ssDNA 갭으로 변경된 위치를 보여주는 개략도로서, 다발의 양 말단에 위치한 11개의 닉은 갭 밀도 변화에 걸쳐 ssDNA 갭으로 변경되지 않았기 때문에 도면에서 생략되었다.
도 30 내지 32는 4HB-Ref의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 33 내지 35는 4HB-1nt-25%(단면 디자인-갭 길이-갭 밀도)의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 36 내지 38은 4HB-1nt-50%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 39 내지 41은 4HB-1nt-75%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 42 내지 44는 4HB-1nt-100%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 45 내지 47는 4HB-3nt-25%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 48 내지 50는 4HB-3nt-50%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 51 내지 53는 4HB-3nt-75%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 54 내지 56는 4HB-3nt-100%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 57 내지 59는 4HB-5nt-25%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 60 내지 62는 4HB-5nt-50%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 63 내지 65는 4HB-5nt-75%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 66 내지 68은 4HB-5nt-100%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 69 내지 71은 6HB-Ref의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 72 내지 74는 6HB-1nt-17%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 75 내지 77은 6HB-1nt-33%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 78 내지 80은 6HB-1nt-50%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 81 내지 83은 6HB-1nt-67%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 84 내지 86은 6HB-1nt-83%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 87 내지 89는 6HB-1nt-100%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 90 내지 92는 6HB-2nt-100%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 93 내지 95는 6HB-3nt-17%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 96 내지 98은 6HB-3nt-33%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 99 내지 101은 6HB-3nt-50%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 102 내지 104는 6HB-3nt-67%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 105 내지 107은 6HB-3nt-83%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 108 내지 110은 6HB-3nt-100%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 111 내지 113는 6HB-4nt-100%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 114 내지 116은 6HB-5nt-17%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 117 내지 119는 6HB-5nt-33%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 120 내지 122는 6HB-5nt-50%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 123 내지 125는 6HB-5nt-67%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 126 내지 128은 6HB-5nt-83%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 129 내지 131는 6HB-5nt-100%의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 132, 133은 각각 4HB-Ref 및 6HB-Ref 디자인의 접힘 지속 길이로서, 단위 세그먼트의 길이는 세그먼트 당 픽셀 값에 비례하고, 픽셀의 해상도는 약 4.9 nm/px이다.
도 134, 135는 각각 4HB-Ref의 첨도 분석 및 종단 간 거리 피팅 곡선을 나타낸 것으로서, 세그먼트 당 픽셀수는 4로 선택되었다.
도 136, 137은 각각 6HB-Ref의 첨도 분석 및 종단 간 거리 피팅 곡선을 나타낸 것으로서, 세그먼트 당 픽셀수는 5로 선택되었다.
도 138, 139는 윤곽 길이 범위를 변화시키는 동안의 굽힘 지속 길이의 계산결과로서, 도 138은 컷오프 길이의 정의로서, 컷오프 윤곽 길이 내의 데이터는 굽힘 지속 길이를 계산하는 데에 사용되었고, 도 139는 굽힘 지속 길이의 계산 값이 4HB-Ref 및 6HB-Ref 디자인에서 단량체 길이 범위 내에서 수렴되었음을 보여주는 그래프이다.
도 140, 141은 이미지의 해상도를 변화시키는 동안 계산된 굽힘 지속 길이로서, 각각 100 단량체를 사용한 4HB-Ref 디자인에 대한 결과와, 140 단량체를 사용한 6HB-Ref 디자인에 대한 결과를 나타낸 것으로, 분석 결과 1024 px 해상도가 모든 경우에 사용되었다.
도 142, 143은 이방성 갭 분포 결과로서, 각각 길이 방향에서의 이방성 갭 분포의 도식적 설명과 굽힘 지속 길이의 실험적 측정값을 나타낸 것이다. 파란색 점선은 스플라인 피팅된 FE 시뮬레이션 결과를 나타낸 것이고, 오차 막대는 실험결과의 표준편차를 나타낸다.
도 144 내지 146은 각각 6HB-5nt-25%-Axial 디자인의 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 147 내지 149는 각각 6HB-5nt-50%-Axial 디자인의 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 150 내지 152는 각각 6HB-5nt-75%-Axial 디자인의 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 153, 154는 4HB 디자인의 겔 전기영동 결과를 나타낸 것이다.
도 155 내지 157은 6HB 디자인의 겔 전기영동 결과를 나타낸 것이다.
도 158, 159는 구조 접힘 수율 분석을 나타낸 것으로서, 도 158은 구조 접힘 수율 계산 과정을 보여주는 4HB-Ref 디자인의 AFM 이미지로서, 자동화된 단량체 선택과정 후 잘 접히거나 잘못 접힌 단량체 구조를 수동으로 분류하였고, 모든 디자인 변형의 결과는 표 2에 요약되어 있으며(Scale bar: 500 nm), 도 159는 잘 접히고 잘못 접힌 단량체 구조의 대표적인 단량체 이미지이다(Scale bar: 200 nm).
도 160 내지 162는 전체 설계영역의 절반에서 42 nt 간격의 크로스오버(교차점) 수정을 하는 6HB 번들로서, 도 160은 변형된 영역 및 스테이플 디자인을 나타내는 개략도이고, 도 161은 수정된 경우의 접힘 지속 시간은 레퍼런스 디자인과 유사함을 나타낸 것이며, 도 162는 레퍼런스 및 42 nt 길이의 크로스오버 설계의 대표적인 AFM 이미지를 나타낸 것이다(Scale bar: 300 nm).
도 163 내지 165는 6HB-50%-42nt-교차 디자인의 각각 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 166, 167은 전체 설계영역의 절반에서 스테이플이 생략되는 6HB 번들을 나타낸 것으로서, 도 166은 생략된 스테이플의 개질 영역 및 대표 위치를 나타내는 개략적인 설명도로서, 결손 위치를 분배하기 위해 생략된 스테이플의 위치가 영역을 따라 변경되었고, 12개 스테이플로 구성된 단위 설계영역 내에서 2개의 얇은 쇄선 스테이플이 8.2% 생략 디자인에서 제거되었으며, 다른 두 개의 굵은 쇄선 스테이플이 16.4% 생략 디자인에서 추가로 제거되었고, 도 167은 두 경우의 AFM 이미지를 나타낸 것이다(Scale bar: 1 μm).
도 168 내지 173은 크로스오버 중심부(HJcore) 요소의 민감도 분석 결과로서, 도 168 내지 170은 4HB-Ref 디자인 번들의 계산된 굽힘 지속 길이이고, 도 171 내지 173은 6HB-Ref 디자인 번들의 계산된 굽힘 지속 길이이다. HJcore 요소의 축 방향, 굽힘 또는 비틀림 강성을 변화시키면서, 다른 두 표준화된 매개 변수는 1로 고정되었다.
도 174 내지 179는 5 nt ssDNA 갭 요소에 대한 민감도 분석 결과로서, 도 174 내지 176은 4HB-5nt-100% 디자인 번들의 계산된 굽힘 지속 길이이고, 도 177 내지 179는 6HB-5nt-100% 디자인 번들의 계산된 굽힘 지속 길이이다. 여기서 사용된 HJcore 요소의 강성 계수는 표 3에 나타내었고, 5 nt 길이의 ssDNA 갭 요소의 축 방향, 굽힘 또는 비틀림 강성을 변화시키면서, 다른 두 표준화된 매개 변수는 1로 고정되었다.
도 180은 MD 시뮬레이션에 사용된 DNA 서열로서, a 부터 d까지 각각, 갭이 없는 경우, 1nt 길이의 갭이 있는 경우, 3nt 길이의 갭이 있는 경우, 5nt 길이의 갭이 있는 경우에 대한 스캐폴드 가닥의 서열을 나타낸 것이다.
도 181은 갭이 없는 6HB 번들 구조의 MD 시뮬레이션 결과로서, (a) 초기 및 (b) 최종(320 ns 시뮬레이션 시간) 입체구조를 나타낸 것이다.
도 182은 6HB-1nt 갭(박스)이 있는 번들 구조의 MD 시뮬레이션 결과로서, (a) 초기 및 (b) 최종(320 ns 시뮬레이션 시간) 입체구조를 나타낸 것이다.
도 183은 6HB-3nt 갭(박스)이 있는 번들 구조의 MD 시뮬레이션 결과로서, (a) 초기 및 (b) 최종(320 ns 시뮬레이션 시간) 입체구조를 나타낸 것이다.
도 184는 6HB-5nt 갭(박스)이 있는 번들 구조의 MD 시뮬레이션 결과로서, (a) 초기 및 (b) 최종(320 ns 시뮬레이션 시간) 입체구조를 나타낸 것이다.
도 185, 186은 MD 시뮬레이션 동안의 각각 평면의 평균 면적, 평면 간 평균 거리를 나타낸 것이다.
도 187은 최종 최종 200ns 길이의 MD 궤적의 주성분 분석결과로서, Mode 7은 갭이 없는 경우, 3nt 갭이 있는 경우, 5nt 갭이 있는 경우의 디자인에서 첫번째 굽힘 모드였고, Mode 9는 1nt 갭이 있는 경우의 디자인에서 첫번째 굽힘 모드였다.
도 188, 189는 5nt 길이 갭 디자인의 ssDNA 갭과 끊어진 dsDNA 영역의 상세도면으로서, 도 188은 갭이 없고, 갭이 있는 번들 내의 모든 염기의 시간-평균 수소결합 파괴의 비율을 나타낸 것으로서, A, B 및 C는 부분적으로 끊어진 염기, SSDNA 갭 및 잘 짝지어진 염기를 각각 나타내는 대표적인 영역이고, 도 189는 평형 상태에서 5 nt 길이의 갭 디자인의 스냅샷과 도 188에 표시된 영역의 상세도면이다.
도 190, 191은 4HB-hex, 도 192, 193은 8HB-hex, 도 194, 195는 8HB-sq, 도 196, 197은 10HB-hex, 도 198, 199는 12HB-hex, 도 200, 201은 12HB-sq, 도 202, 203은 13HB-hex, 도 204, 205는 16HB-sq의 갭 레이아웃 및 측정된 굽힘 지속 길이를 나타낸 것으로서, 빨간색 상자는 5nt 길이의 갭 위치를 나타낸다. 그래프의 굵은 쇄선과 얇은 쇄선은 NMA의 2가지 첫번째 굽힘 모드에서 계산된 굽힘 지속 길이의 스플라인 피팅된 곡선이다. 빈 상자는 두 값의 조화 평균이고, 실선은 스플라인 피팅된 곡선이다.
도 206 내지 208은 각각 10HB-Ref의 디자인의 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 209 내지 211은 각각 10HB-5nt-20%의 디자인의 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 212 내지 214는 각각 10HB-5nt-40%의 디자인의 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 215 내지 217은 각각 10HB-5nt-60%의 디자인의 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 218 내지 220은 각각 10HB-5nt-80%의 디자인의 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 221 내지 223는 각각 10HB-5nt-100%의 디자인의 120개의 대표적인 단량체의 정렬된 윤곽 분포, 모든 측정 데이터를 피팅하여 계산된 평균 굽힘 지속 길이 및 AFM 이미지와 추출된 단량체의 윤곽을 나타낸 것이다.
도 224는 10HB 디자인의 겔 전기영동 결과를 나타낸 것이다.
도 225는 다른 힌지 강도(stiffness)와 내각을 갖는 12HB 구조의 대표 AFM 이미지를 나타낸 것이다.
도 226은 다양한 구조 모티프의 스케일 요소(scale factor)의 결정에 있어서의 최적화 문제를 나타낸 것이다.

이하, 본 발명을 상세히 설명한다.

본 발명은 스캐폴드 DNA에 복수개의 스테이플 DNA를 결합시켜 DNA 오리가미 구조체를 형성하는 단계를 포함하고, 상기 구조체의 강성 조절 대상 부위 내 적어도 일부의 인접한 스테이플 DNA의 양 말단 사이에 단일 가닥 DNA 갭(gap)을 형성하는 DNA 오리가미 구조체(DNA origami structure)의 강성을 제어하는 방법을 제공한다.

상기 방법은 보다 구체적으로, 상기 갭을 1개 이상 형성하거나, 갭의 길이를 늘려 상기 강성 조절 대상 부위의 강성을 낮추는 방법일 수 있다.

상기 방법은 기결정된 길이의 갭을 기결정된 개수로 형성하도록 스테이플 DNA를 설계하는 단계를 더 포함하는 방법일 수 있다.

상기 강성 조절 대상 부위는 실시자의 자유의사에 따라 가변적으로 설정될 수 있는 것으로서, 그 부위의 크기나 면적에 특별한 제한이 없으므로, 구체적으로 DNA 오리가미 구조체의 일부분 또는 전체 부위에 해당할 수 있다.

DNA 오리가미 구조체는 스테이플 DNA가 스캐폴드 DNA의 특정 위치에 결합하여 스테이플 DNA가 특정 위치에서 접혀 특정의 구조체를 형성하는 것으로서, 스테이플 DNA는 스캐폴드 DNA가 그러한 특정 구조체를 갖도록 설계된다.

본 발명에서 스테이플 DNA는 특정 위치에서 특정 길이의 갭이 형성되도록 설계될 수 있다.

인접한 스테이플 DNA의 마주보는 양 말단이 기결정된 길이의 뉴클레오티드 길이만큼 떨어진 위치에서 스캐폴드 DNA와 상보적으로 결합하도록 설계함으로써 갭을 형성할 수 있으며, 상술한 바대로 기결정된 길이의 뉴클레오티드 길이만큼의 갭 영역은 스캐폴드 DNA 만의 ssDNA 영역으로 존재하게 된다.

스테이플 DNA의 설계는 통상적인 방법에 따라 수행될 수 있으며, 예를 들면 cadnano 등의 디자인 프로그램을 사용할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

DNA 오리가미 구조물은 통상의 열풀림(thermal annealing) 기법을 사용하여 제조될 수 있다.

이는 원재료인 스캐폴드와 스테이플 DNA를 고온(예를 들어 65~95℃)으로 가열하여 모든 DNA 가닥이 단일가닥(ssDNA) 상태로 있도록 만들어 주는 것으로 시작한다. DNA 가닥은 염기서열에 따라 녹는점(melting temperature)이 존재하며 이 온도 이상이면 주로 단일가닥, 이하일 경우 주로 이중가닥으로 존재한다. 이후 반응 용액의 온도를 천천히 낮춰주게 되면, DNA 가닥이 상보적으로 결합하면서 이중가닥으로 존재하기 시작하며, DNA 오리가미에서는 평균 200개 정도의 스테이플 DNA가 협력적으로 결합하면서 설계했던 위치에 결합, 원하는 형상의 구조물이 생성된다.

스테이플 DNA마다 염기서열이 다르므로 결합 시점은 조금씩 다르지만 통상의 열풀림 기법은 충분한 시간(수 시간 이상)에 걸쳐 서서히 온도를 낮추기 때문에 모든 스테이플 DNA가 결합하기 충분한 조건이며, 따라서 구성하는 스테이플 DNA의 염기서열과 무관하게 원하는 형상을 갖도록 제작할 수 있다.

상기 스캐폴드 DNA는 단일가닥의 DNA로서 그 길이는 형성하고자 하는 구조체의 길이, 크기, 모양 등에 따라 적절히 선택될 수 있으며, 통상적으로 7000 내지 8000 염기(base) 정도의 길이를 가진 종류를 사용할 수 있다. 본 발명의 구체적인 실시예에서는 7,249 염기 길이의 M13mp18 DNA를 사용하였으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

상기 스테이플 DNA는 그 길이는 형성하고자 하는 구조체의 길이, 크기, 모양 등에 따라 적절히 선택될 수 있으며, 예를 들면 20 내지 50 뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

상기 DNA 오리가미 구조체를 형성함에 있어, 스캐폴드 DNA와 스테이플 DNA 간 A-T, G-C와 같은 상보적인 결합을 통해 DNA 오리가미 구조체를 형성하는 것일 수 있는데, 이러한 경우 양자간 자가조립(self-assembly) 과정을 통해 형성되어, 이중나선 구조(DNA duplex)를 형성하는 단계일 수 있다.

상기 갭(gap)은 인접한 스테이플 DNA의 양 말단 사이에 형성된 ssDNA 영역을 의미하는 것으로서, 스테이플 DNA와 상보적으로 결합하지 못한 스캐폴드 DNA 단일가닥 영역을 의미하는 것일 수 있으며, 그 구체적인 도식은 도 2, 8 등에서 확인할 수 있다.

상기 갭(gap)은 스테이플 DNA와 상보적으로 결합하지 못하여 이중나선 구조를 형성하지 못함에 따라, 해당 갭을 포함하는 대상 부위는 강성이 약해지는 결과를 낳고, 거시적으로는 DNA 오리가미 구조체 전체의 강성이 하향되는 방향으로 제어될 수 있다.

상기 갭(gap)의 길이는 상기 ssDNA 영역의 뉴클레오티드 염기 수로 나타낼 수 있고, 이는 1 내지 20, 1 내지 19, 1 내지 18, 1 내지 17, 1 내지 16, 1 내지 15, 1 내지 14, 1 내지 13, 1 내지 12, 1 내지 11, 1 내지 10, 1 내지 9, 1 내지 8, 1 내지 7, 1 내지 6, 1 내지 5 뉴클레오티드 길이로 형성될 수 있으며, 보다 구체적으로는 1 내지 10 뉴클레오티드 길이일 수 있으나, 적절한 길이의 갭을 유지하여 DNA 오리가미 구조체 전체의 형상 유지와 자가조립 과정의 완전성을 고려한다는 측면에서 바람직하게는 1 내지 5 뉴클레오티드 길이일 수 있다.

상기 갭(gap)의 개수는 강성 조절 대상 부위 내 상기 ssDNA 영역의 수를 의미하는 것으로서, (스테이플 DNA의 개수 -2)을 갭의 최대 개수로 하여, 해당 갭을 포함하는 대상 부위 및 DNA 오리가미 구조체 전체의 강성을 제어할 수 있다.

상기 갭(gap)은 홀리데이 교차점(holliday junction)과 10 뉴클레오티드 이상, 9 뉴클레오티드 이상, 8 뉴클레오티드 이상, 7 뉴클레오티드 이상, 6 뉴클레오티드 이상, 5 뉴클레오티드 이상, 4 뉴클레오티드 이상 또는 3 뉴클레오티드 이상의 간격이 되도록 형성될 수 있고, 스캐폴드 DNA와 스테이플 DNA 간 완전한 자가조립 과정을 통해 DNA 오리가미 구조체를 형성한다는 측면에서 바람직하게는 3 뉴클레오티드 이상이 되도록 형성할 수 있다.

상기 구조체는 복수개의 헬릭스를 포함하는 번들(bundle) 구조일 수 있고, 상기 구조체 번들 구조 내 헬릭스의 수는 2 내지 50, 2 내지 45, 2 내지 40, 2 내지 35, 2 내지 30, 2 내지 25 또는 2 내지 20개일 수 있고, 구체적으로는 2 내지 20개일 수 있다.

상기 스캐폴드 DNA 번들 내 존재하는 복수개의 ssDNA 헬릭스는 번들 내 위치하는 형태가 상이하도록 설정할 수 있고, 이러한 경우, 구체적으로, 상기 스캐폴드 DNA 번들의 횡단면 형태를 설정하는 단계를 더 포함할 수 있다.

상기 제어 대상인 강성에 있어서, 신장 강성(stretching stiffness), 비틀림 강성(torsional stiffness), 전단 강성(shearing stiffness), 커플링 강성(coupling stiffness) 또는 굽힘 강성(bending stiffness)일 수 있으나, 바람직하게는 굽힘 강성일 수 있고, 이러한 경우 굽힘 지속 길이(Bending stiffness length)의 값에 의해 계측되어 제어되는 것일 수 있다.

이하, 본 발명을 구체적으로 설명하기 위해 실시예를 들어 상세하게 설명하기로 한다.

기본적인 실험방법

1. DNA 재료

M13mp18 ssDNA(7,249 뉴클레오티드)는 New England Biolabs(N4040s)에서 구입하였다. 스테이플 DNA(Staple DNA) 올리고뉴클레오티드는 50 nM의 합성 스케일 및 BioRP 정제방법을 사용하는 Bioneer Corporation(www.bioneer.co.kr)에서 제공받았다. 모든 스테이플의 분자량은 공급업체의 MALDI-TOF에 의한 이론값으로 확인했다. 구체적인 내용은 하기 표 4에 나타내었다.

2. 자가조립 과정

10nM의 스캐폴드 DNA(Scaffold DNA), 100nM의 각 스테이플 가닥, 1 x TAE 완충액(40mM Tris-아세테이트 및 1mM EDTA, Sigma-Aldrich) 및 20mM MgCl₂를 함유하는 접힘 혼합물(folding mixture) 50μL를 제조하였다. 그 후, 혼합물을 thermocycler(T100, Bio-Rad)를 사용하여 다음의 온도 구배로 처리하였다: 1℃/초로 80℃까지 가열; 1시간에 80℃에서 65℃로 냉각(-0.5℃당 2분); 40시간에 65℃에서 25℃로 냉각(-0.5℃당 30분); 냉각시키고 4℃에서 유지.

3. 아가로오스 겔 전기영동

접힌 DNA 오리가미 구조체를 0.5 x TBE (45 mM Tris-borate와 1 mM EDTA, Sigma-Aldrich), 12 mM MgCl₂, 0.5 mM 농도의 EtBr(Noble Bioscience Inc.)을 함유하는 1.5% 아가로오스 겔을 이용하여 전기영동하였다. 아가로오스 겔에 담긴 샘플을 빙수 냉각 챔버(i-Myrun, Cosmo Bio CO. LTD.)에서, 75V 바이어스 전압(~3.7 V/cm)에서 1.5시간 동안 이동시켰다. GelDoc XR+ 장치 및 Image Lab v5.1 프로그램(Bio-Rad)을 사용하여 겔 이미징을 수행했다.

4. AFM 측정

어닐링된 DNA 오리가미 샘플을 0.05x(6HB 및 10HB) 또는 0.03x(4HB)의 샘플 농도로 접힘 완충액(1 x TAE, 20 mM MgCl₂)으로 희석하였는데, 그 값은 기질상에 최적의 샘플 밀도를 갖도록 선택한 것이다. 희석된 시료 20μl를 잘 절단된 운모(mica) 기질(최고 등급 V1 AFM Mica, Ted-Pella Inc.)에 놓고, 대기조건(~25℃)에서 3 내지 5분간 인큐베이션하였다. 기질을 탈이온수로 세척하고 N2 건(<0.1 Kgf/cm²)으로 부드럽게 건조시켰다. 기질에 물방울이 남아 있으면 Kimtech Science Wiper에 의해 제거되었다. AFM 이미지는 42 N/m의 스프링 상수(Nanosensors)를 갖는 PPP-NCHR 프로브를 사용하여 NX10(Park Systems)에 의해 촬영되었다. SmartScan 소프트웨어를 사용하여 1024 x 1024 픽셀 해상도에서 일반적으로 샘플 영역의 5μm x 5 μm를 측정하기 위해 약 290 ~ 300 kHz의 고유 주파수를 갖는 비접촉 모드가 사용되었다. 모든 측정 이미지는 추가 분석하기 전에 XEI 4.1.0 프로그램(Park Systems)을 사용하여 선형 및 2차 순서로 평탄화되었다.

5. AFM 이미지의 분석

AFM 이미지에서 DNA 오리가미 단량체 구조의 지속 길이(Persistence length) 측정 및 구조적 접힘 분석은 MATLAB R2017b 소프트웨어 (MathWorks Inc.)를 사용하여 사용자 정의 스크립트로 수행되었다. 단량체 구조는 크기에 따라 응집 구조 및 침전물 입자로부터 여과되었고, 잘 접힌 단량체 구조는 수동으로 선택되었다. 개개의 잘 접힌 단량체 구조는 윤곽선을 얻기 위해 얇고 골격화되도록 이진(binary) 영상으로 변환되었다. 파라메트릭 스플라인(Parametric spline)은 각 구조의 윤곽을 맞추는 데 사용되었다. 최적의 단위구간 길이를 얻기 위해 첨도분석이 수행되었고, 각 횡단면 설계에 대해 이론 첨도 값 3을 만족하는 가장 작은 값이 선택되었다. 도 134 내지 137에 상세한 결과를 나타내었다. 지속 길이는 오픈 소스 소프트웨어 툴인 Easyworm의 수정된 버전을 사용하여 모든 잘 접힌 구조로부터 피팅 스플라인의 특징점을 측정했다. WLC 모델을 사용하여, 2차원에서의 평균 제곱 종단간 거리(<R²>)는 윤곽선(l_c)을 따르는 거리의 함수로서 하기 수학식 1과 같이 나타낼 수 있다(L_p는 지속 길이):

[수학식 1]

.

일반적으로, 데이터 피팅의 상관계수는 각 경우 0.99이다. 지속 길이의 표준편차는 대체와 10,000회 반복과정을 사용하여, 500개의 무작위 선택된 윤곽의 하위집합이 있는 부트스트랩 방법으로 계산되었다.

유한요소(Finite element, FE) 모델링 및 시뮬레이션

1. DNA 나노구조를 위한 FE 모델

결손 설계 DNA 나노구조의 굽힘 지속 길이(L_p)를 예측하기 위해 FE 모델을 만들었다. caDNAno 디자인 파일에서 모든 기반의 연결성 정보를 얻었다. 베이스 쌍(base pair, BP) 또는 베이스는 노드로서 정의되며, 그 질량밀도는 각각 평균 0.8 g/cm³ 및 0.4 g/cm³ 인 것으로 가정된다. 나선을 따라 2개의 연속적인 노드는 빔 요소에 의해 연결되었고, 네 가지 구조적 모티프 중 하나를 나타낸다: 정상적인 DNA 이중가닥, 닉이 존재하는 DNA 이중가닥, 홀리데이 교차점에서의 DNA 이중가닥(HJ core), ssDNA 갭. 여기서 모든 요소는 B형 DNA의 규칙적인 기하구조를 갖고있다(벌집격자에서 직경 2.25nm, 정사각형 격자 패킹에서 2.5nm, 축 방향 상승 0.34nm, 헬리시티 10.5 BP/turn). 그러나, 정상 및 닉이 존재하는 DNA 이중가닥 만이 규칙적인 값(신축성 계수 1100 pN, 굽힘 강성 230 pNnm² 및 비틀림 강성 460 pNnm²)을 갖는다. HJ core 및 ssDNA 갭 요소는 정상적인 DNA 이중 가닥에 스케일 팩터 (SF)를 채택함으로써 정상 DNA 이중가닥보다 더 유연한 기계적 특성을 갖는다. ssDNA 갭 요소의 경우, 기계적 특성의 갭 길이에 대한 의존성을 추가로 고려했다. 인접한 두 나선을 연결하는 크로스 오버는 다른 빔 요소에 의해 모델링되었으며, SF는 공개하지 않은 작업에서 결정되었다.

2. 다양한 구조 모티프의 스케일 요소(scale factor)의 결정

HJcore 요소의 경우, SF에서 정사각형 격자의 4HB와 벌집격자의 6HB에 대해 실험을 통해 측정된 것과 동일한 L_p값을 얻을 수 있도록, 최적화하여 SF를 결정했다. HJcore 요소의 최적화 후, ssDNA 갭 요소에 대한 SF를 실험을 통해 측정된 값과 정사각형 격자를 갖는 갭-4HB 및 벌집 격자를 갖는 6HB 모두에 대해 유사한 L_p 값을 얻도록 최적화함으로써 이를 결정했다. 실험 결과에서 ssDNA 갭의 길이에 따른 연화 거동(softening behavior)이 관찰됨에 따라, 1, 3, 5 nt 길이의 갭 각각에 대해 상이한 SF를 계산했다. 그 다음, 2, 4 nt 길이의 갭에 대한 SF는 1, 3, 5 nt 길이의 갭 SF를 갖는 2차 보간법으로부터 유래되었다. HJcore 및 ssDNA 갭 요소에 대한 SF를 결정하기 위해, Matlab R2016b (MathWorks Inc.)에서 'fmincon' 함수를 사용하여 도 226과 같은 최적화 문제를 해결했다. 최적화 과정에서 얻은 각 요소의 세부 SF 값을 하기 표 3에 요약하였다.

3. DNA 나노구조를 위한 굽힘 강도의 굽힘 지속 길이 계산

정상 모드 분석(NMA)은 DNA 나노구조의 가장 낮은 20가지 정상 모드를 계산하기 위해 직선 구성에서 수행되었다. 정사각형 격자 구조의 내재적인 글로벌 꼬임은 고려되지 않았다. 자유 경계 조건 하에서, NDA 나노구조에 대한 FE 모델이 주어진다면, 하기 수학식 2의 일반화된 고유치 문제가 주어진다:

[수학식 2]

Ku = lMu

(식 중, K는 강성행렬이고, M은 질량행렬이며, 고유치 λ=ω²).

부분공간 반복절차는 2Nm 반복 벡터를 사용하여 고유값 문제를 푸는데에 사용되고, 여기서 Nm은 계산될 고유모드의 수를 나타낸다. 얻어진 고유치들 중, 첫번째 굽힘 모드에 대한 두개의 고유치만이 DNA 나노구조의 굽힘 강성(EI)을 계산하기 위해 선택되었다. 효과적으로 DNA 나노구조를 나타내는 광선의 Euler-Lagrange 방정식으로부터 하기 수학식 3과 같은 자유 진동 방정식을 얻을 수 있다:

[수학식 3]

(식 중, w는 빔의 측면 편향, x는 축 방향 위치, μ는 빔의 단위 길이당 질량).

상기 수학식 3을 수치적으로 풀면, 하기 수학식 4에서 첫번째 굽힘 진동의 고유 진동수를 얻을 수 있다:

[수학식 4]

(식 중, L은 빔의 길이).

그 다음, 빔의 EI는 하기 수학식 5에서 얻을 수 있다:

[수학식 5]

(식 중, m은 DNA 나노구조의 총질량, l_B는 첫번째 굽힘 모드의 고유값).

L_p는 EI/k_bT로 정의되므로(k_b는 볼츠만 상수, T는 절대온도), DNA 나노구조의 L_p는 하기 수학식 6과 같이 도출된다:

[수학식 6]

.

3차원 구조에서 항상 2가지 첫번째 굽힘 모드가 있다. 그러므로, 메이저 굽힘모드로서 더 작은 고유치를 갖는 첫번째 굽힘모드(L_p,1)와 마이너 굽힘모드로서 더 큰 고유치를 갖는 다른 굽힘모드(L_p,2)를 정의했고, 두가지 굽힘모드를 사용하여 실험적으로 측정된 L_p와 비교한 유효 굽힘 지속길이(L_p,e)를 정의했다:

[수학식 7]

.

분자역학(Molecular dynamics, MD) 시뮬레이션

1. 일반적인 프로토콜

갭이 있는, 갭이 없는 6HB 디자인의 시작 원자 구조는 caDNAno와 CanDo를 사용하여 생성되었다. 각각의 원자 구조는 구조와 경계로부터 15Å 이상의 거리를 갖는 TIP3P water 모델을 사용하여 명쾌하게 용매화되었다. 그것은 약 100Å x 100Å x 320Å의 큐빅 워터 박스를 생성하고, 20mM MgCl₂의 이온 농도로 중화된다. 그 다음, CHARMM36 force field, 주기적인 경계 조건, 2fs의 적분 시간 단계, 12Å cut-off의 단거리 정전 전위와 함께 NAMD을 사용하여 MD 시뮬레이션을 수행하였다. 장거리 정전기적 상호작용은 1Å의 그리드 크기를 갖는 PME (Particle-Mesh-Ewald) 기법을 사용하여 계산되었다. 각 시스템의 포텐셜 에너지는 conjugate gradient 방법을 사용하여 최소화되었다. 각각의 구조는 isobaric-isothermal (NPT) 앙상블 아래에서 320 ns에 대해 시뮬레이션 되었으며 최종 200 ns의 궤도가 추후 분석에 사용되었다.

2. 6HB 디자인의 크로스섹션(횡단면) 분석(도 25 내지 27)

단면 형상 6-나선 다발구조의 변동을 얻기 위해, 처음에 등거리 간격 (도 25의 녹색)을 갖는 다섯개의 단면을 선택했다. 횡단면의 두개의 염기쌍에 관하여, 그것들의 기원은 3DNA 정의에 따라 계산되어, 평균을 통해 중심점을 제공한다. 6개의 중심점의 3차원 역학은, 평면으로부터 6개의 중심점까지의 거리를 최소화하는 6개의 꼭지점(도 26의 주황색 점)이 있는 투영된 육각형 평면을 도입함으로써 2차원 평면 모션으로 축소된다. 그 다음, 각 꼭지점의 위치를 나타내는 꼭지점 벡터(n_i)를 얻었고, 연결된 두개의 꼭지점을 사용하여 엣지 벡터(v_i)를 결정했다:

[수학식 8]

v_i = n_i+1 - n_i.

6각형의 내부 각도(θ_i)는 2개의 연속된 꼭지점 백터를 이용하여 계산되었다:

[수학식 9]

θ_i = cos^-1[(v_i·v_i+1)/(｜v_i｜｜v_i+1｜)].

이는, 각도의 평균은 120°이어야 하고, 표준편차는 단면의 각도 변동을 의미한다. 육각형의 단면적(A_i)은 하기 수학식 10과 같이 얻어진다:

[수학식 10]

A_i = ｜c_i x v_i｜/2

(식 중, c_i는 육각형 중심 벡터로서, 꼭지점에서 육각형 중심점까지의 벡터를 의미함).

이는 6개 단면 영역의 합계로서, 육각형 평면의 면적을 얻는다. 육각형 평면 사이의 거리(d_n)는 육각형 중심점 사이의 거리(C)로 정의된다. 위에서 설명한 이 단면 분석은 최종 200 ns 길이의 MD 궤적의 모든 스냅샷에 대해 수행되었으므로, 도 16, 17에 제시된 단면상의 기하학적 변수의 확률밀도 함수 또는 표준편차를 제공한다. 완전한 시뮬레이션 시간결과는 도 185, 186에서 확인할 수 있다.

3. 주요 구성요소 분석

주요 구성요소 분석(The principal component analysis, PCA)은 평형상태에서 최종 200ns 길이의 MD 궤적을 사용하여 수행되었다. 6-나선 다발구조의 인 원자 좌표를 x(t)로 표시하면, 공분산 행렬(σ)는 하기 수학식 11로 결정된다:

[수학식 11]

σ = <(x(t)-｜x(t)｜)ⓧ｜x(t)｜)>

(식 중, ⓧ는 텐서 산물, 꺽쇠 괄호는 벡터의 평균을 의미함).

제곱근-질량-무게 행렬(∑)은 하기 수학식 12로부터 얻어진다:

[수학식 12]

(식 중, M은 인 원자의 원자량을 갖는 대각행렬임).

그러하면, n차 모드의 고유치(l_n)은 제곱근-질량-무게 행렬을 대각선화하여 제공하는 유사 고조파 고유 주파수(ω_n)을 하기 수학식 13에서 얻는다:

[수학식 13]

(식 중, k_B 및 T는 볼츠만 상수 및 절대온도를 각각 의미함).

free-free 말단의 경계 조건을 갖는 동적 오일러-베르누이 빔 모델은 탄성 굽힘 강성(EI_n)이 n번째 모드에 대한 고유 진동수를 사용하여 대략 계산됨을 의미한다:

[수학식 14]

EI_n = (ML³ω_n ²)/(ß_nL)⁴

(식 중, M과 L은 각각 6HB 구조의 질량과 축방향 길이를 의미함).

ß_nL은 4.733으로 사전 정의 되었다.

4. 염기쌍 비율 분석

6HB 구조에서의 MD 궤적의 염기쌍 분석은 VMD의 수소 결합 도구를 사용하여 수행하였다. 염기쌍은 퓨린 염기(A,G)의 N1 원자와 피리미딘 염기(T,C)의 N3 원자 사이에 수소결합이 형성되었는지 여부를 측정하였고, 거리 및 각도의 컷오프 값은 4.0Å와 40°였다. 도 188, 189에서 확인할 수 있듯, 염기쌍의 각 MD 스냅샷은 0(끊어짐) 또는 1(짝지음) 값을 제공하여, 마지막 200ns 길이의 MD 궤적에 대한 시간 평균 수소결합 비율을 제공한다.

실험결과

일반적인 M13mp18 기반 스캐폴드 DNA 오리가미에서는 이웃하는 올리오뉴클레오티드(스테이플 DNA)의 두 끝이 만나는 구조에 150 내지 250개의 DNA 단일가닥 끊어짐(nick)이 자연스럽게 존재한다(도 1). 우리는 기하학적 특성을 바꾸지 않고 DNA 오리가미 나노구조의 강성을 제어하기 위한, 기계적으로 약한 디자인 모티프로서 이에 주목했다. 그러나, 그들의 연화 효과(softening effect)는 비틀림을 제외하고는 현저히 높지 않은 것으로 나타났고, 이는 광범위한 기계적 제어에 충분하지 않은 것으로 보인다. 그러므로, 우리는 1 내지 5개의 염기(약 0.3 내지 1.7 nm 길이)로 이루어진 짧은 ssDNA 갭으로 정의된 결손 설계의 개념을 개발하였다. 레퍼런스 디자인의 닉(nick) 사이트의 스테이플을 자체 조립 전에 짧은 스테이플로 교체하면 쉽게 형성할 수 있다(도 2). ssDNA는 dsDNA보다 훨씬 유연하기 때문에, 결손 삽입 부위의 강성과 DNA 구조의 전반적인 구조적 강성을 현저히 감소시킬 수 있다. 닉 사이트에서 다양한 길이의 결손을 생성해도 인접 스테이플의 순서에는 영향을 미치지 않는다. 따라서, DNA 나노구조의 기계적 강성을 완전히 모듈화하고 국부적으로 제어하는 것은 염기쌍 수준의 정밀도로 가능하다. 짧은 ssDNA는 부분적으로 다면체 구조물의 꼭지점에서 약간의 왜곡을 완화시키는데 사용되었지만, 아직 DNA 나노구조의 강성을 조절하는 기계적 디자인 요소로 활용되지 못했다.

DNA 나노구조의 기계적 강성을 체계적으로 제어하기 위해, 간격 길이(ssDNA 염기의 수)와 갭 밀도(총 nick 개수에 대한 삽입된 갭의 개수의 비율)를 사용했다(도 3 내지 11). 단량체 스케일의 굽힘 강성 분석을 위해 충분하게 긴 윤곽 길이(4HB는 578 nm, 6HB는 391 nm)를 가지고 있고, 실험적으로 강성 값이 확인된, 4개 및 6개 DNA 헬리스(helices, 각각 4HB, 6HB)의 2개의 크로스섹션 디자인이 선택되었다. 우선, 최대 갭 밀도를 유지하면서 갭 길이가 가변되는 4HB 디자인 및 5 nt 길이의 갭 밀도가 가변되는 6HB 디자인을 이용하여 2개의 디자인 파라미터의 효과를 증명하였다(도 3, 28, 29). 두 경우 모두, 단량체 윤곽의 더 높은 변동은 더 긴 갭 길이 및 더 높은 갭 밀도에 대해 선명하게 가시적이었다.

강성 제어 범위를 더 정량화하기 위해, 2개의 디자인 파라미터의 포괄적인 세트를 4HB 및 6HB 설계(도 5, 30 내지 131, 표 1)에 대해 테스트했다. 우리는 AFM(atomic force microscope)에 의해 측정된, 열역학적으로 평형된 2차원 윤곽으로부터 개별 단량체의 지속 길이를 계산하여, DNA 번들의 굽힘 강성을 분석했다. 굽힘 강성에 대한 광범위한 제어는 결손 설계를 사용하여, 제안된 설계 방법으로 달성할 수 있다(도 5). 5 nt 길이의 갭을 사용한 최대 밀도(full density)를 사용했을 때, 굽힘에 대한 최대 연화 효과는 4HB에서 70.3%, 6HB에서 67.2%로 나타났다.

평균 스퀘어(mean-square) 종단 간 거리 곡선의 피팅에서의 부정확성을 피하기 위해, 개별 스플라인 세그먼트의 길이를 신중하게 결정해야 했다(도 132 내지 137). 우리는 측정된 등고선이 첨도를 계산함으로써 2D 평형상태에 있는지 여부를 검증하고(도 6), 단량체 길이와 영상 해상도가 굽힘 지속 길이 계산에 적합한지 평가했다(도 138 내지 141). 개질되지 않은(non-modified) 4HB(4HB-Ref) 및 6HB(6HB-Ref) 디자인의 계산된 굽힘 지속 길이는 각각 998.7 nm 및 2020.8 nm이다(도 7). 굽힘 지속 길이의 예상 값은 동일한 방법으로도 측정방법에 따라 달라질 수 있는데, 각 방법은 서로 다른 시료 준비 절차와, 분해능 한계를 가지고 있기 때문이다. 자가조립(Self-assembly) 과정에서 불완전한 스테이플 결합을 피하기 위해, 우리 설계의 모든 결손(4HB에서 150, 6HB에서 169)은 인접한 Holiday 교차점(크로스오버)에서 적어도 6 염기정도 떨어져 있으며, 닉이 ssDNA 갭으로 변환되었을 때 갭과 크로스오버 간 최소한 3개의 염기쌍을 유지하도록 하였다. 또한, 나선 당 갭 수와 갭 간격은 번들의 방사 방향 및 길이 방향 모두 강성 이방성(stiffness anisotropy)을 방지하기 위해 적절하게 유지되었다(도 28, 29). 6HB 디자인에서 갭이 길이 방향을 따라 이방성으로 분포될 때, 휨 강도는 갭 밀도에 따라 불규칙적으로 감소하였다(도 142 내지 152).

접힘 수율의 관점에서, 결손 설계의 변이는 겔 전기영동에서 명확한 모노머 밴드를 유지하는 경향이 있었지만, 5 nt 길이의 갭의 고밀도(>75%)가 사용되었을 때, 밴드의 강도는 감소되었다(도 153 내지 157). 잘 접힌 단량체의 수와 전체 단량체의 수의 비율로 정의된 구조적 접힘 수율은 설계된 결손을 가진 모든 4HB 및 6HB 디자인에 대해 75.7% 내지 94.5% 범위에 있었다(도 158, 159, 표 2).

인접한 dsDNA 나선을 연결하는 교차(크로스오버)의 밀도를 줄이는 것이 DNA 나노구조의 강성을 낮추는 또 다른 방법일 수 있다. 그러나, inter-helix 크로스오버 사이의 간격을 증가시키면 구조물의 열 변동이 더 커져서, 구조물의 단면 형상(cross-sectional shape)을 유지하는 측면에서 안정성이 떨어지는 바, 우리는 이 영역의 절반이 42 nt 간격의 교차(전형적인 교차 연결보다 2배 긴)로 채워진 6HB를 디자인함으로써 이 현상을 시험했고, 횡단면의 주목할만한 붕괴가 있음을 발견했다(도 160 내지 162). 또한, 이 디자인의 굽힘 강성은 2095.6 nm로 계산되었는데, 이는 6HB-Ref 디자인(도 160 내지 165)의 굽힘 강성보다 약간 높다. 이것은 크로스오버 밀도를 변화시키는 것이, 실제로 DNA 번들의 유연성 제어를 위해 결손을 설계하는 것만큼 효과적이지 않다는 것을 의미한다.

의도적인 스테이플 생략은 DNA 나노구조를 부드럽게 하는 대체기술이 될 수 있는데, 구조의 국부적인 영역을 조정해야 하는 경우 효과적인 것으로 나타났다. 그러나, 이 방법은 전체 구조의 전체 강성을 감소시키는 경우 문제가 되는 것으로 밝혀졌다. 두꺼운 단면을 가진 이 효과를 비교적 잘 견뎌낼 수 있지만, 스테이플을 구성하는 8.2%와 16.4%가 제거된 6HB 구조물은 적절히 구성할 수 없었다(도 166, 167).

설계된 결손을 통한 강성 제어가 4HB 및 6HB 디자인에서 매우 효과적임이 밝혀짐에 따라, 우리는 DNA 오리가미 구조체에 대한 유한 요소(FE) 모델링 접근법을 기반으로, 결손 설계 DNA 나노구조의 굽힘 강성ㅇ르 예측하는 계산 모델을 개발했다(도 8). 오리지널 CanDo의 단단한 크로스오버 모델이 다중 나선 DNA 나노구조의 강성을 적절하게 예측할 수 없었기 때문에, 크로스오버 모델을 유연하게 수정했다(도 168 내지 173). 굽힘 지속 길이는 NMA(Normal Mode Analysis)를 수행하여 첫번째 굽힘 모드의 빈도를 찾고, 오일러-베르누이 빔 이론을 채택하여 계산했다(도 10). 이 기계적 모델로 추정된 지속 길이는 전체 설계 범위에서 실험값과 매우 잘 일치한다(도 5, 11의 점선).

설계된 결손을 가진 DNA 나노구조의 계산된 모델을 검증하고, ssDNA 간격이 개별 염기수준에 미치는 영향을 분석하기 위해, 우리는 1 nt, 3 nt, 5 nt 길이의 갭을 이용하여 강성이 감소된 84 nt 길이의 6HB 디자인에 대한 MD 시뮬레이션을 수행했다(도 12, 180 내지 184). 우리는 평형상태에 도달한 후의 각 경우에 대해 최종 200 ns의 분자궤도를 추출하고(도 13), 갭이 없는 기준 디자인(reference design, 12개의 닉만 존재)에 대한 결과와 비교했다. 첫째, 각 디자인의 5개 횡단면 평면의 시간-평균 변동은 갭 설계에 관계없이 내각의 편차가 비슷한 수준으로 유지된다는 것을 확인했다(도 14, 15). 기준 디자인과 관련하여, 평면의 평균 면적과 결손 설계 구조의 면간(inter-plane) 거리는 각각 1.7 내지 14.1% 및 0.2% 미만만 차이가 났다(도 16, 17, 185, 186). 또한, 주성분 분석(Principal component analysis, PCA)을 수행하여 MD 궤적으로부터 굽힘 지속 길이를 계산했다. 기준 디자인과 갭을 생성한 구조 사이의 상대적 굽힘 지속 길이 비율은 본 연구에서 개발한 FE 기계적 모델의 타당성을 뒷받침하는 실험데이터뿐만 아니라, FE 분석 결과와도 잘 일치함을 보였다(도 18, 187). 마지막으로, 우리는 갭 주위 염기의 동적 구조특성을 확인하기 위해, 스캐폴드 가닥의 모든 염기의 제곱 평균 변동(root-mean-square fluctuation, RMSF)을 계산하였다(도 19). 예상대로, 전반적인 RMSF는 갭 길이에 따라 자연스럽게 증가했다. 우리는 갭과 인접한 염기쌍 근처에 국소적으로 일어나는 비정상적인 열적 변동을 관찰할 수 없었고, 전체적인 연화 효과뿐만 아니라, 결손 설계의 구조 안정성을 입증했다. 시간이 지남에 따라, 평균화된 수소결합에 대한 분석은 또한 염기쌍 형성 안정성을 확인하는 한편, 갭 근처에서 연속적으로 인접한 서열에서 부분적인 약간의 파괴가 관찰되었다(도 188, 189).

제안된 디자인 전략과 예측 계산 모델이 확장 가능하기 때문에, 다른 횡단면 형상을 가진 DNA 나노구조의 기계적 강성을 조절하기 위해 적용되었다(도 20 내지 22). 우리는 4 내지 16개의 나선으로 구성된 10개의 횡단면 모양(4HB 및 6HB 포함)을 분석했다(도 20). 일반적인 DNA 번들의 굽힘 강성은 일반적으로 N² 스케일링 경향(N, 나선수)을 따른다. 결손 설계 공정을 도입함으로써, 굽힘 강성의 최대 감소는 57 내지 78%가 FE 시뮬레이션에 의해 예측되었고, 최대값과 최소값 사이의 강성은 갭 파라미터의 적절한 선택으로, 결손 설계에 의해 실현될 수 있었다(도 21, 190 내지 205). 여기서 제시되는 굽힘 강성의 범위는 많은 가능한 설계 사례 중 하나에 해당한다는 점에 유의해야 한다. 스캐폴드의 레이아웃과 간격 사이트의 수와 배치를 결정하는 스테이플 경로에 따라 달라질 수 있다.

우리의 계산 모델을 교차 검증하기 위해, 우리는 갭 밀도에 5가지 변이를 갖는 10개의 헬릭스 번들(10HB) 구조를 추가로 구성했다. 대부분 구조 전체에 5 nt 길이의 간격이 사용되었다. 그러나 인접한 inter-helix 크로스오버 사이의 거리가 7 nt 길이인 지역에서는 4 nt 길이의 갭이 대신 사용되었다. 최대 및 최소 굽힘 지속 길이는 예상값과 잘 일치하게도, 각각 5426 nm 및 2179 nm 로 측정되어, 강성 설계에서 개발된 계산 모델의 유용성을 입증하였다(도 22, 206 내지 224). 횡단면 레이아웃의 이방성 때문에, FE 시뮬레이션에서 첫번째 2개의 굽힘 모드의 조화 평균값을 계산하여 횡단면의 대칭성을 활용한 실험결과(도 22)와 비교했다.

마지막으로, 우리는 강성 제어를 위한 결손 설계 방법을 적용하여 기계적으로 유연한 힌지(hinge)를 설계했다. 이 힌지의 각도는 외부 dsDNA 조정자 가닥(external dsDNA adjuster strand)에 의해 제어되었다(도 23, 24). 다발이 유연한 영역이 없는 상태에서 윤곽선 길이보다 짧은 조정자를 가지면, 직선 응집체를 형성하는 것이 구부러진 단량체로 접혀지는 것보다 에너지적으로 더 유리할 것이므로, 딱딱한 번들을 위해 구부러진 단량체 대신 직선 응집체를 형성하는 경향이 있다. 힌지에서 dsDNA 나선의 수를 줄임으로써 굽힘 강성을 감소시켜 응집을 방지할 수 있으나, 우리는 횡단면을 수정하지 않고 힌지에 설계된 결손을 삽입하면 비슷한 연화 효과를 얻을 수 있음을 발견했다. 결손 설계 방법을 채택함으로써, 구조적 접힘 수율에 대한 상당한 개선이 겔 전기영동과 AFM 측정에 의해 확인되었다(도 23, 24, 225). 이 결과는 제안된 방법이 국소 및 모듈러(modular) 강성 변조가 고도로 활용되는 구조 형상 설계에도 쉽게 적용될 수 있음을 보여준다.

Design	Average bending persistence length (nm)	Std. deviation of bending persistence length (nm)	Number of samples (N)
4HB-Ref	998.7	47.2	634
4HB-1nt-25%	901.8	37.4	396
4HB-1nt-50%	843.2	36.6	453
4HB-1nt-75%	795.4	39.7	619
4HB-1nt-100%	762.6	39.1	399
4HB-3nt-25%	735.7	35.0	506
4HB-3nt-50%	650.3	31.9	563
4HB-3nt-75%	466.7	18.6	589
4HB-3nt-100%	398.8	16.3	365
4HB-5nt-25%	659.2	27.3	231
4HB-5nt-50%	507.9	20.9	338
4HB-5nt-75%	344.6	13.0	375
4HB-5nt-100%	296.2	11.7	660
6HB-Ref	2026.2	77.3	682
6HB-1nt-17%	1827.0	71.1	702
6HB-1nt-33%	1753.5	72.4	504
6HB-1nt-50%	1614.6	62.9	384
6HB-1nt-67%	1541.7	62.8	647
6HB-1nt-83%	1489.6	61.9	643
6HB-1nt-100%	1451.9	85.7	672
6HB-2nt-100%	1036.3	41.9	627
6HB-3nt-17%	1775.5	68.6	442
6HB-3nt-33%	1485.2	78.6	473
6HB-3nt-50%	1304.5	51.3	502
6HB-3nt-67%	1166.5	60.1	553
6HB-3nt-83%	1046.2	40.2	401
6HB-3nt-100%	872.5	34.6	438
6HB-4nt-100%	747.7	26.2	418
6HB-5nt-17%	1733.5	76.0	750
6HB-5nt-33%	1420.2	60.9	394
6HB-5nt-50%	1185.4	52.1	665
6HB-5nt-67%	934.5	37.7	806
6HB-5nt-83%	824.8	42.6	1073
6HB-5nt-100%	662.1	27.4	779
6HB-5nt-25%-Axial	1191.5	42.9	233
6HB-5nt-50%-Axial	1017.8	52.6	574
6HB-5nt-75%-Axial	900.2	44.4	600
10HB-Ref	5425.5	278.9	929
10HB-5nt-20%	4658.8	223.9	904
10HB-5nt-40%	3716.3	167.8	712
10HB-5nt-60%	3283.8	154.9	520
10HB-5nt-80%	2466.2	126.9	872
10HB-5nt-100%	2082.7	106.5	988

Design	Number of total monomers	Number of well-folded structures	Structural folding yield (%)
4HB-Ref	698	760	91.8
4HB-1nt-25%	420	397	94.5
4HB-1nt-50%	514	470	91.4
4HB-1nt-75%	730	668	91.5
4HB-1nt-100%	494	444	89.9
4HB-3nt-25%	607	541	89.1
4HB-3nt-50%	695	594	85.5
4HB-3nt-75%	694	616	88.8
4HB-3nt-100%	415	379	91.3
4HB-5nt-25%	333	304	91.3
4HB-5nt-50%	418	362	86.6
4HB-5nt-75%	449	398	88.6
4HB-5nt-100%	798	720	90.2
6HB-Ref	718	627	87.3
6HB-1nt-17%	531	474	89.3
6HB-1nt-33%	510	454	89.0
6HB-1nt-50%	525	452	86.1
6HB-1nt-67%	611	531	86.9
6HB-1nt-83%	543	490	90.2
6HB-1nt-100%	565	520	92.0
6HB-1nt-200%	483	428	88.6
6HB-3nt-17%	459	392	85.4
6HB-3nt-33%	566	486	85.9
6HB-3nt-50%	601	536	89.2
6HB-3nt-67%	616	522	84.7
6HB-3nt-83%	731	633	86.6
6HB-3nt-100%	647	531	82.1
6HB-4nt-100%	570	485	85.1
6HB-5nt-17%	541	496	91.7
6HB-5nt-33%	584	508	87.0
6HB-5nt-50%	609	538	88.3
6HB-5nt-67%	489	370	75.7
6HB-5nt-83%	600	515	85.8
6HB-5nt-100%	494	406	82.2
6HB-5nt-25%-Axial	606	491	81.0
6HB-5nt-50%-Axial	645	542	84.0
6HB-5nt-75%-Axial	592	504	85.1
10HB-Ref	999	939	94.0
10HB-5nt-20%	1109	976	88.0
10HB-5nt-40%	873	748	85.7
10HB-5nt-60%	708	577	81.5
10HB-5nt-80%	1101	883	80.2
10HB-5nt-100%	852	617	72.4

Interhelix distance (nm)
Honeycomb lattice	2.25	Square lattice	2.5
Mechanical properties
	EA (pN)	EI (pN·㎚²)	GJ (pN·㎚²)
dsDNA element	1100	230	460
Normalized rigidity factor (with respect to dsDNA element)
Crossover element	1.0	0.2	0.1
HJ core element	0.069	0.117	1.0
Nick element	1.0	1.0	1.0
1-nt ssDNA gap element	0.054	0.01	0.01
2-nt ssDNA gap element	0.035	0.009	0.01
3-nt ssDNA gap element	0.017	0.009	0.01
4-nt ssDNA gap element	0.014	0.009	0.01
5-nt ssDNA gap element	0.011	0.009	0.01

Name	Base count	Molecular weight (theoretical) [Da]	Molecular weight (MALDI-TOF) [Da]	Difference	Name	Base count	Molecular weight (theoretical) [Da]	Molecular weight (MALDI-TOF) [Da]	Difference
4hb_nogap_A01	48	14768.64	14789.0	0.14%	4hb_5gap_A01	38	11768.7	11788.0	0.16%
4hb_nogap_A02	48	14784.7	14821.0	0.25%	4hb_5gap_A02	38	11729.71	11744.0	0.12%
4hb_nogap_A03	48	14654.63	14699.0	0.30%	4hb_5gap_A03	38	11566.6	11571.0	0.04%
4hb_nogap_A04	48	14829.76	14877.0	0.32%	4hb_5gap_A04	38	11682.7	11719.0	0.31%
4hb_nogap_A05	48	14950.83	15002.0	0.34%	4hb_5gap_A05	38	11764.78	11783.0	0.15%
4hb_nogap_A06	48	14661.55	14697.0	0.24%	4hb_5gap_A06	38	11612.57	11646.0	0.29%
4hb_nogap_A07	48	14744.61	14797.0	0.36%	4hb_5gap_A07	38	11694.65	11714.0	0.17%
4hb_nogap_A08	48	14698.57	14742.0	0.30%	4hb_5gap_A08	38	11593.56	11611.0	0.15%
4hb_nogap_A09	48	14804.56	14848.0	0.29%	4hb_5gap_A09	38	11760.61	11785.0	0.21%
4hb_nogap_A10	48	14840.67	14878.0	0.25%	4hb_5gap_A10	38	11729.65	11756.0	0.22%
4hb_nogap_A11	48	14523.38	14541.0	0.12%	4hb_5gap_A11	38	11467.41	11482.0	0.13%
4hb_nogap_A12	48	14818.6	14829.0	0.07%	4hb_5gap_A12	38	11688.58	11701.0	0.11%
4hb_nogap_A13	48	14548.44	14577.0	0.20%	4hb_5gap_A13	38	11553.53	11579.0	0.22%
4hb_nogap_A14	48	14844.66	14872.0	0.18%	4hb_5gap_A14	38	11729.66	11738.0	0.07%
4hb_nogap_A15	48	14685.64	14710.0	0.17%	4hb_5gap_A15	38	11588.6	11612.0	0.20%
4hb_nogap_A16	48	14754.67	14774.0	0.13%	4hb_5gap_A16	38	11665.66	11698.0	0.28%
4hb_nogap_A17	48	14875.74	14915.0	0.26%	4hb_5gap_A17	38	11744.68	11748.0	0.03%
4hb_nogap_A18	48	14784.65	14816.0	0.21%	4hb_5gap_A18	38	11632.62	11671.0	0.33%
4hb_nogap_A19	36	11001.17	11018.0	0.15%	4hb_5gap_A19	31	9445.17	9461.0	0.17%
4hb_nogap_B01	36	11022.19	11039.0	0.15%	4hb_5gap_B01	31	9482.19	9512.0	0.31%
4hb_nogap_B02	48	14657.57	14687.0	0.20%	4hb_5gap_B02	38	11617.6	11641.0	0.20%
4hb_nogap_B03	48	14690.61	14709.0	0.13%	4hb_5gap_B03	38	11603.56	11603.0	0.00%
4hb_nogap_B04	48	14962.85	14990.0	0.18%	4hb_5gap_B04	38	11849.81	11873.0	0.20%
4hb_nogap_B05	48	14928.82	14980.0	0.34%	4hb_5gap_B05	38	11886.83	11894.0	0.06%
4hb_nogap_B06	48	14771.7	14820.0	0.33%	4hb_5gap_B06	38	11680.67	11707.0	0.23%
4hb_nogap_B07	48	14625.5	14653.0	0.19%	4hb_5gap_B07	38	11543.48	11562.0	0.16%
4hb_nogap_B08	48	14622.5	14640.0	0.12%	4hb_5gap_B08	38	11579.53	11611.0	0.27%
4hb_nogap_B09	48	14910.67	14950.0	0.26%	4hb_5gap_B09	38	11746.63	11767.0	0.17%
4hb_nogap_B10	48	14856.61	14896.0	0.27%	4hb_5gap_B10	38	11772.63	11802.0	0.25%
4hb_nogap_B11	48	14801.63	14828.0	0.18%	4hb_5gap_B11	38	11771.65	11801.0	0.25%
4hb_nogap_B12	48	14628.45	14675.0	0.32%	4hb_5gap_B12	38	11587.5	11585.0	-0.02%
4hb_nogap_B13	48	14851.71	14901.0	0.33%	4hb_5gap_B13	38	11715.68	11739.0	0.20%
4hb_nogap_B14	48	15001.89	15055.0	0.35%	4hb_5gap_B14	38	11861.82	11870.0	0.07%
4hb_nogap_B15	48	14813.7	14862.0	0.33%	4hb_5gap_B15	38	11739.71	11741.0	0.01%
4hb_nogap_B16	48	14919.81	14959.0	0.26%	4hb_5gap_B16	38	11774.77	11798.0	0.20%
4hb_nogap_B17	48	14667.62	14714.0	0.32%	4hb_5gap_B17	38	11594.61	11604.0	0.08%
4hb_nogap_B18	48	14815.66	14867.0	0.35%	4hb_5gap_B18	38	11757.67	11759.0	0.01%
4hb_nogap_B19	36	11030.22	11054.0	0.22%	4hb_5gap_B19	31	9432.17	9434.0	0.02%
4hb_nogap_B20	40	12285.02	12307.0	0.18%	4hb_5gap_B20	35	10735.03	10753.0	0.17%
4hb_nogap_C01	40	12247.02	12276.0	0.24%	4hb_5gap_C01	35	10698.01	10719.0	0.20%
4hb_nogap_C02	48	14851.77	14905.0	0.36%	4hb_5gap_C02	38	11778.76	11802.0	0.20%
4hb_nogap_C03	48	14803.73	14852.0	0.33%	4hb_5gap_C03	38	11789.79	11832.0	0.36%
4hb_nogap_C04	48	14855.75	14891.0	0.24%	4hb_5gap_C04	38	11793.77	11809.0	0.13%
4hb_nogap_C05	48	14850.79	14872.0	0.14%	4hb_5gap_C05	38	11728.74	11733.0	0.04%
4hb_nogap_C06	48	14647.57	14667.0	0.13%	4hb_5gap_C06	38	11597.61	11616.0	0.16%
4hb_nogap_C07	48	14819.71	14847.0	0.18%	4hb_5gap_C07	38	11697.66	11716.0	0.16%
4hb_nogap_C08	48	14694.59	14733.0	0.26%	4hb_5gap_C08	38	11547.53	11572.0	0.21%
4hb_nogap_C09	48	14824.66	14860.0	0.24%	4hb_5gap_C09	38	11668.59	11678.0	0.08%
4hb_nogap_C10	48	14854.65	14878.0	0.16%	4hb_5gap_C10	38	11699.62	11722.0	0.19%
4hb_nogap_C11	48	14787.58	14823.0	0.24%	4hb_5gap_C11	38	11712.61	11732.0	0.17%
4hb_nogap_C12	48	14663.51	14686.0	0.15%	4hb_5gap_C12	38	11548.51	11563.0	0.13%
4hb_nogap_C13	48	14900.69	14956.0	0.37%	4hb_5gap_C13	38	11804.69	11803.0	-0.01%
4hb_nogap_C14	48	14844.65	14885.0	0.27%	4hb_5gap_C14	38	11760.67	11787.0	0.22%
4hb_nogap_C15	48	14683.62	14723.0	0.27%	4hb_5gap_C15	38	11613.61	11616.0	0.02%
4hb_nogap_C16	48	14834.73	14870.0	0.24%	4hb_5gap_C16	38	11746.7	11778.0	0.27%
4hb_nogap_C17	48	14695.63	14738.0	0.29%	4hb_5gap_C17	38	11581.61	11613.0	0.27%
4hb_nogap_C18	48	14862.74	14908.0	0.30%	4hb_5gap_C18	38	11814.74	11814.0	-0.01%
4hb_nogap_C19	48	14706.54	14738.0	0.21%	4hb_5gap_C19	38	11618.51	11629.0	0.09%
4hb_nogap_D01	36	11089.32	11088.0	-0.01%	4hb_5gap_D01	31	9574.33	9579.0	0.05%
4hb_nogap_D02	48	14842.75	14895.0	0.35%	4hb_5gap_D02	38	11830.8	11828.0	-0.02%
4hb_nogap_D03	48	14900.8	14952.0	0.34%	4hb_5gap_D03	38	11747.73	11756.0	0.07%
4hb_nogap_D04	48	14767.66	14801.0	0.23%	4hb_5gap_D04	38	11669.64	11678.0	0.07%
4hb_nogap_D05	48	14902.76	14950.0	0.32%	4hb_5gap_D05	38	11827.79	11857.0	0.25%
4hb_nogap_D06	48	14833.75	14886.0	0.35%	4hb_5gap_D06	38	11778.76	11804.0	0.21%
4hb_nogap_D07	48	14650.57	14686.0	0.24%	4hb_5gap_D07	38	11592.58	11594.0	0.01%
4hb_nogap_D08	48	14682.58	14739.0	0.38%	4hb_5gap_D08	38	11602.58	11636.0	0.29%
4hb_nogap_D09	48	14739.52	14758.0	0.13%	4hb_5gap_D09	38	11744.61	11764.0	0.17%
4hb_nogap_D10	48	14647.63	14680.0	0.22%	4hb_5gap_D10	38	11619.68	11619.0	-0.01%
4hb_nogap_D11	48	14876.72	14898.0	0.14%	4hb_5gap_D11	38	11747.68	11770.0	0.19%
4hb_nogap_D12	48	15002.81	15039.0	0.24%	4hb_5gap_D12	38	11864.76	11878.0	0.11%
4hb_nogap_D13	48	14776.67	14808.0	0.21%	4hb_5gap_D13	38	11656.64	11666.0	0.08%
4hb_nogap_D14	48	14670.56	14688.0	0.12%	4hb_5gap_D14	38	11606.56	11629.0	0.19%
4hb_nogap_D15	48	14843.67	14861.0	0.12%	4hb_5gap_D15	38	11763.67	11788.0	0.21%
4hb_nogap_D16	48	14748.65	14787.0	0.26%	4hb_5gap_D16	38	11681.65	11707.0	0.22%
4hb_nogap_D17	48	14912.81	14958.0	0.30%	4hb_5gap_D17	38	11773.72	11801.0	0.23%
4hb_nogap_D18	48	14718.61	14747.0	0.19%	4hb_5gap_D18	38	11565.54	11594.0	0.25%
4hb_nogap_D19	48	14939.79	14988.0	0.32%	4hb_5gap_D19	38	11810.75	11834.0	0.20%

4HB design
Name	Sequence (5'→3')
4hb_001	ACAAACAATGAATACCGCGCCCAATAGCAAGCAAATCATCCTAATCCT
4hb_002	AGAGATAATAACGTTTGAAATACCGACCGTGTGATATCATAATTGTAC
4hb_003	CCTTATATAAAATAAATGCTGATGCAAATCCAATCGCCCTTAGAAAAT
4hb_004	ACATACATTCAATACCATATCAAAATTATTTGCACGCAGGTTTACAAA
4hb_005	CAACAGAGCCAGATTATCATCATATTCCTGATTATCTTGAGGATTAGA
4hb_006	CAAAAGAATCAAAAGAATACGTGGCACAGACAATATCTGATAGCCCTC
4hb_007	AATTAAAATCACTGGATTATTTACATTGGCAGATTCTAACATCATAGC
4hb_008	TTAAACCAGAACGGAAAGCCGGCGAACGTGGCGAGATAGGGCGCTAGA
4hb_009	GAAAAAAGCCAGCGTGAACCATCACCCAAATCAAGTAATCCCTTTGAT
4hb_010	TTTTAACGGGGTAATTGTTATCCGCTCACAATTCCAAGCCTGGGAGAC
4hb_011	GCCGAGGCTGAGCCAGTGCCAAGCTTGCATGCCTGCCTGCGCAAGCAA
4hb_012	GCATCGGAATAGGTTAATATTTTGTTAAAATTCGCACCAATAGGTGCA
4hb_013	TTCATTCAGGGACGTAAAACTAGCATGTCAATCATAACCATCAAAGAA
4hb_014	TTTTCTCATAGTTTAGATACATTTCGCAAATGGTCAGCGAGCTGAGCC
4hb_015	CCCGTTCAGCGGTGTTTTAAATATGCAACTAAAGTATTCAAAGCCAAA
4hb_016	AGAACTTTAATTTAACGCCAAAAGGAATTACGAGGCTACCAGACTGAC
4hb_017	CGTAACGCATAAACGTTAATAAAACGAACTAACGGACCTGACGAGCTC
4hb_018	AGGACGAGGGTAAGGCAAAAGAATACACTAAAACACCGAAACAACGGT
4hb_019	CCAACGGGAGGTCCCTGAACAAAGTCAGAGGGTAATACGTCAAAAGCG
4hb_020	AATCGGAATCATATAGCAATAGCTATCTTACCGAAGAGCTAATGGCTG
4hb_021	TATCATTTAATGGGAATACCCAAAAGAACTGGCATGAGGCAGAGTATA
4hb_022	AGCTACTATATGGAAACGCAAAGACACCACGGAATAACATAAATGACG
4hb_023	AACATTAGAACCCCGATTGAGGGAGGGAAGGTAAATACCTGAGCTACA
4hb_024	AAACGGAGCGGACAAAATCACCAGTAGCACCATTACTTATCTAAAACT
4hb_025	AATAGAAAGCGTGTTTGCCTTTAGCGTCAGACTGTAAAATCTAAACCA
4hb_026	CAAAGTCTGAAACGGAACCAGAGCCACCACCGGAACCCGAGTAACTTG
4hb_027	CTGCCTTGACGGCACCACCAGAGCCGCCGCCAGCATTCAGAGCGACCA
4hb_028	GAGAGCCCACTAAATGGAAAGCGCAGTCTCTGAATTCGGTCCACAGTG
4hb_029	CTCACTGTGTGACAGTGCCTTGAGTAACAGTGCCCGTGCGTATTGCGT
4hb_030	TGCGAACGACGGACTCCTCAAGAGAAGGATTAGGATCAGCCAGCCGCT
4hb_031	GCGTTTGTAAACGTGTATCACCGTACTCAGGAGGTTGGGATAGGCCTG
4hb_032	GCTGACGGTAATTAGCAAGCCCAATAGGAACCCATGCAATGCCTATGC
4hb_033	CTAATTTGACCATAGCGTAACGATCTAAAGTTTTGTTACCAAAAGCAT
4hb_034	TCCAGCTCAACAAGTGAGAATAGAAAGGAACAACTAGGATTGCAGGAT
4hb_035	CGAGCAGATACAGTATCGGTTTATCAGCTTGCTTTCAATCCCCCGCAA
4hb_036	AAATAAAAATCTCCGATATATTCGGTCGCTGAGGCTAGAACCGGAGAT
4hb_037	CATCAACGAAAGGCAACGGCTACAGAGGCTTTGAGGAGGGAACCAATT
4hb_038	AAGACCAGTTACAAATAAGAAACGATTTTTTGTTTATGAGCGCTCGTT
4hb_039	ATCGAACGGGTAACGACGACAATAAACAACATGTTCCCCTTTTTCAAG
4hb_040	CAAAGCCAACGCTTTAACAACGCCAACATGTAATTTATTAAGACAGTT
4hb_041	TACCATTTATCAATTACCTTTTTTAATGGAAACAGTAGTTTATTCTCC
4hb_042	TGATTTCGCCTGAGAGGCGAATTATTCATTTCAATTATTGACGGTTAT
4hb_043	ACATAACGTTATACAGTTGAAAGGAATTGAGGAAGGCATTAGCATGCG
4hb_044	ACATGGTGAGGCCGCTGAGAGCCAGCAGCAAATGAAGCGCGTTTACAG
4hb_045	ACGCATTACCGCGTGTTTTTATAATCAGTGAGGCCACGCCTCCCATAC
4hb_046	TAAACCGCTACATATAACGTGCTTTCCTCGTTAGAATGACAGGACTAA
4hb_047	ACGTAGTCCACTTGGCCCTGAGAGAGTTGCAGCAAGTACCGTTCGAAA
4hb_048	CGAGCAGTCGGGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTATAAACACGTA
4hb_049	GGTAGGGGATGTATCGGCCTCAGGAAGATCGCACTCTAGCGGGGGTTT
4hb_050	CCAATAAATGTGAACAAACGGCGGATTGACCGTAATTAGTACCGAGAT
4hb_051	TGCCGAGAGATCTAGAACCCTCATATATTTTAAATGTACCGTAATGGA
4hb_052	CAGTAGGCAAGGCAGAGCATAAAGCTAAATCGGTTGCGTCTTTCAATT
4hb_053	ATGGTCCTTTTGGACTATTATAGTCAGAAGCAAAGCAAGGAATTTTAA
4hb_054	TCAGGTAATAGTCGGAATCGTCATAAATATTCATTGGAGGTGAATAGG
4hb_055	GAACCATTGTGACCTTCATCAAGAGTAATCTTGACATGCAGGGATATA
4hb_056	CAAGCCCAATCCAAAATAAACAGCCATATAATATCCCAGATATATAAG
4hb_057	CGAACTGTCCAGTTAAACCAAGAATAAACACCGGAAAATAAGGCCCAG
4hb_058	AGCATCGCCATATCAACAGTAGGGCTTATTAATTTTCAAGACAAAAAT
4hb_059	TTCATCATTTGAAAATCATAAAATTGCGTAGATTTTTAAAACAGACCA
4hb_060	ATTAAATCGCGCATTGCTTTGAATACCATAATACATAGATGATGACCG
4hb_061	GAAAGCAAATCATAATTTTAGTCTTTAATGCGCGAATTTTGAATAGCA
4hb_062	AGCCCAGTGCCAGGTCAGTATTAACACCATTAGTAAACCAGTCAAGCG
4hb_063	ACCGCCTGAGAACAGCCATTCGAAAGGAGCGGGCGCAAGGAAGGAGAG
4hb_064	TTGGCGAGCACGGGGCGCGTACTATGGTATCGGCAATTTTTGGGTTCA
4hb_065	TTTTTCACCGCCATTAAAGAGAAGCATAAAGTGTAACACAACATAGGA
4hb_066	TCGGATGAATCGAAACCTGTCGTGCCAGCATTCAGGAGGTCGACATTC
4hb_067	ATAAACGACAGTGCTGCAAGTCAGCTCATTTTTTAATTAAATTTGAGA
4hb_068	CTCATCCGTGGGAGCGAGTAACAACCCGGTCAAATCTGTACCCCACCC
4hb_069	ACAAAAAATTTTTACAAAGGTATTTTCATTTGGGGCATAACCTGGCCT
4hb_070	TTCTTAAAGCCTCAAAGAATTAGCAAAAATTCGAGCCGGTGTCTTTTT
4hb_071	GTTGTTTACCCTATAAGAGGTATCATAACCCTCGTTATAGTAAGCAAA
4hb_072	CGATCAATACTGAAAATGTTTAGACTGGAGGCTTGCACAACATTCGAC
4hb_073	GATCCTGGCTGAATTACCTTGCGATTATACCAAGCGTCATCTTTCAGC
4hb_nogap_A01	TCTTTCCAGAGCCTAATTTGACGCGAGGAATATCAGAGAGATAACCCA
4hb_nogap_A02	TCTTTCCTTATCATTCCAAGAGAACAAGAAGAAAAGTAAGCAGATAGC
4hb_nogap_A03	CAAATTCTTACCAGTATAAATATATTTTTCCTTATTACGCAGTATGTT
4hb_nogap_A04	CTGAGAAGAGTCAATAGTGATTTTTAACTTGTCACAATCAATAGAAAA
4hb_nogap_A05	TCGGGAGAAACAATAACGGATGTTTGGAAAATTATTCATTAAAGGTGA
4hb_nogap_A06	CGTATTAAATCCTTTGCCCGTATCATTTAGGCCGGAAACGTCACCAAT
4hb_nogap_A07	CCAGCAGAAGATAAAACAGATCTGGCCATCATCGGCATTTTCGGTCAT
4hb_nogap_A08	CTGGTAATATCCAGAACAATTCATGGAATCAGAGCCGCCACCCTCAGA
4hb_nogap_A09	CACCCGCCGCGCTTAATGCGTCGGAACCGGTTGAGGCAGGTCAGACGA
4hb_nogap_A10	TTGTTCCAGTTTGGAACAAGCAAAGGGCCAGTAAGCGTCATACATGGC
4hb_nogap_A11	TGCGCTCACTGCCCGCTTTCCTCGAATTGTTAATGCCCCCTGCCTATT
4hb_nogap_A12	ATTACGCCAGCTGGCGAAAGACGCCAGGTTTTGCTCAGTACCAGGCGG
4hb_nogap_A13	TAGCCAGCTTTCATCAACATAAACAGGACCACCCTCAGAACCGCCACC
4hb_nogap_A14	CGGAGAGGGTAGCTATTTTTTGAGAGTCCACTGAGTTTCGTCACCAGT
4hb_nogap_A15	TAACATCCAATAAATCATACTGATTCCCCAGACGTTAGTAAATGAATT
4hb_nogap_A16	TAGAGAGTACCTTTAATTGCCTTAGAGCGCGAATAATAATTTTTTCAC
4hb_nogap_A17	AAGAAGTTTTGCCAGAGGGGTTGAGATTTTTCTTAAACAGCTTGATAC
4hb_nogap_A18	GGTTTAATTTCAACTTTAATTGGCTCATGTTAAAGGCCGCTTTTGCGG
4hb_nogap_A19	GTGTCGAAATCCGCGACCTGTACGTAATCTTTTTCA
4hb_nogap_B01	TTAGCGAACCTCCCGACTTGCGCTAACGAATGAAAA
4hb_nogap_B02	CCGTTTTTATTTTCATCGTAAATAATCGCAGAACGCGCCTGTTTATCA
4hb_nogap_B03	AATTTCATCTTCTGACCTAAATATGCGTGCATTTTCGAGCCAGTAATA
4hb_nogap_B04	GGCTTAGGTTGGGTTATATATAGATTAACAATATATGTGAGTGAATAA
4hb_nogap_B05	ACTTCTGAATAATGGAAGGGGTACCTTTAAAAGAAGATGATGAAACAA
4hb_nogap_B06	GAACAAAGAAACCACCAGAAAATTCGACAATATCTTTAGGAGCACTAA
4hb_nogap_B07	AGATAGAACCCTTCTGACCTCCGAACGAAGCATCACCTTGCTGAACCT
4hb_nogap_B08	CTACATTTTGACGCTCAATCCTATCGGCAAGAGTCTGTCCATCACGCA
4hb_nogap_B09	AGGGAGCCCCCGATTTAGAGGCGTAACCGGAGCTAAACAGGAGGCCGA
4hb_nogap_B10	AACCGTCTATCAGGGCGATGTAGGGTTGGCTGGTTTGCCCCAGCAGGC
4hb_nogap_B11	ATCATGGTCATAGCTGTTTCCATTAATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTC
4hb_nogap_B12	TCCCAGTCACGACGTTGTAAGGCCTCTTTTTCCGGCACCGCTTCTGGT
4hb_nogap_B13	TGTATAAGCAAATATTTAAACTGGCCTTTCACGTTGGTGTAGATGGGC
4hb_nogap_B14	GCAAACAAGAGAATCGATGAATAAATTAGAGTAATGTGTAGGTAAAGA
4hb_nogap_B15	CTGCGAACGAGTAGATTTAGTAGTAGTAACATTATGACCCTGTAATAC
4hb_nogap_B16	TTGCTGAATATAATGCTGTAACAGGTCATCAAAAAGATTAAGAGGAAG
4hb_nogap_B17	AATACCACATTCAACTAATGAGGCTTTTTCAAATGCTTTAAACAGTTC
4hb_nogap_B18	CCAGTCAGGACGTTGGGAAGTGGGCTTGATATTCATTACCCAAATCAA
4hb_nogap_B19	CAACCTAAGCCTGATAGAACTGACCAACTTTGAAAG
4hb_nogap_B20	CAGACGGTCAATCATAACTAAAGAGCCACTACGAAGGCAC
4hb_nogap_C01	TAGCAGCCTTTACAGAACTGAACATTTGAAGCCTTAAATC
4hb_nogap_C02	GAACAAGAAAAATTATTTATAATTGAGTGAAGGCTTATCCGGTATTCT
4hb_nogap_C03	CGACAAAAGGTAAAGTAATTCAAAGTTAGTTAAATAAGTACCGCACTC
4hb_nogap_C04	CGTCGCTATTAAATTGAGAAAACGTAGAAGAACGCGAGAAAACTTTTT
4hb_nogap_C05	ATTAATTACATTTAACAATTTATGGTTTAAATAAAGGGTCTGAGAGAC
4hb_nogap_C06	GCCGTCAATAGAAGTTACAATCACCGTCGCAATTCATCAATATAATCC
4hb_nogap_C07	AATCAATATCTGGTCAGTTGCCATCGATGGCTATTAAAAGTTTGAGTA
4hb_nogap_C08	AATACTTCTTTGGCCTGCAACCCTTATTCACGACCAGTAATAAAAGGG
4hb_nogap_C09	CAGGAACGGTACGCCAGAATCCACCCTCGAAGAAAGGCAACAGGAAAA
4hb_nogap_C10	GGTGGTTCCGAATGCTTTGACCTTGATAGTCGAGGTGCCGTAAAGCAC
4hb_nogap_C11	GGGCAACAGCTGATTGCCCTGATGATACACGAGCCGACGTGGACTCCA
4hb_nogap_C12	AGCGCCATTCGCCTGCATTAAACCTATTTCTAGAGGATCCCCGGGTAC
4hb_nogap_C13	TCTGCCAGTTTGAGGGGACGGTGCCGTCTTGTTAAAGCGATTAAGTTG
4hb_nogap_C14	AGGCCGGAGACATCGGATTCGAACCGCCGGTTGATAATCAGAAAAGCC
4hb_nogap_C15	TTTATTTCAACGCAAGGATAACTACAACTTTAGCTACTATCAGGTCAT
4hb_nogap_C16	TATCGCGTTTTATTAAGCAAGTATGGGAGGAAGTTTCATTCCATATAA
4hb_nogap_C17	CATAAATCAAAAATCAGGTCAAAATCTCAGCAACACTCATTTTTGCGG
4hb_nogap_C18	ATTCAGTGAATAATAGCGTCAGTTGCGCATTACAGGTAGAAAGATTCA
4hb_nogap_C19	GTACAGACCAGGCGCATAGGGTCACCCTGACCCCCAATGCGATTTTAA
4hb_nogap_D01	GAGAATTAGAGAATAACAATTTTATCCTGAATCTTA
4hb_nogap_D02	CCCAATAATAAGAGCAAGAATAGATAAGTTTACGAGCATGTAGAAACC
4hb_nogap_D03	AAGGAAACCGAGGAAACGCAAATATAAAACTAGAAAAAGCCTGTTTAG
4hb_nogap_D04	ACATACATAAAGGTGGCAACGCTTCTGTATCCTTGAAAACATAGCGAT
4hb_nogap_D05	GCGCCAAAGACAAAAGGGCGCAAGAAAAACGTCAGATGAATATACAGT
4hb_nogap_D06	ACTTGAGCCATTTGGGAATTTAATAGATTTAGAAGTATTAGACTTTAC
4hb_nogap_D07	GCACCGTAATCAGTAGCGACTATCAAACCCTAAAACATCGCCATTAAA
4hb_nogap_D08	TTTGCCATCTTTTCATAATCAACCGTTGCTTGCCTGAGTAGAAGAACT
4hb_nogap_D09	CCACCACCCTCAGAGCCGCCAGGGATTTTGGCAAGTGTAGCGGTCACG
4hb_nogap_D10	CAAACAAATAAATCCTCATTATCCTGTTATAAATCAAAAGAATAGCCC
4hb_nogap_D11	GTGTACTGGTAATAAGTTTTCACCAGTGGTGCCTAATGAGTGAGCTAA
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4hb_nogap_D13	GGGTTGATATAAGTATAGCCCGTAACCGAACGCCATCAAAAATAATTC
4hb_nogap_D14	TCAGAGCCACCACCCTCATTAAAGGGTGTATGATATTCAACCGTTCTA
4hb_nogap_D15	GTAGCATTCCACAGACAGCCGCGGGAGAAAAAGGTGGCATCAATTCTA
4hb_nogap_D16	GCTAAACAACTTTCAACAGTAAAGACTTGAACCAGACCGGAAGCAAAC
4hb_nogap_D17	AAAAAGGCTCCAAAAGGAGCAACGAGAAGACGATAAAAACCAAAATAG
4hb_nogap_D18	AATGACAACAACCATCGCCCACAAAGCTGAAACACCAGAACGAGTAGT
4hb_nogap_D19	AGCGAAAGACAGCATCGGAACAGATGAAAGTACAACGGAGATTTGTAT
4hb_1gap_A01	CTTTCCAGAGCCTAATTTGACGCGAGGAATATCAGAGAGATAACCC
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4hb_1gap_A03	AAATTCTTACCAGTATAAATATATTTTTCCTTATTACGCAGTATGT
4hb_1gap_A04	TGAGAAGAGTCAATAGTGATTTTTAACTTGTCACAATCAATAGAAA
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4hb_1gap_A08	TGGTAATATCCAGAACAATTCATGGAATCAGAGCCGCCACCCTCAG
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4hb_1gap_B04	GCTTAGGTTGGGTTATATATAGATTAACAATATATGTGAGTGAATA
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4hb_1gap_B11	TCATGGTCATAGCTGTTTCCATTAATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTT
4hb_1gap_B12	CCCAGTCACGACGTTGTAAGGCCTCTTTTTCCGGCACCGCTTCTGG
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4hb_1gap_B16	TGCTGAATATAATGCTGTAACAGGTCATCAAAAAGATTAAGAGGAA
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4hb_1gap_B18	CAGTCAGGACGTTGGGAAGTGGGCTTGATATTCATTACCCAAATCA
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4hb_1gap_C01	AGCAGCCTTTACAGAACTGAACATTTGAAGCCTTAAATC
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4hb_1gap_C04	GTCGCTATTAAATTGAGAAAACGTAGAAGAACGCGAGAAAACTTTT
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4hb_1gap_C08	ATACTTCTTTGGCCTGCAACCCTTATTCACGACCAGTAATAAAAGG
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4hb_1gap_C17	ATAAATCAAAAATCAGGTCAAAATCTCAGCAACACTCATTTTTGCG
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4hb_1gap_D06	CTTGAGCCATTTGGGAATTTAATAGATTTAGAAGTATTAGACTTTA
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4hb_1gap_D13	GGTTGATATAAGTATAGCCCGTAACCGAACGCCATCAAAAATAATT
4hb_1gap_D14	CAGAGCCACCACCCTCATTAAAGGGTGTATGATATTCAACCGTTCT
4hb_1gap_D15	TAGCATTCCACAGACAGCCGCGGGAGAAAAAGGTGGCATCAATTCT
4hb_1gap_D16	CTAAACAACTTTCAACAGTAAAGACTTGAACCAGACCGGAAGCAAA
4hb_1gap_D17	AAAAGGCTCCAAAAGGAGCAACGAGAAGACGATAAAAACCAAAATA
4hb_1gap_D18	ATGACAACAACCATCGCCCACAAAGCTGAAACACCAGAACGAGTAG
4hb_1gap_D19	GCGAAAGACAGCATCGGAACAGATGAAAGTACAACGGAGATTTGTA
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4hb_3gap_A10	TTCCAGTTTGGAACAAGCAAAGGGCCAGTAAGCGTCATACAT
4hb_3gap_A11	GCTCACTGCCCGCTTTCCTCGAATTGTTAATGCCCCCTGCCT
4hb_3gap_A12	ACGCCAGCTGGCGAAAGACGCCAGGTTTTGCTCAGTACCAGG
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4hb_3gap_A17	AAGTTTTGCCAGAGGGGTTGAGATTTTTCTTAAACAGCTTGA
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4hb_3gap_B05	TCTGAATAATGGAAGGGGTACCTTTAAAAGAAGATGATGAAA
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4hb_3gap_B14	AACAAGAGAATCGATGAATAAATTAGAGTAATGTGTAGGTAA
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4hb_3gap_B16	CTGAATATAATGCTGTAACAGGTCATCAAAAAGATTAAGAGG
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4hb_5gap_B10	TCTATCAGGGCGATGTAGGGTTGGCTGGTTTGCCCCAG
4hb_5gap_B11	GGTCATAGCTGTTTCCATTAATTGGGCGCCAGGGTGGT
4hb_5gap_B12	GTCACGACGTTGTAAGGCCTCTTTTTCCGGCACCGCTT
4hb_5gap_B13	AAGCAAATATTTAAACTGGCCTTTCACGTTGGTGTAGA
4hb_5gap_B14	CAAGAGAATCGATGAATAAATTAGAGTAATGTGTAGGT
4hb_5gap_B15	AACGAGTAGATTTAGTAGTAGTAACATTATGACCCTGT
4hb_5gap_B16	GAATATAATGCTGTAACAGGTCATCAAAAAGATTAAGA
4hb_5gap_B17	CACATTCAACTAATGAGGCTTTTTCAAATGCTTTAAAC
4hb_5gap_B18	CAGGACGTTGGGAAGTGGGCTTGATATTCATTACCCAA
4hb_5gap_B19	CAACCTAAGCCTGATAGAACTGACCAACTTT
4hb_5gap_B20	CAGACGGTCAATCATAACTAAAGAGCCACTACGAA
4hb_5gap_C01	GCCTTTACAGAACTGAACATTTGAAGCCTTAAATC
4hb_5gap_C02	AGAAAAATTATTTATAATTGAGTGAAGGCTTATCCGGT
4hb_5gap_C03	AAAGGTAAAGTAATTCAAAGTTAGTTAAATAAGTACCG
4hb_5gap_C04	CTATTAAATTGAGAAAACGTAGAAGAACGCGAGAAAAC
4hb_5gap_C05	TTACATTTAACAATTTATGGTTTAAATAAAGGGTCTGA
4hb_5gap_C06	CAATAGAAGTTACAATCACCGTCGCAATTCATCAATAT
4hb_5gap_C07	ATATCTGGTCAGTTGCCATCGATGGCTATTAAAAGTTT
4hb_5gap_C08	TTCTTTGGCCTGCAACCCTTATTCACGACCAGTAATAA
4hb_5gap_C09	ACGGTACGCCAGAATCCACCCTCGAAGAAAGGCAACAG
4hb_5gap_C10	TTCCGAATGCTTTGACCTTGATAGTCGAGGTGCCGTAA
4hb_5gap_C11	ACAGCTGATTGCCCTGATGATACACGAGCCGACGTGGA
4hb_5gap_C12	CATTCGCCTGCATTAAACCTATTTCTAGAGGATCCCCG
4hb_5gap_C13	CAGTTTGAGGGGACGGTGCCGTCTTGTTAAAGCGATTA
4hb_5gap_C14	GGAGACATCGGATTCGAACCGCCGGTTGATAATCAGAA
4hb_5gap_C15	TTCAACGCAAGGATAACTACAACTTTAGCTACTATCAG
4hb_5gap_C16	CGTTTTATTAAGCAAGTATGGGAGGAAGTTTCATTCCA
4hb_5gap_C17	ATCAAAAATCAGGTCAAAATCTCAGCAACACTCATTTT
4hb_5gap_C18	GTGAATAATAGCGTCAGTTGCGCATTACAGGTAGAAAG
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4hb_5gap_D01	GAGAATTAGAGAATAACAATTTTATCCTGAA
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4hb_5gap_D04	CATAAAGGTGGCAACGCTTCTGTATCCTTGAAAACATA
4hb_5gap_D05	AAAGACAAAAGGGCGCAAGAAAAACGTCAGATGAATAT
4hb_5gap_D06	AGCCATTTGGGAATTTAATAGATTTAGAAGTATTAGAC
4hb_5gap_D07	GTAATCAGTAGCGACTATCAAACCCTAAAACATCGCCA
4hb_5gap_D08	CATCTTTTCATAATCAACCGTTGCTTGCCTGAGTAGAA
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4hb_5gap_D15	ATTCCACAGACAGCCGCGGGAGAAAAAGGTGGCATCAA
4hb_5gap_D16	ACAACTTTCAACAGTAAAGACTTGAACCAGACCGGAAG
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4hb_5gap_D18	CAACAACCATCGCCCACAAAGCTGAAACACCAGAACGA
4hb_5gap_D19	AAGACAGCATCGGAACAGATGAAAGTACAACGGAGATT

6HB design
Name	Sequence (5'→3')
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6hb_036	TAGAAAAACGCAAAGGGAGGGAAGGTAATCGTAACGCCCTTT
6hb_037	AGATAACTAGAAAATTCATAAGTCAGAGGGTAAGTCTGAACA
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6hb_042	AAGAGTCAGACTACAAATATATTTTAGTTGTAAAACCTTTTT
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6hb_045	TACATTTTTCAGGTTTAACAACAACTAATAGATCATATCTTT
6hb_046	GGGAGCTGTGCTTTAACCTGTCGTGCCACTCATGGTTAACCG
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6hb_049	GCTCATTTTACCTTTATTCAACCGTTCTGAGGGGGACTAATG
6hb_050	GCAAAAGAAGGCACGAGAGTCTGGAGCAAATCTTGTCCATGT
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6hb_055	ACTTGCGGCGAGGCAGCTTTCCGGCACCGAATTAATACAAAA
6hb_056	AATTGAGAAGCCAACGGTGCGGGCCTCTTTCCTTAACAATAA
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6hb_063	CTGACTAAAGATTAGTACCTTTACTAATAGTAGTACGGATTG
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6hb_069	CACCATCTTCTCAACATGTTTTAAATATGGAGACAACAGTTC
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6hb_072	TCAGGTCTTGTTTACCAGACGACGATAAATCTACAGAACGAG
6hb_073	TGAACGGTGGCTGAGAGGCGCAGACGGTATCATCGCCAGCGA
6hb_074	CGGTTGACGAAGAGGACAGATGAACGGTAATCATAAGACTTT
6hb_075	AAGCAAATCGCTGATCGAGGTGAATTTCAATCTCCAGGAACA
6hb_076	TCGCATTCCATGACAACAACCATCGCCCTATTTTGTCATAGT
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6hb_079	CGGATTCAGGCAGGCTCAGAACCGCCACATAATCAGGCATTT
6hb_080	ATAGGTCTAAACCACCACCAGAGCCGCCTTGACCGCCATTAC
6hb_081	CTGCCAGCGATTGAGACACCACGGAATATATGTTAGAATACC
6hb_082	ATCGCACCAATGGTTTACCAGCGCCAAATCGGCCTAAGAGCA
6hb_083	AAACCAGAGGGAAGATTTATCCCAATCCAACGCTAAGTTGCT
6hb_084	TTGGGAAGGATGAAAATAGCAGCCTTTAAGGCTGCCCGCGCC
6hb_085	GCTGGCGCCAATCATAATGCAGAACGCGAGTACCGTAATTTA
6hb_086	AACGCCAATGAAAAATAATATCCCATCCCGATTAATTACTAG
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6hb_089	TTCCTGTGAAACAAGCACGTAAAACAGATTGTTTGTATTCCT
6hb_090	TACGAGCCTGTCAGATGAATATACAGTAAATTCCAACAATTC
6hb_nogap_A01	CCGGATAATTGCCTCAACCTAAACGAGAAACACCAAAGGCTA
6hb_nogap_A02	CAAATAATCATCAAGTAGCGACATCATACATGGCTCCTGTAG
6hb_nogap_A03	AAGAACGGGGCGATCGCTCAACATAGGAATCATTAGCAACTG
6hb_nogap_A04	AGGAGCACGGAAGCACAATATTTTAGACTTTACAACACAACA
6hb_nogap_A05	CATTAAAACAGAGAACATTAATTGCGTTTCAGTTGTCACCTT
6hb_nogap_A06	TTATACCGGAAGTTAAAACTAGCATGTCGTACAGAAAGGGAA
6hb_nogap_A07	TCGGTCAAAGGCCGGAACAAACGGCGGAGCCAGCAGCCACCA
6hb_nogap_A08	GGCAGAGCTGTTTAGATGTGCTGCAAGGTAATTTAATCAACA
6hb_nogap_A09	AGAAAACAATTCGAGCTTCCATTGAATCCCCCTTAAATCGTC
6hb_nogap_A10	GCGCCGCGCCAGAATCCTGCTGCGCGTAACCACCAAAGTGTA
6hb_nogap_A11	TAGCGTAGAATTGCGAATACGCCTGTAGCATTCACCCAGTAC
6hb_nogap_A12	AGAAACAACTGGCATGATTACAAGAATTGAGTTAAATCAGAG
6hb_nogap_A13	AAAATTATAGAATCCTTGAAAAAGAAGATGATGTTTTTCAAT
6hb_nogap_B01	AAGAAAGTTTTTCTCTTATAAATCACACCCGCCGCGGGCGCC
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6hb_nogap_B03	CCCTGAATCCAGCCGTTTTAGCGAAGCCCAATAATCAGGAAG
6hb_nogap_B04	GAGAAAAAAGCTTGTTAACAATTTCATTCGCTATTCGCTGAG
6hb_nogap_B05	CCAAATCGATGGCCTTGAGTGTTGTTCCGATGGTGCAGCTGA
6hb_nogap_B06	TATCAAAATAATGGGAAGGAGCGGAATTACGTTATTAGCTGT
6hb_nogap_B07	GTATAACAAACAGGCATCACGCAGAAATGGATTATTCAGAGC
6hb_nogap_B08	TAGTAAAACGAACTAACGGAAGGCTTGCCCTGAACTGCTCAT
6hb_nogap_B09	TAAATGACAACAGTGCCTTTAATGAAAGACAGCATTGCTAAA
6hb_nogap_B10	ATACAGGGAGGCTGAGACTCGTTCCAGTAAGCGGACAGTCTC
6hb_nogap_B11	TTAAGAAAGGAAACATAAAGGTGCCGTCACCGACTACAAAGT
6hb_nogap_B12	CAATAGCACCCAGCTACAATTTTATTTTCATCGGTAGAACAA
6hb_nogap_B13	TAATGGAAACCTTGAATTTATCATACCGACCGTGTATATGTG
6hb_nogap_B14	GTAAAGATTCATTCATTTTTGCGGATGGGCAAACTAAATATC
6hb_nogap_C01	CCTCAGACCATCAATGGTAATAAGTTTTTCTGAAAGGGTTTT
6hb_nogap_C02	ATTCAACTTTGAGGAGCAATAGCTATCTAATAACGGCAAACG
6hb_nogap_C03	TAAAAACGCAAAGCTCAGATATAGAAGGCAAGATTACGAGCG
6hb_nogap_C04	GTAGAAAAAAGGGGGTATCATATGCGTTCAACATGACAAAAG
6hb_nogap_C05	GCTGAATTTAAAGCGAACCAGACCGGAACTTAGAGAAGTACG
6hb_nogap_C06	CAGATACTTAGGAATCAGGACGTTGGGATTCAACTAAATTAA
6hb_nogap_C07	TACTTAGTCGAAATTAAAACACTCATCTAAAATACGAATCGA
6hb_nogap_C08	TCAGAGCAGAGCCAAGACTGTAGCGCGTGAAACCAAACCCGT
6hb_nogap_C09	GTCTGAGAATAGTGCTTCTGTAAATCGTTGAATTACGACGGC
6hb_nogap_C10	GCTGAGATTAACACGCGCGAACTGATAGCCTGAAAGCCTAAT
6hb_nogap_C11	CATCAAATTATAGTTTAAATGCAATGCCTTCCCAATGCTCCT
6hb_nogap_C12	AATCGGCGATAGGGCACTACGTGTAGGGCGCTGGCAAAGAAT
6hb_nogap_C13	CTTGAGTGCCTATTGGATAAGTGTGAGTTTCGTCAAGTTAAT
6hb_nogap_C14	AATACGTCTTTAATCGCCTGCAATAGAGCCGTCAAGAATGGC
6hb_nogap_C15	AACCCTCAGATTTAAAAGGTGGCATCAATTCTAATTTCTGCG
6hb_nogap_D01	GAGGTTGTCCGTGGGAAACGTCACCAATTTTCATCAAATCAC
6hb_nogap_D02	ATCGGGAGTGAAATAATCCTTTGCCCGAATCATCAGATTATA
6hb_nogap_D03	TTGTAGCGTCTGTCAGGCCGATTAAAGGGCTTTGATAATGAA
6hb_nogap_D04	TTATCAGAAAAGGATTCAGCGGAGTGAGTTTCCAGATTGTAT
6hb_nogap_D05	CTGGCCAAATACCGAACGAACCAGTCACACGACAATTACATT
6hb_nogap_D06	TTGTGAAATACCAGTACCACATTCCAATACTGCGGAGAACTG
6hb_nogap_D07	CACTACGAATACACCCGCGACCTACGTAACAAAGCGAAAGAG
6hb_nogap_D08	TTCATGAAAGCGCGAAACAACGGCTACAGAGGCTTCGGAACG
6hb_nogap_D09	CAGCACCTAGCGTCCCACCGGAAGAATGGAAAGCGATCAAGT
6hb_nogap_D10	TAAGAACGGAGGTTAATTTGCCATTGAGCGCTAATCCTCCCG
6hb_nogap_D11	CAGTATAAATCGCCTCCAGACGACCGCACTCATCGAGGGCTT
6hb_nogap_D12	AAAAAGCGCATTTTCGAGCAATAAGAATAAACAATGATAAAT
6hb_nogap_D13	AAAAGTTACCACCAAAGGGTTAGGCGAATTATTCATGCGGAA
6hb_nogap_E01	AACAGTTCTAACTCTAGAACCCTTCTGACCCTAAATGAGGCG
6hb_nogap_E02	ACCGCCAACGCGCGCGCGTACTATGGTTGATTTTACACCGAG
6hb_nogap_E03	AGAGGCTGAGGGTATGAGATGGTTTAATAGAAAAATCATCAG
6hb_nogap_E04	CATAGGCTAATCGTTCCATTAAACGGGTTTGACCCCCTGATA
6hb_nogap_E05	TAGGAACAAATTTTCCCGTATAACACAGACAGCCCTTAAAAT
6hb_nogap_E06	CCAAGTTACCGAGCCATTATCATAAACAAACATCAGAGGATC
6hb_nogap_E07	TAAACAGAGAGCCTTTGAAGCCTTAAATCTTATCCGTGCCGG
6hb_nogap_E08	ACAACATAATTCTGATATTTAACAACGCATACAAATACGCCA
6hb_nogap_E09	GTCAGGAAGAGGTCCATATAACAGTTGATGAGTAACTTTACC
6hb_nogap_E10	GTATTAAAGTGTACAAATAATTCGCGTCCTCAGAAACCGTAC
6hb_nogap_E11	CAAAAGAATGAAATGGACGACGACAGTAGACAAAATTTGTCA
6hb_nogap_E12	CATTAGCTAGCCCCCTTATTAGAGCCAGCAAAAGATGAGCCA
6hb_nogap_E13	GACAACTAGATGATGGCAAGGATTTAGAAGTATTTTAGATAA
6hb_nogap_F01	TACATTTGTCGGGACCTCGTTAGCAGTAATAAAAGCTGCCCG
6hb_nogap_F02	AAAATGTAATATGAATGCGATTTCAAATGCTTTAAGTCAAAT
6hb_nogap_F03	GCGGGATTAATCAGGTATGGGATTTTGAGGACTAATGTACCC
6hb_nogap_F04	TATTCATACGTTGGCAGATAGCCTCACCAGTAGCATAATGGG
6hb_nogap_F05	GACCTAAGGGTTTTCATAAATCACCGGAATCATAAGTTGGGT
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6hb_nogap_F07	AAAAGAATACATACCGAGGAAACGCAATTACCGAACGTGCAT
6hb_nogap_F08	ACGGTACTACAGGGGGGAGAGGCGGTTTTCCAGAACTTGCCT
6hb_nogap_F09	TAATAAATTGGGCTGCTATTTTTGAGAGAAACCAAGTAAGAG
6hb_nogap_F10	ACTAAAGACGATCTATTGTAAACGTTAAACGCATAGCTTGAT
6hb_nogap_F11	ATTTTGCAAGCAAAGCCATTCGCCATTCCAGAGAGAAACGAT
6hb_nogap_F12	TTTCCCTATTACATCATGCCTGCAGGTCAAGACAATTGGGTT
6hb_nogap_F13	GATTATCCGTATTATGTTATCCGCTCACACAGTACAAATTGC
6hb_1gap_A01	CGGATAATTGCCTCAACCTAAACGAGAAACACCAAAGGCT
6hb_1gap_A02	AAATAATCATCAAGTAGCGACATCATACATGGCTCCTGTA
6hb_1gap_A03	AGAACGGGGCGATCGCTCAACATAGGAATCATTAGCAACT
6hb_1gap_A04	GGAGCACGGAAGCACAATATTTTAGACTTTACAACACAAC
6hb_1gap_A05	ATTAAAACAGAGAACATTAATTGCGTTTCAGTTGTCACCT
6hb_1gap_A06	TATACCGGAAGTTAAAACTAGCATGTCGTACAGAAAGGGA
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6hb_1gap_A10	CGCCGCGCCAGAATCCTGCTGCGCGTAACCACCAAAGTGT
6hb_1gap_A11	AGCGTAGAATTGCGAATACGCCTGTAGCATTCACCCAGTA
6hb_1gap_A12	GAAACAACTGGCATGATTACAAGAATTGAGTTAAATCAGA
6hb_1gap_A13	AAATTATAGAATCCTTGAAAAAGAAGATGATGTTTTTCAA
6hb_1gap2_A01	TTGATATTAGAGAAGAGGAAGCCCGAAATCAGGTTGTGTA
6hb_1gap2_A02	AGTAGACGAGAAGTGTTTTTATAATCAAACATCACAATAT
6hb_1gap2_A03	CGAACTCAAAGTACAACGGAGATTTGTCAATCATCCAGGC
6hb_1gap2_A04	TAGATATACAGTAATAAGAGAATATAACCTGTTTCGAGCA
6hb_1gap2_A05	TAGATTGATTCATCAATATAATCCTGAAATAAAGCTTTTA
6hb_1gap2_A06	GCAGATCTCAAATATCAAACGCTCAATCGTCTAAAAATAC
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6hb_1gap2_A10	CAAAAGAAGGCACGAGAGTCTGGAGCAAATCTTGTCCATG
6hb_1gap2_A11	GGAACGGCCACCAATAGCCCGGAATAGATTAGCGCATGAA
6hb_1gap2_A12	TCGCACCAATGGTTTACCAGCGCCAAATCGGCCTAAGAGC
6hb_1gap2_A13	AGTGCCCTTTTTCCTTTTTAACCTCCGATTAAGAAATTAA
6hb_1gap_B01	AGAAAGTTTTTCTCTTATAAATCACACCCGCCGCGGGCGC
6hb_1gap_B02	ATTCGGTATTTAAAAAGTTTTGTCGTCAATAGAAAAAAAA
6hb_1gap_B03	CCTGAATCCAGCCGTTTTAGCGAAGCCCAATAATCAGGAA
6hb_1gap_B04	AGAAAAAAGCTTGTTAACAATTTCATTCGCTATTCGCTGA
6hb_1gap_B05	CAAATCGATGGCCTTGAGTGTTGTTCCGATGGTGCAGCTG
6hb_1gap_B06	ATCAAAATAATGGGAAGGAGCGGAATTACGTTATTAGCTG
6hb_1gap_B07	TATAACAAACAGGCATCACGCAGAAATGGATTATTCAGAG
6hb_1gap_B08	AGTAAAACGAACTAACGGAAGGCTTGCCCTGAACTGCTCA
6hb_1gap_B09	AAATGACAACAGTGCCTTTAATGAAAGACAGCATTGCTAA
6hb_1gap_B10	TACAGGGAGGCTGAGACTCGTTCCAGTAAGCGGACAGTCT
6hb_1gap_B11	TAAGAAAGGAAACATAAAGGTGCCGTCACCGACTACAAAG
6hb_1gap_B12	AATAGCACCCAGCTACAATTTTATTTTCATCGGTAGAACA
6hb_1gap_B13	AATGGAAACCTTGAATTTATCATACCGACCGTGTATATGT
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6hb_1gap2_B01	AACACTATAACAACATTATTACAGGTAAGGCATAAATAGC
6hb_1gap2_B02	TCAGTAGCCAGCAATTGAGGAAGGTTACTGGGGTGCGTAA
6hb_1gap2_B03	GGCTCCCTTGCTTGGCTTGCAGGGAGTCAGGAAGACGTTA
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6hb_1gap2_B06	AGGCGTAGTCCTGAACAATTAATGGTTTGAAAAAATCTTC
6hb_1gap2_B07	GCCCGAAAAATCCTTTCACCAGTGAGACGAGAAACCATCA
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6hb_1gap_C03	AAAAACGCAAAGCTCAGATATAGAAGGCAAGATTACGAGC
6hb_1gap_C04	TAGAAAAAAGGGGGTATCATATGCGTTCAACATGACAAAA
6hb_1gap_C05	CTGAATTTAAAGCGAACCAGACCGGAACTTAGAGAAGTAC
6hb_1gap_C06	AGATACTTAGGAATCAGGACGTTGGGATTCAACTAAATTA
6hb_1gap_C07	ACTTAGTCGAAATTAAAACACTCATCTAAAATACGAATCG
6hb_1gap_C08	CAGAGCAGAGCCAAGACTGTAGCGCGTGAAACCAAACCCG
6hb_1gap_C09	TCTGAGAATAGTGCTTCTGTAAATCGTTGAATTACGACGG
6hb_1gap_C10	CTGAGATTAACACGCGCGAACTGATAGCCTGAAAGCCTAA
6hb_1gap_C11	ATCAAATTATAGTTTAAATGCAATGCCTTCCCAATGCTCC
6hb_1gap_C12	ATCGGCGATAGGGCACTACGTGTAGGGCGCTGGCAAAGAA
6hb_1gap_C13	TTGAGTGCCTATTGGATAAGTGTGAGTTTCGTCAAGTTAA
6hb_1gap_C14	ATACGTCTTTAATCGCCTGCAATAGAGCCGTCAAGAATGG
6hb_1gap_C15	ACCCTCAGATTTAAAAGGTGGCATCAATTCTAATTTCTGC
6hb_1gap2_C01	TGAAGTTTCAAAAACCATAAATCAAAAAGACTTCCCAACA
6hb_1gap2_C02	CCGATAAAATAATTTTTTCACGTTGAATTAAACAACCGAT
6hb_1gap2_C03	TTTTGTGTTTTTATCCTGAATCTTACCAAATAAGAATAAC
6hb_1gap2_C04	TATAACGCAAACATAGCGATAGCTTAGGCTTAGGAGAACG
6hb_1gap2_C05	TCAGGGCAAGTTTTGCCGGCGAACGTGGCGGGCAAGTTCCG
6hb_1gap2_C06	GAATTTGTTTAGTACCGCCCTCATTAAAGCCACCTCACAA
6hb_1gap2_C07	GATAACTAGAAAATTCATAAGTCAGAGGGTAAGTCTGAAC
6hb_1gap2_C08	GTGAATAACAGTACCCAGTCACGACGTTAATTTCATCATA
6hb_1gap2_C09	ATTAGTGGCACAGATAAAGTGTAAAGCTCTAAAAGTGCCA
6hb_1gap2_C10	TTTCCATGACCCTCAATCAATATCTGGGCGCTCAGGACAT
6hb_1gap2_C11	CGGCCAGCCATTGCTTTGATTAGTAATGTGAGGCGACAGG
6hb_1gap2_C12	CAGGTCTTGTTTACCAGACGACGATAAATCTACAGAACGA
6hb_1gap2_C13	GAACGGTGGCTGAGAGGCGCAGACGGTATCATCGCCAGCG
6hb_1gap2_C14	GGATTCAGGCAGGCTCAGAACCGCCACATAATCAGGCATT
6hb_1gap_D01	AGGTTGTCCGTGGGAAACGTCACCAATTTTCATCAAATCA
6hb_1gap_D02	TCGGGAGTGAAATAATCCTTTGCCCGAATCATCAGATTAT
6hb_1gap_D03	TGTAGCGTCTGTCAGGCCGATTAAAGGGCTTTGATAATGA
6hb_1gap_D04	TATCAGAAAAGGATTCAGCGGAGTGAGTTTCCAGATTGTA
6hb_1gap_D05	TGGCCAAATACCGAACGAACCAGTCACACGACAATTACAT
6hb_1gap_D06	TGTGAAATACCAGTACCACATTCCAATACTGCGGAGAACT
6hb_1gap_D07	ACTACGAATACACCCGCGACCTACGTAACAAAGCGAAAGA
6hb_1gap_D08	TCATGAAAGCGCGAAACAACGGCTACAGAGGCTTCGGAAC
6hb_1gap_D09	AGCACCTAGCGTCCCACCGGAAGAATGGAAAGCGATCAAG
6hb_1gap_D10	AAGAACGGAGGTTAATTTGCCATTGAGCGCTAATCCTCCC
6hb_1gap_D11	AGTATAAATCGCCTCCAGACGACCGCACTCATCGAGGGCT
6hb_1gap_D12	AAAAGCGCATTTTCGAGCAATAAGAATAAACAATGATAAA
6hb_1gap_D13	AAAGTTACCACCAAAGGGTTAGGCGAATTATTCATGCGGA
6hb_1gap2_D01	CTGAACTCACCACCAGCAGAAGATAAATAAAGCAGCAAAT
6hb_1gap2_D02	AATCAACCAAGACTCCTTATTACGCAGAGTTTATGGGCGA
6hb_1gap2_D03	CGGTCAAGAACTCAAACTAAAGGAGCGGGCGCAAGGAAGG
6hb_1gap2_D04	TGAGATATAACGCAAGAAGTTTTGCCAAGCTGATTTAATC
6hb_1gap2_D05	GGGTAGGACCAACTTTGATCACCCTCAGCAGCTGCGCTTT
6hb_1gap2_D06	GGAACCCGCCACCTCAGACGATTGGCCGAGTAACTCGATA
6hb_1gap2_D07	AGAGTCAGACTACAAATATATTTTAGTTGTAAAACCTTTT
6hb_1gap2_D08	ACATTTTTCAGGTTTAACAACAACTAATAGATCATATCTT
6hb_1gap2_D09	CTCATTTTACCTTTATTCAACCGTTCTGAGGGGGACTAAT
6hb_1gap2_D10	CCCCCTAACAGTGTGTTAAATCAGCTCGATAGCAGTCGAG
6hb_1gap2_D11	ATTGAGAAGCCAACGGTGCGGGCCTCTTTCCTTAACAATA
6hb_1gap2_D12	TGACTAAAGATTAGTACCTTTACTAATAGTAGTACGGATT
6hb_1gap2_D13	CAGCTTATCACCCTCAGAACCGCCACCTGGCCTTTTTGAT
6hb_1gap2_D14	CTGGCGCCAATCATAATGCAGAACGCGAGTACCGTAATTT
6hb_1gap_E01	ACAGTTCTAACTCTAGAACCCTTCTGACCCTAAATGAGGC
6hb_1gap_E02	CCGCCAACGCGCGCGCGTACTATGGTTGATTTTACACCGA
6hb_1gap_E03	GAGGCTGAGGGTATGAGATGGTTTAATAGAAAAATCATCA
6hb_1gap_E04	ATAGGCTAATCGTTCCATTAAACGGGTTTGACCCCCTGAT
6hb_1gap_E05	AGGAACAAATTTTCCCGTATAACACAGACAGCCCTTAAAA
6hb_1gap_E06	CAAGTTACCGAGCCATTATCATAAACAAACATCAGAGGAT
6hb_1gap_E07	AAACAGAGAGCCTTTGAAGCCTTAAATCTTATCCGTGCCG
6hb_1gap_E08	CAACATAATTCTGATATTTAACAACGCATACAAATACGCC
6hb_1gap_E09	TCAGGAAGAGGTCCATATAACAGTTGATGAGTAACTTTAC
6hb_1gap_E10	TATTAAAGTGTACAAATAATTCGCGTCCTCAGAAACCGTA
6hb_1gap_E11	AAAAGAATGAAATGGACGACGACAGTAGACAAAATTTGTC
6hb_1gap_E12	ATTAGCTAGCCCCCTTATTAGAGCCAGCAAAAGATGAGCC
6hb_1gap_E13	ACAACTAGATGATGGCAAGGATTTAGAAGTATTTTAGATA
6hb_1gap2_E01	CAGGAGACCCTCAAGAGAAGGATTAGGGTGTATCCCGCCA
6hb_1gap2_E02	CAGTGAATCATAACCCTCCATTACCCAAATCAGCACAAGA
6hb_1gap2_E03	ATTGTGCCGGAACCCTTCATCAAGAGTAACAAGAGTAATG
6hb_1gap2_E04	ACCTGATATATGTAAATGAAAATCGCGCAGAGAATTGAAT
6hb_1gap2_E05	GGAGCTGTGCTTTAACCTGTCGTGCCACTCATGGTTAACC
6hb_1gap2_E06	ACCAGAAAGTAAGTGTAGATGGGCGCAATATTGAAACATA
6hb_1gap2_E07	GGGTGGCGATCGGCCTTGCTGGTAATAGCGTATTGCTTAA
6hb_1gap2_E08	ACCATCTTCTCAACATGTTTTAAATATGGAGACAACAGTT
6hb_1gap2_E09	CGCATTCCATGACAACAACCATCGCCCTATTTTGTCATAG
6hb_1gap2_E10	TGCCAGCGATTGAGACACCACGGAATATATGTTAGAATAC
6hb_1gap2_E11	AACCAGAGGGAAGATTTATCCCAATCCAACGCTAAGTTGC
6hb_1gap2_E12	ACGCCAATGAAAAATAATATCCCATCCCGATTAATTACTA
6hb_1gap2_E13	TCCTGTGAAACAAGCACGTAAAACAGATTGTTTGTATTCC
6hb_1gap_F01	ACATTTGTCGGGACCTCGTTAGCAGTAATAAAAGCTGCCC
6hb_1gap_F02	AAATGTAATATGAATGCGATTTCAAATGCTTTAAGTCAAA
6hb_1gap_F03	CGGGATTAATCAGGTATGGGATTTTGAGGACTAATGTACC
6hb_1gap_F04	ATTCATACGTTGGCAGATAGCCTCACCAGTAGCATAATGG
6hb_1gap_F05	ACCTAAGGGTTTTCATAAATCACCGGAATCATAAGTTGGG
6hb_1gap_F06	GGTTGAACCAGGCTCGGAACCTATTATAACGGGGAACCAA
6hb_1gap_F07	AAAGAATACATACCGAGGAAACGCAATTACCGAACGTGCA
6hb_1gap_F08	CGGTACTACAGGGGGGAGAGGCGGTTTTCCAGAACTTGCC
6hb_1gap_F09	AATAAATTGGGCTGCTATTTTTGAGAGAAACCAAGTAAGA
6hb_1gap_F10	CTAAAGACGATCTATTGTAAACGTTAAACGCATAGCTTGA
6hb_1gap_F11	TTTTGCAAGCAAAGCCATTCGCCATTCCAGAGAGAAACGA
6hb_1gap_F12	TTCCCTATTACATCATGCCTGCAGGTCAAGACAATTGGGT
6hb_1gap_F13	ATTATCCGTATTATGTTATCCGCTCACACAGTACAAATTG
6hb_1gap2_F01	ACGAGTATATATTCAGAAGCAAAAAAACATTATGTTTTTA
6hb_1gap2_F02	CCTCAGATTAGCGTTTGCCATCTTTTCCCTCAGATTGACA
6hb_1gap2_F03	AAAAGAAATACTTCAACAGGAAAAACGGCTGCATCGAGCA
6hb_1gap2_F04	TAAATAATAATGCTGTAGAGACTGGATAGCGTCATAATAG
6hb_1gap2_F05	CTCAGTTATAAGTCCCTCATTTTCAGGATTTTTTTCAGTG
6hb_1gap2_F06	TAAAGTGTTCAGCATAATCGGCTGTCTTCGCTATTTCTTA
6hb_1gap2_F07	TTCTGAATTATTTTAACGGATTCGCCTATGGTCATAATTT
6hb_1gap2_F08	AACTTTATTTTCTAAAAGCCCCAAAAATAAAGGCTATCGG
6hb_1gap2_F09	CTTGCGGCGAGGCAGCTTTCCGGCACCGAATTAATACAAA
6hb_1gap2_F10	AAAGAATGAGTAATCGAATTCGTAATCGATTGCTCCTACC
6hb_1gap2_F11	AGTGAGGAAAGGAGCAAATGAAAAATCACAGAGGACATCG
6hb_1gap2_F12	GCCGGATTTGCAACAAAAGGAATTACGGAAAGATTCTACG
6hb_1gap2_F13	AGCAAATCGCTGATCGAGGTGAATTTCAATCTCCAGGAAC
6hb_1gap2_F14	TGGGAAGGATGAAAATAGCAGCCTTTAAGGCTGCCCGCGC
6hb_2gap_A01	GGATAATTGCCTCAACCTAAACGAGAAACACCAAAGGC
6hb_2gap_A02	AATAATCATCAAGTAGCGACATCATACATGGCTCCTGT
6hb_2gap_A03	GAACGGGGCGATCGCTCAACATAGGAATCATTAGCAAC
6hb_2gap_A04	GAGCACGGAAGCACAATATTTTAGACTTTACAACACAA
6hb_2gap_A05	TTAAAACAGAGAACATTAATTGCGTTTCAGTTGTCACC
6hb_2gap_A06	ATACCGGAAGTTAAAACTAGCATGTCGTACAGAAAGGG
6hb_2gap_A07	GGTCAAAGGCCGGAACAAACGGCGGAGCCAGCAGCCAC
6hb_2gap_A08	CAGAGCTGTTTAGATGTGCTGCAAGGTAATTTAATCAA
6hb_2gap_A09	AAAACAATTCGAGCTTCCATTGAATCCCCCTTAAATCG
6hb_2gap_A10	GCCGCGCCAGAATCCTGCTGCGCGTAACCACCAAAGTG
6hb_2gap_A11	GCGTAGAATTGCGAATACGCCTGTAGCATTCACCCAGT
6hb_2gap_A12	AAACAACTGGCATGATTACAAGAATTGAGTTAAATCAG
6hb_2gap_A13	AATTATAGAATCCTTGAAAAAGAAGATGATGTTTTTCA
6hb_2gap2_A01	TGAACTCACCACCAGCAGAAGATAAATAAAGCAGCAAATC
6hb_2gap2_A02	GAACTCAAAGTACAACGGAGATTTGTCAATCATCCAGGCG
6hb_2gap2_A03	ACCGATAAAATAATTTTTTCACGTTGAATTAAACAACCGA
6hb_2gap2_A04	CTCAGATTAGCGTTTGCCATCTTTTCCCTCAGATTGACAG
6hb_2gap2_A05	AGATATACAGTAATAAGAGAATATAACCTGTTTCGAGCAT
6hb_2gap2_A06	GGTCAAGAACTCAAACTAAAGGAGCGGGCGCAAGGAAGGG
6hb_2gap2_A07	AAATAATAATGCTGTAGAGACTGGATAGCGTCATAATAGT
6hb_2gap2_A08	TGCCGGATTTGCAACAAAAGGAATTACGGAAAGATTCTAC
6hb_2gap2_A09	ACTACGTTGCGCCGACAATGTACCGTAACACCCAGCCCAA
6hb_2gap2_A10	TGAATTTGTTTAGTACCGCCCTCATTAAAGCCACCTCACA
6hb_2gap2_A11	ATAACTAGAAAATTCATAAGTCAGAGGGTAAGTCTGAACA
6hb_2gap2_A12	GCAAGCCTTAACGTCAAAATATTAAACCAAGTACGTCATT
6hb_2gap2_A13	CCTGATATATGTAAATGAAAATCGCGCAGAGAATTGAATA
6hb_2gap2_A14	TACATTTTTCAGGTTTAACAACAACTAATAGATCATATCT
6hb_2gap2_A15	GAGTGAGGAAAGGAGCAAATGAAAAATCACAGAGGACATC
6hb_2gap2_A16	AGGGTGGCGATCGGCCTTGCTGGTAATAGCGTATTGCTTA
6hb_2gap2_A17	CACCATCTTCTCAACATGTTTTAAATATGGAGACAACAGT
6hb_2gap2_A18	AGGTCTTGTTTACCAGACGACGATAAATCTACAGAACGAG
6hb_2gap2_A19	TGAACGGTGGCTGAGAGGCGCAGACGGTATCATCGCCAGC
6hb_2gap2_A20	AGCTTATCACCCTCAGAACCGCCACCTGGCCTTTTTGATG
6hb_2gap2_A21	CGGATTCAGGCAGGCTCAGAACCGCCACATAATCAGGCAT
6hb_2gap2_A22	ATCGCACCAATGGTTTACCAGCGCCAAATCGGCCTAAGAG
6hb_2gap2_A23	ACCAGAGGGAAGATTTATCCCAATCCAACGCTAAGTTGCT
6hb_2gap2_A24	GCTGGCGCCAATCATAATGCAGAACGCGAGTACCGTAATT
6hb_2gap2_A25	CCCGGGTACCTGATGCAAATCCAATCGCGACTCTAAGAAA
6hb_2gap2_A26	CGAGCCTGTCAGATGAATATACAGTAAATTCCAACAATTC
6hb_2gap_B01	GAAAGTTTTTCTCTTATAAATCACACCCGCCGCGGGCG
6hb_2gap_B02	TTCGGTATTTAAAAAGTTTTGTCGTCAATAGAAAAAAA
6hb_2gap_B03	CTGAATCCAGCCGTTTTAGCGAAGCCCAATAATCAGGA
6hb_2gap_B04	GAAAAAAGCTTGTTAACAATTTCATTCGCTATTCGCTG
6hb_2gap_B05	AAATCGATGGCCTTGAGTGTTGTTCCGATGGTGCAGCT
6hb_2gap_B06	TCAAAATAATGGGAAGGAGCGGAATTACGTTATTAGCT
6hb_2gap_B07	ATAACAAACAGGCATCACGCAGAAATGGATTATTCAGA
6hb_2gap_B08	GTAAAACGAACTAACGGAAGGCTTGCCCTGAACTGCTC
6hb_2gap_B09	AATGACAACAGTGCCTTTAATGAAAGACAGCATTGCTA
6hb_2gap_B10	ACAGGGAGGCTGAGACTCGTTCCAGTAAGCGGACAGTC
6hb_2gap_B11	AAGAAAGGAAACATAAAGGTGCCGTCACCGACTACAAA
6hb_2gap_B12	ATAGCACCCAGCTACAATTTTATTTTCATCGGTAGAAC
6hb_2gap_B13	ATGGAAACCTTGAATTTATCATACCGACCGTGTATATG
6hb_2gap_B14	AAAGATTCATTCATTTTTGCGGATGGGCAAACTAAATA
6hb_2gap2_B01	GAGTAGACGAGAAGTGTTTTTATAATCAAACATCACAATA
6hb_2gap2_B02	CAATCAACCAAGACTCCTTATTACGCAGAGTTTATGGGCG
6hb_2gap2_B03	TTTGATATTAGAGAAGAGGAAGCCCGAAATCAGGTTGTGT
6hb_2gap2_B04	ATATAACGCAAACATAGCGATAGCTTAGGCTTAGGAGAAC
6hb_2gap2_B05	AAAGAAATACTTCAACAGGAAAAACGGCTGCATCGAGC
6hb_2gap2_B06	GCGGTCAAGAACTCAAACTAAAGGAGCGGGCGCAAGGAAG
6hb_2gap2_B07	CCGGATTTGCAACAAAAGGAATTACGGAAAGATTCTACGT
6hb_2gap2_B08	GCTCCCTTGCTTGGCTTGCAGGGAGTCAGGAAGACGTT
6hb_2gap2_B09	AAACTACGTTGCGCCGACAATGTACCGTAACACCCAGCCC
6hb_2gap2_B10	AATTTGTTTAGTACCGCCCTCATTAAAGCCACCTCACAAA
6hb_2gap2_B11	GAAAAACGCAAAGGGAGGGAAGGTAATCGTAACGCCCT
6hb_2gap2_B12	AGATAACTAGAAAATTCATAAGTCAGAGGGTAAGTCTGAA
6hb_2gap2_B13	AAGCCTTAACGTCAAAATATTAAACCAAGTACGTCATTCC
6hb_2gap2_B14	GAGTCAGACTACAAATATATTTTAGTTGTAAAACCTTT
6hb_2gap2_B15	TACCTGATATATGTAAATGAAAATCGCGCAGAGAATTGAA
6hb_2gap2_B16	CATTTTTCAGGTTTAACAACAACTAATAGATCATATCTTT
6hb_2gap2_B17	GTTTTGAGAATGGGGTGAGAAAGGCCGCAACTACTTAATT
6hb_2gap2_B18	GAGCTGTGCTTTAACCTGTCGTGCCACTCATGGTTAACCG
6hb_2gap2_B19	AGCCCGAAAAATCCTTTCACCAGTGAGACGAGAAACCATC
6hb_2gap2_B20	GCTCATTTTACCTTTATTCAACCGTTCTGAGGGGGACTAA
6hb_2gap2_B21	ACTTTATTTTCTAAAAGCCCCAAAAATAAAGGCTATCGGT
6hb_2gap2_B22	GCCCCCTAACAGTGTGTTAAATCAGCTCGATAGCAGTCGA
6hb_2gap2_B23	CCAGAAAGTAAGTGTAGATGGGCGCAATATTGAAACATAT
6hb_2gap2_B24	ACTTGCGGCGAGGCAGCTTTCCGGCACCGAATTAATACAA
6hb_2gap2_B25	TGAATAACAGTACCCAGTCACGACGTTAATTTCATCATAG
6hb_2gap2_B26	CAAAGAATGAGTAATCGAATTCGTAATCGATTGCTCCTAC
6hb_2gap2_B27	GGTGGCGATCGGCCTTGCTGGTAATAGCGTATTGCTTAAT
6hb_2gap2_B28	AGTGAATCATAACCCTCCATTACCCAAATCAGCACAAGAA
6hb_2gap2_B29	TCAGGTCTTGTTTACCAGACGACGATAAATCTACAGAACG
6hb_2gap2_B30	GCATTCCATGACAACAACCATCGCCCTATTTTGTCATAGT
6hb_2gap2_B31	GAACGGCCACCAATAGCCCGGAATAGATTAGCGCATGAAA
6hb_2gap2_B32	CCAGCTTATCACCCTCAGAACCGCCACCTGGCCTTTTTGA
6hb_2gap2_B33	CGCACCAATGGTTTACCAGCGCCAAATCGGCCTAAGAGCA
6hb_2gap2_B34	TTGGGAAGGATGAAAATAGCAGCCTTTAAGGCTGCCCGCG
6hb_2gap2_B35	CGGGTACCTGATGCAAATCCAATCGCGACTCTAAGAAAAC
6hb_2gap2_B36	CCTGTGAAACAAGCACGTAAAACAGATTGTTTGTATTCCT
6hb_2gap2_B37	TACGAGCCTGTCAGATGAATATACAGTAAATTCCAACAAT
6hb_2gap2_B38	GCCCTGGGGAAATTGGGGTCGAGGTGCGAAAAAAACAAGA
6hb_2gap_C01	TCAGACCATCAATGGTAATAAGTTTTTCTGAAAGGGTT
6hb_2gap_C02	TCAACTTTGAGGAGCAATAGCTATCTAATAACGGCAAA
6hb_2gap_C03	AAAACGCAAAGCTCAGATATAGAAGGCAAGATTACGAG
6hb_2gap_C04	AGAAAAAAGGGGGTATCATATGCGTTCAACATGACAAA
6hb_2gap_C05	TGAATTTAAAGCGAACCAGACCGGAACTTAGAGAAGTA
6hb_2gap_C06	GATACTTAGGAATCAGGACGTTGGGATTCAACTAAATT
6hb_2gap_C07	CTTAGTCGAAATTAAAACACTCATCTAAAATACGAATC
6hb_2gap_C08	AGAGCAGAGCCAAGACTGTAGCGCGTGAAACCAAACCC
6hb_2gap_C09	CTGAGAATAGTGCTTCTGTAAATCGTTGAATTACGACG
6hb_2gap_C10	TGAGATTAACACGCGCGAACTGATAGCCTGAAAGCCTA
6hb_2gap_C11	TCAAATTATAGTTTAAATGCAATGCCTTCCCAATGCTC
6hb_2gap_C12	TCGGCGATAGGGCACTACGTGTAGGGCGCTGGCAAAGA
6hb_2gap_C13	TGAGTGCCTATTGGATAAGTGTGAGTTTCGTCAAGTTA
6hb_2gap_C14	TACGTCTTTAATCGCCTGCAATAGAGCCGTCAAGAATG
6hb_2gap_C15	CCCTCAGATTTAAAAGGTGGCATCAATTCTAATTTCTG
6hb_2gap2_C01	CGAGTATATATTCAGAAGCAAAAAAACATTATGTTTTT
6hb_2gap2_C02	GAAGTTTCAAAAACCATAAATCAAAAAGACTTCCCAACAG
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6hb_2gap2_C06	TCAGGAGACCCTCAAGAGAAGGATTAGGGTGTATCCCGCC
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6hb_2gap2_C09	TGATATTAGAGAAGAGGAAGCCCGAAATCAGGTTGTGT
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6hb_2gap2_C11	GTAGATTGATTCATCAATATAATCCTGAAATAAAGCTTTT
6hb_2gap2_C12	CAGTAGCCAGCAATTGAGGAAGGTTACTGGGGTGCGTA
6hb_2gap2_C13	TTGTGCCGGAACCCTTCATCAAGAGTAACAAGAGTAAT
6hb_2gap2_C14	TCAGTTATAAGTCCCTCATTTTCAGGATTTTTTTCAGT
6hb_2gap2_C15	GAACCCGCCACCTCAGACGATTGGCCGAGTAACTCGAT
6hb_2gap2_C16	TTTCCCCATATTCGCATTAGACGGGAGCTTCTGGGTAT
6hb_2gap2_C17	AAAGTGTTCAGCATAATCGGCTGTCTTCGCTATTTCTT
6hb_2gap2_C18	TCTGAATTATTTTAACGGATTCGCCTATGGTCATAATT
6hb_2gap2_C19	GTTTTGAGAATGGGGTGAGAAAGGCCGCAACTACTTAA
6hb_2gap2_C20	GAGCTGTGCTTTAACCTGTCGTGCCACTCATGGTTAAC
6hb_2gap2_C21	CCCGAAAAATCCTTTCACCAGTGAGACGAGAAACCATC
6hb_2gap2_C22	TCATTTTACCTTTATTCAACCGTTCTGAGGGGGACTAATG
6hb_2gap2_C23	AAAAGAAGGCACGAGAGTCTGGAGCAAATCTTGTCCAT
6hb_2gap2_C24	ACTTTATTTTCTAAAAGCCCCAAAAATAAAGGCTATCG
6hb_2gap2_C25	CCCCTAACAGTGTGTTAAATCAGCTCGATAGCAGTCGA
6hb_2gap2_C26	GCCTTGTAATCACATTAAATGTGAGCTTGATATGCCTC
6hb_2gap2_C27	CCAGAAAGTAAGTGTAGATGGGCGCAATATTGAAACAT
6hb_2gap2_C28	TTGCGGCGAGGCAGCTTTCCGGCACCGAATTAATACAA
6hb_2gap2_C29	TTGAGAAGCCAACGGTGCGGGCCTCTTTCCTTAACAAT
6hb_2gap2_C30	TGAATAACAGTACCCAGTCACGACGTTAATTTCATCAT
6hb_2gap2_C31	AAGAATGAGTAATCGAATTCGTAATCGATTGCTCCTAC
6hb_2gap2_C32	TTAGTGGCACAGATAAAGTGTAAAGCTCTAAAAGTGCC
6hb_2gap2_C33	CTGACTAAAGATTAGTACCTTTACTAATAGTAGTACGGAT
6hb_2gap2_C34	GTGAGGAAAGGAGCAAATGAAAAATCACAGAGGACATCGC
6hb_2gap2_C35	GGCCAGCCATTGCTTTGATTAGTAATGTGAGGCGACAGGA
6hb_2gap2_C36	AACGGTGGCTGAGAGGCGCAGACGGTATCATCGCCAGCGA
6hb_2gap2_C37	GCAAATCGCTGATCGAGGTGAATTTCAATCTCCAGGAACA
6hb_2gap2_C38	GATTCAGGCAGGCTCAGAACCGCCACATAATCAGGCATTT
6hb_2gap2_C39	GCCAGCGATTGAGACACCACGGAATATATGTTAGAATACC
6hb_2gap2_C40	TGGCGCCAATCATAATGCAGAACGCGAGTACCGTAATTTA
6hb_2gap2_C41	GTGCCCTTTTTCCTTTTTAACCTCCGATTAAGAAATTAAT
6hb_2gap_D01	GGTTGTCCGTGGGAAACGTCACCAATTTTCATCAAATC
6hb_2gap_D02	CGGGAGTGAAATAATCCTTTGCCCGAATCATCAGATTA
6hb_2gap_D03	GTAGCGTCTGTCAGGCCGATTAAAGGGCTTTGATAATG
6hb_2gap_D04	ATCAGAAAAGGATTCAGCGGAGTGAGTTTCCAGATTGT
6hb_2gap_D05	GGCCAAATACCGAACGAACCAGTCACACGACAATTACA
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6hb_2gap_D07	CTACGAATACACCCGCGACCTACGTAACAAAGCGAAAG
6hb_2gap_D08	CATGAAAGCGCGAAACAACGGCTACAGAGGCTTCGGAA
6hb_2gap_D09	GCACCTAGCGTCCCACCGGAAGAATGGAAAGCGATCAA
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6hb_2gap_D11	GTATAAATCGCCTCCAGACGACCGCACTCATCGAGGGC
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6hb_2gap2_D03	ACACTATAACAACATTATTACAGGTAAGGCATAAATAG
6hb_2gap2_D04	CGATAAAATAATTTTTTCACGTTGAATTAAACAACCGATA
6hb_2gap2_D05	AGGAGACCCTCAAGAGAAGGATTAGGGTGTATCCCGCC
6hb_2gap2_D06	ATCAACCAAGACTCCTTATTACGCAGAGTTTATGGGCGAC
6hb_2gap2_D07	TTTGTGTTTTTATCCTGAATCTTACCAAATAAGAATAA
6hb_2gap2_D08	TGATATTAGAGAAGAGGAAGCCCGAAATCAGGTTGTGTAG
6hb_2gap2_D09	ATAACGCAAACATAGCGATAGCTTAGGCTTAGGAGAACGC
6hb_2gap2_D10	AGATTGATTCATCAATATAATCCTGAAATAAAGCTTTT
6hb_2gap2_D11	CAGATCTCAAATATCAAACGCTCAATCGTCTAAAAATA
6hb_2gap2_D12	ATAAATAATAATGCTGTAGAGACTGGATAGCGTCATAATA
6hb_2gap2_D13	GAGATATAACGCAAGAAGTTTTGCCAAGCTGATTTAAT
6hb_2gap2_D14	GGTAGGACCAACTTTGATCACCCTCAGCAGCTGCGCTT
6hb_2gap2_D15	TGGGAAGCCGCCACCAGAAGGTGAATTATCAGCCGGAA
6hb_2gap2_D16	GGCGTAGTCCTGAACAATTAATGGTTTGAAAAAATCTT
6hb_2gap2_D17	TACATTTTTCAGGTTTAACAACAACTAATAGATCATATCT
6hb_2gap2_D18	GCGTTTTGAGAATGGGGTGAGAAAGGCCGCAACTACTTAA
6hb_2gap2_D19	GGGAGCTGTGCTTTAACCTGTCGTGCCACTCATGGTTAAC
6hb_2gap2_D20	CCCGAAAAATCCTTTCACCAGTGAGACGAGAAACCATCAC
6hb_2gap2_D21	CAACTTTATTTTCTAAAAGCCCCAAAAATAAAGGCTATCG
6hb_2gap2_D22	CCCCTAACAGTGTGTTAAATCAGCTCGATAGCAGTCGAGA
6hb_2gap2_D23	TACCAGAAAGTAAGTGTAGATGGGCGCAATATTGAAACAT
6hb_2gap2_D24	TTGCGGCGAGGCAGCTTTCCGGCACCGAATTAATACAAAA
6hb_2gap2_D25	AGTGAATAACAGTACCCAGTCACGACGTTAATTTCATCAT
6hb_2gap2_D26	AAGAATGAGTAATCGAATTCGTAATCGATTGCTCCTACCA
6hb_2gap2_D27	GACTAAAGATTAGTACCTTTACTAATAGTAGTACGGAT
6hb_2gap2_D28	TTCCATGACCCTCAATCAATATCTGGGCGCTCAGGACA
6hb_2gap2_D29	GGCCAGCCATTGCTTTGATTAGTAATGTGAGGCGACAG
6hb_2gap2_D30	CCATCTTCTCAACATGTTTTAAATATGGAGACAACAGTTC
6hb_2gap2_D31	TCAGTGAATCATAACCCTCCATTACCCAAATCAGCACAAG
6hb_2gap2_D32	GTTGACGAAGAGGACAGATGAACGGTAATCATAAGACT
6hb_2gap2_D33	GCAAATCGCTGATCGAGGTGAATTTCAATCTCCAGGAA
6hb_2gap2_D34	TCGCATTCCATGACAACAACCATCGCCCTATTTTGTCATA
6hb_2gap2_D35	AGGAACGGCCACCAATAGCCCGGAATAGATTAGCGCATGA
6hb_2gap2_D36	AGGTCTAAACCACCACCAGAGCCGCCTTGACCGCCATT
6hb_2gap2_D37	GCCAGCGATTGAGACACCACGGAATATATGTTAGAATA
6hb_2gap2_D38	AAACCAGAGGGAAGATTTATCCCAATCCAACGCTAAGTTG
6hb_2gap2_D39	GGGAAGGATGAAAATAGCAGCCTTTAAGGCTGCCCGCGCC
6hb_2gap2_D40	CGCCAATGAAAAATAATATCCCATCCCGATTAATTACT
6hb_2gap2_D41	GTGCCCTTTTTCCTTTTTAACCTCCGATTAAGAAATTA
6hb_2gap2_D42	TTCCTGTGAAACAAGCACGTAAAACAGATTGTTTGTATTC
6hb_2gap_E01	CAGTTCTAACTCTAGAACCCTTCTGACCCTAAATGAGG
6hb_2gap_E02	CGCCAACGCGCGCGCGTACTATGGTTGATTTTACACCG
6hb_2gap_E03	AGGCTGAGGGTATGAGATGGTTTAATAGAAAAATCATC
6hb_2gap_E04	TAGGCTAATCGTTCCATTAAACGGGTTTGACCCCCTGA
6hb_2gap_E05	GGAACAAATTTTCCCGTATAACACAGACAGCCCTTAAA
6hb_2gap_E06	AAGTTACCGAGCCATTATCATAAACAAACATCAGAGGA
6hb_2gap_E07	AACAGAGAGCCTTTGAAGCCTTAAATCTTATCCGTGCC
6hb_2gap_E08	AACATAATTCTGATATTTAACAACGCATACAAATACGC
6hb_2gap_E09	CAGGAAGAGGTCCATATAACAGTTGATGAGTAACTTTA
6hb_2gap_E10	ATTAAAGTGTACAAATAATTCGCGTCCTCAGAAACCGT
6hb_2gap_E11	AAAGAATGAAATGGACGACGACAGTAGACAAAATTTGT
6hb_2gap_E12	TTAGCTAGCCCCCTTATTAGAGCCAGCAAAAGATGAGC
6hb_2gap_E13	CAACTAGATGATGGCAAGGATTTAGAAGTATTTTAGAT
6hb_2gap2_E01	GTAGACGAGAAGTGTTTTTATAATCAAACATCACAATA
6hb_2gap2_E02	CGATAAAATAATTTTTTCACGTTGAATTAAACAACCGA
6hb_2gap2_E03	ATCAACCAAGACTCCTTATTACGCAGAGTTTATGGGCG
6hb_2gap2_E04	ATAACGCAAACATAGCGATAGCTTAGGCTTAGGAGAAC
6hb_2gap2_E05	TCAGGGCAAGTTTTGCCGGCGAACGTGGCGGGCAAGTTCC
6hb_2gap2_E06	TCATTTTACCTTTATTCAACCGTTCTGAGGGGGACTAAT
6hb_2gap2_E07	TTCCATGACCCTCAATCAATATCTGGGCGCTCAGGACA
6hb_2gap2_E08	CCGGATTTGCAACAAAAGGAATTACGGAAAGATTCTAC
6hb_2gap2_E09	GAACGGCCACCAATAGCCCGGAATAGATTAGCGCATGA
6hb_2gap2_E10	ACCAGAGGGAAGATTTATCCCAATCCAACGCTAAGTTG
6hb_2gap2_E11	CCTGTGAAACAAGCACGTAAAACAGATTGTTTGTATTC
6hb_2gap_F01	CATTTGTCGGGACCTCGTTAGCAGTAATAAAAGCTGCC
6hb_2gap_F02	AATGTAATATGAATGCGATTTCAAATGCTTTAAGTCAA
6hb_2gap_F03	GGGATTAATCAGGTATGGGATTTTGAGGACTAATGTAC
6hb_2gap_F04	TTCATACGTTGGCAGATAGCCTCACCAGTAGCATAATG
6hb_2gap_F05	CCTAAGGGTTTTCATAAATCACCGGAATCATAAGTTGG
6hb_2gap_F06	GTTGAACCAGGCTCGGAACCTATTATAACGGGGAACCA
6hb_2gap_F07	AAGAATACATACCGAGGAAACGCAATTACCGAACGTGC
6hb_2gap_F08	GGTACTACAGGGGGGAGAGGCGGTTTTCCAGAACTTGC
6hb_2gap_F09	ATAAATTGGGCTGCTATTTTTGAGAGAAACCAAGTAAG
6hb_2gap_F10	TAAAGACGATCTATTGTAAACGTTAAACGCATAGCTTG
6hb_2gap_F11	TTTGCAAGCAAAGCCATTCGCCATTCCAGAGAGAAACG
6hb_2gap_F12	TCCCTATTACATCATGCCTGCAGGTCAAGACAATTGGG
6hb_2gap_F13	TTATCCGTATTATGTTATCCGCTCACACAGTACAAATT
6hb_2gap2_F01	TGAACTCACCACCAGCAGAAGATAAATAAAGCAGCAAA
6hb_2gap2_F02	GAACTCAAAGTACAACGGAGATTTGTCAATCATCCAGG
6hb_2gap2_F03	CTCAGATTAGCGTTTGCCATCTTTTCCCTCAGATTGAC
6hb_2gap2_F04	AGATATACAGTAATAAGAGAATATAACCTGTTTCGAGC
6hb_2gap2_F05	GGTCAAGAACTCAAACTAAAGGAGCGGGCGCAAGGAAG
6hb_2gap2_F06	AGTGAATCATAACCCTCCATTACCCAAATCAGCACAAG
6hb_2gap2_F07	ACTACGTTGCGCCGACAATGTACCGTAACACCCAGCCC
6hb_2gap2_F08	AATTTGTTTAGTACCGCCCTCATTAAAGCCACCTCACA
6hb_2gap2_F09	ATAACTAGAAAATTCATAAGTCAGAGGGTAAGTCTGAA
6hb_2gap2_F10	AAGCCTTAACGTCAAAATATTAAACCAAGTACGTCATT
6hb_2gap2_F11	CCTGATATATGTAAATGAAAATCGCGCAGAGAATTGAA
6hb_2gap2_F12	CATTTTTCAGGTTTAACAACAACTAATAGATCATATCT
6hb_2gap2_F13	GTGAGGAAAGGAGCAAATGAAAAATCACAGAGGACATC
6hb_2gap2_F14	GGTGGCGATCGGCCTTGCTGGTAATAGCGTATTGCTTA
6hb_2gap2_F15	CCATCTTCTCAACATGTTTTAAATATGGAGACAACAGT
6hb_2gap2_F16	CCGGATTTGCAACAAAAGGAATTACGGAAAGATTCTAC
6hb_2gap2_F17	AGGTCTTGTTTACCAGACGACGATAAATCTACAGAACG
6hb_2gap2_F18	AACGGTGGCTGAGAGGCGCAGACGGTATCATCGCCAGC
6hb_2gap2_F19	GCATTCCATGACAACAACCATCGCCCTATTTTGTCATA
6hb_2gap2_F20	AGCTTATCACCCTCAGAACCGCCACCTGGCCTTTTTGA
6hb_2gap2_F21	GATTCAGGCAGGCTCAGAACCGCCACATAATCAGGCAT
6hb_2gap2_F22	CGCACCAATGGTTTACCAGCGCCAAATCGGCCTAAGAG
6hb_2gap2_F23	GGGAAGGATGAAAATAGCAGCCTTTAAGGCTGCCCGCG
6hb_2gap2_F24	TGGCGCCAATCATAATGCAGAACGCGAGTACCGTAATT
6hb_2gap2_F25	CGGGTACCTGATGCAAATCCAATCGCGACTCTAAGAAA
6hb_2gap2_F26	CGAGCCTGTCAGATGAATATACAGTAAATTCCAACAAT
6hb_3gap_A01	GATAATTGCCTCAACCTAAACGAGAAACACCAAAGG
6hb_3gap_A02	ATAATCATCAAGTAGCGACATCATACATGGCTCCTG
6hb_3gap_A03	AACGGGGCGATCGCTCAACATAGGAATCATTAGCAA
6hb_3gap_A04	AGCACGGAAGCACAATATTTTAGACTTTACAACACA
6hb_3gap_A05	TAAAACAGAGAACATTAATTGCGTTTCAGTTGTCAC
6hb_3gap_A06	TACCGGAAGTTAAAACTAGCATGTCGTACAGAAAGG
6hb_3gap_A07	GTCAAAGGCCGGAACAAACGGCGGAGCCAGCAGCCA
6hb_3gap_A08	AGAGCTGTTTAGATGTGCTGCAAGGTAATTTAATCA
6hb_3gap_A09	AAACAATTCGAGCTTCCATTGAATCCCCCTTAAATC
6hb_3gap_A10	CCGCGCCAGAATCCTGCTGCGCGTAACCACCAAAGT
6hb_3gap_A11	CGTAGAATTGCGAATACGCCTGTAGCATTCACCCAG
6hb_3gap_A12	AACAACTGGCATGATTACAAGAATTGAGTTAAATCA
6hb_3gap_A13	ATTATAGAATCCTTGAAAAAGAAGATGATGTTTTTC
6hb_3gap_B01	AAAGTTTTTCTCTTATAAATCACACCCGCCGCGGGC
6hb_3gap_B02	TCGGTATTTAAAAAGTTTTGTCGTCAATAGAAAAAA
6hb_3gap_B03	TGAATCCAGCCGTTTTAGCGAAGCCCAATAATCAGG
6hb_3gap_B04	AAAAAAGCTTGTTAACAATTTCATTCGCTATTCGCT
6hb_3gap_B05	AATCGATGGCCTTGAGTGTTGTTCCGATGGTGCAGC
6hb_3gap_B06	CAAAATAATGGGAAGGAGCGGAATTACGTTATTAGC
6hb_3gap_B07	TAACAAACAGGCATCACGCAGAAATGGATTATTCAG
6hb_3gap_B08	TAAAACGAACTAACGGAAGGCTTGCCCTGAACTGCT
6hb_3gap_B09	ATGACAACAGTGCCTTTAATGAAAGACAGCATTGCT
6hb_3gap_B10	CAGGGAGGCTGAGACTCGTTCCAGTAAGCGGACAGT
6hb_3gap_B11	AGAAAGGAAACATAAAGGTGCCGTCACCGACTACAA
6hb_3gap_B12	TAGCACCCAGCTACAATTTTATTTTCATCGGTAGAA
6hb_3gap_B13	TGGAAACCTTGAATTTATCATACCGACCGTGTATAT
6hb_3gap_B14	AAGATTCATTCATTTTTGCGGATGGGCAAACTAAAT
6hb_3gap_C01	CAGACCATCAATGGTAATAAGTTTTTCTGAAAGGGT
6hb_3gap_C02	CAACTTTGAGGAGCAATAGCTATCTAATAACGGCAA
6hb_3gap_C03	AAACGCAAAGCTCAGATATAGAAGGCAAGATTACGA
6hb_3gap_C04	GAAAAAAGGGGGTATCATATGCGTTCAACATGACAA
6hb_3gap_C05	GAATTTAAAGCGAACCAGACCGGAACTTAGAGAAGT
6hb_3gap_C06	ATACTTAGGAATCAGGACGTTGGGATTCAACTAAAT
6hb_3gap_C07	TTAGTCGAAATTAAAACACTCATCTAAAATACGAAT
6hb_3gap_C08	GAGCAGAGCCAAGACTGTAGCGCGTGAAACCAAACC
6hb_3gap_C09	TGAGAATAGTGCTTCTGTAAATCGTTGAATTACGAC
6hb_3gap_C10	GAGATTAACACGCGCGAACTGATAGCCTGAAAGCCT
6hb_3gap_C11	CAAATTATAGTTTAAATGCAATGCCTTCCCAATGCT
6hb_3gap_C12	CGGCGATAGGGCACTACGTGTAGGGCGCTGGCAAAG
6hb_3gap_C13	GAGTGCCTATTGGATAAGTGTGAGTTTCGTCAAGTT
6hb_3gap_C14	ACGTCTTTAATCGCCTGCAATAGAGCCGTCAAGAAT
6hb_3gap_C15	CCTCAGATTTAAAAGGTGGCATCAATTCTAATTTCT
6hb_3gap_D01	GTTGTCCGTGGGAAACGTCACCAATTTTCATCAAAT
6hb_3gap_D02	GGGAGTGAAATAATCCTTTGCCCGAATCATCAGATT
6hb_3gap_D03	TAGCGTCTGTCAGGCCGATTAAAGGGCTTTGATAAT
6hb_3gap_D04	TCAGAAAAGGATTCAGCGGAGTGAGTTTCCAGATTG
6hb_3gap_D05	GCCAAATACCGAACGAACCAGTCACACGACAATTAC
6hb_3gap_D06	TGAAATACCAGTACCACATTCCAATACTGCGGAGAA
6hb_3gap_D07	TACGAATACACCCGCGACCTACGTAACAAAGCGAAA
6hb_3gap_D08	ATGAAAGCGCGAAACAACGGCTACAGAGGCTTCGGA
6hb_3gap_D09	CACCTAGCGTCCCACCGGAAGAATGGAAAGCGATCA
6hb_3gap_D10	GAACGGAGGTTAATTTGCCATTGAGCGCTAATCCTC
6hb_3gap_D11	TATAAATCGCCTCCAGACGACCGCACTCATCGAGGG
6hb_3gap_D12	AAGCGCATTTTCGAGCAATAAGAATAAACAATGATA
6hb_3gap_D13	AGTTACCACCAAAGGGTTAGGCGAATTATTCATGCG
6hb_3gap_E01	AGTTCTAACTCTAGAACCCTTCTGACCCTAAATGAG
6hb_3gap_E02	GCCAACGCGCGCGCGTACTATGGTTGATTTTACACC
6hb_3gap_E03	GGCTGAGGGTATGAGATGGTTTAATAGAAAAATCAT
6hb_3gap_E04	AGGCTAATCGTTCCATTAAACGGGTTTGACCCCCTG
6hb_3gap_E05	GAACAAATTTTCCCGTATAACACAGACAGCCCTTAA
6hb_3gap_E06	AGTTACCGAGCCATTATCATAAACAAACATCAGAGG
6hb_3gap_E07	ACAGAGAGCCTTTGAAGCCTTAAATCTTATCCGTGC
6hb_3gap_E08	ACATAATTCTGATATTTAACAACGCATACAAATACG
6hb_3gap_E09	AGGAAGAGGTCCATATAACAGTTGATGAGTAACTTT
6hb_3gap_E10	TTAAAGTGTACAAATAATTCGCGTCCTCAGAAACCG
6hb_3gap_E11	AAGAATGAAATGGACGACGACAGTAGACAAAATTTG
6hb_3gap_E12	TAGCTAGCCCCCTTATTAGAGCCAGCAAAAGATGAG
6hb_3gap_E13	AACTAGATGATGGCAAGGATTTAGAAGTATTTTAGA
6hb_3gap_F01	ATTTGTCGGGACCTCGTTAGCAGTAATAAAAGCTGC
6hb_3gap_F02	ATGTAATATGAATGCGATTTCAAATGCTTTAAGTCA
6hb_3gap_F03	GGATTAATCAGGTATGGGATTTTGAGGACTAATGTA
6hb_3gap_F04	TCATACGTTGGCAGATAGCCTCACCAGTAGCATAAT
6hb_3gap_F05	CTAAGGGTTTTCATAAATCACCGGAATCATAAGTTG
6hb_3gap_F06	TTGAACCAGGCTCGGAACCTATTATAACGGGGAACC
6hb_3gap_F07	AGAATACATACCGAGGAAACGCAATTACCGAACGTG
6hb_3gap_F08	GTACTACAGGGGGGAGAGGCGGTTTTCCAGAACTTG
6hb_3gap_F09	TAAATTGGGCTGCTATTTTTGAGAGAAACCAAGTAA
6hb_3gap_F10	AAAGACGATCTATTGTAAACGTTAAACGCATAGCTT
6hb_3gap_F11	TTGCAAGCAAAGCCATTCGCCATTCCAGAGAGAAAC
6hb_3gap_F12	CCCTATTACATCATGCCTGCAGGTCAAGACAATTGG
6hb_3gap_F13	TATCCGTATTATGTTATCCGCTCACACAGTACAAAT

10HB design
Name	Sequence (5'→3')
10hb_001	AAGCTGAGAATAGAAATATGTACCCCAATAGCGACGATAAAAA
10hb_002	AAACCGGCGGATTGACCCAGAAGGATTTGCCAAAGGGAAAGTG
10hb_003	TTTTATTACAATAATTGAATACCAAGTTTCGCTATTAG
10hb_004	CGTCACCGCAGTTCCAGACCAGGCGGGATACCGATAGTGGCA
10hb_005	AATATTCAATGGCAAGGTAGCTGATATGCCGGAAACCAGAAT
10hb_006	CTATGGTTAAATACCGAGATAATACAATTTAACAATTTTCCG
10hb_007	CATCAGACAAAAGTGCCCGAACCTATTATTCTCCCTCAGTTTC
10hb_008	CACCAATATTGGTACTGGCTCCTCAAGAGAAGGGAATAGACTG
10hb_009	TTGGTTTAGGACGGGTAACATCGCCCACGCATGTATCGGTGTC
10hb_010	TTATAAAGGAATTTGAGGCAGGGAGTTAAAGGTGAAAATATTT
10hb_011	GATTAAGATTGGGCTTGCTCGTTTAAAAGACAGCATCGTGTC
10hb_012	GTCATTTTGCAGTAATACCTGAGTAATGTGTAAAGAGAACAGG
10hb_013	TGACTTTAGACAGCATAACGGAGACAGTCAAATACAAAGTATT
10hb_014	GGACTTTGGGGCTCTAGACAGGCTGCGCAACTGCCTCAGTGGC
10hb_015	TGTTAGGGAGCTAAAACGTTCGCTATTACGCCTAACCGTGAGT
10hb_016	TTTTTATAGGCAAAATCCGTGGCGTCTAAGTTGGGTAATCAC
10hb_017	GGAATAGGGCGCCAGCAGAAATCAACAGTTGATAAAAGTCAGA
10hb_018	AGCGCACACCCCGGTCAGTCTTTAGGAGCACTCGACAACTATA
10hb_019	GAACAACCAATATAGGTCTGGAAACAGTACATGCAAAAGTTTC
10hb_020	CTGTCGGGTATATTAAGAGCTTCTGTAAATCGACA
10hb_021	AAGGGCATTTTCGAGCCAAATACCGTTCTGAC
10hb_022	GTACCGACACTCATGAAAACATAATTAA
10hb_023	ATCAAGTTTCCACCAGGGAGGTTGAGGCAGGAG
10hb_024	GTAGGAGCCACGATTGGCCTTGATATTTTAACAGGGAGGAAGA
10hb_025	TAGCCCGCCTCCCAGAATGGAAAGCCATACATTGAATTAGAAA
10hb_026	AAGACAGGCGCCAAAAGAATACACTAATGCCATTCATCACATG
10hb_027	AACGACTGACCTATACCAAGCGCGAACTTTTTGATACATACCG
10hb_028	ACGATAGCCGGCGCCTGATAAATTGGAACGAGACACTATAAGA
10hb_029	TTCACCAATTCTACATTTCGCAAATGGAGAAGAAATAGCAAAC
10hb_030	CCGGAGTACGGATTTGGGGCGCGAGTCGGTTGGTAATAGATAA
10hb_031	AATTAATATAAAGTAGTAGCATTAATTAGCAAGAATCGTCTGA
10hb_032	GGGCGGGTGGTGTTTCCTGTGTGAACGGGTACCCCAAATAAAA
10hb_033	TTGCCGGCCAACATACGAGCCGGAAGTGCCAAAATCGGAGTCA
10hb_034	ATCCTTTCCAGATGAGTGAGCTAACCGCCAGGGGAAAGCTTAT
10hb_035	GAGTCAGTCACCAGAGATAGAACCCAAAATCTAAAGGAGTTTC
10hb_036	AATAGCTCAATGCACAGACAATATTACCGCCTCTGCGCGGCTA
10hb_037	AGAATTGCAACGAACTGATAGCCCTACCAGCACAGGGCGTTTT
10hb_038	AAGCATGCGTTCTATATGTAAATGCCTACCTTTACGAGCAGAA
10hb_039	TTTACACCGGAACGCGAGAAAACTTAAGAGTCTATCATTATAG
10hb_040	CTCACGCGTTTTTAGCAAGGCCGGACCGATTGGGGGTCAGAAA
10hb_041	GGAAGTTTGCCTGGGAATTAGAGCCTTAAAGGGGCTTTTATTA
10hb_042	AGACGTAATCTAATCTACGTTAATAAGAAAGACTACGAATGCG
10hb_043	CCGATAACAAATAAGAACTGGCTCATAATGCACATGAGGATAT
10hb_044	TACTGAAACACTTAATTTCAACTTTAAGAGCAGGTAGCATGCG
10hb_045	ATTCAATATCGAGCGGATTGCATCAAAAACCACCTTTATCATA
10hb_046	CTAAAAGCAAACAAAAATCAGGTCTAGAGGGGTACCAAAATTC
10hb_047	GCTGGCTCCTTCAAATGCTTTAAACTACTGCGAATTAAGCAAT
10hb_048	GCCAAACAGCTTCAAAGGGCGAAAAACCATCACGAGCTCGGCA
10hb_049	GAATAGCAAGCTTTGGAACAAGAGTAGCACTAGCTTGCAAGGG
10hb_050	CCGCTGTTTGAAATCAAAAGAATAGTTGACGGGTTTTCCGAAA
10hb_051	TCACAAAAGAGCCAGAATCCTGAGAGAAAGCGAAAGCATATCA
10hb_052	TGACCTTCTTTAACAGGAGGCCGATGGTCACGGCAACAGTGAG
10hb_053	GCCACTCAAACACGTATAACGTGCTGCCGCTAGAAGATAAATA
10hb_054	TCATCAACGCTTTTATCAACAATAGCCTAATTTTTAACCCATT
10hb_055	TAAAACAACGCACGACAATAAACAACTTTCCTAATAGTGTATA
10hb_056	CCTCCAGGAGTACGGAAAGCAACATATAAAAGCCGTAACGTGT
10hb_057	AAAGAGGATAGGCTGGCACCGGAACCAGCTGAATTTAAAACG
10hb_058	CCCCCATTAAAATACCACCGGAATACCCAAAAAAAGTTTTTTA
10hb_059	ATTTCAGAGGCTTACGAGGAACAAAGTTACCAGTATGGGCTCC
10hb_060	GCTATGACCCTAAAGAAGAAGCCCAATAATAACCAAAAATCGA
10hb_061	ATTCGCCTCAGTGGATAGTTGAGCGCTAATATACGTTAAGCTA
10hb_062	TCATAGCTTTTTCTTTTGCGGATGGCTTATAAATCATAATGG
10hb_063	ATTCAGGTCGATCGAGGTCTTTACAGAGAGAATCGCGTCGAAG
10hb_064	TGGGGACGTTGCCCCGATAGAAACGATTTTTTTGTGAGCGCAT
10hb_065	AAGACTGAGAGCTGGCAATTACCAACGCTAACTGATTATTTGA
10hb_066	CTTTGGTGAGGGCCGCGCTTAGTTGCTATTTTTTTGGATTCGT
10hb_067	TTATATAAATACAAATTATCCAGAACAATCGCCATTAATGGG
10hb_068	CAAGCAAAATCCAATAATGAAGGCTTATCCGGCGTAGATAAGA
10hb_069	TTAAAGCTTAGTAAACCATAGGAATCATTACCGTACCTTCGCG
10hb_070	TAACAGGGCGAATTTTGTCACAATCCCCTCATAACC
10hb_071	CCAACCTACCACATTATCGCAGTATGTTAGCGTAGCATAAGT
10hb_072	TCGTAATCCAGGCCCACCGGGAGAATTAACTTCAGCTCTTAA
10hb_073	GCTTAGGTAAAAATAATAACCTCCCGACTTGATATCAATGAG
10hb_074	GCCACCCTCATATTTCGGTATAAAATTGACAAACCACC
10hb_075	AAATTTACATCGGGAGAATTCATCGAGTACCGCAA
10hb_076	GCCACCAAATAGAAGCGCCAAGATAGCAACAGA
10hb_nogap_A01	CACCACGGAAAGCCCAAGTTTAGTACCGCCAGAAACATGTGC
10hb_nogap_A02	ATACATACATCCAGTACTATAAGTATAGCCCGATTAGGGATG
10hb_nogap_A03	ATTAAGACTCTCATAGTTGAATTTCTTAAACAGCTTATTCCA
10hb_nogap_A04	AGGAAACGCAACGTTAGAGGAGCCTTTAATTAACCGATAAGT
10hb_nogap_A05	AAAGTAAGCACTTTCAATAATTTTTTCACGTCCGCTTTACG
10hb_nogap_A06	GAAATCCGTAGTTTGACCAAGGATACCAGACTATCTTACCG
10hb_nogap_A07	AATGAAATAGCGGTTGAACTAGCATGTCAATGAACCCTTTCA
10hb_nogap_A08	CCCACAAGAAAAGCAAAAGTCTGGAGCAAACGGTAAAGAAC
10hb_nogap_A09	ACAAAGTCAGTCGCATTATTTTTGAGAGATCTCACCATCAA
10hb_nogap_A10	CAGGGAAGCGAGGAACGTTTCCGGCACCGCTTCTGGAAATTT
10hb_nogap_A11	AAAATGAAAACCAGCTTCGACGACAGTATCGGTTGGGATGC
10hb_nogap_A12	TTATCCCAATCGGATTCAGATGGGCGCATCGAGCTGGCCAG
10hb_nogap_A13	ATTAATTGGGGACATTCCTGAACCAGAAAGGGTTACAAAAT
10hb_nogap_A14	CAGAGCCTAAGCGGAATCGGAACAAAGAAACACCCTCACACC
10hb_nogap_A15	CAATTTTATCTCATCAAAACGTTATTAATTTAAGGAATTGC
10hb_nogap_A16	GAAGCCTTAAATGGAAGCTTTACAAACAATTAACAACTAAA
10hb_nogap_A17	CGCGAGGCGTAAAACAGAGAAAACAAAATTAATTACTTAATT
10hb_nogap_A18	CAAGCAAATCTCAGATGTTTCAATTACCTGAAAATCAAAAT
10hb_nogap_B01	CTTGTCAGACCACCCTCAGAGCCGGCCTTTACCAATGAAAC
10hb_nogap_B02	ATAATTAAAGCCTCAGAGCCGCCAGGTCATATCACCAGTAG
10hb_nogap_B03	TTCCAGCGATAACTTTGAAAGAGGTATTCATAGTCAGGACG
10hb_nogap_B04	GCTAGTATCATAACGAGGCGCAGACGAATAAGGTGAATTACC
10hb_nogap_B05	ATTATATTTTCTGTCTGGAAGTTTCCTTCAAAGACTATTATA
10hb_nogap_B06	TAAATACTAATTGCTGTAGCTCAACGATTAGAAAAACGAGAA
10hb_nogap_B07	CTGCCACACAACGCGCGGGGAGAGGGCCTGGCTAAAGAACGT
10hb_nogap_B08	TCACGTGCCTATCGGGAAACCTGTCTGCCCCATAGGGTTGAG
10hb_nogap_B09	CACGATACGTGCGTCTGAAATGGATAAATTAAATTTTAGACA
10hb_nogap_B10	CAGAAATGCGCAGGAAAAACGCTCATCACTTGTTAGAATCAG
10hb_nogap_B11	TTATACAAAGAATCATAATTACTAGAATTGAGAGCTAATGCA
10hb_nogap_B12	CGATTTTCATCACCGTGTGATAAATGGCAGAGTAAAGTAATT
10hb_nogap_C01	TTTCATAATCAAAATCTCTAACGGAAACTTGAGCCATTATCT
10hb_nogap_C02	TAAGAGGTCATTTTTCAATCAGGGCGTTGAATCCCCCTTTGA
10hb_nogap_C03	GGCCTTGCTGGTAATCTCTGAACAAGGCTTTGACGAGCTATC
10hb_nogap_C04	ACGCATTAGATGCGAACGAGTAGAAAGGAAGCCCGAAAGAC
10hb_nogap_C05	TTGTGGCCAAACGACCAGTAATAATCATCAGTGAGGCCACC
10hb_nogap_C06	AGGGATAGCATAAGTTTCATTCAAAACGTCAGCGTCAGACT
10hb_nogap_C07	AGTTTCGTCAAAAGGTGTTATTCAAGCAAAAGCCCCCTTAT
10hb_nogap_C08	CAGACAGCCCCTTATTATACAGGTAAACGAAGACCTTCATC
10hb_nogap_C09	GTCTTTCCAGATAATAAATTCAACTTATACCTACCCAAATC
10hb_nogap_C10	TGCTAAACAAGATAGCCGCATAGTAATCATTGCTTGCCCTG
10hb_nogap_C11	AAGATTGTATTTGAGTTTTTTGCCTTACCCTGCGAACCAGA
10hb_nogap_C12	TTGTTAAAATAGGGTAACGTCCAAAGTTCAGGAGTACCTTT
10hb_nogap_C13	TTTAACCAATCATTAGATACGTGAACCGTCTCCAGTGAGAC
10hb_nogap_C14	CTTCCTGTAGTAGCAGCGCCGTAACCACTATCCTGAGAGAG
10hb_nogap_C15	AACAACCCGTCCAAATATTAGAGCCCCGAGAGCAGGCGAAA
10hb_nogap_C16	TGATGGCAATCTGAATCGTGTAGCTAAAGGGCCGTTGTAGC
10hb_nogap_C17	CTTCTGAATAATCAAGATTAATGCTTCCTCGCCTGAGTAGA
10hb_nogap_C18	ATTTGCACGTTTTAGCGATCCCATATAAGTCTACCAGTATA
10hb_nogap_C19	AGGTTTAACGAGATATACGGCTGTCATGTTCAATCGCCATA
10hb_nogap_D01	AACCAGATGGTCAGAACGAGTAGTATTCGACCTGCTCCATGT
10hb_nogap_D02	CGAACCTTATATGGTGGTTCCGAAAAACGTTGCGCTCACTGC
10hb_nogap_D03	AACTAAAGGAATTGCCTCAGCAGCGAAAATTTTTACAGGAAC
10hb_nogap_D04	TGGGATAGGTCACGCTGCAAGGCGATAAATATCAACACGTAA
10hb_nogap_D05	ATCACCGTACGCTGAGATAATAAGTTCACAAAACCGCCACC
10hb_nogap_D06	GCCGTCGAGAGCTCAGTTAAGCGTGCAGTCTAGCCACCACC
10hb_nogap_D07	TCAGCTTGCTCAACAACAATACGTAAAACACAACGGTGTAC
10hb_nogap_D08	AAAAAAAAGGAGGCTTGACTAAAGAACAAAGCATAAGGGAA
10hb_nogap_D09	TGAACGGTAAGCAATGCTTTTGCGGGTCAATATAACAGTTG
10hb_nogap_D10	TCAGGTCATTGAAAGGCAGCTAAACTGAAAAAAATATGCAA
10hb_nogap_D11	TGCCGGAGAGACCGTTCCAAAGAACATCCAAGAGCTTAATT
10hb_nogap_D12	ATCGCACTCCCGCCATTGGATCCCATTGTTACGTATTGGGC
10hb_nogap_D13	CTGCCAGTTTGGGCCTCACGGCCAGCATAAACTGCATTAAT
10hb_nogap_D14	GTAACATTATAGTTGGCCAAATGATTCTGACATTGGCAGAT
10hb_nogap_D15	ATTAAATCCTTAAAATATATTAACTTTGAATACCTACATTT
10hb_nogap_D16	GATTTAGAAGGTCAATAACGAACCAAAACATATTACCGCCA
10hb_nogap_D17	TGATGAAACATTTTTAATGAGAGATGATGCACTGTTTAGTA
10hb_nogap_D18	CAGAGGCGAATAACCTTCGCTGAGTTTCAAATAAATAAGAA
10hb_nogap_E01	GGTAATTACCATCATCGGCATTTTCCCCTCAGACAAATAAAT
10hb_nogap_E02	GAGAGAAGAAATGACAAGAACCGGAACAGATGTCATCTTTGA
10hb_nogap_E03	GCCAGCGATTTGCTGCTCATTCAGTGGTCAATTACAACGGAG
10hb_nogap_E04	AGGCGAAGCAACGTTTTAATTCGAGATTCCATAACCTGTTTA
10hb_nogap_E05	AATGCATAAATCTCCAACAGGTCAGATGTTTTGGTGGCATCA
10hb_nogap_E06	GTTTTCCAACGGATTGCCCTTCACCCGGTTTGTCCGCTCACA
10hb_nogap_E07	CTAAGTTCCAGGGTCCACGCTGGTTGTGCCAGGTGTAAAGCC
10hb_nogap_E08	GCGCCGGTACGTCTGTCCATCACGCTATTTACCTGAAAGCGT
10hb_nogap_E09	CCACGGAGCTAGATTAGTAATAACATGGAAATGGCTATTAGT
10hb_nogap_E10	TAGAGCGCCTGCAACAGTAGGGCTTAAAAAGCAATCCAATCG
10hb_nogap_E11	AGAACCAGACGCAACATGTAATTTAAAGGCGTTATATTTTAG
10hb_nogap_F01	GTATTAAGAGTCAGGAGTAGGAACCCATGTAAAACGCAGAA
10hb_nogap_F02	GCGGGGTTTTGGGTTGAAAACTACAACGCCTAAACGTATCAC
10hb_nogap_F03	CCGACAATGATTCGAGGTAGCGTAACGATCTGAACTGGGTT
10hb_nogap_F04	TCGGTCGCTGCTCCAAATAAATGAATTTTCTGAAGGAAAAC
10hb_nogap_F05	GGATCGTCACCGAATAACAGTTTCAGCGGAGCCTTTTTCAT
10hb_nogap_F06	TATTTTAAATTCGTAAATAATCAGAAAAGCCGAGCAAGGAG
10hb_nogap_F07	AAAAGGGTGAGCCTGAGTATTTAAATTGTAACAGAGAGTAA
10hb_nogap_F08	ATGATATTCAGGTAGCTAAATTTTTGTTAAAGAACACCCATA
10hb_nogap_F09	AAGCGCCATTAGCCAGCCCATCAAAAATAATTAACATACAA
10hb_nogap_F10	CGATCGGTGCGAGGGGATCATCAACATTAAAGTTTAACACC
10hb_nogap_F11	GGGGGATGTGTTGGTGTTCCGTGGGAACAAAAGCCATACGG
10hb_nogap_F12	ATATCTGGTCCATTTTGTATCATCATATTCCGAGCGTCCGG
10hb_nogap_F13	GAAGGTTATCTTGCCCGTATAATCCTGATTGGCACCCATAA
10hb_nogap_F14	GATTAGAGCCTATTAGAGGTTAGAACCTACCCGGGAGGCGTA
10hb_nogap_F15	TGAATTACCTAACATCAAAATAAAGAAATTGTATTCTAATG
10hb_nogap_F16	TGTGAGTGAATTATTCAAATATACAGTAACAGCGCCCACCA
10hb_4gap_004	ACCGCAGTTCCAGACCAGGCGGGATACCGATAGTGGCA
10hb_4gap_005	TTCAATGGCAAGGTAGCTGATATGCCGGAAACCAGAAT
10hb_4gap_006	GGTTAAATACCGAGATAATACAATTTAACAATTTTCCG
10hb_4gap_011	AAGATTGGGCTTGCTCGTTTAAAAGACAGCATCGTGTC
10hb_4gap_016	TATAGGCAAAATCCGTGGCGTCTAAGTTGGGTAATCAC
10hb_4gap_021	GCATTTTCGAGCCAAATACCGTTCTGAC
10hb_4gap_023	AGTTTCCACCAGGGAGGTTGAGGCAGGAG
10hb_4gap_057	GAGGATAGGCTGGCACCGGAACCAGCTGAATTTAAAAC
10hb_4gap_062	AGCTTTTTCTTTTGCGGATGGCTTATAAATCATAATGG
10hb_4gap_067	ATAAATACAAATTATCCAGAACAATCGCCATTAATGGG
10hb_4gap_070	AGGGCGAATTTTGTCACAATCCCCTCATAACC
10hb_4gap_071	CCTACCACATTATCGCAGTATGTTAGCGTAGCATAAGT
10hb_4gap_072	AATCCAGGCCCACCGGGAGAATTAACTTCAGCTCTTAA
10hb_4gap_073	AGGTAAAAATAATAACCTCCCGACTTGATATCAATGAG
10hb_4gap_074	CCCTCATATTTCGGTATAAAATTGACAAACCACC
10hb_4gap_075	TTACATCGGGAGAATTCATCGAGTACCGCAA
10hb_gap_A01	CGGAAAGCCCAAGTTTAGTACCGCCAGAAACATGTGC
10hb_gap_A02	TACATCCAGTACTATAAGTATAGCCCGATTAGGGATG
10hb_gap_A03	GACTCTCATAGTTGAATTTCTTAAACAGCTTATTCCA
10hb_gap_A04	ACGCAACGTTAGAGGAGCCTTTAATTAACCGATAAGT
10hb_gap_A05	AAGCACTTTCAATAATTTTTTCACGTCCGCTTTACG
10hb_gap_A06	GAAATCCGTAGTTTGACCAAGGATACCAGACTATCT
10hb_gap_A07	AATAGCGGTTGAACTAGCATGTCAATGAACCCTTTCA
10hb_gap_A08	AAGAAAAGCAAAAGTCTGGAGCAAACGGTAAAGAAC
10hb_gap_A09	GTCAGTCGCATTATTTTTGAGAGATCTCACCATCAA
10hb_gap_A10	AAGCGAGGAACGTTTCCGGCACCGCTTCTGGAAATTT
10hb_gap_A11	GAAAACCAGCTTCGACGACAGTATCGGTTGGGATGC
10hb_gap_A12	CCAATCGGATTCAGATGGGCGCATCGAGCTGGCCAG
10hb_gap_A13	ATTAATTGGGGACATTCCTGAACCAGAAAGGGTTAC
10hb_gap_A14	CCTAAGCGGAATCGGAACAAAGAAACACCCTCACACC
10hb_gap_A15	TTATCTCATCAAAACGTTATTAATTTAAGGAATTGC
10hb_gap_A16	CTTAAATGGAAGCTTTACAAACAATTAACAACTAAA
10hb_gap_A17	GGCGTAAAACAGAGAAAACAAAATTAATTACTTAATT
10hb_gap_A18	AAATCTCAGATGTTTCAATTACCTGAAAATCAAAAT
10hb_gap2_A01	CGGAAAGCCCAAGTTTAGTACCGCCAGAAACATGTG
10hb_gap2_A02	TACATCCAGTACTATAAGTATAGCCCGATTAGGGAT
10hb_gap2_A04	ACGCAACGTTAGAGGAGCCTTTAATTAACCGATAAG
10hb_gap2_A06	TCCGTAGTTTGACCAAGGATACCAGACTATCT
10hb_gap2_A07	AATAGCGGTTGAACTAGCATGTCAATGAACCCT
10hb_gap2_A13	ATTGGGGACATTCCTGAACCAGAAAGGGTTAC
10hb_gap2_A14	CCTAAGCGGAATCGGAACAAAGAAACACCCTCA
10hb_gap_B01	CTTGTCAGACCACCCTCAGAGCCGGCCTTTACCAAT
10hb_gap_B02	ATAATTAAAGCCTCAGAGCCGCCAGGTCATATCACC
10hb_gap_B03	TTCCAGCGATAACTTTGAAAGAGGTATTCATAGTCA
10hb_gap_B04	GCTAGTATCATAACGAGGCGCAGACGAATAAGGTGAA
10hb_gap_B05	ATTATATTTTCTGTCTGGAAGTTTCCTTCAAAGACTA
10hb_gap_B06	TAAATACTAATTGCTGTAGCTCAACGATTAGAAAAAC
10hb_gap_B07	CTGCCACACAACGCGCGGGGAGAGGGCCTGGCTAAAG
10hb_gap_B08	TCACGTGCCTATCGGGAAACCTGTCTGCCCCATAGGG
10hb_gap_B09	CACGATACGTGCGTCTGAAATGGATAAATTAAATTTT
10hb_gap_B10	CAGAAATGCGCAGGAAAAACGCTCATCACTTGTTAGA
10hb_gap_B11	TTATACAAAGAATCATAATTACTAGAATTGAGAGCTA
10hb_gap_B12	CGATTTTCATCACCGTGTGATAAATGGCAGAGTAAAG
10hb_gap2_B01	GTCAGACCACCCTCAGAGCCGGCCTTTACCAAT
10hb_gap2_B02	ATTAAAGCCTCAGAGCCGCCAGGTCATATCACC
10hb_gap2_B03	CAGCGATAACTTTGAAAGAGGTATTCATAGTCA
10hb_gap2_B04	GTATCATAACGAGGCGCAGACGAATAAGGTGAA
10hb_gap2_B05	TATTTTCTGTCTGGAAGTTTCCTTCAAAGACTA
10hb_gap2_B06	TACTAATTGCTGTAGCTCAACGATTAGAAAAAC
10hb_gap2_B07	CACACAACGCGCGGGGAGAGGGCCTGGCTAAAG
10hb_gap2_B08	GTGCCTATCGGGAAACCTGTCTGCCCCATAGGG
10hb_gap2_B09	ATACGTGCGTCTGAAATGGATAAATTAAATTTT
10hb_gap2_B10	AATGCGCAGGAAAAACGCTCATCACTTGTTAGA
10hb_gap2_B11	ACAAAGAATCATAATTACTAGAATTGAGAGCTA
10hb_gap2_B12	TTTCATCACCGTGTGATAAATGGCAGAGTAAAG
10hb_gap_C01	TAATCAAAATCTCTAACGGAAACTTGAGCCATTATCT
10hb_gap_C02	GGTCATTTTTCAATCAGGGCGTTGAATCCCCCTTTGA
10hb_gap_C03	TGCTGGTAATCTCTGAACAAGGCTTTGACGAGCTATC
10hb_gap_C04	ACGCATTAGATGCGAACGAGTAGAAAGGAAGCCCGA
10hb_gap_C05	TTGTGGCCAAACGACCAGTAATAATCATCAGTGAGG
10hb_gap_C06	TAGCATAAGTTTCATTCAAAACGTCAGCGTC
10hb_gap_C07	CGTCAAAAGGTGTTATTCAAGCAAAAGCCCC
10hb_gap_C08	AGCCCCTTATTATACAGGTAAACGAAGACCT
10hb_gap_C09	TCCAGATAATAAATTCAACTTATACCTACCC
10hb_gap_C10	AACAAGATAGCCGCATAGTAATCATTGCTTG
10hb_gap_C11	TGTATTTGAGTTTTTTGCCTTACCCTGCGAA
10hb_gap_C12	AAAATAGGGTAACGTCCAAAGTTCAGGAGTA
10hb_gap_C13	CCAATCATTAGATACGTGAACCGTCTCCAGT
10hb_gap_C14	TGTAGTAGCAGCGCCGTAACCACTATCCTGA
10hb_gap_C15	CCCGTCCAAATATTAGAGCCCCGAGAGCAGG
10hb_gap_C16	GCAATCTGAATCGTGTAGCTAAAGGGCCGTT
10hb_gap_C17	GAATAATCAAGATTAATGCTTCCTCGCCTGA
10hb_gap_C18	CACGTTTTAGCGATCCCATATAAGTCTACCA
10hb_gap_C19	TAACGAGATATACGGCTGTCATGTTCAATCG
10hb_gap_D01	AACCAGATGGTCAGAACGAGTAGTATTCGACCTGCTC
10hb_gap_D02	CGAACCTTATATGGTGGTTCCGAAAAACGTTGCGCTC
10hb_gap_D03	AAGGAATTGCCTCAGCAGCGAAAATTTTTACAGGAAC
10hb_gap_D04	TAGGTCACGCTGCAAGGCGATAAATATCAACACGTAA
10hb_gap_D05	CGTACGCTGAGATAATAAGTTCACAAAACCG
10hb_gap_D06	CGAGAGCTCAGTTAAGCGTGCAGTCTAGCCA
10hb_gap_D07	TTGCTCAACAACAATACGTAAAACACAACGG
10hb_gap_D08	AAAGGAGGCTTGACTAAAGAACAAAGCATAA
10hb_gap_D09	GGTAAGCAATGCTTTTGCGGGTCAATATAAC
10hb_gap_D10	TCATTGAAAGGCAGCTAAACTGAAAAAAATA
10hb_gap_D11	GAGAGACCGTTCCAAAGAACATCCAAGAGCT
10hb_gap_D12	ACTCCCGCCATTGGATCCCATTGTTACGTAT
10hb_gap_D13	AGTTTGGGCCTCACGGCCAGCATAAACTGCA
10hb_gap_D14	ATTATAGTTGGCCAAATGATTCTGACATTGG
10hb_gap_D15	ATCCTTAAAATATATTAACTTTGAATACCTA
10hb_gap_D16	AGAAGGTCAATAACGAACCAAAACATATTAC
10hb_gap_D17	AAACATTTTTAATGAGAGATGATGCACTGTT
10hb_gap_D18	GCGAATAACCTTCGCTGAGTTTCAAATAAAT
10hb_gap2_D01	AGATGGTCAGAACGAGTAGTATTCGACCTGCTC
10hb_gap2_D02	CCTTATATGGTGGTTCCGAAAAACGTTGCGCTC
10hb_gap_E01	GGTAATTACCATCATCGGCATTTTCCCCTCAGACAAA
10hb_gap_E02	GAGAGAAGAAATGACAAGAACCGGAACAGATGTCATC
10hb_gap_E03	GCCAGCGATTTGCTGCTCATTCAGTGGTCAATTACAA
10hb_gap_E04	AGGCGAAGCAACGTTTTAATTCGAGATTCCATAACCT
10hb_gap_E05	AATGCATAAATCTCCAACAGGTCAGATGTTTTGGTGG
10hb_gap_E06	GTTTTCCAACGGATTGCCCTTCACCCGGTTTGTCCGC
10hb_gap_E07	CTAAGTTCCAGGGTCCACGCTGGTTGTGCCAGGTGTA
10hb_gap_E08	GCGCCGGTACGTCTGTCCATCACGCTATTTACCTGAA
10hb_gap_E09	CCACGGAGCTAGATTAGTAATAACATGGAAATGGCTA
10hb_gap_E10	TAGAGCGCCTGCAACAGTAGGGCTTAAAAAGCAATCC
10hb_gap_E11	AGAACCAGACGCAACATGTAATTTAAAGGCGTTATAT
10hb_gap2_E01	ATTACCATCATCGGCATTTTCCCCTCAGACAAA
10hb_gap2_E02	GAAGAAATGACAAGAACCGGAACAGATGTCATC
10hb_gap2_E03	GCGATTTGCTGCTCATTCAGTGGTCAATTACAA
10hb_gap2_E04	GAAGCAACGTTTTAATTCGAGATTCCATAACCT
10hb_gap2_E05	CATAAATCTCCAACAGGTCAGATGTTTTGGTGG
10hb_gap2_E06	TCCAACGGATTGCCCTTCACCCGGTTTGTCCGC
10hb_gap2_E07	GTTCCAGGGTCCACGCTGGTTGTGCCAGGTGTA
10hb_gap2_E08	CGGTACGTCTGTCCATCACGCTATTTACCTGAA
10hb_gap2_E09	GGAGCTAGATTAGTAATAACATGGAAATGGCTA
10hb_gap2_E10	GCGCCTGCAACAGTAGGGCTTAAAAAGCAATCC
10hb_gap2_E11	CCAGACGCAACATGTAATTTAAAGGCGTTATAT
10hb_gap_F01	AAGAGTCAGGAGTAGGAACCCATGTAAAACGCAGAA
10hb_gap_F02	GTTTTGGGTTGAAAACTACAACGCCTAAACGTATCAC
10hb_gap_F03	AATGATTCGAGGTAGCGTAACGATCTGAACTGGGTT
10hb_gap_F04	CGCTGCTCCAAATAAATGAATTTTCTGAAGGAAAAC
10hb_gap_F05	GTCACCGAATAACAGTTTCAGCGGAGCCTTTTTCAT
10hb_gap_F06	TAAATTCGTAAATAATCAGAAAAGCCGAGCAAGGAG
10hb_gap_F07	GGTGAGCCTGAGTATTTAAATTGTAACAGAGAGTAA
10hb_gap_F08	ATTCAGGTAGCTAAATTTTTGTTAAAGAACACCCATA
10hb_gap_F09	CCATTAGCCAGCCCATCAAAAATAATTAACATACAA
10hb_gap_F10	GGTGCGAGGGGATCATCAACATTAAAGTTTAACACC
10hb_gap_F11	ATGTGTTGGTGTTCCGTGGGAACAAAAGCCATACGG
10hb_gap_F12	TGGTCCATTTTGTATCATCATATTCCGAGCGTCCGG
10hb_gap_F13	TTATCTTGCCCGTATAATCCTGATTGGCACCCATAA
10hb_gap_F14	GAGCCTATTAGAGGTTAGAACCTACCCGGGAGGCGTA
10hb_gap_F15	TACCTAACATCAAAATAAAGAAATTGTATTCTAATG
10hb_gap_F16	GTGAATTATTCAAATATACAGTAACAGCGCCCACCA

Claims

기결정된 길이의 갭을 기결정된 개수로 형성하도록 스테이플 DNA를 설계하는 단계; 및
스캐폴드 DNA에 복수개의 상기 설계된 스테이플 DNA를 결합시켜, 강성 조절 대상 부위 내 적어도 일부의 인접한 스테이플 DNA의 양 말단 사이에 갭(gap)을 갖는 DNA 오리가미 구조체를 형성하는 단계를 포함하는 DNA 오리가미 구조체(DNA origami structure)의 강성을 제어하는 방법.
청구항 1에 있어서, 상기 갭을 1개 이상 형성하거나, 갭의 길이를 늘려 상기 강성 조절 대상 부위의 강성을 낮추는 방법.
청구항 1에 있어서, 상기 갭의 길이를 1 내지 10 뉴클레오티드(nucleotide)로 형성하는 방법.
청구항 1에 있어서, 상기 갭의 길이를 1 내지 5 뉴클레오티드로 형성하는 방법.
청구항 1에 있어서, 상기 갭과 홀리데이 교차점 간 간격을 3 뉴클레오티드 이상으로 형성하는 방법.
삭제
청구항 1에 있어서, 상기 구조체는 2 내지 20개의 헬릭스를 포함하는 것인 방법.
청구항 1에 있어서, 상기 강성은 굽힘 강성(bending stiffness)인 방법.