KR101821554B1 - Method for identification of Chikso breed genotype using microsatellite markers - Google Patents

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KR101821554B1 KR1020160112626A KR20160112626A KR101821554B1 KR 101821554 B1 KR101821554 B1 KR 101821554B1 KR 1020160112626 A KR1020160112626 A KR 1020160112626A KR 20160112626 A KR20160112626 A KR 20160112626A KR 101821554 B1 KR101821554 B1 KR 101821554B1
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최성복
조창연
노희종
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Abstract

The present invention relates to a composition including a primer specific to the TGLA-325 used as a microsatellite marker to identify one of the native dark brown cattle, Jeju black cattle, and Korean cattle, a kit including the composition for the same to identify one of the native dark brown cattle, Jeju black cattle, and Korean cattle, and a method using the composition or kit for the same to identify one of the native dark brown cattle, Jeju black cattle, and Korean cattle. According to the present invention, the microsatellite marker of four species are used to easily identify the native dark brown cattle, Jeju black cattle, or Korean cattle, thereby enabling various utilization in agricultural and food production fields through the systematic and scientific establishment of the genetic resources of livestock.

Description

초위성체 마커를 이용한 칡소의 유전자 품종 식별 방법{Method for identification of Chikso breed genotype using microsatellite markers}[0001] The present invention relates to a method for identifying a gene varieties of Chesoso using a supersatellite marker,

본 발명은 초위성체 마커를 이용한 칡소의 유전자 품종 식별 방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로 본 발명은 초위성체(microsatellite) 마커인 TGLA325에 특이적인 프라이머를 포함하는 재래종 소인 칡소, 제주흑우 및 한우 중 하나를 식별하기 위한 조성물, 상기 조성물을 포함하는 재래종 소인 칡소, 제주흑우 및 한우 중 하나를 식별하기 위한 키트 및 상기 조성물 또는 키트를 사용하여 재래종 소인 칡소, 제주흑우 및 한우 중 하나를 식별하는 방법에 관한 것이다.More particularly, the present invention relates to a method for identifying a gene varieties of ChowSo using a supersatellite marker, and more particularly, to a method for identifying a gene varieties of ChowSo using a supersatellite marker, A kit for identifying one of the native soybean fowl, the Jeju black cattle and the Korean cattle containing the composition, and a method for identifying one of the native cattle fox cattle, Jeju cattle and Korean cattle using the composition or kit .

최근 들어 유전자원에 대한 미래 활용가치의 중요성이 인식되면서 자원의 확보, 보존, 관리와 더불어 특성평가 및 활용 등에 많은 관심과 노력을 기울이고 있다. 특히 DNA 다형에 기초한 여러 유전적 마커를 활용하여 기원, 품종 형성, 유전적 다양성, 타 품종들과의 유연관계 등 보유자원의 유전적 특성 파악을 위한 분자생물학적 특성평가가 활발히 진행되고 있다(Groeneveld et al., 2010, Anim. Genet. 41:6-31).In recent years, as the importance of future utilization value of genetic resources has been recognized, many attention and efforts have been devoted to securing, preserving and managing resources as well as evaluating and utilizing characteristics. In particular, molecular genetic characterization has been actively carried out to identify the genetic characteristics of resources, including genetic markers based on DNA polymorphism, genetic diversity, genetic diversity, and relationships with other cultivars (Groeneveld et al., 2010, Anim Genet. 41: 6-31).

초위성체(Microsatellite, MS)는 2 내지 6개의 염기서열이 반복되는 구조를 나타내며, 진핵생물 DNA 상의 비암호화(non-coding) 영역에 넓게 펴져 존재한다. 또한, 초위성체 하나의 좌위 당 약 10개 정도의 대립유전자를 나타내기 때문에 다형정보가 풍부하며, 크기가 작기 때문에 혈액, 모근, 피부 등 다양한 시료로부터 추출된 DNA를 이용하여 쉽게 증폭할 수 있다. 특히, 2개 이상의 초위성체 특이 프라이머를 한 번에 반응 및 증폭시킬 수 있는 멀티플렉스(multiplex) PCR 기법을 적용할 수 있기 때문에 저비용으로 손쉽게 대립유전자형을 분석할 수 있는 장점이 있다(Butler, (2007) Biotechniques. 43:Sii-Sv).Microsatellite (MS) represents a repeating structure of 2 to 6 nucleotide sequences and is widely spread in the non-coding region on the eukaryotic DNA. In addition, polymorphism information is abundant because it represents about 10 alleles per locus in a supersampling body. Because of its small size, it can be easily amplified using DNA extracted from various samples such as blood, root hair, and skin. In particular, since multiplex PCR method capable of reacting and amplifying two or more supersatellite specific primers at once can be applied, it is advantageous to easily analyze alleles at low cost (Butler, 2007 Biotechniques 43: Sii-Sv).

초위성체의 이러한 장점을 활용하여 1990년대부터 사람, 가축을 포함한 동물의 유전특성 및 유연관계 분석, 연관지도 작성 등에 있어 가장 효율적인 유전적 마커로서 활용되고 있다(Naidoo와 Chetty, (1998) Pathol. Oncol. Res. 4:310-315). 또한, 현재까지도 품종 혹은 집단의 유전적 다양성, 양적유전자좌위 동정, 개체식별 및 친자감별 등에 이용되고 있다(Gutierrez-Gil et al., (2010) Meat Sci. 85:721-729; Costa et al., (2012) BMC Res. Notes. 5:479). 아울러, 국내에서도 초위성체분석을 통해 여러 학술적·산업적 성과가 도출되고 있으며, 이와 함께 한우·수입육판별법 개발, 쇠고기 이력 관리제 등이 추진되고 있다.Since the 1990s, it has been utilized as the most effective genetic marker in the analysis of genetic characteristics and relationships of animals including livestock, and related mapping (Naidoo and Chetty, (1998) Pathol. Oncol Res. 4: 310-315). Gutierrez-Gil et al. (2010) Meat Sci. 85: 721-729; Costa et al., 2002), the genetic diversity of a variety or population, identification of quantitative gene loci, , (2012) BMC Res. Notes. 5: 479). In addition, various academic and industrial achievements have been derived through the analysis of supersatellites in Korea, along with the development of Hanwoo, importation discrimination law, and beef history management system.

우리나라 한우의 모색은 갈색, 흑색, 백색, 반색, 렴색과 잡색 등의 다양한 모색을 가지고 있었으나 1916년 일본 총독부에 의해서 모색호칭의 통일과 모색단일화 조치로 인하여 다양한 한우의 모색이 갈색으로 통일되어감으로써 유전자원의 다양성을 상실하게 되었다. 최근에 유전자원의 다양성의 중요성이 대두되며 제주흑우, 흑우와 칡소의 복원과 증식 연구가 활발하게 진행되고 있으나 종간 구분 방법이 모색과 체형에만 의존할 수밖에 없는 한계를 나타내고 있다.The search for Korean Hanwoo had various searches such as brown, black, white, semicolon, pale color, and variegation. However, in 1916, the Japanese Government General decided to unify and seek unification of the title, The diversity of genetic resources was lost. Recently, importance of diversity of genetic resources has emerged, and studies on the restoration and propagation of Jeju black cattle, black cattle and black cattle have been actively carried out, but the classification method of species has a limit that can only depend on searching and body shape.

또한, 세계적으로 가축의 개량이 각국의 기호에 맞게 진행되면서, 품종에 대한 유전전적 다양성이 급감하는 추세이며, 국제식량농업기구(Food and Agriculture Organization, FAO)에 등재된 가축품종의 20%에 달하는 품종이 멸종위기에 놓여 있는 실정이다. 위험 취약한 품종으로 이러한 자원소실을 대비하여 유전자원 보전 및 관리가 관리기관에서 이루어지고 있으므로 체계적이고 과학적인 혈통정립을 위한 특성에 관한 연구가 필요한 실정이다.In addition, as the improvement of livestock around the world is proceeding in accordance with the preferences of each country, the genetic diversity of the varieties is decreasing rapidly and it is estimated that 20% of the animal varieties listed in the Food and Agriculture Organization (FAO) The breed is in danger of extinction. In order to prevent the loss of these resources with the vulnerable varieties, conservation and management of the genetic resources are carried out by the regulatory agencies. Therefore, studies on the characteristics for systematic and scientific breeding are needed.

이러한 배경 하에서, 본 발명자들은 효과적으로 재래종 소를 식별할 수 있는 초위성체 마커를 발굴하기 위하여 예의 연구노력한 결과, 초위성체 마커인 TGLA325를 이용할 경우, 재래종 소를 식별할 수 있음을 확인하고, 본 발명을 완성하였다.Under these circumstances, the inventors of the present invention have made extensive efforts to find a supersatellite marker capable of effectively identifying native species, and as a result, it has been confirmed that it is possible to identify native species using TGLA325, which is a supersatellite marker, Completed.

본 발명의 하나의 목적은 초위성체 마커인 TGLA325에 특이적인 프라이머를 포함하는 재래종 소인 칡소, 제주흑우 및 한우 중 하나를 식별하기 위한 조성물을 제공하는 것이다.It is an object of the present invention to provide a composition for identifying one of native wheat bran, Jeju bran and Korean beef containing a primer specific to the supersatellite marker TGLA325.

본 발명의 다른 하나의 목적은 상기 조성물을 포함하는 재래종 소인 칡소, 제주흑우 및 한우 중 하나를 식별하기 위한 키트를 제공하는 것이다. It is another object of the present invention to provide a kit for identifying one of domestic cattle fowl, Jeju cattle and Korean cattle containing the composition.

본 발명의 다른 하나의 목적은 상기 조성물 또는 키트를 사용하여 재래종 소인 칡소, 제주흑우 및 한우 중 하나를 식별하는 방법을 제공하는 것이다. It is another object of the present invention to provide a method of identifying one of the native soybean fowls, Jeju black fowls and Korean fowls using the composition or kit.

본 발명자들은 효과적으로 재래종 소를 식별할 수 있는 초위성체 마커를 발굴하기 위하여 다양한 연구를 수행한 결과, 4종의 초위성체 마커인 INRA30, TGLA325, UMN0905 또는 UMN0929를 이용할 경우, 재래종 소 중에서 칡소, 제주흑소 및 한우를 식별할 수 있음을 확인하였다. 특히, 상기 4종의 초위성체 마커 중에서 TGLA325를 이용하면, 단독으로도 상기 3종의 재래종 소를 각각 식별할 수 있고, 여기에 나머지 3종의 초위성체 마커를 이용하면 상기 3종의 재래종 소를 보다 명확하게 각각 식별할 수 있음을 확인하였다.As a result of various studies to find a supersatellite marker capable of effectively identifying native species, the present inventors have found that when using INRA30, TGLA325, UMN0905 or UMN0929, which are four supersatellite markers, And Hanwoo were identified. Particularly, when TGLA325 is used among the four supersatellite markers, the three species of native species can be individually identified, and the three remaining locus markers can be used to identify the three native species. It is possible to identify them more clearly.

초위성체 마커를 이용하여 개체 또는 종을 식별하는 기술은 이미 공지되어 있으나, 4종의 초위성체 마커인 INRA30, TGLA325, UMN0905 또는 UMN0929를 이용하여 재래종 소를 식별하는 기술은 지금까지 개발되지 않았고, 본 발명자에 의하여 최초로 개발되었다.Techniques for identifying individuals or species using supersatellite markers have already been known, but techniques for identifying native species using four supersatellite markers INRA30, TGLA325, UMN0905, or UMN0929 have not been developed so far, It was first developed by the inventor.

상기의 목적을 달성하기 위한 하나의 양태로서, 본 발명은 초위성체(microsatellite) 마커인 TGLA325에 특이적인 프라이머를 포함하는 재래종 소인 칡소, 제주흑우 및 한우 중 하나를 식별하기 위한 조성물을 제공한다. In one aspect to achieve the above object, the present invention provides a composition for identifying one of domestic wheat bran, Jeju bran and Korean beef containing a primer specific to TGLA325 as a microsatellite marker.

본 발명의 용어 "초위성체 (microsatellite)"란, 2 내지 6개의 염기서열이 반복되는 구조를 가지는 SSR(simple sequence repeat)을 의미한다. 이러한 초위성체는 대부분의 진핵생물 게놈에 골고루 분포되어 있는 것으로 알려져 있으며, 특히 non-coding DNA에 주로 존재한다.The term "microsatellite " of the present invention means a simple sequence repeat (SSR) having a structure in which two to six nucleotide sequences are repeated. These supersatellites are known to be uniformly distributed in most eukaryotic genomes, and are mainly present in non-coding DNA.

본 명세서 용어, "초위성체 마커"는 상기 초위성체 반복 단위의 반복수에 변이가 존재하여 발생하는 다형성을 의미한다. The term "supersatellite marker" in the present specification means a polymorphism that occurs due to a mutation in the number of repetitions of the supersatellite repeat unit.

본 발명에서는 초위성체 마커에 해당하는 부분에 각각의 프라이머를 이용하여 PCR을 수행하여, 초위성체 마커의 칡소, 제주흑우 또는 한우 품종별 증폭산물의 크기 및 특이적으로 존재하는 대립유전자를 확인하여 칡소, 제주흑우 또는 한우 품종의 식별을 가져올 수 있는 초위성체 마커 세트를 규명하였다. 이러한 본 발명의 초위성체 마커 세트는 TGLA325를 포함하고, 선택적으로 IRNA30, UMN905 또는 UMN0929을 추가로 포함할 수 있다. 상기 초위성체에 대한 정보는 미국 국립 생물정보센터(NCBI) 데이터베이스 또는 국제연합식량농업기구(http://www.fao/org/) 등에서 그 정보를 얻을 수 있다. 예를 들어, 초위성체 마커 TGLA325는 NCBI의 Accession No: NW_003104788.1로 공지되어 있고, 초위성체 마커 IRNA30은 NCBI의 Accession No: NW_003104789.1로 공지되어 있으며, 초위성체 마커 UMN905는 GenBank의 Accession No: AF483748.1로 공지되어 있고, 초위성체 마커 UMN0929는 GenBank의 Accession No: AF483749.1로 공지되어 있다.In the present invention, PCR was performed using the respective primers corresponding to the supersatellite marker, and the size and specificity of the amplified products of the supersatellite marker, , And a set of supersampling markers capable of identifying Jeju black beef or Hanwoo varieties. The supersatellite marker set of the present invention includes TGLA325, and optionally can further include IRNA30, UMN905, or UMN0929. Information about the super-satellite can be obtained from the National Center for Biological Information (NCBI) database or the United Nations Food and Agriculture Organization (http: //www.fao/org/). For example, the supergalactic marker TGLA325 is known as Accession No: NW_003104788.1 of NCBI, the supergalactic marker IRNA30 is known as Accession No: NW_003104789.1 of NCBI, and the supergalactic marker UMN905 is known as Accession No: AF483748.1, and the supersatellite marker UMN0929 is known as GenBank Accession No: AF483749.1.

이와 같은 초위성체 마커는, 개체 또는 종에 따라 초위성체 반복 단위의 반복수가 다양할 수 있으므로, 초위성체가 반복되는 부분의 양쪽 염기쌍 중에 게놈상에서 독특한 서열을 프라이머 서열로 디자인하고 PCR 증폭을 수행한 다음, 수득하는 산물의 크기를 비교하여 개체 또는 종을 식별할 수 있다.Since the number of repetition units of supersatellite repeating units may vary depending on individuals or species, such a supersatellite marker is designed as a primer sequence and PCR amplification is carried out by designating a sequence unique to the genome among the base pairs of repeated portions of supersatellite , The size of the resulting product can be compared to identify the individual or species.

본 발명의 용어, "프라이머 (primer)"란, 짧은 자유 3' 말단 수산화기를 가지는 핵산 서열로 상보적인 주형 (template)과 염기쌍을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. The term "primer " of the present invention refers to a nucleic acid sequence having a short free 3 'terminal hydroxyl group, a short nucleic acid which can form a base pair with a complementary template and serves as a starting point for template strand copying ≪ / RTI >

본 발명에 있어서, 상기 프라이머는 상기 초위성체 마커에 특이적으로 결합하여 증폭산물을 생산할 수 있는 한, 특별히 이에 제한되지 않으나, TGLA325에 특이적인 서열번호 3 및 4의 염기서열로 구성된 염기쌍을 포함할 수 있고, 선택적으로 INRA30에 특이적인 서열번호 1 및 2의 염기서열로 구성된 염기쌍, UMN0905에 특이적인 서열번호 5 및 6의 염기서열로 구성된 염기쌍, UMN0929에 특이적인 서열번호 7 및 8의 염기서열로 구성된 염기쌍 등을 추가로 포함할 수 있다.In the present invention, as long as the primer can specifically bind to the supersatellite marker to produce an amplification product, it includes a base pair consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOS: 3 and 4, which is specific to TGLA325 And optionally a base pair consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOS: 1 and 2 specific to INRA30, a base pair consisting of nucleotide sequences of SEQ ID NOS: 5 and 6 specific to UMN0905, and a nucleotide sequence of SEQ ID NOS: 7 and 8 specific to UMN0929 A base pair constructed, and the like.

본 발명의 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응 (즉, DNA 중합효소 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. 본 발명의 프라이머는, 각 마커 유전자에 특이적인 프라이머로 7개 내지 50개의 뉴클레오타이드 서열을 가진 센스 및 안티센스 핵산일 수 있으며, 프라이머는 DNA 합성의 개시점으로 작용하는 프라이머의 기본 성질을 변화시키지 않는 추가의 특징을 가질 수 있다.The primers of the present invention can initiate DNA synthesis in the presence of reagents and four different nucleoside triphosphates for polymerization reactions (i.e., DNA polymerase or reverse transcriptase) at appropriate buffer solutions and temperatures. The primer of the present invention may be a sense and an antisense nucleic acid having 7 to 50 nucleotide sequences as a primer specific to each marker gene, and the primer may be an addition or deletion primer which does not change the basic properties of the primer acting as a starting point of DNA synthesis And the like.

이러한 본 발명의 프라이머는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비제한적인 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체 (예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체 (예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다. 핵산은 하나 이상의 부가적인 공유 결합된 잔기, 예를 들면, 단백질 (예: 뉴클레아제, 독소, 항체, 시그날 펩타이드, 폴리-L-리신 등), 삽입제 (예: 아크리딘, 프소랄렌 등), 킬레이트화제 (예: 금속, 방사성 금속, 철, 산화성 금속 등), 및 알킬화제를 함유할 수 있다. 또한, 본 발명의 핵산 서열은 또한 검출 가능한 시그날을 직접적으로 또는 간접적으로 제공할 수 있는 표지를 이용하여 변형시킬 수 있다. 표지의 예로는 방사성 동위원소, 형광성 분자 및 바이오틴 등이 있다.Such primers of the present invention can be chemically synthesized using the phosphoramidite solid support method, or other well-known methods. Such nucleic acid sequences may also be modified using many means known in the art. Non-limiting examples of such modifications include, but are not limited to, methylation, capping, substitution of one or more natural nucleotides with one or more homologues, and modification between nucleotides, such as uncharged linkers (e.g., methylphosphonate, phosphotriester, (E.g., dodecanedioic acid, dodecanedioic acid, dodecanedioic acid, tartaric acid, tartaric acid, tartaric acid, The nucleic acid can be in the form of one or more additional covalently linked residues such as a protein such as a nuclease, a toxin, an antibody, a signal peptide, a poly-L-lysine, an intercalator such as acridine, ), Chelating agents (e.g., metals, radioactive metals, iron, oxidizing metals, etc.), and alkylating agents. In addition, the nucleic acid sequences of the present invention can also be modified using labels that can directly or indirectly provide a detectable signal. Examples of labels include radioactive isotopes, fluorescent molecules, and biotin.

본 발명의 용어 "재래종 소(Korean native cow)"란, 우리나라에서 예로부터 서식하여 사육되어온 소를 의미하는데, 대체로, 칡소, 제주흑우, 한우 등이 될 수 있다.The term " native native cow " of the present invention means a cow which has been inhabited since ancient times in Korea.

본 발명의 일 실시예에 의하면, 초위성체 마커인 TGLA325를 증폭시킬 수 있는 프라이머를 사용하면, 재래종 소인 칡소, 제주흑우 또는 한우를 각각 식별할 수 있고, 상기 TGLA325 뿐만 아니라 다른 초위성체 마커인 INRA30, UMN0905, UMN0929 등을 특이적으로 증폭시킬 수 있는 프라이머를 사용하면, 재래종 소인 칡소, 제주흑우 또는 한우를 보다 명확하게 각각 식별할 수 있음을 확인하였다(표 2).According to one embodiment of the present invention, when a primer capable of amplifying TGLA325, which is a supersatellite marker, is used, it is possible to identify native TGLA, Jeju beef or Korean beef, respectively. In addition to TGLA325, other supersatellite markers INRA30, It was confirmed that primers capable of specifically amplifying UMN0905, UMN0929 and the like can be more clearly discriminated from native wheat bran, Jeju bran or Korean wheat (Table 2).

다른 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는, 재래종 소인 칡소, 제주흑우 및 한우 중 하나를 식별하기 위한 키트를 제공한다. In another aspect, the present invention provides a kit for identifying one of a homemade beef cattle, a Jeju beef cattle, and a Korean beef cattle including the above composition.

본 발명의 키트는 초위성체 마커인 TGLA325에 특이적인 프라이머를 포함하고. 상기 프라이머로 인하여 재래종 소를 식별하는데 사용될 수 있는데, 특별히 이에 제한되지 않으나, 상기 프라이머를 이용하여 초위성체 마커인 TGLA325를 증폭시키는데 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 요소를 포함할 수 있다. 이때, 사용될 수 있는 키트로는 PCR 키트가 될 수 있다.The kit of the present invention comprises a primer specific to TGLA325 which is a supersatellite marker. The primers can be used to identify native species, but not limited to, one or more other components suitable for amplifying TGLA325, a supersaturse marker, using the primers. At this time, a kit that can be used may be a PCR kit.

구체적인 일 예로서, 본 발명의 재래종 소 식별용 키트는 PCR 키트가 될 수 있다. 상기 키트는 상기 TGLA325에 특이적인 프라이머 이외에도, DNA 중합효소, 데옥시뉴클레오타이드(dNTP), RNAase, DNA 제한효소, DEPC-수(DEPC-water), 테스트 튜브 및 적절한 컨테이너 등을 포함할 수 있다. 또한, 정량 대조군으로 사용되는 유전자에 특이적인 프라이머 쌍을 포함할 수 있다. As a specific example, the indigenous cattle identification kit of the present invention may be a PCR kit. The kit may contain a DNA polymerase, a deoxy nucleotide (dNTP), an RNAase, a DNA restriction enzyme, DEPC-water, a test tube and a suitable container in addition to the TGLA325 specific primer. It may also contain a primer pair specific for the gene used as a quantitative control.

아울러, 상기 PCR 키트는 TGLA325에 특이적인 프라이머 이외에도, 선택적으로 INRA30에 특이적인 프라이머, UMN0905에 특이적인 프라이머, UMN0929에 특이적인 프라이머를 단독으로 또는 조합하여 추가로 포함할 수 있다.In addition to the primers specific to TGLA325, the PCR kit may further include a primer specific for INRA30, a primer specific for UMN0905, and a primer specific for UMN0929, either singly or in combination.

또 다른 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 조성물 또는 키트를 이용하여 재래종 소인 칡소, 제주흑우 및 한우 중 하나를 식별하는 방법을 제공한다.In yet another aspect, the present invention provides a method of identifying one of native soybean fowl, Jeju black cattle, and Korean cattle using the composition or kit.

구체적으로, 본 발명에서 제공하는 재래종 소인 칡소, 제주흑우 및 한우 중 하나를 식별하는 방법은 (a) 칡소, 제주흑우 및 한우로 구성된 군으로부터 선택되는 재래송 소의 생물학적 시료로부터 게놈 DNA를 수득하는 단계; 및 (b) 상기 수득한 게놈 DNA와 TGLA325에 특이적인 프라이머를 이용하여 PCR 반응을 수행하는 단계를 포함한다.Specifically, the method for identifying one of the native soybean fodder, the Jeju black fodder and the Korean native fodder provided in the present invention comprises the steps of: (a) obtaining genomic DNA from a biological sample of a native fish selected from the group consisting of fowl, ; And (b) performing a PCR reaction using the obtained genomic DNA and a primer specific to TGLA325.

본 발명의 용어 "생물학적 시료"란, 본 발명의 초위성체 마커를 증폭할 수 있는, 재래종 소의 게놈 DNA를 포함하는 시료를 의미한다. 상기 생물학적 시료는 재래종 소의 모근, 혈액, 각종 체액, 분리된 조직, 분리된 세포 또는 타액과 같은 시료 등을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 일 예, 상기 생물학적 시료는 재래종 소의 혈액일 수 있다. The term "biological sample " of the present invention means a sample containing native genomic DNA capable of amplifying the supersatellite marker of the present invention. Such biological samples include, but are not limited to, roots of native bovine, blood, various body fluids, isolated tissues, isolated cells or saliva-like samples, and the like. In one example, the biological sample may be blood of native cattle.

상기 재래송 소에서 분리한 생물학적 시료로부터 수득한 게놈 DNA와 TGLA325에 특이적인 프라이머를 이용하여 PCR 반응을 수행한 후, 그 결과를 분석하여 상기 재래종 소가 무엇인지 확인할 수 있다. PCR was performed using the genomic DNA obtained from the biological sample separated from the conventional PCR and a primer specific to TGLA325, and the result was analyzed to confirm what the native species was.

일 예로서, 상기 PCR 반응을 수행하여 얻어진 증폭산물의 수가 8개인 경우 상기 재래종 소를 칡소라고 식별할 수 있고; 상기 PCR 반응을 수행하여 얻어진 증폭산물의 수가 7개인 경우 상기 재래종 소를 제주흑우라고 식별할 수 있고; 상기 PCR 반응을 수행하여 얻어진 증폭산물의 수가 5개인 경우 상기 재래종 소를 한우라고 식별할 수 있다.As an example, when the number of amplification products obtained by carrying out the PCR reaction is 8, the native species can be identified as a feline; If the number of amplification products obtained by performing the PCR reaction is 7, the native bovine can be identified as Jeju black beef; When the number of amplification products obtained by performing the PCR reaction is 5, the native species can be identified as Hanwoo.

다른 예로서, 상기 PCR 반응을 수행하여 얻어진 증폭산물에서 106, 112 및 122bp 크기의 증폭산물이 검출되는 경우 상기 재래종 소를 칡소라고 식별할 수 있고; 상기 PCR 반응을 수행하여 얻어진 증폭산물에서 102 및 118bp 크기의 증폭산물이 검출되는 경우 상기 재래종 소를 제주흑우라고 식별할 수 있으며; 상기 PCR 반응을 수행하여 얻어진 증폭산물에서 110bp 크기의 증폭산물이 검출되는 경우 상기 재래종 소를 한우라고 식별할 수 있다.As another example, when an amplification product of 106, 112 and 122 bp in size is detected in the amplification product obtained by performing the PCR reaction, the native bovine can be identified as Bovine; If an amplification product of 102 and 118 bp in size is detected in the amplification product obtained by performing the PCR reaction, the native bovine can be identified as Jeju black beef; When an amplification product of 110 bp in size is detected in the amplification product obtained by performing the PCR reaction, the native species can be identified as Hanwoo.

한편, 상기 식별 방법에 있어서, INRA30에 특이적인 프라이머, UMN0905에 특이적인 프라이머 또는 UMN0929에 특이적인 프라이머를 단독으로 또는 조합하여 사용하여 PCR 반응을 수행하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.On the other hand, the identification method may further include a step of performing the PCR reaction using primers specific for INRA30, primers specific for UMN0905, or primers specific for UMN0929, singly or in combination.

상기 재래송 소에서 분리한 생물학적 시료로부터 수득한 게놈 DNA와, INRA30에 특이적인 프라이머, UMN0905에 특이적인 프라이머 또는 UMN0929에 특이적인 프라이머를 이용하여 PCR 반응을 수행한 후, 그 결과를 TGLA325에 특이적인 프라이머를 이용하여 PCR 반응을 수행한 결과에 추가하여 분석함으로써, 상기 재래종 소가 무엇인지 확인할 수 있다. PCR was performed using the genomic DNA obtained from the biological sample separated from the conventional PCR and a primer specific for INRA30, a primer specific for UMN0905, or a primer specific for UMN0929, and the result was shown to be specific for TGLA325 By analyzing the result of performing the PCR reaction using the primer, it is possible to confirm what the native species is.

일 예로서, 상기 UMN0905에 특이적인 PCR 반응을 수행하여 얻어진 증폭산물의 수가 6개인 경우 상기 재래종 소를 한우라고 식별할 수 있고; 상기 UMN0929에 특이적인 PCR 반응을 수행하여 얻어진 증폭산물의 수가 9개인 경우 상기 재래종 소를 칡소라고 식별할 수 있다.As an example, when the number of amplification products obtained by carrying out the PCR reaction specific to UMN0905 is 6, the native species can be identified as Hanwoo; If the number of amplification products obtained by carrying out the PCR reaction specific to UMN0929 is 9, it is possible to identify the locally produced bovine.

다른 예로서, 상기 INRA30에 특이적인 PCR 반응을 수행하여 얻어진 증폭산물에서 169bp 크기의 증폭산물이 검출되는 경우 상기 재래종 소를 제주흑우라고 식별할 수 있고; 상기 UMN0905에 특이적인 PCR 반응을 수행하여 얻어진 증폭산물에서 159 및 163bp 크기의 증폭산물이 검출되거나 또는 UMN0929에 특이적인 PCR 반응을 수행하여 얻어진 증폭산물에서 195bp 크기의 증폭산물이 검출되는 경우 상기 재래종 소를 한우라고 식별할 수 있으며; UMN0929에 특이적인 PCR 반응을 수행하여 얻어진 증폭산물에서 191bp 크기의 증폭산물이 검출되는 경우 상기 재래종 소를 칡소라고 식별할 수 있다.As another example, when an amplification product of 169 bp in size is detected in the amplification product obtained by performing the PCR reaction specific for INRA30, the native bovine can be identified as Jeju black beef; When amplification product of size 159 and 163 bp is detected in the amplification product obtained by carrying out a PCR reaction specific to UMN0905 or amplification product of size 195 bp is detected in the amplification product obtained by performing PCR reaction specific to UMN0929, Can be identified as Hanwoo; If a 191 bp amplification product is detected in the amplification product obtained by carrying out a PCR reaction specific to UMN0929, the native bovine can be identified as Bovine.

따라서, TGLA325 및 UMN0929에 특이적인 PCR 반응을 수행할 경우 재래종 소 중에서 칡소를 보다 효과적으로 식별할 수 있고; TGLA325 및 INRA30에 특이적인 PCR 반응을 수행할 경우 재래종 소 중에서 제주흑우를 보다 효과적으로 식별할 수 있으며; TGLA325, UMN0905 및 UMN0929에 특이적인 PCR 반응을 수행할 경우 재래종 소 중에서 한우를 보다 효과적으로 식별할 수 있다.Thus, PCR-specific PCR reactions for TGLA325 and UMN0929 can more effectively distinguish fungi from native cattle; PCR reactions specific to TGLA325 and INRA30 can more effectively identify Jeju black cattle among native cattle; When PCR reactions specific to TGLA325, UMN0905 and UMN0929 are performed, Hanwoo can be more effectively identified among native species.

본 발명의 4종의 초위성체 마커를 이용하면 재래종 소인 칡소, 제주흑우 또는 한우를 용이하게 식별할 수 있어, 가축유전자원의 체계적이고 과학적인 혈통정립을 통해 농업 및 식량 생산 분야에서 다양하게 활용할 수 있을 것이다.Using the four supersatellite markers of the present invention, it is possible to easily identify native cattle cattle, Jeju black cattle, or Korean cattle, and can be used in a variety of agricultural and food production fields through the systematic and scientific establishment of herd genetic resources There will be.

이하, 하기 실시예들을 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나 이들 실시예들은 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.Hereinafter, the present invention will be described in more detail with reference to the following examples. However, these embodiments are intended to illustrate the present invention, and the scope of the present invention is not limited to these embodiments.

실시예Example 1: 재래종 소 식별용  1: For identification of domestic cattle 초위성체Super satellites 마커의Marker 선별 및  Screening and 초위성체Super satellites 마커Marker 증폭용 프라이머의 제작 Production of amplification primer

주요 재래종 소인 칡소, 한우 또는 제주흑우를 식별하는데 사용될 수 있는 초위성체마커로서 INRA30(DXS8), TGLA325(DXYS3), UMN0905 및 UMN0929를 선발하고, 이들 초위성체마커를 증폭시킬 수 있는 하기의 프라이머 염기쌍을 제작하였다(표 1). 이때, 제작된 각 프라이머 염기쌍의 한가지 서열에 형광물질인 FAM으로 표지하였다.INRA30 (DXS8), TGLA325 (DXYS3), UMN0905 and UMN0929 were selected as supersatellite markers that can be used to identify major native cattle beef cattle, Korean beef cattle or Jeju beef cattle, and the following primer base pairs (Table 1). At this time, one sequence of each prepared primer base pair was labeled with a fluorescent substance FAM.

재래종 소 식별용 초위성체 마커 특이적 프라이머 염기쌍Supersatellite marker-specific primer base pair for identification of native species 좌위(locus)Locus 프라이머서열(F:정방향 프라이머,
R:역방향 프라이머)
Primer sequence (F: forward primer,
R: Reverse primer)
표지형광물질(fluorescent tag)A fluorescent tag (fluorescent tag) 반복서열
형태
(type of repeat)
Repeating sequence
shape
(type of repeat)
초위성체
좌위의
크기
범위
(size range of loci, bp)
Super satellites
Left-handed
size
range
(size range of loci, bp)
PCR 수행시 결합온도
(anneal Temperature, ℃)
The binding temperature
(Anneal Temperature, ° C)
INRA30 (DXS8)INRA30 (DXS8) F:5′-ATGCAAATGTGCTACATCACCTAT-3′
(서열번호 1)
R:5′-TGGCCCAACTCTCACATCCAGATC-3′
(서열번호 2)
F: 5'-ATGCAAATGTGCTACATCACCTAT-3 '
(SEQ ID NO: 1)
R: 5'-TGGCCCAACTCTCACATCCAGATC-3 '
(SEQ ID NO: 2)
FAMFAM (TG)13 (TG) 13 163-169163-169 6060
TGLA325 (DXYS3)TGLA325 (DXYS3) F:5′-GGGCACTTTACTCTCTGAACAAATC-3′
(서열번호 3)
R:5′-GCTGACAGTCTATTTCCAGAAGGTA-3′
(서열번호 4)
F: 5'-GGGCACTTTACTCTCTGAACAAATC-3 '
(SEQ ID NO: 3)
R: 5'-GCTGACAGTCTATTTCCAGAAGGTA-3 '
(SEQ ID NO: 4)
FAMFAM (CA)17 (CA) 17 98-12298-122 5656
UMN0905UMN0905 F:5′-ATCAACCGTGGTAGCTCTAA-3′
(서열번호 5)
R:5′-CTAGAATGTAAACCAGCTGC-3′
(서열번호 6)
F: 5'-ATCAACCGTGGTAGCTCTAA-3 '
(SEQ ID NO: 5)
R: 5'-CTAGAATGTAAACCAGCTGC-3 '
(SEQ ID NO: 6)
FAMFAM (CA)16 (CA) 16 159-169159-169 6161
UMN0929UMN0929 F:5′-ACCAGCTGATACACAAGTGC-3′
(서열번호 7)
R:5′-GGTCAGAGAATGAAACAGAG-3′
(서열번호 8)
F: 5'-ACCAGCTGATACACAAGTGC-3 '
(SEQ ID NO: 7)
R: 5'-GGTCAGAGAATGAAACAGAG-3 '
(SEQ ID NO: 8)
FAMFAM (CA)19 (CA) 19 175-201175-201 6161

실시예Example 2: 재래종 소의 게놈 DNA를 이용한  2: Genomic DNA of native bovine 초위성체Super satellites 마커의Marker 분석 analysis

먼저, 칡소 60두, 한우 25두 또는 제주흑우 47두로 총 132두로부터 혈액을 수득하였고, 수득된 혈액으로부터 게놈 DNA 추출 키트를 이용하여 게놈 DNA를 분리하였다. First, blood was obtained from a total of 132 dogs, 60 dogs, 25 dogs, or 47 cattle dogs, and genomic DNA was isolated from the obtained blood using a genomic DNA extraction kit.

다음으로, 상기 수득한 각각의 게놈 DNA를 주형으로 하고, 상기 실시예 1에서 제작한 각각의 프라이머를 사용한 PCR 증폭을 수행하여 각각의 증폭된 DNA 단편을 수득하였다. 상기 수득한 DNA 단편을 자동 염기서열 분석 장치(Applied Biosystems, USA)에 적용하고, 그 결과를 GeneMapper version 4.0(Applied Biosystems, USA) 및 Genotyper software를 사용하여 분석하였다(표 2).Next, using the genomic DNAs obtained above as templates, PCR amplification was carried out using the respective primers prepared in Example 1 to obtain respective amplified DNA fragments. The DNA fragment thus obtained was applied to an automatic sequencer (Applied Biosystems, USA), and the results were analyzed using GeneMapper version 4.0 (Applied Biosystems, USA) and Genotyper software (Table 2).

초위성체 마커별 증폭산물의 크기(bp) 및 대립 유전자의 수(Bp) and the number of alleles 초위성체
마커
Super satellites
Marker
칡소The 제주흑우Jeju Black Sheep 한우Hanwoo
대립유전자 단편의 크기(bp)Size of allele fragment (bp) 특이적 대립유전자 단편의 크기(bp)The size of the specific allele gene fragment (bp) 대립유전자 단편의 크기(bp)Size of allele fragment (bp) 특이적 대립유전자 단편의 크기(bp)The size of the specific allele gene fragment (bp) 대립유전자 단편의 크기(bp)Size of allele fragment (bp) 특이적 대립유전자 단편의 크기(bp)The size of the specific allele gene fragment (bp) INRA30INRA30 163, 165, 167163, 165, 167 165, 167165, 167 169169 163, 165, 167163, 165, 167 TGLA325TGLA325 98, 100, 104, 116, 12098, 100, 104, 116, 120 106, 112, 122106, 112, 122 98, 100, 104, 116, 12098, 100, 104, 116, 120 102, 118102, 118 98, 100, 104, 12098, 100, 104, 120 110110 UMN0905UMN0905 161, 165, 167, 169161, 165, 167, 169 161, 165, 167, 169161, 165, 167, 169 161, 165, 167, 169161, 165, 167, 169 159, 163159, 163 UMN0929UMN0929 175, 177, 181, 187, 189, 193, 197, 201175, 177, 181, 187, 189, 193, 197, 201 191191 175, 177, 187, 189, 193, 197, 201175, 177, 187, 189, 193, 197, 201 175, 177, 181, 187, 193, 197175, 177, 181, 187, 193, 197 195195

상기 표 2에서 보듯이, INRA30를 대상으로 증폭되는 대립유전자 단편의 크기는 163 내지 169bp를 나타내고, TGLA325를 대상으로 증폭되는 대립유전자 단편의 크기는 98 내지 120bp를 나타내며, UMN0905를 대상으로 증폭되는 대립유전자 단편의 크기는 161 내지 169bp를 나타내고, UMN0929를 대상으로 증폭되는 대립유전자 단편의 크기는 175 내지 201bp를 나타냄을 확인하였다.As shown in Table 2, the size of the allele gene fragment amplified with INRA30 is 163 to 169 bp, the size of the allele gene amplified with TGLA325 is 98 to 120 bp, The size of the gene fragment was 161 to 169 bp and the size of the allele gene amplified in UMN0929 was 175 to 201 bp.

또한, 초위성체 마커에 따라 특이적으로 증폭되는 대립유전자의 수는 칡소의 경우 3(INRA30) 내지 9개(UMN0929) 이고, 제주흑우의 경우 3(INRA30) 내지 7개(TGLA325, UMN0929) 이며, 한우의 경우 3(INRA30) 내지 7개(UMN0929)개 임을 확인하였다. 또한, 하나의 재래종 소에서 특이적으로 증폭되는 초위성체 마커의 대립유전자 수는 칡소의 경우 4개 이고, 제주흑우의 경우 3개이며, 한우의 경우 4개임을 확인하였다.In addition, the number of alleles specifically amplified according to the supersatellite marker is 3 (INRA30) to 9 (UMN0929) in the case of beef cattle, and 3 (INRA30) to 7 (TGLA325, UMN0929) In case of Hanwoo, 3 (INRA30) to 7 (UMN0929) were confirmed. In addition, the number of alleles of the supersatellite markers amplified specifically in one native cattle was 4 in the case of cattle, 3 in cattle of Jeju, and 4 in case of Hanwoo.

특히, 상기 3종의 재래종 소를 식별함에 있어서, TGLA325는 3종의 재래종 소에서 각각 다른 갯수의 대립유전자 단편이 증폭되고(칡소 8개, 제주흑우 7개, 한우 5개), 특이적 대립유전자 단편의 수 역시 상이하므로(칡소 3개, 제주흑우 2개, 한우 1개), 상기 TGLA325가 가장 중요한 초위성체 마커임을 알 수 있었다.In particular, in identifying the three species, TGLA325 amplifies a different number of allele fragments in each of three species of native species (8 females, 7 black females and 5 Korean females), a specific allele Since the number of fragments was also different (3, 3, 4, 6, and 1, respectively), the TGLA325 was the most important supersatellite marker.

따라서, 상기 4종의 초위성체 마커에서 증폭되는 전체 대립유전자의 수, 증폭되는 대립유전자의 크기, 각 마커별로 특이적으로 증폭되는 대립유전자의 수 등을 분석함으로써, 재래송 소인 칡소, 제주흑우 또는 한우를 식별할 수 있음을 알 수 있었다. Thus, by analyzing the total number of alleles amplified in the four supersatellite markers, the size of alleles to be amplified, and the number of alleles specifically amplified in each marker, Hanwoo could be identified.

실시예Example 3: 재래종 소의 게놈 DNA를 이용한  3: Genomic DNA of native bovine 초초위성체Supercell 마커의Marker 다양성 지수 분석 Diversity index analysis

상기 실시예 2에서 수득한 각각의 증폭된 DNA 단편을 Cervus version 2.0(version 3.0.3 The University of Edinburgh)에 적용하여, 초위성체 마커의 다양성 지수를 분석하였다(표 3). 이때, 상기 분석에 사용되는 주요 데이터는 대립유전자의 수(number of Allele, NA) 및 시료의 수(number of sample, NS)를 사용하였고, 분석대상인 다양성 지수는 기대 이형접합율(expeted heterozygosity, Hexp), 관측 이형접합율(observed heterozygosity, Hobs) 및 다양성정보지수(Polymorphic Information Content, PIC)를 사용하였다.Each of the amplified DNA fragments obtained in Example 2 was applied to Cervus version 2.0 (version 3.0.3 The University of Edinburgh), and the diversity index of the supersatellite marker was analyzed (Table 3). The number of alleles (N A ) and the number of samples (N S ) were used as the main data used in the analysis. The diversity index to be analyzed was an expired heterozygosity , Hexp), observed heterozygosity (Hobs), and polymorphic information content (PIC).

4종의 초위성체 마커의 재래종 3품종에 대한 기대 및 관측 이형접합율과 다양성정보지수 값Expectation and observed heterozygosity rate and diversity information index for four native varieties of four satellite markers
초위성체마커

Super satellites marker
칡소(Chikso)Chikso 제주 흑우(Jeju Black)Jeju Black 한우(Hanwoo)Hanwoo
NA N A NS N S HobsHobs HexpHexp PICPIC NA N A NS N S HobsHobs HexpHexp PICPIC NA N A NS N S HobsHobs HexpHexp PICPIC INRA30INRA30 33 6060 0.0830.083 0.1120.112 0.1060.106 33 4747 0.1280.128 0.1230.123 0.1180.118 33 2525 0.5600.560 0.5130.513 0.3950.395 TGLA325TGLA325 88 6060 0.8000.800 0.7700.770 0.7290.729 77 4747 0.3190.319 0.3090.309 0.2970.297 55 2525 0.7600.760 0.7570.757 0.6980.698 UMN0905UMN0905 44 6060 0.4330.433 0.6390.639 0.5770.577 44 4747 0.4260.426 0.5750.575 0.4900.490 66 2525 0.3600.360 0.6910.691 0.6230.623 UMN0929UMN0929 99 6060 0.8470.847 0.7910.791 0.7550.755 77 4747 0.7500.750 0.6620.662 0.6030.603 77 2525 0.7600.760 0.7410.741 0.6830.683 평균Average 66 6060 0.5410.541 0.5780.578 0.5420.542 5.35.3 4747 0.4060.406 0.4170.417 0.3770.377 5.35.3 2525 0.6100.610 0.6760.676 0.6000.600

상기 표 3에서 보듯이, 상기 3가지 다양성 지수의 평균값은 한우가 가장 높은 수준을 나타낸 반면, 제주흑우가 가장 낮은 수준을 나타내었으므로, 제주흑우 보다는 칡소와 한우가 상대적으로 높은 수준의 유전적 다양성을 나타냄을 확인하였다.As shown in Table 3, the average value of the three diversity indices is the highest in Korean beef cattle, while the lowest in Jeju beef cattle. Therefore, relatively high genetic diversity Respectively.

본 명세서는 본 발명의 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자이면 충분히 인식하고 유추할 수 있는 내용은 그 상세한 기재를 생략하였으며, 본 명세서에 기재된 구체적인 예시들 이외에 본 발명의 기술적 사상이나 필수적 구성을 변경하지 않는 범위내에서 보다 다양한 변형이 가능하다. 따라서 본 발명은 본 명세서에서 구체적으로 설명하고 예시한 것과 다른 방식으로 실시될 수 있으며, 이는 본 발명의 기술 분야에 통상의 지식을 가진 자이면 이해할 수 있는 사항이다.It is to be understood that both the foregoing general description and the following detailed description of the present invention are exemplary and explanatory and are intended to provide further explanation of the invention as claimed. More variations are possible within a range that does not. Accordingly, the present invention may be embodied in other ways than those specifically described and illustrated herein, and it may be understood by those skilled in the art.

<110> REPUBLIC OF KOREA(MANAGEMENT : RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION) <120> Method for identification of Chikso breed genotype using microsatellite markers <130> KPA160385-KR <160> 8 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 1 atgcaaatgt gctacatcac ctat 24 <210> 2 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 2 tggcccaact ctcacatcca gatc 24 <210> 3 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 3 gggcacttta ctctctgaac aaatc 25 <210> 4 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 4 gctgacagtc tatttccaga aggta 25 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 5 atcaaccgtg gtagctctaa 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 6 ctagaatgta aaccagctgc 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 7 accagctgat acacaagtgc 20 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 8 ggtcagagaa tgaaacagag 20 <110> REPUBLIC OF KOREA (MANAGEMENT: RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION) <120> Method for identification of Chikso breed genotype using          microsatellite markers <130> KPA160385-KR <160> 8 <170> Kopatentin 2.0 <210> 1 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 1 atgcaaatgt gctacatcac ctat 24 <210> 2 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 2 tggcccaact ctcacatcca gatc 24 <210> 3 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 3 gggcacttta ctctctgaac aaatc 25 <210> 4 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 4 gctgacagtc tatttccaga aggta 25 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 5 atcaaccgtg gtagctctaa 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 6 ctagaatgta aaccagctgc 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 7 accagctgat acacaagtgc 20 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 8 ggtcagagaa tgaaacagag 20

Claims (16)

초위성체(microsatellite) 마커인 TGLA325에 특이적인 프라이머를 포함하는, 칡소, 제주흑우 및 한우로 구성된 재래종 소의 품종 중에서 칡소, 제주흑우 및 한우 중 어느 품종인지를 식별하기 위한 조성물.
A composition for discriminating among varieties of domestic cattle consisting of cattle, Jeju black cattle and Korean cattle, which contains a primer specific to TGLA325, which is a microsatellite marker, such as cattle, Jeju black cattle and Korean cattle.
제1항에 있어서,
상기 프라이머는 서열번호 3 및 4의 염기서열로 구성되는 것인, 조성물.
The method according to claim 1,
Wherein the primer comprises the nucleotide sequence of SEQ ID NOS: 3 and 4.
삭제delete 제1항에 있어서,
상기 조성물은 INRA30에 특이적인 프라이머, UMN0905에 특이적인 프라이머, UMN0929에 특이적인 프라이머 및 이들의 조합으로 구성된 군으로 부터 선택되는 프라이머를 추가로 포함하는 것인. 조성물.
The method according to claim 1,
Wherein said composition further comprises a primer selected from the group consisting of a primer specific for INRA30, a primer specific for UMN0905, a primer specific for UMN0929, and combinations thereof. Composition.
제4항에 있어서,
상기 INRA30에 특이적인 프라이머는 서열번호 1 및 2의 염기서열로 구성되고; 상기 UMN0905에 특이적인 프라이머는 서열번호 5 및 6의 염기서열로 구성되며; 상기 UMN0929에 특이적인 프라이머는 서열번호 7 및 8의 염기서열로 구성되는 것인, 조성물.
5. The method of claim 4,
The primers specific for INRA30 are composed of the nucleotide sequences of SEQ ID NOS: 1 and 2; The primers specific for UMN0905 consist of the nucleotide sequences of SEQ ID NOS: 5 and 6; Wherein the primers specific for UMN0929 are comprised of the nucleotide sequences of SEQ ID NOS: 7 and 8.
제1항, 제2항, 제4항 및 제5항 중 어느 한 항의 조성물을 포함하는 재래종 소인 칡소, 제주흑우 및 한우 중 하나를 식별하기 위한 키트.
A kit for identifying one of domestic cattle, cattle, and Korean cattle comprising the composition of any one of claims 1, 2, 4, and 5.
제6항에 있어서,
상기 키트는 PCR 키트인 것인, 키트.
The method according to claim 6,
Wherein the kit is a PCR kit.
(a) 칡소, 제주흑우 및 한우로 구성된 군으로부터 선택되는 재래종 소의 생물학적 시료로부터 게놈 DNA를 수득하는 단계; 및
(b) 상기 수득한 게놈 DNA와 TGLA325에 특이적인 프라이머를 이용하여 PCR 반응을 수행하는 단계를 포함하는, 칡소, 제주흑우 및 한우로 구성된 재래종 소의 품종 중에서 칡소, 제주흑우 및 한우 중 어느 품종인지를 식별하는 방법.
(a) obtaining genomic DNA from a biological sample of native cattle selected from the group consisting of cattle, Jeju cattle and Korean beef; And
(b) carrying out a PCR reaction using the genomic DNA obtained and a primer specific to TGLA325, wherein the strain is selected from the group consisting of Bacillus subtilis, Jeju black beef and Korean beef, How to identify.
제8항에 있어서,
상기 생물학적 시료는 모근, 혈액, 각종 체액, 분리된 조직, 분리된 세포 또는 타액인 것인, 방법.
9. The method of claim 8,
Wherein the biological sample is a hair follicle, blood, various body fluids, isolated tissue, isolated cells or saliva.
제8항에 있어서,
상기 프라이머는 서열번호 3 및 4의 염기서열로 구성되는 것인, 방법.
9. The method of claim 8,
Wherein the primer comprises the nucleotide sequence of SEQ ID NOS: 3 and 4.
제8항에 있어서,
상기 PCR 반응을 수행하여 얻어진 증폭산물의 수가 8개인 경우 상기 재래종 소를 칡소라고 식별하고; 상기 증폭산물의 수가 7개인 경우 상기 재래종 소를 제주흑우라고 식별하며; 상기 증폭산물의 수가 5개인 경우 상기 재래종 소를 한우라고 식별하는 것인, 방법.
9. The method of claim 8,
If the number of amplification products obtained by carrying out the PCR reaction is 8, identify the native species as feline; If the number of amplification products is seven, identify the native cattle as Jeju black cattle; And identifying the native species as Hanwoo when the number of amplification products is five.
제8항에 있어서,
상기 PCR 반응을 수행하여 얻어진 증폭산물에서 106, 112 및 122bp 크기의 증폭산물이 검출되는 경우 상기 재래종 소를 칡소라고 식별하고; 상기 증폭산물에서 102 및 118bp 크기의 증폭산물이 검출되는 경우 상기 재래종 소를 제주흑우라고 식별하며; 상기 증폭산물에서 110bp 크기의 증폭산물이 검출되는 경우 상기 재래종 소를 한우라고 식별하는 것인, 방법.
9. The method of claim 8,
Identifying amplified products of 106, 112 and 122 bp in the amplification products obtained by performing the PCR reaction as follicles; If said amplification products detect amplicons of the size of 102 and 118 bp, identify said native species as Jeju black beef; And identifying said native species as Hanwoo when an amplification product of 110 bp in size is detected in said amplification product.
제8항에 있어서,
INRA30에 특이적인 프라이머, UMN0905에 특이적인 프라이머 또는 UMN0929에 특이적인 프라이머를 단독으로 또는 조합하여 사용하여 PCR 반응을 수행하는 단계를 추가로 포함하는 것인, 방법.
9. The method of claim 8,
Further comprising the step of performing the PCR reaction using primers specific for INRA30, primers specific for UMN0905, or primers specific for UMN0929, alone or in combination.
제13항에 있어서,
상기 INRA30에 특이적인 프라이머는 서열번호 1 및 2의 염기서열로 구성되고; 상기 UMN0905에 특이적인 프라이머는 서열번호 5 및 6의 염기서열로 구성되며; 상기 UMN0929에 특이적인 프라이머는 서열번호 7 및 8의 염기서열로 구성되는 것인, 방법.
14. The method of claim 13,
The primers specific for INRA30 are composed of the nucleotide sequences of SEQ ID NOS: 1 and 2; The primers specific for UMN0905 consist of the nucleotide sequences of SEQ ID NOS: 5 and 6; Wherein the primers specific for UMN0929 are comprised of the nucleotide sequences of SEQ ID NOS: 7 and 8.
제13항에 있어서,
상기 UMN0905에 특이적인 프라이머를 사용하여 수행한 PCR로 부터 얻어진 증폭산물의 수가 6개인 경우 상기 재래종 소를 한우라고 식별하고; 상기 UMN0929에 특이적인 프라이머를 사용하여 수행한 PCR로 부터 얻어진 증폭산물의 수가 9개인 경우 상기 재래종 소를 칡소라고 식별하는 것인, 방법.
14. The method of claim 13,
If the number of amplification products obtained from the PCR performed using the primer specific to UMN0905 is 6, the locus is identified as Hanwoo; Wherein said native species is identified as feline when the number of amplification products obtained from the PCR performed using the primer specific for UMN0929 is nine.
제13항에 있어서,
상기 INRA30에 특이적인 프라이머를 사용하여 수행한 PCR로 부터 얻어진 증폭산물에서 169bp 크기의 증폭산물이 검출되는 경우 상기 재래종 소를 제주흑우라고 식별하고; 상기 UMN0905에 특이적인 프라이머를 사용하여 수행한 PCR로 부터 얻어진 증폭산물에서 159 및 163bp 크기의 증폭산물이 검출되거나 또는 UMN0929에 특이적인 프라이머를 사용하여 수행한 PCR로 부터 얻어진 증폭산물에서 195bp 크기의 증폭산물이 검출되는 경우 상기 재래종 소를 한우라고 식별하며; UMN0929에 특이적인 프라이머를 사용하여 수행한 PCR로 부터 얻어진 증폭산물에서 191bp 크기의 증폭산물이 검출되는 경우 상기 재래종 소를 칡소라고 식별하는 것인, 방법.

14. The method of claim 13,
If the 169 bp amplification product is detected in the amplification product obtained by the PCR performed using the INRA30-specific primer, the native bovine is identified as Jeju black beef; In the amplification product obtained from PCR performed using the primer specific to UMN0905, amplification products of 159 and 163 bp in size were detected or PCR products were carried out using primers specific for UMN0929, amplification of 195 bp in size Identifies the native cattle as cow when the product is detected; Wherein said native bovine is identified as a null when an amplification product of 191 bp in size is detected in an amplification product obtained from a PCR carried out using a primer specific for UMN0929.

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* Cited by examiner, † Cited by third party
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WO1992013102A1 (en) 1991-01-15 1992-08-06 Genmark Polymorphic dna markers in bovidae

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Mammalian Genome, vol.13, pp.320-326 (2002)
서주희, 한경대학교 동물생명환경과학과 석사학위논문 (2014.08)

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