KR101701105B1 - Genetic marker for discriminating plumage color of Korean native duck and uses thereof - Google Patents

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Abstract

The present invention relates to a genetic marker for distinguishing coat colors of Korean native duck, and to a use thereof. By using the molecular marker developed to distinguish coat colors of Korean native duck, it is possible to provide genetic information associated with coat color traits of the duck, thereby enabling an examination of first filial generation, variety protection, and variety discrimination of duck in an efficient way. Furthermore, a variety which ensures enhanced user preference can be developed by changing the coat colors, and varieties can be improved through manipulation of coat color traits of Korean native duck as well. To this end, the genetic marker includes: a polynucleotide or a complementary polynucleotide thereof, made up of at least 8 consecutive nucleotides including a single nucleotide polymorphism (SNP) at the 726^th base in base sequences of a dopachrome tautomerase (DCT) gene consisting of base sequences represented by sequence number 1; and a polynucleotide or a complementary polynucleotide thereof, made up of at least 8 consecutive nucleotides including an insertion-deletion (InDel) mutation at the 82^nd to 85^th base in intron 4 in the DCT gene consisting of base sequences represented by sequence number 2.

Description

한국 토종오리의 피모색 구분을 위한 유전자 마커 및 이의 용도{Genetic marker for discriminating plumage color of Korean native duck and uses thereof}Genetic markers for discrimination of native ducks of Korean native ducks and their uses (Discrimination of genetic markers for Korean native ducks and uses thereof)

본 발명은 한국 토종오리의 피모색 구분을 위한 유전자 마커 및 이의 용도에 관한 것이다.The present invention relates to a genetic marker and a use thereof for color classification of Korean native ducks.

가축의 육종과 생산에 있어서 피모색은 주요한 경제형질 중에 하나라고 볼 수 있다. 일반적인 야생동물의 경우 생태계에서 생존하기 위해서 대부분 다양한 색상의 피모색을 가지는 경우가 많고 백색 피모색을 가진 개체는 포식자에게 발견되기 쉽고 사냥을 하는 측면에서도 불리한 측면이 많아 도태되는 경향이 있다. 하지만 가축의 개량에 있어서 백색 피모색은 식육의 가공과정에 상당한 이점을 가지고 있는데, 도축한 식육의 외관에 색소침착 등의 흔적이 남지 않고 가공과정에 있어서도 색소침착이 없는 식육은 다양한 제품으로 변화가 가능하기 때문에 경제적으로 매우 중요한 형질이라고 볼 수 있다. 따라서 가금뿐만 아니라 가축의 육종에 있어서 피모색과 관련된 후보유전자를 탐색하고 이 유전자의 표현형이 유전되는 양상을 확인하는 일은 매우 중요한 의미를 가진다.Uncertainty in breeding and production of livestock can be considered as one of the major economic traits. In general, wild animals generally have various colors of color in order to survive in the ecosystem. Individuals with white picolor tend to be found by predators and tend to be disadvantaged in terms of hunting. However, in the improvement of livestock, white picolour has a considerable advantage in the processing of meat, and there is no trace of pigmentation on the appearance of slaughtered meat. This is an economically important trait because it is possible. Therefore, it is very important to search the candidate genes related to the coloring in the breeding of livestock as well as to the poultry, and to confirm the phenotype of this gene.

이러한 피모색에 직접적으로 영향을 줄 수 있는 요인은 색소 침착에 주요한 영향을 미치는 멜라닌(Melanin)이 있는데, 멜라닌의 복잡한 합성경로와 조절작용이 다양한 피모색의 표현형에 영향을 주기 때문에 멜라닌의 기능에 영향을 주는 후보 유전자연구는 다양한 품종에서 지속적으로 연구되어왔다. 멜라닌은 황색의 침착에 관여하는 페오멜라닌(pheomelanin)과 흑색 및 갈색의 침착에 관여하는 유멜라닌(eumelanin)이 서로 복잡한 상호작용으로 다양한 피모색을 만들어 내는 것으로 알려져 있다. 따라서 이러한 멜라닌 생성반응(melanogenesis)에 영향을 줄 수 있는 다양한 유전자의 유전적 변이를 찾고 유전적 변이와 표현형과의 연관성을 밝히면 가축의 개량에 큰 영향을 줄 수 있고 경제적 가치를 높이는 데 활용될 수 있다.One of the factors that directly affect this coloration is melanin, which has a major influence on pigmentation. Because the complex synthesis pathway and the regulating action of melanin affect the phenotype of various colors, the function of melanin Affected gene studies have been studied extensively in a variety of varieties. It is known that melanin produces various colors due to complex interactions between pheomelanin, which is involved in yellow deposition, and eumelanin, which is involved in deposition of black and brown. Thus, identifying genetic variants of various genes that may affect melanogenesis and revealing genetic variation and phenotypic relationships can have a significant impact on livestock improvement and can be used to increase economic value. have.

멜라닌 생성반응에 관여하는 유전자 중에서 관련성이 보고되고 있는 유전자로는 ASIP(Agouti signaling protein), MC1R(Melanocortin 1 receptor), MITF(Microphthalmia-associated transcription factor), DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자 등이 있다. ASIP 유전자는 유멜라닌 대신 페오멜라닌의 합성을 위해 분비 신호 분자를 인코딩한다. 더불어, ASIP 유전자는 중추신경계에서 멜라노코르틴(melanocortin) 시스템의 내인성 대립 및 주변 시스템에 관여하여 멜라닌 생성을 조절하는 역할을 한다. MC1R 유전자는 다양한 척추동물의 색소침착에 영향을 주는 유전자로 잘 알려져 있다. MITF 유전자는 염색과정에서 중요한 역할을 하는 Tyr(Tyrosinase) 패밀리 유전자로, 색소침착에 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있다. MITF 유전자는 개와 소의 색소침착의 손실 및 하향-조절(down-regulating)의 결과로 패턴과 백반 등을 만드는 것으로 보고되기도 하였다. 이 유전자의 발현이 Scf-Kit 시그널의 조절로 Tyr 유전자의 전사를 활성화할 수 있다. Chang 등(2006, BMC Genomics; 7-19)은 닭의 열성 흰색 대립 유전자의 원인 변이가 Tyr 유전자의 인트론 4가 레트로바이러스 서열의 삽입결과로 생성된 것으로 확인한 바 있다. Tyr 패밀리는 TYR(tyrosinase), TYRP1(tyrosinase-related protein-1) 및 DCT(TYRP2라고도 칭함) 유전자를 포함하며 이들은 피모색 관련 주요 유전자로 알려져 있다. DCT 효소는 멜라닌 세포에서 멜라닌 생합성 과정인 도파크롬(Dopachrome)에서 DHICA(5,6,dihydroxyindole-2-carboxylic acid)로 변환시키는데 기능한다. Among the genes involved in the melanin production, genes that are reported to be related include ASIP (Agouti signaling protein), MC1R (Melanocortin 1 receptor), MITF (Microphthalmia-associated transcription factor) and DCT (Dopachrome tautomerase) genes. The ASIP gene encodes secretory signaling molecules for the synthesis of peromelanin instead of eumelanin. In addition, the ASIP gene plays a role in regulating melanogenesis in the central nervous system by participating in the endogenous confluence and peripheral systems of the melanocortin system. The MC1R gene is well known as a gene that affects the pigmentation of various vertebrates. The MITF gene is a Tyr (Tyrosinase) family gene that plays an important role in the staining process and is known to play an important role in pigmentation. The MITF gene has also been reported to produce patterns and albumin as a result of loss and down-regulating of pigmentation in dogs and cows. Expression of this gene can activate transcription of Tyr gene by regulation of Scf-Kit signal. Chang et al. (2006, BMC Genomics, 7-19) have identified that the causative mutation of the recessive white allele of chicken is the result of insertion of the intron 4 of the Tyr gene as a retroviral sequence. The Tyr family includes TYR (tyrosinase), TYRP1 (tyrosinase-related protein-1) and DCT (also referred to as TYRP2) genes. DCT enzyme functions to convert melanin biosynthesis process from melanocyte, Dopachrome to DHICA (5,6, dihydroxyindole-2-carboxylic acid).

한편, 최근의 분자 유전학 기법의 발달은 DNA 수준에서의 유전병이나 가축의 특정 형질과 연관되어 있는 유전자 마커(genetic marker)의 개발이 가능한 방향으로 발달되어 왔다. DNA의 다형성은 중요한 경제형질을 결정하는 주요유전자와 양적형질좌위(QTL; quantitative trait loci)에 의한 마커 개발을 가능하게 하며, 연관 분석(linkage analysis), 유전자 지도(genetic map), 친자 감별(parentage testing), 품종간의 구별(distinction of breeds), 가계도 분석(pedigree analysis), 유전적 다양성(divergence) 및 관련성(relationship) 등을 분석할 수 있는 강력한 도구로서 이용되어 왔다. 특히 가축의 유전 및 육종학 분야에서는 DNA 의 다형성에 기초한 유전자 마커를 통한 도움 선발(MAS, marker assisted selection)에 활용되고 있다.On the other hand, recent advances in molecular genetic techniques have led to the development of genetic markers that are associated with genetic diseases at the DNA level or with certain traits of livestock. DNA polymorphisms enable the development of markers by major genes and quantitative trait loci (QTL) that determine important economic traits and include linkage analysis, genetic maps, parentage testing has been used as a powerful tool to analyze distinction of breeds, pedigree analysis, genetic diversity and relationship. Especially in the field of genetic and breeding of livestock, it is used for marker assisted selection (MAS) through genetic markers based on DNA polymorphism.

가축에 있어서 대부분의 경제형질들은 다양한 유전자의 영향을 통해 나타나는 양적형질로 알려져 있으며 이러한 형질에 관여하는 원인 유전자 발굴 및 유전적 위치를 탐색하는 연구가 활발히 진행되고 있다. 특히 형질관련 유전자 마커 발굴을 위하여 기능 유전자를 대상으로 단일염기다형성(SNP; single nucleotide polymor phism) 발굴 및 형질 관련성 연구가 활발히 진행되고 있으며, 현재까지 다양한 형질관련 SNP들이 발굴되었다. 그러나 지금까지 토종오리의 유전적 정보를 확인한 연구는 전무한 상태이며, 특히 개체 식별 및 품종 식별에 활용할 수 있는 마커의 개발에 대한 연구도 미미한 실정이다. 따라서 토종오리의 품종 육종을 위한 기간 단축과 품종을 정확히 구별하기 위한 유전자 마커 개발이 요구되고 있다.Most economic traits in livestock are known to be quantitative traits due to the influence of various genes, and studies are being actively conducted to search for genetic loci and genetic loci involved in these traits. Especially, in order to discover the gene related to the trait, a single nucleotide polymorphism (SNP) and trait related researches have been actively carried out on functional genes. Various trait related SNPs have been discovered to date. However, there have been no studies to confirm the genetic information of native ducks until now, and research on the development of markers that can be used to identify individuals and identify varieties has been limited. Therefore, it is required to shorten the period for breeding of native ducks and to develop genetic markers to accurately distinguish cultivars.

한국등록특허 제1538052호에서는 'TYRP1 유전자 내의 단일염기다형성 마커를 이용한 닭의 품종 판별방법'이 개시되어 있고, 한국등록특허 제1450792호에서는 '돼지의 흑모색 판단용 SNP 마커 및 이의 용도'가 개시되어 있으나, 본 발명에서와 같이 한국 토종오리의 피모색 구분을 위한 유전자 마커 및 이의 용도에 대해서는 밝혀진 바가 없다.Korean Patent No. 1538052 discloses a method for distinguishing breeds of chickens using a single nucleotide polymorphism marker in the TYRP1 gene and Korean Patent No. 1450792 discloses a SNP marker for judging the black staining of pigs and its use However, as in the present invention, the genetic markers for distinguishing the native ducks of Korean native ducks and their uses have not been disclosed.

본 발명은 상기와 같은 요구에 의해 도출된 것으로서, 본 발명에서는 유색(청둥오리색 또는 흑색) 피모색의 한국 토종오리와 백색 피모색의 실용오리 간에 멜라닌 생합성에 관여하는 DCT 유전자 변이를 확인하고, 그 중 한국 토종오리의 피모색 형질을 구별할 수 있는 2종의 유전자 변이 마커를 확인함으로써 본 발명을 완성하였다.The present invention has been made in view of the above needs, and it is an object of the present invention to confirm the DCT gene mutation involved in melanin biosynthesis between Korean native ducks of colored (Mallard or black) Among them, the present invention has been completed by identifying two kinds of gene mutation markers capable of discriminating the coloring traits of Korean native ducks.

상기 과제를 해결하기 위해, 본 발명은 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 염기서열에서 726번째 염기에 위치한 SNP(single nucleotide polymorphism)를 포함하는 8개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 또는 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 인트론 4에서 82번째 내지 85번째 염기에 위치한 인델(InDel) 변이를 포함하는 8개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드;를 포함하는, 오리의 피모색 판별용 유전자 마커를 제공한다.In order to solve the above-described problems, the present invention provides a polynucleotide comprising a nucleotide sequence of DCT (Dopachrome tautomerase) comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 and consisting of 8 or more consecutive nucleotides comprising a single nucleotide polymorphism (SNP) Polynucleotides or complementary polynucleotides thereof; Or a polynucleotide consisting of 8 or more consecutive nucleotides comprising an InDel mutation located in the 82nd to 85th bases in intron 4 of the DCT (Dopachrome tautomerase) gene consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 or a complementary poly A nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1;

또한, 본 발명은 상기 오리의 백색 피모색 판별용 유전자 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 오리의 피모색 판별용 유전자 마커 조성물을 제공한다.The present invention also provides a genetic marker composition for discriminating the color of ducks from ducks, comprising a preparation capable of detecting or amplifying a gene marker for distinguishing white ducks from ducks.

또한, 본 발명은 상기 오리의 피모색 판별용 유전자 마커를 증폭하기 위한 오리의 피모색 판별용 프라이머 세트를 제공한다.The present invention also provides a primer set for discriminating the color of a duck for amplifying a genetic marker for discriminating the color of the duck.

또한, 본 발명은 상기 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 오리의 피모색 판별용 키트를 제공한다.Further, the present invention provides a primer set comprising: the primer set; And a reagent for carrying out an amplification reaction.

또한, 본 발명은 오리 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;In addition, the present invention provides a method for isolating genomic DNA comprising the steps of: isolating genomic DNA from a duck sample;

상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의의 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및Amplifying the target sequence by using the separated genomic DNA as a template and carrying out an amplification reaction using the primer set of the present invention; And

상기 증폭 산물에서 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 염기서열에서 726번째 염기에 위치한 SNP(single nucleotide polymorphism); 또는 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 인트론 4에서 82번째 내지 85번째 염기에 위치한 인델(InDel) 변이 부위의 유전자형을 확인하는 단계를 포함하는, 오리의 피모색을 판별하는 방법을 제공한다.A single nucleotide polymorphism (SNP) located at the 726th base in the base sequence of the DCT (Dopachrome tautomerase) gene comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 in the above amplification product; Or confirming the genotype of the InDel mutation site located in the 82nd to 85th bases in the intron 4 of the DCT (Dopachrome tautomerase) gene consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 ≪ / RTI >

본 발명에 따른 DCT 유전자 변이 마커는 오리의 피모색 형질과 연관된 유전 정보를 제공함으로써 오리의 효율적인 품종식별, 품종보호 및 1대 잡종의 검정이 가능하고, 피모색의 변화로 소비자의 기호도를 증진시킬 수 있는 품종 개발이 가능할 뿐만 아니라 한국 토종오리의 피모색 형질 조절을 통한 종 개량에 활용할 수 있을 것으로 기대된다.The DCT gene mutation marker according to the present invention provides genetic information related to the color of the duck, thereby enabling efficient identification of the duck, protection of the variety, and testing of one hybrid, and improvement of the consumer's preference by changing the color of the duck It is expected that it will be possible to develop varieties that can be cultivated in Korea,

도 1은 각기 다른 유전자형을 가지는 오리 시료에서 세 피모색 관련 유전자(DCT , MITF , MC1R) 내 변이 영역의 PCR-RFLP 유전자형 분석 결과이다. 전기영동 사진 상단 부분의 M(마커) 우측은 해당 유전자 내 변이 영역의 유전자형을 나타낸다.FIG. 1 shows PCR-RFLP genotyping results of the mutation regions in the three-coloring-related genes ( DCT , MITF , and MC1R ) in duck samples having different genotypes. The right side of the M (marker) at the top of the electrophoresis image shows the genotype of the mutation region in the gene.

본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 염기서열에서 726번째 염기에 위치한 SNP(single nucleotide polymorphism)를 포함하는 8개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 또는 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 인트론 4에서 82번째 내지 85번째 염기에 위치한 인델(InDel) 변이를 포함하는 8개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드;를 포함하는, 오리의 피모색 판별용 유전자 마커를 제공한다.In order to accomplish the object of the present invention, the present invention provides a DNA sequence encoding a DNA sequence comprising a nucleotide sequence of DCT (Dopachrome tautomerase) consisting of 8 or more consecutive nucleotides (SNPs) ≪ / RTI > or a complementary polynucleotide thereof; Or a polynucleotide consisting of 8 or more consecutive nucleotides comprising an InDel mutation located in the 82nd to 85th bases in intron 4 of the DCT (Dopachrome tautomerase) gene consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 or a complementary poly A nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1;

본 발명에서 용어,“마커(marker)”는 유전적으로 불특정 연관된 유전자좌를 동정할 때 참고점으로 사용되는 염기서열을 의미한다.In the present invention, the term " marker " refers to a base sequence used as a reference point when identifying genetically unrelated loci.

본 발명에서 용어, “변이 영역”은 유전자 또는 염색체의 변화가 일어난 곳을 의미하며, 본 발명에서는 DMB(Dense mutation block)로 혼용하기도 한다. 즉, 품종간의 유전자의 차이가 존재하는 영역을 의미할 수 있고, 본 발명에서는 단일염기변이(SNV)가 밀집한 영역을 의미할 수 있다. 보다 구체적으로, 본 발명에서는 표준유전체 유전체 정보와 차이를 보이는 단일염기변이(SNV) 수가 10kb 당 4개 이상일 때 이를 변이 영역이라 규정한다.In the present invention, the term " mutation region " means a place where a change of a gene or a chromosome occurs, and in the present invention, it may be mixed with a Dense mutation block (DMB). That is, it may mean a region where there is a difference in gene between cultivars. In the present invention, it may mean a region where SNVs are dense. More specifically, the present invention defines mutation regions when the number of single base mutations (SNVs) that differ from standard dielectric genome information is four or more per 10 kb.

본 발명에서 용어, "SNP(single nucleotide polymorphism)"는 단일 염기에서의 다형성(polymorphism)을 의미한다. 즉, 어느 집단에 있어 전체 게놈에 있는 일부 염기가 염색체마다 다른 경우가 존재하는 것을 말하며, 통상적으로 SNP는 300 내지 1000개의 염기에 하나 정도 존재하는 것으로 알려져 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.In the present invention, the term "single nucleotide polymorphism " (SNP) means a polymorphism in a single base. That is, in some groups, some bases in the entire genome are different from each other in chromosomes. Normally, SNP exists in about 300 to 1000 bases, but is not limited thereto.

본 발명에서 사용된 용어 SNP 위치에서의 "동형접합 유전자형 (homozygotic genotype)" 이란 SNP 변이 위치에 해당하는 상동 염색체(homologous chromosome) 상의 대립형 염기(allelic base)가 서로 동일한 염기인 경우를 의미하며, SNP 변이 위치에서의 "이형접합 유전자형(heterozygotic genotype)" 란 SNP 변이 위치에 해당하는 상동 염색체상의 대립형 염기가 서로 다른 염기인 경우를 의미한다.As used herein, the term "homozygotic genotype " at the SNP position means a case where allelic bases on the homologous chromosome corresponding to the SNP mutation position are the same base, The term " heterozygotic genotype "at the SNP mutation position means that the homologous base on the homologous chromosome corresponding to the SNP mutation position is a different base.

본 발명의 SNP 마커를 오리의 피모색 판별에 사용할 수 있는 것은 오리의 DCT 유전자인 서열번호 1로 표시되는 유전자의 염기서열의 SNP 변이 위치인 726번째 염기가 C 또는 T로 다르게 나타나는 것에 근거한 것이다. 예를 들어, 서열번호 1의 726번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP는 C 또는 T로 염기 다형성을 나타내는데, 이 SNP에서 C/T 이형접합 유전자형을 갖는 경우은 유색 피모색을 갖는 한국 토종오리로, T/T 동형접합 유전자형을 갖는 경우는 백색 피모색을 갖는 오리로 판단할 수 있다.The SNP marker of the present invention can be used for discriminating the color of ducks based on the fact that the 726th base at the SNP mutation position of the nucleotide sequence of the gene represented by SEQ ID NO: 1, which is the DCT gene of duck, is different from C or T. For example, the SNP corresponding to the 726th nucleotide of SEQ ID NO: 1 indicates a base polymorphism with C or T. In the case of a SNP having the C / T dicotyledon junction type, it is a Korean native duck having a colored pigment, When a homozygous genotype is present, it can be judged as a duck having a white color.

본 발명에서 용어, “인델(InDel)”는 DNA의 염기배열에서 일부 염기가 중간에 삽입되거나(insertion) 결실된(deletion) 변이를 총칭한다. 상기 인델(InDel) 마커는 표준유전체와 실험에 사용된 품종의 유전체 정보를 비교 분석하는 방법을 통해 표준유전체보다 삽입(insertion) 또는 결실(deletion)된 영역을 탐색하고 그 정보를 바탕으로 프라이머를 제작한다. 따라서 그 증폭 결과는 표준유전체와 비교하여 밴드 크기가 큰 경우(insertion)와 작은 경우(deletion)의 두 종류 타입을 나타낼 수 있다. The term " InDel " in the present invention refers to a mutation in which some bases are inserted or deleted in the base sequence of DNA. The InDel marker searches for insertion or deletion regions of the standard genome by comparing and analyzing the genomic information of the genotypes used in the experiment and the genome of the experiment, and generates a primer based on the information do. Therefore, the amplification result can show two types of insertion and deletion in comparison with the standard genome.

본 발명의 인델 마커를 오리의 피모색 판별에 사용할 수 있는 것은 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 DCT 유전자의 인트론 4에서 82번째 내지 85번째 염기에 위치한 AATC 염기가 삽입되거나 결실되는 것에 근거한 것이다. 참고로, 서열번호 2의 염기서열은 DCT 유전자 전체가 아닌 DCT 유전자의 인트론 4에 해당하는 서열이다. 예를 들어, 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 DCT 유전자의 인트론 4에서 82번째 내지 85번째 염기가 결실(deletion)된 유전자형인 경우에 유색 피모색 오리로, 82번째 내지 85번째 염기에 위치한 AATC 염기가 삽입(insertion)된 유전자형인 경우에 백색 피모색 오리로 판단할 수 있다.The indel marker of the present invention can be used for discriminating the color of ducks based on the insertion or deletion of the AATC base located at the 82nd to 85th bases in intron 4 of the DCT gene consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: For reference, the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 is a sequence corresponding to intron 4 of the DCT gene, not the entire DCT gene. For example, when the 82nd to 85th bases in the intron 4 of the DCT gene consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 are genotypes deleted from the nucleotide sequence, an AATC base located at 82nd to 85th bases Can be judged to be a white unpigmented duck when the genotype is an inserted genotype.

또한, 본 발명은 상기 오리의 백색 피모색 판별용 유전자 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 오리의 피모색 판별용 유전자 마커 조성물을 제공한다. 상기 오리의 백색 피모색 판별용 유전자 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는 프라이머 또는 프로브일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.The present invention also provides a genetic marker composition for discriminating the color of ducks from ducks, comprising a preparation capable of detecting or amplifying a gene marker for distinguishing white ducks from ducks. The agent capable of detecting or amplifying the gene marker for distinguishing white dyed color of the duck may be, but is not limited to, a primer or a probe.

또한, 본 발명은 상기 오리의 피모색 판별용 유전자 마커를 증폭하기 위한 오리의 피모색 판별용 프라이머 세트를 제공한다.The present invention also provides a primer set for discriminating the color of a duck for amplifying a genetic marker for discriminating the color of the duck.

본 발명의 일 구현예에 있어서, 상기 오리의 피모색 판별용 유전자 마커를 증폭하기 위한 오리의 피모색 판별용 프라이머 세트는 서열번호 3 또는 서열번호 4의 염기서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드 세트일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 상기 올리고뉴클레오티드 프라이머는 각 올리고뉴클레오티드 프라이머의 서열 길이에 따라, 서열번호 3 또는 서열번호 4의 서열 내의 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상, 21개 이상, 22개 이상, 23개 이상, 24개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 또한, 상기 올리고뉴클레오티드 프라이머는 서열번호 3 또는 서열번호 4의 염기서열의 부가, 결실 또는 치환된 서열도 포함할 수 있다.In one embodiment of the present invention, the primer set for discriminating the color of the ducks for amplifying the genetic markers for discriminating the color of the ducks may be an oligonucleotide set consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 4, But is not limited thereto. Wherein the oligonucleotide primer has 16 or more, 17 or more, 18 or more, 19 or more, 20 or more, 21 or more, 22 or more in the sequence of SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 4 according to the sequence length of each oligonucleotide primer. More than 23, and more than 24 consecutive nucleotides of the oligonucleotide. In addition, the oligonucleotide primer may also include an addition, deletion or substitution sequence of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 4.

본 발명에 있어서, "프라이머"는 카피하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로서 작용할 수 있다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 한다. 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(complexity)뿐 만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 프라이머 이용 조건에 의존할 것이다.In the present invention, a "primer" refers to a single strand oligonucleotide sequence complementary to a nucleic acid strand to be copied, and may serve as a starting point for synthesis of a primer extension product. The length and sequence of the primer should allow the synthesis of the extension product to begin. The specific length and sequence of the primer will depend on the complexity of the desired DNA or RNA target as well as the primer usage conditions such as temperature and ionic strength.

본 발명에 있어서, 프라이머로서 이용된 올리고뉴클레오티드는 또한 뉴클레오티드 유사체(analogue), 예를 들면, 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 핵산(peptide nucleic acid)를 포함할 수 있거나 또는 삽입 물질(intercalating agent)를 포함할 수 있다.In the present invention, the oligonucleotide used as a primer may also include a nucleotide analogue such as phosphorothioate, alkylphosphorothioate, or peptide nucleic acid, or And may include an intercalating agent.

또한, 본 발명은 상기 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 오리의 피모색 판별용 키트를 제공한다.Further, the present invention provides a primer set comprising: the primer set; And a reagent for carrying out an amplification reaction.

본 발명의 키트에서, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs, 버퍼 등을 포함할 수 있다. 또한, 본 발명의 키트는 최적의 반응 수행 조건을 기재한 사용자 안내서를 추가로 포함할 수 있다. 안내서는 키트 사용법, 예를 들면, PCR 완충액 제조 방법, 제시되는 반응 조건 등을 설명하는 인쇄물이다. 안내서는 팜플렛 또는 전단지 형태의 안내 책자, 키트에 부착된 라벨 및 키트를 포함하는 패키지의 표면상에 설명을 포함한다. 또한, 안내서는 인터넷과 같이 전기 매체를 통해 공개되거나 제공되는 정보를 포함한다.In the kit of the present invention, the reagent for carrying out the amplification reaction may include DNA polymerase, dNTPs, buffer and the like. In addition, the kit of the present invention may further include a user guide describing optimal reaction performing conditions. The manual is a printed document that explains how to use the kit, for example, how to prepare PCR buffer, the reaction conditions presented, and so on. The manual includes instructions on the surface of the package including a brochure or leaflet in the form of a brochure, a label attached to the kit, and a kit. In addition, the brochure includes information that is disclosed or provided through an electronic medium such as the Internet.

또한, 본 발명은 In addition,

오리 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;Separating the genomic DNA from the duck sample;

상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및Amplifying the target sequence by performing amplification reaction using the separated genomic DNA as a template and using the primer set of the present invention; And

상기 증폭 산물에서 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 염기서열에서 726번째 염기에 위치한 SNP(single nucleotide polymorphism); 또는 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 인트론 4에서 82번째 내지 85번째 염기에 위치한 인델(InDel) 변이 부위의 유전자형을 확인하는 단계를 포함하는, 오리의 피모색을 판별하는 방법을 제공한다.A single nucleotide polymorphism (SNP) located at the 726th base in the base sequence of the DCT (Dopachrome tautomerase) gene comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 in the above amplification product; Or confirming the genotype of the InDel mutation site located in the 82nd to 85th bases in the intron 4 of the DCT (Dopachrome tautomerase) gene consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 ≪ / RTI >

본 발명의 방법은 오리 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계를 포함한다. 상기 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 방법은 당업계에 공지된 방법을 이용할 수 있으며, 예를 들면, CTAB 방법을 이용할 수도 있고, PrimePrepTM Genomic DNA isolation kit(GenetiBio, 한국)를 이용할 수도 있다. 상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 일 실시예에 따른 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 프라이머로 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭할 수 있다. 표적 서열을 증폭하는 방법은 중합효소연쇄반응(PCR), 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction), 핵산 서열 기재 증폭(nucleic acid sequence-based amplification), 전사 기재 증폭 시스템(transcription-based amplification system), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification) 또는 Qβ 복제효소(replicase)를 통한 증폭 또는 당업계에 알려진 핵산 분자를 증폭하기 위한 임의의 기타 적당한 방법이 있다. 이 중에서, PCR이란 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍으로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 상업적으로 이용가능한 키트를 이용할 수도 있다.The method of the present invention comprises isolating genomic DNA from a duck sample. As a method for isolating the genomic DNA from the sample, a method known in the art may be used. For example, the CTAB method may be used, or the PrimePrep (TM) genomic DNA isolation kit (GenetiBio, Korea) may be used. Using the separated genomic DNA as a template, an oligonucleotide primer set according to an embodiment of the present invention may be used as a primer to perform an amplification reaction to amplify the target sequence. Methods for amplifying the target sequence include polymerase chain reaction (PCR), ligase chain reaction, nucleic acid sequence-based amplification, transcription-based amplification system, Strand displacement amplification or amplification with Q [beta] replicase, or any other suitable method for amplifying nucleic acid molecules known in the art. Among them, PCR is a method of amplifying a target nucleic acid from a pair of primers that specifically bind to a target nucleic acid using a polymerase. Such PCR methods are well known in the art, and commercially available kits may be used.

본 발명의 방법에 있어서, 상기 증폭된 표적 서열은 검출가능한 표지 물질로 표지될 수 있다. 일 구현 예에서, 상기 표지 물질은 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 물질일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 바람직하게는, 상기 표지 물질은 Cy-5 또는 Cy-3이다. 표적 서열의 증폭시 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출가능한 형광 표지 물질로 표지될 수 있다. 또한, 방사성 물질을 이용한 표지는 PCR 수행시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하면 증폭 산물이 합성되면서 방사성이 증폭 산물에 혼입되어 증폭 산물이 방사성으로 표지될 수 있다. 표적 서열을 증폭하기 위해 이용된 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트는 상기에 기재된 바와 같다.In the method of the present invention, the amplified target sequence may be labeled with a detectable labeling substance. In one embodiment, the labeling material can be, but is not limited to, a fluorescent, phosphorescent or radioactive substance. Preferably, the labeling substance is Cy-5 or Cy-3. When the target sequence is amplified, PCR is carried out by labeling the 5'-end of the primer with Cy-5 or Cy-3, and the target sequence may be labeled with a detectable fluorescent labeling substance. When the radioactive isotope such as 32 P or 35 S is added to the PCR reaction solution, the amplification product may be synthesized and the radioactive substance may be incorporated into the amplification product and the amplification product may be labeled as radioactive. The set of oligonucleotide primers used to amplify the target sequence are as described above.

본 발명의 방법은 상기 유전자형을 확인하는 단계를 포함한다. 상기 유전자형 확인은 유전자 염기서열 결정(sequencing), 대립유전자-특이적 마이크로어레이를 이용한 혼성화 분석, 대립유전자-특이적 PCR, 모세관 전기영동, SSCP(single-strand conformation polymorphism), DGGE(denaturation gradient gel electrophoresis), 변성 HLPC, 질량분석법(mass spectrometry), RFLP(restriction fragment length polymorphism) 또는 TaqMan SNP genetyping assay 방법 등을 통해 수행할 수 있다.The method of the present invention comprises identifying said genotype. The genotyping can be performed by gene sequencing, hybridization analysis using an allele-specific microarray, allele-specific PCR, capillary electrophoresis, single-strand conformation polymorphism (SSCP), denaturation gradient gel electrophoresis ), Denaturing HLPC, mass spectrometry, restriction fragment length polymorphism (RFLP), or TaqMan SNP genetyping assay.

본 발명의 일 구현예에 따른 방법에 있어서, 서열번호 3 및 4의 염기서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드 세트를 이용한 증폭 산물이 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 DCT 유전자의 염기서열에서 726번째 염기가 TT인 동형접합 유전자형(homozygotic genotype); 또는 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 DCT 유전자의 인트론 4에서 82번째 내지 85번째 염기가 삽입(insertion)된 유전자형인 경우에 백색 피모색 오리로 판단할 수 있다. In the method according to one embodiment of the present invention, when the amplification product using the oligonucleotide set consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOS: 3 and 4 is the nucleotide sequence of the DCT gene consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1, the nucleotide at position 726 is TT Homozygotic genotype; Or in the case of a genotype in which the 82nd to 85th nucleotides are inserted in the intron 4 of the DCT gene consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2, it can be judged as a white unpigmented duck.

본 발명의 일 구현예에 따른 방법에 있어서, 서열번호 3 및 4의 염기서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드 세트를 이용한 증폭 산물이 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 염기서열에서 726번째 염기가 CT인 이형접합 유전자형(heterozygotic genotype); 또는 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 인트론 4에서 82번째 내지 85번째 염기가 결실(deletion)된 유전자형인 경우에 유색 피모색 오리로 판단할 수 있다.In the method according to one embodiment of the present invention, the amplification product using the oligonucleotide set consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOS: 3 and 4 is the nucleotide sequence of the nucleotide sequence of the nucleotide sequence of DCT (Dopachrome tautomerase) Heterozygotic genotype with base CT; Or a deletion of the 82nd to 85th bases in the intron 4 of the DCT (Dopachrome tautomerase) gene consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2.

본 발명의 일 구현예에 따른 방법에 있어서, 상기 오리는 바람직하게는 한국 토종오리 또는 실용오리일 수 있으나, 이에 제한하지 않는다. In the method according to one embodiment of the present invention, the ducks may preferably be Korean native ducks or utility ducks, but are not limited thereto.

이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 한정되는 것은 아니다.Hereinafter, the present invention will be described in detail with reference to examples. However, the following examples are illustrative of the present invention, and the present invention is not limited to the following examples.

실험 재료 및 방법Materials and Methods

본 발명에서 사용된 실용오리 집단은 Cherryvalley 사의 Peking 종 오리로, 백색의 피모색 표현형을 가진 집단이고 토종오리 집단은 국립축산과학원에서 유지하고 보존하고 있던 유색(청둥오리색/흑색)의 피모색 표현형을 가진 집단이다. 이 두 집단의 피모색은 흑색(어두운색)과 백색의 분명한 표현형 차이를 나타낸다. The practical duck group used in the present invention is a Peking species duck of Cherryvalley Co., which is a group having a white pigmented phenotype, and the native duck group is a colored (black duck / black) pigmented phenotype maintained and preserved at National Livestock Academy . The color of these two populations represents a distinct phenotypic difference between black (dark color) and white.

다형성 실험을 위해 한국토종오리 20마리(청둥오리색, 흑색)와 실용오리 20마리(백색, Cherryvally사)의 샘플을 국립축산과학원으로부터 혈액샘플을 제공받았으며 게놈 DNA는 PrimePrepTM Genomic DNA Isolation Kit(GenetiBio, 한국)의 메뉴얼에 따라 추출하였다. 채취된 샘플은 변이 위치를 확인하기 위하여 각각 세 마리의 샘플을 이용하여 직접-시퀀싱 방법을 이용하여 유전자 내의 변이 유무 확인을 수행했다. 시퀀싱을 위한 PCR 증폭을 위한 프라이머는 NCBI에서 Anas Plathyrhychos(Domestic duck의 학명, 청둥오리와 같음) 참조서열을 확보해 Primer3 프로그램(ver 0.4.0)을 사용하여 제작하였다. PCR 반응에는 100ng의 게놈 DNA를 사용하였으며, 원활한 반응을 위하여 10X 완충액, 10nM의 dNTP 혼합액, 10pmol의 프라이머 세트, HS Prime Taq(GenetBio, 한국)의 중합효소를 조합하여 총 반응액 부피를 25㎕으로 증폭 반응하였다. PCR 증폭과정은 My-Genie 96 Thermal Block(Bioneer, 한국)를 이용하여 95℃에서 10분의 초기 변성(initial-denaturation)에 이어서, 95℃에서 30초의 변성, 65℃에서 30초의 어닐링(annealing), 72℃에서 30초의 연장(extension)으로 35회 사이클 반복을 하였으며, 72℃에서 10분간 최종 연장(final-extension)을 하였다. 증폭산물의 크기는 EtBr이 염색된 2%(w/v) 아가로스 젤에서 DNA 절편을 자외선을 이용하여 확인하였으며 크기가 확인된 증폭 산물은 정제하여 직접-시퀀싱을 수행하여 염기서열을 확보하였다. For the polymorphism test, samples of 20 domestic ducks (Mallard color, black) and 20 practical ducks (white, Cherryvally) were supplied from the National Livestock Academy and genomic DNA was obtained from PrimePrep ™ Genomic DNA Isolation Kit (GenetiBio, Korea). In order to identify the location of mutation, sampled samples were subjected to direct - sequencing using three samples each to confirm the presence or absence of mutation in the gene. Primers for PCR amplification for sequencing were prepared using Primer3 program (ver 0.4.0) with reference sequence of Anas Plathyrhychos (Domestic duck, Mallard Duck) reference sequence in NCBI. 100 ng of genomic DNA was used for the PCR reaction. For smooth reaction, the total reaction liquid volume was adjusted to 25 μl by combining 10X buffer, 10 nM dNTP mixture, 10 pmol primer set, and HS Prime Taq (GenetBio, Korea) Amplification reaction. PCR amplification was carried out using an My-Genie 96 thermal block (Bioneer, Korea) at 95 ° C for 10 minutes of initial denaturation followed by denaturation at 95 ° C for 30 seconds, annealing at 65 ° C for 30 seconds, , Followed by 35 cycles of extension at 72 ° C for 30 seconds and final extension at 72 ° C for 10 minutes. The size of the amplified products was confirmed by ultraviolet light in the EtBr stained 2% (w / v) agarose gel. The amplified product was purified and directly sequenced to obtain the nucleotide sequence.

확보된 염기서열은 ClustalW 프로그램을 이용하여 정렬과정을 통해 변이 위치를 확인하였으며 확보된 변이 위치에서의 모든 샘플의 유전자형 확인을 위하여 각 위치를 절단할 수 있는 제한효소를 탐색하였다. 확보된 후보유전자의 변이 위치를 확인하기 위하여 PCR 증폭 산물의 RFLP 방법을 수행하였으며 이 정보는 표 1 및 도 1에 자세하게 제공되었다. 제한효소반응은 PCR 증폭 산물 15㎕ 에 제한효소 조합 반응액 5㎕를 혼합하여 총 20㎕의 볼륨으로 반응을 진행하였다. 절단된 단편은 EtBr이 염색된 3%(w/v) 아가로스 젤에 전기영동으로 절편의 크기를 확인하였다. 확보된 7개의 SNP 유전자형과 표현형에 대한 통계분석은 SAS(ver 9.3)을 이용하여 카이자승 검정과 피셔(Fisher)법 검정을 통해 유전자형 빈도와 표현형 차이를 비교하였으며 유의 수준은 P-값은 0.05 이하로 설정하였다.The sequence of the obtained nucleotide sequence was confirmed by alignment using ClustalW program and the restriction enzyme which can cleave each site was searched for the genotyping of all the samples at the obtained mutation position. The RFLP method of the PCR amplification product was performed to confirm the mutation position of the obtained candidate gene, and this information was provided in detail in Table 1 and FIG. The restriction enzyme reaction was carried out in a total volume of 20 μl by mixing 5 μl of the restriction enzyme reaction mixture with 15 μl of the PCR amplification product. The sectioned fragment was electrophoresed on EtBr stained 3% (w / v) agarose gel to determine the size of the section. The genotypes and phenotypes of the 7 SNPs obtained and phenotypes were compared using the SAS (ver. 9.3) and Chi-square test and Fisher's test. The significance level was P <0.05 Respectively.

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실시예Example 1.  One. 피모색Uncolored 관련 유전자 내 유전적 다형성 확인 Identification of Genetic Polymorphisms in Related Genes

피모색 관련 유전자(ASIP , DCT , MITF , MC1R)의 총 65개의 논-코딩(non-coding) 영역 변이 및 총 11개의 엑손 영역 변이에 대한 정보는 표 2와 표 3에 각각 개시하였다.Information on the total of 65 non-coding region mutations and 11 mutations in total of the chromatin- related genes ( ASIP , DCT , MITF , MC1R ) are shown in Tables 2 and 3, respectively.

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총 6,290 bp 길이의 ASIP(NCBI Gene ID: 101795392) 유전자는 3개의 엑손(exon)과, 인트론(intron), 인접 영역(flanking region)을 포함할 수 있는 염기서열을 확인하였으며 그 결과 6개의 인트론 영역 변이와 2개의 3'-UTR 영역 변이로 총 8개의 변이를 확인하였다(표 2). A total of 6,290 bp long ASIP (NCBI Gene ID: 101795392) gene was confirmed to contain three exons, an intron and a flanking region. As a result, six intron regions Mutation and 2 3'-UTR region mutations (Table 2).

총 17,316 bp 길이의 DCT(NCBI Gene ID: 101792699) 유전자는 8개의 엑손 및 일부 인트론 및 인접 서열을 분석할 수 있는 염기서열을 확인하였으며, 그 결과 인트론 및 인접 영역에서 19개의 변이를 확인할 수 있었다(표 2). 이 중에는 g.10585-88 영역의 인델(InDel) 영역도 확인되었다. 또한 엑손 영역에서는 총 11개의 변이 영역을 확인할 수 있었다(표 3).A total of 17,316 bp long DCT (NCBI Gene ID: 101792699) gene confirmed nucleotide sequences capable of analyzing 8 exons and some introns and adjacent sequences, resulting in 19 mutations in intron and adjacent regions Table 2). Among them, the InDel region of g.10585-88 region was also confirmed. A total of 11 mutation regions were identified in the exon region (Table 3).

총 45,505 bp 길이의 MITF(NCBI Gene ID: 101795047) 유전자는 8개의 엑손 및 인트론, 인접 영역을 확인할 수 있는 염기서열을 확인한 결과 5' UTR 영역에서 8개, 엑손(코딩) 영역에서 5개, 인트론 영역에서 22개와 1개의 인델(InDel)이 나타난 것을 확인할 수 있었다(표 2 및 표 3).A total of 45,505 bp MITF (NCBI Gene ID: 101795047) genes were identified as 8 exons and introns and 8 nucleotides in the 5 'UTR region, 5 nucleotides in the exon (coding) region, (22) and one indel (InDel) in the region (Table 2 and Table 3).

총 1,229 bp 길이의 MC1R(NCBI Gene ID: 101796989) 유전자 역시 1개의 엑손영역과 인접 영역을 확인할 수 있는 염기서열을 확인하였으며, 그 결과 2개의 엑손영역 변이와 7개의 3'UTR 변이를 확인하여 총 9개의 변이 영역을 확인하였다(표 2 및 표 3).A total of 1,229 bp long MC1R (NCBI Gene ID: 101796989) genes were also identified to identify one exon region and adjacent region. As a result, mutations in two exon regions and seven 3'UTR mutations were confirmed, Nine mutation regions were identified (Table 2 and Table 3).

실시예 2. Example 2. 피모색Uncolored 관련 유전자  Related genes DCTDCT 내 유전적 다형성과  My genetic polymorphism 피모색Uncolored 형질과의 연관성 확인 Check the association with traits

상기 표 3에 개시된 바와 같이, 총 18개의 엑손 영역의 변이는 염기서열의 변화로 아미노산의 변화 및 단백질 구조에 영향을 줄 수 있는 변이들로 확인되기 때문에 표현형이 각기 다른 샘플에 대한 유전자형을 확인하기 위해 변이 영역을 절단할 수 있는 제한효소를 탐색하였고, 그 결과 7개 영역의 유전자형을 확인할 수 있는 제한효소를 확보하였다(표 1). 확보된 제한효소는 표현형이 각기 다른 샘플의 유전자형을 확인하기 위하여 RFLP(restriction fragment length polymorphism) 방법으로 유전자형 분석을 수행하였다(도 1).As shown in Table 3 above, the mutations of a total of 18 exon regions are identified as mutations that can affect amino acid changes and protein structure due to changes in the base sequence, so that the genotypes of the samples with different phenotypes are identified The restriction enzymes that can cleave the mutation region were identified and as a result, restriction enzymes were identified to confirm the genotypes of the seven regions (Table 1). The obtained restriction enzymes were subjected to genotyping analysis by a restriction fragment length polymorphism (RFLP) method to identify genotypes of samples having different phenotypes (FIG. 1).

상기 유전자형 확인이 가능한 7개 변이에 대하여 피모색 형질과의 연관성 분석 결과, DCT 유전자 c.726C>T를 제외한 모든 엑손 영역에서는 토종오리(유색) 집단과 실용오리(백색) 집단에 유의적인 차이를 확인할 수 없었다(표 4). 이 외의 DCT 유전자의 논-코딩 영역 g.10585-88(AATC)의 4 bp 인델(InDel)도 피모색 형질과 유의적인 연관성을 나타내는 변이로 확인되었다(표 4). 이 두 가지 결과를 종합해 보면, DCT 유전자의 코딩되는 영역인 c.726 영역과 논-코딩 영역인 g.10585 두 영역에서 유의적인 연관성이 확인되는 것은 코딩 영역의 c.726 변이는 표현형의 변화에 직접적인 영향을 줄 수 있는 요인으로 해석할 수 있고, g.10585 인델(InDel)의 변이는 원인 유전자인 DCT 유전자에 대한 유전적 마커로 작용하는 것을 추측해 볼 수 있다. As a result of analysis of the seven mutations that can identify the genotypes, there was a significant difference between the native duck (colored) group and the utility duck (white) group in all exon regions except the DCT gene c.726C> T (Table 4). The 4 bp indel (InDel) of the non-coding region g.10585-88 (AATC) of the other DCT genes was also identified as a mutation showing a significant correlation with the unpigmented trait (Table 4). Taken together, these two results indicate that a significant correlation is found between the c.726 region, which is the coding region of the DCT gene, and the non-coding region, g.10585, the c.726 mutation of the coding region, And the mutation of g.10585 indel (InDel) acts as a genetic marker for the causative gene DCT gene.

Figure 112015103565538-pat00004
Figure 112015103565538-pat00004

<110> The Industry & Academic Cooperation in Chungnam National University (IAC) <120> Genetic marker for discriminating plumage color of Korean native duck and uses thereof <130> PN15190 <160> 12 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 2146 <212> DNA <213> Anas platyrhynchos <400> 1 acgcgggacc cgacaccagc atcctcagta gtgagagcga ttatcccagg ggagctgctg 60 ccaggccagg ttgtcccaca gaggagagct ctgtgctccc ctcactcggg tccaggctgc 120 acccagcagc aatgggtgcc cggaggtggc ttttttgggc tgtgctgagc tgcctgagct 180 gctgttgtcc ccgcggggca gaggcacagt tcccccgtgt ctgcatgacg gtggaggcca 240 ttcggtcgaa gcgctgctgc ccggccttgg ggccggagcc aggcaatgtg tgtgggtccc 300 tgcagggcag aggacgctgc cagggggtgc aggtggacac tcagccctgg agtggcccct 360 acactcttcg aaatgtggat gaccgggaat ggtggccact caagttcttc aaccagagct 420 gttggtgcac aggaaacttt gctggctaca actgtggtga ctgcaaattt ggctggacag 480 gccccgactg caatgtcagg aagccgccag ttgtcaggaa gaacatccat tccttgacag 540 cagaggagag ggagcagttc ttcgatgctc tagaccgtgc aaagactacc attcacccgg 600 actatgtaat tacaactcag caccggataa gtctgcttgg tcccactgga gaggaaccgc 660 aaattgccaa ttgtagcatt tataactact ttgtctggct tcattactac tcagtcagag 720 acacactact agggccaggc cgtcccttca cagctattga tttctcccat caaggacctg 780 cctttgtgac ttggcatagg taccatttgc tgttgctgga gagagacctg cagcgactgc 840 tgggcaatga ctcctttgca ctgccctact gggactttgc cacaggtaga aacgtgtgtt 900 ttgtgtgcac agaccagctc tttggagcat cgcggccaga tgacctgggg ctaatcagcc 960 tgaattccag attctcccgg tggcaaatag tttgtaacag cttggatgat tacaaccgcc 1020 tggtgacact gtgcaatggg agtgatgagg ggccactgcg gcggagacca cagagggact 1080 cgggagagca gttgcccact gtggaagatg tcaggaggtg cctttccctg caggagttcg 1140 acagcccccc atttttccgc aattccagtt tcagcttcag gaatgcactg gaaggcttca 1200 ataaaccaga gggagccctg aactcgccaa tgctaagcct ccataatttg gctcactctt 1260 tcctgaatgg gaccagtgtt ctccctcatg cagctgccaa tgatcccatc tttgtggttc 1320 ttcactcctt cactgatgcc atctttgacg agtggaagaa gcggtttaac ccccctgaca 1380 atgcctggcc tgaggagctg gcccctatcg gtcacaacag actgtacaat atggtccctt 1440 ttttccctcc tgtgaccaat gaccaactct tccaaactgc ggagcagctt ggctacacct 1500 atgccattga cctgccaggt tcacttgaag aaacccaagc atgggctgtc aagattggat 1560 ctacgattgg aggagcattt atagctttgg ccatactcat tctgctgctt gtactttttc 1620 agcaccgaag gcagagaaaa ggttttgaac cactggtgga tgtgagcttc agccccaaaa 1680 agtacatggg agaggcctag tgcccttgct tcgtttcctt gcttattctt gtaggaaatg 1740 accttgattg atttattcag atcttagctg agtttagcta actttatcac acacaccttt 1800 ggcagctgac tacattgttc tcatttagtt ttccagttat cttgtgaatt gtgatataca 1860 aagtctctgg gtgcatatgt gcaaggccca agacagtcca gggttttctc attaccagac 1920 attatttgga gtgtgacatt cagaagtcat cctctataga tttagatcaa gacagctaag 1980 aatcaaaata gatgaaaaac aacttgaata agcaagatat ttttttcatc tcagtgtgat 2040 tttgatttca tttagaagcc ctgggatgcg ctgaaaatta taaactctac atatatcttt 2100 gaataacata ttattttaca gttgtcaata aatactctga ataatg 2146 <210> 2 <211> 2339 <212> DNA <213> Anas platyrhynchos <400> 2 gtactggaat acctagggca agcctgtgta ctgaccaaat cttgttttgg cattatagaa 60 agtaagaggt gggctgagaa aaatctgttt ccttgtatag ggtgagatcc taactgatat 120 atttagagtg gctttgggac tatggaaact atagcactcc tggaaatttt gggactcctc 180 aaaactttgc taacacacat ggaaaacaga gatgattagt gacagccacc atggcttcac 240 taaaggcaaa ttgtgcctga caaattgttc accctctgtg atggaattac agcagaaggg 300 aagagcaact agcatcacct acctggactt gtgaaaagca tttggcactg tcctgtctaa 360 aatggagaga catggatttg atgtatgaac cactcagtag gtaaggaatt gtttgaatgg 420 ttgcattcaa agagttgcag tcaatggatc gatgtccagg tggagaccag tgatgagtgg 480 tgtccctaag ggggccgtac tgggaccggt actatttaac atctttttcg gcaatatggt 540 ctatattggg gaccacctga actggggtaa tcccaaatgt gactgaaggc tggatgacaa 600 gtggatagag agcagccctg cagagaagga ctttgggatg ttggttaatg aaaaactgaa 660 tatgagccag caatgtgcat ttgcagcaca gaaagccagc cttatcctgg gctgtatcaa 720 aagaagcatg gccagcaggt caagggaggt gattctgctc ctctactctg ttcctgtgag 780 accccacctg gagtgctaca ttcaactctg aagtccccca gcacaagaag aacatggaag 840 tgtgagaatg agtacagaga agggcgatga ggatgctcag agggctggag cacctctcct 900 atgaagacag gctgagggag ttggggttgt tcatcctgga gaagagaagg ctcctgggag 960 gctttatggt ggtcttctaa taacaaaagt aggcctacag gaaagctggg gagggactct 1020 ttgtcttctt ctttactatg agagtgaggc attggtgcag gttgcccaca gaatctgtgt 1080 tgccccatcc ctggaggtgc tcaaggccag gctggatggg gctttgggca gcccagtgtg 1140 gtgggaagtg tccctgctca tagaagaggg gttggaatga ggtgattttt aaggtctctt 1200 ctaacccaag ccattctgtg attttgattc agtgactgac cttgaaatgg ccaagacttc 1260 acacaggaaa gaacataaag ataacaacat tcttgctgcc agctattagt aggcatttat 1320 tgatttgttt aagtgcaggg ctttgatgat gtgttcatgt ccaggaccag ggcagtatga 1380 cataggacgc tgccagttct aatgctcata tcagctccgg tcagatctgg ggcagcgtgg 1440 agccagccag atgaaggtac tgagagctca aggctttaca ggaaagtctc tttatctggg 1500 tatctaaagt gctacttgaa tttctagctt taaaggcacc agttggcttt aaccccagtc 1560 cctacttttt ctctaagatt tttttttttt cttggaaact ggaatgagta aatttttgcc 1620 ttgctaaagt taaagagaga aggaatttat gaaaattcca ttttgtgtta aataacacag 1680 attttttttt tttcctgagt gttacatttt tctcctcctc tgtccttctt tttgtccctg 1740 atactagaga gtttcccctc actaactagt aggcagcccc tgcaacagca gactatcact 1800 gaggtcctga aaaagaaggt gcaatgcatt gcagttgctt ttcttctaaa agagatgaag 1860 gatggaaact gaaaatcagt tttgtgtcat atattgcttt tctctaccac agcccacagt 1920 gggactttcc tgcttttttg ctttttattg agttagaaaa attgtccttg ttcaggactg 1980 gcagttcagc aataacttcc acttccagtc catgggatgt gaattgggcc tgcccatggg 2040 gtgtctgtcc ctaagctctg ctctctcaca cctgcagctg tggccccaga atcacagcat 2100 cacagcatgg ttgaggttgg caggaaccta tggagctcat ctgatccacc ccctgctaca 2160 gcagggccat ccagagcagg ttgcccagga ccatgtcctg gtggcttttg aagatctcca 2220 aggatacctt acaacctgac tggtcaacct gtttgtcttt tatcctatat gaaaaaaagc 2280 ctacaagcct ggcttcacca cctttcccta acttgtgcct ctttctgttt cacgctcag 2339 <210> 3 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 3 gcagaataca ggatgcccag c 21 <210> 4 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 4 gctatagttt ccatagtccc aaagc 25 <210> 5 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 5 ctcagctgct gtcccttcc 19 <210> 6 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 6 cctctccttt acctgcaaag c 21 <210> 7 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 7 caccaccttt ccctaacttg tgc 23 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 8 ttgaagccac agccactgac 20 <210> 9 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 9 gcatttggaa acattcggtc cc 22 <210> 10 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 10 gcaaatcaag ccacagtgca gc 22 <210> 11 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 11 gctcttcatg ctgctgatgg 20 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 12 ggcaggtgac gatgaggatg 20 <110> The Industry & Academic Cooperation in Chungnam National University (IAC) <120> Genetic marker for discriminating plumage color of native native          duck and uses thereof <130> PN15190 <160> 12 <170> Kopatentin 2.0 <210> 1 <211> 2146 <212> DNA <213> Anas platyrhynchos <400> 1 acgcgggacc cgacaccagc atcctcagta gtgagagcga ttatcccagg ggagctgctg 60 ccaggccagg ttgtcccaca gaggagagct ctgtgctccc ctcactcggg tccaggctgc 120 acccagcagc aatgggtgcc cggaggtggc ttttttgggc tgtgctgagc tgcctgagct 180 gctgttgtcc ccgcggggca gaggcacagt tcccccgtgt ctgcatgacg gtggaggcca 240 ttcggtcgaa gcgctgctgc ccggccttgg ggccggagcc aggcaatgtg tgtgggtccc 300 tgcagggcag aggacgctgc cagggggtgc aggtggacac tcagccctgg agtggcccct 360 acactcttcg aaatgtggat gaccgggaat ggtggccact caagttcttc aaccagagct 420 gttggtgcac aggaaacttt gctggctaca actgtggtga ctgcaaattt ggctggacag 480 gccccgactg caatgtcagg aagccgccag ttgtcaggaa gaacatccat tccttgacag 540 cagaggagag ggagcagttc ttcgatgctc tagaccgtgc aaagactacc attcacccgg 600 actatgtaat tacaactcag caccggataa gtctgcttgg tcccactgga gaggaaccgc 660 aaattgccaa ttgtagcatt tataactact ttgtctggct tcattactac tcagtcagag 720 acacactact agggccaggc cgtcccttca cagctattga tttctcccat caaggacctg 780 cctttgtgac ttggcatagg taccatttgc tgttgctgga gagagacctg cagcgactgc 840 tgggcaatga ctcctttgca ctgccctact gggactttgc cacaggtaga aacgtgtgtt 900 ttgtgtgcac agaccagctc tttggagcat cgcggccaga tgacctgggg ctaatcagcc 960 tgaattccag attctcccgg tggcaaatag tttgtaacag cttggatgat tacaaccgcc 1020 tggtgacact gtgcaatggg agtgatgagg ggccactgcg gcggagacca cagagggact 1080 cgggagagca gttgcccact gtggaagatg tcaggaggtg cctttccctg caggagttcg 1140 acagcccccc atttttccgc aattccagtt tcagcttcag gaatgcactg gaaggcttca 1200 ataaaccaga gggagccctg aactcgccaa tgctaagcct ccataatttg gctcactctt 1260 tcctgaatgg gaccagtgtt ctccctcatg cagctgccaa tgatcccatc tttgtggttc 1320 ttcactcctt cactgatgcc atctttgacg agtggaagaa gcggtttaac ccccctgaca 1380 atgcctggcc tgaggagctg gcccctatcg gtcacaacag actgtacaat atggtccctt 1440 ttttccctcc tgtgaccaat gaccaactct tccaaactgc ggagcagctt ggctacacct 1500 atgccattga cctgccaggt tcacttgaag aaacccaagc atgggctgtc aagattggat 1560 ctacgattgg aggagcattt atagctttgg ccatactcat tctgctgctt gtactttttc 1620 agcaccgaag gcagagaaaa ggttttgaac cactggtgga tgtgagcttc agccccaaaa 1680 agtacatggg agaggcctag tgcccttgct tcgtttcctt gcttattctt gtaggaaatg 1740 accttgattg atttattcag atcttagctg agtttagcta actttatcac acacaccttt 1800 ggcagctgac tacattgttc tcatttagtt ttccagttat cttgtgaatt gtgatataca 1860 aagtctctgg gtgcatatgt gcaaggccca agacagtcca gggttttctc attaccagac 1920 attatttgga gtgtgacatt cagaagtcat cctctataga tttagatcaa gacagctaag 1980 aatcaaaata gatgaaaaac aacttgaata agcaagatat ttttttcatc tcagtgtgat 2040 tttgatttca tttagaagcc ctgggatgcg ctgaaaatta taaactctac atatatcttt 2100 gaataacata ttattttaca gttgtcaata aatactctga ataatg 2146 <210> 2 <211> 2339 <212> DNA <213> Anas platyrhynchos <400> 2 gtactggaat acctagggca agcctgtgta ctgaccaaat cttgttttgg cattatagaa 60 agtaagaggt gggctgagaa aaatctgttt ccttgtatag ggtgagatcc taactgatat 120 atttagagtg gctttgggac tatggaaact atagcactcc tggaaatttt gggactcctc 180 aaaactttgc taacacacat ggaaaacaga gatgattagt gacagccacc atggcttcac 240 taaaggcaaa ttgtgcctga caaattgttc accctctgtg atggaattac agcagaaggg 300 aagagcaact agcatcacct acctggactt gtgaaaagca tttggcactg tcctgtctaa 360 aatggagaga catggatttg atgtatgaac cactcagtag gtaaggaatt gtttgaatgg 420 ttgcattcaa agagttgcag tcaatggatc gatgtccagg tggagaccag tgatgagtgg 480 tgtccctaag ggggccgtac tgggaccggt actatttaac atctttttcg gcaatatggt 540 ctatattggg gaccacctga actggggtaa tcccaaatgt gactgaaggc tggatgacaa 600 gtggatagag agcagccctg cagagaagga ctttgggatg ttggttaatg aaaaactgaa 660 tatgagccag caatgtgcat ttgcagcaca gaaagccagc cttatcctgg gctgtatcaa 720 aagaagcatg gccagcaggt caagggaggt gattctgctc ctctactctg ttcctgtgag 780 accccacctg gagtgctaca ttcaactctg aagtccccca gcacaagaag aacatggaag 840 tgtgagaatg agtacagaga agggcgatga ggatgctcag agggctggag cacctctcct 900 atgaagacag gctgagggag ttggggttgt tcatcctgga gaagagaagg ctcctgggag 960 gctttatggt ggtcttctaa taacaaaagt aggcctacag gaaagctggg gagggactct 1020 ttgtcttctt ctttactatg agagtgaggc attggtgcag gttgcccaca gaatctgtgt 1080 tgccccatcc ctggaggtgc tcaaggccag gctggatggg gctttgggca gcccagtgtg 1140 gtgggaagtg tccctgctca tagaagaggg gttggaatga ggtgattttt aaggtctctt 1200 ctaacccaag ccattctgtg attttgattc agtgactgac cttgaaatgg ccaagacttc 1260 acacaggaaa gaacataaag ataacaacat tcttgctgcc agctattagt aggcatttat 1320 tgatttgttt aagtgcaggg ctttgatgat gtgttcatgt ccaggaccag ggcagtatga 1380 cataggacgc tgccagttct aatgctcata tcagctccgg tcagatctgg ggcagcgtgg 1440 agccagccag atgaaggtac tgagagctca aggctttaca ggaaagtctc tttatctggg 1500 tatctaaagt gctacttgaa tttctagctt taaaggcacc agttggcttt aaccccagtc 1560 cctacttttt ctctaagatt tttttttttt cttggaaact ggaatgagta aatttttgcc 1620 ttgctaaagt taaagagaga aggaatttat gaaaattcca ttttgtgtta aataacacag 1680 attttttttt tttcctgagt gttacatttt tctcctcctc tgtccttctt tttgtccctg 1740 atactagaga gtttcccctc actaactagt aggcagcccc tgcaacagca gactatcact 1800 gaggtcctga aaaagaaggt gcaatgcatt gcagttgctt ttcttctaaa agagatgaag 1860 gatggaaact gaaaatcagt tttgtgtcat atattgcttt tctctaccac agcccacagt 1920 gggactttcc tgcttttttg ctttttattg agttagaaaa attgtccttg ttcaggactg 1980 gcagttcagc aataacttcc acttccagtc catgggatgt gaattgggcc tgcccatggg 2040 gtgtctgtcc ctaagctctg ctctctcaca cctgcagctg tggccccaga atcacagcat 2100 cacagcatgg ttgaggttgg caggaaccta tggagctcat ctgatccacc ccctgctaca 2160 gcagggccat ccagagcagg ttgcccagga ccatgtcctg gtggcttttg aagatctcca 2220 aggatacctt acaacctgac tggtcaacct gtttgtcttt tatcctatat gaaaaaaagc 2280 ctacaagcct ggcttcacca cctttcccta acttgtgcct ctttctgttt cacgctcag 2339 <210> 3 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 3 gcagaataca ggatgcccag c 21 <210> 4 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 4 gctatagttt ccatagtccc aaagc 25 <210> 5 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 5 ctcagctgct gtcccttcc 19 <210> 6 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 6 cctctccttt acctgcaaag c 21 <210> 7 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 7 caccaccttt ccctaacttg tgc 23 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 8 ttgaagccac agccactgac 20 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Claims (9)

서열번호 1의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 염기서열에서 726번째 염기에 위치한 SNP(single nucleotide polymorphism)를 포함하는 8개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 또는 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 인트론 4에서 82번째 내지 85번째 염기에 위치한 인델(InDel) 변이를 포함하는 8개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드;를 포함하는, 오리의 피모색 판별용 유전자 마커.A polynucleotide consisting of 8 or more consecutive nucleotides or a complementary polynucleotide thereof comprising a single nucleotide polymorphism (SNP) located at the 726th base in the nucleotide sequence of a Dopachrome tautomerase (DCT) gene consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1; Or a polynucleotide consisting of 8 or more consecutive nucleotides comprising an InDel mutation located in the 82nd to 85th bases in intron 4 of the DCT (Dopachrome tautomerase) gene consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 or a complementary poly A gene marker for discriminating the color of ducks, including nucleotides. 제1항의 오리의 피모색 판별용 유전자 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 오리의 피모색 판별용 유전자 마커 조성물.A gene marker composition for discriminating the color of ducks from ducks, which comprises the agent according to claim 1 capable of detecting or amplifying a genetic marker for discriminating the color of duck. 제1항의 오리의 피모색 판별용 유전자 마커를 증폭하기 위한 오리의 피모색 판별용 프라이머 세트.A primer set for discriminating the color of a duck for amplifying a genetic marker for discriminating the color of the duck according to claim 1. 제3항에 있어서, 상기 프라이머 세트는 서열번호 3 및 4의 염기서열로 이루어진 올리고뉴클레오티드 세트인 것을 특징으로 하는 오리의 피모색 판별용 프라이머 세트.4. The primer set for discriminating the color of ducks according to claim 3, wherein the primer set is an oligonucleotide set consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOS: 3 and 4. 제3항 또는 제4항의 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 오리의 피모색 판별용 키트.A primer set of claim 3 or 4; And a reagent for carrying out an amplification reaction. 제5항에 있어서, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs 및 버퍼를 포함하는 것을 특징으로 하는 오리의 피모색 판별용 키트.[Claim 6] The kit for discriminating ducks from poultry according to claim 5, wherein the reagent for carrying out the amplification reaction comprises DNA polymerase, dNTPs and a buffer. 오리 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;
상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제3항 또는 제4항의 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및
상기 증폭 산물에서 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 염기서열에서 726번째 염기에 위치한 SNP(single nucleotide polymorphism); 또는 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 인트론 4에서 82번째 내지 85번째 염기에 위치한 인델(InDel) 변이 부위의 유전자형을 확인하는 단계를 포함하는, 오리의 피모색을 판별하는 방법.
Separating the genomic DNA from the duck sample;
Amplifying the target sequence by performing amplification reaction using the separated genomic DNA as a template and using the primer set of the third or fourth aspect; And
A single nucleotide polymorphism (SNP) located at the 726th base in the base sequence of the DCT (Dopachrome tautomerase) gene comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 in the above amplification product; Or confirming the genotype of the InDel mutation site located in the 82nd to 85th bases in the intron 4 of the DCT (Dopachrome tautomerase) gene consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 Way.
제7항에 있어서, 상기 유전자형을 확인하는 단계는 유전자 염기서열 결정(sequencing), 대립유전자-특이적 마이크로어레이를 이용한 혼성화 분석, 대립유전자-특이적 PCR, 모세관 전기영동, SSCP(single-strand conformation polymorphism), DGGE(denaturation gradient gel electrophoresis), 변성 HLPC, 질량분석법(mass spectrometry), RFLP(restriction fragment length polymorphism) 및 TaqMan SNP genetyping assay 방법으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 방법을 통해 수행되는 것을 특징으로 하는 오리의 피모색을 판별하는 방법.The method according to claim 7, wherein the step of identifying the genotypes comprises the steps of: sequencing of genes, hybridization analysis using an allele-specific microarray, allele-specific PCR, capillary electrophoresis, single-strand conformation wherein the amplification is performed by at least one method selected from the group consisting of polymorphism, denaturation gradient gel electrophoresis (DGGE), denaturing HLPC, mass spectrometry, restriction fragment length polymorphism (RFLP) and TaqMan SNP genetyping assay How to determine the color of a duck. 제7항에 있어서, 상기 방법은 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 염기서열에서 726번째 염기가 T/T인 동형접합 유전자형(homozygotic genotype); 또는 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 인트론 4에서 82번째 내지 85번째 염기가 삽입(insertion)된 유전자형인 경우에 백색 피모색 오리로 판단하고, 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 염기서열에서 726번째 염기가 C/T인 이형접합 유전자형(heterozygotic genotype); 또는 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 DCT(Dopachrome tautomerase) 유전자의 인트론 4에서 82번째 내지 85번째 염기가 결실(deletion)된 유전자형인 경우에 유색 피모색 오리로 판단하는 것을 특징으로 하는 오리의 피모색을 판별하는 방법.[Claim 7] The method according to claim 7, wherein the method comprises: homozygotic genotype in which the 726th base is T / T in the nucleotide sequence of DCT (Dopachrome tautomerase) comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1; Or a nucleotide sequence in which the 82nd to 85th nucleotides are inserted in the intron 4 of the DCT (Dopachrome tautomerase) gene comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2, the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 A heterozygotic genotype in which the 726th base is C / T in the nucleotide sequence of the DCT (Dopachrome tautomerase) gene; Or a deletion of the 82nd to 85th bases in the intron 4 of the DCT (Dopachrome tautomerase) gene consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2. / RTI &gt;
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