KR101686434B1 - 벼 흰잎마름병균 hb01014 균주 및 이의 진단용 조성물 - Google Patents

벼 흰잎마름병균 hb01014 균주 및 이의 진단용 조성물 Download PDF

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Abstract

본 발명은 벼 흰잎마름병균 HB01014 균주 및 이의 진단용 조성물에 관한 것으로서, 보다 구체적으로 기탁번호가 KACC17860인 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주 검출용 조성물, 키트 및 그의 감염여부를 검출하는 방법, 벼 흰잎마름병 진단용 조성물, 키트 및 그의 진단방법, 및 상기 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주를 검출하기 위한 프라이머 세트에 관한 것이다. 본 발명의 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주 검출용 조성물을 이용하면, 벼 흰잎마름병을 발병시키는 HB01014 균주를 특이적으로 검출할 수 있는바, 벼 흰잎마름병의 조기진단을 통한 방제에 널리 활용할 수 있을 것이다.

Description

벼 흰잎마름병균 HB01014 균주 및 이의 진단용 조성물{Bacterial Leaf Blight of Rice HB01014 Strain and Composition for Diagnosing the Same}
본 발명은 벼 흰잎마름병균 HB01014 균주 및 이의 진단용 조성물에 관한 것으로서, 보다 구체적으로 기탁번호가 KACC17860인 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주 검출용 조성물, 키트 및 그의 감염여부를 검출하는 방법, 벼 흰잎마름병 진단용 조성물, 키트 및 그의 진단방법, 및 상기 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주를 검출하기 위한 프라이머 세트에 관한 것이다.
벼 흰잎마름병은 벼 흰잎마름병원균(Xanthomonas oryzae pv. oryzae)에 의해 발병하는 세균병으로 주로 잎에 발생되며, 피해양상은 광합성 부족에 의한 임실률 및 등숙률 저하에 의한 수량 감소 및 품질 저하를 가져온다. 벼 흰잎마름병은 우리나라는 물론 아시아, 아프리카, 라틴아메리카, 호주 등 대부분의 벼 재배지역에서 발생되고 있으며, 특히 동남아시아 지역에서 피해가 매우 심한 병으로 알려져 있다. 벼 흰잎마름병에 의한 피해는 그 병원균인 벼 흰잎마름병원균의 종류에 따라서 차이를 보일 수 있다. 따라서, 벼 흰잎마름병의 발생시 그 원인이 되는 병원균의 종류를 신속하게 판별하는 것이 이후의 방제 등의 대책 수립에 중요한 자료가 된다.
동일한 식물병원균 내에서의 분화형 또는 변종 중에서 기준 품종에 대한 기생성이 다른 것을 레이스(race)라고 하며, 레이스를 판별할 때에는 그들을 구분하는 기준품종을 선정할 필요가 있는데 이를 판별품종(differential variety)이라고 한다. 현재, 우리나라에서는 일본판별품종을 우리나라 판별품종(밀양42호, 한강찰벼, 풍산벼, 청청벼, 밀양23호)으로 대체하여 레이스를 검정하고 있으며 그 결과 5개의 레이스 (K1, K2, K3, K4, K5)가 있음이 보고되었으며, 2005년 전국 레이스를 조사한 결과 K1(37%), K2(29%), K3(29%), K4(2%), K5(2%)로 나타났다. 그러나, 레이스의 판별은 병원균을 5개의 판별품종에 접종하여 나타나는 병징에 따라 감수성 또는 저항성으로 판정하여 구분하기 때문에 많은 시간과 노력이 소요되며 또한 형태적, 생리적, 생화학적인 특징이 나타나지 않기도 하여 발생 병원균의 신속한 판정이 어려운 실정이다.
이에, 상기 벼 흰잎마름병 또는 벼 흰잎마름병과 관련된 레이스를 판정하기 위한 다양한 방법이 연구되고 있다. 예를 들어, 한국특허공개 제10-2008-0055336호에는 벼 흰잎마름병원균의 레이스 판별용 유전자 마커 및 벼 흰잎마름병원균의 레이스의 판별방법이 개시되어 있고, 한국특허공개 제10-2011-0070325호에는 벼 흰잎마름병원균의 유전자 마커, 이에 특이적인 프라이머, 및 이를 이용한 벼 흰잎마름병 감염 여부 및 감염균주의 레이스 판별 방법이 개시되어 있으며, 한국특허공개 제10-2011-0070588호에는 벼흰잎마름병 진단용 PCR 키트가 개시되어 있고, 한국특허공개 제10-2012-0050126호에는 벼의 벼흰잎마름병의 병원균인 벼 흰잎마름병원균 K3 및 K5 레이스에 존재하는 특이 DNA 단편과 이의 검출을 위한 프라이머 및 이를 이용하여 벼 흰잎마름병원균의 K3 또는 K5 레이스를 판별하는 방법이 개시되어 있으며, 한국특허공개 제10-2012-0125830호에는 벼 흰잎마름병의 원인균인 벼 흰잎마름병원균 검출용 프라이머 세트, 이를 이용한 벼 흰잎마름병원균의 검출방법, 이를 포함하는 벼 흰잎마름병원균 검출용 조성물 및 PCR 키트가 개시되어 있다.
그러나, 상기와 같은 벼 흰잎마름병원균의 검출방법 및 각각의 레이스를 판별하는 방법에 따라서도, K1 및 K2 레이스를 검출하는 방법은 아직까지 잘 알려져 있지 않으며, 그 중에서도 특정 균주에 대한 검출방법에 대해서는 잘 알려져 있지 않았다. 벼 흰잎마름병원균의 병원성 변이가 벼 재배농가에 많은 피해를 주기 때문에, 병원성 변이 원인 구명에 대한 정밀한 진단 기법의 개발을 위해서는 각각의 균주를 정밀하게 진단하는 방법이 필요한 실정이다.
이러한 배경 하에서, 본 발명자들은 벼 흰잎마름병을 유발시키는 균주 중에서 특이적으로 기존 연구를 통하여 잘 알려진 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주에 주목하여 이를 특이적으로 검출하는 방법을 개발하기 위하여 예의 연구 노력한 결과, 상기 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주만을 특이적으로 검출할 수 있는 프라이머 세트를 발견하여, 본 발명을 완성하였다.
본 발명의 하나의 목적은 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주 검출용 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 상기 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주 검출용 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주의 감염여부를 검출하는 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 벼 흰잎마름병 진단용 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 벼 흰잎마름병 진단용 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 벼 흰잎마름병 진단방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주를 검출하기 위한 프라이머 세트를 제공하는 것이다.
상기 목적을 달성하기 위한 하나의 양태로서, 본 발명은 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 증폭 또는 검출할 수 있는 프라이머 또는 프로브를 포함하는, 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주 검출용 조성물을 제공한다.
본 발명의 용어 "벼 흰잎마름병(bacterial leaf blight of rice)"은, 벼 흰잎마름병원균인 잔토모나스 오리재(Xanthomonas oryzae pv. oryzae)에 의해 발병하는 세균감염성 질환을 의미하는데, 주로 잎에 발생되며, 피해 양상은 광합성 부족에 의한 임실률 및 등숙률 저하에 의한 수량 감소, 품질저하 등이 알려져 있다. 상기 벼 흰잎마름병은 우리나라는 물론 아시아, 아프리카, 라틴아메리카, 호주 등 대부분의 벼 재배지역에서 발생되고 있으며, 특히 동남아시아 지역에서 피해가 매우 심한 병으로 알려져 있다.
본 발명의 용어 "벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주"는 상기 벼 흰잎마름병을 유발시키는 균주 중 하나로서, 벼 흰잎마름병원균 K2 레이스에 속하는 대표적인 균주이다. 상기 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주는 2001년에 동정된 균주로서, 본 발명자들의 선행논문(Korean J. Intl. Agri., 24(2): 219~225(2012); Kor. J. Breed. Sci. 44(4):516-525(2012. 12))을 통해 널리 알려져 있는 균주이다. 또한, 본 발명자들은 상기 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주를 2014년 1월 8일자로 국립농업과학원 농업유전자원센터에 기탁하였고, 기탁번호 KACC17860을 부여받았으며(도 5), 이를 통해 당업자가 용이하게 입수할 수 있는 균주임을 알 수 있다. 본 발명에서는 상기 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주를 특이적으로 검출할 수 있는 프라이머 세트 및 그를 이용한 검출방법을 새롭게 개발한 것이다.
본 발명의 용어 "K2 레이스"란, 벼 흰잎마름병원균인 잔토모나스 오리재의 표준균주와 기생성이 상이한 분화형 또는 변종 균주(레이스) 중의 하나로서, 우리나라 판별품종(밀양42호, 한강찰벼, 풍산벼, 청청벼, 밀양23호) 중에서 밀양42호, 한강찰벼 및 풍산벼에서는 저항성이 나타나고, 청청벼 및 밀양23호에서는 감수성이 나타나는 레이스를 의미한다. K2 레이스에 속하는 균주로는 상기 본 발명의 HB01014 균주(기탁번호 KACC17860)를 비롯하여, KACC10873, KACC10877, HB02030, HB03026, HB03028, HB04046, HB04059 균주 등이 있다.
본 발명의 용어 "프라이머"란, 짧은 자유 3말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 템플레이트 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.
본 발명에서, 상기 프라이머는 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드의 전체 또는 부분서열과 상보적으로 결합하여 상기 폴리뉴클레오티드를 PCR 분석에 의해 증폭시킬 수 있는 한 그의 염기서열이 특별히 제한되지는 않으나, 바람직하게는 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 서열번호 2 및 3의 프라이머 세트가 될 수 있다.
본 발명의 용어 "프로브"란, 유전자 또는 mRNA와 특이적 결합을 이룰 수 있는 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미하는데, 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있고, 보다 용이하게 검출하기 위하여 라벨링될 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 프로브는 상술한 프라이머와 마찬가지로 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드의 전체 또는 부분서열과 상보적으로 결합하여 상기 폴리뉴클레오티드를 검출할 수 있는 한 그의 염기서열이 특별히 제한되지는 않는다.
본 발명의 일실시예에서는, 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주에 특이적인 검출방법을 찾고자 노력한 결과, K1 레이스에 해당하는 KACC10331 균주와 일부 상동성이 있는 서열번호 1의 염기서열을 특이적인 유전자 마커로 선별하였으며, 이를 증폭할 수 있는 서열번호 2 및 3의 프라이머 세트를 이용하여 PCR 증폭반응을 수행한 결과, 잔토모나스 속의 다른 균주들(도 2) 뿐만 아니라, 다른 종류의 벼 흰잎마름병원균(도 3 및 4)에 대해서는 모두 검출이 되지 않고, 오직 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주만을 검출할 수 있다는 것을 확인하였다. 이를 통해, 상기 서열번호 1의 염기서열이 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주에 특이적인 유전자 마커로 기능할 수 있으며, 서열번호 2 및 3의 프라이머 세트가 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주를 검출하기 위한 특이적인 프라이머 세트라는 것을 확인한 것이다.
다른 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는, 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주 검출용 키트를 제공한다.
상기 조성물에 대해서는 전술한 바와 같고, 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주를 특이적으로 검출할 수 있으며, 특별히 이에 제한되지 않으나, 상기 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 검출하기 위한 프라이머 또는 프로브 뿐만 아니라 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 성분 조성물, 용액 또는 장치가 포함될 수도 있다.
구체적인 일례로서, 본 발명의 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주 검출용 키트는 PCR 분석을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. 상기 키트는, 상기 각 폴리뉴클레오티드에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 외에도 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제와 같은 효소, DNase, RNAse 억제제, DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다.
다른 일례로서, 본 발명의 키트는 DNA 칩 분석법을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함할 수 있다. DNA 칩 분석용 키트는, 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편과 상보적으로 결합할 수 있는 프로브가 부착되어 있는 기판과, 형광표식 프로브를 제작하기 위한 시약, 제제, 효소 등을 포함할 수 있다. 또한, 기판은 정량 대조구 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA를 포함할 수 있다.
또 다른 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 조성물 또는 키트를 이용하여 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주의 감염여부를 검출하는 방법을 제공한다. 구체적으로, (a) 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주의 감염이 의심되는 벼의 시료로부터 gDNA를 수득하는 단계; (b) 상기 HB01014 균주 검출용 조성물 또는 상기 HB01014 균주 검출용 키트를 이용하여 상기 수득한 gDNA로부터 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 증폭 또는 검출하는 단계; 및 (c) 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드가 검출되는 경우 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주가 감염된 것으로 판정하는 단계를 포함할 수 있다.
또 다른 하나의 양태로서, 본 발명은 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 증폭 또는 검출할 수 있는 프라이머 또는 프로브를 포함하는, 벼 흰잎마름병 진단용 조성물을 제공한다.
또 다른 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 벼 흰잎마름병 진단용 키트를 제공한다.
상기에서 설명한 바와 같이, 본 발명의 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 검출할 수 있는 수단을 이용하게 되면, 벼 흰잎마름병을 발병시킬 수 있는 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주를 검출할 수 있는바, 상기 조성물 및 키트는 벼 흰잎마름병을 진단할 수 있는 효과를 나타낼 수 있다.
상기 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 증폭 또는 검출할 수 있는 프라이머 또는 프로브에 대해서는 전술한 바와 같으며, 상기 프라이머는 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 서열번호 2 및 3의 프라이머 세트일 수 있다. 또한, 상기 키트에 대해서도 전술한 바와 같다.
또 다른 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 조성물 또는 키트를 이용하여 벼 흰잎마름병을 진단하는 방법을 제공한다. 구체적으로, (a) 벼 흰잎마름병의 발병이 의심되는 벼의 시료로부터 gDNA를 수득하는 단계; (b) 상기 벼 흰잎마름병 진단용 조성물 또는 상기 벼 흰잎마름병 진단용 키트를 이용하여 상기 수득한 gDNA로부터 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 증폭 또는 검출하는 단계; 및 (c) 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드가 검출되는 경우 벼 흰잎마름병이 발병된 것으로 판정하는 단계를 포함할 수 있다.
또 다른 하나의 양태로서, 본 발명은 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주를 검출하기 위한, 서열번호 2 및 3으로 표시되는 프라이머 세트를 제공한다.
상기 프라이머 세트는 전술한 바와 같이, 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있으며, 그에 따라 오직 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주를 특이적으로 검출할 수 있는 효과가 있으며, 벼 흰잎마름병을 진단할 수 있는 효과 역시 가질 수 있다.
본 발명의 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주 검출용 조성물을 이용하면, 벼 흰잎마름병을 발병시키는 HB01014 균주를 특이적으로 검출할 수 있는바, 벼 흰잎마름병의 조기진단을 통한 방제에 널리 활용할 수 있을 것이다.
도 1은 본 발명의 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주 특이적 유전자 마커로 활용될 수 있는 서열번호 1의 염기서열 및 KACC10331 균주와 상동성이 있는 부분을 표시(빨간색으로 표시된 부분)한 도이다.
도 2는 본 발명의 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주와 15종의 산토모나스 속 균주들을 대상으로 PCR을 수행한 결과를 나타내는 도이다. 각 레인은 표 1에 나타난 바와 같다(레인 1: 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주).
도 3은 본 발명의 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주와 15종의 다른 벼 흰잎마름병원균 균주들을 대상으로 PCR을 수행한 결과를 나타내는 도이다. 각 레인은 표 2에 나타난 바와 같다(레인 14: 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주).
도 4는 본 발명의 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주와 236종의 다른 벼 흰잎마름병원균 균주들을 대상으로 PCR을 수행한 결과를 나타내는 도이다. 각 레인은 표 3에 나타난 바와 같다(레인 C: 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주).
도 5는 본 발명의 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주의 기탁증을 나타내는 도이다.
이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예 1: 벼 흰잎마름병원균 검출 및 레이스 판별을 위한 유전자 마커 탐색
벼 흰잎마름병원균의 검출 및 판별을 위한 유전자 마커 탐색 및 개발을 위해 벼 흰잎마름병원균 레이스별 재분석(Re-sequencing)을 수행하였으며, 특히 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주(K2 레이스)의 염기서열에 대하여 재분석(Re-sequencing)을 수행하였다. 이어, 레이스 및 균주별 특이 마커 개발을 위하여 염기서열이 이미 해독된 KACC10331(K1 레이스)과 비교 분석(alignment)을 수행하여, 레이스 및 균주별 특이적 유전자 마커로 사용 가능할 것으로 예상되는 염기서열을 스크리닝하였다.
그 결과, 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주에 포함된 게놈 유전자 중에서 특이적 유전자 마커로 사용 가능할 것으로 예상되는 서열인 600bp의 염기서열을 도출하였다. 상기 염기서열은 서열번호 1로 나타내었다.
상기 선별한 서열번호 1의 염기서열을 Blastx(NCBI) 를 이용하여 상동성(homology)을 조사한 결과, 기존에 알려진 KACC10331 균주의 XOO0529 (hypothetical protein)의 염기서열과 일부(1-348bp) 상동성이 있는 것으로 나타났다.
서열번호 1의 염기서열 및 그 중에서 KACC10331 균주와 상동성이 있는 부분 (빨간색으로 표시된 부분)을 도 1에 나타내었다.
한편, 본 발명자들은 본 발명에서 검출하기 위한 균주인 상기 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주를 당업자가 용이하게 입수할 수 있도록 2014년 1월 8일자로 국립농업과학원 농업유전자원센터에 일반기탁하였으며, 기탁번호 KACC17860을 부여받았다.
실시예 2: 유전자 마커 검출용 프라이머의 제작
상기 서열번호 1의 염기서열을 기반으로, 상기 실시예 1에서 도출된 서열번호 1의 염기서열을 갖는 폴리뉴클레오티드를 증폭시켜서 600bp의 증폭산물을 수득할 수 있는 프라이머 세트를 다음과 같이 설계하였다:
31F: 5'-GTCGCAGATCCTGCAACTAG-3' (서열번호 2)
31R: 5'-TGGACCATTCCAGGCATCA-3' (서열번호 3)
실시예 3: 유전자 마커 검출용 프라이머의 특이성 검증
상기 실시예 2에서 제작한 각 프라이머를 이용하여 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주를 특이적으로 증폭 및 검출할 수 있는지 확인하기 위하여, 벼 흰잎마름병원균이 포함되는 산토모나스 (Xanthomonas) 속 균주들을 대상으로 PCR을 수행하였다. 실험에 사용한 산토모나스 속 균주의 리스트는 하기 표 1에 나타낸 바와 같다.
Figure 112014105686511-pat00001
구체적으로, PCR 증폭반응은 MyCycler 써머사이클러(thermal cycler) (BioRad, USA)를 사용하여 실시하였으며, 반응은 JK Power PCR Mix (Gene Biotec, Korea)에 10 pmole의 31F 및 31R 프라이머와 각각의 gDNA 1㎕를 첨가하여 총량이 20㎕가 되게 하여 수행하였다. PCR 반응은 96℃ 15 초, 62℃ 15초, 72℃ 30초로 25회 반응하였다. 반응 후 PCR 증폭산물을 1.2% 농도의 아가로즈 젤에 전기영동한 후 에티듐 브로마이드에 착색시켜 UV 상에서 확인하였다.
그 결과, 도 2에 나타난 바와 같이, 다른 산토모나스 속 균주에 대해서는 밴드가 나타나지 않아 검출 및 판별이 불가능하였으나, 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주만이 검출 및 판별이 가능하도록 밴드가 관찰되는 것을 확인할 수 있었다(1번 레인). 이러한 결과는 상기 프라이머 세트가 오직 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주만을 특이적으로 검출 및 판별 가능하다는 것을 나타내는 결과이다.
다음으로, 본 발명의 프라이머 세트가 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주를 특이적으로 검출할 수 있는지 확인하기 위하여, 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주가 포함된 16종의 균주를 대상으로, 상기에서와 동일한 과정으로 PCR 증폭반응을 실시하였다. 실험에 사용한 벼 흰잎마름병원균 균주의 리스트는 하기 표 2에 나타낸 바와 같다.
Figure 112014105686511-pat00002
그 결과, 도 3에 나타난 바와 같이, 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주를 제외한 다른 균주에 대해서는 밴드가 전혀 나타나지 않아 검출 및 판별이 불가능하였으며, 오직 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주만이 검출 및 판별이 가능하도록 밴드가 관찰되는 것을 확인할 수 있었다(14번 레인).
추가적으로, 본 발명의 프라이머 세트가 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주에 특이적인지 추가적으로 확인하기 위하여, 보유하고 있는 다른 벼 흰잎마름병원균 236종의 균주들에 대하여, 상기에서와 동일한 과정으로 PCR 증폭반응을 실시하였다. 실험에 사용한 236종의 균주 리스트는 하기 표 3에 나타낸 바와 같다.
Figure 112014105686511-pat00003
그 결과, 도 4에 나타난 바와 같이, 실험을 수행한 236종의 균주 모두에서 밴드가 나타나지 않는 것을 확인할 수 있었으며, 오직 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주만이 검출 및 판별이 가능하도록 밴드가 관찰되는 것을 확인할 수 있었다(C 레인).
상기와 같은 결과를 종합하면, 상기 프라이머 세트가 오직 본 발명의 기탁번호가 KACC17860인 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주만을 특이적으로 검출 및 판별 가능하다는 것을 명확하게 알 수 있다.
<110> REPUBLIC OF KOREA(MANAGEMENT : RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION) <120> Bacterial Leaf Blight of Rice HB01014 Strain and Composition for Diagnosing the Same <130> PA131127KR <160> 3 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 600 <212> DNA <213> Xanthomonas oryzae <400> 1 gtcgcagatc ctgcaactag cggctgaggg atggggctaa tcaggatggc attaaacgcc 60 tgggctgcca tccgagatgc cacagcaccg cccatgggag aagcaacaag agcccgactg 120 caaacgcgtt cattctggtg gctgtgacta agtcgccgtg tgccagcgca tgcagggcac 180 gagtcatgcc gcacccagcg cagtagaagc ccgtcaacgc gtgaaagatg cacggtggga 240 atgggtttcc cggaaggttt ggatcaaact tccaaaaaat ccacacgccc gcaccagctg 300 ccaaggcagc cggtgcgagc gaaagctgta gcaggcgttt ggacacgctt atctcgaatg 360 ctcaatctgc tgctgcatct tgataatgcg taccttgtaa ccaccgacgc caacgctggc 420 gatcgagaca atccaaagga gcagtccgag cacgaagatg caagtggtca cccatgccag 480 tatctttgca gtgctcgacg ccttgatcgc tgcaggaata tctcctgcgt tgagcaaagg 540 attcaccttc gcagcgaaga tgattgcgac gatgcccgtg atgatgcctg gaatggtcca 600 600 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> 31F primer <400> 2 gtcgcagatc ctgcaactag 20 <210> 3 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> 31R primer <400> 3 tggaccattc caggcatca 19

Claims (11)

  1. 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 서열번호 2 및 3의 염기서열을 포함하는 프라이머를 포함하는, 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주 검출용 조성물.
  2. 삭제
  3. 제1항의 조성물을 포함하는, 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주 검출용 키트.
  4. (a) 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주의 감염이 의심되는 벼의 시료로부터 gDNA를 수득하는 단계;
    (b) 제1항의 조성물 또는 제3항의 키트를 이용하여 상기 수득한 gDNA로부터 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 증폭 하는 단계; 및
    (c) 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드가 증폭되는 경우 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주가 감염된 것으로 판정하는 단계를 포함하는, 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주의 감염여부를 검출하는 방법.
  5. 삭제
  6. 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 서열번호 2 및 3의 염기서열을 포함하는 프라이머를 포함하는, 벼 흰잎마름병 진단용 조성물.
  7. 제6항의 조성물을 포함하는 벼 흰잎마름병 진단용 키트.
  8. (a) 벼 흰잎마름병의 발병이 의심되는 벼의 시료로부터 gDNA를 수득하는 단계;
    (b) 제6항의 조성물 또는 제7항의 키트를 이용하여 상기 수득한 gDNA로부터 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 증폭하는 단계; 및
    (c) 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드가 증폭되는 경우 벼 흰잎마름병이 발병된 것으로 판정하는 단계를 포함하는, 벼 흰잎마름병 진단방법.
  9. 벼 흰잎마름병원균 HB01014 균주를 검출하기 위한, 서열번호 2 및 3으로 표시되는 프라이머 세트.
  10. 제9항에 있어서, 상기 프라이머 세트는 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 것인 프라이머 세트.
  11. 제9항에 있어서, 상기 프라이머 세트는 벼 흰잎마름병을 진단할 수 있는 것인 프라이머 세트.
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