KR101293674B1 - PNA probes, PNA array chips and the method for identifying anaerobic bacteria of food poisoning - Google Patents

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Abstract

본 발명은 혐기성의 그람양성 식중독균인 클로스트리디움 퍼프린젠스(Clostridium perfringens ) 및 미호기성의 그람음성 식중독균인 켐필로박터 제주니(Campylobacter jejuni)를 감별하는 방법에 관한 것으로서, 보다 구체적으로는 상기 클로스트리디움 퍼프린젠스(Clostridium perfringens) 및 켐필로박터 제주나이(Campylobacter jejuni) 식중독균의 감별을 위한 PNA 프로브, PNA 어레이 칩 및 이를 이용하여 상기 식중독균을 정확하고 신속하게 감별하는 방법에 관한 것이다.The present invention is anaerobic Gram-positive food poisoning bacteria Clostridium perfringens ( Clostridium perfringens ) and Campylobacter jejuni, which is an aerobic Gram-negative food poisoning bacterium, and specifically, the Clostridium perfringens and Campylobacter jejuni jejuni) The present invention relates to a PNA probe for discriminating food poisoning bacteria, a PNA array chip, and a method for accurately and quickly distinguishing food poisoning bacteria using the same.

Description

혐기성 및 미호기성 식중독균 감별용 ＰＮＡ 프로브, ＰＮＡ 어레이 칩 및 방법{PNA probes, PNA array chips and the method for identifying anaerobic bacteria of food poisoning}PNA probes, PNA array chips and the method for identifying anaerobic bacteria of food poisoning}

본 발명은 혐기성의 그람양성 식중독균인 클로스트리디움 퍼프린젠스(Clostridium perfringens ) 및 미호기성의 그람음성 식중독균인 켐필로박터 제주니(Campylobacter jejuni)를 감별하는 방법에 관한 것으로서, 보다 구체적으로는 상기 클로스트리디움 퍼프린젠스(Clostridium perfringens ) 및 켐필로박터 제주니(Campylobacter jejuni ) 식중독균의 감별을 위한 PNA 프로브, PNA 어레이 칩 및 이를 이용하여 상기 식중독균을 정확하고 신속하게 감별하는 방법에 관한 것이다.
The present invention is anaerobic Gram-positive food poisoning bacteria Clostridium perfringens ( Clostridium perfringens ) and the aerobic Gram-negative food poisoning bacterium Campylobacter jejuni , and more specifically, the Clostridium perfringens ( Clostridium perfringens) perfringens ) and Campylobacter jejuni ) The present invention relates to a PNA probe for discriminating food poisoning bacteria, a PNA array chip, and a method for accurately and quickly discriminating food poisoning bacteria using the same.

식품의약품안전청에서 발행한 식품공전의 규정(제2. 식품일반에 대한 공통기준 및 규격, 5. 식품일반의 기준 및 규격, 4]식중독균)에 의하면 식육(제조, 가공용원료는 제외함), 살균 또는 멸균처리하였거나 더 이상의 가공, 가열조리를 하지 않고 섭취하는 가공식품에서는 특성에 따라 클로스트리디움 퍼프린젠스(Clostridium perfringens ) 및 켐필로박터 제주니(Campylobacter jejuni ) 등의 식중독균이 검출되어서는 안 된다. 그러나 검사대상 가검물에는 다양한 세균들이 혼재되어 있으므로 상기 2종류의 식중독균만을 다른 세균들로부터 정확하고 신속하게 감별하기가 어려웠다.According to the regulations of the Food Code issued by KFDA (Section 2. Common Standards and Standards for Food General, 5. Standards and Standards for Food General, 4] Food Poisoning Bacteria), Meat (excluding manufacturing and processing raw materials), Sterilization or sterilization hayeotgeona further processing, depending on the processed food intake characteristics without cooking Clostridium perfringens (Clostridium perfringens ) and Campylobacter Food poisoning bacteria such as jejuni ) should not be detected. However, since various bacteria are mixed in the test object to be tested, it was difficult to accurately and quickly discriminate only the two types of food poisoning bacteria from other bacteria.

한편, 기존에는 DNA 마이크로어레이를 이용하여 다수 유전자의 존재 유무를 확인하였다. 그러나, 클로스트리디움 퍼프린젠스(Clostridium perfringens ) 및 켐필로박터 제주니(Campylobacter jejuni)를 감별하기 위해서는 단일 염기 다형성(single nucleotide polymorphism, SNP)를 요구하는데, DNA 마이크로어레이를 이용한 방법으로는 SNP가 가능하지 않아 민감도 및 특이도가 매우 낮아서 상기 2종류의 식중독균을 감별하는데 한계가 있었다.
On the other hand, the presence of a large number of genes was confirmed using a DNA microarray. However, Clostridium perfringens (Clostridium single nucleotide polymorphism (SNP) is required to distinguish perfringens ) and Campylobacter jejuni.SNPs using DNA microarrays do not allow SNPs, resulting in very low sensitivity and specificity. There was a limit in distinguishing the two types of food poisoning bacteria.

이에 본 발명자들은 SNP가 가능한 PNA를 이용함으로써 혐기성의 그람양성 식중독균인 클로스트리디움 퍼프린젠스(Clostridium perfringens) 및 미호기성의 그람음성 식중독균인 켐필로박터 제주니(Campylobacter jejuni)를 신속하게 감별할 수 있는 PNA 어레이 칩을 제공하고자 하였다.Accordingly, the present inventors can quickly discriminate between anaerobic Gram-positive food poisoning bacteria Clostridium perfringens and microaerobic Gram-negative food poisoning bacterium Campylobacter jejuni. An attempt was made to provide a PNA array chip.

따라서, 본 발명은 클로스트리디움 퍼프린젠스(Clostridium perfringens) 및 켐필로박터 제주니(Campylobacter jejuni)를 신속하고 정확하게 감별할 수 있는 PNA 어레이 칩을 제공하는 것을 목적으로 한다.
Accordingly, an object of the present invention is to provide a PNA array chip capable of quickly and accurately discriminating Clostridium perfringens and Campylobacter jejuni .

상기한 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 1 및 2의 염기서열을 포함하여 클로스트리디움 퍼프린젠스(Clostridium perfringens ) 및 켐필로박터 제주니(Campylobacter jejuni)의 ITS(internal transcribed spacer) 부위의 유전자에 특이적으로 결합할 수 있는 PNA(peptide nucleic acid) 프로브, 상기 PNA 프로브를 포함하는 PNA 어레이 칩 및 상기 PNA 어레이 칩을 이용하여 클로스트리디움 퍼프린젠스(Clostridium perfringens ) 및 켐필로박터 제주니(Campylobacter jejuni)를 감별하는 방법을 제공한다.
In order to achieve the above object, the present invention includes the base sequence of SEQ ID NO: 1 and 2 Clostridium perfringens ( Clostridium perfringens ) and peptide nucleic acid (PNA) probes capable of specifically binding to genes of an internal transcribed spacer (ITS) region of Campylobacter jejuni, a PNA array chip comprising the PNA probe, and the PNA using the array chip Clostridium perfringens (Clostridium perfringens ) and Campylobacter jejuni .

PNA 어레이 칩은 기존에 이용한 DNA 마이크로어레이 칩보다 훨씬 감도가 높고 SNP를 이용한 진단이 가능하여 단지 염기서열 1개 또는 2개의 차이만 있어도 타입구별이 될 수 있을 정도로의 고감도 감별이 가능하므로, 차세대 진단체계에 도입될 것으로 예상되며 동물 질병 분야, 축산물 분야 및 식중독 분야 등 여러 분야에서 다양하게 응용이 가능하다. 또한 본 발명에 의한 PNA 어레이 칩을 이용함으로써 식중독균을 신속하고 정확하게 감별할 수 있으므로 국민의 안전 먹거리 확보 및 식품 안전을 확립하는 데에도 도움이 되며, 기존의 진단법과 달리 PNA 어레이 칩의 경우 식중독균 혈청형 및 유전형의 감별이 가능하므로 학교급식 및 군인급식 등과 같은 대단위 집단 급식소의 사전 식자재들에 대한 식중독균 검사에 활용함으로써 공중보건에도 이바지할 수 있다.
The PNA array chip is much more sensitive than the existing DNA microarray chip and can be diagnosed using SNP, so that it is possible to discriminate the type of sensitivity even if there is only one or two nucleotide sequences. It is expected to be introduced into the system and has various applications in the field of animal diseases, animal products and food poisoning. In addition, by using the PNA array chip according to the present invention can quickly and accurately discriminate food poisoning bacteria, it helps to secure the safety of food and establish food safety of the people, unlike the conventional diagnostic method for food poisoning bacteria serotypes And since genotype can be discriminated, it can contribute to public health by using it for food poisoning test for pre-food materials of large group food service center such as school meal and military meal.

도 1은 혐기성 및 미호기성 식중독균 감별진달을 위한 PNA 어레이 칩과 타겟 DNA와의 반응 모식도를 나타낸 것이다.
도 2는 PNA 어레이 칩의 화학반응 모식도를 나타낸 것이다.
도 3은 PNA 어레이 칩의 실험절차 모식도를 나타낸 것이다.
도 4a는 PNA 어레이 칩의 판독 매뉴얼을 나타낸 것이고, 도 4b는 해당하는 혐기성 식중독균의 특이적인 신호를 감지한 결과를 나타낸 것이다(노랑색 박스: 클로스트리디움 퍼프린젠스(Clostridium perfringens)에 특이적인 신호, 초록색 박스: 켐필로박터 제주니(Campylobacter jejuni)에 특이적인 신호).Figure 1 shows a schematic diagram of the reaction between the target DNA and the PNA array chip for differential anaerobic and aerobic food poisoning bacteria.
Figure 2 shows a schematic diagram of the chemical reaction of the PNA array chip.
3 shows a schematic diagram of the experimental procedure of the PNA array chip.
FIG. 4A shows a reading manual of a PNA array chip, and FIG. 4B shows a result of detecting a specific signal of a corresponding anaerobic food poisoning bacterium (yellow box: a signal specific to Clostridium perfringens , Green box: specific signal for Campylobacter jejuni ).

본 발명은 혐기성 및 미호기성 식중독균을 신속하고 정확하게 감별할 수 있는 방법을 제공하며, 특히, 본 발명에서는 감별하고자 하는 식중독균으로서 혐기성의 그람양성 식중독균인 클로스트리디움 퍼프린젠스(Clostridium perfringens ) 및 미호기성의 그람음성 식중독균인 켐필로박터 제주니(Campylobacter jejuni)의 ITS(internal transcribed spacer)를 대상으로 한다.The present invention and non-anaerobic and aerobic sikjungdokgyun quickly and provides a way to accurately differentiate, in particular, in the present invention, the cultivation of the anaerobic gram-sikjungdokgyun sikjungdokgyun as to discriminate the Clostridium perfringens (Clostridium perfringens ) and the internal transcribed spacer (ITS ) of Campylobacter jejuni, an aerobic Gram-negative food poisoning bacterium.

또한, 상기한 2종류의 식중독균을 감별하기 위하여 본 발명은 DNA 마이크로어레이 칩보다 민감도 및 특이도가 뛰어난 PNA(Peptide nucleic acid) 어레이 칩을 제공한다.In addition, the present invention provides a PNA (Peptide nucleic acid) array chip with superior sensitivity and specificity than the DNA microarray chip in order to distinguish between the two types of food poisoning bacteria.

본 발명에서 사용되는 PNA 프로브는 15~20mer의 것으로서, 벤조티아졸-2-설포닐(benzothiazole-2-sulfonyl, Bts)을 사용하여 합성한다. 프로브의 합성 위치는 식중독균의 ITS(internal transcribed spacer) 유전자 내에서 다른 식중독균들과의 감별이 가능한 부위를 선정하여 합성하였다.The PNA probe used in the present invention is 15-20mers, and is synthesized using benzothiazole-2-sulfonyl (Bts). The synthesis site of the probe was synthesized by selecting a site that can be distinguished from other food poisoning bacteria in the internal transcribed spacer (ITS) gene of food poisoning bacteria.

본 발명이 제공하는 PNA 프로브는 하기 표 1에 나타낸 바와 같이 클로스트리디움 퍼프린젠스의 ITS에 특이적으로 결합하는 프로브는 서열번호 1의 염기서열을 포함하고, 켐필로박터 제주니의 ITS에 특이적으로 결합하는 프로브는 서열번호 2의 염기서열을 포함한다. 이 때 링커는 (주)파나진(PANAGENE, 한국)의 제품을 사용하였다.The PNA probe provided by the present invention, as shown in Table 1 below, the probe specifically binding to the ITS of Clostridium perfringens comprises the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1, specific to the ITS of Kempylobacter jejuni Properly binding probes include the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2. At this time, the linker used the product of PANAGENE (Korea).

프로브 이름Probe name 펩티드 핵산 서열 (N→C)Peptide Nucleic Acid Sequence (N → C) 서열번호SEQ ID NO: Clostridium perfringensClostridium perfringens H2-링커-TACATCTTAGGACAACTATH 2 -Linker-TACATCTTAGGACAACTAT 1One Campylobacter jejuniCampylobacter jejuni H2-링커-AACTTAACTTTTAGCTGH 2 -Linker-AACTTAACTTTTAGCTG 22

상기 PNA 프로브를 이용한 PNA 어레이 칩을 시료의 DNA와 혼성화(hybridization)시키고, 이의 결과를 스캐닝함으로써 목표로 하는 세균의 존재여부를 용이하게 감별할 수 있다.
By hybridizing the PNA array chip using the PNA probe with the DNA of the sample and scanning the result, it is possible to easily discriminate the presence or absence of the target bacteria.

이하, 본 발명의 내용을 실시예 및 시험예를 통하여 보다 구체적으로 설명한다. 이들 실시예 및 시험예는 본 발명의 내용을 이해하기 위하여 제시되는 것일 뿐 본 발명의 권리범위가 이들 실시예로 한정되는 것은 아니고, 당업계에 통상적으로 주지된 변형이 가해질 수 있으며, 이에 대한 것도 본 발명의 범위에 포함된다.
Hereinafter, the present invention will be described more specifically with reference to examples and test examples. These examples and test examples are presented to understand the content of the present invention, but the scope of the present invention is not limited to these examples, and modifications commonly known in the art may be applied thereto. It is included in the scope of the present invention.

[실시예 1] PNA 프로브의 합성Example 1 Synthesis of PNA Probe

PNA 프로브는 15-25 mer로 Bts(benzothiazole-2-sulfonyl)을 사용하여 합성하였으며, Agilent 1100 액체크로마토그라피 기기를 사용하여 순도를 측정하였고 정성검사는 MALDI-TOF를 이용하였다.
PNA probe was synthesized using Bts (benzothiazole-2-sulfonyl) at 15-25 mer, purity was measured using Agilent 1100 liquid chromatography, and qualitative test was performed using MALDI-TOF.

[실시예 2] PNA 어레이 칩의 제조Example 2 Fabrication of PNA Array Chip

상기 실시예 1에서 합성한 프로브는 지지체 위에 고정화되며, 예를 들어 지지체로는 실리카, 반도체, 플라스틱, 금, 은, 자성분자, 나일론, 폴리디메틸실록산의 고분자 화합물, 셀룰로오스, 니트로셀룰로오스, 슬라이드 글라스 등을 이용할 수 있지만, 이에 한정되는 것은 아니다.The probe synthesized in Example 1 is immobilized on a support, for example, as a support, silica, semiconductor, plastic, gold, silver, magnetic powder, nylon, polymer compound of polydimethylsiloxane, cellulose, nitrocellulose, slide glass, etc. May be used, but is not limited thereto.

본 발명에서는 지지체로서 슬라이드 글라스를 이용하였다. PNA 프로브의 농도는 NanoDrop (ND-1000)기기를 이용하여 측정하였고, 상기 PNA 프로브를 슬라이드 글라스 표면 위에 50μM씩 부착하였다. 부착기기는 aQu 솔리드 핀(aQu solid pins) 방식이 부착된 Qarray 미니 마이크로어레이를 사용하였다. 이때 습도는 75~85%를 유지하였다.
In the present invention, a slide glass was used as the support. The concentration of PNA probe was measured using a NanoDrop (ND-1000) instrument, and the PNA probe was attached to the slide glass surface by 50 μM. The attachment device was a Qarray mini microarray with aQu solid pins. At this time, the humidity was maintained at 75 ~ 85%.

[시험예 1] PNA 어레이 칩에서의 반응Test Example 1 Reaction in PNA Array Chip

1. 표적 1. Target DNADNA 의 추출Extraction of

식중독균 2개(클로스트리디움 퍼프린젠스 및 켐필로박터 제주니)의 DNA를 해당 세균에 알맞는 방법으로 추출하고 PCR 반응에 사용하였다. DNA from two food poisoning bacteria (Clostridium perfringens and Kempylobacter jejuni) was extracted by a method suitable for the bacterium and used for a PCR reaction.

구체적으로, 배양된 식중독균은 OD600값을 1로 맞추어 1ml씩 원심분리하여 균체를 수집하고 게놈 DNA(Genomic DNA)를 추출하였다. 추출은 인트론사의 G-spinTM 게놈 DNA 추출 키트(Genomic DNA Extratction Kit, cat no. 17121)를 사용하여 분리하였다.Specifically, the cultured food poisoning bacteria were collected by centrifuging 1ml by adjusting the OD600 value to 1 to extract the genomic DNA (Genomic DNA). Extraction was isolated using Intron's G-spin ™ genomic DNA extraction kit (Genomic DNA Extratction Kit, cat no. 17121).

상기 방법으로 추출한 타겟 유전자는 ITS 부위로서 반응의 감도를 높이기 위하여 네스티드(nested) PCR을 실시하였다. PCR 반응에 사용한 프라이머는 하기 표 2에 나타내었다.The target gene extracted by the above method was subjected to nested PCR in order to increase the sensitivity of the reaction as the ITS site. Primers used for the PCR reaction are shown in Table 2 below.

PCR 순서PCR sequence 프라이머종류Primer Type 서열order 서열번호SEQ ID NO: 제1PCR1PCR 정방향 프라이머Forward primer 5'-GCCTTGTACACACCGCCC-3'5'-GCCTTGTACACACCGCCC-3 ' 33 역방향 프라이머Reverse primer 5'-RGTACTTAGATGTTTCARTTCYC-3'5'-RGTACTTAGATGTTTCARTTCYC-3 ' 44 제2PCR2PCR 정방향 프라이머Forward primer 5'-ACACCGCCCGTCACACCA-3'5'-ACACCGCCCGTCACACCA-3 ' 55 역방향 프라이머Reverse primer 5'-TACTTAGATGTTTCARTTCYC-3'5'-TACTTAGATGTTTCARTTCYC-3 ' 66

제1의 PCR에서 정방향 프라이머로는 5'-GCCTTGTACACACCGCCC-3'(서열번호 3), 역방향 프라이머로는 5'-RGTACTTAGATGTTTCARTTCYC-3'(서열번호 4)을 합성하여 이용하였다. 또한 제2 PCR(네스티드 PCR)에서 정방향 프라이머로는 5'-ACACC GCCCGTCACACCA-3'(서열번호 5), 역방향 프라이머로는 5'-TACTTAGATGTTTCARTTCYC-3'(서열번호 6)를 합성하여 이용하였으며, 제2 PCR에서는 비오틴이 표지된(biotin-labeled) 프라이머를 사용하였다. 또한, 서열번호 4 및 6의 서열에서 R은 A 또는 G이고, Y는 C 또는 T이다.In the first PCR, 5'-GCCTTGTACACACCGCCC-3 '(SEQ ID NO: 3) as the forward primer and 5'-RGTACTTAGATGTTTCARTTCYC-3' (SEQ ID NO: 4) were used as the reverse primer. In addition, 5'-ACACC GCCCGTCACACCA-3 '(SEQ ID NO: 5) as the forward primer in the second PCR (nested PCR), 5'-TACTTAGATGTTTCARTTCYC-3' (SEQ ID NO: 6) was used as a reverse primer, In the second PCR, biotin-labeled primers were used. Also, in the sequences of SEQ ID NOs: 4 and 6, R is A or G and Y is C or T.

이 때, 1차 PCR반응은 추출한 게놈 DNA를 사용하였고, 2차 네스티드 PCR 반응시에는 1차 PCR 생산물 25μl중 1μl를 주형으로 사용하였다. PCR은 94℃에서 30초간 변성, 50℃에서 30초간 어닐링 및 72℃에서 1분간 확장하는 조건으로 하여 1차 PCR 반응을 15회, 동일한 조건으로 2차 네스티트 PCR 반응을 40회 수행하였다.
At this time, the first PCR reaction was using extracted genomic DNA, the second nested PCR reaction was used as a template 1μl of 25μl of the primary PCR product. PCR was carried out 15 times for the first PCR reaction under conditions of denaturation at 94 ° C. for 30 seconds, annealing at 50 ° C. for 30 seconds, and expansion at 72 ° C. for 1 minute, and 40 times for the second Nestest PCR reaction under the same conditions.

2. PNA 어레이 칩에서의 혼성화 반응2. Hybridization Reactions in PNA Array Chips

상기 실시예 2에서 제조한 PNA 어레이 칩에 상기 PCR 산물을 혼성화 반응시켰다. 구체적으로 상기 PCR 산물과 비오틴이 표지된 타겟 DNA 10μl와 Cy5-스트렙타비딘이 포함된 PNA 혼성화 버퍼 70μl를 혼합한 후, PNA 어레이 칩에 40℃로 2시간동안 반응시켰다. 반응 후 PNA 어레이를 세척버퍼(washing buffer)로 5분씩 2회 세척하였다. 건조 후 비공초점 형광 스캐너(non-confocal fluorescent scanner) GenePix 4000B로 스캔하였다. 형광시그날은 탐침과 목포 DNA의 이중나선의 혼성화 신호로 계산하였으며, 이때 신호 강도는 3,000 이상인 것을 기준으로 하였다.
The PCR product was hybridized to the PNA array chip prepared in Example 2. Specifically, 10 μl of the PCR product and biotin-labeled target DNA and 70 μl of PNA hybridization buffer containing Cy5-streptavidin were mixed, and then reacted with the PNA array chip at 40 ° C. for 2 hours. After the reaction, the PNA array was washed twice with a washing buffer for 5 minutes. After drying it was scanned with a non-confocal fluorescent scanner GenePix 4000B. The fluorescence signal was calculated as a hybridization signal of the double helix of the probe and Mokpo DNA, based on the signal intensity of 3,000 or more.

PNA 어레이 칩과 타겟 DNA가 혼성화 반응을 하고, 이를 통해 타겟 DNA를 검출하는 과정이 도 1~4에서 모식도로 제시되어 있다.The process of hybridizing the PNA array chip and the target DNA and detecting the target DNA is shown in the schematic diagram in FIGS. 1 to 4.

도 1은 혐기성 및 미호기성 식중독균 감별진단을 위한 PNA 어레이 칩과 타겟 DNA 반응 모식도를 나타낸 것이며, 기판 위에 PNA 프로브를 식중독균 종류별로 연결하여 심어 놓고 PCR에 의해 비오틴이 표지된 증폭된 PCR산물을 혼성화시킨 것을 나타낸다.1 shows a schematic diagram of a PNA array chip and a target DNA reaction for differential diagnosis of anaerobic and non-aerobic food poisoning bacteria, and a hybridized amplified PCR product labeled with biotin by PCR was planted by connecting PNA probes by type of food poisoning bacteria on a substrate. Indicates.

도 2는 PNA 어레이 칩에서의 화학반응 모식도로서 PNA 프로브와 타겟 DNA가 혼성화 반응에 의해 결합하는 모양과 비오틴, 스트렙타비딘 및 알칼라인포스파타제에 의해 발색되는 과정을 나타낸 것이다.Figure 2 is a schematic diagram of the chemical reaction in the PNA array chip shows the shape of the PNA probe and the target DNA binding by the hybridization reaction and the color development by biotin, streptavidin and alkaline phosphatase.

도 3은 PNA 어레이 칩을 이용한 실험절차에 대한 전반적인 모식도로서 처음에 전체 DNA를 추출하는 단계에서부터 PCR에 의한 타겟 DNA 증폭 및 혼성화 반응 후 스캐너를 이용한 스캔 및 판독 등의 일련의 과정을 설명한다.FIG. 3 is a general schematic diagram of an experimental procedure using a PNA array chip, and illustrates a series of processes such as scanning and reading using a scanner after a target DNA amplification and hybridization reaction by PCR from the first extraction of whole DNA.

도 4a는 PNA 어레이 칩의 판독 매뉴얼로서, 검출 대상의 세균인 클로스트리디움 퍼프린젠스(Clostridium perfringens ) 및 켐필로박터 제주니(Campylobacter jejuni)일 경우 해당 프로브 위치에서 반응이 나타나게 된다. 이를 스캐너로 판독하여 도 4b에 나타낸 바와 같이 신호가 강하게 나타나는 부위를 해당 식중독균으로 판단할 수 있게 된다. 즉, 노랑색 박스 위치에서 신호가 강하게 나타나게 되면 클로스트리디움 퍼프린젠스로 결정할 수 있고, 초록색 박스 위치에서 신호가 강하게 나타나게 되면 켐필로박터 제주니로 결정할 수 있다.
Figure 4a is a Clostridium perfringens (Clostridium as the read manual of PNA array chip, of the detection subject bacteria perfringens ) and Campylobacter jejuni will react at the probe location. This can be read by a scanner to determine the site where the signal appears strongly as shown in Figure 4b as the food poisoning bacteria. That is, if the signal appears strong at the yellow box position, it may be determined as Clostridium perfringens, and if the signal appears strong at the green box position, it may be determined as Kempylobacter jejuni.

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Claims (5)

삭제delete 삭제delete 서열번호 1 및 2의 PNA 프로브 및 서열번호 3 내지 6의 프라이머를 포함하는 혐기성 및 미호기성 식중독균의 감별진단용 PNA 어레이 칩. A PNA array chip for differential diagnosis of anaerobic and aerobic food poisoning bacteria comprising a PNA probe of SEQ ID NOs: 1 and 2 and a primer of SEQ ID NOs: 3 to 6. 제3항의 PNA 어레이 칩을 사용하는 혐기성 및 미호기성 식중독균의 감별 방법으로서,
1) 상기 PNA 어레이 칩에 타겟 DNA를 포함하는 반응 시료를 가하여 PCR로 증폭시키는 단계;
2) PNA 프로브와 증폭된 타겟 DNA를 혼성화시키는 단계; 및
3) 혼성화에 의한 신호를 검출하는 단계;
를 포함하는 혐기성 및 미호기성 식중독균의 감별 방법.As a method for discriminating anaerobic and microaerobic food poisoning bacteria using the PNA array chip of claim 3,
1) adding a reaction sample containing target DNA to the PNA array chip and amplifying by PCR;
2) hybridizing the PNA probe with the amplified target DNA; And
3) detecting a signal by hybridization;
Differential method of anaerobic and non-aerobic food poisoning bacteria comprising a. 제4항에 있어서, 상기 혐기성 식중독균은 클로스트리디움 퍼프린젠스(Clostridium perfringens)이고, 미호기성 식중독균은 켐필로박터 제주니(Campylobacter jejuni)인 혐기성 및 미호기성 식중독균의 감별 방법.The method of claim 4, wherein the anaerobic food poisoning bacterium is Clostridium perfringens , and the aerobic food poisoning bacterium is Campylobacter jejuni .
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International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Vol. 53, pp. 695-704 (2002.09.19.) *
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