KR100877840B1 - 실시간 중합효소연쇄반응을 이용한 암모늄산화균 그룹의선택적 정량 방법 - Google Patents
실시간 중합효소연쇄반응을 이용한 암모늄산화균 그룹의선택적 정량 방법 Download PDFInfo
- Publication number
- KR100877840B1 KR100877840B1 KR1020070051976A KR20070051976A KR100877840B1 KR 100877840 B1 KR100877840 B1 KR 100877840B1 KR 1020070051976 A KR1020070051976 A KR 1020070051976A KR 20070051976 A KR20070051976 A KR 20070051976A KR 100877840 B1 KR100877840 B1 KR 100877840B1
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- seq
- probe
- set forth
- lineage
- labeled
- Prior art date
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6851—Quantitative amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2561/00—Nucleic acid detection characterised by assay method
- C12Q2561/113—Real time assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/107—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties fluorescence
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
출처 | 플라스미드 이름 | 균주명 또는 유사 균주명 |
균주수탁기관 | pAcal | 아시네토박터 칼코아세티쿠스(Acinetobacter calcoaceticus KCTC 2357T) |
pAhyd | 에어로모나스 히드로필라(Aeromonas hydrophila KCTC 2358T) | |
pEfae | 엔테로코쿠스 패칼리스(Enterococcus faecalis KCTC 3206T) | |
pEcol | 에셰리치아 콜리(Escherichia coli KCTC 2443) | |
pNham | 니트로박터 함버젠시스(Nitrobacter hamburgensis DSM 10229) | |
pNvul | 니트로박터 불가리스(Nitrobacter vulgaris DSM 10236) | |
pNwin | 니트로박터 위노그라드스키(Nitrobacter winogradskyi DSM 10237T) | |
pNmob | 니트로코쿠스 모빌리스(Nitrococcus mobilis ATCC 25380T) | |
pNoce | 니트로소코쿠스 오세아니(Nitrosococcus oceani ATCC 19707) | |
pNcry | 니트로소모나스 크리오톨러란스(Nitrosomonas cryotolerans ATCC 49181) | |
pNeur | 니트로소모나스 유로패아(Nitrosomonas europaea ATCC 19718) | |
pNmul | 니트로소스피라 멀티포미스(Nitrosospira multiformis ATCC 25196T) | |
pPcar | 슈도모나스 카복시도하이드로제나(Pseudomonas carboxydohydrogena DSM 1083) | |
pPstu | 슈도모나스 스투쩌리(Pseudomonas stutzeri KCTC 1066) | |
pRpal | 로도슈도모나스 팔루스트리스(Rhodopseudomonas palustris DSM 123T) | |
pTplu | 티오바실러스 프룸보필러스(Thiobacillus plumbophilus DSM 6690) | |
환경시료 | eNeur | 니트로소모나스 유로패아(Nitrosomonas europaea) (99%) |
eNhal | 니트로소모나스 할로필라(Nitrosomonas halophila) (96%) | |
eNmob | 니트로소코쿠스 모빌리스(Nitrosococcus mobilis) (100%) | |
eNnit | 니트로소모나스 니트로사(Nitrosomonas nitrosa) (99%) | |
eN343 | 니트로소모나스(Nitrosomonas sp. Is343) (98%) | |
eNr14 | 니트로스피라(Nitrospira sp. RC14) (99%) | |
eNr19 | 니트로스피라(Nitrospira sp. RC19) (99%) | |
eTden | 티오바실러스 데니트리피칸스(Thiobacillus denitrificans) (98%) |
셋트명 | 계통 | 프라이머 이름 | 서열 | 서열번호 |
Nsm1 | 니트로소모나스 유로패아(Nitrosomonas europaea) | Nsm1-828F Nsm1-984T Nsm1-1028R | 5'-GTTGTCGGATCTAATTAAG-3' 5'-CCTACCCTTGACATGCTTGGAATC-3' 5'-TGTCTTGGCTCCCTTTC-3' | 1 2 3 |
Nsm2 | 니트로소코쿠스 모빌리스 (Nitrosococcus mobilis) | Nsm2-988F Nsm2-1243T Nsm2-1282R | 5'-GCTTGGAATTTTACGGAGAC-3' 5'-AGTGTACAGAGGGTAGCCAACCC-3' 5'-CTACGAAGTGCTTTGTGAG-3' | 4 5 6 |
Nsm3 | 니트로소모나스 니트로사 (Nitrosomonas nitrosa) | Nsm3-438F Nsm3-483T Nsm3-633R | 5'-TTCGGTCGGGAAGAWATAG-3' 5'-CGGTACCGACATAAGAAGCACCGG-3' 5'-CTAGTYATATAGTTTCAAACGC-3' | 7 8 9 |
Nsm4 | 니트로소모나스 크리오톨러란스(Nitrosomonas cryotolerans) | Nsm4-211F Nsm4-270T Nsm4-434R | 5'-AGACCTTRTGCTTTTGGAG-3' 5'-CCAACTACTGATCGTYGCCTTGGT-3' 5'-TTTTCTTCTCRACTGAAAGAG-3' | 10 11 12 |
Nss | 니트로소스피라 멀티포미스 (Nitrosospira multiformis) | Nss209F Nss432T Nss478R | 5'-CAAGACCTTGCGCTYTT-3' 5'-TTTCGTTCCGGCTGAAAGAGCT-3' 5'-TCTTCCGGTACCGTCAKT-3' | 13 14 15 |
Claims (23)
- 삭제
- 삭제
- 삭제
- i) 서열번호 1 및 서열번호 3로 기재되는 염기서열들로 구성되는 프라이머 쌍 및 서열번호 2로 기재되는 염기서열로 구성되는, 형광물질로 표지된 프로브를 제작하는 단계;ii) 시료로부터 추출한 DNA를 주형으로 하여 단계 i)의 프라이머 쌍 및 형광물질로 표지된 프로브를 이용하여 실시간 중합효소연쇄반응(real-time PCR)을 수행하는 단계; 및,iii) 단계 ii)에서의 형광신호를 측정하여 반응물 내의 최초 시료를 정량하는 단계를 포함하는, 니트로소모나스 유로패아 계통(Nitrosomonas europaea-lineage)에 속하는 암모늄산화균의 선택적 정량방법.
- 삭제
- i) 서열번호 4 및 서열번호 6로 기재되는 염기서열들로 구성되는 프라이머 쌍 및 서열번호 5로 기재되는 염기서열로 구성되는, 형광물질로 표지된 프로브를 제작하는 단계;ii) 시료로부터 추출한 DNA를 주형으로 하여 단계 i)의 프라이머 쌍 및 형광물질로 표지된 프로브를 이용하여 실시간 중합효소연쇄반응(real-time PCR)을 수행하는 단계; 및,iii) 단계 ii)에서의 형광신호를 측정하여 반응물 내의 최초 시료를 정량하는 단계를 포함하는, 니트로소코쿠스 모빌리스 계통(Nitrosococcus mobilis-lineage)에 속하는 암모늄산화균의 선택적 정량방법.
- 삭제
- i)서열번호 7 및 서열번호 9로 기재되는 염기서열들로 구성되는 프라이머 쌍 및 서열번호 8로 기재되는 염기서열로 구성되는, 형광물질로 표지된 프로브를 제작하는 단계;ii) 시료로부터 추출한 DNA를 주형으로 하여 단계 i)의 프라이머 쌍 및 형광물질로 표지된 프로브를 이용하여 실시간 중합효소연쇄반응(real-time PCR)을 수행하는 단계; 및,iii) 단계 ii)에서의 형광신호를 측정하여 반응물 내의 최초 시료를 정량하는 단계를 포함하는, 니트로소모나스 니트로사 계통(Nitrosomonas nitrosa-lineage)에 속하는 암모늄산화균의 선택적 정량방법.
- 삭제
- i) 서열번호 10 및 서열번호 12로 기재되는 염기서열들로 구성되는 프라이머 쌍 및 서열번호 11로 기재되는 염기서열로 구성되는, 형광물질로 표지된 프로브를 제작하는 단계;ii) 시료로부터 추출한 DNA를 주형으로 하여 단계 i)의 프라이머 쌍 및 형광물질로 표지된 프로브를 이용하여 실시간 중합효소연쇄반응(real-time PCR)을 수행하는 단계; 및,iii) 단계 ii)에서의 형광신호를 측정하여 반응물 내의 최초 시료를 정량하는 단계를 포함하는, 니트로소모나스 크리오톨러란스 계통(Nitrosomonas cryotolerans-lineage)에 속하는 암모늄산화균의 선택적 정량방법.
- 삭제
- i) 서열번호 13 및 서열번호 15로 기재되는 염기서열들로 구성되는 프라이머 쌍 및 서열번호 14로 기재되는 염기서열로 구성되는, 형광물질로 표지된 프로브를 제작하는 단계;ii) 시료로부터 추출한 DNA를 주형으로 하여 단계 i)의 프라이머 쌍 및 형광물질로 표지된 프로브를 이용하여 실시간 중합효소연쇄반응(real-time PCR)을 수행하는 단계; 및,iii) 단계 ii)에서의 형광신호를 측정하여 반응물 내의 최초 시료를 정량하는 단계를 포함하는, 니트로소스피라 멀티포미스 계통(Nitrosospira multiformis-lineage)에 속하는 암모늄산화균의 선택적 정량방법.
- 제 4항, 제 6항, 제 8항, 제 10항 또는 제 12항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 형광물질은 6-FAM, TET, 6-JOE, HEX, Cy3, Cy5 및 VIC로 구성된 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 정량방법.
- 제 4항, 제 6항, 제 8항, 제 10항 또는 제 12항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프로브는 3’말단에 형광억제물질이 표지된 것을 특징으로 하는 정량방법.
- 제 14항에 있어서, 프로브의 3′말단에 표지되는 형광억제물질은 6-카르복시테트라메틸로다민, BHQ-1, BHQ-2, BHQ-3, 댑실 다크 형광억제물질 및 ROX로 구성되는 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 정량방법.
- 서열번호 1 및 서열번호 3로 기재되는 염기서열들로 구성되는 프라이머 쌍 및 서열번호 2로 기재되는 염기서열로 구성되는, 형광물질로 표지된 프로브를 포함하는, 니트로소모나스 유로패아 계통(Nitrosomonas europaea-lineage)에 속하는 암모늄산화균의 정량키트.
- 서열번호 4 및 서열번호 6로 기재되는 염기서열들로 구성되는 프라이머 쌍 및 서열번호 5로 기재되는 염기서열로 구성되는, 형광물질로 표지된 프로브를 포함하는, 니트로소코쿠스 모빌리스 계통(Nitrosococcus mobilis-lineage)에 속하는 암모늄산화균의 정량키트.
- 서열번호 7 및 서열번호 9로 기재되는 염기서열들로 구성되는 프라이머 쌍 및 서열번호 8로 기재되는 염기서열로 구성되는, 형광물질로 표지된 프로브를 포함하는, 니트로소모나스 니트로사 계통(Nitrosomonas nitrosa-lineage)에 속하는 암모늄산화균의 정량키트.
- 서열번호 10 및 서열번호 12로 기재되는 염기서열들로 구성되는 프라이머 쌍 및 서열번호 11로 기재되는 염기서열로 구성되는, 형광물질로 표지된 프로브를 포함하는, 니트로소모나스 크리오톨러란스 계통(Nitrosomonas cryotolerans-lineage)에 속하는 암모늄산화균의 정량키트.
- 서열번호 13 및 서열번호 15로 기재되는 염기서열들로 구성되는 프라이머 쌍 및 서열번호 14로 기재되는 염기서열로 구성되는, 형광물질로 표지된 프로브를 포함하는, 니트로소스피라 멀티포미스 계통(Nitrosospira multiformis-lineage)에 속하는 암모늄산화균의 정량키트.
- 제 16항 내지 제 20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 형광물질은 6-FAM, TET, 6-JOE, HEX, Cy3, Cy5 및 VIC로 구성된 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 정량키트.
- 제 16항 내지 제 20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프로브는 3’말단에 형광억제물질로 표지된 것을 특징으로 하는 정량키트.
- 제 22 항에 있어서, 프로브의 3‘말단에 표지되는 형광억제물질은 6-카르복시테트라메틸로다민, BHQ-1, BHQ-2, BHQ-3, 댑실 다크 형광억제물질 및 ROX로 구성되는 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 정량키트.
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR1020070051976A KR100877840B1 (ko) | 2007-05-29 | 2007-05-29 | 실시간 중합효소연쇄반응을 이용한 암모늄산화균 그룹의선택적 정량 방법 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR1020070051976A KR100877840B1 (ko) | 2007-05-29 | 2007-05-29 | 실시간 중합효소연쇄반응을 이용한 암모늄산화균 그룹의선택적 정량 방법 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
KR20080104753A KR20080104753A (ko) | 2008-12-03 |
KR100877840B1 true KR100877840B1 (ko) | 2009-01-08 |
Family
ID=40366321
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
KR1020070051976A KR100877840B1 (ko) | 2007-05-29 | 2007-05-29 | 실시간 중합효소연쇄반응을 이용한 암모늄산화균 그룹의선택적 정량 방법 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
KR (1) | KR100877840B1 (ko) |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20040106133A1 (en) * | 2000-05-19 | 2004-06-03 | Aquaria, Inc. | Method for detecting ammonia-oxidizing bacteria |
US20050079596A1 (en) | 2003-10-09 | 2005-04-14 | Aquaria, Inc. | Nitrite-oxidizing bacteria and methods of using and detecting the same |
-
2007
- 2007-05-29 KR KR1020070051976A patent/KR100877840B1/ko active IP Right Grant
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20040106133A1 (en) * | 2000-05-19 | 2004-06-03 | Aquaria, Inc. | Method for detecting ammonia-oxidizing bacteria |
US20050079596A1 (en) | 2003-10-09 | 2005-04-14 | Aquaria, Inc. | Nitrite-oxidizing bacteria and methods of using and detecting the same |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
논문1:Water Sci Technol. |
논문2:Appl Environ Microbiol. |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
KR20080104753A (ko) | 2008-12-03 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Wawrik et al. | Real-time PCR quantification of rbcL (ribulose-1, 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase) mRNA in diatoms and pelagophytes | |
Brankatschk et al. | Simple absolute quantification method correcting for quantitative PCR efficiency variations for microbial community samples | |
Ben-Dov et al. | Quantification of sulfate-reducing bacteria in industrial wastewater, by real-time polymerase chain reaction (PCR) using dsrA and apsA genes | |
Zhang et al. | Applications of real-time polymerase chain reaction for quantification of microorganisms in environmental samples | |
Yu et al. | Quantitative molecular assay for fingerprinting microbial communities of wastewater and estrogen-degrading consortia | |
Park et al. | Normalization of soil DNA extraction for accurate quantification of target genes by real-time PCR and DGGE | |
Zhang et al. | Quantification and comparison of ammonia-oxidizing bacterial communities in MBRs treating various types of wastewater | |
EP3353320B1 (en) | Improved detection of short homopolymeric repeats | |
KR20200068248A (ko) | 장내 마이크로바이옴의 선택적 양적 비교 분석법 개발 | |
Qiu et al. | Detection and quantification of copper-denitrifying bacteria by quantitative competitive PCR | |
Mao et al. | Development of group-specific PCR-DGGE fingerprinting for monitoring structural changes of Thauera spp. in an industrial wastewater treatment plant responding to operational perturbations | |
Verma et al. | Development and application of fluorescent loop mediated isothermal amplification technique to detect Phytophthora infestans from potato tubers targeting ITS-1 region | |
Wang et al. | Newly designed high-coverage degenerate primers for nitrogen removal mechanism analysis in a partial nitrification-anammox (PN/A) process | |
Bjerrum et al. | Enumerating ammonia-oxidizing bacteria in environmental samples using competitive PCR | |
Castro-Gutierrez et al. | Probe-based qPCR assay enables the rapid and specific detection of bacterial degrading genes for the pesticide metaldehyde in soil | |
Stricker et al. | Development of a Scorpion probe-based real-time PCR for the sensitive quantification of Bacteroides sp. ribosomal DNA from human and cattle origin and evaluation in spring water matrices | |
KR100877840B1 (ko) | 실시간 중합효소연쇄반응을 이용한 암모늄산화균 그룹의선택적 정량 방법 | |
KR102565490B1 (ko) | 니트로박터(Nitrobacter)속 세균의 검출 방법 및 키트 | |
Price et al. | Detection of SRP activity by quantification of mRNA for the dissimilatory (bi) sulfite reductase gene (dsrA) by reverse transcription quantitative PCR | |
Prosser et al. | Nucleic-acid-based characterization of community structure and function | |
JP2005245287A (ja) | メタン発酵微生物系の診断方法およびプライマー | |
KR20060064271A (ko) | 혐기소화공정의 메탄생성균에 대한 정량방법 | |
Hiibel et al. | Active community profiling via capillary electrophoresis single-strand conformation polymorphism analysis of amplified 16S rRNA and 16S rRNA genes | |
Thies | Molecular methods for studying microbial ecology in the soil and rhizosphere | |
KR101437919B1 (ko) | 표준시료로 인위적 염기서열을 이용하는 정량적 실시간 pcr 및 이를 이용한 미생물의 정량방법 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A201 | Request for examination | ||
E902 | Notification of reason for refusal | ||
E701 | Decision to grant or registration of patent right | ||
GRNT | Written decision to grant | ||
FPAY | Annual fee payment |
Payment date: 20130102 Year of fee payment: 5 |
|
FPAY | Annual fee payment |
Payment date: 20131231 Year of fee payment: 6 |
|
FPAY | Annual fee payment |
Payment date: 20151224 Year of fee payment: 8 |
|
FPAY | Annual fee payment |
Payment date: 20170102 Year of fee payment: 9 |
|
FPAY | Annual fee payment |
Payment date: 20180102 Year of fee payment: 10 |
|
FPAY | Annual fee payment |
Payment date: 20190102 Year of fee payment: 11 |
|
FPAY | Annual fee payment |
Payment date: 20200102 Year of fee payment: 12 |