KR100590550B1 - 동일한 표적핵산에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드사이의 거리가 최대가 되도록 배열되어 있는마이크로어레이 및 그를 제조하는 방법 - Google Patents

동일한 표적핵산에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드사이의 거리가 최대가 되도록 배열되어 있는마이크로어레이 및 그를 제조하는 방법 Download PDF

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Abstract

본 발명은 동일한 표적핵산에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드가 서로 최대한 멀리 떨어져 있도록 배열되어 있는 마이크로어레이 및 그를 제조하는 방법을 제공한다.
마이크로어레이, 스팟, 프로브, 표적핵산

Description

동일한 표적핵산에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드 사이의 거리가 최대가 되도록 배열되어 있는 마이크로어레이 및 그를 제조하는 방법{A microarray having probe polynucleotide spots binding to a same target polynucleotide fragment maximally apart therebetween and a method of producing the same}
도 1은 본 발명의 방법에 따라 제조된 마이크로어레이를 이용하여 얻어진 형광 강도 데이터의 분산값과 대조군의 분산값을 그래프로 나타낸 것이다.
본 발명은 핵산 마이크로어레이의 제조방법에 있어서, 마이크로어레이의 스팟의 배열 방법 및 그에 의하여 제조된 핵산 마이크로어레이에 관한 것이다.
"폴리뉴클레오티드 마이크로어레이" 또는 "핵산 마이크로어레이"란 기판 상에 폴리뉴클레오티드의 그룹이 높은 밀도로 고정화되어 있는 것으로서, 상기 폴리뉴클레오티드 그룹은 각각 일정한 영역에 고정화되어 있는 마이크로어레이를 의미한다. 이러한 마이크로어레이는 당업계에 잘 알려져 있다. 마이크로어레이에 관하여는 예를 들면, 미국특허 제5,445,934호 및 제5,744,305호에 개시되어 있다. 또한, 상기 마이크로어레이의 제조방법에는 일반적으로 포토리소그래피를 이용하는 방법과 스팟팅 (spotting) 방법이 알려져 있다. 포토리소그래피를 이용하는 경우, 제거가능한 기로 보호된 단량체가 도포된 기판 표면 상의 일정한 영역을 에너지 원에 노출시켜 보호기를 제거하고, 제거가능한 기로 보호된 단량체를 커플링시키는 단계를 반복함으로써, 폴리뉴클레오티드의 어레이를 제조할 수 있다. 이미 합성된 폴리뉴클레오티드를 일정한 위치에 고정화시키는 방법을 스팟팅 (spotting) 법이라고 한다. 이러한 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이의 제조방법은 예를 들면, 미국특허 제5,744,305호, 제5,143,854호 및 제5,424,186호에 개시되어 있다. 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이 및 그의 제조방법에 관한 상기 문헌은 원용에 의하여 본 명세서에 그 전체로서 포함되어진다.
종래의 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이에 있어서, 일반적으로 기판 상의 일정한 영역에 고정화되는 폴리뉴클레오티드는 "프로브 폴리뉴클레오티드"라고 한다. 프로브 폴리뉴클레오티드는 일반적으로, 표적 폴리뉴클레오티드와 상보적인 서열을 가지고 있어, 혼성화에 의하여 표적 폴리뉴클레오티드와 서열 특이적으로 결합할 수 있다. 이러한 프로브 폴리뉴클레오티드와 표적 폴리뉴클레오티드간의 서열 특이적 결합을 검출함으로써, 표적 폴리뉴클레오티드를 검출하는데 이용될 수 있다. 또한, 폴리뉴클레오티드의 그룹이 고정화되어 있는 기판 상의 일정한 영역을 일반적으로 "스팟 (spot)"이라고도 한다. 따라서, 마이크로어레이란 이러한 스팟들이 고밀도, 예를 들면 10,000 스팟/cm2 이상으로 배열되어 있는 것을 의미한다.
종래의 마이크로어레이에 있어서, 상기 스팟은 거기에 폴리뉴클레오티드의 서열에 무관하게 무작위적으로 인접하여 배열되어 있었다. 그러나, 상기 스팟의 배열 방법은 하나의 표적 핵산 분자가 2 이상의 프로브 폴리뉴클레오티드와 결합할 수 있는 경우에는, 상기 스팟 배열 방법에 의하여 제작된 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이를 이용하여 표적 핵산 분자를 분석하여 얻어지는 결과에 영향을 미칠 수 있다. 즉, 하나의 표적 분자가 2 이상의 프로브 폴리뉴클레오티드와 결합할 수 있는 결합 영역을 갖는 경우, 상기 2 이상의 프로브는 하나 표적 분자에 대하여 서로 경쟁적으로 결합하기 때문에, 국지적으로 더 많은 농도 표적 분자를 요구하게 된다. 그러나, 표적 핵산의 확산 속도에는 일정한 제한이 있기 때문에, 일정한 한 영역에서 표적 분자의 농도를 높이는 것은 한계가 있다. DNA의 경우, 물에서 DNA 단편의 확산계수는, Dw = 4.9 x 10-6 cm2/s x [bp]-0.72로 나타낼 수 있으며, 일정한 한계가 있으며, DNA의 단편의 크기가 커짐에 따라 확산 계수는 더 작아진다 (J. Bio. Chem. vol. 275 (2000), pp. 1625-1629). 따라서, 이러한 종래의 스팟 배열 방법에 의하면, 그에 의하여 제조되는 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이를 이용하여 표적 핵산을 분석하여 얻어지는 결과, 예를 들면, 동일한 조건에서 수행된 결과이더라도 실험에 따라 마이크로어레이와 마이크로어레이 사이에 변이를 야기할 수 있었다.
따라서, 상기와 같은 종래 기술에 의하면, 프로브 폴리뉴클레오티드와 혼성화될 수 있는 표적 핵산의 농도가 제한되지 않도록 하는 스팟 배열 방법이 요구되고 있었다. 이에 본 발명자들은 동일한 표적 핵산 분자에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드 사이의 거리가 가능한 최대가 되도록 할 수 있는 스팟 배열 방법을 연 구하던 중 본 발명을 완성하기에 이르렀다.
따라서, 본 발명의 목적은 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이를 이용하여 표적 핵산을 분석하여 얻어지는 결과가 우수한, 고품질의 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이를 제공하는 것이다.
또한, 본 발명의 목적은, 상기 고품질의 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이의 제조 방법을 제공한다.
본 발명의 일 구체예는, 동일한 표적 핵산에 대하여 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드가 2 이상 고정화되어 있는 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이에 있어서,
상기 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이 기판상의 스팟 영역을 서로 인접하게 행과 열로 배열되어 있는 블록으로 구분하였을 때, 상기 블록의 갯수는 2 m 개이고, 상기 블록의 가로:세로의 길이의 비가
Figure 112006007599156-pat00009
: 1이 되도록 스팟이 배열되어 있으며, 상기 m은 기판상에 고정화된 각 표적 핵산에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드의 갯수 중에서 가장 큰 값이고,
상기 각 블록을 a 블록과 a 블록, 및 b 블록과 b 블록은 블록의 변이 서로 인접하지 않는, a 블록과 b 블록의 2 종류의 블록으로 지정하는 경우,
프로브 폴리뉴클레오티드는 a 블록 또는 b 블록 중 어느 한 종류의 블록에 스팟의 형태로 고정화되어 있으나, 동일한 표적 핵산에 대하여 결합하는 각 종류의 프로브 폴리뉴클레오티드는 서로 다른 블록에 서로 대응하는 위치에 스팟의 형태로 고정화되어 있는 것을 특징으로 하는, 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이를 제공한다.
바람직하게는, 상기 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이는 상기 블록의 행 또는 열의 사이에는 상기 블록의 행과 열을 분리할 수 있는 공간이 주어져 있는 것이다.
본 발명의 마이크로어레이는 동일한 표적 핵산에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드의 스팟이 가능한 한 서로 멀리 떨어져 있다. 그 결과, 본 발명의 마이크로어레이를 이용하여 표적 핵산을 분석하는 경우, 얻어지는 결과는 실험간의 변이를 감소시킬 수 있다.
본 발명의 마이크로어레이에 있어서, 상기 마이크로어레이 기판상의 스팟 영역을 서로 인접하게 행과 열로 배열되어 있는 블록으로 구분하였을 때, 상기 블록의 갯수는 2 m 개이다. 그러나, 상기 블록은 반드시 서로 인접하여 있을 필요는 없고, 혼성화 결과를 측정하는 형광 강도의 간섭 현상을 감소시키기 위하여 상기 블록의 행과 행 사이, 열과 열 사이에 일정한 간격을 부여할 수 있다. 여기서, m은 기판상에 고정화된 각 표적 핵산에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드의 갯수 중에서 가장 큰 값이다. 예를 들면, 표적 핵산 T1에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드가 2개 고정화되어 있고, T2에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드가 5개이면, m 값은 5가 되며, 상기 마이크로어레이는 10개의 블록으로 구분될 수 있다. 또한, 상기 블록은 상기 블록의 가로 : 세로의 길이의 비가
Figure 112004010425235-pat00002
: 1이 되도록 스팟이 배열되어 있다. 여기에서 "상기 블록의 가로 : 세로의 길이의 비가
Figure 112004010425235-pat00003
: 1"라는 의미는 각 블록의 가로 : 세로에 고정화되는 프로브 폴리뉴클레오티드의 갯수 비가 약 1.7 : 1의 비율 즉, 2 : 1, 및 3 : 2와 같이 약 1.7 : 1에 가까운 정수 비율로 된다는 것을 의미한다.
본 발명의 마이크로어레이에 있어서, 상기 2 m 개의 블록은 2 종류의 블록으로 지정될 수 있으며, 이들은 서로 인접하지 않게 지정된다. 상기 블록의 갯수가 4이고, 각 표적 핵산에 결합할 수 있는 프로브 폴리뉴클레오티드의 최대값 m = 8인 경우, 2 종류의 블록으로의 구분은 예를 들면 다음과 같다. 하기 표 1과 같이, 열 (column)의 갯수가 4이고, 전체가 블록의 갯수가 16 (2m)인 블록의 행과 열을 만든 다음, 상기 a 블록과 a 블록, 및 b 블록과 b 블록은 블록의 변이 서로 인접하지 않도록 a와 b의 2 종류의 블록을 지정할 수 있다.
표 1. 열의 갯수가 짝수인 경우 a와 b의 2 종류의 블록으로 구분한 예
a b a b
b a b a
a b a b
b a b a
또한, 열의 갯수가 홀수인 경우에도 동일한 방식으로 상기 2 m 개의 블록은 2 종류의 블록으로 지정될 수 있으며, 이들은 서로 인접하지 않게 지정된다. 예를 들면, 상기 블록의 열의 갯수가 5이고, 각 표적 핵산에 결합할 수 있는 프로브 폴리뉴클레오티드의 최대값 m = 10인 경우, 2 종류의 블록으로의 구분은 예를 들면 다음과 같다. 먼저, 열의 갯수가 5이고, 전체가 블록의 갯수가 20 (2m)인 블록의 행과 열을 만든 다음, 상기 a 블록과 a 블록, 및 b 블록과 b 블록은 블록의 변이 서로 인접하지 않도록 a와 b의 2 종류의 블록을 지정한다.
표 2. 열의 갯수가 홀수인 경우 a와 b의 2 종류의 블록으로 구분한 예
a b a b a
b a b a b
a b a b a
b a b a b
본 발명의 마이크로어레이는 상기와 같이 2 종류의 블록으로 구분된 경우, 프로브 폴리뉴클레오티드는 임의의 상기 a 블록 또는 b 블록에 고정화되나, 동일한 표적 핵산에 혼성화하는 프로브 폴리뉴클레오티드는 서로 다른 상기 a 블록 또는 b 블록에 서로 대응하는 위치에 고정화된다.
또한, 본 발명의 일 구체예는, 고체 기판상에 동일한 표적 핵산에 대하여 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드를 2 이상의 스팟으로 고정화시켜 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이를 제조하는 방법에 있어서,
고체 기판 표면의 스팟이 형성되어질 영역을 서로 인접하는 행과 열의 형태로 배열되어 있는 2m 개의 블록으로 가상으로 구분하는 단계로서, 상기 m은 기판 표면에 고정화될 각 표적 핵산에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드의 갯수 중에서 가장 큰 값이고, 상기 블록은 가로:세로의 길이의 비가
Figure 112006007599156-pat00010
: 1인 단계;
상기 가상으로 구분된 각 블록을 a 블록과 b 블록의 2 종류의 블록으로 지정하는 단계로서, 동일한 종류의 블록의 변은 서로 인접하지 않도록 지정하여 상기 a 블록과 a 블록, 및 상기 b 블록과 b 블록은 블록의 변이 서로 인접하지 않도록 지정하는 단계; 및
상기 a 블록 또는 b 블록 중 어느 한 종류의 블록에 프로브 폴리뉴클레오티드를 스팟의 형태로 고정화시키는 단계로서, 동일한 표적 핵산에 대하여 결합하는 각 종류의 프로브 폴리뉴클레오티드는 동일한 종류의 서로 다른 블록에 서로 대응하는 위치에 스팟의 형태로 고정화하는 단계를 포함하는, 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이의 제조방법을 제공한다.
바람직하게는, 상기 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이의 제조방법은 블록의 행 또는 열의 사이에는 상기 블록의 행과 열을 분리할 수 있는 공간을 부여 상기 블록을 지정하는 단계를 더 포함한다.
본 발명의 마이크로어레이 제조방법에 있어서, 표적 핵산에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드가 2 이상인 경우에, 이들 사이의 거리를 가능한 한 멀리 떨어져 있도록 하는데 적용될 수 있다.
먼저, 기판상의 스팟이 될 영역을 서로 인접하게 행과 열로 배열되어 있는 2 m 개의 블록으로 구분한다. 여기서, 상기 m은 기판상에 고정화된 각 표적 핵산에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드의 갯수 중에서 가장 큰 값이다. 상기 블록의 가로 : 세로의 길이의 비가
Figure 112004010425235-pat00005
: 1이 되도록 하고, 여기에 프로브 폴리뉴클레오티드 스팟을 상기 비율에 가장 근접하게 배열한다. 즉, 고정화되는 프로브 폴리뉴클레오티드의 갯수의 비가 가로 : 세로 = 약 1.7 : 1의 비가 되도록 배열한다. 예를 들면, 2 : 1, 및 3 : 2와 같이 약 1.7 : 1에 가장 가까운 정수 비율로 프로브 폴리뉴클레오티드 스팟을 배열한다.
다음으로, 상기 각 블록을 2 종류의 블록으로 구분하고, 프로브 폴리뉴클레오티드는 상기 2 종류의 블록 중 어느 하나에 고정화하지만, 동일한 표적 핵산에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드는 서로 다른 블록에 서로 대응하는 위치에 고정화시킨다. 이때, 상기 2 종류의 블록을 지정하는 방식은 본 발명의 폴리뉴클레오티 드 마이크로어레이에 대하여 설명한 바와 동일하다.
본 발명의 마이크로어레이 제조 방법에는, 상기한 바와 같은 프로브 폴리뉴클레오티드를 배열하는 방법을 사용하는 것을 제외하고는 종래 알려진 임의의 프로브 폴리뉴클레오티드 고정화 방법에 사용될 수 있다. 예를 들면, 포토리소그래피 법 및 스팟팅 법 등이 포함될 수 있다. 이러한 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이의 제조방법은 예를 들면, 미국특허 제5,744,305호, 제5,143,854호 및 제5,424,186호에 개시되어 있다. 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이 및 그의 제조방법에 관한 상기 문헌은 원용에 의하여 본 명세서에 그 전체로서 포함되어진다. 그러나, 본 발명에 이용될 수 있는 마이크로어레이 제조방법이 상기 예에 한정되는 것은 아니다.
이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예
본 실시예에서는 본 발명의 방법에 따라 동일한 표적 핵산에 결합하는 2개 이상의 프로브 폴리뉴클레오티드를 배열하여 마이크로어레이를 제작하고, 이를 표적 핵산과 혼성화 반응을 수행한 다음, 얻어지는 결과를 분석하였다.
먼저, 본 발명에 사용되는 표적 핵산의 수는 18개 (서열번호 1 내지 18) 이었으며 (표 3), 이들 표적 핵산에 결합하는 총 프로브 폴리뉴클레오티드의 갯수는 78 종류 (서열번호 19 내지 96)이었다 (표 4). 또한, 78개의 프로브 이외에 대조군 프로브들이 배열었으며, 기판 가운데 가로와 세로에 4.5 mm의 간격을 두었다 (표 6 및 표 8에서는 "간격"으로 표시함). 표적 핵산에 결합하는 프로브의 갯수 중 가장 큰 값 m = 11이었다 (하기 표 5 참조).
표 3. 표적 핵산
명칭 서열 명칭 서열
A1 서열번호 1 A10 서열번호 10
A2 서열번호 2 A11 서열번호 11
A3 서열번호 3 A12 서열번호 12
A4 서열번호 4 A13 서열번호 13
A5 서열번호 5 A14 서열번호 14
A6 서열번호 6 A15 서열번호 15
A7 서열번호 7 A16 서열번호 16
A8 서열번호 8 A17 서열번호 17
A9 서열번호 9 A18 서열번호 18
표 4. 프로브 핵산 폴리뉴클레오티드
프로브 서열번호 프로브 서열번호 프로브 서열번호
P1,1 19 P4,5 45 P8,4 71
P1,2 20 P4,6 46 P8,5 72
P1,3 21 P4,7 47 P8,6 73
P1,4 22 P5,1 48 P9,1 74
P1,5 23 P5,2 49 P10,1 75
P2,1 24 P5,3 50 P10,2 76
P2,2 25 P5,4 51 P10,3 77
P2,3 26 P6,1 52 P11,1 78
P2,4 27 P6,2 53 P12,1 79
P2,5 28 P6,3 54 P12,2 80
P2,6 29 P6,4 55 P12,3 81
P3,1 30 P6,5 56 P13,1 82
P3,2 31 P6,6 57 P13,2 83
P3,3 32 P6,7 58 P14,1 84
P3,4 33 P7,1 59 P14,2 85
P3,5 34 P7,2 60 P14,3 86
P3,6 35 P7,3 61 P14,4 87
P3,7 36 P7,4 62 P14,5 88
P3,8 37 P7,5 63 P14,6 89
P3,9 38 P7,6 64 P14,7 90
P3,10 39 P7,7 65 P14,8 91
P3,11 40 P7,8 66 P15,1 92
P4,1 41 P7,9 67 P16,1 93
P4,2 42 P8,1 68 P16,2 94
P4,3 43 P8,2 69 P17,1 95
P4,4 44 P8,3 70 P18,1 96
표 5. 표적 핵산 및 동일한 프로브 폴리뉴클레오티드에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드의 갯수
표적 핵산 프로브 수 표적 핵산 프로브 수
1 5 11 1
2 6 12 3
3 11 13 2
4 7 14 8
5 4 15 1
6 7 16 2
7 9 17 1
8 6 18 1
9 1
10 3
실험의 정확성을 위하여 각 프로브 마다 3개의 스팟을 가로로 연속하여 배열하였다. 스팟간의 간격은 300 ㎛이고, 3개의 스팟의 평균값을 프로브의 형광강도로 사용하였다. 다음으로, 기판 상에 6개의 스팟의 열과 3개 또는 4개 스팟의 행으로 구성되는 24개의 블록의 행과 열을 형성하고, 상기한 바와 같이 2 종류의 블록으로 구분하였다. 여기에 상기 프로브들 (서열번호 19 내지 96)을 각각 2종류의 블록 중에 어느 하나에 고정화하지만, 동일한 표적 핵산에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드는 동일한 종류의 블록의 서로 블록에 고정화하였다. 표 6은 고정화된 상기 블록들을 도식적으로 나타낸 것이다. 대조군으로서, 상기 동일한 표적 핵산에 결합하는 각 프로브 폴리뉴클레오티드를 서로 인접하게 배열하였다 (표 7 참조). 실험은 각각 30 개의 마이크로어레이에 대하여 수행하였다.
하기 표 6 및 7에서, 23개의 행 중에서 1번행 내지 4번행, 5번행 내지 8번행, 13번행 내지 16번행, 및 17번행 내지 20번행은 각각 4개 스팟의 행과 6개 스팟의 열이 모여 하나의 블록을 형성하고, 9번행 내지 11번행 및 21번행 내지 23번행은 각각 3개 스팟의 행과 6개 스팟의 열이 모여 하나의 블록을 형성한다. "간격"은 블록의 행과 행사이, 열과 열사이의 간격을 의미한다. 표 6과 7에서, 각 프로브는 3 개의 스팟이 가로로 배열되었다. 예를 들면, P3,1 대조군으로 표기된 것은, P3,1 스팟 3개와 대조군 스팟 3개의 모두 6개의 스팟이 가로로 배열되어 있는 것을 나타낸다
표 6. 본 발명에 따른 프로브 폴리뉴클레오티드가 배열된 형태
P3,1 대조군 P7,1 대조군 간격 P3,2 대조군 P7,2 대조군
P4,1 대조군 P8,1 대조군 간격 P4,2 대조군 P8,2 대조군
P6,4 대조군 P1,1 대조군 간격 P6,5 대조군 P1,2 대조군
P5,1 대조군 P2,1 대조군 간격 P5,2 대조군 P2,2 대조군
P7,6 대조군 P3,5 대조군 간격 P7,8 대조군 P3,7 대조군
P8,5 대조군 P4,5 대조군 간격 P8,6 대조군 P4,6 대조군
P2,5 대조군 P12,1 대조군 간격 P2,6 대조군 P12,2 대조군
P14,2 대조군 P13,1 대조군 간격 P14,3 대조군 P13,2 대조군
P3,10 대조군 P14,1 대조군 간격 P3,6 대조군 대조군 대조군
P6,2 대조군 P15,1 대조군 간격 P7,4 대조군 대조군 대조군
대조군 대조군 P14,6 대조군 간격 대조군 대조군 P14,7 대조군
간격 간격 간격 간격 간격 간격 간격 간격 간격
P3,3 대조군 P7,3 대조군 간격 P3,4 대조군 P7,5 대조군
P4,3 대조군 P8,3 대조군 간격 P4,4 대조군 P8,4 대조군
P6,6 대조군 P1,3 대조군 간격 P6,7 대조군 P1,5 대조군
P5,3 대조군 P2,3 대조군 간격 P5,4 대조군 P2,4 대조군
P7,9 대조군 P3,8 대조군 간격 P10,2 대조군 P3,9 대조군
P10,1 대조군 P4,7 대조군 간격 P11,1 대조군 P6,1 대조군
P16,1 대조군 P12,3 대조군 간격 P16.2 대조군 P9,1 대조군
P14,4 대조군 대조군 대조군 간격 P14,5 대조군 대조군 대조군
P3,11 대조군 P17,1 대조군 간격 P7,7 대조군 대조군 대조군
P6,3 대조군 P18,1 대조군 간격 P1,4 대조군 대조군 대조군
대조군 대조군 P14,8 대조군 간격 P10,3 대조군 대조군 대조군
표 7. 종래의 방식으로 프로브 폴리뉴클레오티드가 배열된 형태
대조군 대조군 P2,1 대조군 간격 P3,6 대조군 대조군 대조군
P1,1 대조군 P2,2 대조군 간격 P3,7 대조군 P3,8 대조군
P1,2 대조군 P1,3 대조군 간격 P3,9 대조군 P3,10 대조군
P2,3 대조군 P2,4 대조군 간격 P4,5 대조군 P4,6 대조군
P2,5 대조군 P2,6 대조군 간격 P4,7 대조군 P3,11 대조군
P1,4 대조군 대조군 대조군 간격 P6,1 대조군 P6,2 대조군
P1,5 대조군 P3,1 대조군 간격 P6,3 대조군 P5,1 대조군
P4,1 대조군 P4,2 대조군 간격 P6,4 대조군 P6,5 대조군
P4,3 대조군 P3,2 대조군 간격 P5,2 대조군 P5,3 대조군
P4,4 대조군 P3,3 대조군 간격 P6,6 대조군 P5,4 대조군
P3,4 대조군 P3,5 대조군 간격 P6,7 대조군 대조군 대조군
간격 간격 간격 간격 간격 간격 간격 간격 간격
P8,1 대조군 P7,1 대조군 간격 P10,3 대조군 대조군 대조군
P8,2 대조군 P7,2 대조군 간격 P11,1 대조군 P12,1 대조군
P8,3 대조군 P8,4 대조군 간격 P13,1 대조군 P12,2 대조군
P8,5 대조군 P7,3 대조군 간격 P13,2 대조군 P12,3 대조군
P7,4 대조군 대조군 대조군 간격 P15,1 대조군 P14,1 대조군
P7,5 대조군 P8,6 대조군 간격 P14,2 대조군 P14,3 대조군
P7,6 대조군 대조군 대조군 간격 P14,4 대조군 P14,5 대조군
P7,7 대조군 대조군 대조군 간격 P14,6 대조군 P14,7 대조군
P7,8 대조군 P7,9 대조군 간격 P14,8 대조군 P16,1 대조군
P9,1 대조군 P10,1 대조군 간격 P16.2 대조군 P18,1 대조군
P10,2 대조군 대조군 대조군 간격 P17,1 대조군 대조군 대조군
구체적으로, 상기 프로브 폴리뉴클레오티드의 고정화는 다음의 과정을 거쳐 고정화하였다. 각 프로브의 5' 말단은 아미노헥산기로 변형된 올리고머를 사용하였으며, 스팟팅 용액은 DNA 2 μM, PEG1000 6mM, pH 9.0, 250 μM 비르카르보네이트 버퍼로 구성되었다. 상기 용액을 이용하여 직접 어레이 (homemade array)를 제작하였다.
이렇게 얻어진 각 마이크로어레이 상의 프로브 폴리뉴클레오티드에 대하여, 표적핵산 증폭 과정에서 Cy3-dUTP로 표지된 야생형 각 표적 핵산을을 준비하여 이를 32 ℃에서 16 시간 동안 혼성화시킨 후, Axon 사의 GenePix 4000B 레이저 스캐너를 이용하여 PMT 전압 530, 레이저 전력 100%에서 형광 강도를 측정하였다.
그 결과, 형광강도 측정 값의 분산 값 (CV : coefficient of variance)이 본 발명의 방법을 사용하여 제조된 마이크로어레이에서 훨씬 낮았다. 분산 값의 측정 결과는, 도 1에 나타내었다.
따라서, 본 발명의 방법에 따라 제작된 마이크로어레이를 이용하여 표적 핵산을 분석하는 경우, 실험과 실험 사이의 변이를 줄일 수 있어 보다 객관적인 실험 데이터를 얻을 수 있다.
본 발명의 마이크어레이에 의하면, 실험에 따른 실험 데이터의 편차를 낮게 하여 표적 핵산을 분석할 수 있다.
본 발명의 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이의 제조 방법에 의하여, 실험에 따른 실험 데이터의 편차를 낮게 하여 표적 핵산을 분석할 수 있는 마이크로어레이를 제조할 수 있다.
<110> Samsung Electronics Co. Ltd. <120> A microarray having probe polynucleotide spots binding to a same target polynucleotide fragment maximally apart therebetween and a method of producing the same <130> PN052961 <160> 96 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 419 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> target polynucleotide A1 <400> 1 gggctcgtta ggagctgagg ggggcccctc taggctctcc tgggagcggg gacggggcag 60 ggctccttac tgcagaaggg tctccaccac ggctttctgg tgggccgcct cctcagggct 120 gaggttctcc agctctttga ggatgggtgg cgtgaagtct tccccatcgt cgtccgtctc 180 gtcctcggag ccccgagtct cccccagccc attgggcagc tcagccagct cccctcgacc 240 gccgccgcag gactccccct tgtccagggg gccttctcca gccaggaggt agggccccgg 300 ctcacccagt gcctggatca gtgcctcttt gctcagccct gactcgagca gggccgccag 360 gagctccgtc tgcagctggc tcagtttaga aaccatggct cggctgccac agggccacg 419 <210> 2 <211> 419 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> target polynucleotide A2 <400> 2 cgtggccctg tggcagccga gccatggttt ctaaactgag ccagctgcag acggagctcc 60 tggcggccct gctcgagtca 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ctgcctccac 240 ctgccctctc ccccagtaag gtccacggta agtggtatgt ggggacaagg gacacg 296 <210> 9 <211> 202 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> target polynucleotide A9 <400> 9 tacaagcaag gacactcacc agcttggctt ctgtactcag caggctgtgg ctgggctcca 60 ggcccgtggg ggacacttgg tggaggggtg tagacactgt cactaaggga ccgccgctgc 120 ttgagggtac ttctgcagtc tcactggtcg caggctgtcc atagcgcaca cctggagagg 180 gaagcagtgt cctgcctcag ca 202 <210> 10 <211> 247 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> target polynucleotide A10 <400> 10 atccccacca gcttaccgat gaccagggtg gaggcacctg tgttggtgaa cgtaggaccc 60 agggaggcag gctcaccagg cccgatggtc atgaccccag gaagtgaggc catgatgagg 120 ttctggggct gctggttgag gcctggggat gtctgctcca agctgtgcag tgctgtcagg 180 gtgctgacag gggggagggg gcccccagct gctgagacct acgaggggaa gccaagctgt 240 gtccggg 247 <210> 11 <211> 247 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> target polynucleotide A11 <400> 11 cccggacaca gcttggcttc ccctcgtagg tctcagcagc tgggggcccc ctcccccctg 60 tcagcaccct gacagcactg cacagcttgg agcagacatc cccaggcctc aaccagcagc 120 cccagaacct catcatggcc tcacttcctg gggtcatgac catcgggcct ggtgagcctg 180 cctccctggg tcctacgttc accaacacag gtgcctccac cctggtcatc ggtaagctgg 240 tggggat 247 <210> 12 <211> 191 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> target polynucleotide A12 <400> 12 ggggctctgc agctgagcca tggtggccat gaaggggctc tgggtcacat ggctctgcac 60 aggtggcatg agcggctgct ggtaggaggg gtgcagcggc tgggagaact ggacgggctg 120 cagggtggtc aggctgctgc ccatgctgtt gatgaccggc acactctgtg cctgcgtgga 180 ggccaggcct g 191 <210> 13 <211> 191 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> target polynucleotide A13 <400> 13 caggcctggc ctccacgcag gcacagagtg tgccggtcat caacagcatg ggcagcagcc 60 tgaccaccct gcagcccgtc cagttctccc agccgctgca cccctcctac cagcagccgc 120 tcatgccacc tgtgcagagc catgtgaccc agagcccctt catggccacc atggctcagc 180 tgcagagccc c 191 <210> 14 <211> 378 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> target polynucleotide A14 <400> 14 gggcagggac agtaagggag ggggtggagc cagggcctct cacctgtggg gctggcgctg 60 agccggtggg ccggctgcag gtgctggatg ctggcagggt cctggctggg gacgtggagg 120 gtggtggcct gagatgccgg cgtgtgaagc ccggactcac tggaggcctc agtgtctgag 180 gtgaagacct gggggagcag agcagcctcc tgagcccggg ggatgtgggg gtgaggggct 240 ctgtcacagg ccaagggagg gccagcaggc ctggacctta cctgcttggt gggcgtgagg 300 ctggccaggg cgctcaggtt ggtggtgtcg gtgatgagca tagtctgcgg gagcaggccc 360 gtgtgggtgt actgggcc 378 <210> 15 <211> 378 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> target polynucleotide A15 <400> 15 ggcccagtac acccacacgg gcctgctccc gcagactatg ctcatcaccg acaccaccaa 60 cctgagcgcc ctggccagcc tcacgcccac caagcaggta aggtccaggc ctgctggccc 120 tcccttggcc tgtgacagag cccctcaccc ccacatcccc cgggctcagg aggctgctct 180 gctcccccag gtcttcacct cagacactga ggcctccagt gagtccgggc ttcacacgcc 240 ggcatctcag gccaccaccc tccacgtccc cagccaggac cctgccagca tccagcacct 300 gcagccggcc caccggctca gcgccagccc cacaggtgag aggccctggc tccaccccct 360 cccttactgt ccctgccc 378 <210> 16 <211> 132 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> target polynucleotide A16 <400> 16 gccttgtttg cctctgcagt gtcctccagc agcctggtgc tgtaccagag ctcagactcc 60 agcaatggcc agagccacct gctgccatcc aaccacagcg tcatcgagac cttcatctcc 120 acccagatgg cc 132 <210> 17 <211> 539 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> target polynucleotide A17 <400> 17 gcgtgggttg cgtttgcctg ccggccggca gacacaaacc aaactccttg cacccactgc 60 ccccccaaaa ccccactagc caagccctgt gggcaccccc aacccccaac cctggcccca 120 gcggcccgtg aatcagggcc cctgcctgtt ctgtttacat tggagctggg gaaattctcc 180 aaggttcata tttatccgtg tgcttagcga agggactgaa ctttggactt cagccctgca 240 aagtgcaggc ctcatggcag cggagaggga cagggagcta tggcctgcga tgggagtggg 300 cagaggggag ggtgggggag gcgcaggtga ggggccctga gcagctggga tggaaggtgc 360 tgggagccag ggaggccatc aggagagcag cgttgggtcc cacccccgaa agaaccttgt 420 aggggcatca tgctgagaca ggagagccaa aaatgcttgc tgcttacgag agcggcagca 480 gcagggagct ctagacagct gggctagctc ttctcaaggg cagaggatgc tcacggcca 539 <210> 18 <211> 539 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> target polynucleotide A18 <400> 18 tggccgtgag catcctctgc ccttgagaag agctagccca gctgtctaga gctccctgct 60 gctgccgctc tcgtaagcag caagcatttt tggctctcct gtctcagcat gatgccccta 120 caaggttctt tcgggggtgg gacccaacgc tgctctcctg atggcctccc tggctcccag 180 caccttccat cccagctgct cagggcccct cacctgcgcc tcccccaccc tcccctctgc 240 ccactcccat cgcaggccat agctccctgt ccctctccgc tgccatgagg cctgcacttt 300 gcagggctga agtccaaagt tcagtccctt cgctaagcac acggataaat atgaaccttg 360 gagaatttcc ccagctccaa tgtaaacaga acaggcaggg gccctgattc acgggccgct 420 ggggccaggg ttgggggttg ggggtgccca cagggcttgg ctagtggggt tttggggggg 480 cagtgggtgc aaggagtttg gtttgtgtct gccggccggc aggcaaacgc aacccacgc 539 <210> 19 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 19 agctcctggc gg 12 <210> 20 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 20 gcactgggtg agc 13 <210> 21 <211> 11 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 21 gggagtcctg c 11 <210> 22 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 22 gagcaaagag gcactg 16 <210> 23 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 23 aaggccccct gg 12 <210> 24 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 24 cagctggctc agtt 14 <210> 25 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 25 gcctggatca gtgcc 15 <210> 26 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 26 tggtgggccg cctc 14 <210> 27 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 27 cagaagggtc tccac 15 <210> 28 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 28 ctcccccttg tc 12 <210> 29 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 29 agaagggtct ccacc 15 <210> 30 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 30 atggtcaagt cctacc 16 <210> 31 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 31 ggaggtggtc gatac 15 <210> 32 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 32 accagtccca cct 13 <210> 33 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 33 gcagaagcgg gc 12 <210> 34 <211> 11 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 34 gaagcgggcc g 11 <210> 35 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 35 cagaagcggg ccgc 14 <210> 36 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 36 cgggccgccc tg 12 <210> 37 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 37 cagcgggagg tggtc 15 <210> 38 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 38 tggtcgatac cactgg 16 <210> 39 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 39 acaagggcac tccc 14 <210> 40 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 40 ccaacacctc aa 12 <210> 41 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 41 cgctgtggga tgt 13 <210> 42 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 42 cctcccgctg tgg 13 <210> 43 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 43 cacctcccgc tg 12 <210> 44 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 44 aggtgggact ggtt 14 <210> 45 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 45 acttacgctg cgc 13 <210> 46 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 46 cttcgccaca cg 12 <210> 47 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 47 gtgttgggac agg 13 <210> 48 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 48 cggaggaacc gtttc 15 <210> 49 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 49 aggaggagcg agag 14 <210> 50 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 50 agcgagagac gct 13 <210> 51 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 51 agcgagagac gct 13 <210> 52 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 52 cacctgtggg ct 12 <210> 53 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 53 ccgccccttc tt 12 <210> 54 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 54 aaacggttcc tccg 14 <210> 55 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 55 ccccacttga aacgg 15 <210> 56 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 56 ctgcctctca taggc 15 <210> 57 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 57 atgctgggcc cca 13 <210> 58 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 58 ctcctccact agcgt 15 <210> 59 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 59 gcggaatgca tccag 15 <210> 60 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 60 acctcgtcac ggag 14 <210> 61 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 61 gaggtgcgtg tctac 15 <210> 62 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 62 caaccggcgc aaagaa 16 <210> 63 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 63 cccccagggc ca 12 <210> 64 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 64 caactggttt gccaac 16 <210> 65 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 65 accggcgcaa agaag 15 <210> 66 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 66 cccccagtaa ggtcc 15 <210> 67 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 67 gggcggaatg ca 12 <210> 68 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 68 ctggatgcat tccg 14 <210> 69 <211> 11 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 69 gcccagcccc t 11 <210> 70 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 70 ctccgtgacg ag 12 <210> 71 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 71 cacgcacctc cgt 13 <210> 72 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 72 cacgcacctc cg 12 <210> 73 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 73 tggcaaacca gttgt 15 <210> 74 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 74 ccccacgggc ct 12 <210> 75 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 75 tcccccctgt cagc 14 <210> 76 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 76 cagacatccc cagg 14 <210> 77 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 77 agcagcccca gaacc 15 <210> 78 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 78 accagggtgg aggc 14 <210> 79 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 79 cgcaggcaca gagt 14 <210> 80 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 80 acccagaacc cc 12 <210> 81 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 81 atgtgacccc gaaccc 16 <210> 82 <211> 11 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 82 gaccggcaca c 11 <210> 83 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 83 gagcggctgc tg 12 <210> 84 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 84 acgcccacca agc 13 <210> 85 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 85 agacactgag gcct 14 <210> 86 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 86 cggcatctca ggc 13 <210> 87 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 87 ctgccggcat cc 12 <210> 88 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 88 ccggcccacc ggc 13 <210> 89 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 89 cccaccggct cag 13 <210> 90 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 90 ccggctcagc gc 12 <210> 91 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 91 ccccacaggt gagag 15 <210> 92 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 92 tgggcgtgag gct 13 <210> 93 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 93 tctcgatgac gct 13 <210> 94 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 94 gagatgaagg tctc 14 <210> 95 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 95 ttgggggggc agt 13 <210> 96 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe polynucleotide <400> 96 tctgtttaca ttggagct 18

Claims (4)

  1. 동일한 표적 핵산에 대하여 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드가 2 이상 고정화되어 있는 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이에 있어서,
    상기 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이 기판상의 스팟 영역을 서로 인접하게 행과 열로 배열되어 있는 블록으로 구분하였을 때, 상기 블록의 갯수는 2 m 개이고, 상기 블록의 가로 : 세로의 길이의 비가
    Figure 112006007599156-pat00011
    : 1이 되도록 스팟이 배열되어 있으며, 상기 m은 기판상에 고정화된 각 표적 핵산에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드의 갯수 중에서 가장 큰 값이고,
    상기 각 블록을 a 블록과 a 블록, 및 b 블록과 b 블록은 블록의 변이 서로 인접하지 않는, a 블록과 b 블록의 2 종류의 블록으로 지정하는 경우,
    프로브 폴리뉴클레오티드는 a 블록 또는 b 블록 중 어느 한 종류의 블록에 스팟의 형태로 고정화되어 있으나, 동일한 표적 핵산에 대하여 결합하는 각 종류의 프로브 폴리뉴클레오티드는 서로 다른 블록에 서로 대응하는 위치에 스팟의 형태로 고정화되어 있는 것을 특징으로 하는, 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이.
  2. 제1항에 있어서, 상기 블록의 행 또는 열의 사이에는 상기 블록의 행과 열을 분리할 수 있는 공간이 주어져 있는 것을 특징으로 하는, 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이.
  3. 고체 기판상에 동일한 표적 핵산에 대하여 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드를 2 이상의 스팟으로 고정화시켜 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이를 제조하는 방법에 있어서,
    고체 기판 표면의 스팟이 형성되어질 영역을 서로 인접하는 행과 열의 형태로 배열되어 있는 2m 개의 블록으로 가상으로 구분하는 단계로서, 상기 m은 기판 표면에 고정화될 각 표적 핵산에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드의 갯수 중에서 가장 큰 값이고, 상기 블록은 가로:세로의 길이의 비가
    Figure 112006007599156-pat00012
    : 1인 단계;
    상기 가상으로 구분된 각 블록을 a 블록과 b 블록의 2 종류의 블록으로 지정하는 단계로서, 동일한 종류의 블록의 변은 서로 인접하지 않도록 지정하여 상기 a 블록과 a 블록, 및 상기 b 블록과 b 블록은 블록의 변이 서로 인접하지 않도록 지정하는 단계; 및
    상기 a 블록 또는 b 블록 중 어느 한 종류의 블록에 프로브 폴리뉴클레오티드를 스팟의 형태로 고정화시키는 단계로서, 동일한 표적 핵산에 대하여 결합하는 각 종류의 프로브 폴리뉴클레오티드는 동일한 종류의 서로 다른 블록에 서로 대응하는 위치에 스팟의 형태로 고정화하는 단계를 포함하는, 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이의 제조방법.
  4. 제3항에 있어서, 상기 블록의 행과 열 사이에 공간을 부여하는 단계를 포함하는 단계를 포함하는, 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이의 제조방법.
KR1020040017026A 2004-03-12 2004-03-12 동일한 표적핵산에 결합하는 프로브 폴리뉴클레오티드사이의 거리가 최대가 되도록 배열되어 있는마이크로어레이 및 그를 제조하는 방법 KR100590550B1 (ko)

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