JPWO2021217052A5 - - Google Patents
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Description
参考文献
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特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
染色体外ＤＮＡ（ｅｃＤＮＡ）の抽出および単離方法であって、
ＤＮＡ電気泳動用に構成されたアガロースゲルカラムを提供することであって、前記ゲルカラムが、少なくとも２つの区画を含むように、または少なくとも２つの区画に含まれるように構成されていること；
複数の細胞を含む細胞懸濁物を含む試料を、前記少なくとも２つの区画のうちの、第１の正に帯電した電極に対して近位に配置された第１の区画内に置くことであって、前記正に帯電した電極は、電気泳動中に負に帯電した界面活性剤およびＤＮＡを誘引するよう構成されていること；
少なくとも１つの負に帯電した界面活性剤を含む溶解試薬を、前記少なくとも２つの区画の第２の区画内に置くことであって、前記第２の区画は、第２の負に帯電した電極に対して近位に配置されていること；
前記第１の電極および前記第２の電極を介して第１の電気泳動場を印加し、その結果、前記負に帯電した界面活性剤が前記細胞懸濁物を含む前記第１の区画に移動し、その中に入り、またはその中を通り、その結果、前記第１の区画内の細胞が液体混合による粘性せん断なしに実質的に溶解されるようにすること；
第２の電気泳動場を印加するか、または前記第１の電気泳動場を継続して、所望のｅｃＤＮＡのサイズ選択に適した条件下で電気泳動を行うようにし、その結果、前記ｅｃＤＮＡがより大きな染色体ＤＮＡ分子から分離されて前記ゲルカラムを移動すること；および
前記ゲルカラムから前記サイズ選択されたｅｃＤＮＡを単離すること
を含む方法。
（項目２）
電気泳動により、３Ｍｂよりも大きなサイズの前記ＤＮＡが前記アガロースゲルに固定化されることになる、項目１に記載の方法。
（項目３）
電気泳動により、３Ｍｂよりも大きな前記ＤＮＡが前記第１の区画の壁に固定化されることになる、項目２に記載の方法。
（項目４）
電気泳動により、３Ｍｂ未満のサイズを有するＤＮＡが前記ゲルカラムを移動することになる、項目１～３のいずれかに記載の方法。
（項目５）
３Ｍｂ未満のサイズを有する前記ＤＮＡが電気溶出により単離される、項目１～４のいずれかに記載の方法。
（項目６）
電気溶出により、３Ｍｂ未満のサイズのサイズ画分の前記ＤＮＡが、溶出カセットのうちの１またはそれより多くの溶出モジュールに溶出されることになる、項目５に記載の方法。
（項目７）
３Ｍｂ未満の前記ＤＮＡがｅｃＤＮＡを含む、項目４～６のいずれかに記載の方法。
（項目８）
電気泳動が完了するまでの期間が、前記ｅｃＤＮＡのサイズに対応する、項目７に記載の方法。
（項目９）
電気泳動が２～９時間の間行われる、項目１～７のいずれかに記載の方法。
（項目１０）
前記単離されたｅｃＤＮＡの少なくとも１つの特性を分析することをさらに含む、項目１～６のいずれかに記載の方法。
（項目１１）
前記単離されたｅｃＤＮＡの少なくとも１つの特性を分析することをさらに含む、項目７または８に記載の方法。
（項目１２）
さらに、前記ｅｃＤＮＡを富化することを含む、項目１～１１のいずれかに記載の方法。
（項目１３）
前記複数の細胞が、動物細胞、哺乳動物細胞、およびヒト細胞のいずれかを含む、項目１～１２のいずれかに記載の方法。
（項目１４）
前記複数の細胞が、細胞壁を除去するために酵素処理された真菌細胞を含む、項目１～１２のいずれかに記載の方法。
（項目１５）
前記複数の細胞が、植物細胞を含む、項目１～１２のいずれかに記載の方法。
（項目１６）
前記複数の細胞が、そうでなければアニオン性界面活性剤による細胞溶解を妨げる細胞壁を除去するために酵素処理された植物細胞を含む、項目１～１２のいずれかに記載の方法。
（項目１７）
前記複数の細胞が細菌細胞を含む、項目１～１２のいずれかに記載の方法。
（項目１８）
前記複数の細胞が、そうでなければアニオン性界面活性剤による細胞溶解を妨げる細胞壁を除去するために酵素処理された細菌細胞を含む、項目１～１２のいずれかに記載の方法。
（項目１９）
前記細胞懸濁物中の前記細胞が均一に分散している、項目１～１８のいずれかに記載の方法。
（項目２０）
前記少なくとも２つの区画が互いに近接して配置されている、項目１～１９のいずれかに記載の方法。
（項目２１）
ゲルカラムからサイズ選択されたｅｃＤＮＡを単離することが、電気溶出を経由する、項目１～２０のいずれかに記載の方法。
（項目２２）
前記第２の電気泳動場または前記第１の電気泳動場の継続が、所望のｅｃＤＮＡのサイズ選択に適した条件下で電気泳動を行うように適用され、その結果、前記ｅｃＤＮＡがより大きな染色体ＤＮＡ分子から分離される、項目１から２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３）
前記ゲルカラムから前記サイズ選択されたｅｃＤＮＡを単離することが、電気溶出を介する、項目１～２２のいずれかに記載の方法。
（項目２４）
前記少なくとも１つの特性が、サイズ、トポロジー、および配列内容からなる群から選択される、項目１０～２３のいずれかに記載の方法。
（項目２５）
前記ｅｃＤＮＡのＤＮＡ配列を決定することをさらに含む、項目１～２４のいずれかに記載の方法。
（項目２６）
前記ｅｃＤＮＡを画像化することをさらに含む、項目１～２５のいずれかに記載の方法。
（項目２７）
画像化が、光学的、電子顕微鏡的、原子間力顕微鏡法のうちの少なくとも１つを介する、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
本明細書に開示される、前記方法の実施形態のいずれか１つもしくはそれより多く、および／またはその１つもしくはそれより多くのステップに従う方法。
（項目２９）
本明細書に開示される方法の１つまたはそれより多くを実行するように構成されたシステムおよびデバイスのうちの少なくとも１つ。
（項目３０）
比較的ごく近接して配置された液体試料を保持するための、かつ本開示の１つまたは方法を可能にするまたは実行するように構成された、少なくとも２つのウェル／キャビティ／区画を含むアガロースゲルカセット。
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特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
染色体外ＤＮＡ（ｅｃＤＮＡ）の抽出および単離方法であって、
ＤＮＡ電気泳動用に構成されたアガロースゲルカラムを提供することであって、前記ゲルカラムが、少なくとも２つの区画を含むように、または少なくとも２つの区画に含まれるように構成されていること；
複数の細胞を含む細胞懸濁物を含む試料を、前記少なくとも２つの区画のうちの、第１の正に帯電した電極に対して近位に配置された第１の区画内に置くことであって、前記正に帯電した電極は、電気泳動中に負に帯電した界面活性剤およびＤＮＡを誘引するよう構成されていること；
少なくとも１つの負に帯電した界面活性剤を含む溶解試薬を、前記少なくとも２つの区画の第２の区画内に置くことであって、前記第２の区画は、第２の負に帯電した電極に対して近位に配置されていること；
前記第１の電極および前記第２の電極を介して第１の電気泳動場を印加し、その結果、前記負に帯電した界面活性剤が前記細胞懸濁物を含む前記第１の区画に移動し、その中に入り、またはその中を通り、その結果、前記第１の区画内の細胞が液体混合による粘性せん断なしに実質的に溶解されるようにすること；
第２の電気泳動場を印加するか、または前記第１の電気泳動場を継続して、所望のｅｃＤＮＡのサイズ選択に適した条件下で電気泳動を行うようにし、その結果、前記ｅｃＤＮＡがより大きな染色体ＤＮＡ分子から分離されて前記ゲルカラムを移動すること；および
前記ゲルカラムから前記サイズ選択されたｅｃＤＮＡを単離すること
を含む方法。
（項目２）
電気泳動により、３Ｍｂよりも大きなサイズの前記ＤＮＡが前記アガロースゲルに固定化されることになる、項目１に記載の方法。
（項目３）
電気泳動により、３Ｍｂよりも大きな前記ＤＮＡが前記第１の区画の壁に固定化されることになる、項目２に記載の方法。
（項目４）
電気泳動により、３Ｍｂ未満のサイズを有するＤＮＡが前記ゲルカラムを移動することになる、項目１～３のいずれかに記載の方法。
（項目５）
３Ｍｂ未満のサイズを有する前記ＤＮＡが電気溶出により単離される、項目１～４のいずれかに記載の方法。
（項目６）
電気溶出により、３Ｍｂ未満のサイズのサイズ画分の前記ＤＮＡが、溶出カセットのうちの１またはそれより多くの溶出モジュールに溶出されることになる、項目５に記載の方法。
（項目７）
３Ｍｂ未満の前記ＤＮＡがｅｃＤＮＡを含む、項目４～６のいずれかに記載の方法。
（項目８）
電気泳動が完了するまでの期間が、前記ｅｃＤＮＡのサイズに対応する、項目７に記載の方法。
（項目９）
電気泳動が２～９時間の間行われる、項目１～７のいずれかに記載の方法。
（項目１０）
前記単離されたｅｃＤＮＡの少なくとも１つの特性を分析することをさらに含む、項目１～６のいずれかに記載の方法。
（項目１１）
前記単離されたｅｃＤＮＡの少なくとも１つの特性を分析することをさらに含む、項目７または８に記載の方法。
（項目１２）
さらに、前記ｅｃＤＮＡを富化することを含む、項目１～１１のいずれかに記載の方法。
（項目１３）
前記複数の細胞が、動物細胞、哺乳動物細胞、およびヒト細胞のいずれかを含む、項目１～１２のいずれかに記載の方法。
（項目１４）
前記複数の細胞が、細胞壁を除去するために酵素処理された真菌細胞を含む、項目１～１２のいずれかに記載の方法。
（項目１５）
前記複数の細胞が、植物細胞を含む、項目１～１２のいずれかに記載の方法。
（項目１６）
前記複数の細胞が、そうでなければアニオン性界面活性剤による細胞溶解を妨げる細胞壁を除去するために酵素処理された植物細胞を含む、項目１～１２のいずれかに記載の方法。
（項目１７）
前記複数の細胞が細菌細胞を含む、項目１～１２のいずれかに記載の方法。
（項目１８）
前記複数の細胞が、そうでなければアニオン性界面活性剤による細胞溶解を妨げる細胞壁を除去するために酵素処理された細菌細胞を含む、項目１～１２のいずれかに記載の方法。
（項目１９）
前記細胞懸濁物中の前記細胞が均一に分散している、項目１～１８のいずれかに記載の方法。
（項目２０）
前記少なくとも２つの区画が互いに近接して配置されている、項目１～１９のいずれかに記載の方法。
（項目２１）
ゲルカラムからサイズ選択されたｅｃＤＮＡを単離することが、電気溶出を経由する、項目１～２０のいずれかに記載の方法。
（項目２２）
前記第２の電気泳動場または前記第１の電気泳動場の継続が、所望のｅｃＤＮＡのサイズ選択に適した条件下で電気泳動を行うように適用され、その結果、前記ｅｃＤＮＡがより大きな染色体ＤＮＡ分子から分離される、項目１から２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３）
前記ゲルカラムから前記サイズ選択されたｅｃＤＮＡを単離することが、電気溶出を介する、項目１～２２のいずれかに記載の方法。
（項目２４）
前記少なくとも１つの特性が、サイズ、トポロジー、および配列内容からなる群から選択される、項目１０～２３のいずれかに記載の方法。
（項目２５）
前記ｅｃＤＮＡのＤＮＡ配列を決定することをさらに含む、項目１～２４のいずれかに記載の方法。
（項目２６）
前記ｅｃＤＮＡを画像化することをさらに含む、項目１～２５のいずれかに記載の方法。
（項目２７）
画像化が、光学的、電子顕微鏡的、原子間力顕微鏡法のうちの少なくとも１つを介する、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
本明細書に開示される、前記方法の実施形態のいずれか１つもしくはそれより多く、および／またはその１つもしくはそれより多くのステップに従う方法。
（項目２９）
本明細書に開示される方法の１つまたはそれより多くを実行するように構成されたシステムおよびデバイスのうちの少なくとも１つ。
（項目３０）
比較的ごく近接して配置された液体試料を保持するための、かつ本開示の１つまたは方法を可能にするまたは実行するように構成された、少なくとも２つのウェル／キャビティ／区画を含むアガロースゲルカセット。
Claims (27)
- 染色体外ＤＮＡ（ｅｃＤＮＡ）の抽出および単離方法であって、
ＤＮＡ電気泳動用に構成されたアガロースゲルカラムを提供することであって、前記ゲルカラムが、少なくとも２つの区画を含むように、または少なくとも２つの区画に含まれるように構成されていること；
複数の細胞を含む細胞懸濁物を含む試料を、前記少なくとも２つの区画のうちの、第１の正に帯電した電極に対して近位に配置された第１の区画内に置くことであって、前記正に帯電した電極は、電気泳動中に負に帯電した界面活性剤およびＤＮＡを誘引するよう構成されていること；
少なくとも１つの負に帯電した界面活性剤を含む溶解試薬を、前記少なくとも２つの区画の第２の区画内に置くことであって、前記第２の区画は、第２の負に帯電した電極に対して近位に配置されていること；
前記第１の電極および前記第２の電極を介して第１の電気泳動場を印加し、その結果、前記負に帯電した界面活性剤が前記細胞懸濁物を含む前記第１の区画に移動し、その中に入り、またはその中を通り、その結果、前記第１の区画内の細胞が液体混合による粘性せん断なしに実質的に溶解されるようにすること；
第２の電気泳動場を印加するか、または前記第１の電気泳動場を継続して、所望のｅｃＤＮＡのサイズ選択に適した条件下で電気泳動を行うようにし、その結果、前記ｅｃＤＮＡがより大きな染色体ＤＮＡ分子から分離されて前記ゲルカラムを移動すること；および
前記ゲルカラムから前記サイズ選択されたｅｃＤＮＡを単離すること
を含む方法。 - 電気泳動により、３Ｍｂよりも大きなサイズの前記ＤＮＡが前記アガロースゲルに固定化されることになる、請求項１に記載の方法。
- 電気泳動により、３Ｍｂよりも大きな前記ＤＮＡが前記第１の区画の壁に固定化されることになる、請求項２に記載の方法。
- 電気泳動により、３Ｍｂ未満のサイズを有するＤＮＡが前記ゲルカラムを移動することになる、請求項１に記載の方法。
- ３Ｍｂ未満のサイズを有する前記ＤＮＡが電気溶出により単離される、請求項１に記載の方法。
- 電気溶出により、３Ｍｂ未満のサイズのサイズ画分の前記ＤＮＡが、溶出カセットのうちの１またはそれより多くの溶出モジュールに溶出されることになる、請求項５に記載の方法。
- ３Ｍｂ未満の前記ＤＮＡがｅｃＤＮＡを含む、請求項４に記載の方法。
- 電気泳動が完了するまでの期間が、前記ｅｃＤＮＡのサイズに対応する、請求項７に記載の方法。
- 電気泳動が２～９時間の間行われる、請求項１に記載の方法。
- 前記単離されたｅｃＤＮＡの少なくとも１つの特性を分析することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
- 前記単離されたｅｃＤＮＡの少なくとも１つの特性を分析することをさらに含む、請求項７に記載の方法。
- さらに、前記ｅｃＤＮＡを富化することを含む、請求項１に記載の方法。
- 前記複数の細胞が、動物細胞、哺乳動物細胞、およびヒト細胞のいずれかを含む、請求項１に記載の方法。
- 前記複数の細胞が、細胞壁を除去するために酵素処理された真菌細胞を含む、請求項１に記載の方法。
- 前記複数の細胞が、植物細胞を含む、請求項１に記載の方法。
- 前記複数の細胞が、そうでなければアニオン性界面活性剤による細胞溶解を妨げる細胞壁を除去するために酵素処理された植物細胞を含む、請求項１に記載の方法。
- 前記複数の細胞が細菌細胞を含む、請求項１に記載の方法。
- 前記複数の細胞が、そうでなければアニオン性界面活性剤による細胞溶解を妨げる細胞壁を除去するために酵素処理された細菌細胞を含む、請求項１に記載の方法。
- 前記細胞懸濁物中の前記細胞が均一に分散している、請求項１に記載の方法。
- 前記少なくとも２つの区画が互いに近接して配置されている、請求項１に記載の方法。
- ゲルカラムからサイズ選択されたｅｃＤＮＡを単離することが、電気溶出を経由する、請求項１に記載の方法。
- 前記第２の電気泳動場または前記第１の電気泳動場の継続が、所望のｅｃＤＮＡのサイズ選択に適した条件下で電気泳動を行うように適用され、その結果、前記ｅｃＤＮＡがより大きな染色体ＤＮＡ分子から分離される、請求項１に記載の方法。
- 前記ゲルカラムから前記サイズ選択されたｅｃＤＮＡを単離することが、電気溶出を介する、請求項１に記載の方法。
- 前記少なくとも１つの特性が、サイズ、トポロジー、および配列内容からなる群から選択される、請求項１０に記載の方法。
- 前記ｅｃＤＮＡのＤＮＡ配列を決定することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
- 前記ｅｃＤＮＡを画像化することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
- 画像化が、光学的、電子顕微鏡的、原子間力顕微鏡法のうちの少なくとも１つを介する、請求項２６に記載の方法。
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