JPWO2020227618A5 - - Google Patents

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最初に、シアノエチル基は、６４グラムの保護されたＡＳＯ ９を６４０ｍｌのＣＨ３ＣＮ：Ｅｔ３Ｎ＝１：１溶液に溶解することによって脱保護した。その混合物を２５℃で２時間撹拌した後、その溶媒をロータベーパー（Ｒｏｔｏｖａｐ）により除去した。粗生成物を、ＬＨＰＧ及びアミン保護基を脱保護するための次のステップに持ち込んだ。粗混合物に５００ｍｌの濃縮ＮＨ３／Ｈ２Ｏを加え、固体が完全に溶解するまで（約２０～３０分）、反応混合物を２５℃で撹拌した。固体をＮＨ３／Ｈ２Ｏに溶解した後、その混合物を１Ｌのガラス製圧力フラスコに移し、次いで、６５℃で５時間加熱した。その反応混合物を室温まで冷却し、脱保護したＡＳＯ ９を、下流で精製する準備をした。この操作では、ＡＳＯ ９の全ての保護基（５’－ＤＭＴｒを除く）が脱保護された。ＤＭＴｒ基は、下流のＨＩＣ精製後に除去した。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
式（ＡＩ）の化合物：

Figure 2020227618000057


またはその塩を調製するための液相プロセスであって、式（ＡＩＩ）の化合物：
Figure 2020227618000058

またはその塩を脱保護することを含み、ここで前記脱保護反応は、無水または実質的に無水である溶液中で実施され、ここで：
Ｒ １ は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ ２ は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ ２ は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ １－６ アルコキシからなる群より独立して選択され、Ｃ １－６ アルコキシで必要に応じて置換され；
Ｒ ４ は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ ２ の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ １５ は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ １６ は、各存在について、独立してＣ １－６ アルキル基、Ｃ ２－６ アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ ２ 、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ １６ は
Figure 2020227618000059
であり；
Ｚは、０または１～２００の整数であり、
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
Ｙは、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基である、前記液相プロセス。
（項目２）
Ｒ １５ が４，４’－ジメトキシトリチル基である、項目１に記載のプロセス。
（項目３）
前記脱保護反応が乾燥剤の存在下で実施される、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記乾燥剤が分子篩である、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記分子篩のサイズが３Åである、項目４に記載のプロセス。
（項目６）
前記無水または実質的に無水の溶液が、脱保護反応の前に共沸蒸留を使用して水を除去することによって得られる、項目１または２に記載のプロセス。
（項目７）
前記脱保護反応が、－ＳＨ基、シラン基、シロキサン基、ポリスチレン基、フラン、ピロールまたはインドールを含むカチオンスカベンジャーの存在下で実施される、項目１～６のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目８）
前記カチオンスカベンジャーが式ＲＳＨの化合物であり、式中、Ｒがアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはヘテロアリール基であり、これらのそれぞれが必要に応じて置換されている、項目７に記載のプロセス。
（項目９）
ＲＳＨがＣＨ ３ （ＣＨ ２ ） ５ ＳＨ、ＣＨ ３ （ＣＨ ２ ） １１ ＳＨ、シクロヘキサンチオール、ＣＨ ３ ＣＨ ２ ＯＣ（＝Ｏ）ＣＨ ２ ＣＨ ２ ＳＨである、項目８に記載のプロセス。
（項目１０）
式（ＡＩＩ）の前記化合物を脱トリチル化試薬と反応させることにより前記脱保護反応を実施する、項目１～９のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１１）
前記脱トリチル化試薬が強有機酸である、項目１０に記載のプロセス。
（項目１２）
前記脱トリチル化試薬が、ＣＦ ３ ＣＯＯＨ、ＣＣｌ ３ ＣＯＯＨ、ＣＨＣｌ ２ ＣＯＯＨ、ＣＨ ２ ＣｌＣＯＯＨ、Ｈ ３ ＰＯ ４ 、メタンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、ＣＣｌＦ ２ ＣＯＯＨ、ＣＨＦ ２ ＣＯＯＨ、またはＰｈＳＯ ２ Ｈである、項目１０に記載のプロセス。
（項目１３）
前記脱トリチル化試薬がＣＨ ２ ＣｌＣＯＯＨである、項目１１に記載のプロセス。
（項目１４）
前記脱トリチル化試薬がＣＦ ３ ＣＯＯＨまたはＣＨＣｌ ２ ＣＯＯＨである、項目１０に記載のプロセス。
（項目１５）
項目１～１４のいずれか１項に記載のプロセスであって、Ｙが以下の式：
Figure 2020227618000060

で表され、
式中、Ｘが、Ｃ １－１０ アルキルであり、ここで１つ以上のＣＨ ２ 基が独立して、Ｃ（Ｏ）、Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、シクロアルキルまたはＣ １－６ ヘテロシクリル基であり；かつＸ １ がＣ １－２５ アルキルまたはＣ １－２５ アルコキシである、前記プロセス。
（項目１６）
Ｙが以下の式で表される、項目１５に記載のプロセス：
Figure 2020227618000061
（項目１７）
項目１～１６のいずれか１項に記載のプロセスであって、
各Ｒ ２ は独立して、ｍｊ、ｋ、Ｈ、ＦまたはＣ １－４ アルコキシであり、必要に応じてＣ １－４ アルコキシで置換されている；
Ｒ ４ はＨであり；かつ
Ｒ １６ は、－ＣＨ ２ ＣＨ ２ ＣＮである、前記プロセス。
（項目１８）
式（ＡＩ）の前記化合物がクロマトグラフィーによって精製されない、項目１～１７のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１９）
式（ＡＩ）の前記化合物が、選択的沈殿及び／または抽出によって精製される、項目１～１７のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目２０）
式（Ｉ）のオリゴヌクレオチドフラグメント、
Figure 2020227618000062

またはその塩を調製するための液相プロセスであって：
１）式（Ｉ’Ａ）の化合物：
Figure 2020227618000063

またはその塩を脱保護して、式（ＩＡ）の化合物：
Figure 2020227618000064

またはその塩を形成することと；
２）式（ＩＡ）の前記化合物またはその塩を式（Ａ１）の化合物：
Figure 2020227618000065

またはその塩と反応させて、式（ＩＢ）の化合物：
Figure 2020227618000066

またはその塩を形成することと；
３）式（ＩＢ）の前記化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（ＩＣ）の化合物：
Figure 2020227618000067

またはその塩を形成することと；
４）式（ＩＣ）の前記化合物またはその塩を脱保護して式（ＩＤ）の化合物：
Figure 2020227618000068

またはその塩を形成することと；
５）式（ＩＤ）の前記化合物から開始し、ステップ２）、３）及び４）をｎ－２回繰り返して、式（Ｉ）の前記フラグメントまたはその塩を生成することと、を含み、ここで：
Ｒ １ は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ ２ は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ ２ は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ １－６ アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてＣ １－６ アルコキシで置換されており；
Ｒ ４ は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ ２ の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ １５ は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ １６ は、各存在について、独立してＣ １－６ アルキル基、Ｃ ２－６ アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ ２ 、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ １６ は
Figure 2020227618000069
であり；
Ｒ １７ａ 及びＲ １７ｂ は独立してＣ １－６ アルキルであり；
ｎが、２～２０の整数であり；
Ｘが、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
Ｙが、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基である、前記液相プロセス。
（項目２１）
式（Ｉ）の前記フラグメントがクロマトグラフィーによって精製されない、項目２０に記載のプロセス。
（項目２２）
式（Ｉ）の前記フラグメントが、選択的沈殿及び／または抽出によって精製される、項目２１に記載のプロセス。
（項目２３）
ステップ１）、２）、３）及び４）のいずれか１つの反応生成物を精製するためにクロマトグラフィーが使用されない、項目２０～２２のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目２４）
ステップ１）、２）、３）及び４）のいずれか１つの前記反応生成物が、選択的沈殿によって精製される、項目２０～２３のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目２５）
項目２０～２４のいずれか１項に記載のプロセスであって、Ｙが、
Figure 2020227618000070

である、前記プロセス。
（項目２６）
ステップ１）及びステップ４）の前記脱保護反応のいずれか１つが、項目２～１４に定義されるように実施される、項目２０～２５のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目２７）
標的オリゴヌクレオチドを調製するための収束液相プロセスであって、以下のステップ：
ａ）式（Ｉ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000071

またはその塩を、
式（ＩＩ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000072

またはその塩と、
溶液中でカップリングさせて、式（ＩＩＩ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000073

またはその塩を形成することと；
ｂ）式（ＩＩＩ）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を硫化または酸化して、式（ＩＶ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000074

またはその塩、を形成することとを含み、
式中：
Ｒ １ は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ ２ は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ ２ は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ １－６ アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてＣ １－６ アルコキシで置換され；
Ｒ ４ は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ ２ の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ １５ は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ １６ は、各存在について、独立してＣ １－６ アルキル基、Ｃ ２－６ アルケニル基、フェニルもしくはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ ２ 、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ １６ は
Figure 2020227618000075
であり；
Ｒ １７ａ 及びＲ １７ｂ は独立してＣ １－６ アルキルであり；
ｎは、２～２００の整数であり；
ｍは、２～２０の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
Ｙは、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基である、前記収束液相プロセス。
（項目２８）
項目２７に記載のプロセスであって、式（Ｉａ１）のヌクレオチド：
Figure 2020227618000076

またはその塩を、
式（Ｉａ２）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000077

またはその塩と、溶液中でカップリングして、式（Ｉ）の前記オリゴヌクレオチドフラグメントまたはその塩を形成することによって合成され得る、前記プロセス。
（項目２９）
ｎが３から２０までの整数である、項目２７または２８に記載のプロセス。
（項目３０）
ｎが３～６である、項目２７または２８に記載のプロセス。
（項目３１）
ｎが５である、項目２７または２８に記載のプロセス。
（項目３２）
項目２７～３１のいずれか１項に記載のプロセスであって、さらに、式（ＩＶ）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（Ｖ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000078

またはその塩を形成するステップｃ）をさらに含む、前記プロセス。
（項目３３）
項目３２に記載のプロセスであって、さらに以下：
ｄ）式（Ｖ）の前記オリゴヌクレオチド、またはその塩を、式（ＩＩ’）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000079

またはその塩とカップリングして、
式（ＶＩ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000080

またはその塩を形成することと、
ｅ）式（ＶＩ）の前記オリゴヌクレオチドを硫化または酸化して、式（ＶＩＩ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000081

またはその塩を形成することと、
ｆ）式（ＶＩＩ）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（ＶＩＩＩ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000082

またはその塩を形成することと、
ｇ）ｄ）、ｅ）及びｆ）のステップをｒ－１回繰り返し、続いてｄ）及びｅ）のステップを繰り返して式（ＩＸ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000083

またはその塩を形成することと、を含み、
式中、
ｒは、１～５０の整数であり；
ｐ ｉ は、各存在について、独立して２～２０の整数であり、
ｉが、１～ｒの整数であり；かつ
Figure 2020227618000084

である、前記プロセス。
（項目３４）
項目３３に記載のプロセスであって、ｒが２であり、式（ＩＸ）の前記オリゴヌクレオチドが式（Ｘ）によって表され：
Figure 2020227618000085

ここで、ｐ１及びｐ２がそれぞれ独立して２から２０までの整数である、前記プロセス。
（項目３５）
ステップａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）及びｇ）のいずれか１つの前記反応生成物を精製するためにクロマトグラフィーが用いられない、項目２７～３４のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目３６）
ステップａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）及びｇ）のいずれか１つの前記反応生成物が、抽出または選択的沈殿によって精製される、項目２７～３５のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目３７）
項目３３～３６のいずれか１項に記載のプロセスであって、前記プロセスがさらに以下のステップ：
ｈ１）前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ）もしくは（Ｘ）またはその塩を脱保護して、式（ＩＸＡ）もしくは（ＸＡ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000086
またはその塩を形成するステップを含む、前記プロセス。
（項目３８）
項目３７に記載のプロセスであって、前記方法が、以下のステップ：
ｈ２）前記オリゴヌクレオチド（ＩＸＡ）、または（ＸＡ）を脱保護して、式（ＩＸＢ）もしくは（ＸＢ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000087
またはその塩を形成するステップを含み、必要に応じて前記オリゴヌクレオチド（ＩＸＡ）または（ＸＡ）をクエン酸と反応させて、式（ＩＸＢ）または（ＸＢ）の前記オリゴヌクレオチドを形成する、前記プロセス。
（項目３９）
項目３７に記載のプロセスであって、Ｒ １６ が－ＣＨ ２ ＣＨ ２ ＣＮである場合、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ）もしくは（Ｘ）またはその塩を脱保護すると、式（ＩＸＡｂ）または（ＸＡｂ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000088
またはその塩が形成される、前記プロセス。
（項目４０）
項目３９に記載のプロセスであって、前記方法が、以下のステップ：
前記オリゴヌクレオチド（ＩＸＡｂ）もしくは（ＸＡｂ）またはその塩を脱保護して、式（ＩＸＢａ）もしくは（ＸＢａ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000089
またはその塩を形成するステップを含み、必要に応じて前記オリゴヌクレオチド（ＩＸＡ）または（ＸＡ）をクエン酸と反応させて、式（ＩＸＢａ）または（ＸＢａ）の前記オリゴヌクレオチドを形成する、前記プロセス。
（項目４１）
項目３３～３６のいずれか１項に記載のプロセスであって、Ｒ １６ が－ＣＨ ２ ＣＨ ２ ＣＮである場合、前記プロセスがさらに以下のステップ：
ｈ１）前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ）、または（Ｘ）を脱保護して、式（ＩＸＡａ）もしくは（ＸＡａ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000090
またはその塩を形成するステップを含む、前記プロセス。
（項目４２）
前記脱保護反応が、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ）もしくは（Ｘ）またはその塩を塩基と反応させることによって実施される、項目４１に記載のプロセス。
（項目４３）
前記塩基が、１，８－ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ－７－エン、ｔｅｒｔ－ブチルアミン、ｓｅｃ－ブチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、及びトリエチルアミンから選択される、項目４２に記載のプロセス。
（項目４４）
項目４１、４２、または４３に記載のプロセスであって、前記方法がさらに、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸＡａ）もしくは（ＸＡａ）またはその塩を脱保護して、式（ＩＸＡｂ）もしくは（ＸＡｂ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000091
またはその塩を形成するステップをさらに含む、前記プロセス。
（項目４５）
前記オリゴヌクレオチド（ＩＸＡａ）もしくは（ＸＡａ）またはその塩の前記脱保護が、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸＡａ）もしくは（ＸＡａ）またはその塩をＮＨ ４ ＯＨと反応させることによって実施される、項目４４に記載のプロセス。
（項目４６）
ｎが３、４、５または６である、項目２７～４５のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目４７）
ｍが３、４、５または６である、項目２７～４６のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目４８）
各発生についてのｐ ｉ が独立して３、４、５、または６である、項目３３～４７のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目４９）
ｐ１及びｐ２がそれぞれ独立して３、４、５、または６である、項目３４～４７のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目５０）
ｒが１、２、３、４、５または６である、項目３３及び３５～４８のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目５１）
標的オリゴヌクレオチドを調製するための収束液相プロセスであって、以下のステップ：
ａ）式（ＩＩ２）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000092

またはその塩と、
式（Ｉ２）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000093

またはその塩とを、
溶液中でカップリングさせて、式（ＩＩＩ２）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000094

またはその塩を形成することと；
ｂ）式（ＩＩＩ２）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を硫化または酸化して、式（ＩＶ２）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000095

またはその塩を形成することとを含み、ここで：
Ｒ １ は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ ２ は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ ２ は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ １－６ アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてＣ １－６ アルコキシで置換され；
Ｒ ４ は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ ２ の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ １６ は、各存在について、独立してＣ １－６ アルキル基、Ｃ ２－６ アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ ２ 、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ １６ は
Figure 2020227618000096
であり；
Ｒ １７ａ 及びＲ １７ｂ は独立してＣ １－６ アルキルであり；
ｎ １ は、２～２０の整数であり；
ｍ １ は、２～２００の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
Ｙは、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基であり；
Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である、前記収束液相プロセス。
（項目５２）
項目５１に記載のプロセスであって、フラグメント（ＩＩ２）が以下：
ｉａ）式（ＩＩ２ａ１）のヌクレオチド：
Figure 2020227618000097

またはその塩と、
式（ＩＩ２ａ２）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000098

またはその塩とを、
溶液中でカップリングして、式（ＩＩ２ａ３）のオリゴヌクレオチドまたはその塩、
Figure 2020227618000099

またはその塩を形成することと；
ｉｉａ）式（ＩＩ２ａ３）のオリゴヌクレオチドまたはその塩を硫化または酸化して、式（ＩＩ２ａ４）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000100

またはその塩を形成することと、
ｉｉａ）式（ＩＩ２ａ４）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（ＩＩ２）の前記オリゴヌクレオチドを形成することと、によって調製される、前記プロセス。
（項目５３）
項目５１または５２に記載のプロセスであって、さらに、式（ＩＶ２）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（Ｖ２）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000101

またはその塩を形成するステップｃ）を含む、前記プロセス。
（項目５４）
項目５３に記載のプロセスであって、さらに、以下：
ｄ）式（Ｖ２）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を、式（ＩＩ２’）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000102

またはその塩とカップリングさせて、
式（ＶＩ２）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000103

またはその塩を形成することと、
ｅ）式（ＶＩ２）の前記オリゴヌクレオチドを硫化または酸化して、式（ＶＩＩ２）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000104

またはその塩を形成することと：
ｆ）式（ＶＩＩ２）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（ＶＩＩＩ２）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000105

またはその塩を形成することと、
ｇ）ｄ）、ｅ）及びｆ）のステップをｒ １ －１回繰り返し、続いてｄ）及びｅ）のステップを繰り返して、式（ＩＸ２）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000106

またはその塩を形成することとを含み、
式中、
ｒ １ が、１～５０の整数であり；
ｓ ｉ が、各存在について、独立して２～２０の整数であり、
ｉが１～ｒ １ の整数であり；かつ
Figure 2020227618000107

である、前記プロセス。
（項目５５）
項目５４に記載のプロセスであって、ｒ １ が２であり、式（ＩＸ２）の前記オリゴヌクレオチドが式（Ｘ２）：
Figure 2020227618000108

によって表され、
式中、ｓ１及びｓ２がそれぞれ独立して２～２０の整数である、前記プロセス。
（項目５６）
ステップａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）及びｇ）のいずれか１つの前記反応生成物を精製するためにクロマトグラフィーが用いられない、項目５１～５５のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目５７）
ステップａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）及びｇ）のいずれか１つの前記反応生成物が、抽出または選択的沈殿によって精製される、項目５１～５６のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目５８）
項目５４～５７のいずれか１項に記載のプロセスであって、前記方法がさらに、（ＩＸ２）または（Ｘ２）の式の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を脱保護して、式（ＩＸ２Ａ）もしくは（Ｘ２Ａ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000109
またはその塩を形成することを含む、前記プロセス。
（項目５９）
項目５４～５７のいずれか１項に記載のプロセスであって、Ｒ １６ が－ＣＨ ２ ＣＨ ２ ＣＮである場合、前記プロセスがさらに以下のステップ：
ｈ１）前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ２Ａ）もしくは（Ｘ２Ａ）またはその塩を脱保護して、式（ＩＸ２Ａａ）または（Ｘ２Ａａ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000110
またはその塩を形成するステップをさらに含む、前記プロセス。
（項目６０）
前記脱保護反応が、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ２Ａ）または（Ｘ２Ａ）またはその塩と塩基とを反応させることによって実施される、項目５９に記載のプロセス。
（項目６１）
前記塩基が、１，８－ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ－７－エン、ｔｅｒｔ－ブチルアミン、ｓｅｃ－ブチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、及びトリエチルアミンから選択される、項目６０に記載のプロセス。
（項目６２）
項目５９～６１のいずれか１項に記載のプロセスであって、前記方法がさらに、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ２Ａａ）もしくは（Ｘ２Ａａ）またはその塩を脱保護して、式（ＩＸ２Ｂ）もしくは（Ｘ２Ｂ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000111
またはその塩を形成するステップを含む、前記プロセス。
（項目６３）
前記脱保護が、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ２Ａａ）もしくは（Ｘ２Ａａ）またはその塩とＮＨ ４ ＯＨとを反応させることによって実施される、項目６２に記載のプロセス。
（項目６４）
項目５４～６３のいずれか１項に記載のプロセスであって、前記方法がさらに、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ２）もしくは（Ｘ２）またはその塩をＮＨ ４ ＯＨで脱保護して、式（ＩＸ２Ｂ）もしくは（Ｘ２Ｂ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000112
またはその塩を形成し、式中、Ｒ １６ が－ＣＨ ２ ＣＨ ２ ＣＮである場合、前記オリゴヌクレオチド（ＩＸ２）もしくは（Ｘ２）またはその塩の前記脱保護が、式（ＩＸ２Ａ）もしくは（Ｘ２Ａ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000113
またはその塩を形成するステップを含む、前記プロセス。
（項目６５）
ｎ １ が３、４、５、または６である、項目５１～６４のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目６６）
ｍ １ が３、４、５、または６である、項目５１～６５のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目６７）
各発生についてのｓ ｉ が独立して３、４、５、または６である、項目５４～６６のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目６８）
ｓ １ 及びｓ ２ がそれぞれ独立して３、４、５または６である、項目５５～６６のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目６９）
ｒ １ が１、２、３、４、５または６である、項目５４～６７のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目７０）
前記化合物またはオリゴヌクレオチド中の全ての前記Ｐ＝Ｘ基がＰ＝Ｓである、項目１～６９のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目７１）
前記化合物またはオリゴヌクレオチド中の全ての前記Ｐ＝Ｘ基がＰ＝Ｏである、項目１～６９のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目７２）
前記化合物またはオリゴヌクレオチド中の前記Ｐ＝Ｘ基の１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％超がＰ＝Ｓである、項目１～６９のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目７３）
前記化合物またはオリゴヌクレオチド中の前記Ｐ＝Ｘ基のうち１０～９０％、２０～８０％、３０～７０％または４０～６０％がＰ＝Ｓである、項目１～６９のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目７４）
前記核酸塩基が、シトシン、グアニン、アデニン、チミン、ウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、７－メチルグアニン、５，６－ジヒドロウラシル、５－メチルシトシン、及び５－ヒドロキシメチルシトシンからなる群より選択され、前記核酸塩基のＮＨ ２ 基が、もし存在する場合ＰｈＣＯ－、ＣＨ ３ ＣＯ－、ｉＰｒＣＯ－、Ｍｅ ２ Ｎ－ＣＨ＝、またはＭｅ ２ Ｎ－ＣＭｅ＝によって保護されている、項目１～７３のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目７５）
前記核酸塩基が、シトシン、グアニン、アデニン、チミン、ウラシル、及び５－メチルシトシンからなる群より選択され、前記核酸塩基のＮＨ ２ 基が、もし存在する場合、ＰｈＣＯ－、ＣＨ ３ ＣＯ－、ｉＰｒＣＯ－、Ｍｅ ２ Ｎ－ＣＨ＝、またはＭｅ ２ Ｎ－ＣＭｅ＝によって保護されている、項目１～７３のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目７６）
項目１～７５のいずれか１項に記載のプロセスであって、
各Ｒ ２ は、Ｈ、Ｆ、及びＣ １－４ アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてＣ １－４ アルコキシで置換され；
各Ｒ ４ は独立してＨであるか、またはＲ ２ の前記アルコキシ基と環を形成し、ここで、前記環は、１～３個のＣ １－４ アルキル基で必要に応じて置換された５または６員環であり；
Ｒ １６ は、－ＣＨ ２ ＣＨ ２ ＣＮであり；かつ
Ｒ １７ａ 及びＲ １７ｂ は独立してＣ １－４ アルキルである、前記プロセス。
（項目７７）
項目７６に記載のプロセスであって、式中
各Ｒ ２ は独立して、Ｈまたは－ＯＣＨ ２ ＣＨ ２ ＯＭｅから選択され；
各Ｒ ４ は、Ｈであり；
Ｒ １６ は、－ＣＨ ２ ＣＨ ２ ＣＮであり；かつ
Ｒ １７ａ 及びＲ １７ｂ は両方とも－ＣＨ（ＣＨ ３ ） ２ である、前記プロセス。
（項目７８）
前記標的オリゴヌクレオチドが、１６～３０ヌクレオチドを含むアンチセンスオリゴヌクレオチドである、項目２７～７７のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目７９）
前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、修飾されたＲＮＡのみを含む、項目７８に記載のプロセス。
（項目８０）
前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡ及び修飾されたＲＮＡを含む、項目７８に記載のプロセス。
（項目８１）
前記アンチセンスオリゴヌクレオチドがギャップマーである、項目７８に記載のプロセス。
（項目８２）
前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡのみを含む、項目７８に記載のプロセス。
（項目８３）
式（ＡＩ’）の化合物：
Figure 2020227618000114

またはその塩を調製するための液相プロセスであって、前記プロセスは、式（ＡＩＩ’）：の化合物：
Figure 2020227618000115

またはその塩を脱保護することを含み、ここで、前記脱保護反応は、無水または実質的に無水である溶液中で実施され、ここで：
Ｒ １ は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ ２ は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ ２ は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ １－６ アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてＣ １－６ アルコキシで置換され；
Ｒ ４ は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ ２ の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ １５ は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ １６ は、各存在について、独立してＣ １－６ アルキル基、Ｃ ２－６ アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ ２ 、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ １６ は、
Figure 2020227618000116
であり；
Ｚは、０または１～２００の整数であり、
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
Ｗは、ＨまたはＺであり；かつ
Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である、前記液相プロセス。
（項目８４）
Ｒ １５ が４，４’－ジメトキシトリチル基である、項目８３に記載のプロセス。
（項目８５）
前記脱保護反応が乾燥剤の存在下で実施される、項目８３または８４に記載の方法。
（項目８６）
前記乾燥剤が分子篩である、項目８５に記載の方法。
（項目８７）
前記分子篩のサイズが３Åである、項目８６に記載のプロセス。
（項目８８）
前記無水または実質的に無水の溶液が、前記脱保護反応の前に共沸蒸留を使用して水を除去することによって得られる、項目８３または８４に記載のプロセス。
（項目８９）
前記脱保護反応が、－ＳＨ基、シラン基、シロキサン基、ポリスチレン基、フラン、ピロールまたはインドールを含むカチオンスカベンジャーの存在下で実施される、項目８３～８８のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目９０）
前記カチオンスカベンジャーが式ＲＳＨの化合物であり、式中、Ｒがアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはヘテロアリール基であり、これらのそれぞれが必要に応じて置換されている、項目８９に記載のプロセス。
（項目９１）
ＲＳＨが、ＣＨ ３ （ＣＨ ２ ） ５ ＳＨ、ＣＨ ３ （ＣＨ ２ ） １１ ＳＨ、シクロヘキサンチオール、ＣＨ ３ ＣＨ ２ ＯＣ（＝Ｏ）ＣＨ ２ ＣＨ ２ ＳＨである、項目９０に記載のプロセス。
（項目９２）
式（ＡＩＩ’）の前記化合物を脱トリチル化試薬と反応させることにより、前記脱保護反応を実施する、項目８３～９１のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目９３）
前記脱トリチル化試薬が強有機酸である、項目９２に記載のプロセス。
（項目９４）
前記脱トリチル化試薬が、ＣＦ ３ ＣＯＯＨ、ＣＣｌ ３ ＣＯＯＨ、ＣＨＣｌ ２ ＣＯＯＨ、ＣＨ ２ ＣｌＣＯＯＨ、Ｈ ３ ＰＯ ４ 、メタンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、ＣＣｌＦ ２ ＣＯＯＨ、ＣＨＦ ２ ＣＯＯＨ、またはＰｈＳＯ ２ Ｈである、項目９２に記載のプロセス。
（項目９５）
前記脱トリチル化試薬がＣＨ ２ ＣｌＣＯＯＨである、項目９３に記載のプロセス。
（項目９６）
前記脱トリチル化試薬がＣＦ ３ ＣＯＯＨまたはＣＨＣｌ ２ ＣＯＯＨである、項目９２に記載のプロセス。
（項目９７）
ＷがＺである、項目８３～９６のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目９８）
項目９７に記載のプロセスであって、Ｚが、ＴＢＤＰＳ、ＴＢｏＤＰＳ及びＴＢＤＡＳ
Figure 2020227618000117
から選択されるシリル保護基であり、ここで、Ｒ ５ 、Ｒ ６ 及びＲ ７ が、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ １－３０ アルキル、またはＣ １－３０ アルコキシである、前記プロセス。
（項目９９）
項目９８に記載のプロセスであって、前記ＴＢＤＡＳ基が以下：
Figure 2020227618000118

であり、ｓが、１～３０の整数である、前記プロセス。
（項目１００）
ＺがＴＢＤＰＳである、項目９７に記載のプロセス。
（項目１０１）
ｚが０または１～１０の整数である、項目８３～１００のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１０２）
項目８３～１０１のいずれか１項に記載のプロセスであって、
各Ｒ ２ は独立して、Ｈ、ＦまたはＣ １－４ アルコキシから選択され、必要に応じてＣ １－４ アルコキシで置換されており；
Ｒ ４ はＨであり；かつ
Ｒ １６ は、－ＣＨ ２ ＣＨ ２ ＣＮである、前記プロセス。
（項目１０３）
式（ＡＩ’）の前記化合物がクロマトグラフィーによって精製されない、項目８３～１０２のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１０４）
式（ＡＩ’）の前記化合物が、選択的沈殿及び／または抽出によって精製される、項目８３～１０２のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１０５）
式（ＢＩ）の化合物：
Figure 2020227618000119

またはその塩を調製するための液相プロセスであって、前記プロセスは、式（ＢＩＩ）の化合物：
Figure 2020227618000120

またはその塩を脱保護して、式（ＢＩ）の前記化合物、またはその塩を形成することを含み、ここで：
Ｒ １ は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ ２ は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ ２ は、各存在について、独立して、Ｈ、ハロ、及びＣ １－６ アルコキシからなる群より選択され、必要に応じてＣ １－６ アルコキシで置換され；
Ｒ ４ は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ ２ の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ １５ は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ １６ は、各存在について、独立してＣ １－６ アルキル基、Ｃ ２－６ アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ ２ 、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ １６ は
Figure 2020227618000121
であり；
ｑは、１～２００の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である、前記液相プロセス。
（項目１０６）
式（ＢＩＩ）の前記化合物を塩基の存在下でＨＦと反応させることによって前記脱保護反応を実施する、項目１０５に記載のプロセス。
（項目１０７）
前記塩基がイミダゾールまたはピリジンであり、イミダゾールまたはピリジンが必要に応じて置換されている、項目１０６に記載のプロセス。
（項目１０８）
ＨＦに対して過剰量の塩基が使用される、項目１０６または１０７に記載のプロセス。
（項目１０９）
式（ＢＩＩ）の前記化合物をピリジン及びイミダゾールの存在下でＨＦと反応させることによって前記脱保護反応を実施する、項目１０５のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１１０）
イミダゾール対ＨＦのモル比が１．１：１から５：１の範囲にある、項目１０９に記載のプロセス。
（項目１１１）
イミダゾール対ＨＦのモル比が２：１である、項目１１０に記載のプロセス。
（項目１１２）
ピリジン対ＨＦのモル比が１．１：１～２０：１である、項目１０９～１１１のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１１３）
項目１０５～１１２に記載のプロセスであって、Ｚが、ＴＢＤＰＳ、ＴＢｏＤＰＳ及びＴＢＤＡＳ
Figure 2020227618000122
から選択されるシリル保護基であり、ここで、Ｒ ５ 、Ｒ ６ 及びＲ ７ が、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ １－３０ アルキル、またはＣ １－３０ アルコキシである、前記プロセス。
（項目１１４）
項目１１３に記載のプロセスであって、前記ＴＢＤＡＳ基が以下：
Figure 2020227618000123

であり、
式中、ｓが、１～３０の整数である、前記プロセス。
（項目１１５）
ＺがＴＢＤＰＳである、項目１１３に記載のプロセス。
（項目１１６）
Ｒ １５ が４，４’－ジメトキシトリチル基である、項目１０５～１１５のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１１７）
項目１０５～１１６のいずれか１項に記載のプロセスであって：
各Ｒ ２ は、Ｈ、Ｆ、及びＣ １－４ アルコキシから独立して選択され、必要に応じてＣ １－４ アルコキシで置換され；
Ｒ ４ はＨであり；かつ
Ｒ １６ は、－ＣＨ ２ ＣＨ ２ ＣＮである、前記プロセス。
（項目１１８）
ｑが２～１０の整数である、項目１０５～１１７のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１１９）
式（ＢＩ）の前記化合物がクロマトグラフィーによって精製されない、項目１０５～１１８のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１２０）
式（ＢＩ）の前記化合物が、選択的沈殿及び／または抽出によって精製される、項目１０５～１１９のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１２１）
式（ＣＩ）または（ＣＩ’）の化合物：
Figure 2020227618000124
またはその塩を調製するための液体プロセスであって、式（ＣＩＩ）の化合物：
Figure 2020227618000125

またはその塩を、ホスホルジアミダイト（Ｒ １６ Ｏ）Ｐ（ＮＲ １７ａ Ｒ １７ｂ ） ２ またはＨ－ホスホネートと反応させて、式（ＣＩ）または（ＣＩ’）の前記化合物を形成することを含み、ここで：
Ｒ １ は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ ２ は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ ２ は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ １－６ アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてハロゲンまたはＣ １－６ アルコキシで置換され；
Ｒ ４ は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ ２ の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ １５ は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ １６ は、各存在について、独立してＣ １－６ アルキル基、Ｃ ２－６ アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ ２ 、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ １６ は、
Figure 2020227618000126
であり；
Ｒ １７ａ 及びＲ １７ｂ は独立してＣ １－６ アルキルであり
ｑ１は、２～２００の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である、前記プロセス。
（項目１２２）
式（Ｃ２Ｉ）の化合物：
Figure 2020227618000127

またはその塩を調製するための液体プロセスであって、式（Ｃ２ＩＩ）の化合物：
Figure 2020227618000128

またはその塩と、ホスホルジアミダイト（Ｒ １６ Ｏ）Ｐ（ＮＲ １７ａ Ｒ １７ｂ ） ２ とを反応させて式（Ｃ２Ｉ）の前記化合物、またはその塩を形成することを含み、ここで：
Ｒ １ は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ ２ は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ ２ は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ １－６ アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてハロゲンまたはＣ １－６ アルコキシで置換され；
Ｒ ４ は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ ２ の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ １６ は、各存在について、独立してＣ １－６ アルキル基、Ｃ ２－６ アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ ２ 、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ １６ は、
Figure 2020227618000129
であり；
Ｒ １７ａ 及びＲ １７ｂ は独立してＣ １－６ アルキルであり
ｑ１は、２～２００の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である、前記プロセス。
（項目１２３）
項目１２１に記載のプロセスであって、
各Ｒ ２ は、Ｈ、Ｆ、またはＣ １－４ アルコキシから独立して選択され、必要に応じてＣ １－４ アルコキシで置換され；
Ｒ ４ は、Ｈであり；
Ｒ １５ は、４，４’－ジメトキシトリチルであり；
Ｒ １６ は、－ＣＨ ２ ＣＨ ２ ＣＮであり；かつ
Ｒ １７ａ 及びＲ １７ｂ は独立してＣ １－６ アルキルである、前記プロセス。
（項目１２４）
項目１２２に記載のプロセスであって、
各Ｒ ２ は、独立して、Ｈ、Ｆ、またはＣ １－４ アルコキシから選択され、必要に応じてＣ １－４ アルコキシで置換され；
Ｒ ４ は、Ｈであり；
Ｒ １６ は、－ＣＨ ２ ＣＨ ２ ＣＮであり；
Ｒ １７ａ 及びＲ １７ｂ は独立してＣ １－６ アルキルであり；かつ
Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である、前記プロセス。
（項目１２５）
ｑ１が２～１０の整数である、項目１２１～１２４のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１２６）
Ｚが、ＴＢＤＰＳ、ＴＢｏＤＰＳ及びＴＢＤＡＳから選択される、項目１２２、１２４または１２５に記載のプロセス。
（項目１２７）
前記反応が活性剤の存在下で行われる、項目１２１～１２６のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１２８）
前記活性剤がピリジントリフルオロ酢酸塩またはＮ－メチルイミダゾールトリフラートである、項目１２７に記載のプロセス。
（項目１２９）
式（ＣＩ）、（ＣＩ’）または（Ｃ２Ｉ）の前記化合物がクロマトグラフィーによって精製されない、項目１２１～１２８のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１３０）
式（ＣＩ）、（ＣＩ’）または（Ｃ２Ｉ）の前記化合物が、選択的沈殿及び／または抽出によって精製される、項目１２１～１２９のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１３１）
式（ＣＩ’）の化合物：
Figure 2020227618000130

またはその塩を調製するための液相プロセスであって、
以下のステップ：
１）式（ＣＩ’Ａ）の化合物：
Figure 2020227618000131

またはその塩と、
式（Ａ１）の化合物：
Figure 2020227618000132

またはその塩とを反応させて、式（ＣＩ’Ｂ）の化合物：
Figure 2020227618000133

またはその塩を形成することと；
３）式（ＣＩ’Ｂ）の前記化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（ＣＩ’Ｃ）の化合物：
Figure 2020227618000134

またはその塩を形成することと；
４）式（ＣＩ’Ｃ）の前記化合物またはその塩を脱保護して式（ＣＩ’Ｄ）の化合物：
Figure 2020227618000135

またはその塩を形成することと；
５）式（ＣＩ’Ｄ）の前記化合物から始めて、ステップ１）、２）３）、及び４）をｑ１～３回繰り返し、続いてステップ１）、２）、及び３）を繰り返して、式（ＣＩ’）のフラグメント、またはその塩を生成することと、を含み、ここで：
Ｒ １ は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ ２ は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ ２ は、各存在について、独立してＨ、ハロ、及びＣ １－６ アルコキシからなる群より選択され、必要に応じてＣ １－６ アルコキシで置換され；
Ｒ ４ は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ ２ の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ １５ は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ １６ は、各存在について、独立してＣ １－６ アルキル基、Ｃ ２－６ アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ ２ 、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ １６ は、
Figure 2020227618000136
であり；
Ｒ １７ａ 及びＲ １７ｂ は独立してＣ １－６ アルキルであり；
ｑ１は、２～２００の整数であり；かつ
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳである、前記プロセス。
（項目１３２）
式（ＣＩ ｃ ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000137

またはその塩を調製するための液相プロセスであって、
式（ＣＩ ａ ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000138

またはその塩を、
式（ＣＩ ｂ ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000139

またはその塩とカップリングして、式（ＣＩ ｃ ）の前記オリゴヌクレオチドを形成することを含み、ここで：
Ｒ １ は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ ２ は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ ２ は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ １－６ アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてＣ １－６ アルコキシで置換され；
Ｒ ４ は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ ２ の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ １５ は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ １６ は、各存在について、独立してＣ １－６ アルキル基、Ｃ ２－６ アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ ２ 、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ １６ は、
Figure 2020227618000140
であり；
ｑ１ａは、２～２０の整数であり；
ｑ１ｂは、２～２０の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
Ｚは、ヒドロキシル保護基である、前記液相プロセス。
（項目１３３）
式（ＩＩ）のオリゴヌクレオチドフラグメント、
Figure 2020227618000141

またはその塩を調製するための液相プロセスであって、
以下のステップ：
１’）式（ＩＩＡ’）の化合物：
Figure 2020227618000142

またはその塩を脱保護して、式（ＩＩＡ）の化合物：
Figure 2020227618000143

またはその塩を形成することと；
２’）式（ＩＩＡ）の前記化合物またはその塩を式（Ａ２）の化合物：
Figure 2020227618000144

またはその塩と反応させて、式（ＩＩＢ）の化合物：
Figure 2020227618000145

またはその塩を形成することと；
３’）式（ＩＩＢ）の前記化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（ＩＩＣ）の化合物：
Figure 2020227618000146

またはその塩を形成することと；
４’）式（ＩＩＣ）の前記化合物またはその塩を脱保護して式（ＩＩＤ）の化合物：
Figure 2020227618000147

またはその塩を形成することと；
５’）ｍが３の場合、式（ＩＩＤ）の前記化合物またはその塩から始めて、ステップ２’）及びステップ３’）を繰り返して、式（ＩＩＥ）の化合物もしくはその塩を形成するか、または
ｍが３より大きい場合、式（ＩＩＤ）の前記化合物もしくはその塩から始めて、ステップ２’）、３’）及び４’）をｍ－３回繰り返し、続いてステップ２’）及びステップ３’）によって式（ＩＩＥ）の化合物：
Figure 2020227618000148
またはその塩を形成することと；
６’）式（ＩＩＥ）の前記化合物もしくはその塩を脱保護して式（ＩＩＦ）の化合物：
Figure 2020227618000149

またはその塩を形成することと；
７’）式（ＩＩＦ）の前記化合物またはその塩を、ホスホルジアミダイト（Ｒ １６ Ｏ）Ｐ（ＮＲ １７ａ Ｒ １７ｂ ） ２ と反応させて、式（ＩＩ）の前記フラグメントまたはその塩を生成することとを含み：
式中：
Ｒ １ は、各存在について、独立して核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ ２ は、存在する場合、アミン保護基によって保護され；
Ｒ ２ は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ １－６ アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてＣ １－６ アルコキシで置換され；
Ｒ ４ は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ ２ の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ １５ は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ １６ は、各存在について、独立してＣ １－６ アルキル基、Ｃ ２－６ アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ ２ 、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ １６ は、
Figure 2020227618000150
であり；
Ｒ １７ａ 及びＲ １７ｂ は独立してＣ １－６ アルキルであり；
ｍは、２～２０の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
Ｚは、ヒドロキシルシリル保護基である、前記液相プロセス。
（項目１３４）
ｍが３～１０の整数である、項目１３３に記載のプロセス。
（項目１３５）
式（ＩＩ）の前記フラグメントがクロマトグラフィーによって精製されない、項目１３３または１３４に記載のプロセス。
（項目１３６）
ステップ１’）、２’）、３’）、４’）、５’）、６’）及び７’）のいずれか１つの前記反応生成物を精製するためにクロマトグラフィーが使用されない、項目１３３～１３５のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１３７）
ステップ１’）、２’）、３’）、４’）、５’）、６’）及び７’）のいずれか１つの前記反応生成物が、抽出または選択的沈殿によって精製される、項目１３３～１３５のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１３８）
ステップ１）及びステップ４）の前記脱保護反応のいずれか１つが、項目８５～９６のいずれか１項に定義されるように実施される、項目１３３～１３７のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１３９）
ステップ６’）の前記脱保護反応が、項目１０６～１１２のいずれか１つに定義されているように実施される、項目１３３～１３８のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１４０）
ステップ７’）の前記ホスフィチル化反応が、項目１２７または１２８に定義されているように実施される、項目１３３～１３９のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１４１）
前記化合物またはオリゴヌクレオチド中の全ての前記Ｐ＝Ｘ基がＰ＝Ｓである、項目８３～１４０のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１４２）
前記化合物またはオリゴヌクレオチド中の全ての前記Ｐ＝Ｘ基がＰ＝Ｏである、項目８３～１４０のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１４３）
前記化合物またはオリゴヌクレオチド中の前記Ｐ＝Ｘ基の１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％超がＰ＝Ｓである、項目８３～１４０のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１４４）
前記化合物またはオリゴヌクレオチド中の前記Ｐ＝Ｘ基のうち１０～９０％、２０～８０％、３０～７０％または４０～６０％がＰ＝Ｓである、項目８３～１４０のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１４５）
前記核酸塩基が、シトシン、グアニン、アデニン、チミン、ウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、７－メチルグアニン、５，６－ジヒドロウラシル、５－メチルシトシン、及び５－ヒドロキシメチルシトシンからなる群より選択され、前記核酸塩基のＮＨ ２ 基が、もし存在する場合、ＰｈＣＯ－、ＣＨ ３ ＣＯ－、ｉＰｒＣＯ－、Ｍｅ ２ Ｎ－ＣＨ＝、またはＭｅ ２ Ｎ－ＣＭｅ＝によって保護されている、項目８３～１４４のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１４６）
前記核酸塩基が、シトシン、グアニン、アデニン、チミン、ウラシル、及び５－メチルシトシンからなる群より選択され、前記核酸塩基のＮＨ ２ 基が、もし存在する場合、ＰｈＣＯ－、ＣＨ ３ ＣＯ－、ｉＰｒＣＯ－、Ｍｅ ２ Ｎ－ＣＨ＝、またはＭｅ ２ Ｎ－ＣＭｅ＝によって保護されている、項目８３～１４４のいずれか１項に記載のプロセス。
（項目１４７）
項目８３～１４６のいずれか１項に記載のプロセスであって、
各Ｒ ２ が、Ｈ、Ｆ、及びＣ １－４ アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてＣ １－４ アルコキシで置換され；
各Ｒ ４ は独立してＨであるか、またはＲ ２ の前記アルコキシ基と環を形成し、ここで、前記環は、１～３個のＣ １－４ アルキル基で必要に応じて置換された５または６員環であり；
Ｒ １６ は、－ＣＨ ２ ＣＨ ２ ＣＮであり；かつ
Ｒ １７ａ 及びＲ １７ｂ は独立してＣ １－４ アルキルである、前記プロセス。
（項目１４８）
項目１４７に記載のプロセスであって、式中
各Ｒ ２ は独立して、Ｈまたは－ＯＣＨ ２ ＣＨ ２ ＯＭｅから選択され；
各Ｒ ４ は、Ｈであり；
Ｒ １６ は、－ＣＨ ２ ＣＨ ２ ＣＮであり；かつ
Ｒ １７ａ 及びＲ １７ｂ は両方とも－ＣＨ（ＣＨ ３ ） ２ である、前記プロセス。 First, the cyanoethyl group was isolated from 64 g of protected ASO 9 in 640 ml of CH3CN: Et3Deprotected by dissolving in N=1:1 solution. After the mixture was stirred at 25° C. for 2 hours, the solvent was removed by Rotovap. The crude product was taken on to the next step to deprotect the LHPG and amine protecting groups. 500 ml concentrated NH3/H2O was added and the reaction mixture was stirred at 25° C. until the solids were completely dissolved (approximately 20-30 minutes). NH3/H2After dissolving in O, the mixture was transferred to a 1 L glass pressure flask and then heated at 65° C. for 5 hours. The reaction mixture was cooled to room temperature and the deprotected ASO 9 was ready for downstream purification. This procedure deprotected all protecting groups of ASO 9 (except 5'-DMTr). The DMTr group was removed after downstream HIC purification.
The present invention provides, for example, the following items.
(Item 1)
Compounds of formula (AI):
Figure 2020227618000057

or a liquid phase process for preparing a salt thereof comprising a compound of formula (AII):
Figure 2020227618000058

or a salt thereof, wherein said deprotection reaction is carried out in an anhydrous or substantially anhydrous solution, wherein:
R. 1 is, for each occurrence, independently a nucleobase, and the NH of said nucleobase 2 is protected by an amine protecting group, if present;
R. 2 is for each occurrence H, halo, and C 1-6 independently selected from the group consisting of alkoxy; 1-6 optionally substituted with alkoxy;
R. 4 is independently H or R 2 forming a ring with the alkoxy group of;
R. 15 is a hydroxyl protecting group;
R. 16 is independently C 1-6 alkyl group, C 2-6 an alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 , or substituted with a halogen; or
R. 16 teeth
Figure 2020227618000059
is;
Z is 0 or an integer from 1 to 200;
X is independently O or S for each occurrence; and
Said liquid phase process, wherein Y is a hydrophobic hydroxyl protecting group containing an alkyl chain.
(Item 2)
R. 15 is a 4,4'-dimethoxytrityl group.
(Item 3)
3. A method according to item 1 or 2, wherein said deprotection reaction is carried out in the presence of a drying agent.
(Item 4)
4. The method of item 3, wherein the desiccant is a molecular sieve.
(Item 5)
5. The process of item 4, wherein the size of said molecular sieve is 3 Å.
(Item 6)
Process according to item 1 or 2, wherein said anhydrous or substantially anhydrous solution is obtained by removing water using azeotropic distillation prior to the deprotection reaction.
(Item 7)
7. The process of any one of items 1-6, wherein the deprotection reaction is carried out in the presence of a cationic scavenger comprising -SH groups, silane groups, siloxane groups, polystyrene groups, furans, pyrroles or indoles.
(Item 8)
8. According to item 7, wherein said cation scavenger is a compound of formula RSH, wherein R is an alkyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl or heteroaryl group, each of which is optionally substituted. process.
(Item 9)
RSH is CH 3 (CH 2 ) 5 SH, CH 3 (CH 2 ) 11 SH, cyclohexanethiol, CH 3 CH 2 OC(=O)CH 2 CH 2 The process of item 8, which is SH.
(Item 10)
A process according to any one of items 1 to 9, wherein said deprotection reaction is carried out by reacting said compound of formula (AII) with a detritylating reagent.
(Item 11)
11. The process of item 10, wherein said detritylating reagent is a strong organic acid.
(Item 12)
The detritylation reagent is CF 3 COOH, CCl 3 COOH, CHCl 2 COOH, CH 2 ClCOOH, H 3 PO 4 , methanesulfonic acid, benzenesulfonic acid, CCIF 2 COOH, CHF 2 COOH, or PhSO 2 11. The process of item 10, wherein H.
(Item 13)
wherein the detritylation reagent is CH 2 12. The process of item 11, which is ClCOOH.
(Item 14)
wherein the detritylation reagent is CF 3 COOH or CHCl 2 11. The process of item 10, which is COOH.
(Item 15)
15. The process of any one of items 1-14, wherein Y is the following formula:
Figure 2020227618000060

is represented by
wherein X is C 1-10 alkyl, wherein one or more CH 2 groups are independently C(O), C(O)NH2, cycloalkyl or C 1-6 is a heterocyclyl group; and X 1 is C 1-25 alkyl or C 1-25 The above process, which is alkoxy.
(Item 16)
16. The process of item 15, wherein Y is represented by the formula:
Figure 2020227618000061
(Item 17)
17. The process of any one of items 1-16, wherein
Each R 2 independently mj, k, H, F or C 1-4 is alkoxy and optionally C 1-4 substituted with alkoxy;
R. 4 is H; and
R. 16 is -CH 2 CH 2 The above process, which is CN.
(Item 18)
18. The process of any one of items 1-17, wherein said compound of formula (AI) is not purified by chromatography.
(Item 19)
18. A process according to any one of items 1 to 17, wherein said compound of formula (AI) is purified by selective precipitation and/or extraction.
(Item 20)
an oligonucleotide fragment of formula (I),
Figure 2020227618000062

or a liquid phase process for preparing a salt thereof, wherein:
1) Compounds of formula (I'A):
Figure 2020227618000063

or deprotecting a salt thereof to give a compound of formula (IA):
Figure 2020227618000064

or forming a salt thereof;
2) the compound of formula (IA) or a salt thereof to the compound of formula (A1):
Figure 2020227618000065

or a salt thereof to give a compound of formula (IB):
Figure 2020227618000066

or forming a salt thereof;
3) sulfurizing or oxidizing said compound of formula (IB) or a salt thereof with a sulfurizing agent or an oxidizing agent to give a compound of formula (IC):
Figure 2020227618000067

or forming a salt thereof;
4) deprotecting said compound of formula (IC) or a salt thereof to obtain a compound of formula (ID):
Figure 2020227618000068

or forming a salt thereof;
5) starting with said compound of formula (ID) and repeating steps 2), 3) and 4) n-2 times to produce said fragment of formula (I) or a salt thereof, wherein and:
R. 1 is, for each occurrence, independently a nucleobase, and the NH of said nucleobase 2 is protected by an amine protecting group, if present;
R. 2 is for each occurrence H, halo, and C 1-6 independently selected from the group consisting of alkoxy, optionally C 1-6 substituted with alkoxy;
R. 4 is independently H or R 2 forming a ring with the alkoxy group of;
R. 15 is a hydroxyl protecting group;
R. 16 is independently C 1-6 alkyl group, C 2-6 an alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 , or substituted with a halogen; or
R. 16 teeth
Figure 2020227618000069
is;
R. 17a and R 17b independently C 1-6 is alkyl;
n is an integer from 2 to 20;
X is independently O or S for each occurrence;
Said liquid phase process, wherein Y is a hydrophobic hydroxyl protecting group containing an alkyl chain.
(Item 21)
21. The process of item 20, wherein said fragment of formula (I) is not purified by chromatography.
(Item 22)
22. A process according to item 21, wherein said fragment of formula (I) is purified by selective precipitation and/or extraction.
(Item 23)
23. The process of any one of items 20-22, wherein chromatography is not used to purify the reaction product of any one of steps 1), 2), 3) and 4).
(Item 24)
24. A process according to any one of items 20-23, wherein the reaction product of any one of steps 1), 2), 3) and 4) is purified by selective precipitation.
(Item 25)
25. The process of any one of items 20-24, wherein Y is
Figure 2020227618000070

The above process.
(Item 26)
26. The process according to any one of items 20-25, wherein any one of said deprotection reactions of step 1) and step 4) is performed as defined in items 2-14.
(Item 27)
A convergent liquid phase process for preparing a target oligonucleotide comprising the steps of:
a) an oligonucleotide fragment of formula (I):
Figure 2020227618000071

or its salt,
Oligonucleotide fragments of formula (II):
Figure 2020227618000072

or its salt,
Coupled in solution to obtain an oligonucleotide of formula (III):
Figure 2020227618000073

or forming a salt thereof;
b) sulfurizing or oxidizing said oligonucleotide of formula (III) or a salt thereof to give an oligonucleotide of formula (IV):
Figure 2020227618000074

or a salt thereof,
In the formula:
R. 1 is, for each occurrence, independently a nucleobase, and the NH of said nucleobase 2 is protected by an amine protecting group, if present;
R. 2 is for each occurrence H, halo, and C 1-6 independently selected from the group consisting of alkoxy, optionally C 1-6 substituted with alkoxy;
R. 4 is independently H or R 2 forming a ring with the alkoxy group of;
R. 15 is a hydroxyl protecting group;
R. 16 is independently C 1-6 alkyl group, C 2-6 an alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 , or substituted with a halogen; or
R. 16 teeth
Figure 2020227618000075
is;
R. 17a and R 17b independently C 1-6 is alkyl;
n is an integer from 2 to 200;
m is an integer from 2 to 20;
X is independently O or S for each occurrence;
Said convergent liquid phase process, wherein Y is a hydrophobic hydroxyl protecting group containing an alkyl chain.
(Item 28)
The process of item 27, wherein the nucleotide of formula (Ia1):
Figure 2020227618000076

or its salt,
Oligonucleotide fragments of formula (Ia2):
Figure 2020227618000077

or a salt thereof and coupling in solution to form said oligonucleotide fragment of formula (I) or a salt thereof.
(Item 29)
29. The process of items 27 or 28, wherein n is an integer from 3 to 20.
(Item 30)
29. The process of item 27 or 28, wherein n is 3-6.
(Item 31)
29. The process of item 27 or 28, wherein n is 5.
(Item 32)
32. The process of any one of items 27-31, further comprising deprotecting said oligonucleotide of formula (IV) or a salt thereof to obtain an oligonucleotide of formula (V):
Figure 2020227618000078

or a salt thereof, further comprising step c).
(Item 33)
The process of item 32, further comprising:
d) said oligonucleotide of formula (V), or a salt thereof, to an oligonucleotide fragment of formula (II'):
Figure 2020227618000079

or coupled with its salt,
Oligonucleotides of formula (VI):
Figure 2020227618000080

or forming a salt thereof;
e) sulfurizing or oxidizing said oligonucleotide of formula (VI) to give an oligonucleotide of formula (VII):
Figure 2020227618000081

or forming a salt thereof;
f) deprotecting said oligonucleotide of formula (VII) or a salt thereof to give an oligonucleotide of formula (VIII):
Figure 2020227618000082

or forming a salt thereof;
g) repeating steps d), e) and f) r−1 times followed by repeating steps d) and e) to obtain an oligonucleotide of formula (IX):
Figure 2020227618000083

or forming a salt thereof;
During the ceremony,
r is an integer from 1 to 50;
p i is independently an integer from 2 to 20 for each occurrence;
i is an integer from 1 to r; and
Figure 2020227618000084

The process above.
(Item 34)
34. The process of item 33, wherein r is 2 and said oligonucleotide of formula (IX) is represented by formula (X):
Figure 2020227618000085

wherein p1 and p2 are each independently an integer from 2 to 20;
(Item 35)
Any one of items 27-34, wherein chromatography is not used to purify said reaction product of any one of steps a), b), c), d), e), f) and g) the process described in section.
(Item 36)
Any one of items 27-35, wherein said reaction product of any one of steps a), b), c), d), e), f) and g) is purified by extraction or selective precipitation the process described in section.
(Item 37)
37. The process of any one of items 33-36, wherein said process further comprises the steps of:
h1) deprotecting said oligonucleotide (IX) or (X) or a salt thereof to give an oligonucleotide of formula (IXA) or (XA):
Figure 2020227618000086
or forming a salt thereof.
(Item 38)
38. The process of item 37, wherein the method comprises the steps of:
h2) deprotecting said oligonucleotide (IXA) or (XA) to obtain an oligonucleotide of formula (IXB) or (XB):
Figure 2020227618000087
or a salt thereof, optionally reacting said oligonucleotide (IXA) or (XA) with citric acid to form said oligonucleotide of formula (IXB) or (XB). .
(Item 39)
38. The process of item 37, wherein R 16 Ga-CH 2 CH 2 When CN, deprotection of said oligonucleotide (IX) or (X) or a salt thereof yields an oligonucleotide of formula (IXAb) or (XAb):
Figure 2020227618000088
or a salt thereof is formed.
(Item 40)
40. The process of item 39, wherein the method comprises the steps of:
Deprotecting said oligonucleotide (IXAb) or (XAb) or a salt thereof to give an oligonucleotide of formula (IXBa) or (XBa):
Figure 2020227618000089
or forming a salt thereof, optionally reacting said oligonucleotide (IXA) or (XA) with citric acid to form said oligonucleotide of formula (IXBa) or (XBa). .
(Item 41)
37. The process of any one of items 33-36, wherein R 16 Ga-CH 2 CH 2 If CN, the process further includes the following steps:
h1) deprotecting said oligonucleotide (IX) or (X) to give an oligonucleotide of formula (IXAa) or (XAa):
Figure 2020227618000090
or forming a salt thereof.
(Item 42)
42. The process of item 41, wherein said deprotection reaction is carried out by reacting said oligonucleotide (IX) or (X) or a salt thereof with a base.
(Item 43)
43. The process of item 42, wherein the base is selected from 1,8-diazabicyclo[5.4.0]undec-7-ene, tert-butylamine, sec-butylamine, diisopropylethylamine, and triethylamine.
(Item 44)
44. The process of items 41, 42, or 43, wherein said method further deprotects said oligonucleotide (IXAa) or (XAa) or a salt thereof to give an oligonucleotide of formula (IXAb) or (XAb) :
Figure 2020227618000091
or a salt thereof.
(Item 45)
Said deprotection of said oligonucleotide (IXAa) or (XAa) or salt thereof converts said oligonucleotide (IXAa) or (XAa) or salt thereof to NH 4 45. The process of item 44, carried out by reacting with OH.
(Item 46)
46. The process of any one of items 27-45, wherein n is 3, 4, 5 or 6.
(Item 47)
47. The process of any one of items 27-46, wherein m is 3, 4, 5 or 6.
(Item 48)
p for each occurrence i is independently 3, 4, 5, or 6. The process of any one of items 33-47.
(Item 49)
48. The process of any one of items 34-47, wherein p1 and p2 are each independently 3, 4, 5, or 6.
(Item 50)
49. The process of any one of items 33 and 35-48, wherein r is 1, 2, 3, 4, 5 or 6.
(Item 51)
A convergent liquid phase process for preparing a target oligonucleotide comprising the steps of:
a) an oligonucleotide fragment of formula (II2):
Figure 2020227618000092

or its salt,
Oligonucleotide fragments of formula (I2):
Figure 2020227618000093

or its salt,
Coupled in solution to give an oligonucleotide of formula (III2):
Figure 2020227618000094

or forming a salt thereof;
b) sulfurizing or oxidizing said oligonucleotide of formula (III2) or a salt thereof to give an oligonucleotide of formula (IV2):
Figure 2020227618000095

or forming a salt thereof, wherein:
R. 1 is, for each occurrence, independently a nucleobase, and the NH of said nucleobase 2 is protected by an amine protecting group, if present;
R. 2 is for each occurrence H, halo, and C 1-6 independently selected from the group consisting of alkoxy, optionally C 1-6 substituted with alkoxy;
R. 4 is independently H or R 2 forming a ring with the alkoxy group of;
R. 16 is independently C 1-6 alkyl group, C 2-6 an alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 , or substituted with a halogen; or
R. 16 teeth
Figure 2020227618000096
is;
R. 17a and R 17b independently C 1-6 is alkyl;
n 1 is an integer from 2 to 20;
m 1 is an integer from 2 to 200;
X is independently O or S for each occurrence;
Y is a hydrophobic hydroxyl protecting group containing an alkyl chain;
Said convergent liquid phase process wherein Z is a silyl hydroxyl protecting group.
(Item 52)
52. The process of item 51, wherein fragment (II2) is:
ia) a nucleotide of formula (II2a1):
Figure 2020227618000097

or its salt,
Oligonucleotide fragments of formula (II2a2):
Figure 2020227618000098

or its salt,
coupled in solution to form an oligonucleotide of formula (II2a3) or a salt thereof;
Figure 2020227618000099

or forming a salt thereof;
iia) sulfurizing or oxidizing the oligonucleotide of formula (II2a3) or a salt thereof to give the oligonucleotide of formula (II2a4):
Figure 2020227618000100

or forming a salt thereof;
iia) deprotecting said oligonucleotide of formula (II2a4) or a salt thereof to form said oligonucleotide of formula (II2).
(Item 53)
The process of item 51 or 52, further comprising deprotecting said oligonucleotide of formula (IV2) or a salt thereof to obtain the oligonucleotide of formula (V2):
Figure 2020227618000101

or a salt thereof, comprising step c).
(Item 54)
54. The process of item 53, further comprising:
d) converting said oligonucleotide of formula (V2) or a salt thereof to an oligonucleotide fragment of formula (II2'):
Figure 2020227618000102

or by coupling with its salt,
Oligonucleotides of formula (VI2):
Figure 2020227618000103

or forming a salt thereof;
e) sulfurizing or oxidizing said oligonucleotide of formula (VI2) to give an oligonucleotide of formula (VII2):
Figure 2020227618000104

or forming a salt thereof and:
f) deprotecting said oligonucleotide of formula (VII2) or a salt thereof to give an oligonucleotide of formula (VIII2):
Figure 2020227618000105

or forming a salt thereof;
g) replace steps d), e) and f) with r 1 - repeating steps d) and e) one time, followed by an oligonucleotide of formula (IX2):
Figure 2020227618000106

or forming a salt thereof,
During the ceremony,
r 1 is an integer from 1 to 50;
s i is independently an integer from 2 to 20 for each occurrence;
i is 1 to r 1 is an integer of; and
Figure 2020227618000107

The above process.
(Item 55)
55. The process of item 54, wherein r 1 is 2 and said oligonucleotide of formula (IX2) is of formula (X2):
Figure 2020227618000108

is represented by
wherein s1 and s2 are each independently an integer from 2-20.
(Item 56)
any one of items 51 to 55, wherein chromatography is not used to purify said reaction product of any one of steps a), b), c), d), e), f) and g) the process described in section.
(Item 57)
Any one of items 51 to 56, wherein said reaction product of any one of steps a), b), c), d), e), f) and g) is purified by extraction or selective precipitation the process described in section.
(Item 58)
58. The process of any one of items 54-57, wherein said method further comprises deprotecting said oligonucleotide of formula (IX2) or (X2) or a salt thereof to obtain a Oligonucleotides of X2A):
Figure 2020227618000109
or forming a salt thereof.
(Item 59)
58. The process of any one of items 54-57, wherein R 16 Ga-CH 2 CH 2 If CN, the process further includes the following steps:
h1) deprotecting said oligonucleotide (IX2A) or (X2A) or a salt thereof to give an oligonucleotide of formula (IX2Aa) or (X2Aa):
Figure 2020227618000110
or a salt thereof.
(Item 60)
60. The process of item 59, wherein said deprotection reaction is carried out by reacting said oligonucleotide (IX2A) or (X2A) or a salt thereof with a base.
(Item 61)
61. The process of item 60, wherein the base is selected from 1,8-diazabicyclo[5.4.0]undec-7-ene, tert-butylamine, sec-butylamine, diisopropylethylamine, and triethylamine.
(Item 62)
62. The process of any one of items 59-61, wherein said method further comprises deprotecting said oligonucleotide (IX2Aa) or (X2Aa) or a salt thereof to give a compound of formula (IX2B) or (X2B) Oligonucleotide:
Figure 2020227618000111
or forming a salt thereof.
(Item 63)
The deprotection is performed by removing the oligonucleotide (IX2Aa) or (X2Aa) or a salt thereof and NH 4 63. The process of item 62, carried out by reacting with OH.
(Item 64)
64. The process of any one of items 54-63, wherein said method further comprises treating said oligonucleotide (IX2) or (X2) or a salt thereof with NH 4 Oligonucleotide of formula (IX2B) or (X2B) by deprotection with OH:
Figure 2020227618000112
or form a salt thereof, wherein R 16 Ga-CH 2 CH 2 CN, said deprotection of said oligonucleotide (IX2) or (X2) or a salt thereof is an oligonucleotide of formula (IX2A) or (X2A):
Figure 2020227618000113
or forming a salt thereof.
(Item 65)
n 1 is 3, 4, 5, or 6. The process of any one of items 51-64.
(Item 66)
m 1 is 3, 4, 5, or 6. The process of any one of items 51-65.
(Item 67)
s for each occurrence i is independently 3, 4, 5, or 6. The process of any one of items 54-66.
(Item 68)
s 1 and s 2 is independently 3, 4, 5 or 6. The process of any one of items 55-66.
(Item 69)
r 1 is 1, 2, 3, 4, 5 or 6. The process of any one of items 54-67.
(Item 70)
70. The process of any one of items 1-69, wherein all said P=X groups in said compound or oligonucleotide are P=S.
(Item 71)
70. The process of any one of items 1-69, wherein all said P=X groups in said compound or oligonucleotide are P=O.
(Item 72)
Items 1-, wherein more than 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% or 90% of said P=X groups in said compound or oligonucleotide are P=S 70. The process according to any one of clauses 69.
(Item 73)
70. Any one of items 1-69, wherein 10-90%, 20-80%, 30-70% or 40-60% of said P=X groups in said compound or oligonucleotide are P=S. Described process.
(Item 74)
the nucleobase is selected from the group consisting of cytosine, guanine, adenine, thymine, uracil, hypoxanthine, xanthine, 7-methylguanine, 5,6-dihydrouracil, 5-methylcytosine, and 5-hydroxymethylcytosine; NH of said nucleobase 2 groups, if present, are PhCO—, CH 3 CO—, iPrCO—, Me 2 N—CH=, or Me 2 74. The process of any one of items 1-73, wherein the process is protected by N-CMe=.
(Item 75)
said nucleobase is selected from the group consisting of cytosine, guanine, adenine, thymine, uracil, and 5-methylcytosine; 2 groups, if present, PhCO-, CH 3 CO—, iPrCO—, Me 2 N—CH=, or Me 2 74. The process of any one of items 1-73, wherein the process is protected by N-CMe=.
(Item 76)
76. The process of any one of items 1-75, wherein
Each R 2 are H, F, and C 1-4 independently selected from the group consisting of alkoxy, optionally C 1-4 substituted with alkoxy;
Each R 4 is independently H or R 2 , wherein the ring comprises 1 to 3 C 1-4 a 5- or 6-membered ring optionally substituted with an alkyl group;
R. 16 is -CH 2 CH 2 is CN; and
R. 17a and R 17b independently C 1-4 The above process, which is alkyl.
(Item 77)
77. The process of item 76, wherein
Each R 2 is independently H or -OCH 2 CH 2 selected from OMe;
Each R 4 is H;
R. 16 is -CH 2 CH 2 is CN; and
R. 17a and R 17b are both -CH(CH 3 ) 2 The above process.
(Item 78)
78. The process of any one of items 27-77, wherein said target oligonucleotide is an antisense oligonucleotide comprising 16-30 nucleotides.
(Item 79)
79. The process of item 78, wherein said antisense oligonucleotides comprise only modified RNA.
(Item 80)
79. The process of item 78, wherein said antisense oligonucleotides comprise DNA and modified RNA.
(Item 81)
79. The process of item 78, wherein said antisense oligonucleotide is a gapmer.
(Item 82)
79. The process of item 78, wherein said antisense oligonucleotides comprise only DNA.
(Item 83)
Compounds of formula (AI'):
Figure 2020227618000114

or a salt thereof, said process comprising a compound of formula (AII'):
Figure 2020227618000115

or a salt thereof, wherein said deprotection reaction is carried out in an anhydrous or substantially anhydrous solution, wherein:
R. 1 is, for each occurrence, independently a nucleobase, and the NH of said nucleobase 2 is protected by an amine protecting group, if present;
R. 2 is for each occurrence H, halo, and C 1-6 independently selected from the group consisting of alkoxy, optionally C 1-6 substituted with alkoxy;
R. 4 is independently H or R 2 forming a ring with the alkoxy group of;
R. 15 is a hydroxyl protecting group;
R. 16 is independently C 1-6 alkyl group, C 2-6 an alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 , or substituted with a halogen; or
R. 16 teeth,
Figure 2020227618000116
is;
Z is 0 or an integer from 1 to 200;
X is independently O or S for each occurrence;
W is H or Z; and
Said liquid phase process wherein Z is a silyl hydroxyl protecting group.
(Item 84)
R. 15 is a 4,4'-dimethoxytrityl group.
(Item 85)
85. The method of item 83 or 84, wherein said deprotection reaction is carried out in the presence of a drying agent.
(Item 86)
86. The method of item 85, wherein the desiccant is a molecular sieve.
(Item 87)
87. The process of item 86, wherein the molecular sieve has a size of 3 Å.
(Item 88)
85. The process of items 83 or 84, wherein said anhydrous or substantially anhydrous solution is obtained by removing water using azeotropic distillation prior to said deprotection reaction.
(Item 89)
89. The process of any one of items 83-88, wherein said deprotection reaction is carried out in the presence of a cationic scavenger comprising -SH groups, silane groups, siloxane groups, polystyrene groups, furans, pyrroles or indoles.
(Item 90)
90. According to item 89, wherein said cation scavenger is a compound of formula RSH, wherein R is an alkyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl or heteroaryl group, each of which is optionally substituted process.
(Item 91)
RSH is CH 3 (CH 2 ) 5 SH, CH 3 (CH 2 ) 11 SH, cyclohexanethiol, CH 3 CH 2 OC(=O)CH 2 CH 2 91. The process of item 90, which is SH.
(Item 92)
92. The process according to any one of items 83-91, wherein said deprotection reaction is carried out by reacting said compound of formula (AII') with a detritylating reagent.
(Item 93)
93. The process of item 92, wherein said detritylating reagent is a strong organic acid.
(Item 94)
The detritylation reagent is CF 3 COOH, CCl 3 COOH, CHCl 2 COOH, CH 2 ClCOOH, H 3 PO 4 , methanesulfonic acid, benzenesulfonic acid, CCIF 2 COOH, CHF 2 COOH, or PhSO 2 93. The process of item 92, wherein H.
(Item 95)
wherein the detritylation reagent is CH 2 94. The process of item 93, which is ClCOOH.
(Item 96)
wherein the detritylation reagent is CF 3 COOH or CHCl 2 93. The process of item 92, which is COOH.
(Item 97)
97. The process of any one of items 83-96, wherein W is Z.
(Item 98)
98. The process of item 97, wherein Z is TBDPS, TBoDPS and TBDAS
Figure 2020227618000117
A silyl protecting group selected from R 5 , R 6 and R 7 are each independently H, C 1-30 alkyl, or C 1-30 The above process, which is alkoxy.
(Item 99)
99. The process of item 98, wherein the TBDAS group is:
Figure 2020227618000118

and s is an integer from 1-30.
(Item 100)
98. The process of item 97, wherein Z is TBDPS.
(Item 101)
100. The process of any one of items 83-100, wherein z is 0 or an integer from 1-10.
(Item 102)
102. The process of any one of items 83-101, wherein
Each R 2 is independently H, F or C 1-4 alkoxy, optionally C 1-4 substituted with alkoxy;
R. 4 is H; and
R. 16 is -CH 2 CH 2 The above process, which is CN.
(Item 103)
103. The process of any one of items 83-102, wherein said compound of formula (AI') is not purified by chromatography.
(Item 104)
103. The process of any one of items 83-102, wherein said compound of formula (AI') is purified by selective precipitation and/or extraction.
(Item 105)
Compounds of formula (BI):
Figure 2020227618000119

or a salt thereof, said process comprising a compound of formula (BII):
Figure 2020227618000120

or deprotecting a salt thereof to form said compound of formula (BI), or a salt thereof, wherein:
R. 1 is, for each occurrence, independently a nucleobase, and the NH of said nucleobase 2 is protected by an amine protecting group, if present;
R. 2 for each occurrence independently H, halo, and C 1-6 is selected from the group consisting of alkoxy, optionally C 1-6 substituted with alkoxy;
R. 4 is independently H or R 2 forming a ring with the alkoxy group of;
R. 15 is a hydroxyl protecting group;
R. 16 is independently C 1-6 alkyl group, C 2-6 an alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 , or substituted with a halogen; or
R. 16 teeth
Figure 2020227618000121
is;
q is an integer from 1 to 200;
X is independently O or S for each occurrence; and
Said liquid phase process wherein Z is a silyl hydroxyl protecting group.
(Item 106)
106. The process of item 105, wherein said deprotection reaction is carried out by reacting said compound of formula (BII) with HF in the presence of a base.
(Item 107)
107. The process of item 106, wherein said base is imidazole or pyridine, wherein imidazole or pyridine is optionally substituted.
(Item 108)
108. Process according to item 106 or 107, wherein an excess of base to HF is used.
(Item 109)
106. The process of any one of items 105, wherein said deprotection reaction is carried out by reacting said compound of formula (BII) with HF in the presence of pyridine and imidazole.
(Item 110)
109. The process of item 109, wherein the molar ratio of imidazole to HF is in the range of 1.1:1 to 5:1.
(Item 111)
111. The process of item 110, wherein the molar ratio of imidazole to HF is 2:1.
(Item 112)
112. The process of any one of items 109-111, wherein the molar ratio of pyridine to HF is from 1.1:1 to 20:1.
(Item 113)
The process of items 105-112, wherein Z is TBDPS, TBoDPS and TBDAS
Figure 2020227618000122
A silyl protecting group selected from R 5 , R 6 and R 7 are each independently H, C 1-30 alkyl, or C 1-30 The above process, which is alkoxy.
(Item 114)
114. The process of item 113, wherein the TBDAS group is:
Figure 2020227618000123

and
wherein s is an integer from 1-30.
(Item 115)
113. The process of item 113, wherein Z is TBDPS.
(Item 116)
R. 15 is a 4,4'-dimethoxytrityl group.
(Item 117)
The process of any one of items 105-116, wherein:
Each R 2 are H, F, and C 1-4 independently selected from alkoxy and optionally C 1-4 substituted with alkoxy;
R. 4 is H; and
R. 16 is -CH 2 CH 2 The above process, which is CN.
(Item 118)
118. The process of any one of items 105-117, wherein q is an integer from 2-10.
(Item 119)
The process of any one of items 105-118, wherein said compound of formula (BI) is not purified by chromatography.
(Item 120)
A process according to any one of items 105-119, wherein said compound of formula (BI) is purified by selective precipitation and/or extraction.
(Item 121)
Compounds of formula (CI) or (CI'):
Figure 2020227618000124
or a liquid process for preparing a salt thereof comprising a compound of formula (CII):
Figure 2020227618000125

or a salt thereof, phosphorodiamidite (R 16 O) P(NR 17a R. 17b ) 2 or with an H-phosphonate to form said compound of formula (CI) or (CI'), wherein:
R. 1 is, for each occurrence, independently a nucleobase, and the NH of said nucleobase 2 is protected by an amine protecting group, if present;
R. 2 is for each occurrence H, halo, and C 1-6 independently selected from the group consisting of alkoxy, optionally halogen or C 1-6 substituted with alkoxy;
R. 4 is independently H or R 2 forming a ring with the alkoxy group of;
R. 15 is a hydroxyl protecting group;
R. 16 is independently C 1-6 alkyl group, C 2-6 an alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 , or substituted with a halogen; or
R. 16 teeth,
Figure 2020227618000126
is;
R. 17a and R 17b independently C 1-6 is an alkyl
q1 is an integer from 2 to 200;
X is independently O or S for each occurrence; and
The above process wherein Z is a silyl hydroxyl protecting group.
(Item 122)
Compounds of formula (C2I):
Figure 2020227618000127

or a liquid process for preparing a salt thereof comprising a compound of formula (C2II):
Figure 2020227618000128

Or a salt thereof and a phosphordiamidite (R 16 O) P(NR 17a R. 17b ) 2 to form said compound of formula (C2I), or a salt thereof, wherein:
R. 1 is, for each occurrence, independently a nucleobase, and the NH of said nucleobase 2 is protected by an amine protecting group, if present;
R. 2 is for each occurrence H, halo, and C 1-6 independently selected from the group consisting of alkoxy, optionally halogen or C 1-6 substituted with alkoxy;
R. 4 is independently H or R 2 forming a ring with the alkoxy group of;
R. 16 is independently C 1-6 alkyl group, C 2-6 an alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 , or substituted with a halogen; or
R. 16 teeth,
Figure 2020227618000129
is;
R. 17a and R 17b independently C 1-6 is an alkyl
q1 is an integer from 2 to 200;
X is independently O or S for each occurrence; and
The above process wherein Z is a silyl hydroxyl protecting group.
(Item 123)
122. The process of item 121, comprising:
Each R 2 is H, F, or C 1-4 independently selected from alkoxy and optionally C 1-4 substituted with alkoxy;
R. 4 is H;
R. 15 is 4,4'-dimethoxytrityl;
R. 16 is -CH 2 CH 2 is CN; and
R. 17a and R 17b independently C 1-6 The above process, which is alkyl.
(Item 124)
123. The process of item 122, comprising:
Each R 2 is independently H, F, or C 1-4 alkoxy, optionally C 1-4 substituted with alkoxy;
R. 4 is H;
R. 16 is -CH 2 CH 2 is CN;
R. 17a and R 17b independently C 1-6 is an alkyl; and
The above process wherein Z is a silyl hydroxyl protecting group.
(Item 125)
125. The process of any one of items 121-124, wherein q1 is an integer from 2-10.
(Item 126)
126. The process of items 122, 124 or 125, wherein Z is selected from TBDPS, TBoDPS and TBDAS.
(Item 127)
127. The process of any one of items 121-126, wherein said reaction is carried out in the presence of an activating agent.
(Item 128)
128. The process of item 127, wherein said active agent is pyridine trifluoroacetate or N-methylimidazole triflate.
(Item 129)
129. The process of any one of items 121-128, wherein said compound of formula (CI), (CI') or (C2I) is not purified by chromatography.
(Item 130)
129. A process according to any one of items 121 to 129, wherein said compound of formula (CI), (CI') or (C2I) is purified by selective precipitation and/or extraction.
(Item 131)
Compounds of formula (CI'):
Figure 2020227618000130

or a liquid phase process for preparing a salt thereof, comprising:
Steps below:
1) Compounds of formula (CI'A):
Figure 2020227618000131

or its salt,
Compounds of formula (A1):
Figure 2020227618000132

or a salt thereof to give a compound of formula (CI'B):
Figure 2020227618000133

or forming a salt thereof;
3) sulfurizing or oxidizing said compound of formula (CI'B) or a salt thereof with a sulfurizing agent or an oxidizing agent to give a compound of formula (CI'C):
Figure 2020227618000134

or forming a salt thereof;
4) deprotecting said compound of formula (CI'C) or a salt thereof to obtain a compound of formula (CI'D):
Figure 2020227618000135

or forming a salt thereof;
5) Starting with said compound of formula (CI'D), repeating steps 1), 2) 3) and 4) q1-3 times followed by repeating steps 1), 2) and 3) to obtain formula producing a fragment of (CI'), or a salt thereof, wherein:
R. 1 is, for each occurrence, independently a nucleobase, and the NH of said nucleobase 2 is protected by an amine protecting group, if present;
R. 2 for each occurrence independently H, halo, and C 1-6 is selected from the group consisting of alkoxy, optionally C 1-6 substituted with alkoxy;
R. 4 is independently H or R 2 forming a ring with the alkoxy group of;
R. 15 is a hydroxyl protecting group;
R. 16 is independently C 1-6 alkyl group, C 2-6 an alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 , or substituted with a halogen; or
R. 16 teeth,
Figure 2020227618000136
is;
R. 17a and R 17b independently C 1-6 is alkyl;
q1 is an integer from 2 to 200; and
The above process wherein X is independently O or S for each occurrence.
(Item 132)
Formula (CI c ) oligonucleotide fragments:
Figure 2020227618000137

or a liquid phase process for preparing a salt thereof, comprising:
Formula (CI a ) oligonucleotide fragments:
Figure 2020227618000138

or its salt,
Formula (CI b ) oligonucleotide fragments:
Figure 2020227618000139

or by coupling with a salt thereof to give the formula (CI c ), wherein:
R. 1 is, for each occurrence, independently a nucleobase, and the NH of said nucleobase 2 is protected by an amine protecting group, if present;
R. 2 is for each occurrence H, halo, and C 1-6 independently selected from the group consisting of alkoxy, optionally C 1-6 substituted with alkoxy;
R. 4 is independently H or R 2 forming a ring with the alkoxy group of;
R. 15 is a hydroxyl protecting group;
R. 16 is independently C 1-6 alkyl group, C 2-6 an alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 , or substituted with a halogen; or
R. 16 teeth,
Figure 2020227618000140
is;
q1a is an integer from 2 to 20;
q1b is an integer from 2 to 20;
X is independently O or S for each occurrence; and
The liquid phase process, wherein Z is a hydroxyl protecting group.
(Item 133)
an oligonucleotide fragment of formula (II),
Figure 2020227618000141

or a liquid phase process for preparing a salt thereof, comprising:
Steps below:
1′) compounds of formula (IIA′):
Figure 2020227618000142

or by deprotecting a salt thereof to give a compound of formula (IIA):
Figure 2020227618000143

or forming a salt thereof;
2′) The compound of formula (IIA) or a salt thereof is converted to a compound of formula (A2):
Figure 2020227618000144

or with a salt thereof to give a compound of formula (IIB):
Figure 2020227618000145

or forming a salt thereof;
3′) sulfurizing or oxidizing said compound of formula (IIB) or a salt thereof with a sulfurizing agent or an oxidizing agent to give a compound of formula (IIC):
Figure 2020227618000146

or forming a salt thereof;
4′) deprotecting the compound of formula (IIC) or a salt thereof to obtain a compound of formula (IID):
Figure 2020227618000147

or forming a salt thereof;
5′) when m is 3, starting from said compound of formula (IID) or a salt thereof, repeating steps 2′) and 3′) to form a compound of formula (IIE) or a salt thereof, or
If m is greater than 3, starting from said compound of formula (IID) or a salt thereof, repeating steps 2′), 3′) and 4′) m−3 times followed by steps 2′) and 3′) A compound of formula (IIE) by:
Figure 2020227618000148
or forming a salt thereof;
6′) Deprotecting the compound of formula (IIE) or a salt thereof to obtain a compound of formula (IIF):
Figure 2020227618000149

or forming a salt thereof;
7′) The compound of formula (IIF) or a salt thereof is treated with a phosphorodiamidite (R 16 O) P(NR 17a R. 17b ) 2 to produce said fragment of formula (II) or a salt thereof:
In the formula:
R. 1 is, for each occurrence, independently a nucleobase, and the NH of said nucleobase 2 is protected by an amine protecting group, if present;
R. 2 is for each occurrence H, halo, and C 1-6 independently selected from the group consisting of alkoxy, optionally C 1-6 substituted with alkoxy;
R. 4 is independently H or R 2 forming a ring with the alkoxy group of;
R. 15 is a hydroxyl protecting group;
R. 16 is independently C 1-6 alkyl group, C 2-6 an alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 , or substituted with a halogen; or
R. 16 teeth,
Figure 2020227618000150
is;
R. 17a and R 17b independently C 1-6 is alkyl;
m is an integer from 2 to 20;
X is independently O or S for each occurrence; and
The liquid phase process wherein Z is a hydroxylsilyl protecting group.
(Item 134)
133. The process of item 133, wherein m is an integer from 3-10.
(Item 135)
135. The process of items 133 or 134, wherein said fragment of formula (II) is not purified by chromatography.
(Item 136)
Chromatography is not used to purify said reaction product of any one of steps 1′), 2′), 3′), 4′), 5′), 6′) and 7′), item 133 135. The process of any one of paragraphs 1 to 135.
(Item 137)
wherein said reaction product of any one of steps 1′), 2′), 3′), 4′), 5′), 6′) and 7′) is purified by extraction or selective precipitation, item 135. The process of any one of 133-135.
(Item 138)
137. The process of any one of items 133-137, wherein any one of said deprotection reactions of steps 1) and 4) is performed as defined in any one of items 85-96. .
(Item 139)
The process according to any one of items 133-138, wherein said deprotection reaction of step 6′) is performed as defined in any one of items 106-112.
(Item 140)
139. The process according to any one of items 133-139, wherein said phosphitylation reaction of step 7′) is performed as defined in items 127 or 128.
(Item 141)
141. The process of any one of items 83-140, wherein all said P=X groups in said compound or oligonucleotide are P=S.
(Item 142)
141. The process of any one of items 83-140, wherein all said P=X groups in said compound or oligonucleotide are P=O.
(Item 143)
more than 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% or 90% of said P=X groups in said compound or oligonucleotide are P=S, items 83- 140. The process of any one of clauses 140 to 140.
(Item 144)
141. any one of items 83-140, wherein 10-90%, 20-80%, 30-70% or 40-60% of said P=X groups in said compound or oligonucleotide are P=S Described process.
(Item 145)
the nucleobase is selected from the group consisting of cytosine, guanine, adenine, thymine, uracil, hypoxanthine, xanthine, 7-methylguanine, 5,6-dihydrouracil, 5-methylcytosine, and 5-hydroxymethylcytosine; NH of said nucleobase 2 groups, if present, PhCO-, CH 3 CO—, iPrCO—, Me 2 N—CH=, or Me 2 145. The process of any one of items 83-144 protected by N-CMe=.
(Item 146)
said nucleobase is selected from the group consisting of cytosine, guanine, adenine, thymine, uracil, and 5-methylcytosine; 2 groups, if present, PhCO-, CH 3 CO—, iPrCO—, Me 2 N—CH=, or Me 2 145. The process of any one of items 83-144 protected by N-CMe=.
(Item 147)
146. The process of any one of items 83-146, wherein
Each R 2 is H, F, and C 1-4 independently selected from the group consisting of alkoxy, optionally C 1-4 substituted with alkoxy;
Each R 4 is independently H or R 2 , wherein the ring comprises 1 to 3 C 1-4 a 5- or 6-membered ring optionally substituted with an alkyl group;
R. 16 is -CH 2 CH 2 is CN; and
R. 17a and R 17b independently C 1-4 The above process, which is alkyl.
(Item 148)
148. The process of item 147, wherein
Each R 2 is independently H or -OCH 2 CH 2 selected from OMe;
Each R 4 is H;
R. 16 is -CH 2 CH 2 is CN; and
R. 17a and R 17b are both -CH(CH 3 ) 2 The process above.

Claims (19)

式（ＡＩ）の化合物：
Figure 2020227618000001

またはその塩を調製するための液相プロセスであって、式（ＡＩＩ）の化合物：
Figure 2020227618000002

またはその塩を脱保護することを含み、ここで前記脱保護反応は、無水または実質的に無水である溶液中で実施され、ここで：
Ｒ１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、Ｃ１－６アルコキシで必要に応じて置換され；
Ｒ４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ２の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ１６は、各存在について、独立してＣ１－６アルキル基、Ｃ２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ１６は
Figure 2020227618000003
であり；
Ｚは、０または１～２００の整数であり、
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
Ｙは、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基である、前記液相プロセス。 Compounds of formula (AI):
Figure 2020227618000001

or a liquid phase process for preparing a salt thereof comprising a compound of formula (AII):
Figure 2020227618000002

or a salt thereof, wherein said deprotection reaction is carried out in an anhydrous or substantially anhydrous solution, wherein:
R 1 is independently for each occurrence a nucleobase, the NH 2 of said nucleobase, if present, being protected by an amine protecting group;
R 2 , for each occurrence, is independently selected from the group consisting of H, halo, and C 1-6 alkoxy, optionally substituted with C 1-6 alkoxy;
R 4 is, for each occurrence, independently H or forms a ring with said alkoxy group of R 2 ;
R 15 is a hydroxyl protecting group;
R 16 for each occurrence is independently a C 1-6 alkyl group, a C 2-6 alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 or halogen or R 16 is substituted with
Figure 2020227618000003
is;
Z is 0 or an integer from 1 to 200;
Said liquid phase process, wherein X is independently for each occurrence O or S; and Y is a hydrophobic hydroxyl protecting group comprising an alkyl chain. Ｒ１５が４，４’－ジメトキシトリチル基である、請求項１に記載のプロセス。 The process of claim 1, wherein R 15 is a 4,4'-dimethoxytrityl group. 前記脱保護反応が乾燥剤の存在下で実施され、必要に応じて前記乾燥剤が分子篩であり、好ましくは前記分子篩のサイズが３Åである、請求項１または２に記載の方法。 3. A process according to claim 1 or 2, wherein said deprotection reaction is carried out in the presence of a desiccant , optionally said desiccant is a molecular sieve, preferably said molecular sieve has a size of 3 Å . 前記無水または実質的に無水の溶液が、前記脱保護反応の前に共沸蒸留を使用して水を除去することによって得られる、請求項１または２に記載のプロセス。 3. The process of claim 1 or 2, wherein said anhydrous or substantially anhydrous solution is obtained by removing water using azeotropic distillation prior to said deprotection reaction. 前記脱保護反応が、－ＳＨ基、シラン基、シロキサン基、ポリスチレン基、フラン、ピロールまたはインドールを含むカチオンスカベンジャーの存在下で実施され、必要に応じて前記カチオンスカベンジャーが式ＲＳＨの化合物であり、式中、Ｒがアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはヘテロアリール基であり、これらのそれぞれが必要に応じて置換されており、好ましくはＲＳＨがＣＨ ３ （ＣＨ ２ ） ５ ＳＨ、ＣＨ ３ （ＣＨ ２ ） １１ ＳＨ、シクロヘキサンチオール、ＣＨ ３ ＣＨ ２ ＯＣ（＝Ｏ）ＣＨ ２ ＣＨ ２ ＳＨである、請求項１～４のいずれか１項に記載のプロセス。 said deprotection reaction is carried out in the presence of a cation scavenger comprising a —SH group, a silane group, a siloxane group, a polystyrene group, a furan, a pyrrole or an indole , optionally wherein said cation scavenger is a compound of formula RSH; wherein R is an alkyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl or heteroaryl group, each of which is optionally substituted, preferably RSH is CH3 ( CH2 ) 5SH , CH3 (CH 2 ) 11 SH, cyclohexanethiol, CH 3 CH 2 OC (=O)CH 2 CH 2 SH . 式（ＡＩＩ）の前記化合物を脱トリチル化試薬と反応させることにより前記脱保護反応が実施され、必要に応じて前記脱トリチル化試薬が強有機酸であるか、または前記脱トリチル化試薬が、ＣＦ ３ ＣＯＯＨ、ＣＣｌ ３ ＣＯＯＨ、ＣＨＣｌ ２ ＣＯＯＨ、ＣＨ ２ ＣｌＣＯＯＨ、Ｈ ３ ＰＯ ４ 、メタンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、ＣＣｌＦ ２ ＣＯＯＨ、ＣＨＦ ２ ＣＯＯＨ、もしくはＰｈＳＯ ２ Ｈであるか、または前記脱トリチル化試薬がＣＨ ２ ＣｌＣＯＯＨであるか、または前記脱トリチル化試薬がＣＦ ３ ＣＯＯＨもしくはＣＨＣｌ ２ ＣＯＯＨである、請求項１～５のいずれか１項に記載のプロセス。 Said deprotection reaction is carried out by reacting said compound of formula (AII) with a detritylating reagent, optionally said detritylating reagent is a strong organic acid or said detritylating reagent is CF3COOH , CCl3COOH , CHCl2COOH , CH2ClCOOH , H3PO4 , methanesulfonic acid , benzenesulfonic acid, CCIF2COOH , CHF2COOH , or PhSO2H , or said detritylated A process according to any one of claims 1 to 5 , wherein the reagent is CH 2 ClCOOH or said detritylating reagent is CF 3 COOH or CHCl 2 COOH. 請求項１～６のいずれか１項に記載のプロセスであって、Ｙが以下の式：
Figure 2020227618000004

で表され、
式中、Ｘが、Ｃ１－１０アルキルであり、ここで１つ以上のＣＨ２基が独立して、Ｃ（Ｏ）、Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、シクロアルキルもしくはＣ１－６ヘテロシクリル基であり；かつＸ１がＣ１－２５アルキルもしくはＣ１－２５アルコキシであるか、またはＹが以下の式：
Figure 2020227618000005
で表される、前記プロセス。 The process of any one of claims 1-6 , wherein Y is the formula:
Figure 2020227618000004

is represented by
wherein X is C 1-10 alkyl, wherein one or more CH 2 groups are independently C(O), C(O)NH2, cycloalkyl or C 1-6 heterocyclyl groups and X 1 is C 1-25 alkyl or C 1-25 alkoxy , or Y is the following formula:
Figure 2020227618000005
The process, represented by 請求項１～７のいずれか１項に記載のプロセスであって、
各Ｒ２は独立して、ｍｊ、ｋ、Ｈ、ＦまたはＣ１－４アルコキシであり、必要に応じてＣ１－４アルコキシで置換されており；
Ｒ４はＨであり；かつ
Ｒ１６は、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＮである、前記プロセス。 A process according to any one of claims 1-7 ,
each R 2 is independently mj, k, H, F or C 1-4 alkoxy, optionally substituted with C 1-4 alkoxy;
The above process, wherein R 4 is H; and R 16 is -CH 2 CH 2 CN. 式（ＡＩ）の前記化合物がクロマトグラフィーによって精製されないか、または式（ＡＩ）の前記化合物が、選択的沈殿及び／もしくは抽出によって精製される、請求項１～８のいずれか１項に記載のプロセス。 9. A method according to any one of claims 1 to 8 , wherein said compound of formula (AI) is not purified by chromatography or said compound of formula (AI) is purified by selective precipitation and/or extraction. process. 式（Ｉ）のオリゴヌクレオチドフラグメント、
Figure 2020227618000006

またはその塩を調製するための液相プロセスであって：
１）式（Ｉ’Ａ）の化合物：
Figure 2020227618000007

またはその塩を脱保護して、式（ＩＡ）の化合物：
Figure 2020227618000008

またはその塩を形成することと；
２）式（ＩＡ）の前記化合物またはその塩を式（Ａ１）の化合物：
Figure 2020227618000009

またはその塩と反応させて、式（ＩＢ）の化合物：
Figure 2020227618000010

またはその塩を形成することと；
３）式（ＩＢ）の前記化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（ＩＣ）の化合物：
Figure 2020227618000011

またはその塩を形成することと；
４）式（ＩＣ）の前記化合物またはその塩を脱保護して式（ＩＤ）の化合物：
Figure 2020227618000012

またはその塩を形成することと；
５）式（ＩＤ）の前記化合物から開始し、ステップ２）、３）及び４）をｎ－２回繰り返して、式（Ｉ）の前記フラグメントまたはその塩を生成することと、を含み、ここで：
Ｒ１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてＣ１－６アルコキシで置換されており；
Ｒ４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ２の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ１６は、各存在について、独立してＣ１－６アルキル基、Ｃ２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ１６は
Figure 2020227618000013
であり；
Ｒ１７ａ及びＲ１７ｂは独立してＣ１－６アルキルであり；
ｎが、２～２０の整数であり；
Ｘが、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
Ｙが、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基である、前記液相プロセス。 an oligonucleotide fragment of formula (I),
Figure 2020227618000006

or a liquid phase process for preparing a salt thereof, wherein:
1) Compounds of formula (I'A):
Figure 2020227618000007

or deprotecting a salt thereof to give a compound of formula (IA):
Figure 2020227618000008

or forming a salt thereof;
2) the compound of formula (IA) or a salt thereof to the compound of formula (A1):
Figure 2020227618000009

or a salt thereof to give a compound of formula (IB):
Figure 2020227618000010

or forming a salt thereof;
3) sulfurizing or oxidizing said compound of formula (IB) or a salt thereof with a sulfurizing agent or an oxidizing agent to give a compound of formula (IC):
Figure 2020227618000011

or forming a salt thereof;
4) deprotecting said compound of formula (IC) or a salt thereof to obtain a compound of formula (ID):
Figure 2020227618000012

or forming a salt thereof;
5) starting with said compound of formula (ID) and repeating steps 2), 3) and 4) n-2 times to produce said fragment of formula (I) or a salt thereof, wherein and:
R 1 is independently for each occurrence a nucleobase, the NH 2 of said nucleobase, if present, being protected by an amine protecting group;
R 2 is for each occurrence independently selected from the group consisting of H, halo, and C 1-6 alkoxy, optionally substituted with C 1-6 alkoxy;
R 4 is, for each occurrence, independently H or forms a ring with said alkoxy group of R 2 ;
R 15 is a hydroxyl protecting group;
R 16 for each occurrence is independently a C 1-6 alkyl group, a C 2-6 alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 or halogen or R 16 is substituted with
Figure 2020227618000013
is;
R 17a and R 17b are independently C 1-6 alkyl;
n is an integer from 2 to 20;
X is independently O or S for each occurrence;
Said liquid phase process, wherein Y is a hydrophobic hydroxyl protecting group containing an alkyl chain. 標的オリゴヌクレオチドを調製するための収束液相プロセスであって、以下のステップ：
ａ）式（Ｉ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000014

またはその塩を、
式（ＩＩ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000015

またはその塩と、
溶液中でカップリングさせて、式（ＩＩＩ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000016

またはその塩を形成することと；
ｂ）式（ＩＩＩ）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を硫化または酸化して、式（ＩＶ）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000017

またはその塩、を形成することとを含み、
式中：
Ｒ１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてＣ１－６アルコキシで置換され；
Ｒ４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ２の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ１６は、各存在について、独立してＣ１－６アルキル基、Ｃ２－６アルケニル基、フェニルもしくはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ１６は
Figure 2020227618000018
であり；
Ｒ１７ａ及びＲ１７ｂは独立してＣ１－６アルキルであり；
ｎは、２～２００の整数であり；
ｍは、２～２０の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
Ｙは、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基である、前記収束液相プロセス。 A convergent liquid phase process for preparing a target oligonucleotide comprising the steps of:
a) an oligonucleotide fragment of formula (I):
Figure 2020227618000014

or its salt,
Oligonucleotide fragments of formula (II):
Figure 2020227618000015

or its salt,
Coupled in solution to obtain an oligonucleotide of formula (III):
Figure 2020227618000016

or forming a salt thereof;
b) sulfurizing or oxidizing said oligonucleotide of formula (III) or a salt thereof to give an oligonucleotide of formula (IV):
Figure 2020227618000017

or a salt thereof,
In the formula:
R 1 is independently for each occurrence a nucleobase, the NH 2 of said nucleobase, if present, being protected by an amine protecting group;
R 2 is for each occurrence independently selected from the group consisting of H, halo, and C 1-6 alkoxy, optionally substituted with C 1-6 alkoxy;
R 4 is, for each occurrence, independently H or forms a ring with said alkoxy group of R 2 ;
R 15 is a hydroxyl protecting group;
R 16 for each occurrence is independently a C 1-6 alkyl group, a C 2-6 alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 , or halogen or R 16 is substituted with
Figure 2020227618000018
is;
R 17a and R 17b are independently C 1-6 alkyl;
n is an integer from 2 to 200;
m is an integer from 2 to 20;
X is independently O or S for each occurrence;
Said convergent liquid phase process, wherein Y is a hydrophobic hydroxyl protecting group containing an alkyl chain. 標的オリゴヌクレオチドを調製するための収束液相プロセスであって、以下のステップ：
ａ）式（ＩＩ２）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000019

またはその塩と、
式（Ｉ２）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000020

またはその塩とを、
溶液中でカップリングさせて、式（ＩＩＩ２）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000021

またはその塩を形成することと；
ｂ）式（ＩＩＩ２）の前記オリゴヌクレオチドまたはその塩を硫化または酸化して、式（ＩＶ２）のオリゴヌクレオチド：
Figure 2020227618000022

またはその塩を形成することとを含み、ここで：
Ｒ１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてＣ１－６アルコキシで置換され；
Ｒ４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ２の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ１６は、各存在について、独立してＣ１－６アルキル基、Ｃ２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ１６は
Figure 2020227618000023
であり；
Ｒ１７ａ及びＲ１７ｂは独立してＣ１－６アルキルであり；
ｎ１は、２～２０の整数であり；
ｍ１は、２～２００の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
Ｙは、アルキル鎖を含む疎水性ヒドロキシル保護基であり；
Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である、前記収束液相プロセス。 A convergent liquid phase process for preparing a target oligonucleotide comprising the steps of:
a) an oligonucleotide fragment of formula (II2):
Figure 2020227618000019

or its salt,
Oligonucleotide fragments of formula (I2):
Figure 2020227618000020

or its salt,
Coupled in solution to give an oligonucleotide of formula (III2):
Figure 2020227618000021

or forming a salt thereof;
b) sulfurizing or oxidizing said oligonucleotide of formula (III2) or a salt thereof to give an oligonucleotide of formula (IV2):
Figure 2020227618000022

or forming a salt thereof, wherein:
R 1 is independently for each occurrence a nucleobase, the NH 2 of said nucleobase, if present, being protected by an amine protecting group;
R 2 is for each occurrence independently selected from the group consisting of H, halo, and C 1-6 alkoxy, optionally substituted with C 1-6 alkoxy;
R 4 is, for each occurrence, independently H or forms a ring with said alkoxy group of R 2 ;
R 16 for each occurrence is independently a C 1-6 alkyl group, a C 2-6 alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 or halogen or R 16 is substituted with
Figure 2020227618000023
is;
R 17a and R 17b are independently C 1-6 alkyl;
n 1 is an integer from 2 to 20;
m 1 is an integer from 2 to 200;
X is independently O or S for each occurrence;
Y is a hydrophobic hydroxyl protecting group containing an alkyl chain;
Said convergent liquid phase process wherein Z is a silyl hydroxyl protecting group. 式（ＡＩ’）の化合物：
Figure 2020227618000024

またはその塩を調製するための液相プロセスであって、前記プロセスは、式（ＡＩＩ’）：の化合物：
Figure 2020227618000025

またはその塩を脱保護することを含み、ここで、前記脱保護反応は、無水または実質的に無水である溶液中で実施され、ここで：
Ｒ１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてＣ１－６アルコキシで置換され；
Ｒ４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ２の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ１６は、各存在について、独立してＣ１－６アルキル基、Ｃ２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ１６は、
Figure 2020227618000026
であり；
Ｚは、０または１～２００の整数であり、
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；
Ｗは、ＨまたはＺであり；かつ
Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である、前記液相プロセス。 Compounds of formula (AI'):
Figure 2020227618000024

or a salt thereof, said process comprising a compound of formula (AII'):
Figure 2020227618000025

or a salt thereof, wherein said deprotection reaction is carried out in an anhydrous or substantially anhydrous solution, wherein:
R 1 is independently for each occurrence a nucleobase, the NH 2 of said nucleobase, if present, being protected by an amine protecting group;
R 2 is for each occurrence independently selected from the group consisting of H, halo, and C 1-6 alkoxy, optionally substituted with C 1-6 alkoxy;
R 4 is, for each occurrence, independently H or forms a ring with said alkoxy group of R 2 ;
R 15 is a hydroxyl protecting group;
R 16 for each occurrence is independently a C 1-6 alkyl group, a C 2-6 alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 or halogen or R 16 is substituted with
Figure 2020227618000026
is;
Z is 0 or an integer from 1 to 200;
X is independently O or S for each occurrence;
Said liquid phase process, wherein W is H or Z; and Z is a silyl hydroxyl protecting group. 式（ＢＩ）の化合物：
Figure 2020227618000027

またはその塩を調製するための液相プロセスであって、前記プロセスは、式（ＢＩＩ）の化合物：
Figure 2020227618000028

またはその塩を脱保護して、式（ＢＩ）の前記化合物、またはその塩を形成することを含み、ここで：
Ｒ１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ２は、各存在について、独立して、Ｈ、ハロ、及びＣ１－６アルコキシからなる群より選択され、必要に応じてＣ１－６アルコキシで置換され；
Ｒ４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ２の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ１６は、各存在について、独立してＣ１－６アルキル基、Ｃ２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ１６は
Figure 2020227618000029
であり；
ｑは、１～２００の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である、前記液相プロセス。 Compounds of formula (BI):
Figure 2020227618000027

or a salt thereof, said process comprising a compound of formula (BII):
Figure 2020227618000028

or deprotecting a salt thereof to form said compound of formula (BI), or a salt thereof, wherein:
R 1 is independently for each occurrence a nucleobase, the NH 2 of said nucleobase, if present, being protected by an amine protecting group;
R 2 is for each occurrence independently selected from the group consisting of H, halo, and C 1-6 alkoxy, optionally substituted with C 1-6 alkoxy;
R 4 is, for each occurrence, independently H or forms a ring with said alkoxy group of R 2 ;
R 15 is a hydroxyl protecting group;
R 16 for each occurrence is independently a C 1-6 alkyl group, a C 2-6 alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 or halogen or R 16 is substituted with
Figure 2020227618000029
is;
q is an integer from 1 to 200;
Said liquid phase process, wherein X is independently for each occurrence O or S; and Z is a silyl hydroxyl protecting group. 式（ＣＩ）または（ＣＩ’）の化合物：
Figure 2020227618000030
またはその塩を調製するための液体プロセスであって、式（ＣＩＩ）の化合物：
Figure 2020227618000031

またはその塩を、ホスホルジアミダイト（Ｒ１６Ｏ）Ｐ（ＮＲ１７ａＲ１７ｂ）２またはＨ－ホスホネートと反応させて、式（ＣＩ）または（ＣＩ’）の前記化合物を形成することを含み、ここで：
Ｒ１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてハロゲンまたはＣ１－６アルコキシで置換され；
Ｒ４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ２の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ１６は、各存在について、独立してＣ１－６アルキル基、Ｃ２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ１６は、
Figure 2020227618000032
であり；
Ｒ１７ａ及びＲ１７ｂは独立してＣ１－６アルキルであり
ｑ１は、２～２００の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である、前記プロセス。 Compounds of formula (CI) or (CI'):
Figure 2020227618000030
or a liquid process for preparing a salt thereof comprising a compound of formula (CII):
Figure 2020227618000031

or a salt thereof with phosphorodiamidite (R 16 O)P(NR 17a R 17b ) 2 or H-phosphonate to form said compound of formula (CI) or (CI′), wherein and:
R 1 is independently for each occurrence a nucleobase, the NH 2 of said nucleobase, if present, being protected by an amine protecting group;
R 2 is for each occurrence independently selected from the group consisting of H, halo, and C 1-6 alkoxy, optionally substituted with halogen or C 1-6 alkoxy;
R 4 is, for each occurrence, independently H or forms a ring with said alkoxy group of R 2 ;
R 15 is a hydroxyl protecting group;
R 16 for each occurrence is independently a C 1-6 alkyl group, a C 2-6 alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 or halogen or R 16 is substituted with
Figure 2020227618000032
is;
R 17a and R 17b are independently C 1-6 alkyl; q1 is an integer from 2 to 200;
The above process wherein X is independently for each occurrence O or S; and Z is a silyl hydroxyl protecting group. 式（Ｃ２Ｉ）の化合物：
Figure 2020227618000033

またはその塩を調製するための液体プロセスであって、式（Ｃ２ＩＩ）の化合物：
Figure 2020227618000034

またはその塩と、ホスホルジアミダイト（Ｒ１６Ｏ）Ｐ（ＮＲ１７ａＲ１７ｂ）２とを反応させて式（Ｃ２Ｉ）の前記化合物、またはその塩を形成することを含み、ここで：
Ｒ１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてハロゲンまたはＣ１－６アルコキシで置換され；
Ｒ４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ２の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ１６は、各存在について、独立してＣ１－６アルキル基、Ｃ２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ１６は、
Figure 2020227618000035
であり；
Ｒ１７ａ及びＲ１７ｂは独立してＣ１－６アルキルであり
ｑ１は、２～２００の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
Ｚは、シリルヒドロキシル保護基である、前記プロセス。 Compounds of formula (C2I):
Figure 2020227618000033

or a liquid process for preparing a salt thereof comprising a compound of formula (C2II):
Figure 2020227618000034

or a salt thereof with phosphorodiamidite (R 16 O)P(NR 17a R 17b ) 2 to form said compound of formula (C2I), or a salt thereof, wherein:
R 1 is independently for each occurrence a nucleobase, the NH 2 of said nucleobase, if present, being protected by an amine protecting group;
R 2 is for each occurrence independently selected from the group consisting of H, halo, and C 1-6 alkoxy, optionally substituted with halogen or C 1-6 alkoxy;
R 4 is, for each occurrence, independently H or forms a ring with said alkoxy group of R 2 ;
R 16 for each occurrence is independently a C 1-6 alkyl group, a C 2-6 alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 or halogen or R 16 is substituted with
Figure 2020227618000035
is;
R 17a and R 17b are independently C 1-6 alkyl; q1 is an integer from 2 to 200;
The above process wherein X is independently for each occurrence O or S; and Z is a silyl hydroxyl protecting group. 式（ＣＩ’）の化合物：
Figure 2020227618000036

またはその塩を調製するための液相プロセスであって、
以下のステップ：
１）式（ＣＩ’Ａ）の化合物：
Figure 2020227618000037

またはその塩と、
式（Ａ１）の化合物：
Figure 2020227618000038

またはその塩とを反応させて、式（ＣＩ’Ｂ）の化合物：
Figure 2020227618000039

またはその塩を形成することと；
３）式（ＣＩ’Ｂ）の前記化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（ＣＩ’Ｃ）の化合物：
Figure 2020227618000040

またはその塩を形成することと；
４）式（ＣＩ’Ｃ）の前記化合物またはその塩を脱保護して式（ＣＩ’Ｄ）の化合物：
Figure 2020227618000041

またはその塩を形成することと；
５）式（ＣＩ’Ｄ）の前記化合物から始めて、ステップ１）、２）３）、及び４）をｑ１～３回繰り返し、続いてステップ１）、２）、及び３）を繰り返して、式（ＣＩ’）のフラグメント、またはその塩を生成することと、を含み、ここで：
Ｒ１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ２は、各存在について、独立してＨ、ハロ、及びＣ１－６アルコキシからなる群より選択され、必要に応じてＣ１－６アルコキシで置換され；
Ｒ４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ２の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ１６は、各存在について、独立してＣ１－６アルキル基、Ｃ２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ１６は、
Figure 2020227618000042
であり；
Ｒ１７ａ及びＲ１７ｂは独立してＣ１－６アルキルであり；
ｑ１は、２～２００の整数であり；かつ
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳである、前記プロセス。 Compounds of formula (CI'):
Figure 2020227618000036

or a liquid phase process for preparing a salt thereof, comprising:
Steps below:
1) Compounds of formula (CI'A):
Figure 2020227618000037

or its salt,
Compounds of formula (A1):
Figure 2020227618000038

or a salt thereof to give a compound of formula (CI'B):
Figure 2020227618000039

or forming a salt thereof;
3) sulfurizing or oxidizing said compound of formula (CI'B) or a salt thereof with a sulfurizing agent or an oxidizing agent to give a compound of formula (CI'C):
Figure 2020227618000040

or forming a salt thereof;
4) deprotecting said compound of formula (CI'C) or a salt thereof to obtain a compound of formula (CI'D):
Figure 2020227618000041

or forming a salt thereof;
5) Starting with said compound of formula (CI'D), repeating steps 1), 2) 3) and 4) q1-3 times followed by repeating steps 1), 2) and 3) to obtain formula producing a fragment of (CI'), or a salt thereof, wherein:
R 1 is independently for each occurrence a nucleobase, the NH 2 of said nucleobase, if present, being protected by an amine protecting group;
R 2 is for each occurrence independently selected from the group consisting of H, halo, and C 1-6 alkoxy, optionally substituted with C 1-6 alkoxy;
R 4 is, for each occurrence, independently H or forms a ring with said alkoxy group of R 2 ;
R 15 is a hydroxyl protecting group;
R 16 for each occurrence is independently a C 1-6 alkyl group, a C 2-6 alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 or halogen or R 16 is substituted with
Figure 2020227618000042
is;
R 17a and R 17b are independently C 1-6 alkyl;
The above process wherein q1 is an integer from 2 to 200; and X is independently O or S for each occurrence. 式（ＣＩｃ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000043

またはその塩を調製するための液相プロセスであって、
式（ＣＩａ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000044

またはその塩を、
式（ＣＩｂ）のオリゴヌクレオチドフラグメント：
Figure 2020227618000045

またはその塩とカップリングして、式（ＣＩｃ）の前記オリゴヌクレオチドを形成することを含み、ここで：
Ｒ１は、各存在について、独立して、核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ２は、もし存在する場合、アミン保護基によって保護されており；
Ｒ２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてＣ１－６アルコキシで置換され；
Ｒ４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ２の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ１６は、各存在について、独立してＣ１－６アルキル基、Ｃ２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ１６は、
Figure 2020227618000046
であり；
ｑ１ａは、２～２０の整数であり；
ｑ１ｂは、２～２０の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
Ｚは、ヒドロキシル保護基である、前記液相プロセス。 Oligonucleotide fragments of formula (CI c ):
Figure 2020227618000043

or a liquid phase process for preparing a salt thereof, comprising:
Oligonucleotide fragments of formula (CI a ):
Figure 2020227618000044

or its salt,
Oligonucleotide fragments of formula (CI b ):
Figure 2020227618000045

or a salt thereof to form said oligonucleotide of formula (CI c ), wherein:
R 1 is independently for each occurrence a nucleobase, the NH 2 of said nucleobase, if present, being protected by an amine protecting group;
R 2 is for each occurrence independently selected from the group consisting of H, halo, and C 1-6 alkoxy, optionally substituted with C 1-6 alkoxy;
R 4 is, for each occurrence, independently H or forms a ring with said alkoxy group of R 2 ;
R 15 is a hydroxyl protecting group;
R 16 for each occurrence is independently a C 1-6 alkyl group, a C 2-6 alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 or halogen or R 16 is substituted with
Figure 2020227618000046
is;
q1a is an integer from 2 to 20;
q1b is an integer from 2 to 20;
Said liquid phase process, wherein X is, for each occurrence, independently O or S; and Z is a hydroxyl protecting group. 式（ＩＩ）のオリゴヌクレオチドフラグメント、
Figure 2020227618000047

またはその塩を調製するための液相プロセスであって、
以下のステップ：
１’）式（ＩＩＡ’）の化合物：
Figure 2020227618000048

またはその塩を脱保護して、式（ＩＩＡ）の化合物：
Figure 2020227618000049

またはその塩を形成することと；
２’）式（ＩＩＡ）の前記化合物またはその塩を式（Ａ２）の化合物：
Figure 2020227618000050

またはその塩と反応させて、式（ＩＩＢ）の化合物：
Figure 2020227618000051

またはその塩を形成することと；
３’）式（ＩＩＢ）の前記化合物またはその塩を、硫化剤または酸化剤で硫化または酸化して、式（ＩＩＣ）の化合物：
Figure 2020227618000052

またはその塩を形成することと；
４’）式（ＩＩＣ）の前記化合物またはその塩を脱保護して式（ＩＩＤ）の化合物：
Figure 2020227618000053

またはその塩を形成することと；
５’）ｍが３の場合、式（ＩＩＤ）の前記化合物またはその塩から始めて、ステップ２’）及びステップ３’）を繰り返して、式（ＩＩＥ）の化合物もしくはその塩を形成するか、または
ｍが３より大きい場合、式（ＩＩＤ）の前記化合物もしくはその塩から始めて、ステップ２’）、３’）及び４’）をｍ－３回繰り返し、続いてステップ２’）及びステップ３’）によって式（ＩＩＥ）の化合物：
Figure 2020227618000054
またはその塩を形成することと；
６’）式（ＩＩＥ）の前記化合物もしくはその塩を脱保護して式（ＩＩＦ）の化合物：
Figure 2020227618000055

またはその塩を形成することと；
７’）式（ＩＩＦ）の前記化合物またはその塩を、ホスホルジアミダイト（Ｒ１６Ｏ）Ｐ（ＮＲ１７ａＲ１７ｂ）２と反応させて、式（ＩＩ）の前記フラグメントまたはその塩を生成することとを含み：
式中：
Ｒ１は、各存在について、独立して核酸塩基であり、前記核酸塩基のＮＨ２は、存在する場合、アミン保護基によって保護され；
Ｒ２は、各存在について、Ｈ、ハロ、及びＣ１－６アルコキシからなる群より独立して選択され、必要に応じてＣ１－６アルコキシで置換され；
Ｒ４は、各存在について、独立してＨであるか、またはＲ２の前記アルコキシ基と環を形成し；
Ｒ１５は、ヒドロキシル保護基であり；
Ｒ１６は、各存在について、独立してＣ１－６アルキル基、Ｃ２－６アルケニル基、フェニルまたはベンジル基であり、これらはそれぞれ、必要に応じて、－ＣＮ、－ＮＯ２、またはハロゲンで置換されるか；あるいは
Ｒ１６は、
Figure 2020227618000056
であり；
Ｒ１７ａ及びＲ１７ｂは独立してＣ１－６アルキルであり；
ｍは、２～２０の整数であり；
Ｘは、各存在について、独立して、ＯまたはＳであり；かつ
Ｚは、ヒドロキシルシリル保護基である、前記液相プロセス。
an oligonucleotide fragment of formula (II),
Figure 2020227618000047

or a liquid phase process for preparing a salt thereof, comprising:
Steps below:
1′) compounds of formula (IIA′):
Figure 2020227618000048

or by deprotecting a salt thereof to give a compound of formula (IIA):
Figure 2020227618000049

or forming a salt thereof;
2′) The compound of formula (IIA) or a salt thereof is converted to a compound of formula (A2):
Figure 2020227618000050

or with a salt thereof to give a compound of formula (IIB):
Figure 2020227618000051

or forming a salt thereof;
3′) sulfurizing or oxidizing said compound of formula (IIB) or a salt thereof with a sulfurizing agent or an oxidizing agent to give a compound of formula (IIC):
Figure 2020227618000052

or forming a salt thereof;
4′) deprotecting the compound of formula (IIC) or a salt thereof to obtain a compound of formula (IID):
Figure 2020227618000053

or forming a salt thereof;
5′) when m is 3, starting from said compound of formula (IID) or a salt thereof, repeating steps 2′) and 3′) to form a compound of formula (IIE) or a salt thereof, or If m is greater than 3, starting from said compound of formula (IID) or a salt thereof, repeating steps 2′), 3′) and 4′) m−3 times followed by steps 2′) and 3′) A compound of formula (IIE) by:
Figure 2020227618000054
or forming a salt thereof;
6′) Deprotecting the compound of formula (IIE) or a salt thereof to obtain a compound of formula (IIF):
Figure 2020227618000055

or forming a salt thereof;
7′) reacting said compound of formula (IIF) or a salt thereof with phosphordiamidite (R 16 O)P(NR 17a R 17b ) 2 to produce said fragment of formula (II) or a salt thereof; and includes:
In the formula:
R 1 is independently for each occurrence a nucleobase, the NH 2 of said nucleobase, if present, being protected by an amine protecting group;
R 2 is for each occurrence independently selected from the group consisting of H, halo, and C 1-6 alkoxy, optionally substituted with C 1-6 alkoxy;
R 4 is, for each occurrence, independently H or forms a ring with said alkoxy group of R 2 ;
R 15 is a hydroxyl protecting group;
R 16 for each occurrence is independently a C 1-6 alkyl group, a C 2-6 alkenyl group, a phenyl or a benzyl group, each of which is optionally -CN, -NO 2 or halogen or R 16 is substituted with
Figure 2020227618000056
is;
R 17a and R 17b are independently C 1-6 alkyl;
m is an integer from 2 to 20;
Said solution phase process, wherein X is, for each occurrence, independently O or S; and Z is a hydroxylsilyl protecting group.
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Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10273474B2 (en) 2012-03-30 2019-04-30 Washington University Methods for modulating Tau expression for reducing seizure and modifying a neurodegenerative syndrome
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WO2023004390A1 (en) * 2021-07-23 2023-01-26 Biogen Ma Inc. Methods for reducing tau expression
WO2024083746A1 (en) 2022-10-17 2024-04-25 Bachem Holding Ag Method and composition for oligonucleotide synthesis
JP7433684B1 (en) 2023-05-24 2024-02-20 塩野フィネス株式会社 Pseudo solid-phase protecting group, method for producing nucleoside or oligonucleotide protector, oligoamidite precursor using the same

Family Cites Families (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPH05213986A (en) * 1990-11-20 1993-08-24 Sankyo Co Ltd Antisense nucleic acid derivative
US5510476A (en) * 1994-07-07 1996-04-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Carbocation scavenging during oligonucleotide synthesis
EP3308788B1 (en) 2005-06-23 2018-10-24 Biogen MA Inc. Compositions and methods for modulation of smn2 splicing
KR20210057223A (en) 2009-06-17 2021-05-20 바이오젠 엠에이 인코포레이티드 Composition and methods for modulating of smn2 splicing in a subject
JP5979139B2 (en) * 2011-05-17 2016-08-24 味の素株式会社 Method for producing oligonucleotide
JP6237237B2 (en) * 2012-02-17 2017-11-29 味の素株式会社 Base protected oligonucleotide
US8846885B2 (en) * 2012-02-17 2014-09-30 Ajinomoto Co., Inc. Oligonucleotide with protected base
IN2014DN10144A (en) * 2012-05-30 2015-08-21 Hokkaido System Science Co Ltd
AU2015240761B2 (en) 2014-04-01 2019-09-12 Biogen Ma Inc. Compositions for modulating SOD-1 expression
JP7027889B2 (en) * 2015-12-16 2022-03-02 味の素株式会社 Methods for producing oligonucleotides, and nucleosides, nucleotides or oligonucleotides
WO2017111137A1 (en) * 2015-12-22 2017-06-29 味の素株式会社 Oligonucleotide manufacturing method

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