JPWO2020219748A5 - - Google Patents

Description

関連出願

この出願は2019年4月24日に出願された米国仮出願第62/838,255号および2019年5月1日に出願された米国仮出願第62/841,739号に対する優先権を主張する。前述の各々の優先出願の内容は参照によりここに組み込まれる。

分野
本開示は、抗CD117抗体、抗体薬物コンジュゲート（ADCs）、およびそれらの抗原結合性断片、ならびに、造血細胞、例えば、造血幹細胞などのようなものによって発現される抗原に結合する能力がある抗体、または抗体薬物コンジュゲート（ADC）の投与によって、様々な病状、例えば、血液疾患、代謝障害、癌、および自己免疫疾患、などのほかにもあるがそのようなものに罹患している患者を処置する方法に関する。

シークエンスリスティング
この出願には、電子的に可読な形式でここに添えて提出されたシークエンスリスティングが含まれる。シークエンスリスティングファイルは2020年4月20日に作り出され、M103034_2160WO_SL.txtと名付けられ、およびそのサイズは76kbである。sequencelisting.tetファイルにおけるシークエンスリスティングの内容全体は参照によりここに組み込まれる。
バックグラウンド

医学技術での進歩にもかかわらず、造血系の病状、例えば、とりわけ、特定の血球の疾患、代謝障害、癌、および自己免疫状態などのようなものを処置するための需要が残っている。造血幹細胞には大きな治療上の可能性があるが、クリニックでのそれらの使用を妨げている制限は宿主での造血幹細胞移植の確実な生着に関連する困難性であった。

目下、特定の内因性幹細胞を標的とする組成物についての必要性が存在し、それは外因性造血幹細胞移植片の生着を促進するためにコンディショニング剤として使用することができ、これらの細胞の多能性および造血機能は移植後の患者において保存されるようになる。

CD117（c-キット（c-kit）または幹細胞因子受容体（Stem Cell Factor Receptor）（SCRF）とも呼ばれる）は、リガンド幹細胞因子（SCF）に結合する単一の膜貫通の、受容体チロシンキナーゼである。SCFはcKITのホモ二量体化を誘導し、それはそのチロシンキナーゼ活性を活性化し、およびPI3-AKTおよびMAPK経路の両方を通して信号伝達する（Kindblom（キントブルム）et al., Am J. Path.（アメリカン・ジャーナル・オブ・パソロジー）1998 152(5):1259）。

CD117は初期に癌遺伝子として発見され、および腫瘍学の分野において研究された（例えば、Stankov（スタンコフ）et al. (2014) Curr Pharm Des.（カレント・ファーマスーティカル・デザイン）20(17):2849-80参照）。CD117に向けられた抗体薬物コンジュゲート（KTN0158）は難治性消化管間質腫瘍（GIST）の治療のために目下調査中である（例は、「KTN0158, a humanized anti-KIT monoclonal antibody, demonstrates biologic activity against both normal and malignant canine mast cells（KTN0158、ヒト化抗KITモノクローナル抗体は正常および悪性のイヌ肥満細胞の両方に対して生物学的活性を論証する）」London（ロンドン）et al. (2016) Clin Cancer Res（クリニカル・キャンサー・リサーチ）DOI（デジタルオブジェクト識別子）: 10.1158/1078-0432.CCR-16-2152）。

CD117は造血幹細胞（HSCs）で高度に発現する。この発現パターンによりCD117は幅広い疾患にわたるコンディショニングのための潜在的な標的になる。しかしながら、移植、例えば、骨髄移植などのようなもののために患者をコンディショニングするのに効果的である抗CD117ベース療法についての必要性が残っている。
サマリー

ここに開示するのは、ヒトCD117（c-kitとしても知られる）に特異的に結合する抗体、およびその抗原結合部分、ならびに前記抗体を使用する組成物および方法である。特に、ここに記載する抗体および断片は抗CD117抗体薬物コンジュゲート（ADCs）において使用することができる。

一実施態様では、本開示は、造血系の様々な障害、代謝障害、ガン、および自己免疫疾患、ほかにもあるが、それらの直接処置のための組成物および方法を提供する。本開示はさらに、造血幹細胞移植片の生着を促進するために、造血幹細胞移植療法を受けるのに先立ち、ペイシェント、例えば、ヒトペイシェントなどのようなもののコンディショニングのための方法を特長とする。ペイシェントは一以上の血液障害、例えば、異常ヘモグロビン症または他の造血病態（hematopoietic pathology）などのようなものを患うものであり得、および従って造血幹細胞移植の必要がある。ここに記載するように、造血幹細胞は造血系統において数多い細胞タイプに分化する能力があり、およびペイシェントにおいて欠損している細胞タイプを集合または再増殖させるためにペイシェントに施すことができる。本開示は造血細胞、例えば、CD117（例えば、GNNK+CD117を含む）などのようなものによって発現されるタンパク質に結合する能力がある抗体および抗体薬物コンジュゲート（ADCs）を用いて、CD117を発現する細胞、例えば、異常な血液細胞、ガン細胞、または自己免疫細胞などのようなものの集団を選択的に減少させることによって、（i）疾患、例えば、ここに記載する血液障害、代謝疾患、ガン、または自己免疫疾患、ほかにもあるが、そのようなものを直接処置し、および/または（ii）ペイシェント内の内因性造血幹細胞の集団を減少させるために、ペイシェントを処置する方法に特色がある。前者の活性は造血系統の細胞に関連する広範囲の障害の直接処置を可能にし、それはCD117がガン性細胞、例えば、白血病細胞などのようなもの、自己免疫リンパ球、例えば、自己抗原と交差反応するT細胞受容体を発現するT細胞、ほかにもあるが、細胞タイプなどのようなものによって発現され得るからである。後者の活性、造血幹細胞の選択的減少は、次に、その後、外因性（例として、自家、同種、または同系）造血幹細胞移植片の移植によって満たすことができる空所を作り出す。本開示はそれゆえに、様々な造血性状態、例えば、鎌状赤血球貧血、サラセミア、ファンコニ貧血（Fanconi anemia）、ウィスコット-アルドリッチ症候群（Wiskott-Aldrich syndrome）、アデノシンデアミナーゼ欠損-重症複合免疫不全、異染性白質ジストロフィー、ダイアモンド-ブラックファン貧血（Diamond-Blackfan anemia）およびシュワッハマン-ダイアモンド症候群（Schwachman-Diamond syndrome）などのようなもの、ヒト免疫不全ウイルス感染、および後天性免疫不全症候群、ならびにガンおよび自己免疫疾患、ほかにもあるが、それらなどのようなものを処置する方法を提供する。

一態様では、本開示は分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片を提供し、そこでCD117に結合するとき、その抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に挙げられるCD117の以下の残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279のうちの少なくとも2つに結合する。一実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に挙げられるCD117の以下の残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279のうちの少なくとも3つに結合する。別の実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に挙げられるCD117の以下の残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279の少なくとも4つに結合する。まだ別の実施態様において、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に挙げられるCD117の以下の残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279の少なくとも5つに結合する。一定の実施態様において、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に挙げられるCD117の各々の以下の残基S236、H238、Y244、S273、T277およびT279に結合する。

一実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と約80%同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と約80%同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。別の実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と少なくとも80%同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と少なくとも80%同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。一実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と約85%同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と約85%同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。別の実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と少なくとも85%同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と少なくとも85%同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。一実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と約90%同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と約90%同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。別の実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。一実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と約95%同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と約95%同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。別の実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。一実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と約96%同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と約96%同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。別の実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と少なくとも96%同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と少なくとも96%同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。一実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と約97%同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と約97%同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。別の実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と少なくとも97%同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と少なくとも97%同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。一実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と約98%同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と約98%同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。別の実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と少なくとも98%同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と少なくとも98%同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。一実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と約99%同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と約99%同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。別の実施態様では、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と少なくとも99%同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と少なくとも99%同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。

別の態様では本開示はCD117に結合する能力がある抗体、またはその抗原結合性断片に関係し、それはCD117におけるエピトープに結合し、配列番号1のCD117のアミノ酸残基S236、H238、Y244、S273、T277およびT279のうち、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、またはすべての6つが含まれる。

1つの態様において、本開示はCD117に結合する能力がある分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片を提供し、それは配列番号1の少なくともアミノ酸236-244および273-279内の残基を有するエピトープに結合する。

別の態様では、本開示はCD117に結合する能力がある分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片を提供し、それは配列番号1に挙げられるCD117のアミノ酸残基S236、H238、Y244、S273、T277およびT279のうちの2つ、3つ、4つ、5つ、またはすべてが含まれるCD117におけるエピトープに結合する。

一定の実施態様では、抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片はCDRsあるいは配列番号2および配列番号6に規定される可変領域を含んでいない。別の実施態様では、抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片はCDRsあるいは配列番号32および配列番号33に規定される可変領域を含んでいない。別の実施態様では、抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片はCDRsあるいは配列番号34および配列番号35に規定される可変領域を含んでいない。別の実施態様では、抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片はCDRsあるいは配列番号36および配列番号37に規定される可変領域を含んでいない。別の実施態様では、抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片はCDRsあるいは配列番号38および配列番号39に規定される可変領域を含んでいない。別の実施態様では、抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片はCDRsあるいは配列番号40および配列番号41に規定される可変領域を含んでいない。さらに別の実施態様では、抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は中性抗体、またはその抗原結合性断片である。

別の態様において、本開示は分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片を含む薬剤組成物を提供し、そこで、CD117に結合するとき、その抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に挙げられるCD117の以下の残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279のうちの少なくとも2つに結合する。一実施態様において、その抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に挙げられるCD117の以下の残基T67、K69、T71、S81、Y83、T114、T119、またはK129の少なくとも3つに結合する。別の実施態様では、その抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に挙げられるCD117の以下の残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279の少なくとも4つと結合する。さらに別の実施態様では、その抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に挙げられるCD117の以下の残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279の少なくとも5つに結合する。一定の実施態様では、その抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に挙げられるCD117の以下の残基S236、H238、Y244、S273、T277およびT279の各々に結合する。

ある実施態様において、ここに記載する組成物および方法に用いられる抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は以下のアミノ酸残基残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279（参照配列番号1）の少なくとも二つを含むヒトCD117でのエピトープに結合し、そこでその抗体、またはその抗原結合性断片はAb67の重鎖および軽鎖CDRsを含まない。

一実施態様では、ここに記載する組成物および方法に用いられる抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は以下のアミノ酸残基残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279（参照配列番号1）の少なくとも二つを含むヒトCD117でのエピトープに結合し、そこでその抗体、またはその抗原結合性断片はAb67の重鎖および軽鎖可変領域を含まない。

図1Aおよび1Bは、ヒトCD34+骨髄細胞の幹細胞因子（SCF）依存性増殖での指し示された各抗体の効果を示すインビトロ細胞増殖アッセイの結果をグラフで描く。抗体濃度（x軸）の関数として指し示された抗体またはコントロール（CK6）の存在下でフローサイトメトリー（y軸）によって決定されるように合計生細胞数が描かれる。Ab54、Ab55、Ab56、Ab57、Ab58、およびAb61の結果を図1Aに示します。 Ab66、Ab67、Ab68、Ab69の結果を図1Bに示す。 図1Aの説明を参照。 図2Aおよび2Bは、ヒトCD34+骨髄細胞の幹細胞因子（SCF）依存性増殖での指し示された各抗体の効果を示すインビトロ細胞増殖アッセイの結果をグラフで描く。抗体濃度（x軸）の関数として指し示された抗体またはコントロール（CK6）の存在下でフローサイトメトリー（y軸）によって決定されるように生存CD34+CD90+細胞計数が描かれる。Ab54、Ab55、Ab56、Ab57、Ab58、およびAb61についての結果は図2Aに示される。Ab66、Ab67、Ab68、およびAb69についての結果は図2Bに示される。 図2Aの説明を参照。 CD117およびAb67間の分子インターフェイスを特徴付けるエピトープマッピング分析の結果を写実的に描く。 詳細説明

ここに記載されるのはヒトCD117に結合する分離された抗CD117ヒト抗体である。ここに提供する抗体は幹細胞移植のためのヒトペイシェントのコンディショニング方法を含め、それらを治療に有利なものにする多くの特性を有する。例えば、ここに開示される抗体はアカゲザルCD117と交差反応し、およびインターナリゼーションするのに有能である。これらの特長の両方によりまた、それらはCD117発現細胞に細胞毒素を送るためのコンジュゲートにおける使用について有利にされる。

ここに記載される抗体には、中性抗体が含まれる。具体的には、ここに提供されるのは抗CD117抗体アンチボディー（anti-CD117 antibody Antibody）67（Ab67）であり、それはヒトCD117の外部ドメインに特異的に結合する、ヒト抗CD117抗体である。Ab67の結合領域は以下に記載される。ここに開示される抗CD117抗体には、抗CD117抗体薬物コンジュゲート（ADCs；またここではコンジュゲートとして言及される）において含まれることができる。

ここに記載される抗CD117抗体およびADCsは様々な疾患、例えば、造血系統における細胞タイプの疾患、ガン、自己免疫疾患、代謝障害、および幹細胞障害、ほかにもあるが、それらなどのようなものを処置する方法において使用することができる。ここに記載される組成物および方法は、（i）病状を引き起こす細胞、例えば、ガン細胞（例は、白血病細胞）および自己免疫細胞（例は、自己反応性T細胞）などのようなものの集団を直接的に減少させ、および/または（ii）移植した細胞が帰巣し（home）得るニッチを提供することによって移植した造血幹細胞の生着を促進するために内因性造血幹細胞の集団を減少させ得る。上述の活性は、内因性疾患を引き起こす細胞または造血幹細胞によって発現される抗原を結合する能力があるADC、抗体、またはそれらの抗原結合性断片の投与によって達成することができる。疾患を直接処置する場合、この投与は関心がある病状を生じる細胞の量における低下を引き起こすことができる。造血幹細胞移植治療のためにペイシェントを準備する場合、この投与は内因性造血幹細胞の集団の選択的な枯渇を引き起こすことができ、それによって造血組織における空隙、例えば、移植された外因性造血幹細胞によって引き続いて充填され得る骨髄のようなものを作り出すことができる。本開示は部分的には、CD117（例えば、GNK+D117などのようなもの）を結合する能力があるADCs、抗体、またはそれらの抗原結合性断片が、上記活性の両方に影響を与えるためにペイシェントに施されることができるという発見に基づく。CD117を結合するADCs、抗体、またはそれらの抗原結合性断片はガン性細胞または自己免疫細胞の集団を直接枯渇させるためにガンまたは自己免疫疾患を患うペイシェントに施すことができ、およびまた移植された造血幹細胞の生存および生着能を促進するために造血幹細胞移植療法を必要とするペイシェントに施すことができる。

抗CD117 ADCs、抗体、またはそれらの抗原結合性断片の投与による造血幹細胞移植組織の生着は様々な経験的測定において明らかにすることができる。例として、移植された造血幹細胞の生着はCD117と結合する能力があるADCs、抗体、またはそれらの抗原結合性断片の投与、およびその後の造血幹細胞移植組織の投与に続いてペイシェントの骨髄内に存在する競合的再増殖単位（competitive repopulating units）（CRU）の量を評定することによって評価することができる。加えて、レポーター遺伝子、例えば、蛍光、発色団、または発光生産物を産生する化学反応を触媒する酵素などのようなものをドナーの造血幹細胞がトランスフェクトされたベクター中に組み込むこと、およびその後造血幹細胞が帰巣した（have homed）組織、例えば、骨髄などのようなものにおいて対応する信号を監視することによって造血幹細胞移植組織の生着を観察することができる。また、例として、本技術において知られる蛍光活性化細胞分類（FACS）分析法によって決定されるように、造血幹および前駆細胞の量および生存率の評価によって造血幹細胞生着を観察することもできる。生着はまた移植後期間中の末梢血における白血球カウントを測定すること、および/または骨髄吸引サンプルにおけるドナー細胞による骨髄細胞の回収を測定することによって決定することができる。

以下のセクションは造血幹細胞移植片の生着を促進するために、ペイシェント、例えば、ガン（例えば、急性骨髄性白血病または骨髄異形成症候群などのようなもの）または自己免疫疾患を患うペイシェント、または造血幹細胞移植治療を必要とするペイシェントなどのようなものに施すことができる、ADCs、抗体、またはそれらの抗原結合性断片、ならびにペイシェントにそのような治療用物質を施す方法（例は、造血幹細胞移植に先立つ）の説明を提供する。
定義

ここで用いられる「約」という用語は記載される値よりも10%上または下の範囲内である値に言及する。例えば、用語「約5nM」は4.5nMから5.5nMまでの範囲を指し示す。

ここで用いられるように、「アマトキシン」という用語はAmanita phalloides（アマニタ・ファロイデス、和名：タマゴテングダケ）キノコ（mushrooms、マッシュルーム）によって生成されるペプチドのアマトキシンファミリーのメンバー、またはそれらの変種（variant）若しくは派生物（derivative）、例えば、RNポリメラーゼII活性を抑制する能力があるそれらの変種または派生物などのようなものに言及する。ここに記載される組成および方法と関連して有用なアマトキシンは制限されないが、式（III）に従った化合物を含み、α-アマニチン、β-アマニチン、γ-アマニチン、ε-アマニチン、アマニン、アマニンアミド、アマヌリン、アマヌリン酸、またはプロアマヌリンが含まれる。ここに記載されるように、アマトキシンは例としてリンカーモイエティ（L）を経由して（従ってADCを形成する）ことにより、抗体、またはその抗原結合性断片にコンジュゲーションし得る。そのようなプロセスに有用なアマトキシンコンジュゲーションの模範的方法およびリンカーを以下に記載する。組成物および方法に従った、抗体、または抗原結合性断片へのコンジュゲーションに有用な模範的リンカーを含むアマトキシンもここに記載する。

式（III）は次のようである：

式中、R₁はH、OH、またはOR_Aであり；
R₂はH、OH、またはOR_Bであり；
R_AおよびR_Bは、存在するとき、酸素原子と一緒になってそれにそれらが結合され、随意に置換された5-員のヘテロシクロアルキル基を形成するために組み合わされ；
R₃はHまたはR_Dであり；
R₄はH、OH、OR_D、またはR_Dであり；
R₅はH、OH、OR_D、またはR_Dであり；
R₆はH、OH、OR_D、またはR_Dであり；
R₇はH、OH、OR_D、またはR_Dであり；
R₈はOH、NH₂、またはOR_Dであり；
R₉はH、OH、またはOR _Dであり；
Xは-S-、-S(O)-、または-SO₂-であり；および
R_Dは随意に置換されたアルキル（例は、C₁-C₆アルキル）、随意に置換されたヘテロアルキル（例は、C₁-C₆ヘテロアルキル）、随意に置換されたアルケニル（例は、C₂-C₆アルケニル）、随意に置換されたヘテロアルケニル（例は、C₂-C₆ヘテロアルケニル）、随意に置換されたアルキニル（例は、C₂-C₆アルキニル）、随意に置換されたヘテロアルキニル（例は、C₂-C₆ヘテロアルキニル）、随意に置換されたシクロアルキル、随意に置換されたヘテロシクロアルキル、随意に置換されたアリール、または随意に置換されたヘテロアリールである。

例として、ここに記載される組成物および方法と併せて有用なアマトキシンは次の式（IIIA）による化合物を含む：

式中、R₁はH、OH、またはOR_Aであり；
R₂はH、OH、またはOR_Bであり；
R_AおよびR_Bは、存在するとき、酸素原子と一緒になってそれにそれらが結合され、随意に置換された5-員のヘテロシクロアルキル基を形成するために組み合わされ；
R₃はHまたはR_Dであり；
R₄はH、OH、OR_D、またはR_Dであり；
R₅はH、OH、OR_D、またはR_Dであり；
R₆はH、OH、OR_D、またはR_Dであり；
R₇はH、OH、OR_D、またはR_Dであり；
R₈はOH、NH₂、またはOR_Dであり；
R₉はH、OH、またはOR_Dであり；
Xは-S-、-S(O)-、または-SO₂-であり；および
R_Dは、随意に置換されたアルキル（例は、C₁-C₆アルキル）、随意に置換されたヘテロアルキル（例は、C₁-C₆ヘテロアルキル）、随意に置換されたアルケニル（例は、C₂-C₆アルケニル）、随意に置換されたヘテロアルケニル（例は、C₂-C₆ヘテロアルケニル）、随意に置換されたアルキニル（例は、C₂-C₆アルキニル）、随意に置換されたヘテロアルキニル（例は、C₂-C₆ヘテロアルキニル）、随意に置換されたシクロアルキル、随意に置換されたヘテロシクロアルキル、随意に置換されたアリール、または随意に置換されたヘテロアリールである。

ここに記載される組成物および方法と併せて有用なアマトキシンはまた、次の式（IIIB）による化合物を含む。

式中、R₁は、H、OH、またはOR_Aであり；
R₂はH、OH、またはOR_Bであり；
R_AおよびR_Bは、存在するとき、酸素原子と一緒になってそれにそれらが結合され、随意に置換された5-員のヘテロシクロアルキル基を形成するために組み合わされ；
R₃はHまたはR_Dであり；
R₄はH、OH、OR_D、またはR_Dであり；
R₅はH、OH、OR_D、またはR_Dであり；
R₆はH、OH、OR_D、またはR_Dであり；
R₇はH、OH、OR_D、またはR_Dであり；
R₈はOH、NH₂、またはOR_Dであり；
R₉はH、OH、またはOR_Dであり；
Xは-S-、-S(O)-、または-SO₂-であり；および
R_Dは、随意に置換されたアルキル（例は、C₁-C₆アルキル）、随意に置換されたヘテロアルキル（例は、C₁-C₆ヘテロアルキル）、随意に置換されたアルケニル（例は、C₂-C₆アルケニル）、随意に置換されたヘテロアルケニル（例は、C₂-C₆ヘテロアルケニル）、随意に置換されたアルキニル（例は、C₂-C₆アルキニル）、随意に置換されたヘテロアルキニル（例は、C₂-C₆ヘテロアルキニル）、随意に置換されたシクロアルキル、随意に置換されたヘテロシクロアルキル、随意に置換されたアリール、または随意に置換されたヘテロアリールである。

例として、一実施態様では、ここに記載される組成および方法と関連して有用なアマトキシンには、式（IIIC）に従った化合物が含まれ

式中、R₄、R₅、X、およびR₈はそれぞれ上記で規定されるようなものである。

ここに記載されるように、アマトキシンは、例として、リンカーモイエティ（L）を経由して、抗体、またはその抗原結合性断片にコンジュゲーションし得る（従ってADCが形成される）。そのようなプロセスに有用なアマトキシンのコンジュゲーションの模範的方法およびリンカーは、表1を含めて次に述べる。ここに記載される組成物および方法に従って、抗体、またはその抗原結合性断片へのコンジュゲーションに有用なリンカーを含む模範的アマトキシンは、ここに列挙される構造式（I）、（IA）、（IB）、（II）、（IIA）、または（IIB）に示される。

ここで用いられるように、「抗体」という用語は特定の抗原に特異的に結合するか、またはそれに対して免疫学的に反応性である免疫グロブリン分子に言及する。抗体には、制限されないが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多特異性抗体（例は、二重特異性抗体（bispecific antibodies））、抗体の遺伝子操作された、および別なふうに修飾された形態が含まれ、制限されないが、脱免疫化抗体（de-immunized antibodies）、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヘテロコンジュゲート抗体（例は、ビ-トリ-およびクアッド-特異性抗体、ダイアボディ（diabodies）、トリアボディ（triabodies）、およびテトラボディ（tetrabodies））、および抗体断片（即ち、抗体の抗原結合性断片）が含まれ、例えば、Fab'、F(ab')₂、Fab、Fv、rIgG、およびscFv断片が含まれ、これらは望ましい抗原結合性活性を示す限りにおいてである。

本開示の抗体は概して、分離され、または組換えられている。ここで用いるとき「分離」は、例は、それが発現された細胞または細胞培養物から識別および分けられ、および/または回収されたポリペプチドに言及する。通常、分離された抗体は少なくとも一つの精製ステップによって調製される。そのようにして、「分離された抗体」は異なる抗原特異性を有する他の抗体を実質含まない抗体に言及する。例として、CD117に特異的に結合する分離された抗体は、CD117以外の抗原を特異的に結合する抗体は実質フリーである。

ここで用いられる「モノクローナル抗体」（mAb）という用語は、当技術において利用可能な、または既知の任意の手段によって、任意の真核、原核、またはファージクローンを含む、単一クローンから導き出される抗体に言及し、およびハイブリドマテクノロジーを通して生産される抗体には制限されない。本開示について有用なモノクローナル抗体は、本技術において知られる多種多様な技術をハイブリドーマ、組換え、およびファージディスプレイ技術、またはそれらの組合せの使用を含めて使用して、調製することができる。「モノクローナル抗体」という用語は、標的タンパク質に特異的に結合する能力がある無傷の分子、ならびに抗体断片（例えば、FabおよびF(ab')₂の断片を含む）の両方を含むことを意図する。ここで用いられるように、FabおよびF(ab')₂断片は無傷の抗体のFc断片を欠く抗体断片に言及する。これらの抗体断片の例はここに記載する。

概して、抗体は抗原結合領域が含まれる重鎖および軽鎖を含む。各重鎖は重鎖可変領域（ここではHCVRまたはVHとして略される）および重鎖定常領域から構成される。重鎖定常領域は3つのドメイン、CH1、CH2およびCH3から構成される。各軽鎖は軽鎖可変領域（ここではLCVRまたはVLとして略される）および軽鎖定常領域から構成される。軽鎖定常領域は一つのドメイン、CLから構成される。VH、およびVL領域はさらに、相補性決定領域（CDR）と呼ばれる超可変性の領域に分けられ、より一層多く保存されたフレームワーク領域（FR）と呼ばれる領域に散在させることができる。各VHおよびVLは3つのCDRsおよび4つのFRsから構成され、アミノ端からカルボキシル端まで次の順：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4に並べられる。重鎖および軽鎖の可変領域には、抗原と相互作用する結合ドメインが含まれる。抗体の定常領域は、免疫系の種々の細胞（例は、エフェクター細胞）および古典的補体系の第一成分（Clq）を含め、宿主組織または因子への免疫グロブリンの結合を媒介することができる。

ここで用いられる「無傷」または「全長」抗体は、ジスルフィド結合によって相互に結合した2つの重（H）鎖ポリペプチドおよび2つの軽（L）鎖のポリペプチドを有する抗体に言及する。各重鎖は重鎖可変領域（ここではHCVRまたはVHと略す）および重鎖定常領域から構成される。重鎖定常領域はCH1、CH2およびCH3の3つのドメインから構成される。各軽鎖は軽鎖可変領域（ここではLCVRまたはVLと略す）および軽鎖定常領域から構成される。軽鎖定常領域は一つのドメインであるCLから構成される。VH、およびVL領域はさらに、相補性決定領域（CDR）と呼ばれる超可変性の領域に分けられ、より一層多く保存されたフレームワーク領域（FR）と呼ばれる領域に散在させることができる。各VHおよびVLは3つのCDRsおよび4つのFRsから構成され、アミノ端からカルボキシル端まで次の順：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4に並べられる。重鎖および軽鎖の可変領域には、抗原と相互作用する結合ドメインが含まれる。抗体の定常領域は免疫系の種々の細胞（例は、エフェクター細胞）および古典的補体系の第一成分（Clq）を含め、宿主組織または因子への免疫グロブリンの結合を媒介することができる。

ここで用いられる「Fc」、「Fc領域」、および「Fcドメイン」という用語は、免疫グロブリンの部分、例は、IgG抗体分子のパパイン消化によって得られる結晶性断片と相関するIgG分子に言及する。Fc領域はジスルフィド結合によって連結されるIgG分子の2つの重鎖のC-末端半分を構成する。それは抗原結合性活性を有さないが、炭水化物モイエティおよび補完物（complement）およびFc受容体についての結合性部位を含み、FcRn受容体（以下参照）が含まれる。例えば、Fc領域には、第二の定常ドメインCH2（例は、IgG1のEU位置231-340での残基）および第三の定常ドメインCH3（例は、ヒトIgG1のEU位置341-447での残基）が含まれる。ここで用いられるように、Fc領域には「下側ヒンジ領域」（例は、IgG1のEU位置233-239での残基）が含まれる。

Fcは分離状態でのこの領域、または抗体、抗体断片、またはFc融合タンパク質の関連におけるこの領域に言及する。多形性（Polymorphisms、ポリモルフィズム）は、Fcドメインのいくつかの位置、制限されないが、EU位置270、272、312、315、356、および358を含んで観察されており、および従って本出願に提示される配列および本技術において既知の配列間のわずかな差は存在することができる。そのように、「野生型IgG Fcドメイン」または「WT IgG Fcドメイン」は任意の自然に発生するIgG Fc領域（即ち、任意の対立遺伝子）に言及する。ヒトIgG1、IgG2、IgG3およびIgG4の重鎖の配列はいくつかの配列データベース、例えば、Uniprot（ユニプロト）データベース（www.uniprot.org）にてアクセッション（受入れ）番号P01857（IGHG1_HUMAN）、P01859（IGHG2_HUMAN）、P01860（IGHG3_HUMAN）、およびP01861（IGHG1_HUMAN）においてそれぞれ見出すことができる。「WT」Fc領域の例は配列番号10において提供される（それはFc領域を含む重鎖定常領域を提供する）。

ここで用いられる用語「修飾したFc領域」または「変種Fc領域」はFc領域内の任意の位置にて導入された1以上のアミノ酸置換、欠失、挿入または修飾を含むIgG Fcドメインに言及する。一定の態様において、変種IgG Fcドメインは1以上のアミノ酸置換基を含まない野生型Fcドメインと比較してFcガンマRおよび/またはC1qについて減少したまたはアブレーション（切除）した結合親和性をもたらす1以上のアミノ酸置換基を含む。さらに、Fc結合性相互作用は、様々なエフェクター機能および下流シグナル伝達事象について、制限されないが、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ADCC）および補体依存性細胞傷害（CDC）を含めて必須である。したがって、一定の態様において、変種Fcドメイン（例は、抗体、融合タンパク質またはコンジュゲート）を含む抗体は別なふうに同じアミノ酸配列を有するが、1以上のアミノ酸置換、欠失、挿入または修飾、例えば、Fc領域において対応する位置にて自然に起こるアミノ酸残基を含む未修飾Fc領域などのようなものを含まない対応するアミノ酸に関して少なくとも1以上のFc配位子（例は、FcガンマRs）について変動した結合親和性を見せることができる。

変種Fcドメインはそれらを構成するアミノ酸修飾に従い規定される。Fc領域に関してここで議論したすべてのアミノ酸置換について、ナンバリング（数え方）は常にKabat（カバット）でのようにEUインデックスに従う。それゆえ、例えば、D265Cは、親Fcドメインに関してシステイン（C）で置き換えられるEU位置265にてアスパラギン酸（D）を有するFc変種である。置換が提供される順序は任意であることに注目される。同様に、例は、D265C/L234A/L235AはEU位置265（DよりCまで）、234（LよりAまで）、および235（LよりAまで）にて親のFcドメインに関して置換を有する変種Fcバリアント（バリアントは変種、変形物などとも言う）を規定する。変種はまた、変異EUアミノ酸位置におけるその最終アミノ酸組成に従って指定することもできる。例えば、L234A/L235A変異体（mutant）は「LALA」と称されることができる。さらなる例として、E233P.L234V.L235A.delG236（236の欠失）変異体は「EPLVLAdelG」と称することができる。また別の例として、I253A.H310A.H435A変異体は「IHH」と称することができる。置換が提供される順序は任意であることが注目される。

ここで用いられる用語「Fcガンマ受容体」または「FcガンマR」はIgG抗体Fc領域を結合し、およびFcガンマR遺伝子によってコードされるタンパク質のファミリーの任意のメンバーに言及する。ヒトにおいて、このファミリーは、制限されないが、FcガンマRI（CD64）で、アイソフォームのFcガンマRIa、FcガンマRIb、およびFcガンマRicを含むもの；FcガンマRII（CD32）で、アイソフォームのFcガンマRIIa（アロタイプのH131およびR131が含まれる）、FcガンマRIIb（FcガンマRIIb-1およびFcガンマRIIb-2が含まれる）、およびFcガンマRIIcを含むもの；およびFcガンマRIII（CD16）で、アイソフォームのFcガンマRIIIa（アロタイプのV158およびF158が含まれる）およびFcガンマRIIIb（アロタイプのFcガンマRIIIb-NA1およびFcガンマRIIIb-NA2が含まれる）を含むもの、ならびに任意の未発見のヒトFcガンマRsまたはFcガンマRアイソフォームまたはアロタイプを含む。FcガンマRは、制限されないが、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、およびサルを含む任意の有機体からのものであることができる。マウスFcガンマRsには、制限されないが、FcガンマRI（CD64）、FcガンマRII（CD32）、FcガンマRIII（CD16）、およびFcガンマRIII-2（CD16-2）、ならびに任意の未発見のマウスFcガンマRsまたはFcガンマRアイソフォームまたはアロタイプが含まれる。

ここで用いられる「エフェクター機能」という用語は、Fc受容体とのFcドメインの相互作用からもたらされる生化学的事象に言及する。エフェクター機能には、制限されないが、ADCC、ADCP、およびCDCが含まれる。ここで用いられるような「エフェクター細胞」によって、1以上のFc受容体を発現し（expresses or one or more Fc receptors）、および1以上のエフェクター機能を仲介する免疫系の細胞が意味される。エフェクター細胞は制限されないが、単球、マクロファージ、好中球、樹状細胞、好酸球、マスト細胞（肥満細胞とも言う）、血小板、B細胞、大型顆粒リンパ球、ランゲルハンス細胞、ナチュラルキラー（NK）細胞、およびガンマデルタT細胞を含み、および任意の有機体、制限されないが、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、およびサルからのものを含むことができる。

「サイレント」、「サイレンシングする」、または「サイレンシング」という用語は、ここにおいて用いられるように、未修飾Fc領域を含む同一抗体のFcガンマ受容体（FcγR）への結合に関してFcγRへの結合が減少した（例は、BLIによって測定されるように、未修飾Fc領域を含む同一抗体のFcγRへの結合に関して少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%によってのFcγRへの結合における減少）、ここに記載する修飾Fc領域を有する抗体に言及する。いくつかの態様において、Fcサイレンシングした抗体はFcγRへの検出可能な結合を有さない。修飾Fc領域を有する抗体のFcγRへの結合は本技術において既知の様々な技術、例えば、制限されないが、平衡法（equilibrium methods）（例は、酵素結合免疫吸着検定法（enzyme-linked immunoabsorbent assay）（ELISA）；KinExA, Rathanaswami（ラタナスワニ）らAnalytical Biochemistry（アナリティカル・バイオケミストリー）, Vol. 373（第373巻）:52-60, 2008；または放射免疫検定（ラジオイムノアッセイ）（RIA））を用いて、または表面プラズモン共鳴アッセイまたは他の動力学に基づくアッセイ（例は、BIACORETM（ビアコアTM）分析またはOctetTM（オクテットTM）分析（forteBIO（フォルテバイオ）））の機構、および他の方法、例えば、間接結合アッセイ、競争結合アッセイ蛍光共鳴エネルギー移動（FRET）（competitive binding assays fluorescence resonance energy transfer (FRET)）、ゲル電気泳動法およびクロマトグラフィー（例は、ゲルろ過）などのようなものによって決定することができる。これらおよび他の方法は検査している成分の一以上でのラベルを利用し、および/または多様な検出方法、制限されないが、発色性、蛍光、発光、または同位体標識を含むものを採用し得る。結合親和性および動力学についての詳細な記述はPaul（ポール）, W. E., ed.（編集）, Fundamental Immunology,4th Ed.（基礎免疫学、第4版）, Lippincott-Raven（リッピンコット-レーブン）, Philadelphia（フィラデルフィア）(1999)において見出すことができ、それは抗体-免疫原相互作用に焦点を当てる。競合結合アッセイの一例は増大する量の非標識抗原の存在下での標識抗原と目的の抗体とのインキュベーションおよび標識抗原に結合した抗体の検出を含むラジオイムノアッセイである。特定の抗原に対する興味がある抗体の親和性および結合オフレート（binding off-rates）はスキャッチャードプロット分析（scatchard plot analysis）によってデータから決定することができる。また、二次抗体との競合はラジオイムノアッセイを用いて定めることもできる。この場合、抗原は非標識第二抗体の増加量の存在下に標識化合物にコンジュゲーションされた興味がある抗体と共にインキュベートされる。

ここで用いられるように、「非修飾Fc領域を含む同一抗体」という用語は列挙されたアミノ酸置換（例は、D265C、H435A、L234A、および/またはL235A）を欠くが、別なふうにFc修飾抗体が比較されているのと同じアミノ酸配列を有する抗体に言及する。

「抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity）」または「ADCC」という用語は、細胞傷害の形態に言及し、そこではFcドメインを含むポリペプチド、例は、抗体は、一定の細胞傷害性細胞（cytotoxic cells）（例は、プライマリーNK細胞、好中球、およびマクロファージ）にて存在するFc受容体（FcRs）上に結合したものであり、およびこれらの細胞傷害性エフェクター細胞を抗原ベアリング（antigen-bearing）「標的細胞」に特異的に結合し、および続いて標的細胞を細胞毒素で殺すことを可能にする。（Hogarth（ホガース）ら, Nature review Drug Discovery（ネイチャー・レビューズ．ドラッグ・ディスカバリー）2012, 11:313）それは抗体およびその断片に加えて、Fcドメインを含む他のポリペプチド、例は、Fc融合タンパク質およびFcコンジュゲーションタンパク質であり、抗原ベアリング標的細胞に特異的に結合する能力を有するものが細胞媒介性細胞傷害を作用させることができると考えられる。

単純化のために、Fcドメインを含むポリペプチドの活性からもたらされる細胞媒介性細胞傷害はまたここではADCC活性とも称する。ADCCによって標的細胞の溶解を媒介する本開示の任意の特定のポリペプチドの能力は、アッセイすることができる。ADCC活性を評定するために、興味があるポリペプチド（例は、抗体）は、標的細胞に免疫エフェクター細胞と組み合わせて加えられ、標的細胞の細胞溶解がもたらされる。細胞溶解は大抵、標識（例は、放射性基質、蛍光色素または自然な細胞内タンパク質）を溶解した細胞から放出することによって検出される。そのようなアッセイについての有用なエフェクター細胞には、周辺血液単核細胞（PBMC）およびナチュラルキラー（NK）細胞が含まれる。インビトロADCCアッセイの特定の例はBruggemann（ブルッヘマン）ら, J. Exp. Med.（ザ・ジャーナル・オブ・エクスペリメンタル・メディシン）166:1351 (1987)；Wilkinson（ウィルキンソン）ら, J. Immunol. Methods（ジャーナル・オブ・イムノロジカル・メソッヅ）258:183 (2001)；Patel（パテル）ら, J. Immunol. Methods 184:29 (1995)に記載される。あるいはまた、または追加的に、関心がある抗体のADCC活性は、インビボ、例は、動物モデル、例えば、Clynes（クラインズ）ら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA（プロシーディングス・オブ・ザ・ナショナル・アカデミー・オブ・サイエンシーズ・オブ・ザ・ユナイテッド・ステーツ・オブ・アメリカ）95:652(1998)に開示されているものなどのようなものにおいて評定することができる。

ここで用いられる「抗原結合性断片」という用語は、標的抗原に特異的に結合する能力を保有する1以上の部分の抗体に言及する。抗体の抗原結合性機能は全長抗体の断片によって実行することができる。抗体断片は例えば、Fab、F(ab')₂、scFv、ダイアボディ、トリアボディ、アフィボディ（affibody）、ナノボディ、アプタマー、またはドメイン抗体であることができる。抗体の「抗原結合性断片」という用語を包含する結合性断片の例は、制限されないが、次の：（i）Fab断片、V_L、V_H、C_L、およびC_H1ドメインからなる1価断片；（ii）F(ab')₂断片、ヒンジ領域にてジスルフィド架橋によって連結される2つのFab断片を含む2価断片；（iii）V_HおよびC_H1ドメインからなるFd断片；（iv）抗体の単一アームのV_LおよびV_HドメインからなるFv断片、（v）V_HおよびV_Lドメインを含むdAb；（vi）V_HドメインからなるdAb断片（例は、Ward（ウォード）ら, Nature（ネイチャー）341:544-546, 1989を参照）；（vii）V_HまたはV_LドメインからなるdAb；（viii）分離相補性決定領域（CDR）；および（ix）2以上の組合せ（例は、2、3、4、5、または6）の分離CDRsで合成リンカーによって随意に接合され（joined）得るものを含む。さらに、Fv断片の2つのドメイン、V_LおよびV_Hは別々の遺伝子によってコードされるが、それらは組換え法を用いて、リンカーによって接合することができ、それはそれらが単一のタンパク質鎖として作られることを可能にし、そこではV_LおよびV_H領域は一価分子（単一鎖Fv（scFv）として知られる；例えば、Bird（バード）ら, Science（サイエンス）242:423-426, 1988およびHuston（ヒューストン）ら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883, 1988を参照）を形成するために対形成する。これらの抗体断片は本技術における熟練の者に知られる慣習的技術を使用して得ることができ、および断片は無傷の抗体と同じ様式で有用性についてスクリーニングすることができる。抗原結合性断片は組換えDNA技術、無傷の免疫グロブリンの酵素による、または化学的な開裂によって、またはある場合には、本技術において知られる化学ペプチド合成手順によって生産することができる。

ここで用いられるように、「抗CD117抗体」または「CD117に結合する抗体」という用語は、抗体がCD117を標的とする際に診断および/または治療剤として有用であるような十分な親和性を伴いCD117に結合する能力がある抗体に言及する。

ここで用いられるように、「二重特異性抗体」という用語は抗体、例えばモノクローナル、ヒトの、またはヒト化の抗体に言及し、それは同じ、または種々の抗原上にあることができる少なくとも2つの異なる抗原または2つの異なるエピトープを結合する能力がある。例として、結合特異性の1つは造血幹細胞表面抗原上のエピトープ、例えば、CD117（例は、GNNK+CD117）などのようなものに向けられることができ、および他のものは異なる造血幹細胞表面抗原または他の細胞表面タンパク質上でのエピトープ、例えば、細胞成長、ほかにもあるが、それらを強力にするシグナル伝達経路に関与する受容体または受容体サブユニットなどのようなものを特異的に結合することができる。いくらかの実施態様において、結合特異性は同じ標的抗原上のユニークな、重複していないエピトープ（即ち、バイパラトピック抗体（biparatopic antibody））に向けることができる。

ここで用いられる「脱免疫化した」または「脱免疫化」という用語は元の野生型構築物（または親の抗体）の修飾に関し、前記野生型構築物（または親の抗体）をヒトにおいて非免疫性またはより一層弱い免疫性であるようにすることによる。脱免疫化した抗体は部分（その複数形）（part(s)）、例は、非ヒト起源の、フレームワーク領域（その複数形）および/またはCDR(s)を含む。ここで用いられるように「脱免疫化した抗体」という用語は対象の免疫系を活性化させないように変異によって脱免疫化される抗体に言及する（例えば、Nanus（ナナス）ら, J. Urology（ザ・ジャーナル・オブ・ユロロジー）170: S84-S89, 2003；国際公開WO98/52976；WO00/34317）。

ここで用いられるように「相補性決定領域」（CDR）という用語は抗体の軽鎖および重鎖の可変ドメインの両方に見出される超可変領域に言及する。可変ドメインのより一層高度に保存された部分はフレームワーク領域（FRs）と称される。抗体の超可変領域を線引きするアミノ酸位置は、当技術における既知の状況および種々の規定に応じて変動することができる。可変ドメイン内のいくつかの位置はハイブリッド超可変位置（hybrid hypervariable positions）とみてよく、そこではこれらの位置は1組の基準の下で超可変領域内であるとみなされ得る一方、異なる1組の基準の下では超可変領域外であるとみなすことができる。これらの位置のうちの1以上はまた拡大された超可変領域にも見いだすことができる。ここに記載される抗体はこれらのハイブリッド超可変位置において修飾を含み得る。自然な重鎖および軽鎖の可変ドメインはそれぞれ4つのフレームワーク領域を含んでおり、それは主にβシート配置（β-sheet configuration）を採用しており、3つのCDRsによって接続され、それらは接続されたループを形成し、および場合によってはβシート構造の部分を形成する。各チェーンでのCDRsは順FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4でのフレームワーク領域によって密接して一緒に保たれ、および他の抗体鎖からのCDRsと共に、抗体の標的結合部位の形成に寄与する（Kabatら（et al.）, Sequences of Proteins of Immunological Interest（免疫学的関心があるたんぱく質の配列）, National Institute of Health（米国国立衛生研究所）、Bethesda（ベセズダ）、MD（米国メリーランド州）、1987、参照）。一定の実施態様では、別なふうに指示されない限り、Kabatらの免疫グロブリンアミノ酸残基のナンバリングは（任意の抗体ナンバリングスキーム、制限されないがIMGTおよびChothia（チョーシア）を含めて利用することができるが）免疫グロブリンアミノ酸残基番号づけシステムに従って行われる。

ここで用いられるように、「コンディション」および「コンディショニング」という用語はペイシェントが移植、例は、造血幹細胞を含む移植の受入れのために準備されるプロセスに言及する。そのような手順は造血幹細胞移植組織の生着を促進する（例として、コンディショニング手順およびその後の造血幹細胞移植に続いてペイシェントから分離された血液サンプル内の生存可能な造血幹細胞の量における持続的増加から推測される）。ここに記載の方法によれば、ペイシェントは、ADC、造血幹細胞によって発現される抗原、例えば、CD117（例は、GNNK+CD117）などのようなものに結合する能力がある抗体、またはその抗原結合性断片のペイシェントへの投与によって造血幹細胞移植治療のためにコンディショニングされ得る。ここに記載するように、抗体薬物コンジュゲート（ADC）を形成するために、抗体は細胞毒素と共有結合によりコンジュゲーションし得る。造血幹細胞移植治療を必要とするペイシェントに上記の抗原のうちの1以上を結合する能力がある、抗体、その抗原結合性断片、またはADCの投与は、例えば、内因性の造血幹細胞を選択的に減少させることによって、造血幹細胞移植片の生着を促進することができ、それによって外因性の造血幹細胞移植によって満たされたベーカンシー（vacancy、空白）が作り出される。

ここで用いられる用語「コンジュゲート」または「抗体薬物コンジュゲート」または「ADC」は細胞毒素（cytotoxin）に連結される抗体に言及する。ADCはある分子、例えば、抗体またはその抗原結合性断片などのようなものとの反応性の機能的基と、別の分子、例えば、ここに述べた細胞毒素などのようなものの適切に反応性のある機能的基との間の化学的結合によって形成される。コンジュゲートには、互いに結合した2つの分子間、例は、抗体および細胞毒素間のリンカーが含まれ得る。コンジュゲートの形成に使用することができるリンカーの例には、ペプチドを含むリンカー、例えば、自然に発生する、あるいは非自然発生するアミノ酸、例えば、D-アミノ酸などのようなものを含むそれらなどのようなものが含まれる。リンカーはここに記載され、および本技術において知られる様々な戦略を用いて調製することができる。そこでの反応性成分に応じて、リンカーは、例えば、酵素による加水分解、光分解、酸性条件下での加水分解、塩基性条件下での加水分解、酸化、ジスルフィド還元、求核性開裂、または有機金属開裂（例えば、Leriche（レリチェ）ら, Bioorg. Med. Chem.（バイオオーガニック＆メディシナル・ケミストリー）, 20:571-582、2012を参照）によって開裂させ得る。上述のコンジュゲートはまた、ここでは、「薬物抗体コンジュゲート」、「抗体薬物コンジュゲート」および「ADC」とも交換可能に称される。

ここで用いられるように、「カップリング反応」という用語はそれぞれの置換体に結合した分子断片を接合する（例は、共有結合による）化学的モイエティを形成するように互いとの反応に適した2以上の置換基が反応する化学反応に言及する。カップリング反応には、細胞毒素、例えば、当技術で知られ、またはここに記載される細胞毒素などのようなものである断片に結合した反応性置換基が、抗体、またはその抗原結合性断片、例えば、当技術で知られ、またはここに記載したCD117（例えば、GNNK+CD117などのようなもの）に特有な、抗体、またはその抗原結合性断片などのようなものである断片に結合した適切に反応性がある置換基と反応するものを含む。適切に反応性がある置換基の例には、求核剤/求電子剤対（例は、チオール/ハロアルキルペア、アミン/カルボニルペア、またはチオール/α、β不飽和カルボニルペア、ほかにもあるが）、ジエン/求ジエン体ペア（例は、アジド/アルキンペア、ほかにもあるが）、およびその他同種類のものなどが含まれる。カップリング反応は、制限されないが、チオールアルキル化、ヒドロキシルアルキル化、アミンアルキル化、アミン縮合、アミド化、エステル化、ジスルフィド形成、付加環化（例は、[4+2]Diels-Alder（ディールス-アルダー）付加環化、[3+2]Huisgen（ヒュスゲン）付加環化、ほかにもあるが）、求核芳香族置換、求電子芳香族置換、および本技術における既知のまたはここに記載される他の反応性モダリティーを含む。

ここで用いられる「CRU（competitive repopulating unit、競合的再増殖単位）」は長期生着幹細胞の測定単位に言及し、それはインビボ移植後に検出することができる。

ここで用いられるように「薬物対抗体比（drug-to-antibody ratio）」または「DAR」は細胞毒素、例は、アマトキシンで、ADCの抗体に付着するものの数に言及する。ADCのDARは1から8までに及ぶことができるが、より一層高い負荷もまた抗体上の連結部位の数によって可能である。それゆえ、一定の実施態様において、ここに記載されるADCは、1、2、3、4、5、6、7、または8のDARを有する。

ここで用いられるように、「ドナー」という用語はヒトまたは動物に言及し、それから1以上の細胞がレシピエント中への細胞、またはその継代の投与に先立って分離される。1以上の細胞は例えば、造血幹細胞の集団であり得る。

ここで用いられるように、「ダイアボディ」という語は2つのポリペプチド鎖を含む二価抗体に言及し、そこでは各ポリペプチド鎖は同じペプチド鎖上のV_HおよびV_Lドメインの分子内会合を可能にするには短すぎるリンカー（例は、5つのアミノ酸から構成されるリンカー）によって接合されたV_HおよびV_Lドメインを含む。この配置によって、各ドメインは別のポリペプチド鎖上の相補的なドメインと対になり、ホモ二量体の構造を形成することになる。したがって、「トリアボディ」という用語は3つのペプチド鎖を含む三価の抗体に言及し、それらの各々は同じペプチド鎖内でV_HおよびV_Lドメインの分子内結合を可能にする非常に短いリンカー（例は、1-2アミノ酸から構成されるリンカー）によって接合した1つのV_Hドメインおよび1つのV_Lドメインを含む。それらの自然な構造に折り畳むために、このように構成されたペプチドは、隣接するペプチド鎖のV_HおよびV_Lドメインを空間的に互いに近接するように位置付けるために典型的に三量体形成される（例えば、Holliger（ホリガー）ら, Proc. Natal. Acad. Sci. USA 90:6444-48, 1993を参照）。

ここで用いられるように、「二重可変ドメイン（dual variable domain）免疫グロブリン」（「DVD-Ig」）は、四価、二重ターゲティング単剤（dual-targeting single agent）を作り出すためにリンカーを介して2つのモノクローナル抗体の変数領域の標的結合可変ドメインを組み合わせる抗体に言及する（例えば、Gu（グー）ら, Meth. Enzymol.（メソッヅ・イン・エンザイモロジー）, 502:25-41, 2012を参照）。

ここで用いられるように、「内因性」という語は物質、例えば、分子、細胞、組織、または器官などのようなもの（例は、造血幹細胞または造血系統の細胞、例えば、巨核球、栓球（thrombocyte）、血小板（platelet）、赤血球、マスト細胞、筋芽細胞（myeoblast、ミエオブラスト）、好塩基球、好中球、好酸球、ミクログリア細胞、顆粒球、単球、破骨細胞、抗原提示細胞、マクロファージ、樹状細胞、ナチュラルキラー細胞、Tリンパ球、またはBリンパ球などのようなもの）を記載し、それは特定の有機体、例えば、ヒトペイシェントなどのようなものにおいて自然に見出される。

ここで用いられるように、「生着能」という用語は造血幹細胞および前駆細胞が組織を再増殖する（repopulate）能力に言及するために、そのような細胞が自然に循環しているか、または移植によって提供されるかに関係なく用いられる。用語は生着を取り巻く、またはそれまでに至るすべての事象、例えば、細胞の組織帰巣（tissue homing）および興味がある組織内での細胞のコロニー形成などのようなものを包含する。生着効率または生着の速度は当技術における熟練の者に知られるような臨床的に許容可能な任意のパラメータを用いて評価または定量化することができ、および例えば、競合再増殖単位（CRU）の評定；幹細胞が帰巣し、コロニー化し、または生着されることになった（become engrafted）組織（その複数形）におけるマーカーの組込みまたは発現；または疾患の進行を通した対象の進捗（progress）の評価によって、造血幹および前駆細胞の生存、またはレシピエントの生存を含むことができる。生着は移植期間後の間に末梢血において白血球カウントを測定することによっても決めることができる。生着はまた、骨髄吸引サンプルにおけるドナー細胞による骨髄細胞の回復を測定することによっても評定することができる。

ここで用いられるように、用語「エピトープ」は結合タンパク質、例は、抗体またはその抗原結合部分に特異的に結合する能力がある任意のポリペプチド決定基を含む。一定の実施態様において、エピトープ決定基は分子、例えば、アミノ酸、糖側鎖、ホスホリル、またはスルホニルなどのようなものの化学的に活性な表面グルーピングを含み、および一定の実施態様において、特定の三次元構造特性、および/または特定の電荷特性を有し得る。様々な実施態様において、エピトープは抗原、即ち、CD117の一次構造の、線形または連続したエピトープ、即ち、アミノ酸の線形配列であり得る。あるいはまた、他の実施態様において、エピトープは抗原がその二次構造をとるときに特定の三次元形状を有する立体構造エピトープであり得る。例えば、立体構造エピトープは抗原の非線状、即ち、非連続的なアミノ酸から構成され得る。

特定の実施態様において、エピトープは結合タンパク質、例は、抗体またはその抗原結合部分によって結合される抗原の領域である。一定の実施態様では、結合タンパク質、例は、抗体またはその抗原結合部分はそれがタンパク質および/または高分子の複雑な混合物においてその標的抗原を優先的に認識するとき、抗原を特異的に結合すると言われる。特定の実施態様では、抗原のエピトープ、即ち、CD117は、結合タンパク質が抗原に結合しているときに結合タンパク質、例は、抗体またはその抗原結合部分の約4オングストローム（Å）以内にあるそれらのアミノ酸残基を含む。

ここで用いられるように、用語「外因性」は、物質、例えば分子、細胞、組織、または器官などのようなもの（例は．造血幹細胞または造血系統の細胞、例えば、巨核球、栓球、血小板、赤血球、マスト細胞、骨髄芽球（myeoblast、ミエオブラスト）、好塩基球、好中球、好酸球、ミクログリア細胞、顆粒球、単球、破骨細胞、抗原提示細胞、マクロファージ、樹状細胞、ナチュラルキラー細胞、Tリンパ球、またはBリンパ球などのようなもの）を記載し、それは特定の有機体、例えば、ヒトペイシェントなどのようなものにおいて自然に見出されない。レシピエント有機体、例えば、レシピエントペイシェントに対して外因性である物質は、ドナー有機体、例は、その物質が由来するドナー対象において自然に存在し得る。例えば、同種細胞移植組織はレシピエントに対し外因性であるが、ドナーには自然である細胞を含む。外因性物質には、外部供給源から有機体にまたはそれから抽出された培養物に供給されるものが含まれる。

ここで用いられるように、「フレームワーク領域」または「FW領域」という用語は抗体またはその抗原結合性断片のCDRsに隣接するアミノ酸残基を含む。FW領域残基は、例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、モノクローナル抗体、抗体断片、Fab断片、単鎖抗体断片、scFv断片、抗体ドメイン、および二重特異性抗体、ほかにもあるが、それらに存在し得る。

また、提供するのは、ここに説明する配列番号（SEQ ID NOs）に規定する配列の「保存的配列修飾（conservative sequence modifications）」、即ち、ヌクレオチド配列によってコードされる抗体の抗原への結合またはアミノ酸配列の含有を損なわない（abrogate）ヌクレオチドおよびアミノ酸配列修飾である。そのような保存的配列修飾には、保存的ヌクレオチドおよびアミノ酸置換、ならびに、ヌクレオチドおよびアミノ酸の付加および欠失が含まれる。例えば、修飾は、当技術において既知の標準的な技術、例えば、部位特異的変異誘発およびPCR媒介変異誘発などのようなものによってここに記載の配列番号に導入することができる。保存的配列修飾には、保存的アミノ酸置換が含まれ、そこでは、アミノ酸残基は似た側鎖を有するアミノ酸残基と置換される。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは当技術において定義されている。これらのファミリーには、塩基性側鎖（例は、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例は、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例は、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン、トリプトファン）、非極性側鎖（例は、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン）、ベータ分枝側鎖（例は、スレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖（例は、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を有するアミノ酸が含まれる。それゆえ、抗CD117抗体における予測された非必須アミノ酸残基はなるべくなら、同じ側鎖ファミリーからの別のアミノ酸残基で置換される。抗原結合を排除しないヌクレオチドおよびアミノ酸の保存的置換を識別する方法は、当技術でよく知られている（例は、Brummell（ブランメル）ら, Biochem.（バイオケミストリー）32:1180-1187 (1993)；Kobayashi（コバヤシ）ら Protein Eng.（プロテイン・エンジニアリング）12(10):879-884 (1999)；およびBurks（バークス）ら Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94:412-417 (1997)参照）。

ここで用いられるように、用語「半減期」は体内での抗体薬物の血しょう濃度について対象、例は、ヒト対象において半分または50％まで減少するのに要される時間に言及する。この50％の血清濃度での減少は循環している薬物の量を反映する。

ここで用いられるように、用語「造血幹細胞」（「HSCs」）は自己再生し、および多様な系統を含む成熟血液細胞、制限されないが、顆粒球（例は、前骨髄球、好中球、好酸球、好塩基球）、赤血球（例は、網状赤血球、赤血球）、栓球（例は、巨核芽球、血小板産生巨核芽球、血小板）、単球（例は、単球、マクロファージ）、樹状細胞、ミクログリア細胞、破骨細胞、およびリンパ球（例は、NK細胞、B細胞およびT細胞）が含まれるものに分化する能力を有する未熟血液細胞に言及する。そのような細胞はCD34⁺細胞を含み得る。CD34⁺細胞はCD34細胞表面マーカーを発現する未熟な細胞である。ヒトでは、CD34+細胞は上記に規定された幹細胞特性を有する細胞の亜集団を含むと考えられているが、その一方マウスでは、HSCsはCD34-である。加えて、HSCsはまた長期再増殖HSCs（LT-HSC）および短期再増殖HSCs（ST-HSC）にも言及する。LT-HSCsおよびST-HSCsは機能的可能性におよび細胞表面マーカー発現に基づき分化する。例えば、ヒトHSCsは、CD34+、CD38-、CD45RA-、CD90+、CD49F+、およびlin-（CD2、CD3、CD4、CD7、CD8、CD10、CD11B、CD19、CD20、CD56、CD235Aを含む成熟系統マーカーについては陰性）である。マウスでは、骨髄LT-HSCsは、CD34-、SCA-1+、C-kit（C-キット）+、CD135-、Slamfl/CD150+、CD48-、およびlin-（Ter119、CD11b、Gr1、CD3、CD4、CD8、B220、IL7raを含む成熟系統マーカーについては陰性）であり、その一方、ST-HSCsは、CD34+、SCA-1+、C-kit+、CD135-、Slamfl/CD150+、およびlin-（Ter119、CD11b、Gr1、CD3、CD4、CD8、B220、IL7raを含む成熟系統マーカーについては陰性）である。さらに、ST-HSCsは恒常性条件の下でLT-HSCsよりも静止状態が少なく、および増殖性が高い。しかし、LT-HSCは自己再生能力（self renewal potential）がより一層高く（即ち、それらは成体期まで生存し、および連続する（successive）レシピエントを通して連続的に（serially）移植することができる）、その一方、ST-HSCsは自己再生に限界がある（即ち、それらは時間の限られた期間しか生存せず、および連続移植の可能性はない）。これらのHSCsのいずれも、ここに記載される方法に使用することができる。ST-HSCsは、それらが高度に増殖性であり、およびそれゆえより一層迅速に分化した子孫を生じさせることができるため特に有用である。

ここで用いられるように、「造血幹細胞機能的能力（hematopoietic stem cell functional potential）」という用語は造血幹細胞の機能的特性に言及し、それには、1）多能性（それは複数の異なる血液系統に分化する能力に言及し、制限されないが、顆粒球（例は、前骨髄球、好中球、好酸球、好塩基球）、赤血球（例は、網状赤血球、赤血球）、栓球（例は、巨核芽球、血小板産生巨核芽球、血小板）、単球（例は、単球、マクロファージ）、樹状細胞、ミクログリア細胞、破骨細胞、およびリンパ球（例は、NK細胞、B細胞およびT細胞）、2）自己再生（それは造血幹細胞が母細胞と同等の能力を有する娘細胞を生み出す能力、およびさらにこの能力が個体の一生の間ずっと枯渇することなく繰り返し起こることに言及する）、および3）造血幹細胞またはその子孫が移植レシピエントに再導入され、そのうえでそれらは造血幹細胞ニッチに帰巣し、および生産的で持続的な造血を再確立する能力が含まれる。

ここで用いられるように、「ヒト抗体」という用語はヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域および定常領域を有する抗体を含むことを意図している。ヒト抗体はヒト生殖系列免疫グロブリン配列によってコードされないアミノ酸残基（例は、インビトロでのランダムまたは部位特異的変異誘発によって、または遺伝子再配列の間に、またはインビボでの体細胞変異によって導入された変異）を含み得る。しかしながら、ここで用いられる「ヒト抗体」という用語は別の哺乳類種、例えば、マウスなどのようなものの生殖系列に由来するCDR配列がヒトフレームワーク配列に移植された抗体を含むことは意図していない。ヒト抗体はヒト細胞において（例えば、組換え発現によって）、あるいは非ヒト動物、または機能的に再配列されたヒト免疫グロブリン（例えば、重鎖および/または軽鎖などのようなもの）の遺伝子を発現する能力がある原核細胞もしくは真核細胞によって生産することができる。ヒト抗体が一本鎖抗体（single chain antibody）であるとき、それは自然なヒト抗体には見られないリンカーペプチドを含むことができる。例えば、Fvはリンカーペプチド、例えば、2より約8までのグリシンまたは他のアミノ酸残基などのようなものを含むことができ、それは重鎖の可変領域および軽鎖の可変領域を連結する。そのようなリンカーペプチドはヒト由来であると考えられる。ヒト抗体はヒト免疫グロブリン配列に由来する抗体ライブラリーを用いたファージディスプレイ法を含めて当技術で既知の様々な方法によって作ることができる。ヒト抗体はまた、機能的な内因性免疫グロブリンを発現不能であるが、ヒト免疫グロブリン遺伝子を発現することができるトランスジェニックマウスを用いて生産することができる（例えば、PCT Publication Nos.（PCT国際公開番号）WO 1998/24893；WO 1992/01047；WO 1996/34096；WO 1996/33735；U.S. Patent Nos.（米国特許番号）第5,413,923号明細書；第5,625,126号；第5,633,425号；第5,569,825号；第5,661,016号；第5,545,806号；第5,814,318号；第5,885,793号；第5,916,771号；および第5,939,598号を参照）。

非ヒト（例は、ネズミまたはラット）抗体の「ヒト化」形態は非ヒト免疫グロブリンに由来する最小限配列を含む免疫グロブリンである。概して、ヒト化抗体は少なくとも1つ、および典型的には2つの可変ドメインの実質すべてを含み、そこではCDR領域のすべてまたは実質すべてが非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、およびFR領域のすべてまたは実質すべてがヒト免疫グロブリン配列のものである。ヒト化抗体はまた、免疫グロブリン定常領域（Fc）、典型的にはヒト免疫グロブリンのコンセンサス配列のものの少なくとも一部分を含むことができる。抗体ヒト化の方法は当技術で知られ、および例えば、Riechmann（ライヒマン）ら, Nature 332:323-7, 1988；Queen（クイーン）らへのU.S. Patent Nos: 5,530,101；5,585,089；5,693,761；5,693,762；および6,180,370；EP（欧州特許）239400；PCT publication WO 91/09967；U.S. Pat. No. 5,225,539号；EP592106号；EP519596号；Padlan（パドラン）, 1991, Mol. Immunol.（モレキュラー・イムノロジー）, 28: 489-498；Studnicka（スタドニッチカ）ら, 1994, Prot. Eng.（プロテイン・エンジニアリング）7: 805-814；Roguska（ログスカ）ら, 1994, Proc. Natl. Acad. Sci. 91:969-973；およびU.S. Pat. No. 5,565,332に記載されている。

ここで用いられるように、造血幹細胞移植「の必要がある」ペイシェントには、1以上の血液細胞タイプの欠損または欠乏（defect or deficiency）を見せるペイシェント、ならびに幹細胞障害、自己免疫疾患、ガン、またはここに記載の他の病状を有するペイシェントを含む。造血幹細胞は概して、1）多能性、および従って複数の異なる血液系統に分化することができ、制限されないが、顆粒球（例は、前骨髄球、好中球、好酸球、好塩基球）、赤血球（例は、網状赤血球、赤血球）、栓球（例は、巨核芽球、血小板産生巨核球、血小板）、単球（例は、単球、マクロファージ）、樹状細胞、ミクログリア細胞、破骨細胞、およびリンパ球（例は、NK細胞、B細胞およびT細胞）が含まれ、2）自己再生、および従って母細胞と同等の能力を有する娘細胞を生み出すことができ、および3）移植レシピエントに再導入され、そのうえでそれらは造血幹細胞ニッチに帰巣し、および生産的で持続的な造血を再確立する能力を見せる。それゆえに、造血幹細胞は、欠損したまたは欠乏性の細胞の集団をインビボで再構成するために造血系統の1以上の細胞タイプにおいて欠損したまたは欠乏性があるペイシェントに投与することができる。例えば、ペイシェントはガンを患うものであり得、および欠損はガン性細胞集団を選択的または非特異的にのいずれかに減少させる化学療法剤または他の薬の投与によって引き起こさせ得る。追加でまたは代替的に、ペイシェントは、異常ヘモグロビン症（例は、非悪性ヘモグロビン症）、例えば、鎌状赤血球貧血、サラセミア、ファンコニー貧血、再生不良性貧血（aplastic anemia）、ウィスコット-アルドリッチ症候群などのようなものを患い得る。対象はアデノシンデアミナーゼ欠損-重症複合免疫不全（adenosine deaminase severe combined immunodeficiency）（ADA SCID）、HIV/AIDS、異染性白質ジストロフィー、ダイアモンド-ブラックファン貧血（Diamond-Blackfan anemia）およびシュワッハマン-ダイアモンド症候群（Schwachman-Diamond syndrome）を患っているものであり得る。対象は遺伝性血液疾患（例は、鎌状赤血球貧血）または自己免疫疾患を有するか、またはそれらによって影響を受け得る。追加でまたは代替的に、対象は悪性腫瘍、例えば、神経芽腫または血液学的ガンなどのようなものを有するか、またはそれらによって影響され得る。例として、対象は白血病、リンパ腫、または骨髄腫を有し得る。いくらかの実施態様では、対象は急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、または非ホジキンリンパ腫を有する。いくらかの実施態様では、対象は骨髄異形成症候群を有する。いくらかの実施態様では、対象は、自己免疫疾患、例えば、硬皮（強皮）症、多発性硬化症、潰瘍性大腸炎、クローン病、1型糖尿病、またはここに記載の別の自己免疫病態などのようなものを有する。いくらかの実施態様では、対象はキメラ抗原受容体T細胞（CART）療法の必要がある。いくらかの実施態様では、対象は代謝性蓄積（貯蔵）障害（metabolic storage disorder）を有するか、またはそれによって別なふうに影響を受けている。対象は糖原病（glycogen storage diseases、グリコーゲン貯蔵疾患）、ムコ多糖症（mucopolysaccharidoses、ムコ多糖沈着）、ゴーシェ病（Gaucher's Disease）、ハーラー病（Hurlers Disease）、スフィンゴリピド症（sphingolipidoses）、異染性白質ジストロフィー（metachromatic leukodystrophy、メタクロマティック白質ジストロフィー）、またはここに開示される処置および療法から利益を得られ得る任意の他の疾患もしくは障害からなる群より選ばれる代謝性障害に苦しむか、またはそれによって別なふうに影響を受け得、および制限を伴わずに重症複合免疫不全、ウィスコット-アルドリッチ症候群、高免疫グロブリンM（IgM）症候群（hyper immunoglobulin M (lgM) syndrome）、チェディアック-東病（Chediak-Higashi disease）、遺伝性リンパ組織球症（hereditary lymphohistiocytosis）、大理石骨病（osteopetrosis）、骨形成不全、蓄積症（storage disease、沈着症）、サラセミアメジャー、鎌状赤血球症（sickle cell disease）、全身性硬化症、全身性エリテマトーデス、多発性硬化症、若年性関節リウマチ、および「Bone Marrow Transplantation for Non-Malignant Disease（非悪性疾患についての骨髄移植）」ASH Education Book（ASH教育ブック）, 1; 319-338(2000)に記載されているそれらの疾患、または障害が含まれ、その開示はそれが造血幹細胞移植療法の管理によって処置され得る病態に関連するものとしてその全体が参照によりここに組み込まれる。追加的にまたは代替的に、造血幹細胞移植「の必要がある」ペイシェントは前述の病態の1つに罹患しているか、または罹患していないでよく、それでも低下したレベル（例は、別なふうに健康な対象のものと比べたもの）の、造血系統内の1以上の内因性細胞型のもの、例えば、巨核球、栓球（thrombocytes）、血小板、赤血球、マスト細胞、骨髄芽球（myeoblast、ミエオブラスト）、好塩基球、好中球、好酸球、ミクログリア細胞、顆粒球、単球、破骨細胞、抗原提示細胞、マクロファージ、樹状細胞、ナチュラルキラー細胞、Tリンパ球、またはBリンパ球などのようなものを見せる。当技術における熟練の者は、例として、フローサイトメトリーおよび蛍光活性化細胞選別（FACS）法、ほかにもあるが本技術において既知の手法を経由し、前述の細胞タイプの1以上、または他の血液細胞タイプのそのレベルが、他の健康な対象に関して低下しているかどうかを簡便に定めることができる。

ここで用いられるように、「中性抗体」は特定のまたは特定した標的（例は、CD117）の活性、リガンドへの受容体の結合または酵素の基質との相互作用を含めたものを著しく中和、遮断、抑制、抑止、低減または干渉することが不可能である抗体、またはその抗原結合断片に言及する。一実施態様では、中性抗CD117抗体、またはその断片は、SCF依存性細胞増殖を実質抑制せず、およびCD117へのSCF結合をクロスブロックしない抗CD117抗体である。中性抗体の例はAb67（またはAb67の結合領域を有する抗体）である。対照的に、「アンタゴニスト」抗CD117抗体はSCF依存性増殖を抑制し、およびCD117へのSCF結合をクロスブロックすることができる。アンタゴニスト抗体の例はAb55（またはAb55の結合領域を有する抗体）である。

ここで用いられるように、用語「レシピエント」は移植片、例えば、造血幹細胞の集団を含む移植片などのようなものを受けるペイシェントに言及する。レシピエントに投与された移植細胞は、例は、自己由来、同系、または同種細胞であり得る。

ここで用いられるように、用語「サンプル」は対象から採取した標本（例は、血液、血液成分（例は、血清または血しょう）、尿、唾液、羊水、脳脊髄液、組織（例は、胎盤または皮膚）、膵液、絨毛膜絨毛サンプル、および細胞）に言及する。

ここで用いられるように、用語「scFv」は抗体からの重鎖および軽鎖の可変ドメインが1つの鎖を形成するために接合した抗体を形成する単鎖Fv抗体に言及し、scFvフラグメント（フラグメントは断片ともいう）は抗体軽鎖の可変領域（V_L）（例は、CDR-L1、CDR-L2、および/またはCDR-L3）およびリンカーを介して接続される抗体重鎖の可変領域（V_H）（例は、CDR-H1、CDR-H2、および/またはCDR-H3）を含む単一のポリペプチド鎖を含む。scFv断片のV_L領域およびV_H領域を接合するリンカーはタンパク質原性アミノ酸から構成されるペプチドリンカーであることができる。代替リンカーはscFv断片のタンパク質分解に対する耐性を増大させるために（例えば、D-アミノ酸を含むリンカー）、scFv断片の溶解性を高めるために（例えば、親水性リンカー、例えば、ポリエチレングリコール含有リンカーまたはグリシンおよびセリン残基の繰返しを含むポリペプチドなどのようなもの）、分子の生物物理学的安定性を向上させるために（例えば、分子内または分子間のジスルフィド結合を形成するシステイン残基を含むリンカー）、またはscFv断片の免疫原性を減弱させるために（例えば、グリコシル化部位を含むリンカー）使用することができる。また、ここに記載されるscFv分子の可変領域は抗体分子からのアミノ酸配列において、それからそれらが由来しており、それらが変動するように修飾されることができることは、当技術における通常の技量の者（当業者とも言う）には理解されるであろう。例えば、対応する抗体によって認識される抗原に結合するscFvの能力を維持または強化するように、アミノ酸残基での保存的置換または変化をもたらすヌクレオチドまたはアミノ酸置換を行うことができる（例は、CDRおよび/またはフレームワーク残基において）。

ここで用いられる「特異的結合」または「特異的に結合する」という用語は、タンパク質一般ではなく、特定のタンパク質構造（エピトープ）を認識し、および結合する抗体（またはADC）の能力に言及する。抗体がエピトープ「A」に特異的である場合、標識「A」および抗体を含む反応において、エピトープAを含む分子（または遊離の、未標識A）の存在は、抗体に結合する標識Aの量を減少させる。例として、抗体は、抗体が、標識されるとき、対応する非標識抗体によってその標的から離れて競合することができる場合、標的に「特異的に結合する」。一実施態様では、抗体は、抗体が少なくとも約10^-4M、10^-5M、10^-6M、10^-7M、10^-8M、10^-9M、10^-10M、10^-11M、10^-12M、またはより一層少ない標的に対するK_D（より一層少ないは10^-12未満である数、例は、10^-13を意味する）を有している場合、標的、例は、CD117に特異的に結合する。一実施態様では、ここで用いられる「CD117への特異的結合」または「CD117に特異的に結合する」という用語は、CD117に結合し、および表面プラズモン共鳴によって定められる1.0×10^-7Mまたはそれ未満の解離定数（K_D）を有する抗体（またはADC）に言及する。一実施態様において、K_D（M）は標準的な生体層干渉法（bio-layer interferometery）（BLI）に従って定められる。一実施態様では、K_off（1/s）は標準的な生体層干渉法（BLI）に従って定められる。しかしながら、抗体は配列に関連する2以上の抗原に特異的に結合することが可能であり得ることが理解されるべきである。例えば、一実施態様では、抗体はCD117のヒトおよび非ヒト（例は、マウスまたは非ヒト霊長類）オルソログの両方に特異的に結合することができる。例えば、一実施態様では、抗体はCD117のヒトおよび非ヒト（例えば、マウスまたは非ヒト霊長類）の両方のオルソログに特異的に結合することができる。

ここで用いられる「対象」および「ペイシェント（人間で言うとき患者）」という用語はここに記載されるように特定の疾患または状態について処置を受ける有機体、例えば、ヒトなどのようなものに言及する。例として、ペイシェント、例えば、ヒトペイシェントなどのようなものは外因性造血幹細胞の生着を促進するために造血幹細胞移植療法に先立って処置を受け得る。

ここで用いられるように、「血液から実質的に取り除く」という語句はペイシェントへの治療上薬剤（例えば、抗CD117抗体、その抗原結合性断片、または一の抗CD117 ADCなどのようなもの）の投与後に、ペイシェントから分離された血液サンプルにおいて治療上薬剤の濃度が治療上薬剤を慣習的な手段によって検出することができないようなものであるとき（例として、治療上薬剤の検出のために使用する装置またはアッセイのノイズ閾値を超えて検出可能でないようなもの）の時点のことに言及する。当技術において既知の様々な技術は、抗体、抗原結合性断片、およびADCsを検出するために、例えば、当技術において既知の、またはここに記載のELISAベースの検出アッセイなどのようなものを使用することができる。抗体、または抗体断片を検出するために使用することができる追加のアッセイには、免疫沈降技術およびイムノブロットアッセイ、ほかにもあるが当技術で既知のものを含む。

ここで用いられるように、「幹細胞障害」という語句は対象の標的組織をコンディショニングすること（条件付けること）によって、および/または標的組織における内因性幹細胞集団を切除することによって（例は、対象の骨髄組織から内因性造血幹細胞または前駆細胞集団を切除すること）および/または対象の標的組織に幹細胞を生着または移植することによって処置または治癒し得る任意の疾患、障害、または状態を広範に意味する。例えば、I型糖尿病は造血幹細胞移植によって治癒されることが示されており、およびここに記載の組成物および方法に従ってコンディショニングから利益を得られ得る。ここに記載の組成物および方法を用いて処置することができる追加の障害には、制限されないが、鎌状赤血球貧血、サラセミア、ファンコニー貧血、再生不良性貧血、ウィスコット-アルドリッチ症候群、ADA SCID、HIV/AIDS、異染性白質ジストロフィー多色性白血病、ダイヤモンド-ブラックファン貧血、およびシュワックマン-ダイアモンド症候群が含まれる。ここに記載のペイシェントコンディショニングおよび/または造血幹細胞移植方法を用いて処置され得る追加の疾患は、遺伝性血液疾患（例は、鎌状赤血球貧血）および自己免疫疾患、例えば、硬皮症、多発性硬化症、潰瘍性大腸炎、およびクローン病などのようなものを感染させる（influde）。ここに記載のコンディショニングおよび/または移植方法を用いて処置され得る追加の疾患には、悪性腫瘍、例えば、神経芽腫などのようなもの、または血液学的ガン、例えば、白血病、リンパ腫、および骨髄腫などのようなものが含まれる。例として、ガンは急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、または非ホジキンリンパ腫であり得る。ここに記載のコンディショニングおよび/または移植方法を用いて処置可能な追加の疾患には、骨髄異形成症候群が含まれる。いくらかの実施態様では、対象は代謝性蓄積障害を有するか、またはそれによって別なふうに影響を受けている。例えば、対象は糖原病、ムコ多糖症、ゴーシェ病、ハーラー病、スフィンゴリピド症、異染性白質ジストロフィー、またはここに開示される処置および療法から利益を得られ得る任意の他の疾患もしくは障害からなる群より選ばれる代謝性障害に苦しむか、またはそれによって別なふうに影響を受け得、および制限を伴わずに重症複合免疫不全、ウィスコット-アルドリッチ症候群、高免疫グロブリンM（IgM）症候群、チェディアック-東病、遺伝性リンパ組織球症、大理石骨病、骨形成不全、蓄積症、サラセミアメジャー、鎌状赤血球症、全身性硬化症、全身性エリテマトーデス、多発性硬化症、若年性関節リウマチ、および「非悪性疾患についての骨髄移植」、ASH Education Book（ASH教育ブック）, 1; 319-338(2000)に記載されているそれらの疾患、または障害が含まれ、その開示はそれが造血幹細胞移植療法の管理によって処置され得る病態に関連するものとしてその全体が参照によりここに組み込まれる。

ここで用いられるように、用語「トランスフェクション」は原核生物または真核生物宿主細胞中への外因性DNAの導入について普通に使用する多種多様な技術、例えば、エレクトロポレーション、リポフェクション、リン酸カルシウム-沈殿、DEAE-デキストラントランスフェクションおよびその他同種類のものなどのようなもののいずれかに言及する。

ここで用いられるように、用語「処置する」または「処置」は疾患症状の重症度および/または頻度を低減すること、疾患症状および/または前記症状の根本原因を排除すること、疾患症状および/またはその根本原因の頻度または可能性を低減すること、および疾患によって直接的または間接的に引き起こされる損傷を改善または是正すること、疾患の任意の結果、例えば、延命（prolonged survival）、病的状態の軽減（less morbidity）、および/または代替治療様相（alternative therapeutic modality）の副産物である副作用を軽減することなどのようなものの任意の改善に言及し；当技術において容易に理解されるように、疾患の十分な根絶は好ましいが、とはいえ処置行為についての要件ではない。有益なまたは望ましい臨床結果には、制限されないが、ここに記載のような抗体コンディショニング療法およびその後の造血幹細胞移植療法後のペイシェントにおける外因性造血細胞の生着を促進することが含まれる。追加の有益な結果には、コンディショニング療法およびその後のペイシェントへの外因性造血幹細胞移植片の投与に続き造血幹細胞移植の必要があるペイシェントにおける造血幹細胞の細胞数または相対濃度においての増大が含まれる。ここに記載の療法の有益な結果にはまた、造血系統、例えば、巨核球、栓球、血小板、赤血球、マスト細胞、ミエオブラスト、好塩基球、好中球、好酸球、ミクログリア細胞、顆粒球、単球、破骨細胞、抗原提示細胞、マクロファージ、樹状細胞、ナチュラルキラー細胞、Tリンパ球、またはBリンパ球などのようなものの、1以上の細胞の細胞カウントまたは相対濃度においてのコンディショニング療法およびその後の造血幹細胞移植療法に続いての増加が含まれ得る。追加の有益な結果には、疾患を引き起こす細胞集団、例えば、ガン細胞（例えば、CD117+白血病細胞）または自己免疫細胞（例は、CD117+自己免疫リンパ球、例えば、自己抗原と交差反応するT細胞受容体を発現するCD117+T細胞などのようなもの）の集団などのようなものの量においての減少を含み得る。本開示の方法が障害を防止することに向けられる限り、「防止する」という用語は疾患状態が完全に妨害されることを必要としないことが理解される。むしろ、ここで用いられるように、防止という用語は本開示の化合物の投与が疾患の発症に先立ち起こり得るように、熟練した職人が障害に感受性がある集団を識別する能力に言及する。用語は疾患状態が完全に回避されることを意味するものではない。

ここで用いられるように、「変種」および「派生物」という用語は互換的に使用され、およびここに記載する化合物、ペプチド、タンパク質、または他の物質の自然に発生する、合成の、および半合成の類縁体に言及する。ここに記載する化合物、ペプチド、タンパク質、または他の物質の変種または派生物は元の物質の生物学的活性を保持または改善し得る。

ここで用いられるように、用語「ベクター」は核酸ベクター、例えば、プラスミド、DNAベクター、プラスミド、RNAベクター、ウイルス、または他の適切なレプリコンなどのようなものを含む。ここに記載の発現ベクターはポリヌクレオチド配列、ならびに例えば、タンパク質の発現および/またはこれらのポリヌクレオチド配列の哺乳動物細胞のゲノムへの組込みに用いられる追加の配列要素を含み得る。本開示の抗体および抗体断片の発現について使用することができる一定のベクターには、調節配列、例えば、プロモーターおよびエンハンサー領域などのようなものを含むプラスミドが含まれ、それらは遺伝子転写を指示する。抗体および抗体断片の発現に有用な他のベクターは、これらの遺伝子の翻訳速度を向上させ、または遺伝子の転写から生じるmRNAの安定性もしくは核外輸送を向上させるポリヌクレオチド配列を含む。これらの配列要素は、発現ベクター上で運ばれる遺伝子の効率的な転写を指示するために、例えば、5'および3'非翻訳領域およびポリアデニル化シグナル部位を含み得る。ここに記載の発現ベクターはまた、そのようなベクターを含む細胞を選択するためのマーカーをコードするポリヌクレオチドを含むこともできる。好適なマーカーの例には、抗生物質、例えば、アンピシリン、クロラムフェニコール、カナマイシン、およびノーセオトリシン（nourseothricin）などのようなものに対する耐性をコードする遺伝子が含まれる。

ここで用いられる用語「アシル」は、-C(=O)Rに言及し、式中Rは水素（「アルデヒド」）、アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、またはヘテロシクリルであり、ここに規定するようである。非制限的な例には、ホルミル、アセチル、プロパノイル、ベンゾイル、およびアクリロイルが含まれる。

ここで用いられるように、用語「アルキル」は、例えば、鎖において1から20個までの炭素原子を有する直鎖または分枝鎖のアルキル基に言及する。アルキル基の例には、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、sec-ブチル、tert-ブチル、ペンチル、イソペンチル、tert-ペンチル、ヘキシル、イソヘキシル、およびその他同種類のものなどが含まれる。

ここで用いられるように、用語「アルキレン」は直鎖または分枝鎖の二価のアルキル基を意味する。二価の位置はアルキル鎖内の同じ、または異なる原子上であってもよい。アルキレンの例には、メチレン、エチレン、プロピレン、イソプロピレンなどが含まれる。

ここで用いられるように、用語「ヘテロアルキル」は、例えば、鎖において1から20個までの炭素原子を有する直鎖または分枝鎖アルキル基に言及し、および鎖において1以上のヘテロ原子（例は、酸素、窒素、または硫黄、ほかにもある）がさらに含まれる。

ここで用いられるように、用語「ヘテロアルキレン」は直鎖または分枝鎖の二価のヘテロアルキル基に言及する。二価の位置はヘテロアルキル鎖内の同じ、または異なる原子上であってもよい。二価の位置は1以上のヘテロ原子であってもよい。

ここで用いられるように、用語「アルケニル」は、例えば、鎖において2から20個までの炭素原子を有する直鎖または分枝鎖のアルケニル基に言及する。アルケニル基の例には、ビニル、プロペニル、イソプロペニル、ブテニル、tert-ブチレニル、ヘキセニル、およびその他同種類のものなどが含まれる。

ここで用いられるように、用語「アルケニレン」は直鎖または分枝鎖の二価のアルケニル基に言及する。二価の位置はアルケニル鎖内の同じ、または異なる原子上であり得る。アルケニレンの例には、エテニレン、プロペニレン、イソプロペニレン、ブテニレン、およびその他同種類のものなどが含まれる。

ここで用いられるように、用語「ヘテロアルケニル」は、例えば、鎖において2から20個までの炭素原子を有する直鎖または分枝鎖アルケニル基に言及し、および鎖において1以上のヘテロ原子（例は、酸素、窒素、または硫黄、ほかにもある）がさらに含まれる。

ここで用いられるように、用語「ヘテロアルケニレン」は直鎖または分枝鎖の二価のヘテロアルケニル基に言及する。二価の位置はヘテロアルケニル鎖内の同じ、または異なる原子上であり得る。2価の位置は1以上のヘテロ原子であり得る。

ここで用いられるように、用語「アルキニル」は、例えば、鎖において2から20個までの炭素原子を有する直鎖または分枝鎖のアルキニル基に言及する。アルキニル基の例には、プロパルギル、ブチニル、ペンチニル、ヘキシニル、およびその他同種類のものなどが含まれる。

ここで用いられるように、用語「アルキニレン」は直鎖または分枝鎖の二価のアルキニル基に言及する。二価の位置はアルキニル鎖内の同じ、または異なる原子上であり得る。

ここで用いられるように、用語「ヘテロアルキニル」は、例えば、鎖において2から20個までの炭素原子を有し、および鎖において1以上のヘテロ原子（例は、酸素、窒素、または硫黄、ほかにもある）をさらに含む直鎖または分枝鎖のアルキニル基に言及する。

ここで用いられるように、用語「ヘテロアルキニレン」は直鎖または分枝鎖の2価のヘテロアルキニル基に言及する。二価の位置はヘテロアルキニル鎖内の同じ原子上でも異なる原子上でもよい。二価の位置は1以上のヘテロ原子であってもよい。

ここで用いられるように、用語「シクロアルキル」は、飽和し、および例えば3から12個までの炭素環原子を有する単環式、または縮合、架橋、またはスピロ多環式の環構造のものに言及する。シクロアルキル基の例には、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、シクロオクチル、ビシクロ[3.1.0]ヘキサン、およびその他同種類のものなどが含まれる。

ここで用いられるように、用語「シクロアルキレン」は二価のシクロアルキル基に言及する。二価の位置は環構造内の同じ、または異なる原子上であってもよい。シクロアルキレンの例には、シクロプロピレン、シクロブチレン、シクロペンチレン、シクロヘキシレン、およびその他同種類のものなどが含まれる。

ここで用いられるように、用語「ヘテロシロアルキル（heterocyloalkyl）」は、飽和し、例えば、炭素原子および例は、窒素、酸素、および硫黄、ほかにもあるから選ばれるヘテロ原子から選ばれる環構造あたり3から12までの環原子を有する単環、または縮合、架橋またはスピロ多環式環構造のものに言及する。環構造は、例えば、炭素、窒素、または硫黄の環状メンバー（ring members）上に1以上のオキソ基を含んでもよい。ヘテロシクロアルキルの例には、例を経由して、および制限されないが、ジヒドロピリジル（dihydroypyridyl）、テトラヒドロピリジル（ピペリジル）、テトラヒドロチオフェニル、ピペリジニル、4-ピペリドニル、ピロリジニル、2-ピロリドニル．テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、ビステトラヒドロピラニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、デカヒドロキノリニル、オクタヒドロイソキノリニル、ピペラジニル、キヌクリジニル、およびモルホリニルが含まれる。

ここで用いられるように、用語「ヘテロシクロアルキレン」は二価のヘテロシクロアルキル基に言及する。二価の位置は環構造内の同じ、または異なる原子上であってもよい。

ここで用いられるように、用語「アリール」は、例えば、6から19個までの炭素原子を含む単環式または多環式の芳香環系のものに言及する。アリール基には、制限されないが、フェニル、フルオレニル、ナフチル、およびその他同種類のものなどが含まれる。2価の位置は1以上のヘテロ原子であってもよい。

ここで用いられるように、用語「アリーレン」は2価のアリール基に言及する。二価の位置は同じ、または異なる原子上であってもよい。

ここで用いられるように、用語「ヘテロアリール」は単環式複素芳香族、または1以上の環原子がヘテロ原子、例は、窒素、酸素、または硫黄である二環式もしくは三環式縮合環式複素芳香族基に言及する。ヘテロアリール基には、ピリジル、ピロリル、フリル、チエニル、イミダゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、ピラゾリル、1,2,3-トリアゾリル、1,2,4-トリアゾリル、1,2,3-オキサジアゾリル、1,2,4-オキサジア-ゾリル、1,2,5-オキサジアゾリル、1,3,4-オキサジアゾリル、1,3,4-トリアジニル、1,2,3-トリアジニル、ベンゾフリル、[2,3-ジヒドロ]ベンゾフリル、イソベンゾフリル、ベンゾチエニル、ベンゾトリアゾリル、イソベンゾチエニル、インドリル、イソインドリル、3H-インドリル、ベンズイミダゾリル、イミダゾ[1,2-a]ピリジル、ベンゾチアゾリル、ベンゾオキサゾリル、キノリジニル、キナゾリニル、フタラジニル（pthalazinyl、プタラジニル）、キノキサリニル（quinoxalinyl）、シノリニル、ナフチリジニル（napthyridinyl、ナプチリジニル）、ピリド[3,4-b]ピリジル、ピリド[3.2-b]ピリジル、ピリド[4,3-b]ピリジル、キノリル、イソキノリル、テトラゾリル、5,6,7,8-テトラヒドロキノリル、5,6,7,8-テトラヒドロイソキノリル、プリニル、プテリジニル、カルバゾリル、キサンテニル（xanthenyl、キサンセニル）、ベンゾキノリル、およびその他同種類のものなどが含まれる。

ここで用いられるように、用語「ヘテロアリーレン」は二価のヘテロアリール基に言及する。二価の位置は同じ、または異なる原子上にあってもよい。二価の位置は1以上のヘテロ原子であってもよい。

個々の置換基の規定によって別なふうに制約されない限り、前述の化学的モイエティ、例えば、「アルキル」、「アルキレン」、「ヘテロアルキル」、「ヘテロアルキレン」、「アルケニル」、「アルケニレン」、「ヘテロアルケニル」、「ヘテロアルケニレン」、「アルキニル」、「アルキニレン」、「ヘテロアルキニル」、「ヘテロアルキニレン」、「シクロアルキル」、「シクロアルキレン」、「ヘテロシクロアルキル」、ヘテロシクロアルキレン」、「アリール」、「アリレン（arylene）」、「ヘテロアリール」、および「ヘテロアリレン」基などのようなものは、例えば、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アルキルアリール、アルキルヘテロアリール、アルキルシクロアルキル、アルキルヘテロシクロアルキル、アミノ、アンモニウム、アシル、アシルオキシ、アシルアミノ、アミノカルボニル、アルコキシカルボニル、ウレイド、カルバマート、アリール、ヘテロアリール、サルフィニル、スルホニル、アルコキシ、サルファニル、ハロゲン、カルボキシ、トリハロメチル、シアノ、ヒドロキシ、メルカプト、ニトロ、およびその他同種類のものなどからなる群より選ばれる1から5個までの置換基により随意に置換されることができる。典型的な置換基には、制限されないが、-X、-R、-OH、-OR、-SH、-SR、NH₂、-NHR、-N(R)₂、-N⁺(R)₃、-CX₃、-CN。-OCN、-SCN、-NCO、-NCS、-NO、-NO₂、-N₃、-NC(=O)H、-NC(=O)R、-C(=O)H、-C(=O)R、-C(=O)NH₂、-C(=O)N(R)₂、-SO₃-、-SO₃H、-S(=O)₂R、-OS(=O)₂OR、-S(=O)₂NH₂、-S(=O)₂N(R)₂、-S(=O)R、-OP(=O)(OH)₂、-OP(=O)(OR)₂、-P(=O)(OR)₂、-PO₃、-PO₃H₂、-C(=O)X、-C(=S)R、-CO₂H、-CO₂R、-CO₂-、-C(=S)OR、-C(=O)SR、-C(=S)SR、-C(=O)NH₂、-C(=O)N(R)₂、-C(=S)NH₂、-C(=S)N(R)₂、-C(=NH)NH₂、および-C(=NR)N(R)₂が含まれ；式中、各XはF、Cl、Br、およびIから各場面について無関係に選ばれ；および各Rはアルキル、アリール、ヘテロシクロアルキルまたはヘテロアリール、保護基およびプロドラッグモイエティから各場面について無関係に選ばれる。基が「随意に置換されている」と記載されているどのような場合でも、その基は各場面について無関係に1以上の上記の置換基により置換され得る。置換には、例えば、隣接する置換基が近接する官能性置換基の閉環などのようなものを経て、例として、例えば、保護基を与えるために閉環によって形成されるラクタム、ラクトン、環状無水物、アセタール、ヘミアセタール、チオアセタール、アミナール、およびヘミアミナールなどのようなものを形成するために閉環を受けた状況も含み得る。

一定のラジカルの命名規則は文脈に応じてモノラジカルまたはジラジカルのいずれかを含むことができることを理解されるべきである。例えば、置換基が分子の残余への2つの付着点を必要とする場合、置換基はジラジカルであると理解される。例えば、アルキルとして識別される置換基で、2点の付着が必要なものには、ジラジカル、例えば、-CH₂-、-CH₂CH₂-、-CH₂CH(CH₃)CH₂-、およびその他同種類のものなどのようなものが含まれる。他のラジカル命名規則はラジカルがジラジカル、例えば、「アルキレン」、「アルケニレン」、「アリーレン」、「ヘテロシクロアルキレン」、およびその他同種類のものなどのようなものであることを明確に指し示す。

置換基がジラジカルとして描かれているどのような場合でも（即ち、分子の残余に対して2つの付着点を有する）、別なふうに指し示されない限り、置換基は任意の方向の配置において付着することができると理解されるべきである。

「異性」は分子式が同じであるが、それらの原子の結合の順序においてまたは空間におけるそれらの原子の配置において異なる化合物を意味する。それらの原子の空間における配置において異なる異性体は「立体異性体」と呼ぶ。互いに鏡像でない立体異性体を「ジアステレオ異性体」、およびお互いの非鏡像である立体異性体を「エナンチオマー」、または時には「光学異性体」と呼ぶ。

4つの非同一置換基に結合した炭素原子は「キラル中心」と称される。「キラル異性体」は少なくとも1つのキラル中心を有する化合物を意味する。1よりも多くのキラル中心を有する化合物は、個々のジアステレオマーとして、または「ジアステレオマー混合物」と呼ばれるジアステレオマーの混合物としてのいずれかで存在し得る。1つのキラル中心が存在するとき、立体異性体はそのキラル中心の絶対配置（RまたはS）によって特徴付けられ得る。絶対配置はキラル中心に付着している置換基の空間における配置に言及する。考慮中のキラル中心に付着する置換基はCahn（カーン）、Ingold（インゴールド）およびPrelog（プレローグ）のシーケンス・ルール（Sequence Rule）に従ってランク付けされる（Cahn ら, Angew. Chem. Inter. Edit.（アンゲヴァンテ・ケミー・インターナショナル・エディション）1966, 5, 385; errata（正誤表）511; CahnらAngew. Chem. 1966, 78, 413; CahnおよびIngold, J. Chem. Soc.（ジャーナル・オブ・ザ・ケミカル・ソサエティ）1951 (London（ロンドン）), 612; Cahnら, Experientia（エクスペリエンティア）1956, 12, 81; Cahn, J. Chem. Educ.（ジャーナル・オブ・ケミカル・エデュケーション）1964, 41, 116）。反対のキラリティーの個々のエナンチオマー形態（enantiomeric forms、鏡像異性体形態などとも言う）を等量含む混合物は「ラセミ混合物」と呼ばれる。

この明細においておよび請求の範囲において開示する化合物は、1以上の非対称中心を含んでいてもよく、および各々の化合物の異なるジアステレオマーおよび/またはエナンチオマーが存在してもよい。この明細におけるおよび請求の範囲における任意の化合物の記述は、別なふうに述べない限り、すべてのエナンチオマー、ジアステレオマー、およびそれらの混合物を含むことを意味する。追加的に、この明細におけるおよび請求の範囲における任意の化合物の記載は、別なふうに述べない限り、個々のエナンチオマー、およびエナンチオマーのラセミまたは別なふうに任意の混合物の両方を含むことを意図する。化合物の構造が特定のエナンチオマーとして描かれているとき、本出願の開示はその特定のエナンチオマーに制限されないと理解される。したがって、本開示の各々の構造式のエナンチオマー、光学異性体、およびジアステレオマーがここにおいて企図される。本明細において、化合物の構造式はいくらかの場合において便宜上一定の異性体を代表するが、本開示はすべての異性体、例えば、幾何異性体、非対称炭素に基づく光学異性体、立体異性体、互変異性体、およびその他同種類のものなどのようなものを含み、すべての異性体が同じレベルの活性を有するとは限らないことが理解される。化合物は異なる互変異性形態で発生してもよい。本開示による化合物は別なふうに述べない限り、すべての互変異性体を含むことを意味する。化合物の構造が特定の互変異性体として描かれるとき、本出願の開示はその特定の互変異性体に制限されないことが理解される。

ここに記載する任意の式の化合物は、化合物それら自体、ならびにそれらの塩、および該当する場合にはそれらの溶媒和物を含む。塩は、例えば、アニオンおよび本開示の化合物上の正に帯電した基（例は、アミノ）間で形成することができる。適切なアニオンには、塩化物、臭化物、ヨウ化物、硫酸塩、重硫酸塩、スルファミン酸塩、硝酸塩、リン酸塩、クエン酸塩、メタンスルホン酸塩、トリフルオロ酢酸塩、グルタミン酸塩、グルクロン酸塩、グルタル酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、こはく酸塩、フマル酸塩、酒石酸塩、トシラート（トルエンスルホン酸塩）、サリチル酸塩、乳酸塩、ナフタレンスルホン酸塩、および酢酸塩（例は、トリフルオロ酢酸塩）が含まれる。用語「調剤上許容可能なアニオン」は調剤上許容可能な塩を形成するのに適したアニオンに言及する。同様に、塩はまた、カチオンおよび本開示の化合物上の負に帯電した基（例は、カルボン酸塩）間でも形成することができる。好適なカチオンには、ナトリウムイオン、カリウムイオン、マグネシウムイオン、カルシウムイオン、およびアンモニウムカチオン、例えば、テトラメチルアンモニウムイオンなどのようなものが含まれる。いくつかの好適な置換アンモニウムイオンの例は、以下：エチルアミン、ジエチルアミン、ジシクロヘキシルアミン、トリエチルアミン、ブチルアミン、エチレンジアミン、エタノールアミン、ジエタノールアミン、ピペラジン、ベンジルアミン、フェニルベンジルアミン、コリン、メグルミン、およびトロメタミン、ならびにアミノ酸、例えば、リジンおよびアルギニンなどのようなものから誘導されるものである。また、本開示の化合物には、4級窒素原子を含むそれらの塩も含まれる。

好適な無機アニオンの例には、制限されないが、以下の無機酸：塩酸、臭化水素酸、ヨウ化水素酸、硫酸、亜硫酸、硝酸、亜硝酸、リン酸、および亜リン酸から導き出されるものが含まれる。適切な有機アニオンの例には、制限されないが、以下の有機酸：2-アセチオキシ安息香酸、酢酸、アスコルビン酸、アスパラギン酸、安息香酸、カンファースルホン酸、桂皮酸、クエン酸、エデト酸、エタンジスルホン酸、エタンスルホン酸、フマル酸、グルコヘプトン酸、グルコン酸（gluconic）、グルタミン酸、グリコール酸、ヒドロキシマレイン酸、ヒドロキシナフタレンカルボン酸、イセチオン酸、乳酸、ラクトビオン酸、ラウリン酸、マレイン酸、リンゴ酸、メタンスルホン酸、ムチン酸、オレイン酸、シュウ酸、パルミチン酸、パモ酸、パントテン酸、フェニル酢酸、フェニルスルホン酸、プロピオン酸、ピルビン酸、サリチル酸、ステアリン酸、こはく酸、スルファニル酸、酒石酸、トルエンスルホン酸、および吉草酸から誘導されるものが含まれる。適切な高分子有機アニオンの例には、制限されないが、以下の高分子酸：タンニン酸、カルボキシメチルセルロースから導き出されるものが含まれる。

追加的に、本開示の化合物、例えば、その化合物の塩は、水和物または無水和物（無水物）のいずれかの形態において、または他の溶媒分子との溶媒和物として存在することができる。水和物の非制限的な例には、一水和物、二水和物、などが含まれる。溶媒和物の非制限的な例には、エタノール溶媒和物、アセトン溶媒和物、などが含まれる。「溶媒和物」は化学量論的または非化学量論的のいずれかとしての量の溶媒を含む溶媒付加形態を意味する。いくらかの化合物は結晶性固形状態において溶媒分子を一定のモル比で捕捉し、それゆえ溶媒和物が形成される傾向がある。溶媒が水の場合、形成される溶媒和物は水和物であり；および溶媒がアルコールの場合、形成される溶媒和物はアルコラート（アルコール和物）である。水和物は1分子以上の水および1分子の物質の組合せによって形成され、そこでは水はH2Oとしてのその分子状態を保持する。水和物は、例えば、一水和物、二水和物、三水和物、などに言及する。

加えて、結晶多形は、ここに開示された式によって表される化合物またはその塩について存在し得る。任意の結晶形態、結晶形態混合物、またはその無水物もしくは水和物は本開示の範囲において含まれることに注目される。
抗CD117抗体

本開示は、治療目的に有用な新規な抗CD117抗体およびその抗原結合性部分（antigen binding portions）の発見に部分的に基づく。本開示はまた、CD117、例えば、GNNK＋CD117などのようなものを結合することが可能な抗体またはその抗原結合性断片が、（i）CD117＋細胞によって特徴付けられるガン（例えば、急性骨髄性白血病または骨髄異形成症候群などのようなもの）および自己免疫疾患を処置し、および（ii）移植治療を必要としているペイシェントにおける移植造血幹細胞の生着促進するために単独で治療剤としてまたはADCsとして使用できることを発見したことに部分的に基づく。これらの治療活性は例として、細胞、例えば、ガン細胞、自己免疫細胞、または造血幹細胞などのようなものの表面に発現するCD117（例は、GNNK+CD117）に対して抗CD117抗体またはその抗原結合性断片（antigen-binding fragments）が結合し、およびその後に細胞死が誘導されることによって引き起こすことができる。内因性造血幹細胞が枯渇することで、移植された造血幹細胞が帰巣することができるニッチを提供し、およびその後に生産的な造血を確立することができる。このようにして、移植された造血幹細胞はここに記載の幹細胞不調を患うペイシェント、例えば、ヒトペイシェントなどのようなものにおいて首尾よく生着し得る。

ヒトCD117（またc-Kit、mRNA NCBI Reference Sequence（参照配列）：NM_000222.2、タンパク質NCBI参照配列：NP_000213.1とも称される）を結合することが可能な抗体および抗原結合性断片はGNNK+CD117に結合することが可能なものを含め、造血幹細胞移植療法のためにペイシェントをコンディショニングするために、ここに記載の組成物および方法と組み合わせて使用することができる。母集団のかなりの割合においてCD117のコード領域または細胞外ドメインに影響を及ぼす多型は、非オンコロジー適応（non-oncology indications）において目下よく知られてはいない。CD117には少なくとも4つのアイソフォームが識別されており、腫瘍細胞において発現する追加のアイソフォームが存在する可能性も有する。CD117アイソフォームのうち2つはタンパク質の細胞内ドメイン上に位置され、および2つは外部膜近傍領域（external juxtamembrane region）に存在する。細胞外の2つのアイソフォーム、GNNK+およびGNNK-は、4つのアミノ酸配列の存在（GNNK+）または不存在（GNNK-）の違いで異なる。これらのアイソフォームはリガンド（SCF）に対する親和性は同じであるが、GNNK-アイソフォームにリガンドが結合すると、インターナリゼーションおよび分解が促進されることが報告されている。このアイソフォームに対して生成された抗体はGNNK+およびGNNK-タンパク質を包含することになるので、CD117と結合可能な抗体を生成するために、GNNK+アイソフォームを免疫原として使用することができる。

いくつかの実施態様では、抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1のアミノ酸残基内に位置するエピトープにてヒトCD117と結合する。配列番号1はヒトCD117抗原に対応し、および以下のアミノ酸配列を有する：
QPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKGNNKEQIHPHTHHHHHH (配列番号1).

PCT/US2018/057172（その開示内容はその全体が参照によりここに組み込まれる）に記載されているように、治療用途を有する新規な抗CD117抗体、およびその断片を識別するためにヒト抗体の酵母ライブラリスクリーニングが実行された。ほかにもあるが抗体67（Ab67）はこのスクリーンにおいて識別された。

Ab67の重鎖可変領域（VH）アミノ酸配列は配列番号2として以下に提供する。Ab67のVH CDRアミノ酸配列は下に下線を引き、および次のようである：FTFSDADMD（VH CDR1；配列番号3）；RTRNKAGSYTTEYAASVKG（VH CDR2；配列番号4）；およびAREPKYWIDFDL（VH CDR3；配列番号5）。

Ab67 VH配列

Ab67の軽鎖可変領域（VL）アミノ酸配列は配列番号6として以下に提供する。Ab67のVL CDRアミノ酸配列は下に下線を引き、および次のようである：
RASQSISSYLN (VL CDR1; 配列番号7)；AASSLQS (VL CDR2; 配列番号8)；およびQQSYIAPYT (VL CDR3; 配列番号9)。

Ab67 VL配列

ここに記載される抗CD117抗体のうちのあるものは、CD117発現細胞上のCD117活性を実質抑制しない点で、中性抗体である。中性抗体は、例えば、インビトロ幹細胞因子（SCF）依存性細胞増殖アッセイ（例は、ここに記載の例1参照）を用いて識別することができる。SCF依存性細胞増殖アッセイでは、中性CD117抗体は、CD117活性を抑制するようにSCFがCD117に結合することをブロックしないので、分裂するためにSCFに依存しているCD34+細胞を殺さないであろう。

中性抗体は、ヒトCD117に特異的に結合する能力を有することから、診断目的に使用することができるが、細胞毒素、例えば、ここに記載されるなどのようなものにコンジュゲートさせるとき、CD117発現細胞を殺傷するためにも有効である。典型的に、コンジュゲートに用いられる抗体は、その抗体に特有のアゴニスト活性またはアンタゴニスト活性を有する。しかしながら、ここに記載されるのは、コンジュゲートに対し、特にコンジュゲートが幹細胞移植にコンディショニング剤（conditioning agent）として使用されている状況において、特有なアプローチである。アンタゴニスト抗体単独またはコンジュゲートとしての細胞毒素との組合せは、細胞毒素に加えて抗体単独の殺傷能力を考えると効果的であることができる一方で、中性抗CD117抗体を含むコンジュゲートによるコンディショニングは、抗体の活性が細胞毒素の効果に対して二次的であるが、抗体のインターナリゼーションおよび親和特性、例は、解離速度が細胞毒素の有効なデリバリーに重要である代替戦略を示す。

そのようにして、一定の実施態様において、抗CD117抗体には、配列番号3、4、および5に記載のCDRセット（CDR1、CDR2、およびCDR3）を含む重鎖、ならびに配列番号7、8、および9に記載のCDRセットを含む軽鎖が含まれ、およびCD117を発現している細胞においてインターナリゼーションする。

ここに記載の抗CD117抗体は、全長抗体、二重特異性抗体、二重可変ドメイン抗体、多鎖または単鎖抗体、および/またはヒトCD117と特異的に結合する結合性断片の態様であることかでき、制限されないが、Fab、Fab'、(Fab')2、Fv）、scFv（単鎖Fv）、サルボディ（surrobodies）（代替軽鎖（surrogate light chain）構築物を含む）、単一ドメイン抗体、キャメル化抗体（camelized antibodies）およびその他同種類のものなどが含まれる。また、それらは任意のアイソタイプであったり、またはそれから誘導されたりすることができ、例えば、IgA（例は、IgA1またはIgA2）、IgD、IgE、IgG（例は、IgG1、IgG2、IgG3またはIgG4）、またはIgMが含まれる。いくらかの実施態様では、抗CD117抗体は、IgG（例は、IgG1、IgG2、IgG3またはIgG4）である。

ここに記載の方法と組み合わせて使用するための抗体には、上記のそれらの抗体の変種、例えば、Fcドメインを含む、または欠く抗体断片、並びにここに記載の非ヒト抗体のヒト化変種、およびここに記載の抗体、または抗体断片のCDRsまたはその等価領域の一以上、またはすべてを含む抗体様タンパク質スキャフォールド（例は、10Fn3ドメイン）などのようなものが含まれる。前述の抗体の模範的な抗原結合性断片には、二重可変免疫グロブリンドメイン、単鎖Fv分子（scFv）、ダイアボディ、トリアボディ、ナノボディ、抗体様タンパク質スキャフォールド、Fv断片、Fab断片、F(ab')2分子、およびタンデムジscFvが、ほかにもあるが、含まれる。

一実施態様では、一以上の放射性標識アミノ酸を含む抗CD117抗体を提供する。放射性標識された抗CD117抗体は、診断および治療の両方の目的で使用され得る（放射性標識分子へのコンジュゲーションもまた別の可能な特長である）。ポリペプチドのための標識の非制限的な例には、限られないが、3H、14C、15N、35S、90Y、99Tc、および125I、131I、および186Reが含まれる。放射性標識アミノ酸および関連ペプチド誘導体を調製する方法は、当技術において知られる（例として、Junghans（ユンハンス）ら、Cancer Chemotherapy and Biotherapy（癌化学療法および生物療法）655-686 (2d edition, Chafner（シャフナー）およびLongo（ロンゴ）, eds.（編）, Lippincott Raven（リッピンコット・レーヴン）(1996))およびU.S. Pat. No. 4,681,581、U.S. Pat. No. 4,735,210、U.S. Pat. No. 5,101,827、U.S. Pat. No. 5,102,990 (U.S. RE35,500)、U.S. Pat. No. 5,648,471およびU.S. Pat. No. 5,697,902参照。例えば、クロラミンT法によって放射性同位元素を共役させ得る。

ここに記載の抗CD117抗体または結合性断片は、当技術で知られているように、抗体および/または断片の特性を変動させるもの、例えば、半減期を増加させ、ADCC、等を増加または減少させるものなどのようなものの修飾および/または変形も含み得る。

一実施態様では、抗CD117抗体、またはその結合性断片は、変種（または修飾）Fc領域を含み、そこで前記変種Fc領域は前記分子がFcガンマRに対する変動した親和性を有するように、野生型Fc領域と比較して少なくとも一のアミノ酸修飾を含む。Fc領域内の一定のアミノ酸位置はFcγRと直接接触することが結晶学的研究によって知られている。具体的には、アミノ酸234-239（ヒンジ領域）、アミノ酸265-269（B/Cループ）、アミノ酸297-299（C'/Eループ）、およびアミノ酸327-332（F/G）ループである。(Sondermann（ゾンダーマン）ら, 2000 Nature, 406：267-273を参照）。例えば、Fc領域のアミノ酸位置234および235におけるアミノ酸置換は、Fc受容体、特にFcガンマ受容体（FcγR）に結合するためのIgG抗体の親和性を低下させるものとして識別された。一実施態様では、ここに記載の抗CD117抗体はL234および/またはL235、例は、L234AおよびL235A（EUインデックス）におけるアミノ酸置換が含まれるFc領域を含む。いくらかの実施態様では、ここに記載の抗CD117抗体は構造および結晶学的解析に基づいてFcγRと直接接触する少なくとも1つの残基の修飾が含まれる変種Fc領域を含み得る。一実施態様では、抗CD117抗体（またはそのFc含有断片）のFc領域は。参照によりここに明示的に組み込まれる、Kabatら、Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed.（第5版）Public Health Service（公衆衛生局）, NH1, MD (1991)、におけるようなEUインデックスに従ってアミノ酸265でのアミノ酸置換を含む。「KabatにおけるEUインデックス」または「EUインデックス」はヒトIgG1 EU抗体のナンバリングに言及し、および別なふうに指し示さない限りFcアミノ酸位置に関してここで用いられる。

一実施態様では、Fc領域はD265A変異を含む。一実施態様では、Fc領域はD265C変異を含む。

いくらかの実施態様では、抗CD117抗体（またはその断片）のFc領域はKabatのようなEUインデックスに従ってアミノ酸234にてアミノ酸置換を含む。一実施態様では、Fc領域はL234A変異を含む。いくらかの実施態様では、抗CD117抗体（またはその断片）のFc領域はKabatにおけるようなEUインデックスに従ってアミノ酸235にてアミノ酸置換を含む。一実施態様では、Fc領域はL235A変異を含む。さらに別の実施態様では、Fc領域はL234AおよびL235A変異を含む。さらなる実施態様では、Fc領域はD265C、L234A、およびL235A変異を含む。

いくらかの実施態様では、抗CD117抗体（またはその断片）のFc領域はKabatのようなEUインデックスに従ってアミノ酸239におけるアミノ酸置換を含む。一実施態様では、Fc領域はS239C変異を含む。

一実施態様では、Fc領域はD265、V205、H435、I253、および/またはH310のアミノ酸位置での変異を含む。例えば、これらの位置における特定の変異はD265C、V205C、H435A、I253A、および/またはH310Aを含む。

一実施態様では、Fc領域はL234A変異を含む。ある実施態様では、抗CD117抗体（またはその断片）のFc領域はKabatのようなEUインデックスに従ってアミノ酸235にてアミノ酸置換を含む。一実施態様では、Fc領域はL235A変異を含む。さらに別の実施態様では、Fc領域はL234AおよびL235A変異を含む。さらなる実施態様では、Fc領域はD265C、L234A、およびL235A変異を含む。さらにさらなる実施態様では、Fc領域はD265C、L234A、L235A、およびH435A変異を含む。さらなる実施態様では、Fc領域はD265CおよびH435A変異を含む。

さらに別の実施態様では、Fc領域はL234AおよびL235A変異（ここでは「L234A.L235A」としてまたは「LALA」とも称される）を含む。別の実施態様では、Fc領域はL234AおよびL235A変異を含み、そこでFc領域はP329G変異を含んでいない。さらなる実施態様では、Fc領域はD265C、L234A、およびL235A変異（ここでは「D265C.L234A.L235A」とも称される）を含む。別の実施態様では、Fc領域はD265C、L234A、およびL235A変異を含み、そこでFc領域はP329G変異を含まない。さらに別の実施態様では、Fc領域はD265C、L234A、L235A、およびH435A変異（ここでは「D265C.L234A.L235A.H435A」とも称する）を含む。別の実施態様では、Fc領域はD265C、L234A、L235A、およびH435A変異を含み、そこでFc領域はP329G変異を含まない。さらなる実施態様では、Fc領域はD265CおよびH435A変異（ここでは「D265C.H435A」とも呼ばれる）を含む。さらに別の実施態様では、Fc領域はD265A、S239C、L234A、およびL235A変異（ここでは「D265A.S239C.L234A.L235A」とも称する）を含む。さらに別の実施態様では、Fc領域はD265A、S239C、L234A、およびL235A変異を含み、そこでFc領域はP329G変異を含まない。別の実施態様では、Fc領域はD265C、N297G、およびH435A変異（ここでは「D265C.N297G.H435A」とも呼ばれる）を含む。別の実施態様では、Fc領域はD265C、N297Q、およびH435A変異（ここでは「D265C.N297Q.H435A」とも呼ばれる）を含む。別の実施態様では、Fc領域はE233P、L234V、L235AおよびdelG236（236の欠失）変異（ここでは、「E233P.L234V.L235A.delG236」としてまたは「EPLVLAdelG」としても言及される）を含む。別の実施態様では、Fc領域はE233P、L234V、L235AおよびdelG236（236の欠失）変異を含み、そこでFc領域はP329G変異を含まない。別の実施態様では、Fc領域はE233P、L234V、L235A、delG236（236の欠失）およびH435A変異（ここでは「E233P.L234V.L235A.delG236.H435A」としてまたは「EPLVLAdelG.H435A」としても言及する）を含む。別の実施態様では、Fc領域はE233P、L234V、L235A、delG236（236の欠失）およびH435A変異を含み、そこでFc領域はP329G変異を含まない。別の実施態様では、Fc領域はL234A、L235A、S239CおよびD265A変異を含む。別の実施態様では、Fc領域はL234A、L235A、S239CおよびD265A変異を含み、そこでFc領域はP329G変異を含まない。別の実施態様では、Fc領域はH435A、L234A、L235A、およびD265C変異を含む。別の実施態様では、Fc領域はH435A、L234A、L235A、およびD265C変異を含み、そこでFc領域はP329G変異を含まない。

いくらかの実施態様において、抗体は修飾Fc領域を有し、抗CD117抗体はFc受容体（Fc R）への結合での減少により、FcRへの非修飾Fc領域を含む同一の抗体の結合と比較して、インビトロのエフェクター機能アッセイにおいてエフェクター機能を低下させるようなものである。いくらかの実施態様では、抗体は修飾Fc領域を有し、抗CD117抗体はFcγ受容体（FcγR）への結合での減少により、FcγRへの非修飾Fc領域を含む同一の抗体の結合と比較して、インビトロのエフェクター機能アッセイにおいてエフェクター機能を低下させるようなものである。いくらかの実施態様では、FcγRはFcγR1である。いくつかの実施態様では、FcγRはFcγR2Aである。いくつかの実施態様では、FcγRはFcγR2Bである。他の実施態様では、FcγRはFcγR2Cである。いくつかの実施態様では、FcγRはFcγR3Aである。いくつかの実施態様では、FcγRはFcγR3Bである。他の実施態様では、結合での減少は、非修飾Fc領域を含む同一の抗体のFcγRへの結合と比較して、FcγRへの抗体結合での少なくとも70％の減少、少なくとも80％の減少、少なくとも90％の減少、少なくとも95％の減少、少なくとも98％の減少、少なくとも99％の減少、または100％の減少である。他の実施態様では、結合での減少は、未修飾のFc領域を含む同一の抗体のFcγRへの結合と比較して、FcγRへの抗体結合での少なくとも70％より100％までの減少、少なくとも80％より100％までの減少、少なくとも90％より100％までの減少、少なくとも95％より100％までの減少、または少なくとも98％より100％までの減少である。

いくらかの実施態様において、抗CD117抗体は修飾Fc領域を有し、抗体はインビトロサイトカイン放出アッセイにおいて、非修飾Fc領域を含む同一の抗体のサイトカイン放出に対して少なくとも50％のサイトカイン放出での減少を伴ってサイトカイン放出を減少させるようなものである。いくらかの実施態様では、サイトカイン放出での減少は非修飾Fc領域を含む同一の抗体のサイトカイン放出に対してサイトカイン放出において少なくとも70％の減少、少なくとも80％の減少、少なくとも90％の減少、少なくとも95％の減少、少なくとも98％の減少、少なくとも99％の減少、または100％の減少である。いくらかの実施態様では、サイトカイン放出での減少は非修飾のFc領域を含む同一の抗体のサイトカイン放出に対してサイトカイン放出において少なくとも70％より100％までの減少、少なくとも80％より100％までの減少、少なくとも90％より100％までの減少、少なくとも95％より100％までの減少である。一定の実施態様において、サイトカイン放出は免疫細胞によるものである。

いくらかの実施態様では、抗CD117抗体は、抗体がインビトロのマスト細胞脱顆粒アッセイにおいて、非修飾Fc領域を含む同一の抗体のマスト細胞脱顆粒に対して少なくとも50％のマスト細胞脱顆粒での減少を伴いマスト細胞脱顆粒を減少させるように修飾Fc領域を有する。いくらかの実施態様では、マスト細胞脱顆粒での減少は、非修飾Fc領域を含む同一の抗体のマスト細胞脱顆粒に対して少なくとも70％の減少、少なくとも80％の減少、少なくとも90％の減少、少なくとも95％の減少、少なくとも98％の減少、少なくとも99％の減少、または100％の減少である。いくらかの実施態様では、マスト細胞脱顆粒での減少は、非修飾Fc領域を含む同一の抗体のマスト細胞脱顆粒に対する少なくとも70％より100％までの減少、少なくとも80％より100％までの減少、少なくとも90％より100％までの減少、または少なくとも95％より100％までの減少である。

いくらかの実施態様では、抗CD117抗体は、抗体がインビトロの抗体依存性細胞貪食アッセイにおいて抗体依存性細胞貪食（ADCP）を非修飾Fc領域が含まれる同一の抗体のADCPに対して少なくとも50％のADCPでの減少と共に減少または防止するように修飾Fc領域を有する。いくらかの実施態様では、ADCPでの減少は、非修飾Fc領域を含む同一の抗体のサイトカイン放出に対して少なくとも70％の減少、少なくとも80％の減少、少なくとも90％の減少、少なくとも95％の減少、少なくとも98％の減少、少なくとも99％の減少、または100％の減少である。

いくらかの実施態様では、ここに記載のように、抗CD117抗体は以下の修飾または修飾の組合せ：D265A、D265C、D265C/H435A、D265C/LALA、D265C/LALA/H435A、D265A/S239C/L234A/L235A/H435A、D265A/S239C/L234A/L235A、D265C/N297G、D265C/N297G/H435A、D265C (EPLVLAdelG*)、D265C (EPLVLAdelG)/H435A、D265C/N297Q/H435A、D265C/N297Q、EPLVLAdelG/H435A、EPLVLAdelG/D265C、EPLVLAdelG/D265A、N297A、N297G、またはN297Qのうちの1つが含まれるFc領域を含む。いくらかの実施態様では、ここでの抗CD117抗体は、以下の修飾または修飾の組合せ：D265A、D265C、D265C/H435A、D265C/LALA、D265C/LALA/H435A、D265C/N297G、D265C/N297G/H435A、D265C (IgG2*)、D265C (IgG2)/H435A、D265C/N297Q/H435A、D265C/N297Q、EPLVLAdelG/H435A、N297A、N297G、またはN297Qの1つが含まれるFc領域を含む。

修飾Fc領域およびFcガンマレセプター間の結合または親和性は当技術において既知の様々な技術、例えば、制限されないが、平衡法（例は、酵素結合免疫吸着検定法（ELISA）；KinExA, Rathanaswamiら Analytical Biochemistry, Vol. 373: 52-60, 2008；または放射免疫検定（RIA））を用いて、または表面プラズモン共鳴アッセイまたは他の動力学に基づくアッセイ（例は、BIACORE.RTM.分析またはOctetTM分析（forteBIO））の機構、および他の方法、例えば、間接結合アッセイ、競争結合アッセイ蛍光共鳴エネルギー移動（FRET）、ゲル電気泳動法およびクロマトグラフィー（例は、ゲルろ過）などのようなものによって決定することができる。これらおよび他の方法は検査している成分の一以上でのラベルを利用し、および/または多様な検出方法、制限されないが、発色性、蛍光、発光、または同位体標識を含むものを採用し得る。結合親和性および動力学についての詳細な記述はPaul, W. E., ed., Fundamental Immunology, 4th Ed., Lippincott-Raven, Philadelphia (1999)において見出すことができ、それは抗体-免疫原相互作用に焦点を当てる。競合結合アッセイの一例は増大する量の非標識抗原の存在下での標識抗原と興味がある抗体とのインキュベーションおよび標識抗原に結合した抗体の検出を含むラジオイムノアッセイである。特定の抗原についての興味がある抗体の親和性および結合オフレートはスキャッチャードプロット分析によってデータから決定することができる。また、第二の抗体との競合はラジオイムノアッセイを用いて定めることもできる。この場合、抗原は非標識第二抗体の増加量の存在下に標識化合物にコンジュゲーションされた興味がある抗体と共にインキュベートされる。

一実施態様では、ここに記載するFc修飾を有する抗体（例は、D265C、L234A、L235A、および/またはH435A）は非修飾Fc領域を含む同一の抗体のFcガンマ受容体への結合と比較してFcガンマ受容体への結合における少なくとも70％の減少、少なくとも80％の減少、少なくとも90％の減少、少なくとも95％の減少、少なくとも98％の減少、少なくとも99％の減少、または100％の減少（例は、生物層干渉法（biolayer interferometry）（BLI）によって評価するようなもの）を有する。

いかなる理論にも拘束されることを望むものではないが、Fc領域とFcガンマ受容体との結合相互作用は様々なエフェクター機能および下流シグナリング事象で、制限されないが、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ADCC）および補体依存性細胞傷害（CDC）が含まれるものに必須であると考えられる。したがって、一定の態様において、修飾されたFc領域（例は、L234A、L235A、および/またはD265C変異を含む）を含む抗体はエフェクター機能を実質的に減少または消失させる。エフェクター機能は当技術で既知の様々な方法を用いて、例えば、興味がある抗体に応答する細胞応答（例は、マスト細胞脱顆粒またはサイトカイン放出）を測定することにより、アッセイすることができる。例えば、当技術における標準的な方法を用いて、Fc修飾抗体はサイトカイン放出を誘発するそれらの能力において、またはそれについてマスト細胞脱顆粒を誘発するそれらの能力について、例は、ヒト末梢血単核細胞によってアッセイすることができる。

一定の態様において、変種IgG Fcドメインは1以上のアミノ酸置換を含まない野生型Fcドメインと比較して、FcガンマR（FcgammaR）および/またはC1qについて減少またはアブレーションした（ablated）結合親和性をもたらす1以上のアミノ酸置換基を含む。Fc結合相互作用は、様々なエフェクター機能および下流シグナル伝達事象で、制限されないが、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ADCC）および補体依存性細胞傷害（CDC）を含むものに必須である。したがって、一定の態様において、修飾されたFc領域（例は、L234A、L235A、およびD265C変異を含む）を含む抗体はエフェクター機能が実質減少または消失している（abolished）。

Fc領域への親和性は当技術で知られる様々な技術を使用して決定することができ、例えば、制限されないが、平衡法（例は、酵素結合免疫吸着法（ELISA）；KinExA, Rathanaswamiら Analytical Biochemistry, Vol. 373: 52-60, 2008；またはラジオイムノアッセイ（RIA））、または表面プラズモン共鳴アッセイまたは他の動力学に基づくアッセイ（例は、BIACORE^TM（^TMは米国等でのトレードマーク表示）分析またはOctet^TM分析（forteBIO））の機構、および他の方法、例えば、間接結合アッセイ、競争結合アッセイ蛍光共鳴エネルギー移動（FRET）、ゲル電気泳動法およびクロマトグラフィー（例は、ゲルろ過）などのようなものである。これらおよび他の方法は検査している成分の1以上でのラベルを利用し、および/または多様な検出方法で、制限されないが、発色性、蛍光、発光、または同位体標識を含むものを採用し得る。結合親和性および動力学についての詳細な記述はPaul, W. E., ed., Fundamental Immunology, 4th Ed., Lippincott-Raven, Philadelphia (1999)において見出すことができ、それは抗体-免疫原相互作用に焦点を当てる。競合結合アッセイの一例は増大する量の非標識抗原の存在下での標識抗原と興味がある抗体とのインキュベーションおよび標識抗原に結合した抗体の検出を含むラジオイムノアッセイである。特定の抗原についての興味がある抗体の親和性および結合オフレートはスキャッチャードプロット分析によってデータから決定することができる。また、第二の抗体との競合はラジオイムノアッセイを用いて定めることもできる。この場合、抗原は非標識第二抗体の増加量の存在下に標識化合物にコンジュゲーションされた興味がある抗体と共にインキュベートされる。

一実施態様では、ここに記載の抗CD117抗体はL235A、L235A、およびD265C（EUインデックス）が含まれるFc領域を含む。本開示の抗体はさらに追加Fc変異、例えば、（Dall'Acqua（ダラークア）ら (2006) J Biol Chem（ザ・ジャーナル・オブ・バイオロジカル・ケミストリー）281：23514-24）、（Zalevsky（ザレフスキー）ら(2010) Nat Biotechnol（ネイチャー・バイオテクノロジー）28: 157-9）、（Hinton（ヒントン）ら (2004) J Biol Chem 279：6213-6）、（Hintonら (2006) J Immunol（ザ・ジャーナル・オブ・イムノロジー）176: 346-56）、（Shields（シールズatta）ら (2001) J Biol Chem 276: 6591-604）、（Petkova（ペトコワ）ら (2006) Int Immunol（インターナショナル・イムノロジー）18: 1759-69）、（Datta-Mannan（ダッタ-マンナン）ら (2007) Drug Metab Dispos（ドラッグ・メタボリズム・アンド・ディスポジション）35: 86-94）、（Vaccaro（バッカーロ）ら (2005) Nat Biotechnol 23: 1283-8）、（Yeung（ヤン）ら (2010) Cancer Res（キャンサー・リサーチ）70: 3269-77）および（Kim（キム）ら (1999) Eur J Immunol（ヨーロピアン・ジャーナル・オブ・イムノロジー）29: 2819-25）に記載されるもののようなものの導入によって抗体半減期をさらにモジュレートするように工学的に作り出すことができ、および位置250、252、253、254、256、257、307、376、380、428、434および435が含まれる。単数または組み合わせて行い得る模範的な変異はT250Q、M252Y、1253A、S254T、T256E、P2571、T307A、D376V、E380A、M428L、H433K、N434S、N434A、N434H、N434F、H435AおよびH435Rの変異である。

したがって、一実施態様において、Fc領域は半減期での減少をもたらす変異を含む。短い半減期を有する抗体は抗体が短命の治療薬として機能することが期待される一定の例、例は、抗体がHSCsに続いて投与されるここに記載のコンディショニングステップにおいて有利となり得る。理想的には、抗体は内因性幹細胞とは異なり、概してCD117も発現するが抗CD117抗体の標的ではないHSCsを送る前に実質クリアされるであろう。一実施態様では、Fc領域は435位（KabatによるEUインデックス）にて変異を含む。一実施態様では、変異はH435A変異である。

一実施態様では、ここに記載の抗CD117抗体は約24時間に等しいか、またはそれ未満（等しいか、またはそれ未満は「以下」と言う）、約22時間以下、約20時間以下、約18時間以下、約16時間以下、約14時間以下、約13時間以下、約12時間以下、または約11時間以下の半減期を有する。一実施態様では、抗体の半減期は約11時間より約24時間まで；約12時間より約22時間まで；約10時間より約20時間まで；約8時間より約18時間まで；または約14時間より約24時間までである。

ここに記載のペイシェントコンディショニング方法と組み合わせて使用することができる抗CD117抗体には、例として、ATCCアクセッション番号10716（BA7.3C.9として寄託）から生産および放出された抗体、例えば、SR-1抗体で、米国特許第5,489,516号に記載のものなどのようなものが含まれ、その開示を抗CD117抗体に関するものとして参照によりここに組み込む。

一実施態様では、ここに記載の抗CD117抗体はL235A、L235A、D265C、およびH435A（EUインデックス）が含まれるFc領域を含む。

いくらかの態様において、Fc領域は減少した半減期を付与し、および抗体のエフェクター機能を大幅に減らされまたは十分に消失する2以上の変異を含む。いくらかの実施態様では、Fc領域は半減期での減少をもたらす変異およびFcγRと直接接触することができる少なくとも1の残基の変異を含んでいる（例は、構造および結晶学的分析に基づくようなもの）。一実施態様では、Fc領域はH435A変異、L234A変異、およびL235A変異を含む。一実施態様では、Fc領域はH435A変異およびD265C変異を含む。一実施態様では、Fc領域はH435A変異、L234A変異、L235A変異、およびD265C変異を含む。一実施態様では、Fc領域はS239C変異を含む。

いくらかの実施態様では、抗CD117抗体またはその抗原結合性断片は抗体またはその抗原結合性断片のFcドメインでのシステイン残基を介して細胞毒素（例は、アマトキシン）にコンジュゲートされる。いくらかの実施態様では、システイン残基は抗体またはその抗原結合性断片でのFcドメインにおける変異を介して導入される。例として、システイン残基はCys118、Cys239（例は、S239C）、およびCys265からなる群より選ばれ得る。一実施態様では、抗CD117抗体（またはその断片）のFc領域はKabatでのようなEUインデックスに従いアミノ酸265にてアミノ酸置換を含む。一実施態様では、Fc領域はD265C変異を含む。一実施態様では、Fc領域はD265CおよびH435A変異を含む。一実施態様では、Fc領域はD265C、L234A、およびL235A変異を含む。一実施態様では、Fc領域はD265C、L234A、L235A、およびH435A変異を含む。一実施態様では、抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片のFc領域はKabatでのようなEUインデックスに従うアミノ酸239でのアミノ酸置換を含む。一実施態様では、Fc領域はS239C変異を含む。一実施態様では、Fc領域はL234A変異、L235A変異、S239C変異およびD265A変異を含む。別の実施態様では、Fc領域はS239CおよびH435A変異を含む。別の実施態様では、Fc領域はL234A変異、L235A変異、およびS239C変異を含む。さらに別の実施態様では、Fc領域はH435A変異、L234A変異、L235A変異、およびS239C変異を含む。さらに別の実施態様では、Fc領域はH435A変異、L234A変異、L235A変異、S239C変異、およびD265A変異を含む。

注目すべきことに、Fcアミノ酸の位置は別なふうに示さない限りEUナンバリングインデックスを参照する。

これらの態様のいくらかの実施態様において、システイン残基は抗体またはその抗原結合性断片のFcドメインに自然に発生する。例として、FcドメインはIgG Fcドメイン、例えば、ヒトIgG1 Fcドメインなどのようなものであり得、およびシステイン残基はCys261、Csy321、Cys367、およびCys425からなる群より選ばれ得る。

例えば、一実施態様では、抗体67のFc領域はD265C変異（例は、配列番号20）を含むように修飾される。別の実施態様では、抗体67のFc領域はD265C、L234A、およびL235A変異（例は、配列番号18）を含むように修飾される。さらに別の実施態様では、抗体67のFc領域はD265CおよびH435A変異（例は、配列番号21）を含むように修飾される。さらなる実施態様では、抗体67のFc領域はD265C、L234A、L235A、およびH435A変異（例は、配列番号19）を含むように修飾される。

ここに記載される変種Fcドメインはそれらを構成するアミノ酸修飾に従って規定される。Fc領域に関してここで論じるすべてのアミノ酸置換について、ナンバリングは常にEUインデックスによる。それゆえに、例えば、D265Cは親Fcドメインに関しシステイン（C）により置換されたEU位置265でのアスパラギン酸（D）を有するFc変種である。同様に、例えば、D265C/L234A/L235Aは親Fcドメインに対してEU位置265（DからC）、234（LからA）、および235（LからA）に置換を有する変種Fcバリアントを規定する。変種はまた、変異したEUアミノ酸位置におけるその最終的なアミノ酸組成に従って指定することができる。例えば、L234A/L235A変異体はLALAと称することができる。置換が提供される順序は任意であることに注目される。

一定の実施態様では、抗CD117抗体、またはその抗原結合断片は、コンジュゲートの一部として使用するときに特に有利である一定の解離速度を有する。例えば、抗CD117抗体は、一定の実施態様において、生体層干渉法（BLI）アッセイによって測定されるように、1×10^-2より1×10^-3まで、1×10^-3より1×10^-4まで、1×10^-5より1×10^-6まで、1×10^-6より1×10^-7までまたは1×10^-7より1×10^-8までのヒトCD117および/またはアカゲザルCD117に対するオフレート定数（Koff）を有する。いくらかの実施態様では、抗体またはその抗原結合性断片はCD117（例は。ヒトCD117および/またはアカゲザルCD117）に生体層干渉法（BLI）アッセイによって決定されるように約100nMまたはそれ未満（以下とも言う）、約90nM以下、約80nM以下、約70nM以下、約60nM以下、約50nM以下、約40nM以下、約30nM以下、約20nM以下、約10nM以下、約8nM以下、約6nM以下、約4nM以下、約2nM以下、約1nM以下のKDにより結合する。

ここに開示される抗体、またはその抗原結合性断片は、以下により一層詳細に説明するように、コンジュゲートにおいて使用することができる。

各々の前述の刊行物の開示は抗CD117抗体に関連するものとして参照によりここに組み込む。ここに記載の組成物および方法と組み合わせて使用することができる抗体および抗原結合性断片には、上述の抗体およびその抗原結合性断片、ならびに上述のそれらの非ヒト抗体および抗原結合性断片のヒト化変種、および例として競合CD117結合アッセイを介して評価するような、上述のものと同じエピトープを結合する抗体または抗原結合性断片が含まれる。

前述の抗体の例示的な抗原結合性断片には、二重可変免疫グロブリンドメイン、単鎖Fv分子（scFv）、ダイアボディ、トリアボディ、ナノボディ、抗体様タンパク質スキャフォールド（antibody-like protein scaffold）、Fv断片、Fab断片、F(ab')₂分子、およびタンデムジscFv、ほかにもある、が含まれる。

抗体は組換え方法および組成物を用いて生産し得、例は、US. Pat. No. 4,816,567号に記載されている。一実施態様では、ここに記載される抗CD117抗体をコードする分離された核酸が提供される。そのような核酸は抗体のVLが含まれるアミノ酸配列および/またはVHが含まれるアミノ酸配列（例は、抗体の軽鎖および/または重鎖）をコードし得る。さらなる実施態様では、そのような核酸を含む1以上のベクター（例は、発現ベクター）が提供される。さらなる実施態様では、そのような核酸を含む宿主細胞が提供される。1つのそのような実施態様では、宿主細胞は次のものを含む（例は、次のものにより形質転換されている）：（1）抗体のVLが含まれるアミノ酸配列および抗体のVHが含まれるアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクター、または（2）抗体のVLが含まれるアミノ酸配列をコードする核酸が含まれる第1のベクターおよび抗体のVHが含まれるアミノ酸配列をコードする核酸が含まれる第2のベクター。一実施態様では、宿主細胞は真核生物、例は、チャイニーズハムスター卵巣（CHO）細胞またはリンパ球系細胞（例は、Y0、NS0、Sp20細胞）である。一実施態様では、抗CLL-1抗体を作成する方法が提供され、そこでは方法は上記で提供されるように、抗体をコードする核酸が含まれる宿主細胞を抗体の発現に適した条件下で培養すること、および随意に宿主細胞（または宿主細胞培養培地）から抗体を回収することを含む。

抗CD117抗体の組換え生産のために、抗体をコードする核酸、例は、上記のようなものは、分離され、および宿主細胞におけるさらなるクローニングおよび/または発現のために1以上のベクターに挿入される。そのような核酸は慣習的な手順を用いて（例は、抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合することが可能なオリゴヌクレオチドプローブを用いることによって）容易に分離および配列決定され得る。

抗体コード化ベクター（antibody-encoding vectors）のクローニングまたは発現に適した宿主細胞には、ここに記載の原核細胞または真核細胞が含まれる。例えば、抗体は、特にグリコシル化およびFcエフェクター機能が必要でないとき、細菌において生産し得る。細菌における抗体断片およびポリペプチドの発現について、例は、U.S. Pat. Nos. 5,648,237、5,789,199、および5,840,523号参（また、Charlton（チャールトン）、Methods in Molecular Biology（メソッズ・イン・モレキュラー・バイオロジー）、Vol. 248 (B.K.C. Lo（ロー）, ed., Humana Press（フマナ・プレス）, Totowa（トトワ）, N.J.（米国ニュージャージー州）, 2003), pp.245-254, described of antibody fragments in E. coli.（エシェリキア・コリにおける抗体断片の記載）も参照）。発現後、抗体は可溶性画分においてバクテリア細胞ペーストから分離し得、およびさらに精製することができる。

また脊椎動物の細胞も宿主として使用してよい。例えば、懸濁物において増殖するように適合された哺乳類細胞系は有用であり得る。有用な哺乳類宿主細胞系の他の例はSV40によって形質転換されたサル腎臓CV1系（COS-7）；ヒト胚性腎臓系（例は、Graham（グレアム）ら, J. Gen Virol.（ザ・ジャーナル・オブ・ジェネラル・バイロロジー）36:59 (1977)に記載のような293または293細胞）；ベビーハムスター腎臓細胞（BHK）；マウスセルトリ細胞（例は、Mather（マザー）, Biol. Reprod.（バイオロジー・オブ・リプロダクション）23:243-251 (1980)に記載のようなTM4細胞）；サル腎臓細胞（CV1）；アフリカミドリザル腎臓細胞（VERO-76）；ヒト頸部ガン腫細胞（HELA）；イヌ腎臓細胞（MDCK；バッファローラット肝臓細胞（BRL 3A）；ヒト肺細胞（W138）；ヒト肝臓細胞（Hep G2）；マウス乳腺腫瘍（MMT 060562）；TRI細胞、例は、Matherら、Annals N.Y. Acad. Sci.（アナールズ・オブ・ザ・ニュー・ヨーク・アカデミー・オブ・サイエンシーズ）383:44-68 (1982)に記載されるようなもの；MRC5細胞；およびFS4細胞である。他の有用な哺乳動物宿主細胞系には、チャイニーズハムスター卵巣（CHO）細胞で、DHFR- CHO細胞を含むもの（Urlaub（ウルラウプ）ら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216 (1980))；および骨髄腫細胞系、例えば、Y0、NS0およびSp2/0などのようなものが含まれる。抗体生産に適した一定の哺乳類宿主細胞系の概説について、例は、Yazaki（ヤザキ）およびWu（ウー）, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B. K. C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, N.J.), pp.255-268 (2003)を参照。

一実施態様では、抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は、ここに開示される配列番号と少なくとも約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%またはそれらよりも多く同一のアミノ酸配列を有する可変領域を含む。あるいはまた、抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は、ここに開示された配列番号と少なくとも約80％、約85％、約90％、約91％、約92％、約93％、約94％、約95％、約96％、約97％、約98％、約99％またはそれらよりも多く同一であるアミノ酸配列を有するここに記載の可変領域のフレームワーク領域を伴うここに開示される配列番号が含まれるCDRsを含む。

一実施態様では、抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片はここに開示されるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および重鎖定常領域を含む。別の実施態様では、抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片はここに開示されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域および軽鎖定常領域を含む。さらに別の実施態様では、抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片はここに開示されるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域、軽鎖可変領域、重鎖定常領域および軽鎖定常領域を含む。
抗CD117抗体の識別方法

ここで提供されるのは、例えば、幹細胞移植のためのコンディショニング法において使用され得る新規な抗CD117抗体である。ここでの開示に鑑みて、他の抗CD117抗体、例は、中性抗体（neutral antibodies）を識別することができる。

CD117（例は、GNNK＋CD117）を結合することが可能な分子についての抗体、または抗体断片、ライブラリーのハイスループットスクリーニングのための方法はガン、自己免疫疾患の処置、およびここに記載のような造血幹細胞療法の必要があるペイシェント（例は、ヒトペイシェント）のコンディショニングに役立つ抗体を識別および親和性成熟させる（affinity mature）のに使用することができる。そのような方法には、当技術で既知のインビトロディスプレイ技術、例えば、ファージディスプレイ、細菌ディスプレイ、酵母ディスプレイ、哺乳類細胞ディスプレイ、リボソームディスプレイ、mRNAディスプレイ、およびcDNAディスプレイなどのようなものがほかにもあるが含まれる。生物学的に関連する分子を結合するリガンドを分離するためのファージディスプレイの使用は、例えば、Felici（フェリシ）ら, Biotechnol. Annual Rev.（バイオテクノロジー・アニュアル・レビュー）1:149-183, 1995；Katz（カッツ）、Annual Rev. Biophys. Biomol. Struct.（アニュアル・レビュー・オブ・バイオフィジックス・アンド・バイオモレキュラー・ストラクチャー）26:27-45, 1997；およびHoogenboom（ホーヘンブーム）ら, Immunotechnology（イムノテクノロジー）4:1-20, 1998において概説されており、これらの各々の開示はそれらがインビトロディスプレイ技術に関連するものとして参照によってここに組み込まれる。ランダム化コンビナトリアルペプチドライブラリー（Randomized combinatorial peptide libraries）は細胞表面抗原に結合するポリペプチドを選定するために構築されており、Kay（ケイ）, Perspect. Drug Discovery Des.（パースペクティブズ・イン・ドラッグ・ディスカバリー・アンド・デザイン）2:251-268, 1995およびKayら、Mol. Divers.（モレキュラー・ダイバーシティ）1:139-140, 1996に記載されているようなものであり、これらの各々の開示は抗原結合分子の発見に関するものとして参照によってここに組み込まれる。タンパク質、例えば、多量体タンパク質などのようなものは機能性分子として好首尾にファージディスプレイされた（例えば、EP 0349578；EP 4527839; およびEP 0589877、ならびにChiswell（チスウェル）およびMcCafferty（マッカファティ）, Trends Biotechnol.（トレンヅ・イン・バイオテクノロジー）10:80-84 1992を参照、これらの各々の開示はそれらが抗原結合性分子の発見のためのインビトロディスプレイ技術の使用に関連するものとして参照によってここに組み込まれる）。加えて、機能的抗体断片、例えば、FabおよびscFv断片などのようなものはインビトロディスプレイ形式においてで発現されている（例えば、McCaffertyら、Nature 348:552- 554, 1990；Barvas（バルバス）ら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:7978-7982, 1991；およびClackson（クラックソン）ら, Nature 352:624-628, 1991を参照、これらの各々の開示はそれらが抗原結合性分子の発見のためのインビトロディスプレイプラットフォームに関連するものとして参照によってここに組み込まれる）。これらの技術はとりわけ、造血幹細胞移植療法が必要なペイシェント（例は、ヒトペイシェント）において内因性造血幹細胞を減少させるために順に用いることができるCD117（例は、GNNK+CD117）と結合する抗体の親和性を識別および改善するために用いることができる。

インビトロディスプレイ技術に加えて、CD117（例は、GNNK＋CD117）に結合する抗体、または抗体断片をインシリコで設計および識別するために、計算モデリング技術（computational modeling techniques）を使用することができる。例えば、計算モデリング技術を使用して、本技術における熟練の者（当業者とも言う）は特定のエピトープ、例えば、この抗原の細胞外エピトープなどのようなものを結合することが可能な分子について、抗体、または抗体断片のライブラリーをインシリコでスクリーニングすることができる。これらの計算技術によって識別された抗体、またはその抗原結合性断片は、ここに記載の治療方法、例えば、ここに記載のガンおよび自己免疫疾患の処置方法、ならびにここに記載のペイシェントコンディショニング手順などのようなものと組み合わせて使用することができる。

追加の技術は、細胞（例は、ガン細胞、自己免疫細胞、または造血幹細胞）の表面上のCD117（例は、GNNK＋CD117）に結合し、および細胞によって、例として、受容体媒介エンドサイトーシスによってインターナリゼーションする抗体、またはその抗原結合性断片を識別するために使用することができる。例えば、上記のインビトロディスプレイ技術は、ガン細胞、自己免疫細胞、または造血幹細胞の表面上のCD117（例は、GNNK+CD117）に結合し、およびその後インターナリゼーションする抗体、またはその抗原結合性断片についてスクリーニングするために適応させることができる。ファージディスプレイはこのスクリーニングパラダイムと組み合わせて使用することができるそのような技術の1つを代表する。CD117（例は、GNNK＋CD117）に結合し、およびその後、ガン細胞、自己免疫細胞、または造血幹細胞にインターナリゼーションされる抗体またはその断片を識別するために、本技術における熟練の者は、例えば、Williams（ウィリアムズ）ら, Leukemia（ルーキーミア）19:1432-1438, 2005に記載のファージディスプレイ技術を適用することができ、その開示が参照により全体としてここに組み込まれる。例えば、当技術で既知の変異誘発法を用いて組換えファージライブラリーを生産することができ、それはランダム化アミノ酸カセットを含む抗体、抗体断片、例えばscFv断片、Fab断片、ダイアボディ、トライアボディ、および¹⁰Fn3ドメインなどのようなもの、ほかにもあるがをコードする（例は、そのCDRsまたはその等価の領域の1以上、またはすべて、または抗体または抗体断片において）。抗体または抗体断片のフレームワーク領域、ヒンジ、Fcドメイン、および他の領域は例として、ヒト生殖系列抗体配列またはヒト生殖系列抗体に対してわずかな変異しか見せない配列を有するおかげで、それらがヒトにおいて非免疫原性であるように設計し得る。

ここに記載されたまたは当技術において既知のファージディスプレイ技術を使用し、ファージ粒子に共有結合したランダム化抗体、または抗体断片を含むファージライブラリーは、CD117（例は、GNNK+CD117）抗原と、例として、最初にファージライブラリーをブロッキング剤（例えば、例として、非特異的タンパク質結合を示す抗体またはその断片をコードするファージおよびFcドメインを結合する抗体またはその断片をコードするファージを除去するように乳タンパク質、ウシ血清アルブミン、および/またはIgGなどのようなもの）とインキュベーションし、および次いでファージライブラリーを造血幹細胞の集団とインキュベーションすることによって、インキュベーションすることができる。ファージライブラリーは、CD117特異的抗体、またはその抗原結合性断片（例は、GNNK+ CD117特異的抗体、またはその抗原結合性断片）が細胞表面CD117（例は、細胞表面GNNK+CD117）抗原と結合し、およびその後ガン細胞、自己免疫細胞、または造血幹細胞によってインターナリゼーションされるのに十分な時間、標的細胞、例えば、ガン細胞、自己免疫細胞、または造血幹細胞などのようなものとインキュベーションすることができる（例は、4℃で30分から6時間まで、例えば、4℃で1時間などのようなもの）。ガン細胞、自己免疫細胞、または造血幹細胞への結合およびこれらによるインターナリゼーションを可能にするように、これらの抗原の1以上について十分な親和性を示さない抗体、またはその断片を含むファージは、その後、例として、pH2.8での冷（4℃）0.1Mグリシン緩衝剤により細胞を洗浄することによって除去することができる。抗体またはその断片に結合したファージは、あるいはガン細胞、自己免疫細胞、または造血幹細胞にインターナリゼーションして、例として、細胞を溶解すること、および細胞培養媒体からインターナリゼーションしたファージを回収することによって識別することができる。次いで、ファージは例えば、細菌細胞を回収したファージと2xYT培地において当技術で既知の方法を用いてインキュベートすることによって、細菌細胞において増幅させることができる。この培地から回収されたファージは次に、例として、ファージゲノム内に挿入された抗体、またはその断片をコードする遺伝子（その複数形）の核酸配列を決定することによって特徴付けることができる。コード化された抗体、またはその断片、あるいはその後、化学合成によって（例として、抗体断片、例えば、scFv断片などのようなものの）または組換え発現（例は、全長抗体の）によって新たに調製することができる。

ここに記載の組成物および方法と共に使用するための抗CD117（例は、抗GNNK＋CD117）抗体のインビトロ展開（evolution）のための模範的な方法はファージディスプレイである。ファージディスプレイライブラリーは抗体のCDRsまたは抗体様スキャフォールドの類似領域（例は、10Fn3ドメインのBC、CD、およびDEループ）についてのコーディング配列内で設計された一連の変異または変形を行うことによって作り出すことができる。これらの変異が導入される鋳型の抗体コード配列は例えば、ナイーブなヒト生殖系列配列であり得る。これらの変異は当技術で知られる標準的な変異誘発技術を用いて実行することができる。このようにして、各変異配列は1以上のアミノ酸変形を除いては鋳型に対応する抗体をコードする。レトロウイルスおよびファージディスプレイベクターは当技術で知られる標準的なベクター構築技術を使用して工学的に作り出すことができる。P3ファージディスプレイベクターは適合性があるタンパク質発現ベクターとともに抗体多様化のためのファージディスプレイベクターを生成するために使用することができる。

変異したDNAは配列の多様性を提供し、および各形質転換ファージはDNAによってコードされた初期のテンプレートアミノ酸配列の1つの変種を表示し、異なるが構造的に関連する膨大な数のアミノ酸配列を表示するファージ集団（ライブラリー）がもたらされる。はっきりと規定された抗体の超可変領域のため、ファージディスプレイスクリーンにおいて導入されたアミノ酸の変形はその全体的な分子構造を大きく変えることなく結合ペプチドまたはドメインの結合特性を変えることが期待される。

典型的なスクリーニングでは、ファージライブラリーは前述の抗原またはそのエピトープの1つと接触され、および結合させることを可能にさせ得る。バインダー（binders）および非バインダー（non-binders）の分離を容易にするために、標的を固形支持体上に固定化することが便利である。CD117結合性モイエティ（CD117-binding moiety）を帯びるファージは固形支持体上の標的と複合体を形成することができるが、非結合ファージは溶液おいて残り、および過剰の緩衝剤で洗い流すことができる。次いで結合したファージは緩衝剤を極端なpH（pH2またはpH10）に変えること、緩衝剤のイオン強度を変えること、変性剤を加えること、または他の既知の手段によって標的から遊離させることができる。

回収されたファージは次に、細菌細胞の感染を通して増幅することができ、およびスクリーニングプロセスは、今や非結合抗体において枯渇され、およびCD117（例は、GNNK＋CD117）を結合する抗体について濃縮される新しいプールを用いて繰り返すことができる。ほんの少しの（few、2、3の）結合ファージすらの回収はその後のスクリーニングの反復（iteration）についてファージを増幅させるのに十分である。ほんの少しのラウンドの選定の後、結合プールにおける選ばれたファージクローンから導き出される抗体またはその抗原結合性断片をコードする遺伝子配列は慣習的な方法によって決定され、それによりファージの標的への結合親和性を付与する（imparts）ペプチド配列が明らかにされる。パニングプロセス（panning process）の間、集団の配列多様性は望ましいペプチド結合抗体が残るまで選定の各ラウンドと共に減らされる。配列は小数の（small number of）関連する抗体またはその抗原結合性断片に収束し（converge）得る。選定の各ラウンドにて回収されるファージの数での増加はライブラリーの収束がスクリーンで起こったことの指標である。

抗CD117抗体を識別するための別の方法には、例として、以下の手順に従って、CD117（例は、GNNK+CD117）に結合するヒト化非ヒト抗体を用いることが含まれる。コンセンサスヒト抗体重鎖および軽鎖配列は当技術で知られる（例は、「VBASE」ヒト生殖系列配列データベース；Kabatら, Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition（第五版）, U.S. Department of Health and Human Services（米国保健福祉省）, NIH Publication（NIH刊行物）No. 91 -3242, 1991；Tomlinson（トムリンソン）ら, J. Mol. Biol.（ジャーナル・オブ・モレキュラー・バイオロジー）227:776-798, 1992；およびCox（コックス）ら, Eur. J. Immunol. 24:827- 836, 1994を参照し、それらの各々の開示はそれらがコンセンサスヒト抗体重鎖および軽鎖配列に関連するものとして参照によりここに組み込まれる。確立された手順を用いて、当技術における熟練の者はコンセンサス抗体配列の可変ドメインフレームワーク残基およびCDRsを（例は、配列アライメントによって）識別することができる。あるものはヒト化抗体を生産するためにコンセンサスヒト抗体の重鎖および/または軽鎖可変ドメインの1以上のCDRsをここに記載のようなCD117（例は、GNNK+CD117）に結合する非ヒト抗体の1以上の対応するCDRsと置換することができる。このCDR交換はここに記載されるまたは当技術で既知の遺伝子編集技術を用いて実行することができる。

ヒト化抗体を生産するために、あるものは1以上の可変領域CDRsがCD117（例は、GNNK+CD117）と結合する非ヒト抗体の1つ以上の可変領域CDR配列と置換された上記のコンセンサス配列をコードするポリヌクレオチドを組換え発現させることができる。造血幹細胞抗原についての抗体の親和性は主にCDR配列によって決定されるため、結果として得られるヒト化抗体はヒト化抗体が導き出される非ヒト抗体とほぼ同じ造血幹細胞抗原についての親和性を見せると予想される。抗体の標的抗原についての親和性を決定する方法には例として、ここに記載されおよび当技術で既知のELISAに基づく技術、ならびに表面プラズモン共鳴、蛍光異方性、および等温滴定カロリメトリーなどほかにもあるが含まれる。

調製された抗体、またはその断片のインターナリゼーション能力は、例として、当技術で既知の放射性核種インターナリゼーションアッセイを用いて評価することができる。例えば、ここに記載されたまたは当技術において既知のインビトロディスプレイ技術を用いて識別された抗体、またはその断片は放射性同位元素、例えば、¹⁸F、⁷⁵Br、⁷⁷Br、¹²²I、¹²³I、¹²⁴I、¹²⁵I、¹²⁹I、¹³¹I、²¹¹At、⁶⁷Ga、¹¹¹In、⁹⁹Tc、¹⁶⁹Yb、¹⁸⁶Re、⁶⁴Cu、⁶⁷Cu、¹⁷⁷Lu、⁷⁷As、⁷²As、⁸⁶Y、⁹⁰Y、⁸⁹Zr、²¹²Bi、²¹³Bi、または²²⁵Acなどのようなものの組込みによって機能化することができる。例として、放射性ハロゲン、例えば、¹⁸F、⁷⁵Br、⁷⁷Br、¹²²I、¹²³I、¹²⁴I、¹²⁵I、¹²⁹I、¹³¹I、²¹¹Atなどのようなものはビーズ、例えば、ポリスチレンビーズなどのようなもので、求電子性ハロゲン試薬（例は、Iodination Beads（ヨウ素化ビーズ）, Thermo Fisher Scientific, Inc（サーモフィッシャー社）, Cambridge（ケンブリッジ）, MA（米国マサチューセッツ州））を含むものを用いて抗体、またはその断片中に組み込むことができる。放射性標識抗体、またはその断片はインターナリゼーション（internalization、内面化とも言う）を可能にするのに十分な時間（例は、4℃で30分から6時間まで、例えば、4℃で1時間などのようなもの）、ガン細胞、自己免疫細胞、または造血幹細胞とともにインキュベーションすることができる。次いで、非インターナリゼーション化抗体、またはその断片を除去するために細胞を洗浄することができる（例は、pH2.8での冷（4℃）0.1Mグリシン緩衝剤を使用する）。結果として得られたガン細胞、自己免疫細胞、造血幹細胞の放出放射線（例は、γ線）を回収した洗浄緩衝剤の放出放射線（例は、γ線）と比較して検出することによってインターナリゼーション抗体、またはその断片を識別することができる。
CD117エピトープ

別の態様では、本開示はCD117を結合することが可能な抗体、またはその抗原結合性断片にかかるものであって、それは配列番号1のS236、H238、Y244、S273、T277およびT279のアミノ酸残基の少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、またはすべての6つを含むCD117でのエピトープに結合する。一実施態様では、CD117と結合可能な抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1のS236、H238、Y244、S273、T277およびT279のアミノ酸残基の少なくとも2つを含むCD117でのエピトープに結合する。一実施態様では、CD117と結合可能な抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1のS236、H238、Y244、S273、T277およびT279のアミノ酸残基の少なくとも3つを含むCD117でのエピトープに結合する。一実施態様では、CD117と結合可能な抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1のS236、H238、Y244、S273、T277およびT279のアミノ酸残基の少なくとも4つを含むCD117でのエピトープに結合する。一実施態様では、CD117と結合可能な抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1のS236、H238、Y244、S273、T277およびT279のアミノ酸残基の少なくとも5つを含むCD117でのエピトープに結合する。一実施態様では、CD117と結合可能な抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1のS236、H238、Y244、S273、T277およびT279のアミノ酸残基の各々の6つを含むCD117でのエピトープに結合する。別の実施態様では、CD117と結合可能な結合タンパク質、例は、抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1のS236、H238、Y244、S273、T277およびT279のアミノ酸残基のすべてを含むCD117でのエピトープに結合する。

別の態様では、本開示はCD117でのエピトープに結合するCD117を結合可能な抗体、またはその抗原結合性断片にかかり、そこではエピトープは配列番号1のアミノ酸残基S236、H238、Y244、S273、T277およびT279の少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、または各々の6つからなる群より選ばれるアミノ酸残基を含む。

別の態様では、本開示は配列番号1の少なくともアミノ酸236-244および273-279内の残基を有するエピトープに結合するCD117に結合可能な抗体、またはその抗原結合性断片にかかる。

一定の実施態様では、ここに記述される組成物および方法において用いられる抗CD117抗体、またはその抗原結合断片は、Ab67と同じヒトCD117上のエピトープに結合するが、Ab67と異なるCDRおよび/または可変領域を有する。例えば、ここに記述される組成物および方法で用いられる抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は、以下のアミノ酸残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279（配列番号1を参照）の少なくとも2つを含むヒトCD117上のエピトープに結合し得、そこで抗体、またはその抗原結合性断片はAb67の重鎖および軽鎖CDRsを含んでいない。あるいはまた、ここに記載される組成物および方法において用いられる抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は、以下のアミノ酸残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279のうちの少なくとも2つを含むヒトCD117上のエピトープに結合し得（配列番号1参照）、そこでその抗体、またはその抗原結合性断片は、Ab67の重および軽鎖可変領域を含んでいない。

Protein Data Bank（タンパク質データバンク）（PDB）において参照番号P10721で記載されるように（https://www.rcsb.org/pdb/protein/P10721（2019年4月24日時点）参照）、CD117の細胞外部分はIg様C2型1ドメイン（a.k.a. D1（D1としても知られる））、Ig様C2型2ドメイン（a.k.a. D2）、Ig様C2型3ドメイン（a.k.a. D3）、Ig様C2型4ドメイン（a.k.a. D4）、およびIg様C2型5ドメイン（a.k.a. D5）として言及される5つのドメインを含む。別の態様において、本開示はCD117のIg様C2型3ドメイン内のエピトープに結合するCD117を結合可能な抗体、またはその抗原結合性断片にかかる。

別の態様において、ここに記載される抗体は中性抗CD117抗体である。それゆえに、本開示に含まれるのは抗体Ab67によって認識されるエピトープに結合する抗体である。特定の実施態様では、本開示は分離された抗体、またはその抗原結合性断片を含み、そこで前記抗体、またはその抗原結合性断片は、前記抗体、またはその抗原結合性断片と共に配列番号1のトポグラフィー領域S236-Y244および/またはS273-T279によって規定されるエピトープと結合したようにヒトCD117を結合する。別の態様では、本開示は配列番号1のS236、H238、Y244、S273、T277およびT279のアミノ酸残基の2つ、3つ、4つ、5つ、またはすべてを含むヒトCD117でのエピトープに結合するヒトCD117に結合可能な抗体またはその抗原結合性断片にかかる。
抗体薬物コンジュゲート類（ADCs）
細胞毒素

ここに記載の抗CD117抗体、およびその抗原結合性断片は細胞毒素にコンジュゲート（連結）させることができる。特に、抗CD117 ADCsは細胞毒性モイエティ（または細胞毒素）にコンジュゲートされた（即ち、リンカーによって共有結合された）抗体（またはその抗原結合性断片）を含む。種々の実施態様において、細胞毒性モイエティはコンジュゲート（複合体とも言う）において結合しているとき細胞毒性を減少させたかまたはまったく見せないが、リンカーから開裂された後に細胞傷害性を再開させる。種々の実施態様において、細胞傷害性モイエティはリンカーから開裂されることなく細胞傷害性を維持する。いくらかの実施態様では、細胞傷害性分子は、抗体、またはその断片の細胞への取込みに続いて、細胞毒素がその細胞内標的にアクセスし、例は、T細胞死を媒介し得るようにここに開示されるように、細胞インターナリゼーション抗体、またはその抗原結合性断片にコンジュゲーションされる。

ここに記載の抗体、およびその抗原結合性断片（例は、CD117を認識しおよび結合する抗体、およびその抗原結合性断片）は細胞毒素にコンジュゲート（または連結）することができる。

したがって、本開示のADCsは一般式Ab-(Z-L-D)_nのものであってもよく、式中抗体またはその抗原結合性断片（Ab）は、化学的モイエティ（Z）を通してリンカー（L）に、細胞傷害性モイエティ（「薬物」、D）にコンジュゲーション（共有結合）する。「n」は抗体に連結された薬物の数を表し、および概して1から8までに及ぶ。

したがって、抗体またはその抗原結合性断片は整数nによって指し示されるような複数の薬物モイエティにコンジュゲーションされてもよく、それは抗体あたりの細胞毒性部分の平均数を表し、それは例は、約1から約20までに及び得る。いくらかの実施態様では、nは1から4までである。いくらかの実施態様では、nは2である。いくらかの実施態様では、nは1である。コンジュゲーション反応からのADCの調製物における抗体あたりの薬物モイエティの平均数は、慣習的な手段、例えば、質量分析、ELISAアッセイおよびHPLCなどのようなものによって特徴付け得る。nに関してADCの定量的分布もまた決定され得る。いくらかの実例において、nがある値である均質なADCの、他の薬物負荷量を有するADCからの分離、精製、および特徴付けは、逆相HPLCまたは電気泳動などのような手段によって達成され得る。

いくらかの抗CD117 ADCsについて、抗体あたりの細胞毒素の平均数は抗体上の付着部位の数によって制限され得る。例えば、付着がシステインチオールである場合、抗体は1つまたはいくつかのシステインチオール基だけを有してよく、またはリンカーおよび化学的モイエティが付着し得る十分に反応性のチオール基を1つまたはいくつか有するだけであってもよい。大抵、抗体は薬物モイエティに連結され得る多くの遊離および反応性のシステインチオール基を含まず；主に、抗体におけるシステインチオール残基はジスルフィド橋として存在する。一定の実施態様では、抗体はジチオスレイトール（DTT）またはトリカルボニルチルホスフィン（TCEP）などのような還元剤により、部分または合計の還元条件下で還元されて反応性システインチオール基が生成され得る。

一定の実施態様では、薬物モイエティの理論的最大値よりも少ない数は、コンジュゲーション反応の間、抗体にコンジュゲートされる。抗体は例えば、後述するように、薬物-リンカー中間体またはリンカー試薬と反応しないリジン残基を含み得る。最も反応性が高いリジン基だけがアミン反応性リンカー試薬と反応し得る。一定の実施態様では、抗体はリジンまたはシステインのような反応性求核基を明らかにするために変性条件にあわせられる。

ADCのローディング（薬物/抗体比）は異なる仕方、例は、以下によって制御し得る：（i）抗体に関して薬物-リンカー中間体またはリンカー試薬のモル過剰を制限すること、（ii）コンジュゲーション反応時間または温度を制限すること、（iii）システインチオン修飾についての還元条件を一部分または制限すること、（iv）リンカー-薬物付着の数および/または位置のコントロールについてシステイン残基の数および位置を修飾するように抗体のアミノ酸配列が組換え技術によって工学的に作り出すことである。

いくらかの実施態様では、細胞傷害性分子は、ここに開示するような細胞インターナリゼーション抗体、またはその抗原結合性断片にコンジュゲーションされ、それで抗体、またはその抗原結合性断片の細胞への取込みに続いて細胞毒素がその細胞内標的にアクセスしおよび造血細胞死を媒介し得るようである。細胞インターナリゼーション抗体またはその抗原結合性断片にコンジュゲートされる。任意の数の細胞毒素を抗CD117抗体に結合させることができ、例は、1、2、3、4、5、6、7、または8である。

ここに記載の組成物および方法と共に使用するのに適した細胞毒素には、DNAインターカレーション剤（挿入剤などとも言う）、（例は、アントラサイクリン）、有糸分裂紡錘器官（mitotic spindle apparatus、紡錘体装置などとも言う）を破壊することが可能である薬剤（例は、ビンカアルカロイド、マイタンシン、マイタンシノイド、およびそれらの誘導体）、RNAポリメラーゼ抑制物質（例は、アマトキシン、例は、α-アマニチン、およびそれらの誘導体）、およびタンパク質生合成を破壊することが可能な薬剤（例は、rRNA N-グリコシダーゼ活性を見せる薬剤、例えば、サポリンおよびリシンA鎖）など、ほかにもあるが、当技術において知られるものが含まれる。

いくらかの実施態様では、細胞毒素は微小管結合剤（例として、マイタンシンまたはマイタンシノイド）、アマトキシン、シュードモナス外毒素A、deBouganin（デブーガニン）、ジフテリア毒素、サポリン、アウリスタチン、アントラサイクリン、カリケアマイシン、イリノテカン、SN-38、デュオカルマイシン、ピロロベンゾジアゼピン、ピロロベンゾジアゼピン二量体、インドリノベンゾジアゼピン、インドリノベンゾジアゼピン二量体、またはその変種、あるいはここに記載のまたは当技術で既知の別の細胞傷害性化合物である。

ここに記載の抗CD117抗体、およびその抗原結合性断片は微小管結合剤である細胞毒素にコンジュゲートさせることができる。ここで用いられるように、「微小管結合剤」という用語は細胞における有糸分裂および間期細胞機能（interphase cellular function）について不可欠である微小管ネットワークを破壊することによって作用する化合物に言及する。微小管結合剤の例には、制限されないが、マイタシン、マイタンシノイド、およびそれらの誘導体、例えば、ここに記載されまたは当技術において既知などのようなもの、ビンカアルカロイド、例えば、ビンブラスチン、硫酸ビンブラスチン、ビンクリスチン、硫酸ビンクリスチン、ビンデシン、およびビノレルビンなどのようなもの、タキサン類、例えば、ドセタキセルおよびパクリタキセルなどのようなもの、マクロライド類、例えば、ディスコデルモリド、コヒチン（cochicine）、およびエポチロン類、ならびにその誘導体、例えば、エポチロンBまたはその誘導体などのようなものが含まれる。
マイタンシノイド類

ここに記載の抗体およびその抗原結合性断片はマイタンシノイドである細胞毒素にコンジュゲートすることができる。いくらかの実施態様では、微小管結合剤はマイタンシン、マイタンシノイドまたはマイタンシノイド類縁体である。マイタンシノイドは微小管に結合し、チューブリンの重合を抑制することによって作用する有糸分裂抑制物質である。マイタンシン（メイタンシンとも言う）は東アフリカの低木Maytenus serrata（メイテナス・セラタ）から初めて分離された（米国特許第3,896,111号）。のちに、一定の微生物がマイタンシノイド（メイタンシノイドとも言う）、例えば、メイタンシノールおよびC-3メイタンシノールエステルなどのようなものを産生することが発見された（米国特許第4,151,042号）。合成メイタンシノールおよびそれらの誘導体および類縁体は例えば、米国特許第4,137,230号；第4,248,870号；第4,256,746号；第4,260,608号；第4,265,814号；第4,294,757号；第4,307,016号；第4,308,268号；第4,308,269号；第4,309,428号；第4,313,946号；第4,315,929号；第4,317,821号；第4,322,348号；第4,331,598号；第4,361,650号；第4,364,866号；第4,424,219号；第4,450,254号；第4,362,663号；および第4,371,533号明細書において開示される。メイタンシノイド薬物モイエティは抗体薬物コンジュゲート（複合体とも言う）において魅力的な薬物モイエティであり、その理由はそれらが以下のものだからである：（i）発酵または化学修飾、発酵産物の誘導体化によって調製することが比較的容易であり、（ii）抗体への非ジスルフィドリンカーを通したコンジュゲーションに適した官能基により誘導体化を受け易く、（iii）血しょう中で安定であり、および（iv）様々の腫瘍細胞系に対して有効である。

適切なメイタンシノイドの例には、メイタンシノールのエステル、合成メイタンシノール、およびメイタンシノール類縁体および誘導体が含まれる。ここに含まれるのは微小管形成を抑制し、および哺乳類細胞に対して高度に毒性である任意の細胞毒素であり、そのままメイタンシノイド、メイタンシノール、およびメイタンシノール類縁体、ならびに誘導体である。

好適なメイタンシノールエステルの例には、修飾された芳香環を有するものおよび他の位置にて修飾を有するものが含まれる。そのような好適なメイタンシノイドは米国特許第4,137,230号；第4,151,042号；第4,248,870号；第4,256,746号；第4,260,608号；第4,265,814号；第4,294,757号；第4,307,016号；第4,308,268号；第4,308,269号；第4,309,428号；第4,313,946号；第4,315,929号；第4,317,821号；第4,322,348号；第4,331,598号；第4,361,650号；第4,362,663号；第4,364,866号；第4,424,219号；第4,450,254号；第4,322,348号；第4,362,663号；第4,371,533号；第5,208,020号；第5,416,064号；第5,475,092号；第5,585,499号；第5,846,545号；第6,333,410号；第7,276,497号；および第7,473,796号明細書に開示され、これらの各々の開示はそれらがメイタンシノイドおよびそれらの誘導体に関わるものとして参照によってここに組み込まれる。

いくらかの実施態様では、本開示の抗体薬物コンジュゲート（ADCs）は含チオールメイタンシノイド（DM1）、正式にはN2′-デアセチル-N2′-(3-メルカプト-1-オキソプロピル)-メイタンシンを細胞傷害性薬剤として活用する。DM1は構造式（V）によって代表される：

別の実施態様では、本開示のコンジュゲートは含チオールメイタンシノイドN2′-デアセチル-N2′(4-メチル-4-メルカプト-1-オキソペンチル)-メイタンシン（例は、DM4）を細胞傷害性薬剤として活用する。DM4は構造式（VI）によって代表される：

立体障害チオール結合を含む側鎖が含まれる別のメイタンシノイドはN2′-デアセチル-N-2′(4-メルカプト-1-オキソペンチル)-メイタンシン（DM3と称する）であり、構造式（VII）によって代表される：

米国特許第第5,208,020号および第7,276,497号明細書に教示されたメイタンシノイドの各々はまた、本開示のコンジュゲートにおいて使用することができる。この点に関して、5,208,020および7,276,697の開示全体は参照によりここに組み込まれる。

メイタンシノイド上の多くの位置は連結モイエティを化学的に連結する位置として機能することができる。例えば、ヒドロキシル基を有するC-3位置、ヒドロキシメチルにより修飾されたC-14位置、ヒドロキシにより修飾されたC-15位置およびヒドロキシ基を有するC-20位置はすべて有用であると予想される。いくらかの実施態様において、C-3位置は連結モイエティを化学的に連結する位置として機能し、およびいくらかの特定の実施態様において、メイタンシノールのC-3位置は連結モイエティを化学的に連結する位置として機能する。抗体-メイタンシノイドコンジュゲートを作成するために当技術で知られている多くの連結基があり、例えば、米国特許第5,208,020号、第6,441,163号、およびEP特許第0425235B1号；Chari（シャリ）ら, Cancer Research（キャンサー・リサーチ）52：127-131（1992）；および米国特許出願公開第2005/0169933 A1号に開示されるものが含まれ、これらの開示は参照によりここに明示的に組み込まれる。追加の連結基はここに記載され、および例証される。

本開示はまた、メイタンシノイドおよびコンジュゲートの種々の異性体および混合物を含む。本開示の一定の化合物およびコンジュゲートは種々の立体異性体、エナンチオマー、およびジアステレオマー形態において存在し得る。そのような抗体-メイタンシノイドコンジュゲートを生産するためのいくつかの記載は米国特許第5,208,020号、第5,416,064号、第6,333,410号、第6,441,163号、第6,716,821号、および第7,368,565号明細書に提供され、これらの各々はその全体がここに組み込まれる。

抗体分子あたり結合した治療上有効な数のメイタンシノイド分子は252nmおよび280nmでの吸光度の比を分光光度法で測定することによって決定することができる。一定の実施態様では、抗体1分子あたり平均3より4個までコンジュゲーションしたメイタンシノイド分子は、1分子の毒素/抗体が抗体単独よりも細胞傷害性を高めることができるが、抗体の機能または溶解性に悪影響を与えることなく標的細胞の細胞傷害性を高め得る。メイタンシノイド分子/抗体またはその抗原結合性断片の平均数は例えば、1-10個または2-5個であることができる。
アントラサイクリン類

他の実施態様では、ここに記載の抗体およびその抗原結合性断片はアントラサイクリン分子である細胞毒素にコンジュゲートさせることができる。アントラサイクリンは細胞傷害性活性を見せる抗生物質化合物である。研究はアントラサイクリンが以下を含めて多くの異なるメカニズムによって細胞を殺すように動作し得ると指し示す：1）細胞のDNAへの薬物分子の差し込み、それによるDNA依存性の核酸合成の抑制；2）薬物によるフリーラジカルの生成であり、それは細胞の高分子と反応して細胞に損傷を与える、または3）薬物分子および細胞膜の相互作用［例は、C. Peterson（ピーターソン）ら、「Transport And Storage Of Anthracycline In Experimental Systems And Human Leukemia（実験系およびヒト白血病におけるアントラサイクリンの輸送および貯蔵）」in Anthracycline Antibiotics In Cancer Therapy（癌治療におけるアントラサイクリン系抗生物質）；N.R. Bachur（バクール）、「Free Radical Damage（フリーラジカル損傷）」id.（同上）、97-102頁参照］。それらの細胞毒性能のために、アントラサイクリンは多数のガン、例えば、白血病、胸部ガン腫、肺ガン腫、卵巣腺ガンおよび肉腫などのようなものの処置において使用されてきた［例は、P.H- Wiernik（ビエルニク）, in Anthracycline: Current Status And New Developments（アントラサイクリン：現状および新たな展開）11頁参照］。普通に用いられるアントラサイクリンには、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシンおよびダウノマイシンが含まれる。いくらかの実施態様では、細胞毒素はダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、およびイダルビシンからなる群より選ばれるアントラサイクリンである。アントラサイクリンの代表例には、制限されないが、ダウノルビシン（Cerubidine（セルビジン）；Bedford Laboratories（ベッドフォード研究所）、ドキソルビシン（Adriamycin（アドリアマイシン）；Bedford Laboratories；また塩酸ドキソルビシン、ヒドロキシダウルビシン、およびRubex（ルベックス）とも言及される）、エピルビシン（Ellence（エレンス）；Pfizer（ファイザー））、イダルビシン（Idamycin（イダマイシン）；Pfizer Inc.（ファイザー社））が含まれる。

アントラサイクリン類縁体、ドキソルビシン（ADRIAMYCINO（アドリアマイシンO））は、転写のためにDNAを巻き戻す酵素トポイソメラーゼIIのインターカレーションおよび進行の抑制によってDNAと相互作用すると考えられる。ドキソルビシンは複製のためにDNA鎖を切断した後のトポイソメラーゼII複合体を安定化させ、DNA二重らせんの封じ直しを防ぎ、およびそれによって複製の過程が停止される。ドキソルビシンおよびダウノルビシン（DAUNOMYCIN（ダウノマイシン））はプロトタイプの細胞傷害性自然生産物アントラサイクリン化学治療薬（prototype cytotoxic natural product anthracycline chemotherapeutics）である（Sessa（セッサ）ら, （2007）Cardiovasc. Toxicol.（カーディオバスキュラー・トクシコロジー）7:75-79）。

ここで用いられるのに適したアントラサイクリンの1つの非制限的な例は、PNU-159682（「PNU」）である。PNUは親ネモルビシンに関して3000倍を超える細胞傷害性を見せる（Quintieri（キンティエリ）ら, Clinical Cancer Research（クリニカル・キャンサー・リサーチ）2005、11、1608-1617）。PNUは次の構造式で代表される：

アントラサイクリン、例えば、PNUなどのようなものの上の複数の位置は、連結モイエティ、およびそれゆえにここに記載のような抗CD117抗体またはその抗原結合性断片を共有結合する位置として機能することができる。例えば、リンカーはヒドロキシメチルケトン側鎖への修飾を通して導入され得る。

いくらかの実施態様において、細胞毒素は次の構造式によって代表されるPNU誘導体である：

式中、波線はここに記載のようにADCのリンカーへの共有結合的な付着のポイントを指し示す。

いくらかの実施態様において、サイトトキシンは次の構造式で代表されるPNU誘導体である：

式中、波線はここに記載のようなADCのリンカーへの共有結合的付着の点を指し示す。
ベンゾジアゼピン系細胞毒素類（例は、ピロロベンゾジアゼピン類（PBDs））

他の実施態様では、ここに記載の抗CD117抗体またはその抗原結合性断片はピロロベンゾジアゼピン（PBD）である細胞毒素またはPBDを含む細胞毒素にコンジュゲートすることができる。PBDsは一定の放線菌によって生産される自然生産物であり、および配列選択的なDNAアルキル化化合物であることが示されている。PBD細胞毒素には、制限されないが、アントラマイシン、二量体PBDs、および例えば、Hartley（ハートリー），J. A. (2011). 「The development of pyrrolobenzodiazepines as antitumour agents（抗腫瘍剤としてのピロロベンゾジアゼピンの開発）」. Expert Opin. Inv. Drug（エキスパート・オピニオン・オン・インベスティゲーショナル・ドラッグズ）, 20(6), 733-744；およびAntonow（アントノウ）, D.; Thurston（サーストン）, D.E. (2011)「Synthesis of DNA-interactive pyrrolo[2,1-c][1,4]benzodiazepines (PBDs)（DNA相互作用性ピロロ[2,1-c][1,4]ベンゾジアゼピン(PBDs)の合成）」. Chem. Rev.（ケミカル・レビューズ）111: 2815-2864に開示されたものが含まれる。

いくらかの実施態様において、細胞毒素は次の式で代表されるピロロベンゾジアゼピン二量体であり得る：

式中、波線はリンカーの付着点を指し示す。

いくらかの実施態様では、細胞毒素はマレイミドカプロイルリンカーによって、抗体またはその抗原結合性断片にコンジュゲートされる。

いくらかの実施態様では、リンカーはペプチド、オリゴ糖、-(CH₂)_p-、-(CH₂CH₂O)_q-、-(C=O)(CH₂)_r-、-(C=O)(CH₂CH₂O)_t-、-(NHCH₂CH₂)_u-、-PAB、Val-Cit-PAB、Val-Ala-PAB、Val-Lys(Ac)-PAB、Phe-Lys-PAB、Phe-Lys(Ac)-PAB、D-Val-Leu-Lys、Gly-Gly-Arg、Ala-Ala-Asn-PAB、またはAla-PABからなる1以上のものを含み、そこ各々のp、q、r、t、およびuは1-12からの整数であり、各発生について無関係に選ばれる。

いくらかの実施態様では、リンカーは次の式の構造を有する：

式中、R₁はCH₃(Ala)または(CH₂)₃NH(CO)NH₂(Cit)である。

いくらかの実施態様では、リンカーは、抗体へのコンジュゲーションに先立ち、および反応性置換基Z'を含めて、L-Z'として一緒に考えられ（taken together as L-Z'）、次の構造を有する：

式中、波線は細胞毒素（例は、PBD）への付着点を指し示す。一定の実施態様において、R₁はCH₃である。

いくらかの実施態様では、細胞毒素-リンカーコンジュゲートは、抗体へのコンジュゲーションに先立ち、および反応性置換基Z'を含めて、Cy-L-Z'として一緒に考えられ、次の式の構造を有する：

この一定の細胞毒素-リンカーコンジュゲートはテシリン（SG3249）として知られ、および例えば、Howard（ハワード）ら, ACS Med. Chem. Lett.（ACSメディシナル・ケミストリー・レターズ）2016, 7(11), 983-987に記載されており、その開示内容は参照によりその全体がここに組み込まれる。

いくらかの実施態様では、細胞毒素は次の式で代表されるピロロベンゾジアゼピン二量体であり得る：

式中、波線はリンカーの付着点を指し示す。

いくらかの実施態様では、細胞毒素-リンカーコンジュゲートは、抗体へのコンジュゲーションに先立ち、および反応性置換基Z'を含めて、Cy-L-Z'として一緒に考えられ、次の式の構造を有する：

この特定の細胞毒素-リンカーコンジュゲートはタリリン（talirine）として知られり、および例えば、ADC Vadastuximab talirine（ADCバダスツキシマブタリリン）(SGN-CD33A), Mantaj（マンタイ）ら, Angewandte Chemie International Edition English（アンゲヴァンテ・ケミー・インターナショナル・エディション・イングリッシュ）2017,56, 462-488に関連して記載され、その開示は参照によりその全体がここに組み込まれる。

いくらかの実施態様では、細胞毒素は次の式の構造を有するインドリノベンゾジアゼピン擬二量体であり得る：

式中、波線はリンカーの付着点を指し示す。

いくらかの実施態様では、細胞毒素-リンカーコンジュゲートは、抗体へのコンジュゲーション前の、および反応性置換基Z'を含め、Cy-L-Z'として一緒に考えられ、次の式の構造を有する：

それはADC IMGN632を含み、例えば、国際特許出願公開第WO2017004026に開示され、それは参照によりここに組み込まれる。
カリケアマイシン

他の実施態様では、ここに記載の抗体およびその抗原結合性断片はエンジイン抗腫瘍抗生物質（例は、カリケアマイシン類、オゾガマイシン）である細胞毒素にコンジュゲートすることができる。カリケアマイシンファミリーの抗生物質はサブピコモル濃度にて二本鎖DNA切断を生成することが可能である。カリケアミシンファミリーのコンジュゲートの調製についてU.S. Pat. 第5,712,374；5,714,586；5,739,116；5,767,285；5,770,701；5,770,710；5,773,001；および5,877,296号を参照（すべてはAmerican Cyanamid Company（アメリカン・シアナミド社）に対する）。使用し得るカリケアマイシンの構造類縁体には、制限されないが、例えば、Hinman（ヒンマン）ら, Cancer Research 53:3336-3342（1993）、Lode（ロード）ら, Cancer Research 58:2925-2928（1998）、およびAmerican Cyanamidに対する前述の米国特許に開示されるものが含まれる。

模範的なカリケアマイシンはγ₁と命名され、それはここにおいて単にガンマとして参照され、および次の構造式を有する：

いくらかの実施態様において、カリケアマイシンはガンマ-カリケアマイシン誘導体またはN-アセチルガンマ-カリケアマイシン誘導体であってもよい。使用され得るカリケアマイシンの構造類縁体には、制限されないが、例えば、Hinmanら, Cancer Research 53:3336-3342（1993）、Lodeら, Cancer Research 58:2925-2928（1998）、および前述の米国特許に開示されたものが含まれる。カリケアマイシンはメチルトリスルフィドモイエティを含み、それはジスルフィドを形成するために適切なチオールと反応させることができると同時に、リンカーを介して、カリケアマイシン誘導体をここに記載の抗CD117抗体またはその抗原結合性断片に付着させるのに有用な官能基が導入される。カリケアマイシンファミリーのコンジュゲートの調製について、U.S. Pat. 第5,712,374号；第5,714,586号；第5,739,116号；第5,767,285号；第5,770,701号；第5,770,710号；第5,773,001号；および第5,877,296号を参照（すべてAmerican Cyanamid Companyに対して）。使用され得るカリケアマイシンの構造類縁体には、制限されないが、例えば、Hinmanら, Cancer Research 53:3336-3342（1993）、Lodeら, Cancer Research 58:2925-2928（1998）、およびAmerican Cyanamidに対する前述の米国特許に開示されるものが含まれる。

一実施態様において、ここに開示されるようなADCの細胞毒素は次の式で代表されるカリケアマイシンジスルフィド誘導体であり得る：

式中、波線はリンカーの付着点を指し示す。
リボソーム不活性化タンパク質（RIPs）

いくらかの実施態様において、抗CD117抗体にコンジュゲーションした細胞毒素はリボソーム不活性化タンパク質（RIP）である。リボソーム不活性化タンパク質は通常不可逆的にリボソームに作用するタンパク質合成抑制物質である。RIPsは植物、ならびに細菌にも見出される。RIPsの例には、制限されないが、サポリン、リシン、アブリン、ゲロニン、シュードモナス外毒素（または外毒素A）、トリコサンチン、ルフィン、アグルチニン（凝集素）およびジフテリア毒素が含まれる。

ここに開示されるADCsおよび方法において使用され得るRIPの別の例は、志賀毒素（Shiga toxin）（Stx）または志賀毒素様毒素（Shiga-like toxins）（SLT）である。志賀毒素（Stx）はShigella dysenteriae 1（シゲラ・ディセンテリアエ1）およびEscherichia coli（エシェリキア・コリ、大腸菌などとも言う）のいくらかの血清群（血清型O157：H7、およびO104：H4を含む）に見られる強力な細菌毒素である（E. coliではStx1と呼ばれる）。Stx1に加え、いくらかのE. coli株はStx/Stx1と同じ作用のモードを持つが抗原的に別個の第2タイプのStx（Stx2）を生産する。この毒素は志賀潔（Kiyoshi Shiga）にちなんで命名され、彼はShigella dysenteriaeによって引き起こされた赤痢の細菌学的起源を最初に報告した。SLTは大腸菌が生産する類縁あるいは同一の毒素についての歴史的な用語である。各毒素の亜型が識別されているため、当時、各グループについての原型の毒素をStx1aまたはStx2aと称する。Stx1aおよびStx2aは、種々の細胞型に対する細胞傷害性における違いを見せ、受容体類縁体または模倣物に同様でなく（dissimilarly to）結合し、差動ケモカイン応答を誘導し、およびいくつかの特徴的な構造特性を有する。

志賀毒素ファミリーのメンバーは構造的および機能的に関連する自然に発生するタンパク質毒素、特に、S. dysenteriaeおよび大腸菌から分離された毒素のファミリーの任意のメンバーに言及する（Johannes（ヨハネス）L, Romer（レーメル）W, Nat Rev Microbiol（ネイチャー・レビューズ．マイクロバイオロジー）8: 105-16 (2010)）。例えば、志賀毒素ファミリーはS. dysenteriae血清型1から分離された真の志賀毒素（Stx）、腸管出血性大腸菌の血清型から分離された志賀毒素様毒素1変種（SLT1またはStx1またはSLT-1またはSlt-I）、および腸管出血性大腸菌の血清型から分離された志賀毒素様毒素2変種（SLT2またはStx2またはSLT-2）を包含する。SLT1はStxから1残基だけで異なり、および両者はVerocytotoxins（ベロサイト毒素）またはベロ毒素（VTs）と称される（O'Brien（オブライエン）Aら, Curr Top Microbiol Immunol（カレント・トピックス・イン・マイクロバイオロジー・アンド・イムノロジー）180: 65-94 (1992)）。SLT1およびSLT2変種はアミノ酸配列レベルでは互いに約53-60％しか類似していないが、それらは志賀毒素ファミリーのメンバーと共通の酵素活性および細胞傷害性のメカニズムを共有する（Johannes, Nat Rev Microbiol 8: 105-16 (2010)）。

志賀毒素ファミリーのメンバーは2つのサブユニット；AサブユニットおよびBサブユニットを有する。Bサブユニットは糖脂質グロボトリアオシルセラミド（Gb3）として知られる細胞膜の成分に結合する。Gb3へのサブユニットBの結合は、細い管状の膜嵌入の誘導が引き起こされ、それは細菌が細胞中に取り込まれるための内向き膜の管の形成を推進する。志賀毒素（非細孔形成性毒素）はゴルジネットワークおよびER（小胞体）を介して細胞質へ移行する。ゴルジ体から毒素はERへ輸送される（trafficked）。志賀毒素はリシンと同様のメカニズムによって標的細胞内のタンパク質合成を抑制する（Sandvig（サンドビグ）およびvan Deurs（ファン・デウルス）(2000) EMBO J（EMBOジャーナル）19(220:5943)）。細胞に侵入した後、毒素のAサブユニットはリボソームの60Sサブユニットの28S RNAから特定のアデニン核酸塩基を開裂させ、それによってタンパク質合成が停止される（Donohue-Rolfe（ドノヒュー-ロルフ）ら（2010）Reviews of Infectious Diseases（レビューズ・オブ・インフェクシャス・ディジーズ）13 Suppl.（サプルメント）4(7): S293-297）。

ここで用いられるように、志賀ファミリー毒素への言及は、自然発生性タンパク質毒素の志賀毒素ファミリーの任意のメンバー（例は、S. dysenteriaeおよび大腸菌から分離された毒素）に言及し、それらは構造的および機能的に関連する。例えば、志賀毒素ファミリーはS. dysenteriae血清型1から分離された真の志賀毒素（Stx）、腸管出血性大腸菌の血清型から分離された志賀毒素様毒素1変種（SLT1またはStx1またはSLT-1またはSlt-I）、および腸管出血性大腸菌の血清型から分離された志賀毒素様毒素2変種（SLT2またはStx2またはSLT-2）を包含する。ここで用いられるように、「志賀ファミリー毒素からのサブユニットA」または「志賀ファミリー毒素サブユニットA」は志賀毒素ファミリーの任意のメンバー、志賀毒素または志賀毒素様毒素を含め、それらからのサブユニットAに言及する。

一実施態様では、抗CD117 ADCは、志賀ファミリー毒素サブユニットA、または細胞毒性活性、即ち、リボソーム抑制活性を有する志賀ファミリー毒素サブユニットAの一部にコンジュゲートした抗CD117抗体を含む。志賀毒素サブユニットA細胞傷害性活性には、例えば、リボソーム不活性化、タンパク質合成抑制、N-グリコシダーゼ活性、ポリヌクレオチド：アデノシングリコシダーゼ活性、RNAase（RNアーゼ）活性、およびDNAase（DNアーゼ）活性が含まれる。志賀毒素エフェクター活性についてのアッセイの非制限的な例は、タンパク質合成抑制活性、脱プリン活性、細胞増殖の抑制、細胞傷害性、スーパーコイルDNA緩和活性（relaxation activity）、およびヌクレアーゼ活性を測定する。

一定の実施態様において、抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は、志賀ファミリー毒素Aサブユニット、またはリボソーム抑制活性を有するその断片にコンジュゲートする。志賀ファミリー毒素サブユニットAの例は志賀毒素様毒素サブユニットA（SLT-1A）であり、そのアミノ酸配列は以下に提供される
KEFTLDFSTAKTYVDSLNVIRSAIGTPLQTISSGGTSLLMIDSGSGDNLFAVDVRGIDPEEGRFNNLRLIVERNNLYVTGFVNRTNNVFYRFADFSHVTFPGTTAVTLSGDSSYTTLQRVAGISRTGMQINRHSLTTSYLDLMSHSGTSLTQSVARAMLRFVTVTAEALRFRQIQRGFRTTLDDLSGRSYVMTAEDVDLTLNWGRLSSVLPDYHGQDSVRVGRISFGSINAILGSVALILNCHHHASRVARMASDEFPSMCPADGRVRGITHNKILWDSSTLGAILMRRTISS
(配列番号42)。

志賀ファミリー毒素サブユニットAの別の例は志賀毒素サブユニットA（StxA）であり、そのアミノ酸配列は以下に提供される
KEFTLDFSTAKTYVDSLNVIRSAIGTPLQTISSGGTSLLMIDSGTGDNLFAVDVRGIDPEEGRFNNLRLIVERNNLYVTGFVNRTNNVFYRFADFSHVTFPGTTAVTLSGDSSYTTLQRVAGISRTGMQINRHSLTTSYLDLMSHSGTSLTQSVARAMLRFVTVTAEALRFRQIQRGFRTTLDDLSGRSYVMTAEDVDLTLNWGRLSSVLPDYHGQDSVRVGRISFGSINAILGSVALILNCHHHASRVARMASDEFPSMCPADGRVRGITHNKILWDSSTLGAILMRRTISS
(配列番号43)。

志賀ファミリー毒素サブユニットAの別の例は志賀毒素様毒素2サブユニットA（SLT-2A）であり、そのアミノ酸配列は以下に提供される
DEFTVDFSSQKSYVDSLNSIRSAISTPLGNISQGGVSVSVINHVLGGNYISLNVRGLDPYSERFNHLRLIMERNNLYVAGFINTETNIFYRFSDFSHISVPDVITVSMTTDSSYSSLQRIADLERTGMQIGRHSLVGSYLDLMEFRGRSMTRASSRAMLRFVTVIAEALRFRQIQRGFRPALSEASPLYTMTAQDVDLTLNWGRISNVLPEYRGEEGVRIGRISFNSLSAILGSVAVILNCHSTGSYSVRSVSQKQKTECQIVGDRAAIKVNNVLWEANTIAALLNRKPQDLTEPNQ
(配列番号44)。

一定の状況において、自然に発生する志賀ファミリー毒素サブユニットAは約22アミノ酸のシグナル配列がそれらのアミノ末端にて含まれる前駆体形態を含み得、それらは成熟志賀ファミリー毒素Aサブユニットを生成するために除去され、および当技術における熟練作業者に認識可能である。志賀ファミリー毒素サブユニットAの細胞傷害性断片または切詰め型（truncated versions）もまた、ここに開示されるADCsおよび方法において使用され得る。

一定の実施態様では、志賀ファミリー毒素サブユニットAは、自然に発生する志賀毒素Aサブユニットと最大で1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35．40個またはそれらよりも多くのアミノ酸残基によって（ただし、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、少なくとも約99％、またはそれらよりも多くのアミノ酸配列同一性を保持するものを超えないものによって）異なる。いくらかの実施態様では、志賀ファミリー毒素サブユニットAは、自然に発生する志賀ファミリー毒素サブユニットAと最大で1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40個またはそれらよりも多くのアミノ酸残基によって（ただし、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、少なくとも約99％またはそれらよりも多くのアミノ酸配列同一性を保持するものを超えないものによって）異なる。それゆえに、志賀毒素ファミリーのメンバーのAサブユニットから導き出されるポリペプチド領域は自然に発生する志賀ファミリー毒素サブユニットAに対して少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、少なくとも約99％またはそれらよりも多くのアミノ酸配列同一性が維持される限り、元の配列からの付加、欠失、切詰め、または他の改変を含み得る。

したがって、一定の実施態様において、志賀ファミリー毒素サブユニットAは、自然に発生する志賀ファミリー毒素サブユニットA、例えば、SLT-1A（配列番号42）、StxA（配列番号43）、および/またはSLT-2A（配列番号44）などのようなものと少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、少なくとも約99％、少なくとも約99.5％、少なくとも約99.6%、少なくとも約99.7%、少なくとも約99.8%、少なくとも約99.9%またはそれらよりも多くの全体の配列同一性のアミノ酸配列を含むか、または本質的になる。

細胞毒として好適な志賀毒素およびRIPsは例えば、US20180057544に開示されており、それは参照によりその全体がここに組み込まれる。
アウリスタチン類

ここに記載の抗CD117抗体、およびその抗原結合性断片はアウリスタチンである細胞毒素にコンジュゲートすることができる（米国特許第5,635,483号；第5,780,588号）。アウリスタチンは微小管ダイナミクス、GTP加水分解、ならびに核および細胞分裂を干渉する抗有糸分裂性薬剤であり（Woyke（ウォイケ）ら (2001) Antimicrob. Agents and Chemother.（アンチマイクロバイアル・エージェンツ・アンド・ケモセラピー）45(12):3580-3584）、および抗ガン活性（米国特許第5,663,149号）、および抗真菌活性（Pettit（ペティット）ら (1998) Antimicrob. Agents Chemother. 42:2961-2965)を有する。（米国特許第5,635,483号；同第5,780,588号）。アウリスタチン薬物モイエティはペプチド薬物モイエティのN-（アミノ）末端またはC-（カルボキシル）末端を通して抗体に付着し得る（WO 02/088172）。

模範的なアウリスタチンの実施態様はSenter（センター）ら, Proceedings of the American Association for Cancer Research（プロシーディングズ・オブ・ジ・アメリカン・アソシエーション・フォー・キャンサー・リサーチ）, Volume 45, Abstract Number 623, presented Mar. 28, 2004（第45巻、抄録番号623、2004年3月28日）に発表されたN末端連結モノメチルアウリスタチン薬物モイエティDEおよびDFを含み、その開示内容は参照によりその全体を明示的に組み込む。

模範的なアウリスタチンの実施態様は以下のMMAEである。：

式中、波線は抗体-リンカーコンジュゲート（-L-Z-Ab、ここに記載のようなもの）のリンカーへの共有結合的付着の点を指し示す。

別の模範的なアウリスタチンの実施態様はMMAF：

であり、式中、波線はUS 2005/0238649に開示されているように、抗体-リンカーコンジュゲートのリンカーへの共有結合的付着の点を指し示す（-L-Z-Ab、ここに記載のようなもの）

アウリスタチンは以下の方法に従って調製し得る：米国特許第5,635,483号；米国特許第5,780,588号；Pettitら (1989) J. Am. Chem. Soc.（ジャーナル・オブ・ジ・アメリカン・ケミカル・ソサエティ）111:5463-5465；Pettitら (1998) Anti-Cancer Drug Design（アンチ-キャンサー・ドラッグ・デザイン）13:243-277；Pettit, G. R.,ら Synthesis（シンセシス）, 1996, 719-725；Pettitら (1996) J. Chem. Soc. Perkin Trans.（ジャーナル・オブ・ザ・ケミカル・ソサエティ-パーキン・トランザクションズ）15:859-863；およびDoronina（ドロニナ） (2003) Nat. Biotechnol. 21(7):778-784.
アマトキシン類

いくらかの実施態様では、抗体-薬物コンジュゲートの細胞毒素はRNAポリメラーゼ抑制物質である。いくらかの実施態様では、RNAポリメラーゼ抑制物質はアマトキシンまたはその誘導体である。

いくらかの実施態様では、細胞毒素はアマトキシンまたはその誘導体、例えば、α-アマニチン、β-アマニチン、γ-アマニチン、ε-アマニチン、アマニン、アマニンアミド、アマヌリン、アマヌリン酸、およびプロアマヌリンなどのようなものである。種々の自然に発生するアマトキシンの構造は式IIIによって代表され、例は、Zanotti（ザノッティ）ら, Int. J. Peptide Protein Res.（インターナショナル・ジャーナル・オブ・ペプチド・アンド・プロテイン・リサーチ）30, 1987, 450-459に開示される。一実施態様では、細胞毒素はアマニチンである。

いくらかの実施態様では、細胞毒素は式III、IIIA、IIIB、またはIIICのアマトキシンである。例として、ここに記載の抗体、または抗原結合性断片は式Ab-Z-L-Amによって代表されるコンジュゲートを形成するように、アマトキシンに結合し得、式中Abは抗体、またはその抗原結合性断片、Lはリンカー、Zは化学的モイエティおよびAmはアマトキンである。アマトキシンまたはその誘導体上の多くの位置は、連結モイエティL、およびゆえに抗体またはその抗原結合性断片を共有結合する位置として機能することができる。いくらかの実施態様において、Am-L-Zは次の式（I）で代表される

であり、式中、R₁はH、OH、OR_A、またはOR_Cであり；
R₂はH、OH、OR_B、またはOR_Cであり；
R_AおよびR_Bは、存在するとき、酸素原子と一緒になってそれにそれらが結合し、随意に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成するために組み合わされ；
R₃はH、R_C、またはR_Dであり；
R₄はH、OH、OR_C、OR_D、R_C、またはR_Dであり；
R₅はH、OH、OR_C、OR_D、R_C、またはR_Dであり；
R₆はH、OH、OR_C、OR_D、R_C、またはR_Dであり；
R₇はH、OH、OR_C、OR_D、R_C、またはR_Dであり；
R₈はOH、NH₂、OR_C、OR_D、NHR_C、またはNR_CR_Dであり；
R₉はH、OH、OR_C、またはOR_Dであり；
Xは-S-、-S(O)-、または-SO₂-であり；
R_Cは-L-Zであり；
R_Dは、随意に置換されたアルキル（例は、C₁-C₆アルキル）、随意に置換されたヘテロアルキル（例は、C₁-C₆ヘテロアルキル）、随意に置換されたアルケニル（例は、C₂-C₆アルケニル）、随意に置換されたヘテロアルケニル（例は、C₂-C₆ヘテロアルケニル）、随意に置換されたアルキニル（例は、C₂-C₆アルキニル）、随意に置換されたヘテロアルキニル（例は、C₂-C₆ヘテロアルキニル）、随意に置換されたシクロアルキル、随意に置換されたヘテロシクロアルキル、随意に置換されたアリール、または随意に置換されたヘテロアリールであり；
Lはリンカー、例えば、随意に置換されたアルキレン（例は、C₁-C₆アルキレン）、随意に置換されたヘテロアルキレン（C₁-C₆ヘテロアルキレン）、随意に置換されたアルケニレン（例は、C₂-C₆アルケニレン）、随意に置換されたへテロアルケニレン（例は、C₂-C₆へテロアルケニレン）、随意に置換されたアルキニレン（例は、C₂-C₆アルキニレン）、随意に置換されたヘテロアルキニレン（例は、C₂-C₆ヘテロアルキニレン）、随意に置換されたシクロアルキレン、随意に置換されたヘテロシクロアルキレン、随意に置換されたアリレン、随意に置換されたヘテロアリレン、ペプチド、ジペプチド、-(C=O)-、ジスルフィド、チオエーテル、ヒドラゾン、またはそれらの組合せであり；および
ZはL上に存在する反応性置換基（substituent）およびCD117（例えば、GNNK+CD117などのようなもの）を結合する抗体、またはその抗原結合性断片内に存在する反応性置換基間のカップリング反応から形成される化学的モイエティである。

いくらかの実施態様において、Amは1つのR_C置換基を正確に含む。

いくらかの実施態様では、リンカーは-(CH)_2n-単位を含み、そこでnは2-6からの整数である。いくらかの実施態様では、リンカーは-((CH₂)_nを含み、そこでnは6である。いくらかの実施態様では、L-Zは

であり、式中、SはCD117を結合する抗体、またはその抗原結合性断片内に存在する反応性置換基を代表する硫黄原子である（例は、システイン残基の-SH基から）。

いくらかの実施態様において、L-Zは

であり、式中、SはCD117を結合する抗体またはその抗原結合性断片内に存在する反応性置換基を代表する硫黄原子である（例は、システイン残基の-SH基から）。

いくらかの実施態様において、Am-L-Z-Abは以下のうちの1つである：

式中、Xは-S-、-S(O)-、または-SO₂-であり、およびAbはAb付着の点を指し示すために現わす。

いくらかの実施態様において、Am-L-Z-Abは次のものである。

いくらかの実施態様において、Am-L-Z-Abは次のものである。

いくらかの実施態様では、Am-L-Z-Abは次のものである。

いくらかの実施態様において、Am-L-Z-Abは式（IA）によって代表される。

であり、式中、R₁はH、OH、OR_A、またはOR_Cであり；
R₂はH、OH、OR_B、またはOR_Cであり；
R_AおよびR_Bは、存在するとき、酸素原子と一緒になってそれにそれらが結合し、随意に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成するために組み合わされ；
R₃はH、R_C、またはR_Dであり；
R₄はH、OH、OR_C、OR_D、R_C、またはR_Dであり；
R₅はH、OH、OR_C、OR_D、R_C、またはR_Dであり；
R₆はH、OH、OR_C、OR_D、R_C、またはR_Dであり；
R₇はH、OH、OR_C、OR_D、R_C、またはR_Dであり；
R₈はOH、NH₂、OR_C、OR_D、NHR_C、またはNR_CR_Dであり；
R₉はH、OH、OR_C、またはOR_Dであり；
Xは-S-、-S(O)-、または-SO₂-であり；
R_Cは-L-Zであり；
R_Dは、随意に置換されたアルキル（例は、C₁-C₆アルキル）、随意に置換されたヘテロアルキル（例は、C₁-C₆ヘテロアルキル）、随意に置換されたアルケニル（例は、C₂-C₆アルケニル）、随意に置換されたヘテロアルケニル（例は、C₂-C₆ヘテロアルケニル）、随意に置換されたアルキニル（例は、C₂-C₆アルキニル）、随意に置換されたヘテロアルキニル（例は、C₂-C₆ヘテロアルキニル）、随意に置換されたシクロアルキル、随意に置換されたヘテロシクロアルキル、随意に置換されたアリール、または随意に置換されたヘテロアリールであり；
Lはリンカー、例えば、随意に置換されたアルキレン（例は、C₁-C₆アルキレン）、随意に置換されたヘテロアルキレン（C₁-C₆ヘテロアルキレン）、随意に置換されたアルケニレン（例は、C₂-C₆アルケニレン）、随意に置換されたへテロアルケニレン（例は、C₂-C₆へテロアルケニレン）、随意に置換されたアルキニレン（例は、C₂-C₆アルキニレン）、随意に置換されたヘテロアルキニレン（例は、C₂-C₆ヘテロアルキニレン）、随意に置換されたシクロアルキレン、随意に置換されたヘテロシクロアルキレン、随意に置換されたアリレン、随意に置換されたヘテロアリレン、ペプチド、ジペプチド、-(C=O)-、ジスルフィド、チオエーテル、ヒドラゾン、またはそれらの組合せであり；
ZはL上に存在する反応性置換基（substituent）およびCD117（例えば、GNNK+CD117などのようなもの）を結合する抗体、またはその抗原結合性断片内に存在する反応性置換基間のカップリング反応から形成される化学的モイエティであり；および
そこでAmは1つのR_C置換基を正確に含む。

いくらかの実施態様において、リンカーは-((CH₂)_nを含み、そこでnは6である。

いくらかの実施態様において、L-Zは次のものである。

いくらかの実施態様では、L-Zは次のものである。

いくらかの実施態様において、Am-L-Zは式（IB）によって代表される。

であり、式中、R₁はH、OH、OR_A、またはOR_Cであり；
R₂はH、OH、OR_B、またはOR_Cであり；
R_AおよびR_Bは、存在するとき、酸素原子と一緒になってそれにそれらが結合し、随意に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成するために組み合わされ；
R₃はH、R_C、またはR_Dであり；
R₄はH、OH、OR_C、OR_D、R_C、またはR_Dであり；
R₅はH、OH、OR_C、OR_D、R_C、またはR_Dであり；
R₆はH、OH、OR_C、OR_D、R_C、またはR_Dであり；
R₇はH、OH、OR_C、OR_D、R_C、またはR_Dであり；
R₈はOH、NH₂、OR_C、OR_D、NHR_C、またはNR_CR_Dであり；
R₉はH、OH、OR_C、またはOR_Dであり；
Xは-S-、-S(O)-、または-SO₂-であり；
R_Cは-L-Zであり；
R_Dは、随意に置換されたアルキル（例は、C₁-C₆アルキル）、随意に置換されたヘテロアルキル（例は、C₁-C₆ヘテロアルキル）、随意に置換されたアルケニル（例は、C₂-C₆アルケニル）、随意に置換されたヘテロアルケニル（例は、C₂-C₆ヘテロアルケニル）、随意に置換されたアルキニル（例は、C₂-C₆アルキニル）、随意に置換されたヘテロアルキニル（例は、C₂-C₆ヘテロアルキニル）、随意に置換されたシクロアルキル、随意に置換されたヘテロシクロアルキル、随意に置換されたアリール、または随意に置換されたヘテロアリールであり；
Lはリンカー、例えば、随意に置換されたアルキレン（例は、C₁-C₆アルキレン）、随意に置換されたヘテロアルキレン（C₁-C₆ヘテロアルキレン）、随意に置換されたアルケニレン（例は、C₂-C₆アルケニレン）、随意に置換されたへテロアルケニレン（例は、C₂-C₆へテロアルケニレン）、随意に置換されたアルキニレン（例は、C₂-C₆アルキニレン）、随意に置換されたヘテロアルキニレン（例は、C₂-C₆ヘテロアルキニレン）、随意に置換されたシクロアルキレン、随意に置換されたヘテロシクロアルキレン、随意に置換されたアリレン、随意に置換されたヘテロアリレン、ペプチド、ジペプチド、-(C=O)-、ジスルフィド、チオエーテル、ヒドラゾン、またはそれらの組合せであり；
ZはL上に存在する反応性置換基（substituent）およびCD117（例えば、GNNK+CD117などのようなもの）を結合する抗体、またはその抗原結合性断片内に存在する反応性置換基間のカップリング反応から形成される化学的モイエティであり；および
そこでAmは1つのR_C置換基を正確に含む。

いくらかの実施態様において、リンカーLおよび化学的モイエティZは、L-Zとして一緒に考えられ、次のものである。

「or」→「または」

いくらかの実施態様では、L-Zは次のものである。

いくらかの実施態様では、R_AおよびR_Bは酸素原子と一緒になってそれにそれらが結合し、次の式の5員ヘテロシクロアルキル基を形成して形成するために（to form to form）、組み合わされ：

式中、Yは-(C=O)-、-(C=S)-、-(C=NR_E)-、または-(CR_ER_E')-であり；および
R_EおよびR_E'はそれぞれ無関係に、随意に置換されたC₁-C₆アルキレン-R_C、随意に置換されたC₁-C₆ヘテロアルキレン-R_C、随意に置換されたC₂-C₆アルケニレン-R_C、随意に置換されたC₂-C₆ヘテロアルケニレン-R_C、随意に置換されたC₂-C₆アルキニレン-Rc、随意に置換されたC₂-C₆ヘテロアルキニレン-R_C、随意に置換されたシクロアルキレン-R_C、随意に置換されたへテロシクロアルキレン-R_C、随意に置換されたアリレン-R_C、または随意に置換されたへテロアリレン-R_Cである。

いくらかの実施態様において、Am-L-Zは式（IA）または式（IB）によって代表され、
式中、R₁はH、OH、OR_A、またはOR_Cであり；
R₂はH、OH、OR_B、またはOR_Cであり；
R_AおよびR_Bは、存在するとき、酸素原子と一緒になってそれにそれらが結合し、次の：

を形成するために組み合わされ
R₃はHまたはR_Cであり；
R₄はH、OH、OR_C、OR_D、R_C、またはR_Dであり；
R₅はH、OH、OR_C、OR_D、R_C、またはR_Dであり；
R₆はH、OH、OR_C、OR_D、R_C、またはR_Dであり；
R₇はH、OH、OR_C、OR_D、R_C、またはR_Dであり；
R₈はOH、NH₂、OR_C、またはNHR_Cであり；
R₉はHまたはOHであり；
Xは-S-、-S(O)-、または-SO₂-であり；および
そこでR_CおよびR_Dはそれぞれ上記で規定されるようである。

いくらかの実施態様において、Am-L-Zは式（IA）または式（IB）によって代表され、
式中、R₁はH、OH、OR_A、またはOR_Cであり；
R₂はH、OH、OR_B、またはOR_Cであり；
R_AおよびR_Bは、存在するとき、酸素原子と一緒になってそれにそれらが結合し、次の：

を形成するために組み合わされ
R₃はHまたはR_Cであり；
R₄およびR₅はそれぞれ無関係にH、OH、OR_C、R_C、またはOR_Dであり；
R₆およびR₇はそれぞれHであり；
R₈はOH、NH₂、OR_C、またはNHR_Cであり；
R₉はHまたはOHであり；
Xは-S-、-S(O)-、または-SO₂-であり；および
そこでR_Cは上記で規定されるようである。

いくらかの実施態様において、Am-L-Zは式（IA）または式（IB）によって代表され、
式中、R₁はH、OH、またはOR_Aであり；
R₂はH、OH、またはOR_Bであり；
R_AおよびR_Bは、存在するとき、酸素原子と一緒になってそれにそれらが結合し、次の：

を形成するために組み合わされ
R₃、R₄、R₆、およびR₇はそれぞれHであり；
R₅はOR_Cであり；
R₈はOHまたはNH₂であり；
R₉はHまたはOHであり；
Xは-S-、-S(O)-、または-SO₂-であり；および
ここで、R_Cは上記でき規定されるようである。そのようなアマトキシンコンジュゲートは、例は、米国特許出願公開第2016/0002298号に記載され、その開示は参照によりその全体がここに組み込まれる。

いくらかの実施態様において、Am-L-Zは式（IA）または式（IB）によって代表され、
式中、R₁およびR₂はそれぞれ無関係にHまたはOHであり；
R₃はR_Cであり；
R₄、R₆、およびR₇はそれぞれHであり；
R₅はH、OH、またはOC₁-C₆アルキルであり；
R₈はOHまたはNH₂であり；
R₉はHまたはOHであり；および
そこで、R_Cは上記で規定されるようである。そのようなアマトキシンコンジュゲートは、例えば、米国特許出願公開第2014/0294865号に記載され、その開示は参照によりその全体がここに組み込まれる。

いくらかの実施態様において、Am-L-Zは式（IA）または式（IB）によって代表され、
式中、R₁およびR₂はそれぞれ無関係にHまたはOHであり；
R₃、R₆、およびR₇はそれぞれHであり；
R₄およびR₅はそれぞれ無関係にH、OH、OR_C、またはR_Cであり；
R₈はOHまたはNH₂であり；
R₉はHまたはOHであり；および
ここで、R_Cは上記で規定されるようである。そのようなアマトキシンコンジュゲートは、例えば、米国特許出願公開第2015/0218220号に記載され、その開示は参照によりその全体がここに組み込まれる。

いくらかの実施態様において、Am-L-Zは式（IA）または式（IB）によって代表され、
式中、R₁およびR₂はそれぞれ無関係にHまたはOHであり；
R₃、R₆、およびR₇はそれぞれHであり；
R₄およびR₅はそれぞれ無関係にHまたはOHであり；
R₈はOH、NH₂、OR_C、またはNHR_Cであり；
R₉はHまたはOHであり；および
ここで、R_Cは上記で規定されるようである。そのようなアマトキシンコンジュゲートは、例えば、米国特許第9,233,173号および第9,399,681号、ならびにUS2016/0089450に記載され、これらの各々の開示はその全体が参照によりここに組み込まれる。

いくらかの実施態様において、Am-L-Z'は次のものである。

ここに記載の組成物および方法に従って、抗体、またはその抗原結合性断片へのコンジュゲーションについて使用され得る追加のアマトキシンは、例えば、WO2016/142049；WO2016/071856；WO2017/046658；およびWO2018/115466に記載され、これらの各々の開示は参照によりそれらの全体としてここに組み込まれる。

ある実施態様では、Am-L-Zは式（II）、式IIA、または式IIBによって代表され

式中、XはS、SO、またはSO₂であり；R₁はHまたはリンカー上に存在する反応性置換基および抗体、またはその抗原結合性断片内に存在する反応性置換基間のカップリング反応から形成される化学的モエイティー（chemical moeity）Zを通して抗体またはその抗原結合性断片に共有結合したリンカーであり；R₂はHまたはリンカー上に存在する反応性置換基および抗体、またはその抗原結合性断片内に存在する反応性置換基間のカップリング反応から形成される化学的モエイティーZを介して抗体またはその抗原結合性断片に共有結合したリンカーであり；そこでR₁がHのとき、R₂はリンカーであり、およびR₂がHのとき、R₁はリンカーである。

いくらかの実施態様では、R₁はリンカーであり、およびR₂はHであり、ならびにリンカーおよび化学的モイエティはL-Zとして一緒になって、以下ものである。

いくらかの実施態様では、リンカーは-(CH₂)_n-単位を含み、式中nは2-6からの整数である。いくらかの実施態様では、R₁はリンカーであり、およびR₂はHであり、ならびにリンカーおよび化学的モイエティはL-Zとして一緒になって、次のものである。

いくらかの実施態様では、Am-L-Z-Abは次のものである：

いくらかの実施態様において、Am-L-Z-Abは次のものである：

いくらかの実施態様において、Am-L-Z-Ab前駆体（即ち、Am-L-Z'）は以下のうちの1つ：

であり；
式中、マレイミドは抗体におけるシステイン上に見出されるチオール基と反応する。

いくらかの実施態様では、細胞毒素はα-アマニチンである。いくらかの実施態様では、α-アマニチンは式IIIの化合物である。いくらかの実施態様では、式IIIのα-アマニチンはリンカーLを介して抗CD117抗体に付着される。リンカーLは式I、IA、IB、II、IIA、IIB、IV、IVAまたはIVBのα-アマニチン-リンカーコンジュゲートを提供するためにいくつかの考えられる位置（例は、任意のR¹-R⁹）のいずれかで式IIIのα-アマニチンに付着され得る。いくらかの実施態様では、リンカーはR¹位置で付着する。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R²に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R³に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁴に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁵に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁶に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁷に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁸に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁹に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーはヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテル、またはジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはVal-AlaおよびVal-Citから選ばれるジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはパラアミノベンジル基（PAB）を含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Cit-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Ala-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーは-((C=O)(CH₂)_n-単位を含み、式中、nは1-6からの整数である。

いくらかの実施態様では、リンカーは-(CH₂)_n-単位を含み、式中nは2-6からの整数である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH₂)_n)-である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様において、リンカーLおよび化学的モイエティZはL-Zとして一緒に考えられ、次のものである。

いくらかの実施態様において、細胞毒素はβ-アマニチンである。いくらかの実施態様では、β-アマニチンは式IIIの化合物である。いくらかの実施態様では、式IIIのβ-アマニチンはリンカーLを介して抗CD117抗体に付着される。リンカーLは式I、IA、IB、II、IIA、またはIIBのβ-アマニチン-リンカーコンジュゲートを提供するためにいくつかの可能な位置（例は、任意のR¹-R⁹）の任意の1つにて式IIIのβ-アマニチンに付着され得る。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R¹に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R²に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R³に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁴に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁵に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁶に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁷に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁸に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁹に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーはヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテルまたはジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはVal-AlaおよびVal-Citから選ばれるジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはパラアミノベンジル基（PAB）を含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Cit-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Ala-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーは-((C=O)(CH₂)_n-単位を含み、式中nは1-6からの整数である。

いくらかの実施態様において、リンカーは-(CH₂)_n-単位を含み、式中nは2-6からの整数である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様において、リンカーLおよび化学的モイエティZはL-Zとして一緒に考えられ、次のものである。

いくらかの実施態様において、細胞毒素はγ-アマニチンである。いくらかの実施態様では、γ-アマニチンは式IIIの化合物である。いくらかの実施態様では、式IIIのγ-アマニチンはリンカーLを介して抗CD117抗体に付着される。リンカーLは式I、IA、IB、II、IIA、またはIIBのγ-アマニチン-リンカーコンジュゲートを提供するためにいくつかの可能な位置（例は、任意のR¹-R⁹）の任意の1つにて式IIIのγ-アマニチンに付着され得る。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R¹に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R²に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R³に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁴に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁵に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁶に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁷に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁸に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁹に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーはヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテルまたはジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはVal-AlaおよびVal-Citから選ばれるジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはパラアミノベンジル基（PAB）を含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Cit-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Ala-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーは-((C=O)(CH₂)_n-単位を含み、式中nは1-6からの整数である。

いくらかの実施態様では、リンカーは-(CH₂)_n-単位を含み、式中、nは2-6からの整数である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様において、リンカーLおよび化学的モイエティZはL-Zとして一緒に考えられ、次のものである。

いくらかの実施態様において、細胞毒素はε-アマニチンである。いくらかの実施態様では、ε-アマニチンは式IIIの化合物である。いくらかの実施態様では、式IIIのε-アマニチンはリンカーLを介して抗CD117抗体に付着される。リンカーLは式I、IA、IB、II、IIA、またはIIBのγ-アマニチン-リンカーコンジュゲートを提供するためにいくつかの可能な位置（例は、任意のR¹-R⁹）の任意の1つにて式IIIのε-アマニチンに付着され得る。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R¹に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R²に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R³に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁴に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁵に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁶に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁷に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁸に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁹に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーはヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテルまたはジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはVal-AlaおよびVal-Citから選ばれるジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはパラアミノベンジル基（PAB）を含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Cit-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Ala-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーは-((C=O)(CH₂)_n-単位を含み、式中nは1-6からの整数である。

いくらかの実施態様では、リンカーは-(CH₂)_n-単位を含み、式中、nは2-6からの整数である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様において、リンカーLおよび化学的モイエティZはL-Zとして一緒に考えられ、次のものである。

いくらかの実施態様において、細胞毒素はアマニンである。いくらかの実施態様では、アマニンは式IIIの化合物である。いくらかの実施態様では、式IIIのアマニンはリンカーLを介して抗CD117抗体に付着される。リンカーLは式I、IA、IB、II、IIA、またはIIBのアマニン-リンカーコンジュゲートを提供するためにいくつかの可能な位置（例は、任意のR¹-R⁹）の任意の1つにて式IIIのアマニンに付着され得る。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R¹に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R²に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R³に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁴に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁵に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁶に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁷に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁸に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁹に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーはヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテルまたはジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはVal-AlaおよびVal-Citから選ばれるジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはパラアミノベンジル基（PAB）を含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Cit-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Ala-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーは-((C=O)(CH₂)_n-単位を含み、式中nは1-6からの整数である。

いくらかの実施態様では、リンカーは-(CH₂)_n-単位を含み、式中nは2-6からの整数である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様において、リンカーLおよび化学的モイエティZはL-Zとして一緒に考えられ、次のものである。

いくらかの実施態様において、細胞毒素はアマニンアミドである。いくらかの実施態様では、アマニンアミドは式IIIの化合物である。いくらかの実施態様では、式IIIのアマニンアミドはリンカーLを介して抗CD117抗体に付着される。リンカーLは式I、IA、IB、II、IIA、またはIIBのアマニンアミド-リンカーコンジュゲートを提供するためにいくつかの可能な位置（例は、任意のR¹-R⁹）の任意の一つにて式IIIのアマニンアミドに付着され得る。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R¹に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R²に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R³に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁴に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁵に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁶に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁷に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁸に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁹に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーはヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテルまたはジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはVal-AlaおよびVal-Citから選ばれるジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはパラアミノベンジル基（PAB）を含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Cit-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Ala-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーは-((C=O)(CH₂)_n-単位を含み、式中nは1-6からの整数である。

いくらかの実施態様では、リンカーは-(CH₂)_n-単位を含み、式中nは2-6からの整数である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様において、リンカーLおよび化学的モイエティZはL-Zとして一緒に考えられ、次のものである。

いくらかの実施態様において、細胞毒素はアマヌリンである。いくらかの実施態様では、アマヌリンは式IIIの化合物である。いくらかの実施態様では、式IIIのアマヌリンはリンカーLを介して抗CD117抗体に付着される。リンカーLは式I、IA、IB、II、IIA、またはIIBのアマヌリン-リンカーコンジュゲートを提供するためにいくつかの可能な位置（例は、任意のR¹-R⁹）の任意の一つにて式IIIのアマヌリンに結合され得る。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R¹に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R²に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R³に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁴に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁵に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁶に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁷に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁸に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁹に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーはヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテルまたはジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはVal-AlaおよびVal-Citから選ばれるジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはパラアミノベンジル基（PAB）を含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Cit-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Ala-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーは-((C=O)(CH₂)_n-単位を含み、式中nは1-6からの整数である。I

いくらかの実施態様において、リンカーは-(CH₂)_n-単位を含み、式中nは2-6からの整数である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様において、リンカーLおよび化学的モイエティZはL-Zとして一緒に考えられ、次のものである。

いくらかの実施態様において、細胞毒素はアマヌリン酸である。いくらかの実施態様では、アマヌリン酸は式IIIの化合物である。いくらかの実施態様では、式IIIのアマヌリン酸はリンカーLを介して抗CD117抗体に付着される。リンカーLは式I、IA、IB、II、IIA、またはIIBのアマヌリン酸-リンカーコンジュゲートを提供するためにいくつかの可能な位置（例は、任意のR¹-R⁹）の任意の一つにて式IIIのアマヌリン酸に付着し得る。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R¹に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R²に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R³に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁴に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁵に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁶に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁷に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁸に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁹に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーはヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテルまたはジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはVal-AlaおよびVal-Citから選ばれるジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはパラアミノベンジル基（PAB）を含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Cit-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Ala-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーは-((C=O)(CH₂)_n-単位を含み、式中nは1-6からの整数である。

いくらかの実施態様では、リンカーは-(CH₂)_n-単位を含み、式中nは2-6からの整数である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様において、リンカーLおよび化学的モイエティZはL-Zとして一緒に考えられ、次のものである。

いくらかの実施態様において、細胞毒素はプロアマヌリンである。いくらかの実施態様では、プロアマヌリンは式IIIの化合物である。いくらかの実施態様では、式IIIのプロアマヌリンはリンカーLを介して抗CD117抗体に付着される。リンカーLは式I、IA、IB、II、IIA、またはIIBのプロアマヌリン-リンカーコンジュゲートを提供するためにいくつかの可能な位置（例は、任意のR¹-R⁹）の任意の一つにて式IIIのプロアマヌリンに付着され得る。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R¹に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R²に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R³に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁴に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁵に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁶に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁷に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁸に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーは位置R⁹に付着される。いくらかの実施態様では、リンカーはヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテルまたはジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはVal-AlaおよびVal-Citから選ばれるジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはパラアミノベンジル基（PAB）を含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Cit-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Ala-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーは-((C=O)(CH₂)_n-単位を含み、式中nは1-6からの整数である。

いくらかの実施態様では、リンカーは-(CH₂)_n-単位を含み、式中nは2-6からの整数である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様において、リンカーLおよび化学的モイエティZはL-Zとして一緒に考えられ、次のものである。

アマトキシンを作成する合成方法は米国特許第9,676,702号に記載され、それは参照によりここに組み込まれる。

ここに記載の組成物および方法と共に使用するための抗体、または抗原結合性断片は当技術で知られるまたはここに記載のコンジュゲーション技術を使用して、アマトキシン、例えば、α-アマニチンまたはその変種などのようなものにコンジュゲーションすることができる。例として、CD117（例えば、GNNK+CD117などのようなもの）を認識しおよび結合する抗体、またはその抗原結合性断片は、アマトキシン、例えば、α-アマニチンまたはその変種などのようなものにコンジュゲーションすることができ、それはUS 2015/0218220に記載されるようであり、その開示は、それが例えば、アマトキシン、例えば、α-アマニチンおよびその変種などのようなもの、ならびに共有結的コンジュゲーションについて使用することができる共有結合的リンカーに関するものとして、参照によりここに組み込む。

ここに記載の方法と関連して有用な模範的な抗体-薬物コンジュゲートは抗体、またはその抗原結合性断片と、抗体、またはその抗原結合性断片上の反応性残基との反応に適した置換分を含むリンカーにコンジュゲーションするアマトキシンとの反応によって形成され得る。ここに記載される抗体、またはその抗原結合性断片上の反応性残基との反応に適した置換分を含むリンカーにコンジュゲーションするアマトキシンには、制限を伴わないが、7'C-(4-(6-(マレイミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボニル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(3-カルボキシプロパンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(2-ブロモアセトアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(3-(ピリジン-2-イルビスファニル)プロパンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(4-(マレイミド)ブタンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(マレイミド)アセチル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(3-(マレイミド)プロパノイル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(4-(マレイミド)ブタンアイル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン。7'C-(4-(2-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(3-((6-(マレイミド)ヘキサンアミド)メチル)ピロリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(3-((6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキサノアミド)メチル)ピロリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(3-((4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)メチル)ピロリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(3-(6-((4-(マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)メチル)ピロリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(6-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)ヘキサノアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(4-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)ブタンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(4-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)ブタノイル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(6-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-((4-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(6-(マレイミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；(R)-7'C-((3-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)メチル)ピロリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；(S)-7'C-((3-((6-(マレイミド)ヘキサンアミド)メチル)ピロリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(6-(マレイミド)ヘキサノアミド)エチル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキシアミド)エチル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-((6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキサンアミド)-S-メチル)ピロリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-((6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキサノアミド)-R-メチル)ピロリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-((4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)-S-メチル)ピロリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-((4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)-R-メチル)ピロリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-((6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)メチル)ピロリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(3-カルボキシプロパンアミド)エチル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(マレイミド)アセチル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(3-(マレイミド)プロパノイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(4-(マレイミド)ブタノイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(2-(マレイミド)アセトアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(4-(マレイミド)ブタンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-((6-(マレイミド)ヘキサンアミド)メチル)アゼチジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-(2-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)エチル)アゼチジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-((4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)メチル)アゼチジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-(2-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)エチル)アゼチジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-(2-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)エチル)アゼチジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-(((2-(6-(マレイミド)-N-メチルヘキサンアミド)エチル)(メチル)アミノ)メチル)-アマトキシン；7'C-(((4-(6-(マレイミド)-N-メチルヘキサンアミド)ブチル)(メチル)アミノ)メチル)-アマトキシン；7'C-((2-(2-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)エチル)アジリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((2-(2-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)エチル)アジリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(6-(6-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)ヘキサンアミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(1-(アミノオキシ)-2-オキソ-6,9,12,15-テトラオキサ-3-アザヘプタデカン-17-オイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)アセチル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(3-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)プロパノイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(4-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)ブタノイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(6-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(2-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)アセトアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(4-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)ブタンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(20-(アミノオキシ)-4,19-ジオキソ-6,9,12,15-テトラオキザ3,18-ジアザイコシル（diazaicosyl）)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-(((2-(6-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)-N-メチルヘキサンアミド)エチル)(メチル)アミノ)メチル)-アマトキシン；7'C-(((4-(6-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)-N-メチルヘキサンアミド)ブチル)(メチル)アミノ)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-((6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサナミド)メチル)ピロリジン-1-イル)-S-メチル)-アマトキシン。7'C-((3-((6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)-R-メチル)ピロリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(2-ブロモアセトアミド)エチル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(2-ブロモアセトアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(3-ピリジン-2-イルジスルファニル)プロパンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；6'O-(6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキシル)-アマトキシン；6'O-(5-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ペンチル)-アマトキシン；6'O-(2-((6-(マレイミド)ヘキシル)オキシ)-2-オキソエチル)-アマトキシン；6'O-((6-(マレイミド)ヘキシル)カルバモイル)-アマトキシン；6'O-((6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキシアミド)ヘキシル)カルバモイル)-アマトキシン；6'O-(6-(2-ブロモアセトアミド)ヘキシル)-アマトキシン；7'C-(4-(6-(アジド)ヘキサンアミド)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(ヘキサ（hex）-5-ヨノイルアミノ（ynoylamino）)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；6'O-(6-(6-(11,12-ジデヒドロ-5,6-ジヒドロ-ジベンズ[b,f]アゾシン-5-イル)-6-オキソヘキサンアミド)ヘキシル)-アマトキシン；6'O-(6-(ヘキサ-5-ヨノイルアミノ)ヘキシル)-アマトキシン；6'O-(6-(2-(アミノオキシ)アセチルアミド)ヘキシル)-アマトキシン；6'O-((6-アミノオキシ)ヘキシル)-アマトキシン；および 6'O-(6-(2-ヨードアセトアミド)ヘキシル)-アマトキシンが含まれる。前述のリンカーは、ここに記載の組成物および方法と関連して有用な他のものもあるが、例えば、米国特許出願公開第2015/0218220号に記載されており、その開示は参照によりその全体がここに組み込まれる。

CD117を認識し、および結合する抗体、またはその抗原結合性断片にコンジュゲートすることができる追加の細胞毒素（例えば、ガン、オートマイン（autommine）状態を直接処置することでの、またはペイシェント（例は、ヒトペイシェント）を造血幹細胞移植療法の準備におけるコンディショニング（調整とも言う）のために使用するためのGNNK+CD117などのようなものは、制限されないが、5-エチニルウラシル、アビラテロン、アシルフルベン、アデシペノール、アドゼレシン、アルデスロイキン、アルトレタミン、アンバムスチン、アミドックス、アミホスチン、アミノレブリン酸、アムルビシン、アムサクリン。アナグレリド、アナストロゾール、アンドログラホリド、血管新生抑制物質、アンタレリクス、抗背側化形態形成タンパク質（anti-dorsalizing morphogenetic protein）-1、抗アンドロゲン、前立腺ガン腫、抗エストロゲン、抗ネオプラストン（antineoplaston、抗新生物薬）、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アフィジコリングリシナート、アポトーシス遺伝子モジュレーター、アポトーシスレギュレーター。アプリン酸、アスラクリン、アタメスタン、アトリムスチン、アキシナスタチン1、アキシナスタチン2、アキシナスタチン3、アザセトロン、アザトキシン、アザチロシン、バッカチンIII誘導体、バラノール、バチマスタット、BCR/ABL拮抗物質、ベンゾクロリン、ベンゾイルスタウロスポリン、ベータラクタム誘導体、ベータ-アレチン、ベタクラマイシンB、ベツリン酸、bFGF抑制物質、ビカルタミド、ビサントレン、ビスアジリジニルスペルミン（bisaziridinylspermine）、ビスナフィド、ビストラテンA、ビゼレシン、ブレフラート、ブレオマイシンA2、ブレオマイシンB2、ブロピリミン、ブドチタン（budotitane）、ブチオニンスルホキシミン、カルシポトリオール、カルホスチンC、カンプトセシン誘導体（例は、10-ヒドロキシ-カンプトセシン）、カペシタビン、カルボアミド-アミノ-トリアゾール（carboxamide-amino-triazole）、カルボキシアミドトリアゾール（carboxyamidotriazole）、カルゼレシン、カゼインキナーゼ抑制物質、カスタノスペルミン、セクロピンB、セトロレリックス、塩素、クロロキノキサリンスルホンアミド、シカプロスト、シスポルフィリン、クラドリビン、クロミフェンおよびその類縁物、クロトリマゾール、コリスマイシンA、コリスマイシンB、コンブレタスタチンA4、コンブレタスタチン類縁体、コナゲニン、クランベシジン816、クリスナトール、クリプトフィシン8、クリプトフィシンA誘導体、クラシンA、シクロペンタアントラキノン（cyclopentanthraquinones）、シクロプラタム（cycloplatam）、シペマイシン、シタラビンオクホスファート、細胞溶解因子（cytolytic factor）、シトスタチン、ダクリキシマブ（dacliximab）、デシタビン、デヒドロジデムニンB、2'デオキシコホルマイシン（DCF）、デスロレリン、デキシホスファミド（dexifosfamide）。デキスラゾキサン、デクスベラパミル、ジアジクオン、ジデムニンB、ジドックス、ジエチルノルスペルミン、ジヒドロ-5-アザシチジン、ジヒドロタキソール、ジオキサマイシン、ジフェニルスピロムスチン、ジスコデルモリド。ドコサノール、ドラセトロン、ドキシフルリジン、ドロロキシフェン、ドロナビノール、デュオカルマイシンSA、エブセレン、エコムスチン、エデルホシン、エドレコロマブ、エフルニチン、エレメン、エミテフル。エポチロン、エピチロン（epithilones）、エプリステリド、エストラムスチンおよびその類縁体、エトポシド、エトポシド4'-ホスファート（またエトポフォス（etopofos）とも称する）、エキセメスタン、ファドロゾール、ファザラビン、フェンレチニド、フィルグラスチム、フィナステリド、フラボピリドール、フレゼラスチン、フルアステロン、フルダラビン、塩酸フロリダノルニシン（fluorodaunorunicin hydrochloride）、ホルフェニメックス、ホルメスタン、フォストリエシン、フォテムスチン、ガドリニウムテキサフィリン、硝酸ガリウム、ガロシタビン、ガニレリックス、ゼラチナーゼ抑制物質、ゲムシタビン、グルタチオン抑制物質、ヘプスルファム、ホモハリントニン（HHT）、ハイペリシン、イバンドロン酸、イドキシフェン、イドラマントン、イルモホシン、イロマスタット、イミダゾアクリドン、イミキモド、免疫賦活薬ペプチド（immunostimulant peptides）、イオベングアン（iobenguane）。ヨードドキソルビシン（iododoxorubicin）、イポメアノール、イリノテカン、イロプラクト、イルソグラジン、イソベンガゾール、ジャスプラキノライド、カハラライドF、ラメラリンNトリアセテート、ランレオタイド、レイナマイシン。レノグラスチム、レンチナン硫酸、レプトルスタチン、レトロゾール、親油性白金化合物、リソクリンアミド7、ロバプラチン、ロメトレキソール、ロニダミン、ロソキサントロン、ロキソリビン。ルルトテカン、ルテチウムテキサフィリン、リゾフィリン、マソプロコール、マスピン、マトリックスメタロプロテアーゼ抑制物質、メノガリル、ルナバロン、メテレリン、メチオニナーゼ、メトコプラミド、MIF抑制物質、イフェプリストン、ミルテフォシン、ミリモスティム、ミトラシン、ミトグアゾン、ミトラクトル、マイトマイシンおよびその類縁体、ミトナファイド、ミトキサントロン、モファローチン。モルグラモスチム、マイカペロキサイドB、ミリアポロン、N-アセチルジナリン、N-置換ベンズアミド、ナファレリン、ナグレジップ、ナパビン、ナフテルピン、ナルトグラスチム、ネダプラチン、ネモルビシン。ネリドロン酸、ニルタミド、ニサマイシン、ニトルリン、オクトレオチド、オキセノン、オナプリストン、オンダンセトロン、オラシン、オルマプラチン、オキサリプラチン、オキサウノミシン、パクリタキセルおよびその類縁体、パラウアミン（palauamine）、パルミトイルリゾキシン、パミドロン酸、パナキシトリオール、パノミフェン、パラバクチン、パゼリプチン、ペガスパルガーゼ、ペルデシン、ペントサンポリ硫酸ナトリウム、ペントスタチン、ペントロゾール（pentrozole）、ペルフルブロン、ペルフォスファミド、フェナジノマイシン、ピシバニール、ピラルビシン、ピリトレキシム、ポドフィロトキシン、ポルフィロマイシン、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ抑制物質、ラルチトレキセド、リゾキシン、ログレチミド、ロヒツキン。ルビギノンB1、ルボキシル、サフィンゴール、サントピン、サルコフィトールA、サルグラモスチム、ソブゾキサン、ソナーミン（sonermin）、スパルフォシン酸（sparfosic acid）、スピカマイシンD、スピロムスチン（spiromustine）、スチピアミド、スルフィノシン、タリムスチン、テガフール、テモゾロミド。テニポシド、タリブラスチン、チオコラリン、チラパザミン、トポテカン、トプセンチン、トリシリビン、トリメトレキサート、ベラミン、ビノレルビン、ビンキサルチン（vinxaltine）、ボロゾール、ゼニプラチン（zeniplatin）、およびジラスコルブ、など他にもあるが含まれる。
化学的コンジュゲーション用リンカー

様々なリンカーは、ここに記載のように、抗体、または抗原結合性断片（例は、CD117（例は、GNNK+CD117などのようなもの）を認識しおよび結合する抗体、またはその抗原結合性断片）を細胞傷害性分子とコンジュゲーションさせるために、使用することができる。

ここで用いられる用語「リンカー」は、抗体またはその断片（Ab）が本開示の抗体-薬剤コンジュゲート（ADCs；Ab-Z-L-D、式中Dは細胞毒素である）を形成するために薬物モイエティ（D）に共有結合で付着させる共有結合または原子の鎖を含む二価の化学的モイエティを意味する。適切なリンカーは二つの反応性末端、一方は抗体へのコンジュゲーション用、他方は細胞毒素へのコンジュゲーション用を有する。リンカーの抗体コンジュゲーション反応性末端（反応性モイエティ、Z）は典型的に、抗体上のシステインチオールまたはリジンアミン基を通して抗体にコンジュゲーション可能な部位であり、およびそれで典型的には、チオール反応基、例えば、二重結合などのようなもの（マレイミドにおけるように）、または脱離基、例は、クロロ、ブロモ、ヨード、またはR-スルファニル基などのようなもの、またはアミン反応性基、例えば、カルボキシル基などのようなものであり；その一方、リンカーの抗体コンジュゲーション反応性末端は典型的に、細胞毒素上の塩基性アミンまたはカルボキシル基とのアミド結合の形成を通して細胞毒素にコンジュゲーション可能な部位であり、およびそれで典型的には、カルボキシル基または塩基性アミン基である。用語「リンカー」がコンジュゲーション形態におけるリンカーを説明する際に用いられるとき、反応性末端の一方または双方はリンカーおよび/または細胞毒素間、ならびにリンカーおよび/または抗体もしくはその抗原結合性断片間の結合の形成のために、不存在である（例えば、反応性モイエティZ、化学的モイエティZに変換されたものなどのようなもの）か、または不完全である（例えば、カルボン酸のカルボニルだけであるなどのようなもの）。そのようなコンジュゲーション反応はここにおいて以下にさらに説明する。

概して、本開示に適したリンカーは循環において実質安定であってもよいが、標的細胞内またはその近傍での細胞毒素（例は、ここに開示されるようなアマトキシン）の放出を許容する。いくらかの実施態様では、リンカーは一定の細胞内条件下で開裂可能であり、リンカーの開裂は細胞内環境において抗体からの薬物ユニットを放出し得るようにする。さらに他の実施態様では、リンカー単位は開裂可能ではなく、および薬物は例えば、抗体の分解によって放出され得る。大抵は、開裂可能なリンカーは生理的環境に応答して開裂される1以上の官能基を含む。例えば、開裂可能なリンカーは細胞内酵素（例は、カテプシンB）の存在下で分解する酵素基質（例は、バリン-アラニン）、細胞区画の酸性環境で分解する酸分解性基（例は、ヒドロゾン（hydrozone））、または細胞内の還元環境で分解する還元性基（例は、ジスルフィド）を含み得る。対照的に（By contast）、大抵は、非開裂可能リンカーは標的細胞内のADCの抗体モイエティの分解（例は、リソゾーム分解）中にADCから放出される。いくらかの実施態様では、リンカーは標的細胞外で実質安定であり得、および細胞内でいくらかの有効な速度にて開裂され得る。いくらかの実施態様では、有効なリンカーは以下であり得る：（i）抗体の特異的結合特性を維持し；（ii）コンジュゲートまたは薬物モイエティの細胞内デリバリーを可能にし；（iii）コンジュゲートがその標的とされた部位に送られまたは輸送されたまで、安定でおよび無傷で、即ち、開裂されないままであり；および（iv）細胞毒性、細胞殺傷効果または細胞毒性モイエティの細胞分裂停止効果を維持することである。ADCの安定性は標準的な分析技術、例えば、質量分析、HPLC、および分離/分析技術LC/MSなどのようなものによって測定され得る。いくらかの実施態様では、抗体および薬物モイエティの共有結合的付着はリンカーが2つの反応性官能基を有すること、即ち、反応性の意味での二価性を有することを必要とする。二以上の機能的または生物学的に活性なモイエティ、例えば、ペプチド、核酸、薬物、毒素、抗体、ハプテン、およびレポーター基などのようなものを付着させるのに有用な二価のリンカー試薬が知られ、およびいくらかの方法はそれらの結果として得られるコンジュゲートが記載されている（Hermanson（ハーマンソン）, G. T. (1996) Bioconjugate Techniques（バイオコンジュゲート技術）；Academic Press（アカデミック・プレス）: New York（ニューヨーク）, p.234-242）。

いくらかの実施態様において、リンカーは例として、酵素的加水分解、光分解、酸性条件下での加水分解、塩基性条件下での加水分解、酸化、ジスルフィド還元、求核性開裂、または有機金属開裂によって開裂され得るものを含む（例えば、Lericheら, Bioorg. Med. Chem., 20:571-582, 2012、その開示は共有結合的コンジュゲーションに適したリンカーに関するものとして、参照によりここに組み込まれる）。

酸性条件下で加水分解可能なリンカーには例えば、ヒドラゾン、セミカルバゾン、チオセミカルバゾン、シス-アコニットアミド、オルトエステル、アセタール、ケタール、またはその種の他のものなどが含まれる。（例は、米国特許第5,122,368号；第5,824,805号；第5,622,929号；Dubowchik（デュボウチク）およびWalker（ウォーカー），1999，Pharm. Therapeutics（ファーマコロジー＆セラピューティクス）83:67-123；Neville（ネヴィル）ら, 1989、Biol. Chem.（ザ・ジャーナル・オブ・バイオロジカル・ケミストリー）264:14653-14661、これらの各々の開示はそれが共有結合的コンジュゲーションに適したリンカーに関するものとしてその全体が参照によりここに組み込まれる。そのようなリンカーは中性pH条件、例えば、血液におけるものなどのようなものでは比較的安定であるが、pH5.5または5.0未満、ライソゾームのおおよそのpHでは不安定である。

還元条件下で開裂可能なリンカーには例えば、ジスルフィドが含まれる。様々なジスルフィドリンカーが当技術で知られており、例えば、SATA（N-スクシンイミジル-S-アセチルチオアセタート）、SPDP（N-スクシンイミジル-3-(2-ピリジルジチオ)プロピオナート）、SPDB（N-スクシンイミジル-3-(2-ピリジルジチオ)ブチラート）およびSMPT（N-スクシンイミジル-オキシカルボニル-α-メチル-α-(2-ピリジルジチオ)トルエン）を用いて形成することができるものが含まれ、SPDBおよびSMPT（例は、Thorpe（ソープ）ら, 1987、Cancer Res.47：5924-5931；Wawrzynczak（ワフジンチャク）ら, In Immunoconjugates: Antibody Conjugates in Radioimagery and Therapy of Cancer（イムノコンジュゲート：ガンの放射線画像および療法における抗体コンジュゲートにおいて）（C. W. Vogel（ヴォーゲル）ed., Oxford U. Press（オックスフォード大学プレス）, 1987を参照）。また、U.S. Pat. No. 4,880,935号を参照、これらの各々の開示はそれが共有結合的なコンジュゲーションに適したリンカーに関するものとしてその全体が参照によりここに組み込まれる。

酵素的加水分解に感受性があるリンカーは、例は、制限されないが、リソソームまたはエンドソームプロテアーゼを含め、細胞内ペプチダーゼまたはプロテアーゼ酵素によって開裂されるペプチド含有リンカーであることができる。治療用薬剤の細胞内タンパク質分解放出を使用することの1つの利益は薬剤がコンジュゲートされると典型的に減衰し、およびコンジュゲートの血清安定性が典型的に高いことである。いくらかの実施態様では、ペプチジルリンカーは少なくとも2個のアミノ酸長または少なくとも3個のアミノ酸長である。模範的なアミノ酸リンカーには、ジペプチド、トリペプチド、テトラペプチド、またはペンタペプチドが含まれる。好適なペプチドの例には、アミノ酸、例えば、バリン、アラニン、シトルリン（Cit）、フェニルアラニン、リジン、ロイシン、およびグリシンなどのようなものを含むものが含まれる。アミノ酸リンカー成分を構成するアミノ酸残基としては自然に発生するものの他、マイナーなアミノ酸および非自然に発生するアミノ酸類縁体、例えば、シトルリンなどのようなものも含まれる。模範的なジペプチドとしてはバリン-シトルリン（vcまたはval-cit）およびアラニン-フェニルアラニン（afまたはala-phe）などが含まれる。模範的なトリペプチドには、グリシン-バリン-シトルリン（gly-val-cit）およびグリシン-グリシン-グリシン（gly-gly-gly）が含まれる。いくらかの実施態様では、リンカーには、ジペプチド、例えば、Val-Cit、Ala-Val、またはPhe-Lys、Val-Lys、Ala-Lys、Phe-Cit、Leu-Cit、Ile-Cit、Phe-Arg、またはTrp-Citなどのようなものが含まれる。ジペプチド、例えば、Val-CitまたはPhe-Lysなどのようなものを含むリンカーは例えば、米国特許第6，214，345号に開示されており、その開示はそれが共有結合的コンジュゲーションに適したリンカーに関するものとしてその全体が参照によりここに組み込まれる。いくらかの実施態様では、リンカーはVal-AlaおよびVal-Citから選ばれるジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、ジペプチドは自己免疫性リンカーと組み合わせて用いられる。

ここに記載の薬物-抗体コンジュゲートの合成に適した追加のリンカーには、1，6-脱離プロセス（elimination process）によって細胞毒素を放出可能なもの（「自己免疫性」基）、例えば、p-アミノベンジルアルコール（PABC）、p-アミノベンジル（PAB）、6-マレイミドヘキサノ酸、pH感受性炭酸塩およびJain（ジェイン）ら, Pharm. Res.（ファーマスーティカル・リサーチ）32:3526-3540, 2015に記載されるものなどのようなものが含まれ、その開示は参照によりその全体がここに組み込まれる。

いくらかの実施態様では、リンカーは自己犠牲グループ（self-immolative group）、例えば、前述のPABまたはPABC（パラアミノベンジルオキシカルボニル）などのようなものを含み、これらは例えば、Carl（カール）ら, J. Med. Chem.（ジャーナル・オブ・メディシナル・ケミストリー）(1981) 24:479-480；Chakravarty（チャクラバルティー）ら (1983) J. Med. Chem. 26:638-644；US 6214345；US20030130189；US20030096743；US6759509；US20040052793；US6218519；US6835807；US6268488；US20040018194；WO98/13059；US20040052793；US6677435；US5621002；US20040121940；WO2004/032828) に開示される。このプロセスが可能な他の化学的モイエティ（「自己犠牲リンカー」）には、メチレンカルバマートおよびヘテロアリール基、例えば、アミノチアゾール、アミノイミダゾール、アミノピリミジン、およびその他同種類のものなどのようなものが含まれる。そのような複素環式自己犠牲基を含むリンカーは例えば、米国特許出願公開第20160303254号および同第20150079114号、ならびに米国特許第7,754,681号；Hay（ヘイ）ら, （1999）Bioorg. Med. Chem. Lett.（バイオオーガニック＆メディシナル・ケミストリー・レターズ）9:2237；US 2005/0256030；de Groot（デ・フロート）ら (2001) J. Org. Chem.（ザ・ジャーナル・オブ・オーガニック・ケミストリー）66:8815-8830；およびUS 7223837に開示されている。

ここでの使用に適したリンカーはC₁-C₆アルキレン、C₁-C₆ヘテロアルキレン、C₂-C₆アルケニレン、C₂-C₆ヘテロアルケニレン、C₂-C₆アルキニレン、C₃-C₆シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、およびこれらの組合せから選ばれる1以上の基をさらに含み得、各々のそれらは随意に置換されていてもよい。そのような基の非制限的な例としては(CH₂)_n、(CH₂CH₂O)_n、および-(C=O)(CH₂)_n-単位が含まれ、式中nは各場面について無関係に選ばれる、1-6からの整数である。

好適なリンカーは溶解性向上特性を有する基を含み得る。 (CH₂CH₂O)_p単位（ポリエチレングリコール、PEG）を含むリンカーは例えば、アミノ、スルホン酸、ホスホン酸またはリン酸残基で置換されたアルキル鎖であることができるのと同様に、溶解性を高めることができる。そのようなモイエティを含むリンカーは、例えば、米国特許第8,236,319号および第9,504,756号に開示されており、それらの各々の開示はそれが共有結合的コンジュゲーションに適したリンカーに関するものとして、その全体が参照によりここに組み込まれる。さらなる溶解性向上基には、例えば、次の構造を有するアシルおよびカルバモイルスルファミド基が含まれる：

式中aは0または1であり；および
R¹⁰は水素、C₁-C₂₄アルキル基、C₃-C₂₄シクロアルキル基、C₁-C₂₄ (ヘテロ)アリール基、C₁-C₂₄アルキル(ヘテロ)アリール基およびC₁-C₂₄(ヘテロ)アリールアルキル基、そのC₁-C₂₄アルキル基、C₃-C₂₄シクロアルキル基、C₂-C₂₄ (ヘテロ)アリール基、C₃-C₂₄アルキル(ヘテロ)アリール基およびC₃-C₂₄ (ヘテロ)アリールアルキル基からなる群より選ばれ、それらの各々はO、SおよびNR¹¹R¹²から選ばれる1以上のヘテロ原子によって随意に置換されてもよく、および/または随意に中断されてもよく、そこでR¹¹およびR¹²は水素およびC₁-C₄アルキル基からなる群より無関係に選ばれ；またはR¹⁰は細胞毒素であり、そこで細胞毒素はスペーサーモイエティを介してNに随意に接続されている。そのような基を含むリンカーは例えば、米国特許第9,636,421号および米国特許出願公開第2017/0298145号に記載されており、それらの開示はそれらが細胞毒素および抗体またはその抗原結合性断片への共有結合的コンジュゲーションに適したリンカーに関するものとして、参照によりその全体がここに組み込まれる。

いくらかの実施態様では、リンカーはヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテル、ジペプチド、p-アミノベンジル（PAB）基、複素環自己犠牲基、随意に置換されたC₁-C₆アルキル、随意に置換されたC₁-C₆ヘテロアルキル、随意に置換されたC₂-C₆アルケニル、随意に置換されたC₂-C₆へテロアルケニル、随意に置換されたC₂-C₆アルキニル、随意に置換されたC₂-C₆ヘテロアルキニル、随意に置換されたC₃-C₆シクロアルキル、随意に置換されたヘテロシクロアルキル、随意に置換されたアリール、随意に置換されたヘテロアリール、アシル、-(C=O)-または-(CH₂CH₂O)_n-基で式中nは1-6からの整数であるものの1以上が含まれ得る。当技術において熟練の者であれば、列挙した基の1以上が二価（ジラジカル）種、例は、C₁-C₆アルキレンおよびその他同種類のものなどの形態で存在してもよいことを認識するであろう。

いくらかの実施態様において、リンカーLはモイエティ^*-L₁L₂-^**を含み、式中：
L₁は存在しないか、または-(CH₂)_mNR¹³C(=O)-、-(CH₂)_mNR¹³-、-(CH₂)_mX₃(CH₂)_m-、

であり；
L₂は存在しないか、または-(CH₂)_m-、-NR¹³(CH₂)_m-、-(CH₂)_mNR¹³C(=O)(CH₂)_m-、-X₄、-(CH₂)_mNR¹³C(=O)X₄、- (CH₂)_mNR¹³C(=O)-、-((CH₂)_mO)_n(CH₂)_m-、-((CH₂)_mO)_n(CH₂)_mX₃(CH₂)_m-、- NR¹³((CH₂)_mO)_nX₃(CH₂)_m-、-NR¹³((CH₂)_mO)_n(CH₂)_mX₃(CH₂)_m-、-X₁X₂C(=O)(CH₂)_m-、- (CH₂)_m(O(CH₂)_m)_n-、-(CH₂)_mNR¹³(CH₂)_m-、-(CH₂)_mNR¹³C(=O)(CH₂)_mX₃(CH₂)_m-、- (CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_mNR¹³C(=O)(CH₂)_m-、-(CH₂)_mC(=O)-、- (CH₂)_mNR¹³(CH₂)_mC(=O)X₂X₁C(=O)-、-(CH₂)_mX₃(CH₂)_mC(=O)X₂X₁C(=O)-、- (CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_m-、-(CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_mX₃(CH₂)_m-、-(CH₂)_mX₃(CH₂)_mNR¹³C(=O)(CH₂)_m-、-(CH₂)_mX₃(CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_m-、- (CH₂)_mO)_n(CH₂)_mNR¹³C(=O)(CH₂)_m-、-(CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_m(O(CH₂)_m)_n-、- (CH₂)_m(O(CH₂)_m)_nC(=O)-、-(CH₂)_mNR¹³(CH₂)_mC(=O)-、 -(CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_mNR¹³C(=O)-、-(CH₂)_m(O(CH₂)_m)_nX₃(CH₂)_m-、- (CH₂)_mX₃((CH₂)_mO)_n(CH₂)_m-、-(CH₂)_mX₃(CH₂)_mC(=O)-、- (CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_mO)_n(CH₂)_mX₃(CH₂)_m-、- (CH₂)_mX₃(CH₂)_m(O(CH₂)_m)_nNR¹³C(=O)(CH₂)_m-、-(CH₂)_mX₃(CH₂)_m(O(CH₂)_m)_nC(=O)-、-(CH₂)_mX₃(CH₂)_m(O(CH₂)_m)_n-、-(CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_mC(=O)-、-(CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_m(O(CH₂)_m)_nC(=O)-、-((CH₂)_mO)_n(CH₂)_mNR¹³C(=O)(CH₂)_m-、-(CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_m-、-(CH₂)_mNR¹³C(=O)(CH₂)_mNR¹³C(=O)(CH₂) -(CH₂)_mX₃(CH₂)_mC(=O)NR¹³-、-(CH₂)_mC(=O)NR¹³-、-(CH₂)_mX₃-、-C(R¹³)₂(CH₂)_m-、-(CH₂)_mC(R¹³)₂NR¹³-、-(CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_mNR¹³-、- (CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_mNR¹³C(=O)NR¹³-、-(CH₂)_mC(=O)X₂X₁C(=O)-、- C(R¹³)₂(CH₂)_mNR¹³C(=O)(CH₂)_m-、-(CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_mC(R¹³)₂NR¹³-、- C(R¹³)₂(CH₂)_mX₃(CH₂)_m-、-(CH₂)_mX₃(CH₂)_mC(R¹³)₂NR¹³-、-C(R¹³)₂(CH₂)_mOC(=O)NR¹³(CH₂)_m-、-(CH₂)_mNR¹³C(=O)O(CH₂)_mC(R¹³)₂NR¹³-、-(CH₂)_mX₃(CH₂)_mNR¹³-、-(CH₂)_mX₃(CH₂)_m(O(CH₂)_m)_nNR¹³-、-(CH₂)_mNR¹³-、-(CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_m(O(CH₂)_m)_nNR¹³-、-(CH₂)_m(O(CH₂)_m)_nNR¹³-、-(CH₂CH₂O)_n(CH₂)_m-、-(CH₂)_m(OCH₂CH₂)_n;-(CH₂)_mO(CH₂)_m-、-(CH₂)_mS(=O)₂-、- (CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_mS(=O)₂-、-(CH₂)_mX₃(CH₂)_mS(=O)₂-、-(CH₂)_mX₂X₁C(=O)-、-(CH₂)_m(O(CH₂)_m)_nC(=O)X₂X₁C(=O)-、-(CH₂)_m(O(CH₂)_m)_nX₂X₁C(=O)-、- (CH₂)_mX₃(CH₂)_mX₂X₁C(=O)-、-(CH₂)_mX₃(CH₂)_m(O(CH₂)_m)_nX₂X₁C(=O)-、- (CH₂)_mX₃(CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_mNR¹³C(=O)-、-(CH₂)_mX₃(CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_mC(=O)-、-(CH₂)_mX₃(CH₂)_mC(=O)NR¹³(CH₂)_m(O(CH₂)_m)_nC(=O)-、-(CH₂)_mC(=O)X₂X₁C(=O)NR¹³(CH₂)_m-、-(CH₂)_mX₃(O(CH₂)_m)_nC(=O)-、-(CH₂)_mNR¹³C(=O)((CH₂)_mO)_n(CH₂)_m-、-(CH₂)_m(O(CH₂)_m)_nC(=O)NR¹³(CH₂)_m-、-(CH₂)_mNR¹³C(=O)NR¹³(CH₂)_m-または-(CH₂)_mX₃(CH₂)_mNR¹³C(=O)-であり；
式中
X₁は次のものであり

X₂は次のものであり

X₃は次のもの

であり；および
X₄は以下の

であり；
式中
R¹³はHおよびC₁-C₆アルキルから各場面について無関係に選ばれ；
mは1、2、3、4、5、6、7、8、9および10から各場面について無関係に選ばれ；
nは1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13および14から各場面について無関係に選ばれ；および
そこで単一のアスタリスク（^*）は細胞毒素（例は、アマトキシン）への付着点を指し示し、二重アスタリスク（^**）は反応性置換基Z'または化学的モイエティZへの付着点を指し示し、ただしL₁およびL₂が両方ともないわけではないという条件が付く。

いくらかの実施態様において、リンカーはp-アミノベンジル基（PAB）を含む。一実施態様では、p-アミノベンジル基は細胞傷害性薬物およびリンカーにおけるプロテアーゼ開裂部位間に配置される。一実施態様では、p-アミノベンジル基はp-アミノベンジルオキシカルボニル単位の一部分である。一実施態様では、p-アミノベンジル基はp-アミノベンジルアミド単位の一部分である。

ある実施態様では、リンカーはPAB、Val-Cit-PAB、Val-Ala-PAB、Val-Lys(Ac)-PAB、Phe-Lys-PAB、Phe-Lys(Ac)-PAB、D-Val-Leu-Lys、Gly-Gly-Arg、Ala-Ala-Asn-PAB、またはAla-PABを含む。

いくらかの実施態様では、リンカーはペプチド、オリゴ糖、-(CH₂)_n-、-(CH₂CH₂O)_n-、PAB、Val-Cit-PAB、Val-Ala-PAB、Val-Lys(Ac)-PAB、Phe-Lys-PAB、Phe-Lys(Ac)-PAB、D-Val-Leu-Lys、Gly-Gly-Arg、Ala-Ala-Asn-PAB、またはAla-PABの1以上の組合せを含む。

いくらかの実施態様において、リンカーは-(C=O)(CH₂)_n-単位を含み、nは1-6からの整数である。

いくらかの実施態様では、リンカーは-(CH₂)_n-単位を含み、nは2から6までの整数である。

ある具体的な実施態様では、リンカーは次の構造を含み：

式中、波線は細胞毒素および反応性モイエティZに対する付着点を指し示す。別の具体的な実施態様では、リンカーは次の構造を含み：

式中、波線は細胞毒素および反応性モイエティZ′に対する付着点を指し示す。そのようなPAB-ジペプチド-プロピオニルリンカーは例は、特許出願公開番号WO2017/149077に開示されており、それは参照によりその全体がここに組み込まれる。さらに、WO2017/149077に開示された細胞毒素は参照によりここに組み込まれる。

一定の実施態様では、ADCのリンカーはマレイミドカプロイル-Val-Ala-パラ-アミノベンジル(mc-Val-Ala-PAB）である。

一定の実施態様において、ADCのリンカーはマレイミドカプロイル-Val-Cit-パラ-アミノベンジル(mc-vc-PAB）である。

いくらかの実施態様では、リンカーは次のものを含む。

いくらかの実施態様では、リンカーはMCC(4-[N-マレイミドメチル]シクロヘキサン-1-カルボキシラート）を含む。

抗体、またはその抗原結合性断片を細胞傷害性薬剤にコンジュゲートするために使用することができるリンカーには、リンカーの一端において細胞傷害性薬剤に共有結合し、およびリンカーの他端において、リンカー上に存在する反応性置換基とCD117（例えば、GNNK+CD117などのようなもの）を結合する抗体、またはその抗原結合性断片内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される化学的モイエティを含むものが含まれる。CD117（例えば、GNNK+CD117などのようなもの）と結合する抗体、またはその抗原結合性断片内に存在し得る反応性置換基には、制限を伴わないが、セリン、スレオニン、およびチロシン残基のヒドロキシルモイエティ；リジン残基のアミノモイエティ；アスパラギン酸およびグルタミン酸残基のカルボキシルモイエティ；ならびにシステイン残基のチオール部位、ならびにプロパルギル、アジド、ハロアリール（例は、フルオロアリール）、ハロヘテロアリール（例は、フルオロヘテロアリール）、ハロアルキル、およびハロヘテロアルキルモイエティの非自然発生アミノ酸が含まれる。

薬物-抗体コンジュゲート複合体（drug-antibody conjugates conjugates）の合成に有用なリンカーの例には、親電子物質、例えば、マイケルアクセプター（例は、マレイミド）、活性化エステル、電子不足カルボニル化合物、およびアルデヒド、ほかにもあるがそのようなもので、抗体または抗原結合性断片内に存在する求核性置換基との反応に適したもの、例えば、アミンおよびチオールモイエティなどのようなものを含むものが含まれる。例として、薬物-抗体コンジュゲートの合成に適したリンカーには、制限を伴わずに、スクシンイミジル4-(N-マレイミドメチル)-シクロヘキサン-L-カルボキシラート（SMCC）。N-スクシンイミジルヨードアセタート（SIA）、スルホSMCC、m-マレイミドベンゾイル-N-ヒドロキシスクシンイミジルエステル（MBS）、スルホMBS、およびスクシンイミジルヨードアセタート、ほかにもあるが、例として、Liu（リュー）ら、18:690-697, 1979に記載されているものなどのようなものが含まれ、その開示はそれが化学的コンジュゲーションのためのリンカーに関するものとして参照によりここに組み込まれる。追加的なリンカーには、非切断可能なマレイミドカプロイルリンカーが含まれ、それは微小管破壊性薬剤（microtubule-disrupting agents）、例えば、アウリスタチンなどのようなもののコンジュゲーションに特に有用であり、Doroninaら, Bioconjugate Chem.（バイオコンジュゲート・ケミストリー）17:14-24, 2006に記載されており、その開示はそれが化学的コンジュゲーションのためのリンカーに関するものとして参照によりここに組み込まれる。

ここに開示される化学的基、モイエティ（モイエティは分けられた一部、一部分のことを言う）および特長の任意の一以上は、ここに開示されるような抗体および細胞毒素のコンジュゲーションに有用なリンカーを形成するためにさまざまな方法で組み合わせ得ることは当技術において熟練の者によって認識されるであろう。ここに記載される組成物および方法と関連して有用なさらなるリンカーは例えば、米国特許出願公開第2015/0218220号に記載されており、その開示は参照によりその全体がここに組み込まれる。

ここに記載される抗体薬物と関連して有用なリンカーには、制限を伴わずに、以下の表1に描かれるようなカップリング反応によって形成される化学的モイエティを含むリンカーが含まれる。曲線は抗体、または抗原結合性断片、および細胞傷害性分子への付着点をそれぞれ指定する。

当技術において熟練の者は、リンカーに付着した反応性置換基Z'および抗体またはその抗原結合性断片での反応性置換基が化学的モイエティZを生成するために共有結合的カップリング反応において関与し、および反応性置換基Z'を認識するであろう。したがって、ここに記載の方法と関連して有用な抗体薬物コンジュゲートは抗体、またはその抗原結合性断片と、ここに記載のように、リンカーまたは細胞毒素リンカーコンジュゲートとの反応によって、化学部位Zを形成させるために形成されてもよく、そのリンカーまたは細胞毒素リンカーコンジュゲートは抗体、またはその抗原結合性断片上の反応性置換基との反応に適した反応性置換基Z'を含む。

いくらかの実施態様において、Z'は-NR¹³C(=O)CH=CH₂、-N₃、-SH、-S(=O)₂(CH=CH₂)、-(CH₂)₂S(=O)₂(CH=CH₂)、-NR¹³S(=O)₂(CH=CH₂)、-NR¹³C(=O)CH₂R¹⁴、-NR¹³C(=O)CH₂Br、-NR¹³C(=O)CH₂I、-NHC(=O)CH₂Br、-NHC(=O)CH₂I、-ONH₂、-C(O)NHNH₂、-CO₂H、-NH₂、-NH(C=O)、-NC(=S)、

式中
R¹³はHおよびC₁-C₆アルキルから各場面について無関係に選ばれ；
R¹⁴は-S(CH₂)_nCHR¹⁵NHC(=O)R¹³であり；
R¹⁵はR¹³または-C(=O)OR¹³であり；
R¹⁶はH、C₁-C₆アルキル、F、Cl、および-OHから各場面について無関係に選ばれ；
R¹⁷はH、C₁-C₆アルキル、F、Cl、-NH₂、-OCH₃、-OCH₂CH₃、-N(CH₃)₂、-CN、-NO₂および-OHから各場面について無関係に選ばれ；および
R¹⁸はH、C₁-C₆アルキル、F、-C(=O)OHにより置換されたベンジルオキシ、-C(=O)OHにより置換されたベンジル、-C(=O)OHにより置換されたC₁-C₄アルコキシ、および-C(=O)OHにより置換されたC₁-C₄アルキルから各場面について無関係に選ばれる。

表1に描かれるように、リンカーおよび抗体またはその抗原結合性断片上の好適な反応性置換基の例には、求核剤/求電子剤対（例は．チオール/ハロアルキル対、アミン/カルボニル対、またはチオール/α、β-不飽和カルボニル対、およびその他同種類のものなど）、ジエン/求ジエン体対（例は、アジド/アルキン対、またはジエン/α、β-不飽和カルボニル対、ほかにもあるが）、およびその他同種類のものなどが含まれる。化学的モイエティZを形成するための反応性置換基間のカップリング反応には、制限されないが、チオールアルキル化、ヒドロキシルアルキル化、アミンアルキル化、アミンまたはヒドロキシルアミン縮合、ヒドラジン形成、アミド化、エステル化、ジスルフィド形成、付加環化（例は、［4+2］ディールス-アルダー付加環化、［3+2］ヒュスゲン付加環化、ほかにもあるが）、求核性芳香族置換、求電子性芳香族置換、および当技術で知られているか、またはここに記載されている他の反応性様式が含まれる。なるべくなら、リンカーは抗体、またはその抗原結合性断片での求核性官能基との反応のための求電子性官能基を含む。

ここに開示されるように、抗体、またはその抗原結合性断片内に存在し得る反応性置換基には、制限されないが、求核性基、例えば、（i）N末端アミン基、（ii）側鎖アミン基、例は、リジン、（iii）側鎖チオール基、例は、システイン、および（iv）抗体がグリコシル化される糖ヒドロキシル基またはアミノ基などのようなものが含まれる。ここに開示されるように、抗体、またはその抗原結合性断片内に存在し得る反応性置換基には、制限されないが、セリン、スレオニン、およびチロシン残基のヒドロキシルモイエティ；リジン残基のアミノモイエティ；アスパラギン酸およびグルタミン酸残基のカルボキシルモイエティ；およびシステイン残基のチオールモイエティ、ならびにプロパルギル、アジド、ハロアリール（例は、フルオロアリール）、ハロヘテロアリール（例は、フルオロヘテロアリール）、ハロアルキル、およびハロヘテロアルキルモイエティの非自然発生アミノ酸が含まれる。いくらかの実施態様では、ここに開示されるような抗体、またはその抗原結合性断片内に存在する反応性置換基には、アミンまたはチオールモイエティが含まれ、それらである。一定の抗体は還元可能な鎖間ジスルフィド、即ち、システインブリッジを有する。抗体は還元剤、例えば、DTT（ジチオスレイトール）などのようなもので処理することによってリンカー試薬とのコンジュゲーションに対して反応性にし得る。各システインブリッジはそれゆえに理論的には、2つの反応性チオール求核剤を形成するであろう。追加的な求核性基は、リジンと2-イミノチオラン（トラウト試薬（Traut's reagent））の反応を通して抗体に導入されることができ、アミンのチオールへの変換がもたらされる。反応性チオール基は、1、2、3、4、またはそれらよりも多くのシステイン残基を導入することによって抗体（またはその断片）に導入し得る（例は、1以上の非ネイティブシステインアミノ酸残基を含む変種抗体の調製）。米国特許第7,521,541号は反応性システインアミノ酸の導入による抗体のエンジニアリングを教示する。

いくらかの実施態様では、リンカーに付着した反応性モイエティZは抗体にて存在する求電子性基と反応する求核性基である。抗体での有用な求電子性基には、制限されないが、アルデヒド基およびケトンカルボニル基が含まれる。求核性基のヘテロ原子は抗体での求電子性基と反応し、および抗体との共有結合を形成することができる。有用な求核性基には、制限されないが、ヒドラジド、オキシム、アミノ、ヒドロキシル、ヒドラジン、チオセミカルバゾン、ヒドラジンカルボキシラート、およびアリールヒドラジドが含まれる。

いくらかの実施態様では、Zは抗体、またはその抗原結合性断片内に存在する反応性求核性置換基、例えば、アミンおよびチオールモイエティなどのようなものと、反応性求電子性置換基Zとの間の反応の生産物である。例として、Zは、マイケル受容体（例は、マレイミド）、活性化エステル、電子不足カルボニル化合物、またはアルデヒド、ほかにもあるが、であり得る。

いくらかの実施態様では、ADCはここに開示されるような式III、IIIA、IIIB、またはIIICのいずれかのアマトキシンにコンジュゲーションした抗CD117抗体を含み、リンカーおよび化学的モイエティZを介して、各々ここに開示されるように、式I、IA、IB、II、IIA、またはIIBのいずれかのリンカー-アマトキシンまたは抗体薬物コンジュゲートが形成される。いくらかの実施態様において、リンカーはヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテルまたはジペプチドを含む。いくらかの実施態様では、リンカーには、Val-AlaおよびVal-Citから選ばれるジペプチドが含まれる。いくらかの実施態様では、リンカーはパラアミノベンジル基（PAB）を含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Cit-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーはモイエティPAB-Ala-Valを含む。いくらかの実施態様では、リンカーは-((C=O)(CH₂)_n-単位を含み、式中、nは1-6からの整数である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。

いくらかの実施態様では、リンカーは-(CH₂)_n-単位を含み、式中nは2-6からの整数である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様では、リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様では、リンカーは-(CH₂)_n-である。いくらかの実施態様では、リンカーは-((CH₂)_n-であり、式中nは6である。

いくらかの実施態様において、化学的モイエティZは表1から選ばれる。いくらかの実施態様において、化学的部分Zは

であり、
式中、SはCD117と結合する抗体、またはその抗原結合性断片内に存在する反応性置換基を代表する硫黄原子である（例は、システイン残基の-SH基から）。

いくらかの実施態様において、リンカーLおよび化学的モイエティZはL-Zとして一緒に考えて、次のものである。

当技術において熟練の者であれば、抗体またはその抗原結合性断片とのコンジュゲーションに先立ちリンカー反応性置換基構造が基Zとしてマレイミドを含むことを認識するであろう。いくらかの実施態様では、抗体またはその抗原結合性断片とのコンジュゲーションに先立ちリンカー反応性置換基構造L-Z'は次のものである。：

いくらかの実施態様において、ここに開示されるようなアマトキシンは以下の式を有するリンカー反応性モイエティ-L-Z′にコンジュゲーションされる：

いくらかの実施態様において、ここに開示されるようなアマトキシンは以下の式を有するリンカー反応性部分-L-Z′とコンジュゲーションされる：

ここに記載の組成物および方法と関連して有用な前述のリンカーモイエティおよびアマトキシン-リンカーコンジュゲートは、ほかにもあるが例えば、米国特許出願公開第2015/0218220号および特許出願公開番号WO2017/149077に記載されており、それらの各々の開示は参照によりその全体がここに組み込まれる。
抗体-薬物コンジュゲートの調製

ここに開示するような式IのADCsにおいて、抗CD117抗体またはその抗原結合性断片は、ここに開示するようなリンカーLおよび化学的モイエティZを通して、1以上の細胞傷害性薬物モイエティ（D）、例は、抗体あたり約1より約20までの薬物モイエティにコンジュゲートされる。本開示のADCsは当技術において熟練の者に既知の有機化学反応、条件、および試薬を採用するいくつかの経路によって調製し得るが、これには次のものが含まれる：（1）抗体またはその抗原結合性断片の反応性置換基の、上記のようにAb-Z-Lを形成するための二価のリンカー試薬との反応、次いで薬物モイエティDとの反応；または（2）薬物モイエティの反応性置換基の、D-L-Zを形成するための二価のリンカー試薬との反応、次いで式D-L-Z-AbのADC、例えば、Am-Z-L-Abなどのようなものを形成させるために上記のような抗体またはその抗原結合性断片の反応性置換基との反応である。ADCを調製するための追加の方法はここに記載する。

別の態様では、抗CD117抗体またはその抗原結合性断片は1以上のスルフヒドリル基を導入するために化学的に修飾することができる1以上のリジン残基を有する。次いで、ADCはここにおいて上述したように、スルフヒドリル基の硫黄原子を通したコンジュゲーションによって形成される。リジンを修飾するために使用することができる試薬には、制限されないが、N-スクシンイミジルS-アセチルチオアセタート（SATA）および塩酸2-イミノチオラン（トラウト試薬）が含まれる。

別の態様では、抗CD117抗体またはその抗原結合性断片は1以上のスルフヒドリル基を有するように化学的に修飾されることかできる1以上の炭水化物基を有することができる。次いで、ADCはここにおいて上述したように、スルフヒドリル基の硫黄原子を通したコンジュゲーションによって形成される。

さらに別の態様では、抗CD117抗体はアルデヒド（-CHO）基を提供するために酸化されることかできる1以上の炭水化物基を有することができる（例は、Laguzza（ラグザ）ら、J. Med. Chem. 1989, 32(3), 548-55について参照）。次いで、ADCはここにおいて上述したように、対応するアルデヒドを通したコンジュゲーションによって形成される。細胞毒素の付着または関連についてのタンパク質の修飾のための他のプロトコルはColigan（コリガン）ら, Current Protocols in Protein Science（タンパク質科学におけるカレントプロトコルズ）、vol. 2, John Wiley & Sons（ジョン・ワイリー・アンド・サンズ社）(2002)に記載されており、参照によりここに組み込まれる。

細胞標的タンパク質、例えば、抗体、免疫グロブリンまたはそれらの断片などのようなものへのリンカー薬物モイエティのコンジュゲーションのための方法は例えば、米国特許第5,208,020号；米国特許6,441,163号；WO2005037992；WO2005081711；およびWO2006/034488に記載されており、それらのすべては参照によりその全体がここに明示的に組み込まれる。

あるいはまた、抗CD117抗体と細胞傷害性薬剤からなる融合タンパク質は、例は、組換え技術またはペプチド合成によって作成し得る。DNAの長さはコンジュゲートの2つの部分をコードするそれぞれの領域が互いに隣接し、またはコンジュゲートの望ましい特性を破壊しないリンカーペプチドをコードする領域によって分けられるかのいずれかでも含まれ得る。
処置の方法

ここに記載されるように、造血幹細胞移植療法は1以上の血液細胞型を集合（populate）または再増殖する（re-populate）ように、処置が必要な対象に施すことができる。造血幹細胞は概して多能性を見せ、およびそれゆえ、多様な異なる血液系統に分化することができ、制限されないが、顆粒球（例は、前骨髄球、好中球、好酸球、好塩基球）、赤血球（例は、網状赤血球、赤血球）、栓球（例は、巨核芽球、血小板産生巨核球、血小板）、単球（例は、単球、マクロファージ）、樹状細胞、ミクログリア細胞、破骨細胞、およびリンパ球（例は、NK細胞、B細胞およびT細胞）が含まれる。造血幹細胞は追加的に自己再生の能力があり、およびそれゆえに母細胞と同等の能力を有する娘細胞を生み出すことができ、およびまた移植レシピエントに再導入される能力を特色とし、そのうえでそれらは造血幹細胞ニッチに帰巣し、および生産的でおよび持続的な造血を再確立する。

そのように、造血幹細胞は造血系統の1以上の細胞型において欠損したまたは欠乏性があるペイシェントに対して、欠損したまたは欠乏性の細胞の集団をインビボで再構成するために施すことができ、それによって内因性血液細胞集団における欠損または消耗に関係する病状が処置される。それゆえに、ここに記載の組成物および方法は、非悪性異常ヘモグロビン症（例は、鎌状赤血球貧血、サラセミア、ファンコニー貧血、再生不良性貧血、およびウィスコット-アルドリッチ症候群からなる群より選ばれる異常ヘモグロビン症）を処置するために用いることができる。追加的にまたは代替的に、ここに記載の組成物または方法は、免疫不全、例えば、先天性免疫不全などのようなものを処置するために用いることができる。追加的にまたは代替的に、ここに記載の組成物または方法は、後天性免疫不全（例は、HIVおよびAIDSからなる群より選ばれる後天性免疫不全）を処置するために用いることができる。ここに記載の組成物または方法は、代謝障害（例は、糖原病、ムコ多糖症、ゴーシェ病、ハーラー病、スフィンゴリピド症、および異染性白質ジストロフィーからなる群より選ばれる代謝障害）を処置するために用いることができる。

追加的にまたは代替的に、ここに記載の組成物および方法は悪性腫瘍または増殖性疾患、例えば、血液ガン、骨髄増殖性疾患などのようなものを処置するために使用することができる。ガン処置の場合、ここに記載の組成物および方法は、造血幹細胞移植療法に先立ち内因性造血幹細胞の集団を減少させるように、ペイシェントに施してよく、この場合、移植細胞は内因性細胞減少ステップによって作り出されたニッチに帰巣し、および生産的造血を確立することが可能である。この場合、移植された細胞は内因性細胞除去の過程で生じたニッチに定着し、生産的な造血を確立することができる。このことは次に、ガン細胞根絶の間、例えば、全身化学療法間などのようなもので減少した細胞集団を再び構成することができる。ここに（heein）記載の組成物および方法を用いて処置することができる模範的な血液学的ガンには、制限されないが、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、および非ホジキンリンパ腫、ならびに神経芽腫を含めて他のガン性病態が含まれる。

ここに記載の組成物および方法により処置することができる追加的な疾患には、制限されないが、アデノシンデアミナーゼ欠損症および重症複合免疫不全、高免疫グロブリンM症候群、チェディアック-東病、遺伝性リンパ組織球症、大理石骨病、骨形成不全、蓄積症、サラセミアメジャー、全身性硬化症、全身性エリテマトーデス、多発性硬化症、および若年性関節リュウマチが含まれる。

ここに記載の抗CD117抗体、その抗原結合性断片、およびコンジュゲート（即ち、ADCs）は固形器官移植寛容（solid organ transplant tolerance）を誘導するために使用することができる。例として、ここに記載の組成物および方法は標的組織から細胞の集団を減少させるかまたは切除するために（例は、骨髄幹細胞ニッチから造血幹細胞を減少させるために）使用され得る。標的組織からの細胞のそのような減少に続いて、器官ドナーからの幹細胞または前駆細胞の集団（例は、器官ドナーからの造血幹細胞）は移植レシピエントに施され得、および次いでそのような幹細胞または前駆細胞の生着に続いて、一時的または安定した混合キメラが達成され、それによって、さらなる免疫抑制性薬剤についての必要性なく長期の移植器官耐性を可能にし得る。例えば、ここに記載の組成物および方法は固形器官移植レシピエントにおける移植耐性を誘導するために使用され得る（例は、腎臓移植、肺移植、肝臓移植、および心臓移植、ほかにもあるが）。ここに記載の組成物および方法は、例として、移植された器官の長期的な寛容を誘導するためには、低い割合の一時的または安定したドナー生着で十分であるため、固形器官移植寛容の誘導に関連して使用するのによく適している。

加えて、ここに記載の組成物および方法は、ガンを直接、例えば、CD117+である細胞によって特徴付けられるガンなどのようなものを処置するために使用することができる。例として、ここに記載の組成物および方法は、白血病処置する、特にCD117+白血病細胞を見せるペイシェントにおいて行うために使用することができる。CD117+ガン細胞、例えば、白血病細胞などのようなものを減少させることによって、ここに記載の組成物および方法は、種々のガンを直接処置するために使用することができる。この仕方において処置され得る模範的なガンには、血液学的ガン、例えば、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、および非ホジキンリンパ腫などのようなものが含まれる。

急性骨髄性白血病（AML）は骨髄系の血液細胞のガンであり、骨髄に集まりおよび正常な血液細胞の生産を妨げる異常な白血球が急速に増殖することによって特徴付けられる。AMLは成人に影響する最も普通の急性白血病であり、およびその発生率は年齢とともに増加する。AMLの症状は正常な骨髄が白血病細胞と置き換わることによって引き起こされ、それが赤血球、血小板、および正常な白血球における低下を起こす。急性白血病として、AMLは急速に進行し、および処置せずに放置すると数週間または数か月内で致命的となり得る。一実施態様では、ここに記載の抗CD117 ADCsはその必要があるヒトペイシェントにおいてAMLを処置するために用いられる。一定の実施態様では、抗CD117 ADC処置は処置された対象においてAML細胞を減少させる。いくらかの実施態様では、約50％以上のAML細胞は減少する。他の実施態様では、約60％以上のAML細胞が減少し、または約70％以上のAML細胞が減少し、または約80％以上若しくは約90％以上、または約95％以上のAML細胞が減少する。一定の実施態様では、抗CD117 ADC処置は単一用量処置である。一定の実施態様では、単一用量の抗CD117 ADC処置はAML細胞の約60％、約70％、約80％、約90％、約95％、またはそれらよりも多くを減少させる。

加えて、ここに記載される組成物および方法は自己免疫疾患を処置するために使用することができる。例として、抗CD117抗体またはその抗原結合性断片はCD117+免疫細胞を殺すように、対象、例えば、自己免疫障害を患っているヒトペイシェントなどのようなものに施すことができる。CD117+免疫細胞は自己反応性リンパ球、例えば、自己抗原と特異的に結合し、および自己抗原に対する免疫応答をマウントするT細胞受容体を発現するT細胞などのようなものであり得る。自己反応性、CD117+細胞を減少させることによって、ここに記載の組成物および方法は自己免疫病態、例えば、以下に記載されるものなどのようなものを処置するために使用することができる。加えてまたは代替的に、ここに記載の組成物および方法は、造血幹細胞移植療法の前に内因性造血幹細胞の集団を減少させることによって自己免疫疾患を処置するために使用することができ、その場合、移植された細胞は内因性細胞減少ステップによって作り出されたニッチに帰巣し、および生産的造血を確立することができる。このことは次に、自己免疫細胞の根絶の際に減少した細胞集団を再び構成することができる。

ここに記載の組成物および方法を用いて処置することができる自己免疫疾患には、制限されないが、乾癬、乾癬性関節炎、1型真性糖尿病（1型糖尿病）、関節リウマチ（RA）、ヒト全身性エリテマトーデス（SLE）、多発性硬化症（MS）、炎症性腸疾患（IBD）、リンパ球性大腸炎、急性散在性脳脊髄炎（ADEM）、アジソン病（Addison's disease）、汎発性脱毛症、強直性脊椎炎（ankylosing spondylitisis）、抗リン脂質抗体症候群（APS）、再生不良性貧血、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性内耳疾患（AIED）、自己免疫性リンパ増殖症候群（autoimmune Iymphoproliferative syndrome）（ALPS）、自己免疫性卵巣炎（autoimmune oophoritis）、バロー病（Balo disease）、ベーチェット病（Behcet's disease）、水疱性類天疱瘡、心筋症、シャガス病（Chagas' disease）、慢性疲労免疫機能不全症候群（chronic fatigue immune dysfunction syndrome）（CFIDS）、慢性炎症性脱髄性多発ニューロパチー、クローン病、瘢痕性類天疱瘡（cicatrical pemphigoid）、セリアックスプルー疱疹状皮膚炎（coeliac sprue-dermatitis herpetiformis）、寒冷凝集素病、クレスト症候群（CREST syndrome）、デゴス病（Degos disease）、円板状エリテマトーデス（discoid lupus）、自律神経障害、子宮内膜症、本態性混合型クリオグロブリン血症（essential mixed cryoglobulinemia）、線維筋痛症-線維筋炎（fibromyalgia-fibromyositis）、グッドパスチャー症候群、グレーヴズ病、ギラン-バレー症候群（GBS）、橋本甲状腺炎（Hashimoto's thyroiditis）、化膿性汗腺炎（化膿性汗腺炎）、特発性および/または急性血小板減少性紫斑病（idiopathic and/or acute thrombocytopenic purpura）、特発性肺線維症、IgA神経障害、間質性膀胱炎、若年性関節炎、川崎病、扁平苔癬、ライム病、メニエール病、混合性結合組織病（MCTD）、重症筋無力症、神経性筋強直、眼球クローヌスミオクローヌス症候群（OMS）、視神経炎、オード甲状腺炎（Ord's thyroiditis）、尋常性天疱瘡、悪性貧血、多発性軟骨炎、多発性筋炎および皮膚筋炎、原発性胆汁性肝硬変、結節性多発動脈炎、多腺性症候群（polyglandular syndromes）、リウマチ性多発筋痛、原発性無ガンマグロブリン血症（primary agammaglobulinemia）、レイノー現象（Raynaud phenomenon）、ライター症候群（Reiter's syndrome）、リウマチ熱、類肉腫症、硬皮症、シェーグレン症候群（Sjogren's syndrome）、全身硬直症候群（stiff person syndrome）、高安動脈炎（Takayasu's arteritis）、側頭動脈炎（また、「巨細胞性動脈炎」としても知られる）、潰瘍性大腸炎、コラーゲン性大腸炎、ぶどう膜炎、脈管炎、白斑、外陰部痛（「外陰部前庭炎」）、およびウェゲナー肉芽腫症（Wegener's granulomatosis）が含まれる。
投与経路および投薬

ADCs、抗体、またはそれらの抗原結合性断片、またはここに記載されたものは様々な剤形においてペイシェント（例は、ガン、自己免疫疾患を患っている、または造血幹細胞移植療法の必要があるヒトペイシェント）に施すことができる。例として、ここに記載の抗体またはその抗原結合性断片は水溶液、例えば、1以上の薬学的に許容可能な賦形剤を含む水溶液などのようなものの形態において、ガン、自己免疫疾患を患っている、または造血幹細胞移植療法の必要があるペイシェントに施すことができる。ここに記載の組成物および方法と共に使用するための薬学的に許容可能な賦形剤には、粘度修飾性薬剤が含まれる。水溶液は当技術で既知の技術を使用して滅菌し得る。

ここに記載のように抗CD117 ADCまたは抗体を含む製薬調剤物は、そのようなADCまたは抗CD117抗体を1以上の随意の薬学的に許容可能な担体と混合することによって（Remington's Pharmaceutical Sciences（レミントンの薬科学）16th edition, Osol（オソル）, A. Ed. (1980)）、凍結乾燥調剤物または水溶液の形態において調製される。薬学的に許容可能な担体は採用される服用量および濃度において概してレシピエントに対して無毒であり、およびそれには、制限されないが、以下を含む：緩衝剤、例えば、リン酸塩、クエン酸塩、および他の有機酸などのようなもの；抗酸化剤、例えば、アスコルビン酸およびメチオニンなどのようなもの；保存料（例えば、オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド；ヘキサメトニウムクロリド；ベンザルコニウムクロリド。塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチルまたはベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えば、メチルまたはプロピルパラベンなどのようなもの；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；3-ペンタノール；およびm-クレゾール）；低分子量（約10残基未満）ポリペプチド。タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、または免疫グロブリンなどのようなもの；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドンなどのようなもの；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、またはリジンなどのようなもの；単糖類、二糖類、および他の炭水化物でグルコース、マンノース、またはデキストリンを含むもの；キレート剤、例えば、EDTAなどのようなもの；糖類、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロースまたはソルビトールなどのようなもの；塩形成対イオン、例えば、ナトリウムなどのようなもの；金属複合体（例は、Zn-タンパク質複合体）；および/または非イオン性界面活性剤、例えば、ポリエチレングリコール（PEG）などのようなものである。

ここに記載の、抗CD117 ADCs、抗体、または抗原結合性断片は様々な経路例えば、経口、経皮、皮下、経鼻、静脈内、筋肉内、眼内、または非経口などのようなものによって施すことができる。いかなる場合においても、最も適した投与経路は投与される特定の抗体、または抗原結合性断片、ペイシェント、製剤法、投与方法（例は、投与時間および投与経路）、ペイシェントの齢、体重、性別、処置される疾患の重症度、ペイシェントの食餌、およびペイシェントの排泄率に依存する。

ここに記載の、抗CD117 ADC、抗体、またはそれらの抗原結合性断片の有効量は例えば、単回（例は、ボーラス）投与、複数回投与、または連続投与あたり約0.001から約100 mg/kgまでの体重、または抗体、その抗原結合性断片の至適血清濃度（例は、0.0001-5000μg/mLの血清濃度）を達成するために及ぶことができる。抗CD117 ADCの用量はガン、自己免疫疾患を患っている、または造血幹細胞移植を受けるための準備としてコンディショニング療法を受けている対象（例は、ヒト）に対して、1日、1週間、または1ヶ月に1回以上（例は、2-10回）投与され得る。造血幹細胞移植に先立つコンディショニング手順の場合、抗CD117 ADC、抗体、またはそれらの抗原結合性断片は、外因性造血幹細胞の生着を最適に促進する時間、例として、外因性造血幹細胞移植の施与に先立ち、約1時間から約1週間まで（例は、約1時間、約2時間、約3時間、約4時間、約5時間、約6時間、約7時間、約8時間、約9時間、約10時間、約11時間、約12時間、約13時間、約14時間、約15時間、約16時間、約17時間、約18時間。約19時間、約20時間、約21時間、約22時間、約23時間、約24時間、約2日、約3日、約4日、約5日、約6日、または約7日）またはそれらよりも多くにてペイシェントに施されることかできる。

ここに開示される方法を用いて、当技術において熟練の医師は造血幹細胞移植療法を必要とするヒトペイシェントに、造血幹細胞によって発現する抗原CD117と結合する抗体またはそれらの抗原結合性断片（例えば、GNNK+CD117と結合する抗体またはその抗原結合性断片）などのようなものを結合可能な抗CD117 ADC、抗体またはそれらの抗原結合性断片を投与することができる。このようにして、内因性造血幹細胞の集団は、造血幹細胞移植片の生着を促進するように、外因性造血幹細胞移植片の投与に先立ち減少させることができる。

上述したように、抗体は毒素、例えば、ここに記載されたまたは当技術で既知の細胞傷害性分子などのようなものに共有結合的にコンジュゲーションされ得る。例として、抗CD117抗体またはその抗原結合性断片（例えば、抗GNNK＋CD117抗体またはその抗原結合性断片などのようなもの）は細胞毒素、例えば、シュードモナス外毒素A、デブーガニン（deBouganin）、ジフテリア毒素、アマトキシン、例えば、γ-アマニチン、α-アマニチン、サポリン、マイタンシンなどのようなもの、マイタンシノイド、アウリスタチン、アントラサイクリン、カリケアマイシン、イリノテカン、SN-38、デュオカルマイシン、志賀毒素、ピロロベンゾジアゼピン、ピロロベンゾジアゼピンダイマー、インドリノベンゾジアゼピン、インドリノベンゾジアゼピンダイマー、またはそれらの変種などのようなものと共有結合的にコンジュゲーションさせることができる。このコンジュゲーションはここに記載されるまたは当技術で既知の共有結合形成技術を使用して実行することができる。抗体、その抗原結合性断片、または薬物-抗体コンジュゲートはその後、ペイシェントへの外因性造血幹細胞（例えば、自家、同系、または同種造血幹細胞などのようなもの）の移植に先立ち、例えば、静脈内投与によってペイシェントに投与することかできる。

抗CD117（例は、抗GNNK+CD117）抗体、その抗原結合性断片、または薬剤-抗体コンジュゲートは、造血幹細胞移植療法に先立って、内因性造血幹細胞の分量を、例えば、約10％、約20％、約30％、約40％、約50％、約60％、約70％、約80％、約90％、約95％、またはそれらよりも多く減少させるために十分な量において施すことができる。造血幹細胞計数での減少は当技術で知られる慣習的な技術、例えば、コンディショニング療法中に様々な間隔でペイシェントから取り出した血液サンプルにおける特徴的な造血幹細胞表面抗原を発現する細胞のFACS分析によってなどのようなものを用いて監視することができる。例として、当技術において熟練の医師はコンディショニング療法中の様々な時点でペイシェントから血液サンプルを取り出し、および造血幹細胞マーカー抗原に結合する抗体を用いてサンプル中の造血幹細胞の相対濃度を解明するためにFACS分析を行うことによって、内因性造血幹細胞の減少の程度を決定することができる。いくらかの実施態様によれば、抗CD117（例は、抗GNNK+CD117）抗体、その抗原結合性断片、または薬剤-抗体コンジュゲートを用いたコンディショニング療法に応答して造血幹細胞の濃度が最小値に達したとき、医師はコンディショニング療法を終了し得、および造血幹細胞移植療法に対するペイシェントの準備を開始し得る。

抗CD117（例は、抗GNNK+CD117）抗体、その抗原結合性断片、または薬物-抗体コンジュゲートは1以上の薬学的に許容できる賦形剤、例えば、粘度修飾性薬剤などのようなものを含む水溶液においてペイシェントに投与することができる。水溶液はここに記載された技術または当技術において既知の技術を用いて滅菌し得る。抗体、その抗原結合性断片、または薬物-抗体コンジュゲートは、ペイシェントへの造血幹細胞移植片の投与に先立ち、例えば、0.001mg/kgから100mg/kgまでの投薬量にてペイシェントに投与することができる。抗体、その抗原結合性断片、または薬物-抗体コンジュゲートは、外因性造血幹細胞の生着を最適に促進する時間、例として、外因性造血幹細胞移植の施与に先立ち約1時間から約1週間まで（例は。約1時間、約2時間、約3時間、約4時間、約5時間、約6時間、約7時間、約8時間、約9時間、約10時間、約11時間、約12時間、約13時間、約14時間、約15時間、約16時間、約17時間、約18時間。約19時間、約20時間、約21時間、約22時間、約23時間、約24時間、約2日、約3日、約4日、約5日、約6日、または約7日）またはそれらよりも多くにてペイシェントに施すことができる。

コンディショニング療法の終了後、ペイシェントは次に、例えば、コンディショニング療法を行った医師と同じ医師から、または異なる医師からなどのようなもので、外因性造血幹細胞の注入（例は、静脈内注入）を受け得る。医師は例として、1×10³から1×10⁹までの造血幹細胞/kgの投薬量にて、自己、同系、または同種造血幹細胞の注入物をペイシェントに投与し得る。医師は例えば、ペイシェントから血液サンプルを採取し、および造血幹細胞または造血系統の細胞（例えば、巨核球、栓球、血小板、赤血球、マスト細胞、骨髄芽球、好塩基球、好中球、好酸球、ミクログリア、顆粒球、単球、破骨細胞、抗原提示細胞、マクロファージ、樹状細胞、ナチュラルキラー細胞、Tリンパ球、およびBリンパ球などのようなもの）の移植の施与後の濃度における増加を定めることによって造血幹細胞移植の生着を監視し得る。この分析は例えば、造血幹細胞移植療法後、約1時間から約6か月間、またはそれよりも長く（例は、約1時間、約2時間、約3時間、約4時間、約5時間、約6時間、約7時間、約8時間、約9時間、約10時間、約11時間、約12時間、約13時間、約14時間、約15時間、約16時間、約17時間、約18時間、約19時間、約20時間、約21時間、約22時間、約23時間、約24時間、約2日間、約3日間、約4日間、約23日間、約4日間。約5日、約6日、約7日、約2週間、約3週間、約4週間、約5週間、約6週間、約7週間、約8週間、約9週間、約10週間、約11週間、約12週間、約13週間、約14週間、約15週間、約16週間、約17週間、約18週間、約19週間、約20週間、約21週間、約22週間、約23週間、約24週間、またはそれよりも長く）行い得る。造血幹細胞または造血系統の細胞の濃度が移植療法に先立ち対応する細胞型の濃度に対し移植療法の後で上昇したという知見（例は．約1％、約2％、約3％、約4％、約5％、約6％、約7％、約8％、約9％、約10％、約20％、約30％、約40％、約50％、約60％、約70％、約80％、約90％、約100％、約200％、約500％、またはそれらよりも多い）は抗CD117（例は、抗GNNK+CD117）抗体、その抗原結合性断片、または薬剤-抗体コンジュゲートによる処置が移植された造血幹細胞移植片の生着を好首尾に促進したことを示す1つの指標を提供する。

以下の例はここに記載の組成物および方法がどのように使用、製造、および評価され得るかの説明を当技術における通常の技量の者（当業者とも言う）に提供するように提示され、および本開示を純粋に例示することを意図し、および本発明者らが発明とみなす範囲を制限することを意図していない。
例1．抗CD117抗体67(Ab67)の識別

中性抗CD117抗体67（即ち、Ab67）の識別は、WO 2019/084057(PCT/US2018/057172（その開示はその全体が参照によりここに組み込まれる）に記載されているように、酵母ディスプレイライブラリーおよびヒトCD117の外部ドメインへの結合についてのスクリーニングに基づいた。中性抗体は標的にて活性がない利益を提供する。移植に関連して、中性抗体が治療上より一層安全であり得る可能性があり、その理由は例えば、アンタゴニスト活性がドナーのCD117保有細胞との連動を介して生着を遅らせることによって移植片にマイナスの影響を与えるからである。中性抗体（または中性ADC）はこの問題を回避するであろう。

PCT/US2018/057172に記載されているように、そのような中性抗体を識別するために、部分的には、酵母ディスプレイ技術が利用された。中性抗体を具体的に識別するために、組換えCD117外部ドメインを自然なリガンド幹細胞因子（Stem Cell Factor）（SCF）とプレ複合体化し、およびこの複合体においてCD117外部ドメインを結合可能な抗体だけが選ばれた。この選定方法に基づき、分離された抗体はCD117へのSCFの結合を妨げず、それらは中性に分類される。また、抗体は、CD117を発現している細胞、例えば、造血幹細胞（HSC）などのようなものにおいてインターナリゼーションするそれらの能力についても選んだが、それは抗体薬物コンジュゲート（ADC）として用いられる抗体として好ましい。複数のラウンドのスクリーニングを通して、選ばれた抗CD117抗体を発現させ、および望ましい構造および/または機能活性を有する抗CD117抗体を識別するために、得られた抗体をさらにスクリーニングした（例は、細胞インターナリゼーション特性を有する中性抗体について選定したスクリーニング）。抗体ディスプレイライブラリーの生成およびスクリーニングにおける使用に特に受け入れ可能な方法および試薬の例は、例えば、Boder（ボーダー） E.T.およびWittrup（ウィトルプ） K.D., Yeast surface display for directed evolution of protein expression, affinity, and stability（タンパク質発現、親和性、および安定性の指向進化についての酵母表面ディスプレイ）, Methods Enzymol（メソッヅ・イン・エンザイモロジー）, 328:430-44 (2000) およびBoder E.T.およびWittrup K.D., Yeast surface display for screening combinatorial polypeptide libraries（組合せのポリペプチドライブラリーをスクリーニングするための酵母表面ディスプレイ）, Nat Biotechnol. 15(6):553-7(1997年6月)に見出すことができる。

Ab67はこのプロセスを用いて識別された1つの中性抗体である。Ab67の重鎖および軽鎖可変領域（CDRドメインを含む）を以下に記載する。
抗体HC-67/LC-67(Ab67)

Ab67の重鎖可変領域（VH）アミノ酸配列は、配列番号2として以下に提供される。Ab67のVH CDRアミノ酸配列は下に下線を引き、および次のようである。FTFSDADMD (VH CDR1; 配列番号3); RTRNKAGSYTTEYAASVKG (VH CDR2; 配列番号4); およびAREPKYWIDFDL (VH CDR3; 配列番号5).

Ab67 VH配列

Ab67の軽鎖可変領域（VL）アミノ酸配列は配列番号6（SEQ ID NO 6）として以下に提供される。Ab67のVL CDRアミノ酸配列は下に下線を引き、および次のようである：RASQSISSYLN (VL CDR1；配列番号7)；AASSLQS (VL CDR2；配列番号8)；およびQQSYIAPYT (VL CDR3；配列番号9)。

Ab67 VL配列

WO 2019/084057に記載されているように、抗体拮抗作用の程度を決定するために、そこに記載されている多数の識別抗体は、ヒトCD34+骨髄細胞を用いるインビトロ幹細胞因子（SCF）依存性増殖アッセイにおいて評定した。抗CD117抗体（IgG1）の添加によるSCFの存在下での細胞の死は、その抗体がSCFの結合を混乱させることを示し、したがってSCFアンタゴニストと考えられる。抗CD117抗体CK6は、それがアンタゴニスト活性を有することが知られているため、ポジティブコントロールとして使用し（U.S. Patent No. 8,552,157参照）、およびアイソタイプ非CD117結合抗体はネガティブコントロールとして使用した。このインビトロ細胞増殖アッセイのために、ヒトCD34+骨髄細胞はSCFおよび指示抗体の存在下で5日間培養した。 生細胞カウントはフローサイトメトリーによってすべての細胞について、またはCD34+CD90+ゲート細胞について決定した。

図1Aおよび1B（生細胞）ならびに2Aおよび2B（CD34+CD90+細胞）に記載した結果は、試験した抗体がSCF結合の抑制を通して細胞増殖を制限し、および従ってアンタゴニストとみなされるかどうかを実証する。図1A、1B、2A、および2Bに記載されるように、抗体Ab54、Ab55、Ab56、およびAb57は、それらがSCF依存性細胞増殖アッセイにおいて生細胞およびCD34+CD90細胞の両方を殺傷し、およびSCF依存性増殖を防止することが可能であったのでCD117拮抗性である。一方、Ab58、Ab61、Ab66、Ab67、Ab68、およびAb69は、培養中のヒトCD34+骨髄細胞のSCF依存性増殖を抑制しない中性抗体であると決定された。
例2．Ab67のエピトープ解析
化学的架橋実験

架橋実験はHigh-Mass（ハイ・マス）MALDI質量分析計によって非共有結合相互作用の直接分析を可能にする。非共有結合性相互作用を含むタンパク質サンプルを特別に開発された架橋性混合物と混合することによって（Bich（ビヒ）, CらAnal. Chem.（アナリティカル・ケミストリー）, 2010, 82 (1), pp 172-179)、非共有結合性複合体を高感度により特異的に検出することが可能である。生成された共有結合は相互作用種がサンプル調製プロセスおよびMALDIイオン化に耐えることを許容する。特殊なHigh-Mass検出システムはHigh-Mass範囲での相互作用が特徴付けられることを可能にする。

Ab67のサンプルを蒸留水において2.7 mg/mLの濃度にまで希釈した。次に、希釈したAb67の1μLをアセトニトリル/水（1：1、v/v）、TFA（0.1％（K200 MALDIキット））において再結晶化シナピン酸マトリクス（10mg/mL）から構成されるマトリクスの1μLと混合した。この混合物をCovalX（コバルX）社のK200 MALDI MS分析キットを用いて架橋に従わせた。タンパク質溶液は1μlのK200 Stabilizer（スタビライザー）試薬（2mg/ml）と混合し、および室温にてインキュベートした。インキュベーション時間（180分）後、MALDI分析用のサンプルを調製した。サンプルは結晶化直後に室温にてHigh-Mass MALDI MSによって分析した。

MALDI ToF MS分析はCovalXのHM4相互作用モジュールを用いて、標準窒素レーザーを用い、および0から1500kDaまでの異なる質量範囲に焦点を合わせて実行した。
ペプチド質量フィンガープリント実験

CD117を特徴付けるために、CD117のサンプルは、トリプシン、キモトリプシン、Asp-N、エラスターゼおよびサーモリシンのタンパク質分解を受けさせ、次いでLTQ-Orbitrap（オービトラップ）質量分析計（Thermo Scientific（サーモ・サイエンティフィック社））に沿ってnLC Ultimate（アルティメート）3000-RSLCシステムを用いてnLC-NTQ-Orbitrap MS/MS分析を続けた。

10μLのCD117（6.8μM）は室温にての180分のインキュベーション時間の前に1μLのDSS d0/d12（2mg/mL;DMF）と混合した。インキュベーション後、反応は、1μLのAmmonium Bicarbonate（重炭酸アンモニウム）（最終濃度20mM）を加えることによって室温にての1時間のインキュベーション前に停止した。次いで、溶液は、H₂O 8M尿素懸濁（10μL）の前にspeedvac（スピードバック）を用いて乾燥させた。混合後、1μlのDTT（500mM）を溶液に添加した。次いで、混合物を37℃で1時間インキュベートした。インキュベーション後、室温にて、暗室での1時間のインキュベーション時間の前に、1μlのヨードアセトアミド（1M）を添加した。インキュベーション後、100μlのタンパク質分解緩衝剤を加えた。トリプシン緩衝剤は50mM Ambic（アンビック）pH8.5、5%アセトニトリルを含み、キモトリプシン緩衝剤はTris（トリス）HCl 100mM、CaCL2 10mM pH7.8を含み；ASP-N緩衝剤はホスファート（Phopshate）緩衝剤50MM pH7.8を含み；エラスターゼ緩衝剤はTris HCl 50mM pH8.0を含み、およびサーモリシン緩衝剤はTris HCl 50mM、CaCl₂0.5mM pH9.0を含む。

トリプシンタンパク質分解：還元/アルキル化したCD117の100μlをトリプシン（Roche Diagnostic（ロシュ・ダイアグノスティック））の1μlと1/100の割合で混合した。このタンパク質分解混合物を37℃にて夜通しインキュベーションした。

キモトリプシンタンパク質分解：還元/アルキル化したCD117の100μlをキモトリプシン（Roche Diagnostic）の0.5μlと1/200の割合で混合した。タンパク質分解混合物を25℃にて夜通しインキュベーションした。

ASP-Nタンパク質分解：100μlの還元/アルキル化CD117を0.5μlのASP-N (Roche Diagnostic)と1/200の割合で混合した。このタンパク質分解混合物を37℃にて夜通しインキュベーションした。

エラスターゼタンパク質分解：100μlの還元/アルキル化CD117を1μlのエラスターゼ（Roche Diagnostic）と1/100の割合で混合した。このタンパク質分解混合物を37℃にて夜通しインキュベーションした。

サーモリシンタンパク質分解：100μlの還元/アルキル化CD117を2μlのサーモリシン（Roche Diagnostic）と1/50の割合で混合した。このタンパク質分解混合物を70℃にて夜通しインキュベーションした。

消化後、蟻酸1%ファイナルを溶液に添加した。タンパク質分解後、生成したペプチド溶液の10ulをナノ液体クロマトグラフィーシステム（Ultimate 3000-RSLC）にロードした。架橋されたペプチドはXquest（エックスクエスト）version 2.0（バージョン2.0）およびStavrox（スタブロクス）3.6.ソフトウェアを使用して解析した。nLC Ultimate 3000-RSLCシステムおよびLTQ-Orbitrap質量分析計(Thermo Scientific)に沿ってnLC-LTQ-Orbitrap MS/MS分析を実行した。
結果

High-Mass MALDI質量分析計および化学的架橋を用いることでは、Ab67抗体の非共有結合凝集体、または抗原CD117の多量体は検出されなかった。化学的架橋、High-Mass MALDI質量分析およびnLC-Orbitrap質量分析を用い、CD117およびAb67間の分子界面が決定された。この解析に基づき、相互作用には、CD117上の以下のアミノ酸が含まれる：S236、H238、Y244、S273、T277またはT279(図3)。

他の実施態様

この明細において言及されるすべての刊行物、特許および特許出願は、あたかも各独立した刊行物または特許出願が参照により組み込まれることを具体的におよび個別に示される場合と同じ程度に、参照によりここに組み込まれる。

本開示はその特定の実施態様に関連して説明してきたが、それにはさらなる修飾が可能であることが理解され、およびこの出願は概して、本開示の原則に従う本開示の任意の変形、使用、または適応を対象とすることが意図され、および本開示が属する技術内において既知または慣行の範囲に入り、および上文に記載された本質的特長に適用され得、および請求の範囲の視野に続く本開示からのかかる発展が含まれる。

他の実施態様は請求の範囲内に含まれる。

Claims (18)

1. 配列番号1（CD117）の以下の残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279の少なくとも二つにてヒトCD117に結合する、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片。
2. 抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に記載されるCD117の以下の残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279の少なくとも三つに結合する、請求項1の分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片。
3. 抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に記載されるCD117の以下の残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279の少なくとも四つに結合する、請求項1の分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片。
4. 抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に記載されるCD117の以下の残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279の少なくとも五つに結合する、請求項1の分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片。
5. 抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に記載されるCD117の以下の残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279のそれぞれに結合する、請求項1の分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片。
6. 抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と約95％同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と約95％同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む、先行する請求項のいずれか一項の分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片。
7. 抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と約96％同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域配列番号6と約96％同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む、先行する請求項のいずれか一項の分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片。
8. 抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と約97％同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と約97％同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む、先行する請求項のいずれか一項の分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片。
9. 抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2と約99％同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および配列番号6と約99％同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む、先行する請求項のいずれか一項の分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片。
10. 配列番号：1の少なくともアミノ酸236-244および273-279内の残基を有するエピトープに結合するCD117に結合する能力がある、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片。
11. 配列番号1のCD117のS236、H238、Y244、S273、T277またはT279の二つ、三つ、四つ、五つ、またはすべてのアミノ酸残基を含むCD117でのエピトープに結合するCD117に結合する能力がある、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片。
12. 抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号2および配列番号6に規定するCDRsまたは可変領域を含まない、請求項1-11のいずれか一項の抗体。
13. 抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片は中性抗体、またはその抗原結合性断片である、請求項1-12のいずれか一項の抗体。
14. CD117に結合するとき、抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に記載されるCD117の以下の残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279の少なくとも二つに結合する、分離された抗CD117抗体、またはその抗原結合性断片を含む薬剤組成物。
15. 抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に記載されるCD117の以下の残基T67、K69、T71、S81、Y83、T114、T119、またはK129の少なくとも三つに結合する、請求項14の薬剤組成物。
16. 抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に記載されるCD117の以下の残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279の少なくとも四つに結合する、請求項14の薬剤組成物。
17. 抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に記載されるCD117の以下のアミノ酸残基T67、K69、T71、S81、Y83、T114、T119、またはK129の少なくとも五つに結合する、請求項14の薬剤組成物。
18. 抗体、またはその抗原結合性断片は配列番号1に記載されるCD117の以下の残基S236、H238、Y244、S273、T277またはT279のそれぞれに結合する、請求項14の薬剤組成物。