JPWO2020074533A5

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Publication number: JPWO2020074533A5
Application number: JP2021543580A
Authority: JP
Publication date: 2022-09-26

Description

このように、考慮されるＣｐＧが全体的少数であるにもかかわらず、年齢の決定は最初に極めて高精度になり、時間と共に増す信頼度を有する。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
年齢指標を決定するための方法であって、
（ａ）各個体について、
（ｉ）ゲノムＤＮＡ配列のセットのＤＮＡメチル化レベル、および
（ｉｉ）暦年齢
を含む、複数の個体の訓練データセットを準備するステップと、
（ｂ）前記訓練データセットに、ＬｅａｓｔＡｂｓｏｌｕｔｅＳｈｒｉｎｋａｇｅ
ａｎｄＳｅｌｅｃｔｉｏｎＯｐｅｒａｔｏｒ（ＬＡＳＳＯ）を含む回帰法を適用し、それにより、前記年齢指標および縮小訓練データセットを決定するステップであって、
独立変数が前記ゲノムＤＮＡ配列のメチル化レベルであり、好ましくは従属変数が前記年齢であり、
前記年齢指標が、
（ｉ）集合としての前記ゲノムＤＮＡ配列のセットのサブセット、および
（ｉｉ）前記集合に含有されるゲノムＤＮＡ配列ごとに少なくとも１つの係数
を含み、
前記縮小訓練データセットが、前記訓練データセットのうち、前記ＬＡＳＳＯによって除外される前記ゲノムＤＮＡ配列のＤＮＡメチル化レベル以外の全てのデータを含む、ステップと
を含む方法。
(項目２)
個体の年齢を決定するための方法であって、
（ａ）各個体について、
（ｉ）ゲノムＤＮＡ配列のセットのＤＮＡメチル化レベル、および
（ｉｉ）暦年齢
を含む、複数の個体の訓練データセットを準備するステップと、
（ｂ）前記訓練データセットに、ＬｅａｓｔＡｂｓｏｌｕｔｅＳｈｒｉｎｋａｇｅ
ａｎｄＳｅｌｅｃｔｉｏｎＯｐｅｒａｔｏｒ（ＬＡＳＳＯ）を含む回帰法を適用し、それにより、前記年齢指標および縮小訓練データセットを決定するステップであって、
独立変数が前記ゲノムＤＮＡ配列のメチル化レベルであり、好ましくは従属変数が前記年齢であり、
前記年齢指標が、
（ｉ）集合としての前記ゲノムＤＮＡ配列のセットのサブセット、および
（ｉｉ）前記集合に含有されるゲノムＤＮＡ配列ごとに少なくとも１つの係数
を含み、
前記縮小訓練データセットが、前記訓練データセットのうち、前記ＬＡＳＳＯによって除外されるゲノムＤＮＡ配列のＤＮＡメチル化レベル以外の全てのデータを含む、ステップと、
（ｃ）年齢が決定される個体について前記年齢指標に含まれるゲノムＤＮＡ配列の少なくとも８０％、好ましくは１００％に関するＤＮＡメチル化レベルをもたらすステップと、
（ｄ）前記個体の年齢を、そのＤＮＡメチル化レベルおよび前記年齢指標に基づいて決定するステップと
を含み、
好ましくは前記決定された年齢が前記個体の暦年齢と異なり得る、方法。
(項目３)
前記回帰法が、前記ＬＡＳＳＯの後にステップワイズ回帰を適用することをさらに含む、項目１または２に記載の方法。
(項目４)
前記ステップワイズ回帰を前記縮小訓練データセットに適用する、項目３に記載の方法。
(項目５)
前記年齢指標に含まれる前記集合が、前記ゲノムＤＮＡ配列のセットよりも小さい、項目１から４のいずれかに記載の方法。
(項目６)
前記年齢指標に含まれる前記集合が、前記縮小訓練データセットに含まれるゲノムＤＮＡ配列のセットよりも小さい、項目１から５のいずれかに記載の方法。
(項目７)
前記ステップワイズ回帰が双方向除外であり、統計学的に有意でない独立変数が除去され、好ましくは有意レベルが０．０５である、項目３から６のいずれかに記載の方法。
(項目８)
前記ＬＡＳＳＯを、ｂｉｇｌａｓｓｏＲパッケージを用いて、好ましくはコマンド「ｃｖ．ｂｉｇｌａｓｓｏ」を適用することによって実施し、好ましくは「ｎｆｏｌｄ」が２０である、項目１から７のいずれかに記載の方法。
(項目９)
前記回帰法が、リッジ回帰（Ｌ２正則化）を含まないかまたは前記Ｌ２正則化パラメータ／ラムダパラメータが０である、項目１から８のいずれかに記載の方法。
(項目１０)
前記ＬＡＳＳＯＬ１正則化パラメータ／アルファパラメータが１である、項目１から９のいずれかに記載の方法。
(項目１１)
各繰り返しにおいて少なくとも１つのさらなる個体のデータを前記訓練データに追加し、それにより、前記訓練データセットを繰り返し拡大することを含めて、前記年齢指標を繰り返し更新する、項目１から１０のいずれかに記載の方法。
(項目１２)
１回の更新ラウンドにおいて、さらなる個体のそれぞれに関する追加されるデータが、
（ｉ）最初の訓練データセット、または拡大訓練データセットのいずれかに含まれるゲノムＤＮＡ配列のセットの少なくとも５％、好ましくは５０％、より好ましくは１００％、および／または
（ｉｉ）前記縮小訓練データセットに含有されるゲノムＤＮＡ配列
に関する前記個体のＤＮＡメチル化レベルを含む、項目１１に記載の方法。
(項目１３)
前記拡大訓練データセットにデータを寄与する全ての個体に関して存在しないゲノムＤＮＡ配列（独立変数）は全て前記拡大訓練データセットから除去する、項目１１または１２に記載の方法。
(項目１４)
１回の更新ラウンドにおいて、メチル化レベルが追加される前記ゲノムＤＮＡ配列のセットが、前記さらなる個体（複数可）のそれぞれについて同一である、項目１１から１３のいずれかに記載の方法。
(項目１５)
１回の更新ラウンドが、前記ＬＡＳＳＯを前記拡大訓練データセットに適用し、それにより、更新された年齢指標および／または更新された縮小訓練データセットを決定することを含む、項目１１から１４のいずれかに記載の方法。
(項目１６)
前記少なくとも１つのさらなる個体に関するデータが追加される訓練データセットが、最初の縮小訓練データセット、または前記更新された縮小訓練データセットのいずれかであり得る縮小訓練データセットである、項目１１から１５のいずれかに記載の方法。
(項目１７)
前記縮小訓練データセットが、前記繰り返しにおける前の縮小訓練データセットである、項目１６に記載の方法。
(項目１８)
１回の更新ラウンドが、前記ステップワイズ回帰を前記縮小訓練データセットに適用し、それにより、更新された年齢指標を決定することを含む、項目１１から１７のいずれかに記載の方法。
(項目１９)
１回の更新ラウンドにおいて、少なくとも１つの個体に関するデータを前記訓練データセットおよび／または前記縮小訓練データセットから除去する、項目１から１８のいずれかに記載の方法。
(項目２０)
個体のデータの追加および／または除去が、前記個体の少なくとも１つの特徴に依存し、前記特徴が、民族、性別、暦年齢、居住地、出生地、少なくとも１つの疾患および／または少なくとも１つの生活様式因子であり、前記生活様式因子が、薬物消費、環境汚染物質への曝露、交代勤務またはストレスから選択される、項目１１から１９のいずれかに記載の方法。
(項目２１)
前記年齢指標の質を決定し、前記質の決定が、
（ａ）前記訓練データセットにデータを寄与していない複数の個体に関する試験データセットを準備するステップであって、前記試験データセットが、前記個体のそれぞれについて、
（ｉ）前記年齢指標に含まれるゲノムＤＮＡ配列のセットの前記ＤＮＡメチル化レベル、および
（ｉｉ）前記暦年齢
を含む、ステップと、
（ｂ）前記年齢指標の質を統計学的評価および／またはドメイン境界の評価によって決定するステップであって、
前記統計学的評価が、
（ｉ）前記試験データセットに含まれる個体の年齢を決定するステップと、
（ｉｉ）前記個体（複数可）の決定された年齢と暦年齢を相関させ、この相関を説明する少なくとも１つの統計学的パラメータを決定するステップと、
（ｉｉｉ）前記統計学的パラメータ（複数可）が、前記年齢指標の許容される質を示すものか否かを判定するステップであって、好ましくは前記統計学的パラメータが決定係数（Ｒ ^２）および平均絶対誤差（ＭＡＥ）から選択され、Ｒ ^２が０．５０よりも大きい、好ましくは０．７０よりも大きい、好ましくは０．９０よりも大きい、好ましくは０．９８よりも大きいことおよび／またはＭＡＥが６歳未満、好ましくは４歳未満、好ましくは最大１歳であることは、許容される質を示す、ステップと
を含み、
ドメイン境界の評価が、
（ｉｖ）前記年齢指標のドメイン境界を決定するステップであって、
前記ドメイン境界が、前記年齢指標に含まれる各ゲノムＤＮＡ配列の最小ＤＮＡメチル化レベルおよび最大ＤＮＡメチル化レベルであり、
前記最小ＤＮＡメチル化レベルおよび最大ＤＮＡメチル化レベルが、前記年齢指標を決定するために使用された訓練データセットにおいて見いだされる、
ステップと、
（ｖ）前記試験データセットが前記ドメイン境界を超えるかどうかを決定するステップであって、前記ドメイン境界を越えないことは、許容される質を示す、ステップと
を含む、ステップと
を含む、項目１から２０のいずれかに記載の方法。
(項目２２)
前記訓練データセットおよび／または前記試験データセットが、少なくとも１０の個体、好ましくは少なくとも３０の個体、好ましくは少なくとも２００の個体を含み、好ましくは前記訓練データセットが少なくとも２００の個体を含み、かつ前記試験データセットが少なくとも３０の個体を含む、項目１から２１のいずれかに記載の方法。
(項目２３)
前記年齢指標は、その質が許容されないものである場合には更新される、項目２１または２２に記載の方法。
(項目２４)
前記個体の前記年齢は、当該個体のＤＮＡメチル化レベル、および更新された年齢指標に基づいて決定される、項目１１から２３のいずれかに記載の方法。
(項目２５)
前記個体のデータが前記年齢指標の生成に使用される訓練データセットに寄与していない場合には、当該個体の年齢が前記年齢指標のみを用いて決定される、項目２から２４のいずれかに記載の方法。
(項目２６)
前記データに含まれる個体の数が所定の値に達している、かつ／または前の更新から所定の時間が経過している場合には、前記年齢指標がさらに更新されない、項目１から２５のいずれかに記載の方法。
(項目２７)
前記訓練データセットに含まれるゲノムＤＮＡ配列のセットが、メチル化レベルを暦年齢に関連付けることができるゲノムＤＮＡ配列から事前選択されたものである、項目１から２６のいずれかに記載の方法。
(項目２８)
前記事前選択されたセットが、少なくとも４０００００、好ましくは少なくとも８０００００のゲノムＤＮＡ配列を含む、項目２７に記載の方法。
(項目２９)
前記訓練データセットに含まれるゲノムＤＮＡ配列が、互いに重複せず、かつ／または対立遺伝子当たり１度しか生じない、項目１から２８のいずれかに記載の方法。
(項目３０)
前記縮小訓練データセットが、少なくとも９０、好ましくは少なくとも１００、好ましくは少なくとも１４０のゲノムＤＮＡ配列を含む、項目１から２９のいずれかに記載の方法。
(項目３１)
前記縮小訓練データセットが、５０００未満、好ましくは２０００未満、好ましくは５００未満、好ましくは３５０未満、好ましくは３００未満のゲノムＤＮＡ配列を含む、項目１から３０のいずれかに記載の方法。
(項目３２)
前記年齢指標が、少なくとも３０、好ましくは少なくとも５０、好ましくは少なくとも６０、好ましくは少なくとも８０のゲノムＤＮＡ配列を含む、項目１から３１のいずれかに記載の方法。
(項目３３)
前記年齢指標が、３００未満、好ましくは１５０未満、好ましくは１１０未満、好ましくは１００未満、好ましくは９０未満のゲノムＤＮＡ配列を含む、項目１から３２のいずれかに記載の方法。
(項目３４)
個体のゲノムＤＮＡ配列の前記ＤＮＡメチル化レベルが、前記ゲノムＤＮＡ配列を含む前記個体の生物材料の試料において測定されたものである、項目１から３３のいずれかに記載の方法。
(項目３５)
前記試料が、口腔細胞を含む、項目３４に記載の方法。
(項目３６)
試料を非侵襲的に得るステップをさらに含む、項目３４または３５のいずれかに記載の方法。
(項目３７)
前記ＤＮＡメチル化レベルが、メチル化シーケンシング、バイサルファイトシーケンシング、ＰＣＲ法、高分解能融解分析（ＨＲＭ）、メチル化感受性一塩基プライマー伸長（ＭＳ－ＳｎｕＰＥ）、メチル化感受性一本鎖コンフォメーション分析、メチル感受性切断計数（ＭＳＣＣ）、塩基特異的切断／ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ、複合バイサルファイト制限分析（ＣＯＢＲＡ）、メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰ）、マイクロアレイに基づく方法、ビーズアレイに基づく方法、パイロシーケンシングおよび／またはバイサルファイト処理を伴わない直接シーケンシング（ナノポア技術）によって測定されたものである、項目３４から３６のいずれかに記載の方法。
(項目３８)
個体のゲノムＤＮＡ配列の前記ＤＮＡメチル化レベルが、塩基特異的切断／ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦおよび／またはＰＣＲ法で測定されたものであり、塩基特異的切断／ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦはＡｇｅｎａ技術であり、好ましくは前記ＰＣＲ法がメチル化特異的ＰＣＲである、項目３４から３７のいずれかに記載の方法。
(項目３９)
前記年齢指標に含まれる前記ゲノムＤＮＡ配列の前記ＤＮＡメチル化レベルが、年齢が決定される個体の前記ゲノムＤＮＡ配列を含む生物材料の試料において決定されたものである、項目３４から３８のいずれかに記載の方法。
(項目４０)
ｃｇ１１３３００７５、ｃｇ２５８４５４６３、ｃｇ２２５１９９４７、ｃｇ２１８０７０６５、ｃｇ０９００１６４２、ｃｇ１８８１５９４３、ｃｇ０６３３５１４３、ｃｇ０１６３６９１０、ｃｇ１０５０１２１０、ｃｇ０３３２４６９５、ｃｇ１９４３２６８８、ｃｇ２２５４０７９２、ｃｇ１１１７６９９０、ｃｇ０００９７８００、ｃｇ２７３２０１２７、ｃｇ０９８０５７９８、ｃｇ０３５２６６５２、ｃｇ０９４６０４８９、ｃｇ１８７３７８４４、ｃｇ０７８０２３５０、ｃｇ１０５２２７６５、ｃｇ１２５４８２１６、ｃｇ００８７６３４５、ｃｇ１５７６１５３１、ｃｇ０５９９０２７４、ｃｇ０５９７２７３４、ｃｇ０３６８０８９８、ｃｇ１６５９３４６８、ｃｇ１９３０１９６３、ｃｇ１２７３２９９８、ｃｇ０２５３６６２５、ｃｇ２４０８８１３４、ｃｇ２４３１９１３３、ｃｇ０３３８８１８９、ｃｇ０５１０６７７０、ｃｇ０８６８６９３１、ｃｇ２５６０６７２３、ｃｇ０７７８２６２０、ｃｇ１６７８１８８５、ｃｇ１４２３１５６５、ｃｇ１８３３９３８０、ｃｇ２５６４２６７３、ｃｇ１０２４００７９、ｃｇ１９８５１４８１、ｃｇ１７６６５５０５、ｃｇ１３３３３９１３、ｃｇ０７２９１３１７、ｃｇ１２２３８３４３、ｃｇ０８４７８４２７、ｃｇ０７６２５１７７、ｃｇ０３２３０４６９、ｃｇ１３１５４３２７、ｃｇ１６４５６４４２、ｃｇ２６４３０９８４、ｃｇ１６８６７６５７、ｃｇ２４７２４４２８、ｃｇ０８１９４３７７、ｃｇ１０５４３１３６、ｃｇ１２６５０８７０、ｃｇ０００８７３６８、ｃｇ１７７６０４０５、ｃｇ２１６２８６１９、ｃｇ０１８２０９６２、ｃｇ１６９９９１５４、ｃｇ２２４４４３３８、ｃｇ００８３１６７２、ｃｇ０８０４４２５３、ｃｇ０８９６００６５、ｃｇ０７５２９０８９、ｃｇ１１６０７６０３、ｃｇ０８０９７４１７、ｃｇ０７９５５９９５、ｃｇ０３４７３５３２、ｃｇ０６１８６７２７、ｃｇ０４７３３８２６、ｃｇ２０４２５４４４、ｃｇ０７５１３００２、ｃｇ１４３０５１３９、ｃｇ１３７５９９３１、ｃｇ１４７５６１５８、ｃｇ０８６６２７５３、ｃｇ１３２０６７２１、ｃｇ０４２８７２０３、ｃｇ１８７６８２９９、ｃｇ０５８１２２９９、ｃｇ０４０２８６９５、ｃｇ０７１２０６３０、ｃｇ１７３４３８７９、ｃｇ０７７６６９４８、ｃｇ０８８５６９４１、ｃｇ１６９５０６７１、ｃｇ０１５２０２９７、ｃｇ２７５４０７１９、ｃｇ２４９５４６６５、ｃｇ０５２１１２２７、ｃｇ０６８３１５７１、ｃｇ１９１１２２０４、ｃｇ１２８０４７３０、ｃｇ０８２２４７８７、ｃｇ１３９７３３５１、ｃｇ２１１６５０８９、ｃｇ０５０８７００８、ｃｇ０５３９６６１０、ｃｇ２３６７７７６７、ｃｇ２１９６２７９１、ｃｇ０４３２０３７７、ｃｇ１６２４５７１６、ｃｇ２１４６０８６８、ｃｇ０９２７５６９１、ｃｇ１９２１５６７８、ｃｇ０８１１８９４２、ｃｇ１６３２２７４７、ｃｇ１２３３３７１９、ｃｇ２３１２８０２５、ｃｇ２７１７３３７４、ｃｇ０２０３２９６２、ｃｇ１８５０６８９７、ｃｇ０５２９２０１６、ｃｇ１６６７３８５７、ｃｇ０４８７５１２８、ｃｇ２２１０１１８８、ｃｇ０７３８１９６０、ｃｇ０６２７９２７６、ｃｇ２２０７７９３６、ｃｇ０８４５７０２９、ｃｇ２０５７６２４３、ｃｇ０９９６５５５７、ｃｇ０３７４１６１９、ｃｇ０４５２５００２、ｃｇ１５００８０４１、ｃｇ１６４６５６９５、ｃｇ１６６７７５１２、ｃｇ１２６５８７２０、ｃｇ２７３９４１３６、ｃｇ１４６８１１７６、ｃｇ０７４９４８８８、ｃｇ１４９１１６９０、ｃｇ０６１６１９４８、ｃｇ１５６０９０１７、ｃｇ１０３２１８６９、ｃｇ１５７４３５３３、ｃｇ１９７０２７８５、ｃｇ１６２６７１２１、ｃｇ１３４６０４０９、ｃｇ１９８１０９５４、ｃｇ０６９４５５０４、ｃｇ０６１５３７８８、およびｃｇ２００８８５４５のうちの少なくとも１０種、好ましくは少なくとも５０種、好ましくは少なくとも７０種、好ましくは全て、または連続ヌクレオチド配列の少なくとも７０％、好ましくは少なくとも９０％を含むその断片を含むゲノムＤＮＡ配列の集合。
(項目４１)
ｃｇ１１３３００７５、ｃｇ００８３１６７２、ｃｇ２７３２０１２７、ｃｇ２７１７３３７４、ｃｇ１４６８１１７６、ｃｇ０６１６１９４８、ｃｇ０８２２４７８７、ｃｇ０５３９６６１０、ｃｇ１５６０９０１７、ｃｇ０９８０５７９８、ｃｇ１９２１５６７８、ｃｇ１２３３３７１９、ｃｇ０３７４１６１９、ｃｇ１６６７７５１２、ｃｇ０３２３０４６９、ｃｇ１９８５１４８１、ｃｇ１０５４３１３６、ｃｇ０７２９１３１７、ｃｇ２６４３０９８４、ｃｇ１６９５０６７１、ｃｇ１６８６７６５７、ｃｇ２２０７７９３６、ｃｇ０８０４４２５３、ｃｇ１２５４８２１６、ｃｇ０５２１１２２７、ｃｇ１３７５９９３１、ｃｇ０８６８６９３１、ｃｇ０７９５５９９５、ｃｇ０７５２９０８９、ｃｇ０１５２０２９７、ｃｇ０００８７３６８、ｃｇ０５０８７００８、ｃｇ２４７２４４２８、ｃｇ１９１１２２０４、ｃｇ０４５２５００２、ｃｇ０８８５６９４１、ｃｇ１６４６５６９５、ｃｇ０８０９７４１７、ｃｇ２１６２８６１９、ｃｇ０９４６０４８９、ｃｇ１３４６０４０９、ｃｇ２５６４２６７３、ｃｇ１９７０２７８５、ｃｇ１８５０６８９７、ｃｇ２１１６５０８９、ｃｇ２７５４０７１９、ｃｇ２１８０７０６５、ｃｇ１８８１５９４３、ｃｇ２３６７７７６７、ｃｇ０７８０２３５０、ｃｇ１１１７６９９０、ｃｇ１０３２１８６９、ｃｇ１７３４３８７９、ｃｇ０８６６２７５３、ｃｇ１４９１１６９０、ｃｇ１２８０４７３０、ｃｇ１６３２２７４７、ｃｇ１４２３１５６５、ｃｇ１０５０１２１０、ｃｇ０９２７５６９１、ｃｇ１５００８０４１、ｃｇ０５８１２２９９、ｃｇ２４３１９１３３、ｃｇ１２６５８７２０、ｃｇ２０５７６２４３、ｃｇ０３４７３５３２、ｃｇ０７３８１９６０、ｃｇ０５１０６７７０、ｃｇ０４３２０３７７、ｃｇ１９４３２６８８、ｃｇ２２５１９９４７、ｃｇ０６８３１５７１、ｃｇ０８１９４３７７、ｃｇ０１６３６９１０、ｃｇ１４３０５１３９、ｃｇ０４０２８６９５、ｃｇ１５７４３５３３、ｃｇ０３６８０８９８、ｃｇ２００８８５４５、ｃｇ１３３３３９１３、ｃｇ１９３０１９６３、ｃｇ１３９７３３５１、ｃｇ１６７８１８８５、ｃｇ０４２８７２０３、ｃｇ２７３９４１３６、ｃｇ１０２４００７９、ｃｇ０２５３６６２５、およびｃｇ２３１２８０２５の少なくとも４種、好ましくは少なくとも１０種、好ましくは少なくとも３０種、好ましくは少なくとも７０種、好ましくは全て、または連続ヌクレオチド配列の少なくとも７０％、好ましくは少なくとも９０％を含むその断片を含む、項目３９に記載のゲノムＤＮＡ配列の集合。
(項目４２)
ｃｇ１１３３００７５、ｃｇ００８３１６７２、ｃｇ２７３２０１２７、ｃｇ２７１７３３７４、ｃｇ１４６８１１７６、ｃｇ０６１６１９４８、ｃｇ０８２２４７８７、ｃｇ０５３９６６１０、ｃｇ１５６０９０１７、ｃｇ０９８０５７９８、ｃｇ１９２１５６７８、ｃｇ１２３３３７１９、ｃｇ０３７４１６１９、ｃｇ０３２３０４６９、ｃｇ１９８５１４８１、ｃｇ１０５４３１３６、ｃｇ０７２９１３１７、ｃｇ２６４３０９８４、ｃｇ１６９５０６７１、ｃｇ１６８６７６５７、ｃｇ１３９７３３５１、ｃｇ１６７８１８８５、ｃｇ０４２８７２０３、ｃｇ２７３９４１３６、ｃｇ１０２４００７９、ｃｇ０２５３６６２５、およびｃｇ２３１２８０２５のうちの少なくとも４種、好ましくは少なくとも１０種、好ましくは全てを含む、項目４１に記載のゲノムＤＮＡ配列の集合。
(項目４３)
ｃｇ１１３３００７５、ｃｇ００８３１６７２、ｃｇ２７３２０１２７、ｃｇ１０２４００７９、ｃｇ０２５３６６２５、およびｃｇ２３１２８０２５のうちの少なくとも４種、好ましくは全てを含む、項目４１または４２に記載のゲノムＤＮＡ配列の集合。
(項目４４)
前記ゲノムＤＮＡ配列の集合に加えておよび／またはその代わりに、その相補配列を含む、項目４０から４３のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合。
(項目４５)
ＳＩＭｂＨＬＨ転写因子１（ＳＩＭ１）、微小管関連タンパク質４（ＭＡＰ４）、プロテインキナーゼＣゼータ（ＰＲＫＣＺ）、グルタミン酸イオンチャネル型受容体ＡＭＰＡ型サブユニット４（ＧＲＩＡ４）、ＢＣＬ１０、免疫シグナル伝達アダプター（ＢＣＬ１０）、５’－ヌクレオチダーゼドメイン含有１（ＮＴ５ＤＣ１）、腫瘍形成能抑制７（ＳＴ７）、プロテインキナーゼＣイータ（ＰＲＫＣＨ）、グリア細胞由来神経栄養因子（ＧＤＮＦ）、ムスケリン１（ＭＫＬＮ１）、エクソシスト複合体成分６Ｂ（ＥＸＯＣ６Ｂ）、プロテインＳ（ＰＲＯＳ１）、電位依存性カルシウムチャネルサブユニットアルファ１Ｄ（ＣＡＣＮＡ１Ｄ）、ケルチ様ファミリーメンバー４２（ＫＬＨＬ４２）、ＯＴＵデユビキチナーゼ７Ａ（ＯＴＵＤ７Ａ）、細胞死関連タンパク質（ＤＡＰ）、コイルドコイルドメイン含有１７９（ＣＣＤＣ１７９）、ヨードチロニン脱ヨード酵素２（ＤＩＯ２）、一過性受容体電位カチオンチャネルサブファミリーＶメンバー３（ＴＲＰＶ３）、ＭＴ－ＲＮＲ２様５（ＭＴＲＮＲ２Ｌ５）、フィラミンＢ（ＦＬＮＢ）、フューリン、対塩基性アミノ酸切断酵素（ＦＵＲＩＮ）、溶質運搬体ファミリー２５メンバー１７（ＳＬＣ２５Ａ１７）、Ｇパッチドメイン含有１（ＧＰＡＴＣＨ１）、ＵＤＰ－ＧｌｃＮＡｃ：ベータＧａｌベータ－１，３－Ｎ－アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ９（Ｂ３ＧＮＴ９）、ｚｙｇ－１１ファミリーメンバーＡ、細胞周期調節因子（ＺＹＧ１１Ａ）、発作関連６ホモログ様（ＳＥＺ６Ｌ）、ミオシンＸ（ＭＹＯ１０）、アセチル－ＣｏＡカルボキシラーゼアルファ（ＡＣＡＣＡ）、Ｇタンパク質サブユニットアルファｉ１（ＧＮＡＩ１）、ＣＵＥドメイン含有２（ＣＵＥＤＣ２）、ホメオボックスＤ１３（ＨＯＸＤ１３）、クルッペル様因子１４（ＫＬＦ１４）、溶質運搬体ファミリー１メンバー２（ＳＬＣ１Ａ２）、アセトアセチルＣｏＡシンテターゼ（ＡＡＣＳ）、アンキリンリピートおよび無菌アルファモチーフドメイン含有１Ａ（ＡＮＫＳ１Ａ）、マイクロＲＮＡ７６４１－２（ＭＩＲ７６４１－２）、Ｖ型コラーゲンアルファ１鎖（ＣＯＬ５Ａ１）、亜ヒ酸塩メチルトランスフェラーゼ（ＡＳ３ＭＴ）、溶質運搬体ファミリー２６メンバー５（ＳＬＣ２６Ａ５）、ヌクレオポリン１０７（ＮＵＰ１０７）、長鎖遺伝子間タンパク質ノンコーディングＲＮＡ１７９７（ＬＩＮＣ０１７９７）、ミオシンＩＣ（ＭＹＯ１Ｃ）、アンキリンリピートドメイン３７（ＡＮＫＲＤ３７）、ホスホジエステラーゼ４Ｃ（ＰＤＥ４Ｃ）、ＥＦハンドドメイン含有１（ＥＦＨＣ１）、特徴不明のＬＯＣ３７５１９６（ＬＯＣ３７５１９６）、ＥＬＯＶＬ脂肪酸エロンガーゼ２（ＥＬＯＶＬ２）、ＷＡＳタンパク質ファミリーメンバー３（ＷＡＳＦ３）、１７番染色体オープンリーディングフレーム８２（Ｃ１７ｏｒｆ８２）、Ｇタンパク質共役型受容体１５８（ＧＰＲ１５８）、Ｆボックスおよびロイシンリッチリピートタンパク質７（ＦＢＸＬ７）、リプリー転写リプレッサー３（ＲＩＰＰＬＹ３）、ＥＳＣＲＴ－ＩのＶＰＳ３７Ｃサブユニット（ＶＰＳ３７Ｃ）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミン転移酵素様６（ＧＡＬＮＴＬ６）、ＤＥＮＮドメイン含有３（ＤＥＮＮＤ３）、核受容体コリプレッサー２（ＮＣＯＲ２）、内皮ＰＡＳドメインタンパク質１（ＥＰＡＳ１）、ＰＢＸホメオボックス４（ＰＢＸ４）、長鎖遺伝子間タンパク質ノンコーディングＲＮＡ１５３１（ＬＩＮＣ０１５３１）、配列類似性を有するファミリー１１０メンバーＡ（ＦＡＭ１１０Ａ）、グリコシルトランスフェラーゼ８ドメイン含有１（ＧＬＴ８Ｄ１）、Ｇタンパク質サブユニットガンマ２（ＧＮＧ２）、ＭＴ－ＲＮＲ２様３（ＭＴＲＮＲ２Ｌ３）、ジンクフィンガータンパク質１４０（ＺＮＦ１４０）、ｒａｓ１のキナーゼ抑制因子（ＫＳＲ１）、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼファミリーＡメンバー５（ＰＤＩＡ５）、精子形成関連７（ＳＰＡＴＡ７）、パントテン酸キナーゼ１（ＰＡＮＫ１）、ユビキチン特異的ペプチダーゼ４（ＵＳＰ４）、Ｇタンパク質サブユニットアルファｑ（ＧＮＡＱ）、電位依存性カリウムチャネル修飾因子サブファミリーＳメンバー１（ＫＣＮＳ１）、ＤＮＡポリメラーゼガンマ２、アクセサリーサブユニット（ＰＯＬＧ２）、ストークヘッドボックス２（ＳＴＯＸ２）、ニューレキシン３（ＮＲＸＮ３）、ＢＭＳ１、リボソーム生合成因子（ＢＭＳ１）、フォークヘッドボックスＥ３（ＦＯＸＥ３）、ＮＡＤＨ：ユビキノンオキシドレダクターゼサブユニットＡ１０（ＮＤＵＦＡ１０）、レラキシンファミリーペプチド受容体３（ＲＸＦＰ３）、ＧＡＴＡ結合性タンパク質２（ＧＡＴＡ２）、イソプレノイドシンターゼドメイン含有（ＩＳＰＤ）、アデノシンデアミナーゼ、ＲＮＡ特異的Ｂ１（ＡＤＡＲＢ１）、Ｗｎｔファミリーメンバー７Ｂ（ＷＮＴ７Ｂ）、プレクストリンおよびＳｅｃ７ドメイン含有３（ＰＳＤ３）、膜アンカー型ジャンクションタンパク質（ＭＡＪＩＮ）、ピリジンヌクレオチド－ジスルフィドオキシドレダクターゼドメイン１（ＰＹＲＯＸＤ１）、シンギュリン様１（ＣＧＮＬ１）、７番染色体オープンリーディングフレーム５０（Ｃ７ｏｒｆ５０）、ＭＯＲＮリピート含有１（ＭＯＲＮ１）、アトラスチンＧＴＰアーゼ２（ＡＴＬ２）、ＷＤリピートおよびＦＹＶＥドメイン含有２（ＷＤＦＹ２）、膜貫通タンパク質１３６（ＴＭＥＭ１３６）、イノシトールポリリン酸－５－ホスファターゼＡ（ＩＮＰＰ５Ａ）、ＴＢＣ１ドメインファミリーメンバー９（ＴＢＣ１Ｄ９）、インターフェロン調節因子２（ＩＲＦ２）、サーチュイン７（ＳＩＲＴ７）、ＸＸＩＩＩ型コラーゲンアルファ１鎖（ＣＯＬ２３Ａ１）、グアニン一リン酸シンターゼ（ＧＭＰＳ）、カリウム２孔ドメインチャネルサブファミリーＫメンバー１２（ＫＣＮＫ１２）、ＳＩＮ３－ＨＤＡＣ複合体関連因子（ＳＩＮＨＣＡＦ）、ヘモグロビンサブユニットイプシロン１（ＨＢＥ１）、ならびにチューダードメイン含有１（ＴＤＲＤ１）のうちの少なくとも１０種、好ましくは少なくとも３０種、好ましくは少なくとも５０種、好ましくは少なくとも７０種、好ましくは全てを含む遺伝子セット。
(項目４６)
ＩＳＰＤ、ＫＣＮＫ１２、ＧＮＧ２、ＳＩＲＴ７、ＧＰＡＴＣＨ１、ＧＲＩＡ４、ＬＩＮＣ０１５３１、ＬＯＣ１０１９２７５７７、ＮＣＯＲ２、ＷＡＳＦ３、ＴＲＰＶ３、ＡＣＡＣＡ、ＧＤＮＦ、ＥＦＨＣ１、ＭＹＯ１０、ＣＯＬ２３Ａ１、ＴＤＲＤ１、ＥＬＯＶＬ２、ＧＮＡＩ１、ＭＡＰ４、ＣＣＤＣ１７９、ＫＬＦ１４、ＳＴ７、ＩＮＰＰ５Ａ、ＳＩＭ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＡＳ３ＭＴ、ＫＳＲ１、ＤＳＣＲ６、ＩＲＦ２、ＫＣＮＳ１、ＮＲＸＮ３、Ｃ１１ｏｒｆ８５、ＨＢＥ１、ＦＯＸＥ３、ＴＭＥＭ１３６、ＨＯＸＤ１３、ＬＯＣ３７５１９６、ＰＡＮＫ１、ＭＩＲ１０７、ＣＯＬ５Ａ１、ＰＢＸ４、ＺＮＦ１４０、ＧＡＬＮＴＬ６、ＮＵＰ１０７、ＬＯＣ１００５０７２５０、ＭＴＲＮＲ２Ｌ５、Ｃ１７ｏｒｆ８２、ＭＫＬＮ１、ＦＵＲＩＮ、ＫＬＨＬ４２、ＭＯＲＮ１、ＡＮＫＳ１Ａ、ＢＣＬ１０、ＤＥＮＮＤ３、ＦＡＭ１１０Ａ、ＰＲＯＳ１、ＷＮＴ７Ｂ、ＦＢＸＬ７、ＧＡＴＡ２、ＶＰＳ３７Ｃ、ＮＲＰ１、ＰＯＬＧ２、ＡＮＫＲＤ３７、ＧＭＰＳ、およびＷＤＦＹ２のうちの少なくとも５種、好ましくは少なくとも１０種、好ましくは少なくとも３０種、好ましくは全てを含む、項目４５に記載の遺伝子セット。
(項目４７)
微小管関連タンパク質４（ＭＡＰ４）、プロテインキナーゼＣゼータ（ＰＲＫＣＺ）、グルタミン酸イオンチャネル型受容体ＡＭＰＡ型サブユニット４（ＧＲＩＡ４）、腫瘍形成能抑制７（ＳＴ７）、プロテインキナーゼＣイータ（ＰＲＫＣＨ）、電位依存性カルシウムチャネルサブユニットアルファ１Ｄ（ＣＡＣＮＡ１Ｄ）、細胞死関連タンパク質（ＤＡＰ）、一過性受容体電位カチオンチャネルサブファミリーＶメンバー３（ＴＲＰＶ３）、フューリン、対塩基性アミノ酸切断酵素（ＦＵＲＩＮ）、アセチル－ＣｏＡカルボキシラーゼアルファ（ＡＣＡＣＡ）、Ｇタンパク質サブユニットアルファｉ１（ＧＮＡＩ１）、溶質運搬体ファミリー１メンバー２（ＳＬＣ１Ａ２）、ホスホジエステラーゼ４Ｃ（ＰＤＥ４Ｃ）、ＥＬＯＶＬ脂肪酸エロンガーゼ２（ＥＬＯＶＬ２）、核受容体コリプレッサー２（ＮＣＯＲ２）、内皮ＰＡＳドメインタンパク質１（ＥＰＡＳ１）、Ｇタンパク質サブユニットガンマ２（ＧＮＧ２）、パントテン酸キナーゼ１（ＰＡＮＫ１）、ユビキチン特異的ペプチダーゼ４（ＵＳＰ４）、Ｇタンパク質サブユニットアルファｑ（ＧＮＡＱ）、電位依存性カリウムチャネル修飾因子サブファミリーＳメンバー１（ＫＣＮＳ１）、ＤＮＡポリメラーゼガンマ２、アクセサリーサブユニット（ＰＯＬＧ２）、ＮＡＤＨ：ユビキノンオキシドレダクターゼサブユニットＡ１０（ＮＤＵＦＡ１０）、レラキシンファミリーペプチド受容体３（ＲＸＦＰ３）、イソプレノイドシンターゼドメイン含有（ＩＳＰＤ）、イノシトールポリリン酸－５－ホスファターゼＡ（ＩＮＰＰ５Ａ）、サーチュイン７（ＳＩＲＴ７）、グアニン一リン酸シンターゼ（ＧＭＰＳ）、ＳＩＮ３－ＨＤＡＣ複合体関連因子（ＳＩＮＨＣＡＦ）、チューダードメイン含有１（ＴＤＲＤ１）のうちの少なくとも５種、好ましくは少なくとも１０種、好ましくは少なくとも２０種、好ましくは全てを含む、項目４５に記載の遺伝子セット。
(項目４８)
前記ゲノムＤＮＡ配列の集合が、項目２から３９に記載の方法による縮小訓練データセットおよび／または年齢指標に含まれ、
前記遺伝子セットが、タンパク質、またはマイクロＲＮＡもしくは長鎖ノンコーディングＲＮＡをコードする前記ゲノムＤＮＡ配列の集合から選択することによって得られる、項目２から３９に記載の方法によって得られる項目４０から４４のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合または項目４５から４７のいずれかに記載の遺伝子セット。
(項目４９)
個体の健康状態の診断における使用のための、項目４０から４４または４８に記載のゲノムＤＮＡ配列の集合、または項目４５から４８のいずれかに記載の遺伝子セット。
(項目５０)
前記健康状態が、少なくとも１つの老化関連疾患、少なくとも１つの老化関連疾患に関連付けられる少なくとも１つの表現型、および／またはがんの状態を含み、
前記状態は、前記疾患、または疾患に関連付けられる表現型の非存在、存在、またはステージを示す、
項目４９に記載の使用のためのゲノムＤＮＡ配列の集合または遺伝子セット。
(項目５１)
前記老化関連疾患が、アルツハイマー病、パーキンソン病、アテローム性動脈硬化症、心血管疾患、がん、関節炎、白内障、骨粗鬆症、２型糖尿病、高血圧症、老化黄斑変性症および／または良性前立腺肥大症である、項目５０に記載の使用のためのゲノムＤＮＡ配列の集合または遺伝子セット。
(項目５２)
個体のフィットネス状態を決定するための、項目４０から４４もしくは４８のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合、または項目４５から４８のいずれかに記載の遺伝子セットの使用。
(項目５３)
前記フィットネス状態が、前記個体の血圧、体重、免疫細胞のレベル、炎症のレベルおよび／または認知機能を含む、項目５２に記載の使用。
(項目５４)
個体の健康状態および／またはフィットネス状態を診断するための方法であって、項目４０から４４もしくは４８のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合、または項目４５から４８のいずれかに記載の遺伝子セットを準備するステップを含む方法。
(項目５５)
前記ゲノムＤＮＡ配列を含む前記個体の生体試料中の前記ゲノムＤＮＡ配列のメチル化レベルを決定するステップをさらに含む、項目５４に記載の方法。
(項目５６)
前記健康状態が、少なくとも１つの老化関連疾患、少なくとも１つの老化関連疾患に関連付けられる少なくとも１つの表現型、および／またはがんの状態を含み、
好ましくは前記老化関連疾患が、アルツハイマー病、パーキンソン病、アテローム性動脈硬化症、心血管疾患、がん、関節炎、白内障、骨粗鬆症、２型糖尿病、高血圧症、老化黄斑変性症および／または良性前立腺肥大症であり、かつ／または
前記フィットネス状態が、前記個体の血圧、体重、免疫細胞のレベル、炎症のレベルおよび／または認知機能を含む、
項目５４または５５に記載の方法。
(項目５７)
前記生体試料が、非侵襲的に、好ましくは頬スワブによって得たものである、項目５５または５６に記載の方法。
(項目５８)
老化に影響を及ぼす分子を同定するためのｉｎｓｉｌｉｃｏおよび／またはｉｎｖｉｔｒｏスクリーニング方法であって、項目４０から４４もしくは４８のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合、または項目４５から４８のいずれかに記載の遺伝子セットを準備するステップを含み、
前記分子が、個体に投与されると、少なくとも１つの老化関連疾患、少なくとも１つの老化関連疾患に関連付けられる少なくとも１つの表現型、および／またはがんを好転させる、防止するおよび／または逆転させるものである、方法。
(項目５９)
前記ゲノムＤＮＡ配列のうちの少なくとも１つのＤＮＡメチル化レベルを決定するステップをさらに含む、項目５８に記載の方法。
(項目６０)
同定された分子が、個体に投与されると、前記個体における前記ゲノムＤＮＡ配列のうちの少なくとも１つのＤＮＡメチル化レベルを上昇させ、かつ／または、前記個体における前記ゲノムＤＮＡ配列のうちの少なくとも１つのＤＮＡメチル化レベルを低下させるものである、項目５８または５９に記載の方法。
(項目６１)
前記ＤＮＡメチル化レベルが、変更前よりも若い暦年齢に関連付けられるように変更される、項目６０に記載の方法。
(項目６２)
項目４５から４８に記載の遺伝子セットを準備し、前記遺伝子セットによってコードされる少なくとも１種のタンパク質の活性を決定するステップをさらに含む、項目５８から６１のいずれかに記載の方法。
(項目６３)
前記同定された分子が、前記遺伝子セットによってコードされる少なくとも１種のタンパク質の活性を阻害し、かつ／または、前記遺伝子セットによってコードされる少なくとも１種のタンパク質の活性を増強するものである、項目６２に記載の方法。
(項目６４)
前記タンパク質活性が、変更前よりも若い暦年齢に関連付けられるように変更される、項目６３に記載の方法。
(項目６５)
項目４０から４４もしくは４８のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合、または項目４５から４８のいずれかに記載の遺伝子セットをスポットとして含むチップであって、各配列が、別々のスポットに含有される、チップ。
(項目６６)
少なくとも１つの独特のプライマー対を含むキットであって、
各プライマー対のうち一方のプライマーが、項目４０から４４もしくは４８のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合に含まれるゲノムＤＮＡ配列のうちの１つまたは項目４５から４８のいずれかに記載の遺伝子セットに含まれる遺伝子のうちの１つのリバース鎖に結合するフォワードプライマーであり、他方のプライマーが、フォワード鎖に結合するリバースプライマーであり、
前記フォワードプライマーおよびリバースプライマーの３’末端と相補的な２つのヌクレオチドが、３０ヌクレオチド超３０００ヌクレオチド未満、好ましくは１０００ヌクレオチド未満離れている、
キット。
(項目６７)
項目４０から４４もしくは４８のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合に含まれるゲノムＤＮＡ配列のうちの１つまたは項目４５から４８のいずれかに記載の遺伝子セットに含まれる遺伝子のうちの１つと相補的なプローブを少なくとも１つ含むキット。
(項目６８)
前記プライマーまたはプローブが、メチル化されたＤＮＡまたはメチル化されていないＤＮＡのいずれかに特異的に結合し、メチル化されていないシトシンが、ウラシルに変換されている、項目６５または６６に記載のキット。
(項目６９)
項目６５に記載のチップを含むキット。
(項目７０)
生物材料用の容器および／または頬スワブ用の材料をさらに含む、項目５１から５７のいずれかに記載のキット。
(項目７１)
生体試料からゲノムＤＮＡを抽出し、精製し、かつ／または増幅するための材料をさらに含み、前記材料が、スピンカラムおよび／または酵素である、項目６６から７０のいずれかに記載のキット。
(項目７２)
亜硫酸水素塩をさらに含む、項目６６から７１のいずれかに記載のキット。
(項目７３)
項目２から３９のいずれかに記載の方法、項目４０から４４もしくは４８のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合、および／または項目４５から４８のいずれかに記載の遺伝子セットによって得られた年齢指標を含むデータキャリア。
(項目７４)
年齢が決定される個体に関する調査票をさらに含み、前記調査票が、無記入であり得るまたは前記個体に関する情報を含み得る、項目６６から７２のいずれかに記載のキットまたは項目７３に記載のデータキャリア。
(項目７５)
前記訓練データセット、縮小訓練データセットおよび／または追加されたデータが、前記個体（複数可）に関連付けることができる生活様式またはリスクパターンに関する少なくとも１つの因子をさらに含む、項目１から３９のいずれかに記載の方法。
(項目７６)
前記因子が、薬物消費、環境汚染物質、交代勤務およびストレスから選択される、項目７５に記載の方法。
(項目７７)
前記訓練データセットおよび／または前記縮小訓練データセットが、ＤＮＡメチル化レベルおよび／またはコードされるタンパク質の活性／レベルが前記生活様式因子のうちの少なくとも１つに関連付けられる配列に限定される、項目７５または７６に記載の方法。
(項目７８)
前記個体の決定された年齢と暦年齢の差に関連付けられる少なくとも１つの生活様式因子を決定するステップをさらに含む、項目７５から７７のいずれかに記載の方法。
(項目７９)
一連の個体中の個体に対する年齢指標を決定する方法であって、前記決定が、前記個体において見いだされるゲノムＤＮＡ配列のメチル化のレベルに基づくものであり、
前記個体の年齢に関連付けることができるメチル化のレベルを有するゲノムＤＮＡ配列のセットから選択されるゲノムＤＮＡ配列の集合のメチル化レベルに基づいて、
前記個体についての年齢指標が、複数の個体についてのゲノムＤＮＡ配列のメチル化のレベルの統計学的評価に依拠する様式でもたらされる、方法において、
前記個体についての前記年齢指標が、一連の個体の中で先行する個体について同じ年齢指標を決定するために使用した先行する統計学的評価のために参照した複数の個体とは異なる複数の個体についてのゲノムＤＮＡ配列のメチル化のレベルの統計学的評価に依拠する様式でもたらされ、
第１の統計学的評価のために使用された複数の個体が、少なくとも、一連の個体からの追加的な先行する少なくとも１つの個体が含められることによって修正されるという点で、前記複数の個体に差異が生じ、
好ましくは前記個体についての前記年齢指標が、２つの異なる複数の個体についての少なくとも２つの異なる統計学的評価の結果、集合のメチル化レベルから前記年齢指標を算出した場合に使用した少なくとも１つの係数に変化が生じ、かつ／または見いだされる異なるゲノムＤＮＡ配列またはＣｇＰ遺伝子座のメチル化のレベルが考慮される様式でもたらされる
ことを特徴とする方法。
(項目８０)
前記個体の年齢に関連付けることができるメチル化のレベルを有するゲノムＤＮＡ配列からゲノムＤＮＡ配列のセットを準備するステップと、
複数の個体について、前記セットのゲノムＤＮＡ配列のメチル化のレベルを決定するステップと、
前記セットからゲノムＤＮＡ配列の集合を選択するステップであって、
前記集合内のゲノムＤＮＡ配列の数が前記セット内のゲノムＤＮＡ配列の数よりも少ないかまたはそれと等しくなり、
かつ
前記集合の配列のメチル化レベルに基づいて前記個体の年齢を算出することができるように選択するステップと、
前記個体由来の生物材料の試料において、少なくとも前記集合の配列のメチル化のレベルを決定するステップと、
前記集合の配列のメチル化のレベルに基づいて前記個体の年齢を算出するステップと、
特に、統計学的評価を考慮して、前記集合のゲノムＤＮＡ配列を再選択する必要があるか否か、および／または前記個体の年齢をメチル化のレベルに基づいて算出するやり方を変更すべきか否かを判定するステップと、
前記判定に応じて、前記個体を含むように個体の群を修正するステップと、
修正された群の個体のメチル化のレベルの決定に基づいて前記セットからゲノムＤＮＡ配列の集合を再選択するステップ
および／または
集合のメチル化レベルから前記年齢指標を算出した場合に使用した少なくとも１つの係数を変化させるステップ
のうちの少なくとも１つと
を含む、個体において見いだされるゲノムＤＮＡ配列のメチル化のレベルに基づく、項目７９に記載の個体の年齢を決定する方法。
(項目８１)
前記個体の年齢に関連付けることができるメチル化のレベルを有するゲノムＤＮＡ配列からゲノムＤＮＡ配列のセットを事前選択するステップと、
複数の個体について、前記事前選択されたゲノムＤＮＡ配列のメチル化のレベルを決定するステップと、
前記事前選択されたセットからゲノムＤＮＡ配列の集合を選択するステップであって、
前記集合内のゲノムＤＮＡ配列の数が前記事前選択されたセット内のゲノムＤＮＡ配列の数よりも少なくなり、
前記集合の配列のメチル化レベルに基づいて前記個体の年齢を算出することができ、かつ
算出された年齢に関する統計学的評価は、前記算出された年齢の許容される質を示すように選択するステップと、
前記個体由来の生物材料の試料において前記集合の配列のメチル化のレベルを決定するステップと、
前記集合の配列のメチル化のレベルに基づいて前記個体の年齢を算出するステップと、
前記算出された年齢の質の統計学的評価基準を算出するステップと、
前記統計学的評価基準に従った質が許容されるものであるか否かを判定するステップと、
前記質が許容されるものと判断された場合、前記個体の算出された年齢を出力するステップと、
前記質が許容できないものと判断された場合、ゲノムＤＮＡ配列を再選択する必要があることを決定するステップと、
前記個体を含むように個体の群を修正するステップと、
修正された群の個体のメチル化のレベルの決定に基づいて、ゲノムＤＮＡ配列の集合を前記事前選択されたサブセットから再選択するステップと
を含む、項目８０に記載の個体の年齢を決定する方法。
(項目８２)
ゲノムＤＮＡ配列の選択が、前記個体のゲノムＤＮＡ配列のメチル化レベル、特に、関連性のあるＣｐＧ遺伝子座を同定するための少なくとも１つの回帰法、特に、関連性のあるＣｐＧを同定するための主成分分析、ＬＡＳＳＯ／ｅｌａｓｔｉｃｎｅｔ回帰および／またはＸＰＧＢｏｏｓｔ法のうちの少なくとも１つを使用した統計解析に関する値の統計解析に基づく、前記項目のうち一項に記載の年齢を決定する方法。
(項目８３)
前記事前選択されたセットが、
少なくとも９０のゲノムＤＮＡ配列、
好ましくは少なくとも１００のゲノムＤＮＡ配列、
特に好ましくは少なくとも１４０のゲノムＤＮＡ配列
を含み、
かつ／または
前記事前選択されたセットが、
２０００未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に５００未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に３５０未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に１７０未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に１５０未満のゲノムＤＮＡ配列
を含み、
かつ／または
前記選択された集合が、
少なくとも３０のゲノムＤＮＡ配列、
好ましくは少なくとも５０のゲノムＤＮＡ配列、
特に好ましくは少なくとも６０のゲノムＤＮＡ配列
を含み、
かつ／または
前記選択された集合が、
１５０未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に１１０未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に１００未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に９０未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に８０未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に７０未満のゲノムＤＮＡ配列
を含む、
前記項目のうち一項に記載の年齢を決定する方法。
(項目８４)
暦年齢と生物学的年齢の差異を評価するための方法であって、
前記方法項目のうちの一項に従って、メチル化レベルに基づく年齢を決定するステップと、
決定された生物学的年齢を既知の暦年齢と比較するステップであって、
特に、
複数の個体について差異を決定し、複数の個体について前記差異に影響を及ぼす可能性も影響を及ぼさない可能性もある因子を決定し、多数の個体において暦年齢と前記生物学的年齢の差異に対して大きな影響を持つ因子を決定する、ステップと
を含む方法。
(項目８５)
１つの固定された集合のものよりも多くのＣｐＧ遺伝子座のメチル化レベルを決定し、
１つよりも多くの集合について、前記年齢指標の決定を可能にするデータを、年齢をそれぞれのデータに基づいて算出することができるように準備し、
前記年齢を算出するための１つの集合の選択を、測定された前記個体のある特定のメチル化レベル、または前記個体に関連付けることができる生活様式もしくはリスクパターンに関する因子のいずれかに基づいて行う、
前記項目のうちの一項に記載の方法。
(項目８６)
前記個体において見いだされるゲノムＤＮＡ配列のメチル化のレベルを、
メチル化シーケンシング／バイサルファイトシーケンシング、
ＰＣＲ法、特に、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）、リアルタイムメチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ（ＱＭＳＰ）、ＣＯＬＤ－ＰＣＲ、メチル化ＤＮＡ特異的結合性タンパク質を使用したＰＣＲ、標的化多重ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲおよびマイクロアレイに基づくＰＣＲのうちの少なくとも１つ、
高分解能融解分析（ＨＲＭ）、
メチル化感受性一塩基プライマー伸長（ＭＳ－ＳｎｕＰＥ）、
メチル化感受性一本鎖コンフォメーション分析、
メチル感受性切断計数（ＭＳＣＣ）、
塩基特異的切断／ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ、例えばＡｇｅｎａ、
複合バイサルファイト制限分析（ＣＯＢＲＡ）、
メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰ）、
マイクロアレイに基づく方法、
ビーズアレイに基づく方法、
パイロシーケンシング、バイサルファイト処理を伴わない直接シーケンシング（ナノポア技術）
のうちの少なくとも１つによって測定する、前記項目のうちの一項に記載の年齢を決定する方法。
(項目８７)
前記個体の群を、前記個体を前記群に追加することによって修正する、前記項目のうちの一項に記載の年齢を決定する方法。
(項目８８)
前記個体を含むように前記個体の群を修正するステップが、個体の年齢および／または個体のゲノムＤＮＡ配列の一部もしくは全部のメチル化レベルとは無関係の因子を特に考慮して、少なくとも１つの他の個体を前記群から除外することを含む、前記項目のうちの一項に記載の年齢を決定する方法。
(項目８９)
以下の条件：
前記ゲノムＤＮＡ配列において検出されたメチル化レベルの一部または全部が低すぎるとみなされる、
単一の個体の予測年齢が前記個体の既知の暦年齢からあまりにもかけ離れている、
いくつかの個体の予測年齢がいくつかの個体の既知の暦年齢からの系統偏差を示す、
いくつかの個体の予測年齢が前記個体の既知の暦年齢のあちこちに散らばっており、分散が大きすぎるとみなされる、
いくつかの個体の予測年齢が前記個体の既知の暦年齢からの系統偏差を示す、
所与の集合に基づいて年齢が決定された個体の数が所定の数に達した、
前の再選択から指定時間が経過した
のうちの少なくとも１つまたは好ましくはいくつかが満たされた場合、追加的な個体について得られたメチル化レベルに基づいて前記集合を変更する決定を行う、前記項目のうちの一項に記載の年齢を決定する方法。
(項目９０)
前記方法の項目のうちの一項に従って年齢を決定することが可能になる様式で得られたおよび／または調製された個体の生物材料用の容器を少なくとも含むキットであって、患者の同定に関する情報を保有する情報媒体も含み、
前記方法の項目のうちの一項に記載の方法を実行するためのもしくはどのように実行されたか、および／または、前記方法の項目に記載の方法によって決定された年齢関連データを含むデータキャリアを作製するためのデータを準備するため、
および／または、前記方法の項目に記載の方法によって決定された年齢関連データを含むデータキャリアを準備するための指示をさらに含む、キット。
(項目９１)
老化に影響を及ぼすことに関していくつかの分子をスクリーニングする方法であって、特に項目７９に記載の方法において集合のために選択されたゲノムＤＮＡ配列を参照することにより、生物学的年齢とよく相関するいくつかのゲノムＤＮＡ配列の数を決定するステップと、前記いくつかの分子のうちのある分子が、前記ゲノムＤＮＡ配列のメチル化レベルに対する正の効果を有するかどうかを、特にｉｎ－ｓｉｌｉｃｏにおける決定によって決定するステップとを含む方法。
(項目９２)
メチル化レベルの決定における使用のために適合させたいくつかのスポット、特に５００未満、好ましくは３８５未満、特に１９３未満、特に１６０未満のスポットを含むチップであって、前記スポットが、ｃｇ１１３３００７５、ｃｇ２５８４５４６３、ｃｇ２２５１９９４７、ｃｇ２１８０７０６５、ｃｇ０９００１６４２、ｃｇ１８８１５９４３、ｃｇ０６３３５１４３、ｃｇ０１６３６９１０、ｃｇ１０５０１２１０、ｃｇ０３３２４６９５、ｃｇ１９４３２６８８、ｃｇ２２５４０７９２、ｃｇ１１１７６９９０、ｃｇ０００９７８００、ｃｇ０９８０５７９８、ｃｇ０３５２６６５２、ｃｇ０９４６０４８９、ｃｇ１８７３７８４４、ｃｇ０７８０２３５０、ｃｇ１０５２２７６５、ｃｇ１２５４８２１６、ｃｇ００８７６３４５、ｃｇ１５７６１５３１、ｃｇ０５９９０２７４、ｃｇ０５９７２７３４、ｃｇ０３６８０８９８、ｃｇ１６５９３４６８、ｃｇ１９３０１９６３、ｃｇ１２７３２９９８、ｃｇ０２５３６６２５、ｃｇ２４０８８１３４、ｃｇ２４３１９１３３、ｃｇ０３３８８１８９、ｃｇ０５１０６７７０、ｃｇ０８６８６９３１、ｃｇ２５６０６７２３、ｃｇ０７７８２６２０、ｃｇ１６７８１８８５、ｃｇ１４２３１５６５、ｃｇ１８３３９３８０、ｃｇ２５６４２６７３、ｃｇ１０２４００７９、ｃｇ１９８５１４８１、ｃｇ１７６６５５０５、ｃｇ１３３３３９１３、ｃｇ０７２９１３１７、ｃｇ１２２３８３４３、ｃｇ０８４７８４２７、ｃｇ０７６２５１７７、ｃｇ０３２３０４６９、ｃｇ１３１５４３２７、ｃｇ１６４５６４４２、ｃｇ２６４３０９８４、ｃｇ１６８６７６５７、ｃｇ２４７２４４２８、ｃｇ０８１９４３７７、ｃｇ１０５４３１３６、ｃｇ１２６５０８７０、ｃｇ０００８７３６８、ｃｇ１７７６０４０５、ｃｇ２１６２８６１９、ｃｇ０１８２０９６２、ｃｇ１６９９９１５４、ｃｇ２２４４４３３８、ｃｇ００８３１６７２、ｃｇ０８０４４２５３、ｃｇ０８９６００６５、ｃｇ０７５２９０８９、ｃｇ１１６０７６０３、ｃｇ０８０９７４１７、ｃｇ０７９５５９９５、ｃｇ０３４７３５３２、ｃｇ０６１８６７２７、ｃｇ０４７３３８２６、ｃｇ２０４２５４４４、ｃｇ０７５１３００２、ｃｇ１４３０５１３９、ｃｇ１３７５９９３１、ｃｇ１４７５６１５８、ｃｇ０８６６２７５３、ｃｇ１３２０６７２１、ｃｇ０４２８７２０３、ｃｇ１８７６８２９９、ｃｇ０５８１２２９９、ｃｇ０４０２８６９５、ｃｇ０７１２０６３０、ｃｇ１７３４３８７９、ｃｇ０７７６６９４８、ｃｇ０８８５６９４１、ｃｇ１６９５０６７１、ｃｇ０１５２０２９７、ｃｇ２７５４０７１９、ｃｇ２４９５４６６５、ｃｇ０５２１１２２７、ｃｇ０６８３１５７１、ｃｇ１９１１２２０４、ｃｇ１２８０４７３０、ｃｇ０８２２４７８７、ｃｇ１３９７３３５１、ｃｇ２１１６５０８９、ｃｇ０５０８７００８、ｃｇ０５３９６６１０、ｃｇ２３６７７７６７、ｃｇ２１９６２７９１、ｃｇ０４３２０３７７、ｃｇ１６２４５７１６、ｃｇ２１４６０８６８、ｃｇ０９２７５６９１、ｃｇ１９２１５６７８、ｃｇ０８１１８９４２、ｃｇ１６３２２７４７、ｃｇ１２３３３７１９、ｃｇ２３１２８０２５、ｃｇ２７１７３３７４、ｃｇ０２０３２９６２、ｃｇ１８５０６８９７、ｃｇ０５２９２０１６、ｃｇ１６６７３８５７、ｃｇ０４８７５１２８、ｃｇ２２１０１１８８、ｃｇ０７３８１９６０、ｃｇ０６２７９２７６、ｃｇ２２０７７９３６、ｃｇ０８４５７０２９、ｃｇ２０５７６２４３、ｃｇ０９９６５５５７、ｃｇ０３７４１６１９、ｃｇ０４５２５００２、ｃｇ１５００８０４１、ｃｇ１６４６５６９５、ｃｇ１６６７７５１２、ｃｇ１２６５８７２０、ｃｇ２７３９４１３６、ｃｇ１４６８１１７６、ｃｇ０７４９４８８８、ｃｇ１４９１１６９０、ｃｇ０６１６１９４８、ｃｇ１５６０９０１７、ｃｇ１０３２１８６９、ｃｇ１５７４３５３３、ｃｇ１９７０２７８５、ｃｇ１６２６７１２１、ｃｇ１３４６０４０９、ｃｇ１９８１０９５４、ｃｇ０６９４５５０４、ｃｇ０６１５３７８８、およびｃｇ２００８８５４５のうちの少なくとも１つのメチル化レベルの決定において使用するために特異的に適合させた少なくとも１つのスポットおよび好ましくはいくつかのスポットを含む、チップ。
(項目９３)
前記スポットが、前記項目に列挙されているＣｐＧ遺伝子座に対して少なくとも１０スポット、好ましくは前記項目に列挙されているＣｐＧ遺伝子座に対して２０スポット、特に、前記項目に列挙されているＣｐＧ遺伝子座に対して少なくとも５０スポット、特に、前記項目に列挙されているＣｐＧ遺伝子座の全てに対するスポットを含む、項目９２に記載のチップ。

Claims

年齢指標を決定するための方法であって、
（ａ）各個体について、
（ｉ）ゲノムＤＮＡ配列のセットのＤＮＡメチル化レベル、および
（ｉｉ）暦年齢
を含む、複数の個体の訓練データセットを準備するステップと、
（ｂ）前記訓練データセットに、ＬｅａｓｔＡｂｓｏｌｕｔｅＳｈｒｉｎｋａｇｅ
ａｎｄＳｅｌｅｃｔｉｏｎＯｐｅｒａｔｏｒ（ＬＡＳＳＯ）を含む回帰法を適用し、それにより、前記年齢指標および縮小訓練データセットを決定するステップであって、
独立変数が前記ゲノムＤＮＡ配列のメチル化レベルであり、好ましくは従属変数が前記年齢であり、
前記年齢指標が、
（ｉ）集合としての前記ゲノムＤＮＡ配列のセットのサブセット、および
（ｉｉ）前記集合に含有されるゲノムＤＮＡ配列ごとに少なくとも１つの係数
を含み、
前記縮小訓練データセットが、前記訓練データセットのうち、前記ＬＡＳＳＯによって除外される前記ゲノムＤＮＡ配列のＤＮＡメチル化レベル以外の全てのデータを含む、ステップと
を含む方法。
個体の年齢を決定するための方法であって、
（ａ）各個体について、
（ｉ）ゲノムＤＮＡ配列のセットのＤＮＡメチル化レベル、および
（ｉｉ）暦年齢
を含む、複数の個体の訓練データセットを準備するステップと、
（ｂ）前記訓練データセットに、ＬｅａｓｔＡｂｓｏｌｕｔｅＳｈｒｉｎｋａｇｅ
ａｎｄＳｅｌｅｃｔｉｏｎＯｐｅｒａｔｏｒ（ＬＡＳＳＯ）を含む回帰法を適用し、それにより、前記年齢指標および縮小訓練データセットを決定するステップであって、
独立変数が前記ゲノムＤＮＡ配列のメチル化レベルであり、好ましくは従属変数が前記年齢であり、
前記年齢指標が、
（ｉ）集合としての前記ゲノムＤＮＡ配列のセットのサブセット、および
（ｉｉ）前記集合に含有されるゲノムＤＮＡ配列ごとに少なくとも１つの係数
を含み、
前記縮小訓練データセットが、前記訓練データセットのうち、前記ＬＡＳＳＯによって除外されるゲノムＤＮＡ配列のＤＮＡメチル化レベル以外の全てのデータを含む、ステップと、
（ｃ）年齢が決定される個体について前記年齢指標に含まれるゲノムＤＮＡ配列の少なくとも８０％、好ましくは１００％に関するＤＮＡメチル化レベルをもたらすステップと、
（ｄ）前記個体の年齢を、そのＤＮＡメチル化レベルおよび前記年齢指標に基づいて決定するステップと
を含み、
好ましくは前記決定された年齢が前記個体の暦年齢と異なり得る、方法。
前記回帰法が、前記ＬＡＳＳＯの後にステップワイズ回帰を適用することをさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
前記ステップワイズ回帰を前記縮小訓練データセットに適用する、請求項３に記載の方法。
前記年齢指標に含まれる前記集合が、前記ゲノムＤＮＡ配列のセットよりも小さい、請求項１から４のいずれかに記載の方法。
前記年齢指標に含まれる前記集合が、前記縮小訓練データセットに含まれるゲノムＤＮＡ配列のセットよりも小さい、請求項１から５のいずれかに記載の方法。
前記ステップワイズ回帰が双方向除外であり、統計学的に有意でない独立変数が除去され、好ましくは有意レベルが０．０５である、請求項３から６のいずれかに記載の方法。
前記ＬＡＳＳＯを、ｂｉｇｌａｓｓｏＲパッケージを用いて、好ましくはコマンド「ｃｖ．ｂｉｇｌａｓｓｏ」を適用することによって実施し、好ましくは「ｎｆｏｌｄ」が２０である、請求項１から７のいずれかに記載の方法。
前記回帰法が、リッジ回帰（Ｌ２正則化）を含まないかまたは前記Ｌ２正則化パラメータ／ラムダパラメータが０である、請求項１から８のいずれかに記載の方法。
前記ＬＡＳＳＯＬ１正則化パラメータ／アルファパラメータが１である、請求項１から９のいずれかに記載の方法。
各繰り返しにおいて少なくとも１つのさらなる個体のデータを前記訓練データに追加し、それにより、前記訓練データセットを繰り返し拡大することを含めて、前記年齢指標を繰り返し更新する、請求項１から１０のいずれかに記載の方法。
１回の更新ラウンドにおいて、さらなる個体のそれぞれに関する追加されるデータが、
（ｉ）最初の訓練データセット、または拡大訓練データセットのいずれかに含まれるゲノムＤＮＡ配列のセットの少なくとも５％、好ましくは５０％、より好ましくは１００％、および／または
（ｉｉ）前記縮小訓練データセットに含有されるゲノムＤＮＡ配列
に関する前記個体のＤＮＡメチル化レベルを含む、請求項１１に記載の方法。
前記拡大訓練データセットにデータを寄与する全ての個体に関して存在しないゲノムＤＮＡ配列（独立変数）は全て前記拡大訓練データセットから除去する、請求項１１または１２に記載の方法。
１回の更新ラウンドにおいて、メチル化レベルが追加される前記ゲノムＤＮＡ配列のセットが、前記さらなる個体（複数可）のそれぞれについて同一である、請求項１１から１３のいずれかに記載の方法。
１回の更新ラウンドが、前記ＬＡＳＳＯを前記拡大訓練データセットに適用し、それにより、更新された年齢指標および／または更新された縮小訓練データセットを決定することを含む、請求項１１から１４のいずれかに記載の方法。
前記少なくとも１つのさらなる個体に関するデータが追加される訓練データセットが、最初の縮小訓練データセット、または前記更新された縮小訓練データセットのいずれかであり得る縮小訓練データセットである、請求項１１から１５のいずれかに記載の方法。
前記縮小訓練データセットが、前記繰り返しにおける前の縮小訓練データセットである、請求項１６に記載の方法。
１回の更新ラウンドが、前記ステップワイズ回帰を前記縮小訓練データセットに適用し、それにより、更新された年齢指標を決定することを含む、請求項１１から１７のいずれかに記載の方法。
１回の更新ラウンドにおいて、少なくとも１つの個体に関するデータを前記訓練データセットおよび／または前記縮小訓練データセットから除去する、請求項１から１８のいずれかに記載の方法。
個体のデータの追加および／または除去が、前記個体の少なくとも１つの特徴に依存し、前記特徴が、民族、性別、暦年齢、居住地、出生地、少なくとも１つの疾患および／または少なくとも１つの生活様式因子であり、前記生活様式因子が、薬物消費、環境汚染物質への曝露、交代勤務またはストレスから選択される、請求項１１から１９のいずれかに記載の方法。
前記年齢指標の質を決定し、前記質の決定が、
（ａ）前記訓練データセットにデータを寄与していない複数の個体に関する試験データセットを準備するステップであって、前記試験データセットが、前記個体のそれぞれについて、
（ｉ）前記年齢指標に含まれるゲノムＤＮＡ配列のセットの前記ＤＮＡメチル化レベル、および
（ｉｉ）前記暦年齢
を含む、ステップと、
（ｂ）前記年齢指標の質を統計学的評価および／またはドメイン境界の評価によって決定するステップであって、
前記統計学的評価が、
（ｉ）前記試験データセットに含まれる個体の年齢を決定するステップと、
（ｉｉ）前記個体（複数可）の決定された年齢と暦年齢を相関させ、この相関を説明する少なくとも１つの統計学的パラメータを決定するステップと、
（ｉｉｉ）前記統計学的パラメータ（複数可）が、前記年齢指標の許容される質を示すものか否かを判定するステップであって、好ましくは前記統計学的パラメータが決定係数（Ｒ^２）および平均絶対誤差（ＭＡＥ）から選択され、Ｒ^２が０．５０よりも大きい、好ましくは０．７０よりも大きい、好ましくは０．９０よりも大きい、好ましくは０．９８よりも大きいことおよび／またはＭＡＥが６歳未満、好ましくは４歳未満、好ましくは最大１歳であることは、許容される質を示す、ステップと
を含み、
ドメイン境界の評価が、
（ｉｖ）前記年齢指標のドメイン境界を決定するステップであって、
前記ドメイン境界が、前記年齢指標に含まれる各ゲノムＤＮＡ配列の最小ＤＮＡメチル化レベルおよび最大ＤＮＡメチル化レベルであり、
前記最小ＤＮＡメチル化レベルおよび最大ＤＮＡメチル化レベルが、前記年齢指標を決定するために使用された訓練データセットにおいて見いだされる、
ステップと、
（ｖ）前記試験データセットが前記ドメイン境界を超えるかどうかを決定するステップであって、前記ドメイン境界を越えないことは、許容される質を示す、ステップと
を含む、ステップと
を含む、請求項１から２０のいずれかに記載の方法。
前記訓練データセットおよび／または前記試験データセットが、少なくとも１０の個体、好ましくは少なくとも３０の個体、好ましくは少なくとも２００の個体を含み、好ましくは前記訓練データセットが少なくとも２００の個体を含み、かつ前記試験データセットが少なくとも３０の個体を含む、請求項１から２１のいずれかに記載の方法。
前記年齢指標は、その質が許容されないものである場合には更新される、請求項２１または２２に記載の方法。
前記個体の前記年齢は、当該個体のＤＮＡメチル化レベル、および更新された年齢指標に基づいて決定される、請求項１１から２３のいずれかに記載の方法。
前記個体のデータが前記年齢指標の生成に使用される訓練データセットに寄与していない場合には、当該個体の年齢が前記年齢指標のみを用いて決定される、請求項２から２４のいずれかに記載の方法。
前記データに含まれる個体の数が所定の値に達している、かつ／または前の更新から所定の時間が経過している場合には、前記年齢指標がさらに更新されない、請求項１から２５のいずれかに記載の方法。
前記訓練データセットに含まれるゲノムＤＮＡ配列のセットが、メチル化レベルを暦年齢に関連付けることができるゲノムＤＮＡ配列から事前選択されたものである、請求項１から２６のいずれかに記載の方法。
前記事前選択されたセットが、少なくとも４０００００、好ましくは少なくとも８０００００のゲノムＤＮＡ配列を含む、請求項２７に記載の方法。
前記訓練データセットに含まれるゲノムＤＮＡ配列が、互いに重複せず、かつ／または対立遺伝子当たり１度しか生じない、請求項１から２８のいずれかに記載の方法。
前記縮小訓練データセットが、少なくとも９０、好ましくは少なくとも１００、好ましくは少なくとも１４０のゲノムＤＮＡ配列を含む、請求項１から２９のいずれかに記載の方法。
前記縮小訓練データセットが、５０００未満、好ましくは２０００未満、好ましくは５００未満、好ましくは３５０未満、好ましくは３００未満のゲノムＤＮＡ配列を含む、請求項１から３０のいずれかに記載の方法。
前記年齢指標が、少なくとも３０、好ましくは少なくとも５０、好ましくは少なくとも６０、好ましくは少なくとも８０のゲノムＤＮＡ配列を含む、請求項１から３１のいずれかに記載の方法。
前記年齢指標が、３００未満、好ましくは１５０未満、好ましくは１１０未満、好ましくは１００未満、好ましくは９０未満のゲノムＤＮＡ配列を含む、請求項１から３２のいずれかに記載の方法。
個体のゲノムＤＮＡ配列の前記ＤＮＡメチル化レベルが、前記ゲノムＤＮＡ配列を含む前記個体の生物材料の試料において測定されたものである、請求項１から３３のいずれかに記載の方法。
前記試料が、口腔細胞を含む、請求項３４に記載の方法。
試料を非侵襲的に得るステップをさらに含む、請求項３４または３５のいずれかに記載の方法。
前記ＤＮＡメチル化レベルが、メチル化シーケンシング、バイサルファイトシーケンシング、ＰＣＲ法、高分解能融解分析（ＨＲＭ）、メチル化感受性一塩基プライマー伸長（ＭＳ－ＳｎｕＰＥ）、メチル化感受性一本鎖コンフォメーション分析、メチル感受性切断計数（ＭＳＣＣ）、塩基特異的切断／ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ、複合バイサルファイト制限分析（ＣＯＢＲＡ）、メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰ）、マイクロアレイに基づく方法、ビーズアレイに基づく方法、パイロシーケンシングおよび／またはバイサルファイト処理を伴わない直接シーケンシング（ナノポア技術）によって測定されたものである、請求項３４から３６のいずれかに記載の方法。
個体のゲノムＤＮＡ配列の前記ＤＮＡメチル化レベルが、塩基特異的切断／ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦおよび／またはＰＣＲ法で測定されたものであり、塩基特異的切断／ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦはＡｇｅｎａ技術であり、好ましくは前記ＰＣＲ法がメチル化特異的ＰＣＲである、請求項３４から３７のいずれかに記載の方法。
前記年齢指標に含まれる前記ゲノムＤＮＡ配列の前記ＤＮＡメチル化レベルが、年齢が決定される個体の前記ゲノムＤＮＡ配列を含む生物材料の試料において決定されたものである、請求項３４から３８のいずれかに記載の方法。
ｃｇ１１３３００７５、ｃｇ２５８４５４６３、ｃｇ２２５１９９４７、ｃｇ２１８０７０６５、ｃｇ０９００１６４２、ｃｇ１８８１５９４３、ｃｇ０６３３５１４３、ｃｇ０１６３６９１０、ｃｇ１０５０１２１０、ｃｇ０３３２４６９５、ｃｇ１９４３２６８８、ｃｇ２２５４０７９２、ｃｇ１１１７６９９０、ｃｇ０００９７８００、ｃｇ２７３２０１２７、ｃｇ０９８０５７９８、ｃｇ０３５２６６５２、ｃｇ０９４６０４８９、ｃｇ１８７３７８４４、ｃｇ０７８０２３５０、ｃｇ１０５２２７６５、ｃｇ１２５４８２１６、ｃｇ００８７６３４５、ｃｇ１５７６１５３１、ｃｇ０５９９０２７４、ｃｇ０５９７２７３４、ｃｇ０３６８０８９８、ｃｇ１６５９３４６８、ｃｇ１９３０１９６３、ｃｇ１２７３２９９８、ｃｇ０２５３６６２５、ｃｇ２４０８８１３４、ｃｇ２４３１９１３３、ｃｇ０３３８８１８９、ｃｇ０５１０６７７０、ｃｇ０８６８６９３１、ｃｇ２５６０６７２３、ｃｇ０７７８２６２０、ｃｇ１６７８１８８５、ｃｇ１４２３１５６５、ｃｇ１８３３９３８０、ｃｇ２５６４２６７３、ｃｇ１０２４００７９、ｃｇ１９８５１４８１、ｃｇ１７６６５５０５、ｃｇ１３３３３９１３、ｃｇ０７２９１３１７、ｃｇ１２２３８３４３、ｃｇ０８４７８４２７、ｃｇ０７６２５１７７、ｃｇ０３２３０４６９、ｃｇ１３１５４３２７、ｃｇ１６４５６４４２、ｃｇ２６４３０９８４、ｃｇ１６８６７６５７、ｃｇ２４７２４４２８、ｃｇ０８１９４３７７、ｃｇ１０５４３１３６、ｃｇ１２６５０８７０、ｃｇ０００８７３６８、ｃｇ１７７６０４０５、ｃｇ２１６２８６１９、ｃｇ０１８２０９６２、ｃｇ１６９９９１５４、ｃｇ２２４４４３３８、ｃｇ００８３１６７２、ｃｇ０８０４４２５３、ｃｇ０８９６００６５、ｃｇ０７５２９０８９、ｃｇ１１６０７６０３、ｃｇ０８０９７４１７、ｃｇ０７９５５９９５、ｃｇ０３４７３５３２、ｃｇ０６１８６７２７、ｃｇ０４７３３８２６、ｃｇ２０４２５４４４、ｃｇ０７５１３００２、ｃｇ１４３０５１３９、ｃｇ１３７５９９３１、ｃｇ１４７５６１５８、ｃｇ０８６６２７５３、ｃｇ１３２０６７２１、ｃｇ０４２８７２０３、ｃｇ１８７６８２９９、ｃｇ０５８１２２９９、ｃｇ０４０２８６９５、ｃｇ０７１２０６３０、ｃｇ１７３４３８７９、ｃｇ０７７６６９４８、ｃｇ０８８５６９４１、ｃｇ１６９５０６７１、ｃｇ０１５２０２９７、ｃｇ２７５４０７１９、ｃｇ２４９５４６６５、ｃｇ０５２１１２２７、ｃｇ０６８３１５７１、ｃｇ１９１１２２０４、ｃｇ１２８０４７３０、ｃｇ０８２２４７８７、ｃｇ１３９７３３５１、ｃｇ２１１６５０８９、ｃｇ０５０８７００８、ｃｇ０５３９６６１０、ｃｇ２３６７７７６７、ｃｇ２１９６２７９１、ｃｇ０４３２０３７７、ｃｇ１６２４５７１６、ｃｇ２１４６０８６８、ｃｇ０９２７５６９１、ｃｇ１９２１５６７８、ｃｇ０８１１８９４２、ｃｇ１６３２２７４７、ｃｇ１２３３３７１９、ｃｇ２３１２８０２５、ｃｇ２７１７３３７４、ｃｇ０２０３２９６２、ｃｇ１８５０６８９７、ｃｇ０５２９２０１６、ｃｇ１６６７３８５７、ｃｇ０４８７５１２８、ｃｇ２２１０１１８８、ｃｇ０７３８１９６０、ｃｇ０６２７９２７６、ｃｇ２２０７７９３６、ｃｇ０８４５７０２９、ｃｇ２０５７６２４３、ｃｇ０９９６５５５７、ｃｇ０３７４１６１９、ｃｇ０４５２５００２、ｃｇ１５００８０４１、ｃｇ１６４６５６９５、ｃｇ１６６７７５１２、ｃｇ１２６５８７２０、ｃｇ２７３９４１３６、ｃｇ１４６８１１７６、ｃｇ０７４９４８８８、ｃｇ１４９１１６９０、ｃｇ０６１６１９４８、ｃｇ１５６０９０１７、ｃｇ１０３２１８６９、ｃｇ１５７４３５３３、ｃｇ１９７０２７８５、ｃｇ１６２６７１２１、ｃｇ１３４６０４０９、ｃｇ１９８１０９５４、ｃｇ０６９４５５０４、ｃｇ０６１５３７８８、およびｃｇ２００８８５４５のうちの少なくとも１０種、好ましくは少なくとも５０種、好ましくは少なくとも７０種、好ましくは全て、または連続ヌクレオチド配列の少なくとも７０％、好ましくは少なくとも９０％を含むその断片を含むゲノムＤＮＡ配列の集合。
ｃｇ１１３３００７５、ｃｇ００８３１６７２、ｃｇ２７３２０１２７、ｃｇ２７１７３３７４、ｃｇ１４６８１１７６、ｃｇ０６１６１９４８、ｃｇ０８２２４７８７、ｃｇ０５３９６６１０、ｃｇ１５６０９０１７、ｃｇ０９８０５７９８、ｃｇ１９２１５６７８、ｃｇ１２３３３７１９、ｃｇ０３７４１６１９、ｃｇ１６６７７５１２、ｃｇ０３２３０４６９、ｃｇ１９８５１４８１、ｃｇ１０５４３１３６、ｃｇ０７２９１３１７、ｃｇ２６４３０９８４、ｃｇ１６９５０６７１、ｃｇ１６８６７６５７、ｃｇ２２０７７９３６、ｃｇ０８０４４２５３、ｃｇ１２５４８２１６、ｃｇ０５２１１２２７、ｃｇ１３７５９９３１、ｃｇ０８６８６９３１、ｃｇ０７９５５９９５、ｃｇ０７５２９０８９、ｃｇ０１５２０２９７、ｃｇ０００８７３６８、ｃｇ０５０８７００８、ｃｇ２４７２４４２８、ｃｇ１９１１２２０４、ｃｇ０４５２５００２、ｃｇ０８８５６９４１、ｃｇ１６４６５６９５、ｃｇ０８０９７４１７、ｃｇ２１６２８６１９、ｃｇ０９４６０４８９、ｃｇ１３４６０４０９、ｃｇ２５６４２６７３、ｃｇ１９７０２７８５、ｃｇ１８５０６８９７、ｃｇ２１１６５０８９、ｃｇ２７５４０７１９、ｃｇ２１８０７０６５、ｃｇ１８８１５９４３、ｃｇ２３６７７７６７、ｃｇ０７８０２３５０、ｃｇ１１１７６９９０、ｃｇ１０３２１８６９、ｃｇ１７３４３８７９、ｃｇ０８６６２７５３、ｃｇ１４９１１６９０、ｃｇ１２８０４７３０、ｃｇ１６３２２７４７、ｃｇ１４２３１５６５、ｃｇ１０５０１２１０、ｃｇ０９２７５６９１、ｃｇ１５００８０４１、ｃｇ０５８１２２９９、ｃｇ２４３１９１３３、ｃｇ１２６５８７２０、ｃｇ２０５７６２４３、ｃｇ０３４７３５３２、ｃｇ０７３８１９６０、ｃｇ０５１０６７７０、ｃｇ０４３２０３７７、ｃｇ１９４３２６８８、ｃｇ２２５１９９４７、ｃｇ０６８３１５７１、ｃｇ０８１９４３７７、ｃｇ０１６３６９１０、ｃｇ１４３０５１３９、ｃｇ０４０２８６９５、ｃｇ１５７４３５３３、ｃｇ０３６８０８９８、ｃｇ２００８８５４５、ｃｇ１３３３３９１３、ｃｇ１９３０１９６３、ｃｇ１３９７３３５１、ｃｇ１６７８１８８５、ｃｇ０４２８７２０３、ｃｇ２７３９４１３６、ｃｇ１０２４００７９、ｃｇ０２５３６６２５、およびｃｇ２３１２８０２５の少なくとも４種、好ましくは少なくとも１０種、好ましくは少なくとも３０種、好ましくは少なくとも７０種、好ましくは全て、または連続ヌクレオチド配列の少なくとも７０％、好ましくは少なくとも９０％を含むその断片を含む、請求項３９に記載のゲノムＤＮＡ配列の集合。
ｃｇ１１３３００７５、ｃｇ００８３１６７２、ｃｇ２７３２０１２７、ｃｇ２７１７３３７４、ｃｇ１４６８１１７６、ｃｇ０６１６１９４８、ｃｇ０８２２４７８７、ｃｇ０５３９６６１０、ｃｇ１５６０９０１７、ｃｇ０９８０５７９８、ｃｇ１９２１５６７８、ｃｇ１２３３３７１９、ｃｇ０３７４１６１９、ｃｇ０３２３０４６９、ｃｇ１９８５１４８１、ｃｇ１０５４３１３６、ｃｇ０７２９１３１７、ｃｇ２６４３０９８４、ｃｇ１６９５０６７１、ｃｇ１６８６７６５７、ｃｇ１３９７３３５１、ｃｇ１６７８１８８５、ｃｇ０４２８７２０３、ｃｇ２７３９４１３６、ｃｇ１０２４００７９、ｃｇ０２５３６６２５、およびｃｇ２３１２８０２５のうちの少なくとも４種、好ましくは少なくとも１０種、好ましくは全てを含む、請求項４１に記載のゲノムＤＮＡ配列の集合。
ｃｇ１１３３００７５、ｃｇ００８３１６７２、ｃｇ２７３２０１２７、ｃｇ１０２４００７９、ｃｇ０２５３６６２５、およびｃｇ２３１２８０２５のうちの少なくとも４種、好ましくは全てを含む、請求項４１または４２に記載のゲノムＤＮＡ配列の集合。
前記ゲノムＤＮＡ配列の集合に加えておよび／またはその代わりに、その相補配列を含む、請求項４０から４３のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合。
ＳＩＭｂＨＬＨ転写因子１（ＳＩＭ１）、微小管関連タンパク質４（ＭＡＰ４）、プロテインキナーゼＣゼータ（ＰＲＫＣＺ）、グルタミン酸イオンチャネル型受容体ＡＭＰＡ型サブユニット４（ＧＲＩＡ４）、ＢＣＬ１０、免疫シグナル伝達アダプター（ＢＣＬ１０）、５’－ヌクレオチダーゼドメイン含有１（ＮＴ５ＤＣ１）、腫瘍形成能抑制７（ＳＴ７）、プロテインキナーゼＣイータ（ＰＲＫＣＨ）、グリア細胞由来神経栄養因子（ＧＤＮＦ）、ムスケリン１（ＭＫＬＮ１）、エクソシスト複合体成分６Ｂ（ＥＸＯＣ６Ｂ）、プロテインＳ（ＰＲＯＳ１）、電位依存性カルシウムチャネルサブユニットアルファ１Ｄ（ＣＡＣＮＡ１Ｄ）、ケルチ様ファミリーメンバー４２（ＫＬＨＬ４２）、ＯＴＵデユビキチナーゼ７Ａ（ＯＴＵＤ７Ａ）、細胞死関連タンパク質（ＤＡＰ）、コイルドコイルドメイン含有１７９（ＣＣＤＣ１７９）、ヨードチロニン脱ヨード酵素２（ＤＩＯ２）、一過性受容体電位カチオンチャネルサブファミリーＶメンバー３（ＴＲＰＶ３）、ＭＴ－ＲＮＲ２様５（ＭＴＲＮＲ２Ｌ５）、フィラミンＢ（ＦＬＮＢ）、フューリン、対塩基性アミノ酸切断酵素（ＦＵＲＩＮ）、溶質運搬体ファミリー２５メンバー１７（ＳＬＣ２５Ａ１７）、Ｇパッチドメイン含有１（ＧＰＡＴＣＨ１）、ＵＤＰ－ＧｌｃＮＡｃ：ベータＧａｌベータ－１，３－Ｎ－アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ９（Ｂ３ＧＮＴ９）、ｚｙｇ－１１ファミリーメンバーＡ、細胞周期調節因子（ＺＹＧ１１Ａ）、発作関連６ホモログ様（ＳＥＺ６Ｌ）、ミオシンＸ（ＭＹＯ１０）、アセチル－ＣｏＡカルボキシラーゼアルファ（ＡＣＡＣＡ）、Ｇタンパク質サブユニットアルファｉ１（ＧＮＡＩ１）、ＣＵＥドメイン含有２（ＣＵＥＤＣ２）、ホメオボックスＤ１３（ＨＯＸＤ１３）、クルッペル様因子１４（ＫＬＦ１４）、溶質運搬体ファミリー１メンバー２（ＳＬＣ１Ａ２）、アセトアセチルＣｏＡシンテターゼ（ＡＡＣＳ）、アンキリンリピートおよび無菌アルファモチーフドメイン含有１Ａ（ＡＮＫＳ１Ａ）、マイクロＲＮＡ７６４１－２（ＭＩＲ７６４１－２）、Ｖ型コラーゲンアルファ１鎖（ＣＯＬ５Ａ１）、亜ヒ酸塩メチルトランスフェラーゼ（ＡＳ３ＭＴ）、溶質運搬体ファミリー２６メンバー５（ＳＬＣ２６Ａ５）、ヌクレオポリン１０７（ＮＵＰ１０７）、長鎖遺伝子間タンパク質ノンコーディングＲＮＡ１７９７（ＬＩＮＣ０１７９７）、ミオシンＩＣ（ＭＹＯ１Ｃ）、アンキリンリピートドメイン３７（ＡＮＫＲＤ３７）、ホスホジエステラーゼ４Ｃ（ＰＤＥ４Ｃ）、ＥＦハンドドメイン含有１（ＥＦＨＣ１）、特徴不明のＬＯＣ３７５１９６（ＬＯＣ３７５１９６）、ＥＬＯＶＬ脂肪酸エロンガーゼ２（ＥＬＯＶＬ２）、ＷＡＳタンパク質ファミリーメンバー３（ＷＡＳＦ３）、１７番染色体オープンリーディングフレーム８２（Ｃ１７ｏｒｆ８２）、Ｇタンパク質共役型受容体１５８（ＧＰＲ１５８）、Ｆボックスおよびロイシンリッチリピートタンパク質７（ＦＢＸＬ７）、リプリー転写リプレッサー３（ＲＩＰＰＬＹ３）、ＥＳＣＲＴ－ＩのＶＰＳ３７Ｃサブユニット（ＶＰＳ３７Ｃ）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミン転移酵素様６（ＧＡＬＮＴＬ６）、ＤＥＮＮドメイン含有３（ＤＥＮＮＤ３）、核受容体コリプレッサー２（ＮＣＯＲ２）、内皮ＰＡＳドメインタンパク質１（ＥＰＡＳ１）、ＰＢＸホメオボックス４（ＰＢＸ４）、長鎖遺伝子間タンパク質ノンコーディングＲＮＡ１５３１（ＬＩＮＣ０１５３１）、配列類似性を有するファミリー１１０メンバーＡ（ＦＡＭ１１０Ａ）、グリコシルトランスフェラーゼ８ドメイン含有１（ＧＬＴ８Ｄ１）、Ｇタンパク質サブユニットガンマ２（ＧＮＧ２）、ＭＴ－ＲＮＲ２様３（ＭＴＲＮＲ２Ｌ３）、ジンクフィンガータンパク質１４０（ＺＮＦ１４０）、ｒａｓ１のキナーゼ抑制因子（ＫＳＲ１）、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼファミリーＡメンバー５（ＰＤＩＡ５）、精子形成関連７（ＳＰＡＴＡ７）、パントテン酸キナーゼ１（ＰＡＮＫ１）、ユビキチン特異的ペプチダーゼ４（ＵＳＰ４）、Ｇタンパク質サブユニットアルファｑ（ＧＮＡＱ）、電位依存性カリウムチャネル修飾因子サブファミリーＳメンバー１（ＫＣＮＳ１）、ＤＮＡポリメラーゼガンマ２、アクセサリーサブユニット（ＰＯＬＧ２）、ストークヘッドボックス２（ＳＴＯＸ２）、ニューレキシン３（ＮＲＸＮ３）、ＢＭＳ１、リボソーム生合成因子（ＢＭＳ１）、フォークヘッドボックスＥ３（ＦＯＸＥ３）、ＮＡＤＨ：ユビキノンオキシドレダクターゼサブユニットＡ１０（ＮＤＵＦＡ１０）、レラキシンファミリーペプチド受容体３（ＲＸＦＰ３）、ＧＡＴＡ結合性タンパク質２（ＧＡＴＡ２）、イソプレノイドシンターゼドメイン含有（ＩＳＰＤ）、アデノシンデアミナーゼ、ＲＮＡ特異的Ｂ１（ＡＤＡＲＢ１）、Ｗｎｔファミリーメンバー７Ｂ（ＷＮＴ７Ｂ）、プレクストリンおよびＳｅｃ７ドメイン含有３（ＰＳＤ３）、膜アンカー型ジャンクションタンパク質（ＭＡＪＩＮ）、ピリジンヌクレオチド－ジスルフィドオキシドレダクターゼドメイン１（ＰＹＲＯＸＤ１）、シンギュリン様１（ＣＧＮＬ１）、７番染色体オープンリーディングフレーム５０（Ｃ７ｏｒｆ５０）、ＭＯＲＮリピート含有１（ＭＯＲＮ１）、アトラスチンＧＴＰアーゼ２（ＡＴＬ２）、ＷＤリピートおよびＦＹＶＥドメイン含有２（ＷＤＦＹ２）、膜貫通タンパク質１３６（ＴＭＥＭ１３６）、イノシトールポリリン酸－５－ホスファターゼＡ（ＩＮＰＰ５Ａ）、ＴＢＣ１ドメインファミリーメンバー９（ＴＢＣ１Ｄ９）、インターフェロン調節因子２（ＩＲＦ２）、サーチュイン７（ＳＩＲＴ７）、ＸＸＩＩＩ型コラーゲンアルファ１鎖（ＣＯＬ２３Ａ１）、グアニン一リン酸シンターゼ（ＧＭＰＳ）、カリウム２孔ドメインチャネルサブファミリーＫメンバー１２（ＫＣＮＫ１２）、ＳＩＮ３－ＨＤＡＣ複合体関連因子（ＳＩＮＨＣＡＦ）、ヘモグロビンサブユニットイプシロン１（ＨＢＥ１）、ならびにチューダードメイン含有１（ＴＤＲＤ１）のうちの少なくとも１０種、好ましくは少なくとも３０種、好ましくは少なくとも５０種、好ましくは少なくとも７０種、好ましくは全てを含む遺伝子セット。
ＩＳＰＤ、ＫＣＮＫ１２、ＧＮＧ２、ＳＩＲＴ７、ＧＰＡＴＣＨ１、ＧＲＩＡ４、ＬＩＮＣ０１５３１、ＬＯＣ１０１９２７５７７、ＮＣＯＲ２、ＷＡＳＦ３、ＴＲＰＶ３、ＡＣＡＣＡ、ＧＤＮＦ、ＥＦＨＣ１、ＭＹＯ１０、ＣＯＬ２３Ａ１、ＴＤＲＤ１、ＥＬＯＶＬ２、ＧＮＡＩ１、ＭＡＰ４、ＣＣＤＣ１７９、ＫＬＦ１４、ＳＴ７、ＩＮＰＰ５Ａ、ＳＩＭ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＡＳ３ＭＴ、ＫＳＲ１、ＤＳＣＲ６、ＩＲＦ２、ＫＣＮＳ１、ＮＲＸＮ３、Ｃ１１ｏｒｆ８５、ＨＢＥ１、ＦＯＸＥ３、ＴＭＥＭ１３６、ＨＯＸＤ１３、ＬＯＣ３７５１９６、ＰＡＮＫ１、ＭＩＲ１０７、ＣＯＬ５Ａ１、ＰＢＸ４、ＺＮＦ１４０、ＧＡＬＮＴＬ６、ＮＵＰ１０７、ＬＯＣ１００５０７２５０、ＭＴＲＮＲ２Ｌ５、Ｃ１７ｏｒｆ８２、ＭＫＬＮ１、ＦＵＲＩＮ、ＫＬＨＬ４２、ＭＯＲＮ１、ＡＮＫＳ１Ａ、ＢＣＬ１０、ＤＥＮＮＤ３、ＦＡＭ１１０Ａ、ＰＲＯＳ１、ＷＮＴ７Ｂ、ＦＢＸＬ７、ＧＡＴＡ２、ＶＰＳ３７Ｃ、ＮＲＰ１、ＰＯＬＧ２、ＡＮＫＲＤ３７、ＧＭＰＳ、およびＷＤＦＹ２のうちの少なくとも５種、好ましくは少なくとも１０種、好ましくは少なくとも３０種、好ましくは全てを含む、請求項４５に記載の遺伝子セット。
微小管関連タンパク質４（ＭＡＰ４）、プロテインキナーゼＣゼータ（ＰＲＫＣＺ）、グルタミン酸イオンチャネル型受容体ＡＭＰＡ型サブユニット４（ＧＲＩＡ４）、腫瘍形成能抑制７（ＳＴ７）、プロテインキナーゼＣイータ（ＰＲＫＣＨ）、電位依存性カルシウムチャネルサブユニットアルファ１Ｄ（ＣＡＣＮＡ１Ｄ）、細胞死関連タンパク質（ＤＡＰ）、一過性受容体電位カチオンチャネルサブファミリーＶメンバー３（ＴＲＰＶ３）、フューリン、対塩基性アミノ酸切断酵素（ＦＵＲＩＮ）、アセチル－ＣｏＡカルボキシラーゼアルファ（ＡＣＡＣＡ）、Ｇタンパク質サブユニットアルファｉ１（ＧＮＡＩ１）、溶質運搬体ファミリー１メンバー２（ＳＬＣ１Ａ２）、ホスホジエステラーゼ４Ｃ（ＰＤＥ４Ｃ）、ＥＬＯＶＬ脂肪酸エロンガーゼ２（ＥＬＯＶＬ２）、核受容体コリプレッサー２（ＮＣＯＲ２）、内皮ＰＡＳドメインタンパク質１（ＥＰＡＳ１）、Ｇタンパク質サブユニットガンマ２（ＧＮＧ２）、パントテン酸キナーゼ１（ＰＡＮＫ１）、ユビキチン特異的ペプチダーゼ４（ＵＳＰ４）、Ｇタンパク質サブユニットアルファｑ（ＧＮＡＱ）、電位依存性カリウムチャネル修飾因子サブファミリーＳメンバー１（ＫＣＮＳ１）、ＤＮＡポリメラーゼガンマ２、アクセサリーサブユニット（ＰＯＬＧ２）、ＮＡＤＨ：ユビキノンオキシドレダクターゼサブユニットＡ１０（ＮＤＵＦＡ１０）、レラキシンファミリーペプチド受容体３（ＲＸＦＰ３）、イソプレノイドシンターゼドメイン含有（ＩＳＰＤ）、イノシトールポリリン酸－５－ホスファターゼＡ（ＩＮＰＰ５Ａ）、サーチュイン７（ＳＩＲＴ７）、グアニン一リン酸シンターゼ（ＧＭＰＳ）、ＳＩＮ３－ＨＤＡＣ複合体関連因子（ＳＩＮＨＣＡＦ）、チューダードメイン含有１（ＴＤＲＤ１）のうちの少なくとも５種、好ましくは少なくとも１０種、好ましくは少なくとも２０種、好ましくは全てを含む、請求項４５に記載の遺伝子セット。
前記ゲノムＤＮＡ配列の集合が、請求項２から３９に記載の方法による縮小訓練データセットおよび／または年齢指標に含まれ、
前記遺伝子セットが、タンパク質、またはマイクロＲＮＡもしくは長鎖ノンコーディングＲＮＡをコードする前記ゲノムＤＮＡ配列の集合から選択することによって得られる、請求項２から３９に記載の方法によって得られる請求項４０から４４のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合または請求項４５から４７のいずれかに記載の遺伝子セット。
個体の健康状態の診断における使用のための、請求項４０から４４または４８に記載のゲノムＤＮＡ配列の集合、または請求項４５から４８のいずれかに記載の遺伝子セット。
前記健康状態が、少なくとも１つの老化関連疾患、少なくとも１つの老化関連疾患に関連付けられる少なくとも１つの表現型、および／またはがんの状態を含み、
前記状態は、前記疾患、または疾患に関連付けられる表現型の非存在、存在、またはステージを示す、
請求項４９に記載の使用のためのゲノムＤＮＡ配列の集合または遺伝子セット。
前記老化関連疾患が、アルツハイマー病、パーキンソン病、アテローム性動脈硬化症、心血管疾患、がん、関節炎、白内障、骨粗鬆症、２型糖尿病、高血圧症、老化黄斑変性症および／または良性前立腺肥大症である、請求項５０に記載の使用のためのゲノムＤＮＡ配列の集合または遺伝子セット。
個体のフィットネス状態を決定するための、請求項４０から４４もしくは４８のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合、または請求項４５から４８のいずれかに記載の遺伝子セットの使用。
前記フィットネス状態が、前記個体の血圧、体重、免疫細胞のレベル、炎症のレベルおよび／または認知機能を含む、請求項５２に記載の使用。
請求項４０から４４もしくは４８のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合、または請求項４５から４８のいずれかに記載の遺伝子セットを、個体の健康状態および／またはフィットネス状態の指標として得るための方法であって、請求項４０から４４もしくは４８のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合、または請求項４５から４８のいずれかに記載の遺伝子セットを準備するステップを含む方法。
前記ゲノムＤＮＡ配列を含む前記個体の生体試料中の前記ゲノムＤＮＡ配列のメチル化レベルを決定するステップをさらに含む、請求項５４に記載の方法。
前記健康状態が、少なくとも１つの老化関連疾患、少なくとも１つの老化関連疾患に関連付けられる少なくとも１つの表現型、および／またはがんの状態を含み、
好ましくは前記老化関連疾患が、アルツハイマー病、パーキンソン病、アテローム性動脈硬化症、心血管疾患、がん、関節炎、白内障、骨粗鬆症、２型糖尿病、高血圧症、老化黄斑変性症および／または良性前立腺肥大症であり、かつ／または
前記フィットネス状態が、前記個体の血圧、体重、免疫細胞のレベル、炎症のレベルおよび／または認知機能を含む、
請求項５４または５５に記載の方法。
前記生体試料が、非侵襲的に、好ましくは頬スワブによって得たものである、請求項５５または５６に記載の方法。
老化に影響を及ぼす分子を同定するためのｉｎｓｉｌｉｃｏおよび／またはｉｎｖｉｔｒｏスクリーニング方法であって、請求項４０から４４もしくは４８のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合、または請求項４５から４８のいずれかに記載の遺伝子セットを準備するステップを含み、
前記分子が、個体に投与されると、少なくとも１つの老化関連疾患、少なくとも１つの老化関連疾患に関連付けられる少なくとも１つの表現型、および／またはがんを好転させる、防止するおよび／または逆転させるものである、方法。
前記ゲノムＤＮＡ配列のうちの少なくとも１つのＤＮＡメチル化レベルを決定するステップをさらに含む、請求項５８に記載の方法。
同定された分子が、個体に投与されると、前記個体における前記ゲノムＤＮＡ配列のうちの少なくとも１つのＤＮＡメチル化レベルを上昇させ、かつ／または、前記個体における前記ゲノムＤＮＡ配列のうちの少なくとも１つのＤＮＡメチル化レベルを低下させるものである、請求項５８または５９に記載の方法。
前記ＤＮＡメチル化レベルが、変更前よりも若い暦年齢に関連付けられるように変更される、請求項６０に記載の方法。
請求項４５から４８に記載の遺伝子セットを準備し、前記遺伝子セットによってコードされる少なくとも１種のタンパク質の活性を決定するステップをさらに含む、請求項５８から６１のいずれかに記載の方法。
前記同定された分子が、前記遺伝子セットによってコードされる少なくとも１種のタンパク質の活性を阻害し、かつ／または、前記遺伝子セットによってコードされる少なくとも１種のタンパク質の活性を増強するものである、請求項６２に記載の方法。
前記タンパク質活性が、変更前よりも若い暦年齢に関連付けられるように変更される、請求項６３に記載の方法。
請求項４０から４４もしくは４８のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合、または請求項４５から４８のいずれかに記載の遺伝子セットをスポットとして含むチップであって、各配列が、別々のスポットに含有される、チップ。
少なくとも１つの独特のプライマー対を含むキットであって、
各プライマー対のうち一方のプライマーが、請求項４０から４４もしくは４８のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合に含まれるゲノムＤＮＡ配列のうちの１つまたは請求項４５から４８のいずれかに記載の遺伝子セットに含まれる遺伝子のうちの１つのリバース鎖に結合するフォワードプライマーであり、他方のプライマーが、フォワード鎖に結合するリバースプライマーであり、
前記フォワードプライマーおよびリバースプライマーの３’末端と相補的な２つのヌクレオチドが、３０ヌクレオチド超３０００ヌクレオチド未満、好ましくは１０００ヌクレオチド未満離れている、
キット。
請求項４０から４４もしくは４８のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合に含まれるゲノムＤＮＡ配列のうちの１つまたは請求項４５から４８のいずれかに記載の遺伝子セットに含まれる遺伝子のうちの１つと相補的なプローブを少なくとも１つ含むキット。
前記プライマーまたはプローブが、メチル化されたＤＮＡまたはメチル化されていないＤＮＡのいずれかに特異的に結合し、メチル化されていないシトシンが、ウラシルに変換されている、請求項６５または６６に記載のキット。
請求項６５に記載のチップを含むキット。
生物材料用の容器および／または頬スワブ用の材料をさらに含む、請求項５１から５７のいずれかに記載のキット。
生体試料からゲノムＤＮＡを抽出し、精製し、かつ／または増幅するための材料をさらに含み、前記材料が、スピンカラムおよび／または酵素である、請求項６６から７０のいずれかに記載のキット。
亜硫酸水素塩をさらに含む、請求項６６から７１のいずれかに記載のキット。
請求項２から３９のいずれかに記載の方法、請求項４０から４４もしくは４８のいずれかに記載のゲノムＤＮＡ配列の集合、および／または請求項４５から４８のいずれかに記載の遺伝子セットによって得られた年齢指標を含むデータキャリア。
年齢が決定される個体に関する調査票をさらに含み、前記調査票が、無記入であり得るまたは前記個体に関する情報を含み得る、請求項６６から７２のいずれかに記載のキットまたは請求項７３に記載のデータキャリア。
前記訓練データセット、縮小訓練データセットおよび／または追加されたデータが、前記個体（複数可）に関連付けることができる生活様式またはリスクパターンに関する少なくとも１つの因子をさらに含む、請求項１から３９のいずれかに記載の方法。
前記因子が、薬物消費、環境汚染物質、交代勤務およびストレスから選択される、請求項７５に記載の方法。
前記訓練データセットおよび／または前記縮小訓練データセットが、ＤＮＡメチル化レベルおよび／またはコードされるタンパク質の活性／レベルが前記生活様式因子のうちの少なくとも１つに関連付けられる配列に限定される、請求項７５または７６に記載の方法。
前記個体の決定された年齢と暦年齢の差に関連付けられる少なくとも１つの生活様式因子を決定するステップをさらに含む、請求項７５から７７のいずれかに記載の方法。
一連の個体中の個体に対する年齢指標を決定する方法であって、前記決定が、前記個体において見いだされるゲノムＤＮＡ配列のメチル化のレベルに基づくものであり、
前記個体の年齢に関連付けることができるメチル化のレベルを有するゲノムＤＮＡ配列のセットから選択されるゲノムＤＮＡ配列の集合のメチル化レベルに基づいて、
前記個体についての年齢指標が、複数の個体についてのゲノムＤＮＡ配列のメチル化のレベルの統計学的評価に依拠する様式でもたらされる、方法において、
前記個体についての前記年齢指標が、一連の個体の中で先行する個体について同じ年齢指標を決定するために使用した先行する統計学的評価のために参照した複数の個体とは異なる複数の個体についてのゲノムＤＮＡ配列のメチル化のレベルの統計学的評価に依拠する様式でもたらされ、
第１の統計学的評価のために使用された複数の個体が、少なくとも、一連の個体からの追加的な先行する少なくとも１つの個体が含められることによって修正されるという点で、前記複数の個体に差異が生じ、
好ましくは前記個体についての前記年齢指標が、２つの異なる複数の個体についての少なくとも２つの異なる統計学的評価の結果、集合のメチル化レベルから前記年齢指標を算出した場合に使用した少なくとも１つの係数に変化が生じ、かつ／または見いだされる異なるゲノムＤＮＡ配列またはＣｇＰ遺伝子座のメチル化のレベルが考慮される様式でもたらされる
ことを特徴とする方法。
前記個体の年齢に関連付けることができるメチル化のレベルを有するゲノムＤＮＡ配列からゲノムＤＮＡ配列のセットを準備するステップと、
複数の個体について、前記セットのゲノムＤＮＡ配列のメチル化のレベルを決定するステップと、
前記セットからゲノムＤＮＡ配列の集合を選択するステップであって、
前記集合内のゲノムＤＮＡ配列の数が前記セット内のゲノムＤＮＡ配列の数よりも少ないかまたはそれと等しくなり、
かつ
前記集合の配列のメチル化レベルに基づいて前記個体の年齢を算出することができるように選択するステップと、
前記個体由来の生物材料の試料において、少なくとも前記集合の配列のメチル化のレベルを決定するステップと、
前記集合の配列のメチル化のレベルに基づいて前記個体の年齢を算出するステップと、
特に、統計学的評価を考慮して、前記集合のゲノムＤＮＡ配列を再選択する必要があるか否か、および／または前記個体の年齢をメチル化のレベルに基づいて算出するやり方を変更すべきか否かを判定するステップと、
前記判定に応じて、前記個体を含むように個体の群を修正するステップと、
修正された群の個体のメチル化のレベルの決定に基づいて前記セットからゲノムＤＮＡ配列の集合を再選択するステップ
および／または
集合のメチル化レベルから前記年齢指標を算出した場合に使用した少なくとも１つの係数を変化させるステップ
のうちの少なくとも１つと
を含む、個体において見いだされるゲノムＤＮＡ配列のメチル化のレベルに基づく、請求項７９に記載の個体の年齢を決定する方法。
前記個体の年齢に関連付けることができるメチル化のレベルを有するゲノムＤＮＡ配列からゲノムＤＮＡ配列のセットを事前選択するステップと、
複数の個体について、前記事前選択されたゲノムＤＮＡ配列のメチル化のレベルを決定するステップと、
前記事前選択されたセットからゲノムＤＮＡ配列の集合を選択するステップであって、
前記集合内のゲノムＤＮＡ配列の数が前記事前選択されたセット内のゲノムＤＮＡ配列の数よりも少なくなり、
前記集合の配列のメチル化レベルに基づいて前記個体の年齢を算出することができ、かつ
算出された年齢に関する統計学的評価は、前記算出された年齢の許容される質を示すように選択するステップと、
前記個体由来の生物材料の試料において前記集合の配列のメチル化のレベルを決定するステップと、
前記集合の配列のメチル化のレベルに基づいて前記個体の年齢を算出するステップと、
前記算出された年齢の質の統計学的評価基準を算出するステップと、
前記統計学的評価基準に従った質が許容されるものであるか否かを判定するステップと、
前記質が許容されるものと判断された場合、前記個体の算出された年齢を出力するステップと、
前記質が許容できないものと判断された場合、ゲノムＤＮＡ配列を再選択する必要があることを決定するステップと、
前記個体を含むように個体の群を修正するステップと、
修正された群の個体のメチル化のレベルの決定に基づいて、ゲノムＤＮＡ配列の集合を前記事前選択されたサブセットから再選択するステップと
を含む、請求項８０に記載の個体の年齢を決定する方法。
ゲノムＤＮＡ配列の選択が、前記個体のゲノムＤＮＡ配列のメチル化レベル、特に、関連性のあるＣｐＧ遺伝子座を同定するための少なくとも１つの回帰法、特に、関連性のあるＣｐＧを同定するための主成分分析、ＬＡＳＳＯ／ｅｌａｓｔｉｃｎｅｔ回帰および／またはＸＰＧＢｏｏｓｔ法のうちの少なくとも１つを使用した統計解析に関する値の統計解析に基づく、請求項７９～８１のうち一項に記載の年齢を決定する方法。
前記事前選択されたセットが、
少なくとも９０のゲノムＤＮＡ配列、
好ましくは少なくとも１００のゲノムＤＮＡ配列、
特に好ましくは少なくとも１４０のゲノムＤＮＡ配列
を含み、
かつ／または
前記事前選択されたセットが、
２０００未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に５００未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に３５０未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に１７０未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に１５０未満のゲノムＤＮＡ配列
を含み、
かつ／または
前記選択された集合が、
少なくとも３０のゲノムＤＮＡ配列、
好ましくは少なくとも５０のゲノムＤＮＡ配列、
特に好ましくは少なくとも６０のゲノムＤＮＡ配列
を含み、
かつ／または
前記選択された集合が、
１５０未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に１１０未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に１００未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に９０未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に８０未満のゲノムＤＮＡ配列、
特に７０未満のゲノムＤＮＡ配列
を含む、請求項７９～８２のうち一項に記載の年齢を決定する方法。
暦年齢と生物学的年齢の差異を評価するための方法であって、
前記方法請求項のうちの一項に従って、メチル化レベルに基づく年齢を決定するステップと、
決定された生物学的年齢を既知の暦年齢と比較するステップであって、
特に、
複数の個体について差異を決定し、複数の個体について前記差異に影響を及ぼす可能性も影響を及ぼさない可能性もある因子を決定し、多数の個体において暦年齢と前記生物学的年齢の差異に対して大きな影響を持つ因子を決定する、ステップと
を含む方法。
１つの固定された集合のものよりも多くのＣｐＧ遺伝子座のメチル化レベルを決定し、
１つよりも多くの集合について、前記年齢指標の決定を可能にするデータを、年齢をそれぞれのデータに基づいて算出することができるように準備し、
前記年齢を算出するための１つの集合の選択を、測定された前記個体のある特定のメチル化レベル、または前記個体に関連付けることができる生活様式もしくはリスクパターンに関する因子のいずれかに基づいて行う、請求項７９～８３のうちの一項に記載の方法。
前記個体において見いだされるゲノムＤＮＡ配列のメチル化のレベルを、
メチル化シーケンシング／バイサルファイトシーケンシング、
ＰＣＲ法、特に、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）、リアルタイムメチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ（ＱＭＳＰ）、ＣＯＬＤ－ＰＣＲ、メチル化ＤＮＡ特異的結合性タンパク質を使用したＰＣＲ、標的化多重ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲおよびマイクロアレイに基づくＰＣＲのうちの少なくとも１つ、
高分解能融解分析（ＨＲＭ）、
メチル化感受性一塩基プライマー伸長（ＭＳ－ＳｎｕＰＥ）、
メチル化感受性一本鎖コンフォメーション分析、
メチル感受性切断計数（ＭＳＣＣ）、
塩基特異的切断／ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ、例えばＡｇｅｎａ、
複合バイサルファイト制限分析（ＣＯＢＲＡ）、
メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰ）、
マイクロアレイに基づく方法、
ビーズアレイに基づく方法、
パイロシーケンシング、バイサルファイト処理を伴わない直接シーケンシング（ナノポア技術）
のうちの少なくとも１つによって測定する、請求項７９～８３のうちの一項に記載の年齢を決定する方法。
前記個体の群を、前記個体を前記群に追加することによって修正する、請求項７９～８３および８６のうちの一項に記載の年齢を決定する方法。
前記個体を含むように前記個体の群を修正するステップが、個体の年齢および／または個体のゲノムＤＮＡ配列の一部もしくは全部のメチル化レベルとは無関係の因子を特に考慮して、少なくとも１つの他の個体を前記群から除外することを含む、請求項７９～８３、８６および８７のうちの一項に記載の年齢を決定する方法。
以下の条件：
前記ゲノムＤＮＡ配列において検出されたメチル化レベルの一部または全部が低すぎるとみなされる、
単一の個体の予測年齢が前記個体の既知の暦年齢からあまりにもかけ離れている、
いくつかの個体の予測年齢がいくつかの個体の既知の暦年齢からの系統偏差を示す、
いくつかの個体の予測年齢が前記個体の既知の暦年齢のあちこちに散らばっており、分散が大きすぎるとみなされる、
いくつかの個体の予測年齢が前記個体の既知の暦年齢からの系統偏差を示す、
所与の集合に基づいて年齢が決定された個体の数が所定の数に達した、
前の再選択から指定時間が経過した
のうちの少なくとも１つまたは好ましくはいくつかが満たされた場合、追加的な個体について得られたメチル化レベルに基づいて前記集合を変更する決定を行う、請求項７９～８３および８６～８８のうちの一項に記載の年齢を決定する方法。
方法の請求項１～３９、７５～８３および８５～８９のうちの一項に従って年齢を決定することが可能になる様式で得られたおよび／または調製された個体の生物材料用の容器を少なくとも含むキットであって、患者の同定に関する情報を保有する情報媒体も含み、
方法の請求項１～３９、７５～８３および８５～８９のうちの一項に記載の方法を実行するためのもしくはどのように実行されたか、および／または、方法の請求項１～３９、７５～８３および８５～８９に記載の方法によって決定された年齢関連データを含むデータキャリアを作製するためのデータを準備するため、
および／または、方法の請求項１～３９、７５～８３および８５～８９に記載の方法によって決定された年齢関連データを含むデータキャリアを準備するための指示をさらに含む、キット。
老化に影響を及ぼすことに関していくつかの分子をスクリーニングする方法であって、特に請求項７９に記載の方法において集合のために選択されたゲノムＤＮＡ配列を参照することにより、生物学的年齢とよく相関するいくつかのゲノムＤＮＡ配列の数を決定するステップと、前記いくつかの分子のうちのある分子が、前記ゲノムＤＮＡ配列のメチル化レベルに対する正の効果を有するかどうかを、特にｉｎ－ｓｉｌｉｃｏにおける決定によって決定するステップとを含む方法。
メチル化レベルの決定における使用のために適合させたいくつかのスポット、特に５００未満、好ましくは３８５未満、特に１９３未満、特に１６０未満のスポットを含むチップであって、前記スポットが、ｃｇ１１３３００７５、ｃｇ２５８４５４６３、ｃｇ２２５１９９４７、ｃｇ２１８０７０６５、ｃｇ０９００１６４２、ｃｇ１８８１５９４３、ｃｇ０６３３５１４３、ｃｇ０１６３６９１０、ｃｇ１０５０１２１０、ｃｇ０３３２４６９５、ｃｇ１９４３２６８８、ｃｇ２２５４０７９２、ｃｇ１１１７６９９０、ｃｇ０００９７８００、ｃｇ０９８０５７９８、ｃｇ０３５２６６５２、ｃｇ０９４６０４８９、ｃｇ１８７３７８４４、ｃｇ０７８０２３５０、ｃｇ１０５２２７６５、ｃｇ１２５４８２１６、ｃｇ００８７６３４５、ｃｇ１５７６１５３１、ｃｇ０５９９０２７４、ｃｇ０５９７２７３４、ｃｇ０３６８０８９８、ｃｇ１６５９３４６８、ｃｇ１９３０１９６３、ｃｇ１２７３２９９８、ｃｇ０２５３６６２５、ｃｇ２４０８８１３４、ｃｇ２４３１９１３３、ｃｇ０３３８８１８９、ｃｇ０５１０６７７０、ｃｇ０８６８６９３１、ｃｇ２５６０６７２３、ｃｇ０７７８２６２０、ｃｇ１６７８１８８５、ｃｇ１４２３１５６５、ｃｇ１８３３９３８０、ｃｇ２５６４２６７３、ｃｇ１０２４００７９、ｃｇ１９８５１４８１、ｃｇ１７６６５５０５、ｃｇ１３３３３９１３、ｃｇ０７２９１３１７、ｃｇ１２２３８３４３、ｃｇ０８４７８４２７、ｃｇ０７６２５１７７、ｃｇ０３２３０４６９、ｃｇ１３１５４３２７、ｃｇ１６４５６４４２、ｃｇ２６４３０９８４、ｃｇ１６８６７６５７、ｃｇ２４７２４４２８、ｃｇ０８１９４３７７、ｃｇ１０５４３１３６、ｃｇ１２６５０８７０、ｃｇ０００８７３６８、ｃｇ１７７６０４０５、ｃｇ２１６２８６１９、ｃｇ０１８２０９６２、ｃｇ１６９９９１５４、ｃｇ２２４４４３３８、ｃｇ００８３１６７２、ｃｇ０８０４４２５３、ｃｇ０８９６００６５、ｃｇ０７５２９０８９、ｃｇ１１６０７６０３、ｃｇ０８０９７４１７、ｃｇ０７９５５９９５、ｃｇ０３４７３５３２、ｃｇ０６１８６７２７、ｃｇ０４７３３８２６、ｃｇ２０４２５４４４、ｃｇ０７５１３００２、ｃｇ１４３０５１３９、ｃｇ１３７５９９３１、ｃｇ１４７５６１５８、ｃｇ０８６６２７５３、ｃｇ１３２０６７２１、ｃｇ０４２８７２０３、ｃｇ１８７６８２９９、ｃｇ０５８１２２９９、ｃｇ０４０２８６９５、ｃｇ０７１２０６３０、ｃｇ１７３４３８７９、ｃｇ０７７６６９４８、ｃｇ０８８５６９４１、ｃｇ１６９５０６７１、ｃｇ０１５２０２９７、ｃｇ２７５４０７１９、ｃｇ２４９５４６６５、ｃｇ０５２１１２２７、ｃｇ０６８３１５７１、ｃｇ１９１１２２０４、ｃｇ１２８０４７３０、ｃｇ０８２２４７８７、ｃｇ１３９７３３５１、ｃｇ２１１６５０８９、ｃｇ０５０８７００８、ｃｇ０５３９６６１０、ｃｇ２３６７７７６７、ｃｇ２１９６２７９１、ｃｇ０４３２０３７７、ｃｇ１６２４５７１６、ｃｇ２１４６０８６８、ｃｇ０９２７５６９１、ｃｇ１９２１５６７８、ｃｇ０８１１８９４２、ｃｇ１６３２２７４７、ｃｇ１２３３３７１９、ｃｇ２３１２８０２５、ｃｇ２７１７３３７４、ｃｇ０２０３２９６２、ｃｇ１８５０６８９７、ｃｇ０５２９２０１６、ｃｇ１６６７３８５７、ｃｇ０４８７５１２８、ｃｇ２２１０１１８８、ｃｇ０７３８１９６０、ｃｇ０６２７９２７６、ｃｇ２２０７７９３６、ｃｇ０８４５７０２９、ｃｇ２０５７６２４３、ｃｇ０９９６５５５７、ｃｇ０３７４１６１９、ｃｇ０４５２５００２、ｃｇ１５００８０４１、ｃｇ１６４６５６９５、ｃｇ１６６７７５１２、ｃｇ１２６５８７２０、ｃｇ２７３９４１３６、ｃｇ１４６８１１７６、ｃｇ０７４９４８８８、ｃｇ１４９１１６９０、ｃｇ０６１６１９４８、ｃｇ１５６０９０１７、ｃｇ１０３２１８６９、ｃｇ１５７４３５３３、ｃｇ１９７０２７８５、ｃｇ１６２６７１２１、ｃｇ１３４６０４０９、ｃｇ１９８１０９５４、ｃｇ０６９４５５０４、ｃｇ０６１５３７８８、およびｃｇ２００８８５４５のうちの少なくとも１つのメチル化レベルの決定において使用するために特異的に適合させた少なくとも１つのスポットおよび好ましくはいくつかのスポットを含む、チップ。
前記スポットが、請求項９２に列挙されているＣｐＧ遺伝子座に対して少なくとも１０スポット、好ましくは請求項９２に列挙されているＣｐＧ遺伝子座に対して２０スポット、特に、請求項９２に列挙されているＣｐＧ遺伝子座に対して少なくとも５０スポット、特に、請求項９２に列挙されているＣｐＧ遺伝子座の全てに対するスポットを含む、請求項９２に記載のチップ。