JPWO2019199696A5 - - Google Patents
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さらに別の態様においては、本明細書で提供されるのは、被験体におけるがんまたは新生物を評価するための方法であって、この方法は、ａ）被験体の少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドであって、表１に列挙された標的１～標的１８４９の少なくとも２つのポリヌクレオチド配列またはその相補配列を有する、少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドを含む前記被験体由来の試料を提供することと、ｂ）前記少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドのメチル化状態を評価することと、ｃ）前記少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドのメチル化状態の評価に基づいて、前記被験体におけるがんまたは新生物を評価することとを含む。一部の実施形態においては、本方法は、被験体におけるがんまたは新生物の診断、予後、層別化、リスク評価、または処置モニタリングのために使用される。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
少なくとも２つの単離されたポリヌクレオチドを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になる単離されたポリヌクレオチドのパネルであって、前記単離されたポリヌクレオチドの各々が、表１に列挙された標的１～標的１８４９のいずれかのポリヌクレオチド配列、またはその相補的もしくは実質的に相補的な配列を有する、パネル。
（項目２）
少なくとも１０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００個の、もしくはそれより多くの前記単離されたポリヌクレオチド、または表１に列挙された標的１～標的１８４９のすべてに対応する前記単離されたポリヌクレオチドを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になる、項目１に記載のパネル。
（項目３）
少なくとも１０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００個の、もしくはそれより多くの前記単離されたポリヌクレオチド、または表１に列挙された標的１～標的１８４９のすべてに対応する前記単離されたポリヌクレオチドを含む、項目１または２に記載のパネル。
（項目４）
少なくとも１０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００個の、もしくはそれより多くの前記単離されたポリヌクレオチド、または表１に列挙された標的１～標的１８４９すべてに対応する前記単離されたポリヌクレオチドからなる、項目１または２に記載のパネル。
（項目５）
少なくとも１０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００個の、もしくはそれより多くの前記単離されたポリヌクレオチド、または表１に列挙された標的１～標的１８４９のすべてに対応する前記単離されたポリヌクレオチドから本質的になる、項目１または２に記載のパネル。
（項目６）
前記単離されたポリヌクレオチドが、ＤＮＡ分子、ＲＮＡ分子、またはそれらの組み合わせである、項目１から５のいずれか一項に記載のパネル。
（項目７）
前記単離されたポリヌクレオチドが、基材上に固定されている、項目１から６のいずれか一項に記載のパネル。
（項目８）
前記基材が、固体表面、多孔質表面、またはそれらの組み合わせを含む、項目７に記載のパネル。
（項目９）
前記基材が、ビーズ、管、マイクロタイタープレート、膜、ゲル、またはスライドガラスの一部である、項目７または８に記載のパネル。
（項目１０）
前記単離されたポリヌクレオチド分子が、基材上に互いに空間的に離れて固定されている、項目７から９のいずれか一項に記載のパネル。
（項目１１）
項目１から１０のいずれか一項に記載のパネルを含むキットまたはシステム。
（項目１２）
表１に列挙された標的１～標的１８４９のうちの少なくとも２つのもののメチル化状態を評価するために構成されている、項目１１に記載のキットまたはシステム。
（項目１３）
表１に列挙された標的１～標的１８４９のうちの少なくとも１０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００個の、もしくはすべてのもののメチル化状態を評価するために構成されている、項目１２に記載のキットまたはシステム。
（項目１４）
前記単離されたポリヌクレオチドが、対照ポリヌクレオチドとして構成されている、項目１１から１３のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目１５）
前記単離されたポリヌクレオチドが、約１フェムトモル濃度～約１ミリモル濃度のレベルの濃度を有する、項目１４に記載のキットまたはシステム。
（項目１６）
表１に列挙された標的１～標的１８４９のうちの少なくとも２つのもののメチル化状態を評価するための試薬を含むキットまたはシステム。
（項目１７）
表１に列挙された標的１～標的１８４９のうちの少なくとも１０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００個の、もしくはすべてのもののメチル化状態を評価するための試薬を含む、項目１６に記載のキットまたはシステム。
（項目１８）
前記試薬が、メチル化状態が評価されるべき前記標的の各々とハイブリダイズするように構成されたプローブまたはプライマーを含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる、項目１６または１７に記載のキットまたはシステム。
（項目１９）
前記試薬が、メチル化状態が評価されるべき前記標的の各々とハイブリダイズするように構成された単一のプローブまたはプライマーを含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる、項目１８に記載のキットまたはシステム。
（項目２０）
前記試薬が、メチル化状態が評価されるべき前記標的の各々とハイブリダイズするように構成された複数のプローブまたはプライマーを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、項目１８に記載のキットまたはシステム。
（項目２１）
前記１つまたは複数のプライマーが、配列番号１～配列番号１７５０４のいずれかに記述されている配列、その相補的もしくは実質的に相補的な配列、またはそれらの任意の組み合わせを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、項目１８から２０のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目２２）
メチル化状態が評価されるべき前記標的の各々を増幅するための共通のプライマーをさらに含む、項目１６から２１のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目２３）
前記共通のプライマーが、配列番号１７５０５に記述されている配列、またはその相補的もしくは実質的に相補的な配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる、項目２２に記載のキットまたはシステム。
（項目２４）
試料から前記標的を単離するための薬品をさらに含む、項目１６から２３のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目２５）
前記標的のライブラリーを調製するための試薬をさらに含む、項目１６から２４のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目２６）
前記標的のライブラリーを調製するための前記試薬が、酵素、例えば、リガーゼまたは一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）リガーゼを含む、項目２５に記載のキットまたはシステム。
（項目２７）
前記ｓｓＤＮＡリガーゼが、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼＩ、熱安定性５’Ａｐｐ ＤＮＡ／ＲＮＡリガーゼ、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２、切断型Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２、例えば、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２切断型、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２切断型Ｋ２２７Ｑ、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２切断型ＫＱまたはＴ４ ＤＮＡリガーゼ、ＴｈｅｒｍｕｓバクテリオファージＲＮＡリガーゼ、例として、バクテリオファージＴＳ２１２６ ＲＮＡリガーゼ（例えば、ＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ（商標）およびＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ ＩＩ（商標））、または古細菌ＲＮＡリガーゼ、例として、Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｈｅｒｍｏａｕｔｏｔｒｏｐｈｉｃｕｍ ＲＮＡリガーゼ１、である、項目２６に記載のキットまたはシステム。
（項目２８）
前記標的または前記標的のライブラリーを増幅するための試薬をさらに含む、項目１６から２７のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目２９）
前記標的または前記標的のライブラリーを増幅するための前記試薬が、酵素、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、転写媒介増幅（ＴＭＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）、プライマー伸長、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）、自家持続配列複製（３ＳＲ）、およびループ介在等温増幅（ＬＡＭＰ）からなる群より選択されるポリヌクレオチド増幅反応で使用される酵素を含む、項目２８に記載のキットまたはシステム。
（項目３０）
前記標的、前記標的のライブラリー、増幅された標的、または増幅された標的のライブラリーを精製するための薬品をさらに含む、項目１６から２９のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目３１）
前記標的のメチル化状態を評価するための試薬をさらに含む、項目１６から３０のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目３２）
前記標的のメチル化状態を評価するための前記試薬が、質量分析、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）、バイサルファイトシークエンシング、ライゲーション媒介ＰＣＲによるＨｐａＩＩ小断片濃縮アッセイ（ＨＥＬＰアッセイ）、Ｇｌａｌ加水分解およびライゲーションアダプター依存ＰＣＲアッセイ（ＧＬＡＤ－ＰＣＲアッセイ）、制限酵素ランドマークゲノムスキャニング（ＲＬＧＳ）、メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰまたはｍＤＩＰ）、パイロシークエンシング、ＤＮＡアデニンメチルトランスフェラーゼ活性の分子切断光アッセイ、メチル感受性サザンブロッティング、および高解像度融解曲線（ＨＲＭ）分析からなる群より選択されるポリヌクレオチドメチル化検出方法、例えば、ＤＮＡメチル化検出方法において使用される試薬である、項目３１に記載のキットまたはシステム。
（項目３３）
前記標的のメチル化状態を評価するための前記試薬が、化学薬品、例えば、亜硫酸水素塩または亜硫酸水素ナトリウムである、項目３１または３２に記載のキットまたはシステム。
（項目３４）
前記標的のメチル化状態を評価するための前記試薬が、生物学的薬品、例えば、ポリペプチドまたは酵素である、項目３１または３２に記載のキットまたはシステム。
（項目３５）
前記酵素が、メチル化感受性制限酵素（ＭＳＲＥ）である、項目３４に記載のキットまたはシステム。
（項目３６）
前記ＭＳＲＥが、残基がメチル化されていない場合、前記残基で選択的に切断する、項目３５に記載のキットまたはシステム。
（項目３７）
前記ＭＳＲＥが、前記残基がメチル化されている場合、前記残基で選択的に切断する、項目３５に記載のキットまたはシステム。
（項目３８）
前記ＭＳＲＥが、ＨｐａＩＩ、ＳａｌＩ、ＳａｌＩ－ＨＦ（登録商標）、ＳｃｒＦＩ、ＢｂｅＩ、ＮｏｔＩ、ＳｍａＩ、ＸｍａＩ、ＭｂｏＩ、ＢｓｔＢＩ、ＣｌａＩ、ＭｌｕＩ、ＮａｅＩ、ＮａｒＩ、ＰｖｕＩ、ＳａｃＩＩ、ＨｈａＩ、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、項目３５から３８のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目３９）
前記酵素が、ポリヌクレオチドポリメラーゼである、項目３４に記載のキットまたはシステム。
（項目４０）
前記ポリヌクレオチドポリメラーゼが、ＰＣＲで使用されるように構成されている、項目３９に記載のキットまたはシステム。
（項目４１）
前記ポリヌクレオチドポリメラーゼが、ＤＮＡポリメラーゼ、例えば、３’－５’エキソヌクレアーゼ活性を有していないＤＮＡポリメラーゼである、項目４０に記載のキットまたはシステム。
（項目４２）
項目１から１０のいずれか一項に記載のパネルをさらに含む、項目１６から４１のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目４３）
参照試料および／または対照遺伝子座の情報をさらに含む、項目１６から４２のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目４４）
１つまたは複数の構成成分のための別個の容器、例えば、バイアル、および／または前記キットまたはシステムを使用するための指示をさらに含む、項目１６から４３のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目４５）
前記メチル化状態評価に基づいて試料のメチル化メトリックを得るための実行可能な命令を含むコンピュータ可読媒体をさらに含む、項目１６から４４のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目４６）
前記コンピュータ可読媒体が、平均メチル化頻度、メチル化ハプロタイプ負荷、非メチル化ハプロタイプ負荷、読み取り不一致率、またはそれらの組み合わせの形態でメチル化メトリックを得るように構成されている、項目４５に記載のキットまたはシステム。
（項目４７）
被験体におけるがんまたは新生物を評価するために構成されている、項目１６から４６のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目４８）
被験体における肺がんまたは結腸直腸がんを評価するために構成されている、項目４７に記載のキットまたはシステム。
（項目４９）
被験体におけるがん種横断的解析またはプロファイリングのために構成されている、項目４７に記載のキットまたはシステム。
（項目５０）
被験体におけるがんまたは新生物を評価するための方法であって、
ａ）被験体の少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドであって、表１に列挙された標的１～標的１８４９の少なくとも２つのポリヌクレオチド配列またはその相補的もしくは実質的に相補的な配列を有する、少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドを含む前記被験体由来の試料を提供することと、
ｂ）前記少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドのメチル化状態を評価することと、
ｃ）前記少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドのメチル化状態の評価に基づいて、前記被験体におけるがんまたは新生物を評価することと
を含む、方法。
（項目５１）
前記試料が、循環無細胞または腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を含む、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記試料が、血液、血清、血漿、もしくは体液試料、またはそれらの任意の組み合わせである、項目５０または５１に記載の方法。
（項目５３）
前記被験体が哺乳動物である、項目５０から５２のいずれか一項に記載の方法。
（項目５４）
前記哺乳動物が、非ヒト哺乳動物、例えば、ペット、家畜、コンパニオンアニマルまたは実験動物である、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記哺乳動物が、ヒトである、項目５３に記載の方法。
（項目５６）
表１に列挙された標的１～標的１８４９のうちの少なくとも１０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００個の、もしくはすべてのポリヌクレオチド配列、またはその相補的もしくは実質的に相補的な配列を有する標的ポリヌクレオチドのメチル化状態を評価することを含む、項目５０から５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目５７）
標的ポリヌクレオチドの前記メチル化状態を、前記標的ポリヌクレオチドの各々とハイブリダイズするように構成されたプローブまたはプライマーを使用して評価する、項目５０から５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目５８）
標的ポリヌクレオチドの前記メチル化状態を、前記標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズするように構成された単一のプローブまたはプライマーを使用して評価する、項目５０から５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目５９）
標的ポリヌクレオチドの前記メチル化状態を、前記標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズするように構成された複数のプローブまたはプライマーを使用して評価する、項目５０から５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目６０）
前記１つまたは複数のプライマーが、配列番号１～配列番号１７５０４のいずれかに記述されている配列、その相補的もしくは実質的に相補的な配列、またはそれらの任意の組み合わせを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、項目５０から５９のいずれか一項に記載の方法。
（項目６１）
メチル化状態が評価されるべき前記標的ポリヌクレオチドの各々を増幅するための共通のプライマーを使用することをさらに含む、項目５０から６０のいずれか一項に記載の方法。
（項目６２）
前記共通のプライマーが、配列番号１７５０５に記述されている配列、その相補的もしくは実質的に相補的な配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる、項目６１に記載の方法。
（項目６３）
試料から前記標的ポリヌクレオチドを単離することをさらに含む、項目５０から６２のいずれか一項に記載の方法。
（項目６４）
前記標的ポリヌクレオチドのライブラリーを調製することをさらに含む、項目５０から６３のいずれか一項に記載の方法。
（項目６５）
前記標的ポリヌクレオチドの前記ライブラリーを、酵素、例えば、リガーゼまたは一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）リガーゼを使用して調製する、項目６４に記載の方法。
（項目６６）
前記ｓｓＤＮＡリガーゼが、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼＩ、熱安定性５’Ａｐｐ ＤＮＡ／ＲＮＡリガーゼ、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２、切断型Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２、例えば、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２切断型、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２切断型Ｋ２２７Ｑ、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２切断型ＫＱまたはＴ４ ＤＮＡリガーゼ、ＴｈｅｒｍｕｓバクテリオファージＲＮＡリガーゼ、例として、バクテリオファージＴＳ２１２６ ＲＮＡリガーゼ（例えば、ＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ（商標）およびＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ ＩＩ（商標））、または古細菌ＲＮＡリガーゼ、例として、Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｈｅｒｍｏａｕｔｏｔｒｏｐｈｉｃｕｍ ＲＮＡリガーゼ１、である、項目６５に記載の方法。
（項目６７）
前記標的ポリヌクレオチドを増幅することをさらに含む、項目５０から６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目６８）
前記標的ポリヌクレオチドを、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、転写媒介増幅（ＴＭＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）、プライマー伸長、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）、自家持続配列複製（３ＳＲ）、およびループ介在等温増幅（ＬＡＭＰ）からなる群より選択される手順を使用して増幅する、項目６７に記載の方法。
（項目６９）
前記標的ポリヌクレオチド、前記標的ポリヌクレオチドのライブラリー、増幅された標的ポリヌクレオチド、または増幅された標的ポリヌクレオチドのライブラリーを精製することをさらに含む、項目５０から６８のいずれか一項に記載の方法。
（項目７０）
標的ポリヌクレオチドの前記メチル化状態を、質量分析、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）、メチル化感受性シークエンシング、例えば、バイサルファイトシークエンシング、ライゲーション媒介ＰＣＲによるＨｐａＩＩ小断片濃縮アッセイ（ＨＥＬＰアッセイ）、Ｇｌａｌ加水分解およびライゲーションアダプター依存ＰＣＲアッセイ（ＧＬＡＤ－ＰＣＲアッセイ）、制限酵素ランドマークゲノムスキャニング（ＲＬＧＳ）、メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰまたはｍＤＩＰ）、パイロシークエンシング、ＤＮＡアデニンメチルトランスフェラーゼ活性の分子切断光アッセイ、メチル感受性サザンブロッティング、または高解像度融解（ＨＲＭ）分析を使用して評価する、項目５０から６９のいずれか一項に記載の方法。
（項目７１）
標的ポリヌクレオチドのメチル化状態を評価することが、化学薬品、例えば、亜硫酸水素塩または亜硫酸水素ナトリウムを使用することを含む、項目７０に記載の方法。
（項目７２）
標的ポリヌクレオチドのメチル化状態を評価することが、生物学的薬品、例えば、ポリペプチドまたは酵素を使用することを含む、項目７０に記載の方法。
（項目７３）
前記酵素が、メチル化感受性制限酵素（ＭＳＲＥ）である、項目７２に記載の方法。
（項目７４）
前記ＭＳＲＥが、残基がメチル化されていない場合、前記残基で選択的に切断する、項目７３に記載の方法。
（項目７５）
前記ＭＳＲＥが、前記残基がメチル化されている場合、前記残基で選択的に切断する、項目７３に記載の方法。
（項目７６）
前記ＭＳＲＥが、ＨｐａＩＩ、ＳａｌＩ、ＳａｌＩ－ＨＦ（登録商標）、ＳｃｒＦＩ、ＢｂｅＩ、ＮｏｔＩ、ＳｍａＩ、ＸｍａＩ、ＭｂｏＩ、ＢｓｔＢＩ、ＣｌａＩ、ＭｌｕＩ、ＮａｅＩ、ＮａｒＩ、ＰｖｕＩ、ＳａｃＩＩ、ＨｈａＩ、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、項目７３から７５に記載の方法。
（項目７７）
前記酵素が、ポリヌクレオチドポリメラーゼである、項目７２に記載の方法。
（項目７８）
前記ポリヌクレオチドポリメラーゼが、ＰＣＲで使用されるように構成されている、項目７７に記載の方法。
（項目７９）
前記ポリヌクレオチドポリメラーゼが、ＤＮＡポリメラーゼ、例えば、３’－５’エキソヌクレアーゼ活性を有していないＤＮＡポリメラーゼである、項目７８に記載の方法。
（項目８０）
標的ポリヌクレオチドの前記メチル化状態を、メチル化感受性シークエンシング、例えば、バイサルファイトシークエンシングを使用して評価する、項目５０から７９のいずれか一項に記載の方法。
（項目８１）
前記メチル化感受性シークエンシングを、Ｍａｘａｍ－Ｇｉｌｂｅｒｔシークエンシング、チェーンターミネーション法、ショットガンシークエンシング、ブリッジＰＣＲ、単一分子リアルタイムシークエンシング、イオン半導体（Ｉｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔ シークエンシング）、合成によるシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング（ＳＯＬｉＤシークエンシング）、チェーンターミネーション（サンガーシークエンシング）、大規模並列処理特徴シークエンシング（ＭＰＳＳ）、ポロニーシークエンシング、４５４パイロシークエンシング、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（Ｓｏｌｅｘａ）シークエンシング、ＤＮＡナノボールシークエンシング、ｈｅｌｉｓｃｏｐｅ 単一分子シークエンシング、単一分子リアルタイム（ＳＭＲＴ）シークエンシング、ナノポアＤＮＡシークエンシング、トンネル電流ＤＮＡシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、質量分析によるシークエンシング、マイクロ流体サンガーシークエンシング、顕微鏡検査に基づく技術、ＲＮＡＰシークエンシング、およびｉｎ ｖｉｔｒｏウイルスハイスループットシークエンシングからなる群より選択されるフォーマットにより行う、項目８０に記載の方法。
（項目８２）
前記メチル化感受性シークエンシング、例えば、バイサルファイトシークエンシングの前に、直鎖状一本鎖ライゲーション生成物のライブラリーを得ることをさらに含み、前記直鎖状一本鎖ライゲーション生成物の各々は、アダプターがライゲーションされる直鎖状一本鎖標的ポリヌクレオチドに目印を付けるユニーク分子識別子（ＵＭＩ）配列を含む前記アダプターに連結された前記一本鎖標的ポリヌクレオチドから構成されている、項目８０または８１に記載の方法。
（項目８３）
前記標的ポリヌクレオチドからのシークエンシングリードを、最初にアダプタートリミングして、前記ライブラリー構築プロセスに由来する任意のアダプター配列を除去して、トリミングされたシークエンシングリードを得る、項目８２に記載の方法。
（項目８４）
前記トリミングされたシークエンシングリードを、アラインメントプログラムを使用し、参照ゲノム、例えば、ヒト参照ゲノムにマッピングして、アラインメントされたリードファイルを得る、項目８３に記載の方法。
（項目８５）
前記アラインメントされたリードファイルを、メチル化状態の評価に使用することができる、表１に列挙された標的１～標的１８４９の各標的領域、またはその相補的配列または実質的に相補的な配列に対応するセットに、グループ化する、項目８４に記載の方法。
（項目８６）
前記標的ポリヌクレオチドの各々のメチル化状態を評価する、項目５０から８５のいずれか一項に記載の方法。
（項目８７）
前記標的ポリヌクレオチドの各々の前記メチル化状態を評価して、例えば、平均メチル化頻度、メチル化ハプロタイプ負荷、非メチル化ハプロタイプ負荷、読み取り不一致率、またはそれらの組み合わせの形態で、メチル化メトリックを得る、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
試料のメチル化状態を、前記標的ポリヌクレオチドの各々からの前記メチル化メトリックを使用して評価する、項目８７に記載の方法。
（項目８９）
前記標的ポリヌクレオチドの各々の前記メチル化メトリックを、閾値または参照値と比較して、試料のメチル化状態を評価する、項目８８に記載の方法。
（項目９０）
数値メチル化マトリックスを、前記標的ポリヌクレオチドの各々からの前記メチル化メトリックを使用して計算して、試料のメチル化状態を評価する、項目８８または８９に記載の方法。
（項目９１）
試料からの前記数値メチル化マトリックスが、単一の数または数値を含む、項目９０に記載の方法。
（項目９２）
試料からの前記数値メチル化マトリックスが、複数の数または数値を含む、項目９０に記載の方法。
（項目９３）
前記数値メチル化マトリックスを、分類アルゴリズムを使用して計算する、項目９０から９２のいずれか一項に記載の方法。
（項目９４）
前記分類アルゴリズムが、線形判別分析、ロジスティック回帰、単純ベイズ分類、パーセプトロン分類、二次分類、ｋ最近傍法、ブースティング、決定木、ランダムフォレスト、ニューラルネットワーク、学習ベクトル量子化、またはサポートベクターマシンである、項目９３に記載の方法。
（項目９５）
前記メチル化マトリックスを、閾値または参照値と比較して、試料のメチル化状態を評価する、項目９０から９４のいずれか一項に記載の方法。
（項目９６）
前記標的ポリヌクレオチドの各々の前記メチル化メトリックを、コンピュータを使用して得る、項目８７から９５のいずれか一項に記載の方法。
（項目９７）
試料の前記メチル化マトリックスを、前記標的ポリヌクレオチドの各々からの前記メチル化メトリックに基づいて、コンピュータを使用して得る、項目９０から９６のいずれか一項に記載の方法。
（項目９８）
複数の試料からの、例えば、複数の被験体由来の複数の試料からの少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドのメチル化状態を、順次にまたは同時に評価する、項目５０から９７のいずれかに記載の方法。
（項目９９）
被験体におけるがんまたは新生物の診断、予後、層別化、リスク評価、または処置モニタリングのために使用する、項目５０から９８のいずれかに記載の方法。
（項目１００）
前記がんが、リンパ腫、白血病、脳がん、多発性骨髄腫、膵臓がん、肝臓がん、胃がん、乳がん、腎臓がん、肺がん、結腸直腸がん、結腸がん、前立腺がん、卵巣がん、子宮頸がん、皮膚がん、食道がん、または頭頸部がんである、項目９９に記載の方法。
（項目１０１）
被験体における肺がんの診断、予後、層別化、リスク評価、または処置モニタリングのために使用する、項目９９に記載の方法。
（項目１０２）
前記肺がんが、非小細胞肺癌または小細胞肺癌である、項目１０１に記載の方法。
（項目１０３）
前記非小細胞肺癌が、肺の腺癌（肺腺癌としても公知である）、肺の扁平上皮癌（ＳＣＣ）、または大細胞癌（ＬＣＣ）である、項目１０２に記載の方法。
（項目１０４）
被験体における結腸直腸がんの診断、予後、層別化、リスク評価、または処置モニタリングのために使用する、項目９９に記載の方法。
（項目１０５）
被験体におけるがん種横断的解析もしくはプロファイリングを診断、予後、層別化、リスク評価、または処置モニタリングのために使用する、項目９９に記載の方法。
（項目１０６）
複数の被験体におけるがんまたは新生物を、順次にまたは同時に評価する、項目５０から１０５のいずれかに記載の方法。
（項目１０７）
少なくとも１０％の感度を有する、項目５０から１０６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０８）
少なくとも１０％の特異性を有する、項目５０から１０７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０９）
被験体におけるがんまたは新生物の評価に基づいて、前記被験体を処置すること、または前記被験体の処置を変更することをさらに含む、項目５０から１０８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１０）
ヒト患者のがんまたは新生物の評価に基づいて、前記ヒト患者を処置すること、または前記ヒト患者の処置を変更することを含む、項目１０９に記載の方法。
（項目１１１）
前記処置が、化学療法、放射線療法、免疫療法、細胞療法、外科手術、薬物、例えば、小分子薬物または抗体薬物などの高分子薬物による処置である、項目１０９または１１０に記載の方法。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
少なくとも２つの単離されたポリヌクレオチドを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になる単離されたポリヌクレオチドのパネルであって、前記単離されたポリヌクレオチドの各々が、表１に列挙された標的１～標的１８４９のいずれかのポリヌクレオチド配列、またはその相補的もしくは実質的に相補的な配列を有する、パネル。
（項目２）
少なくとも１０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００個の、もしくはそれより多くの前記単離されたポリヌクレオチド、または表１に列挙された標的１～標的１８４９のすべてに対応する前記単離されたポリヌクレオチドを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になる、項目１に記載のパネル。
（項目３）
少なくとも１０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００個の、もしくはそれより多くの前記単離されたポリヌクレオチド、または表１に列挙された標的１～標的１８４９のすべてに対応する前記単離されたポリヌクレオチドを含む、項目１または２に記載のパネル。
（項目４）
少なくとも１０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００個の、もしくはそれより多くの前記単離されたポリヌクレオチド、または表１に列挙された標的１～標的１８４９すべてに対応する前記単離されたポリヌクレオチドからなる、項目１または２に記載のパネル。
（項目５）
少なくとも１０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００個の、もしくはそれより多くの前記単離されたポリヌクレオチド、または表１に列挙された標的１～標的１８４９のすべてに対応する前記単離されたポリヌクレオチドから本質的になる、項目１または２に記載のパネル。
（項目６）
前記単離されたポリヌクレオチドが、ＤＮＡ分子、ＲＮＡ分子、またはそれらの組み合わせである、項目１から５のいずれか一項に記載のパネル。
（項目７）
前記単離されたポリヌクレオチドが、基材上に固定されている、項目１から６のいずれか一項に記載のパネル。
（項目８）
前記基材が、固体表面、多孔質表面、またはそれらの組み合わせを含む、項目７に記載のパネル。
（項目９）
前記基材が、ビーズ、管、マイクロタイタープレート、膜、ゲル、またはスライドガラスの一部である、項目７または８に記載のパネル。
（項目１０）
前記単離されたポリヌクレオチド分子が、基材上に互いに空間的に離れて固定されている、項目７から９のいずれか一項に記載のパネル。
（項目１１）
項目１から１０のいずれか一項に記載のパネルを含むキットまたはシステム。
（項目１２）
表１に列挙された標的１～標的１８４９のうちの少なくとも２つのもののメチル化状態を評価するために構成されている、項目１１に記載のキットまたはシステム。
（項目１３）
表１に列挙された標的１～標的１８４９のうちの少なくとも１０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００個の、もしくはすべてのもののメチル化状態を評価するために構成されている、項目１２に記載のキットまたはシステム。
（項目１４）
前記単離されたポリヌクレオチドが、対照ポリヌクレオチドとして構成されている、項目１１から１３のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目１５）
前記単離されたポリヌクレオチドが、約１フェムトモル濃度～約１ミリモル濃度のレベルの濃度を有する、項目１４に記載のキットまたはシステム。
（項目１６）
表１に列挙された標的１～標的１８４９のうちの少なくとも２つのもののメチル化状態を評価するための試薬を含むキットまたはシステム。
（項目１７）
表１に列挙された標的１～標的１８４９のうちの少なくとも１０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００個の、もしくはすべてのもののメチル化状態を評価するための試薬を含む、項目１６に記載のキットまたはシステム。
（項目１８）
前記試薬が、メチル化状態が評価されるべき前記標的の各々とハイブリダイズするように構成されたプローブまたはプライマーを含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる、項目１６または１７に記載のキットまたはシステム。
（項目１９）
前記試薬が、メチル化状態が評価されるべき前記標的の各々とハイブリダイズするように構成された単一のプローブまたはプライマーを含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる、項目１８に記載のキットまたはシステム。
（項目２０）
前記試薬が、メチル化状態が評価されるべき前記標的の各々とハイブリダイズするように構成された複数のプローブまたはプライマーを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、項目１８に記載のキットまたはシステム。
（項目２１）
前記１つまたは複数のプライマーが、配列番号１～配列番号１７５０４のいずれかに記述されている配列、その相補的もしくは実質的に相補的な配列、またはそれらの任意の組み合わせを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、項目１８から２０のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目２２）
メチル化状態が評価されるべき前記標的の各々を増幅するための共通のプライマーをさらに含む、項目１６から２１のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目２３）
前記共通のプライマーが、配列番号１７５０５に記述されている配列、またはその相補的もしくは実質的に相補的な配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる、項目２２に記載のキットまたはシステム。
（項目２４）
試料から前記標的を単離するための薬品をさらに含む、項目１６から２３のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目２５）
前記標的のライブラリーを調製するための試薬をさらに含む、項目１６から２４のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目２６）
前記標的のライブラリーを調製するための前記試薬が、酵素、例えば、リガーゼまたは一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）リガーゼを含む、項目２５に記載のキットまたはシステム。
（項目２７）
前記ｓｓＤＮＡリガーゼが、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼＩ、熱安定性５’Ａｐｐ ＤＮＡ／ＲＮＡリガーゼ、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２、切断型Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２、例えば、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２切断型、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２切断型Ｋ２２７Ｑ、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２切断型ＫＱまたはＴ４ ＤＮＡリガーゼ、ＴｈｅｒｍｕｓバクテリオファージＲＮＡリガーゼ、例として、バクテリオファージＴＳ２１２６ ＲＮＡリガーゼ（例えば、ＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ（商標）およびＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ ＩＩ（商標））、または古細菌ＲＮＡリガーゼ、例として、Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｈｅｒｍｏａｕｔｏｔｒｏｐｈｉｃｕｍ ＲＮＡリガーゼ１、である、項目２６に記載のキットまたはシステム。
（項目２８）
前記標的または前記標的のライブラリーを増幅するための試薬をさらに含む、項目１６から２７のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目２９）
前記標的または前記標的のライブラリーを増幅するための前記試薬が、酵素、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、転写媒介増幅（ＴＭＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）、プライマー伸長、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）、自家持続配列複製（３ＳＲ）、およびループ介在等温増幅（ＬＡＭＰ）からなる群より選択されるポリヌクレオチド増幅反応で使用される酵素を含む、項目２８に記載のキットまたはシステム。
（項目３０）
前記標的、前記標的のライブラリー、増幅された標的、または増幅された標的のライブラリーを精製するための薬品をさらに含む、項目１６から２９のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目３１）
前記標的のメチル化状態を評価するための試薬をさらに含む、項目１６から３０のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目３２）
前記標的のメチル化状態を評価するための前記試薬が、質量分析、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）、バイサルファイトシークエンシング、ライゲーション媒介ＰＣＲによるＨｐａＩＩ小断片濃縮アッセイ（ＨＥＬＰアッセイ）、Ｇｌａｌ加水分解およびライゲーションアダプター依存ＰＣＲアッセイ（ＧＬＡＤ－ＰＣＲアッセイ）、制限酵素ランドマークゲノムスキャニング（ＲＬＧＳ）、メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰまたはｍＤＩＰ）、パイロシークエンシング、ＤＮＡアデニンメチルトランスフェラーゼ活性の分子切断光アッセイ、メチル感受性サザンブロッティング、および高解像度融解曲線（ＨＲＭ）分析からなる群より選択されるポリヌクレオチドメチル化検出方法、例えば、ＤＮＡメチル化検出方法において使用される試薬である、項目３１に記載のキットまたはシステム。
（項目３３）
前記標的のメチル化状態を評価するための前記試薬が、化学薬品、例えば、亜硫酸水素塩または亜硫酸水素ナトリウムである、項目３１または３２に記載のキットまたはシステム。
（項目３４）
前記標的のメチル化状態を評価するための前記試薬が、生物学的薬品、例えば、ポリペプチドまたは酵素である、項目３１または３２に記載のキットまたはシステム。
（項目３５）
前記酵素が、メチル化感受性制限酵素（ＭＳＲＥ）である、項目３４に記載のキットまたはシステム。
（項目３６）
前記ＭＳＲＥが、残基がメチル化されていない場合、前記残基で選択的に切断する、項目３５に記載のキットまたはシステム。
（項目３７）
前記ＭＳＲＥが、前記残基がメチル化されている場合、前記残基で選択的に切断する、項目３５に記載のキットまたはシステム。
（項目３８）
前記ＭＳＲＥが、ＨｐａＩＩ、ＳａｌＩ、ＳａｌＩ－ＨＦ（登録商標）、ＳｃｒＦＩ、ＢｂｅＩ、ＮｏｔＩ、ＳｍａＩ、ＸｍａＩ、ＭｂｏＩ、ＢｓｔＢＩ、ＣｌａＩ、ＭｌｕＩ、ＮａｅＩ、ＮａｒＩ、ＰｖｕＩ、ＳａｃＩＩ、ＨｈａＩ、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、項目３５から３８のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目３９）
前記酵素が、ポリヌクレオチドポリメラーゼである、項目３４に記載のキットまたはシステム。
（項目４０）
前記ポリヌクレオチドポリメラーゼが、ＰＣＲで使用されるように構成されている、項目３９に記載のキットまたはシステム。
（項目４１）
前記ポリヌクレオチドポリメラーゼが、ＤＮＡポリメラーゼ、例えば、３’－５’エキソヌクレアーゼ活性を有していないＤＮＡポリメラーゼである、項目４０に記載のキットまたはシステム。
（項目４２）
項目１から１０のいずれか一項に記載のパネルをさらに含む、項目１６から４１のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目４３）
参照試料および／または対照遺伝子座の情報をさらに含む、項目１６から４２のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目４４）
１つまたは複数の構成成分のための別個の容器、例えば、バイアル、および／または前記キットまたはシステムを使用するための指示をさらに含む、項目１６から４３のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目４５）
前記メチル化状態評価に基づいて試料のメチル化メトリックを得るための実行可能な命令を含むコンピュータ可読媒体をさらに含む、項目１６から４４のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目４６）
前記コンピュータ可読媒体が、平均メチル化頻度、メチル化ハプロタイプ負荷、非メチル化ハプロタイプ負荷、読み取り不一致率、またはそれらの組み合わせの形態でメチル化メトリックを得るように構成されている、項目４５に記載のキットまたはシステム。
（項目４７）
被験体におけるがんまたは新生物を評価するために構成されている、項目１６から４６のいずれか一項に記載のキットまたはシステム。
（項目４８）
被験体における肺がんまたは結腸直腸がんを評価するために構成されている、項目４７に記載のキットまたはシステム。
（項目４９）
被験体におけるがん種横断的解析またはプロファイリングのために構成されている、項目４７に記載のキットまたはシステム。
（項目５０）
被験体におけるがんまたは新生物を評価するための方法であって、
ａ）被験体の少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドであって、表１に列挙された標的１～標的１８４９の少なくとも２つのポリヌクレオチド配列またはその相補的もしくは実質的に相補的な配列を有する、少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドを含む前記被験体由来の試料を提供することと、
ｂ）前記少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドのメチル化状態を評価することと、
ｃ）前記少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドのメチル化状態の評価に基づいて、前記被験体におけるがんまたは新生物を評価することと
を含む、方法。
（項目５１）
前記試料が、循環無細胞または腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を含む、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記試料が、血液、血清、血漿、もしくは体液試料、またはそれらの任意の組み合わせである、項目５０または５１に記載の方法。
（項目５３）
前記被験体が哺乳動物である、項目５０から５２のいずれか一項に記載の方法。
（項目５４）
前記哺乳動物が、非ヒト哺乳動物、例えば、ペット、家畜、コンパニオンアニマルまたは実験動物である、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記哺乳動物が、ヒトである、項目５３に記載の方法。
（項目５６）
表１に列挙された標的１～標的１８４９のうちの少なくとも１０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００個の、もしくはすべてのポリヌクレオチド配列、またはその相補的もしくは実質的に相補的な配列を有する標的ポリヌクレオチドのメチル化状態を評価することを含む、項目５０から５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目５７）
標的ポリヌクレオチドの前記メチル化状態を、前記標的ポリヌクレオチドの各々とハイブリダイズするように構成されたプローブまたはプライマーを使用して評価する、項目５０から５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目５８）
標的ポリヌクレオチドの前記メチル化状態を、前記標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズするように構成された単一のプローブまたはプライマーを使用して評価する、項目５０から５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目５９）
標的ポリヌクレオチドの前記メチル化状態を、前記標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズするように構成された複数のプローブまたはプライマーを使用して評価する、項目５０から５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目６０）
前記１つまたは複数のプライマーが、配列番号１～配列番号１７５０４のいずれかに記述されている配列、その相補的もしくは実質的に相補的な配列、またはそれらの任意の組み合わせを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、項目５０から５９のいずれか一項に記載の方法。
（項目６１）
メチル化状態が評価されるべき前記標的ポリヌクレオチドの各々を増幅するための共通のプライマーを使用することをさらに含む、項目５０から６０のいずれか一項に記載の方法。
（項目６２）
前記共通のプライマーが、配列番号１７５０５に記述されている配列、その相補的もしくは実質的に相補的な配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる、項目６１に記載の方法。
（項目６３）
試料から前記標的ポリヌクレオチドを単離することをさらに含む、項目５０から６２のいずれか一項に記載の方法。
（項目６４）
前記標的ポリヌクレオチドのライブラリーを調製することをさらに含む、項目５０から６３のいずれか一項に記載の方法。
（項目６５）
前記標的ポリヌクレオチドの前記ライブラリーを、酵素、例えば、リガーゼまたは一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）リガーゼを使用して調製する、項目６４に記載の方法。
（項目６６）
前記ｓｓＤＮＡリガーゼが、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼＩ、熱安定性５’Ａｐｐ ＤＮＡ／ＲＮＡリガーゼ、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２、切断型Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２、例えば、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２切断型、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２切断型Ｋ２２７Ｑ、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２切断型ＫＱまたはＴ４ ＤＮＡリガーゼ、ＴｈｅｒｍｕｓバクテリオファージＲＮＡリガーゼ、例として、バクテリオファージＴＳ２１２６ ＲＮＡリガーゼ（例えば、ＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ（商標）およびＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ ＩＩ（商標））、または古細菌ＲＮＡリガーゼ、例として、Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｈｅｒｍｏａｕｔｏｔｒｏｐｈｉｃｕｍ ＲＮＡリガーゼ１、である、項目６５に記載の方法。
（項目６７）
前記標的ポリヌクレオチドを増幅することをさらに含む、項目５０から６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目６８）
前記標的ポリヌクレオチドを、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、転写媒介増幅（ＴＭＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）、プライマー伸長、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）、自家持続配列複製（３ＳＲ）、およびループ介在等温増幅（ＬＡＭＰ）からなる群より選択される手順を使用して増幅する、項目６７に記載の方法。
（項目６９）
前記標的ポリヌクレオチド、前記標的ポリヌクレオチドのライブラリー、増幅された標的ポリヌクレオチド、または増幅された標的ポリヌクレオチドのライブラリーを精製することをさらに含む、項目５０から６８のいずれか一項に記載の方法。
（項目７０）
標的ポリヌクレオチドの前記メチル化状態を、質量分析、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）、メチル化感受性シークエンシング、例えば、バイサルファイトシークエンシング、ライゲーション媒介ＰＣＲによるＨｐａＩＩ小断片濃縮アッセイ（ＨＥＬＰアッセイ）、Ｇｌａｌ加水分解およびライゲーションアダプター依存ＰＣＲアッセイ（ＧＬＡＤ－ＰＣＲアッセイ）、制限酵素ランドマークゲノムスキャニング（ＲＬＧＳ）、メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰまたはｍＤＩＰ）、パイロシークエンシング、ＤＮＡアデニンメチルトランスフェラーゼ活性の分子切断光アッセイ、メチル感受性サザンブロッティング、または高解像度融解（ＨＲＭ）分析を使用して評価する、項目５０から６９のいずれか一項に記載の方法。
（項目７１）
標的ポリヌクレオチドのメチル化状態を評価することが、化学薬品、例えば、亜硫酸水素塩または亜硫酸水素ナトリウムを使用することを含む、項目７０に記載の方法。
（項目７２）
標的ポリヌクレオチドのメチル化状態を評価することが、生物学的薬品、例えば、ポリペプチドまたは酵素を使用することを含む、項目７０に記載の方法。
（項目７３）
前記酵素が、メチル化感受性制限酵素（ＭＳＲＥ）である、項目７２に記載の方法。
（項目７４）
前記ＭＳＲＥが、残基がメチル化されていない場合、前記残基で選択的に切断する、項目７３に記載の方法。
（項目７５）
前記ＭＳＲＥが、前記残基がメチル化されている場合、前記残基で選択的に切断する、項目７３に記載の方法。
（項目７６）
前記ＭＳＲＥが、ＨｐａＩＩ、ＳａｌＩ、ＳａｌＩ－ＨＦ（登録商標）、ＳｃｒＦＩ、ＢｂｅＩ、ＮｏｔＩ、ＳｍａＩ、ＸｍａＩ、ＭｂｏＩ、ＢｓｔＢＩ、ＣｌａＩ、ＭｌｕＩ、ＮａｅＩ、ＮａｒＩ、ＰｖｕＩ、ＳａｃＩＩ、ＨｈａＩ、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、項目７３から７５に記載の方法。
（項目７７）
前記酵素が、ポリヌクレオチドポリメラーゼである、項目７２に記載の方法。
（項目７８）
前記ポリヌクレオチドポリメラーゼが、ＰＣＲで使用されるように構成されている、項目７７に記載の方法。
（項目７９）
前記ポリヌクレオチドポリメラーゼが、ＤＮＡポリメラーゼ、例えば、３’－５’エキソヌクレアーゼ活性を有していないＤＮＡポリメラーゼである、項目７８に記載の方法。
（項目８０）
標的ポリヌクレオチドの前記メチル化状態を、メチル化感受性シークエンシング、例えば、バイサルファイトシークエンシングを使用して評価する、項目５０から７９のいずれか一項に記載の方法。
（項目８１）
前記メチル化感受性シークエンシングを、Ｍａｘａｍ－Ｇｉｌｂｅｒｔシークエンシング、チェーンターミネーション法、ショットガンシークエンシング、ブリッジＰＣＲ、単一分子リアルタイムシークエンシング、イオン半導体（Ｉｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔ シークエンシング）、合成によるシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング（ＳＯＬｉＤシークエンシング）、チェーンターミネーション（サンガーシークエンシング）、大規模並列処理特徴シークエンシング（ＭＰＳＳ）、ポロニーシークエンシング、４５４パイロシークエンシング、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（Ｓｏｌｅｘａ）シークエンシング、ＤＮＡナノボールシークエンシング、ｈｅｌｉｓｃｏｐｅ 単一分子シークエンシング、単一分子リアルタイム（ＳＭＲＴ）シークエンシング、ナノポアＤＮＡシークエンシング、トンネル電流ＤＮＡシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、質量分析によるシークエンシング、マイクロ流体サンガーシークエンシング、顕微鏡検査に基づく技術、ＲＮＡＰシークエンシング、およびｉｎ ｖｉｔｒｏウイルスハイスループットシークエンシングからなる群より選択されるフォーマットにより行う、項目８０に記載の方法。
（項目８２）
前記メチル化感受性シークエンシング、例えば、バイサルファイトシークエンシングの前に、直鎖状一本鎖ライゲーション生成物のライブラリーを得ることをさらに含み、前記直鎖状一本鎖ライゲーション生成物の各々は、アダプターがライゲーションされる直鎖状一本鎖標的ポリヌクレオチドに目印を付けるユニーク分子識別子（ＵＭＩ）配列を含む前記アダプターに連結された前記一本鎖標的ポリヌクレオチドから構成されている、項目８０または８１に記載の方法。
（項目８３）
前記標的ポリヌクレオチドからのシークエンシングリードを、最初にアダプタートリミングして、前記ライブラリー構築プロセスに由来する任意のアダプター配列を除去して、トリミングされたシークエンシングリードを得る、項目８２に記載の方法。
（項目８４）
前記トリミングされたシークエンシングリードを、アラインメントプログラムを使用し、参照ゲノム、例えば、ヒト参照ゲノムにマッピングして、アラインメントされたリードファイルを得る、項目８３に記載の方法。
（項目８５）
前記アラインメントされたリードファイルを、メチル化状態の評価に使用することができる、表１に列挙された標的１～標的１８４９の各標的領域、またはその相補的配列または実質的に相補的な配列に対応するセットに、グループ化する、項目８４に記載の方法。
（項目８６）
前記標的ポリヌクレオチドの各々のメチル化状態を評価する、項目５０から８５のいずれか一項に記載の方法。
（項目８７）
前記標的ポリヌクレオチドの各々の前記メチル化状態を評価して、例えば、平均メチル化頻度、メチル化ハプロタイプ負荷、非メチル化ハプロタイプ負荷、読み取り不一致率、またはそれらの組み合わせの形態で、メチル化メトリックを得る、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
試料のメチル化状態を、前記標的ポリヌクレオチドの各々からの前記メチル化メトリックを使用して評価する、項目８７に記載の方法。
（項目８９）
前記標的ポリヌクレオチドの各々の前記メチル化メトリックを、閾値または参照値と比較して、試料のメチル化状態を評価する、項目８８に記載の方法。
（項目９０）
数値メチル化マトリックスを、前記標的ポリヌクレオチドの各々からの前記メチル化メトリックを使用して計算して、試料のメチル化状態を評価する、項目８８または８９に記載の方法。
（項目９１）
試料からの前記数値メチル化マトリックスが、単一の数または数値を含む、項目９０に記載の方法。
（項目９２）
試料からの前記数値メチル化マトリックスが、複数の数または数値を含む、項目９０に記載の方法。
（項目９３）
前記数値メチル化マトリックスを、分類アルゴリズムを使用して計算する、項目９０から９２のいずれか一項に記載の方法。
（項目９４）
前記分類アルゴリズムが、線形判別分析、ロジスティック回帰、単純ベイズ分類、パーセプトロン分類、二次分類、ｋ最近傍法、ブースティング、決定木、ランダムフォレスト、ニューラルネットワーク、学習ベクトル量子化、またはサポートベクターマシンである、項目９３に記載の方法。
（項目９５）
前記メチル化マトリックスを、閾値または参照値と比較して、試料のメチル化状態を評価する、項目９０から９４のいずれか一項に記載の方法。
（項目９６）
前記標的ポリヌクレオチドの各々の前記メチル化メトリックを、コンピュータを使用して得る、項目８７から９５のいずれか一項に記載の方法。
（項目９７）
試料の前記メチル化マトリックスを、前記標的ポリヌクレオチドの各々からの前記メチル化メトリックに基づいて、コンピュータを使用して得る、項目９０から９６のいずれか一項に記載の方法。
（項目９８）
複数の試料からの、例えば、複数の被験体由来の複数の試料からの少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドのメチル化状態を、順次にまたは同時に評価する、項目５０から９７のいずれかに記載の方法。
（項目９９）
被験体におけるがんまたは新生物の診断、予後、層別化、リスク評価、または処置モニタリングのために使用する、項目５０から９８のいずれかに記載の方法。
（項目１００）
前記がんが、リンパ腫、白血病、脳がん、多発性骨髄腫、膵臓がん、肝臓がん、胃がん、乳がん、腎臓がん、肺がん、結腸直腸がん、結腸がん、前立腺がん、卵巣がん、子宮頸がん、皮膚がん、食道がん、または頭頸部がんである、項目９９に記載の方法。
（項目１０１）
被験体における肺がんの診断、予後、層別化、リスク評価、または処置モニタリングのために使用する、項目９９に記載の方法。
（項目１０２）
前記肺がんが、非小細胞肺癌または小細胞肺癌である、項目１０１に記載の方法。
（項目１０３）
前記非小細胞肺癌が、肺の腺癌（肺腺癌としても公知である）、肺の扁平上皮癌（ＳＣＣ）、または大細胞癌（ＬＣＣ）である、項目１０２に記載の方法。
（項目１０４）
被験体における結腸直腸がんの診断、予後、層別化、リスク評価、または処置モニタリングのために使用する、項目９９に記載の方法。
（項目１０５）
被験体におけるがん種横断的解析もしくはプロファイリングを診断、予後、層別化、リスク評価、または処置モニタリングのために使用する、項目９９に記載の方法。
（項目１０６）
複数の被験体におけるがんまたは新生物を、順次にまたは同時に評価する、項目５０から１０５のいずれかに記載の方法。
（項目１０７）
少なくとも１０％の感度を有する、項目５０から１０６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０８）
少なくとも１０％の特異性を有する、項目５０から１０７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０９）
被験体におけるがんまたは新生物の評価に基づいて、前記被験体を処置すること、または前記被験体の処置を変更することをさらに含む、項目５０から１０８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１０）
ヒト患者のがんまたは新生物の評価に基づいて、前記ヒト患者を処置すること、または前記ヒト患者の処置を変更することを含む、項目１０９に記載の方法。
（項目１１１）
前記処置が、化学療法、放射線療法、免疫療法、細胞療法、外科手術、薬物、例えば、小分子薬物または抗体薬物などの高分子薬物による処置である、項目１０９または１１０に記載の方法。
Claims (15)
- 少なくとも２つの単離されたポリヌクレオチドを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になる単離されたポリヌクレオチドのパネルであって、前記単離されたポリヌクレオチドの各々が、表１に列挙された標的１～標的１８４９のいずれかのポリヌクレオチド配列、またはその相補的もしくは実質的に相補的な配列を有する、パネル。
- 請求項１に記載のパネルを含むキットまたはシステム。
- 被験体の試料における少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドのメチル化状態を、前記被験体におけるがんまたは新生物の指標として取得する方法であって、
前記被験体の前記少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドであって、表１に列挙された標的１～標的１８４９の少なくとも２つのポリヌクレオチド配列またはその相補的もしくは実質的に相補的な配列を有する、少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドを含む前記試料を提供すること
を含み、前記少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドのメチル化状態が評価され、
前記少なくとも２つの標的ポリヌクレオチドのメチル化状態の評価に基づいて、前記被験体におけるがんまたは新生物が示される、方法。 - 前記試料が、循環無細胞または腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を含む、あるいは前記試料が、血液、血清、血漿、もしくは体液試料、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項３に記載の方法。
- 前記被験体が、哺乳動物、例えばヒトである、請求項３または４に記載の方法。
- 表１に列挙された標的１～標的１８４９のうちの少なくとも１０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００個の、もしくはすべてのポリヌクレオチド配列、またはその相補的もしくは実質的に相補的な配列を有する標的ポリヌクレオチドの前記メチル化状態が評価され、必要に応じて標的ポリヌクレオチドの前記メチル化状態が、前記標的ポリヌクレオチドの各々とハイブリダイズするように構成されたプローブまたはプライマーを使用して評価される、請求項３から５のいずれか一項に記載の方法。
- 前記１つまたは複数のプライマーが、配列番号１～配列番号１７５０４のいずれかに記述されている配列、その相補的もしくは実質的に相補的な配列、またはそれらの任意の組み合わせを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、請求項３から６のいずれか一項に記載の方法。
- メチル化状態が評価されるべき前記標的ポリヌクレオチドの各々を増幅するための共通のプライマーを使用することをさらに含み、必要に応じて前記共通のプライマーが、配列番号１７５０５に記述されている配列、その相補的もしくは実質的に相補的な配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる、請求項３から７のいずれか一項に記載の方法。
- 試料から前記標的ポリヌクレオチドを単離すること、前記標的ポリヌクレオチドのライブラリーを調製すること、前記標的ポリヌクレオチドを増幅すること、および／または前記標的ポリヌクレオチド、前記標的ポリヌクレオチドのライブラリー、増幅された標的ポリヌクレオチド、もしくは増幅された標的ポリヌクレオチドのライブラリーを精製することをさらに含む、請求項３から８のいずれか一項に記載の方法。
- 標的ポリヌクレオチドの前記メチル化状態を、質量分析、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）、メチル化感受性シークエンシング、例えば、バイサルファイトシークエンシング、ライゲーション媒介ＰＣＲによるＨｐａＩＩ小断片濃縮アッセイ（ＨＥＬＰアッセイ）、Ｇｌａｌ加水分解およびライゲーションアダプター依存ＰＣＲアッセイ（ＧＬＡＤ－ＰＣＲアッセイ）、制限酵素ランドマークゲノムスキャニング（ＲＬＧＳ）、メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰまたはｍＤＩＰ）、パイロシークエンシング、ＤＮＡアデニンメチルトランスフェラーゼ活性の分子切断光アッセイ、メチル感受性サザンブロッティング、または高解像度融解（ＨＲＭ）分析を使用して評価する、請求項３から９のいずれか一項に記載の方法。
- 標的ポリヌクレオチドの前記メチル化状態を、メチル化感受性シークエンシング、例えば、バイサルファイトシークエンシングを使用して評価する、請求項３から１０のいずれか一項に記載の方法。
- 前記メチル化感受性シークエンシング、例えば、バイサルファイトシークエンシングの前に、直鎖状一本鎖ライゲーション生成物のライブラリーを得ることをさらに含み、前記直鎖状一本鎖ライゲーション生成物の各々は、アダプターがライゲーションされる直鎖状一本鎖標的ポリヌクレオチドに目印を付けるユニーク分子識別子（ＵＭＩ）配列を含む前記アダプターに連結された前記一本鎖標的ポリヌクレオチドから構成されている、請求項１１に記載の方法。
- 前記標的ポリヌクレオチドの各々のメチル化状態を評価する、または前記標的ポリヌクレオチドの各々の前記メチル化状態を評価して、例えば、平均メチル化頻度、メチル化ハプロタイプ負荷、非メチル化ハプロタイプ負荷、読み取り不一致率、もしくはそれらの組み合わせの形態で、メチル化メトリックを得る、請求項３から１２のいずれか一項に記載の方法。
- 被験体におけるがんまたは新生物の診断、予後、層別化、リスク評価、または処置モニタリングのために使用され、必要に応じて前記がんが、リンパ腫、白血病、脳がん、多発性骨髄腫、膵臓がん、肝臓がん、胃がん、乳がん、腎臓がん、肺がん、結腸直腸がん、結腸がん、前立腺がん、卵巣がん、子宮頸がん、皮膚がん、食道がん、または頭頸部がんである、請求項３から１３のいずれかに記載の方法。
- 被験体におけるがん種横断的解析もしくはプロファイリングを診断、予後、層別化、リスク評価、または処置モニタリングのために使用する、請求項１４に記載の方法。
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