JPH1052264A - N‐ras発現阻害剤およびその方法 - Google Patents
N‐ras発現阻害剤およびその方法Info
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- JPH1052264A JPH1052264A JP9135421A JP13542197A JPH1052264A JP H1052264 A JPH1052264 A JP H1052264A JP 9135421 A JP9135421 A JP 9135421A JP 13542197 A JP13542197 A JP 13542197A JP H1052264 A JPH1052264 A JP H1052264A
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Abstract
ザイムの提供。 【解決手段】 変異N‐ras mRNAをNUX開裂
部位(N=いずれかの塩基、X=A、CまたはU)にお
いて開裂する酵素RNA分子。酵素RNA分子は、好ま
しくは塩基配列5′‐CCAACACCUGAUGAG
CGUUAGCGAAACCUGCU‐3′または5′
‐UCCCAACCUGAUGAGCGUUAGCGA
AACACCUG‐3′を有する。
Description
塩基、X=A、CまたはU)で変異N‐ras mRN
Aを開裂する酵素RNA分子(リボザイム)、このよう
な分子を含有した薬剤、並びに異常細胞増殖および/ま
たは分化を伴う疾患の治療用薬剤の製造のためのこのよ
うな分子の使用に関する。
グナル経路に依存している。あるシグナルトランスダク
ションタンパク質の発現の阻害は有効な治療に至る。r
asタンパク質についてコードする3つのras遺伝子
(Ha‐ras、N‐ras、Ki‐ras)は細胞シ
グナルトランスダクションに本質的に関与しており、小
さなGTP/GDP結合タンパク質のスーパー遺伝子フ
ァミリーのメンバーである。Ras変異は膵臓がん、胃
および乳房の腫瘍のような様々な腫瘍で検出された(Bo
s,J.L.(1989) Cancer Research 49,4682-4689 )。N‐
ras変異は神経芽腫、黒色腫、急性骨髄芽球性白血病
(AML)、慢性骨髄性白血病(CML)および多発性
骨髄種でみられた(Portier,M.,Moles,J.P.,Mazars,G.
R.,Jeanteur,P.,Bataille,R.,Klein,C.(1992) Oncogene
7,2539-2543 )。腫瘍のras‐がん遺伝子の研究で
は、点変異がアミノ酸置換に至ることを明らかにした。
コドン12、13、59および61における点変異はG
TP結合部位の構造変化とGTPアーゼ活性減少を生じ
る。
ープII‐イントロン:ハンマーヘッドリボザイム、ヘア
ピンリボザイム、肝炎デルタウイルスリボザイム(“オ
ノヘッド”)、自己スプライシングイントロンおよびR
NアーゼPのサブユニットがある。ハンマーヘッドタイ
プのリボザイムは、これまでにみられた最小の触媒RN
Aである。それらは、ハンマーヘッド構造の一部である
共通配列を含んでいる。それらはNUX塩基トリプレッ
ト(Nはいずれかの塩基であり、XはA、CまたはUで
ある)を含む基質を認識して、Xの3′側においてトラ
ンス位置で特異的にホスホジエステル結合を開裂させ
る。GUC塩基トリプレットは最も効率的に開裂される
(Dahm,S.C.and Uhlenbeck,O.C.(1991) Biochemistry 3
0,9464-9469 )。ハンマーヘッドリボザイムは、3つの
ステムと13のうち11の保存ヌクレオチドからなる。
子は以前に記載されていた(WO93/23057)。
ras mRNAの酵素開裂がこの出願で述べられてい
るが、どのタイプのras遺伝子(Ha‐ras、Ki
‐rasまたはN‐ras)が開裂されるかは開示され
ておらず、更に重要なことにras mRNA配列内の
どの領域が開裂されるかも示されていなかった。更に、
野生型ras遺伝子だけが標的として示唆されており、
変異ras遺伝子は標的として示唆されていない。もう
1つの出願(WO91/18913)では、Ha‐ra
s mRNAをコドン12で開裂させるリボザイムが記
載されていた。しかしながら、そこで記載されたリボザ
イムはN‐rasのような他のrasタイプの開裂を行
わない。しかも、そこで記載されたリボザイムはインビ
ボ条件下で安定でない。
て標的とする酵素RNA分子、特にハンマーヘッドリボ
ザイムの用途について記載している。本発明の酵素RN
A分子は変異N‐ras mRNAに対するものであっ
て、好ましくはコドン13の後でN‐ras mRNA
を開裂する。コドン13での開裂はいかなるras m
RNAについても以前に行えなかった。意外にも、イン
ビボ条件下で安定であって、変異N‐ras mRNA
のコドン13で選択的に開裂する酵素RNA分子が得ら
れた。特に、本発明はNUX開裂部位(Nはいずれかの
塩基であり、XはA、CまたはUである)で変異N‐r
as mRNAを開裂する酵素RNA分子に関する。
り、XはA、CまたはUである)で変異N‐ras m
RNAを開裂できる、13〜50のヌクレオチドからな
る酵素RNA分子が好ましい。このRNAがハンマーヘ
ッドモチーフを有している酵素RNA分子が特に好まし
い。
修飾された酵素RNA分子について特に言及されてい
る。好ましい酵素分子は、ヌクレオシド間リン酸残基お
よび/またはヌクレオチドのリボース単位の2′位に修
飾を有している。この2′位で特に好ましい修飾は2′
‐アミノおよび2′‐フルオロ基である。
GAAACCUGCU‐3′(MRE763 C、配列
番号:1)または 5′‐UCCCAACCUGAUGAGCGUUAGC
GAAACACCUG‐3′(MRE764 U、配列
番号:2) を有している。
物質および/またはビヒクルと適宜一緒に1以上の酵素
RNA分子を含有している薬剤を提供する。好ましいビ
ヒクルはリポソーム、免疫リポソーム、マイクロ粒子お
よびナノ粒子である。更に、本発明は、異常細胞増殖お
よび/または分化を伴うN‐rasの発現に起因するか
またはそれに関係した疾患の治療用薬剤の製造のための
このような分子の使用を提供する。
RNAで特定領域と予測どおりに結合して、そのmRN
Aを予測しうる部位で開裂させることができる核酸また
は核酸アナログである。酵素RNA分子にはグループI
およびグループII‐イントロン:ハンマーヘッドリボザ
イム、ヘアピンリボザイム、肝炎デルタウイルスリボザ
イム(“オノヘッド”)、自己スプライシングイントロ
ンおよびRNアーゼPのサブユニットがある。本発明の
好ましいリボザイムはハンマーヘッドタイプのものであ
る。
デリバリーすることができる。外来とは、化学合成され
たリボザイムまたはT7RNAポリメラーゼでのインビ
トロ転写物が細胞に直接適用されることを意味する。内
在法では、遺伝子発現により対応リボザイムを産生する
プラスミドまたはウイルスベクターを要する。合成また
はベクターエンコードされた双方のタイプのリボザイム
が本発明の範囲内である。
アーゼによる分解が細胞培養上澄で生じることによる、
リボザイムの低安定性である。2′‐ヒドロキシ基はヌ
クレアーゼによる分解メカニズムで重要な役割を果た
し、結果的にRNAは2′修飾により安定化させること
ができる。したがって、2′‐デスオキシリボヌクレオ
チド(Tayler,N.R.,Kaplan,B.E.,Seiderski,O.P.,Li,
H.,and Rossi,J.J.(1992)Nucleic Acids Res.20,4559-4
565;Yang,J.H.,Usman,N.,Chartrand,P.,and Cedergre
n,R.(1992) Biochemistry 31,5005-5009)、2′‐O‐
メチル基(Goodchild,J.(1992) Nucleic Acids Res.20,
4607-4612 )、2′‐フルオロおよび/または2′‐ア
ミノ基(Heidenreich,O.,Benseler,F.,Fahrenholz,A.,a
nd EcksteinF.(1994) J.Biol.Chem.269,2131-2138)ま
たはホスホロチオアト(phosphorothioat)結合鎖と一緒
に2′‐デスオキシリボヌクレオチド(Shibahara,S.,M
ukai,S.,Morisawa,H.,Nakashima,H.,Kobayashi,S.,and
Yamamoto,N.(1989) Nucleic Acids Res.17,239-252)が
導入された。
のリボザイムに導入することができて、一般的に触媒活
性リボザイムとなる(Beigelman et al.(1995) J.Biol.
Chem.270,25702-25708;Shimayama et al.(1993) Nucle
ic Acids Res.21,2606-2611;Dong-Jing Fu and Mc Lau
ghin (1992) Proc.Natl.Acad.Sci.89,3985-3989;Olsen
et al.(1991) Biochemistry 30,9735-9741;Williams
et al.(1992) Proc.Natl.Acad.Sci.89,918-921 ;Paole
lla et al.(1992) The Embo Journal 11,1913-1919
)。
合成できる(例えば、Gait,M.J."Oigonucleotide Synth
esis - a practical approach",IRL Press,1984 ;Beau
cageand lyer (1993) Tetrahedron 49,1925 & 2223 & 6
123;Uhlmann and Peyman (1990) Chemical Reviews 9
0,543 ;EP‐A 0 552 766;EP‐A0
593 901参照;上記修飾の参考文献)。ベクター
エンコードリボザイムの構築は以前に記載されている
(Stull et al.(1995) Pharmaceutical Research 12,46
5483;J.A.H.Murray (Ed.)"Antisense RNA and DNA" 19
92,Wiley-Liss,lnc.,New York ;R.Baserga and D.Denh
ardt (Ed.) "Annals of the New York Academy of Scie
nces - Antisense Strategies" Vol.660,1992,The New
Yark Academy of Sciences,New York )。
またはリン酸単位、あるいは認識部分の天然塩基に限定
されない。主鎖、糖または塩基のおけるいかなる修飾
も、酵素開裂活性が留められているかぎり、本発明の範
囲内である。糖の修飾にはα‐およびD‐フラノシド、
炭素環式五員環アナログ、環拡大および環縮小糖と、非
環式糖がある。これらの修飾はリボザイムの結合領域で
あることが好ましい。糖は2′‐O‐メチル、2′‐O
‐ブチル、2′‐O‐アリル、2′‐O‐メトキシエト
キシのような2′‐O‐アルキルリボース、あるいは
2′‐フルオロ‐2′‐デオキシリボース、2′‐アミ
ノ‐2′‐デオキシリボースとして修飾してよい。リン
酸ヌクレオシド間残基の修飾には、ホスホロチオエー
ト、ホスホロジチオエート、アルキルホスホネート、ア
リールホスホネート、アリールアルキルホスホルアミデ
ート、ホスフェートエステル、あるいはこれらの修飾と
ホスホジエステルまたはそれら自体との組合せがある。
リン酸架橋は、ホルムアセタール、3′‐チオホルムア
セタールおよびメチルヒドロキシルアミンで置換させて
もよい。塩基の修飾には5‐プロピニル‐U、5‐プロ
ピニル‐C、7‐デアザ‐7‐プロピニル‐A、7‐デ
アザ‐7‐プロピニル‐G、5‐メチル‐C、5‐フル
オロ‐Uがあり、ここで塩基はリボ‐またはデオキシヌ
クレオチドである。非常に好ましいリン酸修飾は、EP
‐A 0 593 901に記載されたような3′3′
または5′5′‐転換である。EP‐A 0 672
677に記載されたようなポリアミド核酸によるリン酸
/糖主鎖の部分置換も、本発明の好ましい態様である。
たような5′または3′(2′)末端における末端基修
飾も好ましい。末端修飾の例は‐O‐(CH2)nCH
3(n=6〜18)のような親油基、ステロイド残基、
ビタミンE、AまたはD、あるいは胆汁酸、葉酸、マン
ノースまたはペプチドのような天然キャリア系を利用し
た複合体である。他の末端基は、プソラレンおよびアク
リジン誘導体のような標的への結合性を高めるインター
カレーター(挿入)部分である。
回以上行ってもよく、修飾は極めて安定で生物学的に活
性なリボザイムを得るために組み合わせてもよいことに
留意されねばならない。
変異N‐ras mRNAのコドン13に対する異なる
リボザイムが合成された。リボザイムMRE763Cは
点変異〔GGT(gly)→CGT(arg)トランジ
ション〕に対するものであり、リボザイムMRE764
Uは〔GGT(gly)→GTT(val)トランジシ
ョン〕に対するものである(図1A)。更に、野生型N
‐ras mRNAのコドン64(RE917、配列番
号:14)、コドン89(RE990、配列番号:1
5)およびコドン103(RE1035、配列番号:1
6)のGUCおよびGUA‐トリプレットに対するリボ
ザイムが研究された(図1B)。
短い合成オリゴリボヌクレオチドが基質として働いた。
すべてのリボザイムの開裂動態はMichaelis-Menten条件
下で調べられた。得られたKmおよびkcat 値は表1に
示されている。表IA: リボザイム kcat Km kcat /Km 〔s-1〕 〔nM〕 〔106×s-1×M-1〕 RE917 0.013 78 0.2 RE990 0.004 404 0.009 RE1035 0.013 277 0.05 MRE763C 0.015 82 0.2MRE764U 0.012 65 0.2 合成基質に対するリボザイムのKmおよびkcat 値。k
cat およびKm値は実施例4で記載されたようにMichae
lis-Menten条件下で調べた。表IB: リボザイム 修飾 kcat Km kcat/Km kcat/Km [min-1] [nM] [min-1nM-1] (相対比) MRE763C 3.760 72 0.05100 1 EtOMeU,EtOMeC,U4U7-NH2 0.530 22 0.02400 0.470 FU,FC,U4U7-NH2 0.300 16 0.01900 0.380 S,EtOMeU,EtOMeC,U4U7-NH2 0.220 18 0.01200 0.230 EtOMeU,EtOMeC 0.027 105 0.00026 0.005 表1に掲載された動態データの分析ではリボザイムMR
E763C、MRE764UおよびRE917に関して
約0.2×106s-1×M-1の等しいkcat /Km値を
示し、リボザイムRE990はかなり低い触媒効率を有
している。合成基質に対するリボザイムMRE763C
の結合性は、溶融温度(Tm)を測定することにより調
べられる。約48℃のTm値はMRE763CおよびM
RE764U複合体について得られた。野生型mRNA
に対するリボザイムRE990またはRE1035とそ
れらの基質複合体は、他方で約52℃のTm値を示す。
別の研究では、転写開始部位から終結部位までの変異ま
たは野生型N‐ras配列を含んだRNAがインビトロ
転写により合成された。効率的なmRNA開裂を行うた
めに、基質の標的配列(NUX‐トリプレット、N=
A、G、C、U;X=C、A、U)が二本鎖または安定
なヘアピンの一部であることは許容されない。インビト
ロ転写されたRNAは上記5つのリボザイムの基質とし
て働いた。触媒効率はスプライス産物を検出するために
“シングルターンオーバー”(single-turnover)条件下
で試験された。
するために、開裂反応に続いてポリアクリルアミドゲル
電気泳動が行われた。mRNAで得られた双方の開裂産
物は予想されたサイズを示した。表IIは“シングルター
ンオーバー”条件下におけるリボザイムの動態性質を表
している。表IIA: リボザイム kcat Km kcat /Km 〔106×s-1〕 〔nM〕 〔s-1×M-1〕 RE917 59 63 938 RE990 72 234 307 RE1035 44 425 103 MRE763C 266 71 3752MRE764U 137 113 1212 基質として転写N‐ras mRNAに対するいくつか
のリボザイムのKmおよびkcat 値。触媒値は実施例5
で記載されたように“シングルターンオーバー”条件下
で調べる。表IIB: リボザイム 修飾 kreact Km kreact /Km kreact /Km [10-6s-1] [nM] [s-1M-1] (相対比) RE917 59 63 938 1 S 88 120 733 0.78 S,FU 60 400 150 0.16 S,dU,dC 20 1420 14 0.015 FU,FC 66 202 326 0.35 MRE764U 137 113 1212 1 FU,FC 62 120 516 0.42 表IIC: リボザイム 修飾 kreact Km kreact /Km kreact /Km [10-6s-1] [nM] [s-1M-1] (相対比) MRE763C 266 71 3748 1 FU,FC 50 39 1266 0.340 FU,FC,U4U7-NH2 173 71 2437 0.650 EtOMeU,EtOMeC,U4U7-OH 147 51 2882 0.770 EtOMeU,EtOMeC,U4U7-NH2 173 73 2370 0.630 EtOMeU,EtOMeC,U4U7-F 39 135 288 0.077 S,FU,FC 51 44 1159 0.300 S,EtOMeU,EtOMeC,U4U7-NH2 27 190 142 0.038 合成短鎖基質と長鎖転写基質の双方に対する結合親和性
は似たKm値で反映されるようにほぼ同様であるが、転
写基質mRNAは短鎖合成基質よりもかなり遅い速度で
スプライスされる(表IおよびII)。リボザイムMRE
763CまたはMRE764Uは変異mRNAに対する
もので、野生型N‐ras mRNAを開裂しないこと
もわかった。したがって、新規リボザイムは、N‐ra
sがん原遺伝子の発現に影響を与えることなく、N‐r
asがん遺伝子の発現を阻害することができる。kcat
/Km値によれば、最も有効なリボザイム(MRE76
3C、MRE764UおよびRE917)が異なる化学
的修飾を加えて別の研究のために選択された。
めに、それらは異なる基によるリボースの2′位の修飾
で安定化された。新規リボザイムは質量スペクトル(M
ALDI)により特徴付けられた。それらの触媒性質と
細胞培養上澄中での安定性が調べられた。2′‐O‐メ
チル‐2′‐デスオキシウリジン/シチジン、2′‐デ
スオキシウリジン/シチジン、2′‐フルオロ‐2′‐
デスオキシウリジン/シチジンのようなオリゴリボヌク
レオチドにおける2′修飾が末端ホスホロチオエート結
合鎖などと組み合わされた(表III 参照)。表III: リボザイム 細胞培養物の上澄中における 安定性(半減期) 未修飾 0.5 min S 3.0 min S,FU 10.0 min FU,FC 50h FU,FC,U4U7‐NH2 50h S,FU,OMeC 80h S,OMeU,OMeC 80h S,dU,dC 80h S,FU,FC 80h EtOMeU,EtOMeC,U4U7‐OH 30 min EtOMeU,EtOMeC,U4U7‐NH2 80h EtOMeU,EtOMeC,U4U7‐F 80h EtOMeU,EtOMeC 80h S,EtOMeU,EtOMeC,U4U7‐NH2 80hS,EtOMeU,EtOMeC,U4U7‐F 80h 細胞培養上澄中における化学的に修飾されたリボザイム
の安定性。反応条件は例6で記載されたように行った。
囲内で細胞培地で試験された。一部が異なる時間に取り
出され、ゲル上におかれ、分解バンドが銀染色により検
出できた。未修飾リボザイムは1/2分以内に切断され
た。3′および5′部位に末端ホスホロチオエート結合
鎖の導入があると、2〜3分間の半減期になった。別な
修飾(例えば、2′‐フルオロ‐2′‐デスオキシウリ
ジン)だと、約10分間の安定性の増加になる。すべて
のピリミジンヌクレオチドの完全置換(例えば、2′‐
フルオロ‐2′‐デスオキシシチジン)だと、約80時
間にわたり安定なリボザイムを生じる。
転写mRNAで“シングルターンオーバー”条件下で調
べられた。結果は表IVに示されている。表IV: リボザイム kcat Km kcat /Km 〔106×s-1〕 〔nM〕 〔s-1×M-1〕 RE917 59 63 938 RE917(tioat) 88 120 733 RE917(tioat,FU) 60 400 150 RE917(FU,FC) 66 202 326 RE917(tioat,dU,dC) 20 1420 14 MRE763C 266 71 3752 MRE763C(tioat,FU,OMeU4U7) 53 61 869 MRE763C(tioat,FU,FC) 51 44 1159 MRE763C(FU,FC) 50 39 1266 MRE764U 137 113 1212MRE764U(FU,FC) 62 120 516 転写N‐ras mRNAに対する異なる修飾リボザイ
ムのkcat およびKm値。反応条件は例5に記載された
とおりであった。
エート基の導入は、触媒効力の喪失をやや招いた。化学
的に修飾されたリボザイムの触媒ポテンシャルは、化学
的修飾のタイプ、特にリボース部分の2′‐ヒドロキシ
基の置換のタイプに応じて変わる。コドン13に対する
修飾リボザイムの触媒活性は未修飾アナログと比較して
インビトロ開裂アッセイである程度低下したが、細胞培
養またはインビボでN‐ras発現を阻害するそれらの
全体的生物活性はヌクレアーゼ分解に対するそれらの高
い安定性のためかなり高い。
べるために、ルシフェラーゼリポーター遺伝子に融合さ
れたN‐ras遺伝子を含むHeLa細胞系が用いられ
た(実施例8)。細胞外濃度10μMの修飾リボザイム
MRE763C(FU、FC)またはMRE764U
(FU、FC)で、N‐ras‐ルシフェラーゼ融合遺
伝子の発現の43〜61%減少が得られた(表Vおよび
VI)。 表V: HeLa細胞で10μM MRE763によるN‐ras‐ルシフェラーゼ遺伝子発現の阻害 リボザイム 光単位(105) 減少(%) ナンセンス 2.58 0MRE763C(FU,FC) 1.0‐1.1 57〜61 表VI: HeLa細胞で10μM MRE764によるN‐ras‐ルシフェラーゼ遺伝子発現の阻害 リボザイム 光単位(105) 減少(%) ナンセンス 4.4 0MRE764U(FU,FC) 2.2‐2.5 43〜50 有効用量はリポフェクタミン(R)またはセルフェクチ
ン(R)(Fa.Life Technologies,Eggenstein;German
y )のような取込みエンハンサーを用いるか、あるいは
リポソーム、マイクロ粒子またはナノ粒子処方を用いる
ことにより10〜100倍低下させることができた。活
性ハンマーヘッド構造を含んでいるが、N‐ras m
RNAに対するものではないリボザイム(ナンセンスコ
ントロール)はN‐ras‐ルシフェラーゼ融合の発現
を減少させなかった。
用にも関する。これらの薬剤は、例えば錠剤、コーティ
ング錠剤、硬質または軟質寒天ゼラチンカプセル、溶
液、エマルジョンまたは懸濁液として経口投与できる、
例えば薬品の形で使用できる。場合によりタンパク質ま
たはペプチドのような成分を更に含有した、リポソーム
中への薬剤の含有も、同様に適切な投与形である。ナノ
およびマイクロ粒子も好ましい適用経路である。それら
は、例えば坐剤の形で直腸から、または例えば注射溶液
の形で非経口に投与することもできる。代わりの投与形
は局所適用、局部適用、例えば注射の形による。経鼻投
与も好ましい適用法である。
依存する。本発明は、N‐ras発現、特にコドン13
変異N‐ras発現に起因するかまたはそれに関係した
疾患の治療に関する。N‐ras特異的リボザイムは、
例えば神経芽腫、黒色腫、急性骨髄芽球性白血病(AM
L)、慢性骨髄性白血病(CML)、多発性骨髄種、甲
状腺腫瘍、リンパ球疾患および肝臓がんを治療するため
に使用できる。異なるタイプの白血病のようにほとんど
のタイプのがんでは、全身治療が好ましい。
明の範囲はこれらに限定されるものではない。
ystems 380B DNA Synthesizerにより調製した。リボ
ヌクレオチドホスホルアミデートおよびコントロール多
孔質ガラスカラムは PerSeptive Biosystems(商標名)
から得た。最初の5′および最後の3つの3′‐リボヌ
クレオシドはホスホロチオエートにより安定化させた。
シトシン‐およびウラシル‐リボヌクレオチドは各2′
‐フルオロ、2′‐O‐メチルおよび2′‐デスオキシ
修飾リボヌクレオチドで置き換えた。オリゴリボヌクレ
オチドを55℃で16時間にわたる水性濃縮アンモニア
/エタノール(3:1v/v)3mlとのガラス支持体
のインキュベートにより塩基脱保護した。Speed-Vac 蒸
発による溶媒の完全除去後、2′‐シリル基をTHF中
1Mテトラブチルアンモニウムフルオリド中において室
温で一夜のインキュベートにより除去した。3M Na
OAc溶液(pH5.2)0.5mlの添加後、THF
をSpeed-Vac 濃縮器で除去し、酢酸エチル1mlで2回
抽出した。オリゴリボヌクレオチドを2.5倍容量の無
水エタノールの添加により沈降させた。RNAを13.
000U/minで遠心し、ペレットを水1mlに溶解し
た。溶液を260nmでUV吸収により完全RNAにつ
いてチェックした。RNA溶液を8M尿素含有変性12
または20%ポリアクリルアミドゲルで精製した。UV
検出RNAを切り出し、その後関係のあるゲルピースを
一夜かけて0.05M NH4OAc溶液 (pH7.
0)で溶出させた。RNA溶液をSephadex‐G25(商
標名)カラムにのせた。1mlのフラクションを集め、
溶液を−20℃で凍結貯蔵した。リボザイムRNAおよ
び基質RNAの等質性を質量スペクトル測定、5′‐32
P標識オリゴリボヌクレオチドの分析PAGEと、その
後にオートラジオグラフィーによりチェックした。RN
A濃度は6.6×103M/cmの260nmで吸光係
数をみることにより調べた。
cular Cell Biology,London )はN‐ras遺伝子を含
んでいた。野生型N‐rasクローンをプライマー5′
‐AGTGCGGATCCTAAATCTGTCCAA
AGCAGAGGCAGT‐3′(フォワードプライマ
ー、配列番号:3)および5′‐CCGGAATTCT
TACATCACCACACATGGCAATCC‐
3′(リバースプライマー、配列番号:4)を用いてP
CR増幅させた。制限エンドヌクレアーゼ部位をこれら
プライマーの5′‐領域中に工学的に作製した(リバー
スプライマーEcoRI;フォワードプライマーBam
HI)。N‐ras遺伝子産物を含む629bpPCR
産物をゲル精製し、BamHIおよびEcoRI制限エ
ンドヌクレアーゼで切断し、クローニング前にエタノー
ル沈降させた(図2参照)。2部分連結に際して、N‐
ras PCR産物を制限酵素BamHIおよびEco
RIでpBluescript II KS転写ベクターの多数クロー
ニング部位中にクローニングした。得られたプラスミド
はpMS1‐NRASと命名した。
るために、200bp断片をKhorana (36)の方策に
従い5′翻訳開始部位でクローニングした。この目的の
ために、制限エンドヌクレアーゼ部位XbaIおよびB
amHIを含んだ鎖長99〜102ヌクレオチドの4つ
のオリゴデスオキシヌクレオチドを合成した。 オリゴ1(センス):5′‐CTAGAGAAACGT
CCCGTGTGGGAGGGGCGGGTCTGGG
TGCGGCTGCCGCATGACTCGTGGTT
CGGAGGCCCACGTGGCCGGGGCGGG
GACTCAGGCGCCT‐3′;(配列番号:5) オリゴ1(アンチセンス):5′‐GCTGCCAGG
CGCCTGAGTCCCCGCCCCGGCCACG
TGGGCCTCCGAACCACGAGTCATGC
GGCAGCCGCACCCAGACCCGCCCCT
CCCACACGGGACGTTTCT‐3′;(配列
番号:6) オリゴ2(センス):5′‐GGCAGCCGACTG
ATTACGTAGCGGGCGGGGCCGGAAG
TGCCGCTCCTTGGTGGGGGCTGTTC
ATGGCGGTTCCGGGGTCTCCAACAT
TTTTCCCGGTCTGG‐3′;(配列番号:
7) オリゴ2(アンチセンス):5′‐GATCCCAGA
CCGGGAAAAATGTTGGAGACCCCGG
AACCGCCATGAACAGCCCCCACCAA
GGAGCGGCACTTCCGGCCCCGCCCG
CTACGTAATCAGTCG‐3′;(配列番号:
8) それらをハイブリッド形成させ、制限酵素XbaIおよ
びBamHIを用いてpBluescript II KSベクターの
多数クローニング部位中にサブクローニングした。得ら
れたプラスミドはpMS2‐NRASと命名した。
s配列を含んだプラスミドpMS5‐NRASは、サブ
クローニングされたPCR産物をBamHIで合成遺伝
子断片と連結させて制限酵素XbaIおよびEcoRI
でpBluescript II KS(+/−)ベクター中にクロー
ニングさせる、3部分連結により得た。正確な配列は標
準操作を用いてDNA配列分析により確認した。pMS
5‐NRASの転写から約900ヌクレオチドの予想鎖
長のRNAを得た。
ア:5′‐GCAGGTGTTGTTGGGAAAAG
CGCACTG‐3′(フォワードプライマー、配列番
号:9);5′‐CAACAACACCTGCTCCA
ACCACCAC‐3′(第一変異を工学的に入れたリ
バースプライマー、配列番号:10)および5′‐GC
AGGTCGTGTTGGGAAAAGCGCACTG
‐3′(フォワードプライマー、配列番号:11);
5′‐CCCAACACGACCTGCTCCAACC
ACCAC‐3′(第二変異を工学的に入れたリバース
プライマー、配列番号:12)を適用して、2つのN‐
ras活性化がん遺伝子(第一プラスミド:コドン13
GGT→GTTおよび第二プラスミド:コドン13
GGT→CGT)を構築するために用いた。完全断片の
増幅のため、2つの外部プライマー5′‐AGTGCT
CTAGAGAAACGTCCCGTGTGGGAGG
GGCG‐3′(フォワードプライマー、配列番号:1
3)および5′‐CCGGAATTCTTACATCA
CCACACATGGCAATCC‐3′(リバースプ
ライマー)を用いた。伸長PCR産物をゲル精製し、制
限酵素XbaIおよびEcoRIで切断し、クローニン
グ前にエタノール沈降させた。次いで2PCR産物の各
々を制限酵素XbaIおよびEcoRIでpBluescript
II KSベクターの多数クローニング部位中にクローニ
ングした。得られたプラスミドはpMS5A‐NRAS
(第一変異GGT→GTTの導入)およびpMS5B‐
NRAS(第二変異GGT→CGTの導入)と命名し
た。後の配列分析から上記変異の正しい挿入を確認し
た。
5A‐NRASおよびpMS5B‐NRASをEcoR
I切断により直鎖化し、フェノール抽出して、エタノー
ル沈降させた。転写は50 ng/μl直鎖化プラスミドD
NA、10mMDTT、40mM Tris-Cl pH7.
5、50mM NaCl、8mM MgCl2、2mM
スペルミジン、500μM rNTP、0.8U/μl
RNアーゼインヒビター、2μCi/μl〔α‐32P〕‐
ATPおよび2.5U/μlT7RNAポリメラーゼを
含有した100μl混合液中で行った。37℃で1時間
のインキュベートに続いてDNアーゼ 25単位を加
え、混合液を37℃で更に30分間インキュベートし
た。次のフェノール抽出後、水相をCentricon-100チ
ューブ中に入れ、3.400U/minで30分間遠心し
た。RNA溶液をUV吸収および6%分析PAGE(8
M尿素)により等質性についてチェックした。溶液を−
20℃で凍結貯蔵した。
識基質で行われたEadie-Hofstee プロットから調べた。
RNA基質をT4ポリヌクレオチドキナーゼおよび〔γ
‐32P〕‐ATPとの反応により標識した。5′‐末端
標識基質をCentricon-300チューブで〔γ‐32P〕‐
ATPから精製した。リボザイムおよび基質を別々にp
H7.5の50mM Tris-Cl中75℃で1分間加熱し
た。37℃で5分間冷却させた後、100mM MgC
l2を10mMの最終濃度まで加え、溶液を37℃で更
に5分間インキュベートした。マルチターンオーバー反
応は、pH7.5の50mM Tris-Clおよび10mM
MgCl2中に濃度20〜500nMの基質と濃度2
〜5nMのリボザイムを含有した100μlの容量中3
7℃で行った。反応はリボザイムの添加により開始させ
た。反応はリボザイムを等容量の停止溶液(8M尿素、
25mM EDTA)と混合することにより停止させ
た。開裂反応を20%変性ポリアクリルアミドゲル(8
M尿素)で分析し、Molecular Dynamic Phosphorimagin
g システムで走査した。
度論 10μlの容量中“シングルターンオーバー”条件下に
おける開裂効率は、20〜1200nMリボザイム、5
0mM Tris-Cl pH7.5および10mMMgCl
2を用いて調べた。反応は10nM基質の最終濃度まで
RNA基質の添加により37℃で開始させ、1時間かけ
た。反応は各反応液に8μlのstoppmixを混合すること
により停止させた。反応は6%変性ポリアクリルアミド
ゲルで分析し、Molecular Dynamic Phosphor Imager で
走査した。シングルターンオーバーkcat /Km値はHe
idenreich and Eckstein (1992),J.Biol.Chem.267: 190
4-1909に記載されたように調べた。
単位/mlペニシリンで補充されたDulbecco's改変Eagle'
s 培地で単層として維持した。2×106細胞/mlの細
胞密度に達した後、上澄を細胞から除去した。異なる修
飾リボザイムを含有したリボザイム溶液(32μl)を
細胞培養上澄(525μl)に加えて、5μMの最終リ
ボザイム濃度に到達させた。一部(67μl)を異なる
時間に取り出し、液体窒素中に入れて、ヌクレアーゼ活
性を停止させた。Speed-Vac 蒸発後、ペレットをホルム
アミドに再懸濁した。別々な部分を20%ポリアクリル
アミドゲル(8M尿素)、その後銀染色により分析し
た。
ル測定器を用いて260nmで測定した。標的は50m
M Tris-Cl pH7.5および10mM MgCl2
を含有した緩衝液にリボザイムを溶解させることにより
調製した。サンプルを10mm路長のキュベットに移し
た。リボザイムを80℃で5分間かけて変性させ、その
後基質RNAおよび基質DNAを加え、全混合物を1℃
/minで復元させた。260nmでの溶融曲線は、溶液を
キュベット中0.75℃/minで加熱して、80℃に達す
るまで0.5℃段階毎に吸光度データを得ることにより
調べた。Tm値と遷移の熱力学的パラメーターは、Mark
y and Breslauer の方法を用いて、Sigma Chemicals C
o. ソフトウェアからのGraFitバージョン2.0の2遷
移状態モデルのデータをあてはめることにより得た。
sの阻害 リボザイムの阻害効果を調べるために、N‐ras‐ル
シフェラーゼリポーター遺伝子を構築した。約80bp
の5′‐非翻訳配列、自然翻訳開始コドンと、変異また
は野生型N‐rasタンパク質の134アミノ酸につい
てコードするヌクレオチドを含んだN‐ras遺伝子の
450bp断片を、ルシフェラーゼ遺伝子(Photinus p
yralis)とフレーム内で融合させた。N‐ras‐ルシ
フェラーゼ融合タンパク質のルシフェラーゼ活性(光単
位)を測定する。
は懸濁液中で容易にクローン化する。コロニーを一緒に
保つために、細胞を0.3%寒天(上層)に懸濁し、ペ
トリ皿の0.5%寒天層(下層)上に塗布した。細胞を
温寒天に懸濁して、ゲル化後37℃でインキュベートし
たとき、2寒天濃度間の界面における個別の細胞は容易
に単離できるコロニーを形成する(Cowley et al.,Cell
77:841-852,1994)。各系を同様に4つ用意した。
ブンで加熱することにより調製した。寒天を水浴で45
℃に冷却した(寒天は37℃でゲルに変わる)。0.5
%寒天との寒天混合物を下記のように調製した: 1×DMEM培地 25ml(50%) 2.5%寒天 10ml(20%) 2×DMEM培地 10ml(20%) FCS 5ml(10%) 寒天混合液1mlサンプルを35mmペトリ細胞培養皿
中にピペットで入れ、4℃で30分間貯蔵した。
て、DMEM培地で1.7mlの全容量に調製した。1
mlサンプルを用意した底層上にピペットで入れ、37
℃で14〜21日間インキュベートした。30mm培養
皿の寒天調製物は、滅菌脱イオン水だけを含有したもう
1つのペトリ皿と一緒に、100mmペトリ皿に2グル
ープで入れた。
天から24ウェルプレート中に単離し、その後拡張させ
た。
アミノ酸交換を伴う点変異のみで異なる。この結果とし
て、タンパク質p21ras は細胞代謝を変化させる能力
を失っており、細胞の悪性形質転換を起こす。正常細胞
と対照的に、がん細胞は無血清培地および軟寒天(半固
体)で増殖することができて、それらは細胞集塊(フォ
ーカス)を群集化する。フォーカスは、細胞が完全にラ
ンダムで増殖する領域である。これは形質転換細胞の接
触阻止の喪失に起因する。
の細胞(前記のようなコドン13の変異、pcDNA3
‐NRASC、表VII 参照)を軟寒天で継代培養した。
軟寒天アッセイの場合、2.5×104細胞/mlをペト
リ皿に入れた。アッセイは半固体法である。変異N‐r
asクローンは軟寒天で約4〜6日間後に分離コロニー
を形成した。NIH3T3細胞およびpcDNA3プラ
スミド(In VitroGen市販)で安定的にトランスフェク
トされたNIH3T3細胞をコントロールとして軟寒天
上に接種した。2つのコントロールはフォーカスを形成
できなかった。
‐ras構築体の個別コロニーを24ウェルプレートで
単離し、拡張させた。軟寒天アッセイを変異N‐ras
遺伝子のクローン2および4で再び行った(2.5×1
04細胞/ml)。このときには、4〜6日後に明らかに
もっと多くの形質転換細胞のコロニーが認められ、14
日後だと細胞の約70%はフォーカスからなっていた。
培養物中であっても、変異N‐ras遺伝子の細胞は形
質転換細胞のコロニーを形成した。NIH3T3細胞の
場合には、単一がん遺伝子がこれらをがん細胞に形質転
換させる上で十分であることが、軟寒天により認められ
る。悪性形質転換表現型への転換がトランスフェクショ
ンにより生じた。
媒介リボザイムでのmRNAの開裂によるN‐ras発
現の減少 ここでは、軟寒天での悪性表現型の復帰が活性リボザイ
ムMRE763CでのN‐ras形質転換NIH3T3
細胞の感染により生じるかどうかを調べることを目的と
する。この目的のため、活性リボザイムMRE763C
およびpBabc‐Puroプラスミドを構成的に発現
する既に樹立されたGP+envAm‐12プロデュー
サー細胞系のウイルス集団を、標的細胞、即ちN‐ra
s変異体(クローン2および4)を構成的に発現するN
IH3T3細胞、中へ感染させることによる遺伝子トラ
ンスファーに用いた。
(10位でGの代わりにヌクレオチドAを有する配列番
号:1)を発現する純粋細胞集団を得るために、プロマ
イシン選択(1.5μg/ml)を48時間後に開始させ
た。10日間の選択後、各構築体から3クローンを24
ウェルプレートで単離し、T25培養ボトルで拡張させ
た。
MRE763CおよびpBabc‐Puroを構成的に
発現するNIH3T3細胞((Morgenstern and Land,N
ucl.Acids Res.18: 3587-3596,1990);N‐ras変異
体(クローン2および4)で安定的にトランスフェクト
された)の混合集団を、軟寒天で継代培養した。2×1
04細胞/mlをペトリ皿にもう1回入れた。用いられた
コントロールは2×104細胞/ml NIH3T3細胞
(陰性コントロール)、pcDNA3プラスミドで安定
的にトランスフェクトされたNIH3T3細胞(陰性コ
ントロール)と、レトロウイルス構築体pBabc‐P
uroRECおよびpBabc‐Puroで感染されて
いないN‐ras変異体クローン2および4(陽性コン
トロール)であった。軟寒天調製物をインキュベーター
中37℃および5%CO2で7〜14日間インキュベー
トした。
ことにより分析した。軟寒天調製物を各構築体について
同様に4つ作り、平均値を表VII に示されたように計算
した。表VII:リボザイムによる形質転換N‐ras NIH3T3細胞の減少 構築体 クローンの数(平均) 減少 クローン2/クローン4 (%) NIH3T3(陰性コントロール) 3 NIH3T3(pcDNA3) 5(陰性コントロール) NIH3T3(pcDNA3‐NRASC) 91/102 0(陽性コントロール) リボザイムで感染された 42/49 54/52NIH3T3(pcDNA3‐NRASC) pBabc‐Puroで感染された 65/60 29/41 NIH3T3(pcDNA3‐NRASC) リボザイムでの形質導入により悪性形質転換表現型の復
帰が起きたが、これはレトロウイルスベクターだけの存
在下でも生じる。
を示した図である。(A)は変異N‐ras mRNA
に対する合成基質と複合化されたリボザイムについて示
している。(B)は野生型N‐ras mRNAに対す
る合成基質と複合化されたリボザイムについて示してい
る。開裂部位は矢印で示され、共通配列はボックスで囲
まれている。ステムはHertel et al.(1992),Nucl.Acids
Res.20: 3252 に従い番号付けしている。
ストラテジーを示した図である。pcN1増幅物および
200bp断片をpBluescript II KSに別々に連結し
た。3部分連結では、双方の断片をpBluescript転写ベ
クターでT7プロモーターの後に連結した。
Claims (23)
- 【請求項1】NUX開裂部位(ここで、Nはいずれかの
塩基であり、XはA、CまたはUである)で変異N‐r
as mRNAを開裂する酵素RNA分子。 - 【請求項2】13〜50ヌクレオチドからなる、請求項
1に記載の酵素RNA分子。 - 【請求項3】RNAがハンマーヘッドモチーフを有して
いる、請求項1または2に記載の酵素RNA分子。 - 【請求項4】RNAが耐ヌクレアーゼ部分として修飾さ
れた、請求項1〜3のいずれか一項に記載の酵素RNA
分子。 - 【請求項5】配列番号:1の塩基配列を有する、請求項
1〜4のいずれか一項に記載の酵素RNA分子。 - 【請求項6】配列番号:2の塩基配列を有する、請求項
1〜5のいずれか一項に記載の酵素RNA分子。 - 【請求項7】1以上の2′‐ヒドロキシ基が修飾され
た、請求項1〜6のいずれか一項に記載の酵素RNA分
子。 - 【請求項8】2′‐ヒドロキシ修飾が2′‐デオキシリ
ボ、2′‐O‐メチル、2′‐フルオロおよび/または
2′‐アミノ基である、請求項7に記載の酵素RNA分
子。 - 【請求項9】リン酸/糖主鎖の1以上の糖残基が修飾さ
れた、請求項1〜8のいずれか一項に記載の酵素RNA
分子。 - 【請求項10】糖の修飾がα‐およびD‐フラノシド、
炭素環式五員環アナログ、環拡大および環縮小糖、非環
式糖として規定される、請求項9に記載の酵素RNA分
子。 - 【請求項11】修飾が酵素RNA分子の結合領域にあ
る、請求項10に記載の酵素RNA分子。 - 【請求項12】糖の修飾が2′‐O‐メチル、2′‐O
‐ブチル、2′‐O‐アリル、2′‐O‐メトキシエト
キシのような2′‐O‐アルキルリボース、あるいは
2′‐フルオロ‐2′‐デオキシリボースおよび2′‐
アミノ‐2′‐デオキシリボースとして規定される、請
求項9に記載の酵素RNA分子。 - 【請求項13】1以上のリン酸ヌクレオシド間残基が修
飾された、請求項1〜7のいずれか一項に記載の酵素R
NA分子。 - 【請求項14】修飾がホスホロチオエート、ホスホロジ
チオエート、アルキルホスホネート、アリールホスホネ
ート、アリールアルキルホスホルアミデート、ホスフェ
ートエステル、3′‐3′‐および5′‐5′‐転換と
して規定される、請求項13に記載の酵素RNA分子。 - 【請求項15】ホルムアセタール、3′‐チオホルムア
セタールまたはメチルヒドロキシルアミンにより1以上
のリン酸架橋が置換された、請求項1〜7のいずれか一
項に記載の酵素RNA分子。 - 【請求項16】ポリアミド核酸によりリン酸/糖主鎖が
部分的に置換された、請求項1〜7のいずれか一項に記
載の酵素RNA分子。 - 【請求項17】1以上の修飾塩基を有する、請求項1〜
7のいずれか一項に記載の酵素RNA分子。 - 【請求項18】修飾塩基が5‐プロピニル‐U、5‐プ
ロピニル‐C、7‐デアザ‐7‐プロピニル‐A、7‐
デアザ‐7‐プロピニル‐G、5‐メチル‐Cまたは5
‐フルオロ‐Uとして規定される、請求項17に記載の
酵素RNA分子。 - 【請求項19】5′、3′および/または2′末端が置
換されている、請求項1〜7のいずれか一項に記載の酵
素RNA分子。 - 【請求項20】置換が、‐O‐(CH2)nCH3(n
=6〜18)のような親油基、ステロイド残基、ビタミ
ンE、AまたはD、胆汁酸、葉酸、マンノース、ペプチ
ドのような天然キャリア系を利用した複合体、プソラレ
ンおよびアクリジン誘導体のような標的への結合性を高
めるインターカレーター部分を有する末端基として規定
される、請求項19に記載の酵素RNA分子。 - 【請求項21】請求項7〜20に記載された組合せの修
飾を含む、請求項1〜6のいずれか一項に記載の酵素R
NA分子。 - 【請求項22】請求項1〜21のいずれか一項に記載の
1以上の酵素RNA分子を、生理学上許容される補助物
質および/またはビヒクルとともに適宜含んでなる医薬
組成物。 - 【請求項23】異常細胞増殖および/または分化を伴う
N‐rasの発現に起因するかまたはそれに関係した疾
患の治療用薬剤の製造のための、請求項1〜21のいず
れか一項に記載の酵素RNA分子の使用。
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