JPH10234376A - ω−シクロヘキサン脂肪酸の生合成に関与する酵素をコードする核酸、その塩基配列の一部または全部を含む核酸プライマーおよび核酸プローブ、ならびにAlicyclobacillus属に属する微生物の検出および同定方法 - Google Patents

ω−シクロヘキサン脂肪酸の生合成に関与する酵素をコードする核酸、その塩基配列の一部または全部を含む核酸プライマーおよび核酸プローブ、ならびにAlicyclobacillus属に属する微生物の検出および同定方法

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JPH10234376A
JPH10234376A JP9046570A JP4657097A JPH10234376A JP H10234376 A JPH10234376 A JP H10234376A JP 9046570 A JP9046570 A JP 9046570A JP 4657097 A JP4657097 A JP 4657097A JP H10234376 A JPH10234376 A JP H10234376A
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leu
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JP9046570A
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Ariaki Obara
有晶 小原
Motohiro Niwa
源廣 丹羽
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Kirin Beverage Corp
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Kirin Beverage Corp
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Abstract

(57)【要約】 【解決課題】 迅速かつ簡便な耐熱性好酸性菌の検出お
よび同定方法を提供する。 【解決手段】 ω−シクロヘキサン脂肪酸の生合成に関
与する酵素をコードする核酸;前記核酸の塩基配列の一
部または全部を含む核酸プライマー;前記核酸プライマ
ーを用いて、Alicyclobacillus属に属する微生物を検出
および/または同定する方法;前記核酸の塩基配列の一
部または全部を含む核酸プローブ;および前記核酸プロ
ーブを用いて、Alicyclobacillus属に属する微生物を検
出および/または同定する方法。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、ω−シクロヘキサ
ン脂肪酸の生合成に関わる酵素をコードする核酸、その
塩基配列の一部または全部を含む核酸プライマーおよび
核酸プローブ、それらの核酸プライマーまたは核酸プロ
ーブを用いてAlicyclobacillus属に属する微生物を検出
および/または同定する方法に関するものである。
【0002】
【従来の技術】果汁もしくは果汁を含む飲料は、その液
性が酸性領域にあり、一般的に細菌は生育しにくい。し
かし、酸性領域で生育する好酸性菌がおり、さらに当該
飲料の殺菌温度では死滅しにくい耐熱性菌が存在し、耐
熱性好酸性菌と呼ばれている。当該飲料製造において、
原料果汁中の当該飲料中で増殖性を有する耐熱性好酸性
菌の有無を検査する必要がある。そのため、耐熱性好酸
性菌の検出用選択培地及びその検出法(特開平8-14069
7)や果汁中で増殖性を持つ耐熱性好酸性菌の検出法
(特開平8-140696)が開発され、耐熱性好酸性菌の検出
や同定に用いられている。
【0003】しかしながら、検出用選択培地を用いる方
法では検査試料を培地に植菌し、増殖の有無を確認する
までに時間を要する。また、果汁中で増殖性を持つ耐熱
性好酸性菌の検出法では、検査試料から培養により菌を
単離した後、菌体の脂肪酸組成を分析するため、時間と
手間がかかる。さらに、単離した菌の同定をおこなうた
めには、時間と技術が必要となる。
【0004】
【発明が解決しようとする課題】本発明は、上記のよう
な欠点がない、耐熱性好酸性菌の検出および同定方法を
提供することを目的とする。
【0005】
【課題を解決するための手段】本発明者は、上記課題の
解決法として、耐熱性好酸性菌に特異的なω−シクロヘ
キサン脂肪酸生合成に着目し、これに関わる酵素をコー
ドする遺伝子を取得し、その塩基配列をもとにプライマ
ーを合成し、そのプライマーを利用して検体に混入して
いる微生物の遺伝子DNAを解析することにより、有害
な耐熱性好酸性菌を迅速かつ簡便に検出および同定をお
こなうことに成功して、本発明を完成させるに至った。
【0006】すなわち、本発明は、ω−シクロヘキサン
脂肪酸の生合成に関与する酵素をコードする核酸を提供
する。ω−シクロヘキサン脂肪酸の生合成に関与する酵
素は、耐熱性好酸性菌に由来するものであるとよく、耐
熱性好酸性菌は、好ましくはAl icyclobacillus属に属す
る微生物、より好ましくはAlicyclobacillus aci docald
arius である。上記の核酸は、配列番号3〜8のアミノ
酸配列をそれぞれ含むタンパク質のいずれかあるいはす
べてをコードするものであってもよく、あるいはまた、
配列番号9〜11のアミノ酸配列をそれぞれ含むタンパ
ク質のいずれかあるいはすべてをコードするものであっ
てもよい。配列番号3〜8のアミノ酸配列をそれぞれ含
むタンパク質のいずれかあるいはすべてをコードする核
酸としては、配列番号1の塩基配列を含む核酸を、配列
番号9〜11のアミノ酸配列をそれぞれ含むタンパク質
のいずれかあるいはすべてをコードする核酸としては、
配列番号2の塩基配列を含む核酸などを挙げることがで
きる。また、上記の核酸は、DNAであっても、RNA
であってもよい。
【0007】また、本発明は、ω−シクロヘキサン脂肪
酸の生合成に関与する酵素をコードする核酸の塩基配列
の一部または全部を含む核酸プライマーを提供する。上
記核酸の塩基配列の一部は、配列番号12の塩基配列、
配列番号13の塩基配列、配列番号14の塩基配列、配
列番号15の塩基配列、配列番号16の塩基配列、また
は配列番号17の塩基配列であってもよい。また、核酸
プライマーは、DNAであっても、RNAであってもよ
い。
【0008】さらに、本発明は、上記の核酸プライマー
を用いて、Ali cyclobacillus属に属する微生物を検出お
よび/または同定する方法を提供する。この検出および
/または同定方法においては、検体中に存在するDNA
が上記の核酸プライマーにより増幅されるか否かを調べ
ることにより、検体中のAlicycl obacillus属に属する微
生物の存否を決定することができる。核酸プライマー
は、配列番号12の塩基配列を含むオリゴヌクレオチ
ド、配列番号13の塩基配列を含むオリゴヌクレオチ
ド、または両者の組み合わせであるとよい。あるいはま
た、核酸プライマーは、配列番号14の塩基配列を含む
オリゴヌクレオチド、配列番号15の塩基配列を含むオ
リゴヌクレオチド、または両者の組み合わせであっても
よい。さらに、核酸プライマーは、配列番号16の塩基
配列を含むオリゴヌクレオチド、配列番号17の塩基配
列を含むオリゴヌクレオチド、または両者の組み合わせ
であってもよい。上記の方法によって、特にAlicyc loba
cillus acidocaldarius を効果的に検出および/または
同定することができる。
【0009】さらにまた、本発明は、ω−シクロヘキサ
ン脂肪酸の生合成に関与する酵素をコードする核酸の塩
基配列の一部または全部を含む核酸プローブを提供す
る。核酸プローブは、DNAであっても、RNAであっ
てもよい。
【0010】本発明は、また、上記の核酸プローブを用
いて、Alicyclobacillus属に属する微生物を検出および
/または同定する方法を提供する。この検出および/ま
たは同定方法においては、検体中に存在するDNAが上
記の核酸プローブとハイブリダイズするか否かを調べる
ことにより、検体中のAlicyclobacillus属に属する微生
物の存否を決定することができる。この方法により、特
Alicyclobacillus acidocaldarius を効果的に検出お
よび/または同定することができる。以下、本発明につ
いて詳細に説明する。
【0011】
【発明の実施の態様】近年、PCR法により特定の遺伝子
領域を増幅し、その増幅産物の解析から生物の遺伝的多
型を検出することにより、その系統を遺伝的に鑑別する
ことが可能となった。例えば、微生物学では16Sリボソ
ームRNA遺伝子の塩基配列が微生物の分類に利用されて
いる。16SリボソームRNA遺伝子は、タンパク質合成に重
要な細胞内小器官であるリボソームの構成成分であるリ
ボソームRNAをコードする遺伝子であり、全ての微生物
に存在する。さらに、この遺伝子の塩基配列は、生物の
進化に伴い変化していることが知られている。
【0012】このような性質を利用して、検査する微生
物のDNAから、16SリボソームRNA遺伝子を増幅するため
のプライマーを用いたPCR法により16SリボソームRNA遺
伝子を特異的に増幅し、その塩基配列を解析することに
より、分類、同定されている。
【0013】しかしながら、16SリボソームRNA遺伝子を
増幅するためのプライマーでは、全ての微生物から増幅
産物が得られてしまい、特定の微生物を簡便に検出する
には適していない。そこで、特定の微生物のみを検出す
るプライマーが望まれる。
【0014】ところで、原料果汁、果汁もしくは果汁を
含む飲料に混入する耐熱性好酸性菌には、Alicyclobaci
llus属の菌がある。Alicyc lobacillus属は、ω-シクロ
ヘキサン脂肪酸を主要脂肪酸として有している。この脂
肪酸は、他の生物で観察されたという報告は一例しかな
く、Alicyclobacillus属に特異的に存在している。従っ
て、ω-シクロヘキサン脂肪酸の生合成はこの微生物特
異的であることから、これに関わる酵素と酵素をコード
する遺伝子は他の生物と異なると考えられた。そこで、
本発明者らは、この特異的な遺伝子の塩基配列をもちい
ることにより、耐熱性好酸性菌のみを検出することを可
能とした。以下に、ω−シクロヘキサン脂肪酸生合成に
関わる酵素をコードする遺伝子群の取得方法およびその
塩基配列の決定方法について説明する。
【0015】まず、試料として用いる微生物から公知の
DNA抽出法、例えば、フェノール抽出法またはCTAB法(Me
ade, H. M., S. R. Long, C. B. Ruvkun, S.
E.Brown, and F. M. Ausubel., J. Bacteriol.,
149,114-122 (1982))により、DNAを抽出する。このDNA
を適当な制限酵素を用いて切断し、DNAフラグメントを
調製する。そして、このDNAフラグメントをプラスミド
ベクターあるいはファージベクターに組み込み、大腸菌
を形質転換し、遺伝子ライブラリーを作製する。この遺
伝子ライブラリーを、既知の脂肪酸合成に関わる酵素を
コードする遺伝子またはその一部、あるいは当該遺伝子
の塩基配列を基に合成したDNAをプライマーとして用いP
CR法により試料として用いる微生物のDNAから増幅したD
NA断片をプローブとしてスクリーニングし、脂肪酸合成
に関わる酵素をコードする遺伝子を含むクローンを単離
する。得られたクローンの塩基配列を公知の手段により
決定する。決定された塩基配列をもとに核酸データベー
スを検索することにより、既知の遺伝子配列と比較し、
脂肪酸合成に関わる酵素をコードする領域を判別するこ
とができる。
【0016】本発明において、上記の遺伝子の塩基配列
を遺伝子増幅用プライマーの設計及び調製に用いること
をひとつの特徴とする。プライマーの設計に関しては、
増幅する領域の長さは100〜2000bp程度とし、その内に
タンパク質コード領域の全部あるいは一部を含むように
するのがPCR増幅産物の特異性を高めやすいという点に
おいて好ましい。さらに、タンパク質領域に隣接する領
域の全部あるいは一部を含むようにすることは、PCR増
幅産物の長さについて特異性を高めやすいという点にお
いて好ましい。また、プライマーの長さは、15〜30mer
程度、好ましくは20mer程度である。また、2種のプライ
マーのTm値を可能なかぎり近付けることが増幅の再現性
を高めるという点で好ましい。プライマーの塩基配列
は、可能なかぎり当該遺伝子の塩基配列と一致させるこ
とは、増幅する遺伝子領域への結合性を向上させるとい
う点で好ましい。しかし、プライマーの塩基配列が完全
に当該遺伝子の塩基配列と一致していない場合にも、遺
伝子増幅用プライマーとして用いることが可能である。
しかしながら、遺伝子増幅用プライマーの塩基配列と当
該遺伝子の塩基配列との相違は30%以内であることが好
ましい。これらの相違が30%を越えてしまうと増幅する
遺伝子領域への結合効率が低下するため好ましくない。
【0017】遺伝子増幅用プライマーは、上記の条件を
考慮し、公知の手段であるβ-シアノエチル合成法を用
いたパーキンエルマー社製等の自動DNA合成装置により
簡単に合成できる。
【0018】先に述べた課題を解決するために新たに単
離したω−シクロヘキサン脂肪酸生合成に関わる酵素を
コードする遺伝子群の塩基配列をもとに、遺伝子増幅用
プライマーを作製し、これらを用いて検体中のDNAの
増幅の有無を確認することにより耐熱性好酸性菌の一種
であるAlicyclobacillus属に属する微生物を検出、同定
することができる。Alicyclobacillus属に属する微生物
としては、Alicy clobacillus acidocaldarius Alicyc
lobaci llus acidoterrestrisAlicyclobacillus cy clo
heptanicusなどを挙げることができる。このうち、特に
Alicyclobacillus acidocaldarius を効果的に検出する
ことができる。以下に、耐熱性好酸性菌の一種であるAl
icyclobacillus属に属する微生物の迅速かつ簡便な検
出、同定法の一例について説明する。
【0019】まず、検体とする原料果汁、果汁もしくは
果汁を含む飲料などから公知のDNA抽出法、例えば、フ
ェノール抽出法により、DNAを抽出する。その一部に特
定の条件下で遺伝子増幅用プライマーとDNA合成酵素を
作用させPCR反応をおこなうと、DNA試料中のある特定の
遺伝子領域が増幅される。PCR反応液を電気泳動法によ
りDNA断片のサイズ別に分離すると、DNA増幅産物の存在
が確認できる。期待されるサイズのDNA増幅産物の有無
で試料中の耐熱性好酸性菌の混入の有無を判定する。さ
らに、DNA増幅産物の塩基配列を決定し、耐熱性好酸性
菌の当該遺伝子領域の塩基配列と比較することにより、
より信頼性の高い検出、同定が可能となる。
【0020】また、本発明は、当該遺伝子配列の全部又
は一部をプローブとして用いたDNAハイブリダイゼー
ション法により耐熱性好酸性菌を検出することを特徴と
する。以下に、DNAハイブリダイゼーション法による
耐熱性好酸性菌の検出法について説明する。
【0021】耐熱性好酸性菌を検出するためのプローブ
は、脂肪酸生合成に関わる酵素をコードする遺伝子群を
含むベクターを適当な制限酵素で消化し、当該遺伝子の
DNAフラグメントを分取することにより得ることがで
きる。また、β−シアノエチル合成法を用いたパーキン
エルマー社製等の自動DNA合成装置により簡単に合成
することもできる。
【0022】さらに、得られたDNAフラグメントをD
NAハイブリダイゼーション法で検出可能とするために
公知の方法で標識する。例えば、32Pにより標識する場
合には、ニックトランスレーション法やマルチプライム
法を、オリゴヌクレオチドの標識には5'末端標識法等を
用いることができる。
【0023】検体とする原料果汁、果汁もしくは果汁を
含む飲料などから、公知のDNA抽出法、例えば、フェ
ノール抽出法により、DNAを抽出する。その一部を変
性させ一本鎖DNAとし、ナイロンメンブレン等に吸
着、固定する。これと先に調製したプローブとハイブリ
ダイゼーションを行うと、相補的な塩基配列で二本鎖D
NAが形成される。この二本鎖DNAが形成された検体
は、プローブに標識された物質により検出される。この
検出の有無で検体中の耐熱性好酸性菌の混入の有無を判
定する。
【0024】
【実施例】以下、実施例により本発明をより具体的に説
明するが、本発明の技術的範囲はこれら実施例によって
限定されるわけではない。 〔実施例1〕Alicyclobac illus acidocaldariusのアシ
ルキャリヤータンパク質(acyl carrier protein)遺伝
子を含む脂肪酸生合成に関わる酵素をコードする遺伝子
群の塩基配列の決定 本実施例は、Alicyclobac illus acidocaldariusのacyl
carrier protein遺伝子を含む脂肪酸生合成に関わる酵
素をコードする遺伝子群を単離しようとするものであ
る。
【0025】Alicyclobac illus acidocaldariusは、Am
erican Type Culture Collectionに寄託されているATCC
27009株を用いた。本菌の培養は、0.5 % Yeast Extrac
t, 0.5 % Bacto Pepton, 0.1 % glucoseを含みリンゴ酸
でpH4.5に調製した培養液 100mlに本菌を接種し、45℃
で一晩振盪培養した。菌の増殖した培養液を遠心し、菌
体を集めた。菌体からのDNAの抽出はCTAB法によりおこ
ない、得られた沈殿を10 mM Tris-HCl (pH 7.4), 1 mM
EDTA (pH 8.0)を含む緩衝液 1 mlに溶解し、DNA溶液と
した。
【0026】遺伝子ライブラリーの作製は以下の手順で
行った。DNAの切断は、50 mM Tris-HCl (pH7.5), 10 mM
MgCl2, 1 mM Dithiothreitol, 100 mM NaCl, 0.01 % B
SA,0.01% Triton X-100と10単位の制限酵素NotI ( 宝酒
造社製)と4 ugのDNAを含む反応液50 ulを37℃で6 時間
反応を行った。反応液をフェノール-クロロフォルム抽
出、クロロフォルム抽出により精製し、エタノール沈殿
により濃縮した後、10ulの滅菌水に溶解しDNA溶液とし
た。ベクターの調製は、10 ulのラムダFIX IIベクター
(ストラタジーン社製,1 ug/ul)に、300 mM Tris-HCl (p
H 7.4), 100 mMDTT, 100 mM MgCl2, 10 mM ATPを含むラ
イゲーション反応液 2 ul、1 ulのT4DNAリガーゼ(ベー
リンガーマンハイム社製,1 U/ul)と7 ulの滅菌水を加
え、16℃で一晩連結反応を行なった。反応液20 ulに、5
00 mM Tris-HCl (pH7.5), 100 mM MgCl2, 10 mM Dithio
threitol, 1000 mM NaClを含むバッファH 10 ul, 10 ul
の0.1 % BSA, 10 ulのTriton X-100, 1 ulの制限酵素No
tI と49 ulの滅菌水を加え、37℃で2 時間反応を行っ
た。さらにこの反応液100 ulに25 ulの1 M Tris-HCl(pH
9.0)、374 ulの滅菌水と1 ulの牛小腸由来のアルカリフ
ォスファターゼ(ベーリンガーマンハイム社製,1 U/ul)
を加え、37℃で30分間脱リン酸化反応をおこなった。当
該反応液をフェノール-クロロフォルム抽出、クロロフ
ォルム抽出により精製し、エタノール沈殿により濃縮し
た後、10 ulの滅菌水に溶解しベクター溶液とした。断
片化されたDNAのベクターへの組み込みは、3 ulのDNA溶
液に、1 ulのベクター溶液、ライゲーション反応液 0.5
ul、および0.5 ulのT4DNAリガーゼを加え、16℃で一晩
連結反応を行なった。この反応液のうち 1 ulをギガパ
ックIIゴールドパッケージンクエキストラクト(ストラ
タジーン社製)をもちいて、invitroパッケージングをお
こない、遺伝子ライブラリーとした。
【0027】DNAプローブは、塩基配列 CTYGGHGCNGATTC
DCTSGACACSGTTGAGMT(配列番号18)で表されるものを
パーキンエルマー社製394型DNA/RNAシンセザイザーを用
いて合成した。
【0028】遺伝子ライブラリーのスクリーニングは、
遺伝子ライブラリーの一部をプレートにまき、プラーク
のブロット、プライマーの標識、ハイブリダイゼーショ
ン、ハイブリッドの検出は、ECL 3'-オリゴラベリング
・検出システム(アマシャム社製)を用いておこなった。
その結果数個の陽性クローンが得られた。
【0029】陽性クローンのサブクローニングは、以下
の手順でおこなった。1個の陽性クローンからのファー
ジDNAの調製は、Maniatisらの方法(T.Maniatis,E.E.Fri
tsch,and J.Sambrook,"Molecular Cloning" Cold Sprin
g Harbor Laboratory 1982)によりおこなった。得られ
たファージDNA 10 ugを50 mM Tris-HCl (pH7.5), 10mM
MgCl2, 1 mM Dithiothreitol, 100 mM NaCl, 0.01 % BS
A, 0.01% Triton X-100と10単位の制限酵素NotI を含む
反応液100 ulで37℃で2 時間消化した。反応液を1 %ア
ガロースゲル電気泳動に供し、DNAフラグメントとベク
ターDNAとを分離し、DNAフラグメントをGene Clean II
キット(Bio 101社製)をもちいてゲルから回収した。サ
ブクローニングするベクターの調製は、pBluescript II
KS+ DNA2 ugを50 mM Tris-HCl (pH7.5), 10 mM MgCl2,
1 mM Dithiothreitol, 100 mMNaCl, 0.01 % BSA, 0.01
% Triton X-100と10単位の制限酵素NotI を含む反応液2
0 ulで37℃で2 時間消化した後、2 ulの1 M Tris-HCl(p
H 9.0)、77 ulの滅菌水と1 ulの牛小腸由来のアルカリ
フォスファターゼを加え、37℃で30分間脱リン酸化反応
をおこなった。反応液をフェノール-クロロフォルム抽
出、クロロフォルム抽出により精製し、エタノール沈殿
により濃縮した後、10 ulの滅菌水に溶解しベクター溶
液とした。回収したDNAのベクターへの組み込みは、3 u
lのDNA溶液に、0.5 ulのベクター溶液、ライゲーション
反応液 1 ul、および1 ulのT4DNAリガーゼを加え、16℃
で一晩連結反応を行なった。2 ulの反応液と100 ulのJM
109コンピテントセル(東洋紡社製)を混合し、1 mM IPT
G,0.02 % X-galを含むLB培地に蒔き形質転換を行なっ
た。プレートから組み換え体を含むクローンを選別し、
プラスミドpOP3を含む大腸菌形質転換体とした。
【0030】収得した遺伝子の塩基配列の決定は、以下
の手順でおこなった。プラスミドpOP3を含む大腸菌形質
転換体からアルカリ-SDS法(T.Maniatis,E.E.Fritsch,an
d J.Sambrook,"Molecular Cloning" Cold Spring Harbo
r Laboratory 1982)によりプラスミドDNAを抽出した。
抽出したDNAを適当な制限酵素で切断し、DNAフラグメン
トをプラスミドベクターpUC118あるいはpUC119に挿入
し、大腸菌JM109へ導入した。また、それらからプラス
ミドDNAを抽出し、キロシーケンス用デレーションキッ
ト(宝酒造社製)をもちいて、多数のデレーションクロー
ンを得た。収得した遺伝子の一部を含むクローンからプ
ラスミドDNAを抽出し、アプライドバイオシステムズ社
製の蛍光プライマー-サイクル-シーケシング-キットを
用いてシーケンス反応を行なった後、アプライドバイオ
システムズ社製373A型DNAシーケンサーを用いて挿入さ
れたDNAの塩基配列の決定を行なった。得られた塩基配
列を連結し、収得した遺伝子の一部の塩基配列を決定し
た。
【0031】決定された当該遺伝子の塩基配列を配列番
号1に表示する。オープンリーディングフレームである
ORF-1 〜6 のアミノ酸配列を配列番号3〜8に表示す
る。また、当該遺伝子の制限酵素地図と塩基配列の解析
により見い出されたタンパク質コード領域の略図を図1
に示す。さらに、当該遺伝子の塩基配列から推定される
アミノ酸配列を基にタンパク質データベースのひとつで
あるProtein Identification Resourceを検索したとこ
ろ、幾つかの既知の脂肪酸生合成に関わる酵素のアミノ
酸配列と相同性を示した。その結果を表1に示す。
【0032】
【表1】
【0033】〔実施例2〕Alicyclob acillus acidocal
dariusのβ−ケトアシル−ACP シンターゼIII(β-ketoa
cyl-ACPsynthase III)をコードする遺伝子の塩基配列の
決定 本実施例は、Alicyclobac illus acidocaldariusのβ-k
etoacyl-ACPsynthaseIII をコードする遺伝子を単離し
ようとするものである。本実施例で用いる、供試菌株、
菌の培養、DNA溶液の調製は実施例1と同様である。
【0034】遺伝子ライブラリーの作製は以下の手順で
行った。DNAの切断は、50 mM Tris-HCl (pH7.5), 10 mM
MgCl2, 1 mM Dithiothreitol, 100 mM NaClと10単位の
制限酵素EcoRI( 宝酒造社製)と4 ugのDNAを含む反応液5
0 ulを37℃で6 時間反応を行った。反応液をフェノール
-クロロフォルム抽出、クロロフォルム抽出により精製
し、エタノール沈殿により濃縮した後、10 ulの滅菌水
に溶解しDNA溶液とした。ベクターの調製は、10 ulのラ
ムダFIX IIベクターに、300 mM Tris-HCl (pH 7.4), 10
0 mM DTT, 100 mM MgCl2, 10 mM ATPを含むライゲーシ
ョン反応液 2 ul、1 ulのT4DNAリガーゼと7 ulの滅菌水
を加え、16℃で一晩連結反応を行なった。反応液20 ul
に、500 mM Tris-HCl (pH7.5), 100 mM MgCl2, 10 mM D
ithiothreitol, 1000 mM NaClを含むバッファH 10 ul,
1 ulの制限酵素EcoRIと49 ulの滅菌水を加え、37℃で2
時間反応を行った。さらにこの反応液100 ulに25 ulの1
MTris-HCl(pH 9.0)、374 ulの滅菌水と1 ulの牛小腸由
来のアルカリフォスファターゼを加え、37℃で30分間脱
リン酸化反応をおこなった。当該反応液をフェノール-
クロロフォルム抽出、クロロフォルム抽出により精製
し、エタノール沈殿により濃縮した後、10 ulの滅菌水
に溶解しベクター溶液とした。断片化されたDNAのベク
ターへの組み込みは、3 ulのDNA溶液に、1 ulのベクタ
ー溶液、ライゲーション反応液 0.5 ul、および0.5 ul
のT4DNAリガーゼを加え、16℃で一晩連結反応を行なっ
た。この反応液のうち 1 ulをギガパックIIゴールドパ
ッケージンクエキストラクトをもちいて、in vitroパッ
ケージングをおこない、遺伝子ライブラリーとした。
【0035】DNAプローブの作製は、以下の手順で行っ
た。1 ulの供試菌株から調製したDNA溶液を10 mM Tris-
HCl (pH 8.3),50 mM KCl,1.5 mM MgCl2,0.001 %(w/v) g
elatin,200 uM dATP,200 uM dCTP,200 uM dGTP,200 uM
dTTP と 20 pmolのプライマー(塩基配列 TTYGGCGAYGSS
GCSGGCGC (配列番号19),塩基配列 ATSCGVWKGTTSGCC
TGGTG (配列番号20))および2.5 単位のアンプリタ
ックDNAポリメラーゼを含む反応液 99 ulに加え、宝酒
造社製DNAサーマルサイクラーを用いて、94℃,30秒間、
55℃,1分間、72℃,30秒間の条件で 30サイクルのPCR反
応を行なった。PCR反応終了後、PCR増幅産物をエタノー
ル沈殿により濃縮した後、3 %アガロースゲル電気泳動
に供し、PCR増幅産物をDNAフラグメントとして分離し
た。約300bpの長さのDNAフラグメントをGene Clean II
キットによりアガロースゲルから回収し、プローブ溶液
とした。
【0036】遺伝子ライブラリーのスクリーニングは、
遺伝子ライブラリーの一部をプレートにまき、プラーク
のブロット、プライマーの標識、ハイブリダイゼーショ
ン、ハイブリッドの検出は、ECL-ダイレクトDNA/RNAラ
ベリング・検出システム(アマシャム社製)を用いておこ
なった。その結果数個の陽性クローンが得られた。
【0037】陽性クローンのサブクローニングは、以下
の手順でおこなった。1個の陽性クローンからのファー
ジDNAの調製は、Maniatisらの方法によりおこなった。
得られたファージDNA 10 ugを50 mM Tris-HCl (pH7.5),
10 mM MgCl2, 1 mM Dithiothreitol, 100 mM NaClと10
単位の制限酵素EcoRIとXbaI ( 宝酒造社製)を含む反応
液100 ulで37℃で2 時間消化した。反応液を1 %アガロ
ースゲル電気泳動に供し、DNAフラグメントとベクターD
NAとを分離し、約7kbの長さのDNAフラグメントを先と同
様にゲルから回収した。サブクローニングするベクター
の調製は、pUC118 DNA 2 ugを50 mM Tris-HCl (pH7.5),
10 mM MgCl2, 1 mM Dithiothreitolと10単位の制限酵
EcoRIとXbaI を含む反応液20 ulで37℃で2 時間消化
した後、2ulの1 M Tris-HCl(pH 9.0)、77 ulの滅菌水と
1 ulの牛小腸由来のアルカリフォスファターゼを加え、
37℃で30分間脱リン酸化反応をおこなった。反応液をフ
ェノール-クロロフォルム抽出、クロロフォルム抽出に
より精製し、エタノール沈殿により濃縮した後、10 ul
の滅菌水に溶解しベクター溶液とした。回収したDNAの
ベクターへの組み込みは、3 ulのDNA溶液に、0.5 ulの
ベクター溶液、ライゲーション反応液 1 ul、および1 u
lのT4DNAリガーゼを加え、16℃で一晩連結反応を行なっ
た。2 ulの反応液と100 ulのJM109コンピテントセルを
混合し、1 mM IPTG, 0.02 % X-galを含むLB培地に蒔き
形質転換を行なった。プレートから組み換え体を含むク
ローンを選別し、プラスミドpKS1を含む大腸菌形質転換
体とした。
【0038】収得した遺伝子の塩基配列の決定は実施例
1と同様におこない、全塩基配列を決定した。決定され
た当該遺伝子の塩基配列を配列番号2に表示する。オー
プンリーディングフレームであるORF-1 〜3 のアミノ酸
配列を配列番号9〜11に表示する。また、当該遺伝子
の制限酵素地図と塩基配列の解析により見い出されたタ
ンパク質コード領域の略図を図2に示す。さらに、当該
遺伝子の塩基配列から推定されるアミノ酸配列を基にタ
ンパク質データベースのひとつであるProtein Identifi
cation Resourceを検索したところ、幾つかの既知の脂
肪酸生合成に関わる酵素のアミノ酸配列と相同性を示し
た。その結果を表2に示す。
【0039】
【表2】
【0040】〔実施例3〕耐熱性好酸性菌の検出 本実施例は、本発明を用いて果汁中に混入した耐熱性好
酸性菌を検出しようとするものである。試験に供する果
汁は、オレンジ、グレープフルーツ、アップル、ピー
チ、グレープ、パイナップル、レモン果汁とこれらの果
汁に1 ml当り1 ulのA licyclobacillus acidocaldarius
ATCC27009の培養液を加えたものを用いた。それぞれの
果汁からのDNAの抽出は、以下の手順でおこなった。果
汁0.5 mlに等量のフェノール-クロロホルム混液を加え
良く攪拌した後、15,000 rpmで10分間遠心分離をおこな
った。上清を分注し、等量のクロロホルムを加え良く攪
拌した後、さらに15,000 rpmで10分間遠心分離をおこな
った。上清を分注し、1/10量の 3 M CH3COONa (pH 5.3)
と2.5 倍量のエタノールを加え-20 ℃に一晩放置した。
15,000 rpmで10分間遠心分離を行なった後、沈殿を 10
mM Tris-HCl (pH 8.0),1 mM EDTA (pH8.0)を含む緩衝液
1 mlに溶解し、DNA溶液とした。
【0041】プライマーは、実施例1で得られたpOP3と
実施例2で得られたpKS1の塩基配列をもとに設計し、ア
プライドバイオシステム社製394型DNA/RNAシンセサイザ
ーを用いて合成した。それぞれのプライマーの塩基配列
と組み合わせと増幅される領域の長さを表3に示す。
【0042】
【表3】表3.遺伝子増幅用プライマーの塩基配列と増
幅産物の長さ
【0043】次に、DNAの増幅は、10 mM Tris-HCl (pH
8.3),50 mM KCl,1.5 mM MgCl2,0.001 %(w/v) gelatin,2
00 uM dATP,200 uM dCTP,200 uM dGTP,200 uM dTTP お
よび20 pmolのプライマーを含む反応液 98.5 ulに1 ul
のDNA溶液と0.5 ulのアンプリタックDNAポリメラーゼ(5
Units/ul)を加え、宝酒造社製DNAサーマルサイクラー
を用いて、94℃,1分間、60℃,1分間、72℃,1分間の条件
で 25 サイクルのPCR反応を行なった。PCR反応終了後、
反応液の一部をアガロースゲル電気泳動に供し、エチジ
ウムブロマイド染色後、UV照射により増幅したDNAの有
無および長さを確認した(図3〜5)。図中、レーンMは
φX174-HincII消化物を、レーン1はオレンジ果汁を、
レーン2はアップル果汁を、レーン3はグレープフルー
ツ果汁を、レーン4はグレープ果汁を、レーン5はパイ
ン果汁を、レーン6はレモン果汁を、レーン7はピーチ
果汁を示し、+は耐熱性好酸性菌(Alicyclobacillus
acidocaldarius)の添加を、−は耐熱性好酸性菌無添加
を示す。その結果、耐熱性好酸性菌を含む全ての果汁の
み、目的の増幅産物の長さのバンドが観察された。従っ
て、本発明により果汁中に混入した耐熱性好酸性菌(Al
icycloba cillus acidocaldarius)の検出が可能である
ことが示された。
【0044】〔実施例4〕耐熱性好酸性菌の同定 本実施例は、本発明のプライマーを用いて耐熱性好酸性
菌を同定しようとするものである。試験に供する菌株を
表4に示す。
【0045】
【表4】
【0046】それぞれの菌からのDNAの抽出は、以下の
手順でおこなった。それぞれの菌の増殖した培養液1 ml
を遠心し、菌体を集めた。菌体を 10 mM Tris-HCl (pH
7.4), 1 mM EDTA (pH 8.0)を含む緩衝液 0.5 mlに懸濁
した。懸濁液に等量のフェノール-クロロホルム混液を
加え良く攪拌した後、15,000 rpmで10分間遠心分離をお
こなった。上清を分注し、等量のクロロホルムを加え良
く攪拌した後、さらに15,000 rpmで10分間遠心分離をお
こなった。上清を分注し、1/10量の 3 M CH3COONa (pH
5.3)と2.5 倍量のエタノールを加え-20 ℃に一晩放置し
た。15,000 rpmで10分間遠心分離を行なった後、沈殿を
10 mM Tris-HCl (pH 8.0),1 mM EDTA (pH 8.0)を含む
緩衝液 1 mlに溶解し、DNA溶液とした。プライマーは、
実施例3において調製したものを用いた。
【0047】次に、DNAの増幅は、10 mM Tris-HCl (pH
8.3),50 mM KCl,1.5 mM MgCl2,0.001 %(w/v) gelatin,2
00 uM dATP,200 uM dCTP,200 uM dGTP,200 uM dTTP お
よび20 pmolのプライマーを含む反応液 98.5 ulに1 ul
のDNA溶液と0.5 ulのアンプリタックDNAポリメラーゼ(5
Units/ul)を加え、宝酒造社製DNAサーマルサイクラー
を用いて、94℃,1分間、60℃,1分間、72℃,1分間の条件
で 25 サイクルのPCR反応を行なった。PCR反応終了後、
反応液の一部をアがロースゲル電気泳動に供し、エチジ
ウムブロマイド染色後、UV照射により増幅したDNAの有
無および長さを確認した(図6〜8)。図中、レーンMは
φX174-HincI I消化物を、レーン1はAlicyclobacillus
acidocaldarius を、レーン2はAlicyclobacillus acid
oterrestrisを、レーン3はAlicy clobacillus cyclohep
tanicusを、レーン4はEscherichi a coliを、レーン5
Lactobacillus jenseniiを、レーン6はBacill us lic
heniformisを、レーン7はBacillus sphaericus を、レ
ーン8はBacillus subtilisを、レーン9はCand ida alb
icansを、レーン10はSaccharomyces cerevisiaeを示
す。その結果、Alicyclobacillus acidocaldarius
み、目的の増幅産物の長さのバンドが観察された。
【0048】
【発明の効果】本発明により、耐熱性好酸性菌の一種で
あるAlic yclobacillus属に属する微生物の検出および同
定をより迅速かつ簡便に行うことが可能となった。
【0049】
【配列表】
配列番号:1 配列の長さ:7673 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源: 生物名:Alicyclobacillus acidocaldarius 株名:ATCC27009 配列の特徴: 特徴を表す記号:CDS 存在位置:300..1703 特徴を決定した方法:P 他の情報:未知 特徴を表す記号:CDS 存在位置:1797..2501 特徴を決定した方法:S 他の情報:β-ケトアシル[アシルキャリヤータンパク
質]レダクターゼ 特徴を表す記号:CDS 存在位置:2535..2786 特徴を決定した方法:S 他の情報:アシルキャリヤータンパク質 特徴を表す記号:CDS 存在位置:2847..4502 特徴を決定した方法:S 他の情報:アシル-CoA シンテターゼ 特徴を表す記号:CDS 存在位置:4584..5807 特徴を決定した方法:S 他の情報:アシル-CoA デヒドロゲナーゼ 特徴を表す記号:CDS 存在位置:5812..6834 特徴を決定した方法:S 他の情報:アルコールデヒドロゲナーゼ 配列 GGCCGCATTG CGCTTCAGCT CTACCACGCG GGCAGGTATG CGTTTTCGGA GGAGATTGGC 60 CAGCAGGCGG TGGCGCCAAG CCCGCTTCCG TCTCGGCTCA CGCGCGAGAC GCCCCGCGAG 120 ATGACGCTCG AGGACATCCG TCGCACCATC GAAGGCTACG CGAACGCGGC GCGGACCGCG 180 AAGGACATAG GCTTTGACGC CATCGAGATT ATGGGCTCCG AAGCTATCTG CTCAACCAGT 240 TCTTGTCGCC CTTGACCAAC CACCGCAACG ACGAATACGG CGGCGACTTC GAGCGGCGC 299 ATG CGG CTG CCC CTC GAG GTG GTG GAG GCG GTG CGC CCT GCC GTG GGT 347 Met Arg Leu Pro Leu Glu Val Val Glu Ala Val Arg Pro Ala Val Gly 1 5 10 15 CCA GAG TTC CCC ATC ATC TTC CGC ATG TCG GGG CTC GAC TGC ATG CCC 395 Pro Glu Phe Pro Ile Ile Phe Arg Met Ser Gly Leu Asp Cys Met Pro 20 25 30 GGC AGC ACC ACG CCG GAG GAG ACC ATC CAA TTC GCG CAG GCG CTC GAG 443 Gly Ser Thr Thr Pro Glu Glu Thr Ile Gln Phe Ala Gln Ala Leu Glu 35 40 45 AAA GCG GGC GTG GAC GCG CTC AAC GTC GGC ATT GGC TGG CAC GAG GCG 491 Lys Ala Gly Val Asp Ala Leu Asn Val Gly Ile Gly Trp His Glu Ala 50 55 60 GCC GTG CCC ACC GTC CAG CAG GTG GTG CCG CGC GGC GGG TTT GCC GGC Ala Val Pro Thr Val Gln Gln Val Val Pro Arg Gly Gly Phe Ala Gly 65 70 75 80 GTG GCC GCG TTC GTG CGC CAG CAC GTC ACG GTG CCG GTG CTC GCC GCC 587 Val Ala Ala Phe Val Arg Gln His Val Thr Val Pro Val Leu Ala Ala 85 90 95 AAT CGC CTG AAC GTG CCC GAG GTG GCC AAC GAG CTT GTG GCA GAC GGC 635 Asn Arg Leu Asn Val Pro Glu Val Ala Asn Glu Leu Val Ala Asp Gly 100 105 110 TTC CTC GAC TTC ATC GCG CCC GCG CGC CCG TGG CTC GCG GAC GCC GAG 683 Phe Leu Asp Phe Ile Ala Pro Ala Arg Pro Trp Leu Ala Asp Ala Glu 115 120 125 TTC GCG AAG AAG ATC CTC GAG GGC GAT CGC GAC GGC CTG AAC GTG TGC 731 Phe Ala Lys Lys Ile Leu Glu Gly Asp Arg Asp Gly Leu Asn Val Cys 130 135 140 ATC GCC TGC AAC CAG TCC TGC CTG GAT CAC ACG CTC GTG AAG CCG TAC 779 Ile Ala Cys Asn Gln Ser Cys Leu Asp His Thr Leu Val Lys Pro Tyr 145 150 155 160 CGC GTC GTG AGC TGC CTC GTC AAC CCG CGC GCG GGC TAC GAG GCG CTC 827 Arg Val Val Ser Cys Leu Val Asn Pro Arg Ala Gly Tyr Glu Ala Leu 165 170 175 CGG CCG CGC GTC AAG GCG CAG GTC AAG CGG CGC GTG GCG GTG GTC GGC 875 Arg Pro Arg Val Lys Ala Gln Val Lys Arg Arg Val Ala Val Val Gly 180 185 190 GGC GGG CCG GCG GGG CTC GAG GCG GCG CGC GCG GCG GCG GAG CGC GGG 923 Gly Gly Pro Ala Gly Leu Glu Ala Ala Arg Ala Ala Ala Glu Arg Gly 195 200 205 CAC GAG GTC ACG CTG TTC GAG CGG GAC ACG GAG CTC GGC GGG CAG TTC 971 His Glu Val Thr Leu Phe Glu Arg Asp Thr Glu Leu Gly Gly Gln Phe 210 215 220 CGC CTC GCA TCG CGC ATC CCG GGC AAG GAC GAG TTC CTG GAG ACG ATT 1019 Arg Leu Ala Ser Arg Ile Pro Gly Lys Asp Glu Phe Leu Glu Thr Ile 225 230 235 240 CGG TAT TAC GAG GTC ATG CTT GAA CGC CTG GGC GTG ACT GTT ACA ATG 1067 Arg Tyr Tyr Glu Val Met Leu Glu Arg Leu Gly Val Thr Val Thr Met 245 250 255 CAG ACA GAG CCG AGC CTG GAC CAG CTC GCC GAA TTT GAC GAC GTG ATC 1115 Gln Thr Glu Pro Ser Leu Asp Gln Leu Ala Glu Phe Asp Asp Val Ile 260 265 270 GTC GCG GTG GGC GTG AAG CCG AAG GCG CCG GGC ATC CCG GGC GAG GAT 1163 Val Ala Val Gly Val Lys Pro Lys Ala Pro Gly Ile Pro Gly Glu Asp 275 280 285 CTG CCG CAC GTG GTG TCG TAC CAG GAT CTG CTC ATG GGC CGC GTG CAA 1211 Leu Pro His Val Val Ser Tyr Gln Asp Leu Leu Met Gly Arg Val Gln 290 295 300 CCA GGC CGG AAC ATC GTC ATC CTC GGC GCG GGC GGC ATC GGC TGT GAC 1259 Pro Gly Arg Asn Ile Val Ile Leu Gly Ala Gly Gly Ile Gly Cys Asp 305 310 315 320 GTC GCC GTC TTC CTC GGC ACC AGG CGG CGC ATG ACG CCG GAC GCG GAG 1307 Val Ala Val Phe Leu Gly Thr Arg Arg Arg Met Thr Pro Asp Ala Glu 325 330 335 GCG TTC TTC GAG GAG CAA GGG CTG CCC GTG CCG AAG CCC ATC GAG CGC 1355 Ala Phe Phe Glu Glu Gln Gly Leu Pro Val Pro Lys Pro Ile Glu Arg 340 345 350 ACC ATC ACC ATG CTC GCG CGA AGC GAT CGA ATC GGG CGA GGC ATC GGC 1403 Thr Ile Thr Met Leu Ala Arg Ser Asp Arg Ile Gly Arg Gly Ile Gly 355 360 365 CGC AGC ACG CGC TGG GTG GTC CGC CAG GAG ATG CAG CGG CTC GGC GTG 1451 Arg Ser Thr Arg Trp Val Val Arg Gln Glu Met Gln Arg Leu Gly Val 370 375 380 AAC GTC GTC CCG AAC GTG GCG ATG CTC GAA ATC ACG CAA GAT GGC GTG 1499 Asn Val Val Pro Asn Val Ala Met Leu Glu Ile Thr Gln Asp Gly Val 385 390 395 400 CGG ATT GAG CGC GAC GGC CGA GAG GAG TTG GTC CCG GCG GAT CAG GTC 1547 Arg Ile Glu Arg Asp Gly Arg Glu Glu Leu Val Pro Ala Asp Gln Val 405 410 415 GTG CTC TGC ACG GGC CAG CTG CCG CAG GAG ACA GCC TGG ACG GAG AAG 1595 Val Leu Cys Thr Gly Gln Leu Pro Gln Glu Thr Ala Trp Thr Glu Lys 420 425 430 CTC CCG CCG CAC GTG CGC GTG CAC ATC GTC GGC GGC GCG AGG GAC AGC 1643 Leu Pro Pro His Val Arg Val His Ile Val Gly Gly Ala Arg Asp Ser 435 440 445 CGC GAC ATC AAT GCG GCG CGG GCC ATC CGC GAG GCC TGG ATG GCC GCC 1691 Arg Asp Ile Asn Ala Ala Arg Ala Ile Arg Glu Ala Trp Met Ala Ala 450 455 460 TAC GAC ATT GGA TGAGCCGGGG AGGCGACACG CTTGTTACTG GAAGGAAAGC 1743 Tyr Asp Ile Gly 465 GAGCATTCAT CACCGGATCG AGCCGCGGCA TCGGCCGCGC CATCGCCATT CAG ATG 1799 Met 1 GCC AGG CAC GGC GCG GAC GTG GTG GTC CAC TAC CGC CGC CAG CCG GAG 1847 Ala Arg His Gly Ala Asp Val Val Val His Tyr Arg Arg Gln Pro Glu 5 10 15 GAG GCC GAG GCC ACG GCA GAG GCC ATT CGA AAC CTC GGC CGC CGC GCC 1895 Glu Ala Glu Ala Thr Ala Glu Ala Ile Arg Asn Leu Gly Arg Arg Ala 20 25 30 ATG GTC GTC AAG GCG GAG CTC GAG AGC CAG GAT GAG CTG AAC CAG GCG 1943 Met Val Val Lys Ala Glu Leu Glu Ser Gln Asp Glu Leu Asn Gln Ala 35 40 45 TTC GAC CAG ATT GAG CGC GAG TTC GGC GAT CTC GAC ATC TTC GTC GCG 1991 Phe Asp Gln Ile Glu Arg Glu Phe Gly Asp Leu Asp Ile Phe Val Ala 50 55 60 65 AAC GCC GCC GCG TCG GCG TTC AAG CCC ATC GAG CAG CTG AAG GAC TAC 2039 Asn Ala Ala Ala Ser Ala Phe Lys Pro Ile Glu Gln Leu Lys Asp Tyr 70 75 80 CAC CTT GAC CGG ACG TAC CGC GTG GTG ATT CAC AGC ACC GTG TTC GCG 2087 His Leu Asp Arg Thr Tyr Arg Val Val Ile His Ser Thr Val Phe Ala 85 90 95 GCG CAG CGC GTC ATC CCC ATG ATG GAG CGC CGC GGC GGC GGC CGG ATC 2135 Ala Gln Arg Val Ile Pro Met Met Glu Arg Arg Gly Gly Gly Arg Ile 100 105 110 ATC ACC ATG TCG AGC ATG GGA AGT ACC TTC ACG CTG CCG AAT TAC GCC 2183 Ile Thr Met Ser Ser Met Gly Ser Thr Phe Thr Leu Pro Asn Tyr Ala 115 120 125 ACG CTC GGC ACG GCA AAG GCG GCG CTC GAG GCG CTC ACC CGG TAC CTC 2231 Thr Leu Gly Thr Ala Lys Ala Ala Leu Glu Ala Leu Thr Arg Tyr Leu 130 135 140 145 GCC CGA GAG GCC GCG CCG AAG AAC ATC ACG GTG AAC GCC ATT AAC CCG 2279 Ala Arg Glu Ala Ala Pro Lys Asn Ile Thr Val Asn Ala Ile Asn Pro 150 155 160 GGC GTC GTC GAC ACC GAG TCG GCC CGC TTC TAC GGG GCG GAT CAC TAC 2327 Gly Val Val Asp Thr Glu Ser Ala Arg Phe Tyr Gly Ala Asp His Tyr 165 170 175 GAT GCC TAC CGC CGA GAC GTG GAG GCG CAC ACG CCG CTC GGG CGG CTC 2375 Asp Ala Tyr Arg Arg Asp Val Glu Ala His Thr Pro Leu Gly Arg Leu 180 185 190 GCG TCG CCG GAA GAG GTG GCG GAC GTC GCC GTT TTC CTC GCG AGC GAT 2423 Ala Ser Pro Glu Glu Val Ala Asp Val Ala Val Phe Leu Ala Ser Asp 195 200 205 CTC AGC CGC TTC GTC ACC GGC CAG GTC ATC TGG GTG GAT GGC GGC CTG 2471 Leu Ser Arg Phe Val Thr Gly Gln Val Ile Trp Val Asp Gly Gly Leu 210 215 220 225 ACG CTT CTC ACG GGC GGA TTT GAA AGC TTT TGACCCCAAT TCTCTACGCA 2521 Thr Leu Leu Thr Gly Gly Phe Glu Ser Phe 230 235 AAGGAGATGC GAC ATG GCA ACG TTG AGC AGG GAA GAC ATC GAG GCG CGC 2570 Met Ala Thr Leu Ser Arg Glu Asp Ile Glu Ala Arg 1 5 10 GTG CGC AAG GTG GTT GCG AAC CAG CTG CAG GTG AGC GAG TCC GAG GTG 2618 Val Arg Lys Val Val Ala Asn Gln Leu Gln Val Ser Glu Ser Glu Val 15 20 25 AAG CCG GAC AGC CTG TTT GTG GAC GAT CTC GGC GCA GAC TCT CTG GAC 2666 Lys Pro Asp Ser Leu Phe Val Asp Asp Leu Gly Ala Asp Ser Leu Asp 30 35 40 CTC ACC GAG CTT GCC GTC GCG TTT GAG GAC GAG TTC GAC ATC GAG ATC 2714 Leu Thr Glu Leu Ala Val Ala Phe Glu Asp Glu Phe Asp Ile Glu Ile 45 50 55 60 CCC GAG GCC GAC TTC GGT CAG CTG TCG ACG GTG GCG GGC GTG GTG GAC 2762 Pro Glu Ala Asp Phe Gly Gln Leu Ser Thr Val Ala Gly Val Val Asp 65 70 75 TAT ATC GAG CGC CGC CTG TCC GCG TGACGGCGCG ACGTGCAAAG CGACGAGGCG 2816 Tyr Ile Glu Arg Arg Leu Ser Ala 80 GCGCAAACTC CCTGAAGTGG AGGCGTGGCG ATG TTT GAC TTT CCG GGC CGC ACG 2870 Met Phe Asp Phe Pro Gly Arg Thr 1 5 CTG ACG GAA GAG CGT GCC AAG CTG TAC TTC GAA AAG GGG TAT TGG ACC 2918 Leu Thr Glu Glu Arg Ala Lys Leu Tyr Phe Glu Lys Gly Tyr Trp Thr 10 15 20 AAC GAG TCG TTT GTC GAC GTC TTT TAC GAG GAC GTG AAG AAG TAC CCG 2966 Asn Glu Ser Phe Val Asp Val Phe Tyr Glu Asp Val Lys Lys Tyr Pro 25 30 35 40 AAC TTC GTC CAC CGC GAC GAG ACG CGT GAG GCG ACG TAC GAG AAA CTG 3014 Asn Phe Val His Arg Asp Glu Thr Arg Glu Ala Thr Tyr Glu Lys Leu 45 50 55 TGG AGC GAA ATC GAG TCC GTG GCC GCC CAC CTC TAC CGG ATG GGC GTG 3062 Trp Ser Glu Ile Glu Ser Val Ala Ala His Leu Tyr Arg Met Gly Val 60 65 70 CGC AAG GGG GAC ACC GTC GCG CTG CAG CTG CCG AAC GTG CTC GAC TAC 3110 Arg Lys Gly Asp Thr Val Ala Leu Gln Leu Pro Asn Val Leu Asp Tyr 75 80 85 GTC GTG GCC GTG TTC GCC TGC GCG CGC ATC GGC GCC ATC GGC GTG TCG 3158 Val Val Ala Val Phe Ala Cys Ala Arg Ile Gly Ala Ile Gly Val Ser 90 95 100 CTG CAG ATC GAT CTC GGC CGC CAG GCC ATC ATC TCG AGC ATG CGC ACG 3206 Leu Gln Ile Asp Leu Gly Arg Gln Ala Ile Ile Ser Ser Met Arg Thr 105 110 115 120 TCG CGG GCC AAG GTG TGG ATC ATC GCG GAC TAC TTC CGC GGC GAG TCG 3254 Ser Arg Ala Lys Val Trp Ile Ile Ala Asp Tyr Phe Arg Gly Glu Ser 125 130 135 CTC TAC GAC ATG GCC GTA AGC CTG AAG CCC GAG CTG CCG GAT CTC ACG 3302 Leu Tyr Asp Met Ala Val Ser Leu Lys Pro Glu Leu Pro Asp Leu Thr 140 145 150 CAC ATC GTC GTC CAG GGC GAT CCG GAG CGC GCC CCC GCG GGC GCG ACG 3350 His Ile Val Val Gln Gly Asp Pro Glu Arg Ala Pro Ala Gly Ala Thr 155 160 165 ACG TTC GCC AGC CTG CGA GAG GCC GGG GAC AAG CTC GGC GAG GCG GAG 3398 Thr Phe Ala Ser Leu Arg Glu Ala Gly Asp Lys Leu Gly Glu Ala Glu 170 175 180 CTT GAG GCC AAC AAG CCG GAG GCG CTC GAC GCC TTC CTG ATG GTG TTC 3446 Leu Glu Ala Asn Lys Pro Glu Ala Leu Asp Ala Phe Leu Met Val Phe 185 190 195 200 ACC TCG GGC ACC ACC GGA TCG CCG AAG GGC GTG GTG CAC CTG CAC GCG 3494 Thr Ser Gly Thr Thr Gly Ser Pro Lys Gly Val Val His Leu His Ala 205 210 215 AAC TAC CTC TGG GCG GCG CGG GCG TAC GCG AAG AAC TTC GGC TAC CAG 3542 Asn Tyr Leu Trp Ala Ala Arg Ala Tyr Ala Lys Asn Phe Gly Tyr Gln 220 225 230 CCG GAG GAG GCC GTT TTG TGC CTC GCG CCC ATC TGC CAT CAG ACG GGC 3590 Pro Glu Glu Ala Val Leu Cys Leu Ala Pro Ile Cys His Gln Thr Gly 235 240 245 ATG CTC GCA GGC GTC ATG ATG ACC GTC GCG AGC GGC GGG CGG ATC ATG 3638 Met Leu Ala Gly Val Met Met Thr Val Ala Ser Gly Gly Arg Ile Met 250 255 260 CTG CTG GAT CGG TTC TCC GCG AGC CGC GTG ATC GAG TGG ATC GAG AAA 3686 Leu Leu Asp Arg Phe Ser Ala Ser Arg Val Ile Glu Trp Ile Glu Lys 265 270 275 280 TAC AGG CCG ACG TAC CTC GTG GGC GCG CCG CCG CAC GTC ATC CAC GTG 3734 Tyr Arg Pro Thr Tyr Leu Val Gly Ala Pro Pro His Val Ile His Val 285 290 295 GCC AAC GCG CCC AAC CTG AAG CAG GCG GAC ACC TCG AGC GTG AAG CTG 3782 Ala Asn Ala Pro Asn Leu Lys Gln Ala Asp Thr Ser Ser Val Lys Leu 300 305 310 TTC ATC TAC GCC GGG GCG CCG GTG CCG AAG GCC GTG CTC GAG CAA CTC 3830 Phe Ile Tyr Ala Gly Ala Pro Val Pro Lys Ala Val Leu Glu Gln Leu 315 320 325 CAG CGC GAC AGC GGC ATC AAG GTG GGC TGC ATG TTC GGC TGG TCG GAG 3878 Gln Arg Asp Ser Gly Ile Lys Val Gly 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【0050】配列番号:2 配列の長さ:7070 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源: 生物名:Alicyclobacillus acidocaldarius 株名:ATCC27009 配列の特徴: 特徴を表す記号:CDS 存在位置:1..1266 特徴を決定した方法:P 他の情報:未知 特徴を表す記号:CDS 存在位置:1422..2267 特徴を決定した方法:P 他の情報:未知 特徴を表す記号:CDS 存在位置:3387..4346 特徴を決定した方法:S 他の情報:β-ケトアシル[アシルキャリヤータンパク
質]シンターゼ 配列 GAA TTC GGT TGG AAG GTC ACC GTG CTC ACG GCC GAT CAC GTC TAC AGT 48 Glu Phe Gly Trp Lys Val Thr Val Leu Thr Ala Asp His Val Tyr Ser 1 5 10 15 GCG ACG CCC GAT CCG TCG CTC CTC GAC GAG ATC CCT GGG GAC GTG CAG 96 Ala Thr Pro Asp Pro Ser Leu Leu Asp Glu Ile Pro Gly Asp Val Gln 20 25 30 ATT GTG CGC GTC ACG GAT CCT GTA TCC AAA CAG CTC GCG CGC TGG TCG 144 Ile Val Arg Val Thr Asp Pro Val Ser Lys Gln Leu Ala Arg Trp Ser 35 40 45 GGG CGC ATC GTG GGC GAT GGC TCG ACG CCC GCG CCG CAG GCG TCC GCC 192 Gly Arg Ile Val Gly Asp Gly Ser Thr Pro Ala Pro Gln Ala Ser Ala 50 55 60 CAG GCG CGG CTC CCC CTG TGG AAG CGA CTC GCC TGG GGC GCG TGG AAG 240 Gln Ala Arg Leu Pro Leu Trp Lys Arg Leu Ala Trp Gly Ala Trp Lys 65 70 75 80 TGG GCC CAA GAG CAC GCG CTC ATT CCG GAC GAA TCC GTG GTG TGG GCG 288 Trp Ala Gln Glu His Ala Leu Ile Pro Asp Glu Ser Val Val Trp Ala 85 90 95 ATT CGG GCG GGC TTC GCG GCC CGG CGC ATC GTG CGG CAG CGC GTC ATG 336 Ile Arg Ala Gly Phe Ala Ala Arg Arg Ile Val Arg Gln Arg Val Met 100 105 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210 215 220 ACG GTG GCG CTC TAC TGC GCG TTC CGC CAG CCG TCC GCC TAC CGG AAC 2138 Thr Val Ala Leu Tyr Cys Ala Phe Arg Gln Pro Ser Ala Tyr Arg Asn 225 230 235 GTG TAT TTT CAA CCC GCG CTC CAA CTG TCG TAT GAA GGA CAG CCC GGC 2186 Val Tyr Phe Gln Pro Ala Leu Gln Leu Ser Tyr Glu Gly Gln Pro Gly 240 245 250 255 TAC GAG CTG ACC AAT CCG GCG CTC TAC ACG GAG ACG AAG TTC AAG GGC 2234 Tyr Glu Leu Thr Asn Pro Ala Leu Tyr Thr Glu Thr Lys Phe Lys Gly 260 265 270 GAT CCG ACC GCC ATC TAC CCG ACG GTC AAC GGC TGATCAAGAG CCGAGGCGCC 2287 Asp Pro Thr Ala Ile Tyr Pro Thr Val Asn Gly 275 280 ATCGCACGAG CGACTCGACG AGCGGTTCCG CCATGTCCCG CCCCCTGAGC TGGCGACGCC 2347 ACCTTTCGGG GATGCCCGAC GCTCCGAACG CGACGCCGGC GAGTCCGCCC GCCACAGCCG 2407 CGTTGGTGTC CGTGTCGCGG CCGAGCTGAA TGGCGCGCCT GACCACCCGC TCGTAGCTTG 2467 TCTCTTCAAG GGCCAGGCGA GCCGCGTTGA GCGTGTGCAC GACGTAGCCG TCGCCGTTCG 2527 TGACAGGCGG ATCGTCTGGA CGCACCTCTT GTTCCAGAGA CCGGCGGTAG GGAGAATCCT 2587 CCCCGTAAAG GCCGCGCAGC GCCGCGATGG CACCCTCGTA CGCTTCACCC CGCGCCTGCC 2647 CATCCAAGAT TCGCCTAGCC CACAGGCAGT AGACGGCGCA GCACACCTGG TTGGTGATAT 2707 GACCGTGCGT CACGCGCGCC TGCCGGTGCG CATCTTCAAC AAGCGCAGCA TCATCTCCCC 2767 GATGCCACAG CGCGAGCGGC AGGACCCTCA TCAGCGCGCC GTTGCCCTTC CCCTCCGGCC 2827 GCACATTGCC CGCGCGTTCC GGTTCCACGC CGCGCTTCAT CTCCTGAATG GCCAGTTTTG 2887 TCTGCCACCC AATGCCAAAT GCTTGTCCGT CCACCGTCCA AAGGCCTTCG TCATGCCACG 2947 CGATGAGCCG CGCGGCGAAA TCCGCCGGAT CGAACCGACC GCACGTGAGA AGCGAGTCGA 3007 GCAGACACAG CGCCTGCGCA CCATCGTCGG TCCAAGTGCC CGGTGGCACC ACGGCCACCC 3067 ATTCCCCAGG CGGCCCCTTC ATGTCAATTT CGCCCTCAGG CGGTATTTCC TCGGGTTGAA 3127 GTCCGACATA GGGCTCGCCG AGCGCATCAC CCACAAGCAA CCCCCACATG CCGCCGCGCA 3187 ACCTGTCGTG AAGTGCGATC ATCCAGCCAC CTCCAAATTG GCTCAGCTCC GCGTGTATCT 3247 CCATTGTAAC CGCTATCCAG ATTGGGTAGC GAACCGCGTA AGGTCGCCAA TTTCGTCACC 3307 AAACTGGCGC ACTTTGCCCC TCATCGCGTC GGCCATTGGC TGTTATACTG GCGGAGAGGT 3367 GAATGGATTG TACAAGGCC GTG ATT CGC GGC GTG GGC TCC TAC CTG CCG GAG 3419 Met Ile Arg Gly Val Gly Ser Tyr Leu Pro Glu 1 5 10 ACG CGC CTG ACC AAT GTC GAA ATT GAA CAG ATG GTG GCA ACG TCC GAC 3467 Thr Arg Leu Thr Asn Val Glu Ile Glu Gln Met Val Ala Thr Ser Asp 15 20 25 GAG TGG ATT CAG ACC CGC ACA GGC ATT GCC GAG CGG CGG ATT GCG CGG 3515 Glu Trp Ile Gln Thr Arg Thr Gly Ile Ala Glu Arg Arg Ile Ala Arg 30 35 40 CCT GAC GAG GCC ACC TCG GAC TTT GCC TAC CTC GCA GCC CAG GCG GCG 3563 Pro Asp Glu Ala Thr Ser Asp Phe Ala Tyr Leu Ala Ala Gln Ala Ala 45 50 55 CTC GCC GAC GCA AAG CTC CAT CCG ACG GAC ATC GAT CTG CTC ATC GTG 3611 Leu Ala Asp Ala Lys Leu His Pro Thr Asp Ile Asp Leu Leu Ile Val 60 65 70 75 GCC ACG GAG ACC CCG GAC TAC CTG TTG CCG CCC GTC GCC TGT CAG GTG 3659 Ala Thr Glu Thr Pro Asp Tyr Leu Leu Pro Pro Val Ala Cys Gln Val 80 85 90 CAG GCG AGG CTT GGC TGC CGG AAC ATC GGC GCG TTT GAT CTT CAC GCC 3707 Gln Ala Arg Leu Gly Cys Arg Asn Ile Gly Ala Phe Asp Leu His Ala 95 100 105 ACG TGC GCG GGC TTC TTG TCT GCG CTC CAG GTG GCG GAG CAG TTC GTG 3755 Thr Cys Ala Gly Phe Leu Ser Ala Leu Gln Val Ala Glu Gln Phe Val 110 115 120 AAA TCG GGC GTG CAC GAG CAC GTC CTC ATC GTC GGC GCC GAC ACG CTG 3803 Lys Ser Gly Val His Glu His Val Leu Ile Val Gly Ala Asp Thr Leu 125 130 135 TCG CGC TTC ACG GAT TAC ACG GAT CGC GGC ACG TGC ATC CTG TTC GCC 3851 Ser Arg Phe Thr Asp Tyr Thr Asp Arg Gly Thr Cys Ile Leu Phe Ala 140 145 150 155 GAC GGC GCC GGC GCG TTT GTC GTC TCG CGC AGC GAC GAT CGG GCC GCC 3899 Asp Gly Ala Gly Ala Phe Val Val Ser Arg Ser Asp Asp Arg Ala Ala 160 165 170 CGC GGC GTG ATC GCC ACG ACC ATC CAT TCG GAC GGC ACC TAC TTC CAC 3947 Arg Gly Val Ile Ala Thr Thr Ile His Ser Asp Gly Thr Tyr Phe His 175 180 185 AAC CTG TAC ATC CCC GGG GGC GGA AGT CGG ACG CCC TAT GGC GAC GGC 3995 Asn Leu Tyr Ile Pro Gly Gly Gly Ser Arg Thr Pro Tyr Gly Asp Gly 190 195 200 GCG AAG GCC AAG ATT GTG ATG GAC GGG CGC AAA ATC TTC AAG CTG GCC 4043 Ala Lys Ala Lys Ile Val Met Asp Gly Arg Lys Ile Phe Lys Leu Ala 205 210 215 GTG AAC GTG ATG TCC TCC ACG GTC GAA GAG CTG TTG CAG AAG ACC GGG 4091 Val Asn Val Met Ser Ser Thr Val Glu Glu Leu Leu Gln Lys Thr Gly 220 225 230 235 CGG CAG AGG GAC GAG ATC GAC TGG CTC ATC CCG CAC CAG GCC AAC CAG 4139 Arg Gln Arg Asp Glu Ile Asp Trp Leu Ile Pro His Gln Ala Asn Gln 240 245 250 CGG ATC ATC GAC GCG GTG GCG GAA AGC CTC GAT TTT CCG CAG GAG AAG 4187 Arg Ile Ile Asp Ala Val Ala Glu Ser Leu Asp Phe Pro Gln Glu Lys 255 260 265 GTC GTG AGC ACC ATC CAG AAC ATC GGC AAC AAC TCG TCG GCG ACG ATC 4235 Val Val Ser Thr Ile Gln Asn Ile Gly Asn Asn Ser Ser Ala Thr Ile 270 275 280 CCC ATT GCG GTG GAC ACC GCC ATC CGC GAC GGG CGC ATC CAG CGC GGC 4283 Pro Ile Ala Val Asp Thr Ala Ile Arg Asp Gly Arg Ile Gln Arg Gly 285 290 295 GAT CTG CTG ATG CTG GTG GCG TTC GGC GGC GGC CTG GTG TGG GGC GGC 4331 Asp Leu Leu Met Leu Val Ala Phe Gly Gly Gly Leu Val Trp Gly Gly 300 305 310 315 GCG ATG GTG GAG TAT TGAGGGGGCT CTTGCGGGCG CGCGAGTTGA ATATCTTCGC 4386 Ala Met Val Glu Tyr 320 CCGATCGCGC GCCGCGTGGT CCTAAGCCTG CATACAGGCA GTCACGCTCC CTTGGCTCGT 4446 TCGTCTTTGG CGTTATACAC CGAACGTTTT ACAATTGGAT GTATTTTTCA ATCTGGTAGA 4506 AGTAGATTAG GATGACACGG AGCGTACACT CTGCACGATT TTACTTACGG CGCAGTTCAG 4566 ACAGCCCACG TGCGGGATGC TAGCCTAGTC ATCAGCACGG CGGTGCTTTT TACTGAAAAC 4626 GCGGACCAAC CAAATGGACC GTGCACGCTT GGCACAGTCC ATCTCGATCG TCGCACAGAA 4686 TGTGGTCGTG CCGCCTGGGG ATTATGCATC AGCGGCCATT CCAGCGGCGT GCTGAGCAAC 4746 AGAGAGTATC TCGACGTGGA CTACAAGACA GGGCCAAGTT ACGCACGAGG ACTCGAACGC 4806 AAAACGGCCA ACGGTTCAGG GATGATGACA TGGGAAACAT ATACCTCGAT TGGACACTGG 4866 CGGGCTACCA TCAGTGTCGG ATCACGGAGC ATTTCTCTCA CGCTGACGGT AATTTAAGAA 4926 GGAAGCATAC CCCCTTGGGG AGAAGGTATT CGCCCCTTGA CCATCGCAAC TCACCAGGTT 4986 GCAGAAGAAC TCACGCCTTT CATTTGAACC ATATCGACGC GCCGAGGCAG ATCCACCGCT 5046 CCGTCCTCAC TGGATGGGCC TCTACATCTG ATTGTTTCTA GGCGAGAGCA TCCGCCTCAA 5106 GTTTATTTCT GGTCTCTGCT CGCGTCCGGC CTTAAACCCT GCACAATGAA ACGAACAGTC 5166 ATCTCAATTT CCTCATCATC TCGCCAGGGT GCATCGTGAA ACAGGATGTG ACGCAACACC 5226 ACATGGCTTA GGATGACTGA CACCGTTAGC CGGATCACAG TCCGCGCGGG AATCCGCGCA 5286 ATCTCCCCTT TTTCCTGAAA GTGTTCAATA ATCCCGACTA GGCGCTTCAA CACATTCTCG 5346 GTGACATATT GCTTGAGTTG CGCCTTCAAC TCGGGATGAA AAGGTATTTC TTGAGCTAAA 5406 ATCCTCAGAA CTTGAGCATA TTTCTTTGCA AATTGCAAGC GGTTAAACAA TACGGCTCGT 5466 AGAAAGTCTT CAAACCGTTC GTGTTGGGCA GTAAGAATGG TCTCGAGATC TCGGAGCAAG 5526 AACGGTCCGA CAAATTCATC GATCACCGGT ACCGTGATGG AAAGAAGCAA ATCCTTCTTT 5586 GTCTTATAGT GTCTGAAGAT GGTGCCTTCG GCCACGCCTG CCCGCTGTGC GATCTCGCTC 5646 GTGGACGCAG CAGCAAAACC CTTCTCCGCG AACACTTCCA CCGCCGCGCG TAAGATGTTC 5706 AATTGTCGGT CGGTCACGCG GTCATCCTCG TTTAGACGCA CCAACTCGGT CAACCACTGG 5766 TCCATTCGCT CGGACATTGG ATATTCACCT TTCGATAAAT TTCCATCCAG AAAACACTCC 5826 GCCACTCCGT CTCGAAGGTG GGAGACGGAC GGGTGGGGTA CTCCGCCCGT CATCCCGTAG 5886 GTCCCGCGGG CCGAGGTGGC GATTGATGTC CACGATAACG CGCGCAATCT CAGCCGATGC 5946 GGCGCAAATA TGCTACCGCT CTCCTACAAG CACGAGCTCA CGGTCGATCT GTTGCACAGC 6006 ACATAAATAT TCTCATACTC GTCTTCGAGT CGTTCCGGTC TCGCGTGACA TGCCGTTCGC 6066 GGGGATGGGC GAGCGAGACC AAACAGCAAT TTGGCGATCA CGAGGTGAAG ACTGGAAACG 6126 AAACTCGAAT TGTGGCATAC ATGCCGCAAG GACAAACTTT CTATATTCCT CACCACGCCA 6186 CCCGCTAGAT GCTGTCTTCT TTTACCTGTC GCCTGCGTAC AAAGACCAGC CGCAATCCCA 6246 TGACCAAGGC AGCCAGTAGA ACCGTCAAGC CAAGCCACTT CAGGTCTGCG CTCACGTCCC 6306 CGACACCTAC ATACAGCCAG TTCACCACCC GGGTGACGTG CAACGCTGGC AGAACGCGGA 6366 CGACGCTCTG GTATCCTTGC GGTAGCATAT CAAATGGCAG GGCAATTCCG GATGACAGCA 6426 TTTGAAAAGG AAACAACAGA GCATACAACC CGATTCCAGG GAGTCTGAGC AGGTAAATGA 6486 GCCCTCCCAC CAATCCACAA CCAGCGCCGA ACGAGATGGC AAGGCTACAT ACCGCGCGAA 6546 AGGCGTGAAC GACGGGATAC ACGCCGTACA TTTGCGCGAC TCCGACGACG GTTGCAGCCG 6606 CTGCAAACGA TACAATGAGG ATATACCCTA ACGTTTCGAA CCACGCCATG TACCTTCGCC 6666 GTGCAGATCC GTCGAAAGGT TTCAGTGCAA ACCAAGCAGC TAAAGATGCA AGGATGCTTC 6726 CAATGAAAAA TGTCACCACC GTGAGGAAGG GAAGAAACTC CGCCACGGCG GGTGCTGATG 6786 CTACTACCAC TTCGTTTGCA CGGACAGGCT GCGTCGGAAA CCGCTGAATC TGTTGCATGA 6846 GCTTAACCAA GAAGACCTCT CTCTGCGCCG CCGACACTGC CACTTCCTTT GACTGGGAGG 6906 TGTTCGCAGG TGCGACATCC ACCTGCTTCA TGAGCGCGTT ATCCAGTTTC CATTTTGCAA 6966 CTTCCAACAC AGCTGCGTTC GTCGCTTGTG TCACCCGTGC CTCAGTCAAT TGCATCATAC 7026 TTTTTACGTT TGGCGACAAG GCGTCCGTCA GTTCAAAATC TAGA 7070
【0051】配列番号3 配列の長さ:468 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:タンパク質 起源: 生物名:Alicyclobacillus acidocaldarius 株名:ATCC27009 配列 Met Arg Leu Pro Leu Glu Val Val Glu Ala Val Arg Pro Ala Val Gly 1 5 10 15 Pro Glu Phe Pro Ile Ile Phe Arg Met Ser Gly Leu Asp Cys Met Pro 20 25 30 Gly Ser Thr Thr Pro Glu Glu Thr Ile Gln Phe Ala Gln Ala Leu Glu 35 40 45 Lys Ala Gly Val Asp Ala Leu Asn Val Gly Ile Gly Trp His Glu Ala 50 55 60 Ala Val Pro Thr Val Gln Gln Val Val Pro Arg Gly Gly Phe Ala Gly 65 70 75 80 Val Ala Ala Phe Val Arg Gln His Val Thr Val Pro Val Leu Ala Ala 85 90 95 Asn Arg Leu Asn Val Pro Glu Val Ala Asn Glu Leu Val Ala Asp Gly 100 105 110 Phe Leu Asp Phe Ile Ala Pro Ala Arg Pro Trp Leu Ala Asp Ala Glu 115 120 125 Phe Ala Lys Lys Ile Leu Glu Gly Asp Arg Asp Gly Leu Asn Val Cys 130 135 140 Ile Ala Cys Asn Gln Ser Cys Leu Asp His Thr Leu Val Lys Pro Tyr 145 150 155 160 Arg Val Val Ser Cys Leu Val Asn Pro Arg Ala Gly Tyr Glu Ala Leu 165 170 175 Arg Pro Arg Val Lys Ala Gln Val Lys Arg Arg Val Ala Val Val Gly 180 185 190 Gly Gly Pro Ala Gly Leu Glu Ala Ala Arg Ala Ala Ala Glu Arg Gly 195 200 205 His Glu Val Thr Leu Phe Glu Arg Asp Thr Glu Leu Gly Gly Gln Phe 210 215 220 Arg Leu Ala Ser Arg Ile Pro Gly Lys Asp Glu Phe Leu Glu Thr Ile 225 230 235 240 Arg Tyr Tyr Glu Val Met Leu Glu Arg Leu Gly Val Thr Val Thr Met 245 250 255 Gln Thr Glu Pro Ser Leu Asp Gln Leu Ala Glu Phe Asp Asp Val Ile 260 265 270 Val Ala Val Gly Val Lys Pro Lys Ala Pro Gly Ile Pro Gly Glu Asp 275 280 285 Leu Pro His Val Val Ser Tyr Gln Asp Leu Leu Met Gly Arg Val Gln 290 295 300 Pro Gly Arg Asn Ile Val Ile Leu Gly Ala Gly Gly Ile Gly Cys Asp 305 310 315 320 Val Ala Val Phe Leu Gly Thr Arg Arg Arg Met Thr Pro Asp Ala Glu 325 330 335 Ala Phe Phe Glu Glu Gln Gly Leu Pro Val Pro Lys Pro Ile Glu Arg 340 345 350 Thr Ile Thr Met Leu Ala Arg Ser Asp Arg Ile Gly Arg Gly Ile Gly 355 360 365 Arg Ser Thr Arg Trp Val Val Arg Gln Glu Met Gln Arg Leu Gly Val 370 375 380 Asn Val Val Pro Asn Val Ala Met Leu Glu Ile Thr Gln Asp Gly Val 385 390 395 400 Arg Ile Glu Arg Asp Gly Arg Glu Glu Leu Val Pro Ala Asp Gln Val 405 410 415 Val Leu Cys Thr Gly Gln Leu Pro Gln Glu Thr Ala Trp Thr Glu Lys 420 425 430 Leu Pro Pro His Val Arg Val His Ile Val Gly Gly Ala Arg Asp Ser 435 440 445 Arg Asp Ile Asn Ala Ala Arg Ala Ile Arg Glu Ala Trp Met Ala Ala 450 455 460 Tyr Asp Ile Gly 465
【0052】配列番号4 配列の長さ:235 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:タンパク質 起源: 生物名:Alicyclobacillus acidocaldarius 株名:ATCC27009 配列 Met Ala Arg His Gly Ala Asp Val Val Val His Tyr Arg Arg Gln Pro 1 5 10 15 Glu Glu Ala Glu Ala Thr Ala Glu Ala Ile Arg Asn Leu Gly Arg Arg 20 25 30 Ala Met Val Val Lys Ala Glu Leu Glu Ser Gln Asp Glu Leu Asn Gln 35 40 45 Ala Phe Asp Gln Ile Glu Arg Glu Phe Gly Asp Leu Asp Ile Phe Val 50 55 60 Ala Asn Ala Ala Ala Ser Ala Phe Lys Pro Ile Glu Gln Leu Lys Asp 65 70 75 80 Tyr His Leu Asp Arg Thr Tyr Arg Val Val Ile His Ser Thr Val Phe 85 90 95 Ala Ala Gln Arg Val Ile Pro Met Met Glu Arg Arg Gly Gly Gly Arg 100 105 110 Ile Ile Thr Met Ser Ser Met Gly Ser Thr Phe Thr Leu Pro Asn Tyr 115 120 125 Ala Thr Leu Gly Thr Ala Lys Ala Ala Leu Glu Ala Leu Thr Arg Tyr 130 135 140 Leu Ala Arg Glu Ala Ala Pro Lys Asn Ile Thr Val Asn Ala Ile Asn 145 150 155 160 Pro Gly Val Val Asp Thr Glu Ser Ala Arg Phe Tyr Gly Ala Asp His 165 170 175 Tyr Asp Ala Tyr Arg Arg Asp Val Glu Ala His Thr Pro Leu Gly Arg 180 185 190 Leu Ala Ser Pro Glu Glu Val Ala Asp Val Ala Val Phe Leu Ala Ser 195 200 205 Asp Leu Ser Arg Phe Val Thr Gly Gln Val Ile Trp Val Asp Gly Gly 210 215 220 Leu Thr Leu Leu Thr Gly Gly Phe Glu Ser Phe 225 230 235
【0053】配列番号5 配列の長さ:84 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:タンパク質 起源: 生物名:Alicyclobacillus acidocaldarius 株名:ATCC27009 配列 Met Ala Thr Leu Ser Arg Glu Asp Ile Glu Ala Arg Val Arg Lys Val 1 5 10 15 Val Ala Asn Gln Leu Gln Val Ser Glu Ser Glu Val Lys Pro Asp Ser 20 25 30 Leu Phe Val Asp Asp Leu Gly Ala Asp Ser Leu Asp Leu Thr Glu Leu 35 40 45 Ala Val Ala Phe Glu Asp Glu Phe Asp Ile Glu Ile Pro Glu Ala Asp 50 55 60 Phe Gly Gln Leu Ser Thr Val Ala Gly Val Val Asp Tyr Ile Glu Arg 65 70 75 80 Arg Leu Ser Ala
【0054】配列番号6 配列の長さ:552 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:タンパク質 起源: 生物名:Alicyclobacillus acidocaldarius 株名:ATCC27009 配列 Met Phe Asp Phe Pro Gly Arg Thr Leu Thr Glu Glu Arg Ala Lys Leu 1 5 10 15 Tyr Phe Glu Lys Gly Tyr Trp Thr Asn Glu Ser Phe Val Asp Val Phe 20 25 30 Tyr Glu Asp Val Lys Lys Tyr Pro Asn Phe Val His Arg Asp Glu Thr 35 40 45 Arg Glu Ala Thr Tyr Glu Lys Leu Trp Ser Glu Ile Glu Ser Val Ala 50 55 60 Ala His Leu Tyr Arg Met Gly Val Arg Lys Gly Asp Thr Val Ala Leu 65 70 75 80 Gln Leu Pro Asn Val Leu Asp Tyr Val Val Ala Val Phe Ala Cys Ala 85 90 95 Arg Ile Gly Ala Ile Gly Val Ser Leu Gln Ile Asp Leu Gly Arg Gln 100 105 110 Ala Ile Ile Ser Ser Met Arg Thr Ser Arg Ala Lys Val Trp Ile Ile 115 120 125 Ala Asp Tyr Phe Arg Gly Glu Ser Leu Tyr Asp Met Ala Val Ser Leu 130 135 140 Lys Pro Glu Leu Pro Asp Leu Thr His Ile Val Val Gln Gly Asp Pro 145 150 155 160 Glu Arg Ala Pro Ala Gly Ala Thr Thr Phe Ala Ser Leu Arg Glu Ala 165 170 175 Gly Asp Lys Leu Gly Glu Ala Glu Leu Glu Ala Asn Lys Pro Glu Ala 180 185 190 Leu Asp Ala Phe Leu Met Val Phe Thr Ser Gly Thr Thr Gly Ser Pro 195 200 205 Lys Gly Val Val His Leu His Ala Asn Tyr Leu Trp Ala Ala Arg Ala 210 215 220 Tyr Ala Lys Asn Phe Gly Tyr Gln Pro Glu Glu Ala Val Leu Cys Leu 225 230 235 240 Ala Pro Ile Cys His Gln Thr Gly Met Leu Ala Gly Val Met Met Thr 245 250 255 Val Ala Ser Gly Gly Arg Ile Met Leu Leu Asp Arg Phe Ser Ala Ser 260 265 270 Arg Val Ile Glu Trp Ile Glu Lys Tyr Arg Pro Thr Tyr Leu Val Gly 275 280 285 Ala Pro Pro His Val Ile His Val Ala Asn Ala Pro Asn Leu Lys Gln 290 295 300 Ala Asp Thr Ser Ser Val Lys Leu Phe Ile Tyr Ala Gly Ala Pro Val 305 310 315 320 Pro Lys Ala Val Leu Glu Gln Leu Gln Arg Asp Ser Gly Ile Lys Val 325 330 335 Gly Cys Met Phe Gly Trp Ser Glu Gly Phe Leu Ala Thr Ala Thr Arg 340 345 350 Pro Asp Asp Pro Leu Glu Ala Leu Ser Ser Thr Val Gly Phe Val Ile 355 360 365 Pro Gly Thr Glu Val Arg Leu Val Asp Glu Glu Gly Asn Asp Val Lys 370 375 380 Pro Gly Glu Pro Gly Glu Met Trp Ala Arg Gly Pro Asn Phe Ser Ala 385 390 395 400 Gly Tyr Tyr His Asn Pro Glu Ala Ala Arg Arg Gln Trp Asp Glu Glu 405 410 415 Gly Trp Phe His Ser Gly Asp Ile Leu Arg Gln Asp Glu Asn Gly Arg 420 425 430 Tyr Ile Phe Ile Ala Arg Ala Asp Asp Ile Ile Asn Arg Gly Gly Thr 435 440 445 Lys Ile Asp Pro Lys Thr Val Glu Asp Ala Ile Ser Lys His Glu Ala 450 455 460 Val Gln Asn Val Ala Val Val Gly Ala Pro Asp Pro Thr Leu Gly Gln 465 470 475 480 Met Thr Val Ala Cys Val Ile Leu Lys Glu Gly Ala Lys Pro Phe Thr 485 490 495 Leu Arg Glu Leu Arg Asp Phe Leu Ala Glu Gln Gly Leu Ala Lys Phe 500 505 510 Gln Phe Pro Asp Arg Leu Glu Phe Met Thr Glu Phe Pro Gln Thr His 515 520 525 Ser Gly Lys Ile Lys Lys Lys Asp Leu Arg Glu Arg Phe Arg Leu Glu 530 535 540 Ala Glu Gly Gln Gly Ala Asn Ala 545 550
【0055】配列番号7 配列の長さ:408 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:タンパク質 起源: 生物名:Alicyclobacillus acidocaldarius 株名:ATCC27009 配列 Met Asp Ile Leu Asn Pro Ser Ala Arg
Asp Ala Ile Ala Pro Ser Phe 1 5
10 15 Pro Ser Tyr Asp Ala Asp Leu Val Ala
Arg Ala Asn Glu Ile Arg Asn 20 25
30 Arg Val Ile Gln Phe Arg Glu Glu Glu
Gly Ala Glu Trp Gly Ala Gln 35 40
45 Ile Glu Arg Asp Ala Arg Ile Pro Glu
Ala Leu Trp Ala Arg Ile Arg 50 55
60 Glu Leu Gly Phe His Lys Leu Thr Gln
Pro Lys Trp Val Gly Gly Glu 65 70
75 80 Gly Leu Pro Leu Gly Leu Tyr Phe Pro
Ile Leu Glu Glu Val Ala His 85
90 95 Met His Gly Thr Ile Arg Met Met Val
His Ala Tyr Asn Ser Ile Trp 100 105
110 Arg Thr Val Gly Gln Gly Thr Arg Glu
Gln Gln Glu Tyr Trp Leu Lys 115 120
125 Lys Leu Val Asn Glu Gly Ala Leu Val
Ala Phe Ala Leu Thr Glu Pro 130 135
140 Asp Asn Gly Thr Gly Ile Asp Leu Arg
Thr Ile Ala Thr Tyr Glu Asn 145 150
155 160 Gly Lys Phe Val Leu Asn Gly Arg Lys
His Leu Ile Thr Phe Ala Glu 165
170 175 Glu Ala Ala Val Ile Ala Val Ile Ala
Lys Met Glu Gly Gly Ala Gly 180 185
190 Arg Thr Gly Leu Thr Ala Phe Leu Val
Pro Gln Gly Arg Lys Gly Met 195 200
205 Lys Leu Thr Pro Met Pro His Met Met
Gly Asp Lys Gly Cys Ser His 210 215
220 Ala Val Ile Glu Phe Glu Asn Cys Glu
Val Gly Glu Asp Glu Val Leu 225 230
235 240 Gly Glu Ile Gly Glu Gly Phe Gly Val
Ala Val Arg Gly Phe Leu Asp 245
250 255 Gln Ser Arg Ala Cys Ile Ala Gln Ser
Ala Val Gly Leu Ala Gln Glu 260 265
270 Ala Leu Asp Arg Ala Leu Asp His Val
Arg Arg Arg Thr Thr Phe Gly 275 280
285 Lys Ala Leu Ala Ser Arg Gln Ala Val
Gln Met Arg Leu Ala Glu Met 290 295
300 Gln Ile Ala Ile Gln Gly Ala Arg Leu
Leu Cys Leu Asp Ala Ala Tyr 305 310
315 320 Lys Tyr Asp Gln Gly Arg Asp Ile Ser
Leu Glu Ala Ala Ile Ala Lys 325
330 335 Ala Asn Ala Ile Arg Met Val Gly Glu
Val Thr Asp Gly Ala Leu Ser 340 345
350 Leu Tyr Gly Gly Ile Gly Tyr Ala Val
Thr Ser Pro Val Glu Arg Leu 355 360
365 Tyr Arg Asp Ala Arg Ser Leu Trp Phe
Glu Glu Gly Thr Leu Glu Met 370 375
380 Gln Lys Met Thr Ile Ala Glu Ala Leu
Leu Ala Glu Ala Arg Arg Arg 385 390
395 400 Glu Arg Ala Gln Lys Arg Ala Glu 405
【0056】配列番号8 配列の長さ:341 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:タンパク質 起源: 生物名:Alicyclobacillus acidocaldarius 株名:ATCC27009 配列 Met Arg Ala Leu Val Phe Asp Pro Glu Gly Gly Leu Arg Val Ala Glu 1 5 10 15 Val Pro Thr Pro Gln Pro Gly Pro Gly Glu Ile Leu Val Arg Val Glu 20 25 30 Ala Cys Gly Ile Cys Gly Ser Asp Arg Gln Leu Val Arg Gly Glu Gly 35 40 45 Ala Pro Leu Gly Thr Ser Tyr Pro Val Val Leu Gly His Glu Ile Ala 50 55 60 Gly Arg Val Ala Ala Leu Gly Glu Gly Ala Ser Gly Phe Ala Pro Gly 65 70 75 80 Asp Ala Val Val Val His Pro Phe Val Pro Cys Gly Gln Cys Ala Ala 85 90 95 Cys Ala Arg Gly Glu Glu His Leu Cys Pro His Gln Gly Val Met Gly 100 105 110 Phe Thr Arg Pro Gly Gly Asp Ala Glu Tyr Val Ala Val Pro Ala Gln 115 120 125 Asn Ala Ile Arg Arg Pro Asp Gly Leu Asp Pro Ala Glu Ala Ala Ile 130 135 140 Leu Val Asp Ala Tyr Ala Thr Pro Tyr Arg Ala Met Val Ser Val Gly 145 150 155 160 Val Ala Glu Glu Glu Ala Val Leu Val Ile Gly Thr Gly Gly Leu Gly 165 170 175 Leu Ala Ala Val Gln Ile Ala Lys Ala Leu Gly Val Pro Gln Val Ala 180 185 190 Val Leu Ser Arg Arg Glu Asp Ala Gly Ala Leu Ala Leu Val Ser Gly 195 200 205 Ala Asp Glu Phe Val Thr Leu Ser Asp Asp Pro Arg Gln Ala Ala Arg 210 215 220 Arg Leu Arg Arg Met Ala Lys Gly Gly Val Gly Leu Val Leu Asp Thr 225 230 235 240 Ser Gly Phe Ala Asp Gly Ile Ala Phe Ala Leu Asp Val Leu Arg Pro 245 250 255 Gly Gly Lys Met Val Thr Val Ala Met Pro Ser Asp Glu Ile Pro Val 260 265 270 Pro Phe Ala Lys Leu Ala Arg Lys Gly Met Ser Ile Met Gly Ser Phe 275 280 285 Gly Ser Arg Arg Ala Asp Val Glu Glu Leu Leu Arg Met Ala Ala Glu 290 295 300 Gly Arg Val Gln Pro Asp Val Val Ala Gly Arg Arg Val Ser Leu Glu 305 310 315 320 Glu Ala Pro Asp Ala Ile Lys Asn Pro Phe Phe Gly Arg Asp Val Val 325 330 335 Val Phe Gly Ser Pro 340
【0057】配列番号9 配列の長さ:422 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:タンパク質 起源: 生物名:Alicyclobacillus acidocaldarius 株名:ATCC27009 配列 Glu Phe Gly Trp Lys Val Thr Val Leu Thr Ala Asp His Val Tyr Ser 1 5 10 15 Ala Thr Pro Asp Pro Ser Leu Leu Asp Glu Ile Pro Gly Asp Val Gln 20 25 30 Ile Val Arg Val Thr Asp Pro Val Ser Lys Gln Leu Ala Arg Trp Ser 35 40 45 Gly Arg Ile Val Gly Asp Gly Ser Thr Pro Ala Pro Gln Ala Ser Ala 50 55 60 Gln Ala Arg Leu Pro Leu Trp Lys Arg Leu Ala Trp Gly Ala Trp Lys 65 70 75 80 Trp Ala Gln Glu His Ala Leu Ile Pro Asp Glu Ser Val Val Trp Ala 85 90 95 Ile Arg Ala Gly Phe Ala Ala Arg Arg Ile Val Arg Gln Arg Val Met 100 105 110 Asp Cys Ile Tyr Thr Thr Ser Gly Pro Gln Ser Thr Gln Leu Ala Gly 115 120 125 Leu Ile Ala Ser Ala Phe Thr Arg Thr Pro Trp Ile Ala Asp Phe Arg 130 135 140 Asp Pro Trp Thr Asp Asn Leu His Phe His His Arg Gly Trp Arg Ala 145 150 155 160 Ala Leu Glu Arg Arg Leu Glu Arg Met Val Phe Ala Arg Ala Ala Ala 165 170 175 Ile Val Thr Val Thr Asp Gly Phe Trp Arg Leu Phe Ala Ala Lys Tyr 180 185 190 Pro Arg Arg Ala Leu Asp Ile His Val Ile Arg Asn Gly Val Asp Glu 195 200 205 Ala Asp Phe Pro Pro Ala Pro Ala Arg Arg Arg Ser Glu Gly Glu Pro 210 215 220 Phe Thr Phe Phe Tyr Gly Gly Ile Leu Tyr Ser Gly Arg Ser Ala Asp 225 230 235 240 Ala Leu Phe Gln Ala Val His Arg Leu Leu Gln Ser Gly His Ile Ala 245 250 255 Pro His Arg Ile Arg Ile Gln Phe Ala Gly Val Leu Asp Tyr Pro Gly 260 265 270 His His His His Ala Arg Leu Ile Arg Glu Leu Gly Leu Glu Ala Val 275 280 285 Ile Glu Pro Leu Gly Tyr Leu Pro Arg Arg Glu Ala Leu Ala Arg Met 290 295 300 Leu Ala Ala Asp Ala Thr Leu Leu Ile Gly Asp Gln Ser Glu Gln Ala 305 310 315 320 Lys Asp Tyr Val Pro Gly Lys Leu Tyr Glu Tyr Leu Tyr Ala Gly Arg 325 330 335 Pro Ile Leu Ala Met Leu Arg Glu Gly Glu Ala Ala Asp Leu Ile Arg 340 345 350 Arg Glu Gln Ala Gly Ile Ile Val Pro Pro Asp Asp Pro Asp Ala Ile 355 360 365 Ala Gln Ala Met Leu His Leu Met Ala Gln Pro Ala Thr Glu Arg Arg 370 375 380 Ala Trp Asn Pro Ala Tyr Ser Arg Arg Ala Gln Ala Gln Gln Leu Ala 385 390 395 400 Arg Leu Met Asp Asp Val Leu Ala Val Gln Thr Glu Ser Thr Ala Trp 405 410 415 Ser Met Ser Trp Asp Gly 420
【0058】配列番号10 配列の長さ:282 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:タンパク質 起源: 生物名:Alicyclobacillus acidocaldarius 株名:ATCC27009 配列 Met Ala Ile Gln Gly Trp Phe Ser Arg Ala Ala Ala Ser Ala Ala Leu 1 5 10 15 Leu Gly Val Cys Ala Val Ser Thr Ala Cys Gly Ser Pro Thr Ala Pro 20 25 30 Ser Gln Trp Met Leu Ile Asn His Trp Met Ile Asp Ala Val Thr Thr 35 40 45 Lys Gln Ala Pro Leu Ala Leu Gln Cys Leu Leu Ile Asp Val Asn Pro 50 55 60 Thr Ser Gln Ser Val Val Ser Ser Ala Gln Leu Gln Ala Pro Gly Leu 65 70 75 80 His Thr Arg Ser Phe Ser Gln Gln Glu Leu Gln Leu Ala Asn Asp Thr 85 90 95 Leu Glu Phe Gln Leu His Phe Asn Ala Val Ala Thr Arg Ser Ile Arg 100 105 110 Gly Ala Glu Pro Thr Leu Thr Ile Ala Thr Pro Asn Trp Thr His Thr 115 120 125 Phe Ser Phe Gly Glu Met Asp Val Thr Leu Val Pro Lys Arg Val Gly 130 135 140 Trp Leu Leu Pro Leu Arg Ser Phe Ala Gly Glu Ser Gly Ala Phe Ala 145 150 155 160 Thr Ser His Val Phe Ala Met Ala Val Lys Asn Pro Leu Pro His Ala 165 170 175 Val Thr Phe Asp Gly Phe Ala Val Gly Gly Gly Val Asp Val Glu Arg 180 185 190 Thr Ala Tyr Val Ile Asn Pro Lys Glu Ile Pro Leu Thr Ile Pro Lys 195 200 205 Gln Ala Lys Asp Val Arg Ala Pro Ile Ala Ile Ala Pro Gly Gln Thr 210 215 220 Val Ala Leu Tyr Cys Ala Phe Arg Gln Pro Ser Ala Tyr Arg Asn Val 225 230 235 240 Tyr Phe Gln Pro Ala Leu Gln Leu Ser Tyr Glu Gly Gln Pro Gly Tyr 245 250 255 Glu Leu Thr Asn Pro Ala Leu Tyr Thr Glu Thr Lys Phe Lys Gly Asp 260 265 270 Pro Thr Ala Ile Tyr Pro Thr Val Asn Gly 275 280
【0059】配列番号11 配列の長さ:320 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:タンパク質 起源: 生物名:Alicyclobacillus acidocaldarius 株名:ATCC27009 配列 Val Ile Arg Gly Val Gly Ser Tyr Leu Pro Glu Thr Arg Leu Thr Asn 1 5 10 15 Val Glu Ile Glu Gln Met Val Ala Thr Ser Asp Glu Trp Ile Gln Thr 20 25 30 Arg Thr Gly Ile Ala Glu Arg Arg Ile Ala Arg Pro Asp Glu Ala Thr 35 40 45 Ser Asp Phe Ala Tyr Leu Ala Ala Gln Ala Ala Leu Ala Asp Ala Lys 50 55 60 Leu His Pro Thr Asp Ile Asp Leu Leu Ile Val Ala Thr Glu Thr Pro 65 70 75 80 Asp Tyr Leu Leu Pro Pro Val Ala Cys Gln Val Gln Ala Arg Leu Gly 85 90 95 Cys Arg Asn Ile Gly Ala Phe Asp Leu His Ala Thr Cys Ala Gly Phe 100 105 110 Leu Ser Ala Leu Gln Val Ala Glu Gln Phe Val Lys Ser Gly Val His 115 120 125 Glu His Val Leu Ile Val Gly Ala Asp Thr Leu Ser Arg Phe Thr Asp 130 135 140 Tyr Thr Asp Arg Gly Thr Cys Ile Leu Phe Ala Asp Gly Ala Gly Ala 145 150 155 160 Phe Val Val Ser Arg Ser Asp Asp Arg Ala Ala Arg Gly Val Ile Ala 165 170 175 Thr Thr Ile His Ser Asp Gly Thr Tyr Phe His Asn Leu Tyr Ile Pro 180 185 190 Gly Gly Gly Ser Arg Thr Pro Tyr Gly Asp Gly Ala Lys Ala Lys Ile 195 200 205 Val Met Asp Gly Arg Lys Ile Phe Lys Leu Ala Val Asn Val Met Ser 210 215 220 Ser Thr Val Glu Glu Leu Leu Gln Lys Thr Gly Arg Gln Arg Asp Glu 225 230 235 240 Ile Asp Trp Leu Ile Pro His Gln Ala Asn Gln Arg Ile Ile Asp Ala 245 250 255 Val Ala Glu Ser Leu Asp Phe Pro Gln Glu Lys Val Val Ser Thr Ile 260 265 270 Gln Asn Ile Gly Asn Asn Ser Ser Ala Thr Ile Pro Ile Ala Val Asp 275 280 285 Thr Ala Ile Arg Asp Gly Arg Ile Gln Arg Gly Asp Leu Leu Met Leu 290 295 300 Val Ala Phe Gly Gly Gly Leu Val Trp Gly Gly Ala Met Val Glu Tyr 305 310 315 320
【0060】配列番号:12 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列 GTGAATGGAT TGTACAAGGC 20
【0061】配列番号:13 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列 TCAATACTCC ACCATCGCGC 20
【0062】配列番号:14 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列 GAGGCCATTC GAGGCCTCGG 20
【0063】配列番号:15 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列 GTGACGAAGC GGCTGAGATC
20
【0064】配列番号:16 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列 CGTTGAGCAG GGAAGACATC 20
【0065】配列番号:17 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列 GCTCGATATA GTCCACCACG 21
【0066】配列番号:18 配列の長さ:32 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列 CTYGGHGCNG ATTCDCTSGA CACSGTTGAG MT 32
【0067】配列番号:19 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列 TTYGGCGAYG SSGCSGGCGC 20
【0068】配列番号:20 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列 ATSCGVWKGT TSGCCTGGTG 20
【図面の簡単な説明】
【図1】図1は、pOP3クローンの制限酵素地図(A)と
タンパク質コード領域(B)を示す。
【図2】図2は、pKS1クローンの制限酵素地図(A)と
タンパク質コード領域(B)を示す。
【図3】図3は、PR-1を用いた果汁からの耐熱性好酸性
菌の検出の結果を示す電気泳動の写真である。
【図4】図4は、PR-2を用いた果汁からの耐熱性好酸性
菌の検出の結果を示す電気泳動の写真である。
【図5】図5は、PR-3を用いた果汁からの耐熱性好酸性
菌の検出の結果を示す電気泳動の写真である。
【図6】図6は、PR-1を用いた耐熱性好酸性菌の同定の
結果を示す電気泳動の写真である。
【図7】図7は、PR-2を用いた耐熱性好酸性菌の同定の
結果を示す電気泳動の写真である。
【図8】図8は、PR-3を用いた耐熱性好酸性菌の同定の
結果を示す電気泳動の写真である。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 FI //(C12N 15/09 ZNA C12R 1:01) (C12N 9/00 C12R 1:01) (C12Q 1/68 C12R 1:01) (54)【発明の名称】 ω−シクロヘキサン脂肪酸の生合成に関与する酵素をコードする核酸、その塩基配列の一部また は全部を含む核酸プライマーおよび核酸プローブ、ならびにAlicyclobacillus 属に属する微生物の検出および同定方法

Claims (31)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 ω−シクロヘキサン脂肪酸の生合成に関
    与する酵素をコードする核酸。
  2. 【請求項2】 ω−シクロヘキサン脂肪酸の生合成に関
    与する酵素が耐熱性好酸性菌に由来する請求項1記載の
    核酸。
  3. 【請求項3】 耐熱性好酸性菌がAlicyclo bacillus属に
    属する微生物である請求項2記載の核酸。
  4. 【請求項4】 Alicyclobacillus属に属する微生物がAl
    icyclobacillus acidocaldarius である請求項3記載の
    核酸。
  5. 【請求項5】 配列番号3〜8のアミノ酸配列をそれぞ
    れ含むタンパク質のいずれかあるいはすべてをコードす
    る請求項4記載の核酸。
  6. 【請求項6】 配列番号9〜11のアミノ酸配列をそれ
    ぞれ含むタンパク質のいずれかあるいはすべてをコード
    する請求項4記載の核酸。
  7. 【請求項7】 配列番号1の塩基配列を含む請求項5記
    載の核酸。
  8. 【請求項8】 配列番号2の塩基配列を含む請求項6記
    載の核酸。
  9. 【請求項9】 核酸がDNAである請求項1〜8のいず
    れかに記載の核酸。
  10. 【請求項10】 核酸がRNAである請求項1〜8のい
    ずれかに記載の核酸。
  11. 【請求項11】 請求項1記載の核酸の塩基配列の一部
    または全部を含む核酸プライマー。
  12. 【請求項12】 請求項1記載の核酸の塩基配列の一部
    が配列番号12の塩基配列である請求項11記載の核酸プ
    ライマー。
  13. 【請求項13】 請求項1記載の核酸の塩基配列の一部
    が配列番号13の塩基配列である請求項11記載の核酸プ
    ライマー。
  14. 【請求項14】 請求項1記載の核酸の塩基配列の一部
    が配列番号14の塩基配列である請求項11記載の核酸プ
    ライマー。
  15. 【請求項15】 請求項1記載の核酸の塩基配列の一部
    が配列番号15の塩基配列である請求項11記載の核酸プ
    ライマー。
  16. 【請求項16】 請求項1記載の核酸の塩基配列の一部
    が配列番号16の塩基配列である請求項11記載の核酸プ
    ライマー。
  17. 【請求項17】 請求項1記載の核酸の塩基配列の一部
    が配列番号17の塩基配列である請求項11記載の核酸プ
    ライマー。
  18. 【請求項18】 核酸がDNAである請求項11〜17のい
    ずれかに記載の核酸プライマー。
  19. 【請求項19】 核酸がRNAである請求項11〜17のい
    ずれかに記載の核酸プライマー。
  20. 【請求項20】 請求項11記載の核酸プライマーを用い
    て、Ali cyclobacillus属に属する微生物を検出および/
    または同定する方法。
  21. 【請求項21】 検体中に存在するDNAが請求項11記
    載の核酸プライマーにより増幅されるか否かを調べるこ
    とにより、検体中のAlicyclobacillus属に属する微生物
    の存否を決定する請求項20記載の方法。
  22. 【請求項22】 核酸プライマーが、配列番号12の塩
    基配列を含むオリゴヌクレオチド、配列番号13の塩基
    配列を含むオリゴヌクレオチド、または両者の組み合わ
    せである請求項20記載の方法。
  23. 【請求項23】 核酸プライマーが、配列番号14の塩
    基配列を含むオリゴヌクレオチド、配列番号15の塩基
    配列を含むオリゴヌクレオチド、または両者の組み合わ
    せである請求項20記載の方法。
  24. 【請求項24】 核酸プライマーが、配列番号16の塩
    基配列を含むオリゴヌクレオチド、配列番号17の塩基
    配列を含むオリゴヌクレオチド、または両者の組み合わ
    せである請求項20記載の方法。
  25. 【請求項25】 Alicyclobacillus属に属する微生物が
    Alic yclobacillus acidocaldarius である請求項20記載
    の方法。
  26. 【請求項26】 請求項1記載の核酸の塩基配列の一部
    または全部を含む核酸プローブ。
  27. 【請求項27】 核酸がDNAである請求項26記載の核
    酸プローブ。
  28. 【請求項28】 核酸がRNAである請求項26記載の核
    酸プローブ。
  29. 【請求項29】 請求項26記載の核酸プローブを用い
    て、Alicyclobacillus属に属する微生物を検出および/
    または同定する方法。
  30. 【請求項30】 検体中に存在するDNAが請求項26記
    載の核酸プローブとハイブリダイズするか否かを調べる
    ことにより、検体中のAlicyclobacillus属に属する微生
    物の存否を決定する請求項29記載の方法。
  31. 【請求項31】 Alicyclobacillus属に属する微生物が
    Alic yclobacillus acidocaldarius である請求項29記載
    の方法。
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Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2001068914A1 (fr) * 2000-03-14 2001-09-20 Otsuka Pharmaceutical Co., Ltd. Amorces d'acides nucleiques d'une bacterie resistant aux acides et procede pour identifier une bacterie resistant aux acides
WO2004040007A1 (ja) * 2002-10-31 2004-05-13 Kirin Beverage Corporation 飲食品有害菌の検査
WO2005118804A1 (ja) * 2004-06-03 2005-12-15 San-Ei Gen F.F.I., Inc. Alicyclobacillus属細菌の特異的検出方法

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