JPH10191982A - Bacterium-detecting oligonucleotide probe belonging to genus legionella and detection of the same bacterium - Google Patents

Bacterium-detecting oligonucleotide probe belonging to genus legionella and detection of the same bacterium

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JPH10191982A
JPH10191982A JP9005050A JP505097A JPH10191982A JP H10191982 A JPH10191982 A JP H10191982A JP 9005050 A JP9005050 A JP 9005050A JP 505097 A JP505097 A JP 505097A JP H10191982 A JPH10191982 A JP H10191982A
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Abstract

PROBLEM TO BE SOLVED: To provide an oligonucleotide probe for detecting a genus Legionella bacterium, capable of specifically detecting various species of genus Legionella bacteria with high accuracy by one kind of probe in a short time and capable of easily preparing, and to specifically detect various species of genus Legionella bacteria with high accuracy in a short time by using the probe. SOLUTION: A bacterium belonging to genus Legionella is detected by performing hybridization by bringing a label oligonucleotide probe obtained by labeling an oligonucleotide probe having a base sequence of 5'AGC AAA CGC GAT AAG TTG AC3' with a radioactive element, an enzyme, a fluorescent substance or a chemical substance into contact with a bacterium belonging to genus Legionella or its DNA, and using the label as an indicator.

Description

【発明の詳細な説明】DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION

【0001】[0001]

【発明の属する技術分野】本発明は、レジオネラ(Legi
onella)属に属する細菌(以下、レジオネラ属細菌とい
う場合がある)を検出、同定または定量するためのオリ
ゴヌクレオチドプローブおよび標識オリゴヌクレオチド
プローブ、この標識オリゴヌクレオチドプローブを含む
レジオネラ属細菌検出用試薬、ならびにこれらを用いた
レジオネラ属細菌の検出方法である。
The present invention relates to Legionella (Legionella )
onella ), an oligonucleotide probe and a labeled oligonucleotide probe for detecting, identifying or quantifying a bacterium belonging to the genus (hereinafter, sometimes referred to as a Legionella bacterium), a reagent for detecting a Legionella bacterium containing the labeled oligonucleotide probe, and This is a method for detecting Legionella bacteria using these.

【0002】[0002]

【従来の技術】環境中からのレジオネラ検出では、通常
低pH処理後WYOαなどのレジオネラ選択培地による培
養によりレジオネラの定量を行っている。しかし、レジ
オネラ属に共通でかつ特異的な形態、生化学的性質は報
告されておらず、このためコロニーが形成された後に栄
養要求性やグラム染色、形態観察、抗体との反応性など
を試験し、これらのいくつかの同定試験結果からレジオ
ネラかどうか判断している。
2. Description of the Related Art In the detection of Legionella from the environment, Legionella is usually quantified by low pH treatment followed by culturing in a Legionella selective medium such as WYOα. However, no common and specific morphology and biochemical properties of Legionella have been reported, so that after colony formation, auxotrophy, gram staining, morphological observation, reactivity with antibodies, etc. are tested The results of some of these identification tests have led to the determination of Legionella.

【0003】すなわち培養による方法では、コロニーが
レジオネラ特有の色、形、その他の特徴を示すまでには
5〜10日間必要であり、また完全な選択培地ではない
ため、生ずるコロニーの中にはレジオネラと類似するコ
ロニーを形成する菌もあり、コロニーを釣菌して栄養要
求性やグラム染色などの同定が必須である。このためレ
ジオネラ細菌の検出に2週間程度の長期間を要するとい
う問題点がある。またレジオネラが生育していた環境中
の生育条件と、選択培地を用いた生育条件とは大きく異
なり、レジオネラの生理状態によっては培地上でコロニ
ーを形成しない場合も十分考えられるという問題点もあ
る。
[0003] In other words, in the method by cultivation, it takes 5 to 10 days for colonies to exhibit the unique color, shape, and other characteristics, and since the colonies are not completely selective media, some of the resulting colonies include Legionella. Some bacteria form colonies similar to those described above, and it is essential to identify the auxotrophy and Gram stain by collecting the colonies. For this reason, there is a problem that detection of Legionella bacteria requires a long period of about two weeks. In addition, the growth conditions in the environment where Legionella grew are greatly different from the growth conditions using the selective medium, and there is also a problem that depending on the physiological state of Legionella, there may be a case where colonies are not formed on the medium.

【0004】レジオネラを検出、定量する別の手段とし
て抗体を用いる方法があるが、レジオネラ属の広い範囲
の種を検出できる抗体は報告されていない。また抗体を
用いる方法は、抗体を得るまでに手間と時間がかかると
いう問題点がある。
[0004] As another means for detecting and quantifying Legionella, there is a method using an antibody. However, no antibody capable of detecting a wide range of species of Legionella has been reported. In addition, the method using an antibody has a problem that it takes time and effort to obtain the antibody.

【0005】ところで、特開昭61-88900号には、DNA
プローブを用いたレジオネラの検出方法が記載されてい
る。しかし、この方法はゲノムDNAを制限酵素で部分
分解して一定の分離操作後に得られるゲノムDNAの断
片混合物を用いているので、全く同様の断片混合物を繰
返し得ることが困難であり、ロットにより特異性に差が
生じるという問題点がある。また、いわゆるin situハ
イブリダイゼーションに用いることができないという問
題点がある。さらに、ゲノムDNA断片混合物をプロー
ブとして使用する場合、検出対象としている部分が明ら
かではなく、得られた結果の学問的意味付けが困難であ
る。
Incidentally, Japanese Patent Application Laid-Open No. 61-88900 discloses a DNA
A method for detecting Legionella using a probe is described. However, since this method uses a fragment mixture of genomic DNA obtained after a certain separation operation by partially decomposing genomic DNA with a restriction enzyme, it is difficult to repeat exactly the same fragment mixture. There is a problem that there is a difference in sex. In addition, there is a problem that it cannot be used for so-called in situ hybridization. Furthermore, when a genomic DNA fragment mixture is used as a probe, the portion to be detected is not clear, and it is difficult to make the obtained results academically meaningful.

【0006】また特公平5-78319号には、核酸プローブ
を用いて生物を検出、同定または定量する方法が記載さ
れており、その実施例には23種のレジオネラ種、具体
的にはL. pnueumophila(PHA1), L. micdadei(HEBA), L.
bozemanii(WIGA), L. dumoffi(TEX-KL), L. garmanii
(LS-13), L. jordanis(BL540), L. longbeachae, L. MS
H9, L. oakridgenis(オークリツジ10), L. lansing2,
L. SC-32C-C8, L. WA-316, L. WO-44-3C(L. feeleii),
L. phoenix 1, L. WA-270A, L. PF-209C-C2, L.SC 65C3
(ORW), L. jamestown 26G1-E2, L. MSH-4, L. lansing
3, L. SC18-C9,L. SC63-C7, L-81-716(L. wadsworthii)
を特異的に検出することができる例証的プローブが記載
されている。しかし、この核酸プローブも混合物であ
り、前記と同様の問題点がある。またプローブの塩基の
長さや配列が明らかではなく、rRNAのどの部分を認
識しているのか不明確であり、検出精度に問題がある。
Japanese Patent Publication No. 5-78319 discloses a nucleic acid probe.
Describes how to detect, identify or quantify organisms using
Examples include 23 species of Legionella,
TypicallyL. pnueumophila(PHA1),L. micdadei(HEBA),L.
 bozemanii(WIGA),L. dumoffi(TEX-KL),L. garmanii
(LS-13),L. jordanis(BL540),L. longbeachae,L. MS
H9,L. oakridgenis(Oak Rage 10),L. lansing2,
L. SC-32C-C8,L. WA-316,L. WO-44-3C (L. feeleii),
L. phoenix 1,L. WA-270A,L. PF-209C-C2,L.SC 65C3
(ORW),L. jamestown 26G1-E2,L. MSH-4,L. lansing 
3,L. SC18-C9,L. SC63-C7, L-81-716 (L. wadsworthii)
Describes an exemplary probe that can specifically detect
Have been. However, this nucleic acid probe is also a mixture.
Therefore, there is the same problem as described above. The base of the probe
The length or sequence is not clear,
It is not clear whether they are aware, and there is a problem with the detection accuracy.

【0007】また特表平1-503356号には、特定の配列を
有する核酸プローブを用いたレジオネラの検出方法が記
載され、実施例において3種の混合したプローブを用い
て、21種類(血清型を除く)のレジオネラ種を検出し
ている。対象とされたレジオネラ種を表1に示す。
[0007] Japanese Patent Publication No. 1-503356 describes a method for detecting Legionella using a nucleic acid probe having a specific sequence. In Examples, 21 types (serotypes) were obtained using three types of mixed probes. Except Legionella spp.). Table 1 shows the Legionella species targeted.

【0008】[0008]

【表1】 [Table 1]

【0009】しかし上記検出方法では、3種類のプロー
ブを調製して用いる必要があり、また知られている38
種のレジオネラ(1994)の約55%しか試験されて
おらず、残り45%を検出できるかどうか不明であると
いう問題点がある。
However, in the above detection method, it is necessary to prepare and use three types of probes.
The problem is that only about 55% of the species Legionella (1994) have been tested and it is unclear whether the remaining 45% can be detected.

【0010】また特表平5-507206号にも、特定の配列を
有するプローブを用いたレジオネラ種の検出方法が記載
されている。しかしこのプローブは、レジオネラに特異
的なプライマーを用いてPCRで増幅された配列を検出
するためのものであり、プローブのレジオネラ特異性が
明らかではないという問題点がある。
[0010] Japanese Patent Publication No. 5-507206 also discloses a method for detecting Legionella species using a probe having a specific sequence. However, this probe is for detecting a sequence amplified by PCR using a primer specific to Legionella, and has a problem that the Legionella specificity of the probe is not clear.

【0011】また、In situ identification of Legion
ellaceae using 16S rRNA-targetedoligonucleotide pr
obes and confocal laser scanning microscopy, Werne
r Manz, Rudolf Amann et. al. Microbiology(1995), 1
41, 29-39には、レジオネラファミリーを検出するため
のプローブとして、2種類のプローブの評価結果が報告
されている。一つは16SrRNAの226-243(大腸菌の16SrRN
Aナンバーリング)をターゲットとするプローブ、もう
一つは同705-722をターゲットとするプローブである。
[0011] Also, in situ identification of Legion
ellaceae using 16S rRNA-targetedoligonucleotide pr
obes and confocal laser scanning microscopy, Werne
r Manz, Rudolf Amann et.al. Microbiology (1995), 1
41, 29-39 report the evaluation results of two types of probes as probes for detecting the Legionella family. One is 226-243 of 16SrRNA (16SrRN of E. coli)
The other is a probe targeting A numbering), and the other is a probe targeting 705-722.

【0012】[0012]

【発明が解決しようとする課題】本発明の課題は、短時
間で多数の種のレジオネラ属細菌を一種類のプローブで
特異的に高精度で検出することができ、しかも容易に調
製することができるレジオネラ属細菌検出用のオリゴヌ
クレオチドプローブを提供し、これを用いてレジオネラ
属細菌を短時間で多数の種のレジオネラ属細菌を特異的
に高精度で検出することである。
SUMMARY OF THE INVENTION An object of the present invention is to detect a large number of species of Legionella spp. In a short time with a single type of probe, and to easily prepare them. An object of the present invention is to provide a possible oligonucleotide probe for detecting Legionella bacteria, and to use the oligonucleotide probe to specifically detect a large number of species of Legionella bacteria with high accuracy in a short time.

【0013】[0013]

【課題を解決するための手段】本発明は、次のレジオネ
ラ属細菌検出用のオリゴヌクレオチドプローブおよび標
識オリゴヌクレオチドプローブ、この標識オリゴヌクレ
オチドプローブを含むレジオネラ属細菌検出用試薬、な
らびにこれらを用いたレジオネラ属細菌の検出方法であ
る。 (1)デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチ
ドからなり、レジオネラ(Legionella)属に属する細菌
の16SrRNAの可変領域に相補的な配列を持つプローブで
あって、塩基配列5'AGC AAA CGC GAT AAG TTG AC3'を有
することを特徴とするレジオネラ属に属する細菌検出用
オリゴヌクレオチドプローブ。 (2)上記(1)記載のオリゴヌクレオチドプローブを
放射性元素、酵素、蛍光物質または化学物質で標識して
なることを特徴とするレジオネラ属に属する細菌検出用
標識オリゴヌクレオチドプローブ。 (3)上記(2)記載の標識オリゴヌクレオチドプロー
ブを含むことを特徴とするレジオネラ属に属する細菌検
出用試薬。 (4)レジオネラ属に属する細菌、そのDNAまたはrRNA
を含む検体に上記(2)記載の標識オリゴヌクレオチド
プローブまたは上記(3)記載の試薬を接触させてハイ
ブリダイゼーションを行った後、標識を指標にして検出
することを特徴とするレジオネラ属に属する細菌の検出
方法。
SUMMARY OF THE INVENTION The present invention provides an oligonucleotide probe and a labeled oligonucleotide probe for detecting the following Legionella bacteria, a reagent for detecting the Legionella bacteria containing the labeled oligonucleotide probe, and a Legionella using the same. This is a method for detecting genus bacteria. (1) A probe consisting of deoxyribonucleotides or ribonucleotides and having a sequence complementary to the variable region of 16S rRNA of a bacterium belonging to the genus Legionella , having a base sequence of 5'AGC AAA CGC GAT AAG TTG AC3 ' An oligonucleotide probe for detecting bacteria belonging to the genus Legionella. (2) A labeled oligonucleotide probe for detecting bacteria belonging to the genus Legionella, wherein the oligonucleotide probe according to (1) is labeled with a radioactive element, an enzyme, a fluorescent substance, or a chemical substance. (3) A reagent for detecting a bacterium belonging to the genus Legionella, comprising the labeled oligonucleotide probe according to (2). (4) Bacteria belonging to the genus Legionella, their DNA or rRNA
A bacterium belonging to the genus Legionella, which is obtained by contacting the labeled oligonucleotide probe according to (2) or the reagent according to (3) with a specimen containing Detection method.

【0014】本発明のプローブは既知のレジオネラ16Sr
RNAの可変領域に相補的な配列のなかから、レジオネラ
属に保存性の良く、かつ他の属と相違する部分を選び出
すことによって得られたものである。すなわち本発明の
プローブの配列は、レジオネラ ニューモフィラ(Legi
onella pneumophila)および他のレジオネラの16SrRNA
をコードするDNAの塩基配列871-890(大腸菌16SrRNAの
ナンバーリング)に相当する。従って本発明のプローブ
の配列は、レジオネラ ニューモフィラ(Legionella p
neumophila)および他のレジオネラの16SrRNAをコード
するDNAの塩基配列871-890(大腸菌16SrRNAのナンバー
リング)の相補的配列、または16SrRNAの塩基配列871-8
90(大腸菌16SrRNAのナンバーリング)をターゲットに
し、これらの配列を認識するに足るものである。
The probe of the present invention is a known Legionella 16Sr
It is obtained by selecting from the sequences complementary to the variable region of RNA a portion that is highly conserved in Legionella and that differs from other genera. That is, the sequence of the probe of the present invention is Legionella pneumophila (Legionella pneumophila) .
onella pneumophila ) and other Legionella 16S rRNA
Corresponds to the nucleotide sequence 871-890 (numbering of 16S rRNA of Escherichia coli). Sequences of the probes of the present invention therefore, Legionella pneumophila (Legionella p
neumophila ) and the complementary sequence of the base sequence 871-890 of DNA encoding 16S rRNA of other Legionella (numbering of 16S rRNA of Escherichia coli) or the base sequence 871-8 of 16S rRNA
It targets 90 (numbering of E. coli 16S rRNA) and is sufficient to recognize these sequences.

【0015】Escherichia coliPs. aeruginosaLegi
onella pneumophiliaおよび他のLegionellaの16SrRNA配
列の一部の塩基配列を表2に示す。
[0015] Escherichia coli, Ps. Aeruginosa, Legi
Table 2 shows a partial nucleotide sequence of the 16S rRNA sequence of onella pneumophilia and other Legionella .

【表2】 [Table 2]

【0016】本発明のプローブは、前記のように塩基配
列が明らかで、塩基配列の長さも20塩基程度であるた
め、ヌクレオチドまたはデオキシヌクレオチドから化学
合成により容易に合成することができる。このため、同
一のプローブを何度でも容易に得ることができ、ロット
により特異性が異なるということはない。また本発明の
プローブは塩基数が比較的短いことから、in situハイ
ブリダイゼーションに用いることもでき、しかも一種類
のプローブから検出できるレジオネラ属細菌の種類も多
い。これらの点から、検出試薬として優れている。
Since the nucleotide sequence of the probe of the present invention is clear as described above and the length of the nucleotide sequence is about 20 nucleotides, it can be easily synthesized from nucleotides or deoxynucleotides by chemical synthesis. For this reason, the same probe can be easily obtained any number of times, and the specificity does not differ between lots. Further, since the probe of the present invention has a relatively short number of bases, it can be used for in situ hybridization, and there are many types of Legionella bacteria that can be detected from one type of probe. From these points, it is excellent as a detection reagent.

【0017】本発明のレジオネラ属に属する細菌検出用
標識オリゴヌクレオチドプローブは、前記プローブを放
射性元素、酵素、蛍光物質または化学物質などの標識物
質で標識したプローブである。このような標識物質とし
ては従来から使用されている標識物質が使用でき、具体
的なものとしては32P等の放射性元素;FITC、ロー
ダミン等の蛍光物質;ジコキシゲニン等のハプテン;ア
ルカリフォスファターゼ、ペルオキシダーゼ等の酵素;
ビオチン等の生化学物質などがあげられる。これらの標
識物質は、公知の方法でプローブに導入することができ
る。
The labeled oligonucleotide probe for detecting bacteria belonging to the genus Legionella of the present invention is a probe obtained by labeling the probe with a labeling substance such as a radioactive element, an enzyme, a fluorescent substance or a chemical substance. As such a labeling substance, a conventionally used labeling substance can be used, and specific examples thereof include radioactive elements such as 32 P; fluorescent substances such as FITC and rhodamine; haptens such as dicoxygenin; alkaline phosphatase, peroxidase and the like. Enzymes;
Biochemicals such as biotin; These labeling substances can be introduced into the probe by a known method.

【0018】本発明のレジオネラ属に属する細菌検出用
試薬は上記標識オリゴヌクレオチドプローブを含むもの
であり、標識オリゴヌクレオチドプローブだけからなっ
ていてもよく、また緩衝液などに溶解したものでもよ
く、またレジオネラ属細菌とのハイブリダイゼーション
を容易に実施することができるようにキット化されたも
のでもよい。
The reagent for detecting bacteria belonging to the genus Legionella of the present invention contains the above-mentioned labeled oligonucleotide probe, and may be composed of only the labeled oligonucleotide probe, or may be dissolved in a buffer or the like. A kit may be used so that hybridization with Legionella bacteria can be easily carried out.

【0019】本発明の標識オリゴヌクレオチドプローブ
またはこれを含む試薬は、レジオネラ属細菌またはこの
DNAを含む検体とハイブリダイゼーションを実施し、そ
の後標識物質を指標にして検出することにより、例えば
放射能、発色、蛍光、発光などを指標にして検出するこ
とにより、プローブがハイブリダイゼーションしたレジ
オネラ属細菌を特異的に高精度で、目視や顕微鏡等によ
り容易に検出、同定または定量することができる。
The labeled oligonucleotide probe of the present invention or a reagent containing the same is a Legionella bacterium or a bacterium belonging to the genus Legionella.
A Legionella bacterium to which the probe has hybridized by performing hybridization with a sample containing DNA and then detecting with a labeling substance as an index, for example, by detecting with radioactivity, color development, fluorescence, luminescence, etc. as an index Can be easily detected, identified or quantified with high precision, visually or by a microscope.

【0020】本発明のプローブは一種類で検出、同定ま
たは定量することができるレジオネラ属細菌の種の種類
が多く、少なくともレジオネラ34種(後記表3参照)
を検出することができる。このように本発明のプローブ
は、従来のプローブに比べて、一種類のプローブでより
多くの種の種類のレジオネラを検出することができる。
The probe of the present invention can be detected, identified or quantified by a single species, and there are many species of Legionella bacteria, and at least 34 species of Legionella (see Table 3 below).
Can be detected. Thus, the probe of the present invention can detect more kinds of Legionella with one kind of probe than the conventional probe.

【0021】本発明の検出方法は、前記標識オリゴヌク
レオチドプローブまたは試薬を、レジオネラ属に属する
細菌またはそのDNAを含む検体に接触させてハイブリダ
イゼーションを行った後、標識を指標にしてレジオネラ
属細菌を検出する方法である。ハイブリダイゼーション
は従来と同様の方法により行うことができる。例えば、
細菌を対象とする場合は、ナイロンフィルターなどのフ
ィルターに菌体をしみ込ませ、フィルター上で溶菌操作
を行った後、紫外線照射または80℃以上の高温にする
ことにより、レジオネラ属細菌のDNAをフィルター上に
固定する。このフィルターをハイブリダイゼーション溶
液に通常1時間以上浸したのち、さらに標識オリゴヌク
レオチドを添加したハイブリダイゼーション溶液に浸漬
し、2〜24時間反応させる。ハイブリダイゼーション
時の温度は、十分な特異性および検出感度を示す温度を
選択するのが好ましく、通常プローブのTm値マイナス
5〜10℃を目安にする。十分な特異性および検出感度
を示す温度は、予め実験により求めることができる。プ
ローブと反応が終了したフィルターは緩衝液で洗浄し、
非特異的な結合をしているプローブを除去する。洗浄は
緩衝液を新しいものに交換して2〜3回行うのが好まし
い。洗浄時の温度は、十分な感度を保つ温度で行うのが
好ましく、通常ハイブリダイゼーションの温度よりも低
く設定される。十分な感度を保つ温度は、予め実験によ
り求めることができる。
In the detection method of the present invention, the labeled oligonucleotide probe or reagent is brought into contact with a bacterium belonging to the genus Legionella or a specimen containing the DNA thereof, and hybridization is carried out. It is a method of detecting. Hybridization can be performed by a method similar to the conventional method. For example,
In the case of bacteria, filter the DNA of Legionella bacteria by infiltrating the cells into a filter such as a nylon filter, lysing on the filter, and then irradiating with ultraviolet light or raising the temperature to 80 ° C or higher. Fix on top. This filter is usually immersed in a hybridization solution for 1 hour or more, and further immersed in a hybridization solution to which a labeled oligonucleotide has been added, and reacted for 2 to 24 hours. It is preferable to select a temperature at the time of hybridization that shows sufficient specificity and detection sensitivity, and usually the Tm value of the probe minus 5 to 10 ° C is used as a standard. The temperature at which sufficient specificity and detection sensitivity are obtained can be determined in advance by experiments. Wash the probe and the filter after the reaction with buffer,
Non-specifically bound probes are removed. Washing is preferably performed two to three times with a new buffer solution. Washing is preferably performed at a temperature that maintains sufficient sensitivity, and is usually set lower than the hybridization temperature. The temperature at which sufficient sensitivity is maintained can be determined in advance by experiments.

【0022】ハイブリダイゼーション後の検出は、標識
物質の種類に応じて公知の方法により行うことができ
る。例えば、放射性元素で標識した場合は公知の方法で
放射能を測定することにより検出できる。また酵素で標
識した場合は公知の方法で酵素活性を測定することによ
り検出できる。また螢光物質で標識した場合は公知の方
法により光量を測定することにより検出できる。また抗
原または抗体で標識した場合は、標識した抗原または抗
体と特異的に反応する抗体または抗原を用いて抗原抗体
反応させ、反応生成物を公知の方法により測定すること
により検出できる。
Detection after hybridization can be performed by a known method depending on the type of the labeling substance. For example, when labeled with a radioactive element, it can be detected by measuring radioactivity by a known method. When labeled with an enzyme, it can be detected by measuring the enzyme activity by a known method. When labeled with a fluorescent substance, it can be detected by measuring the amount of light by a known method. In the case of labeling with an antigen or an antibody, antigen-antibody reaction can be performed using an antibody or an antigen that specifically reacts with the labeled antigen or antibody, and the reaction product can be measured by a known method.

【0023】このように本発明のプローブを用いること
により、ハイブリダイゼーションによりレジオネラ属の
広範囲のレジオネラ種を特異的に検出することができ
る。このため、従来行っていたレジオネラコロニーの複
数の同定操作を省略することができ、検出を容易に行う
ことができる。すなわち、従来の培養方法では一つ一つ
のコロニーを釣菌して同定に供さなくてはならないが、
本発明のプローブを用いてコロニーハイブリダイゼーシ
ョンを行うことにより、例えば培地プレートに生育して
いるコロニーすべてについてレジオネラであるかどうか
一度に判別することができる。また、原理的に培養によ
る検出では、培養できないレジオネラは検出対象外であ
ったが、本発明の検出方法では培養できないレジオネラ
種も検出可能である。また、環境中の生物膜や生物組織
中でレジオネラがどのように分布しているかということ
を明らかすることも可能である。さらにプローブがゲノ
ムDNA断片混合物ではないので、同じ性能のプローブ
を容易に入手できる。
As described above, by using the probe of the present invention, a wide range of Legionella species of the genus Legionella can be specifically detected by hybridization. Therefore, a plurality of operations for identifying Legionella colonies, which have been conventionally performed, can be omitted, and detection can be easily performed. That is, in the conventional culture method, each colony must be picked and used for identification,
By performing colony hybridization using the probe of the present invention, for example, it is possible to determine at a time whether all colonies growing on a medium plate are Legionella. In principle, Legionella that cannot be cultured cannot be detected by culture, but Legionella species that cannot be cultured by the detection method of the present invention can also be detected. It is also possible to clarify how Legionella is distributed in biofilms and tissues in the environment. Further, since the probe is not a genomic DNA fragment mixture, a probe having the same performance can be easily obtained.

【0024】[0024]

【発明の実施の形態】BEST MODE FOR CARRYING OUT THE INVENTION

実施例および比較例 1)オリゴヌクレオチドプローブの調製 本発明のプローブを、公知の固相ホスホロアミダイド法
により合成した。合成したプローブは高速液体クロマト
グラフィーにより精製した。精製後は凍結乾燥して保管
した。その後の操作には、脱イオン水に溶解して用い
た。
Examples and Comparative Examples 1) Preparation of Oligonucleotide Probe The probe of the present invention was synthesized by a known solid phase phosphoramidite method. The synthesized probe was purified by high performance liquid chromatography. After purification, it was freeze-dried and stored. The subsequent operation was performed by dissolving in deionized water.

【0025】上記プローブをDIG oligoprobe tailed la
bel kit(ベーリンガーマンハイム社製)を用いてジコキ
シゲニンによりラベルした。このジコキシゲニンでラベ
ルしたオリゴヌクレオチドプローブを0.3pmol/mlの濃度
になるように、ハイブリダイゼーション溶液〔0.75M Na
Cl, 75mM sodium citrate, 1%(w/v) Blockingreagent,
0.1%(w/v)N-lauroylsarkosine, 0.02%(w/v) Sodium dod
esyl sulfate(以下SDS), 0.1mg/l Poly(a)〕に溶解し、
後述のハイブリダイゼーションで使用した。なお上記ジ
コキシゲニンはハプテンの1種であり、抗原として作用
する化合物である。
The above probe was used for DIG oligoprobe tailed la
Labeling was performed with dicoxygenin using a bel kit (Boehringer Mannheim). The oligonucleotide probe labeled with dicoxygenin was added to the hybridization solution (0.75 M NaOH) to a concentration of 0.3 pmol / ml.
Cl, 75mM sodium citrate, 1% (w / v) Blockingreagent,
0.1% (w / v) N-lauroylsarkosine, 0.02% (w / v) Sodium dod
esyl sulfate (SDS), 0.1mg / l Poly (a))
It was used in the hybridization described below. Note that dicoxigenin is a type of hapten and is a compound that acts as an antigen.

【0026】2)検体の調製 報告されているレジオネラ属のうち、表3に示す35種
(うち二種はL. pneumophilaのサブスピーシズ)を入手
し、DNA抽出後、ドットブロットを実施した。なお比較
例としては、Enterobacter cloacae(ATCC 23355)、Esch
erichia coli(ATCC 25922)、Klebsiella pneumoniae(AT
CC 13883)、Proteus vulgaris(ATCC 13315)、Pseudomon
as aeruginosa(ATCC 27853)、Salmonella typhimurium
(ATCC 14028)、Serratia marcescens(ATCC 8100)、Stap
hylococcus aureus(ATCC 12600)を用い、レジオネラと
同様にDNAを抽出後、ドットブロットに供した。
2) Preparation of specimens Among the reported Legionella species, 35 species shown in Table 3
(Of which two areL. pneumophilaGet the subspecies)
After DNA extraction, dot blot was performed. Compare
For example,Enterobacter cloacae(ATCC 23355),Esch
erichia coli(ATCC 25922),Klebsiella pneumoniae(AT
CC 13883),Proteus vulgaris(ATCC 13315),Pseudomon
as aeruginosa(ATCC 27853),Salmonella typhimurium
(ATCC 14028),Serratia marcescens(ATCC 8100),Stap
hylococcus aureus(ATCC 12600) with Legionella
Similarly, DNA was extracted and subjected to dot blot.

【0027】すなわち、レジオネラをBCYEα寒天培地
(Buffered charcoal-yeast extractagar supplemented
with α-ketoglutarate、組成;蒸留水1000ml当たり酵
母エキス10.0g、活性炭末1.5g、ACESバッファー10.
0g、寒天15.0g、L−システイン一塩酸塩0.4g、可溶性
ピロリン酸鉄0.25g、α−ケトグルタル酸一カリウム1.0
gを含有するpH6.9±0.05の培地)で培養した
後、プレート上から白金耳でかきとり使用した。DNAの
抽出はCurrent Protocols in Molecular Biology. 2.4.
1. Preparation of Genomic DNA form Bacteriaに従っ
て実施した。
That is, Legionella was treated with BCYEα agar medium (Buffered charcoal-yeast extractagar supplemented).
with α-ketoglutarate, composition; yeast extract 10.0 g, activated carbon powder 1.5 g, ACES buffer 10.
0 g, agar 15.0 g, L-cysteine monohydrochloride 0.4 g, soluble iron pyrophosphate 0.25 g, α-ketoglutarate monopotassium 1.0
g medium containing pH 6.9 ± 0.05) and scraped from the plate with a platinum loop. For DNA extraction, see Current Protocols in Molecular Biology. 2.4.
1. Performed according to the Preparation of Genomic DNA form Bacteria.

【0028】抽出したDNAのA260nmにおける吸収を測定
し、それぞれのDNAを同一濃度になるよう調整した後、
ナイロンフィルターに100ngずつドットブロットした。
風乾後、次に示す各液で湿らせた濾紙の上に、フィルタ
ーを5分間ずつ順次置き、DNAを変性させた。(1)0.5
N NaOH,0.5M NaCl, (2)1.5M NaCl, 0.5M Tris-HClpH
7.4, (3)0.3M NaCl, 30mM sodium citorate pH7.0。
その後、120℃で30分間加温してDNAをフィルターに固定
し、下記のハイブリダイゼーションに使用した。
The absorbance of the extracted DNA at A 260 nm was measured, and each DNA was adjusted to have the same concentration.
Dot blot was performed on a nylon filter in 100 ng increments.
After air drying, the filters were sequentially placed on the filter paper moistened with each of the following solutions for 5 minutes to denature the DNA. (1) 0.5
N NaOH, 0.5M NaCl, (2) 1.5M NaCl, 0.5M Tris-HCl pH
7.4, (3) 0.3 M NaCl, 30 mM sodium citorate pH 7.0.
Thereafter, the mixture was heated at 120 ° C. for 30 minutes to fix the DNA to the filter, and used for the following hybridization.

【0029】3)ハイブリダイゼーション ハイブリダイゼーションはDIG oligoprobe tailed labe
l kitのStandard 5 xSSC procedureに基づき実施した。
以下に手順を示す。DNAを固定した前記フィルターをプ
ラスチックバッグの中に入れ、100cm2あたり20mlのハイ
ブリダイゼーション溶液〔0.75M NaCl, 75mM sodium ci
trate, 1%(w/v) Blockingreagent, 0.1%(w/v)N-lauroyl
sarkosine, 0.02%(w/v) Sodium dodesyl sulfate(以下S
DS), 0.1mg/l Poly(a)〕を入れ、気泡を除いてシールし
た。ハイブリダイゼーションオーブンで緩やかに振とう
しながら68℃で1時間以上反応させた。プレハイブリダ
イゼーション液を捨て、前記1)で調製したオリゴヌク
レオチドプローブを0.3pmol/ml濃度で含む新しいハイブ
リダイゼーション液を100cm2あたり2.5mlになるようプ
ラスチックバッグに入れた。気泡を除いてシール後、ハ
イブリダイゼーションオーブンで緩やかに振とうしなが
ら50℃で2〜3時間反応させた。
3) Hybridization Hybridization is performed using DIG oligoprobe tailed labe
It was performed based on lkit Standard 5 xSSC procedure.
The procedure is shown below. Put the filter DNA was fixed in a plastic bag, a hybridization solution [0.75 M NaCl in 100 cm 2 per 20 ml, 75 mM sodium ci
trate, 1% (w / v) Blockingreagent, 0.1% (w / v) N-lauroyl
sarkosine, 0.02% (w / v) Sodium dodesyl sulfate (S
DS), 0.1 mg / l Poly (a)] and sealed without bubbles. The reaction was carried out at 68 ° C. for 1 hour or more with gentle shaking in a hybridization oven. The pre-hybridization solution was discarded, and a new hybridization solution containing the oligonucleotide probe prepared in the above 1) at a concentration of 0.3 pmol / ml was placed in a plastic bag so as to be 2.5 ml per 100 cm 2 . After sealing by removing bubbles, the mixture was reacted at 50 ° C. for 2 to 3 hours with gentle shaking in a hybridization oven.

【0030】その後、フィルターをプラスチックバッグ
から取出し、0.3M NaCl, 30mM sodium citrate pH7.0,
0.1%SDS溶液をタッパーなどの容器に100cm2あたり50ml
入れ、フィルターを浸漬、振とうして洗浄し、結合の弱
いプローブを除去した。5分後液を入替え、さらに5分
間洗浄した。その後、15mM NaCl, 1.5 mM sodium citra
te pH7.0, 0.1%SDS溶液をタッパーなどの容器に100cm2
あたり50ml入れ、フィルターを浸漬、振とうして洗浄
し、結合の弱いプローブを除去した。15分後液を入替
え、さらに15分間洗浄した。
Thereafter, the filter was taken out of the plastic bag, and 0.3 M NaCl, 30 mM sodium citrate pH 7.0,
The 0.1% SDS solution in a container such as Tupperware 100 cm 2 per 50ml
Then, the filter was immersed, washed by shaking, and the weakly bound probe was removed. After 5 minutes, the solution was replaced and washed for another 5 minutes. Then, 15 mM NaCl, 1.5 mM sodium citra
te pH 7.0, 0.1% SDS solution in a container such as tapper 100cm 2
The filter was immersed, shaken and washed to remove weakly bound probes. After 15 minutes, the solution was replaced and washed for another 15 minutes.

【0031】フィルターを100mlあたり160mlの100mM Ma
leic acid, 150mM NaCl pH7.5溶液に入れた。次に、フ
ィルターを上記溶液に1% blockingreagentを加えた液に
浸し、緩やかに振とうしながら20分間反応させた。抗ジ
コキシゲニンアルカリフォスファターゼ結合抗体を上記
液量の1/10000量添加し、20分間緩やか振とうしながら
反応させた。フィルターを取出し、新しい容器に100mM
Maleic acid, 150mM NaCl pH7.5, 0.3% tween20を入
れ、フィルターを浸漬し、緩やかに振とうしながら10分
間洗浄した。新しい液に変え、繰返した。再度新しい液
に変え、繰返した。
Filter the filter with 160 ml of 100 mM Ma per 100 ml
leic acid, 150 mM NaCl pH7.5 solution. Next, the filter was immersed in a solution obtained by adding 1% blocking reagent to the above solution, and reacted with gentle shaking for 20 minutes. An anti-dicoxygenin alkaline phosphatase-conjugated antibody was added in an amount of 1 / 10,000 of the above volume, and reacted with gentle shaking for 20 minutes. Remove the filter and put 100mM in a new container
Maleic acid, 150 mM NaCl pH7.5, 0.3% tween20 was added, and the filter was immersed and washed for 10 minutes while gently shaking. Changed to a new solution and repeated. The solution was replaced with a new solution, and the process was repeated.

【0032】100mM Tris-HCl pH9.5, 100mM NaCl, 50mM
MgCl2溶液にフィルターを入れ、2分間以上放置した。
CDP-Star(ベーリンガーマンハイム社製)を上記溶液で1
/100に希釈し、フィルターを浸漬し5分間放置した。
フィルターの余分な液を切り、プラスチックバッグに入
れて37℃で10分間反応させた。その後X線フィルム(ECL
ハイパーフィルム、アマシャム社製)に30分間露光し、
現像した。プローブが反応した部分は黒いシグナルとな
って現れるので、生じたシグナルを目視により、4段階
に分けて反応性を判断した。その結果を表3に示す。
100 mM Tris-HCl pH 9.5, 100 mM NaCl, 50 mM
The filter was put in the MgCl 2 solution and left for 2 minutes or more.
CDP-Star (Boehringer Mannheim) with the above solution
/ 100, the filter was immersed and left for 5 minutes.
Excess liquid from the filter was drained, put in a plastic bag, and reacted at 37 ° C. for 10 minutes. Then X-ray film (ECL
(Hyperfilm, Amersham) for 30 minutes,
Developed. Since the portion where the probe reacted appeared as a black signal, the generated signal was visually observed to determine the reactivity in four stages. Table 3 shows the results.

【0033】[0033]

【表3】 [Table 3]

【0034】[0034]

【表4】 [Table 4]

【0035】[0035]

【表5】 [Table 5]

【0036】表3の注 No.1〜36の菌が実施例、No.101〜108の
菌が比較例 評価基準 ++:強いシグナルあり +:シグナルあり ±:わずかにシグナルが確認される −:反応確認されず *1 DNAが抽出できず、ハイブリダイゼーションは実
施せず
Note 3 in Table 3 Nos. 1 to 36 were used in Examples, Comparative examples of 101 to 108 bacteria Evaluation criteria ++: strong signal +: signal ±: signal is slightly confirmed-: reaction not confirmed * 1 DNA could not be extracted and hybridization was not performed

【0037】表3の結果から、本発明のプローブを用い
ると、試験に供したレジオネラのうちL. islaelensis
除く全てのレジオネラから強いシグナルが得られたこと
がわかる。またレジオネラ以外の菌からはほとんどシグ
ナルが得られなかった。このことから、本発明のプロー
ブはほとんどのレジオネラ種を検出することが可能で、
レジオネラ属特異性があることが確認された。
From the results shown in Table 3, it can be seen that using the probe of the present invention, strong signals were obtained from all Legionella except L. islaelensis among the Legionella subjected to the test. Almost no signal was obtained from bacteria other than Legionella. From this, the probe of the present invention can detect most Legionella species,
It was confirmed that there is Legionella specificity.

【0038】[0038]

【発明の効果】本発明のオリゴヌクレオチドプローブ
は、特定な塩基配列を有し、多数の種のレジオネラ属細
菌の16SrRNAの特定の位置の配列および16SrRNAをコード
するDNAの相補的配列と、特異的に相補的な塩基対を形
成する。このため、短時間で多数の種のレジオネラ属細
菌を一種類のプローブで特異的に高精度で検出するため
のプローブとして好適に用いることができる。また塩基
が短いので容易に調製することができる。
Industrial Applicability The oligonucleotide probe of the present invention has a specific nucleotide sequence, a sequence at a specific position of 16S rRNA of many species of Legionella bacteria and a complementary sequence of a DNA encoding 16S rRNA, and a specific sequence. To form a base pair complementary to Therefore, it can be suitably used as a probe for specifically detecting a large number of species of Legionella bacteria with one type of probe in a short time and with high accuracy. In addition, since the base is short, it can be easily prepared.

【0039】本発明の標識オリゴヌクレオチドプローブ
は上記オリゴヌクレオチドプローブを標識物質で標識し
ているので、ハイブリダイゼーションによりレジオネラ
属細菌を短時間で多数の種のレジオネラ属細菌を一種類
のプローブで特異的に高精度で検出することができる。
In the labeled oligonucleotide probe of the present invention, since the above oligonucleotide probe is labeled with a labeling substance, the Legionella bacterium can be hybridized in a short time so that many species of Legionella bacterium can be specifically treated with one kind of probe. Can be detected with high accuracy.

【0040】本発明の試薬は上記標識オリゴヌクレオチ
ドプローブを含んでいるので、ハイブリダイゼーション
によりレジオネラ属細菌を短時間で多数の種のレジオネ
ラ属細菌を一種類のプローブで特異的に高精度で検出す
ることができる。
Since the reagent of the present invention contains the above-mentioned labeled oligonucleotide probe, Legionella bacteria can be detected by hybridization in a short period of time with high accuracy and with high accuracy by using one kind of probe to detect many species of Legionella bacteria. be able to.

【0041】本発明の検出方法は上記標識オリゴヌクレ
オチドプローブまたは試薬をレジオネラ属細菌またはそ
のDNAと接触させてハイブリダイゼーションを行った
後、標識を指標にして検出するようにしているので、レ
ジオネラ属細菌を短時間で多数の種のレジオネラ属細菌
を一種類のプローブで特異的に高精度で検出することが
できる。
In the detection method of the present invention, the labeled oligonucleotide probe or reagent is brought into contact with a Legionella bacterium or its DNA to perform hybridization, and then the detection is performed using the label as an index. Can detect a large number of species of Legionella bacteria in a short time with a single type of probe and with high precision.

【0042】[0042]

【配列表】[Sequence list]

配列番号:1 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Legionella pneumophila 配列 AGCAAACGCG ATAAGTTGAC 20SEQ ID NO: 1 Sequence length: 20 Sequence type: nucleic acid Number of strands: double-stranded Topology: linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism: Legionella pneumophila sequence AGCAAACGCG ATAAGTTGAC 20

【0043】配列番号:2 配列の長さ:48 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Escherichia coli 配列 TTGAGGCGTG GCTTCCGGAG CTAACGCGTT AAGTCGACCG CCTGGGGA 48SEQ ID NO: 2 Sequence length: 48 Sequence type: nucleic acid Number of strands: double-stranded Topology: linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Escherichia coli sequence TTGAGGCGTG GCTTCCGGAG CTAACGCGTT AAGTCGACCG CCTGGGGA 48

【0044】配列番号:3 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Ps. aeruginosa 配列 CCTTGAGATC TTAGTGGCGC ACGTAACGCG ATAAGTCGAC CGCCTGGGGA 50[0044] SEQ ID NO: 3 Length of sequence: 50 SEQ types: the number of nucleic acid strands: double-stranded Topology: linear sequence type: Genomic DNA Origin Organism:. Ps aeruginosa sequence CCTTGAGATC TTAGTGGCGC ACGTAACGCG ATAAGTCGAC CGCCTGGGGA 50

【0045】配列番号:4 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Legionella pneumophila 配列 ATGAAAATAA TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATAAGTTGAC CGCCTGGGGA 50SEQ ID NO: 4 Sequence length: 50 Sequence type: nucleic acid Number of strands: double-stranded Topology: linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Legionella pneumophila sequence ATGAAAATAA TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATAAGTTGAC CGCCTGGGGA 50

【0046】配列番号:5 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Legionella pneumophila 配列 ATGAAAATAA TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATAAGTTGAC CGCCTRGGGA 50SEQ ID NO: 5 Sequence length: 50 Sequence type: nucleic acid Number of strands: double-stranded Topology: linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Legionella pneumophila sequence ATGAAAATAA TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATAAGTTGAC CGCCTRGGGA 50

【0047】配列番号:6 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Legionella pneumophila 配列 ATGAAAATAA TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATAAGTTGAC CGCCTGGGGA 50SEQ ID NO: 6 Sequence length: 50 Sequence type: Number of nucleic acid strands: Double strand Topology: Linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Legionella pneumophila sequence ATGAAAATAA TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATAAGTTGAC CGCCTGGGGA 50

【0048】配列番号:7 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Legionella sp. 配列 ATGAATATAA TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATAAGTTGAC CGCCTGGGGA 50SEQ ID NO: 7 Sequence length: 50 Sequence type: Number of nucleic acid strands: Double strand Topology: Linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Legionella sp. Sequence ATGAATATAA TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATAAGTTGAC CGCCTGGGGA 50

【0049】配列番号:8 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Legionella erythra 配列 ATGAATGAGA TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATWAGTTGAC CGCCTNGGGA 50SEQ ID NO: 8 Sequence length: 50 Sequence type: nucleic acid Number of strands: double-stranded Topology: linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Legionella erythra sequence ATGAATGAGA TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATWAGTTGAC CGCCTNGGGA 50

【0050】配列番号:9 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Legionella micdadei 配列 ATGAATGAGG TTAGTGACGA AGCAAACGCG ATAAGTTGAC CGCCTNGGGA 50SEQ ID NO: 9 Sequence length: 50 Sequence type: number of nucleic acid strands: double-stranded Topology: linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Legionella micdadei sequence ATGAATGAGG TTAGTGACGA AGCAAACGCG ATAAGTTGAC CGCCTNGGGA 50

【0051】配列番号:10 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Legionella spiritensis 配列 ATAAATNAGG TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATAAGTTGAC CGCCTNGGGA 50SEQ ID NO: 10 Sequence length: 50 Sequence type: Number of nucleic acid strands: Double-stranded Topology: Linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Legionella spiritensis sequence ATAAATNAGG TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATAAGTTGAC CGCCTNGGGA 50

【0052】配列番号:11 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Legionella hackeliae 配列 ATAAATGAGA TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATAAGTTGAC CGCCTNGGGA 50SEQ ID NO: 11 Sequence length: 50 Sequence type: nucleic acid Number of strands: double-stranded Topology: linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Legionella hackeliae sequence ATAAATGAGA TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATAAGTTGAC CGCCTNGGGA 50

【0053】配列番号:12 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Legionella bozemanii 配列 GTGAAAATCA TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATWAGTTGAC CGCCTNGGGA 50SEQ ID NO: 12 Sequence length: 50 Sequence type: Number of nucleic acid strands: Double strand Topology: Linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Legionella bozemanii sequence GTGAAAATCA TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATWAGTTGAC CGCCTNGGGA 50

【0054】配列番号:13 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Legionella longbeachae 配列 ATGAATNTRT TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATAAGTWGAC CGCCTNGGGA 50SEQ ID NO: 13 Sequence length: 50 Sequence type: Number of nucleic acid strands: Double strand Topology: Linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Legionella longbeachae sequence ATGAATNTRT TTAGTGGCGC AGCAAACGCG ATAAGTWGAC CGCCTNGGGA 50

Claims (4)

【特許請求の範囲】[Claims] 【請求項1】 デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌ
クレオチドからなり、レジオネラ(Legionella)属に属
する細菌の16SrRNAの可変領域に相補的な配列を持つプ
ローブであって、塩基配列5'AGC AAA CGC GAT AAG TTG
AC3'を有することを特徴とするレジオネラ属に属する細
菌検出用オリゴヌクレオチドプローブ。
1. A probe consisting of deoxyribonucleotides or ribonucleotides and having a sequence complementary to the variable region of 16S rRNA of a bacterium belonging to the genus Legionella , wherein the nucleotide sequence is 5 'AGC AAA CGC GAT AAG TTG
An oligonucleotide probe for detecting a bacterium belonging to the genus Legionella, comprising AC3 '.
【請求項2】 請求項1記載のオリゴヌクレオチドプロ
ーブを放射性元素、酵素、蛍光物質または化学物質で標
識してなることを特徴とするレジオネラ属に属する細菌
検出用標識オリゴヌクレオチドプローブ。
2. A labeled oligonucleotide probe for detecting bacteria belonging to the genus Legionella, wherein the oligonucleotide probe according to claim 1 is labeled with a radioactive element, an enzyme, a fluorescent substance or a chemical substance.
【請求項3】 請求項2記載の標識オリゴヌクレオチド
プローブを含むことを特徴とするレジオネラ属に属する
細菌検出用試薬。
3. A reagent for detecting bacteria belonging to the genus Legionella, comprising the labeled oligonucleotide probe according to claim 2.
【請求項4】 レジオネラ属に属する細菌、そのDNAま
たはrRNAを含む検体に請求項2記載の標識オリゴヌクレ
オチドプローブまたは請求項3記載の試薬を接触させて
ハイブリダイゼーションを行った後、標識を指標にして
検出することを特徴とするレジオネラ属に属する細菌の
検出方法。
4. A hybridization method comprising contacting a sample containing a bacterium belonging to the genus Legionella, its DNA or rRNA with the labeled oligonucleotide probe according to claim 2 or the reagent according to claim 3, and performing hybridization. A method for detecting a bacterium belonging to the genus Legionella, wherein the bacterium belongs to the genus Legionella.
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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WO2009044773A1 (en) * 2007-10-04 2009-04-09 Tosoh Corporation Primer for amplification of rrna of bacterium belonging to the genus legionella, detection method, and detection kit

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WO2009044773A1 (en) * 2007-10-04 2009-04-09 Tosoh Corporation Primer for amplification of rrna of bacterium belonging to the genus legionella, detection method, and detection kit

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