JPH10179196A - Oligonulceotide probe for detecting bacterium belonging to legionella and detection of bacterium belonging to degionella - Google Patents

Oligonulceotide probe for detecting bacterium belonging to legionella and detection of bacterium belonging to degionella

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JPH10179196A
JPH10179196A JP8340089A JP34008996A JPH10179196A JP H10179196 A JPH10179196 A JP H10179196A JP 8340089 A JP8340089 A JP 8340089A JP 34008996 A JP34008996 A JP 34008996A JP H10179196 A JPH10179196 A JP H10179196A
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Japan
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legionella
probe
detecting
belonging
sequence
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Wakako Satou
若子 佐藤
Takayuki Ezaki
孝行 江崎
Hiroyuki Yamamoto
啓之 山本
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Kurita Water Industries Ltd
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Abstract

PROBLEM TO BE SOLVED: To obtain an oligouncleotide probe for detecting bacteria belonging to Legionella capable of specifically detecting many kinds of bacterial belonging to Legionella in a high accuracy in a short time and readily being prepared, and to provide a method for detecting the bacterial belonging to Legionella by which many kinds of the bacterial belonging to Legionella is specifically detected in a high accuracy at a short time by using the oligouncleotide probe. SOLUTION: Bacteria belonging to Legionella is determined by bringing a labeled oligonucleotide probe obtained by labeling an oligonucleotide probe having the base sequence of 5'GGT GAT GGT ACT ACT ACT GC3' or 5'GAA CAC AAA GCA GTT GC3' by a radioisotope, an enzyme, a fluorescent material or a chemical material, into contact with the bacteria belonging to Legionella or the DNA thereof to perform hybridization thereof and thereafter detecting the bacteria belonging to the Legionella by using the label as an indicator.

Description

【発明の詳細な説明】DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION

【0001】[0001]

【発明の属する技術分野】本発明は、レジオネラ(Legi
onella)属に属する細菌(以下、レジオネラ属細菌とい
う場合がある)を検出、同定または定量するためのオリ
ゴヌクレオチドプローブおよび標識オリゴヌクレオチド
プローブ、この標識オリゴヌクレオチドプローブを含む
レジオネラ属細菌検出用試薬、ならびにこれらを用いた
レジオネラ属細菌の検出方法である。
The present invention relates to Legionella (Legionella )
onella ), an oligonucleotide probe and a labeled oligonucleotide probe for detecting, identifying or quantifying a bacterium belonging to the genus (hereinafter, sometimes referred to as a Legionella bacterium), a reagent for detecting a Legionella bacterium containing the labeled oligonucleotide probe, and This is a method for detecting Legionella bacteria using these.

【0002】[0002]

【従来の技術】環境中からのレジオネラ検出では、通常
低pH処理後WYOαなどのレジオネラ選択培地による培
養によりレジオネラの定量を行っている。しかし、レジ
オネラ属に共通でかつ特異的な形態、生化学的性質は報
告されておらず、このためコロニーが形成された後に栄
養要求性やグラム染色、形態観察、抗体との反応性など
を試験し、これらのいくつかの同定試験結果からレジオ
ネラかどうか判断している。
2. Description of the Related Art In the detection of Legionella from the environment, Legionella is usually quantified by low pH treatment followed by culturing in a Legionella selective medium such as WYOα. However, no common and specific morphology and biochemical properties of Legionella have been reported, so that after colony formation, auxotrophy, gram staining, morphological observation, reactivity with antibodies, etc. are tested The results of some of these identification tests have led to the determination of Legionella.

【0003】すなわち培養による方法では、コロニーが
レジオネラ特有の色、形、その他の特徴を示すまでには
5〜10日間必要であり、また完全な選択培地ではない
ため、生ずるコロニーの中にはレジオネラと類似するコ
ロニーを形成する菌もあり、コロニーを釣菌して栄養要
求性やグラム染色などの同定が必須である。このためレ
ジオネラ細菌の検出に2週間程度の長期間を要するとい
う問題点がある。またレジオネラが生育していた環境中
の生育条件と、選択培地を用いた生育条件とは大きく異
なり、レジオネラの生理状態によっては培地上でコロニ
ーを形成しない場合も十分考えられるという問題点もあ
る。
[0003] In other words, in the method by cultivation, it takes 5 to 10 days for colonies to exhibit the unique color, shape, and other characteristics, and since the colonies are not completely selective media, some of the resulting colonies include Legionella. Some bacteria form colonies similar to those described above, and it is essential to identify the auxotrophy and Gram stain by collecting the colonies. For this reason, there is a problem that detection of Legionella bacteria requires a long period of about two weeks. In addition, the growth conditions in the environment where Legionella grew are greatly different from the growth conditions using the selective medium, and there is also a problem that depending on the physiological state of Legionella, there may be a case where colonies are not formed on the medium.

【0004】レジオネラを検出、定量する別の手段とし
て抗体を用いる方法があるが、レジオネラ属の広い範囲
の種を検出できる抗体は報告されていない。また抗体を
用いる方法は、抗体を得るまでに手間と時間がかかると
いう問題点がある。
[0004] As another means for detecting and quantifying Legionella, there is a method using an antibody. However, no antibody capable of detecting a wide range of species of Legionella has been reported. In addition, the method using an antibody has a problem that it takes time and effort to obtain the antibody.

【0005】ところで、特開昭61-88900号には、DNA
プローブを用いたレジオネラの検出方法が記載されてい
る。しかし、この方法はゲノムDNAを制限酵素で部分
分解して一定の分離操作後に得られるゲノムDNAの断
片混合物を用いているので、全く同様の断片混合物を繰
返し得ることが困難であり、ロットにより特異性に差が
生じるという問題点がある。また、いわゆるin situハ
イブリダイゼーションに用いることができないという問
題点がある。さらに、ゲノムDNA断片混合物をプロー
ブとして使用する場合、検出対象としている部分が明ら
かではなく、得られた結果の学問的意味付けが困難であ
る。
Incidentally, Japanese Patent Application Laid-Open No. 61-88900 discloses a DNA
A method for detecting Legionella using a probe is described. However, since this method uses a fragment mixture of genomic DNA obtained after a certain separation operation by partially decomposing genomic DNA with a restriction enzyme, it is difficult to repeat exactly the same fragment mixture. There is a problem that there is a difference in sex. In addition, there is a problem that it cannot be used for so-called in situ hybridization. Furthermore, when a genomic DNA fragment mixture is used as a probe, the portion to be detected is not clear, and it is difficult to make the obtained results academically meaningful.

【0006】また特公平5-78319号には、核酸プローブ
を用いて生物を検出、同定または定量する方法が記載さ
れており、その実施例には23種のレジオネラ種、具体
的にはL. pnueumophila(PHA1), L. micdadei(HEBA), L.
bozemanii(WIGA), L. dumoffi(TEX-KL), L. garmanii
(LS-13), L. jordanis(BL540), L. longbeachae, L. MS
H9, L. oakridgenis(オークリツシ゛10), L. lansing2, L. SC-
32C-C8, L. WA-316, L.WO-44-3C(L. feeleii), L. phoe
nix 1, L. WA-270A, L. PF-209C-C2, L. SC 65C3(ORW),
L. jamestown 26G1-E2, L. MSH-4, L. lansing 3, L.
SC18-C9, L. SC63-C7, L-81-716(L. wadsworthii)を特
異的に検出することができる例証的プローブが記載され
ている。しかし、この核酸プローブも混合物であり、前
記と同様の問題点がある。またプローブの塩基の長さや
配列が明らかではなく、rRNAのどの部分を認識して
いるのか不明確であり、検出精度に問題がある。
Japanese Patent Publication No. 5-78319 discloses a nucleic acid probe.
Describes how to detect, identify or quantify organisms using
Examples include 23 species of Legionella,
TypicallyL. pnueumophila(PHA1),L. micdadei(HEBA),L.
 bozemanii(WIGA),L. dumoffi(TEX-KL),L. garmanii
(LS-13),L. jordanis(BL540),L. longbeachae,L. MS
H9,L. oakridgenis(Akuri ク リ 10),L. lansing2,L. SC-
32C-C8,L. WA-316,L.WO-44-3C (L. feeleii),L. phoe
nix 1,L. WA-270A,L. PF-209C-C2,L. SC 65C3 (ORW),
 L. jamestown 26G1-E2,L. MSH-4,L. lansing 3,L. 
SC18-C9,L. SC63-C7, L-81-716 (L. wadsworthii)
Illustrative probes that can be detected differentially are described
ing. However, this nucleic acid probe is also a mixture,
There are similar problems as described above. In addition, the base length of the probe
The sequence is not clear, which part of the rRNA
Is unclear, and there is a problem in detection accuracy.

【0007】また特表平1-503356号には、特定の配列を
有する核酸プローブを用いたレジオネラの検出方法が記
載され、実施例において3種の混合したプローブを用い
て、21種類(血清型を除く)のレジオネラ種を検出し
ている。対象とされたレジオネラ種を表1に示す。
[0007] Japanese Patent Publication No. 1-503356 describes a method for detecting Legionella using a nucleic acid probe having a specific sequence. In Examples, 21 types (serotypes) were obtained using three types of mixed probes. Except Legionella spp.). Table 1 shows the Legionella species targeted.

【0008】[0008]

【表1】 [Table 1]

【0009】しかし上記検出方法では、知られている3
8種のレジオネラ(1994)の約55%しか試験され
ておらず、残り45%を検出できるかどうか不明である
という問題点がある。
However, in the above detection method, the known 3
The problem is that only about 55% of the eight Legionella (1994) have been tested, and it is unclear whether the remaining 45% can be detected.

【0010】また特表平5-507206号にも、特定の配列を
有するプローブを用いたレジオネラ種の検出方法が記載
されている。しかしこのプローブは、レジオネラに特異
的なプライマーを用いてPCRで増幅された配列を検出
するためのものであり、プローブのレジオネラ特異性が
明らかではないという問題点がある。
[0010] Japanese Patent Publication No. 5-507206 also discloses a method for detecting Legionella species using a probe having a specific sequence. However, this probe is for detecting a sequence amplified by PCR using a primer specific to Legionella, and has a problem that the Legionella specificity of the probe is not clear.

【0011】[0011]

【発明が解決しようとする課題】本発明の課題は、短時
間で多数の種のレジオネラ属細菌を特異的に高精度で検
出することができ、しかも容易に調製することができる
レジオネラ属細菌検出用のオリゴヌクレオチドプローブ
を提供し、これを用いてレジオネラ属細菌を短時間で多
数の種のレジオネラ属細菌を特異的に高精度で検出する
ことである。
SUMMARY OF THE INVENTION An object of the present invention is to detect a large number of species of Legionella spp. In a short time and with high precision, and to easily prepare Legionella spp. An object of the present invention is to provide an oligonucleotide probe for use in detecting Legionella bacteria in a short period of time and to specifically detect a large number of species of Legionella bacteria with high accuracy.

【0012】[0012]

【課題を解決するための手段】本発明は、次のレジオネ
ラ属細菌検出用のオリゴヌクレオチドプローブおよび標
識オリゴヌクレオチドプローブ、この標識オリゴヌクレ
オチドプローブを含むレジオネラ属細菌検出用試薬、な
らびにこれらを用いたレジオネラ属細菌の検出方法であ
る。 (1)レジオネラ(Legionella)属に属する細菌の共通
抗原をコードする遺伝子の一部の配列を持ち、デオキシ
リボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドからなるプロ
ーブであって、塩基配列 5'GGT GAT GGT ACT ACT ACT GC3'または 5'GAA GGT CAC AAA GCA GTT GC3' を有することを特徴とするレジオネラ属に属する細菌検
出用オリゴヌクレオチドプローブ。 (2)上記(1)記載のオリゴヌクレオチドプローブを
放射性元素、酵素、蛍光物質または化学物質で標識して
なることを特徴とするレジオネラ属に属する細菌検出用
標識オリゴヌクレオチドプローブ。 (3)上記(2)記載の標識オリゴヌクレオチドプロー
ブを含むことを特徴とするレジオネラ属に属する細菌検
出用試薬。 (4)レジオネラ属に属する細菌またはそのDNAを含
む検体に上記(2)記載の標識オリゴヌクレオチドプロ
ーブまたは上記(3)記載の試薬を接触させてハイブリ
ダイゼーションを行った後、標識を指標にして検出する
ことを特徴とするレジオネラ属に属する細菌の検出方
法。
SUMMARY OF THE INVENTION The present invention provides an oligonucleotide probe and a labeled oligonucleotide probe for detecting the following Legionella bacteria, a reagent for detecting the Legionella bacteria containing the labeled oligonucleotide probe, and a Legionella using the same. This is a method for detecting genus bacteria. (1) a probe consisting of a deoxyribonucleotide or a ribonucleotide having a partial sequence of a gene encoding a common antigen of bacteria belonging to the genus Legionella , and having a base sequence of 5'GGT GAT GGT ACT ACT ACT GC3 ' Or an oligonucleotide probe for detecting a bacterium belonging to the genus Legionella, comprising 5′GAA GGT CAC AAA GCA GTT GC3 ′. (2) A labeled oligonucleotide probe for detecting bacteria belonging to the genus Legionella, wherein the oligonucleotide probe according to (1) is labeled with a radioactive element, an enzyme, a fluorescent substance, or a chemical substance. (3) A reagent for detecting a bacterium belonging to the genus Legionella, comprising the labeled oligonucleotide probe according to (2). (4) Hybridization is performed by contacting the labeled oligonucleotide probe described in (2) or the reagent described in (3) with a sample containing a bacterium belonging to the genus Legionella or its DNA, and performing detection using the label as an index. A method for detecting bacteria belonging to the genus Legionella.

【0013】本発明において5'GGT GAT GGT ACT ACT AC
T GC3'の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドプローブ
(以下、第一のプローブという)および5'GAA GGT CAC
AAAGCA GTT GC3'の塩基配列を有するオリゴヌクレオチ
ドプローブ(以下、第二のプローブという)は、Legion
ella pneumophilaの既知の共通抗原をコードする遺伝子
(58-kDa common antigen(htpB) gene)の塩基配列と、
Legionella micdadeiの既知の共通抗原をコードする遺
伝子の塩基配列と、E. coliおよびP. aeruginosaのヒー
トショック遺伝子(Hsp60)の塩基配列とを比較し、Leg
ionella pneumophilaLegionella micdadeiの共通抗原
をコードする遺伝子の塩基配列に共通で、E. coliおよ
P. aeruginosaのHsp60の塩基配列とは異なる塩基配列
を選び出すことによって得られたものである。
In the present invention, 5'GGT GAT GGT ACT ACT AC
Oligonucleotide probe having a base sequence of TGC3 '(hereinafter referred to as first probe) and 5'GAA GGT CAC
AAAGCA GTT GC3 oligonucleotide probes having the nucleotide sequence of '(hereinafter, referred to as a second probe) is, Legion
The nucleotide sequence of a gene encoding a known common antigen of ella pneumophila (58-kDa common antigen (htpB) gene),
Comparing the nucleotide sequence of the gene encoding a known common antigen Legionella micdadei, the nucleotide sequence of the heat shock genes E. coli and P. aeruginosa (Hsp60), Leg
It is obtained by selecting a nucleotide sequence that is common to the nucleotide sequence of the gene encoding the common antigen of ionella pneumophila and Legionella micdadei and that differs from the nucleotide sequence of Hsp60 of E. coli and P. aeruginosa. It is.

【0014】PAUL S. HOFFMANらは、論文(Cloning and
Temperature-Dependent Expression in Escherichia c
oli of a Legionella pneumophila Gene Coding for a
geunus-Common 60-Kilodalton Antigen, PAUL S. HOFFM
AN, CHARLES A, BUTLER, ANDFREDERCK D. QUINN, INFEC
TION AND IMMUNITY, June 1989, p. 1731-1739)の中
で、Legionella pneumophilaの60kDaのレジオネラ属共
通抗原蛋白質〔後にJACQUELYN S. SAMPSONらが58kDaと
報告(Nucleotide Sequence of htpB, the Legionella
pneumophila Gene Encoding the 58-Kilodalton(kda) C
ommon Antigen, Formarly Designated the 60kDa Commo
n Antigen, JACQUELYN S. SAMPSON, STEVEN P. OCOMMO
R, BRIAN P. HOLLOWAY, BONNIE B. PLIKAYTIS, GEORGE
M. CARLONE,AND LEONARD W. MAYER, INFECTION AND IMM
UNITY, Sept, 1990, p. 3154-3157〕がヒートショック
蛋白であることを証明し、この蛋白質はE. coliのヒー
トショック蛋白GroELと相同性を示すことを報告してい
る。また、同程度の分子量を持つ抗原蛋白質がLegionel
la micdadeiでも報告されている(Cloning and express
ion of the Legionella micdadei common antigen in E
scherichia coli, J.M. BANGSBORG, M. T. COLLINS, N.
HФIBY AND P. HINDERSSON, APMIS 97: 14-22, 198
9)。これらのことから、共通抗原と呼ばれる蛋白質の中
の60kDa程度の蛋白質とヒートショック蛋白質(Hsp60)
は同類の機能性蛋白質で、その遺伝子は属にまたがって
保存されていると推察し、前記の通り遺伝子を比較する
こととした。
[0014] PAUL S. HOFFMAN et al.
Temperature-Dependent Expression in Escherichia c
oli of a Legionella pneumophila Gene Coding for a
geunus-Common 60-Kilodalton Antigen, PAUL S. HOFFM
AN, CHARLES A, BUTLER, ANDFREDERCK D. QUINN, INFEC
TION AND IMMUNITY, June 1989, p. 1731-1739), a Legionella pneumophila 60 kDa Legionella common antigen protein (later reported by JACQUELYN S. SAMPSON et al. As 58 kDa (Nucleotide Sequence of htpB, the Legionella)
pneumophila Gene Encoding the 58-Kilodalton (kda) C
ommon Antigen, Formarly Designated the 60kDa Commo
n Antigen, JACQUELYN S. SAMPSON, STEVEN P. OCOMMO
R, BRIAN P. HOLLOWAY, BONNIE B. PLIKAYTIS, GEORGE
M. CARLONE, AND LEONARD W. MAYER, INFECTION AND IMM
UNITY, Sept, 1990, p. 3154-3157] proved to be a heat shock protein, and reported that this protein showed homology to the E. coli heat shock protein GroEL. In addition, an antigen protein of similar molecular weight is Legionel
Also reported in la micdadei (Cloning and express
ion of the Legionella micdadei common antigen in E
scherichia coli , JM BANGSBORG, MT COLLINS, N.
HФIBY AND P. HINDERSSON, APMIS 97: 14-22, 198
9). From these facts, the protein of about 60 kDa and the heat shock protein (Hsp60) in the protein called the common antigen
Is a functional protein of the same type, and it is presumed that the gene is conserved across genera, and the genes were compared as described above.

【0015】Legionella pneumophilaおよびLegionella
micdadeiの上記共通抗原をコードする遺伝子の一部の
塩基配列、ならびにE. coliおよびP. aeruginosaのヒー
トショック遺伝子(Hsp60)の一部の塩基配列を表2に
示す。
[0015] Legionella pneumophila and Legionella
Table 2 shows a partial nucleotide sequence of the gene encoding the common antigen of micdadei and a partial nucleotide sequence of the heat shock gene (Hsp60) of E. coli and P. aeruginosa .

【0016】[0016]

【表2】 [Table 2]

【0017】本発明の第一のプローブの塩基配列(配列
番号1の塩基配列)は、L. pneumophilaの共通抗原をコ
ードする遺伝子(58-kDa common antigen(htpB) gene)
またはLegionella micdadeiの共通抗原をコードする遺
伝子の253〜272番目の塩基配列に相当する。また
本発明の第二のプローブの塩基配列(配列番号2の塩基
配列)は、L. pneumophilaの共通抗原をコードする遺伝
子(58-kDa common antigen(htpB) gene)またはLegion
ella micdadeiの共通抗原をコードする遺伝子の301
〜320番目の塩基配列に相当する。従って、本発明の
第一のプローブの配列は、L. pneumophilaの共通抗原を
コードする遺伝子(58-kDa common antigen(htpB) gen
e)またはLegionella micdadeiの共通抗原をコードする
遺伝子の253〜272番目の相補配列およびこれに類
似する塩基配列をターゲットにし、本発明の第二のプロ
ーブの配列は、上記遺伝子の301〜320番目の相補
配列およびこれに類似する塩基配列をターゲットにす
る。
The nucleotide sequence of the first probe of the present invention (the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1) is a gene encoding a common antigen of L. pneumophila (58-kDa common antigen (htpB) gene).
Alternatively , it corresponds to the nucleotide sequence at positions 253 to 272 of the gene encoding the common antigen of Legionella micdadei . The nucleotide sequence of the second probe of the present invention (the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2) is a gene encoding a common antigen of L. pneumophila (58-kDa common antigen (htpB) gene) or Legion.
301 of the gene encoding the common antigen of ella micdadei
This corresponds to the base sequence at positions 320 to 320. Therefore, the sequence of the first probe of the present invention is a gene encoding a common antigen of L. pneumophila (58-kDa common antigen (htpB) gen
e) Alternatively , targeting the complementary sequence at positions 253 to 272 of the gene encoding the common antigen of Legionella micdadei and a nucleotide sequence similar thereto, the sequence of the second probe of the present invention is as follows: Targets complementary sequences and similar nucleotide sequences.

【0018】本発明の第一および第二のプローブは、前
記のように塩基配列が明らかで、塩基配列の長さも20
塩基程度であるため、ヌクレオチドまたはデオキシヌク
レオチドから化学合成により容易に合成することができ
る。このため、同一のプローブを何度でも容易に得るこ
とができ、ロットにより特異性がことなるということは
ない。また本発明の第一および第二のプローブは塩基数
が比較的短いことから、in situハイブリダイゼーショ
ンに用いることもできる。これらの点から、検出試薬と
して優れている。
As described above, the first and second probes of the present invention have a clear nucleotide sequence and a length of 20 nucleotides.
Since it is about a base, it can be easily synthesized by chemical synthesis from nucleotides or deoxynucleotides. Therefore, the same probe can be easily obtained any number of times, and the specificity does not differ depending on the lot. Further, since the first and second probes of the present invention have a relatively short number of bases, they can be used for in situ hybridization. From these points, it is excellent as a detection reagent.

【0019】本発明のレジオネラ属に属する細菌検出用
標識オリゴヌクレオチドプローブは、前記第一のプロー
ブまたは第二のプローブを放射性元素、酵素、蛍光物質
または化学物質などの標識物質で標識したプローブであ
る。このような標識物質としては従来から使用されてい
る標識物質が使用でき、具体的なものとしては32P等の
放射性元素;FITC、ローダミン等の蛍光物質;ジコ
キシゲニン等のハプテン;アルカリフォスファターゼ、
ペルオキシダーゼ等の酵素;ビオチン等の生化学物質な
どがあげられる。これらの標識物質は、公知の方法でプ
ローブに導入することができる。
The labeled oligonucleotide probe for detecting bacteria belonging to the genus Legionella of the present invention is a probe obtained by labeling the first probe or the second probe with a labeling substance such as a radioactive element, an enzyme, a fluorescent substance or a chemical substance. . As such a labeling substance, conventionally used labeling substances can be used, and specific examples thereof include radioactive elements such as 32 P; fluorescent substances such as FITC and rhodamine; haptens such as dicoxigenin; alkaline phosphatase;
Enzymes such as peroxidase; biochemical substances such as biotin; These labeling substances can be introduced into the probe by a known method.

【0020】本発明のレジオネラ属に属する細菌検出用
試薬は上記標識オリゴヌクレオチドプローブを含むもの
であり、標識オリゴヌクレオチドプローブだけからなっ
ていてもよく、また緩衝液などに溶解したものでもよ
く、またレジオネラ属細菌とのハイブリダイゼーション
を容易に実施することができるようにキット化されたも
のでもよい。
The reagent for detecting bacteria belonging to the genus Legionella of the present invention contains the above-described labeled oligonucleotide probe, and may be composed of only the labeled oligonucleotide probe, or may be one dissolved in a buffer or the like. A kit may be used so that hybridization with Legionella bacteria can be easily carried out.

【0021】本発明の標識オリゴヌクレオチドプローブ
またはこれを含む試薬は、レジオネラ属細菌またはこの
DNAを含む検体とハイブリダイゼーションを実施し、
その後標識物質を指標にして検出することにより、例え
ば放射能、発色、蛍光、発光などを指標にして検出する
ことにより、プローブがハイブリダイゼーションしたレ
ジオネラ属細菌を特異的に高精度で、目視や顕微鏡等に
より容易に検出、同定または定量することができる。
The labeled oligonucleotide probe of the present invention or the reagent containing the same is hybridized with a Legionella bacterium or a specimen containing the DNA,
Thereafter, detection is performed using the labeling substance as an index, for example, by detecting using radioactivity, color development, fluorescence, luminescence, etc. as an index, the Legionella bacterium hybridized with the probe can be visually or microscopically specifically and precisely. Can easily detect, identify or quantify.

【0022】本発明のプローブで検出、同定または定量
することができるレジオネラ属細菌の種の種類の一部を
表3に示す。
Table 3 shows some of the species of Legionella species that can be detected, identified or quantified with the probes of the present invention.

【0023】[0023]

【表3】 [Table 3]

【0024】表3の注 *1 本発明の第一のプローブ *2 本発明の第二のプローブ ○:検出できる ×:検出できないNotes to Table 3 * 1 First probe of the present invention * 2 Second probe of the present invention ○: detectable ×: not detectable

【0025】表3に示すように、本発明のプローブでは
第一および第二の2種のプローブを併用した場合、L. e
rythraを除く全てのレジオネラ細菌種を検出することが
できる。また本発明ではレジオネラとプローブとの反応
性を試験するにあたり、レジオネラ35種(内L. pneumo
phila サブスピーシズ2種)を供した。その結果、表3
に示されたレジオネラ種に加えてさらに11種のレジオ
ネラ種を検出することが可能(後記表4参照)であっ
た。これらの結果から、本発明のプローブによって、よ
り多くの種の種類のレジオネラを検出することができる
ことが示された。
As shown in Table 3, when the probe of the present invention in combination with the first and second two probes, L. e
All Legionella bacterial species except rythra can be detected. In the present invention, when testing the reactivity between Legionella and the probe, 35 species of Legionella (including L. pneumo
phila subspecies). As a result, Table 3
It was possible to detect 11 more Legionella species in addition to the Legionella species shown in (1) (see Table 4 below). These results indicated that more species and types of Legionella can be detected by the probe of the present invention.

【0026】本発明の第一のプローブであるCA/GL253
は、表3の内15種のレジオネラを検出することがで
き、検出できないレジオネラ種が6種ある。しかし表3
の種に加えて、少なくとも9種のレジオネラを検出する
ことができ(実施例および表4参照)、計24種以上の
レジオネラ(サブスピーシズを除く)を検出することがで
きる。このように本発明の第一のプローブは、従来のプ
ローブに比べて、より多くの種の種類のレジオネラを検
出することができる。
The first probe of the present invention, CA / GL253
Can detect 15 Legionella species in Table 3, and there are 6 Legionella species that cannot be detected. But Table 3
In addition to the above species, at least 9 Legionella species can be detected (see Examples and Table 4), and a total of 24 or more Legionella species (excluding subspecies) can be detected. Thus, the first probe of the present invention can detect more species of Legionella than the conventional probe.

【0027】本発明の第二のプローブであるCA/GL301は
表3の内10種のレジオネラを検出することができる。
さらに表3のレジオネラ種に加えて、少なくとも7種の
レジオネラ(サブスピーシズを除く)を検出することがで
きる(実施例および表4参照)。このように本発明の第
二のプローブは、従来のプローブに比べて、より多くの
種の種類のレジオネラを検出することができる。
The second probe of the present invention, CA / GL301, can detect 10 Legionellas in Table 3.
Furthermore, in addition to the Legionella species of Table 3, at least seven Legionella species (excluding subspecies) can be detected (see Examples and Table 4). Thus, the second probe of the present invention can detect more species of Legionella than the conventional probe.

【0028】本発明の検出方法は、前記標識オリゴヌク
レオチドプローブまたは試薬を、レジオネラ属に属する
細菌またはそのDNAを含む検体に接触させてハイブリ
ダイゼーションを行った後、標識を指標にしてレジオネ
ラ属細菌を検出する方法である。ハイブリダイゼーショ
ンは従来と同様の方法により行うことができる。例え
ば、細菌を対象とする場合は、ナイロンフィルターなど
のフィルターに菌体をしみ込ませ、フィルター上で溶菌
操作を行った後、紫外線照射または80℃以上の高温に
することにより、レジオネラ属細菌のDNAをフィルタ
ー上に固定する。このフィルターをハイブリダイゼーシ
ョン溶液に通常1時間以上浸したのち、さらに標識オリ
ゴヌクレオチドを添加したハイブリダイゼーション溶液
に浸漬し、2〜24時間反応させる。ハイブリダイゼー
ション時の温度は、十分な特異性および検出感度を示す
温度を選択するのが好ましく、通常プローブのTm値マ
イナス5〜10℃を目安にする。十分な特異性および検
出感度を示す温度は、予め実験により求めることができ
る。プローブと反応が終了したフィルターは緩衝液で洗
浄し、非特異的な結合をしているプローブを除去する。
洗浄は緩衝液を新しいものに交換して2〜3回行うのが
好ましい。洗浄時の温度は、十分な感度を保つ温度で行
うのが好ましく、通常ハイブリダイゼーションの温度よ
りも低く設定される。十分な感度を保つ温度は、予め実
験により求めることができる。
In the detection method of the present invention, the labeled oligonucleotide probe or the reagent is brought into contact with a bacterium belonging to the genus Legionella or a specimen containing the DNA thereof, and hybridization is carried out. It is a method of detecting. Hybridization can be performed by a method similar to the conventional method. For example, when a bacterium is targeted, the cells are impregnated into a filter such as a nylon filter, lysed on the filter, and then irradiated with ultraviolet light or a high temperature of 80 ° C. or higher to obtain DNA of the genus Legionella. Is fixed on the filter. This filter is usually immersed in a hybridization solution for 1 hour or more, and further immersed in a hybridization solution to which a labeled oligonucleotide has been added, and reacted for 2 to 24 hours. It is preferable to select a temperature at the time of hybridization that shows sufficient specificity and detection sensitivity, and usually the Tm value of the probe minus 5 to 10 ° C is used as a standard. The temperature at which sufficient specificity and detection sensitivity are obtained can be determined in advance by experiments. The filter which has been reacted with the probe is washed with a buffer to remove the non-specifically bound probe.
Washing is preferably performed two to three times with a new buffer solution. Washing is preferably performed at a temperature that maintains sufficient sensitivity, and is usually set lower than the hybridization temperature. The temperature at which sufficient sensitivity is maintained can be determined in advance by experiments.

【0029】ハイブリダイゼーション後の検出は、標識
物質の種類に応じて公知の方法により行うことができ
る。例えば、放射性元素で標識した場合は公知の方法で
放射能を測定することにより検出できる。また酵素で標
識した場合は公知の方法で酵素活性を測定することによ
り検出できる。また螢光物質で標識した場合は公知の方
法により光量を測定することにより検出できる。また抗
原または抗体で標識した場合は、標識した抗原または抗
体と特異的に反応する抗体または抗原を用いて抗原抗体
反応させ、反応生成物を公知の方法により測定すること
により検出できる。
Detection after hybridization can be performed by a known method according to the type of the labeling substance. For example, when labeled with a radioactive element, it can be detected by measuring radioactivity by a known method. When labeled with an enzyme, it can be detected by measuring the enzyme activity by a known method. When labeled with a fluorescent substance, it can be detected by measuring the amount of light by a known method. In the case of labeling with an antigen or an antibody, antigen-antibody reaction can be performed using an antibody or an antigen that specifically reacts with the labeled antigen or antibody, and the reaction product can be measured by a known method.

【0030】このように本発明のプローブを用いること
により、ハイブリダイゼーションによりレジオネラ属の
広範囲のレジオネラ種を特異的に検出することができ
る。このため、従来行っていたレジオネラコロニーの複
数の同定操作を省略することができ、検出を容易に行う
ことができる。すなわち、従来の培養方法では一つ一つ
のコロニーを釣菌して同定に供さなくてはならないが、
本発明のプローブを用いてコロニーハイブリダイゼーシ
ョンを行うことにより、例えば培地プレートに生育して
いるコロニーすべてについてレジオネラであるかどうか
一度に判別することができる。また、原理的に培養によ
る検出では、培養できないレジオネラは検出対象外であ
ったが、本発明の検出方法では培養できないレジオネラ
種も検出可能である。また、環境中の生物膜や生物組織
中でレジオネラがどのように分布しているかということ
を明らかすることも可能である。さらにプローブがゲノ
ムDNA断片混合物ではないので、同じ性能のプローブ
を容易に入手できる。
Thus, by using the probe of the present invention, a wide range of Legionella species of the genus Legionella can be specifically detected by hybridization. Therefore, a plurality of operations for identifying Legionella colonies, which have been conventionally performed, can be omitted, and detection can be easily performed. That is, in the conventional culture method, each colony must be picked and used for identification,
By performing colony hybridization using the probe of the present invention, for example, it is possible to determine at a time whether all colonies growing on a medium plate are Legionella. In principle, Legionella that cannot be cultured cannot be detected by culture, but Legionella species that cannot be cultured by the detection method of the present invention can also be detected. It is also possible to clarify how Legionella is distributed in biofilms and tissues in the environment. Further, since the probe is not a genomic DNA fragment mixture, a probe having the same performance can be easily obtained.

【0031】[0031]

【発明の実施の形態】BEST MODE FOR CARRYING OUT THE INVENTION

実施例および比較例 1)オリゴヌクレオチドプローブの調製 本発明の第一のプローブおよび第二のプローブを、公知
の固相ホスホロアミダイド法により合成した。合成した
プローブは高速液体クロマトグラフィーにより精製し
た。精製後は凍結乾燥して保管した。その後の操作に
は、脱イオン水に溶解して用いた。
Examples and Comparative Examples 1) Preparation of Oligonucleotide Probe The first probe and the second probe of the present invention were synthesized by a known solid phase phosphoramidite method. The synthesized probe was purified by high performance liquid chromatography. After purification, it was freeze-dried and stored. The subsequent operation was performed by dissolving in deionized water.

【0032】上記各プローブをDIG oligoprobe tailed
label kit(ベーリンガーマンハイム社製)を用いてジコ
キシゲニンによりラベルした。このジコキシゲニンでラ
ベルしたオリゴヌクレオチドプローブを0.3pmol/mlの濃
度になるように、ハイブリダイゼーション溶液〔0.75M
NaCl, 75mM sodium citrate, 1%(w/v) Blockingreagen
t, 0.1%(w/v)N-lauroylsarkosine, 0.02%(w/v) Sodium
dodesyl sulfate(以下SDS), 0.1mg/l Poly(a)〕に溶解
し、後述のハイブリダイゼーションで使用した。なお上
記ジコキシゲニンはハプテンの1種であり、抗原として
作用する化合物である。
Each of the above probes was used for DIG oligoprobe tailed
Labeling was performed with dicoxygenin using a label kit (Boehringer Mannheim). The hybridization solution (0.75M) was added to the oligonucleotide probe labeled with dicoxigenin so that the concentration of the oligonucleotide probe became 0.3 pmol / ml.
NaCl, 75mM sodium citrate, 1% (w / v) Blockingreagen
t, 0.1% (w / v) N-lauroylsarkosine, 0.02% (w / v) Sodium
dodesyl sulfate (SDS), 0.1 mg / l Poly (a)] and used for hybridization described below. Note that dicoxigenin is a type of hapten and is a compound that acts as an antigen.

【0033】2)検体の調製 報告されているレジオネラ属のうち、表3および表4に
示す35種(うち二種はL. pneumophilaのサブスピーシ
ズ)を入手し、DNA抽出後、ドットブロットを実施し
た。なお比較例としては、E. colacal(ATCC 2335)、E.
coli(ATCC 25922)、K. preunhial(ATCC 13883)、P. vul
garis(ATCC 13315)、P. aeruginosa(ATCC 27853)、S. t
yphimurium(ATCC 14028)、S. marcesseus(ATCC 8100)、
S. aureus(ATCC 12600)を用い、レジオネラと同様にD
NAを抽出後、ドットブロットに供した。
2) Preparation of specimens Among the reported Legionella spp., 35 species shown in Tables 3 and 4 (of which two were L. pneumophila subspecies) were obtained, and after DNA extraction, dot blot was performed. . In addition, as a comparative example, E. colacal (ATCC 2335), E.
coli (ATCC 25922), K. preunhial (ATCC 13883), P. vul
garis (ATCC 13315), P. aeruginosa (ATCC 27853), S. t
yphimurium (ATCC 14028), S. marcesseus (ATCC 8100),
Using S. aureus (ATCC 12600), use D
After extracting NA, it was subjected to dot blot.

【0034】すなわち、レジオネラをBCYEα寒天培地
(Buffered charcoal-yeast extractagar supplemented
with α-ketoglutarate、組成;蒸留水1000ml当たり酵
母エキス10.0g、活性炭末1.5g、ACESバッファー10.
0g、寒天15.0g、L−システイン一塩酸塩0.4g、可溶性
ピロリン酸鉄0.25g、α−ケトグルタル酸一カリウム1.0
gを含有するpH6.9±0.05の培地)で培養した
後、プレート上から白金耳でかきとり使用した。DNA
の抽出はCurrent Protocols in Molecular Biology. 2.
4.1. Preparation of Genomic DNA form Bacteriaに従
って実施した。
That is, Legionella was treated with BCYEα agar medium (Buffered charcoal-yeast extractagar supplemented).
with α-ketoglutarate, composition; yeast extract 10.0 g, activated carbon powder 1.5 g, ACES buffer 10.
0 g, agar 15.0 g, L-cysteine monohydrochloride 0.4 g, soluble iron pyrophosphate 0.25 g, α-ketoglutarate monopotassium 1.0
g medium containing pH 6.9 ± 0.05) and scraped from the plate with a platinum loop. DNA
Extraction of Current Protocols in Molecular Biology. 2.
4.1. Preparation was performed according to Genomic DNA form Bacteria.

【0035】抽出したDNAのA260nmにおける吸収を測
定し、それぞれのDNAを同一濃度になるよう調整した
後、ナイロンフィルターに100ngずつドットブロットし
た。風乾後、次に示す各液で湿らせた濾紙の上に、フィ
ルターを5分間ずつ順次置き、DNAを変性させた。
(1)0.5N NaOH,0.5M NaCl, (2)1.5M NaCl, 0.5M T
ris-HCl pH7.4, (3)0.3M NaCl, 30mM sodium citora
te pH7.0。その後、120℃で30分間加温してDNAをフ
ィルターに固定し、下記のハイブリダイゼーションに使
用した。
The absorbance of the extracted DNA at A260 nm was measured, and each DNA was adjusted to have the same concentration. Then, 100 ng of the DNA was dot-blotted on a nylon filter. After air drying, the filters were sequentially placed on filter paper moistened with each of the following solutions for 5 minutes to denature the DNA.
(1) 0.5N NaOH, 0.5M NaCl, (2) 1.5M NaCl, 0.5MT
ris-HCl pH7.4, (3) 0.3M NaCl, 30mM sodium citora
te pH 7.0. Thereafter, the mixture was heated at 120 ° C. for 30 minutes to fix the DNA on the filter, and used for the following hybridization.

【0036】3)ハイブリダイゼーション ハイブリダイゼーションはDIG oligoprobe tailed labe
l kitのStandard 5 xSSC procedureに基づき実施した。
以下に手順を示す。DNAを固定した前記フィルターを
プラスチックバッグの中に入れ、100cm2あたり20mlのハ
イブリダイゼーション溶液〔0.75M NaCl, 75mM sodium
citrate, 1%(w/v) Blockingreagent, 0.1%(w/v)N-lauro
ylsarkosine, 0.02%(w/v) Sodium dodesyl sulfate(以
下SDS), 0.1mg/l Poly(a)〕を入れ、気泡を除いてシー
ルした。ハイブリダイゼーションオーブンで緩やかに振
とうしながら68℃で1時間以上反応させた。プレハイブ
リダイゼーション液を捨て、前記1)で調製したオリゴ
ヌクレオチドプローブを0.3pmol/ml濃度で含むハイブリ
ダイゼーション液を100cm2あたり2.5mlになるようプラ
スチックバッグに入れた。気泡を除いてシール後、ハイ
ブリダイゼーションオーブンで緩やかに振とうしながら
50℃で2〜3時間反応させた。
3) Hybridization Hybridization is performed using DIG oligoprobe tailed labe
It was performed based on lkit Standard 5 xSSC procedure.
The procedure is shown below. Put the filter DNA was fixed in a plastic bag, a hybridization solution [0.75 M NaCl in 100 cm 2 per 20 ml, 75 mM sodium
citrate, 1% (w / v) Blockingreagent, 0.1% (w / v) N-lauro
ylsarkosine, 0.02% (w / v) sodium dodesyl sulfate (SDS), 0.1 mg / l Poly (a)] was added thereto, and air bubbles were removed to seal. The reaction was carried out at 68 ° C. for 1 hour or more with gentle shaking in a hybridization oven. The prehybridization solution was discarded, and the hybridization solution containing the oligonucleotide probe prepared in the above 1) at a concentration of 0.3 pmol / ml was placed in a plastic bag so as to be 2.5 ml per 100 cm 2 . After removing bubbles and sealing, gently shake in a hybridization oven
The reaction was performed at 50 ° C for 2 to 3 hours.

【0037】その後、フィルターをプラスチックバッグ
から取出し、0.3M NaCl, 30mM sodium citrate pH7.0,
0.1%SDS溶液をタッパーなどの容器に100cm2あたり50ml
入れ、フィルターを浸漬、振とうして洗浄し、結合の弱
いプローブを除去した。5分後液を入替え、さらに5分
間洗浄した。その後、15mM NaCl, 1.5 mM sodium citra
te pH7.0, 0.1%SDS溶液をタッパーなどの容器に100cm2
あたり50ml入れ、フィルターを浸漬、振とうして洗浄
し、結合の弱いプローブを除去した。15分後液を入替
え、さらに15分間洗浄した。
Thereafter, the filter was taken out of the plastic bag, and 0.3 M NaCl, 30 mM sodium citrate pH 7.0,
The 0.1% SDS solution in a container such as Tupperware 100 cm 2 per 50ml
Then, the filter was immersed, washed by shaking, and the weakly bound probe was removed. After 5 minutes, the solution was replaced and washed for another 5 minutes. Then, 15 mM NaCl, 1.5 mM sodium citra
te pH 7.0, 0.1% SDS solution in a container such as tapper 100cm 2
The filter was immersed, shaken and washed to remove weakly bound probes. After 15 minutes, the solution was replaced and washed for another 15 minutes.

【0038】フィルターを100mlあたり160mlの100mM Ma
leic acid, 150mM NaCl pH7.5溶液に入れた。次に、フ
ィルターを上記溶液に1% blockingreagentを加えた液に
浸し、緩やかに振とうしながら20分間反応させた。抗ジ
コキシゲニンアルカリフォスファターゼ結合抗体を上記
液量の1/10000量添加し、20分間緩やか振とうしながら
反応させた。フィルターを取出し、新しい容器に100mM
Maleic acid, 150mM NaCl pH7.5, 0.3% tween20を入
れ、フィルターを浸漬し、緩やかに振とうしながら10分
間洗浄した。新しい液に変え、繰返した。再度新しい液
に変え、繰返した。
Filter the filter with 160 ml of 100 mM Ma per 100 ml.
leic acid, 150 mM NaCl pH7.5 solution. Next, the filter was immersed in a solution obtained by adding 1% blocking reagent to the above solution, and reacted with gentle shaking for 20 minutes. An anti-dicoxygenin alkaline phosphatase-conjugated antibody was added in an amount of 1 / 10,000 of the above volume, and reacted with gentle shaking for 20 minutes. Remove the filter and put 100mM in a new container
Maleic acid, 150 mM NaCl pH7.5, 0.3% tween20 was added, and the filter was immersed and washed for 10 minutes while gently shaking. Changed to a new solution and repeated. The solution was replaced with a new solution, and the process was repeated.

【0039】100mM Tris-HCl pH9.5, 100mM NaCl, 50mM
MgCl2溶液にフィルターを入れ、2分間以上放置した。
CDP-Star(ベーリンガーマンハイム社製)を上記溶液で1
/100に希釈し、フィルターを浸漬し5分間放置した。
フィルターの余分な液を切り、プラスチックバッグに入
れて37℃で10分間反応させた。その後X線フィルム(ECL
ハイパーフィルム、アマシャム社製)に30分間露光し、
現像した。プローブが反応した部分は黒いシグナルとな
って現れるので、生じたシグナルを目視により、4段階
に分けて反応性を判断した。その結果を表4に示す。
100 mM Tris-HCl pH 9.5, 100 mM NaCl, 50 mM
The filter was put in the MgCl 2 solution and left for 2 minutes or more.
CDP-Star (Boehringer Mannheim) with the above solution
/ 100, the filter was immersed and left for 5 minutes.
Excess liquid from the filter was drained, put in a plastic bag, and reacted at 37 ° C. for 10 minutes. Then X-ray film (ECL
(Hyperfilm, Amersham) for 30 minutes,
Developed. Since the portion where the probe reacted appeared as a black signal, the generated signal was visually observed to determine the reactivity in four stages. Table 4 shows the results.

【0040】[0040]

【表4】 [Table 4]

【0041】[0041]

【表5】 [Table 5]

【0042】[0042]

【表6】 [Table 6]

【0043】表4の注 No.1〜36の菌が実施例、No.101〜108の
菌が比較例 評価基準 ++:強いシグナルあり +:シグナルあり ±:わずかにシグナルが確認される −:反応確認されず *1 DNAが抽出できず、ハイブリダイゼーションは
実施せず
Note 4 in Table 4 Nos. 1 to 36 were used in Examples, Comparative examples of 101 to 108 bacteria Evaluation criteria ++: strong signal +: signal ±: signal is slightly confirmed-: reaction not confirmed * 1 DNA could not be extracted and hybridization was not performed

【0044】表4の結果から、2種の混合プローブを用
いると、試験に供したレジオネラのうちL. erythraを除
く全てのレジオネラから強いシグナルが得られたことが
わかる。供したレジオネラ以外の菌の中では、K. preun
ohialに対して強いシグナルを生じたが、他からはほと
んどシグナルが得られなかった。このことから、本発明
のプローブはほとんどのレジオネラ種を検出することが
可能で、ほぼレジオネラ属特異性があることが確認され
た。
From the results in Table 4, it can be seen that when two types of mixed probes were used, strong signals were obtained from all Legionella except L. erythra among the Legionella subjected to the test. Among the bacteria other than the provided Legionella, K. preun
A strong signal was generated for ohial , but little signal was obtained from others. From this, it was confirmed that the probe of the present invention was able to detect most Legionella species, and had almost Legionella specificity.

【0045】[0045]

【発明の効果】本発明のオリゴヌクレオチドプローブ
は、多数の種のレジオネラ属細菌の共通抗原をコードす
る遺伝子と特異的に相補的な塩基対を形成する。このた
め、短時間で多数の種のレジオネラ属細菌を特異的に高
精度で検出するためのプローブとして好適に用いること
ができる。また塩基が短いので容易に調製することがで
きる。
The oligonucleotide probe of the present invention forms a base pair specifically complementary to a gene encoding a common antigen of Legionella bacteria of many species. Therefore, it can be suitably used as a probe for specifically detecting a large number of species of Legionella bacteria with high accuracy in a short time. In addition, since the base is short, it can be easily prepared.

【0046】本発明の標識オリゴヌクレオチドプローブ
は上記オリゴヌクレオチドプローブを標識物質で標識し
ているので、ハイブリダイゼーションによりレジオネラ
属細菌を短時間で多数の種のレジオネラ属細菌を特異的
に高精度で検出することができる。
In the labeled oligonucleotide probe of the present invention, since the above-mentioned oligonucleotide probe is labeled with a labeling substance, the Legionella bacterium can be detected in a short period of time by hybridization to specifically and highly accurately detect many species of Legionella bacterium. can do.

【0047】本発明の試薬は上記標識オリゴヌクレオチ
ドプローブを含んでいるので、ハイブリダイゼーション
によりレジオネラ属細菌を短時間で多数の種のレジオネ
ラ属細菌を特異的に高精度で検出することができる。
Since the reagent of the present invention contains the above-described labeled oligonucleotide probe, it is possible to specifically detect a large number of species of Legionella bacteria with high accuracy by hybridization in a short time.

【0048】本発明の検出方法は上記標識オリゴヌクレ
オチドプローブまたは試薬をレジオネラ属細菌またはそ
のDNAと接触させてハイブリダイゼーションを行った
後、標識を指標にして検出するようにしているので、レ
ジオネラ属細菌を短時間で多数の種のレジオネラ属細菌
を特異的に高精度で検出することができる。
In the detection method of the present invention, the labeled oligonucleotide probe or reagent is brought into contact with a Legionella genus bacterium or its DNA to perform hybridization, and then the detection is performed using the label as an index. Can specifically detect a large number of species of Legionella bacteria with high accuracy in a short time.

【0049】[0049]

【配列表】[Sequence list]

配列番号:1 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Legionella pneumophila 配列 GGTGATGGTA CTACTACTGC 20SEQ ID NO: 1 Sequence length: 20 Sequence type: nucleic acid Number of strands: double-stranded Topology: linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Legionella pneumophila sequence GGTGATGGTA CTACTACTGC 20

【0050】配列番号:2 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Legionella pneumophila 配列 GAAGGTCACA AAGCAGTTGC 20SEQ ID NO: 2 Sequence length: 20 Sequence type: nucleic acid Number of strands: double-stranded Topology: linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism: Legionella pneumophila sequence GAAGGTCACA AAGCAGTTGC 20

【0051】配列番号:3 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Legionella pneumophila 配列 CTGGTGATGG TACTACTACT GCAACAGTAT TGGCTCGTTC TATTCTTGTT 50SEQ ID NO: 3 Sequence length: 50 Sequence type: nucleic acid Number of strands: double-stranded Topology: linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Legionella pneumophila sequence CTGGTGATGG TACTACTACT GCAACAGTAT TGGCTCGTTC TATTCTTGTT 50

【0052】配列番号:4 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Legionella micdadei 配列 CAGGTGATGG TACTACTACT GCTACGGTAT TGGCACGTGC CATTGTCGTT 50SEQ ID NO: 4 Sequence length: 50 Sequence type: Number of nucleic acid strands: Double strand Topology: Linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Legionella micdadei sequence CAGGTGATGG TACTACTACT GCTACGGTAT TGGCACGTGC CATTGTCGTT 50

【0053】配列番号:5 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Escherichia coli 配列 CTGCAGGCGA CGGTACCACC ACTGCAACCG TACTGGCTCA GGCTATCATC 50SEQ ID NO: 5 Sequence length: 50 Sequence type: Number of nucleic acid strands: Double strand Topology: Linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Escherichia coli sequence CTGCAGGCGA CGGTACCACC ACTGCAACCG TACTGGCTCA GGCTATCATC 50

【0054】配列番号:6 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Ps. aeruginosa 配列 CTGCCGGTGA CGGCACCACC ACCGCGACCG TCCTGGCCCA GGCCATCGTC 50[0054] SEQ ID NO: 6 SEQ Length: 50 sequence types: the number of nucleic acid strands: double-stranded Topology: linear sequence type: Genomic DNA Origin Organism:. Ps aeruginosa sequence CTGCCGGTGA CGGCACCACC ACCGCGACCG TCCTGGCCCA GGCCATCGTC 50

【0055】配列番号:7 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Legionella pneumophila 配列 GAAGGTCACA AAGCAGTTGC TGCTGGTATG AATCCAATGG ATCTCAAACG 50SEQ ID NO: 7 Sequence length: 50 Sequence type: Number of nucleic acid strands: Double strand Topology: Linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Legionella pneumophila sequence GAAGGTCACA AAGCAGTTGC TGCTGGTATG AATCCAATGG ATCTCAAACG 50

【0056】配列番号:8 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Legionella micdadei 配列 GAAGGCCACA AAGCAGTTGC AGCAGGCATG AACCCAATGG ATTTGAAACG 50SEQ ID NO: 8 Sequence length: 50 Sequence type: nucleic acid Number of strands: double-stranded Topology: linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Legionella micdadei sequence GAAGGCCACA AAGCAGTTGC AGCAGGCATG AACCCAATGG ATTTGAAACG 50

【0057】配列番号:9 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Escherichia coli 配列 ACTGAAGGTC TGAAAGCTGT TGCTGCGGGC ATGAACCCGA TGGACCTGAA 50SEQ ID NO: 9 Sequence length: 50 Sequence type: Number of nucleic acid strands: Double strand Topology: Linear Sequence type: Genomic DNA Origin Organism name: Escherichia coli sequence ACTGAAGGTC TGAAAGCTGT TGCTGCGGGC ATGAACCCGA TGGACCTGAA 50

【0058】配列番号:10 配列の長さ:50 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:Ps. aeruginosa 配列 AACGAAGGCC TGAAGGCCGT TGCCGCCGGC ATGAACCCGA TGGACCTGAA 50[0058] SEQ ID NO: 10 SEQ Length: 50 sequence types: the number of nucleic acid strands: double-stranded Topology: linear sequence type: Genomic DNA Origin Organism:. Ps aeruginosa sequence AACGAAGGCC TGAAGGCCGT TGCCGCCGGC ATGAACCCGA TGGACCTGAA 50

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────────────────────────────────────────────────── ───

【手続補正書】[Procedure amendment]

【提出日】平成9年2月4日[Submission date] February 4, 1997

【手続補正1】[Procedure amendment 1]

【補正対象書類名】明細書[Document name to be amended] Statement

【補正対象項目名】0006[Correction target item name] 0006

【補正方法】変更[Correction method] Change

【補正内容】[Correction contents]

【0006】また特公平5-78319号には、核酸プローブ
を用いて生物を検出、同定または定量する方法が記載さ
れており、その実施例には23種のレジオネラ種、具体
的にはL. pnueumophila(PHA1), L. micdadei(HEBA), L.
bozemanii(WIGA), L. dumoffi(TEX-KL), L. garmanii
(LS-13), L. jordanis(BL540), L. longbeachae, L. MS
H9, L. oakridgenis(オークリツシ゛10), L. lansing2, L. SC-
32C-C8, L. WA-316, L.WO-44-3C(L. feeleii), L. phoe
nix 1, L. WA-270A, L. PF-209C-C2, L. SC 65C3(ORW),
L. jamestown 26G1-E2, L. MSH-4, L. lansing 3, L.
SC18-C9, L. SC63-C7, L-81-716(L. wadsworthii)を特
異的に検出することができる例証的プローブが記載され
ている。しかし、この核酸プローブも混合物であり、前
記と同様の問題点がある。またプローブの塩基の長さや
配列が明らかではなく、rRNAのどの部分を認識して
いるのか不明確であり、検出精度に問題がある。
Japanese Patent Publication No. 5-78319 discloses a nucleic acid probe.
Describes how to detect, identify or quantify organisms using
Examples include 23 species of Legionella,
TypicallyL. pnueumophila(PHA1),L. micdadei(HEBA),L.
 bozemanii(WIGA),L. dumoffi(TEX-KL),L. garmanii
(LS-13),L. jordanis(BL540),L. longbeachae,L. MS
H9,L. oakridgenis(Akuri ク リ 10),L. lansing2,L. SC-
32C-C8,L. WA-316,L.WO-44-3C (L. feeleii),L. phoe
nix 1,L. WA-270A,L. PF-209C-C2,L. SC 65C3 (ORW),
 L. jamestown 26G1-E2,L. MSH-4,L. lansing 3,L. 
SC18-C9,L. SC63-C7, L-81-716 (L. wadsworthii)
Illustrative probes that can be detected differentially are described
ing. However, this nucleic acid probe is also a mixture,
There are similar problems as described above. In addition, the base length of the probe
The sequence is not clear, which part of the rRNA
Is unclear, and there is a problem in detection accuracy.

【手続補正2】[Procedure amendment 2]

【補正対象書類名】明細書[Document name to be amended] Statement

【補正対象項目名】0008[Correction target item name] 0008

【補正方法】変更[Correction method] Change

【補正内容】[Correction contents]

【0008】[0008]

【表1】 [Table 1]

【手続補正3】[Procedure amendment 3]

【補正対象書類名】明細書[Document name to be amended] Statement

【補正対象項目名】0018[Correction target item name] 0018

【補正方法】変更[Correction method] Change

【補正内容】[Correction contents]

【0018】本発明の第一および第二のプローブは、前
記のように塩基配列が明らかで、塩基配列の長さも20
塩基程度であるため、ヌクレオチドまたはデオキシヌク
レオチドから化学合成により容易に合成することができ
る。このため、同一のプローブを何度でも容易に得るこ
とができ、ロットにより特異性がなるということはな
い。また本発明の第一および第二のプローブは塩基数が
比較的短いことから、in situハイブリダイゼーション
に用いることもできる。これらの点から、検出試薬とし
て優れている。
As described above, the first and second probes of the present invention have a clear nucleotide sequence and a length of 20 nucleotides.
Since it is about a base, it can be easily synthesized by chemical synthesis from nucleotides or deoxynucleotides. Therefore, it is possible to obtain the same probe easily any number of times, is not that is different specificity by lot. Further, since the first and second probes of the present invention have a relatively short number of bases, they can be used for in situ hybridization. From these points, it is excellent as a detection reagent.

【手続補正4】[Procedure amendment 4]

【補正対象書類名】明細書[Document name to be amended] Statement

【補正対象項目名】0023[Correction target item name] 0023

【補正方法】変更[Correction method] Change

【補正内容】[Correction contents]

【0023】[0023]

【表3】 [Table 3]

【手続補正5】[Procedure amendment 5]

【補正対象書類名】明細書[Document name to be amended] Statement

【補正対象項目名】0033[Correction target item name] 0033

【補正方法】変更[Correction method] Change

【補正内容】[Correction contents]

【0033】2)検体の調製 報告されているレジオネラ属のうち、表3および表4に
示す35種(うち二種はL. pneumophilaのサブスピーシ
ズ)を入手し、DNA抽出後、ドットブロットを実施し
た。なお比較例としては、Enterobacter cloacae(ATCC
23355)、Escherichia coli(ATCC 25922)、Klebsiella p
neumoniae(ATCC 13883)、Proteus vulgaris(ATCC 1331
5)、Pseudomonas aeruginosa(ATCC 27853)、Salmonella
typhimurium(ATCC 14028)、Serratia marcescens(ATCC
8100)、Staphylococcus aureus(ATCC 12600)を用い、
レジオネラと同様にDNAを抽出後、ドットブロットに
供した。
2) Preparation of specimens Among the reported Legionella spp., 35 species shown in Tables 3 and 4 (of which two were L. pneumophila subspecies) were obtained, and after DNA extraction, dot blot was performed. . As a comparative example, Enterobacter cloacae (ATCC
2335 5 ), Escherichia coli (ATCC 25922), Klebsiella p
neumoniae (ATCC 13883), Proteus vulgaris (ATCC 1331
5), Pseudomonas aeruginosa (ATCC 27853), Salmonella
typhimurium (ATCC 14028), Serratia marcescens (ATCC
8100), Staphylococcus aureus (ATCC 12600),
DNA was extracted in the same manner as in Legionella, and then subjected to dot blotting.

【手続補正6】[Procedure amendment 6]

【補正対象書類名】明細書[Document name to be amended] Statement

【補正対象項目名】0038[Correction target item name] 0038

【補正方法】変更[Correction method] Change

【補正内容】[Correction contents]

【0038】フィルターを100mlあたり160mlの100mM Ma
leic acid, 150mM NaCl pH7.5溶液に入れた。次に、フ
ィルターを上記溶液に1% blockingreagentを加えた液に
浸し、緩やかに振とうしながら20分間反応させた。抗ジ
コキシゲニンアルカリフォスファターゼ結合抗体を上記
液量の1/10000量添加し、20分間緩やか振とうしなが
ら反応させた。フィルターを取出し、新しい容器に100m
M Maleic acid, 150mMNaCl pH7.5, 0.3% tween20を入
れ、フィルターを浸漬し、緩やかに振とうしながら10分
間洗浄した。新しい液に変え、繰返した。再度新しい液
に変え、繰返した。
Filter the filter with 160 ml of 100 mM Ma per 100 ml.
leic acid, 150 mM NaCl pH7.5 solution. Next, the filter was immersed in a solution obtained by adding 1% blocking reagent to the above solution, and reacted with gentle shaking for 20 minutes. The anti-self digoxigenin alkaline phosphatase-conjugated antibody was added 1/10000 amount of the liquid volume, was reacted with 20 minutes gentle shaking. Take out the filter and put 100m in a new container
M Maleic acid, 150 mM NaCl pH7.5, 0.3% tween20 was added, and the filter was immersed and washed for 10 minutes while gently shaking. Changed to a new solution and repeated. The solution was replaced with a new solution, and the process was repeated.

【手続補正7】[Procedure amendment 7]

【補正対象書類名】明細書[Document name to be amended] Statement

【補正対象項目名】0042[Correction target item name] 0042

【補正方法】変更[Correction method] Change

【補正内容】[Correction contents]

【0042】[0042]

【表6】 [Table 6]

【手続補正8】[Procedure amendment 8]

【補正対象書類名】明細書[Document name to be amended] Statement

【補正対象項目名】0044[Correction target item name] 0044

【補正方法】変更[Correction method] Change

【補正内容】[Correction contents]

【0044】表4の結果から、2種の混合プローブを用
いると、試験に供したレジオネラのうちL. erythraを除
く全てのレジオネラから強いシグナルが得られたことが
わかる。供したレジオネラ以外の菌の中では、K. pneum
oniaeに対して強いシグナルを生じたが、他からはほと
んどシグナルが得られなかった。このことから、本発明
のプローブはほとんどのレジオネラ種を検出することが
可能で、ほぼレジオネラ属特異性があることが確認され
た。
From the results in Table 4, it can be seen that when two types of mixed probes were used, strong signals were obtained from all Legionella except L. erythra among the Legionella subjected to the test. Among the bacteria other than the provided Legionella, K. pneum
A strong signal was produced for oniae , but little signal was obtained from others. From this, it was confirmed that the probe of the present invention was able to detect most Legionella species, and had almost Legionella specificity.

Claims (4)

【特許請求の範囲】[Claims] 【請求項1】 レジオネラ(Legionella)属に属する細
菌の共通抗原をコードする遺伝子の一部の配列を持ち、
デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドから
なるプローブであって、塩基配列 5'GGT GAT GGT ACT ACT ACT GC3'または 5'GAA GGT CAC AAA GCA GTT GC3' を有することを特徴とするレジオネラ属に属する細菌検
出用オリゴヌクレオチドプローブ。
Claims 1. A sequence having a partial sequence of a gene encoding a common antigen of a bacterium belonging to the genus Legionella ,
An oligo for detecting a bacterium belonging to the genus Legionella, comprising a probe consisting of deoxyribonucleotide or ribonucleotide, having a base sequence of 5′GGT GAT GGT ACT ACT ACT GC3 ′ or 5′GAA GGT CAC AAA GCA GTT GC3 ′. Nucleotide probe.
【請求項2】 請求項1記載のオリゴヌクレオチドプロ
ーブを放射性元素、酵素、蛍光物質または化学物質で標
識してなることを特徴とするレジオネラ属に属する細菌
検出用標識オリゴヌクレオチドプローブ。
2. A labeled oligonucleotide probe for detecting bacteria belonging to the genus Legionella, wherein the oligonucleotide probe according to claim 1 is labeled with a radioactive element, an enzyme, a fluorescent substance or a chemical substance.
【請求項3】 請求項2記載の標識オリゴヌクレオチド
プローブを含むことを特徴とするレジオネラ属に属する
細菌検出用試薬。
3. A reagent for detecting bacteria belonging to the genus Legionella, comprising the labeled oligonucleotide probe according to claim 2.
【請求項4】 レジオネラ属に属する細菌またはそのD
NAを含む検体に請求項2記載の標識オリゴヌクレオチ
ドプローブまたは請求項3記載の試薬を接触させてハイ
ブリダイゼーションを行った後、標識を指標にして検出
することを特徴とするレジオネラ属に属する細菌の検出
方法。
4. A bacterium belonging to the genus Legionella or its D
Claims: 1. A bacterial strain belonging to the genus Legionella, which is obtained by contacting a labeled oligonucleotide probe according to claim 2 or a reagent according to claim 3 with a sample containing NA and performing hybridization using the label as an index. Detection method.
JP8340089A 1996-12-19 1996-12-19 Oligonulceotide probe for detecting bacterium belonging to legionella and detection of bacterium belonging to degionella Pending JPH10179196A (en)

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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2011062088A (en) * 2009-09-15 2011-03-31 Ihi Corp Method for detecting legionella bacteria

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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2011062088A (en) * 2009-09-15 2011-03-31 Ihi Corp Method for detecting legionella bacteria

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