JPH1014585A - New oligonucleotide primer and examination of point mutation in exon 4 of human cytochrome p450 2c19 gene using the same - Google Patents

New oligonucleotide primer and examination of point mutation in exon 4 of human cytochrome p450 2c19 gene using the same

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JPH1014585A
JPH1014585A JP8195360A JP19536096A JPH1014585A JP H1014585 A JPH1014585 A JP H1014585A JP 8195360 A JP8195360 A JP 8195360A JP 19536096 A JP19536096 A JP 19536096A JP H1014585 A JPH1014585 A JP H1014585A
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gene
exon
pcr
human cytochrome
point mutation
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JP8195360A
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Takahiro Kubota
隆廣 久保田
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S R L KK
Srl KK
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S R L KK
Srl KK
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Abstract

PROBLEM TO BE SOLVED: To obtain the subject new primer having each specific base sequences, capable of detecting the point mutation m2 in exon 4 of human cytochrome P450 2C19 gene, and useful for dysbolism examination of (S)-mephenytoin as an anticonvulsant. SOLUTION: This primer is a new oligonucleotide primer having base sequences of respective formulas I and II and useful for examining the point mutation m2 in exon 4 of human cytochrome P450 2C19 gene; thus being useful in the clinicat examination of the dysbolism of (S)-mephenytoin as an anticonvulsant and capable of classifying the genotype (genotyping). This primer is obtained by synthesizing a base sequence hybridizable with the domain of 610-629nt (on a cDNA basis) in exon 4 of human cytochrome P450 2C19 gene and another base sequence hybridizable with the domain of 67-86nt (on a cDNA basis) in intron 4.

Description

【発明の詳細な説明】DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION

【0001】[0001]

【発明の属する技術分野】本発明は、ヒトチトクローム
P450 2C19 遺伝子(以下、「CYP2C19 」ということがあ
る)のエクソン4中の点突然変異の検査に用いられるオ
リゴヌクレオチドプライマー及びそれを用いたヒトチト
クロームP450 2C19 遺伝子のエクソン4中の突然変異の
検査方法に関する。
TECHNICAL FIELD The present invention relates to a human cytochrome.
Oligonucleotide primers used for examining point mutations in exon 4 of P450 2C19 gene (hereinafter sometimes referred to as “CYP2C19”) and method for examining mutations in exon 4 of human cytochrome P450 2C19 gene using the same About.

【0002】[0002]

【従来の技術】抗痙攣剤である(S)-メフェニトインの代
謝能力には遺伝的多型が見られる。この遺伝的多型は
(S)-メフェニトインの代謝だけではなく、臨床的に重要
なジアゼパム、イミプラミン、オメプラゾール及びプロ
プラノロール並びに選択的セロトニン再取込み阻害剤
(serotonin reuptake inhibitor) の酸化的代謝能力と
ともに遺伝的に分離するので、(S)-メフェニトインの代
謝異常を調べることは臨床的に重要である。
BACKGROUND ART Genetic polymorphism is observed in the metabolic ability of (S) -mephenytoin, an anticonvulsant. This genetic polymorphism
Not only the metabolism of (S) -mephenytoin but also the genetically important diazepam, imipramine, omeprazole and propranolol, and the selective serotonin reuptake inhibitor (serotonin reuptake inhibitor) It is clinically important to investigate metabolic abnormalities of (S) -mephenytoin.

【0003】従来、(S)-メフェニトインの代謝異常は、
被検者に(S)-メフェニトインを経口投与し、8時間後に
排泄される尿中に含まれる4'- ヒドロキシメフェニトイ
ンを定量することにより行われていた。しかしながら、
この方法は時間がかかる上に被検者に無用の薬剤を投与
しなければならない。
[0003] Conventionally, metabolic abnormalities of (S) -mephenytoin are as follows:
The test was performed by orally administering (S) -mephenytoin to a subject and quantifying 4′-hydroxymephenytoin contained in urine excreted 8 hours later. However,
This method is time consuming and requires administration of unnecessary medication to the subject.

【0004】(S)-メフェニトインの代謝異常の遺伝的な
原因は、少なくとも日本人については明らかになってい
る。すなわち、CYP2C19 のエクソン5中のGがAになる
点突然変異(部位は、CYP2C19 のcDNAの681nt、
本明細書においてこの点突然変異を「m1」という)
(Sonia M.F. de Morais et al., The Journal of Biol
ogical Chemistry Vol.269, No. 22, pp.15419-15422,
1994( 以下、この文献を「文献1」という))及びCYP2
C19 のエクソン4中のGがAになる点突然変異(部位
は、CYP2C19 のcDNAの636nt、本明細書において
この点突然変異を「m2」という)(Sonia M.F. de Mo
rais et al., Molecular Pharmaoclogy, 46:594-598,19
94( 以下、この文献を「文献2」という))の少なくと
もどちらかによって(S)-メフェニトインの代謝異常が起
きることがわかっている。従って、CYP2C19 のエクソン
5及び4中の上記m1及びm2を調べることにより、
(S)-メフェニトインの代謝異常を検査することができ、
さらには、その遺伝子型を分類(ジェノタイピング)す
ることもできる。
[0004] The genetic cause of metabolic abnormalities of (S) -mephenytoin has been elucidated, at least for the Japanese. That is, a point mutation in which G in exon 5 of CYP2C19 becomes A (the site is 681 nt of CYP2C19 cDNA,
This point mutation is referred to herein as "m1")
(Sonia MF de Morais et al., The Journal of Biol
ogical Chemistry Vol.269, No. 22, pp.15419-15422,
1994 (hereinafter referred to as “Reference 1”)) and CYP2
A point mutation in which G in exon 4 of C19 becomes A (the site is 636 nt of CYP2C19 cDNA, and this point mutation is referred to as “m2” in the present specification) (Sonia MF de Mo
rais et al., Molecular Pharmaoclogy, 46: 594-598,19
94 (hereinafter, this document is referred to as “document 2”)), it is known that metabolic abnormality of (S) -mephenytoin occurs. Therefore, by examining the above m1 and m2 in exons 5 and 4 of CYP2C19,
(S) -mephenytoin metabolic abnormality can be tested,
Furthermore, the genotype can be classified (genotyping).

【0005】上記文献1及び2には、それぞれ、PCR
−RFLP法によりm1及びm2を検出する方法が記載
されている。すなわち、エクソン5及びエクソン4のそ
れぞれについて各一対のプライマーを用いてPCRを行
い、増幅産物を制限酵素で消化して電気泳動で分離する
ことにより、突然変異の有無に応じて異なるサイズの断
片が検出される。
[0005] References 1 and 2 disclose PCR,
-A method for detecting m1 and m2 by the RFLP method is described. That is, PCR is performed for each of exon 5 and exon 4 using each pair of primers, and the amplified product is digested with a restriction enzyme and separated by electrophoresis, whereby fragments having different sizes depending on the presence or absence of the mutation are obtained. Is detected.

【0006】[0006]

【発明が解決しようとする課題】一般に、臨床検査セン
ター等で臨床検査を行う場合には、非常に多数の検体に
ついて限られた時間内に検査をする必要があるので、検
査を効率良く行うことが重要である。(S)-メフェニトイ
ンの代謝異常について遺伝子検査を行う場合、上記のよ
うにエクソン5中のm1及びエクソン4中のm2の両方
について検査を行う必要がある。もし、m1及びm2の
検査を同一のPCR条件で行うことができれば、同じ装
置を用いて同時に両方の検査を行うことができるので非
常に効率が良い。本願発明者らは、上記文献1及び2に
記載されたプライマーを用い、m1検出のためのPCR
とm2検出のためのPCRを同一条件で行うべく鋭意研
究を行ったが、どうしてもm2の検出において非特異的
なバンドが多く現れてしまうという問題があった。多数
の検体を限られた時間内に処理する場合、非特異バンド
が多数あると誤診の原因になり、好ましくない。
In general, when conducting a clinical test at a clinical test center or the like, it is necessary to test a very large number of samples within a limited time. is important. When performing a genetic test for metabolic abnormality of (S) -mephenytoin, it is necessary to test both m1 in exon 5 and m2 in exon 4 as described above. If the tests for m1 and m2 can be performed under the same PCR conditions, both tests can be performed simultaneously using the same apparatus, which is very efficient. The present inventors used the primers described in the above References 1 and 2 to perform PCR for detecting m1.
In order to carry out PCR for the detection of m2 under the same conditions as above, intensive research was carried out, but there was a problem that many nonspecific bands would appear in the detection of m2. When processing a large number of samples within a limited time, it is not preferable that a large number of nonspecific bands cause misdiagnosis.

【0007】従って、本発明の目的は、CYP2C19 のエク
ソン5中のm1とエクソン4中のm2の検出を同一のP
CR条件にて、非特異バンドの出現なしに行う手段を提
供することである。
Accordingly, an object of the present invention is to detect m1 in exon 5 and m2 in exon 4 of CYP2C19 using the same P.
An object of the present invention is to provide a means for performing under a CR condition without the appearance of a non-specific band.

【0008】[0008]

【課題を解決するための手段】本願発明者らは、鋭意研
究の結果、m2の検出のためのオリゴヌクレオチドプラ
イマーとして文献2に記載のものとは異なるものを用い
ることにより、m1の検出のためのPCRとm2の検出
のためのPCRを同一条件で行うことができることを見
出し、本発明を完成した。
Means for Solving the Problems As a result of intensive studies, the inventors of the present invention have found that by using an oligonucleotide primer different from that described in Reference 2 as an oligonucleotide primer for detecting m2, The present inventors have found that the same PCR can be performed under the same conditions as the PCR for detecting m2, and the present invention has been completed.

【0009】すなわち、本発明は、配列表の配列番号1
及び配列番号2でそれぞれ示される塩基配列を有する、
ヒトチトクロームP450 2C19 遺伝子のエクソン4中の点
突然変異m2の検査用オリゴヌクレオチドプライマーを
提供する。さらに本発明は、上記本発明の2種類のオリ
ゴヌクレオチドプライマーをプライマーとして用い、ヒ
トチトクロームP450 2C19 遺伝子を鋳型としてPCRを
行う工程と、得られたPCR産物を制限断片長多型法に
より解析する工程を含む、ヒトチトクロームP450 2C19
遺伝子のエクソン4中の点突然変異m2の検査方法を提
供する。
[0009] That is, the present invention relates to SEQ ID NO: 1 in the sequence listing.
And having the base sequence shown in SEQ ID NO: 2, respectively.
An oligonucleotide primer for testing a point mutation m2 in exon 4 of the human cytochrome P450 2C19 gene is provided. Furthermore, the present invention provides a step of performing PCR using the above-described two kinds of oligonucleotide primers of the present invention as primers and using the human cytochrome P450 2C19 gene as a template, and a step of analyzing the obtained PCR product by a restriction fragment length polymorphism method. Including, human cytochrome P450 2C19
A method for testing a point mutation m2 in exon 4 of a gene is provided.

【0010】[0010]

【発明の実施の形態】上記のように、本発明のオリゴヌ
クレオチドプライマーは、CYP2C19 のエクソン4中の上
記点突然変異m2を検出するためのものである。forwar
d 側プライマー(以下、「プライマーF」ということが
ある)は配列表の配列番号1で示される塩基配列を有
し、reverse 側プライマー(以下、「プライマーR」と
いうことがある)は、配列番号2で示される塩基配列を
有する。プライマーFはCYP2C19のエクソン4中の61
0〜629nt(cDNA基準)の領域とハイブリダイズ
するものであり、プライマーRはCYP2C19 のイントロン
4中の67〜86nt(イントロン4の第1塩基を1ntと
して)の領域とハイブリダイズするものである。
DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION As described above, the oligonucleotide primer of the present invention is for detecting the above-mentioned point mutation m2 in exon 4 of CYP2C19. forwar
The d-side primer (hereinafter, sometimes referred to as “primer F”) has a base sequence represented by SEQ ID NO: 1 in the sequence listing, and the reverse-side primer (hereinafter, sometimes referred to as “primer R”) has It has the base sequence shown by 2. Primer F is 61 in exon 4 of CYP2C19
The primer R hybridizes with a region of 67 to 86 nt in the intron 4 of CYP2C19 (the first base of the intron 4 is 1 nt).

【0011】本発明のプライマーF及びプライマーRを
用いてPCRを行う場合、アニーリングは53〜63℃
で1分間〜2分間、伸長は72℃で1分間〜2分間行
う。変性条件は変性が行われればよいので特に限定され
ないが、通常、94℃で1分間〜2分間行う。サイクル
数は特に限定されないが、20〜40サイクルが好まし
い。また、PCRバッファー中の塩化マグネシウムの濃
度は、1.0 ないし2.0 mMが好ましい。なお、PCR法自
体はこの分野において周知であり、必要な試薬類のキッ
ト及び装置も市販されているので、これらを用いて容易
に行うことができる。
When PCR is performed using the primers F and R of the present invention, annealing is performed at 53 to 63 ° C.
For 1-2 minutes at 72 ° C. for 1-2 minutes. The denaturation condition is not particularly limited as long as the denaturation is performed, but it is usually performed at 94 ° C. for 1 minute to 2 minutes. Although the number of cycles is not particularly limited, 20 to 40 cycles are preferable. Further, the concentration of magnesium chloride in the PCR buffer is preferably 1.0 to 2.0 mM. The PCR method itself is well known in this field, and kits and devices for necessary reagents are commercially available, so that the PCR method can be easily carried out using them.

【0012】本発明のプライマーを用いることにより、
CYP2C19 のエクソン5中のm1を検出するためのPCR
と同一の熱的条件でPCRを行うことができるようにな
った。従って、m1の検査のためのPCRとm2の検査
のためのPCRを同一の装置内で同時に行うことができ
るようになった。なお、m1の検出のためのプライマー
は、文献1に記載されており、forward 側及びreverse
側のプライマーの塩基配列をそれぞれ配列表の配列番号
3及び4に示す。本発明のプライマーを用いると、m1
の検出のためのPCRと熱的条件が同じだけではなく、
PCRバッファーも同じものを用いることができるの
で、検査の効率がさらに高くなる。なお、m2の検査の
ためのPCRをm1の検査のためのPCRと同じ装置内
で同時に行う場合でも、別々のチューブに入れて反応を
行う。
[0012] By using the primer of the present invention,
PCR for detecting m1 in exon 5 of CYP2C19
PCR can now be performed under the same thermal conditions as described above. Therefore, PCR for testing m1 and PCR for testing m2 can be performed simultaneously in the same apparatus. The primer for detecting m1 is described in Reference 1, and the primers for forward and reverse
The nucleotide sequences of the primers on the side are shown in SEQ ID NOs: 3 and 4 in the sequence listing, respectively. When the primer of the present invention is used, m1
Not only are the thermal conditions the same as PCR for the detection of
Since the same PCR buffer can be used, the testing efficiency is further improved. In addition, even when the PCR for the test of m2 is performed simultaneously with the PCR for the test of m1 in the same apparatus, the reaction is carried out in a separate tube.

【0013】PCR後、得られたPCR産物について制
限断片長多型解析(RFLP)を行う。RFLP自体は
周知の方法である。すなわち、PCR産物を制限酵素で
消化することにより、点突然変異の有無に応じて長さの
異なる断片を生じるような制限酵素でPCR産物を消化
し、電気泳動で分離してバンドのサイズを測定する方法
である。本発明のプライマーF及びプライマーRを用い
てPCRを行いm2を検査する場合、制限酵素BamHI を
用いることができる。すなわち、BamHI でPCR産物を
消化すると、遺伝子にm2が存在する場合には、ゲル電
気泳動で分離すると119bpのサイズのバンドが現
れ、野生型(以下、野生型のことを「wt」と記載する
ことがある)の場合には93bpのバンドが現れるの
で、検体遺伝子にm2が存在するか否かを検査すること
ができる。なお、相同染色体は1対ずつ存在するので、
wtのホモ接合の場合には93bpのバンドのみが現
れ、m2のホモ接合の場合には119bpのバンドのみ
が現れ、wtとm2のヘテロ接合の場合には両方のバン
ドが現れる。従って、本発明の方法により、遺伝子型を
も検査することができる。なお、RFLPに用いること
ができる制限酵素はBamHIに限定されるものではなく、
m2の存在の有無に応じて異なるサイズの断片を生じる
制限酵素であれば他のものも用いることができる。
After PCR, the obtained PCR product is subjected to restriction fragment length polymorphism analysis (RFLP). RFLP itself is a well-known method. That is, by digesting the PCR product with a restriction enzyme, the PCR product is digested with a restriction enzyme that generates fragments having different lengths depending on the presence or absence of a point mutation, separated by electrophoresis, and the band size is measured. How to When m2 is examined by performing PCR using the primers F and R of the present invention, the restriction enzyme BamHI can be used. That is, when the PCR product is digested with BamHI, if m2 is present in the gene, a band of 119 bp appears when separated by gel electrophoresis, and a wild-type (hereinafter, wild-type is referred to as “wt”) In some cases, a band of 93 bp appears, so that it can be examined whether m2 exists in the sample gene. Since there is one pair of homologous chromosomes,
In the case of wt homozygosity, only a 93 bp band appears, in the case of m2 homozygosity, only a 119 bp band appears, and in the case of wt and m2 heterozygosity, both bands appear. Therefore, the genotype can also be tested by the method of the present invention. The restriction enzymes that can be used for RFLP are not limited to BamHI,
Other restriction enzymes that generate fragments of different sizes depending on the presence or absence of m2 can be used.

【0014】また、m1の検査のためのRFLPは文献
1に記載されているようにSmaIを用いて行うこともでき
るし、下記実施例に記載したようにMspIを用いて行うこ
ともできる。なお、MspIを用いた場合には、wtであれ
ば120bpのバンドが現れ、m1であれば169bp
のバンドが現れる。
The RFLP for the examination of m1 can be performed using SmaI as described in Reference 1, or can be performed using MspI as described in Examples below. When MspI was used, a band of 120 bp appeared in wt and 169 bp in m1.
Band appears.

【0015】[0015]

【実施例】以下、本発明を実施例に基づきさらに具体的
に説明する。もっとも、本発明は下記実施例に限定され
るものではない。
The present invention will be described more specifically below with reference to examples. However, the present invention is not limited to the following examples.

【0016】(1) ジェノタイピング 186人の日本人から静脈血を7mlずつ採取し、市販
の抽出キットを用いて抹消リンパ球からDNAを抽出し
た。本発明のプライマーF及びプライマーRを用い得ら
れたゲノミックDNAを鋳型としてPCRを行った。さ
らに、配列番号3及び4に示される塩基配列を有する、
文献1記載のプライマーを用いて別のチューブで、しか
し同じ装置内で同時にPCRを行った。200μMのデ
オキシリボヌクレオシド三リン酸(dNTP)混合物(dATP,
dCTP, dGTP及びdTTP、宝酒造社製)、0.2μMの各プ
ライマー、1.25単位のAmpliTaq DNAポリメラーゼ
(Hoffmann-La Roche 社製)及び1.5 mM塩化マグネシウ
ムを含むPCRバッファー(10 mM Tris-HCl, pH 8.3,
50 mM KCl, 0.01%ゼラチン)中で200ngの上記ゲノ
ミックDNAを増幅した。増幅はPerkin Elmer社製のサ
ーモサイクラーを用いて行った。最初に94℃で5分間
変性を行った後、94℃、1分間の変性工程、57℃、
1分間のアニーリング工程、72℃、2分間の伸長工程
からなるサイクルを40回繰り返し、最後に72℃で5
分間伸長を行った。次いで、m1検査用のチューブには
25単位のMspIを加え、m2検査用のチューブには25
単位のBamHI を加え、37℃で1時間インキュベートし
て制限酵素開裂工程を行った。消化したPCR増幅産物
を3%アガロースゲル上で電気泳動にかけ、臭化エチジ
ウムで染色した。
(1) Genotyping From 186 Japanese, 7 ml of venous blood was collected and DNA was extracted from peripheral lymphocytes using a commercially available extraction kit. PCR was performed using the genomic DNA obtained using the primers F and R of the present invention as a template. Further, having the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 3 or 4,
PCR was performed simultaneously in a separate tube using the primers described in Reference 1, but in the same apparatus. 200 μM deoxyribonucleoside triphosphate (dNTP) mixture (dATP,
PCR buffer containing dCTP, dGTP and dTTP (Takara Shuzo), 0.2 μM of each primer, 1.25 units of AmpliTaq DNA polymerase (Hoffmann-La Roche) and 1.5 mM magnesium chloride (10 mM Tris-HCl, pH 8.3,
200 ng of the genomic DNA was amplified in 50 mM KCl, 0.01% gelatin). Amplification was performed using a thermocycler manufactured by Perkin Elmer. After first denaturation at 94 ° C for 5 minutes, a denaturation step of 94 ° C for 1 minute, 57 ° C,
A cycle consisting of a 1 minute annealing step, a 72 ° C., 2 minute elongation step was repeated 40 times, and finally a 5 minute
Extension was performed for minutes. Next, 25 units of MspI were added to the tube for the m1 test, and 25 units were added to the tube for the m2 test.
A unit of BamHI was added and incubated at 37 ° C. for 1 hour to perform a restriction enzyme cleavage step. The digested PCR amplification product was electrophoresed on a 3% agarose gel and stained with ethidium bromide.

【0017】典型的な結果を図1に示す。予想された通
り、MspI消化物では、169bpのバンド又は120b
pのバンドが観察され、ヘテロ接合のものでは両方のバ
ンドが観察された。また、BamHI 消化物では、予想どお
り、119bp又は93bpのバンドが観察され、ヘテ
ロ接合のものでは両方のバンドが観察された。また、非
特異バンドは観察されなかった。
Typical results are shown in FIG. As expected, the MspI digest had a 169 bp band or 120 b
The p band was observed, and both bands were observed for the heterozygous one. As expected, a band of 119 bp or 93 bp was observed in the BamHI digest, and both bands were observed in the heterozygous one. Also, no non-specific band was observed.

【0018】上記方法により得られた、ジェノタイピン
グの結果を下記表1に示す。
The genotyping results obtained by the above method are shown in Table 1 below.

【0019】[0019]

【表1】 [Table 1]

【0020】(2) 遺伝子型と表現型との関係 上記186人中、46人についてその表現型を調べた。
表現型は、各人に100mgのラセミ型メフェニトイン
を経口投与した8時間後に排泄された尿中の4'- ヒドロ
キシメフェニトインを定量することにより調べた。この
試験により、(S)-メフェニトインの4’位を水酸化する
能力がわかる。投与量に対する排泄された4'- ヒドロキ
シメフェニトインのモル基準での割合(%)の常用対数
が0.3未満の者を代謝異常者(poor metabolizers 、
PM) 、それ以外の者を正常者(extensive metabolizers,
EM)とした。
(2) Relationship between genotype and phenotype The phenotype of 46 of the 186 individuals was examined.
The phenotype was determined by quantifying 4'-hydroxymephenytoin in urine excreted 8 hours after oral administration of 100 mg of racemic mephenytoin to each individual. This test demonstrates the ability to hydroxylate the 4 'position of (S) -mephenytoin. The ratio of the excreted 4'-hydroxymephenytoin to the dose on a molar basis (%) is defined as a metabolic disorder (poor metabolizers,
PM), and the rest of the people (extensive metabolizers,
EM).

【0021】測定された表現型と、先に検査した遺伝子
型との関係を図2に示す。図2から明らかなように、代
謝異常者にはwtを有しているものがおらず、一方、正
常者は必ず少なくとも一方の遺伝子がwtである。従っ
て、本発明の方法により、表現型を調べることなく(S)-
メフェニトインの代謝異常の診断を行うことができるこ
とが確認された。
FIG. 2 shows the relationship between the measured phenotype and the genotype examined previously. As is evident from FIG. 2, none of the metabolic abnormal persons has wt, while the normal person always has at least one gene in wt. Therefore, by the method of the present invention, without examining the phenotype (S)-
It was confirmed that diagnosis of metabolic abnormality of mephenytoin can be performed.

【0022】比較例1、2 文献2に記載された公知のm2検出用プライマー(forw
ard 側及びreverse 側のプライマーの塩基配列をそれぞ
れ配列番号5及び6に示す)を用い、文献1に記載のm
1検出用のPCR条件(変性が94℃、1分、アニーリ
ングが57℃、30秒、伸長が72℃、1分のサイクル
を30回)でPCRを行った。比較例1ではバッファー
中の塩化マグネシウム濃度を文献1に記載の1.0mM
とし、比較例2では文献2に記載の3.0mMとした。
その結果、比較例1では増幅は起きず、比較例2では増
幅は起き、予想どおりのサイズのバンドが観察されるも
のの、非特異バンドも多数現れた。
Comparative Examples 1 and 2 Known m2 detection primers (forw
The nucleotide sequences of the ard-side and reverse-side primers are shown in SEQ ID NOS: 5 and 6, respectively.
1 PCR was performed under PCR conditions for detection (denaturation was 94 ° C for 1 minute, annealing was 57 ° C for 30 seconds, and extension was 72 ° C for 1 minute 30 times). In Comparative Example 1, the concentration of magnesium chloride in the buffer was adjusted to 1.0 mM described in Reference 1.
In Comparative Example 2, the concentration was 3.0 mM described in Reference 2.
As a result, amplification did not occur in Comparative Example 1 and amplification occurred in Comparative Example 2, and although bands having the expected size were observed, many nonspecific bands also appeared.

【0023】比較例3 配列表の配列番号5及び6で示される、文献2に記載さ
れたプライマーを用い、上記本発明の実施例と同じPC
R条件でPCRを行った。その結果、増幅は起き、予想
どおりのサイズのバンドが観察されるものの、非特異バ
ンドも多数現れた。
Comparative Example 3 The same PC as in the above-mentioned Example of the present invention was prepared by using the primers described in Reference 2 shown in SEQ ID NOs: 5 and 6 in the sequence listing.
PCR was performed under the R condition. As a result, amplification occurred, and although bands of the expected size were observed, many nonspecific bands also appeared.

【0024】[0024]

【発明の効果】本発明により、m1とm2の検査のため
のPCRを同一条件で行うことを可能にする、m2検出
用オリゴヌクレオチドプライマー及びそれを用いたm2
の遺伝子検査法が初めて提供された。本発明によれば、
m1とm2の検査を同じPCR装置を用いて同時に行う
ことが可能であるので、検査の効率が大幅に向上すると
いう効果が奏される。
Industrial Applicability According to the present invention, an oligonucleotide primer for detecting m2 and an m2 using the same, which enable PCR for testing m1 and m2 to be performed under the same conditions.
For the first time was offered. According to the present invention,
Since the tests for m1 and m2 can be performed at the same time using the same PCR device, there is an effect that the efficiency of the test is greatly improved.

【0025】[0025]

【配列表】[Sequence list]

配列番号:1 配列の長さ:20 配列の型:核酸 配列 AACATCAGGA TTGTAAGCAC 20 SEQ ID NO: 1 Sequence length: 20 Sequence type: Nucleic acid Sequence AACATCAGGA TTGTAAGCAC 20

【0026】配列番号:2 配列の長さ:20 配列の型:核酸 配列 TCAGGGCTTG GTCAATATAG 20SEQ ID NO: 2 Sequence length: 20 Sequence type: nucleic acid sequence TCAGGGCTTG GTCAATATAG 20

【0027】配列番号:3 配列の長さ:20 配列の型:核酸 配列 AATTACAACC AGAGCTTGGC 20SEQ ID NO: 3 Sequence length: 20 Sequence type: nucleic acid sequence AATTACAACC AGAGCTTGGC 20

【0028】配列番号:4 配列の長さ:22 配列の型:核酸 配列 TATCACTTTC CATAAAAGCA AG 22SEQ ID NO: 4 Sequence length: 22 Sequence type: nucleic acid sequence TATCACTTTC CATAAAAGCA AG 22

【0029】配列番号:5 配列の長さ:25 配列の型:核酸 配列 TATTATTATC TGTTAACTAA TATGA 25SEQ ID NO: 5 Sequence length: 25 Sequence type: nucleic acid sequence TATTATTATC TGTTAACTAA TATGA 25

【0030】配列番号:6 配列の長さ:20 配列の型:核酸 配列 ACTTCAGGGC TTGGTCAATA 20SEQ ID NO: 6 Sequence length: 20 Sequence type: nucleic acid sequence ACTTCAGGGC TTGGTCAATA 20

【図面の簡単な説明】[Brief description of the drawings]

【図1】本発明の方法によりジェノタイピングを行った
結果を示す電気泳動図の模式図である。
FIG. 1 is a schematic diagram of an electrophoretogram showing the result of genotyping by the method of the present invention.

【図2】本発明の方法により決定されたジェノタイプと
表現型との関係を示す図である。
FIG. 2 is a diagram showing the relationship between genotypes and phenotypes determined by the method of the present invention.

Claims (6)

【特許請求の範囲】[Claims] 【請求項1】 配列表の配列番号1で示される塩基配列
を有する、ヒトチトクロームP450 2C19 遺伝子のエクソ
ン4中の点突然変異m2の検査用オリゴヌクレオチドプ
ライマー。
1. An oligonucleotide primer for testing a point mutation m2 in exon 4 of the human cytochrome P450 2C19 gene, which has the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 1 in the sequence listing.
【請求項2】 配列表の配列番号2で示される塩基配列
を有する、ヒトチトクロームP450 2C19 遺伝子のエクソ
ン4中の点突然変異m2の検査用オリゴヌクレオチドプ
ライマー。
2. An oligonucleotide primer for testing a point mutation m2 in exon 4 of the human cytochrome P450 2C19 gene, which has the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 2 in the sequence listing.
【請求項3】 請求項1記載のオリゴヌクレオチドプラ
イマーと、請求項2記載のオリゴヌクレオチドプライマ
ーをプライマーとして用い、ヒトチトクロームP450 2C1
9 遺伝子を鋳型としてPCRを行う工程と、得られたP
CR産物を制限断片長多型法により解析する工程を含
む、ヒトチトクロームP450 2C19 遺伝子のエクソン4中
の点突然変異m2の検査方法。
3. The method according to claim 1, wherein the oligonucleotide primer according to claim 1 and the oligonucleotide primer according to claim 2 are used as primers to obtain human cytochrome P450 2C1.
9 A step of performing PCR using the gene as a template,
A method for testing a point mutation m2 in exon 4 of the human cytochrome P450 2C19 gene, comprising a step of analyzing a CR product by a restriction fragment length polymorphism method.
【請求項4】 制限酵素としてBamHI を用いる請求項3
記載の方法。
4. The method according to claim 3, wherein BamHI is used as a restriction enzyme.
The described method.
【請求項5】 前記PCRは、配列表の配列番号3及び
4にそれぞれ示される塩基配列を有する一対のオリゴヌ
クレオチドプライマーを用いてヒトチトクロームP450 2
C19 遺伝子を鋳型として行うヒトチトクロームP450 2C1
9 遺伝子のエクソン5中の点突然変異m1の検査のため
のPCRと同一の熱的条件で同時に行う請求項3又は4
のいずれか1項に記載の方法。
5. The PCR is carried out using a pair of oligonucleotide primers having the nucleotide sequences shown in SEQ ID NOs: 3 and 4 in the Sequence Listing, respectively.
Human cytochrome P450 2C1 using C19 gene as template
9. The method according to claim 3, wherein the PCR is carried out simultaneously with the PCR for the examination of the point mutation m1 in exon 5 of the 9 gene under the same thermal conditions.
The method according to any one of claims 1 to 4.
【請求項6】 前記両PCRは同一組成のPCR緩衝液
を用いて行う請求項5記載の方法。
6. The method according to claim 5, wherein the two PCRs are performed using PCR buffers of the same composition.
JP8195360A 1996-07-05 1996-07-05 New oligonucleotide primer and examination of point mutation in exon 4 of human cytochrome p450 2c19 gene using the same Pending JPH1014585A (en)

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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2000012757A1 (en) * 1998-08-28 2000-03-09 Sangtec Molecular Diagnostics Ab A method for measuring a patient's ability to metabolise certain drugs

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